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勃拉姆斯對羅伯特·舒曼的夫人、長他14歲的作曲家、鋼琴家克拉拉·舒曼產生了感情，這段激烈的情感畢其一生未曾消逝。勃拉姆斯一生未婚，1859年曾與哥廷根一名教授的女兒訂了婚又取消。羅伯特·舒曼自殺未遂、進入精神病院后，勃拉姆斯作為克拉拉和她丈夫之間主要的中間人，在一段時間內成了實際的一家之長。羅伯特·舒曼死后，勃拉姆斯趕到杜塞爾多夫，在舒曼家附近的公寓裡居住，并為克拉拉而犧牲了他的事業與藝術，但兩年后他離開了克拉拉。勃拉姆斯與克拉拉·舒曼的關系與貝多芬“永恒的愛人”并列為音樂史上最撲朔迷離的謎團：他們是否互相愛戀不得而知，但從他們毀掉相互間的書信一事，可以推測其中或有難言之隱。
1856年，羅伯特·舒曼去世之后，勃拉姆斯時而在漢堡指揮一個女性合唱團，時而在代特莫爾德指揮樂隊、教授學生。1859年，他作為獨奏家首演了他的第1號鋼琴協奏曲。1862年，他第一次來到維也納，次年被任命為的指揮。盡管1864年勃拉姆斯就辭去了這個職位，并且考慮在別處繼續指揮，他還是主要以維也納為基地，并最終落戶于此。1872至1875年，他擔任維也納音樂之友協會的音樂總監。1877年他拒絕了劍橋大學的名譽音樂博士學位，但在1879年接受了弗羅茨瓦夫大學的學位，并創作了《》以示感謝。
勃拉姆斯在十九世紀五六十年代持續作曲，但是受到了褒貶不一的評價。第1號鋼琴協奏曲在最初的幾場演出后差評連連，被當時引領潮流的評為“過時老套”。新德意志樂派的領軍人物包括李斯特和瓦格納，雖然勃拉姆斯贊賞瓦格納的部分音樂，也欽佩李斯特的鋼琴才能，但他與二人的作曲理念上依然有著鴻溝，這也引發了被稱作“浪漫主義大戰”的論戰，影響了整個歐洲音樂界。勃拉姆斯的陣營包括他的朋友克拉拉·舒曼和著名樂評家愛德華·漢斯力克。1860年，勃拉姆斯與約阿希姆合作了一份宣言，公開抗議瓦格納音樂中的過度泛濫之處。
不過，這份宣言匆匆寫就，除上述二人外，只有另二人簽名（、），最終是一場失敗。勃拉姆斯之后再沒有介入公開的論戰。
1868年勃拉姆斯大型合唱作品《德意志安魂曲》的首演鞏固了作曲家在歐洲音樂界的地位。許多人認為他超越了貝多芬。這也讓勃拉姆斯有信心完成一些自己長年缺少進展的作品，比如清唱劇《里納爾多》、《第一弦樂四重奏》、《第三鋼琴四重奏》，以及最有名的《第一交響曲》。盡管勃拉姆斯從1860年代初就構思過交響曲的第一樂章，這部大作1876年才面世。但在1877到1885年短短的八年間，又有三部交響曲相繼誕生。
1881年開始，勃拉姆斯的作品可以由邁寧根公爵的宮廷樂團試奏，該樂團的指揮是漢斯·馮·彪羅。1881年，勃拉姆斯著名的《第二鋼琴協奏曲》在匈牙利布達佩斯首演，由作曲家本人演奏。
勃拉姆斯經常旅行，無論是為了公事、演出還是休閑。1878年起，他經常在春季到意大利的鄉村，并在夏天作曲。他喜愛散步，尤其喜歡在戶外思考音樂，因為他覺得新鮮空氣讓他頭腦清晰。
1889年，美國發明家托馬斯·愛迪生的代表來到維也納，與勃拉姆斯合作錄制了一張試驗性的LP錄音。勃拉姆斯在鋼琴上演奏了一小段他的第一首匈牙利舞曲。盡管錄音開頭的語音簡介清晰可辨，音樂本身卻被噪音淹沒。斯坦福大學曾試圖改進過錄音質量。這是最早的一張知名作曲家本人的錄音。然而對于開頭簡介的聲音是旺格曼還是勃拉姆斯的，還有爭議。
1889年，勃拉姆斯獲得“漢堡榮譽市民”的稱號。
勃拉姆斯之墓
1890年，57歲的勃拉姆斯打算停止作曲，但并沒做到。他的許多杰作都誕生于此時直到他死去的這段時間。在贊賞邁寧根樂團的單簧管演奏家之余，勃拉姆斯為其創作了一系列包含單簧管的室內樂，包括單簧管三重奏、單簧管五重奏和兩首單簧管奏鳴曲等作品。他也寫了一些鋼琴作品、藝術歌曲和管風琴作品。
完成作品121后，勃拉姆斯罹患癌癥。不同來源對疾病部位或說是肝臟，或說是胰腺。他的病情漸漸惡化，在1897年4月3日逝世，享壽63歲。勃拉姆斯葬在維也納中央公墓。英國作曲家休伯特·帕里為他寫了一首交響音樂《為勃拉姆斯所作的挽歌》。然而這部作品直到1918年帕里本人逝世后的紀念音樂會上才公之于眾。
在所著傳記中，將勃拉姆斯的創作概分為四期：
#1855年以前
#1855年–1868年左右：包括《德意志安魂曲》、弦樂六重奏、鋼琴五重奏，鋼琴獨奏的韓德爾、帕格尼尼等變奏曲，二首管弦樂小夜曲，以及D小調第1號鋼琴協奏曲等
#1868年–1890年：小提琴協奏曲，A小調雙協奏曲，第2號鋼琴協奏曲，《愛之歌圓舞曲》（Liebeslieder Walzer），小提琴奏鳴曲等
#1890年以後：單簧管五重奏，單簧管三重奏，單簧管奏鳴曲，《四首莊嚴之歌》（Vier ernste Ges?nge）
探討勃拉姆斯的創作特色，一般皆會由其第一號交響曲做為切入，例如其與貝多芬第五同為C小調（C小調之於貝多芬的別具意義），以及同樣戲劇化的手法（小調開始→奮鬥→以C大調終結、得勝）等，此外第四樂章也有總括前三樂章樂念的傾向（此同貝多芬第九）。在此之外，勃拉姆斯、第三號交響曲的樂念，也經常在後人的討論中與貝多芬第六號、第三號交響曲並陳比較。
精研作曲，並且嚴於自我批評的勃拉姆斯，在管弦樂的寫作上分外謹慎，一般認為他被「不準落在貝多芬的交響曲造詣之下」的責任感所束縛，導致他在管弦樂作品的產出上非常有限。在四首交響曲之外，僅有兩首序曲、兩首小夜曲，以及《海頓主題變奏曲》等創作傳世。再以D小調鋼琴協奏曲為例，此曲起初以交響曲的規模進行構思，但彼時的勃拉姆斯深感無從勝任巨大的交響樂織體，遂將作品縮寫為兩架鋼琴用的奏鳴曲。又過了幾年，這個作品有了一個鋼琴曲的局面，可是還帶有原來的管弦樂的特點，經過抉擇，勃拉姆斯將其改寫成為現今所知的鋼琴協奏曲體裁。這首協奏曲是一次獨特的融合，做為一部「帶鋼琴助奏的交響曲」，體現了早年勃拉姆斯在管弦樂寫作上的步步為營。
勃拉姆斯性格中有著浪漫主義的傾向（他也的確身處於此一時代），但他同時更意識到，浪漫主義和交響樂邏輯是根本對立的。因此，他不滿足於細小的主題相結構的邏輯，他要從當代音樂中尋求可以為交響樂所利用的因素，來支持他的交響樂建築。其第一交響曲應用了胚芽般（germinal）的動機主題（或可以柏遼茲的「固定樂思」比擬），它超越於主題發展的邏輯，起著聯結整個交響曲的作用。在勃拉姆斯筆下，此一動機主題又透過變奏（古典主義的代表性手法）的開展，在其交響曲創作當中扮演著核心的、收聚的功能；此一動機主題不僅在單個樂章出現，而是整部作品的關鍵。在每一首交響曲中，勃拉姆斯都堅持著二元的古典原則。以第四號交響曲的終曲樂章為例，其固定主題以及後續的變奏曲，正是勃拉姆斯一生堅持的展現，而這些原則在當時的浪漫主義大型創作中顯然是缺少的。
在管弦樂作品之外，勃拉姆斯更有大量的人聲、器樂的小型創作，他的器樂室內樂作品囊括了二重奏至六重奏領域，其合唱背景更讓他在人聲創作上得心應手。此外，將人聲與器樂結合寫作，尤其是勃拉姆斯作品的重點特色，以第二號小提琴奏鳴曲第一樂章為例，當中便有分別取自於其歌曲創作「將臨」（，作品97之五），以及「就像音樂飄過」（，作品105之一）的片段，透過小提琴的演奏語彙，實際達到德語藝術歌曲的高度，此點是勃拉姆斯所特有的。
在跨度甚廣的創作類型中，勃拉姆斯甚喜以「成雙」、「對比」的方式來安排作品出版。這樣的例子有：
* G小調第1號鋼琴四重奏（作品25）與A大調第2號鋼琴四重奏（作品26）
* 學院節日序曲（作品80）與悲劇序曲（作品81）
* F小調第1號單簧管與鋼琴奏鳴曲（作品120之1）與E大調第2號單簧管與鋼琴奏鳴曲（作品120之2）
# 複雜縝密關係的風格，織體渾厚，在主旋律的中間總是充滿著對位音形。
# 以動機、結合樂曲的連貫性。
# 旋律有時帶有民謠風、三和弦、動機似的旋律也多見，而其基調為抒情，尤其是慢板樂章。
# 勃拉姆斯又對於節奏獨特的使用，也是其特色之一以切分音，不同的節奏型的共置（hemiola：2對3的節奏）是主要特性，將重拍的位置移動都有趣的現象。
* C大調第1號鋼琴奏鳴曲，作品1
* F小調第2號鋼琴奏鳴曲，作品2
* F小調第3號鋼琴奏鳴曲，作品5
* 韓德爾主題變奏曲（及賦格），作品24
* F小調雙鋼琴奏鳴曲，作品34b
* 帕格尼尼主題變奏曲，作品35
* B大調第1號鋼琴三重奏，作品8
* B大調第1號弦樂六重奏，作品18
* G小調第1號鋼琴四重奏，作品25
* A大調第2號鋼琴四重奏，作品26
* F小調鋼琴五重奏，作品34
* G大調第2號弦樂六重奏，作品36
* E小調第1號大提琴奏鳴曲，作品38
* E大調法國號三重奏，作品40
* C小調第1號弦樂四重奏，作品51之1
* A小調第2號弦樂四重奏，作品51之2
* C小調第3號鋼琴四重奏，作品60“維特”
* B大調第3號弦樂四重奏，作品67
* G大調第1號小提琴奏鳴曲，作品78
* C大調第2號鋼琴三重奏，作品87
* F大調第1號弦樂五重奏，作品88
* F大調第2號大提琴奏鳴曲，作品99
* A大調第2號小提琴奏鳴曲，作品100
* C小調第3號鋼琴三重奏，作品101
* D小調第3號小提琴奏鳴曲，作品108
* G大調第2號弦樂五重奏，作品111“普拉特”
* E大調單簧管三重奏，作品114
* B小調單簧管五重奏，作品115（按：亦有弦樂五重奏版本）
* F小調單簧管奏鳴曲，作品120之1
* E大調單簧管奏鳴曲，作品120之2
* B大調鋼琴三重奏（1891年，改編自作品8）
* B小調單簧管奏鳴曲（改編自作品115）
* D大調小提琴協奏曲，作品77
* B大調第2號鋼琴協奏曲，作品83
* （為小提琴、大提琴），作品102
; 宗教音樂
以當代的路線之爭來看，勃拉姆斯無疑屬於保守一方。瓦格納的擁護者沃爾夫有相當嚴厲的批評：「布拉姆斯是舒曼與孟德爾頌的末流模仿者，他對後代藝術史的影響，一如已故的勞伯·沃克曼，他在藝術史上的地位和沃克曼一樣卑微，易言之，就是一點影響力也沒有。??這位作曲家，真是舊時代殘餘下來的遺老，在時代的洪流中無足輕重。」相對於此，後代音樂史家則認為，勃拉姆斯這種自囿於舊形式藝術的選擇，是基於「歷史主義」（historismus）的一種行為。他致力於使音樂傳統保持不墜，在同時代的作曲家幾乎不再使用古典曲式創作時，勃拉姆斯始終是這種古老手法的堅定守護者。
勃拉姆斯主要使用德國和維也納式鋼琴。他早年曾使用一家漢堡公司（Baumgarten＆Heins）生產的鋼琴進行彈奏。1856年，克拉拉·舒曼給了他一架葛雷夫鋼琴。勃拉姆斯在1873年之前一直使用這架鋼琴進行創作。之后，他將這架鋼琴捐贈給了音樂博物館（Gesellschaft der Musikfreunde）；如今這架鋼琴在維也納的藝術史博物館（Kunsthistorisches Museum）展出。在1864年，他在給克拉拉的信中講述了斯特雷徹（Streicher）對他的吸引力。1873年，他收到了斯特雷徹鋼琴op.6713，并在去世前一直將其存放在家中。正如他寫給克拉拉的信中所說：“在那我的斯特雷徹鋼琴上，我總是很清楚自己寫的東西，以及我為什么這樣或那樣地寫”。
在19世紀80年代的公開演出中，勃拉姆斯主要使用貝森朵夫（B?sendorfer）鋼琴來進行演奏。在他的波恩演奏會上，他使用了一架1880年款的Steinweg Nachfolgern和1883年款的Blüthner鋼琴進行演奏。勃拉姆斯還在他的幾場演奏會中使用了貝希斯坦鋼琴：1872年在維爾茨堡、1872年在科隆和1881年在阿姆斯特丹。
* 其對於音樂歷史的研究與學養，幾可媲美音樂學者。
* 其小提琴協奏曲被列為四大小提琴協奏曲之一（與貝多芬、孟德爾頌、柴可夫斯基齊名），約阿希姆曾對此曲作過修改建議。
* 勃拉姆斯與柴可夫斯基曾經見過一面，德意志遇到纖細的斯拉夫人，兩人相見兩厭。勃拉姆斯甚至討厭他甚於華格納。
* 勃拉姆斯與圓舞曲之王小約翰·斯特勞斯，以及捷克音樂家德弗札克均相當友好，他曾半開玩笑說：「我真忌妒德弗札克，可以有這麼多靈感。」
* 在作曲之外，勃拉姆斯也從事樂譜編輯工作。他的財務狀況頗為良好，不似前輩如莫札特、貝多芬或舒伯特等人拮據。
* 其匈牙利舞曲作品曾經被訴侵權，但最後由作曲家方勝訴。
* 據說音樂也透過馮·彪羅，間接影響了走華格納風格的理察·史特勞斯。
* 博伊德·麥克唐納。Boyd McDonald. Johannes Brahms. The piano Miniatures. 約翰·巴普蒂斯特·斯特雷徹 1851
* 亞歷山大·奧蓋，尼爾·佩雷斯·達科斯塔。Alexandre Oguey, Neal Peres da Costa. Pastoral Fables. 約翰·巴普蒂斯特·斯特雷徹 1868 (保羅·麥克諾提)
* 哈迪·里特納。Hardy Rittner. Johannes Brahms. Complete Piano Music. 博森朵夫 1846,  約翰·巴普蒂斯特·斯特雷徹 1856, 1868
*  Classic Cat - Brahms mp3s
古典音樂史上曾經出現過多個音樂家族，其中以巴洛克時期的巴赫家族最為有名，家族的成員包括：
*約翰·塞巴斯蒂安·巴赫（Johann Sebastian Bach）：最為人們熟知的作曲家，被尊稱為“音樂之父”。
*威廉·弗里曼·巴赫（Wilhelm Friedemann Bach）：約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的長子，出色的管風琴演奏家，作曲家。
*卡爾·菲利普·埃曼努埃爾·巴赫（Carl Philipp Emanuel Bach）：約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的次子，作有大量交響曲、協奏曲。
*約翰·戈特弗里德·巴赫（Johann Gottfried Bernhard Bach）：約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的四子。
*約翰·克里斯托弗·弗里德里希·巴赫（Johann Christoph Friedrich Bach）：約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的九子。
*約翰·克里斯蒂安·巴赫（Johann Christian Bach）：約翰·塞巴斯蒂安·巴赫最小的兒子（排行第十一），因長期居住在倫敦，被人稱為“英國巴赫”或“倫敦巴赫”，對莫扎特音樂風格的形成影響極深。
*托馬斯·巴赫（Thomas Bach，1953年12月29日生）：前德國擊劍運動員，曾在1976年奧運會上獲得男子花劍團體冠軍，2013年9月當選為第九任國際奧委會主席。
巴赫也可以指：
*文森特·巴赫公司（Vincent Bach Corporation），一間美國銅管樂器製造公司。
約翰·塞巴斯蒂安·巴赫（，），巴洛克時期的作曲家及管風琴、大鍵琴、小提琴演奏家，也是巴洛克音樂的集大成者。巴赫被認為是音樂史上最偉大、最傑出、最重要的作曲家之一 。
巴赫出生于神聖羅馬帝國愛森納赫（位於今德國圖林根州）的一個音樂世家，自幼即接受音樂教育。父母亡故後，巴赫遷至奧德洛夫由長兄扶養，生活清苦，15歲時即前往呂訥堡修習學業並自立更生。畢業後巴赫先後在阿恩施塔特和米爾豪森擔任管風琴師（1703年－1708年），往後歷任威瑪（1708年－1717年）與克滕（1717年－1723年）的宮廷樂長，以及萊比錫的教堂音樂總監（1723年－1750年）。
巴赫終生自學作曲不輟，舉凡前人至晚輩的作品，無不研究。他一生極多產，其作品以質量俱佳著稱，除了歌劇，幾乎涉獵了當時所有的曲種，包含清唱劇、受難曲、神劇、經文歌、彌撒曲、聖詠、各種樂器的獨奏曲、組曲、室內樂及協奏曲等等。盡管巴赫沒有開創新風格，但他的創作廣納了德、-{zh-cn: 意; zh-tw: 義; zh-hk: 意; zh-mo: 意; zh-my: 意; zh-sg: 意}-、法等國的音樂手法，並以嫻熟的複調技巧呈現，展現了巴洛克音樂風格的精華與深奧的思想。
但由于音樂轉而追求簡明、輕巧的風格，巴赫的複調音樂在其身後被視為陳腐之物，其成就在數十年內未得到應有的評價，僅僅作為管風琴演奏家與教師而聞名。雖然莫扎特、貝多芬等大作曲家均對巴赫推崇備至，但直到浪漫主義時代，作曲家孟德爾頌於1829年在柏林改編並指揮巴赫的《馬太受難曲》，才使樂壇正視巴赫音樂的價值；浪漫早期以后的作曲家也多受巴赫影響。此后數代音樂家對他的作品進行了發掘、研究、整理和推廣，巴赫逐漸恢復了崇高的地位。
在2005年德國電視二臺票選最偉大的德國人活動中，他排名第六，在20世紀以前的人物中僅次於馬丁·路德與馬克思。
發源於圖靈根韋希馬爾，是文化史上一個顯赫的音樂世家，在16世紀末至18世紀末產生了至少橫跨七代、超過50位的音樂家；從巴赫的祖輩至孫輩，包攬了從教堂管風琴師到宮廷作曲家、演奏家的職位。以下是按巴赫於1735年撰寫的族譜所簡列的世系說明：
*高祖父：（約1550年－1619年），一位烘焙師與磨坊工，同時也是業餘音樂家，由他開始了巴赫家族的音樂傳統。
*曾祖父：（約1580年－1626年），家族的第一位職業音樂家。約翰內斯原本從事烘焙，後來才轉而作為城裡的管樂手；他的三個兒子在未來建立了家族的三大分支：
**伯祖：小約翰內斯·巴赫（Johannes Bach Ⅲ，愛爾福特家系），曾於施韋因富特、蘇爾及艾爾福特擔任管風琴師。
**祖父：（1613年－1661年），宮廷兼城鎮音樂家。
**叔祖：海因里希·巴赫（Heinrich Bach，阿恩施塔特家系），阿恩施塔特的管風琴師，巴赫的第一任妻子瑪麗亞·芭芭拉即是其孫女。
巴赫的父親，約翰·安布羅休斯·巴赫
1685年3月31日（儒略歷3月21日），巴赫出生在神聖羅馬帝國艾森納赫。他的父親本居住於艾爾福特，1671年才舉家搬遷至艾森納赫。安布羅休斯是鎮上的音樂家，也是家族的第四代音樂家，他教導巴赫演奏小提琴和大鍵琴，巴赫的母親是馬車伕之女；兩人育有八名子女，巴赫排行最小。巴赫的伯父，也是其父親的雙胞胎兄弟，教導了巴赫關于管風琴的演奏藝術。
巴赫8歲進入，開始學習圣經、詩篇及路德宗教義，特別是德語和拉丁語的福音書和使徒書，這里恰好也是兩世紀前馬丁·路德的母校。巴赫在校成績不錯，顯然他歌喉很好，由只能唱讚美詩的詩班，升到週日在聖喬治教堂演唱經文歌和清唱劇的詩班。
巴赫的母親死于1694年，他的父親遂於同年11月底再婚，卻在三個月後去世。10歲的巴赫成了孤兒，并住進了位于奧德洛夫的長兄約翰·克里斯托弗·巴赫（與叔叔同名）家裡，由長兄扶養。克里斯多福是一個職業教堂管風琴師，曾師從帕海貝爾，他繼續給予巴赫在艾森納赫便開始的音樂教育；他教導巴赫彈奏大鍵琴，以及其他樂器的基本演奏技巧，還曾帶他參觀鎮上教堂裝設新管風琴的過程，這種種奠定了巴赫未來器樂造詣的基礎。
巴赫也幫忙分擔家計，他的歌喉嘹亮、音域很廣，表演所得的收入相當不錯，但他沒有放棄學習，繼續在奧德洛夫拉丁語學校上課。他還蒐羅一批為數可觀的神學著作，供閒暇時閱讀消遣。
克里斯多福讓巴赫接觸的作品有來自當時南、北德的大作曲家，也有法國人，例如盧利、、馬蘭·馬雷，以及義大利人。年輕的巴赫也許觀摩學習了這些作曲家的作品。巴赫的手稿表明了他曾經為他哥哥抄總譜，但他的哥哥不鼓勵他這樣做，也許是因為覺得這樣浪費了他的時間。
後來由於兄嫂又生了一個兒子，克里斯多福的家庭很快便無法繼續扶養巴赫，家族也沒有人能提供他經濟上的援助，巴赫便在15歲時離開奧德洛夫的學校。不過，他由原學校的新任音樂教師埃利亞斯·赫爾達（Elias Herda）那裡聽說，約200哩外的呂訥堡，當地的有個專收窮人子弟的少年合唱團，這個團體共同領有一筆津貼，提供團員食宿。而由於赫爾達在介紹信中對巴赫歌喉的讚美，巴赫順利得到教堂許可。
呂訥堡的聖馬可教堂
1700年3月，巴赫與他的好友埃德曼（Georg Erdmann）同行前往呂訥堡。他在聖馬可教堂設立的拉丁語學校繼續學業，並參與教堂的音樂生活。學校裡同樣教授拉丁語、希臘語、邏輯、修辭學和神學。雖然唱詩班成員分到的零用金微薄，但巴赫靠著在婚喪典禮上獻唱及街頭表演的收入，還能勉強維持生活。
除了擁有華麗的建築外，聖馬可教堂的音樂圖書館裡還典藏了自16世紀中期以來豐富的手抄樂譜及印刷版本，曲目超過千首，包含上百位作曲者；擁有如此可觀的樂作收藏，又有優秀的唱詩班，聖馬可發展出精緻的音樂傳統。巴赫在此既聽也唱，朝夕受教會音樂的薰陶；馬丁·路德創作的許多聖詠（Choral）後來給予巴赫創作的啟發並磨練了他和聲的技巧，而這種古老的音樂形式在巴赫未來無數的聲樂作品中得到改良與推廣。
沒多久巴赫也變聲了，但他仍保有教堂的獎學金，且擔任三位器樂師傅的助手，並繼續磨練他畢生最熟練的樂器：小提琴、管風琴、大鍵琴。在這段日子巴赫對樂器結構與特性的知識以及樂器的演奏技巧有了飛躍性的成長。巴赫此時認識了聖約翰教堂的管風琴師，伯姆早年即與巴赫家族結識，巴赫早期作品深受其影響。1701年的暑假，巴赫步行30哩到漢堡，聆聽聖凱薩琳教堂的琴師（伯姆的老師）彈奏管風琴，還聽到北日耳曼的著名琴師的演奏，這給年輕巴赫帶來強烈震撼，此後他多次舊地重遊。
回到呂訥堡後，巴赫也受到法國文化的洗禮。在聖馬可教堂一所專為貴族子弟附設的學校（Ritterakademie）裡充斥法國傳來的新奇想法：學校裡的學生流行以法語交談、排演法國戲劇並以法國音樂伴奏，還聘請曾受教於盧利，呂訥堡伯爵的樂師薩勒（Thomas de la Salle）擔任舞蹈老師。在旁聽後，巴赫下了不少功夫接近法國文化，尤其是在音樂上。薩勒對巴赫留下深刻的印象，甚至帶他到策勒欣賞管弦樂團和管風琴的演奏，並接觸了如庫普蘭等法國作曲大師的相關作品，這是巴赫音樂兼容並蓄的開端。
阿恩施塔特的新教堂，後為紀念作曲家改名為「巴赫教堂」
1703年1月，巴赫從聖馬可畢業，并在應聘一個位於桑格豪森的管風琴師的職位被拒絕後不久，他被薩克森-威瑪的（與其兄威廉共治，但無實權）聘為宮廷音樂家，除了在公爵的禮拜堂演奏小提琴與管風琴，也處理一些與音樂無關的僕役工作。巴赫在威瑪工作了七個月，建立了自己作為管風琴家的名聲。
後來巴赫被邀請到阿恩施塔特的，為其新完工的管風琴作檢查，並舉辦了啟用音樂會。在這個位于魏瑪西南約40公里的古老小鎮，巴赫家族與當地居民建立著良好往來。1703年8月，他接受了在該教堂的管風琴師的職位，這個工作體面但并不繁重，而且能得到一份不錯的薪水；然而雖然未在合約中載明，巴赫仍需兼任拉丁學校唱詩班的領唱者。但良好的環境和熱愛音樂的雇主并沒有緩解巴赫和當局之間的緊張關系。巴赫顯然是對唱詩班的水平不滿，並缺乏成熟度解決相關的爭端，他甚至還與一個名叫蓋耶斯巴赫（Geyersbach）的巴松管手爆發肢體衝突，被寫在1705年8月的法庭記錄裡。
更嚴重的是，1705年至1706年，他在未經允許的情況下拜訪了著名的風琴師和作曲家布克斯特胡德，並參與他在北德呂貝克聖瑪利亞教堂的音樂會。此次拜訪布克斯特胡德的旅行，來回需要各徒步約400公里，他請了30天的假，卻離職四個月，且未通知雇主，這成為他在1706年1月宗教法庭上被指控的“罪狀”之一。這趟超過預期計劃時間的旅程，強化了布克斯特胡德對對巴赫早期風格的影響，也顯示了在巴赫心目中布克斯特胡德的重要性。從呂貝克返回的巴赫還帶來了許多新奇的演奏想法，例如自由花俏的和弦與裝飾音、不定性的轉調與變奏等等，導致教友難以辨清聖詠旋律。這些時人看來「怪異」的做法引發了投訴，教會當局在1706年2月及11月給予巴赫警告，但巴赫不是很在意。
1706年末巴赫嘗試角逐米爾豪森的風琴師職位，並在1707年的復活節試奏後得到該份工作。在那裡有更好的薪酬、更高的地位，而且最重要的是有更好的唱詩班。同年10月，和他的第二代堂姐結婚。巴赫此時已是經驗豐富的管風琴師，負責監督教堂受損樂器的修復工作。在巴赫檢查過布拉修斯教堂的管風琴後，他提議將之翻新，雖然費用昂貴，但教堂和米爾豪森市政府都予以核準。巴赫也為1708年的新議會就職典禮創作了《上帝是我的國王》，此作於同年付梓，除了是巴赫最早付梓的作品，也是他傳世的清唱劇中唯一在其生前印刷出版者。
儘管巴赫音樂造詣出眾，他在慕豪森仍遇到一些問題——神學思想的爭議。教堂的牧師弗羅內（J. A. Frohne）是虔信派信徒，擔憂在儀式中過度使用音樂藝術的話，會增加世俗的誘惑。教堂的前任管風琴師又是保守音樂風格的捍衛者，巴赫創新的音樂風格自然不太受歡迎，當地人將巴赫的革新樂風冠上「世俗化」、「野蠻」等字眼。
威瑪公爵，威廉·恩斯特
巴赫在這樣的背景下沒有發揮才華的空間，而這時他又接到來自威瑪的邀請。想聘巴赫擔任宮廷樂師及管風琴師，取代年老體衰的約翰·埃弗勒（Johann Effler），並為他寫作大量的禮拜音樂。1708年6月，巴赫前往威瑪通過試奏後便寫信辭職。縱然如此，巴赫還是與慕豪森維持不錯的關係，仍繼續監督聖布拉修斯教堂的管風琴修復工程。
到了威瑪，巴赫薪資一夜倍增，在慕豪森的問題不復存在，因為公爵是虔誠的路德派信徒，同時熱愛音樂，但其處理政事卻是相當獨裁，所幸公爵未將他的意願強加在巴赫的創作上。巴赫在威瑪的地位不但崇高，且有充分空間發展他對「完善規範的教堂音樂」的想法，因為公爵不容許如慕豪森的宗教理念衝突上演。
巴赫乍到威瑪其妻芭芭拉便生下長女卡特莉娜·多erina Dorothea Bach）；兩年後，1710年11月，長男威廉·弗里德曼·巴赫（W.F. 巴赫）出生；三年後，芭芭拉生下一對雙胞胎，早夭；1714年3月，卡爾·菲利浦·艾曼紐·巴赫（C.P.E. 巴赫，其教父為泰勒曼）出生。W.F. 巴赫與C.P.E. 巴赫後來成為著名音樂家。
威瑪宮廷禮拜堂裝置的管風琴，儘管才剛剛更新過，但巴赫仍說服公爵裝置一套鐘組，後來乾脆要求重新裝修。巴赫的名聲因著他對樂器的瞭解與精湛的演奏技巧而逐漸遠播，鄰近城市經常聘請他檢查損壞的樂器或演奏管風琴。1713年，當哈雷的管風琴師出缺時，巴赫再度想要換個環境；而哈雷教堂當局馬上對這個提議感興趣，他們草擬了一份要求頗多的合約，但薪水始終令巴赫不滿意。當巴赫在考慮哈雷的職缺時，公爵再度給他加薪，加強了巴赫續留威瑪的決心；這令哈雷當局很惱火，指責巴赫以哈雷的機會為籌碼，迫使老東家加薪挽留，但巴赫回信否認。如同在慕豪森一般，巴赫依舊與哈雷保持好的關係，後來哈雷的新管風琴於1716年完成時，巴赫也受邀前往試奏，並得到皇家級的禮遇。
1714年，巴赫升為副樂長，也就是樂團首席（Konzertmeister），有責每個月提供一齣清唱劇，到1716年為止，他創作了約一個禮儀年的清唱劇；而時任樂長的兒子約翰·威廉·德雷西（Johann Wilhelm Drese）負責宮廷裡的一切世俗音樂。另外，此階段巴赫的管風琴曲創作量居各階段之冠，作品也臻至成熟，他成為歐洲最具代表性的管風琴演奏家兼作曲家。他的演奏之高妙，很快便染上傳奇色彩，與巴赫同時代的某人在聆聽完他在卡塞爾為皇太子（未來的腓特烈·威廉一世）的演奏後寫道：
約1715年的巴赫（有爭議）
在威瑪的時日，巴赫還領導一批訓練有素的歌者和樂手，這是一個小型的巴洛克式樂團，而他自己則演奏小提琴帶領整個樂團，因此在作曲之餘還能培養指揮經驗。同時地，巴赫仍對其他音樂家的作品非常感興趣並苦心鑽研之，音樂先進國義大利作曲家（柯賴里、托雷里、韋瓦第等人）的作品尤其得到他的青睞並對他產生深刻的影響。巴赫吸收了義大利的交奏曲式（ritornello form）與返始（da capo）的手法，並輔以本土的對位法特質，使他在創作時更注重主題和樂曲的簡化，屬於他自己的音樂正在形成。
在有名的音樂收藏家與業餘作曲家（酗酒者約翰之子）的影響下（可能透過他收藏的作品），巴赫改編了許多作曲家（韋瓦第、泰雷曼、馬切羅兄弟、恩斯特王子本人）的作品為鍵盤獨奏曲（收錄於BWV 592-596, 972-987），而此時對他最有影響的是威尼斯樂派的韋瓦第。不斷的學習使巴赫的作品愈趨成熟，擺脫了他過去曾讓聽眾困惑的複雜風格，同時往他門下求教的學生也日益增多。在威瑪的九年當中，巴赫寫出許多傑出的管風琴作品。
後來巴赫又陷入與他毫不相關的爭論中。公爵的繼承人，也就是他的姪子，亦是性格獨斷之人，與公爵行事作風大不相同，兩人經常發生爭執。他們的部屬處境為難，尤其是巴赫，他一直負責教導奧古斯都彈琴。當公爵耗盡耐性後，他宣布禁止所有樂師為他姪子演奏，而巴赫卻無視了命令。公爵疑似藉機報復，1716年12月，當樂長老德雷西逝世時，他忽略巴赫而聘任才華遜色許多的小德雷西。巴赫可能是為表達對此事的不滿，從此停止寫作清唱劇。
可這回他對奧古斯都的友誼卻有了實質的回報。奧古斯都在1716年與的領主的妹妹聯姻，當柯騰的宮廷指揮辭職後，利奧波德自然而然想到雇用巴赫。而巴赫也對新的工作機會滿懷憧憬，於1717年8月接受王子的邀請，支領薪水後不久便決定舉家遷至柯騰。清楚巴赫才華的威瑪公爵知道他與奧古斯都及利奧波德的交往，拒絕接受他的辭呈，但巴赫死纏爛打，公爵便軟禁了巴赫將近一個月才釋放他。12月，巴赫終獲自由，便啟程前往柯騰，追尋事業的另一個起點。
利奧波德王子
利奧波德王子比巴赫年輕，頗有音樂素養，能奏多種樂器。但他是加爾文教派的信徒，禮拜儀式中僅使用簡單的聖詠，這意味著宮廷樂師主要負責世俗音樂，著重器樂，而非教會音樂或管風琴曲。這對巴赫的創作而言是個大轉向，不過這樣的挑戰在未來也同時是巴赫進化的動力。
巴赫在柯騰擔任宮廷樂長，即樂團指揮（Kapellmeister），這個職位備受尊敬，且薪水高達400塔勒（日耳曼各邦的貨幣購買力不盡相同，巴赫薪水在此相當於朝廷高官）。王子21歲接掌宮廷後，致力恢復宮廷裡的音樂風氣，雇用的樂師從三名增至十七名，因此巴赫上任時接管的便是一個訓練有素的樂隊。王子懂音樂且待巴赫親切有禮。巴赫遇上一群優異的音樂家和識才的東主，激盪出大量出色的樂曲，尤其是器樂。此時期是巴赫一生中較未受干擾的時期，而從創作內容來看，巴赫已邁入他自己的成熟階段。
就在巴赫到了柯騰沒多久，他再一次錯失與韓德爾見面的機會。韓德爾原先已在英國定居，但在1719年他回到日耳曼尋找優秀的歌手，並回到哈雷探視母親，而哈雷離柯騰僅有20哩路程。巴赫一聽說韓德爾返鄉的消息，便立即兼程趕路去哈雷，希望能與之見上一面，遺憾的是韓德爾已返回英國。
巴赫在這段時間發覺他的長子威廉有優異的音樂稟賦，於是決定盡力栽培他。巴赫寫作《》即是獻給他的長子，內容井然有序的教導年幼的孩子彈奏鍵盤樂器，從說明音譜記號開始，帶領初學者由基本曲目一路登堂入室，直到領略較高深的作品。而這本書其實也包含了部分的《平均律鍵盤曲集》和全套的《》；全書不僅是訓練技巧，曲目的結構與聆賞性也有高度水準。
第一號無伴奏小提琴奏鳴曲之手稿
然而，1720年5月，巴赫和王子一同前往卡爾斯巴德（今捷克卡羅維發利）溫泉療養地，7月回到柯騰時，妻子芭芭拉不幸離世，留下四個小孩。同年漢堡的圣雅各教堂邀請巴赫角逐管風琴師的職位，巴赫不禁心動並登程赴會，雖然他因為柯騰的事務沒能在指定日期試奏，但他精湛的琴藝漢堡市民有目共睹，並博得大師萊茵肯的讚美。但後人不太清楚為何巴赫沒有得到漢堡的職位，當局似乎很有意要聘請他，但漢堡有個不成文的陋規，即某些特定職位的合格人選必須付一筆錢才能取得職位，巴赫顯然無法忍受。
1721年3月，他將精心創作的六首管弦樂協奏曲獻給布蘭登堡總督，推測應該是巴赫在卡爾斯巴德遇到總督時，接受其委託而獻上的，雖然公爵未曾演出過它，但事實上這套作品已先在柯騰宮廷演奏過了，此即著名的《布蘭登堡協奏曲》。巴赫在柯騰時期之前沒有機會與足夠資源（完善的管弦樂團）創作協奏曲，此時正能全心發揮。在此期間巴赫也創作了著名的無伴奏小提琴奏鳴曲與組曲、無伴奏大提琴組曲、《平均律鍵盤曲集》的第一部分（24首）。
芭芭拉去世17個月後，1721年12月，巴赫再婚，娶年僅20歲的安娜·瑪格達萊娜·巴赫（原姓Wilcken）為妻，她的父親是位宮廷小號手，母親也具音樂背景，她本人則是歌手，薪水有巴赫的一半。安娜與巴赫的孩子中包含後來也成為知名音樂家的約翰·克里斯多福·弗里德里希·巴赫（J.C.F. 巴赫）及約翰·克里斯蒂安·巴赫（J.C. 巴赫）。巴赫夫妻倆感情深厚，同為專業音樂家的身分也使他們更為親近，兩人的好感情可由他們共同完成的兩本《》看出，此筆記本包含了《法國組曲》的前五首與《》的第三、六首。
然而巴赫再婚後一星期，利奧波德王子與他的堂妹弗里德里卡·亨麗埃塔（Friederica Henrietta）成婚。除了是公主對音樂不感興趣，也可能是因為柯騰軍費吃緊，導致王子裁減了樂團，音樂漸不復為柯騰宮廷的基調，巴赫愈發覺得在這裡難以容身。後來他也許再度發覺自己的志趣是做個教堂樂師，也許是為了兒子的教育規劃，巴赫開始為下一步打算。
聖多瑪斯教堂
1722年6月，萊比錫圣多瑪斯教堂音樂指揮在擔任了該職務21年後逝世。市議會討論繼任人選時首先想到泰勒曼，他剛受聘為漢堡的樂長，由於他曾於萊比錫擔任管風琴師，市民相當推崇此決議。但泰勒曼卻以與萊比錫的合同要挾漢堡當局為他加薪，市議會撲了空。此前巴赫並未申請這個職位，因為他和泰勒曼是舊識。稍後巴赫應徵時，與其競爭者有四人，包括聖多瑪斯學校的校友，現任達姆城宮廷樂師的。中選者是格勞普納，但他因為東主不肯放人且予以加薪挽留，於1723年5月放棄萊比錫的職務後舉薦巴赫。
當局願意聘用巴赫，但態度較消極。他們並不看重巴赫的管風琴技藝，因為指揮不需要這項技能；而巴赫的作品大多未出版，當局不清楚他在作曲上的才華；知名度方面，巴赫在當時當地仍差了泰勒曼與格勞普納一截；且巴赫沒有正式學歷，當局對此相當看重。儘管巴赫已是音樂全才，卻難獲得學院肯定。當局擔心舊事重演，要求巴赫先得到公爵的免職書。得到許可後，巴赫便申請該職務並獲選。而當選後巴赫還得簽署許多文件和通過神學測驗，確認其思想沒有問題才能上任，但耗時之長、手續繁瑣以及數名議員曾反對聘用巴赫，種種跡象都顯示巴赫過去的經歷仍被當局所質疑。
聖多瑪斯教堂唱詩班指揮（也身兼聖多瑪斯合唱學校的音樂教職，因為學校為教堂提供儀式的歌者）相當於萊比錫全城大小教堂的音樂總監，在新教德國的地位甚為重要；當地路德教派興盛，長久以來擔任此職務者莫不是備受景仰的音樂家。但這個職務也不好勝任，雖直屬於薩克森選侯，仍須服從學校、市議會和教堂當局等上級官僚；市議會科層嚴密，教堂則有權管理一切宗教儀式，神學和音樂都在管轄之列。而新職位的起薪還不到巴赫在柯騰的四分之一，這些得另外仰仗婚喪、教學的酬勞才補得過來。巴赫的選擇主要基於兩個因素：萊比錫有圣托馬斯學校與名聲顯赫的萊比錫大學，可以提供他的兒子良好教育；而巴赫自己似乎也有心在教堂音樂上繼續深造。6月巴赫正式就職，他讓他的三個兒子進入聖多瑪斯學校就學，並都加入唱詩班。但是巴赫發現學校狀況不甚理想，學生人數多到不堪負荷，年邁的校長對學生與老師難以管束，且學校硬體設施貧乏，加上作息刻板，學生生活品質惡劣。此時巴赫的家庭暫居於校舍中。
巴赫在萊比錫使用的圖章。由他的名字簡寫JSB鏡射組合而成，上方的皇冠示其為宮廷作曲家
遺憾的是，在巴赫舉家遷往萊比錫之前，利奧波德王子年輕的妻子卻去世了，但巴赫沒有回心轉意。儘管王子沒有慰留巴赫，他和王子的情誼並未因此改變，巴赫經常回到柯騰演奏音樂，並保有其宮廷樂長的榮譽頭銜；王子兩年後再娶，巴赫曾為其新婚夫人獻上一首祝賀生辰的清唱劇。然而王子卻於1728年11月英年早逝，柯騰的宮廷音樂盛景不再。1729年3月，巴赫最後一次探訪柯騰，指揮《馬太受難曲》的片段作為王子喪禮上的音樂。
作為萊比錫的音樂總監，巴赫負責監督城內四座主要教堂的音樂事務，特別是聖多瑪斯教堂和聖尼古拉教堂周日冗長繁複的禮拜儀式。巴赫初到萊比錫的幾年，積極創作樂曲供教堂使用，至少為整個教會禮儀年提供五套的清唱劇，總數約有295首，但部份已佚失；也因此在這段期間巴赫的創作量達到生涯巔峰。巴赫在萊比錫創作的清唱劇涵蓋相當豐富的主題，由正統路德教義到新的虔信教義都有，巴赫以不同的曲風及形式搭配不同的主題。清唱劇的文本大多由巴赫的合作人，身兼詩人與編劇的寫成。巴赫還以他早期的清唱劇為基礎，創作了一些經文歌供城市的隆重典禮使用。
在柯騰游移不決的日子裡，巴赫已著手寫作《約翰受難曲》，1724年4月間，此作首度公演，巴赫認為在聖多瑪斯教堂首演較理想，但市議會堅持受難曲輪流演出的慣例，要求於聖尼古拉教堂演出，巴赫只好從命。稍後巴赫又向當局提出擴增樓廂與增添技工的請求，但當局卻認為這些舉措沒有必要。而在萊比錫這個相對自治的商業城市沒有專業的宮廷樂師，所謂市樂師其實是由一群業餘人士組成的教堂樂手，他們在教堂和市府的典禮場合出席表演，巴赫只得忍著對樂手配置及其素質的不滿。
上任沒有多久，當局的多頭馬車就對巴赫的工作造成困擾。在1710年後，在宗教禮拜儀式上，除了少數特別慶節才舉行的「舊儀式」（由聖多瑪斯指揮負責）外，又新增了「新儀式」於每週日舉行，當初庫瑙費盡心力才取得該儀式的音樂指導權，後來聖保羅的琴師歌爾納（J. G. G?rner）自薦免費提供新儀式的服務，所以巴赫就職後便管不到這份差事。這對巴赫來說頗有損失，因為他需要這份酬勞，也需要藉此職務與大學建立關係。巴赫試著在舊儀式上表現他的技藝，但當局不怎麼感動，給他的酬勞遠比庫瑙少了14塔勒，於是巴赫在1725年間接連寫了三封信，向最高當局，也就是選侯奧古斯特二世陳情。巴赫的請求起了作用，也因此得到和庫瑙同等的待遇，但大學始終不願將兩種儀式都交給他負責。行動失敗後，巴赫灰心的把舊儀式的業務交給一位學生處理；此舉激怒了當局，他們本來就輕視巴赫的教育背景，巴赫如今的行為則令當局清楚表明不讓他兼這份差。
巴赫的雕像，位於聖多瑪斯教堂前
類似的狀況也在之後發生。1727年，一名貴族出身的大學生基希巴赫（Hans Carl von Kirchbach）自願在大學教堂獻一臺彌撒，紀念薩克森選侯的亡妻。基希巴赫獲得批準後，便編了一首喪禮頌詩，交給巴赫作曲。大學當局卻認為歌爾納才是適當人選，當基希巴赫以曲子已完成為由拒絕歌爾納作曲後，當局又告訴他曲子將由歌爾納演出，沒巴赫的份。在基希巴赫力爭之下，當局用12塔勒安撫歌爾納，卻要求巴赫簽署一份文件，保證今後若未得到當局同意，不得為聖保羅教堂提供任何音樂服務，而巴赫拒絕簽署。雖然當局打壓巴赫，但萊比錫的學生卻日漸與巴赫往來密切，刺激他創作出數首世俗清唱劇，還吸引不少大學生參與他的音樂，巴赫也不吝向其他音樂機構舉薦他所青睞的學生。後來巴赫在選擇晚禱聖詩的職權受到聖尼古拉教堂一位助理執事的挑戰，教會當局卻偏袒執事；巴赫向市議會申訴後才得到平反。
這段期間，巴赫也為世俗場合寫作音樂。1727年，他為奧古斯特二世的誕辰創作一齣特別的世俗清唱劇，於5月由基金會獎助學生在聖多瑪斯教堂首演，排場盛大。當年4月的聖週五，巴赫著名的《馬太受難曲》首度公演，集結了當時萊比錫許多音樂人才作為演奏人員。
1729年1月，薩克森-魏森費爾斯公爵到訪萊比錫，為了表示敬意，巴赫創作並演出了《世俗清唱劇》（BWV 210a，即後來的《》）。其實巴赫在此前已曾與公爵接觸，包含1713年的《》和1725年的《世俗清唱劇》（BWV 249a，即後來的《復活節神劇》），都是巴赫受委託而為公爵生辰譜寫的作品。同年，巴赫獲得了「薩克森-魏森費爾斯皇家宮廷樂長」的榮譽頭銜，直到公爵1736年去世為止。
巴赫與當局的抗爭仍持續進行。1730年5月，當局要求他補足基金會獎學金學生的空缺，於是巴赫面試數位應徵者並謹慎寫下他的評估報告，但後來當局公布的通過名單與巴赫的評估出入甚大，顯然當局忽視巴赫的意見。一年後，市議會開會討論巴赫的私德，指出巴赫忽略其教師責任、不假外出或未按規定申請出城賺取外快；種種因素使得當局限制其上述的舉動。巴赫雖然理虧但也同樣對工作環境極為不滿；同年8月，巴赫投書議會，長篇大論地指出萊比錫教堂音樂各方面的問題。這封信提供了讀者當時音樂界的風貌，但它無助於化解衝突，當局也似乎沒有直接回答巴赫的信。
蓋斯納校長，巴赫在萊比錫少數的盟友之一
在萊比錫的不愉快與此地的高物價水準，令巴赫再度萌生去意。而就在老校長厄內斯提去世的隔年，也就是1730年6月，新任校長就職。蓋斯納本身是古典哲學的學者，曾任威瑪大學預科學校（Weimarer Gymnasium）的校長，他非常欣賞巴赫的音樂才華，一上任便大幅改善不少校務。他改善硬體設備並調整學校的組織架構，也加強了音樂在課程的比重，以及整頓學生紀律等等。蓋斯納令巴赫的工作環境舒適許多，他也向巴赫保證其賺外快的權利。在蓋斯納擔任校長的這段期間，巴赫和當局至少能維持起碼的和平共存。
在這段期間，巴赫發掘了一批優異的歌手，最有名的當屬與謝梅利（Christian Friedrich Schemelli）。前者是巴赫在威瑪的學生老克雷布斯（Johann Tobias Krebs）的兒子，也向巴赫學習管風琴，被認為是八首小前奏與賦格曲（BWV 553-560）的作者。後者是謝梅利歌本（Musikalisches Gesangbuch，內含BWV 439-507）的出版者老謝梅利（Georg Christian Schemelli）之子。
齊默曼咖啡廳，1720年－1741年作為大學音樂社的演奏場所
1729年，巴赫便開始領導，此前庫瑙（1688年）與泰雷曼（1702年）亦曾領導該組織。大學音樂社，顧名思義，成員多為大學生，這群演奏者每週定期在演出音樂，此咖啡廳當初為名流聚集之所。音樂社領導人歷來無不是名譽卓著的音樂家，這也能看出巴赫在當時萊比錫的音樂權威。巴赫為大學音樂社改編或創作許多作品供其演奏，像是他的和以早先作品改編的鍵盤協奏曲，以及部分的鍵盤練習系列（Clavier-übung），皆為佳作；大學音樂社也激發巴赫創作數首世俗清唱劇，其中最知名的便是《》，此作是巴赫最接近歌劇風格的一部作品。
1733年2月，奧古斯特二世去世，他的兒子繼位後，隔年加冕為波蘭國王，改宗天主教，是為奧古斯特三世。巴赫利用這個機會譜寫〈垂憐經〉與〈光榮頌〉，前者是為先王致哀，後者則是歡慶新王登基，不過作為天主教徒的國王自然沒能聽到作品在聖尼古拉教堂的首演。而後來在巴赫去世的前一年，也就是1749年，巴赫才將這兩首作品結合過去所創作的教會清唱劇片段，並加以發展，成為著名的b小調彌撒曲，此作和《馬太受難曲》共同被視為巴赫畢生宗教與聲樂作品的精粹。7月底，巴赫將〈垂憐經〉與〈光榮頌〉獻給奧古斯特三世，並附上一封要求承認的信。信中巴赫表達了在萊比錫職務上的不順遂，且向國王要求了賜與自己「宮廷作曲家」稱號一事，好以抗衡當局對其的施壓。雖然沒有立即得到應允，巴赫仍如願於1736年11月獲頒此頭銜，正式名稱為「波蘭皇家及薩克森選侯宮廷作曲家」。
這段時期巴赫和薩克森首都德勒斯登也有了進一步的接觸。在1730年代早期，他曾彈奏過當地聖索菲亞教堂（Sophienkirche）的管風琴。1733年6月，該堂的管風琴師出缺，巴赫推薦自己的長子W.F. 巴赫應徵。當時威廉23歲，他試演的曲目是其父的《前奏曲與賦格》（BWV 541），技驚四座，順利獲得這份工作，巴赫於是更有理由時常拜訪德勒斯登。
1734年－1735年間，巴赫譜寫了三部著名的神劇：《》（僅修訂，早先作於1725年）、《聖誕神劇》、《》。此時期的另一名作是《》，此作最早寫於1723年，是為當時的聖誕節而寫，巴赫在1730年－1733年間調整了這首作品並演出。
厄內斯提校長
蓋斯納擔任校長僅四年，便於1734年離開萊比錫，擔任哥廷根大學的教職。空缺由副校長接任。厄內斯提雖然年輕但學識淵博，他決心提高學校的學科素質，加重當代學科，並減少古典及神學課程的比重。厄內斯提亦認為音樂課程已經落伍，巴赫的作風更是不符合時代潮流。
1736年，厄內斯提和巴赫無可避免的發生了一場衝突，令兩人對峙長達兩年之久。衝突的成因源於厄內斯提侵犯巴赫的人事權，且巴赫認為厄內斯提擅自指派的學監無助於教堂音樂，於是提出異議，但被厄內斯提駁回。8月，兩人相互向市議會指控彼此，後來巴赫向萊比錫教會會議申訴未果，便以其職銜向國王告狀，但衝突的結果沒有被官方所記錄。總之，兩人從此成為死敵。厄內斯提仍繼續降低學校音樂課程的比重，巴赫則越來越疏於教學。1740年，學校聘用一名新老師教授樂理，顯然巴赫未善盡職責；他的教會音樂創作也大幅萎縮，唱詩班演唱舊作品的時候越來越多。
事實上，巴赫的音樂傾向正在改變，他的研究和創作重心慢慢回到器樂，且開始重視出版自己的作品。巴赫可能受到啟蒙運動的影響，或對教會當局的幻滅，導致其宗教熱忱在晚年逐漸消退。巴赫領導大學音樂社的演出仍持續著，直到1737年暫時中斷，1739年－1741年才又繼續領導。這段期間以後巴赫也到各地檢修管風琴，並拜訪他的音樂家朋友。隨著巴赫的年老與時代的變遷，有些樂壇後輩開始批評巴赫的風格，或質疑巴赫適應新式作品的能力，例如，他的父親是著名的管風琴製造者；但也有人為巴赫撰文辯護，例如比恩鮑姆（Johann Abraham Birnbaum）和大學音樂社成員。
巴赫的堂弟約翰·埃利亞斯·巴赫（Johann Elias Bach）於1737年借住在巴赫家中，為了在萊比錫研習神學。這段時間埃利亞斯擔任巴赫三個兒子的家庭教師，並幫巴赫草擬文書信件。埃利亞斯作客期間的書信往來，令後世得以一窺巴赫的家居生活。1742年，埃利亞斯離開巴赫的寓所，成為什文福的唱詩班指揮。
巴赫在世的最後十年仍有新作品推出，並且其音樂更趨於邏輯化和深邃（但這不代表旋律及情感會被忽視），他將這種基調發揮在他最後的器樂傑作上。1739年－1742年間，巴赫出版了《平均律鍵盤曲集》的第二部；1741年－1742年間出版《鍵盤練習》的第四部，又名《郭德堡變奏曲》。但他花費更多時間在修訂及完成先前的創作上，例如清唱劇、彌撒、受難曲。有趣的是，巴赫仍在學習，他開始複製、改編、擴增前人的作品，這些人包括帕萊斯特里納和一些巴洛克早、中期的作曲家，巴赫試圖將從古至今所有可能的複調手法統合為一。他也採納了一些當代作曲家的音樂元素，例如韓德爾、；甚至編制並改寫了年輕一代作曲家的作品，包括裴高雷西、，後者是巴赫的學生。
無憂宮裡的室內樂。吹笛者為腓特烈大帝，彈琴者為C.P.E. 巴赫
1740年，就在普魯士腓特烈大帝即位的同年，C.P.E.巴赫（巴赫第三子）獲選為其宮廷的大鍵琴手，並負責為國王吹奏長笛時伴奏。在腓特烈的推動下，首都柏林逐漸成為當時的音樂重鎮。巴赫在1741年初赴柏林探望C.P.E. 巴赫，但稍後由於政治局勢的問題，使得巴赫幾年後才再訪。1747年，巴赫應邀前往柏林近郊的波茨坦無憂宮聆賞皇家音樂，也試奏了國王向他展示的新樂器——古鋼琴。而巴赫素以即興演奏聞名，國王便給了他一段長而複雜的主題（Thema Regium），令他當場即興一首三聲部賦格；巴赫做到了，但國王又以六聲部賦格考驗他，巴赫告訴國王自己需要足夠的時間準備。有了這個動機，在巴赫回到萊比錫兩個月後，便出版了以國王的主題發展的一套器樂作品，就是著名的《音樂的奉獻》。同年6月，他加入了由學生米茲勒創辦的「音樂科學學會」（Correspondierende Societ?t der musicalischen Wissenschaften），為此他提交了《》作為入會證明，後來便出版了它。
巴赫最後的傳世之作是《賦格的藝術》，是在其生命的最後十年所作，但沒有完成，直到巴赫逝世後才出版；事實上巴赫在1740年代早期就已寫出這套作品的大部分，後來才加上兩首賦格與兩首卡農。
巴赫晚年疑似患有糖尿病，且可能在1749年中之前已一度中風。而大概也是從此時起，萊比錫市議會便開始討論一旦巴赫去世，該選誰為繼任人選。德勒斯登宮廷的一名官員布呂爾伯爵（Graf von Brühl）推薦戈特洛布·哈雷爾（Gottlob Harrer）為下任聖多瑪斯教堂唱詩班指揮，於1749年6月8日舉行試演會。儘管巴赫的身體並沒有差到隨時會去世的地步，然而在生命的最後幾年，白內障使巴赫的視力逐漸喪失，1749年時幾乎已經全盲。1750年，英國著名的眼科庸醫約翰·泰勒（"Chevalier" John Taylor，他在1758年也替韓德爾治療）剛好途經萊比錫，替巴赫的眼睛動了兩次手術，但都沒有成功。後來巴赫的視力一度奇蹟似的恢復，但十天後，也就是該年的7月28日，巴赫仍因為嚴重高燒導致的二次中風而病逝，享壽六十五歲。隨後在萊比錫舉行葬禮。
市議會至此對巴赫的死無動於衷，給予巴赫生前的評價極為普通。而巴赫卻意外地沒有留下遺囑，他死後房屋由九個在世的子女與遺孀安娜均分。市議會當局似乎有意苛扣給付遺孀的救濟金，而似乎也只有C.P.E.巴赫在這段時間給予繼母安娜實質的幫助，提供J.C.巴赫（巴赫第11子）所需的教育。安娜從此在貧民救濟院度過餘生，直到1760年2月也隨巴赫而去。
1707年，巴赫和他的堂姐（1684年－1720年）結婚，生有七個孩子，四個活到成年：
* 卡特莉娜·多羅特婭（Catharina Dorothea）（1708年－1774年）
* 威廉·弗里德曼·巴赫（W.F. 巴赫）（1710年－1784年）
* 卡爾·菲利普·埃馬努埃爾·巴赫（C.P.E. 巴赫）（1714年－1788年）
* （J.G.B. 巴赫）（1715年－1739年），曾於米爾豪森與桑格豪森擔任管風琴師。
1720年，芭芭拉去世，1721年巴赫再婚，娶了安娜·瑪格達萊娜·巴赫（1701年－1760年），生有十三個孩子，六個活到成年：
* 戈特弗里德·海因里希（Gottfried Heinrich） （1724年－1763年）
* 伊莉莎白·尤利亞娜·弗里德里卡（Elisabeth Juliana Friederica, "Lieschen"）（1726年－1781年）
* 約翰·克里斯多福·弗里德里希·巴赫（J.C.F. 巴赫）（1732年－1795年）
* 約翰·克里斯蒂安·巴赫（J.C. 巴赫）（1735年－1782年）
* 約翰娜·卡羅琳娜（Johanna Carolina）（1737年－1781年）
* 蕾吉娜·蘇珊娜（Regina Susanna）（1742年－1809年）
巴赫共有四個孩子後來成為當時知名的音樂家（芭芭拉和安娜各有兩個），當中對古典時期的建構與發展有重要影響的分別是C.P.E. 巴赫及J.C. 巴赫。
巴赫之所以重要，並不是像貝多芬那樣直接扭轉之後的音樂走勢，而是直接體現在他集過去音樂成就（巴洛克音樂）之大成，以及對音樂這門藝術所展開的可能性。巴赫的創作不僅涵蓋當時絕大多數的音樂體裁，也更進一步探索了既有體裁的織體與結構，大大開拓及深化了前人的研究成果。雖然其作品在表現精神上仍屬典型的巴洛克風格，但手法卻毫不流俗，這種「舊中求新」的概念令巴赫將巴洛克音樂提升到前所未有的藝術高度。
根據C. P. E. 巴赫的說法，巴赫是一位自學成才的作曲家，他沒上過任何作曲方面的課程，也未曾出國（日耳曼）求教，所以從青年時代起，他就開始研究很多有影響的作曲家的作品並從中學習，像是布克斯特胡德、帕海貝爾、柯賴里、庫普蘭、韋瓦第等等，這樣的學習甚至持續到晚年。也因此巴赫的音樂風格受到多方面影響，除了承繼自德國合唱音樂與管風琴曲的複調傳統，也吸收了義大利器樂奏鳴曲、協奏曲及法國鍵盤樂曲的形式、結構，甚至是旋律與節奏的質感。這種風格大約成型於威瑪後期，並在柯騰與萊比錫分別對器樂和聲樂作了極大程度的發展。
巴赫的音樂主題清晰，其旋律精緻、複雜，模進（同一旋律型在不同音高的重複）和重複音型的使用較節制，轉調及和聲則更為自由，著重情節的鋪陳與銜接，而非短促的表現。巴赫也以其自由而精確的對位法見長，常揣度樂句在複調上的可能性，從鍵盤樂器到更多聲部的協奏曲與大型合唱，都能發現對位的頻繁運用，從而營造出厚實而多層次的織體。巴赫作曲技法的內涵就如同他最擅長的形式——賦格，也就是以有限的素材（主題）加以模仿、變化、堆疊，形成結構嚴密的作品。巴赫的音樂不僅是靈感的創造物，也是排列組合與理性推導的再造物，充分展現了音樂的純粹性。
從巴赫傳世的作品數量來看，他確實是位多產的作曲家，尤其考慮到至少有上百件巴赫作品已經散佚。「巴哈作品目錄」（Bach-Werke-Verzeichnis，縮寫：BWV）是目前最通用的巴赫作品編號方式。這個體系由於1950年完成，是按照作品的體裁分類。縱使其內容就當今研究看來略有缺失，仍無礙於綜觀巴赫作品全貌。此目錄共分13章：
巴赫時代的管弦樂團，規模較現在為小，也較有彈性，稱為，是以弦樂器和數字低音為基礎，視樂曲的需要配以其他管樂器或鍵盤樂器。當時所用的部分樂器或演變為當今型態，或被現代樂團淘汰；其構造、音色都與現代標準樂器略有不同。這種樂團的配器法經由巴赫得到最大發展，各種樂器的可能組合都可在他的作品中發現。透過在威瑪的研究與磨練，巴赫對於管弦樂曲的熟練得以在柯騰開花結果，以下介紹的作品（或早期版本）大多被推定為創作於柯騰時期。
巴赫的（BWV 1041-1043）雖然還留有濃厚的義大利風格，但形式上已有很大突破，除了採快－慢－快三樂章的結構外，獨奏與合奏的關係更為分明而密切，在表現上更接近近代的協奏曲。而在內容上，巴赫試圖在流行的義式風格中注入精巧的對位，表現優美的旋律與豐富的音樂表情。BWV 1043是為兩把小提琴所作，風格形式較為古老，兩把小提琴遵照三重奏鳴曲的原理，完全進行相同主題的模仿，合奏極少作主題的發展；儘管如此，巴赫仍從舊形式裡導出新鮮的、屬於自己的音樂。除了這三首，巴赫應該還有留下其他小提琴協奏曲，但僅能以大鍵琴協奏曲的形式流傳下來。巴赫主導大學音樂社時也將這三首曲子改編為大鍵琴協奏曲。
巴洛克時期大協奏曲的代表作，莫過於巴赫的《布蘭登堡協奏曲》（BWV 1046-1051）。此套作品雖然是用大協奏曲的配器，樂章結構卻採新式的快－慢－快（除了第一號的四樂章；第三號的慢板只有兩個和弦）。其語言精鍊，手法多樣而各富異趣，六首樂曲（的快板樂章）皆是以大調寫成，故而曲風和諧且洋溢著光彩。雖然其呈獻日期皆記為1721年，但巴赫並不是專門為路德維希侯爵的委託而「創作」的，而是將之前在柯騰就寫好的樂曲，稍加修改後再以一套協奏曲集的形式獻上，這個事實可以從總譜的抄寫狀況得知。
與《布蘭登堡協奏曲》相對的，是同為其管弦樂傑作的《管弦組曲》（序曲）（BWV 1066-1069），其展現了法國宮廷堂皇而洗鍊的風格。前者與後者分別代表巴赫在義大利、法國音樂的形式技法之融會貫通，兩者常被看作是巴赫管弦樂的雙璧。《管弦組曲》共有四首，但最初並不是成套的，只是因曲種相同故常被一起討論。每首皆有一法國式序曲作前導，其後加上各式舞曲的組合；「法國式序曲」之體裁是由法國作曲家盧利首創，為莊重的慢板－賦格風格的快板－莊重的慢板構成的三段體。後世所以稱之為「組曲」只是便於總括這種多首舞曲組成的形式，像此類結構之作品，正式名稱應為「序曲」。
巴赫的鍵盤協奏曲（BWV 1052-1065）皆在1730年代完成，結構也都採三樂章制。包含了為單臺大鍵琴（BWV 1052-1059）、兩臺大鍵琴（BWV 1060-1062）與三臺大鍵琴（BWV 1063-1064）的作品，BWV 1065 則是以韋瓦第Op.3/10的四把小提琴協奏曲，改編成的四臺大鍵琴協奏曲。這些協奏曲和韓德爾Op.4的管風琴協奏曲同屬最早一批的鍵盤樂器協奏曲。這些作品其實是從巴赫先前的器樂協奏曲（可能是在柯騰創作的）改編而來，但原版本未能全部保存；也由於其最初版本約與《布蘭登堡協奏曲》同時創作，常使人體會到巴赫對協奏曲形式的掌握和精熟。20世紀的音樂學家嘗試復原鍵盤協奏曲的原版本，復原成功者（作品編號後加上"R"）已收錄進「新巴赫全集」。巴赫還另寫有一首為大鍵琴、長笛和小提琴所作的三重協奏曲（BWV 1044），是以先前的鍵盤作品大幅改編並組合而來。
如同其管弦樂作品，巴赫的室內樂作品也多創作於器樂產出最豐富的柯騰時期。巴赫的「獨奏奏鳴曲」分為三大類：
#附數字低音作為伴奏（通常是大鍵琴或再加上古大提琴）。
#與完全記譜的大鍵琴一起演奏。
但巴赫卻很少寫作巴洛克時期流行的「三重奏鳴曲」。
巴赫本身也是名卓越的小提琴家，他的父親在去世前便啟蒙了巴赫小提琴的技巧，巴赫在就學階段也持續的練習，就業時期巴赫常是以小提琴手的身分指揮樂團，長期以來造就了他非凡的技藝，這樣的結果便表現在巴赫的弦樂器作品上。無伴奏小提琴奏鳴曲與組曲（BWV 1001-1006）是音樂史上最著名的小提琴作品之一，奏鳴曲遵照著慢－快－慢－快的教會奏鳴曲結構；組曲的形式上，除了第三號較為自由，前兩首一定程度遵守傳統的結構。這套作品的演奏一直被視為是高難度的，除了有多變的旋律線，也展現了高深的複調技巧。也因此其演奏語法已經超越小提琴的概念，使得小提琴從單純的旋律樂器，發展出兼具和聲、對位的功能，這是小提琴技法的一大進步。無伴奏大提琴組曲（BWV 1007-1012）也同樣以演奏詮釋的難度而聞名，其形式按嚴格的組曲架構，由四種不同節奏的舞曲按順序排列，速度呈現中－快－慢－快，巴赫還在其間插入了其他流行的舞曲，並在此結構前再加上一首節奏自由的前奏曲。
巴赫也有為其他樂器寫作組曲，包含長笛、大鍵琴與魯特琴。在無伴奏大提琴組曲的編號之後便是巴赫僅有的一首（BWV 1013），創作於柯騰後期，組曲用字同三首無伴奏小提琴組曲一樣是“Partita”。由於演奏語法的因素，此作被認為最初並非為長笛譜寫（可能是小提琴），也因此是一首富演奏難度的樂曲。BWV 995-1000 的作品則是為魯特琴或所寫（以下跳過部份改編作品），包括兩首魯特琴組曲（BWV 996, 997）與《前奏曲、賦格與快板》（BWV 998），皆有著巴赫常見的對位書法。
巴赫在柯騰還寫有（BWV 1014-1019），這套作品在奏鳴曲的發展上有重要的過渡意義，它銜接了附有數字低音的舊式小提琴奏鳴曲與近代的二重奏奏鳴曲。結構大致屬於四樂章的教會奏鳴曲；形式上是小提琴與完全記譜的大鍵琴一起演奏。在附數字低音的奏鳴曲中，大鍵琴自由發揮的演奏會破壞作曲家理想的複調效果（這體現在巴赫三重奏鳴曲的少產），因此巴赫在這套作品裡改用標準的記譜法來約束鍵盤手，強化大鍵琴在器樂合奏中的主體性及地位。從另一方面看，這套作品也是「三重奏鳴曲」形式合理化後的變體，巴赫賦予大鍵琴的左右手各一個獨立的聲部，加入小提琴後總共有三個聲部，數字低音則退化，也就是以更精簡的配器達到類似的效果。