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《華政》（2015年）
《大玉兒傳奇》（2015年）
《大清江山之龍膽花》（待播）
《獨步天下》（2017年）
《南漢山城》（2017年）
* 《清史稿》卷二、三·本紀二、三·太宗皇太極
*楠木賢道：〈 清太宗皇太極的太廟儀式和堂子——關于滿漢兩種儀式的共處情況〉。
努爾哈赤（ ；），愛新覺羅氏，出身建州左衛都指揮使世家旁系是明末後金初期的政治家、軍事家和戰略家，也是清朝的實際創始人、奠基人之一和清朝前身後金建立者兼首任大汗。祖父覺昌安被明朝授予都指揮使，父親塔克世為覺昌安第四子，努爾哈赤是嫡長子，宣皇后喜塔喇氏所出。
努爾哈赤少年時曾以採參為生，常到撫順關馬市進行貿易活動。后因父祖被明朝誤殺，努爾哈赤遂以先人留下的“十三副遺甲”起兵復仇，開始了其建國稱汗、征戰一生之路。他先后征服了建州女真其他勢力、海西女真諸部和部分野人女真部族，大體上統一女真。1616年，努爾哈赤在赫圖阿拉稱天命汗，建立后金，兩年后誓師伐明，后金軍在四年間接連攻占撫順、清河、開原、鐵嶺、沈陽、遼陽、廣寧等地，并遷都沈陽。
其繼承人皇太極在公元1636年改元正式稱帝后追尊其為太祖武皇帝，康熙元年又改為太祖高皇帝。努爾哈赤也是八旗制度的創建者，他把來源于女真諸部的松散力量凝聚在八旗制度之下。努爾哈赤還令手下大臣、學者根據蒙古字母創制文字來拼讀滿語，解決了當時滿洲人書面交流只能使用蒙古文或漢文所帶來的諸多不便。努爾哈赤善于組織、長于用兵，一生少有敗績，且常有以少勝多、以弱克強之戰，其進兵遼東時期所采用的屠殺和奴役人民的嚴酷手段給遼東人民帶來了深重的磨難。
明朝嘉靖三十八年（1559年），努爾哈赤生于建州左衛蘇克素護部的赫圖阿拉城（今新賓滿族自治縣永陵鎮赫圖阿拉村）。其先祖為元朝時期的斡朵里萬戶猛哥帖木兒。他在永樂年間自朝鮮而歸，被明成祖朱棣封為建州左衛都指揮使。到了努爾哈赤出生之時，建州左衛已四分五裂，互不統屬。努爾哈赤的祖父覺昌安被明朝授予都指揮使，他與兄德世庫、劉闡、索長阿、弟包朗阿、寶實以及長子禮敦等憑借宗族之力，一度占據了五嶺以東、蘇克蘇滸河以西二百余里之地。覺昌安與兄弟合稱“六貝勒”（，），稱雄于該地區。他們與當時女真諸部實力最強盛的海西女真哈達萬汗王臺聯姻。然而，臨近地區適逢董鄂部強盛，與六貝勒發生摩擦，六貝勒不敵，遂向哈達借兵，二者聯兵重創董鄂部，但六貝勒亦實力大損。
努爾哈赤是覺昌安的第四子塔克世和嫡福晉額穆齊所生長子，額穆齊姓喜塔臘氏，還育有努爾哈赤的同母弟舒爾哈齊、雅爾哈齊和同母妹阿吉格。額穆齊在努爾哈赤十歲時去世，繼母懇哲為王臺族女，對其很刻薄。努爾哈赤結婚后不久，十九歲便不得不分家生活，僅獲得少量阿哈和牲畜。努爾哈赤與舒爾哈齊等人以挖人參、采松子、摘榛子、拾蘑菇、撿木耳等方式為生。他常至撫順關馬市與漢人、蒙古人進行貿易活動。在此期間，努爾哈赤習得蒙古語，對漢語也有了基本的認知。努爾哈赤喜歡讀《三國演義》和《水滸傳》，自謂有謀略。據一些史集記載，努爾哈赤在撫順期間，曾被遼東總兵李成梁收養，成為其麾下侍從。
除以上勢力之外，在當時的建州諸部中，仍屬建州右衛都指揮使王杲實力最強。他多次率眾劫掠遼陽、孤山、撫順、湯站等地，先后殺死總兵黑春、指揮王國柱、陳其學、戴冕、王重爵、楊五美，把總溫欒、于欒、王守廉、田耕、劉一鳴等十數員明朝武將。萬歷二年（1574年），王杲以明廷絕貢賦導致部屬坐困為由大舉進犯遼沈，被李成梁擊敗。次年（1575年），王杲窮困投靠哈達，結果卻被王臺所縛，獻于明廷，后被磔于京師。
然而，王杲之子阿臺逃脫，他回到古勒城（今遼寧省新賓滿族自治縣上夾河鎮古樓村）以求東山再起，伺機復仇。萬歷十年（1582年）九月，李成梁提兵出塞破阿臺部，斬首一千五百余級，宣遼東捷。努爾哈赤在敗兵之間逃脫，投奔葉赫部，貝勒清佳砮禮遇之，將自己的女兒孟古哲哲與努爾哈赤訂婚，并派兵護送其回赫圖阿拉。萬歷十一年（1583年）二月，為徹底斷絕后患，李成梁發兵攻打古勒城，但古勒城地勢險要，易守難攻，加之阿臺力戰，李成梁久攻難下。這時，明軍向導、建州女真蘇克蘇滸部圖倫城主尼堪外蘭用計誘使阿臺部下開城，明軍進入后屠城。由于阿臺之妻為努爾哈赤大伯禮敦之女，為使其免受兵災，當時努爾哈赤的祖父覺昌安、父親塔克世在城中對阿臺勸降，卻一同被明兵殺死于亂軍之中。努爾哈赤得知此事后，上書明朝為何無故殺其祖、父。明廷下詔表示是誤殺，同時授予努爾哈赤敕書三十道、馬三十匹和都督敕書，歸還覺昌安和塔克世的尸體。努爾哈赤重新收整舊部，部眾有完布祿、安費揚古父子等，加之前收部眾額亦都等共有數十人。
由于當時努爾哈赤的實力遠遠不足以與明朝抗衡，于是他將怒火轉移到了給明軍做向導的尼堪外蘭身上。努爾哈赤曾要求明朝交出尼堪外蘭，但有意扶植尼堪外蘭為建州之主的明朝給予了拒絕。努爾哈赤只得試圖將對尼堪外蘭不滿之人拉攏到自己一邊，他與薩爾滸城主諾米納、嘉木瑚城主噶哈善哈思瑚、沾河寨城主常書、揚書兄弟會盟，共同對抗尼堪外蘭。隨后，努爾哈赤以覺昌安、塔克世遺留下來的盔甲十三副、部眾數十人起兵，進攻尼堪外蘭駐地圖倫城。
“太祖初舉下圖倫”圖
萬歷十一年（1583年）五月，努爾哈赤對圖倫城發起了襲擊。由于受到他人挑唆，僅噶哈善哈思瑚與常書、揚書兄弟依約前來。但攻至圖倫城時，發現尼堪外蘭早已攜家屬逃至甲板（嘉班），努爾哈赤得勝而歸。此役為努爾哈赤起兵以來之首戰。八月，努爾哈赤攻打甲板城。然而，先前背盟的薩爾滸城主諾米納與其弟鼐喀達見尼堪外蘭有明朝做靠山，勢力較強，便偷偷地給尼堪外蘭泄露了風聲，尼堪外蘭聞風輾轉逃往撫順附近的鵝爾渾城。努爾哈赤再度撲空，遂收尼堪外蘭部眾后而還。
諾米納的背盟，使努爾哈赤懷恨在心。因為實力的不足，努爾哈赤沒有當即表現出來，而是在心中想好了計取之策。不久，諾米納與其弟鼐喀達約同努爾哈赤會攻巴爾達城，努爾哈赤深知機會來臨，便佯許盟約。戰前，努爾哈赤請諾米納先攻，諾米納不從，努爾哈赤表示諾米納若不先攻，可將軍械給他，由他先攻。諾米納聽從了努爾哈赤的建議，將軍械給他，但努爾哈赤得到軍械后便將諾米納、鼐喀達執殺，取薩爾滸城后班師。后薩爾滸城有逃出之人前來歸附，努爾哈赤盡還其妻兒，遣回整修薩爾滸城，但這些人后來背叛了努爾哈赤。
同年，由于擔心努爾哈赤的起兵會招惹明朝，對其宗族不利，努爾哈赤的大伯祖德世庫、二伯祖劉闡、三伯祖索長阿、六叔祖寶實的子孫同誓于堂子，預謀殺害努爾哈赤。寶實之子康嘉與綽奇塔、覺善二人共同謀劃，以族人兆佳城主李岱（里岱）為首，聯合哈達劫掠努爾哈赤屬下的瑚齊寨。得知族叔引哈達兵來犯，努爾哈赤遣安費揚古和巴遜二人率十二人追至其分俘虜處突襲，哈達兵敗走。安費揚古和巴遜殺四十名哈達兵，將所掠人畜盡數奪回。萬歷十二年（1584年）正月，努爾哈赤因族叔李岱前引哈達兵來犯，攻其兆佳城。攻城之際，大雪紛飛，有部屬以天氣加之李岱已入城回防為由勸努爾哈赤回兵，但努爾哈赤志在必得。李岱雖有一定準備，但是在氣勢上被努爾哈赤一方壓倒。額亦都作戰勇猛，率先登城，李岱等城陷被俘。
努爾哈赤的三伯祖索長阿之子龍敦也很積極地參與謀害努爾哈赤。他先挑撥諾米納背盟，后又唆使努爾哈赤繼母之弟薩木占將努爾哈赤部屬噶哈善哈思瑚計殺。努爾哈赤本人也遭到多次暗殺未遂，但由于自身實力有限，努爾哈赤不愿過多樹敵，數次故意以其他借口將來暗殺他的刺客們放走。六月，努爾哈赤為噶哈善哈思瑚報仇，親自統兵四百，攻打薩木占、納木占、訥申、完濟漢等把守的瑪爾墩城。瑪爾墩城是一座山城，三面為峭壁，難以攻克。雙方戰至第四天，努爾哈赤趁城中缺水、守備暫時出現松弛之際，派手下大將安費揚古從小路攀巖而上，一舉攻克瑪爾墩城。訥申和完濟漢逃往哲陳部界凡城。
九月，努爾哈赤聽說董鄂部內亂，統兵五百，攻打其部長駐地齊吉答城，董鄂部長阿海聞訊聚兵四百死守。努爾哈赤用火攻，焚燒城樓以及城外廬舍。但城池將陷之際，天降大雪，努爾哈赤不得不班師回城。還師途中，努爾哈赤又向翁科洛城發起了進攻，仍采用火攻之策。努爾哈赤登上房舍向城內射箭，卻被對方的神箭手鄂爾果尼、洛科接連射中，尤其洛科之箭正中其頸部。努爾哈赤血流不止，幾度昏厥。主將受傷，只能撤退。努爾哈赤傷愈后，再攻翁科洛城，城陷后俘獲鄂爾果尼、洛科，眾將建議殺之以報一箭之仇，但努爾哈赤有感于二人之勇敢，納入麾下、授以牛錄額真之職。
萬歷十三年（1585年）二月，努爾哈赤在對蘇克蘇滸部、董鄂部取得勝利之后，又劍指蘇克蘇滸部左鄰之哲陳部。努爾哈赤以披甲兵二十五、士卒五十攻打哲陳部界凡城，但因對手準備充分，努爾哈赤無所斬獲。當回師至界凡南部太蘭岡之時，界凡、薩爾滸、東佳、巴爾達四城之主率四百追兵趕來。瑪爾墩城之戰的敗軍之將、界凡城主訥申、巴穆尼等率先逼近，努爾哈赤單騎回馬迎敵。訥申將努爾哈赤馬鞭斬斷，努爾哈赤回馬揮刀斬斷訥申肩，訥申墜馬而亡，又回身一箭射巴穆尼，巴穆尼亦墜馬而死。追兵見主帥陣亡，呆立一旁。努爾哈赤親自殿后，用疑兵之計與其部屬七人將身體隱蔽，貌似有伏兵一樣僅露頭盔。敵軍失去主帥，軍心不穩，又擔心有伏兵，因此不敢再追。
四月，努爾哈赤再率綿甲兵五十、鐵甲兵三十征哲陳部，途中遇界凡等五城聯軍八百。面對十倍于己的敵軍，努爾哈赤的五叔祖包朗阿之孫札親和桑古里卸下身上的鎧甲，交給別人，準備逃跑。努爾哈赤怒斥二人后，與其弟穆爾哈齊、包衣顏布祿，兀凌噶四人射殺敵軍二十余人。敵軍雖眾，但畏于努爾哈赤一方之勇猛，士氣大衰，紛紛潰逃。努爾哈赤追至吉林崖，大獲全勝。努爾哈赤收兵后對這場戰斗頗有感慨，稱此為“天助我以勝之也”。九月，努爾哈赤起兵攻克蘇克素滸河部安圖瓜爾佳，斬城主諾謨琿而班師。
萬歷十四年（1586年）五月，努爾哈赤起兵攻渾河部貝歡寨。七月，努爾哈赤起兵圍攻哲陳部托漠河城，時天雷震死努爾哈赤兵中二人，遂罷兵而回。后努爾哈赤起兵招服托漠河城，便乘勢率兵星夜兼程趕往仇人尼堪外蘭所居住的渾河部的鵝爾渾城，攻克該城后并未發現尼堪外蘭。努爾哈赤登城瞭望，發現向城外逃竄之四十人中有一人疑似為尼堪外蘭。努爾哈赤遂領兵去追，射殺潰卒八人，尼堪外蘭趁亂逃往撫順。回到鵝爾渾城后，努爾哈赤將城內十九名漢人斬殺，其余被俘虜的六名受箭傷之漢人則重新將箭插入傷口，令他們去向明朝邊官報信，索要尼堪外蘭。明朝見努爾哈赤逐漸勢大，而尼堪外蘭已毫無利用價值，決定不再對其進行庇護。努爾哈赤命齋薩等四十人前去取尼堪外蘭，尼堪外蘭見之欲躲，卻已無退路，被齋薩等人當場斬殺，回去后將首級獻給努爾哈赤。
萬歷十五年（1587年）六月，努爾哈赤再攻哲陳部山寨，殺寨主阿爾太。八月，努爾哈赤派額亦都攻打巴爾達城。至渾河，河水因漲潮無法淌過，額亦都以繩將士兵相互連接，魚貫而渡。渡河后，額亦都夜襲巴爾達城，守軍沒有防備倉促應戰，額亦都則率領士兵奮勇登城。額亦都身中創傷五十多處，依然不退，最后一鼓作氣攻克巴爾達城。額亦都因此戰獲賜“巴圖魯”勇號。隨后努爾哈赤領兵攻打洞城，城主扎海投降。至此，哲陳部完全被努爾哈赤吞并。
萬歷十六年（1588年）九月，蘇完部長索爾果、董鄂部長何和禮、雅爾古部長扈拉瑚率三部軍民歸附努爾哈赤，使其聲勢大震。努爾哈赤厚待來投之諸部首領，以索爾果之子費英東為一等大臣、將長女東果格格許配給何和禮、并收扈拉瑚之子扈爾漢為養子，賜姓覺羅。后來，費英東、何和禮、扈爾漢與努爾哈赤剛剛起兵之時的麾下猛將額亦都、安費揚古并稱“五大臣”，成為努爾哈赤政權中的中流砥柱。其后，努爾哈赤再戰兆佳城，斬城主寧古親章京。同年，努爾哈赤攻克完顏（王甲）城，消滅了建州女真的最后一個對手完顏部。前后共歷時五年，努爾哈赤完成了對建州女真的統一。
萬歷十五年（1587年）九月，在統一建州女真的過程中，努爾哈赤在呼蘭哈達（，山名，意譯為煙筒山）與嘉哈河（二道河）、碩里加河（首里口河）之間的天然地勢之處建造了佛阿拉山城（，今新賓滿族自治縣永陵鎮二道村），有柵城、外城、內城三重。其后，努爾哈赤宣布制定國政、法令，自稱“女直國聰睿貝勒”。此時，努爾哈赤已由起兵時微不足道的“十三副遺甲”、數十人，發展為一萬五千余部屬的強大女真勢力之一。
雖然努爾哈赤崛起的最直接的原因還是來自其自身的奮斗，但李成梁的縱容和失算也是成就努爾哈赤統一建州的客觀原因之一。努爾哈赤掩埋父祖被殺之恨，對明朝表現出一副十分恭順的樣子，使得李成梁誤以為努爾哈赤既可以為明朝所用，又成不了氣候。李成梁甚至一度產生了依仗努爾哈赤之兵侵占朝鮮而自立的野心，于邊事常常敷衍。只要努爾哈赤對明廷表忠，即“保奏給官”，甚至“棄地以餌之”，因此被宋一韓、熊廷弼等廷臣所參劾。當時朝鮮兵曹判書李德馨曾對此評價到，“其（努爾哈赤）志不在小，助成聲勢者李成亮（梁）也。渠多刷（送）還人口于撫順所，故成亮奏聞獎許。馴至桀驁云耳”。此外，在努爾哈赤統一建州的這幾年內，李成梁把遼東重兵集中用于對付海西女真和韃靼勢力，大敗二者。海西女真葉赫、哈達等部連遭三次重創，葉赫貝勒楊吉砮、清佳砮均被殺；李成梁攻打遼東蒙古諸部，連獲大捷十次，斬首五六千級，但遼東明軍亦損失嚴重。這在客觀上為努爾哈赤統一建州減少了幾方面頗具威脅性的外部干擾。
萬歷二十年（1592年），總攬日本大權的關白豐臣秀吉統領其屬下大名入侵朝鮮，數月內席卷朝鮮全境。朝鮮向宗主國明朝求援，明朝遂派援兵入朝。努爾哈赤認為日本占領朝鮮，必犯建州，于是上書明兵部尚書石星，請求出兵入朝援助，但由于朝鮮方面以宰臣柳成龍為代表擔心會引狼入室而未獲允許（但也有一種說法認為努爾哈赤可能曾出兵援助過朝鮮）。在明軍與豐臣政權交戰的這六年間，遼東兵力空虛，客觀上給努爾哈赤吞并海西諸部提供了機遇。
“太祖大敗九部兵”圖
努爾哈赤以微末之力起家，故素來被自認為“世積威名”的海西眾貝勒們所輕視。但隨著努爾哈赤一統建州、逐漸勢大，終于引起了海西女真的不安。哈達貝勒扈爾干、葉赫貝勒納林布祿等試圖以結親的方式對努爾哈赤進行控制，但未能奏效。隨后，以葉赫為首的海西諸部數次對努爾哈赤進行勒索，企圖脅迫其割地以限制建州之擴張，均被努爾哈赤嚴詞拒絕。
萬歷二十一年（1593年）六月，見威逼恐嚇無效，葉赫糾結哈達、烏拉、輝發四部之兵去劫建州戶布察寨。努爾哈赤聞訊率兵前來，追至哈達領地富爾佳齊寨時與哈達貝勒孟格布祿統領的哈達兵相遇。努爾哈赤親自殿后，希望將敵軍引入埋伏。這時追兵逼近，努爾哈赤一箭射中一追兵馬腹。突然，努爾哈赤所乘之馬受驚，幾乎使其墜地，三名哈達騎兵趁勢向努爾哈赤砍去。正在這時，安費揚古及時出現，將三人殺死。努爾哈赤整裝坐定，一箭射中孟格布祿的坐騎，孟格布祿改乘其部下之馬逃走。富爾佳齊之役，努爾哈赤勝利而歸。
然而，海西貝勒貴族們不能接受這一失敗，規模更大的一場戰役爆發了。九月，以葉赫貝勒布寨、納林布祿為盟主，聯合哈達貝勒孟格布祿、烏拉貝勒滿泰以及其弟布占泰、輝發貝勒拜音達里、蒙古科爾沁部貝勒明安以及錫伯、卦爾察、長白山女真朱舍里、訥殷共九部聯軍三萬人向建州進發。努爾哈赤獲悉后，根據地形布置滾木礌石等防御工事后就寢入睡。其福晉袞代以為其恐懼亂了方寸，將其推醒。努爾哈赤表示，“人有所懼，雖寢，不成寐；我果懼，安能酣寢？前聞葉赫兵三路來侵，因無期，時以為念。既至，吾安心矣……”之后，努爾哈赤安寢如故。
第二日，努爾哈赤派出武理堪前去偵查，擒獲葉赫一卒。經訊問得知來犯之敵有三萬之眾。三倍于己的兵力使建州聞之色變。但努爾哈赤認為，對方人馬雖眾，但是首領甚多，調度雜亂不一，只要傷其頭目一二人，便可將其擊潰。九部聯軍先后圍攻扎喀城、黑濟格城，均不克，聯軍又被建州軍在沿途設置的重重障礙工事所阻攔，首尾如同數段長蛇一樣行至古勒山下。次日，努爾哈赤率兵馬據險布陣，布寨、納林布祿等率聯軍前來圍攻。努爾哈赤命額亦都前去迎敵，將聯軍先鋒暫時遏制。布寨被額亦都的挑戰所激怒，揮刀驅騎而戰，但戰馬被橫木絆倒，布寨摔倒在地。建州士兵吳談趁勢坐到其身上將之殺死。納林布祿見其兄戰死，昏倒于地，葉赫兵因此陷入混亂之中，他們收起布寨的尸體，救起納林布祿，奪路而逃。其他貝勒、臺吉見兩位盟主一死一逃，士氣渙散，也紛紛潰退。科爾沁貝勒明安的馬失陷于陣，慌亂之中竟然改騎一匹無鞍裸馬狼狽狂奔。建州軍從山上一擁而下，趁勢掩殺，聯軍慘敗，烏拉貝勒滿泰之弟布占泰也被生擒。建州軍一路追擊至百余里之外的輝發部境內。至天黑，努爾哈赤收兵回城。
九部聯軍的慘敗改變了建州和海西之間的力量對比，導致了海西后來的滅亡。努爾哈赤一戰成名，“軍威大震，遠邇懾服”。明朝晉升其為左都督（或大都督）、龍虎將軍，努爾哈赤則自稱“女直國建州衛管束夷人之主”。同年十月，努爾哈赤以古勒山大勝之余威消滅了參與了九部聯軍的珠舍里部。十一月，他命額亦都、噶蓋、安費揚古三將率兵攻打訥殷駐地佛多和山城，連攻三月，于次年（1594年）正月斬路長搜穩和塞克什，再加上早前已經征服的鴨綠江部，努爾哈赤又完全將長白山女真納入了自己的統治范圍之內。至此，努爾哈赤起兵十年，“各部環滿洲而居者，皆為削平”。
哈達部因居所在哈達河（今鐵嶺市清河區）流域而得名，其地東臨輝發、西抵開原、南靠建州、北接葉赫，在海西女真諸部中方位偏南，因從廣順關入明朝進貢而被稱作“南關”。哈達在萬汗王臺為國主時期曾一度為女真各部之霸主。王臺曾被明朝冊封為右柱國、龍虎將軍，封其二子為都督僉事，又賜大紅師子纻衣一襲，深獲倚重。王臺有意一統女真諸部，但因為明朝既定的“分而治之”之策不受支持。王臺晚年昏庸，追求享樂、偏信讒言，導致部屬叛離，病死于努爾哈赤起兵前十個月。
王臺死后，二子爭位，哈達陷入混亂，至其幼子孟格布祿即位時，又接連遭到明朝、葉赫的打擊，走向衰落。對于這種情況，努爾哈赤采取分化瓦解之策，優待哈達來投將領。對于孟格布祿的騷擾雖然給以還擊，但不主動采取攻勢，以待更好時機。古勒山之戰后，葉赫希望一統海西，遂出兵哈達。孟格布祿抵擋不住，便以自己的三個兒子為人質，向建州求援，努爾哈赤派費英東和噶蓋率兵兩千進駐哈達。葉赫見此，又不愿哈達倒向建州一邊，便設計挑唆孟格布祿擒建州來援二將為人質，盡誅其人馬，再贖回在建州做人質的三個兒子，葉赫許以孟格布祿所求之女，兩家結盟。孟格布祿應允了。然而，機密泄露，努爾哈赤獲悉后，決定出征哈達。
萬歷二十七年（1599年）九月，努爾哈赤發兵攻打哈達，其弟舒爾哈齊自請為先鋒，率一千兵為前部，直抵城下。哈達兵出城應戰，舒爾哈齊見哈達城池堅固，人馬眾多，按兵不戰。努爾哈赤怒道，“此來豈為城中無備耶？”話畢，親自率兵攻城。城中射矢投石，建州兵死傷甚多，經過六晝夜圍攻，才將哈達城攻陷，孟格布祿被揚古利生擒。努爾哈赤將哈達所屬城寨全部招服，秋毫無犯，盡徙其部眾返回建州。孟格布祿也被帶回建州，起初對其禮遇，不久即以通奸和謀逆為借口將其誅殺。明廷派遣使者詰問，努爾哈赤為了緩和局面，將女兒莽古濟嫁給孟格布祿之子吳爾古代，但仍將其軟禁于建州。
萬歷二十九年（1601年），明神宗遣使責令努爾哈赤送吳爾古代回哈達，努爾哈赤不敢不從，只得護送吳爾古代返回哈達為貝勒。同年，哈達爆發大饑荒，吳爾古代不支，又向明朝求糧未果，只得求援于努爾哈赤。努爾哈赤趁勢將哈達徹底吞并。至此，哈達正式滅亡。哈達的滅亡導致明朝失去其南關，而在海西女真之地也打開一個缺口。《明實錄》對此評價到努爾哈赤“自此益強，遂不可制矣”。努爾哈赤收哈達人馬編入建州戶口，創建四旗，于兩年后（1603年）遷至赫圖阿拉并修擴城池，自稱“建州等處地方國王”。
輝發部原居于黑龍江流域，屬尼瑪察部，后遷徙至松花江支流輝發河，因地得名。統治家族本姓益克得里，后改那拉。傳至王機褚時，招撫鄰近諸部逐漸強大，始稱國主。王機褚在輝發河畔扈爾奇山上筑城。該城有三重，憑險要地勢而造，以堅固異常聞名。蒙古察哈爾部扎薩克圖汗土蠻曾經親自率軍攻打扈爾奇山城，無功而返。輝發東南兩面與建州相鄰、西接哈達、北與烏拉接壤。哈達滅亡后，輝發遂處于被建州三面包圍之勢。
王機褚死后，由于其長子先死，長子之子拜音達里殺其叔七人自立，導致眾叛親離，其堂兄弟和部屬紛紛逃至葉赫貝勒納林布祿處避難。拜音達里遂將自己屬下七員大將之子送至建州做人質，請求努爾哈赤助其穩定局勢。努爾哈赤派兵千人鎮壓叛亂者，并安撫企圖叛亂的部眾。不過，拜音達里害怕與建州來往過于密切得罪葉赫，并非真心想同建州結盟。不久，葉赫以送還其部屬為條件，要求拜音達里取回人質，與建州解除同盟關系。拜音達里從之，但葉赫卻沒有如約歸還其部眾。拜音達里又轉而向努爾哈赤賠罪，并求與建州結親。親事定下后，拜音達里又害怕葉赫怪罪，背約悔婚。拜音達里的這種搖擺于建州和葉赫之間的兩面之策，終于給自己帶來難以解決的麻煩。
萬歷三十五年（1607年）九月，努爾哈赤以拜音達里兩次“兵助葉赫”和“背約不娶”為由發兵攻打輝發。扈爾奇山城雖然堅固異常，但建州兵晝夜圍攻，最后仍然攻入城中，拜音達里父子兵敗被殺。建州屠其兵、遷其民而還。輝發滅亡。
烏拉部，統治者為那拉氏，與哈達同祖。因定居于烏拉河（今松花江上游）而得名。從始祖納齊布祿起，八傳至貝勒滿泰。滿泰曾派其弟布占泰參與古勒山之戰，但大敗而歸，布占泰被俘，被留居建州三年。后來，滿泰被部民所殺，努爾哈赤扶植布占泰回烏拉繼位。期間，布占泰之堂叔興尼牙欲殺布占泰而奪位。布占泰依靠努爾哈赤的支持將興尼牙擊敗，坐穩了烏拉貝勒的位置。努爾哈赤為籠絡布占泰，曾五度與其聯姻，七次盟誓。然而，布占泰素有“悍勇無雙”之名，并不服輸，總希望東山再起，與建州、葉赫鼎足而立。他西聯蒙古、南結葉赫，對建州形成夾擊之勢。《滿文老檔》還記載布占泰稱汗一事，正可以顯示出他的野心，與建州產生矛盾也在所難免。于是，在雙方同盟的六年后，摩擦發生了。
萬歷三十五年（1607年）正月，東海女真瓦爾喀部蜚悠城主策穆特黑前來拜見努爾哈赤，述說其部在投奔烏拉后，屢次遭到布占泰的羞辱，希望可以歸附建州。于是，努爾哈赤命令舒爾哈齊、長子褚英、次子代善、以及費英東、扈爾漢、揚古利三員大將率三千兵馬即刻趕至蜚悠城收服部眾。布占泰聞訊后，派其叔博克多率軍一萬余兵馬前往截擊。舒爾哈齊因與布占泰之姻親關系，同部將常書、納齊布止步于山上，按兵觀望。當時大雪紛飛，扈爾漢、揚古利分兵保護投奔之部民后，率二百兵與烏拉軍先鋒在烏碣巖展開激戰。隨后褚英、代善各率兵五百從兩翼夾擊，烏拉軍大敗，代善陣斬烏拉主將博克多父子，副將常柱父子和胡里布兵敗被俘。此役，建州軍斬殺烏拉軍三千余眾，得馬匹五千余、甲三千余，獲得大勝。烏碣巖之戰進一步地削弱了烏拉的實力，而且也打通了建州通往烏蘇里江流域以及黑龍江中下游之路，對后來招撫野人女真起到了作用。此戰舒爾哈齊的按兵不動還成為日后努爾哈赤與之決裂的導火索。
努爾哈赤曾將討伐烏拉比喻成砍大樹，不可能一刀而斷。因此對付烏拉的策略是盡取其所屬城郭，而孤立其都城。不久，褚英、代善等率五千兵再克烏拉之宜罕山城。萬歷四十年（1612年）九月，布占泰聯合蒙古科爾沁部率兵攻打建州所屬的虎爾哈路。同年十二月，努爾哈赤率五子莽古爾泰、八子皇太極親征烏拉，建州兵沿烏拉河南下，連克河西六城后，兵臨烏拉城下。努爾哈赤命令建州軍攻烏拉城北門，焚其糧，毀其城門。布占泰見勢不妙，再度乞和。他乘獨木舟至烏拉河中游向努爾哈赤叩首請罪、請求寬恕。努爾哈赤在痛斥布占泰的種種罪狀后撤軍返回建州。
努爾哈赤返回后，布占泰將怒火轉移到了其妻子，努爾哈赤的侄女娥恩哲身上。布占泰曾以箭射向娥恩哲，隨后又將其囚禁。而他又試圖與葉赫部聯姻，娶努爾哈赤前聘葉赫之女。萬歷四十一年（1613年）正月，努爾哈赤以背盟、囚妻、聘娶葉赫之女、送人質于葉赫等理由，率代善、侄阿敏、大將費英東、額亦都、安費揚古、何和禮、扈爾漢等三萬大軍再征烏拉。建州軍勢如破竹，連下三城。對布占泰不滿的貴族、烏拉孤立無援之部民均望風而降。布占泰率軍三萬駐守伏爾哈城，決定努爾哈赤決戰。雙方廝殺，烏拉大敗，兵馬十損六七。建州軍一鼓作氣直奔烏拉城，布占泰令次子達拉穆率兵防守。這時安費揚古一面用云梯攻城、一面命士兵拿出準備好的土包拋向烏拉城下，不久即與城墻高度平齊，建州軍登城而入。努爾哈赤坐在西門城樓上，兩旁豎起建州旗幟，取得烏拉城之戰勝利。布占泰大勢已去，麾下之兵已不滿百，見到建州旗幟奪路而逃。途中又被代善截擊，布占泰僅以身免，單騎投葉赫而去。建州攻占烏拉城，烏拉滅亡。努爾哈赤在烏拉停留十天，將包括布占泰諸子在內的眾烏拉降民編成萬戶一同帶回建州。
葉赫部以葉赫河（今通河）而得名，因從鎮北關入明朝貢，所以又稱“北關”。葉赫東臨輝發、西連蒙古、南靠哈達及明之開原、北則與烏拉相接。統治者本姓蒙古土默特氏，滅扈倫那拉氏后改那拉氏，定居海西。葉赫屬下有十五部人馬，以“勇猛、善騎射”著稱。傳至四世褚孔格為貝勒的時候，葉赫逐漸強大，因敕書數量分配之事常與哈達相互攻伐。在一次戰斗中，褚孔格被哈達貝勒王忠所殺，葉赫遂與哈達結仇。到了褚孔格之孫楊吉砮、清佳砮為貝勒時，趁哈達內部混亂，對其發動襲擊，報了殺祖之仇。但由于明朝支持哈達，楊吉砮、清佳砮不久即被李成梁計殺。布寨、納林布祿即位后繼續對哈達發動進攻，又被李成梁使用炮兵攻至葉赫城中，布寨、納林布祿乞合后作罷。此時正逢努爾哈赤剛剛崛起于建州，連遭重創的葉赫部希望在建州身上彌補損失，糾結九部聯軍發動古勒山之戰，結果慘敗，布寨被殺，納林布祿此后亦憂憤而死。布寨之子布揚古、納林布祿之弟金臺石繼位后一方面連結明朝、蒙古、烏拉共同對抗建州，另一方面與建州結親修好以拖延時間恢復力量。
萬歷四十一年（1613年），努爾哈赤在吞并哈達、輝發的基礎上再滅烏拉，烏拉貝勒布占泰單騎脫逃至葉赫。努爾哈赤三次向葉赫索要布占泰，均遭到拒絕。九月，努爾哈赤率領四萬大軍攻打葉赫。建州軍連克吉當阿、兀蘇、呀哈、黑兒蘇等大小城寨十九座，直逼葉赫東西二城。葉赫遂向明朝求援，明朝派游擊馬時楠、周大歧領兵千人帶火器進駐葉赫。努爾哈赤見葉赫有備，于是焚其廬舍，攜帶降民返回建州。當時，努爾哈赤尚不愿與明朝決裂，征討葉赫前甚至曾試圖尋求明朝支持，他提議將自己的兒子阿巴泰及其部屬三十余人送至明朝做人質，但遭到拒絕。
萬歷四十七年（1619年，后金天命三年）正月，已建立后金國稱汗、正式與明朝分庭抗禮的努爾哈赤命大貝勒代善統領戰將十六員、兵五千人駐守扎喀關以防明朝偷襲，自己則率領傾國之師攻打葉赫。后金軍連克葉赫大小城寨二十余座，焚其城，俘獲了大量降民、牲畜、糧食和財產。葉赫再度向明朝求援，開原總兵馬林率全城之兵前往救援。努爾哈赤為避免腹背受敵，班師而回。作為報答，葉赫于同年三月作為明朝的北路軍出兵參與了薩爾滸之戰。然而，明軍大敗，無力再對后金發動攻勢。努爾哈赤決定趁勢發兵再征葉赫，并發誓不滅葉赫絕不還。
八月，努爾哈赤以代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極統率一軍，謊稱征討蒙古，實則繞路奔襲布揚古駐守的葉赫西城；另一路由額亦都等假扮“蒙古兵”攻打金臺石駐守的葉赫東城。努爾哈赤則親率大軍將葉赫東城團團圍住，徹底切斷東西二城之間聯系。葉赫東西二城均為山城，十分堅固，尤其葉赫東城有城四層、木柵一層，城內防御工事齊全。禁城中有八角樓，是金臺石的家眷、財產之所在，是攻堅的重點所在。布揚古、金臺石見后金兵到，出城迎敵，兩軍混戰，葉赫不敵，布揚古、金臺石遂各自退入城中堅守。后金兵猛攻東城，先后毀其柵城和數重外城，但東城守軍仍于內城死戰，后金軍不斷用云梯猛攻內城，傷亡很大。努爾哈赤遂命將士挖其城墻，后金軍冒著飛矢巨石，終于攻破內城。金臺石見內城被攻陷，帶妻和幼子登上八角樓。努爾哈赤讓其子、也是金臺石外甥的皇太極對其勸降，被金臺石拒絕。金臺石舉火自焚，未果，被后金軍縊殺。布揚古見金臺石已死、東城已陷，加之代善許以不死，遂開西城而降，但隨后即被努爾哈赤以參拜不恭為由處死。明朝派來助戰之游擊馬時楠等一千人也被全殲。后金對包括金臺石、布揚古家眷在內的所有葉赫降民“父子兄弟不分、親戚不離、原封不動”地帶回建州。至此，努爾哈赤消滅扈倫四部的最后一個對手葉赫，將海西女真全部吞并。
明朝時期，在建州和海西女真之北的黑龍江、烏蘇里江流域還居住著東海女真、黑龍江女真諸部。它與建州、海西共為明朝中后期的女真三大部。
在努爾哈赤崛起初期，因建州東西南北分別被朝鮮、葉赫、明朝、烏拉四面包圍，不便輕易發動大規模長途奔襲戰，僅在圖們江流域對東海女真進行征討，臣服瓦爾喀、窩集等部，許多首領入貢或率部投靠建州。烏碣巖之戰，建州大敗烏拉后，又打開了一條從北方進入烏蘇里江流域濱海地區的道路，進而對黑龍江女真虎爾哈、薩哈連、薩爾哈察、使犬、使鹿、索倫等部進行多次征討，頗有斬獲。至天命十年（1626年），努爾哈赤大體上控制了女真諸部，對后來皇太極最終完成對野人女真的征服打下了基礎。
魏源認為，努爾哈赤得十個朝鮮兵不如一個蒙古兵，得十個蒙古兵不如一個滿洲兵，故而對身為建州同族的野人女真十分重視，以撫為主。由于女真生活的環境，部民多悍勇、健壯、耐饑寒、弓馬嫻熟，將招撫來的部民全部編入戶口可以增強自身實力。對女真來投諸首領，努爾哈赤盡可能優待，如庫爾喀部長郎柱率先歸附努爾哈赤，其子揚古利招為額駙，后為大臣，經歷天命天聰崇德三朝，地位僅次于旗主貝勒和五大臣；努爾哈赤對剛剛徙來的女真部民也在生活上給以幫助，不愿留在建州者，也發給財產令其返回，故而女真諸部仰慕而來者甚眾。對于反抗者，努爾哈赤則毫不留情地使用戰爭手段，對反抗之人進行誅殺。
自明朝攻占元大都，元惠宗北逃，退居塞北，史稱北元。當時北元仍有“不下百萬眾”之實力，并多次反攻，嘗試重新入主中原，經過明朝多次討伐一度衰落。至明朝中期，瓦剌太師也先崛起，一度統一蒙古，土木堡之役擒明英宗，后又圍攻北京、東掠女真諸部，但也先死后，蒙古再度分裂。明朝末期，蒙古主要分為漠西、漠北、漠南三部分。其中漠南蒙古與建州相鄰，諸部之一的科爾沁曾于萬歷二十一年（1593年）參與葉赫組織的九部聯軍，在古勒山之戰大敗。次年，科爾沁貝勒明安遣使與建州通好，雙方開始互通往來。萬歷三十六年（1608年），科爾沁再助烏拉討伐建州，但建州之兵強馬壯使得科爾沁自知不是對手，遂撤兵請求與建州聯姻。努爾哈赤不計前嫌，答應其請求。當時，漠南蒙古察哈爾部的林丹汗為了防止努爾哈赤在蒙古地區擴張，對其盟友科爾沁部發動了襲擊，這反倒使科爾沁部更加倒向努爾哈赤，一些科爾沁貴族，如奧巴臺吉，甚至率部眾內附。由于科爾沁部為蒙古諸部中歸附最早者，與愛新覺羅氏世為懿親。明安之女安布福晉下嫁努爾哈赤，即是滿蒙聯姻最早的實例。而在皇太極、順治帝兩朝，亦有諸多后妃出自科爾沁部，以孝莊文皇后最為知名。
“恩格德爾來上尊號”圖
漠南蒙古內喀爾喀部位于遼河流域、今阜新蒙古族自治縣一帶，內分五部，長年互攻，沖突不斷。努爾哈赤充分利用喀爾喀五部的內部矛盾分化瓦解、逐部爭取、優待來投貴族、部民以從中取利。五部之一的巴岳特部貝子恩德格爾是第一位內附建州的喀爾喀貴族。萬歷三十四年（1606年）十二月，恩德格爾引領喀爾喀五部使臣給努爾哈赤上尊號“恭敬汗”（，昆都倫汗），從此雙方往來不絕。努爾哈赤為進一步籠絡恩德格爾，將舒爾哈齊第四女許配給他，使其成為額駙，這對招撫其他喀爾喀來投貴族和部民起到了很大作用。
然而，喀爾喀部諸貝勒中實力最為強悍的介賽仍然選擇與明朝結盟，他與明朝三次立誓，堅持與努爾哈赤對抗。天命四年（1619年）七月，在后金攻打鐵嶺的戰役中，介賽率軍萬人埋伏于鐵嶺城外配合明朝作戰，結果大敗，后金軍追至遼河，介賽與其二子、二弟、三婿、諸貝勒、戰將、士兵等百余人被生擒，努爾哈赤在喀爾喀部同盟的最后一個障礙被掃除。同年十一月，努爾哈赤與喀爾喀部二十七位貝勒、臺吉會盟于岡干色得里黑孤樹，雙方正式確立同盟關系。被俘虜的介賽并未處死，努爾哈赤將其囚禁在后金，以爭取同該部結盟。兩年后，喀爾喀以牲畜萬頭贖回介賽，努爾哈赤與介賽盟誓并互通婚姻。
察哈爾部以臨近蒙古與明朝邊境之處而得名，察哈爾為蒙古語“邊”的音譯，其汗駐帳于明廣寧以北。察哈爾部興起于明朝中后期，時逢北元中興之主達延汗統一漠南蒙古。他分封諸子，自己則設帳于察哈爾部，之后察哈爾部領主便成為蒙古各部之共主，世襲蒙古大汗之位。隨著達延汗的去世，諸部再度陷入紛爭，蒙古大汗無法對各部進行實際支配，實權僅限察哈爾部統治范圍之內。
在努爾哈赤對漠南蒙古用兵之時執掌察哈爾部的是達延汗七世孫林丹汗，他有一統蒙古的野心，對遼東也常心懷覬覦，因此與明朝和努爾哈赤均有利益沖突。隨著后金的崛起，勢力開始伸入到漠南蒙古地區，林丹汗選擇和明朝結盟。林丹汗十分蔑視努爾哈赤，他曾致書努爾哈赤，自稱“四十萬蒙古國主、巴圖魯成吉思汗”，而稱努爾哈赤為“水濱三萬滿洲國主”。努爾哈赤亦作書回擊，書中亦提及元朝因明朝而失去中原，試圖激起林丹汗對明朝的憤怒，轉而倒向努爾哈赤。然而，在林丹汗看來，現實利益相較歷史宿怨更為重要，遂囚來使，堅持與努爾哈赤的對抗。
林丹汗自恃在蒙古諸部中實力占優，常年用兵，破喀喇沁、滅土默特，但其內部卻并不穩定。察哈爾的敖漢、奈曼兩部與后金往來；林丹汗的孫子扎爾布、色楞甚至逃至科爾沁，又到后金去朝拜努爾哈赤。林丹汗為了遏制努爾哈赤，曾出兵討伐后金的盟友科爾沁部，在努爾哈赤的援助下，林丹汗被擊退，無功而返。但終努爾哈赤之世，察哈爾始終是牽制后金的一個力量，直至皇太極繼位后才將其征服。
女真民俗壯者皆兵，素無其他徭役，平時多以漁獵為生。每次作戰或行獵，女真人依家族城寨出師，以十人以一人為牛錄額真總領其余九人負責各方動向。努爾哈赤起兵正是利用女真人這種傳統的狩獵組織形式，牛錄額真也成為建州治下的官名之一，起初總分為環刀、鐵錘、串赤（鐵丳皮牌）、能射四軍，成為后來創建旗制的基礎。
隨著努爾哈赤兵馬越來越多，萬歷二十九年（1601年），努爾哈赤在吞并烏拉以后對屬下人馬進行一次整編，以三百人為一牛錄，設置一牛錄額真管理，并以黃、白、紅、藍四色為四旗。萬歷四十三年（1615年）十一月，努爾哈赤烏拉后，規模更為擴大，于是以五牛錄為一甲喇，設一甲喇額真；五甲喇為一固山，設一固山額真，以梅勒額真二人副之；固山額真之上則由努爾哈赤之子侄分別擔任旗主貝勒，共議國政。旗的數目又在原有四旗基礎上再增鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗為八旗，分長甲、短甲、巴雅喇三兵種，分別是清朝時期前鋒、驍騎和護軍營的前身。此后隨著勢力的進一步擴張，接下來的幾代統治者對旗制又有所改進，但八個旗這一數目未再有任何變動。
除了軍事外，八旗制度還兼有行政、生產、司法、宗族諸職能。努爾哈赤創制八旗使來自不同地區、凝聚力渙散的女真部民整合為一組織紀律性很強的社會整體，增強了軍隊戰斗力的同時也成為了努爾哈赤成就霸業的一把利刃。
女真人在金朝時期曾依照契丹字創建女真字，但因金國亡于元朝之后中原女真人高度漢化，而東北女真又受蒙古影響，導致女真文在明朝中后期徹底失傳，以至于明末女真人“凡屬書翰，用蒙古字以代言者十之六七，用漢字以代言者十之三四”。所以后來努爾哈赤崛起，深感與明朝、朝鮮往來文書需要反復譯寫多有不便，于是指示大臣噶蓋和學者額爾德尼二人創制文字來解決這一問題。起初二者以女真人早已習慣書寫蒙古文為由表示不便制造新文字，努爾哈赤則以“如何以我國之語制字為難，反以習他國之語為易耶”給以反駁，并提出借用蒙古字母拼寫女真語。后來，二人根據努爾哈赤之意創制而成并頒行，被后世稱為“無圈點滿文”（老滿文），此后再經達海于天聰年間徹底完善，為“有圈點滿文”（新滿文）。
努爾哈赤主持創制和頒行滿文使其治下部民相互交流、書寫公文、記載政事、翻譯漢籍等方面更為便利。翻譯而成的大量漢籍也使努爾哈赤本人及其后世統治者在中原歷代王朝的歷史中吸取了大量經驗。
努爾哈赤不但在對外征戰的生涯中存在著競爭者，在其內部強化和擴大自己統治權利的道路上也曾出現過一些爭斗。這些爭斗就發生在努爾哈赤與其弟舒爾哈齊、長子褚英之間。
舒爾哈齊是努爾哈赤的同母弟，自起兵之初便一直處在努爾哈赤勢力中第二號人物的位置上。在明朝的公文中，舒爾哈齊常常與努爾哈赤并列，且也曾數次以建州衛都督、都指揮使的身份入京師朝貢。根據在萬歷二十三年（1595年）出使建州的朝鮮使臣申忠一記載，舒爾哈齊“體胖壯大、面白而方、耳穿銀環、服色與其兄一樣”，而且當時就已經對自己的權力欲望有所顯露。努爾哈赤屠牛寬待使者，舒爾哈齊就殺豬進行招待；努爾哈赤對使者進行賞賜，舒爾哈齊也要饋贈來使。舒爾哈齊還對朝鮮使者力言，下次來使若贈其禮品，當與為其兄努爾哈赤所備之禮品相同。
萬歷二十七年（1599年）九月，努爾哈赤發兵攻打哈達，舒爾哈齊為先鋒，但在攻城時有退卻之意，遭到努爾哈赤當眾怒斥，造成二人裂痕加深。萬歷三十五年（1607年），因舒爾哈齊在烏碣巖之戰中作戰不力，同部將常書、納齊布止步于山上觀望，按兵不動，努爾哈赤命將常書、納齊布處死。舒爾哈齊因此與努爾哈赤發生了激烈的爭論，最后努爾哈赤做出讓步，免去二將死罪，罰常書銀百兩，奪納齊布屬下牛錄，但從此不再派遣舒爾哈齊領兵作戰，實際上將其兵權削奪，舒爾哈齊因而常有怨言，認為生不如死。萬歷三十七年（1609年），舒爾哈齊率部出走黑扯木計劃自立門戶，努爾哈赤發覺。他即刻將舒爾哈齊及其三個兒子阿爾通阿、阿敏和札薩克圖抓了起來。阿爾通阿、扎薩克圖和舒爾哈齊部將武爾坤被處死，舒爾哈齊則被圈禁。兩年后（1611年），舒爾哈齊死于禁所，時年四十八歲。
此后，權力爭奪的焦點又轉移到努爾哈赤長子褚英身上。褚英，努爾哈赤與元妃哈哈納扎青之子。萬歷二十九年（1598年），十八歲、首次出戰的褚英因征安楚拉庫路有功，賜號洪巴圖魯。萬歷三十五年（1607年），褚英在對烏拉部的烏碣巖之戰、宜罕山城之戰中接連立下大功，賜號廣略貝勒，授命執掌國政。然而，在褚英行事專斷、操切，與決策層中的四大貝勒、五大臣產生了嚴重的矛盾。褚英為鞏固權力，計劃削奪四大貝勒、五大臣的權力，甚至曾表示即位后會將他們誅殺，結果諸貝勒大臣聯合起來向努爾哈赤告發，努爾哈赤遂開始冷落褚英。褚英憤恨，在家焚香詛咒。因此，萬歷四十一年（1613年）三月二十六日，努爾哈赤將褚英囚禁。萬歷四十三年（1615年）八月二十二日，努爾哈赤建國稱汗的前一年，褚英被處死，時年三十六歲。
努爾哈赤通過囚弟殺子成功地鞏固了自己的權力，對今后的政局也產生了很深遠的影響。尤其是褚英死后，努爾哈赤沒能再找出心儀儲君人選，為避免諸子爭斗，努爾哈赤改為實行八大旗主貝勒共治國政的制度。
建國稱汗后的努爾哈赤
萬歷十七年（1589年），努爾哈赤統一建州女真后在自己新筑造的大本營佛阿拉稱貝勒，對部民頒行政令，但他深知實力尚不足以同明朝對抗，仍表示“忠于大明，心若金石”。當時的明朝已步入萬歷中期，朝政腐敗，官將于邊事多懷有息事寧人之心，行事敷衍欺騙，甚至有時殺良冒功，所以既然努爾哈赤表現恭順，朝廷也樂意倚為所用。
遼東總兵李成梁十分重視努爾哈赤，努爾哈赤以退地、鐫盟、減夷、修貢等讓步獲得了李成梁的信任，并通過李成梁這一途徑探得許多明朝方面的消息。當時有木札河部首領克五十劫掠明朝城堡、殺其邊將，明廷宣諭建州進剿，努爾哈赤即刻發兵殺之以獻明廷。努爾哈赤常以此類戰功多次求官，得李成梁等朝臣保奏，官至升大都督、龍虎將軍。明廷認為努爾哈赤急切求官是慕化之心，薊遼總督張國彥、顧養謙更對此樂觀地表示努爾哈赤的強大對明朝有益，可以“因其勢，用其強，加以賞賚，假以名號，以夷制夷，則我不勞而封疆可無虞也。”努爾哈赤亦數度進京，入貢謝恩，順便探聽明廷虛實。當時也有一些明朝官員認為縱容努爾哈赤是養虎為患，并數度彈劾李成梁，但并未獲得朝廷的足夠重視。
努爾哈赤對明朝的成功蒙蔽，使得明朝三十年來未對建州發動過一次進攻，努爾哈赤利用這一時期對女真諸部進行蠶食。隨著勢力的逐漸擴大，努爾哈赤的名號亦逐步從“聰睿貝勒”發展至“女直國建州衛管束夷人之主”、再稱“建州等處地方國王”、再到喀爾喀蒙古上尊號“昆都倫汗”。而明朝對努爾哈赤的野心渾然不查，甚至在1615年，努爾哈赤建立后金國的前一年，薊遼總督還向朝廷奏稱其“唯命是從”。
萬歷四十四年（1616年），努爾哈赤在赫圖阿拉正式建國，國號“大金”，為區別完顏氏金朝，史記為“后金”，建元年號“天命”，群臣尊努爾哈赤為“覆育列國英明汗”，從此稱明朝為“南朝”，正式與之分庭抗禮，但仍未大肆聲張，因此明朝、朝鮮等國確切知曉努爾哈赤黃衣稱朕并記入史冊還要在三年后（1619年）薩爾滸之戰大敗之后。努爾哈赤的建國稱汗、與明朝公開對立是其實力日益強大的體現，標志著努爾哈赤與明朝相互利用至此結束，預示著三十余年來二者若隱若現的矛盾即將激化為一場正面沖突。
努爾哈赤建國稱汗之后，又用了兩年多的時間繼續積蓄實力，期間征討黑龍江、東海女真諸部，大獲全勝。然而，天命二年（1617年，萬歷四十五年），朝鮮和后金境內爆發了非常嚴重的饑荒，尤其以后金地區更甚，民怨沸騰，努爾哈赤終于將目光轉移到南方——明朝遼東地區。次年（1618年）四月十三日，努爾哈赤公開向明朝問罪，發布“七大恨”誓師告天。關于七大恨的內容，明清諸多史料有諸多不同版本，但大體內容主要是對于明朝殺其父祖的仇恨和對明朝插手女真事務、偏袒海西女真的不滿。根據《清太祖高皇帝實錄》記載，全文如下：
七大恨誓師將女真人的不滿情緒成功地引向了明朝，努爾哈赤希望通過對遼東掠奪轉移后金內部由饑荒而加劇的社會矛盾。誓師后次日，努爾哈赤即率大軍向明之撫順發起了進攻。
天命三年（1618年，萬歷四十六年）四月十四日，努爾哈赤兵分兩路入侵明朝，以左翼四旗進攻東州、馬根單，自己親率右翼四旗直取撫順。撫順城位于渾河畔，是明與女真互市之所，由于努爾哈赤年輕時曾在撫順從事貿易活動，因此對撫順城的情況了如指掌，守將游擊李永芳亦與努爾哈赤相識。當日，努爾哈赤派人至撫順告知次日有一個三千人的女真大商隊前來撫順貿易。十五日，佯裝商人的后金先鋒部隊來到了撫順城，撫順軍民均至城外交易，這時努爾哈赤大軍突至，與撫順城內的后金軍里應外合一舉襲取撫順，中軍千總王命印、把總王學道、唐鑰順等戰死，李永芳投降。同日，左翼四旗亦攻克東州、馬根單。東州守將李弘祖戰死，馬根單守備李大成被俘。
撫順失陷的消息傳至廣寧，遼東巡撫李維翰急檄廣寧總兵張承胤前往救援，張承胤急率副將頗廷相、參將蒲世芳、游擊梁汝貴等萬余大軍追擊努爾哈赤。雙方相遇，努爾哈赤命大貝勒代善、四貝勒皇太極從兩翼圍攻明軍。正在雙方激戰之時，天空風沙大作，明軍迎風而戰，陷入不利局面，最后被后金軍全殲，張承胤、頗廷相、蒲世芳、梁汝貴等戰將盡皆陣亡。
撫順之役，大小戰斗共歷時一周，后金軍不僅攻占了撫順、東州、馬根單，還劫掠了大小屯堡五百余座，俘虜人畜三十萬，編為千戶，毀撫順城后班師。努爾哈赤論功行賞，分配戰利品，有效地緩解了因饑荒產生的社會矛盾。明朝喪失撫順，舉朝震驚，群臣緊張，皇宮亦嚴密排查內官以嚴防后金奸細混入大內。努爾哈赤本對攻打明朝并沒有絕對信心，在戰前甚至還告訴眾貝勒大臣要“自居于不可勝，以待敵之可勝。”然而，努爾哈赤首戰明朝即俘獲人畜三十萬，這刺激了其更大的欲望。同年五月，再攻取撫順與鐵嶺之間的撫安等大小城堡十一座。七月，后金軍破鴉鶻關而入，進犯清河。
清河城四面環山，地勢險峻，戰略位置重要，大路可直通重鎮遼陽、沈陽，為遼沈之屏障，參將鄒儲賢、援遼游擊張旆領兵一萬鎮守此地。努爾哈赤先令裝滿貂、參之車在前，軍士埋伏在車后突然殺出，圖窮匕首見，殺了清河守軍一個措手不及。但由于清河城上布有火器，后金軍攻城死傷千余人，明游擊張旆亦戰死。隨后，努爾哈赤令士兵頂著木板在城下挖墻，后金軍遂從缺口突入城內。努爾哈赤命李永芳前去勸降鄒儲賢，儲賢見之怒罵，隨后率軍于城上抵抗后金軍，力竭陣亡。副將賀世賢率明朝援軍趕來，見城已陷落，遂斬附近女真屯寨婦幼一百五十人而還。
努爾哈赤連陷撫順、清河，膽氣越來越壯，他將被俘獲的一名漢人割去雙耳，令其轉告明廷，“若以我為非理，可約定戰期出邊。或十日，或半月，攻戰決戰。若以我為合理，可納金帛，以圖息事。”明廷自此才終于意識到事態的嚴重性，決意征調大軍徹底消滅后金。
天命四年（1619年，萬歷四十七年），經十個月的準備，明廷從全國調來各路兵馬齊聚遼陽，以曾經經略朝鮮的兵部侍郎楊鎬為遼東經略，總督大軍。二月十一日，經略楊鎬會同薊遼總督汪可受、遼東巡撫周永春、遼東巡按王庭在遼陽演武場舉行討伐后金的誓師。在儀式上，取出尚方寶劍，斬撫順之戰中臨陣脫逃的指揮白云龍。誓師后，楊鎬等決議兵分四路：以山海關總兵名將杜松為主將，率保定總兵王宣、總兵趙夢麟等兩萬余人為西路軍；以遼東總兵李如柏為主將，率參將賀世賢等兩萬余人為南路軍；以開原總兵官馬林為主將，率游擊麻巖等兩萬余人并葉赫貝勒金臺石、布揚古率領的兩千葉赫兵為北路軍；以總兵官名將劉綎為主將，率都司祖天定等一萬余人會同朝鮮元帥姜弘立、副元帥金景瑞率領的一萬三千余朝鮮兵為東路軍。四路大軍共十余萬，號稱四十七萬，于二十五日向后金都城赫圖阿拉合圍而來。
楊鎬曾發兵前曾故意派人轉告努爾哈赤，明朝大軍四十七萬將在二十八日進剿，對后金進行恐嚇并故意在日期上迷惑努爾哈赤。但明朝后金間諜的廣布，甚至連京師邸報都可以設法摘抄，所以后金方面已探知明軍何時出師。對于明朝的四路大軍，努爾哈赤表示“恁爾幾路來，我只一路去”，集中優勢兵力，將各屯寨守軍撤回赫圖阿拉，并判斷明軍一定會先從西面來。于是，努爾哈赤令五百兵虛守南路，右翼二旗赴吉林崖，努爾哈赤親率剩余六旗之兵奔薩爾滸阻擊西路明軍。
西路軍主帥杜松欲奪頭功，星夜兼程，在渾河沿岸遭遇后金軍小股伏軍兩次襲擊。杜松不畏危險嚴寒，竟赤裸上身率前鋒渡渾河，俘后金軍14名。三月初一，杜松軍至薩爾滸，但其余諸路或尚未出動、或被后金工事阻擋、或行動遲緩，西路軍完全處在孤軍深入的狀態。杜松在薩爾滸山下安營扎寨，自率一部去攻打吉林崖。這時，努爾哈赤率六旗之兵沖向明軍薩爾滸大營，由于之前被后金軍的偷襲，明軍已銳氣大挫。后金軍利用騎兵優勢，一舉拿下薩爾滸大營。隨后，后金軍馬不停蹄地趕往吉林崖馳援。正進攻吉林崖的杜松軍聽說了薩爾滸大營失陷的消息軍心動搖。后金援軍從吉林崖上如潮水般而下，以數倍于杜松的兵力將明軍團團圍住，杜松力戰而死。王宣、趙夢麟亦戰死，西路軍全軍覆沒。
剛剛擊敗杜松，后金探馬又報北路馬林軍至。馬林率部在擺脫后金軍設置的障礙，出三岔口、營稗子谷，往薩爾滸而來，夜晚聽聞杜松敗報，軍心動搖，第二天天明，與后金軍相遇。馬林見軍心不穩，連忙由攻轉守。馬林親自率軍在尚間崖安營，監軍潘宗顏則在飛芬山扎寨，加上在斡渾鄂漠的杜松殘部參將龔念遂，三股勢力寄希望以遙相呼應之勢牽制后金軍，但由于兵力過于分散，加之馬林消極應戰給了努爾哈赤可乘之機。努爾哈赤雖然有三倍于北路明軍的兵力，但仍合兵率先攻擊龔念遂部，后金軍以一千精騎集中攻擊龔念遂大營的薄弱環節，打開了一個缺口攻入大營，龔念遂與游擊李希泌戰死。緊接著，后金軍又圍攻馬林所在的尚間崖大營，兩軍短兵相接，馬林懼怕，先行遁逃，副將麻巖戰死，大營失守。后金軍隨后包圍了孤立無援的飛芬山潘宗顏部。飛芬山大營環列火器、防守堅固，后金軍傷亡很大，但潘宗顏寡不敵眾，無法抵擋后金軍不斷進攻，兵敗陣亡。至此，北路軍除主將馬林率數騎逃回開原外，全軍覆沒。正在路上準備支援潘宗顏部的葉赫貝勒金臺石、布揚古聽聞明軍大敗，大驚，撤回葉赫。
三日，東路軍劉綎部由寬甸逼近董鄂路，南路軍李如柏部則由清河抵達虎攔路。努爾哈赤派一枝人馬防御南路明軍，又令代善、阿敏、皇太極、扈爾漢等率主力迎擊劉綎，自己則帶領四千兵坐鎮赫圖阿拉。劉綎礙于地勢不熟，行動遲緩，且不知杜松、馬林兩路已全軍覆沒。后金軍在阿布達里岡設置埋伏，以一小股部隊對劉綎軍且戰且退，詐敗以誘敵深入。同時，努爾哈赤再派降順漢人偽裝杜松降卒，約與劉綎合戰，以炮聲為號，劉綎中計。大軍即將行至阿布達里岡時，忽聞大炮三響，劉綎以為杜松已到，唯恐其獨得頭功，遂急行軍，兵馬不能成列，劉綎率精兵搶先進入阿布達里岡。這時，阿敏等率伏兵齊出，將劉綎部切成數段。又使后金兵假扮杜松兵混入劉綎軍中，里應外合，明軍大敗。劉綎雙臂皆傷、面頰被削去一半仍左右沖突、擊殺后金軍數十人后戰死。其養子劉招孫試圖救之，也一同陣亡。隨后，代善等在富察大敗朝鮮兵和劉綎余部，姜弘立等投降，明監軍喬一琦跳崖自殺，東路軍覆沒。
經略楊鎬得知三路兵敗，急令僅存的南路李如柏部撤退。李如柏本身就有所怯戰，得到命令后急忙回師。武理堪等執行偵查任務的后金兵二十人見明軍退兵，追擊過去，李如柏此時草木皆兵，明軍亦如驚弓之鳥，陷入了混亂之中。武理堪等趁亂殺明軍四十人、奪馬五十匹而回。至此，薩爾滸之戰以后金大勝、明軍慘敗而收場。
薩爾滸之戰是后金和明朝命運的轉折點。明朝的軍事部屬由攻轉守，且再也無力主動對后金發動大規模戰爭；而后金則從試探性地進攻明朝，發展為更加主動地大舉進犯。同年，努爾哈赤在赫圖阿拉城西一百二十里的界凡城修筑衙門、行宮，遷居界凡以準備進一步伐明。隨后，努爾哈赤率領后金鐵騎進兵遼沈地區。
薩爾滸大勝兩個月后，天命四年（1619年，萬歷四十七年）六月十日，努爾哈赤率后金軍四萬攻打開原。事先努爾哈赤派出一小撥部隊佯裝進攻沈陽，沿途殺三十余人、俘二十人虛張聲勢，自己則親率大軍至靖安堡，十六日得知守軍在城外放馬，率軍突襲開原。開原總兵馬林曾與蒙古喀爾喀部貝勒介賽有盟約，介賽答應如后金軍至會率兵相助，所以馬林自恃有幫手，并未設防，結果后金軍突至，開原守軍毫無準備。后金軍一方面由從南、北、西三面攻城，另一面則在東門進行奪門之戰。這時，后金內應打開城門，開原城陷。總兵馬林、副將于化龍、參將高貞、游擊于守志、守備何懋官等皆敗死。后金軍將財產運走后，焚開原城。
七月二十五日，努爾哈赤探知原駐鐵嶺的遼東總兵官李如楨調駐沈陽，鐵嶺空虛，遂統兵六萬來犯。游擊喻成名、吳貢卿、史鳴鳳、李克泰等自城上發矢放炮，拼死堅守。然而，鐵嶺守將參將丁碧被努爾哈赤收買，作為內應打開城門迎入后金軍。喻成名等受內外夾擊而死，努爾哈赤占領鐵嶺。同年，努爾哈赤遷都薩爾滸山城，為進兵遼沈做準備。此后，明廷以熊廷弼為遼東經略，軍勢有所改觀。在之后一年半的時間，努爾哈赤主要用兵于蒙古、葉赫，對明朝僅以試探為主，沒有太大的軍事進展。
天命六年（1621年，天啟元年）春，努爾哈赤在得知明朝皇位更迭、黨爭激烈、經略換人，結合遼東大饑、守備松弛等因素發動了遼沈之戰。二月，努爾哈赤先后進攻遼東重鎮沈陽周邊的奉集堡、虎皮驛、王大人屯等地，往來無定，使明軍難以猜測其真正意圖，為進攻沈陽做準備。三月十日，努爾哈赤突然率傾國之兵出現在沈陽城下。當時沈陽由總兵官賀世賢、尤世功率兵一萬把守。努爾哈赤未敢輕易攻城，先派數十騎隔著城壕進行試探，總兵尤世功率家丁出戰，殺死后金四騎，取得小勝。努爾哈赤命戰車攻城，馬步兵跟進，將沈陽城圍困。十三日清晨，努爾哈赤派騎兵在東門城下挑戰，尚有酒氣的總兵賀世賢率家丁千余出城應戰，努爾哈赤詐敗誘敵，賀世賢因此冒進中伏。遭到伏擊后，賀世賢且戰且退，至西門時已身中四箭，賀世賢揮舞鐵鞭奮力抵御，仍身中數十箭墜馬而死。尤世功出西門欲救之，也中伏陣亡。努爾哈赤一面趕殺賀世賢、尤世功余部，另一面命令攻城。后金軍蜂擁越過城壕，急攻東門。此時，后金降人復叛，大開城門，后金軍攻入沈陽。
當時還有總兵童仲揆、陳策統領由川浙之兵組成的明朝援軍一萬余人從遼陽北上，行至渾河得知沈陽失陷。陳策下令班師，而裨將周敦吉等堅決請戰，二者遂分兵。周敦吉、秦邦屏等率川兵在渾河橋北扎營、童仲揆、陳策等則帶浙兵在橋南扎營。努爾哈赤得報后，趁川兵立足未穩擊之。川兵奮力抵抗，殺死后金軍兩三千人，后金軍再發動兩撥進攻后，川兵寡不敵眾，周敦吉等戰死，橋北潰兵逃至橋南浙兵大營。后金軍再圍攻浙兵，又擊敗奉集堡來援明軍，殺三千余人。浙兵先用火器，再短兵相接，最后力戰不敵，全軍覆沒，童仲揆、陳策陣亡，但后金也付出了數千人傷亡的代價。
后金軍攻打遼陽
明朝連失沈陽、奉集之后，遼陽失去屏障；加之連戰連敗，損兵折將，遼陽城守軍已不滿萬，局勢更是雪上加霜。因此在攻占沈陽、殲滅兩路援軍僅五天后，三月十八日，努爾哈赤發兵攻打遼東首府遼陽。然而，遼陽城畢竟規模龐大且堅固，外圍沿城壕列有火器、環城又設有重炮，接替熊廷弼為遼東經略的袁應泰督軍備戰，引太子河水注入城壕，布置城防，加強守御。次日，后金軍包圍遼陽。袁應泰率侯世祿、李秉誠、梁仲善、姜弼、鐘萬良五總兵出城五里結陣，后金兵見遼陽城池堅固，兵將有所準備，多心懷沮喪，有意退兵，努爾哈赤斥責道，“一步退時，我已死矣。你等須先殺我，后退去。”遂率左翼四旗之兵發動進攻。明軍發炮應戰，后金軍亦使用從明軍處繳獲得來的火器還擊，配合騎兵沖殺，明軍潰敗，后金軍乘勝追擊六十里，又擊敗西關山來援明軍，至鞍山而返。二十日，后金兵兩面攻城，努爾哈赤親率一路在東門堵塞遼陽城壕之道，使其干涸后推戰車攻城；另一路，由阿敏、皇太極等領兵奪橋登云梯自東門而上，在城垛上與守軍肉搏。城外明軍的作戰亦不利，總兵梁仲善、鐘萬良戰死，經略袁應泰退入城內，與遼東巡按御史張銓固守。二十一日，努爾哈赤合左右翼兵對遼陽城發起總攻，雙方戰至傍晚，城內多處起火。先前，袁應泰聽從賀世賢的建議吸納后金降人，結果也中了努爾哈赤之計。還有遼陽望族數十家通李永芳為內應。后金軍里應外合，奪門而入。袁應泰見大勢已去，自縊而死。巡按御史張銓拒絕了后金軍高官厚祿的誘惑，被縊殺。努爾哈赤奪取遼陽之后，數日間又連下金州、復州、海州、蓋州等地。河東十四衛盡為后金所有。當月，努爾哈赤即遷都遼陽。
明朝失遼沈，舉國震驚。明熹宗再度起用熊廷弼，任命其為兵部尚書駐山海關經略遼東，同時派王化貞為廣寧巡撫，共同抵御后金。然而，王化貞因有廷臣支持，掌握實權，所以不愿受經略節制，因此經撫不和。王化貞不知兵，他將兵馬沿河分布于三岔河，使兵力分散，又寄希望于策反李永芳為內應和察哈爾林丹汗的四十萬大軍，借勢不戰自勝，坐收漁翁之利。
后金進占遼沈地區后的形勢
天命七年（1622年，天啟二年）正月十八日，努爾哈赤經過十個月左右的準備，偵知明經撫不合等虛實后，率軍向廣寧進發。二十日，后金軍渡遼河，逼近西平堡。副總兵羅一貴率三千守軍抵擋努爾哈赤六萬大軍的圍攻。后金軍圍城，參將黑云鶴出城應戰被殺，羅一貴繼續固守待援，后金軍久攻不下，傷亡達到數千。明朝諸鎮起初為自保均不愿救援，熊廷弼以“平日之言安在”激王化貞，王化貞遂命總兵劉渠率鎮武之兵、總兵祁秉忠率閭陽之兵、心腹驍將游擊孫得功率廣寧之兵共數萬明軍前往救援。然而，孫得功早已暗降后金。援軍合兵一處與后金交戰，孫得功率先出戰，故意與后金兵一觸即退，致使明軍大亂，劉渠、祁秉忠、副總兵麻承宗等皆陣亡。三路援軍大敗，西平堡徹底孤立無援。最終，羅一貴寡不敵眾，在嚴詞拒絕了李永芳的勸降后自刎而死。后金軍攻占西平堡后，又連拔鎮武、閭陽，盡斷廣寧犄角，但未敢輕易進攻廣寧。在西平堡之役詐敗的孫得功回到廣寧后，散布后金軍已至的謠言，城中陷入混亂。王化貞大驚，委任孫得功鎮守廣寧城。孫得功控制廣寧城后，想擒王化貞以獻努爾哈赤，但被參將江朝棟搶先一步將王化貞救出廣寧城。二十三日，王化貞出逃后，孫得功、守備黃進等獻城，跪請努爾哈赤入廣寧，后金遂兵不血刃占領廣寧。緊接著后金連陷義州、錦州、大凌河等遼西四十余城堡。熊廷弼、王化貞率明軍殘部與數十萬流民往山海關而去。
努爾哈赤進占遼沈地區后，獲得大片土地。他實行屯田制，頒布“計丁授田令”，屬民平時自耕自產，戰時為兵。與此同時，后金進入遼沈，戰勝后搶掠財產、多次毀城，遼民被殺者數以萬計；被俘的漢人則按照以往，強迫剃發易服，且多被編入女真人家為仆役、或編入農莊為農奴，許多漢人不堪奴役，起而反抗導致了天命晚期后金社會的不穩定。天命十年（1625年，天啟五年），努爾哈赤又將都城從遼陽遷至沈陽。
寧前道袁崇煥在兵力處于劣勢的情況下擊退了努爾哈赤的進攻
明朝在四年間連失撫、清、開、鐵、沈、遼、廣、義等重鎮，遼東二十位總兵，陣亡十五人，邊事岌岌可危。熊廷弼因廣寧之敗被處死，“傳首九邊”；王化貞則被下獄后處死。明廷以王在晉繼任經略，后再以帝師、大學士兼兵部尚書孫承宗代之，孫承宗起用馬世龍、袁崇煥、滿桂、祖天壽、趙率教等善戰之將，并接受袁崇煥提議修筑關寧錦防線，護衛山海關，抵御來自后金的壓力，形勢一度好轉。天命十年（1625年，天啟五年）十月，因受閹黨掣肘，孫承宗罷官而去，明廷以兵部尚書高第代之。高第守遼之策與孫承宗相左，他盡撤關寧錦防線于山海關之內，放棄關外四百里之地，獨求保關。關外兵民盡撤，唯有時任寧前道、鎮守寧遠的袁崇煥拒絕撤回山海關，并表示與城共存亡。寧遠遂成為明朝孤懸于塞外的一支力量。
努爾哈赤得知明經略再度換人，軍事部署發生變化，于天命十一年（1626年，天啟六年）正月十四日，率領諸貝勒大臣等十三萬大軍，號稱二十萬，西渡遼河，進攻寧遠。后金軍連下右屯、大凌河、小凌河、松山、杏山、塔山、興城，直逼寧遠。當時寧遠只有一萬余守軍，形勢岌岌可危。袁崇煥以滿桂、祖大壽、左輔、朱梅分守四面城門，嚴陣以待。二十三日，后金軍抵達寧遠，努爾哈赤在寧遠城北五里處安營，并招降袁崇煥。袁崇煥拒絕，向后金大營開炮，一炮擊死后金軍數百人。二十四日，后金軍集中攻打城西南角，祖大壽、左輔等率明軍射矢、投石、發炮、放火燒攻城之兵。后金軍用斧鑿城，收效甚微，傷亡很大。次日，后金軍繼續攻城，但很多人畏懼明軍火炮，銳氣已失。后金軍一面搶走城下尸體，一面繼續攻城，仍不能克。兩日折損游擊兩員、備御兩員，兵五百。二十六日，努爾哈赤繼續圍住寧遠，派武格訥趁雪天踏冰渡海轉攻覺華島，全殲七千守軍、屠戮商民、焚其船只，以泄未克寧遠之恨。二十七日，努爾哈赤帶著忿恨和遺憾，盡撤寧遠之兵回師沈陽。寧遠之戰是自撫順失陷以來明軍首次擊敗后金軍，成功地阻止了努爾哈赤進擊山海關的腳步，是其軍事生涯中最嚴重的一次失敗；寧遠也成為了努爾哈赤征戰生涯中唯一未能攻克之城。
天命十一年（1626年，天啟六年）四月初四，心懷寧遠敗北之忿恨的努爾哈赤試圖重振低落的士氣，率軍征討喀爾喀巴林部，大獲全勝。五月二十一日，努爾哈赤出城迎接前來沈陽的科爾沁部奧巴貝勒。至七月，努爾哈赤疽病突發。當月二十三日，努爾哈赤前往清河湯泉療傷。八月初，病勢轉危，遂決定乘船順太子河返回沈陽。天命十一年（1626年，天啟六年）八月十一日，努爾哈赤于途中、距離沈陽四十里的靉雞堡病逝，享壽68歲。大妃阿巴亥和兩名庶福晉阿濟根、德因澤殉葬，一起葬在清福陵，即盛京三陵之一。傳說努爾哈赤在寧遠之戰可能被明軍的紅夷大炮擊中，成為其致命傷，但目前清史學界基本公認努爾哈赤死于疾病。
努爾哈赤生前為避免諸子爭儲導致權力紛爭，創立八旗貝勒共議國政之制，汗位可由八個旗主互議，推選旗主之一擔任，因此并沒有明確指定繼承人。經推舉，努爾哈赤第八子、四貝勒皇太極繼任后金大汗，次年改元天聰。
*《大清太祖武皇帝實錄》：“有識之長者言，滿洲必有大賢人出，戡亂致治，服諸國而為帝。此言傳聞，人皆妄自期許。太祖（努爾哈赤）……心性忠實剛果，任賢不二，去邪無疑，武藝超群，英勇蓋世，深謀遠略，用兵如神，因此號為明汗……帝自幼不飲酒，心正而有德，深于謀略，善于用兵，騎步二射絕倫，勇力出眾，睿知神圣，不思而得，闡微言，創金書，順者以恩撫之，逆者以兵討之，賞不計仇，罰不避親，如是明功賞，嚴法令，推己愛人，鋤強扶弱，敬老慈幼，恤孤憐寡，人皆悅服。自二十五歲只身崛起，帶甲僅十三人，不侵無罪者，中正合宜，天故祐之，削平諸部，及征大明，得遼陽廣寧地，又征蒙古，威名大震，有光于祖考，興國開疆，以創王基。”