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1932年8月宋哲元被南京國民政府任命為察哈爾省主席。1932年10月，馮玉祥由泰山到張家口。當時察哈爾省主席宋哲元是馮玉祥的老部下。中共北方政治保衛局接受馮玉祥的邀請，派張慕陶、吳化之、吳止戈等到張家口，組成“張垣特委"，協助馮玉祥共同發動抗日工作。1933年1月17日，中華蘇維埃共和國、中革軍委、中國工農紅軍總司令部發表宣言，宣告在停止進攻革命根據地、保障人民的自由權利、武裝人民的前提下，愿和全國任何系統的軍隊訂立抗日作戰協定，共同反對日本侵略者。
1933年1月3日，日軍侵占山海關，并占據熱河省，進攻長城各口，同時派遣偽軍劉桂堂7000多人、張海鵬1800人、李守信部6500人共約1萬6千多人進占察哈爾北部地區。1933年2月，日軍侵犯熱河時曾以一部逼近察、熱交界地區。1933年3月，軍政部長何應欽代理軍委會北平分會委員長。僅宋哲元部與日軍作戰。1933年4月，蔣介石在南昌發表談話：抗日必先剿共，如共未剿完，誰要抗日，應從嚴治罪。
1933年4月底，自古北口方向進犯的日軍逼近密云，何應欽急調傅作義部至昌平加強北平的防守，察哈爾省東部地區防務空虛，日軍乘機于5月11日侵占察東重鎮多倫，繼而侵占沽源。察哈爾省形勢日益危急。
1933年5月，日軍越過占領的冀東、平北長城各口，進至三河、寶坻、順義線，平津危急。中共廣泛發動平津的青年學生、晉冀魯豫的青年和一些主張抗日的部隊到張家口參加察哈爾抗日。馮玉祥的舊部吉鴻昌、方振武、高樹勛、孫良誠、張凌云、乜玉嶺等相繼赴張家口參加抗戰。從熱河退到察哈爾的東北義勇軍的馮占海、李忠義、鄧文、黃守中、姚景川、富春、戰濤等部也集結在馮玉祥的領導下繼續抗戰。
1933年5月，南京國民政府設立行政院駐北平政務整理委員會，委員長黃郛。
1933年5月下旬，長城抗戰失敗，冀東淪陷。日本兵臨北平、天津城下，仍不罷休。5月22日，關東軍參謀長小磯國昭對路透社記者聲稱：“日軍現在密云、唐山線暫停進攻，日軍以此進攻為消滅華軍攻擊長城之大本營，其軍事動作目前告一段落……為保衛滿洲國西境，日軍有進占張家口之必要。”張家口為察哈爾首府。侵華日軍在冀東得手后，又把侵略的矛頭指向察哈爾省。
在《塘沽協定》簽訂的前夕，1933年5月24日，馮玉祥召開了各方軍事首領的會議，決定以馮玉祥原部下和共產黨支持者為主組成察哈爾民眾抗日同盟軍，共有10萬人。并于5月26日舉行全省民眾御侮救亡大會，一致推舉馮玉祥為同盟軍總司令，并發出了就任察哈爾民眾抗日同盟軍總司令的通電。
在全省民眾御侮救亡大會上，明確提出了同盟軍的政治主張：
開設《抗日戰線》日報。通電當日，馮玉祥改組了察哈爾省政府，委任警務處長佟麟閣代理主席。吉鴻昌代理警務處長兼張垣警備司令，張允榮代理財政廳長。
1933年5月31日，何應欽與日本簽訂了《塘沽協定》。
1933年6月15日，根據抗日的形勢和民眾的要求，在張家口召開了抗日同盟軍第一次軍民代表大會。會上通過了抗日同盟軍綱領，以及有關軍事問題、財政政策、軍隊政治工作與協助民眾運動、軍事委員會組織大綱等決議案，選舉了抗日同盟軍最高權力機關——軍事委員會，推舉馮玉祥、方振武等11人組成軍事委員會常務委員會。馮玉祥任軍事委員會主席。到軍事委員會成立時，同盟軍愿意抗戰的部隊都給以名義，共有7個軍，9個獨立師，2個獨立旅，所屬有12萬人，槍10萬多枝。其基本力量的組成，包括了東北抗日義勇軍、熱河抗日民軍、察哈爾省自衛軍與抗日救國軍，以及馮玉祥的舊部等五部分。由于是各武裝力量的聯合和同盟，基本上保留了原來的組織和編制，也一律由原將領指揮。該軍隊的組織情況如下：
察哈爾抗日同盟軍總司令
雷季尚(陳國琛代理)
# 第1軍，軍長佟麟閣兼察哈爾省代主席，轄彭政國第1師、支應遴第2師（西北軍官學校改編）和劉克義獨立旅。7月25日，第24師富春部、第25師馬冠軍部也撥歸該軍節制。
# 第2軍，軍長吉鴻昌，轄周義宣騎兵第3師、徐榮華第4師、宣俠父第5師和李廷振第6師。
# 第6軍，于6月30日編成，軍長張凌云，轄乜玉嶺游擊師、胡云山騎兵第2師。
# 騎兵挺進軍，總指揮孫良誠，轄雷中田第1挺進軍、高樹勛第2挺進軍。
* 方振武領導的抗日救國軍（5月改稱西北抗日同盟軍第一路軍）。總指揮方振武，參謀長阮玄武/王晶周，參謀處蔡頤，副官處王相臣、葉在銘，政治部呂丹/孟昭習、郭云龍，軍需處朱家驥、唐理宏，參議處胡錫疇，秘書處孟蕓生，總參議宋湘青。轄：
# 第1軍，軍長張人杰，轄宋鐵林、杜光明、宋克賓第1、第2、第3師和崔國慶獨立旅、谷有祺獨立騎兵旅。
# 第4軍，軍長米文和（石友三部，在北平被方振武派人聯絡拉來），轄王中孚教導師（為方振武基本部隊）。
# 第5軍，軍長阮玄武，無基本部隊。馮玉祥調撥汲漢東第16師、許權中第18師（察哈爾民軍改編）歸屬該軍指揮。
# 第5路軍，總指揮鄧文（鄧文被刺死后，檀自新繼任總指揮）。該軍系黑龍江抗日義勇軍馬占山舊部改編而成，轄鄧文兼師長的騎兵第10師，檀自新的騎兵第11師，吳松林（后改霍剛）的騎兵第12師和郭鳳來、唐忠信的騎兵第21旅、步兵第1旅。
# 察哈爾的自衛軍，軍長張礪生。該軍由張北、商都、寶昌等縣的民團編成，轄張子光、曹漢相、白振寶第1、第2、第3師和王德重、焦樸齋第1、第2支隊。獨立第13師，師長任平治。
# 第18軍，軍長黃守忠，轄于立志第32師、譚世林第33師、閻尚元第34師。騎兵第4師，師長姚景川。
* 由蒙古、綏遠地方部隊編成的蒙古軍：
# 第1軍，軍長德穆楚克棟魯普；第2軍，軍長卓特巴扎普；自衛軍，軍長富齡阿。
* 由綏西土匪王英編成的游擊第1路也于5月參加了抗日同盟軍。山東貫匪劉桂堂曾一度投日，在抗日同盟軍成立時，派人向馮玉祥接洽反正，馮玉祥委任其為第6路總指揮。
# 馮庸（原熱河義勇軍）為第一軍獨立旅長
# 1933年5月，馮占海為第四路軍總指揮。馮部2萬人四路縱隊行進整齊，有較完整的炮兵營、騎兵營、工兵營和輜重營。馮部義勇軍當時已被改編為國民革命軍第六十三軍，受何應欽的脅迫，6月5日即奉命南下，脫離了同盟軍。
#李忠義（李海青）為十六軍軍長，
#黃守中熱河抗日救國軍改編為十八軍任軍長
# 耿繼周為第三十五軍軍長
# 乜庭賓為察哈爾抗日同盟軍獨立第四旅旅長
# 山西汾陽軍校調來的軍官和學生編為第二師。汾陽軍校的經費是宋哲元、張自忠接濟的。從建校開始,宋哲元就將汾陽軍校編為他領導的二十九軍的第二教導團,按月提供資金。支應遴為師長，政治部主任王沛南。下轄三個團。第一團由尹心田任團長,擔任張家口城防警衛;第二團團長賈振中;第三團團長周茂蘭。二、三團直接參加了收復康堡、寶康等失地的戰斗。
# 以汾陽軍校調去一部分人作為骨干，以平津學生和各地來張的青年編成第五師，以中共黨員宣俠父為師長；政治部副主任張曙時。
# 從汾陽軍校和各部隊調集骨干組成十八師，以中共黨員許權中為師長。政治部主任劉少文。
# 同盟軍干部學校校長張克俠。
二師、五師、十八師是中共特委直接領導的核心力量，二師政治質量好，武器也比較好，有二千多人。五師、十八師是新編成的，每師有七八百人，骨干強，但武器龐雜陳舊，但士氣高昂。這三個師的師長和團長除個別人外都是共產黨員，營連干部也大部分是中共黨員。為加強抗日同盟軍的領導，中共河北省委（順直省委）撤銷“特委”，改為前敵委員會(簡稱前委)，柯慶施任前委書記，前委委員劉少文。6月中旬，河北省委就傳達中央指示，要前委進行反日、反蔣、反馮玉祥的群眾運動。
抗日同盟軍甫告成立，察東局勢日趨惡化。
1933年6月1日，日飛機轟炸獨石口，4日敵陷寶昌，5日又侵占康保，張北危急，張垣震動。抗擊日本的軍事行動已刻不容緩。馮玉祥于6月20日作出部署：派方振武為北路前敵總司令，吉鴻昌為北路前敵總指揮，鄧文、李忠義為左、右副總指揮，統帥大軍北進，收復察東失地。
1933年6月21日，北路同盟軍又編成3個梯隊：鄧文為左翼第一梯隊，從左衛出發；李忠義部為右翼第二梯隊，從舊萬全出發；周義宣部為第三梯隊，從張家口出發。各部分頭北上，向日、偽軍展開進攻。22日，先頭部隊迫近康保，經過幾個小時的戰斗，偽軍崔興五部向東敗逃。同盟軍進駐康保，康保的李守信偽軍大部投降，小部潰逃走。
1933年6月23日，北路軍兵分兩路向寶昌、沽源挺進：左路軍吉鴻昌指揮鄧文、張凌云、張礪生自衛軍一部向寶昌進攻，右路軍李忠義部直趨沽源。30日，兩路軍分別迫近寶、沽。7月1日，駐寶昌的偽軍張海鵬、崔興五兩部被擊潰，李守信部和張海鵬部不敵，3000多人被殲滅或者打散，逃到多倫。抗日同盟軍占領寶昌。盤踞在沽源的偽軍劉桂堂懾于抗日同盟軍的凌厲攻勢，派人向吉鴻昌接洽，投誠反正。沽源亦被收復。
初戰告捷，抗日同盟軍士氣高漲，斗志旺盛。為了不讓敵有喘息的機會，吉鴻昌又率大軍乘勝東進，直搗多倫。此時多倫偽軍大約有5000多人。
1933年7月4日，吉鴻昌指揮同盟軍攻打多倫，方振武率部跟進。日軍顧問不允許李守信棄城逃跑，由于當時暴雨連連，加上多倫周圍有一些碉堡，經過三晝夜激戰，李守信部下傷亡一千多人，士兵紛紛準備逃散或者投降，日本顧問此時也怕李守信本人突然倒戈，就向李守信表示可以立即突圍。李守信即和吉鴻昌的代表聯系，希望放出一角讓他們走。當時抗日同盟軍已經攻城3天，傷亡了1600多人，補給也出現問題，為了防止李守信余部3000多人頑抗，同意李撤走。
收復多倫以后，馮玉祥在大會上說：抗日同盟軍收復察東四縣，有力地戳穿了不抵抗主義所宣稱的，日軍不可戰勝的謊言。多倫一戰，也讓一些歧途中的雜牌部隊被吸引而來。劉桂堂（即劉黑七）、湯玉麟都派代表與馮玉祥聯系。
但是同盟軍中的中共軍隊成分構成與其抗日行動并不符合蔣介石“攘外必先安內”的政策。蔣介石等國民黨上層人物十分仇視這支軍隊，必欲除之而后快。早在抗日同盟軍成立伊始，國民政府軍事委員會北平分會即下令斷絕平綏線上的客車通行。不久，國民黨當局派出鐵甲車向張家口逼近，并策動閻錫山屯兵于晉察邊界；《塘沽協定》簽訂之后，將馮欽哉、傅作義、龐炳勛部從平東調到察哈爾，向抗日同盟軍施加壓力；又調徐庭瑤第17軍、王敬久第87師到平綏線，形成圍攻的態勢。
國民政府行政院院長汪精衛于1933年7月18日在廬山發表談話，稱抗日同盟軍收復多倫，不是取自日本軍隊之手，而是取自偽軍之手，此等傀儡，何足一擊！并且在馮玉祥發出的捷報上批注了兩個字“無恥”。同時指責馮玉祥和中共勾結，試圖赤化察哈爾搞獨立。
同時，因為當時全面抗戰尚未爆發，蔣介石認為該軍妨害統一政令、破壞國策，更因為同盟軍有中共背景，遂令何應欽指揮16個師沿平綏線進攻張家口，并用金錢收買同盟軍的動搖分子。1933年7月31日鄧文被刺殺。方振武從山西拉來的抗日救國軍的張人杰的三個師又二個旅和熱河軍的五個師隨即也投靠中央。而中共方面一開始就有利用同盟軍消耗國民政府軍的企圖，另一方面蘇聯也不信任、不支持馮玉祥，反而認為馮玉祥是故意要挑撥蘇日沖突。蘇聯拒絕通過外蒙古通過察哈爾給馮玉祥提供軍火物資援助，要求馮部把部隊交給國民政府中央統一抗日。
1933年7月28日，汪精衛、蔣中正聯名發表時局通電，向馮玉祥提出四點最后通諜
# 清除匪禍，充實國力。
# 不簽訂割讓或承認條約，逾此限度，不惜犧牲。
# 需求國際同情與協助，但不縱橫捭闔。
# 察事盼馮玉祥接受四項原則，勿擅立軍政名義，勿妨害中央邊防計劃，勿濫收散軍土匪，勿引用共匪頭目。
何應欽增調王以哲、黃杰、王敬之等5個師，加上原有的龐炳勛、關麟征、馮欽哉的11個師，共16個師15萬人進攻張家口。
在日蔣夾擊和同盟軍內部混亂的情況下，馮玉祥被迫于8月2日發表聲明，表示不愿意內戰，希望宋哲元回察主持一切，馮本人進退不成問題，向中央政府示好。8月3日，馮玉祥宣布取消他同盟軍司令的頭銜，把察哈爾省府張家口讓給佟麟閣，迎接宋哲元回察哈爾收復權力。8月5日通電全國解散抗日同盟軍，政權交給二十九軍軍長兼察省主席宋哲元接收。在此期間內，日偽也乘機分路向察省進犯。1933年8月8日，日機轟炸沽源平定堡，南路日軍入侵沽源，北路日軍向多倫急進。經吉鴻昌率部抵抗，雖暫時阻止住日軍，但事態卻日益嚴重。宋哲元到察哈爾的第三天，1933年8月14日馮玉祥離開張家口回泰山隱居。
中國國民黨中央委員會隨即宣布了抗日同盟軍編遣方案：
# 委阮玄武為商都警備司令。阮各部共編為2個團，富春部編1個團，歸其指揮；（1934年，阮玄武任察哈爾整編第一旅中將旅長。1935年阮玄武任陸軍獨立第三十九旅中將旅長，駐懷來、延慶、康莊等地。1936年，移駐北平北苑。1937年，抗日戰爭爆發，阮玄武任北平地區防守司令，1937年7月底所部獨立第39旅在北平城被日軍繳械。）
# 委張凌云為康保、寶昌警備司令，乜玉嶺為副司令，所部編為2個團；
# 委黃守中為察省游擊支隊，所部編為2個大隊；
# 委劉桂堂為察東游擊司令，所部編為3個團；
# 孫良誠部編為1個團，暫歸張允榮指揮，孫即日通電宋哲元，自解兵權離察；
# 劉震東部編為1個團；
# 唐聚五部編為1個團；
# 張礪生由省府聘為顧問，所部解散歸還地方；
# 檀自新、張人杰、李忠義各部均照軍分會規定編制；
# 姚景川、蘇雨生、宋克賓、李子鐸各師擬分別編遣；
# 清鄉司令韓青芳部已下令解散；
# 馮玉祥部軍官隊4個大隊及佟麟閣部獨立旅約500余人均已遣散。
另擬方振武令其出洋，但他不愿離開軍隊。8月12日，宋哲元進駐張家口。8月14日，馮玉祥離開張家口。8月16日，方振武宣布接任察哈爾抗日同盟軍總司令。李守信部3000偽軍在7日已經逼近多倫，吉鴻昌部15日連夜不戰放棄多倫，多倫復被日軍攻陷。剩下的五萬抗日同盟軍也徹底瓦解，主力全部為宋哲元、商震收編。抗日同盟軍只剩下吉鴻昌和方振武的二支武裝，大約1萬5000人。
8月24日，中共前委領導的二師、五師、十八師在張北縣開了反妥協大會，堅持繼續抗日反蔣。正式公開共產黨在抗日同盟軍中的組織身份，并成立革命軍事委員會。常委由柯慶施、吉鴻昌、張慕陶、宣俠父、許權中等7人組成，柯慶施任書記，吉鴻昌任總指揮。同時決定部隊西開商都，然后出呼和浩特，再南下蔚縣，實現中央意圖--在河北省中南部地區建立新蘇區。當時不妥協的還有方振武的基本部隊王中孚教導師（轄3個團，方的抗日救國軍的兩個師長鮑剛、張人杰都先后投蔣），以及劉桂堂、湯玉麟等。方、劉、湯主張直接打到北平去，討伐蔣介石。
此時主力還有二師、五師、十八師、十六師。前委執行河北省委“開展工農群眾的反日運動，配合河北省各地工農群眾的革命斗爭，創造北方的新蘇區和紅軍”的指示。前委把十六師編給五軍，師長汲漢東企圖投蔣，被軍長阮玄武扣押，部隊縮編為一個團，隨阮玄武接收了宋哲元改編。二師師長支應遴是西北軍的老人，跟馮抗日可以，跟共產黨干紅軍就不可能了，結果二師被宋哲元改編。1933年8月26日，吉鴻昌和方振武分道揚鑣。吉鴻昌率領3000多人試圖去商都同抗日同盟軍高樹勛會合。但是高樹勛已經歸附中央，并且連同晉軍趙承綬出兵攔截，吉鴻昌先鋒部隊300人在戰斗中投靠中央。吉鴻昌無奈，只得轉進獨石口與方振武會合，部隊又折向東進。到獨石口后，8月27日前委就召開了黨的會議。宣布開除張慕陶的黨籍，理由是張右傾，影響了二師未執行前委的指示來獨石口會師，被宋哲元改編了。一起被開除黨籍的還有二師的黨委書記王霖，一團團長尹心田、二團團長賈振中，三團團長周茂蘭，共五人，但當時只宣布了張慕陶一人。在獨石口住了幾天，中共前委領導十八師為一路，吉鴻昌的五師與教導隊為一路，方振武部王中孚教導師為一路，3路分別東進。部隊經過熱察邊境的黑河（赤城縣東部的潮白河支流）二、四區東進，“抗日討賊”，南下攻打由何應欽所率中央軍重兵把守的北平，“打到北平過中秋”。沿途村莊稀少，部隊吃糧困難，有時只好在地里挖一些白薯和山藥蛋充饑。食鹽更缺，前邊的部隊把糧食都吃光了，后面的部隊就殺馬吃。
1933年9月10日，吉鴻昌、方振武、劉桂堂等在云州（今赤城北）召開軍事會議正式把抗日同盟軍整編為抗日討蔣軍。推方振武為總司令，湯玉麟為副總司令，劉桂堂為右路總指揮，吉鴻昌為左路總指揮。并決定從獨石口出發進攻密云、懷柔，約定在10月4日攻進北平。會后，抗日討蔣軍向北平挺進，方部右路軍在長城線以西沿白河向東南前進，吉部在長城以東經黑河挺進懷柔。兩部先后越過長城。9月20日、21日，吉、方兩部先后攻進懷柔、密云，部隊逼近北平。
平北戰役從9月下旬(中秋節前夕)到10月15日，共兩個多星期。9月23日到懷柔。9月26日日機4架轟炸。9月27日何應欽派萬福麟、商震部堵擊。五師、十八師加上方振武、吉鴻昌掌握的部隊共計六、七千人，處于何應欽的十幾萬部隊的層層包圍之中，10月2日柯慶施離開部隊，東北義勇軍總指揮戰濤在作戰中被商震第32軍機槍掃射中彈犧牲。中共黨員武止戈為吉鴻昌部參謀主任，在北平順義縣被日軍飛機炸死。吉鴻昌指揮騎兵、炮兵、步兵聯合作戰奪取了一三〇師朱鴻勛部據守的小湯山。劉桂堂和湯玉麟都宣布不和吉鴻昌合作。10月15日下午三點多鐘，獲悉方振武、吉鴻昌已離開部隊到商震的司令部，部隊交出去被收編；商震派五輛卡車拉著方、吉二人與隨行人員南下，何應欽收到蔣介石復電“吉放方辦”，立即派遣大批軍警在平北攔截抓捕方振武，方單人棄車潛逃天津租界再潛赴香港，車上的秘書長孟蕓生、秘書余燮陽等親信人員全部被捕，受酷刑折磨，孟蕓生因1933年3月代表方振武赴保定面見蔣介石的激烈抗日主張而在北平被處決，其他人員1935年底由主政華北的宋哲元釋放；北平商會會長冷家驥，奉蔣介石、何應欽之命通知剩下一千來人立即開到清河改編成獨立旅，由吉鴻昌的參謀長崔貢琛當旅長。當天晚上何應欽背信把這支抗日同盟軍繳械編散。
1933年底，方振武流亡香港，后在1941年太平洋戰爭爆發之后日軍占領香港，逃出香港入境廣東后被陳策奉命指派軍統特務于途中殺害。
1934年春，逃亡并隱藏在天津租界的中共黨員吉鴻昌，策動參加對中央蘇區第五次圍剿戰爭的舊部兩個師反蔣，并策劃在老家河南發起反蔣暴動，因而于11月9日在天津被租界當局逮捕，引渡給北平軍分會。后在北平被國民政府軍事法院“違反國策”罪判處死刑，于1934年11月24日執行槍決。
臺灣警備總司令旗
臺灣警備總司令部（簡稱臺灣警備總部、警備總部、警總）是中華民國政府曾在臺灣設置的一個公共安全維護機關，隸屬於中華民國國防部，為中華民國國軍的分支，在戰後便成立。其權責職司戒嚴地區衛戌、保安、後備軍事動員、文化審核檢查、入出境管制、郵電檢查、電話通訊監查定位監聽等任務，因任務兼具治安（包括出入境管理）、民事防護、軍事動員及情報治安色彩，在臺灣戒嚴時期是當時臺灣的八大情治系統之一（法務部調查局、國防部情報局、國防部憲兵司令部調查組、臺灣警備總司令部、國防部總政治作戰部、中國國民黨大陸工作會、內政部警政署、國家安全局）。1992年，警總改制為海岸巡防司令部，成為現今國防部後備指揮部與海洋委員會海岸巡防署之前身。
中華民國在實施緊急狀態或戒嚴的地區設置警備機關，為中華民國國軍的一個分支。歷來的警備機關之名稱不一，或稱戒嚴司令部、保安司令部、衛戍司令部等，任務龐雜，但皆「支前安後」。國共內戰時，中華民國政府將全國分為若干綏靖區，設立剿匪總司令部與警備司令部，依據
戒嚴地區之任務由當地部隊（剿匪總司令部、軍政長官公署、綏靖公署等，常以剿總為最高單位）劃分警戒區與接戰區（綏靖區，中華民國政府遷臺後改稱「作戰區」），並由警備部隊於警戒區實施軍事管制，但警備單位之設定並無明確法源，僅依賴軍事命令設立，因此解除臺灣省戒嚴令及廢除動員戡亂時期臨時條款後，警備總部成為黑機關，後來繼承之「軍管部暨海岸巡防司令部」也成為黑機關，直到海巡三法及相關法令通過後才解決。典型情況下，一個警備司令部下管若干警備區。
1945年10月25日，中國戰區臺灣省受降典禮後，臺灣省警備總司令部全體官兵合影
臺灣警備總司令部判決書封面
作為戰區警戒地之臺灣，亦設有「臺灣省警備總司令部」，最早為接受日本投降而設立於重慶。1945年9月，臺灣省警備總司令部於重慶市成立，任務是負責遣返日本在臺戰俘、接收臺灣與維持臺灣治安，首任總司令為陳儀。這是警總的最早前身。1947年，更名為臺灣全省警備總司令部，由彭孟緝中將出任總司令，正式於臺北市辦公。第一號命令是《臺灣省戒嚴令》。
臺灣警備總司令部將臺灣全境分為5個戒嚴區：
* 臺北市戒嚴區：以警備旅旅長任世桂兼任戒嚴司令。
*北部戒嚴區：包括臺北縣、新竹縣和基隆市、新竹市，以陸軍第六軍軍長戴樸兼任戒嚴司令。
* 中南部戒嚴區：包括臺中、臺南、高雄和彰化市、嘉義市、屏東市，以陸軍第八十軍軍長唐守治中將兼任戒嚴司令。
* 東部戒嚴區：包括花蓮縣、臺東縣，以憲兵教導第一團團長歐廷昌兼任戒嚴司令。
* 澎湖戒嚴區：包括澎湖群島全部，以陸軍馬公要塞司令部司令李振清中將兼任戒嚴司令。
中央政府在1949年退守臺灣後，當時由數個軍事單位（臺灣防衛總司令部、臺北衛戌總司令部、臺灣省保安司令部、臺灣省民防司令部）負責臺灣內部安全，因各單位事權重疊、功能矛盾，為統一事權，當時中央政府高層乃將幾個單位在業務、人員進行合併，成立「臺灣省警備總司令部」兼「臺灣軍管區司令部」。1949年初，臺灣全省警備總司令部改為臺灣省警備總司令部，由陳誠任總司令，彭孟緝為副總司令。5月20日，臺灣省警備總司令部宣布全省戒嚴。1949年秋，臺灣省警備總司令部奉令裁撤，分別成立東南軍政長官公署及臺灣省保安司令部，任命彭孟緝為保安司令。
1950年12月23日，臺灣省保安司令部為加強社會秩序管制，訂定《臺灣省取締流浪兒童暫行辦法》，以臺北市為試驗區，「由警察局及憲兵團會同辦理。」
1958年5月，陸軍總司令部將戒嚴業務轉移至新成立之警備總部，遷至東本願寺，將「臺灣防衛總司令部」、「臺灣省保安司令部」、「臺灣省民防司令部」及「臺北衛戌總司令部」合併編成臺灣警備總司令部，以原臺北衛戌總司令黃鎮球上將為臺灣警備總司令。8月，任黃鎮球為總統府參軍長，黃杰上將接任臺灣警備總司令。
1964年7月1日，國防部調整後備軍人動員體制，裁撤國防部動員局，成立臺灣軍管區司令部；臺灣軍管區司令由臺灣警備總司令兼任，高司機關雙全銜為「臺灣警備總司令部、臺灣軍管區司令部」。
1977年，國防部實施「靖安一號」專案，憲兵司令部納編原警備總部北、中、南三個警備營為憲兵第239、240、241營。
1991年，動員戡亂時期終止，時任國防部部長陳履安反對時任臺灣警備總司令周仲南上將之提議，周仲南提議將警總改制為參考以色列編制的「安全防衛司令部」。國防部藉周仲南出國考察之際，在1992年8月1日發佈命令，將警總改制為海岸巡防司令部（簡稱「海巡部」），全銜為「臺灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部」。1992年，全銜刪除「臺灣」兩字。
2000年，海巡部將部分業務移至新成立之行政院海岸巡防署，全銜改為「軍管區司令部」，之後又經過多次改制，成為今日之國防部後備指揮部。以歷史沿革而言，後備指揮部繼承警總之歷史，海巡署則被視為新司法警察單位。
臺灣（全）省警備總司令部
1945年9月1日—1947年5月9日
臺灣行政長官兼任。1947年2月28日，發生二二八事件。
1947年5月10日—1949年1月4日
1947年春季，全銜改為「臺灣全省警備司令部」。
1949年1月5日—1949年8月31日
1949年，全銜改為「臺灣省警備總司令部」。1949年4月6日，發生臺大與師範學院四六學潮。1949年5月19日，發生基隆中學事件。1949年7月13日，發生山東學生流亡案。1949年8月，「臺灣省警備總司令部」裁撤。分割重組成「東南軍政長官公署」及「臺灣省保安司令部」。
臺灣省保安司令部
1949年9月1日—1949年12月20日
1949年12月21日—1953年4月15日
臺灣省政府主席兼任。1952年12月29日，發生鹿窟事件。
1953年4月16日—1954年6月6日
臺灣省政府主席兼任。1954年，發生吳麗水案（臺南市委會郵電支部案）。
1954年6月7日—1957年8月15日
臺灣省政府主席兼任。1954年，發生郭廷亮匪諜案（孫立人兵變案）。
1957年8月16日—1958年5月14日
臺灣省政府主席兼任。
臺灣省警備總司令部
1958年5月15日—1958年8月14日
1958年7月，整合併編 臺灣防衛總司令部、臺灣省保安司令部、臺灣省民防司令部 及 臺北衛戌總司令部，成立「臺灣省警備總司令部」。
1958年8月15日—1962年11月30日
黃埔一期，1949年曾率軍轉戰西南進入越南，被法國殖民地政府囚居富國島4年，堅貞不屈、一心返臺故有『海上蘇武』之稱，以鐵腕樹立警總威望，使警總成為國內最具實權機構。1960年9月1日，發生雷震事件。
1962年12月1日—1964年6月30日
陳大慶在1957年國家安全局副局長任內（當年警總比國安局更具實權，國安局當年有將無兵、警總在蔣中正支持下，掌握國內情報治安實權），臺北天母發生「524」劉自然事件，因調派軍隊保護美僑，防止反美群眾殺害美僑有功，任內建立警總完整組織架構、情報佈建方式、任務職掌分工，使臺灣在1960年代在安全上成為固若金湯、密不透風的銅牆鐵壁，讓警總權力達到鼎峰。
臺灣省警備總司令部兼臺灣軍管區司令部
1964年7月1日—1967年6月30日
1964年7月1日，新編成立「臺灣軍管區司令部」。
1967年7月1日—1970年6月30日
黃埔四期名將。大陸時間率軍在湖南與共軍血戰七天、亦曾征戰南北，綽號：劉光頭，劉玉章戰功彪炳，評價多為耿直、誠實。任內發生「陳玉璽案」、「柏楊案」、「彭明敏潛逃事件」、「民主臺灣聯盟案」、「泰源事件」...等。因政戰勢力與科員勢力高漲使內部文化發生變化，已無法充分主控警總。
1970年7月1日—1975年4月6日
黃埔七期，在1950年金門古寧頭戰役中，率軍與共軍拼刺刀血戰三天的國軍英雄，任內承平無事。
1975年4月7日—1978年5月31日
1977年11月19日，發生中壢事件。
1978年6月1日—1981年11月30日
中央軍校十六期，任內政治事件多秋。1979年12月10日，發生美麗島事件。1980年2月28日，發生林宅血案。1981年7月3日，發生陳文成命案。
1981年12月1日—1989年12月4日
首位臺籍（半山）總司令。1982年，發生二二八受刑人案。1987年，發生巖灣絕食事件、綠島監獄事件。1989年，發生鄭南榕自由時代周刊案。
1989年12月5日—1992年8月1日
1990年7月21日，發生907事件（閩平漁5540號事件）。1991年7月21日，發生閩獅漁事件。1991年11月16日，發生郭廷亮命案。
軍管區司令部暨海岸巡防司令部
1992年8月1日—1996年6月30日
1992年7月31日24：00，「臺灣警備總司令部」裁撤，全銜改為「軍管部暨海岸巡防司令部」，司令由國防部人力司中將司長佔二級上將缺。
1996年7月1日—1998年1月31日
1996年7月，治軍以「風吹草不動」為原則，強力整頓軍紀，1997年軍事會議，因與參謀總長羅本立上將，因建軍理念不合求去：當時因岸際雷達預算（海神案）被立院刪除，李司令堅持原本就已精簡的海巡兵力應暫緩精實，以免人力不足導致海岸巡防任務出現漏洞，影響國家安全，未料當時參謀總長竟以一句「向總統報告過，不能更改」為由拒絕。李司令以「（單位）要人沒人、（裝備）要錢沒錢！」反批，為堅持軍人專業，而打報告請求退伍。
1998年2月1日—1999年1月31日
金門彈藥車爆炸事件後調任為陸軍總司令，任內主張以情報布建、儀器偵搜降低例行海防巡邏任務次數，並積極部屬新式的海岸監控系統。
1999年2月1日—2002年2月25日
2000年2月，「軍管區司令部」與「海岸巡防司令部」分割。
「海岸巡防司令部」移編重組為「海岸巡防署」，首任署長為警察系統出身的姚高橋。
2002年2月26日—2002年2月28日
海軍陸戰隊官科，中將副司令直接調升。因應國防二法施行，2002年3月1日起「軍管區司令部」改為「後備司令部」。就任時仍為中將，至2002年8月6日始晉升二級上將。2005年2月1日調任海軍總司令。
File:Flag of the Taiwan Garrison Command.svg|臺灣警備總司令部旗
File:Taiwan Military Reserve District Command Flag.svg|軍管區司令部旗
File:Republic of China Coast Guard (ROCCG) Flag.svg|海岸巡防司令部旗
Flag of the Coast Guard Administration of the Republic of China.svg|行政院海岸巡防署旗（非軍事單位）
File:Flag of the Republic of China Reserve Command.svg|國防部後備司令部旗國防部後備指揮部旗
警總的官兵臂章：三環分別代表「警備、治安、動員」，三個環節互扣，相輔相成，共同發揮整體力量，以推展警總任務遂行。
海岸巡防司令部的官兵臂章：中間為龍形徽紋（而非麒麟）。此龍實名為「應龍」，根據《廣雅》記載：「有鱗曰蛟龍，有翼曰應龍，有角曰虯龍，無角曰璃龍。」而應龍是上古時代幫助軒轅黃帝擊敗蚩尤的一頭黃金雙翼神龍。
海洋委員會海巡署的制服臂章。可以看到代表警察的鴿子、海關的天秤與海巡部的應龍。
後備司令部和後備旅臂章。上方為篆體的「後備」二字。
:〈警備之歌〉
我們是警備鬥士，我們是反共中堅，
治安、民防、動員、警備任務要完成。
敬袍澤，愛百姓，負責任，同敵愾，
鞏固復國基地，支援戰鬥前線；
思同心，行協力，志互勵，學相勉，
鞏固復國基地，支援戰鬥前線。
*警備處：中央政府衛戍安全、各縣市警備治安、山地管制、海岸警備、橋樑安全、金融安全督導會報、工業安全督導會報、礦業安全督導會報、重要民生物質物價督導會報、反恐怖活動。
*保安處：情治會報主管機關，負責國內情治會報，各地區設有保安處調查組，負責國內政治偵防、檢肅流氓、治安偵查、反間諜活動、反破壞及反恐怖活動調查。另設有保安特勤隊，負責特種勤務行動支援及支援要員保護。1982年保安處調查組破獲臺灣治安史最大槍械走私案〈屏東林邊槍械走私案，保安處協同法務部調查局成功破獲滲透臺灣、菲律賓軍火走私集團〉，1991年「大慶專案」、「龍洞專案」、「美心專案」...保安處調查組均成功滲透走私集團，破獲大陸重慶兵工廠槍械走私（紅星、黑星手槍及AK47衝鋒槍）及泰國海洛因磚的500公斤走私，『擺閒棋、佈冷子』-長期安樁佈點，為保安處特性。
*特檢處：下有33個特檢組。地區郵局設安全檢查組（解嚴後更名為防暴組），派駐郵局專責特殊郵件、包裹攔檢、郵包炸彈檢扣，曾多次攔截郵包炸彈、國外郵寄毒品、臺灣獨立、中國共產黨潛伏人員、國際犯罪組織祕密通訊信函。
*檢查管制處：下有3個機動查緝組。國內各機場及港口安檢查察、匪貨鑑識、重要民生物質入出境管理、航空輪船安全維護、貨櫃查察，1970年代國內航空器設空安人員，負責反劫機。其中負責港口檢查的港區檢查處於1988年12月裁撤，任務移交內政部警政署執行。
*特種調查室：特種偵查、器材監偵、專案調查、校園安全，特調室編製設有情治單位最專業跟監追蹤部門（跟蹤隊，俗稱：小狗隊），擁有亞洲最優秀的專業跟蹤人才、跟監技術、追蹤經驗及追蹤器材設備，支援保安處實施跟監。奉國防部1970年9月7日(59)幄左字第1693號令轉奉行政院臺(59)法7774號令辦理，擴編臺灣警備總司令部一個調查組並自1970年9月16日正式編成生效。其任務權責及工作推行，悉依國家安全局(59)維寧字第3248號函辦理。少將三級主任員額，由臺灣警備總司令部警備研究委員會少將委員乙員改設。
*海外聯絡室：負責海外情報、海外策反，編製有香港、泰國、新加坡、菲律賓等工作站，跟中華民國駐外大使館有業務往來，1980年代與美國緝毒局在緝毒有密切合作。警總雖然是國內最高情報治安機關，但其情報網觸角遍佈海內外（包含最封閉的朝鮮（北韓）、寮國、緬甸、港澳、泰國、新加坡、印尼、日本、美國等地）。
*漁事工作處：漁事情報、大陸海飄作業、匪漁貨鑑識查處、設有商貨櫃輪派設通信報務員、漁業電臺漁民服務。
*電信監察處：設有9個電監組及3個偵測中心。負責電信設備進出口管理、鑑測，有無線電監偵、電波通信訊號攔截、定位、破譯、配備有移動式訊號監測車，下轄通信營，營部設於新店大崎腳（解嚴後電監處設備、人員移撥國防部電訊發展室、軍事情報局電信技術室，部份人員並派往海外參與美國國家安全局NSA在蒙古國、印度、大韓民國、吉爾吉斯、泰國、加拿大...，進行絕密任務監聽任務，可攔截訊號、電話、電腦、電郵、手機、傳真及密碼破譯）。
*軍法處：位於臺北縣新店市秀朗橋頭，或稱為景美軍法處。依〈臺灣地區戒嚴時期軍法機關自行審判及交法院審判案件劃分辦法〉對戒嚴區實施軍法審理。
*職業訓導處：下轄四個職訓總隊，負責流氓管訓、職業慣竊保安工作處分。職一設於臺北縣坪林，職二設於臺東縣巖灣，職三設於臺東縣泰源，職四設於臺東縣東成。
**原警總職業訓導處所屬四個職訓總隊番號移交（轉）情形，如下：
**原職訓坪林第一總隊（坪林山莊）：於1989年8月番號轉移原東成第四職訓總隊，僅保留職訓中心，職訓中心戒護業務歸東成職一管理。1992年7月警總裁撤後營產移交國防部，職訓機具移交三星舊宜監。該址停用十餘年，期間由綠島勵德班裁撤後之保安處分隊進駐短暫使用過。於2004年移交法務部整修啟用，供煙毒戒治之用，因汙水問題無法解決而無法使用。
**原職訓巖灣第二總隊（行仁山莊）：仍保留職訓第二總隊建制至1992年7月1日移交法務部。
**原職訓泰源第三總隊：1988年1月15日移交法務部，番號同時移轉至綠島地區警備指揮部。所屬第一大隊-清水農場習藝所裁撤。
**原職訓東成第四總隊（東成山莊）：營區前臺九線的公車站牌叫「澱粉」，當地地名是「斑鳩」。1989年8月接收原坪林第一職訓總隊番號，異動為職訓第一總隊，兼管坪林職訓中心。1992年7月1日移交法務部。
**綠島地區警備指揮部所屬第十一、第十二大隊（綠洲山莊、自強山莊）：1988年1月15日接收原泰源職訓第三職訓總隊番號，異動為綠島職訓第三總隊。為保安處分強制工作執行處所，原為甲、乙級常業竊盜矯正處分收容處所，第十一大隊  為莊敬營區，即位於綠洲山莊旁東側以高牆區隔，內有莊敬樓、中正堂舊址。原址是以前的”新生訓導處”。警總裁撤後，營區改為軍管區"興安招待所"(後移交憲兵改名"梅荷招待所")，並由營區警衛憲兵連(240B)進駐做為憲兵生活區。民國90年營區移交交通部觀光局，現為人權園區一部(仿建新生訓導處第三大隊時期營舍與蠟像館)，遊客可自由參觀
第十二大隊  為自強營區，位於公館村蘆鰻溝，即莊敬營區東側，轄1、2、3 三個中隊部，原址是以前的”新生訓導處”。營區大門右方轄一傘兵排為營區安全防範。民國76年底曾發生震驚一時的綠島暴動，有十一名隊員喪生。原址在移交法務部後於82年將舊建物悉數拆除，並斥資六億改建”綠島技能訓練所”，於84年重新整建為新址，並改名為”進德山莊”。民國91年法務部將技訓工作遷出，原址目前廢置中。
十三大隊綠洲山莊，即為新生大隊，國防部軍事監獄（感訓監獄）位指揮部行政大樓後方八卦樓，收容戒嚴時期軍法判決政治犯，收容人不稱隊員，而叫”新生”。解嚴後非軍人轉移法務部綠島監獄執行。民國77年原職訓第三總隊移交番號由綠島指揮部啣接使用，至民國81年警備總部裁撤更名為”感訓第三總隊”，民國82年2月1日，軍管區司令部綠島指揮部暨感訓第三總隊番號撤銷，軍保處分強制工作大隊移交憲兵司令部於原址賡續執行。82年7月，位於綠洲山莊內的軍保處分勵德中隊發生陳世偉命案，民國85年勵德中隊遷出，營區撥交法務部臺東看守所綠島分所使用，86年法務部擬改建為綠島監獄綠洲分監，經立委施明德等建議下停用，89年11月移交交通部觀光局成立綠島人權紀念園區，現遊客可進入參觀。
*動員處：後備軍人教育點閱召集工作。
*後勤處：全軍後勤、車輛調派、油料、械彈、糧秣、被服補給，下設 經理隊 負責執行。
*政治作戰部：下轄政一處~政五處，設置政六處負責文化審檢、書刊雜誌出版物審查（政戰特遣隊奉令支援政六處進行禁書查禁）、電影出版品審查，裁撤後業務主要移交行政院新聞局。
**白雪藝工隊：文化宣慰。另有警總交響樂團，即是國立臺灣交響樂團的前身。
**反情報隊：反滲透、社會調查、政治偵防、新進人員安全查核，警總裁撤後後全數為海岸巡防司令部接收。
**北部地區警備司令部（原駐地為 桃園縣桃園市介壽路322號「天池營區」，1990年12月20日移防至 臺北縣中和市秀峰街129號「秀峰營區」，秀峰營區現為海巡署金馬澎分署）。
**中部地區警備司令部（原駐地為 臺中市北屯區愛國西路78號（現為臺中憲兵隊），因油庫佔用民地敗訴後面積不敷使用，於1985年移防至 臺中市西屯區青海路二段111號「青海營區」，青海營區現為臺中市後備指揮部）。
**南部地區警備司令部（原駐地為 臺南縣新營市埤寮里59之9號，1976年移防至高雄市壽山之「延平營區」，高雄市鼓山區忠義路27號）。
**東部地區警備司令部（原駐地為 花蓮市中正路643號「誠正營區」(中正橋北邊)，現為東部軍事法院和軍事檢察署、花蓮憲兵隊。1991年7月再移防至 臺東縣巖灣）。責任區：北起與宜蘭交界的大濁水溪，南至臺東大竹篙溪。大竹篙溪以南則為南部地區警備司令部責任區。
各地區警備司令部依各縣市別，下轄若干警備分區指揮部。新竹和嘉義警備分區指揮部未冠以縣市別。而警備分區指揮部多由團管區司令部兼，這意謂著也有下兼警備分區指揮部的團管區司令部，例如：臺北市團管區司令部。警備分區指揮部下設一個警備科，相當於陸軍裡的作戰科。裡頭有個戰情中心，設有警備值日、動員值日和政戰值日，也就是說這三個科處的參謀軍官要輪流排值日，排到的人，整天都待在裡頭，所以裡面有三張床。警備科對外負責掌握警備分區內之治安事項，排定山、海防之督導，對內則負責勤務排之教育訓練，以及自衛戰鬥演習。這個科裡頭有許多憲兵官科的軍官。
**綠島地區警備指揮部：國防部1970年7月7日(59)幄左字第1300號令核定 自1970年8月1日零時撤銷臺灣警備總司令部新生訓導處番號，改編為綠島地區警備指揮部，下轄兩個獨立職訓大隊，首任指揮官為高篤倫少將。
**蘭嶼地區警備指揮部：1975年7月1日成立，員額來自同年裁編之警備開發總隊。指揮官係上校缺。營區已拆除，另興建為蘭嶼鄉公所鄉代會大樓。
**小琉球地區警備指揮部：1975年7月1日成立，員額來自同年裁編之警備開發總隊。指揮官係上校缺。
*軍犬育訓中心：1957年設於 現今臺北市景美羅斯福路五段236巷（臺北捷運松山新店線萬隆站1號出口）處，後移至 臺北縣土城市臺灣省仁愛教育實驗所（匪諜叛亂犯實施感化教育的地方，新北市土城區仁愛路23號，現為新北市後備指揮部），1994年12月再遷至臺中縣后里鄉后里馬場旁的七星崗營區（臺中市后里區寺山路116號），負責軍犬訓練、培訓、繁殖。現為財政部關務署海關緝毒犬培訓中心。
橋隧連是警備總部擔負全國重要鐵公路橋樑、隧道（臺北市聯外公路橋樑例外，由國防部憲兵司令部臺北憲兵隊負責；但鐵路橋樑仍由警總橋隧連負責）安全防護專責部隊，其前身係四個警備總隊轄下負責橋樑隧道守備的直屬中隊。依1983年警備總部《防堡字第０七二一號令》，對鐵路三百公尺以上、公路六百公尺以上之橋樑、隧道，計八十七座，以一０三個班駐守，計使用七個中隊，兵力一七０四員。1984年「鵬程專案」後，橋隧中隊改組整編為橋隧警備連並改隸各地區警備司令部管制。
橋隧連直屬各地區警備司令部（狀況三生效時依固安作戰計劃改由所在地的陸軍各作戰區管制），下設四個排，連長係少校缺，全國共計七個橋隧連，分屬四個地區警備司令部，除南警部外，各轄兩個橋隧連。
1990年12月9日 「橋精演習」生效，裁撤一０二、二０一、三０一、四０二等四個橋隧連，併重新調整另三個連的編制與部署，計裁九四三員同日生效。餘下三個橋隧連於1992年再以兩階段方式裁撤，4月1日裁撤三個橋隧連的十八個班哨，7月1日裁撤三個橋隧連的連部及十二個班哨，至此橋隧連走入歷史。橋隧安全守護任務，由內政部警政署奉令接手辦理，鐵路部分移交內政部警政署鐵路警察局採機動巡邏方式防護，公路部分則由各縣市警察局轄區派出所/分駐所負責巡邏。
（一）橋隧警備第一０一連：連部位於 宜蘭縣蘇澳鎮中山路一段264巷底（營區土地多為私人所有，營舎早已拆除，現為空地～附近居民的停車場），1990年12月9日「橋精演習」後之編制為205員，13座班哨，每班編制11～13員。責任區：宜蘭縣轄內臺灣鐵路管理局北迴線、宜蘭線之重要橋樑及隧道守護，1990年12月9日「橋精演習」調整部署向北接收橋隧一０二連位於臺北縣舊草嶺隧道北口、三貂嶺隧道南口、福住隧道北口之臺鐵宜蘭線三個班哨。1992年4月1日裁撤四個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩九個班哨。
（二）橋隧警備第一０二連：連部位於 新竹市崧嶺路122號 客雅山莊（後改為 新竹大陸人民收容中心，簡稱新竹靖廬，現由內政部移民署使用中）。責任區：基隆市、臺北縣市、桃園縣、新竹縣市轄內之重要鐵公路橋樑及隧道守護。1990年12月9日「橋精演習」裁撤，同日臺北縣境內 草嶺隧道北口、三貂嶺隧道南口、福住隧道北口 三座班哨移交予橋隧一０一連。
橋隧警備第二０一連：由 警備第二總隊直屬第二中隊改編而成，連部原位於臺南縣官田鄉臺鐵拔林車站旁的拔林營區，1988年遷至高雄市金獅湖旁的覆鼎金營區（營舍早已拆除重建，現為高雄市後備指揮部，地址：高雄市三民區武功巷52號）。責任區：曾文溪到屏東林邊溪之重要鐵公路橋樑守護，因臺南、高雄、屏東為平原地形，所以僅有橋哨班，無隧道班。1990年12月9日「橋精演習」裁撤。
（一）橋隧警備第三０一連：前身為 澎湖獨立警備第十一大隊第三中隊，1980年年中自澎湖西嶼移防花蓮縣玉里鎮玉里國中旁之玉里南營區，整訓後編成警三總隊直屬中隊，擔任橋隧警備任務。1984年7月1日「鵬程專案」改編為橋隧三０一連，並將連部由花蓮縣玉里鎮玉里南營區遷至 臺東縣關山鎮崁頂路的崁頂營區（三軍共用營區～砲兵基幹營、潛龍臺、橋隧連連部，營舎已於2009年拆除）。責任區：從臺十一甲線的臺東大橋班到臺鐵花東線的光復隧道北口班，1990年12月9日「橋精演習」裁撤，同日將臺鐵花東線光復隧道的光復南口、北口兩個班哨移交予橋隧三０二連。
（二）橋隧警備第三０二連：連部曾分別在 花蓮縣新城鄉三棧社區、花蓮縣鳳林鎮（營舎已拆除改建為 鳯林鎮戶政事務所）、花蓮高工旁的警興營區，後於1989年由警興營區遷至東警部內。責任區：從花蓮縣和平到壽豐間之重要鐵公路橋樑隧道守護，1990年12月9日「橋精演習」調整部署向南接收橋隧三０一連位於臺鐵花東線光復隧道南口、北口兩個班哨。1992年4月1日裁撤五個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩五個班哨。
（一）橋隧警備第四０一連：由 警備第四總隊直屬第一中隊改組整編而成，連部曾分別在苗栗縣銅鑼鄉 臺鐵銅鑼車站旁、臺中縣后里鄉后里馬場旁的七星崗營區、三義鄉大安溪橋旁的鯉魚潭班哨（現由三義鄉鯉魚村辦公室、鯉魚社區守望相助隊使用中），1991年遷入中警部內。責任區：北起中港溪，南迄大甲溪。1992年4月1日裁撤四個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩三個班哨。
（二）橋隧警備第四０二連：由 警備第四總隊直屬第二中隊改組整編而成，連部位於彰化縣二水鄉 臺鐵二水車站附近（營舍早已拆除，原地改建，現為 彰化縣二水鄉立托兒所，地址：彰化縣二水鄉山腳路二段64巷17號）。責任區：北起大甲溪, 南迄八掌溪。1990年12月9日「橋精演習」裁撤。
1964年4月20日奉國防部《明智字第０一四七號令》訂定公佈「臺灣地區鐵路公路沿線橋樑隧道防護細則」，1992年9月25日奉國防部《伸信字第六五二八號令》發佈廢止。
施行期間多次檢討派駐標準，臚列如下：
一、橋隧連，對於下列標準之橋隧，須派出部隊駐守，其兵力通常為一個班。
（一）鐵路橋樑隧道，長度在300公尺以上；公路在600公尺以上者。
（二）易遭破壞，且附近無其他橋樑或道路可資繞越又不易開設便道者。
（三）檢修困難者。
二、同一河川之橋樑、或綿亙連接之隧道在300公尺半徑內，可以一個駐守部隊兼顧。
三、凡未派隊駐守之鐵路、公路沿線橋隧，應由附近之警備分區負責游動巡邏。或由各縣市警察局指揮民防隊隊員機動巡邏；或督導附近居民負責監護。
橋隧連所管制的橋樑，以橋墩或橋支架物的左右兩側最外邊起算，50公尺內不得有任何人為植栽或建築物。橋墩300公尺內，禁採砂石或採礦。
1.哨兵手中不離槍，監視前後左右方。
2.裝具攜帶須齊備，儀容姿態要端莊。
3.鐵路橋隧火車走，勸阻行人莫亂闖。
4.守護橋隧若損壞，最快方法告站方。
5.還要派人兩端去，插起紅旗將燈亮。
6.攝影測繪須核準，危險物品勿攜放。
7.油管通信和電力，兼護方法要週詳。
8.橋墩三百公尺內，禁採砂石或採礦。
9.路局員工來作業，驗證登記是應當。
10.發現可疑人和物，仔細盤查莫擅放。
11.遇有歹徒施破壞，相機捕捉或槍傷。
12.嚴守崗位盡責任，加強警備安後方。
1.我為橋隧警備第OOO連派出之衛兵，位置於此。
2.我的任務為糾察出入營區官兵服裝儀容不整、逾時歸營及禮節不週者，並查驗出入物品及執行人車出入管制，維護責任區內安全。
3.通行於油庫附近人車應特別注意。
4.敵空襲（降）就地監視並回報連部轉達上級、通知友軍。
5.連絡方法晝夜均為電話、電鈴或哨音。
1.我為橋隧警備第OOO連第O排第O班派出之副哨衛兵，位置於此。
2.我的任務是維護營區安全、應變突發狀況、反應緊急事故、管制人員出入。
3.我的監視區域為前至大門入口一線，後至圍牆一線。
4.敵空襲（降）就地監視並回報排部轉達上級、通知友軍。
臺灣警備總司令部於臺灣本島曾經設有四個警備總隊，分別為警備第一總隊、警備第二總隊、警備第三總隊、警備第四總隊，負責警備區域內之山防、海防、河防和橋樑隧道守備任務。另於澎湖置有獨立警備第十一大隊、獨立警備第十二大隊，擔負澎湖海防守備任務。四個警備總隊和兩個獨立警備大隊均直屬警備總司令部。總隊長係上校編階，大隊長及獨立警備大隊長則係中校編階。
由於直屬總部，所以各警備總隊的轄區未必與各地區警備司令部轄區相同。
*警備第一總隊：1959年7月1日由臺灣省保安司令部所屬的民防第一、第二總隊改編而成，隊徽以盾形警總臂章另加上「公」字以示區別。下轄四個警備大隊、兩個直屬中隊、一個本部中隊、一個海上警備中隊，每個大隊再下轄三個中隊，中隊之下再設分隊。責任區：中港溪以北到臺北基隆一帶的山防、海防、河防等。總隊部位於新竹市崧嶺路122號 客雅山莊（總隊裁撤後先後為橋隧一０二連連部、新竹靖廬，現由內政部移民署使用中）。1984年5月1日「鵬程三號專案」改組寄編為陸軍步兵第二二六（關渡）師警備步兵第六七九旅，一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍。改組寄編時保留橋隧中隊，改編為 北部地區警備司令部橋隧警備第一０一連、一０二連，改隸 北警部管制。
*警備第二總隊：1959年7月1日由臺灣省保安司令部所屬的民防第三總隊改編而成，隊徽以盾形警總臂章另加上「勤」字以示區別。下轄三個警備大隊、一個直屬中隊、一個本部中隊、一個海上警備中隊，每個大隊再下轄三個中隊，中隊之下再設分隊。責任區：曾文溪到屏東一帶的山防、海防、河防等。總隊部原位於屏東縣林邊，後遷至 高雄市金獅湖旁覆鼎金營區（營區早已改建，現為高雄市後備指揮部）。1984年3月1日「鵬程二號專案」改組寄編為陸軍步兵第一一七（仁美）師警備步兵第三五二旅，一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍。改組寄編時保留橋隧中隊，改編為 南部地區警備司令部橋隧警備第二０一連，改隸 南警部管制。
*警備第三總隊：1959年7月1日由臺灣省保安司令部所屬的民防第四總隊改編而成，隊徽以盾形警總臂章另加上「廉」字以示區別。下轄三個警備大隊、一個直屬中隊、一個本部中隊、一個海上警備中隊，每個大隊再下轄三個中隊，中隊之下再設分隊。責任區：宜蘭、花蓮到臺東一帶的山防、海防、河防等。總隊部原位於臺東縣巖灣，後遷至花蓮市美崙 警興營區。1984年7月1日「鵬程四號專案」改組寄編為陸軍步兵第二六九（楊梅）師警備步兵第八０八旅（三個大隊改為步兵第十、十一、十二營），一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍，就地改納入陸軍步兵二一０師。改組寄編時保留橋隧中隊，改編為 東部地區警備司令部橋隧警備第三０一連、三０二連，改隸 東警部管制。
*警備第四總隊：成立於1966年1月1日，隊徽以盾形警總臂章另加上「明」字以示區別。下轄三個警備大隊、三個直屬中隊、一個本部中隊、一個海上警備中隊，每個大隊再下轄三個中隊，中隊之下再設分隊。責任區：北起中港溪，南迄曾文溪一帶的山防、海防、河防等。總隊部位於臺中縣后里鄉后里馬場旁七星崗營區。1983年7月1日警備總部「鵬程一號專案」生效，改組寄編為陸軍步兵第二九二（苗栗）師警備步兵第八七七旅（三個大隊改為步兵第十、十一、十二營），一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍。改組寄編時保留橋隧中隊，改編為 中部地區警備司令部橋隧警備第四０一連、四０二連，改隸 中警部管制。
*獨立警備第十一大隊：前身為1969年10月1日增編的警備第十一總隊第三大隊(駐澎湖)，1970年3月1日撤銷警備第十一總號番號，其原轄警備第三大隊(駐澎湖)修正為獨立警備第十一大隊。獨立警備第十一大隊下轄三個中隊。防區為澎湖馬公本島，大隊部先後為位於澎湖縣馬公鎮明遠路46號的明遠營區〈位於縣政府後方，今澎湖憲兵隊營區〉，後遷至馬公鎮光明路的光明營區，1982年再移防至湖西鄉。1984年9月1日陸總《防堡字令》，併與獨立警備第十二大隊改組寄編為陸軍步兵第一六八師步兵第十營，一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍。
*獨立警備第十二大隊：成立於1969年，下轄三個中隊。防區從白沙到西嶼及所有的大小離島，大隊部原在澎湖縣西嶼鄉，後遷至白沙鄉後寮村煙墩山。1984年9月1日陸總《防堡字令》，併與獨立警備第十一大隊改組寄編為陸軍步兵第一六八師步兵第十營，一切任務同前，於駐地繼續海岸警戒任務。1985年10月1日「永固專案」生效，寄編番號取消，正式納編於陸軍。
警備學校前身為警備總部幹部訓練班，成立於1958年12月1日，原址於臺北縣新店市大崎腳營區，亦即青溪山莊（就在法務部調查局展抱山莊的斜對面），主要任務為培育警備幹部，為配合建軍及任務發展需要，於1981年7月16日，奉國防部核定將位於臺北縣淡水鎮忠莊之前國防部情報學校編配臺灣警備總司令部，至1983年6月1日與幹訓班併編（幹訓班同時裁撤），並於同年11月1日正式定名為警備學校。軍事院校應屆畢業生分發抽中警總學生，畢業前須先至警備學校接受分科教育，以便瞭解警備、保安、特檢、特調、漁事等警備總部戒嚴時期之工作，以及臺灣軍管區司令部負責之後管、動員任務。
1991年5月1日動員戡亂時期終止，一年之後，臺灣警備總司令部於1992年8月1日零時裁撤，警備學校校名則奉國防部1993年5月7日令更名為後備動員管理學校，隸屬軍管區司令部，並配合預算年度自1993年7月1日生效迄今，負責培育全軍之動員後管專業幹部。2002年3月1日軍管區司令部為因應國防二法施行，更名為後備司令部，後備動員管理學校校名及組織架構均維持不變，繼續負責後備司令部各級幹部教育訓練及後備幹部訓練工作及代辦地方各級役政、警政、戶政與動員作業相關幹部訓練任務。
警備總部所屬警備開發總隊，原定名稱是警備生產總隊，成立於1961年7月16日，裁編於1975年。目的在於負責臺灣東部公有土地之開發及一般設施之興建，以養成待退除役官兵之就業技能。在作戰時以警備任務為主，非作戰時以開發任務為主。警備開發總隊之編成人員，來自於不適服現役之陸海空軍士官兵，此處指的自然是大陸來臺的士官兵，且以陸軍士官兵為主。為此，陸軍特別成立輔導總隊，並於1961年首次撥交警備開發總隊510員，並以八個中隊缺員編成就緒。其後之第二批和第三批，均各撥交警備開發總隊1500員。警備總部共有兩個開發總隊，其中警備開發第一總隊位於花蓮縣吉安鄉光華村，其成員退伍後多定居於此，亦多與阿美族女性締結連理。警備開發第二總隊則位於臺東縣臺東市知本，從修築利嘉溪堤防，開發荒地，一路演變至今日之行政院國軍退除役官兵輔導委員會臺東農場知本分場。
警總蛙人部隊，簡稱海上隊，編制於各警備總隊，負責執行近岸海上警備任務，義務役士兵為三年役期，完成海軍陸戰隊屏東龍泉營區新兵訓練後分派警總再接受九個月專長訓，「鵬程專案」後改隸各地區警備司令部。1986年9月16日零時起，移交國防部軍事情報局，隸屬軍事情報局海上工作隊，但仍受警總作戰管制，亦仍執行原任務。
* 警備總部採軍文職混編，軍職來源：陸軍軍官學校、憲兵學校、政治作戰學校、國防部情報局、各軍種現職軍士官、安全幹部訓練班（招考國內大學畢業生到青溪山莊接受專業情報訓練一年，派發保安、特檢、特調、檢管、電監..等單位）、義務役士官兵。文職來源：中央警官學校應屆畢業生、外部招考國內外大學院校畢業男女生、軍事情報單位具有特殊專長退休轉任。
* 海岸巡防司令部時期，軍職來源與陸軍類似，主要來源為陸軍軍官學校、政治作戰學校、後備動員管理學校、陸軍預備士官以及其他業務、情報學校單位等，士官兵來源則與陸軍類似，志願、義務役士兵由陸軍新兵訓練中心代訓後，經過選兵或抽籤程序進入軍管海巡部，至各指揮部所屬銜接單位進行銜接訓練後分發下部隊。士官可分為領導士官以及業務士官，但因基層部隊人數精簡，實際上領士與業務士運用上並沒有區分。步科預官主要在鳳山陸軍步兵學校受訓、下部隊後通常佔區隊長或哨長職務，士官訓主要在後備動員管理學校以及海湖分隊哨進行，軍犬士則在臺中后里受訓，其餘各科均如陸軍，在其專門學校受訓。另，海巡亦有伍長制度，伍長佔上兵缺，由各大中隊自行實施訓練。義務役士兵退伍後，亦劃歸戶籍所在地團管部（後備司令部）以步槍兵列管動員。
臺灣警備總司令部繼續執行戒嚴令，直到1987年7月14日，時任中華民國總統蔣經國頒布總統令將戒嚴令取消。1991年4月30日，總統李登輝宣布動員戡亂時期終止。該軍事組織於1992年8月1日零時改制為海岸巡防司令部和軍管區司令部。
*海岸巡防司令部負責海岸巡邏任務，近期改制為海洋委員會海巡署。
*調動軍事後備部隊的下屬單位被改制為軍管區司令部，近期改制為國防部後備指揮部。
*用於電話竊聽和無線電監視的電子情報部門已分配給國防部軍事情報局。然後，將禁止未經授權的無線電廣播的職責移交給了交通部電信總局。
*終止了對政治和持不同政見激進分子的監禁以及未經審判就進行再教育的職能。
*所有監獄設施均移交給國防部憲兵司令部或中華民國法務部。
*防暴任務由內政部警政署和國防部憲兵司令部分擔。
*臺北市的防衛任務由憲兵司令部接管。
*審查和沒收可疑出版物或報紙的責任由行政院新聞局負責，在《出版法》廢除後，這些作業後來終止。
1949年，因第二次國共內戰剿匪不利，中華民國政府退守來臺。1949年5月19日時任臺灣省政府主席兼臺灣省警備總司令陳誠發佈臺灣省戒嚴令實施全面戒嚴，警總以軍事機關取代中華民國警察及中華民國國家安全局，以軍事作戰任務編組擔任治安以及情治任務，戒嚴地區實施軍管，以軍法為治理基礎，實施違警罰法，雖然戒嚴後期，隨著社會穩定，直接移送軍法案例較少，但「和平時期人民不受軍法審判」仍為抨擊戒嚴與警總管制之焦點，最廣為人知的，各地公共電話，均貼有「破壞公共通訊設備者，以軍法審判」之小字條。面對軍事統治，警備總部被反對人士認為是秘密警察單位而非軍事單位，以軍事保安之名，對臺灣人思想控制，引發白色恐怖。除了對異議人士進行約談逮捕外，更實行黑名單及返臺加簽制度，禁止一些對中國國民黨不滿之人進入臺灣。
警總有三大工作：「軍事性、政治性與社會性」。憲兵往往支援警總任務。
憲兵支援警備總部兩大工作如下：
（一）警備：計有警備作戰、海岸警備、山地警備與衛戌作戰。
１. 在警備作戰方面：主要運用憲兵之都市戰鬥性、情治、特戰力量，執行反滲透、反騷亂、反突擊、反破壞等任務，以確保國家安全。
２. 海岸警備：以海防班哨之強化，建立海岸警備，嚴密檢查管制，採取「點」之守備，「線」之巡邏，「面」之攔截，並加強海防督導，貫徹執行。
３. 在首都衛戌作戰方面： 以全面治安為基礎，憲兵採取警衛、安全、反騷亂等措施，以維護領導中心拱衛臺北市中樞安全。
（二）保安：主要工作為情報蒐處，肅奸防諜與治安維護。
１. 情報蒐處：基於維護國家安全與社會治安需要，以後備軍人及憲兵情報蒐集情資，供上級整理研判、運用，以利保安任務達成。
２. 肅奸防諜：主要採取肅奸防諜調查機構功能、偵防措施，防止敵人滲透，發掘潛伏敵人，檢肅顛覆活動，摘奸發伏，淨化內部，確保國家安全。
３. 治安維護：本於「消患於未萌，弭禍於無形」為最高原則，與各治安機關合作剷除治安病害，如取締流氓黑幫、查緝非法槍彈等 。與處理治安事件，如非法遊行滋事、破壞社會秩序等，以及選舉治安維護、保安檢查等工作，以期淨化治安環境，維護社會安寧。
這時，警總保安處成為臺灣八大情治機關之首，即使解嚴後，到了海巡部時期，保安處改編為情報處編制，惟安全情報蒐集則轉以反走私、反偷渡、反滲透為主。
所謂文化審檢部份，則以對大眾傳播媒體、出版品檢查與限制最為反對人士批評，1979年~1985年，政戰特遣隊依國防部命令支援警備總部政六處進行專案查緝及佈點工作，解嚴之後此類任務則轉由行政院新聞局負責。
另外就是入出境管制，保安處在機場、港口指揮軍憲警防止非法入出境，所謂黑名單就是針對此業務，此業務後轉為警察、海關以及移民署執行。
另外海岸管制與反走私、反偷渡治安任務，解嚴後則衍生海岸巡防司令部。
1987年7月15日，為時38年的戒嚴時期正式告終，軍管解除，隨著臺灣實現民主化，中央政府開始減少監控人民，警備總部的重要性開始減低，治安任務開始陸續移交內政部警政署......等警察單位（如：保安警察總隊、各縣市警察局）、海關、憲兵、調查局。1992年8月1日零時，因應動員戡亂時期終止，裁撤「臺灣警備總司令部」，新設海岸巡防司令部。