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嘉靖十年（1531年）四月，徐階抵達延平府，做了一首《抵郡作》詩感嘆自己無法為國家做貢獻。在延平任內徐階遇見鄭慶云和黃焯二人，是他當時的患難之交，徐階描述說和兩人一起可以歡笑度日。在其墓志銘上更是寫鄭公慷慨有節黃公攸然有度，雖然性格都不一樣，但是都是好友。徐階多年以后本想要提拔兩人出言獻策，但是兩人先后在嘉靖十七年和嘉靖二十六年去世，徐階十分惋惜。在延平任內，徐階虛心掌理民訟，清查府庫，毀滅淫祠的同時建立良好的教育系統，請了當地教授鄧析教授諸生韻語等小學基礎。后來尤溪匪盜四出，分巡道難以捉捕歸案，徐階自告奮勇，以三老之位懸賞，不久便逮捕了連同頭領在內的一百二十人，受到了當地百姓的一致擁護。而在當地民俗的感染下，徐階曾也想要直接遷家到延平，但是最后未能成為現實。三年后的嘉靖十三年三月，徐階便因在延平三年政績突出，升任湖廣黃州府同知，走的時候延平百姓夾道送別，延平府學諸生甚至送徐階一直到了建寧，徐階寄言他們說要學習文靖、文質兩位先生，不能因為小得而自滿。
徐階在前去黃州府的路上，途經嚴陵時被升為浙江按察僉事督理學政于是徐階趕回華亭，在逗留的一個星期中娶了第二任正妻張氏，后奉顧夫人之命前往浙江赴任。隨后徐階便主持了在嘉興的秋試，其間有一位來自湖州的考生落榜，向徐階詢問原因，徐階說：「你文字艱澀，怎么可能考上？」，考生抱怨說：「科舉也太難了，上次主考官喜愛艱澀的文句，只好寫艱澀的；孰料這次的考官（徐階）又喜歡平易的，又能怎么辦？」徐階批評說：“如果你的文字艱澀，就算提學喜好平易，你也不能改變文風為平易；如果你的文字平易，就算提學喜好艱澀，你也不能改變文風為艱澀。現在你沒有主見，為了投他人的喜好，而數次改變自己的習慣，那麼你是不是在太平的時候當君子，而一到亂世就當小人了呢？”于是考生悚然而退。另有一名生員，在文中寫“顏苦孔之卓”，意思是「顏回苦惱自己不如孔子的高超卓越」，徐階認為這句話非常奇怪，便給那位學生批了四等，直接在卷上評價“杜撰”。等到結束后，那位生員來聆聽講評，解釋說這句話是出自揚雄的《法言》，徐階站起來向這位生員道歉，說：「本學道僥幸年紀輕輕就考取進士，以致於沒有好好求取學問，今天多受您教導了。」他又立刻將這張卷子改為一等，時人都稱贊了他的雅量。在浙江歷經三年督學，徐階再次牽動遷家之念，在《送大參三峰侯公入蜀序》中提出想要搬家到臺州“與諸賢相追逐”，不過依舊未能成行。
嘉靖十五年（1536年）十月，徐階改任江西按察副使、提督學政，他在江西正文體、端士習，開始傳揚王守仁的心學理念，并興建了王文成公祠，這為徐階帶來了一致好評，很多士人都很向往去那里求學。后來自徐階手下所出來的這些江西學生，多數都參預朝政內外，活躍于臺省之間，出名的比比皆是。而徐階自己則對嚴嵩之名非常仰慕，寫了一首詩《寄題嚴學士鈐山堂》贊頌其節；另一方面，夏言有親戚在江西想要幸進，被徐階所拒絕，這使得夏言十分不悅。當時被時人稱為“四鐵御史”的馮恩因謫戍雷州經過南昌，徐階聽說后立刻率領諸生相迎，甚至還寫《贈馮侍御南江戍雷州》詩一首稱贊了馮恩在嘉靖十一年毅然反對張璁、方獻夫等人后下獄絕不屈服的忠臣貞節。
嘉靖十八年（1539年）五月，皇太子入學，經由馮恩向夏言的推薦，雖然夏言和徐階關系不佳，依舊同意召升徐階為司經局洗馬兼翰林侍講，以四品服色俸供職。在他回京述職前顧夫人囑咐說圣天子（嘉靖）在張孚敬一事后還錄用他，需要盡心盡力，不要因為思念她耽誤公事。而徐階也在辭別聶豹時受到聶豹贈詩告誡說為善比強識才藝更加重要。于是徐階趕往京城，并和鄒守益、唐荊川、羅洪先等前輩一同探討心學。不久后的嘉靖十九年春，顧夫人送徐階的弟弟徐陟前往京城求學，本托話說若是有空，在徐陟及第后可以和徐階一同回鄉為她慶祝七十大壽。徐階這時候卻和另外二十二位同僚一同上疏請求嘉靖祭祀庶子，但是被嘉靖以祖制駁回，還罰了在文中言語不敬的官員的兩個月俸祿。僅僅半年，顧夫人便與世長辭，徐階因此在嘉靖二十年特意寫詩《五月五日懷太恭人》一首，抒發他對顧夫人的懷念之情。由于母親的去世，再次進入政治中心的徐階不得不丁憂回家，所有官職被除。
嘉靖二十一年十二月（1543年初），徐階丁憂期滿，回朝升任國子監祭酒，在任內徐階整頓了國子監的撥歷。原本國子監有派監生在各部歷事，由吏部文選司所開，徐階上任后將各個監生的具體歷事日期每月公開榜示，杜絕了以前存在的“偷撥”等弊端，而他自己也拒絕那些希望走后門的權貴，諸生對徐階眾心悅服。后來徐階又關注監生的膳銀問題，以前的祭酒對于發放膳銀不聞不問，全權授理的典薄大多把膳銀占為己有，用各種理由搪塞監生。因此徐階讓人記錄人數，每天選一名堂官，在旁監督，一同為監生發放膳銀。后來還每個月派堂官隨典薄出饌米，防止官吏冒支。而后來多位以直言著稱的言官也是徐階擔任祭酒時的門生，例如楊繼盛，還被徐階稱為一名奇才，只是缺少指引。
嘉靖二十三年（1544年）十一月，徐階因政績突出，晉禮部右侍郎，在短短一個多月后又轉為吏部左侍郎。當時徐階即刻在墻上寫說他二十一歲及第四十三歲就輔佐天官，是國家厚恩所致。在任期間，徐階沒有選擇守循默輒，而是鼓勵做官廉潔，并一改吏部以前的風氣，折節下之，向下官詢問邊備、吏治，受到了很多官員的愛戴，也因此深得時任吏部尚書的熊浹的信任。在嘉靖二十四年三月，徐階和熊浹以及都察院左都御史周用等一同考察下級官員，他們按例先自辭然后嘉靖下旨告訴說要悉心考察。后來熊浹因為直言上諫被罷官，嘉靖二十四年十二月，徐階由右侍郎晉為左侍郎，原來在刑部的韓邦奇成為他的副手。而后繼任本部尚書的唐龍、費采、周用依舊非常器重徐階，但因為年老多病，徐階多次奉旨掌管吏部。期間有很多人賄賂徐階，都被他所拒絕，而后來徐階推薦的宋景、張岳等人都是天下信服可以承擔重任的大臣。
嘉靖二十五年七月，由于吏選存在的問題，唐龍被以年老體弱的理由奪吏部尚書一職，徐階作為屬官也被治罪，他雖然官職不變，但是俸祿被降了兩級。八月時徐階按照禮制，陪祭「帝社稷」之神，而后徐階便負責確定大選具體方法，先廢除以前用品階、資歷的復雜排行，后又為所有人分了等級，上、中、下各填己卷，這樣一來省去了很多力氣，受到了大家的稱贊。嘉靖二十六年，周用去世，聞淵頂替成為吏部尚書，六月份和徐階一同配祭帝社稷，后來聞淵以前輩的身份非常獨斷，徐階因此十分不樂，上奏請避。隨后徐階成功從吏部抽身，被召兼任翰林院學士，教導包括張居正在內的諸位庶吉士。八月時，徐階因三品滿三年，他的兒子徐璠被進為國子生。
嘉靖二十七年（1548年）二月，徐階受命掌管翰林院，八月份，徐階和歐陽德、聞淵等祭歷代帝王廟。嘉靖二十八年正月時因嚴嵩請簡大臣協輔，于是吏部于二月份廷推聞淵、張治、韓邦齊、歐陽德、李本以及徐階，嘉靖以“治本”為由，直接選取張治、李本二人入閣，而徐階則在數日后就接替孫承恩成為禮部尚書。當時徐階和諸位同僚為嚴嵩少師大學士像寫贊詞，他著重稱贊了嚴嵩的德行，認為無人可比。
三月時，莊敬太子朱載壑行冠禮，徐階身為禮部尚書負責宣讀敕戒。但是太子僅僅過了兩天以后就死了，徐階先是要捧以太子謚為莊敬之冊并令禮部頒示天下，隨后又要負責率領禮部草擬葬禮儀注。徐階以杜預所撰《通典》，向嘉靖說明太子雖然還是殤年，但是他已經冊立許久并且曾經監國過，因此百官需要服喪。嚴嵩卻以嘉靖所下旨意所說“百官服制可無”為由，令百官穿青衣角帶，被徐階強烈反對。徐階認為以素衣去哭喪，以前從未有過記載，現在又沒有明確旨意，誰敢擅自做這樣的事；他自己寧可遵守禮制而被懲罰，也不敢為了避免罪責而破壞禮制。于是在哭臨之時，有宦官回報嘉靖，嘉靖遂下令所有人改為衰服。
很快，徐階就奉命成為《大明會典》副總裁，早在嘉靖八年，還是翰林院編修的徐階就被征用為以楊一清為總裁的《大明會典》的纂修官，這一次他用楊一清自嘉靖八年寫到嘉靖二十三年的初稿和諸司新事例共易四稿，直到嘉靖二十九年五月時完成一百二十卷的會典并被徐階親手奉予嘉靖過目，不過嘉靖重修大明會典最后并未刊行，直到萬歷十五年以申時行為總裁的萬歷重修會典共二百二十八卷最終刊行。王世貞后來如是說徐階所修會典：“創義例，摯綱領，井然一代程書。”，給予了非常高的評價。
嘉靖二十八年（1549年）六月，由于徐階擅長寫青詞，受到了嘉靖的寵信，被嘉靖召直無逸殿，賜飛魚服給他和大學士張治、李本，徐階入直后除了寫青詞外整頓了供奉在內殿的太醫選拔制度-他上奏報告了御醫吳夢龍尸位素餐，私自回鄉，提出在宮內的醫士大部分都是恩例進來，不遵守禮部三年考選的規定。他又請求對禮部和太醫院對選拔和考察過程進行改動，把所有醫士分為三等，只有最上等的才能留在內殿，其余的送入供奉，并讓太醫院派遣堂官監督讓他們不輕易逃職，如果有病而無法一直供職的需要報備。嘉靖下旨同意，于是在奏疏中提到的吳夢龍等人都被革職，經過徐階進一步調查，沒有考試的醫士侯時泰等二十四人也被去職并問罪。八月下旬，隰川王朱俊柏隱匿應該一百三十余沒有受名封婚祿的宗室子女，徐階上疏參奏，讓山西撫按嚴督查對。九月下旬，徐階被會推頂替因聞淵下位而空出來的禮部尚書，但是由于嘉靖認為徐階小心恭謹，非常親近他，以不能外遷為由轉而任命夏邦謨。
十月時金陵鄉試，徐階子徐璠請槍手替他捉刀應考，事發，被南京六部官員萬文彩、楊順、張鑒引以為由，彈劾徐階，要求把徐階免職。徐階便上疏自請去職，但是被嘉靖以徐階任職於北京，無由得知千里以外的兒子在南京考試作弊，所以讓徐階繼續安心做事。次年四月，禮部上疏說長久不下雨，請皇帝去郊祭，徐階被派遣于西郊身著青衣角帶行禮。而徐階這時候也為聶豹伸冤，認為起初因夏言而被除職的聶豹“才大可用”，聶豹得以重新進入朝廷，成為右僉都御史、巡撫順天，隨后在庚戌之變爆發的時候聶豹改職為兵部右侍郎，在庚戌之變時功績突出，為徐階帶來很多幫助，徐階在事變后也上疏推薦了聶豹，認為可以用他替換那些不任事的內外臣工。
嘉靖二十九年（1550年）八月初四，逢萬壽節，嘉靖加恩諸臣，嚴嵩為上柱國、徐階也被晉為太子少保。徐階隨后提出京城軍隊久不操練，對其稍有了解的敵人都能迅速擊敗京營部隊，因此需要釋放有威望的將領并盡快集結勤王部隊反擊。八月十七日，俺答主力已經入寇通州，徐階連上《御虜條宜》、《請還大內并召見大臣計議邊事》、《答邊事諭》疏，被嘉靖所采納；更于三天后的二十日，徐階又上《請巡視九門》疏，認為盡管已經有大臣被派去巡城，城守的器械依舊沒有充分準備，軍士非常散漫，因此以禮部尚書的身份自請巡城。于是嘉靖下旨要求徐階傳諭九門守將說雖然敵軍還未臨城，但是要注意城防，按時開關城門，不要玩忽職守。不過就在次日，俺答就已經攻到北京城下并要求大明朝貢，于是嘉靖詔嚴嵩、徐階和李本三人于西苑商議對策。嚴嵩試圖安穩帝心，解釋說俺答只是來搶食的，被徐階舉出敵軍殺人放火的事情頂了回去；而后嘉靖又問貢書的事情，嚴嵩推脫說是禮部的事，徐階因此直言說局勢危急，城內守軍沒有實力主動反擊，不適宜在這個時候激怒敵軍，最好拖延時間并靜等援軍到來，提出用貢書沒有用漢文書寫為由達成這個目的，此計被嘉靖所采納；嚴嵩也順勢請嘉靖臨朝，安穩民心。
第二天，徐階召集諸臣商議對策，還沒取得共識國子司業趙貞吉就直接上言說現在最重要的是沈束、周尚文之案，監視這次議會的人回報嘉靖后嘉靖非常滿意，命趙貞吉和錦衣衛一同去激勵軍心。數日后，徐階以禮部名義和諸臣正式上奏，貫徹執行拖延時間的計策，同時嘉靖下旨要求邊軍快速回援。徐階后來在和友人書信時認為由于當時當路者無遠見，所以無人體會他行為背后的意義，而在進策的時候因對當事者有所刺譏，間接的和嚴嵩以前的言論所針鋒，使得嚴嵩對徐階多加忌恨并因以前夏言簡拔、嘉靖對徐階的重視而決定壓制徐階。徐階在庚戌之變中的表現被眾多史家所稱贊，稱在京城的經略多賴于徐階，認為很多事上可以效法徐階之策。在庚戌之變結束后，徐階試圖增強京軍戰斗力的同時減少軍費開支，他提出撤回一些不必要的京操班軍，這樣一來就可省去大量人力、物力。
不久后的十月二十日，禮部集議孝烈皇后方氏祔廟事，經過會議，禮部上疏認為還是最好安放在慈孝獻皇后之側，遵崇禮制。徐階堅持嚴嵩一年前所提“陰不可當陽位”的奏議，除給事中楊思忠外無人敢附言徐階。當時嘉靖派去旁聽的人回去將事情經過報告給嘉靖后，嘉靖看到了徐階的密疏一封，繼續請求將方皇后祔于獻后之側，于是嘉靖在密疏上直接批寫：“你每懷二心牢至于今”，令禮部再議。徐階在次日的集議上再次上疏，用詞更加委婉，提出太廟九室已滿，先在太廟及奉先殿各贈二室，然后再升祔孝烈。嘉靖大怒，下旨責問說徐階要履行臣子之義，就應該請祔于仁宗。徐階和楊思忠在這樣的情況下無法再堅持之前言論，但是天下人都知道他們說的才是正禮。不過徐階依舊因為奉迎嘉靖，同時避免和嚴嵩有所沖突，在嘉靖怒火消后被進為少保，兼領文淵閣大學士，參預機務。
嘉靖三十一年（1552年）三月，時年五十歲的徐階終于入閣，本官晉為東閣大學士，依舊掌管禮部諸事并參預機務，于是徐階在初十便上《謝入閣疏》以一句自謙“伏愿因愚臣之不足任，益舉群策而用厥中，念人才之難求全，姑取所長而衿其短”感謝世宗的提拔。八月，徐階在仇鸞病死后密疏說仇鸞通虜誤國，嘉靖非常憤怒，令人劈開他的棺材把他的頭割下來巡視九邊。而因仇鸞被逐出西苑的嚴嵩也得以重新入直西苑，后來他一次半夜扶床嘆息，自認比徐階大兩紀但是智慧遠遠不及，和徐階的關系更加緩和。月余，歐陽德取代徐階成為禮部尚書，徐階也得以專注閣事。
嘉靖二十八年七月九日，徐階上《請冊立東宮》疏請嘉靖冊立新的太子，當時太子去世僅僅百餘日，徐階認為只有太子之位定下來后，國本才能安穩，天下臣民也就可以安心。但是嘉靖并沒有做出任何反應，徐階連接在嘉靖二十九年正月二十一日上《再請冊立東宮》疏、嘉靖三十年二月初一上《三請冊立東宮》疏，再次請求冊立太子，在三道奏疏中都提出了朝廷只有在太子之位穩定下來后才有一個可以共同發展的方向，而根據歷朝的慣例，本部理應以百官勛貴題名共同陳情請立太子，并又說現在天下最重要的問題就是建儲，如果這件事解決了是天下臣民之幸。然而嘉靖依舊沒有反應，將前兩道奏疏都留中不發，只在第三疏后題說“知道了。”；他又聽了陶仲文所說二龍不能相見的理論后，并以此為由拒絕冊立太子。徐階等到嘉靖三十一年又上《四請冊立東宮》疏請求建儲，時任首輔的嚴嵩也罕見的附和了徐階的奏議，都希望嘉靖盡早建儲。卻不想在裕王、景王分別要進行婚禮，在禮制區分上爭議時嘉靖下旨要求“二王同體”，反對徐階所說東宮及諸王有別的禮制。歐陽德接替徐階為禮部尚書時，二王依舊在京城內居住，沒有建儲，徐階卻因為楊繼盛之案不得不暫時放棄勸說嘉靖建儲。
嘉靖三十二年（1553年），由于針對庚戌之變及倭寇的嚴重失策，嚴嵩被外廷大量彈劾，嚴嵩利用嘉靖對外廷報復時，時任次輔的徐階多次上言求情。但是原先身為其門生的楊繼盛不了解具體情況，對徐階的不作為越發失望，楊繼盛認為雖然徐階有嘉靖知遇之情，但是屈服于嚴嵩的積威，不敢對抗這樣的權奸。嚴嵩在注意徐階的動作后，開始猜疑徐階，把矛頭也指向徐階。同時擔任禮部尚書的孫承恩因不愿意迎合嘉靖佩戴黃冠，上疏請致仕被準，徐階在送他回鄉的時候為他作序，在其中表示對于臣子而言，侍奉英主非常困難，并感嘆說孫承恩生逢其時，官做的非常通顯，致仕后可以在山水間游玩，這樣的事情不容易達成，徐階當時透露出他羨慕孫承恩可以早早擺脫政壇，而他還要繼續事嘉靖這位英主。
嘉靖三十三年（1554年）八月，徐階以一品考滿三年，被進為柱國、太子太傅、武英殿大學士、兼領吏部尚書；與此同時嚴世蕃也以工部左侍郎掌部事，雙方的矛盾越發嚴重。嘉靖三十四年，楊繼盛上疏直言頂撞嚴嵩，將他斥為小人，而嚴嵩就開始懷疑是徐階的指使；徐階另一方面在看到奏疏后認為，當時并不是沒有人才，而是由于賄賂盛行導致功罪不明，賢否倒置，沒人想要為朝廷效力，問題的根本是在廟堂之上，而不是各個機構。接著趙錦、王宗茂也連接上疏彈劾，徐階依舊尚書請求減輕對他們的處罰。嚴嵩以楊繼盛奏疏中提到二王為引，想讓陸炳興大獄深究，徐階卻以這樣下去會遭致不忍處置二王的嘉靖把怒火發在左右近臣為由威脅嚴嵩。但是嚴嵩并不動搖，發動刑部治楊繼盛“詐傳親王令旨”罪，最后徐階也無能為力，刑部唯一提出反對意見的史朝賓最后也被謫官。嘉靖三十四年十月，楊繼盛最終被害，徐階在楊繼盛的墓志銘中提到自他以后"君子小人者可以鑒矣"。
嘉靖三十五年（1556年）六月，徐階以一品考滿六年，被賜予寶鈔和羊肉、酒。吏部按照慣例上疏為徐階請加少傅，但是徐階堅持不要，朝廷轉而將其子恩蔭徐琨為中書舍人、徐琳為生員。但是就在兩年后，時稱戊午三子的吳時來、張翀、董傳策一同上疏彈劾嚴嵩，其中吳時來、張翀都是徐階所主禮癸丑科進士，吳時來更是在嘉靖三十三年身為松江府推官和倭寇作戰被徐階予以極高的評價。而嚴嵩便也以他們背后有主使者的理由將三人下獄拷問，有很多后代的學者也認為這次事件有徐階在幕后的操縱，如蘇均煒先生所說：“他的門生吳時來、張翀、鄉人董傳策，同日分別上疏劾嵩，不能不讓人懷疑是他爭取主動的一個要著”。但三人雖然被刑求，卻都一直緘默，嚴嵩沒有辦法，只能發配他們去邊境充軍。徐階那時候卻也自身危難，被外廷寄予厚望的徐階，盡管也想救眾多被害的大臣，但是又怕觸犯嘉靖忌諱從而導致嚴嵩得逞。因此他不但無法幫助三人，在這一事件爆發后甚至不得不更加謹慎，至于稱病謝客。徐階當時和好幾位好友的書信中都提到了在越中四諫、戊午三子相繼上疏后，他和嚴嵩的關系已經無法調和，更是觸怒圣上，內憂外患，連續數月“臥不貼席”。直到嘉靖三十八年五月初三，因一品考滿九年，徐階本官被改為吏部尚書，重新執掌吏部。
嘉靖三十九年（1560年），世宗加恩于諸臣，徐階加太子太師。兩個月后，春坊中允郭希顏所上《安儲之疏》被嘉靖采納，但是國本之爭越發嚴重。冬天的時候，因為灤河事變而被抓住把柄的王忬被嚴嵩稍加挑撥便被害死，后徐階以秦檜殺岳飛來比喻這一事件。隨后在復書王輿齡時提到現在大家都老了但是問題依舊沒有解決，不根除在政府內部的禍患，僅僅一直在那里修剪枝葉，問題一直會出現，聶豹等人離開朝廷后我黨（心學）也越發孤獨，不去除嚴嵩就沒法擺脫。嘉靖四十年五月，由于旱災，御史唐繼祿上疏彈劾部院諸官，得到了嘉靖的關注后，嚴嵩和徐階都不得不上疏請退，而徐階也不得不等此事過去，尋求更好的時機對付嚴嵩。
嘉靖四十年（1561年）十一月，西苑永壽宮火災，因此嘉靖不得不搬離到玉熙殿，但是空間非常狹小，嘉靖想要新的居所。當時便有人主張可以住在大內，不但節省工費，環境也更好。于是嘉靖詔嚴嵩討論解決方案，嚴嵩提議要嘉靖住在南宮，而由于南宮是明英宗失去帝位時被明景帝禁錮之所，嘉靖十分不悅；他轉而問徐階，徐階堅持嘉靖最好住在新的宮殿中，并提議用三殿留下的木石，并請工部尚書雷禮監督，防止中官侵冒。這樣一來工程雖然規模浩大，但是“未嘗加派天下一錢”，嘉靖心動之下指派徐階和他的兒子徐璠負責這次復建工程，并再次搬遷居所至玄都殿。沈德符認為嚴嵩一生專門逢迎嘉靖旨意，而這一次事件中的處理，反而牴觸了嘉靖之意，所以嚴嵩失去了圣眷，徐階相應受到的關注更多。而嚴嵩也因此在和雷禮評價徐階的時候遷怒于雷禮，進一步和外廷交惡。但是嚴嵩非常驚懼，率一家人跪拜徐階，向徐階敬酒，并對徐階說：“嵩就快要死了，這些人都靠您照顧了。”，徐階回應說不敢。經過三個月的工程，嘉靖住進了新完成的萬壽宮，順勢晉徐階為少師，他的兒子徐璠更是直接升為太常少卿，一時間嚴嵩的勢力越發屈服。如此以后，徐階的很多同僚都來為他慶賀，其中胡松在給徐階的書信中提到說徐階胸襟開闊，對人大度，令他十分敬佩。但是不想徐階回信的時候說他不值得如此夸獎，在之前十年內他只是在嚴嵩的勢力下忍恥含詬，不如同胡所說是在淺用神化。在重建永壽宮的同時，徐階和雷禮都被命為嘉靖四十一年三月的廷試讀卷，但是雷禮因為督工而沒有參加。嚴嵩在看見徐階此間非常有權謀手段，越發受到嘉靖器重后，希望通過結親減少雙方的摩擦，于是他以自己的孫子配以徐階的孫女。
嚴嵩的兒子嚴世蕃行為在嚴嵩掌權后越發淫縱不忌，后來因道士藍道行進宮為嘉靖扶鸞求神問卜，假裝神諭說嚴嵩父子弄權，于是嘉靖越來越疏遠嚴嵩。到后來皇帝找人開會，如果是國家政事基本都叫徐階來討論，只有在關于祭典、齋醮、符箓方面才會找嚴嵩來發問。嘉靖四十一年四月，徐階一品十二年考滿，禮部本因預誥賜宴，但是被徐階辭掉。隨著徐階開始接觸更多事物，外廷大臣知道了后漸漸決定有所舉動，嚴嵩看議論紛紛，也試圖以顯擺御賜之物讓別人投鼠忌器。不過外廷并沒有動搖，隨后不久便以鄒應龍上疏開始，彈劾嚴世蕃及嚴嵩。嚴世蕃在鄒應龍上疏后也做出了相應的對策，他花了七萬兩銀賄賂宦官內侍，讓他們在宮內傳言說：鄒應龍之所以敢上疏彈劾嚴世蕃，都是因為藍道行暗中把箕仙的結果告訴了言官。因此藍道行被嘉靖下令逮捕到刑部進行審訊，嚴黨中人鄢懋卿和萬宷便在嚴世蕃的授意下，試圖以十二萬兩白銀讓藍道行牽連徐階。而嚴黨后來在暗中囑咐藍道行具體言辭時，藍道行大聲說御史彈劾貪官是其本職，他們要教他妄扯徐階毫無天理。門外的圍觀群眾都認為嚴黨所為很不公平。最終嚴嵩被勒令致仕，嚴世蕃被貶去守邊。盡管嚴嵩已經下臺，但是由于內廷有傳言說嚴嵩會被召回拜相，所以很多嚴黨官員經常手指一些言官說：“這個應該免官了，這個應該坐牢了”，這導致了很多人十分驚懼，甚至還有人有時會開玩笑說，嚴嵩回到紫禁城了。而鄒應龍也因此在被遷官時不敢赴任，前去找徐階后徐階告訴他不需要擔心，鄒應龍這才安心上路。
根據《明史》、《名山藏》、《皇明輔世編》、《憲章外史續編》所記載，徐階因為知道世宗厭惡嚴世蕃，于是趁機指使鄒應龍上疏彈劾；在《國榷》、《明通鑒》、《明史紀事本末》、《嘉靖以來首輔傳》、《皇明永陵編年信史》中記載為鄒應龍因為其他原因所發起的。《明實錄》中僅僅記載鄒應龍彈劾而沒有寫其背后的動機，而很多學者遵循《明史》的記載，相信徐階是幕后的指使者；同時也有學者提出反對意見，如姜德成先生所說：“夜半邀遣鄒應龍馳疏搶攻，均屬險招，顯然不符合徐階的作風。”
嘉靖十九年（1540年）十一月，時任承天府知府的吳惺上疏請求修撰《承天府志》一書，嘉靖當時為獻宗造勢，同意撰寫此書，并由上疏請求的工部尚書顧璘總理，以顏木、王廷陳等人撰寫，于嘉靖二十一年完成，但是嘉靖覺得寫得不好，很不高興，以體裁不合要求為由轉而讓給禮部編修。直到嘉靖四十一年時，給事中邱岳上疏請求重修《承天府志》，于是徐階被任命為總裁。當時朝廷中傳言說此書寫好后參與者會有超常的擢升，導致了很多大臣都想參與進來，這也使得徐階和袁煒之間發生了很多矛盾。等到《承天府志》寫完呈上后，盡管嘉靖非常高興，然而除了邱岳升為禮部右侍郎，其他人都沒有任何封賞；而《承天府志》則被嘉靖親自命名為《承天大志》。
在嚴嵩下臺后，徐階和袁煒上疏請求增加閣臣，嘉靖不太愉快，下諭讓他們自己推薦想要輔政的臣子；不久嘉靖再諭說，因用嚴嵩住在朝廷值班辦公，導致嚴家沒有家主，才讓兒子作奸犯科，還連累到嚴嵩本人，讓徐階等人三思，皇帝隱晦指出他不想讓徐階入西苑直廬。徐階很快進言解釋說雖然嚴世蕃在外無惡不作，確實是嚴嵩住在朝廷值班辦公所導致，但是嚴嵩非常寵愛嚴世蕃，甚至連政務都對他言聽計從，這樣縱使嚴嵩在家，也無法減弱其子的驕縱。嘉靖聽后“大悟”，賜原來嚴嵩住的直廬給他，徐階正式成為內閣首輔，他這才稍稍心安。徐階又上疏請求嘉靖欽定閣臣，但是嘉靖用嚴嵩為例子托詞說自己不了解百官，理應廷推。徐階奏對回答說并非嚴嵩沒有才能，只是由于權勢才恃寵而驕，他又進一步勸說嘉靖要廣納言，再次用嚴嵩為例，說這樣行事窮兇極惡、深情隱匿自會有人告發，在宮中也可以了解天下大事。
嘉靖盡管暫時認同了徐階的言論，但是他依舊不放心徐階是否如同嚴嵩一般樂於信奉道教，于是假意下諭說想要禪位給裕王朱載坖，說自己想要退居西苑修練長生術，觀測諸臣的反應。徐階會意后，上疏說不可退位，又附和嘉靖意志表示可以陪伴陛下一同闡玄修仙，嘉靖這才作罷，并在最后的諭旨中，提出再有敢如同鄒應龍一般上奏嚴嵩事的一律俱斬。
徐階寫下了三句話，並公開懸掛起來：“以威福還主上，以政務還諸司，以用舍刑賞還公論。”，要把君權還給皇上，把政事的處理權還給百官，把升官、貶官，獎賞、處罰的權力還給公眾輿論。他把這三句話掛在直廬墻壁上，成為他后來行政的主旨，希望阻絕首輔一人獨裁，架空皇帝的舊態。早在嚴嵩剛剛下臺的時候，徐階為不使得首輔繼續保持嘉靖口中“雖無相名，實有相職”的專制權力，他于嘉靖四十一年五月二十七日上疏請求和袁煒一同票擬所有事宜，這樣一來，“每事必公擬，庶臣宿心克副，而亦可永杜弊源也”。與此同時，一方面因為張璁、嚴嵩的事情，嘉靖對言官非常不喜，認為他們總是抨擊過當，于是徐階委婉開導，想讓嘉靖廣開言路，對外廷的敵意盡量減少，并以“大奸似忠，大詐似信，惟廣聽納，則窮兇極惡，人為我攖之，深情隱慝，人為我發之。故圣帝明王，有言必察，即不實，小者置之，大則薄責而容之，以鼓來者”勸服了嘉靖多加采納言官的奏報；另一方面，徐階覺得身為臣子，為政要有信于天下，用了伊尹的無私無利為例子，解釋說當如君子一樣心存道義，因此哪怕伊尹放逐過君主又還政給他，大家依舊信任他；徐階還認為為政要“盡心”，盡心對待人民，不因為虛名才展現仁義。在徐階的心中，朝廷貪官橫行導致了吏治敗壞，而個中最根本的原因還是由于士習不端，他說當時的士大夫好的在談論玄理，而差的就為自身利益奔走貪瀆。所以徐階在嚴嵩走后，獲取嘉靖的信任之后，一邊肅清殘留的嚴黨，同時又開始整治吏治。王世貞后來也描述說徐階上臺后使得本來權勢滔天的緹騎十去其九，使得直言者不用擔心因為一語不當就鋃鐺入獄。八月，由于三殿受災，嘉靖想要重錄《永樂大典》，下內閣討論，最后徐階上疏說可以在秋后進行校理、分錄，并在他的推薦下由時任禮部左侍郎的高拱為總校官、右中允張居正為修撰。
嘉靖四十二年（1563年）十一月十七日，徐階上疏請求改變吏部舊弊，惟才是用。徐階為存在的問題提出兩個結論，一是尊主權，每次下旨后很多人陽奉陰違，最后功罪難定，還有人貪饋肆行，都是由于皇帝主權不尊的后果；二是定國是，很多人利用文章掩蓋自己的能力不足，這樣使得有才的人無法被擢升，因此需要改進國家制度讓可以體恤人民的官員上任。嘉靖當天就立刻答回覺得徐階說的很對，同意說現在由于王言不重，很多官員就非常恣放，徐階順勢又上奏說重中之重是杜絕貪臟。于是在七月時，嘉靖下諭給徐階，覺得欺謗、貪肆的官員太多，不把祖宗法度放在眼里，并覺得冢宰應該為此負責，于是徐階告訴了時任吏部尚書的嚴訥，嚴訥趕緊上疏，提出讓各地撫按官員加緊巡查，上報所有不法事。后來嚴訥將那些政績優異的州縣官員破格提升，使得朝廷效率高了很多，嚴訥也將他可以如此成功歸功于徐階，認為在徐階執掌朝政的這段時間，不為他做事設置阻礙，任命的大臣也很有才賢。在這樣的背景下，時任刑科給事中的陳瓚上疏請求恢復那些因為直言而被廢斥的官員，平反各種冤獄。盡管徐階因陳瓚為他出了很多計畫，非常重視陳瓚，可惜嘉靖在看到奏疏后大怒，將陳瓚除名。
嘉靖四十三年（1564年）八月，在萬壽節時徐階晉為建極殿大學士，連帶徐琨為尚寶司少卿。十一月，林潤彈劾嚴世蕃和羅文龍，說他們有不臣之志，已經擁有四千部眾，連路上行人都在討論這兩人要伙通倭寇，嘉靖下旨要求林潤押解兩人入京審問。次年徐階因一品考滿十五年，賜勛上柱國，并恩蔭一子為尚寶司丞，祖上三代更是被封誥命大夫，但是徐階堅持不要上柱國，被禮部以部宴和金幣為補償，后來循例請退被嘉靖留下，賜以蟒衣。隨后刑部尚書黃光升、左都御史張永明、大理寺卿張守直等大臣因林潤害怕被報復，挺身彈劾嚴世蕃。奏疏一上，嘉靖如他們所料非常憤怒，下令把嚴世蕃打入牢獄審判。嚴世蕃在得知奏疏內容后反而大喜，和嚴黨諸臣說：“任他燎原火，自有倒海水”。不久后黃光升拿著已經寫好的判詞請徐階評閱，徐階看完后問他們，他們覺得嚴世蕃到底應當生還是死，大臣都回應說必須要他死，嚴世蕃死不足贖！徐階這才說要將嚴世蕃害死楊繼盛、沈煉的罪名隱去，他解釋說楊繼盛、沈煉的案子是由嘉靖親自下旨判決，嚴嵩奉旨執行的，嘉靖肯定不想把這罪名引到自己身上，一看到這條必然會懷疑三法司想要借助嚴氏把罪名推給他，定然會非常憤怒，這樣一來涉事的大臣沒有一個可以逃脫，嚴世蕃反而可以以此脫身而去。而后諸臣認為如果時間拖晚了就容易泄漏這段秘談，請徐階幫忙修改狀詞，在徐階謝讓的時候一起再請，于是徐階將他早已擬好的一篇拿出來，在大家都看過一遍后令書吏正式抄寫下來并直接封印。這一切做完后嚴世蕃毫不知情，大家便將徐階所改的奏疏呈上，列舉嚴世蕃和羅文龍私通倭寇、外投日本、欲與蒙古內外相應之罪。嘉靖便下令說這樣的事要都察院、大理寺和錦衣衛一同查明，有實證后再上報。徐階接令出宮后向聚在門外的法司官員稍微問了兩句情況就立刻回到了他家中再寫一疏，說所有事情都已經勘實，嚴世蕃依舊被隱瞞過去。直到奏疏上去后嚴世蕃才得知，驚詫的感嘆說：“必死矣”，果然嘉靖下旨斬嚴世蕃、羅文龍。三月時林潤攜嚴世蕃羅文龍抵達京城，立刻以謀叛罪判他們在西市處斬，同時借沒嚴家家產。
嘉靖四十三年，御史姜儆、王大任巡視諸道，于十月為嘉靖帶回劉文彬等方士，但是嘉靖并未服食方士進獻的仙丹，他害怕被下毒，在十月十六日密諭徐階，說所進獻藥貼上寫著“先天水銀”，問他們是甚麼成分、如何製成，他們都答不出來，想要徐階幫忙詢問解釋。徐階后回奏先說在《道德經》、《悟真篇》等經疏都沒有提及所謂“義理工夫”；又說他沒聽說過這些進獻丹藥者性命雙修，更加不通藥理；他希望嘉靖不要輕易服食這些藥物，這是天下之幸。
接著在嘉靖四十四年五月，原先以奸欺之罪回籍的胡大順偽造《萬壽金書》，令何廷玉托藍田玉的門路進獻《萬壽金書》和他詐稱“大順三神丸”的丹藥。藍田玉看嘉靖正在考慮是否召胡大順入京，猶疑不定。藍田玉心焦難耐，居然直接偽造聖旨，直接召胡大順入京，還讓他在宮內居住。但是嘉靖依舊無法決定是否留下胡大順，密諭徐階詢問對策，在諭中說盡管胡大順改名后再次回京，卻是因為他垂問因而藍田玉、羅萬象將他喚來，不知是否該任用他們。徐階回奏說此類方士都是敗類，藍田玉、胡大順等人不畏懼國法，從這次擅自喚人入京就可以類推；又說皇宮紛亂的原由，不是因為之前嘉靖所說的藍道行下獄，只要用法律處理就可以了。嘉靖看到回奏后恍然大悟，再次密諭徐階，表示了自己又看到的幾處疑點，說這些人不懲治，就無法戒告後人，并詢問徐階說具體如何處置。經過多次討論，在徐階對這些人所造成的危害一一剖析后，嘉靖終于下定決心，將胡大順打入詔獄，不久就將藍田玉、羅萬象、胡大順還有一同供奉的太監趙楹一體處決。
嘉靖晚年時，內閣成員稀少，等到嚴嵩罷相下臺后，僅存二三人。而徐階則在成為首輔后致力于增補內閣成員，早在嘉靖四十二年正月，徐階就上疏請求要增補內閣人員，并認為廷推選人不合適；嘉靖卻認為廷推職同丞相的內閣成員是必須要的，但是在徐階的勸說下放棄了廷推之事。而由于在嘉靖四十四年三月十四日袁煒因病不得不退出內閣，徐階上疏請求嘉靖增補閣臣，他更是解釋說在前幾位皇帝時就有三四位閣臣，所有事情都可以商榷，不至于被一人所專斷，增補幾位廉靜平實的閣臣可以有效防止如同夏言、嚴嵩一般獨斷專權。嘉靖在經過徐階連接多次的奏對后才在四月份選擇嚴訥、李春芳入閣，依舊以徐階為首輔。
而后千步廓就因失火，各類奏疏底本毀于一旦，嘉靖當時生氣又惋惜，問時侍于西苑的徐階說：“（這樣一來）以后要編撰史書，用什么來作為憑證呢？”。徐階為安撫嘉靖，奏說那些緊要的奏疏還有各國的國書共十三萬兩千本都在六科廓內，儲存在千步廓的都是無用故紙，正好付之一炬。據沈德符的言論，就算是這些奏疏也經常被外借而不歸還，只不過是下一個「文淵閣藏書」而已。
嘉靖四十五年二月八日，徐階呈上《承天大志》成稿，請嘉靖批示，但是就在十二日，嘉靖突然密諭徐階，說他覺得一病十四個月，借此次《承天大志》修成親幸承天取藥可以減輕病痛，期間免朝。徐階接到諭旨后立即回復想要勸阻嘉靖的這個想法，他說路途遙遠，已經十四個月都未痊愈更加應該靜養，而取藥只需要排遣當地官員取來就好。嘉靖并不理會徐階的奏對，反而命已經升任工部尚書的張守直以及太監袁亨于承天督工建造宮殿等建筑，錦衣衛緹騎都被派了出去。等到十六日，嘉靖下諭表明了自己堅持要南幸，認為自己不會有問題。徐階聽說后第二次上疏反對南幸，在其中以嘉靖十八年時的南幸為例，表示這樣一路會勞民傷財；更是說現在京城兵力不足，戰力不強，認為嘉靖不應該離開京師；最后還舉出湖廣等地依舊有多兵荒，以前日湖廣巡按陳省所呈《告災傷疏》告誡嘉靖。最后嘉靖終于以防止有狡逆之徒趁機起事為由放棄南幸，明人吳伯與描述此事“禍患不可測”，在徐階成功勸阻嘉靖南幸后，大家都稱贊了嘉靖免除南幸會勞民傷財的仁明之舉。徐階也順勢在三月份再請增閣臣，選得郭樸、高拱入閣；而后嘉靖就說內閣政本只需要一人輪值，而徐階認為不能離開，高拱卻直言說徐階已老，他和李春芳、郭樸可以互相輪值，導致他和徐階的關系開始惡化。
半年后，承天府守備官員上疏請修宮殿，嘉靖順勢同意，徐階卻再次反對，連同李春芳上奏說湖廣遭受水災，無法擔負工料錢糧，需要先下工部詳查。于是嘉靖在九月二十二日詢問徐階戶部的統計結果，時任戶部尚書的高耀上疏說戶部的預算都有常數，這些民眾繳納的錢糧需要節愛。嘉靖非常不滿并又和徐階商議想要用工部所存錢糧來支付耗費，徐階即刻指出工部營繕司存銀只有八萬兩，認為就算工部出資也無法供應。直到十月十六日嘉靖才下諭停止承天的修繕，讓工匠都趕回京城。此事過后時任湖廣巡撫的楊豫孫向徐階恭賀，徐階也在回書中說他此次成功后“忻慰不可言”，在陳省和他的幫助下，減少了需要的一半力氣。明人黃景昉在《國史唯疑》中寫道其實嘉靖知道此二事非常難行，他久病不愈，故意想要測試諸臣忠心而已。
嘉靖四十五年十月，時任戶部主事的海瑞因嘉靖久不上朝、沉迷齋醮，獨自上《治安疏》，在疏中指出嘉靖把自己的才能都用在了沒有用的修道上面，對于國民困苦不聞不問；他又用賈誼和漢文帝的例子說盡管內外的臣子都知道皇帝的錯誤，但是都沒有盡到自己身為臣子提醒嘉靖的職責，這些人就是為了獻媚討好皇帝而已；海瑞更是用了“嘉靖者言家家皆凈而無財用也”這樣的一句話說明天下臣民對皇帝的失望。徐階在此疏中也被牽涉到并被指責說他掌權后政事相比之嚴嵩時候沒有區別，海瑞認為徐階沒有以天下為重，在社稷臣民需要依賴的時候沒有盡職。嘉靖看到《治安疏》以后非常憤怒，甚至把奏本摔到地上并想讓人直接逮捕、殺死海瑞，在聽說海瑞已經備好棺材后就只能先作罷，將奏疏留中數月。這段時間嘉靖還特意下諭于徐階，讓他暫住在南都理別殿用以避開海瑞。后來嘉靖生病，召徐階議事時又提到海瑞，不想讓海瑞在他病好以后還要詬病自己，就將海瑞下詔獄，讓錦衣衛嚴查。后來又將海瑞轉移到刑部繼續審問，而徐階為了保全海瑞，在擬罪時告訴法司諸臣說如果擬他從輕發落，嘉靖肯定會重處海瑞，只有擬重罪才有可能讓這件事情沉沒下去。徐階又上疏說皇帝圣明的話那么臣子也會直言，盡管海瑞比較魯莽，殺了他反而成全了他直諫的名聲，不殺了他則也可以看到皇帝的心胸之廣。嘉靖一開始將此疏扔到地上，又撿起來再讀了一遍，并又讀了海瑞的奏疏，最后免除了海瑞的死罪。而嘉靖的確如同徐階之前所說的，將海瑞的奏疏繼續留中，留海瑞在獄中。明人朱國禎在《皇明大事記》中評論說當時大多人都說徐階本來想要殺死海瑞，幸賴嘉靖圣明沒有聽信；姜得成先生在《徐階與嘉隆政治》一書中探討了海瑞上疏一事，認同了朱國禎的評論。
在海瑞奏疏的刺激下，嘉靖在《治安疏》上呈于他被激怒后就密諭徐階說現在傳繼是第一重要的事情，想要內閣諸臣擬票執行，更是在諭中稱海瑞為“此物”。而徐階為了不使得內廷與外廷進一步混亂并保護海瑞，回奏嘉靖解釋說海瑞沒有任何要他傳繼的意思，并說諭中讓他們擬票的原本已經被封進，希望嘉靖再次裁定。很快嘉靖又下諭認為徐階如此包庇海瑞，如果不依照他最初的處理，這樣生病期間豈不是要受到這個“畜物”的肆言，因此嘉靖讓徐階再行計議。于是徐階再次回奏，重新強調了說海瑞之所以有這樣的言論還是因為依仗“圣主在上”。而嘉靖第三次下諭堅持傳繼時，徐階堅持否決傳繼之事，說這是“必不可行之事”，這才打消嘉靖的傳繼之思。
早在嘉靖四十四年開始，嘉靖的身體就已經越發虛弱，并在四月份就下諭于徐階說他“體力未強健，中氣不足”，徐階在回奏中認為嘉靖應該繼續調養，盡少再服食道士所進丹藥等物。徐階后又于嘉靖四十五年正月阻止嘉靖服用方士劉文彬進獻的丹藥，并在接下來的幾個月中多次上疏告訴嘉靖要“護養元氣”。八月時，徐階因九邊奏捷被加恩，蔭其子徐瑛為中書舍人。然而在十一月的時候嘉靖依舊服用了方士王金進獻的丹藥，身體越加虛弱，導致朝廷人心惶惶。十一月二十五日，宮內誤傳說嘉靖駕崩，時任裕王府內官承奉的李芳遣人詢問徐階，被徐階以“圣躬無恙，何得有此怨言”斥退。一直到十二月十四日，嘉靖突然病情加劇，于午時駕崩于乾清宮。由于嘉靖在位近五十年，群臣都沒有處理大喪禮的經驗，徐階身為首輔不得不查詢章典，最后為嘉靖的喪事寫成多篇儀注。在執行喪禮期間，徐階召他的門生張居正一同撰寫《嘉靖遺詔》稿，而當時已經入閣的高拱等人卻因沒有參與擬詔，越加忌恨徐階，郭樸甚至放言說徐階在詔中誹謗先帝（世宗），都可以被斬首了。
在遺詔中，徐階列數嘉靖多項弊政，并后又平反因直言上諫得罪諸臣、將方士等人定罪、停止因修道的齋醮、采買的工作。此詔書下后“朝野號慟感激”，把遺詔和楊廷和所擬《世宗登極詔》并以為世宗一朝始終盛事。明人伍袁萃、黃景昉評說此遺詔是徐階所撰平反諸事順應社會潮流，大快人心，當時正好是改革之際，大家都希望有所革新，而遺詔“曲終奏雅，亦天意有以成之”。而此詔也因此使得徐階達到了個人政治生涯的頂峰，開創出嘉隆政治中雖短暫卻極其精彩的萬物蘇生、承上啟下的嶄新局面。
嘉靖四十五年十二月十八日起，根據徐階所擬《勸進儀注》，群臣于十八日、十九日及二十日遵照遺詔三上勸進箋，勸裕王上位。二十一日由禮部上呈《登極儀注》，直到二十六日裕王正式登基，頒布《登極詔》。改元「隆慶」，是為隆慶皇帝。
在登極詔中，徐階厘革舊政，寫下三十條新政，包括革正禮儀制度，對百官的平反、考察、陟黜，管理、清查各庫局，賦役、牛馬、糧草的蠲免、征納，以及各地軍務管理。姜得成先生認為隆慶登極詔的基本主旨是“先志不可不成，圣訓不敢不奉”，徐階此舉力求兩紙詔書之和諧一致，淡化非正常父子關系投下的陰影，避免可能給新君帶來的“改父”疑慮和嫌疑，彌補父子非正常關系給后人心理上帶來的無限缺憾，在詔中渲染了父子的和諧融洽、一脈相承的氣氛。
在頒布《隆慶登極詔》后，禮部就詔中所言事項一一商議，徐階為此主持了嘉靖兩位皇后的喪禮，擬定她們的謚號。
明穆宗登基后，徐階依舊為內閣首輔，此時徐階的權力相比于前朝更大，后被高拱形容其職權“無所不兼”。很快徐階在二月份的時候就上疏請增閣臣，讓張居正、陳以勤入閣。隨后胡應嘉、岑用賓、李復聘、李貞元帶頭彈劾高拱，被誤以為是徐階之意，使得高拱和徐階的關系惡化。沒隔幾天，隆慶冊立皇后，以朱希忠為正使、徐階為副使，昭告天下，并以徐階是當初藩邸舊臣為由加恩他的兒子徐瑛為尚寶司少卿。
隆慶元年三月初，隆慶想要回他為裕王時舊邸，令孫斌傳旨說他準備在十二號去一趟，但是旨意下達后徐階即刻上疏想要隆慶呆在宮內，他解釋說由于隆慶“身承宗廟社稷之重”，需要遵循典章不輕易外出，因此除郊祭等大典外最好“尊御法宮”。第二天，隆慶繞過徐階下中旨給禮部，但是禮部官員也將此旨駁回，徐階知曉后再次上《請允禮部止幸舊邸》疏請求隆慶可以收回成命；在三月十二日，隆慶預定要回舊邸的那一天，徐階上第三疏《請允科道止幸舊邸疏》，以同樣的理由想要隆慶不要輕易外出。然而，隆慶最后依舊選擇幸臨舊邸，徐階等閣臣無法阻攔。
徐階很快又上疏請求隆慶開始經筵、日講，隆慶同意后后讓徐階和朱希忠一同知經筵事，于隆慶元年四月二十二日正式開始經筵。但是在時隔一個月后的五月二十一日，隆慶突然下旨說由于天氣炎熱，經筵和日講全部暫停，等到八月份再行議論。盡管李春芳遵從了圣旨所說，多位科給事中上疏請求隆慶延續經筵日講，當時告病在家的徐階在知道此事后上《請允科道奏開講讀》疏，在疏內提出盡管經筵可以暫時停止，但是日講最好不要停止，他解釋說科道官員是因為想要隆慶學習更多“圣學”，這才上疏。然而奏疏被送進去后石沉大海，隆慶對此沒有任何反應。直到六月九日，徐階再次上疏，拿何其鳴、張鹵的奏疏為例提出繼續日講可以讓隆慶更好的施行國策。然而經過這一個月的僵持，隆慶最后沒有聽從徐階的建議，依舊罷去經筵。
徐階由于過度操勞，當時勞累時走路都需要人攙扶，早在四月初六不得不上《患病乞休》疏，請求致仕，卻被穆宗留下。僅僅月后，時任廣東道巡察御史的齊康彈劾徐階，在疏中他認為高拱被屢次彈劾都是徐階所指使，抨擊徐階專權誤國，阻攔世宗傳繼之事，新皇登基后又和李春芳互相助長聲勢。雖然隆慶聽后直接下旨指責說齊康在妄言并安撫徐階、李春芳，但是徐階在五月十八日依舊上《被論自陳》疏，就所言事一一解釋，舉例說明他位禮部尚書期間多次上疏請求立儲，更是說明他所做事都有存檔，只消請廠衛一探究竟，最后他又請求罷免自己和兒子以表清白。隆慶閱覽此疏后，派李一元、侯瓘、郭瑀前往徐階府中，宣旨說要徐階繼續工作，不得延誤；徐階卻借臥病不出，在兩天后上《再乞休》疏，此間說他自己根據齊康的言論罪有余辜，希望可以辭官。而外廷借此開始攻殲高拱所黨，時任大理寺丞的海瑞為徐階辯駁說徐階執政的時候憂勤國事；而齊康身為鷹犬，罪大惡極。六科給事中多有上疏請求責罰高拱、齊康，隆慶在外廷的壓力下，在徐階上《再乞休》疏同日將齊康貶官到外地，僅僅三天后又將高拱送還鄉里。盡管高拱已經退任在鄉，但是徐階依舊以身體為由于五月二十四日及二十六日上兩本奏疏請求致仕，皆被隆慶駁回，外廷百官也順勢上疏請留，迫使徐階再次復出。
這一事件最后被多人所職責，認為高拱淺衷狹量，甚至導致了后期高拱擔任首輔時盡反徐階隆慶初年的政事。
隆慶元年六月，隆慶對徐階說盡管他登基以來徐階等人都有輔弼，但是近來科道官員一直“欺言”，于是讓徐階對此做出解釋。徐階在閣中接到諭旨后有人提出說隆慶用“詳處”二字，恐怕不能不給臺諫官員降罪，卻被徐階駁回，在回復的奏疏中解釋說由于不能揣測皇帝的意思，所以會多有言過其實、不諳世事之奏，而后隆慶果然沒有因此降罪于任何人。但是在七月二日，時任御史的李惟觀便上疏以北京暴雨、宣大地震以及江南的水災為例認為隆慶此時不應該限制言官上奏；緊接著時任工科給事中的馮成能也以相同理由勸告隆慶，說言官諫言是十分重要的，而后經由徐階擬票平息了隆慶和外廷繼續追究的意愿。
次年四月，宦官許義在宮外手持利刃嚇人財物，碰到時任巡視中城御史的李學道后甚至謾罵對方，李學道非常惱怒，并沒有等上朝時參奏便就地處罰鞭笞許義。后許義所黨都十分憤怒，到司禮監哭訴希望可以抓住李學道報復，徐階告訴他們說盡管李學道不知事理，但是中官私自出宮也是重罪，眾人聽后也暫時放棄繼續追究此事。然而在次日早朝，李學道就上疏參奏許義，激怒了那些宦官，在午門外被百余宦官毆打。以王廷為首的一眾言官見此決定上奏糾問中官，卻被徐階以以前皇帝袒護宦官的理由而拖延。徐階后又讓人去問文書官尚文道他們司禮監現在又該如何做，尚文提出說只要徐階不偏袒外廷一方就行，卻被徐階嚇唬說這樣繼續發展下去會被皇帝重責于司禮監，因此需要先行奏報，在王廷等人奏上前參奏參與進去的那些宦官。而后太監滕詳按照徐階所言參奏給隆慶，許義等十二人被錦衣衛捉拿并在東上門外受杖刑并充軍，外廷因此士氣大振。
隆慶在早年多次在軍隊、地方啟用中官，即宦官。徐階并不贊同對中官過于放權，所以多次上疏阻止。隆慶元年七月，太和山提督中官呂詳因貪墨之罪被時任湖廣巡按御史的陳省彈劾，兵部在覆奏時更是提出要將中官分守地方的職權永遠裁革，并停止當地的貢品。在此疏通過后隆慶卻又下旨說要司禮監劉進去替代呂詳，卻又因歐陽一敬諫言再換另一監丞柳朝，因此徐階上《論太和山提督內臣敕書》疏勸阻隆慶，在奏疏內解釋說這本來是憲宗時候就有的舊制而且這些中官在地方會為害一方，民心不穩，希望隆慶可以撤回中官之職。最終隆慶被說服，按照憲宗朝制擬敕，令柳朝只能提督太和山關防而不再分守地方。
九月癸丑，隆慶下旨令中官呂用、高相、陶金坐營團營，盡管兵部尚書郭乾試圖上疏阻止，被隆慶以《大明會典》所載條例駁回。后以時巡視京營的兵科都給事中歐陽一敬為首的多位言官都上疏請求隆慶撤回成命，卻被他把本章都送到了內閣令徐階過覽。徐階了解此事后上《進擬科道諫止內臣坐營票貼》疏，在其中贊同了郭乾的提議，說團營本就沒有，嘉靖后來也取消了這一制度，希望隆慶可以效法太祖、先帝，撤回成命。隆慶接到奏疏后十分不悅，下諭指責徐階和言官都不尊上意，使得徐階不得不再上第二疏《繳內臣坐營諭》解釋說現在恢復三大營后事態良好，中官坐鎮團營則需要再次變更先帝的種種法規，最終說服隆慶罷去此念。
隆慶三年二月，隆慶派遣中官李佑前往蘇杭等地負責織造事物，盡管受到了工部和都察院的阻擾，卻依舊被執行。徐階在擬定敕書前再三警告李佑，告誡他不要爭利，在得到李佑的保證說他會將成品送到隆慶御前而不是通過織染局后，徐階才寫定了敕書交由李佑。
由于嘉靖已經去世，徐階先是按照遺詔所寫起復了前朝因言獲罪的諸臣，將為諸臣平反而被除名的陳瓚引為吏部給事中，直接上疏為楊繼盛、羅洪先、楊最等人請恤，此舉得到了天下士子的稱贊。隆慶二年初，徐階引新科進士、翰林院編修黃鳳翔在內書堂教導宦官，他在《田亭草》中感嘆他在教習很久后才發現徐階對于當時宦官教育的貢獻巨大，在書內黃鳳翔提到徐階早在嘉靖四十四年時就開始改革對于宦官的教育，他認為以前教習宦官的都是已經有過多年經歷的人，門生過多，因此開始錄用新晉翰林教習宦官。徐階執政時期，為民辦了許多事，減輕百姓負擔，并著力糾正嚴嵩擔任首輔期間的亂政、怠政現象，朝野稱之為“名相”。
隆慶元年八月二十六日，隆慶下旨準備親自于天壽山進行秋祭，徐階得旨后并沒有執行，而是先上《止駕詣天壽山》疏勸阻隆慶。徐階在奏疏中解釋盡管隆慶是因“圣孝”才想親自去天壽山，但是天子之孝以社稷為重，這也是為什么禮制規定天子親自去的只有太廟，山陵等之需要排遣官員就行；他還說宣大薊遼四鎮經常有警報，不適合天子外出。隆慶緊接著下旨讓徐階遵照之前的旨意執行，徐階便于次日再上疏繼續勸阻，他奏說邊報緊急，而且沿路百姓由于天災非常愁苦，如果隆慶一路走過去，難保沒有什么意外。隆慶對此回應說他（徐階）接到圣旨就應該執行，為何還要有這樣的“煩言”，徐階不得不繼續回奏，引用了李世忠的回報，說喜峰口、古北口都有敵軍要犯，繼續勸說隆慶，隆慶最終放棄了在此時親去，說等事態平穩后再議。
在隆慶二年二月，隆慶決定親自去天壽山進行春祭，就在十三日，時臥病在家的徐階被催促跟隨前去，他更是被以“公獨能高臥不一，扈蹕奉俎豆于永陵之下乎？”所威脅，不得不在二十七日跟隨隆慶一同春祭。二十八日到達天壽山后，隆慶本來想要出齋宮觀看歷代陵墓的形勢，徐階在旁以旅途勞累為由繼續阻攔隆慶外出的念頭，使得隆慶最后祭典完成后才得以一觀。
在春祭結束后不久的三月十二日，隆慶因宦官提及南苑興盛，下諭要去其南海上林苑視察。諭旨下達內閣后被徐階留下，回奏說上林苑沒有視學耕籍相關的事物，不值得他去視察；又說才從祭典回來不久，不宜再次出行。然而隆慶并未理睬，在二十五日下中旨通知了各衙門。以吏部尚書楊博、監察御史郝杰為首的一眾官員都上疏請隆慶不要游幸，徐階也根據他們的奏疏寫了一篇奏疏呈上。卻不想內閣傳出說游觀南海子是祖宗故事，行宮也還在，不需要多言什么。這引起了反對者的動搖，最后在傍晚奏疏才得以呈進。次日，隆慶起駕前往上林苑，到達后卻發現那里一片莽荒，行宮治理不佳，也后悔來了，遂回程。而跟隨隆慶的徐階在路中因多有憤怒、慚愧之情，食不能咽，在歸還后便生病了。因此他不得不請假在家調理，在奏中本還請求致仕，然而隆慶下旨派遣太醫幫忙調養，并賜下不少酒肉，并婉言拒絕了徐階的辭呈。
隆慶二年二月四日，徐階一品考滿十八年，他順勢上疏請求致仕，在疏內說他已經六十六歲，精力衰竭，體弱多病，希望可以致仕，并“不惟輔弼重任不玷于非人”。兩天后，隆慶下旨說他九年再滿十分高興，不準辭職，還讓吏部繼續草擬徐階的恩典。徐階接到圣旨后又上《乞休并收回恩命》疏，說他這次歷滿九年并還有恩典的確不勝感激，然而他依舊年老體衰，最好請辭，吏部所擬的賞賜一概不要。隆慶以為徐階前一次奏疏只是因為循例上疏請求恩典，所以在徐階上第二疏的時候下旨垂問說已經讓吏部重加恩賚，為什么還要繼續請辭。隨后他又下旨特為徐階的俸祿加到伯爵一級，蔭恩徐階的一位兒子為錦衣衛正千戶。在一個星期后被隆慶點為欽命九推大臣，但是徐階在數日后上了第三疏致仕，又被隆慶拒絕，還遣人送他一套大紅麒麟服及很多賞賜，并請他繼續輔理朝政。事后徐階則借由自己生病的機會，繼續連上多道奏疏，想要致仕。
同年七月十四日，時任戶科左給事中的張齊上《邊事重大元輔不堪懇乞圣明大奮乾斷亟賜議處以保安宗社事》疏彈劾徐階，在疏內他舉出徐階早期支持嘉靖修道，然而在遺詔里面歷數信道的過錯，和嚴嵩結親但是后來反而攻殲嚴家，這樣的徐階“為人臣不忠，與人交不信”。盡管隆慶隨即就將張齊貶官出京，徐階在七月十五日便上《被論乞休》疏，他在疏內借張齊所疏為由堅決請求致仕，但也在內詳細解釋了他被張齊所彈劾理由背后具體的原因。隆慶在猶豫兩日后徐階又上一疏請求致仕，他的辭呈被準許。此事在當時多有爭議，多人記載徐階的辭呈被同意是因為李芳的緣故。時任內官監太監的李芳和徐階曾有結怨，他早初想要找徐階的門路來當上司禮監太監，卻被徐階所拒絕；在徐階上疏前又有吳時來彈劾劉秉仁勾結內侍，這導致李芳誤以為徐階想要斬殺他這個被劉秉仁所稱贊的太監，由此更加怨恨。而在徐階上奏后張居正向李芳透露了徐階不想繼續任職，因而李芳借此機會傳旨同意了徐階的辭呈。
諭旨下發后，內閣大學士張居正、李春芳等人上書想要穆宗挽留徐階，穆宗解釋徐階已經多次遞辭呈了，現在還照仿楊廷和舊事給予徐階了很多賞賜。吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀等人也都上書請求將徐階留下，被穆宗留中。這時，都察院左都御史王廷上奏說張齊如此彈劾徐階的原因是因為他所勾結的鹽商賄賂徐階不成，利益收到損傷所致。穆宗很快下諭令將張齊下獄，并讓錦衣衛去進一步定罪，徐階因張齊所上的辭呈并沒有因此被駁回。直到隆慶四年，張居正向徐階致書，他在內向他老師說明了三件對不起徐階的罪過，分別是在高拱被罷官時不幫助座師、徐階致仕時也沒有幫忙表明老師的誠節及在此后的三年中也沒有為此表明清白。
徐階在萬歷四年轉告王錫爵的書信內對他的政績進行了一番自我評論，他起頭便解釋了他之所以拒絕張四維為修《明世宗實錄》的訪問，是因為在此期間有很多難言甚至于不忍言之事。后他說嘉靖曾以為內閣閣臣無相名而有相道，他在內閣十七年，執掌朝政超過六年，對嘉靖惱怒、疑惑基本都可以轉移解救；對朝廷士人，哪怕在被嚴嵩所黷貸之后，也能變貪為廉，通過誠、正使得官吏服氣，能讓他們大多不再放縱肆擾各個機構。對內的九卿及都察院，他以謙虛的態度對待他們，讓他們各司其職；對外將帥他施以恩禮，使他們可以盡心守御。徐階說這些事情通過他的擬票、所寫詔敕還有奏對都可以看得出來，但是又有很多事情只是臨時謀劃，無法一一記住，也沒辦法寫下來。徐階認為他做的關系社稷的事情中最重要的是阻止了嘉靖南幸及保護穆宗，他覺得嘉靖父子之間的事情是不忍言之事，身為臣子需要仰護主上的盛美。
隆慶二年七月二十一日，徐階正式從京城出發回家，九月初四抵達華亭。后來隆慶下褒美之敕，徐階誦讀后感激涕下，謁祖塋后刻辭于石。十二月十四日為世宗祭日，徐階以素食竟日，這也成為他每年的習慣。徐階在回到華亭后主要以享受生活為主，很少再閱讀經籍，轉而和好友共同釣魚、詠詩。不久后由于長時間沒有居住于南方，水土不服而患腳疾，不得不稱病謝客，臥床在家聽晚輩誦讀詩文。在此期間，徐階的思想觀念多有轉變，他以孔孟程朱為例，認為將自己的著述流于后世比之官爵更加有價值。
隆慶三年六月，時任僉都御史的海瑞巡撫應天，在其任期內頒布了《督撫條約》，清查當地政務。徐家由于擁田眾多，海瑞清理土地的訴訟案件、勒令豪門大家清退田土時他們也受到了極大的影響。徐階在了解到海瑞的施政意圖后，他先是致書時為松江知府的衷貞吉，指出海瑞盡管為人民著想非常懇切，根據新法這樣下來奸民就會坑害富戶，并又向衷貞吉提議了一種新的借貸辦法，認為這個方法可以一舉兩得使得“庶恤貧安富”。徐階同時也支持海瑞當時的政策，即刻退還家族名下部分田地，是當地最早退田的人家之一。海瑞后再次復書徐階，認為徐家還需要清退更多土地。時任內閣首輔的李春芳也致書海瑞，卻想不到，海瑞堅持要徐階繼續清退土地，他在回復的書信內例舉了徐階以前在當地針對水災等事的功勞，說為了徐階“百年后得安靜”，最好清退一半的土地，以免“群小”的騷擾。徐府此時也因大量訴訟者而被煩擾不堪。后來給事中戴鳳祥等人也上疏彈劾海瑞，戴鳳翔在疏內認為海瑞“魚肉縉紳”，盡管有為國為民之心，但是做事太過急躁。最后海瑞被罷免。
徐家在海瑞就任時所擁有的土地數目有多種記載，少則二、三萬畝，多則四、五十萬畝。
僅僅半年后，高拱再次入閣并兼領吏部尚書一職。據記載，當時他曾說其做事要“正大磊落”，明言擺脫他與徐階之恩怨。然而于九月初六，高拱就上《正綱常定是以仰裨圣政》疏，以唐樞、王俊民的事情為例，試圖抨擊徐階恩恤嘉靖朝因直言獲罪之臣一事。高拱在疏內指出徐階這樣大量為那些被世宗所貶官的人平反是“悖君臣之義，傷父子之恩”。不久于九月十六日，高拱又上《辨大冤明大義以正國法》疏，以嘉靖享年六十歲、聰明睿智等為由，以希推翻王金案，盡反徐階之政，認為徐階“誣先帝以不得正終”。在閱覽其奏疏后，穆宗下旨令刑部、錦衣衛再次會審，最后推翻了原判。盡管有多人上疏反對此判決，這依舊使徐階不得不致書曹貞庵為他解除困境。
隆慶五年，王元賓以孫克弘之案牽連至徐階，在疏中極言詆毀徐階，而兩個月后蘇松兵備副使蔡國熙也以此治罪徐階諸子。徐璠、徐琨都被罷官充軍、徐瑛更是被削籍為民；時值徐陟也去世，徐階被迫向高拱書請寬釋。不過就在次年四月，蔡國熙便被調職，高拱在神宗登基一月后被罷，徐階為此朝天拜謝天子（萬歷），說：“天子圣明，念老臣無罪，何以報塞大恩”。而后有人問他以前的這些事情，都被他以“老而好忘，忘之久矣”回答。
萬歷三年，徐階大病，在致書李見羅時說道自己已經七十三歲，夏天這次大病雖然沒死，但是也已經是廢人了。秋天時海潮倒灌淹沒了很多田野，徐階請托巡按御史上疏請減免漕糧和常賦。萬歷十一年二月，徐階以八十一高壽因劇病在月末與世長辭，李廷機后為徐階請上文貞謚號：
萬歷批準后又追贈徐階為太師，他的孫子徐元春也升官為光祿少卿。
正德十五年，心學傳人聶豹在華亭縣擔任知縣，因徐階學識奇異便傳授給他王守仁所完善的心學。徐階當時在座師聶豹的影響下，將心學“知行合一”以及“仁愛”等思想代入他對朝廷的理想，提出仁民愛物是天理自然、將萬物總結為仁愛二字；他認為古人問學的目的是為了追求德性，而后來者則把學、德分離，失去了問學的本意，因此為政不德，將道德、勛業、文章分為三途。在徐階的認知中，為政的官員需要將仁愛之良知先在自己身上施行，再施行與天下，這樣一來就可以達到知行合一、政學不二的目的。徐階后來在孫承恩致仕時也作序提到朝廷內有大臣用巧言花語順從上意以獲得榮寵，他們在得勢時都認為他們的計策成功，卻不知道技窮后逃不脫隨之而來之戮，國家大事也會因為他們而變壞。徐階不但自己提出各類觀點，他后來重新回到京師做官時和羅洪先等王氏心學的傳人一同游玩探討，更是在靈濟宮講學，后來每次都有上千學徒在那里聽講，影響了朝廷內許多官員的為政理念。
徐階掌權時行政的主旨用“以威福還主上，以政務還諸司，以用舍刑賞還公論。”概括，通過南炳文先生的研究，徐階這三句話總結起來最終的作用是推動內閣回歸其本職，讓六部發揮其應該有的作用而不是成為內閣的附庸。徐階認為之前的夏言、嚴嵩等人專制政事，自他開始不能延續這樣的事情，需要將內閣的權力劃分給六部分擔，他想要重新調整內閣與部院的關系。姜德成先生認為徐階此舉在于學習前朝三楊內閣的運作模式，內閣和部院同寅協恭，這樣一來可以達到充分發揮內閣綜理庶政的職能，間接削弱嘉靖對于外廷的控制力。譚天星先生認為嘉靖時期就是內閣和部院關系的轉折點，徐階也是其中一位-在嘉靖三十一年徐階進入內閣成為“決策層”的一員后依舊兼掌作為“執行層”的禮部的大小事宜，這樣一來就使得內閣名正言順的插手部院事務，以內閣成員的身份處理事務而非六部尚書的身份，徐階在接掌首輔之位后“以政務還諸司”的理念就是在這樣的背景下所產生的。
在徐階退位后，他在政治上主要選擇退讓、不再在意的態度。在海瑞退田一案爆發后，張全山曾前去拜訪徐階，他因此案贈予“忍”字給徐階，期望徐階可以忍就海瑞之政。徐階反而向張全山贈予另一字“忘”，表明其當時的心態。
徐階身居九卿之位時需要主持、參與各類祭祀典禮，如表所示：
嘉靖二十五年八月己丑
1546年8月30日
嘉靖二十六年二月己丑
1547年2月26日
嘉靖二十六年八月己丑
1547年8月25日
嘉靖二十七年二月己酉
1548年3月12日
嘉靖二十七年八月甲子
1548年9月23日
嘉靖二十八年二月己酉
1549年3月7日
嘉靖二十八年二月乙丑
1549年3月23日
嘉靖二十八年五月丙戌
1549年6月12日
嘉靖二十八年八月己酉
1549年9月3日
嘉靖二十八年八月丁巳
1549年9月11日
嘉靖二十八年十一月己丑
1549年12月12日
嘉靖二十九年二月丁酉
1550年2月18日
嘉靖二十九年四月己亥
1550年4月21日
嘉靖三十年二月己巳
1551年3月17日
嘉靖三十年三月丙午
1551年4月23日
嘉靖三十年八月己未
1551年9月3日
嘉靖三十年十一月己亥
1551年12月12日
嘉靖三十一年五月癸卯
1552年6月13日
嘉靖三十一年八月丁巳
1552年8月26日
嘉靖三十二年二月己未
1553年2月24日
嘉靖三十二年五月丁未
1553年6月12日
嘉靖三十二年八月己卯
1553年9月12日
嘉靖三十二年九月辛酉
1553年10月24日
諸邊奏捷祭天地、社稷、歷代帝王
嘉靖三十二年十一月庚戌
1553年12月12日
嘉靖三十三年二月丁丑
1554年3月9日
嘉靖三十三年十月甲午
1554年11月21日
武英殿大學士
南北告捷祭天地、社稷、歷代帝王
嘉靖三十四年二月己巳
1555年2月24日
嘉靖三十四年八月己巳
1555年8月23日
嘉靖三十四年十一月戊申
1555年11月30日
秋防事成祭天地、社稷、歷代帝王
嘉靖三十四年十一月庚申
1555年12月12日
嘉靖三十五年二月丁酉
1556年3月18日
嘉靖三十六年二月己丑
1557年3月5日
嘉靖三十六年五月戊辰
1557年6月12日
嘉靖三十六年八月丁亥
1557年8月30日
嘉靖三十七年八月丁未
1558年9月14日
嘉靖三十七年十二月乙卯
1559年1月20日
以御宮成祭玄工諸司
嘉靖三十八年二月丁未
1559年3月13日
嘉靖三十八年五月己卯
1559年6月13日
嘉靖三十八年十一月辛巳
1559年12月12日
嘉靖三十九年二月丁酉
1560年2月26日
嘉靖四十年二月丁酉
1561年2月20日
嘉靖四十四年八月己丑
1565年9月19日
建極殿大學士
以紫皇殿祭于各宮廟
嘉靖四十四年十一月戊申
1565年12月7日
嘉靖四十五年四月甲戌
1566年5月2日
以紫極殿、壽清宮成祭天地、社稷、歷代帝王
隆慶二年三月辛酉