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在19世紀里，英國與馬來亞的其它蘇丹國簽署協議，在這些國家中設立總督，幫助蘇丹管理其國事，這些代辦很快就成為這些國家的真正統治者。1873年，霹歷之華僑時常為爭奪錫鑛而內閧，甚至爆發所謂「拿律戰爭」，致造成嚴重之人命財產損失。當時馬來半島，霹歷已有兩人在爭奪蘇丹之王位，雪蘭莪正在打內戰，彭亨之內戰剛剛結束，唯有在東岸之吉蘭丹、丁加奴與人口仍甚稀少之柔佛是和平。從1873年英人調停「拿律戰爭」成功開始，英國勢力逐漸突入馬來半島各處，使內地治安最終成為全面安定。正在對英國投資者來說，擁有錫礦的霹靂的政治穩定是最重要的，因此霹靂成為第一個與英國簽署協議同意英國管理的蘇丹國。柔佛是最頑強的蘇丹國，一直到1914年才放棄其獨立性。1896年7月5日，彭亨、雪蘭莪、霹靂與森美蘭合組為馬來聯邦，接受英國保護，華僑習慣稱其為「四州府」，實際上屬於英國控制範圍。1909年，英泰再簽約言明泰國移交給英國對吉打、玻璃市、吉蘭丹與丁加奴的「一切主權、保護權、行政與任何統治權利」。暹羅保留了對北大年蘇丹國控制。今天泰國南部依然有一小支穆斯林少數民族，其獨立運動為泰國政府帶來不少麻煩。1909年2月，英國又將吉打、玻璃市、吉蘭丹、丁加奴之四州與柔佛合組為「馬來屬邦」。當「馬來屬邦」成立時，第一個馬來聯邦議會創立，由4名蘇丹與其他官方高級官員。柔佛蘇丹蘇丹阿布·峇卡與維多利亞女王熟識，因此承認彼此是對等地位。直到1914年，蘇丹阿布·巴卡的繼承人蘇丹依不拉欣才接納一位英國代辦。先前屬於泰國的四個州以及柔佛合稱馬來屬邦。1927年，馬來聯邦議會實行改組，全數蘇丹退出，由13名高級官員與11名官方人士組成。
19世紀后半部，英國還獲得對荷蘭從未立足的婆羅洲北岸的控制。這個地區東部（今天的沙巴）則由受西班牙屬菲律賓控制的蘇祿蘇丹的名義統治。其餘部分則是文萊蘇丹統治地。1841年，英國探險家詹姆士·布魯克從文萊蘇丹手中租借古晉，并稱自己為砂拉越的白人拉者。此后他不斷從文萊手上取得領土。婆羅洲東北部被英國商人殖民。1881年，英國北婆羅洲公司被允許控制這塊地區，受新加坡總督監督。菲律賓從未承認蘇祿蘇丹對這些領土的喪失，這是后來菲律賓宣稱擁有沙巴主權的理由。1888年文萊成為英國保護國，1891年英國再與荷蘭簽訂條約，確定兩國在婆羅洲的邊界。
1910年英國對馬來群島領土的統治模式成形。海峽殖民地成為英國海外領地，由受倫敦的殖民地事務大臣監督的總督管理。這個領地的居民半數是華人，但所有的代辦（參政司），不論種族為何，均是英國公民。最早接受英國參政司的四個蘇丹國，霹靂、雪蘭莪、森美蘭和彭亨組成馬來聯邦。名義上它們依然獨立，但是從1895年開始受一個英國“總參政司”管理，實際上已成為英國殖民地。馬來屬邦（柔佛、吉打、吉蘭丹、玻璃市和登嘉樓）各國享有較大獨立性，不過它們也無法阻擋英國代辦意愿。英國最緊密的馬來盟國柔佛擁有自己的憲法特權，規定蘇丹有任命內閣的權利，不過實際上每次蘇丹必須先與英國討論他的任命。
有別於其它殖民強權的是，英國始終主要從經濟角度來看待殖民地，而且英國的公司股東期望殖民地為他們帶來利益。馬來亞的吸引力在于其錫礦和金礦，但英國農場主很快就開始試種熱帶作物——番薯、毛鉤藤、甘密、胡椒和咖啡。1877年從巴西引入橡膠，在歐洲發展迅速的工業刺激下，橡膠很快就成為馬來亞最熱門出口品。后來棕櫚油也成為熱門出口品。所有這些工業均需要大量和有紀律的勞動力。而英國人覺得馬來人不是可靠的勞力來源。解決方法是從印度引進勞動力，尤其是印度南部的泰米爾人。礦山、工廠和港口也吸引大量來自中國南部的工人，尤其是客家籍。很快華人在新加坡、檳城、怡保成為多數群體，在1857年成為一個錫礦中心而被建立的吉隆坡也是如此。1891年馬來亞進行首次人口普查時，華人在主要的產錫蘇丹國霹靂和雪蘭莪占多數。
大多數華人到達的時候非常貧窮，但是他們勤勞，重視孩子教育，並維持儒家的家庭道德，而且他們的自願性連結關係，透過各個鄉屬會館這類互助組織而構成緊密網絡，都是他們事業成功的原因。1890年代，吉隆坡華人首領葉亞來是當時馬來亞最富裕的人，領有"華人甲必丹"的銜頭，擁有許多礦山、農場和商店。從一開始馬來亞的銀行和保險業就在華人手中，通常與倫敦的公司具有夥伴關係，華人很快就成為經濟上的主力。由于馬來蘇丹生活窮奢極侈，入不敷出，他們很快就積欠華人銀行家大筆債務，這使得華人不但擁有經濟力量，而且獲得政治權利。最初到達馬來亞的華人幾乎全部是男人，而且許多人打算賺大錢后就衣錦還鄉。許多人后來確實回到中國，但更多人留下。一開始他們與馬來人婦女結婚，產生一個華人馬來混血兒的峇峇娘惹社群，但很快他們就開始引進華人婦女，建立定居社群，興修學校和廟宇。
印度人在最初並沒有那么成功，有別於華人，印度人一開始只是以橡膠莊園的勞動力來到馬來亞的，因此他們沒有華人那么多的經濟機會。此外印度人社群也不像華人那么團結，他們有印度教信徒和穆斯林之分，並且有語言和種姓的區別。20世紀初才出現印度人的貿易和專業階層，但大多數印度人依然很窮，幾乎沒有受到教育。他們大多數居住在產橡膠地區的農村聚居區里。
傳統的馬來社群無法處理向英國人喪失其政治自主權，也無法處理向華人喪失其經濟力量。20世紀初，馬來人甚至面臨著可能在自己國家里成為少數人的威脅。蘇丹被看作是英國人和華人的協作人，尤其在數量不斷增多的受西方教育的馬來人眼中，喪失他們的傳統威望；但大多數農村人民繼續敬畏著蘇丹及他們的威望，對于殖民統治來說，這一點非常重要。20世紀初，一小群馬來民族主義知識分子開始崛起，也出現伊斯蘭的復蘇，以呼應對于外來宗教，特別是基督教所帶來的威脅。事實上，根本沒有馬來人改信基督教，倒是有不少華人轉為基督徒。受西方影響較少的北部成為伊斯蘭保守派的據點，至今這個地區依然如此。
對于馬來人來說，保持他們尊嚴的一個重要事實是，英國人讓他們完全保有對警察和地方軍隊的壟斷權利，此外管理機構的大多數非歐洲人職位也由馬來人占據。華人一般自己花錢建造學校和學院，并從中國聘請教師，殖民政府則負責培植馬來人教育。1905年江沙馬來學院開設。1910年設立馬來管理機構，1922年設立馬來師范學校、1935年設立馬來女子學院。
第二次世界大戰前，英國忽視馬來亞憲政發展。為維持間接統治政策，英國人試圖維持蘇丹的權利，不允許任何關于馬來亞成為一個統一或自主國家的討論。英國不但不打算給予馬來亞一個統一的政府，並于1935年撤除馬來聯邦總代辦，將政治權力分散到各個蘇丹國。英國人傾向以刻板印象看待各個民族，認為馬來人和藹可親但純真，而且極其懶惰，無法自主，但在英國軍官指揮下，他們會是良好的士兵。英國認為華人聰明但危險，在1920年代和1930年代里，呼應著中國本土中國國民黨與中國共產黨之間的斗爭，馬來亞的華人也組織相互敵對的秘密組織，在華人城鎮里經常爆發動亂。英國人認為馬來亞是一個由不同民族與不同蘇丹國所構成的烏合之眾，不可能變成一個國家，更不用提成為一個獨立自主的國家。
國家紀念碑(Tugu Negara)，這座紀念碑是為了紀念在二次大戰與馬來亞緊急狀態期間犧牲的人們
1941年12月8日，太平洋戰爭爆發，日軍南侵，在吉蘭丹之道北登陸，長驅直下，至翌年2月15日攻占新加坡，占領整個馬來亞。在馬來亞的英國人可說是完全措手不及。在1930年代，英國為了對付逐漸增強的日本海軍威脅，在新加坡建立一個龐大的海軍基地，但完全沒有料想到日本是從北方入侵馬來亞。由于歐洲戰場的需要，英國在遠東實際上沒有空軍戰力。因此日本可從法屬印度支那的基地發動攻擊，而不會受到抵抗。雖然英國、澳大利亞和印度軍隊的頑強抵抗，但日本在兩個月內就占據馬來亞。1942年2月15日沒有陸上防禦、沒有空軍支持、沒有淡水供給的新加坡投降。這是英國無法彌補的聲譽損失。英屬北婆羅洲、砂拉越和文萊也被日本所占領。
日本人將馬來人看作是一群從英國殖民統治被解放的殖民人群，并且樹立有限的馬來民族主義，這使得日本人在馬來管理機構和知識分子中贏得一定程度的支持。大多數蘇丹也主動與日本人合作，雖然日本后來戰敗。日本為了配合大東亞共榮圈的政策，答應戰后讓馬來亞獨立，并且協助訓練馬來人成立武裝部隊與政府部門菁英。
直至1945年9月5日日本向盟國投降，馬來亞方才重歸英國統治。因此總的來說，1945年英國人回到馬來亞時，最高興就屬馬來人。第二次世界大戰結束後，馬來亞各民族因經過反侵略之艱苦抗爭，要求自由與獨立。但時局並未如停留在英國人戰前情況，而且一股追求獨立的渴望正在增長。英國本土破產，新的英國工黨政府主張盡快撤出東方。殖民地自治和最終獨立成為英國新政策。橫掃亞洲各地的殖民地民族主義浪潮很快到馬來亞。但當時大多數馬來人更關心抵抗主要由華人組成的馬來亞共產黨，而不是從英國獨立。事實上他們希望英國不要撤出馬來亞，而是協助他們對抗馬來亞共產黨，當時馬來亞最大的武裝力量。在第二次世界大戰最后一年，馬來亞共產黨與馬來人為首的部隊發生衝突，許多馬來人遭到裝備精良的華人共產黨人所殺害。戰後回到馬來亞的英國人，發現這個地方處于內戰邊緣。馬共原是合法政黨，并在二戰當中做出很大的貢獻，英人回馬后，因擔心共產黨勢力的擴大，最終將馬共列為非法政黨，馬共在發現和平的爭取方式無效后，決定改以武力斗爭爭取。
英國於接收各項事務之後，便於1946年派泰直密契爵士為專使，到馬來亞會晤各邦蘇丹，商談戰後之政制問題。同年6月，英國遂與各邦蘇丹簽約，宣佈成立「馬來亞聯邦」，建議這新聯邦包括馬來聯邦和馬來屬邦的九個州和檳城、馬六甲兩個殖民地（新加坡則仍屬「直轄殖民地」，由英國管治）。這個計畫遭到馬來人強力反對，因為它削弱馬來統治者的地位，而且將公民權賦予馬來亞華人與少數民族。一開始蘇丹們支持這個計劃，但后來又轉為反對這個計劃，并讓自己領導這股反對力量。聯邦新政府之首長為總督，代表英皇。根據白皮書，各邦蘇丹與州政府權力全被剝奪，所有法律均須由總督作最後決定。原有各邦政府，不復存在，改組為州，每州由一位英國派出之參政司主持大政，作為總督駐各州之代表。又規定一種以馬來亞為共同國籍之公民制度，承認馬來亞境內之所有居民，不分種族，及是否為當地出生或居留滿若干年為限者，都得成為公民，與馬來人共享平等的權利。
但白皮書發表以後，立即引起馬來亞各族人士之反對，馬來人首先於1946年3月組成「巫人聯合統一機構」，簡稱「巫統，擁有成員約10萬人；同年8月，馬來亞之印度人也成立「馬來亞印度國民大會黨」，屬員約有4萬。到1949年2月，華僑也成立「馬來亞華人公會」，簡稱「馬華公會」，擁有會員約30萬人。巫統與馬華公會於1952年開始合作，成立「華巫聯盟」，到1955年「馬印國大黨」也加入聯盟，改稱為「華巫印聯盟」，共同為馬來亞之獨立而奮鬥。
在柔佛首席部長翁惹化領導下，巫統支持馬來亞獨立，條件是這個新國家完全由馬來人掌管。英國政府鑑於馬來亞聯邦之建議遭到馬來亞境內各民族強烈反對，乃由當時之總督麥唐納擔任主席，組織委員會尋求較易為馬來人接受之方案。面臨馬來人的強烈反對，英國放棄平等公民權的計畫。馬來亞聯邦在1948年解散。商談之結果，在1948年2月1日協議成立馬來亞聯合邦，只留下新加坡為皇家殖民地。在此聯合邦之內，中央政府和各邦之間各有一定之主權，成為一個中央與地方分權之折衷政制。聯合邦政府，是以各邦元首和英王之名義，共同主持。並修改普遍化之公民權，使不在馬來亞出生或不是終身居住馬來亞之華、印、歐籍居民，不容易獲得公民權。
根據新協定，英國對馬來亞之國防外交，具有控制權；而各州蘇丹則保留司法與特赦權。最高之立法機構，為聯合邦立法會議。各州政府以為首長，設置州秘書處（State Secretariat），以主持各州政務。在英國保護下，馬來蘇丹國各統治者恢復自治權。至於馬六甲和檳城，則以英國之參政司為政府首長。這個新憲法於1948年2月1日實施，正式成立馬來亞聯合邦。原有之總督位置，則改為東南亞最高專員，仍由麥唐納擔任。聯合邦成立後，從1950年起，施行地方議會民選議員之條例。到1951年，又實行「閣員制度」（Member System）設置9名閣員，分別主持內政、農業、經濟、衛生、防務、教育及交通部，直接向欽差大臣負責。1955年7月，舉行大選，結果華巫印聯盟在52個民選議席中，獲得51席，「巫統」主席東姑阿都拉曼被任為新政府之首席部長，由聯盟要員，分任各部部長。
與此同時，共產黨則在積極準備暴動。1945年12月抗日游擊隊解散，馬來亞共產黨成為一個合法政黨，但游擊隊武器卻被謹慎收藏起來，以備未來之用。馬共的政策是立刻獨立，并且所有民族平等。這意味著它極難招募到馬來人黨員，主要支持者來自華人主導的商會，尤其在新加坡；以及華人學校，其中的教師大多來自中國，將中國共產黨看作中華民族重生的領導者。1947年3月，隨著冷戰的開始和共產國際的左傾，馬來亞共產黨的總書記萊特被殺，原游擊隊首領陳平任總書記，陳平要求共產黨立刻行動。共產黨發動游擊隊行動，期望迫使英國勢力撤離馬來亞。7月，在一連串莊園主遭到暗殺后，英國殖民政府展開反擊，宣布進入緊急狀態，馬來亞共產黨被禁，數百戰士被捕。共產黨退入森林，組織馬來亞人民解放軍，這支軍隊約有13,000名男性，其中第十支隊主要由馬來人組成。
這段被稱為馬來亞緊急狀態從1948年延續到1960年，殘酷戰斗蔓延整個馬來半島。英國戰略相當有效，通過對華人做出經濟和政治的讓步，並將散居鄉間的華人集中到位於馬共勢力範圍外的「白區」的「新村」。有效動員馬來人來對抗馬來亞共產黨，也是英國一個重要策略。從1949年起，馬共失去抗爭動機，招募游擊隊人數銳減。1951年馬來亞共產黨謀殺英國高級專員亨利·葛尼，但是這種轉向「恐怖份子」的策略，使得馬來亞共產黨失去許多溫和派的華人支持。1952年杰拉爾德·鄧普勒被任命為馬來亞英軍指揮官，他帶來緊急狀態的結束。鄧普勒在馬來亞發明反游擊戰的戰術，無情地剿滅馬共。雖然游擊隊被擊潰，但英國軍隊因著冷戰背景而留下來。依靠這個背景，大英國協一員的馬來亞於1957年8月31日獨立。
華人反對馬共，呈現於1949年2月籌組的馬華公會（Malayan Chinese Association，MCA），它成為調節華人政治意見的渠道。其領導人陳禎祿愿意與巫統合作，建立一個所有公民平等的獨立的馬來亞，但同時在馬來人敏感議題上做出充分讓步，來平息馬來民族主義者的恐懼。1951年吉打王子東姑阿都拉曼繼翁惹化之後，擔任巫統領導人，陳禎祿與東姑阿都拉曼密切合作。由于1949年英國人宣布無論馬來人愿意與否，馬來亞將在數年內獲得獨立，兩位領導人必須下定決心來提出在兩個社群均可接受的一個協議，成為一個穩定的獨立國家的基礎。這個巫統-華人公會聯盟（后來印度人國大黨於1955年也加入這個聯盟）在1952年和1955年大選中，在馬來人和華人地區均獲勝。
民選地方政府制度的引進，是戰勝共產黨的另一個重要步驟。1953年約瑟夫·斯大林去世后，在馬共領導層對於是否繼續武裝斗爭發生分歧。許多馬共游擊隊員喪失對武裝斗爭的信心並重返家園，而且在1954年鄧普勒離開馬來亞時，緊急狀態已經結束，即使陳平依然帶領一群頑固的游擊隊員繼續在難以進入的泰國邊境鄉區堅持許多年。緊急狀態留下馬來人與華人之間長期延續的仇恨。
在1955年和1956年，巫統、馬華公會、印度人國大黨和英國共同制定一部憲法草案，承認所有民族享受平等的公民權。為了交換，華人公會同意國家元首由馬來亞蘇丹輪流擔任，馬來語成為官方語言，促進和資助馬來人的教育和經濟發展。實際上這個協議意謂著馬來亞將由馬來人治理，特別是由於他們繼續主導著管理機構、警察和軍隊，但華人和印度人在內閣和議會中將會具有合乎比例的代表，並治理他們占多數的州屬，而且經濟地位受到保護。誰來控制教育系統是個非常棘手的問題，一直拖延到獨立后都沒解決。
馬來亞聯合邦首席部長東姑阿都拉曼，受命率領代表團，飛往英倫談判，先後經過兩次談判，結果於1957年5月下旬與英國政府達成如下協議：
①聯合邦之最高元首，由現行之蘇丹會議，在蘇丹之中選出一人擔任，另一人為副元首；
②國家元首之權力，無須議員同意，其權力包括委任總理，解散議會等；
③建議規定回教為國教；
④馬來人享有特殊地位列為永久性；
⑤馬來亞之獨立日期為1957年8月31日
。1957年8月30日半夜，馬來亞聯合邦正式獲得獨立。9月2日，森美蘭之嚴端押都拉曼爵士被推為聯合邦第一任最高元首，而原任首席部長東姑阿都拉曼被任命為第一位首相，他領導下之內閣亦於當天正式成立。
馬來亞獨立後，這個區域還有其它英國領地的前途懸而未決。日本投降后，布魯克家族和英國北婆羅洲公司分別放棄對沙勞越和沙巴的控制，這些地區成為英國皇家殖民地。相較于馬來亞，這些地區的經濟發展落后得多，當地的政治領袖過於軟弱，而未尋求獨立。而且這些地區與馬來亞的文化區別也相當大。以華人占多數的新加坡于1955年獲得自主權，1959年當時年輕的社會主義運動領導人李光耀成為新加坡首席部長。盛產石油的文萊蘇丹國依然是英國附屬。1959年與1962年之間，英國政府召集多次復雜的談判，在這些當地領導人與馬來亞政府之間進行協商。
1961年5月，東姑首相在新加坡向外國通訊員午餐會發表演說，他提到英屬婆羅洲、馬來亞聯邦和新加坡，也須有一天要成為一個比較密切關係之組織，這些地區之領袖卻對東姑這項意見表示很熱心，幾經談判經過，於1963年9月16日成立馬來西亞聯邦，包括馬來亞聯合邦11州、新加坡及北婆羅洲之沙巴和砂撈越兩州，共為14州。其背後的理由則是容許中央政府控制並打擊共產黨（尤其是在新加坡）的活動。此外馬來亞也懼怕新加坡一旦獨立，將會成為華人沙文主義者的基地，威脅馬來人的統治權。為了平衡種族比例，在文萊、沙巴與砂拉越納入這個新國家之後，它們的馬來人及土著人口，將可抵消新加坡的華人多數。
雖然新加坡首席部長李光耀支持這個建議，但他在新加坡社會主義陣線的黨內反對者反對這個計劃，認為這是英國打算繼續控制這個區域的計謀。砂拉越大多數政黨也反對這個計劃，沙巴沒有政黨，但是當地社團代表也表示反對。汶萊蘇丹支持這個計劃，但是汶萊人民黨反對。在1961年的大英國協首席部長聯合會議（Commonwealth Prime Ministers Conference），東姑阿都拉曼向他的反對者進一步闡述這個計劃。10月，英國政府批準這個計劃，條件是必須取得參與這項合併計畫的地區同意。葛波(Lord Cobbold)率領葛波委員會前往婆羅洲研究當地居民意見，認為沙巴和砂拉越同意合并，但在文萊則有許多人反對。在新加坡的公民投票中70%的人贊成合并，條件是新加坡政府獲得實質的自主權。汶萊蘇丹退出這項參組馬來西亞的計畫，這是由於來自多數人民的反對、關於石油利潤分配比例的爭執，以及關於合併後蘇丹的地位等等因素。此外，汶萊的人民黨發動武裝革命，雖然立刻遭到敉平，但被視為這個新國家潛在的不穩定因素。
英國政府討論葛波委員會的報告后，又設立Landsdowne委員會來起草馬來西亞憲法的草稿。最後出爐的新憲法草案與1957年的馬來亞憲法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先對於馬來人特殊地位的認定，擴及到砂拉越與沙巴的所有土著，新加坡、砂拉越與沙巴也被賦予某些自主權。1963年7月的談判結束后，決定馬來西亞將于1963年8月31日正式成立，這天恰好是馬來亞獨立以及英國賦予新加坡和沙巴自治權的紀念日。然而，菲律賓和印度尼西亞強烈反對這個事態發展，印度尼西亞稱馬來西亞為新殖民主義的代表，而菲律賓則強調沙巴是她的領土。印尼總統蘇卡諾在強大的印度尼西亞共產黨的支持下提出反對，而且砂拉越人民聯合黨發動多次抗爭行動，延遲馬來西亞的成立。基於這些因素，聯合國組成一個八人代表團造訪砂拉越與沙巴，確認他們參組馬來西亞的意願。
1963年9月16日，由馬來亞（1957年8月31日獨立）、沙巴（1963年8月31日被英國予以自治地位）、砂拉越（1963年7月22日被英國予以自治地位）與新加坡（1959年被英國予以自治地位）共同組成的馬來西亞正式成立，當年的馬來西亞人口約一千萬人。馬來西亞聯邦之成立引致印尼對抗和菲律賓索取沙巴主權之糾紛。新加坡在馬來西亞聯邦內2年，由於政治見解不同，終於在1965年8月9日脫離，宣告獨立而成為獨立之新加坡共和國。
在馬來亞獨立時，具備著很好的經濟優點。它是世界上三個重要商品（橡膠、錫和棕櫚油）最重要的出產國之一，也是重要的鐵礦石出產國。這些出口工業給馬來亞政府提供穩定可靠的盈餘，可用來投資于工業發展和基礎建設項目。雖然巫統不是一個社會主義黨派（可是絕對是種族主義政黨），但如同其它發展中國家，馬來亞于1950和1960年代非常看重國家計劃，首兩個五年計劃（1956年至1960年和1961年至1965年）通過國家對工業的投資，來促進經濟發展，以及修復在戰爭和緊急狀態時期被破壞和被忽視的基礎設施，如公路和港口。政府試圖減少馬來亞對商品出口的依賴，因為這會使國家經濟受到浮動的市場價格所牽動。馬來亞政府也意識到，隨著合成橡膠的生產和使用的普及，對天然橡膠的需求注定會滑落。由于有三分之一的馬來人勞動力從事橡膠工業工作，發展其它類型的就業來源變得非常重要。為了讓馬來西亞出產的橡膠具有競爭力，意味著橡膠工業的獲利能力的增加，越來越依賴維持低工資，這又保持農村馬來人的貧困狀態。
印度尼西亞總統蘇卡諾，在強大的印尼共產黨支持下，認為馬來西亞是針對印尼的新殖民主義詭計，他支持砂拉越主要由當地華人組織的共產黨游擊隊。印尼非正規武裝力量入侵砂拉越，但被馬來西亞和大英國協軍隊抵擋住。這個“沖突時期一直延續到1965年印尼爆發軍事政變，蘇卡諾下臺，印尼共產黨被摧毀為止。蘇卡諾的繼任者蘇哈托改善馬印關系。與此同時，菲律賓總統奧斯達多·馬卡帕加爾重新提出菲律賓擁有沙巴，其理由是文萊蘇丹在1704年將沙巴讓與蘇祿蘇丹國。1966年，菲律賓新總統馬可仕放棄這個要求，但這個主張依然是菲律賓與馬來西亞關係的爭執點。
1930年代的大蕭條及此后的中國抗日戰爭終止華人向馬來亞的移居，穩定馬來亞的人口分布比率，終止馬來人可能在自己家鄉成為少數群體的憂慮。1957年馬來亞獨立時，馬來人人口比例占49%，華人38%，印度人11%。由于馬來人直到最近，依然維持較高的出生率，在2000年，馬來人的比例增長到55%。這個等式曾在新加坡加入馬來西亞時打破，華人的比率增加到將近40%。巫統和馬華公會均害怕李光耀的新加坡人民行動黨（當時被看作是極端的社會主義政黨）對馬來亞選民的吸引力，他們試圖在新加坡組織政黨以挑戰李光耀的地位。即使李光耀先前承諾人民行動黨不會參加1964年的馬來西亞大選，但面臨這種挑戰，他轉而威脅將派出候選人參加馬來亞聯邦大選。為此東姑阿都拉曼要求新加坡退出馬來西亞。1965年8月9日新加坡宣告獨立。
獨立的馬來西亞最迫切的問題在于教育，以及各民族的經濟力量相差懸殊。在馬來亞獨立后的第一次國會大選中，巫統和馬華公會的聯盟幾乎囊括議會的所有席位，僅丟失一席，可以說欠缺有效的反對黨來制衡，因此對這些問題的角力只限於執政派內部。這兩個問題是互相關聯的，由於華人在教育上的優勢，也導致他們得以控制國家的經濟，巫統領袖則決意要終結這個關聯。馬華公會內部對這個問題非常矛盾，一方面必須保護其自己社群的利益，另一方面必須保持與巫統的良好關系。1959年，這在華人公會內部導致一場危機。馬華公會的首領林蒼祐決定反對巫統的教育政策。但在東姑阿都拉曼威脅讓兩黨聯盟破裂后，馬華公會又被迫讓步。
1961年通過的教育法，是巫統將教育議題立法規範的勝利。此後，中學只使用馬來語和英語為媒介語，而在政府小學只以馬來語為媒介語。雖然華人和印度人社群可以保持他們的華文小學和淡米爾文小學，但學生必須學馬來語，而且必須公認的馬來課程。最重要的是馬來亞大學（1963年從新加坡遷到吉隆坡）的入學考試採用馬來文，雖然直到1970年代為止，大多數教學是以英語進行的。這使得華人學生被排除在外。同時，馬來文學校獲得政府大筆資金津貼，馬來人獲得絕對優待。馬華公會在教育政策上的挫敗，減弱華人社會對巫統的支持。
與教育方面一樣，巫統政府未明白說出的經濟發展政策議程，是將經濟勢力從華人手中轉移到馬來人手中。首兩個馬來亞計畫，以及第一個馬來西亞(大馬)五年計劃（1966年至1970年）將資源大量導向對農村馬來社群有利的發展上，比如鄉村學校、農村公路、醫院和灌溉計畫。國家設立一些機構，協助馬來人的小園主提升其生產和收入。聯邦土地開發局幫助許多馬來人購買土地或改良已擁有的土地。國家也提供許多誘因及低息貸款協助馬來人創業。政府招標時有系統地優惠馬來人公司，這導致許多華人企業“馬來化”其經營方式。這些措施確實幫助減少馬來人和華人之間的生活水平差異，但也有人認為隨著馬來西亞經濟和貿易的發展，兩個社群之間的差異無論如何都會減少。
馬華公會和印度國大黨在這些政治運作過程中與巫統的勾結，使得它們喪失許多華人和印度人選民支持。與此同時，政府在1950和60年代的積極平權措施在馬來人中創造一個受過教育但學非所用，因此心懷不滿的階層。這是一個危險的組合，並導致新黨派的成立。1968年馬來西亞民政運動黨（民政黨）成立，它立意成為一個超越民族的政黨，成員包括馬來商會人士與馬來知識分子，也包括華人和印度人領袖。同時政治伊斯蘭主義的馬來西亞伊斯蘭黨和另一個華人占多數的社會民主主義政黨——民主行動黨則獲得越來越多的支持，而巫統和馬華公會獲得的支持則相對被削弱。
在1969年5月的聯邦大選中，巫統-馬華公會-國大黨聯盟只獲得48%的選票，但在議會中它依然保有多數席次。馬華公會在以華人為主的地區，將大多數席位敗給民政黨和民主行動黨。根據官方的說法，反對黨在吉隆坡主要街道進行勝利游行，支持者手持掃帚，意指該黨意圖進行掃除性的變革。由于擔心這所謂的變革是針對馬來人而來，馬來人的因而“展開反擊”，導致排華動亂五一三事件。約有六千所華人住宅和企業被焚毀，至少184人喪生。 但據后來解密的英國情報局官方文件顯示，這實際上是一場有策劃性的政變，在巫統內部新崛起的馬來菁英通過這場包裝為種族沖突的軍事政變，推翻當時的首相東故阿都拉曼。 當時，政府宣布進入緊急狀態，由副首相阿都拉薩為首的國家行動理事會，從東姑阿都拉曼政府手中接管大權。1970年9月東姑阿都拉曼被迫下臺，將權力交給阿都拉薩。
政府運用英國在緊急狀態時期留下的內安法令凍結議會和政黨、進行媒體審查制度，並嚴格限制政治活動。內安法令允許政府不需經過法庭審理，即可無限期關押任何人。憲法被修改后，任何對馬來西亞最高元首的批評被看作非法（在國會內議員可以議論元首但不允許發表推翻元首的言論），馬來人及東馬土著在國內享有特殊保護的地位，馬來語獲得官方語言的地位。
馬來西亞成立之初，即經歷了馬印衝突、1965年8月9日新加坡脫離大馬、1969年五一三事件及1969年居鑾水災。
1971年議會恢復，一個新的政府聯盟——國民陣線組成的政府正式就任。這個聯盟包括巫統、馬華公會、印度國大黨和被削弱的民政黨，以及沙巴和砂拉越的地方黨派。民主行動黨是政府外唯一主要的反對黨。回教黨也加入國民陣線，但在1977年被逐出。阿都拉薩任職為首相直到他1976年逝世為止。1976年1月15日，胡先翁繼任首相。
1981年7月16日，胡先翁因健康原因將首相一職交棒給馬哈迪·莫哈末。馬哈迪上臺后執政長達22年（至2003年10月31日），在他任期內，馬來西亞經濟發展顯著，貧困率大幅度降低。
國油雙峰塔景觀及吉隆坡市中心的商業大樓群，是馬哈迪·莫哈末執政22年下驚人的經濟演變證明
在1970年，馬來西亞有75%生活在貧困線以下的人是馬來人，當時大多數馬來人依然是農莊工人，被排除在現代經濟之外。1971年政府引入的新經濟政策打算使用四個五年計畫（從1971年到1990年；然而到目前2010年這個政策仍在執行）改變這個狀況。這個計劃有兩個目標：消滅貧困，尤其是農村的貧困，並且消除種族與經濟運作之間的聯系。后面這個目標被解讀成將經濟勢力從華人轉到馬來人手中。
為了克服貧困，政府將25萬馬來人移居到新開闢的農業地區，對農村基礎建設做了更多投資，並在農村開辟自由貿易區來創造新的製造業工作機會。在1970年代和1980年代，農村貧困確實減少了，尤其在馬來半島上效果明顯。在這些年，馬來西亞城市的發展迅速，尤其吉隆坡即吸引鄉村的馬來人移民，也吸引印度尼西亞、孟加拉國、泰國和菲律賓的移民。
1981年馬哈迪·莫哈末出任首相后宣布向東學習政策，即向日本和韓國學習。日本和韓國的現代化工程成了馬來西亞的楷模。這也是馬哈迪為了不想照抄西方現代化模式而另覓的新路。同時因為馬哈迪的領導，馬來西亞也經歷了前所未有的迅速發展，馬來西亞擁有完善的設施、良好的投資環境和世界級的海港空港。馬哈迪在任期間馬來西亞的地理景觀出現了巨大的變化，這些變化包括建造馬來西亞首都吉隆坡地標雙峰塔、建造世界級水準的吉隆坡國際機場、建造連接北馬到南馬，馬來西亞最長的高速公路南北大道和建造多條高速公路、建造首都輕快鐵、發展布城和發射多枚“MEASAT”等等的人造衛星，以及其他發展項目。在他的領導下，馬來西亞經濟穩健發展。在1997年亞洲金融危機前的10年里，馬來西亞經濟年均增長率達8%以上，馬來西亞在全球經濟競爭力排名表上躍居第21位，人均年收入從1986年的1830美元增加到1996年的近4000美元，國民富裕程度在整個東南亞地區僅次于新加坡和文萊。
馬哈迪·莫哈末是馬來西亞發展主要工業生產力量的領導人物
56歲的馬哈迪在1981年7月16日宣誓就職首相。他的第一個行動是釋放內安法令下扣留的21個扣留者，包括記者沙末依斯邁及在胡先翁內閣擔任副部長的阿都拉阿末，因被懷疑進行地下共產黨活動。馬哈迪委任慕沙希淡成為副首相。同年12月31日23時30分，馬哈迪宣布把馬來亞半島時間調快30分鐘使之與東馬時間相同，新加坡政府也隨之更改，一直沿用至今。
在馬哈迪擔任首相期間（1981年至2003年），馬來西亞經歷巨大的經濟成長。由原先以農業為基礎的經濟，轉變為以製造業與工業為主的經濟，特別在電腦與消費性電器產品。在這段期間，馬來西亞的地理景觀也因著多項大型計畫而改變。包括國家石油公司的雙峰塔（曾經是世界最高建築物，目前仍是世界最高的雙子星大樓）、吉隆坡國際機場、南北大道、雪邦國際賽道、多媒體超級走廊、峇貢水壩以及布城：新的聯邦行政首都。因為努力推動國家經濟發展，馬哈迪被尊稱為現代化之父（''Bapa Pemodenan''）。
在馬哈迪的領導下，馬來西亞從一個普通的發展中國家轉變成一個新興的工業化國家，經歷了巨大的經濟成長。1997年亞洲金融危機前，馬來西亞在全球經濟競爭力排名表上躍居第二十一位，人均年收入從1986年的1830美元增加到1996年的3627美元，國民富裕程度在整個東南亞地區僅次于新加坡和文萊，是泰國的2倍和印尼的5倍。馬哈迪政府也嘗試將馬來西亞打造成區域教育中心的同時，教育及語言政策趨向于寬松與開放，包括讓英語成為許多公立及私立大專院校的教學語言、中小學英文教數理政策，以及讓華文教育組織建立南方學院、新紀元學院及韓江學院。
在2002年6月22日的巫統大會中，馬哈迪宣布他將會辭去首相職，許多支持者涌往臺上淚流滿面地試圖挽留他。之后他定于2003年10月退位，給予他有時間以確保他選定的繼任者阿都拉有序及沒有爭議的權力交接，10月31日正式把首相職務移交於阿都拉·巴達威。在職首相達22年，馬哈迪在退位時是世界上在位最久的被選舉國家領導人，他也是馬來西亞在任最久的首相。
2003年10月31日，阿都拉·巴達威正式從馬哈迪·莫哈末手中接任馬來西亞第五任首相。在2004年馬來西亞大選中阿都拉領導的國民陣線大獲全勝，幾乎將回教黨和人民公正黨掃出議會，只有民主行動黨贏回它1999年失去的席位。
2008年3月8日，馬來西亞第十二屆大選，國民陣線遭到挫折，失去了三分之二國會議席的多數優勢。阿都拉原定于2010年轉讓職權給其副手納吉·阿都拉薩，由于遭到巫統高層的壓力下，于10月宣布提早至2009年3月的巫統黨選后轉讓職權，同時也不尋求蟬聯巫統主席職。
2009年4月2日，阿都拉正式卸下首相職務，把職權轉讓給納吉，納吉因此成為了第六任馬來西亞首相。隔日，阿都拉獲馬來西亞最高元首封賜馬來西亞封銜“敦”。
2008年大選，國陣遭受重大的意外挫折，國陣以往在國會中長期壟斷的三分之二絕對多數優勢（修憲門檻）遭反對黨打破，只能以簡單多數執政，這是1969年以來的首次。同時，國陣也失去四個州（檳城、雪蘭莪、吉打及霹靂）的執政權，再加上原本由伊斯蘭黨執政的吉蘭丹，反對黨執政的州屬首次達到五個。
公正黨、行動黨和伊斯蘭黨在這些州組成聯合政府，并成立新的政治聯盟——人民聯盟（民聯），與國陣分庭抗禮，首次形成“兩線制”的政治格局。身為公正黨顧問的安華也在隨后的補選中回到國會。
時任首相阿都拉巴達威則在巫統黨內逼宮的壓力下，于2008年10月宣布將于次年4月引退、由副首相納吉接棒。
同時，為鞏固民聯這個新的聯盟，安華提出“九一六變天”計劃，意圖游說東馬二州的國陣議員在2008年9月16日前后加入民聯以促使國陣聯邦政府下臺，而國陣則積極防范，讓東馬的國陣議員集體到臺灣及中國大陸“出國考察”，使民聯的游說計劃難以進行。最后，安華只成功拉攏兩位沙巴進步黨的議員倒戈。接著，安華又在霹靂成功拉攏一位巫統州議員加入公正黨，試圖鞏固霹靂州的微弱多數政府。
然而，國陣隨后展開反制措施，成功在2009年2月拉攏霹靂州民聯三名州議員集體退黨，觸發持續一年的“霹靂州憲政危機”，雙方在州議會和法庭經歷激烈的憲政角力后，該州政權最后再度回到國陣手中。成功領導國陣奪回霹靂州政權的納吉，則在2009年4月3日順利接過首相一職，成為馬來西亞第六任首相。
2009年4月3日，納吉·阿都拉薩在國家皇宮宣誓就任馬來西亞首相。4月9日，納吉召開首場新聞發布會宣讀新內閣名單，會上允許國內外媒體采訪，但拒絕接受記者的任何提問，而《獨立新聞在線》是唯一遭首相署辦公室下令禁止采訪的網絡媒體，《獨立新聞在線》總編輯莊迪澎隔日致函首相署，要求說明禁止采訪記者會的原因，但未獲得答復。非政府組織獨立新聞中心（CIJ）與維護媒體獨立撰稿人聯盟（WAMI）對此發表聯合聲明，批評納吉自毀公信力。聲明指出，《獨立新聞在線》因日前刊登了一些評論，批評了《中國報》與《星洲日報》針對納吉的正面報道，亦強調禁止記者采訪已違反媒體自由的原則。
納吉承諾對受到許多批評的法律進行全面檢討，如允許無限未審先扣的法令。他雖曾經向馬來西亞人民承諾不會執行任何與《內安法令》相似的扣留令，但2013年9月25日內政部卻提呈《2013年防范罪案（修正與擴充）法案》一讀，引起在野黨議員抨擊，公正黨巴東色海議員蘇仁德蘭怒斥納吉為“史上最會說謊”的首相（The most lying PM）。
2013年5月8日，超過12萬人聚集在雪蘭莪州格拉納再也體育館舉行示威，抗議第十三屆馬來西亞全國大選不公，質疑納吉領導的執政黨國陣在選舉中舞弊
2013年4月3日，納吉於上午11時35分宣布解散國會，這也是馬來西亞歷史上最遲解散的國會。5月5日的大選，國陣雖勝出，但普選票較民聯少。在大選投票和點票期間，出現了多種不同的選舉舞弊情況，最終在一片爭議聲中納吉連任馬來西亞首相。
一馬公司標志
一馬公司丑聞爆發后，馬來西亞非政府組織干凈與公平選舉聯盟（凈選盟）于2015年8月29日至30日在首都吉隆坡及全國各地主要城市舉行第四次和平集會（2015年凈選盟4.0集會）
納吉任內設立了一個馬來西亞發展有限公司（''1MDB''），其設立目的為建立全球伙伴關系和促進外商直接投資，是國家的戰略舉措。然而，1MDB卻在2015年被爆出負債110億美元，馬來西亞前首相馬哈迪·莫哈末表示，1MDB借貸太多，而且缺乏透明度。隨后，美國《華爾街日報》報導稱有7億美元（折合馬幣約26億令吉）從此公司轉入納吉的私人戶口，引發馬來西亞國民嘩然。1MDB貪腐案也涉及許多國家。馬哈迪和時任副首相慕尤丁的陣營公開批評，導致馬哈迪失去在國家機關和公司擔任的職務，慕尤丁也丟失副首相職位。。對此，納吉與1MDB皆予以否認，納吉更聲稱此事件為“政治迫害”。2016年1月26日，馬來西亞總檢察長莫哈末阿班迪表示，上述爭議款項是沙特王室2013年作為私人捐款送給納吉的，而納吉亦已將其中6.2億美元退還沙特王室。他說，納吉沒有違反任何法律，也不會受到任何制裁，此案到此為止。批評人士指出，一個由納吉新任命的總檢察長，如今宣告納吉沒有犯罪，雖然再次使納吉政權恢復了“合法性”，但是籠罩在納吉政權頭頂上的“不信任陰云”絲毫沒有消散。
2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，納吉涉及一馬弊案的SRC洗錢案的7項指控全部成立，判處監禁12年和罰款2億1000萬令吉，若無法繳付罰款則加監5年。
2015年4月1日，納吉推行了消費稅(GST)，稅率為6%，并對某些物品及服務實施豁免消費稅舉措。
自GST推行之後，據智庫達魯依山研究所的民調顯示，有八成以上的民調覺得消費稅會帶來通貨膨脹，自馬哈迪·莫哈末於2018年再任相之後，於6月1日將GST降至0%，馬來西亞的GST政策實施三年兩個月後停施。
2015年12月，《2015年國家安全理事會法案》經過六小時的辯論后在國會通過。這法案賦予首相更大的權力，可以以安全理由指定馬來西亞任何地區為保安區。執法機構可以在被指定的地區無需準證進行逮捕，搜查及沒收任何產業。該法案受到人權組織批評指允許政府濫權。馬來西亞律師公會直呼這是“傾向成為專制政府”的法案。政府捍衛此法案，部長沙希淡卡欣表示該法律可以更好的協調各制服執法單位，對安全威脅即時做出反應采取行動，還有該法律不違反聯邦憲法下的基本人權保障。
2018年5月9日為第十四屆馬來西亞大選，納吉領導的國陣通過各種手段（選區劃分不公、舞弊、對付反對黨支持者），卻在大選中落敗。5月10日，納吉召開記者會表示尊重人民的決定，承認敗選并承諾和平移交政權，使馬來西亞的政黨首次輪替。隨著國陣慘敗，5月12日納吉宣布辭去巫統主席及國陣主席職務，以示負責，由巫統副主席阿末扎希代掌巫統主席職務。
5月21日，前任內政部副部長諾嘉茲蘭接受英文《太陽報》訪問時首度炮轟納吉和其家人的形象，導致國陣和巫統在第十四屆大選失去政權。他認為，納吉不可能沒有意識到領導層的問題，以及對方無法在一個馬來西亞發展有限公司丑聞課題上處理貪腐指控，以致國陣和巫統承受敗選。
2018年首相馬哈迪·莫哈末與美國國務卿麥克·蓬佩奧會面
2018年5月9日第14屆全國大選，由前首相馬哈迪·莫哈末領導的反對黨聯盟——希望聯盟獲得政權。希盟拿下113個國席，而國陣贏得79席、伊黨18席、沙巴民族復興黨八席，獨立人士三席及沙巴團結黨一席。這是最具歷史性的一天，“全民海嘯”終結了自馬來亞獨立以來（長達61年）未嘗一敗的聯盟（1973年成立的國民陣線的前身）/國民陣線的政權，為馬來西亞政壇寫下了新的一頁。等待計票過程中，不斷傳出舞弊事件如陌生車輛進入投票站灌票，選委會主席不愿簽署表格14導致成績公布緩慢等。但自選舉成績出爐后，遲遲不見人影的前首相納吉拉薩與5月10日早上11時在PWTC巫統大廈的記者發布會上宣稱本屆大選成績證明了選委會沒有舞弊。經過了一般波折，馬哈迪于晚上9點30分國家皇宮內，向國家元首蘇丹莫哈末五世陛下完成宣誓，93歲的馬哈迪正式成為馬來西亞第7任首相，同時也破了世界記錄，“以最高年齡接任首相的國家領袖”和“唯一兩度當上首相的領袖”。
馬哈迪承諾上任后馬來西亞會「恢復法治」，并對一個馬來西亞發展有限公司丑聞（1MDB）做出深入及透明的調查；他對媒體表示，如果前首相納吉·阿都拉薩犯錯，納吉自己須對此承擔后果。
政府的目標是「2020年宏願」，讓馬來西亞在2020年成為先進國家。然而，這留下未解的問題，究竟馬來西亞會在何時且如何充分實現第一世界的政治體系（多黨民主制、自由的媒體、獨立的司法審判，並恢復公民與政治自由），以齊頭趕上它的經濟成熟。此外，納吉政府在提呈2017年財政預算案時，宣布落實。。自納吉下臺，接由馬哈迪的再執政后，馬哈迪提出前朝政府所推行的政策與達至2020宏愿不符，從而導致推遲該目標至2025年或更早。
2020年的慕尤丁
2020年2月末，希望聯盟政府倒臺，引發政治危機。希望聯盟成員土著團結黨分裂，以主席慕尤丁為首的大多數成員稱土團黨退出希盟，與之前的執政聯盟國陣及未曾執政的伊斯蘭黨組成國民聯盟，並在3月1日正式組成新政府，由慕尤丁出任首相。然而慕尤丁得以在此次政治危機中任相充滿爭議，而前任首相馬哈迪·莫哈末則形容慕尤丁的做法等同背叛。
以下列表是馬來西亞歷代最高元首的原屬州屬及在位日期：
1957年8月31日－1960年4月1日
1895年8月24日
1960年4月1日
蘇丹希沙慕丁沙
1960年4月14日－1960年9月1日
1898年5月13日
端姑賽布特拉
1960年9月21日－1965年9月20日
端姑依斯邁·納西魯丁沙
1965年9月21日－1970年9月20日
1907年1月24日
1979年9月20日
端姑阿都哈林
1970年9月21日－1975年9月20日
1927年11月28日
2017年9月11日
蘇丹雅耶·貝特拉
1975年9月21日－1979年3月29日
1917年11月10日
1979年3月29日
1979年3月29日－1984年4月25日
1930年10月24日
蘇丹馬末·依斯干達
1984年4月26日－1989年4月25日
1932年4月8日
蘇丹阿茲蘭沙
1989年4月26日－1994年4月25日
1928年4月19日
1994年4月26日－1999年4月25日
1922年7月19日
蘇丹沙拉胡丁·阿都阿茲沙
1999年4月26日－2001年11月21日
端姑賽西拉祖丁
2001年12月13日－2006年12月12日
1943年5月17日
端姑米占·再納·阿比丁
2006年12月13日－2011年12月12日
1962年1月22日
2011年12月13日－2016年12月12日(第二次出任)
蘇丹莫哈末五世
2016年12月13日－2019年1月6日
1969年10月6日
2019年1月31日-至今
1959年7月30日
*東姑阿都拉曼、敦阿都拉薩、胡先翁、馬哈迪·莫哈末、阿都拉·巴達威、納吉·阿都拉薩、慕尤丁
*Goh, Cheng Teik (1994). ''Malaysia: Beyond Communal Politics''. Pelanduk Publications. ISBN 978-967-978-475-6.
*Musa, M. Bakri (1999). ''The Malay Dilemma Revisited''. Merantau Publishers. ISBN 978-1-58348-367-1.
*Ye, Lin-Sheng (2003). ''The Chinese Dilemma''. East West Publishing. ISBN 978-0-9751646-1-7.
《百年孤獨》，是哥倫比亞作家加夫列爾·加西亞·馬爾克斯的作品，“魔幻現實主義”的代表作，在世界上享有盛譽。作者也因此獲得1982年諾貝爾文學獎，瑞典皇家學院的頒獎理由是：“像其他重要的拉丁美洲作家一樣，馬奎斯永遠為弱小貧窮者請命，而反抗內部的壓迫與外來的剝削。”
《百年孤獨》發表於1967年，小說以虛構市鎮馬康多（Macondo）的榮衰作為拉丁美洲百年滄桑的縮影。以奇詭的手法反映了殖民、獨裁、鬥爭和流血的歷史，以及遺忘和孤獨的主題。故事講述一個光怪陸離的邦迪亞（Buendía）家族在一百年間，六代人因權力與情慾的輪迴上演興衰起落，第一代的老邦迪亞在晚年被綁在樹上過日子，烏蘇拉是邦迪亞家的女主人，一直在背後默默支持著家人，但她又充滿正義感，她的孫子阿克迪亞在馬康多以暴力統治人民時，挺身而出為人民打抱不平。最後一個子孫——倭良諾的兒子在剛出生時被螞蟻吃掉，倭良諾在看完吉卜賽人（梅賈德斯）的預言遺稿後，隨著馬康多一起消失了。智利作家聶魯達稱讚《百年孤獨》是“繼-{zh-hans:塞萬提斯;zh-hk:塞萬提斯;zh-tw:塞凡提斯;}-的《堂吉訶德》之後最偉大的西班牙語作品”。
該書的中文譯本有多種，例如中國大陸有1984年黃錦炎、沈國正、陳泉翻譯的版本（上海譯文出版社1984年版），2011年正式授權出版的范曄版，臺灣則有1982年宋碧雲、1984年楊耐冬與2018年葉淑吟三個版本。
魔幻寫實主義其實是緣起於歐洲的「後表現主義」屬於一種繪畫風格。而在文學上，歐美的主流文化對於南美洲的文學提出了這個「魔幻寫實主義」的概念。
放在《百年孤寂》這本書中的話，簡單的來說就是用在現實生活上添加荒誕離奇魔幻的行為。譬如說，雖然是在記錄邦迪亞家族的故事，卻內含很多離奇的內容。烏蘇拉的嬸嬸生下有豬尾巴的長子、第二代奧雷里亞諾20年戰爭毫無損傷，卻因為站著小便而離世等等的故事情節發生。表面上看起來是個家族史，裡面就用了很多神話、怪奇的筆法。
馬奎斯：為貧窮、被剝削的人們發聲…..（當時南美洲殖民地式經濟下的貧窮狀況。）
百年孤寂，可說是整個拉丁美洲的縮影。二戰之後世界強權的分佈變成美蘇二元的冷戰對立。哥倫比亞在內的拉丁美洲雖然從歐洲殖民國家獨立出來，但仍受到美國與蘇聯殖民式經濟的壓迫。
殖民式經濟的壓迫使得各國軍事威權政府的形成，獨裁和內戰的情形嚴重。
好像再怎麼努力卻擺脫不了悲劇的宿命，反映出了當時第三國家在殖民體制下的悲哀。邦迪亞家族的興衰也反映出了拉丁美洲的狀況。邦迪亞家族的紛擾也可以說是整個第三世界的紛擾。
《百年孤寂》這本書主要是在敘述一個村莊的興衰史，小說中以邦迪亞家族作為故事核心，並分述六代家族不同的故事，作者用每個家族成員因為自己的怪異的個性來配合村莊的興衰史，這些的人物都各自代表不同的孤寂，權力的孤寂、智慧的孤寂、善良的孤寂、戰爭的孤寂、愛的孤寂等等。而綜觀馬康多小鎮以及作為核心的邦迪亞家族，百年六代的家族史，所象徵的就是整個拉丁美洲近代歷史的孤寂。
故事的開頭由第一代老邦迪亞，與自己的表親結婚但又因為忍受不了鄰居的嘲笑，將鄰居殺死後決定搬離原本居住的村莊，聽從吉普賽的人的建議前往他處，並在一處地方建立名為馬康多的村莊，在此展開了這一家族六代人因權力與情慾的輪迴上演興衰起落，後面陸陸續續提到了不同年代發生的故事，當中經歷了許多戰爭，工業發展以及大屠殺等等，馬康多這個村莊也日趨隨著邦迪亞家族衰落而逐漸衰敗，其中有特色的是，作者為家族內每位成員取相似的名字，用意是在於反覆強調這整個家族的整體性，傳達著不僅僅只有血脈傳承百年，孤獨也會蔓延百年，主角們無不用自己獨特的方法對抗孤獨，有參加革命的、反覆做手工煉金術又或是沉迷於情慾的等等，整篇以奇詭的手法反映了殖民、獨裁、鬥爭和流血的歷史，以及遺忘和孤獨的主題，讓讀者在最後也能共同為這個家族感嘆。
在故事最後這個夢中之鏡的馬康多小鎮，最終也如鏡花水月的幻影般消逝。作者想帶給讀者的是，當世人遺忘了自身的歷史，而被外在的資本主義所侵蝕，那這城鎮的命運，就如同古老的印第安王國跟流浪的吉普賽人一樣，終究會成為暴力與金錢所掩蓋的亡魂。這是作者對邦迪亞家族的預言與警告，也是作者對拉丁美洲歷史沉痛的控訴與警示。
老邦迪亞很喜歡吉普賽人帶來的事物，如磁鐵、望遠鏡、星象儀等。總是廢寢忘食地投入研究，但是沒人欣賞他，只有吉普賽人麥魁迪欣賞他。老邦迪亞想要前往河的對岸以接觸偉大的外界發明，卻發現什麼都沒有。他失望透頂地回到村莊，開始著手準備遷村，卻遭妻子看破並私下聯合村民阻止他。
過去，老邦迪亞和易家蘭曾遭親戚警告說近親結婚會生出畸形兒，導致易家蘭婚後拒絕和丈夫發生性關係，導致一次被取笑，老邦迪亞殺了鬥雞對手亞奎拉，夫妻倆備受良心譴責，和幾位朋友離開了生長的城鎮，大兒子亞克迪奧便是在旅途中出生的。亞克迪奧很迷戀懂得紙牌占卜的婦女透娜拉，但在得知透娜拉懷孕的消息後他非常不安，這期間老邦迪亞和邦迪亞成功還原金子、他們的妹妹亞瑪蘭塔出生了，他都興致缺缺。當亞克迪奧前去市集中散心時受到一位美麗的吉普賽少女所吸引，最後他趁夜悄悄隨吉普賽車隊離開。兒子的失蹤讓老邦迪亞和他兒子遷怒透娜拉，拒她於門外，而易家蘭則出發尋找兒子，最後沒帶回兒子，卻發現了她丈夫追求偉大發明時未發現的路線。
老邦迪亞不願骨肉流落在外，因此收養了亞克迪奧和透娜拉的私生子阿克迪亞，視為己出。一天，孤女莉比卡（易家蘭的遠房表親）隨商隊來到城鎮，他們收留了她。然而，莉比卡患上了失眠癥，這病癥傳染了全家、全村，幸運的是麥魁迪來到這個城鎮治癒了大家，之後便在馬康多留了下來。地方行政官莫士柯特來到馬康多，老邦迪亞不滿他下達命令，和他對峙。但之後與老邦迪亞達成協議，他撤去士兵和命令，而老邦迪亞則會替他維持村莊秩序。此時，小邦迪亞看上了莫士柯特最小的女兒莫氏柯蒂。
莉比卡和亞瑪蘭塔同時看上了來他們家裝備鋼琴的調音師傅，來自義大利的克列斯比。透過莫氏柯蒂姊姊的牽線，莉比卡和克列斯比兩人開始通信。小邦迪亞同樣為情所苦，期間他和透娜拉發生關係，並告訴了透娜拉他愛慕莫氏柯蒂一事，透娜拉答應幫他們牽線。之後小邦迪亞獲易家蘭支持前去莫家提親，莫家同意了，不過要等莫氏柯蒂青春期後才能成婚。透娜拉透過莉比卡開始進出邦迪亞家。並懷上小邦迪亞的孩子，小邦迪亞答應會認孩子為自己骨肉。麥魁迪過世了，馬康多隆重地舉辦了村莊中第一樁喪禮。老邦迪亞沉迷於對克列斯比帶來的玩物進行實驗，一天他遇見亞奎拉的幽靈，幽靈告訴他他問了麥魁迪才找到馬康多，兩人相談甚歡，但之後老邦迪亞便發狂了，被眾人綁在栗樹幹上給日曬雨淋。
迎來青春期的莫氏柯蒂和小邦迪亞舉行了婚禮，而克列斯比因為他母親的緣故，和莉比卡的婚禮延期至新教堂落成後舉行。亞瑪蘭塔原先破壞婚禮計畫失敗，不斷希望有甚麼大事會發生阻止這埸婚事。她另想一計，想在莉比卡的咖啡中參入鴉片，但未執行之前莫氏柯蒂就因妊娠毒血癥被自己的血毒死。亞瑪蘭塔覺得是因為自己的「詛咒」而令莫氏柯蒂身亡，受到良心強烈的譴責，而莉比卡自此再也不敢想婚禮的事，她和克列斯比愛情從此化為烏有。守喪了許久，一天亞克迪奧突然歸來，莉比卡與他交往，很快便論及婚嫁，易家蘭因不認同這場婚姻而將他們趕出家門，而克列斯比則轉而追求亞瑪蘭塔。小邦迪亞經常陪伴岳父莫士柯特，知道有關自由黨和保守黨的政治理念，小邦迪亞十分同情自由黨，因此戰爭爆發後便自稱邦迪亞上校，離開村莊加入革命隊伍，阿克迪亞則成為馬康多的政治與軍事領袖。
亞瑪蘭塔和克列斯比進展十分順利，然而當他再次求婚時，亞瑪蘭塔卻告訴他，她死也不會和他結婚，傷心欲絕的克列斯比因此割腕自殺。阿克迪亞是名殘暴的統治者，他不知道自己是私生子，執意要和透娜拉發生關係，透娜拉為脫身買下了匹達黛給他，後來匹達黛懷上了他的孩子。戰爭越來越近，一天，自由黨的史蒂芬森上校來到馬康多，希望阿克迪亞交出城鎮以保全自由黨員的生命與財產安全。阿克迪亞不肯，之後馬康多遭戰爭波及時，自由黨許多戰死，阿克迪亞也因此遭軍法審判而槍斃。
戰爭結束後，保守黨政府宣布予以叛亂者嚴厲懲處，其中被判了死刑的邦迪亞上校透過預感逃過死刑，並決定拯救革命軍將領麥魁迪將軍，之後得知他已被處決。不久後，自由黨反叛軍再度集結，邦迪亞上校成為這群人的首領。阿克迪亞被處決後，匹黛雅生下他的雙胞胎席甘多、席根鐸。亞克迪奧因不明原因遭槍擊而死亡，從此之後莉比卡將自己封閉起來。邦迪亞上校歸來，看似勝利但實質上戰爭正陷入僵局。他任命老友馬魁茲上校為馬康多的民政與軍事領袖，自己則動身去和內陸的叛軍團體連絡。邦迪亞上校在斷了音訊後的某天捎來信件告知他有預感父親即將死亡，不久後老邦迪亞果真死亡。
約塞愛上了姑媽亞瑪蘭塔，但亞瑪蘭塔拒絕他的求愛。政府跟反軍的戰爭結束。奧雷裡亞諾布恩迪亞上校的17個私生子們和各自的母親一起前來尋找烏蘇拉和亞瑪蘭塔。她們給每個私生子都起名叫做奧雷裡亞諾，但他們要跟著母親的姓。政府軍以爲約塞是上校而遭到誤會殺死他。再次發生的戰爭。蒙卡達將軍的死刑執行。
傑里內爾多馬爾克斯上校對亞瑪蘭塔的求婚。亞瑪蘭塔因內疚而拒絕。決心以後做一輩子姑娘。奧雷利亞諾布恩迪亞上校的心理不安和混亂。上校的變心。上校失敗的自殺企圖,。
雙胞胎,外向的何塞阿爾卡迪奧席根鐸和內向的奧雷利亞諾席甘多的出生。因佩特拉克特斯而積累的家門的財產。被美女雷梅迪奧斯拒絕求婚,陷入挫折的男人們。 在馬康多舉行的慶典和在典禮中發生恐怖襲擊。
奧雷利亞諾席甘多與費爾南達德爾卡皮奧結婚。學習荒唐的家庭歷史,接受女王教育長大的費爾南達德爾卡皮奧。亞瑪蘭塔和費爾南達的吵架。何塞阿爾卡迪奧和美美(雷納搭雷梅迪奧斯)的出生。聚會在海岸邊的奧雷利亞諾布恩迪亞上校的何塞阿爾卡迪奧席根鐸, 奧雷利亞諾席甘多和十七個歲私生子。所有的兒子都爲奧雷利亞諾這個名字覺得值得炫耀。十七個私生子額頭上長出了灰燼的十字架標識。奧雷利亞諾特里斯特在找房子時,遇到莉貝卡。終於烏蘇拉確認莉貝卡是否還活著. 馬康多開通鐵道。
馬康多進口電影,留聲機等新的科學技術和文明。需多數的外國人(美國人)流入馬康多了。赫爾伯特先生訪問布恩迪亞家庭。用晚餐中,赫爾伯特先生的奇異舉動。外國人流入8個月之後馬康多迅速發展。被外國人侵害和平的布恩迪亞家庭。在馬康多開始種香蕉樹。看到美女雷梅迪奧斯的外國男人的反應。超越一切規律的美女雷梅迪奧斯。和美女雷梅迪奧斯有關的男人都會遭遇悲劇的結局。美女雷梅迪奧斯升天。外國警察對馬康多人做了暴力鎮壓。奧雷利亞諾布恩迪亞上校憤憤不平,準備用自己的兒子組建軍隊。奧雷利亞諾布恩迪亞上校的十六個歲私生子突然被殺,奧雷利亞諾阿馬多爾生存,但他失蹤後沒有人知道他的消息而生死不明。憤怒不已的奧雷利亞諾布恩迪亞上校找到傑里內爾多馬爾克斯上校,請求幫助剷除受到外國勢力支持的腐敗政府。傑里內爾多馬爾克斯上校,他對奧雷利亞諾布恩迪亞上校說,要正視現實與趨勢。
烏蘇拉回憶。其實烏爾蘇拉從何塞阿爾卡迪奧出生時起,就已經失明,但她記住了家裡的一切,保持著固有的洞察力,沒有人知道她就是瞎子。但隨著失誤不斷,烏蘇拉衰老的事實被揭穿。因烏蘇拉衰老而停工一切。亞瑪蘭塔開始預測自己的死亡,並制定壽衣。費爾南達執政布恩迪亞家門,歧視與香蕉公司和外國勢力有關聯的人。爲躲避費爾南達,生活在佩特拉科特斯家的奧雷利亞諾席甘多。不斷舉行派對吃東西,直到危機時刻的奧雷利亞諾席甘多。但他馬上恢復,重新開派對。放棄一切,重新回到小時候製造金魚生活的奧雷利亞諾布恩迪亞上校。爲了給子女們展示好父母的樣子,只在暑寒假期一起生活的費爾南達和奧雷利亞諾席甘多。繼承了喜歡派對的父親血統的美美。烏蘇拉意識到,何塞阿爾卡迪奧席根鐸和奧雷利亞諾席甘多,在薩昌街他們的人生髮生了翻天覆地的變化。奧雷利亞諾布恩迪亞上校外出的某一天,在偶然見到的馬戲團隊伍中,尋找兒時的鄉愁,在父親去世的慄樹下孤獨地死去。
亞瑪蘭塔烏蘇拉出生。因爲美美,奧雷利亞諾席甘多結束了彷徨。由於父親的影響,美美和美國朋友親近。對英語和外國文物也表現出關心。與父親奧雷利亞諾席甘多的紐帶感越來越深。亞瑪蘭塔突然去世。亞瑪蘭塔回憶了對莉貝卡一生都有負罪感的過去。美美愛上與香蕉公司車庫的學徒毛里西奧·巴比洛尼亞。為了跟美美談戀愛,每天偷偷地翻越牆壁的毛里西奧·巴比洛尼亞。美美希望擺脫母親費爾南達的控制。費爾南達要求市長部署警衛兵,說他好像有偷母雞的小偷,被當作小偷的毛里西奧·巴比洛尼亞被警衛兵開槍打死。
卡碧娥用計把巴比隆尼亞殺了，再把美美送到修道院。修道院的一位老修女帶著一個小籃子來訪，籃子裡裝的是美美的兒子倭良諾。卡碧娥為了隱瞞，編造倭良諾是她發現放在籃子裡飄來的，本來想等老修女離開就把嬰兒淹死，但她的良知讓她沒有這麼做，所以她把倭良諾藏了起來。
在倭良諾一歲的時候，發生了香蕉公司工人罷工，他們抗議住宅區沒有衛生設備、沒有醫療服務、工作環境太差，還有公司沒有真正的發薪水給他們。結果卻遭到屠殺，倖存下來的席根鐸在返家後發現沒有人知道大屠殺的事，官方完全封鎖了消息，讓百姓以為罷工的事圓滿結束，但官方依然在抓捕嫌疑分子。他們來到了席甘多的家中搜查，到了席根鐸所在的房間，軍官卻只對夜壺感興趣，似乎沒有看到席根鐸。
連續下了快五年的雨，因為雨下個不停，所以席甘多停止了去找他的姘婦柯蒂絲，席甘多也意外發現了被藏起來的倭良諾，在了解倭良諾的身分後，他接受自己當外公的現實，並好好地照顧倭良諾。而卡碧娥很擔心自己在生下亞瑪倫塔後不可以性交的秘密會被席甘多發現，所以一直找醫生，或是去問年長的易家蘭。但她因為覺得難為情，所以拐彎抹角的道出自己的問題，卻讓易家蘭以為她是腸子出問題。
看到街上狼藉的景象讓席甘多感到緊張他，終於開始擔心在柯蒂絲家的那些牲口的狀況，他趕緊前往柯蒂絲的家，他看到柯蒂絲在處理一具馬的屍體，協助她讓屍體漂走後，柯蒂絲告訴他其他牲口的狀況。他在柯蒂絲家住了幾個月，最後在某次想求歡的時候，被柯蒂絲潑了冷水，讓他明白他們都已經老了。不久後他就回家了，但家裡的食物一天一天地減少，當卡碧娥告訴席甘多糧食不夠時，席甘多卻只是敷衍了事。因為席甘多的不重視和一堆的生活瑣事把卡碧娥的理智壓垮，讓她變成天天抱怨的怨婦。有天，席甘多忍受不了，對她發脾氣後，她才意識到自己的嘮叨的不好。
而雨季亞瑪倫塔和倭良諾快樂的時光，他們開心地玩耍、搗蛋。而易家蘭漸漸分辨不出現在與過去發生的事情。
席甘多為了找出被藏起來的財產陷入瘋狂，再也不顧孩子，也不按時吃飯，即便已有預言說要「等到連三年的六月不下雨，財產才會出現」，他仍然繼續嘗試尋找財產的下落，再無數次的失敗後，他漸漸相信預言，但他依舊不肯放棄的繼續挖掘。終於等到雨停的那天，席甘多走出家門，去看小鎮的變化。
下了多年的雨停後，易家蘭恢復些許的理智，想重整家風，而席甘多與柯蒂絲透過彩票維持生計，兩人也發現此時的相處方式比起以前更加的舒適。不久後，易家蘭過世，鎮上的鳥也跟著死去，神父說鳥的死亡是因為怪獸「流浪的猶太人」造成，起初大家不相信，結果最後真的抓到了一個怪物。
吉普賽人歸來，他們發現小鎮變得荒蕪。教會指派新神父，希望能改善小鎮的風氣，結果不到一年的時間，新來的神父也變得懶散。
席甘多怕自己在死前還無法存夠錢讓女兒去布魯塞爾讀書，所以拚了命賺錢，最後甚至把土地當作摸彩的禮物，讓群眾有興趣買摸彩券。再送走女兒後，席甘多與席根鐸相繼去世，卡碧兒不讓柯蒂絲見席甘多最後一面，甚至還出言羞辱她。
席甘多和席根鐸去世後，倭良諾在與麥魁迪的幽靈對話，他開始學習梵文，試著翻譯麥魁迪遺稿，而柯蒂絲每周都會送一籃食物到邦家，這個舉動一直持續到卡碧娥去世。
匹達黛決定離家，倭良諾接替她在廚房的工作為卡碧娥準備食物。卡碧娥是以子女回家的日期來記時間，但子女一直不歸家，她也漸漸搞不清楚日期。