ticoAg/ChineseCorpus-Kaggle-fanti huggingface dataset:
八達通亦提供了各類優惠的可行性（包括轉乘優惠、月票、第二程折扣優惠等），可替複雜的轉車組合準確計算單一車資，取代其未通用前派發及出示轉車券的做法；現時上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、東涌－香港全月通加強版和東涌－南昌全月通加強版及由2009年12月起之屯門－紅磡全月通加強版的優惠都透過八達通使用，儲存記錄在八達通的晶片內。
港鐵市區綫的單程票是一種智能車票，只須在讀卡器上啪一下至聽到嘟聲便可入閘，而附有磁帶的車票亦已經在2014年3月19日停用。
車票可在入閘前購買，並只限即日有效。各車站大堂設有自動售票機售賣各種單程票，另頭等單程票或前往過境車站的車票可於客務中心購買。機場快綫則使用塑膠及紙製智能車票，亦是港鐵唯一設有來回車票的系統。輕鐵是使用紙製車票，於車站月臺購買。由於單程票是港鐵公司資產，除紀念車票外，出閘機會回收使用。如在車站內或街道上拾獲，一律歸還客務中心。
港鐵建議乘客如需前往較繁忙的車站，如中環、尖沙咀、尖東、旺角及旺角東等車站時，或前往馬場站前（因該站不設售票機，如需購票即需在客務中心排隊購買），可預先多購一張車票作即日回程之用。
2021年1月23日起，港鐵推出二維碼付費乘車服務，乘客可使用手機應用程式「MTR Mobile」綁定其AlipayHK帳戶，或直接使用AlipayHK內的「易乘碼」，可於港鐵掃描二維碼出入閘。而內地用戶可使用支付寶帳戶內的「乘車碼」乘搭港鐵，系統會自動將車費由港幣換算成人民幣。目前已經有1000部出入閘機安裝了二維碼掃描器。
港鐵宣佈在2022年2月20日起引入微信支付及銀聯雲閃付多兩款電子錢包付費乘車，乘客可使用手機應用程式「MTR Mobile」綁定其微信支付及銀聯雲閃付帳戶，亦可選擇透過微信支付內的「騰訊乘車碼」小程序或使用銀聯雲閃付內的「港鐵乘車碼」小程序  於港鐵掃描二維碼出入閘。
港鐵設有不同的推廣月票，包括屯門－南昌全日通、上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、屯門－紅磡全月通加強版、東涌－香港全月通加強版及東涌－南昌全月通加強版。除上水／烏溪沙－尖東全月通加強版可與屯門－南昌全月通加強版或屯門－紅磡全月通加強版編錄於同一張八達通內之外，其餘全月通均不能編錄於同一張八達通內。
此外，港鐵亦有多項旅遊車票，專供留港少於14天的遊客購買，在購買時要出示身分證明。旅遊車票包括遊客全日通、遊客過境旅遊票及機場快綫旅遊票。
港鐵亦不時推出優惠，如搭十送一，乘客只需乘十程港鐵，即送免費單程票一張。
+ 2015年早上繁忙時段每小時最繁忙路段單向統計數字
大圍至九龍塘
錦上路至荃灣西
車公廟至大圍
油塘至鰂魚涌
天后至銅鑼灣
石硤尾至太子
尖沙咀至金鐘
欣澳至迪士尼
設計可載客量(每平方米站立六人) (a)
最高列車班次下的最高可載客量(每平方米站立六人) (b)
現有可載客量(每平方米站立六人) (c)
現時乘客量 (d)
現時載客率(每平方米站立六人)(d)/(c)
現時載客率(每平方米站立四人)(d)/(c)÷71.2%
相對2014年的變化(百份點)
現時載客率(每平方米站立六人)(d)/(a)
每個港鐵車站的設計各有不同，不少車站採用較為簡單的箱形結構，以2至3層的結構容納大堂及月臺，亦有部份車站則採用較為複雜的佈局結構，月臺設於鑽挖隧道內，而大堂則位於路面以下，更有多層的地庫結構，以提供更多空間給容納車站大堂售票設施、商店、控制室及機房等設施。
所有車站運作由港鐵公司車務部負責。
2010年尾，港鐵推出MTR Mobile，令乘客可以搜尋路綫資料及港鐵站設施。
由於每日有大量乘客使用港鐵，因此月臺均設有大量扶手電梯，雖然早期有意見認為傷殘人士不適合乘搭鐵路而未設旅客用升降機，但因應機場快綫及東涌綫的開通，所有車站均最少有一部升降機；此外，另有個別車站亦已陸續安裝自助式輪椅升降臺，以便解決部份車站未能加裝升降機的問題。
與此同時，為配合無障礙運輸，合併前的地鐵在1998年起作出多項改善措拖，以方便傷健人士使用地鐵。包括在車廂內加設輪椅專用位置、失明人士引導徑、闊閘機及升降機等。
車站大堂同時設有客務中心處理乘客票務問題。此外，每個港鐵車站亦設有收費電話、自動售賣機及自動照相機等自助服務。此外，有14個車站設有互聯網服務──iCentre，供予乘客瀏覽網頁，車站包括香港、中環、灣仔、銅鑼灣、鰂魚涌、金鐘、太古、九龍塘、九龍灣、旺角、太子、深水埗、葵芳及荃灣。2013年7月8日起，全綫港鐵車站均設置最少一個免費WiFi熱點，讓乘客每日可以享用最多5節，每節15分鐘的免費WiFi服務。
有別於世界各大地鐵系統，當時的前地鐵基於衛生及安全理由，除了機場快綫及迪士尼綫之外，大部份車站均不設洗手間設施，對乘客不便。現時乘客如有需要，可向職員提出，由港鐵職員帶領下使用職員洗手間。相反地，前九鐵的各個車站在興建時已包括洗手間設施（不包括︰馬場站），所以在2007年討論兩鐵合併時，有立法會議員建議港鐵在其原來路綫的車站加建洗手間。相隔9年，港鐵才表示在7個轉線車站陸續添置洗手間，爭取在2020年前完成。
為協助身體不適的乘客，自2015年每逢冬季，港鐵於星期一至五的繁忙時間（早上7:30至9:30及下午5:30至7:30）在九龍灣、彩虹、黃大仙、九龍塘、金鐘和北角站設立「乘客不適支援點」。到達後會有站員提供協助。
港鐵車站商店（圖為尖沙咀站）
港鐵新式班次及天氣資訊屏
港鐵車站擁有不少商店，種類不斷增多。由初期的便利店和銀行，到現在的快餐店和成衣店，部份客流量高的車站已儼如小型商場。在大部份港鐵車站內，都有以下服務：
* 7-11便利店或OK便利店
由於不少車站都有上面的設施或商店，遂成為等候親友的主要地標。例如相約朋友到「尖地恒」，意思就是在尖沙咀站的恒生銀行見面。
此外，港鐵在羅湖站、落馬洲站、九龍塘站及紅磡站設有免稅店，為過境乘客提供免稅商品的銷售服務。
站內的報刊派發處及客務中心，分別派送不同的免費報刊。早期有Recruit和JobMarket求職廣場招聘雜誌，到2000年代中免費報紙興起，都市日報、Metropop、都市盛世、頭條日報和am730在站內派發。不過近年智能手機和網上媒體發展成熟，已經減少了免費報刊。
星期一至六早上（公眾假期除外）
東鐵綫（紅磡站、馬場站、大學站、上水站、羅湖站及落馬洲站除外）、以及屯馬綫（錦上路站、尖東站、啟德站、鑽石山站、顯徑站、車公廟站、石門站、大水坑站、恆安站及烏溪沙站除外）各站
星期二及五下午
東鐵綫的紅磡站、九龍塘站、大圍站、沙田站及大埔墟站、以及屯馬綫的屯門站、天水圍站、元朗站、美孚站、紅磡站及鑽石山站
JobMarket求職廣場
港島綫（西營盤站、天后站及杏花邨站除外）、荃灣綫、觀塘綫（何文田站除外）及將軍澳綫（調景嶺站及康城站除外）各站、東涌綫的南昌站、青衣站及東涌站、以及南港島綫的黃竹坑站
鐵路地圖雜誌（車站指南）
在購買遊客車票時（迪士尼綫全日通除外）派發
各港鐵站客務中心（若果馬場站沒有開放，馬場站車站指南側可在火炭站索取）及港鐵旅遊
在1979年通車時，由於前地鐵公司當時認為香港部份市民是文盲，因而透過車站顏色方便乘客知道自己身處的位置。車站顏色主要有4個原則作決定，包括車站名本身與顏色字有關（如黃大仙站採用黃色）、是否具意境（鑽石山站採用黑色，再加上少量白色，便展示鑽石在黑洞中閃爍）、根據周圍環境（如堅尼地城站靠近海邊，故採用湖水藍色；或海洋公園站為刻意配合其鄰近設施之主題而採用海洋藍色）和隨機決定（如西營盤站的紫色與相連的上環站的泥黃色形成對比）。而繁忙地區的大型車站、轉車站或終點站則傾向採用紅色，希望吸引乘客的注意力（如荃灣站、旺角站、中環站及紅磡站）。
港鐵其車站顏色的特色更被旅遊指南Lonely Planet介紹。
香港地鐵目前仍保留許多柯熾堅當年設計的「地鐵宋」
指示設計由前地鐵公司建築部門底下設計小組的工作，其中一部份為設計站牌的字體。當年採用「地鐵宋」是明體，曾令許多設計師費解，因為這是華人世界第一個城市大眾運輸系統所使用的字牌。設計者之一柯熾堅表示，地鐵是城市精神的表徵，而明體本身為帶有濃厚楷書基因的字體，用於站牌可彰顯中華文化的氣氛。對於香港這樣的國際都會來說，或許有宣示在地主體性的意味在。而且該字體雖然橫筆細，但關鍵的豎筆卻很粗，所以當作指示，並不會有看不清楚的問題，只要再把橫線加粗，就更好了。而英文字型為Helvetica。其後地鐵公司在1982年3月製成「指標規範手冊」，作為日後指示設計的準則。
到1995年，為了方便乘客認別出口位置，出口均加設英文字母並沿用至今。而指示牌在1998年起使用Myriad Pro Semibold，同時改良指示設計，棄用1979年沿用的紅黑底作背景，全面改為黑底。
港鐵列車的優先座
港鐵列車上均貼有包括所有港鐵路綫的路綫圖，方便乘客。當中南港島綫、港島綫、荃灣綫、觀塘綫、將軍澳綫、東涌綫及機場快綫列車均安裝了閃燈路綫圖，供乘客留意列車的行駛方向、停靠車站及轉乘資訊。
此外，港島綫、荃灣綫、觀塘綫及將軍澳綫列車都裝有「港鐵資趣臺」，除顯示列車訊息及報站提示之外，更提供由商業電臺提供的文字新聞及其他廣告資訊。
東鐵綫、屯馬綫、港鐵中國製列車、港鐵屯馬綫中國製列車及港鐵南港島綫中國製列車列車則安裝了新聞直線（全稱「港鐵新聞直線列車資訊娛樂系統」），在車廂內播放包括由有線電視提供的新聞及娛樂節目、鐵路安全訊息及廣告的連續片段，讓乘客在旅程中得知最新資訊，同時帶來廣告收益。將來因應新列車的陸續引入，新聞直線亦會引入全市區綫。
雖然新聞直線系統在列車經過某些路段時會出現間歇信號中斷情況；但這系統在「2007香港資訊及通訊科技獎」中獲得「最佳無間斷網絡（流動資訊娛樂）銀獎」，也肯定了其系統的穩定性。
港鐵各個車站及行車隧道內鋪設了流動電話網絡，使乘客不論在地面或地下均可無間斷地使用流動電話。港鐵也是全球首個引入第三代流動通訊（3G）及Wi-Fi無線上網的鐵路系統，乘客可於車站及列車上使用流動電話、電子手帳等瀏覽互聯網或高速傳輸數據。
安全海報（圖為九龍灣站）
港鐵月臺幕門（圖為荔景站）
港鐵系統的治安以及保安由香港警務處鐵路警區以及港鐵轄下的保安公司 (當中包括附例特檢隊) 負責。港鐵系統一向被譽為全世界最安全的鐵路網絡之一，在港鐵發生的罪案，僅佔全港罪案的1.5%，相對港鐵每天近400萬人次的搭乘。
港鐵一直都舉行不少活動，確保乘客注意使用港鐵時的安全。例如在各個車站內有不少海報，月臺及車廂亦有廣播提醒乘客。宣導標語常以粵語口語表示，如「緊握扶手，企定定，照顧同行長者同小朋友。」（使用扶手電梯時，緊握扶手，不要亂行走」）或「聽到嘟嘟聲，停低你至精」（聽見嘟嘟聲（列車門在關閉時發出的警號）時，停下來是最聰明）、「搭港鐵，咪衝門，要小心」（乘搭港鐵時，不應衝門，要小心）等。此外，港鐵引入附例來防止乘客進行不當或危險的行為，例如禁止攜帶易燃物品，違規者可被罰款甚至入獄。港鐵禁止攜帶金屬氣球進入車廂範圍，以免影響架空電纜運作。
機場快綫、東涌綫、將軍澳綫、西鐵綫和尖東站興建時的新建車站均在通車時已裝設了月臺幕門。由2002年8月起，當時的地鐵開始引入月臺幕門到港島綫、荃灣綫和觀塘綫各個地底月臺，是全世界首條鐵路在營運中鐵路系統加建月臺幕門，所有安裝工程於2005年10月全部完成。月臺幕門能夠防止乘客墮軌，及防止月臺的冷氣流失。迪士尼綫的欣澳站及迪士尼站車站設計以開放式為主，無安裝空氣調節，故此發明月臺閘門。月臺閘門高1.5米（約月臺幕門的一半）。月臺閘門能夠防止乘客墮軌，成本亦較便宜。
全線98座車站中，當中有82座已經完成安裝幕門或閘門，至2021年6月，尚餘東鐵綫共14座車站（大圍站及九龍塘站只限於東鐵綫月臺）月臺未加裝閘門。港鐵表示，是因為需要配合沙中綫工程，加上涉及更換訊號系統，故此預料要等東鐵綫12卡車全數退役後才會進行安裝，但現時至今仍未開始。
根據港鐵資料顯示，自月臺安裝幕門後，發生的事故的數字明顯減少。
每個月臺兩端均有壓力感應器，一旦有人經月臺兩端的樓梯步行到路軌，感應器便會傳送信號到站長室，通知職員。此外，每個月臺都設有緊急停車掣，防止有人墮到路軌而被列車輾過。東鐵綫因部份車站月臺彎度過大及空隙較大，乘客可能會誤墮縫隙或被困於閘門與月臺邊緣之間的空間，港鐵曾試驗安裝月臺伸縮踏板。有關羅湖站伸縮板的工程已經完成安裝，分別於2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日內試用，期間列車抵達車站時需要額外時間15-20秒。因月臺伸縮踏板令列車延遲而影響乘客及班次。2014年9月。港鐵就沙中綫二期安裝月臺幕門及東鐵綫加裝月臺閘門工程進行招標前的資格預審，工程範圍同時包括了為部份東鐵綫車站加建月臺伸縮板，羅湖、大學及至旺角東站會合共加建約140個伸縮板。2017年12月馬鞍山綫月臺閘門安裝工程全部完成。
於2010年10月29日，港鐵宣佈於10個繁忙車站（紅磡站、羅湖站、中環站、金鐘站、旺角站、太子站、九龍塘站、銅鑼灣站、荃灣站及香港站）的站長室、客戶服務中心及月臺監察亭設置共39部自動體外心臟去顫器，由香港消防處救護總區訓練港鐵前線職員，有需要時，由前者及鐵路警區警務人員優先負責處理操作。至此，有300名前線職員接受過訓練學習使用除顫器，港鐵會試驗1年，然後檢討成效，考慮是否推廣至全香港所有車站。
在試驗期間，在3次情況底下，站內有人成功利用自動體外心臟去顫器救回兩名心臟病發者。於2011年11月1日，港鐵落實將自動體外心臟去顫器裝置至全香港93座車站，包括2部置於城際客運的九廣通列車上，耗資350萬港元購置200多部相關的裝置，分布於站長室及月臺監察亭，總數為237部，每站裝置兩部。配備自動體外心臟除顫器的客務中心和月臺監察亭的玻璃窗上，都會被貼上特別標誌，方便識別。至2011年11月1日，有750名前線職員接受過訓練學習使用除顫器。屆時，救護總區亦會向所有督導級的員工教授急救知識。自2012年開始，全綫84個車站及城際客運的九廣列車上，已設有237部自動體外心臟去顫器。
公眾認為兩鐵合併後會為乘客帶來更高效率的服務，但不少調查均指自合併以來，港鐵服務延誤個案有上升之勢。《文匯報》的調查指港鐵的延誤由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年錄得300宗延誤事故。其中逾半起因是機件故障，達169宗。其中2011年夏季，21日內更發生至少6宗事故。服務延誤逾一小時的嚴重事故亦持續發生，2008年累計至2011年9月底已有17宗。
有港鐵工會人士透露，港鐵近年削減維修資源，單是2010年保養及相關工程開支卻較2009年減少300萬元至9.12億元，引致前綫維修保養人手不足，並大量聘請外判公司負責維修保養工序，做成近年事故頻密。立法會議員亦批評賺大錢的港鐵只會加價，卻減少資源改善服務質素，將乘客安全置之不理。
而港鐵的事故通報機制亦受不少公眾批評，有媒體向港鐵查詢2011年第二季事故數字，發言人以資料未有公開為由拒絕提供。一群80後港鐵員工因而決定在twitter及facebook開設MTR Service Update，即時公布事故信息，至今吸引了逾3萬名網民關注。
1993年4月27日，當時未與九廣鐵路合併的地鐵公司，曾發生全球首宗脫卡意外。事發時，一列荃灣綫載客列車由荃灣站駛往大窩口站途中，一個車卡的連接器鬆脫，導致最後3卡車廂與前面車卡分離，失去動力後停在隧道內。但車長未察覺列車脫卡繼續行駛，駛至大窩口站時，經月臺職員通知才揭發事故。幸好當時沒有乘客站在車卡與車卡中間，所以沒有人命傷亡。
1994年1月28日晚上，一列觀塘綫載列車由牛頭角站駛進九龍灣站2號月臺時，其中兩節車卡出軌，服務嚴重受阻，為地鐵自啟用以來首宗載客列車出軌事件。
2004年1月5日，有精神病患者在荃灣綫列車上縱火，事件造成14人受輕傷，是地鐵自啟用以來首宗縱火案。事件使地鐵公司嚴厲執行禁止攜帶危險物品的禁令，以進一步保障乘客的安全。另一方面，地鐵當局亦定期進行意外演習，使員工保持危機意識。
2012年5月3日早上8時上班時間，西鐵綫美孚站架空電纜發生電力故障，900名乘客被困車廂近兩小時，港鐵要疏散尾隨一部列車，由管道步行約100米返回車站月臺。事件中有一名孕婦感不適，需戴上氧氣罩送院。屯門來往荃灣西維持5至10分鐘一班車，而紅磡來回南昌站亦維持5至10分鐘一班車。而荃灣西來回南昌站，港鐵則提供接駁巴士服務。服務受延誤約2小時，直至上午9時，工程人員確認高壓電纜運作正常，立即將肇事列車拖回車廠，所有列車服務於9時40分回復正常。
在荃灣西站及南昌站外一度有過百人排隊等候，部份乘客找不到港鐵的接駁巴士，職員亦是一問三不知。有市民不滿列車在尖東站和柯士甸站停車超過10分鐘。住在屯門的工聯會立法會議員王國興因為遇上西鐵綫故障，趕不及到立法會開會，他批評港鐵的處理手法，說一定會在立法會跟進，認為要設立懲罰制度。
港鐵董事局主席錢果豐出席股東週年大會後，對西鐵綫早上故障造成的不便，向公眾致歉，認為港鐵現時有200公里長的列車服務，無可避免會出現事故，最重要是找出事發原因，減少意外發生的機會，他認為港鐵員工今早處理事故的表現算是不錯。
2012年7月23日晚上11時，因強颱風韋森特襲港，大埔墟站附近有大樹倒塌，導致電力故障，再加上其他路段亦出現跳電情況，引致東鐵綫全線暫停服務，共有8列東鐵綫列車受影響。其中4班列車停留在大圍站、大學站、大埔墟站及火炭站達8小時，亦有乘客半夜被迫滯留在沙田、大圍等車站大堂。逾千名乘客受事件影響，被迫在該處過夜。
有乘客不滿港鐵沒安排接駁巴士，亦有人鼓譟跟車站站長理論，不滿港鐵的廣播，無交待服務何時恢復。港鐵派職員，向乘客講解情況。沙田站部份乘客不滿行程受阻，與職員理論，要求港鐵提供穿梭巴士或協助他們截的士。港鐵其後向這批乘客，每人派發200元。
直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全線恢復通車。但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘錢 九龍塘站往油麻地方向的月臺上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。港鐵要實施人流管制措施，乘客鼓噪。
港鐵車務營運總管劉天成表示，解釋因天氣惡劣影響，東鐵綫列車服務在凌晨2時44分回復正常，但由於凌晨列車服務已停止，加上要進行維修工程，不能再發車接載滯留的乘客。港鐵亦強調，有廣播通知乘客，並已開放車站給乘客休息，並提供水和洗手間設備。
對於記者不斷質詢為何出現「大細超」派錢情況，即不同車站乘客有不同待遇，劉迴避不答，但承認有職員協助乘客乘的士，他又讚揚惡劣環境下仍在港鐵沿線加班當值的職員，重申希望受影響乘客諒解港鐵，拒絕向受影響的乘客道歉。
時任立法會議員鄭家富批評港鐵應變手法差劣，過去立法會曾多次討論港鐵在緊急事故提供接駁巴士的安排，但今次事件反映港鐵仍然準備不足。他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵綫沿線加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。
2013年12月16日中午12時40分，觀塘線一列由調景嶺往油塘站方行駛的港鐵北車長客電動列車，駛至兩站之間的五桂山隧道時，一段30米長架空電纜鬆脫，列車車頂碰撞電纜後冒煙搶火，數名乘客稱聽到幾響爆炸聲，並見車身外有火花，車廂燈光一度半熄，遂報警求助。消防到場後，發現列車停在離油塘站約50米外的管道內，疏散車上150名乘客，由車頭的緊急出口離開車廂，徒步走到油塘站月臺，事件中無人受傷。油塘站亦要全面封閉，油塘站至寶琳站及康城站服務完全癱瘓。2時許，港鐵抽調觀塘綫列車，有限度提供將軍澳綫過海服務。港鐵維持每8分鐘的列車在藍田站接載乘客後，使用藍田站後備行車隧道直接駛入將軍澳綫過海段，途經鰂魚涌站，以北角站作終點站（即等同2002年前將軍澳綫尚未通車時的觀塘綫列車行走路線）。此安排一直維持至當天下午5時35分，直至架空電纜維修完成，癱瘓5小時，是港鐵22年來最長時間的故障。
由於將軍澳近年巴士重組大削跨區和過海線，地鐵成為區內最重要交通工具。發生事故時估計約10萬居民出入嚴重受阻，大批受影響乘客在車站內外等候，只可等港鐵安排接駁旅遊巴。其中觀塘站、寶琳站和坑口站的港鐵免費接駁巴士站外有數百人排隊，大批乘客冒寒風冷雨排隊兩小時才能搭到巴士。唯港鐵職員沒提供清晰指示，有夫婦排隊到上車一刻才發現上錯車，要重新排隊；將軍澳站職員更發出錯誤資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子列有2013年11月底已取消的692巴士線。與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。連環車禍令區內交通「雪上加霜」，嚴重擠塞。
根據服務表現安排，若出現港鐵可控制範圍內的事故而導致服務中斷超過31分鐘，港鐵須繳交「罰款」，透過回程九折優惠安排回贈市民。今次事故令服務中斷4小時55分鐘，故港鐵或被罰款750萬元，估計提供5.7日的回程優惠。
2015年3月21日，港鐵東鐵綫紅磡站附近的沙中綫地盤發生混凝土漿灌入行車路軌事件。當天下午三時半，工人正為隔音屏障工程灌漿，疑其間部份圍板破裂，大量混凝土漿由地盤溢出，一直湧入東鐵綫路軌範圍內，部份混凝土漿蓋著路軌，約80名工人接報到場清理。工人先用鐵鏟將路軌上的混凝土漿鏟走，並開水喉沖走混凝土漿，然後由其他工人用布袋盛載石屎，再一袋袋運走。北行綫往旺角東方向的路軌旁邊有圍板傾斜並明顯破損，相信該處是肇事圍板缺口，外邊堆積大量混凝土。
受事件影響，東鐵綫來往紅磡至旺角東站的列車，需採取單軌雙程行車，服務延誤。紅磡、九龍塘及沙田等多個車站的月臺擠滿候車乘客，到站的列車亦極為擁擠，不少乘客需要等候兩、三班車才能上車。列車服務受阻約三小時，至晚上6:34才逐步回復正常。港鐵為事故向乘客致歉，肇事沙中綫地盤事後已暫時停工，以待作進一步調查。
2017年2月10日晚上約7時15分，一列由金鐘開往荃灣的荃灣綫列車在開往尖沙咀站期間，有乘客在車廂內縱火，車上亦有濃煙冒出。列車開往尖沙咀站後停駛，所有乘客即時離開車廂及車站，而尖沙咀站的職員亦疏散乘客，車站其後封閉。事故發生期間所有荃灣綫列車不停尖沙咀站。而事件最後令19人受傷，包括1名臺灣旅客。其後，縱火的乘客死亡。
2017年4月10日傍晚約6時，觀塘綫彩虹站至九龍灣車廠的軌道電纜裝置在下班繁忙時間出現故障，起初暫停觀塘站至彩虹站之間服務，其後工程人員需要擴大檢查範圍，佔用更多路軌，導致服務中止範圍由彩虹站延長至九龍塘站。有列車於九龍灣站至彩虹站之間的隧道故障停下，用了近2小時才可將所有乘客經路軌疏散至月臺；部份列車照明系統局部暫停，空調亦暫停，多人不適甚至暈倒，要用氧氣罩協助呼吸，共有8人送往聯合醫院。由九龍塘至黃埔站班次減至10分鐘一班，來往觀塘至調景嶺站更需12分鐘一班。港鐵安排接駁巴士接載乘客來往九龍塘至觀塘站，共5,000多人乘搭。觀塘綫列車服務癱瘓近2個半小時至8時25分才恢復。
2017年5月18日下午約3時，東鐵綫紅磡站至旺角東站的一座架空電纜力裝置斷裂，起初暫停紅磡站至沙田站之間服務。最終於晚上7時30分，服務全面恢復正常。
2017年8月5日早上11時，觀塘線牛頭角站與藍田站之間路段發生罕見的「聯鎖系統」故障，故障初期彩虹站至調景嶺站每15分鐘一班，到下午2時30分，觀塘線列車維持5分鐘一班，車程較正常延誤約5至10分鐘。港鐵同時安排免費接駁巴士，接載受影響乘客往來彩虹站至油塘站。根據服務延誤罰款機制的計算方程式，港鐵料罰2000萬元罰款，打破過往紀錄。惟運輸及房屋局以「影響鐵路安全」為由，港鐵只需罰款200萬，因為罰款機制僅以83分鐘計算罰款。立法會議員林卓廷不滿政府的說法等同「港鐵發言人」。
2018年1月11日上午9時25分，負責控制東鐵綫信號系統的伺服器運作不暢順，工程人員轉換使用後備系統及改由人手操作，同時嘗試重新啟動伺服器，但仍不成功。為進行跟進修復，控制中心宣佈暫停東鐵綫全線列車服務，包括城際直通車也停駛。服務癱瘓兩小時至11時半列車服務才陸續恢復運作。故障期間港鐵加派接駁巴士疏導受影響乘客，惟指示不清晰引起混亂。在粉嶺站及火炭站曾有乘客被困車廂良久但得不到任何救援下打開車門沿路軌離開。後來港鐵調查發現故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟件運作有問題。同年3月12日，港鐵向政府提交事故調查報告，事件起因乃列車控制系統軟件存在編碼誤差，導致系統發出了「無效訊息」，使控制系統伺服器及所有工作站停止運作。
2018年10月16日，發生自1979年啟用以來最嚴重故障，引致上班繁忙時間全港交通大混亂。荃灣綫信號系統在深夜更新後，由於兩個信號系統不配合，引致荃灣、觀塘及港島綫發生信號故障，控制中心不能傳送列車車速指令。為確保行車安全，列車改由人手操作，並需要慢駛。港鐵在清晨5時56分通知傳媒，同時稱維持12至15分鐘一班車，車程額外多40分鐘。但有乘客表示月臺迫滿乘客，等了一小時都未有列車，職員在站內實施人流管制。大批趕上班市民轉乘其他交通工具，但巴士站、小巴站和的士站亦出現大批人龍。有乘客由上水來到九龍塘後轉搭的士，但結果也要等一個多小時才能上車。故障亦引致港九多條主要道路出現大塞車。
港島綫列車於9時20分回復正常，但到早上10時20分，將軍澳綫亦出現信號系統故障到下午1時才完成緊急維修。
港鐵常務總監金澤培連同車務總監劉天成表示今次故障是自90年代後期營運以來從未發生過，會成立調查委員會調查事件，同時會選擇一天為乘客提供半價乘車優惠。 10月29日，港鐵在11月3和4日（周六和周日）推出優惠，以感謝乘客故障期間的體諒。使用成人八達通的乘客可以享有小童票價優惠、長者小童及學生則可一元搭車。港鐵車務總監劉天成形容為「一點心意」。但多位議員批評和不滿港鐵的安排，應在平日推出優惠。而乘客認為優惠只在周末推出，不覺得開心。
2019年3月18日凌晨3時，在測試新訊號系統時，一列由中環站開往荃灣的列車在駛出車站不久，與另一列開往中環站的列車擦撞，幸當時列車沒載客，只有一名列車上司機受傷。事後，暫停荃灣綫來住中環站和金鐘站的服務。列車服務維持3.5分鐘一班。港鐵表示已暫停測試新訊號系統，直至事故查到水落石出。
2019年9月17日早上8時半，東鐵綫一列港鐵中期翻新列車（E21/E81編組）從旺角東站駛入紅磡站一號月臺期間突然脫軌，導致第4、第5及第6卡車廂偏離路軌，以及第4至第5卡車廂之間接駁位斷開，部分車廂的車門因列車脫軌衝力而飛脫，繼1994年後第二宗港鐵載客列車出軌嚴重事故。事故造成8人受傷。受事故影響，東鐵綫紅磡站至旺角東站服務全日暫停，旺角東站至羅湖站服務維持6分鐘一班，旺角東站至落馬洲站服務維持18分鐘一班，另安排免費接駁巴士往來大圍站至鑽石山站，而19班城際直通車班次取消。經過一輪復修工作，紅磡站於9月18日可使用1個月臺服務。免費接駁巴士於上午6時半取消，而6班城際直通車班次取消。
2019年10月4日，香港經歷了接近4個月的反修例運動，部分示威者嘗試透過影響港鐵車站運作及對其進行大規模破壞，以進行全港大罷工。港鐵表示，由於大量車站遭到嚴重破壞，為顧及所有乘客和員工安全，港鐵宣佈全線暫停服務，港鐵巴士亦暫停。
2019年10月5日，港鐵宣佈全線全日繼續暫停服務，該日下午2點半起僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。
2019年10月6日，港鐵關閉48個車站，其中馬鞍山線全線暫停，重開45個車站。晚上8點22分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者暴力破壞，港鐵宣佈全線暫停服務，僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。
2019年10月7日，港鐵關閉54個車站，其中荃灣線及馬鞍山線全線暫停，重開39個車站，並預告晚上6點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月8日，有市民發現港鐵站關閉後，凌晨時分有黑衣人破壞港鐵站內設施，然而一名蒙面人手持強光手電筒照向閘外圍觀的人，並對閘外圍觀的人態度惡劣，人們隨即把該名不明身份的蒙面人拍下。同日港鐵關閉13個車站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月9日，港鐵關閉7個車站，包括觀塘站、旺角站、將軍澳站、坑口站、車公廟站、沙田圍站、石門站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月10日，港鐵只關閉將軍澳站，並預告晚上9點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月11日或以後日子，港鐵所有重鐵車站正常開放，並預告晚上10點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月23日，港鐵預告平日晚上11點後全線提早暫停服務，但周末仍維持晚上10點後全線提早暫停服務。
2019年11月24日，因應2019年香港區議會選舉，港鐵打破過往周末晚上10點結束服務的規律，於晚上11時才結束服務。
2019年12月2日，港鐵所有路線回復正常服務，惟維持風險評估需會在特別情況下關閉車站。
* 2008年12月8日，港鐵觀塘綫因維修人員疏忽沒有關上一個架空電纜隔離器，觸發短路架空電纜損壞斷裂（架空電纜受損的地方約為油塘站向油麻地方向前行約150米的地方），令列車服務一度停頓近4小時。
* 2010年10月21日早上繁忙時間，港鐵荃灣綫因油麻地站上一條架空電纜斷裂，導致油麻地站至佐敦站服務完全停頓。大批市民於上班時間滯留站內。至早上10時才回復正常。
* 2011年5月，觀塘綫九龍灣站正逐步安裝月臺半身閘門於5月15日曾發生故障，部份已安裝的閘門未能開啟，要人手操作打開閘門讓乘客上落車。到了同年8月2日早上上班繁忙時間，九龍灣站往調景嶺方向的月臺閘門發生故障，要由月臺助理及乘客合力拉開閘門讓乘客上落。故障時列車須改為人手操作，入站時要慢駛，導致沿綫列車服務受阻兩小時，大批乘客要在彩虹站落車轉乘列車，彩虹站非常擠迫。有乘客不滿「港鐵職員以廣播粗暴喝令乘客落車」，對港鐵安排混亂大表憤怒，但港鐵至今並沒有交代。
* 2011年7月14日，東涌綫一列開往東涌站列車行駛途中冒煙及傳出燒焦味，駛抵欣澳站疏散乘客，港鐵指車卡煞掣系統失靈，其中一卡車煞掣後，「逼力」未能完全鬆開產生磨擦所致。
* 2011年7月20日，一列由欣澳站開往東涌站列車由於重力煞車產生磨擦，自動煞停，傳出濃烈燒焦味，港鐵發言人解釋是因為重力煞車產生磨擦引致。
* 2011年7月24日，一列列車駛入東涌站後出現搖晃及冒煙，令行車不穩定。列車班次延長7分鐘。經檢查後發現車底的軸承移位，令車廂重量不平均及出現不規律跳動，導致部分用作固定路軌的鋼夾損壞。由於往後數天須維修多部列車及鋼夾，東涌綫列車服務在7月尾期間延遲約一分鐘。
* 2011年8月3日早晨上班繁忙時間，港島綫天后至金鐘段出現電力跳掣，列車由銅鑼灣站開往灣仔站途中，電力系統突然故障跳掣，近車尾底部傳來一聲巨響，繼而有煙冒出，列車隨即停下，車內電力則告中斷，後備電力啟動，提供基本照明及開動抽氣機。列車跳掣後，觸動電力保護裝置，使天后站至金鐘站供電系統亦跳掣，未能向列車提供電力，港鐵隨即檢查沿線列車情況，發現除跳掣列車故障外，尾隨其後正駛近銅鑼灣站的列車亦有故障。合共造成2,000多名乘客被困在無冷氣車廂10多分鐘，服務受阻逾20分鐘，多個港鐵站擠滿乘客，逾萬人受影響。約8分鐘後，港鐵安排兩列車先後進入灣仔站及銅鑼灣站，乘客疏散返回月臺。消防員抵達灣仔站，向冒煙列車進行檢查，證實未有發生火警，無人受傷。兩列車其後駛往金鐘站避車處進行檢查。港鐵發言人指，事發期間共有4列列車受影響，其中2列列車顯示電力故障，要在銅鑼灣及灣仔站分別落客，返廠檢查，疏散乘客約2,200人；另兩列列車則一度停在隧道內，至9時20分系統才回復正常。
* 2011年8月6日下午1點半時，東鐵綫近大埔墟站的信號系統發生故障，有乘客投訴由粉嶺前往大埔墟3個站之間，列車停頓3、4次，延誤近10分鐘。其間車站內有廣播，亦有車務調動，部分北行往羅湖方向列車要改以沙田為終點站。服務於下午3點10分回復正常。該故障更是港鐵6日內所發生的第7次事故。
*2012年7月3日早上8時30分，一列往北角的將軍澳綫列車，駛至將軍澳站上落客後，當車長準備開車之際，發覺其中一扇車門未能關閉，列車無法開出，車長立即向上級請示，決定通知車廂內1,700名乘客被迫落車，需轉乘另一班列車。由於正值上班繁忙時間，乘客指當時月臺逼爆候車人群，苦候10多分鐘才能夠上車，引起乘客鼓譟。不過，港鐵指事故僅服務受阻三至四分鐘。
*2013年1月24日，北角站有幕門起火，港島線不停北角站，將軍澳綫調景嶺至寶琳維持五分鐘一班，調景嶺至康城維持十分鐘一班。
*2017年10月26日凌晨1時10分，知情人士報道一部無載客港島綫列車駛回廠時，第三卡車輪突然出軌，偏離軌道，車卡輾壓路軌及軌道旁的設備造成損毀，並撞毀一條供車長上落的石屎樓梯。港鐵證實事件，指事件中無人受傷，公司現正全面調查，政府相關部門並已知悉事件。
*2019年3月24日凌晨零時許，東涌綫一列開往香港站的列車，行駛途中因架空組件鬆脫，令車頂的集電弓墮下，列車慢駛至欣澳站停下。受事件影響，機場快綫來往香港站和機場站的列車服務暫停，來往機場站及博覽館站，維持15分鐘一班車，市區預辦登機服務現已暫停。東涌綫來往香港站至欣澳站列車服務維持10分鐘一班車，來往欣澳站至東涌站列車服務暫停。機管局未有收到因機場快線列車服務而不能登機的投訴。
*2019年7月25日凌晨3時50分，一列工程車於進行例行更換路軌維修工程期間，於東鐵綫大學站附近，其中一組轉向架出軌。由於緊急維修仍然進行中，當天早上暫停火炭站至大埔墟站之間服務，港鐵安排免費接駁巴士行走沙田站至大埔墟站，中途停火炭及大學站。下午2時27分，即工程人員經搶修約9小時後，東鐵綫服務陸續恢復正常。
*2019年8月25日凌晨0時25分，東鐵綫大埔墟站附近的一座架空電纜因塌樹受損，暫停火炭站至上水站之間服務，期間分別有一列往紅磡列車及一列往上水列車停在該路段，未能繼續行程。由於緊急維修仍然進行中，當天早上暫停大學站至粉嶺站之間服務，港鐵安排免費接駁巴士行走大學站至粉嶺站。早上10時36分，即工程人員經搶修超過10小時後，東鐵綫服務陸續恢復正常。
*2019年10月6日，一列由葵興站（當時荃灣綫受反修例事件影響，只停葵興、荔景及美孚）開往美孚站的列車在茘景站渡線以時速10公里慢速行駛時超越停車燈號位置，該路軌平常不會使用，列車越過該位置時觸碰到軌旁石屎躉，但列車車輪沒有偏離軌道。6名乘客及2名職員受傷，車長被暫時調離駕駛職務。
8月22日，近100人響應網上號召，到位於九龍灣的港鐵總部大樓，抗議日前有狗隻在粉嶺站被列車輾斃
2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行線路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。有目擊者指出，車站職員曾暫停列車行駛，走入路軌嘗試驅趕唐狗，擾攘約6至7分鐘後，卻未能成功將唐狗帶離路軌，但車站職員仍重啟列車服務。最後該唐狗跑到粉嶺站路軌，遭一列當時駛入月臺的城際直通車直接輾斃。
多名目擊意外的乘客在網上發放事發圖片，質疑港鐵在利潤優先前提下，避免列車延誤延遲引致通報政府及巨額罰款，所以於明確知悉有狗隻在路軌範圍仍決定繼續讓列車行駛。
有媒體就事件向港鐵查詢，港鐵回覆時指事發時有月臺乘客發現唐狗，通知月臺上車務人員，但職員經搜索後一直未有發現唐狗，直至20分鐘後屍體出現於粉嶺站路軌上，狗屍交漁護署處理。
港鐵發言人無正面交代唐狗被輾斃的原因，以及為何唐狗未離開路軌便重啟列車服務。港鐵當時更表示無法證實狗隻死亡和來自中方的跨境直通列車有關。
有網民發起聯署，要求港鐵交代列車輾斃唐狗意外真相，至8月21日中午已有逾4萬人參加聯署，及後有近9萬市民網上簽名要求港鐵解釋事件。港鐵回應市民要求，於事件約35小時後，再發出另一份聲明，內容提到：昨日早上約9時50分，港鐵職員於上水站發現有狗隻進入了路軌範圍。車務控制中心即時停止列車駛入該路段，而車站職員則嘗試引領該狗隻到安全地點，然而他們並不成功，狗隻匿藏在月臺底部，職員隨即進入路軌範圍，嘗試將狗隻抱起帶走，但過程中因狗隻掙扎，一位港鐵職員受傷。《蘋果日報》更向食環署及漁護署求證，兩個部門均聲稱沒有處理過有關動物屍體。港鐵最後承認狗屍已棄垃圾站。
港鐵發表詳盡版解釋後，有市民上載當時錄影片段，證實港鐵補充聲明內多處不盡不實，包括：兩名職員進入上水站的路軌範圍欲將狗隻驅離路軌範圍，但無直接與狗隻接觸，職員並無將唐狗抱起；唐狗沒有掙扎過；兩名職員並沒有受傷；職員離開路軌時狗隻仍在路軌上，並非匿藏在月臺底。片段更証實職員曾警告，阻止月臺乘客協助狗隻返回月臺。
港鐵車務總監金澤培於8月22日記者會上為未能救狗道歉，並應要求向狗隻遺照獻花，但仍然未有承認狗隻被列車撞死，亦沒有解釋為何控制中心施壓上水站於一分鐘內解決事件。車務總監金澤培於會上亦承諾徹查事件，並於一周內公開調查報告。直至翌年3月，港鐵方公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。
九鐵車務員協會則發表聲明譴責公司高層未完成調查就向公眾道歉，堅持事件並非鐵路員工處理失當，認為此舉影響鐵路員工的專業形象和使前線員工受到壓力。對此事件，以吃狗肉聞名於世的中華人民共和國官方媒體《環球時報》批評港人「小題大做」，但《南方都市報》發表文章指出事件源於香港這個高度發達社會對於生命的重視及對動物權益保護有著悠久的傳統，文章並分析了小狗死亡引發軒然大波的深層次原因。
「香港十八區動物保護專員」召集人麥志豪及「爭取成立動物警察大聯盟」向香港警察舉報港鐵在事件上觸犯第169章《防止殘酷對待動物條例》刑事罪行，但香港警察只將事件列為求警協助案，案件最後獲警方不了了之方式處理。
前亞運金牌選手、現任香港桌球總會教練陳國明，於2015年7月14日由上水乘港鐵前往火炭香港體院教波時，在上水站被港鐵職員截停，並指他的桌球棍盒為160厘米，違反「攜帶行李不可超過130厘米」的規例，不僅被禁止乘車，更當場收到警告信，如有再犯將罰款2千元，甚至入獄。陳國明坦言雖明白港鐵職員只是執行職務，但亦理應視乎實際情況才採取行動：「其實有好多桌球員、甚至世界女子冠軍吳安儀，都試過好多次搭火車因桌球棍盒長度問題被逐，不過有部分被檢查過知道盒內是桌球棍就獲放行，但我今次講得清清楚楚都不得要令。」他將事件放上Facebook，引起極大迴響。有網友反應激烈，直指港鐵職員矯枉過正，更有人說「捉水貨客又唔見你哋咁落力」，另有網民希望港鐵方面可以聽取各方意見，妥善處理同類情況。
2015年8月13日，有網民在facebook群組「香港機場實況討論區」上載照片，指其同事的朋友昨在荔枝角站內飲水，被港鐵發警告通知書，呼籲其他乘客小心。該通知書照片顯示涉事乘客前日下午約四時，在荔枝角站一號月臺，違反港鐵附例第27b條「飲食」，聲明港鐵會紀綠該次違例事件，並指若乘客再犯可被檢控及處以罰款2,000元的最高刑罰。不少網民指天氣炎熱，乘客須飲水相當正常，否則若中暑，後果可大可小，諷刺港鐵「嚴過班房（即是嚴過課室）」。港鐵回應指，由於涉及個人私隱，未能提供上述個案資料，但指已透過告示及廣播提醒乘客入閘後切勿飲食，職員會不時巡查，若發現乘客違例飲食會勸喻、警告或有需要時作出檢控，呼籲乘客為他人著想，入閘後切勿飲食，保持港鐵清潔。
在大圍站大堂，樂手拿起樂器演奏示威
2015年9月16日，facebook「大圍聯盟」群組於15日晚上載一張照片，一名身高約1.6米、身穿校服的女學生，背著一個與她身高相約的古箏，站在港鐵大圍站。當時，她正被3名港鐵職員包圍，疑因攜帶體積大的深啡色古箏盒，而遭截停查問。有網友指，事件發生於傍晚6時許，該名女生被指古箏太大，不獲進入月臺。該相片在網上瘋傳，網民紛紛「洗版式」抨擊港鐵處理乘客攜帶大型物件的條例時，「雙重標準」及「執法不公」。他們以水貨客事件作比較，指港鐵對水貨客寬容，卻嚴禁乘客攜帶大型樂器上車。當中更有不少音樂愛好者坦言「身同感受」，促港鐵檢討現行條例。有網民亦隨即在Facebook上載多張攝於港鐵車廂的相片，相中可見乘客帶著關刀、長槍及洗衣機等上車，但未見有職員阻止，有網民質疑港鐵雙重標準，欺善怕惡。
其後不準學生乘客攜帶樂器乘搭列車的風波愈演愈烈，一名香港浸會大學音樂系學生，攜帶大提琴在大圍站上車後，被「追蹤」到九龍塘站轉車時，遭兩名港鐵職員截停。男生被帶到房內量度大提琴高度，發現大提琴高134厘米，超出港鐵行李規定的標準4厘米，向他發出警告信，並警告他若再犯，港鐵法律部再發警告信就會正式控告他，由法庭決定罰款額。事件再惹網民不滿。
到9月25日，香港管弦樂團和教聯會發出聲明，對港鐵的限制表達關注，前者認為措施影響音樂愛好者，要求探討解決方案，後者深表不滿，認為措施對學生學習樂器構成嚴重不便，妨礙體藝發展。9月25日晚於香港站中環行人隧道表演的「香港眾樂團」，有樂手於演奏時在譜架及樂器上展示「請尊重音樂人攜帶樂器的權利」、「樂器不是貨物」等標語，向港鐵抗議。有市民在網上號召全港中西樂學生、老師、樂手，於10月3日（周六）晚上6時，攜帶大型樂器到大圍站抗議，期望爭取港鐵酌情容許攜帶大型樂器的市民使用港鐵。最後，港鐵態度軟化，承諾會檢討行李規定。
2015年10月3日傍晚6時許，逾百市民於大圍站大堂示威，抗議港鐵禁止攜帶大型樂器及縱容水貨客，當中數十名為音樂人，分別?帶大型樂器如大提琴、結他、手風琴等到場，成功入閘乘車。抗議亦吸引大批市民到場，對港鐵執法不一表示不滿，認為港鐵「放生」水貨客。港鐵事務總監蘇家碧表示有關人士利用該場合，於車站範圍內作出不恰當及破壞行為，滋擾其他乘客，又對港鐵職員無理指控，影響車站整體運作，對此非常遺憾。
《中國好聲音》香港區冠軍、音樂人劉卓軒於2015年9月26日晚在港鐵觀塘站，近APM商場出口的行人天橋唱歌，被港鐵職員阻止，港鐵職員其後報警。音樂人自稱是測量師，質疑該地屬公共空間，指職員無權干涉。翻查地政署資料，創紀之城第五期連接港鐵站出口、橫跨觀塘道的行人天橋「位於政府土地」。立法會議員田北辰表示，政府土地也可以由港鐵管理，若政府批準該處為《港鐵附例》管轄地方，港鐵便有權要求停止表演。若政府只是委託港鐵清潔該地點，港鐵行動前要先聯絡政府相關部門。
2016年9月10日，《明報》取得一封由港鐵車務營運總管李聖基於2016年9月5日傳送予其他管理層的內部電郵，內容提及名為Michael Tien的人表明打算在港鐵車站內感謝支持者，要求港鐵站主管行使「合理彈性」（exercise reasonable flexibility），並在電郵末段稱，若發現任何「傳媒敏感的事情」（media sensitive issue），需通知客戶服務部。
《明報》記者於9月8日傍晚發現田北辰與助理在輕鐵兆康站轉乘西鐵站的範圍內謝票，其間未有港鐵職員干預。不過根據港鐵車站平面圖，該處為港鐵附例適用的鐵路處所。任何候選人都不可在港鐵的鐵路處所及管理範圍內進行任何競選活動，派發單張或任何印刷品，否則有可能違反相關附屬法例。
2016年12月5日，屋宇署在港鐵北角站B4出口張貼告示，指港鐵在該出口的上蓋大廈之簷篷底一個懸掛式港鐵標誌招牌及支架屬於僭建，事前並無根據《建築物條例》事先向屋宇署申請及獲得批準，署方按照《建築物條例》命令港鐵在30日內展開拆除工程，事件是由署方委聘的顧問公司在北角七姊妹道進行「大規模違例招牌清拆行動」時揭發。署方續指任何人若在指定日期內仍未遵從命令，又無合理辯解，即屬違法，當局將提出檢控。一經定罪，可處罰款20萬港元及監禁1年，更可就罪行每持續一天另外罰款2萬元。
2016年12月18日早上時分，港鐵調景嶺站入閘機曾一度出錯，四百多名乘客的八達通卡被多扣八角車資，港鐵表示正跟進相關事件。
2017年3月初，港鐵為針對車廂擠迫問題，製作短片及海報宣傳呼籲乘客上車時放下背囊，以免阻礙其他乘客。不過短片上載到facebook專頁後，引起大量網民激烈批評，認為是醜化及變相帶頭公審、針對帶背囊的乘客，卻忽視了行李篋違規的嚴重，認為要解決車廂過於擠逼的問題，應從分流入手，以及阻截超過許可尺寸的行李篋。梁金成計劃發動「戒背囊、齊拖篋」行動抗議。港鐵董事局主席馬時亨回應指，有關呼籲只是「希望方便乘客」，「大家將就下」，希望市民明白其出發點。
西鐵綫車站大堂空間廣闊，但港鐵一直未有設置座位讓市民休憩。有市民更會在坐在走廊玻璃幕牆地臺休息和涼冷氣。不過由2021年3月開始，港鐵稱有人投訴車站環境造成影響為由，在天水圍站、元朗站及朗屏站大堂近玻璃幕牆位置加裝了鐵鍊，禁止市民坐下。市民批評港鐵沒有人性，也認為鐵鍊十分核突。
2021年4月17日早上，一名21歲有精神病紀錄的男子手持一張殘疾人士身分個人八達通和公立醫院精神科醫療紀錄文件證明，在杏花邨站出閘時突然被在場港鐵職員要求查票。男子情緒激動，網媒拍攝到港鐵職員以疑似跪頸動作，按地制服該男子。而男子在激烈反抗下打傷了5名港鐵職員。警員接報後持盾到場把他拘捕。被捕男子與5名受傷職員同送東區醫院治理。港鐵未有正面回應為何要使用跪頸方式制服乘客，只表示會在致力可行情況下維持車站秩序，於安全情況下截停拒合作和逃跑的逃票人士。香港復康聯盟主席張健輝批評港鐵做法離譜，認為不必要派出五名職員截查一個乘客，並使用壓頸方法制服，加上使用殘疾人士八達通的人士可能樣子與平常人無異，不排除事件因誤會引起，港鐵應加強培訓員工。
2019年香港爆發反對逃犯條例修訂草案運動，各區不斷出現示威活動。6月12日金鐘被示威群眾佔領道路，港鐵於晚上因應警方要求封閉金鐘站，港島綫及荃灣綫列車不停金鐘站，轉車乘客需改到中環站轉車，而南港島綫服務更被縮短至海洋公園站，無法往返港島北，只提供海洋公園站至堅尼地城站的接駁巴士，有關安排至翌日下午才回復正常，影響大批南區市民上班，多名南區區議員對此向警方表達不滿。
7月14日沙田區遊行的警民衝突後，港鐵因應警方要求，宣佈東鐵綫沙田站列車服務暫停，惟此舉引起示威者恐慌，擔心未能離開現場，於是有不少示威者在沙田站月臺阻礙當時最後一班停站的列車，希望容許更多示威者趕及上車，直至港鐵宣佈列車服務回復正常為止。經過當日事件後，港鐵一度改善有關安排，當因應警方要求暫停某一車站常規班次列車服務的時候，會同時安排特別班次由該車站開出，接載乘客離開車站。
直到8月21日元朗靜坐活動的示威者遭武裝警察驅散後，港鐵一如以往於元朗站安排特別班次，然而，此舉引來了中華人民共和國政府官方傳媒《人民日報》點名批評港鐵，斥責有關安排是「護送黑衣暴徒離開」。及後，受壓的港鐵再更改安排，表示可隨時暫停列車服務及關閉車站。
8月23日晚上8時，逾21萬人牽手築起香港之路，港鐵於9時關閉葵芳站。10時，人鏈解散後，大批市民於葵芳站抗議。
8月24日下午1時，有市民發起在觀塘區舉行「燃點香港·全民覺醒」大遊行，惟港鐵在早上10時許突然宣布因應公眾活動，中午12時起觀塘綫彩虹站至調景嶺站之間的列車服務暫停；而九龍灣站至藍田站之間各車站則暫時關閉。同時亦未有提供接駁巴士。這是反修例事件6月爆發以來港鐵首次在獲發不反對通知書遊行開始前便關站及停駛。不少市民批評港鐵停運決定嚴重影響市民生活。立法會議員批評做法妨擾市民參與合法的公眾活動。到近下午1時許，觀塘站A出口閘下有4人靜坐抗議封站，要求港鐵高層交代。到1時55分警員強行清場後，市民在站外踢閘抗議。
到晚上8時38分，港鐵車務總監劉天成向乘客發出公開信，指社會上的政治爭議所引發了一些在鐵路發生的事件和衝突是公司運作40年來最大的挑戰，希望乘客諒解當日觀塘綫的特別車務安排。他說關閉個別車站是「經過審慎考慮、不得已的決定」，以「確保車站內所有人安全」。列車服務於晚上11時45分回復正常。運輸及房屋局表示港鐵關閉車站非人為錯誤、由港鐵公司自行提出並經政府同意，港鐵公司不需根據服務表現安排作出罰款。
8月25日荃葵青遊行，港鐵實施同樣做法，將荃灣綫荃灣站至大窩口站之間的列車服務暫停；而荃灣站、葵芳站及西鐵綫荃灣西站則暫時關閉。
8月30日九個傷殘人士組織包括自強協會、香港自閉癥聯盟及龍耳等向政府及港鐵發表聯署公開信，反對港鐵的封站措施。該信件指出港鐵多次以人流控制、配合警方行動等原因，關閉不同港鐵站出口，亦安排列車不停某些港鐵站。這指施不但影響乘客，更令有需要出行的傷殘人士大受影響。
8月31日民陣原定舉辦的遊行及集會因警方反對而宣告取消，但港鐵仍安排當日下午關閉港島綫西營盤站。到晚上11時更配合警方拘捕乘客，同時將市區主要五條線提早關閉服務，包括荃灣線、觀塘線、港島線、南港島線、將軍澳線，導致旺角站、太子站發生嚴重衝突。
9月12日，港鐵宣佈不在13日中秋節提供提供通宵列車服務，為港鐵（及其前身地鐵）自1994年開始提供有關服務25年以來首次不提供。
受10月4日示威者大肆破壞車站影響，港鐵宣佈於10月5日全日全線停駛，10月6日恢復部份車站服務，惟晚上七時半宣佈只維持機場快線及部份港鐵巴士路線的有限度服務，此後港鐵一直維持提前停止服務（機場快線除外）的安排直至12月2日起恢復正常服務時間為止：10月7日提前晚上六時收車；10月8及9日提前晚上八時收車；10月10日提前晚上九時收車；10月11日起提前晚上十時收車；10月23日起逢星期一至五提前晚上十一時收車，逢星期六至日維持提前晚上十時收車；11月4日起逢星期一至五提前晚上十一時半收車，星期六至日維持提前晚上十時收車；11月13日起、11月23日提前晚上十時收車；11月18日起、11月24日起提前晚上十一時收車；11月26日起提前晚上十一時半收車。對於坊間質疑港鐵提前停止服務的安排是變相「宵禁」，運輸及房屋局局長陳帆否認，並指出有關安排基於確保鐵路安全的考慮。
反對逃犯條例修訂草案運動初期，示威者對港鐵關係友善，即使有激進示威者堵塞路面交通，也沒有出現任何干擾港鐵運作的行為，以便透過港鐵動員人手及安全撤退。此外，不少示威者為免使用八達通留下乘車紀錄，刻意購買較昂貴的單程票，有些人更在購票機頂部留下現金讓其他有需要人士購買車票。
然而，8月11日警方闖入葵芳站及太古站鎮壓示威者及施放催淚彈，部份示威者指責港鐵未有譴責警方濫暴行為及未有徹底清潔車站，開始對港鐵有不滿情緒。8月22日港鐵遭《人民日報》批評「護送黑衣暴徒離開」後，對示威者的態度轉趨強硬，開始在示威地區預早關閉車站及暫停服務，引起示威者強烈反感，並冠以「黨鐵」的貶稱。此後，示威者開始進行針對港鐵的報復行為，包括以「跳閘」方式不付車資乘搭港鐵、在車站塗鴉，以及對閉路電視、閘機及售票機等對車站設備及列車大肆破壞甚至縱火。8月31日太子站襲擊事件後，因港鐵不願公開站內閉路電視片段（及後港鐵敗訴，需要公開一些閉路電視片段的截圖），令港鐵繼續成為示威者的破壞目標。
9月20日港鐵主席歐陽伯權接受訪問時表示，港鐵在運動初期的處理手法是「效果欠佳」及「難睇」，又稱提供特別班次接載滯留示威者離開的影像是「好肉酸」，民主黨立法會議員尹兆堅批評有關言論無助改善港鐵形象。
雖然在2019年港鐵並沒有因反條例運動而削減平安夜及除夕的通宵服務，但是自2020年11月中第四波新型肺炎疫情爆發以來，防疫措施被多次收緊，這影響聖誕新年的慶祝活動，導致除夕倒數活動須取消，故2020年平安夜和除夕夜首次不設通宵列車服務，只會在有需要情況下，於深宵時段提供有限度服務。緊隨的農曆年三十，港鐵亦沒有通宵服務。
2020年7月28日早上，西灣河站一名職員查票期間大聲指罵乘客，更指該名人士：「你做咩走，係咪有汽油彈，使唔使報警搜？」事件被人拍下短片在網上流傳，網民批評職員態度差劣。港鐵回覆媒體時表示，已經收到乘客反映涉事港鐵職員的言行不恰當，會作跟進。
港鐵目前有8家工會及會員，其中工聯會屬下有4間鐵路工會（香港鐵路總工會九廣鐵路職工會、香港鐵路公司員工協會、香港鐵路管理及專業人員工會及香港鐵道從業員總工會），職工盟屬下「香港鐵路公司員工協會」和在2019年11月在反條例風波下籌組的新工會「港鐵新動力」。
地下鐵路車務部職工會前身為“列車司機職工會”，現屬香港鐵路公司員工協會。當年地鐵服務初期，曾發生多次工業行動及罷工。
列車司機職工會於1980年5月成立，當時有會員110餘人，有90%列車司機參加。由於當年地鐵設高度規範的作業制度，及管理層的傲慢作風。在一次試車時，列車司機拒絶服從英國行政總裁的命令，為來賓奉上飲料，認為這不是工作範圍，行政總裁不滿地說：“由現在起，所有列車司機不獲升遷”，激發了本地基層員工感覺有成立工會的需要。
1981年7月14日，工會召開會員大會，一致通過採取漸進式工業行動，首先在車站和列車張貼標語，接著是按章工作及罷工。但公司得到消息後，立即向法庭申請禁制令，禁止工會在車站和列車張貼標語。工會於是轉向勞工處投訴，在勞工處的調停下，管理層接納了工會的建議，答應改善升級制度，及設立考績增薪制度，風波得以平息。
1983年1月，公司為了削減人手減低經營成本，首先在車站方面施行長短更，即每更的工作時間以6至10小時不等輪值。工會方面認為此舉不單止影響員工的生活規律，而且日夜顛倒及連續一星期的十小時工作，會令員工十分疲勞，及容易出錯，再加上大量削減人手，不單止增加員工的工作量，更令員工對乘客的服務水平下降。而短縮人手，亦不足以應付突發的意外，故此極力反對長短更的施行，工會先後去信董事局及勞工處，並在行政大樓及兩局議員辦事處請願，但管理層以試驗6個月為藉口，不理會員工的反對便在車站實施長短更制。
1984年1月，地鐵宣佈在車站試行長短更制成績令人滿意，並將在2月初在列車司機部試行長短更制。1月21日，工會召開會員大會，列車司機認為在車站方面前車可鑑，即使與管理層談判亦是白費心機的，會議通過採取工業行動，即時生效。由於事出突然，令管理層措手不及，再加上勞工處及多個勞工團體領袖如：基督敎工業委員會主任劉千石、香港教育專業人員協會會長司徒華、政府土地測量員協會主席黃偉雄等排解下，雙方終於在勞工處代表見證下簽訂協議。
唯到了3月22日，地鐵經過一連串的部署後，單方面宣佈於4月9日起，在列車部施行長短更，推翻1月份的協議，工會向管理層提出強烈抗議，並立即知會勞工處，由勞工處出面調停。3月29日至4月6日期間，先後舉行4次會議。工會代表原則上答應接受長短更，但有20點關於工作安排的細則要管理層改善，地鐵代表在勞工處的代表見證下，亦答應改善部份工作細則。
4月7日上午，地鐵代表致電工會，表示由於管理層不答應，要求取消其中1條，有關給予車站員工10分鐘進膳步行時間的承諾。
4月8日，工會召開特別大會，各會員認為公司根本無誠意談判，而且屢次破壞協議，是不負責的行為，於是進行投票表決，以95%的絶大多數通過罷工。4月9日凌晨，罷工開始，當時有百多人發起地鐵罷工，部份員工在九龍灣地鐵總部靜坐。罷工期間，工會主席及副主席兩人同時絶食，表示對罷工的決心。唯事件內有300多個員工被解僱，後來公司容許部份員工復職，但最終有13人沒有再被聘用，當中包括當年地鐵工會副主席。
港鐵市區綫使用的是重型鐵路系統，能有效應付眾多的乘客需求量。觀塘綫、荃灣綫、港島綫、東涌綫、機場快綫、將軍澳綫、及屯馬綫以每列8卡列車營運；而東鐵綫為9/12卡列車，南港島綫為3卡列車，迪士尼綫則是4卡列車。
於早上繁忙時間，港島綫及荃灣綫的班次最頻密可達120秒一班；載客量最多的東鐵綫列車，每小時載客量可高達120,000人次。港鐵列車車廂數目由地鐵通車時的210節，增加至2,106節。
除迪士尼綫列車外，其他均為「6M2T」編組；至於南港島綫、迪士尼綫，為全動力車卡，即「3M」、「4M」。
*現代化列車：這是香港地下鐵路最早投入營運的電動列車，由英國都城嘉慕製造。現時，觀塘綫部份列車、荃灣綫、港島綫和將軍澳綫一小部份列車使用本型號列車行走。列車最高時速80公里。為配合地鐵更改公司徽號和形象，地鐵於1998年起把所有英製列車全面翻新，翻新工程由澳洲的鐵路車廂生產商負責，於2001年8月完成，預計本型號列車於2019年至2023年內全數陸續退役。
*韓製列車：為配合將軍澳綫通車，地鐵從韓國Rotem及日本三菱重工株式會社購入13列韓製列車。此列車本來是設計來行走將軍澳綫，但後來發現新列車不能即時適應兩套新舊列車系統。最終安排所有韓製列車改走觀塘綫。直到2010年，韓製列車經過改良後，於4月8日再次安排全部行走將軍澳綫。而之前跟觀塘綫對調來行走將軍澳綫的15列第2C及3代英製列車，則全數調回觀塘綫。韓製列車的規格跟英製列車相同。
*迪士尼綫列車：迪士尼綫的車廂，則是從市區綫（港島綫、荃灣綫及觀塘綫）調動12卡第3代英製列車在九龍灣車廠進行改裝，成為香港的首批無人駕駛港鐵列車，並配合香港迪士尼樂園度假區而被重新設計，例如車廂窗戶及車廂內的扶手皆為米奇老鼠頭部的形狀，最高時速達70公里。
*市區綫中國製列車（DKZ28）：港鐵為了加強應付港島綫、觀塘綫、荃灣綫及將軍澳綫未來的乘客量增長，於2008年、2011年和2012年向中國長春軌道客車股份有限公司訂購其自行研製的22列共176卡車的新款列車。該批列車是不鏽鋼製輕量化列車，最高營運時速達80公里，同時強調該批列車的車體強度、噪音控制、防火性能等達世界級水平，可服務40年。新列車的車廂將採用22吋彩色液晶體顯示屏，取代電子二極管顯示器，為乘客提供車務資料及新聞資訊等。
*市區綫願景列車（SFM47/47A）：港鐵公司2015年7月22日宣布，落實購買93列8卡車廂列車，全面取代現時行走觀塘綫、荃灣綫、港島綫及將軍澳綫的第一代英製列車。新購置的港鐵列車將配備更先進的運作系統及設備，合約批予中國中車青島四方機車車輛股份有限公司，於2018年至2023年陸續運送至香港。
機場鐵路包含東涌綫及機場快綫，而這兩綫的列車均為「六動二拖」編組，最高營運速度達135公里每小時。
*機場鐵路列車：東涌綫16列列車中的12列列車（V601/V801-V612/V812）及機場快綫全部11列列車都是由西班牙CAF及德國ADTranz聯合製造的電動列車，東涌綫最高時速為每小時130公里，機場快綫最高時速為每小時135公里。
*東涌綫韓製列車：由於九廣西鐵及迪士尼綫的通車引致東涌綫載客量持續上升，為應付在該兩綫和東涌綫之間轉乘的新增乘客量，地鐵公司向南韓Rotem增訂了4列增強型韓製列車。由於時間緊迫且訂貨量小，因此地鐵只以市區綫韓製列車為藍本，並加以改良。
港鐵於兩鐵合併時向九鐵租用東鐵綫、屯馬綫的全數列車，並分別繼續在各路綫上行駛。
*中期翻新列車：行走東鐵綫的大部份列車是由英國都城嘉慕所製造的列車，於1982年配合九廣鐵路電氣化工程而投入服務。九鐵曾於1986年及1990年增購車卡，並於1991年起改裝車廂及增加每組列車的車卡數目至現時的12卡，以應付人口增長帶來的需求。1996年起由法國阿爾斯通公司負責翻新，於1999年完成。預料本型號列車於2021年至2022年內全數陸續退役。