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這些政策導致臺灣經濟發展嚴重扭曲，主要日用品價格飛漲、惡性通貨膨脹嚴重，經濟危機與社會危機浮現，生存條件比日治時期更為惡化。臺灣米糧短缺、價格暴漲並爆發米荒事件，食糖價格也因資源委員會將臺灣糖業公司白糖無償轉售暴漲，長官公署的緊急措施效果不彰。不當的經濟管制、濫印臺幣與抽稅政策，後果是百業蕭條、民生凋蔽，失業問題日趨嚴重，1946年底的失業人口估計有40萬人至50萬人（當時臺灣人口約600萬人）。隨著失業者面臨窘困生活，社會上的偷竊搶劫與街頭行乞日益增多，部分職業者亦無法領到工資。
1946年間，臺灣不斷爆發官員貪污案件，相關新聞報導在1月底至2月上旬便有6則；多位敢言的臺灣省參議員數次在臺灣省參議會質詢、揭露弊端。同年1月、4月和10月，監察院派遣閩臺區監察使楊亮功前往臺灣視察，提到社會不安及陳儀施政問題，但不被重視。同年7月，國防最高委員會指派劉文島組成中央清查團前往臺灣調查，指出貿易局局長于百溪和專賣局局長任維鈞貪污，但陳儀替兩人脫罪，最終獲得保釋而不被追究。對於官僚無能、貪污情況嚴重，陳儀並未加以整頓，反而有意呵護下屬迴避責任，也加深社會不安、及人民對政府的不滿。
民報》大篇幅報導員林事件。
在社會文化方面，相較於長期戰爭的中國，日本殖民統治下的臺灣除了早期抗日運動、及後期太平洋戰爭外，大抵處在和平時期。經過長達50年的日本統治，臺灣進入近代社會，經濟發展、生活水準等遠較中國社會進步，並形成集體意識。在日本人的隔離政策與現代化教育下，臺灣人具有近代國民和奉公守法的精神，認知和價值觀與中國人有明顯差距。雖然最初臺灣人熱烈歡迎中國接管，但是因為對中國政治制度與社會現狀均缺乏了解，對其期望過高，相處後才發現真正的「祖國」與心中幻想相差甚遠，在語言及文化上產生隔閡與不適應。
陳儀及中國國民黨與臺灣社會之間存在著明顯隔閡，外省籍政府官僚及人民對臺灣情況非常陌生。當時的臺灣已有相當程度的日本化，例如日本式地址與公文術語、漢語和日語並用的報紙等，初次抵達臺灣的外省人往往能感覺到日本東洋氣息。雖然旅居臺灣的外省人對於臺灣的進步存有同感，但對於剛結束中國抗日戰爭、不滿「日本鬼子」欺凌的外省人來說，對於這類東洋氣息相當不自在與反感，指責臺灣人受到日本奴化教育影響，強力要求清除並「中國化」。長官公署設有臺灣省編譯館推動臺灣文化重編計劃，並成立臺灣文化協進會等組織。
當時外省籍接收官僚經常以征服者、戰勝者的統治觀點，將臺灣人視為戰敗者，處處歧視、敵視、排斥與打壓臺灣的文化和價值觀，造成臺灣人與外省人之間的文化認知出現矛盾與衝突。相反地，臺灣社會開始流行「狗去豬來」的說法，將日本人稱做「狗」、外省人稱做「豬」，並懷念起日治時期；外省人對此則痛斥是「奴化」，因而形成循環。同時期，政府在短期內無法順利完成復員工作，日本人的遣返、在中國的臺灣人與臺籍日本兵返回臺灣均出現問題，同時復員返回臺灣的臺籍日本兵就職無路、一文莫名，因而對政府有所不滿。
在日治時期，臺灣社會治安良好，並持續至後來的政治真空時期；其後因為經濟蕭條、民生凋敝、流氓大赦案等，社會偷竊搶劫四起、騷亂事件不斷。負責公共安全的軍人與警察紀律敗壞、作威作福，且臺灣與中國文化隔閡甚大，雙方適應不良及衝突對立，發生布袋事件、新營事件、員林事件、反美示威遊行、迎諧事件等警民衝突，社會治安日益惡化。最終政策失當、政治歧視、文化差異及社會問題叢生，催化族群矛盾、本土意識抬頭，政府與人民間亦累積巨大矛盾，許多人因種種因素預感將出現危機，但是長官公署仍未有改善。
2005年，原先的天馬茶房建物拆除改建為華廈，建築外牆的「天馬茶房」字樣為當地文史工作者在此開設的咖啡館招牌。
二二八事件爆發的導火線源自查緝員、憲兵、警察單位查緝私菸處理失當。1947年2月27日上午10時，專賣局臺北分局接獲密報，指出淡水港有走私火柴、香菸等不法活動，派出傅學通、鍾延洲、趙子健、劉超群、盛鐵夫、葉得根等6名查緝員，會同警察大隊派遣的4名警察，前往淡水港追查走私，但僅查獲少許香菸、未有重大斬獲。下午6時許，查緝員們回到臺北市小春園用過晚餐，依照密報轉往太平町圓環一帶查緝私菸，附近私菸攤販見狀紛紛逃散，最後在延平北路、南京西路交會處的天馬茶房廊下查獲逃避不及的林江邁出售私菸。
查緝員欲當場將香菸與所得現款全數查扣沒收，林江邁表示一家三口生活困難，跪地哀求不要將香菸等東西全部帶走，至少發還一部分；路旁群眾也紛紛聚攏圍觀、幫忙求情，但是查緝員不同意請求。林江邁情急下纏抱查緝員葉得根不放，葉得根隨手以配備的手槍槍柄敲擊林江邁頭部，導致其出血受傷、昏迷在地。在場圍觀的行人見狀群情激憤，立即包圍查緝員；查緝員連忙拋棄貨車分頭逃竄，群眾緊追不捨。查緝員傅學通在永樂町遭到群眾抱住，情急下向群眾開槍示警，擊中在自宅圍觀狀況的民眾陳文溪胸部，隔日不治。
這項舉動引起現場群眾更加激憤，將查緝員們遺留下來的專賣局貨車、及其緝獲的走私香菸，拖到圓環搗毀、放火焚燒洩憤。憤怒的群眾繼而追至查緝員躲藏的永樂町派出所，其後轉往包圍警察總局，要求交出肇禍兇手並將其槍斃，當時曾有警察局官僚出面說明圓環緝菸事件的處理情形，但群眾仍然激憤不已、無法諒解。晚上9時多，在場群眾得知查緝員被送往臺北市憲兵第四團團部後，前往憲兵團請願；群眾紛紛聚集包圍憲兵隊、呼喊交出兇手，憲兵第四團團長張慕陶數次出面威脅、規勸，都遭到群眾怒罵。
部份群眾前往《臺灣新生報》報社要求刊登事件，主編吳金鍊出面說明立場，加以拒絕。由於群眾威脅燒毀報社，吳金鍊轉請社長李萬居出面，最後李萬居答應隔日刊載，報紙刊登百字左右的訊息。2月28日，由於群眾包圍警察局及憲兵團要求處理兇手未果，不滿的群眾在臺北市集結發起請願示威遊行、演說事件經過，通告罷市、罷課和罷工；許多商店相繼關門，街頭出現不安氣氛。上午9時，群眾遊行前往位於本町的專賣局臺北分局，途經太平町二丁目派出所時遭到警察出面制止，群眾憤而將其圍毆，並搗毀玻璃、物品等。
1947年2月28日，群眾聚集專賣局臺北分局門前，將專賣局所存的香菸、酒、火柴各種貨品拋到路上，連同停在一旁的腳踏車放火焚燒洩憤。
上午10時，群眾在專賣局臺北分局集結，進入裡面圍毆打死2名職員，並打傷4名職員；並將專賣局所存的火柴、香煙、酒、器具、汽車與腳踏車等物品，全部拋到道路上縱火焚毀。警察得知訊息趕到現場，但見到圍觀群眾眾多、群情激昂，只能睜眼旁觀、不敢處理。中午12時，群眾包圍南門町的專賣局總局要求懲罰兇手，但是因為憲兵和警察事先防備，僅打破專賣局玻璃洩憤。因為訴求未能達成，群眾轉往專賣局前後任局長任維鈞與陳鶴聲官邸，當時兩人皆未在家，家裡的物品遭到砸毀；專賣局總局左側的南門工廠部份機器亦被搗毀。
下午1時，群眾由臺北車站前往長官公署請願示威，剛抵達中山路路口、尚未到達長官公署廣場前，便遭到衛兵舉槍阻止前進。其後長官公署二樓的衛兵以機槍掃射驅散，當場造成至少2人死亡、數人受傷，其他請願群眾則四處躲避逃散。在發生長官公署衛兵開槍事件後，由於群眾的示威、抗議和遊行遭到政府武力鎮壓，局面更加複雜險惡。事件引爆群眾憤怒情緒，由請願懲罰兇手轉成反對長官公署的示威、且激化省籍衝突，臺北市街頭頓時出現暴力混亂，群眾分別佔領各交通要道、公共空間、飯店、商店等，紛亂益發不可收拾。
因為省籍怨恨，許多臺灣籍群眾將外省籍公務員、憲兵、警察視為主要攻擊對象，外省籍商人和群眾也在無法區別下遭到波及，在臺北府城南門、臺北新公園、臺北車站、本町、永樂町、太平町、萬華等地出現毆打事件，或是集中一地看管的情況。由外省人經營的公司也成為洩恨目標，正華大旅社、虎標永安堂、新臺公司等商店旅館遭到砸毀，汽車、貨車、貨物、商品等也遭到放火焚燒破壞。新竹縣縣長朱文伯、警備總司令部副官處處長王民寧皆差點遭受攻擊，不過許多臺灣人亦基於人道主義，在騷亂中集中保護或救助外省人。
憤怒的群眾還聚集佔領臺北新公園的臺灣廣播電臺，向全臺灣廣播，批判貪污舞弊、稻米外運、民不聊生等現象，呼籲群眾出面反抗。陳儀發布臺北市地區臨時戒嚴後，出動軍人、憲兵與警察開槍鎮壓，持續站崗巡邏，各地均有死傷。臺灣北部地區亦出現零星衝突，基隆市青年群眾進攻警察局、派出所、機構宿舍，毆打外省人和軍人，遭基隆要塞司令部、憲兵隊及警察鎮壓，直到軍方宣佈戒嚴才略為平靜；臺北縣亦發生衝突。另外在3月4日，半山人士蘇紹文奉命調派新竹防衛司令，進駐新竹地區實施戒嚴、頒發公告，其後無重大事件發生。
臺灣各縣市首長在事件期間與處理委員會、駐軍的互動。
隨著臺灣人紛紛發起各種抗爭行動，臺北市的衝突事件迅速蔓延各地，治安事件逐漸擴大為政治運動。各大都市皆發生騷動與衝突，憤怒的群眾攻擊、包圍或佔領地方政府或警察局抗爭，並毆打外省人；部分地區則要求保管警察局、派出所、軍營、兵工廠的武器物資以免開槍傷害群眾，並自行維持治安；但也有為了接收軍人和警察武器，發生武裝衝突或遭到鎮壓，死傷多人。由於國民政府治理臺灣的不當政策，大部分反抗行動與衝突是針對政治腐敗問題，不過各地反應不一，參與分子則有青年學生、退伍的臺籍日本兵、失業者、地方領袖、地痞流氓等。
3月1日，板橋鎮秩序失控，群眾衝入臺北縣政府毆打職員，淡水鎮、瑞芳鎮等地亦有外省人遭毆打。群眾襲擊士林鎮、新店鎮地區供應局倉庫，搶劫軍用武器、物資並放火，金瓜石的臺灣金銅鑛籌備處職員宿舍遭到搗毀。桃園鎮群眾接收新竹縣政府、驅趕警察局官員，並阻擋自高雄市調派至臺北市的軍隊；彰化市則有群眾在彰化車站毆打士兵。3月2日，從臺北市前往新竹市的青年學生呼籲參加起義，群眾開始毆打外省人、搗毀商店，並分頭包圍襲擊新竹市政府機構、臺灣新竹地方法院、派出所、公務員宿舍，經憲兵及駐軍出動鎮壓而潰散。
同日，彰化市群眾毆打警察、搗毀器物，要求彰化市市長王一鹿罷免警察局督察長沈寶通、保管槍械等。臺南縣群眾襲擊搗毀斗六鎮、虎尾鎮、東石鄉、北港鎮等地政府辦公室和警察局，焚毀物品、接收槍械及編組武裝部隊；臺南縣政府所在地新營鎮、新化鎮、曾文、北門、新豐等地先後發生衝突，臺南縣縣長袁國欽率領政府人員走避阿里山鄉。3月3日，臺南市群眾進入永樂町等派出所奪取槍械，青年學生接管派出所、第三監獄、海關倉庫、警察局等；彰化市群眾則控制彰化市政府機構。3月6日，臺南市中等以上學校學生在市區發起無武裝遊行。
臺灣東部地區及離島地區多是人心浮動、接收或代管警察局武器，並無重大衝突。3月3日，臺東縣群眾包圍田糧處倉庫、昌華公司米廠、縣長宿舍，臺東縣縣長謝真走避延平鄉紅葉村。3月4日，宜蘭區群眾收繳宜蘭機場空軍、蘇澳鎮軍需倉庫與警察局武器，集中保護外省人。花蓮市群眾要求軍人、憲兵和警察解除武裝，青年組織維持治安、收繳武器及分發糧食，花蓮縣政府人員見勢逃避。臺東縣群眾奪取憲兵、警察及臺東機場軍隊武器，佔領臺東縣政府及郵電機構。澎湖縣由於馬公要塞司令部軍隊固守，及要員居中協調，僅有少數騷亂事件。
1947年3月6日，二二八事件處理委員會發表《二二八事件處理委員會告全國同胞書》，呼籲不要排斥外省人。
3月1日，臺北市參議會邀集制憲國民大會代表、國民參政會參政員、臺灣省參議員，在中山堂組成「緝菸血案調查委員會」，推派黃朝琴、周延壽、王添燈、林忠等代表面見陳儀，提出組成「二二八事件處理委員會」等五項解決緝菸血案的請求，陳儀同意並發表廣播談話。3月2日，處理委員會在中山堂召開籌備會議，周一鶚、胡福相、任顯群、游彌堅等5位官員出席。會議聽取張晴川報告交涉情形，決定納入商會、工會、學生、群眾、臺灣省政治建設協會五方代表，其後主席周延壽擴大納入臺灣各縣市參議員、制憲國民大會代表等人參與。
3月3日，改組過後的處理委員會在中山堂召開首次會議，商定軍隊撤回軍營、學生青年組織治安服務隊、推派代表協商討論，並在特務潛入下成立忠義服務隊。3月4日，處理委員會在中山堂開會，長官公署代表不再參加。會議決議擴大組織，通知17個縣市組織地方的處理委員會，但各地分會成立時間與參與情形不一；推派代表會見警備總司令部參謀長柯遠芬，要求禁止武裝部隊在街頭向群眾開槍。由於長官公署應對無方，處理委員會向外廣播事件經過，表示只是爭取政治改革，讓原本單純的懲兇請願事件轉為政治改革運動。
3月5日，處理委員會正式通過《二二八事件處理委員會組織大綱》、草擬政治綱領，提出八項政治改革方案。至此發展成推動政治改革運動的團體，各地相繼成立分會，提出事件處置對策、整合民間意見、訴求政治改革。不過處理委員會僅共同要求政府改革與高度自治、陳儀撤職查辦，並無反叛中央政府的意思，各地處理委員會也呼籲群眾不可胡亂毆打外省人，各地秩序逐漸恢復。3月6日，處理委員會召開會議，由王添燈主持，選出林獻堂、陳逸松、李萬居、連震東、林連宗、黃國書、黃朝琴等17位民意代表為常務委員，同時發表《二二八事件處理委員會告全國同胞書》。
不過處理委員會內部成員立場分歧、意見紛紜、令出多門，出現以蔣渭川為主的政治建設協會，與王添燈、陳逸松間的派系爭權。由於無法提出統一的要求、各地無統一遵循的行政綱領，處理委員會未能充分發揮安定政局的功能。3月7日，處理委員會在中山堂開會，認為事件根本為腐敗政治，政府應負全部責任。王添燈具體化政治改革綱領，草擬提出《三十二條處理大綱》，包括對目前的處理7條、根本處理25條（軍事方面5條、政治方面20條），要求政治改革、高度自治。但因會議秩序混亂，另外附議追加10項要求，但追加條文有雷同或相似處。
在二二八事件中，除了處理委員會的「議會路線」外，臺灣中部和南部地區分別成立武裝部隊並爆發衝突，特別是嘉義地區的衝突最為激烈。3月2日，臺中座召開市民大會，前臺灣共產黨領袖謝雪紅被推選為市民大會主席，旗下臺灣人民協會積極參與遊行示威。隨後謝雪紅成立臺中地區治安委員會作戰本部，許多青年學生組成武裝隊伍爭取自治，與軍人和警察發生衝突。同日，一批臺中市南下的青年在嘉義市中央噴水池旁呼籲響應抗爭行動，嘉義市群眾、青年學生動員編制隊伍，襲擊嘉義市市長孫志俊公館、毆打外省人，接收警察局、嘉義市政府機關。
3月3日，謝雪紅利用示威群眾自發組織的人民大隊，全面接管臺中市警察局、專賣局臺中分局等重要政府機構，臺中市市長黃克立、專賣局臺中分局長趙誠等皆被拘捕，200餘名外省籍公務員及眷屬被集中看管。同日，三民主義青年團嘉義分團與嘉義市參議會舉辦群眾大會，成立嘉義三二處理委員會、組織嘉義防衛司令部，其後群眾隊伍攻擊紅毛埤第十九軍械庫、控制嘉義廣播電臺。3月4日，嘉義市武裝部隊攻擊軍隊及政府官員聚集的山仔頂臺灣省立嘉義中學，而屯駐紅毛埤的羅迪光軍隊進入市區鎮壓，自山仔頂向市區砲擊，群眾死傷不少。
其後嘉義市當地的學生幾乎大動員，不少社會人士支持抗爭行動，但參加者大半是烏合之眾。3月5日，嘉義民兵與臺中市、竹山鎮、斗六鎮、新營鎮、鹽水港等地青年學生支援的武裝部隊，向紅毛埤軍械庫、嘉義機場的守軍發動總攻擊，佔領水源地與發電廠，切斷通往機場的水電。嘉義機場的守軍派出代表談判，但在獲得臺北市飛機空投補給後立刻反擊，民兵在附近大量傷亡，陷入苦戰。其後軍隊暫停攻擊，與民軍互相對峙僵持5天。同時期，吳鳳鄉鄉長高一生在湯守仁、林立等勸告下，出動阿里山鄒族青年支援民軍，軍隊退至紅毛埤。
3月6日，嘉義機場的守軍與地方處理委員會談判，主要為軍隊繳械、民間提供糧食。同日，陳篡地的民軍攻擊虎尾空軍基地的駐軍，雙方激烈衝突，其後駐軍因糧食不足逃入林內。3月7日，民軍攻下紅毛埤軍械庫，守軍在撤退前放火焚燒庫房物資，轉往嘉義機場固守待援。當時除了800多名外省籍公務員被拘於嘉義市，其餘200人困守機場。不同於臺中市紳士階級透過議會爭取自治，臺中市民主保衛隊和各校青年學生在干城營區組織二七部隊，鍾逸人、蔡鐵城分別擔任隊長、參謀長，希望以武裝力量爭取民主政治。
1947年3月6日，高雄要塞司令司令彭孟緝下令鎮壓高雄市政府禮堂。
3月1日，高雄市地方要員已經獲知臺北市的訊息，高雄市市長黃仲圖、高雄要塞司令彭孟緝分別準備。3月2日，鹽埕埔群眾圍攻警察局、一〇五後方醫院、憲兵隊、左營、田町倉庫等地，高雄市700餘名外省籍公務員退避至壽山的高雄要塞司令部避難。當時屯駐高雄市的兵力頗多，彭孟緝更認為此舉形同叛亂，是陰謀分子和共產黨在幕後計劃，反對談判、待機出兵鎮壓。3月4日，高雄縣鳳山鎮、岡山鎮等地發生騷動，群眾包圍警所、進攻要塞，遭到軍隊擊退。屏東市群眾佔領市府及警察局、毆打外省人，脅迫屏東市市長龔履端封存武器。
以臺灣省立高雄第一中學為主的青年學生組成雄中自衛隊，與佔領高雄車站的憲兵隊激烈衝突，死傷多人；其後學生彈盡援絕，突圍避入附近三塊厝民房。3月5日，部分青年學生發起攻擊高雄要塞司令部，彭孟緝要求群眾繳械投降，以機槍掃射鼓山地區、迫擊砲砲擊體育場威脅。下午，高雄市市長黃仲圖、高雄市參議會議長彭清靠、涂光明、范滄榕、曾豐明等人持和平條件前往壽山，要求與彭孟緝談判；彭孟緝因軍事行動準備不足，採取拖延策略，以考慮所提條件為由，假意表示隔日再來協商談判。同日，屏東市群眾攻擊憲兵隊，脅迫屯駐的空軍軍隊繳械。
3月6日上午，處理委員會在高雄市政府禮堂召開會議，再度推派代表與彭孟緝交涉，希望禁止軍隊射擊或威脅群眾、暫留軍營。黃仲圖、彭清靠、涂光明、范滄榕、曾豐明、李佛續等談判代表再次前往壽山，提出和平條件；但是彭孟緝以涂光明拔槍刺殺為藉口，槍斃涂光明、范滄榕、曾豐明等3人，逮捕4名和談代表，只準黃仲圖返回。下午，黃仲圖尚未回到處理委員會，彭孟緝斷然採取軍事鎮壓，下令高雄要塞司令部所屬武裝部隊、國民革命軍陸軍整編第二十一師何軍章團，兵分三路進攻高雄車站、高雄第一中學、高雄市政府及憲兵隊，並在市區大肆屠殺群眾。
當武裝部隊抵達高雄車站時，遭到學生開槍阻擋，但後者因火力懸殊敗退。軍隊開槍掃射鐵路車站出入人群，附近群眾見狀逃散，躲避不及者直接遭到射殺；軍隊還進入高雄第一中學追擊逃散群眾。當時處理委員會與群眾正在高雄市政府禮堂等待上山談判的訊息，武裝部隊無預警投擲手榴彈及機槍掃射，造成律師陳金能、高雄市參議員許秋粽、黃賜等人喪生。3月7日，武裝部隊在高雄市市區逐戶搜查、搶劫民戶，甚至強暴婦女；軍隊無差別掃射造成大量無辜群眾傷亡，使得高雄市成為二二八事件受害最為嚴重的地區之一。
1947年3月2日，陳儀向南京市的中央政府請兵，要求國防部參謀總長陳誠盡速調派素質優良的一旅步兵前往臺灣。
陳儀、柯遠芬、彭孟緝、李翼中等執掌臺灣軍政大權的幹部，未了解當時臺灣社會的情況，群眾對政治改革、改善經濟的迫切期待，反而認定事件的起因是「奸黨亂徒」策動，勾結歸來的浪人流氓、臺籍日本兵，並利用日本御用士紳藉端生事，故對於處理委員會或群眾的要求均視為無理取鬧或別有用心，並主張採取鎮壓的手段。2月28日，陳儀已經向蔣中正報告臺灣有「奸匪勾結流氓」製造混亂，並將權宜處置；但是當各地衝突逐漸蔓延後，陳儀一來鑿於軍警兵力不足以掌控局勢，二來為了維護其權位，遂採取安撫和分化的「兩面手法」。
陳儀一方面採取表面讓步妥協的安撫姿態，答應官民共組處理委員會、協調解決事件衝突，並廣播呼籲臺灣群眾不要走上街頭，對群眾的政治改革要求虛與委蛇、拖延誆騙；另一方面運用分化、滲透策略，分派軍事情報人員混入各地處理委員會，由情報機構、臥底線人、黑道、激進分子、相關利益人士等在旁監視、介入操縱，並利用蔣渭川製造內部矛盾。同時，陳儀向國民政府呈報不實報告、誇大事情的嚴重性，請調軍隊前往臺灣鎮壓，並向群眾欺瞞請兵一事。3月2日，陳儀便向蔣中正報告臺灣「情勢嚴重」，要求國防部參謀本部參謀總長陳誠迅速加派重兵平亂。
在與處理委員會周旋、假意接受要求時，陳儀通令各機構幹部因應變化「鎮靜處置」，積極進行各種軍事整備與人員部署。其後國民政府認定這次事件是「叛國」舉動，同意派兵前往臺灣鎮壓。3月6日，陳儀向蔣中正指稱臺灣群眾「想要離開中國獨立」，而駐紮臺灣的兵力不足，要求加派軍隊「消滅叛亂」。但是對於節節升高的政治改革訴求，陳儀仍廣播表示接受，並致函賦予處理委員會官方地位。3月7日，陳儀再次向中央政府要求加派軍隊鎮壓。同日，處理委員會通過《三十二條處理大綱》及要求，由黃朝琴、王添燈等人前往長官公署面呈陳儀。
但在確定中央政府決定派遣軍隊、並於3月8日登陸基隆市後，陳儀斷然拒絕處理委員會訴求，並以此羅織臺灣人「公然背叛中國」、「追求獨立」等罪狀做為鎮壓藉口，並推卸責任。其後王添燈前往臺北廣播電臺廣播，對外說明事件原因和經過、宣讀《三十二條處理大綱》內容、及遭到陳儀拒絕的情況。3月8日，處理委員會意識到危機後，發表推翻四十二條成案的聲明。中午12時，當軍隊即將登陸時，張慕陶前往中山堂與處理委員會談話，謊稱只要不牽涉軍隊議題，中央政府絕對不會對臺灣採取任何軍事行動。
臺北市獲得控制。
早在3月7日，陳儀下令準備各項配合援軍的工作，集合所有武裝部隊待命、保持臺北市和基隆市交通與發電廠安全，並監視處理委員會的活動。3月8日，國民政府從福建省增援的憲兵第四團第二營，搭乘海平輪登陸基隆市鎮壓，憲兵肅清街頭、密集掃射、搜查戶口，其後往南進軍臺北市。晚間，長官公署下令軍隊和警察清剿處理委員會的開會地點中山堂，各部門參與者遭到逮捕、或開槍反擊，場面混亂。其後楊亮功搭乘的運兵卡車前往臺北市時遭受伏擊，圓山陸軍倉庫前則有數百名青年學生遭擊斃，警備總司令部、臺灣銀行等臺北市主要地區亦受到掃射。
3月9日，憲兵第二十一團第一營自基隆市抵達臺北市，陳儀立即宣布臺北市、基隆市開始戒嚴，自此進入恐怖捕殺時期。雖然最初有零星攻擊事件，因為援軍不斷進駐臺北市壓制，鎮壓行動未遭遇強烈反抗便控制住局面。隨著整編第二十一師軍隊連續數天從基隆市或高雄市登陸，政府在各地展開武力鎮壓、肅清、報復行動。3月10日，陳儀宣布全臺灣戒嚴、展開「綏靖」工作，下令解散處理委員會及各地分會等「非法組織」，並四處逮捕、暗殺處理委員會有關人士或地方紳士階級。新竹地區亦進行綏靖工作，在員樹林、虎子山發生小規模武裝衝突。
雖然蔣中正命令不得採取報復行動，但是陳儀身為最高軍事政府長官，未有效約束軍隊和警察依法執行綏靖任務。由於臺灣人過去並沒有戒嚴經驗，臺北市各地仍然有群眾在綏靖期間上學、上班、工作或購買糧食，因為聽不懂士兵口令或語言警告，便遭到軍隊開槍射殺或流彈波及，到處都是屍體。基隆要塞司令部奉命在基隆市地區展開綏靖工作，派兵增援屯駐金包里的軍隊，整編第二十一師四三八團第二營從旁協助。基隆要塞司令史宏熹在基隆市市區、金山鄉、社寮島等地展開掃蕩與逮捕，以致港灣佈滿遭捕殺投海的浮屍，屠殺情形僅次於高雄市。
在各綏靖分區警備部隊及警察執行武力掃蕩時，施行不少毆打、拘捕、報復等違反風紀行為，導致無辜群眾傷亡、任意逮捕、未經審判就地槍斃等情事發生，甚至不少辜群眾只因鎮壓掃蕩時肆行掃射而無故冤殺。3月11日，史國華下令軍隊包圍八堵車站，槍斃車站鐵路員工報復。3月12日，基隆要塞司部派兵前往瑞芳鎮、四腳亭、九份、金瓜石一帶鎮壓，並搜查淡水中學。3月15日，宜蘭區、蘇澳鎮劃歸基隆綏靖區，重新部署兵力。3月24日，新竹地區展開第二階段綏靖工作，進行更嚴密的搜查武器、「掃除叛徒」及清查戶口行動。
1947年3月25日，著名畫家、嘉義市參議員陳澄波在嘉義車站遭到槍殺，家屬將其屍體運回後拍攝遺照。
由於長官公署已有周詳的計劃和部署，及各地騷亂未如報告般嚴重，武力掃蕩的行動遠較預期迅速。許多市鎮因為處理委員會的斡旋調解趨於平靜，中部和南部一帶的抗爭是臨時組成、未經訓練且勢力分散的武力，無法對抗裝備精良的正規軍隊，因此陸續南進其他縣市的軍隊遭遇的戰鬥規模不大，且有許多市鎮精英、青年、學生、群眾遭逮捕殺害。3月8日，嘉義機場的守軍因為嘉義民兵圍困有糧食匱乏的情形，但因臺北市飛機空運糧食彈藥、民間補給及武裝部隊增援，局勢逐漸改變。同日，整編第二十一師武裝部隊進駐屏東市，憲兵和警察開始拘捕人犯。
3月9日，半山人士劉傳能遊說處理委員會撤出嘉義機場外的包圍，守在機場外的民兵撤守，但後來數名試圖與軍隊議和的談判代表，在嘉義車站前遭到公開槍斃；同時軍隊還在嘉義市劉厝掃蕩，多名群眾死亡。同日，高雄要塞司令部總臺長彭啟超率領軍隊肅清左營高雄煉油廠，濫肆拘捕、搜刮物資、槍殺員工。3月12日，在鎮壓消息傳開後，為了避免城鎮戰傷及無辜群眾，臺中市的二七部隊退入埔里鎮。3月13日，整編第二十一師武裝部隊進駐臺中市，並在市區展開鎮壓；其後由空軍第三飛機製造廠協助運送軍隊，援軍持續進入中部和南部地區。
3月14日，軍隊陸續進入雲嘉南地區，隨即展開綏靖工作。嘉義市軍隊在斗六鎮太平老街鎮壓，陳篡地率領的民軍寡不敵眾，轉入附近的小梅、樟湖山區，進行長期游擊戰。同日，軍隊進逼龜子頭地方，遭到二七部隊中途截擊。3月15日，軍隊從集集鎮經由日月潭進入埔里鎮，與二七部隊發生槍戰，互有傷亡。3月16日，二七部隊在埔里鎮烏牛欄橋一帶，與前往掃蕩的軍隊發生激戰，並藉由地利之便予以重創。但是由於彈藥不足、軍隊兩路進逼、及士氣浮動，二七部隊決定解散，隊員們各自回家避難，或南下繼續參加陳篡地的游擊隊。
3月17日，整編第二十一師獲知二七部隊解散消息，進駐埔里鎮。其後軍隊與陳篡地的游擊隊發生數次激戰，游擊隊雖遭重擊，但因為山區地形複雜而未被徹底消滅，游擊隊直至清鄉結束仍在小梅、樟湖等地活動。3月18日，整編第二十一師獨立團與第二營分別由鳳山鎮、宜蘭區兩地開進臺東縣會合，於花蓮縣成立東部綏靖區司令部。3月20日，澎湖縣被劃為馬公綏靖區，由馬公要塞司令史文桂主持各項綏靖工作，地方軍人和警察防止臺灣要犯潛逃澎湖群島，亦加強監控、搜捕「嫌疑份子」。
1947年3月11日，陳儀向蔣中正提交第一批叛亂名單，包括後來遭到密裁的臺灣媒體、政治及司法改革領袖。
在援軍抵達臺灣之後，政府、軍隊、憲兵、警察成立聯席會報，調查進步人士並製造黑名單；政府認定這次事件是叛國行為，將參加談判或抗爭的組織者一同列入有罪的「叛亂首要人犯」，有計劃地全面逮捕、秘密殺害。例如在3月11日，隨著臺灣公共安全交由憲兵負責，憲兵及所屬的特高組、林頂立等人組成的臺灣省警備總司令部別働隊、警備總司令部第二處等特務機關，在事件期間多次逮捕、密裁、暗殺、未審判處決首要分子，並互相爭奪捕殺的功勞。陳儀還命令憲兵特高組秘密逮捕制憲國民大會代表林連宗等人，擴大事件追究的打擊面，引起臺灣民眾的驚恐與怨恨。
在軍隊登陸後的武力鎮壓、屠殺與清鄉行動中，參與各地處理委員會的委員、及對政府表示不滿者，大多遭到逮捕或處刑。除了捕殺直接參與的反抗份子外，許多未參與事件的臺灣社會精英，包括民意代表、律師、醫師、法官、檢察官、大學教授、教師、作家、工商領袖、媒體工作者、學生、社會大眾等，在同一時段遭到逮捕殺害。其中有的一去不返，下落不明；有的當眾公然槍斃，屍首示眾；有的不知何處槍斃，屍骨無存；有的財產被奪，至今仍未歸還。臺灣北部精英多遭逮捕暗殺或失蹤，南部精英則多被槍斃示眾，被捕坐牢者亦人數眾多。
政府有計劃地逮捕肅清知識精英，包括國立臺灣大學教授林茂生、大公企業創辦人陳炘、臺灣省參議員王添燈、基隆市參議會副議長楊元丁、長官公署教育處副處長宋斐如、臺灣高等法院推事吳鴻麒、臺北市律師公會會長李瑞漢、律師李瑞峰、醫學博士施江南、《臺灣新生報》總經理阮朝日、《臺灣新生報》編輯吳金鍊、臺北市參議員黃朝生、徐春卿、李仁貴、陳屋、前檢察官王育霖、臺灣省參議員林連宗、抗日運動人士廖進平、淡江中學校長陳能通、臺灣省立宜蘭醫院院長郭章垣、三民主義青年團嘉義分團主任陳復志、嘉義市參議員陳澄波、潘木枝、盧鈵欽、柯麟、花蓮縣參議會議長張七郎等。
然而調查研究顯示，涉案的認定與執行存在著不少弊端，絕大部分受難的臺灣人或是批評政府，或是訴求改革臺灣政治，或是提出「臺人治臺」等要求，但都並沒有反叛政府的「叛國」意圖與行為，卻在事件中遭到軍人和警察以「意圖顛覆政府」的罪名鎮壓處死。絕大部分臺灣知識精英與地方領袖並沒有參與任何暴動，甚至許多人在騷亂中勸告其他人不要妄動、保護外省人、出面調解，但仍在肅清行動中遭到逮捕陷害。在他們之中，多數受難者幾乎未經過公開審判的程序，部分是被秘密逮捕或處決，死因不明且屍首不存。
1947年3月20日，陳儀發布《為實施清鄉告群眾書》。
3月14日，臺灣經歷大逮捕與肅清獲得控制後，警備總司令部展開「肅奸」工作。3月20日，陳儀發布《為實施清鄉告民眾書》。警備總司令部與整編第二十一師將臺灣分為臺北、基隆、新竹、中部、東部、南部、馬公7個綏靖區，以該區最高軍事單位主管為司令，展開「清鄉」工作。清鄉主要目的是調查與拘捕事件相關案犯、恢復學校及社會秩序、收繳武器軍品、全面清查戶口、辦理自新自首、取得切結、情報部署等，並以親友連坐法威脅群眾；計劃先鞏固基隆市、臺北市、新竹市防務，在控制臺北市及週遭據點後，繼續分兵向南推進，均如期完成。
在清鄉的過程中，各地不斷有人被逮捕、槍斃，且多未經公開審判。在肅清期間，政府主觀認定「惡人」標準，不少地方傳出告密者與構陷者。部分出於恐懼，害怕遭受到連坐法牽連而告密者。亦有不少人是因個人恩怨或派系糾葛，遭人藉機恐嚇勒索、公報私仇、挾怨報復或進行政治鬥爭，被密函陷害、羅織入罪而喪生的情事。軍人、憲兵、情報機構與政府未詳加查證，即採信片面之詞貿然逮捕嫌犯訊治，因而造成不少冤獄。有被捕或已定罪者為了逃生，經請託賄賂、或特殊管道關說而得以無事，但亦有些人散盡家財仍然喪生。
各地不法軍人和警察人員利用職權乘機勒索敲詐、順手掠奪私人財物、假公濟私、殺人構陷等行為層出不窮，造成民怨。3月29日，長官公署公告《參加暴動份子非主謀者準自新辦法》，除了首謀暴動分子必須嚴處外，不再以共產黨分子為指標，而在自首之外發明涵蓋「盲從附和或被迫參加」群眾的「自新」概念。自新要求民眾往後謹言慎行，再犯將採重罰並與五戶連保保證人連坐，其案例寬放或嚴處都由政府決定，而列冊在案亦產生震懾威嚇的效果。另外家中保留日軍遺留品的群眾害怕引禍上身，因而將與軍器無直接關係的物品都繳交給軍方。
在這期間，許多人過著躲藏的逃亡生活、其後才得以自首或自新，或是因而妻離子散、家破人亡。到了4月，國防部保密局提出了《二二八事變叛逆名冊》，將全臺灣分為臺北、新竹、臺中、臺南、 高雄、屏東、花蓮等各區，羅列逾千名「叛逆」之名單，有關這些人的姓名、性別、年齡、籍貫、原職、擔任「逆職」、罪行、住址等詳細資料。10月25日，警備總司令部撰寫《本省二二八事變案犯處理經過》，稱各地群眾依政府自新辦法辦理自新，報經前警備總司令部及全省警備司令部核準者計有3,905名。
國防部部長白崇禧前往臺中市宣慰。
政府為疏緩因軍事鎮壓引起的恐慌與不滿，及長官公署體制的不當，乃積極進行調查、宣慰與長官公署的改制。3月8日，楊亮功奉派查辦事件，隨即前往長官公署、軍人和警察機關、各間學校、及各縣市視察。3月17日，國防部部長白崇禧偕同陸軍總司令部副參謀長冷欣、三民主義青年團中央團部第二處處長蔣經國等人，代表政府前往臺灣宣慰，最初受到各方期待。白崇禧抵達臺灣後，對臺灣群眾廣播，宣示政府的「寬大」政策及基本處理原則，希望尊重法紀、迅速恢復社會秩序；他還視察政府機關單位，前往各地座談聽取意見。
期間，白崇禧要求軍人和警察人員不得挾怨報復、嫌疑人犯應秉公速審、參加「暴動」青年學生免究等原則，使傷亡人數減少。白崇禧還下令往後逮捕人犯應由警備總司令部執行，然憲兵隊無視命令繼續捕人行動。白崇禧還指出柯遠芬濫用職權以致人心惶惶，但儘管曾建議將其撤職處分，後來白崇禧仍向陳儀立場靠攏，並建議獎賞彭孟緝、史宏熹。3月22日，監察院派遣監察委員何漢文前往臺灣，協助楊亮功進行調查；楊亮功、何漢文曾與白崇禧交換處理意見，雙方意見大致相似。4月2日，白崇禧結束宣慰行程，返回南京市。
4月11日，楊亮功經上海市返回南京市，向監察院院長于右任報告二二八事件，就政治、經濟、教育、善後處理四方面撰寫報告書，並會見蔣中正面陳事件經過。國民政府將事件原因渲染成是共產黨分子策劃，御用仕紳、野心分子、臺籍日本兵、中國遣回浪人和流氓等勢力趁機煽動，是臺灣人要「當家做主」、「脫離中國」的「暴動叛亂」；其中臺灣人受到日本殖民統治的「奴化」教育影響，逐漸「日本化」、抗拒接收、排斥中國，並訴諸臺灣獨立或臺人治臺的「偏狹概念」。在宣告結案後，政府還積極構建宣傳「政府版真相」，並在戒嚴期間掩蔽史實、醜化謝雪紅等人。
政府高層與政府出版品還誇大不實虛構的外省人死傷人數，以強調臺灣人的「殘忍狂暴」，作為政府報復鎮壓的藉口。不過中國國民黨內部也有相當的反省聲音，認為中國國民黨應該要承擔責任，並將陳儀撤職查辦。例如監察委員丘念臺和何漢文、閩臺清查團代表劉文島和半山人士黃朝琴等，在當時關於臺灣的報告中否定事件原因是共產黨或臺灣獨立，而是政府弊政造成騷亂，所以需要政治改革、不應派兵、且應派大員安撫慰問。曾與左營在地紳士階級餐敘交流的代理海軍總司令桂永清，也是當時少數能反映臺灣人意見、朝向自我檢討的軍事人員。
1947年5月15日，新任臺灣省政府主席魏道明（左三）抵達臺灣，其身邊為葛敬恩（左四）。
3月8日，蔣中正囑託中國國民黨中央執行委員會組織部部長陳立夫與臺灣省黨部主任委員李翼中擬定《臺灣二二八事件處理辦法要點》。3月10日，白崇禧、陳立夫、李翼中等人將處理辦法簽報給蔣中正。3月17日，蔣中正對臺灣群眾廣播處理辦法，呼籲確保守法精神、恢復社會秩序等。陳儀承認這是「一次失敗」，但不承認政策有誤、並自認「鎮壓有功」，策動聯名擁護其接任改組後的臺灣省政府主席。3月22日，中國國民黨第六屆中央執行委員會第三次全體會議，通過劉文島等55人提出的臨時動議，決定將陳儀撤職查辦，但蔣中正運用總裁特權撤銷此議。
其後國民政府著手進行長官公署的改制，各政治派系在中國國民黨內爭奪權位。4月22日，行政院會議決議撤銷長官公署，改設臺灣省政府。同時撤換陳儀，改派曾任駐美國大使的立法院副院長魏道明為首任臺灣省政府主席。4月29日，行政院核定通過臺灣省政府委員、各廳廳長、各處處長人選，其中臺灣籍人士佔12名，剛好過半數。5月6日，在各方指責下，蔣中正袒護的陳儀調任國民政府顧問。5月15日，臺灣省政府正式成立，魏道明出任主席。5月16日，臺灣省政府解除戒嚴、結束清鄉工作，並因軍隊在鎮壓期間屠殺群眾，電飭地方政府查禁不法情事。
儘管蔣中正曾命令禁止軍政人員施行報復，但鎮壓情況顯然違法濫權；丘念臺、蔡培火等人曾建議依法嚴懲失職者以平民怨，但蔣中正未能接納。在蔣中正袒護下，陳儀、柯遠芬、張慕陶、彭孟緝、史宏熹等首長未因濫捕、濫殺、報復而受到懲處，反而獲得嘉獎與擢升。1948年6月，由於蔣中正的信任與愛護，陳儀被拔擢為浙江省政府主席。高雄要塞司令彭孟緝更是受到蔣中正贈勳頒獎和重用，被拔擢為臺灣省警備總司令，為臺灣最高軍事首長；但這造成民間深刻的恐懼與不安，並因其濫殺無辜在民間得到「高雄屠夫」的惡名。
後來的臺灣省政府主席陳誠奠定中華民國政府的統治基礎，並確立威權體制與對自由民主的壓制。不過政府在二二八事件中出兵鎮壓、濫捕屠殺，使許多臺灣人的思想與立場轉變，採取長期反抗政府的立場，並積極在戒嚴高壓下主動投入傾向共產黨或臺灣獨立的反政府行動，因而遭到逮捕、羈押甚至槍斃。儘管中國共產黨臺灣省工作委員會在二二八事件的角色有限，但隨後的民怨與失望，使其積極吸收二二八事件參與者、或藉此吸收黨員，加速地下黨在臺灣的組織發展，許多人更參與地下黨主導的北部學生運動等相關行動。
1947年3月，國民革命軍陸軍整編第二十一師士兵進駐臺南市。
二二八事件主要是軍隊與憲兵加害人民造成的。在駐軍調往中國後，臺灣與澎湖群島兵力至少15,000人至20,000人，包括憲兵第四團、基隆要塞司令部、高雄要塞司令部、馬公要塞司令部等。當時擔任警備總司令部參謀長的柯遠芬是僅次於陳儀的第二號人物，認為幕後必定有共產黨在煽動，而提出高度自治、獨立、託管等主張是意欲顛覆政府。柯遠芬以陰謀論認定處理委員會的活動，派遣人員滲透、分化，並在事件擴大後予以嚴懲。憲兵第四團團長張慕陶利用紳士階級，勸請蔣渭川出面安撫群眾、斡旋糾紛，藉此分化處理委員會內部意見。
在事件初期，臺灣採地方司令指揮軍人、憲兵和警察負責治安的軍事狀態。3月4日，經過基隆地區、新竹地區、南部地區的軍事部署，臺灣提升為防衛司令備應急變戰事。在衝突爆發後，在陳儀指揮下，政府展開一連串鎮壓與肅清行動；在高雄要塞司令彭孟緝於3月6日全面鎮壓後，基隆市、臺北市等北部地區也在3月8日展開鎮壓，並發布戒嚴令。在國民政府派遣的整編第二十一師分別登陸基隆港和高雄港後，主要任務是以強勢武力掃蕩桃園鎮至嘉義市的反抗勢力，及後來採取連坐法的綏靖清鄉，師長劉雨卿任由所屬武裝部隊在各地槍殺群眾。
而在援軍抵達後，警備總司令部主導捕殺臺灣精英與群眾的行動，並利用機會敲詐勒索，例如林本源家族的林宗賢便因賄賂得以倖存。張慕陶屬下的憲兵隊在戒嚴期間亦積極參與逮捕群眾的行動，狂拘濫捕造成不少弊端。海軍第三基地司令黃緒虞誇大危情、請求海軍總司令部派遣軍艦增防，並將臺灣籍海軍軍人集中管制。經蔣中正下令，海軍總司令部調派太康艦、、中海艦、美頌艦、美樂艦等船艦增防，原先的中程艦、中權艦則在左營港、基隆港、馬公港三地巡航。3月19日，伏波艦在烏坵鄉被輪船招商局的海閩輪撞沉，100多名官兵喪生。
整個綏靖計劃在中部和南部地區曾遭遇民間短暫的武裝反抗，如二七部隊、嘉義民兵和雲林民兵發動的戰役，其他各地幾無戰鬥便如期完成。但中華民國建國後戰亂不已，且中國抗日戰爭影響軍隊教育甚大，導致軍政制度和風紀未能嚴整清明，鎮壓與綏靖過程充滿違法濫權、空白授權與無法狀態，並有大量弊端產生。雖然蔣中正一再言申紀律、禁止施加報復，部分駐軍指揮官也力予矯正，但未能有效防範和控制不法弊端發生，軍紀未臻於理想，造成許多無辜性命喪生；其中最常見的有公報私仇，有因小糾紛遭到殺害，也有為奪取、勒索財物而殺人。
國防部保密局情報透露王添燈已經遭到密裁，而陳復志亦已經槍斃。
戰後初期，國民政府認定的情報機構有軍事統計局改組而來的國防部保密局、中央統計局、及憲兵司令部，在臺灣各地部署調查員與線人，監視群眾動向、傳遞情報。軍事統計局最早來到臺灣，由警備總司令部調查室掩護，在臺灣的網絡密布，蒐集情報通訊的深度與廣度較深；後來縮編為國防部保密局臺灣站，林頂立擔任站長。中央統計局所屬的中國國民黨臺灣省黨部調查室欠缺偵緝職權，須結合當地憲兵勢力偕同工作。憲兵司令部憲兵第四團的情蒐體系與行動能力兼備，所屬特高組原本就被賦予執行特殊任務職權。
3月3日，柯遠芬召集陳達元、張慕陶、林頂立等臺灣情報機構負責人，要求偵查幕後策動分子、掌握動態，以備將來「平亂」之用。在事件中，保密局滲透各地處理委員會、青年團與自衛隊、《臺灣新生報》報社、中部自治青年同盟本部等。保密局指揮許德輝組成忠義服務隊，表面號召青年學生維持社會治安與交通，實則編列流氓製造混亂擴大事端，後來更成為逮捕臺灣人民的工具，並在事後反而歸罪學生。臺灣省黨部調查室同樣試圖分化閩客、吸收流氓人士、滲透處理委員會、提供名單協助搜捕行動，並以清鄉「肅奸」為名進行報復鬥爭。
軍人、警察和線人還反間策劃製造紛爭、加工武裝騷亂、設置陷阱誘殺，如圓山附近「暴民」攻擊海軍辦事處等機關，楊亮功遭遇狙擊事件，以成為軍隊鎮壓的理由。各系統情報機構人員分別密電中央政府，捏造、喧染和誤導情勢嚴重程度，凸顯陳儀完全失去掌握能力打擊其威信，並推卸無法協助維持局勢穩定的責任，及請求援兵武力鎮壓的理由。情報機構人員誇大動盪情形與暴動人數、強調共產黨黨員達萬人、凸顯外省人傷亡程度，更指稱參與者是懷有叛國、獨立、奪權之重要陰謀行為，而國民政府接到這類情報則強化派兵鎮壓的決心。
情報機構人員平時在臺灣社會緊密佈線、暗中監視群眾輿情，事件爆發後掌握情報，做為日後羅織罪名、列冊緝辦、行動偵緝、逮捕槍斃的證據。情報機構藉由各種管道瞭解、操控社會大眾，不少線人或臥底提供情報資訊、或告密構陷他人，擴大事件的傷害。在鎮壓與清鄉期間，政府以連坐法威脅群眾交出武器和「惡人」，在獎勵密告與指認流氓的政策下，許多個案便是因告密者與構陷者的報告而引起。告密者等身份行為多屬隱密不公開，因此未知其真實姓名與具體身份。在事件過後，政府改變山地行政政策，開始派遣特務針對原住民族精英進行監控工作。
1947年3月7日，陳儀同意處理委員會提出的縣市長民選要求，但其後相關人士均遭到槍斃。
在戰後臺灣各縣市長之中，僅有臺北市市長游彌堅、新竹縣縣長劉啟光、高雄縣縣長謝東閔三位臺灣籍人士，其餘為外省籍人士，各地方行政首長與警政首長大多未獲得民間好評。在事件紛亂期間，以各地處理理委員會為首的「協商交涉」路線，與青年學生為主的「武裝行動」路線結合。其中因應混亂衝突，部分地方領袖精英、民意代表、紳士階級與群眾出面與政府交涉，提出全面改革政治的要求，並紛紛組成處理委員會。但部分地方的處理委員會搜繳槍械、接管機關，同時有些參加戰鬥的青年也以此作為談判「籌碼」，以拓展最大利益的空間。
在二二八事件中，部分地方政府與處理委員會合作，不得民心的地方官員棄職走避以保安全。其中臺北市市長游彌堅、臺北縣縣長陸桂祥、臺中市市長黃克立、臺中縣縣長宋增榘、臺南縣縣長袁國欽等，將縣政交由處理委員會維持。另外彰化市市長王一麐、高雄市市長黃仲圖、臺東縣縣長謝真等，則是配合處理委員會。反之，新竹市市長郭紹宗、嘉義市市長孫志俊、屏東市市長龔履端等，在事件中與處理委員會對抗。基隆市市長石延漢、新竹縣縣長朱文伯、臺南市市長卓高煊、高雄縣縣長黃達平、花蓮縣縣長張文成、澎湖縣縣長傅緯武等，則是與地方駐軍配合。
在多個縣市政府無法行使職權下，以縣市參議會民意代表為主體的處理委員會及地方分會，負責維持秩序、與政府協商，並提出處置對策與政治改革方案。3月7日，處理委員會提出「長官公署改組臺灣省政府」、「各廳長平等起用臺灣人」、「縣市長在7月1日直接選舉」等政治改革要求，陳儀廣播表示接受，並允諾可由地方參議會「改選不稱職縣市長」。部分縣市處理委員會遵照陳儀指示，推選出3名縣市候選人，呈報給陳儀圈定。例如臺南市推選黃百祿、侯全成、湯德章為市長候選人，花蓮縣則推選張七郎、馬有岳、賴耿松為縣長候選人，其中部分候選人後來被逮捕槍斃。
在二二八事件後，黃克立、朱文伯、郭紹宗、孫俊志、陸桂祥、石延漢等人請辭縣市長職務並立即照準，游彌堅、宋增榘、王一麐、卓高煊、黃仲圖、龔履端、黃達平、袁國欽、張文成、謝真、傅緯武等人則是續任縣市長，不過當時縣市層級在臺灣統治結構中屬於次要角色，相關的賞罰標準並不明確。相對地，部分縣市參議員則是被名列事件要犯、甚至喪生，其他縣市參議員轉而支持陳儀繼續主持臺灣政務、協助善後處理，但後續的議事工作參與情況相對低落。此外，部分基層公務員、軍人、憲兵和警察人員在事件中藉機勒索敲詐，但亦有部分警政人員因而喪生。
1947年3月16日，臺灣高等法院法官吳鴻麒的遺體被發現棄置在南港橋下。
長官公署全力推動「去日本化」、「中國化」政策，改變戰前日本在臺灣的各項施政，將中國制度延伸至臺灣；同時明顯對日治時期基於近代法律思潮培養的臺灣法律專業人才，存有一定疑慮和猜忌。在二二八事件中，臺灣司法官、律師等司法界領導精英，有高達20%死亡、失蹤、逮捕、拘禁或通緝等，例如法官吳鴻祺、檢察官王育霖、律師李瑞漢、李瑞峰、林連宗、陳金能、林桂端、湯德章等人喪生。在這樣的衝擊下，許多人選擇從司法體系轉業離開、甚至是離開臺灣；選擇留在法界的人為了生存必須學習沉默，甚至需要棄守部分法治理念以求自保。
這項趨勢加速戰後臺灣司法體制與司法文化中國化，在地法律人才在司法機關邊緣化、族群溝通不良。不過部分外省籍司法人員、法律精英在事件中被毆打或損失財物，引發一波離職出走潮，在政府忌諱本地人才的情形下，選擇降低司法人員任用標準、擴大主管機關引進外省籍人才的彈性，而有牽親引信現象。除了一次引入20多名原本不具任用資格者進入司法體系外，此一違反《法院組織法》等法律的權宜性人事任命，一直被援用至1950年代初期。這拉低戰後臺灣法院司法人員的素質，且在法官終身職的制度保障下，長期影響戰後臺灣司法案件的品質。
隨著中國在第二次世界大戰結束不久便爆發國共內戰，中國共產黨透過學生運動妨礙中國國民黨，和中國大陸相通的臺灣校園亦成為攻防的場域，學生運動與抗爭四起。在二二八事件中，原先的校園動盪、對長官公署的不滿及衝突擴大，大量青年學生投入抗爭行動而成為主力，包括協助維持治安、組織青年團體、提出政治改革要求、或是積極參與武裝行動，這包括國立臺灣大學、臺灣省立師範學院、臺灣省立農學院、臺灣省立工學院、臺灣省立嘉義中學、臺灣省立高雄第一中學等。其後部分學校教師、學生因為二二八事件喪生，部分青年學生組織亦遭到報復。
二二八事件後，國民政府有鑑於各地青年學生以「盲從附和」者居多，乃宣布寬大處理、既往不究之原則，並對事件損失提供救恤。但亦同時展開一連串整頓處置措施，包括查封關閉延平學院等學校、懲戒教師和學生等。政府還常將二二八事件歸因於奴化教育的遺毒，於是事件後對師生進行再教育，加強國語文、中國史地教學、宣傳三民主義、實施軍訓教育等，並訂定相關的訓育規則。這樣由上而下、由外而內規範各級學校及學生之行為，對校園的控制轉趨嚴格，並因此長期受到黨化教育和戒嚴的影響。
1967年10月5日，前臺灣省行政長官公署前進指揮所舊屬在臺北國賓大飯店聚餐，便有多名半山人士參與。
半山人士是指出身臺灣、在臺灣有一段生長經歷，在日治時代前往中國大陸加入國民政府，並在國民政府和中國國民黨中工作，對於中國政治文化有所涉獵者。由於半山人士具有特殊的「中國經驗」，非長期處於日本殖民統治下資訊受限的臺灣在地人所能相比，因此國民政府希望在接管臺灣之後，借用這批人士治理臺灣。但儘管臺灣調查委員會囊括居留中國大陸的半山人士，其運作上仍以陳儀的江浙同鄉、及其擔任福建省政府主席時的班底為主。原先半山人士應扮演中國政府與臺灣社會之間的橋樑角色，但大多只急切呼籲政府「收復臺灣」。
部分半山人士向國民政府提出接管臺灣應注意事項，但政府對於半山人士建言甚為輕忽，甚至否定；例如臺灣調查委員會中有半山人士建議接管臺灣後應「多用臺灣人」，以臺灣人為行政主體，但未被委員會接受。在政治派系鬥爭下，半山人士戰後回臺紛紛出任政壇要職，形成一股「半山集團」。原本陳儀希望借重半山人士改善長官公署與臺灣群眾的關係，然而部份半山實際成為接管過程中的受益者，與臺灣本土精英存在權力、利益的競逐關係，結果半山人士在戰後初期未能扮演中介橋樑角色，甚至成為官民之間的障礙。
二二八事件發生後，臺灣民間社會對於任職政府機關的半山人士有許多負面的批評，認為他們「出賣」臺灣人。陳儀曾運用臺灣省參議會議長黃朝琴、副議長李萬居、秘書長連震東、國民參政會參政員林忠等半山人士出面居間斡旋，試圖恢復秩序、維持治安，但這些人多站在陳儀立場幫助平息抗爭，而不是站在臺灣群眾立場向陳儀爭取權益。有些半山人士受到政府重用，實際參與鎮壓行動，又以軍事統計局臺灣站長林頂立、新竹縣縣長劉啟光、新竹地區防衛司令兼新竹縣縣長蘇紹文、長官公署警務處處長王民寧、臺中區防衛司令黃國書等人為典型。
對於清鄉工作，臺灣民間流傳是半山人士協助提供「黑名單」，警備總司令部才能羅列「暴動首謀」清單緝捕，以致各地的精英遭捕殺，而半山人士經常被視為是二二八事件實際的受惠者。不過政府未必全然信賴半山人士並給予重要決策地位，而是只能扮演外省籍接收官員的附庸角色，並有上下附屬關係。同時只有忠誠且順從的半山人士才會受到重用，而具有「中國經驗」的半山人士在二二八事件中，同樣可能因其立場、批判時政而遭槍斃，例如曾任《人民導報》社長的教育處副處長宋斐如、三民主義青年團嘉義分團主任陳復志等。
1947年3月8日，臺灣省政治建設協會發表告同胞書。
國民政府接收臺灣後，中國國民黨各種勢力進入臺灣，臺灣人因而捲入各系統「黨國不分」的政治派系鬥爭。在訓政體制之下，一般群眾只能組織以職業團體為主的人民團體，而中央俱樂部派屬下中國國民黨臺灣省黨部主任委員李翼中便企圖操控政治建設協會等社會團體打壓異己。在臺灣省黨部協助下，原先基於臺灣民眾黨成員成立的臺灣民眾協會，改組成具合法地位的臺灣省政治建設協會，並在各地設置分會。但其積極提出去殖民地化、實施地方自治選舉等臺灣人自治理念，招致李翼中和陳儀的不滿。同時期還有臺灣省憲政協進會、臺灣重建協會等團體。
最初政府調查報告將二二八事件的發生與擴大歸咎於一些社會團體幹部，特別是共產黨、三民主義青年團與臺灣省政治建設協會等團體。不過在臺灣共產黨勢力爭執主導權下，中國共產黨臺灣省工作委員會的地下黨黨員不滿百人，僅在臺灣各地從事新聞宣傳、武裝學生等工作，而無法承擔策劃、煽動與主導事件。三民主義青年團並非一般社會團體，是訓政體制與黨部平行的特殊組織，當時有許多臺灣左翼份子加入、批判政府腐化貪污。三民主義青年團有許多幹部參與各地抗爭活動，但皆屬個別的行動、而非組織行動，並有許多幹部喪生。
遭到利用後被迫解散的臺灣省政治建設協會是受害最深的社會團體。陳儀等人曾經請託領導人蔣渭川出面安撫群眾，其後卻以公開徵調臺籍日本兵出面維持社會治安、背叛國家為理由，下令解散。政治建設協會在鎮壓過程中傷亡慘重，多名幹部被捕遇害或失蹤，有的四處躲藏或逃亡海外。警備總司令部還解散多個「非法組織」，而半山人士組織的臺灣省憲政協進會則趁勢崛起，在事件後發起臺灣新文化運動委員會，其中多數成員日後成為政治新貴。另外中央俱樂部派的中國國民黨臺灣省黨部在二二八事件之中亦有許多行動。
由臺灣精英、民意代表、紳士階級組成的二二八事件處理委員會及各地分會是這場政治紛爭的主角。其中民意代表與紳士階級所占比例由北而南、由西而東遞減，越基層的分會和支會比例越低。各地處理委員會整合地方民意、撥借米糧、協調民生、維持治安、制止衝突、居間協調、溝通交涉、提出政治改革要求，一度取代各地政府功能。這些紳士階級大多認為事件是人民對於腐敗政治的不滿，並憑藉民氣高漲逐步提高改革訴求。在事件後，很高比例的處理委員會主要成員被以不同名目清算，包括列入叛逆名冊、自首自新、逮捕監禁、甚至遭殺害。
在二二八事件期間，臺灣報紙對於事件發展的相關報導。
政府檢討報告曾點名「輿論不當之影響」是事件原因之一，認為媒體言論激發群眾反對政府的情緒。在公民營報社激烈競爭下，新聞媒體工作者對政府施政有頗多批評與揭露，形成輿論影響力。但除了經濟因素打擊媒體經營外，政府藉由媒體宣傳、新聞政策排擠，實際上對新聞媒體進行嚴密的管制，新聞媒體的只能照實報導。同時政府還禁止報紙日文版、取締報刊雜誌左翼言論活動，情報機構還對印刷媒體展開監控，並在後來以此指控罪狀。但即便照實報導，報紙上每天出現的消息大多是軍人開槍、警察亂紀、官員貪污、物價飆漲等，最終因此遭受懲處。
3月8日，隨著軍隊開抵臺灣之後，為了打壓、報復和肅清異議者，政府逮捕或殺害不少報社主要負責人、主管與新聞記者，影響言論思想自由。《民報》社長林茂生、《臺灣新生報》總經理阮朝日、日文版主編吳金鍊、《人民導報》前後任社長宋斐如、王添燈、《大明報》總編輯艾璐生、《臺灣新生報》臺中分社記者陳安南、嘉義分社主任蘇憲章、高雄分社主任邱金山等均遭到殺害，《民報》總編輯許乃昌和總主筆陳旺成則遭到通緝而逃亡。3月13日，警備總司令部發布命令，查封《民報》、《人民導報》、《大明報》等多家主要的民營報社。
另外，政府還查扣各種「反動刊物」，並嚴格禁止左傾言論。而在訓政體制下，中國國民黨的黨營機構中央通訊社負有蒐集情報的機關職責。中央通訊社設立臺北分社，葉明勳為負責人，主要工作是將臺灣採訪的新聞傳回南京總社。其電文報導傳達錯誤訊息和曲解真相，完全站在陳儀政府和軍方的立場，不斷出現外省人被毆打的消息，並忽視臺灣群眾的感受意見和社會騷亂的真相實情，甚至還建議國民政府派兵鎮壓。由於中央通訊社是國民政府瞭解臺灣政情的重要管道，其所傳達的訊息對於蔣中正派兵的決定，具有一定程度的影響。
在事件過後，總計有16家官民營報社被查封或停刊，或是發行人、記者遭到逮捕殺害，政府和情報機構更直接控制與重組民營報社媒體。事件擴大的原因還被歸咎於各地無線電廣播電臺遭到群眾佔領，激發群眾感情、提高排外怒潮，因而政府強化對廣播電臺的掌控，管制電報、電話通訊網。在1949年宣布《臺灣省戒嚴令》後，媒體的管制法令繁苛，臺灣精英的發言權蕩然無存。政府更以戴紅帽方式封鎖相關訊息，繼續將事件原因歸諸共產黨陰謀，以無形壓力讓新聞媒體避免談論二二八事件。直到1987年解除戒嚴後，臺灣的媒體環境才逐漸趨向正常。
1946年12月，臺灣省制憲國民大會代表前往南京市開會後，與國民政府主席蔣中正、葛敬恩等人合影。
身為國家最高領導人，國民政府主席蔣中正在二二八事件中的角色是重要議題。1947年2月10日至1948年6月4日間，蔣中正經由多個單位相關人員來往的函電報告及臺灣人團體等訊息，能夠掌握臺灣民情與事件的各種資訊。不過蔣中正忽視臺灣人士和民間團體的陳情呼籲，及先前楊亮功、劉文島等的建言，更多受到臺灣主政者的意見所左右。基於第二次國共內戰情勢及防範中國共產黨的心態，過度信任陳儀的蔣中正接受陳儀與各情報機構的請兵要求，認為事態嚴重，且臺灣人要求改革、抗議不公是意圖「脫離中國」、「背叛中國」的舉動。
3月5日，在將事件視為叛亂後，蔣中正指派陸軍整編第二十一師師長劉雨卿率領部隊前往臺灣鎮壓。3月6日，在接到國防部及蔣中正命令後，劉雨卿飛往南京市晉見蔣中正，蔣中正面授機宜，並發給600支手槍。3月7日，蔣中正電告陳儀表示整編第二十一師部隊自上海市出發，在3月10日前抵達臺灣。同日，劉雨卿由南京市搭乘美齡號專機飛往臺灣，隨即晉見陳儀，面陳蔣中正的意旨。3月10日，蔣中正在南京市首度公開發表有關演講，將事件定調為臺籍日本兵與共產黨策動、政府決定派兵是因處理委員會提出「無理要求」，此演講成為國民政府的主流說法。
在戰後初期，中國北平市、天津市、上海市、南京市、東北等地成立同鄉會等臺灣人團體。這些臺灣人社團和民間人士發起請願或聲援行動，要求嚴懲陳儀、赦免參與群眾。其中旅京滬臺灣人團體還成立臺灣二二八慘案聯合後援會，發表告全國同胞書、致電中國國民黨中央黨部，並曾派遣代表前往臺灣慰問、但遭軟禁遣回。其後這些臺灣人團體繼續關心事件善後問題，並編印輿論集與週年誌。另一方面，中國共產黨對二二八事件的說法歷經多次轉變，並在後來建立其歷史定位、及利用紀念會進行「統戰」宣傳。
就前來臺灣服務的外省人而言，雖然部分軍人或公務員有貪污、營私舞弊等劣行，但並非所有人員都是貪官污吏。然而在事件中，部分外省人成為代罪羔羊，被群眾盲目攻擊出現傷亡。其人數雖然沒有臺灣籍受難者多，但讓一些公務員心生恐懼而離開臺灣，這些現象也讓中國大陸與臺灣之間的隔閡加深。1949年8月，在與中國共產黨的軍事鬥爭全面潰敗後，中華民國政府撤退至臺灣地區。蔣中正檢討中國大陸淪陷原因與派系有相當關係，因此進行黨內重大改造，透過各種方法拔除中央及臺灣舊有派系勢力，重新確立個人的集權地位。
1947年3月5日，臺灣省政治建設協會委託美國駐臺灣總領事代轉電文至駐南京大使館，並轉致國民政府主席蔣中正，請求不要派兵前往臺灣。
關於戰後臺灣的國際地位，中國軍隊固基於開羅會議的宣言，在美國的協助下佔領／接管臺灣，但同盟國與中國對臺灣人地位有不同看法。雖然臺灣、澎湖群島在1951年《舊金山和約》於舊金山簽訂前，只是被軍事佔領處理的殖民地領土，美國方面基於同盟關係、《開羅宣言》協助中國政府接管臺灣，政策態度上假設「臺灣是中國的一部分」，同時採美國駐南京大使館與美國駐臺北領事館形式。不過對於中國政府片面決定臺灣人國籍及澀谷事件之發生等，仍引起英國等外國的反應。其後處理委員會曾經擴大呼籲，向國際社會發表意見，亦有臺灣人向美國請願。
在二二八事件期間，國民政府亦擔憂會引起國際反應，並對外國政府有所顧慮。對於臺灣發生大規模反抗與鎮壓，儘管美國駐臺北領事館內部意見分歧，但駐南京大使館、國務院等機關的立場仍然基本採取旁觀態度。英國淡水領事館對於事件提出多份報告，英國外交部則採保守態度。日本方面對於二二八事件則未有過多反應。不過美國政界重新評估《開羅宣言》，推動臺灣託管論、獨立論等臺灣地位問題，特別是葛超智扮演的角色；這導致在《舊金山和約》與聯合國處置上，臺灣人自決、臺灣地位未定論等議題出現。
部分曾經參與二二八事件的倖存者逃亡海外延續抵抗，分成支持中國共產黨的左翼分子及臺灣獨立運動者，並有不同詮釋。儘管政治光譜兩異，左翼或臺灣獨立運動團體皆以二二八事件為號召，批判中國國民黨在臺灣執政正當性的主要論述，每年在各地舉辦紀念遊行與追思活動，影響臺灣民族主義運動的發展。其中部分著作則強調臺灣人反抗革命的價值，左翼史料則提出二二八事件的定位與中國共產黨的角色，這些著作包括署名林木順的《臺灣二月革命》、王育德的《苦悶的臺灣》、及史明撰寫的《臺灣人四百年史》等。
1950年代至1960年代，廖文毅的海外臺灣獨立團體臺灣再解放聯盟，最早出版刊物談論二二八事件；而一部分流亡的共產主義者則加入中華人民共和國陣營。1960年2月，明治大學講師王育德與東京大學留學生黃昭堂等人成立臺灣青年社，創辦《臺灣青年》雙月刊，並發行二二八事件特刊。其後臺灣獨立建國聯盟等美國的臺灣獨立運動亦重視二二八事件。儘管雙方的歷史解釋不同、期待解放臺灣與追求臺灣獨立的目標也明顯衝突，中華民國情報機構人員則誣指共產黨與臺灣獨立運動分子是同一夥人，打擊所有政治異議人士。
調查結果，聲稱是臺北市內不良分子的秘密組織所為。
二二八事件發生後，國民政府以「叛亂」之名派兵鎮壓，在綏靖、清鄉中大肆逮捕、槍斃知識精英和群眾，引起地方恐慌。由於丘念臺積極爭取速審、及李友邦呈請保釋等因素，政府對遭逮捕、軍法審判的案犯一度強調「寬大處理」。但隨著國共內戰局勢轉變，中華民國政府在1949年移往臺灣。因為懷疑中國共產黨黨員等異議分子潛伏臺灣，政府以情報機構多線進行內部偵防，並透過情報佈建、逮捕偵訊等手段，繼續追捕、清查、清理曾經參與事件的群眾；同時以兩岸對立衝突局面、隨時遭進犯的威脅，遂行戒嚴統治，箝制新聞自由、言論自由、集會自由等。
其後政府嚴監控逮捕異議人士，並因整肅異己、誣陷織罪等手段，導致人人自危、懼談政治，臺灣長期瀰漫「白色恐怖」氣氛。政府還加強特務統治，逮捕、偵訊並軍事審判反對人士，在馬場町或六張犁等執行槍斃，或送至綠島監獄或泰源監獄監禁，造成無數冤案。同時對二二八事件參與者展開清查清理，情報佈建留意逃亡者、參與者、首謀相關者，在案件偵訊時特別調查。先前被從寬處理者遭政府刻意清理、秋後算帳、加重論罪，或因親友關係牽連遭槍斃或坐監，包括高一生、湯守仁、林慶雲、陳正雄、陳崑崙、陳明忠、羅明懋、蔡懋堂、黃金島、林西陸、林日高等。