ticoAg/ChineseCorpus-Kaggle-fanti huggingface dataset:
因為巨大兵器被破壞掉，忍者們與伽瑪當君王回到現在。伽瑪當君王想到，先前復活 使命號的 原船主，也就是那幫海盜船員時，曾經在船上的航海日誌讀到關於「黑暗之島」(The Dark Island) 的描述，上面一定有他用來對付忍者的黑暗力量，因此指揮蛇族，駕駛直升機到海上尋找。但在海上徘徊許久，始終沒看到島的蹤跡，加上先前對付忍者的計畫全數失敗，「黃金權杖」也早已消失不見，蛇族決定叛變手無寸鐵的伽瑪當，把他踢進海裡，改由藍妖蛇族首領 繼續指揮蛇族大軍。
在此同時，忍者們接收到來自市內博物館的通知，需要忍者們出手相救，原來博物館從地底下挖掘出來自古代的「石頭兵」雕像復活了，正在大鬧博物館。在上一季的最後，伽瑪當君王雖然打爆  大吞噬者，但蛇王體內的毒液滲透整座城市的土壤與下水道，有些毒液從博物館的地下滲出，沾到這些石頭兵，就給予了生命，讓他們復活。小小的石頭兵四處大鬧，還是被忍者們全數砸爛。
當忍者們在好奇這些石頭兵的來歷，忽然一名有點年紀的眼鏡女子走了進來，似乎與胡大師是老交情。吳大師才介紹，她是一名考古學家，石頭兵的挖掘者，而且更重要的是，她就是勞埃德的媽媽：美沙子 (Misako)。
美沙子這回出來，講出了初代旋風術大師，也就是吳大師跟伽瑪當君王的爸爸，過去的故事。以前 Ninjago 這個世界，除了有代表光明的初代旋風術大師外，還有一個代表黑暗的魔王：「黑暗之主」(Overlord)。黑暗之主與初代旋風術大師交戰無數次，最後是旋風術大師用四把黃金神器，把整塊大地分裂成兩半，變成兩座獨立的島嶼，黑暗之主被留在另一座島，取名為「黑暗之島」，隨著日子過去，黑暗之主與黑暗之島消失在海洋中，消失在地圖上，也消失在世人的記憶中。今日挖掘出來的石頭兵，就是當時黑暗之主當初創造的士兵，用來與初代旋風術大師對戰。隨著時間久遠，這些士兵也成為普通的石像，沉睡在地底下。
被蛇族踢進海裡的伽瑪當君王，漂流到一座他所沒見過的島嶼上，遇見了已變成類似氣體 / 靈體形式的黑暗之主，才發現自己終於來到他在尋找的「黑暗之島」。黑暗之主提議，兩人聯手將能重新讓黑暗壟罩大地，現在他們要做的，就是啟動預言中「最後之戰」的倒數鐘，等倒數完畢後，就能擊敗忍者們，並重新統治世界。原來黑暗之島已沉入海中，只留下一點點還在海面上，看到有了一個強大的盟友，黑暗之主便利用其力量，將整座島重新拉出海面，準備向 Ninjago City 突擊。
蛇族在背叛伽瑪當君王後，回到 Ninjago City 的地下，打算再進攻城市，但挖隧道到一半，忽然挖出一整間的墓穴，裡面全是石頭兵雕像，就像兵馬俑一樣。這時，墓穴的上方滲出巨蛇魔王殘存的毒液，滴到每一隻石頭兵身上，這些石頭兵就全部活過來，把蛇族關在墓穴中，並一隻隻爬出地面，大鬧街道。
在此同時，伽瑪當君王也找到了倒數鐘，並將黑暗頭盔戴到頭上，從此得到率領石頭兵的能力。當倒數鐘時間到時，預言中的「最終之戰」就會來到，而到時就是黑暗之主統治世界的時候。
在 Ninjago City 這邊，忽然竄出大量石頭兵在街道上製造混亂，這些石頭兵又因為是用堅硬材質製造，而牢不可破，加上黃金神器被奪走後，忍者們無法使出元素之力，無法抵擋石頭兵，只得趕緊帶著鎮民逃離城市。逃出城市後，他們看到遠方海面上忽然跑出原本不存在的島嶼，上頭還有黑暗壟罩，令他們非常不安。已研究舊文獻很久的美沙子，找出更多預言，在黑暗島嶼上有一座「光之神廟」(Temple of Light)，只要進入神廟，忍者們不但能取得元素之力，綠忍者也將獲得初代旋風術大師的武術，成為新一代的「終極旋風術大師」，只有這樣才有可能進行預言中的最終之戰，實現與父親的對決，並打倒重新崛起的黑暗之主。忍者們全數前往黑暗之島。
來到黑暗之島，忍者也遵循古老地圖，找到了位於山峰上的「光之神廟」，四色忍者在裡頭重新取得自己的元素之力，找到了全新的元素刀，並將元素刀的力量灌輸到勞埃德身上，讓勞埃德終於成為傳說中能駕馭全部元素之力的「綠忍者」。現在，忍者們準備好了，現在要做的事情，就是阻止倒數鐘，防止最後之戰的到來。
忍者們來到黑暗之島，發現在伽瑪當指揮下，石頭兵正在努力開採島上一種叫「暗物質」的礦物，正在打造某種兵器。當被發現之後，雙方進行交鋒，並發現伽瑪當與黑暗之主打造的兵器也終於完成：將投擲暗物質飛彈的巨型坦克「Garmatron」。在這過程中，尼雅就被感染，轉變成黑暗版人格，與忍者們為敵。
Garmatron 是能投擲由暗物質製成的飛彈的坦克，飛彈一旦爆開，會釋放黑暗力量，讓四周的人全部變的邪惡、憤怒、失控，在投擲幾顆飛彈到 Ninjago City 市中央後，黑暗之主也附身到伽瑪當身上，取得伽瑪當的身體，將忍者們打倒，就連取得駕馭元素之力的綠忍者勞埃德也被打敗。接著，黑暗之主駕駛坦克，率領石頭兵大軍，往 Ninjago City 前進。
雖然在光之神廟取得了元素之力，但五位忍者無法對付重新取得肉身，也集結大軍跟巨大兵器的黑暗之主，他們失敗了，只得看著整座城市陷入混亂。
坐在黑暗之島的海灘，看著離去的黑暗之主大軍，忍者們陷入低潮，明明取得了元素之力，卻完全不敵對手，當大家以為失去一切希望時，贊的機械老鷹卻把他們指引回去光之神廟，在裡面他們尚未發掘的秘密。在神廟內探索一下後，忍者們啟動了先前沒有注意到的開關，一具塵封在廟宇底部的金色機甲升了出來：這是過去第一代旋風術大師用來大戰黑暗之主的兵器，也將是忍者們最後的希望。勞埃德駕駛起黃金機甲，其他忍者駕馭著前來的四頭神龍，全數回到 Ninjago City，真正的最後一戰才正要開始。
回到 Ninjago City，發現整座城市已經被黑暗壟罩，彷彿黑夜一般，幾乎所有市民都被黑暗感染，轉變成邪惡、憤怒的暴民。黑暗之主已經占據城市中的高塔，這將是他們進行最後一戰的戰場。在登上高樓的過程中，忍者們一個個被黑暗彈丸擊中，失去意識，轉變成邪惡的一方，最後只剩下勞埃德一人來到頂樓，最後的希望全都落在勞埃德身上。儘管趕到的時候，黑暗之主又再進化成黑暗之龍型態，勞埃德隻身面對黑暗之主，現在才「最終之戰」的開始，原來所謂最終之戰，不是真的面對伽瑪當君王，而是奪走伽瑪當君王身體的黑暗之主。對戰的時候，勞埃德體內的潛能被激發出來，忽然耀眼的金色光芒包覆著他，勞埃德轉變成「金忍者」，成為真正的「終極旋風術大師」，召喚出一隻金龍與黑暗之主對決。面對變成金忍者的勞埃德，以及召喚出來的金龍，黑暗之主覺得可笑，只要有光的地方就一定會有影子的存在，勞埃德是永遠無法消滅黑暗的，並將一股黑暗罩住勞埃德與金龍，並在暗影中將金龍一口吞下。勞埃德只說「那我的光將強到讓影子無所遁形」，就在黑暗之主嘴裡釋放出光的力量，徹底打倒了黑暗之主，並讓 Ninjago City 重新被陽光照射，讓所有黑暗與邪惡消逝而去。
第一季最後，雖然擊敗了巨蛇魔王，拯救了整個 Ninjago，但因為當時打敗巨蛇魔王的是持有四把神器的伽瑪當君王，所以其他忍者並沒有被當成英雄對待。也因為命運賞賜號在第一季最後被巨蛇魔王咬爛，使得忍者們再度無家可歸，連訓練場地都沒有，只好在城中四處打工，好不容易才找到一間品質很差的小公寓，七個人擠一擠，住在一起。在城中，忍者們找到了一間名為「Grand Sensei Dareth Mojo Dojo」的道場，希望能跟道場主人：自稱武術大師，擅長各種動物拳法的達雷斯 (Dareth) 共用道場。
達雷斯就是一個身上掛著金項鍊，講話有點臭屁又有點慵懶的樣子，道場內還擺滿獎盃，弄得好像很厲害，後來才發現原來那些都是招搖撞騙出來的，其實不太能打。基本上日後德瑞跟忍者們也成為好朋友，變成崇拜者的角色，還自稱起「棕忍者」。
在第一季中，忍者們曾在沙漠中找到一艘破髓的船骸，重新整理之後發覺是搭配飛行系統、雷達掃描系統的使命號。當初第一季中，當忍者們找到船時，動畫並沒有交代這艘船為什麼會躺在沙漠，也沒有交代過這艘船是什麼用途，直到這一季中才給了暗示。本來在第一季最後被巨蛇魔王整個咬爛，但被伽瑪當君王用「巨大兵器」重建起來，一日當伽瑪當在船上亂晃時，忽然找到一本藏在暗櫃中的船長日誌，才發覺這艘船原本是屬於一名叫索托船長 (Captain Soto) 的海盜，因為在暴風雨中發生船難，船員全數罹難，船也因此破損。
伽瑪當就是在閱讀這本日誌時，才發現原來海上有一處被稱為「黑暗之島」的神祕島嶼。當時還不太會控制「巨大兵器」，不小心把過去的這些船員給復活，所以索托船長與其他海盜水手們全都來到現代。
另外，在第一季最後被巨蛇魔王咬碎的使命號，被伽瑪當用「巨大兵器」還原，被取名為「黑暗賞賜號」 (Black Bounty)，後來又被忍者們搶奪回來。
當伽瑪當尚未完全變成後來的黑骷髏模樣前，就已經與美沙子交往，兩人生下勞埃德。為了研究「預言」，連美沙子都離開了勞埃德，直到第二季中才回來，而且與吳大師有點曖昧。原來在過去，美沙子曾無法選擇要與吳大師或伽瑪當在一起。雖然吳大師是說「我們不應該在一起」，但美沙子卻說「當初真的應該選擇你的」、「過去已成過去，但我們還有未來」。
上一季中介紹了每個忍者的背景故事，包括每個人的父母 (除了凱、尼雅兄妹外，他們的身世依然是團謎)，其中提到贊其實是一隻機器人，由「父親」 The Tinkerer 創造，但在贊的記憶最後，父親臥病在床，過世前關掉了贊的記憶，讓他一直不記得自己是機器人，也不記得曾有一個父親。看到父親還活著，贊是很開心，也感到無比困惑，父親才解釋，他原先是真的要死了，但在關掉贊記憶之後，忽然一批骷髏兵闖進來，用魔茶將他起死回生，也被骷髏兵綁走，囚禁在燈塔中，為他們製造各種車輛、載具，雖然現在骷髏兵已經沒再回來叫他繼續設計武器，但一隻被骷髏綁在海中的巨大海怪仍在監視他，讓他不敢逃跑。骷髏兵，就是前導季中，伽瑪當君王手下那些骷髏兵。
在忍者們放走了海怪守衛後，Tinkerer 也跟著忍者們離開，前往黑暗之島，擔任後勤維修人員，隨時跟著尼雅維修忍者們所使用的載具跟飛船。
雖然大部分時間，伽瑪當君王一直給人一種「耶~我是壞蛋，我要征服世界」的感覺，但也漸漸帶出他內心深處並不想當壞人，他是身不由己 。因為毒液的影響，伽瑪當內心變得很想做壞事，也造成他與弟弟 吳大師、與妻子 美沙子、與兒子勞埃德之間的疏離。因為這樣，使得他更想完成黑暗之主的計畫，也就是將世界變得黑暗、邪惡。既然他無法恢復正常，與家人團聚，那就讓他所愛的人墜入黑暗面，與他團聚吧。
雖然一直與忍者為敵，一直知道勞埃德將實現與伽瑪當進行最終之戰，但伽瑪當不想與兒子戰鬥。每當看到兒子站在他面前，他都會心軟。
從黑暗之島上的設備，再到黑暗逐漸壟罩大地，再到奪取伽瑪當的身體，再到率領坦克大軍進攻城市，再到最後的黑暗之龍完全體，隨著時間過去，黑暗之主變得越來越強大，要打敗他變得越來越不可能。他開始投擲暗物質，把人轉變得邪惡之後，更給人一種絕望感。黑暗之主不怕自己被打敗，因為光明與黑暗是一體兩面，有光的地方必定有陰影，只要光還存在，他就永遠不會消失。
在上一季的最後，當綠忍者勞埃德消滅了 黑暗之主，並把自己的父親伽瑪當洗白後，忍者沒有了對手，世界來到和平時代，Ninjago City 如今發展成一個充滿科技的大都會：「New Ninjago City」，一切科技由一個坐著輪椅的科學家 賽勒斯·博格 (Cyrus Borg) 提供。為了方便管理，博格甚至創造了一個電子網路「數位宇宙」(Digiverse)，串聯起整座城市的網路與電子迴路。四色忍者到學校教書，成天面對一堆屁孩；勞埃德則與父親伽瑪當還有美沙子四處旅行。
正當忍者們在懷念以前大冒險的日子時，博格忽然邀請忍者們到他的科學大樓「博格大廈」(Borg Tower) 參觀。忍者們起初感到不解，但才發現博格是利用這個機會，偷偷塞給他們全新的服裝與武器「Techo-Blades」，並表示黑暗之主還活著，只是換成數位形式，存在一只硬碟裡。現在黑暗之主操控起博格大廈的科技，大量製造機器忍者，甚至控制了博格的數位網路，控制了整座城市，準備東山再起。現在需要忍者們重新出動，對抗復活的黑暗之主。
面對大量出現的機器忍者，甚至還有一隻被製造出來的機械巨龍，忍者們幾乎招架不住，只得使用打帶跑策略。在戰鬥的過程中，為了掩護忍者，吳大師也遭到機器忍者挾持，被帶去改造成邪惡機器人，博格也被控制心靈，變成邪惡蜘蛛型機器人。忍者們必須想辦法來對付這些機器人。既然整個城市的電子網絡都被控制，忍者們的策略，就是先關閉城市內的發電廠，當失去能源後，就能大幅度削弱黑暗之主的能力。
經過一翻努力，忍者們終於突破發電廠，衝回科學大樓，準備要把藏有黑暗之主數位資料的硬碟破壞掉。正當計畫都進行地相當順利時，竟出現一個穿白衣服、沒有露臉的神秘人，拿走硬碟並逃跑，並在現場留下一片白色的鱗片。
黑暗之主的硬碟被白袍神秘人士帶到一個秘密實驗室，雖然發電廠被破壞，整座城市都是屬於無電狀態，讓黑暗之主無法輕易操控網路，機器忍者也無法啟動，但神秘人卻用一種特殊的電鰻製造電力，為機器忍者大軍充電。對於為什麼被神秘人拯救，黑暗之主也感到困惑，僅知這兩人從此結盟。
只差一點就能徹底把黑暗之主消滅掉，但這個留下白鱗片的人究竟是誰？除了它可以隨時隱身外，對它實在沒有概念。但看到鱗片，忍者們直覺就是「又是蛇族搞的鬼」，所以來到城市的下方，要對質過去曾與他們大戰的蛇族，發覺蛇族如今很享受當個平民的生活，無意再發起任何戰爭，看來兇手並不是牠們。
但跟蛇族對談的過程中，忍者得知了另一個預言。在蛇族的預言中，除了人類之外，將會有一個「黃金大師」的降臨。這黃金大師是個邪惡的存在，他將會掌握初代旋風術大師的能力，並將世界上的人類與蛇族全數消滅。
如果預言是真的，那忍者們感到很害怕。「黃金大師」？掌握初代旋風術大師的能力？難道......是指勞埃德會成為一個惡魔，消滅這個世界？畢竟，在上回，勞埃德最後是激發出體內的力量，成為「黃金忍者」，打敗惡魔！
本來與父親一邊躲藏、一邊受訓的勞埃德，卻遭到機器忍者大軍，以及生化版吳大師與白袍神秘人突擊。在突擊過程中，神秘人才終於揭曉身分，竟然是彼拉！
在第二季率領全部蛇族團結，並召喚出巨蛇魔王的紫蛇族最後成員：彼拉，當時雖然一起被巨蛇魔王吞下去，但很明顯當巨蛇魔王被打爆後，他也倖存下來，只是因為毒液關係，使皮膚被漂白。今日他決定與黑暗之主聯手，一起重新掌握這世界，並向忍者們復仇。他們就把勞埃德帶上機械巨龍，飛回到黑暗之主的大樓。
原來，上一次忍者攻擊行動後，彼拉要打造一具身體，讓黑暗之主可以擺脫數位形式，再次來到世界上。除此之外，他們準備奪取勞埃德的黃金之力，並用來統治世界。原來蛇族預言中的「黃金大師」，就是指東山再起的黑暗之主！
在此同時，在博格的數位助理皮克莎 (P.I.X.A.L.) 幫助下，忍者們進入數位宇宙，與數位形式的黑暗之主大戰一場。若能在數位世界中徹底消滅黑暗之主，就能阻止他的計畫。但在戰鬥過程中，因為身體已經製造完成，黑暗之主就來到現實，離開了數位宇宙。最後在冰忍爆發下，讓 New Ninjago City 中被駭入的機器與載具，連同生化版胡大師都恢復正常，黑暗之主的機械巨龍也瞬間變一團廢鐵。在此同時，雖然黑暗之主的新身體已經打造完畢，勞埃德也趁機逃出敵人的掌握，在機械巨龍墜入海底時，趕快逃出。
既然已經讓對方的戰力大幅削弱，黑暗之主與其新身體也跟著失去動力的機械巨龍沉入海底，暫時可以喘口氣。但彼拉還是把黑暗之主從海底打撈了出來，準備執行一個「Project: Arcturus」的計畫。看對方還有些動作，赤地進行跟監活動，跟著彼拉前進牠們的秘密基地，發現這個「Project: Arcturus」，是打造一只太空火箭：牠們準備飛到太空中，帶回「巨大兵器」( Mega Weapon )，完成獲得黃金之力的最後一步！
巨大兵器！就是在前導季中，忍者們最一開始使用的四把黃金神器，在第二季裡，因為伽瑪當君王的關係，把四把黃金神器融在一起，變成這把「巨大兵器」，當時在不當使用之下，巨大兵器飛往宇宙，卡在一顆彗星之上。本來以為這把神器就這麼從這齣劇裡退場，沒想到又在這季中出現。彼拉等人查到了這把巨大兵器的所在位置，製造火箭，前往太空來尋找，這就是黑暗之主獲得強大力量的最後一步。
忍者們躲在火箭上，跟著機器忍者們飛上彗星，並在上頭開戰，但最後還是被機器忍者們找到了黃金神器並帶回 New Ninjago City，打造出全新的黃金裝甲，給 Overlord 穿戴，最終讓黑暗之主掌握強大的力量，並正式成為預言中將消滅世人的「黃金大師」。
忍者們回到地球上，與掌握全新力量的黑暗之主大戰一場。現在，黑暗之主拿到了由巨大兵器打造而成的武器，掌握了初代旋風術大師的力量後，能夠呼風喚雨，甚至讓自己巨大化。當忍者靠近黑暗之主時，全部都被擒拿住。冰忍卻利用最後的機會，將自己的冰元素能力開到最大，將黑暗之主摧毀，但也因此犧牲掉了自己，離其他忍者們而去。
在第二季的最後，勞埃德打敗了黑暗龍型態的黑暗之主後，除了讓世界恢復光明，也讓伽瑪當君王徹底洗白。因為巨蛇魔王毒液影響，伽瑪當君王體內被灌輸了邪惡意識，最終變成全身黑、又有四條手臂的大反派，但最後還是變回凡人，體內的毒液也被徹底清空，變成凡人樣貌，並被改稱為伽瑪當師傅 (Sensei Garmadon)。
在這一季中，雖然暫時沒有完全展現伽瑪當恢復正常後的身手，但他在傳授武術，改成「防守」：不主動攻擊，藉由引導對手的進攻，轉過去攻擊對手，跟過去的黑暗帝王有非常大的落差。
從第一季就揭曉是一名機器人，贊不只是帥氣機械忍者而已。前面看到對自己的迷惘，還有與父親的親情，這一季則是往戀愛這一塊發展。在忍者們一開始來到科學大樓時，遇到了博格的個人助理：皮克莎 (P.I.X.A.L.)，這就展開了贊與皮克莎的戀愛史。當然，兩人畢竟是機器人，所以無法理解「愛」為何物，更不熟悉那種喜歡上對方的感覺，但就是彼此吸引。
贊最後犧牲了自己，才打敗了黑暗之主，拯救忍者夥伴們，與整個城市。他將自己的冰元素之力開到最大，才終於消滅掉黑暗之主的形體，卻也因為身體負荷不了而全部摧毀。為了感謝贊的犧牲，在博格主持下，於市中立了一座贊的金屬像。
原來這贊只是身體被摧毀，但心靈與意志還是以數位形式存在著。事實上，劇中最後就演到贊的聲音出現，與皮克莎對談，接著就看到當初製造機器忍者大軍的工廠自己動了起來，暗示贊又將製造新的身體，重新回到世界上。
從前導季開始，杰就迷戀上尼雅，甚至從第一季開始，就能感受到這小兩口吸引彼此，但從這一季開始，「三角戀」戲碼挑撥杰、寇、尼雅之間的感情。原先寇與尼雅兩人之間並無特別好感，但當忍者們拜訪博格大樓，皮克莎看見了他們，立即計算出「寇與尼雅是最佳的配對」，就這麼開啟了這兩人的曖昧關係。就從這時候開始，寇與杰無時不為吸引尼雅注意，而彼此競爭，兩人也越來越水火不容。
在劇中，吳大師曾被黑暗之主改造成一只邪惡機器人，並一起對抗忍者與伽瑪當師父。不過，劇中變成邪惡版的機器人，並沒有因此成為忍者的極大威脅。
雖然先前已經失去黃金神器，但這回忍者們還是有武器可以使用，這是由博格發明的『Techno Blades』。當黑暗之主控制程式內的機械時，只要被這把刀具碰觸，就可以重新設定，解除黑暗之主的控制權。
雖然上一季的最後，有暗示贊的意識已經藏在網路世界，並利用博格的工廠，打造新的身體。不過上一季也只演到工廠動起來，並沒有看到贊新身體。
在上一季的最後，為了擊敗黑暗之主，贊壯烈犧牲，在科學家賽勒斯博格主持下，大家為贊辦了一場喪禮，並立了一座金屬像在城市中間。對於贊的死，讓忍者們意志消沉，加上現在沒有任何敵人要打，凱、寇、杰都沒有繼續當忍者的理由，各自離開忍者團隊，從事其他職業。但勞埃德想再把大家集合起來，一一拜訪了其他忍者們。杰當一名藝人；寇利用他的力氣，來當伐木工；凱則在地下格鬥場當蒙面格鬥選手。
在勞埃德號召下，四個人重新在市內一家知名連鎖麵店「陳大師的麵店」聚集在一起。四人在談話時，一幫小混混進來鬧事，引起忍者們注意。當忍者們追著小混混來到店家後方時，忽然看到現場有一個供桌，上頭有一張畫像。那是贊的畫像！
畫像上頭寫著，贊還活著！
但想見到他，就來參加一場由「陳大師」所主辦的錦標賽。
也就是這家連鎖麵店的老闆。對方到底是何許人也？
雖然那張畫像上指示忍者們不要把錦標賽的事情告訴任何人，但勞埃德的父親：伽瑪當師父，還是察覺到忍者們似乎要瞞著大家去某個地方，因此偷偷跟在忍者們身後。
當忍者們在指定的時間，來到碼頭時，發現現場已經聚集了一票人。全都是受到陳大師邀請，來參加這場神祕的「錦標賽」的參賽者。這時，一艘渡輪來到岸邊，在一個名為克勞斯的人的邀請下，大家上了船，前往陳大師的島嶼。伽瑪當也跟著上去。
在船上與其他人碰頭之後，才發現一件事忍者們並不是世界上唯一擁有「元素之力」的人。除此之外，也是在船上，讓凱遇到了一名名叫「天樂亅(Skylor) 的女元素大師，很快就對她產生好感。
伽瑪當師父表示，原來當初當初代旋風術大師創造世界時，身旁有非常多具有元素之力的護衛，跟他一起保衛這世界，元素之力絕對不止火、冰、雷、地，這四種而已。船上這些人，有的是握有「元素之力」的護衛的後代，元素之力是會遺傳給下一代的。
忍者們才發現，陳大師把世界上所有握有元素之力的人召集起來，要進行一場神秘的錦標賽。但伽瑪當卻很擔憂，因為陳大師是伽瑪當的師父，而他並不信任他的師父。
原來，當初被巨蛇魔王的毒液影響後，伽瑪當離開了父親的道場，離開了吳大師，到外頭去拜師陳大師。他是個陰險狡詐之人，絕對需要當心。今天忽然舉辦這場錦標賽，事情絕對不單純。這也讓忍者們憂心起來，這場錦標賽的目的是什麼？而贊真的還活著？真的就在陳大師手上？
來到島嶼之後，克勞斯帶著大家，到了島上的大廳堂，並遇見了陳大師。在克勞斯帶領下，大家住進了代表各自元素的豪華套房，感到非常舒適。但競賽很快就開始，第一回合就是要搶在其他人之前，搶到「翡翠武器」，但翡翠武器的數量算的很剛好，每人一把之後，會有一人拿不到，這人就是淘汰者。最後在搶奪之下，具有「金屬元素能力」的卡洛夫成為第一個被淘汰的人。陳大師打開一個暗道，讓卡洛夫掉落其中。他去哪了？沒人知道，只知陳大師一直強調一句：「只有一人能留到最後」(Only one can remain)。
晚上在房間中，忍者們感覺很不自在。他們來這邊除了參加比賽外，最重要的目的是找出贊下落，他們決定在晚上出去闖盪，尋找任何蛛絲馬跡。結果，他們不小心找到暗道，還不小心撞見一個神祕空間，看到陳大師手上拿著一把神祕的魔杖，將卡洛夫的能力吸走。忍者們才發現，陳大師的目的，是把每一個人的元素之力都偷走！
接下來的每一天，都會隨機抽籤，抽出下一個回合的對戰組合。每一回合的獲勝方式都不太一樣，但輸家一定會掉進陳大師的暗道，所以每個人都咬緊牙關。所幸忍者們都能順利晉級。然而，當發覺忍者們已經查到陳大師的計畫時，陳大師故意安排杰跟寇對戰。
在上一季中，為了搶尼雅，杰跟寇整個鬧翻。但這回被迫面對彼此，兩個忍者還是不忍餘地。最後在陳大師的干涉之下，讓寇掉入暗道，成為忍者中第一個被淘汰的人。
除了讓忍者在比賽中對上彼此，陳大師也故意挑撥忍者與其他元素大師們，讓其他人團結起來，一起想辦法把忍者從比賽中淘汰掉。
在此同時，因為忍者們與伽瑪當師父在沒留下任何話就失蹤，讓還在本島上的尼雅與胡大師等人相當緊張。在仔細追蹤之後，尼雅開著新的移動式指揮部，與德瑞冒充陳大師的麵店卡車，一起來到島上，尋找忍者們的下落，並且偷走克勞斯的咒語書。
在比賽繼續進行的同時，越來越多從比賽中淘汰出去的元素大師掉入暗道，能力被吸收走，並被囚禁在陳大師的地下工廠，幫忙製作麵條。其元素之力也被奪去的寇，在前往工廠的路上，赫然發現被關在牢房的贊。贊是真的還活著！
贊的身體已跟以前不同，完全由鈦金屬組成，這回他是真的「鈦忍者」了。此外，在上一季與冰忍相遇的女機器人：皮克莎(P.I.X.A.L.) 身體也被毀壞，一起被帶到島上囚禁。贊就將皮克莎的硬碟資料灌輸到自己身上，讓皮克莎從此活在贊的作業系統內。
發現贊還活著真的很令人開心，後來寇也想辦法把贊從牢房放出來。當上面還在作戰時，下方也不能閒著，底下這些失去元素之力的元素大師，準備聯手起來，殺出一條活路出去。
還在競賽中的忍者們，逐漸拉攏越來越多元素大師加入他們陣營，說服他們這整場競賽都是騙局，陳大師是為了把元素之力全部拿走。部分元素大師相信忍者的話，並一起質疑陳大師。結果這時，陳大師才跟大家坦承他手上的魔杖，確實會把所有戰敗的元素大師的能力吸走，但他這麼做的原因是：要把這把魔杖當成最後的獎勵，送給在下一場競賽中勝出的大師。尼雅已經偷走他與克勞斯的咒語書，在島上逃竄。誰能先把赤蘭獵下，就直接成為這次大會的優勝者。
當然，忍者們必須搶在其他元素大師前，先找出尼雅的下落。在尋找尼雅的同時，伽瑪當師父才對勞埃德講出一段過去的故事，並提到自己曾經犯下嚴重的錯誤，但他沒有勇氣把錯誤公開出來，因為這一定會破壞他與美沙子，以及與吳大師之間的關係。他也提到，當年曾經有一場人蛇大戰 (這部分在第一季就提到過)，雖然人類與蛇族之間一度休戰，但後來因為蛇族先破壞休戰條約，才又讓戰爭繼續打下最。最後是因為找到一種能擾亂蛇族思想的蛇笛，才讓人類打贏這場人蛇戰爭。其中五族全都被關在古墓中，永不得再回到地面上。其中，紫蛇族的大將軍則受到特別嚴重的懲罰：被流放到另一個名叫「詛咒魔域」(Cursed Realm) 的次元中。
陳大師之所以努力吸收全部的元素之力，是為了完成咒語，再次開啟人蛇大戰。
在進行尼雅的爭奪戰時，被凱所戀上的女元素大師「天樂」，才揭曉她其實是陳大師的女兒。她加入進來是為了協助父親將全部的元素蒐集起來。而她本身則是「琥珀」的能力者，也就是「能將其他人的元素之力複製到自己身上來使用」。雖然背叛了其他人，但跟著凱他們一起行動，天樂也開始猶豫了起來。
當陳大師將剩下的元素大師一網打盡，並用魔杖將剩下的元素之力一口氣吸收起來時，稍早被困在麵條工廠的阿剛與贊等人，偷偷打造了一臺戰鬥機，衝破工廠大門，打亂了陳大師的計畫。在慌亂中，凱把陳大師的魔杖打碎，並將全部的元素之力還給每一個元素大師。看似計畫被中斷，但克勞斯說「先前天樂已經將全部的元素之力儲存在她身上」，並退而求其次，綁走自己的女兒，全部落跑。
在逃跑的過程中，克勞斯也與伽瑪當師父相遇，並進行交戰。克勞斯用他的咒語書，開通了往「詛咒魔域」的通道，要把伽瑪當送進去，結果反被伽瑪當送入，克勞斯從此消失在這個魔域裡。
雖然魔杖沒了，但陳大師還是利用自己女兒身上所儲存的其他元素之力，開啟蛇族的咒語，導致陳大師及其手下們全都轉換成「紫蛇族」。底下的小囉嘍們全都變成紫蛇族，而陳大師、天樂，甚至伽瑪當師父，身上都長出鱗片，皮膚變成紫色，變成半人半蛇的狀態。是的，因為伽瑪當曾是陳大師的弟子，他也連帶受到詛咒影響。陳大師就是計劃率領這些變成紫蛇族的大軍，把本島全部拿下。
忍者們與其他元素大師，召喚出屬於自己的元素之龍，回到 Ninjago 本島上，與吳大師還有美沙子會合，ˋ準備擊退陳大師與他的大軍。當敵方勢力越來越難以抵擋時，忍者們取得到了克勞斯的咒語書，利用其中一個能開啟「詛咒魔域」的咒語，將當年那些被流放到異次元的紫蛇族將軍放出來，把陳大師與其大軍全部帶走。但條件是必須有一人被犧牲掉，才能開啟這扇次元門。一想到自己過去犯下種種錯誤，甚至重傷胡大師與美沙子，最後是伽瑪當師父自願犧牲，來結束這場戰爭。
這一季的第一集揭曉，世界上擁有元素之力的還有很多人。其他包括有「重力」、「影子」、「聲音」、「金屬」、「煙霧」、「毒」......
連同五名忍者在內，另外新登場的元素大師還有 11 位。
在上一季，贊為了擊敗 Overlord 而壯烈犧牲，但在最後一集的最後，有暗示他的意識尚存在於電腦網路中，並以工廠開始打造全新機器人身體來做結尾。但復活的贊，卻要到這一季才真正公布出來。使用全新身體的贊，身上全都是直接以鈦金屬製成，變成名副其實的「鈦忍者」(Titanium Ninja)，而不像上一季中，還有露出黃皮膚的外殼。
打造全新身體的贊，一開始並沒有前面身為忍者的記憶，甚至對於自己竟握有某種冰的元素能力而感到懼怕。但最後還是發覺了自己，重新掌握住冰的能力。
另外，在上一季中，冰忍曾遇到的女機器人：皮克莎，也跟著贊一起被帶到島上。只是在被帶來的過程中，皮克莎的身體毀壞，只留下存在於硬碟中的意識。在贊掙脫鐵鍊後，就把硬碟中的資料灌入體內，讓皮克莎從此活在冰忍意識中。
在這一季中，忍者們沒有帥氣載具可以坐，在第一二季中乘坐的龍也早就飛走了，但在這一季中，當陳大師把所有人留在島上，獨自回到 Ninjago City 的時候，為了追趕上對方，大夥忽然激發出自己的元素之力，召喚出屬於自己的元素之龍。每一種能力都能召喚出一隻專屬自己的龍出來。
凱與尼雅的父母，一直沒有被碰及到，就連在前導季的一開始，也只是講述這對兄妹經營著父母留下來的打鐵舖而已。
在這一季伽瑪當的回憶中，凱的父母也是能操縱元素之力的能力者。父親能操縱「火」元素，就如凱一樣；而母親則是能操縱目前為止還沒看過的「水」元素。當年當人蛇戰爭開打時，他們的父母就是重要戰力之一，一起對抗陳大師與蛇族。
在前面幾季中，我們知道伽瑪當因為巨蛇魔王的毒液，性情大變，變成「伽瑪當君王」，失去理智的他犯下非常多錯誤，最後在勞埃德的黃金之力下，讓伽瑪當得以洗白，變回正常人，並成為一名與吳大師有所不同的睿智師父。
在伽瑪當被毒液影響心智後，他曾前往陳大師的道場，拜師學藝，當時就有遇到同是學徒的克勞斯。當時人蛇大戰剛爆發，但雙方寫下休戰條例，陳大師知道這消息時，表示休戰的話就不好玩了。不久之後，人蛇大戰又再度爆發，消息指出是蛇族先違反條例，所以當時的元素大師們又不得不集結起來，對付蛇族。
已經受到毒液的影響的伽瑪當，本來對戰爭沒有太大興趣。這時陳大師就故意提到「美沙子」，是伽瑪當與弟弟胡一起追求的女子，陳大師這時拿起一封信，是胡大師寫給美沙子的情書，用字遣詞非常優美，肯定會讓美沙子選擇胡。陳大師故意拿給伽瑪當看，並說「你不怕她被你弟弟搶走嗎？」害怕失去美沙子的伽瑪當，就拿起墨水，把胡的署名改成自己，再寄給美沙子。而自己也回去幫助其他人，打擊蛇族大軍。
後來大家發現，那場休戰其實是陳大師打破的，他在人類與蛇族兩邊挑撥離間，重新點燃這場戰爭。最後在蛇笛影響之下，把每一個蛇族都關進古墓 (然後在第一季被勞埃德打開，重新放出來)。其中，紫蛇族的將軍是最有野心跟戰力，他們則被流放到讓人生不如死的「詛咒魔域」。而陳大師與其弟子克勞斯，則被流放到離島上，也就是他今天用來舉辦錦標賽的地點。
在第四季的事件結束後，當一切都平穩下來，吳大師準備要展開他的「退休」生活，在郊區開一間茶店，美沙子、尼雅，以及其他忍者們都幫忙準備店鋪。但在這時，市內的博物館傳出有竊賊闖入，勞埃德隻身一人前往調查，卻遇到一隻「鬼」，這隻鬼可以附身並操控任何人甚至物。
在此同時，正當其他忍者們在市內，利用自己的元素能力來宣傳吳大師的茶店時，忽然之間能力全數消失。感到奇異的忍者們，趕緊回到茶店，想要從吳大師身上搞清楚究竟發生什麼事情，看到勞埃德也回到店內，但表情看起來相當怪異，並且一開口就說要搶走吳大師手上的竹拐杖。一看到怪異的勞埃德，吳大師馬上就搞清楚發生什麼事：勞埃德已經被附身了，而附身他的是一隻從 詛咒魔域 ( Cursed Realm )，也就是上一季中，伽瑪當被送往的地方，逃出來的鬼，而這個鬼正是吳大師第一個弟子：能操縱「風」的元素大師「摩羅」(Morro)。
在經過一陣打鬥後，命運賞賜號墜毀森林中，吳大師也趕緊把藏有秘密訊息的枴杖丟去，藉此引走摩羅，吳大師才講出過去的事情。原來凱等人並不是吳大師的第一個弟子們。當年，當伽瑪當離去，拜師陳大師後，一日，吳大師在山上的道場，遇到了一個窮困的孩子，因此被收留下來。他發現這個孩子天生具有操縱「風」的能力，因此認定他或許就是預言中的「綠忍者」，所以就早早跟摩羅講這件事。
當吳大師用四把神器來判斷摩羅時，才發現神器沒有反應：摩羅並不是傳說中的綠忍者。但摩羅早已把吳大師的話當真，接著就為了成為綠忍者，要求更多訓練，甚至到了一種狂熱、過頭的地步。接著，摩羅就表示，他一定要找到初代旋風術大師，也就是吳大師的父親，被埋葬的墳墓，就離開道場。但即使是吳大師也不曉得他父親的墓在哪，因為他父親並沒有留下任何訊息。
回到現在，吳大師才意識到，原來初代旋風術大師所埋葬之地，這個訊息一直藏在他每天不離身的拐杖上。雖然為了引走摩羅，已經把枴杖丟掉，但他已從上頭解讀出三個圖樣訊息。第一個圖樣，就是要忍者們學習一項已失傳的武術：由已死去多年的「陽大師」(Sensei Yang)創造，能夠飛上天空的「飛天旋轉術」(Airjitzu)。忍者們必須搶在摩羅找到飛天旋轉術卷軸前，先搶到手。
原先飛天旋轉術卷軸是存放在多姆圖書館中，但這時，忍者們得知，卷軸早在數日前就遭到一名竊賊偷取。仔細觀看監視器，忍者們馬上就認出，偷竊者竟然是羅南 (Ronin)。忍者們馬上就前往羅南的住處，試圖取得飛天旋轉術卷軸。
就在忍者前往目的地時，吳大師找了尼雅說話，提起了尼雅與凱的父母。他表示，他們兄妹都知道他們的父親，是能操縱火的元素大師，但他們不曉得的是，他們的母親，也是操作水的元素大師。就如同火的能力遺傳給了凱，水的能力也遺傳給尼雅。接下來，時間到了，該是讓尼雅卸下武士身分，成為「忍者」。
當忍者們來到羅南的住處時，發現魔洛也帶著他召喚出來的鬼弓箭手現身，經過打鬥之後，魔洛順利取得卷軸，馬上習得失傳已久的「飛天術」。看到這樣的狀況，忍者們感到失落，但還是從羅南口中得知：還是有機會學到飛天術的，只要前往楊大師生前住的「鬧鬼寺」，就有機會習得飛天術。
為了習得飛天術，忍者們在夜晚潛入鬧鬼寺，但鬧鬼寺有一個傳說：如果無法在日出前離開寺院，就會永生變成鬼魂。忍者們在寺內尋找，最終遇到楊大師的鬼魂，而且還遭遇楊大師的各種試煉，最終還是得到了飛天旋轉術的捲軸。但當他們要趕在日出前逃出寺院時，寇卻沒能在時間內逃出，變成了一隻鬼。
雖然寇也變成了一隻鬼，但忍者們還是習得了飛天旋轉術。他們下一個任務，就是取得放在「騰云國」的寶物：「庇護之劍 Sword of Sanctuary」，是一把能預知敵人下一步的神器。而為了登上騰云國，忍者們來到 Ninjago 境內的最高山峰，在山頂上使用飛天旋轉術，利用一塊名為「盲者之眼」的風暴加速，進入騰云國。雖然在路途中曾遭遇試圖走同樣路徑的摩羅，展開戰鬥，但忍者們還是順利抵達騰云國，把摩羅留在地表上。
忍者們來到騰云國，這是建立在雲上的世界，他們發現一個名叫 Fenwick 的男子早已在門口等待他們。Fenwick 引領忍者去尋找「庇護之劍」，在過程中 Fenwick 解釋，這個宇宙分為 16 個「國度」 (Realm)，與 Ninjago 平行。在參觀雲中王國的同時，忍者們發現摩羅也已來到王國，並與忍者們展開戰鬥。在戰鬥的過程中，摩羅一方率先拿下了庇護之劍，並回到地表上，忍者們緊追在後，試圖把劍拿回來。好在這時勞埃德試圖奪回身體，暫時擋掉摩羅的主導權，這才讓凱最終把庇護之劍搶回到手上。
回到地表上，忍者們重新檢視自己手上的線索。他們已經學會了「飛空術」，現在也有了神器「聖殿之劍」，接著就是要找到初代旋風術大師的墓地。正當忍者們在思索最後一到線索，卻發現羅南把庇護之劍給偷走。原來羅南身上有著把柄，他不得不背叛忍者們，最後在調虎離山之計下，把劍帶往 Stiix，交到摩羅手上。當摩羅利用庇護之劍的逆轉時空之力，把卷軸上的紀錄逆轉之後，終於鎖定了初代旋風術大師的墓地確切下落，接著再附身到羅南身上，把忍者們騙往錯誤的地方。
雖然被錯誤的訊息給誤導，忍者們最終還是藉由羅南的 R.E.X. 飛行器，逃出陷阱。這時忍者們收到羅南本尊的道歉訊息，並得知了墓地的真確位置。這才發現，墓地之所以一直沒被找到，是因為並不在本島上，而是在深海中！
當忍者們終於進入到深海底的墓地入口，他們必須與時間競賽，因為摩羅早搶先他們一步，在墓中探索。由於守護者初代旋風術大師的遺體，以及最終的神器「國度水晶 Realm Crystal」，整個墓由三大考驗守護者。忍者們順利解開前兩大考驗，來到最後一個考驗：一座冰凍的迷宮，並在此地遭遇摩羅。經過一翻交戰後，忍者們將摩羅困在陷阱中，並解開最後一個考驗，最終找到了初代旋風術大師的遺體。
忍者們來到初代旋風術大師的遺骸旁，他不但是忍術「旋風術」的創始者，整個 Ninjago 這個世界都是由他創造出來，更不用說他就是吳大師與伽瑪當師父的父親。這時，忍者們拿起了大師手中守護著的最後一樣神器，這是摩羅一直在尋找的「國度水晶」，這顆水晶是連接先前提到的 16 個國度的橋樑，拿到這只水晶的人，可以自由前往任何地方。
看到忍者們已經搶先拿下水晶，摩羅威脅，如果還想看到勞埃德，就拿水晶來交換。雙方再次交手，雖然最後成功讓摩羅離開勞埃德身體，但水晶卻也被摩羅給帶走。
原來摩羅的目的，是將詛咒魔域的統治者：魔魂者 (The Preeminent) 釋放出來，由她來吞噬掉一切，並一口氣詛咒十六個國度。魔魂者的外型非常噁爛，是一顆場有觸鬚的眼球，由於已經和詛咒魔域連為一體，所以她自身就是整個詛咒魔域，還會從中不斷吐出鬼魂。
當然，雖然巨大的魔魂者非常難對付，但她自己本身就是鬼魂，若能將她打入海中，肯定能從此將她消滅掉。但這計畫非常難執行，除了模魂者體積過大外，忍者們也在各地與鬼魂還有摩羅交戰。
所幸就在最後，尼雅終於找到了她體內的潛能，藉由自己的水之力，製造出巨大的海浪，消滅整個魔魂者，也將摩羅從此抹除。但隨著魔魂者的消滅，整個詛咒魔域也因此毀滅殆盡。
當摩羅出現，並附身在勞埃德身上後，胡大師這才坦言，忍者們並不是胡大師的第一批學生。當年，當吳大師還年輕時，曾經在修道院外面遇到一個在外流浪的孩子，也就是摩羅，胡大師將他留在修道院，進行訓練。
當時預言中的「綠忍者」尚未出現，年輕的胡大師也尚缺乏往後的智慧，看到身手矯健的摩羅，學習速度很快，展現出相當的天分時，胡大師也一直跟他講「也許你就是預言中的綠忍者」。結果當把四把黃金神器，拿到摩羅身旁時，發現毫無反應，這才發覺摩羅並不是預言中的綠忍者。但因為胡大師一直在講這件事，讓魔洛一直相信自己就是那被選中的人，最後失望至極，憤怒之下，離開了修道院。
當忍者們在尋找初代旋風忍術大師遺骸的下落時，曾把忍者們誤導到錯誤地點，這個地點就是 Caves of Despair，也就是前導季中，藏著第一把黃金神器「地裂鐮」的礦場。忍者們在其中尋找的過程中，就找到了摩羅的遺體。原來當年離開胡大師後，摩羅試圖靠自己找到初代旋風忍術大師的墓地，就在這座礦場中尋找，最後死在裡面。
從第一季起，尼雅就一直展現出希望能成為忍者們的助力的企圖心，因此自己開發出了「武士X」機甲，甚至還擁有一個藏在沙漠中的地下基地，裏頭放置許多載具。儘管並沒有與忍者們一起受訓，但尼雅也有相當程度的武打實力，也能與忍者們一起飛簷走壁。在前一季中，劇情揭曉了尼雅與凱的父母，各是掌握有「火」與「水」元素之力的元素大師，這些能力是能遺傳到孩子身上，因此在這季中，揭曉了尼雅實際上也有「水」的元素之力。
在這一季中，當忍者們在外頭冒險時，尼雅也開始接受訓練，練習如何去控制水。個性急躁的她，不論怎麼練習都無法取得一點進展，對自己非常失望。但最終在羅南的一番話之下，有所頓悟，開啟控制水的能力，甚至在最後成為擊敗幽靈大軍的關鍵武器，正式穿上忍者服，成為忍者們的一員。
除了魔洛之外，另一個在這一季中全新登場的，就是「羅南」(Ronin) 這個角色。身為顧傭兵的他，唯一聽命的只有「金錢」：誰願意付他錢，他就幫誰做事。原來當初冰忍復活，卻落入陳大師手中，就是因為羅南的關係。
總之，雖然他經常與忍者們一起搶寶物，甚至還背叛過忍者，但他實際上也算是半好人，會偷走寶物也是身不由己 的，因為羅南有欠債於魔洛一名幽靈手下。
為了把卷軸帶走，寇是唯一一個沒能趕在天亮前離開鬼廟的忍者，讓他變成幽靈的形式。對於這件事，讓寇陷入無比低潮，他沒辦法感覺到冷熱，不會肚子餓，更重要的是：只要一不小心碰到水，他就從此消失在這世界上了。雖然變成鬼有很多不方便，但他也得以在戰鬥中，運用身為鬼的優勢，突破許多困境。
另一個在這一季中，帶來的超重大劇情重點，就是正式介紹了「十六個國度」，簡單來說就是十六個平行宇宙。
當忍者們來到雲中王國 (Cloud Kingdom)時，裡面的人告知說原來有十六個國度，彼此平行。這十六個國度，包括有故事主要發生地「忍者國」、前導季中，伽瑪當君王與骷髏大軍所在的「地下世界」(Underworld)；第一季中，伽瑪當長出四條手臂的黑暗世界「瘋狂魔域」 (Realm of Madness)；在上一季中，伽瑪當師父犧牲掉自己後，所進入的「詛咒魔域」(The Cursed Realm)。另外，在這邊看到的「雲中國度」，實際上也是十六個國度之一。
雖然進入每個國度的方法不同，但這季中，被守護在初代旋風術大師之墓的「國度水晶」，卻可以任意開通前往大部分國度的通道。
在前一季中，自願犧牲，來開啟詛咒魔域的伽瑪當師父，被困在魔魂者的體內。雖然說詛咒魔域本身是一個平行宇宙，但已與魔魂者融為一體。當與魔魂者交戰時，勞埃德曾進入到魔魂者體內，找到了被囚禁的伽瑪當師父，但不管怎麼拉扯，都無法弄斷伽瑪當傷上的鎖鏈；當稍後魔魂者被消滅，也將讓伽瑪當從此死去。
最後，勞埃德僅繼承了伽瑪當身上的道服，離開魔魂者身體。當魔魂者被尼雅召喚的大浪給吞噬，最終被消滅時，也讓伽瑪當真正死去。
在結束了上一次的冒險後，忍者們瞬間成為忍者城的大英雄，讓他們所到之處無不被熱情的粉絲與記者包圍。德瑞也成為他們的經紀人，還不斷協助記者們追蹤忍者們的畫面。在此同時，忍者們發現，有一個他們再熟悉不過的身影，又出現在忍者城中。
原來是陳大師的手下：克勞斯 (Clouse)，原先被囚禁在詛咒魔域中的他，因為詛咒魔域的母體被摧毀，再次逃到忍者城中，他找到了一只關有一隻巨靈 (Djing) 的神燈，釋放出了裡頭的精巨靈「納達可汗」(Nadakhan)。這隻巨靈具有實現別人願望的魔力，本來克勞斯打算利用這個願望的力量，來向忍者們復仇，卻反被納達可汗用話術來扭曲願望，最終反把克勞斯關在神燈中。
原來被釋放出來的納達可汗，在過往曾率領一支天空海盜在天底下作亂，但因為遭遇某些敵人，讓他反被關在神燈中，他的水手們也被傳送到其他國度中。他想要奪得忍者們先前找到的「國度水晶」(Realm Crystal)，重新組織他的天空海盜，重新征服這個世界。稍後，他又分別遇到吳大師與美沙子，並把這兩人一起關進神燈中，接著就是要對付會阻礙他的忍者們。
在此同時，雖然忍者們本被當英雄對待，但各地有人冒他們名義來搗亂，讓市民以為忍者們開始當壞人，而變成全民公敵。原來這是納達可汗的計畫。忍者們四處逃竄，卻被賞金獵人羅南 (Ronin) 一一抓起，最後全部忍者們被關進監獄，還被關在特殊的牢房，以免他們試圖用元素之力逃獄 。
就是在監獄中，他們突然得知，被復活的索托船長 (Captain Soto)，正巧就是當年把納達可汗關進神燈中的人。原來在數百年前，當索托船長還是使命號船長時，曾在海上與納達可汗和其天空海盜們交戰。面對具有強大魔力的納達可汗，只有一種方法，用一種「虎寡婦」(Tiger Widow) 的毒蜘蛛身上的致命劇毒，讓納達可汗陷入昏迷狀態，才能再用神燈把他關回去。索托本拒絕告訴忍者們去哪找這種毒蜘蛛，最後在忍者們逃獄之後，順便把索托給帶出去，才得知：只有一座島嶼找得道虎寡婦，但那座島嶼並沒有被記錄在任何地圖中，虎寡婦的所在地存在於納達可汗的海盜船上。
當忍者們被關入監獄的期間，納達可汗偷竊到被藏起來的國度水晶，把他的天空海盜們全部釋放回來，並找回當年他的海盜船「闇黑堡壘號」(Misfortune's Keep)。全員團聚後，納達可汗決定利用國度水晶，回到他真正的老家：另一個國度「精靈國」(Djinjago) 去看看。一開通傳送門後，卻發現精靈國正在崩解中，納達可汗看到他的父親，同時是精靈國的統治者「精靈王」(Djing King)，坐在王座上。
原來十六個領域中，會兩兩連結在一起，成為姊妹國度，這姊妹國度的其中一個崩解時，另一個也會跟著崩解，而精靈國的姊妹國度正巧就是忍者們在前一季破壞掉的「詛咒魔域」(Cursed Realm)。精靈王拿了一把「靈魂之劍」給納達可汗，這把魔劍能禁錮任何生靈的靈魂，他要納達可汗回去忍者國，向忍者們報這筆仇，這就點燃了納達可汗心中的怒火。
回到忍者國後，納達可汗與天空海盜們要執行他們的計畫：他們將修復闇黑堡壘號，重新回到天空，向忍者城進攻，並利用這把魔劍的魔力，讓地上的土地飄向空中，他要在這邊重建精靈國。
逃獄後，雖然仍在躲藏中，但看到天空海盜又飛到天空，攻擊忍者城，忍者們還是前往阻止對方，並順便潛到船上，偷走藏有虎寡婦島嶼所在地的資訊。雖然最後趕跑了天空海盜，但在攻擊行動中，納達可汗藉機接近了赤地，給他許願的機會，並利用話術來扭曲赤地的意思，把他整得很慘，最終把赤地的靈魂禁錮在靈魂之劍中。
發覺赤地已被帶走後，忍者們整理整理，按照拿到的資訊，前往外海，準備去取得虎寡婦的毒液，但在海上遭遇風暴。在風暴中，納達可汗又潛到海上，隻身與冰忍對質。已經知道對方會用話術來扭曲願望的冰忍，本來準備用機器人的邏輯迴路來防範話術，卻又不幸被扭曲意思，不但造成 P.I.X.A.L. 被移除掉，最後也不幸中招，成為第二個被囚禁在納達可汗刀中的忍者。最後船隻被風暴破壞，忍者們落入海中，不過還是飄到島上。
剩下的忍者們在島上冒險，也終於順利從虎寡婦身上取得毒液，準備用來對付納達可汗。但在這時候，納達可汗等人也來到島上，把阿光給綁走，留下赤蘭、阿剛與勞埃德在島上。
會特別綁走阿光是因為，在與忍者交手過程中，納達可汗知道了赤蘭這個人，發覺赤蘭與他過去的愛人：狄拉拉 (Dilara) 長得非常神似，懷疑赤蘭就是狄拉拉。原來，納達可汗有個計畫，他雖然能幫其他人實現任何願望，卻無法幫自己實現願望。但只要與愛人結婚，讓他順利成為下一任的精靈王，他就能從愛人身上得到「無限願望」，掌握無止盡的力量。
在測探忍者的時候，納達可汗得知阿光深愛著赤蘭，想從阿光這邊來接近赤蘭。阿光表示，赤蘭就是赤蘭，跟那個狄拉拉沒有任何關係，而且他質疑納達可汗只是著迷於那個狄拉拉能帶來的無限願望，根本不愛這個愛人。
當阿光被囚禁在船上時，試圖寫封訊息，告知他的夥伴們來救援他。在過程中，他也一度與納達可汗手下中的神槍手「火槍大副」(Flintlocke)：談到話，並告訴神槍手要小心納達可汗這個人，他是一個不值得信任的船長。雖然不把阿光的話當一回事，但也確實讓他想到，可以稍微再觀察一下納達可汗這個人。
底下被困在島上的忍者們，正巧遇到出海救援的警察局長，他們先前被當成全民公敵的嫌疑已被釐清，現在局長們將全力與忍者們聯手。在這過程中，忍者們決定要擬定策略，反過來運用願望來對付天空海盜們。
果然，在前去救援阿光的時候，忍者們也不斷利用自己的三個願望，化解掉一些難關，但造成的結果只是一團亂，最後連勞埃德與阿剛都被關入靈魂之劍，只剩下赤蘭和阿光逃離闇黑堡壘號。
現在只剩赤蘭跟阿光，兩人帶著旅者之茶與剩下一管毒液，逃到朱里安博士生前居住的燈塔，擬定最後的計畫。雖然在這邊遇到了冰忍的弟弟：回音冰忍 (Echo Zane)，在他的幫忙下，試圖抵擋侵入進來的天空海盜們。但在勢不可擋的情況下，赤蘭犧牲自己，遭到俘虜，而阿光則通過旅者之茶開啟的傳送門，逃到遠方。
如今只有手上握有虎寡婦毒液的阿光，是忍者們的最後希望，他重新集結了自己的隊友，包括羅南、索托船長、德瑞、回音冰忍，甚至找到過去在第四季登場的凱樂 (Skylor)。雖然先前被浪費掉兩個，但阿光目前仍有一個願望可以許，他已經想好怎麼使用了：先用毒液造成納達可汗行動遲緩，再趕緊許下「希望納達可汗只是個凡人」，讓他無法完成無限願望的計畫。計畫擬定好後，一行人重新回到天空海盜的基地。
在這時，納達可汗也正在準備與赤蘭的婚禮，雖然赤蘭與他的愛人狄拉拉是兩個不同的人，但納達可汗也藉由威脅手下許願，把逝去的狄拉拉的靈魂帶回來，附身在赤蘭身上，完成婚禮，進而得到無限願望。當然，阿光與一行人出面制止下，與天空海盜對抗，更自行被吸進靈魂之劍中，把吳大師、美沙子與其他夥伴們，全部帶回到世界上，眾人一起對付納達可汗。
由於察覺到納達可汗準備用無限願望重新組織自己的新大軍，火槍大副發覺納達可汗真如阿光所說，是個不能信任的船長，所以帶領其他天空海盜水手們，一起轉過來對付納達可汗。拿到虎寡婦毒液的火槍大副，瞄準納達可汗，卻誤擊了赤蘭。
看到毒液被灌輸到赤蘭身上，阿光的心都涼了，如果他許願就赤蘭，就會讓納達可汗逃脫；如果許願讓納達可汗變凡人，就將永遠失去赤蘭。面對這一連串的遭遇，面對自顧自的做決定，這時阿光順口說出「我真希望那只神燈沒有被找到過」。
就這麼一句發自內心的願望，被納達可汗聽到，而願望之力就將時光往前倒回，一路回到起點，回到當時忍者們還在躲避記者與粉絲的時間點，回到克勞斯還在尋找神燈的時候。當克勞斯找到神燈，準備將之撿起來，就遭到民眾追趕，讓神燈被留在垃圾堆中，從此遺失下去。
雖然一切重新來過，但阿光與赤蘭卻保有一切的記憶。看到事情全部落幕，以及前面的冒險，兩人在鏡頭前熱吻起來，反倒是其他忍者們全都一頭霧水，不知道發生什麼事。
天空海盜船長納達可汗是一隻有四條手臂，可以飛行的精靈，是精靈王之子，因為一些原因，在數百年前被流放到忍者國當海盜。
納達可汗本身是精靈，可以替任何人實現三個願望，但他實現願望全都是不懷好意，經常藉由話術來扭曲對方的意思，所以許願時真的要想清楚自己要說什麼。雖然可以幫任何人，卻無法幫自己實現願望，但只要藉由與自己的愛人「狄拉拉」結婚，成為新一任精靈王，納達可汗就可以從狄拉身上取得「無限願望」。
除了納達可汗外，基本上過往忍者們遭遇到的對手，其手下都是雜魚兵，這回納達可汗手下也是絕大多數都很雜魚，但卻個個都很有個人特色，其中最不雜魚的肯定就是留著八字鬍，基本上是從來不失手的狙擊手：火槍大副 (Flintlocke)，雖然中間他曾因為被許願的關係，成為怎麼樣都打不中的狙擊手。
忍者故事中，總是會設計一些不同的神器出來。這一季登場的是拿在精靈手上的「精靈之劍」(Djing Blade)，或稱「靈魂之劍」(Sword of Souls)，這是一把能把任何人的靈魂，永遠禁錮在劍柄上的水晶中的武器。在故事中，原本由上一任的精靈王持有，但在精靈國崩解時，把這把劍交到納達可汗手上，成為他用來完成計畫的武器。
在前一季中增加了「十六個國度」的設定，也就是除了忍者們存在的這個世界外，還有另外十六個國度與之平行，基本上就很類似「平行宇宙」的概念，其中包含到一些忍者們先前歷險過的地區。
在這一季中，則又對這部分再增加一些描述，當看到精靈國正在崩解時，精靈王表示，十六個國度是兩兩連結成「姊妹國度」，當其中一個崩解掉，另一個也會跟著崩解。而精靈國的姊妹國度，正就是前一季中，被赤蘭用大海消滅的詛咒魔域。而這也成為納達可汗誓言要向忍者們復仇的動機。
雖然說忍者們是一起行動，但這一季的真正主角則是其中的雷忍者阿光，從最初登場起就一直迷戀赤蘭的他，一直很希望能得到赤蘭芳心。在前一季《Possessions》中，忍者們一度進入到初代旋風術大師的古墓，並藉由裡頭神秘的冰倒影，見到自己的未來。其中阿光就看到自己的未來是與赤蘭在一起，基於不確定的原因，自己臉上帶著獨眼面罩。
在這一季中，就是講述阿光過於急躁，想趕快實現那倒影。因此當他看到天空海盜鬧著他玩，丟給他一只獨眼龍眼罩，他也急著把它戴起來。然後在冒險過程中，又不斷接近赤蘭，反而造成赤蘭非常不自在。
劇中，阿光曾經在喃喃自語中，講出「真希望我不是出生在那垃圾場家庭的小孩，這樣我就能買給赤蘭任何她想要的物品」。結果被納達可汗扭曲意思，讓他得知原來他那經營回收場的父母只是收養他，他實際上是一個剛過世的明星演員之子，繼承父親手上的豪宅與財富。從這邊就知道阿光個應太急躁，講話常常不經大腦。然而，養子這部分，應該也在最後被倒轉回去就是了。
面對阿光的追求，赤蘭表達心聲，她表示，阿光的追求讓她很不自在。雖然這兩人在第一二季曾有過曖昧關係，互相吸引，但中間曾因為阿剛的介入，讓赤蘭變得迷惘。
赤蘭坦言，長久以來，她一直被別人決定命運，從來沒有機會活出自己的路，而她不喜歡這感覺。這讓阿光感到很內疚，因為他一直相信當初看到的倒影，相信會與赤蘭成眷屬，但是否他也變成另一個決定赤蘭命運的人？或許阿光真的表現地太心急了。
在劇中，為了重新建造精靈國，納達可汗將忍者城的土地都傳送到空中，飄浮在上頭，當時擷取的土地，就有包含到楊大師 (Master Yang) 的鬧鬼寺。是的，就是在前一季中，忍者們習得飛天術 (Airjitzu)，還害阿剛變成鬼魂的地方，連陽大師那一塊地都被送到空中去。
但當一切被阿光的最後一個願望逆轉後，本來所有飄在天空的土地都回到地面上，唯獨陽大師的鬧鬼寺仍在空中飄。整季最後的結尾，就是陽大師奸詐的笑容，預告著他就是下一次忍者們將遭遇的對手。
克勞斯以某種方式逃脫了詛咒領域，並計劃通過使用年輕的陰陽龍土匪將忍者投入黑暗。克勞斯還正在集合一個暗影小子的力量來幫助他奪取強盜。
設定在第六季《天際飛行》之後的外傳故事，結合了第六季動畫中登場的角色，與第二季登場的黑暗之島。故事描述會使用黑魔法的克勞斯 (Clouse) 帶領沒有頭子的天空海盜們，在黑暗之島中挖掘暗物質，而忍者們與賞金獵人羅南 (Ronin)，就一同前往島上，一探究竟。
緬懷已逝之人、珍惜健在之人的開場劇情，說到萬聖節，那麼主角當然是鬼，本次主要反派由身為幽靈的楊大師擔綱，藉著僅數千年一見的陰陽月蝕，楊大師策劃計謀讓眾人遺忘阿剛、將已逝的反派們召回現世對付忍者們、更企圖讓自己重返世間，只要穿過由陰陽月蝕之魔力開啟的「歸來孔」，鬼魂就能變回人被暫時召喚回現世附身在博物館「反派大廳」雕像上的反派幽靈們。
「亡者之境」（The Departed Realm），看來是詛咒魔域的幽靈「死」後會去的地方。忍者國的神秘面紗又揭開了一道。
眾反派各自挑了要算帳的對象，魔洛的目標理所當然是胡大師，但事情並不是你我想像的那樣，魔洛先前只是裝作要復仇，事實上是前來幫助忍者們的，而且他幫完忙之後就回博物館乖乖站好。
眾反派一一被忍者打敗了。這次大家終於拿了不同的武器。
彼拉又黑了，雖然上次暫時跟你們合作過，如今還是要找綠忍者尋仇
楊大師倒是白了，囚禁幽靈弟子們只因害怕被世人遺忘，阿剛點醒他已有飛天術傳世，楊大師良心發現，幫助阿剛抵達歸來孔，使其變回人類，但自己仍是鬼魂。在事件結束之後，楊大師的寺廟成了亡靈節聚會講鬼故事的好去處。
甚麼！胡大師竟然犯錯了？旋風忍者為拯救世界再次身陷險境。而且胡大師生命面臨重大考驗！新一季旋風忍者要應付敵人呢？
旋風忍者來到第七季，這季的標題為「時光之力」，這回遭遇到的對手，令胡大師相當恐懼。能控制時間流動，就等於是能控制任何事物。
第七季劇情，講述一對曾是掌握「時間之力」的雙胞胎元素大師，跳脫時間漩渦，來到現代與忍者們還有吳大師打對臺。他們的最終目標，是要完成一臺自由穿梭時空的「時光機器」，並藉由手上的時光之力，以及逆天、度日、止水、擲梭四把能控制時間流動的「時光之刃」征服整個忍者城。為了達到這目標，時間雙胞胎以當年曾大鬧忍者城的「巨蛇魔王」(The Great Devourer) 的蛇卵為對象，研發出一種新的突變蛇：Vermillion，這種蛇是一條一條的小蛇，卻能像細胞一樣，聚集在一起，變成強壯的個體。有時可以長成一個人的大小，有時甚至更大。時間雙胞胎就試圖以這些小蛇為武力，再加上時光機器，完成他們的大業。
除了新的對手外，第七季的劇情還有另一個很大的特點，就是終於要認真跟觀眾，好好介紹火忍者赤地 (Kai)，與水忍者赤蘭 (Nya) 的父母。這對兄妹是最早跟觀眾們見面的忍者，身世卻一直是最神秘。在前面六年的劇情發展中，漸漸得知他們父母各是火與水的元素大師，經營一間打鐵舖，還參戰過人蛇戰爭，但他們後來究竟去了哪？為什麼留下赤地與赤蘭就不見？直到這季才終於交代。
這季勞埃德肩負起帶領整個團隊的使命，但最終時間雙子成功回到過去。凱和妮雅用雙元素神龍衝進時光隧道阻止他們並拯救了吳大師，但最終吳大師為了拯救被時光之拳擊中的雷，並將凱和妮雅連同時空倒轉的時光之刃扔出隧道，自己和時間雙子留在隧道。
樂高旋風忍者：旋風術之書包含了吳大師在Ninjago奇觀中的智慧課程，讓讀者有機會掌握旋風術並揭開這種神秘哲學的秘密。吳大師記錄了他的父親—初代旋風術大師的教訓，他在他年幼時教導他，並在他的一生中添加了他們。
現在，吳大師分享了他所學的全部內容，希望那些有潛力的人將成為忍者的偉大冠軍，並繼續將旋風術的技能發揚光大。
第八季的劇情設定在吳大師落入時間漩渦之後一年，忍者們都略有成長。當旋風忍者繼續尋找胡大師下落時，旋風忍者城中又出現一群自詡為「伽瑪當之子」的重機幫派，出沒在街頭上，在下水道或高速公路上狂奔。這些幫派成員是過去伽瑪當君王的狂熱信徒，打著已逝之「伽瑪當」的名號結隊，到處搜查三個「-{A|zh-hans:鬼面具;zh-hk:妖怪面具;zh-tw:惡靈面具;}-」(Oni Masks) 下落。試圖藉由竊取擁有魔力的鬼面具，利用「復活神廟」的法力，將伽瑪當君王復活起來。
作為旋風忍者一份子，學習全新旋風攻擊模式，阻擋他們四處破壞及找出背後的目的！
第1集: 一個不知名的秘密組織，正逐步威脅皇室。旋風忍者被急召回皇室，除必須保護皇室及公主等各成員外，還必須保護一個惡靈面具。
第2集: 皇室遭受到伽瑪當之子組織襲擊後，旋風忍者發現惡靈面具被伽瑪當之子偷走。旋風忍者邀請晴美公主加入他們的忍者家庭。
第3集: 晴美公主已慢慢適應旋風忍者的生活。勞埃德和阿光繼續尋找關於三個面具的秘密，而阿剛及冰忍就加入伽瑪當之子的組織。
第4集: 為了成功滲入伽瑪當之子組織，冰忍化名為-{A|zh-hans:美洲豹蛇;zh-tw:飆速蛇捷豹;}- (Snake Jaguar) 參加了一場致命電單車街頭比賽。
第5集: 冰忍被襲後一直處於昏迷，易先生迫使各旋風忍者逃到使命號。忍者們發現在冰忍的傳輸系統中，有可能會顯示沉默者的隱藏位置。
第6集: 當勞埃德和晴美尋找第三個面具的下落時，其他旋風忍者亦試圖修復使命號，並發現了驚人的事情。
第7集: 當勞埃德和晴美在復活神殿找尋最後一個面具時，旋風忍者不小心成為人質，而晴美公主亦揭露她的背後目的。
第8集: 旋風忍者呼籲旋風忍者城的警察，合力協助勞埃德阻止晴美公主的計劃 - 喚醒沉睡中的伽瑪當。
第9集: 正當旋風忍者以為他們又再一次拯救了旋風忍者城時，伽瑪當又再回來了！他釋放了晴美公主，而她鼓勵他必須征服「通往成功路上的絆腳石」… 他的兒子 - 勞埃德。
第10集: 伽瑪當君王創造了一個更大，更邪惡的巨人來協助他打敗旋風忍者以及統治旋風忍者城。