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南非的種族隔離早在荷蘭統治時就已經開始。十九世紀的英裔南非商人塞西爾·羅德斯在取消黑人及有色人種的權利上扮演重要的角色，他設立了第一個種族隔離的法案。種族隔離是在第二次世界大戰後開始倡導，主要是為了治安的原因，當時執政黨就是以阿非利卡人為主的國民黨，也在當地由南非託管的西南非實施，一直到1990年西南非獨立成為納米比亞共和國為止。在時開始成為正式的政策。政府將居民分為四個種族：黑人、白人、有色人種及印度人，而有色人種及印度人又有更細的分類，各種族住在不同的區域中。在1960年至1963年，350萬非白人的南非人被驅離他們原來的家園，被迫進入隔近被分隔的區域中，這是近代史上大型的驅離行動之一，當時南非政府計畫搬遷人口之後要把這些地方逐出南非獨立，所以這樣的分化政策1970年起達到高峰，甚至廢除非白人的部分政治權利，那時也開始剝奪黑人的南非公民身份，在法律上他們成為地方分權的十個班圖斯坦中的公民，將其政治權限縮在「國中國」內，其中四個成為名義上的獨立國家。南非政府在教育、醫療、海灘及其他公共服務都實行種族隔離政策，而黑人得到的服務往往會比白人要差。
種族隔離在南非國內及暴力事件，也因此國際長期對南非禁運（包括武器禁運）。自1950年代起，一系列的黑人民眾起義及抗議事件，使得反種族隔離被禁止，反種族隔離領袖入獄。隨著抗議的擴散，越來越軍事化，政府的回應是壓制及暴力。國際組織更對南非制裁，南非政府的處境也更加艱難。1980年代由於經濟的壓力，南非白人政府開始改革種族隔離政策，但爭議仍在。總統弗雷德里克·威廉·戴克拉克自1989年開始取消一些種族隔離的相關法令，並在10月起開始釋放曼德拉及其他政治犯。1990年開始。在1991年時種族隔離政策及一些尚未廢止的相關法令被正式廢除，不過非白人在1993年才有資格投票，最後在1994年多民族的民主選舉中，由曼德拉帶領的非洲人國民大會勝出，1994年的多民族選舉也被看作是南非種族隔離制度正式終結。
根據《1806年開普投降條款》規定，新進駐的英國殖民統治者應遵守《》所制定的舊法規。這就導致南非的大陸法系法律脫離了英國的《普通法》，形成了高度的立法自主性。由此，在南非各殖民地監管立法程序的總督和議會走上了一條與大英帝國其他統治區大不相同而獨立自主的法治之路。
奴隸制時期，奴隸如需外出須持有通行證。1797年，斯瓦倫丹區和格拉夫-雷聶特區的荷蘭殖民統治地方官員把通行證法規的適用范圍擴展到奴隸以外的其他人群，命令所有科伊人（曾被稱為霍屯督人）一旦在國內出行，不論出行目的，均須持有通行證。英國殖民地政府于1809年頒發的《霍屯督法令》正式確認了該命令，當中規定科伊人如需外出，必須從其主人或當地官員處獲得通行證。 1828年第49號法令規定：對于潛在的黑人移民，應另外授予務工通行證。此類通行證只頒發給有色人種和科伊人，不用于其他的非洲人，但其他非洲人仍須攜帶通行證。
英國的1833年《廢奴法案》（2 & 3 Will. IV, c. 73）廢除了整個大英帝國的奴隸制，并推翻了《開普投降條款》。為遵守該法案，南非的法律于1835年加入了第1號法令，自此社會身份本為奴隸的人成為了合同工。后來，1848年的第3號法令頒發了一套針對科薩人的契約系統，該系統實際上與奴隸制無異。在19世紀余下的歲月里，南非各殖民地為限制非技術性工人的自由、增加對合同工的限制、以及制約種族間的關系通過了各項法律。
1892年的《選舉與投票法案》通過投票費和受教育程度來限制黑人的選舉權，1894年的《納塔爾立法議會法案》剝奪了印度人的投票權。1894年的《格倫·格雷法令》經西塞爾·約翰·羅德斯首相所領導的政府煽動，限制了非洲人能擁有的土地數量。1905年，《通用通行證規則法令》否決了黑人的投票權，限制他們在特定范圍內活動，并啟用了通行證體系。《亞洲人登記法令》（1906）要求所有印度人登記并攜帶通行證。 1910年，南非聯邦作為自治領成立，延續了固有的立法體系：《南非法令》（1910）給予白人政治權利，讓白人擁有對其他種族的絕對操控權，剝奪黑人享有議會席位的權利；《原住民土地法》（1913）規定除開普的黑人外，所有黑人不得在“保留地”以外置地；《市區土著人法案》（1918）系為了將黑人驅逐至特定地區；《市區法令》（1923）首次規定居住隔離，并為白人領導的產業提供廉價勞動力；《有色人種歧視法案》（1926）禁止黑人礦工從事技術型行業；《土著管理法》（1927）命英國君主而非最高酋長為統領所有非洲事務的最高元首； 《土著托管與土地法》（1936）補充了1913年的《土著土地法》，同年，《土著代表法》從開普的選舉人名單中移除黑人投票者，但允許他們選舉三位白人進入議會。最早的種族隔離法律是由揚·史末資的統一黨政府所制定的《亞洲人士土地保有權法案》，當中規定禁止向印度人賣地。
統一黨政府在二戰期間開始對隔離主義法律的執行力度有所減弱。由于害怕種族融合終將導致種族之間的同化，當時的立法機關成立了薩奧爾委員會，專門負責調查統一黨的政策有何影響。委員會得出的結果是，種族融合會導致所有種族“喪失個性”。
丹尼爾·弗朗索瓦·馬蘭，首位實行種族隔離政策的首相（1948年－1954年）
“Apartheid（種族隔離制度）”一詞源于南非語（又稱阿非利卡語），意為“孤立、疏遠”。南非種族隔離制度形成于1930年代至1940年代，與舊有的種族隔離政策相似并取而代之。“Apartheid”這一措辭在者討論種族和政治問題時常常用到，他們企圖在南非建立白人統治。1930年代至1940年代間，南非迅速崛起，成為了一個工業化和城市化的現代國家。而面對此巨變，南非白人卻要實施種族隔離制度。南非白人的祖輩由德國人、比利時人、法國基督教新教徒、以及最主要的是荷蘭殖民者組成，黑人勞工以及母語為英語的南非人在權力和經濟上的成功讓他們感到了威脅。南非白人認為史末資政府未能充分實施種族隔離政策，提高南非白人的生活條件，并解決“窮苦白人”的狀況。
種族隔離制度的意識形態起源于南非各種族為了彼此的自身利益而需要相互隔離，而種族隔離制度的思想主體系基于對“科學種族主義”的堅信。南非白人認為不同的種族、文化融合在一起是不可能的，也是行不通的；甚至有人以為這種融合是對神的不敬。因此，白人執政的政府將推行種族隔離的政策。這種堅持種族分離的主張便形成了“種族隔離制度”這一政治和法律理論。
1948年大選前夕，主要的阿非利卡民族主義政黨——由新教教士丹尼爾·弗朗索瓦·馬蘭領導的重新聯合國民黨就其種族隔離政策進行了競選宣講。重新聯合國民黨以微弱的優勢擊敗了史末資的統一黨，并與另一個阿非利卡民族主義政黨——南非白人黨組成了聯合政府。事實上，統一黨的得票比這兩個阿非利卡民族主義政黨要多，但整個投票體系向種族隔離主義者傾斜而漠視農村地區人民。馬蘭成為了首位實行種族隔離政策的首相，這兩個政黨后來合并組建成國民黨（NP）。
國民黨的領導人認為南非不是一個單一民族的國家，而是由四個完全不同的種族組成：白人、黑人、有色人種和印度人。這些人種再細分為13個民族或種族組別。白人分為英語組和南非語組；黑人民眾被分成10個組別。
南非當時通過的各項法律為實行“大隔離法”做鋪墊。“大隔離法”強調大規模的種族分離，強迫人們根據人種的分類居住到不同的地方。這一策略在某種程度上是采用了殘留下來的英式規定。在英布戰爭中，英國殖民者接管了布爾人所建立的兩個共和國后就是這樣對不同種族進行了隔離。黑人被遷移至他們自己的小鎮，形成了“黑人城鎮”或“黑人居住區”。此外，“小隔離法”的法律被通過。以下為種族隔離法律的主要內容。
第一項“大隔離法”的法律是1950年的《人口登記法》，使種族分類正式化。當中規定所有18歲以上的人須持有身份證，并進行種族登記。另外還成立了官方的調研組或委員會，查清種族不明的人的身份。其中一些家庭，特別是有色人種的家庭中，一部分家庭成員被定為與其他成員不同的種族時，要拆散他們的家人是較為困難的。
第二項“大隔離法”的法律是1950年的《種族分區法》。在此之前，大部分殖民地允許不同種族的人一起居住。這項法令結束了各地區多種族并存的狀況，并分別規定各種族的居住地。每個種族被分配到不同的地區，這也為后來的種族強迫遷徙提供了條件。1951年《防止非法定居法》規定政府有權拆除黑人貧民區，并責令白人雇主出資為其獲批住在白人城內的黑人勞工建房。
1949年《禁止跨族婚姻法》禁止不同人種之間聯姻；1950年《背德法》規定不同人種間如發生性關系，將視為刑事犯罪。
1953年《隔離設施法》允許市屬用地可為某一種族專屬使用，禁止混用長椅、公車、醫院、學校和大學等公共設施。很多公共設施，甚至連公園里的長凳上都掛上了“白人專用”的布告板。黑人所享受的公共服務遠不如白人，并在較小程度上次于印度人和有色人種。
另外，還有法律出臺以壓制對種族隔離的抗爭，尤其是武力抵抗。1950年《反共產主義法》禁止任何政黨認同共產主義。該法令過于籠統地定義了“共產主義”及其目標，因此任何反對政府政策的人都可能被貼上“共產主義者”的標簽。由于法律中明確說到共產主義致力于擾亂種族之間的和諧，因此常以此為由鉗制對種族隔離的反對之聲。禁止妨害治安的集會，同樣，某些被認為對政府造成威脅的組織也遭查禁。
1953年《班圖人教育法》開始實施教育上的隔離，該法令為非裔學生單獨設立了一個的教育系統，意欲把黑人培養成工薪階層。1959年，只招收黑人、有色人種和印度人的大學創立了。原有的大學不再允許吸納黑人新生。1974年《南非語媒體法》規定在黑人家園以外的地區，南非語和英語在高中授課的使用比例應各占50%。
1951年《班圖權力法》為黑人和白人分別建立單獨的政府架構，這是第一部支持在“黑人家園”（亦稱班圖斯坦）實現“分別發展”這一政策的法律制度。1958年《促進班圖自治法》牢固確立了國民黨建立名義上的獨立“黑人家園”政策，提出了本可促使行政權力下放的“自我管理的班圖部門”，并承諾其未來將擁有自治權和自治政府。另外，還廢除了代表非洲人的白人席位，并從投票者名單中移除了僅有的幾位具投票資格的黑人。1959年《班圖投資法》建立起向黑人家園轉入資金的機制，以在當地創造就業崗位。1967年的法律允許政府停止“白人城區”的工業建設，并將轉向“黑人家園”進行此類工業建設。1970年《黑人家園公民身份法》標志著班圖斯坦計劃進入一個新階段，從此黑人成了十個“黑人家園”自治區之一的公民。此舉的目的是通過讓所有十個班圖斯坦取得完全的獨立，確保白人仍占南非境內總人口的大多數。
不同種族的人不可一起進行運動，但并沒有關于運動隔離的法律。
政府加強執行通行證法律，強迫黑人攜帶身份證件，以防其他國家的黑人移民至此。黑人必須受雇用才能在城市居住。截至1956年，絕大多數情況下女性不必遵守通行證的規定，因為每次想對女性實行通行證法規都遭到強烈抵制。
1950年，馬蘭宣布國民黨打算設立一個“有色人種事務部”。馬蘭的接任者約翰內斯·格哈杜斯·斯揣敦剝奪了黑人和有色人種在開普省的投票選舉權。其上一屆政府于1951年向議會提出《代表分離法案》；然而，四名投票者——哈里斯、弗拉克林、柯林斯和艾德加·迪恩在法庭上質疑該法案的正當性，并得到統一黨的支持。開普最高法院支持該項法案，但由于上、下議院的聯合會議中有三分之二的議員被調去修改憲法的剛性條款，上訴法院推翻了最高法院的裁決，裁定該法案無效。 隨后，政府在1952年提出了《議會高等法院法》，賦予了議會駁回法院裁決的權力。開普最高法院和上訴法院宣布此項法案無效。
1955年斯揣敦政府把上訴法院的法官人數從5名增加至11名，新任命的法官都是支持民族主義的。同年，他們制訂了《參議院法令》，把參議院的席位從49個增加至89個，并且調整為國民黨能控制其中的77個席位。1956年，上、下議院召開了一次聯合會議并在會上通過了《代表分離法案》，有色人種投票者從原來的普通選民名單被移至一份新的有色人種選民名單。投票后，參議院立即恢復到原來的規模。《參議院法令》在最高法院受到質疑，但不久前擴大的上訴法院都是支持政府的法官，因此支持該法令以及移除有色人種選民名單的法令。
1956年的法律批準有色人種選舉四名白人進入議會，但一部1969年的法律廢除了這些席位并剝奪了有色人種的投票權。由于亞洲人在此時不享有投票權，因此白人是當時唯一擁有選舉權的種族。
南非成為一個共和國之前，南非白人在政治上主要分為兩派：以荷裔白人（即阿非利卡人）為主的親共和主義保守派，以及英裔白人為主的反共和主義自由派，而兩次布爾戰爭的歷史遺留仍對一部分人產生影響。共和國成立后，亨德里克·維沃爾德總理立即呼吁英裔和荷裔白人改善關系，增進團結。 他聲稱目前唯一的分歧是是否支持種族隔離制度，民族分歧不再存在于荷裔和英裔白人之間，而在于白人和黑人之間。大部分荷裔白人支持所有白人站在同一陣線上，以保障自身安全；而英裔選民卻意見不一——很多人反對共和制，在納塔爾省形成了多數“反對”票。 后來，部分英裔人士意識到白人需要聯合起來，因為他們認為非洲其他地區的去殖民化趨勢正不斷增強并為此感到憂慮。當時的英國首相哈羅德·麥克米倫發表的講話“變遷之風”讓英裔白人覺得英國已經遺棄他們。更多的保守派英裔人士選擇支持維沃爾德首相；其余的人在糾結是否保留與英國的關系并對英國皇室保持忠誠，他們對英國與南非國籍之間的兩難抉擇感到惱怒。盡管維沃爾德盡力將這兩個白人團體聯合起來，但是隨后的投票表明他只獲得了少數人的支持， 也就是說很多英裔人士還是采取漠不關心的態度。所以，維沃爾德并不能把白人團結起來，英裔和荷裔白人之間的分歧仍然存在。
展示班圖斯坦具體位置的南非地圖
西斯凱的農村地區是種族隔離時代的“黑人家園”之一
在“黑人家園”體系之下，政府嘗試把南非分成一系列單獨的州，并希望每個州發展成為單一民族組成的國家。
土地分割已不是一項新的制度，如19世紀時英國政府就創建了“保留地”。在種族隔離制度下，13%的土地被劃為“黑人家園”。這一土地比例遠小于黑人占南非總人口的比例，且劃分的土地大多位于全國經濟欠發達的地區。1954年湯姆林森委員會表示種族隔離制度和黑人家園體系是正當合理的，并稱應為黑人家園加撥土地，但此提議并未得到落實。
維沃爾德于1958年成為首相后，“分別發展”政策逐步形成，而黑人家園體系是該政策的重要組成部分之一。維沃爾德認為應當讓這些黑人家園獨立，其政府對該政策作出如此解釋：“因此，本政府的政策并不是種族或膚色歧視政策，而是通過賦予各個黑人家園在其境內的自決權，根據各家園（國）的民族主義建立的差別對待政策——因此就有了‘分別發展’政策”。 在黑人家園體系中，黑人不再是南非的公民，而成了各個獨立家園的公民，他們只能以外籍勞工的身份，憑著臨時工簽到南非打工。1958年通過了《促進班圖自治法》，建立起邊境產業，并制定了《班圖人投資法》，以促進黑人家園以內或附近的經濟發展和就業。很多從未在其所屬家園境內居住過的南非黑人被強迫從城里搬到黑人家園。
十個家園分別分派給不同的黑人種族：萊博瓦（北蘇陀人，也稱佩迪人）、侉侉（南蘇陀人）、博普塔茨瓦納（茨瓦納人）、夸祖盧（祖魯人）、斯威士（斯威士人）、特蘭斯凱和西斯凱（科薩人）、加贊庫盧（聰加人）、文達（文達人）以及卡萬德博勒（恩德貝萊人）。其中四個家園由南非政府宣布獨立：1976年特蘭斯凱、1977年博普塔茨瓦納、1979年文達和1981年西斯凱（被稱為“特博文西四國”）。一個家園一旦被給予形式獨立后，其公民須注銷南非公民資格，成為家園的公民。此后，這些人手持護照而不再是身份證。在形式上自治的家園，其公民的南非公民資格受限，也就是說他們不再是法律上承認的南非公民。南非政府企圖把家園的黑人公民看作是導致其他國家非法移民入境問題的根源。
南非境內的班圖斯坦被定義為“自治國”或“獨立國”。理論上，自治的班圖斯坦對其內部運作的許多方面有控制權，但還不是主權國家。獨立的班圖斯坦（特蘭斯凱、博普塔茨瓦納、文達和西斯凱，被稱為“特博文西四國”）想要成為完全獨立自主的主權國。實際上，這些國家并沒有自身的經濟架構可言，而且幾乎全是面積狹小、互不連結的土地。這就意味著所有班圖斯坦只不過是南非的傀儡國。
獨立的班圖斯坦存在期間，南非是唯一一個承認其獨立性的國家。盡管如此，很多國家的內部組織以及南非政府都曾試圖進行游說，使之得到承認。譬如，特蘭斯凱成立之時，南瑞士非洲協會鼓勵瑞士政府承認這一新國家。1976年，當一份美國眾議院的決議案竭力要求美國總統不承認特蘭斯凱時，南非政府極力游說立法者反對該議案。特博文西四國承認其他獨立的班圖斯坦，同時，南非為兌現其對特博文西主權國的承諾，分別于四國的首都設立了大使館。
1960年代至1980年代初，政府實行“重予安置”政策，強迫人們搬到指定的“種族分區”。數以百萬計的人被迫搬遷，受牽連的人群包括由于貧民區清拆計劃需要搬遷的人、白人農場的佃戶、所謂“黑點”（黑人在白人區擁有的土地）的住戶、住在黑人家園附近鎮區的工人的家庭成員、包括成千上萬西開普人在內（西開普被定為“有色人種勞工特惠區”）的城區“過剩人口”。50年代最廣為人知的一次種族遷徙發生于約翰內斯堡，當時60,000人被迫遷至“索韋托”新城鎮（其名源于“西南部黑人居住區”的首字母縮寫）。
1955年以前，索菲亞鎮（地處約翰內斯堡郊區）是為數不多的幾個允許黑人擁有土地的城鎮之一，并逐漸發展成一個多種族共存的貧民區。隨著約翰內斯堡的工業發展，索菲亞鎮成了一群快速壯大的黑人勞工的安居之地，因為這里生活便利、臨近市中心，設有約翰內斯堡內唯一一個對黑人孩子開放的游泳池。索菲亞鎮是約翰內斯堡歷史最悠久的黑人居住區，對于鎮上50,000名黑人居民而言，無論是其十足的活力，還是獨特的文化都具有實質的象征意義。盡管非洲人國民大會強烈抗議并吸引了世界各地的注意，但索菲亞鎮還是按照“西部地區遷徙計劃”于1955年2月9日進行了遷徙。一大清早，全副武裝的警察將居民趕出家門，把他們的行李裝上政府的貨車，將居民運到離市中心13英里（19公里）的一個名為“米朵蘭”（意為大草地）的地方，這是政府在1953年買下的。米朵蘭成了新規劃的黑人城區“索韋托”的一部分。而索菲亞鎮被拆除重建，成了白人居住的市郊，取名為“翠昂夫”（Triomf，在南非語中意指“勝利”）。這種強制拆遷的行動一直持續了幾年，遭殃的也不只是非裔人群。如在德班的卡托區和開普鎮的第六區，根據1950年《種族分區法》的規定，55,000名有色人種和印度人被迫遷至開普平原區各鎮。同樣根據《種族分區法》的規定，將近600,000名有色人種、印度人和中國人被迫遷移。約40,000名白人也被迫遷居，因為部分土地由“南非白人區”變成“黑人家園”，而被趕走。
國民黨通過了一系列被稱為“小隔離法”的法律。第一部是1949年第55號法令《禁止跨族婚姻法》，嚴禁白人與其他種族的人結婚。1950年第21號法令《背德法修正案》（1957年第23號法令修訂本），禁止白人與非洲人、印度人或有色人種之間“非法的種族間交往”以及“任何違背道德或有傷風化的行為”。
除非有許可證，黑人不可以在“南非白人區”經商或從事其他職業。他們必須回到“黑人家園”并在那里營商和就業。交通和市政設施須分開使用——黑人巴士停在黑人巴士站，白人巴士停在白人巴士站。火車、醫院和救護車都是分開使用的。由于白人病患較少，而且白人醫生偏向于到白人醫院工作，因此白人醫院的條件遠比常常病患過多、醫護人手不足的黑人醫院好得多。黑人不能在白人區生活或工作，除非他們持有通行證。只有享有“第十章”權利的黑人（二戰前移居到城市的人）可不受此規定的約束。一個通行證只允許通行到一個地區（通常是一個鎮），限制持證人只能到獲批的那個地方。沒有有效證件的人會因非法移民而被拘捕和審判，隨后會被驅逐出境，同時該非法移民的雇主會因聘用非法移民而被告。警車會巡邏白人區，查捕沒證的黑人。黑人禁止在南非白人區雇用白人。
黑人和有色人種（混合）工人的工會早在20世紀初期就存在，但一直到80年代改革時才出現了一場大規模的黑人工會運動。在種族隔離制度下，工會是種族隔離的。54個白人工會，38個印度人和有色人種工會以及19個非洲人工會。《工業調解法》（1956）規定禁止創立多種族的工會，并企圖把現有的多種族工會按種族拆分成獨立的分支或機構。
20世紀70年代期間，南非政府對白人兒童的人均教育資金投入是班圖教育系統（南非白人區的黑人學校的教育系統）的黑人兒童的十倍。1959年后，高等教育也分別在不同的大學和社區大學進行。黑人家園里創辦了八家黑人大學，其中西斯凱（現在的東開普）的福特哈爾大學只接收母語是科薩語的學生。索托語、茨瓦納語、佩迪語和文達語為母語的學生被安排到位于特伏魯普的新成立的北方大學學院就讀，而另一家新辦的祖魯蘭大學學院專門接收祖魯學生。有色人種和印度人分別在開普和納塔爾有其對應的學校。
每個黑人家園控制其自身的教育、衛生和警力系統。黑人嚴禁買烈酒，他們只能買國家生產的劣質啤酒（盡管此規定后來放寬了）。公共長椅是種族隔離的。公共游泳池、一些人行天橋、電影院內的停車位、墓園、公園和公廁都是分開使用的。白人區的電影院和戲劇院不允許黑人進入，而黑人區幾乎沒有電影院。白人區絕大部分的餐館和旅店不接待黑人顧客，除非是員工方可入內。按照1957年《教堂本地法修正案》的規定，嚴禁黑人進入白人教堂禮拜，但這條規定從未嚴格執行。教堂是少數幾個不受相關法律約束、允許種族共存的地方。年收入360蘭特或以上的黑人須繳稅，但白人的納稅門檻是黑人的兩倍（年收入750蘭特或以上的白人才需要納稅）。然而，白人的稅率比黑人的要高得多。
農業用地以及很多價值極高的住宅用地。大部分黑人在“黑人家園獨立”時被剝奪了南非的公民資格，他們再也無法申請南非的護照。黑人很難滿足護照申請資格，而且政府認為持有護照是特權，不是權利，因此政府也并沒有給很多黑人印發護照。種族隔離制度已滲透在文化和法律中，并由大多數主流媒體牢固地確立起來。
人口根據種族分為四大群體：“黑人”、“白人”、“印度人”和“有色人種”（用引號表示這是南非法律原文中的說法）。有色人種包括班圖人、科伊人、歐洲人和馬來人之間的混血種人，其中很多人是當年被運到南非當奴隸和合同工的印度人、馬達加斯加人和中國人的后代。
制定種族隔離制度的部門當時設計了復雜（而專橫的）標準，通過實行《人口登記法》來判定有色人種。級別較低的官員負責采取測試的形式判定一個人屬于有色人種還是黑人，或者屬于有色人種還是白人。有時候，同一個家庭的成員被判定為不同的種族。判定為有色人種后，會通過進一步測試確定此人屬于有色人種類別下的哪個種族。在后種族隔離時代，很多之前被判定為有色人種的人都反對繼續使用“有色人種”一詞，盡管這個詞已經不再具有任何法律意義。“所謂的有色人種”（南非語為sogenaamde Kleurlinge）以及“褐色人種”（bruinmense）等表達在80年代被廣泛使用。
在種族隔離制度下有色人種受到歧視，國家政策規定他們住在單獨的鎮區，甚至強迫他們離開其家族世世代代傳下來的祖屋。再者，他們只能受到較低等的教育，但比黑人所受的教育要好。 有色人種在反種族隔離運動中發揮了重要的作用：比如，1902年成立的非洲政治組織幾乎全由有色人種組成。
1950年-1983年，有色人種的投票權像黑人一樣被完全剝奪。然而，1977年，國民黨核心高層會議通過了允許有色人種和印度人在中央政府任職的提案。1982年，憲法決案引起了一場白人的公投，最終通過了三院制議會。1983年的修憲允許有色人種和亞洲少數群體在三院制議會中的單獨議院中參政。意思就是有色人種這一少數群體可享有投票權，而黑人這一多數群體將成為獨立家園的公民。這種隔離政策一直持續到種族隔離制度被廢除。三院制改革推動了（反種族隔離的）南非民主統一戰線（UDF）的形成，旨在防止參選的有色人種和印度人與白人結成聯盟。1983年至1989年的UDF和國民黨的爭斗成了南非左翼和右翼之間最激烈的斗爭時期。
殖民主義和種族隔離制度對女性產生巨大的影響，因為女性遭到種族和性別的雙重歧視。她們很難找到工作。很多黑人和有色人種的女性是農工或家傭，但收入極低，有的甚至無收入。普遍兒童因營養不良和惡劣的衛生條件而遭受疾病的折磨，因此死亡率很高。規定黑人和有色人種工人必須遵循“受控制行動”要求的1923年《土著人城市區域法》以及通行證法律使一些家庭成員分隔兩地，因為男性通常在市中心工作而女性被迫留在農村地區。婚姻法和生育也受到了政府以及支持種族隔離制度的荷蘭歸正會的控制，因為這些機構企圖限制黑人和有色人種的生育率。
50年代中期，南非在體育界開始被孤立，這一勢頭在整個60年代越演越烈。種族隔離制度禁止多種族運動，也就是說其他國家的球隊由于由不同民族的隊員組成，不能在南非比賽。1956年，國際乒乓球聯合會中止與全由白人組成的南非乒乓球聯合會的關系，而寧愿與南非非種族乒乓球委員會建立關系。種族隔離政府作出的回應是沒收委員會選手的護照，使他們無法參加國際賽事。
20世紀30年代之前，英式足球反映了南非的分裂社會；足球協會根據種族被分割為數個團體：南非（白人）足協、南非印度人足協（SAIFA）、南非非洲人足協（SAAFA）及其競爭對手南非班圖人足協、南非有色人種足協（SACFA）。從黑人的業余足球比賽中可看出，他們缺乏資金購買合適的裝備；這就說明與資金明顯充裕得多的白人相比，黑人被迫過著不公平的生活。種族隔離制度的社會管理法使得種族間的競爭更難以實現。為了集中資金，各足協于1951年合并，形成了南非足球協會（SASF）。這就把黑人、印度人和有色人種的國家級協會合為一體，形成了反種族隔離制度的團體。新合并的足協越來越受不斷壯大的種族隔離政府反對，加之持續的種族歧視政策不斷加強城市隔離，因此，這些種族要一起踢足球也就越來越難了。1956年，南非的行政首都——比勒陀利亞政府通過了首部運動種族隔離政策；這一舉措強調了白人領導的政府對種族平等主義的反對。
盡管足球深受種族主義之害，但足球在抗議種族隔離制度及其政策的過程中發揮了一定的作用。由于國際足球聯合會（FIFA）和國際上其他主要運動賽事明令禁止南非參加，南非在國際上備受關注。1977年的一份調查報告指出，南非白人把缺乏國際運動列為種族隔離制度最嚴重的三項不利影響之一。到了50年代中期，南非黑人也會利用媒體來質疑南非體育運動的“種族主義化”；反種族主義力量開始指出體育運動是白人民族精神的“軟肋”。約翰內斯堡《Drum》雜志社的黑人記者首度報道了這一點，于1955年發表了一份大膽的特刊，當中質問道：“為什么我們黑人就不能加入南非隊？”此后的一段時間，南非的國際關系仍然緊張。80年代時，種族壓迫系統正逐漸衰落，非國大和國民黨開始了終止種族隔離制度的談判。各足協也開始商議組成一個單一的、不分種族的組織。80年代后期，這一統一進程不斷加快，并最終于1991年12月合并成為南非足協。1992年7月3日，FIFA最終歡迎南非回歸國際足壇。
體育運動是南非人生活的重要組成部分，國際球隊聯合抵制南非參賽對南非白人產生了重大的影響，也許比貿易禁令的影響還大。南非的球隊重新受到國際社區的接納后，體育運動成了南非各種族重新團結統一的主要紐帶。南非主辦并贏得1995年世界杯橄欖球賽時，曼德拉對原來由白人支配的橄欖球隊表示公開的支持，這對修復種族間的破裂關系很有幫助。
1959年，南非非種族體育協會（SASA）成立，旨在保障國際體育界所有選手的權利。SASA欲與白人組織合作以獲取信任無果后，于1962年求助國際奧委會（IOC），呼吁把南非逐出奧運會。奧委會對南非發出了警告：如不作出任何改變，將禁止南非參加1964年奧運會。有鑒于此，1963年1月南非非種族奧林匹克委員會（SANROC）成立了。但反種族隔離運動堅持把南非開除，于是奧委會同意禁止南非參加1964年東京奧運會。此后一屆奧運會，南非打算選派一支多種族隊伍參賽，因此奧委會本來決定讓南非參加1968年墨西哥城奧運會。但由于各反種族隔離運動組織（AAM）和非洲國家的抗議，奧委會最終被迫撤回對南非的邀請。抗議行動最後使得IOC改變心意，但這股抵制行動持續延燒到1972年德國慕尼黑奧運，IOC才意識到應該做個了斷，由會員國投票表決，將今日奧委會前身的SANOC除名。
不過南非仍能參與帕運，直到1985年才被國際帕拉林匹克委員會（IPC）除籍，而IOC也在1988年發表宣言，強調對抗運動場合上種族隔離的不公平待遇，並組成特別委員會尋求解決之道。1991年，時任南非總統戴克拉克宣布廢除種族隔離制度，重新組成的南非國家奧委會被IOC接納，並在1992年西班牙巴塞隆納奧運上，重返體育盛會舞臺。
由于亞洲人這個少數民族似乎不屬于最初定下的三個種族之一，因此種族隔離政府難以定義亞裔人口屬于什么種族。東南亞的印度尼西亞人以奴隸的身份來到好望角，直到19世紀初期廢除奴隸制才擺脫奴隸身份。他們大部分是穆斯林信徒，允許享有宗教自由并成立自己的族群/社區，名為“開普敦馬來人”。他們被定為有色人種族群的一部分。 同樣，南非馬來西亞人的后代也被定義為有色人種之一，因此被認為是“非白種人”。鑒于南非白人對菲律賓人的歷史觀點，南非菲律賓人被定為“黑人”，其中很多人住在班圖斯坦。到了種族隔離制度期間，較大宗的亞洲人之一，則為來南非打工的印度人族群，被定為從“亞洲人”、“黑人”到“有色人種”、甚至單一民族“印度人”等一系列不同種族，但從未被定為“白人”。事實上，印度人在南非歷史上一直被認為是“非白種人”，他們在種族隔離政權期間遭受嚴重的歧視，并被迫服從多項種族主義政策。
然而，從日本、臺灣（當時南非承認中華民國為中國的合法代表）和南韓來的移民及其后代則被定為“榮譽白人”，因為南非與這些國家保持著外交和經濟關系。其中南非華裔既是19世紀末到約翰內斯堡附近的金礦打工的外僑工人的后代，也有後期移民自中華民國的移民及其後代。
由於當時中華人民共和國政權支援「非洲兄弟」的武裝革命等多方原因，華裔一開始定為“有色人種”或“其他亞洲人”，因此屬于“非白種人”，并受到各種形式的歧視和限制。但是到了一九七零年代中期南非華裔即與來自臺灣的華裔移民後代並列為榮譽白人。
由于政府認為英語電視節目會對南非語造成威脅，因此直至1976年才引進電視。電視根據種族分臺播放——TV1臺播放南非語和英語（為白人觀眾而設），TV2臺為祖魯語和科薩語，TV3臺是蘇陀語、茨瓦納語和佩迪語（都是為黑人觀眾所設），TV4臺的節目主要面對在城市居住的黑人觀眾。
畫作：1960年3月沙佩維爾大屠殺
種族隔離制度激起了大量內部反抗。政府以警察暴行回應了一系列民眾起義和示威游行，這反過來增加了武裝抗議斗爭的民眾支持。
而對種族隔離體系的精神反抗起于社會幾個不同的領域，并成立起分別致力于和平抗議、消極抵抗和武裝起義等組織。
1949年，非國大青年聯盟控制了整個大會并啟動了一個激進的黑人民族主義計劃。新的青年領導者認為只有通過群眾運動才能推翻白人政權。在這一思想的指導下，他們1950年推出了《行動綱領》，發起了一系列罷工、聯合抵制和公民抗爭行動，導致有時與政府發生暴力沖突。
1959年，一群對非國大感到失望的成員另起爐灶，成立了泛非主義者大會（PAC），并于1960年3月21日組織了一場反對通行證的游行示威。其中一場游行在沙佩維爾鎮舉行，而警方的暴力鎮壓導致了沙佩維爾大屠殺，69人被警方殺害。
沙佩維爾事件過后，政府宣布進入緊急狀態。18,000多名群眾被抓捕，其中包括非國大和PAC的領導，而且這兩個組織都被明令禁止。隨后，組織的部分領導者被流放到國外，余下的成員參加國內的破壞公共設施和恐怖主義運動，秘密進行反抗行動。
1961年5月，南非宣布成為共和國之前，一個代表被禁的非國大集會呼吁各族群成員進行談判，并發出威脅：如果忽略他們的號召，將在共和國的落成典禮期間進行游行示威和罷工。
政府當時忽略了他們的要求，因此罷工者們（主要的組織者之一是42歲的泰姆布族人納爾遜·曼德拉）實施了他們所揚言的威脅。政府迅速進行反擊，授權警方拘留罷工者長達12天，扣押了很多罷工領袖，其中涉及多例使用警方暴力。 行動失敗后，抗議者取消了罷工。隨后，非國大通過一支新成立的武裝組織“民族之矛”發動了一次武力抗爭。民族之矛對國家戰略體系實施蓄意破壞公共設施行動，其首次行動計劃于1961年12月16日（血河之戰的紀念日）進行。
1970年代，大學生受美國黑人權力運動的影響，發起了黑人覺醒運動。該運動支持黑人榮耀和非洲人習俗，并努力改變黑人在種族隔離系統下的缺陷感。運動的領袖史蒂夫·比科于1977年8月18日被監禁，并在拘留期間被打死。
1976年，索韋托的中學生涌上索韋托街頭，抗議被強制教授南非語。6月16日，警方在一次和平抗議中向學生開火。根據官方報告，23人死亡。但普遍認為死亡人數達176人，有人估計實際多達700人。隨后的幾年，幾個抗議種族隔離制度的學生組織成立。這些組織是1980年和1983年城市罷課以及1985年和1986年農村罷課的主要發動者。
與學生抗議相似，工會于1973年和1974年開始發起抗議。1976年后，各聯合會和工人在反種族隔離斗爭中發揮了重要作用，彌補了反對派政黨被封殺的缺口。1979年，黑人工會正式合法化，可參與集體議價，但是罷工仍然是非法的。
幾乎在同一段時間，教會和教會組織成為反抗的核心。教會領導也遭到了控訴，某些信仰型組織被明令禁止。但是比起武力組織，教士通常能更自由地批評政府。
雖然大部分白人支持種族隔離制度，但有20%的白人不支持。進步聯邦黨的成立者海倫·蘇茲曼（Helen Suzman）、科林·埃格林（Colin Eglin）和哈里·施瓦茲（Harry Schwarz）在議會上提出反對。其他議會上的抵抗大多來自于南非共產黨和“黑肩帶”婦女組織。女性也開始加入到工會組織和被禁的政黨中來。
1960年，英國首相哈羅德·麥克米倫在開普鎮著名的“變遷之風”演講中批判了南非的政策后，南非的政策須受國際監督和審查。幾周后發生了沙佩維爾大屠殺，緊張關系達到白熱化程度，引來更多國際譴責。緊接著，維沃爾德就南非應否成為共和國發起了公投。他把白人的投票年齡降低到18歲，并允許西南非的白人參投。當年10月5日的公投問白人：“你支持以共和國取代聯邦嗎？”，52%的選民投贊成票。
國家性質發生變化后，南非如要繼續成為英聯邦成員國，則需重新遞交申請。南非在英聯邦內享有特惠的貿易渠道。1950年時，印度在英聯邦內轉型成了一個共和國，但亞洲和非洲的成員國很明顯會因為南非的種族隔離政策而反對南非重新加入英聯邦。因此，南非于1961年5月31日，即共和國成立當日退出英聯邦，直到1994年曼德拉上臺終結種族隔離政策后南非才重新加入英聯邦。
1946年第一次聯合國集會時，南非在會議議程上。主要討論的議題是如何處理南非印度人，因為印度人很大程度上導致了南非和印度之間的分歧。1952年，在不服從運動發生后，種族隔離制度又再次提上議程。當時聯合國設立了工作組，監視種族隔離制度的進展以及南非的種族事態。雖然南非的種族政策引起各界關切，但聯合國的大部分國家一致認為這是南非國家內政，不在聯合國的管轄范圍內。
1960年4月，沙佩維爾大屠殺發生后，聯合國對種族隔離制度的保守立場開始轉變。安理會首次同意對種族隔離政權采取聯合行動，要求終止種族隔離與歧視。自1960年起，非國大開始了一場武裝斗爭運動。這場運動導致后來非國大被指控1961-1963年間實施了193項恐怖主義行動，主要涉及投彈轟炸和殺害公民。
然而，南非政府開始進一步鎮壓，明令禁止非國大和PAC。1961年，聯合國秘書長達格·哈馬舍爾德在南非中途停留，并隨后宣稱他無法與維沃爾德首相達成協議。
1962年11月6日，聯合國大會通過第1761項決議，譴責種族隔離政策。1966年，聯合國首次召開種族隔離制度的學術討論會。為紀念沙佩維爾大屠殺，聯合國大會宣布每年3月21日為國際消除種族歧視日。 1971年，聯合國大會正式指責“黑人家園”的設立，并于1974年通過一項動議，把南非從聯合國中剔除，但這被南非的主要貿易伙伴法國、英國和美國否決。
1963年8月7日，聯合國安理會通過了第181項決議，呼吁各國自愿對南非執行軍火禁運。同年，聯合國反對種族隔離制度特別委員會成立，鼓勵并監管反種族隔離制度的行動計劃。自1964年起，美國和英國中斷了與南非的軍火貿易往來。安理會還在第392項決議中譴責索韋托大屠殺。1977年，第418項決議通過后，原來的自愿執行軍火禁運變為強制性執行。
對南非執行經濟制裁也常被認為是對種族隔離政府施壓的一種有效途徑。1962年，聯合國大會要求其成員國切斷與南非的政治、財政和交通聯系。1968年，甚至提出終止所有文化、教育和體育運動上的關系。然而，沒有強制性執行經濟制裁，因為遭到南非的幾個主要貿易伙伴的反對。
1973年，聯合國通過了《禁止并懲治種族隔離國際公約》，當中界定了何為種族隔離制度，甚至將之定為一項戕害人類罪，犯罪者可面臨國際刑事控訴。然而，截至2008年8月，在193個成員國中，該公約僅在107個國家正式生效。《公約》最初由前蘇聯和幾內亞起草，然后遞交給聯合國大會審批。《公約》以91票贊成4票反對（葡萄牙、南非、英國和美國）獲得通過。
在1978年和1983年，聯合國于世界反種族主義大會上譴責南非。
經過多番辯論后，截至80年代末，美國、英國和其他23個國家通過了對南非進行各項貿易制裁的法律。同樣，在許多國家也掀起了南非撤資運動。世界各城市和省份分別實施各項法律和本地法規，禁止其管轄范圍內的注冊公司與南非的公司、工廠或銀行有貿易往來。這些措施一直實行到1994年南非廢除種族隔離制度為止。
教宗若望保祿二世直言反對種族隔離制度。1985年訪問荷蘭期間，他在國際法院發表了一篇慷慨激昂的反種族隔離演說，聲明“沒有一個種族隔離系統，也沒有一項‘分別發展’政策足以成為人與人之間或種族間關系發展的可接受模式”。1988年9月，他到南非各個鄰國出訪，而示威性地避開了南非。出訪津巴布韋期間，他還呼吁對南非政府實行經濟制裁。
非洲統一組織（OAU）成立于1963年，其宗旨是消除殖民主義，改善非洲的社會、政治和經濟狀況。該組織指責種族隔離制度并要求對南非實行制裁。非洲各國同意在其反抗種族隔離制度的斗爭中支持解放運動。1969年，中、東非的14國聚首于贊比亞的盧薩卡，制定了《盧薩卡宣言》。4月13日，除了馬拉維外的所有與會國都簽署了該宣言。后來，該宣言被OAU和聯合國采納。
《盧薩卡宣言》總結了非洲各個自治國的政治狀況，譴責種族主義和不平等現象，呼吁人口占大多數的黑人統治其國家。宣言并沒有斷然漠視南非，而是對種族隔離政府采取一種緩和的態度，甚至承認其自治地位。雖然非洲各國領導人支持解放南非黑人，但是希望以和平的方式解決。
南非消極回應《盧薩卡宣言》并拒絕改變其政策，致使OAU于1971年10月再次發表聲明。《摩加迪沙宣言》稱南非輕蔑回絕談判意味著只有通過軍事手段，才能解放南非的黑人，且所有非洲國家均不應與種族隔離政府交談。南非與非洲統一組織的關系直到1994年曼德拉上臺后才有所改善，南非也在廢除種族隔離制度后加入了非洲統一組織。
1966年，巴爾薩澤·約翰內斯·沃斯特出任總理。他并不打算廢除種族隔離制度，但他的確試圖修復南非的被孤立地位，重振南非的國際聲譽，甚至與非洲那些由黑人統治的國家重歸于好。這就是他所稱的“對外”政策。
沃斯特愿意與非洲各國領導人交談，這一點與維沃爾德拒絕于1962年與尼日利亞的阿布巴卡爾·塔法瓦·巴勒瓦以及1964年與贊比亞的肯尼思·卡翁達交流形成了反差。1966年，沃斯特與鄰國萊索托、斯威士蘭和博茨瓦納的首腦會面。1967年，他對所有愿意接受的非洲國家提供技術和財政援助，并堅稱此舉不帶任何政治目的，因為他意識到很多非洲國家盡管反對南非的種族主義政策，但都需要經濟援助。由于很多國家的勞工到南非的礦井工作，因此在經濟上與南非有聯系。博茨瓦納、萊索托和斯威士蘭仍直言不諱地指責南非的種族隔離制度，但在經濟上依賴南非的援助。
馬拉維是首個接受南非援助的非南非鄰國。1967年，兩國建立政治、經濟關系；1969年，馬拉維是唯一一個在大會上沒有簽署譴責南非種族隔離政策的《盧薩卡宣言》的國家。1970年，馬拉維的總統海斯廷斯·班達到南非進行首次、也是最成功的正式短暫訪問。
莫桑比克的各聯盟也紛紛效仿，并在1975年莫桑比克獨立成為主權國后得以繼續生存。安哥拉也接受了南非給予的貸款。其他與南非建立關系的國家包括利比里亞、科特迪瓦、馬達加斯加、毛里求斯、加蓬、扎伊爾（現剛果民主共和國）和中非共和國。雖然這些國家都譴責種族隔離制度（南非宣布退出《盧薩卡宣言》后譴責之風達到了空前的程度），但是南非的經濟和軍事優勢意味著這些國家仍在不同程度上依賴南非。
印著“聯合抵制種族隔離制度”的倫敦巴士，1989
國際上對種族隔離制度的反對之聲越演越烈之時，北歐國家，特別是瑞典對非國大提供精神上和財政上的支持。1986年2月21日，即瑞典首相奧洛夫·帕爾梅被謀殺的前一周，他在斯德哥爾摩舉行的反種族隔離瑞典人民議會上發表主題演講。面對著成百上千的反種族隔離支持者以及如奧利弗·坦博（Oliver Tambo）等非國大和反種族隔離運動的領導者和官員，帕爾梅宣布：
種族隔離制度不能停留在改革；必須被消除。
其他西方國家采取更為含糊的態度。在瑞士，瑞士-南非協會代表南非政府進行游說。80年代時，美國的里根和英國的撒切爾政府對種族隔離政府采取了“建設性交往”政策，否決了聯合國要求執行的經濟制裁，認為應堅持自由貿易并把南非看作是非洲南部反馬克思主義勢力的堡壘。撒切爾夫人宣布非國大是一個恐怖主義組織。1987年，她的發言人說了一段相當著名的話：那些以為非國大能組建南非政府的人，簡直是“異想天開”。80年代期間，一個保守派的游說組織——美國立法交流委員會（ALEC）積極反對剝奪南非的權力。
80年代末，隨著冷戰形勢的轉變，南非依然沒有出現任何政治決議，西方國家開始失去耐心。1989年，美國的一份共和/民主兩黨動議（最終通過為《1986年全面反種族隔離法》）支持實行經濟制裁、釋放納爾遜·曼德拉以及涉及非國大的和平解決方案。撒切爾夫人也開始采取類似的策略，但堅持禁止非國大的武裝斗爭。
英國在南非大量的經濟參與也許對南非產生了一定的影響，而且英、美同時施壓，強烈要求談判。然而，對于英美在南非的跨國企業，如采礦公司英美資源集團等，兩國都不愿意施加經濟壓力。2004年，法庭不予受理一樁控訴這些公司的高級索賠案；但在另一宗索賠案中，美國聯邦最高法院于2008年5月支持上訴法院的裁決，要求涉嫌推動南非種族隔離體系的國際大公司賠償超過4,000億美元的損失。
1966年，西人組（SWAPO）從南非各鄰國向南非占領的西南非洲（現納米比亞）發動游擊隊突襲。最初，南非對SWAPO打了一場戡亂戰爭。但1975年，安哥拉在安人運（MPLA）的領導以及古巴的協助下獨立之后，這場沖突就愈演愈烈。南非、扎伊爾和美國支持安盟（UNITA）對抗MPLA的武裝部隊——。接下來的斗爭變成了冷戰后期的其中一場戰爭。 安哥拉內戰演變成了一場南非和安盟對戰安人運政府、蘇聯、古巴和SWAPO的傳統熱戰。
1980年，隨著國際社會決然地反對種族隔離政權，南非政府和很多白人把南非看作是被共產主義和激進的黑人民族主義在軍事、政治、文化、意識形態、經濟和社會上圍攻的堡壘。南非努力規避各項制裁，南非政府甚至企圖在多方的幫助下制造核武器，這其中據稱包括以色列的援助。2010年，據英國《衛報》公布的南非政府文件顯示，一名以色列人試圖向南非種族隔離政府售賣核武器。以色列斷然否定這些指控，稱這些文件只是一些會議記錄，并不代表已售出任何核武器。以色列總統西蒙·佩雷斯稱，《衛報》的文章只是對文件的“選擇性解讀，而不是基于確鑿的事實”。種族隔離制度結束前，南非的核武器被拆除。從這些核武器中可得知相關核計劃及所有對應彈頭的信息。
直至80年代前，在發達國家中，以色列是南非唯一的緊密盟國。但1987年起，兩國的關系開始破裂（見）。
“前線國家”指的是在非洲南部地理位置上接近南非的國家。雖然這些前線國家都反對種族隔離制度，但其中很多個國家在經濟上依賴南非。1980年，這些前線國家成立了“南部非洲發展協調會議”（SADCC），目的是為了促進整個地區的經濟發展，減少對南非的經濟依賴。很多SADCC成員國允許被逐出南非的非國大和PAC在他們的國家建立基地。
自80年代初起，南非制定了一項政策——襲擊非國大、PAC和SWAPO設于周邊國家的游擊隊基地和藏身處。這些襲擊是為了報復非國大、PAC和SWAPO的游擊隊在南非和納米比亞發動的轟炸、屠殺和游擊隊行動（如蓄意搗亂）等恐怖行為。南非還協助周邊國家那些積極打擊共產主義在非洲南部擴散的組織。這些政策導致了：
* 南非對安哥拉的安盟和莫桑比克的全國抵抗運動（RENAMO）等游擊隊團體的支持；
* 南非國防軍（SADF）雇黑幫突襲前線國家（如：哈博羅內突襲），對鄰國實施炸彈襲擊，并在同一天內以非國大為攻擊目標在津巴布韋、贊比亞和博茨瓦納發動空襲和突襲；
* 1981年12月18日，企圖刺殺津巴布韋總統羅伯特·穆加貝；
* 對安哥拉的全面干預：一方面是支持安盟，另一方面是企圖襲擊SWAPO的基地；
* 警衛人員在斯威士蘭綁架難民和非國大成員；
* 1981年11月25日，南非試圖在塞舌爾發動政變未遂；
* 謀殺流放在外的非國大領導人：喬·斯洛沃（Joe Slovo）的妻子魯斯·弗斯特（Ruth First）于馬普托遭包裹炸彈被殺害，國民合作社的“暗殺團”和軍事情報局的理事會企圖在布魯塞爾、巴黎、斯德哥爾摩和倫敦暗殺非國大成員。
1984年，莫桑比克總統薩莫拉·馬謝爾與南非總統彼得·威廉·波塔簽署了《恩科馬蒂協定》，旨在終止南非對其反對派RENAMO的支持。南非同意停止支持反政府軍隊，同時民族之矛武裝組織也被禁止在莫桑比克境內行動。這對于非國大而言是一次打擊。馬歇爾希望這個協定可押頭韻內戰并使莫桑比克重振經濟。兩年后，馬歇爾總統從贊比亞參加會議返程時，他的專機經過南非的山區時失事遇難。莫桑比克政府和美國國務卿喬治·普拉特·舒爾茨譴責南非對RENAMO的持續援助。同時，莫桑比克政府斷言事故是由于故意發出錯誤的無線電導航信號，致使飛機墜毀而造成的，但該說法未經證實。這一陰謀論從未被證實，而且仍是頗受爭議的話題，盡管南非馬戈委員會調查發現該飛機失事只是意外。一個沒有參與調查的蘇聯代表團發表了一份把南非牽扯其中的少數派報告。
80年代期間，由波塔領導的南非政府越來越注重國家安全。政府設立了一個強大的國家安全機構，在各項改革可能觸發的突發性政治暴力事件中“保護”國家。80年代成了政治動亂不斷的時代。政府也日漸變得由波塔的將軍和警官等軍事領導（南非白人政權時期的政府官員，稱為“securocrats”）所統治，他們負責應對各種緊急狀況。
波塔執政期間，對南非的鄰國實施了多次軍事干預，并為剿滅SWAPO在納米比亞舉行了一次大規模的軍事和政治運動。同時，在南非境內，警方開展大量行動，嚴格執行安全法規，導致成百上千人被捕和被查禁，并且有效地終止了非國大的破壞公共設施行動。
政府殘忍地懲罰政治犯——每年有40,000人受鞭刑。大部分人所受的鞭刑遠超出了他們犯下的政治罪行所應得的懲罰。 若叛國罪罪名成立，將受到絞刑，而政府以此種方式處決了很多政治犯。
隨著80年代的推進，越來越多反種族隔離組織成立并成為UDF的隸屬機構。在牧師和的領導下，UDF呼吁政府放棄其改革，廢除種族隔離制度，完全取消黑人家園。
1985年至1989年間，黑人鎮區成為反種族隔離組織和波塔政府之間斗爭的焦點，因此，嚴重的政治暴力事件是這段時期的顯著特征。80年代期間，鎮區人們通過反抗所在社區的地方事務來抵制種族隔離制度。這種抵制的主要目的是反抗支持政府的當地官員和領導。1985年，非國大的目標是通過集體拒付租金和其他軍事行動，使黑人鎮區變得“無從管制”（后來用“人民的力量”來形容）。很多鎮區委員會被推翻或擊敗，取而代之的是由激進的青年領導的非官方人民組織。人民法院成立了，涉嫌是政府間諜的居民會受到極刑，嚴重時甚至是致命的懲罰。黑人鎮區的議員和警察，有時連他們的家人也遭到汽油彈襲擊、痛打、“火項鏈”酷刑謀殺，即用有刺鐵絲纏住他們的手腕后，把輪胎裝滿汽油放置在他們的脖子上并縱火。這種典型的折磨和謀殺法被非國大及其領導者認同。
1985年7月20日，波塔宣布36個鎮區進入緊急狀態。受影響的地區包括開普省東部和比勒陀利亞－維瓦特斯蘭－弗里尼欣區。三個月后，西開普也受到了影響。越來越多的組織被禁止或列入名單（某種程度受限）；很多人遭到軟禁等限制。在緊急狀態期間，約2,436人根據《國內安全法案》被拘留。這一法案賦予了警察和軍隊全面的權力。政府可實行宵禁，控制人們的活動。總統可實行專制統治，不需參照憲法或徵求議會意見。口頭威脅或持有政府認為據恐嚇性的文件、勸說任何人曠工或反政府、在政府公布名單之前泄露緊急狀況下被捕人員的姓名均屬刑事犯罪，可被判長達10年有期徒刑。未經審訊的拘留是政府應對越來越多的民眾動亂的常見手段。截至1988年，30,000人被關押。媒體受到審查，成千上萬人被拘捕，其中很多人遭到盤問和嚴刑逼迫。
1986年6月12日，索韋托起義十周年紀念日的四天前，整個國家都進入了緊急狀態。政府修訂了《公共安全法》，給與了政府宣布“動亂”區的權利，并允許在這些地區采用特殊手段鎮壓抗議活動。極其嚴格的媒體檢查制度成了政府的主要策略，電視鏡頭嚴禁進入這些區域。國家廣播電臺公司南非廣播公司（SABC）制作了支持政府的宣傳片。隨著南非內支持非國大的地下刊物不斷增多，各媒體愈發反對這一檢查系統。
1987年，緊急狀態又往后延長兩年。同時，約200,000名南非全國礦工工會成員開始了南非歷史上持續時間最長（為期三周）的罷工。1988年，UDF和其他反種族隔離組織的活動被禁止。
80年代末和90年代初的暴動大多矛頭指向政府，但很多動亂源于居民之間的矛盾。很多人死于因卡塔自由黨和UDF-非國大派之間的暴力斗爭中。直到后來才得以證實，政府當時時而支持一方，時而又倒向另一方，以此來操縱局面。政府官員暗殺南非國內和國外的政敵；他們對涉嫌是非國大和PAC的基地實施跨境陸地和空軍襲擊。非國大和PAC則通過炸毀飯店、購物商場和地方法庭等政府大樓進行還擊。據真相與和解委員會的數據顯示，1960年至1994年間，因卡塔自由黨殺害了4,500人；南非安全部隊殺害了2,700人；非國大殺害了1,300人。
緊急狀態一直持續到1990年才被弗雷德里克·威廉·戴克拉克總統解除。
種族隔離制度是由于殖民地因素所導致的種族主義以及南非“特有的工業化”而形成的。“專門為了扶持如采礦等早期產業和培養資本主義文化而設的”工業化政策導致了對人的隔離和分類。廉價勞動力是整個國家經濟的基礎，而這些廉價勞動力來自于國家所劃分的農民和移民群體。再者，歷史教授飛利浦·博納（Philip Bonner）強調，由于南非經濟沒有制造業，因此促進短期利益的同時卻限制了勞動生產效率和本地市場規模，形成了“相互矛盾的經濟效益”。這也是導致南非經濟衰敗的原因，正如“克拉克斯所強調的，由于無法同時駕馭廉價勞動力和復雜的工序，南非經濟無法與國外對手競爭”。
此外，種族隔離國經濟上的矛盾引發了大量對國家政策的爭論以及中央的分歧和沖突。 在很大程度上，種族隔離制度的政治意識形態產生于西方國家對非洲的殖民地開拓。當時西方國家打著“教化下等土著人”的旗號，把種族歧視和奴役制度化。比如，“1933年，布朗德班市議會的行政長官執行了全面群眾隔離”。與經濟上類似，各政黨的政策之間也充滿了矛盾。后來隨著不同的政治團體出現，其中有很多反對種族隔離，出現了“加速種族隔離制度瓦解的1984年鎮區起義”
等暴動，這種矛盾才得以弱化。
倫敦的南非大廈發生反種族隔離抗議，1989
西方的影響，特別是拓殖可以說是對政治意識形態影響最大的因素之一。尤其是南非被稱為“被種族主義扭曲的守舊版的西方文明”。 然而，西方影響也推動了種族隔離制度的結束。“蘇聯的勢力及其共產主義影響衰退后，西方國家不能再容忍種族隔離制度并公開挑明，鼓勵向民主、自決的方向邁進”。
60年代時，南非的經濟增長速度僅次于日本。南非與西方國家的貿易往來不斷增加，美國、法國和英國的投資也源源不斷。
1974年康乃馨革命后，葡萄牙從其殖民地莫桑比克和安哥拉撤離，促進了人們對種族隔離制度的反抗。南非企圖阻止MPLA在安哥拉奪權失敗，于1976年初從安哥拉撤軍，南非的黑人學生為此慶祝。
1974年，由和簽署的《馬赫拉巴蒂尼信仰宣言》莊嚴地載入了和平移交權力和人人平等的原則。宣言的宗旨是在南非實現一個種族間和睦相處的多種族社會，強調機會均等、磋商、聯邦理念和一份《人權法案》。該宣言導致了統一黨的分裂，最終在南非形成了反對派政黨——進步聯邦黨于1977年成立。這是南非第一個由為公眾認可的黑人和白人政治領袖所成立的政黨。
1978年，國民黨的國防部長彼得·威廉·波塔成為南非總理。波塔的白人政權擔心蘇聯會協助推動南非的革命，而且經濟發展正在放緩。新政府承認投入了過多資金去維持被隔離的黑人家園，事實表明這些黑人家園是浪費財政資源的。
此外，把黑人界定為三等公民也帶來了不良后果。黑人勞工是經濟的支柱，非法的黑人工會正如雨后春筍般涌現。很多黑人仍然很貧窮，無法通過其購買力為經濟作貢獻，但黑人人口占總人口的70%以上。波塔的政權認為恐怕需要一劑解藥才能防止黑人追隨共產主義。
1979年，尼日利亞政府稱殼牌-英國石油開發尼日利亞有限公司（SPDC）把尼日利亞的石油賣給南非，盡管這樣的交易既無證據可證明，也無商業邏輯可言。 這一傳聞中打破制裁的行為是為沒收英國石油在尼日利亞的部分資產，其中包括在SPDC的股份所制造的正當理由，但真正的原因似乎應歸咎于尼日利亞大選前的經濟民族主義和國內政局。很多南非人在尼日利亞上學，曼德拉也多次表彰尼日利亞在反種族隔離斗爭中所起的作用。
80年代時，美國和歐洲的反種族隔離運動支持南非的聯合抵制行動、支持美國公司從南非撤走、支持釋放曼德拉。南非成了被國際社會摒棄的國家。美國人和其他國家的人不再對南非進行投資，繼而各國紛紛執行撤資政策。
在全美國發生了幾起由學生領導的反種族隔離抗議，希望說服所在高校支持對南非撤資。1977年，伊利諾伊大學厄巴納-尚佩恩分校反種族隔離聯盟（CU-CAA）成立后，學生們拼命地說服學校考慮撤資，先是到伊利諾伊大學基金會，后到校長約翰·科巴里的辦公室，敦促他舉行一場反種族隔離的辯論。雖然校長先生很猶豫，但其他大學的行政人員同意支持聯盟，繼而促進了1983年“伊利諾伊從南非撤資聯盟”（CIDSA）的成立。這一聯盟與CU-CAA合作繼續進行運動。
然而，對于學生提議校董會主席妮娜·謝潑德推遲撥出學校對南非公司投資的2,100萬美元，學校一直予以否決。因此，1985年6月21日，學生們在芝加哥 校區組織了一次公開抗議，最后16名學生被捕。這種緊張局勢一直持續，導致1986年4月12日學校決定加收6.4%的學費。隨后又爆發了一系列抗議，導致60名學生被捕。第二天，300名學生發起了一場“模擬暴亂”。隨著反抗行動的持續，校長斯坦利·伊肯伯利于1986年9月11日提出的撤資提案被否決，繼而1987年1月14日一份校董會決議呼吁實施18個月的撤資計劃。雖然計劃初衷是好的，但最終決定僅撤資330萬美元。
80年代初期，波塔的國民黨政府開始意識到改革種族隔離制度是勢在必行之需。早期改革的驅動因素包括國內的暴動、國際上的譴責、國民黨擁護者的態度轉變以及人口的變化——15年前，白人占總人口的20%，而今只占16%。
1983年通過新憲法，實行所謂的“三院制議會”，在單獨的議院分別給予有色人種和印度人選舉權和議會席位——為白人而設的參議院（178名議員）、為有色人種而設的眾議院（45名議員）和為印度人而設的代表院（45名議員）。每個院處理與對應種族群體“內部事務”相關的法律，包括衛生、教育和其他地區事務。所有關于“綜合事務”（如國防、工業、稅收和黑人事務等）的法律交由三院代表所組成的內閣處理。然而，白人議院占這一內閣的大多數席位，有效地確保國家事務仍由白人掌控。黑人雖然占總人口的大多數，但被排除在外；他們依然是黑人家園名義上的公民。 首次三院制選舉受到有色人種和印度人選民的聯合抵制，當中還引發了大規模的騷亂。
波塔擔心曼德拉贏得民望，于是把他譴責為致力于暴力革命的極端馬克思主義分子。但為了平息黑人的意見，并把曼德拉塑造成黑人和藹可親的領導，政府把他從羅本島轉移至波爾斯穆爾監獄，就在距開普鎮不遠的農村。這個監獄的條件比羅本島上的要好。政府允許更多的訪客探望曼德拉，其中包括國外人士的探望和訪問，目的是讓全世界知道曼德拉在獄中受到良好對待。
黑人家園被正式宣布成為單一民族的獨立國家，通行證法律被廢除。黑人工會合法化，政府承認黑人永居于城市地區的權利，并賦予黑人在市區的房產權。很多人認為應當廢除禁止種族間聯姻的法律，同時廢除禁止種族間性交的法律，此類法律已成了國外的笑柄。政府增加了對黑人學校的資金投入，從1968年人均投入僅為白人兒童的十六分之一上升至七分之一。同時，政府注重提高警方機構的效率。
1985年1月，波塔在參議院中發表講話，稱如果曼德拉保證以后不再就進一步的政治目的發起暴力行動，政府愿意釋放曼德拉。曼德拉對此的回應由他的女兒津齊（Zindzi）公開宣讀——這是自21年前曼德拉被宣判入獄以來首次對外公開的講話。曼德拉形容暴力是種族隔離政權逼迫的結果，并認為有了民主，就再也不需要暴力。在場的聽眾傳來陣陣喝彩和歡呼。曼德拉的此次回應使得他在國內外反種族隔離人士的心目中地位再次提高。
1986年-1988年間，一些“小隔離法”的法律被廢止。波塔告誡南非白人“適者生存，不適者淘汰”，盡管他曾兩次在最終宣布進行重大改革之前猶豫不決，兩次的結果都是撤回了這些變革。諷刺的是，這些改革反而在余下的80年代期間觸發了更激烈的政治暴力行動，越來越多國內的社區和政治群體加入了反抗運動。此時，政府決定停止進行深度改革，比如解除對非國大、PAC、南非共產黨和其他解放組織的禁令、釋放政治囚犯、或撤銷“大隔離法”的根本法律。政府的立場是只有這些組織“宣布放棄使用暴力”，政府才會考慮進行談判。