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*崇禎十四年四月，張獻忠、羅汝才合兵攻陷隨州，知州徐世淳敗死，全家被殺，官吏與百姓全部屠殺而不遺留，血流成溝渠。
*崇禎十五年八月，張獻忠再度攻陷六安，將州民全數砍斷一臂，男左女右。
*崇禎十五年十二月，張獻忠再度東進，攻下桐城後屠城。
*崇禎十六年五月，張獻忠沿江而上，破漢陽後率軍渡河，兵臨武昌城下。楚王府新募兵為內應，開門迎接。楚王朱華奎被囚於籠中，沉江而死。屠殺士民數萬人，投尸江中。尚余數萬人，驅趕出城，以鐵騎圍而逼入江中。剩餘民眾數百人，多砍斷手足，鑿毀目鼻，無一全角者。
*崇禎十六年八月，獻忠在湘潭徵集船隻數千艘欲北渡，忽然起大風，吹翻船隻百余艘，溺死數千人。因而再回岳州，盡殺所掠奪的婦女，投尸於江中。焚燒船隻，火勢延伸四十里，江水夜明如白晝。
*崇禎十七年六月，張獻忠攻陷涪州、瀘州，蜀王朱至澍告急，請求救兵師于南都。左良玉兵屯德安。張獻忠順流而下攻陷佛圖關，遂圍重慶。官兵盡力守城，四日被攻陷，瑞王朱常浩全家受難，舊撫陳士奇也被殺。賊兵在重慶屠殺，抓取萬余壯丁，割去耳鼻，砍斷一手，驅趕至各州縣，告之若兵至不降，以此為鑑。
*崇禎十七年八月，張獻忠進陷成都，蜀王全家受難，巡撫龍文光暨道府各級官吏皆被殺。張獻忠要求全蜀紳士至成都，全部殺害。隨後公告科舉取士，遠近諸生爭相前往。張獻忠派兵包圍，擊殺數千人，蜀中文士皆亡。其後又大殺蜀中百姓。
四川盛傳張獻忠屠城無數，尤其屠蜀，立下七殺碑，兩側碑文分別為：「天生萬物以養人，人無一物以報天」 ，中間有七字「殺殺殺殺殺殺殺」，不分男女老幼，逢人便是帶到此碑之下斬殺。目前發現的張獻忠屠蜀史料有：《張獻忠陷廬州紀》、《流賊張獻忠禍蜀記》、《孤兒吁天錄》、《大西通紀》、《破山集》、《蜀難敘略》、《歐陽氏遺書》、《張獻忠屠蜀記》、《客滇述》、《雅州受難記》、《漢嘉受害記》、《蜀記》、《紀事略》、《五馬先生紀年》、《蜀破鏡》、《荒書》、《圣教入川記》、《山城紀事》、《流離傳》、《劫后錄》、《綏寇紀略》、《續綏寇紀略》、《滇蜀紀聞》、《滟滪囊》、《老神仙傳》、《廣陽雜記》、《明季南略》、《井蛙雜記》、《罪惟錄》、《蜀龜鑒》、《蜀碧》、各地方志、四川民間家譜等450余種。
魯迅在《晨涼漫記》中說：“他（張獻忠）開初并不很殺人，他何嘗不想做皇帝，后來知道李自成進了北京，接著是清兵入關，自己只剩沒落這一條路，于是就開手殺，殺......他分明感到天下已沒有自己的東西，現在是在毀壞別人的東西了，這和有些末代的風雅皇帝，在死前燒掉了祖宗或自己所搜集的書籍古董寶貝之類的心情，完全一樣。他還有兵，而沒有古董之類，所以就殺，殺，殺人，殺......李自成已經入北京做皇帝了，做皇帝是要有百姓的，他要殺之他的百姓，使他無皇帝可做。”
南明和清朝人記載張獻忠戰死時川人已幾乎被其屠盡，但此后清軍仍然在四川和南明軍隊作戰多年，張獻忠于鹽亭縣鳳凰山被流矢射殺身亡。張獻忠死后，余部繼續轉戰四川各地。直到順治十六年（1659年），清軍攻陷南明渝城（重慶）后，才算占領四川。胡昭曦認為這些自相矛盾的記載證明屠蜀的真正主謀是南明地主階級武裝對四川勞動人民的反攻倒算，而非在公元1647年已死的農民革命領袖張獻忠。
明史專家陳學霖教授批評相關學者基於政治需要及在階級鬥爭意識型態的影響下，美化張獻忠等人「農民起義」，但亦肯定相關史學家對糾正舊史記載的一些重疊錯誤，如釐清張獻忠殺人的數字，及四川多少人及哪一類人如何被殺等爭議性問題的貢獻。
相關文獻如《明季南略》和《客滇述》、明朝遺民顧山貞以及西方傳教士等人的記述皆指出張獻忠是屠川元兇：
* 計六奇《明季南略》記載：「獻忠遂屠重慶，砍手三十餘萬人，流血有聲。」
* 《客滇述》：“獻忠既陷成都，盡伐梨樹，做宮室馳道，練兵於此。賊兵之樵採者，盡入城中，拆毀房屋以為薪。又發兵四出，搜各州縣山野，不論男女老幼，逢人便殺；如是半載。八月，獻忠毀成都城，焚蜀王宮殿，並焚未盡之民房。凡石柱亭欄，皆毀之；大不能毀者，更聚薪燒裂之。成都有大城小城，本張儀所築，漢昭烈帝修之。以大石，貫以鐵絙，壯麗甲天下。宮殿之盛，亦不減京師。至是，盡為瓦礫矣。獻忠又令其大家遍收川兵殺之，及其妻子男異性，惟十時以下者僅留一、二。”
* 西方傳教士利類思和安文思被張獻忠封為“天學國師”，目擊張獻忠屠殺，1918年古洛東根據他們的原始記錄寫成的《聖教入川記》說：“殘殺之後，成都為之一空。除少數官員外，別無居民。荒涼慘象，不忍矚目。獻忠剿滅成都後，命令各鄉鎮村民移居成都。”
在張獻忠死後出現了清軍跟南明軍對峙的局面，清軍的勢力於川北保寧一帶，而南明軍隊占據著四川境內大部分州縣。根據《蜀龜鑒》的記載，經過張獻忠軍隊的屠殺，川南的人口損失約50％，而川北的人口幾乎損失殆盡。盡管川南和川北都遭到了張獻忠的軍隊的屠殺，可是到了張獻忠死后，南明與清朝對峙的時期，南明控制的川南，人口明顯多于清朝控制的川北。川北遭受的破壞，比川南嚴重得多，由於各軍事力量基本上都要經過川北入川，可見川北為主戰場。因此，綜上所述，清朝軍隊以十三年的時間才平定四川，並不是表示清軍一直在屠殺四川人。
此外，明末清初四川人口的銳減，是多股勢力混戰的最終惡果，張獻忠雖然不是主兇，但仍然是屠川元兇其中一原因
至於“不得已而動大兵剿之，民賊相混，玉石難分，或全城俱殲，或殺男留婦”，這份奏章的出處是順治六年刑科給事中陳調元揭，是某個官員給清廷的奏章，匯報說一些入川的清軍將領亂殺無辜的情況，而不是任何一種形式上的政府命令。網上流傳的內容被人篡改為清朝屠四川的政府公告“民賊相混、玉石難分。大兵所到之處，或屠全城，或屠男而留女。”
大西軍在成都「入城樵采，凡先聖賢祠廟，民居屋宇，悉毀為薪，於是自東漢以來古跡，明太祖所頒圖書彝器，至是皆盡」。明末的成都有寺廟94所，包括武侯祠在內，無一存者。川中各州縣的情況「園亭寺廟無不焚毀」。
對天文及地理有興趣的張獻忠因懷疑兩名傳教士藏有天文著作不肯獻出，不時大發雷霆之怒，欲置其於死地。實則司鐸所藏之書為艾馬祿爾（P. Emmanuelis）司鐸所著之超性學書，講明天主教誡律，與天文學無關。及二司鐸解釋全書「皆論管理人良心之事，教人知道當避罪惡，雖在罪惡危險之中，當獨向正道，方得永福」。獻忠聞之稱讚，因此息怒：
張獻忠在聽到司鐸天主教誡的解說之後，大為奇異，稱讚其法律如此精詳，管理人良心，誠為不二法門，認為歐洲各國風俗純美，實由此聖律而來。不過他續言：「然此等法律為川人無益，伊等固執於惡，不從此聖教聖令，寧願從我刀劍之下，不服聖律。故吾奉天地大主之命，殄滅此種僧黨及世上惡人。凡仇爾等者，吾亦仇之」云云，故意將司鐸的解說扭曲，作為殄滅僧黨及世間定性為「惡人」的藉口及理據。
虎鈕“永昌大元帥”金印，江口沉銀地出水，有學者認為是張獻忠用印。
清順治三年，張獻忠在兵敗時率軍撤離成都，帶寶物載船沿岷江南下，行至彭山雙江河遭南明軍官楊展伏擊，所載之金銀珠寶亦隨船沉入江中。即歷史上傳說的「江口沉銀」。2010年，眉山市人民政府將彭山區江口鎮的江口沉銀遺址，列為眉山市級文物保護單位。直到2015年，專家找出當年的沉船遺址，並順利在2017年大規模封江開挖後，出土許多珍貴的文物，包含張獻忠分封嬪妃的金冊、銀冊，以及金銀幣、銀錠、金戒指等，還有鐵刀劍等兵器。
由于張獻忠在歷史上留下的是一個濫殺無辜的血腥形象，2021年以來，在中國大陸發生多起隨機傷人事件以及劉仲敬理論的傳播後，其名號也被用來代指無差別殺人與“加速主義”，成為一個網絡迷因，但此迷因被中國當局全網封殺。
* 馮思剛、錢安靖、吳嘉陵：《成都大詞典》.
* 陳學霖：〈 傳教士對張獻忠據蜀稱王的記載 〉.
*  Pre-20th Century Genocide  .
李長春，男，遼寧大連人，中華人民共和國政治人物，中國共產黨前主要領導人之一，第十六、十七屆中共中央政治局常委，2002-2013年任中央文明委主任，主管意識形態工作。
李長春于1961年進入哈爾濱工業大學電機工程系工業企業自動化專業學習。1965年9月加入中國共產黨。1966年畢業。同年9月參加工作。1966-1968年，留校待分配。
1968年至1975年任遼寧省沈陽市開關廠技術員。1975年至1980年任遼寧省沈陽市電器工業公司革委會副主任、黨委常委，沈陽市電器控制設備工業公司副經理、經理、黨委副書記。1980年任遼寧省沈陽市機電工業局副局長、黨委副書記。
1981年任遼寧省沈陽市委副秘書長。1982年任遼寧省沈陽市副市長兼市經委主任。1983年4月出任中共沈陽市委書記，沈陽市人民政府市長。1985年6月任中共遼寧省委副書記兼沈陽市委書記。1986年7月出任中共遼寧省委副書記，遼寧省人民政府代省長。1987年3月任省長。
1990年7月起任中共河南省委副書記，河南省人民政府代省長、省長。1992年12月任中共河南省委書記，1993年4月兼河南省人大常委會主任，并在1997年中共十五屆一中全會后成為中共中央政治局委員，進入黨和國家領導人行列。1998年3月任中共廣東省委書記。
2002年11月15日，58歲的李長春在中共十六屆一中全會上當選中共中央政治局常委（排名第八），進入最高領導層，并接替丁關根出任中央精神文明建設指導委員會主任，負責思想意識形態工作。
2007年10月22日，李長春在中共十七屆一中全會上連任中共中央政治局常委和中央文明委主任，黨內排名由第八上升為第五。
2012年11月15日，68歲的李長春在中共十八屆一中全會后卸任中共中央政治局常委，并在2013年1月18日卸任中央精神文明建設指導委員會主任后退休，其中共中央精神文明建設指導委員會主任職務由時任中共中央宣傳部部長劉云山接任。
維基解密網站引述美國外交密電指，搜尋引擎Google遭黑客入侵而退出中國的事件，是由中共中央政治局常委李長春和周永康一手主導的。密電說（沒有根據）李本人在Google輸入自己的名字進行搜索時，發現一些「批評他的搜索鏈接」以及其子女的資料，令他非常震驚，也鑒于當時Google國際版網站（Google.com）不受審查，還同時支持中文搜索，遂決意加強打壓其中國業務，包括下令國營電信公司（中國電信、中國聯通和中國移動）停止與Google的業務往來，希望制止Google讓過濾版網站Google.cn鏈接到其“非法的”國際版網站。密電也引述一名政治局官員的親戚，聲稱李長春曾“命令”攻擊Google在美國的服務器。不過當《紐約時報》對此進行查證時發現，當時向美國披露消息的“官員親戚”指，中宣部部長劉云山才是負責協調向Google施壓的人。李長春與周永康曾在數次事件中，下達過批準指示，但沒有直接資料顯示兩人是否涉及黑客入侵Gmail的案件。
根據維基解密2011年8月30日公佈一份美國駐北京大使館2009年5月18日發往華府電報，谷歌中國總裁李開復在電話中討論了中國政府施加的壓力，要求審查谷歌中文網。李開復斷言，問題的根源是中共中央政治局常委李長春。谷歌領導層明確拒絕並「禮貌」告訴中國政府，李開復說，和他們對話的中方人員當時明顯不高興，說他們會把此消息報告給李長春。
孔慶仁認為李主政河南期間發生艾滋病疫情泛濫的情況，是李長春主政河南時期號召賣血漿造成的，當時政府的口號是：“要想奔小康，趕緊賣血漿”，這一政策被認為李長春應與當時的衛生廳長劉全喜一同擔當主要責任。原衛生部所長、中國健康教育協會副會長陳秉中教授亦為此發表公開信（導致刊登公開信的網站被北京當局關閉）。河南省的血漿經濟黑幕正陸續揭開。《多維月刊》稱，一直以來，李長春一直被河南省紀委四名委員控告。但一直不被司法追究。
楊家岱認為李長春思想僵化，不夠開明開放。導致媒體報導上政治意識的收緊。
* 李慧鏑，長子，2012年任中國移動副總裁。李慧鏑1990年獲哈爾濱工業大學無線電系電子工程專業學士學位；1996年獲美國紐約理工大學（現紐約大學理工學院）電氣工程碩士學位；2008年獲得香港理工大學管理學博士學位。李慧鏑曾擔任聯想手機的副總裁、UT斯達康副總裁。2008年7月，調中國移動集團公司任總裁助理。
* 李彤，長女，中銀國際執行總裁
卸任后的首部著作《文化強國之路——文化體制改革的探索與實踐》于2013年12月9日在北京由人民出版社首發，選編了李長春2002年12月至2013年5月期間關于文化改革發展的重要講話、談話、文章、批示共91篇，照片69幅。
2014年12月，人民出版社印行了李長春著的《遼沈大地改革潮》一書（兩卷本），具體記述在遼寧省任省委書記時的一系列決策與黨政工作。
筆名永春，曾在大河報發表《觀猴有感》一文。
*  新華網：李長春活動報道集
萬曆朝鮮之役，是1592年至1598年（大明萬曆二十年至二十六年；日本文祿元年至慶長三年）間，大明、朝鮮國與日本（豐臣政權）之間爆發的兩次戰爭，也是明朝萬曆三大征之一。明朝為抗倭援朝，先後兩次派遣軍隊進入朝鮮半島，與日軍作戰。朝鮮王朝方面稱壬辰倭亂以及丁酉再亂，日本方面稱文祿慶長之役。
1591年（壬辰年），日本太閤（卸任關白）豐臣秀吉以「假道入唐」（唐，代指中國）為名義，致函朝鮮國王宣祖李昖，表示將於次年春天假道朝鮮進攻明朝，要求請予協助。在久未獲答覆後，豐臣秀吉於1592年突然派兵入侵，朝鮮節節敗退，並向宗主國明朝求救。明朝隨即派兵入朝支援。這場戰爭遍及朝鮮半島全境，其間曾於1593年議和並休戰，但1597年（丁酉年）再度爆發戰事。後期雙方陷入膠著，最後由於豐臣秀吉的病逝，日軍於1598年從朝鮮全面撤退，這場日本占領朝鮮并以之為跳板進攻明朝的行動最終失敗。
這場為時超過六年，牽動東亞三國的戰爭，名稱繁多：
戰爭發生於中國明朝萬曆年間，雖然有前後兩次軍事衝突，但明朝並未因此而分別命名，而是統稱「朝鮮之役」。是役明軍動員規模可觀，與寧夏、播州二役合稱萬曆三大征。現代中國學者對這場戰爭的稱謂不統一，多使用“萬曆朝鮮之役”、“萬曆朝鮮戰爭”、“抗倭援朝戰爭”等稱呼，或是沿襲朝鮮方面（包括大韓民國及朝鮮民主主義人民共和國）的稱謂，稱之為“壬辰倭亂”或“壬辰之亂”、“壬辰之役”。
朝鮮王朝時稱第一次衝突為壬辰倭亂，第二次衝突為丁酉再亂；現朝鮮大多合稱壬辰祖國戰爭或壬辰衛國戰爭。
日本桃山時代稱（即「入唐／進出中國」之意）、唐御陣、高麗陣、朝鮮陣；江戶幕府、明治時稱朝鮮征伐、征韓；第二次世界大戰後改用日本天皇的年號，將兩次出兵合稱文祿?慶長之役；當代也有部分歷史研究者稱之為朝鮮征伐、朝鮮出兵、朝鮮用兵、日明戰爭、太閤西征等。
15世紀中葉至16世紀后半葉期間，日本處于各地大名割據的狀態中，史稱戰國時代。在織田信長和豐臣秀吉兩位大名的努力下，日本趨于統一。逐漸平定各地大名、并成為“天下人”的豐臣秀吉，表現欲入侵明朝之意。1587年6月，秀吉結束九州之役的之后，將入侵明朝的構想具體化：先派兵占領朝鮮；自己渡海至明朝，居留寧波；隨后占領天竺；再派豐臣秀次占領明朝的首都北京。他計劃在這一目標制定之后的第七年（1594年）奉正親町天皇遷都北京。
豐臣秀吉于1590年統一日本後，決定著手實施這一計劃。朝鮮在宣祖二十三年（1590），以黃允吉為通信正使、金誠一為副使、為書狀官，派遣使團攜帶國書交聘日本。豐臣秀吉之後於1591年6月命對馬大名宗義智通告朝鮮國王宣祖李昖，回覆國書表示將於次年春天假道朝鮮進攻明朝，請予協助。秀吉致書朝鮮國王如下：
朝鮮收到國書疑懼不已，正使黃允吉認為日本會侵略，副使金誠一認為不會，朝鮮廷議之後，決定從輕通報宗主國明朝，宣祖派遣金應南為使，前去向明朝禮部通報。但是朝鮮並沒有很認真的加強國防。
日方終在未獲朝鮮答覆下出兵。加上當時朝鮮太平日久，加之國王重文輕武、朝廷黨爭激烈，以致八道武備廢弛，全國三百餘郡縣多未設防。
統一日本之后的豐臣秀吉野心極大，妄圖征服全世界（當時的亞洲全境）。他遣使往琉球國、呂宋（今菲律賓，時為西班牙-葡萄牙聯邦殖民地）、高砂國（臺灣）、暹羅阿瑜陀耶王朝、瀾滄王國（南掌，即寮國）、大越、廣南、占城、莫臥兒帝國（天竺，即印度）、葡屬印度（今印度果阿）及葡屬澳門等國家和地區，要求他們俯首稱臣及幫助日本而向明朝宣戰。琉球國王尚寧拒絕豐臣秀吉的要求，並且通報明朝關於日本豐臣秀吉的野心。統治暹羅阿瑜陀耶王朝的納黎萱大帝接到日本傲慢的國書之後大怒，向明朝派遣使團，表示計劃派出大象軍團協助大明和朝鮮以抗擊日本；但是適逢鄰國緬甸東吁王朝入侵，加上兩廣總督蕭彥反對。所以並沒有派兵協助明朝、朝鮮聯軍。而日本在西屬菲律賓遇到困難，因為殖民者為西班牙帝國，不夠打所以不了了之。
天正19年8月23日（1591年）、秀吉稱為「」（入唐）的征明遠征心意已決、向諸大名發表。宇喜多秀家首先贊成、五大老當中，較具影響力的徳川家康人在關東沒參加開會，其他大老、奉行因怕秀吉生氣，不得虛與委蛇不情願的表示贊成，事情就這樣定了。之後秀家作為秀吉的代理人擔任總大將。12月27日秀吉把關白職位讓給外甥內大臣豐臣秀次，自稱太閤專心準備外征。
秀吉指示築造遠征軍的集結點宿営地名護屋城，命令黑田孝高擔任測量與設計（繩張）、淺野長政擔任工程總負責人(総奉行)、九州的諸大名分擔施工的工作（普請）。命令壹岐領主松浦隆信修築前哨基地風本城。
名護屋城的建設予定地是波多氏的領土、傳教士路易斯·弗洛伊斯記錄說是個人手欠缺的荒地(「」)。名護屋城完成後，全日本大名的軍隊集結、不管是平野還是山坡都沒有空地了。戰爭期間成為日本政治經濟的中心。
為了攻打朝鮮，豐臣秀吉早在天正19年（1591年、明萬曆19年）開始進行準備，正月時就已經對各大名下達水軍部隊兵員的徵召動員令：
* 東起常陸，經南海至四國、九州，北起秋田、坂田至中國地方，臨海各國諸大名領地，每十萬石準備大船兩艘。
* 各海港每百戶出水手十人，乘各國諸大名所建之大船；若有多餘，則集中至大坂。
* 秀吉本軍所用船隻，各國大名每十萬石建大船三艘、中船五艘。所需建造費用，由秀吉撥給；各國大名將所需建造費用，以預算表呈報，先撥給一半，迨船建造完畢後，再行付清。
* 水手每人給予兩人俸米，其妻子食糧另外給付。
* 軍陣中所雇用之下人妻子，亦一律給予食糧。
* 以上所述及之各船舶、水手，皆須於天正20年（1592年、明萬曆20年）春季時，集中至攝津、播磨、和泉三國各港口。
到了同年3月時，亦決定了陸軍部隊兵員的徵召動員令；各國諸大名每萬石應徵召人數各地不同：
* 駿河、遠江、三河、伊豆四國300人，由此以東，200人。
* 尾張、美濃、伊勢、近江四國350人。
* 若狹、越前、加賀、能登四國300人。
天正20年，後改元為文祿元年（1592年、萬曆20年）3月，秀吉自全國動員了三十餘萬兵力，以其中西國部隊為主的15萬8700人編成九個軍團渡海至朝鮮作戰；宇喜多秀家為總大將，石田三成、增田長盛、大谷吉繼等為總奉行。軍團編制如下表所示：
在日本的領地
18,700人
7,000人
羽柴對馬侍從
5,000人
3,000人
2,000人
1,000人
22,800人
10,000人
12,000人
11,000人
羽柴豐後侍從
6,000人
14,000人
羽柴薩摩侍從
25,000人
4,800人
3,900人
長宗我部元親
羽柴土佐侍從
7,200人
5,500人
15,700人
羽柴筑前侍從
羽柴久留米侍從
1,500人
羽柴柳川侍從
2,500人
30,000人
毛利輝元（因病由養子毛利秀元代理）
第八軍團（預備隊）
參議兼左近衛權中將
第九軍團（預備隊）
11,500人
8,000人
3,500人
註：表中各軍團長均列該軍團將領第一位；第八軍團駐紮於對馬群島，第九軍團駐紮於壹岐島。
輔以水軍九千二百人、船隻七百艘，如下表所示：
另命東日本大名德川家康、前田利家、上杉景勝、蒲生氏鄉、伊達政宗等將其旗下部隊集結在肥前國名護屋城（位於今佐賀縣唐津市）作為預備隊，兵力計約10萬5千人。
在一切工作準備就緒後，豐臣秀吉以朝鮮拒絕攻明為由，於4月正式開始了對朝鮮的戰爭。4月12日其第一軍團由小西行長率領18700人先渡海至對馬島待命。4月13日九軍出發之命到達，4月14日侵朝的日軍首先於釜山登陸，爆發釜山鎮戰役，朝鮮守將鄭撥戰死，釜山被日軍攻佔。之後陸續發生東萊城之戰，守將宋象賢戰死，尚州之戰後守將李鎰敗走。朝鮮國王宣祖李昖急命左議政金命元為都元帥， 坐鎮王京漢城之內，節制全國兵馬。又增設三道巡邊使，由曾經大破女真人的名將北道兵馬節度使申砬擔任，負責慶尚、全羅和忠清三道防務。申砬會合李鎰於彈琴臺。4月28日小西行長率18,700人向忠州和彈琴臺進軍。小西行長派大村喜前監防忠州城動態，再與松浦鎮信、宗義智、有馬晴信和五島純玄圍攻申砬與李鎰，發生彈琴臺之戰，朝鮮軍全軍覆沒，義州牧使金汝岉、忠州牧使李宗張與申砬戰死。忠州被日軍攻陷，李鎰逃往王京漢城報敗訊，然而日軍攻入稷山後，王京漢城已難以固守，朝鮮國王李昖在柳成龍等朝臣的建議下，放棄都城、出奔平壤。5月2日日軍攻克朝鮮王京漢城，俘虜朝鮮王子。在戰略上，日本軍採用了德川家康的提案，確定了“陸海並進”、“速戰速決”的戰略方針；以水軍保證陸軍的戰略物資供應，陸軍分三路齊頭並進，計畫一舉占領朝鮮，然後將朝鮮八道分別交給各軍團長統治。（參見前揭「日本軍軍團編制」表「規畫佔領區」欄）
面對日軍的大舉侵略，朝鮮各地的有力鄉士自立組織義軍，如慶尚道星州的郭再祐於4月21日組織義兵，屢次令安國寺惠瓊敗戰使其無法順利進入全羅道，甚至在10月10日的第一次晉州城之戰中擊退細川忠興和長谷川秀一的大軍，人稱「天降紅衣將軍」，還有鄭仁弘、孫仁甲、金沔等也令毛利輝元無法順利佔領慶尚道。全羅道光州的金千鎰、全州高敬命、李基魯、洪彥秀父子也於6月1日組織義兵，忠清道公州出身的趙憲、僧人靈圭則於7月3日整頓兵力，聯合抵抗小早川隆景、立花宗茂等日軍第六軍團，其中經歷清洲城之戰、梁丹山之戰、兩次錦山之戰。另外還有京畿道海州的李延馣對抗黑田長政，以上戰事皆阻礙了日軍的進軍。
5月27日，日軍第一、第二、第三軍團追擊而至，突破臨津守備攻陷開城，李昖不得不在6月11日離開平壤，繼續流亡至中朝邊境的義州，並遣使向宗主國明朝求援。當時朝鮮全國八道僅剩平安道以北，靠近遼東半島的義州一帶尚未為日軍攻佔，李昖認為如果要收復國土，必須要仰賴明朝的支援，因此便派幾批使者去向明朝求救。朝鮮使臣們除向萬曆皇帝遞交正式國書外，又分別遊說了明朝的閣臣、尚書、侍郎、御史、宦官等，甚至表示願內附明朝，力圖促使明朝儘快出兵援朝。6月15日日軍陷平壤。7月，加藤清正率鍋島直茂、相良頼房在海汀倉打敗韓克誠，俘虜了朝鮮王子臨海君與順和君。
加藤清正於7月27日越過豆滿江（中國稱圖們江），進攻滿洲東部發生了兀良哈之戰。侵攻臣屬於明朝的建州女真的和海西女真各部落，加藤清正攻拔女真五營，女真餘營皆遁去。8月，加藤清正再大破女眞酋長蔔占臺，斬敵900人，攻破其部（今中國吉林省延邊朝鮮族自治州延吉市附近）。然而在局子街遭到海西女真聯軍包圍追擊讓加藤清正軍隊死傷不少，而加藤清正的軍隊無法抵禦進攻只能突圍。豐臣秀吉得知加藤清正戰果後，寫書狀給加藤清正指示：「今略明地」。然而加藤清正經過局子街之役深知明地難略，於8月22日回信豐臣秀吉以小西行長攻略平安道戰果未定，加上自己孤軍難以深入。於是放棄豐臣秀吉假道建州入侵中國之戰略。令鍋島直茂前往支援小西行長。加藤清正自己率遠征軍返回朝鮮咸鏡道，後來參與1593年6月的第二次晉州城之戰。
此時，對於明朝而言，朝鮮告急實出乎意料；明朝曾經遣使問說，貴國向為東國之強者，為何突然失陷於倭寇。同時也有使節表示，貴國既然求援怎麼不曾提及幾月幾日那道淪陷、發生甚麼戰役、損失多少兵馬、將領有誰戰死、臣子有誰死節等等……讓朝鮮國王與諸臣一時驚懼，擔心明朝懷疑他們與日本同謀，旨在假借向明朝求援引誘明軍進入朝鮮殲滅之。當時也有福建海商，以到朝鮮經商時聽聞的消息，回報朝廷說，朝鮮與日本同謀。國王在得知此消息後，為了讓明朝釋疑，除了反覆派出使臣外，也將日本威脅朝鮮的書信轉呈明廷，以示絕無二心。與此同時，明兵部尚書石星也召見曾出訪朝鮮，見過國王樣貌之人，來辨別朝鮮國王的真假；遼東方面則有畫師秘密畫下國王的相貌以資辨別。
最終，明廷認定：「倭寇之圖朝鮮，意實在中國，而我兵之救朝鮮實所以保中國」，因而答應讓李昖渡過鴨綠江尋求庇護，居住在明境遼東半島的寬奠堡，同時出兵援助朝鮮。在明朝中央反覆蒐集情資與討論之際，遼東已經在6月己亥日先派遣出寬奠堡副總兵都指揮佟養正率領8名飛騎傳信先渡江到義州附近準備，分為5撥，每撥須奔馳百里，遇到緊急軍情，迅速傳遞。恰有日本軍部隊屯住在江沙，發數百名騎兵舉行操演，朝鮮大臣特地請明將前往偵查；明將觀察後認為：「若只如此，天兵一來，可以剿滅。」
6月癸卯，隨著明軍的即將到來，明朝與朝鮮反覆磋商的事宜開始集中在基本的事務上，首要需要解決的就是軍糧問題，因為朝鮮無餉，所以明朝朝廷已經決定由中央直接撥餉給明軍，同時也先賞賜朝鮮國王2萬兩銀兩。只是糧食轉運不便，所以在明軍的立場是希望朝鮮能夠提供。《宣祖實錄》裡在此段時間充滿了國王與大臣之間關於軍糧的討論，本來預估在平壤有4萬餘石，在安州有20餘石，可以供5000人15日食用，不過其後平壤淪陷，糧食盡歸日軍。後說嘉山有5－6百石的糧食，可以供2000士兵使用，卻有說安州連1石糧食都沒有。出現反覆甚至矛盾的記載，可能來自於朝鮮中央當時仍然無法確定各地方的狀況。地方官員很多因為避難都逃亡無蹤，致使中央也無法知道地方的詳情。
埋伏平壤城內的日軍用以狙擊明軍騎兵的鳥銃（火繩槍）
6月15日參將戴朝弁與游擊史儒開始率軍渡江，根據《宣祖實錄》紀載一共是有1029名士兵、馬1093匹。在之前因為朝鮮使臣已經回報說明軍分為兩梯，首梯由初七日由史儒率領發兵，次梯則是初十日由王守官領兵發兵。明軍將領認為必須等待全軍到達後方可出兵；朝鮮方則基於救國心切的心理，在明軍第一梯一渡江後朝鮮方面隨即催促出兵南下，同時也在軍隊管轄的問題上和明軍將領發生爭議。在丁末日原任參將郭夢徵與游擊王守官率領500軍馬渡江回遼東，隔日17日，兩人又再度率軍渡河回朝鮮，共率領506名士兵與馬匹779匹，副總兵祖承訓也同時率軍到來，有軍隊1319名馬匹1529匹。相加之後就可以得知，遼東第一次發兵時共出兵2348人、馬匹2622匹，指揮官為副總兵祖承訓，後勤調度則是由駐防在九連城的遼東總兵楊紹勳總理其事。
6月間朝鮮使節李德馨屢次上書明朝遼東巡撫郝杰，並在巡撫帳下日夜痛哭不走，遼東巡撫受其感動，遣副總兵祖承訓率騎兵5000人渡鴨綠江救援朝鮮，與日軍戰於平壤城。但因天雨馬蹄紛紛潰爛，加上祖承訓不知善用騎兵之利，於7月17日黎明，以游擊史儒、王守官等為先鋒統軍進迫平壤砲城，史儒率領千總馬世龍、張國忠兩官先入城，手斬敵首10級，遭到鳥銃命中而亡。且黑田長政、大友義統、立花宗茂等陸續北上進軍來援小西行長，史儒、祖承訓等軍隊被擊敗而潰散，一日之內敗退過大定江，朝鮮急派兵曹參知沈喜壽往九連城，希望楊紹勳總兵能命令祖承訓暫時留守在朝鮮境內，但其撤退過速，已經渡過鴨綠江。
祖承訓副總兵在其後上呈給楊紹勳總兵的報告裏面，提及了數個問題：
*糧草不繼，朝鮮無法提供足夠的糧草夠軍隊食用。
*軍情不實，朝鮮情報指出平壤只有1000多名日軍，實際交戰後估計日軍有上萬人。（日軍參戰有，小西行長、黑田長政、大友義統、立花宗茂的部隊。）
*指揮權不專，朝鮮群臣一直希望明軍能由朝鮮將領指揮，並且壓迫明軍在天時不利的情況下出兵。
*明軍對朝鮮軍缺乏信賴，祖承訓副總兵指出同時去平壤的也有500名的朝鮮軍，結果臨交戰時，400名朝鮮軍先潰逃，剩下的100名則是與對方有所交談。同時，明軍多有遭弓箭射傷與射死，根據朝鮮的情報，日軍只有鐵砲與長劍，所以懷疑射箭的是朝鮮人。
經過朝鮮使臣的反覆申辯，楊紹勳總兵後來接受了朝鮮的解釋，也就是軍情是由朝鮮的節度使提供的，可能偵查有誤，關於射箭一事可能是因為朝鮮兵器落入倭軍手中，或者是因為有朝鮮人遭到俘虜，才受到倭軍指使。
不過朝鮮弓（角弓、複合反曲弓）和日本弓（竹製長弓，跟人差不多高）樣子差異很大，箭術也有分別。應該是有朝鮮人被俘虜之後受日本軍指使。
自從平壤兵敗後，遼東軍就等同是移交了此戰爭的主導權到中央兵部手裡，在其後朝鮮使臣雖然數度拜見楊紹勳，或是其他遊擊、參將等等，請求再派兵進入朝鮮以壯士氣，甚至說出派幾百人聲援都可以。不過，明朝已經另有戰略規劃；根據朝鮮《宣祖實錄》的記載，雙方官員有如下對話：“……此賊非南方砲手不可制，欲調砲手及各樣器械先到於此矣，待南兵一時前進……”，“……今則霖雨頻數，道路泥濘…秋涼後方可發大軍前進剿滅…偌大軍留義州及你國…則你國糧料不敷，你國今且省了糧料，留備大軍之用…發兵救援已有明旨，我天朝無有內外之別，寧有終始之異乎…”。此時明廷和遼東軍已知日軍並非僅朝鮮提供的情報中所稱的數千兵馬，便放棄短期內解決朝鮮動亂的目標，尋求長期作戰的可能。
另一方面，明廷自7月起多次派遣游擊沈惟敬到朝鮮，甚至遠赴平壤與日軍談判，其目的即在於拖延時日以待大軍集結；然而由於情報缺乏、補給不繼，只能梯次陸續增兵。8月，明朝以兵部右侍郎宋應昌經略備倭軍務，並詔天下督撫舉將材；又於10月16日，命李如松總理薊、遼、保定、山東軍務，並充任防海御倭總兵官，其弟李如柏、李如梅為副總兵官，一同開赴朝鮮。明朝從全國范圍調集了4萬精銳將士。這支軍隊的主要構成如下：遼東精騎1萬；宣府、大同各選精騎8千；薊鎮、保定各選精銳步兵5千及名將沈有容；江浙步兵3千。四川副總兵劉鋌率川軍5千，做為后續部隊向朝鮮進發。在1592年12月25日， 總兵官李如松從寧夏勝利歸遼後，尚不及休息即率軍43000餘人越過鴨綠江進入朝鮮。
9月甲子，朝鮮宣祖召見尹根壽與韓應寅討論，沈惟敬只看到平壤的敵軍人少，咸鏡道的敵軍更數倍於平壤，尹根壽轉述說沈游擊表示平壤光是看到的敵軍就有1000人，其他分駐的人應當更多，尹根壽說偵探回報平壤軍隊只有900人，沈惟敬則說，此偵探所言不實應該斬首，預估需要7萬人才可以攻陷平壤。至於朝鮮全境的日軍人數討論，可見《宣祖實錄》載10月庚寅，宣祖召見多位備邊司官員討論，其中有問說“…賊數幾何？尹斗壽曰：“…賊自言32萬云矣…”，這時尹根壽接著說，賊自己這樣說，如果有8萬人就可以迅速攻陷朝鮮，因為只有5萬人，所以無法迅速戰勝。李恒福回答，“我軍殺死倭軍幾乎有1萬人矣，如果倭軍只剩下4萬人，為何到處都有倭軍呢？…”當時朝鮮並不能確定日軍登陸的數量，這也造成明軍估算出征兵力的困擾。
9月辛未，建州衛的女真人部族首領努爾哈赤在向明朝朝貢馬匹的貿易後，聽說日本軍入侵朝鮮之事，並且得知日軍加藤清正已率軍渡過豆滿江（今稱圖們江）正入侵兀良哈的建州女真與海西女真，於派使臣馬三非來朝鮮說：稱建州衛部下有馬軍三、四萬，步軍四、五萬人，皆精勇慣戰，聽說倭軍入侵朝鮮，因為跟朝鮮唇齒相依，願意出兵「征殺倭奴，報效皇朝」。經過朝鮮國王宣祖與大臣討論後，認為努爾哈赤可能是想趁機聯日本消滅海西女真，因此加以拒絕。
10月庚辰，朝鮮禮曹判書尹根壽等見明朝葛總兵，葛總兵私底下告訴他們說：“這次動員有關內薊州、宣府、大同等處鎮兵及南兵1萬人共7萬人，廣寧、遼東等地鎮兵6萬人共13萬人，……聖旨以為直殺到王京，如果讓倭軍今年逃走，則明年必當再次入侵，當使倭軍片甲不還。”這就是明軍一開始的用兵規劃，希望能集結大軍一次殲滅入侵的日本軍，只是事後才發現計畫與實際有所出入。朝鮮大臣又問糧餉，葛總兵說：“鴨綠江以西車運，以東馬運，並不需要使用貴國的錢糧。使臣又問說，那麼沈游擊的和談之說，如何？如果真的和談，小邦的痛就沒有辦法申張了。葛總兵回答：我不知道朝廷的意思，不過楊總兵說大軍到了平壤，如果倭軍束手哀求請降，那我們也只能接受。如果頑強抵抗，就將倭軍一次殺光，哪裡有不讓你們滿足心願的道理！葛總兵的話就是倭軍不投降的話，一定會讓朝鮮人復仇的意思。”
明軍首波渡江入援人數的朝鮮官方記載，10月壬子，朝鮮的備邊司啟曰：“天兵共計4萬8005人，將領中軍千把總還沒有算在裡面，一日糧每一名是1升5合，馬匹2萬6700匹，將領等官之馬不在數內，每一匹日給料豆3升。以此計算，則4萬8585人的糧食一天是720石，2個月則需要米4萬3730石；馬一日用豆801石，2個月需要豆4萬860餘石。……目前估計自義州至平壤，留穀之數大約有5萬1488石，豆3萬3127石……，抽西補東軍糧可以支應50餘日，馬豆則似乎不足……。”
考量到朝鮮軍糧缺乏，明軍先鋒暫時駐兵在遼東境內；根據《宣祖實錄》紀載，先鋒部隊人數為6000人，其中有副總兵祖承訓的薊州鎮兵2400人，和本來要派往建州衛的南軍砲手600人，游擊張奇功麾下3000人。至於總兵力則是號稱10萬人，實際派發在7萬人。9月己未，敕使薛潘渡江到朝鮮晉見朝鮮國王做最後的協調，“…曰：天兵十許萬方到，且千里饋運，事所未易，預以銀來此換米，何如？…”，這段是說千里運糧不是很簡單，天朝想要帶銀兩來此，然後現地買軍糧，可以嗎？國王是這樣回答的：“…小邦土地偏小，人民貧瘠，且國俗不識貨銀之利，雖有銀兩，不得換米為軍糧矣…”，一段話就等於告訴明朝大軍必須要自帶糧食，朝鮮的農業基本上是已經破產了。在同月的辛酉日也有如下紀載，遼東巡按命令林世祿詢問朝鮮司諫院司諫李幼澄：「你國糧料可支幾月？」答曰：「可支萬兵一月。」又問：「一月之外做何計較？」答曰：「若除平壤之賊，則忠清、全羅亦可取用。」由此可知為了支應大軍，平壤是首要戰略目標。
萬曆二十一年正月初五日，明軍進抵平壤城下，8日與小西行長的第一軍團15000人戰於平壤城；平壤城東有大同、長慶二門，南有蘆門、含毯二門，西有普通、七星二門，北有密臺門，有牡丹峰高聳，地形險要。李如松的部署如下：薊鎮游擊吳惟忠率領步兵當先，遼東副總兵查大受率領騎兵居後，攻擊北部要塞牡丹峰；中軍楊元、右軍張世爵領兵進攻城西七星門；左軍李如柏（李成梁次子）、參將李芳春領兵進攻城西普通門；游擊駱尚志與朝鮮將領兵使李隘、防禦使金應瑞與祖承訓率領明軍喬裝為朝鮮軍麻痺日軍，力攻城南蘆門；主帥李如松督陣。明軍主力將進攻平壤的南、西、北三個方向，東面給日軍留出退軍路線。在12月底沈惟敬聲稱小西願以大同江為界受封，於是明軍定下計策宣稱前來加封，小西直到明軍開到城下才醒悟對方是來攻城的。七日攻城開始，祖承訓率領的明軍率先突破城南的蘆門，接著含談門、普通門、七星門、牡丹峰也相繼被明軍攻佔，日軍黑田長政曾派黑田二十四將之一的久野重勝（久野四兵衛）前往偵查，也被明軍毒刀砍傷於翌日毒發身亡。小西行長一看大勢已去，率領殘兵退守城北一隅風月樓，此時李如松軍共斬首1200人。入夜，日軍自東南方向突破，渡過大同江向漢城退卻。沿途早有李如松部署的李寧和查大受伏兵等候，一陣掩殺，擊斃日軍360人。當時明軍配有佛朗機炮、虎蹲炮、滅虜炮…等等火炮數百門，日軍火繩槍雖然略優於明軍火銃，但日軍卻沒有明軍威力強大的火炮。朝鮮紀錄「在距城5里許，諸炮一時齊發，聲如天動，俄而花光燭天」，…「倭銃之聲雖四面俱發，而聲聲各聞，天兵之炮如天崩地裂，犯之無不焦爛……」，此戰共殲滅日軍一萬餘人，燒殺溺斃無數，逃散者不及總數的十分之一；明朝的《敘恢復平壤開城戰功疏》記載：「我軍陣亡七百九十六人，受傷一千四百九十二人」；日本的《日本戰史》則稱，平壤之役後，小西行長部減員11300餘名，僅餘6600人，減員近三分之二，完全喪失了戰鬥力。，第一軍小西行長部，原有人數一萬八千七百人，顯存六千五百二十人。李如松憑此一戰，威名遠播明日朝三國。在收復平壤、開城之后，他開始進攻漢城。
華城堡壘遺址
朝鮮之役繪圖中明朝軍船上的連弩
由李如松率領的明軍在攻下平壤後，欲乘勝追擊日軍，先遣副總兵查大受與朝鮮將領高彥伯領騎兵數百偵查開城至王京之間的道路，正月廿五日（1593年2月26日）偵查先鋒在碧蹄館（位於首爾西北部的京畿道高陽市德陽區的碧蹄洞）南方礪石嶺遭遇日軍前野長康、加藤光泰率領偵察隊百餘人，雙方交戰互有傷亡。日方在損失約60騎後敗退，查大受則退往碧蹄館。
正月廿五日（2月26日），提督李如松得報後，以為日軍如當地土民所說棄京城撤退，遂率領本部兵馬騎兵3000餘人（一說2000人，亦有僅帶親兵1000人之說法）從開城疾馳引援。
廿六日（2月27日）丑時，日軍先鋒隊的立花宗茂，領3200名軍兵率先佔領礪石嶺，派出森下釣雲、十時惟由於礪石嶺附近偵查到明軍查大受所部，小放數發鐵砲後回報本隊。清晨7時許，立花軍於樹林中隱藏部隊，僅立出少數軍旗，以此「示弱」戰術引誘查大受來攻，立花軍先鋒隊的十時連久領500兵力，率內田統續、安田國繼（討取森蘭丸之「明智三羽烏」之一）等將投槍、拔刀奮勇突擊至北邊的望客硯，卻遭查大受麾下約3000兵力的包圍，中箭後（可能為李如梅所射之箭）的十時苦力支撐，由擔任旗奉行的副將池邊永晟代領部隊，直到小野鎮幸、米多比鎮久所率領的第二陣800人前來接應後身亡，此時第二陣的戶次統直騎馬射箭連續射殺數十名明軍。隨後，立花宗茂與其弟高橋統增率本隊2000從左方奇襲明軍右翼，查大受退往北邊的碧蹄館。宗茂率親兵800追擊，此時池邊永晟奮戰戰死。查大受則接應了馳援而來的李如松。此前哨戰歷經5小時，立花軍轉往碧蹄館西南邊的小丸山佈陣休息，於望客硯接應小早川隆景等日軍大部隊。
據史記載，體察使右議政兪泓馳啓曰：「本月二十七日，李提督領兵發行，聞査副揔?高彥伯，同往體探，適逢賊六七百名，斬獲四百餘級。」
李如松得知先鋒已經交戰，迅速轉為鶴翼之陣，在望客硯迎接查大受軍勢後於碧蹄館重整軍陣。此時已近中午時分，由小早川隆景、毛利元康、小早川秀包、吉川廣家等率領的20000名日軍先鋒突然出現，並佔領望客硯，後面還有由宇喜多秀家、黑田長政率領的日軍本隊20000兵正在進軍。
由於碧蹄館地形狹隘，又多泥濘水田，不利騎兵行動。於是李如松且戰且退，退往北方高陽市的出口惠陰嶺，並急忙傳令中軍主力急速進兵。雖然明軍先鋒在開戰初期成功擊退了小早川隆景的左翼粟屋景雄所率3000人，但隆景右翼先鋒井上景貞3000兵卻反包夾了明軍先鋒。不過總體戰況仍是明軍占優。於此同時，立花宗茂領3000兵從日軍左翼移動至明軍右側山上隱兵埋伏伺機出戰，先命部將立花成家率鐵砲隊速射三回後，以「示強之計」突然立出多數軍旗並擊鳴戰鼓，全軍舉起長槍拔刀反射日光令敵兵敝目，一舉斬入突擊進至明軍本陣處。立花軍中其中一位金甲武將（安東常久）與李如松單挑時，被李如梅射殺（根據部分史料，當時金甲武將可能被誤認為井上景貞，但他在此役後仍生還。並於之後小早川秀秋為家督時代時回仕毛利家，後出奔。），同時明軍左翼也遭到毛利元康、小早川秀包、筑紫廣門的突擊，正面則被小早川隆景壓制，明軍頓時陷入了被圍之勢。李如柏、李寧、查大受、張世爵、方時輝、王問等明將皆親自提刀奮戰。其中，明將李有聲為護衛李如松而遭到隆景部將井上景貞擊殺，如松的親衛隊也戰死80餘人。而立花軍中也有小野久八郎、小串成重、小野成幸戰死，小早川秀包麾下也有八名家臣先後身亡。不久小早川隆景派出吉川廣家、宇喜多秀家（實則為其重臣戶川達安所率）、黑田長政率部對明軍進行包圍。兩軍從午後開戰已逾6個小時。至黃昏時分，明軍終於等到左協大將副總兵楊元率援軍到來（這支部隊的規模應當為數不少可能在五千人因為還出現了「中軍旗鼓官王希魯」這樣的職位）。楊元奮勇衝破日軍包圍，搶佔李如松右方陣地，並和李寧的砲營共同發砲轟擊日軍，援護明軍撤退。立花宗茂、宇喜多秀家派出部隊猛烈追擊至惠陰嶺，立花一族之戶次鎮林在追擊時奮勇戰死。而小早川隆景則擔憂明軍撤退會設伏，勸追擊的日軍開始退兵。（以上過程為參考、融合《明史?李如松傳》 、《日本戰史?朝鮮役》 的說法。）
兩軍從午後交戰6個小時至黃昏，明朝紀載日軍死亡超過8000人，朝鮮史則載兩軍各死傷5、6百人，部分日史記載明軍參戰人數為20000人，倭軍斬首明軍6000人。滿清編寫者則說“諸營上軍籍，死亡殆二萬”云云，占了當時明軍入援朝鮮參戰兵力的一半。都遠遠高於朝鮮史的記載，根據朝鮮宣祖實錄所記，明軍投入戰役人數當不超過5000人，當日軍望見明軍步兵抵達後隨即撤退，可見明軍投入戰場兵力並不多。而朝鮮《宣祖實錄》記載，此役之后，明軍大勢依然，應可確信二萬之死亡云云系虛說。但是《神宗實錄》中還記有“夫是役也大將僅以身免，倭何懼之有”。另外日軍陣亡了很多有名有姓的“武將”，但是日本戰國史的武將比率很高，即使在川中島陣亡八千人中也有四十多個“武將”。
戰後日軍並未追擊，反而退返王京，顯示日軍並未完全控制戰場，此役應該并非大勝。但是李如松經此役後，因親兵死傷甚重，加上明軍北兵與南兵之爭日烈，李如松以後就無意進取，先退開城，後又退往平壤。
之後日軍於2月約2萬兵力轉攻京城西北方的幸州山城，朝鮮城將權慄以少數兵力大敗日軍，日將石田三成、吉川廣家等負傷。2月，李如松改變策略，於3月初焚燒日軍於龍山的糧倉粟數十萬，逼使其撤退。4月19日，日軍因為缺糧，被逼由漢城（今首爾）撤退。5月四川參將劉綎率軍五千趕赴援朝，並被任命為副總兵。日軍撤退至釜山，此後陸戰皆集中在朝鮮南部四道，並以朝鮮勤王軍與倭軍的戰鬥為主。日軍於6月中旬又攻打朝鮮南部的晉州城，為第二次晉州城攻略戰，日軍加藤清正、黑田長政以部下飯田直景、莊林一心、後藤基次以龜甲車破壞城壁，大部日軍湧入晉州城而攻陷，城將金千鎰戰死。
明派遣大軍援朝後，兩國在進軍速度、戰力補充、情報、戰功等問題上多所爭執：朝鮮官員復土心切，一再催促明軍進兵，明軍將領多半言明糧食欠缺，天候不佳，同時因為戰亂情報不明，進兵有所疑慮。同時明軍因為將南兵留在平壤，在前線的反而多是北兵，北兵以騎兵為多，根據當時將領所言，明軍損失戰馬多達12000匹，造成騎兵戰力的嚴重匱乏。此外明軍也碰到逃兵問題，尤其以遼東兵最為嚴重，而南兵因為家鄉遙遠，反而不會脫逃，為了填補空缺，明將多向朝鮮要求勾軍來填補缺額。此外，明將也多次反映朝鮮提供的敵情不明，無法知道要用多少兵力才可以消滅入侵的日軍。宋應昌則是完全不相信朝鮮的官員，認為他們很容易洩漏軍機，往往軍情只要移咨朝鮮官員，他們一下朝後就會轉告親友，當時朝鮮的風俗也不以洩漏朝政為可恥，反而認為如果不說就是瞧不起親友，兩國官員為此多所齟齬。
平壤之役南兵先登城牆，但北兵多斬首級；李如松上報明廷時多表北兵殺敵之功，而少論南兵先登之功，造成南兵將領與北兵將領之間的隔閡。另一方面，明廷因有北兵斬殺朝鮮人冒功的傳言，特派欽差大臣來朝鮮查證。而碧蹄館戰後，留守平壤的明朝南兵間又傳出北兵作戰不力的風聲，並有人以此上報經略宋應昌。明朝南、北兵之間的矛盾乃越演越烈。
經略以文人而節制軍事，提督要求增兵増餉都需經過經略上呈；前此，提督李如松總以為經略宋應昌受南兵影響，故意壓文不發。另一方面，宋卻以為武人愛說大話，往往上呈不實，例如說在戰功上以少報多；又受朝廷和戰議論的影響，認為進軍應審慎籌畫。兩人公文往來莫衷一是，結果造成明軍高層在戰略意見上不統一，影響戰爭指揮：一開始是提督主戰而經略不許；後來，當碧蹄館戰後日軍後撤時，又變成經略主張急追，提督主張緩進。
依朝鮮史書宣祖實錄的紀載，自從日軍登陸以後，朝鮮水軍隨即在全羅左道水軍節度使李舜臣率領下展開一連串的反擊：
*5月初6日：閑山島，慶尚道右水使元均與全羅左水使會師有戰艦80艘，進到玉浦，遇敵船30餘艘，擊破26艘
*5月初7日：再度會師，聽到國王西幸的消息，諸將放聲痛哭。
*5月初9日：艦隊解散，各回本鎮。
*5月29日：露梁會師，遇敵1艘，擊毀。又遇敵戰船12艘，悉數擊毀。
*6月初2日：唐浦，遇敵艦20艘，中衛將權俊撞破敵指揮艦，並射死敵將。
*6月初4日：唐浦，全羅道右水使李億祺領戰艦25艘會師。
*6月初5日：出外洋，後移泊固城唐項浦中洋，派三艘船偵查，一出海口即遇敵艦26艘，會戰，焚敵艦100餘艘，斬首210餘級，溺水無算。
*6月初6日：追敵外洋，焚一船。
*7月初6日：舜臣與億祺會師露梁，元均修理破船7艘先來，敵艦70餘艘自永登浦移泊見乃梁。
*7月初8日：舟船至中洋，敵退我追，敵艦70餘艘列陣內洋不出，以佯退引出至閑山洋前，以鶴翼陣，先破3艘，焚63艘，400餘日軍棄舟上陸潛逃。
*7月初10日：安骨浦，敵40艘，列泊洋中，鱗次列陣不出，我艦反覆衝殺，盡毀敵艦，三陣斬首250餘級，溺死無算。
在明軍馳援的同時，朝鮮水師在海戰則佔據了主動權。1592年5月4日，當時的朝鮮全羅左道水軍節度使李舜臣，統率75艘艦船駛出全羅南道麗水港，準備對日軍發動進攻。日軍藤堂高虎部率領50艘木製戰船。5月7日，朝鮮水師偷襲正登岸的日軍艦隊，日軍被殺個措手不及。一輪激戰過後，日軍損失慘重，被朝鮮水師消滅了十幾艘戰船，有數只艦船試圖逃跑也被殲滅。李舜臣繼而在合浦、赤珍浦海面再殲滅餘下的日軍。5月9日，這場海戰最終結束。從此朝鮮水師掌握了制海權。全場海戰朝鮮水師共殲滅日艦26艘，日軍傷亡甚眾，相對而言，朝鮮水師只是傷亡了很少的兵力，艦船更是絲毫無損。
玉浦海戰是壬辰戰爭爆發以來，朝鮮軍隊的首場大捷，大大振奮了朝鮮軍民抗敵的決心，並使得日軍輸送兵力和糧食輜重至朝鮮半島從此變得困難，因為日軍在此戰後已喪失大半制海權。
1592年5月27日，日本水師不甘失敗，轉而向慶尚道的泗川進攻。李舜臣得知消息後，立即於5月29日率船隊23艘出發，迅速駛至泗川海灣外面。當時海灣內共有12艘日本樓船，但日軍對上次海戰失利猶有餘悸，因此當他們見到朝鮮水師馳援，便迅速逃至陸上，在山上布防。李舜臣於是命朝鮮水師假裝撤退，以引誘日軍登船追擊，結果日軍中計。這時正好潮漲，大大有利於朝鮮水師的船和板屋船這類大型艦船活動，因此當日艦出動時，李舜臣即下令眾艦船迎擊。很快地，日艦便被打敗。而李舜臣雖然在戰鬥中負傷，但仍繼續指揮官兵殺敵，結果12艘日艦全部被擊沉。經此戰役，日本水師再不主動進攻，而改為防禦和偷襲朝鮮水師。
6月2日，李舜臣統領的朝鮮水師船隊主動出擊，進攻在唐浦港內停泊的21艘日艦，日艦被朝鮮水師兩-{面包}-抄，最後被全殲。唐浦海戰獲勝後，李舜臣稍事休整。6月4日，與全羅右水使李億祺會師，並於6月5日清晨齊其一起率領51艘戰船，向固城唐項浦的海灣內的26艘日艦進攻，並從兩面對其包抄圍攻。結果日艦除了一艘被故意放走外，其餘全部被殲滅。當晚，該艘故意放走的日艦將岸上日軍接載上船，並欲於6月6日凌晨逃走，但這正中了李舜臣的計謀，結果朝鮮水師殲滅了該艘日艦，固城唐項浦海灣的全部日艦均被殲滅。6月7日，朝鮮水師再度出擊，向栗浦的7艘日艦進攻，日軍不敢迎戰，掉頭便跑，但結果仍被李舜臣全殲。
這三場海戰後，日本水師大受打擊，但日軍主帥仍未心息，決定集結兵力，與朝鮮水師進行決戰，是為閒山島海戰。
為了與朝鮮水師進行決戰，日本水師在巨濟島一帶集結，準備兵分三路向朝鮮水師發動進攻。而李舜臣則將其全羅道的艦隊和慶尚道的部分艦隊組成聯合艦隊，準備迎戰。7月6日，李舜臣進兵出唐浦附近水域，並於7月7日清晨，將集結於巨濟島的日本水師引至閒山島附近水域決戰。李舜臣選擇在此地決戰是因為這裡有著較為寬闊的深水環境，易於設置埋伏，可以向日本艦隊進行包圍殲滅。
在決戰開始不久後，朝鮮水師的戰船即將日軍包抄起來，而朝鮮水師的船則向日軍艦隊直撞過去，很快便撞翻了日軍艦隊前列的幾艘大船，而其餘朝鮮戰船也奮勇殺敵，與敵作殊死戰，結果日軍的61艘戰艦被全殲。
經此一役，日本水師完全喪失制海權，無法運送軍糧，日本陸軍因此無法再行侵略，結果豐臣秀吉只有與明朝講和，改令日軍於朝鮮南端建築倭城以作防備和儲糧之用。而李舜臣則被封為二品正憲大夫、三道水師統制使。
1592年10月4日李舜臣與李億祺、元均等欲率水師奇襲釜山城，切斷日軍聯結對馬及九州的補給線。然而日本軍早已得知消息做好準備，閉門不出 ，從城中槍擊重創朝鮮軍。朝鮮將領鄭運中彈身亡，險些被俘虜的李舜臣逃向加徳島。連勝皆捷的朝鮮水師損失慘重，此役戰果僅止於燒掉釜山城下400余艘空船。李舜臣不再輕易言戰，轉為攻擊沒有戰船護衛的運輸船，降低日軍補給能力。
1593年（文祿二年）六月，日本因海戰失利補給無法送至，加上朝鮮破壞過度，造成瘟疫流行，當地徵發糧食不易，以及急於保全佔據朝鮮南部四道的戰果，遂派使節隨同明使沈惟敬由釜山至北京城議和。7月，明廷宣詔退兵以進行日本封貢事宜，於是李如松大軍撤退，只留劉綎及游擊吳惟忠共七千六百人分別扼守要口。但兵部尚書石星一意主和，再撤吳惟忠部，結果只留劉綎部防守。9月，朝鮮國王李昖雖上表答謝朝廷援救及助其復國，但是暗中對明、日議和卻排除朝鮮有所不滿——此時日軍仍然佔據朝鮮南部四道，並控制釜山城。12月，明廷命薊遼總督顧養謙兼責打理朝鮮事宜，並召回宋應昌、李如松；明帝雖下旨撤軍，但認為“倭情狡詐，未可遽稱事完”。
1593年（文祿二年）5月8日，豐臣秀吉在名護屋會見了到達日本的明朝使團。由于語言不通，雙方的會談仍就在沈惟敬和小西行長間進行。豐臣秀吉提出了“大明、日本和平條件”七條如下：
# 迎明帝公主為日本皇后；
# 發展勘合貿易；
# 明日兩國武官永誓盟好；
# 京城及四道歸還朝鮮，另外四道割讓于日本；
# 朝鮮送一王子至日作為人質；
# 交還所俘虜的朝鮮國二王子及其他朝鮮官吏；
# 朝鮮大臣永誓不叛日本。
沈惟敬竟擅自答應了這七條，並對同行的謝用鋅、徐一貫等人詐稱豐臣秀吉已同意向明朝稱臣，請求封貢，并撤回侵朝日軍。另一方面，小西行長則對豐臣秀吉報告說，明使已同意他的條件，只需遣使與明使一道前往北京請明帝批準條款。就這樣，在兩邊談判者各自對上隱瞞實情的狀況下，中、日雙方幾乎就要達成“協議”。1594年10月，日本派出議和使者小西飛驒守如安（小西如安本氏「內藤」，號「如安」；「飛驒守」是他的官位，但明、朝兩國當時的紀錄卻將其人名誤為「小西飛」）與明朝使團一道去北京。
小西如安在北京與明兵部尚書石星談判，兵部官員還與小西進行了詳細的對談；但小西如安欺對方不懂日語，信口答應了石星提出的三項條款：
# 日軍在受封后迅速撤離朝鮮和對馬；
# 只冊封而不準求貢；
# 與朝鮮修好不得侵犯。
同時，沈惟敬也對明廷遞交了偽造的日本降表；明朝君臣大為滿意，萬曆帝立即決定冊封豐臣秀吉為「日本國王」，并按小西提供的名單冊封了日本國大臣。其後於1595年1月，明廷正式派出使者，令沈惟敬陪同前往日本冊封豐臣秀吉；冊封詔書內容如下：
這封詔書現存于大阪博物館，為慣用的御筆文體寫就，使用一貫的中央大國皇帝對蕞爾小邦降恩封賞的口氣；據《日本外史》記載豐臣秀吉對此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王則王，何待髯虜之封哉！如天朝何。”將詔書撕碎于地，并怒逐明使臣，不久后再次遣兵入侵朝鮮。
當時奉旨與日本談判的石星、沈惟敬等人一心欺瞞蒙混，竭力對萬歷皇帝掩蓋豐臣秀吉的真實意圖，妄圖僥幸無事；然而後來豐臣秀吉將負責議和的小西行長治罪，并驅逐明、朝使團出境，使得歷時兩年的「和局」徹底破裂，沈惟敬乃滯留朝鮮，不敢回國。他假造了一道豐臣秀吉的謝恩表，交由另一使臣遞交明廷，但這道假冒文件被明廷識破，再加上朝鮮方面傳來日本再度備戰的消息，明萬曆帝方知上當，大怒，即令邢玠將石星下獄問罪，并命駐朝明軍捉拿沈惟敬，就地正法。
有人對《日本外史》的歷史真實性存在質疑，其一根據《日本外史》原文“取冊書扯裂之”，如果撕裂了詔書那今天也就不會出現在大阪博物館。
其二是根據當時隨行的官員以及在日本傳教的外國傳教士的描述。根據冊封副使的說法當時的冊封是這樣的：
根據冊封正使楊方亨的說法：
當時在日本傳教的外國傳教士路易斯·弗洛伊斯，在『十六?七世紀イエズス會日本報告集（十六?七世紀耶穌教會日本報告集）』中也描寫了相似的場景。所以豐臣秀吉當下是答應了明朝封賞，但後來態度才有了變化。
在第一次沖突平息了兩年多後，1596年4月，明朝的使者李宗城因為犯了貪淫罪，被日本守臣所逐，奔還漢城，朝鮮方面隨即下詔逮捕其入獄，但已惹來豐臣秀吉的不滿。5月，明朝再次提議賜封豐臣秀吉，命都督僉事楊方亨、游擊沈惟敬一同前往。9月，明朝賜封的使者楊方亨抵達日本，但豐臣秀吉因朝鮮王子不偕同前來以答謝而發怒。結果豐臣秀吉不肯受封，並決心再次發兵侵略朝鮮。在1597年1月，日軍拒不退出釜山，朝鮮得知日軍再次入侵，於是遣使再至明朝求援。這次再侵朝鮮，豐臣秀吉吸收了上次海戰失利使得不能大量運兵和運輸補給的教訓，使用反間計誣陷李舜臣陰謀篡權，使得李昖將李舜臣下獄，其後將其貶為士兵，只能白衣從軍。
1597年2月（明萬歷二十五年正月），豐臣秀吉發動了第二次對朝戰爭。這次來勢更加洶洶，準備更加充足。神宗得訊后，知道使臣和兵部沒有把日本方面的真實意圖動向報告朝廷，一心求和，竭力欺瞞。當即大怒，馬上下令革去兵部尚書石星等人的職務，令邢玠以兵部尚書出任總督，都御史楊鎬經略朝鮮軍務，再次出兵援朝。同時下諭旨聲明石星罪狀“倭奴狂逞，掠占屬國，窺犯內地，皆前兵部尚書石星諂賊釀患，欺君誤國，……著錦衣衛拿去法司，從重議罪來說”。
1597年初，日本出動陸軍141,490人，水軍22,100人，水陸並進再度入侵朝鮮。
2月，明朝再次議定援朝征日，以麻貴為備倭總兵官，統率南北諸軍。在3月，明朝以山東右參政楊鎬為僉都御史，經略朝鮮軍務，並以兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略御倭。5月，邢玠趕至遼東。
開赴至朝鮮的第一批明軍共約3萬余人。
* 總兵麻貴率1萬7千人駐守漢城
* 楊元率遼東騎兵3千人，駐守南原
* 陳愚忠率騎兵3千人，屯兵全州
* 吳惟忠率4千人進至忠州，與南原軍互相呼應
* 茅國器率兵3千人屯星州，控制島嶺、秋風嶺
明軍的戰略部署是，上述各軍據守本部要塞，待總督邢玠率領的4萬大軍一到，明軍和朝鮮軍即轉入戰略反攻，由南原、忠州發動鉗形攻勢，直搗釜山之敵。
6月，日本小型兵船數千艘停舶於釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后進攻南原（為全羅道外藩，一旦失守，天津、登、萊皆可揚帆而至）。
在八月十三日，由宇喜多秀家、小西行長和島津義弘等所率領的五萬大軍來到南原城外，因為朝鮮水軍的覆沒導致南朝鮮的防線開始崩潰，而南原周圍的朝鮮守軍也陸續逃離崗位。南原頓時成為孤城，內中的守軍以楊元所率領的3000明軍為主，李福男等韓將亦率領一千多朝鮮軍駐守在此。
在三天圍城後南原守軍不支而被攻破，楊元率領少數隨從成功突圍，而諸位韓將則全數陣亡，其中楊元曾邀李福男與其一起突圍然而被嚴正拒絕。楊元雖然成功突圍回到漢城，然而事後因全軍覆沒之罪被明朝下令處決。
攻破南原后，付出很大傷亡代價的日軍屠城一日。這時駐全州的明將陳愚忠因南原失陷立即撤退，這樣加藤清正的右路軍便兵不血刃的拿下了全州。之后日軍又分別攻陷黃石山、金州、公州等地，漢城的屏障盡失，再一次瀕臨險境，朝鮮局勢再度危若累卵。9月6日，麻貴命副總兵解生等率軍2千，奔赴稷山北部，鞏固漢城的前沿陣地。7日，于稷山附近與日本黑田長政率領的日軍第三軍團發生遭遇戰，根據中興誌以及宣祖實錄的敘述明軍以騎兵戰術大破日軍，明軍的后續部隊楊登山率軍趕到，大敗黑田長政，明軍傷亡200餘人，日軍死亡500-600餘人，后因毛利秀元大軍趕到而撤退。
9月，明軍逮捕前兵部尚書石星下獄，並與在明軍和日軍之間兩邊獲取利益的沈惟敬一同俱論罪處死，結果石星於1599年死於獄中，沈惟敬則於市集斬首。
10月麻貴以李如梅率數千攻向星州谷城，城將小早川秀包、筑紫廣門起先死守，之後迎接小早川秀秋派出的援軍山口正弘、南部無右衛門後轉守為攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日軍毛利秀元等則被參將彭友德率領的明丶朝聯軍重兵包圍，死傷慘重，幸蔚山城將淺野幸長、宍戶元續、太田一吉的接應援護才撤退。12月，援朝明軍與日軍大戰於蔚山。
根據《晚明史》一書的記述，當時在朝兵力，明軍遠低于日軍，豐臣秀吉調動的侵朝兵力，這時候已達十二萬之多，而明朝方面的援軍根據朝鮮王朝《宣祖實錄》的記載，明軍達十一萬人。不過這些數字都是萬歷二十六年的事，萬歷二十五年戰爭初期兵力沒有達到這一水準， 日軍明顯占據優勢地位。
所以一開始明軍在朝鮮的形勢相當困難，據守的城市接連淪陷，進攻也遭失敗。在第一次蔚山之戰中，經略楊鎬被日將小早川秀秋擊敗，陣亡二萬。明軍戰死的軍官有遊擊楊萬金、千總麻來、李洞賓、周道繼、王子和、張應元、陳觀策、錢應太，把總郭安民，哨總湯文瓚等。此外遊擊陳寅與陳愚沖兩人負傷。但在萬歷帝堅定不移的支持之下，形勢開始逆轉，日軍逐漸抵擋不住明軍的攻勢，據朝鮮人趙慶男《亂中雜錄》記載：“丁酉九月六日，天將副總兵解生等，大敗賊眾于稷山金島坪，加藤清正等退遁，流下嶺南……麻貴領大軍啟行，至水原下寨，遣 兵埋伏于芥川上下，以為后援……七日黎明，天兵左協出柳浦，右協發令通，大軍直從坦途，鑼響三成，喊聲四合，連放大炮，萬旗齊顫，鐵馬云騰，槍劍奮飛，馳突亂砍，賊尸遍野，一日六合，賊逝披麾……翌日平明，賊兵齊放連炮，張鶴翼以進，白刃交揮，殺氣連天，奇形異狀，驚惑人眼。天兵應炮突起，鐵鞭之下，賊不措手，合戰未幾，賊兵敗遁，向木川清州而走”。
日軍遭此慘敗之后，明軍乘勝追擊，接連獲勝，二十三日又攻取蔚山，最後把日軍將領加藤清正率領的1萬6千人圍困在島山，雖讓日軍餓死達上萬人，僅餘千人，但這時候日本大批援軍到來前後包夾明軍，這時候明軍的經略楊鎬懼敵又臨陣脫逃，倉促撤軍，反而使明朝聯軍被斬殺數千人。
而明軍於攻打蔚山期間，明將高策趁日軍大部趕往蔚山援救之時率軍偷襲日軍大本營釜山，也被日將立花宗茂以8百人用夜襲和火計擊退，是為般丹之戰，同時更有另一支明朝聯軍偷襲梁山，但被黑田孝高擊退。
1598年1月，明朝援朝和攻打蔚山的軍隊因為日本的毛利秀元、黑田長政等日軍的援兵突然趕至，大為震驚。楊鎬趕不及下令，便策馬率先趕奔漢城，麻貴亦繼而趕之，一時間所有軍隊皆潰敗。只有副將吳惟忠、游擊茅國器斷後，日軍在得勝後暫退以保住勝果，明軍的輜重大多喪失。楊鎬與邢玠卻向明朝朝廷謊報前線大捷。但當時各營欲向明朝朝廷回報，士卒死傷二萬，這使楊鎬大怒，按而不報，只稱死傷百餘人。贊畫主事丁應泰得知戰敗，至楊鎬處商議應對計略，但楊鎬竟出示張位、沈一貫的手書，揚揚自得。這令丁應泰憤而向朝廷回報戰敗事實，明朝首輔趙志皋欲保楊鎬，決定暫時不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水軍，並欲以海路運兵以作持久之計，5月明朝廷叫回攻略蔚山城失敗的楊鎬，新增兵力給於劉綎、邢玠並調派水陸約15萬軍力進朝鮮，於是都督陳璘以兩廣之兵，劉綎以四川之兵，鄧子龍以浙江、南京之兵趕至增援，明將張榜、藍芳威等於此時參陣。6月，楊鎬罷職候查。
戰事再起之初，朝鮮水師由元均率領。然而，元均于1597年8月27日（萬歷二十五年七月十五）在漆川梁遭日將藤堂高虎的伏擊而陣亡，朝鮮水師幾乎全軍覆滅，朝鮮更是喪失了制海權。無奈之下，朝鮮政府再次起用本來已遭罷黜的李舜臣。李舜臣到任時，原來苦心經營的水師，只剩下數艘艦隻。但他因為身繫救國重任，惟有在這個逆境裡盡其全力，在全羅道右水營著手重建海軍。8月28日，李舜臣指揮著這支剛重建的水師，再度與日本水師決戰，而決戰地就是在鳴梁海峽。