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，在《泰晤士世界大學排名》中為351-400名之間，在《美國新聞與世界報導》中為363名。，在萊頓大學的世界大學論文引用排名（CWTS）中，清華大學排名在全臺灣第1名（2014年）。
中華民國政府於第二次國共內戰失利而撤退至臺灣後，接收日本海軍第六燃料廠廠本部300公頃土地。1955年金開英擔任中油總經理，撥用40甲土地給清華大學建校，由來自中國的校長梅貽琦於新竹市主持清華在臺復校。復校重建之初首設原子科學研究所，1964年恢復大學部，目前設有理學、工學、原子科學、人文社會、生命科學、電機資訊、科技管理、教育、藝術、臺北政經學院TSE等11個學院，共26個一般學系、10個學士班、23個獨立研究所、17個研究中心。位於中國北京的國立清華大學則由中華人民共和國政府接管，更名為清華大學。
在學術研究上，清華自29國130所（2011年4月）增加至49國319所（2020年4月）大學保持校際合作關係，各國交換學生、外籍生、華語學習的互動熱絡。而國立清華大學也與國內的國立陽明交通大學及國立中央大學、國立政治大學三校共同組成臺灣聯合大學系統，整合各校資源，共同成立研究中心。此外，復校後的清華和相鄰的交大於1969年開始固定於每年春季舉辦「梅竹錦標賽」，比賽項目包含球類、橋藝、棋類、田徑、拔河等。清華校友與許多知名大學包括臺灣大學等，都有協助校友創業活動，以租用辦公室的方式，推廣其創業活動，如清華海峽研究院。
根據湯森路透重要科學指標（Thomson Reuters, Essential Science Indicators），清華在化學、物理、材料科學、工程、計算機科學、生物與生物化學及臨床醫學等七學門被列為論文被引次數世界前1%之研究機構；臺灣在22個評比學門中之5個學門有研究機構躋身世界百強，清華在QS全球大學學科排名中在「材料科學」方面排名世界第37名，居全臺各校所有領域之首。2017年，於「機械工程」方面排名世界第38名，超越臺大為全臺第一。腦神經科學領域，諾貝爾獎得主DNA之父詹姆斯·杜威·沃森於2010年造訪清華時譽為『世界領先』。清華未來式，校園規劃，續以清華校色紫色及白色重新改造清華湖及校門口，清華湖以紫色意象傳統清華典雅，校門口以白色意象設計象徵未來醫學發展。
1948年（民國37年），梅貽琦校長離開北平前往南京，後出國赴紐約與中華教育文化基金董事會會商清華基金保管及運用事宜，確定國立清華大學將中國對美國的庚子賠款的退款使用剩餘部分存放至美國銀行設立“清華基金”，由梅貽琦校長掌控此基金。 1949年（民國38年）中華民國中央政府遷往臺北，梅貽琦校長前往臺灣新竹市復建國立清華大學，至今此基金利息仍每年由銀行撥付給國立清華大學作為開支經費，只有臺灣國立清華大學接收此基金。
清華源于辛丑條約約定的庚子賠款。1904至1905年（清光緒三十年至三十一年），美國國務卿海約翰認為賠款已超過美國應得到的部分，索要過多，並告訴大清駐美公使梁誠。梁誠得知美國庚款索賠過多后，幾番據理力爭要求美國退回，促成減免。美國總統羅斯福決定返還賠款基數定為一千余萬美元，逐年退還。賠款用于人才培養和赴美留學。1909年（清宣統元年），美國開始退還庚款。為統籌考核留學生，外務部與學部上奏設立“游美學務處”并附設“肄業館”。7月17日（六月初一）游美學務處正式建立，后任命外務部署左丞、左參議兼學部丞參上行走周自齊擔任總辦，學部員外郎范源濂和外務部候補主事唐國安，駐美公使館參贊容揆任駐美學生監督，三年間共組織三批近200人赴美留學。
1912年中華民國建立后裁撤游美學務處，學堂改名為清華學校，分中等科四年、高等科四年共計八年學制。唐國安為第一任校長，周詒春為教務長，在校生約500人，教員30余人，以“培植全材，增進國力”為宗旨培養“領袖人才”。1913年春近春園、長春園、部分水磨村并入清華大學。1914年10月，美國建筑師墨菲與（Dana）為學校規劃校園，布置留美預備學校和綜合大學。1916年至1920年，建成圖書館、體育館、科學館、大禮堂等早期建筑。此期間，經費充足、園林優美，學習環境十分理想。學校強調體育鍛煉和強健體魄，設立體操課，午后“強迫運動”，開辦童子軍訓練和軍事訓練（兵操）；參加菲律賓第一屆遠東運動會；清華、協和、匯文合辦的“三角運動會”為北京最早校際大賽。各界名人學者也前來演講，1914年11月5日，梁啟超先生以“君子”為題發表演講，引述易經中“天行健，君子以自強不息”及“地勢坤，君子以厚德載物”，對清華學子給予厚望。后“自強不息、厚德載物”被定為校訓。
1913年3月初，唐國安校長病逝，周詒春繼任，任內勤勉，增加設備建筑，擴充留美名額，于1918年1月辭職。此后直到1931年校長更迭頻繁，史稱“清華校長更迭風波”。早期先后有范源濂（美國駐華公使反對）、趙國材（代理）、張煜全、羅忠詒（學生拒絕）、嚴鶴齡（代理）、金邦正、曹云祥（代理）被任命校長。1924年5月，曹云祥成為正式校長，在任6年中，清華學術得到空前發展，1925年春成立國學研究院，聘請梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任等導師。從派遣留學逐步轉為培養本國人才，在1925年5月成立大學部，始創四年制學士教育，開始招收大學一年級生，稱為新制生，而留美預備部學生為舊制生，之後清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成，並逐步向綜合性大學過渡。至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等，已經形成大學的初步基礎。
1919年5月4日，五四運動爆發，城內十多所學校示威游行。清華學生組織演講、會見公使、致電巴黎和會。9日，校內掛半旗，全體同學在體育館舉行“國恥紀念會”，并焚燒校內日貨。共同宣誓“愿犧牲生命，以保護中華民國人民、土地、主權”。“五四”運動后，更多新思潮涌入清華，促進了清華學生的覺醒。1926年3月13日，舉行紀念孫中山逝世周年大會，李大釗、陳毅來校演講。3月18日，北京民眾為反日本入侵游行請愿，遭段祺瑞政府打壓，清華學生韋杰三犧牲，是為三·一八慘案。1927年6月，國學大師王國維憂憤國事，於北京昆明湖自殺，震驚全國。梁啟超亦因病離校就醫。同月教務長張彭春遭反對勢力攻擊而辭職，校園爆發「挽張去惡」風潮，學生遊行要求改造清華。
1928年，南京國民政府取代北洋政府掌控北京后，任命孫科為清華校長，孫科不就，遂改派羅家倫為校長，易名“國立清華大學”。羅家倫於校長就職演講中，提出要四化辦學（廉潔化、學術化、平民化、紀律化），並實行軍營化管理，遭學校師生拒絕。任職期間，羅家倫對學校組織結構大加整改，延請了蔣廷黻、張奚若、蕭公權、馮友蘭、張子高等幾十位著名教授。1929年4月，羅家倫因查出清華基金帳目虧空，要求改革，與清華大學董事會發生矛盾，提出辭職。同月，清華大學師生發起解散董事會，回歸教育部管轄運動。5月，清華重歸教育部管轄；6月，清華大學董事會解散，清華基金改由中華教育文教基金會保管。成立研究院，先辦文法兩科，次辦理工農科。大學部第一屆學生亦於此年畢業。1930年5月，中原大戰爆發，北平落入閻錫山之手，校內親閻錫山勢力醞釀“倒羅運動”，再加上羅家倫長期與學校師生意見不合，5月20日請辭離去。後閻錫山指派與其同為山西人的清華校友喬萬選為清華校長，但是遭到清華師生以反對軍閥力量把持校政為由，拒絕喬萬選。6月25日，喬萬選企圖以武力接收清華，遭學生阻擋，並簽下「永不任清華校長」承諾書。清華校務暫由校務會議維持，清華進入長達十至十一月的無校長時期。1931年4月，教育部任命吳南軒為校長，然而吳南軒擅自解聘教授，任用私人，攜印入城，斷絕學校資金并暗示武力解決，引起全校師生不滿，學生護校委員會和教授會迫使教育部將其撤職。
1931年10月14日，梅貽琦被任命為校長，12月3日，在校長就職典禮上提出“所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也”的理念，此理念對清華有著深遠的影響。梅貽琦擔任清華校長長達17年，為清華最久任的校長，且對學校建設貢獻巨大，確定了清華著名學府地位，被稱為清華永遠的校長。此時期，梅校長大力延聘名師，讓此時的清華園名師雲集，如文學院的馮友蘭、朱自清、聞一多、陳寅恪、吳宓、金岳霖等；理學院的葉企孫、吳有訓、周培源、陳省身等；法學院有陳岱孫，這些學術大師在清華創造出許多研究成果，如機械系教授王士倬建造了中國第一座航空風洞。在治校理念上，確立了“民主治校原則”，也稱為“教授治校”，清華的教授會、評議會、校務會以及各種專門委員會，多由教授擔任，讓教授能積極參與學校事務。
1935年秋天，在日軍危及華北之時，校內成立學生自治會救國委員會，學生蔣南翔草擬《告全國民眾書》，喊出：“華北之大，已經安放不得一張平靜的書桌了！”1935年12月9日，一二·九運動爆發，清華大批學生參加了該運動，高呼“打倒日本帝國主義”、“停止內戰、一致抗日”等口號。1936年，因日軍侵華，學校於長沙獄麓山興建校舍，並將學校珍貴圖書器材南遷，同時決定籌辦特種研究所。2月19日，參予學生運動的救國會與學校教授會為了上學期期末考試補考問題發生對立，教授集體辭職。22日，由學生會與用功讀書學生組成之護校團發起挽留教授。23日，梅校長自南京回校，處分救國會帶頭分子，並慰留所有教授。29日，冀察政務委員長宋哲元派兵進入校園逮捕二十一名左派學運學生，後經校方多方奔走，獲得保釋。12月，西安事變爆發，校園左右派學生對立。28日，由潘光旦教務長宣佈解散校園一切學生運動。
1937年發生七七事變，抗日戰爭全面爆發。8月5日，日軍即佔領清華園。9月10日，清華奉令與北大、南開在長沙組建國立長沙臨時大學。10月25日，臨大開學，共有文、理、工、法商等四院十七系，文學院另於南岳上課。1938年1月，因戰爭吃緊，決議搬遷至昆明，臨大組織師生分三路艱難到達昆明，校名改為國立西南聯合大學，梅貽琦任設常務委員會主席。5月4日，聯大開課，三校師生在條件極其艱苦的情況下開展教學、科研工作。1939年因戰局吃緊，政府宣布停付庚款。清華農業、航空、無線電、金屬、社會調查五研究所自行設法維持。8月，清華決定恢復文科研究所，設中文、外文、歷史、哲學四部。1940年，因聯大校園屢遭日軍轟炸，教育部命聯大遷川。8月，聯大決定於四川敘永設立分校，命一年級及先修班新生前往上課。11月，為了培養大後方中小學教師，聯大成立師院附設學校。1941年1月，敘永分校開始上課。4月，清華大學成立卅年，師生於昆明舉行紀念會，出版學報紀念專刊。8月，敘永分校結束運作，學生返回昆明。10月，文科研究所於昆明東郊龍泉鎮司家營成立，由馮友蘭教授出任校長。11月，與盟軍合作於昆明成立譯員訓練班，並成立師範學院初級部。聯大期間，學生參與青年從軍運動，應征飛虎隊翻譯，參加中國遠征軍入緬作戰。
清華還單獨設立昆明辦事處、研究院和特種研究所。特種研究所依靠庚款基金利息，擁有農業、航空、無線電、金屬、國情普查五個研究所，服務軍事研究。戰爭中，清華園遭日軍野戰醫院152病院等占據、破壞，留守教職工也被害。
1945年日本投降后，學校開始修繕清華園。次年聯大結束，三校復員。清華在戰爭傷痕下努力恢復發展，1946年2月，部分系所勉強於北平清華園重新復課。5月4日，西南聯大結束，學生依志願分發，入清華者932人，入北大者644人，入南開者65人。三校於昆明立碑紀念八年之艱苦合作。師生陸續北返，只留下師範學院改為國立昆明師範學院。7月，清華中文系教授聞一多遭國民黨特務刺殺，昆明發生學潮，梅校長赴滇解決。10月10日，正式於清華園上課，收集補充圖書儀器設備，並招考新生。1948年，清華大學擴充農學、氣象學、法學、航空工程等院系。同年11月24日，在中國人民解放軍進攻下，國民政府教育部督學前來談遷校事宜，并接走清華5位教師。12月13日，解放軍進軍至西郊，繞開圓明園和清華、燕大，占領豐臺。中央軍委主席毛澤東指示保護清華、燕京等校。解放軍與國軍戰于學校墻外，不久后國軍退守城內。15日，解放軍進駐海淀鎮，清華園成為華北地區最早被解放軍占領并宣告解放的高校。12月18日，解放軍第13兵團政治部張貼布告宣布嚴加保護學校，阻止搶掠。梅貽琦校長于12月14日因公入城，留在城內，后于21日乘飛機前往南京。12月17日，校務會議推舉馮友蘭為臨時主席，代理主持校務。
1949年中華人民共和國成立，中華民國政府遷守臺灣。梅校長赴歐，後往紐約與中華教育文化基金董事會會商清華基金保管及運用事宜。自1951年開始以清華基金利息協助在美學人研究，並贈送學術書刊儀器給臺灣專科以上學校。1955年，「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，發展原子科學之研究，乃電召梅貽琦校長返國籌議。並於同年12月，由行政院組設「國立清華大學研究院籌備委員會」，以教育部長張其昀，清華大學校長梅貽琦，國防、外交、財政、經濟四部代表，暨蔣夢麟、浦薛鳳、錢昌祚，陳雪屏、錢思亮、金開英、洪紳諸先生為委員。
1956年1月1日，即在臺北成立籌備處，以陳可忠為主任；清華在臺復校工作由此開始。原先計畫在臺北南港與新竹擇一選校地，但因南港腹地較小，再加上時任新竹縣長朱盛淇的爭取，清大選在新竹赤土崎建校。校地由中國石油公司提撥約40公頃的原日本海軍燃料廠土地，在原子爐開工後，需要更多校地，因此新竹縣長朱盛淇同意再撥約33公頃土地，此時的清華校地共約78公頃。
1956年清大在臺復校後首次招生，因校舍還未完工，以國立臺灣大學為上課地點，至此清大校務在臺正式運行。1957年，清大在新竹的教學大樓、辦公大樓、教職員工宿舍、學生宿舍等相繼完工，學生於是返回新竹上課。1961年原子爐興建工程完工，此原子爐土木工程部分由校友華泰建築師張昌華負責設計，機械裝置則由中油、臺電、臺灣鋁業公司分別派員操作，並得到經濟部聯合工業研究所的協助，是臺灣第一次由產官學界共同完成的成果。
1962年5月19日，梅校長病逝於臺大醫院後，校務暫由教務長陳可忠代理，1965年陳可忠正式擔任校長，在其任內增設了數學、核工、物理、化學系所，增長了清華的教學組織；1968年，清華圖書館（紅樓）啟用，隨後體育館、大禮堂與新校門等相繼落成；1969年，清華與交大聯合舉辦首次的「梅竹錦標對抗賽」，同年7月陳校長退休，由閻振興校長繼任。
1970年9月，閻校長調任至臺大，繼任校長為徐賢修。1973年，經教育部核準，成立工學院、理學院與原子科學院，清大從原本的原子科學所擴張為理工大學。1975年，張明哲擔任清華校長，在其任內，清大為了整合全校研究及對外合作，規劃成立研究發展委員會。1980年大學部增設中國語文學系，清大逐漸邁向綜合大學之路。
1981年毛高文校長任內，正式設置（1995年修訂清大組織規程時，納入正式編制，更名為研究發展處），是臺灣各大學中第一個研究發展行政單位，下設各研究中心。1983年為配合推動國防科技發展，與中山科學院合作成立自強科學研究中心，為推動跨院所系的教學與研究，成立校內原子科學技術發展中心及科學儀器中心。1984年依行政院「加強培育及延攬高級科技人才方案」，成立材料科學中心，為全臺大學中四大重點科技中心之一。之後陸續成立電腦與通訊科技研發中心（1994年）、積體電路設計技術研發中心（2000年）、奈米與微系統科技中心（2001年）、腦科學研究中心（2002年）、當代中國研究中心（2003年）、能源與環境研究中心（2004年）等校級研究中心。
清大為執行「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」、整合清華重點領域研究，於2006年陳文村校長任內，合併材料科學中心、奈米與微系統科技中心成為奈微與材料科技中心，成立生物醫學科技研發中心（2007年）、人文社會研究中心（2007年）、基礎科學研究中心（2008年）。此外，1997年行政院國家科學委員會在清華校園中，設有國家理論科學研究中心，分為數學組與理論物理組，與校內、外學者互動頻繁；清華為鼓勵研究成果轉為產業價值，1999年成立創新育成中心，績效優異。
清大為給學生先入學、瞭解志趣後再選系之機會，在陳文村校長任內，推行各學院院招生，強調跨院系教育、大一不分系，於2006年先增設理學院、科技管理學院學士班，逐年推至各學院，迄2009年，全校所有學院均設有院招生學士班。另外在2008年陳校長任內，創立臺灣第一個強調住宿學院（Residential College）教育的「清華學院」，擷取世界頂尖大學住宿學院之精神，融合清華特色，帶給清華學子嶄新的學習與校園生活環境。
1980年代以來，兩岸清華交流日漸頻繁；1995年沈君山校長率團訪問北京清華，簽定「海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄」，交往日益熱絡；2009年陳文村校長再次率團訪問北京清華，簽定「兩岸清華大學學術交流與合作備忘錄」暨「兩岸清華大學教師與學生交流協議」，除加強兩校之師生、學術交流外，並各自提撥基金，支持兩岸清華共同研究計畫之進行；次年北京清華顧秉林校長率團回訪新竹清華，兩岸清華交流與合作更加密切。
2002年，入選中華民國教育部最初7所重點研究型大學之一。
2006年以來，在教育部推出的「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」及「邁向頂尖大學計畫」，清大獲選為重點補助的學校，正穩健地邁向世界一流學府之林。
*1909年，利用美國退還的庚子賠款，考選留美學生，成立「遊美學務處」。越二年勘定校址，籌設學校，稱清華學堂。
*1911年，3月開學，旋因辛亥革命停課。
*1912年，春，復課，「清華學堂」改稱「清華學校」，仍為留美預備學校性質。
*1925年，成立國學研究所。開辦大學部，設文、理、法三學院。
*1928年，改稱「國立清華大學」。
*1929年，正式成立研究院，分文、理、法三部；大學部第一屆學生亦於此年畢業。
*1937年，因對日抗戰，南徙長沙，與北京大學、南開大學合組為國立長沙臨時大學。
*1938年，長沙臨時大學遷至昆明，改稱國立西南聯合大學。
*1945年，抗戰勝利，西南聯大仍繼續課業，三校同時分別開始籌劃復員工作。
*1946年，秋，該校復員北平，並增設農學院。
*1955年，中美兩國訂立原子和平用途協定，政府決定設立原子科學研究機構，組設清華大學研究院籌備委員會，勘定校址於新竹市，籌劃復校，創辦原子科學研究所。
**5月，決議在新竹市設校，原址為日本海軍第六燃料廠新竹支廠。
**7月，原子科學研究所成立，招考第一屆研究生。
*1961年，水池式核子反應器（名稱：THOR，為TRIGA反應爐）完成初步臨界運轉，開始作業。這是為中華民國進入原子能時代之里程碑。
**5月19日梅校長病故，教務長陳可忠奉命代理校務（1965年真除）。
**春，數學研究所招考第一屆研究生。
*1964年，恢復大學部，設置核子工程及數學兩學系，參加聯合招生。
*1966年，增設化學系。原子科學研究所之物理組於秋季成立物理研究所，招收第一屆研究生。
*1967年，設立物理研究所博士班。
*1968年，原子科學研究所化學組，亦以成立物理研究所同樣情形成立化學研究所，招收第一屆研究生。
**7月校長陳可忠退休，閻振興先生繼任校長。
**6月閻校長調任立臺灣大學，該校校長由徐賢修先生繼任。
**原子科學研究所核工組改設為原子核工程研究所。
*1972年，增設應用化學研究所、應用物理研究所、應用數學研究所、材料科學工程學系、工業化學研究所、工業化學系和動力機械工程學系。
*1974年，增設分子生物研究所、工業工程學系及化學研究所博士班，並將原有所系分設三學院：理學院、工學院及原子科學院。
*1975年9月，徐校長奉命轉任行政院國家科學委員會主任委員，校長由張明哲先生繼任。
*1976年，增設電機電力工程系，成立電子計算機中心。
*1977年，增設電機電力工程研究所，計算機管理決策研究所及輻射生物研究所。
*1978年，增設高分子研究所。
*1979年，工業化學研究所增設博士班，均於當年招生。
*1980年，增設工業工程研究所，大學部增設中國語文學系；工業化學研究所和工業化學系更名為化學工程研究所和化學工程學系。
*1981年，增設動力機械工程、材料科學工程、原子核工程研究所博士班。核子工程學系開始招生。
**8月，張校長調行政院國家科學委員會主任委員，校長由毛高文先生繼任。
**10月，研究發展委員會成立。
*1982年，數學所增設博士班，大學部增設外國語文學系。
**4月，成立長期發展委員會，訂定五年發展計劃。
**3月，開始規劃行政業務電腦化作業系統。
**8月，物理研究所、應用物理研究所合併為物理研究所；化學研究所、應用化學研究合併為化學研究所；計算機管理決策研究所、電機工程研究所增設博士班；與中山科學院合作成立自強科學研究中心。
**年底，成立校內各研究中心，次年又相繼成立原子科學技術發展中心及科儀中心。
*1984年，增設人文社會學院、經濟學系、分子生物研究所博士班；化學工程研究所與高分子研究所合併為化學工程研究所；與工業技術研究院合作成立材料科學中心。
*1985年5月，視聽中心成立。
**8月，增設歷史研究所碩士班及工業工程研究所博士班，分子生物研究所更名為生命科學研究所，原子核工程研究所更名為核子工程研究所。
**8月，應用數學研究所增設博士班。原子科學研究所取消保健物理與放射化學分組。增設語言學研究所碩士班，動機、電機兩系成立雙班。
**9月，開始實施雙學位制。李遠哲校友榮獲諾貝爾化學獎。
**8月，毛校長調任教育部部長，該校校長由劉兆玄先生繼任。增設社會人類學研究所碩士班及原子科學研究所博士班。
**8月，增設統計學研究所、經濟學研究所碩士班。計算機管理決策研究所更名為資訊科學研究所。
**8月，增設文學研究所碩士班、統計學研究所博士班及輻射生物研究所博士班。
**8月，增設資訊工程學系及語言學研究所博士班。
**5月9日，發生獨立臺灣會案，法務部調查局幹員在未知會校方的情況下進入校園，拘提歷史研究所碩士生廖-偉程，引發臺灣社會與大學校園劇烈反彈。來自全國各大學的學生罷課並於臺北車站靜坐抗議，要求「廢除懲治叛亂條例、反對政治迫害」；17日立法院通過廢除懲治叛亂條例，廖偉程等四人獲得交保釋放；20日，知識界、社運界與民主進步黨發動萬人遊行抗議，要求軍警特退出校園；24日，中研院院士李鎮源等人成立「一〇〇行動聯盟」，促成廢除《刑法》第一百條。
**8月，增設生物醫學研究所碩士班及全臺第一個生命科學系。
**5月，共同學科改為通識教育中心。
**7月，增設生命科學院，同時將生命科學系、生命科學研究所、生物醫學研究所改隸於生命科學院。
**2月，（簡稱THAR）除役工程開始，全程約費時2個月。
**2月27日，劉兆玄校長調任交通部部長，校務由教務長李家同先生暫行代理。
**1月28日，新任校長沈君山先生就任為首任經由遴選產生之校長。
**8月，增設工程管理研究所碩士班、哲學研究所碩士班、文學研究所博士班。
*1995年8月，設立教育學程。配合新大學法調整所系架構，將研究所併入性質相近學系。
*1996年，成立電子工程研究所碩士班、博士班，歷史研究所博士班，及社會人類學研究所人類學組博士班。
*1997年8月，成立生物技術研究所（碩士班），行政院國家科學委員會在清大設立國家理論科學研究中心。
**2月，新任校長劉炯朗上任。成立電機資訊學院，設有資訊工程學系、電、機工程學系電子研所。輻射生物研究所併入生命科學系，社會人類研究所分設為社會研究所碩士班與人類學研究所碩士班、博士班。工業工程學系改名為工業工程與工程管理學系。
*1999年8月，成立通訊工程研究所碩士班、博士班。
*2000年8月，成立科技管理學院，設有科技管理研究所、科技法律研究所、計量財務金融學系。臺積電捐贈1.8億元興建科管院，臺積電副董事長曾繁城也以個人名義捐助1500萬元。
**1月，臺達電子董事長鄭崇華捐贈100萬股臺達電股票，成立孫運璿科技講座
**8月，成立天文研究所碩士班、資訊系統與應用研究所碩士班。
**11月，旺宏電子捐贈3億元，協助興建「旺宏學習資源中心」。
**2月，新任校長徐遐生上任。
**8月，成立微機電系統工程研究所碩、博士班、臺灣文學研究所碩士班，人文社會學士學位學程，生命科學院調整為生命科學系、分子與細胞生物研究所碩、博士班、分子醫學研究所碩、博士班、生物資訊與結構生物研究所碩、博士班、生物科技研究所碩、博士班。
*2003年，創設還願獎學金。
**8月，資訊工程學系學士班新增第3班、物理系學士班增設光電物理組、成立光電工程研究所碩、博士班及工業工程與工程管理碩士在職專班。
**1月，與新竹縣政府簽署協議書共同推動設立第二校區。
**8月，成立經濟學系博士班及社會學研究所博士班。
*2005年，獲教育部補助「發展國際一流大學及頂尖研究中心計劃」，前兩年（2006年、2007年）每年新臺幣10億元。
**2月，電機資訊學院產業研發碩士積體電路設計專班成立。
**8月，宜蘭園區籌備處成立；增設資訊系統與應用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工學院產業研發碩士光電科技專班；經濟學系由人文社會學院改屬科技管理學院。
**2月，新任校長陳文村上任。
**4月29日，在臺建校五十週年校慶；清華網站《首頁故事》創刊。
**6月，材料科學中心與奈米微系統中心合併為奈微與材料科技中心，校務會議通過「國立清華大學教師學術卓越獎勵辦法」及「國立清華大學講座及特聘教授設置辦法」。
**7月，歷史所黃一農教授、材料系陳力俊教授獲選為中央研究院院士。
**8月，原子科學系更名為生醫工程與環境科學系，成立臺灣研究教師在職進修碩士學位班、理學院學士班、科技管理學院學士班；修正組織規程，秘書室調整為秘書處，下設綜合業務組、議事及法規組、公共事務組、國際事務中心與校友服務中心。
**9月，首創「繁星計畫」大學甄試入學機制，獲教育部推廣；清華會館正式啟用。
**10月，召開第一次校務發展諮詢委員會議。
**1月，發行英文季刊《Newsletter》；教育部「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」第一次實地考評。
**3月，辦理第一屆「傑出產學合作獎」選拔；第一屆「繁星計畫」招生放榜。
**5月，宜蘭園區22公頃，納入清華校地；聘請諾貝爾獎得主楊振寧為清華榮譽特聘講座。
**7月，成立「國立清華大學生物醫學研發中心」及「大學部教育改進工作小組」；首批國際志工團隊成行。
**8月，成立「國立清華大學人文社會研究中心」；微機電系統工程研究所更名為奈米工程與微系統研究所，成立核子工程與科學研究所碩士班、工學院院招生、人文社會學院院招生；增設計量財務金融學系碩士班、國際專業管理碩士班（International MBA）、科技管理研究所碩士在職專班。
**12月，臺達電子創辦人暨董事長鄭崇華先生個人捐贈新臺幣2.2億元，配合「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」經費興建教學大樓「臺達館」，供電機資訊學院、材料科學工程學系及奈米工程與微系統研究所使用，並贊助清大與臺達電子產學合作。
**2月，正式成立「清華學院」；獲教育部補助「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」後三年（2008年至2010年）每年新臺幣12億元；成立產業研發碩士半導體元件及製程專班。
**4月18日，科技管理學院「臺積館」舉行啟用典禮。
**6月，首度實施「專任教師評量」（2007年通過「專任教師評量辦法」）。
**8月，理學院學士班更名為理學院學士學位學程、科技管理學院學士班更名為科技管理學院學士學位學程、工學院院招生更名為工學院學士班、人文社會學院院招生更名為人文社會學院學士班；成立系統神經科學研究所碩士班、服務科學研究所碩士班、先進光源科技碩士-學位學程、生命科學院學士學位學程、電機資訊學院學士班；增設核子工程與科學研究所博士班；國際事務處成立，下設國際合作組、國際學生組、綜合事務組；秘書處下的國際事務中心併入國際事務處；8月30日，學齋、儒齋正式啟用。
**9月23日，成立清華企業家協會（TEN，Tsing Hua Entrepreneur Network）。
**10月31日，教學大樓──「臺達館」動土典禮。
**12月18日，學習資源中心──「旺宏館」動土典禮。
**3月，辦理第一屆「傑出導師獎」選拔。
**6月，教育部同意「竹東校區」籌設。
**7月，完成中長程校務發展五年計畫。
**8月，增設天文研究所博士班、原子科學院學士學位學程。
**10月，實施「兩岸清華共同研究計畫」，北京清華大學與新竹清華大學每年編列經費，分別補助兩方研究團隊，促進學術合作。
**12月，完成「大學部教育改進白皮書」。
**1月，奕亭落成；南校門落成。
**2月，新任校長陳力俊上任。
**5月17日，李偉德校友捐款新臺幣1億5,000萬元，協助興建綠色低碳能源教學研究大樓。
**8月，東和鋼鐵侯貞雄董事長捐贈新臺幣2億元，設置「侯金堆講座」；旺宏電子加碼捐贈新臺幣1億元專款作為「旺宏館」內裝工程之用；清華學院擴大招生，改制為厚德與載物兩書院。成立學習科學研究所碩、博士班，編制於共同教育委員會之下。
**11月，匿名人士捐贈一億七千萬，興建「生醫科技大樓」，但至2013年仍未動工。
**5月，校友組成「百人會」，共慨捐超過一億七千萬，興建多功能體育館。
**9月，工學院增設生物醫學工程研究所，招收第一屆研究生。
**10月，「臺達館」落成，並取得內政部綠建築標章，是清華邁向綠色校園的宣示指標，鄭崇華先生加碼捐贈新臺幣一億元，與清華展開為期十年的產學合作。
**7-Eleven入駐小吃部。
**3月，材料、物理、化學、化工四系募款聯合興建「清華實驗室」（材料系獲碩禾電材捐贈五千萬，化工系獲天瑞企業、上緯企業捐贈四千萬，物理系由承德油脂李義發董事長等人捐贈三千五百萬，化學系由鼎信顧問呂正理董事長等人捐贈三千萬，共計一億五千五百萬）
**12月，在校園掀起反媒體巨獸學生運動，舉辦「哀悼清華精神已死」活動，為當代大學生參與社會運動的前哨站。
**4月11日，學習資源中心「旺宏館」啟用，於2008年12月18日動土，2011年4月24日落成。
**6月1日，奕園揭幕。林海峰、聶衛平及曹薰鉉三位圍棋大師，首次進行罕見的三人對弈，後定名為「LNT棋局」。
**7月，國立清華大學獲得第23屆國家品質獎，是國立大專院校中首次獲獎者。
**8月，新設亞際文化研究國際碩士學位學程，為臺灣聯合大學系統首次設立之學位學程。
**9月1日，規劃寧靜寢室，新生入住新齋3-5樓，實行準時熄燈及關閉網路等公約。
**10月，成立清華永續基金，初期即達五千萬元的募款目標。
**12月9日，「以色列－臺灣生命科學雙邊研討會」為兩國首次進行的正式雙邊交流會議，由本校及以、臺政府機關等單位主辦。
**12月19日，清華名人堂揭幕，包含諾貝爾獎得主：楊振寧、李遠哲等貴賓出席，並於典禮結束後進行「諾貝爾大師在清華」專題演講，吸引千餘位師生參與。
**「旺宏館」內的復合式咖啡店Smile Cafe開設。
**2月7日現任校長賀陳弘上任。
**本校科技管理學院於11月19日通過AACSB (The Association to Advance Collegiate Schools of Business，國際商管學院促進協會) 認證，躋身全球前5%頂尖認證名校之列，成為全臺首間通過2013所頒布之全新認證標準的學校。
**11月1日，與國立新竹教育大學合併，校名仍稱「國立清華大學」，成立「竹師教育學院」、「藝術學院」、「南大校區系所調整院務中心」。
**增設藝術學院學士班、跨院國際碩士學位學程華語教學組、音樂學系音樂碩士在職專班、學前特殊教育碩士在職學位學程、計算與建模科學研究所、學習科學與科技研究所、華文文學研究所（分設華文文學組、華語教學組）。停招學習科學研究所、人力資源與數位學習科技研究所、音樂學系音樂教師碩士在職專班、應用數學系、應用科學系、中國語文學系。
**7月化學系教授鄭建鴻、分生所合聘教授鍾邦柱及物理系合聘教授李定國當選中研院院士。
**增設跨院國際碩士學位學程藝術與創新科技組、竹師教育學院學士班。
**水漫（水木漫畫屋）於12月結束21年的營運。
**人文社會學院國際生學士學位學程改名清華學院國際學士班。數學系取消數學組、應用數學組之分組。停招環境與文化資源學系。增設分析與環境科學研究所、資訊安全研究所、智慧製造跨院高階主管碩士在職學位學程、華德福教育碩士在職學位學程。藝術與設計學系藝術教育與創作碩士班，改名藝術與設計學系碩士班。生醫工程與環境科學系博士班分設生醫工程產業組、一般組之分組。
**4月15日，與桃園市政府簽訂為期3年的「醫療暨教育研發園區合作意向書」，計畫在桃園機場捷運A16橫山站籌設具國際醫學中心等級的清華醫院。
**4月底，在百齡堂原址開設達13年的「蘇格貓底」餐廳結束營業。
**11月1日，與新竹市政府合作規劃連結兩校區之83路市區公車正式開通。
**12月10日，清華宣布將於109學年度申設學士後醫學系，規畫將獨立招收赴偏鄉服務的公費生，並培育研究型醫學生。
**5月8日，清華宣布設立臺北政經學院TSE，在清華內以「校中校」的模式運作，成為臺灣高等教育的一項創舉，作為清華的第11個學院，臺北政經學院將參酌倫敦政經學院LSE模式，開辦跨領域碩士與博士學程。110學年度至少先招收10名碩士生，111學年度則至少招收40名碩士生與10名博士生，招生名額將逐年增加。
**5月15日，校務會議已通過將生命科學院更名「生命科學暨醫學院」。
**9月21日清華大學郵局在清華大學研發大樓舉行喬遷開幕茶會。
**9月23日，桃園市長鄭文燦指出本校在桃園機場捷運A16站橫山站附近的桃園航空城內推動醫療暨教育研發園區，所提出設置醫院與學士後醫學系并499個床位方案已獲桃園市醫審會通過，送衛福部審核中。
**3月10日臺北榮總舉行遷址開幕活動，將清大附設診所搬遷到學校大門口的第四綜合大樓一樓（郵局旁）。
**6月24日，宣布發行區塊鏈加密數位畢業證書。
**9月教育部同意設立醫學系，2022年招生并入學。
**9至10月間審核新任校長候選人資格、並辦理面談，選出1至2位推薦人選，之後向校內外推薦候選人，並辦理說明會及全校教授副教授同意權投票，在年底前參酌校內投票結果，選出新任校長，報請教育部聘任。
**10月捷英文物館預計完工。
**10月“光復路綠門戶計畫”動工。
**2月1日新校長高為元（原香港大學醫學院及工學院合聘之轉化醫學工程講座教授）上任。
**校門口於11月完成在臺第一次校門口改造，將續以白色系為主象徵醫學發展意象，肩負新竹地區新醫學人才培育的榮譽感與負責任。
**年中教育學院大樓預計完工。
**年底藝術學院大樓預計完工。
**年底南校區學生宿舍預計完工。
東晉謝混作《游西池》詩，有“景昃鳴禽集，水木湛清華”（“湛”通“沉”，音chén），意指“夕陽斜照，鳴叫的鳥兒歸林；清澈的水色與華美的草木，已經淹沒在暮色之中。”原為感嘆時光流逝之意，后引申出“水木清華”一詞，并賦予“池水清澈，樹木華美”之意，今日工字廳后匾額即為“水木清華”四字。明萬歷年間建皇家園林清華園（今暢春園），后廢。清康熙年間建熙春園，后分為近春園、熙春園兩部，咸豐帝為熙春園親書匾額改為“清華園”。1910年，游美學務處將附屬肄業館改為學堂，依據所在地而定名“清華學堂”（Tsing Hua College），后沿襲更名“清華學校”（Tsing Hua School）。1928年6月，南京國民政府掌控北京后準備改辦大學，由于清華接收美國退還庚款，對羅家倫校長的委任狀中定名為“清華大學”，未加“國立”二字，后經羅家倫多次爭取，最終定名為國立清華大學。
*1917年6月，《清華年刊》刊登兵操軍旗的同時，將其中圓圈內部分作為年刊封面，但未說明此標志。
*1918年到1919年期間的《清華周刊》封面上也采用此標志，略有不同，但未說明此標志。
*1926年11月25日，校評議會議決：“通過校徽之格式：圓形、斜十字”。
*1928年，清華學校改為國立清華大學，調整校徽字樣與圖示。
清華學校校徽顏色復原初版
新竹清華大學沿用至今
清華老校徽（佩戴用），彩色版本為旗下清華大學出版社之標誌
清華老校徽（佩戴用）
清華一直以紫，白二色作為自己的顏色，是否經過學校正式決議，目前尚未查知，但在最早的英文校歌上（1916年以前）即已有了這樣的句子：
當時的中文譯文是：
''噫清華，嘻清華，吾校巋巍，
''美哉吾校旗，願日增汝之光輝。''
在1917年以前，學校曾把白色的「自強不息」校徽，印製在紫色的質地上作為校旗，在各種慶典上懸掛。而在一般場合，特別是印刷品上，則恆以長三角形紫白二色參半，印以中英文校名的旗幟為多。1923年，聞一多曾在長詩「園內」裡寫道：
:你若會唱園內之“明日”，
:你當想起我們紫白的校旗，
:你便唱出風旗飄舞的節奏，
:飄啊！紫白參半的旗喲！
:飄啊！化作雲氣飄搖著！
:白雲扶著的紫氣喲！
:氳氤在這“水木清華”的景物上。
:雲氣氳氤的校旗呀！
:你在百尺高樓上飄搖著，
:近矚京師，遠望長城，
:你照臨著舊中華的脊骸，
:你照臨著新中華的心臟。
:啊！展開那四千年文化的歷史，
:警醒萬人，啟示萬人，
:賜給他們靈感，賜給他們精神！
:在東西文化交鋒之時，
:你又是萬人的軍旗！
:萬人肉袒負荊的時間過了，
:萬人臥薪嚐膽的時間過了，
:萬人四千年的文化！
:與強權霸術決一雌雄！
清華的校旗，用了傳統的紫白二色，紫色為底，中間為英文校名縮寫「TH」所組成的圖案，中間有一“清”字，上有「國立清華大學」字樣。
清華大學夜景
\transpose c ees \relative c'
{ \key c \major \time 4/4 c4 c8( e) g4 g | a4 c8( a) g4 g | e4 e g8( e) c4 | a4 c8 d g2 }
\addlyrics  {  西 山 蒼 蒼 東 海 茫 茫 吾 校 莊 嚴 巍 然 中 央… }
清華大學的校訓為「自強不息，厚德載物」。源於周易乾坤二卦，卦辭是「天行健，君子以自強不息；地勢坤，君子以厚德載物」。因於1914年（民國3年）冬，梁啟超先生到清華演講，講題為「君子」，即以此辭為中心內容，激勵清華學子發憤圖強，並把此二卦辭作了如下的詮解：
接著，梁啟超先生又引申勉勵清華學生說：
這次演講以後，學校即以此八字為校訓，作圖制徽沿用至今，並於於2008年2月後陸續成立了「厚德書院」、「載物書院」、「天下書院」等住宿學院。
人們習慣把紫荊和丁香視為清華的校花，但未見諸典籍，可能只是一種約定俗成。
1916年除夕，聞一多所在的中等科曾以「Much Ado about Nothing」為劇名，參加校內演劇競賽獲優勝獎，這個劇的中文題名即為「紫荊魂」，可能也與讚頌紫荊的品性有關。至今清華校園活動裡，「紫荊魂」一劇依然常被重新演出。
把這兩種花視為校花，首先是由於它們與校旗，校色的顏色一致，（紫荊花為紫色，丁香花分為紫白二色）；其次是由於這兩種花都是在校慶日前後盛開。亦有校友曾在校友通訊上建議，定紫荊或丁香為校花。
2011年，「99學年度第4次校務會議」決定清華校花為梅花，為了紀念梅貽琦校長而來。且梅竹賽行之多年，梅花已成為清大之精神象徵，也用在各種清華紀念品之上。
設有校本部及南大校區等2個校區。2016年11月1日，與國立新竹教育大學合併，國立新竹教育大學改稱「國立清華大學南大校區」，教育與學習科技學系、特殊教育學系、體育學系、幼兒教育學系、教育心理與諮商學系、英語教學系、環境與文化資源學系、臺灣語言研究與教學研究所、數理教育研究所以及原國立清華大學學習科學研究所成立「國立清華大學竹師教育學院」，音樂學系和藝術與設計學系成立「國立清華大學藝術學院」，中國語文學系、應用數學系、應用科學系、人力資源及數位學習科技研究所4系所自106學年度起停招，並於合校過渡期成立「國立清華大學南大校區系所調整院務中心」。合校初期竹師教育學院與藝術學院仍在南大校區上課，未來規劃將兩院遷至校本部，南大校區改為「清華創意與大學臍帶園區」。
2007年曾規劃設置宜蘭校區，並於同年12月開始動工整地。但因缺乏後續興建資金，2014年6月國立清華大學在行政院環保署環評專案審查會議中宣布無限期停工，後續移交國立宜蘭大學接手。
2019年與桃園市政府簽訂為期3年的「醫療暨教育研發園區合作意向書」，計畫籌設具國際醫學中心等級的清華醫院。
現有18棟學生宿舍，可容納約6000名學生住宿。大學部宿舍計有文齋、靜齋、雅齋與慧齋（以上為女生宿舍）、禮齋、義齋、華齋、誠齋、碩齋、信齋、（以上為男生宿舍）、新齋（男女混和之宿舍，其中1至4樓為男宿，5樓以上為女宿，有門禁限制）、仁齋、實齋（以上為男女混和之宿舍，其中仁齋1至3樓為男宿，4樓為女宿；實齋1至2樓為男宿，3樓為女宿）。研究生宿舍計有雅齋、善齋（以上為女生宿舍）平齋、明齋、清齋（以上為男生宿舍），另有鴻齋為男女混合之宿舍，2008年8月底，完成2棟共1000床學生宿舍供研究所學生居住，定名為學齋及儒齋；住宿率提高至55％以上。
其中大學部1、2年級有新生保障優先住宿權，3年級以上則視空床數進行抽籤。另碩2以上之碩士班和博2以上博士班也擁有優先住宿權。
清華現有超過100個學生社團，社團的類別包括服務性、音樂性、學藝性、體育性、自治性及綜合性。另經常舉辦的活動，包括社區服務、電影欣賞、專題演講及座談、團康聯誼、藝術演出、競賽活動等，寒暑期並舉辦各類型營隊。同時，為培養具有國際觀、奉獻與服務精神的清華人，2007年開辦暑期國際志工。
體育設施包括體育館、游泳池、田徑場、及羽球、網球等各類球場，每學年均舉辦全校性之游泳比賽、越野賽跑及運動大會等。越野賽跑於2007年更名為環校路跑，路線由校外移至校內；全長4600公尺，於每年校慶前一天之週六舉行。
設有多種獎學金，其中「還願獎學金」，係以照顧經濟有困難的同學為前提，並提供全額學雜費及生活費的補助；「逐夢獎學金」則以協助表現特出的大學生和研究生有機會去追逐夢想。
每年皆舉辦全校性的公司說明會、企業聯展及職涯規劃系列講座等活動；平時亦接受各界委託甄選人才。
與臺北榮民總醫院新竹分院合作設立國立清華大學附設診所，提供醫療服務。(2019年12月31日前為新竹馬偕醫院經營)
梅竹賽是清華與交通大學之間，一年一度的校際競賽。從1969年開始舉辦，當時名稱為「梅竹錦標對抗賽」，梅竹錦標賽，係分別紀念清華前校長梅貽琦與交大前校長淩竹銘，「梅」代表清華，「竹」代表交大，項目則包含了球類、棋橋、中英文辯論、拔河等。約於每年的3月舉辦，歷年來雖然因故停辦過數次，但梅竹賽依然是兩校每年共同的傳統盛事。飲水思源，梅竹賽的緣起，當回溯至民國50年代；清華與交大在臺復校後，因兩校校地位置相鄰，且學生人數相近，而學生之背景與就讀的科系性質亦相似，所以兩校同學彼此之間在生活、課業與活動的往來就相當的頻繁，因而不斷的有聯誼活動。在梅竹賽開辦當時，兩校為其應名「梅竹賽」或「竹梅賽」爭論不休。最後清華張致一教授從口袋拿出了一元硬幣道：「出現梅花則稱梅竹，出現壹圓那面則稱竹梅。」銅板落定，梅竹之名從此便正式確定。
清華非常重視大學部教育，在參考美國哈佛大學、麻省理工學院、耶魯大學等著名學府大學部教育後，陳文村校長於2007年7月成立「大學部教育改進工作小組」，由材料系陳力俊教授擔任召集人（2008年8月電機系王小川教授接任），針對清華教育目標以及校園生活、基礎教育、共同必修、通識教育作全盤檢討，提出整體性改進方案（2009年12月完成「大學部教育改進白皮書」），並陸續施行。為培養學生對社會的關懷，增進自我探索能力與行動力，於2008年2月成立「清華學院」，招募一批有想法有熱情的大二、大三生成為第零級的學院人，同年8月招收「清華學院」第一屆150位大一新生。
「清華學院」在學校正規課程之外，更進一步有系統的讓住在一起的學生，經由輔導，擴大生活體驗，思辯重要議題，增進社會參與，培養獨立思考能力，計劃執行力與挫折復原力以及人際互動與合作精神。相當程度的取法英國劍橋大學與牛津大學，美國哈佛大學與耶魯大學等名校住宿學院（Residential College）的作法，提供學生一般大學稀有的學習經驗。使學生成為有自主力、實踐力的學習者。其中，老師不是主角，只是潛能的激發者與引導者。學校致力於結合校內、外與校友資源，提供學生有效的學習環境，讓學生在其中找到自己的目標。由於其成效著卓，已於2010學年度起擴大招生，將原「清華學院」改稱「厚德書院」，強調社會關懷，另外設立「載物書院」，提供學生跨領域學習的輔導與幫助，內部設置以學生為主體的學研小組「 跨領域研究中心 」，總共招收約達百分之十八的大一新生為學院學生。
目前住宿書院共有「厚德書院」、「載物書院」、「天下書院」三所，各自帶有不同的發展取向，如厚德書院提倡社會關懷，載物書院主打創新創業，天下書院著重國際交流。住宿書院底下包含服務學習課程及小組活動，如動物園志工，人權法律扶助等，提供在校學生從做中學的服務經驗。曾經於書院出現過的小組活動包含“議題小組”，讓學生在其中參與農村；“批判性刊物”、“新住民關懷”等活動，讓清華學生對社會能有更進一步的體認；“團體採訪”帶領學生碰觸他人的生命故事，進而反思自己的生命。在其中，學院以學生為主體，讓學生彼此「先成為人，再成為公民，然後成為士農工商。」
校園巴士候車站，攝於綜二館對面
清華大學有多條路線供師生搭乘，以利往返各校舍、校區、聯盟學校，或其他機構。如校園巴士 (校本部內行駛)、校區區間車 (校本部和南大校區間運輸)、臺聯大系統專車 (前往交大、中央、陽明)、中研院區間車 (前往中央研究院)、同步－國衛院區間車 (前往同步輻射中心、科技生活館)。2019年11月1日起，新竹市公車83路開通，可前往新竹轉運站、南大校區。
*校園公車：分成紅線和綠線，差別在於逆時針和順時針繞行校本部南校區。且發車地點有分成校門口和綜二館 (前稱蘇格貓底，今部分車輛仍會如此標示)。免費且不需出示證件。
*校區區間車：為往返校本部和南大校區的專車，免費且不需出示證件。
*臺灣聯合大學系統跨校選授課校際專車：跨校選修課的學生以及公務上需要的教職員可申請座位搭乘，在清華、交大、中央、陽明間往返。若無申請者，則視空位斟酌給予上車，免費，須出示證件。
*中研院區間車：為中央研究院開辦之路線，提供大學學生前往中研院。僅於每週一、三、五行駛。
*清華－同步－國衛院區間車：為同步輻射中心開辦之路線，僅於每週一至五行駛。。
*新竹市公車83路：為新竹市政府開辦之路線，無論是否刷卡全票15元、半票8元，清華大學教職員工憑一卡通14元，及學生憑一卡通12元。
「繁星計畫」為清華於2006年陳文村校長任內，為縮減城鄉差距、培養更多不同面向的優秀人才、使校園的氛圍更多元而推動，方式為採用各高中「推薦保送」方式辦理單獨招生，給予城鄉高中平等之機會；每一所高中可推薦一名符合清華設定之在校成績條件、且通過大學學科能力測驗檢定標準的應屆畢業生，清華則以高中在校成績及學測級分分發比序後，公告錄取，不需甄試。2006年清華首度實施此計畫的結果，於2007年3月放榜，來自全臺150所高中的學生共150名獲得錄取。其中的32所高中，分別屬於16個縣市，這些學校在過去四年來不曾有畢業生進入清華就讀；有10個縣市內的平均家庭收入，遠低於臺灣的平均家庭收入。這些數字，說明了繁星計畫對於平衡城鄉差距、以及資源分配不均的現象，起著調整和改善的作用，清華也能藉此培養更多不同面向的人才，使校園更加多元化。為幫助家境清寒學生專心致力於學業，清大設有「繁星獎學金」；於繁星新生入學之前舉辦「 繁星啟航營」，並有專屬導師協助新生儘快融入校園生活與學習環境。根據清華繁星錄取生之追蹤分析發現，繁星學生入學後之學習表現，不亞於其他入學管道學生，甚至有更突出之表現，清華確實也達到招收優秀學生、培養優秀人才的目的。
2006年清華繁星計畫公告後，新穎之招生理念獲得各界高度認同，教育部呼籲其他「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」（五年五百億計畫）及「獎勵大學教學卓越計畫」之獲選學校加入此計畫。從2006年試辦4年以來，繁星計畫對於導引學生就近入學、推動高中就學社區化、促進城鄉教育均衡發展以及豐富大學校園多元文化等方面，都有顯著成效。2010年教育部正式以繁星計畫取代現行的「學校推薦」甄選入學，更名為「繁星推薦」。招生沿用繁星計畫各高中「推薦保送」方式辦理，臺灣各大學均可參加「繁星推薦」甄選入學，招生名額大幅擴增，對偏鄉高中、社區高中之優質學生提供更佳的升學機會。
自2013年陳力俊校長任內起，為進一步協助社經地位相對弱勢、資源較為缺乏，但具有潛力的學生，能有機會進入清華接受教育，清華於102學年度大學甄選入學個人申請，增設「旭日組」招生，以更細膩的方式照顧弱勢。
旭日組招生的意義象徵「暗夜已盡，旭日東昇」，希望能給予社經地位弱勢，但具有強烈學習熱忱的學生一個機會，透過書面審查及個人面談，全方位聆聽學生在資源相對不足情形下的成長歷程與學習動機，優先錄取在逆境中積極向上的低收入戶學生。也配合辦理旭日獎學金，藉由旭日計畫、繁星計畫、申請入學、指考分發、特殊選才、單獨招生等管道進入本校就讀的大學部學生，若符合經濟弱勢條件、特殊境遇家庭子女，以及與相關學業條件，將可申請每年十萬元獎學金，至多4年，經委員會審定後核發，讓經濟弱勢生就讀期間可安心就學。
自2013年迄今，旭日計畫招生成果為：102學年度錄取8名；103學年度錄取8名；104學年度錄取15名；105學年度錄取25名；106學年度錄取40名；107學年度錄取140名。
「拾穗計畫」為清華於2015年賀陳弘校長任內首度推行的特殊選才計畫，清華是全臺灣第一所以特殊選才為招生管道之一的學校。拾穗計畫招生目的為──讓無法經現行招生管道入學，或透過現行招生管道入學相對不利，但具特殊才能、特殊優良行為，或逆境向上之生命經驗，且具強烈學習熱誠、符合清華選才需求之學生，有機會到清華就讀。參與拾穗計畫的學生不需要通過學測考試，藉由校內甄選申請管道，使大學選才更多元化，並帶著教改理念，賀陳弘校長曾表示：「我們設計特殊選才制度，讓1%不一樣的學生有機會進入清華。大學有責任，測試社會接受改變的底線。」
歷年拾穗計畫招生成果：104學年度招收10名，占大一新生名額比率0.66%；105學年度招收16名，占大一新生名額比率1.04%；106學年度招收30名，占大一新生名額比率1.47%；107學年度招收53名，占大一新生名額比率2.69%；108學年度招生59名，占大一新生名額比率2.99%。
清華自2015年首辦特殊選才「拾穗計畫」，為了符合這些特殊入學之學生的需求，在2018年擬定「學士班實驗教育方案」，讓學生能提出自己獨特的大學規畫。
實驗方案的修業內容包括一般課堂學習、跨校修課、非典型課堂課程(自主專題實作等)、校外各機構實習，與國際交換學習，鼓勵學生跨領域、跨場域、跨區域學習，除仍得修習校訂的28個必修學分之外，幾乎沒有其他限制，在實驗教育計畫書上，學生必須自己思考、規畫課程，主動找老師討論、申請資源，並說明所規畫的課程與專題的相關性、學分數等。實驗教育方案強調由學生與輔導小組討論課程規畫、訂定畢業專題，再經由學校設立的學習審議小組審議，協助學生更聚焦規畫學習內容，學校也為每個實驗學生設學習輔導小組，由1位校內專任教師擔任主責老師，另有2至4位校內外的教師或業師加入小組，陪學生走過修業期
，而校方也設計了輔導及退場機制，若實驗生不適應這套模式，可與輔導小組討論後回到原來考上的系所，入學時不分系的學生，則可回到其大二分流的系所。
2019年開辦的將星計畫全名「清華學院學士班（將星計畫）」，是清大與國防部合辦的單獨招生。每年錄取10名，包括陸、海、空軍各2名，及資通電軍4名。將星生進入清大後，大一不分系，大二再依其興趣分流到電機、資工、材料、經濟、人社、教育等系。求學4年期間學雜費全免，可領每月1萬2千元生活費及每學期5千元的書籍費，畢業後以少尉任官，起薪近5萬元。且所有將星生不論軍種，未來只要通過體檢，都可接受飛行官訓練。未來還將安排學生到歐美頂尖軍校交換一個學期，開拓視野，與國外軍事生交流，並學習最新的軍事科技。
1911年2月 - 1912年4月
1923年，中國上海
1912年4月 - 1912年10月
1913年，中國北京一帶
1912年10月 - 1913年8月
1913年10月 - 1918年1月
1958年，中國上海
1918年7月 - 1920年1月
1920年9月 - 1921年10月
1922年4月 - 1927年12月
1937年，中國上海
1928年4月 - 1928年6月
1968年，美國華府
1928年8月 - 1930年5月
1969年，臺灣臺北
1931年4月 - 1931年6月
1980年，臺灣臺北
1931年12月 - 1937年8月
1962年，臺灣臺北
1937年10月 - 1938年2月
1938年5月 - 1946年5月
1946年10月 - 1948年12月
1956年 - 1962年
1962年 - 1969年
1992年，美國賓州
1969年 - 1970年
2005年，臺灣臺北
1970年 - 1975年
2001年，美國印第安納州
1975年 - 1981年
1998年，美國加州
1981年 - 1987年
2019年，臺灣臺北
1987年 - 1993年
1943年出生
1993年 - 1994年
李家同（代理）
1939年出生
1994年 - 1997年
2018年，臺灣新竹
陳信雄（代理）
1944年出生
1998年 - 2002年
2020年，中國澳門
2002年 - 2006年
2006年 - 2010年
1948年出生
2010年 - 2014年
1946年出生
2014年 - 2022年
1958年出生
2022年 - 2022年
賀陳弘（代理）
2022年 - 2026年
未知出生年份
中國ARWU
美國U.S. News
* 清華為「東亞研究型大學協會」的一員，也是九所創始會員之一。2005年在教育部推出的「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」獲選為發展成國際一流大學之重點學校，每年獲得新臺幣10億元補助，每位師生所得到的補助在所有獲選學校中排名第一。2006年、2007年執行成效優異，2008年獲得教育部考評審議委員會高度肯定，獲得往後三年每年12億元補助，較前兩年每年增加2億元補助，是所有獲選學校中，增加額度及幅度最高的大學。
* 根據  湯姆森路透重要科學指標（Thomson Reuters, Essential Science Indicators）統計，清大在化學、物理、材料科學、工程及計算機科學等五學門一向被列為ESI論文被引次數世界前1%之研究機構，2010年材料科學學門首度躋身世界五十強（第49名），居全臺各大學之首。2009年生物暨生物化學（Biology & Biochemistry）學門首度入選，清華成為臺灣首度以未設醫學院之大學進入ESI生物暨生物化學世界前1%排行榜；2010年臨床醫學（Clinical Medicine）成為清華第七個入選ESI世界前1%排行榜的學門。
* 2010年清華於泰晤士高等教育世界大學排名、QS世界大學排名、上海交通大學公佈的「世界大學學術排名」（ARWU）、 財團法人高等教育評鑑中心 公佈的「世界大學科研論文質量評比」當中，分別名列全世界第107名（全臺第一）、第196名（全臺第二）、第314名（全臺第四）以及第346名（全臺第三）。
* 根據2010年QS世界大學排名調查，清華在五大評比領域皆有全世界前300名的表現：人文與藝術第238名、自然科學第171名、社會科學第256名、工程與資訊科技第67名、生命科學與生物醫學第197名。
* 2011年在教育部推出的「邁向頂尖大學計畫」（第二期五年五百億計畫）清華獲選為邁向頂尖大學之重點學校，重點補助低碳能源、奈微米科技互動、神經網路體、前瞻物質基礎與應用科學、先進製造與服務管理等五研究中心。計畫為期五年，清大每年獲得新臺幣12億元補助，每位師生所得到的補助在12所獲選學校中排名第一。
* 2017年，由美國發明家學院（National Academy of Inventors）和智慧產權人協會（Intellectual Property Owners Association）公布獲美國專利核準件數的百大排名，國立清華大學排名第23名，為當年全臺大學中第一名。
* 在2020年QS世界大學學科領域排名（學科排名的指標為：學術聲譽評量（Academic Reputation）、雇主評量（Employer Reputation）及每篇論文被引用次數（Citations per Paper），依學科類別的不同，採用不同的指標權重），國立清華大學於全球大學工程與技術領域學科排名為：電腦科學與資訊系統位居第101-150名、化學工程位居第51-100名、機械工程位居第51-100名、電機工程位居第51-100名、材料科學位居第51-100名。
* 在2020年世界大學學術排名，國立清華大學位居第401-500名。
*在2021年QS世界大學排名，國立清華大學位居全球168名。在2021年QS亞洲大學排名，國立清華大學位居全亞洲大學第33名。在2020年QS畢業生就業力排名，國立清華大學位居世界第201-250名。
* 在2021年泰晤士高等教育世界大學排名，國立清華大學位列第351-400名。在2020年泰晤士高等教育亞洲大學排名，國立清華大學位居全亞洲大學第46名。
*根據2021年美國新聞與世界報導的世界大學排名，國立清華大學排名世界第363名、亞洲第56名。
*積極招收印度籍學生國立清華大學招收國際學生，自民國97年8月1日「國際事務處」(於100年2月1日起更名為『全球事務處』)正式成立後，更加積極透過各式管道招收國際學生，且與財團法人國際合作發展基金會(ICDF)、科學園區及工研院等合作，校內外單位共同提供之獎學金及實習機會更加吸引國際學生來校就讀；
*100學年度共計373名印度學生來臺就讀學位學程，多以攻讀博士學位為主，佔74%，居我外國學生來源國別之首，主要就讀於國立清華大學、國立交通大學及國立中興大學等。工程學院為最熱門領域，計有129人，自然科學類(含物理、化學、天文學、地理科學、生物學等)有119人，生命科學方面 49人，商管類30人。另外，更有超過100位以上的印度學生來臺學習華語。
*根據民國101學年度數據統計：在清華印度籍學生共94名，佔本校國際學生人數之冠；另有印度籍博士後研究員26名。全臺四百餘印度籍學位生中，近四分之一選擇本校就讀。