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1943年11月10日至12月1日，美、英、蘇、中等14個代表在大西洋城召開聯總第一次會議，通過41項決議案，推選紐約州前州長赫伯特·萊曼為署長，完成了聯總的創建工作。當時中國駐聯總代表蔣廷黻。大會閉會期間，美英蘇中的代表組成中央委員會處理事項。全會下設歐洲和遠東2個區域委員會、供應和財務2個專門委員會，衛生、農業、工業、福利、難民5個技術委員會，總署內設供應、區域、行政財務3廳，福利、難民、衛生、秘書、聯絡等處，各區域分駐辦事處與派遣團。
其中，受害最嚴重的中國成為最主要被幫助國家，而施予幫助者則為美國、英國與加拿大。
當時規定的解散日期是1946年底，而在遠東則推遲三個月。
聯合國善后救濟總署的最初參加者共有48個國家，其中44個為最初簽字國：中華民國、美國、英國、法蘭西民族解放委員會、加拿大、澳大利亞、新西蘭、蘇聯、比利時、玻利維亞、巴西、智利、哥倫比亞、哥斯達黎加、古巴、捷克斯洛伐克、多米尼加、厄瓜多爾、埃及、薩爾瓦多、埃塞俄比亞、希臘、危地馬拉、海地、洪都拉斯、冰島、印度、伊朗、伊拉克、利比里亞、盧森堡、墨西哥、荷蘭、尼加拉瓜、挪威、巴拿馬、巴拉圭、秘魯、菲律賓、波蘭、南非、烏拉圭、委內瑞拉和南斯拉夫。烏克蘭蘇維埃社會主義共和國、白俄羅斯蘇維埃社會主義共和國、丹麥、土耳其4國后來加入協定。
這輛由美國鮑德溫機車公司費城工廠于1947年1月生產的2-8-0式客貨兩用蒸汽機車編號為KD7-534，它是聯合國善后救濟總署在二戰后向中國提供的援助物資之一。攝于北京中國鐵道博物館
聯合國善后救濟總署獲得的救濟資金和物資主要來自美國、英國和加拿大，美國提供了27億美元的資金和物資，英國提供了6.2億美元的資金和援助物資，加拿大提供了1.54億美元。
聯合國善后救濟總署向各受援國提供的最大宗的援助物資為食物，總價值12.3億美元，總重911萬長噸。其次為工業善后物資，價值為6.77億美元，總重1128萬長噸，包括機床、發電機、機車、車皮、鐵軌、汽車、各種零件、成套工廠設備、架橋設備、工程機械、燃油、煤炭、化工產品、建筑材料等。第三大宗援助物資為為衣物紡織品鞋襪類（價值4.19億美元，53.6萬長噸）和農業善后物資（價值3.2億美元，231萬長噸，包括種子、牲畜、化肥、漁船、魚網、拖拉機等）。最后為醫療衛生和文教援助，向各受援國提供了價值1.17億美元、13.4萬長噸的物資
聯合國善后救濟總署的所有成員國都提供了行政經費。30個未受入侵的成員國提供了業務經費。8個受入侵的成員國（荷蘭、比利時、丹麥、挪威、中國、捷克斯洛伐克、希臘、盧森堡）也以現金、勞務、船運等方式提供了業務經費
五個非成員國（阿根廷、愛爾蘭、葡萄牙、羅得西亞和意大利）也提供了贈款
聯合國善后救濟總署向各受援國提供的援助總額：
*多德卡尼斯群島（原屬意大利，1947年后歸希臘）：390萬美元
聯總第五屆全會會議(1945年8月)第八十號決議就已預示了聯總工作的結束。當時規定的結束日期是1946年底，而在遠東則推遲三個月。第五屆全會會議(1946年8月)未要求進行第三次國際性的捐助，這就使聯總的結束成為確鑿無疑之事，并使準備結束的工作成為當務之急。
聯總的衛生工作部門于1947年初移交給世界衛生組織臨時委員會。
聯合國大會于1946年12月11日批準設立聯合國國際兒童緊急救援基金會。這個機構在1947年6月底接管了聯總向前聯總國家中最不幸的兒童提供衛生、恢復健康和福利的工作，同時接管了聯總的職員與款項。
聯總的社會福利工作部門在1947年之后逐漸衰落，因為聯合國組織無意接收它，而受援國也不愿或無力按照永久性體制來繼續進行這些工作。
聯總的一些有關農業善后的職責(還有聯總的一些職員和款項)在1947年期間移交給聯合國糧食及農業組織。
聯總救濟難民的工作是在1947年7月1日移交給國際難民組織籌備委員會。
“裁撤”計劃是在1946年8月第五屆全會期間由設在日內瓦的改組專門委員會所制定的。該委員會通過了一項給予額外津貼的辦法以防止聯總人員過早地提出辭職；委員會又為籌備編寫“官方歷史”，為職員的調職(即轉業)和遣返回國以及為處理總署的財產作出了一些安排。
到了1947年年中，歐洲地區署的人員已減少到一年前的一半。該署最后于1948年9月底關閉。
所有在遠東的派遣團與辦事處除了新德里(1948年1月31日關閉)，悉尼(負責南太平洋地區，1948年6月30日關閉)以及中國署(1948年1月關閉)之外，都在1947年底關閉了。設在南美的辦事處(里約熱內盧)是在1948年10月25日最后關閉的。
在華盛頓總署方面，高級副署長、海軍中校杰克遜于1947年10月離開聯總，其職位就此取消。署長魯克斯少將于1948年9月30日離職，聯總到此結束。
主計官哈里·W·豪厄爾被任命為清理主管員，負責結束聯總的未完活動。
KD7-534號機車的解說標牌，攝于北京中國鐵道博物館
1943年11月9日蔣廷黻代表中國政府簽署了《聯合國善后救濟總署協定》，參加了聯合國第一次善后救濟大會，并向大會提出了中國善后救濟計劃。1944年3月，行政院設立善后救濟調查設計委員會，顧季高主持下設立9個調查組，最終制定出《中國善后救濟計劃》并于1944年9月30日呈送聯總，指出“善后救濟之中心，自然在解放后之淪陷區，惟對自由中國，亦須兼顧”。除新疆、西康、青海3省及西藏、外蒙古地區未列入，其余26個省（含臺灣）分為11個善后區域，人口共4.61億，其中淪陷區人口2.66億，擬請聯總援助9.45億美金，工作時長18個月。
1944年9月，中國政府完成評估，戰后善后救濟需戰前法幣27.27164億的物資和服務，國外輸入品的需要是25.29677億美元，約合1025.3萬噸物資。照此計算，中國善后救濟需要34.38億美元，當時聯總收到的基金尚不足20億美元。中國向聯總提出的申請額定為9.45046億美元，差額1.564631億美元由中國政府自籌，以及2200名外國專家的服務。中國9.45046億美元的申請額僅占輸入需要的37.4％，但聯總最后通過的中國方案是5.35億美元，只有原定計劃的1/5，約等于庚子賠款（4.5億兩白銀）的兩倍；另外加海洋運費1.125億美元，共計6.475億美元。從橫向對比來看，每個國家戰禍的程度不一，各國在聯總獲得的援助數額差別很大，中國是每人配額最少的國家之一。若按照全國人口計算，僅僅人均1.17美元；若按照被占領區的人口計算，也不過人均2.01美元。而希臘人均45美元，南斯拉夫人均29.1美元，阿爾巴尼亞也有27.1美元，波蘭為20.1美元。
在聯合國善后救濟總署向中國提供的善后援助中，工業善后物資約占三分之一，食品和衣物各占四分之一左右，其余為醫療衛生和教育援助，以及黃河水利工程、農具工廠規劃、漁業發展計劃、制藥廠援建等等。向800多萬原日占區居民、返鄉難民和赤貧居民提供了食物、衣物和醫療援助，興建了八個大的水利工程和許多小的水利工程，使400多萬英畝的土地恢復了生產，另有約3000萬英畝土地增加了抗災能力。
聯總設遠東委員會以及中國辦事處，負責人（聯總遠東分署署長）朗恩慈（Franklin Ray)，寫有《聯總在中國》一書。
1944年12月18日，國防最高委員會決議在行政院下設立救濟善后督辦總署。不久，更名為善后救濟總署。1945年1月1日，國民政府在重慶兩浮支路成立行政院善後救濟總署(China National Relief and Rehabilitation Administration，簡稱“行總”)，1月21日國民政府公布《行政院善後救濟總署組織法》，遷址珊瑚壩。專門負責接受和分配聯總援華的善后救濟物資，直接隸屬於行政院，下轄15個分署
* 副署長浦逖生（浦薛鳳）、李卓敏
* 儲運廳：設第一組、第二組及駐京辦事處，分掌救濟物資的點收、倉儲保管、運輸及其他善后救濟物資的經理事項。掌控大批海陸空運輸工具。廳長陳廣沅
* 分配廳：設3組及技術室，分掌救濟器材的貸放；民用救濟物資的散放、配售及其他救濟物資的分配事項。廳長汪伏生（倫敦大學經濟學碩士，天津《益世報》總編）
* 賑恤廳；設4組和秘書室，分掌難民的遣送、復業、福利、工賑及其他有關賑恤事項。
* 財務廳：設業務組、財務組，分掌財務的籌劃、運用；財務報告的稽核、編制；財務票據的處理、保管及其他有關財務事項。廳長董承道
* 調查處：設3組，分掌調查流離的人民和戰區社會情形；工商業的損害；泛濫區域災情及其他善后救濟的調查事項。
* 編譯處：設5組，分掌編譯善后救濟法規、報告、參考材料、出版物及有關圖書管理事項。
* 總務處：設5科，分掌收發、分配、撰擬、保存文件；公布署令；典守印信；該署經費的預決算和出納；稽核直轄機關的經費；保管該署財產和物品；辦理該署庶務及其他不屬各廳、處事項。處長徐世長。出納科科長吳燧人。福利科長蔣仁麟
*會計處：辦理歲計、會計及統計事項。
*設計考核委員會，負責編擬計劃草案，考核業務情況。
* 衛生專門委員會：辦理緊急醫療救濟及善后衛生業務。
* 豫皖蘇泛區農業機械化設計委員會：1946年11月成立。
*機具裝配廠：1946年6月設立，直屬于行總，由儲運廳監督指揮。負責聯總運華物資中重型機器的重行裝配。
*漁業管理處：1946年5月與農林部合作組設。負責對漁業物資的使用及分配。處長胡可時
*上海公路汽車管理處：處長余樂醒，副處長方龍章
*公路運輸大隊：1946年1月成立
*水運大隊：1946年2月成立
*空運大隊：1946年7月成立
* 重慶難民疏送站（1946年2月至次年5月）
* 貴陽難民疏送站(1946年4月至次年2月)
* 昆明難民疏送站（1946年3月至次年1月）
* 西安難民疏送站(1947年5月至9月)
* 上海難民接運站（1947年6月至10月）
* 湖北分署：1945年11月8日成立。駐漢口沿江大道匯豐銀行大樓。署長周蒼柏，副署長楊顯東（代署長）、劉藝。分署駐宣化店辦事處主任吳顯忠。 武昌難民招待所主任汪德彰
* 江西分署：1945年11月12日成立。署長張國燾/1946.7蔡孟堅。1947年11月30日撤銷。
* 冀熱平津分署：副署長顧德明。北平中央防疫處與分署接洽，希望獲得幫助重建房屋。經過評估，冀熱平津分署認為：北平中央防疫處作為機構衛生防疫的專業機構，是一個必要機構；并且屬于受戰爭破壞的，其重建的要求符合賑濟原則。工程自1946年2月10日開工建設，以面粉折價支付工程建筑的報酬，9月22日第一期工程完工，總共建成二層實驗樓、一個青霉素車間、兩個馬廄、一棟牛舍，還有一些修復后的建筑，總占地萬余平方。恢復了牛痘苗等急需生物制品生產。
* 晉綏察分署：1945年10月在重慶成立。署長張彝鼎（哥倫比亞大學法學博士）。副署長閻偉（比利時高等紡織學校）、童秀明（倫敦大學經濟學院研究生）。賑務組主任趙光廷。儲運組。衛生組。總務組。秘書、視察、技術、編譯、會計等室。1946年1月設立太原臨時辦事處。1946年3月1日分署正式在太原辦公。
* 上海分署：1945年10月11日在上海成立。福州路120號日本三井洋行大樓作為分署與聯總駐滬辦事處。署長劉鴻生，副署長王人麟。
* 湖南分署：1945年10月在長沙成立，1948年3月結束。分署內設賑務、儲運、總務、衛生4組，秘書、視察、會計、路工、工業、農業、經濟7室，采購委員會及長沙總倉庫。下轄長沙、衡陽、邵陽、零陵、郴縣、常德、岳陽、益陽8個區督導辦事處、各地設有若干難民服務處、儲運站、醫療隊、公路工程處、水利工程處、善救新村工程處等；還有長沙、衡陽兩個育幼院和長沙善救工廠等機構。
* 魯青分署：1945年12月1日成立。署長延國符
* 東北分署 署長劉廣沛/汪伏生，副署長曹漢奇（代理署長）
中國國民政府著眼于“以善后復員為重心，特別配合善后救濟計劃，注重于恢復交通運輸，整理水利，維護農業，發展教育，以樹立經濟建設之基礎”，所申請的物資中，善后物資占2/3，救濟物資僅占1/3。蔣廷黻也主張“寓救濟于善后”。這恰與聯總重救濟輕善后，注重人道主義救濟的主旨相反。聯總認為，只有在反法西斯戰爭中所受到的損害才是對盟國的犧牲，也是戰爭受害國的貢獻，才可以接受救濟；而各國的貧窮、自然災害是各國分配不均與政府不能統籌救災的制度缺點的產物，應該由各國自己負責解決。
根據《聯合國善后救濟總署協定》，行總必須遵守聯合國第一次善后救濟大會所通過的決議，即善后救濟物資的分配，“應以人民相對的需要為原則，不得有種族的、宗教信仰的和政治主張的歧視”。中共要求聯總和行總按決議規定，公平合理地分配救濟金和物資。1945年7月13日，在延安召開的中國解放區人民代表會議籌備會通過了關于成立中國解放區臨時救濟委員會(簡稱“解救”)的決議，會議選舉董必武、周恩來等15位代表為救濟委員會委員，推選董必武為主任。7月27日在延安楊家嶺“解救”宣告正式成立。“解救”成立后，對解放區軍民在抗戰中生命財產的損失、破壞以及所需援助等情況進行調查統計，并協助各解放區政府對受災人民開展救濟工作。1945年12月周恩來代表中共與代表行總的蔣廷黻于重慶達成《行總與中共關于共區救濟的協定》。1946年8月13日中國解放區臨時救濟委員會改名為中國解放區救濟總會(簡稱“解總”)，設在上海市福州路“行總”總部，另租下蒲石路滬江別墅4號為解總職員宿舍，主席董必武，秘書長伍云甫（兼任“解總”上海辦事處處長）。周恩來和董必武指派朱友學同志為中共代表及聯絡員，來往與上海煙臺之間，負責運送運輸救援物資等。
二戰結束後，1945年10月23日，聯總第一艘貨輪把物資運抵中國。1945年11月14日中國政府與聯總簽署《中國政府與聯合國善后救濟總署善后救濟基本協定》。行政院善後救濟總署於中國各地投入大量民生物資。以臺灣而言，行政院善後救濟總署投入的各項民生物資超過20萬公噸，比臺灣省行政長官公署所投入的資助還多。1945年12月，“行總”署長蔣廷黻與中共代表周恩來在重慶正式簽訂了《行總與中共關于共區救濟協定》，規定六條重要原則如下：“救濟以確受戰事損失之地方與人民為對象；
救濟不以種族宗教及政治信仰之不同而有歧視；
救濟物資之發放不經軍政機關而由人民團體協助辦理；
如行總人員及運載物資車船進入解放區被扣留時則行總人員即自該區撤退；
行總人員不過問解放區行政；
中共可派代表在解放區協助行總人員辦理救濟工作。”
1946年1月至6月，國共美三方軍調停戰，內戰尚未爆發。行總責成各地分署兼辦轄區內解放區的救濟。
*行總魯青分署運往煙臺物資共計399.28噸，運往臨沂物資約141噸。
*行總晉綏察分署運往察省解放區物資約331.35噸，運往綏省解放區物資約165.5噸，運往山西解放區物資約251.3噸。
*行總河南分署運往豫北解放區物資14671件，貸款1800萬元。運往湖北解放區物資802噸。
*行總冀熱平津分署運往解放區物資91731件。
*行總蘇寧分署運往往解放區物資1005噸。
據行總1946年七大計劃所載，全國難民約4200萬，解放區有難民2600萬，占到了五分之三。解總認為，若根據難民人口平均分配救濟物資，則解放區難民應得全部救濟物資的五分之三。但截至1946年6月10日，解放區所得物資不過3300余噸，與聯總運抵中國的66萬噸相比，僅得到二百分之一的救濟。
1946年7月至1947年2月，國共內戰爆發，國共美三方軍調部尚存。行總物資無法大量運入解放區。經過行總和解放區代表再次協商，決定除了冀南、皖東、東北、黃河故道等仍由行總分署繼續辦理外，從1946年7月起，行總在解放區設立煙臺、菏澤和淮陰三個特別辦事處，由總署直接指揮。
*行總煙臺辦事處成立于1946年7月1日，辦理山東全省及河北八縣解放區救濟。主任王師良，副主任張沈川，以及以周恩來副官名義的中共代表及聯絡員朱友學同志。下設儲運部，負責人張揚。對口設立的“解總煙臺辦事處”，主任曹漫之，副主任王云九。聯總代表魏德勒(Waidner)。1946年9月12日與中共代表的協定，煙臺辦事處運輸路線劃分為煙臺區、石臼區和渤海區（經羊角溝、小清河航道進入內地）。到1947年8月，煙臺辦事處共接收物資21159噸，分發2919270噸，庫存18239369噸。
*行總菏澤辦事處成立于1946年7月22日，因戰事關系僅在同年11月5日接收黃泛區物資750噸，其中糧食604噸，就地分發完畢后該處即被取消。
*行總淮陰辦事處成立于1946年9月16日，接辦蘇寧分署運往淮陰的1500噸物資的分配事宜。因戰事關系，該筆物資一部運回上海，一部轉運石臼所及青島，故該處僅在賬面上接收1500噸物資，接收一事實際上并未發生。
這一時期，冀南解放區接收了行總冀熱平津分署第九工作隊4672噸物資，皖東解放區接收了行總安徽分署皖東北區工作隊物資約3噸，東北解放區只在哈爾濱接收了行總東北分署運來的41800磅醫藥器材。
為了讓黃河回歸故道，國民政府在1946年啟動了黃河堵口工程。中共認為，河床居民的遷徙與救濟是黃河歸故的先決條件。經多方協商，聯總、行總、解總三方訂立協議三條：
*河床下游村莊遷移與居民救濟，由黃河水利委員會呈請政府撥款150億元，于1946年8至12月的4個月內辦理。
*復堤工程糧食需11000噸，行總先行撥發8000噸運往黃河故道解放區。
根據協定，截至1946年12月，行總撥發黃河故道解放區1萬噸物資及法幣60億元。
1946年，行政院長宋子文與行政院善后救濟總署署長蔣廷黻傳出不合。行總的辦公經費到處籌措無門的情況下，蔣廷黻依靠大量出售聯總的救災物資以自籌經費，并以這種方式配合國民政府平抑物價。所以，一方面是大量的災民在餓死、凍死，一方面卻是大量的糧食、棉花在市場上出售。在出售物資的過程中出現了不法商人從中套購漁利的現象。1946年3月，上海投機商將作為救濟物資的美軍血清當作特效藥在市面上出售。事發后，輿論嘩然，蔣廷黻因此成為眾矢之的，蔣廷黻平抑物價的計劃不僅沒有取得預期的效果，反而敗壞了行總的聲譽，行總因此給人家罵作“救己本署”、“救濟本署”。1946年6月，聯總認為大量物資滯留中國港口而不能迅速運到內地災區，這是由于行總工作效率太低；行總的業務行政費用全靠變賣救濟物資維持，難以得到聯總的諒解并懷疑中國政府不重視善后救濟工作。行總拒絕物資分配需要事先得到聯總批準，認為這超過了基本協定中所明訂的“咨商”權限。聯總駐華辦事處代理處長朗恩慈（Franklin Ray)不斷批評行總的行政能力，中國政府發出通告，聲明其為中國所不歡迎的人員。1946年7月10日，聯總駐華辦事處300名職員和雇員致電聯總署長拉加迪亞，指責“聯總供應中國的物資與服務正受到不正當的處置，供應這些物資與服務的目的已經被忽視不顧”，中國政府“肆無忌憚地出賣主要物資——糧食”，“中國政府不按時提供經費給行總，致使許多地區的工作和計劃遭到失敗”，“聯總物資在中國被用作政治斗爭的工具”。拉加迪亞據此下令聯總停止對中國除了糧食、衣服、醫藥器材外的物資運輸，理由是“中國救濟機構的財政狀況的不穩定和港口的擁堵不堪”。7月12日，蔣廷黻在記者招待會上否定聯總駐中國代表處人員的指責，反而譴責聯總運華物資的無組織狀況。針對聯總對中國解放區救濟政策上的指控，行總宣稱共產黨地區基本上為產糧區，因此行總必須根據實際需要分配聯總的物資，不需對共產黨地區提供糧食救濟。面對聯總毫不妥協的禁運政策，蔣廷黻宣布30天內清空上海港積壓的貨物；行政院長宋子文答應為行總下撥800億元中央銀行信用資金。為緩和聯總與行總的矛盾，1946年10月，中國銀行副總裁仍兼總稽核霍寶樹接任行政院善後救濟總署署長。10月21日聯總宣布停止對華物資禁運。對于蔣廷黻的遭遇，傅斯年說：“這事早已料到，蓋一年來宋院長與蔣（廷黻）每多齟齬。人各有長短，蔣氏（廷黻）一年來未能滿足各方之要求，與直接上司齟齬又有何事辦得通？”“我親聽見宋院長說蔣廷黻不懂做買賣，我恍然標準如此的。”隨即爆發貪污案。行總副署長李卓敏（後為香港中文大學創校校長）即因貪污被停職。後來蔣廷黻與張群勾結，讓李卓敏無罪脫困。李卓敏及其部下合共六名行總高層在1947年8月被提告貪污瀆職，罪狀包括私吞救濟物資和敲詐行總運輸承辦商等；其中李卓敏更被指生活窮奢極侈，他除了從敵產管理處領得前屬於汪精衛的上海私邸作為官邸，府上僕役更多達18人，其中兩人由行總支薪，另外府上的兩部醫院用冷藏器，也是由行總提供。未幾，李卓敏再被指控任人為親，當中包括於1946年初派員30人出訪美國時，把掛名為分署專員的胞妹李卓衣安插其中，此後一直未有返國；其後行總於1946年7月決定凍結聘任新職員時，其胞姊李球卻獲任用為行總農委會科員，領取不菲薪資。1947年9月4日，監察院把案件送交行政院後，李卓敏即被勒令停職，其後涉及行總集團貪污案的被告人數再增至21人。成為轟動全國的“行總舞弊案”，涉及總署副署長、總署分配廳長、儲運廳長、財務廳長、漁業管理處長、總務處長等位高權重的“大老虎”。案件在1947年9月30日於上海首度開庭傳訊，李卓敏等獲準交保候審，經過三個月調查，檢方最後於1947年12月決定對其中12名被告提出公訴，但包括李卓敏在內的九名廳處長高官由於“犯罪嫌疑不足”，獲不起訴處分。十人被公訴至上海地方法院。事後，李卓敏曾獲時任聯總署長魯克斯少將（Major General Lowell Ward Rooks）致函支持，並對其在任行總副署長期間推行的救濟工作予以肯定。1948年4月1日，上海地方法院對“行總舞弊案”做出判決，對被公訴的董承道、胡可時兩名廳、處長無罪釋放，其他七名涉案的科級官員被判處有期徒刑。
1947年3月至1947年年底，國共和談正式破裂，中共代表從國統區撤走，行總運往解放區的物資無法如期到達，解放區救濟工作陷入停頓。1947年3月1日，“解總”主席董必武被國民黨特務軟禁。“解總”立即致電“聯總”署長魯克斯，要求立即恢復其行動自由，并保證所有“解總”人員安全。3月2日，董必武獲得自由。為此，聯總加大了對行總辦理解放區救濟的監督，行總再次增設辦事處直接辦理解放區救濟。1947年2月，聯總（聯合國難民署）副署長杰克遜來華視察，要求行總在2月25日至3月31日內，至少把1500噸物資運至解放區，或以價值800萬美金的相等物資代替。行總至3月底運出1400余噸，實際到達解放區1100噸。為此，聯總與行總訂立了進一步加強解放區救濟的協定：由聯總和行總分別指定專人擔任聯絡工作，共同負責解放區救濟事業；對于解放區物資的分配，則由有中共代表參加的聯合分配委員會決定；加設臨清和石臼所兩個特別辦事處，協同辦理解放區的救濟。
1947年5月28日，東北保安司令長官部的機關報《中蘇日報》（社長為“東保”政治部中將主任余紀忠）刊發了一篇三欄長條小新聞《救濟總署趣聞》，內容僅60余字：“行政院善后救濟總署沈陽分署所屬官員每周可領到五磅克寧奶粉一聽，駱駝牌煙一條，每人并發給羅斯福布（即滌卡，當時是美國新產品）五米。人們傳說救人先救己云。”在社會上引起強烈反響，時人譏諷“救己總署”。隨后，沈陽《中央日報》發表文章500字的《救己總署趣聞》。8月28日，因行政院善後救濟總署東北分署署長劉廣沛被東北九省主席、三特別市長聯名控告貪污舞弊事，行政院善後救濟總署派分配廳廳長汪伏生赴瀋陽，免去劉廣沛之職務。
1947年6月27日，行政院善後救濟總署撥5億元賑濟水災款，滙粵分署，令該署立即發放全部存糧，救2災民。
1947年12月，因聯總額定運華物資已運達并經行總分配，所有業務大體告一段落。行政院乃令行總于12月底結束，并規定行總的救濟業務交社會部辦理，善后業務則移交新成立的行政院善后事業委員會辦理。在此之前，各地分署已于同年11月底全部結束。
1947年10月10日，“解總”工作人員朱友學從上海護送最后一批救濟物資前往煙臺解放區。“解總”上海辦事處留守人員準備應付出現最壞的局面。1947年12月，軍警憲特闖入“解總”上海辦事處宿舍大搜查。“解總”上海辦事處人員乘美機返回解放區。
中國解放區救濟總會1950年4月29日在北京改組為中國人民救濟總會，簡稱“救總”，中央人民政府副主席宋慶齡為救總主席，政務院副總理兼政務院政治法律委員會主任董必武、中央人民政府內務部部長謝覺哉、中國紅十字會會長兼中央人民政府衛生部部長李德全、基督教愛國領袖吳耀宗為副主席，伍云甫任秘書長兼黨組書記,開展當時最為緊急的災荒救濟和失業救濟。1956年7月起救總同中國紅十字會合署辦公。
確吉堅贊，法名羅桑赤列倫珠確吉堅贊（，），原俗名貢布慈丹（又譯宮保慈丹、貢布才旦，），男，藏族，青海循化人，藏傳佛教格魯派第十世班禪額爾德尼。是位于西藏日喀則市格魯派六大寺之一的扎什倫布寺的寺主。
九世班禪圓寂后，班禪堪布會議廳依據乃瓊護法占卜得到的“神諭”，于藏區東部找到了包括貢布慈丹內的9名靈童。經過長時間生活在九世班禪身邊僧侶的選擇，確定貢布慈丹為九世班禪轉世。由于當時日喀則政府與拉薩政府的競爭關系，堪布會議致電中華民國政府，要求依據清末慣例免予金瓶掣簽。中華民國政府代總統李宗仁1949年6月3日于廣州簽發電令，免予金瓶掣簽，承認貢布慈丹為十世班禪額爾德尼。貢布慈丹于8月10日坐床典禮后正式繼任。同年9月，中國人民解放軍占領西寧后，十世班禪主動與中華人民共和國中央人民政府聯系，表示擁護中央人民政府。此后，十世班禪歷任全國人大常委會委員、全國政協副主席、西藏自治區籌備委員會副主任等職務。
1959年藏區騷亂中，第十四世達賴喇嘛出走，十世班禪選擇留在西藏，接受了中央人民政府任命的西藏自治區籌備委員會代主任的職務。出于對中華人民共和國在藏區實施改革中產生問題的不滿，十世班禪于1962年編寫了《七萬言書》，對中華人民共和國的西藏政策進行了嚴厲的撻伐。該報告與國防部長彭德懷《八萬言書》一起，被中國共產黨中央委員會主席毛澤東定性為“反動派的瘋狂反撲”，導致班禪與共產黨關系惡化。1964年，十世班禪出人意外地于一次萬余藏人參與的集會中，表示達賴喇嘛是西藏最高領袖，宣揚西藏獨立，此后立即被逮捕，被指控為“反人民、反社會主義、蓄謀叛亂”、“最大的反動農奴主之一”被剝奪了一切職務。1966年文化大革命爆發后，十世班禪被批判為“班禪集團”受到迫害入獄。直到1978年平反，在得到時任中國共產黨中央委員會副主席鄧小平的允許后，十世班禪得以出獄。出獄后，十世班禪被恢復黨和國家領導人職務，并在西藏實施了一系列涉及藏族文化、宗教、語言、習俗的重建與改革，得到了許多藏族人的愛戴。
十世班禪與夫人李潔的女兒叫仁吉旺姆，班禪去世的時候，她才五歲半。小學畢業后，李潔將仁吉旺姆送到美國上學。此后，仁吉旺姆一直在美國求學。
十世班禪幼年（1947年）
貢布慈丹于1938年2月3日 （藏歷第十六繞迥之土虎年正月初三）出生于中華民國青海省循化縣溫都鄉一戶貧苦的農民家中，乳名貢布慈丹。遠祖出自西藏薩迦昆氏家族，其生父為堯西·古公才旦，生母為堯西·索朗卓瑪，貢布慈丹在家中排行老大，有胞弟溫都·公布甲。1937年12月1日，第九世班禪額爾德尼（曲吉尼瑪）圓寂后，依照慣例，西藏噶廈、班禪堪布會議廳、札什倫布寺均分別開始了尋找第九世班禪額爾德尼的轉世靈童的工作。班禪堪布會議廳于1941年指認貢布慈丹為班禪轉世靈童之一，但拉薩噶廈對此一直不予承認，噶廈在拉薩另外指認了兩名轉世靈童。1943年春，班禪堪布會議廳拜嘉雅活佛為貢布慈丹的副經師。
1944年在拉卜楞寺拉科活佛拉科·晉美赤烈嘉措（同年成為貢布慈丹的正經師）主持下，于宗喀巴誕生處圣跡前舉行儀式，從10名靈童中確認貢布慈丹為第九世班禪額爾德尼的轉世靈童，授法名“確吉堅贊”，迎請至塔爾寺供養，接受嚴格的經學教育，潛心研習《釋量論》、《現觀莊嚴論》、《入中論》、《戒律本論》、《俱舍論》（合稱五部大論）等佛教經典。
經過諸多過程，最后在1949年6月3日，由處于廣州的國民政府代總統李宗仁頒布文書:“青海靈童宮保慈丹，慧性澄圓，靈異夙著，查系第九世班禪額爾德尼轉世，應即免于掣籤，特準繼任為第十世班禪額爾德尼。”8月10日，國民政府專使關吉玉（時任蒙藏委員會委員長）和青海省政府主席馬步芳的代表馬繼融參加了在塔爾寺舉行的坐床大典，并頒發了漢、藏文合璧的“西藏班禪行轅堪布會議廳”印鑒。班禪堪布會議廳邀請拉卜楞寺拉科活佛拉科·晉美赤烈嘉措為貢布慈丹剪發，取法名“羅桑赤烈倫珠確吉堅贊”，簡稱“確吉堅贊”，并受沙彌戒。8月26日，中國人民解放軍占領蘭州，青海局勢混亂。班禪堪布會議廳帶著十世班禪避居六世班禪的駐錫地香日德。臨行前，十世班禪向嘉雅經師交代任務，讓他在塔爾寺挑選一些可靠的喇嘛，到西寧觀察解放軍的舉動，及對待藏民和宗教的態度，在弄清楚后向嘉雅經師匯報。同日，國民政府專使蒙藏委員會向堪布會議廳表示，希望可以在合適的時候接班禪及少數隨行人乘飛機前往臺灣。
1949年9月，中國人民解放軍占領西寧。9月10日，嘉雅活佛派出的喇嘛攜帶解放軍在西寧到處張貼的《約法八章》返回，十世班禪與身邊人員討論后決定按照舊有習慣，用糌粑丸打卦，決定與共產黨合作。十世班禪隨即派人同中國共產黨進行聯系。10月1日中華人民共和國成立，班禪堪布會議廳在西寧發電報給中共中央主席、中央人民政府主席毛澤東、中國人民解放軍總司令朱德，表示擁護中華人民共和國中央人民政府。
1951年春季，第十四世達賴喇嘛親政，中華人民共和國中央人民政府和噶廈政府商定將于北京舉行談判。中華人民共和國政府邀請十世班禪進京。4月中旬，十世班禪在前往北京途中于西安與中共中央西北局第二書記習仲勛會談時談到：“我們是專程去北京向毛主席致敬的，我們把藏族人民對中央人民政府和毛主席的良好祝愿親自傳達給毛主席。”“要堅決擁護中央人民政府的正確領導，決心與西藏各界愛國人士一道，為西藏的解放和藏族人民的團結而努力奮斗。”4月25日，班禪等45人到達北京。當天晚上，政務院總理周恩來為其舉辦宴會。宴會前，十世班禪與周恩來進行了長時間的交談。班禪回藏是中華人民共和國中央人民政府與西藏噶廈談判的條件之一。5月1日，毛澤東在天安門城樓上接見了十世班禪。
1951年5月，十世班禪向毛澤東獻哈達。
5月23日，中華人民共和國中央人民政府與西藏地方政府舉行了《關于和平解放西藏辦法的協議》的簽字儀式。次日下午，毛澤東在中南海懷仁堂與西藏地方政府和談代表和十世班禪會面。十世班禪向毛澤東獻了哈達，贈送了錦旗、金盾、長壽銅像、銀曼札、藏香及其它貴重禮品。當晚，毛澤東舉辦了盛大宴會，十世班禪在宴會上講到：“多少年來沒有解決的中國的民族問題—西藏問題，在毛主席領導下勝利地解決了。和平解放西藏是中國各民族大家庭的一大喜事。中華人民共和國中央人民政府、達賴和班禪三方面的團結，只有在中國共產黨和人民政府領導下才能實現。”5月28日，班禪堪布會議廳聲明表示“為了西藏民族的徹底解放和發展，為了鞏固和發展中國人民的勝利，今后堅決擁護毛主席的領導，擁護中華人民共和國中央人民政府和中國共產黨的領導，為正確執行全部協議，為西藏民族與中國各民族的團結和西藏民族內部的團結而奮斗”。6月2日，十世班禪赴天津、上海、杭州等地參觀。6月26日返抵西寧塔爾寺。12月19日，十世班禪一行人從塔爾寺啟程返回西藏。
1952年4月28日，經過四個多月的艱苦跋涉，十世班禪到達拉薩。當天下午，十世班禪前往布達拉宮，在日光殿與十四世達賴喇嘛會面，班禪對達賴喇嘛行了叩拜大禮。此次會面是這是自從九世班禪與十三世達賴喇嘛失和后，27年以來班禪與達賴第一次相聚。十世班禪在拉薩期間，堪布會議廳與噶廈政府討論并解決了恢復班禪固有地位和職權的問題。6月9日，十世班禪從拉薩啟程。6月23日十世班禪回到了位于西藏日喀則的扎什倫布寺。
1954年9月，十世班禪同達賴喇嘛一同前往北京，出席了第一屆全國人民代表大會第一次會議，討論憲法草案，期間并發言。，27日當選為全國人民代表大會常務委員會委員，12月25日當選為全國政協副主席。在此期間，十世班禪多次與毛澤東、劉少奇、周恩來等領導人會面。
1955年2月23日藏歷木羊年正月初一，十四世達賴和十世班禪前往中南海向毛澤東、劉少奇、周恩來等領導人拜年。24日下午，十四世達賴和十世班禪在中南海舉行宴會，毛澤東、劉少奇、周恩來等領導人應邀出席。會上，十世班禪致辭“深深地認識到這只有在中國共產黨和毛主席領導下和祖國溫暖大家庭中，才能如此尊重少數民族的風俗習慣，才能如此關懷備至。這是毛主席偉大民族政策的光輝。”
1955年3月9日，國務院總理周恩來主持召開了第七次國務院全體會議，專門討論西藏工作。會議通過了《國務院關于成立西藏自治區籌備委員會的決定》，決定由第十四世達賴喇嘛任西藏自治區籌備委員會主任委員，第十世班禪額爾德尼任第一副主任委員，張國華為第二副主任委員。此外，會議還通過了《國務院對西藏地方政府和班禪堪布會議廳委員會之間關于歷史懸案問題的談判達成的協議的批復》。3月12日，十世班禪結束了對內地的視察訪問，離開北京返會西藏，參與西藏自治區的籌備。當天，毛澤東與汪鋒、計晉美等到暢觀樓與十世班禪交談，毛澤東對十世班禪說：“每個民族都應有自己的民族領袖，西藏有達賴和班禪這樣的領袖是很好的。”對此，十世班禪感到十分驚訝，毛澤東于是重復了一遍，十世班禪于是回答到：“我不是領袖，只有毛主席是各族人民的偉大領袖。”毛澤東再次回應說：“您就是領袖嘛！我看在西藏，不能只喊‘毛主席萬歲！’、‘朱總司令萬歲！’，還要喊‘達賴喇嘛萬歲！’、‘班禪喇嘛萬歲！’”。離開北京返回西藏途中，十世班禪開始學習漢語，三年后已掌握二到三千個漢字，可以閱讀一般的漢文文件和書報。同時，十世班禪還學習了中國歷史、中國共產黨黨史等。在佛學方面，在恩久經師的指導下，十世班禪仔細閱讀了五部大論、慈氏五論和四續部。
從1955年下半年開始，中華人民共和國政府在內地推行社會主義改造和農業合作化運動，并在金沙江以東包括川、滇、甘、青的藏區開始實行土地改革，隨即藏區發生了民變，且規模日益擴大，中共稱此為“康巴叛亂”。在對四川、青海等地藏區農牧業強行進行社會主義改革時，大量摧毀寺院，強迫僧人還俗，許多普通群眾被打成“叛匪”，結果造成人民生活陷入困苦。
1956年4月22日，西藏自治區籌備委員會成立，十世班禪任籌委會第一副主任委員。在成立大會上，十世班禪積極主張土地改革，還提出要在自己所屬的春堆莊園首先進行試點，為“如何改革封建農奴制度，解放農奴和奴隸”摸索經驗，時任國務院副總理陳毅率領中央代表團前往西藏做了大量工作。在土地改革開始后，十世班禪的父親為順應時勢，主動從拉薩前往日喀則為自己曾是農奴主階級而向群眾道歉，還表示要自我改造。然而，在之后的群眾斗爭中，十世班禪的父親依然遭到了毆打。
11月，應印度政府邀請，十世班禪與達賴喇嘛一同前往印度參加釋迦牟尼涅槃2500周年紀念活動，并在印度各地朝拜和參觀訪問。在印度期間，獲印度婆羅奈斯佛教大學榮譽佛學博士學位。當時西藏獨立勢力在印度活躍，周恩來正在印度訪問，并與十世班禪和達賴喇嘛進行了會談，十世班禪表示絕不受外界影響，并強調要遵守《十七條協議》。1957年1月29日，十世班禪先行回國。
1958年，十世班禪在西藏日喀則扎什倫布寺辯經大法會上考取了“噶欽”學位。自1958年起，十世班禪在青海塔爾寺和扎什倫布寺開講《菩提道次第廣論》、《時輪金剛灌頂法》等顯密佛教經典，并精心鉆研宗喀巴的著作。
1959年3月10日，西藏拉薩爆發反對中華人民共和國政府統治的武裝暴動，隨后與中國人民解放軍發生激戰。17日十四世達賴喇嘛率人撤出拉薩。28日，總理周恩來下令將西藏噶廈政府解散，并由西藏自治區籌備委員會行使西藏政府職權，任命十世班禪為籌備委員會代理主任委員。29日，十世班禪向北京發電報，表示支持國務院的決定，并從日喀則趕往拉薩，行使代理主任委員職權。4月1日，達賴喇嘛抵達印度，在印度組織西藏流亡政府，致力于“西藏獨立運動”。
同年4月14日，十世班禪率領西藏代表團抵達北京，準備參加了第二屆全國人大第一次會議。當晚，周恩來在中南海為其舉行宴會。15日，毛澤東召集第十六次擴大的最高國務會議，重點談論西藏問題。十世班禪大師出席會議并在人大全體會議上作了長篇發言，闡述了“西藏在平息叛亂和改革中取得的偉大勝利，嚴厲譴責一小撮反動分子背叛祖國、妄圖阻擋西藏社會進步的罪行。同時，真誠希望達賴喇嘛回到祖國懷抱，共同建設新西藏”。6月28日，十世班禪主持召開了西藏自治區籌備委員會第二次全體會議，討論了平叛與改革等政策和措施。會議通過了《關于進行民主改革的決定》。十世班禪在這次會議上提出“憲法進廟”，主張對寺廟實行民主管理。8月7日，西藏工委發布了《關于班禪堪廳地區民主改革的指示》，成立“雙反委員會”，任命劉鵬（日喀則專署專員）為主任，納旺金巴（班禪堪廳副主任）、土丹尼瑪為副主任，帶領扎什倫布寺3500余名僧人學習并進行“反封建特權、反封建剝削和算政治迫害賬、等級壓迫賬、經濟剝削賬”的“雙反三算”運動。運動進行7個月后，依照班禪的意見，保留1968名僧人并組成了民主管理委員會。
1959年9月，十世班禪前往北京參加建國十周年慶典，在歡迎會談話上譴責美國操縱聯合國大會把西藏問題列入聯大議程。但在十世班禪的一生當中，從未斥責或批評過達賴喇嘛，并多次拒絕譴責達賴喇嘛。10月至12月，在中共中央的決定下，十世班禪在李維漢、陳叔通、汪鋒等的陪同下，前往重慶、南昌、上海等城市參觀訪問、療養，并開了一個小型的“神仙會”，會后形成了《李維漢同志和班禪副委員長談話紀要》。
1961年1月23日，十世班禪與毛澤東會面，毛澤東表示“反右必出‘左’，日喀則有些群眾抄了班禪父母、計晉美和拉敏等人的家，這種行為是不對的”，并對十世班禪說：“過去有十一萬喇嘛，現在留下幾千人專門學經，有近十萬人從事生產，這對發展經濟和人口有很大好處。”“你們是愛國進步人士，我們從香日德起就合作”，“我們一起搞了這樣久，從1959年以來，在平叛、改革等大政方針上，我們都是一致的，始終一致合作”，“我告訴你一個辦法，你有什么不滿，有什么意見和問題，就向他們講。聽說你有這個作風，很好。你所想的他們不知道不好。工委給我們匯報說他們滿意，覺得你講真話，有時你同他們開個座談會，把你的牢騷也發出來，雙方一講就通了。”會上，毛澤東指出，西藏現在要糾正“左”的偏向。1月24日，十世班禪與周恩來會面，周恩來對十世班禪說：“你們談得好。我們相處十一年了，見面什么話都可以談。”“只要不背叛祖國，不壓迫群眾，保守一點，慢一點不要緊。今后我們之間多談心，成為‘隨便、自由、不客氣’的朋友。”十世班禪雖然仍心有疑慮但仍深受鼓舞。同年4月29日，十世班禪主動提出了結束班禪堪布會議廳委員會的報告，并在7月9日得到國務院的同意。隨后，十世班禪指示下屬將印信文書檔案交給西藏自治區委員會。
1961年9月，十世班禪前往北京參加國慶活動。隨后半年，十世班禪曾到西藏、四川、青海、云南諸省藏區訪問考查，在發現人民公社的問題及執行民族、宗教、統戰政策的問題后，質問中國共產黨四川干部“共產黨的宗旨是全心全意為人民服務，你們為什么不為老百姓說話？為什么不向中央反映真實情況？為什么在人民的苦難面前閉上眼睛？”十世班禪在四川甘孜藏族自治州視察時，州負責人向他匯報甘孜、阿壩兩個自治州在平叛、改革后廣大勞動人民獲得了翻身解放，生產發展了，生活改善了。他隨即打斷其談話說：“甘孜、阿壩是開展平叛、改革最早的地區，平叛五六年還平息不下去，你們這里平叛擴大化現象非常嚴重，匪民不分，把大批勞動人民、基本群眾打成‘叛匪’。在改革時，大批寺院被毀壞，喇嘛被強迫還俗……許多老百姓吃不飽肚子，甚至有餓死人的現象。”“有人批評我，老講民族、宗教問題。我是活佛，是藏族，談民族問題、宗教問題是很自然的呀。你們在座的都是共產黨員吧？你們為什么不為老百姓說話？為什么不向中央反映真實情況？”
對此，十世班禪認為自己有必要有責任向中央反映問題，并把此想法告訴了身邊的人，但遭到了他們的反對。十世班禪的經師恩久活佛（曾為九世班禪的行轅參謀之一，與九世班禪一起到青海，并主持過尋訪九世班禪的轉世靈童）更極力勸阻，并特意提醒他1957年反右運動和1959年廬山會議后的反右傾記憶猶新，因此不可輕舉妄動。恩久活佛對十世班禪說到：“達賴活佛已經走了，現在只剩下你一個，要是你有不祥，不只是你，也不只是我們扎什倫布和后藏的事，整個藏區的政教事務都會受到影響，幾百萬藏民會感到沒有依靠。” 但十世班禪認為自己的目的是為了搞好西藏的工作且沒有私心并回答到：“只要民族振興，人民幸福、佛法宏揚，我個人暫受一點冤屈，也無需愧悔”。于是他力排眾議在當年年底，由于漢語不夠好，開始用藏文起草《七萬言書》，耗時五個月。
1962年4月21日至5月29日在北京召開的民族工作會議上，時任中共中央統戰部部長李維漢檢討了“平叛擴大化”時所犯的錯誤，并要求加緊“甄別糾正”，當時的氣氛表面上有所解凍。藏傳佛學高僧中國佛教協會會長喜饒嘉措在會上對中國共產黨領導進行了尖銳的批判：“我今天要說句真心話，你們有些做法太失人心，蔣介石、馬步芳沒有做過的事，你們做了……你們老愛回避實質問題而搞數字游戲??我也向您學習，用幾個數字，講講你們這幾年的毛病：一說假話，二不認錯，三亂整人，四無佛心，不講人道……”。對此進行翻譯的人員一度不敢進行翻譯工作。
5月初，十世班禪基本寫完了藏文稿，后請人翻譯成漢文，以《關于西藏總的情況和具體情況以及西藏為主的藏族各地區的甘苦和今后希望要求的報告》為題遞交給國務院。在該文中，十世班禪提出“七個認識”，認為中國共產黨“平叛”和“民主改革”中出現的錯誤和問題極其嚴重：一、對自治權利的認識；二、對中央和地方干部過問西藏問題的認識；三、對是否要消滅藏族問題的認識；四、對是否要消滅宗教問題的認識；五、對叛亂原因的認識；六、對地方錯誤的認識；七、對國家前途問題的認識。在此意見書中，十世班禪認為“西藏的叛亂是具有反黨、反祖國、反人民和反民主、反社會主義和反革命的性質，罪惡很大。黨采取平叛的政策是非常正確、非常必要的，而且是適時的。”但他也指出“改革后佛教遭受巨大的衰敗而瀕于滅亡，我們藏人于心不忍。”實行專政的過程中“很多在押犯悲慘地死去了，幾年來，藏族人口有很大減少，這對藏族來說，是個很危險的問題。”平叛擴大化時，青、甘、川、滇藏區有的地方“除老幼婦女等不能打仗的外，其余青壯年男子以及通情達理的人，大部分被逮捕關押了。”十世班禪通過列舉大量事實，說明了在平叛、改革中出現錯誤和問題十分嚴重，還強調：這些問題和錯誤若不認真加以糾正，藏族將面臨滅族滅教的嚴重危險。
針對西藏實行民主改革中的“無產階級專政”的場面，十世班禪表示：
針對民主改革中對待宗教的問題，十世班禪表示：
針對解放軍進入西藏后宣傳的舊西藏的黑暗與落後與共產黨帶來的光明等，十世班禪表示:
5月下旬，國務院總理周恩來前往東北前向中央有關領導及中央統戰部、中央民委、西藏工委交待，囑咐與十世班禪協商、談心。《七萬言書》發布后，十世班禪將其送達中央領導和相關部門，引發了高度重視。依照周恩來的指示，李維漢與張經武、張國華、王其梅、夏輔仁、阿沛·阿旺晉美、帕巴拉·格列朗杰及平杰三、劉春等人一同召開參加了會議，與十世班禪一同研究相關提問題，并商量解決辦法。7月19日，會議形成了四個重要文件，分別為：《加強自治區籌委會工作，改進合作共事關系》；《關于繼續貫徹執行宗教信仰自由政策的幾項規定》；《繼續貫徹執行處理反、叛分子規定的意見》；《培養和教育干部的具體辦法》。
周恩來回到北京后再次詳細研究了十世班禪的《七萬言書》及四個文件。7月24日下午，周恩來與十世班禪再次會面，回答了《七萬言書》中提出的問題，在《七萬言書》中“問題擺出來了，就必須要解決。但并不等于說你提的問題都對，有對的，有不對的。因為有這兩方面的情況，所以要慎重研究。對的就接受過來，不對的正面給你提出意見，提出批評。你有意見可以保留，也是許可的。”
8月初，十世班禪回到西藏。8月13日到9月2日，譚冠三主持召開了西藏工委第六次擴大會議并傳達了周恩來與李維漢等對西藏工作的指示，十世班禪對此感到很高興。但隨后形勢突變，北戴河會議上，毛澤東提出了“千萬不要忘記階級斗爭”、“階級斗爭要年年講、月月講、天天講”的號召，并批評了李維漢，認為李維漢“統戰部不抓階級斗爭，搞投降主義。”在看到《七萬言書》后，毛澤東將此定性為“無產階級敵人的反攻倒算”。
1962年9月召開的中共八屆十中全會期間，國務院副總理習仲勛被打成“習仲勛反黨集團”的首要分子。不久，李維漢被免去中共中央統戰部部長職務。習李二人的免職直接影響了十世班禪。9月底，國家主席劉少奇辦公廳主任張經武飛往拉薩，傳達北戴河會議的內容。西藏相關領導認為，李維漢向班禪投降，對班禪“向黨猖狂進攻”一味“遷就、妥協”，助長了班禪的“反動氣焰”。十世班禪對此非常震驚，并在此之后與西藏工委主要負責人關系日趨緊張，分歧日益加深。工委不斷對他“批評教育”，而他的西藏自治區籌委會的工作也被停止。會后，有人批判《七萬言書》為“農奴主奪無產階級專政的權”、“反黨反社會主義的反動綱領”，并與彭德懷在廬山會議上提出的“八萬言書”呼應，“一個在黨內，一個在黨外，共同向黨進攻”。還有人認為十世班禪的意見與中印邊界問題有關，“具有國際背景的階級斗爭”。對此，十世班禪表示無法忍受，并說：“我這個人看到‘左’的錯誤，看到不合理現象，看到老百姓吃苦受難，從心底感到氣憤，根本坐不住。要我不講話，或者講好聽的假話，或者閉上眼睛，我根本辦不到，這大概叫‘江山易改，本性難移’吧！”。
1963年全年到1964年初，十世班禪被禁錮在一棟小樓內，十分消沉痛苦。他想見毛澤東、周恩來但未得到回應。此后，十世班禪開始求助神佛，請占卜師卜卦，向佛、菩薩祈求托夢，并希望神靈可以為其辨明是非。
1964年，十世班禪遭到批斗。
1964年年初默朗木慶典（即傳召法會）期間，十世班禪出人意料地在拉薩傳召大法會上對有一萬藏人參加的講話中提出西藏有權獨立并號召西藏獨立，支持并贊揚了達賴喇嘛，稱達賴喇嘛才是西藏人民真正的領袖。中共原逼迫班禪喇嘛批判達賴喇嘛，但班禪喇嘛卻公開說“西藏曾經是一個獨立的國家，達賴喇嘛是我們的國王，今後西藏還有獨立的權利、還會成為一個獨立的國家，最後祝願達賴喇嘛長壽”，等於向西藏人民發出復國的號召，十世班禪當場遭到拘禁，并在受到了連續七天的秘密審訊后消失，長期失去自由。
1964年9月18日至11月4日，在西藏自治區籌備委員會第七次擴大會議期間，十世班禪受到嚴厲批判，被指控“反人民、反社會主義、蓄謀叛亂”。會上，十世班禪據理力爭毫不妥協，甚至大吵大鬧，拍桌子摔茶杯，但發言被多次打斷，為此，十世班禪還獲罪“態度惡劣”、“抗拒改造”。會上，“翻身農奴代表”聲淚俱下地指控十世班禪殘酷壓迫剝削農奴，犯有滔天罪行，并批判他是“最大的反動農奴主之一”。隨后，會議批判了“班禪叛國集團”，指控十世班禪陰謀“背叛祖國”，搞“西藏獨立”，指控原堪布廳的主要成員是“班禪集團”的“黑干將”、“黑高參”。此外，會議還指控了十世班禪在日喀則和拉薩的“班禪集團反黨叛國罪行展”，并發動“百萬翻身農奴大張旗鼓地揭發批判，憤怒聲討”。在會議期間，十世班禪的家被抄，查出大批卦辭，并被認為是“向黨進攻”、“詛咒共產黨、詛咒毛主席”的罪證。十世班禪一度成了西藏階級斗爭的主要對象，被認為是西藏各族人民“最危險的敵人”。當月，由周恩來安排，班禪舉家搬到北京已故副委員長沈鈞儒的寓所居住，仍受到副委員長的待遇。期間，十世班禪參加了國家民委辦的學習班，還被安排到低壓電器廠接受勞動改造。12月17日，國務院決定撤銷十世班禪的西藏自治區籌委會副主任委員及代理主任委員職務，僅保留委員職務。在此后舉行的第三屆全國人大第一次會議和第四屆全國政協第一次會議上，十世班禪還被撤銷了全國人大常委會副委員長和全國政協副主席的職務，只保留了全國政協常務委員一職。原班禪堪布會議廳的主要成員及十世班禪的身邊人員，如詹東·計晉美、恩久·洛桑群培、頓吉·索朗多吉、嘉雅·洛桑丹白堅贊等人也在1964年受到批判及處理。
文化大革命爆發后，部分斗爭矛頭指向了達賴喇嘛和十世班禪。周恩來對紅衛兵表示對烏蘭夫、十世班禪等少數民族領袖人物要加以保護，如果他們有問題可以寫材料揭發，也可以背對背批判，但不能揪出批斗。因此，十世班禪在初期生活相當平靜。
1966年8月末，中央民族學院的一些人強行進入十世班禪的住處，將十世班禪押送到學院，召開了大規模的批斗會并成立了“揪鬥班禪聯絡站”、“批判班禪指揮部”等組織，爭相批斗班禪。其中，批斗罪名包括虐待毆打家中保姆，喜好男色等。在周恩來的協調下，十世班禪由北京衛戍區轉移到北京政法學院接受“監護”，與被“北航紅旗”揪回的彭德懷關押在同一地點。 兩個多月后，得到周恩來指示，十世班禪被衛戍區送回了寓所。
1968年2月，十世班禪被再次帶走，并以隔離監護的名義囚禁在秦城監獄，與外界失去聯系。在獄中，十世班禪受盡折磨。在監獄中，十世班禪十分憤怒，經常猛烈地敲打鐵門并呼喚：“打開鐵門、把我拉出去，交給群眾批斗。”“你們為什么不批判我，不提審我，我要見人，我要說話！”有時，十世班禪故意將飯碗打翻，或在放風時故意用腳踹警衛，以激怒他們和他們吵架。由于監獄管理員都為漢人，十世班禪沒有機會使用藏語。在獄期間，警衛每天送飯前都會遞一張藏文紙條，詢問十世班禪想要甚麼餐點。但是，那時十世班禪還不懂漢文，因此受到很大的刺激。于是，他給監獄長提意見，要了一本《新華字典》，并將其“從頭到尾反復背誦”。同時，他主動和監獄管理人員談話，以學習普通話，并艱難地閱讀了《毛語錄》、毛詩詞等毛澤東著作和中文報刊，將一本《新華字典》翻爛。出獄后，十世班禪曾說：“這本小字典，是我最好的老師，我要把它作為珍貴文物好好保存。”通過數年獄中的刻苦自學，出獄時，十世班禪已能流利地說漢語，漢文水平與社會知識進步較大。十世班禪的牢房與原北京市副市長萬里較近，兩人關系因此較為親密。
因受十世班禪1962年《七萬言書》一案的牽連，八十歲的喜饒嘉措在文革中受到批斗被被打斷一條腿，并在受盡折磨后于1968年死去。1969年，一度有報道稱十世班禪已經在監獄內死亡。
在文革期間，西藏本土興起的紅衛兵狂熱地參與了“破四舊”，在文化方面造成巨大破壞，藏民大多篤信佛法，因而對於共產黨深為反感。文革結束后，中華人民共和國政府在藏區的政治影響力受到巨大挑戰，而重新獲得自由的十世班禪則享有了極大的聲望。在文革的運動中，一批積極參加文革運動的藏區本土干部被十世班禪視為“投機鉆營分子、地痞、流氓無產者”。與此同時，文革時期一度熄滅的宗教熱情在藏區恢復。當時，雖然遭到共產黨長期嚴厲批判，當中華人民共和國政府與十四世達賴接觸達賴代表團回國時，其代表團仍然出人意料地得到了萬人空巷的歡迎。進入八十年代后，西藏局勢的不穩定隨之而來。
1977年10月，十世班禪獲釋，但被軟禁于北京直至1982年。出獄后，十世班禪過上了普通人的生活，每天他很早起床，念完晨經后外出跑步，從北京站一直跑到天安門廣場。還與其他北京人一同作體操，與見面的陌生人問聲好。跑步后，吃過早點看書學習。有時到胡同裏散步，有時自己買菜和日用品。與此同時，十世班禪開始對自己的“七萬言書”反省，并認為自己在文革中的遭遇并不委屈，并表示：“過去我確實犯了錯誤，說了一些錯話，做了一些錯事，今后我準備好好總結一下，再給中央寫個檢討報告。”在一次談話中，十世班禪談到“過去我被人扶在寶座上，接受眾人拜見，就連我自己的父母來見我，都要給我磕頭。那時我不知道天高地厚，但是現在我知道了，那樣做是錯誤的。一個不知道天高地厚的人，什么事情也辦不成，現在越想越可笑。”
1978年，十世班禪與其他民主人士組成代表團到外地考察，原69軍軍長董其武是考察團副團長。考察之中，十世班禪和與其年齡相近的董其武的警衛關系較近。于是，十世班禪委托該警衛員給自己介紹結婚對象，得到該警衛員答應。回北京后，該警衛員介紹了董其武的外孫女李潔。19歲的李潔出于好奇帶著自己的五姨見了班禪，而十世班禪一見傾情直接向其求婚。李潔被十世班禪的氣質所吸引，愿意放棄第四軍醫大學的學業與十世班禪結婚，但遇到輿論阻力和女方家人的反對，李潔的外祖父董其武也不同意。對此，十世班禪說：“喇嘛結婚并不違反教規。達賴喇嘛的哥哥嘉樂頓珠結了婚，達賴的弟弟也結了婚，他們都是活佛，可見一定程度是可以結婚的。”為此，他們二人向中共中央發出報告，申請結婚。1978年6月，在得到鄧小平批準同意后，二人領取了結婚證書并舉行了隆重的結婚典禮。李先念、張愛萍、楊得志、阿沛·阿旺晉美、趙樸初等出席了婚禮。婚后，李潔成為他的妻子兼秘書，并育有一女。
1979年，對于西藏獨立運動，十世班禪表示：“我維護祖國統一的立場是堅定不移的，對于分裂祖國的行徑，我過去反對，現在反對，將來也反對，我愿為維護祖國統一的偉大事業作出最大犧牲。”7月2日，十世班禪在政協五屆二次會議上被增選為全國政協副主席。1980年9月，當選全國人大常委會副委員長。但由于“左”的錯誤影響，十世班禪當時尚未獲得徹底平反，依然戴著「反人民、反社會主義、蓄謀叛亂」的三頂帽子。之后不久，十世班禪前往藏區視察。出發前，全國政協主席鄧小平和十世班禪談話，稱贊他是“我們國家一個最好的愛國者，是擁護國家統一的。” 視察中“你自己的活動，可以放手，不要顧慮。”“你在這次下去的時候可以說，文化革命中那些事情都錯了。你不要怕，就說這是中央領導同志講的。”
此后，十世班禪七次去西藏，三次去青海，兩次去四川藏區視察。在此期間，十世班禪也曾率領代表團前往的澳大利亞、新西蘭、尼泊爾及南美玻利維亞數國進行訪問。出國訪問期間，十世班禪曾收到來信勸其趁出國訪問的機會到自由國家避難，十世班禪對此回答到“我和達賴喇嘛是教友，我尊重他，但我們走的路不一樣。”十世班禪任中華人民共和國憲法修改委員會委員，援助西藏發展基金會主任委員，中國佛教協會名譽會長，中國藏語系高級佛學院院長。
1982年，離開西藏18年之久的十世班禪回到西藏，受到了數千藏人的歡迎。一周后，他重開了扎什倫布寺的佛塔，當地三萬居民參加了相關儀式，該寺曾存放了五世至九世班禪的遺骨，文革時期被紅衛兵肢解拋棄，后被藏人找回。從當年起，十世班禪在以國家領導人和宗教領袖的雙重身份下訪前往藏區各地訪問，在發表談話中，十世班禪號召信徒群眾不要再奉獻錢物和布施，認為這些原本只是送給活佛舉行象征意義的見面禮，但是由于有人把它誤認為是祈福贖罪的代價，并認為奉獻的越多就越虔誠，導致了一些群眾傾家蕩產，為此與教義不符且加重了生活負擔，應該予以改革，并表示：“這種對奉獻的誤解行之已久，積累成習，需要由宗教界自己去改革，看來需要我帶個頭，從教義的角度向信教群眾講清道理，勸導他們逐步改變這種習慣。”此后，十世班禪在每次訪問藏區期間都聲明不收奉獻和布施。但仍舊有許多信眾堅持該習慣。十世班禪有時把收到的現金交予當地政府用于教育文化事業，有時則留給寺廟，或者直接捐給當地的學校和幼兒園。根據不完全統計，1982年到1988年間，十世班禪先后在當地捐款20萬元。
1983年6月，女兒堯西·班·仁吉旺姆于北京降生。
文革期間，《格薩爾》被批判為“大毒草”，《格薩爾》的各種抄本、刻本、譯本、文物、畫卷等在藏區各地遭到焚毀。文革結束后，《格薩爾》得到平反，1980年社科院少文所和民研會為搶救《格薩爾》成立了《格薩爾》工作組。1986年5月，十世班禪與中國《格薩爾》工作組成員會面并留影。
1986年11月，十世班禪率領全國人大代表團訪問尼泊爾，向居住在尼泊爾的藏族人講經摸頂，收到奉獻布施4萬余盾尼泊爾盧比。訪問后，十世班禪將所得大部分捐給了釋迦摩尼誕生地的藍毗尼建設委員會。12月9日，十世班禪與趙樸初、趙沨和呂驥等前在出訪歐洲前前往中央音樂學院參加了“北京佛教音樂團”舉辦的音樂會。
1987年3月28日，十世班禪在全國人大小組會上發言時談到：“1958年我在青海聽到黨內文件上說‘要挑起叛亂、壓出叛亂，然后在平叛過程中，徹底解決宗教和民族問題’”。7月17日，十世班禪表示：“我們今天在這里歡聚一堂的時候，自然想到達賴喇嘛和國外的藏族同胞。他們遠離故土、流落異國，脫離祖國，離別同胞，這是任何的愛國之心、有愛民族之心的人所不堪的。作為同一民族的同胞兄弟，我對他們的這種處境歷來十分關切。特別是對達賴喇嘛本人，由于他和我同是佛門弟子，同是歷史上形成的黃教教主宗喀巴衣缽的傳承人，是很好的教友，我對他更為關切。”9月1日，十世班禪在北京的西黃寺主持創辦了中國藏語系高級佛學院。
1988年2月8日、9日，十世班禪表示1987年10月，警察向圍攻警察局的人群開火警告，造成人員死傷，與中國官方宣稱沒有人員死亡的說法沖突。同年，十世班禪與阿沛·阿旺晉美在西藏自治區大會上一同倡議并通過了《關于學習、使用、發展藏語文的若干規定》的決議，以推動對整個藏區民族文化、語言、文字的教育。4月，在全國人大七屆一次會議中外記者招待會上，十世班禪回顧自己的歷史時表示：“我在監獄里沒有死掉，主要是周恩來先生的恩情。”5月，全國人大常委會決定對十世班禪進行平反。
由于文革期間，中國當時僅存的一套官刻《乾隆版大藏經》的經板7萬多塊經板中約有1萬塊遭到毀壞。1987年，中國佛教協會、北京市文物事業管理局、文物出版社決定重印《乾隆版大藏經》。1988年11月24日，十世班禪前往人民大會堂西藏廳參加了《乾隆版大藏經》發行儀式，并為重印的大藏經題詞：“戒惡行善，克己自律，乃佛法也。弘揚佛學，利益眾生，愿一切虔誠的信徒康福長壽。遍行善事乃眾生幸福之源。”此外，他還說到：“‘文革’期間有很多珍貴的文物被毀，西藏地區也有許多珍藏的藏傳佛教珍貴文物也都被毀掉了。沒關系，會有大護法補刻上毀掉的經板。”
1989年1月9日，十世班禪乘專機從北京動身前往西藏日喀則扎什倫布寺，主持班禪東陵札什南捷開光典禮（五世至九世班禪大師遺體合葬靈塔祀殿）。全國人大常委會副委員長習仲勛送行時說：“這個季節西藏缺氧嚴重，你要注意自己的身體，不要性急，要勞逸結合。”十世班禪說：“開光典禮辦完，便遂了我最大的心愿，就是死了也瞑目。”習仲勛說：“佛祖不要你走，馬克思也不要你走。”陪同班禪一同出行的包括李佐民、任仁等人外，還有班禪的父母、經師及習仲勛送的黑背狼犬。
1月10日，十世班禪參拜了大昭寺朝拜釋迦牟尼佛像，誦經祈禱。1月11日上午，中共中央委員、西藏自治區黨委書記熱地，向十世班禪歸還60年代從班禪家中沒收的檔案材料，其中包括了《七萬言書》手稿和照片、夢兆錄、卦辭等。十世班禪對此說到：“你們看，這意見書，全是我親手書寫，親自修改的，為了它，我花了不少心血。批判時，說是這個人寫的，那個人寫的，冤枉了不少人。”