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1099年的6月，十字軍抵達耶路撒冷，並奪取拉姆拉、盧德、伯利恒等鄰近的一些城鎮，並於7月15日占領耶路撒冷。7月22日，在圣墓教堂召開了一場會議，為新成立的耶路撒冷王國設立國王。圖盧茲的雷蒙德四世和布永的哥德弗雷被確認為十字軍東征和圍攻耶路撒冷的領導人。兩人中雷蒙德更富有也更強大，但一開始他拒絕成為國王，也許是試圖證明他的虔誠以及可能認為反正其他貴族會堅持他當選。更受歡迎的哥德弗雷并不像雷蒙德那樣猶豫，接受了世俗領袖的地位。盡管眾所周知他取得了Advocatus Sancti Sepulchri（圣墓的“保護者”或“衛士”）的頭銜，該頭銜只在一封不是由哥德弗雷本人書寫的信函中使用過。相反，戈弗雷自己似乎已經習慣了較為含糊的字眼元首，或者干脆保留了他下洛林公爵的稱號。根據提爾的威廉（William of Tyre）于哥德弗雷已經成為一名傳奇英雄的12世紀所寫，他拒絕在基督戴上荊棘的王冠的地方戴上黃金的王冠。（Robert the Monk）是十字軍東征中唯一一個記載了哥德弗雷取得“國王”頭銜的當時的編年史作家。雷蒙德被激怒了，帶著他的軍隊離開城市外出尋找糧草。新的王國，以及哥德弗雷的名聲，在次征服這一個月后的8月12日，透過在阿斯卡隆戰役擊敗阿爾-阿夫達·沙漢沙阿指揮的法蒂瑪埃及軍隊而得以鞏固，而雷蒙德與哥德弗雷的持續對立卻阻止了十字軍取得對阿斯卡隆本身的控制。
該如何處置這個新王國仍有一些不確定的地方。教宗使節（Daimbert of Pisa） 意圖建立一個政教合一直屬于教宗控制的國家，他深信哥德弗雷會將耶路撒冷作為拉丁宗主教區交給他。根據提爾的威廉記載，哥德弗雷可能已經打算支持戴姆伯特的努力，并且如果戴姆伯特被允許統治耶路撒冷的話，他同意占領“一兩個其它的城市來擴大王國”。哥德弗雷確實透過占領雅法、海法、提比里亞和其他城市增加了王國的疆界，減少了許多其它淪為附庸的因素。他奠定了王國內的封建系統，建立了加利利親王國和雅法伯國。但他的統治是短暫的，他于1100年病逝。他的兄弟布洛涅的鮑德溫成功地趕走了戴姆伯特，作為“耶路撒冷的拉丁人的國王”為自己取得了耶路撒冷。戴姆伯特以在伯利恒，而不是在耶路撒冷為鮑德溫加冕作為妥協，但是作為一個世俗國家的道路已經奠定了。在這個世俗的框架內，一個凌駕于還保留著自己的層次結構的當地東方正教會、東方正統教會、東方亞述教會權威的大公教會階層被建立了（天主教會認為他們鬧分裂因此是非法的）。在拉丁宗主教區下面還有四個附屬的大主教區和許多教區。
在鮑德溫統治的期間，王國得到了進一步擴張。1101年，少數的為王國帶來援軍，鞏固了防禦，拉丁居民的數目因此而增加。在他1115年橫跨約旦的遠征之后，鮑德溫讓法蘭克人和當地基督徒重新住進了耶路撒冷。在意大利城邦和其他冒險家，尤其是著名國王挪威的西居爾一世 的幫助下，鮑德溫占領了港口城市阿克（1104年）、貝魯特（1110年）和西頓（1111年），從而確立了他對北方的其它十字軍國家——埃德薩（于1097年在十字軍東征時就已建立），安條克，以及他于1109年協助占領的的黎波里的宗主權。透過在拉姆拉和王國西南其他地方與法蒂瑪王朝的多次戰斗，以及于1113年在東北與大馬士革和摩蘇爾的（Battle of al-Sannabra），他成功地抵御了穆斯林的武裝入侵。正如（Thomas Madden）所說，鮑德溫是“耶路撒冷王國真正的奠基者”，他“已將一紙脆弱的協議變成了一個堅實的封建國家。透過才華與勤奮，他建立了一個強大的君主政治，征服了巴勒斯坦海岸，調解了十字軍的男爵們，建立了強大的邊境線來對抗王國的穆斯林鄰居們。”
鮑德溫一世的葬禮。
鮑德溫的元配是一位亞美尼亞人，傳統上被稱為（Arda）（儘管從未被當時的人們這樣稱呼）。原先鮑德溫會迎娶阿爾達是為了增加來自于在埃德薩的亞美尼亞人的政治上的支持。到了耶路撒冷，鮑德溫不再需要亞美尼亞人支持，便迅速拋棄了她。沒有離婚他就又于1113年娶了西西里的攝政（Adelaide del Vasto），但是同樣又于1117年被說服與她離婚；阿德萊德在第一次婚姻的兒子，西西里的羅杰二世，再也不原諒耶路撒冷，并且在后來的幾十年里拒絕向其提供急需的西西里海軍的支持。
1118年，鮑德溫在與埃及作戰的時候去世，沒有留下繼承人。王國被交到了他的兄弟（Eustace III of Boulogne）手里，而他在十字軍東征的時候一直陪伴著鮑德溫和哥德弗雷。但尤斯塔斯對此不感興趣，取而代之王冠被傳給了鮑德溫的親戚，可能是鮑德溫的表親，先前就已經從他那里繼承了埃德薩的勒布爾的鮑德溫。鮑德溫是一位有能力的統治者，他極為成功地抵抗了法蒂瑪和塞爾柱人的入侵。盡管安條克在1119年的（Battle of Ager Sanguinis）之后被嚴重削弱，鮑德溫本人也被阿勒頗的埃米爾從1122年一直關押到1124年，鮑德溫還是在1125年的（Battle of Azaz）領導十字軍國家取得了勝利。他的統治見證了第一批軍事修會，醫院騎士團和圣殿騎士團的建立；以及王國現存最早的成文法，編寫于1120年的（Council of Nablus）；還有1124年的第一份與威尼斯的貿易協議，（Pactum Warmundi）。來自于威尼斯的海軍與軍事上的支持導致了提爾于當年被占領。耶路撒冷的影響力一直遠達埃德薩和安條克，而在兩地的領導者陣亡以后由鮑德溫二世擔任起了攝政，盡管鮑德溫被俘期間耶路撒冷也成立了攝政政府。鮑德溫與亞美尼亞的貴婦（Morphia of Melitene）結婚，生了四個女兒：（Hodierna）和（Alice），嫁進了的黎波里伯爵和安條克親王家；（Ioveta），后來成了一位有影響力的修道院長；以及最年長的梅麗森德，他的繼承人，和她作為君主配偶的丈夫安茹的富爾克五世，在他于1131年死后繼承了他。他們的兒子，未來的鮑德溫三世，被他的外祖父立為共同繼承人。
富爾克是一位經驗豐富的十字軍戰士，他于1120年朝圣的時候為王國帶來了軍事援助。作為安茹的若弗魯瓦五世的父親和未來英格蘭的亨利二世的祖父，他將耶路撒冷納入了安茹帝國的范圍。并不是人人都能接受讓一個外國人來當國王。在1132年，安條克、的黎波里和埃德薩全都堅持它們的獨立性，還密謀阻止富爾克行使耶路撒冷對他們的宗主權。他在戰爭中擊敗了的黎波里，透過安排伯爵夫人梅麗森德的侄女康斯坦絲（Constance）和他自己的親戚普瓦捷的雷蒙的聯姻，完成了對安條克的攝政。然而，在耶路撒冷，當地的十字軍貴族反對富爾克對他的安茹隨從的偏愛。在1134年（Hugh II of Jaffa）起來反抗富爾克，和阿斯卡隆的穆斯林駐軍結盟，因此他被缺席宣判為叛國罪。拉丁宗主教干預此事試圖解決爭端，但是之后發生了一次針對于格的暗殺企圖，這讓富爾克成了眾矢之的。這次丑聞讓梅麗森德和她的支持者如她父親所愿獲得了對政府的控制。因此，富爾克“變得如此怕老婆以至于……沒有她的知識和幫助，就算是在那些無關緊要的方面他也什么都做不了”
富爾克隨即又面臨一個新的更危險的敵人：摩蘇爾的阿塔貝格贊吉，此人已取得了對阿勒頗的控制，又將目光投放到大馬士革；這三國的聯合對耶路撒冷日益增長的力量來說，本該是一個沉重的打擊。想要在所有十字軍國家頭上樹立帝國的宗主權的拜占庭皇帝約翰二世·科穆寧于1137年-1138年的一次短暫的干預也沒能阻止贊吉的威脅；到1139年，大馬士革和耶路撒冷都意識到了對兩國的威脅的嚴重性，一項盟約被簽訂，暫停了贊吉的前進的步伐。富爾克利用這段時間修建了大量的城堡，包括（Ibelin）和克拉克。在富爾克和皇帝約翰兩人都于1143年在單獨外出狩獵時死于事故以后，贊吉于1144年入侵并征服了埃德薩。梅麗森德王后，現在她為自己的長子鮑德溫三世（Baldwin III）攝政，任命了一位新的王室總管（Manasses of Hierges），來在富爾克死后領導軍隊，但是即使贊吉自己于1146年遇刺，埃德薩仍沒能收復。埃德薩的陷落震驚了歐洲，第二次十字軍東征于1148年抵達。
在六月份于阿克的會晤后，十字軍國王法國的路易七世和德國的康拉德三世同意梅麗森德、鮑德溫三世和王國主要貴族的想法，決定攻打大馬士革。贊吉的領土在他死后被他的兒子瓜分，大馬士革不再感到威脅，因此和阿勒頗的埃米爾——贊吉的兒子努爾丁結盟。也許是想起過去幾十年里耶路撒冷從大馬士革發起的攻擊，大馬士革似乎是十字軍最好的目標，比阿勒頗或其他北方可供用于收復埃德薩的城市都要好。隨后的大馬士革圍城戰是一場完完全全的失敗；當城市似乎已到了崩潰的邊緣的時候，十字軍突然轉向了城墻的另一部分，并被趕了回來。十字軍于三天內撤退。有背叛和賄賂的傳聞流出，康拉德三世感到被耶路撒冷的貴族背叛了。無論失敗的原因是什么，法國和德國軍隊回家了，幾年后大馬士革就被努爾丁牢牢地掌控住了。
第二次十字軍東征的失敗給王國造成了可怕的長期后果。西方對發動大型遠征猶豫了；在之后的幾十年里，只來了少量的軍隊，由想要朝圣的二流歐洲貴族帶領。與此同時敘利亞的穆斯林國家被努爾丁聯合了起來，他在1149年的（Battle of Inab）擊敗了安條克親王國，又于1154年獲得了對大馬士革的控制。努爾丁非常虔誠，在他統治時期圣戰的概念被解釋為了一種對抗王國的反十字軍行為，而這個王國無論是在政治上還是精神上，都是一個阻礙穆斯林團結的障礙。
耶路撒冷的大衛塔今天的樣子
在耶路撒冷，梅麗森德和鮑德溫三世之間的沖突分散了十字軍的注意力。鮑德溫成年后，梅麗森德仍作為攝政者長期統治。她得到一些人的支持，其中包括耶爾日的馬納塞斯，此人實質上作為王室總管為她進行管理；她的兒子阿馬爾里克，她封他為雅法伯爵；（Philip of Milly）；以及伊貝林家族。鮑德溫透過調解安條克和的黎波里之間的爭端來維護他的獨立性，又在伊貝林兄弟開始反對馬納塞斯由于娶了他們的寡母，（Helvis of Ramla）而逐漸膨脹的權力的時候，獲得了他們的支持。1153年鮑德溫將自己加冕為唯一的統治者，作為折中方案王國被一分為二，鮑德溫獲得了北方的阿克和提爾，而梅麗森德仍控制著耶路撒冷和南部的城市。透過他的一位支持者，（Humphrey II of Toron），鮑德溫得以取代梅麗森德。鮑德溫和梅麗森德知道這樣的局面是無法維持下去的。鮑德溫很快就侵入了他母親的領地，擊敗了梅麗森德，并把他的母親圍困在耶路撒冷的大衛塔中。梅麗森德投降了，引退到納布盧斯，但是鮑德溫任命她做他的攝政和首席顧問，而她也保留了她的一些影響力，尤其是在任命教會官員方面。1153年，鮑德溫向南部要塞阿斯卡隆發起進攻，自王國建立起法蒂瑪埃及的軍隊就不斷從那里襲擊耶路撒冷。要塞被占領，并被納入仍由他兄弟阿馬爾里克占有的雅法伯國。
拜占庭皇帝曼努埃爾一世·科穆寧，此人成為了耶路撒冷王國的一位親密盟友。
隨著阿斯卡隆的占領，王國的南部邊境現在安全了，而埃及，曾經是王國的主要威脅，現在卻在幾任年少的哈里發的統治下變得不穩定，淪為了一個附庸國。努爾丁仍是東部的一個威脅，而鮑德溫還得抗衡拜占庭皇帝曼努埃爾一世·科穆寧的步步緊逼，后者宣稱對安條克親王國擁有宗主權。為了加強王國對實力不斷壯大的穆斯林的防御，透過迎娶（Theodora Comnene），曼努埃爾皇帝的一位侄女，鮑德溫首次直接與拜占庭帝國結盟；曼努埃爾迎娶了鮑德溫的表妹瑪麗亞。正如提爾的威廉所記，這么做本來是希望曼努埃爾能夠“透過他的富裕解救讓我們受苦的苦難，并讓我們由貧窮變得富足。”
當鮑德溫在他母親死后一年，于1162年無嗣而終時，王國被傳給了他的兄弟阿馬爾里克，他延續了鮑德溫訂下的盟約。1163年埃及的混亂局面導致其拒絕再向耶路撒冷納貢，并向努爾丁請求援助；作為回應，阿馬爾里克發動了入侵，但是卻被埃及人在比勒拜斯挖開尼羅河放出洪水趕了回去。埃及大臣沙瓦（Shawar）再次向努爾丁請求幫助，后者派出了他的將軍謝爾庫赫，但是沙瓦很快就與他對立并與阿馬爾里克結盟。阿馬爾里克和謝爾庫赫都于1164年圍攻了比勒拜斯，但是都由于努爾丁進攻安條克而撤退了，在那里安條克的博希蒙德三世和的黎波里的雷蒙德三世于哈里姆戰役（Battle of Harim）被擊敗。似乎安條克自身都要被努爾丁攻陷了，但是當曼努埃爾皇帝向該地區派出一支拜占庭大軍以后他撤退了。努爾丁于1166年將謝爾庫赫派回埃及，而沙瓦再一次和在（Battle of al-Babein）中戰敗的阿馬爾里克結盟。盡管戰敗，兩邊都撤退了，沙瓦仍然被駐扎在開羅的一支十字軍控制著。透過1167年迎娶曼努埃爾的侄女（Maria Komnene），阿馬爾里克鞏固了他和曼努埃爾的聯盟，一個由提爾的威廉率領的使團被派到君士坦丁堡以商討一次遠征，但是等不及曼努埃爾承諾的海軍援助，阿馬爾里克就于1168年洗劫了比勒拜斯。除此之外阿馬爾里克一事無成，而他的行動卻促使沙瓦又一次改變了立場，轉而向謝爾庫赫尋求幫助。沙瓦立刻遭到暗殺，而謝爾庫赫于1169年去世的時候，由他的侄子尤素福繼承了他，即更加廣為人知的薩拉丁。那年，曼努埃爾派出了一支由大約300艘艦船組成的龐大的拜占庭艦隊來支援阿馬爾里克，杜姆亞特鎮在圍攻中淪陷。然而，即使攜帶了足夠的食物，拜占庭艦隊最多也只能航行三個月。這時十字軍準備的輜重耗盡，艦隊也撤退了。兩邊都試圖將失敗的原因怪罪到對方頭上，但是兩邊都知道沒有對方的協助他們就無法拿下埃及。聯盟被維持了下來，又一次在埃及的行動計劃被制定，但最終還是不了了之。
最終，努爾丁勝利了，而薩拉丁將自己立為埃及蘇丹。薩拉丁很快宣稱自己獨立于努爾丁，而隨著阿馬爾里克和努爾丁于1174年相繼死去，他也開始占盡天時地利地對努爾丁的敘利亞領地施加控制。隨著親西方的曼努埃爾皇帝于1180年去世，耶路撒冷王國失去了它最強大的盟友。
阿馬爾里克由他的幼子鮑德溫四世繼承，但后者在很小的時候就被發現是一個麻風病人。隨后的一連串事件經常被解釋為兩大對立派系之間的斗爭，“宮廷黨”，由鮑德溫的母親，阿馬爾里克的的第一任妻子（Agnes of Courtenay），她的直系親屬，以及對王國的事務缺乏經驗，贊成對薩拉丁開戰的從歐洲新來的人組成；而“貴族黨”，由的黎波里的雷蒙德和王國的小貴族領導，贊成與穆斯林和平共處。這是提爾的威廉提供的解釋，他堅定地站在“貴族”陣營這一邊，而他的觀點被后來的歷史學家所采納；在20世紀，（Marshall W. Baldwin）、史蒂文·朗西曼，和（Hans E. Mayer）都贊成這一解釋。另一方面，（Peter W. Edbury），對威廉以及13世紀在法國續寫威廉的編年史的作家有爭議，認為他們與伊貝林家族中雷蒙德的支持者們結盟，不能被認為是公正的。雖然這些事情顯然是一場王朝的內斗，“這場分裂不是發生在本地男爵和西方新來者之間，而是發生在國王的母系和父系親屬之間的。”
（Miles of Plancy）曾在鮑德溫四世成年以前短暫地擔任代政官和攝政。邁爾斯于1174年十月遇刺，而的黎波里的雷蒙德三世伯爵，阿馬爾里克的大表弟成為了攝政。有很大的可能是雷蒙德和他的支持者們策劃了這起暗殺。1176年鮑德溫成年了，盡管生病，在法律上他也不需要一位攝政了。盡管雷蒙德作為他最近的父系親屬對王位有著強烈的渴求，仍有人對其野心有所關注，哪怕他沒有自己的直系繼承人。為了平衡這一點，國王時不時地倒向他的舅舅，于1176年被任命為管家的（Joscelin III of Edessa）；約瑟林和鮑德溫的親緣關系比雷蒙德更近，但他自己并不想得到王位。
作為一個麻風病人，鮑德溫不可能有孩子，也不可能指望能統治很久，所以他的繼承問題的焦點落在了他的姐姐茜貝拉和他同父異母的妹妹伊莎貝拉的身上。鮑德溫和他的顧問們認識到有必要讓茜貝拉嫁給一位西方貴族，以便在發生軍事危機時從歐洲獲得援助；然而雷蒙德仍然在攝政，一場茜貝拉和（William of Montferrat）之間的婚姻被安排下來，后者是法王路易七世和神圣羅馬帝國皇帝腓特烈·巴巴羅薩的表親。本來指望通過和西方皇帝的親戚結盟，腓特烈能夠成為王國的外援。耶路撒冷再次向拜占庭帝國尋求幫助，而皇帝曼努埃爾也在尋求一個方法來恢復他在1176年密列奧塞法隆戰役失敗后的帝國的威望；這一使命被沙蒂永的雷納德承擔。在蒙特費拉的威廉于1176年抵達以后，他生了病，并于1177年去世，將腹中懷有未來的鮑德溫五世的茜貝拉一人留下。雷納德之后被任命為攝政。
不久之后，（Philip of Flanders）來耶路撒冷朝圣；他是鮑德溫四世的表親，國王想讓他攝政和指揮軍隊，但這兩者腓力都拒絕了，盡管他反對任命雷納德為攝政。腓力之后試圖介入為茜貝拉找第二個丈夫的談判，并推薦了他自己的一位隨從，但本地的男爵們拒絕了他的提議。此外，腓力似乎認為他能夠在埃及開拓出一片屬于他自己的領土，但他拒絕參加已經計劃好的拜占庭-耶路撒冷聯合遠征。遠征被推遲，并最終被取消，而腓力帶著他的軍隊離開去了北方。
耶路撒冷的大部分軍隊隨腓力開到了北方，雷蒙德三世，以及博希蒙德三世要進攻哈馬，而薩拉丁則趁機入侵王國。鮑德溫被證明是一位積極能干的國王和一位杰出的軍事指揮官：他在1177年九月的蒙吉薩戰役中擊敗薩拉丁，盡管數量懸殊，不得不依靠。雖然生病，鮑德溫的存在仍然鼓舞了士氣，但直接的軍事決策實際上是由雷納德作出的。
本來計劃是勃艮第的于格三世來耶路撒冷和茜貝拉成婚的，但是由于路易七世去世后的1179-1180年的政治動蕩導致于格無法離開法國。同時，鮑德溫四世的繼母瑪麗亞，伊莎貝拉的母親和茜貝拉的繼母，嫁給了伊貝林的巴利安。在1180年的復活節，雷蒙德和他的表親安條克的博希蒙德三世試圖迫使茜貝拉嫁給巴利安的哥哥（Baldwin of Ibelin）。雷蒙德和博希蒙德是鮑德溫國王最近的男性父系親屬，并且有可能在國王沒有一位繼承人或合適的替代人選就去世的情況下爭取王位。在雷蒙德和博希蒙德抵達之前，阿格尼絲和鮑德溫國王就安排茜貝拉嫁給了一個普瓦圖的新來者，呂西尼昂的居伊，他的哥哥呂西尼昂的阿馬爾里克已經是一個在宮廷里站穩了腳跟的人物了。就國際形勢來說，作為鮑德溫和茜貝拉的表親英格蘭的亨利二世的臣下，呂西尼昂兄弟是有用的。鮑德溫將八歲的伊莎貝拉許配給（Humphrey IV of Toron），強大的沙蒂永的雷納德的繼子，從而消除伊貝林家族和她母親對她的影響。
王國中兩大派系的紛爭影響了1180年新宗主教的選舉。當宗主教阿馬爾里克于1180年10月6日去世的時候，兩個最熱門的繼承人選是提爾的威廉和凱撒利亞的希拉克略（Heraclius of Caesarea）。在背景和學識方面他們不相上下，但由于希拉克略是庫特奈的阿格尼絲的支持者之一，因此在政治上他們分別結盟于對立的黨派。圣墓教堂的教士們向國王征求意見，而由于阿格尼絲影響，希拉克略最終當選。有傳言稱阿格尼絲和希拉克略是戀人，但這一信息來源于13世紀帶有偏見的威廉歷史的續篇，而且也沒有其他的證據來證實這種說法。
在1181年底，沙蒂永的雷納德襲擊了阿拉伯半島的南部，兵鋒直指麥地那，盡管他沒有打到那么遠。可能就在這個時候，雷納德還襲擊了一支穆斯林馬隊。當時王國正與薩拉丁休戰，而雷納德的行動被視為一起獨立的劫掠行為；很可能他是試圖防止薩拉丁把他的軍隊開到北方攻取阿勒頗，這將加強薩拉丁的地位。作為回應，薩拉丁于1182年向王國進攻，但在貝爾沃城堡（Belvoir Castle）被擊敗。鮑德溫國王，雖然病得很厲害，仍能夠親自指揮軍隊。薩拉丁試圖從海陸兩方圍攻貝魯特，而鮑德溫則襲擊了大馬士革領地，但兩邊都沒造成重大的破壞。在1182年十二月，雷納德在紅海發起了一次海軍遠征，向南一直抵達拉比格。這次遠征被擊敗，而實際上兩個雷納德的人被帶到麥加公開處決。如同他早先的襲擊行動，雷納德的遠征通常被視為是自私的，同時對耶路撒冷來說也是最終致命的，但是根據伯納德·漢密爾頓（Bernard Hamilton）的說法，它實際上是精明的策略，旨在損害薩拉丁的威信和聲譽。
1183年在全王國征收了一項一般稅，這在耶路撒冷是史無前例的，這一點甚至對幾乎整個中世紀歐洲來說都是如此。這項稅收幫助供養了未來幾年里日益龐大的軍隊。更多的部隊當然是必需的，由于薩拉丁最終得以控制阿勒頗，并且隨著他的北方領土歸于安定，使他能夠專注于南方的耶路撒冷。國王鮑德溫由于他的麻風病無法理政，以至于任命一位攝政是如此的必要，而呂西尼昂的居伊被選中了，因為他是國王的法定繼承人而國王估計已經活不了多久了。毫無經驗的居伊領導法蘭克軍隊對抗薩拉丁對王國的入侵，但兩邊都沒撈到什么實際的好處，而居伊則被他的反對者們批評當他有機會的時候沒有對薩拉丁發起攻擊。
在1183年十月，伊莎貝拉在克拉克嫁給了多隆的漢弗萊，正好遇上薩拉丁的圍攻，后者可能是希望抓一些有價值的俘虜。當國王鮑德溫，盡管現在又瞎又瘸，卻已經康復到足以恢復他的統治和對軍隊的指揮的時候，居伊被免除了攝政的職務，而他5歲的兒子，鮑德溫國王同名的外甥鮑德溫，于11月被加冕為共王。之后鮑德溫國王親自去給城堡解圍，由擔架抬著，并由他母親照顧。他與的黎波里的雷蒙德和解，并任命他為軍隊指揮官。圍城于十二月解除而薩拉丁撤回了大馬士革。薩拉丁于1184年試著發起了另一次圍攻，但鮑德溫又一次擊退了進攻，而薩拉丁在回師途中襲擊了納布盧斯和其它的一些城鎮。
1184年十月，呂西尼昂的居伊從他在阿斯卡隆的基地領導了一場對貝都因游牧民的攻擊。不像雷納德對馬隊的攻擊，也許還有些軍事目的，居伊攻擊了一個通常是忠于耶路撒冷并提供有關薩拉丁軍隊動向情報的群落。同時，國王鮑德溫最后一次染病，而的黎波里的雷蒙德，而不是居伊，被指定為他的攝政。他的外甥作為鮑德溫五世戴著王冠被帶到公開場合露面。鮑德溫四世最終于1185年五月因麻風病逝世。
與此同時，繼承危機促使一支代表團被派到西方尋求幫助。在1184年，宗主教希拉克略走遍了歐洲宮廷，但是沒得到任何幫助。希拉克略向法王腓力二世和英王亨利二世提供“圣墓的鑰匙，還有大衛塔的，以及耶路撒冷王國的旗幟”，而不是王冠；后者，作為富爾克的孫子，是耶路撒冷王室的嫡堂兄弟，在托馬斯·貝克特被謀殺后答應參加十字軍。兩位國王都更傾向于留在家里保衛自己的領土，而不是給耶路撒冷的某個小孩當攝政。少數確實抵達耶路撒冷的歐洲騎士甚至沒有看到任何戰斗，因為與薩拉丁的休戰已經被簽訂了。（William V of Montferrat）是少數前去幫助他孫子鮑德溫五世的人之一。
鮑德溫五世的統治，由的黎波里的雷蒙德作為攝政和他的舅公埃德薩的約瑟林作為監護人，是短暫的。他是個病弱的孩子，死于1186年夏天。雷蒙德和他的支持者們去了納布盧斯，據推測是為了防止茜貝拉自稱為王，但茜貝拉和她的支持者們去了耶路撒冷，在那里王國被決定傳給她，條件是她與居伊的婚姻作廢。她同意了，但條件是她能夠選擇自己的丈夫和國王，而在加冕以后，她立刻就親手為居伊加冕。雷蒙德曾拒絕出席加冕，在納布盧斯他建議伊莎貝拉和漢弗萊應該加冕取而代之，但漢弗萊拒絕同意這個計劃，因為這一定會引發一場內戰。漢弗萊去耶路撒冷向居伊和茜貝拉宣誓效忠，就像雷蒙德的其他大部分的支持者所做的那樣。雷蒙德自己拒絕這么做，離開去了的黎波里；伊貝林的鮑德溫也拒絕了，放棄了他的封地，離開去了安條克。
呂西尼昂的居伊（右）被薩拉丁（左）俘獲，讓·利文斯繪制。
近東，1190年，第三次十字軍東征剛開始時
的黎波里的雷蒙德與薩拉丁結盟以對抗居伊，并允許一支穆斯林駐軍駐扎在他在提比里亞的封地上，也許是希望薩拉丁幫他推翻居伊。與此同時，薩拉丁已經平定了他的美索不達米亞的領地，現在正急于攻打這個十字軍王國，當休戰協議于1187年到期以后，他不打算續簽了。在休戰到期以前，沙蒂永的雷納德，外約旦（Oultrejourdain）和克拉克的領主，也是居伊的主要支持者之一，意識到薩拉丁正在集結他的部隊，就試圖通過攻擊穆斯林馬隊來阻止這一點。居伊差點就要對雷蒙德動武了，但是他意識到王國需要團結起來面對薩拉丁的威脅，而伊貝林的巴利安在1187年的復活節促成了雙方的和解。薩拉丁再次于四月和五月攻打克拉克，一支穆斯林突擊隊在一個規模要小得多的使團正在去與雷蒙德談判的途中襲擊了后者，并在拿撒勒附近的（Battle of Cresson）中將其擊敗。雷蒙德和居伊最終同意在提比里亞向薩拉丁進攻，但沒能達成一個統一的計劃；雷蒙德認為應避免一場激戰，但居伊可能想起了他在1183年因避戰而面對的批評，決定直接向薩拉丁出擊。在1187年七月4日，王國軍隊在哈丁戰役全軍覆沒。的黎波里的雷蒙德，伊貝林的巴利安，以及（Reginald of Sidon）逃脫了，但是雷納德被薩拉丁處決而居伊被囚禁在了大馬士革。
在接下來的幾個月里，薩拉丁輕易地占領了整個王國。只有提爾的港口還留在法蘭克人的手里，由（Conrad of Montferrat）防守，他是鮑德溫五世的叔叔，恰好及時地從君士坦丁堡趕來。耶路撒冷的陷落從本質上終結了耶路撒冷第一王國。因薩拉丁對周邊領土的征服導致難民逃離而激增的大量人口，被允許逃往提爾、的黎波里或埃及（在那里他們又被送回了歐洲），但那些不能為自己的自由買單的人都被賣為了奴隸，而那些可能經常被基督徒和穆斯林掠奪的人們也以同樣的方式踏上了流亡之路。該城的占領導致了第三次十字軍東征，在1189年發起，由獅心王理查、腓力·奧古斯都和腓特烈·巴巴羅薩領導，雖然后者最后在半路上淹死了。
呂西尼昂的居伊，被康拉德禁止進入提爾，開始于1189年圍攻阿克。在持續到1191年的漫長圍攻中，宗主教希拉克略，茜貝拉女王和她的女兒們，以及其他許多人都病死了。隨著茜貝拉于1190年去世，居伊在法律上已經沒有王位繼承權了，而繼承權傳到了茜貝拉的同父異母妹妹伊莎貝拉那里。伊莎貝拉的母親瑪麗亞和伊貝林兄弟（現在與康拉德緊密地同盟）辯稱伊莎貝拉和漢弗萊的婚姻是非法的，因為她當時的年齡還不夠；與此相關事實上是由于漢弗萊于1186年背叛了他妻子。在一些爭議中這樁婚姻被廢止了。康拉德，現在作為鮑德溫五世最近的父系男性親屬，又已經證明了自己是一位有能力的軍隊領袖，接著就和伊莎貝拉結婚了，但是居伊拒絕讓出王冠。
當理查于1191年抵達的時候，他和腓力在繼承糾紛中分別支持不同的陣營。理查支持居伊，他來自普瓦圖的附庸，而腓力支持康拉德，他已故的父親路易七世的表弟。在嚴重的身體不適和健康欠佳以后，腓力于1191年在阿克陷落不久之后就回家了。理查在1191年的阿爾蘇夫戰役和1192年的（Battle of Jaffa）擊敗薩拉丁，收復了了大部分的海岸線，但是無法收復耶路撒冷或任何王國的內陸領土。有人認為，這可能實際上是理查的一個戰略決策，而不是失敗，因為他可能已經認識到，特別是耶路撒冷，由于遠離西方援軍能夠抵達的海邊，只要十字軍對其進行防守，實際上就會成為一個戰略上的累贅。康拉德于1192年四月被一致推選為國王，但幾天以后就被阿薩辛派謀殺。自那八天以后，懷孕的伊莎貝拉被嫁給了香檳伯爵亨利二世（Henry II of Champagne），他是理查和腓力的外甥，但是在政治上和理查結盟。作為補償，理查把塞浦路斯島賣給了居伊，該島被理查在去阿克的途中占領，盡管如此居伊仍繼續宣稱擁有耶路撒冷的王位，直到他于1194年去世。
隨著（Treaty of Ramla）于1192年簽署，十字軍運動和平地結束了；薩拉丁允許人們前往耶路撒冷朝圣，使得十字軍能夠履行他們的誓言，在此之后他們都回家了。本地的十字軍男爵們則從阿克和其它沿海城市著手重建他們的王國。
在接下來的上百年里，耶路撒冷王國作為一個小王國偏安于敘利亞海岸。它的首都搬到了阿克，控制著今天以色列和黎巴嫩南部和中部大部分的海岸線，包括雅法、阿爾蘇夫、凱撒利亞、提爾、西頓，以及貝魯特的要塞和城鎮。在最好的時期，它也只包含了幾座其它重要城市，像阿斯卡隆和一些內地的堡壘，以及對的黎波里和安條克的宗主權。新國王，香檳的亨利，于1197年意外死亡，而伊莎貝拉第四次出嫁，嫁給了呂西尼昂的阿馬爾里克，居伊的哥哥。阿馬爾里克二世已經從居伊那里繼承了塞浦路斯，并已被腓特烈·巴巴羅薩的兒子，皇帝亨利六世加冕為國王。亨利于1197年領導了一次十字軍東征，但是于途中逝世。盡管如此，他的部隊還是在1198年回師以前為王國重新占領了貝魯特和西頓。之后一份與敘利亞的阿尤布王朝之間的五年停戰協議于1198年被簽訂。
阿尤布帝國在薩拉丁于1193年死后就陷入了內戰。他的兒子們占據了他帝國的各個部分：（az-Zahir）控制了阿勒頗，（al-Aziz Uthman）擁有開羅，而他的長子，（al-Afdal），保留著大馬士革。薩拉丁的弟弟（Al-Adil Sayf ad-Din）（常被十字軍稱為“薩法丁（Saphadin）”）兼并了半島（北美索不達米亞），而阿爾-阿迪爾的兒子（al-Mu'azzam）占領了克拉克和外約旦。1196年，阿爾-阿夫達爾被奧斯曼趕出了大馬士革。當奧斯曼于1198年死后他又回來了，但是被占領了大馬士革城堡的阿爾-阿迪爾拒之門外。阿爾-阿迪爾又于1200年征服了開羅，并于1201年將阿爾-阿夫達爾從大馬士革驅逐了出去。他宣布自己為埃及和敘利亞蘇丹，將大馬士革托付給阿爾-穆阿扎姆，并將半島托付給他的另一個兒子（al-Kamil）。
同時，通過埃及重新征服耶路撒冷的計劃也在被醞釀。第四次十字軍東征在第三次的失敗以后被策劃，但這次遠征卻以1204年洗劫君士坦丁堡告終，而牽涉其中的大部分十字軍從未抵達王國。然而，在不知道十字軍轉道君士坦丁堡的情況下，阿馬爾里克比預訂的入侵計劃提前襲擊了埃及。伊莎貝拉和阿馬爾里克兩人都于1205年去世，而又一名未成年少女，伊莎貝拉和康拉德的女兒蒙特費拉的瑪麗亞，成為了耶路撒冷女王。伊莎貝拉同母異父的弟弟（John of Ibelin, the Old Lord of Beirut），作為攝政治理國家直到1210年瑪麗亞嫁給了一位經驗豐富的法國騎士，布里昂的約翰。瑪麗亞于1212年在分娩時去世，而布列訥的約翰作為他們的女兒伊莎貝拉二世的攝政繼續統治。
腓特烈二世（左）會見阿爾-卡米爾（右）。出自（Giovanni Villani）（14世紀）的新編年史（Nuova Cronica）一書。
1215年的第四次拉特朗公會議召集了一次針對埃及的新的，組織性更好的十字軍東征。1217年底匈牙利的安德烈二世和奧地利公爵利奧波德六世抵達阿克，和布列訥的約翰一起，長途奔襲了包括塔伯山在內的內陸地區，但是沒有成功。在匈牙利人出發以后，剩余的十字軍從1217年冬到1218年春開始加固凱撒利亞和圣殿騎士團的堡壘（Chateau Pèlerin）。
在1218年春，當德意志的十字軍艦隊在阿卡靠岸的時候，第五次十字軍東征正式開始了。跟隨著當選為十字軍領袖的國王約翰，艦隊航行到埃及，并于五月包圍了尼羅河口的杜姆亞特。圍攻進展緩慢，而埃及蘇丹阿爾-阿迪爾于1218年八月去世，據說是因為聽說十字軍占領了杜姆亞特的一座塔樓后受到了驚嚇。他由他的兒子阿爾-卡米爾繼承。1218年秋天從歐洲來的援軍抵達了，其中包括教宗的使節（Pelagius of Albano）。到了冬天十字軍受到洪水和疾病的影響，圍攻拖過了整個1219年，此時亞西西的方濟各抵達試圖談判停戰。盡管阿尤布王朝提供了一個三十年的停戰期并歸還耶路撒冷和前王國的其它大部分地區，任何一方還是都不能接受條件，十字軍最終設法耗盡了城里食物并于十一月將其占領。阿爾-卡米爾撤退到附近阿爾-曼蘇拉的堡壘，而十字軍則留在杜姆亞特度過了整個1219和1220年，等待神圣羅馬帝國皇帝腓特烈二世的到來，國王約翰則匆匆返回阿克抵御阿爾-穆阿扎姆，后者趁約翰不在對王國發動了襲擊。雖然還期待著皇帝能很快到來，1221年七月，十字軍向開羅開拔了，但他們卻被上漲的尼羅河水擋住了去路，是阿爾-卡米爾通過破壞沿河的堤壩制造了洪水。蘇丹輕易地擊敗了被困住的十字軍并收復了杜姆亞特。皇帝腓特烈實際上則從沒離開過歐洲。
在十字軍失敗以后，約翰走遍歐洲尋求援助，但是只從腓特烈那里獲得了支持，后者之后于1225年迎娶了約翰和瑪麗亞的女兒伊莎貝拉二世。1228年，伊莎貝拉在生下他們的兒子康拉德四世的時候去世，這孩子繼承了他母親的王位，盡管他從沒到過東方。腓特烈曾違背自己率領第五次十字軍的諾言，現在卻急于鞏固他通過康拉德得到的王位。他還有計劃加入阿爾-卡米爾攻擊在大馬士革的阿爾-穆阿扎姆，并與埃及使節在意大利就結盟事宜進行談判。但是在他出發前往圣地一再推遲以后，其中包括遭遇了他的艦隊中的一次疾病暴發，他于1127年被教宗格列高利九世開除了教籍。而十字軍，并非由腓特烈，而是由他的代表（Richard Filangieri），（Henry IV, Duke of Limburg），以及條頓騎士團的大團長（Hermann of Salza, Grand Master of the Teutonic Knights）率領，于1227年底抵達東方，在等待皇帝的時候他們開始著手加固西頓，在那里他們建造了（Sea Castle），以及之后成為條頓騎士團總部的（Montfort）。由于阿爾-穆阿扎姆于不久前突然去世，大馬士革的阿尤布王朝不敢發起攻擊。腓特烈最終于1228年九月趕上了第六次十字軍東征，并以他襁褓中的兒子的名義擔任王國的攝政。
腓特烈立刻就作為外來者與本地的貴族們發生了沖突，他們中的一些人憎恨他通過塞浦路斯和耶路撒冷強加皇權的企圖。塞浦路斯的貴族們自己已經就為還是個孩子的（Henry I of Cyprus）攝政的問題吵成了一片。塞浦路斯高等法院已經選出伊貝林的約翰擔任攝政，但亨利的母親（Alice of Champagne）希望委任她的一名支持者；愛麗絲和她的黨派，呂西尼昂王朝的成員或支持者，站在腓特烈一邊，因為他的父親于1197年將呂西尼昂的阿馬爾里克加冕為國王。在利馬索爾，腓特烈要求約翰不僅要放棄塞浦路斯的攝政權，而且要放棄約翰自己在大陸上的貝魯特領主身份。約翰爭辯稱腓特烈在法律上無權做出這樣的要求，并拒絕放棄任何一項頭銜。腓特烈就囚禁了約翰的兒子們作為人質以保證約翰對他的十字軍的支持。
約翰確實陪腓特烈來到了大陸上，但是腓特烈在那里不受歡迎；他的少數支持者之一，（Balian, Lord of Sidon），于前一年歡迎十字軍的到來，現在則作為大使前往阿尤布王朝。阿爾-穆阿扎姆的死亡使得與阿爾-卡米爾的結盟提議被否決，后者已經與他的兄弟阿爾-阿什拉夫從他們的侄子，阿爾-穆阿扎姆的兒子安-納西爾·達烏德手里奪取了大馬士革（以及耶路撒冷）。然而，阿爾-卡米爾想必是不知道腓特烈的軍隊規模很小，也不知道由于腓特烈被逐出教會而導致內部分裂，且希望避免為保衛其領地而與其他十字軍衝突。僅僅是腓特烈的存在就足以兵不血刃地奪回耶路撒冷、伯利恒、拿撒勒，以及周圍的一堆城堡：這些地區于1229年二月收復，以作為與阿尤布王朝簽訂的一份十年停戰協議和耶路撒冷的穆斯林居民崇拜自由的回報。該合約的條款對于耶路撒冷宗主教，洛桑的杰拉爾德（Gerald of Lausanne）來說是不可接受的，他對全城處以禁令（Interdict）。在三月，腓特烈在圣墓大教堂為自己加冕，但因為他被開除教籍以及禁令的緣故，耶路撒冷從未被真正重新合并進這個繼續從阿克進行統治的王國。
與此同時，在意大利，教宗以腓特烈被開除教籍為借口入侵他的意大利領地；教宗的軍隊由腓特烈的前岳父布列訥的約翰率領。腓特烈被迫于1229年回家，“不是在勝利中，而是沐浴在（阿卡市民扔的）垃圾中”離開了圣地。
蒙特費拉的瑪麗亞與耶路撒冷國王和君士坦丁堡的拉丁皇帝布里昂的約翰的加冕
盡管如此，腓特烈還是于1231年派出了一支帝國軍隊，由理查德·費蘭杰里率領，他占領了貝魯特和提爾，但還是無法控制阿克。約翰的支持者們在阿克城里組建了公社，約翰本人則于1232年當選為市長。在熱那亞商人的幫助下，公社重新奪回了貝魯特。約翰還攻擊了提爾，但是被費蘭杰里于1232五月在伊姆伯特城堡戰役（Battle of Casal Imbert）中擊敗。
在塞浦路斯，國王亨利一世于1232年成年，約翰的攝政不再是必要的了。約翰和費蘭杰里都沖回塞浦路斯維護他們的權威，而帝國軍隊在六月15日的（Battle of Agridi）中被擊敗。亨利成為了無可爭議的塞浦路斯國王，但是仍然繼續支持伊貝林家族而非呂西尼昂家族和帝國黨。在大陸上，費蘭杰里有安條克的博希蒙德四世、條頓騎士團、醫院騎士團，以及比薩商人的支持。約翰受到他的塞浦路斯貴族，他在貝魯特、凱撒利亞和阿爾蘇夫的大陸領地，以及圣殿騎士團和熱那亞人的支持。雙方都無法取得任何進展，而格列高利九世于1234年將約翰和他的支持者們開除了教籍。這一處分于1235年部分地撤消了，但是仍沒能帶來和平。約翰于1236年去世，而戰事由他的兒子（Balian of Beirut）和他的外甥（Philip of Montfort）接手。
與此同時，和阿尤布王朝之間的條約于1232年到期了。由腓特烈領導的新的十字軍計劃最后不了了之，而腓特烈本人于1239年再次被格列高利九世開除教藉。然而，其他的歐洲貴族繼續了這項事業，包括香檳伯爵和納瓦拉國王特奧巴爾多一世、（Peter of Dreux），以及于1239年九月抵達阿克的（Amaury VI of Montfort）。在阿克的一場會議中，西奧巴德被選為十字軍的領袖，王國的大部分重要貴族都出席了這次會議，包括布列訥的瓦爾特，（John of Arsuf），以及（Balian of Sidon）。十字軍的到來是自倫巴底戰爭以來的一次短暫的喘息；費蘭杰里留在了提爾沒有參加。會議決定鞏固南方的阿斯卡隆，并進攻北方的大馬士革。
十字軍可能已經意識到了阿尤布王朝中新發生的分裂；阿爾-卡米爾已于1238年占領了大馬士革，但隨后就去世了，而他的領地由他的家人繼承。他的兒子（al-Adil abu Bakr）和（as-Salih Ayyub）繼承了埃及和大馬士革。阿尤布向開羅進軍企圖趕走阿爾-阿迪爾，但阿爾-卡米爾的兄弟（as-Salih Isma'il）卻趁其不在的時候占據了大馬士革，而阿尤布則被安-納西爾·達烏德（an-Nasir Dawud）俘虜。與此同時，十字軍推進到了阿斯卡隆。一路上，布列訥的瓦爾特捕獲了旨在補給大馬士革的牲畜，同時阿尤布家族可能已經了解到了十字軍攻擊自己的計劃。然而，勝利是短暫的，因為十字軍隨后就于1239年十一月在加沙被埃及軍隊擊敗。（Henry II, Count of Bar）被殺，蒙特福特的阿莫里被俘。十字軍返回了阿克，可能是因為王國本地的男爵們對身在提爾的費蘭杰里不信任。達烏德乘著阿尤布王朝的勝利于十二月占領了耶路撒冷，十年休戰到期。
盡管阿尤布是達烏德的階下囚，兩人還是聯合起來對抗埃及的阿爾-阿迪爾，阿尤布于1240年攻占埃及。在大馬士革，伊斯瑪儀意識到達烏德和阿尤布對其地位的威脅，便轉向十字軍尋求援助。西奧巴德與伊斯瑪儀締結了條約，以作為其領土讓步的回報，后者恢復了基督徒對耶路撒冷，以及前王國大部分其他地區的控制，甚至比腓特烈于1229年收復的領土更多。然而，由于在倫巴底戰爭中受挫，西奧巴德于1240年回家。幾乎就在西奧巴德剛剛離開以后，康沃爾的理查就到了。他完成了阿斯卡隆的重建，并與埃及的阿尤布和解。阿尤布于1241年確認了伊斯瑪儀的讓步，雙方交換了在加沙被抓的戰俘。理查于1241年返回歐洲。
盡管王國在本質上被恢復了，倫巴底戰爭仍然繼續讓王國的貴族們忙得團團轉。由于圣殿騎士團與醫院騎士分別支持對立的雙方，他們彼此還相互攻擊，而通過于1241年攻擊納布盧斯，圣殿騎士團撕毀了與阿尤布王朝的和約。康拉德于1242年宣布自己成年，取消了腓特烈的攝政權，也不再需要一位帝國守護者為他治理國家，雖然他還未滿15歲，即耶路撒冷慣例的成年年齡。通過康拉德，腓特烈試圖送來一位帝國的攝政，但是阿克的反帝國派辯稱耶路撒冷的法律允許他們指定他們自己的攝政。六月，高等法院將攝政一職授予香檳的愛麗絲，作為伊莎貝拉一世的女兒，她是康拉德的姨外祖母和住在王國境內血緣最近的親戚。愛麗絲下令逮捕費蘭杰里，并隨伊貝林家族和威尼斯人包圍了提爾，該城于1243年七月陷落。倫巴底戰爭結束了，但國王仍然缺席，因為康拉德從未來到過東方。蒙特福爾的腓力（Philip of Montfort）控制了提爾，而貝魯特的巴利安繼續占有阿克，他們不讓愛麗絲作為攝政行使任何實權。
阿尤布王朝仍然分裂為埃及的阿尤布、大馬士革的伊斯瑪儀，和克拉克的達烏德。伊斯瑪儀、達烏德，以及霍姆斯的（al-Mansur Ibrahim）向阿尤布開戰，后者則雇傭了花剌子模人為其作戰。花剌子模人是從中亞來的游牧突厥人，剛剛因為蒙古人而從遙遠的東方流浪至此，現居住在美索不達米亞。在阿尤布的幫助下他們于1244年夏天洗劫了耶路撒冷，只留給基督徒和穆斯林雙方一片無用的廢墟。十月，花剌子模人隨拜巴爾率領的埃及軍隊與法蘭克軍隊遭遇，后者由蒙特福特的腓力，布列訥的瓦爾特，以及圣殿騎士團、醫院騎士團和條頓騎士團的團長們率領，跟隨者阿爾-曼蘇爾和達烏德。十月17日，埃及-花剌子模軍隊摧毀了法蘭克-敘利亞聯盟，布列訥的瓦爾特被俘，隨后就被處決。到1247年，阿尤布已經重新占領了1239年時被承認的大部分的領土，并控制了大馬士革。
在1245年的里昂公會議中，教宗英諾森四世討論了一次新的十字軍東征。會議罷免了腓特烈二世，所以不能指望從帝國那里得到什么幫助了，但是法王路易九世已經宣誓繼續十字軍東征。路易于1248年抵達塞浦路斯，在那里他召集了一支由自己人組成的軍隊。包括他的那些兄弟（Robert of Artois）、安茹的查理，和（Alphonse of Poitiers），以及那些由伊貝林家族的雅法的約翰（John of Jaffa）、（Guy of Ibelin），和貝魯特的巴利安領導的塞浦路斯和耶路撒冷的人。埃及再一次成為目標。當十字軍于1249年六月登陸的時候，孤立無援的杜姆亞特被占領，但是十字軍在那里一直待到了十一月，這時埃及蘇丹阿尤布去世，他的兒子（Turanshah）繼位。二月，十字軍在（Battle of al-Mansurah）中被擊敗，阿圖瓦的羅貝爾戰死。十字軍無法度過尼羅河，又飽受疾病和補給短缺的折磨，便于四月向杜姆亞特撤退。他們于途中輸掉了（Battle of Fariskur），路易也被圖蘭沙阿俘虜。路易被俘期間，在艾伯克將軍的帶領下，圖蘭沙阿被他的馬穆魯克士兵推翻，艾伯克之后于五月釋放了路易，換來了杜姆亞特和一大筆贖金。在之后的四年里，路易一直居住在阿克，協助該城，以及凱撒利亞、雅法，和西頓的再加固工作。在1254年回國以前，他還與敘利亞的阿尤布王朝達成休戰，并派遣使團與逐漸開始威脅穆斯林世界的蒙古人進行談判。在阿克他留下了大量的法國駐軍，由塞爾吉納的若弗魯瓦（Geoffrey of Sergines）指揮。
在這期間，香檳的愛麗絲于1246年過世，她的兒子塞浦路斯的亨利一世讓雅法的約翰在阿克出任代理官，以頂替其攝政空缺。當路易九世留在阿克的時候，亨利一世于1253年去世，他襁褓中的兒子于格二世在塞浦路斯繼位。于格也是耶路撒冷名義上的攝政，對于康拉德以及1254年康拉德死后康拉德的兒子康拉丁來說都是如此。塞浦路斯和耶路撒冷兩者都由于格的母親（Plaisance of Antioch）統治，但是約翰仍然在阿克為于格擔任代理官。約翰與大馬士革議和并試圖收復阿斯卡隆；埃及人，現在在馬穆魯克王朝的統治下，則以1256年圍攻雅法作為回應。約翰擊敗了他們，隨后就把代理權限轉交給了自己的堂兄（John of Arsuf）。
1256年，威尼斯和熱那亞商業殖民地之間的商業競爭升級為了公開的戰爭。在阿克，兩個殖民地為圣薩巴斯修道院的所有權爭執不休。熱那亞人，在比薩商人的支持下，襲擊了威尼斯區并燒掉了他們的船只，但是威尼斯人還是趕走了他們。威尼斯人隨后就被蒙特福特的腓力（Philip of Monfort）逐出了提爾。阿爾蘇夫的約翰、雅法的約翰、貝魯特的約翰二世（John II of Beirut）、圣殿騎士，以及條頓騎士支持威尼斯人，后者還說服了比薩人加入他們，而醫院騎士則支持熱那亞人。1257年威尼斯人侵占了修道院并摧毀了其防御工事，盡管他們仍無法將熱那亞人完全趕走。他們封鎖了熱那亞區，但是熱那亞人從醫院騎士那里獲得了補給，他們的聚落就在附近，通過蒙特福特的腓力從提爾送來食物。在1257年八月，阿爾蘇夫的約翰試圖通過給予熱那亞的一位意大利盟友安科納（Ancona）在阿克城內一些商業權利來結束這場戰爭，但是除了蒙特福特的腓力和醫院騎士團，其他的貴族仍然繼續支持威尼斯。1258年六月，腓力和醫院騎士進軍到阿克，當時正有一支熱那亞艦隊從海上攻擊該城。威尼斯贏得了海戰，熱那亞人被迫放棄了他們的地盤，和腓力逃到了提爾。這場戰爭還蔓延到了的黎波里和安條克，在那里，出身于熱那亞十字軍的恩布里亞科家族（Embriaco family）和支持威尼斯人的安條克的博希蒙德六世對立。1261年，宗主教雅克·潘塔萊昂組織了一次會議來重建王國內的秩序，盡管熱那亞人還是沒有回到阿克。
在這段期間蒙古人來到了近東。他們在更遠一些的東部把花剌子模帝國打敗令他們流離失所，歷任教宗及路易九世都派出使團與他們結盟或談判，但他們卻對結盟不感興趣。旭烈兀的蒙古軍消滅了木剌夷，並于1258年洗劫了巴格達，消滅阿拔斯王朝。之后是1260年的阿勒頗和大馬士革，摧毀了阿巴斯哈里發和阿尤布王朝的最后一點殘余並進逼巴勒斯坦地區。亞美尼亞的海屯一世和安條克的博希蒙德六世已向蒙古人俯首稱臣。一些蒙古人是景教基督徒，其中包括巴格達和大馬士革圍城戰中的大將怯的不花，但是除此之外，阿克的貴族們拒絕屈服。由于王國現在是一個相對來說不太重要的國家，蒙古人并沒有太在意它，但是1260年還是發生了一些小沖突：西頓的朱利安（Julian of Sidon）的軍隊殺了怯的不花的侄子，后者就洗劫了西頓作為報復，而貝魯特的約翰二世也在另一場襲擊中被蒙古人俘虜。蒙古人的征服似乎顯然已經不可避免，但是最后卻陷入了僵局，因為敘利亞的蒙古西征統帥旭烈兀在他的哥哥蒙哥汗死后就回去了，只留下了怯的不花和一小支駐軍。埃及的馬穆魯克隨后請求通過法蘭克人的領土，他們獲得了允許，并于1260年九月在艾因札魯特戰役中擊敗了蒙古人。怯的不花被殺，敘利亞全境都落入了馬穆魯克的控制。在返回埃及的途中，馬穆魯克蘇丹忽禿斯被將軍拜巴爾刺殺，后者與法蘭克人的聯盟遠不及他的前任那么穩固。後旭烈兀返回波斯建立伊兒汗國和馬木魯克對持。
阿爾蘇夫的約翰于1258年去世，他的代理官一職由路易九世在阿克的副手，塞爾吉納的若弗魯瓦繼承（Geoffrey of Sergines）。普萊桑斯于1261年去世，但由于她的兒子于格二世尚未成年，塞浦路斯將王位傳給了她的外甥安條克-呂西尼昂的于格（Hugh of Antioch-Lusignan），他的母親是塞浦路斯的伊莎貝拉（Isabella of Cyprus），香檳的愛麗絲和塞浦路斯的于格一世的女兒以及于格二世的姑媽，她接手了阿克的攝政權。她指定其夫安條克的亨利（Henry of Antioch）（也是普萊桑斯的伯父）為代理官，但是她在1264年去世了。阿克的攝政一職隨后由安條克-呂西尼昂的于格和他的表弟布列訥的于格（Hugh of Brienne）擔任，而于格二世尚未成年就于1267年去世了。安條克-呂西尼昂的于格在競爭中勝出，作為于格三世在塞浦路斯繼承了于格二世的王位。當康拉丁于1268年在西西里被處決的時候，已經沒有其他的霍亨斯陶芬家族的繼承人來繼承他了，于是于格三世又于1269年繼承了耶路撒冷王國。這遭到了呂西尼昂家族另一個分支的非議：安條克的瑪麗亞，安條克的博希蒙德四世和呂西尼昂的梅麗森德（Melisende of Lusignan）（她自己是伊莎貝拉一世和阿馬爾里克二世的一個女兒）的女兒，作為伊莎貝拉一世尚存最年長的親屬對王位提出要求，但是她的要求立刻就被無視了。這時，拜巴爾麾下的馬穆魯克趁著王國沒完沒了的紛爭，開始征服沿海剩余的十字軍城市。1265年，拜巴爾取得了凱撒利亞，海法和阿爾蘇夫，又于1266年取得了采法特（Safad）和多隆。在1268年他占領了雅法和博福爾（Beaufort），隨后圍攻并摧毀了安條克。
敘利亞的克拉克騎士堡。聯合國教科文組織世界遺產
在這些征服行動之后，于格三世與拜巴爾達成了為期一年的休戰協議；拜巴爾知道路易九世正在籌劃另一場來自歐洲的十字軍東征，而埃及將再次成為預定目標。但是十字軍轉道去了突尼斯，路易九世也死在了那里。這樣拜巴爾就抽出手來繼續他的征戰了：1270年他派刺客殺害了蒙特福特的腓力（Philip of Montfort），1271年他占領了醫院騎士和條頓騎士的要塞克拉克騎士堡（Krak des Chevaliers）和蒙特福特城堡（Montfort Castle）。他還圍攻了的黎波里，但是在五月當英格蘭王子愛德華抵達的時候他放棄了，這是路易九世的十字軍中唯一一支抵達東方的。除了與拜巴爾達成一份十年的停戰協議，愛德華就無能為力了，雖然對方還想要刺殺他。愛德華于1272年離開，盡管第二次里昂公會議計劃于1274年組織另一次十字軍東征，但是進一步的大規模遠征卻始終沒有到來。于格三世在大陸上的權威開始崩潰；他是個不受歡迎的國王，而貝魯特，作為除阿克和提爾以外僅存的唯一領土，開始獨立行事了。它的女繼承人，伊貝林的伊莎貝拉（Isabella of Ibelin）（于格二世的遺孀），實際上將其置于了拜巴爾的保護之下。在發現大陸已經無法統治以后，于格三世離開去了塞浦路斯，將阿爾蘇夫的巴利安（Balian of Arsuf）作為代理官留下。之后在1277年，安條克的瑪麗亞將她對王位的要求賣給了安茹的查理，后者派圣塞韋里諾的羅杰（Roger of San Severino）作為他的代表。威尼斯人和圣殿騎士支持這一要求，而巴利安則無力反對他。拜巴爾于1277年去世，由嘉拉溫繼承。1281年十年停戰到期，由羅杰續期。在1282年的西西里晚禱之后，羅杰返回了歐洲，由奧都·普艾勒奇安（Odo Poilechien）取代。于格三世試圖通過1283年在貝魯特登陸在大陸上重新樹立他的權威，但是這毫無用處，他于1284年在提爾去世。他的兒子約翰二世（John II）倉促繼位，但也很快就于1285年死去了，王位傳給了他的弟弟，于格三世另一個兒子亨利二世（Henry II）。那一年嘉拉溫占領了醫院騎士團的要塞馬卡布（Marqab）。安茹的查理亦于1285年去世，而各軍事修會和阿克公社接受亨利二世為國王；奧都·普艾勒奇安拒絕承認他，但是同意將阿克讓給圣殿騎士團，而不是直接給亨利，而圣殿騎士之后將其交給了國王。威尼斯人和熱那亞人之間的戰爭再次于1287年爆發，而的黎波里于1289年被嘉拉溫攻陷。盡管阿克的淪陷只是個時間問題了，十字軍王國的最后覆滅實際上是在1290年由新來的十字軍挑起的，他們在阿克引發了騷亂，還襲擊了城里的穆斯林商人。嘉拉溫在他能夠還擊之前就死了，但他的兒子阿爾-阿什拉夫·哈利勒于1291年四月前來圍攻阿克。阿克由亨利二世的弟弟提爾的阿馬爾里克（Amalric of Tyre），醫院騎士，圣殿騎士，以及條頓騎士，威尼斯人和比薩人，格萊里的讓一世（Jean I de Grailly）領導的法國駐軍，以及格朗松的奧頓（Otton de Grandson）領導的英國駐軍防守，但他們的人數處于絕對劣勢。亨利二世在圍攻中于五月親自抵達，但是城市于五月18日陷落。亨利，阿馬爾里克，奧頓，以及讓逃脫了，一位名叫弗洛爾的羅杰（Roger de Flor）的年輕圣殿騎士也逃脫了，但是其他大部分的守衛者沒有，包括圣殿騎士團團長博熱的紀堯姆。提爾于次日無血開城，西頓于六月陷落，而貝魯特是在七月。
十字軍將他們的總部向北搬到了諸如托爾托薩（Tortosa）之類的城市，但是也失守了，于是被迫將總部重新設在了海外的塞浦路斯。在之后的十年里有一些海軍襲擊和重奪故土的嘗試，但是隨著1302/1303年艾爾瓦德島的失守，耶路撒冷王國在大陸上的存在就此終結。塞浦路斯的列王在之后的數十年間制定了諸多計劃以奪回圣地，但都沒有成功。在接下來的七個世紀里，直到今天，相當多的歐洲君主都曾使用過耶路撒冷國王的頭銜。
王國的拉丁人口總是很少的；盡管一支穩定的定居人流和新的十字軍不斷地抵達，大部分參加過第一次東征戰斗的原十字軍都直接返鄉了。根據提爾的威廉記載，當1100年哥德弗雷圍攻阿爾蘇夫的時候，王國中“僅能找到三百名騎士和兩千名步兵了”。從很久以前，拉丁人就在這殖民地的邊緣統治著數量更多的當地穆斯林，希臘和敘利亞人口。但是隨著耶路撒冷作為Outremer，法語詞，意為“海外”，為人所知，并且隨著新一代在王國中成長起來，他們開始視自己為本地人，而不是移民。盡管他們從未放棄他們作為西歐人或者法蘭克人的核心身份，他們的衣著、飲食，以及重商主義則集合了許多東方的，尤其是拜占庭的影響。正如沙特爾的富爾徹（Fulcher of Chartres）于大約1124所寫的編年史那樣，
“就我們而言，我們曾是西方人，現在卻被塑造成了東方人。曾經的羅馬人或法蘭克人在這片土地上被塑造成了加利利人或巴勒斯坦人。曾經的蘭斯人或沙特爾人現在變成了提爾或安條克市民。我們已經忘了我們出生的地方；這些地方不是已經不再為我們大多數人所知，就是不再被提及。”
十字軍和他們的后裔常常學習說希臘語，阿拉伯語和其它東方語言，并和當地基督徒（無論是希臘人、敘利亞人、或是亞美尼亞人）通婚，有時甚至是和歸化的穆斯林。然而，法蘭克人的親王國仍然是伊斯蘭心臟上的一塊獨特的西方殖民地。
富爾徹，第一次十字軍東征的參與者和鮑德溫一世的牧師，把他的編年史續寫到了1127年。富爾徹的編年史廣受好評，被西方的其他歷史學家奉為一手資料，例如奧德里克·維塔利斯和馬姆斯伯里的威廉。幾乎就在耶路撒冷剛被占領，以及隨后的整個12世紀，許多朝圣者前來并留下了關于新王國的記錄；他們中包括英國人西沃夫（Saewulf）、俄國人修道院長丹尼爾（Abbot Daniel）、法蘭克人菲特留斯（Fretellus）、拜占庭人約翰尼斯·富卡斯（Johannes Phocas）、還有德國人維爾茨堡的約翰（John of Würzburg）以及狄奧多里克（Theoderich）。除此之外。此后耶路撒冷發生的諸多事件就再沒有目擊者了，直到提爾的威廉，提爾大主教和耶路撒冷的大臣，于1167年前后開始寫作，并于1184年左右去世，盡管他涵蓋了第一次十字軍東征以及介于富爾徹死后到他自己所處時代中間的年代的諸多信息，主要還是引用了艾克斯的阿爾伯特（Albert of Aix）和富爾徹自己的著作。從穆斯林的視角來看，一個信息的主要來源是烏薩馬·伊本·蒙克夫（Usamah ibn Munqidh），一名士兵和頻繁往來于大馬士革、耶路撒冷和埃及之間的大使，他的回憶錄，《沉思錄》（Kitab al i'tibar），包含了東方的十字軍社會的生動記錄。更多的信息可以從諸如圖德拉的本杰明和伊本·久拜爾（Ibn Jubayr）等旅行者那里收集到。
十字軍硬幣，阿克，1230年。
十字軍硬幣，阿克，約1230年。
王國實際上從一開始就缺失忠實順從的人口，并且只有少量的騎士在落實該地區的法律和秩序。隨著意大利貿易商行的到來，軍事修會的產生，以及歐洲騎士、工匠和農民組成的移民潮，王國內發生的事情越來越多，一個封建的社會形成了，和十字軍在歐洲所知的世界相似，但又明顯不同。這個社會的本質長期以來都是十字軍歷史學家們爭論的主題。
在19世紀和20世紀早期，法國學者，例如E·G·雷（E. G. Rey）、蓋斯通·多都（Gaston Dodu）、以及勒內·格魯塞相信十字軍與當地穆斯林和基督徒生活在一個完整的社會里。羅尼·艾倫布魯姆（Ronnie Ellenblum）聲稱這一觀點受到了法國帝國主義和殖民主義的影響；如果中世紀的法國十字軍能夠將他們自己融合進當地社會，那么理所當然的，現代法國在黎凡特的殖民地也能繁榮興旺。與此相反，在20世紀中葉，諸如約書亞·普拉瓦（Joshua Prawer）、R·C·斯邁爾（R. C. Smail）、麥隆·本文尼斯提（Meron Benvenisti），以及克勞德·卡亨（Claude Cahen）等學者辯稱十字軍過著與當地居民完全隔絕的生活，后者已經完全阿拉伯化和/或伊斯蘭化了，對外國十字軍是一個始終存在的威脅。普拉瓦辯稱該王國是殖民主義的一個早期嘗試，其中十字軍是一個少數的統治階層，他們依靠當地人口生存，卻并不試著融入他們。由于這個原因，在黎凡特業已存在的城市中，十字軍習慣的歐洲田園社會被更安全的城市社會所取代。
根據艾倫布魯姆的解釋，王國的居民（拉丁基督徒與本地的希臘和敘利亞基督徒、什葉派和遜尼派阿拉伯人、蘇菲派、貝都因人、土耳其人、德魯茲派、猶太人以及撒瑪利亞人生活在一起）彼此之間以及和十字軍之間都有很大的不同之處。東方基督徒和拉丁十字軍之間的關系是“復雜而曖昧的”，不是簡單的友好或者敵視。土耳其人是所有人共同的敵人，僅僅是因為他們剛來黎凡特不久，盡管他們在十字軍到來之前就實行了統治，普拉瓦和其他人相信他們還不可能徹底伊斯蘭化。東方的基督徒，至少，相比突厥領主或穆斯林阿拉伯人，感覺還是更親近他們的同伴基督徒十字軍。
盡管十字軍來到了一個古代的城市社會，艾倫布魯姆辯稱他們既沒有完全放棄他們鄉村式的歐洲生活方式，也沒有開始一個完全鄉村化的歐式社會。黎凡特的十字軍鄉鎮和歐洲已存的定居點和鄉鎮類型相似，是一個圍繞著要塞的城市和鄉村文明的混合物。十字軍既沒有完全和當地人口融合，也沒有待在城里把他們自己和鄉下的本地人隔離開來，而是更傾向于同時定居在城市和鄉村地區；準確地說，他們定居在傳統上東方基督徒居住的地方。傳統的穆斯林地區只有極少的十字軍定居點，只是因為那些地方的本地基督徒居民也本來就很少。
進入這個混合的社會后，十字軍們適應了現有的制度，并從歐洲引進了他們自己熟悉的風俗。如同在歐洲，貴族們擁有自己的附庸，而他們自己則附庸于國王。農業生產則由伊克塔（iqta） 來管理，這是一種穆斯林的土地所有和支付體系，大致（盡管遠不是完全）相當于歐洲的封建體系，而這一體系并沒有被十字軍嚴重破壞。