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魯道夫·伊凡斯（Rudolph Evans）所塑之傑佛遜像。後方牆上銘刻著美國獨立宣言前文
傑佛遜為美國獨立宣言之主要撰稿人，獻身於美國的政治文化與民間文化。大陸議會為撰寫該宣言所委任的五人小組全體一致同意，由傑佛遜單獨起草宣言全文。
1776年9月，傑佛遜回到維吉尼亞，並獲選入新成立的維吉尼亞州代表議會（Virginia House of Delegates）。傑佛遜於其任期中銳意改革州內法制體系，以使維吉尼亞成為民主的一州。他於三年間起草了126條法案，包括廢除長子繼承權、建立宗教自由、並使司法體系現代化。1778年，傑佛遜的「知識大幅普及散播法案」（"Bill for the More General Diffusion of Knowledge"）促成其母校的連串學術改革，包括美國各大學中第一個成立的選修制度。
傑佛遜於1779年至1781年年間任維吉尼亞州州長，在1780年以州長的身分監督維吉尼亞州治由威廉斯堡遷移至-{zh-hans:里士滿;zh-hant:里奇蒙}-。他不斷在威廉與瑪麗學院中呼籲教育改革，包括全國首創由學生自治的榮譽法則（honor code）。1779年，在傑佛遜的指示下，威廉與瑪麗學院委任喬治·威勒為美國各大學中首位法學教授。因對改革的進程不滿，傑佛遜後來創立了-{zh-hans:弗吉尼亞大學;zh-hant:維吉尼亞大學}-，為美國第一所與宗教學說完全無關的高等學院。
維吉尼亞兩次在傑佛遜主政期間遭英軍入侵。傑佛遜本人幾乎被向夏洛茨維爾奇襲的英軍騎兵縱隊所俘，但終能脫身。民情因政府無力禦侮而激憤不已，從而幾乎毀了傑佛遜的政治前途；但在約克鎮之圍後，民憤逐漸平復。
傑佛遜於1785年至1789年間作為外交使節駐在法國，而無法參與合眾國制憲會議。他其後雖逐漸支持這部新憲，卻仍認為新憲法因缺乏權利法案而有缺陷。
從法國回來之后，傑佛遜於喬治·華盛頓的政府中擔任首任美國國務卿（1789-1793）。他與亞歷山大·漢密爾頓兩人之間開始對全國金融政策展開論戰，傑佛遜將漢彌爾頓與其他狂熱的聯邦黨人與保皇黨等量齊觀。1790年，傑佛遜深恐其擬之為「保皇主義」的「漢彌爾頓主義」佔上風，寫下「漢彌爾頓的信徒們跟著氣喘噓噓…並渴求帝王之冠、諸侯之冕、與主教法冠」（"Hamiltonians were panting after...and itching for crowns, coronets and mitres"）。傑佛遜與詹姆斯·麥迪遜創立民主共和黨，並成為黨內領袖。他們二人與麥迪遜的的競選總幹事約翰·貝克利（John James Beckley）所建立的體系，史稱第一政黨體系。1793年，英法兩國爆發戰爭，傑佛遜強烈支持法國，而漢彌爾頓與華盛頓在締結傑伊條約後則支持英國，傑佛遜於是辭職隱退蒙地沙羅，後于1796年參選總統落敗，其後又獲選為美國副總統。
因與法國進行準戰爭（兩國海軍不宣而戰），約翰·亞當斯所領導的聯邦黨加強並增募海陸兩軍，同時開徵新稅，從事戰爭準備，並在1798年制訂了客籍法和懲治叛亂法。傑佛遜將此法解讀為攻擊他所屬的政黨，甚於對付危險外敵。他與麥迪遜為重新集結支持者，匿名著作肯塔基及弗吉尼亞決議案，主張憲法所建立者僅為各州與聯邦政府之間的協定，聯邦政府無權行使憲法無明文規定之事項，而各州對聯邦政府各項僭權之舉可視為無效。此提案為美國史上首次對論之陳述，該論述開日後拒行聯邦法規與介入論之先河。
傑佛遜與紐約的阿龍·伯爾緊密合作，重新集結其政黨，特別為對付新稅開徵而投入1800年美國總統選舉。聯邦黨反擊傑佛遜為自然神論者、無神論者，稱他為基督徒之敵。傑佛遜與伯爾在選舉人團中，票數並列第一，須由時為聯邦黨所控制的美國眾議院決斷選舉結果。
經冗長辯論後，漢彌爾頓在眾議院中說服了同黨議員。他認為，選舉過程中的流言將腐蝕新生的美國政府；而就政治面而言，傑佛遜不會造成傷害。眾議院后於1801年2月17日決議，推舉傑佛遜為總統，伯爾為副總統。
傑佛遜於1801年至1809年間擔任總統，為首位於白宮任職並離任的總統。這也是民主共和黨黨員首次選上總統。截至目前為止，傑佛遜為唯一擔任過美國副總統後又當選總統，且做完兩個任期的總統。
傑佛遜任內因崇尚重農主義、個人自由、有限政府、及以共和主義激勵美國身份認同而知名。儘管傑佛遜他以建立有限政府目的，他在第一任總統任期中執行路易西安納購地案，並委派進行路易斯與克拉克探勘。傑佛遜於1804年美國總統大選中當選連任。他在第二任期中主要處理外交問題，例如在陷入英法之戰時保持中立。
傑佛遜本是嚴謹建構主義者，但在其總統任內對自己的原則妥協。他在保持小型海軍、農業經濟、嚴謹建構主義、與小政府等原則上退縮。自民主共和黨分離而出的特挺奎德斯（Tertium quids）團體指責傑佛遜自毀原則。
* 第一次巴巴利戰爭（1801-1805）
* 簽署成立西點軍校(1802.3.16)
* 路易西安納購地（1803）
* 馬伯里訴麥迪遜案（1803）
* 成立奧勒岡屬地（1804）
* 副總統伯爾叛國案（1805）
* 批準美國憲法第十二修正案（1804）
* 路易斯與克拉克探勘（1804-1806）
* 1805年成立路易西安納屬地（後更名為密蘇里屬地）
* 特挺奎德斯(Tertium quids)自民主共和黨中分離而出。
* 1807年禁運法案，企圖與拿破崙戰爭中的交戰國中止貿易關係以令美國的中立國地位獲得尊重。
* 1808年廢除國內奴隸貿易。
1801–1809
1801–1805
喬治·柯林頓
1805–1809
詹姆斯·麥迪遜
美國財政部長
山繆·德斯特
阿爾伯特·高勒挺
美國戰爭部長
亨利·迪爾繃
美國總檢察長
1801–1804
羅伯特·史密斯
約翰·布瑞肯里吉
1805–1806
凱撒·奧古斯都·羅德內
1807–1809
美國海軍部長
班哲明·史都德特
1801–1810
傑佛遜於總統任期內任命下列美國最高法院大法官。
* 威廉·強森（William Johnson） – 1804年
* 亨利·李文斯頓 – 1807年
* 湯瑪斯·陶德（Thomas Todd） – 1807年
弗吉尼亞大學圓廳
傑佛遜卸任總統職務後仍持續活躍於公共事務。他投入大部分心力成立一所新的高等院校，為解除教會對校務影響，使學生可專心致力於其他所大學所無法提供的新天地中。在一封1800年由他寄給約瑟夫·普里斯特利的信函中，表明他在真正建立一所大學前已為此思考了數十年之久。
他的夢想於1819年因弗吉尼亞大學的成立而實現，州議會批準每年撥款1,500美元以供興學之用。該校於1825年開始招生，是第一所為學生提供全部選修課程的大學（儘管首屆僅有30名學生入學）；而校區則是當時北美洲最大的建築群之一。值得注意是，該校校園以圖書館為中心，而非教堂。其實，原案中根本就沒有包含校園禮拜堂在內。傑佛遜生前常邀請學校師生職員到家中，艾德加·愛倫·坡為當時的訪客之一。
維吉尼亞大學設計為州內最高學府。傑佛遜的看法認為，州內居民皆可經由單一共同的評核標準入學。
傑佛遜逝於1826年7月4日，當日為獨立宣言通過五十週年紀念日，與晚年好友、前總統約翰·亞當斯同日去世。傑佛遜生前因創校而債務沉重，美國各地曾捐輸約 $16,000美元以幫助這位前總統，但不足以助其清償債務與醫療費用。傑佛遜552英畝（223公畝）的產業於1831年在蒙地沙羅的一次拍賣會上，以美金 $7,000元售予詹姆斯·巴克禮（James T. Barclay）。1836年，巴克禮將地上物連同218英畝（88公畝）的土地以 $2,700轉售給美國海軍的尤瑞亞·李威中尉。李威中尉後來買下周圍的土地及屋內家具陳設，他因而獲稱「蒙地沙羅的救星」。李威中尉於1862年因美國內戰而去世，遺囑中將蒙地沙羅捐贈給美國政府作為海軍遺孤的學校。托馬斯·杰斐遜身後葬於其蒙蒂塞洛的產業上，其墓誌銘由他在生前自行寫就。
他堅決要求，墓碑除銘刻自己所撰寫的句子外，其餘的「一個字也不要多」。
墓誌銘如下：
美國獨立宣言作者 維吉尼亞宗教自由法 以及維吉尼亞大學之父　托馬斯·杰斐遜 長眠於此
HERE WAS BURIED THOMAS JEFFERSON AUTHOR OF THE DECLARATION OF AMERICAN INDEPENDENCE OF THE STATUTE OF VIRGINIA FOR RELIGIOUS FREEDOM AND FATHER OF THE UNIVERSITY OF VIRGINIA
傑佛遜身高六呎二吋半（189公分），體型修長健壯；臉部輪廓稜角分明，氣色十分紅潤，髮色金赤，間雜淡褐；灰色眼珠；晚年衣著隨便，不修邊幅。傑佛遜是個糟糕的公眾演說者，他大部分的重要演說都是以咕噥著帶過；儘管如此，他認真演說時舉止優雅。傑佛遜與他人很快便能相互熱絡（但對陌生人並不十分友善）；而他富朝氣、跳躍式、知識性的言談充滿魅力。在安靜的外表下，他熱情執著而多愁善感，好似在大小事上都有規律性的習慣動作。1801年，他遭英國首相蓄意侮辱，而在華盛頓建立謀劃中心作為回應。
雖然傳記中稱傑佛遜缺乏幽默感，但他最喜歡的讀物卻是《唐吉訶德》與莫里哀的作品。而雖然他的著作中充塞著功利思想，在他年輕時則充滿浪漫主義，曾為了翻譯莪相之詩準備學習蓋爾語，並為取得原稿而拜訪詹姆斯·麥克佛森（James Macpherson）。
他於任內中止總統親自演說國情諮文的做法，而是將講稿送達國會（至伍德羅·威爾遜任內方恢復由總統親自演說）。他在總統任內僅進行了兩次公開演說。妻子亡故後，他焚毀兩人之間往來的書信，顯現出一個人有時可以孤僻到什麼程度。
近代由諾姆·列俊（Norm Ledgin）所著之《診斷傑佛遜》（''Diagnosing Jefferson''）一書曾暗示，傑佛遜帶有亞斯伯格癥候群。有些史家抨擊這項發現，他們認為身患此疾「會減損傑佛遜的偉大崇高」。心理學家們也認為，書中所描寫的人格特質與亞斯伯格癥候群的患者高度相符。（Ledgin 2000）
傑佛遜是深具造詣的建筑師，他將英國在輝格黨權貴中廣受歡迎的帕拉第奧式建築帶入美國，因而對後世的美式建築風格影響深遠，此種風格與共和黨對於市民美德與政治自由的啓蒙思想有關。傑佛遜所設計的蒙蒂塞洛自宅聲名遠播，宅內有自動門、首次面世的旋轉椅、及許多傑佛遜自己發明的便利裝置。左近的維吉尼亞大學是美國唯一一所由總統所創建的高等學府，其教案與建案全由傑佛遜一手包辦。時至今日，蒙地沙羅與維吉尼亞大學已共同成為美國境內僅有的四處文化世界遺產之一。傑佛遜對維吉尼亞州議會山莊的建築設計亦有貢獻，該建築以法國南部尼姆（N?mes）的古羅馬式廟宇——方堂（Maison Carrée）為原型。傑佛遜的建案開啟了美國後續的聯邦式建築風潮。
傑佛遜的的愛好之一是考古學，可追溯至幼年時所接受的訓練。傑佛遜有時被尊為考古學之父，以表彰他在發展文物發掘技術上的角色。當他於1784年在自家產業內發掘出一處印地安人墳塚時，並未依循當時的一般性作法─即不斷下挖，直至文物出土為止──而是在墳塚上開出僅可容身的缺口，以便入內研究。
蒙特沙羅的魚塘
傑佛遜頗為喜愛自家的魚塘。魚塘呈缽型，深約三英呎（一公尺），用以留置他所捕獲的水族。該魚塘今已重建，位於蒙地沙羅西邊。
傑佛遜好品酒，曾於駐法國時（1784年─1789年）廣遊歐洲各大產酒區，並運送佳釀回鄉。並曾作出廣為人知的大膽宣言：「我們可以在美國釀出與歐洲多樣風味相捋的佳釀，不會是一模一樣，但無疑是相同的甘美」。蒙地沙羅曾經廣植葡萄，其中有很大一部分是歐洲品種的釀酒葡萄。全部葡萄後來皆未能倖免於美洲原生種的葡萄疾病。
他於1812年寫就的 國會議事初步（''A Manual of Parliamentary Practice''） 至今仍持續使用中。
華盛頓特區連同國會圖書館於1814年遭英軍焚毀後，傑佛遜將個人藏書提供給國家。國會慨然接受，撥款$23,950元以收購其價值五萬元的6,487部藏書，為國家的大圖書館奠基，亦部分抒解傑佛遜之財務困境。時至今日，國會圖書館網站上的聯邦立法資訊名為湯瑪斯，以表彰其貢獻。
他另身兼美國哲學學會會長，任職多年。
在其1818年5月28日致末底改·曼紐·諾亞（Mordecai Manuel Noah）之信函中，傑佛遜闡釋其對人類信條與對民主的本質之看法
傑佛遜對美國的願景為以(農業)立國，耕者有其田的自耕農，恰與約翰·亞當斯及亞歷山大·漢密爾頓為代表的聯邦黨看法相對立。漢彌爾頓展望美國成為服務業(商業)與製造業(工業)國家，被視為美國卓異主義之父的傑佛遜則衷心相信美國的獨特性與無窮潛力。也就是說，傑佛遜自信滿滿地認為，美國這樣地廣人稀的國家可以避免他所擔心的，歐洲式階級對立與商業化、工業化。
傑佛遜受多名歐洲啟蒙思想家的見解影響極深，其政治原則來自約翰·洛克（尤其是不可轉讓之權利（inalienable rights）與人民主權（popular sovereignty））與湯瑪斯·潘恩的常識。政治學家將傑佛遜的思想擬之於與其同時的盧梭傑佛遜相信，人類擁有「某種不可轉讓之權利」。也就是說，無論政府是否存在，人所擁有，不可創造、奪取、或轉讓的基本權利永存。傑佛遜對於自由的解釋最受重視，他將之定義為「正當的自由為，在其他人據相同權利劃定之範圍內，依我等之意願暢行無礙。我並未加述「合法範圍內」，因法律通常不過是專制獨裁的統治者之意圖，而法律的確就是這樣侵犯個人權利。」（"rightful liberty is unobstructed action according to our will within limits drawn around us by the equal rights of others. I do not add ‘within the limits of the law’，because law is often but the tyrant’s will, and always so when it violates the rights of the individual."）因而，對傑佛遜來說，政府不僅不能「創造」自由權利，反而有可能侵犯個人自由。而適切自由的範圍並非由法律所規定，而是止於他人有相同權利之處。傑佛遜認為，適切的政府不僅要防止個人侵害群體中其他人之自由，也要自我限制以防削弱個人自由。
傑佛遜經由成功廢止維吉尼亞的長子繼承權實現他對平等的承諾。此法規定唯長男可繼承所有家族土地。他在一封1785年寫給麥迪遜的書信中解釋其觀點：
傑佛遜相信，人生而有分辨是非善惡的道德觀，以與他人相處─即無論是否自我約束，人生而瞭解他人之天賦權利。他甚至相信，天賦的道德感足以信賴，而小規模的無政府社會因此可以運行良好。他曾在若干場合中闡述印地安人的無政府社會之管理：
他在《致凱靈頓上校的信》中寫道：「我確信，這些（印地安）無政府社會內的一般民眾，較之於歐洲各國政府治下者，享有更大程度的滿足。」傑佛遜相信，無政府主義「與大規模的人口捍格不入。」。他因而倡議，美國僅能因「人民同意接受治理」，而在擴張後的版圖上建立政府。
在美國獨立宣言的草稿中，傑佛遜在序文內寫道：
傑佛遜對「受治理者之同意」著墨極深。他相信，個人不能因過去世代的作為而受到包含債務與法規在內的道德束縛。他說道：「沒有任何社會可制訂永久性的憲法或法律，地球永屬生活於其上之世代。」他甚至計算出他所認為適切的法定週期：「因而所有的憲法，以至所有律法，自應於19年後屆滿失效。若行使更長久的時間，則成為強迫性，而非權利性的作為。」傑佛遜所估計出的19年來自當時的預期壽命表，他所認為這就是個人有能力作自我表達的「成熟」年齡。。傑佛遜也呼籲消除國債。他相信當前的世代毋須在道義上償還前人之負債。他說道，承擔這樣的債務為「慷慨作為，而非權利上的問題。」.
傑佛遜極為擁護，其於1798年之肯塔基及弗吉尼亞決議案中，訂下敵視聯邦擴權之基調，尤其值得注意。然而，他的若干外交政策實際上反而擴充了聯邦政府的權力。其中最重要的是，他在1803年的路易西安那購地案中，以不成文的聯邦權力兼併一大塊外國土地，連同居住其間的法籍與義大利居民。他行使禁運法案，卻因與外交政策抵觸而失效，顯示聯邦政府在有戰爭之虞時，可以強大武力作為後盾，介入地方層級事務以控制貿易往來。
傑佛遜雖為受過訓練的律師，但從未在法庭中感到自在。他認為法官應為技術性專家，不能設定政策。他譴責最高法院於1801年馬伯里訴麥迪遜案一案中的判決為違反民主，但無法在國會中取得足額支持以提出憲法修正案來駁回該判決。他持續司法違憲審查的說法：
傑佛遜在1787年表示：「民意是我們政府的基礎，所以首要目標是維護這一權利。如果由我來決定我們是要一個沒有報紙的政府還是沒有政府的報紙，我將毫不猶豫地選擇後者。」
傑佛遜於1800年曾遭政敵指稱為無神論者、宗教之敵，但傑佛遜在宗教方面著作頗豐，而大多數為其立傳者皆同意傑佛遜為為自然神論者，即18世紀晚期當時歐洲知識份子一般所抱持的觀點。羅馬天主教的神學領袖樞機主教曾說：「傑佛遜在威廉與瑪麗學院的生涯中，以法蘭西斯·培根、艾薩克·牛頓、約翰·洛克為三位智慧典範。而在數名教授的影響下成為自然神論的哲學家。」杜勒斯總結道：
總而言之，傑佛遜之成為自然神論者，是因為他信奉獨一的上帝、信從天命、相信天行有常與死後的審判，而非信服於超自然。傑佛遜視基督教為自然宗教的最終解釋，以耶穌基督為無與倫比的道德導師，因而成為基督教徒。他拒絕信仰正統基督教，也拒絕相信教義中所稱，基督為上帝之子的肉身，為命定救主等觀點。傑佛遜的宗教信仰差不多就是當時的美國式自然宗教。
傳記作家彼得森（Peterson）總結傑佛遜的神學觀點如下：
首先，基督教各教派的教義不合情理，因而不足為憑，但卻以之剝奪了祭司的聖禮、儀式、與教條，以之重新解釋歷史實證之光與人類的經驗；又以不足採信，而基督徒理應遵守之聖經式宇宙觀，取代篤信科學者的宇宙觀。其次，道德感毋須神明之認可或激勵，毋須訴諸六合之外，說不定甚至毋須訴諸對天堂之盼望與對地獄之恐懼，基督教之天啟偉業因而翻落至塵世中。
傑佛遜持續使用自然宗教式之字彙描述造物主，而美國獨立宣言中使用的也是諸如「造物者」（"Creator"）、「自然界之造物主」（"Nature's God"）等詞句。傑佛遜進一步相信，此造物主以「生活、自由、與追尋幸福」等數種不可轉讓之權利塑造人性。就其於革命前居法的經驗，他深切疑慮，（天主教）牧師們與主教們為無知的反動勢力。
傑佛遜受英國國教派哺育成長，該教派時為維吉尼亞之法定宗教，是唯一由政府資助的教派。傑佛遜於革命前為地方上的教區代表，在當時為具公職身分之職位。他稍後表明，大致上同意其友約瑟夫·普里斯特利之上帝一位論。傑佛遜在一封致俄亥俄州先驅者的信中寫道：「我甚感欣喜，此一疑信自便，得神庇佑之國度，不向政教任何一方作道義上的妥協。真神僅只一位，此一真理業已復甦；而我確信，合眾國內所有青年，最終定成一位論之信徒。」
傑佛遜不相信耶穌之神性，但十分尊崇耶穌之道德教誨，視之為「自然神論之宗旨，及上帝之特質之義理，用以改革修道院猶太人（prior Jewish）之道德學說，以達理性、正義、與慈愛之標準，並諄諄教誨對將來國度之信仰。」"
一如眾自然神論者，傑佛遜不相信神蹟。他自製的簡要版福音書中，大部分僅有他所認可之耶穌之道德哲學。這本於其身故後發行。
「此文書（傑佛遜版聖經）證明我乃『真基督徒』，即耶穌的教導之信徒，不同於稱『我』為異教徒並『自』稱為基督徒與佈導家的柏拉圖派學者們，其於作者未曾目睹口說之處抽取獨有之教條。」
杰斐遜對基督教作了許多批判。一些著名的觀點如下：
“我最近已經檢查了世界上所有所知的迷信，在我們特有的基督迷信中我沒發現贖罪這一特點。他們都是建立在神秘傳說之上。百萬計的無辜男女，因為基督教的勸導，被焚燒、折磨、處罰和禁閉。這種威權的作用何在？讓一半人成為傻瓜，另一半成為偽君子，去支持地球上的欺詐和謬誤。”
“基督教的神是三個頭的妖魔，殘忍、報復心重、反復無常。如果一個人想要更多了解這個狂怒的、三頭畜牲般的神，這個人只需要看聲稱做它仆從的人們的器量。他們總是在這兩類人中：白癡和偽善者。”
“總有一天，所謂耶穌以上帝為父，在處女的子宮中神秘誕生的說法，將與彌涅耳瓦從朱比特的腦中誕生的說法一樣，被視為寓言。”
“基督教是曾經照射人類的體系中最不正當的體系。”
傑佛遜於美國革命期間領導維吉尼亞實行政教分離。英國國教派當時受維吉尼亞州府資助，而傑佛遜在「維吉尼亞照會」（''Notes on Virginia''）中，取消以下法條：「若有人提及基督徒否認上帝或三位一體之存在…應受懲處。首先，取消任公職之資格…其次，限制收受禮物或遺贈…並入獄三年。」前此擔任公職者，據信連同傑佛遜本人在內，必須宣誓不相信羅馬天主教的變體論學說。1779年，傑佛遜完成「建立宗教自由之議」初稿，並視此案之通過為重要成就。對他而言，政教分離不僅是抽象的觀念，而是對基督教各派互以他派為異端的宗教「專制」之必要改革。
自1784年至1786年，傑佛遜與詹姆斯·麥迪遜聯手反對帕特里克·亨利讓維吉尼亞州府再次資助宗教的企圖。1786年，維吉尼亞大會（Virginia General Assembly）通過傑佛遜的宗教自由法案，該案於1779年送審，為傑佛遜自撰於墓誌銘上之三大人生成就之一。法案中規定：
傑佛遜認為，他所說的「政教阻隔之牆」的原則已闡示於美國憲法第一修正案中。美國最高法院多次引用此詞以釋義國教條款。在一封於1802年致康乃迪克丹伯里（Danbury）浸信會的信函中，傑佛遜寫道：
他於1808年致維吉尼亞浸信會之信函中，再度使用「阻隔之牆」一詞：
傑佛遜於任職總統期間，拒絕宣佈祈禱日與感恩節。甚且其私人信函顯示對神職人員過度干涉俗世如政府事務持懷疑態度。在信中，他寫下自身之觀察：「我相信，歷史上未曾有以教領政的自由民權政府。」，且「神職人員於何時何地皆為自由之敵，一向與專制君主結盟，煽動其濫權以獲得自身之保障。」「願世界得知，我相信，（對某某快些，對某某遲些，但最終對所有人而言）即將來臨之覺醒將打斷因無知修士與迷信而自我捆綁之鎖鏈，代之以自我管理所得之賜福與保障。」。傑佛遜最為刺耳之評論，似直指繼承約翰·喀爾文精神者：
傑佛遜渴求樹起「政教阻隔之牆」，但並不要求制約公職人員的宗教生活。傑佛遜本人參加基督教公共服務，包括在任總統期間，眾議院的每週教會服務。他有擔任神職的朋友，並以金錢資助若干教會。如同自然神論者約翰·洛克一般，傑佛遜個人相信天賦人權：「一國之自由可否說是安穩，若我們移走其唯一之堅實基礎，即自由天賜之信念？我甚為我國焦慮，因我認為天道好還，而天意當非永睡不醒。」.
紀錄顯示，傑佛遜一生中曾擁有逾650名奴隸，其中有是自雙親及妻方繼承而來，也有許多是因債權而扣留之資產。他既公開坦承相信奴隸制度不人道且終將絕跡，但他又繼續蓄奴，遭批評為偽善。1801年，在總統大選過後，波士頓的報紙《新英格蘭守護者》（The New England Palladium）報導，傑佛遜『騎在奴隸背上進入自由之殿堂。』
美國獨立宣言初稿中，傑佛遜譴責英王在北殖民地主導引入奴隸制度，控訴英王『從事殘酷的戰爭以壓制人性，對未曾冒瀆他的人們，侵犯其生命與自由兩個最莊嚴的權利，蠱惑並運載他們到地球的另一邊成為奴隸。』這段話在南卡羅萊納與喬治亞州的代表們要求下，自獨立宣言的正文中刪除。1769年，當時身為維吉尼亞州議會代表之傑佛遜，提議解放州內之奴隸未成。1778年，州議會通過他另一項提案，維吉尼亞禁止輸入奴隸。用他本人的說法，此案雖未帶來全面解放，但『禁絕因輸入奴隸而提高惡行，將最終的根絕留給未來。』1784年，傑佛遜在西北地域法令初稿中規定，自西北屬地中新加入聯邦的州『既不可蓄奴，亦不可奴役非自願受者。』1784年，傑佛遜在其維吉尼亞照會中抨擊奴隸制度：
史家史蒂芬·安伯洛斯稱：
傑佛遜明知奴隸制度不當，明知自己自此種體制中得利為不道德，但在其一生中顯然看不到放棄的跡象…在傑佛遜充滿矛盾的一生中，沒什麼比這個更嚴重。
自傑佛遜在世時便爭議不斷的一個題材，他是否女奴莎麗·海明斯子女之父，此一說法自1802年起廣泛得到公眾關注。記者詹姆斯·科連德（James T. Callender）於里奇蒙的地方報刊中寫道，海明斯曾為傑佛遜之『情婦』，長達數年之久，並為傑佛遜生下多名子女。傑佛遜未曾對此作任何公開回應，但其遺囑中要求予海明斯之兩子艾斯頓（Eston）與麥迪遜·海明斯（Madison Hemings），自由之身。兩人後來聲稱傑佛遜為其生父。
1998年，一項對其DNA的研究，斷定海明斯與傑佛遜兩個家族間具有遺傳上的連結，但無法確證杰斐遜本人為海明斯家族之始祖。三項研究成果於2000年代初期發佈，並公開出版。在蒙地沙羅運作的托馬斯·杰斐遜基金會（Thomas Jefferson Foundation）聲明『不太可能是…傑佛遜家族內的其他人，而非托馬斯·杰斐遜本人，為海明斯子女之父。』托馬斯·杰斐遜遺產協會（Thomas Jefferson Heritage Society）下屬一個研究委員會，由13名獨立成員所組成的學者委員會領導，斷言，以傑佛遜本人為其始祖的理論站不住腳。『全國宗譜協會季刊』（''National Genealogical Society Quarterly''）稍後發文評論，莎麗·海明斯與托馬斯·杰斐遜兩人間的的關係證據確鑿。
傑佛遜紀念堂
美元二元鈔票
* 1943年4月13日，即傑佛遜生辰兩百年紀念日，傑佛遜紀念堂落成於華盛頓特區。該紀念館由新古典式的碟型低屋頂與柱廊構成，其內數19英呎高的傑佛遜像，並雕有其著作之若干章節。最突出者為銘刻於屋頂近處，環繞紀念館之文字：「我於上帝之祭壇上誓言與宰制人類心靈的所有暴政為敵」。
* 卡文·柯立芝總統選定傑佛遜與喬治·華盛頓、西奧多·羅斯福及亞伯拉罕·林肯四位總統之頭像，勒石於拉許摩爾山山巔。
* 2美元紙幣、5美分硬幣、以及美國國庫券的百元券上，都印有傑佛遜之肖像。
* 傑佛遜紀念教堂［一神普教論者（Unitarian Universalist）］位於維吉尼亞州的夏洛蒂鎮
* M36驅逐戰車，以傑佛遜的名字命名。
* 2003年7月8日，美國全國海洋暨大氣總署（National. Oceanic and Atmospheric Administration, NOAA）之船隻「托馬斯·杰斐遜號」於維吉尼亞諾福克港下水服役，以紀念其對海岸線之研究，即總署下轄之國家海洋局（National Ocean Service）之前身。
* 簽署獨立宣言的眾先賢中，日後當選總統者僅有傑佛遜與約翰·亞當斯兩位。
* 1826年7月4日，即獨立宣言獲正式採用的五十週年紀念，亞當斯逝於昆西市，其著名之遺言為『托馬斯·杰斐遜還活著。』傑佛遜其實早他數小時撒手人寰，但亞當斯並不知情。
* 傑佛遜最廣為引述的警句『管得最少，就是最好的政府。』（"That government is best which governs least"）其實根本不是出自傑佛遜。而出於亨利·大衛·梭羅對於公民抵抗的說法，自其合眾國期刊與民主評論（The United States Magazine and Democratic Review）警句『最好的政府是管得最少的』（“The best government is that which governs least.”）改寫而成。
* 1800年美國總統競選，挑戰者杰斐遜誹謗約翰·亞當斯總統，說他是個“令人作嘔的書呆子，可憎的偽君子，暗地里有著陰陽人的性格，既沒有男人的力量和堅強，也沒有女人的溫和與敏感”；作為對他的回擊，亞當斯總統的支持者則稱杰斐遜是一個“卑鄙、未開化的家伙，是有一半印第安血統的母親的兒子，是來自弗吉尼亞的黑白混血的父親的種。”
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詹姆士·麥迪遜（，），美國政治家、開國元勛、第四任總統 （1809年－1817年）。因在起草和力薦《美國憲法》和《權利法案》中的關鍵作用被譽為「憲法之父」。
麥迪遜出生於弗吉尼亞州富裕的種植園家庭，於美國獨立戰爭期間任大陸會議和維吉尼亞下議院成員。在1780年代末期，他協助組織制憲會議，制定新憲法來替換失靈的邦聯條例。會後，麥迪遜成為修憲運動的領袖之一。他與約翰·傑伊及亞歷山大·漢密爾頓共同編寫《聯邦黨人文集》，力挺憲法。
1788年憲法通過之後，麥迪遜選入眾議院。期間，他成為喬治·華盛頓總統親密的顧問，是第一屆國會最突出的成員之一，協助通過法案，建立新政府。因起草前十條憲法修正案，麥迪遜也被譽為“權利法案之父”。雖然新憲法建立了強有力的聯邦政府，但在華盛頓任期內，麥迪遜反對財務部長亞歷山大·漢密爾頓主張的中央集權。為了反對漢密爾頓，托馬斯·傑佛遜和麥迪遜成立了民主共和黨，與漢密爾頓的聯邦黨抗衡，成為國家第一對主要政黨。在傑佛遜1800年勝選後，麥迪遜被任命為國務卿（1801-1809年）。在任內，麥迪遜主持購買路易斯安那，將國土面積翻倍。
麥迪遜在1808年勝選接任，並於1812年連任。因外交抗爭和貿易禁運失敗，美國與英國卷入1812年戰爭。由於美國軍力財力不強，戰爭打得一塌糊塗。麥迪遜不得不違心支持強大的國家政府和軍隊，以及國家銀行。史學家常視麥迪遜為優秀總統。
普林斯頓大學生麥迪遜，詹姆斯·沙博思繪
1751年3月16日（儒略曆1751年3月5日），小詹姆斯·麥迪遜在靠近弗吉尼亞康維港的貝爾格魯夫種植園誕生，是老詹姆斯·麥迪遜和內麗·康維·麥迪遜十二個孩子中的長子。他7位弟弟和4位妹妹中只有6人成年。父親生於煙草種植園愉悅山莊，成年後繼承產業。日後，他變得更加富有，購買奴隸，占地，成為皮德蒙特大地主之首。母親生於康維港，是大煙草商、大種植園主的女兒。1760年代初，麥迪遜家人搬入新居，名為蒙彼利埃。
蘇格蘭先生唐納德·羅伯遜在南方種植園數個家庭做家教，麥迪遜11-16歲時師從與他。麥迪遜學到了數學、地理、現代和經典語文、精通拉丁文。
16歲時，麥迪遜回到蒙彼利埃，在托馬斯·馬丁牧師那裏備考大學。與當時大多數弗吉尼亞學子不同，麥迪遜沒有進入威廉與瑪麗學院，威廉斯堡地勢低窪，容易傳染疾病，影響健康。1769年，麥迪遜進入新澤西大學（現普林斯頓大學），與室友、詩人菲利普·弗倫諾成為摯交。
在普林斯頓大學，麥迪遜的課程有拉丁語、希臘語、科學、地理、數學、修辭學和哲學，著重於演講和辯論。麥迪遜協助成立美國輝格會，與同學阿龍·伯爾的克裏歐索菲克會競爭。苦讀可能影響了他的健康。 1771年，麥迪遜畢業，留在普林斯頓大學校長約翰·威瑟斯彭那裏研究希伯來和政治哲學。1772年初，麥迪遜回到蒙彼利埃家中，對未來依然迷茫。威瑟斯彭深深影響了麥迪遜他的哲學和道義觀，將他帶入啟蒙時代的哲學、價值和思維世界。傳記作家特倫斯·鮑爾稱在普林斯頓：
:他沈浸於啟蒙運動的自由主義，轉信十八世紀的政治激進主義。由此，詹姆斯·麥迪遜的理論進步為促進人類幸福權利，他大多數活動致力於民權和政治自由的努力。
在1770年代初，美洲殖民地和英國的關係因稅收而惡化，導致獨立戰爭於1775年爆發。在1774年，麥迪遜參與當地安全委員會，該組織支持革命，召集民兵。這是他家庭財富支持下所做的第一份公務。1775年10月，他成為奧林治縣民兵上校，輔佐父親，爾後被選入弗吉尼亞第五大會，大會制定了弗吉尼亞第壹部憲法。由於瘦弱多病，麥迪遜沒有親自作戰，但因領導戰爭而在政治上出頭。
國會議員麥迪遜，32歲，查爾斯·威爾森·皮爾繪
在弗吉尼亞制憲會議上，麥迪遜支持弗吉尼亞權利法案，並呼籲保護宗教自由。早年時，他目睹該州聖公會因浸信會牧師無證講道而大加迫害。他與浸信會牧師以利亞·克萊格一道支持弗吉尼亞憲法的宗教自由。制憲後，麥迪遜成為州下議院成員 1777年4月，麥迪遜連任失敗，但下議院年末將他選入州長咨詢委員會。在此，他成為州長托馬斯·傑佛遜（1779-1781年）的摯友。
麥迪遜在1777-1779年服務州咨詢委員會，爾後選入邦聯議會。國家在對英作戰中處於困難，通貨膨脹惡劣，財政困難，各級政府缺乏協調。麥迪遜成為財務問題專家，在法務上馬不停蹄，努力撮合會議關系。受困於各州缺乏補給，麥迪遜向議會提議對外征收關稅。麥迪遜、喬治·華盛頓將軍、亞歷山大·漢密爾頓議員和其他要員支持為初生國家修訂《邦聯條例》。但是，他們向議會提出征稅沒有得到所有13州的批準。在1780-1783年服務議會後，麥迪遜於1784年選入弗吉尼亞下議院。
麥迪遜在1784-1786年間服務弗吉尼亞下議院，與傑佛遜和他的弟子、議員詹姆斯·門羅合作。在此期間，麥迪遜努力學習法律和政治理論，傑佛遜從法國拿來啟蒙運動文章給他看，麥迪遜深受影響。看到民主激進擴張時，麥迪遜感到苦惱。他批評議員只為選民的短視著想，不顧國家大局利益。具體來說，法律拒絕外國大使外交豁免權、將紙鈔合法化，這都讓麥迪遜頗為煩惱。他認為議員應該“無私”，為大局利益著想，即便這樣會得罪選民。麥迪遜認為“過度民主”導致大幅度社會退化，他和其他人（包括華盛頓）在戰後持這樣觀點，謝司起義就是例子。他繼續支持宗教自由，並與傑佛遜一道編訂弗吉尼亞宗教自由條例，保證宗教自由，對聖公會施行政教分離，條例於1786年通過。
在整個1780年代，麥迪遜倡議修改邦聯條例。在1783年獨立戰爭結束後，他越來越擔心各州不團結，中央政府軟弱。麥迪遜寫道：“危機來臨了，看美國實驗是對世界的祝福，還是要辜負所有共和希望。”他特別擔心國會無力主導外交事務，威脅美國貿易以及在阿巴拉契亞山脈和密西西比河地帶居住擴張。
麥迪遜協助組織1785年弗農山莊會議，協調波托馬克河導航權，成為未來州際會議榜樣。在1786年安納波利斯會議後，他支持再度召集會議，修訂邦聯條例。麥迪遜在連任議員後，說服其他議員批準費城會議修憲。但麥迪遜認為失靈的邦聯條例得用新憲法替換，隨即準備提議。喬治·華盛頓受舉國愛戴，羅伯特·莫裏斯在關鍵的賓夕法尼亞州很有影響力，麥迪遜首先確保倆人會大力支持他的新憲法。
費城會議法定人數聚集完成，36歲的麥迪遜寫出弗吉尼亞方案，提供新憲法藍圖。麥迪遜與弗吉尼亞同事，特別是埃德蒙·倫道夫和喬治·梅森一道將方案遞交大會。方案提出政府三權分立（立法、行政和司法），根據人口比例選舉的國會兩院，一個修正委員會。修正委員會由行政和司法部門成員組成，能夠否決議會通過的法律。方案體現了麥迪遜的中央集權理念，參議院能夠否決州政府法律。當得知會議要廢止邦聯條例，編訂新憲法，由各州特別大會而非議會批準，許多代表對此深感驚愕。不過，華盛頓和本傑明·富蘭克林等要員表示贊同，代表們便進入秘密分會商榷。
在會議上，麥迪遜發言兩百多次，同事對他予以高度評價。威廉·皮爾斯寫道：“... 似乎所有人都佩服他。在處理所有重要問題上，他無疑領導會議 ... 在辯論的方方面面上他總是有備而來。”麥迪遜對會議作了隨筆記錄，成為唯一的完整歷史記錄。歷史學家克林頓·羅斯托稱麥迪遜的表現：“集才華、經驗、決心和想象之大成，連亞當斯和傑佛遜都不能披靡。”
雖然弗吉尼亞方案只是草擬，在辯論過程大幅度修改，但這使得麥迪遜被譽為“憲法之父”。麥迪遜希望南方諸州聯合及人口眾多的北方大州能夠通過類似弗吉尼亞方案的憲法。然而，小州代表們成功提出對立的新澤西方案方案，為各州政府的強大辯護。對此，羅傑·謝爾曼提出康涅狄格妥協方案，平衡大小州權益。在會議過程中，修正委員會被廢，參議院各州平等列席，各州議會而非眾議院選舉參議員。麥迪遜不相信州議會，勸說各代表用特別大會批準憲法。他也確保美國總統有能力否決聯邦法律，繞開國會由選舉人團產生。會後，麥迪遜覺得聯邦政府太弱，但相比邦聯條例是個進步。
伍德註意到，大會終極問題不是設計政府，而是主權是否仍然歸屬地方，是上交中央，還是處於兩者之間。費城會議大多數代表希望通過強化聯邦政府來收稅、保護財產權。贊同麥迪遜的認為州議會民主泛濫，不足以“公正無私”，希望主權能夠轉移到中央。另一些人則認為這不是要點，只是想修正邦聯條例。雖然許多代表贊同麥迪遜加強中央政府的主張，但他們大力反對弗吉尼亞方案極端。麥迪遜雖然在修正弗吉尼亞方案上一敗塗地，但辯論過程中他將純粹州立主權轉移開來。由於憲法內涵的大多數矛盾最終是平衡地方與中央主權問題，麥迪遜的影響十分關鍵。伍德註意到麥迪遜最終貢獻不是設計某一憲法框架，而是在辯論上達成妥協，讓中央和地方政府“分享主權”。
1787年9月，費城會議閉幕，美國憲法遞交到各州等待批準。各州應邀舉行特別會議來商榷是否批準憲法。麥迪遜回到紐約，參加邦聯會議。他說服議員讓各州就費城會議憲法投票，並在辯論中保持中立。在紐約時，亞歷山大·漢密爾頓找麥迪遜幫助寫《聯邦黨人文集》，該文集在紐約報刊上連載85刊，解釋並力挺憲法。在筆名''Publius''下，漢密爾頓、麥迪遜和約翰·傑伊在6個月內寫了85篇文章，其中麥迪遜寫了29篇。文章也以書本形式出版，是會上所有贊成憲法的辯手的必備手冊。歷史學家克林頓·羅斯特稱《聯邦黨人文集》是“政治科學中最重要的作品，或者說在美國是空前絕後的。”麥迪遜對文集首篇貢獻是第十章，因倡導代議民主制而在二十世紀頗受重視。
倫道夫、梅森等人是弗吉尼亞著名的反聯邦主義者，與修憲高唱反調，麥迪遜確保自己的作品送到他們手中。共識認為如果當時人口最多的弗吉尼亞沒有批準憲法，那麼新的國家政府不大會成功。 1788年6月2日，當弗吉尼亞修憲大會召開時，憲法還沒有得到所需9個州的批準。紐約州是當時第二大州，持死硬反聯邦主義，若弗吉尼亞不批，紐約州也不批，華盛頓也當不成總統。帕特裏克·亨利可以說是最著名的反聯邦主義者，最強演說家，是與會代表，支持率僅次於華盛頓。最初，麥迪遜不想參與弗吉尼亞修憲會議選舉，但因反聯邦主義勢力強大，不得不投身其中。會議伊始，麥迪遜明白大多數人主意已定，便尋找那些搖擺不定的少數人，致力爭取他們支持。