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6月7日上午，夏林清趁著心理學系於當天舉行師生討論會，以個人名義先在臺灣大學校友會館召開「夏林清還原真相記者會」，獲得心理學系系友周佳君及其學生支持。雖然心理學系工作小組成員並未參與記者會，但與她相關的人民民主陣線則有成員參加。夏林清在記者會上公布事件發生後，輔仁大學校方和心理學系主導成立的教育工作小組處理性侵案的過程，反駁網際網路上關於掩蓋案情和控制言論的指控，強調處理流程全部合法、且認為應調查事件真相。
對於社會爭論《性別平等教育法》規範和輔仁大學做法部分，特別是輔仁大學心理學系在事件發生後組成教育工作小組的合法性，夏林清在記者會上提到工作小組與性別平等委員會、司法機制間，多軌進行而不矛盾。除了法定義務規範的司法通報與性別平等委員會外，心理學系另外組成的教育工作小組，則是新增的第三種學校處理機制，學校一開始便明白告知女學生性別平等委員會的權益，也已進入驗傷、通報警方等司法程序。在3個月過程中，她認為並沒有專權獨斷或試圖掩蓋案情，也沒有延緩案件送交性別平等委員會。
夏林清表示是以心理學系教師身份參與教育工作小組，共同推動處理進程。她表示自己事發後前2週都在國外，工作小組主要是何東洪推動；同時她在2年後便會退休，這起事件跟她也沒有利害關係，院長職權也不包括系主任負責的系所決策和學生事件處理，因此無個人利益動機，試圖延宕性別平等委員會運作、乃至於壓制案情進展。同時她表示並未主導心理學系寄送電子郵件給學生，並將在師生討論會上公開工作紀錄。
在記者會上，夏林清表示女學生提出道歉是對自己、男友和父母真誠的回應，認為此舉極為不容易；並表示能理解女學生男友因個人角色，在事件發生後必然感到憤怒，但她指出不應將傷痛與憤怒轉為不實虛構故事，更不該把它視為受壓迫的正義意見，且認為相關指控的證據薄弱、未經考察或誤植脈絡。她也澄清雖然有提到事發當時學生們喝酒狀況，但未在工作小組開會時指稱女學生為「酒後亂性」，而是在開放討論學生的學校娛樂時，酒後發生的各種習慣和情況，並非針對女學生等特定對象。
對於要求女學生不應處於受害者立場，夏林清表示依照性別平等委員會或法律程序，只會出現加害者與受害者的位置，許多複雜的事件關係遭到壓縮而無法處理。由於當事人雙方並非陌生人、而是學姊與學弟關係，再加上事件有多名學生涉入，才站在教師立場而希望工作小組輔導學生，也否認曾表示案件將壓垮輔仁大學心理學系。她也批評女學生男友在公共領域發表編改後的不實文章，表示雖然自身不反對攻擊「惡質權威」，但該篇內容不實的文章錯誤地將她塑造成權威壓迫者，帶動臺灣社會對於「惡質權威」的憤怒，導致其因錯誤言論而面臨網際網路惡意批評和攻擊。
對此夏林清表示自己長期參與社會運動，藉由反抗威權體制以真正落實民主政治，因而時時注意不讓自己宰制別人，反抗權威的抗爭行動也不會羅織對方罪名。她也提到儘管自己在臺灣白色恐怖時期成長，但原本對於白色恐怖的恐懼，經過社會運動實踐而逐步變化，並認為人們應學習面對方法。隨後輔仁大學校方則表示，夏林清是以個人名義召開記者會，言論不代表學校立場。
6月7日，輔仁大學心理學系邀請全系老師和學生共同召開「師生討論會」，除了回應女學生男友在Facebook發文批評夏林清的處理方式，並希望透過公開對話和討論，說明處理程序與釐清各方疑點。不過心理學系考量事件仍處於司法程序，為了維護當事人相關權益，未回應新聞媒體有關事件的細部內容，最後僅發布聲明。擔任主辦人的何東洪也邀請女學生及其男友參加討論會，夏林清先前也曾在記者會上公開向女學生男友喊話，表示希望雙方能在系上座談會對話，藉由相關資料釐清文章中所有不實指控，並予以道歉和負起責任，但她表示不會採取法律行動，學校則表示不會強制發文學生前往現場參與討論。
到了晚上6時，包括何東洪、夏林清、女學生和男友、工作小組等200多名教師和學生共同參與長達9個半小時的師生討論會，持續至近隔天凌晨1時。會議上，案件當事人與其男友也和夏林清與其他工作小組成員對話。心理學系在會議過程並未直接說明事件經過，而是讓在會場的當事人與其他教師與學生，直接實質討論工作小組成立和後續工作過程。不同於社會關注工作小組的合法性問題，討論會主要處理議題為核對夏林清和數名當事人在2015年7月13日的對話，及針對寄送電子郵件追究責任、釐清工作小組內部決策方式、及因應系上對外壓力等。討論會場曾提議直接播出，最終遭到否決；不過仍有參與人員用行動電話私下拍攝過程，之後上傳至網際網路。
在討論一開始，女學生和其男友仍有高度動力想與夏林清核對，希望確認7月13日的發生經過。其中女學生男友便認為確認事情真相不只涉及性侵案件，也關係到過去4年受夏林清教育而相信的理論和方法。但由於討論人數眾多，發言人也經常在不同主題間跳躍，使得議題難以聚焦。其中在討論會前半部分，教師和學生間有著非常熱烈對話，數名研究生聯合共同提問，要求釐清寄發電子郵件的負責人與緣由。而針對7月13日的對話內容，雖然參與會議的成員希望能對說法細節逐一核對，但只能數度概括表述記憶內容，雙方各自提出自身說法後，未能對細節逐一確認核對。
由於人民民主陣線資深組織者多是輔仁大學心理學系畢業生或兼任講師，也與心理學系有著共同利害關係，包括何燕堂、王芳萍、龔尤倩、周佳君、李燕等人全都出席討論會。人民民主陣線成員在討論會上的發言，主要在於反駁或質疑兩名學生對於夏林清的指控，之後則集中關注輔仁大學心理學系集體面對外界壓力。其中由於女學生男友在文章中質疑夏林清主導工作小組，在其他工作小組成員澄清採行共識決後，王芳萍首先質疑夏林清掌控系上行政機器的說法，周佳君則質問女學生男友如何面對自己指控。何燕堂則強調當由何東洪下達決策，學生卻轉而指控夏林清時，必須釐清所負擔的責任。
隨後討論會上數度出現各種檢討、反駁與質疑，也讓與會的女學生和男友遭到擁護夏林清的學生公開檢討，乃至於引起女學生數度哭泣和情緒崩潰，而男友也陳述自7月13日和夏林清談話後無法睡眠、讀書等受壓情緒情況。由於事件已獲得許多新聞媒體關注，輔仁大學心理學系也承受極大外部壓力，這讓後續質疑主要集中要求當事學生為外界壓力負責。王芳萍表示學生在網際網路上指控夏林清實行「白色恐怖」的說法，讓心理學系和夏林清遭外界批評。對此她認為當事人在事件中受到的傷害、及工作小組造成的二度傷害，本來能持續透過內部對話求證，但女學生男友讓事件轉為公共議題、並引起網路公審，不合比例地使夏林清成為批評目標。面對女學生男友的回應，何燕堂則質疑受害者也應當釐清事實，不該在缺乏證據下，因認定工作小組和夏林清犯下錯誤而傷害後者。
夏林清數度總結意見後，主動提議設計三點共同對外方向，包括解釋工作小組承接事件緣由、調查7月13日等經驗分歧、釐清每個人痛苦與傷害。夏林清並強調三個方向將共同處理，藉由持續對話強化彼此關係。不過女學生則認為不斷強調心理學系承受的對外壓力，使她認為將系所集體利益放在個人感受上，因而感到不舒服。隨後李燕首先要求工作小組對寄發電子郵件直接道歉，並要求夏林清面對當事人在現場的感受，最後表示女學生男友學生要為自己損害系上利益負責。
在釐清寄信決策的產生方式後，討論會討論轉而集中在電子郵件是否在系上造成「白色恐怖」。其中收到電子郵件的參與學生，則提出感到壓力或文字中性等說法。原本系上學生建議能另外邀集討論收信經驗與落差，再追究工作小組責任。不過李燕主張不需談論學生收信經驗，只要學生感到壓迫，工作小組就應直接道歉，很快便由前召集人何東洪代表工作小組，向系上師生與當事人鞠躬道歉。之後夏林清則表示由於過去在團體中長期扮演的角色，因此在討論過程中出面總結。同時她表示並非個人、而是自己角色功能壓制女學生，並對自己總結讓當事人感到被集體利益壓制而道歉。
之後夏林清詢問女學生是否同意說法，後者則表達可以同意夏林清不必道歉。李燕隨後表示這即為7月13日當天的狀況重現，認為夏林清作為心理學系教師並任教30年，因而在該位置上做出對心理學系處境焦慮的發言。之後詢問女學生如果同意夏林清不必因當下討論會的團體角色功能道歉，也應沿用同個角度，思考7月13日的狀況；進而理解夏林清在7月13日的發言，也是因自身角色而擔憂系上處境。對此女學生男友僅回應不關心夏林清是否道歉，而更在意雙方於7月13日對話的核實結果，並認為討論會場的壓力不如7月13日的傷害。
李燕之後重新要求女學生男友負起責任，強調自己的利益因為事件而被捲入。王芳萍隨後表示夏林清也是受害者，在過去1個禮拜來仍承受痛苦，但在討論會上無法說出，且持續扮演團體角色功能。這使得後續討論現場，確立平行且不互斥的「兩組受害者」說法，其中女學生和男友是因性侵案而受傷害者，夏林清則是因系上角色而對外承受壓力則者，對此王芳萍表示關注後者不表示取消前者。針對7月13日的事實討論，夏林清曾一度提議持續進行會議，但由於女學生男友表示體力不能負荷，討論會確定轉移他日，以核對7月13日的過程，女學生男友僅堅持該次討論會也必須採取公開形式進行。
在討論會確認性侵案件部分等待下次會議召開後，後面討論則著重在系所對外回應、及女學生男友貼文誤導批評夏林清等問題，人民民主陣線成員開始要求女學生男友以各種方式，對外重新修正先前批評夏林清的貼文、及可能出現的錯誤。王芳萍要求女學生男友說明是否願意收回誤導社會認為夏林清為主謀的說法，並討論相關公開形式，龔尤倩也追問能否立即針對社會效應發表言論。有關捍衛輔仁大學心理學系和夏林清個人清白等後續討論，成為促成共同擬定聲明的結論緣由。但在缺乏實質共識內容下，一開始確立的共識僅有必須共同發表聲明。6月8日凌晨，討論會現場的教師、學生和當事人共同擬定2份聲明稿方案，並逐字和逐句修訂。
不過由於尚未核對釐清7月13日的爭議，當事人僅願參與共同發布的第一份聲明，而未同意系上共同對外的結論，因而在第二份聲明中僅有系上教師和學生聲明。而聲明中確立的實質共識，也只有女學生男友對於先前批評寄送電子郵件為「白色恐怖」，同意該次事件為工作小組執行、並非夏林清主導，願意撤回該部分對於夏林清個人的指控。不過夏林清、兩位當事人和在場教師與學生皆同意另外約定時間，至少以同樣開放輔仁大學心理學系教師和學生參與的方式，主要針對尚未核對完全的7月13日事情經過和分歧部分公開討論。心理學系在討論會上也有全程錄影與錄音，事後學生則依錄音檔內容，整理出長達105,000字逐字稿，並在心理學系網站上完整公開。
夏林清先前也曾呼籲婦女權益團體應多加瞭解真相，而非急於發表言論。不過對於其召開記者會批評學生利用網路霸凌，臺灣少年權益與福利促進聯盟秘書長葉大華則認為事件已進入司法程序，應當等待法院調查審理，校方不該再對外發表主觀意見，否則會對當事人造成二次傷害。他並批評夏林清大動作召開記者會，甚至要求女學生和男友出席公聽會，在師生權力不對等下可能導致女學生受到二度傷害。同時臺灣少年權益與福利促進聯盟也呼籲中華民國教育部應盡快對性侵案籌組專案小組，配合司法調查，藉由正當程序還給當事人公平正義。而部分輔仁大學學生也認為校方當初應當積極處理，而不是只設想「冷處理」應對。
但由於女學生男友在5月29日針對性侵案的聲明，同時提及數名相關人，並質疑參與此事的其他成員和性侵嫌犯或夏林清的關係，部分相關人也出面表示不同意女學生男友的說法，認為其文章陳述並不符合事實。其中女學生男友指控一名蔡姓學生在案發後和嫌犯串供，後者在《回應朱同學文章對我個人之敘述》一文加以反駁，並取得兩位和他同行的學生錄製的錄音檔。對此該名學生表示事件發生後，他選擇取得更多加害人王凱民的證據以確定事實，而女學生男友在文章中斷章取義。夏林清的女兒鄭小塔則不滿女學生男友在文章中，將她視為試圖耽誤筆錄製作者，並稱其試圖引導交由心理學系處理案件。鄭小塔回應此舉措是與蔡姓學生連繫後的決定，並非受到夏林清指揮。在這期間，女學生也數度回應並闡釋個人看法與情緒，但表明不願意公開與夏林清的私下信件往來。儘管鄭小塔等相關當事人陸續提出不同於女學生和其男友的說法，但並未獲得女學生和其男友的後續回應。
而與被害女學生和男友認識的兩名輔仁大學心理學系學生，則在2016年7月11日在Facebook上架設「平臺主辦方」專頁，希望能作為第三方討論平臺，促成女學生與其男友和夏林清對話，進而釐清事件經過，但始終未產生定論。之後雙方仍多次在網際網路上互相批評，女學生男友進一步質疑夏林清在2015年7月13日與被害人談話，目的便是企圖掩蓋案情；夏林清則因學生雙方間的意見不和諧，認定女學生及其男友善於捏造事實。而在8月14日，夏林清於Facebook上公布女學生私下向她道歉的信件，引起女學生不滿。到了8月22日，「平臺主辦方」宣布夏林清與女學生和其男友的三方協商破局，並自行公布協商過程。
受到事件影響，輔仁大學決定何東洪免兼心理學系主任。
早在6月17日，輔仁大學便向中華民國教育部坦承處理過程出現疏失，包括學校在第一時間未能積極啟動性別平等程序，及對於性侵案發生知情、但卻未能及時督導疏失。輔仁大學性別平等委員會亦認定心理學系自行組成教育輔導工作小組，已逾越性別平等委員會的職權，形式上違反《性別平等教育法》第21條第3項指出的「學校或主管機關處理校園性侵害、性騷擾或性霸凌事件，應將該事件交由所設之性別平等教育委員會調查處理」。同時認為教育輔導工作小組的訪談紀錄因涉及事實認定，應當交由性別平等委員會調查。
6月23日，婦女新知基金會、臺灣性別平等教育協會發表聯合聲明，要求輔仁大學應參考《性別平等教育法》精神與法條內容，積極主動介入，並展開各類宣導與教育，避免系所和師生影響當事人權益、或有不當與刺激性言論。同時也呼籲中華民國教育部不應只調查輔仁大學的處理作為，而要依《性別平等教育法》的規範，全面檢討校園相關事件的處理機制和實務問題，提供各校明確的行政指導方針與修正措施。同時也認為中華民國教育部應加強性別平等教育的教材推廣，強化各校師生和性別平等委員會的教育訓練，消除各校性別迷思、性別歧視，逐步建構性別友善環境，也減少校園性侵害、性騷擾等不當耳語或權力關係，反而造成當事人二度傷害。
6月24日，輔仁大學發出人事異動公告，指出心理學系副教授何東洪即日起免兼心理學系主任，職務暫時由心理學系副教授邱倚璿代理，但公文中並未提及免職原因。對此輔仁大學學術副校長袁正泰表示心理學系在性侵案件發生後，違反《性別平等教育法》而自行組成工作小組，因此懲處工作小組召集人何東洪。何東洪則發表聲明，表示對於輔仁大學的懲處能夠理解，但對於懲處結果僅引用《性別平等教育法》，而未具體列出違反事項感到遺憾。他除了重申工作小組積極介入的初衷外，並認為工作小組實際上僅逾越《性別平等教育法》規定，而該法案認定涉案系所的教師職責僅限於通報部分。不過他也對於僅獲得不理想、甚至可能失敗的結果，及未能承擔事件相關人的傷痛，導致社會負面評價道歉。
對於何東洪遭解除心理學系主任，夏林清在Facebook上批評校內尚未正式公佈人事異動命令前，人事公告便在個人Facebook上流傳；同時對於何東洪遭免職的決議感到遺憾，呼籲校方重新考量。之後與夏林清有所關聯的人民民主陣線、日日春關懷互助協會等團體，開始在日常生活和網際網路上，發起一系列支持夏林清的行動，包括召開記者會自清、要求女學生男友出席民主對話、新聞媒體回應等，更和勵馨社會福利事業基金會等關注女性權益的社會福利機構產生衝突。而與其他團體辯論的舉動，則引起網友不滿並揚言抵制，認為相關團體藉由各式事件來維護夏林清立場。
特別是在7月13日，勵馨社會福利事業基金會召開記者會表示，輔仁大學性侵案在5月底於Facebook上披露後，引起輿論熱烈討論，然而夏林清、人民民主陣線等利害關係人多次發言都忽略學生傷痛；呼籲社會傾聽被害者心聲與撫慰其傷痛，重新回歸司法調查。勵馨社會福利事業基金會執行長紀惠容表示，部分師長不斷在新聞媒體撇清發言，忽略被害人聲音；認為應該理解被害人需求。接到許多師生陳情的律師賴芳玉認為，事件引起包括被害者申訴的環境是否安全、平等、不公開等關注，輔仁大學心理學系自行在未有法源依據下組成工作小組，且以教育輔導和公開對話等名義調查，可能因群體結構不對等而引發寒蟬效應，因而需檢討作法適當性。
臺灣少年權益與福利促進聯盟秘書長葉大華在記者會上，也批評工作小組不符合程序正義；強調應關心被害人最佳利益，並從司法制度給予當事人必要的程序正義，呼籲中華民國教育部明確釐清制度問題、並深入檢討《性別平等教育法》不足部分。不過遭指控在性侵案息事寧人的鄭小塔，則在記者會上指出，應分成兩個層次，包括被害人需獲得關注、不實指控也應得到澄清；鄭小塔同時表示在這段時間，夏林清和她受到種種不實指控，甚至有人在網際網路上批評她支持強暴犯。人民民主陣線之後也批評，該次記者會原本主題是針對《性別平等教育法》實施13年後的總檢討，但採訪通知則批評輔仁大學心理學系、夏林清和人民民主陣線，並在成員到場試圖理解與對話而未有結果。
對於在調查處理程序中，輔仁大學心理學系自行運作的教育輔導小組在過程中造成受害學生二度傷害，且進而引起網友爭論，輔仁大學將相關部分視為性侵案的延伸案件。同時針對有關學校同意系所自行對當事人教育輔導等問題，在7月30日交由3位外聘專家和學者委員組成調查小組。與此同時，中華民國教育部組成的調查小組也針對案件介入調查。8月15日，中華民國教育部性別平等教育委員會召開專案會議，審查輔仁大學心理學系性侵案，認定該系在處理此事件時違反《性別平等教育法》。
其中中華民國教育部認為依照規定，此案原本應由輔仁大學組成性別平等委員會或調查小組處理，輔仁大學卻由心理學系自行成立輔導小組；且調查和輔導為兩種同等重要的不同方向，依法應分開成立調查小組與輔導小組，但輔仁大學僅成立單一小組。9月12日，中華民國教育部發出公文給輔仁大學，提及處理方式違反《性別平等教育法》，要求限期提出改善計畫，且最慢在10月31日提報。中華民國教育部亦將輔仁大學性侵案列管，持續督導改善工作；且性別平等教育委員會能為要求改善，決議扣減補助款項。不過由於2016年年度的補助款已經結案，受影響者將是輔仁大學2017年年度預算。
9月21日，女學生在Facebook上發文，表示自己要向夏林清、輔仁大學心理學系、工作小組成員等相關人道歉。文章提到這次性侵案影響許多人，並指出無論她如何解釋，都不能迴避對其他人造成的惡意與後果。文章最初便對夏林清致歉，她澄清夏林清並沒有隱匿案情，且她要為其因社會輿論效應受到的諸多指控表示歉意，並希望社會大眾停止對夏林清的不公正批評與攻擊；她也對連帶被汙衊的輔仁大學心理學系教師和學生道歉，認為每個人原先能繼續維持良好社會關係。這篇文章發表後不久，隨即獲得大批網友轉載和留言，但也促成各式各樣的意見陸續提出。
隨著事件發展成女學生出面道歉，許多人心疼女學生發言，並質疑為何是由被害人公開道歉。許多聲援女學生的網友更質疑案情發展，批評夏林清與輔仁大學不負責任的處置作為；亦有意見認為，女學生是在權力不對等情況下決定道歉，質疑夏林清涉嫌施壓、或認為夏林清必須負起責任。而包括藤井樹、苗博雅、王丹、人渣文本、賴品妤、陳致豪等人都發表文章聲援女學生，並批評學校和系所的作法。國立中正大學客座教授王丹便於Facebook粉絲專頁發表看法，其中對於遭受害女生寫出道歉信感到難過，認為其所面臨的是龐大壓力，而夏林清應該就處理方式導致受害者道歉的結果致歉。
另外作家藤井樹批評夏林清發文未從女性觀點出發，律師呂秋遠則提出10項論點，並認為夏林清過於冷酷。立法院助理苗博雅則質疑夏林清願意維護自己名譽和情感，卻無視適法性與專業倫理；評論文章立刻被廣為分享。輔仁大學哲學系兼任助理教授人渣文本則在Facebook專頁節錄6月文章，認為夏林清從事個人崇拜。東吳大學社會學系專任副教授張君玫則在Facebook上表示，不滿系所逕自認為受害者應遠離傷痛、甚至要求受害者必須接受校園的意見。另一方面，部分支持輔仁大學和夏林清的學生、網友與「平臺主辦方」，則認為女學生是因先前為男友不實文章背書，而肯定其向教授道歉；或要求當初發表文章的男友不該只讓女友獨自道歉，同樣應出面公開道歉。「平臺主辦方」更表示希望女學生能清楚說明工作小組的實質幫助內容，翻轉原本文章對輔仁大學心理學系造成的汙衊和傷害，但反遭其他網友批評。
網際網路上很快便因出面道歉而產生相反意見，聲援女學生的民眾和網友不滿最終是由其道歉，除了發表大量批評言論外，也在Facebook上成立「對不起，我就是站在受害者的位子上」活動，計畫發動學生靜坐行動。主辦人表示希望藉此表達對輔仁大學處理和夏林清態度的不滿，並強調行動與被害者完全無關，而純粹不滿加害者，批評不該由被害者道歉、並讓身處高位的加害者欺壓被害者。9月22日，20多名不滿事件導致女學生出面道歉的輔仁大學學生、校友、校外人士，聚集在校園開啟對話平臺，雖然過程曾有所爭辯，但未爆發嚴重衝突。網路書店《TAAZE讀冊生活》也對此事設立推薦書區「【夏夕夏景】站在受害者的位子上」，書單包括多本性別平等意識議題的相關書籍。
對於此事，夏林清則認為是許多學生在4個月間陸續提出文章和資料，使得女學生在Facebook上決定回應男友在5月29日發表的短文，向當時許多輔仁大學心理學系工作小組和自己的不實誣陷道歉，並為代替男友撰寫的文章背書出面聲明。夏林清一開始樂觀看待女學生選擇出面道歉，認為女學生清楚面對錯誤，未預料將引起更大反應。9月22日下午，夏林清於Facebook上分享女學生致歉貼文，回應其中的內容，並批評各界和網友指責，表示無法接受性侵受害者被迫道歉的說法。她指稱先前女學生與男友因內在關係無法解決的痛苦，由於找不到解決方法，使得男友向外轉移而於5月底發表文章，以扭曲不實的指控傷害工作小組、自己和心理學系。對此她認為在4個月後，女學生終於願意認清不當作為，決定向因男友發布文章而受傷的對象道歉。
但這般言論引起各界議論，質疑她私下設立工作小組，並針對被害者發表無理話語；也批評夏林清在性侵案發生至成立工作小組的1年間，不但未有任何成果，反而讓被害者必須向外求援。夏林清則強調女學生為自願道歉，同時發言身分也遭人錯置或未經查證，誤解成被害人以性侵受害者身分撰寫文章；且批評許多網友在不理解的情況下，不願正視藉由道歉結束誣陷行為的必要性，逕自以自己想法否定或扭曲女學生的認錯和道歉，甚至勸告不應道歉。對此她批評網友試圖發起網路公審，表示應先連絡女學生、或在網際網路上公開詢問事實，呼籲各界不應扭曲原意，摧毀原本道歉的和解效果，且持續主張女學生被迫道歉者也必須承擔責任。夏林清還特別提及王丹、苗博雅、楊雅喆、王奕凱、黃麗玲等人應該認清真相，認為不應憑藉名人效應傷害女學生，對此王丹則在Facebook上表示應容納社會各種意見。
除了出現許支持和聲援女學生的意見外，網際網路上也傳出涉嫌加害而被退學的男學生，實際上已經回到校園，並質疑該名學生涉及性侵案件卻能遊走校園，可能造成輔仁大學女學生的安全疑慮。對此輔仁大學證實此事，並重申自案件發生後，便要求系所持續對涉案學生關懷和輔導；且由於該名學生在法律上尚未定罪，因此不會做出額外管束作為，但也表示已經加速退學處分的申訴案。由於社會各界將整起性侵案焦點放在女學生和夏林清身上，也有許多網友針對王姓學生進行人肉搜尋，並指出其為建商兒子、且和夏林清關係良好，批評擁有雄厚背景保護。
由於被害人和相關當事人在網際網路上發表道歉文章與相關言論，再度引起網際網路輿論的討論，輔仁大學在9月22日緊急召開性別平等委員會，最後做出兩項決議。包括決議交由外聘成員組成調查小組，教師、學生、系所工作小組等該案相關成員，不得以書面、言語或網際網路等形式干擾或報復被害人，避免造成二度傷害，違反的學生和教師分別移送「學生獎懲委員會」與「教師評議委員會」議處；同時考量夏林清因處理程序不當而成為接受調查對象，考量院長職權將違反事件調查的行政中立原則，建議學校依照《性別教育平等法》第25條相關規定，暫時停止夏林清的社會科學院院長行政職務，以利相關調查，之後輔仁大學校長江漢聲同意採納性別平等委員會建議。學校並認為夏林清的言行多次傷害女學生，希望藉有此次裁處避免持續造成被害人傷害，並於隔天中午由副校長透過越洋電話告知夏林清裁決結果，並對未事先知會表示抱歉。
夏林清在第一時間對於遭輔仁大學暫時停權表示訝異，認為若是基於平息社會風波、而不願參考近日資料便做出決議，則無法接受校方處理方式。對此中華民國教育部學生事務及特殊教育司司長鄭乃文則表示，輔仁大學暫停夏林清院長職務的決議與中華民國教育部無關，且基於大學自主方向，當前後者也不方便介入。他並表示學校應熟知《性別平等教育法》處理過程，但輔仁大學未按照規定執行，因此中華民國教育部將指導學校有關《性別平等教育法》程序及應有處理方式。而考量案件已進入司法程序，中華民國教育部基於保護受害者，呼籲各界對於被害人要持有同理心，節制網際網路上的過度討論以避免二度傷害。不過在同日，中華民國教育部也發函給輔仁大學，認定在輔仁大學性侵案件中存在6項違反《性別平等教育法》的疏失。
而在9月23日凌晨，夏林清則將先前發表的文章刪除，並重新發文，表示自己已成為網際網路言論的集體攻擊對象。對此她認為社會過度關注女學生的性侵受害者身分，忽略文章主要表達的道歉涵義，扭曲兩種不同身分；同時她表示自己不接受被害女學生以「性侵受害人」身分道歉，而是作為5月29日不實文章的背書者。並強調3個多月來，都是要求女學生和其男友，為5月底在Facebook上發表的不實指控負責，且對被傷害的人正式公開道歉。她也批評網友不理性地強行代言和自行解讀，將受害女學生塑造成「被道歉的形象」，認定被害者是非自願情況下下撰寫道歉信。
9月23日下午1時，輔仁大學學術副校長袁正泰等校方代表舉行記者會，表示校方對於事件受到社會高度質疑和關注感到遺憾，並持續關心已畢業的被害人。袁正泰表示輔仁大學在性侵案後第一時間，並未主動接觸受害女學生；且直到2015年9月女學生提出性別平等調查申請後，校方才啟動調查機制。輔仁大學法律學院副院長、性別平等委員會顧問吳志光則說明，同時他表示輔仁大學確實犯下督導不周、未立即糾正等錯誤，也提前提報給中華民國教育部，並未切割責任。
在校方代表記者會進行過程中，約有10名不滿校方決定停職夏林清的心理學系教師和學生，突然進入會場抗議，並懸掛「抗議輔大、輿論辦案、是非不分」布條，記者會因而一度暫停。抗議人士表示校方最初並未對受性侵害學生接受系所教育輔導表達意見，直到被指責存在疏失後才跟隨輿論而提出系所教育輔導小組為檢討對象。教育輔導小組成員亦認為，小組成立目的和形式並非調查性質，而是透過輔導重建事件相關學生的主觀認知；也批評性別平等委員會未公開作為，校方在接受中華民國教育部調查時也未通知系所成員。吳志光對此則是解釋，中華民國教育部的調查僅通知校長進行相關說明，並已交由外聘委員進一步釐清系所自行成立調查小組一事。
抗議人士並認為，校方為快速平息社會輿論，儘管身為掌握整起案件的第一線教育機關，卻在未經審理或調查下遵循輿論，無視已陸續公開的事實真相，先行壓制需釐清的事實，並做出夏林清停職的粗糙處置。抗議人士還批評，校方不僅未提供性別平等委員會的處理過程，後續調查工作也採黑箱作業，在無法源依據下決議將夏林清暫時停權，甚至基於校園自治、學生主體等原則，反對學生參與公開事件的公共參與和討論；因此學生認為校方在事件處理的過程無序，且不滿學校威嚇教師和學生的言論自由，要求校方公開說明。對於學生要求校方暫停夏林清擔任院長職權的法源依據，校方強調原本便擁有裁處權限。不過抗議人士之後表示，若校方執意暫停夏林清院長職權，將無限期在校園靜坐抗議。
儘管輔仁大學下令相關人士不得談論案情，夏林清在9月23日中午於Facebook上張貼照片，並在晚間撰寫近900字文章。她表示外界都認為女學生是受迫而道歉，卻未經過查證，並認為真相與答案在女學生身上；同時她再度提及王丹、呂秋遠、馮光遠、張娟芬、楊翠、樹黨、苗博雅等人，認為公眾人物和網友對她的指控毫無證據，新聞媒體和網友應詢問女學生以釐清真相。在接受《蘋果日報》電話訪問時，她表示充分理解網際網路世界的扭曲、錯置和霸凌現象，從中獲知許多因網路霸凌而自殺的案件，並因過去從會運動的經驗讓她能擋住網路霸凌的壓力。她認為外界未看見女學生的兩種身分，而像呂秋遠、王丹等發言對社會有影響力者，更應清楚求證事件經過、並尊重女學生行為。對此她提到往後將投入網路霸凌研究，發起「反對網路霸凌、反對網路世界如叢林」運動，促進網際網路世界更有秩序和倫理，讓人知道其必須為自己行動後果負責。
夏林清的丈夫鄭村棋在接受訪問時，雖然未直接以夏林清立場發言，但表示當前社會不聆聽夏林清說法，且認為女學生說法的可信度仍有待商榷。同時，監察院監察委員高鳳仙決定申請自動調查，多層次檢查以詳細瞭解輔仁大學、教育、社政等機關處理案件的缺失，並釐清過程有無造成被害人二度傷害。其中包括研究輔仁大學在事件發生後的依法通報、工作小組的調查方式、及受害者是否遭強迫道歉等問題，並調查中華民國教育部介入處理、教育機關督導私立學校性侵案、教育和社政機關心理輔導、相關法律規定修改必要性等部分。另一方面，精神科醫生潘建志則在Facebook上支持停職夏林清的決定，批評輔仁大學心理學系對於女學生的作為；他亦表示《性別平等教育法》通過後，明確規範被害者保護機制，任何學派都不能無視法律規範。
9月23日晚間，著名駭客組織匿名者臺灣分部則於Facebook上表示，若輔仁大學未向受害者道歉，將公布輔仁大學所有系統與教職人員的個人資料，並癱瘓網際網路系統。部分網友對於該訴求予以支持，但亦有批評認為行為屬於非法正義。之後匿名者香港分部表示將響應行動，協助臺灣分部共同攻擊輔仁大學伺服器。隨後匿名者香港分部在Facebook上宣稱為警告輔仁大學完善處理此事，已對輔仁大學發動第一波攻擊，造成網站首頁等網頁癱瘓。匿名者香港分部並提出最後通牒，表示將發動第二波攻擊並攻擊輔仁大學伺服器，且聯合所有國家的匿名者成員攻擊電網設施系統。
面對被害學生公開發表文章道歉而引起社會關注和輿論討論，及學校暫時停止夏林清院長職務而造成部分老師和學生反彈，輔仁大學校長江漢聲在9月25日凌晨發表公開道歉信，也是他首次針對輔仁大學心理學系的性侵事件發表公開聲明。他在公開信中代表學校向女學生表達歉意，指出學校未有效保護性侵案受害人，使其承受許多不必要的二度傷害，有必要代表學校表示痛心、遺憾和最深歉意。
江漢聲並提到學校處理此事的態度，則與心理學系和夏林清的立場並不一致，包括認為心理學系另外組成成體制外的工作小組，確實違反《性別平等教育法》；而隨著事件進入司法階段，心理學系不應就議題進行爭辯，以確保調查公正性和當事人人權。同時認為已暫停院長職務的夏林清，仍不斷回顧和批評事件，且與社會人士爭辯的作法不妥。針對夏林清近日的發言，江漢聲表示為確保調查公正性和當事人人權，希望老師與學生不再評論當事人或相關人。
而對於外界質疑輔仁大學基於輿論壓力而決定將夏林清停職，江漢聲則表示由於夏林清是著名學者，受害學生則相對弱勢，而時任院長的夏林清對事件的批判也與學校院長有所關聯，因此將她停職也證實學校立場是保護學生。然而對於他表示學校多次透過心理學系都無法直接聯絡到受害人，則遭到不少網友批評消極並推卸責任。而夏林清對此則表示，先前已向新聞媒體提供許多陳述，但由於事情相當複雜，認為這樣斷續回顧反而讓大眾媒體消費事件，不願向重提已陳述過的事情。她並表示由於近期忙碌，無法詳細閱讀江漢聲的公開道歉信。
之後夏林清表示7月以來在Facebook上的辯駁發言，皆是針對5月29日受害者男友在Facebook張貼文章後，因為文章不當指控所引起的網路霸凌言論。她指出面對未經求證的不實批評，自己有權透過網際網路發言，以捍衛自身與工作小組並釐清真相。同時對於江漢聲以方式不宜為由、決定對自己做出停職處分，她表示如果不持續發言就無法釐清真相，並認為學校應在受害者張貼文章的第一時間介入處理，便不會引起後續的網際網路效應。而基於當事人隱私，她自己則不便對性侵案件進入司法程序有所評論。與此同時，受害女學生也透過Facebook婉拒新聞媒體的訪問請求。
不過夏林清亦批評輔仁大學黑箱作業，未能完整告知心理學系有關教育部調查報告的內容。對此吳志光則回應校方將再度召開性別平等委員會專案會議，邀集夏林清、何東洪等相關人討論報告內容。同時她強調當事人絕對有自主權決定申請調查，並進入性別平等委員會程序，輔仁大學外聘的調查小組將把調查重點放在先前心理學系教師是否以言語誤導被害學生，造成被害學生在資訊不夠充足下，延宕申請性別平等委員會的調查。而由於中華民國教育部依司法院《釋字第382號解釋》內容，要求輔仁大學再次進行學生申訴的評議程序，輔仁大學在9月26日召開學生申訴評議委員會，重審心理學系性侵案事件行為人對於退學處分的申訴案，最終結果為申訴無理由駁回，學校第三度維持涉案男學生的退學處分，且無再度申覆的機會。
東森新聞臺之後公布輔仁大學討論會的私下拍攝影片，包括被害女學生與工作小組的對話，且指出過程中陸續遭與會成員質疑，包括被工作小組質疑事件版本等問題。東森新聞臺並報導指稱女學生在討論會上數度情緒激動，多次在男友協助下才能繼續對話。影片轉載至批踢踢後，許多網友批評討論會反而檢討性侵受害者，以公審方式造成女學生精神傷害；除了不滿受害者參與討論會的環境，並質疑工作小組沒有基本同情心而無法妥善處理此事，亦有網友特別整理出逐字稿的11項重點。夏林清則表示該次會議是當時系主任何東洪主辦，主題為女學生男友張貼的文章，並討論有關系所、工作小組和夏林清的指控，而未針對性侵案件、也不是公審女學生。全程參與6月7日討論會的心理學系系友周佳君則表示，新聞媒體報導指稱討論會變成受害者公審大會並非事實，認為外界不應刻意扭曲事實。
在討論會影片遭公開後，網友則在Facebook上號召於10月1日在輔仁大學舉辦「夏林清 輔仁大學 社科院院長 愛與關懷 見面會（一般民眾版）」活動，表示希望有2,000人參加、但只要達成200人就開始籌畫。對於網友發起見面會活動，夏林清透過助理向《蘋果日報》表示，主辦人必須達成5項初步參與要求，包括主辦人必須以真實姓名負責任地現身邀約；先行逐一陳列議題內容，並提出談論議題的重要性和理由，以避免浪費時間；先行對辯論規則提出草案，協商釐清作業方式，形成形成有效溝通對話的條件；針對參與人員和夏林清在辯論過程的錯誤指控，提出負責作為的具體條件；全程公開直播，並讓所有新聞媒體都能參與。在達成5項條件後，夏林清表示才會願意第二階段協商，針對主辦時間和地點進行溝通。
不過輔仁大學也在召開性別平等委員會，由委員檢視近日流出的6月7日師生討論會影片，最後16名性別平等委員會委員評估夏林清、何東洪的行為，嚴重違反學術專業倫理。為進一步理解細節，性別平等委員會決議組成獨立的校外調查委員會，調查兩位教師在相關事項的適任性和違法性，若有違法情況則移送教師評議委員會議處。輔仁大學之後表示雖然受害學生已畢業，校方仍然持續提供各種層面的專業支持與協助，同時對於因事件而承受壓力和衝擊的心理學系學生，學校也會全面提供資源，協助心理學系盡快恢復學習氛圍。
9月26日晚間，夏林清向新聞媒體表示接受年代新聞臺政論節目《新聞面對面》邀請，在電視節目上討論相關議題，獲邀來賓還有潘建志、陳沂等人。對此吳志光表示，輔仁大學獲知夏林清要參與節目對談後，便按原計畫與其溝通，但未能勸阻其不要參與節目錄製；他表示由於案件引起社會高度關注，節目談話內容很難避免牴觸禁令，造成當事人二度傷害，他並提到學校對於夏林清執意錄製節目的決定感到遺憾，並將有具體措施處理。隨後輔仁大學公開發表聲明，指出依《校園性侵害性騷擾或性霸凌防治準則》第25條規定，相關人員不得以任何形式干擾被害人，避免造成二度傷害，違反教師則將移送教師評審委員會議處。同時輔仁大學也明確建議夏林清依照準則，立即停止發布案件相關評論，或接受新聞媒體各類該主題的採訪或節目邀約。
儘管輔仁大學希望藉此減少各種零碎資訊，並避免對當事人和相關人員造成再次傷害和輿論公審，干擾後續調查與司法審理。但夏林清仍在《新聞面對面》和來賓公開討論性侵案件處理與相關細節，並針對外界質疑逐一回應，然而節目中也直接提及女學生姓氏。其中潘建志指稱輔仁大學心理學系輔在6月7日召開師生討論會是公審大會，且儘管討論議題為性侵案件，但仍開放其他人參加；同時他也質疑夏林清在學校性別平等委員會外，另外召開調查小組。對此夏林清則表示師生討論會是心理學系教師和學生合作的慣例，系上每年都會舉辦100人至200人會議討論議題，並表示6月7日當天的討論會也不是公審，最後會議參與者甚至開始聊天。同時夏林清表示儘管學校設有性別平等委員會，然而也應當能以其他方法輔導與協助學生，其中便因應當事人要求組成工作小組，且也找來雙方友人，而工作小組也是由女學生學姊請求成立。
另外輔仁大學心理研究所學生高旭寬也表示，不可能對所有學生的協助都必須經過性別平等委員會審核，而且是由何東洪擔任工作小組召集人。而對於被害者男友的指控曾經說出情慾流動等內容，夏林清則表示，她認為是故事編寫的版本；不過對於潘建志詢問被害者男友休學的原因，她回應並不知情。之後臺灣少年權益與福利促進聯盟抗議，年代新聞臺不顧新聞自律，邀請夏林清接受《新聞面對面》訪談、進而引導輿論公審，違反《年代新聞自律公約》第7點和《性侵害犯罪防治法》第13條等規定。由臺灣少年權益與福利促進聯盟、勵馨社會福利事業基金會等社團組成的公民參與媒體改造聯盟發布聲明，批評年代新聞臺違反新聞自律，呼籲中華民國國家通訊傳播委員會依法要求年代集團不得於電視、網際網路等媒體重播該集節目，並限期提出檢討改善措施。
而面對夏林清參與政論節目對談而引起社會抗議違反法律，中華民國國家通訊傳播委員會主任委員詹婷怡在接受立法委員鄭寶清質詢時表示，國家通訊傳播委員會原則上對於節目內容採取自律態度，但認為該內容確實可能違反《個人資料保護法》與《性侵害犯罪防治法》；中華民國國家通訊傳播委員會相關主管也已通知該節目自律委員會，要求自律委員會通知相關會員注意和檢討；同時也將節目內容提交內容諮詢委員會調查，讓學者和專家討論違法疑慮。
在結束電視節目錄製後，夏林清在2016年9月27日凌晨於Facebook上發文解釋並表示鼓勵情慾流動，同時抗議輔仁大學停止其院長職務和限制對外發言，認為教師工作權與言論自由受到影響。輔仁大學則回應，早在暫停職務時便已告知夏林清，決議並未影響教師權，且僅不得以院長身分對外發言，未限制其言論自由。而婦女新知基金會、臺灣性別平等教育協會也發表聲明，譴責中華民國教育部和輔仁大學未依法制止夏林清與支持者要求被害人出面道歉。婦女新知基金會秘書長覃玉蓉表示案件受害人遭網際網路言詞攻擊，可能間接引發其他性侵案當事人的心理壓力，教育部應修正《性別平等教育法》，防範有人運用網際網路或新聞媒體造成負面效應和二度傷害。
而由於夏林清持續在網際網路上回擊，輔仁大學學生會在9月27日下午發表文章，並以「夏林清與他的黨羽」稱呼夏林清一方。其中輔仁大學學生會認為夏林清的所為造成師生權力結構扭曲，然而校內救濟工具程序複雜，為避免再度出現類似事件，學生會決定成立「學生權益救濟小組」來對抗體制與權力者。輔仁大學對此則表示，學生會屬於大學學生自治部分，學校不會介入或干涉。此外，網友也重新審視夏林清所提的學姊過去發表的文章，並分享至批踢踢上；其中在該篇文章中，該名學姊同樣認定事件為性侵案件，並且將案件視為一夜情的結論，已經違反常識判斷。
9月29日，支持夏林清的周姓網友聯合5名網友署名發表，質疑呂秋遠迴避提問、並對夏林清作出錯誤批評。許多網友隨即在文章留言、並分享至批踢踢，其中多認為周姓網友舉例不恰當，並質疑6人不該使用東吳大學社會工作學系系友的身分，隨後東吳大學社會工作學系主任萬心蕊、呂秋遠等人對此做出回應。
中華民國國家通訊傳播委員會經過徵詢主管機關中華民國衛生福利部的意見，並召開廣播電視節目廣告諮詢會議、委員會議討論之後，2016年12月21日認定年代新聞臺9月26日播出的政論節目《新聞面對面》以及壹電視新聞臺9月23日的《1900晚間新聞》報導均已經違反《性侵害犯罪防治法》，為了落實保護弱勢者、避免對受害人造成二度傷害，對於年代新聞臺與壹電視新聞臺分別開罰新臺幣6萬元。
因應相關法律要求不得揭露被害人資訊，通傳會在記者會上用詞極為謹慎，就連「輔大」、「夏林清」等早已在媒體上曝光的資料都避免直接提及。通傳會表示，《性侵害犯罪防治法》立法目的是藉由限制資訊流通，落實保護並尊重被害人。該節目及新聞報導所披露的被害者相關資訊，且邀請事件涉入師長單方進行訪談，足以使他人尤其是親朋好友、同儕團體辨識出被害人的身分，已經觸犯相關法律。通傳會呼籲電視媒體應發揮社會責任，凡是節目內容涉及兒少或性侵案件時均應審慎把關，特別加強內部控制的編輯審查機制，媒體不得揭露出足以辨別身分的資訊而引發負面的社會效應。
2017年3月2日輔大教師評審委員會依《輔仁大學教師聘任規則》決議停聘夏林清一年，並行文至中華民國教育部函報。夏林清也提出申請，要求教育部介入調查輔大校教評會的調查工作是否違反-{程序}-原理，行文於4月24日送達教育部。5月10日教育部同意輔大停聘夏林清，對夏林清停聘一事審議通過，做成停聘一年處分並發文核準。停聘期間夏林清可以支領半數本薪。教育部表示相當重視學生的受教權，會請學校在停聘期間另做安排。最終夏林清改以代課老師的名義「自代自課」繼續未完的課程。
在事前未告知輔大校方的情況下，5月17日輔大心理系獨自發表聲明，表示對夏林清的遭遇深感遺憾，無法認同相關懲處，系上將協助夏林清行政救濟以維護權益。夏林清沉默多日後在22日發表聲明，指責校方對自己的調查工作存在著諸多缺失：調查過程中自身未被告知相關調查目的已有變更，以及調查案件跳過分屬心理系和社科院的兩個教評會，直接越級上報輔大校教評會，調查-{程序}-明顯不合理而且欠缺自我辯護的機會；同時夏林清認定教育部只聽信校方一面之詞，要求教育部出面解釋。
對於夏林清的說法，輔大不予回應。教育部對此表示，輔大校教評會函報的資料包括系院校三級教評會的審議資料，以及性平會調查報告和會議紀錄，並指出根據《輔仁大學教師聘任規則》規定校教評會有權力變更系院教評會的決議，而校教評會是按照《教師法》認定夏林清的行為違反相關法令，經有關機關查證屬實。校教評會函報的調查報告和審議資料當中有納入夏林清的多份陳述意見書，教育部在審查小組會議當中均已仔細審視這些內容。
71位大專校院教職員在6月2日公開連署聲援夏林清，認為教育部同意輔大停聘夏林清一事已經違反-{程序}-正義。由夏林清等人創辦的臺灣行動研究學會也在8月20日舉行年會論壇，該年度的主題「撐開行動研究的社會探究之道—-以輔心爭議事件為例」是學會回應外界對於輔心事件的看法並聲援夏林清。與會主持人和報告人計有龔尤倩、王芳萍、林香君、廉兮、何燕堂、夏林清、郭琬琤、黃小陵、張育華等人。
由於臺灣婦女團體全國聯合會在2016年5月30日發布新聞稿，舉發輔大在輔心性侵案的處理上涉及違法，要求有關單位立即啟動調查。，因此中華民國教育部6月8日受理該案件並籌組調查小組。
教育部調查小組提交的報告，9月19日經教育部性別平等教育委員會通過備查，調查結果認定輔大違反《性別平等教育法》及《校園性侵害性騷擾或性霸凌防治準則》屬實，心理系的工作小組逾越了相關法律的授權、身為輔導人員卻執行調查工作已經違反應有的迴避原則、沒有採取必要的措施因而影響到受害人的權益；輔大在調查過程中對於心理系的違法不當舉動是知情的，卻沒有對此即時給予糾正並提出補救措施，而輔大性平會也沒有對事件調查報告的建議進行具體改善的規劃，因此輔大的處理不當。
2017年5月1日教育部依據調查結果，針對違法事項扣減輔大的補助款新臺幣400萬元。
中華民國監察院認為中華民國教育部對輔大性侵案一事督導不周，在2017年8月10日通過對教育部的糾正案，要求教育部督促輔大進行檢討改善。
監察院調查報告指出，性平事件發生當下受害人具有學籍，因此適用《性別平等教育法》；輔大對於受害人並沒有積極聯繫、介入關懷、即時做好處置，反而處於消極被動，等待受害人自行申請調查；輔大知道心理系工作小組違反《校園性侵害性騷擾或性霸凌防治準則》「輔導人員應迴避事件調查」規定之後，並沒有因此提出究責、糾正以及補救措施；輔大性平會的調查報告雖然有建議，然而實際上給予受害人持續關懷的諮商輔導沒有執行，加害人的諮商輔導和8小時的性平教育同樣也沒有做。
調查報告當中提到，時任院長的夏林清以「不要站在一個受害者的位置」等語、系主任何東洪寄電子郵件指責受害女學生的文章不當並要求撤文、性侵加害人王凱民拒絕道歉等事，致使女學生和其男友遭受心理創傷，兩人均出現創傷後壓力癥候群，女學生甚至因此在2016年3月期間有自殘行為；輔大發公函請心理系依法保護受害者隱私權，夏林清等人卻直接違反學校公函與保密規定，不但夏林清召開「真相還原記者會」、心理系也召集討論會邀約200人參加，結果討論會演變成公審會，對女學生和其男友造成壓力、恐懼及傷害；夏林清發文指責女學生和其男友，女學生希望結束爭鬥而因此發表道歉文。夏林清、何東洪以及工作小組並沒有體認到女學生和其男友均已心靈受創，不但沒有跟兩人建立起信任關係、評估創傷以提供所需的專業輔導，也沒有以溫和的方式化解紛爭，反而採取公開反擊與責備的方式，使得女學生和其男友多次受到傷害，輔大以及心理系也都因本次事件而聲譽嚴重受創。
監察院對教育部的糾正理由是，輔大的多位教職員明知發生性侵案卻沒有依照《性侵害犯罪防治法》和《性別平等教育法》於24小時內通報至社政機關，甚至還將「疑似性侵害事件」錯誤通報成「疑似性騷擾事件」。延遲通報的輔大卻沒有被教育部按照《性別平等教育法》裁罰，教育部有不當缺失。
監察委員高鳳仙表示，由於監察院無權對私立大學進行機關糾正或是行政人員彈劾，因此只對肩負主管機關責任的教育部提出糾正。
加害人男學生王凱民被依乘機性交未遂罪判刑3年6月，一、二審皆認定惡性不輕且案發後否認犯行，未道歉賠償，為隱匿犯行，曾出言阻止他人找救護車將學姐送醫，態度惡劣，考量無前科，一、二審皆判3年半徒刑。最高法院於2018年3月22日駁回上訴定讞。9月25日，高等法院判王凱民須民事賠償新臺幣90萬元定讞。
加害人男學生王凱民不服輔大祭出退學處分，提出行政訴訟。2017年8月30日臺北高等行政法院認定性平會進行王凱民的停學處分不符合-{程序}-原理，輔大需要召開第二次調查會處理，期間必須收回停學處分，輔大不服提起上訴。
2018年3月22日王凱民性侵案判刑定讞，輔大得知後表示不只退學，將進一步對王凱民開除學籍，輔大並解釋退學處分與開除學籍之間的異同：退學可以保留原校的修習學分和在校成績等資料，情形與肄業相似；開除學籍則將學分和在校成績一筆註銷，並且無法申請發給修業證明，等同於未曾在原校就讀過。8月2日最高行政法院駁回輔大的上訴定讞，確認王凱民的退學處分撤銷，輔大應重組調查小組。但由於性侵案判刑定讞一事符合《輔仁大學學生獎懲辦法》相關規定，無論學校是否另起調查會補足退學程序，輔大皆可直接對王凱民做出開除學籍處分。
輔仁大學在夏林清停聘一年期滿前決定不續聘。2018年3月2日輔大行文給社科院通知夏林清已達屆齡退休，需在3月30日前辦理完退休手續。夏林清不服救濟未果後，於2018年8月1日起自輔大退休，結束在輔大心理系30多年的教學生涯。在退休生效前夕，4月26日夏林清獲得北京師范大學的聘書。
對於輔大心理系性侵事件和母豬教論戰等性平事件，引起社會大眾對於校園性平機制的法律適用討論以及性別刻板印象等議題，2016年12月3日婦女新知基金會舉辦「性別業力引爆！大學校園性別平等體檢座談會」，與談人計有戀愛專欄作家蔡宜文、成大學生白黴菌、國立臺北大學法律學系副教授官曉薇、國立政治大學法律學系教授陳惠馨、輔大灰姑娘運動學生廖郁雯、國立臺灣大學心理學系教授黃囇莉、輔仁大學社會學系教授戴伯芬、國立政治大學法律學系教授王曉丹、臺灣性別平等教育協會理事長王儷靜等人。
在座談會上，陳惠馨談起當初《性別平等教育法》的立法脈絡，指出該法囊括了當時臺灣社會上關心性平教育者的大部份意見，其立法目的是校園友善、性平學習環境等，但是多年以來依舊只能薄弱的觸及到社會表層，例如師大七匹狼事件的整體大環境對性騷擾視而不見，當時的社會無動於衷，對當事人則感到懷疑或不信任、甚至對其惡意中傷，至今仍不曉得弱勢的校園當事人當年究竟是如何面對苦痛的。對於輔心事件，陳惠馨質疑當時會議在場的有200人，卻沒有人當面提出這樣的對話並不適合進行，不論當事人在場如何表示討論沒問題，實際上內心或多或少都有受傷，所以應該要先考量到當事人；夏林清對當事人進行培力時雖然抱持理想，然而操作上仍應注意避免二度傷害，否則恐怕無法實踐理想；同學一起喝幾杯酒就出事，事件發生地點本身可能就是不安全、不友善的的性別空間；質疑學校性平會為何延宕3個月才展開調查、輔大性平會與教育部性平會之間發生何事，導致對此毫無作為等。陳惠馨最後請現場聽眾思考如何發揮《性別平等教育法》的最初目標，也就是如何落實性平教育。
靜宜大學諮商暨健康中心舉辦以教職員為對象的演講活動，分別由該校的法律學系副教授李介民主講「性別平等教育與校園性別事件處理」、助理教授邵伊芬主講「性別平等教育法」。邵伊芬指出人際間的互動充滿不確定性，面對性平事件的態度應當保持公平避免誤判，邵伊芬舉出輔大心理系性侵事件為例，認為主持公義也不能免除倫理方面的要求，並指出事件當中的師長正是對於自身專業過度自信，打算一面釐清事實一面輔導學生，結果引發立場衝突爭議，造成種種紛擾。
2017年3月國立成功大學校刊登載法律學系教授李佳玟的專文，當中以輔大心理系性侵事件為起點，探討美國大學對於校園性侵害防制的政策改革，並介紹性自主權的「積極同意」模式。
因應輔大心理系性侵事件曝露出的校園問題，臺灣基督長老教會大專事工委員會於4月10日至13日舉辦在職訓練，透過探討校園性平議題，為其總會的大專工作者提供所需的輔導經驗。蔡宜文指出，在快速變遷的臺灣社會上，性別平等讓所有性別都能充分發揮其潛力，並鼓勵大專院校推動情感教育，引導學生具備溝通協商以及情緒管理的能力；性別專欄作家喬瑟芬向與會者推薦1988年真人真事改編電影《-{zh-cn:被告; zh-hk:暴劫梨花; zh-tw:控訴}-》，表示其有助於加強對性侵案的認知，從中指出受害人遭遇性平事件卻時常被人檢討指責，導致其難以開口說出自身遭遇。喬瑟芬認為對於改善性暴力的問題，除了需要協助受害者之外，對於加害人實施性平教育也是不可或缺的；對於性平議題，勵馨社會福利事業基金會執行長紀惠容讓與會者認識性別壓迫，同樣存在於人際關係以及-{zh-cn:互聯網; zh-hk:互聯網; zh-tw:網際網路}-的世界當中；臺灣少年權益與福利促進聯盟秘書長葉大華介紹並鼓勵大專工作者培養有關校園性平法令的知識，並強調建立校園危機處理機制的重要性。
中華民國監察院委員高鳳仙2017年8月10日在調查報告指出，雖然《性別工作平等法》及《性別平等教育法》對於性侵害犯罪均明訂申訴與調查-{程序}-，然而《性騷擾防治法》相關法條卻不適用，導致機關依照《性騷擾防治法》對性騷擾案件進行調查時，如果發現其實是性侵害事件就無法讓調查繼續，已經嚴重損害被害人的權益。監察院曾就有關問題向輔大法律學院副院長吳志光教授詢問，吳志光也對此建議修訂《性騷擾防治法》相關條文。
中華民國衛生福利部表示，為了讓性侵害事件也能適用《性騷擾防治法》的申訴與調查-{程序}-，與《性別工作平等法》及《性別平等教育法》的規定統一，以達到保護被害人和犯罪防治的目的，會研議提出修正草案。
鑑於輔大心理系性侵事件以及公東高工校長性騷擾案等性平事件均顯示出《性別平等教育法》的侷限性，中華民國教育部擬具《性別平等教育法》第27條、第27條之1、第30條修正草案，送交中華民國行政院。2018年1月11日行政院院會通過草案，送請中華民國立法院審議。行政院院長賴清德表示，為了完善並落實對於性平事件的預防、處理及校園安全的維護，請教育部積極與立法院各黨團協調，早日完成修法。
教育部針對修法草案內容表示，基於目前性平事件的調查實際狀況，法案要求學校機關必須組成符合調查專業的調查小組，而且有必要的時候可以排除學校機關的人員，全數改由外聘成員參與，避免因同事私情影響判斷；對於學校人員涉有違反性平重大行為卻仍然待在學校，使校園安全產生威脅者，法案對此擬定防範措施；對於涉及性平事件但情節輕微者，法案讓學校可以評估個案，給予學生行為人有輔導改正的機會。
由於過往在處理性平事件的實務執行上，常有消極不懲處、省略應有的法定-{程序}-、企圖私了掩蓋等多種負面狀況，立法院朝野黨團的立法委員均對是次修法相當關注，包括時代力量立委洪慈庸、民主進步黨立委吳思瑤、陳亭妃、何欣純以及中國國民黨立委李彥秀、黃昭順、馬文君、柯志恩等人紛紛提出各樣方向的修法主張。12月7日立法院三讀通過《性別平等教育法》部分條文修正案。12月28日中華民國總統蔡英文頒布總統令公布修正《性別平等教育法》第21、24、25、27、28、30、36 條條文；增訂第27-1條條文。
《性別平等教育法》新法修正內容包括：新法要求學校應主動告知，性平事件的當事人可以主張的自身權益以及有哪些救濟途徑，或是學校轉介個案至相關機構處理，必要時學校應提供心理輔導及保護措施等協助，可以委託醫師、心理師、社會工作師等專業人員執行；對於學校機關私自創設調查機制、不接受8小時的性平教育、加害人不向被害人道歉等情形都可以依法懲處，不配合性平會調查者甚至設有連續罰，可以按次處罰至配合為止；如果校長或是學校法人董事怠於行使職權，導致學校沒有依法執行相關懲處或是處置，新法規定要對校長或董事進行開罰；適用的對象範圍擴大，凡是學校聘任、任用、進用、運用的人員皆全面覆蓋，納入包括臨時人員、教練、社團老師、志工、護理人員等涉及性侵重大案件者永不錄用，並登錄在教育部人事系統進行列管；性平事件的學生行為人轉學到他校就讀時，舊法規定原校必須通報下間學校，新法改為原校可開會評估決議不再通報，避免學生被標籤化，適用於像是國小低年級生掀同學裙子等情節輕微，或者學生行為人經過輔導後已經改善者。
中華民國教育部擬具《教師法》修正草案，送交中華民國行政院。2019年3月7日行政院院會通過草案，函請中華民國立法院審議。行政院院長蘇貞昌表示，為了回應社會各界對於教師違法、教學不力或無法勝任時應積極處理的期待，請教育部積極與立法院朝野黨團溝通，並請教育部向教師團體妥善說明，早日完成修法。
教育部針對修法草案內容表示，《教師法》自公布以來雖然歷經13次修法，在這24年期間卻幾乎從未針對不適任教師進行處理。為了完善不適任教師的處理機制、加快案件的處理速度、增進教師的教學品質以及維護學生的受教權，修法重點包括：增加教評會的公信力，在處理不適任教師的解聘、不續聘、停聘案的時候，學校應另外增加校外的委員名額，聘請外界的學者專家擔任，避免「師師相護」；對教師的申訴和救濟制度進行強化，促進教評會委員組成的多元性和專業性，納入包括社會公正人士、學者專家、該地區的教師組織等。
《教師法》修正草案出爐後隨即引起教師團體、教改團體、家長團體等多方陣營角力。由於草案一併包括教師有擔任行政職的法定義務、教師寒暑假返校服務等多項新增列條文，修法層面廣泛、對教師的權益產生影響，例如限期升等納入資遣條件便引起私立學校教師的恐慌，認為私校多半人治色彩濃厚，如果得罪學校高層恐怕將難以升遷甚至教職不保。全國教師工會總聯合會、全國教育產業總工會等教師團體均對是次修法有異議，認為無法保障學術自由。在與教師團體溝通後，民主進步黨立法院黨團幹事長管碧玲8日表示，黨團將先擱置不處理爭議的部分，只針對有共識的條文進行修訂。教師團體對此表示肯定。臺灣家長教育聯盟、全國家長團體聯盟、全國家長教育志工聯盟等多個家長團體9日開始連署支持行政院核定的《教師法》修正草案，並認為草案公布隔日執政黨的立法院黨團就迅速變卦否定，對此番妥協言論感到失望。教改團體人本教育文教基金會14日表示贊成《教師法》修法降低解聘教師門檻，並舉出惡形惡狀、卻因未達教評會的同意門檻而無法解聘的不適任教師案例來做說明。
一篇名為的論文於2018年出版，為研究生何燕堂探討性侵案相關事件的博士學位論文，第一指導教授是事件重要關係人夏林清，共同指導教授是丘延亮；學位考試的口試委員分別是林香君、廉兮、丁興祥、黃德北共計4位。
律師吳俊達翻閱何燕堂的論文詳目，注意到其參考文獻泰半來自Facebook網路言論，本該援用的判決書調查記載卻付之闕如；所開列的論文專書只有13篇的單薄份量，專書又皆與作者的研究議題「網路宰制性」、「網路行動研究」及「無罪推定」欠缺關聯。吳俊達認為其出版目的是將翻案用的「答辯狀」包裝成學術論文，藉以粉飾事件角色夏林清的失當行徑，本應負責審查的口委也自甘墮落成「沒有是非倫理觀念」的橡皮圖章背書工具。吳俊達指出該篇博士論文的學術水準疑點重重，呼籲撤銷何燕堂的學位論文及博士資格；而身為師長的夏林清對於利益衝突應迴避而未迴避，有學術倫理不端的疑慮。
2016年9月27日苗博雅於Facebook粉絲頁上傳影片懶人包「十分鐘認真包：哪裡出了包？」評論性侵案，引來夏林清不滿，認為苗博雅是杜撰言論沒有依據，因此於2018年提起侵害名譽民事訴訟並要求刊登道歉啟事。11月30日開庭時苗博雅主張自己已經善盡合理查證的義務，有一定的理由相信會議紀錄和證人言詞均為真實，本次事件涉及公共利益可以受到社會公評。2019年1月22日法院判夏林清一審敗訴。夏林清不服判決提出上訴，4月10日臺灣高等法院二審首度開庭。
2018年11月6日苗博雅收到開庭通知時，在起訴狀內文察覺夏林清同樣也對性侵受害女學生和其男友提出侵害名譽告訴，苗博雅認為夏林清這麼做是為了挽回自身名譽，其行為並不恰當，呼籲夏林清對兩人撤告。夏林清認為女學生和其男友發表不實文章致使其名譽受損，因而對兩人提起民事訴訟求償並要求登報道歉。2019年1月28日女學生的委託律師在首度開庭時強調，事隔多年夏林清此舉形同對女學生的再度傷害，「就像結痂的傷口再被掀起」。2020年1月31日士林地院一審審結，判朱男應賠償1元但不須公開道歉。
2019年1月夏林清控告女學生名譽求償案開庭時，夏林清的委任律師主張，夏林清等人的工作小組單純是「心理諮商」，沒有阻擋此案件走性平會的-{程序}-，並不是用來取代性平會的調查。輔心事件延燒時，心理師方格正指出「該工作小組的成員並非心理師」，臺灣諮商心理學會也發出聲明，指出《心理師法》規定必須是通過國家考試、取得執照的專業諮商心理師才可提供心理諮商服務。