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在當夜的宴會前，曼海姆管弦樂團理事會的成員責備富特文格勒“缺乏愛國情操”。富特文格勒憤而離席，轉去與貝塔·蓋斯瑪及其母親一起共享晚餐。富特文格勒更愿意和他的“猶太朋友”，而非納粹當局共度一夜，這件事引起了軒然大波。富特文格勒隨后更拒絕再在曼海姆指揮音樂會，直到21年后的1954年。
1934年，富特文格勒公開將希特勒稱為“人類之敵”，并宣稱眼下的政治處境是“Schweinerei”的（“可恥”，字面意思為“像豬一樣可鄙”）。1934年11月25日，富特文格勒在《》（''Deutsche Allgemeine Zeitung''）上發表了公開信《欣德米特案》（''Der Fall Hindemith''），以此支持被納粹列為“頹廢藝術家”的作曲家保羅·欣德米特。盡管納粹禁止上演欣德米特的，富特文格勒還是指揮了這部作品。是次音樂會好評如潮，但也引發了一場政治風暴。納粹黨（尤其是頭號種族理論者阿爾弗雷德·羅森貝格）發起了一場針對富特文格勒的密謀，而富特文格勒辭去了所有的官方職位，包括納粹國立音樂學院的第一副院長和普魯士聯邦議會的職位——但戈林拒絕他從議會辭職，而戈培爾則強迫富特文格勒辭去了所有的藝術職位。
富特文格勒決定離開德國，但被納粹阻止。納粹意圖借此機會“雅利安化”柏林愛樂及其管理層。樂團內大多數的猶太藝術家借由富特文格勒的幫助離開德國，在國外另尋職位。富特文格勒幾個月里一直要求與戈培爾會面，要當局澄清自己現在的處境，但遭到拒絕。與此同時，許多人——不只是樂團里的音樂家，都懇求富特文格勒不要離開德國，不要拋棄他們。與此同時，戈培爾明確指出，要是富特文格勒離開德國，就永遠都別想回來，以此威脅富特文格勒可能與他非常親密的母親和孩子永別。富特文格勒覺得自己應對柏林愛樂和家庭負責，所以選擇留在了德國
1935年2月28日，富特文格勒見了戈培爾一面。戈培爾把富特文格勒看作是和理查·施特勞斯和漢斯·普菲茨納一樣的“國家財富”，想把他留在德國。戈培爾要求富特文格勒公開宣誓效忠新政權，但富特文格勒拒絕了。戈培爾轉而要求富特文格勒公開承認現在主宰文化政策的是希特勒，富特文格勒接受了：像希特勒這樣的獨裁者，事實上主宰著這個國家的一切。但富特文格勒也強調，當局必須公開自己與現行的文化政策無關，他是一位非政治的藝術家，不會擔任任何官方職位。戈培爾也接受了這樣的妥協，與之達成了口頭協議。戈培爾也發表聲明，稱富特文格勒關于欣德米特的文章與政治無關，純粹是出于藝術，而希特勒則是主宰德國文化政策的人。戈培爾并未披露協議的第二部分。雖然富特文格勒沒有堅持再次公開宣布，明確表示戈培爾向他保證不必參加正式音樂會，沒有意識到這樣做的象征性所具有的重要意義，但是這樣的“協議”很大程度上得到了遵守，因為在戰后的去納粹化審判中，對富特文格勒的指控中也只有他指揮過的兩場官方音樂會。
納粹的其他領導人對這樣的妥協并不滿意，他們認為富特文格勒并未屈服。如阿爾弗雷德·羅森堡認為這樣的妥協是對國家社會主義的直接挑釁，因為富特文格勒根本沒有為他對納粹政策的無數批評道歉，他要求富特文格勒公開道歉，卻沒有成功。而想把富特文格勒留在德國的戈培爾對這樣的妥協已經滿意，他甚至在日記中嘲笑“藝術家的天真真是難以置信”。
現在希特勒給富特文格勒簽發了新的護照。四月兩人又一次會面時，他還批評富特文格勒對現代音樂的支持，還讓他暫時停止日常指揮——除了已經計劃好的在拜羅伊特的演出。不過，希特勒也做出了一些讓步：他同意富特文格勒不會擔任官方職位，只作為“個人藝術家”活動。但希特勒拒絕將此公之于眾，他覺得這會“有損國家聲譽”。
富特文格勒開始重回舞臺。1935年4月25日，他指揮柏林愛樂上演了一出致敬貝多芬的曲目。許多在他離開期間實行抵制、遠離音樂廳的觀眾都來支持他。謝幕時觀眾呼喚他返場多達十七次。5月3日，富特文格勒原定將指揮同一曲目，但演出開始之前他在更衣室里被告知，希特勒及其全部黨羽都將出席這次音樂會，并命令他行納粹禮歡迎希特勒。富特文格勒為此大發雷霆，甚至扯掉了暖爐上的木板。樂團經理弗朗茲·加斯透（Franz Jastrau）于是建議富特文格勒上臺時右手一直握著指揮棒。富特文格勒采納了這一計策，握著指揮棒直接邁進音樂廳，立刻開始演出，而不顧所有的納粹高官都在行納粹禮。這樣的冒犯讓希特勒始料未及，但他沒有發作：這位大獨裁者坐了下來，音樂會繼續進行。
音樂會結束時，富特文格勒依然右手緊緊攥著指揮棒。希特勒明白了當下的情況，躍上舞臺，充滿感情地伸出了手，含義十分明顯——這樣的事情在之后的音樂會上再次上演，而納粹安排的攝影師早就準備好了要捕捉這一幕：戈培爾將富特文格勒和希特勒握手的著名照片散播得到處都是，以此達成自己的目標：將富特文格勒留在德國，同時給那些不明真相的人（尤其是身處國外的人）留下富特文格勒已經支持新政權的印象。
1935年，富特文格勒在日記中寫道，納粹的種族意識形態，和真正的德國文化——屬于席勒、歌德、貝多芬的文化，完全是背道而馳。他在1936年補充道：“活在今天已經不止是勇氣的問題”。
1935年9月，納粹黨員、男中音奧斯卡·約里（Oskar J?lli）向蓋世太保舉報，稱富特文格勒曾說過“只有把當權者都槍斃，德國才會有變化”。富特文格勒被希特勒禁止指揮數月，禁令直到1936年1月富特文格勒的五十大壽才得以解除。除了準許再度指揮之外，希特勒和戈培爾還為他準備了壽禮：希特勒開出一份40000帝國馬克的年金；而戈培爾準備了一根象牙黃金指揮棒。這兩份禮物都被富特文格勒拒絕。
這時，紐約愛樂樂團（NYPO）向富特文格勒發出了邀約，邀請他擔任下一任首席指揮，這在當時的國際音樂界是最為名利雙收的職位。樂團的現任首席指揮阿爾圖羅·托斯卡尼尼也曾說過，富特文格勒是唯一能繼承他的人。富特文格勒接受了這一職位，但他和NYPO之間的電話遭到了蓋世太保的竊聽。正當富特文格勒就要成行的時候，聯合通訊社的柏林分部在戈林的指示下泄露了一條消息，暗示富特文格勒即將被重新選為柏林國立歌劇院和柏林愛樂的音樂總監。這則消息引起了紐約的反富情緒：看起來這位指揮家現在支持納粹黨了。富特文格勒讀到了紐約的報道，決定不再接受那里的職位，但他也沒有接受柏林歌劇院的職位。
富特文格勒在三十年代海外巡演時邀請了猶太和其他“非雅利安”的音樂家，他1943年在巴黎指揮瓦格納歌劇時亦是如此。文學教授漢斯·梅耶是一位被驅逐出德國的猶太共產主義者。據他戰后回憶，在這些音樂會上，富特文格勒總是故意挑選出一支幾乎全是由猶太人，或者被驅逐出德國的人所組建的樂團。與之相仿的是，富特文格勒在1937年巴黎世博會上演出了一系列瓦格納的歌劇，大獲成功。戈培爾在德國的媒體上大肆宣傳富特文格勒和瓦格納在巴黎大受歡迎，但造就了富特文格勒巴黎奇跡的，是一群被德國流放的人，其中更是有很多猶太人，他們遷居巴黎，將富特文格勒視為德國內部反納粹的代表。與此同時，納粹其實注意到，并指責富特文格勒的國外巡演并沒有帶來收益，起先他們認為是富特文格勒個人揮霍掉了，隨后才意識到富特文格勒是把巡演的收入捐獻給了在外的德國移民。戰后有許多德國移民都表示，富特文格勒對他們傾其所有，幾乎掏空了自己的“最后一分錢”。富特文格勒總是拒絕行納粹禮、拒絕指揮納粹黨歌。當他指揮柏林的管弦樂團出國演出的時候，這樣的事情似乎無法避免——于是在1935-1939年間，英國和法國的觀眾會發現，音樂會開始的時候，富特文格勒會讓自己的弟子漢斯·馮·本達（Hans von Benda）代為執棒，只在開場結束后才進入廳室。
1936年，盡管與的關系不佳，富特文格勒還是重又在拜羅伊特執棒，這還是1931年后的頭一遭。他指揮了新設計的《羅恩格林》（這還是1909年以來拜羅伊特第一次上演這出歌劇）。希特勒先前保證這出戲的制作在費用上不是問題，因此其服裝和布景的宏大華麗，在拜羅伊特史上都是前無來者的。希特勒和戈培爾都出席了此屆音樂節，并視圖迫使富特文格勒接受一個官方職位。富特文格勒和希特勒在溫妮弗蕾德·瓦格納位于拜羅伊特的家中會面。作曲家理查德·瓦格納的外孫女，反納粹的見證了這一幕：
我記得希特勒轉向了富特文格勒，告訴他現在必須為黨的宣傳出點力，而富特文格勒直截了當地拒絕了。希特勒勃然大怒，并威脅富特文格勒要把他投入集中營。富特文格勒冷靜地回道：“要真是如此，總理閣下，至少我在那里會遇到很好的同志。”希特勒無言以對，離開了房間。
富特文格勒抵制了1936年的柏林奧運會，并在接下來的冬季取消了所有公眾活動，專心作曲。1937年，他回到柏林愛樂，帶領樂團在喬治六世的加冕禮和1937的巴黎世博會上演出。在巴黎，他拒絕指揮納粹黨歌，也不出席納粹官員的政治宣講。
和拜羅伊特不同，薩爾茨堡音樂節被看作是“自由世界”的節日，是反納粹藝術家聚集的中心。希特勒禁止所有的德國音樂家前往演出。1937年，富特文格勒受邀在薩爾茨堡指揮貝九。盡管希特勒和戈培爾強烈反對，富特文格勒還是接受了邀請。等他回到拜羅伊特音樂節的時候，他和溫妮弗蕾德·瓦格納的關系更差了。在1943年之前，富特文格勒沒有再出席拜羅伊特音樂節。他寫了一封信給溫妮弗蕾德，并抄送了希特勒、戈林和戈培爾，斥責她在選擇演員時不考慮藝術，只考慮種族，是完全背叛了瓦格納的遺產，并且還“寄信于獨裁政權的力量”。希特勒對這樣直接的批判立刻作出了反應：他想要永遠禁止富特文格勒出席拜羅伊特音樂節。戈培爾在1937年的日記里寫到，富特文格勒一直在幫助猶太人、“半猶太人”和“他的小欣德米特”。對納粹領導人，尤其是希特勒來說，現在是時候要找到一個能替代富特文格勒的人了。
納粹領導人開始尋找能和富特文格勒相抗衡的指揮家。年輕的赫伯特·馮·卡拉揚頗有才華，出現在了第三帝國的視線里。卡拉揚很早就加入了納粹黨。相比富特文格勒，他更愿意加入新政權的宣傳工作。
富特文格勒出席了幾場卡拉揚的音樂會，稱贊其技術上的天賦，卻也給出了指揮風格上的批評。他并沒有把卡拉揚當作是一個嚴肅的對手。不過，當卡拉揚于1938年末在柏林指揮貝多芬的《費德里奧》和瓦格納的《特里斯坦與伊索爾德》的時候，戈林決定主動出擊，指示音樂評論家寫了一批樂評，題為《卡拉揚奇跡》，明顯是在碰瓷富特文格勒年少時在海因姆指揮的“富特文格勒奇跡”。努爾稱贊卡拉揚道：“這位三十歲英杰的演繹，足以讓我們五十歲的大師嫉妒。”文章旁邊就是富特文格勒的照片，言下之意十分明顯。
這些文章不過是攻訐富特文格勒的冰山一角。納粹的媒體批評他是“十九世紀的人”，其政治理念已經過時，無法理解接受德國的新變化。富特文格勒對這樣的情況忍無可忍，他讓戈培爾保證會停止這些攻擊。
1937年，富特文格勒前往英國巡回演出，期間他第一次錄制了自己對于貝多芬第九交響曲的詮釋，還和著名的及一起灌錄了大量的瓦格納歌劇精粹，甚至還有一些唱片是三人合力的產物。這些錄音的價值非同凡響，可說得上是二十世紀最佳的瓦格納演繹。《羅恩格林》中飾演艾爾莎
1938年，對猶太人系統性的暴行愈演愈烈，最終爆發了“水晶之夜”。社會的黑暗對富特文格勒影響很大，貝塔·蓋斯瑪在巴黎見到富特文格勒，稱他“極度失落”。富特文格勒的心境也反映在他的棒下。是年錄制的柴可夫斯基第六交響曲辛辣犀利地揭露了當時的社會現實，而當時的評論家卻一致認為，現實遠沒有富特文格勒在音樂中表現的那么悲愴、悲劇。富特文格勒當時陷入了極度的抑郁，幾近自殺。在同年《帕西法爾》錄音中，他也表現出了同樣的消沉。薩米·海波拉如此描述富特文格勒棒下的柴六：“末樂章尚有希望的一瞥，但巨大的悲劇即將讓整個世界陷入至暗時刻，而觀察家們則不得不承認，富特文格勒已經預言了這一切的到來。”
富特文格勒起先非常贊同1938年3月12日的德奧合并。但他迅速意識到納粹領導人“吞并奧地利文化”的決定是要廢除奧地利一切獨立的文化活動，將其轉到柏林。德奧合并后，富特文格勒發現金色大廳里掛起了巨大的納粹萬字旗。他當即拒絕指揮維也納愛樂樂團，“直到這面旗子從大廳里撤下”。旗子最后從廳里移走了。
戈培爾想要徹底取締維也納愛樂樂團，并將維也納國立歌劇院變成柏林國立歌劇院的分支、將薩爾茨堡音樂節并入拜羅伊特。此外，他還想沒收維也納音樂之友協會的珍藏，將其全部搬到柏林——這可是世界上最大的音樂收藏。希特勒打算否認奧地利有自己的、獨立于德國的文化。奧地利音樂界懇求維也納音樂之友協會的名譽主席——富特文格勒幫助他們。
富特文格勒為其奔走，想要說服納粹領導人放棄計劃。據歷史學家記載，富特文格勒在這段時間常常在德國領導人出席的情況下指揮音樂會（通常是與VPO合作），以此保全樂團。他還在柏林與維也納為希特勒組織了幾場奧地利音樂的音樂會，以此強調奧地利的文化。納粹的領導人想要利用這一機會，于1938年邀請富特文格勒，在紐倫堡為納粹的黨大會指揮維也納愛樂樂團演奏瓦格納的《紐倫堡的名歌手》。富特文格勒答應指揮，但要求演出不能是黨大會的一部分。希特勒最終接受了富特文格勒的條件：音樂會將在9月5日舉辦；而政治活動將于翌日早上正式開始。這次音樂會，再加上1942年時希特勒的生日音樂會，在戰后為富特文格勒招致巨大的批評。然而，富特文格勒還是成功地避開加入黨大會，并保全了維也納愛樂樂團和整個維也納、以及維也納國立歌劇院的音樂珍藏。他還說服了希特勒和戈培爾，讓卡爾·伯姆擔任維也納國立歌劇院的音樂總監。除此之外，富特文格勒和在柏林愛樂時一樣，一直保護著維也納愛樂中的“半猶太”成員，或者伴侶是“非雅利安人”的人，直到戰爭結束，這在整個德占區都是難得的例外——不過，和在柏林愛樂不同的是，對于“純種”猶太人，富特文格勒此時無能為力。他們難逃迫害，有相當一部分死在了集中營里。
對于富特文格勒在維也納、布拉格和紐倫堡指揮的音樂會，戈培爾十分滿意，他認為這給德國吞并奧地利和捷克斯洛伐克提供了“文化上的”正當性，在這一時期，他還說過“富特文格勒現在十分愿意出席我給他安排的任何活動……他已經成為了一個徹底的沙文主義者”這樣的話。不過，戈培爾還是忍不住抱怨富特文格勒在幫助猶太人和“半猶太人”，這樣的抱怨貫穿了整場二戰。戈培爾還在日記中寫道，富特文格勒的目標就是不遵守納粹的文化政策。例如，富特文格勒一直在支持薩爾茨堡音樂節，以此對抗納粹政權的拜羅伊特音樂節。
富特文格勒受1930年代這些事件影響很大，普列伯格稱1939年的他已是支離破碎。1939年2月20日，法國政府授予富特文格勒榮譽軍團勛章，這一舉動也許說明了西方民主國家的政要認識到，富特文格勒在政治上并不認可納粹政權。富特文格勒獲勛的消息在德國被希特勒封鎖。
富特文格勒在戰時一直避免前往被占領國指揮。他說過：“我永遠不會去法國這樣的國家演出——我很愛法國，那樣會讓我自己顯得像一位‘征服者’。我只有在這個國家得到解放之后才會去那里指揮。”盡管納粹嘗試強迫富特文格勒在法國演出，但他都予以拒絕。并說自己只會在法國的邀請下才會去指揮。戈培爾于是強迫法國指揮家查理·明希向富特文格勒發出了個人邀請，但明希在其信件的底部用小字寫道“在德國占領當局的同意下”。富特文格勒當即拒絕了邀請。
富特文格勒確于1940年11月與1944年3月于布拉格執棒。1940年的曲目由富特文格勒親自挑選，其中有斯美塔那的《沃爾塔瓦河》。據普列伯格記載：“這首曲子取自捷克大師聞名遐邇的《我的祖國》套曲……本意是為了鼓勵捷克的愛國者反抗奧地利的統治……富特文格勒選擇《沃爾塔瓦河》不是以身犯險，而是闡明自己的態度——他和捷克被壓迫的人民站在一起。”1944年是德國占領捷克五周年，富特文格勒為此在布拉格的音樂會其實是一場交易：他不想于四月在柏林為希特勒指揮生日音樂會，他在三月（以及1943年4月）的時候向戈培爾提出自己身體抱恙，戈培爾便要求他改去布拉格指揮。富特文格勒選擇的曲目是德沃夏克的第九交響曲。富特文格勒亦于1943年在奧斯陸執棒，他在那里幫助猶太指揮家逃到了瑞典。
在留下自己1938年版本的柴六之后，富特文格勒看似陷入了人生的低谷。但隨著二戰的爆發，富特文格勒的精神狀態又變得不一樣了。在1940年管弦樂版本的中，徹頭徹尾的抑郁已然不見，甚至看不出這是一份當時大環境下的作品。聆聽這份錄音，不能不想到富特文格勒年輕時在希臘學習貝多芬四重奏的日子。彼時的富特文格勒，似乎達到了一種前所未有的精神——這種精神根植于古希臘理想的至高傳統，為德國的交響音樂所繼承。正是這種精神，讓他能堅持下去。戈培爾早就知道富特文格勒的傾向，早在德國知識分子在戰后發明“國產移民”這個術語之前，戈培爾就以此稱呼留在德國境內的不合作者了，他1944年4月的時候寫道：“富特文格勒從來就不是一個國家社會主義者。他甚至對此不加掩飾（……）他甚至就是猶太人和外國移民中的一員，他就是那種“國產移民”（……）他從未改變對我們的想法。”
1942年四月，富特文格勒為希特勒的生日指揮柏林愛樂演出了貝多芬的第九交響曲。這次演出被鏡頭記錄了下來——至少最后的幾分鐘現在仍能在YouTube上看到。演出結束時，戈培爾沖上舞臺，和富特文格勒握手。這次音樂會在戰后為富特文格勒招來了非常嚴厲的批評。其實，富特文格勒先前已在維也納安排了數場音樂會，以此避免在柏林為希特勒慶生。但德軍在莫斯科戰役中失敗后，戈培爾決定在希特勒的生日前夜發表長篇演說，之后再演出貝九，以此鼓舞士氣。戈培爾執意要讓富特文格勒指揮，好讓整場活動趨于完美。富特文格勒拒絕了戈培爾的提議，聲稱自己沒有時間排練，在維也納還另有演出。但戈培爾強迫維也納的組織者放棄活動（有些人甚至受到了身體威脅），取消音樂會，并強迫富特文格勒返回柏林。到了1943年和1944年，富特文格勒會備好假的醫學證明，防止這樣的情況再度發生。
時至今日，眾所周知的是，富特文格勒一直在利用自己的影響力幫助猶太人逃離第三帝國的魔掌——他救助的不止是音樂家，還有許多圈外人士。他成功地從達豪集中營里解救了指揮家的侄子，。他救下的猶太人還有弗萊什·卡羅伊、約瑟夫·克里普斯和作曲家阿諾德·勛伯格。
戈培爾想讓富特文格勒參演納粹的宣傳電影《愛樂樂團》，并以此作為賣點，但遭到富特文格勒的拒絕。電影完成于1943年12月，其中展示了許多和柏林愛樂有聯系的指揮家，包括歐根·約胡姆、卡爾·伯姆、漢斯·克納佩茨布施、理查德·施特勞斯——但沒有富特文格勒。戈培爾還要求富特文格勒在一部有關貝多芬的電影中執棒，以作宣傳之用，他們二人為此大吵了一架。富特文格勒告訴戈培爾：“部長先生，要是你認為自己能在這部電影里利用貝多芬，那你真是大錯特錯了！”戈培爾最終放棄了這部電影的計劃。
據溫妮弗蕾德·瓦格納（著名的反納粹者）回憶，自己在戰時和母親弗林德里德·瓦格納對話時提到，希特勒從未信任過富特文格勒，戈林和戈培爾對富特文格勒一直在幫助自己“不理想的朋友”感到非常不滿。不過，為了感謝富特文格勒在柏林遭到空襲時依然沒有離開，希特勒命令阿爾伯特·施佩爾為其一家建造防空洞。富特文格勒予以拒絕，但未果。施佩爾稱，富特文格勒曾在1944年12月問過他，德國是否還有可能贏得戰爭。施佩爾對此表示悲觀，并建議富特文格勒逃往瑞士，躲避可能的納粹清算。富特文格勒是1944年唯一沒有在《我們與希特勒同進退》文件上簽名的重要的德國藝術家。
如果說富特文格勒在1942-1943年間的錄音依然蓋上了悲劇的印記，至少它們并不像1938年的柴六那樣充滿絕望。恰恰相反，這些錄音邁向了另一個偉大的維度，這種趨勢隨著戰爭的進行、世界的坍圮而越演越烈，直到1944-1945年間達到高潮。彼時，悲劇已全然不見。若將他1942年布魯克納第七交響曲的慢板樂章、與1944年的慢板樂章，拿來于1938年的柴六對比，這份感覺就尤為明顯。柴六留下的是一片虛無，而布七、布八雖然也給人悲劇的感覺，但基調還是雄壯恢弘的。1942的作品還只把希望藏在底色中，而到了1944年的慢板樂章，富特文格勒看起來固然接受了毀滅和死亡，但在樂章的結尾，“一切豁然開朗”。其中蘊含的精神力量無疑需要無盡的希望才能迸發出來——這在富特文格勒1944年的貝多芬第三交響曲“英雄”中尤為明顯，這次演繹甚至被贊為“最偉大的交響曲詮釋”。非常可惜的是，富特文格勒棒下這次最為偉大的第二樂章，《葬禮進行曲》，沒能留下錄音。但這次與死亡的偉大對話，已然超越了德國表現主義的范疇，給人的感覺反倒頗像倫勃朗的畫作——強大的精神力量呼之欲出，其中的美感是如此的廣袤，超越了形式的束縛。安德烈·圖布夫如此評價1944年的錄音：“其中蘊含的古典主義是如此的精妙絕倫，織體高貴典雅，有如磐石，間或又侵略如火；諧謔曲以進行曲的節奏將能量迸發出來，叫人‘身臨其境’，不能自拔。”
1942年，隨著錄音技術的發展，富特文格勒也開始灌錄更多的唱片，其中有一些堪稱二十世紀最偉大的錄音，包括傳奇的布魯克納第七交響曲慢板樂章、和埃德溫·費舍爾合作的勃拉姆斯第二鋼琴協奏曲、、舒伯特第九交響曲“偉大”、理查·施特勞斯的《提爾惡作劇》——當然，還有不能不提的貝多芬第九交響曲。這次演繹有但丁式的宏大，談及第一樂章時寫道：“富特文格勒爆發出令人心悸的洪荒之力，無人能及。”
在音樂評論家眼中，是次貝九的慢板樂章，成為了富特文格勒藝術的“巔峰”。雷尼·特雷民評論道：“這一慢板樂章已超越人類所能及的極限，是富特文格勒的巔峰之作——猶如其（1944年在維也納的）《英雄交響曲》中的“葬禮進行曲”（第二樂章）。”在談及終章330小節處的極強和隨后不成比例的高潮時補充道：“（這是）上帝之境，只有這樣的演繹才配得上貝多芬，其力度可與米開朗基羅的西斯廷禮拜堂相比。”
1943年，富特文格勒錄制了《科里奧蘭序曲》、勃拉姆斯的第四交響曲和《海頓主題變奏曲》，以及貝多芬的第五交響曲——尤其是貝五，其第三、四樂章之間的遷躍可名列音樂史上最偉大的神來之筆。
在完成貝五的四個月后，富特文格勒又錄制了貝多芬的第七交響曲。哈里·哈爾布雷希對第二樂章是這么評述的：“顯而易見的完美從第一個小節就支配了我們，怎么會有人懷疑速度是不是正確？這表達充滿感情，非常靈動，毋庸置疑...中提和大提的的樂句劃分美得令人難以置信，其聲如洪鐘...小提琴在顫音中表達出來的莊嚴也是一樣...他回到第二主題的時候比第一次更為動人、抓耳。”至于終章，樂評家則寫道：“這是富特文格勒最偉大的演繹之一…他重演了自己1943年六月在貝五上的奇跡…最后的漸變拒絕了一切敘述，地獄的風暴令人窒息…在此之上，情感的爆發讓人們暫時逃離了暴君的獨裁鐵拳。”、“‘我是為普羅大眾研磨佳釀的酒神，是我讓蕓蕓眾生感受到神力帶來的靈魂激蕩’”、“貝多芬就應當是如此的動人心弦。就像1943年秋日一樣，富特文格勒將這份神力帶來的靈魂激蕩展現在了我們眼前。”富特文格勒還在1943年的拜羅伊特音樂節上和馬克斯·洛倫茨一起合作了瓦格納的《紐倫堡的名歌手》。
1944年9月，富特文格勒被列入納粹的“”名單，隨后又于12月因其與德國抵抗運動的關系而被移除——他和7月20日密謀的組織者有很深的聯系。在戰后的去納粹化審判中，富特文格勒也交代，盡管沒有參與，他確實知道會有人組織暗殺希特勒。富特文格勒和克勞斯·馮·施陶芬貝格很熟悉，而他的醫生約翰內斯·路德維希·施米特（曾幫他出具許多偽造的醫學證明，以此幫助他逃過納粹的官方要求）更是克萊稍集團的一員。富特文格勒的音樂會有時會被抵抗運動選作碰頭的場合。曾參與組織7月20日密謀的魯道夫·培切爾在戰后對富特文格勒說：“我們抵抗組織的人都明白，在音樂界，你是唯一一個真正抵抗的人，你就是我們之中的一員。”克萊稍集團的另外一員格拉夫·寇尼茲也稱：“富特文格勒的音樂會就是我們的家庭聚會。”
1944年底，柏林和維也納遭到盟軍的轟炸，音樂廳接連被毀。這是富特文格勒戰時最后一段時間的執棒演出。這些演出大都“沒有觀眾”，而是之后通過廣播放送。難以想象，在末世的背景下身處空蕩蕩的大廳，指揮著自己僅剩的樂手，富特文格勒會是何種心境。在第三帝國行將滅亡的背景下，富特文格勒留下了一批最高質量的錄音，包括貝多芬第三交響曲“英雄”、舒伯特第八交響曲、《費德里奧》第三號序曲、貝多芬第六交響曲，以及布魯克納的第八、第九交響曲。有些評論家甚至稱之為“二十世紀最偉大的交響錄音。”1945年初，富特文格勒在維也納演出了弗蘭克的和勃拉姆斯的第二交響曲之后，得知蓋世太保將要逮捕自己，在千鈞一發之際逃到了瑞士。1945年，蘇軍攻克柏林，俘獲了富特文格勒和柏林愛樂的一批錄音。這批錄音直到八十年代晚期才又重見天日。
第三帝國滅亡后，盟軍針對納粹展開了反人類和戰爭罪行的清算，其規模史無前例。部分瑞士媒體把矛頭對準了富特文格勒，指責他戰時依然留在德國。雖然富特文格勒從未加入過納粹黨，但在冷戰的背景下，富特文格勒依然要經過去納粹化委員會的審查。
1946年2月，富特文格勒在維也納和猶太音樂家、作家庫爾特·里斯會面。里特在1933年從德國逃到瑞士，在那里為美國媒體撰寫文章。他曾認為富特文格勒是納粹的一員，并抵制他在瑞士的指揮。但里特在和富特文格勒見過面、又閱讀了所有相關的文獻之后，完全改變了自己的看法。里斯意識到富特文格勒不僅從未加入過納粹，還幫助很多猶太血統的人避難，于是他成為了富特文格勒的“去納粹化顧問”，在接下來的兩年間花費了大量時間，盡一切可能還富特文格勒清白。兩人由此締結了長期的友誼。正如羅杰·史密斯在其《富特文格勒，寂靜歲月（1945-1947）》結尾所寫的那樣：“毋庸置疑，富特文格勒能重返指揮臺，很大程度上要歸功于庫爾特·里斯的巧技和執著。富特文格勒的擁躉實在欠他許多。”
由于里斯本是位記者，所以富特文格勒的本意，是請他在大量文獻的基礎上寫幾篇文章。不過，里斯卻偏向于親自和負責富特文格勒一案的將軍會面。麥克盧爾在見過里斯、讀完他翻譯成英文的文件后保證，不會針對富特文格勒提起嚴肅的訴訟，并承認自己犯了錯誤，富特文格勒其實是“一位好人”。麥克盧爾讓里斯告訴富特文格勒，不要和媒體聯系，避免留下給盟軍施壓的印象。他還說幾周之內就會結案。里斯給富特文格勒發了電報，但不幸的是電報到得太晚了。
就在此時，富特文格勒犯了一個嚴重的錯誤：他前往了當時是蘇聯占領的柏林。蘇聯以一國元首的禮儀招待了富特文格勒，想讓這位“全世界最偉大的指揮家”（富特文格勒一案的蘇方代表，阿什伊·茍里加，如此認為）引領柏林的新文化政策。蘇聯細膩地提出想讓富特文格勒擔任柏林國立歌劇院的音樂總監——而這正位于蘇占區內。這下羅伯特·麥克盧爾不得不讓富特文格勒參與一場正式的去納粹化審判。他在電報里向里斯解釋道，要是不這么做，就會讓大家覺得美國在富特文格勒一案上向蘇聯投降了。美國當局也明白，去納粹化法庭必然會判決富特文格勒是清白的；而蘇方則宣稱整場審判毫無意義、“荒謬絕倫”。富特文格勒一心像恢復自己在柏林愛樂的職位——而樂團位于英占區。就這樣，在冷戰的背景下，他不得不面臨一整場去納粹化審判。
于是富特文格勒被要求提交一份去納粹化的聲明。指控本身十分輕微，在1933-1945年間只提到兩場納粹的官方音樂會。富特文格勒聲稱這兩場音樂會都是“強加”給他的，而他拒絕掉的則有六十場。
訴訟中的第一場音樂會是1938年2月3日給希特勒青年團舉辦的。富特文格勒本以為這只是一次讓年輕一代接觸古典音樂的機會。而據弗雷德·普列伯格的記載：“當他（富特文格勒）看向觀眾席的時候，他才明白這場音樂會的觀眾不是穿著校服的學齡兒童。臺下坐的全是顯眼的政治分子。這也是他最后一次為此舉起指揮棒。”
第二場音樂會則是1938年9月5日和VPO一起在紐倫堡于納粹黨大會前夜演奏瓦格納的《紐倫堡的名歌手》。富特文格勒是為了保全VPO才同意指揮這場演出，并且在他的堅持下，音樂會沒有被納為會議進程的一部分。
富特文格勒受到的指控還有他在“普魯士聯邦議會”的榮譽頭銜（他曾于1934年辭職，但被納粹拒絕），以及對“半猶太人”維克多·德·薩巴塔的反猶評論。審判庭主席亞歷克斯·沃格爾是一位著名的共產主義者，他在審判開始時宣稱：
調查顯示富特文格勒并非任何（納粹）組織的一員。并且嘗試拯救那些因種族出生而受到指控的人。他也拒絕了……例如元首禮之類的儀式。
由于BPO在納粹統治時期的藝術總監漢斯·馮·比達（他當然也是一位納粹黨員）極力想要證明富特文格勒（兩位藝術總監之間一直有著聯系）是一位反猶分子，檢方由此覺得其中必有蹊蹺。據比達所說，他曾聽到富特文格勒對另一位音樂家斷言：“像薩巴塔這樣的猶太人永遠無法演繹勃拉姆斯的音樂。”這個故事很快就變得荒誕起來：富特文格勒跟許多猶太音樂家（尤其是他自己樂團里的）都合作過勃拉姆斯的音樂。這整件事都是謬誤或者誤解：富特文格勒興許對薩巴塔根本沒有任何反猶情結，兩位指揮家本就是朋友。另一方面，比達被迫承認，富特文格勒下此“斷言”的時候，他并沒有直接在場。這更證明比達很有可能是出于私怨才這么做的：1939年12月22日，他因為幾次糟糕的演出而遭BPO解職，卻認為這一切的始作俑者是富特文格勒。于是比達想要借助這次訴訟向富特文格勒復仇，更高度支持為富特文格勒夫婦所不喜的卡拉揚。此外，歷史學家普列伯格業已證明，比達在納粹黨政時一直舉報富特文格勒庇護猶太人、反對當局的政策。
在去納粹化審判中幫助富特文格勒辯護的兩位主要人士都是逃離納粹政權的德國猶太人：除了居特·里斯之外，還有他的秘書，貝塔·蓋斯馬爾。這倆人的背景截然不同：貝塔·蓋斯馬爾和富特文格勒私交甚篤，親眼見證了他在納粹上臺初期所做的一切。她于1936年逃出德國，但在戰后回國。而居特·里斯之前根本不認識富特文格勒，對他的態度一開始也頗為負面。蓋斯馬爾為了給富特文格勒辯護準備了數百份材料，其中包括超過80位猶太人和非猶太人的自述，他們都承認富特文格勒救過自己的命。這份名單并不詳盡，但從中足見蓋斯馬爾在此案上找到了一些堅實的證據。這些人里有共產黨、有社會民主黨人，也有從納粹麾下洗心革面的浪子。蓋斯馬爾將這份文件交給了負責富特文格勒一案的羅伯特·麥克盧爾將軍。但就在要上交柏林美占區的將軍之時，這份材料卻神秘地失蹤了。居特·里斯也沒有在華盛頓的檔案里找到這些材料。富特文格勒隨即發現已經沒法證明自己曾幫助過許多人。不過，就在1946年12月17日，也就是審判的第二天，三位猶太后裔趕赴柏林，證明富特文格勒為了拯救他們甘冒生命的危險。這三位中有一位是歌劇導演保羅·赫茲伯格，另外兩位則是愛樂樂團的成員，其中雨果·斯創里澤就如此說道：
我之所以能活到今天，全是拜這位偉人所賜。富特文格勒在德國、在納粹眼皮子底下保護了眾多的猶太音樂家，這份氣魄展示出大無畏的勇氣。歷史會給予他公正的審判。
富特文格勒在審判的最后陳詞中如此說道：“我知道德國已是萬分危急，而我自覺對德國音樂負有責任，我需要在這場危機中盡我所能地活下去。我確實擔心自己的藝術會被誤作宣傳之用，但有些東西比這更為重要——那就是德國的音樂必須傳承下去，那是德意志的藝術家獻給自己人民的音樂。德意志的人民——巴赫、貝多芬、莫扎特和舒伯特的同胞——即便被統治的政權拖入了全面戰爭，也還是要活下去。只有在那些日子里生活在德國的人，才能公正地看待這一切。難道托馬斯·曼（他批評了富特文格勒的行為）當真相信，‘在希姆萊的德國’人們不該演奏貝多芬嗎？他難道意識不到——生活在希姆萊恐怖之下的人們，比以往都更需要聆聽貝多芬和他自由與人類之愛的篇章？與他們同在，我并不后悔。”
檢方最終承認，針對富特文格勒反猶主義和同情納粹的指控不成立。富特文格勒在任何程度上來說都是清白的。盡管法庭已經宣判富特文格勒無罪，托馬斯·曼依然批評富特文格勒在納粹統治期間在的德國指揮，并認為他相信藝術在第三帝國的統治下可以無關政治是錯誤的。在曼看來，第三帝國這樣的政權必然會將藝術作為一種宣傳手段。然而，曼在一封致《建構》雜志編輯的信稿中稱贊富特文格勒幫助了許多猶太音樂家，并認為他是一位“卓越的音樂人”、但曼最終還是把富特文格勒當作了反面典型，認為他十分嚴重地”沒有也不愿意去了解到底是什么樣的政權掌控了德國。”
有許多猶太音樂家對富特文格勒懷有好感，其中包括阿諾德·勛伯格、、內森·米爾斯坦——當然還有耶胡迪·梅紐因。1946年二月，梅紐因給麥克盧爾將軍寫電報提到：
除非您有什么不為人知的秘密證據，足以證明富特文格勒是納粹黨羽的指控，否則我不得不對您對他的禁令致以最為嚴重的關切和擔憂。此公絕非納粹黨員。他無數次地甘冒犧牲自己生命和名譽的風險，以拯救自己的朋友和同儕。一個人只是留在故土，又何罪之有？除此之外，您作為一名軍人，更應該知道堅守崗位比一走了之更需要勇氣。他挽救了德國文化最珍貴的東西，為此我們都欠他許多……要是讓富特文格勒成為我們罪行的替罪羊，那顯然是懦弱而不公正的，對此我深信不疑。
1947年，認為富特文格勒戰時無罪的耶胡迪·梅紐因來到柏林，與其一同演奏貝多芬的小提琴協奏曲。音樂會結束時的情景被照片記錄下來：德國指揮家和猶太小提琴家熱情握手，共同面對來自世界各地的觀眾，有著極強的象征意義。在這張照片上，富特文格勒臉上洋溢著喜悅，和他納粹時期的影像中無時無刻的極度嚴肅形成了鮮明的對比。這兩位藝術家建立了長久的友誼，并共同灌錄了許多經典唱片，比如1947年琉森和1953年倫敦的貝小協、1949年的勃拉姆斯小提琴協奏曲、1953年的巴托克，以及1952年標志性的門德爾松小提琴協奏曲。這一系列錄音被視為梅紐因生涯的巔峰之作，他在1989年7月寫道：
在那個人人自危的時刻，他卻幫助了許多音樂家和作曲家，欣德米特說他就是音樂家的典范……我三生有幸，在戰后倏爾就見到了這位高貴偉大的德國傳統的化身。在柏林戰后的廢墟迷霧中，和他一起探索新德國的音樂之始，真是一件無比崇高的事業……他真的“找回”了大量的時間，對他而言，時間就是用來打磨音樂的……在他的演出中，作品變得鮮活而自由，音樂家也獲得了新的靈感。1948年，富特文格勒受邀指揮芝加哥交響樂團，卻遭到了一大批在北美活動的音樂家的（其中包括托斯卡尼尼、喬治·賽爾、尤金·奧曼迪、亞沙·海菲茲、伊薩克·斯特恩、弗拉基米爾·霍洛維茨、格里戈里·皮亞季戈爾斯基、阿圖爾·魯賓斯坦、等人）。據《紐約時報》報道，霍洛維茨曾說他“已經準備好原諒那些別無選擇、只能留在德國工作的小蝦米”，但富特文格勒“多次出境，只要他想，本可以出去”。魯賓斯坦也在電報里提過類似的話：“富特文格勒要是和他說的一樣民主，早就離開德國了。”梅紐因對這次抵制頗為不滿，宣稱這其中有幾位曾對他承認，他們之所以組織這次抵制，只是為了不讓富特文格勒涉足北美。
在去納粹化審判期間，富特文格勒被禁止指揮，于是他專心作曲，在這段時間內完成了自己的，并開始創作。
富特文格勒經常指揮理查·施特勞斯的作品，卻也對其持保留意見。1947年，施特勞斯正處彌留之際，其境遇也和富特文格勒相仿：盡管他厭惡納粹，戰時卻還是留在了德國。富特文格勒非常欣賞施特勞斯的最后兩部作品。其一《變形》交響詩堪稱作曲家最受好評的交響作品。富特文格勒1947年在柏林指揮的版本恢弘偉大，足見兩位音樂家的結合有多么緊密。同年富特文格勒還指揮了理查·施特勞斯的《唐璜》，亦是一次不朽的演繹。施特勞斯于1949年9月去世，不久之后的1950年5月22日，富特文格勒在倫敦指揮愛樂樂團與女高音完成了《最后四首歌》的世界首演。
1948年，富特文格勒前往英國巡演，期間排練勃拉姆斯第四交響曲的末尾被拍攝記錄了下來，影片至今可見。富特文格勒在漢堡錄制了自己的，這份錄音足證富氏身為作曲家也同樣偉大。安東·布魯克納對他的影響頗深，但他作曲的結構完全是德國傳統，而非奧地利式。作曲家阿爾蒂爾·奧涅格評價富特文格勒的作品時說：“能寫出這樣豐富的樂譜，他毫無疑問是一位偉大的音樂家。”
同年，富特文格勒錄制了兩次巴赫第三套管弦樂組曲，在處理著名的“詠嘆調”（組曲的第二樂章）時，他將速度放得奇慢無比。1949年，富特文格勒錄制了萊奧諾拉第二號序曲，這次貝多芬的詮釋堪稱一座豐碑——他對勃拉姆斯第三交響曲的詮釋也達到了同樣的高度。
1950年，富特文格勒與合作，在斯卡拉歌劇院上演了瓦格納的《指環》。演出大獲成功。富特文格勒清晰地表現出瓦格納不計其數的舞臺發明是如何完美地與音樂融為一體。富特文格勒在自己的文章中闡述了《特里斯坦與伊索爾德》和《指環》之間的不同：前者是一項偉大的統一（這在他1952年的錄音中展現得淋漓盡致）；而指環則是“細節無處不在，每一件事物都是闡釋的載體”。他總結道：“沒有哪部戲（比指環）和音樂結合得更緊密。”正因此，富特文格勒的瓦格納錄音恰是一座寶庫——瓦格納為其神話世界增色所用的每一點音樂細節，都可以在富氏的錄音中找到詮釋。
1950年的薩爾茨堡音樂節還讓富特文格勒對25年藝齡的男中音迪特里希·菲舍爾-迪斯考進行試音，他立刻為其著迷，并將迪斯考納入自己的《指環》班底。他們在次年的薩爾茨堡音樂節上演出了馬勒的《流浪者之歌》，迪斯考由此聞名遐邇。他們之后還有多次合作：1951年勃拉姆斯的《德意志安魂曲》、1952年的《特里斯坦與伊索爾德》、1954年巴赫的《馬太受難曲》。1954年，富特文格勒的妻子伊麗莎白曾說過：“在富特文格勒去世后，迪斯考曾寫信給我說，他覺得自己就像是威廉的兒子一樣。”許多年后，迪斯考也承認，富特文格勒是對他影響最大的指揮家。”
也正是在1950年的薩爾茨堡音樂節，富特文格勒和VPO、克爾斯滕·弗拉格斯塔德、、伊麗莎白·施瓦茨科普夫一起錄制了自己最好的《費德里奧》。少頃，維也納開始了紀念約翰·塞巴斯蒂安·巴赫逝世二百周年的活動，其中的重頭戲就是維也納愛樂樂團演奏的第五號勃蘭登堡協奏曲——富特文格勒在其中親自擔綱鋼琴演奏。音樂學家總將富特文格勒稱為“我們這個時代最好的演奏家”。他在觀看是次演出后，立刻給《南德意志報》撰文：“富特文格勒的演奏是如此宏偉，他神秘的特質使其熠熠生輝。他指下的一切都史無前例，每個細節都閃閃發光，聽起來是如此的美麗、自由、浪漫。其他人看音符，只能看出獨立的繁星；而在富特文格勒的凝視下，出現了美妙的星座。”同年，富特文格勒灌錄了亨德爾的大協奏曲，并前往布宜諾斯艾利斯演出。這次南美之行對兩位后世指揮家產生了深遠的影響：其一是卡洛斯·克萊伯，他觀看了每一場演出和排練，印象頗深；其二是丹尼爾·巴倫博伊姆，他被富特文格勒棒下的《馬太受難曲》征服，從此立誓要做一名指揮家。
1951年7月29日，富特文格勒在戰后首屆拜羅伊特音樂節執棒貝九，以示開幕，終章的獨唱女高音正是伊麗莎白·施瓦茨科普夫。是次音樂會標志著德國文化的新生，在很大程度上展現了德國藝術世界的魅力，并告訴世界，德國的政治已經煥然一新。這屆音樂節的主辦人是和兄弟，他們將舞臺現代化了一番。卡拉揚在音樂節指揮了瓦格納的《紐倫堡的名歌手》，漢斯·克納佩茨布施棒下的瓦格納《帕西法爾》則堪稱典范。不過，恰如所言：
這莊嚴的一幕，宏偉的成就，全是富特文格勒造就的：就像1876年，瓦格納親自為音樂節開幕在侯爵歌劇院指揮貝九一樣，在四分之三個世紀后，富特文格勒也以此曲宣告音樂節的開幕。對于這樣一部宏大的作品，富特文格勒給出的解讀比任何人都更為奪目，莊嚴中富含熱情——也不會再有比這更莊重的場合了，錄音就在這里，去聽吧。富特文格勒創造了西方歷史上不可思議的一刻。
不同于1942年的演繹，這一次的“歡樂”更盛。在歡樂頌開始時，富特文格勒先安排了一段幾不可聞的極弱，仿佛音樂是從杳遠之處傳來一樣。接著是一段宏大的漸強，（也就是速度的多樣性）和貝多芬音樂中散發出的歡樂情緒完美結合。富特文格勒在終章要求合唱隊離觀眾盡可能地近：在經歷了二戰的觀眾面前，他想要席勒的文字聽上去仿佛是致以全人類的希望之書。這場音樂會對富特文格勒本人也有極其重要的象征意義。早在去納粹化審判的末期，他就坦言自己留在德國是為了“確保德國的音樂得以延續”。阿諾德·勛伯格也幾乎是在命令富特文格勒“為了拯救德國的音樂世界”而留下來。富特文格勒在拜羅伊特指揮貝九以示開幕，就是為了向世界證明，貝多芬、歌德和席勒的德國，是納粹和盟軍打不倒的。
在生命的最后四年里，富特文格勒留下了一批自己最重要的詮釋：1951年在漢堡的勃拉姆斯第一交響曲和與艾德溫·費雪合作的貝多芬第五鋼琴協奏曲“皇帝”。同年，他在薩爾茨堡音樂節和迪特里希·菲舍爾-迪斯考合作的《流浪者之歌》，正式開啟了這位偉大男中音的職業生涯。不僅如此，富特文格勒還決心排除萬難，在音樂節上演朱塞佩·威爾第的《奧賽羅》。這一舉動甚至可以說是“危險”，因為他“踏入了托斯卡尼尼的領域”。這一舉動引起了軒然大波，所有的威爾第專家都等著看這位德國領袖即將如何演繹威爾第——其中就有亞歷山大·維施尼克，他在音樂節后寫道；
我們知道富特文格勒的貝九無可匹敵，他的費德里奧和特里斯坦我們也早有耳聞。但富特文格勒和威爾第？……富特文格勒的威爾第首秀……是……1951年薩爾茨堡音樂節的高潮……他來、他指揮、他征服……富特文格勒的威爾第有著音樂之外、不可言喻的強大表現力。
古德弗雷德·克魯斯也出席了此屆音樂節，他在1955年寫道：“除了富特文格勒之外，沒有人如此清晰地抓住了威爾第在他最后一部天才杰作中藏著的音樂元素。”富特文格勒的常演曲目也包括俄羅斯的和法國的經典作品。對他而言，音樂是沒有疆界的。
在富特文格勒的最后歲月中，伊麗莎白·施瓦茨科普夫與其十分親密
1952年，富特文格勒與、克爾斯滕·弗拉格斯塔德共同合作錄制了一版傳奇的《特里斯坦與伊索爾德》。特里斯坦的使者庫納文爾由迪特里希·菲舍爾-迪斯考飾演，而伊麗莎白·施瓦茨科普夫則是弗拉格斯塔德的備角。這些名角，再加上愛樂樂團的伴奏。共同造就了音樂史上最偉大的時刻之一。
富特文格勒在1953和1954年的薩爾茨堡音樂節上錄制了幾場莫扎特的《唐·喬萬尼》（其中包括一個電影版本），陣容簡直夢幻，包括伊麗莎白·施瓦茨科普夫、和。富特文格勒為這出莫扎特歌劇營造了悲劇式的結尾，最后的場景堪稱史無前例。1953年，他為施瓦茨科普夫伴奏鋼琴，演出了胡戈·沃爾夫的藝術歌曲。
1953年5月13日。富特文格勒帶領自己的親兵柏林愛樂錄制了一版錄音室的舒曼。關于這個版本，音樂學家在2005年二月如此寫道：
“這次的舒曼第四交響曲堪稱世紀錄音……在歡快的終章之前，是富特文格勒著名的過渡，是他棒下最迷人的漸強。他的詮釋突破可能，足證他的偉大。這樣的大手筆會被音樂學院當作完美的典范記錄下來。切利比達克和卡拉揚都曾在這首曲子上模仿富特文格勒，但漸強到一半就敗下陣來。富特文格勒的詮釋是無與倫比的。”
在生命的最后時刻，富特文格勒百病纏身，聽覺也開始喪失——恰如其父，更像他一生追尋的貝多芬。發現耳聾的癥狀后，富特文格勒非常焦慮、抑郁，這些都反映在1953年1月貝九的第二樂章里。
1954年，富特文格勒灌錄了韋伯的《自由射手》和格魯克的《》的開場部分——還有他在琉森指揮的最后一場貝九（女高音依然是伊麗莎白·施瓦茨科普夫）。這個版本莊嚴、平衡，充滿了克制，表現出他接受了自己即將死亡的命運。第三樂章的柔板帶有一種難以言喻的美，可與他1942年的版本相媲美。顯而易見，倘若富特文格勒的導師海因里希·申克能聽到這樣的演繹，也會對其音樂上的完滿而感到自豪。樂團的定音鼓手伯納蕭告訴薩米·哈巴拉，和富特文格勒一起演奏的貝九第一樂章，是他整個職業生涯中最困難。也最苦盡甘來的體驗。而愛樂樂團的低音提琴手丹尼斯·沃恩也補充道：“對我而言，富特文格勒詮釋貝多芬樂譜的方式，始終難以忘懷……”
同年，富特文格勒與柏林愛樂再度受邀訪美。由于1936年和1948年的舊事，富特文格勒本不愿出行。最終美國政府向德國總理康拉德·阿登納發出官方邀請，稱其對此事負有“個人責任”。最偉大的德國指揮家赴美演出是一件極具政治意義的大事，象征著西德和美國之間的聯盟。富特文格勒最終接受了，演出安排在了1955年。
富特文格勒之墓
1954年9月，最后一次錄制《女武神》之后，富特文格勒在排練自己的第二交響曲的時候發現他再也聽不到最初巴松管的聲線了。這位為音樂而生的指揮家似乎已經失去了活著的樂趣。事情很快就昭然若揭——富特文格勒罹患了肺炎。在那個年代，肺炎本不是什么大病。醫生也向其妻子如此承諾。但在前往巴登-巴登的醫院之前，富特文格勒就對其妻說：“這病會要了我的命，不會很痛苦。不用強留……你看，他們都相信我來這兒能治好，但我自己知道，我就要死了。”醫生在看過病后告訴富特文格勒的妻子：“我必須承認的是，我一走進他的病房，就明白他已經沒有活下去的欲望。他明白自己失去了聽力，并恐懼自己遭遇和貝多芬一樣的命運……我確定的是，沒有醫生能治好不想活的病人。”
1954年11月30日，富特文格勒因肺炎在巴登-巴登于平靜中去世，安葬在海德堡的，他母親的墓穴中。葬禮上有大批藝術家和政治家出席，其中包括康拉德·阿登納。
富特文格勒去世后，作家和導演寫道：
盡管飽受攻訐，富特文格勒仍是一個徹底的德國人，并一直留在德國。他沒有把離開當作反抗，所以會有那么多不了解的人以此指責他，但富特文格勒并不是希特勒和希姆萊的同道，他的同道是貝多芬和勃拉姆斯。
眾所周知的是，富特文格勒并不善于表達自己。據切利比達克回憶，富特文格勒最常用的一句話就是：“啊，聽（音樂）就是了。”就算是在和交響樂團排練的時候，富特文格勒也很少說話，大部分時候只是低聲哼哼。富特文格勒留下的文本非常有深度，但他無法運用哲學家結構化的論辯。這一點即便是《音樂與調子》（富特文格勒作品）的譯者也予以強調：他們聲稱，指揮家在自己的作品中總是用一些非常復雜的結構來老生常談，或者講些邏輯不清楚的東西。他們寫道：“要認識到富特文格勒并不是個‘思想者’——當然他也沒有這么自稱。他在這本書里的言論和別的地方一樣重復，甚至可以是說教的。”
富特文格勒不僅不善言辭，也唯恐陷入省問之中——他在藝術的創造上更注重行動。這或許可以解釋為什么他如此關注瓦格納和尼采之間的關系。尼采在《瓦格納事件》中對這位歌劇作家的批評也令富特文格勒痛苦萬分——尤其是他確實明白瓦格納人性的弱點（富特文格勒早年確實不喜瓦格納，即便是在作曲家的范疇上看來也是如此）。但在私人筆記中，富特文格勒卻越來越站在瓦格納一邊，他在1951年寫道：“尼采對瓦格納的批判，其實是知識分子對幻想家、理智對想象的批判。”在《音樂與調子》中，有關瓦格納事件的最后，他更說：“（理查德·瓦格納）是一位幻想家。也就是說，他比思想家尼采‘更深刻’。”
在富特文格勒看來，瓦格納在藝術上的成就遠超其在人性上的弱點。不難想見，尼采對瓦格納的批判，讓富特文格勒也有切身的感受。他對這一段關系的看法，表明藝術的創造性對他的影響要比理性批判和言語大得多——但富特文格勒同時也對才華橫溢、而人品飽受爭議的瓦格納感同身受。富特文格勒是一位非凡的表演藝術家，但他也知道自己留在德國的決定招致了許多知識分子的批評。托馬斯·曼對富特文格勒的批判，更是和尼采對瓦格納的批判形成了鮮明的對照。曼身為一名德國作家，認為富特文格勒是世上最杰出的指揮家，并自打1933年起，就把自己視為是指揮家的“審問者”，在戰后更是變本加厲。富特文格勒在1946年和1947年曾兩次試圖寫信給曼，解釋自己為什么決定留在德國，想要以此挽回兩人的友誼。但這些書信毫無結果：曼無法原諒富特文格勒沒有站出來直接挺身反抗納粹。他在給富特文格勒的信里留下了著名的一句話：“在希姆萊的德國是不可以演奏貝多芬的。”其實，富特文格勒早就在自己有關《瓦格納事件》的文章中，對托馬斯·曼的批判作出了答復：“理查德·瓦格納和尼采最大的不同就在于他是一位行動家……就像一切用行動來成就自己的人一樣，他和周遭的環境緊密地聯系在一起……必須考慮到真實世界中的‘資料’……他的藝術創作和他的行動緊密聯系在一起，所以他是一位真正的藝術家……至于尼采，他完全不是行動派：簡潔、直接。思想家無法自己選擇材料做成什么事，尤其不能依靠自己做成什么事，只能對外界的事物做出反應。但在這個世界人們成就自己靠的是行動。”
富特文格勒在1941年的此作不僅體現了他的藝術創造性，也直接表明了他對第三帝國的態度：他已經無數次地用自己在音樂會上、而不是私下的行動表明，他反對納粹。
富特文格勒關于瓦格納和尼采的文章，不僅可以一睹他的品性、他和藝術的關系，還能看出他與納粹之間根本性的不同。富特文格勒在1941年的文章中也已經注意到，尼采最終說瓦格納只是個“演員”，尤其批判他在《帕西法爾》中又回歸了基督教。在尼采看來，拋卻了復雜的，卻回歸基督教的瓦格納，只不過是個“喜劇家”。尼采喜歡瓦格納的歌劇，確是因為他對公元前事物的喜好（就像他對前蘇格拉底派的熱情一樣）。對此，富特文格勒給出了清晰的回應：“（哲學家口中）‘真正的’瓦格納在哪里呢？藝術家和詩人總是‘真實’的。無時無刻不是：在《帕西法爾》和《齊格弗里德》這樣不同的作品中，藝術家本身并無矛盾之處。”
富特文格勒當然是站在藝術家一邊——對他而言，作品的理性內容并不重要，真正關鍵的是其藝術維度。瓦格納讓希特勒著迷，不僅是因為其反猶思想，也有他回歸基督教前德國神話的因素。納粹（尤其是其理論家阿爾弗雷德·羅森堡）意欲回到德國神話的軌道上去，并將瓦格納的歌劇視為真正的多神教儀式。這樣一來，希特勒為什么不喜歡巴赫就情有可原了，因為他的作品里有太多的基督教元素，更有甚者，有些作品對舊約的引用和出現的希伯來詞匯，更體現了和猶太相關的背景，遭到納粹的禁止。對富特文格勒而言，這些都毫無意義，巴赫當然是世上最偉大的音樂家之一。指揮家也自始至終和貝多芬綁定在一起，認為他是最偉大的作曲家，是“純粹音樂”的作者——也就是說，讓音樂表達自己，不考慮其他。
誠然，富特文格勒表達自己時有所困難，但占據他主要思慮的還是音樂。音樂學家如此解釋卡拉揚和富特文格勒兩人個性的不同：空閑時的卡拉揚把心思都花在打破自己的體育記錄上，而富特文格勒一心都在演奏音樂和作曲上。富特文格勒一生其實有兩大遺憾：首先，也是最重要的，就是沒能成為全職作曲家；其次，則是沒能成為全職的鋼琴家。他會演奏的曲目有很多，尤其是貝多芬的奏鳴曲和他崇拜的肖邦——他曾告訴：“巴赫是（音樂的）舊約，貝多芬則是新約——在他們之外，只有肖邦。”據伊麗莎白·富特文格勒回憶，她的丈夫時常揮舞雙臂，加上輕哼來指揮無形的交響樂團，而這其實有點尷尬：不明所以的旁觀者會以為大師得了嚴重的職業性抽搐。富特文格勒一直有這樣的習慣，一直到巴登-巴登的醫院，在逝世前不久才告停止。他不再指揮的時候，伊麗莎白立刻就明白，天命已至。
富特文格勒把自己和他人的關系放在藝術的中心位置。盡管他和別人用語言交流有困難，但他可以通過音樂傳情達意。他總是認為作曲和在音樂廳里分享音樂一樣，是一種交流的藝術——更精確一點來說，是“交融”的藝術。富特文格勒往往會用上這個詞在基督教里的本意。他的妻子寫道：“他想要生活在人與人之間的連接中，這種愿望是好的……他告訴我，要是沒有這種愿望，一個音符也寫不下來。他還補充說，在喋喋不休了這么多后，要是有人作曲還是全為了自己，那真是大謬不然。”
這也就是為什么富特文格勒如此重視音樂會、如此重視和聽眾直接建立聯系。迪斯考曾說：“他告訴過我，表演藝術家最重要的就是和聽眾一起，建立起對音樂之愛的連接，在不同的背景、不同的地域和不同感受的人中間，建立其共情。我自己身為表演藝術家，也把這當作是畢生的追求。”
也正因此，富特文格勒不太喜歡錄音，而這本可為他帶來更多的聽眾。直到生命的最后幾年，他才走進錄音室——他稱之為“音樂罐頭”。而這還全是因為音樂制作人華爾特·李格孜孜不怠的騷擾。然而，即便是在錄音室里完成的作品（比如1953年的舒曼第四交響曲），他也拒絕任何技術干擾或是中斷再來。
富特文格勒對音樂交流的重視，也可以解釋為什么他在自己生涯開始的時候，明明大力推崇現代音樂；到了行將就木之時，卻拒絕無調性音樂。他甚至在自己1945年的私人日記里也寫道：“從瓦格納到勛伯格，不是一種進步，而是一種災難。”
富特文格勒強烈懷疑，無調性音樂的起源，是一種對充分交流的拒絕。在一份1954年給阿圖爾·施納貝爾的信中，富特文格勒說他是一位經典曲目的杰出演繹者，
但他的曲目止于勃拉姆斯的時代，并且他只寫作無調性音樂，還拒絕自己演奏。對富特文格勒來說，調性音樂——尤其是奏鳴曲式，是他心靈宇宙的中心——無論是對作曲還是演繹來說都是如此。至此不得不提的是，富特文格勒是在曼海姆開始了自己的職業生涯。而正是在這里，曼海姆樂派在十八世紀中葉創作出了奏鳴曲式的經典形態。而富特文格勒多次聲稱自己最愛的貝多芬，也常常運用奏鳴曲式，并將其發展到了巔峰。正如音樂學家瓦爾特·里茨勒所說的一樣：“正是奏鳴曲式，也只有奏鳴曲式，讓富特文格勒相信了自己的深度。”
除了交流，富特文格勒更把音樂視作是一種愛的舉措，他曾無數次地將分享音樂比作兩個人之間的愛意。由此，也就不難想見富特文格勒的墓碑上為何刻著“Nun aber bleibt Glaube Hoffnung Liebe diese drei aber die Liebe ist die gr?sste unter ihnen”（意為：如今常存的有信、望和愛，而這其中最大的是愛）。這段話引自《圣經》的《哥林多前書》。而伊麗莎白·富特文格勒也記得，丈夫死前和自己的最后一段對話也就是在談耶穌關于愛的篇章。其實，早在1937年，富特文格勒就在自己的筆記中寫道：“人得用一種特殊的方法才能接近藝術作品。這是一個豐富的世界，一個只屬于其本身的世界。這種特殊的方法就是愛。這和對比、評估是背道而馳的，她無可比擬、獨一無二。有形的世界、理性的世界，是永遠不能對藝術作品作出公正評價的。”他也曾在1939年的時候論及安東·布魯克納的時候寫道：“藝術和愛同居一家。”
富特文格勒有自己獨特的音樂哲學，他把交響樂視作自然的產物，只能主觀地體現為音樂。1954年在《曼徹斯特衛報》論及富特文格勒的指揮風格時寫道：“他并不將印刷的樂譜視作最終的定論，而更像是概念的符號，總是主觀地去改變、感受、實現……”指揮家也說：“我崇拜富特文格勒，是因為他的創意和真誠，他并不是樂譜的奴隸，他知道印出來的樂譜不過是符號而已。樂譜既非音樂的本質，也不是音樂的靈魂。富特文格勒有一種非常稀缺、彌足偉大的天賦，就是超越樂譜，展現音樂的本質。”
許多意見和評論都把富特文格勒視作世上最偉大的指揮家。音樂學家瓦爾特·弗里施在自己有關勃拉姆斯交響曲的著作中寫到，富特文格勒的錄音證明他是“那個時代——甚至是所有時代中最偉大的勃拉姆斯演繹者”、“對細微之處也有著洞見，比他同時代的人更注重勃拉姆斯留下的記號。同時，也對韻律的流動感知頗深，連最細微的差別也不放過。他不僅尊重音樂，也讓音樂中流動的符號、漸強和漸弱的指示有了意義……縱觀指揮家之列，對音樂和結構的綜合理解是非常難得的，但富特文格勒對此卻非常充沛。”據他記載，弗拉基米爾·阿什肯納齊也說，他的聲音“從不粗糙，很有分量，但絕不沉重。哪怕是在極強中，你也能聽到每一條聲線……我從未在交響樂團中聽到如此美麗的極強。”丹尼爾·巴倫博伊姆則說：“他微妙的音色萬分難得，他的聲音非常‘圓潤’，要論有趣，他那個年代所有的德意志指揮大師都遠遠不可望其項背。”
富特文格勒所用的指揮手勢尤為特別，左手扮演了非同一般的重要作用，似乎在表達情感。一般來說，指揮家的右手會用于打拍子，這十分重要。但富特文格勒的右手指示通常是模糊的，這就是他著名的“流動”節拍。這可能是因為他的語言表達不佳和自己的理性思考結合的關系。VPO的奧松·施特拉塞曾說：“他的手勢和其他主流指揮家都不一樣。他用左手和臉上的表情告訴我們演奏時要有的感情。大多數時候，他的右手都不打拍子，而是塑造出樂句，幫助我們集中，這樣音樂自然就準確了。”
梅紐因曾評論說，富特文格勒的流動節拍比托斯卡尼尼更為復雜、也更有深度。流動節拍事實上給出了非常豐富的音樂。這首先是因為，富特文格勒在排練的時候，并不會通過拍子或是語言給出精確的指示。他和音樂家之間的交流勢必更加深刻，需求絕對的專注。有大批樂手證明，和富特文格勒合作會有這種“催眠”和“心靈感應”般的效果。他們之中有人只和大師合作過一次，也有人是長期搭檔。但在這位德國大師的指引下，他們都找到了自我，精準地知道何時、如何演奏。這其中的原因很難解釋，因為就算是現場的指揮手勢，也沒有比排練時更清晰。維納·薩里岑這位BPO的老將曾講過一段軼事，以此解釋富特文格勒為何不多加干預，也已足夠締造偉大的演繹：一日樂團在指揮家不在場的情況排練，突然大家的演繹都不知怎地臻于化境，而唯一能解釋的原因就是富特文格勒走了進來，默默地坐在一旁觀看。梅紐因說富特文格勒曾告訴他：“有人嘲笑我打拍子的方式，說那難以理解、亂七八糟，也許的確是這樣的……但這樣的指揮也有一大優勢，那就是它讓每個人都堅定地各司其職，用第六感本能地、直覺地、成集體地做出反應。”
另一個原因或許是，富特文格勒的流動節拍有時會給人不專業的印象，因為樂手們的演奏并不整齊。一個知名的例子便是1949年的勃拉姆斯第三交響曲的第一樂章。有些評論家認為這首交響曲的詮釋堪稱交響樂法掌控的里程碑，另有些人認為這只不過是一次嘗試。巨大的分歧發生在第一樂章，其中速度變化之快，就連BPO的樂手都很難跟上，演出其實并不整齊——但所幸富特文格勒的節拍平滑圓潤，樂團還是大體保持了統一，只稍有參差。正是這樣細小的變化，讓聽眾清楚地辨別出樂團中不同的音色，使齊奏之音無與倫比的豐富。有兩份重要的錄音表現了這種聲音的特色：其一是1951年在漢堡錄制的勃拉姆斯第一交響曲，尤其是第一個宏偉的和弦；其二則是1943年貝七第一樂章的齊奏。富特文格勒甚至完全不想打拍子。他在1936年的日記中寫道：“我們應該打拍子嗎？拍子會毀掉旋律的流動。”
還有一則軼事足證拍子對富特文格勒來說并無意義：1927年，他首次接棒費利克斯·魏因加特納指揮VPO的時候，樂團的音樂家都抱怨他們根本跟不上他的速度。富特文格勒當即停下，坐在大鍵琴的位置，邊演奏邊指揮巴赫的第五號勃蘭登堡協奏曲。VPO當即為其征服，直到其1954年逝世，再也沒有對富特文格勒有過異議。
和克倫佩勒不同，富特文格勒不會壓制演繹時的情感，反而會給出亢奮熱情的表達。他的戰時錄音就以情感張力聞名。指揮家、鋼琴家克里斯托弗·艾森巴赫曾說過，富特文格勒是一位“可怕的魔術師，能將整個樂團的音樂家架在火上，讓他們陷入狂喜之中。”富特文格勒想要保留即興，讓自己的音樂會充滿驚喜，讓每一次演繹都成為再一次創作。但即便是在最戲劇化的詮釋中，富特文格勒也沒有失去對旋律的把握，作品的統一性依然十分完整。這部分是因為申克的影響，當然也是因為富特文格勒本人就是一位作曲家，終生都在學習作曲。
富特文格勒指揮時真真切切地被音樂“占據”。他的領導風格常被比作是由無形之線操作的“木偶”。一切都是自然地發生了，仿佛有什么透明的存在在主宰著一切，而富特文格勒不過是聽從了這股力量，再將一切傳達給了交響樂團。亞歷山大·法姆在2004年寫道：“指揮官的儀態、肉眼可見的巨人、從奧林匹斯山上下來的‘禿頂朱庇特’：很明顯，他的力量噴薄而出，富特文格勒和他的同儕毫無共同之處……看著他用雙手直接指揮，移動起來像被什么魂靈占據了一般，他的凝視內涵豐富，穿透人心，叫我們心神不寧。”