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* 《治國：臺灣贏的新策略》，商周出版，2007年。ISBN 978-986-124-981-0
* 《沉默的魄力》，天下文化出版社，2008年。ISBN 978-986-216-073-2
*《八年執政回憶錄》，天下文化出版社，2018年。ISBN 9789864796038
六四事件，又稱八九民運、1989春夏之交的政治風波，是指1989年4月中旬開始的以悼念胡耀邦活動為導火索、由中國大陸高校學生在北京市天安門廣場發起、持續近兩個月的全境示威運動。狹義上指六四清場，即1989年6月3日晚間至6月4日凌晨，中國人民解放軍、武裝警察部隊和人民警察在北京天安門廣場對示威集會進行的武力清場行動。
六四事件是中華人民共和國歷史上的一個轉折點，它的爆發標志著改革開放以來鄧小平等人在中國大陸推動的后期政治體制改革失敗，趙紫陽、鮑彤等中共改革派高層事後被撤職，而胡耀邦已在八六學潮中辭去中共總書記一職，於是1980年代被不同程度推動的自由化改革也就此停止，此後官方只批準了很少數量的遊行活動。不過，由于該事件發生后不久，鄧小平做出退休的決定，故任內推行的廢除干部領導職務終身制順利被延續下來，期間更完成了3任政權的和平更替，直至習近平2018年修憲后被廢除。國際社會對此事件普遍地表示了譴責和制裁，但也有部分國家（多數位于中東及非洲）表示同情或者支持，而六四事件的後果除了造成政治從此轉向收緊，經濟方面的影響也直接導致了中華人民共和國改革開放放緩，直至1992年鄧小平南巡后才重新提速。
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廣義上，“六四事件”或“六四天安門事件”是指1989年4月起于北京市首次發起并波及全國的抗議活動。更準確的稱呼應為“八九民運”或“八九學運”等。事件的命名依據，一方面是要和過去發生在天安門廣場的重要活動有一致的命名習慣，包括1919年的五四運動、1976年的四五運動等。有時候會直接簡稱「六四」，亦有人使用「六四運動」描述整起示威活動。與海外只集中在特寫6月3日晚上清場的態度不同，在中國大陸境內使用「六四」這個詞提及的範圍與考慮的廣度較大，指整個廣義的“八九民運”。
狹義上，“六四事件”得名于中國人民解放軍進駐天安門廣場、要求抗議群眾撤離的具體日期（盡管軍隊在6月4日日前一天——6月3日晚上便已經開始執行清場任務），即“六四清場”。中國大陸以外的中文地區也將清場事件稱作「六四鎮壓」或「六四屠殺」。
自1989年以後，中國共產黨和中華人民共和國政府也用數個不同的名稱指稱六四事件，並被懷疑疑似藉由修改事件稱呼的方式，逐漸降低事件對往後社會大眾的影響。在事件剛發生之際，中國政府將其命名為「動亂」，后升級為「反革命暴亂」。事件結束後以「六四風波」指稱。後來在江澤民主政后期和胡錦濤主政時期，政府將當天的衝突全部改成更為中立的名稱，也就是今日持續使用的「1989年春夏之交的政治風波」或「1989年政治風波」這類短語。
2019年習近平執政時期將「反革命暴亂」與“1989年春夏之交的政治風波”并行使用。
西方世界在描述該事件的經過時，經常使用「1989年天安門廣場抗議」或「天安門鎮壓」。1990年代時西方新聞媒體經常使用「天安門大屠殺」這類字詞，但在近年的相關報導中則逐漸減少。主要是因為絕大部分暴力衝突並非發生在天安門廣場上，而是在北京城西的木樨地。不過「天安門廣場抗議」或是「天安門事件」等字詞，容易讓人誤以為整個示威活動只發生在北京市，然而當時中國許多城市都有出現相關的抗議活動。
在中國大陸境內，上述名稱皆於搜尋引擎或公開論壇上被列為「敏感詞」。為了要繞過網路審查，網際網路上出現許多形容六四事件的替代稱呼，包括有「5月35日」、「VIIV」（「6」和「4」的羅馬數字寫法）和「8平方」（82 = 64）等、「農歷五月初一」（1989年6月4日為農歷已巳年五月初一，這個表述一般情況很難被認為是六四的意思），對于“1989年”，則用“民國78年”、“平成元年”等字眼規避審查。
隨著上述字詞在中國網站上傳播甚廣，現在中國境內的多數網站也將這些視為自我審查詞彙。在百度中搜索“六四事件”，僅會出現如中國網、中新網和中國日報等官媒發布的有關此次事件的資料，在百度貼吧里面搜索“六四事件”“5月35日”“8平方事件”“VIIV事件”都會被提示該頁面不存在。
1977年7月，中共十屆三中全會召開，大會通過恢復了鄧小平的中共中央副主席、國務院副總理、中央軍委副主席和解放軍總參謀長的黨政軍職務（合稱三副一長），鄧小平正式復出。中共十一屆三中全會在1978年12月召開後，獲得最高權力的鄧小平將改革開放列為重要政策，加速國民經濟發展。同時鄧小平提拔改革派成員擔任重要的政府官員，其中中共中央秘書長胡耀邦在1980年2月被任命為中央書記處總書記，分割時任黨主席華國鋒的權力，同年9月趙紫陽則接替華國鋒擔任中華人民共和國國務院總理。華國鋒在1981年下臺後，胡耀邦接任中國共產黨中央委員會主席，自此改革派進入中央最高領導層。儘管市場化的經濟政策普遍受到人民的歡迎，但對官員腐敗和裙帶關係的擔憂也不斷增長。
自1950年代以來，中國便長期透過中央制定的計劃定價機制，讓商品的價格穩定處在較低水平，但也減少了製造者增加產量的誘因。改革開放后，在經濟改革初期，中國政府採取部分產品價格固定、部分商品允許價格波動的價格雙軌制作法。但因市場上長期產品短缺而物價較高。部分人則可利用權力以低價購入產品，之後再以市場價格販售，時謂“官倒”。此外，政府的貨幣供應量增發過多且過快，造成至少有三分之一的工廠無法獲得利潤；但1988年減少貨幣供應後，又使得許多金融貸款無法正常兌現。1988年，鄧小平在北戴河會議上同意以市場經濟為基礎，讓價格體系得以恢復正常。
但價格管制將放鬆的消息傳開後，隨即引起民間恐慌，中國各地民眾大量提領現金並購買商品囤積。不到兩週內，政府便立即撤銷價格改革的政策，但價格闖關帶來的影響明顯延續一段時間，民間社會面臨快速通貨膨脹的問題。在官方提出的消費者物價指數報告中，指出北京市的物價於1987年至1988年期間增長30%，許多工薪階層因為無法購買大眾商品而感到恐慌。在新的市場經濟體制下，許多無法獲益的國有企業也被迫削減成本，讓過去擁有工作保障與社會福利的鐵飯碗開始面臨生活的壓力。
改革開放后，中國社會出現了官倒、權錢交易、腐敗、特權、貧富分化擴大等問題。此外，改革開放以後，改革派領導人設想知識分子會在往後發揮主導的功用，領導國家實施更多的經濟改革政策。儘管政府陸續設立新的大學，並增加各校的招生名額，但情況並未如計劃設想般實際發生。一方面因國家所指導的教育體制，並未充分和市場需求不斷增長的農、輕工、服務業與外國投資等領域結合；另一方面因專精於社會科學和人文科學的學生，則必須進入有限的就業市場。新開設的私立企業并不接受國家分配畢業生，然而高收入的工作則由具裙帶關係者取得。其中條件優厚的工作崗位都被取得後，剩下的職位往往是績效較差的部門，掌握實質權力者則在該領域並無專長。
面對慘淡的就業市場和有限的出國機會，知識分子與學生們認為憑藉處理政治問題，從而能使以上問題得到解決。這讓北京市各個大學的校園中出現了以研究政治為主的小規模「民主沙龍」社團，這些組織逐漸激發了學生參與政治的興趣。受到中國的經濟社會逐漸朝向資本主義的影響，中國共產黨名義上仍保留的社會主義，在意識形態上也面臨信任危機。對於民營企業的審核制度，則讓許多不良的商人能以寬鬆的法律優勢致富，甚至常在過去強調「沒有窮人」的社會中炫耀擁有的財富。財富分配不公的問題引起了民眾的強烈不滿，也普遍對於國家的未來感到幻滅。
當時人們希望中國政府能做出其他改變的作為時，結果政府部門遲遲沒有進一步的動作。在改革開放的政策制定和實施後，面對伴隨而來浮現的種種問題，領導高層之間在處理辦法上出現分歧。但儘管中國共產黨內部因為意識形態而浮現派系衝突，雙方人馬都需要獲得最高領導人鄧小平的支持，才能實施各項重要決策。
以中國共產黨中央委員會總書記胡耀邦、中國國務院總理趙紫陽為首的改革派，主張進一步實施政治自由化的方針。藉由設立允許多種想法的渠道，讓民眾能夠表達不滿、並進一步支持改革。改革派成員還包括：胡啟立、萬里、彭沖、習仲勛、田紀云、鮑彤、閻明復、李銳，等等。
另一方面，以中國共產黨中央紀律檢查委員會第一書記陳雲、中國國家主席李先念為首的激進反改革派，則認為改革開放已經施行過多政策。因而認為重新加強控制以確保社會穩定，並與中國共產黨書面的社會主義主張一致。保守派成員還包括：王震、李鵬、薄一波、姚依林、鄧力群，等等。
1980年8月18日，鄧小平在中共中央政治局擴大會議上作了《黨和國家領導制度改革》的講話（俗稱“8.18講話”），提出要進行政治體制改革，建議廢除干部領導職務終身制，提倡民主集中制，并向全國人民代表大會提出全面修憲建議。 1982年12月4日，第五屆全國人民代表大會第五次會議審議通過了具有歷史性意義的《八二憲法》，該憲法也成為了中華人民共和國的第四部憲法，收入了許多憲政主義的內容和條款，為改革開放奠基。
在鄧小平的支持下，趙紫陽主持了后期政治體制改革
隨著改革開放的加速，中國社會出現了官倒、權錢交易、腐敗、特權等問題，經濟改革亦受到了原有政治體制的阻礙。 1986年上半年，鄧小平再次提出“政治改革”并啟動了“政治體制改革”的研討和制定，同年9月“中央政治體制改革研討小組”成立，成員包括趙紫陽、胡啟立、田紀云、薄一波、彭沖。 10月，趙紫陽提議的中央政改小組辦公室成立，具體負責人包括鮑彤、嚴家其、賀光輝、周杰。
鄧小平的政治改革出發點是，在中國共產黨一黨專政的前提下，實行黨政分開、提高行政效率、革除官僚主義弊端、推動經濟制度進一步改革等，但不能照抄西方的憲政制度，他強調：“不能放棄專政，不能遷就要求民主化的情緒。...... 要搞一個增強行政效能的體制，機構要精簡。......講民主必須要和法制聯系起來講，把法制搞起來，才能有穩定的社會環境。我們的行政機構應該很有效能。 ” 與此同時，其他人士還公開提出了“多黨制”、“三權分立”、“議會民主”、“司法獨立”等西方憲政主義的架構。 雖然這些與鄧小平等人的中國共產黨官方改革觀點可能有所不同，但在當時比較寬松的政治氣氛下，并沒有受到過多的抑制與打壓。
1987年10月，中國共產黨第十三次全國代表大會在北京召開，鄧小平主持了開幕式，趙紫陽作了題為《沿著有中國特色的社會主義道路前進》的報告，該報告由鮑彤負責起草，提出并論述了政治體制改革的方案和設想，闡述了社會主義初級階段理論，提出了一個中心、兩個基本點的概念。 該報告的第五部分詳細論述了政治體制改革，將鄧小平1980年的“8.18講話”作為改革的指導性文件，闡述了許多符合憲政主義的內容，其中包括進一步實行黨政分開、權力下放、提倡法治和監督、完善選舉制度等等。 十三大還首次實行了差額選舉，趙紫陽正式當選為中共中央總書記、鮑彤當選為中共中央委員、不久后鮑彤又被任命為中央常委政治秘書。 1987年底，中共中央政治體制改革研究室成立。
文化大革命結束后，早在1978年的撥亂反正時期，魏京生等中國知識分子便開始呼籲政治改革，並在北京市西單民主牆張貼持有不同政見的大字報。此時民眾被允許宣傳政治自由和民主化的短暫時期，又被稱作「北京之春」。但爾後魏京生在1979年3月遭到逮捕，西單民主牆也於同年12月時被迫封閉。1983年，中國共產黨的保守派人士在發起了“清除精神污染”的左傾運動。
1986年夏天，曾於普林斯頓大學任教的天體物理學教授方勵之開始在中國各地大學展開個人訪談之旅，主要談論的內容包括自由、人權、權力分立等內容。隨後方勵之成為當時社會大受歡迎的人物，他的發言記錄也在學生間廣為流傳。對此鄧小平曾警告方勵之主張崇拜西方的生活方式、資本主義和多黨制度，將意味著損害中國的傳統價值觀、社會主義的意識形態、以及中國共產黨的領導能力。受到方勵之的演講、中國政治體制改革的重新開啟以及世界各地爆發的群眾運動影響，學生在1986年12月發起抗議活動，反對改革開放的步伐過於緩慢。其中參與示威遊行的學生提出許多訴求，這包括有經濟自由化、民主、法治等要求。雖然這次抗議最初是在合肥市附近進行，但很快地學生運動便蔓延至北京市等各大城市。對此中國共產黨的中央領導階層感到驚慌，並開始指責抗議學生試圖煽動文革式的動亂。
之後，中國共產黨中央委員會總書記胡耀邦被中共內部指責對抗議活動的態度過於軟弱，以及因為沒有適當處理這次事件而引起社會動亂。胡耀邦遭到保守派人士大力譴責後，在1987年1月16日被迫辭去總書記的職務，但保留中共中央政治局委員的身份。在胡耀邦辭職後，中國共產黨保守派在鄧小平的支持下順勢展開了“反對資產階級自由化”的左傾運動，開始針對支持胡耀邦觀點、政治自由化和西方風格者進行打壓。這項運動也制止了學生運動的發展，並且使得政治環境一度封閉起來，但胡耀邦也因而獲得中國共產黨黨內的改革派人士、知識分子以及學生們的歡迎。但該運動此后遭到了代理中共中央總書記、時任中國國務院總理趙紫陽的反對，趙紫陽認為左派利用了反自由化運動來反對和否定改革開放，并以此說服了鄧小平，該運動隨后于1987年中期逐漸結束。
學生立起胡耀邦的巨幅畫像，并在周圍擺上花圈
1989年4月15日，曾經在80年代先後擔任中共中央主席和中共中央總書記的胡耀邦因心臟病發作而逝世，隨後引起學生強烈迴響與悼念，並成為群眾聚集的最初動力。大學校園裡陸續出現許多歌頌胡耀邦的宣傳海報，呼籲政府重新審視胡耀邦的觀點。幾天過後，大多數海報開始提到更加廣泛的政治問題，包括有新聞自由、民主制度、以及官員貪污問題等。4月15日以後，一些悼念胡耀邦的民眾也在天安門廣場人民英雄紀念碑附近，自發組織小規模集會。同一天，北京大學與清華大學也在校園內設立胡耀邦的靈堂，北京當地學生陸陸續續聚集在天安門廣場上。4月16日，位於西安市和上海市的學生也開始組織類似的小規模學生聚會。
在部分大學生主導下，原本單純悼念的活動轉向要求政府控制通貨膨脹、處理失業問題、解決官員貪腐、政府問責、新聞自由、民主政治與結社自由等。4月17日，中國政法大學的學生為了紀念胡耀邦而製做了大型花圈，在同一天有更多群眾集結在天安門廣場上。下午5時，500名中國政法大學學生共同抵達靠近天安門廣場的人民大會堂東門，表達哀悼胡耀邦之意。之後來自不同背景的演講者舉辦公開演說，內容包括有紀念胡耀邦、討論社會問題等。由於被視為將阻礙人民大會堂的運作，因此警方很快便介入示威群眾的聚會，並試圖說服學生離開天安門廣場。4月17日晚上，3,000多名北京大學學生在天安門廣場進行學校學生的遊行活動，很快地近千名來自清華大學的大學學生也參加遊行。兩隊學生抵達天安門廣場後，很快就與先前聚集在廣場上的群眾會合。隨著活動規模的增大，聚會活動逐漸演變成為示威抗議，學生們開始起草並向政府提出七項要求：
# 重新評價胡耀邦同志的功過是非、肯定其「民主、自由、寬鬆、和諧」的觀點。
# 嚴懲毆打學生和群眾的兇手，要求有關責任者向受害者賠禮道歉。
# 盡快公佈新聞法，保障新聞自由，允許民間辦報。
# 要求國家領導幹部向全國人民公開其本人及家屬的實際財產收入，嚴查官倒，公佈詳情。
# 要求國家有關領導人就教育政策的失誤對全國人民作出正式檢討並追究責任，要求大幅度增加教育經費，提高知識分子待遇。
# 重新評價反資產階級自由化運動，並為在期間蒙受不白之冤的公民徹底平反。
# 強烈要求新聞機構給予這次民主愛國運動以公正如實及時的報道。
4月18日上午，王丹等人人民大會堂前靜坐，要求中共接受七項要求。一些群眾聚集在人民英雄紀念碑周圍吟唱愛國歌曲，另外學生也在天安門廣場上主辦演講活動。此時王丹和另一名學生郭海峰進入人民大會堂，與全國人大信訪局的局長會面。王丹和郭海峰向信訪局局長提交七項要求。信訪局長表示會向上級部門提交七項要求，但希望學生不要靜坐，回到學校。王丹和郭海峰表示未能確認轉交前不會停止靜坐回到學校。王丹和郭海峰回到人民大會堂外靜坐後，又第二次進入人民大會堂，要求一定要人大常委級別以上的負責人出面接受七項要求，才會停止靜坐。信訪局長表示會向上級反映。之後北大研究所會主席李進進向靜坐學生表示，他會代表學生進入人民大會堂遞交請願書，但如果人大代表接受了請願書，學生應該離開。學生們同意了李進進的呼籲。於是李進進進入人民大會堂交涉。下午六點，人大代表宋世雄、劉延東站在人民大會堂臺階上與靜坐的學生打了個照面。
示威學生曾一度聚集在中南海新華門靜坐抗議，但最終遭到驅離
4月18日上午，在學生留在天安門廣場靜坐的同時，數千名學生則聚集在中國共產黨領導人居住的中南海入口新華門處，要求中國共產黨的領導高層和學生之間展開對話。警方隨即限制學生進入中南海內部，學生則決定原地靜坐示威以表達不滿。當天晚上，新華門前聚集了北大、人大、北師大、政法大學等校二三千名學生，圍觀群眾六七千人。學生「會聚新華門是因為至今政府沒有一個人出來表態」。學生多次齊聲高呼「李鵬出來！」「李鵬出來！」的口號，並六次試圖衝開警戒防線而未成功。4月20日凌晨時分，大批警察和多輛大巴到場圍著在新華門前靜坐的學生，警察將學生拖上大巴。在這過程中學生和警察發生衝突。有學生被打傷。新華社援引北京市公安局消息指有4名警察被擲來的磚塊、瓶子打傷。許多學生認為他們遭到警方虐待，有關警察採取暴力驅離的傳聞也迅速蔓延開來。
新華門事件激怒了許多校園裡的學生，許多過去沒有積極參與政治事務的學生也因為這次事件，而決定加入抗議活動。在這段期間，一群自稱「工人代表」的北京工人自治聯合會則到處發布兩份具挑戰中央領導集團統治的傳單。
4月19日，立場靠近改革派的報紙《世界經濟導報》決定出版紀念胡耀邦的專題報導。其中一篇由嚴家其所撰寫的文章中，便對北京市學生發起的抗議活動給予正面評價，並且呼籲重新審視1987年要求胡耀邦下臺的作為。不過在得知中央政府的立場漸趨保守後，江澤民要求《世界經濟導報》刪除相關的長篇敏感報導內容，但《世界經濟導報》則以空白頁刊登的方式抗議文字審查。最後江澤民馬上解除總編輯欽本立的職務，其果斷的行動贏得黨內元老的正面評價。
由於胡耀邦曾經出任中共最高領導人的職務，中央決定為其舉行國葬，儀式最後決定在4月22日舉行，北京市人民政府下達命令封閉廣場以舉辦葬禮。約有十萬名學生則在前一天晚上無視命令，遊行進駐至天安門廣場。此時各高校的學生組成了“學生行動臨時委員會”，然后該委員會向當局提出七項要求，並且提到另外與胡耀邦有關的三點要求，分別是要讓廣場上的學生瞻仰胡耀邦的遺體；讓廣場上的學生代表進入人民大會堂參加胡耀邦追悼會；在胡耀邦追悼會結束后，讓他的靈柩在天安門廣場繞一圈，讓在場的數萬名學生為他最后送行。不過中國官方治喪委員會拒絕了學生代表的所有要求，只答應向在天安門廣場的學生同步播放胡耀邦追悼會的現況。當局還要求在廣場的學生向東移動，騰出廣場西邊的場地，以便讓追悼會參加者的車輛能夠通過，學生們接受了當局的要求。在4月22日當天早上10點，包括中央軍委主席鄧小平在內的中國黨政領導高層皆前往人民大會堂內部參加典禮，並由中共中央總書記趙紫陽發表悼念詞，中國國家主席楊尚昆主持儀式。儘管整個國葬過程向學生直接播出，然而由於紀念活動只持續了40分鐘便宣告結束，學生們到11點也沒有看到胡耀邦的靈車，這使得天安門廣場的群眾情緒更為高漲。這時學生們開始越過天安門廣場西邊的路，涌到人民大會堂前靜坐。他們向官方提出了3點要求，分別是繼續要求胡耀邦的靈車繞著天安門開過；與總理李鵬會面；希望官方媒體能夠公開報道天安門廣場上學生們對胡耀邦的悼念活動。但官方還是沒有接受學生們的要求，也沒有派官員與學生見面。雖然保安人員封鎖了人民大會堂的東大門，但仍有數名學生共同突破封鎖線。隨後有三名學生（北京大學的郭海鋒、張志勇，中國政法大學的周勇軍）跪在人民大會堂的階梯上，表示要提交請願書，並要求獲得國務院總理李鵬的接見。然而三名學生跪了40多分鐘，沒有任何中國共產黨領導人自人民大會堂出現，這使得絕大部分學生感到失望與不滿。學生行動臨時委員會決定撤離天安門廣場，但準備罷課抗議。4月22日下午1點30左右，學生們開始撤離天安門廣場。他們經過新華門時，高呼“和平請愿，政府不理，通電全國，統一罷課。”
4月21日至4月23日期間，學生們開始籌劃成立真正的活動組織。在4月23日，北京高校學生自治聯合會宣告成立，並選舉當時就讀中國政法大學的周勇軍擔任主席，而北京大學學生王丹、北京師範大學學生吾爾開希也被推舉為各自學校的學生代表。但後來實際主持工作的是社科院研究生王超華、北大研究生封從德（第三任主席）和北大學生楊濤（第四任主席）。隨後北高聯呼籲北京市的所有大專院校全面並無限期的罷課，以表抗議訴求。然而這樣一個獨立於管轄範圍外的組織成立，挑戰了中國共產黨對學生的管理地位。另外一方面，位於湘潭市的湘潭大學學生也發起抗議行動，並且獲得許多學校教授支持。同時武漢市當地的大學學生也組織起來，共同抗議湖北省人民政府。
然而在4月22日黃昏，長沙市和西安市爆發了嚴重事故。其中包括在西安市有暴徒縱火毀壞車輛、房子，並且搶劫靠近西華門的商店；而在長沙市也有38家商店遭到暴徒搶劫，最後這兩個城市共有超過350人遭到了逮捕。隨著國家局勢變得更加動盪，中共中央總書記趙紫陽立即與中央政治局常委召開多次會議。對此趙紫陽強調要求學生停止進一步的抗議活動，而各自回到大學就讀；他亦要求動用所有必要措施來解決動亂行為，而不同級別的政府應該與學生進行開放式對話。國務院總理李鵬則要求趙紫陽譴責示威群眾，並認為應該要採取更加積極的防治措施，不過趙紫陽最後駁回了李鵬的看法。儘管中國共產黨的領導高層就回應學生運動的方式意見分歧，而與趙紫陽關係密切的國務院副總理田紀雲等人也建議趙紫陽繼續留在北京市密切關注事態發展，但趙紫陽仍然依照原計劃，應朝鮮勞動黨總書記金日成的邀請，於4月23日飛往朝鮮進行國事訪問。4月24日，北京35所大學全面罷課，上海、天津、長沙、西安、南京等各大城市高校紛紛響應。
為了抗議政府對《四二六社論》的定性，數百萬名學生與群眾發起了四二七游行，遊行隊伍舉起寫著「民主萬歲，人民萬歲！」、「廉潔的中國共產黨萬歲」的橫幅
趙紫陽前往朝鮮後，便由留在北京市的中共中央政治局常委、國務院總理李鵬代理領導黨政機關。4月24日，李鵬和中共中央政治局委員兼北京市委書記李錫銘、以及國務委員兼北京市人民政府市長陳希同會面，希望能了解天安門廣場上的情況。對此北京市官員想盡快解決危機，並認定抗議活動是一場陰謀，旨在推翻中國現有的政治制度、以及包括鄧小平在內的主要黨政領導人。在總書記趙紫陽缺席的情況下，中國共產黨中央政治局常務委員會議認為必須立刻向示威群眾採取態度堅決的行動。4月25日上午，中國國家主席楊尚昆和國務院總理李鵬前往鄧小平的住處會見鄧小平，鄧小平同意政府採取強硬立場。鄧小平還表示應該藉由大眾媒體適當地發布「警告」，藉此抑制示威活動因為不斷傳播而擴大。
這次會議成為中國共產黨高層首次對抗議活動的正式評估，而重要問題的決定仍然以鄧小平的意見為準。李鵬隨後依照鄧小平的意見下令起草一份公報，並向中國共產黨各個機構和高階官員要求應該設法對付示威群眾。4月26日時，中國共產黨的機關報《人民日報》頭版發表社論《必須旗幟鮮明地反對動亂》（四二六社論），指責「極少數別有用心的人」陰謀推翻中國共產黨和現行的政治制度。然而這項聲明激怒了學生，認為這是中國共產黨故意要對付抗議活動。最後社論並沒有令學生放棄示威活動，反而促成更多學生願意團結，並共同表態支持學生活動。
在北京高校學生自治聯合會組織下，有五至十萬名來自北京市各大學的學生在4月27日集結遊行，經由街道前往天安門廣場。學生團體成功通過警方設立的封鎖線，並沿途接受以工廠工人團體為首的市民廣泛支持。組織活動的學生領袖希望藉由這次遊行展現其愛國性質，特意淡化反對共產主義的口號；其中遊行學生主要強調「反官僚、反貪腐、反任人唯親」這一問題，不過學生仍強調會繼續「擁護共產黨」。這次示威遊行迫使中國政府做出讓步，同意與學生代表會面。4月29日，國務院發言人袁木會見由政府批準的學生社團代表。儘管會談中討論了包括報刊編輯、新華門事件、民主自由等廣泛議題，並獲得一些實質成果，然而包括吾爾開希等學生領袖則表態拒絕出席。
4月30日，中共中央總書記趙紫陽從朝鮮平壤返國並重新掌握黨政權力。然而隨著外界要求中國政府對學生示威活動的態度更為軟化後，內部相關的討論衝突反而更為加劇。以趙紫陽為首的溫和派，主張繼續與學生展開對話；以國務院總理李鵬為首的強硬派，則主張應該強硬地反對抗議活動繼續進行。在5月1日召開的中共中央政治局常務委員會議上，趙紫陽和李鵬再度針對這一議題有所衝突。當中趙紫陽認為先前強硬派的作法已經證明並無實際的效力，因此政府特別允許這次活動才是唯一的選擇。
對於李鵬認為國家的穩定發展應該優先於任何事項，趙紫陽則反駁說中國共產黨應該表態支持擴大民主和提升透明度的要求。最後在趙紫陽強力推行下，政府決定展開進一步的對話。趙紫陽隨後開放新聞媒體積極報導抗議活動的發展，並在5月3日至5月4日期間發表了兩次同情示威群眾的演講。趙紫陽發言中提到學生關切政府官員貪腐的問題是正當的，同時認為這次學生運動應該被視為一種愛國表現。在5月4日當天，有十萬名學生在北京街頭遊行以紀念五四運動，同時再度重申先前示威遊行所提出的要求。當天，北高聯宣佈《新五四宣言》，呼籲推廣民主政體。上海、南京和廣州等地學生也遊行上街，呼籲政府與學生對話。而趙紫陽的發言實際基本上否定了4月26日《人民日報》發表的社論內容，這讓很多大學生都滿意政府所做的讓步。5月4日結束時，除了北京大學和北京師範大學外，所有北京市的大學皆宣布罷課行動結束，隨後大部分學生也逐漸失去參與抗議活動的興趣，新聞自由獲得口頭保障，多數人主張以對話漸進推動民主。
1989年5月10日，浦志強參加北京學運遊行，要求“辦報自由”和“結社自由”
正當學生自治會所選舉出來的正式對話代表團已經準備和中華人民共和國政府展開對話之際，北京高校學生自治聯合會組織領袖不願意由正式對話代表團單方面控制整個抗議活動。在面對學生團體內部不和以及參與群眾不斷減少的情況下，包括王丹和吾爾開希等具有較大影響力的學生領袖要求採取更激進的作法來恢復抗議聲勢。其中他們認為中國政府所提出的「對話」只不過是一種誘騙學生就範的方式，因此自5月11日開始動員學生準備進行絕食，希望能夠改變《四二六社論》的定性。
最後學生決定在蘇聯共產黨中央委員會總書記米哈伊爾·戈巴契夫高調對華進行國事訪問的前兩天，自5月13日由柴玲宣讀《絕食書》展開絕食抗議；其中學生領袖認為歡迎戈巴契夫的儀式必定安排在天安門廣場進行，因此藉由絕食抗議便能作為籌碼來迫使政府滿足他們的要求。此外絕食獲得社會大眾廣泛的同情，進而使得學生運動成為一種道德行為並且受到群眾的追捧。而北京的抗議活動促使得其他城市的大學也陸續組織了抗議和罷課行動，同時有很多學生也紛紛前往北京市參加示威遊行，其中在5月13日下午便約有30萬人聚集在天安門廣場上。整體來說於天安門廣場上進行的示威活動仍保有秩序，來自北京不同地區的大學學生每天發起遊行以表達抗議要求並且表示團結，同時許多學生也會在行進過程中齊唱無產階級國際主義運動著名的《國際歌》。在5月中旬，學生發起絕食行動，促使中國各地四百多個城市陸續集結抗議，表態支持。
戈爾巴喬夫訪問中國前夕，游行的學生在天安門廣場拉起中俄雙語橫幅宣揚民主。圖為「民主—我們共同的理想」標語
米哈伊爾·戈爾巴喬夫歷史性訪問中國
蘇聯共產黨中央委員會總書記米哈伊爾·戈爾巴喬夫是1950年代末中蘇決裂後第一位正式訪問中國的蘇聯領導人，兩國關係惡化前蘇共中央第一書記尼基塔·赫魯曉夫曾於1959年訪問中國，作為國賓出席慶祝中華人民共和國國慶10週年大會。蘇聯領袖相隔30年再次訪問中國，象徵兩國關係改善，因此中國領導人非常重視這次國事訪問。
5月上旬至5月中旬時有關採訪六四事件抗議群眾的審查限制獲得明顯地開放，國家媒體開始播放包括絕食在內關於同情抗議群眾的影像。然而由於擔心示威活動將會失控，鄧小平要求在蘇共中央總書記戈巴契夫訪問中國期間應該清除廣場上的抗議群眾。為了達成鄧小平的要求，趙紫陽決定仍使用柔性辦法並且指示他的下屬馬上與學生進行談判。趙紫陽相信此時仍能夠成功藉由愛國主義吸引學生的關切，並且讓學生了解到如果在中蘇首腦會議期間讓其他人士知悉內部有動亂跡象的話會使得全國難堪。5月13日上午中共中央統戰部部長閻明復召開緊急會議，並且邀請到重要的學生領袖以及包括劉曉波、陳子明以及王軍濤等知識分子。閻明復說表示政府已經準備與學生代表展開直接對話，但前提是學生必須先撤離天安門廣場以舉辦戈巴契夫訪問中國的歡迎儀式，這樣也使學生領袖們之間陷入分歧。
5月14日時，以戴晴為首的知識分子在中共中央政治局常委、中央書記處書記胡啟立的許可之下直接通過政府審查在《光明日報》提出意見，呼籲學生應該要盡快離開天安門廣場，但是許多學生卻認為知識分子是為了政府發言而拒絕做出讓步。當天晚上，以閻明復為首的中國政府代表團與擔任學生代表的沈彤和項小吉展開正式談判，其中閻明復肯定學生運動的愛國性質並且懇求學生從天安門廣場上撤出。雖然閻明復的誠意成功促使得一些學生願意達成妥協，但是隨著不同派系的學生間無法事先進行協調或者提出連貫的要求而使得會議變得越來越混亂，不久學生領袖在得知政府並不願意承諾公開直播問題的談判過程後宣告會議無限期中止。之後閻明復直接前往天安門廣場嘗試勸離學生，甚至表示自己願意被學生挾持以換取撤離的決定，然而學生之間並沒有理會其勸告。而在隔天閻明復還向李鵬詢問是否願意應學生要求正式退回四二六社論的內容、並且將學生運動定調「愛國民主運動」，但這些建議都一一遭到李鵬的駁回。
最後戈巴契夫訪問中國期間學生仍然決定繼續留在天安門廣場，也使得中國國家主席楊尚昆為戈巴契夫訪華舉行的歡迎儀式上改在機場內進行。這次中蘇首腦會晤于中蘇交惡30年後進行，除了標誌中蘇關係恢復正常外，同時也被視為中國領導人其具有重要歷史意義的突破。然而相比之下由於學生仍然堅持在天安門廣場上進行運動而為這次會談帶來尷尬，進而促使得許多原本偏向溫和派的領導高層也開始轉向願意實施「強硬派」的作法。其中鄧小平與戈巴契夫在人民大會堂內舉行兩國領導人之間的高峰會時，學生群眾則在附近天安門廣場上發起示威活動。而在5月16日戈巴契夫與趙紫陽會面後，趙紫陽則在國際新聞媒體前告訴戈巴契夫表示鄧小平在中國仍然是「至關重要的」。對此，鄧小平認為趙紫陽的這句話是要將處理學生運動失當的過錯歸咎於他。這項言論標誌著鄧小平和趙紫陽兩個中國最高層領導人之間決定性的分裂。
上海時裝商店掛出聲援學生運動的橫幅，表達對1980年代末中國通貨膨脹的不滿
絕食抗議的作法很快便引起中國各地對於學生的支持和同情，並且在5月17日至5月18日期間數百萬名居住於北京市的各行各業居民共同發起示威遊行；而參與者還包括有中國人民解放軍軍人、警察人員、中國共產黨黨員或者是低階的政府官員，同時許多中國共產黨基層組織、中國共產主義青年團以及政府資助的工會也鼓勵其成員公開參與遊行活動。此外一些中國民主黨派成員學生致信給李鵬以表達意見，而中國紅十字會也特別下達通知並且安排大量人員前往天安門廣場為絕食群眾提供醫療服務。而在戈巴契夫離開中國後，許多外國記者仍決定繼續留在中國並且報導於首都北京市進行的抗議活動，這使得學生運動成為國際關注的焦點並且也讓一些西方國家政府呼籲中國政府保持克制。
至此原本於四月底聲勢衰退的抗議行動重新獲得聲望，5月17日時來自中國各地的學生陸陸續續湧進首都北京市以參與學生運動；而在中國各地四百多個城市也爆發規模不一的抗議活動，其中包括中共福建省委、中共湖北省委以及中共新疆維吾爾自治區黨委機關甚至都遭到學生示威遊行的影響。但是由於中國共產黨領導高層遲遲沒有針對北京發起的示威活動有明確的定位，這使得地方當局不知道如何處理當地的學生運動。而且因為示威活動合併了許多範圍廣泛且關注點不同的社會議題，這使得中國政府無法清楚分析哪些議題可以談判，乃至於不清楚示威活動提出了哪些訴求。與此同時由於絕食抗議的行動其本身便具有「犧牲特質」，這使得無論是權威性還是合法性都因此而逐漸喪失的中國政府感到十分棘手。在種種因素所形成龐大的壓力情況下，中國政府內部開始討論將戒嚴作為一種應對示威活動的可行手段。
5月18日，國務院總理李鵬在人民大會堂首次與學生代表會面，並且希望能夠安撫受到大眾關注的絕食行為。在會談中學生領袖再次要求中國政府撤銷《四二六社論》並且肯定學生運動為「愛國舉動」，但對此李鵬則表示政府主要關切的是因為絕食而送往醫院診治的患者。儘管這次討論僅取得了少數實質成果，但是學生領袖也因此得以在國家電視臺重要節目上有了出現的機會。5月19日凌晨，趙紫陽則在中共中央辦公廳主任溫家寶陪同下前往天安門廣場，而聽聞消息陪同前往的李鵬則是抵達廣場後馬上離開。趙紫陽在凌晨4時50分時藉由擴音器直接呼籲學生結束絕食，並且告訴學生應該健康地活著，看到中國實現四個現代化的那一天。這是他最後一次公開露面。
在1989年5月23日下午2時，3位來自湖南省瀏陽市的青年魯德成、喻東岳和余志堅針對北京市天安門所懸掛巨幅毛澤東畫像進行毀損。三人最初為了聲援主張反對貪腐和要求中國共產黨改革的六四天安門事件抗議學生而在5月19日前往北京市，然而他們則主張完全推翻中國共產黨并且建立民主政府。盡管余志堅和喻東岳曾經向學生領導人提及建議和宣言但并沒有獲得答復，之后認為無法和學生有進一步對話的三人于5月22日開始策劃針對毛澤東畫像的破壞行動。
隨著示威活動不斷升級並且擴大，最後作爲軍方最高領導人的中央軍委主席鄧小平決定採取果斷行動。一連串遊行後，以中共中央軍委主席鄧小平及中國國務院總理李鵬為首的強硬派決定以武力解決示威，中央顧問委員會主任陳雲、時任中國國家主席楊尚昆和前國家主席、時任全國政協主席李先念等多位保守派中共元老亦支持出兵。5月17日，政治局常委在鄧小平的住所召開會議。在這次會議上趙紫陽不斷讓步的處理方針遭到了其他成員的批評，其中李鵬和鄧小平宣稱趙紫陽於5月4日發表的和解談話使得學生不再懼怕中國政府。鄧小平警告說如果北京市進行中的抗議活動不迅速平息的話，意味著中國將冒著經歷另外一次內戰或者是文化大革命的風險，而他的意見亦得到其他中國共產黨黨內元老的支持。鄧小平隨後表示應該宣布戒嚴以表達政府無法容忍抗議活動持續進行的立場，同時為了證明戒嚴有其作用而決定將示威群眾描述為資產階級自由化倡導者的「打手」，並且指稱是幕後籌劃的人士試圖打擊中國共產黨的統治並且進一步實現他們個人的野心。
同日傍晚中國共產黨中央政治局常務委員會在中南海制定有關戒嚴之計劃，期間趙紫陽表示由於無法實施戒嚴而準備辭去職務，同時他也不確定由中央政治局常委投票做出的戒嚴決定是否具有法律約束力。之後胡啟立亦表示他並不願意實施戒嚴，但相對的李鵬以及姚依林都表態支持宣布戒嚴的決定。喬石則提到雖然他反對政府再做出進一步的讓步，但是他本人並不認為實施戒嚴為解決這一問題的有效方法。而出席此次會議元老人物中華人民共和國主席楊尚昆和中國共產黨中央顧問委員會副主任薄一波則強烈要求中國共產黨中央政治局常務委員必須遵循鄧小平的命令，之後擔任中央軍事委員會副主席和秘書長的楊尚昆更動用其權限開始調動軍隊進入首都北京市。
5月19日，中國共產黨中央政治局常務委員與軍方領導人以及中國共產黨黨內元老會面。鄧小平親自主持會議，並表示：實施戒嚴是唯一的選擇，在這次會議上鄧小平宣布他「錯誤地」選擇胡耀邦和趙紫陽擔任他的繼任者，並且決定從此將趙紫陽隔除在中國共產黨高層領導會議外。鄧小平還誓言要強硬處理趙紫陽的支持者，並且對此開始進行宣傳工作。5月20日，中國政府正式宣布實施戒嚴，並且從5個大軍區中動員了至少30個師的兵力，其中在中國人民解放軍24個集團軍中便至少有14個被要求部署軍隊。其中多達250,000名士兵藉由最終被送往首都北京市進行部署，其中有一部分軍隊則藉由空運和鐵路運輸前往各自的目的地，而廣州民航當局甚至還事先安排普通機票以準備隨時運輸部隊。當天下午，楊尚昆當面明確北京軍區司令員周衣冰為指揮，全權指揮戒嚴行動。然而中國人民解放軍陸軍部隊進入城市後隨即遭到大量集結的群眾攔阻，在受到大量群眾包圍軍車隊伍並且阻止其進退的情況下使得部隊在郊區無法繼續前進。抗議群眾也紛紛向士兵發表演講並且呼籲後者加入他們的行動，同時示威群眾還提供士兵食物、飲用水和相關用品。在部隊遲遲無法向城市內部推進的情況下，中國政府於5月24日下令所有軍隊撤退至各個城市外的基地駐紮著。然而儘管示威群眾成功逼使軍事部隊撤離被視為抗議活動「扭轉頹勢」的表現，但是中國政府仍然不斷於中國各地調動部隊以準備展開之後的行動。
與此同時學生運動的內部分裂則更為加劇，5月下旬學生所組織的抗議活動由於沒有明確的領導人或一致的活動，情況變得越來越混亂，同時伴隨著天安門廣場上聚集著大量群眾使得示威隊伍出現嚴重的衛生問題。侯德健建議學生領袖進行公開選舉以選出學生運動的發言人，但是遭到學生團體的反對。另外一方面王丹則認為近期中國政府將有可能發起軍事行動以鎮壓示威活動，因此主張讓學生先從天安門廣場暫時撤回校園並且另外組成相關團體，但這個建議則遭到主張繼續佔領天安門廣場的強硬派學生反對。隨著派系衝突日益增加，各個派系開始爭奪位在廣場中央的學生廣播中心，期望能夠藉由控制擴音器的方式掌握學生運動的控制權。各個派系也開始派遣一些學生前往火車站迎接來自全國各地聲援的學生們，並趁機將他們拉到自己的派系之中以獲得支持。學生團體開始指責其他派系的成員別有用心，這包括有勾結政府成員並且試圖藉由學生運動以獲得個人成就。
在5月27日時，香港將近三十萬人則參與在跑馬地馬場舉辦的《民主歌聲獻中華》活動，不少香港名人應歌唱邀並且表示對北京學生的支持。隔天，在李柱銘、司徒華和其他組織的領導人領導下，香港150萬名群眾聚集在於香港島發起了大規模的抗議遊行，而同一天世界各地也發起了全球華人大遊行的活動。而在這期間，包括美國日本等政府也針對中國發出旅遊警告。之後北京市的報刊上則陸續發表許多呼籲學生離開天安門廣場並且結束抗學生運動的文章，其中在6月1日於《北京日報》刊載的《天安門廣場啊，我為你哭泣》這篇文章中指稱由於示威運動內部混亂和無序而使得作者感到失望；但是這些文章也使得許多不願意離開天安門廣場的學生感到憤怒並且開始組織抗議行動，數千名學生便列隊自行遊行至北京街頭以表達不願意撤離天安門廣場。隨後劉曉波、周舵與高新三名知識分子以及臺灣歌手侯德健宣布發起第二次絕食活動，並且希望能夠藉此重新提振民主運動。而由於長期佔領天安門廣場後許多學生都漸漸感到疲累，這使得原先學生內部的溫和派與強硬派之衝突也漸漸停息並且開始展開對話。之後劉曉波等人在發表的聲明中提到絕食的目的是為了能夠公開批評政府，同時提醒學生們他們現在的事業是值得奮鬥的，並且促進學生能夠繼續佔領天安門廣場以提出繼續改革的要求。
6月2日晚間，一輛警方吉普車在行進時不慎撞擊4名平民並且造成3人死亡，這件事造成示威群眾開始擔心軍隊和警察試圖進駐天安門廣場。對此學生領袖隨即發出緊急命令，要求在主要的十字路口設置路障以防止部隊進入城市中心。6月3日上午，學生和居民則發現有身穿便衣的軍隊試圖攜帶武器進入城市，學生團體隨即將其抓住並且把武器交還給北京市警方。學生隨後於中南海的門口外進行抗議活動，但是遭到警方發射催淚瓦斯驅趕。另外一批沒有攜帶武器的部隊從人民大會堂出現後很快遭到抗議群眾包圍，並且在混亂中造成數人受傷；之後雙方原地坐下並且開始吟唱歌曲，最後部隊撤退回到人民大會堂大廳內。3日傍晚，中央電視臺的新聞廣播稱戒嚴部隊將會鎮壓動亂，并警告市民不要前往天安門廣場。
6月1日，李鵬向中共中央政治局提交《關於動亂的實質》報告，指稱示威群眾為恐怖分子和反革命分子，還指出抗議學生並不打算撤離天安門廣場，同時示威活動也獲得廣泛支持。隨後國安部也提交報告，強調資產階級與自由主義已滲透到中國各處，西方觀念給學生帶來負面影響。國安部亦認為美軍部隊介入學生運動，期望藉此推翻中國共產黨的統治。這份報告在中國共產黨黨內成功營造出脅迫感，為之後的軍事行動提供理由。同時中央政治局也收到戒嚴部隊指揮部的報告，指出部隊已經做好協助穩定首都現狀的必要準備。種種因素讓大多數中央政治局委員接受了戒嚴的必要性和合法性的說法，也同意之後藉由武力清場以解決政治危機的方案。
6月2日，隨著學生的抗議運動有所增加，中共高層以武力解決政治危機的看法更加鞏固。同日，中共高層再度召開會議，最終同意實施清場以「能夠結束暴亂並且恢復首都秩序」。他們一致認為應盡可能和平地完成天安門廣場的清場任務，但如果示威群眾不願配合的話，部隊也被授權得以使用武力完成任務。國內報紙當天還報導軍隊部署於北京市十大重要關鍵地區。
6月3日下午4時30分，李鵬、喬石和姚依林3名政治局常委會見軍方領導人、中共北京市委書記李錫銘、北京市長陳希同和國務院秘書長羅幹，最後確定有關戒嚴實施的具體辦法。會議確認將事件定性為“反革命暴亂”，必須果斷采取強硬措施扭轉局勢。會議決定當日夜采取行動，“由周衣冰同志統一指揮解放軍和武警部隊力量，迅速開進天安門廣場，堅決執行戒嚴任務”。在清場的當天晚上，中共領導人分別於人民大會堂和中南海監督執行狀況。
6月3日晚間，各個國營電視臺陸續警告北京市居民留在室內不要外出；但受到前兩週成功阻擋軍隊的激勵，大批市民仍然走上街頭以阻止部隊行進。中國人民解放軍部隊從北京市各個方位逐步向天安門廣場推進，分別由第38集團軍、第63集團軍和第28集團軍負責西面；空降兵第15軍、第20集團軍、第26集團軍和第54集團軍負責南面；第39集團軍和衛戍第1師負責東面；以及第40集團軍和第64集團軍負責北面。晚上10時左右，第38集團軍在廣場西方約10公里的長安街五棵松十字路口開始向示威群眾開槍。群眾對於軍隊下令實彈射擊感到驚訝，進而開始向部隊丟擲物品。當天晚上，32歲的航天技術人員宋曉明成為首位被證實的死者。之後軍隊遭指控使用了射入人體會碎裂，從而造成嚴重創傷的達姆彈。10時30分，由於民眾將雙節無軌電車推到路上並放火焚燒，行進中的軍隊被迫暫時停在天安門廣場西側約5公里的木樨地，試圖清除這些臨時路障。住在附近公寓的居民亦出面試圖攔阻軍方車隊，但第38集團軍再度開火，並造成重大人員傷亡。根據天安門母親運動調查後提出的死者報告中，共有36人在木樨地死亡。另外士兵還向木樨地附近的公寓開火，造成在建築陽臺或室內有人因而遭到槍殺，這包括數名在公寓觀察事態發展的中國共產黨高級黨政官員。第38集團軍最後以裝甲運兵車將電車車廂撞開，並持續與嘗試倉促搭建路障或組織人鏈的示威群眾對峙，之後部隊行經長安街經過南禮士路、復興門、西單到天安門期間都有造成傷亡。而負責南面的空降兵第15軍傘兵也使用實彈進行射擊，並且在珠市口、天橋和前門等地也造成平民傷亡。但是亦有說法認為該類說法均為遠距離觀察導致的失真，在現場的CBS記者理查德·羅斯也稱并未有士兵開槍，而僅僅試圖驅散人群，這使得究竟是否發生開槍事故存疑。
有說法稱部隊使用實彈進行射擊並且造成死傷反而激怒北京市的居民，其中一些人開始以棍棒、石塊和自製的汽油彈攻擊士兵，甚至縱火焚燒軍車。中國大陸當局以及其支持者表示軍隊主要是為了自我防衛而動用武力，並且提出部隊的傷亡證明使用武器正當，而在報告中便有士兵在街上遭到活活燒死或者是被其他人毆打致死的紀錄。而根據吳仁華的研究指出在6月3日晚上10時軍方開火後群眾才開始向部隊做出反擊。不過在驅離過程中，亦有學生和居民試圖保護遭攻擊的士兵，而大多數的軍事單位則拒絕向執行對平民開槍的命令。
晚上8時30分時，由於軍隊的直升機出現在天安門廣場上空使得示威學生在各個大學校園呼籲學生加入其行列。晚上10時，示威學生依照預定時間在民主女神的基座附近舉辦天安門民主大學的成立儀式。但是10時16分時，由政府控制的擴音器警告說部隊可以在實施戒嚴期間採取任何強制執行的措施。晚上10時30分，隨著看見軍隊以實彈射擊的目擊者陸陸續續從北京市區西側和南側進入天安門廣場，在天安門廣場上的示威學生與群眾也瞭解到有關暴力事件的消息。在午夜時分，學生擴音器則宣布一名學生在靠近中國人民革命軍事博物館的西長安街遭到殺害，這使得待在廣場上的群眾陷入憂鬱情緒。學生指揮部副總指揮李錄隨即要求學生保持團結，並且堅持以非暴力的手段以爭取繼續佔領天安門廣場；凌晨0時30分，吾爾開希則指控一名北京師範大學女學生在晚間離開校園後遭到殺害，之後吾爾開希便因為突發昏厥而被救護車帶離廣場。而在這時候，仍然有70,000人至80,000人繼續留在天安門廣場上。
大約凌晨12時15分，軍方開始發射照明彈以提供夜間照明，並且第一輛63式裝甲運兵車自天安門廣場西側出現並且從廣場前的道路快速通過，大約五分鐘后出現第二輛裝甲車，兩者均往東長安街駛去。凌晨12時30分左右則有2輛裝甲運兵車抵達天安門廣南側，學生便陸陸續續向軍方車輛丟擲水泥塊。之後其中一輛裝甲運兵車突然發生故障而無法移動，示威群眾便用棍棒破壞車輛並且以澆上汽油的棉被放火焚燒。而因為車輛遭到焚燒而緊急逃出的3名軍人則被示威群眾毆打，但學生則組織警戒線並且護送3人到位於廣場東側中國國家博物館的急救站醫治。之後在承受極大壓力的情況下學生領袖曾經一度放棄非暴力手段並且準備展開報復行動，其中柴玲便曾一度使用擴音器呼籲學生準備對抗「無恥的政府」。但最後她和李錄同意繼續維持和平手段的做法，並且沒收學生所持有的棍棒、石塊和玻璃瓶等可能被視為武器的物品。
凌晨約1時30分，第38集團軍和空降兵第15軍的隊伍前沿分別到達天安門廣場的南北兩側。他們開始封鎖天安門廣場四周並且將裡面的示威學生和前往支援的居民分隔開離，而在過程中也殺死數名示威群眾。同時第27集團軍與第65集團軍從天安門廣場西側的人民大會堂出現，而第24集團軍也於東側的中國國家博物館開始進行部署。在遭到軍隊包圍之後，數千名仍然留在廣場上的示威學生與群眾則開始往廣場中央的人民英雄紀念碑聚集。凌晨2時後，部隊開始嘗試對人民英雄紀念碑旁的示威群眾施加壓力；而學生廣播則不斷呼籲軍隊放棄使用武力，並且提到：「我們是和平請願，是為了祖國的民主自由，為了中華民族的富強，請你們順從人民的意願，不要對和平請願的學生採取武力……」大約凌晨2時30分，幾名工人則開始在人民英雄紀念碑架設其從裝甲運兵車上拆解的機槍，並且發誓要向殺害許多示威群眾的部隊報仇。之後在侯德健勸說下工人們選擇放棄武器，而劉曉波則在紀念碑的欄桿公開砸壞另外一枝沒有子彈的步槍以重申非暴力運動的立場。
之後，曾在木樨地看見軍隊槍殺民眾的北京高校學生自治聯合會常委邵江呼籲由知識分子帶領示威學生與群眾撤離廣場，並且表示已經有太多人喪生。劉曉波原本表示不願意撤離廣場，但最後仍被說服，並且和周舵、高新和侯德健一同與學生領袖商討撤離問題，不過包括柴玲、李錄和封從德等人在聽到撤離意見後最初都拒絕撤離。凌晨3時30分，在隸屬於中國紅十字會的兩名醫生建議下，侯德健和周舵同意先行嘗試與士兵進行談判。他們隨即乘坐救護車抵達天安門廣場東北角並且與第38集團軍336軍團政治委員季新國會面，季新國隨即向戒嚴部隊指揮總部轉達請求並且獲得同意為學生開闢往東南方安全撤離的通路。凌晨4點時天安門廣場上的燈光突然熄滅，同時官方的擴音器宣布：「現在開始清場，同意同學們撤離廣場的呼籲。」不過此時學生們則是一同唱起《國際歌》，並且認為軍隊準備執行最後一項清場任務。
凌晨4點30分時，天安門廣場重新開啟照明并發射一連串的紅色信號彈。與此同時，部隊開始從四面八方逼近紀念碑，隨後部隊在聚集於人民英雄紀念碑的示威群眾周圍10公尺處重新部署。而侯德健回來後先是嘗試說服事先知情的學生領袖接受他與部隊的協議，在大約4時32分侯德健透過學生的廣播表示他先行和部隊達成談判，然而許多第一次知道這次會談的學生則氣憤地指責他過於膽怯。封從德之後則在廣播中解釋由於已經沒有時間召開緊急會議，而將以口頭表決的方式決定示威學生之後的集體行動。但儘管「堅守」的聲音比起「撤離」還要來得更加響亮，封從德仍然表示「撤離」意見較為多數而決定帶領群眾撤離天安門廣場。不過大約在4時40分時，穿著迷彩服的士兵衝向人民英雄紀念碑並且破壞學生的廣播設施；而其他部隊則毆打數十名在紀念碑旁的學生，並且扣押或者破壞他們的相機和錄音設備。隨後士兵開始強制驅散在人民英雄紀念碑附近的群眾，之後也有學生和教授嘗試說服仍然堅持坐在紀念碑底層的學生離開。
大約早晨5時10分學生們開始離開紀念碑，示威群眾們手牽著手往廣場東南角安排的通道撤離，不過由于當時坐在廣場北部的學生頗多，因此有相當一部分學生是從廣場北側離去。而這時軍方則要求那些拒絕離開天安門廣場的學生必須加入撤離行列，除了以對空開槍的方式要求剩下的群眾撤出廣場外，並且還調動59式戰車部隊封鎖前往廣場的道路。而據從北側撤離的學生所說，軍隊在紀念碑北面架起機槍向學生掃射。在確認所有示威群眾都離開廣場後，軍方派遣軍用直升機運送大型塑膠袋並且命令士兵開始清理廣場。北京醫護人員對香港記者說，軍隊將廣場的屍體裝進塑料袋，由軍用直升機運走。而6月4日早上6時，已經撤離天安門廣場的學生隊伍在沿著西長安街自行車車道上準備走回校園時，西單郵電局方向有3輛從天安門廣場出發的坦克發射催淚彈並且衝撞人群，造成11名學生受傷。6月4日上午數千名先前撤離的示威群眾、清場行動中傷亡者的父母以及被政府舉動激怒的工人嘗試從東長安街重新回到天安門廣場，但是當人群靠近部隊時士兵則隨即往群眾處開槍射擊作為警告。然而由於有數人因而遭到部隊槍擊，之後暫時撤離該處的不滿群眾便又會嘗試重新前往佔領廣場空地。之後群眾多次嘗試進入天安門廣場內，但是軍隊則持續負責管理廣場並且持續兩周都不向大眾開放。
北京大學門口懸掛著悼念橫幅，攝于1989年6月7日
北京市區自6月4日軍隊已經控制天安門廣場後便逐漸恢復穩定狀態，不過在6月5日時西方媒體所拍攝和錄製的王維林於長安街阻擋坦克行進的影像轟動世界各地，照片被視為整個六四事件標誌性的照片之一。之後香港和澳門隨即發起大規模示威遊行以聲援北京的示威群眾，其中澳門有十多萬至二十萬人參與遊行抗議，佔當時澳門人口的一半，該次遊行亦是澳門歷史上規模最大的遊行，另外也有一些國家也對於軍隊清場一事發起抗議活動。曾經加入天安門廣場抗議活動的學生返回原本校園以及部隊實施清場的消息傳開後，中國內地包括成都市、西安市、武漢市、南京市、上海市和廣州市等城市都在都爆發大規模的抗議行動並且持續數天。在廣州，數萬學生曾將主要干道海珠橋占領了四天，整個城市交通陷入癱瘓。到8日，因軍隊即將進城，人潮只得散去。
而根據國際特赦組織的調查，在6月5日時成都市便至少有300人喪生。其中成都市當地部隊使用震撼手榴彈、警棍、刺刀和電擊棒攻擊平民，而當天晚上警方也刻意要求醫院不能接受學生或者是提供救護車服務。而西安市在6月5日到6月6日期間，當地學生也發起大規模遊行活動，並且聯合參與罷工的工人開始設置路障。不過6月8日時陝西省人民政府便表示城市已經穩定下來，並且提出「先穩住動亂分子，盡量避免發生正面衝突、激化矛盾」的執行方針。
上海則是在6月5日時由學生發起示威遊行並且開始擺設路障，工廠工人亦發起大規模的罷工抗議行動。這些舉動使得鐵路與道路交通陷入癱瘓，同時早上許多大眾交通工具也無法正常提供服務，英國廣播公司則報導說：「數萬名工作人士因而無法正常上下班。」第二天在中共上海市委要求下，上海市人民政府派遣6,500人清除道路上的路障以恢復通行。然而當天晚上8時30分，來自北京的161次列車撞死在光新路道口5名嘗試要封鎖火車來往的群眾，晚上10時時現場便聚集超過30萬人並導致造成交通中斷，而群眾也開始毆打火車司機以及工作人員並且焚毀數輛火車車廂以表達不滿。6月7日時，同濟大學、華東師範大學和上海理工大學等學校學生紛紛強占各自學校的禮堂以及教學大樓，並且將其安排成靈堂以悼念六四事件的傷亡者。越來越多學生們參與架設路障阻礙交通的行動，但在聽聞上海也有可能戒嚴後便有3,000多人決定暫時離開校園。當天晚上，中共上海市委副書記兼市長朱鎔基發表電視談話，並且提到：「作為市長，在此鄭重聲明，市委、市政府從來沒有考慮過要使用軍隊，從來沒有打算實行軍管或戒嚴。我們只追求穩定上海、穩定大局，堅持生產、保障生活。」
6月5日時，武漢當地約有20,000名大學學生決定遊行到天安門廣場表達不滿，另外示威群眾也分別封鎖武漢長江大橋的交通以及集結在武漢站前的廣場。第二天學生繼續在街頭遊行示威並使當地交通被迫中斷，同時約有10,000名學生決定直接在鐵軌上靜坐抗議，這導致來往北京、武漢到廣州的鐵路路線被迫中斷，此外學生還鼓勵當地各大大企業的工人發起罷工活動。6月7日凌晨學生們開始以公車和路障阻礙交通，並紛紛於各處架設靈堂來紀念六四事件的傷亡者。然而一小群激進的學生攔下一輛貨運列車並且開始在列車上潑灑汽油，不過在準備焚燒時成功被警方阻止。但這使得當地警方與居民關係漸趨緊張，居民開始提領現金並且搶購物資。而6月5日、6月6日到6月7日，南京當地學生發起遊行活動並四處發表演講，此外示威學生亦封鎖附近聯絡交通並嘗試聯合工人發起罷工。6月7日早上7時左右，包括河海大學在內幾間大學400多名學生以4輛公共汽車駕封鎖南京長江大橋持續到傍晚，而南京大學為主的在校學生則在中央門各處擺放路障。一直到當天下午4時以後學生與群眾才被說服並且撤離，也讓交通一度恢復。然而6月8日，包括南京大學與河海大學等校學生重新控制了南京站周遭一公里的交通，同時學生們也陸陸續續於南京長江大橋上靜坐表達不滿。對於學生激烈的反應，中共江蘇省委認為當地局勢已漸趨失控，並陸續向學生表示公安部將會嚴懲行動的策劃人。
最高領導人的鄧小平發表公開談話，並批評示威活動者的目的
軍隊在6月4日鎮壓天安門廣場的示威群眾後，中國政府開始加強控制新聞媒體和公民言論等自由，同時因六四事件懲處國內外媒體工作者。儘管國家媒體在軍隊實施清場剛發生後大多報導同情學生的內容，但是之後所有負責人遭到撤離職位作為處分，或者接受檢討和人人過關。其中在6月4日至6月5日在中國中央電視臺播出的《新聞聯播》上，個別負責報導此次事件因表現悲痛情緒的4名新聞主播分別是杜憲與張宏民、薛飛和李瑞英搭檔。但事件之后央視過關學習，杜和薛的態度不改（卻被調離處分三年后先后離職），而李張等人檢查符合要求，才有了日后的天壤之別 。中國國際廣播電臺英語部節目副主任、同時也是前中華人民共和國外交部部長吳學謙兒子的吳曉鏞和英語播音員陳原能也因為其負責的節目對示威群眾表示同情之意，后來吳事后被捕，陳則被禁止出國。而《人民日報》由於發表同情示威群眾的報導，包括社長錢李仁與總編輯譚文瑞等編輯都因而撤職。而包括吳學燦等編輯人員則是因為在未經許可的情況下出版特別相關報導，紛紛被判處有期徒刑4年。
所有國際新聞媒體在北京市實施軍事行動期間被勒令停止廣播，同時中共當局早在5月24日就關閉了衛星傳播的線路。然而許多廣播公司仍然無視這些禁令而嘗試藉由試電話向外界報告情況，而許多相關的拍攝影片紀錄也很快被偷偷地運出中國大陸，這也包括西班牙電視臺在6月4日凌晨所拍攝的天安門廣場情勢獨家紀錄。而在軍事行動期間一些外國記者則遭到中國大陸有關當局的騷擾，其中哥倫比亞廣播公司的記者理察·羅斯（Richard Roth）以及搭檔攝影師便遭到中國大陸當局拘留，然而在他仍然不斷透過行動電話報導天安門廣場的情況。之後幾名因為報導中國大陸當局派遣部隊清場的外國記者在隨後幾個禮拜遭到驅逐出境，而其他記者則持續遭到中共當局騷擾或者是被列入黑名單之中。各國駐上海領事館則被中國大陸當局告知並無法保證記者的人身安全，並開始要求每家新聞媒體必須遵從新頒布的準則內容。
6月9日，中國共產黨中央軍事委員會主席鄧小平在其他黨政高層的陪同下前往中南海懷仁堂接見戒嚴部隊高級幹部，而這也是自從學生發起示威活動以來鄧小平首次於公開場合出現。鄧小平在之後演講中稱呼因為六四事件而喪生的解放軍士兵為「烈士」，並且指出示威活動的目的是為了推翻共產黨以及國家，希望能進一步「建立一個完全西方附庸化的資產階級共和國」。鄧小平認為示威者之所以不斷強調包括官員貪污等等有關的投訴，便是為了掩蓋其底下試圖將當前社會主義制度加以取而代之的真正動機。他之後還以此觀點表示：「這整個都是仍堅持帝國主義之西方世界的計劃，他們企圖讓所有社會主義國家逐一放棄社會主義道路，然後將它們帶往另一條充斥著國際資本以及壟斷資本主義的道路。」
為了排除同情天安門廣場示威群眾的中國共產黨黨內人士，中國共產黨領導高層發起了長達一年半的整頓方案以「嚴格處理內部強烈傾向資產階級自由化道路的黨員」。根據報導有將近40,000名中國大陸官員被調查其在抗議期間的作為，有超過30,000名中國共產黨黨員的職位因此被迫調動，甚至估計有超過1,000,000名官員其政治可靠程度遭重新評估。而在這一期間，幾名中國大陸外交官則前往國外要求提供政治庇護。而抗議行動造成中國大陸當局決定加強其作用，在六四事件發生後許多在1980年代引入的自由作法遭到撤銷，同時中國共產黨回到傳統列寧主義的模式並且重新控制新聞出版和大眾媒體。不過六四事件使得中國大陸當局瞭解到無論是中國人民解放軍或者是北京警方都缺乏如橡皮子彈和催淚瓦斯等充足的鎮暴設備，因此在這次抗議行動結束後中國大陸各個城市的鎮暴警察陸續獲得非致命的相關裝備。同時六四事件還促使得中國大陸當局決定增加國內“維穩”開支，並且擴大中國人民武裝警察部隊在鎮壓城市抗議活動時的權限。
在所有被通緝學生領袖中排于第一位的王丹，同時他也是幾位曾遭到中國大陸當局關押的學生領袖之一
在軍隊成功控制天安門廣場後，中國大陸當局開始針對參與示威抗議的群眾展開大規模逮捕行動，並且也撤除相關工作或者支持抗議群眾的政府官員的職務。根據北京市委辦公廳所編出版的《1989北京制止動亂，平息反革命暴亂紀事》提到，北京市在“六四”后共抓捕了1,103名涉及“暴亂”的疑犯。有市民因為僅僅在街上拿走士兵遺下的軍用包就被控以搶劫罪名，判處七年、十年的監禁。。許多參與六四事件的人士之後陸續流亡海外，包括柴玲、吾爾開希等學生領袖便透過香港組織的黃雀行動，逃往美國、英國、法國以及其他西方國家，之後則被中國大陸當局長期禁止返回中國大陸境內。不過陳子明和王軍濤則是在1989年年底準備流亡時遭到逮捕，中國大陸當局指控他們為整起抗議活動的「幕後黑手」並且於1990年判處13年有期徒刑。