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1913年3月初，唐國安校長病逝校內。外交部令周詒春繼任，任內財政寬裕，能夠設法擴充留美人數，增加在校生數，添置設備建筑等。學制重設為“四四”學制。而自1914年起，更間年選派專科女生10名（有時不足額）留美，由公開考試決定。1918年1月4日周校長以力微任重，勞頓成疾，懇請辭職，外交部批準。周詒春辭職后，清華校長更迭頻繁。最初北京政府教育部任命范源濂為校長，但于1月6日被美國駐華公使反對，7日趙國材副校長請辭，被挽留并命其任代理校長。4月15日，外交部任張煜全（外交部參事秘書）為校長，7月1日到任。1919年12月23日，學生會舉行成立大會，張煜全校長命巡警干涉，引起公憤，宣布罷課。1920年1月張煜全辭職，30日，外交部批準，并派羅忠詒繼任，由于學生拒絕未上任。2月16日起，董事會主席嚴鶴齡代理校長。8月，外交部派金邦正（外交部參事）任清華校長。1922年4月18日，金邦正校長辭職，外交部派曹雲祥（外交部秘書）代理校長。1924年5月12日，曹雲祥被任命為正式校長。
曹校長在任約6年中，清華學術規模有了巨大突破，從中等留美預備學校過渡為綜合性大學，辦學目的也從從派遣留學逐步轉為培養本國人才。1925年春成立清華學校研究院國學門（通稱國學研究院），聘請梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任、李濟等為導師。1925年5月，成立大學部，分文、理、法三院，並附設研究所。大學部招收的學生稱為新制生，而留美預備部學生為舊制生，至此，清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成。至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等。至此，清華改辦大學的初步框架形成。然而此階段的清華發生了很大的變化。1927年6月，國學大師王國維憂憤國事，於北京昆明湖自殺，震驚全國。梁啟超亦因病離校就醫。同月教務長張彭春遭反對勢力攻擊而辭職，校園爆發「挽張去惡」風潮，學生遊行要求改造清華，曹雲祥校長被迫接受「教授治校」的治校原則。
韋杰三君死難紀念碑。
1919年5月4日，五四運動爆發，北京城內十多所學校數千人示威游行。當日晚，高等科二年級學生聞一多寫岳飛《滿江紅》貼至飯廳門口以示決心。5日，清華學生召開會議，一致通過三件事：（1）與北京學生采取一致行動，宣布從即日起罷課；（2）組織成立“清華學生代表團”；（3）派代表與北京各校聯絡，互通聲氣。7日，清華學生代表團成立，開始進行有組織演講、聯絡、會見各國公使、致電巴黎和會等。9日，清華校內掛半旗，張貼標語，全體同學在體育館舉行“國恥紀念會”，會后在大操場焚燒校內日貨。會上共同宣誓：“口血未干，丹誠難泯，言猶在耳，忠豈忘心。中華民國八年五月九日，清華學校學生，從今以后，愿犧牲生命，以保護中華民國人民、土地、主權，此誓。”6月3日、4日，清華組織“救國十人團”和18個宣傳隊進城開展演講，3日，百余人演講，40余人被捕；4日，160余人演講，近百人被捕。學生運動獲得北京、上海工人支持，開始罷市罷工。4日下午，北京政府迫于壓力釋放學生。“五四”運動后，更多新思潮涌入清華，促進了清華學生的覺醒。
1926年3月13日，清華舉行紀念孫中山先生逝世周年大會，邀請李大釗、陳毅來校演講，鼓舞了同學的革命志氣。3月18日，北京民眾為反日本入侵而游行請愿，遭到段祺瑞政府打壓，清華學生韋杰三犧牲，20余人受傷，是為三·一八慘案。
1928年1月11日，曹云祥校長辭呈獲準，嚴鶴齡再次代理校長職務，1月14日到任，4月6日即請辭。外交部派保定軍警執法處處長溫應星繼任清華校長。此時期北伐成功，6月北京政府被驅趕，南京國民政府掌控北京，6月11日，國民政府大學院、外交部致電清華學校原教務長梅貽琦，令其代理校務。22日，學生會發布宣言呼吁改辦清華大學。8月，大學院大學委員會舉薦孫科任校長，孫科當即辭職；17日，南京國民政府會議批準由大學院院長蔡元培、外交部長王正廷議案，任命羅家倫為校長，29日，王正廷向羅家倫發布訓令，任命其為“清華大學”校長。羅家倫、張奚若、錢端升起草學校規程，力爭添加“國立”二字，9月5日大學院正式發布《國立清華大學條例》，18日，羅家倫宣誓就職并宣布國立清華大學成立，任職期間，羅家倫對學校組織結構大加整改。
原隸外交部的清華董事會隸屬問題再次突顯，大學院與外交部爭奪清華管理權，最終會同管理，并合組董事會治理。后于1929年4月，經羅校長努力，董事會集體辭職，清華直屬教育部。1929年4月30日，國民政府行政院決議，將清華基金轉由中華教育文化基金董事會管理，“清華校務及游美學務基金保管委員會”在南京開會通過。1930年5月，中原大戰爆發，北平落入閻錫山之手，校內親閻錫山勢力醞釀“倒羅運動”，再加上羅家倫長期與學校師生意見不合，5月20日，清華學生代表大會提出“請羅家倫自動辭職”議案，22日，羅校長辭職離校。後閻錫山指派與其同為山西人的清華校友喬萬選為清華校長，但是遭到清華師生以反對軍閥力量把持校政為由，拒絕喬萬選。6月25日，喬萬選企圖以武力接收清華，清華學生護校糾察隊率領學生阻擋，並迫使喬萬選簽字保證“永不任清華校長”。清華校務暫由校務會議維持，清華進入長達十至十一月的無校長時期，期間主要為葉企孫、馮友蘭負責。
停在大禮堂前的單翼教練機1936年航空工程組殷文友、張捷遷設計
第一個航空風洞
1931年4月3日，國民政府教育部訓令任命吳南軒為校長，16日到校，20日宣誓就職。后因“獨攬大權、蔑視教授人格”被教育部質問，于6月請辭并斷絕學校資金、暗示武力解決。學生會召開全校學生緊急大會，斥責吳南軒，成立護校委員會。教授會成立校務維持會向教育部請愿。7月3日，教育部迫于壓力，批準吳南軒離校，委派翁文灝代理校務。9月24日，教育部電準翁文灝因事請假，由葉企孫代理校務。由教育部長李書華推薦，10月14日，教育部訓令任命梅貽琦（時任清華留美學生監督處監督）為校長，12月3日歸國到校就職，在校長就職典禮上提出“所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也”的理念，此理念對清華有著深遠的影響。
梅貽琦校長終能獲得清華師生的充分支持，在任期間長達17年，為清華最久任的校長，且對學校建設貢獻巨大，確定了其著名學府之地位，而梅貽琦也因此被稱為清華永遠的校長。他的辦學理念“所謂大學者，非謂有大樓而謂也，有大師而謂也。”的闡述廣為推崇。此時期，梅校長大力延聘名師，讓此時的清華園名師雲集，如文學院的馮友蘭、朱自清、聞一多、陳寅恪、吳宓、金岳霖等；理學院的葉企孫、吳有訓、周培源、陳省身等；法學院有陳岱孫。在治校理念上，確立了“民主治校原則”，也稱為“教授治校”，清華的教授會、評議會、校務會以及各種專門委員會，多由教授擔任，讓教授能積極參與學校事務。
從1928年至1936年期間，學生大量增加，不算研究生的話，學生人數從400人增長到1223人，并于1928年秋首度招收女生15名，并逐步增加到100名以上，還擁有美國、英國、德國、日本等國的留學生20余人。由于報考人數激增，入學錄取率依舊下降，從23.1%下降至8.2%，競爭激烈。學校考試嚴格，淘汰率很高，平均淘汰率為27.1%，理學院和工學院甚至接近70%，學生學習格外刻苦緊張。由于清華學生學習較好、外語水平較高，就業出路較為寬闊：出國留學、政府機構或私人企業、中學老師、改行，其中較多畢業生成為教職員工，占34%。至1929年夏，最后一批留美生出國，結束留美預備部。1933年，教育部令清華大學從全國招考“留美公費生”，最初招3屆，每屆25人，后決定續招3屆，每屆20人，卻于1937年停止。故共舉辦4屆，錄取93人，其中清華畢業生39人。留美公費生由清華留美經費撥付費用，一般留學兩年。自1935年起，留美之前還將在國內考察學習半年至一年。
學校強調“通才教育”，文學院培養“知識廣博”、“中西兼重”，理學院和工學院注重基礎研究，法學院則更重視與國計民生的聯系和實踐。學校重視科研，至1935年6月共設立10個研究部（全國共27個），又相繼成立幾個特種研究所。此時期，學校培養大量優秀杰出人才，并在航空、算學、物理、化學、農業、文學、歷史等各領域成為全國學術中心之一，並產生許多科研成果，挼在在自然科學方面，熊慶來的熊氏無窮數、孫光遠對微分幾何的研究、吳有訓對X射線的研究、趙忠堯對γ射線散射的研究、周培源對流體力學湍流的研究、黃子卿在等張比容測定的研究等，在當時都是中國一流研究；在工程方面，機械系教授王士倬建造了中國第一座航空風洞；人文方面，朱自清的散文、聞一多在《詩經》、《楚辭》的研究、俞平伯關於《紅樓夢》的研究、王力在聲韻學、訓詁學的研究等，在學術界影響深遠。
1935年秋，在日軍危及華北之時，部分清華學生成立北平國立清華大學學生自治會救國委員會。12月6日，北平學生自治會聯合發表了《北平各校通電》，號召抗日。蔣南翔草擬清華大學救國委員會《告全國民眾書》，喊出：“華北之大，已經安放不得一張平靜的書桌了！”。12月9日，一二·九運動爆發，清華學生趕往西直門與燕京等校學生會合進行游行，高呼“打倒日本帝國主義”、“停止內戰、一致抗日”等口號。12月16日，更大規模游行展開。次日，美國《紐約先驅論壇報》頭版頭條刊登報道：“5000中國人奮起反對日本統治，警察擊倒60——北平學生被打，‘貞德’被捕”，其中將清華女學生陸璀譽為“中國的貞德”。1936年2月19日，參予學生運動的救國會與學校教授會為了上學期期末考試補考問題發生對立，教授集體辭職。22日，由學生會與用功讀書學生組成之護校團發起挽留教授。23日，梅校長自南京回校，處分救國會帶頭分子，並慰留所有教授。29日，冀察政務委員長宋哲元派兵進入校園逮捕二十一名左派學運學生，後經校方多方奔走，獲得保釋。12月，西安事變爆發，校園左右派學生對立。28日，由潘光旦教務長宣佈解散校園一切學生運動。
1935年，北平的局勢日益危急。為了防止突發的不利情況，清華大學秘密預備將學校轉移至湖南長沙。當年學校撥巨款在長沙岳麓山山下的左家垅（今址為中南大學）動工修建一整套的校舍，預計在1938年即可全部完工交付使用。1935年冬，清華大學又從清華園火車站，連夜秘密南運幾列車圖書、儀器等教學研究必需品到湖北漢口暫時保存，隨時可以運往新校址。
1937年7月7日，盧溝橋事變，抗日戰爭全面爆發，至28日北平淪陷。8月，清華大學奉令與北京大學、南開大學在長沙合組「國立長沙臨時大學」，任命蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓三校長為臨大校務委員會常務委員，共同治理校務。10月25日，臨大開學，11月1日上課，設4個學院17個學系。至11月20日，在校生共1452人，其中清華631人，教職員共148人，其中清華73人。
1938年1月，南京被日軍佔領，中華民國政府遷都重慶，武漢危急，學校不得不遠遷雲南昆明。2月，第一學期結束後，器材書籍已陸續分批運往昆明，全校師生分海陸三途進入雲南：一、海路：女同學和體弱男同學，自長沙乘粵漢鐵路至廣州，以廣州珠江對岸之嶺南大學為招待站，然後分批自廣州乘船經香港、安南（今越南）海防，再由滇越鐵路，分3日抵達昆明。二、陸路（桑東旅行團）：沿湘桂公路到桂林，經柳州、南寧、安南入滇。三、陸路（湘黔滇旅行團）：派陸軍中將黃師嶽擔任團長，率領284名男生、11名教師、幾名教官與醫生，於2月19日自長沙出發。由長沙至湖南益陽搭船，再由益陽步行經過湘西常德抵達沅陵，由沅陵經芷江到晃縣乘卡車快速通過，再穿越雲貴高原（貴陽、平彝、曲靖），直達昆明。長途跋涉3000余里，於4月28日抵達，歷時68日，實際步行40天。
1938年4月2日，教育部轉知：奉行政院命令，并經國防最高會議通過，更名為“國立西南聯合大學”。西南聯大領導行政體系沿襲長沙臨大，并依據照國民政府1938年頒發《大學組織法》施行。設置常務委員會為最高權力機構，由清華校長梅貽琦任主席。由于北大校長蔣夢麟和南開校長張伯苓同時在重慶任職，而梅貽琦常駐昆明，則成為實際管理者。1938年5月4日，國立西南聯合大學在昆明、蒙自兩地開課，其中文、法兩學院在蒙自上課。8月23日，文、法學院遷回昆明，不久新設師範學院。9月28日，日軍飛機轟炸聯大教職員宿舍。1939年10月4日，各學院集中至新校舍后開學。。
1940年日軍攻入越南，西南聯大準備前往四川，在四川敘永暫設分校。一年級新生及先修生在分校上課。次年夏，局勢穩定后，敘永分校結束。1941年，30余學生應征翻譯，為飛虎隊服務；1941至1943年有12名聯大學生被錄取為空軍飛行員；1942年，部分學生參與中國遠征軍入緬作戰；1943年至1944年，400多學生應征對日作戰翻譯；1944年，日軍直逼貴陽、重慶、昆明，國民政府發動青年從軍運動。12月8日，聯大200多名從軍學生參加印度遠征軍，大部分在印度阿薩姆邦密支那的蘭伽（Ramgarl）學習汽車駕駛，隸屬輜重兵14團。
西南聯大期間，三校師生以“剛毅堅卓”的校訓為指導，在條件極其艱苦的情況下開展教學、科研工作。由于清華擁有庚款，戰前搶運了不少圖書、儀器設備，因此對聯大貢獻較多。由于北大并無工學院，南開僅有化學工程系，因此聯大工學院基本上為清華工學院的延續。聯大規章制度也基本沿襲清華制度，時任聯大經濟系主任陳岱孫曾總結：“西南聯合大學校內領導體制和清華大學有相似之處。清華大學的領導體制，在西南聯大期間，仍然發揮作用，制度的延續性并沒有中斷。”
西南聯大期間，清華還單獨設立清華大學昆明辦事處、清華大學研究院、清華特種研究所。研究院自1939年起逐漸恢復，設有文科、理科、法科3個研究所共12個學部，招收研究生。特種研究所為利用庚款基金利息單獨舉辦，包括農業、航空、無線電、金屬、國情普查五個研究所。1934年成立農業研究所，1936年于南昌成立航空研究所，1937年于長沙成立無線電、金屬研究所。之后均前往云南昆明并成立國情普查研究所。其中航天、無線電、金屬研究所均直接服務軍事研究，研制軍用飛機、，研制出中國第一個電子管。抗戰勝利后，各研究所并入相關各系。
日本占領期間，清華園遭到嚴重破壞，建筑物40%以上損壞，各類設備全部損壞，未南遷圖書八成被損。1937年7月29日，北平失陷，清華園陷落，少量滯留教職工成立清華大學保管委員會保護學校。1938年9月開始，日軍開始強行搜查、搶奪清華物資。10月13日，日軍牟田口部隊強占校園。1939年春，日軍野戰醫院152病院進駐清華園。占領期間，以各系館為傷病住房，以圖書館為治療室、手術室，以體育館為馬廄，以新南院為妓館，殘酷屠殺留守教職工。
1945年11月25日，聯大、云大等4校學生自治會組織6000多人，在聯大校舍草坪舉行反內戰時事晚會，錢端升等教授演講。國軍第5軍士兵在墻外鳴槍威脅，并有人員切斷電源擾亂會場。后引起昆明學校聯合罷課，學生呼吁停止內戰、組件聯合政府。12月1日，在國民黨黨務主任李宗黃、云南警備總司令關麟征、第五十五軍軍長邱清泉帶領下，軍政部第二軍官總隊百余人襲擊聯大、云大等校，炸死4人，重傷25人，即為“一二·一”慘案。之后，罷聯舉行更大規模抗議活動，各校罷課、罷教、罷工。
中國人民解放軍第十三兵團政治部布告
1945年8月，日本投降，三校開始準備復員。10月27日，陳岱孫前往接收清華園校舍并開始組織修繕。1946年5月4日，聯大結束，三校復員。10月10日，清華恢復上課。清華在戰爭傷痕下努力恢復發展，到1948年，校園面積擴大到1600多畝。相比戰前擴充了農學、人類學、氣象學、法學、航空工程、化工、建筑等院系。但由于戰爭動蕩、經濟崩潰，學校教學和學術研究只能勉強維持，眾多研究所未能招生。
1948年3月28日，華北學聯舉行平津同學萬人營火晚會，成立華北院校自治會保衛自治權利聯合會，后被當局查禁。之后各校開始罷課、罷工。4月11日，由特務組成的“北平市民反罷課清共委員會”暴力攻擊北大、師院，宣稱“下鄉清共”、“搗毀清華、燕大”。清華教授會宣布罷教，900余名學生組織糾察隊保衛清華校園。5月30日，華北12院校學生在北大民主廣場舉行“反對美國扶植日本，紀念‘五卅’大會”。6月4日，美國駐華大使司徒雷登聲明：“此舉對中美間的傳統睦誼有嚴重的損害，倘若繼續進行，可能致不幸之結果”，美國駐上海總領事卡寶德說中國學生是受美國“恩惠”得到教育，連日常所需糧食也是依賴美國的慷慨施舍。6月17日，清華大學包括吳晗、朱自清等110名教師發表聲明拒絕美援平價面粉。
1948年11月24日，在中國人民解放軍的進攻壓力下，國民政府教育部督學來北平與清華、北大校長商談“遷校”事宜。并于12月14日、15日派專機接走清華5位老師。12月13日，解放軍從南面進軍至北京西郊，繞開圓明園古跡和清華、北大，從萬壽山以西繞行，并于次日占領豐臺。時任中共中央主席毛澤東于15日凌晨2時加急電令指示：“請你們通知部隊注意保護清華、燕京等學校及名勝古跡等”。解放軍與國軍肉搏戰於學校牆外，不久國軍退守城內。15日，解放軍進駐海淀鎮，清華園成為最早被解放軍占領并宣告解放的國立大學。12月18日，解放軍第13兵團政治部在清華大學西校門及體育館前張貼布告，稱：
臺灣清華暨西南聯大校友代表團贈紀念碑
梅貽琦校長于12月14日因公入城，由于北京城內外交通中斷，留在城內。21日，國民政府派飛機運載梅貽琦等人前往南京。12月17日，第95次校務會議推舉馮友蘭為校務會議臨時主席，代理主持校務。19日，國民政府飛機空襲清華園，落炸彈4枚。1949年1月10日，清華大學被北平市軍管會接管。1949年后，包括校長梅貽琦在內的部分人員隨國民政府遷往臺灣。清華園及大部分員工、學生歸屬中央人民政府教育部，更名為“清華大學”。臺灣新竹的國立清華大學于1955年由梅貽琦校長主持建立，由中華民國政府批準“在臺復校”，沿用原校名。
從1980年代開始，兩校各項交往日漸頻繁；1991年兩岸清華80週年校慶時，在陳省身的建議下，兩岸清華第一次正式官方往來；2001年兩岸兩校共慶90周年校慶，并于2011年百年校慶前后逐步開展各類教學科研合作與文化交流，“一筆寫不出兩個清華”。
1949年1月10日，清華大學正式被北平市軍管會接管，次日撤銷訓導處。清華同學組織上千人參加的“迎接解放人民服務委員會”開展宣傳工作。1月31日，眾多清華學生迎接華北野戰軍進入北平，2月12日，參與天安門廣場十萬人參加的“慶祝北平解放群眾大會”。3月1日，在清華大禮堂舉行了新民主主義青年聯盟全體盟員大會，3月15日成立清華新民主主義青年聯盟代表大會和新民主主義青年團籌委會，成為全國第一個新民主主義青年團基層組織。5月4日，成立清華大學校務委員會，任命物理學家葉企孫為校委會主席，主持校務。
清華大學國徽設計組成員和各類設計方案合影
清華設計國徽模型
清華學生加入韓戰獎狀
1949年7月，新政協籌委會在《人民日報》等各大報紙上刊登《征求國旗、國徽圖案及國歌詞譜的啟事》，清華大學營建系主任梁思成教授被聘為國旗國徽初選委員會顧問之一。營建系林徽因等于10月23日提交了以璧或瑗為主體，以國名、五星、齒輪、嘉禾為題材的紅綬穿璧國徽設計方案。1950年6月10日，全國政協常委會原則通過使用天安門圖形。6月12日，應周恩來總理邀請，梁思成召集營建系教授組成清華大學國徽設計小組，實測天安門城樓繪制形狀。6月20日，國徽審查小組最終選定清華大學國徽方案。6月23日，政協會議通過國徽方案，9月20日發布中央人民政府命令公布國徽圖案。此外，根據1949年9月30日中國人民政治協商會議第一屆全體會議關于在天安門前豎立紀念碑的決議，清華的梁思成、林徽因等人關于以碑文為主、浮雕為輔的主張被采納，并參與設計紀念碑。
1949年9月27日，清華師生在大禮堂集會迎接新中國誕生，從政協會議回來的吳晗傳達了當天決議。10月1日晨，清華師生到清華園火車站乘車進城，從西直門下車后，由馬約翰等領隊，軍樂隊、各院系隊伍前往東單廣場集合。下午三時，開國大典開始，清華方陣位于群眾游行最后經過天安門。10月3日，陳毅前來清華視察，號召師生適應潮流、改造思想、加強業務修養。1950年，毛澤東手書6幅清華大學校名并擇其一作為清華大學新標識。
1950年6月，朝鮮戰爭爆發。清華師生1500多人自愿報名去前線參戰，最終50名學生投筆從戎，被批準參加軍事干部學校。
1952年前后，中國高等教育體系仿照蘇聯社會主義模式進行大規模的院系調整，清華的法學院、文學院、理學院、農學院、航空等院系被劃歸北京大學、北京農業大學（現中國農業大學），北京航空學院（現北京航空航天大學）等校，北京大學等校部分工學專業劃歸清華大學，清華大學從一所全科目綜合類大學變成僅擁有建筑、土木、水利、機械、動力、電機、無線電、石油八個工程系的工程技術大學。這一強制改革把人文教育趕出校園對清華發展造成不可逆轉的傷害，同一時候的三反五反開始控制教授們思想和學術自由
1953年起，隨著中國開始從新民主主義向社會主義過渡，清華和其他院校共同開始以“學習蘇聯先進教育經驗”為主的教學改革，主要措施是：明確各院校具體培養目的，改變系科，重新設置專業，指定新的教學計劃和教學大綱，采用蘇聯教材，學習蘇聯教學法，加強基礎課，開展實踐教學，聘請蘇聯專家講學等等。
清華各院系原本不設置專業，實行“通才教育”，大四才著重專業學習，“教育改革”中按照蘇聯工科大學模式設立專業，按計劃培養技術人才，到1959年共有32個專業。清華原本實行學分制，兼有必修、選修課，“教育改革”后實行學年制，要求必須完成教學大綱要求，不能自由選課，一般不能轉專業。清華學制原本四年，1953年5月，校長蔣南翔接連請示改革，最終經過批準，本科學制改為五年（建筑學專業為六年，1955年始建的新技術專業為五年半）。“教育改革”中，各系逐步建立統一教學大綱，建立眾多教學研究機構，翻譯大量蘇聯教材，1954年全校388門課中，使用中譯蘇聯教材及參考書155種，俄文原版教材及參考書162種，只有一門課是中國自編教材。到1960年8月，先后聘請蘇聯專家62位。
20世紀五十年代，世界科技，特別是原子能工業快速發展。1955年9月，高教部派以清華校長蔣南翔為團長，清華錢偉長、邢家鯉，北大周培源、胡濟民等人組成的代表團出國考察蘇聯高校原子能專業情況。11月5日，蔣南翔完成《高等教育考察團訪蘇報告》，提出并逐步落實了設立新專業的計劃，在北大設立核子物理、電子學、無線電物理、放射化學專業，在清華設立實驗核物理、同位素物理、放射性稀有元素工藝學、電子學、無線電物理、半導體及電介質、空氣動力學、固體物理、熱物理、自動控制等10個新技術專業。同時調整招生人數，使1956年新設的工程物理系共招生540-600人，占全校新生1/4以上。之后幾年，迅速獲得了核廢料處理的“721任務”、標志工業制造能力的數控銑床、自行設計建設的屏蔽式實驗核反應堆、全國第一套電視發射轉播設備、第一臺六階非線性小型模擬計算機、第一臺三自由度飛行模擬實驗臺、電子管計算機911機、晶體管小型通用數字計算機112機等成果。
《1960年校園總體規劃圖》
1957年至1958年春的反右斗爭中，清華大學共有571人被劃右派，其中教職員222人，學生349人，約占學生總數的5%。1958年后，隨著大躍進的開展，9月，中共中央、國務院發布《關于教育工作的指示》，提出教育事業“大躍進”，提出“15年內普及高等教育”的“左”傾激進目標。陸定一、劉少奇等也激勵每個省、每個專區、每個縣、每個鄉，都要辦起高等學校。與此同時，開展了更為深刻的“教育革命”，其中包括“教育與生產勞動相結合”、“勤工儉學”和“教育支援農業”等工作，在此契機下，清華大學師生承擔了解決首都用水問題的密云水庫、中國革命歷史博物館等實踐工作。1958年，機械制造、鑄工、焊接、水工等專業上百名學生開展半工半讀試點。9月，237名師生前往河南、河北參與采礦、化驗工作。10月24日，召開全校師生煉鋼動員大會，各單位開始大煉鋼鐵。1962年，近百名職工前往北大荒創辦克山農場，運回大豆80萬斤和十幾噸副食品。1963年10月14日，1300多名四、五年級學生、200多名研究生和部分教師赴西郊上莊公社參加農業勞動3周。1965年9月1日，四、五、六年級學生和部分教職工共4000余人分別到延慶、懷柔、平谷三縣和海淀區參加農村社會主義教育運動一年。還有水利、土建、動力、電機等系師生200人組成水利工作隊分赴延慶、懷柔等縣幫助農村進行水利建設。機械制造系四年級學生在畢業實習中，為沈陽第一機床廠、上海柴油機廠等單位完成200余項中等復雜程度的技術設計工作。
紅線為原京張鐵路
從五十年代到文革爆發前，在蔣南翔校長的領導下，清華逐漸形成了“又紅又專”和“德智體全面發展”的特色。1955年，蔣南翔在《人民日報》發布《共產黨員是先進科學家的光榮歸宿》一文，并推動知名學者、老教師劉仙洲、梁思成、張子高、張維、張光斗等30多人入黨。1961年，蔣南翔提出“兩個擁護和一個服從”（擁護共產黨領導、擁護社會主義，服從國家分配），4年后勉勵學生在政治思想上永不止步地“上三層樓”。1953年，清華率先實行“政治輔導員”制度，讓優秀學生黨員“雙肩挑”（一邊專業學習，一邊政治工作），延續至今。那時的清華被稱為“紅色工程師的搖籃”。
在馬約翰等優秀體育教師的率領下，清華延續建校以來傳統普及體育鍛煉，1957年，蔣南翔提出“爭取健康地為祖國工作五十年”口號，激勵清華人至今。同時，從1954年起成立近40個不同項目體育代表隊，運動員超過450人，到1965年共培養國家級運動健將11人、以及運動員20余人，在北京市高校運動會上連奪6次男子團體第一名和5次女子團體第一名。清華各類學生文藝社團迅速發展，學生藝術團擁有軍樂、民樂、弦樂、合唱、舞蹈、話劇、鋼琴、口琴、手風琴、京劇、曲藝、地方戲、舞臺美術等13支隊伍，近1400人。
1958年至1966年，學校校園不斷擴大，根據《1960年校園總體規劃圖》，學校將擁有2.5萬學生和8500教職工，并將校園向南向東擴展。原貫穿校園的京張鐵路（地基位于今“學堂路”）東移800米至今五道口處。新建中央主樓、西主樓、東主樓、工程物理系的系館、精密儀器系館（9003大樓）、各類實驗室和校辦工廠。在昌平新建原子能研究基地（今清華大學核能與新能源技術研究院）。
拉倒二校門後的碎片
6月24日至7月27日，清華附中先后貼出“論無產階級的革命造反精神萬歲！”的三篇大字報。前兩篇被轉交毛澤東，毛澤東于8月1日親筆回復，對清華附中紅衛兵運動表示堅決的支持。三篇大字報被《人民日報》和《紅旗》全文刊出。 毛澤東先后8次接見紅衛兵，將紅衛兵運動推向高潮并迅速轉移至大學生和社會人員中，紅衛兵開始進行“破四舊”、“大串聯”，1966年8月24日下午，清華老校門——“二校門”被紅衛兵以“象征封資修”為由拉倒，原址于1967年5月4日建立中國第一座大型毛主席塑像，5月5日的《人民日報》報道這一“盛況”，并在全中國掀起了瘋狂建立毛主席塑像的浪潮。
1966年6月8日，以葉林為首的工作組（劉少奇過問，夫人王光美參與）進駐清華大學，將從校長兼黨委書記蔣南翔到各班主任、政治輔導員打為“走資派”、“反動學術權威”、“牛鬼蛇神”，接管清華黨委，對造反學生進行批評打擊。工程化學系902班蒯大富等激進造反學生受到沖擊，開始反抗。6月21日，蒯大富提出“炮轟工作組”，宣稱工作組不代表革命，要求奪權，史稱“6·21事件”。工作組對其進行批評、開除團籍并關押18天，將50多人打成“蒯氏人物”，打擊近500人，發生數起自殺事件，兩人死亡。 7月，毛澤東回京，斥責工作組，支持造反派，并暗示與劉少奇的分歧。8月下旬，清華園中貼出批評劉少奇的大字報，10月，貼出“打倒劉少奇”的大字報。
1966年12月19日，經“無產階級司令部”授意，以打倒劉少奇等為出發點的清華最大紅衛兵組織、一統清華“文革”的“清華大學井岡山兵團”成立，蒯大富任第一把手，被稱為“蒯司令”。
清華主樓前萬人批斗王光美大會
12月25日，在中央文革小組授意下，清華大學井岡山兵團的5000多師生開展“反劉少奇、鄧小平”游行，將浪潮推向全北京，被稱為“一二·二五大行動”。 1967年1月6日，蒯大富等人實施了所謂“智擒王光美”計劃，以劉少奇女兒劉平平受傷為誘餌，將王光美引出并扣押。 4月10日，經“無產階級司令部” 同意，清華“井岡山”在清華主樓前召開了數十萬人參加、旨在揭露劉少奇的“批斗王光美萬人大會”。300多個造反派組織參加，彭真、薄一波、陸定一等300多名老干部陪斗。
1967年4月14日，因為內部對文革一系列重大問題存在分歧和論戰，井岡山兵團分裂為“兵團總部”（或稱“團派總部”，簡稱“團派”）和“四一四串聯隊”（或稱“四一四革命串聯隊”，簡稱“414派”或“四派”）。雙方對于成立“革委會”的革命群眾組織代表和革命領導干部代表爭執頗大。
4月30日，“團派”召開擴大會議，宣布成立清華大學革命委員會籌備小組，由蒯大富等11人組成。5月29日晚22時，“414派”成立“清華大學井岡山四一四總部”，與“團派”正式對立，其宣言指出“兵團總部已不是無產階級的代言人了。”“團派”屬于造反派，“414派”屬于造反派中的保守派，兩派之間矛盾集中于三個問題：如何理解“文化大革命”？如何評價“文化大革命”前十年？如何對待干部隊伍？
1967年冬，中共中央為避免混亂，要求所有大、中學校學生一律返回學校，進行“復課鬧革命”。1968年3月，“楊、余、傅事件”后，中央文革小組鼓動再次開展“反右傾”斗爭，提出“對派性要進行階級分析”，清華兩派矛盾開始膨脹，小型武斗不斷。
1968年4月23日至7月27日，清華紅衛兵兩派之間爆發了百日大武斗，是北京最為嚴重的武斗事件，動用各種棍棒、石塊、土槍、土炮、化學劇毒弓箭、地雷、手榴彈、半自動步槍、燃燒瓶、土坦克等裝備，針對大禮堂、 東區浴室樓、科學館等建筑進行搶占與爭奪。武斗期間，共致使18人死亡，1100多人受傷，30多人終身殘疾，直接經濟損失1000余萬元。其中最為慘烈的是，針對東區浴室的5月30日大戰，以及7月初，“團派”將“414派”部分人員長期圍困于科學館，武裝堵截出口，使用地震儀尋找并炸塌“414派”地道，放火燃燒科學館頂層，最終迫使“414派投降”。
7月27日，中共中央對教育部實行軍事管制，意圖停止高校武斗。同日，一支三萬多人組成的工人、解放軍毛澤東思想宣傳隊進駐清華，由中共中央警衛部隊（8341部隊）副團長張榮溫率領。團派拒絕停止武斗和交出武器，並且公然與工宣隊對抗，用長矛、手榴彈、步槍等襲擊工宣隊工人，導致5名工人被殺害，731位工人受傷，震動北京城，史稱“七·二七事件”。“七·二七事件”直接導致了毛澤東最終終止全國群眾武斗，次日凌晨3點半，毛澤東和林彪緊急召見包括蒯大富在內的“北京紅衛兵五大領袖”，針對清華“七·二七事件”要求迅速停止武斗，歡迎工宣隊進入。
1968年8月，工宣隊開始著手以學習班、學軍、學農、學工等方式來“再教育”和“改造”當時在校的60屆到65屆大學生，事實上是逼迫他們進行“交代罪行”、“寫檢查”、“站隊”。同時，大批紅衛兵學生響應毛澤東“上山下鄉”號召，奔赴農村，接受貧下中農“再教育”。1968年底到1969年初，根據上級指示，工宣隊使在校的60屆至63屆四屆學生集體“畢業”、分配工作（數百名因政治表現暫緩分配），留校的64屆、65屆進農場、部隊、工廠進行“鍛煉”，并于1970年夏“畢業”。
1969年5月至10月，學校在江西省南昌市南昌縣鯉魚洲建立“清華大學試驗農場”，先后5批2821名清華教職工下放勞動，當年確診血吸蟲病患者747人，懷疑患者1111人，次年確診患者總數突破千人，直到1997年清華醫療部門還在對血吸蟲病患者進行復查和治療 。有人回憶：“在江西鯉魚洲清華大學試驗農場，勞動被當成對知識分子的懲罰，只有對工宣隊表現得俯首帖耳才算改造好了，完全是一種奴化式的改造。”
1981年10月，校長工作會議決定清華英文譯名為“Tsinghua University”。1982年7月，第六次黨代會明確辦學指導方針為“一個根本、兩個中心、三方面結合”。即：學校的根本任務是培養人；學校即是教育中心，又是科學研究中心；教學、科研、生產開發及社會實踐相結合。學校的重心逐步從“階級斗爭”轉移到教學、科研中。1985年8月，第七次黨代會，第一次明確提出建設世界一流大學目標：“從現在起的十年，是把清華大學逐步建設成為世界第一流的、具有中國特色的社會主義大學的重要發展階段。”學校陸續撤銷綿陽分校、水利系三門峽基地、團河農場、西山林場。
改革開放初期，清華確定了“理工結合，文理滲透”的發展策略，逐步增設眾多理科、文科、管理學科等類院系。理科方面，1979年成立應用數學系、1982年6月恢復物理系、1984年6月成立生物科學與技術系、1985年10月恢復化學系、1985年12月恢復理學院建制，周光召兼任院長；人文社科方面，1983年7月恢復外語系、1984年4月建立社會科學系、1985年3月恢復中國語言文學系；管理學科方面：1979年成立經濟管理工程系；1984年擴建為經濟管理學院，朱鎔基任院長。其他方面，1984年建立研究生院、1985年成立中國第一個繼續教育學院。
文革結束後十多年，原二校門所在地的毛澤東塑像受到一些校友的批評，校方決定拆除毛澤東像，但同時決定在主樓大廳北牆上建立永久性的毛澤東青銅浮雕像，以緬懷毛澤東同志。1987年8月26日，毛澤東浮雕像揭幕，8月29日，拆除在文革中砸毀二校門豎立的毛主席塑像。1990年3月底，校友會決定校友集資重建二校門，并于1991年80周年校慶前重建完成。由於並沒有準確的原建築圖，復建的二校門是根據照片復原而成的。
1986年12月23日晚6時30分，受到八六學潮的影響，部分學生因民主主張在大禮堂前聚會，兩三千人圍觀，8時20分左右，近千人出西門進入北大、人大上街頭聲援合肥及上海的遊行。次日，學校廣播指出學生行為“是一件嚴重的錯誤事件”。26日，北京市出臺《北京市關于游行示威的暫行規定》，限定游行流程、秩序。29日，北師大部分學生游行進入人大、清華、北大鼓動游行。
1989年4月15日，胡耀邦逝世，清華大學校內出現挽聯、標語及大字報。17日上午，人民英雄紀念碑前出現署名“清華大學化學系”花圈。18日，從北大出發的游行學生經過清華時，有近千名清華學生加入。20日，清華兩千多名學生前往北大圖書館回合，準備商討聯合行動問題。21日，約兩千清華學生與其他九所高校上萬學生一同由學院路向天安門行進，前往天安門靜坐，并于22日上午參加人民大會堂胡耀邦追悼會，22日下午由學校派車接回。23日，3000余人于主樓前集會成立“清華大學和平請愿組織委員會”，24日起，多數同學組織罷課。24日上午，和平請愿組織委員會兩名成員找到校領導提出與國務院負責人對話，國務院李鐵映同意并約定25日下午二時對話，“委員會”中途又提出外校代表參加、記者參加、協商對話方式等要求被校領導駁回，國務院領導如約到場，但最終和平請愿委員會因內部分歧等原因未能到場，26日《人民日報》就該事報道又引起學生不滿。26日，《人民日報》發布社論《必須旗幟鮮明地反對動亂》，學校當日發表《清華大學校務會議重要通告》，申明“學校不贊成罷課”，要求“同學們不要和校外非法組織以及某些面目不清、背景復雜的人發生聯系，不要參加他們組織的游行示威活動。”，同時，清華和其他高校干部也認為四二六社論定性過高，不利問題解決。27日，大量學生出校參與四二七大游行，上午9時，與北大、農大、國際關系學院等校游行隊伍匯合，此次游行得到北京市民、各校教職工以及首都各大報紙的客觀認可。5月4日，約1000人前往天安門參加高自聯五四大游行，主要以傳單方式宣傳反對腐敗、支持新聞自由，并宣布5日北京各高校復課。13日，廣場發生學生絕食后，部分清華學生在主樓前集會，發表《清華民主宣言》號召支援，集會結束后1000多名學生前往天安門游行，92人簽名參加絕食。15日起，學生再次罷課。清華校務委員會主任張孝文發起北京10所高校校長的《十位大學校長的公開信》，呼吁學生停止絕食，希望官方領導人與同學們直接對話。18日，黨委書記方惠堅參加人民大會堂李鵬總理與學生對話會。
5月20日，國務院宣布北京地區戒嚴，22日，2000名學生和少量教職工進城參加“高自聯”游行，至26日，最后一批靜坐學生撤回。28日，500多學生參加“高自聯”的“全球華人大游行”。6月3日，學生“籌委會”廣播臺呼吁學生前往二環路堵截軍車。4日凌晨，戒嚴部隊開始清場后，清華在天安門廣場聚集的學生開始撤離，凌晨3時起，由校長、書記帶隊，學校派40車次前往各醫院查找清華死傷學生，傷者接回校醫院，死者回校收殮，最終查明清華學生在復興門等處共死亡4人，受傷19人。當日，工字廳發生多起學生圍攻校領導事件。5日，清華與其他各高校下半旗，部分老教授自發參加悼念活動，眾多市民涌入高校悼念。5日下午，學生“籌委會” 在西階召開各班代表會，號召繼續對抗。6日，校方發布《清華大學校務會議重要通告》，要求遵守戒嚴令。7日，安排復課。10日，根據戒嚴部隊指揮部第12號通告，校方清理校內大字報、傳單。13日起，傳達學習鄧小平講話。21日，校方發出通告，要求“高自聯”、“工自聯”、“籌委會”、“清華人之聲”廣播臺等骨干主動向公安部門交代情況。
深圳研究生院
1993年2月，中共中央、國務院頒布《中國教育改革和發展綱要》，8月23日，暑期黨政干部會上，學校提出：“到2011年，清華大學建校100周年，爭取把清華大學建成世界第一流的、具有中國特色的社會主義大學”。1994年，學校制定《清華大學“211工程”整體規劃》，1996年9月開始實施，總投資4.6億元（其中1.1億自籌），到1999年基本完成加強理科文科經管學科建設、發展研究生教育、承接國家重大科研任務、建設清華科技園區、建設高水平師資隊伍等10項具體規劃。1995年3月，學校開始制定“九五”事業發展規劃，建設目標確定為：“到2000年，清華大學將在人才培養、學科建設、科學研究、管理方面成為國際著名的、處于亞洲前列的大學，部分學科接近或達到世界一流大學的水平，為實現學校總的奮斗目標奠定全面而堅實的基礎。”2006年4月，清華通過“十五”、“211工程”驗收。
1999年9月18日，中共中央、國務院、中央軍委召開表彰為研制“兩彈一星”作出突出貢獻的科技專家大會，授予為“兩彈一星”事業作出突出貢獻的23名科技專家“兩彈一星功勛獎章”，其中14位專家曾在清華學習或工作過。
為了邁向世界一流大學，清華進行部分院系調整。1993年12月恢復人文社會科學學院建制，下設歷史系、哲學與社會學系、中國語言文學系等三個系，思想文化研究所、經濟學研究所、教育研究所、科學技術與社會研究所等4個研究所以及一個藝術教育中心，聘請滕藤兼任院長；1994年整合建立信息學院；1996年整合建立機械工程學院；1999年恢復法學院；1999年并入原中央工藝美術學院為美術學院；2000年整合建立土木水利學院建制，同年建立公共管理學院；2001年6月8日，清華大學深圳研究生院掛牌成立。清華大學與新成立的深圳大學城開展合作，建設綜合性、研究性的人才培養、科技創新基地，主要研究生物技術、現代物流、網絡系統、環境科學、制造技術等，成為清華唯一的異地辦學實體；2001年建立醫學院，同年工業工程專業從精密儀器系分離出來建立工業工程系；2002年建立新聞與傳播學院；2004年在工程力學系、宇航技術研究中心等基礎上建立航天航空學院；2006年，與中國協和醫科大學緊密合作辦學，成立北京協和醫學院-清華大學醫學部聯合培養八年制臨床醫學專業的學生；2008年恢復心理學系，同年成立馬克思主義學院，邢賁思任院長；2009年成立教育研究院和生命科學學院，同年復建清華國學研究院，由著名哲學家陳來任院長
清華大學研發的紅外線快速體溫計
清華簡當中的算表
量子反常霍爾效應測試樣本與平臺
科研方面，清華在各領域的研究有所突破。2000年6月28日18時37分，清華與中國航天科工集團公司、薩里大學聯合研制的50公斤“航天清華一號”微小衛星在俄羅斯發射場順利發射升空，并準確進入700公里太陽同步軌道。2004年4月18日23時59分，由清華大學和航天清華衛星技術有限公司研發的中國自主研制第一顆納型衛星“納星一號”在西昌衛星發射中心成功發射，用于高新技術探索試驗。2001年前后，工程物理系與清華同方股份有限公司核技術公司研制“同方威視”大型固定式集裝箱檢查系統和移動式集裝箱檢查系統，批量裝備中國各地海關、浦東國際機場等處，并遠銷澳大利亞、土耳其、韓國、立陶宛等眾多國家。清華核研院于2000年12月建成世界首座模塊式高溫氣冷實驗堆，運行功率為10兆瓦，并于2003年1月29日成功實現72小時滿功率運行和并網發電，為中國安全民用核能與新一代核潛艇事業奠定了基礎。物理系與應用超導研究中心著手研究高溫超導技術，于2001年研制出340米鉍系高溫超導導線，并建成產業化公里量級生產線。2005年，與中國聯通合作在北京設立多處高溫超導濾波系統示范CDMA移動通信基站并長期穩定運行。2003年的非典期間，清華實行封校措施，取消校慶活動，嚴密控制出校、返校人員，保證師生教學科研安全。同時全校科研機構開展緊急非典科研攻關，生物系饒子和教授領導實驗室研究“非典”冠狀病毒全基因組蛋白質及相關多肽的大規模表達，環境系、清華同方、深圳清華大學研究院等開展醫院垃圾無害化處理和紅外線快速體溫檢測儀器研制生產，并大規模投入使用。清華同方還為附中、附小建設網絡教育平臺，并對外免費開放遠程教育。2008年，校友向清華大學捐贈2388枚竹簡。清華大學成立出土文獻研究與保護中心對其進行研究，經測定為戰國中期偏晚（公元前305±30年）竹簡，大多為歷史類書籍，包括焚書坑儒后失傳的《尚書》，具備極高的歷史價值，稱之為“清華簡”。2013年1月，清華大學交叉信息研究院姚期智教授宣布研制出世界上第一個量子路由器并在實驗室成功演示。3月，薛其坤院士發現量子反常霍爾效應，被楊振寧認為是第一次從中國實驗室里發表的諾貝爾獎級的物理學論文。
然而清華在建設一流大學的同時，也遇到一些困境。學科建設方面，人文學科規模不大，醫學部分一直無法與協和合併；青年教師住房問題長期無法妥善解決，部分教師甚至要求時任校長顧秉林不尋求連任。學生也發生一些突發狀況與事件，2002年2月23日，清華電機系學生劉海洋在北京動物園用硫酸潑灑黑熊，引起社會高度關注。校方組織宣傳募捐和教育心理方面座談討論，并表示尊重司法機關處理結果。2005年初，教育部下達規定，要求全國高校BBS改為實名制校內平臺。3月16日，擁有眾多校內外用戶的技術性兼交流性論壇——水木清華BBS被學校網絡中心強行物理屏蔽校外訪問，進站畫面聲明改為校內型。3月17日凌晨，站務委員會發布公告，聲明水木BBS進入特殊時期，迫于校方壓力，“改變現狀的可能性基本為零”。學生紛紛創作文章、詩詞、進站畫面表達傷感之情。3月18日中午，數百名學生自發地在大禮堂前日晷處集會，共同祭奠水木清華。4月14日，網絡中心陳茂科等人強行進入水木BBS服務器機房并替換核心程序。下午，站務委員會發布公告，宣布已失去最高管理權限，“水木清華站務委員會成員一直團結在一起，但是我們無法與暴力和強權抗衡”，并于19日下午宣布集體辭職。該事件被眾多國內外媒體普遍關注。4月末，水木BBS原站務組于校外創辦水木社區BBS（后稱為“新水”，與校方掌控“舊水”相對應），由于眾多用戶發表個人版權聲明授權原版務人員任意使用其原創內容，水木社區擁有了眾多原有資料和老用戶。至今，新水擁有超過三萬的最高同時在線人數，而舊水最多僅有數千人在線。
2010年4月的校慶日上，清華啟動“百年校慶年”，由美術學院的百年校慶視覺形象系統設計小組發布校慶標識，宣布校內道路命名方案，開始在校內外舉辦各類學術活動、社會服務、校友互動等。作為百年校慶和兩岸交流的一部分，2010年7月，北京清華大學和新竹清華大學組成“兩岸聯合登山隊”向唐古拉山脈中段海拔6621米的各拉丹東雪山出發，其中11名來自北京清華，6名來自新竹清華。18日14時43分，在兩名教練帶領下，6名隊員率先登頂。
2011年4月底，清華大學迎來百年校慶。4月24日上午，“慶祝清華大學建校100周年大會”于北京人民大會堂召開，中共中央總書記胡錦濤（1965屆水利系校友）、全國人大常委會委員長吳邦國（1967屆無線電電子學系校友）、國務院總理溫家寶、全國政協主席賈慶林、中央書記處書記兼國家副主席習近平（1979屆工程化學系校友）、國務院副總理李克強等黨和國家領導人，北京大學校長周其鳳等國內大學代表，耶魯大學校長萊文等國外大學代表，國內外知名學者代表，臺灣新竹清華大學代表團，清華校友代表和師生代表，共8000多人出席大會。校慶前后，胡錦濤總書記（1965屆水利系校友）、朱镕基前總理（1951屆校友、經管學院首任院長）先后回校考察訪談，深圳大運會圣火采集儀式在清華舉行，全球130余所大學校長齊聚清華參加“2011大學校長全球峰會暨環太平洋大學聯盟第15屆校長年會”，世界知名經濟學者齊聚清華參加“國際經濟學會第16屆全球大會”，清華校友、社會人士成立清華新百年發展基金支持清華發展。
百年校慶上，胡錦濤提出新的建設一流大學計畫，稱為2011計劃，與985工程、211工程不同，此計畫取消終身制。2015年，習近平推出雙一流建設。2016年，985工程、211工程相繼取消。2017年9月21日，教育部公布雙一流建設名單，清華入選為一流大學建設A類高校，入選的一流學科分別是法學、政治學、馬克思主義理論、數學、物理學、化學、生物學、力學、機械工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建築學、土木工程、水利工程、化學工程與技術、核科學與技術、環境科學與工程、生物醫學工程、城鄉規劃學、風景園林學、軟體工程、管理科學與工程、工商管理、公共管理、設計學、會計與金融、經濟學和計量經濟學、統計學與運籌學、現代語言學等34個學科。2017年12月28日，清華正式發布《“雙一流”建設方案》。
百年校慶之後，清華成立一些新的院系。2012年，撤銷人文社會科學學院，分別成立人文學院和社會科學學院，同年中國人民銀行研究生部併入，改稱清華大學五道口金融學院。2013年成成立材料學院。2015年12月，成立藥學院。2016年12月30日，成立地球系統科學系。2017年3月4日，成立臨床醫學院，同年6月30日，成立科學史系。2019年3月28日，清華大學官方微博宣布，正式成立天文系。同年4月2日，清華大學宣布成立車輛與運載學院，簡稱車輛學院，並撤銷汽車工程系建制。2020年4月2日，因應新冠疫情，成立萬科公共衛生學院。
百年校慶之後，清華在辦學上有所突破。2013年4月，美國黑石集團董事長蘇世民宣布向清華大學個人捐贈1億美元，并籌集2億美元創建“清華大學蘇世民學者項目”，用于鼓勵清華立足中國，面向世界，為世界各國優秀大學生提供高水平教育。這是迄今為止全球教育領域最大單筆捐贈之一，也是中國獲得的最大單筆捐贈，此項目在2016年正式招生第一屆學生，目的是專門培養未來的世界領導者。2015年6月18日，清華大學與美國華盛頓大學和微軟公司合作創建的全球創新學院（Global Innovation eXchange institute，簡稱GIX）在美國華盛頓州西雅圖正式啟動。這是中國大學第一次到美國辦學，建立了第一個實體校區和教育科研平臺。2017年2月22日，在習近平和意大利總統馬塔雷拉的共同見證下，清華與米蘭理工大學校長在人民大會堂簽署協議，將在米蘭共同建設“中意設計創新基地”，這是清華首次在歐洲設立教育科研基地。
清華大學110週年校慶
百年校慶之後，清華在教學上進行一些改革。2015年，進行學分績改革，此年入學的本科生和研究生新生開始，學期成績從百分制改為等級制，在選課制度上，執行“候選隊列”方案，取消退課費，並延長退課時間，讓選課更有彈性，降低學生壓力。2017年開始，清華實施大類招生與大類培養，將原本的本科專業分為16個大類，分別為建築類、土木類、環境化工與新材料類、機械航空與動力類、能源類、電子信息類、計算機類、自動化與工業工程類、數理類、化生類、經濟金融與管理類、人文與社會類、法學類、藝術類、文理通識類和臨床醫學類，大類招生可以減少學生選填志願的盲目性，給學生更大的選擇自由權，大類培養打破了學科界限，有利于培養交叉復合型人才。2018年起，本科生中開設“寫作與溝通”必修課程，以提升學生的寫作能力、溝通能力、邏輯思維和批判性思維能力。成立語言教學中心，以提升學生用非母語交流的能力，並從2019年開始，第二外語成為本科生的必修課。
游美學務處、清華學堂時期相關文獻
外務部為擬定收還庚子賠款遣派學生赴美辦法大綱事奏折附　遣派留美學生辦法大綱
宣統元年五月二十三日
外務部等為招考赴美國留學生事致各省督撫電稿附　招考赴美留學生告示稿
宣統元年六月十三日
張之洞為游美學務處官員設置事致外務部函
宣統元年六月二十三日
游美學務處為報本處開辦情形及刊刻關防事致外務部呈文附　游美學務處暫行章程附　游美學務處人員銜名薪水清單
宣統元年七月十八日
游美學務處為報第一次留美學生報名及考試情形事致外務部呈文
考工司為留美學生陳容二人轉由游美學務處酌撥經費事致游美學務處札稿
宣統元年七月二十二日
游美學務處為報第一次考取留美學生姓名年歲籍貫事致外務部呈文附　考取第一次留美學生姓名年歲籍貫清冊
宣統元年八月初十日
外務部為何日移交清華園地畝興筑游美肄業館事致內務府咨文附：外務部為興筑游美肄業館奏稿
宣統元年八月二十五日
外務部為派員接受清華園地畝事致內務府片
宣統元年九月初九日
官房租庫造報清華園房間冊
官房租庫造報清華園樹株冊
游美學務處為報長順等木廠包修字據事致外務部呈文附：長順等三木廠包修字據
宣統元年十一月六日
游美學務處為北洋大臣請將舊生附入庚子賠款礙難同意事致外務部呈文
宣統元年十一月十三日
考工司擬外務部為礙難將舊留美學生附入庚子賠款內事致北洋大臣咨文稿
宣統元年十一月十六日
游美學務處為請撥宣統元年第二次留美學生經費事致外務部呈文附　請撥宣統元年第二次留美學生經費清單
宣統元年十二月初六日
游美學務處為報第一次赴美留學生到美入學情形事致外務部呈文
宣統二年正月十七日
外務部為增派范源廉等二人為游美學務處會辦事片
宣統二年二月初一日
游美學務處為酌擬考選留美學生及各省提學使考送留美學生辦法事致外務部呈文附　考選留美學生附　各省提學使考送留美學生辦法
駐美留學生監督容揆為報收到宣統元年第二次留美學生經費事致外務部呈文
游美學務處為報宣統元年全年經費事致外務部呈文
宣統二年三月十四日
游美學務處為報本處開辦經費事致外務部呈文
游美學務處為報第一次遣派赴美留學生經費事致外務部呈文
游美學務處為報考試第二次留美學生事宜致外務部呈文附　考取第二次留美學生姓名年歲籍貫分數清冊
宣統二年六月二十九日
外務部等為報第二次遣派學生赴美入學情形事奏折
宣統二年十一月二十日
游美學務處為遵辦使館書記官改充官費學生事致外務部呈文
宣統二年十二月十六日
游美學務處為擬定學生考試期限事致外務部呈文
宣統二年十二月十八日
游美學務處為將游美肄業館改為清華學堂緣由致外務部申呈
游美學務處為請電滬道加給軍咨處遣派學生船資事致外務部呈文
宣統三年正月初八日
駐美大臣張蔭棠為美議院同意中國派遣學生入西岬武學院事致外務部呈文附1　美國外交部照會附2　美國外交部致駐美公使照會附3　美國外交部所錄美兩院決議附4　美國外交部照會
宣統三年二月初八日
外務部為訂立清華學堂章程事奏折稿
宣統三年三月十一日
軍咨大臣載濤等為已電飭學員陶叔懋等赴美就學事致外務部咨文
宣統三年四月十七日
游美學務處添招留美學生緣由及招考簡章致外務部申呈附　游美學務處招考清華學堂學生簡章
宣統三年四月二十六日
游美學務處為復稅務處請派學生赴美留學事致外務部呈文
宣統三年五月初九日
游美學務處為請撥宣統三年第二次留美學生經費事致外務部呈文附　請撥宣統三年第二次在美留學生經費清單
宣統三年六月初六日
游美學務處為報第三次考取留美學生清折事致外務部呈文附　第三次考取留美學生姓名年歲籍貫清冊
宣統三年六月十二日
游美學務處為派員護送第三次赴美留學生事致外務部呈文
游美學務處為報第三次赴美留學生放洋日期事致外務部呈文
宣統三年六月二十五日
游美學務處為復北洋大學堂請準酌選入本年派赴美學額礙難照辦事致外務部呈文
宣統三年閏六月初五日
游美學務處改行清華學堂章程緣由致外務部申呈附　清華學堂章程
游美學務處為請由黃鼎專司留美學生監督一職事致外務部呈文
宣統三年七月二十四日
江海關監督為已撥付宣統三年第三次留美學生經費事致外務部呈文
宣統三年八月二十三日
票匯，貿易術語，是國際貿易的付款方式之一。
銀行收匯款人申請，代其開立銀行即期匯票，支付一定金額給收款人。票匯與電匯、信匯的不同點在于，票匯由收款人持票登門取款，因而無須通知收款人取款。另外，其匯票經匯款人背書可以轉讓流通，這是電匯與信匯的收款人所無法做到的。
# 匯款人填寫票匯申請書，并交款付費給匯出行；
# 匯出行開立銀行即期匯票交給匯款人，由匯款人寄給受款人；
#同時，匯出行將匯票通知書寄匯入行；
#受款人持匯票向匯入行取款時，匯入行將匯票與原根（匯票通知書）核對無誤后，解付票款給受款人。
票匯有兩個特點：一是匯入行無須通知收款人取款，而由收款人上門自取；二是收款人通過背書可以轉讓匯票，因而到銀行領取匯款的，有可能并不是匯票上列明的收款人本人，而是其他人。這樣票匯牽涉的當事人可能就多于電匯和信匯這兩種方式。
在國際貿易實務中，進出口商的傭金、回扣、寄售貨款、小型樣品與樣機、展品出售和索賠等款項的支付，常常采取票匯方式匯付。
即期外匯憑證除付款委托書、銀行匯票外，還有商業匯票、支票、旅行支票等等。
陳珪，河南行省揚州路泰州（今江蘇省泰興縣）人。明朝軍事將領。
洪武年間，陳珪跟從大將軍徐達平定中原，授龍虎衛百戶，改燕山中護衛。之後跟從朱棣北征任前鋒，進副千戶。之後，靖難之役中，跟從朱棣起兵，積功至指揮同知。之後回北平輔助世子守衛。累遷都督僉事，封泰寧侯，祿千二百石。永樂四年，開始修建北京宮殿。永樂八年，明成祖北征，其與駙馬都尉袁容輔助趙王留守北京。十五年命鑄繕工印給陳珪，兼掌行在後府。永樂十七年去世，贈靖國公，謚忠襄。
陳珪于建文四年（1402年）受封泰寧侯，子孫世代承襲，約歷十世十四代，至明亡而國絕。
第一代：陳珪，建文四年（1402年）封泰寧侯，予世券。永樂十七年（1419年）去世，追封靖國公，謚號“忠襄”。
第二代：陳瑜，陳珪之子，永樂十七年（1419年）襲爵。永樂二十年（1422年）因罪下獄而死。
第三代：陳鐘，陳璽之子、陳瑜之侄，永樂二十二年（1424年）襲爵。宣德五年（1430年）去世。
第四代：陳灝，陳鐘之子，宣德五年（1430年）襲爵。宣德七年（1432年）去世。
第五代：陳瀛，陳灝之弟，宣德十年（1435年）襲爵。正統十四年（1449年）戰死，追封寧國公，謚號“恭愍”。
第六代：陳涇，陳瀛之弟，正統十四年（1449年）襲爵。成化八年（1472年）去世。
第七代：陳桓，陳涇之子，成化八年（1472年）十二月襲爵。弘治七年（1494年）去世。
第八代：陳璇，陳桓之子，弘治七年（1494年）襲爵。正德元年（1506年）去世。
第九代：陳儒，陳璇之子，正德七年（1512年）襲爵。嘉靖十二年（1534年）去世。
第十代：陳璉，陳儒之叔，嘉靖十三年（1535年）襲爵。嘉靖二十三年（1544年）去世。
第十一代：陳?，陳璉之弟，嘉靖二十四年（1545年）襲爵。嘉靖三十一年（1552年）十二月去世。
第十二代：陳良弼，陳?之子，嘉靖四十一年（1562年）襲爵。至天啟元年（1621年）仍在世。
第十三代：陳聞禮，良弼之子，卒年不詳。約于天啟（1621年－1627年）年間襲爵、去世。
第十四代：陳延祚，聞禮之子，卒年不詳。天啟（1621年－1627年）年間襲爵。至崇禎元年（1628年）仍在世。
孟善，中書省濟南路無棣縣（今山東省無棣縣）人，明朝軍事將領。保定侯。
孟善早期仕于元朝，任山東樞密院同僉。之後歸順明朝，并跟從大軍北征，授定遠衛百戶。后平定雲南，晉升燕山中護衛千戶。靖難之役時，跟隨朱棣起兵，攻佔松亭關、白溝河均有功。之後守衛保定，以數千兵力抵擋中央軍的萬人圍攻，后保存城池。此後累升至右軍都督同知，封保定侯，祿千二百石。永樂元年，鎮守遼東。七年召還北京，須眉皓白。明成祖憐憫其，命致仕。十年去世，贈滕國公，謚忠勇。有子孟瑛、孟賢，其中孟瑛繼承爵位。
濟州島石爺，又稱石頭老公公。指的是韓國濟州島的一種特有的石像。在韓國濟州島方言裡，「????」意思是「石製的爺君」。
濟州島石爺最早建造的時間約在朝鮮王朝時期的1754年左右。除「????」這個名字外，還有「????」、武石木（???）、偶石木（???）、濟州島翁仲石（???）等稱呼。1971年，濟州民族資料第二號將該石像的正式名字定為「????」。
目前發現的石爺在濟州島各地大約有45個，其形狀和表情稍有不同。石爺的主要特徵是大眼睛、大鼻子，嘴唇緊閉，頭戴韓國傳統的帽子，兩手合於腹部，平均高度為180厘米。
石爺是濟州島的象徵，立於街道的入口，根據濟州島島民的說法，石爺不僅可以充當守護神，也兼備施展魔術的宗教機能。與濟州島石爺類似的石像在夏威夷和太平洋諸島嶼上皆有發現。
* 濟州的象徵：濟州島石爺  濟州特別自治道官方網站
索科特拉野石榴（學名：）是一種石榴屬植物。它們是索科特拉島的特有種。生長在亞熱帶或熱帶的乾旱森林。
索科特拉野石榴估計保留了其唯一同屬近親石榴（''P. granatum''）共同祖先的一些祖征。它們呈的花朵呈粉紅色及較石榴的細小，果實也不怎麼甜。成熟時的果實呈黃綠色。
張嘉祿， 字肖菴，一字肖葊，一字受百，浙江省鄞縣人。
張嘉祿生於道光二十五年十二月十六日。 光緒二年舉人， 光緒三年丁丑科進士。光緒三年五月，改翰林院庶吉士	光緒六年四月，散館后，授翰林院編修。后擔任順天鄉試同考官（光緒八年， 光緒十一年， 光緒十九年）， 國史館協修（光緒八年-光緒十五年）， 會試同考官（光緒十五年）， 山東道監察御史（光緒十五年-光緒十七年）， 雲南道監察御史（光緒十七年-光緒十九年）， 湖北鄉試副考官（光緒十七年）， 戶科給事中（光緒十九年-光緒二十年）， 巡城給事中（巡視中城）（光緒十九年-光緒二十年），  兵科給事中， 兵科掌印給事中（光緒二十四年-光緒二十六年）。卒於光緒二十六年二月二十六日。
娶柴氏。 生三子二女： 張壽鏞（字詠霓）， 張壽鎬（字子京）， 張壽鏡（字鋻秋）， 張壽婉，（次女早逝）。