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然而，富蘭克林·羅斯福政府提出新政。美國公民自由聯盟領導人關于新政的意見不一，因為許多人認為，它代表政府增加干預個人事務，并且國家復興管理局暫停了反壟斷法規。羅斯福本人并不對民事權利感興趣，但任命了許多關于公民自由的關鍵職位，包括內政部長哈羅德·伊克斯，他是美國公民自由聯盟的成員。
新政的領導人與美國公民自由聯盟關于經濟政策的目標往往一致，但卻不同于社會的目標。特別的，電影是受當地法令禁止的，它被視為不道德或淫穢的。即使是描繪懷孕和生育健康的電影也是被禁止的；就像在1938年的4月11日，《Life》雜志因包含生育過程的圖片而被起訴。美國公民自由聯盟也反抗了這些禁令，但沒有獲勝。
在20世紀30年代，天主教會取得越來越大的政治影響力，并利用其影響力，推動電影的審查，并勸阻出版節育信息。美國公民自由聯盟和天主教會之間的這種沖突導致在1934年最后的天主教神父從美國公民自由聯盟的領導層中辭職；直到20世紀70年代，那里不會再有一位天主教神父被代表。
美國公民自由聯盟并沒有在總統富蘭克林·德拉諾·羅斯福1937年的法院包裝計劃中采取任何官方立場，該計劃是要增加最高法院法官的數目，除非最高法院扭轉其立場，并開始批準新政立法。最高法院最終做出了重大的政策轉變，不再用嚴格的憲法限制政府計劃，并開始更加積極地保護公民的自由。
第一個標志著法院新方向的決策是De Jonge v. Oregon, 在那里共產主義勞動組織者會因組織討論工會的會議而被逮捕。美國公民自由聯盟的律師 Osmond Fraenkel, 與國際勞動節保護協會合作，在1937年保護了De Jonge，并使最高法院裁定，“和平的集會和合法的討論可以不被認為是一種犯罪。”  " 德容的案件，標志著一個持續了十幾年的時代的開始，在這期間，羅斯福任命的人（雨果·布萊克，威廉·道格拉斯和弗蘭克·墨菲領導）設立一個公民自由的法律。 1938年， Harlan F. Stone 大法官在 United States v. Carolene Products Co.中寫下了著名的“腳注四”，他建議從今以后，妨礙公民自由的國家的法律需要更明顯的證據。
1935年，參議員羅伯特·費迪南德·瓦格納提出了國家勞資關系法案，允許工人組織工會。具有諷刺意味的是，美國公民自由聯盟，經過15年的爭取工人的權利，最初反對這樣的行為（它后來沒有采取任何立場的立法），因為一些美國公民自由聯盟領導人擔心該法案會給政府增加權利。新成立的國家勞工關系委員會（NLRB）使美國公民自由聯盟陷入了一個兩難境地，因為在1937年，該委員會對亨利·福特發出了一項指令，禁止福特傳播反工會文字。部分美國公民自由聯盟的領導站在了勞動者那一邊，而這一部分支持了國家勞工關系委員會的行動。但是，另一部分美國公民自由聯盟的成員支持福特的自由言論權利。美國公民自由聯盟領導人阿瑟·加菲爾德海斯提出一個妥協（支持汽車工人工會，但也贊同福特發表個人意見的權利），但繼續分裂會產生更深的鴻溝，在今后的歲月里將更加突出。
美國公民自由聯盟對國家勞工關系委員會的支持是其的一個重大進展，因為它標志著它首次接受了一個可能是負責維護公民自由的政府機構。直到1937年，美國公民自由聯盟覺得，公民權利最好由公民和私營機構所堅持。
在美國公民自由聯盟出現了一些新的派別。在1930年代后期，一些地方分支機構提出了他們的重點轉移，從保證公民自由的上訴轉變為建設法律援助社會，并集中在低收入街區的店面辦事處。美國公民自由聯盟董事拒絕了這一提議。其他美國公民自由聯盟的成員希望美國公民自由聯盟的焦點轉移到政治舞臺上，他們更愿意為了與政客達成交易而妥協自己的理想。這一舉措也被美國公民自由聯盟的領導拒絕了。
美國公民自由聯盟對于被告的不受歡迎、有時也有些極端的觀點已產生許多里程碑意義的法院案件，并建立了新的公民自由。其中一個被告是耶和華見證會的人，他參與了大量的最高法院的案件。美國公民自由聯盟支持的案件包括Lovell v. Griffin (推翻了一個規定在發布任何形式的“文學”之前需要獲得許可證的城市條例。)； Martin v. Struthers (推翻了禁止逐戶上門拉票的規定) ；還有 Cantwell v. Connecticut (扭轉了關于在街角朗誦攻擊性的演講的信念) 。
最重要的案件涉及到向國旗致敬的法令。耶和華見證人認為，行國旗禮是違背其宗教信仰的。在1938年，有兩個兒童因沒有向國旗敬禮而被判罪。美國公民自由聯盟支持他們，并向最高法院提出上訴，但在1940年，法院堅持了判罰。然而三年后，在 West Virginia State Board of Education v. Barnette，最高法院推翻了自己，并寫道：“如果在我們的憲法星座中有任何固定的明星，那就是沒有官方的，高貴或低賤的，可以規定什么是正統的政治，民族，宗教或其他事項的意見或武力市民承認言語或行動當中他們的信仰。” 為了強調其決定，最高法院在國旗日宣布了這個決定。
在二戰期間，極權主義在德國、俄羅斯和意大利的崛起對公民自由運動有巨大影響。一方面，壓迫的極權主義國家在美國掀起了爭取言論與結社自由的運動；另一方面，他們在美國促使了一個反共和運動，侵蝕了許多公民的自由。
美國公民自由聯盟在是否保護親納粹在美國演講上發生了分歧：美國公民自由聯盟中的職業勞動者仇視納粹主義和法西斯主義，反對美國公民自由聯盟保護納粹。幾個州通過了禁止針對民族仇恨言論的法律。第一個因反對言論法律在1935年新澤西被捕的人是一個耶和華見證會的人，他被指控反天主教文學傳播。美國公民自由聯盟為他辯護并成功撤銷了指控，捍衛了納粹徒們言論自由和結社自由的權利。
Elizabeth Flynn因左翼言論在1940年被投票逐出ACLU董事會，但死后于1970年被復職。
在20世紀30年代后期，美國公民自由聯盟與一個由美國共產黨發起的協調自由組織-Popular Front結成了聯盟。美國公民自由聯盟因此受益，因為與Popular Front的聯盟使得他們能比紐約的美國公民自由聯盟更有效地經常打擊當地的民權斗爭。與共產黨的聯合使美國公民自由聯盟成為了一個“共產主義陣線”；特別地，Harry F.Ward還同時兼任美國公民自由聯盟的主席和美國反戰和反法西斯聯盟的主席。
眾議院非美活動調查委員會創立于1938年，目的是揭露在美國煽動叛亂和叛國罪。目擊證人在作證時提到，美國公民自由聯盟被提到幾次，這導致在眾議院非美活動調查委員會1939年的報告中多次提到了美國公民自由聯盟。這件事嚴重地影響了美國公民自由聯盟的聲譽，即使在報告中聲明“并沒有明確地證據證明美國公民自由聯盟是一個共產主義組織”。
當美國公民自由聯盟迅速保護自己，聲明反對自己是共產黨的指控，它同樣致力于保護目擊證人被眾議院非美活動調查委員會騷擾。 1940年，美國公民自由聯盟是為數不多的組織反對（未成功地）通過史密斯法案，該方案將使許多支持共產主義的人入獄。美國公民自由聯盟保護了許多因史密斯法案而被起訴的人，包括工人領袖Harry Bridges。
美國公民自由聯盟的領導是分歧在于是否清除其領導的共產黨人。諾曼·托馬斯，約翰·海恩斯·福爾摩斯和莫里斯·恩斯特是美國公民中的反共產主義者；反對他們的有Harry Ward, Corliss Lamont and 伊麗莎白·弗林，他們拒絕任何對美國公民自由聯盟領導層的政治測試。1939年，開始一場艱苦的斗爭，隨后在1940年2月反共主義盛行，當董事會投票決定禁止任何人支持從美國公民自由聯盟的領導角色的極權主義。這時，主席Harry Ward 立即辭職了，而在長達6小時的激烈辯論后，一個傳奇人物伊麗莎白·弗林也被踢出了美國公民自由聯盟1940年的事件對于美國公民自由聯盟來說是一個災難，很多事情都違背了其當初的原則。這場災難在1968年才結束，而弗林也在死后1970年恢復了美國公民自由聯盟的成員身份。
當二戰席卷而來之時，美國人權法案被奉為神圣的文件，許多組織保護公民的自由。芝加哥和紐約宣布“公民權利”周，富蘭克林·德拉諾·羅斯福總統宣布了一個國家的人權法案日。埃莉諾·羅斯福在1939年的美國公民自由聯盟公約做了主旨發言。盡管這個新發現十分尊重公民的權利，美國人仍變得堅決反共，并認為，從美國社會排除共產黨人是一個維護民主必不可少的步驟。
當美國執行日裔美國人囚禁時，ACLU成功地維護了祖先為日本人的美國公民，例如持田家族。
相比于第一次世界大戰，在第二次世界大戰期間，公民自由很少被侵犯。羅斯福總統是公民自由的堅定支持者，但更重要的是，很少有反對戰爭的活動家。在二戰期間最重要的公民權利問題是拘禁日裔美國人。日本偷襲珍珠港后二個月，羅斯福授權將所有日裔美國人拘留在拘留營內。不僅包括日本公民，也席卷了日本血統的美國公民。 ACLU立即對羅斯福提出抗議，并將之比作納粹集中營。當然，不是所有的美國公民自由聯盟領導人都想捍衛日裔美國人。羅斯福的忠臣如莫里斯·恩斯特想支持羅斯福為戰爭做的努力，但如鮑德溫和諾曼·托馬斯的和平主義者認為，日裔美國人在被囚禁前，需要有正當程序的個人聽證會。美國公民自由聯盟是唯一反對拘禁計劃的組織，他們的立場是非常不受歡迎的。 ACL的律師AL Wirin失去了私人客戶，因為他站在了保護日裔美國人的立場。
ACLU想把一個案例告上法庭，但他們很難發現一位違反該拘留命令的日裔美國人：12萬日裔美國人受該命令影響，但最終只有12人違抗；這其中的四個案件最終被上訴到最高法院審理。ACLU成功申訴了其中兩個。在1943年初，在平林的最高法院，ACLU支持美國政府的決策，拘留日裔美國人。在1944年年底，ACLU也支持政府的決策讓日裔美國人重遷，后來在20世紀80年代他們不再支持。
盡管ACLU保護日裔美國人，但是他們不愿保護反戰抗議者。在1942年，董事會的多數通過一項決議，宣布ACLU不愿意保護任何干擾到美國為戰爭做出的努力的人。
當1945年戰爭結束時，美國公民自由聯盟已經25歲了，已經積累了很多合法的勝利經驗。杜魯門總統在其25周年之際發來賀電。自第一次世界大戰以來，美國人對此的態度已經改變，少數民族逐漸受到尊重，少數人的權利也得到了普遍的擁護。在其1945年年度會議期間，美國公民自由聯盟領導人討論出了一個集中了重要民事權利問題的列表，列表中包含了種族歧視以及教會與國家的分離。
ACLU支持非洲裔美國人被告雪萊狀告克雷默，起因是當他們試圖使用他們購買的房子時，發現在附近有種族限制房屋契約導致他們不能使用，在1945年他們最終贏得了這場官司。
在冷戰期間，反共產主義情緒籠罩著美國。于1946年開始。聯邦的調查導致很多與共產主義或左傾的有關系的人失去了他們的工作，或是被列入黑名單，或是入獄。在冷戰期間，美國雖然忽略了共產黨人的公民權利，但其他公民自由，如在法律上和政教分離上的進步，繼續得到加強甚至擴大。
ACLU在1940年清除領導層的共產黨人是分裂，并一直在1940年代末猶豫是否保護被指控的的共產黨人。一些ACLU領導人是反共分子，認為ACLU不該保護任何這些被指控的共產黨人。另外一些ACLU領導人認為，共產黨人享有言論自由權，ACLU應該保護他們。ACLU的其他領導人不確定共產黨人所構成的威脅，并試圖建立一個在兩個極端之間的妥協。這種矛盾的狀況將持續到1954年，倡導公民自由的一派占上風時，大部分的反共產主義的領導人辭職。
1947年，杜魯門總統頒布行政命令9835，創建了聯邦的忠誠度計劃。這個計劃授權總檢察長創建一份列舉危害政權的組織的名單。與這些組織有關系的所有人都被禁止雇傭。上述組織均不知道自己在名單上，也就無從申辯，政府也沒有公開任何將它們列入名單的事實根據。雖然ACLU的領導在是否挑戰聯邦忠誠度計劃產生分歧，一些挑戰還是成功了。
此外，在1947年，眾議院非美活動調查委員會（HUAC）傳喚十位好萊塢的導演和編劇，人稱“the Hollywood ten”，打算讓他們識別共產黨人，但證人拒絕作證。所有這些人都被以蔑視國會的罪名囚禁。ACLU呼吁支持一些藝術家的呼吁，但沒有什么號召力。好萊塢在HUAC聽證會后感到慌張，建立了一個黑名單，禁止任何與左派有關系的人工作。 ACLU的支持從法律上挑戰這份黑名單，但這些挑戰均失敗了。ACLU在的教育上的努力更為成功：1952年的報告《法官與被審判者》是為ACLU為一位被列入黑名單的女演員Jean Muir準備，它描述這份黑名單背后的不公平和不道德行為，幫助逐漸引導公眾輿論反對麥卡錫主義。
但ACLU沒有支持Eugene Dennis和其他美國共產黨領導人，他們和他們的律師最后都入獄了。
ACLU選擇不支持和其他美國共產黨的領導者，他們和其辯護律師都被囚禁。
聯邦政府在1948年直接指向美國共產黨，在Foley Square Trial 中起訴其12個領袖。這件案子將是否是一個極權主義政黨的成員作為得出他們提倡推翻美國政府這一結論的根據。 ACLU選擇不代表任何被告，最終他們都被認定有罪并且處以三到五年有期徒刑。他們的辯護律師均被認為蔑視法庭，被投入監獄并取消律師資格。當政府起訴其他的黨員時，被告人們甚至找不到辯護律師。共產黨人在法庭外抗議，并在國會提出一項禁止非法糾察的提案，ACLU支持反糾察法律。
ACLU，由于內在的變化，在他們的上訴過程中支持黨的領導人。最高法院通過將對言論自由的要求從“清晰且危險的”軟化為“沉重且可能存在的”堅持“丹尼斯訴美國”案中的有罪判定。ACLU發表了一份公開譴責丹尼斯案的聲明，并準備與之斗爭。最高法院支持冷戰立法的原因之一是1949年最高法院法官弗蘭克·墨菲和威利·拉特利奇的死亡，留下雨果·布萊克和威廉·道格拉斯作為法庭上唯一剩下的公民自由派人士。
丹尼斯案為起訴數以百計的共產黨員鋪平了道路。 ACLU在許多共產黨人的上訴中支持他們（雖然大部分的倡議起源于地方的ACLU分支機構，而不是全國總部），但大多數定罪被堅持。兩個加州的分支機構，尤其覺得國家ACLU總部沒有足夠強烈支持民間自由，他們比全國總部發起了更多的冷戰案件。
ACLU也挑戰了許多全國各地的宣誓效忠要求，但法院堅持最宣誓效忠法律。加州ACLU支部成功地挑戰了加利福尼亞州宣誓效忠。直到1957年，最高法院仍堅持幾乎所有的限制共產黨人自由的法律。
ACLU的，即使它在冷戰期間在保護共產黨人方面退縮了，仍作為共產主義的“前線”受到嚴厲批評。批評者包括美國退伍軍人協會，參議員約瑟夫·麥卡錫，HUAC和聯邦調查局。一些ACLU領導人向聯邦調查局表示同情，因此，ACLU很少在冷戰期間調查針對許多聯邦調查局的濫用權力的投訴。
在1950年，美國公民自由聯盟董事會要求執行主任鮑德溫辭職，感覺他缺乏組織能力來帶領9,000人（并且不斷增長）的成員組織。鮑德溫反對，但大多數董事會選舉罷免他的位置，接替他的是帕特里克·墨菲馬林。在馬林的帶領下，1955年時會員人數已經翻三番至30,000人，創造了一個長達24年之久的會員人數持續增長，導致在1974年時已有275,000名成員。馬林還主持了當地的美國公民自由聯盟的擴張分支機構。
被幾十名紐約精英管理的ACLU，在20世紀50年代變得更加民主。 1951年，美國公民自由聯盟修改其章程，允許當地的分支機構直接參與投票ACLU決策。對全體會員開放的會議，也在同年開始一年進行兩次，并在以后的幾十年中，它成為了一個為那些活動家們開設的講壇，他們開展了美國公民自由聯盟的新方向，包括墮胎權，死刑，和窮人的權利。
在20世紀50年代，美國公民自由聯盟選擇了不支持保羅羅伯遜和其他左派被告的決定，而這個決定在未來注定會受到批評和指責。
1950年代初，美國公民自由聯盟繼續引導一個中等當然通過冷戰。當左派歌手保羅·羅伯遜在1950年的護照被剝奪了，盡管他不是共產主義，也不是被指控有任何非法行為，美國公民自由聯盟還是選擇不捍衛他。 ACLU后來改變了自己的立場，在威廉·沃西和羅克韋爾肯特的護照被沒收的情況下支持了他們，這導致在20世紀50年代中后期的法律勝利。
為了應對共產主義的政治迫害，許多證人和員工選擇使用第五修正案的保護，反對自證其罪，以避免泄露關于他們政治信仰的信息。作為回應，政府機構和私人組織建立政策推測卷入第五修正案的人誰是共產黨黨員。 ACLU被劃分為是否捍衛只是因為第五修正案而被解雇的員工，但在紐約的聯盟成功地協助老師哈利在他的最高法院扭轉了他的困境。
在1954年，第五項修訂問題成為一個分水嶺事件，最終通過將ACLU的反共領導層取代導致了ACLU內部矛盾的激化。 1953年，由諾曼·托馬斯和詹姆斯飛領導的反共人士，提出了一套新的關于推斷和第五修正案有關的人是否有罪的決議。這是第一個屬于美國公民自由聯盟的新的組織規則的，允許本地的分支機構參加表決的決議；分支機構以多數票否決了全國機構，并拒絕反共決議。反共領袖們拒絕承認投票結果，并且將此議題在1954年雙年度會議再次討論。北卡羅來納大學的校長，美國公民自由聯盟的成員，弗蘭克·格雷厄姆用一反對反共提議的提議攻擊反共人士，其中指出，美國公民自由聯盟“站在反對協會犯下的罪過，因譴責做出的判決，對個人意見和信念隱私的侵犯，和持不同政見者的異議的立場。”反共人士繼續反駁格雷厄姆的建議，但對于顯得分支機構寡不敵眾。反共人士終于放棄了，并在1954年末和1955年離開董事會，結束了ACLU領導行列內長達8年的矛盾。此后，ACLU以更堅定的信心繼續進行著對反共立法的抗議。從1940年的決議（清除伊麗莎白·弗林），到1954年很多反共領袖辭職這一期間被許多人認為是ACLU放棄其核心原則的一個時代。
電視記者愛德華·默羅和其他公開嚴厲譴責麥卡錫之后，麥卡錫在1954年年底離任。在冷戰時期所產生的權利法案帶來的爭論迎來了一個新時代的美國公民自由。 1954年，最高法院在“布朗訴教育委員會案”一致推翻了國家認可的學校隔離，此后如潮的民權運動的勝利主宰了法律環境。
最高法院在1957年為ACLU的獲得了兩個關鍵勝利，在Watkins訴美國和耶茨訴美國兩案中，這兩種都破壞了“史密斯法案”，標志著結束共產黨員查詢的結束。最高法院在1965年，出臺了一些決定，包括“拉蒙特訴郵政大臣案”（原告科利斯·拉蒙特，前美國公民自由聯盟的董事會成員），支持了第五修正案的保護并對政治活動的限制帶來了終結。
ACLU最為成功的時期是在1954年至1964年。會員從30,000人上漲至80,000人，在1965年於17個州有分部。1964年，ACLU在科羅拉多州的雙年會上，最高法院發布了八例ACLU參與案件的裁定，ACLU在其中的7個案件中獲得勝訴。ACLU促使最高法院決定減少對文學和藝術的審查，保護結社自由，禁止種族隔離，將宗教從公立學校中分離，并為犯罪嫌疑人提供正當程序的保護。ACLU成功改變公眾的態度，使美國民眾變得更有教養和寬容，以及更有意願接受非正統行為。
最高法院大法官雨果·布萊克贊同ACLU在政教分離的角色。
有關政教分離的法律之爭可追溯至1938年出臺的學校需進行宗教教育，或國家資助宗教學校的法律。天主教教會是該法律的主要支持者和ACLU、AUSCS（美國政教分離聯合會）和美國猶太人議會的主要對手。ACLU領導挑戰1947年的“埃弗森訴教育委員會案”，雨果·布萊克大法官寫道“第一修正案在教會與國家之間筑起了一道墻....，那堵墻必須保持固若金湯。” 權利法案是否禁止州政府支持宗教教育目前尚不清楚，但宗教支持者進行了強有力的法律論證，認為最高法院不應該作為“全國學校董事會”，憲法不治理社會問題。然而ACLU和其他政教分離的提倡者說服法院宣布該行為違憲。歷史學家塞繆爾·沃克寫道，ACLU對美國人生活影響最大的是其說服最高法院將某事“憲法化”，讓不少公民爭議。
1948年，ACLU在“麥科勒姆訴教育委員會”案中勝訴了，該案件挑戰由私人資金資助神職人員任教公立學校的宗教課行為。ACLU也贏得了挑戰在新墨西哥州的由神職人員任教的并在教室里懸掛十字架的學校。1960年代，ACLU響應其成員的呼聲，將注意力轉向班級內的宗教宣傳。1960年，42％的美國學校有《圣經》閱讀內容。在1962年，ACLU公布聲明譴責校內禱告，觀察宗教節日以及閱讀《圣經》。最高法院同意了ACLU的意見，在1962年“恩格爾訴維塔勒”案中決定禁止紐約公立學校的校內禱告。全國各地的宗教派系強烈反對反禱告決議，并支持將校內禱告立法的《校內禱告憲法修正案》。ACLU努力參與游說反對該修正案，最終1966年國會表決中該修正案未能獲得所需的三分之二多數票。
然而，并不是所有的情況下ACLU都勝利。ACLU在1949年和1961年挑戰國家要求商業企業在星期日和基督教的安息日關閉的法律失敗了。最高法院從來沒有推翻這樣的法律，雖然一些州在商業利益的壓力下撤消了該法律。
在1940年代和50年代期間，ACLU繼續對藝術和文學審查的斗爭。1948年，在紐約的ACLU支部從最高法院接受了勝敗參半的結果，贏得了被定罪為沒有警察允許就發言的卡爾·雅各庫斯的辯護，但輸掉了以破壞和平為名的被逮捕的歐文費納的辯護，費納在宣言中譴責杜魯門總統和美國退伍軍人協會，ACLU敗訴，包括因散發非裔美國人性格的文學作品而被捕的Joseph Beahharnais案。
美國各地的城市經常禁止電影，因為它們被認為是“有害的”，“進攻性的”，或“不道德”的 - 1915年Mutual訴俄亥俄案中最高法院認定電影僅僅是商品，不配第一修正案的保護，在此基礎上電影審查制度被建立。電影《奇跡》于1951年在紐約被天主教會禁止，但ACLU支持這部電影的發行商對禁令提出上訴，并在1952年約瑟夫伯斯泰公司訴威爾遜案中贏得了重大勝利。1950年代，天主教會努力試圖說服當地檢察官禁止各種書籍和電影，導致與ACLU沖突，ACLU發表聲明譴責教會的手段。ACLU進一步采取法律行動保護電影，如電影《M》和《拉龍德》站在了廢除電影審查的前線。好萊塢繼續按照《生產守則》進行自我審查，但在1956年，ACLU呼吁好萊塢取消守則。
ACLU辯護“垮掉的一代”的藝術家，包括因長詩“嚎叫”被起訴的艾倫·金斯伯格。在非正統情況下，ACLU幫助恢復食肆牌照被吊銷的咖啡館，該咖啡館因為其客戶涉嫌擾亂居民區治安。
1957年，ACLU輸掉了了一個重要的出版審查案件，最高法院維持了對出版商塞繆爾·羅斯散播淫穢出版物的裁定。1953年末，像Tropic of Cancer和From Here to Eternity這樣的書依然被禁。但在20世紀60年代，公共標準很快變得更為寬松，由于“淫穢”實在難以界定，1971年之前對“淫穢”等的指控已經停止。
第二次世界大戰后公民自由進步的一個主要方面是聯邦，州和地方政府取消延續數世紀的種族主義 – 這項努力一般被稱為民權運動。包括國家促進有色人種（NAACP），ACLU和美國猶太議會，全國有色人種協進會的一些公民自由組織進行了合作。全國有色人種協進會主要負責最高法院案件（往往由全國有色人種協進會的律師瑟古德·馬歇爾領導），ACLU專注于警察不當行為，并以“法庭之友”陳述支持全國有色人種協進會。全國有色人種協進會于1950年取得了一場關鍵的勝利，它在“亨德森訴美國案”中結束了州際公共汽車和鐵路運輸的分隔狀態。
1954年，ACLU在“布朗訴教育委員會案”中起草了法庭之友摘要，使得美國公立學校中的種族隔離狀況被禁止。南方各州制定了麥卡錫主義風格的針對全國有色人種協進會的獵巫活動，試圖誘使其公開成員名單。 ACLU的反對種族主義的斗爭不僅限于種族隔離;在1964年，ACLU在“雷諾茲訴西姆斯”案中對原告，主要是低收入的城鎮居民，提供了關鍵支持，要求國家設立“一人一票”的原則的投票區。
從1932年的“鮑威爾訴阿拉巴馬州”案（關于律師權利）開始，ACLU的定期處理警察的不當行為問題，ACLU的案子還包括1942的“貝茨訴布雷迪”案（關于律師權利），和1951年的 “Rochin訴加州”案（非自愿洗胃）。在20世紀40年代末，幾個的ACLU當地分支機構成立常設委員會，以解決治安問題。在20世紀50年代和60年代期間，ACLU負責推進針對警察的不當行為的法律保障。費城支部在1958年創建了全國第一個民用警方評價板。在1959年，伊利諾伊州支部出版全國第一個記錄警方非法拘禁情況的報告——《芝加哥警察的秘密拘禁》。
在1960年代，ACLU在限制警察收集證據的權力的一連串案件中勝訴，帶給了ACLU一些它最知名的成就。在1961年的馬普訴俄亥俄州最高法院要求各州在搜查一個人的家時必須出示搜查令。 1963年的“吉迪恩訴溫賴特”案中法庭決定為窮人提供法律代表。在1964年的“埃斯科韋多訴伊利諾伊州”案中，ACLU說服法院允許犯罪嫌疑人在質疑過程中有律師在場。在1966年的“米蘭達訴亞利桑那州”案決定要求警方通知犯罪嫌疑人他們的憲法權利。雖然許多執法官員批評ACLU擴大犯罪嫌疑人的權利，警察本身也能從中受益。例如，ACLU代表紐約警察訴訟反對搜索他們在單位的儲物柜。在1960年代后期，在ACLU的反對下，紐約和費城的民間審查委員會被廢除。
在美國，1960年代是一個動蕩的時代，公民自由和公共利益經歷了爆炸性的增長。在1960年代的公民自由行動，經常被年輕人所領導，并且往往會采用如列席和游行的戰術。抗議活動往往是和平的，但有時采用激進的策略。美國公民自由聯盟在1960年代所有重要的公民自由辯論，包括同性戀權利，囚犯權利，流產，窮人的權利和死刑等新領域中發揮了核心作用。十年中在美國公民自由聯盟的成員從52,000增長到1970年的104,000人。在1960年有七個州的分支機構，至1974年有46個州的分支機構。在1960年代，美國公民自由聯盟進行了戰術的重大轉變，將重點從法律上訴（一般涉及向最高法院提交的法庭之友陳述）轉移為直接代表最初被捕的被告。與此同時，美國公民自由聯盟改變它的風格從“脫離和精英”到“伴有感情”。美國公民自由聯盟于1963年發表了突破性的文件，標題為“美國人如何抗議，在對抗種族主義中無奈于緩慢的進展，并支持咄咄逼人，甚至激進的抗議方法。
非裔美國人在南方的抗議在20世紀60年代初加速，并且美國公民自由聯盟在每一步都給予協助。經過四個非洲裔大學生靜坐在一個獨立的北卡羅萊納州的百貨店后，靜坐運動在整個美國迅速蔓延起來。在1960至61年期間，美國公民自由聯盟為北卡羅萊納州，佛羅里達州和路易斯安那州的示威被捕的黑人學生提供保護。美國公民自由聯盟也為1961年的自由騎，密西西比大學的整合，，1963年在阿拉巴馬州的伯明翰的抗議活動，和1964年的自由夏季提供法律幫助。
全國有色人種協進會負責管理大多數呈向最高法院與靜坐相關的案子，贏得了近乎每一個決定。但輸在了美國公民自由聯盟和其他合法志愿者的努力下，他們為數百名在南方抗議的無論黑人和還是白人的示威者提供法律代表。美國公民自由聯盟聯合其他公民自由團體，形成了律師憲法保衛委員會（LCDC），隨后為許多抗議者提供了法律代表。 美國公民自由聯盟提供了LCDC的大部分資金。
在1964年，美國公民自由聯盟開辟了在佐治亞州亞特蘭大的主要辦公室，致力于服務南部的問題。大部分在南部美國公民自由聯盟的進展是由于小查爾斯·摩根——亞特蘭大辦事處很有魅力的領袖。他負責廢除種族隔離陪審團（Whitus訴佐治亞州），廢除種族隔離監獄（李訴華盛頓），改革選舉法。 美國公民自由聯盟的南部辦公室也辯護了非洲裔國會議員朱利安·邦德在邦德訴弗洛伊德一案，當佐治亞國會拒絕進入正式讓邦德進入立法機關。另一個被廣泛宣傳的案例是，由摩根辯護的陸軍醫生霍華德·利維，因拒絕培養綠色貝雷帽而被判罪。盡管提高了辯護，綠色貝雷帽在越南犯有戰爭罪，利維失去了帕克訴利維美國733，417（1974）的上訴。
在1969年，在它為迪克·格雷戈里因和平抗議芝加哥市長被逮捕辯護后，美國公民自由聯盟贏得了言論自由的重大勝利。法院裁定在格雷戈里訴芝加哥案中，演講者不能因觀眾中有人發起敵意，就被視為構成“質疑者的否決”擾亂治安被捕。
美國公民自由聯盟在越南戰爭的幾個合法方面的中心：保護草案抵抗者，挑戰的戰爭合憲，潛在彈劾尼克松，并利用國家安全的關注先發制人審查報紙。
戴維·米勒是第一個因燒他的征兵證而被起訴的人。美國公民自由聯盟的紐約分部呼吁他的1965年的定罪（367卷，72：美國合眾國訴戴維·J·米勒，1966年），但最高法院拒絕聆訊上訴。兩年后，馬薩諸塞州的分支機構將大衛·奧布萊恩燒征兵證的案子上訴到最高法院，認為燃燒的行為是象征性言論的一種形式，但最高法院維持原判，在美國訴O'奧布萊恩美國367，391（1968）。在1965年十三歲的初中學生瑪麗·廷克因佩帶著黑紗到學校以反對戰爭而被停學。 美國公民自由聯盟就她的案件提出上訴，并在廷克訴得梅因案中贏得了勝利。這個關鍵的案件建立了政府可能無法建立“飛地”，如沒收所有權利的學校或監獄。
美國公民自由聯盟辯稱，人權法案保護那些燒美國國旗作為一種表達情感的形式的個人。
美國公民自由聯盟為悉尼·思追特辯護，他因焚燒美國國旗抗議被暗殺的民權運動領袖詹姆斯·梅雷迪思而被逮捕。在思追特訴紐約案的決定中，法院同意美國公民自由聯盟認為鼓勵美國放棄其國家的象征之一就是從憲法意義上保護表達的形式的觀點。美國公民自由聯盟的為保羅·科恩提供辯護，他因穿了一件后面寫著“他媽的草案”的夾克走過洛杉磯法院而被逮捕。科恩訴加利福尼亞州最高法院案中，認為粗俗的措辭是對于傳達消息的強度是必不可少的。
與戰爭無關的言論自由權在越戰時期獲得了進步。在1969年，ACLU為一個倡導的長期暴力對抗政府的三K黨成員辯護，最高法院在具有里程碑意義的決定勃蘭登堡訴俄亥俄州案中同意ACLU的說法，主張只有號召立刻執行的暴力的講話被認為是違法。
1968年，ACLU爆發了一場大的危機，成員們在是否捍衛被聯邦指控號召被征召的士兵逃避軍役的本杰明·斯波克和“波士頓五人”上激烈辯論。ACLU委員會在是否為他們辯護的問題上產生了巨大分歧。委員會一般成員具有反戰情緒，并認為，ACLU應該為“波士頓五人”提供資源。另一半認為公民自由不是危在旦夕， ACLU應采取政治立場。辯論的背后是ACLU 長期的政治中立的傳統，這是政治中立，并在不考慮到被告的政治觀點的情況下為其提供法律意見。董事會最終同意了一個妥協的解決方案，允許ACLU為反戰活動家辯護，而不贊同他們激進的政治觀點。 一些批評認為在斯波克案之后ACLU正在成為一個有黨派傾向的政治組織。在1970年肯特州立槍擊案后， ACLU向政治更邁出了一步，通過了譴責越南戰爭的決議。該決議在各種法律論據的基礎上包括認為越戰侵犯公民自由和主張戰爭是非法行為的觀點。
此外，在1968年，ACLU舉行了一次內部研討會來討論其雙重角色：提供“直接”的法律支持（只惠及個別被告的、在首次審判中進行的辯護）和上訴支持（在上訴過程中提供“法庭之友”陳述以建立廣泛的法律先例）。從歷史上看，ACLU最為知名的是其經常促使最高法院作出具有標志性意義決定的上訴支持，但到了1968年，90％ACLU的法律活動涉及的直接代表（支持）。本次研討會認定這兩個角色都是ACLU的合法職能。
ACLU是第一個呼吁彈劾尼克松總統的組織。
1971年，美國公民自由聯盟支持了紐約時代雜志對政府的訴訟，要求政府允許發表國防部對1945-1967年間的越美關系研究報告。在這場劃時代的“紐約時代雜志對抗美國政府”的訴訟中，法院判決美國公民自由聯盟與紐約時代雜志勝訴，這也意味著美國政府不能事先阻止報社或雜志社發表機密文件，他們必須要等文件發表之后才能采取行動。
隨著這場傳奇一樣的“水門”訴訟細節的披露，美國公民自由聯盟成為了第一個呼吁彈劾尼克松政府的國家性組織。這是在堅決反對越戰之后，美國公民自由聯盟的第二個招致批評家指責的重大決定，他們聲稱美國公民自由聯盟已經演變成了一個自由主義的政治組織。
公民自由在1965年至1975年這十年間得到了廣闊的發展。在行政方面，美國公民自由聯盟于1970年任命Aryeh Neier取代Pemberton擔任其執行總監。上任之后，Neier開始進行一項抱負遠大的項目以求擴張美國公民自由聯盟。他設立了美國公民自由聯盟基金會來募集資金，并成立了幾個重點關注協會法律事務的新項目。截至1974年，協會已經擁有了275000名成員。
在那些年間，美國自由公民協會在三個方向帶頭擴展法律上的權利：政府控制的“飛地”內公民的新權利；弱勢群體的新權利；主流公民的隱私權。同時，協會的規模也在大幅度增長。協會幫助建立管理“飛地居民”（在政府控制下有條件居住的一群人）的憲法。這些人包括精神病人，軍隊成員，犯人，以及在校學生。“飛地”這個詞源自最高法院法官Abe Fortas在Tinker v. Des Moines決議中的一句話：“學校不該成為被被極權主義包圍的領土（飛地）”。
早在1945年，美國自由公民協會就已經開始為保護精神病人的權利而努力。協會起草了一份樣例法令用來管理將精神疾病患者關進精神病院的措施。在20世紀60年代，協會反對違背患者的意愿而將之關入精神病院的行為，除非確定該患者可能給他自己或者社區帶來危害。1975年，在具有里程碑意義的O'Connor v. Donaldson案例中，美國自由公民協會代表了一位不具有暴力行為但卻被強迫關押了15年的精神病患者。他們力勸最高法庭把這樣強迫關押的行為定為不合法。
在1960年之前，犯人們基本上沒有法律系統里的求助對象，因為法庭認為犯人們不具有公民權利。但是當50年代后期，美國自由公民協會開始代表那些受殘忍政策壓迫甚至被剝奪了閱讀宗教材料權利的犯人們的時候，這一切都改變了。1968年，協會成功地通過訴訟廢除了阿拉巴馬州監獄系統的種族隔離；1969年，紐約分會實行了一個為紐約監獄中的犯人提供代理的項目。私人律師Phil Hirschkop在弗吉尼亞州監獄大罷工行動中發現了州監獄有侮辱犯人人格的行為，并于1971年的Landman v. Royster訴訟中贏得重要勝利，從而禁止了弗吉尼亞州監獄用不人道方式對待犯人的行為。1972年，美國公民自由聯盟在全國范圍內進一步加強了幾項為犯人爭取權利的運動，并成立了“國家監獄項目”。協會的努力導致了幾項具有重大意義的案例的誕生，包括Ruiz v. Estelle訴訟（要求德克薩斯州監獄系統改革）等。1996年，美國國會頒布了《監獄訴訟法案》，將維護犯人權利寫進了法律條款。
魯思·巴德·金斯伯格 于1971年創立了ACLU女權保護項目，  后來她被克林頓總統任命為最高法院法官。
在1960年代和70年代，美國公民自由聯盟將其業務范圍擴展至弱勢群體，包括女人，窮人以及同性戀者。協會特別留心了其女性成員的呼吁，并于1970年和1971年分別批準了“權利平等修正案”與“女權運動項目”。“女權運動項目”在該時期維護婦女權利的活動中做出了重大貢獻，幾乎在婦女權利這一法律領域中達到了統治地位。經協會之手處理的該類案例數目甚至超過了“國家婦女聯合會”的兩倍，其中就包括Reed v. Reed, Frontiero v. Richardson，和 Taylor v. Louisiana等具有重大意義的案件。
美國公民自由聯盟的領導人Harriet Pilpel在1964年提出了保護同性戀者的權利，兩年之后協會正式將之納入其業務范圍。1973年協會成立“性隱私項目”，致力于抵制對于同性戀者的歧視。
維護窮人權利是協會擴展的另一領域。1966年和1968年，協會內部的積極分子兩次提議徹底審視現有的福利系統，并保證低收入人群擁有最低工資線。但是董事會并沒有批準這項提案。但在1968年的King v. Smith案例中協會作出了重大貢獻，最高法院規定各州不可以因為母親與未婚者同居而否定其子女的福利。
在以前的美國憲法中，隱私權并沒有被明確提及，但是美國公民自由聯盟在1961年的致力于廢除州政府禁止避孕的Poe v. Ullman案件中帶頭敦促成立關于隱私權的法律。這個話題在1965年的Griswold v. Connecticut案件中再次被提及，這一次最高法院站在了協會的立場上，并正式批準了隱私權。1964年，美國公民自由聯盟紐約分會極力敦促廢除禁止人工流產的相關法律。1967年協會正式將維護人工流產權利作為其一項政策。同時協會還在United States v. Vuitch案件中將內科醫生的權利擴展至決定何時人工流產是必要的。協會的這些努力在最高法院有史以來最具爭議的Roe v. Wade案件中達到了頂峰。在這次案件的決議中，最高法院將“懷孕前三個月進行人工流產”合法化。在同一年，協會還在Loving v. Virginia案件中反對州政府的種族間婚姻的禁令。
在隱私權方面，美國公民自由聯盟還在幾次法律斗爭中致力于確保州政府的公民個人信息不被泄露，并給予公民查閱其個人記錄的權利。協會支持幾項法令，包括1970年的要求信用機構對公民公布信用信息的《公平信用報告法》，1973年的給予學生查詢他們個人記錄權利的《家庭教育權與隱私法》，1974年的禁止聯邦政府惡意公開個人信息的《隱私法》。
在1970年代早期，保守者和自由主義者開始批評美國公民自由聯盟過于政治化和自由化。法律學者Joseph W. Bishop認為美國公民自由聯盟的黨派性質傾向始于其對于Spock博士的反戰抗議的辯護。批評家還指責協會刺激最高法院趨于司法激進化。他們聲稱協會對于一些爭議決議，如Roe v. Wade 和Griswold v. Connecticut的支持違反了《權利法案》中關于作者初衷的規定。在1988年的總統競選中，美國公民自由聯盟成為了被雙方候選人提及的話題。當時共和黨候選人George H.W. Bush指責民主黨候選人Michael Dukakis（美國公民自由聯盟成員）是“美國公民自由聯盟的正式成員（card-carrying member of the ACLU）”。
美國公民自由聯盟支持被告人的公民自由而不管他們的思想立場。協會以給那些持有偏執而不受歡迎的思想的被告人辯護為榮。這些人包括George Wallace，George Lincoln Rockwell以及三K黨成員。協會同樣為美國納粹黨成員辯護了許多次。他們這樣的行為招致了眾多的抗議，特別是來自于美國猶太人。
1977年，一小部分美國納粹黨人在Frank Collin的帶領下，申請到伊利諾伊州斯科基鎮鎮公園舉行示威游行。在那時，斯科基鎮70000居民中有40000人都是猶太人，其中有一些還是納粹集中營中的幸存者。斯科基鎮拒絕了納粹黨人的游行申請，而伊利諾伊州法官支持斯科基鎮的決定并禁止了這次游行。斯科基鎮立刻通過了三項條例旨在阻止納粹黨人在鎮里的集會。美國公民自由聯盟協助Collins在聯邦法庭中提起訴訟。這場訴訟持續了一年，最后法院判決美國公民自由聯盟勝訴。The federal appeal case was ''Smith v. Collin'' 447 F.Supp. 676. See also Supreme Court: ''Smith v. Collin'', 439 U.S. 916 (1978), and
National Socialist Party v. Skokie, 432 U.S. 43 (1977).
“斯科基”案件在全美范圍內得到了廣泛報道，一方面是因為猶太人組織，例如“猶太人保護聯盟”和“反誹謗聯盟”強烈反對納粹黨人的游行，致使許多美國公民自由聯盟成員退出了協會。伊利諾伊州分會為此失去了25%的協會成員以及近三分之一的資金預算。資金的嚴重受限甚至導致了分會的短期停工。在這次人員危機過后，協會發出了一項募集資金的呼吁，同時解釋說明了他們對于斯科基案的辯護理由。這次活動募集了超過50萬美元（約合現在的1894289美元）。
1981年-{}-里根當選總統，標志著美國政府長達12年的保守派領導的開始。在他的領導下，政府出臺了一項具有保守色彩的社會議程，包括禁止人工流產（墮胎），在學校中加入祈禱文朗誦，禁止色情文學的發表，反對同性戀者的基本權利。
在Scopes審判的五十年后，美國公民自由聯盟又為了另一個教育類案件而努力。1981年阿肯色州出臺的神創論法令要求學校將圣經中記載的人類進化過程當作關于人類進化的科學解釋傳授給學生。美國公民自由聯盟在這場McLean v. Arkansas訴訟中最終獲勝。''McLean v. Arkansas Board of Education'', 529 F. Supp. 1255 (E.D. Ark. 1982) ( "transcription" by Clark Dorman , Jan. 30, 1996, at TalkOrigins).
ACLU在1990年為Oliver North辯護，辯稱其定罪過程中存在強制招供。
1982年，美國公民自由聯盟又被卷入了一場有關兒童色情讀物出版的官司中。在法院意見書中，協會認為任何違反“米勒標準”的兒童色情讀物都應該被禁止出版。但是這項被質疑的法律卻具有過分的限制性，因為它同樣禁止了一些藝術作品以及非淫穢文章的出版。不過法院并沒有采納協會的觀點。
在1988年總統選舉中，副總統老布希指出他的競爭對手——馬薩諸塞州州長杜卡基斯把自己描述為“美國公民自由聯盟的正式成員”，并以其為證認為杜卡基斯是一個“強硬，激進的自由主義者”，而且是“不受主流思想所接受的”。這一說法隨后被布什競選團隊用于競選宣傳。
在1997年， 雷諾訴美國公民自由聯盟換算一致的情況下， 最高法院否決了“反猥褻的通信規范法”（CDA）的規定，因為發現他們違反了言論自由的憲法第一修正案規定。在他們的決定，最高法院裁定，CDA的“使用未定義的術語”非禮“和”公然冒犯“就會招來發言者在兩個標準之間相互關系中的不確定性。
ACLU加利福尼亞分部訴求將從圣地亞哥的公共用地移走。
ACLU的一個加利福尼亞本公司起訴，主張將把Soledad Cross山從圣地亞哥的公共地域除掉。
ACLU在垃圾郵件問題上的立場因它具有廣闊橫截面的政治觀點而被認為是有爭議的。2000年， ACLU的律師馬文·約翰遜把被提出的反垃圾郵件立法由否認匿名性和迫使垃圾郵件的方式侵犯言論自由的現象評價為：“標準化是被迫的演講”。他還表示，“點擊并刪除相對簡單”。在辯論的過程中人們發現ACLU在2000年與直復營銷協會和民主與技術中心批評兩黨在眾議院的法案。早在1997年，美國公民自由聯盟已經強烈主張幾乎所有的垃圾郵件立法是不恰當的，盡管它在某些案子上支持“退出”的要求。美國公民自由聯盟反對2003年CAN-SPAM（反垃圾郵件法）法案，表明它可能在網絡空間上的講話產生寒蟬效應。
2000年11月，15名非洲裔美國人在在一系列的“毒品掃蕩”行動中被逮捕后，在赫恩，得克薩斯州因毒品罪名被起訴。美國公民自由聯盟代表他們提起集體訴訟，聲稱逮捕是非法的。ACLU辯稱赫恩州18歲至34歲非洲裔男性人口的15％，是根據“一個被警察被迫的秘密線人未經證實的消息”而被捕的。2005年5月11日，美國公民自由聯盟和羅伯遜縣宣布了一個“雙方都表示，他們都很滿意”的結果。區檢察長駁回了原告的訴訟。2009年的電影《美國紫羅蘭》描述了這種情況。
在2000年，美國公民自由聯盟的馬薩諸塞州子公司代表北美男人男孩戀協會（NAMBLA）。根據憲法第一修正案，柯利（Curley）訴NAMBLA過失致人死亡的民事起訴案，完全是基于強奸并謀殺了一個孩子的男人參觀了在NAMBLA網站的事實。另外，在2000年，美國公民自由聯盟在合眾國童子軍訴戴爾（Dale）的案子輸掉。因為它要求最高法院命令美國童子軍放棄他們禁止同性戀者成為童子軍領袖的政策。
在2004年3月，美國公民自由聯盟以及拉姆達法律和全國女同同性戀權益中心，起訴加利福尼亞州否認6對同性伴侶的結婚證的效力。這個吳訴洛克耶的案子最終并入加州最高法院案件的重婚姻案件。從而導致加州從2008年6月16日到8號提案通過2008年11月4日允許同性婚姻。
ACLU在對拉什·林堡所謂的藥物濫用調查期間提交保護他隱私權的辯文。在2004年的藥物濫用審判期間，美國公民自由聯盟辯稱他的隱私不應該因允許法執機關檢查他的醫療記錄而暴露。在2004年6月，美國賓夕法尼亞州多佛的學校區要求其高中生物學的學生聽的一份聲明宣稱，進化論是不是事實，并提智能化設計作為一種替代理論。幾位家長打電話要求ACLU替他們抱怨，因為他們認為學校在課堂上促進一種宗教思想并且違反憲法第一修正案創立條目。 ACLU代表家長向學區提起訴訟。經過漫長的審判后，法官約翰·瓊斯三世（John E. Jones III）在基茨米勒訴多弗學區決定的案子（Kitzmiller v. Dover Area School District decision）判決家長勝訴因智能化設計非科學并永久禁止多佛教學系統在科學課中教智能設計。
在2006年，華盛頓州的美國公民自由聯盟與親持槍權的組織和第二次修訂基金會起訴在華盛頓的北中部地區圖書館區（NCRL），原因是該圖書館政策拒絕一個成年贊助人提出的解除網絡進入限制的要求。圖書館贊助人嘗試訪問親槍的網站而發現該網站被封鎖，并且圖書館拒絕解開封鎖。在2012年，美國公民自由聯盟起訴相同的圖書館系統拒絕成年贊助人暫時的請求并禁用互聯網過濾器，屏蔽了谷歌圖片。
在2006年，美國公民自由聯盟挑戰密蘇里州法律禁止的退伍軍人葬禮舉行示威活動。該訴訟由韋斯特博羅（Westboro）浸信會教堂和雪莉.菲爾普斯 - 羅珀(Shirley Phelps-Roper)支持。他受到了被逮捕的威脅。韋斯特博羅浸信會教堂因如“上帝恨FAGS”， “為死去的士兵感謝上帝”和“為9/11感謝上帝”等糾察臭名昭著。美國公民自由聯盟發出一個聲明，呼吁立一個“侵犯雪莉菲爾普斯 - 羅珀的宗教的自由和言論自由權利的法律”。ACLU在訴訟獲勝。2008年，美國公民自由聯盟是一個法律倡導者財團的一部分，包括拉姆達法律（Lambda Legal）和挑戰宣布同性婚姻是非法的加州8號提案的全國女同性戀權益中心 。美國公民自由聯盟和它的盟友占了上風。
鑒于最高法院的海勒決定承認“保護個人擁有武器的權利”的憲法，內華達州ACLU支持了“個人擁有武器的權利受憲法允許的規定”承擔武器的位置，并承諾以“捍衛這一權利，因為它辯護其他憲法權利“。2008年以來，美國公民自由聯盟協助槍業主收回越多被執法機關查封的非法槍支。
在2013年1月7日，美國公民自由聯盟從2004年10月起由柯林斯（Collins）訴美合眾國案件與聯邦政府達成和解，分著提供充分支付因“不要問，不要說”而授予只有一半的現役軍人。181人本該收到約每人13,000美元。
2001年9月11日襲擊之后，美國聯邦政府制定了一系列新措施，以打擊恐怖主義。包括“美國愛國者法案”的通過。ACLU挑戰很多措施，聲稱他們侵犯了有關正當程序，隱私，非法搜查，殘忍和不尋常的懲罰方面的權利。一個ACLU政策聲明中指出：
我們前進的方向在于果斷地違反我們最大力量的政策和做法：我們的憲法和法治的承諾。自由和安全不在競爭在一個零和游戲競爭；我們的自由是我們力量和安全性的非常基礎。 ACLU的國家安全項目倡導國家安全政策，符合憲法，法律規則和基本人權。該項目訴訟有關拘留，酷刑，歧視，監視，審查和保密的案件。
在隨后的關于公民的自由和安全的適當平衡辯論中，美國公民自由聯盟的成員增加了20％，使該集團的總招生33萬。增長持續，在2008年8月由美國公民自由聯盟成員數大于50萬人。到2011年，它保持在這一水準。
ACLU一直直言不諱地反對“2001年美國愛國者法案”，“2003年愛國者法案2”和應對國內恐怖主義威脅的相關立法。作為對“美國愛國者法案”的要求的回應，美國公民自由聯盟退出聯邦競選慈善活動。活動的實施要求美國公民自由聯盟的員工必須收到聯邦反恐監視名單的檢查。美國公民自由聯盟表示，它會“寧愿拋棄個人捐款50萬美元，也不要服從政府的“黑名單”政策。”
ACLU在一案中為互聯網服務提供商 代理，挑戰政府秘密收集互聯網資訊的權利。
在2004年，美國公民自由聯盟代表尼古拉斯·美林在美國公民自由聯合訴阿什克羅夫特案件（2004）起訴聯邦政府。根據“愛國者法”的規定，政府已發出國家安全信函迫使美林從他的一些客戶提供私人網絡連接訊息。此外，政府向美林安置了禁言令，禁止他與任何人討論此事。
在2006年1月，美國公民自由聯盟在密歇根州的聯邦地區法院向國家安全局（NSA）提起了訴訟。挑戰政府通過NSA從事不正當監視間諜活動。2006年8月17日，該法院裁定竊聽裝置方案違憲，并下令立即結束。然而，該命令判未決并被保留。在上訴期間，布什政府的確暫停此項目。2008年2月，美國最高法院拒絕美國公民自由聯盟對監視項目的上訴，其因為此項目9月11日恐怖攻擊發生不久開始實施。
美國公民自由聯盟和其他組織在全國各地對電信公司提起單獨訴訟。美國公民自由聯盟在伊利諾伊州提出了訴訟（特克爾訴AT＆T），但被駁回。因為國家機密特權申請對AT＆?和Verizon下禁令。在2006年8月10日，該訴訟被轉移到在舊金山的一位聯邦法官。
美國公民自由聯盟在阿基德v阿什克羅夫特（Al-Kidd v Ashcroft）案件代表一個從來沒有被指控犯罪但被拘留的美國穆斯林，起訴前司法部長阿什克羅夫特（John Ashcroft）。2010年1月，美國軍方公布在阿富汗巴格拉姆劇院拘禁設施被關押的645人的名字，美軍之前長期反對公佈此種資料。此名單是在2009年9月由美國公民自由聯盟的律師進行訴訟時公布的。這個律師還要求公布關于條件、法規和規章的詳細資訊。
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張楊可以指：
# 張楊 (東漢)：東漢末期人物。
# 張楊 (導演)：中華人民共和國的導演。
# 張楊 (作家)：中華人民共和國的青年作家。
托勒密十五世·菲洛帕托爾·菲洛墨托爾·凱撒（，拉丁化：'，前47年6月23日-前30年8月23日），昵稱凱撒里昂（，），意為“小凱撒”，古埃及希臘化的托勒密王朝末代國王，也是史學界公認的最后一任男性法老，于前44年9月2日至前30年8月1日在位，與其母克麗奧佩脫拉七世共治。即位時尚幼，實際大權掌握在母親和繼父馬克·安東尼手中。公元前30年8月1日首都亞歷山大港被羅馬共和國軍隊攻破，托勒密王朝滅亡，其本人被俘，不久被羅馬統帥（即后來的羅馬皇帝）屋大維下令殺害。
他是埃及艷后的長子，并被認為是羅馬終身獨裁官尤利烏斯·凱撒的兒子，由於他的名字包括“凱撒”及種種跡象表明這可能性非常大。
凱撒里昂的名字全稱為托勒密·菲洛帕托爾·菲洛墨托爾·凱撒（希臘語：），其中“托勒密”是托勒密王朝歷代國王（法老）的名字，意為“喜好戰爭的”、“崇尚武力的”；“菲洛帕托爾”是綽號，意為“篤愛父親的”；“菲洛墨托爾”也是綽號，意為“篤愛母親的”；“凱撒”（希臘語：，拉丁語：）是其生父尤利烏斯·凱撒的名字，原意是“濃密的頭發”。有時，他也被叫做托勒密·凱撒（希臘語：，拉丁語：），但是最常用的則是他的昵稱凱撒里昂（希臘語：，拉丁語：），意為“小凱撒”。
“托勒密”在埃及象形文字中則為：
前47年6月23日，凱撒里昂出生于托勒密王朝統治下的埃及首都亞歷山大港的皇宮裡。當時，他的母親克利奧帕特拉七世22歲，父親尤利烏斯·凱撒53歲，但兩人沒有結婚，所以他是私生子。他母親是古希臘人，父親是古羅馬人，所以他是希臘和羅馬的結晶，沒有絲毫古埃及人的血統。
克利奧帕特拉女王對外宣稱凱撒是她兒子的父親，并且希望凱撒指定凱撒里昂為尤利烏斯家族的繼承人和羅馬共和國未來的領袖。但是凱撒拒絕，他選擇他的甥孫和養子屋大維。而凱撒里昂則被預定為名義上的埃及和羅馬、東方和西方共同的統治者（指克利奧帕特拉和凱撒）的繼承人，但是這個身分徒有虛名，隨著凱撒的遇刺化為烏有。
凱撒里昂出生不久，就隨父母一起來到羅馬共和國的首都羅馬（今義大利首都羅馬市）。從前47年到前44年，他和父母都在羅馬。而前44年3月15日其父凱撒遇刺時，他和母親很可能仍在羅馬親歷此事。
埃及但德拉的哈索爾神廟中克利奧帕特拉七世（左）和托勒密十五世（右）的浮雕
凱撒遇刺后，女王母子馬上回到埃及。前44年7月26日，女王的弟弟、名義上的丈夫和共治國王托勒密十四世被女王毒死（另說死于惡疾），女王開始單獨執政。同年9月2日，女王立兒子凱撒里昂為共治國王（法老）。
勞倫斯·阿爾瑪-塔德瑪作品《安東尼與克利奧帕特拉》
在羅馬，凱撒被刺殺后，養子屋大維和部將馬克·安東尼、雷必達三人聯合組成后三頭同盟，消滅了共同的敵人共和派，并瓜分了共和國的最高權力。把雷必達排擠后，屋大維為籠絡安東尼，讓他統治共和國東方的領土，還把妹妹屋大維婭嫁給他。但前42年，安東尼和女王在塔爾蘇斯邂逅，和凱撒一樣為女王的美色所惑，兩人很快陷入情網，開始在亞歷山大港實行聯合統治，還生一個兒子和一個女兒，把屋大維婭拋之腦后。安東尼實際上成了凱撒里昂的繼父。為了鞏固統治，安東尼和女王下令殺掉被囚禁的前敵對女王阿西諾亞四世。不過安東尼在亞歷山大港待沒多久，便離開埃及開始東征帕提亞。