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在麥克阿瑟沿著新幾內亞東岸突襲俾斯麥島、尼米茲的海軍部隊也在馬紹爾群島戰役中突破日軍「絕對國防圈」的同時，聯參會同樣也研究下一階段的進攻目標，於1944年3月命令麥克阿瑟與尼米茲分別提出對呂宋、臺灣和中國沿海三角地帶的入侵計畫。3月12日，聯參會再向兩人發布指示，要求在1945年前致力完成四項目標：一、麥克阿瑟應孤立拉包爾；二、沿著新幾內亞北岸西進，於11月15日前攻佔民答那峨；三、尼米茲應繞過特魯克，於6月15日前攻佔馬里亞納群島、孤立加羅林群島、於帛琉建立基地，支援麥克阿瑟對民答那峨的進攻；四、尼米茲應於1945年2月15日攻佔臺灣，而若需支援對臺灣的進攻，麥克阿瑟應先在2月15日進攻呂宋島。同年7月，美軍攻克馬里亞納群島，得以從塞班島起飛B-29轟炸機對東京進行轟炸，太平洋兩大戰區的進攻路線也將在菲律賓會合，因此進入下一階段目標的選擇：進攻上述提及的三角地帶。然而其進攻順序與目標的選定，應以菲律賓南部島嶼、主島呂宋島以及臺灣何者為先成了聯參會、戰區陸海區將領爭論的中心，大致可分成三種意見：一、以聯參會成員為主，繞過菲律賓群島；二、收復菲律賓中部與南部島嶼以建立空軍基地，再進攻臺灣，此意見以尼米茲為代表；三、僅收復菲律賓群島，或收復菲島後再考慮進攻臺灣，此以麥克阿瑟為首、戰區實際作戰的將領為主。
為取得共識，羅斯福於7月下旬在珍珠港召開會議，出席的除了總統本人外，還有麥克阿瑟、尼米茲與總統的參謀長威廉·D·李海。會上尼米茲與麥克阿瑟輪流陳述方案，前者提出海軍的觀點（而非自己的），指盟軍應繞過菲律賓群島直取臺灣與硫磺島、沖繩等島嶼，完成佔領後便可實施進攻日本本土的行動，而為奪取上述島嶼，「西南太平洋戰區」除保留兩個師與數個空軍中隊外，其他的美軍部隊應全歸屬至其指揮的「中太平洋戰區」（隸屬「太平洋戰區」司令部下），至於如何牽制或削弱菲律賓的30萬日軍則未提。麥克阿瑟當即對尼米茲的計畫提出反對，不僅戰略上菲島為日軍南方交通線之樞紐，盟軍若予以繞過直撲臺灣、硫磺島和沖繩，其損失將會大大超過佔領這些前哨島嶼所帶來的利益，也無法打擊日本的抵抗意志。
相比之下，盟軍收復菲律賓所需付出的代價小得多，在心理層面的也比臺灣更能打擊日本。麥克阿瑟另外還從政治面切入，稱1700萬的菲律賓人仍忠於美國，進攻臺灣則不會有強大的游擊隊支援，且「菲律賓人認為自己在1942年被人出賣」因此有必要率領大軍反攻，否則將損害美國的國家威望，若對菲島繞開不理，被封鎖於當地的日軍勢必將奪取島上人民的糧食，使平民大眾蒙受悲慘與飢餓。會上羅斯福還提及進攻呂宋島的傷亡問題，而麥克阿瑟激烈地否認，並保證不會比過去嚴重。當天會議並未做出結論，而之後麥克阿瑟又與羅斯福單獨進行約十分鐘的會談，據曼徹斯特所稱，麥克阿瑟以帶有威脅性的口吻警告羅斯福，若採取金恩繞開呂宋島的計畫「美國人在今年秋天必會對你表示出最大、十足的憤懣而投票反對你」，當晚羅斯福跟私人醫生說道：「我這輩子從來沒有人像麥克阿瑟那樣跟我講話的。」
第二天會議結束後，羅斯福向麥克阿瑟表示：「好了道格拉斯，你贏了。不過為了這件事，我就得回去對付金恩了。」，並在之後的對話中多次表示將收復菲律賓。儘管之後聯參會仍保持臺灣-呂宋島兩目標並行準備的方案，但後續調查又發現，駐於臺灣的日軍較尼米茲等人估計的多，而由於航程過遠得不到陸軍航空隊的支援，這使得海軍需為攻臺方案「」動用更多兵力與裝備，且預計將在歐戰結束後才能滿足。相反的，若進攻呂宋，現有兵力即可執行。另外自1944年春季起，日軍於中國發動「一號作戰」致使華東一帶機場與港口盡數被攻佔，進而降低了攻臺的戰略意義，連同麥克阿瑟主張的政治因素，聯參會終於10月3日發布決議進攻呂宋、擱置進攻臺灣一案（最終放棄）。
1944年10月20日，麥克阿瑟登陸雷伊泰島、實現1942年回到菲律賓的承諾，這張麥克阿瑟與幕僚涉水登陸的照片之後被建為雕像，置於
在攻臺案尚未完全擱置前，麥克阿瑟與尼米茲取得共識，即臺灣位於當前陸航基地航程之外，故須先在菲律賓南部取得一空軍基地，才能以此支援無論是呂宋還是臺灣的進攻行動。在麥克阿瑟正準備進攻聯參會規劃的菲律賓中南部島嶼時，因為第3艦隊司令海爾賽對雷伊泰島實施空襲，日軍卻僅有微弱的抵抗，使海爾賽向尼米茲提報該島防禦能力脆弱，建議跳過中部其他前沿島嶼、直接進攻雷伊泰島，此構想獲得尼米茲、麥克阿瑟與聯參會的認可。1944年10月20日，克魯格率第6軍團登陸雷伊泰島，而麥克阿瑟則從輕巡洋艦「」監督行動，當天下午，因為缺乏登陸艇，麥克阿瑟只得涉水登陸，在踏上菲律賓後隨即發表演說：
雷伊泰島戰役並非美方原預期的順利，事實上日軍航空兵力並非被消滅而是向後退卻，而雷伊泰島在肯尼陸航的航程之外，麥克阿瑟只得仰賴海軍航艦的艦載機掩護，而在雷伊泰島登陸期間日本海軍也做出反擊，因為海爾賽對日軍實力錯誤的認知，下令第3艦隊北上追擊日軍作為誘餌的航艦部隊，使金凱德的登陸艦隊受到日軍戰艦艦隊襲擊的風險，一度形成重大危機，事後麥克阿瑟為海爾賽辯護，並將此事歸咎於指揮權為自己與尼米茲瓜分所致。
雷伊泰島的地面戰鬥未如預期的順利，豪雨與泥漿地面使陸航飛機無法進駐起降，而日軍大批增援，使美軍滯難於行、戰鬥曠日費時，麥克阿瑟甚至一度想換下第6軍團，由8月新建的第8軍團（由艾克爾伯格指揮）取代之，至12月底，克魯格估計島上尚有5000名日軍，而麥克阿瑟即於12月26日發布公報宣佈「除了稍微的掃蕩外，本次戰役已經結束」，但實際上艾克爾伯格率第8軍團至1945年5月真正結束戰鬥期間又擊斃額外27,000名日軍。1944年12月18日，麥克阿瑟緊接在馬歇爾之後，晉升五星上將，之後艾森豪與阿諾德也同樣獲此晉升。該軍階根據美國國會法第78-482號於1944年12月14日設立為臨時軍階，而在戰爭結束後六個月將受階者恢復為永久軍階，至1946年6月23日該軍階才透過第79屆國會第333號議會法改為永久軍階，該軍階退役者還享有全額工資與津貼。
由於雷伊泰島的作用遠不如預期，麥克阿瑟進攻民都洛島，佔領後10天內便完成修築機場跑道，肯尼的陸航作戰半徑相當於向前推進了500公里，整個呂宋島都在盟軍作戰半徑內。1945年1月9日，在實施多起欺騙措施後，麥克阿瑟的部隊大舉登陸林加延灣，由於日軍戰略為在內陸與盟軍決戰，故美軍登陸過程未受到抵抗。13日，麥克阿瑟將司令部移至菲律賓岸上，由於他先前曾向聯參會保證兩個月內解放馬尼拉外，戰前尼米茲也要求原借給金凱德的艦隻要在2月上旬歸還、投入硫磺島戰事，否則行動只能向後推遲，麥克阿瑟不願承擔此一責任，只能要求部隊大膽穿插，向克拉克機場與馬尼拉突進。
2月4日，第6軍團第1騎兵師已攻抵馬尼拉市區邊緣，陸續解放關押在當地各處的戰俘，而日本海軍將領決定死守馬尼拉，與美軍進行慘烈的巷戰，以至於馬尼拉戰役時長三週，期間為了保護菲律賓民眾，麥克阿瑟禁止進行近距離空中打擊，但美軍仍動用155公釐榴彈砲轟擊街壘與建築物。2月26日，日軍防線崩潰，巖淵自殺，而在敗象漸露的同時日軍也對馬尼拉平民展開大規模屠殺，即「馬尼拉大屠殺」，估計整場馬尼拉戰役中有10萬名菲律賓平民死亡。3月3日，馬尼拉作戰結束。
馬尼拉戰役結束後麥克阿瑟將重心置於掃蕩退居呂宋島中部和北部山區的日軍殘部，日方司令山下奉文大將實施防禦戰，而克魯格推進緩慢，一直到日本宣佈投降時山下部隊仍舊繼續抵抗，使亟欲在戰爭結束前解放菲律賓全境的麥克阿瑟非常惱火。1945年9月2日，山下奉文率殘存的10萬軍隊向美軍投降。
硫磺島戰役後不久、準備進攻沖繩時，美軍內部由誰擔任進攻日本本土作戰——「沒落行動」的總司令而起了爭議。1945年4月3日，羅斯福命令太平洋各戰區進行重新編組，原西南與太平洋戰區廢除，麥克阿瑟被任命為「美國太平洋陸軍總司令」（AFPAC），指揮全部的地面部隊以及除了第二十航空隊外的陸軍航空隊，海軍則由尼米茲指揮。不過這種結構並未使麥克阿瑟滿意，羅斯福於4月12日去世後又再度要求重新分配。根據海軍部長詹姆斯·福萊斯特的說法，麥克阿瑟要求把持全太平洋的所有陸軍、航空部隊的指揮權，而把海軍打成僅作支援的小角色。尼米茲與第二十航空隊司令柯蒂斯·李梅皆強烈反對，麥克阿瑟因此懷疑海軍試圖在戰後壟斷所有海外行動的權力，而陸軍則將只用來保衛本土。最後因尼米茲的強硬態度，麥克阿瑟還是撤回了要求。
「沒落行動」由入侵九州南部的「奧林匹克行動」和進攻關東平原的「小王冠行動」組成，前者將由克魯格率領約766,700名官兵於1945年11月1日執行，後者則將由麥克阿瑟指揮親自指揮，預計將於1946年3月1日發起。在「沒落行動」準備期間，美軍持續評估預計傷亡人數，並以沖繩戰役受到重大傷亡為鑑，決定動用研發完成不久的原子彈。1945年8月6日與8月9日，美軍分別在日本廣島與長崎投下原子彈。8月8日，蘇聯對日宣戰。8月15日，日本宣佈投降。
對於蘇聯出兵、原子彈又或是其他因素最終促成日本選擇投降，一直以來都是歷史學家爭論不斷的議題，其中蘇聯參戰便是麥克阿瑟早在1944年就曾屢次提出的主張，還曾告訴屬下：「如果蘇聯不出兵攻打日本的關東軍，我不會考慮進攻日本的任何島嶼。」而在戰爭結束後數年，麥克阿瑟因為與國內右翼勢力走得很近，試圖掩蓋曾向蘇聯求助的過往，於1950年代初期的多次在採訪中公開表示若自己有權決定二戰末期的重大決策，他肯定不會讓蘇聯參戰。如此行為使後來的艾森豪共和黨政府難以忍受，警告麥克阿瑟注意言行，否則將公佈太平洋戰爭時的原始資料，使其難堪。
密蘇里號」戰艦上，麥克阿瑟代表盟軍最高統帥簽署了《降伏文書》，在其身後的兩人為戰時被日軍俘虜的喬納森·溫萊特中將與英國白思華中將
儘管參議員於8月10日警告杜魯門勿「鑄下大錯」，委任麥克阿瑟為盟軍對日受降代表、使其日後有了在1948年參選的聲望，但杜魯門出於政治考慮，依舊在8月15日，任命麥克阿瑟為「盟軍最高統帥」，負責主持和安排日本受降，並實施隨後的日本佔領工作麥克阿瑟要求日本政府派出軍方代表團前往馬尼拉商討受降事宜。8月19日，以參謀次長為首的代表團乘塗成白色、畫有抵達馬尼拉，麥克阿瑟的參謀長薩瑟蘭前往迎接，後者宣讀了指定各戰區日軍應向各地盟軍代表投降的「一般命令第一號」，並告知將於9月2日舉行正式的投降儀式、第一批盟軍進駐日本之計畫等。8月28日，美軍第11空降師先遣隊佔領日本厚木機場。30日下午2點19分，麥克阿瑟與幕僚乘標記「巴丹號」的C-54運輸機專機抵達厚木機場。
9月2日，根據美國陸海軍間妥協的結果，投降儀式於代表海軍主場的「密蘇里號」戰艦上舉行，麥克阿瑟乘「」驅逐艦於早上8點43分抵達；8點55分，日本代表團抵達。9點，麥克阿瑟讓溫萊特與英國白思華中將站在身後，並親自宣讀致詞：「在這個莊嚴的時刻，我們將告別充滿血腥屠殺的舊世界，迎來十分美好的新世界。在這個新世界中我們將致力於維護人類的尊嚴，實現人類追求自由、寬容和正義的最美好願望。這是我的真誠希望，實際上也是全人類的希望。」隨後，由日方重光葵和梅津美治郎分別代表其政府和軍方簽完降書，麥克阿瑟接著代表同盟國上前，掏出五支筆簽名，分別用來寫下「道格」、「拉斯」、「麥克阿瑟」，最後兩支筆則寫下官銜，這五支筆分別被他贈給溫萊特、白思華、西點軍校、美國檔案館和妻子。
麥克阿瑟選擇東京「」大樓作為盟軍總司令部（下簡稱盟總）位址，杜魯門賦予他在美國歷史上前所未有的大權以實施對日佔領政策，9月6日參謀長聯席會議發布文件，規範麥克阿瑟擁有的最高權限：「天皇和日本政府統治國家的權力從屬於你之下。……由於你的權力至高無上，在權限上無須接受日方的任何異議。」且與被分裂成四個佔領區分而治之的德國不同，美國允許日本作為單一國家繼續存在，並早在8月10日（或稱「三方協調委員會」）發布的SWNCC21/3號文件中表明美國將單獨佔領、控制日本。形式上，麥克阿瑟需顧及由多個戰勝國代表組成的「」與「」提出對日佔領政策的意見，但這兩個機構在麥克阿瑟有著華盛頓的支持下僅具顧問性質，實際上對日政策多由美國以「中間指令」的形式下達給麥克阿瑟，或是麥克阿瑟透過臨時命令來實施，而不受他人干預。
1945年9月27日，麥克阿瑟與昭和天皇首次會面的合影，9月29日盟總便向日本全國各大報刊發布這張照片，引起激烈的爭論風暴
麥克阿瑟與日本政府和天皇建立了一定程度的信任與合作關係，特別是對於天皇制的存廢問題早在1942年便為美國政府研究與討論，軍方多對天皇本人與其制度嫌惡，認為應將其列為戰犯，而前駐日大使約瑟夫·格魯則基於過去經驗認為只有天皇能使日本實現投降，並維持社會秩序。中情局遠東作戰副處長、中國問題專家歐文·拉鐵摩爾則認為天皇制乃日本軍國主義的根源，應與財閥一同解散、廢除。8月15日，昭和天皇裕仁宣佈接受投降詔書後，美國政府見日本軍隊在其敕令下有秩序的解除武裝，國內社會也基本穩定等重大作用，協調委員會於8月21日向麥克阿瑟發布《日本戰敗後初期美國對日本方針》，確立後者透過天皇實行間接統治日本的正式方針。
根據麥克阿瑟本人的回憶，早在其抵達日本時就有參謀人員建言他「召見」天皇以示權威，但他認為此舉將使天皇成為一位「殉道者」，而天皇將會親自登門拜訪。1945年9月27日，昭和天皇前來美國大使館會見麥克阿瑟，會見房間僅麥克阿瑟、天皇和日方翻譯三人，麥克阿瑟事後回憶天皇在一開始便說：「我對國民進行戰爭時在政治和軍事方面所作的一切決定和行動負完全責任。我就是以這樣的身份，為了聽任貴方所代表的各國對我的裁決而來拜訪。」之後麥克阿瑟又表示「天皇決心承擔並有被處死的危險的責任，使我深受感動。按照我所了解的種種事實，這一責任顯然不應由天皇承擔。這種充滿勇氣的態度，確實感人肺腑。在那一瞬間我深深感到，坐在我面前的天皇作為個人來說，也是日本最高尚的紳士。」不過雙方實際談話內容真偽不明，根據奧村的回憶錄，天皇並沒有主動提出承擔戰爭責任，反而是麥克阿瑟表現得有些逢迎，對天皇表達了關切與親善，兩人首次見面時麥克阿瑟稱天皇為「您」（You），而要求奧村翻譯時則略帶壓力地稱「告訴天皇」（Tell The Emperor），但兩人會面後開始將天皇改稱做「陛下」（Your Majesty）。此外，麥克阿瑟的回憶中還有描寫天皇從他手中接過香煙時「手抖得很厲害」此一描寫，但事實上天皇是不抽煙的。會後不久，盟總發布麥克阿瑟與天皇會面的照片，照上兩人並肩站立，但天皇身形矮小、僵硬，麥克阿瑟則身材高大、姿態隨意而輕鬆，使麥克阿瑟從照上看來有著比天皇還要高的權威。日本政府認為照片對天皇「大不敬」，下令禁止公開照片，但盟總立即向日本外務省抗議，命令刊登照片，並撤銷所有出版社的限制。這張照片對日本國民影響巨大，大多數日本人以此徹底了解國家的戰敗、美方的權威，以及麥克阿瑟將支持天皇的立場。
麥克阿瑟對天皇的政策很大程度上受其軍事秘書和心理戰行動負責人邦納·費勒斯影響，認為日本自1931年奉天事件（即「九一八事件」）後即被軍國主義的極端份子所挾持，天皇本人則是親西方的溫和派，但因無力出手制止軍部，所以對日本自1931年至1945年期間的戰爭罪行不具責任。美國歷史學家描述麥克阿瑟與昭和天皇兩人間的關係：「盟軍最高統帥將利用天皇，而天皇將以被人利用的方式提供合作。他們之間形成了一種既利己又相互保護的關係，一種政治上更有益於裕仁的關係。因為裕仁方面要失去得更多——所有權威的象徵、為使皇位正統化的全部道具。」麥克阿瑟為保護天皇，還曾於1946年3月6日派出費勒斯聯絡前日本海軍大將、同時也是日本政壇要人的米內光政，商議將戰爭責任轉嫁給東條英機，迫使後者主張：「在開戰前的御前會議上我已決定哪怕天皇反對，也要發動戰爭。」麥克阿瑟保全天皇的作法獲得巨大的成功，東條被處絞死去、天皇也未退位，麥克阿瑟此舉引起了相當的批評，比克斯認為這對日本人在戰敗的歷史認知產生深遠和持久的扭曲性影響。
麥克阿瑟在日本二戰戰爭罪行的嫌疑人甄別與定罪起到相當的作用。截至1945年底，美軍對日佔領當局便對共5700名日本、臺灣和朝鮮籍戰犯嫌疑人進行審判，其中約4300人被判處有罪、約1000人被處以死刑、數百人被判無期徒刑，涵蓋南京大屠殺、巴丹死亡行軍和馬尼拉大屠殺等事件。在諸多案件中以中審理日軍將領山下奉文與本間雅晴兩案引起相當的爭議。1945年，菲律賓戰役期間巖淵三次實施對馬尼拉城內的大屠殺，而山下奉文身為菲律賓的日軍戰區司令員並未下達屠殺命令，甚至在事件發生時其率部遠在240公里之外的碧瑤指揮作戰、可能也對此渾然不知。巖淵在戰役後期自殺身亡，而山下在戰後被盟軍逮捕，對於其應負之責任有相當的爭議性，而麥克阿瑟屢次介入其中，催促主審法官盡快將山下定罪，最後得出有罪並處以絞刑的判決。然而山下的律師將本案呈交美國最高法院，使戰爭部長建議麥克阿瑟同意，但遭後者拒絕，戰爭部長隨後反而直接否決麥克阿瑟的權限，下令暫緩山下的死刑。經確認後，美國最高法院以6比2投票結果做出不參與本案的結論，但兩位反對的法官發表強烈抗議，其中一位是前菲律賓總督弗蘭克·墨菲，稱這場審判是「合法外衣下的私刑」，兩位法官還對本案寫了長達45頁的備忘錄，抨擊麥克阿瑟出於私憤操控審判、剝奪被告的基本權利。1946年2月23日，山下被處絞。本間則是涉及巴丹死亡行軍事件，是否知情屬下虐待戰俘同樣倍受爭議，最終判處死刑，但在本間夫人向麥克阿瑟求情後，後者將其自侮辱性質的絞刑換作槍決。
另一方面，麥克阿瑟也在美國政府的授意下使包括石井四郎在內的日軍前細菌戰部隊——731部隊成員免於起訴，以換取其在中國實施細菌戰人體實驗的諸多資料。所有涉及戰爭罪行有關的日本皇室成員也被其赦免，包括秩父宮雍仁親王、朝香宮鳩彥王、竹田宮恆德王、東久邇宮稔彥王和伏見宮博恭王等陸海軍高級將領。麥克阿瑟無視許多皇室成員與日本知識份子的要求天皇退位、實施攝政的呼籲，認為若天皇被處決或判處終身監禁將會引發日本各社會階層的動亂與革命，對改造日本為親西方現代民主國家此一主要目標造成重大困難。1946年1月25日，麥克阿瑟提交給參謀長聯席會議的報告中指出：「如果將天皇交付審判，就必須完全改變我們的佔領計畫，並做好一切準備，以防不測。對他起訴毫無疑問地要在日本人民當中引起巨大騷動，其影響難以估量。他是團結日本人的象徵。摧毀這個象徵，整個國家將會分崩離析。我認為，整個日本都會以消極或半積極的方式反對此舉。」同年2月，他在另一封給艾森豪的電報中提及若處決或監禁天皇將長時間需要派駐100萬佔領軍來維持和平。在麥克阿瑟的強烈推動下，「三方協調委員會」最終於6月第55/7號命令中明確規定天皇不做戰犯處理。
「」，為麥克阿瑟統治日本的盟軍總司令部所在地
麥克阿瑟以盟軍最高統帥職位實質統治了1945年至1948年的日本，也是截至1947年為止美日關係最具權勢者。麥克阿瑟以8月29日收到華盛頓的《日本投降後初期政策》命令（SWNCC 150/4/A）為基礎，實施包括剷除日本軍國主義、極端民族主義、促進政治自由、建立民主政府、解放婦女、成立自由工會、取消獨占事業、新聞自由化、教育自由化等改革，為日本日後成長為世界領先的工業大國奠定基礎。
在憲政體制上，起初麥克阿瑟允許日方自發性地實施，但以國務大臣為首的制憲委員會仍基本維持了1889年的舊制憲法，天皇的權力依舊是「最高且不可侵犯」。2月3日，麥克阿瑟指示盟總的政治組幕僚準備新憲法草案，其結構以SWNCC 228號命令內容為基礎，麥克阿瑟還自行加入三點：一、天皇須保存為一國元首，向日本人民負責；二、所有以華族為中心的封建制度，包括世襲親王家、的權利、貴族院都廢除，此後能保有皇室或貴族身份的日本人僅剩天皇與其約20名直系親屬；三、廢除日本國家戰爭的主權。此一草案被稱作「」，後成為日本新憲法，於1947年5月3日生效，日本政府實施議會民主制，天皇僅能根據內閣建議行事，而憲法第九條規範日本永久放棄以戰爭作為解決爭端之手段和廢除常備軍。此外，新憲法還賦予婦女權力、保障基本人權、禁止種族歧視，增強議會和內閣、削減警察和地方政府的權力。
麥克阿瑟對日本實施非常溫和的統治，從各方面進行大刀闊斧的改革，如土地改革由其幕僚主持，於1947至1949年收購約470萬英畝（190萬公頃）土地，佔日本可耕地面積的38％，其中的460萬英畝（186萬公頃）被重新轉售給農民。至1950年，全部農業用地達89％由其所有者經營，僅11％為承租耕種。工會制度上，麥克阿瑟也取得了巨大的成就，至1947年有48％的非農業勞工加入工會。到了1948年，由於美國國務院介入，結束了麥克阿瑟對日本的單獨控制，亦有部份改革被取消。麥克阿瑟還廢除以往壟斷工業生產、被稱作「財閥」的諸多大型綜合企業，將其解體成更為鬆散的工業集團「」，國防部與國務院對上述改革感到震驚，認為這與將日本建設為阻擋共產主義在亞洲蔓延的堡壘理念相衝突。麥克阿瑟還不顧美國政府的反對，使日本共產黨合法化、釋放包括共產黨人在內的所有政治犯，還邀請他們參與1946年大選，這也是日本首次允許女性投票的選舉。麥克阿瑟還批準了被禁止11年的五一勞動節遊行。種種措施加上土地改革的成就，使麥克阿瑟在日本農村中比共產黨人還更受歡迎。
1947年秋，有鑑於杜魯門在民意調查中的低支持率、自己以盟總治理與改造日本的政績，麥克阿瑟起了代表共和黨參選總統的念頭，然而儘管他是當時美國廣受歡迎的戰爭英雄，但在黨內缺乏人脈為從政之路的一大困難。麥克阿瑟也一直表示自己將在日本簽署和平條約時退役，並預計將在1947年秋季其聲望正高時參選，不過杜魯門同樣害怕麥克阿瑟參選，後否決美國於1947年與日本簽署和平條約，稱美國需要更多時間才能正式和解，之後杜魯門還曾寫信給艾森豪，鼓勵其參選總統。在日本未簽署和約的情況下麥克阿瑟最終決定不退役，他於1947年10月寫信給好友表示若共和黨提名他，他將非常樂意地接受。1948年3月9日，麥克阿瑟又宣佈一則聲明，宣佈對代表共和黨參選總統一事感興趣，若共和黨願意提名將感到十分榮幸，但他不會退役來參選。1948年4月6日，美國威斯康星州舉行第一次共和黨初選會，有為數十萬的簽名請願者支持麥克阿瑟參選總統，這使其信心大增，同樣角逐提名的湯瑪斯·杜威也私下以為該州已落入麥克阿瑟手中，然而開票後卻是贏得27票中的19票，麥克阿瑟僅得8票，使後者受到巨大打擊。一週後，內布拉斯加州的開票差距更大。6月底，杜威贏得共和黨提名，而麥克阿瑟僅得1100票中的11票。
在麥克阿瑟策劃參選的同時，五角大廈曾徵詢時任西德軍政府首長盧修斯·克萊是否願意前往東京接任麥克阿瑟的職務，但前者因佔領事務以及與蘇聯對峙的壓力過於繁重、欲申請退役而拒絕，而麥克阿瑟在1949年將統治權力移交日本政府，自己則一直留在日本，直到1951年4月11日被解職為止。1951年9月8日，以美國為首的西方盟軍與日本簽署《舊金山和平條約》，1952年4月28日生效，日本再次成為獨立國家。
自1945年至1950年期間，麥克阿瑟對朝鮮半島分裂的兩個政權不僅毫無興趣，連東京司令部對當地與其週邊局勢存在大量誤判，美軍駐南韓司令約翰·霍奇曾多次懇請麥克阿瑟協助，但後者將當地視作國務院的管轄範圍而拒絕，唯一一次到過南韓則是出席美國扶植上臺的李承晚總統的就職典禮，還在會上對其做出未曾徵詢過華盛頓官員的承諾：如果韓國遭遇襲擊，美國將會像「保衛加利福尼亞州那樣保衛韓國」。1950年6月25日，北韓軍隊入侵韓國，韓戰爆發，起初麥克阿瑟對此事表現出的反應甚小，儘管當時在司令部已收到大量南韓軍隊潰敗的報告後，麥克阿瑟依舊與華盛頓官員享用晚餐和欣賞電影，並一口咬定北韓軍的進攻不過是一次「威力偵察」。幾小時後，麥克阿瑟根據杜魯門的授權將武器裝備撥交給南韓軍隊以抵擋北韓軍，並深信前者將反擊成功，然而第二天漢城被北韓軍隊攻陷，麥克阿瑟極為震驚，消沉地宣佈「韓國已全線失守」。
6月25日，聯合國安理會通過第82號決議，授權組織由美國指揮的聯合國軍援助南韓，聯合國軍司令也由該國指定，而參謀長聯席會議一致推薦麥克阿瑟，後者因此於7月8日就任聯合國軍總司令，同時兼任駐日盟軍總司令與美國遠東司令部總司令，連同所有韓國部隊皆由其指揮。在北韓軍隊的猛攻下，長期在日本駐紮、鬆懈怠慢又對亞洲人抱以輕視的首批前往南韓的美軍很快便被擊潰，整個7月美韓聯軍只得以人員和空間換取時間持續撤退，直到8月2日美韓聯軍以馬山、大邱、浦項作為抵抗線，組成釜山環形防禦圈固守。戰鬥期間因駐韓美軍第8軍團表現惡劣，華盛頓方面對軍團長沃爾頓·華克的領導能力表示懷疑，專派馬修·李奇威等人的小組調查，華克被認為欠缺優秀的參謀，而根本原因就是素質高的軍官一到亞洲就被調到麥克阿瑟手下，導致其幕僚整體組織能力低下，小組也認為華克本人難負軍團指揮之責，並應解職以李奇威取代之（麥克阿瑟對華克相當藐視，但對李奇威頗為敬畏），但小組亦擔憂這將使已極度垂喪的士氣惡化，也畏懼麥克阿瑟將此解讀為對自己指揮能力的挑戰，故決定不採取任何措施（事實上與小組預想的相反，麥克阿瑟早想以李奇威取代華克）。美國歷史學家大衛·哈伯斯坦指出倘若李奇威取代了華克，必定能約束麥克阿瑟的獨斷獨行，使戰事指揮更依從華盛頓的指示，也能更謹慎地對待日後是否要跨越三八線的問題。
1950年9月15日，麥克阿瑟正自「」上觀測海軍支援仁川登陸的沿海炮擊
時至8月底，北韓軍的補給線已延伸過度，盟軍強大的海空實力也造成北韓軍交通運輸方面的困難，後者力量已至強弩之末、兵力也減至88,000人，而美軍第8軍團經由整編和增援已達180,000人，也裝備了遠較前者為多的戰車和火炮。與此同時，麥克阿瑟認為不宜自朝鮮半島南部向北進行緩慢且代價高昂的推進，因此計畫於北韓軍後方的仁川實施一次兩棲登陸，藉此截斷北韓軍主要補給線、收復南韓首都漢城、形成對北韓軍南北夾擊的態勢，一舉將戰局扭轉。然而由於仁川一地作為登陸目標有許多不利之處，如潮汐漲落過大、水流流速過快、航道狹窄彎曲、達到目標潮高的天數有限、市區地形有利於守軍、港外的月尾島為行動一大障礙和對當地敵軍情報不足等等，這使得麥克阿瑟受到以聯參會主席奧馬爾·布萊德雷為首的絕大多數高級將領反對。在8月23日的仁川作戰會議上，陸軍參謀長約瑟夫·勞頓·科林斯提出仁川距離聯軍後方太遠，而若發起本次作戰將削減第8軍團的實力，建議改在仁川以南100公里的群山登陸，此亦得到海軍軍令部部長的附議，但麥克阿瑟反駁正因仁川有種種缺點，北韓軍才沒能預料到美軍採取此行動，並舉了七年戰爭亞伯拉罕平原戰役為例，此戰英軍指揮官詹姆斯·渥爾夫正是率軍進攻被法軍認為難以爬越的懸崖才獲得勝利，登陸群山雖較為安全但離敵軍補給線太遠而無法加以截斷。麥克阿瑟還在會上忽略了二戰時對海軍的仇恨，聲稱海軍在過去從沒有讓自己失望過，相信這次也不會，且仁川登陸雖是「五千對一的賭博」，但他願意賭，整個會議結束後在場者僅餘謝爾曼對行動不抱信心，但麥克阿瑟在次日仍成功說服他。
8月29日，聯參會同意仁川登陸行動。然而麥克阿瑟卻刻意對華盛頓方面隱瞞行動具體計畫和時間等，一直到即使反對也來不及阻止的9月8日才派遣級別僅中校的林恩·史密斯（Lynn Smith）前往華盛頓向聯參會的四星上將們匯報，當後者抵達時行動再過6小時20分鐘後即開始，此舉使麥克阿瑟嚴重得罪聯參會的各軍種參謀長。另一問題是實施仁川行動的美軍第10軍司令的任命，原本麥克阿瑟排除第8軍團對仁川的指揮權已頗受非議，華盛頓的大多將領都希望由久經沙場、具備豐富兩棲作戰經驗的司令指揮，且該人還有為麥克阿瑟籌到陸戰第1師（登陸主力部隊）的人情在，但麥克阿瑟在未徵詢聯參會的同意下將第10軍軍長任命給自己心腹——遠東司令部參謀長愛德華·阿爾蒙德，而此人在與第1陸戰師師長奧利弗·普林斯·史密斯的交流中也表現的極為傲慢，並對後者說明兩棲登陸的困難嗤之以鼻。指出八個月後杜魯門之所以解除麥克阿瑟的職務，最重要的原因正是得到聯參會的一眾支持，而後者便是以此報復麥克阿瑟在仁川對其先斬後奏的作法。
9月15日，美軍陸戰第1師成功登陸仁川，當天僅21人陣亡。9月16日，華克率軍向北突圍發動反攻，於20日突破北韓軍包圍圈。仁川一戰存在若干缺陷受到質疑，如麥克阿瑟過於低估防守漢城的北韓軍，原預計僅5天便能收復，結果直到兩週後的26日才拿下，且阿蒙德不顧史密斯勸其盡量東進、以與第8軍團會合包圍南部所有北韓軍，而他將重心過度放在漢城，很大程度上也是因為麥克阿瑟想搶在9月25日（北韓軍入侵滿三個月）這個別具紀念意義的日子將其收復。第8軍團與第10軍之間的防線長達180英里，美軍終究沒能完全掌握，致使北韓軍仍有4萬餘人逃回北韓。然而撇開上述爭議，仁川登陸仍為麥克阿瑟的一次重大勝利，也是其軍旅生涯的頂峰，登陸後半個月內聯合國軍共造成北韓軍近4萬人的傷亡，失去三分之一的兵力、三分之二的戰車、火炮和車輛，殘餘兵力幾無秩序地潰退，而擔任主攻的陸戰第1師傷亡2,400人，而到登陸一個月後，北韓軍高達13.5萬人被俘。指出，若一個偉大指揮官一生當中總有一場戰爭特別突出，足以使其晉身軍事偉人之列，那對麥克阿瑟來說，就是仁川之役；此役之成功使麥克阿瑟的威望極大地提昇，以致聯參會之後都懷疑他們是否應對麥克阿瑟的決心存有任何疑問（李奇威語），不敢質問麥克阿瑟後續之計畫與決定，以免面對其挑戰。
1950年10月15日，麥克阿瑟與杜魯門總統於握手致意。這是杜魯門上任以來五年半以來第一次也是唯一一次與麥克阿瑟的會面。杜魯門此行是希望從麥克阿瑟在仁川登陸的勝利取得一些政治利益，而後者也在本次會面中再度提出其誤判——中國不會干涉朝鮮戰事
麥克阿瑟的自信心因仁川登陸的成功而膨脹，而華盛頓方面也受其誇張化的戰報影響，跨越38線一舉消滅北韓軍隊的意見成為主流，聯參會不等聯合國決議就於9月底發布指示授權麥克阿瑟北上進攻北韓本土：「你的軍事目標是摧毀北韓武裝部隊。你有權在朝鮮半島38度線以北進行軍事行動，但是要發動這些行動的條件是蘇聯與中共沒有大規模的部隊介入，沒有宣佈要介入，也沒有威脅要在朝鮮以軍事手段對抗我們的行動。」，戰爭目的因此從「阻止北韓軍隊」升級為「摧毀北韓軍隊」。時任國防部長的馬歇爾也曾向麥克阿瑟發布一封秘電：「我們要你放心越過38度線，不論是在戰略或戰術方面，都能放手一搏。」麥克阿瑟則回覆道：「我視整個朝鮮半島為我們軍事活動的地區。」然而杜魯門忌憚中國與蘇聯全面干涉，因此下令數條限制：「不得在中朝邊界附近使用除大韓民國軍隊以外的任何部隊」、「禁止對中國東北和蘇聯領土實施空中與海上攻擊」，除此之外美國空軍參謀長霍伊特·范登堡也告訴麥克阿瑟擴大空軍作戰區域會消耗空軍軍力，為作補充，歐洲防空能力將放空兩年。
10月15日，杜魯門和麥克阿瑟於威克島會面討論韓戰的局勢。僅管杜魯門已擔任總統五年半之久，但從未與麥克阿瑟會面過，儘管曾兩次較為婉轉的方式敦促麥克阿瑟回國，但後者皆表示拒絕（見下）。本次的威克島的會面是杜魯門希望利用麥克阿瑟在仁川登陸後日益增長的聲望為11月的中期選舉助陣，因此提議與麥克阿瑟會面，並提出麥克阿瑟若不願意回國，可安排在美國本土以外的地方會面。杜魯門原想指定在夏威夷，但麥克阿瑟不願意，稱不喜歡在夜間飛行，也不想去很遠的地方，於是杜魯門同意將會議地點設於威克島（即），該島距離華盛頓，距離東京則僅。儘管杜魯門做出了巨大的妥協，但麥克阿瑟對這次會議很不滿意，在前往威克島的路上情緒頗糟。他向同僚駐韓大使抱怨道：「為了（杜魯門的）政治原因被召到這麼遠的地方，真是浪費時間」，並認為杜魯門應該到他那裡（東京）來。關於兩人的會面有一說是「麥克阿瑟的專機故意在杜魯門抵達之後才降落」，但根據曼徹斯特比對飛行紀錄表以及諸多目擊者的證詞，實際上麥克阿瑟早到了好幾個小時，人也在機場跑道上親自迎接杜魯門的飛機，兩人隨後前往當地民航局的會議室相談。會中麥克阿瑟向杜魯門保證，中共不會以任何方式干預，戰爭也將在感恩節前結束，士兵們將能在聖誕節之前回家。兩人分手時，杜魯門對麥克阿瑟表示「今天是一次令人滿意和愉快的會面」，但實際上他對後者桀驁不遜的態度越發不信任，麥克阿瑟也同樣對其敵意逐日增長。
儘管早在10月3日，中國總理周恩來透過印度駐華大使潘尼迦對外傳達了「若是美軍跨越三八線，中國將不會坐視不顧」的訊息，但麥克阿瑟依舊認為中國不會參戰，也不顧聯合國軍在逐漸接近中朝邊境的鴨綠江過程中補給線已延伸過度的潛在危險，要求繼續往鴨綠江畔前進。另一方面，金日成請求蘇聯派遣地面部隊干預，但遭到拒絕。1950年9月30日，金日成參加了中華人民共和國建國一週年的招待會，並在會上要求中國派遣部隊入朝。毛澤東幾經考慮後決定出兵，因避免與美國發生全面戰爭，派出部隊冠之「志願軍」之名，即中國人民志願軍，連同朝鮮部隊共同由彭德懷指揮。中國志願軍大批跨越鴨綠江入朝，其兵力之後上升到30萬人。起初麥克阿瑟根據杜魯門的指示將南韓軍隊以外的聯合國軍部隊挺進停止線設置於距中朝邊境40至60英里（64至97公里），刻意在邊界一帶僅使用大韓民國軍隊。然而10月17日麥克阿瑟違背杜魯門的指示，以大韓民國部隊數量不足、「指揮官情緒不穩定而無法信賴」為理由以及將馬歇爾的訊息斷章取義，曲解為得到修改指示的權力，因此將設定的停止線改成中繼線，命令各部繼續深入推進，但越深入中朝邊境地形就越為陡峭、補給亦更加困難，麥克阿瑟卻刻意淡化了這項問題。美國軍部中沒有幾個人膽敢頂撞聲勢正旺的麥克阿瑟，身為陸軍副參謀長的李奇威是少數對其命令提出反對的人之一，但其意見終究未被採納。
志願軍避過美軍以及麥克阿瑟親自實行的空中偵察，但陸續也有數起事件足以顯示中國軍隊的存在：10月26日，大韓民國軍隊與志願軍發生小規模衝突，並俘虜了數名中國士兵。然而因為麥克阿瑟的情報主管——盟總G2部的威洛比出於對麥克阿瑟的忠誠，不願承認中國軍隊已入朝的事實，免得華盛頓方面介入阻止正衝向鴨綠江畔的聯合國軍，威洛比對接獲的資訊充耳不聞，將偵察機發現鴨綠江北集結的中國軍隊稱作僅是「外交訛詐」、將抓獲的中國戰俘認定為一名搞不清楚自己部隊與兵力、志願參軍的中國朝鮮族人，其他徵象也被威洛比以各種理由搪塞。1950年10月25日，志願軍向大韓民國第2軍展開進攻，韓軍三個師損失所有裝備潰逃，而聯合國軍在北進的過程中第8軍團與第10軍的缺口隨著邊界擴大，位於第8軍團右翼的韓軍崩潰的同時，志願軍也襲擊了該軍團的側翼，後者因此被重創。至此，麥克阿瑟終於意識到事態的嚴重性，向五角大廈發出電報「本司令部已做了力所能及的一切。但目前的局勢已超越其職權和兵力所能承擔的限度」、「我們正面臨一場全新的戰爭」，電報中還否認自己曾發動企圖直抵鴨綠江的攻勢，僅是進行威力偵察來確定敵人的兵力與企圖，以此撇清目前遭逢大敗的責任。
馬修·李奇威，接替因車禍而死的華克任第8軍團司令，麥克阿瑟被杜魯門解職後又接任其聯合國軍司令職務
聯合國軍一路敗退，麥克阿瑟態度相當悲觀，一時認為若不在近期獲得20萬部隊增援「聯合國軍就必須撤離韓國」，並計畫一路撤至釜山。11月28日，麥克阿瑟批準第8軍團放棄平壤，撤至了38度線以南。12月23日，正指揮部隊撤退的軍團長華克因車禍意外去世。麥克阿瑟聞訊後立即依照先前的決定，推薦陸軍副參謀長李奇威接替華克職務。李奇威自美國飛至東京，於12月26日同麥克阿瑟會面，後者隨後將戰術指揮權與一併的行動自由交付該人。為避免重蹈麥克阿瑟的覆轍，李奇威立即飛往前線視察部隊，發現情況遠比預想的糟：官兵間失敗主義橫行、士氣低落，各指揮官並未掌握任何有用的情報。1月4日，志願軍攻佔漢城。
另一方面，麥克阿瑟認為中國已全面參戰，主張大舉增兵，還公開宣揚戰爭擴大化的觀點，主張對中國東北實施包括核武器在內的大規模轟炸，但杜魯門與其支持者認為此舉不會結束戰爭，而一旦蘇聯干預朝鮮戰場，美軍勢必將轟炸海參崴，戰爭將因此擴大，日本也會受到蘇聯的報復性攻擊。至於使用核武器的主張則因為朝鮮半島的地理環境、缺乏重要目標而被認為不切實際。麥克阿瑟對反對意見不以為然，他曾在接受《美國新聞與世界報導》的採訪時公然反對上級，聲稱自己應付中國軍隊時遭遇的所有困難，都起於華盛頓施加的限制，這些限制是「軍事史上沒有前例的巨大障礙」。杜魯門大發雷霆，當下就有解除麥克阿瑟職務的念頭，但他又不希望讓事情顯得像是麥克阿瑟是因為進攻失敗而被撤職，因此改於12月6日以聯參會名義發布指示，禁止軍事指揮官或高階官員未經上級許可隨意發表言論。
在李奇威的努力下，聯合國軍重新恢復了戰力，於1月26日發動「霹靂行動」，成功扭轉了雙方的攻守狀態。麥克阿瑟則再度重提對中國全面開戰，主張為防止聯合國軍遭到突破，應封鎖中國沿海、用砲火與空襲摧毀中國的戰爭工業，還要將已退守至臺灣的國軍投入朝鮮戰場。然而杜魯門採取的政策是只有當中國攻擊朝鮮以外的美軍才會將戰爭升級，他還親自寫了一封長信給麥克阿瑟解釋美國對朝鮮半島的政策，口吻客氣，幾乎到了恭敬的程度，還讚揚了麥克阿瑟的「卓越領導」以及「優異表現」，國務卿迪安·艾奇遜評價這份文件是「一國元首對手下戰區司令官所寫的一份親切、體諒的函件……如果有函件能激發一位司令官的效忠，這一封信就應該能辦得到。」麥克阿瑟看完信的反應則是誤解、或選擇性解釋杜魯門接受其提議，他向手下參謀宣佈聯參會首長「終於克服了他們說反擊中共將引起世界大戰的幻想」，後來麥克阿瑟在國會作證時也拒不承認其對華作戰方針遭到總統或國防部長的否決。
由於麥克阿瑟那「不採取其主張朝鮮半島必將失守」的主張引起華盛頓方面的憂慮，陸軍參謀約瑟夫·勞頓·科林斯與空軍參謀長范登堡特地飛往朝鮮視察地面與航空部隊，但得出與麥克阿瑟截然相反的報告，認為美軍第8軍團士氣高昂，足以抵擋中國軍隊的進攻，因此麥克阿瑟的對華戰爭升級案就此夭折。然而麥克阿瑟並未放棄其主張，仍於2月11日發布電報提出一項「計畫」：「一、以大規模空襲北韓最北部，肅清敵人後方」、「二、如果依然不準攻擊鴨綠江對面的敵軍增援兵力，我將鋪設一條放射性核廢料地帶，將朝鮮半島與中國東北分隔」、「三、我將從北韓最北處的兩面海岸同時發動兩棲與空降作戰，合圍成一個大口袋，中共部隊很快就會餓死或者投降，那將會像是仁川戰役般的一次成就」。聯參會對麥克阿瑟的「計畫」直接敷衍地回覆「著毋庸議」。1951年2月底，第8軍團重新控制了漢江沿岸的防線；3月，志願軍被逐回38度線以北；5月底，聯合國軍再度收復漢城。由於勝利的主要功臣是李奇威，麥克阿瑟並未參與，後者對此極為不滿，刻意帶著記者與參謀在一次行動前刻意訪問剛制定完一場有限進攻計畫的李奇威部，還當著後者的面向媒體宣佈：「我剛下令恢復進攻」，此事令李奇威感到驚愕又憤怒，他在回憶錄中寫道，麥克阿瑟並未參與「屠夫行動」的制定，「他的虛榮讓我無言以對，他讓我心中認識的那個麥克阿瑟面目全非，讓我徹底忘記了以前的那個麥克阿瑟。」
1951年4月25日，日本《世界通信》發表頭條新聞《麥元帥解任 遠東形勢新局面 中共動向值得關注》，報導杜魯門解除麥克阿瑟職務
在志願軍受到重創後，杜魯門與艾奇遜認為以談判結束戰爭的時機終於到來，試圖將局勢恢復到戰前的樣子。3月20日，聯參會告訴麥克阿瑟「國務院即將準備由總統宣佈，在侵略者已被從南韓大部份地區趕出去的情況下，聯合國準備討論解決朝鮮問題的條件。」然而麥克阿瑟卻特意在3月24日發表一篇措辭帶有挑釁與威脅性的聲明：杜魯門見狀大為光火，麥克阿瑟此舉直接違反12月6日發布的命令，也直接使他無法推動和平談判，杜魯門寫道：「麥克阿瑟的這一舉動逼的我無可選擇，我再也無法容忍他的抗上行為了。」麥克阿瑟則在指責之下辯稱自己只是在發布例行新聞。杜魯門已決定撤換麥克阿瑟，但他也認為此時麥克阿瑟強硬的措辭有助於撫慰美國大眾對軍事上歷經一個冬天的失敗與撤退的作用，不適合立刻將其辭退。
4月6日，杜魯門召集國防部長馬歇爾、聯參會主席布萊德雷、國務卿艾奇遜與商務部長威廉·埃夫里爾·哈里曼討論應如何處理麥克阿瑟，四人「同意」解除麥克阿瑟的職務，表示「從軍事角度」有必要解除麥克阿瑟的職務，但也意識到需考量政治因素，杜魯門和艾奇遜認為麥克阿瑟不服從命令，而聯參會成員對此則不表意見。不服從命令實為軍事罪行，麥克阿瑟可像米切爾一樣要求進行公開軍事審判，而結果將難以預料，也可能最終裁定罪名不成立，並恢復原職。聯參會成員認為「基本沒有證據表明麥克阿瑟曾經未能執行聯參會的直接命令，或以行動反對命令。」布萊德雷則稱：「從法律角度來看，麥克阿瑟從未違抗聯參會的命令，只是選擇從寬解讀命令。他的確違反總統12月6日下達、由聯參會轉達的命令，但這不屬於違反聯參會的命令。」1951年4月11日，杜魯門起草向麥克阿瑟下達的命令，由布萊德雷簽名發布：
由於通信技術上的問題，消息首先透過商業無線電廣播到東京，而麥克阿瑟收到此消息時正在與大使館招待客人午餐，麥克阿瑟聞訊後面無表情，僅向身旁的妻子表示「兩人終於可以回家了」。包括麥克阿瑟在內的許多人被杜魯門以此種方式解職而感到憤怒，由於是即時生效的命令，麥克阿瑟既不能舉行交接儀式，也不能對部隊發表常規的告別演講，李奇威指出這種「粗暴」的處理方式是「對將軍自尊心不必要的冒犯」。而在另一方面，杜魯門的行動對外公佈後，美國爆發憲政危機和公關風暴，民調顯示絕大多數民眾反對杜魯門解除麥克阿瑟職務的決定，寄到白宮的信件中認同與指責杜魯門的內容達一比二十。時至1952年2月（事件後9個月），杜魯門的支持率降至22％，截至2014年為蓋洛普民意調查中的最低現任總統支持度，之後又因韓戰泥沼化，政府被一系列腐敗醜聞所困，最終令杜魯門選擇放棄競選連任。
4月12日，麥克阿瑟離開美國駐日使館，驅車前去搭乘已改名為「巴丹號」星座式座機，約有25萬日本人在通往機場的沿路夾道向麥克阿瑟道別。
麥克阿瑟於1951年芝加哥軍人球場上發表演說
1951年4月18日，麥克阿瑟自朝鮮飛抵舊金山，隔天便與家人前往華盛頓，預計將於國會聯席會議上發言。此行是麥克阿瑟自1937年結婚後首次返回美國本土。4月19日，麥克阿瑟於國會聯席會議發表告別演說，這也是他最後一次在官方場合露面，麥克阿瑟講述自己在與杜魯門有關朝鮮戰爭問題的分歧，並為自己的立場所辯護，演講還被喝彩聲和鼓掌聲打斷了50次，他最後說道：
國會演說結束後兩週，麥克阿瑟即受命參加針對韓戰的聽證會，負責在前三天以證人身份出席。這場聽證會以秘密形式舉行，但每天都會發出一份記錄，幾乎所有發言也都會報導出來。麥克阿瑟在國會聲稱聯參會成員接受其作戰方面的提議，但被白宮與國務院否認，各參謀首長也直接駁斥其聲明，布萊德雷更指出麥克阿瑟的作法將使他們「」。對麥克阿瑟的人望更具傷害的是，對於聽證會鉅細靡遺的質疑，使麥克阿瑟難以招架，例如針對民主黨參議員提問如何看待歐洲蘇聯方面的威脅時，麥克阿瑟否認其為自己的責任，聲稱自己只是戰區司令而無須考量這點，而後者指出杜魯門政府從全球角度考慮朝鮮以外的潛在威脅，麥克阿瑟曾認為蘇聯不會在美國升級對華戰爭後參戰，而一旦發生了又該怎麼辦？麥克阿瑟曾宣稱不會參戰的中國後來不也參戰了嗎？對此麥克阿瑟只能承認「我只是懷疑（中國的參戰）」，而承認這一點使他的支持者極為失望，因為從外界來看這同樣也能解釋成麥克阿瑟實際上也不知道蘇聯會不會在升級對華戰爭時參與。加上還有約瑟夫·雷蒙德·麥卡錫這位既是麥克阿瑟仰慕者、但又在國內不得人心的共和黨議員在會上對極具人望的馬歇爾人身攻擊，更使麥克阿瑟的聲譽受到長期的傷害。
麥克阿瑟曾試圖競選總統，但始終未能成為候選人，他曾於1951年至1952年在全國各地進行巡迴演說，走訪了11個州，期間大力抨擊杜魯門政府的高稅收政策、在「亞洲實施綏靖政策」，也認為受雅爾塔會議和政府對朝鮮戰爭的處理方式而使美國喪失其國際地位，他還批評其國內政策，稱工資未能趕上二戰後的通貨膨脹。起初麥克阿瑟的演說尚能吸引不少群眾的目光，但時至1952年初，麥克阿瑟已難以獲取支持，許多人抱怨他更像是要找杜魯門算帳、誇耀自己、沒能提出建設性的政見。之後麥克阿瑟大幅減少了演講次數，幾乎被撇除在公眾視野之外。時至，麥克阿瑟一度希望介入處於羅伯特·A·塔夫脫與艾森豪兩位正爭取總統提名的候選人間，但在塔夫脫不願配合的情況下，麥克阿瑟最終在初選中慘敗，而艾森豪也以壓倒性優勢打敗塔夫脫，最終勝選總統。
1954年在美國出差的日本內閣總理大臣吉田茂，訪問住在紐約華爾道夫酒店的麥克阿瑟
麥克阿瑟人生最後12年與妻子住在紐約華爾道夫酒店31層的一個擁有10個房間的大套房，過著平靜的生活。1952年，麥克阿瑟接受雷明頓蘭德公司的主席職位，年薪為68,000美金（相當於2016年的612,000美金），同時作為五星上將，麥克阿瑟按照法律是不會退役的，終身保留現役，隨時可被召回，且享有終身俸祿與津貼20,000美金、個人的助手、辦事員、政府提供的交通工具以及五角大廈的一間辦公室等待遇。除了蘭德公司的簡單業務外，麥克阿瑟僅對體育活動感興趣，對諸多人士邀請他撰寫回憶錄或拍攝紀錄片的請求皆婉拒，直到1952年他聽聞杜魯門正撰寫回憶錄，認為後者將在著作中抨擊自己，因此他硬要惠特尼為其著傳。惠特尼的著作《麥克阿瑟：與歷史會合》（MacArthur: His Rendezvous with History）由《時代與生活》雜誌社購買其版權，於1955年8月出版，銷售量極高，在當時獲得很高的評價，一直到1978年曼徹斯特所著《》問世前都是研究麥克阿瑟的主要史料，不過這本傳記許多內容出自麥克阿瑟本人的口述，多有自我中心、偏頗乃至偏離事實，而後者在大多情況下也拒絕對其修改。1960年前後，麥克阿瑟才決定撰寫回憶錄，亨利·魯斯後以90萬美元（相當於2016年的725萬美元）買下該書的一切權利，而麥克阿瑟回憶錄也在他本人去世前幾個月開始於《生活》雜誌上連載。
1960年1月26日，麥克阿瑟在他80歲生日慶祝會上突感身體不適，但堅持到晚上11點才離開晚會，隔日便倒下送往聖盧克醫院，前列腺腫大至無法小便的程度，不得不動手術。麥克阿瑟術後恢復狀況良好，因有感時日無多，麥克阿瑟不久後便開始為後事作準備，如訪問白宮和艾森豪見上最後一面。1961年4月新任總統約翰·甘迺迪在途經紐約時禮貌性地探望了麥克阿瑟，起初前者原認為後者是一位驕傲自大、名不符實的將軍，但兩人會面後反而認為麥克阿瑟是他見過最有趣的人，且談吐極具魅力。3個月後，麥克阿瑟更受邀前往白宮赴宴，甘迺迪這次與前者談的更久，兩人還論及共產主義在亞洲擴張的問題，麥克阿瑟主張甘迺迪永遠不要派兵去保衛越南，並指出美國真正的敵人不是在海外，而是在國內，在麥克阿瑟去世前不久也為下一任總統林登·詹森提出了類似的建議。
1961年7月，麥克阿瑟開始其自稱的「感傷之旅」，回到闊別已久的菲律賓出席該國獨立15週年慶典，還與當年巴丹戰役和科雷吉爾多戰役的老兵們聚會，時任菲律賓總統卡洛斯·賈西亞還授予了麥克阿瑟。1962年，西點軍校向麥克阿瑟頒發「」，表揚他對國家的貢獻，而後者也不顧身懷膽結石與疥癬的痛苦前往西點參加頒獎儀式，並在會上對學員發表題為《義務、榮譽、國家》（Duty, Honor, Country）的演說：
內墓室的兩座石棺，麥克阿瑟與其妻珍妮長眠於此
1963年，肯尼迪總統請麥克阿瑟幫助調解國家大學體育協會和之間對國內業餘體育主導權的爭端。這場糾紛有可能使美國參加1964年夏季奧林匹克運動會的計劃泡湯。麥克阿瑟的仲裁有助於雙方促成協議，最終美國也按計劃參加了奧運會。
1964年4月5日，麥克阿瑟因原發性膽汁性膽管炎在去世。甘迺迪在1963年遭刺殺去世前曾批準為麥克阿瑟舉行國葬，繼任其職務的林登·詹森總統則確認了此一指示，命令將麥克阿瑟以「一個感恩的國家能為逝去的英雄給予的所有榮譽」待遇安葬。4月7日，麥克阿瑟的遺體被運到紐約市，在第七軍團槍械庫的一個敞開的棺材里安置約12小時。當晚，他的遺體被送上靈柩車到聯合車站，由護靈隊伍運到國會大廈，在該地安置，約有15萬人前來瞻仰與告別。麥克阿瑟生前拒絕葬於阿靈頓國家公墓，稱這裡「環繞著他的敵人」，轉而要求葬在弗吉尼亞州諾福克，因為後者是母親的出生地，雙親也於該地結婚。4月11日，麥克阿瑟的葬禮於諾福克舉行，其遺體最後被安葬在的圓形大廳裡，這所紀念館為1960年，諾福克市市長透過公眾捐款籌集的資金，以原諾福克市政廳進行改造而成，用於存放其文件、勳章和紀念品之處。經過修復和改造，麥克阿瑟紀念館內已有9個博物館展廳，展出了他長達50年軍旅生涯軌跡，麥克阿瑟則與於2000年過世的妻子珍妮長眠於大廳正下方墓室的兩具大理石石棺中。
1971年美國發行的麥克阿瑟六分錢紀念郵票
麥克阿瑟是極具爭議的人物，同時也是一位個性複雜、形象多樣而充滿矛盾的人，第5航空隊司令肯尼便曾說：「真正、或者自認為認識麥克阿瑟的人，不是欽佩他，就是討厭他，沒有中間地帶。」布萊梅爵士則簡單評論道：「你聽到有關他最好和最差的那面都是事實」。曼徹斯特則描述麥克阿瑟「既高貴又卑鄙，既勇壯又殘暴，既傲慢又靦腆，最優秀的男子漢，最壞的漢子」、「是美國得未曾有最具天才的軍人」，並將其與羅馬軍事領袖尤利烏斯·凱撒相提並論，從而將該傳記著作取作《美國的凱撒大帝：麥克阿瑟》。二戰期間同為戰區司令，並在西南太平洋與麥克阿瑟密切合作過的海爾賽起初對前者誇張和搶功的公報甚為反感，一位副官曾記錄海爾賽將麥克阿瑟稱作「自吹自擂的賤人」，但兩人見面後關係便迅速拉近，海爾賽後來寫道：「見面沒超過五分鐘，我就覺得我們好像是一輩子的好朋友。我很少見到哪個人能以這麼快的速度給人留下如此深刻的印象。」麥克阿瑟也在戰時得到多名英國戰時領袖的肯定，如戰時首相溫斯頓·邱吉爾稱他是「才華卓越的指揮官」、總參謀長伯納德·蒙哥馬利認為麥克阿瑟是二次大戰中「最優秀的軍人」、艾倫·布洛克則將其比作「最優秀的戰略家」。第45任美國總統唐納·川普也曾在2016年競選期間公開表示自己最欣賞的美軍將領即是麥克阿瑟。
麥克阿瑟以自吹自擂、誇大其辭的性格而聞名，羅斯福時代的內政部長曾對其做出常為後人引用的評價：「麥克阿瑟是這一號的人物，他以為自己到了天堂，上帝都會從白玉寶座上起身降階迎接，把空出的位置躬身相讓。」麥克阿瑟的個性發展與人格塑造深受母親平克尼所影響，即使到了成年很大程度上也受後者所支配。平克尼在麥克阿瑟童年時代即施行嚴格的教育，使後者在成為一位傑出人物的同時有著勝利的強烈執著、極度的自我中心以及孤僻的性格。早在西點軍校就讀時，麥克阿瑟就幾乎與同學保持距離，一個明顯的例子是，通常西點畢業生的婚禮是會有多名同學參與的大型社交場合，以示同學之間深厚的情誼，但麥克阿瑟的婚禮缺少朋輩的出席而引人注目。哈伯斯坦認為，平克尼使麥克阿瑟缺乏與他人建立真誠友誼的能力，在很大程度上也可能是因為麥克阿瑟認為沒人有資格與他平起平坐。哈伯斯塔姆同樣指出，麥克阿瑟自一戰便有自我膨脹的傾向，但當時因為年紀還很輕且處於事業的上升期，多數場合下他終究能控制住自己，並與普通士兵在前線英勇作戰，但到了二戰時，麥克阿瑟有了聲譽和政治觀，對功名的渴望也較以往更甚，與此同時受到的管轄與約束卻是越來越少。二戰結束時，麥克阿瑟的自我膨脹已超過其軍事才華，導致其最終自取滅亡的結局。
作為一位軍事將領，麥克阿瑟同樣有著褒貶不一的評價，美國軍事歷史學家稱麥克阿瑟是個有著「嚴重性格缺陷的人」，但仍是「不可多得的傑出人才，能以發散的思維看待問題，有著超常的記憶力，還能快速理解各種細節」，並「比起其他盟軍領導人更能憑直覺把握太平洋戰爭的總體局勢」。與在歐洲戰場作戰的同僚不同，麥克阿瑟在1944年新幾內亞、1945年菲律賓和1950年朝鮮戰場經常是在以寡擊眾的不利條件下，透過機動布署和出其不意取得了多次勝利。美國記者儘管對麥克阿瑟的人品頗有微詞，但也對後者在太平洋的作戰誇讚道：「自大流士之後，沒有哪位指揮官能像麥克阿瑟一樣，用極少的傷亡就攻佔了大量的領地。」則稱讚麥克阿瑟成功完成的一系列將日軍的對拉包爾無力化的行動、是戰爭史最複雜、協調性最佳和最成功的陸海空聯合戰役。佩里也假設道：若麥克阿瑟滿足於1945年9月2日接受日本投降後選擇退休、而非延續其軍旅生涯，那他將被視為第二次世界大戰中最偉大的指揮官，還可能是美國歷史上最偉大的軍事指揮官。另一方面，麥克阿瑟在各方面的負面特質也影響其作為軍人的評價，如二戰期間因其自我中心的個性與身處低優先度的西南太平洋戰區，嚴重加劇了與海軍之間的軍種對立，甚至上升到了馬歇爾形容為「人身攻擊、極為惡性的鬥爭」的地步。麥克阿瑟也被反對者指出其不服總統權威、犯下遭日軍於菲律賓奇襲、被中國志願軍伏擊等巨大失敗，稱其為美軍最被高估的將領，佩里也引用了一份非正式的網路調查結果，其指麥克阿瑟為美國史上最差勁的將軍，排在班尼狄·阿諾、愛德華·阿爾蒙德、、威廉·魏摩蘭、喬治·B·麥克萊倫、與霍雷肖·蓋茨之前。
麥克阿瑟在軍旅生涯中與多任總統共事，成為其上司有胡佛、羅斯福和杜魯門三位，但除了胡佛他給予「還算不錯」的評價外，後兩人深為麥克阿瑟所厭惡。羅斯福對麥克阿瑟擁有的政治野心非常清楚，但也因為知道後者不懂如何拉攏選民而從不將他當作威脅，僅是以防萬一保留了麥克阿瑟在二戰前提交、宣稱菲律賓將難攻不破的報告，以及開戰後菲律賓機場被毀其所犯下的種種缺失的記錄。羅斯福曾在很多場合表達過對麥克阿瑟的不信任，認為是「可用而不可信」的將領，並曾當面向後者說道：「道格拉斯，我一直認為你是一流的軍事家，但我同樣知道，你也是一個最糟糕的政治家。」羅斯福也曾向助理雷克斯福德·特格韋爾評論麥克阿瑟是除了休伊·皮爾斯·朗外「美國最危險的人物」。麥克阿瑟則是儘管羅斯福曾在菲律賓下令營救他、掩蓋戰事缺失、將他塑造為公眾神話的英雄、支持重返菲律賓的戰略，仍對後者極為痛恨，1945年4月羅斯福在辦公室內去世，麥克阿瑟的反應毫無傷感，反而轉向自己的參謀邦納·費勒斯說道：「羅斯福終於死了。他是一個能用謊言來粉飾太平而絕不會說真話的人。」現場所有聽到這句話的人都深感震驚。
杜魯門則在1945年接任總統時就已對麥克阿瑟不抱信任，當時便在日記中寫道：
麥克阿瑟則是極度輕視杜魯門的權威，在許多場合對其毫不尊重。雙方首次的意見分歧發生在二戰剛結束的第一個月，當時杜魯門政府決定放緩戰後裁軍的計畫，但1945年9月17日麥克阿瑟卻擅自在東京宣佈50萬駐日美軍僅須留下20萬人便足夠，等同於故意為政府的批評者助陣，並以軍人身份直接干政、謀取政治利益，也就是從本次事件開始杜魯門考慮解除麥克阿瑟的職務，兩人之間的矛盾也越演越烈。1945年9月與10月，杜魯門連續兩次要求麥克阿瑟回國述職，以接受全國人民對他的感謝之情，屆時將為其安排於參眾兩院演講，國家也將授予他傑出服役十字勳章。雖然表面上這是杜魯門的一次盛情邀請，但實際上是來自三軍統帥的命令，但麥克阿瑟連續兩次都拒絕，聲稱自己在東京很忙，且一離開東京將「陷入一觸即發的局面」，杜魯門聽後大為惱火，認為其於不久前可以縮減駐日美軍規模的說法根本是信口開河，之後隨著韓戰局勢的發展和麥克阿瑟的種種言行、臺灣問題，致使杜魯門再也難以忍受，進而解除其一切職務（見上節）。
杜魯門總統解除麥克阿瑟的職務是美國「文人領軍」傳統的一次體現，日後麥克阿瑟也自回憶錄中承認前者的合法性：「對於一位總統解除一個戰地指揮官的職務所具有的法律權力，不問其行動是明智的還是愚蠢的，從沒有人加以懷疑。文職高於軍職是美國政府體制的基本原則，這一點已為軍事機構的每一個官兵所全心全意地接受下來。」但同時也批評道：「這並不是這一案件中的問題，自有史以來司令官一直在調換，有些出於心血來潮，有些出於某種原因，但在歷史上從來沒有一次比我這次解職所用的手段更為嚴厲了——不讓人申訴，沒有辯護的機會，不考慮過去。」美國中央情報局副局長弗農·沃爾特斯則就解職事件表示：「在某種意義上來說，兩個人都是對的，但杜魯門是總統，而麥克阿瑟卻沒有充分意識到這個壓倒一切的事實。當杜魯門解除麥克阿瑟職務時，許多人批評他的做法，但沒有人對他運用總統的權力採取的這個行動提出疑問」，「兩個人都是意志堅強、形式果斷的人，這場衝突到最後其中一個人勢必下臺，而在我們的制度下，這人只能是麥克阿瑟」。
德懷特·艾森豪威爾曾擔任麥克阿瑟的副官長達七年之久，是最了解後者的人之一。艾森豪在二戰期間擔任盟軍歐洲最高統帥，官拜五星上將，後又於中大勝麥克阿瑟，最終成為第34任美國總統
麥克阿瑟與部屬的關係為疏遠和狂熱崇拜的兩極化，其麾下的「巴丹幫」幕僚群有相當的競爭性、排他性，對於華盛頓的訪客充滿敵意，即使是戰略情報局（今中情局前身）官員亦不能公開在麥克阿瑟的管轄地收集情報。幕僚們為爭取麥克阿瑟的關注不遺餘力、對所有指示言聽計從，而後者也會無視常規、任用心腹居於要職，如仁川登陸戰中的負責登陸作戰的第10軍交由毫無兩棲作戰經驗、但因為是麥克阿瑟美軍遠東司令部重要幕僚的阿爾蒙德。馬歇爾曾當面向麥克阿瑟抱怨沒有像樣的幕僚，有的只是一座「宮廷」。海軍第7兩棲部隊司令少將則從海軍的角度觀察麥克阿瑟與陸軍部屬的關係，說道：「麥克阿瑟從來都無法和四周的官兵，建構出一種溫暖、如同袍澤般的情誼。下屬儘管尊敬他，卻沒有對他有同情、理解與愛戴。他的態度太過疏遠，行動、語言和服裝太規規矩矩了。」
與樂於將功勳分享給部屬的艾森豪不同，麥克阿瑟要求手下對自己絕對忠誠，並會喝退任何可能將榮譽分走的人和奪取部下的功績，麥克阿瑟也曾規範所有從他基地派出的部隊只能以麥克阿瑟的名義執行任務，甚至要求太平洋戰場上所有的勝利消息只能以麥克阿瑟的名義對外公佈，曼徹斯特曾對此做過統計，發現二戰開始後的前三個月中，太平洋戰區對外發出的142條戰況公報中有109條有麥克阿瑟的名字。第8軍團司令艾克爾伯格與麥克阿瑟自1911年便互相熟識，曾至少有兩次因「忠誠問題」而被麥克阿瑟恫嚇，一次是布納戰役，這場戰役的勝利最大功臣為艾克爾伯格，而與麥克阿瑟實際上並無多少關係。然而後者曾向其表示：「鮑博，你和我並肩在布納戰鬥的日子真是令人難忘阿，不是嗎？」，接著哈哈大笑，以此作為含蓄的警告：不得洩漏麥克阿瑟實際上與布納戰役的勝利無關。另一次則是艾克爾伯格的名字出現在頗具影響力的《星期六晚郵報》和《生活》雜誌上，麥克阿瑟大為光火，直接召見艾克爾伯格說道：「你知不知道，明天我就可以把你降為上校，讓你捲鋪蓋回家？」艾克爾伯格也因此對自己新聞官說寧願有人放一條眼鏡蛇在自己口袋裡，也不想在一篇報導中受到褒獎。