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由于“三自會”在地方上的發展遭遇極大阻力，極需要一個“突破口”，打壓頑固抵抗的家庭教會勢力，使中央的宗教統戰政策得以順利執行。1982年2月發生在浙江省東陽、義烏兩縣的沖突事件，就成了一個標志性的教案。  中國三自會與家庭教會的發展及其矛盾性質，正在與港、臺、海外的華人教會產生相應的互動關系。
東陽、義烏事件是1980年代初期中國政教關系發展中，受政府支持的三自會與抗拒加入三自會的家庭教會之間發生的暴力沖突事件。這起事件成為導致兩者關系公開破裂，并成為政府展開1980年代起一連串以打擊異端邪教為名，實為打擊家庭教會活動的導火線。
事件背后的起因是在新時期宗教政策下，中國教會復蘇的過程中，中國政府對于在統一戰線制度外日漸活躍的宗教活動，產生了危機意識，試圖利用三自組織施加限制和壓力，把家庭聚會的信徒合并到三自組織旗下的教會里面。 事件中，政府將沖突的外因歸咎于李常受在海外策動的宗教滲透活動，內因則歸咎于破壞社會秩序的反革命組織“呼喊派”，并隨即展開對“呼喊派”全國性鎮壓。
1982年2月間，在浙江省金華市的東陽縣和義烏縣，縣三自愛國運動籌備小組與拒絕加入三自委員會的教會之間發生了暴力沖突，參考多份資料所整理出的關于此次事件的經過大致如下：
負責集結縣內所有教會的東陽三自籌備小組，于1982年2月中旬召集了縣內的全部牧師，到東陽雙排開展學習會。但是，一部分教會拒絕參加此次學習會，并在會場周圍舉行了祈禱會。因此，三自委員會在東陽的代理人在月末28日連同民兵闖入在東陽千祥的聚會， 使用暴力手段中止了集會。同一天，在義烏北門禮拜堂也發生了沖突事件，三自委員會在義烏的代理人連同當地公安和民兵使用暴力手段中止集會。不久以后，香港的基督教雜志報道了此次東陽義烏事件，并在國外的基督教界引起轟動。但后來官方提出另一個說法，說事件的起因是“呼喊派”的骨干分子煽動信徒到處辱罵基督教三自愛國運動的人是“賣主賣友”的“猶大”，出賣教會的“叛徒”；辱罵參加三自愛國組織的教會團體是“大淫婦”，揚言要用“呼喊”的聲音把“耶利哥”城喊倒。
1982年2月，浙江省東陽、義烏兩縣的基督徒和當地三自代表和公安人員起了沖突。東陽縣當時已有一百多處聚會點，基督徒人數為二萬多。最先報導這起事件的是一份名為《主在中華》的香港基督教刊物。創刊號中“編者的話”明確說明此刊發行的目的是希望中國國內基督徒受逼迫的情況，在國外得到報導、關注和支援：
近幾個月來，在中國大陸，特別是廣大的農村，人數眾多的地下教會（因不參加政府所控制的'三自會'而不獲得政府承認的基督教會），受到越來越嚴重的逼迫。但令人遺憾的是，在國外的報刊、甚至在‘基督教的報刊’中，都幾乎沒有任何報導。 ……
神必再一次搭救祂的兒女脫離那惡者。 ……我們如實地報導他們的景況；讓國外更多的弟兄姊妹為他們代禱、支援他們。 ……一切真正的基督徒們，我們願意提醒大家，正如浙江東陽地下教會的弟兄姊妹在傳單中所說：'這是我們這末了的一代與邪惡的爭戰，因撒旦知道自己盤踞空中的日子不多了，牠要作垂死的掙扎。 ’
這份創刊號里刊登了一封日期為1982年4月3日題為“請為東陽的眾肢體代禱”的油印代禱信。東陽義烏事件發生後，這封信便在中國的中部及南方流傳。 信上說到1982年2月14至16日有兩位杭州三自會的代表（名為王錫安和杜皓生）到東陽擴展當地的三自會分支。有七、八千位來自不同團體的基督徒不同意這事，他們在三自會場前的廣場上舉辦了三天的露天禱告會。2月28日，三自在東陽的代理人（名為金炳甫和陳松林）煽動地方人士突襲東陽基督徒的聚會點，有些基督徒遭毆打或被石灰撒傷眼睛。信中提到同日在義烏也發生了同樣的事，與東陽不同之處在於義烏的三自代表教唆公安以電棒擊打信徒和擾亂聚會。
在《主在中華》引述的代禱信中，東陽和義烏的信徒形容他們自己是“末了的一代”，正處于一場與撒但在空中展開的“屬靈的爭戰”之中，形容三自在東陽的代理人是“離道反教，賣主賣友”者，是投機分子。他們加入了三自會成了“撒但一會”的和“撒但的差役”，倚靠地上的掌權者來殘害教會。 雜志中還報導不少各地三自會與地下教會（如河南、安徽、浙江等）之間的沖突，顯示在東陽、義烏發生的“并不是一個孤立的事件”。雜志中轉貼了河南三自的“十不準”規定，包括要求基督徒要“接受共產黨的領導”、“嚴格遵守政府一切政策法令，教內重要事務應向政府請示報告”、“不在教堂以外宣傳宗教，不游行傳道”，和“不閱讀利用宗教進行反動宣傳的刊物”等等，并作出了立場分明的結論：
大陸的地下教會以雷霆萬鈞之勢迅猛的興旺和發展，這股日益強大的離心勢力，當然會使中共政府在震慄之餘，不顧一切地加以破壞和逼害，甚至匆匆撕下宗教信仰自由的虛偽面目，如狼似虎地實行鎮壓。 ……我們都互為肢體連於元首基督，東陽、義烏及大陸各地肢體受苦，所有的肢體就一同受苦，一些肢體得榮耀，所有的肢體就一同快樂 （林前2：26）。讓我們與東陽、義烏及大陸各地肢體一起，在元首基督的率領下投入這場末世對抗邪惡的屬靈戰爭！
接著，位在香港的一個中國基督徒觀察機構─中國教會研究中心─也報導了此事；他們將東陽代禱信的部分內容翻譯成英文，刊在他們1982年6月發布China Prayer Letter中。 1982年的6月，香港的《百姓》雜志也提到了這封信。 中國教會研究中心更將該信再度刊於1982年7/8月的China and the Church Today（今日中國與教會），并在該機構7月的通訊中指出：
因著不肯屈服，浙江省東陽縣的教會在三自和統戰部手下受到嚴厲的迫害。那些人告訴他們，拒絕加入三自就是不愛國，未經許可的聚集就是非法聚集。他們的蒙頭帽是反革命的標記，呼求主名是他們反動的口號。
東陽、義烏事件持續發酵，同年7月，《主在中華》第二期刊登了兩期中國家庭教會地下報紙《真光》（6月號及7月號）。其中有一份由“浙江省義烏縣基督徒”于5月22日所署名的油印傳單，題為“義烏縣基督徒給浙江省政府、省長，并請轉國務院總理趙紫陽的上訴書”。上訴書中指出，2月28日的事件發生于在義烏北門的禮拜堂，一名三自代理人（名為陳躍進）聯同公安人員打傷信徒，并抓走三十一位信徒。上訴書聲明義烏基督徒都是愛國守法的，尊重政府的，請求上級領導伸張正義，懲治那些在信徒和政府間制造矛盾者，制止類似事件重演，認真落實憲法所保障的宗教信仰自由。 該雜志亦刊登了另一封六月來自東陽縣二萬名基督徒，“給全國弟兄姊妹的公開信”，信中指斥三自會企圖把東陽全縣一百多處聚會點，壓縮至十五處。三自會又要求公安局，把多位傳道人抓去審訊，并唆使干部、民兵搶奪信徒財物及生產工具。當地一名32歲的基督徒（名為陸天生），因多次被吊打，又丟入污染水塘中，于5月底終于傷重不治。 雜志還報導三自迫害基督徒事件在全國多處亦發生，如在河南泌陽縣。 1982年10月的《莫忘神州》里，報導了更多迫害事件。
《主在中華》第二期報導說，中國三自迫害家庭教會的事件，引發香港基督教界在6月20日發動千人“聯合祈禱大會”，表達為中國的苦難基督徒的支持和關懷，并報導此事件引發了外國代表在聯合國向中國政府代表提出質詢，致使中國政府十分惱怒。 隨後，第三期又報導在八月初，東陽宗教局和三自會人士合謀兩次炸東陽千祥區民主公社大路史家一處有二百信徒聚會的聚會點。幸僅一人受輕傷，唯爆炸事件已引起當地極大民憤。
從1982年二月至九月，香港的基督教雜志廣泛報導東陽義烏及全國其他地方的迫害事件，引起海外的基督教界對三自會嚴厲批評，并對中國政府宣稱新時期的宗教自由政策抱持著強烈懷疑。全國三自會與中共中央的統戰部門高度關注此事，“兩會”也力圖與海外基督教團體和人物建立關系，尋求他們支持，借助他們洗清對東陽義烏事件的責任，否認全國各地發生的逼迫事件，并肯定中國政府的宗教政策。
在處理新時期的宗教問題上，中國政府率先展開針對宗教問題的系統化論述、政策理念和施行原則的具體說明。1982年3月底，中共中央印發題為“關于我國社會主義時期宗教問題的基本觀點和基本政策”的文件（簡稱〈十九號文件〉），表達對新時期的宗教問題和政策詳細的論述。文件提出了四個“絕不允許”：“絕不允許宗教干預國家行政、司法、學校教育和社會公共教育；絕不允許強迫任何人，特別是十八歲以下少年兒童入教、出家和到寺廟學經；絕不允許恢復己被廢除的宗教封建特權，和宗教壓迫剝削制度；絕不允許利用宗教反對黨的領導和社會主義制度，破壞國家統一和國內各民族之間的團結。 ”。文件清楚地指示，在黨和政府領導以外的宗教活動，對內“堅決打擊一切在宗教外衣掩蓋下的違法犯罪活動，和反革命的破壞活動”；對外則堅決打擊“國際宗教反動勢力，特別是帝國主義宗教勢力，包括羅馬教廷和基督教的‘差會’，力圖利用各種機會進行滲透活動，‘重返中國大陸’”;“應當提起高度的警覺，嚴密注視外國宗教的敵對勢力在我國建立地下教會和其他非法組織，在宗教外衣掩蓋下，進行間諜破壞活動的情況，并給予堅決的打擊”。〈十九號文件〉可說是中國政府日后宗教政策的指導性文件。
在宗教統戰工作上，1982年9月1日至11日，中國第十二次全國代表大會于在北京召開。十二大議決重點之一是宗教統戰工作，并定出“愛國的宗教領?人物”為社會主義新時期的“十大統戰”對象之一，其中包括海外僑胞宗教人士。 接著，9月19至24日，三自會與基督教協會緊接十二大后，于北京召開全國兩會委員會（擴大）會議，以落實新時期的宗教政策。時任中央統戰部副部長江平及國務院宗教事務局局長喬連升，分別在會上發表講話。江平強調要按照十二大，繼續發展“愛國統一陣線”，堅持“三自”的道路，并推行“反帝”的“愛國教育”。 9月21日，喬連升重申〈十九號文件〉中有關宗教活動場所的安排，以及支持“三定”（定片、定點、定人）政策的施行。喬連升指出：
國際上還有股宗教反動勢力，??對我國進行滲透，插手中國教會的事務，企圖‘重返中國大陸’。而國內也有少數人背離'三自'的方向，接受國外宗教反動勢力的指使，接受活動經費和書籍，私自播放或轉錄外來的錄音帶，翻印或散發來自海外反動宗教勢力的宣傳品，收聽海外所謂'福音廣播'，以至為他們遞送情報，走上破壞社會主義祖國的犯罪道路。
喬連升的講話隱含地指向東陽義烏事件中的“呼喊派”，就是被指接受從國外傳入李常受教導的小群（聚會處）信徒。不久這個團體即被政府指為攻擊三自會、與國外反動勢力聯系、以及擾亂社會秩序。事實上，“東陽義烏事件”公開以后，事件就成了該次“兩會”會議的主要議題之一。首先由浙江省三自會代表鄧福村，在會上匯報“呼喊派”是怎樣由國外進入浙江省，以及表白“東陽義烏事件”的“真相”。 鄧福村在會上發言，將整起事件歸咎于海外反動分子“呼喊派”策動，指事件是屬惡毒攻擊三自會和中國政府，是危害國家和教會的行徑。
接著在同年11月底的全國政協第五屆五次會議的小組討論中，前北京聚會處負責人閻迦勒發言，“揭發”“呼喊派”首領李常受的“罪行”。閰迦勒在會上指斥李常受在政治上非常反動，其活動是制造分裂，宣傳異端。
基督教兩會會議后，三自會除了在國內重點為準備打擊"呼喊派"發動輿論宣傳，也頻繁接待海外訪問團并出訪海外，積極與各地基督教組織建立關系、爭取支持。 十月，一行七人的三自會代表團出訪歐洲與福音派會面。其中，一個由多個主流基督教派組成的“普世教會中國研究工作聯絡組”（Ecumenical China Study Liaison Group），便是“兩會”在“東陽義烏事件”上積極合作的海外團體之一。 這個聯合會的代表組了一個訪問團到中國訪問三自代表，團員中包括了香港協進會的張喣群和香港《景風》雜志的編輯林汝升。 訪問團會面的對象包括：全國三自會主席丁光訓、全國三自副主席羅冠宗、全國三自會主席秘書長沈德溶、全國基督教協會暨三自副會長韓文藻、全國基督教協會代表曹圣潔、蔡文浩、闞學卿、東陽義烏事件的兩名肇事者杭州三自會王錫安與杜浩生、廣州人大代表高仰忠等。  此次會面期間的一個重要話題就是在浙江東陽義烏發生的事件和其后續的報道。此次會面后，在“普世教會中國研究工作聯絡組”出版的刊物，如《橋》、Religion in the People’s Republic of China（中華人民共和國下的宗教）、《景風》、《信息》里，這些刊物經常刊登三自的官方文件和聲明，編輯的方向也多傾向三自的觀點。
9月，“普世教會中國研究工作聯絡組”訪問團回香港后，林汝升隨即在1982年9月道風山基督教中國文化研究社出版的《景風》雜志上寫了一篇文章。 林汝升的文章中提了兩件事，一是丁光訓向訪問團明確表示反對海外資金和基督教組織進入中國，二是對東陽義烏事件提出了另一個版本，首度將三自所用的“呼喊派”名稱帶到海外。林汝升所敘述的事件與后來在三自《天風》雜志鄧福村敘述的版本極為雷同。林不點名地駁斥《主在中華》的報導，申明不是三自代表唆使公安毆打基督徒，而是李常受和“呼喊派”信徒暴動沖擊教會。這篇文章首度將三自所取的「呼喊派」一名帶到海外，也是第一次對東陽義烏事件提出不同版本，卻也錯誤地提到李常受曾在1980年回到中國，而事實上李自1949年后就從未進入中國。
幾乎在同一時間，訪問團成員中的香港基督教協進會的張喣群和執行委員莫樹恩也發表了一篇文章，標題為“東陽義烏事件的另一面”，附和林汝升在《景風》里的說法。這篇文章被刊登在1982年10月號的《信息》雜志和11月號的《七十年代》雜志上，《七十年代》中還加上了以「異端教派在中國大陸流播」為其標題，文中附和林汝升在《景風》里的說法。張、莫和林汝升三人的兩篇文章都重述“三自會”的官方說法，將東陽、義烏兩地的信徒描繪成極度反政府的危險分子，是從海外流入的異端教派“呼喊派”。張、莫兩人相信東陽義烏事件并不是三自會逼迫愛主基督徒的事件，而是海外流入的異端“呼喊派”“干預”和“妨礙”了中國教會的發展，總結呼吁香港基督教界日后報導要“全面”和“客觀” ，否則，只會成為“絆倒人的石頭”。在張、莫的“東陽義烏事件的另一面”中，指控李常受和地方教會為異端時，首次引用"尼爾·達迪"（Neil T. Duddy）與“偽靈剖析會”（Spiritual Counterfeits Project，SCP）出版的《神人：李常受與地方教會的研究》（God-Men：An Inquiry of Witness Lee and Local Church）（1981，二版）一書。該書后來于1985年被美國法院判定為屬不根據事實、惡意中傷，造成傷害的誹謗。作者及出版社被判向李常受和地方教會道歉、回收及賠償。
張、莫這兩篇文章將那些呼求主名的信徒，從原本守法的公民，描繪成極度反政府的危險教派。然而這種說法缺乏正當理由，任何擾亂社會秩序和反政府的活動，都違背倪柝聲和李常受的教導。李常受在教導呼求主名時，從未提倡任何政府歸咎「呼喊派」的脫序行為。張、莫兩人附和中國政府背后支持的"兩會"說法，將倪、李定為反革命份子，但在倪、李二人的教導中，明言教會不應參與政治，基督徒應當服從其所在國家的政權。
東陽義烏事件反射出的三自會與家庭教會的矛盾性質，迅速延伸至香港華人教會中間。自從張、莫在《信息》上發表文章，將責任歸算于呼喊派身上后，立即被之前刊登代禱信的《主在中華》猛烈抨擊。11月，《主在中華》刊出一封題為“主在中華：東陽義烏迫害的另一觀點”編輯信，并被前英國駐中國外交官，也是海外傳教團契（原中國內地會）傳教士的Tony Lambert譯成英文。編輯信中反駁張、莫的說法，指二人根本沒有第一手資料，不過是重復杭州三自會的謊言，并表示：「事實上，我們有足夠的證據證明，在東陽、義烏被迫害的地下教會并不是屬於李常受的『地方教會』或是『呼喊派』。」  1982年12月號的《莫忘神州》和中國教會研究中心1983年1/2月號的《中國與教會》里，也重復此一說法。 《主在中華》的理據有二：一是他們從東陽、義烏地下教會得來的油印小冊中，對李常受的解經提出批評，里面的神學觀點也與李常受教導的不同；二是被三自會雇用流氓沖擊的聚會點，在當地存在十年，與李常受的“地方教會”或“呼喊派”并無聯系。作者強調事件并非如杭州三自會版本所說，是數百個“呼喊派”暴徒到處打人，沖擊公安局和搶奪武器，而是東陽、義烏地下教會基督徒被三自會雇用的流氓和公安打傷，卻沒有還手。該文結論呼吁張、莫二人悔改，不要相信三自的謊言說法，有分于誹謗那些真正愛神、受逼迫的基督徒。
《主在中華》第三期編者指出，三自會與50年代時一樣，仍是政權消滅基督教的打手和急先鋒。今日中國政府以虛假的開放和三自會的工作，偽裝中國有信仰自由，令海外不少人上當。 編者引述一分中央內部文件“關于加強基督教管理工作的材料”（編號：中發1982年17號），以證明中共對基督教的根本敵視本質，以及至終要消滅基督教的目標從未改變。 第三期亦附上一篇署名南京地下基督徒對海外基督徒的信，介紹國內地下教會實況 ，以及三自會的來歷和對信徒的逼害。信末指出2月28日的東陽流血事件正是三自會逼害的具體例子之一，請求海外基督徒與不肯加入三自而受逼害的國內信徒站在一起。
此時，“普世教會中國研究工作聯絡組”中另一個位于英國的成員組織“中國研究專案”(China Study Project)，也在其1982年12月號的會刊中，報導了中國基督教協會10月訪歐一事，并刊出一篇中國教協暨三自副會長韓文藻論及東陽義烏事件的訪談。 訪問者Bob Whyte一開始就表示，許多海外的基督徒快速接受代禱信中“東陽義烏事件”的說法，并以此來攻擊中國“三自會”，只暴露這些外基督徒的“天真（naivete）”。Whyte認為人們不該單憑該事件就質疑中國的宗教政策和“三自會” 的角色，而應聽取三自會所講的來龍去脈。 在Bob Whyte 的詢問下，韓不諱言自己對事件的了解是來自該年9月全國兩會會議上，浙江省三自代表鄧福村所作的匯報。 韓指暴動者是呼喊派分子 (yellers)，他們主動攻擊警察和保安人員。這些人與海外有聯系，接受他們的資金。韓還說，“他們的一些很有影響力的領導人是文化大革命期間的叛亂分子，我們稱他們為極左派。現在他們的所作所為和文化大革命期間的極左派一模一樣。”  后來教協、三自主席丁光訓也重復同樣的說法，說“呼喊派”的特點是他們“采取文革極左的打砸搶那一套”。 這也成了后來實行“嚴打”時，逮捕“呼喊派”分子的一個罪名。
自從出現了代禱信與三自兩個不同的版本后，東陽義烏事件在香港基督界的爭論持續升溫。趙天恩在中國教會研究中心出版的《莫忘神州》1982年12月號里，明言自己的立場是“站在被壓迫者的一邊”。趙提到中國基督教協會七位代表訪歐期間（1982年10月）曾接受福音派訪問，談及關于東陽的事。教協代表當時否認三自教會逼迫家庭教會，但承認地方當局曾犯過一個錯誤，“惡待”牧者和傳道人，“例如在南京和東陽所發生的事”。 《莫忘神州》作者指出，假若協會就東陽義烏事件，“將責任推在極左派‘當局’的身上”，那么，《信息》一說（責任在呼喊派沖擊三自教會）便顯然跟協會一說有矛盾。作者又批評《信息》的張、莫自稱訪問過“幾位當事人”，文章卻只提三自的一面之辭，難以稱得上客觀。作者質疑，“進入中國大陸，要查明一件事，你能見到什么人呢？一般研究中國問題的人都心里有數”。作者總結指出，“中國基督教協會若能剖白當局所犯何錯，相信東陽義烏事件會慢慢水落石出。不然，以后就要勞煩中國教會史家去研究這個教案”。
《中國與教會》1982年11/12月號分析：家庭教會與三自及政府之間的緊張狀況，主要來自兩方面：1，家庭教會強調奮興與布道，而三自的宗旨是防止基督教會擴展；2，家庭教會承認基督在凡事上為主，三自的責任卻是執行黨的宗教政策。《中國與教會》舉了數個例子說明家庭教會與三自之間的緊張情勢，東陽和義烏教會受沖擊就是其中之一。 1983年1/2月號的《中國與教會》的“浙江義烏事件實錄”里，做了以下結論，“我們認為..最主要的原因還是政府上了義烏金炳甫和東陽陳松林等投機分子的當，是這些別有用心的人在破壞在作祟……不擇手段的在政府和信徒中制造矛盾。” 1983年初的《主在中華》第四期的評論就表示，東陽義烏事件說出“中共只有宗教政策而不是宗教自由”，判斷“中共認為，在國內的基督徒力量已有坐大的跡象，而海外的統戰工作已具成果……滲透的工夫已做得差不多”。所以，政府打擊家庭教會正??是時候，可以準備全國性的鎮壓。東陽義烏事件正是一個絕佳的缺口，朔造出一個中共的敵對對象“呼喊派”，施予統一戰線外的宗教活動重擊。
在接下來的幾個月里，雙方繼續各說各話。1983年2月，三自的官方刊物《天風》刊登了一篇文章，作者是參與當時事件的三自委員鄧福村，文章題目是「所謂『東陽義烏事件』的真相」，將整起事件歸咎於「呼喊派」 ，然而當時大部分的海外報導都持相反觀點。1983年4月10日的《福音報》刊了一封"東陽基督教會給主內各地肢體的信”，表示三自「對廣大不與他們同流合污的信徒加以種種迫害，多方制造矛盾，捏造的事實加上異端邪『道』、『不愛國』、『反革命』等莫須有的政治罪名一概打倒」。 《莫忘神州》1983年6月號，指責三自會既承認要糾正地方三自會的胡作非為，但在“東陽義烏事件”中，卻“只把一切罪名都推卸在‘呼喊派’的肩頭上”，顯示并沒有對當地的基督徒有真正宗教信仰自由的保障。 自此，「呼喊派」這詞已被擴大應用到許多不愿加入三自的人身上。
在《中國教會的復活》一書中，Tony Lambert提到多個八十年代初三自使用鐵腕手段打壓當地基督徒的例子， 例如1981年底，三自聯合浙江寧波縣鎮海當地公安逮捕鎮海教會兩位負責人，使鎮海兩百多人的布道中心關閉；1984年初慈溪宗教局宣布，一旦三自在某地建好分會，該地東西南北四面的聚會點所有聚會一律停止。 不可否認的，三自的鐵腕手段很可能在義烏和東陽的事件中扮演了關鍵的角色。當時稱“呼喊派”為這起暴亂事件主因的三自主席丁光訓， 在六年之后（1987年)也承認“地方三自的鐵腕手段需為東陽義烏這起事件負責”。
由于中國官方認為“東陽義烏事件”在海外引起的討論，嚴重影響了中國改革開放后的國際形象，妨礙了中國社會主義現代化，國家的宗教統戰工作，以及三自會的發展。中國官方于1983年1月指定，由中央統戰部副部長江平會同公安部、宗教事務局（現國家宗教事務局）和民族局人員組成調查組，到上海、浙江考查宗教事務，重點調查“呼喊派”的問題。江平將此行的所見所聞收錄在2008年出版的《考察調查旅游日記輯要》里。  江平記載，當時基督徒人數增加急劇，各地聚會點的情況不一，小群（聚會處）是江浙一帶發展最快的，但是各地的小群情況也不盡相同。
1983年1月16日江平一行人到了上海，在統戰部辦公室里與三自愛國會舉行會談。參加的人有羅冠宗（三自副主席）、曹圣潔（上海三自主席）、沈德溶（三自副主席）、肖志恬（上海宗教研究所）、唐守臨 （三自副主席，原聚會處長老）、任鐘祥（原聚會處執事）。 當時與會者一致認為“呼喊派是政治上的反動派和宗教上的異端，應該很快處理，不宜久拖。” 這次會談里，江平得知原與李常受同在聚會處的唐守臨和任鐘祥兩人正在撰寫從神學上批駁呼喊派的文章，江平認為這對處理呼喊派問題應該是一種貢獻。 自此，中共中央對于呼喊派的處理，就分由政治和宗教兩條路線同時進行：呼喊派是政治上的反動組織，是宗教上的異端團體。當局視前者為問題的根本，后者為動員基督教群眾的助力。
江平在旅游日記里稱最先報導評論東陽義烏事件的《主在中華》為反動刊物， 說從其創刊號所載評論東陽、義烏事件的文章中，可以明顯地看出“國外的反動勢力對于呼喊派等所謂的地下教會，寄予極大的希望”。江平引用了一些創刊號中的指控，例如，“大陸有三千萬到五千萬的基督徒，三自不到一千萬人”；“波瀾壯闊的福音運動正在中國全面展開，整個中華歸主的日子不會太遠”；“地下教會這股強大的離心勢力，迅猛地興旺和發展“;“地下教會將與共產黨政府進行一場末世的屬靈戰爭，與基督一同得勝”來證明此雜志是“一本多么觸目驚心的反革命宣言書”，借《主在中華》里極其反動的言論來證明在東陽和義烏的事件，本質上是反動的、是政治性的。
江平一行人于1月20日到了浙江， 與當地公安廳的副處長金陳明會談，又得到了另一個線索。陳表示，李常受所寫的《神的建造》上冊的五篇里，有五個“針對中國政府的，鼓吹其教徒同政府對立”的觀點。例如，要教徒準備經過死蔭的幽谷，在戰場上享受神在仇敵面前為教徒擺設的宴席等等。 于是，江平一行人確立了李常受書籍的反動本質，并認定呼喊派的行為于李常受有關。
江平的考察調查到此算是得到了政治和宗教兩面的完整結論。1983年4月18日，江平的調查結果“關于處理所謂呼喊派問題的報告”上呈兩部一院，同年5月9日經中共中央同意批轉，成為打擊呼喊派的政治依據。在宗教上，則是授命前上海聚會處成員唐守臨、任鐘祥撰寫批評李常受神學和呼喊派異端的文章，作為打擊呼喊派的宗教依據。
1983年4月唐、任所著《堅決抵制李常受的異端邪說》第一版出版 ，被當成金陵神學院的“教材”，發送至各地公安局、三自禮拜堂和基督教團體。全文起首就響應全國兩會會議的講話，指控李常受為“呼喊派”首領，是反動分子，向中國進行滲透活動，利用其“異端邪說”煽動信徒攻擊三自愛國運動：
近幾年來，外國基督教中的反動分子千方百計利用各種機會，向我國進行滲透活動，妄圖“重返中國大陸”。當前最突出的，是那從美國洛杉磯李常受搞的所謂“地方教會”派傳進來的一套異端邪說，毒害信徒，搗亂教會，攻擊中國基督教三自愛國運動，并利用少數反動分子尋釁鬧事，破壞我國的社會秩序。我們愛國愛教的基督徒應當團結起來，堅決抵制這股海外敵對勢力的滲透活動。
唐、任二人除了“揭露”李從事的滲透活動和聚會處的“反動”背景，指控李在政治上“瘋狂反共、反人民”外，還說李氏在宗教上離經叛道，“迷惑和毒害信徒群眾”。書中將東陽義烏事件歸咎于受李的“異端邪說”所煽動的反動分子，指李通過滲透不但破壞中國基督教三自愛國運動，更搗社會主義新中國的亂。全文總結“呼喊派”的問題本質屬“政治性質”的問題，  源自“披著宗教外衣”的“外國敵對勢力”，“呼喊派”信徒亦非真正基督徒，而是破壞社會治安的分子。唐、任號召全國愛國愛教的基督徒，“投入這場反滲透、反異端的斗爭”。這份“教材”在同年12月又被擴充五倍篇幅（從第一版的40頁增至245頁），出版為《為真道竭力爭辯》一書。該書大量引用美國一本后來被法庭判為毀謗的書， 擴大批評李常受氏的教導。
江平四月十八日的報告經上級同意批轉執行，加上《堅決抵制李常受的異端邪說》出版之后，一場打壓“呼喊派”并批判李常受教導的全國性運動就此展開。江平的報告題為〈關于處理所謂“呼喊派”問題的報告〉。報告將“呼喊派”定為“反革命”組織，“要顛覆我國人民民主專政和社會主義制度”，必須依法堅決取締。 報告指出“呼喊派”在國內兩年間發展迅速，已遍及十九個省、市、自治區，達十余萬人。主要分布于浙江、河南及福建，并提出采取十項鎮壓措施：（一）發動宣傳攻勢，揭露、批判李常受和“呼喊派”中的骨干分子的反動本質及其違法犯罪活動；（二）充分運用法律武器； （三）切斷“呼喊派”同國外教會的聯系；（四）堅決打擊“呼喊派”首惡分子； （五）大力爭取、團結、教育被“呼喊派”誘騙、脅迫的教徒群眾；（六）區別對待“小群”和“呼喊派”；（七）高舉愛國的旗幟，充分發揮三自愛國會的作用；（八）貫徹執行“十九號文件”中黨的宗教政策；（九）充實和加強宗教工作隊伍人員； （十）加強黨政領導。
1983年5月，全國“兩會”在各地舉辦批判李常受和“呼喊派”的座談會，宣傳《堅決抵制李常受的異端邪說》一書。同月5日，全國“兩會”在上海召開的座談會。會上許多人發言表示，李常受之所以要煽動人起來反“三自”，“實質上是反對新中國，也是反對我們中國基督徒愛國，這是一個政治問題。” 與會者皆同意“以李常受為反面教材，在信徒中進行一次教義的學習、三自愛國的學習增強信徒的免疫力”。 同月“兩會”《講道集》中亦刊登了一篇丁光訓的專文，題為〈同呼喊派信徒談談〉。丁在文中批判李常受的教導是異端邪說，有五個特點：（一）“它不是中國土生土長的，是海外滲透的”；（二）它不但信仰上是錯謬的，而且“政治性特別強”，“很有政治性、顛覆性”；（三）它“采取或保持文化大革命極左的打砸搶那一套”；（四）它否定十字架， “不僅打了問號，而且是根本加以反對”；（五）它“實質是高舉自我”，李的“神學主題是自我擴張”。丁總結說，李常受的目標是“以福音消滅革命”，聽從李常受的“呼喊派”都是“反進步”、“反革命”的人，故呼吁全國教會和基督徒清楚“李常受的真面目”，起來抵制李的異端邪說和反革命號召。 該專文后來于香港基督教協進會出版的《信息》雜志1984年6月號轉載。
經過一輪“兩會”的輿論宣傳工作后，1983年5月 9日，中共中央同意將江平的報告轉予中央統戰部、公安部和國務院宗教事務局。隨即，三自會聯合宗教事務局、公安局對“呼喊派”在全國進行大規模鎮壓。以國外傳入的李常受書籍、錄音帶等出版物和謄錄品為識別標記，全國各省的教會負責人大多被捕。自六至十月間，數以百計的“呼喊派”領袖和信徒被逮捕。不久，全國鎮壓“呼喊派”運動迅速“擴大”，波及其他家庭教會。華中、華北家庭教會被禁，家庭教會的負責人、游行布道者和基督徒也有被稱為“呼喊派”而被捕下囚的。全國基督徒最多的河南省是鎮壓最嚴厲的地區，當地有上千的教領袖、游行布道者被抄家、拘捕，不論屬“呼喊派”與否。
事實上，東陽義烏事件發生之時，中國社會正處於不安的狀態。文革結束留下了嚴重的犯罪問題， 《爭鳴》雜志說到當時國內逮捕了一個流氓集團，在唐山市非常兇狠猖獗。 鄧小平的經濟改革又精簡了工人的數量，造成大量的失業。 1983年8月和10月，政府分別展開“嚴厲打擊各種犯罪活動（嚴打）”運動  和“清除精神污染”運動。在鎮壓“呼喊派”和這兩個運動期間，全國眾多城市及農村的家庭教會被取締，政府稱其為所謂的“非法活動”，並將家庭教會負責人判刑。 當時清除罪惡運動雷厲風行，據《守望中華》雜志的報導，在上海市，光是1983年8月18日一天就拘捕了8千8百多人。到該刊出版之時（1984年5月），全國已有七十萬以上的人被捕，其中不乏被當成“打砸搶分子”被捕的基督徒。 《守望中華》表示，從1983年6月起，政府已經開始拘捕數百位“呼喊派”傳道人，因為“呼喊派”六月在福建漳州、廈門召開萬人布道大會，另外“呼喊派全國領袖在浙江召開大會當時十分轟動”，所以“政府便動手加以拘捕，而不等至全國‘消除罪惡運動’的八月一并進行”。 八月開始的大舉拘捕行動中，被捕的基督徒并不是全都屬于“呼喊派”。例如在廣州有幾位傳道人不是“呼喊派”，但因抄家時發現他們家里藏有“呼喊派”的書，也都當作“呼喊派”被捉去。 可見三自會使用唐、任的文章，連同公安大舉拘捕信徒，不管他們是不是“呼喊派”。而東陽義烏事件后受逼迫的基督徒，很快就被納入嚴打目標。各級政府機構發布了查禁邪教“呼喊派”的公告。 雖然逮捕的重點是地方教會中接受李常受書報的領頭人， 許多家庭教會的帶領者也因此下監。“海外基督使團”報道說，他們接到至少12個省份傳來的消息，許多家庭教會的領頭人被拘捕監禁，但是這些人并不屬于“呼喊派”。
有消息指出，“呼喊派”名稱已被廣泛應用在一切不加入三自的基督徒團體上。1984年9月份的《莫忘神州》里有一個傳道人的見證。他是中國中部一處家庭教會的負責人，1983年下旬被捕，監禁了24天。他說所有不愿加入三自會的人都被公安視為是“呼喊派”，戴上反革命的帽子。他被強迫接受再教育，并且要求要答應幾個條件之后才予釋放：不準加入“呼喊派”，不準有基督徒聚會，不準傳福音，不準讀國外進來的書報。 中國基督教研究中心的趙天恩推測，三自可能想用唐守臨和任鍾祥的書，“將李常受的團體從其他基督徒中間孤立出來，此舉可能會奏效”。  但在執行上，判斷誰屬呼喊派的準則模糊不清，很大程度在于地方公安人員的主觀判定。
同年12 月，鎮壓擴大至浙江、河南及福建以外地區。1983年12月1日，廣州市兩會發出〈關于取締反動組織“呼喊派”的通告〉，當月隨即有十多名基督徒被捕，其中包括了一般家庭教會的負責人。 1984年1月起，北京市兩會、廣西、山東等全國各省市兩會亦相繼召開會議，継續揭發并批判李常受的異端邪說對教會的破壞，擁護政府取締“反革命”組織“呼喊派”，舉行學習班，控訴并批判“呼喊派”。
根據官方的報導，1983年底，各地公安機關依法處理“呼喊派”骨干分子數百名，依法取締大批非法活動點，會同有關部門對受蒙騙的群眾做了大量的宣傳教育工作。聲稱“通過打擊，基本摧垮了‘呼喊派’的組織體系，有效遏制了該組織的發展蔓延。” 1987年，“呼喊派”在河南、浙江、福建等地有恢復活動的情況，政府再次開展查禁取締工作，進行集中打擊行動，打擊少數為首分子，教育爭取群眾。在政府開展對“呼喊派”的取締工作后，“呼喊派”組織發展逐漸停止。
自1982年的北京會議起，兩會開始全面執行“三定”政策，制訂省縣“愛國公約”，以及全面打擊以“呼喊派”為首的家庭教會的發展，以期控制全國性出現的“基督教熱”。 由于當時不少家庭教會信徒（主要小群（聚會處）信徒），接受由海外傳入的李常受的書籍和錄音帶。因著他們在全國各地急速地發展，成為抗拒三自的家庭教會中最具代表性的群體，也自然成了政府與三自會打擊的首要對象。而1982年二至八月間發生的“東陽義烏事件”，揭示出家庭教會與三自之間的嚴重矛盾。盡管無法確實究竟有那些家庭教會的基督徒是事件的主要參與者或受害者，但事件正好被三自會用來描絵成一場“在宗教外衣掩蓋下”的“反革命”破壞犯罪活動，進而由政府展開對“呼喊派”的打擊，不久擴大為全國性的大規模鎮壓。“普世社會科學研究網”刊載了一篇論到地方教會歷史的文章，指出八十年初地方教會被標為“呼喊派”，是因為在當時的國際形勢與國內宗教政治背景下，中共極需要樹立一個海外滲透反動異端的典型。那些獲得從海外進入國內的李常受書刊並接受其職事的小群（聚會處）信徒，正好作為反面教材，被定性為“呼喊派”而被打壓。事件發展雖然有其歷史的客觀必然性，但地方教會卻很無辜。
1983年秋起，“呼喊派”受逼迫的消息傳到美國后，引起國會議員們的注意。 1983年11月17日，美國眾議員Don Sundquist、Mark D. Siljander、Christopher H. Smith、Thomas J. Tauke四人聯名寫信給中國駐美大使章文晉，對12月將有兩位基督徒在上海被處決一事表達關切，信中并說：
我們還接到報告說，所有被稱為“呼喊派”的牧師都被監禁，還有很多家庭教會的領導人被逮捕， 甚至在有些地區家庭教會被定為違法。……我們因成千上萬的基督徒被當成罪犯對待感到不安，希望看到這種情況得到糾正。
同年11月23日美國參議員Mark Hatfield也致信章文晉，信中響應前述眾議員所關切的問題，他表示，“我最感興趣的是您可否提供有關“呼喊派”牧師被囚的任何信息，還有許多家庭教會領導人被捕的事。”
章文晉于12月7日回文表示，“有關大批基督徒被逮捕之事，尤其是上海兩位基督徒即將被處決一事，全屬虛構無稽之事。中國憲法保護宗教信仰自由，所有國家也有打擊犯罪的權利。中國政府近日以來是為了保護人民維護社會安定而打擊犯罪。被逮捕的罪犯之中也許有人有宗教信仰，但是他們被捕無關其宗教信仰，純屬犯罪問題“。
1984年4月華盛頓時報報導，國際基督徒人權協會（Christian Response International）主任（Jeffrey A. Collins）在一個記者會上表示，協會“從去年9月起就持續關注中共政府以‘清除精神污染’之名打擊犯罪，因為有許多基督徒在這批掃蕩中被拖下水，尤其是那些未登記的家庭教會的成員。其中，一個被稱為‘呼喊派’的靈恩團體成員受到的打擊最大”。
美國的“人權觀察協會”（Human Rights Watch） 在一份報告中, 詳細描述了1983至84年間中國政府如何用“呼喊派”之名打壓、羞辱、拘禁河南省基督徒團體之帶領人。在魯山縣，13個地方教會的領頭人先被拘禁，后在數千人的聚集中，被公眾羞辱、受審、正式逮捕，再加上三天的游行示眾，以達“殺一儆百”的果效。 一年之后（1984年7月），9個地方教會的領頭人在一個五千人的大會上被公開羞辱，并被判刑15至16年。同樣，在寶豐縣，5個地方教會的帶領人被判刑8至15年，葉縣的5個帶領人被判刑8至15年不等。 這份報告也提到，據說基督教協主席丁光訓曾說，在中國因“呼喊派”之名被捕的約有2000人，不過這個消息無法被人權觀察協會證實。
1984年5月，美國國會參、眾兩院同時通過決議，“對中華人民共和國表達美國對宗教自由的重視且將持續關注，強烈呼吁中國釋放5位被囚的天主教神父和多位因宗教活動被監禁的基督教牧師和信徒”。
這些往來信件和報道證實了在嚴打和清除精神污染運動之際，中國政府采取高壓手段打擊所謂犯罪分子時，也把一些基督徒團體包括在內。在打擊期間，地方執法官員不但將藏有或閱讀李常受書報的基督徒視為“呼喊派”而拘捕。眾多官方文件，如公安局、人民檢察院的公告，以及法院的判決書皆顯示，單只拒絕加入三自會，就有指為“呼喊派”或“反革命”的可能。許多文件中官方判刑的罪名是：不加入三自會、私自發展家庭教會、以及藏有三自會以外出版的書籍和圣經為罪證。換言之，打擊期間“呼喊派”的罪名適用于全國大多數沒有加入三自會的家庭教會。雖然政府指控“呼喊派”為破壞社會秩序的犯罪分子，但據上海社會科學院一份經實地調查后，于1984年完成的內部報告表示，浙江省蕭山縣有基督徒六萬三千人，當中九成半以上參加“小群”教會。雖然他們反對加入三自會，但在各方面都表現出是愛國守法的公民。反之，該縣某區九個鄉在1983年全年受打擊的刑事犯罪分子，和有較輕罪行給予守法教育的人中，卻沒有一個是基督徒。 這些報告無疑否定官方和三自會的指控，令人質疑打擊的合理性，不過是以“破壞社會秩序”為名，打擊三自會外的宗教發展。
就在中國政府向著家庭教會打壓“呼喊派”行動以后，隨即衍生出全國性的“邪教”現象。其中最嚴重的，就是基督徒人數最多的河南省。 中國人民公安大學張純琍教授主持的當代邪教專項研究顯示，每當中國社會經歷巨變，就會出現邪教現象。張指出，在中華人民共和國成立前夕（1950年前后），“舊政權瀕臨崩潰，新生政權尚未在全國建立，以會道門秘密結社形式的破壞活動異常活躍，頻頻發動武裝暴動”。同樣，七十年代末、八十年代初，中國進入改革開放，也是一個社會轉型期。整個社會經歷“全方位的變革，中國的邪教問題由過去的隱性問題，逐漸轉變成為顯性問題。由過去的局部、個別現象，急劇發展成為具有顯著破壞力的較為普遍現象”。  改革開放后，在市場經濟下，很多“當代的邪教”在中國內地出現，而且伴隨著社會開放與宗教發展，這些邪教活動也迅速發展。 邪教組織之所以活躍，“常常發生于社會失序的環境中，而腐敗則是社會失序的集中體現”。“腐敗與邪教生存有密切聯系。腐敗為邪教的產生和蔓延提供了土壤”，“腐敗造成信任危機，使政權的合法性、合理性受到質疑”，腐敗也引發有宗教信仰群眾的“信仰危機”。這是打壓“呼喊派”后之“邪教”現象的社會因素。
除了社會一面的因素外，在宗教一面，政府新時期宗教自由政策，只給人們有心里相信的自由，并沒有公開傳教的自由。教會要傳福音必須隱密進行，因而失去與其他教會彼此交流、互動的機會。 高壓之下的封閉環境，成了滋生異端的溫床。不但如此，在中國的一些地區，尤其是在農村，長期缺少圣經和其他基督教著作等正統的圣經教導。 許多證據顯示，在打壓“呼喊派”期間，不僅是李常受的著作，只要不是三自??會的出版的圣經和書籍，就當成“呼喊派”宣傳品沒收充公。過去海外輸入的圣經、屬靈書籍、錄音帶和錄音機等，多在被抄家時被沒收并銷毀。 影響更甚的是，在1983年夏至1984年底的打壓呼喊派運動中，無論是否與“呼喊派”有關的家庭教會，均遭受文革以來最嚴厲的打擊。教會內的年長、信仰基礎扎實的基督徒或負責的領袖被逮捕到所剩無幾，留下大群無人帶領的初信者和許多對教會事務缺乏實務經驗的人。有些家庭教會停止聚會或解散，有些則向三自會屈服登記，另有多數堅持不登記，將聚會化整為零，轉為地下活動，變得更加隱蔽，並與三自更趨敵對。還有許多信徒和游行傳道人四處逃亡，隨走隨傳。這些結果一面使基督信仰在國內更廣泛地傳播到更遠的省分，基督徒人數更為增長； 但另一面，如普世科學研究網所言，因著有經驗的傳道人、教會領袖被關，圣經及屬靈書籍嚴重缺乏，宗教活動被迫變得更隱蔽和封閉，種種因素使的宗教成為滋生“異端邪教”的溫床，埋下了自80年代末起到90年代，中國各省出現各種新興的“異端邪教”教派的伏線。
就是在這樣的社會轉型、混亂失序之中，加上政府實施“嚴打”政策，各種邪教組織就在中國紛紛出現，發展快速。鑒于此種現象，中國政府將打壓呼喊派上升成打壓邪教組織，于1995年11月中國國務院和中共中央委員會共同發布了一份《公安部門關于查禁取締“呼喊派”等邪教組織的情況及工作意見的通知》（廳字199550號）。這是中國政府首次發布關于“邪教組織”的通知。
國務院辦公廳50號文件所列出的六個“邪教組織”，除“呼喊派”外，另有門徒會，全范圍教會，靈靈教，新約教會，和觀音法門。這些組織全是在1980到1993年間，也就是張教授所指的社會轉型、失序期間出現或進入中國的，這些邪教組織的創始人之所以能夠吸引大批群眾，是因為“信任危機使人與當代邪教產生共鳴，人們不自覺地把目光從傳統和正統影響轉向非正統或非主流力量”。 其中門徒會，全范圍教會，靈靈教這三個本土自產的邪教，都是由農民創始或從農村起家的。 以徐永澤為例，他原先與“呼喊派”有聯系， 后來于1984年自己在河南平頂山市創立“全范圍教會”。平頂山市下轄的一個縣是魯山。據Tony Lambert 記載，河南魯山縣自1980年起開始經歷屬靈大復興，在1987年6月人口普查時，光魯山一個縣就有十萬的基督徒，（不過宗教局起先只愿意記錄二萬七千已受浸的人，后來同意記錄五萬人）。 不論五萬或十萬，都證實當時相信基督教的人數眾多，而且大多數的基督徒都是在農村的新信徒，沒有太多知識。政府用“嚴打”拘禁大量家庭教會帶領人，新信徒在沒有人帶領之下，很容易就接受、跟隨其他組織。這三個本土自產的邪教組織發展極為迅速。門徒會在6年之內組織活動已涉及14個省，全范圍教會在7年之內涉及15個省，靈靈教在7年之內遍及13個省。這種發展狀況也支持上述張純琍教授的觀察。由于這些組織急劇發展，中國政府于1995年明文將其定為“邪教組織”，重申鏟除之心。
“呼喊派”是中國新時期政教發展上，首個被官方判定的“邪教”組織。鎮壓“呼喊派”的運動后來演變成一連串以打擊邪教為名，取締國內非法宗教團體的全國性反邪教運動。基督教從歐美傳入， 傳統上，是由教義來判定是否為異端。西方世界的政府、法院并不直接參與教義的判斷，而是由教會決定正統與異端的界限。然而在中國，黨和政府先從政治方面決定一個團體的屬性，再由帶有政策執行機構性質的三自會，以邪教之名加以打擊。將原本宗教信仰領域的問題，轉變成政治和社會領域的問題，是中國政府在處理國內宗教問題的一個獨有的治理范式。
1995年又被中共中央辦公廳、國務院辦公廳轉發的公安部內部文件定為邪教組織，繼續查禁取締。
1995年11月發布的50號文件導致了一波打擊“呼喊派”的新浪潮。美國人權觀察協會（Human Rights Watch）1997年的報告指出，“中國政府限制宗教組織的策略之一，是把一些團體加上邪教標簽，意即這些團體不是官方認可的五大宗教產生出來的合法組織。在1996年4月至8月之間公布的公安局通告顯示，中央政府已授權公安局對農村里的邪教進行鎮壓。通告里特別提到一個基督教團體，‘反革命’ 的呼喊派。” 美國人權觀察報告證實在當時的中國農村地區，各種宗教團體興起而且發展極為迅速，引起政府的緊張。文中說：“據一份中國政府內部文件估計，邪教的群眾總數達五十萬人，遍布各省、市及自治區，主張采取嚴厲措施壓制。……尤其是在農村地區，黨的統治薄弱，所以需要倡導‘先奪取教會權力，再接管政治權力’”。
根據基督教作家David Aikman的報告，1998年8月22日，河南省家庭教會的帶領人士發表聯合聲明，呼吁政府“無條件釋放所有目前在勞改營里的家庭教會基督徒。這些家庭教會包括長老會（相信一次得救永遠得救）、靈恩派教會、地方教會（被錯誤地稱為‘呼喊派’） 、生命之道教會（或稱全福音教會）、小群教會（亦被稱「老」地方教會）、五旬節教會、不參加三自的路德會、及浸信會。” 這份聲明證實政府在1995年以后對“呼喊派”持續地打壓，河南省的家庭教會也不同意政府把地方教會錯誤地稱為“呼喊派”。
美國國務院于1999年9月9日發布的“國際宗教自由情況”年度報告中說，“中國政府繼續貫策1994年通過的一個全國運動，要求所有禮拜場所都要向宗教局登記并接受三自愛國運動會監督”。該報告說，“警方繼續努力停止一個名為‘呼喊派’的地下福音派團體，這團體是1949年之前就存在的一個華人自創的基督教團體的分支，一直被官方視為反政府、反革命。從80年代初開始，政府就一再拘留、罰款并監禁其成員”。 從這份年度報告可以看出，美國政府將逼迫呼喊派視為逼迫地方教會，一個福音派基督教團體。
1999年10月30日，中國全國人大常務委員會通過了一個查禁邪教組織的法案，立法嚴懲邪教活動，重申對付邪教的決心。 事件的起因是法輪功的“425上訪事件”。1999年4月25日，超過一萬名以上的法輪功成員集體到北京申訴，引起了北京當局極大的不安。同年6月10日中國政府成立“610辦公室”（以日期為名），主責協調各機關調查鎮壓法輪功的活動，并于7月22日由公安部“認定法輪大法研究會及其操縱的法輪功組織為非法組織，決定予以取締”。 盡管由李洪志于1992年創始的法輪功，受到政府密切的注意，甚至設立專屬機構處理，但一直到2014年才正式登上邪教名單，并一躍成為中國反邪教協會網站 (http://www.chinafxj.cn)上邪教組織的榜首。 法輪功雖然剛開始不在邪教名單之上，但受到的打壓并沒有因此而減少。
據學者Edward Irons的整理，中國官方歷年發布不少關于邪教的通知，但是總括起來的邪教名單有三份，分別是1995年的廳字199550號，2000年的公通字200039號，以及2014年（見凱風網 http://www.kaiwind.com/news/info/201406/03/t20140603_1662703.shtml）。 1995年列出的邪教組織有6個，分別是：呼喊派，門徒會，全范圍教會，靈靈教，新約教會，和觀音法門。2000年的邪教名單擴增到14個。除了前述6個之外，新增了主神教、被立王、統一教、三班仆人派、靈仙真佛宗、天父的兒女、達米宣教會、和世界以利亞福音宣教會等8個組織。“呼喊派”在這份名單里列居首位。2014年《凱風網》上中國反邪教協會的名單列了20個邪教團體，主要的11個團體詳細說明了首領名字及發展過程，次要的9個只提了名字。 呼喊派”仍在這份名單上，但位列第三。
美國國務院每年都會就國際宗教自由情況發布年度報告，2006年的年度報告里表示："中國政府對于被其歸入‘邪教’的團體，特別是一些規模較小的基督教派別，繼續它的壓制手段”。  2011年的年度報告指出，“中國憲法提供人民宗教自由，然而只保障‘正常宗教活動’。政府使用‘正常宗教活動’一詞的方式與國際人權對宗教自由的標準不符。中國憲法并沒有清楚定義何為‘正常’活動”。此外中國政府還是將“呼喊派”繼續列為“邪教”組織，“這種指稱既沒有公共的確定標準，也沒有程序可以質疑”。
1983年打擊時，所有在中國閱讀李常受書報的基督徒和教會都被當作“呼喊派”拘捕囚禁。1995年政府公布的邪教組織名單中，“呼喊派”仍列第一，李常受和地方教會也仍與“呼喊派”緊密相連。然而在西方，越來越多的基督教學者肯定李常受和地方教會對基督徒與社會的貢獻。隨著時代的發展和交流，中國官方和三自會也逐步在修正對李常受和地方教會的看法。雖然“呼喊派”仍是政府明文取締的邪教，但李常受的職事和地方教會卻逐漸脫離“呼喊派”的標簽。
2003年的《人權雜志》報導，美國政府持續表達對“呼喊派” 的關切。2003年4月3日美國駐華大使雷德（Clark Randt）在與中國國宗局局長葉小文會面時，特別詢問有關“基督教地方教會呼喊派”的事。葉局長回答說：“‘呼喊派’根本不是什么‘基督教的地方教會’，而是一種從事嚴重犯罪活動的非法組織。……由于‘呼喊派’歪曲圣經，嚴重犯罪，中國的基督教人士都認為它是‘異端’，稱‘呼喊派’頭目李常受為‘羊群中的狼’。對‘呼喊派’的違法犯罪行為，司法部門當然也要依法制止”。
雷德大使的問題說出在西方社會，地方教會（也被稱為呼喊派）被認為是正統基督教團體，而葉局長的回答則顯示出，在中國，“呼喊派”是反動、非法的組織，需要依法打壓，并指李常受仍被視為是“呼喊派”的頭目。在政治上“呼喊派”是違法的，在宗教上，照著八十年代三自會發出的《教材》，也就是唐守臨、任鐘祥的《堅決抵制李常受的異端邪說》小冊，呼喊派是基督教的“異端”。
然而，2004年，中國最大的基督教刊物《天風》雜志在第9期中，代刊了一篇由蔡凌云、區應毓所寫，向“小群”（聚會處）致歉的道歉啟事：
“2003年9月，四川人民出版社出版了我們合著的《異端與邪教》一書。我們本想通過該書提醒人們對異端邪教要高度警惕，不要陷入其所設立的網羅，而使自己的生命和財產遭受損害。但由于我們的疏忽和不夠嚴謹，在選材和編排上出現了錯誤，將原真耶穌教會列入異端邪教，對原‘小群’(聚會處)也存在不正確的表述。今年年初，當我們發現此問題后，就同出版社和發行單位磋商，停止了該書的發行，并回收和封存了大部分書籍，但有極少部分流入了社會。目前我們仍在和出版社、發行商進一步回收此書。
該書的出版發行，給有上述原宗派信仰背景信徒的宗教情感造成了傷害。在此，借《天風》一角表示我們誠摯的歉意。(注：《異端與邪教》為蔡凌云、區應毓合著)。” （第55頁，曉望編輯）
這份刊登在基督教官方的刊物《天風》上的道歉啟事，雖然沒有直接提到李常受，但明確表達小群（聚會處）不該被列為異端。
次年（2005年）一月份的《天風》雜志里，在一篇題為“提高信徒辨別異端邪說的能力”的文章中，作者說：
在社會轉型期間，各種思潮、觀念和學說不斷涌現，多元化、全球化難免混雜著消極、頹廢的說教，對中國教會構成一定的沖擊和影響，更有一些貌似宗教、實為邪教并打著基督教旗號的垃圾污染著中國基督教的神圣性。它們如同瘟疫，嚴重地擾亂了社會的正常秩序。其中有靈靈教的華雪和，自稱是今天的‘耶和華神’；有自稱‘被立’的吳揚明；有自稱為‘接續基督作救主’的門徒派的許三贖；還有‘使徒派’的左坤及東方閃電的‘女基督’等等。
值得注意的是，在作者點名中國當前的異端邪教示，竟沒有提到向來常見的“呼喊派”，或是李常受和地方教會。
2005年7月26日下午4時，臺灣地方教會（聚會所）的三位基督徒到南京拜會了當時的三自會主席丁光訓。根據此次談話結束后，丁主教辦公室所發送的談話紀錄顯示，丁對地方教會的看法已有轉變，談話記錄摘錄如下：
“聽了三位的介紹，對我來說很新，你們在我身上會發現許多我的無知。我非常愿意學習這些年中聚會所走過的路。你們是代表一種中國的基督教。最近幾年來，我和同事去訪問中國的基層教會，教會弟兄姊妹的接待讓我感到‘這也是基督教’，這句話很簡單，但很有力量。所以我們沒有權利去評判，以為只有自己才是基督教。你們令我感動，因為你們帶來的也是基督教。我們應該歡迎并且了解，今天下午你們就是講你們的觀點：你們是愛國的，是反‘臺獨’的，對于傳福音是和大陸教會同樣重視，并不是代表著另一種基督教。聽了你們的談話，應該承認我們是一體的。在這許多年中我們是分開的，但耶穌基督的福音借著你們在臺灣和世界各地傳開，是奉著基督的名做的。在大陸我們基督教需要再教育，因為我們是盲目的，也有驕傲的感覺。因為大陸信主的人，多以老大哥自居。你們是否對于和大陸弟兄姊妹的交流帶著很大的期望，我相信他們是很愿意聽的。”
“我也非常贊同，很多時候是容易造成誤解。誤解積累存在很久了，清除誤解就會有大量的工作需要做。……我可以肯定宗教干部若干年前對宗教有錯誤的看法，對李常受等人也有不正確的看法。……今天是個很好的機會，我希望以后不但在南京，也有許多別的機會來回顧、悔改和交流，應該很有價值。你們幾位代表的也是基督教。我們容易把陌生的東西看成是錯誤的東西，自然而然產生一種習慣。我們一定要改變，我們應該在《天風》上發表文章來說明。現在共產黨員多次表態他們對宗教(過去)的看法是不對的，現在對了，對此我們非常歡迎。我們都相信同一位主，在我們內部容易交流，但一定要有人發起帶頭。……可能你們心里還有要求和想法在這里提出，你們還可以通過寫信和其他途徑來開始使我們有很好的交流。”
從《天風》2004年的聲明與這份談話記錄顯示，李常受和地方教會（小群，聚會處）已逐漸被三自會或丁主教視為基督教。不但如此，丁主教也坦承“宗教干部若干年前對宗教有錯誤的看法，對李常受也有不正確的看法”。他希望以后“有機會回顧、悔改和交流”。
在西方基督教界里，李氏持續獲得美國幾個受人尊敬的學者和學術機構肯定。全球最大的跨宗派神學院之一的富勒神學院（Fuller Theological Seminary)資深教員小組，在與地方教會和水流職事站代表（水流職事站乃李常受、倪柝聲專屬的出版社）歷時二年的對話之后，于2006年1月15日發表他們的結論說：
地方教會及其成員的教訓于實行，在每一基本面，均體現出純正、合乎歷史、并合于圣經的基督徒信仰。 ……
我們發現，某些圈子的人對倪柝聲與李常受教訓之理解，與兩人著作中的實際教訓，有極大的差異。特別是李常受的教訓，受到明顯的曲解，以致常為一般基督徒大眾，特別是那些自稱福音派的基督徒所誤解。當我們公正地以圣經和教會歷史的角度，來查驗這些有爭議的教訓時，我們每次都發現，這些教訓具有重要的圣經與歷史根據。因此，我們相信，它們值得整個基督的身體，加以關注并考量。
全球最大并且最受推崇的護教機構─基督教研究院（Christian Research Institute），在經過長達六年的研究，讀過多本水流職事站出版品并實地走訪三大洲地方召會后，于2009年的《基督教研究院學報》中以“我們錯了”為封面標題，發表了一系列的文章，舉證說明地方教會的神學和實行是正統的，且遭受極大的誤解。結論中說，在中國“地方教會要在二十一世紀乃至更遠，在捍衛正統教訓并開展福音的事上，扮演重要的角色”。
此外，倪柝聲和李常受的屬靈貢獻兩度獲得美國國會議員表彰。2009年7月30日新澤西眾議員史密斯（Christopher H. Smith）在國會中肯定倪柝聲的成就。他說：
我今日起立發言，以肯定中國基督教界一位偉大先驅一倪柝聲其浩瀚的屬靈成就。倪氏雖已逝世30多年，但他的為人和事工仍然持續影響著中國上百萬的更正教基督徒。如今中國境外有超過三千處的教會，包括美國國內的幾百處，都將倪柝聲視為他們屬靈和神學的創始人之一。……中國有一億以上的基督徒，其中有數百萬基督徒認為自己是倪柝聲的屬靈后代。另有幾百萬基督徒因倪柝聲對全球基督教的貢獻（他是第一位對西方基督徒具有影響力的中國基督徒），和他對全球屬靈文化的貢獻為榮。
2014年4月9日，賓州眾議員皮茲（Joseph R. Pitts）在美國國會中向李常受致敬。他說：
今天本人要進而向倪柝聲最親密的同工李常受致敬。……自六〇年代初起，地方教會在李氏的職事下，于北美、南美、歐洲和非洲皆有顯著擴展。……在中國，從倪、李職事得著屬靈滋養和供應的，有近兩百萬信徒、數千處地方教會。……今天倪柝聲仍被標為“危險的反革命分子”，李常受也被官方列為“邪教頭目”。……中國非但不該詆毀兩位忠信神仆的名聲，反該將倪、李視為華人之光；二人所傳之道及其對群羊的帶領與政治無涉，而其杰出的影響卻已超越華語世界。……但愿中國政府轉而與我們一同稱揚倪柝聲和李常受對全世界信徒所作的貢獻。
眾議員皮茲呼吁中國政府稱揚倪柝聲和李常受對全世界信徒所作的貢獻後，似乎修正了一些中國政教關系學者，以及中國政府對李常受的看法。這可見于：在《體制教會與自由教會》（2017）一書中，中國政教關系學者王艾明指出“就中國的政教關系而言，我們要澄清圍繞著倪柝聲、李常受和召會（又稱，小群教會Little Flock，或地方教會Local Church）的三種誤讀，從而要做出相應的切割。可以說，甚至在很大的范圍和程度上，這三種誤解正在演繹成謊言和誹謗，并最終危及這一特殊的基督徒群體的聲譽和基本權利。” 第一種誤讀是：倪柝聲和李常受是地方教會的神、主和崇拜核心，因此，是基督教世界中的異端。根據西方福音派神學院和異端邪教運動在2000年代的研究，王艾明認同地方教會的教導與實踐，在每個方面都體現中，都真正且合乎歷史與基于圣經的基督教信仰。地方教會并不是異端教派，乃屬于正統。其次的誤讀是地方教會內部最重要和最隱秘的部分就是呼喊派，因此，是法律層面和社會學層面的邪教。王艾明引證，晚年的李常受意識到自己的名號和著作在中國大陸被一批違法犯罪集團冒用，多次公開明確反對一切形式的非法團體打著地方教會和他本人的旗號。王艾明總結地方教會不是政治性組織或團體，因此，也不是任何類型的邪教。
2017年9月中國反邪教協會網站（www.chinafxj.cn）發布的“高度警惕危害公眾的各種邪教”的邪教名單中，雖然仍可見“呼喊派”名列第三。 但相較于其他邪教組織，如法輪功（李洪志）、全能神（趙維山）、門徒會（季三保）、統一教（文鮮明）等等，唯獨“呼喊派”沒有列出頭目名字，并沒有再如過往一般把李常受稱為「呼喊派的頭目」。
從文革末期基督教大復興，成千上萬的人成為基督徒，各地家庭教會紛紛興起，到1980年三自復會，為了積極發展與各地家庭教會屢生沖突。在東陽和義烏發生的事件，導致了長達30余年的打壓“呼喊派”運動。經過30余年后，中國政府似乎開始修正了對李常受和地方教會的看法，不再把「呼喊派」視為李常受在海外所帶領并發展的地方教會。
李常受在海外領導“召會”以后，采用“呼求主名”、“禱讀”等“操練、釋放靈”的方式，被反對者蔑稱為“呼喊派”。中共政府在不公開的內部文件中，接受唐守臨、任鐘祥的說法，認定李常受是“呼喊派”創建者，執法部門把《圣經恢復本》及其注釋版、《晨興圣言》以及《生命讀經》等李常受著作等召會出版物定為邪教類違禁出版物并在執法中以其為識別“呼喊派”的部分依據。
許多召會人士均不承認召會與“呼喊派”概念的相關性，部分召會人士辯稱“呼喊派”只是對“常受主派”（實際由召會衍生）等邪教組織的統稱，而且召會人士自認為并無有關文件所說的那些嚴重破壞社會秩序的行為。
在聚會中有類似集體重復“呼喊”現象的部分中國家庭教會（“召會”人士也不承認自己的組織屬于“家庭教會”概念）和靈恩派團體，有時也被外界錯誤地稱作“呼喊派”。