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五月初十（6月2日），清廷割臺特使，李鴻章之子李經芳在臺灣基隆外海的日本軍艦上，正式與日本海軍大將樺山資紀辦理交割事宜。次日，日軍攻陷基隆之後，唐景崧逃至滬尾（今淡水區）的德商得忌利士洋行（Douglas Lapraik & Co），後來與陳季同乘德國籍輪船鴨打號（Arthur）棄職逃亡至廈門。是民主國抗日失敗的一大要素。此時，民主國建立僅僅七天臺灣自設巡撫，首任劉銘傳，治臺七年，頗有建設，詳銘傳傳。銘傳去，友濂繼之，丈地清賦，改則啟徵，迭平番亂，建基隆砲臺。及景崧蒞任，日韓啟釁，亟起籌防。永福分鎮南澳。景崧自與永福共事，積不相能，乃徙永福軍臺南，而自任守臺北，未幾而李文奎變作。文奎故直隸匪，從淮軍渡臺，居景崧麾下為卒。有副將余姓者，緣事再革之，文奎忿甚，即撫署前斬其頭，護勇內應，爭發槍，將入殺景崧。景崧出，叛卒見而怖之，斂刃立，並告無事。景崧慰之，翻令文奎充營官，出駐基隆。於是將領多離心，兵浸驕不可制。割臺議起，主事邱逢甲建議自主，臺民爭贊之。乃建「民國」，設議院，推景崧為總統。和議成，抗疏援贖遼先例，請免割，不報，命內渡。臺民憤，乃決自主，制藍旗，上印綬於景崧，鼓吹前導，紳民數千人詣撫署。景崧朝服出，望闕謝罪，旋北面受任，大哭而入。電告中外，有「遙奉正朔，永作屏籓」語，置內部、外部、軍部以下各大臣。命陳季同介法人求各國承認，無應者。無何，日軍攻基隆，分統李文忠敗潰。景崧命黃義德頓八堵，遽馳歸，詭言獅球嶺已失，八堵不能軍，且日人懸金六十萬購總統頭，故還防內亂，景崧不敢詰也。是夜，義德所部譁變。平旦，日軍果占獅球嶺，潰兵爭入城，城中大驚擾亂，客勇、土勇互仇殺，屍遍地。總統府火發，景崧微服挈子遁，附英輪至廈門，時立國方七日也。二十八年，卒。
唐景崧內渡後，朝廷念其舊功而並未降罪，僅命其休致返鄉，但聲望從此一落千丈。唐景崧回桂林後重拾早年對戲劇的喜愛，創出廣西的桂劇。光緒二十九年（1903年），卒於桂林，享年63歲。
唐景崧之父唐懋功教子有方，同治至光緒初年，唐景崧、景崇和景崶三兄弟相繼考中進士，且都選入翰林院，以“同胞三翰林”之譽榮耀一時。
唐景崧有運溥（字度周）、運涵（字佩馴）、運深（字晉端）、運澤（字葆厚）四子。
唐景崧孫女，運澤長女唐篔是史學家陳寅恪之妻。
* 雖然唐景崧、景崇、景崶聯捷科第，唐懋功本人卻屢次應會試不第，憤懣不已。由於翰林經常出任會試考官，每逢考期降至，唐懋功都會堵坐在家門前，不許兒子們前往，以免分到閱卷任務，導致自己作為考官親父，需要迴避而喪失應考機會。不久，朝廷以其子為官，下達封誥。按規定，榮膺封誥者，從此便不得再赴科舉。唐懋功因此怒不可遏，手持大棍追打三個兒子，唐景崧兄弟倉皇逃出家門，又請鄉人再三勸慰，唐懋功方才作罷。
* 胡適之父胡傳曾任臺東知州，臺灣割讓後內渡。1931年9月，胡適曾寫過一首詩《題唐景崧先生遺墨》給陳寅恪：
:南天民主國，回首一傷神。
:黑虎今何在，黃龍亦已陳。
:幾枝無用筆，半打有心人，
:畢竟天難補，滔滔四十春。
唐景崧故居至今尚存，位於灌陽縣新街鄉江口村。故居爲清代磚木穿斗式建築，占地面積約410平方米，梁、枋、門等雕刻精美。現為灌陽縣縣級文物保護單位，保護狀況較差。
*（清）法式善等，《清秘述聞三種》，中華書局，清代史料筆記叢刊，
* 〈唐景崧〉，翁聖峯，《臺灣文學辭典》
* 邸永君， 大起大落唐景崧 社科院民族所
*  廣西唯一的同胞三翰林——唐景崧、唐景崇、唐景崶 廣西地情網
荷屬福爾摩沙，史稱為「臺灣荷蘭統治時期」為1624至1662年間，尼德蘭七省聯合共和國與聯合東印度公司於南臺灣歷時38年的殖民統治期間擁有的殖民地的統稱，影響力遍及整個臺灣西部。若將澎湖群島與臺灣本島兩者視為一體，則可視1622年荷蘭人建風櫃尾城堡為本時期的開端。日本史書稱為雞籠國。
此時正逢地理大發現，歐洲強權紛紛前來東亞貿易，並建立殖民地，而荷蘭人為建立能與中國明朝、日本貿易的據點，遂於1624年奪取臺灣。在荷蘭人據臺以前，臺灣本島未有嚴格定義的漢人移民族群，雖然當時漢人已在澎湖群島建立政權作為管理臺灣的踏板，但是尚未將觸角深入臺灣內部的原因，大致有下列幾項：
# 當時日本倭寇海賊頻繁侵襲大陸沿岸，因此官府長期封鎖海岸。
# 漢人移民墾荒艱辛，加上原住民對外來者的抗拒，經常發生械鬥，願意從大陸移居臺灣者較少。
# 部落社會生產力低，無法吸收大量人口，故移民人數十分有限。
# 臺灣天災頻率多過內陸，及臺灣海峽湍急阻礙橫渡。
在原住民的統治方面，起先荷蘭人以發展貿易為重，無力擴張。等到1635年起，荷蘭殖民當局對外貿易開始穩定，才發起征服行動，與高雄附近的麻豆社原住民部落訂定麻豆協約，確立荷蘭人為該地區領主、原住民為封臣的封建關係。荷蘭人透過定期召開的地方會議，維繫雙方的封建關係，並任命原住民首長，確立原住民社會的正式領袖，以協助荷蘭人推行政令。透過地方會議，荷蘭人也將原本以個別或多個村社為政治實體、彼此攻伐的原住民部落，統合成互相聯盟的聯合村，置於荷蘭主權之下。荷蘭人便藉由攻擊聯合村的敵對部落，讓原住民出草，使得雙方的關係更為緊密。
1640年代以後，臺灣南部沿海殖民地的行政支出不斷的暴漲，收入也逐漸從轉口貿易轉移到本地稅收。為此，荷蘭人開始新增各種稅收，加上1650年後許多農民賴以維生的甘蔗業開始衰退，漢人對於荷蘭人的統治越來越不滿，引爆了郭懷一事件。事件平息之後，荷蘭人並沒有更改整個殖民地的結構，依然以剝削漢人勞力為經濟發展基礎。之後鄭成功崛起於福建沿海，為荷蘭人創建的荷漢殖民地帶來新的變數，鄭成功於1661年進攻臺灣，翌年荷蘭人為其所擊敗，退出臺灣南部沿海佔據地。
15、16世紀，基督教世界的西歐國家困於鄂圖曼土耳其帝國的陸路封鎖，積極向外擴張勢力，開闢往東亞的新貿易航路，因而發現美洲新大陸、好望角新航路，進而縮短了亞洲與歐洲的距離，世界從此進入海權時代。西歐各國競相到世界各地從事探險、殖民、貿易、傳教活動。在海權爭霸的國際環境下，臺灣被迫走入新的歷史時期。
17世紀初，西方重商主義國家也開始注意臺灣。此時遠東海面已成為歐洲三國角逐的形勢：租得明帝國之澳門的葡萄牙王國、殖民菲律賓呂宋島的西班牙帝國、佔據爪哇的荷蘭聯省共和國，在遠東海面展開商業和殖民的競爭。西歐勢力東移的同一時期，正值明帝國政府結束了鄭和「七下西洋」的行動，逐漸關閉起國門對外實行海禁政策時期，倭寇及海盜（或稱為擁有武裝的「海商集團」）因走私貿易利潤豐厚，而在明帝國東南沿海一帶積極活動，甚至公然挑戰明帝國的統治權威。
1543年，葡萄牙船隻在經過臺灣海峽時，有個船員偶然遙望，發現一個青蔥翠綠的海島，禁不住喊出「Ilha Formosa（葡萄牙語：美麗島）」，就這樣，這個「福爾摩沙」（Formosa），就成了西方世界對臺灣這個島嶼的稱呼。然而，葡萄牙人雖是最早抵達東亞的歐洲探險者，但是與臺灣之間僅止於用鴉片與銀元交換臺灣原住民的物品，並不打算進一步殖民。
在當時，臺灣除了少數漢族移民之外，早已有南島民族系原住民的存在，這些使用南島語系的臺灣原住民族群分佈於臺灣全島。南島語族主要分布範圍北到臺灣，南至紐西蘭，東到復活節島，西至馬達加斯加。他們雖然同屬南島馬來民系，但是並非同一種族。這些原住民族各有不同的語言與風俗習慣，構成獨立而不相隸屬的部落社會。由於不同的語言、風俗習慣、居住區，這些原住民族可能是在不同時間，從不同地方搬遷而來。因為分成許多族群，原住民族在臺灣始終未能建立統一全臺的政權，僅有些地方部落聯盟（荷蘭當局曾將臺灣各地劃分為十一個政治實體），如臺中附近的大肚王國，屏東到臺南一帶的瑪家王國和恆春半島上的瑯嶠君主。
由於適當的地理位置，臺灣成為倭寇或海盜的整補地及避風港。倭寇或海盜在明帝國沿海劫掠，遇到官兵追擊，就逃至澎湖群島，然後再到臺灣。官兵雖會追至澎湖，但甚少窮追到臺灣（明將只有沈有容曾跨海追至安平，並「盡殲群倭」）。關於當時臺灣的情景，學者多參考《東番記》，為最早對於臺灣的相關記載。
荷蘭獨立戰爭爆發後，荷蘭人成立了荷蘭東印度公司，發動一連串戰爭，以奪取西葡聯邦於東亞的殖民地。後來荷蘭人在雅加達、安汶、平戶等地陸續開設商館，惟與中國貿易進展不順。1604年，韋麻郎打算進攻澳門，以作為與明朝貿易的基地。因被葡萄牙人擊退，韋麻郎轉而趁明軍無汛兵防守時，佔領澎湖。但明軍將領沈有容率兵到澎湖，要求韋麻郎離開。韋麻郎迫於此壓力下，且無法順利與中國貿易，因而離開。此事件留有《沈有容諭退紅毛番韋麻郎等》碑，今仍豎立在澎湖天后宮中。
1622年，揚·彼得斯佐恩·庫恩總督獲知西班牙人意圖佔領臺灣，遂派雷約生（, c.1590 - 1632）率領600人進攻澳門，若失敗則轉往澎湖或臺灣設立貿易據點。只是葡荷澳門戰役荷軍遭西葡聯邦軍頑強抵抗，損失慘重，雷約生遂轉佔澎湖，並在風櫃尾築城。雷約生到福州見福建巡撫商周祚，希望與中國貿易。商周祚私下答應雷約生，只要撤出澎湖，就允許他們在臺灣貿易，但雙方一直無法取得共識。
1624年南居益上任福建巡撫後，打算硬逼荷蘭人退出澎湖，派兵包圍了風櫃尾城。經過八個月激戰、雷約生多次請辭，荷蘭東印度公司派馬丁努斯·宋克來接應，而明朝從四千人增兵到一萬人。經李旦介入協調以後，荷蘭人和明朝達成協議，同意摧毀風櫃尾的要塞和砲臺，轉進至不屬於中國版圖的臺灣島，明朝亦不干涉荷蘭對臺灣的佔領。李旦之所以積極介入，原因之一是為了解除荷蘭人佔據澎湖後，不準中國商船到馬尼拉貿易的困境。
1624年8月26日，荷軍撤出澎湖轉往臺灣。荷蘭東印度公司乃於不受明朝政府管轄的福爾摩沙（今臺灣）大員（今臺南市安平區），建立臺灣本島信史上第一個統治政權。
根據中央研究院院士杜正勝與曹永和的研究：「明朝雖實施海禁，但臺灣不只明朝不管，甚至也不屬任何國家管轄，所以走私船早在當時就在基隆、安平與淡水會合明朝、日本與西班牙、葡萄牙與荷蘭的商船。...根據荷蘭史料，當時東印度公司指揮官萊爾森於1622年到福州談判，明朝官員為了勸誘他們撤出澎湖，建議他們到澎湖以東，一座不屬於明朝的島嶼，也就是臺灣，間接同意明朝船隻到大員（今安平）與之通商。...當時明朝官員向萊爾森說：「你不知道大員怎麼去，我們派船帶你去」。這段史料，顯見明朝福建官員知道臺灣，但不以臺灣當作屬地。而同樣年代，明代的史料記載的是，官員軟硬兼施，並請海商李旦居中協調，荷蘭的新任長官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘熱蘭遮城號商船，來到大員上岸，宋克也成為荷蘭建立臺灣政權的首任長官，他也在大員建立熱蘭遮城。。
新任長官宋克首先在北汕尾（今臺南四草）建立簡易的商館，並於1625年，在大員一鯤鯓（今臺南安平區）築熱蘭遮城，以此作為統治臺灣的中心。這是臺灣躍上國際舞臺的開始，也為外來政權佔領的開始。
《大員港市鳥瞰圖》，藏於荷蘭米德爾堡哲烏斯博物館
在臺江內海附近的平原上，有四個主要的西拉雅村莊，分別為新港社、蕭壠社、麻豆社、目加溜灣社。荷蘭人與新港社結盟，但是新港社係其中最弱小的村莊，經常會被最強大的村莊——麻豆社所攻擊。雖然荷蘭人數次支援新港社對抗麻豆社，1629年卻爆發了麻豆溪事件，徹底打擊荷蘭人的威望。當時大員當局的士兵還不到400人，無法戰勝麻豆，加上受到濱田彌兵衛事件波及，對外貿易受挫，讓巴達維亞當局不願增援。1630年，大員當局只得先進攻麻豆社的同盟村——目加溜灣社，並和麻豆社暫時休兵。
到了1635年9月，巴達維亞當局同意增援臺灣；同時麻豆社、蕭壠社爆發了瘟疫，村內不少勇士都染病而死。大員當局認為這是好時機，聯合新港社於11月23日攻入麻豆社，並簽訂麻豆協約，又於聖誕節之役擊敗塔加拉揚社（Taccariang，約在今高雄一帶）。荷軍乘戰勝的餘威，擊敗了其他敵對村莊，如蕭壟社、小琉球社等等，其他南臺灣的部落也陸續臣服。這一連串的勝利確立了荷蘭人的威勢，到1636年底，共有57座原住民村莊服從荷蘭人。
1636年起，因赤崁附近的鹿群大量減少，大員當局遂開放漢人前往北邊捕鹿。此時虎尾壠社是有名的梅花鹿棲息地，不少漢人走私團體居住於此，並和原住民從事鹿皮交易。虎尾壠漢人為了排除新來漢人的競爭，便聯合虎尾壠原住民反抗荷蘭人，並殺害前來捕鹿的漢人。大員當局分別於1637年及1638年進攻虎尾壠，不過虎尾壠社依然敵視大員當局，甚至殺死了3位荷蘭人。1642年，荷軍進攻虎尾壠社，殺死了之前襲擊荷蘭人的30人，自此之後虎尾壠社不再反抗。此後，大員當局有鑒於虎尾壠社的敵意出自漢人煽動，遂禁止漢人定居於原住民部落，並要求原住民搜補非法居住的漢人。
荷蘭佔領南臺灣後，西班牙人亦佔領北臺灣，開啟其統治。然而1637年起，西班牙人開始削減在臺軍力，並從淡水撤出。時任總督的安東尼·范·迪門探悉此消息以後，乃於1642年派艦攻佔雞籠，趕走了西班牙人。荷蘭人征服北臺灣後，目標轉為完全征服西部平原的原住民，以連通臺灣南北的道路。1644年，荷軍征服北臺灣其餘不肯服從的部落，並南下打通陸路。荷軍在路上為隸屬大肚王國的水裡社及半線社所攻擊，不過仍順利抵達大員。1645年1月，荷軍進攻大肚王國內的反荷部落，大肚王國只得於4月正式降服，至此全西部平原皆服從荷蘭人的統治。
自1650年起，鄭成功於福建沿海崛起，為了籌措和清朝抗衡的軍費，他派遣大量商船前往日本及東南亞貿易，與荷蘭人競爭。1652年爆發郭懷一事件，因為起事規模過大，就有傳言鄭成功在暗中操縱。雖然荷蘭人判斷只是謠言，仍然很擔心鄭成功的威脅。荷蘭人為了打擊鄭成功，開始在海上扣押鄭氏商船，鄭成功則禁止雙邊貿易作為報復。
1657年，揆一派何斌和鄭成功交涉，雖然鄭成功答應恢復通商，何斌卻暗中替鄭成功在臺灣徵稅，直到1659年大員當局發現此事，何斌便投奔鄭成功。何斌逃亡讓臺灣西南部陷入動盪，到處都謠傳鄭成功即將進攻，一些漢人開始收拾財產，打算攜帶家眷返回中國大陸。1661年，鄭成功進攻臺灣，很快就拿下普羅民遮城，並包圍熱蘭遮城。1662年，鄭軍奪下大員的制高點—烏特勒支碉堡，荷蘭的大員當局自知已無力再戰，只得退出臺灣。
荷蘭人為鄭成功所擊敗後，遂打算和大清帝國合作對付鄭氏王朝。1663年清荷聯軍進攻金門、廈門，鄭成功的繼承者鄭經寡不敵眾，退守銅山。荷軍雖然得勝，但清軍卻未協助進攻臺灣，讓荷蘭人的期望落空。
1664年，荷蘭人出兵佔領雞籠，並於此地發展貿易，鄭軍隨後也於1665年進駐淡水，與荷軍對峙。然而雞籠不但補給困難，貿易也始終無進展，1667年東印度議會以損失荷蘭盾八萬元為由，裁決撤出雞籠，翌年7月將所有公司職員接回荷屬東印度的巴達維亞，自此荷蘭人徹底放棄佔領臺灣。
一般上皆稱當時的殖民者為荷蘭人，不過荷蘭東印度公司招募職員時，其實包含許多歐洲民族，外國人以受雇為士兵的德意志人為最多。駐臺灣的職員需簽署三、五或十年的工作契約，期滿後通常在加薪、升遷的條件下續約。簽約職員必須遵守公司規定，譬如不能私自經商，公司商務員才允許從商。職員私下貿易被查獲，將受懲處並沒收貨物。除了職員之外，還有少數未續約而成為自由市民的人，但公司也有權管制，甚至限定他們的貿易範圍。在荷蘭社群中，亦有身分等級的差別，公司的高階職位只保留給荷蘭共和國的高階市民，低階職位例如士兵、水手、工人多由外國人擔任。高階荷蘭市民普遍鄙視低階群體，並透過體罰控制其紀律。
1623年在荷蘭人還未統治臺灣時，大約有1500名漢人於臺灣嘉南平原生活或僑居，大部分都是來捕烏魚，或向原住民收購鹿製品，因此這些人都是短期居留，並未建立適合開墾的殖民地。荷蘭人設立商館後，發現臺灣土地肥沃，打算招募漢人於赤崁建立墾殖區，然而漢人農民經常遭受原住民的攻擊，因此在臺灣定居的漢人仍然不多。直到1635年到1636年間普特曼斯戰勝原住民，簽訂麻豆協約，特別要求原住民不得傷害漢人，並實施許多鼓勵發展農業的政策，才確立了漢人在臺灣的墾殖區。原本移民臺灣的漢人只有男性，直到1646年加隆長官提供免什一稅優惠，鼓勵漢人帶家眷前來，才有女性移民。又因中國大陸處於明、清朝代交替的動盪時期，有很多漢人為了躲避戰亂，移民潮掀起高峰，1659年以後，漢人人口成長至25000到30000人。
1640年代起後，漢人社群中開始產生一群叫做頭家的階層，成為大員當局諮詢政策的對象，並負責調解、仲裁漢人彼此的糾紛。這些頭家與福建的大商人有很密切的關係，又會參與公司在臺灣的經營事業，因此荷蘭人在財政或行政上都很仰賴這群人。
在荷蘭人還未統治臺灣時，已有日本商人與漁民常住於大員等地。1626年，西班牙人繪製的「臺灣的荷蘭人港口圖」上標示，日本人有106人居住在熱蘭遮城旁邊的街市上。普羅民遮城附近也有日人聚居。臺灣的鹿皮貿易在德川幕府的鎖國政策實行前亦由日本商人所獨佔。1625年後，荷蘭當局頒令禁止僑居日本之中國商人來大員經商，且對日本人自福爾摩沙輸出貨品課徵什一稅。此舉引發日荷關係緊張，終至演變為濱田彌兵衛事件，造成1628年日方終止與荷方貿易。經雙方多次交涉，1632年才恢復貿易。除貿易衝突外，荷日雙方亦曾在臺灣爭奪司法管轄權。日方僑領曾宣稱擁有日本天皇授予對日本人之司法管轄權，因而與荷蘭當局發生衝突。荷方認為此舉侵犯其對福爾摩沙的主權，然常因避免荷日關係惡化最後予以部分退讓。
1650年臺灣荷蘭統治時期荷蘭人所繪臺灣原住民與逐鹿中的族人
當時原住民部落，除了大肚王國及瑯嶠、瑪家等排灣族部落以外，社內少有絕對的統治者。原住民係以個別村社為政治實體，而有一群約定成俗的長老，或是精於作戰、狩獵的人物，作為村社對外交涉的代表。
荷蘭人統治臺灣後，藉由地方會議來挑選受其征服的各社首長，候選人來自社內長老，首長職權除執行當局政令之外，亦需協助宣教士推動教育事業。首長人數依村社規模而有所不同，如大社3位、中社2位、小社1位，首長若是年紀過大，荷蘭人也會多選1位首長以輔助。首長原則上一年一任，大多數人都能連任，荷蘭人亦會考量首長之品行、能力、健康、個人意願而更換人選。
但是，事實上，大部分的原住民部落都未被征服，因此大多數原住民部落仍保有自身的自治權。
當時荷蘭之國旗「親王旗」
臺灣雖然是荷蘭東印度公司之殖民地，但在法律上卻是荷蘭共和國以公司為代表之荷蘭屬邦，並由臺灣長官與臺灣議會所組成之臺灣領邦政府治理。政府以臺灣議會為最高統治機構，由臺灣長官，長官副手、最高階軍官、2位上級商務員擔任議員。議會的職責有頒布告令、統率軍隊、制定政策與貿易方針、指派下級單位的官員。議會所有決策皆由討論取得共識，再交付臺灣長官辦理，並將通過的法條記載在《臺灣告令集》（荷蘭語：），以荷文、中文公告。
臺灣議會下轄臺灣公司法庭，作為最高司法機構，以審理公司職員的民事、刑事案件。公司法庭下設市政法庭，審理自由市民與漢人之刑事及重大民事案件。另外還設有頭家公堂，負責審理漢人輕微的民事案件，依大員議會1656年的決議，訴訟標的價值低於10里爾的案件，只能由頭家公堂受理。
荷蘭人引入歐洲封建制度，以確立荷蘭人為領主、原住民為封臣的關係，再由地方會議及年貢加以維繫。服從荷蘭人的村社，須交出一株附有本地土壤的樹苗，象徵轉移主權。在此種關係上，荷蘭人認可原住民的土地為封建領土，荷蘭人或漢人在其領土從事伐木、開墾、捕魚等經濟活動，都要支付補償金給原住民。原住民身為封臣，司法上不受《臺灣告令集》約束，而是依各自部落的習慣審理案件，並由派駐在當地的政務員輔導與監督。然而涉及死刑或流放臺灣島外案件，需交由臺灣議會審理。
地方會議實況圖，長官與議員坐在上方有士兵護衛的亭子內，而原住民代表在長桌前的席位並排就坐
大員當局把臺灣畫分成北部地方會議區、南部地方會議區、淡水地方會議區、卑南地方會議區四大區域，原住民依其所屬區域推舉代表與會。會議係分區召開，開會日期亦有不同，南部、北部皆由長官主持，並於赤崁開會；淡水及卑南分別由駐於安東尼堡、卑南社的代表主持。原則上每年開會一次，也有因故停會，1657年就因南臺灣爆發天花，僅於淡水地方開會。
地方會議主要係確認原住民對長官的從屬關係，以維繫所屬村社與公司所簽的協約，亦有仲裁糾紛、訓示原住民須盡職責等涵義。若有新長官上任，原住民須宣誓效忠新長官，會議同時也改選村社首長，並授予其象徵權威的藤杖，而卸任者必須繳回受頒的藤杖，表示不再擁有權力。
荷蘭人更會藉由會議排場，展現己方的優越地位。每次長官及議員前往會場時，荷軍皆會鳴放禮砲及禮槍，並由士兵簇擁就座。開會時，長官及議員皆坐在較高的亭子，原住民則坐在較矮的桌椅上，顯示雙方地位有差距。荷蘭人為表示漢人的地位不如己方，通常不讓漢人出席會議，就算有人出席，也僅於宴會上端送茶、點心，明白表示漢人為公司屬下。
年貢起源於1642年，大員當局向南路各社徵收10綑稻穀，作為服從荷蘭人的象徵，此後並推行至其他地區。只是原住民對於一綑該有多少米，各有不同的認知，後來大員當局遂制定繳納標準，規定每戶交20斤稻米或4張鹿皮作為年貢。然而非每戶人家皆需繳交，荷蘭人所任命之村社首長即可免繳，大肚王及瑯嶠王也有同樣待遇，新加入聯合村者，第一年也免繳。
年貢徵收情形亦有地域差異，南、北二路繳交情況皆良好。距離大員較遠或未被征服村社則不需繳，如蘭陽平原、東部皆有原住民拒絕繳納，而瑪家王國則不需繳，甚至是由荷蘭繳納農作物以求和平，淡水原住民是在荷蘭人以武力威脅後才繳交。
雖然年貢並非大員當局重大的收入，然而原住民的生計自1640年代即開始下跌，有些村社甚至無力繳納。為此，大員當局於1648年停止徵收年貢，然而有學校的村社仍需付薪水給本地原住民教師。到了1650年，巴達維亞當局認為這是變相的年貢，下令廢止，教師薪水一律由公司出錢。
大員當局最主要的武力為公司僱用的士兵，負責前線作戰，而後勤任務另外僱用漢人擔任。然而大員當局非只依賴傭兵，由原住民組成的聯合村也為重要武力。聯合村起源於1635年時，大員當局與麻豆社的協約，條文明定原住民須協助荷蘭人對抗敵對村社，此後臣服荷蘭人的各村社皆比照辦理。往後聯合村也參與了多次重要戰役，如探金行動、郭懷一事件等。
當大員當局發動戰爭時，會另行考量征討對象的地理位置，以決定徵召哪些村社組成聯軍。例如西部平原為西拉雅族；南臺灣為瑯嶠、放索社、下淡水社；東臺灣為卑南社。尤其是離大員遙遠的地區，荷蘭人更加依賴聯合村，像是1640年代以後，荷蘭人僅留20餘人駐守東臺灣，皆須靠卑南社才能抗衡阿美族及布農族。
荷軍士兵如同歐洲各國的軍隊，普遍以鳥銃作戰，在戰術上率先歐洲，採用戰術來彌補裝填彈藥的空檔時間，讓火銃隊可發揮強大的火力。排放戰術在荷軍鎮壓郭懷一事件便發揮極大的作用，當時郭懷一部眾在人數上佔有優勢，然而當荷軍展開排放射擊後，郭軍畏懼密集的火力而開始潰逃，荷軍甚至無人受傷就鎮壓了起事。在大炮的使用上，荷軍炮彈已採用發射後可爆炸的榴彈，並透過瞄準工具，提高炮擊精準度。荷軍大炮在鄭成功攻臺之役造成鄭軍極大的損傷，讓鄭軍相當畏懼，甚至有人認為荷軍炮手能夠把炸彈投在任何想要的地方。
荷蘭船艦在中文文獻上被統稱為夾板船，荷軍的船堅炮利，就連明朝官員也相當畏懼。荷軍船艦兩側各架設一排大炮，可以架設30~36門大炮，船身又相當高大堅固，幾乎無法強行登船。荷軍船艦也有強大的逆風行駛能力，料羅灣之戰時，普特曼斯的艦隊戰敗後便逆風撤退，讓鄭芝龍的艦隊無法追上；在鄭成功攻臺之役時，一艘荷軍船艦逆著西南季風從大員航行到巴達維亞求援，幾乎扭轉戰局。在清荷聯軍之役，荷軍船艦展現出強大的戰力，當時荷軍15艘軍艦，便足以匹敵鄭軍100艘軍艦。
居於臺灣西南平原的西拉雅族已有從事原始耕作，只是型態仍不脫離自給自足，產量有限。荷蘭人為了提升農產量，開始鼓勵漢人前來臺灣開墾，並制定了許多獎勵措施。漢人只要種植指定數量的農作物，就可無償獲頒土地，也保證以預定價格收購翌年生產的農作物。甘蔗和米是最主要種植的作物，也有棉花、靛青、麻、小麥、薑、菸草、土茯苓等，只是種植都不如甘蔗和米熱絡。當時土地開墾集中於赤崁一帶，以及西拉雅四大社交界之處，而1656年後二仁溪以南的土地也迅速開發。
甘蔗係荷蘭人農業發展之重點，用於提煉外銷用的白糖、紅糖，主要銷地為日本和波斯，其餘則運回巴達維亞。1640年代後期每年大約可提煉出9000擔的白糖，到了1657年後產量更是達到17000擔。大員當局也多以信貸政策刺激甘蔗種植，像是以生長中的蔗苗作擔保品貸款給漢人，不過荷蘭人獨占所有砂糖的出口，直到1656年才開放他人經營。
稻米除了供臺灣本地消費之外，也有農民把米賣至中國。雖然1634年起漢人就開始種米，但稻米比甘蔗較易受氣候、病蟲害的影響，起初耕種並不熱絡。到了1640年代，因中國米價持續高漲，許多農民放棄種甘蔗而改種稻米。因為稻米的經濟價值較低，大員當局擔心排擠種植甘蔗，於1643年取消了稻米收成免稅，開始徵收稻米什一稅。
17世紀早期，臺灣西部平原充滿了大量的臺灣梅花鹿，此時已有原住民從事獵鹿，鹿隻除了作食用以外，也會製成各種鹿製品以供交易。鹿皮主要銷往日本，以製成甲冑及各種服飾；而銷往中國的有鹿肉，以及藥用的鹿茸、鹿鞭。由於出口鹿製品的獲利頗多，引來不少華人前來走私，而大員當局往往苦於查緝走私商。1636年，大員當局為了管制鹿製品貿易，開辦狩獵執照，漢人需購買執照才可獵鹿，同時也對出口鹿製品課稅。但是大員當局的措施，引起了走私漢商及原住民共同反抗，最激烈的首推虎尾壠社。反抗事件平息之後，大員當局廢除了執照制度，改採贌社制。在新制度下，大員當局禁止漢人捕鹿，只有得標的商人才能和原住民交易鹿製品。
原住民係以槍矛、弓箭、網、套索等傳統方式來狩獵，所耗勞力較多，鹿皮產量有限。漢人介入捕鹿事業之後，引進效率較高的陷阱，大幅提升了鹿皮產量。1634年臺灣只有出口鹿皮10萬張，引進陷阱後，1637年的出口量就上升至15萬張。但是漢人濫捕也讓鹿隻大量減少，大員當局遂禁用陷阱捕鹿，並於1640年到1641年間完全禁止獵鹿。到了1650年代，鹿隻數量略有回升，但鹿皮產量也只剩5萬張，已不如往年興盛。
漁民最常捕的係烏魚，每逢冬季就有大量烏魚迴游到臺灣海峽產卵，當時的打狗港、堯港（Jockan，在今梓官區）皆係著名的漁港。除了已定居臺灣的漁民之外，每年12月到次年2月也會有福建漁民前來捕魚。捕烏魚須繳納10%的漁獲作什一稅，其他魚類則是按船徵稅。因烏魚無法長期保存，漁民會先醃漬烏魚再賣出，或是加工製成烏魚子，每年約有數十萬尾烏魚賣到中國。
1645年以後，大員當局引進贌港-{制}-度，把臺灣沿海以及內陸湖泊劃成許多漁場，唯有得標者才可進入捕魚。另一方面，大員當局也開始標售徵收烏魚稅的權利，得標者即可免稅出口所徵收的烏魚及烏魚子。
荷蘭人建立大員商館後，便以其為據點發展轉口貿易。貿易目標係獲取中國的金和日本的銀，1636到1667年間，從日本賺來的白銀有71.9%都被運來臺灣，除了購買中國貨物之外，再把其餘分給其他商館作資金。黃金則是運往荷蘭人在科羅曼德爾海岸的商館。
荷蘭人從中國大量收購生絲、絲綢、瓷器、棉布等商品。生絲及絲織品轉賣日本、瓷器轉賣歐洲、棉布轉賣東南亞或供應臺灣本地。此外荷蘭人也從東南亞購入胡椒、丁香、蘇木等香料，賣至中國獲利。1635到1640年是轉口貿易的鼎盛期，絲貨的貿易額，佔荷蘭人賣到日本商品總值80%以上，而這些絲貨有87%係從臺灣運來。
然而1640年以後，中國開始蔓延戰亂，絲貨與瓷器的生產銳減，加上鄭芝龍為獨占日本市場，抵制華商運絲貨到臺灣，轉口貿易開始衰敗。貿易型態也由轉口中國商品，改為出口臺灣本地生產的鹿皮及砂糖。中國市場也受戰亂波及，對香料的需求減少，荷蘭人賣到中國的商品則改為鉛與硫磺，其中鉛從暹羅購入，而硫磺為臺灣出產。
將原住民改宗成基督徒，也是荷蘭統治時代的施政重點，而西拉雅族的部落最接近熱蘭遮城，因此宣教士便從西拉雅部落，開始推動基督教信仰。當時西拉雅人的某些社會風俗，並不相容基督教義，例如不到36、37歲的婦女懷孕必須墮胎、夫妻分居。西拉雅人為多神信仰，並由稱為尪姨的祭司負責祭祀，尪姨也會藉由占卜、預言等方式影響西拉雅社會風俗，尪姨也負責對婦女墮胎，宣教士因此將尪姨視為最大的傳教阻力。為了減少尪姨的影響力，1641年荷蘭人便把250名尪姨，流放到西拉雅部落北方的諸羅山，並進行基督思想改造。直到1652年，才準許她們返回原部落，並要求不得從事原有的宗教活動，然而存活下來的尪姨只剩48人。
雖然宣教士試圖讓原住民接受基督教，然而原住民仍然透過原有的文化風俗，加以理解基督教。例如有不少改信基督教的原住民，為了避免狩獵、耕作失利，才虔誠地對上帝祈禱。對於基督教的價值觀，也是選擇性接受，原住民可以接受夫妻共居、共育子女的精神，然而夫妻須白頭偕老，則未必能接受。因此到了1658年，以揆一為首的大員議會，便抱怨改宗基督徒的原住民，仍然有崇拜偶像、通姦、亂倫等行為。
早在荷蘭人統治初期，就已有宣教士深入原住民部落佈教，為了使原住民能更了解基督信仰，宣教士開始把宗教教育制度化。1636年5月26日，臺灣史上第一所學校於新港社成立，課程除基督教教義外，並傳授以拉丁字母讀寫原住民語言。新港辦學成功後，很快也推行至西拉雅語區（約今新市區到嘉義市）及虎尾壠語區（約今虎尾鎮至二林鎮）等地的部落。
學校依招收對象可分成兒童、成年男子、及女子三種，惟荷蘭人為提升男性社會地位，只讓男性接受識字教育。學校的教材有教義問答、祈禱文、講道文等等，為求原住民容易理解，教師多以本地語言教學。然而1648年後，大員當局改推行荷蘭化教育，學校開始教授荷蘭語，也依荷蘭本土的作息來上課，並要求原住民改成荷式姓名、改穿荷式服飾。
在師資方面，除了派來的牧師、探訪傳道以外，教師亦有士兵轉任或由原住民擔任。然而士兵素質參差不齊，時有違法亂紀，原住民教師的地位則日益加重。1659年，大員當局遂於蕭壟社創辦神學院蕭壠神學院(Collegium te Soelang，1659-1661)，以培育原住民師資。學院採寄宿制，招生名額為30人，入學年齡為10到14歲，須通過考試才能入學。由第8任長官法蘭索斯·卡隆（Fran?ois Caron）的兒子丹尼珥（Dani?l）擔任神學院的副院長。
*《馬太福音新港文版本》（西拉雅語）
*《虎尾壟語詞典》（巴布薩語族之虎尾壟語）
*《新港文書》（漢人稱「番仔契」）
早在1623年荷蘭人來臺灣探勘時，麻豆社曾與目加溜灣社聯手進攻荷軍，往後兩社開始結盟對抗荷蘭人。1626年麻豆社、目加溜灣社與新港社爆發衝突，荷蘭人前往支援。麻豆人眼見荷蘭人與新港社拉近關係，決定徹底逐出荷蘭人，便於1629年策動麻豆溪事件，擊殺63位荷軍士兵。事件爆發後，目加溜灣社、蕭壠社也開始攻擊荷蘭人，然而目加溜灣社隨後被荷軍擊潰，麻豆社只得與荷蘭人暫時停戰。不過麻豆社實力依在，遂率軍至魍港攻擊受荷蘭統治的漢人，甚至鼓動部份新港人舉辦被荷蘭宣教士禁止的傳統祭典，挑戰荷蘭人權威。只是麻豆社卻與蕭壠社爆發衝突，蕭壠社轉而與新港社結盟，局勢逐漸對麻豆社不利。後來麻豆社與蕭壠社和解，並再次結盟對抗荷蘭人，然而荷蘭人藉著巴達維亞的援軍，終究壓制了麻豆社與蕭壠社。
早先新港社為了抗衡麻豆社，與荷蘭人結盟，然而新港人一再受到麻豆人騷擾，眼見荷蘭人無力保護自己，便打算與日本人結盟。1627年16名新港人隨濱田彌兵衛前往江戶晉見德川家光，一行人返回臺灣後，引爆了濱田彌兵衛事件。1629年長官奴易茲率兵突襲新港社，破壞前往日本的新港人房屋，此事件令新港社與荷蘭人的友好關係降至谷底。隨後荷蘭人又重挫於麻豆溪事件，一些新港人不再理會宣教士的教導，並反抗宣教士干涉西拉雅傳統。1635年9月，有新港人密謀驅逐荷蘭人，然而消息走漏後，參與密謀的人皆被逮捕，計畫遂宣告失敗。
1640年代起大員當局陸續對漢人開徵新稅，其中又以人頭稅最具爭議，荷軍士兵常會藉著檢查人頭稅，加以勒索、搶奪漢人的財物。漢人曾多次抗議人頭稅實為苛政，有些漢人領袖藉著這些不滿，聚眾反抗荷蘭人。1643年一位海盜金官（Kinghwangh），就佔據馬芝麟社（Bethgierim，今鹿港），並深入內陸臣服二林、大武郡（Tavocul，今社頭鄉）等十個村社。金官宣稱自己係統治北方的長官，而荷蘭人為統治南方的長官，雖然金官於羿年被捕並遭處死，荷蘭人卻未改善漢人的困境。1650年以後甘蔗業開始衰退，不少人因此失業或被迫降低工資，再次掀起漢人極大的不滿。1652年郭懷一遂起事反抗荷蘭人，答應事成後眾人可平分財物，並免繳人頭稅做為號召，大舉進攻赤崁。
荷蘭人在臺灣的統治對臺灣歷史有五點意涵。
# 荷蘭以熱蘭遮城為中心所建立的殖民政權，是臺灣歷史上第一個粗具現代國家雛形的統治機器。
# 在荷蘭人治臺以前，漢人移民很少，一直要到荷蘭時代以後，才大量引入漢人。亦即荷蘭統治期間，才是臺灣漢化的開始。
# 荷蘭人治臺灣的時候，對原住民所採取的所謂教化政策，確也收到相當的效果，透過羅馬字拼音法（參見新港文書條目）的傳入，「對幾千年來未經開化並沒有使用過文字的臺灣原住民來說，這種源自羅馬帝國歐亞文字文明的傳來，可以算是要邁向新世界的開端。
# 由於荷蘭人的重商主義，臺灣原本自給自足的農耕漁獵一下子變成商業性的產銷，臺灣島內的生產和外洋貿易連結在一起，農業生產者須兼具商人的性格，於是有了臺灣商販的興起，出現了初期資本主義經濟的雛型。
# 過去歷史學者大多以漢民族史觀，強調荷蘭人運用各種手段剝削漢人，楊彥杰就認為荷蘭人的統治基礎係建立在血腥鎮壓上，歐陽泰則認為此觀點太超過。從一些原住民的歷史記憶來看，又是另外一種觀點，原住民流傳的荷蘭人傳說，正面形象多於負面，甚至有了紅毛親戚的稱呼。荷蘭統治也成為光榮傳統的一部分。
不過，歐陽泰表示，這不代表可以美化荷蘭人的統治。只要荷蘭人認為值得，仍然會用暴力對付不肯服從的原住民，以締造荷蘭治世。小琉球大屠殺即是一例，荷蘭人把少年以上的男子全部屠殺，剩下的人口則強制遷徙。翁佳音也指出，原住民服從荷蘭人成為封臣後，因為名義上受荷蘭人保護，而需要負擔義務作為代價，例如隨軍征伐、傳遞公文等其他雜役。這些役使原住民的制度，後來都被鄭氏王朝及清朝承襲，讓原住民隨時苦於官方的使喚。另外荷蘭人引進的贌社制，也被後世政權沿襲，將稅收發包給漢人承包商、通事辦理，不少商社遂利用此特權加以剝削原住民。
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*方豪，1994，臺灣早期史綱。臺北：臺灣學生書局。
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* 國立故宮博物院：福爾摩莎 --- 十七世紀的臺灣、荷蘭與東亞
* Spanish Governors-General, Governors, and Missionaries (How Taiwan Became Chinese: Appendix B)
臺灣清治時期，又稱為清領時期，是指臺灣由清朝統治的歷史時期，自1683年清朝康熙皇帝派施瑯滅明鄭起，至1895年4月清朝與大日本帝國簽訂《馬關條約》將臺灣割讓予日本為止，共計212年，是臺灣歷史上統治持續時間最長，且唯一超過百年的近代政權，但清朝政府從未將臺灣全島納入行政版圖之中。
清朝將明鄭臺灣納為領土後，最初劃為福建省的一部分，1874年發生牡丹社事件後，臺灣重要性升高，自此開始增設府縣、經濟現代化等積極建設，並於1885年在臺建立福建臺灣省。由於甲午戰爭的失敗，清朝在1895年4月與日本簽訂《馬關條約》，將臺灣永久割讓給日本。歷經臺灣民主國的短暫抵抗後，臺灣在同年6月進入為期50年的日本統治時期。
康熙22年（1683年）農曆六月，福建水師提督施瑯在澎湖海戰中擊潰東寧王國劉國軒艦隊，未久，位於承天府（今臺南市）的延平郡王鄭克塽於七月十五日（新曆9月5日）向施瑯請降，康熙皇帝經過議政大臣會議討論後，七月份決定接受鄭克塽投降，並下令鄭克塽家族及其部屬悉數搬離臺灣、遷至北京或山東；八月十八日（西曆10月8日），鄭克塽率眾剃髮易服，東寧王國為期21年的統治正式結束。
明朝宗室朱術桂等因不願投降而自殺，若干鄭氏宗室（如鄭成功第六子鄭寬）因擔心遭到迫害而從此隱姓埋名。後人鄭守讓稱祖先因此舉才得以僥幸躲過滿門抄斬，因此告誡後世子孫不得對外洩露家族為鄭成功後代的秘密。
臺灣自十六世紀（明代嘉靖朝後），便是福建、廣東、日本等海盜倭寇的窩藏之地，由於貿易昌盛，陸續吸引西方國家如葡萄牙、西班牙進犯明朝東南沿海海域荷蘭與西班牙更一度佔領臺灣作為對明朝、日本貿易的據點，繼而統之的東寧政權，即是來自以鄭芝龍、鄭成功父子為首海商武裝集團勢力的延續。
1679年，福建總督姚啟聖與巡撫吳興祚合奏，提議請荷蘭出兵聯手滅鄭，再將臺灣歸還荷蘭，康熙批示「依議」，派特使團到荷蘭治理巴達維亞（今雅加達）要求派遣艦隊協攻臺灣。荷蘭轄下的東印度公司總督以無人統兵回拒。
故1683年攻下臺灣，康熙皇帝視臺灣為海盜淵藪之地，進攻臺灣原只存「遷其民而棄其地」之念頭，對於是否納臺灣入清帝國版圖猶豫了十個月之久；一方面康熙除了臺灣問題之外，還需分神處理俄羅斯對黑龍江邊境侵擾（雅克薩戰役），境內平定三藩之亂也有不少內政問題有待解決，於清廷而言正值多事之秋，若要再將臺灣收入版圖，勢必又要大量開銷來設置官署、招募駐防兵源，對於財政上無異一大負擔。
1683年7月施瑯攻臺後接見俘虜Alexander vans Gravenbroek，詢問荷蘭屬下的東印度公司，是否有意願重新占領臺灣？總督閣下是否願意花費代價取得臺灣？
爾後由荷蘭俘虜帶信給巴達維亞的東印度總督，探詢荷蘭購臺灣意願。
眼見康熙皇帝猶疑未決，平臺有功的姚啟聖、施瑯陸續上書康熙，盡皆主張納臺灣為版圖才能根除陳年已久的海寇騷亂，施瑯更上書〈恭陳臺灣棄留疏〉，力陳臺灣對於鞏固東南海防戰略地位的重要性，且表達外國勢力諸如荷蘭等屢屢對臺灣之覬覦野心。康熙皇帝則唯恐受封靖海侯的施瑯有自恃功臣、領臺有擁兵自重之虞，遂另行諮詢閩籍老臣李光地之意見，李光地大致贊同施瑯的保臺疏議，另外提出三年輪調一次「班兵制度」以理臺，終於獲得康熙皇帝首肯，確定於康熙23年4月（西曆1684年5月底）將臺灣編入清帝國版圖。
約翰·芬伯翁作品《澎湖島及福爾摩沙海島圖》
康熙皇帝領有臺灣，因恐臺灣孤懸海外、軍民據島作亂，乃設置班兵制度，凡軍官、兵丁等一律從中國內地輪派，不得由臺灣當地徵召，且凡武職人員三年一換，並不準官員攜眷來臺。在行政單位的設置上，將臺灣、澎湖併入福建省，最高長官設福建分巡臺灣廈門道，任命周昌為首任道員；廢除原東寧王國的天興州、萬年州，另置「一府三縣」：府治稱臺灣府，屬臺灣縣（約今臺南市），臺灣縣以南設鳳山縣（約今高雄市、屏東縣），以北設諸羅縣（約今嘉義縣以北，不含今宜蘭縣、花蓮縣、臺東縣），縣級以下坊里莊社等行政名稱、劃分多沿用東寧王國舊制。
清廷取消海禁政策，另外頒布渡臺禁令：其一，欲渡臺者需經官府稽查審核，偷渡者必處嚴懲、其二，凡渡臺者，皆不許攜家帶眷、其三，不準廣東省民渡臺。渡臺條例雖有此明文，禁令條文亦偶有增減，但其實沿海管制並不嚴格，禁令形同具文，偷渡移民在所多有。
遷臺人數長期以來並無控管盤查，不少移民因無法治生產淪為遊民，且男女比例失衡，社會不安、治安日壞，閩浙總督覺羅滿保早在康熙57年（1718年）提出警告，惟可惜康熙年間官兵怠於治理的態度放任過久，積習難改，地方十分吏治敗壞，民怨四起，最終仍導致康熙60年（1721年）杜君英、朱一貴等叛亂起事的發生。
這一時期臺灣雖歸屬清廷，但對臺灣治理有實質影響力的是施瑯及其家族，施瑯家族不僅接手並壟斷前東寧王國之貿易市場，更挾有軍功之威望支配鹿港（今彰化縣鹿港鎮）地區，引渡不少泉州移民來臺發展。
雍正帝在1723年即位之後，勵精圖治，大力整飭康熙朝後期的弊病，連帶影響對臺灣治理的態度，其中以藍鼎元的獻策對雍正皇帝的治臺方略頗具影響。藍鼎元為漳州人士，朱一貴事件爆發時，隨族兄藍廷珍平定亂事一同來到臺灣，隨後便提出臺灣的治理方略，不少獲得雍正皇帝採納。
在朱一貴事件平定後，朝廷鑒於諸羅縣幅員過廣，不易管理，經藍鼎元倡議，朝廷在雍正元年（1723年）於大甲溪以北設「淡水廳」，大甲溪以南、虎尾溪以北設置「彰化縣」，彰化縣縣城設於半線-{莊}-（今彰化市），並將原在諸羅縣（今嘉義市）之北路協鎮移駐到彰化縣，便於北控淡水、南馭諸羅。雍正五年（1727年），澎湖群島從臺灣縣分割出來，設「澎湖廳」。雍正朝「一府四縣二廳」之行政規制沿用近九十年，直到嘉慶17年（1812年）朝廷增設「噶瑪蘭廳」（約今宜蘭縣）才有所改變。
雍正二年（1724年），福建水師提督藍廷珍在大肚溪北岸設立藍張興-{莊}-（約今臺中盆地南緣），報墾立戶陞科，申辦墾照「藍張興」，引渡漳州移民偷渡來臺開墾農田、闢建水圳；同年取消廣東省移民來臺的禁令，客家移民也在雍正年間起有規模地移入臺灣。藍鼎元上書雍正皇帝，建議批準移民攜眷渡臺，以期降低臺灣械鬥動騷亂，獲得雍正帝同意，並在雍正十一年（1733年）頒布實施，福建、廣東移民漸趨容易，數量也日益增多。
根據臺灣學者曹永和《近世臺灣鹿皮貿易考》一書中考證，臺灣在康熙末年因應鹿皮數量減少，已無法再靠外銷鹿皮獲得商業利益，臺灣產業結構在雍正年間開始轉往農業發展。
綜觀雍正時期的臺灣產業結構，清廷大肆招募移民開辦「水田化運動」，稻米取代鹿皮成為產業主力，朝廷又推行「臺產稻米資閩省內地」等政策，臺灣脫離了原本自十六世紀荷治、明鄭時期附屬亞洲貿易網絡的體系，轉為大清帝國內需經濟供應的一環，故雍正一朝可謂臺灣地區產業結構轉型的關鍵時期。
不過，隨著漢籍移民陸續增多，農作拓墾範圍相應擴張，侵犯臺灣原住民既有生活領域漸多，雙方矛盾日益嚴重，引起原民不滿、憤而反抗，以雍正年間爆發的邵族骨宗事件、道卡斯族大甲西社事件為代表，後續嘉慶年間尚有郭百年侵墾事件之發生，造成西部平埔族遷徙大至山區、丘陵地區。
康熙皇帝收臺灣之初，多擇良吏派往臺灣，如臺灣知府蔣毓英、諸羅知縣季麒光與臺廈道陳璸任內皆頗有建樹，但康熙皇帝晚年怠政，對於貪官汙吏皆從輕發落，造成各地吏治敗壞，也包括臺灣在內。康熙60年（1721年）爆發的朱一貴事件便顯現出當時臺灣官員無能腐敗問題。雍正皇帝即位之後大力整頓，吏治風氣一度好轉，但雍正皇帝在位13年後人亡政息，1735年即位的乾隆皇帝對臺灣並無心思經營，大多採取放任政策，臺灣長年皆處於吏治敗壞的狀態，才會導致當地械鬥四起、民亂不斷，尤以乾隆51年（1787年）的林爽文事件、同治元年（1862年）的戴潮春事件為幟。
乾隆51年（1786年）的林爽文事件弭平之後，乾隆皇帝肯定諸羅縣軍民在這場亂事中同心戮力、抗敵有功的表現，乾隆52年（1787年）「諸羅縣」更名為「嘉義縣」，乃取「嘉勉其義」之意，但臺灣行政設置仍保持「一府四縣二廳」，並未變動。
直到嘉慶初年，漳籍的吳沙率領漳州、泉州、粵籍人士向今宜蘭地區開墾，侵占噶瑪蘭族土地，造成當地原漢糾紛甚多，實有新設行政官廳的必要，朝廷遂在嘉慶16年（1811年）增設「噶瑪蘭廳」，正式將宜蘭地區納入清朝行政版圖；爾後又延續牡丹社事件爆發之後的同治13年（1874年），長達六十多年時間行政機關未再有變動。
道光年間，曾任臺灣道、福建巡撫的徐宗幹便曾對臺灣吏治之敗壞提出四大原因：其一，地理位置孤懸海外，官員若自行其是，上級監督不易、其二，因朝廷採行「本籍迴避政策」，派駐臺灣的官員不諳臺灣普遍的通行語，和下層民眾言語不通，下情無法上達，雙方易有誤會、其三，官員俸祿極其微薄，以致貪汙受賄，乃至於官商豪族勾結情事層出不窮、其四，官衙辦公經費匱乏，凡招募人事、公共建設經辦等，多令主事者往往有心無力，又或因循茍且，得過且過，故徐宗幹才有臺灣「三年一大反，五年一大亂」之喻。
臺灣可考民變紀錄根據許文雄〈十八及十九世紀臺灣民變和社會結構〉一文統計，總計為107次，茲舉乾隆朝60年計29次、嘉慶朝25年計20次、道光朝30年計34次等等，尚不包括鄉里之間難以計次的族群械鬥（閩客械鬥、泉漳械鬥以及原漢衝突），足見18世紀中葉之後臺灣社會的動盪不安。但也有一群平民藉由協助朝廷平亂促成階級流動，因功受封官銜、官職，或獲取土地、特權，進而躍昇為土豪世族之事例，諸如霧峰林家（林朝棟）、鹿港楊家（楊振文）、新竹鄭家（鄭崇和）和雲林張家（張士箱）等。
除此之外，臺灣在18世紀中葉後，西部漢人人口數業已逼近200萬，清朝政府雖採「原漢隔離」的政策，明文禁止漢人侵犯原住民土地，交界處設有土牛、石牌、紅線等，但保護地權整體效果不彰，大部分的土地仍落入漢籍業戶手中。西部平埔族群（道卡斯、巴宰、巴布拉、巴布薩以及洪雅族）面臨漢人的墾伐，獵場漸失，只得選擇遠離故土，集體遷徙至丘陵、內山等區域居住，而未隨同胞遷移的平埔族人，只得依附漢人，或與其通婚，於是文化及語言也漸趨漢化。
19世紀中葉以後（約莫道光皇帝末期、咸豐皇帝在位時期），清帝國內地接連面對鴉片戰爭、英法聯軍、太平天國之亂等問題，朝廷應付內憂外患業已自顧不暇，難以付諸心力經營東南一隅的臺灣，直到同治十三年（1874年），日本帝國進犯臺灣爆發牡丹社事件之後，朝廷重臣因恭親王奕訢、李鴻章、左宗棠帶起一場「海防與塞防之爭」的朝廷議論，嗣後才有沈葆楨主導南洋海防，並遠赴臺灣經辦政務、大興變革之情事。
沈葆楨自同治13年（1874年）5月份受命為欽差大臣，被派往臺灣前線，處理與日軍談判〈北京專約〉之事，直到該年年底日軍全部撤退期間，足以令沈氏對臺事務頗有涉獵。其後，沈葆楨提出多項治臺方略，獲得朝廷批準，自翌年光緒元年（1875年）之後，清廷兼採「鞏固海防（沿海、臺灣）」與「塞防（蒙古、新疆）」之國策，對臺灣治理轉入積極。
臺灣史學界多認為清廷初期對臺的方針是「消極治理」，然而美國學者邵式柏（John Robert Shepherd）對「消極說」成功發起批判，使其專書成為臺灣史研究者經常引用的書籍。邵式柏直指消極說是來自於多種不同立場的政治正確議題而非事實，並以系統性比較臺灣與其他邊疆地區，如在臺灣派遣許多縣丞，比例高於大陸其餘各地，甚至也在本島派遣重兵。另外清廷也派遣經驗豐富的官員制訂政策並試圖落實，務求盡量擴充臺灣稅收潛力，及減低控制成本。總總顯示清廷在臺灣投下大量成本心力，而非忽視臺灣。邵式柏更指出臺灣的「械鬥」問題並沒有比其他大陸沿海各省更猖獗，羅漢腳也是中國許多邊疆地區所共有的。中研院學者康豹（Paul R. Katz）認為邵式柏提出令人信服的主張，來說明清帝國其實是積極治理臺灣等邊疆地區。臺灣史學者翁佳音認為此論點修正清朝視臺灣為邊疆、無足輕重，以及統治官僚顢頇無能的通說。
沈葆楨於1874年於臺南海濱所建億載金城，為清廷力圖振作的產物。
中華民國歷史教科書普遍視1874年的牡丹社事件為消極轉積極的關鍵，然另有史料著述如下。
沈葆楨到任不足一年，被提升為兩江總督兼通商大臣而離開臺灣，以致其改革構想未完全實現，但由其繼任者、福建巡撫丁日昌繼承下來。丁日昌和沈葆楨一樣是屬於清末改革運動、「洋務運動」的推行者。其施政計劃，包括把沈葆楨的政策推進更上一層外，為強化臺灣內部以及與清廷的連繫，敷設通信用電線，以及在基隆至恒春之間建設縱貫鐵路等。但是，丁日昌的任期也很短，在任中所實現的主要業績，只有臺南與打狗間及臺南（府城）與安平間、合計九十五公里的通信電報用電線敷設而已。
第一次鴉片戰爭之後，清廷認為列強對清領土及屬地抱有企圖。日本出兵臺灣（即牡丹社事件）以後，直接以武力攻擊臺灣的是法國。清朝為了保護藩屬國越南與法國發生中法戰爭，1884年四月派艦隊強行侵入基隆港，除測量港灣外，並強制購買煤炭。同年八月，又登陸基隆將砲臺加以破壞，並在市街遊行威嚇後撤退。其後，又於九月攻擊基隆及淡水、十一月至翌年（一八八五年）二月期間，反覆地攻擊基隆周圍，法軍一時也曾佔領。但是結果未能完全佔據臺灣北部，於是將目標轉向防衛較弱的澎湖島，1885年三月底佔領澎湖。及至四月中旬，以越南成為法國的保護國為前提，成立清法兩國停戰協定，解除對臺灣海上的封鎖並由澎湖島撤兵。這次法國對臺灣的軍事行動，使清廷認識臺灣的重要性，成為臺灣建省的關鍵。
大清帝國與英國的鴉片戰爭期間，自1841年9月起英國艦隊數度出現臺灣外海，試圖佔領北部基隆港與西海岸中部梧棲港，但都沒有成功。接著於1854年7月，剛與日本締結親善條約由培理率領的美國東洋艦隊在基隆港停泊約十日間，借口搜尋失蹤水兵，登陸勘查基隆煤礦。培理返國後，提出報告力陳臺灣適合作為美國的遠東貿易中繼站，臺灣有如圍繞佛羅里達半島和猶加敦半島、制御墨西哥灣的古巴，主張加以佔領。培理的主張雖未實現，但其報告卻引起歐洲各國對臺灣的注意。
此後，於1856年10月在廣州發生亞羅號事件，為處理善後，於1858年6月締結天津條約。依據天津條約，清廷將臺灣的淡水（1862年）、基隆（1863年）安平、打狗（今日之高雄）均於1864年陸續開放，並且允許宣教士來臺傳播基督教。
開港同時，歐美各國商人開始進出通商港口，傳教師也陸續來臺，並與居民頻頻發生摩擦與糾紛。自處理1868年英國商人因收集樟腦發生的糾紛(詳見:樟腦戰爭)以後，清朝官憲在英國艦砲威脅之下，都以委曲求全的方式解決。那時所締結協定的概要是：
# 廢止樟腦官營，容許外國人及其雇員自由買賣，
# 準許外國商人在臺灣旅行，
# 賠償過去教會的損失，禁止居民對基督教誹謗，
# 宣教師有權在臺灣各地居住與傳教，
# 本地人與外國人的糾紛，應由清朝官憲與英國領事共同裁判等等。
雖是與英國的協定，但也適用於其他列強。這樣一來，各國與清廷所締結的不平等條約，也一併適用於臺灣了。自此臺灣經濟成為世界經濟的一環，由北部淡水及基隆輸出茶與樟腦，由南部安平及打狗輸出砂糖，輸入即以鴉片與雜貨為主。
日本於明治維新後，於1871年，發生琉球宮古島的居民六十六名漂流至南臺灣恆春半島、其中五十四名因誤闖原住民領土，被高士佛社的排灣族殺害、剩下十二名脫險返國的「宮古島民臺灣遇害事件」。琉球同時受到日本及清朝的保護，日本以「懲辦兇手」為藉口，出兵臺灣，1874年攻打排灣族牡丹社諸社，即「牡丹社事件」。日本政府利用此事件，以及小田縣民於卑南族領地之事件，使清朝承認牡丹社事件，日本出兵臺灣為「保民義舉」，令日本領有琉球的承認，並將勢力擴及臺灣。翌年1872年，日本政府設領事進駐福州探窺臺灣情形，並暗地裡派遣陸軍少校樺山資紀（後為首任臺灣總督。）與在中國留學的水野遵到臺，做實地調查。與此同時，以破例年薪一萬二千銀元將美國前駐廈門領事、精通臺灣事務的李仙得  (C.W. LeGendre) 聘為外務省顧問，進行向臺灣出兵的準備。對李仙得甚至答應將來任命他為臺灣總督。
李仙得1867年於廈門領事任內，與南臺灣的瑯嶠十八社頭目卓杞篤之間締結有關救助海難的約定。當時在臺灣南部海上，美國船之外有多數外國船遇難，遭難者擅闖原住民領土，而被部落處決的事件頻頻發生，而清廷表明原住民與其所居住區域為「化外之民、化外之地」非清朝領土，而是屬原住民的領土範圍，所以李仙得直接與卓杞篤接觸並締結約定。
日本外交大臣副島種臣於1873年3月赴北京交換「日清修好條規」批準書時，為牡丹社事件向清廷提出交涉。清廷以臺灣居民係「化外之民」，該地區屬於「教化未及之地」，劃清牡丹社事件之責任。受此回應，日本政府即於1874年4月，任命陸軍中將西鄉從道為臺灣蕃地事務都督、大隈重信為臺灣蕃地事務局長、李仙得為事務局二等官，做為出兵臺灣的首腦陣容。由西鄉率領日軍，同年五月十七日由長崎出發，二十二日在臺灣南部的恒春附近登陸。雖然受到瘟疫與臺灣原住民游擊式反擊，仍於6月成功地佔領恒春半島。
西鄉等佔領臺灣南部期間，日本政府派遣大久保利通為全權大使，由李仙得陪伴前往中國，重覆交涉的結果，於同年十月三十一日締結「北京專約」，清廷以購買日軍所建房舍道路名義付日本五十萬兩銀錢，而日本則答應由臺灣撤兵。清廷在條約中稱日本出兵臺灣是「保民義舉」，並且同意支付受害者遺族慰問金十萬兩白銀。其中保民所指為「日本國小田縣民」，但日本片面解釋為清廷對琉球屬日的承認。
日本出兵臺灣，成為清廷的一種警訊。清廷在日軍到達臺灣後的1874年五月二十七日，迅速任命沈葆楨為「欽差兼辦理臺灣海防事務大臣」並派遣來臺。沈葆楨由船艦兵員隨伴，於同年六月十七日到達臺灣，顯著地強化臺灣的防衛力量。不過，沈葆楨的任務非要與日本一戰，而是要積極使臺灣發展。
在中法戰爭中，清廷於1884年六月授與前直隸陸路提督劉銘傳巡撫頭銜，使其負責臺灣的行政與軍務。同年七月，劉銘傳到達臺灣，因鑑於北部遭受法軍攻擊的情勢，親自駐守臺北。劉銘傳就任管轄臺灣及福建的福建巡撫時，向朝廷建議臺灣與福建分離被採納，1885年十月臺灣成為獨立的「福建臺灣省」，劉銘傳被委任為第一任臺灣巡撫。福建臺灣省成立後，立即修改行政區劃：臺灣省之下，設臺東直隸州與管轄淡水縣、新竹縣、宜蘭縣、基隆廳的臺北府，管轄臺灣縣、彰化縣、雲林縣、苗栗縣及埔里社廳的臺灣府，管轄安平縣、嘉義縣、鳳山縣、恒春縣及澎湖廳的臺南府等三府十一縣三廳一直隸州。將臺灣省省會定於臺灣縣（今臺中市）。此時重編之行政區域，成為後來臺灣總督府以及戰後劃分行政區的基礎。劉銘傳創設直屬臺灣省的三十幾個機構，又把原來的機構加以改組。其中比較重要的有徵收稅租的稅厘總局、負責樟腦專賣的腦務總局、徵收茶稅的茶厘總局、負責食鹽生產與徵稅的鹽務總局、推行煤炭採掘的煤務局、促進海上運輸與管理的輪船局、推行開拓與開墾的撫墾局、負責公眾衛生與疾病治療的官醫局等等。幾乎所有這些機構，雖然名稱有所改變，都被日治時代的臺灣總督府繼承下來。
劉銘傳的改革，係以居民自己負擔為原則，可說是一種「就地取材主義」，並非來自中央投資。當時臺灣的財政主要依靠地租，劉銘傳採取清賦措施，向朝廷上奏「三至五年之後，將以臺灣之財收自給自足」云。劉銘傳於光緒十二年（1886年）四月，設清賦總局於臺北，三個月內完成居民的人口調查，並進行兼具治安目的的「保甲」編制。保甲制度即是，以「甲」為單位，將居民置於連坐制之下加以管理，以十戶為一甲、十甲為一保，甲有甲長、保即設保正。人口調查完成後，隨即著手土地的調查，確定土地及田的所有者，摘發漏稅的「隱田」，並確定其所有權人。這樣一來，地租收入一舉由不到五十萬兩增至六七?五萬兩，但清賦事業做得不徹底。而所做的臺灣人口調查與土地調查，成為日治時代的人口調查及土地調查的基礎。
鐵路事業方面，當初雖然計劃從基隆至臺南敷設縱貫鐵路，但因為資金不足及劉銘傳離職，故僅敷設基隆到臺北約三十二公里，光緒十九年（1893年）二月又完成到新竹約六十七公里。
劉銘傳於光緒十七年（1891年）六月，告病辭官回鄉。繼任的福建臺灣巡撫邵友濂，基於地方財政問題，因而未能承繼劉銘傳之改革事業，其改革事業遂中途而廢。而後，於二十年（1894年）十二月邵友濂離職，代之由唐景崧就任福建臺灣巡撫。
臺灣建省還不到十年，中日甲午戰爭（1894年－1895年）後中日簽訂馬關條約，將臺灣和澎湖之主權割讓給了勃興中的日本，在經過臺民與臺灣民主國短暫抵抗後，進入臺灣日治時期。
據《清史稿》記載：「光緒...二十一年，棄臺灣，省巡撫。」「日索交臺灣益亟，朝旨命臺灣巡撫唐景崧交臺，臺民洶洶欲變，並引公法力爭。」
晚清治臺官員有沈葆楨、王凱泰、丁日昌、吳贊誠、裕寬、李明墀、勒方錡、岑毓英、張兆棟、劉銘傳、邵友濂、唐景崧。
欽差辦理臺灣等處海防兼理各國事務大臣（原職船政大臣）
同治十三年四月十四日至光緒元年四月二十六日
同治十三年五月四日抵臺，十二月二十四日內渡。光緒元年元月十三日渡臺，七月廿二日內渡升任兩江總督兼南洋大臣。
沈文肅公政書
同治九年七月二十二日至光緒元年十月二十三日
光緒元年五月十七日抵臺。光緒元年十月十一日扶病內渡，二十三日去世。
清德宗實錄及申報
光緒元年十一月十四日至光緒四年四月六日
光緒二年十一月十八日抵臺，光緒三年三月病假回省調理，不復再出。但直至光緒四年四月方正式退休。
（暫行接辦臺防）
光緒三年三月二十五日至光緒四年四月七日
光緒三年四月二十五日渡臺。光緒三年七月二十四日內渡。光緒四年九月一日渡臺。
吳光祿使閩奏稿選錄
（本職船政大臣）
光緒四年四月七日至同年十月二十二日
光緒四年十一月十五日內渡。因病留辦船政。
光緒四年十月二十二日至光緒五年正月二十四日
未到任（改調廣東巡撫）
清德宗實錄清史稿疆臣年表
（本職福建布政使）
光緒四年十月二十二日至光緒五年四月三十日
未渡臺（調升湖南巡撫）
光緒五年四月三十日至光緒七年四月八日
光緒六年十月二十一日渡臺，光緒六年十二月內渡。
清德宗實錄清光緒朝中日交涉史料
光緒七年四月八日至光緒八年五月七日
光緒七年閏七月十三日渡臺，同年九月初三日回抵省城。
光緒七年十一月初八日渡臺，光緒八年三月十一日內渡。
岑襄勤公奏稿
光緒八年五月七日至光緒十年九月十一日
曾渡臺巡閱。
巡撫銜督辦臺灣事務
光緒十年閏五月初四日至光緒十年九月十一日
光緒十年閏五月二十四日抵臺，駐臺督辦臺灣事務。
劉壯肅公奏議《卷三保臺略》
光緒十年九月十一日至光緒十一年九月初五日
光緒十一年九月初五日懿旨：福建巡撫改為臺灣巡撫，常川駐紮，福建巡撫事，閩浙總督兼管，一切改設事宜該督詳細籌議。
福建臺灣巡撫
光緒十一年九月初五日至光緒十七年三月二十七日
光緒十一年十一月十二日諭：臺灣雖設行省，必須與福建聯成一氣如甘肅、新疆之制。
福建臺灣巡撫幫辦海軍事務
光緒十六年三月初二日至光緒十七年三月二十七日
光緒十七年四月初二日至光緒二十年九月十五日
光緒二十年九月十五日調署湖南巡撫。
署福建臺灣巡撫（本職福建臺灣布政使）
光緒二十年九月十五日至光緒二十一年三月二十三日
光緒二十一年三月二十三日訂定馬關條約，四月二十六日，將唐景崧開缺，令來京陞電，並令文武官員陸續內渡。
清朝康熙年間將臺灣納入版圖後設立了臺廈道，與廈門共署，並同時隸屬於當時的福建省。道為清朝行政區劃之一，其地位在省與府之間，而總管廈門與臺灣的臺廈道道署設於廈門。1684年（康熙23年），臺廈道轄下設一府三縣：臺灣島與澎湖群島屬臺灣府，新港溪（今鹽水溪）以北為諸羅縣，新港溪至二仁溪之間為臺灣縣，二仁溪以南為鳳山縣
1723年（雍正元年），臺廈道更名為臺灣道，下轄一府四縣一廳：將諸羅縣之虎尾溪以北增設彰化縣，另設淡水同知兼巡北路。