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沖鋒隊號召國家抵制猶太商貨。這些部隊在柏林的猶太人開的百貨商店前聚集，標牌上寫道：“德國人！為自己抗爭！不要從猶太人那里買東西。”（Deutsche! Wehrt Euch! Kauft nicht bei Juden!）這所商店在1938年的水晶之夜被襲擊，并交到了非猶太人家族手中。
耶胡達·巴爾、勞爾·海爾堡、認為自中世紀以來，德國社會和文化就充斥著反猶主義，而納粹死亡營與中世紀少數族群迫害有意識形態上的直接聯系。包括馬丁路德也是反猶主義的推手。
十九世紀下半葉，休斯頓·斯圖爾特·張伯倫和在德國和奧匈帝國推動了民族主義（V?lkisch）運動。這個運動使用了一種偽科學，即使用從生物學角度出發，將猶太人視為與雅利安民族征服世界的對頭。 民族主義運動襲承了基督教反猶觀點，但不同的是，后者將猶太教視為一種宗教，而民族主義運動則將猶太人視為一個民族。
1895，在德意志帝國議會前，民族主義領袖稱猶太人是「掠食者、霍亂桿菌，出于德國人民的利益應該清除他們。」1912年，泛德意志聯盟領袖在他的暢銷書《如果我是皇上》（Wenn ich der Kaiser w?r）中呼吁應取消所有德裔猶太人的國籍，將其打回外僑（Fremdenrecht）身份。克拉斯同時呼吁，猶太人應該排除在一切德國生活之外，不許擁有土地、擔任公職、或從事新聞、金融、自由職業等工作。克拉斯將猶太人定義為任何在1871年德意志帝國成立之日皈依猶太教的人，或是有一個猶太祖父母的人。
在德意志帝國，民族主義及其種族主義的偽科學十分普遍，被受到良好教育的專業階層廣泛接受，特別是在民族不平等的意識形態上得到認可。雖然，民族主義黨在1912年的議會選舉時遭到失敗，但反猶主義被所有主流政黨所襲承。1920年，作為民族主義運動的衍生派系——納粹黨成立了，并將他們的反猶主義傳承了下來。就一戰后德國的局勢，德國歷史學家在1986年的稿件中寫到：
:如果某人堅持以孤立的角度來強調無可爭辯的重要關系的話，那么從希特勒的世界觀到奧斯維辛的產生過程上，他不應該過度牽強，因為前者的態度絕不是什么原創之舉... 對猶太人的滅絕政策不是一朝一夕的，也不是希特勒和他的同黨們的專利。從納粹黨那邊可以順藤摸瓜到「」那里，后者則由泛德意志聯盟賦予了生命。
十九世紀末、二十世紀初期，德國的科學技術迅猛發展，加之國家福利的不斷提升，烏托邦就要實現的氣氛在社會上廣為流傳。于此同時，種族主義、社會達爾文主義、人種改良世界觀宣稱一些人種在生理上優于另一些人種。歷史學家稱“浩劫”不單單是源自于反猶主義，而是一種“激進的累積”，是“許許多多小支流”匯集成為“大江”，并最終導致種族的滅絕行動。在一戰后，戰前的樂觀主義讓位給了幻滅，即德國官方發現許多社會問題無法解決，不得不強調留存生理上“優良”的種族，讓另一些“低劣”的滅絕。
大蕭條所帶來的經濟問題使得許多德國醫療機構鼓吹以安樂死讓那些生理與心理上「無可救藥」的人先死去，用省下來的錢來救濟尚存希望的患者。在1933年納粹政府上臺時，德國社會也出現了相對應的政策：拯救“有價值的”種族，消滅“可憎的”社會渣滓。
希特勒將自己對猶太人的仇恨進行了公開化。在他的著作《我的奮斗》中，他預示了自己的打算：將猶太人從德國政治、學術、文化等領域驅逐出去。他沒有提到自己要屠殺他們，但據報道稱希特勒在私底下將自己的企圖表現的更加赤裸。早在1922年，據說他與當時擔任記者的前少校軍官——約瑟夫·黑爾（Joseph Hell）談及自己的觀點：
莫姆森稱在德國有三種類型的反猶主義：
自第三帝國誕生之日起，納粹領袖們就鼓吹創立一種「民族共同體」制度，後來納粹政權將國民分成兩大類，一類是「民族同志」（Volksgenossen），屬于民族共同體的一份子；另一類是「社會異類」（Gemeinschaftsfremde），他們不是民族共同體的成員。納粹將打壓對象分為三類：一種是“種族”敵人，如猶太人、吉卜賽人，他們因為“血統”的關系被視為敵人；政治上的異議分子，如馬克思主義，自由主義者，基督徒和反動派，他們被視為叛逆的“民族同志”；道德墮落分子，如同性戀、懶漢、慣犯等，也被列為叛逆的“民族同志”當中。后兩部分人被送進集中營進行“再教育”，以將其最終轉化為民族共同體的成員。有許多道德墮落分子被視為“基因低級”而不得不接受絕育。
根據定義來講，“種族”敵人如猶太人永不可歸入民族共同體當中；他們必須完全從社會中清除出去。德國歷史學家克特寫道納粹黨的“目標是建立烏托邦式的民族共同體，進行全方位的警視監督，所有試圖反抗的行為，或類似的跡象、意圖，都將受到殘酷的打擊。”克特引用了1944年《社會異類辦法》（Treatment of Community Aliens）中的一些資料，揭示了納粹的些許社會政策：「公民…表明自己的努力無法達到國家社會的最低要求的話，將會被置于警視監督之下，如果這樣都不能奏效的話，就把他們送入集中營。」
捷克斯洛伐克的猶太難民在克羅伊登機場被英國警察送走。他們將乘上飛往華沙的飛機。
在1933年3月的帝國議會選舉當中，納粹強化了對敵手的暴力措施。他們與地方當局一道設立法外集中營，關押異議人士。1933年3月9日，達豪集中營率先上線。集中營最初是用來關押共產黨人和社會民主黨人用的。其它的早期監獄——如沖鋒隊和黨衛隊的地下室、倉庫——在1934年中期被加固，在城外改建成營地，由黨衛隊集中管理。這些營地最初是用來清除那些不愿服從民族共同體的德國恐怖分子用的。這些被送入營地的包括“可教育”的分子，即可能被歸入“民族同志”的人，和“生理墮落”的人，后者將處以絕育，并被永久關押；之后，營地多采取苦役，即不停地勞動，直至疲勞倒地為止。
整個1930年代，猶太人在法律、經濟、社會權益上都受到了越來越多的限制。以色列歷史學家弗里德蘭德寫道，在納粹看來，德國的力量來自“血統的純正和神圣的德國土地。”1933年4月1日，一個次全國反猶集會進行抵制猶太商貨運動，原計劃持續一周，但由于缺乏大眾支持，進行了一天后就不了了之。1933年，一系列包涵雅利安人字眼的法案被通過，將猶太人從關鍵職位上排除出去：如第三帝國的第一道反猶主義法案——《》以及《醫師法》（Physcians' Law）、禁止猶太人擁有農莊，或從事農業工作《農業法》（Farm Law）等。
猶太律師也被停職，在德累斯頓，猶太律師和法官被拖出辦公室，并被毆打。在前總統保羅·馮·興登堡的要求之下，希特勒頒布特令，準許一次大戰的猶太裔老兵、或有父子服役過的公務員留在其職位上。希特勒在1937年取消了這項特令。根據《預防學校人數過多法案》（Law to Prevent Overcrowding in Schools），猶太人被學校和大學開除，不能參加新聞報社協會，擁有報社，或成為報社編輯。
在1933年7月，《》強迫對“劣種人”進行生理絕育。這種優生政策催生了200多個「」，有超過400,000人被迫絕育。
1935年納粹政權依據《紐倫堡法案》所制定的種族劃分表，將國民分作猶太人、雜種、德國人等類別，並賦予不同程度的權益。
1935年，希特勒頒布了《紐倫堡法案》，其中的《德國血統和榮譽保護法》（Gesetz zum Schutze des deutschen Blutes und der deutschen Ehre）即禁止猶太人與“雅利安人”結婚或發生性行為，剝奪猶太人的德國國籍和國民基本權利。就“血統法案”而言，希特勒解釋稱其“試圖通過法律途徑解決這一問題，如果失敗的話就將問題交由納粹黨，啟用最終解決方案。”「最終解決方案」是納粹對屠殺猶太人的委婉語。1939年1月，他在公開演說中稱：“如果猶太人在歐洲內外的跨國金融再次得逞，將國家拖入另一場世界大戰的話，那么結果將不是全球的布爾什維克化或是猶太人的勝利，而是他們在歐洲的滅絕之日。”該演講被1940年的納粹宣傳電影《》引用，其目的是提供一個從歐洲清除猶太人的理性藍圖。
最早逃離納粹迫害的是猶太人中的知識分子，如哲學家瓦爾特·本雅明於1933年3月18日逃到巴黎、小說家利翁·福伊希特萬格則去了瑞典、指揮家布魯諾·瓦爾特也被警告若於柏林愛樂樂團演出，該建築將會被縱火，因此4月6日的《法蘭克福報》報導了瓦爾特和他的同事奧托·克倫佩勒被迫流亡的訊息，寫述民眾的情緒已經被「猶太藝術清算者」所挑起，而政府也無法保護他們的安全科學家阿爾伯特·愛因斯坦也被威廉皇家學院和普魯士科學院開除，國籍也被取消，他於1933年1月30日訪問美國，後再前往比利時奧斯滕德，從此也再無踏上德國領土，他稱這些迫害事件是「集體性的神經病」。當德國于1938年吞并奧地利時，西格蒙德·弗洛伊德和他的家人從維也納流亡英國。掃羅·弗里德蘭德寫道當普魯士藝術學院的榮譽主席馬克斯·利貝曼辭職時，沒有一位同事表示出一絲的同情，兩年后，當他去世時，依然在亡命天涯。1943年，當警察抬著擔架來到他85歲、臥床不起的遺孀那里時，后者通過服用過量的巴比妥酸鹽來一眠不醒，以免被他們帶走。
又名「碎玻璃之夜」（The "Night of Broken Glass"）。
1938年11月7日，猶太青年在巴黎暗殺了德國外交官。這起事件成了納粹政府用來跳脫針對以法律迫害猶太人的範圍，將其升級為大規模物理性沖突的借口。其所聲稱的「公憤」實際上也是納粹政府在背后煽動、由沖鋒隊執行的一波迫害行動，范圍包括德國、奧地利、蘇臺德區。這些迫害行動被稱之為「水晶之夜」（The "Night of Broken Glass，意為碎玻璃之夜，指被打破的猶太商店櫥窗玻璃有如水晶）或「十一月迫害」。猶太人遭到襲擊，他們的財產被洗劫，超過7,000個商鋪和1,668座猶太教堂（幾乎是德國境內的全部教堂）被掃蕩。
官方公布的死亡人數為91人，事實上應該遠高于此。30,000人被送往集中營，包括達豪集中營、薩克森豪森集中營、布痕瓦爾德集中營、奧拉寧堡集中營，他們被關押數周后被釋放，前提是答應在近期離開德國，或將財產上交納粹黨。1938年11月11日，納粹政府通過了《猶太人持有武器禁令》（Verordnung gegen der Waffenbesitz der Juden），禁止猶太人持有槍支或其武器。猶太人被集體要求賠償迫害所造成的財物損失，價值將近幾十萬德國馬克，并要繳納超過十億馬克的“贖罪稅”。在這一輪迫害之后，猶太出境移民加速，而在德國的猶太公共生活不復存在。
載有930名猶太難民的圣路易斯號客輪被古巴、美國和加拿大拒絕入境，客輪不得不啟程返回歐洲。
在戰爭打響之前，納粹考慮過將徳裔猶太人從歐洲驅逐出去。希特勒曾於1938年同意了將數以千計的猶太人趕出德國的「沙赫特計畫」（Schacht），標誌了在當時德國政府還未進行系統化的屠殺行動。
有的計劃試圖將猶太人送往前德國殖民地重新安置，如坦噶尼喀、西南非，以便幫助收復因《凡爾賽條約》而失去的這些地區。然而這一計劃被希特勒否決，他表示絕不能讓「沾有德國英魂鮮血的土地被德國最大的敵人所玷污。」另外還有其它外交策略嘗試將猶太人送往其它地區，如前英法殖民地。幾個被考慮過的地點包括英屬巴勒斯坦、羅德西亞、埃塞俄比亞、法屬馬達加斯加、澳大利亞等地。
在上述地區中，馬達加斯加的討論最為激烈。萊因哈德·海德里希稱這項「馬達加斯加計劃」是“地域性的最終解決方案”，該地位置偏遠、島上的環境惡劣，容易導致死亡。 1938年，計劃被希特勒批準，重新安置計劃由阿道夫·艾希曼的部門進行執行，并于1941年大屠殺開始時終止。回頭看來，雖然計劃最終不了了之，但它卻為大屠殺在心理上鋪墊了道路。1942年2月10日，「馬達加斯加計劃」被宣布廢止。德國外交部的官方解釋是由于與蘇聯的戰爭爆發，猶太人將會被“送往東方”。
納粹政府還有提出一些另類方案，如將歐洲猶太人轉送到西伯利亞地區。在納粹的重新安置計劃中，巴勒斯坦是唯一一個有了顯著成果的地區。1933年，與納粹政府達成了《》，60,000名徳裔猶太人將從德國送往巴勒斯坦，并得到了一億美元的轉移款項，然而此計劃因二戰爆發而不了了之。
納粹德國於1939年入侵波蘭，幾世紀以來，波蘭處處都有猶太人居住，在德軍入侵當時約200萬人，占人口總數的9%左右，這加強了德國解決「猶太人問題」的急迫性。
海德里希建議將主要城市中所有波蘭裔猶太人送入隔離區，讓他們為德國軍工服苦役。隔離區處在城市鐵路交匯處，海德里希表示這將更容易控制（猶太人），并（方便）之后將他們處理掉。艾希曼後來在1961年被以色列法庭問詢時，他表示之后的「處理」就是「物理性的屠殺」。
9月，希姆萊任命海德里希為黨衛隊國家安全部的部長。這個部門有七個機構組成，包括黨衛隊保安處和蓋世太保。他們負責監督黨衛隊在波蘭的工作，并執行海因里希報告中處置猶太人的方案。第一次有組織的屠殺為「坦能堡行動」，由執行。猶太人之后被趕入遍佈於波蘭總督府的中心地帶隔離區，由弗里茨·紹克爾管理的帝國勞動部監督服苦役。數以千計的人因虐待、疾病、饑餓、精疲力盡而倒斃，但至此仍沒有出現系統化屠殺項目。但毋庸置疑的是，納粹將服苦役作為了一種滅絕方式，甚至有了專有名詞——“死于苦役”（Vernichtung durch Arbeit）特指此事。
很明顯，到1941年時，黨衛隊領導層已經決意要著手制定政策來屠殺所有德軍佔領區內的猶太人。在當時，納粹統治內部對此仍有反對聲音，而該反對聲音是出于經濟上的考慮，而非出於人道考量，如身兼空軍總司令和經濟部長的赫爾曼·戈林元帥即是主要的反對者之一，當時他負責統籌德國的所有軍工事務與經濟部門，認為在德軍入侵蘇聯前，波蘭總督府內數量龐大的猶太勞工（超過100萬壯勞力）彌足珍貴，浪費可惜。
1941年5月，蘇德戰爭前的納粹德國本土，包括被吞并的波蘭。
1939年9月28日，德國以《蘇德互不侵犯條約》和蘇聯達成協議，控制了波蘭盧布林地區以及瓜分了立陶宛，之後根據「」建立了盧布林保留地。保留地由阿道夫·艾希曼設計，后者負責將德國、奧地利、波希米亞和摩拉維亞保護國等地區的猶太人驅除干凈。三周后的1939年10月18日，他們將第一位猶太人送往盧布林地區。第一列滿載猶太人的火車從奧地利、波希米亞和摩拉維亞保護國駛出，到1940年1月30日，總計有78,000名猶太人從德國、奧地利、捷克斯洛伐克轉送到盧布林。1940年2月12和13日，波希米亞猶太人被送至盧布林保留地，使得波西米亞地方官首先宣布他的省份“”。1940年3月24日，戈林暫停了「尼斯科計劃」，并在4月底將其完全放棄。在尼斯科計劃被終止時，總計有95,000猶太人被送往尼斯科，其中有很大一部分人在中途因饑餓而死。
1940年7月，維持波蘭總督府龐大的人群變得越來越困難，希特勒暫時叫停了安置計劃。
1940年10月，和督辦了「布克爾行動」（Operation Bürckel），將猶太人從他們的省份和被帝國兼并的阿爾薩斯-洛林地區趕入尚有余地的法國。只有混血的猶太人沒有被驅逐。1940年10月22-23日晚，有6,500名猶太人被布克爾行動驅逐，并僅僅給予了至多兩小時的警示時間，就被押解起來。9輛滿載猶太人的列車在“沒有對法國官方有任何告知”的情況下長驅直入，后者對此怏怏接受。被安置人員不得攜帶任何物品，財物則全被德國官方沒收。德國外交部長約阿希姆·馮·里賓特洛甫則將維希政府的抗議以“最為拖拉的方式”進行處理。結果，被布克爾行動驅逐的猶太人被維希政府拘禁在環境惡劣的居爾（Gurs）收容所、里韋薩爾特營、米勒斯營，等待機會返回德國。
1940到1941年間，在德控波蘭地區對猶太人的屠殺行動不斷，將猶太人向波蘭總督府的輸送持續。德國，特別是柏林地區的猶太人清除工作直到1943年才完全告終（在此期間，許多猶太人可以通過躲避來茍延）。到1939年12月，總計有350萬猶太人被送入擁擠的波蘭總督府地區。
1940年，德國佔領了丹麥、挪威、荷蘭、盧森堡、比利時、法國；1941年，德國及其盟友又佔領及肢解了南斯拉夫、希臘。反猶主義被輸送到這些國家中，并根據當地政治局勢的不同而在程度和節奏上有所不同。猶太人被迫離開經濟和文化生活，并受到各種苛刻律令的壓制，但在1942年之前，大規模的物理驅逐還沒有開始。德國的傀儡政權維希法國積極配合對法裔猶太人的迫害。德國的盟友意大利王國、匈牙利王國、羅馬尼亞王國、保加利亞王國、芬蘭也受到相應壓力，被迫制定反猶政策，但在絕大多數情況下，直到被催促時才執行。在戰爭中，有900名猶太人、300羅姆人從貝爾格萊德的班吉卡（Banjica）集中營逃離，這主要是由塞爾維亞共產黨人、保皇黨人和其它抵抗運動者組織的。德國及義大利的傀儡政權克羅地亞獨立國則積極自發地迫害猶太人，并與1941年10月10日頒布了《將猶太財產和公司國有化法令》。
在希特勒德國的壓力下，意大利王國首相墨索里尼在1938年時就制定了針對意裔猶太人的。儘管如此，意大利國內的反猶情緒比納粹德國低很多，因此對於當時猶太人來說，意大利控制下的地區比德國控制下的地區更安全。意大利也有集中營供猶太人，但法西斯黨政府只將他們當作政治犯看待，集中營的猶太人享有基本的生活質素和建立組織的自由，和德國的集中營完全是天壤之別。1941年克羅地亞獨立國在南斯拉夫的廢墟中建立後，大量猶太人為躲避克羅地亞東部的德國駐軍和烏斯塔沙政權逃亡去意大利直接控制的地區（烏斯塔沙不能在亞得里亞海沿岸地區部署任何軍事組織），而且克羅地亞是意大利的保護國、所以只能聽命其宗主國，意大利駐軍知道烏斯塔沙的種族滅絕行為因此有向猶太人提供保護。
烏斯塔沙的恐怖統治及迫害包括猶太人在內的種族加劇了抵抗運動的勢力。1941年8月意大利王國決定重新將克羅地亞獨立國西部軍事化，並派兵去鎮壓南斯拉夫游擊隊，意大利軍隊也順便關閉了兩個集中營，被關閉分別是和。位於維特茲的一所集中營會有意大利外交代表探訪並查找有沒有意大利公民在集中營，如果有該名受害者會受到保護。同樣地在意大利控制下的阿爾巴尼亞王國、希臘國、及法國意佔區的所有猶太人皆受到保護。直到1943年9月意大利投降後，本土及其佔領地被德國接管，對意大利保護下的猶太人的迫害正式開始。
匈牙利早在1920年由霍爾蒂攝政成立時就立了一些對匈牙利裔猶太人不平等的政策，直至1944年匈牙利因企圖和盟軍停戰而被德國佔領時，匈牙利國內的猶太人並未受嚴重的迫害。1944年匈牙利箭十字黨政府開始運送猶太人到德國集中營。
羅馬尼亞是其中一個積極迫害猶太人的德國盟友。1940年總理安東內斯庫上臺執政後，法西斯組織鐵衛團開始在國內大量迫害猶太人，即使鐵衛團在41年因政變失敗而被安東內斯庫總理消滅也未停止。羅馬尼亞軍隊在蘇德戰爭時期在敖德薩及雅西屠殺了大量猶太人（1941年敖德薩大屠殺）。1942年夏羅馬尼亞政府開始大量運送猶太人去德國及德國佔領地的集中營。
保加利亞於1941年有針對猶太人的政策，在德國壓力下，保加利亞政府運送居住在保加利亞佔領區的猶太人去特雷布林卡滅絕營。1943年，在東正教教會抗議下，保加利亞沙皇鮑里斯三世停止了運送猶太人去德國集中營。
1942年芬蘭在德國壓力下運了150-200名非芬蘭裔猶太人去德國，在民眾反對下，最終芬蘭政府只運了8名非芬蘭裔猶太人去德國集中營，只有一名在戰後活下來。
1945年4月12日被盟軍解放的，約有20,000名囚犯死于營中。
第三帝國於成立之初即創建了集中營。起初，集中營只用於關押犯人，儘管死亡率高達50％，但并非專用于屠殺。1939年后，集中營越來越多地處死猶太人、戰俘，或讓其苦役、不給飯吃、虐待等等。據估算，德國在歐洲占領地建立起約15,000座集中營。，直至1942年，德國僅在波蘭境內就建立了6所專司大規模屠殺的大型集中營。新集中營主要關押猶太人、波蘭知識分子、共產黨人、羅姆人、辛特人。這些囚犯通過鐵路運送，其惡劣的環境導致許多人還沒到目的地就一命嗚呼。
苦役是一種系統化的滅絕政策——囚犯會被處以苦役、勞動致死，或是竭力工作后，被送往毒氣室或槍決。奴隸們會被用于軍工制造，如在生產V-2火箭，或是茅特豪森－古森集中營生產其它武器。
進入時，一些集中營為囚犯印制臂章。勞力的工作時間表為12-14小時輪替制。有時，囚犯們的點名就需要幾個小時，導致許多人暴曬致死。
華沙猶太區中倒地的兒童
1943年的華沙猶太區起義行動失敗，德軍將猶太人趕出防空洞的場景。
在入侵波蘭后，納粹設立了猶太隔離區，囚禁猶太人和一些羅姆人，并最終將他們送往滅絕營。1939年9月29日，海德里希在給別動隊頭子的信中命令建立委員會。每個隔離區由一個猶太委員會（Judenrat）管理，德方任命猶太社區領袖，后者負責隔離區的日常運轉，包括分發食物、水、取暖、設立庇護所等。委員會的基本策略是將損失最小化，與納粹合作，接受日益殘酷的虐待，懇求更好和更仁慈的待遇。委員會被要求安排人員，將他們送到滅絕營去，因此，在制定下一批離去的人員列表時，每一位猶太委員會成員都面臨著勇氣與品質的考驗。猶太委員會成員嘗試了拖延、賄賂、阻撓、求情、辯論等各種方式，直到逼不得已為止。有的如認為他們的責任是拯救“能夠”被救援的猶太人，這也意味著有部份人也將不得不被犧牲掉；反之，也有信仰邁蒙尼德思想的猶太人堅持除非有猶太人犯了重罪，否則一個人也不交出去。舉例來說，利沃夫的猶太委員會領袖博士拒絕為納粹編訂名單，結果被後者所槍決。1942年10月14日，別廖扎的猶太委員會拒絕與納粹合作，全體成員自盡而亡。
德方利用委員會的重要作用來對隔離區猶太人進行迫害的殺戮：一位官員強調“猶太委員會的權威必須在任何情況下得到支持和強化”，“任何服從委員會指令的猶太人都被視為破壞者。」當雙方合作破裂，如華沙隔離區的猶太抵抗組織取代了委員會的地位時，德國對局勢失去了控制。
華沙隔離區是最大的隔離區，有約380,000人；羅茲隔離區位列第二，有約160,000人。在現實中，隔離區人滿為患，邁克·貝倫鮑姆將其形容為“緩慢、被動的謀殺”工具。雖然華沙隔離區的人口占波蘭首都總人口的30%，但它在面積上只占城市的2.4%，也就是說平均每個房間里住9.2人。在1940到1942年間，饑餓與疾病，特別是傷寒奪取了數以成百上千人的生命。1941年，有43,000人在華沙隔離區喪命，比例超過十分之一；1942年，有超過一半的人在特萊西恩施塔特集中營死亡。1942年7月19日，希姆萊開始下驅逐令，三天后的7月22日，驅逐從華沙隔離區開始；在之后的52天、到12月12日為止，有300,000乘坐火車離開華沙，前往特雷布林卡滅絕營。很多隔離區一下子變為空城。1942年12月，波蘭東南方的發生了首次的隔離區武裝起義。1943年時又有幾個規模稍大的隔離區也出現了類似的武裝起義，例如華沙和比亞韋斯托克隔離區，但猶太人的抵抗很快地就被擁有壓倒性優勢的納粹軍隊所鎮壓，倖存者不是被處決就是被送進滅絕營中。
二戰中，一系列對猶太人的迫害在當地出現，有的受到了納粹德國的煽動，有的則是自發形成的。例如德國的盟友羅馬尼亞王國在1941年6月30日在境內的雅西爆發了大規模反猶迫害行動，約有14,000名猶太人被羅馬尼亞居民和警察打死。1941年7月，波蘭耶德瓦布內境內的波蘭人在德方秩序警察的目睹下將300名猶太人關入穀倉、放火燒死，此前該地也另有40名猶太人被德國人處死。這些事件經過由於2000至2003年透過考古學家和人類學家對遺骸的發掘考證而得知，也因此推翻了早期遇難者估計人數較多的傳聞。1942年1月，德國另一位盟友匈牙利王國也在其佔領區諾維薩德內屠殺了3000名猶太人及塞爾維亞人，一些猶太人被匈牙利皇家陸軍運去德國在塞爾維亞救國政府的集中營。
東部戰線寄到德國本土，卻中途被所截獲。
1941年6月，納粹德國進攻蘇聯，屠殺猶太人的行動進入了新階段。在德軍占領立陶宛后，大屠殺的規模加劇了。在年終前，立陶宛全國近80%的猶太人被殺害，約有220,000人罹難。蘇聯領土在1942年早期被侵占，包括白俄羅斯、愛沙尼亞、拉脫維亞、立陶宛、烏克蘭、以及列寧格勒-莫斯科-羅斯托夫以西的俄羅斯。這當中有約300萬名猶太人，其中包括在1939年逃離波蘭的人。
一些蘇聯被占領土上的當地居民對屠殺號召做了積極響應。在立陶宛、拉脫維亞、和西烏克蘭，當地居民從德國人一道積極參與對猶太人的屠殺活動。 拉脫維亞人阿拉沙·科曼多是一個協助人員的例子。在南方，烏克蘭人殺死了約24,000名猶太人。另外，拉脫維亞人和立陶宛人從他們自己的國家出去，跑到白俄羅斯那里殺當地的猶太人。烏克蘭總督轄區則建立集中營，為波蘭提供屠殺場所。克羅地亞獨立國的法西斯組織——「烏斯塔沙」也積極執行迫害和屠殺，但歸根到底是德國人組織和引導這些當地人參與大屠殺活動的。
很多大屠殺在公共場所進行，這與以往相比有所不同。目擊證人稱這些屠殺活動包含了當地人的參與。別動隊的屠殺活動常常以反游擊隊、打擊土匪為理由，但德國歷史學家認為這不過是德軍的借口，這些在俄羅斯發生的事情完全符合“戰爭罪”和“反人類罪”的標準。黑爾格魯伯堅持屠殺220萬手無寸鐵的男人、婦女、兒童的種族主義意識形態毫無道理可言，而德國將軍們稱別動隊在打擊游擊隊的托詞根本是在撒謊。
德國國防軍與黨衛隊在反游擊隊和反猶太人的工作中彼此密切合作。在1941年中期，黨衛隊騎兵旅赫爾曼·菲格萊因在“反游擊隊”普里皮亞季沼澤地殺死了699名紅軍士兵，1,100名游擊隊員和14,178名猶太人。在行動前，菲格萊因命令將所有猶太成年人槍決，爾后將婦女而兒童趕入沼澤地。在行動后，指揮德國中央集團軍後衛部隊的將軍在1941年8月10日命令所有德國國防軍後衛部隊在反游擊隊的任務上效法菲格萊因，并于1941年9月24-26日與黨衛隊一道在莫吉廖夫組織了聯合演習，研究殺死猶太人的最佳方案。演習的結果是警衛營第7連在一個叫金沙薩（Knjashizy）的小村子射殺了32名猶太人，軍官們對此美名其曰稱這是從人群中“篩查”游擊隊的方式。第322營的戰爭日記上這樣寫道：
根據他們在莫吉廖夫演習中學到的東西，一位德國國防軍長官告訴他的部下：“有游擊隊的地方就有猶太人，有猶太人的地方就有游擊隊”。在1941年11月24日的第24號令當中，第707師師長稱：
德國歷史學家是德國國防軍戰爭犯罪方面的專家，他認為德國國防軍在大屠殺上起了重要作用，並將罪過全部歸結到黨衛隊上，因此將德國國防軍視為被動的、不情愿的旁觀者是錯誤的。海爾堡則認為別動隊的指揮官們都是普通人，而絕大多數動手的是專業人士，有的甚至是知識分子。他們傾盡所學的一切技能，成為了高效的殺手。
在蘇聯占領地的大規模屠猶任務由黨衛隊的別動隊來完成，由海德里希統一指揮。1939年的波蘭屠殺尚存局限，但如今卻在規模上有所升級。別動隊A隊負責波羅的海地區，B隊負責白俄羅斯，C隊負責烏克蘭北部和中部，D隊負責摩爾多瓦、南烏克蘭克里米亞，并在1942年負責高加索地區。
在審判庭上稱：“別動隊的任務是保護軍隊后防，屠殺猶太人、吉卜賽人、共產黨人以及其它會對安全產生威脅的人員。”實際上，被害人基本上全是手無寸鐵的猶太平民(在整個行動中，別動隊連一個隊員都沒有犧牲)。到1941年12月，四分隊給出的成績分別是125,000人、45,000人、75,000人、55,000人——總計為300,000人——主要方式是在城鎮外執行槍決或扔手榴彈。1942年4月6日是逾越節的第二天，別動隊在烏克蘭皮里亞京屠殺了1,600名猶太人。
在蘇聯占領地上最為臭名昭著的是基輔外的「娘子谷大屠殺」，在1941年9月29-30日的單次行動中就有33,771名猶太人喪命。軍政府長官少將，南方集團軍麾下的警察部隊總司令——和別動隊C隊司令決意要消滅基輔內全部的猶太人。由黨衛隊、保安處和烏克蘭當地警方執行殺戮。雖然第六集團軍沒有直接參與，但他們在將基輔猶太人趕出城鎮，送入娘子谷上起了關鍵作用。
周一，基輔的猶太人聚集在公墓，準備登上火車。由于人群龐大，大多數的男人、婦女、兒童都沒有來得及知道怎么回事，就聽到機槍響起，無處可逃。人們被一群士兵驅逐，然后被射殺。一位卡車司機描述道：
:他們一個接著一個地放下行李，然后脫下大衣、鞋子、外套、內衣… 當脫干凈后，他們被帶到150米長、30米寬、15米深的谷中… 當他們到達谷底時，強迫他們躺在已經被射殺的猶太人身上… 尸體層層堆積。警方的射手過來，用沖鋒槍射擊他們的脖頸… 我看到這些射手站在尸體層上，一個接著一個地射殺著… 射手會踏著尸體，走到下一個人旁邊，后者躺臥在地，射手對其行刑。
1941年，希姆萊在明斯克目睹了100名猶太人在城鎮外的溝內被射殺，他的副手在日記中寫道：“希姆萊的臉色變青。一塊兒腦漿濺到他的臉上，他拿出手絹將腦漿擦掉，然后嘔吐不止。”心情平復後，他向黨衛隊員訓話，稱執行任務時必須遵守“納粹黨的最高道德準則”。
盟軍發現的廢棄齊克隆B罐子
從1939年12月起，使用毒氣作為屠殺的新方式。起初，毒氣罐被裝置成筒形，放入密閉的貨車中，用以處決療養院中的精神病人。作為T-4行動的一部分，它被廣泛用于波美拉尼亞、東普魯士、波蘭占領區等地。在薩克森豪森集中營，能處決多達100人的大毒氣車在1941年11月被使用，設備為發動機排氣裝置而不是筒形。這些毒氣車在1941年12月被切姆諾滅絕營采用，其它15個則被別動隊用在了蘇聯占領地上。這些毒氣車由黨衛隊生產，并由黨衛隊國家安全部監督使用。毒氣車殺死了約500,000人，主要是猶太人、羅姆人和其它種族。這些毒氣車被細心地監控著，在一個月的觀察后，報告指出：“三輛車被使用了97,000次，沒有出現一點故障。”。
波蘭總督府的漢斯·法郎克表示需要研發更加新型有效的屠殺工具，而不是簡簡單單對這些人執行槍決。“我們應該更進一步，設計一些辦法來處決他們。” 這個問題時的黨衛隊實驗出大規模毒氣屠殺方式。克里斯蒂安·沃思（Christian Wirth）可能是毒氣室的發明人。
1942年1月20日，萊因哈德·海德里希在柏林郊區萬湖主持了萬湖會議，有15名納粹領袖，把包括一些國務秘書、政府高官、納粹黨領袖、黨衛隊官員以及其它制定與猶太人政策相關的政府部位領導人。會議最初的目的是討論“歐洲猶太人問題”的徹底解決方案。海德里希有意“在各個不同的占領地區規劃出大規模屠殺.&nbsp;.&nbsp;. 作為希特勒下達的解決歐洲猶太人問題的答復……為了確保執行，必須讓部委層級官僚知曉，并使其共同承擔執行這項政策的責任。”
艾希曼所作的備忘錄副本被留存了下來，然而海德里希的指示是以“委婉語”的風格寫成，因此會議上的真實用語無從知曉。海德里希在會議上的意見表明將把猶太人轉送至東方，代替之前的對外移民政策。這項政策不過是最終解決方案之前的一個臨時計劃，涵蓋了1100萬名猶太人，范圍不但包括德國，而且包括了世界上的其它主要國家，如不列顛、美利堅。解決方案是毫無懸念的：“海德里希明確說明在『最終方案』階段，猶太人必須以苦役和大屠殺的方式全部殲滅。”
官方稱猶太人在波蘭總督府有230萬人，匈牙利有8.5萬人，其它國家有110萬人，蘇聯500萬人，但200萬依然在未被控制的領土上。這樣，總計為650萬。他們將會用火車送至地處波蘭的「滅絕營」，然后立即被送入毒氣室。在一些營地，如奧斯維辛營，可以勞動的就先留下，然后再殺。戈林的代表，博士則帶走了一少部分人用于工業生產。
File:Wannsee-room.jpg|萬湖公館的飯廳，會議在此召開。1942年1月20日，15人在桌上討論了“猶太人問題最終解決方案”，并認為這是帝國最佳、最高明的方案。
File:Wannsee Conference - List of Jews in European countries.JPG|萬湖會議備忘錄副本。上面記錄了歐洲各國猶太人數。
File:Arbeit-auschwitz04.jpg|奧斯維辛集中營入口的“勞動帶來自由”
File:Ruin of the gas chamber of Crematorium II.jpg|奧斯維辛集中營二號火葬場的毒氣室遺址。大屠殺學者稱該地共殺害了500,000人，是全球人死最多的地方。
File:Hoefletelegram.jpg|圖為1943年1月寄給阿道夫·艾希曼的電報，報告稱在1942年的「萊因哈特行動」中，四所營地處決了1,274,166名猶太人。
File:Auschwitz-birkenau-main track.jpg|奧斯威辛集中營
伊恩·克肖在他1983的著作——《第三帝國公眾意見和政治異議》（Popular Opinion and Political Dissent in the Third Reich）一書中探討了巴伐利亞納粹時期的「日常歷史」（Alltagsgeschichte）。就巴伐利亞人的大多數態度來看，克肖認為最常見的態度是對猶太人的遭遇漠不關心。克肖稱大多數巴伐利亞人只是模糊地知道“浩劫”的存在，較之“猶太人問題的最終解決方案”來說他們更關心正在進行的戰爭。克肖做了一個類比：“仇恨建造了通往奧斯維辛的路，但做鋪墊的卻是冷漠。”
克肖的觀點是巴伐利亞人就“浩劫”來說是冷漠的，并暗示德國大眾也同樣如此。這一觀點受到以色列歷史學家、納粹德國大眾意見專家奧托·德芙·卡爾卡(Otto Dov Kulka)，和加拿大歷史學邁克·凱特(Michael Kater)的批評。凱特堅持克肖淡化了公眾的反猶情緒；納粹德國時期，許多“自發的”反猶行動上演，是由于許多德國人參與的緣故，但將納粹看成反猶主義的唯一源泉是錯誤的。卡爾卡稱大多數德國人的反猶情結比克肖《第三帝國公眾意見和政治異議》中描寫的更加強烈，而不是簡簡單單的“冷漠”，“被動服從”可以說是在美化德國人了。
在研究猶太或德意志反納粹統治問題上，德國歷史學家在他1983的論文《德國抵抗運動和猶太人》（Der Deutsche Widerstand und die Juden）稱絕大多數反納粹民族保守主義者也是反猶主義。迪珀寫到民族保守主義“官僚就法律上對排斥猶太人一直到1938年都坐視不理。”雖然迪珀注意到德國抵抗組織沒有一個支持大屠殺，但他也提到民族保守主義者也沒有打算在推翻希特勒后恢復猶太人的權益。迪珀繼續辯稱，反對派“中大部分德國人... 認為“猶太問題”存在，應該得到解決...”。
2012年的研究發現在柏林就有3,000個不同功能的集中營，在漢堡則有1,300個，研究員認為德國大眾不可能對這種大事兒不可能不知道。認為德國民眾從總體上來講是知情的。蓋拉特萊稱，政府通過媒體公開了他們的計劃，民眾也都了然，只有毒氣室除外。與之相反的是歷史證據顯示絕大多數受害人在送入集中營之前，不知道等待他們的命運是什么，或是拒絕承認噩運；他們只是天真地認為自己不過是將被重新安置罷了。
德國歷史學家搜集了法蘭克福奧斯維辛審判的迫害見證人資料，在1965年寫成論文《命令與服從》（Command and Compliance）。文章提到屠殺猶太人和其他人時，命令并沒有添加脅迫，執行該命令的是出于自由意志。布海姆寫道回避執行殺戮命令的機會“...不但隨時出現，而且比人們所愿意承認的更加實際...”，并寫道沒有證據顯示拒絕履行命令的黨衛隊員被拖入集中營或是被處決。不但如此，黨衛隊規章禁止“無端的虐待”，希姆勒要求他的手下保持“風度”，虐待被認為是行為人極端殘忍，或是期望突出表現自己是個非常熱心的納粹黨員。最后，他認為非犯罪傾向者施刑是因為他們愿意遵守團體價值，害怕被貼上“懦弱”的標簽。
大屠殺歷史學家于1992著書《普通人：預備警衛營101營和波蘭的最后解決方案》（Ordinary Men: Reserve Police Battalion 101 and the Final Solution in Poland），他在其中討論了德國秩序警察預備營101營，該營負責將猶太人圍捕，送往納粹死亡營。預備營的服役者都是來自漢堡的中年男子，工人階級出身。他們不適合執行軍事任務，也沒有在荼毒生靈上接受太多訓練。司令員則為部下給出選擇：如果他們覺得受不了的話，就可以不參加。絕大多數人沒有拒絕——一個500人的營中只有15人選擇退出。根據米爾格拉姆實驗，布朗寧認為營隊的士兵們之所以殺人，是因為服從權威和朋輩壓力，而不是嗜血或是仇恨。該書的隱含意思是當環境是緊密團結的群體時，絕大多數人會服從權威，并被認為是合法的，雖然道德上感到令人憎惡——這一假說在米爾格拉姆實驗中得到了詳細研究。
俄國歷史學家賽奇·庫德里亞索夫（Sergei Kudryashov）對黨衛隊集中營的守衛訓練做了研究，后者負責為萊因哈德行動死亡營提供協助。一些特拉維尼基的守衛是紅軍戰俘，他們自愿參加黨衛隊以脫離戰俘營。克里斯托弗·布朗寧在《普通人》（Ordinary Men）一書中寫道，檢驗那些與德軍合作者（一般通稱「志願者」）的方式為態度上是否反共（當然也就等同是否反猶）。他們中絕大部分是烏克蘭、拉脫維亞、立陶宛的“志愿協助者”（Hilfswillige），即非徳裔的德國軍人。與布朗寧不同，庫德里亞索夫則稱他沒有發現特拉維尼基志愿兵與反猶主義或納粹主義有絲毫的聯系，許多人在被俘虜前都是共產黨人。雖然特拉維尼基守衛都沒有特殊情結，但他們依然執行了黨衛隊虐猶的命令，而他們在虐猶上是“系統性的、沒有理由的”。雖然不是所有人都參加了行刑活動，但為萊因哈德行動死亡營服役的絕大多數人都殺了不少猶太人。和布朗寧一樣，庫德亞斯紹夫辯稱特拉維尼基人是普通人變劊子手的典型案例。
特拉維尼基人（Trawnikim?nner）在所有主要滅絕營都有部署，負責協助“最終解決方案”——這也就是訓練他們的初衷。在那里，他們都積極參與了迫害猶太人的活動。
+各大滅絕營死亡人數估算
位置（波蘭境內）
58–97,000
瑪麗·特羅斯特內茲
在1942年間，除了奧斯維辛營以外，其它五個地點也被設立為滅絕營，用以執行萊因哈德計劃。其中兩個，即海烏姆諾營和馬伊達內克營已經被用作苦役營，后被改裝、加入滅絕屠殺設備。三個新營被搭建了起來，單獨為快速屠殺使用，即貝爾賽克營、索比堡營、特雷布林卡營。第七個營是白俄羅斯的瑪麗·特羅斯特內茲營，也承擔同樣的任務。亞塞諾瓦茨營則負責解決塞爾維亞人。
滅絕營常常與集中營相混淆，如達豪集中營和貝爾森集中營。集中營主要在德國境內設立，負責關押囚徒、對納粹敵人施行苦役（如共產黨人或同性戀）。集中營也應該與苦役營區別開來，后者在所有德控區都有設立，負責對各種人士，包括戰俘在內，施行苦役。所有納粹營都遍布饑餓、疾病、疲勞，因而死亡率極高，但滅絕營是單獨為大規模殺戮而設立的。
滅絕營由黨衛隊管理，但絕大多數的守衛是烏克蘭、波羅的海輔助人員。普通德國士兵則被排除在外。
集中營毒氣室的人員都是由火車運送的。有時，火車直接開進毒氣室，但通常先由營地醫生對每個人進行篩檢，將一小部分適合工作的拉出來做苦役。絕大多數人則被送入接待區，在那里脫光衣服、放下行李，交由納粹沒收，用以資助戰爭。之后，人們被赤身裸體地趕進毒氣室。通常情況下，他們得到的告知是浴室或是「除虱滅蚤室」，門外的告示是“洗浴”或“桑拿”。有時，守衛會給他們發放一小塊肥皂或毛巾，用以減輕恐慌，并提醒他們記住自己衣物存放的地方。坐車許久后人們喉嚨干渴，提出要水喝時，被告知營地裡有咖啡等著，「趕快走，否則咖啡就涼了」。
美國偵察機拍攝的奧斯維辛-比克瑙營，1944年9月13日。
根據奧斯維辛營長的供述，第一室可容納800人，第二室可容納1,200人。當屋子裝滿人后，門就被關上鎖死，齊克隆B從通氣孔被送入室內，釋放有毒的HCN，即氰化氫。室內的人會在20分鐘內死亡，死亡的速度則與囚徒離通氣孔的距離遠近有關。根據霍伯（H??）的觀點，1/3的受害人是立即斃命。黨衛隊醫生約翰·克雷默（Johann Kremer）負責監視毒氣釋放，他作證稱：“受害人的呼喊和尖叫可以從開口處聽見，很明顯，他們在為性命掙扎。”由于毒氣室常常人滿為患，當開門處理時，受害人的姿勢常常是半蹲著的，他們皮膚的顏色為粉色，有紅色和綠色的斑點，有的嘴上口吐白沫，有的耳朵出血。
之后，毒氣被排出，尸體被移除（可能會用上4個小時），黃金假牙或蛀牙上的鑲金會由懂得牙醫學的囚徒用鉗子剝離，婦女的頭發會被剪除。毒氣室的地面被清理，墻壁被粉刷。這項工作由特遣隊（Sonderkommando）負責，隊員則為猶太囚徒。在第1、2號火葬場，特遣隊員住在火葬場上方的閣樓裡；在第3、4號火葬場，他們住在毒氣室中。當特遣隊員處理完尸體后，黨衛隊士兵對其進行抽查，確認所有的黃金都從受害人的嘴里剝離出去。如果發現有遺漏的，那么對其負責的特遣隊員會被扔進火爐，以示懲罰。
最初，尸體被放入深坑，蓋上石灰。在1942年9-11月，希姆萊下令，尸體被掘出焚燒。在1943年早期，新的毒氣室和火葬場被建造，以適應眾多的人數。
在華沙猶太區起義過程中，被德國人俘虜的猶太人以及從防空洞中被強行拉出來的猶太人。這種照片來自于尤爾根部隊(Jurgen)向海因里希·希姆萊所提交的一份報告。
華沙猶太區起義
在《歐洲猶太種族的毀滅》一文中，勞爾·希爾伯格寫到：
:猶太人對此所做的反應的典型特征是幾乎完全沒有任何抵抗。與德國納粹的宣傳形成了鮮明對比的是，對猶太人的反抗進行記錄的歷史文獻，無論是毫不隱晦的直接描述還是委婉的間接記錄都少之又少。在整個歐洲范圍內，猶太民族并沒有建立任何反抗組織，也沒有任何武裝行動計劃和藍圖，甚至連心理戰的計劃方案都沒有。這些猶太人完全是毫無準備、措手不及的。
:… 按照德國納粹對傷亡人數的統計，猶太人的武裝反抗被弱化到微不足道的水準。
:… 整個毀滅過程的一個很重要的組成部分取決于猶太人的參與度，從個人零散的單獨的行為到群體的有組織的統一行動。
:… 一些猶太人的反抗組織試圖扭轉大屠殺開始時整個猶太民族的無抵抗狀態，這些反抗組織喊出了“不要做等待宰殺的羔羊”的口號。
:… 一次在德國西部的一個監獄中，有人問掌握著兩個死亡集中營的佛朗茲·斯坦格爾（Franz Stangl），他對猶太難民所做的回應是什么。佛朗茲·斯坦格爾說，直到最近他才讀到了一本關于旅鼠的書，這本書讓他想起了特雷布林卡。
彼得·隆格里奇（Longerich）在他所做的一項重要研究中發表了類似的看法：“從猶太人的角度來看，他們幾乎沒有做任何抵抗”。希爾伯格提到了猶太人歷史上所遭受的迫害，以此來解釋猶太人對這次大屠殺所表現出的服從態度：過去的幾個世紀以來，猶太人在遭受迫害時一貫的做法就是向壓迫者發出吁求，服從命令，以期能夠避免使矛盾進一步激化，從而減輕猶太人所受到的傷害，一直忍耐，直到大屠殺結束。“在這些遭受壓迫的歲月裡，太多的猶太人成為犧牲品。但是猶太民族總是能夠重新站起來，就像一塊巖石從退去的浪潮中再次嶄露頭角。猶太民族從未從地球上消失過。”他們只是“被歷史的夾縫困住”，而且等他們意識到這是一個艱難的時期時，已經是很久以后的事情了。
蒂莫西·斯奈德（Snyder）在討論華沙猶太區起義這一事件時也表達了相似的看法，他指出，大規模驅逐發生之后，僅僅是在1942年7月到9月這三個月期間，猶太民族才達成一致意見，共同意識到武裝抵抗的必要性。發源于猶太保守政治中心的被動性被拋棄，取而代之的是猶太人群體與戰前的波蘭政府達成讓步協議從而取得了整體勝利。到最大規模的武裝反抗運動爆發時，也就是1943年爆發的華沙猶太區起義，只有少數波蘭猶太人幸存。
耶胡達·鮑爾以及其他歷史學家爭論說，猶太人的反抗運動不僅包括身體反抗，也包括任何使猶太人在充滿屈辱和慘無人道的條件下重獲尊嚴和人權的精神反抗活動。
:在每個猶太人聚居區，在每次大驅逐過程中，在每個勞工營地、甚至在死亡集中營中，反抗的意愿是強烈的，且以多種不同的形式表現出來。以所能夠找到的為數不多的武器進行抗爭，個人的反抗和抗議行為，在死亡的威脅之下尋找食物和水的勇氣，讓德國人無法實現其對猶太人的驚慌和絕望幸災樂禍的無恥企圖。
:甚至于無抵抗也是一種抵抗形式。死的有尊嚴也是一種抵抗形式。抵抗殘酷的讓人絕望的邪惡力量、拒絕讓自己被降低到和動物同等的水準、經受痛苦和折磨的考驗、讓摧殘者比自己更早地進入墳墓，這些都是猶太人的抵抗行為。最后，僅僅是見證這些事件就是對最終的勝利所做的貢獻。讓自己存活下來就是人類精神的勝利。
::::——馬丁·吉爾伯特。《大屠殺：猶太人的悲劇》
猶太人反抗過程中被俘虜的猶太成員，華沙猶太區，1943
希爾伯格爭辯說，不能高估猶太人的反抗力度，也不能采用吉爾伯特對猶太人的反抗活動所做的無所不包的定義。“當相對孤立的或分散性的抵抗行為代表著典型的猶太人反抗行為，則德國人的衡量尺度的一個基本特性就被湮沒了”，也就是說，對溫順無辜的人民所做的慘無人道的屠殺被美化成某種形式的戰爭。“反抗活動的高漲帶來的另一個后果是，自認為自己才是真正的反抗者的猶太人對這一現象感到憂慮。如果英雄氣概屬于歐洲猶太群體中的每一個成員，則真正采取行動的少數猶太人的功績就會在很大程度上被弱化。”最后，采取被動態度的大多數猶太人和采取積極行動的少數猶太人被混合在了一起，“這不僅是一種稀釋形式，在一個謹慎而不愿抵抗的民族中組織抵抗運動會面臨多種多樣的問題，而這種混淆就遮蓋了這些問題；這種混淆也回避了許多與這一群體相關的問題，包括該群體的思維方式以及生存策略。”如果不提及這些問題，就沒有辦法書寫猶太人的歷史。
最著名的猶太人武裝反抗活動就是爆發于1943年1月的華沙猶太區起義，在這次起義過程中，武器裝備非常簡陋的幾千名猶太戰士迫使SS陷入困境并持續四周的時間，但是隨后這些猶太武裝力量被遠遠強大于其的武裝力量擊潰摧毀。根據猶太人的敘述，在這次起義過程中，有幾百名德國士兵被殺，而德國人卻對外聲稱只有17名士兵被殺害，93名士兵受傷。根據德國納粹的統計數字，有13000名猶太人被殺，57885名猶太人被驅逐。這次起義結束之后，緊接著，1943年五月，位于特雷布林卡死亡集中營的猶太人爆發了反叛運動，其中200名猶太人從集中營中逃出。他們制服并殺死了一些德國納粹護衛，并放火燒了集中營，但是在這次反叛過程中，有900名猶太人被殺害，在600名成功出逃的猶太人中，只有40人在戰爭中幸存下來。兩周之后，在比亞韋斯托克省（Bia?ystok）猶太區也爆發了起義運動。
九月份，在維爾納猶太區爆發了一場短暫的起義。十月份，600名猶太囚犯，包括猶太蘇聯戰俘，試圖逃離索比堡死亡集中營。猶太囚犯殺死了11名德國納粹黨衛隊長官以及一些集中營護衛。但是，這一行為被德國納粹軍隊發現了，納粹軍隊企圖放火燒死這些猶太囚犯，結果集中營中的猶太人不得不在熊熊烈火中奔忙逃命。在這次逃亡過程中，犧牲了300名猶太囚犯。而那些幸存者要么在營地周圍的礦場中喪生，要么重新被俘虜并慘遭殺害。大約只有60名猶太人成功逃離了集中營并加入了蘇維埃黨派。1944年10月7日，位于奧斯維辛的250名猶太特遣隊隊員（Sonderkommando）攻擊了守衛，并用炸藥炸了四號火葬場，這些炸藥是三名女囚犯從附近的一個工廠中偷偷運出來的。在這次起義過程中，有三名德國納粹守衛被殺死，其中一個被塞到了火爐中。特遣隊隊員試圖發起一場大規模的起義運動，但是很快全部250名猶太特遣隊隊員都被殺害了。
據估計，在東歐，大約有20,000到30,000名猶太游擊隊員積極地同納粹分子及其勾結者作戰。這些游擊隊員致力于與納粹分子展開游擊戰和破壞活動，鼓動居住于猶太區的猶太人起義，并釋放猶太囚犯。僅僅在立陶宛，這些猶太游擊隊員就消滅了將近3000個德國士兵。參加同盟軍軍隊的猶太士兵多達140萬人。其中，大約40%的猶太士兵在蘇聯紅軍軍隊中作戰。在參加蘇聯紅軍隊伍的猶太士兵中，大約200,000名猶太士兵在戰爭中犧牲。在英國軍隊中，有一個猶太人組成的軍隊積極同納粹分子作戰，這個猶太軍隊是由5000名來自英屬巴勒斯坦托管地的志愿者所組成的。在西部沙漠戰役中，來自于特殊聞訊小組的以德語為主要語言的猶太志愿者組成了突擊隊，在前線后方對納粹黨實施破壞活動。
在被納粹占領的波蘭和蘇維埃領地上，成千上萬的猶太人成批逃離到沼澤地或森林中，或加入了游擊隊，盡管游擊隊組織并非總是歡迎這些猶太難民的加入。在立陶宛和白俄羅斯，有一個區域聚集著眾多的猶太人，且這一區域也是非常適合游擊作戰的區域，在這里，猶太游擊隊拯救了成千上萬的猶太難民，使其免遭屠殺的厄運。而對于生活于布達佩斯等城市里的猶太群體而言，就沒有這樣好的機遇了。但是，在阿姆斯特丹以及荷蘭的其他地方，許多猶太人積極地活躍于荷蘭反抗運動中。蒂莫西·斯奈德寫到，“華沙起義運動中的其他戰士是1943年猶太區起義遺留下來的老兵。在這些猶太人中，大多數猶太人都加入到了波蘭家鄉軍中；其他一些猶太人加入到了人民軍隊中，或者甚至加入到了反猶主義的國家武裝軍隊中。一些猶太人（或是猶太族裔的波蘭人）已經加入了家鄉軍軍隊和人民軍隊。幾乎可以肯定的是，參與了1944年8月的華沙起義運動并作戰的猶太人的人數超過了1943年4月的華沙猶太區起義運動中的猶太人的人數。”參加游擊隊僅僅是年輕健壯且愿意離開家人的猶太人的一種選擇。許多猶太家庭更愿意死在一起而非被分離。
法國猶太人也非常積極地參加了法國抵抗運動，法國的抵抗運動對納粹和法國維希當權者進行了游擊作戰，并且為橫掃法國的同盟軍提供了幫助，為同盟軍提供了支持，包括解放法國的武裝力量，和同盟軍一起為解放許多被占領的法國城市而作戰。盡管猶太人在整個法國人口中僅僅占到百分之一的比例，但是在法國反抗運動中，猶太人的人數占到整個反抗隊伍的15%到20%。猶太青年運動EEIF最開始時對維希政權表示了支持的態度，但是到1943年這項運動被當局禁止，這一組織中的許多成員又組成了武裝反抗團隊。猶太復國主義者也組建了猶太軍隊（猶太人的軍隊），這些軍隊在猶太復國主義的旗幟下參與了武裝反抗活動，并幫助猶太人秘密地逃離法國。這兩個組織在1944年合并為一體，并參加了解放巴黎、里昂、圖盧茲、格勒諾布爾和尼斯的戰斗。
:許多人認為大屠殺中的猶太人就像等待宰殺的羔羊，沒有任何的反抗，但是這并非真實的情況——可以說這是完全錯誤的看法。在反抗運動中，我與許多猶太人并肩作戰，密切協作，我可以告訴你們，他們敢于承擔的風險遠遠超過我所愿意承擔的風險。
::::——皮特米爾伯格（Pieter Meerburg）
1943年華沙猶太區起義運動中，黨衛隊站寧死不屈者的周圍
對于絕大多數的猶太人而言，反抗運動只能采取延遲、逃避、協商、談判等被動的形式，在可能的情況下，還可以采取賄賂德國官員的形式。納粹分子強迫猶太人群體自行維持群體的治安，通過在德國建立德意志猶太人協會（Reichsvereinigung der Juden）和在被占領的波蘭領地的城市猶太區中組建“猶太人委員會”（Judenr?te）等組織，以此誘使猶太人采取賄賂德國官員的形式來逃避迫害。每當猶太人拿出賄賂用的財物時，德國軍官就承諾做出讓步，這使得猶太群體中的領導者在這種善意的妥協行為中越陷越深，使得猶太群體不可能做出奮起反抗的決定。猶太人大屠殺中的幸存者亞歷山大·基梅爾（Kimel）寫道：“居住于猶太區的青年人幻想與納粹分子作戰，我認為盡管存在著多種因素阻礙我們對此做出回應，但是最重要的因素是隔離和歷史上形成的接受殉難的心理。”
歷史條件使得生活于歐洲的猶太群體形成了接受迫害和通過妥協和談判來避免災難的心理趨向，這是大屠殺過程中猶太人在很長一段時間內都未能做出反抗決定的最重要的因素，直到大屠殺接近尾聲時，猶太人才做出了反抗行為。直到當猶太人口從500,000人銳減到100,000人時，華沙猶太區起義運動才興起，直到這時，猶太人才明白進一步的妥協已經是不可能的了。保羅·約翰遜寫道：
:猶太人遭受迫害的歷史長達一千五百年之久，在這場曠日持久的遭受迫害的歷程中，猶太人形成的一種觀點是，反抗只會帶來犧牲，而不能自我拯救。猶太人的歷史、猶太人的神學理論、猶太人的民間風俗、猶太群體的社會結構、甚至猶太人的語言詞匯都造就了猶太人甘愿協商、甘愿付出、甘愿懇求、甘愿抗議，而不愿戰斗的特點。
對于德國納粹的真正意圖，猶太人群體一直被蒙在鼓里，可以說這種欺騙是系統性的，猶太人與外部世界的新聞來源之間被隔絕。德國納粹黨告訴猶太人他們要被轉移到工作營地——委婉地稱之為“移居到東部”——并通過各種縝密的謊言來維持這一假象，直到猶太人到達毒氣室的門前（因為毒氣室的門上張貼有標識，指明這是用于消滅虱子的毒氣室），德國納粹黨的欺騙和謊言都是為了避免猶太人的反抗。從照片中可以看出，猶太人在奧斯維辛和其他死亡集中營所在地的火車站下車，提著麻袋和手提箱，從他們的神態可以看出他們對等待著他們的厄運一無所知。關于死亡集中營的真相的傳言通過層層阻礙傳播到猶太區已經是很晚以后的事情了，且通常這些傳言并未被猶太區的居民采信，正如當波蘭反抗戰斗的戰士兼情報員簡·卡斯基（Jan Karski）把消息帶到西方同盟國時，這些消息并未得到同盟國的信任。
布達佩斯，匈牙利——韋謝萊尼（Wesselényi）街被俘虜的猶太婦女，1944年10月20日到22日
1942年6月萊因哈德·海德里希在布拉格被暗殺。接替他擔任黨衛隊國家安全部職位的是恩斯特·卡爾滕布倫納。卡爾滕布倫納和艾希曼在希萊姆的密切掌控下，監視著“最終解決方案”進行到高潮階段。從1943年到1944年，死亡集中營屠殺猶太人的速度幾近瘋狂，這些猶太人被火車從德國勢力范圍內的各個國家運往此處，等待被屠殺。到1944年的春天，每天在奧斯維辛有8000人被毒氣殺害。
盡管以猶太人聚居區為基地的軍事工業的生產量非常高，但是1943年這些軍工工廠卻被清算關閉，而軍工廠的工人也被送往集中營等待屠殺。其中最大規模的一次轉移是1943年初期華沙猶太區的100,000名猶太人被送往集中營，這一事件成為了華沙猶太區起義的導火索，而這一起義也遭到了殘酷鎮壓。1943年11月3日至4日，在收繳行動中（Aktion Erntefest），大約42000名猶太人被射殺。與此同時，列車每天從歐洲西部和歐洲南部出發，定時達到集中營所在地。居住于被占領的蘇維埃領地的猶太人很少有被轉移到集中營的：這一地區的猶太人的殺戮工作被轉交給了黨衛隊負責，并由從當地收錄的附屬軍隊提供協助。無論是采用了哪種屠殺方式，到1943年，活動于大多數蘇維埃領地的德國人都被驅逐了出去。
布達佩斯，匈牙利——匈牙利和德國軍人將被逮捕的猶太人趕到市民劇院中，
1944年10月
德國鐵路的主要運輸對象就是猶太人，猶太人被成批地運往集中營，1942年年底斯大林格勒戰役結束之后，德軍面臨的軍事局面更為殘酷，且同盟國加緊了對德國工業和運輸業的空襲，即使在這個時候，德國的鐵路和列車仍然源源不斷地把各地的猶太人送往集中營。軍隊的首領和經濟領域的管理者抱怨其人力資源被截流，且造成了大批難以被取代的熟練的猶太技術工人被殺害。但是，到了1944年，很明顯，大多數德國人不再被納粹黨的狂熱盲從所迷惑而失去理智，且德國在這場戰爭中必將失敗已經稱為一個明了的事實。許多高級軍官開始害怕等待著德國的報應和后果，更是懼怕他們作為個人將要遭到的報應，因為他們犯下了如此多的罪行，太多的罪孽都是以他們的名義而付諸實施的。但是希姆萊的軍隊和德意志帝國的黨衛隊太過強大，難以反抗，且希姆萊總是能夠使希特勒的政權聽從于他的命令。
1943年10月，希姆萊向駐扎波森（現波蘭波茲南）的納粹黨的高級官員發表了講話。在這次講話中，希姆萊比以往任何時候都更為直白地表明了他的真實意圖，他致力于滅絕歐洲的猶太種族：
:在這里，我的周圍都是同我的關系最為密切的官員，我們納粹黨的同志，我要向你們提到一個問題，一個所有人都認為理所當然的問題，但是這個問題對我而言卻是一生中最困難的問題，那就是猶太人的問題……我向你們提出一個要求，那就是我在此所講的每一句話你們都只能認真地傾聽，但是絕對不能對外人提到一個字……我們所要談論的問題是：這些婦女和兒童應當如何處理？對此我已經想出了一個非常清晰的解決方案。我并不認為我命令滅絕這些男人是有充分理由的——也就是說殺掉他們或命令士兵殺掉他們——并讓僅僅是兒童的復仇者長大成人……我們必須要做這個最艱難的決定，讓這個民族從地球上消失。
來自于盧森尼亞（Carpatho-Ruthenia）的猶太婦女和兒童抵達奧斯維辛死亡集中營之后，1944年5月/6月。
這場講話的聽眾包括海軍上將卡爾·鄧尼茨和軍備部長阿爾伯特·斯佩爾。在紐倫堡審判中，鄧尼茨聲明他對“最終的解決方案”一無所知，并且得到了法庭的采信。但是，斯皮爾在紐倫堡大審判中以及隨后的一場采訪中聲明“如果我沒有看，那是因為我不想去看”。在對這兩個人進行審判時，這篇談話尚未得到披露。
1944年初，大屠殺的規模有所縮減，因為被占領的波蘭境內的猶太人聚居區已經被清空了，但到了1944年3月19日，希特勒命令對匈牙利進行軍事占領（Operation Margarethe），且艾希曼被派遣到布達佩斯，監督匈牙利800,000名猶太人被驅逐出境。在此之前的一天，也就是1944年5月18日，希特勒曾私下里向匈牙利攝政王兼海軍上將霍爾蒂·米克洛什抱怨說：
:匈牙利在猶太人的問題上沒有采取任何行動，也沒有準備好與生活于此的猶太群體進行清算。
在這一年中，超過一半的猶太人都被運往奧斯維辛。在接受審判時，指揮官魯道夫·霍斯（H?ss）說在三個月的時間里他殺害了400,000名匈牙利猶太人。
屠殺匈牙利猶太人的計劃在納粹內部遭到了反對，一些人建議希特勒應與盟國進行交易，釋放這些猶太人以換取有利的和平協議。在伊斯坦布爾，希姆萊的代理人與英國特工及猶太組織的代表曾進行過非正式的商談，艾希曼曾一時計劃以一百萬猶太人交換一萬卡車的貨物——即所謂“”計劃，但這樣大規模的交易并沒有實際可能。
“在被德控波蘭境內對猶太人展開的大規模屠殺”，波蘭共和國向聯合國提供的信息，1942年。
從集中營逃出來的猶太人是非常少的，但是這些人并非是不為人知的。1944年，奧斯維辛集中營的指揮官報告說“當地的居民是狂熱盲信的波蘭人，且……隨時準備對他們無比憎恨的黨衛隊集中營工作人員采取任何行動。每一個設法成功逃離集中營的囚犯一經到達他們所遇到的第一個波蘭農莊，就會立刻得到這些狂熱的波蘭人的幫助。”但是，根據路德·林（Ruth Linn）的描述，從集中營中逃離出來的囚犯，尤其是猶太囚犯，根本不能指望當地居民或波蘭的地下組織為其提供幫助。
1942年2月，一名從切姆諾死亡營逃出來的囚犯，雅各·雅諾維斯基（Grojanowski），抵達了華沙猶太區，他向華沙猶太區一個安息日群體（Oneg Shabbat）詳細地講述了切姆諾集中營的情況。他的報告被稱為雅諾維斯基報告，通過波蘭的地下組織（Delegatura Si? Zbrojnych na Kraj）將這些消息傳播到了猶太區以外的波蘭烏茲市，到1942年6月，這些消息傳播到了倫敦。到這時為止這些人聽到該報告之后采取了什么行動是不得而知的。