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曾任中央研究院政治學研究所籌備處主任，2012年8月1日擔任中央研究院政治學研究所第一任所長。現在同時擔任國立臺灣大學政治系教授及中央研究院政治學研究所特聘研究員兼主任，是臺灣卓有聲望的中生代政治學者之一，專長為俄羅斯、東歐政治變遷研究、中國大陸研究、比較社會主義政經轉型、族群政治、國際關係理論及兩岸關係。
長年於國立臺灣大學政治系碩士班開設「兩岸關係研究途徑專題」、「社會主義經改比較研究專題」與「社會主義國家政治變遷與新興民主國家憲政體制專題」等課程，大學部則有「政治社會學」、「中國大陸研究通論」等頗受好評的課程，數度獲選為優良教師。惟自2018年伊始，即獲國立中央大學法律與政府研究所之邀擔任講座教授。
# 《Comparative Economic Transformations: Mainland China, Hungary, the Soviet Union, and Taiwan》
# 《共產世界的變遷》
# 《遠離社會主義》
# 《抗衡或扈從：兩岸關係新詮》
# 《俄羅斯轉型，1992-1999：一個政治經濟學的分析》
另在《World Politics》、《Asian Survey》等國內外著名期刊發表論文五十餘篇，
數次榮獲行政院國家科學委員會傑出研究獎，堪稱是一個教學與研究皆表現優異的學者。
吳玉山於2016年榮膺中央研究院院士。
國立政治大學國際事務學院東亞研究所，為國立政治大學國際事務學院成員之一，簡稱政大東亞所，為1968年由蔣中正總統直接指示開辦的學術機構，是臺灣戰後時期唯一培養「匪情研究」的大學研究所，成立之初目的在於培養「對匪鬥爭高級理論人才」。政大東亞所在1990年代漸趨轉型為區域研究機構，但仍以中國大陸問題（黨政、社會、外交、經濟）、中共黨史為主要研究對象。
政大首任所長創辦人是吳俊才，歷任中國國民黨黨政要職（中國國民黨中央文化工作會主任等）。吳俊才奉前總統蔣中正之命，同中華民國國際關係研究所合作創辦國際關係研究中心，正足顯示當時當時該所與國研中心的國家智庫定位。該所研究範圍廣泛，畢業生除從事教職與公職，在貿易界、政治界與傳媒界也有廣泛影響力，如現任中央通訊社社長樊祥麟。臺灣主導兩岸關係的政治人物，如曾擔任行政院陸委會副主委的吳安家，中國時報大陸新聞中心主任俞雨霖，民主進步黨中國事務部主任董立文等皆出自該所。由於戒嚴時期該所獨享中國大陸研究之特權，因此其他大學新設之大陸研究所之學者，多出自於此。
政大東亞所以培養「共黨理論」、「國際共黨運動」和「中國大陸問題」之高級研究人才為主要宗旨，東亞區域研究為輔，研究之重心隨客觀局勢之演變而調整。該所除與中國大陸知名大學保持長期學術合作關係外，與並有許多日籍與韓籍畢業生，陸續在兩國任教或擔任研究工作。該所且定期與中國人民大學國際關係學院、外交學院、北京大學國際關係學院、中國現代國際關係研究院、中國社會科學院世界經濟與政治研究所等機構舉辦學術會議活動。
* 留所任教者（專任）：魏艾、關向光、邱坤玄、王信賢、鍾延麟等人。
* 留所任教者（兼任）：楊開煌、姜新立、趙建民等人。
* 任教各大學者：施哲雄（致理科技大學）、齊茂吉（中央大學）、張榮豐（中華經濟研究院）、楊開煌（東華大學）、宋國誠（政大國際關係研究中心）、張五岳（淡江大學）、潘錫堂（淡江大學）、張雅君（政大國際關係研究中心）、董立文（中央警察大學）、何思慎（輔仁大學）、克思明（輔仁大學）、張弘遠（致理科技大學）、柳金財（育達科技大學）、包淳亮（中國科技大學）、王信賢（政治大學）、溫洽溢（世新大學）、陳重成（銘傳大學）、張登及（臺灣大學）、蔡文軒（中央研究院政治所）、邵軒磊（臺灣師範大學）、楊三億（中興大學、東海大學）、王綺年（中國文化大學）、許湘濤（東海大學）、潘兆民（東海大學）、李英明（中華科技大學）、張中勇（佛光大學）、周育仁（臺北大學）、李世暉（政治大學日本研究學程）、王嘉州（義守大學）、吳大平（實踐大學）等。
《東亞研究》，內容為中國大陸與周邊國家跨學科領域的研究，每半年出版一次，收錄於臺灣人文學引文索引(THCI)及臺灣人文及社會科學引文索引資料庫（TCI-HSS）。
*國立政治大學國際關係研究中心
* 國立政治大學國際事務學院東亞研究所
第十三屆殘疾人奧林匹克運動會于2008年9月6日至9月17日於中華人民共和國首都北京舉行，開幕式于9月6日晚20點舉辦。此屆奧運會是中國首次舉辦殘疾人奧林匹克運動會，也使得中國成為繼1964年東京殘奧會和1988年漢城帕運會後，第三個舉行帕運會的亞洲國家。
本屆殘奧會比賽將在 19 個場館舉行。除馬術比賽在香港舉行、帆船比賽在青島舉行外，其余項目均在北京舉行。
比賽場館如下：
* 國家游泳中心（「水立方」）
* 北京國家會議中心擊-{}-劍館
* 北京奧林匹克公園網球場（「花瓣」）
會徽為漢字“之”形，又類似一個運動中的田徑運動員，整體體現“天地人”和諧統一的概念，並且把中國的文字、書法和殘疾人奧林匹克運動精神融為一體，集中體現了中國傳統文化和現代奧林匹克運動精神，體現了“心智、身體、精神”和諧統一的殘疾人奧林匹克運動精神，具有深厚的中國傳統文化底蘊
* “同一個世界，同一個夢想”
2006年9月6日，2008年夏季殘奧會吉祥物褔牛樂樂在「福娃之父」吳冠英設計下順利面世。福牛樂樂代表著頑強、樂觀與默默無聞的精神，同時也有祥和、風調雨順的意思，同時它代表了奧運旗裏的白色。 主題曲樂樂福牛由香港女子團體Twins演唱。
2008年夏季殘奧會標志
在2008年8月28日於北京採集的一刻開始，至燃點至2008年9月6日晚在北京國家體育場聖火火盤的一刻。
根據身體殘障人士的特點，殘奧會共設置20個項目：
*以下僅列出前十名，其他請參見主條目。
本屆殘奧會的開幕於9月6日的晚上 8 時舉行。開幕式的首個儀式是國際殘奧會主席克雷文與中國國家主席胡錦濤列席，其後進行倒數儀式，之後為運動員進場，147 個代表團按簡體中文漢字筆劃出場，最先出場的為非洲小國幾內亞，而主辦國中國則一如傳統，在最後出場，持旗手為 8 次打破世界紀錄的游泳運動員王曉福。
其後是文藝表演，表演分為三章，分別為「空間的旅行」、「時間的旅行」與「生命的旅行」，均以音樂的貫心。在「空間的旅行」中，盲人演唱家楊海濤在最後道白「如果有三天光明，希望可見到父母與觀眾」，得到熱烈的鼓掌；「時間的旅行」中，於汶川大地震中失去左腿的 12 歲女孩李悅在輪椅上舞動，表達出參與殘奧運運動員那份意志，於北京夏季奧運閉幕式演出過的譚晶與另一男歌手合唱《讓我擁有你》。最後是「生命的旅行」，2,200 位少年扮演牛、鴨子、蛙與海鷗四種動物，其後百多位演員利用手部模擬海鳥飛翔，象徵運動員的信心。
文藝表演完成後，香港歌手劉德華（《 Everyone is No.1 》的主唱者）與韓紅一起唱出此屆殘奧會的主題歌《和夢一起飛》。之後是演講與儀式升殘奧會會旗，北京市委書記、北京奧組委主席劉淇與國際殘奧會會長菲利普·克雷文發表講話，劉淇表示歡近各位運動員的來臨、殘奧會是令人道主義得到發揚的地方，並指出中國近年來愈枇愈重視殘障人士的福利；克雷文則讚揚中國能從四川大地震後迅速的恢復過來，打造了最成功的奧運會，希望本屆的殘奧會也能如此成功，又鼓勵運動員能盡自己的本能創造出最出色的成績。隨後，中國田徑運動員與盲人門球裁判宣誓，發揚體育精神。
在升旗儀式上，八位來自中國的殘障運動員持旗入場，並由解放軍升旗。最後是點燃聖火的儀式，輪椅劍擊運動員金晶率先進場傳遞聖火。最終，田徑運動員侯斌經中國首面殘奧會金牌得主平亞麗的傳遞後，爬繩上聖火臺點燃聖火，象徵本屆奧運正式開始。
本屆殘奧會共有 147 個國家或地區派出代表團參與賽事，當中包括 3,985 位運動員。
為了體現公平競賽的原則，不同殘障程度的運動員將被分入不同級別進行比賽，每個殘奧會項目都有自己的分級，總體上的殘障等級可分為肢體殘障、腦癱、視覺殘障、脊椎神經損傷、智力殘障（簡稱智障）以及其他殘障。殘奧會在1996年亞特蘭大殘奧會時加入了少量智障組比賽，但在2000年悉尼殘奧會中，智障籃球冠軍西班牙隊在賽后被爆出使用健全人冒充智障人士（12 名參賽隊員在事后檢驗中，只有 2 人被確認為真正智障）參賽的丑聞后，國際殘奧委員會於2001年作出決定，在研究出一個合理的方法之前，取消殘奧及其他該協會主辦的比賽中的智障組比賽。但是經過各方調解後，智障組將於2012年倫敦殘奧會中正式重返。
目前智障人士所可以參加的奧運會是特殊奧林匹克運動會（Special Olympic），而該組織亦被國際奧委會特許使用「Olympic」這個單詞。
*  北京2008年殘奧會官方網站
*  Paralympic Online Streaming Coverage
* 2007年世界夏季特殊奧林匹克運動會
* 2009年夏季聽障奧林匹克運動會
* 2022年冬季殘疾人奧林匹克運動會
義和團運動，是一宗發生於晚清1900年、受朝廷支持的武裝排外暴亂。
清朝甲午戰爭戰敗后，西方列強劃分在清朝的勢力范圍，中原基督徒增加，中原北部農村頻繁發生宗教案件，又逢天災及宮廷權力爭斗激化的情況下，黃河北岸農民與中原基督徒之間時常發生沖突。1900年春季沖突激化，發展為武裝排外暴亂，直隸成千上萬習練義和拳并號稱「義和團」的當地居民動用私刑處死了大量基督徒與外來的西人，並縱火燒毀了教堂和基督徒房屋。整個運動并無嚴密的組織或統一的領袖，而是一場自發的群眾行動，行為矛盾和混亂，慈禧太后對此事的態度也多次反復，至同年6月，慈禧太后暫時決定利用并允許義和團進駐北京，義和團又先于清軍進攻天津租界，庚子五臣諫言朝廷取締犯罪行為被處死。最終釀成俄羅斯帝國、德意志帝國（佔領後才到）、法蘭西第三共和國、美利堅合眾國、大日本帝國、奧匈帝國、義大利王國和大不列顛及愛爾蘭聯合王國八國組建八國聯軍遠征天津和北京，引發八國聯軍之役。
義和團運動又稱庚子國變、庚子事變、庚子之亂、庚子拳亂、義和團之亂、義和團事件等，西方則多稱之為拳亂（；）。義和團原稱義和拳，1899年毓賢改稱義和團，義和團參與者被稱為「拳民」（西方亦多以對應的「Boxer」稱呼他們）、「拳匪」，義和團參與者稱中國基督徒為「教民」、「直眼」、「奉教的」、「二毛子」。
關于義和團的源頭，高志運有不同觀點。義和團起初還是反清組織，故清末吳橋知縣勞乃宣就強烈地主張義和團源于白蓮教，因此應當斷然鎮壓。為此他刊布了小冊子《義和團教門源流考》，而且親自出馬鎮壓義和團。當代義和團史著名學者路遙、李世瑜、佐藤公彥等也都認為義和拳與長期流行在山東一帶的舉著反清復明大旗的白蓮教有關。但另有學者如周錫瑞、戴玄之等人認為義和團與白蓮教沒有多少關系，白蓮教信奉無生老母，而義和團則不一定提及此神。義和團也不反清；《義和團揭帖》中說“非是邪、非白蓮”；義和團組織渙散，白蓮教有清楚的師徒關系而形成嚴密的組織。周錫瑞認為應當從魯西北的社會文化中尋找義和團的源頭。且義和團作亂暴動期間對白蓮教教徒也一樣缺少善意。
后因慈禧太后發動戊戌政變，宣佈訓政，囚禁光緒皇帝。而逃亡海外的康有為對外宣稱握有光緒皇帝密詔，此舉引起慈禧注意，為防止變法的持續推行與訓政的正當性，慈禧意圖廢黜光緒皇帝，推行己亥立儲，遭到列強反對而未成功，對西人極為憤恨，欲利用義和團作為排除外國勢力的工具，便召義和團民入京，稱之為「義民」。
19世紀末瓜分中國當時的時局諷刺圖
1856年第一次英法聯軍之役後，咸豐皇帝與列強簽訂天津條約，割地或建立租界已不限于漁村荒地，同時開放通航通商，允許西人深入內地宣教。而列強，鼓勵宣教士拓展教務，中國基督徒增加，引發守舊民眾對西人的反感。這使得義和團產生動機，他們要“扶清滅洋”，但因缺乏軍事實力，制造輿論說天災人禍都是西人得罪神佛、數典忘祖而來，且宣稱西人有品德上的缺陷，通姦、亂倫，非常邪惡。所以要請來神仙附身，教導神打，殺死洋鬼子、毀去西方影響，打倒西方列強，最後助「大清一統靖江山」，即便如此義和團出現并未受到民間和官員的廣泛認可。而對慈禧太后而言，發動戊戌政變後，大多參與戊戌變法的官員被殺，只有領導人康有為、梁啟超經由列強的協助逃往國外，並在海外宣稱握有光緒皇帝的密詔，再加上各國公使反對慈禧太后廢除光緒皇帝的皇位，助長了慈禧太后與守舊派大臣對西人的仇視，在后來決定利用義和團運動。
清代民間武術團體。又稱金鐘罩，光緒20年（1894年）前后，與六壬神功活躍的時期吻合。大刀會興起于山東曹縣、單縣一帶。因此，它又被稱為“曹、單大刀會”。
主要活動于魯西南地區，以其成員練武時攜帶大刀而得名，練武時在場內橫置大刀一口。主要習練排刀、排槍、排磚石等“金鐘罩”硬氣功。具有吞符念咒等迷信色彩，宣稱可以神靈護衛、刀槍不入。
起初大刀會是除滅當地土匪，維護地方治安，受到官方的有條件默許。但在后來的沖突中，大刀會開始反對基督教，與教會發生了一波又一波的沖突，劫掠了基督徒財產，燒毀多家基督徒的房子。在德國和法國公使的抗議下，山東巡撫李秉衡決定對大刀會進行彈壓。在1896年7月斬殺了大刀會的會首劉士瑞和曹得禮。大刀會的公開活動在劉士端和曹得禮伏誅之後即沈寂。
就在大刀會的事件已經平靜的時候，山東西南突然又發生了一件大教案。1897年11月1日山東省曹州府鉅野縣（今菏澤市鉅野縣麒麟鎮）張家莊天主教堂的兩名德國圣言會神父能方濟和韓理加略在深夜被一群來歷不明的人殺害，史稱“鉅野教案”或“曹州教案”。由于此地的天主教圣言會受德國保護，因此，在11月6日，德國出兵山東，並於11月14日佔領中國山東省膠州灣（今青島）。李秉衡因而被光緒帝革職，由張汝梅繼任山東巡撫，到1899年3月卸任，由毓賢取代。
1899年3月15日光緒皇帝下旨，命令地方官員好好接待天主教傳教士：“分別教中品秩，如總教主或主教，其品位既與督撫相同，攝位司鐸、大司鐸，準其見司道，其余司鐸，準其見府廳州縣各官。自督撫、司道、府廳州縣各官，亦要照品秩以禮相答”。
1898年梅花拳拳師趙三多首次提出「扶清滅洋」的口號。1898年10月26日趙三多、閻書勤等在山東冠縣梨園屯（今屬河北威縣）蔣家莊馬場發動首次義和拳武裝起義，率眾攻打基督教教堂，殺死基督徒。趙三多為避免牽連同門將梅花拳改名義和拳，但此時的他們并沒有像后來的義和團那樣納入了“刀槍不入”、“降神附體”、“神拳”的做法，他們和席卷1900年的義和拳是兩回事，兩者雖然在名稱、抗爭口號上有類似之處，但不能將1900年的義和拳等同于趙三多的義和拳。
“義和”的提法並不是趙三多首創，在此之前，以“義和”命名的組織也曾零星地出現過，譬如1774年王倫叛亂中曾提及一個組織叫義和拳，1813年癸酉之變八卦教也有一個組織叫「義和門拳棒」。1860年代威縣為了對付捻軍，組建三支團練，其中就有一支名叫“義和團”。據目前所知，“義和拳”一名首見于1779年1月12日直隸總督周元理的奏折中；該奏折說：“奉旨：山東冠縣及直隸元城縣有民人楊姓等起立義和拳邪教，聚集多人之處，其所稱童姓，既有義和拳名色，為行路推車人之所知，斷難掩眾人之耳目”。
英駐清公使竇納樂在1900年1月向英國首相索斯伯利侯爵談到這個名稱的意義；他說：“Boxers（拳手）這個名稱，最初不是傳教士就是新聞報紙提出來的，但它沒有表達出中文名稱的意義。這個名稱所包含的意思是：為了維護正義事業（「義」），該結社成員應團結起來（「和」），在必要時使用武力（「拳」）”。
在義和拳興起之初，山東當局在一定程度上縱容拳民的行為，有利用拳民的力量與外國勢力相抗衡的目的，為義和團的發展創造了有利的條件。當局希望將這一民間自發的力量官方化，采取將拳民編入鄉團的政策。拳會是民間私立的非法結社，與清政府官辦的鄉團自是兩種不同性質的組織，兩者的關系在歷史上基本上是勢同水火。于是山東巡撫張汝梅于1898年6月30日上奏清廷，建議清廷充分考慮“化私會為公舉，改拳勇為民團”的建議，將拳民編入鄉團，得到了清廷的默許。對于匪徒，他采取殺一儆百的手段來防止群體失控，所以他采取了更為寬容的政策。他在給直隸總督裕祿的電報中明確地表示：“（拳民）凡安分者、自保身家，原不禁止；若真有捉人勒贖、搶掠無忌等情事，亦即派隊查拿”。1899年8月下旬，山東兗沂曹濟道彭虞孫在給總理衙門的信中說：“（拳會）陽謂自衛身家，實則尋教構釁。……時奉文舉辦團練，當軸（即巡撫）韙其義舉，不加深察，一視同仁，意謂寓兵于農，正可備御侮之選。故有練習技勇保衛身家例所不禁之示。小人得逞其志，何所憚而不為”。此外毓賢還采取了“懲首解從”的政策，就是當拳民滋事之時查拿首要，而將隨從人員解散。由于官府采取了這些特殊政策。
在山東西南地區的大刀會和直隸山東交界的趙三多義和拳被鎮壓下去后，山東西北地區的茌平、平原、高唐、恩縣、禹城、長清等縣突然興起了一種新的拳場，當地人稱之為“神拳”。最開始的時候它也被人稱為“金鐘罩神拳”，其中的一個顯著特征便是借用了魯西南地區大刀會的金鐘罩武術和“刀槍不入”的觀念。神拳最吸引人的地方在于“降神附體”，儀式簡易，人人可參與。大刀會并不是所有人都可以參加，入會需要交香火費。但神拳沒有這方面的要求，誰都可以參加。另外大刀會的金鐘罩武術屬于一種硬氣功，需要較長時間的練習。但神拳不一樣，他們不是通過練習達到，而是在各種拳術的基礎上，通過“降神”來完成。
練習神拳的人中逐漸出現了兩個著名的人，那就是朱紅燈和心誠和尚。1899年朱紅燈已經獲得了很大的名聲，附近貧苦民眾紛紛拜朱紅燈為師學習神拳。后來，神拳也改名為義和拳。但從大刀會到趙三多的義和拳，再到朱紅燈的義和拳，之間并沒有組織上的繼承關系。朱紅燈所領導的義和拳是真正意義上的義和拳，具備了1900年義和拳的所有特征。從大刀會中借用了金鐘罩和“刀槍不入”的觀念，從趙三多的義和拳借用了名稱、扶清滅洋的口號等，然后加上了降神附體的巫術。
戊戌政變后，光緒皇帝被慈禧幽禁在三面環水的中南海瀛臺，而康有為在逃亡海外時對外宣稱，握有光緒皇帝密詔。慈禧太后擔憂「密詔事件」扯出光緒皇帝涉入，恐動搖自己訓政的正當性及影響變法的持續推行。慈禧太后遂依榮祿建議，于1900年1月24日以光緒皇帝名義頒詔，稱其不能誕育子嗣，乃收繼端郡王載漪之子，15歲的溥儁為義子，稱大阿哥，史稱己亥建儲。
不料該詔書一出，隨即令天下嘩然，1900年1月27日上海電報局總辦經元善領銜通電要求光緒皇帝“力疾臨御，勿存退位之思”；簽名者有葉瀚、馬裕藻、章炳麟、汪貽年、丁惠康、沈藎，唐才常、經亨頤、蔡元培、黃炎培等1231人；經元善等1231人同時發表《布告各省公啟》，要求各省共同力爭，“如朝廷不理，則請我諸工商通行罷市集議”。各國公使認為立儲事件影響中國形勢穩定，隨之提出警告，拒絕入賀。慈禧太后對列強怨恨甚深，載漪等人對列強及光緒皇帝更為仇恨。
歷史學家唐德剛支持宮廷權力斗爭是義和團運動激化的其中一個原因的觀點。唐德剛將惇親王載濂、端郡王載漪、輔國公載瀾、莊親王載勛四名同族兄弟比作四人幫，將剛毅比作林彪，將義和團比喻為紅衛兵。載字輩四名同族兄弟、剛毅及其一幫扶助義和團的大臣如趙舒翹、毓賢、董福祥等，利用義和團的民間力量及慈禧太后對洋人又怕又恨的心態，排斥光緒皇帝等帝黨和打擊洋人勢力。在多次御前會議上，他們當眾羞辱光緒皇帝及主和大臣，溥儁甚至直斥光緒皇帝為二毛子。
晚清時翰林院編修惲毓鼎曾指出：“載漪又急欲其子得天位，計非藉兵力懾使臣，固難得志也。適義和拳起，詭言能避火器，以仇教為名，載漪等遂利用之，以發大難。故廷臣據理力爭，謂邪術不足信，兵端未可開，皆隔靴搔癢之談也。甲午之喪師，戊戌之變政，己亥之建儲，庚子之義和團，名雖四事，實一貫相生，必知此而後可論十年之朝局”。
義和團并未從山東擴展到河南、安徽等地，而蔓延到直隸，是與當地的頻繁天災有直接關系。1898年黃河洪水水災；但1898年洪災之后，1899年、1900年山東、河北又連遭大旱；同時，山東又遭蟲災。迷信的百姓遂遷怒基督徒和教會，以為是他們得罪了老天爺，義和團的反教揭帖就說“天無雨、地焦旱、全是教堂止住天”。《天津政俗沿革記》中記載：“光緒26年（1900年）正月，山東義和拳其術流入天津，初猶不敢滋事，惟習拳者日眾。二月無雨，謠言益多，痛詆洋人，仇殺教民之語日有所聞。習拳者益眾。三月仍無雨，瘟氣流行。拳匪趁勢造言，云：‘掃平洋人，自然得雨’。四月仍無雨。各處拳匪漸有立壇者”。當時某個傳教士也說：“雨水對我們來說意味著安全，正是由于久旱無雨，他們才在這里鬧事，并不是因為義和團……他們本來都是安分守己的人，但他們現在被饑餓折磨得絕望了”。據杜金印回憶：“庚子年前總是漲大水，窮人的日子真是沒法過。”據張恩回憶：“庚子前一年沒收成，蝗災水災各種災都有。”據張恩喜回憶：“李鴻章做直隸總督的時候，三年兩頭澇，老百姓吃野菜稗子。”但1900年天津是大旱。
關于-{于}-清水、朱紅燈、心誠和尚，清政府檔案比較豐富。三人的排名也是-{于}-清水、朱紅燈、心誠和尚。
1899年秋天，在魯西北，-{于}-清水、朱紅燈，心誠和尚帶領的反教運動開始。9月17日，在魯西北的平原縣發生沖突，平原知縣蔣楷前去彈壓。10月9日，朱紅燈率高唐、茌平、長清等地義和拳民二三百人開赴平原縣。朱紅燈整齊隊伍，正式豎起了“天下義和拳、興清滅洋”旗幟。11日，知縣蔣楷率領勇役數十人前往彈壓。朱紅燈指揮拳民擊敗蔣楷。蔣楷向上級要求派兵。16日，濟南知府盧昌飴、統領袁世敦帶兵前來，一開始勸諭朱紅燈解散。朱紅燈搶劫之后轉移，于17日晚，率兩千多拳眾移駐森羅殿，準備攻打恩縣城西的劉王莊和龐莊的教堂。18日，朱紅燈率拳眾在森羅殿與前來彈壓的清軍七百人交戰，激戰數小時，擊斃擊傷清軍十余人。在此次戰斗中，拳眾第一次自稱“義和團”，而且此后這個稱謂的頻率越來越高。森羅殿之戰后，朱紅燈趁機轉移，退回茌平。
毓賢認為蔣楷處事不妥，彈壓實屬孟浪，將蔣楷革職，永不敘用，袁世敦受到了撤去統領之職的處分。鎮壓義和團的人受到了懲處，使得許多人認為毓賢在支持義和團，自以為受到了毓賢的嘉許。11月初，茌平義和團豎起了“毓”字黃旗及山東巡撫部院“保清滅洋”大旗進行活動。
11月，朱紅燈、心誠和尚、-{于}-清水率人開始對禹城、茌平、長清、博平各縣的教堂和基督徒頻繁發起襲擊。4日，他們襲擊禹城縣苗家林的四戶基督徒。8日在劉家集襲擊基督徒，又襲擊長清縣李家莊李公堂家，奪取銀錢，拐走其父，要求贖金二十千文。9日，掠奪王香老莊的基督徒；襲擊長清縣的鄭家營和朱莊的基督徒；當夜，入茌平張官屯，掠奪基督徒房屋并放火焚燒，又將基督徒王觀杰殺害；向馬沙窩的基督徒父子三人勒索贖金。9日、10日、11日，連續搶劫梁莊、姚家莊、吳官屯、小張莊、八里莊、焦莊的基督徒。11日，來到博平縣，搶奪和綁架基督徒，要求贖金。14日，燒燬博平縣玉皇廟莊教堂與十九戶基督徒房屋。15日，燒打茌平縣大張莊教堂，其后強制基督徒背道，要他們請戲班唱戲作為賠償。17日，朱紅燈、心誠和尚襲擊了吳莊、楊莊，得銀七百兩，接著又襲擊了博平縣的基督徒。在17日，團眾因分這七百兩銀子起了內訌。21日，朱紅燈被拘捕；同日，趙官鎮李繼浩率十余人襲擊了長清縣辛店屯的基督徒王鴻慶等六戶人家，脅迫他們用銀子贖“跟從洋教罪”，請戲班子演戲三天，去縣城申請退出教會；然后又去南水坡莊，要挾三戶基督徒拿出罰錢和酒席錢，更讓基督徒寫下「背教文約」。23日，心誠和尚被抓捕。24日，李連江、李開木等人襲擊了馬官屯的基督徒。25日，-{于}-清水到禹城縣抓了基督徒作為人質，26日襲擊了禹城的房家莊。此時禹城當局接到毓賢命令后貼出告示：“汝（義和拳）原為良民，因受教民欺侮始聚集以圖報復。然，仇怨宜解，且撫憲已既往不咎，受此莫大之恩，故應速速解散。謹勿再嘯聚。此乃至要。”
朱紅燈在魯西北開展一系列反教運動之后，山東的教會產生了危機感，陸續與駐北京公使聯系，訴說自己極其危險的境況。各國公使、領事的抗議不斷增加，并將矛頭直指山東巡撫毓賢。就連一向不太多事的美國公使康格也向總理衙門提出強烈抗議，說毓賢將彈壓匪徒的官兵以“擅殺之罪”論處，指責毓賢對保護教會和基督徒的要求置若罔聞。在各國公使的壓力下，清廷終于讓步，于12月將毓賢解職并召回北京，由袁世凱接替。12月6日，上諭下達，吩咐毓賢“來京陛見”。7日，毓賢答復：“俟袁中丞接印，遵即北上。”
12月4日，李繼浩、官東嶺、王成章在仁里集附近的辛店屯向基督徒勒索錢財。6日，李繼浩脅迫基督徒辦迎神賽會，逼迫基督徒背道。8日，李繼浩、官西嶺、汪昌沅、朱啟明在辛莊勒索。20日，官東嶺、朱啟明等人襲擊燕家窯孔家。21日，襲擊柴家洼基督徒，索取贖金。24日，襲擊三官廟平民魏家，南鄉的封家莊、李家莊基督徒
24日，毓賢在離任前處死朱紅燈、心誠和尚。毓賢離職後到北京覲見慈禧太后，向她提出招安義和團；之後獲得調任山西巡撫。26日，袁世凱抵達濟南。
26日白天，有一支拳民隊伍到平陰縣毛家鋪搶劫教堂和數戶基督徒；當晚，有約兩百拳民襲擊了平陰縣的白云浴天主教堂。28日，拳眾襲擊翟家莊基督徒。30日，拳眾襲擊薛莊基督徒；同日，甲士衛等人火燒了袁兒莊的教堂，燒死一名婦女；此日，趕往平陰的英國傳教士卜克斯在路上遇到三十名拳民，被抓。晚上，卜克斯趁機逃跑，后被追上打死，頭被斬掉。1月2日和3日，拳民襲擊南方寺頭莊。
直隸東南毗鄰魯西北，所以在這一帶的故城縣、景州、吳橋縣、阜城縣、東光縣、獻縣、河間、深州、棗強縣，反教活動在1899年末也漸漸興起。10月30日，景州宋門鎮大集之日，拳民在很多人面前表演拳術。大師兄稱可避槍炮，降神之后，令徒弟持槍射擊，豈料槍子一發，即中胸，流血倒地而亡。之后拳民誣賴基督徒，說基督徒用物厭勝，故神術不靈，非將基督徒殺死補償不可。11月1日，上千名拳民來到宋門鎮，試圖以基督徒的血來償還。知州王兆騏派軍官前去說服，在一千人以上的拳民面前，一連勸說了好幾天。11月13日，拳民退出宋門鎮，但附帶提出如下條件：第一、官府出錢舉辦筵席，第二、出三百貫銅錢請戲班唱酬神戲，第三、官兵在義和拳的神位前磕頭。知州王兆騏因手下兵力不足，最后只好妥協。
11月初，武修和尚在阜城縣林鎮村豎起“神助滅洋義和團”旗幟。24日，拳民搶劫阜城縣林鎮村教堂和基督徒。27日，拳民襲擊了景州兩個有基督徒的村子。28日，襲擊阜城縣徐家鋪教堂。30日，襲擊東光縣常莊教堂12月初，直隸總督裕祿派淮軍右翼統領梅東益率軍自天津向河間府進發，保護教堂。4日，拳民襲擊阜城縣耿家莊教堂。9日，綁架景州河渠鎮兩名基督徒。10日，拳民搶劫景州蘇古莊基督徒，又破壞阜城縣八里莊教堂，并襲擊了武邑縣小李村、石海坡基督徒，以及阜城縣小營村基督徒和深州西河頭村基督徒。10日左右，梅東益麾下三營開始分駐各州縣，阜城縣、故城縣、吳橋縣、東光縣、景州各知州知縣會于景州，商議對策。11日，拳民襲擊了深州王樂寺村基督徒；放火焚燒蘇古莊的教堂和基督徒房屋。12日，拳民燒毀景州劉八莊教堂和基督徒房屋十余間。13日，景州謠言四起，拳民要攻打獻縣張家莊總教堂。同日，拳民在棗強縣鄒街襲擊教堂和基督徒。。會于景州，商議對策。11日，拳民襲擊了深州王樂寺村基督徒；放火焚燒蘇古莊的教堂和基督徒房屋。12日，拳民燒毀景州劉八莊教堂和基督徒房屋十余間。13日，景州謠言四起，拳民要攻打獻縣張家莊總教堂。同日，拳民在棗強縣鄒街襲擊教堂和基督徒清軍基本上采用了查拿首要、解散脅從的辦法，只有在拳民抵抗官兵、拒絕解散時，他們才加以鎮壓。官員比較謹慎，不敢輕舉妄動，12月14日，景州知州王兆騏及營官吳有珍和范天貴致電請示裕祿：“督憲鈞鑒：真電謹悉。總堂已帶隊保護，如不服彈壓，官軍眾寡懸殊，危急之際，應否擊打？請示。兆騏、有珍、天貴。”裕祿回復：“拳民如不服彈壓，膽敢抗官拒捕，該營官等自應督隊奮力捕擊。”。12月14日，在景州岔道口村，拳民焚燒教堂，搶劫基督徒。同日，安平縣拳民擺出攻打教堂的架勢。15日，襲擊了德州恩縣明恩溥所在的龐莊教堂，又襲擊了棗強縣三岔口教堂。16日，東大過村拳民和基督徒發生沖突。17日，拳民揚言要在當日攻打獻縣張家莊總教堂。18日，武修和尚率人襲擊朱家河天主教堂（此處在1900年夏天發生了震驚中外的慘案），與范天貴帶領的官軍發生沖突。武修和尚被拘捕。19日，王慶一策劃的梆子戲“火燒望海樓”在故城縣上演。20日，東大過村再次被拳民包圍。同日，拳民搶奪了蕭張鎮基督徒數十家，帶走數十人；襲擊了河渠鎮附近的羊牧教堂。22日，保定府束鹿縣拳民綁架基督徒索取贖金。24日，二三千拳民聚集在武強縣小范鎮。31日，山東德州拳民聚集于吳橋縣的孫公廟，燒了龐家橋教堂和六家基督徒房屋。1月9日，拳民火燒清河縣大寨莊教堂。15日，寧晉縣南孟村數百拳民掠奪并打傷基督徒。但因官軍已駐扎在各州縣，也因為農歷新年就要來到，拳民忙著過年，故此后騷亂減少很多。
袁世凱來到山東之後，採取了與毓賢不同的作法，他認降神附體為邪術、拳會為邪教，主張嚴格取締，下令張貼解散拳會的告示，要“于各府州縣村莊通行張貼，以期家喻戶曉”；還大量刊刻勞乃宣所著的《義和拳教門源流考》，宣傳義和團即白蓮教；采用行政手段調動各級地方官、鄉紳的力量來實行查禁，責令“各村首事莊長出具不得設廠習拳甘結”，要求各村莊的莊長勸導鄉民“不得設廠習拳、聚眾滋事”；對各處拳廠，認真查封；把大部兵力分布在交通要道駐扎，將各地義和團分割隔離，阻止其流動和聚集，用小部巡查、曉諭、彈壓。如此，袁世凱使得山東的義和拳活動漸漸沈寂。山東的義和團分兩路大軍進入直隸，一路從山東德州進入河北滄州，另一路從河北保定白洋淀進入天津。
直隸總督裕祿初時對義和拳會比較輕視，在1899年12月答復袁世凱時說：“近日查該拳匪情形，并無大技倆，但能捕獲首要，脅從自易解散。”他對滋事的拳民極力鎮壓，但對拳會的態度則較為模糊，直到5月清軍統領楊福同在淶水被殺之后才意識到問題的嚴重。
1900年1月11日，慈禧太后頒布上諭，要求地方官只需查拿滋事的匪徒，無須過問練拳的和平鄉民：“若安分良民，或習技藝以自衛身家，或聯村眾以互保閭里，是乃守望相助之義……地方官辦理此等案件，只問其為匪與否，肇釁與否，不論其會不會、教不教也”，承認拳會是“安分良民”、“習技藝以自衛身家”，是“守望相助”之義，而不是“邪教”，無須查拿。慈禧的這一舉動代表著一個根本性的變化。清朝律例一向禁止私人結社，把集會結社看做是謀反的潛在因素。1898年戊戌政變之后，慈禧太后恢復了禁止結社的政令，以取締在百日維新期間十分興盛的各種學會。現在，慈禧太后的這一政策是在告訴義和團，它是一個合法的組織。
但袁世凱事實上并未理會朝廷，仍然積極取締各地拳會。裕祿沒有主見，一心想遵循諭旨，因此義和拳會在直隸繼續蔓延，義和團的活動有增無減，加入義和團的人數也在日益攀升。
1月11日慈禧太后的上諭讓各國公使感到擔憂和不安，于是在1月27日，英、美、德、法等在華公使第一次聯合照會，要求慈禧太后取締拳會。但公使們選擇的日期非常不妥，三日前的己亥建儲，公使們都拒絕入宮朝賀，明顯反對慈禧太后罷黜光緒皇帝，讓慈禧太后大為不悅；如今（當日為農歷臘月二十七），他們又來要求禁止拳會，慈禧太后的憤怒可想而知，這為1900年的沖突買下了伏筆。
2月19日，慈禧太后采用內部廷寄的方式指示直隸、山東督撫，責成他們張貼布告，取締義和拳：“著直隸山東各督撫，剴切出示曉諭，嚴行禁止。俾百姓咸知私立會名，皆屬違禁犯法”。廷寄的方法，既沒有公開否定1月11日的上諭，又能給外國公使們一個說法。但各國公使們并不接受慈禧太后的做法。
3月2日，英、美、德、法、意第二次聯合照會清政府，要求在《京報》上發布禁止拳會的上諭。慈禧太后予以拒絕，并解釋說已寄發廷寄，沒有必要在《京報》發布上諭。
3月中旬，一位從霸州趕往北京的美國傳教士見證說：“行程有數百華里，不過見有兩處張貼北洋大臣之（禁止拳會）諭示……地方官雖已接奉此告示數日，猶不愿張貼”。到此時，直隸的地方官員仍然沒有危機感，連諭示都不張貼，沒有采取有效措施，所以義和團一直向四面擴展。
3月14日，毓賢調任山西巡撫。山西本沒有義和團，但是在毓賢的鼓勵下，義和團也在山西興起。這年夏天，毓賢縱容義和團濫殺基督徒，其衛隊數十人都是義和團團民（參太原教案）。
4月初，各國公使又一次聯合照會，而且有海軍示威。4月16日，京報上發表了直隸總督裕祿要求禁拳的上奏。但4月17日，京報上又頒發上諭，重申不禁拳的精神。4月21日，慈禧太后又頒布上諭，重申“只問匪不匪，不問會不會”，與1月11日的上諭精神一致。慈禧太后政策的反復性和隨意性，讓各國公使失去了對它的信任，覺得再在此事上糾纏也沒有多大意義，遂放棄在此事上的要求。義和拳會繼續蔓延。
5月初，慈禧太后就能否將拳會編為團練征求袁世凱和裕祿的意見，裕祿在5月17日（當時淶水事件已經發生）上奏否定了團練的建議，但接著說：“如查有學習拳技之處，謹遵前奉諭旨，只論其匪不匪，不問其會不會，分別妥為辦理。既不可姑息養奸，亦不可累及良善”。
5月29日慈禧太后以光緒皇帝名義發布上諭：“著派出之統兵大員及地方文武，迅即嚴拿首要，解散脅從，倘敢列仗抗拒，應即相機剿辦，以昭炯戒。”這是在1900年頒發的有關義和團的詔諭中第一次使用“剿”這個詞，之前均是但論匪不匪，不論會不會，拿辦首要，解散脅從。但外國公使并不信任清廷，而且豐臺車站的被焚讓他們特別緊張，所以5月30日，公使團通知清廷，要調遣使館衛隊進京保護。
6月3日，因御史許佑身彈劾淶水縣令祝芾“慫恿帶兵官楊福同誘殺十余人”，清廷頒布上諭，命令裕祿“確切查明，從嚴參辦”，並嚴行申誡帶兵員弁“毋得輕傷民命，啟釁邀功”，“亟應妥速解散，以靖地方，不可操切從事”，并警告榮祿對義和團“不得孟浪從事，率行派隊剿辦，激成變端，是為至要”。
6月6日，裕祿電告總理衙門，稱團民自焚毀鐵路電桿之后愈加猖獗，明目張膽，不服勸諭，也在天津焚殺教民；雖蘆保、津蘆鐵路有兵分守，仍肆意焚毀，在各處拆毀教堂，各國洋人已甚憂憤，“而天津租界之洋人尤感驚恐，屢以中國辦理太鬆，欲派兵助剿為言，此時我軍自行剿辦，尚可操縱自如，若至外人干預，則事更難措手”，目睹現在情況，拳民斷非勸導所能解散，“趁此匪勢初起，必須剿撫并用，尚可剋期而定”。
從6月1日直到宣戰前，清廷與列強關係尚未完全破裂，仍然頒布上諭指示“查拿”、“嚴禁”、“解散”。例如6月13日的上諭仍然說：“近來畿輔一帶拳匪滋事，擾及京城地面。迭經明降諭旨，曉諭解散，并飭令京營及近畿各軍，分投妥為彈壓”，但下官往往並未遵行，實際都徒具形式而不起實際作用。同時義和團活動之蔓延、滋擾也愈甚。楊典誥在《庚子大事記》說：“謹案五月（陽歷6月）以來，有禁團民滋擾禁城諭旨七道，嚴飭步軍統領、順天府、五城御史及派出之統兵大員，緝拿首要，解散脅從，撤壇拆棚，至矣盡矣。乃禁者禁而為者為……，雖明詔煌煌，不特團民蔑視無關，即地方官吏亦視若弁髦（無用之物），是則詔諭直等于官樣文章耳”。當各縣令去向順天府尹王培佑“請示機宜”，詢問應如何執行“拿辦”義和團的上諭時，王培佑答復說：“近日拿匪明文，非政府之意，特以西人嘵嘵不已，故發此旨。汝等奉行故事，即屬盡職”，意謂敷衍一下就可以，根本不必認真執行，“否則定遭參辦”，各縣令始恍然而退。
2月，除了南邊的山東聊城冠縣插花地有反教事件外，其他地方基本平靜，因為大多數農民正忙于過農歷新年。3月，反教事件向北蔓延到保定東部各縣。
4月初，山東直隸交界處下了一場透雨，附近一帶的義和拳民便紛紛回籍播種春作物，某佚名士大夫即記載說：“團即返奔，途中自相語曰，天雨矣，可以回家種地矣，似此吃苦何益”，于是這些地方穩定了下來。4月5日，直隸官員張蓮芬致電裕祿：“景（州）、阜（城）、深（州）各巨案，均有成議，地方安靜。頃得透雨，旱禾可種，民心更定。”但直隸的其他地方旱災仍然非常嚴重，北部等地區的旱情一直沒有得到緩解。5月8日，美國公使康格說道：“該省目前的旱情為這樣一場運動提供了方便。到昨天為止，近一年滴雨未落，農民不能耕耘，莊稼無法播種，土地十分干燥，無法耕作，人們窮困潦倒。因此，整個地區充斥著饑餓、不滿、絕望的游民，他們……準備加入任何組織。5月21日，英國公使竇納樂在致英國外交大臣的信中這么說：“我相信，只要下幾天大雨，消滅了農村長久的旱情，將比中國政府或外國政府的任何措施都更迅速地恢復平靜”。
4月13日，總理衙門致電裕祿函，稱京廣鐵路將修至正定，現接鐵路總辦比利時人沙多來信，保定至正定一帶，有義和團匿名揭帖，稱于4月19日要拆毀鐵路，攻擊洋人，要裕祿預先防范。4月29日，北京西城張貼出這樣的揭帖：“……天意命汝等先拆電線，次毀鐵路，最后殺洋鬼子。今天不下雨，乃因洋鬼子搗亂所致。”
4月20日保定爆發了清苑教案。大張莊村民張洛弟請附近姜莊一個信奉天主教的補鍋匠為他修火石，修好后張洛弟拒絕付錢。這個基督徒前去索要，兩人發生爭吵。第二天，這個基督徒同其他人前來索要，并提出要求：“一、罰席五桌；二、修教堂；三、要京錢百吊。繼而引起20日的姜莊“拳民與基督徒各聚多人，竟自械斗，勢甚兇猛”。4月21日的進攻中，拳民燒毀了教堂和10個基督徒的房屋，但裝備精良的天主教基督徒從屋頂向拳民開火，至少有20個拳民被打死，一說有70人。
由于直隸一直對拳會不加查禁，拳會蓬勃發展，進入5月各地的拳民勢力已連成汪洋大海，只要查拿某個地方的拳民，附近的拳民就會紛紛前來支援。例如，義和拳5月份傳到安平縣，在梅花左村開設拳場，村里紳士試圖制止，但拳民肆無忌憚。知縣何子寬擔心前不久發生在河間與清苑的騷亂在安平上演，所以在5月19日趕到這里，逮捕了義和拳民陳鍋元等人。這一逮捕的消息很快傳遍城鄉，附近前來支援的義和團民蜂擁而至，竟至上千人，何子寬向上司求援，但前來的官兵很少。何子寬看到縣衙門前的民眾已逾千數，為不使事態鬧大，只好放人。
5月12日保定爆發了淶水教案。淶水縣有個高洛村，村長名叫閻老福。1899年的元宵節，村里搭起戲棚準備唱戲，當時有基督徒因神像放在他家門前的臺階上而大為不滿，于是前去理論隨後發生爭吵并踢翻戲棚，而閻老福則帶人搗毀了教堂作為報復，雙方隨后對簿公堂。由于天主教主教介入訴訟，閻老福在這次訴訟中敗訴，不僅賠了銀子，而且還被迫叩頭陪禮。1900年春，閻老福邀請附近的義和拳民來高洛村開設拳場。5月12日拳民們展開攻擊，晚上，大約有30戶的基督徒全家被殺，一說有68個基督徒喪命，尸體被埋進廟里或者丟進井里。此事件是一件具有轉折意義的沖突，因為它激發了其他事變。
保定派員帶領20人于兩天后來到這里，義和團的原班人馬仍然集結在一起，士兵們不敢進入村內。第二天，他們終于進入村里，發現村南火光熊熊，無人知道基督徒逃往何處。以后的幾天里，總兵楊福同負責彈壓義和團。5月15日，他關閉了設在村廟里的拳場，但是拳民們又集結起來，并在第二日打了他的埋伏。兩天后拳民和官兵再次交鋒，約二十名拳民被俘。到此時，事件驚動了整個地區的義和團，他們成千上萬集結起來，試圖解救同伴，并報復官兵。5月22日，楊福同聽說有三千拳民在淶水北部石亭鎮聚集，因兵勇不夠，遂只帶領七十人前往，遭遇義和團，楊福同及兩名屬下被殺。拳民勇氣大增，他們的力量和影響都迅速擴大。
5月23日，裕祿得知淶水戕官后，致電總理衙門，稱“查該拳匪等聚眾設廠，借仇教為名，燒殺搶掠，擾害地方，并膽敢恃眾戕官，實屬窮兇極惡，法所難容。”
5月25日，軍機處傳達給裕祿的電旨：“查拿首要，解散脅從，辦法均是。此事，各處情形不同，遷就適是養奸，操切亦恐滋變。”
5月25日，聶士成部的統領楊慕時率三營兵力乘火車到達保定高碑店，但楊慕時在出發前便接到裕祿等人的命令，讓他“勿得孟浪”，主要是“查拿首要，解散脅從”。楊慕時只能保持克制，引而不發，雖在淶水北部的石亭鎮、陳家莊有數千名義和團夸示隊伍演習，但楊慕時只能將殺害楊福同的兩人拿辦，其他人無可奈何。
5月26日，一些團民打算乘火車從保定高碑店到保定涿州，在買票時與鐵路員工發生不快，因這一件小事就憤怒地將高碑店鐵路拆毀，拔掉電線桿。
5月27日，可能是為了同楊慕時的軍隊對抗，數萬義和團進入距北京僅有五十多公里的保定涿州，知州龔蔭培選擇絕食進行抗議。但楊慕時并未前來鎮壓，“因旨內只雲嚴拿首要、解散脅從，並未言剿；又秉榮相之意，承制臺之令，專意不打”。當時有人記載：“楊副將福同被戕于淶水，焚涿良鐵道，所在抗官聚眾，蔓延畿南北，官軍雖往彈壓，然未奉明諭，無敢實力剿辦者”。由此拳民開始了更極端的行為——攻打涿州、琉璃河、長辛店和北京之間鐵路沿線的車站、橋梁及電報設施，幾十公里沿線到處起火。在鐵路沿線工作的比利時的工程師爲了避難前往天津，有幾個途中遇難，也有幾個受傷，這讓外國人深受刺激。
6月5日，順天府尹的趙舒翹，都察院左副都御史何乃瑩，吏部尚書剛毅前往涿州考察義和團。
6月1日，義和團一部占據順天府永清縣，攻擊教堂，殺英國傳教士查爾斯羅賓遜（Charles Robinson）及孟鶴齡（H. V. Nerman）二人。
6月4日，義和團在京津線上的黃村火車站放火，聶士成派兵彈壓，團民抗拒，官兵寡不敵眾，死傷多人。后團民焚燒車站一所，旱橋一座。
6月5日，奏請發給義和團口糧的王培佑由鴻臚寺卿升為順天府尹。
6月6日，義和團焚毀落垡車站，聶士成前往彈壓，雙方激戰。
6月7日，在慈禧太后許可之下，大批拳民開始進入北京。他們頭戴義和團的紅巾標志，扛著大刀、長矛從各城門進京。
6月9日，慈禧太后從頤和園回宮，并調董福祥的武衛后軍進城，駐扎在永定門內。董軍中不少士兵參加了義和團。董福祥還與義和團首領李來中結拜兄弟。越來越多的義和團拳民陸續進入北京，最多時北京的拳民超過十萬。是日起，北京東交民巷外國使館區對外通訊斷絕。
義和團的令旗
6月10日，慈禧派端郡王載漪出任總理各國事務衙門大臣。
6月11日，大臣文瑮上奏：“步軍統領衙門、順天府、五城均有緝捕匪徒、稽查地方之責，豈容此類混聚輦轂，紛紛擾擾、搖惑人心……責成步兵統領衙門、順天府、五城……各分汛地、嚴密巡查，遇有形跡可疑及結黨持械、造言生事之人，立即嚴拿懲辦，毋稍疏縱。……臣等聞近日有形跡可疑之人……由各門混入，復由各門散出，出入自由，肆行無忌”。朱祖謀也同日上奏：“相應請旨，添設勁旅，申嚴門禁。”
6月11日，日本駐華使館書記杉山彬在永定門內被剛調入京的董福祥甘軍殺害，被開腹剖心，受到載漪的嘉許。
6月12日，義和團開始在內城焚燒教堂。
6月13日，德國公使克林德命令德國駐華使館衛隊開始“獵取拳民行動”。同日，義和團在內城燒燬孝順胡同亞斯立堂、雙旗竿（今外交部街西口外）倫敦會、八面槽（王府井）天主教東堂、燈市口公理會、東四五條西口的美國福音堂、交道口二條長老會、鼓樓西鴉兒胡同長老會、西直門內天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石駙馬橋安立甘會、宣武門內天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵佔據）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入東交民巷的使館區。拳民在北京放火燒掉教堂和一切與西洋有關的事物。13日，天津武清義和團焚毀了馬家場、范家莊、洪家墳、牛房、龍莊、韓莊各處教堂，靜海全縣被義和團占領。
6月14日，義和團“焚燒順治門（宣武門）大街耶穌堂”，“順治門內天主堂，并施醫院兩處，又焚燒西城根拴馬樁、油房胡同、燈籠胡同、松樹胡同基督徒房屋百間，砍殺男女基督徒無數”。同日，天津拳民焚燒鼓樓東倉門口教堂，蔓延到附近二十家，又焚燒鼓樓西的倫敦會教堂。
6月15日，義和團圍攻北京西什庫教堂，又“焚燒絨線胡同教堂”。同日，天津的義和團焚燒了馬家口及望海樓等地的教堂，拆毀東門外天后宮北教堂，砸毀藏有基督徒的粬店街懷慶會館；拳民又與防衛紫竹林租界的外國士兵發生戰鬥，死傷四百人。
6月16日，前門一帶約千家商舖因老德記洋貨鋪及屈臣氏西藥房大火而被燒成廢墟，正陽門樓、北京24家鑄銀廠也遭燒燬。拳民同時四處破壞教堂攻擊基督徒，莊王府前大院被當成集體大屠殺的刑場。除了屠殺基督徒外，義和團更濫殺無辜，誣指許多市民（包括許多婦女小童）為二毛子而燒死戮死。同日，天津數百名義和團展開了第二次進攻紫竹林租界的行動，但被一陣齊射擋了回去。
6月19日，清政府總理衙門照會各國駐華使節「限二十四點鍾內各國一切人等均需離京」。當晚，各國公使聯名致函總理衙門，以路途安全無保障為由，要求延緩離京日期，并要求次日上午9時前給予答復。
6月20日上午8時，克林德未能說服各國公使一同行動，遂獨自帶同翻譯乘轎從東交民巷使館，前往東單牌樓北大街東堂子胡同總理衙門交涉。克林德決定不帶四名德國衛兵，兩乘轎子只有兩名沒有武裝的馬伕隨行。柯達士看到克林德腰上沒有掛平常帶的左輪手槍，也就沒有帶槍。途中走到東單牌樓北大街西總布胡同西口，為正在巡邏的神機營霆字槍隊章京恩海所殺，柯達士受傷，轎伕逃走。
6月22日，慈禧發給義和團2萬石粳米，并懸賞殺洋人，“殺一男夷者，賞銀五十兩；殺一女夷者，賞銀四十兩；殺一稚子者，賞銀二十兩”。
先是在5月底，北京東交民巷使館區人員在感覺到危險即將來臨時，向外發出求援，于是一支432人，由八國海軍人員組成的聯合部隊（法國75人，俄羅斯79人，英國79人，美國53人，意大利39人，日本24人，德國水兵51人、奧匈士兵32人），在得到慈禧太后默許后，于6月1日從大沽經鐵路抵達120公里左右的北京城，協助使館人員防守。
不過隨著局勢不斷惡化，6月9日，英國駐華公使竇納樂透過電報向西摩爾稱，北京城內局勢每小時正在惡化，要求西摩爾為進軍北京作好預先安排。6月10日，北京使館區與外界的電訊聯絡中斷。因此各國急商，增派一支由2157名各國海軍及海軍陸戰隊人員（英軍916人、德軍540人、俄軍312人、法軍158人、美軍112人、日軍54人、義軍40人、奧匈軍25人）組成的援軍入京，決定由英國海軍中將愛德華·霍巴特·西摩爾任聯軍司令，美國海軍上校為副司令、俄國上校沃嗄克任參謀長，從天津搭火車出發前往北京保衛使館。
6月10日，西摩爾軍經過聶士成軍防區，根據上司榮祿的命令，聶士成容許聯軍先遣隊火車通過天津，旗下武衛軍士兵對聯軍的態度亦顯得友善，並沒有意圖攻擊聯軍的舉措。
不過西摩爾向北京行軍的舉動惹怒慈禧太后，因此支持義和團的端王載漪迅即取代慶王奕劻，成為總理各國事務衙門大臣，並命令武衛軍聶士成、董福祥甘軍攻擊聯軍。另一方面，清廷又透過招募義和團成員入軍，以保衛首都，阻止西摩爾的行軍。
聯軍火車通過天津後，義和團阻擊聯軍，將鐵路破壞掉，使聯軍無法前進。在6月11日至14日的幾次戰斗中，義和團每次出動幾百到上千人，都被聯軍擊退。由于前面的鐵路被破壞，西摩爾軍只得邊修路邊前進。到廊坊之后，前面的鐵路被破壞得更加嚴重，聯軍無法乘車前行。16日，聯軍放棄由鐵路進京計劃，決定改走水路由白河前往北京，先返回楊村，然后在該處組織乘船進京。
6月18日，正當西摩爾軍由廊坊回撤之時，大批義和團向滯留廊坊的聯軍發起進攻，奉慈禧太后之命阻截聯軍的董福祥甘軍開到廊坊，投入戰斗。雙方激戰數小時，聯軍傷亡嚴重，西摩爾認為聯軍已不可能突破重圍進入北京，于是決定撤回天津。清政府稱此役為廊坊大捷。
左宗棠舊將董福祥
董福祥轄下的回族軍隊，自甘肅前往北京支援義和團的行動。
由于楊村至天津的鐵路已被破壞，聯軍只得沿白河撤回，期間徵用4艘中國漁船，沿著河岸牽著繩索，載上所有傷員及剩餘的食物、彈藥及醫療用品前往天津。6月19日至20日在由楊村至北倉的撤退途中，聯軍不時遭到義和團和清軍的阻擊。6月21日聯軍與聶士成軍在北倉進行了數小時激戰，付出很大傷亡代價后占領北倉。6月22日聯軍佔領清軍的西沽武庫，發現除了有德國克虜伯野戰炮外，還有大量步槍與數以百萬計的子彈，連同數百萬斤大米和充足的醫療用品。
得到充足的軍事物資後，西摩爾決定堅守待援，并派人向各國公使告知聯軍的困境。聯軍在待援期間遭到清軍、民團日夜不斷的攻擊，處於崩潰的邊緣。直到6月25日，一支1800人組成的援軍（其中俄國900人，英國500人）解西摩爾之圍，在戰場使用了價值超過300萬英鎊的彈藥數量後，終於在6月26日清晨成功接應西摩爾聯軍撤退，西摩爾行軍北京期間總計損失62人，有225人受傷。
當時被困在北京使館區的外國人對西摩爾充滿信心，認為西摩爾軍隊離自己很近，他們很快就會安全，並未得知西摩爾的軍隊拯救失敗的消息。
6月12日，俄軍1200人登陸大沽。15日，聯軍要求天津鎮總兵羅榮光于17日凌晨2時以前交出大沽炮臺。15日和16日，義和團與紫竹林租界守衛士兵發生戰鬥。6月16日，天津租界之對外電報中斷；各國海軍將領會議，決定占領大沽口炮臺。6月16日晚，聯軍發起總攻，羅榮光發炮還擊，戰爭爆發。據北塘漁民黃永力和董得六回憶：“在營外（大沽于家堡東面的督標營），沒有尸首，整個打了一宿，還沒攻下，500多人全都活的。”17日凌晨大沽炮臺失守。之后，俄軍從塘沽火車站向天津市進攻，日本軍從海河向天津市進攻。
1900年5月30日，趙舒翹、何乃瑩上奏慈禧太后，建議招撫義和團：“拳會蔓延，誅不勝誅，不如撫而用之。”
進入6月之后，義和團拆毀鐵路、焚燒車站、攻擊教堂、殺死基督徒、威脅在華外國人生命安全，局勢越來越危急。張之洞、劉坤一及其他主和派大臣頻繁提醒，一味姑息拳民不加剿滅必然導致列強以保護傳教士為由出兵中國。雖然慈禧太后也知道不剿辦義和團意味著嚴重的國際介入，但她仍堅持之前對義和團的懷柔政策。
6月4日，奏請招撫義和團的何乃瑩由順天府尹升為督察院左副都御史。
6月5日，太后派刑部尚書、總理衙門大臣、軍機大臣、兼順天府尹的趙舒翹，及都察院左副都御史何乃瑩前往涿州考察義和團。反對戊戌變法、力主廢黜光緒皇帝、主張招撫義和團殺滅西人的吏部尚書剛毅惟恐趙舒翹的匯報結果不利于義和團，也緊隨其后趕往涿州。其實趙舒翹經考察已明顯看出義和團所謂“神功”皆為虛假，但剛毅卻力言神功“可恃”。
6月6日，慈禧太后召集大臣討論清廷的政策，“決計不將義和團匪剿除”。惲毓鼎在6月6日記載：“五月初十日，知太后圣意，頗右義和團，欲倚以抵制外洋，為強中國之計。”同日，清廷頒布上諭說：“飭令各地方官妥為彈壓，無論其會不會，但論其匪不匪。……昨已簡派順天府兼尹軍機大臣趙舒翹前往宣布曉諭。”
6月10日，慈禧太后派端郡王載漪出任總理各國事務衙門大臣，這一決定讓外國公使格外不安。
6月13日，義和團從崇文門進入北京內城。
6月14日，剛毅上奏：
6月16日，在第一次御前會議上，剛回京不久的剛毅向慈禧太后報告“拳民忠貞，神術可用”，朝中莊親王載勛、端郡王載漪、輔國公載瀾亦主撫義和團，向西人開戰。
6月18日，庚子被禍五大臣之一的袁昶奏折說：
6月19日，在第四次御前會議上，慈禧太后下定決心向各國開戰，命令清軍準備攻打使館區。光緒皇帝拉著許景澄之手說：“兵端一開，朕一人死不足惜，如天下生靈何？”君臣涕泣。太后大喊“許景澄無禮”。
6月20日，德國公使克林德被清廷設計刺殺。
6月21日，慈禧太后以光緒皇帝的名義發布《宣戰詔書》，號召全國軍民抵抗攻擊者。
慈禧太后最終宣戰的原因，史學家有很多爭論。6月17日，慈禧太后收到了裕祿關于列強強索大沽炮臺的奏報，但不知大沽已經開戰。一個有爭議的說法是6月17日，慈禧太后召開第二次御前會議時得到了假照會，認為外國要求她歸政於光緒皇帝。慈禧太后態度轉為支持義和團及向西人開戰。命剛毅、載漪、載勛、載濂、載瀾統領義和團，任載勛為步軍統領九門提督。18日，董福祥甘軍與西摩爾軍在廊坊激戰，西摩爾軍退回天津。19日，慈禧太后命令裕祿：「各國洋兵欲行佔據大沽砲臺一所，事機緊迫，兵釁已開，該督須急招義勇，固結民心，幫助官兵節節防護抵禦，萬不可畏葸瞻顧，任令外兵直入。」因京津電報中斷，到20日，慈禧太后才獲得裕祿奏報，講述天津大沽已經開戰，天津清軍和義和團合力將租界敵人打退，軍威甚揚。至21日，慈禧太后正式宣佈開戰，詔書只提及西人強索大沽炮臺，未提及大沽開戰，也未提及西摩爾聯軍意欲入京一事。
6月25日，載漪、載勳、載濂、載瀅四兄弟率義和團六十多人要殺死光緒皇帝，被慈禧太后阻止。
東南互保以及慈禧太后西狩圖
1900年5月31日，湖廣總督張之洞電報：“疊接北路電，拳匪因鬧教滋事，勢甚猖獗，定興至盧溝鐵路機廠車輛料廠盡毀，實堪駭異……此等匪徒，抗拒官兵，戕殺武職大員，毀壞國家所設鐵路，法所當誅。至于動手拆路焚屋之徒，按律亦當格殺勿論，應準官軍開槍轟擊。此乃借鬧教而作亂，專為國家挑釁。且鐵路與教堂何涉，可見實系會匪，斷非良民。若滋鬧不已……各國必以保護教士教民為詞，派兵自辦，大局將難收拾。”幾日之后，張之洞致電許竹筠說：“輔清滅洋旗號，乃會匪故智。前年川、楚鬧教，亂匪皆是此旗。若因此姑息，大誤矣，能避槍彈更是謠言。”
6月8日，兩江總督劉坤一致電總理衙門：“惟匪勢如此猖獗，毀路踞涿，種種不法，名為忠義，實為叛逆，即使宣布解散，亦難保不散而復聚，蔓延日久，收拾益難。現聞大沽已有洋艦二十余號，萬一出而干預，大局何以支持？畿輔重地，關系匪輕，似應一意主剿，通剿二股，則余股自滅；辟以止辟，正所以保全民命也”。
6月15日，張之洞、劉坤一聯銜致電總理衙門，請即速剿辦義和團。電文謂：“……如再遲疑不自速剿，各國兵隊大至，越俎代謀，禍在眉睫。此實宗社安危所系，不敢不披瀝上陳。從來邪術不能御敵，亂民不能保國。外兵深入，橫行各省，會匪四起，大局潰亂，悔不可追。”
6月20日，張之洞、劉坤一聯絡幾省巡撫聯銜電奏慈禧：“各國洋電，皆以拳匪妄殺生釁，我不速剿，致動眾怒，日本電謂，若肯剿匪，尚有轉機，京城危機，北望焦灼。……即不與各國開釁，亦應痛剿，況無故戕害洋人、洋房，殺日本參贊，今海口已被占奪，都城滿布洋兵，增兵增艦，日來日多，禍在眉睫，直不忍言。從古無國內亂民橫行慘殺而可以治國者，亦未聞一國無故與六七強國一同開釁而可以自全者……仰懇皇太后、皇上圣斷，念宗社之重，速持定見，勿信妄言，明降諭旨，力剿邪匪，嚴禁暴軍，不準滋事。速安慰各使館，力言決無失和之意。”
慈禧太后宣戰前夕湖廣總督張之洞、兩江總督劉坤一（湘軍江忠源舊將）、兩廣總督李鴻章（淮軍領導人）、鐵路大臣盛宣懷（父親盛康是湘軍胡林翼的軍需官）、山東巡撫袁世凱（淮軍吳長慶的舊部）、閩浙總督許應騤（族叔許祥光曾與湘軍江忠源一起鎮壓太平天國）等大臣們，商議如何保存東南各省的穩定，避免列強有藉口入侵；清政府向十一國宣戰後，張之洞、劉坤一、李鴻章、許應騤、四川總督奎俊、袁世凱等，即和外國達成地方上的協議，稱東南互保。大臣們稱皇室詔令是義和團脅持下的「矯詔、亂命」，在東南各省違抗命令，除滅義和團。另外，同時密議倘若北京失守而天子與太后不測，他們將改建共和，選舉李鴻章為總統。
天津的義和團準備集結
前往京津的日本海軍陸戰隊
前往京津的美國海軍陸戰隊
八國聯軍部隊，左起：英國、美國、英屬澳洲、英屬印度、德國、法國、奧匈帝國、意大利、日本
天津之戰從1900年6月14日開始到7月14日結束，歷時一個月，中經大沽之戰、老龍頭火車站爭奪戰、紫竹林租界攻堅戰和八里臺保衛戰，最后天津在7月14日被聯軍攻破。
6月14日，曹福田率領義和團數千人，從西門進入天津，直隸總督裕祿率領百官親自出迎。義和團在天津城西呂祖堂內設總壇口，又在老爺廟、老母廟、玉皇廟等處設立分壇。6月27日，張德成率領“天下第一團”5000人開進天津。
前期燒教堂及洋行的情形，據團民王恩富回憶：“6月14日那天夜里楊壽臣老師帶領了我們燒掉了倉門口和鼓樓的三個教堂。”據團民李元喜回憶：“6月14日那天燒了西門里的福音堂，鼓樓西教堂，鼓樓東倉門口教堂，小洋貨店街教堂。”據北門里大街居民辛樹人回憶：“那天估衣街、鍋店街一帶燒教堂的大火紅了半個天。”據陳忠珊回憶：“義和團不但把玉皇閣以北洋行燒得片瓦不留，宮北新連卡佛、估衣街的一個洋行、以及大獅子胡同的紅記洋行都先后被義和團搗毀。”6月16日下午，據王晶華回憶；“在義和團攻擊衙門的時候還打開了軍械所得到了一批步槍。”此時在天津武裝的義和團達到三萬人。6月17日，義和團圍攻紫竹林租界的戰斗打響了
1900年6月27日天津老龍頭火車站情形，據李元善回憶：“紅燈照那些小閨女們，…進攻火車站，都被（聯軍）打死了。”28日72艘運輸船搭載張德成部5千-6千義和團由大運河進入天津增援。6月30日天津北洋機器局東局的情形，據劉金堂和宋文彬的回憶：“有個中國看守埋下了地雷，當洋人要進入東局子搶彈藥時，拉了地雷線便和洋人同歸于盡了。”據王恩普回憶：“當外國人接近東局子時其他人都撤退了，一個小官沒走，大家勸他撤退，他說：‘我末了走，我和外國人一塊走。’等大家撤退完后他獨自把火線拉好，并且跑到房頂上呆著，等到外國人都來齊了，他把火線一拉，剎時間轟聲震天，跟不少外國人同歸于盡了。”
1900年7月天津的混戰情形，據王三爺回憶：“一個義和團成員左二環拿雁翎刀上去把一個德國騎兵從馬上砍下來。”據郭治恩回憶：“窯灣子義和團當場剁死六個（聯軍）”，當天義和團被聯軍打死“百十來口子，被教民打死了六七十人”。據張招生回憶；“聶士成的軍隊經常吹噓，他們要先打義和團再打洋鬼子，聶士成要先安內后打外，義和團進攻紫竹林時，聶士成把他們趕到前面去要他們打洋人，洋人一開槍義和團死了很多，義和團向后退聶軍就開槍也打死了好多人，義和團兩面受敵。”由于聶士成拒絕增援義和團，聶士成被團民稱為“聶鬼子”、“聶等死”。
據張鴻泰回憶：“六月十三日（公歷7月9日）日本鬼子打來了，鬼子步兵到處槍殺團民，并放火燒了紀莊子，當時老百姓四處逃難，被打死了一兩千人。”據王學鵬回憶：“東洋鬼子打進了紀莊，把青壯年全部給打死了。”據張家富回憶：“在紀莊犧牲的團民足足有一兩千人，僅僅是死人頭上的發絲還撿了幾十擔，第二年耕地時都是白骨。”據李長慶回憶：“打完紀莊子后，日本鬼子抄了聶士成后路，聶士成被打死，他的兵也死了不少。”
1900年7月中旬義和團在天津最后的失敗情形，據沈德生回憶：“六月十八日（公歷7月14日）一槍沒打一炮沒發，四門都插上小白旗了，把手城門的陳國壁，他說給外國人，叫外國人打扮成義和團就進來了，這都是奸細帶來的。”據李振德回憶：“天津失城也是因為有奸細的緣故，洋人向城里一打炮，天津最高的禮拜寺、鼓樓都掛上了白旗，接著四個城門都插上了白旗，這才失的城。”據李鳳德回憶：“最后洋人進來還是有人做了奸細，南門有一個用小車推著一家老小到城門根來要求避雨，結果去城根接上了地雷，轟的一聲把城門轟開了。”據李漢卿回憶：“日本兵是從南門西南的廣仁堂附近的大洼坑鉆進城來的。”據孫潤卿回憶：“外國人是從西南角廣仁堂蘆葦坑里來的。”據王文炳回憶：“由于直眼勾結外國人，而使洋人能偷偷地爬進（天津城）來。”據云振鐸回憶：“日本人是從葫蘆罐和二毛子一起進來的。”
“當時老百姓都從北門西門逃出去，日本鬼子就把炮架在北門城樓上，開炮轟擊，北門內外死了不少人。”據李廷輔回憶：“北門里死人太多了，人踩人人撞人，婦女更多小腳走不動，有的還抱著小孩被打死的。”據竇省三、陶繼承回憶：“北門里外死尸堆得高高的，北門門洞都給尸體堵沒了。”據孫少棠回憶：“外國人進城絞死了許多中國人，有被外國人殺死的，也有被燒死的，其中有聶士成的士兵也有義和團。”