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1945年（民國三十四年）8月中旬以來，國共兩黨軍隊全面爭奪受降權和受降地區，蔣介石就命令國軍沿平綏、同蒲、平漢、津浦等鐵路，向華北推進受降。其中，傅作義部隊則沿平漢線已逼近張家口。為了延遲國軍向華北和東北推進，中共除全面破壞華北縱向鐵路外，另命劉伯承、鄧小平率部發起上黨戰役，晉察冀軍區舉行了平綏戰役阻止國軍北上。
9月19日，中共中央發出指示，規定中共軍隊在全國的戰略方針是“向北發展，向南防御”。此時中共陸續派遣十名中央委員（含四名政治局委員），2萬名干部，11萬大軍挺進東北，劉少奇還特意囑咐，派往東北的干部不要帶武器，一律穿便裝，打扮成勞工模樣，“你們要趕快去搶”。10月11日，剛從重慶簽署和平協議返回延安的毛澤東更訂下完全占領東北的詳細計劃，“首先保衛遼寧，安東，然后掌握全東北”。
此時，國軍也全力爭奪東北和華北地區，據中共報紙報道，此時國軍下發《剿匪手本》，著手“剿匪”事宜。
為配合中共占領東北，蘇聯紅軍則采取各種措施。渤海灣蘇聯軍艦默許并提供情報協助山東地區的共軍直接赴遼東半島。10月12日，東北蘇軍司令部就撤軍問題與國府東北行營主任熊式輝在長春談判，拒絕國軍從大連登陸。10月18日，又阻止運送國軍的美艦在葫蘆島登陸，由此被迫在秦皇島登陸。隨后在進發到山海關遇到中共阻擊，釀成軍事沖突。
重慶沙坪壩大學區學生游行，要求政協會議只能成功不能失敗
政協會議推選孫科、周恩來、邵力子等人接見學生，完全接受學生要求
10月20日，周恩來與張群等人預定在11月初舉行政治協商會議，因軍事沖突擴大，不得不延期。此時，各大媒體報紙要求召開政治協商會議的評論風起云涌，第三方面人士也催促政協早日召開。此時昆明學生舉行罷課，要求反內戰。由于此時中共代表再度延遲來渝，輿論焦點集中在中共方面。媒體強烈要求中共盡速前來協商和平。
而此時美國態度也發生變化，美國國務院11月7日通知美國駐華使館，要求將建立民主的聯合政府作為援華條件。赫爾利將軍回復美國政府時對此指示表達不滿“目前關于中國之內情，有種種授意之錯誤情報在美國發表”，并公開譴責說“武裝的共產黨企圖使一部分日軍向共黨而不向蔣委員長或中國國民政府投降，其目的在取得日方武器，使武裝之共產黨，能籍在中國另行樹立一政府，推翻中華民國國民政府”。
中共夸獎美國政府的方針，認為赫爾利的談話與美國政府的愿望相反。最終，赫爾利于11月26日辭職。隨后繼任赫爾利職務的是二戰名將喬治·卡特里克·馬歇爾，其任務是駐華大使兼任美國總統特使調停國共沖突。
12月15日，杜魯門總統依據馬歇爾的意見，發表著名的對華政策聲明，聲明摘錄如下
這份聲明是馬歇爾對華政策的根本綱領。赫爾利是把國民政府當作中國唯一合法的中央政府，竭力維持其存在；馬歇爾則把中共與國民政府當作競爭對手，平等看待，目標是建立聯合政府。他以為，只要聯合政府建立，中國就統一，一切問題就解決了。
經過兩個月的延宕，中共政協代表團終于在12月16日抵達重慶，現在所剩唯一問題，就是如何使得愈演愈烈的國共沖突停下來，以便給政協會議創造氣氛，故馬歇爾來華第一項任務就是停戰談判。
政府代表張群、美國調停代表馬歇爾、中共代表周恩來
在國內外壓力下，國共代表開始在12月27日舉行停戰談判。雙方各自提出停戰方案，并由馬歇爾將軍居中調停，往返協商。雙方于1月5日達成初步協議，停戰辦法3條：
最終雙方圍繞赤峰，多倫歸屬問題爭吵多日后，國民黨讓步，雙方1月10日簽署停戰令。
國民政府主席蔣介石在政協開幕式致開幕詞
政協開會地點是國民政府禮堂
1946年（民國三十五年）元旦，國民政府主席發布元旦公告，蔣介石呼吁中共方面要維護國家統一，雙方舉行會議以政治方式解決爭端，此為政治協商會議開會的序幕。
1月6日，國民政府成立秘書處，并公布召開政治協商會議辦法七條并全體會員名單。原定國共各9人，但是因青年黨脫離民盟后堅持要求和民盟平起平坐，代表人數相等，故國共兩黨商議私下將各自名額送給民盟，使得民盟人數高達9人，而國共人數降為8人和7人。
一、中國國民黨：孫科（立法院院長）、吳鐵城（國民黨中央黨部秘書長）、陳布雷（國防最高委員會副秘書長）、陳立夫（黨組織部長）、張厲生（行政院內政部長）、王世杰（行政院外交部長）、邵力子（國民參政會秘書長）、張群（四川省政府主席）
二、中國共產黨：周恩來（中共中央副主席、中共代表團團長）、董必武（國民參政會代表）、葉劍英（八路軍參謀長）、吳玉章（國民參政會代表）、王若飛（中央委員駐渝代表）、陸定一（中共中央宣傳部長）、鄧穎超（婦女部長；周恩來夫人）
三、中國民主同盟：張瀾（國民參政會代表兼民盟主席）、羅隆基（西南聯大教授兼民盟宣傳部長）、張君勱（參政會員中國國家社會黨代表）、章伯鈞（第三黨委員長）、張東蓀（中國國家社會黨代表）、沈鈞儒(中國人民救國會代表)、黃炎培（中華職業教育社代表者）、梁漱溟（鄉村建設派代表者）、張申府 （清華大學教授）
四、中國青年黨：曾琦（主席）、陳啟天（國民參政會代表）、楊永浚（華南方面責任者）、余家菊（大學教授參政會員）、常乃惪（大學教授參政會員）
五、無黨派：莫德惠（參政會員）、邵從恩（參政會員）、王云五（商務印書館支配人參政會員）、傅斯年（大學教授參政會員）、胡霖（大公報支配人參政會員）、郭沫若（左翼作家）、錢永銘（交通銀行理事長參政會員）、繆嘉銘（西南民族資本家代表）、李燭塵（華北工業資本家）
1月7日下午，政協預備會議（茶話會）在國民政府軍事委員會會議室舉行。
周恩來在政治協商會議上做報告
1月10日，大會開幕，代表首先恭讀《國父遺囑》，然后大會主席宣布國共已經下達停戰令即刻發布，會場上掌聲雷動。隨后，蔣中正親臨主持并致詞。蔣中正致詞完畢后，又繼續宣布政府決定實施的四項承諾：
中共代表團合影
1月11日，政協舉行第二次會議，張群代表政府提出迅速停戰，盡快遣送日本戰俘，設立軍事調處執行部，設委員三人，組成三人小組，負責停止沖突恢復交通的實施。周恩來代表中共提議：無條件停戰，盡快解決內戰問題，將談判內容公開，消弭內戰恢復交通，并基本同意推選參政會公正人士成立軍事考察團。12日上午舉行的第三次大會則由國共代表向大會匯報兩個月前重慶談判的經過，并決定參加軍事考察團人選。
1月10日，政協于國民政府禮堂開幕。
改組政府各方觀點
保留原先訓政時期約法，政府擴大容納各黨
廢除訓政時期約法，原政府全面改組
議題討論開始于第四次會議。國共雙方在政府組織方面達成共識，即現政府需要擴大容納其他政黨。但就如何改組政府卻有分歧，國民黨和青年黨傾向于維持訓政系統，即是這個新政府依舊向國民黨負責，而加入各方面的任務。共產黨和民盟的觀點則傾向于另起爐灶，建立脫離國民黨領導的新聯合政府。
施政綱領部分，主要由中共提出草案，而政府代表幾乎毫無準備，甚至于直到政協閉幕日，蔣中正才對施政綱領提出兩點意見，其一是綱領中規定的人民自由權利國統區要做，解放區也要做。其二，軍隊國家化是國家和平完成統一的最大要素。
中共的施政綱領可見于《新華日報》1月16日社論“論共同綱領”，要點是（一）廢除保甲制度，修改和廢止一切有關人民自由權利的法令，釋放政治犯。（二）結束訓政，取消黨治，停支黨費，各級政府官員國民黨籍不得逾三分之一。（三）修改憲法草案，以及國大組織法選舉法，重選國大代表，以冀利用選舉爭取席次。（四）地方自治，成立省以下各級自治政府，承認解放區之民選政府。（五）承認中共軍隊為國軍，成立聯合統帥部。（六）廢除黨化教育，主張教育自由，削弱國民黨三民主義教育。
此時民盟提出與中共的施政綱領類似的提案。其他黨派代表和無黨派代表大都也是批評政府的施政問題。
由美國總統特使馬歇爾批準使用美軍艦船將共產黨軍隊東江縱隊由廣東運往山東共產黨控制區。圖為東江縱隊抵達煙臺碼頭。
軍事問題的提案，基本上眾口一致：“黨派超出軍隊”，“軍人不得干政”。不僅國民黨，青年黨要求廢除黨軍，組建國軍；民主同盟也表示“全國所有軍隊，應即脫離任何黨派關系而歸屬于國家，達到軍令軍政之完全統一”，還額外加上一個括號：現役軍人離脫黨籍；梁漱溟的提案則是不僅要讓軍隊不屬于任何私人，任何地方，任何黨派所有，而且軍隊要大量裁減，“代之以科學與工業及普及軍訓的人力”，“并依賴國際和平合作，不使世界再發生戰爭”。民盟主張成立一個整軍計劃委員會，由國共人員，非國共人員，和美國顧問參加。
國民黨的態度，除了軍隊國家化之外，還格外強調“軍令政令必須統一的問題，只要軍令政令統一，一切問題都可商量解決”。換句話說，國民黨的立場是：中共軍隊必須整編于國軍系統中，而其所樹立的地方政權則須納入國民政府的組織體系；也就使要“全國軍隊國家化，確保軍政軍令之統一”。整編辦法應由三人小組商定，且商定之日起，中共軍隊應即接受國民政府之統一指揮。
中共代表周恩來同意各方觀點，但是強調軍隊屬于人民。必須先政治民主化，才能軍隊國家化。
1月17日下午舉行第七次會議，討論國民大會問題；原定議程是18日討論國民大會問題和憲法草案問題，但是由于國民大會問題爭議過于激烈，憲草問題不得不拖延到翌日。所以第七、八次會議的焦點集中到了國民大會組織法及選舉法，以及國民大會舊代表（1946年（民國三十五年）選出者）是否有效的問題。舊代表問題爭論格外激烈。
;國民黨意見:國民黨認為國民大會舊代表有效的理由大約如下：
#根據國大組織法第一和第十條規定，國民大會代表任務未了依法不能解除。
#抗戰八年舊代表之服務經驗教訓已為提高，更足代表民意。
#國大既未召開，舊代表亦未赴任，不但任期未滿且未開始，自不能否認其有效。
#當年無選舉及被選舉者，雖由于年齡增長或法律地位變化（指中共）取得被選舉權，但終究少數，不能因少數之權利而不承認多數已得選舉權者之選舉結果。
#中國目前情勢，需要團結統一，對舊代表不能故意歧視自釀分裂，凡此均是事實問題。故采取折中辦法，除增加新代表名額以容納各黨，并提議憲法頒布六個月之內重新選舉行憲國民大會代表。
;共產黨意見:中共要求重選理由如下：
#十年前國大組織法不適合今日情況，必須修改。
#十年來兒童成人，需要選舉權。
#領土已經改變（注：指臺灣），舊國大選舉不適用。
#十年來增加的合法黨派需要代表。
#根據選舉法，1936年選舉時，東北淪陷區候選人由中央指定，以及組織法規定國民黨中委為當然代表，均屬不合理。
#選舉法之丁種選舉（即國民政府指定）不合法不合理。
#選舉法宣誓手續，年齡（23歲）限制，職業選舉之年限規定，背叛政府通緝者之剝奪選舉權，中共認為均屬不民主不平等，必須否定修改。
:中共提出意見：
#由改組后的國民政府協同政協商定憲法草案，及國大選舉法組織法，重行選舉。
#本年內召開重新選舉的代表參加的國民大會，制定憲法，成立民主聯合政府。
;民主黨派意見:民盟與中共意見大部分相同，即主張重新選舉。但民盟給出的解釋更多是從憲政和法理角度。例如憲法專家張君勱認為國大是政治問題而非法理問題，中心所在，即能否眾人認同的憲法草案，如此則國大問題容易協商，“不要拿法統來談，這不是為推翻政府，而是使大家滿意，這就是中心事實。如果要講法統，政治協商會議就無法開，就是因為事實需要才開”，“但又當顧及政府威信”，他希望以政治家之態度求得此一問題之解決。
第九次會議憲法草案討論。首先國民黨孫科解釋五五憲草，即人民有選舉、罷免、創制、復決四權，政府有立法，行政，司法，監察，考試五能。人民有權，政府有能，人民為主人，政府為公仆。這些基本都是孫中山三民主義五權憲法的內容。中共代表吳玉章發表意見：
# 關于人民權利問題，憲法有“非依法律不得限制”字樣（注：法學術語叫人權的間接保護主義），換言之，即是普通法律可以限制，這是不妥當的。
# 中央與地方權限，主張孫中山的均權主義原則，即全國性的事務歸中央，因地制宜的歸地方。
# 地方制度，主張以省為自治單位，自下而上的普選，省長民選。
# 確定基本國策。
吳玉章的說明指出，總統權力過大，主張省自治，省長民選，且制定省憲。
青年黨則就憲法權力制衡問題表達意見：
#憲法為國家根本大法，故應有尊嚴性，所以要組織憲草審議會。
#憲法之性質，應為柔性（即制定與修改程序與普通法同等地位）。
#采取內閣制及兩院制，五院制只可保留精神，不必拘泥形式。
#省自治，均權主義。
民盟主張幾乎與中共相同，即：
#省自治，省憲。
#總統權力過大，宜實行內閣制。
#關于人民自由，取消“非依法律不得限制”。
#沈鈞儒主張本聯省自治精神，承認中共解放區。
#黃炎培提議增加副總統，并增加職業選舉。
社會賢達也就憲法具體細節各自發表意見，主要問題仍是聯省自治問題，總統職權問題，立法院與行政院，監察院關系問題。
因國民黨做出讓步，并不堅持五五憲草，此次會議未發生激烈爭吵。
民國三十五（1946）年1月15日第五次會議討論施政綱領結束前，主席孫科宣布各會員意見當有各分組委員會協商后再交大會討論，秘書長雷震宣布蔣主席制定分組委員會名單。
1月19日下午，分組委員會開始進入分組協商階段，不準新聞記者參加。原定23日閉幕，但因具體問題未達成一致，順延三天。23日下午，政協會議成立綜合委員會，以便對各項問題作一通盤檢討。綜合委員會委員共10人，各黨派出兩人。國民黨王世杰、吳鐵城，共產黨周恩來、董必武，民盟章伯鈞、張東蓀，青年黨曾琦、陳啟天，社會賢達王云五、傅斯年，在當天下午四時開第一次會議。
25日，爭議最小的憲草，軍事兩組首先協商完畢；次日，施政綱領組也獲得協議。然而政府組織和國民大會兩組協議遲遲未定，故政協不得不再度延期三天，預定29日閉幕。27日上午，周恩來、陸定一急回延安請示毛澤東。28日下午，政府組織組終于獲得協議，惟有國民大會組仍舊爭論激烈，且周、陸二人29日仍然沒有回渝。政協會議不得不再度延期兩天。30日下午，周、陸返回，次日上午，國大組和綜合組聯席會議討論國民大會問題，從上午9點到下午兩點終于達成協議。至此，政協五個議題全部有了結果。
+1946年國共兩黨憲草爭執與結果
最終民國憲法
選罷創復四權
選舉罷免兩權
暫有選罷兩權
不屬于司法院
憲草問題，因為與會的國民黨代表對五五憲草并不堅持，中共也興趣不多，且仍須經過憲草審議委員會之審議及制憲國民大會的制定，所以爭論較小。1月21日下午，通過成立憲草委員會提議。國共主要的分歧列舉如下：國民黨要一個大約2千人（平均每縣一人）的國民大會行使四權（選舉、罷免、創制、復決）；要有一個強有力的半獨立總統；要有一個強有力的中央政府和分權的五院制度。中共和民盟的要求是四權人民直接行使，即國大變成全民，一個權力盡可能最大受限的總統；一個類似內閣制的行政院立法院關系；一個地方分權的聯邦制政體。最終國民黨在幾乎所有有爭議的地方全都讓步，使得25日在其他小組之前最早達成協議。
除了該決議幾乎完全根據共產黨建議將五五憲草大改外，中共又希望草擬憲稿的人選不能是國民黨。當晚，周恩來找蔣勻田，提議請民盟的張君勱草擬憲稿，以免國民黨代表執筆，偏于一黨之私，將來改正困難。恰巧，第二天國民黨王世杰也找蔣勻田建議請張君勱起草憲稿，他說：“若由國民黨代表執筆，將難免中共代表逐字退敲，甚難通過。”蔣將國共不謀而合的意見告知張君勱，張慨然應允，從此他負責起草憲稿的歷史責任。
停戰三人小組。政府代表張治中（左一）、美國調停代表馬歇爾（左二）、中共代表周恩來。
軍事問題分組委員會根據青年黨所提“停止軍事沖突實行軍隊國家化案”，民主同盟所提“實現軍隊國家化并大量裁兵案”，國民黨所提“全國軍隊國家化確保軍政軍令之統一案”，以及繆嘉銘所提“請迅速大量裁兵案”，開會商討四次，于25日獲得協議。
關于整編辦法，國民黨已定6個月內整編為90個師，總人數180萬，共軍先行整編為20個師，總人數40萬，且由軍事三人小組1個月內商定辦法，其后2個月內整編完成。在進行此項協商時，國民黨提出一個迅速整編方案，即希望上述兩項整編完竣后，進一步就進行第二期整編，將全國軍隊混編為50或者60個師，這一點獲得民盟支持。但中共仍然希望保持比例整編，而非混合整編，比如可以將政府軍編為45個師，共軍再減為10個師，但各自仍為獨立單位。這一點爭持頗久，最后以統一整編取代國民黨原先堅持的混合整編字樣。至于統一整編的具體辦法，由三人小組協商。
關于聯合統帥部問題，國民黨提出折中方案，即國防部下設一個建軍委員會，由各方參加。整編前，暫且在軍事委員會下設一個整編考核委員會，容納各方參加。
施政綱領部分，對于中共的各項主張，國民黨作出讓步，包括附記第一條：解放區地方政權，暫時維持現狀，等國民政府改組后，依照施政綱領第三章第六七八條規定解決，這一個讓步使國民政府政令統一的目標完全落空。施政綱領是政協決議的核心部分，其他決議案的內容，例如軍事問題，在此多有闡述。另外，該綱領的大部分內容成為中華民國憲法的基本國策部分之藍本。
國民政府委員名額分配，總共40名委員，中共提出三三三制原則，即國民黨，各黨各派，社會賢達各三分之一，國民黨不肯。因國民黨欲堅持國大舊代表有效，故中共欲以此交換。雙方爭執不下，最后中共請示延安，于25日得到回電，同意國民黨占半數，不過中共希望有10名。由于此時代表們已經精疲力竭，而王云五則建議趁熱打鐵徹底解決名額問題，免得日后生出枝節。
會議最后決定對于國民黨外的20名額分配，日后再說。政協會后，其余20個名額的分配成了問題的關鍵。中共為了能夠聯合民盟行使否決權，堅持要求它和民盟必須占有國府委員會三分之一以上即14名；而青年黨則堅持如果給中共超過10席或者給民盟超過青年黨，就不參加政府。國民黨只同意給中共和民盟12席。這一問題最終演化成為國共破裂的直接原因。。
國民大會問題始終是爭論焦點。最大的困難還是舊代表是否有效的問題。政府以為依法選舉出來的代表，無法宣布無效。其它黨派則說時間太長，亦或一黨包辦，等等，堅持重選。后來王云五提出折中方案，放棄舊代表中非經選舉產生的國民黨當然代表和指定代表共240人，另外增加二分之一，共1,800人。新增加的600人，國民黨占230，其它黨派370。
28日下午，中共要求新代表增加到800，三三三制，未獲協議。29日，中共方面提出總額增加至2,000名代表，中共要占四分之一，民盟五分之一。30日下午，中共要求名額減少至450，民盟青年黨各要400和200。未果。當天晚上，周恩來從延安返渝，31日，午后休會時間與國民黨密商。中共因要統戰民盟，又不愿讓青年黨太反感，向國民黨秘密提出表面上維持民盟與青年黨平等，各占100名，私下國共兩黨各將自己的名額讓出10名送給民盟，這一點在協議文里面不錄。國民黨正著急解決僵局，收到中共這個密議，當然同意。于是實際名額分配是國民黨220，共產黨190，民盟120，青年黨100，無黨派70。至此問題全部解決。
政治協商會議在1946年（民國三十五年）1月31日完成國民大會協議后，下午6時半在國府禮堂舉行第十次會議。蔣介石親臨主持，討論各分組委員會報告，全部獲得一致通過。各分組委員會報告通過后，蔣介石致閉幕詞。隨后，中共代表周恩來，民盟代表張君勱，青年黨代表曾琦，無黨派代表莫德惠相繼致詞。至此，政協閉幕。
同一天，中共中央內部發出“關于目前形勢與任務的指示”，同樣肯定政協會議的重大成果，提出“從此中國即走上和平民主建設的新階段”的相同論斷，更有“中國革命的主要斗爭形式，目前已由武裝斗爭轉變到非武裝的群眾的與議會的斗爭”“黨將停止對于軍隊的直接領導，準備整編軍隊，學習合法斗爭”。文革時，這篇要求合法斗爭，放棄黨領導軍隊的內部指示成了劉少奇的主要罪狀之一。
1946年3月2日，停戰三人小組在徐州考察執行停戰協定和恢復交通情況。
1946年3月4日，停戰三人小組在毛澤東（左一）、朱德（右一）陪同下視察延安八路軍。
1946年3月4日，延安，三人小組與中共領袖。左起周恩來、馬歇爾、朱德、張治中、毛澤東。
政協開幕前，國共達成停戰協定。隨后幾天，張群建議成立軍事三人小組，以進行中共部隊的整編（隨后張群赴成都公職，張治中代理）。馬歇爾將軍認為軍事三人小組很重要，也要求參加。最后在2月25日達成了一個統一方案，即整軍方案。
整軍方案是國共繼政協會議之后的又一重要協議。
2月8日前，憲草審議委員會依據政協決議，每黨提交5人，會外專家10人。原由政協會議推定孫科、王寵惠、張君勱、王云五、陳啟天、吳經熊、周恩來7人為起草小組，擬定憲草。實際執筆者為張君勱。
頗有意味的是，蔣勻田曾回憶到制憲期間，張君勱與周恩來私下里的親密來往，“張君勱先生既受國、共之托，起草憲稿，于2月3日即囑我代為搜集資料，開始撰稿。4日晚，首次在民盟總部邀請中共代表周恩來、董必武、陸定一、秦邦憲諸先生會商所擬定之條文，俟得雙方同意的結論，則以之提交審議委員會討論。并約定以后每晚8時，雙方代表會商于國府路三百號民盟總部，議定次日提交審委會之憲稿條文。周恩來等欣然接受，指明以后每晚會商，中共代表為周恩來及秦邦憲兩人”。
張君勱這番親密共產黨，冷落國民黨的月下約會天長日久自然引起國民黨的強烈不滿。在憲草正式會議前，對此有所預感的蔣介石約集國民黨中央負責人，對憲草決議說了自己的看法。共計12點，其關鍵部分在于總理遺教，建國大綱，和五權憲法的問題，蔣介石在談話里仔細說明他對孫中山五權憲法的理解，對政協根本上改動孫中山五權憲法原則的一些做法，尤其是虛化國民大會四權極為擔憂，認為國民黨有責任維護總理遺教，“盡保障三民主義五權憲法之責任”，甚至說“余為黨員，必絕對遵奉總理之遺教及五權憲法之黨綱，此則為不可移易之志愿，亦為決心”。可見蔣中正對孫中山五權憲法的遵守已經達到刻板的程度。事實上，后來的國民黨六屆二中全會提議修改憲法草案，顯然跟蔣介石這段談話有很大關系。
憲法審議委員會圍繞五權憲法和政協憲草決議案問題激烈爭論，政府方面代表堅持五權憲法原則，即國民大會行使四權。但絕大部分民主黨派和共產黨則認為政協憲草的改動比較好。隨后大會激烈討論美國（總統制），法國（半總統制），英國（內閣制）等各國政體優劣，傅斯年甚至提出可否仿效蘇聯政體。由于國民黨完全無法以總理遺教為由控制討論，只好任由這些憲法專家自己選擇最佳政體。
而此時張君勱與中共代表的夜間秘密約會也出現分歧。中共因為解放區的緣故，最關心的自然是地方自治一章。張君勱起草的原稿，并未有地方法官民選之規定。秦邦憲激烈要求地方法官民選，其用意顯然是為了通過中共早已控制的地方選舉來控制解放區司法。張君勱出于司法獨立考慮堅決不退讓。蔣勻田感慨地說：“惜乎國民黨不知內情，始終誤認民盟系中共的附庸，而逼友成敵”。
從2月中一直到四月中旬歷經兩個多月，憲法草案終于走完這些細節討論而成形，在4月下旬舉行最后一次會議。孫科誦讀一遍草案，問大家有無意見。此時李維漢又提出地方法官民選的建議，并沒有人響應。孫科宣布至此審議委員會使命完成宣告結束。
;中國共產黨及經歷事件的民主黨派描述的經過
2月10日上午，中國國民黨另外組織一個所謂的“主席團”，其成員有吳人初（重慶市教育會理事長）、譚澤森（重慶市工會理事長）、劉野樵（重慶市農會常務理事）、周德侯（重慶市商會理事）、龐儀山（中國國民黨重慶市黨部宣傳科長）等，早早搶占主席臺，會場兩側布滿特務打手，并有雇傭而來冒充各會會員的“八百壯漢”提前入場。周德侯叫嚷：“我們選占中國人口百分之八十的農會代表劉野樵擔任總主席！”并悍然宣布開會。李公樸、施復亮上前阻攔遭到毆打。郭沫若、陶行知、章乃器和新聞記者及勞協會員等六十余人也被打傷。當中國共產黨代表周恩來、王若飛等和馮玉祥趕到會場時，特務們才四散離去。
;中國國民黨描述的經過
2月10日上午，重慶各界在較場口慶祝政協會議圓滿成功。開會前，原籌備委員會推李德全為大會總主席。然而自行要求參加的重慶各界人民團體代表則自行推出市農會常務理事劉野樵為總主席。劉氏上臺報告，籌委會成員李公樸不滿，上前推搡，奪去擴音器。隨后臺上發生斗毆，臺下大亂，籌委會之李公樸、郭沫若、施復亮等人受傷。
1946年2月，因國民政府官員張莘夫接收撫順煤礦時在回沈陽途中，一行8人于撫順以西的李二石寨車站，被搶劫搬運東北工業設施的蘇聯紅軍劫往南山槍殺，隨行7人同時遇難。張莘夫時年48歲。這直接導致中國民眾為反對蘇聯侵犯中國主權而進行游行示威活動。該運動歷時僅一個星期。這場運動直接導致中蘇關系迅速惡化，而使得蘇聯在國共兩者之間最終倒向中共一方。反蘇運動雖未嚴重損害國共關系，但卻對隨后爆發在中國東北和整個關內的國共內戰的結局影響極大。
在政協討論憲草的時候，國民黨作出大量讓步，政協決議完全推翻五五憲草和孫文五權憲法架構。由于五權憲法明列中國國民黨黨綱，為國民黨奮斗目標，因此政協決議的憲草方案引起國民黨中信守總理遺教的部分黨員的強烈反對。隨后召開的國民黨六屆二中全會除了肯定政協決議，商議具體如何實施政協決議的問題外，還通過憲草修改原則：1）憲法須以國父建國大綱為依據。2）國民大會為有形組織，集中開會行使四權。3）立法院對行政院不應有同意權和不信任權，反之行政院不得提前解散立法院。4）監察院不得有同意權。5）省自治無須省憲。
這五點意見與3月15日政協憲草決議并不相符，引起中共方面的強烈不滿。3月10日，新華日報“反動頑固派的猖獗行動必須立時制止”，3月14日，新華日報“打擊保持法西斯統治的企圖”，3月18日解放日報“徹底消滅法西斯陰謀”，3月18日新華日報“出爾反爾——評國民黨二中全會”，3月20日，新華日報“憲草修改原則不容變動”，等等。中共認為這是“國民黨內法西斯派作為推翻政協憲草修改原則的藉口”，“是一個反動的決議案”。3月31日，原本計劃召開通過政協決議的中共七屆二中全會延期，并拒絕按照整軍協定第四條第一節之規定交出共軍的表冊。
1946年春，東北問題日益嚴重，由于廠礦歸屬問題，蘇聯與國府極不配合，處處阻撓政府接收東北廠礦，并配合中共占據要塞，國共關系惡化。3月11日，馬歇爾赴美述職前召集三人小組最后一次會議，提議關于派遣執行小組赴東北授予執行部命令草案，共五點，后兩點指出政府有權占領為恢復東北主權必要之各地區，政府為恢復主權所必須占領中蘇爭議之地區（包括煤礦），共軍需要撤退。蘇軍撤退后，政府軍隊恢復主權時，共軍不得先行占領。然而周恩來反對后兩條，政府為盡快達成協議，作出重大讓步，把后兩條刪除并改為以后繼續商談，這等于承認中共在東北之地位。
恰在此時，蔣介石在國民參政會四屆二次會之政治報告的幾段內容引發國共的強烈沖突。他說：“東北九省主權的接收沒有完成之前，沒有什么內政問題可言。如果有人在東北主權沒有收回，外交問題沒有解決期間，提出內政問題，作為對中央交涉的條件，在這時候必要妨礙我們主權的接收，加重外交的困難，那就不知道他們的用意何在”“國內黨派之中有借著外交這樣困難的局勢來要求政府，必要承認他非法的地位和特殊的權利，求得其私人黨派的利益，而置國家生死存亡于不顧，這種害國殃民的工作，是萬萬做不得的”“我們中央對于東北的職責，現在只有接受領土，恢復主權行政的完整”，“中共代表之意見，顯然要使他東北共黨部隊，以所謂‘民主聯軍’，及其非法制造的所謂‘民選政府’的名義，來阻礙作政府接收主權的企圖，取得他合法的根據”，政府“故有向大會申訴的必要”，“政府對東北問題所取的方針，政府對于東北九省，只有接收主權，推行國家的行政權力；軍事沖突的調處，只在不影響政府接受主權行使國家權力的前提之下進行”，“東北的中共部隊，希望他們停止蹂躪民眾，強制民眾，偽造民意，妨礙國家主權行政的行為，尤希望他們接受統編方案，加入國軍，為國家民族努力服務”。
對此中共反應激烈。恰這個時候，張群早在1月初對停戰協定不明確寫明政府接收東北為例外可能會使政府成為違反協定之靶子的擔心果然應驗。周恩來開始指責在停戰之后政府繼續接收東北，“這是政府軍隊首先違背停戰協定的證明”。不僅如此，對于東北歷史問題，周恩來宣稱掛靠蘇聯的東北抗日聯軍是中共指揮的，“誰又在東北組織游擊隊，發展為抗日聯軍，堅持十四年的抗日戰爭？”“連日寇也承認，八路軍二十七年打到熱河，二十八年打進遼寧，創造出冀熱遼軍區，誰能抹殺這許多事實？”“誰還說十四年來中共未在東北抗過日，未組織過抗日聯軍，沒有共產黨員被敵人捕殺，甚至敵人投降前，東北并無中共部隊”。
此時的周恩來仍然是論辯講理的語調，而4月6日延安解放日報社論“駁蔣介石”中指責蔣介石完全撕裂國共關系。社論稱“中國人民不能不在此嚴重時機，警告蔣介石與法西斯反動派，你們過去被迫接受停戰協定，政治協商會議和整軍方案，以為主要的由于國際的壓力，只要這個壓力暫時的減輕了，你們就又可以故態復萌”，“中國人民已經決心為反對增兵東北，為制止東北的內戰”，“為堅持結束獨裁訓政，即國民黨一黨專政”，“為堅持民主的憲法，即堅持國會全權制，立法院對行政院的同意權與不信任權，監察院的同意權與省得制定與國憲不相抵觸而中央政府不得予以變更的省憲”，“為堅持國民黨軍隊的徹底統編與徹底國家化而準備作不屈不撓的奮斗”，“人民絕對不能讓步”，“如果法西斯反動派非要反動到底決不甘心，那么，中國人民已經知道應該怎樣正確對付了”。
這篇社論表明，國共關系已經接近全面破裂。總而言之，國共的主要分歧在于：政府堅持首先依照中蘇條約的規定，完全收回東北主權之后再和中共協商內政問題，政府軍遇到障礙即以軍事解決，沖突所在多有；而中共則指責政府破壞停戰協定（因未明寫東北例外），挑起內戰。
4月14日，蘇聯軍隊從長春向北沿鐵路線撤退到哈爾濱。接到蘇聯情報的中共在蘇聯撤退一個小時內向長春機場剛剛抵達的國軍發起攻擊。次日，中共向長春進攻，當日攻下市區主要街道據點。有媒體發表“可恥的長春之戰”指控中共使用平民當人體盾牌。
對于中共的做法，民盟默不作聲。這加劇政府認定民盟是中共外圍組織的成見。
4月24日，蘇軍自哈爾濱撤退，得到蘇聯通報的中共隨即占領哈爾濱。4月28日，蘇軍從齊齊哈爾撤退，同樣得到情報的中共立即占領齊齊哈爾。至此，長春以北整個北滿完全落入中共之手。
1946年5月5日國民政府還都南京
4月底，中共占領滿洲北部之后，又因國共報紙，發言人之互相駁斥，國共談判的形勢極度惡化。由于中共拒絕在改組政府之前提交國大名單，政府不得不宣布原定于5月5日的國大延期。5月5日，國府還都南京。
從4月底到11月中，國共的談判幾乎毫無進展。其談判議題重要集中在以下幾個方面：
#改組政府。中共堅持要求在國府委員會有10名代表（此提議遭到青年黨反對），并明確要求共產黨與民盟代表超過14名，以便行使否決權。而政府多次讓步后只同意最多13名（且第13名來自中共推薦的無黨派人士），不能再行讓步。
#東北停戰問題和整軍方案。
中共占領北滿后，雙方沖突愈演愈烈。5月19日，政府軍攻占四平街，4天后，中共被迫放棄長春。此時，馬歇爾施壓國民政府，以停止援助相威脅，要求暫時休戰。自6月6日，東北暫時休戰，即第二次停戰令。從6月6日停戰開始，到22日停戰結束，仍未達成協議，不得不將停戰令延遲8天。爭執較為激烈的是在軍事調處部所屬執行小組內，美方代表有無最后決定權的問題。提出問題的是國府，最終讓步的是中共。到了29日大致有了協議，但是唯一的一點爭議即蘇北共軍撤走后的地方政權問題。國府要求接收，中共堅持依照政協原則選舉改組。雙方在此一點上再也沒有讓步，終于到了6月30日，蘇北政權問題仍舊沒有解決。
由于沒有協議的緣故，大規模軍事沖突在關內爆發。7月3日，國防最高委員會宣布本年度11月12日召開國民大會。由此國共又增加一個麻煩。由于國防委員會單方面宣布召開國民大會完全違反政協決議中由改組后的政府召集國民大會的規定，自然招致共產黨和民主黨派的反對。同一天，蔣介石指定王世杰，陳誠，邵力子，周恩來，董必武五人會商蘇北政權解決問題，仍無結果。7月12日，馬歇爾再度介入調停，同時美國政府7月10日任命司徒雷登任新駐華大使，協助馬歇爾調停。
在此期間，國方認為必須先解決軍事問題，后解決爭執問題。共方提出蘇北行政問題，應由政協綜合小組協調，使得軍事問題和政治問題同時解決。雙方沒有讓步，結果內戰越打越烈。馬歇爾，司徒雷登兩人在8月10日發布聲明，對7月來的談判總結。聲明說主要的癥結在蘇北政權問題，同時也指出軍事沖突擴大，有蔓延至全國的危險。
8月16日，鑒于國共內戰形勢有利于中共的方向轉化，周恩來表示，中共不再堅持先下停戰令再展開協商，但是政府必須保證談好之后即下停戰令。這就等同于何時下達停戰令取決于何時中共因軍事問題不利作出讓步而‘談好’。同時提出國府委員會的20個名額分配問題。行使否決權需要14個名額，雙方在這個問題上爭執長達一個月，最后還是圍繞13和14兩個數字遲遲不讓。
更加嚴重的是，9月下旬，中共開始公開指責美國。9月23日，中共發動美軍撤出中國周，要求美國撤退所有因二戰而停留的駐華美軍，并停止對國民政府的一切援助。重慶新華日報在9月29日發布“一年來美國干涉中國內政紀要”，把美國調停說成了干涉中國內政幫助國民黨打內戰。馬歇爾感到苦惱，他跟周恩來說，如果中共明確不再相信他的公正立場，他就退出調停。
9月30日，政府軍竟于下午進攻中共最重要的一個戰略據點張家口，并有意在任何恢復談判行動前，先取得張家口。中共致函馬歇爾聲明，如果政府不立即停止對張家口及其周圍的一切軍事行動，中共不能不認為政府業已公然宣告全面破裂，并已最后放棄政治解決之方針，其因此造成之一切嚴重后果，當然均由政府方面負責。當天，蔣介石致函馬歇爾，表明政府最大讓步仍然是國府委員中共8名，民盟4名，無黨無派名額中1名，由中共推薦政府同意，共13名。中共應立即提出國大代表名單，政府委員名單。為切實實施整軍方案，規定中共18個師駐地，中共應按照期限進入駐地。
中共拒絕提交國民大會代表名單，國共談判破裂，周恩來在11月16日南京記者招待會痛斥國大
馬歇爾，司徒雷登與蔣介石舉行會議，在馬歇爾再度施壓下，最后10月2日，蔣介石同意停止向張家口進軍，以10天為期，其間三人小組舉行會議。最后國共同意休戰令由美國發布，國共不再發言。10月9日，周恩來致函馬歇爾，宣布中共立場：1）為了行使否決權，中共及民盟必須在國府委員中獲得十四名，才可以保證和平建國綱領不被單方面變更。2）國大名單僅能提交至改組后的國府。3）為切實實施整軍方案，應規定雙方軍隊駐地，而不應只規定中共軍隊駐地，政府軍可以自由移動。馬歇爾的調停到此為止已經完全失敗。
10月10日國慶，蔣介石發布告全國同胞書，表示“打開目前國內僵局，政府仍采和談方式”。同一天政府軍在中共微弱抵抗的情況下攻占張家口，同日攻占中共在熱河最后一個據點赤峰。馬歇爾對國民政府舉動異常憤怒，遂割斷美國對中國的軍援。
國府在10月10日宣布確認11月12日召開國民大會，還政于民，結束一黨專政。中共聲明，“今日一切會談如欲其有真實結果，必須承認停戰，政協兩協定的神圣效力，即承認恢復1月13日國共雙方軍事位置為一切軍事商談的準則，承認實行政協一切決議為一切政治商談的準則。本黨以為，蔣介石與馬歇爾應該重視自己的信義和人格，沒有任何理由推翻自己所簽字的神圣協定。只要他們有這種最低限度的誠意，本黨一定繼續與他們通力合作，以求和平的真正實現，民主的真正開始”。這個聲明所提的恢復1月13日狀態和完全實行政協所有決議，以作為一切商談的準則，顯然是無法立即實現的。
馬歇爾此時已經無能為力。第三方面民主同盟，青年黨不得不出面調停國共沖突。梁漱溟、莫德惠等人起草一個具體的解決方案，即：1）制定齊齊哈爾、北安、佳木斯為中共軍集結地點。2）東北鐵路沿線有四十一縣，中共控制二十個縣，請他們交出，政府只派警察接收。3）依據政協決議，召集綜合小組。商決政府改組問題，一致參加政府；然后商決國大問題，一致參加國大。同時盡速召開憲草審議委員會，完成憲草修正案。最后大家一致簽名，一份交給政府，一份交給中共，一份交給馬歇爾。
1946年（民國三十五年）10月，國共代表與第三方面代表合影，當時談判已經瀕臨全面破裂
這個方案是10月26日送出去，梁漱溟、莫德惠和李璜交給中共。周恩來不僅沒有接收，而且還痛罵該辦法起草人梁漱溟一大頓，又繼之以大哭，使得第三方面只好設法收回。黃炎培找到政府代表孫科那里，謊說漏寫一條，將其收回。隨后到馬歇爾家里，幸好馬歇爾不在，順利取回。兩份方案收回后，交到周恩來那里，當面聲明作廢，這才讓周“收淚息怒”。第三方面見蔣介石時，蔣介石同意在東北問題上繼續作出讓步，沿長春鐵路各縣政權政府先接收，但其他各縣可以考慮改組后的國府委員會解決。東北之國軍與共軍，可暫駐原地，應即由三人小組會議，依照六月間所擬定東北軍隊駐地，定期實施。而政治方面，國大名單和停戰令必須同時發布。至此國共最大的分歧在于，政府要各方面提出國大名單與停戰令一并發布，中共則要先改組政府和行政院，且要無條件停戰。第三方面建議國共直接商談。這意味著第三方方面調停完全失敗。
此時中共擔心其他政黨全部參加國民大會導致中共被孤立，周恩來開始爭取第三方面不參加國民大會。周恩來告訴李璜、胡霖、章伯鈞，“蔣介石是拿停戰作為交換名單的誘餌，是假停戰”，希望“第三方面人士要團結，這次談不成，將來還會有機會”。由于國大迫近，第三方面是否參加國大也發生分裂。青年黨經過一番討論，最后決定參加國大。民主同盟出現分裂，其中的民社黨張君勱等人決定參加國大，民盟其他人員最終與中共站在一起，不參加國大。
國府為爭取中共參加國民大會作出最后努力，11月8日單方面頒布無條件，無限期停戰令，“以示政府和平忍讓之意”。同時蔣介石發表一則聲明，對政治問題所持態度詳盡說明，“依照政治協商會議所決議，國民大會原應于本年五月五日召開，但中共與各黨派拒未提出其代表之名單”“現國民大會依法選舉之代表，均已如期報到，國民大會實不能再予延期，以增加政治軍事不安，而加深人民之痛苦。且召開國民大會，為政府還政于民唯一合法的步驟，亦不能再有稽延。”“-{余}-載十月十六日之聲明，實已表示最大之忍讓，希望中共予以接收，以解決一切未決問題。政府對于中共期待其與各黨派同循民主之軌轍，而在軍隊上必須使任何政黨皆不能擁有軍隊，而任何軍隊均應為國家之軍隊”，“政府一面保留中共及其他黨派在國民大會應出席代表之名額，仍望其隨時參加制憲；一面希望中共立即派出代表，參加軍事三人小組會議”，“以和平之方式，達成政治民主化，軍隊國家化之目標”。
中共《解放日報》則發布措辭強硬兇悍的文章，大加批駁，“蔣介石氏于十一月八日發表聲明，決定違背政協決議和全國民意，在一黨專政的情形下召開其一手包辦的所謂國民大會，以通過其所謂憲法”，“此次停戰令和歷次的一樣，不是什么停戰令，而是繼續大打的作戰令，全國人民切記不可上當”，“召開分裂的御用的國大”“就連小孩子也欺騙不”。
11月10日，周恩來在交通銀行會議室說：“國大一開，一切均完了，我們一定回延安”，“假如國大延期無望，我一定回延安了”。這個決定與中共中央10月13日“不主動宣布談判破裂”的指示完全不同。值得注意的是，10月29日，蘇聯密派國際局副局長維辛科夫到延安與毛澤東會晤，認為“國際局勢已漸趨對中共有利；若參加國民黨包辦之國大，勢必走至毀滅之路；如中共能將目前之政權維持到明年冬天，則其時蘇聯即可與中共并肩以赴國際預料之危機”。
11月12日，為等待第三方面交出名單，大會延期3天。最終，青年黨和民盟之民社黨交出名單。11月15日，制憲國民大會召開，中共和民盟未能交出名單，國大仍其保留名額，隨時等待其參加。這種情況下，國共關系完全破裂，周恩來于11月19日返回延安，董必武繼續留守南京。
總之，國共最后破裂的原因如下：
*中共和民盟堅決要求在國府中占有十四席，以行使否決權，而政府只愿意給十三席。
*10月底，蘇聯派代表游說中共勿參加國大。
*11月12日，政府單方面招集國民大會，中共則堅決主張非停開國大不可。
從此之后，國共內戰完全進入失控狀態。1946年10月底，蘇聯國際局維辛科夫允諾中國共產黨：「維持到明年冬天，則其時蘇聯即可與中共并肩以赴預料之國際危機。」。
制憲國民大會所通過的中華民國憲法示意圖（至今仍部分在臺灣適用）
制憲國民大會在中共和民盟缺席的情況下于11月15日召開（仍滿足四分之三以上到會之開會條件）。其與國共談判和政治協商會議相關者為兩點：
#憲法最終版本基本采用曾經過中共同意之四月底憲草審議版本。由于憲草審議委員會在四月底之后就未再繼續運作，因此最后提交于國民大會的憲法草案就是四月底的版本。蔣介石介紹了制定憲草的艱難經過，又說道“今天國民政府將憲法草案提交國民大會以后，可以說政府已經將國家的責任交給全國人民了”。國民大會分為八個審查組審查憲草。頗為讓人驚訝的是，一周之后，百分之七十的憲草條文竟又回到五五憲草的狀態。蓋大多數國民黨代表飽受三民主義熏陶，認定五五憲草較符合國父遺教精神。民社黨蔣勻田著急之下，宣布如果沒有恢復到政協憲草的希望，民社黨將退席。當晚，蔣介石宴請蔣勻田，蔣勻田婉言相告，希望不要讓大會失敗，落得共產黨笑話，更不知史家如何記載。在這種情況下，蔣介石勸說國民黨國大代表服從黨的紀律，尊重政協承諾，維護來之不易之團結，把憲法返回到政協憲草狀態。張知本不以為然，列述政協憲草違背國父遺教種種，孫中山嗣子孫科站起來反駁說，時代已經變了，總理的學說未必盡使用于現在。大家看到蔣介石和孫科的表態，無言以對，首肯而散。第二天下午，國大召開緊急會議，將所有刪改之政協憲草各條，重行恢復其原文。國民黨代表也服從黨紀律，同意恢復原條文。一周之后，憲草又大部分恢復政協憲草原樣，新加入之條文與政協憲草基本原則不沖突即保留，例如“考試院可向立法院提出法案”。蔣勻田滿意地說三讀后通過的憲法“百分之九十以上皆系政協憲草原文”。新憲草通過之后，除少數左傾者和中共大加駁斥之外，大部分均與贊許。紐約前鋒論壇報聲稱“此新憲法，遠較國大會中討論所可預料之文獻為優”，“凡此皆賴蔣主席在國大堅持通過以本年初政協會議各黨派所同意之原則為基礎之憲法”。華盛頓郵報稱“中國此次通過之新憲法，極與政協決議相符合，除非別有用心者，必不忍反對之也”；日本朝日新聞稱“新憲法之通過，為中華民國民主化途中之里程碑”。
#制憲國民大會前后馬歇爾與國共之關系。政府軍九月進攻張家口時，中共已經開始指責馬歇爾支持蔣介石打內戰。又因馬歇爾春夏多次向政府施壓，以停止援助相威脅，實施停火，國府對馬歇爾也同樣不滿。11月13日，國大即將開幕，馬歇爾與周恩來就緩開國大會談，周恩來對政府措辭嚴厲以回延安威脅。馬歇爾希望周恩來回延安后，請中共中央決定是否希望他個人繼續目前的工作，如果延安對他失去信任，他將無法繼續調停。他愿意等待延安的回音。從此之后，沮喪的馬歇爾對國民政府的態度變得十分惡劣。圣誕節那天，憲法正式通過。不愿意列席會議的馬歇爾讀到新憲法后評價說：“國民大會確已通過一部民主的憲法，該憲法在各主要方面均與政治協商會議所定之原則相符，通過之憲法即已包括共產黨所要求之各項要點，而中共竟認為不宜參加大會，殊為不幸”。顯然馬歇爾還天真地以為中共在乎的是憲法而不是解放區。幾乎是在同時，延安給了馬歇爾正式答復，即毛澤東新年文告聲稱“反對美國帝國主義侵略政策的統一戰線”將在民國三十六年迅速發展壯大，而“按照美國政府旨意行事的”國民黨正忙于“用一個分裂的國民大會和一部獨裁憲法打扮他們自己”以便于使他們的戰爭和美國的援助合法化。這時候解放日報一篇社論更是對美國的攻擊達到肆無忌憚的程度，“美國帝國主義及其在中國的走狗”是“代替德，意，日法西斯的地位而成了世界的侵略者和全人類的公敵”。此時馬歇爾決意離華，杜魯門總統聘請他為國務卿（后來他提出馬歇爾計劃）。臨走的時候，他發表一份聲明，詳細說明和談失敗的原因，乃在于兩黨之間的彼此互相懷疑和完全的互不信任，“一方面，國民政府領導人強烈地反對共產主義制度，另一方面共產黨直言不諱地聲明他們是馬克思主義者，并且要為在中國建立共產主義政治制度而努力，雖然先要經過美英式的民主政治形式”“純粹的共產黨人則毫不猶豫地采取激烈的措施以達到他們的目的，例如斷絕交通以破壞中國的經濟和制造便于顛覆和瓦解政府的局勢，而不顧被波及的人民直接承受的苦難”“我希望能向美國人民聲明，在故意歪曲和誣蔑我國政府的行動，政策和目的的方面，（中共）的宣傳毫不顧及真象，毫不顧及無論什么樣的事實，清楚地證明其堅決的目的在于欺騙中國人民和世界輿論，在于煽動對美國人不滿和憎恨。面對這種公然的污蔑和對事實的完全漠視而要保持沉默是困難的，但是否認只會導致 必須每天加以否認，這是一個美國官員所不能容忍的行動方針”。
1946年12月31日，蔣中正簽署憲法，宣布1947年為行憲年。
1947年3月7日，最后一批中共代表團離開南京，國共談判徹底破裂。
1947年1月，《中華民國憲法》通過之后，國民政府應馬歇爾要求，先后三次呼吁中國共產黨能進一步舉行圓桌會談，以政治方式解決兩黨爭端。1月7日，馬歇爾臨行前最后提議，依照政協會議關于政府問題的決議，盡速改組政府，并保留若干席位以待中共及民盟回心轉意。1月9日，政府宣布，愿意在延安和共產黨人討論一個“停止沖突和改組政府的全面計劃”。然而中共駐京代表團留守人員反應冷淡，董必武聲稱，除非國民政府答應中共兩點要求（即廢除憲法和雙方軍隊回到1946年1月13日的位置），否則在延安就沒有什么好談的。立法院長孫科發表聲明，呼吁各黨派舉行圓桌會議以解決存在的分歧。這也遭到中共的懷疑，他們顯然傾向于把它看成僅僅是國民政府的又一次和平攻勢。
周恩來回應馬歇爾的聲明，把他批評地體無完膚，“馬歇爾將軍明知去年召開的蔣記‘國大’是破壞政協決議及程序的，但他卻故意說它通過的獨裁憲法是‘民主憲法’，其中主要部分均與政協原則相符合，且似已包括中共要求在內。這真是欺人之談。去年蔣記‘國大’通過的獨裁憲法，其主要部分與政協原則相反。政協主張保障人民自由，蔣憲則限制人民自由。政協主張保障少數民族自治權，蔣憲則取消少數民族自治權。政協主張省為地方自治最高單位，自訂省憲，實行地方均權主義，蔣憲則取消省憲，實行中央集權主義。政協主張中央政權實行聯合政府的責任內閣制，蔣憲則恢復‘五五憲草’的總統獨裁制。馬歇爾將軍想以實行蔣憲，改組政府的辦法，算作結束一黨專政，為蔣介石獨裁政府找出路，結果只會使它更加失信，更加孤立，絕對得不到人民擁護”。這些譴責里面除了“取消省憲”與事實基本相符外，其他各條均與事實不符。
隨后，國民政府為了進一步表示其謀和的誠意，乃于1月16日再度決定派張治中赴延安談判，提出四項方案以作為恢復和平談判與改組政府的依據經司徒雷登轉交中共：
#政府愿意派員赴延或請中共派員來京繼續進行商談，或舉行圓桌會議，或邀請各黨派及社會賢達參加。
#政府與中共立即下令，就現地停戰，并協商關于停戰之辦法。
#整編軍隊及恢復交通，政府愿仍根據三人會議及過去協議之原則繼續商談軍隊駐地，整編程序。以及恢復交通之實施辦法。
#在憲法實施以前，對于有爭執之區域地方政權，政府愿意于中共商定公平合理之解決辦法。
北平軍調部三人小組：葉劍英、鄭介民、羅伯遜
中共次日再度回答必須答應前提出之兩項條件，方可恢復和談，否則無派員之必要。3天后，1月20日，政府公開發表聲明，再度要求中共與政府相忍為國，繼續和談，以實現政協軍隊國家化，政治民主化的目標，對于中共兩項條件，“政府已經收復之地區如一經撤退，則該區人民之生命財產即無所依托。恢復秩序，保護人民，乃為政府之職責所在，何忍使人民再遭仇殺之慘禍？如中共果有和平之誠意，盡可依照三人會議所已成立之整軍與統編各方案實施，則一時之軍事位置，自無爭執之必要”，“制憲國民大會乃由全國各民族，各省市各職業代表所組成，而且政協決議早已規定各黨派及社會賢達亦皆共同參加，絕非如中共所稱系國民黨一黨包辦者”，“況且其所通過之憲法，亦即根據共產黨與各黨派共同參加之政協所協議之原則，及憲草審議會根據該項原則所制成之憲法草案，中共實無理由可以反對”，“深盼中共體諒政府相忍為國，力求政治解決之苦心，捐除成見，繼續協商，政府仍愿以最大之忍讓，竭誠相與，虛懷接納，特再揭櫫恢復和平方案，以為繼續和談與改組政府之依據”。1月25日，中國共產黨中央宣傳部長陸定一癹表聲明，反駁中國國民黨中央宣傳部1月20日關於政府《和平方案》之聲明，指出政府之《和平方案》無誠意可言，全係騙局。“廢除偽憲法（指中華民國憲法）和恢復1946年1月31日軍事位置，是恢復和談的最低限度”。于是，國共和談最后的機會，隨著中共堅持的兩個不可能條件而徹底關上大門。
關于這三次談判，后來被中共定為右派份子的第三方面人士梁漱溟坦率地說內戰責任在蔣介石出爾反爾，言而無信，最后占領大片地盤，“國方在軍事上已心滿意足”后，逼得共軍不得不反擊。梁漱溟寫到：“綜觀前后，過去（七月半至十一月半）一段，是國方要打。十一月半以后是共方要打。”因為“國方在軍事上已經心滿意足，確乎不想再打。然而共方卻是積憤填膺，非打不可。”文中一句“民國三十五年十一月中旬以后，要打內戰的是中共，而非國民政府”，則被人斷章取義，當成中國共產黨挑起內戰的根據。中國共產黨認為，是中國國民黨發動和平攻勢，試圖嫁禍共產黨；國民政府認為，是“我政府迫不得已乃忍痛動員，從事戡亂，這是最近的歷史事實”。
1947年1月29日，美國宣布撤退北平軍事調處執行部的美方人員，同時中止三人小組的關系。國共美三方關系解除，馬歇爾調停徹底失敗。
2月28日，首都衛戍司令部、淞滬警備司令部、重慶警備司令部分別通知駐南京、上海、重慶三地中共人員，限於3月5日前撤返延安，并強令關閉重慶《新華日報》社。3月3日，董必武回中共辦事處後，即往訪張治中，詢問政府有無致中共人員撤離南京、上海、重慶三地之正式公函，及政府是否表示決心用軍事方解決國共問題。繼訪張群，商談有關重慶、成都兩地中共人員撤退問題。首都衛戍司令部函中共代表團（《首都衛戍司令部致電梅園新村中共聯絡處限期撤令》）：“梅園新村十七號中共南京聯絡處及代表團公鑒：自貴黨拒絕和談，關閉和平之門，貴黨軍隊在各地公開叛亂，處處攻擊國軍，而貴黨人員又在各處散播謊言，鼓動變亂，本部為維持地方治安，應請貴處將留居本京人員于本年三月五日前全部撤退，并將現在駐京人員姓名、性別、年齡、籍貫、職務，即速造冊函送本部，以便護送離境，特此電達，即希查照，首都衛戍司令部儉秘印”。
3月7日，原留南京、上海中共人員董必武等74人乘美軍飛機4架飛抵延安。3月27日，中共中央機關報《解放日報》停刊。至此國共關系徹底破裂。
7月9日，國民政府決定撤銷政治協商會議名義及其秘書處組織。7月15日，國民政府明令公布《國民大會代表名額分配表》。7月18日，國民政府舉行國務會議，通過取消中共國大代表、國民政府委員保留名額，中共現任國民參政員予以除名。7月27日，蔣接見美國記者，聲稱，國民政府將履行諾言，於本年底實施憲政，產生立憲政府；共匪叛亂不能妨礙我憲政實行。
國共內戰在1947年3月正式全面爆發，6月29日政府頒布通緝令通緝毛澤東，周恩來，任弼時等。1947年7月10日，國民大會代表及立法委員選舉總事務所決定，國民大會代表選舉於10月21日至10月23日舉行，立法委員選舉於12月21日至12月23日進行。7月15日，國民政府明令公布《國民大會代表名額分配表》。期間1947年底國民政府依據憲法舉行第一屆行憲國大代表選舉和第一屆立法委員選舉，并在1948年3月召開第一屆行憲國大，選舉總統蔣中正，副總統李宗仁。然而內戰局勢日趨嚴重，很快占領整個東北，隨即入關占領華北。華東地區共軍也圍殲徐蚌地區國軍，直逼浦口。1949年元旦，蔣介石發表告全國軍民同胞書，“國父說，中華民國之建國，其目的在和平。中正為三民主義的信徒，秉承國父的遺教，本不愿在對日作戰之后，再繼之以剿匪的軍事，來加重人民的痛苦。所以抗日戰事，甫告結束，我們政府立即揭舉和平建國的方針，更進而以政治商談軍事調處的方法解決共黨問題。不過經過了一年有半的時間，共黨對于一切協議和方案都橫加梗阻，使其不能依預期步驟見諸實施，而最后更發動起全面武裝叛亂，危害國家的生存，我政府迫不得已乃忍痛動員，從事戡亂”，“只要共黨一有和平的誠意，能作確切的表示，政府必開誠相見，愿與商討停止戰事恢復和平的具體方法。只要和議無害于國家的獨立完整，而有助于人民的休養生息；只要神圣的憲法不由我而違反，民主憲政不因此而破壞，中華民國的國體能夠確保，中華民國的法統不致中斷；軍隊有確實的保障，人民能夠維持其自由的生活方式，與目前最低生活水準，則我個人無復他求”，“中正畢生革命，早置生死于度外，只望和平果能實現，則個人進退出處，絕不縈懷”，“如果共黨始終堅持武裝叛亂到底，并無和平誠意，則政府亦惟有盡其衛國救民的職責，自不能不與共黨周旋到底。”，隨后民國總統蔣中正宣布引退，李宗仁任代總統，宣布與中共和談。
此時中共已經勝券在握，只待春天水漲即渡江，因此恰好可以利用此段和談時間部署渡江事宜。中共開出條件等同于最后通牒，1）懲辦戰爭罪犯。2）廢除偽憲法。3）廢除偽法統。4）依據民主原則改變一切反動軍隊。5）沒收官僚資本。6）改革土地制度。7）廢除賣國條約。8）召開沒有反動份子參加的政治協商會議，成立民主聯合政府，接受南京國民政府反動政府及其所屬各級政府的一切權力。周恩來對此評價道：“趨向不外乎三種，第一種是國民黨改組政府，并且承認我們提出的八條；第二種是美國出兵，對此我們已經有了準備；可能性最大的是第三種，繼續打下去”。
4月1日至15日，和談在北平舉行。然而，中共將國民黨政府要員列為戰犯予以通緝，并述明國民政府偽憲法無視民意基礎之事實要求廢除，國民政府嚴正拒絕。在北平的談判破裂的情況下，中共乘四月長江漲水，迅速展開渡江戰役，攻占南京、武昌、上海等長江沿岸主要城市，并迅速向整個南部中國推進。國民政府經過輾轉，在12月9日遷往臺灣，形成兩岸對峙局面至今。
1948年（民國三十七年）5月，中共在紀念五一勞動節時，提出要建立沒有反動分子參加的政治協商會議組建聯合政府的說法，即將國民黨、青年黨、民社黨驅逐出政協，而保留民盟和其他一些小黨組織新政協。1949年（民國三十八年）6月25日，政治協商會議籌備會成立，毛澤東在會上提出新政協要“選舉代表這個共和國的民主聯合政府”。9月21日，第一屆全體會議舉行時，為了區別1946年（民國三十五年）政協會議，決定改名為“中國人民政治協商會議”。
為了取代中華民國憲法，中共在九月開始醞釀共同綱領草案。9月25日，人民政協第三組組長周恩來介紹共同綱領草案，“由中國共產黨負責起草草案初稿”，還提到軍隊問題“人民解放軍之所以能取得今天的勝利和得到全國人民的擁護，決不是偶然的”，“政治工作制度是它的靈魂”，這暗示著“政治工作制度”（即黨組織制度）將繼續發揚下去。共同綱領最后在9月29日第一次全體會議上通過。
共同綱領提出“人民有思想、言論、出版、集會、結社、通訊、人身、居住、遷徙、宗教信仰及游行示威自由”，“各級人民代表大會由人民用普選方法產生之”，這些條款以后是否被中共遵守或被中共破壞曾有爭議。值得注意的是，共同綱領并沒有規定什么時候自行失效，雖然傳統上認為五四憲法已經將其取代。但五四憲法里面也沒有規定共同綱領失效的條款。從法理上，只要沒有法律或人民政協之正式決議認定它已經失效，共同綱領將一直生效下去。
聯合政府的提法在第一屆政協會議產生“中央人民政府”之后也很快走入歷史。而民主黨派對中共的制約并沒有因此消失，第一屆中央人民政府里面，第三方面之張瀾為副主席而章伯鈞，羅隆基也在政務院任職。直至1957年反右運動之后，這種約束才解除。
1946年政治協商會議對中國近代史的影響是極其深遠的，它不僅直接影響國共內戰的結局，進而影響中國歷史的走向，更很大程度上影響中共的建國綱領和執政理念，對當今中國大陸政治仍然影響極大。
中共對此政協評價是正面的（可從中共官方出版《周恩來傳》，《周恩來文選》等找到中共對此評價），但一直在歷史教材中回避或者淡化這段對中國近代產生重大影響的事件。例如人民教育出版社，1992版初中《中國歷史》近現代史里面只字不提政治協商會議內容，反而大寫較場口慶祝政治協商會議的大會上發生的毆斗事件，故該書之讀者只能從較場口事件得知有政治協商會議召開。
對于中共而言，政協會議的一大成果是民盟與中共結盟形成統一戰線。民國三十六（1947）年十月二十八日，行政院內政部決定查封取締民盟“查民主同盟，勾結共匪，參加叛亂，早已為國人注意。茲迭據各地負責治安機關先后報告，其最顯著事實，如該盟派洛賓基在東北策動東北之軍事叛亂，與在西北之負責人策動孔從周等叛變并煽動五月學潮，及上海工潮，皆暗與共黨之軍事行動相呼應。”“該盟重要分子李蔭楓在川省招致匪徒，圖謀暴動，以響應共匪李先念殘部之竄擾，其他公然作叛亂宣傳，掩護共匪之間諜活動，皆證據確鑿”“如不立加遏制，后方治安在在堪虞，本部職責所在，對此在匪區則助長叛亂，在后方則為共匪聲援之不法團體，不得不采取適當處置，茲政府已將該民主同盟宣布為非法團體”。
國民黨對政協會議的評價也是正面積極的。民國政治架構中，不僅憲草和聯合政府理論來自政協，而且青年黨，民社黨也通過政協獲得國大名額而加入國民大會為民主競爭增加元素。民國政府播遷臺灣之后，大量記錄和評價政協會議的書籍，資料出版，從而很大程度上彌補大陸在這方面的空白，保存下珍貴的歷史資料。
政協本身并不完美，遺留下大量問題而沒有最終解決國共爭端。例如有觀點認為，政協會議最大的遺憾是把許多本來可以在會上解決，或者至少可以形成一個初步解決框架的事項留給以后解決，結果這些問題不僅會后未能解決，反而隨著時間的推移衍生出來其他的問題，像滾雪球一樣問題越來越多，直至最后談判完全破裂。以下事項在政協會上可以解決，但未列入商討事項或者未能解決而留待以后：
#解放區問題。在施政綱領討論時，政府代表完全可以將解放區問題列入討論議題。結果竟然沒有提出。最后形成施政綱領的時候，竟然將解放區問題列為附記留待以后解決，且秘書長雷震呈交蔣介石施政綱領決議案將此條目缺漏。會后解放區問題不僅未能解決，而且“進攻解放區”成了中共指責政府違反協議的主要借口之一。
#國府委員會代表名額問題。此問題本可以在最后的決議案形成之前努力解決，但最后只解決國民黨的20個名額，共產黨的名額則未能當即解決。由于中共堅持要和民盟占有14個名額以具有否決權，而恰是這個問題最后成為聯合政府未能建立，而中共拒絕參加國大的直接原因。
#東北問題。東北問題原本也可以達成具體協議，政協開會期間發生的東北張莘夫遇害事件完全可以成為東北問題解決的契機。此問題也未能解決。
#憲草問題。憲草問題在政協會上本來不是一個激烈爭論的問題，關于憲草修改的國民黨六屆二中全會卻是最早導致國共關系惡化的因素。一則政府在憲草問題上讓步過大，五五憲草版本大幅度被改引發國民黨老黨員不滿，代表完全沒有盡到談判的職責。二則憲法本身需要國大通過才能生效，國民黨完全沒有必要在六屆二中全會上節外生枝提出修改仍須國大商議的憲草
* 孟廣涵：《政治協商會議紀實》，重慶：重慶出版社，1989 ISBN 978-7-5366-0997-6
* 金沖及：《周恩來傳》1898-1949（下），北京：中央文獻出版社，1998 ISBN 978-7-5073-0416-9