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軍機處原稱軍需處，歷來被視為清朝的最高決策部門。雍正八年（1730年），清軍在西北與準噶爾激戰，為及時處理軍報雍正皇帝始立，雍正十年改稱軍機處。軍機大臣以下設章京等官，從六部員司和內閣中書里選用。章京的任務是繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議，作軍機大臣的輔助人員。章京也是滿、漢人員各兩班，每班八人，各設一領班。章京參與機要，草擬聖旨，俗稱「小軍機」。
乾隆皇帝即位後服孝，安排數位「總理事務王大臣」進入軍機處，故改名總理事務處。乾隆二年（1737年）乾隆服滿親政，總理事務王大臣等自請罷職，恢復軍機處名稱，自此遂成定製，軍機處成為直接對皇帝負責的核心權力機構，滿洲議政王大臣會議的地位更被削弱至幾乎可忽略不計，政治權力全部掌握在皇帝手中，成為清代中央集權制度的頂峰。
《清史稿》記載，乾隆時軍機處雖然只有兩名漢人，但漢人的地位都很高，張廷玉是太保、大學士、三等伯，徐本是太子太保、大學士，高於除了鄂爾泰之外的所有同僚。至於鄂爾泰的地位之所以穩居軍機大臣之首，則與他在“改土歸流”、“混一華夷”過程中曾立下的功業恰成正比。到了清季，軍機處仍不改諸族合作之傳統，吳郁生、榮慶和世續等軍機大臣，在國勢陵夷的光緒與宣統時期，依然在默契地合作。
宣統三年（1911年）四月初十清廷宣佈成立「責任內閣」，軍機處廢止。
宣統三年四月初十（1911年5月18日），清政府宣佈廢除軍機處，實行內閣制，任命內閣總理大臣和諸大臣組成內閣。由慶親王奕劻組成中國歷史上第一個現代意義上的責任內閣。由於閣員中過半數為皇族，時人譏之為「皇族內閣」。當時的內閣學士李家駒指出：
#當時中國唯一具有憲法性質的《欽定憲法大綱》并沒有規定皇族不能組織內閣；
#日本憲法也沒有類似規定（李家駒曾充駐日公使和出使日本考察憲政大臣）；
#奕勵內閣只是暫行閣制，具有過渡性質。
中國歷史學博士李細珠指出，與其說奕勘內閣是因皇族親貴太多，不如說是因清朝皇族親貴為滿族，滿漢矛盾才是問題的焦點。該內閣在辛亥革命後倒臺，由袁世凱組成的新內閣所取代。
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與漢地地方行政制度一樣，清朝中央執行機關基本沿襲明朝體制，只有少量機構調整，大致上可以總結為七部院五寺察院兩府。
七部院包括六部（吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部）與理藩院，為清朝最高執行機關，各部長官稱尚書，副長官稱侍郎，以前尚書均由滿人擔任，順治元年（1644年）規定尚書及侍郎滿、漢各一，只有新設的理藩院因為與漢地事務無關而多涉及旗務，始終不設漢缺。
清朝以前的政治，因為政治的公開性和六部尚書是全國行政首長的關係，由外部送到內部的公事，都是先送到六部；而皇帝拿出來的公事，六部也一定要得先看，例如有關教育的公事一定要經過禮部，而不能由皇帝私下決定，到了清朝卻非如此。清朝的六部雖然沿襲明朝，但是清朝的六部的權力不如前朝，六部尚書更不能直接對部下發命令，而六部尚書也不是行政首長。六部的權限權力集中到皇帝手里，同時還有滿漢之分，有一個漢人尚書，就必須有一個滿洲尚書，并且始終以滿尚書為主。
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
都察院是最高監察機關，架構基本沿襲明制，以左院察京畿，右院刺外藩（故直省督撫均領右都御史或右副都御史銜），所不同者，隨著君主專制的高度加強，都察院的諫諍職能遭到空前削弱。因為同樣的原因，明朝具有批駁權和言官職能的六科也只余下分察六部的監察職能，故于雍正年間被并入都察左院。為加強監督管理，凡天下文武官員，都要定期進行考察。規定三載考績，以定升降獎懲。京官叫“京察”，外官叫“大計”。對武官的考察，每五年一次，稱為“軍政”，由兵部主持。但是，不論“京察”、“大計”還是“軍政”，在實行中都是瞻徇情面，弊端叢生。后來更成為故事具文，走走過場而已。
內廷事務方面，鑑於明朝太監亂國，清朝皇帝獨創內務府以管理宮禁事務。其成員由內務府三旗（正黃旗、鑲黃旗、正白旗）的15個包衣佐領、18個旗鼓佐領、兩個朝鮮佐領、一個回子佐領和30個內管領的包衣及太監組成，其機構組織兼容清初內務府和十三衙門兩種制度的內容和特點，並最終形成以七司三院為主幹兼轄其他40餘衙門的龐大的宮廷服務機構。
宗室管理方面，清朝仍設宗人府管理宗室覺羅事務，但與明朝宗人府人浮于事只用于優待親王的狀況不同，由于八旗制度的存在，數量龐大的宗室覺羅成為清廷的核心軍事力量，管理他們的宗人府也成為重要的實權部門。
清末新政中，對此前的制度進行大量的改革，此前的七部院被改革為十一部，長官（國務大臣）均為責任內閣閣僚；大理寺改組為大理院，根據司法獨立原則不再是刑部的復審機關，而是全國最高審判機關，與最高監察機關都察院同為全國最高司法機關；下四寺進行省革而歸入新官司，內務宗人兩府盡管保有舊時職權，但隨著軍制改革，權力也大為下降。
順治四年（1647年），《大清律例》編修完成。《大清律》基本上承襲《明律》的內容。后經康熙、雍正兩朝屢次增刪，并于雍正五年公布。但清朝最經常起作用的是例，而不是律。胡林翼說：「《大清律》易遵，而例難盡悉。」，胥吏都諳熟例案，常可執例以壓制長官。清廷對各少數民族地區還有各種特訂的法律，如對蒙古族有“蒙古律”，對維吾爾族有“回律”，對藏族有“番律”等等。
清朝皇帝為打壓漢人反清復明運動與防止散播不利皇帝的消息，屢興文字獄以控制士大夫的思想。文字獄之案件常是無中生有，小人造謠所為。較大規模的文字獄甚至可以牽連多人受害。柳詒徵稱“前代文人受禍之烈，殆未有若清代者。故雍乾以來，志節之士，蕩然無存。……稍一不慎，禍且不測。”。順治四年（1647年），發生第一起文字獄“函可案”。一位法號函可的和尚因藏有“逆書”《變記》而被逮捕，后來流放到沈陽。順治末年又發生莊廷鑨明史案，并驚動朝廷中的輔政大臣鰲拜等人。清朝諸例文字獄中，有名的有康熙時期的南山案、雍正時期的查嗣庭試題案和呂留良案等。
《劍橋中國史》評價：「清代文字獄中禁止的大多數作品一直被保存下來，而大多數遺失的作品不在被禁之列。這可能是直到今天在許多國家看到的現象的又一種說明。一本被列入禁書名單的書，被認為有特殊價值，從而被小心地保存下來。禁令實際上是最有效的廣告形式。」。
乾隆時期正藍旗八旗軍
乾隆時期的軍人
清朝武裝力量主要有八旗軍、綠營、地方義勇與團練、湘軍、淮軍與清末新軍。
八旗制度是清朝特有的一種組織形式和軍事制度，是清朝軍隊之核心。原先採取軍政合一、兵民合一的方式。入關後專門以兵為業，世代為兵。包括旗下士兵和戶籍被編制在八旗軍隊中的家庭成員，由各地八旗駐防將軍或都統管轄。1601年，努爾哈赤將建州女真分為四旗。1615年時擴建為八旗，八旗制度至此成形。皇太極在征服漠南蒙古察哈爾部，以及收降明朝降將後，又建立起蒙古八旗與漢軍八旗。儘管八旗有滿洲、蒙古、漢軍之分，但他們都是基於同一套制度之下，因此差異不大。旗人擁有一定的社會地位，絕大多數情況下終身不變，所屬旗籍亦基本世代固定。旗人因戰功而獲得的職位可以世代承襲，例如，每旗下屬的眾佐領通常都是世襲職位。旗人居住地大多是固定的。在各地的駐防軍（分佈在如杭州、成都等大城市）更設立「八旗駐防城」（俗稱「滿城」）供旗人居住，與平民所居住之地相隔離。旗人不得務農或經營工商業，每月錢糧由朝廷供給，號稱「旱澇保收」的「鐵桿莊稼」。旗人不受當地總督、巡撫管轄，犯罪時由特定機關審理。
《烏什酋長獻城降圖》描繪乾隆二十三年（1758年）平定大小和卓之亂時，烏什酋長霍集斯開城歸降之情形
綠營是順治帝入關后招降明軍、招募漢人組織的軍隊，以協助少量的八旗兵鎮守廣大的疆土。當時由八旗軍守備京師、華北地區與各地要衝，綠營守備華中與華南地區。華南更交由三藩鎮守，以壓制當地反清勢力。綠營以綠旗為標志，以營為單位，兵制繼承明朝，編有標、協、營及汛。綠營由漢人統帥，最上位的提督統領一省綠營，受文官總督、巡撫所節制，各省兵力大小不一，由萬餘到六七萬不等；提督之下為總兵，管轄一鎮兵力，約幾千人至一萬五千人。直屬兵力鎮標由參將統領，約千人至兩三千人不等。再下面的為副將，管理一協兵力，約數千人左右。副將以下就是參將、遊擊、都司與守備，統轄一營兵力，兵員數量各有不同。最下面的為千總與把總，負責統領一汛，也就是一個駐地。士兵為世兵制，父死則子繼。將兵由兵部直接統轄，將領無法直接統兵，有效地防止軍人擁兵自重。隨著八旗軍的腐化，綠營的重要性就日益加強，例如三藩之亂時即以綠營為主力。乾隆嘉慶兩朝，綠營總兵六十余萬，成為軍事主力。然而由於太平已久，綠營本身隨著種種弊端而逐漸腐化。乾隆帝閱兵時，所見已是“射箭，箭虛發；馳馬，人墮地”。1796年川楚教亂時，綠營已無力對付擅長游擊戰的白蓮教徒，部分將領甚至屠殺平民以換戰功。到了鴉片戰爭和太平天國之亂時，綠營上陣一觸即潰，作戰主力也改交由湘軍、淮軍等地方團練負責。同治年間多次裁減綠營，綠營的重要性逐漸減弱，清末新軍成立後綠營同名存實亡。至民國初年，綠營被改編為警察性質的地方治安衛戍部隊，成為民國時期警察的濫觴。
湘軍創始者曾國藩
義勇與團練於川楚教亂後逐漸成為清朝武裝力量之一，由於清軍不善游擊戰，所以鼓勵地方建立義勇與團練協助清軍鎮壓，1799年清廷正式同意組建團練。太平天國之亂與捻亂時，由於清廷的正規軍腐敗無能，且不善游擊戰，地方官員曾國藩整合江忠源、胡林翼與羅澤南義勇，成立湘軍。湘軍作戰能力強，屢次擊敗太平軍。監視太平天國天京的江南大營被攻破后，湘軍成為清廷唯一抵禦太平軍的力量。1860年曾國藩的門生李鴻章于安徽一帶建立淮軍。平定捻亂時，僧格林沁率領的八旗軍中捻軍埋伏全滅，後來有賴淮軍才平定之。當時如豫軍、東軍、滇軍、川軍等義勇也陸續建立起來。這些地方軍成為清朝晚期平定內亂、抵禦外侮的主要力量。然而不管是湘軍或淮軍皆以「兵隨將轉，兵為將有」為方針，與後來的北洋軍形成聽命於個人的軍閥勢力，這個作風深刻影響著民國軍事。
當時湘軍與淮軍採用西方新式槍炮，火力強大。而由外國人協助建立的常勝軍、常捷軍更是讓曾李等將領印象深刻，使他們意識到西方軍事技術的重要性。例如李鴻章目睹常勝軍用4個小時即攻破太倉城，事後寫信給曾國藩，宣稱“若火器能與西洋相埒，平中國有余，敵外國亦無不足”，這成為自強運動的起因之一。為建立現代化清軍，洋務派聘請外國教官來訓練八旗軍、綠營和守衛首都的神機營，一些兵工廠也建立起來。然而淮軍的地位仍然不可動搖，例如發生天津教案時，盡管守衛首都的神機營已有三萬之眾，清廷仍然調集淮軍來加強京師的防務。
操練中的新建陸軍
自強運動隨中法戰爭與甲午戰爭而失敗，而清廷守舊派利用義和團抵禦西方列強的策略也隨八國聯軍而落幕。八國聯軍之後，清政府決定實施改革，即「清末新政」。為建立現代化清軍，早在維新運動時即建議成立一支現代化的陸海軍，組織團練並建立保甲制度。清末新政時，袁世凱在華北組建新建陸軍（即北洋軍），張之洞在南方組建自強軍。1904年清廷正式建立由36個鎮組成的常備軍的計劃，而綠營在1901年即開始裁減。同時取消武舉，在各省建立武備學堂，以培養新式軍官。負責軍事改革的中央機構是1903年成立的練兵處，它在1906年被并入新立的陸軍部，其尚書和左右侍郎都是滿人。清廷試圖削弱地方軍閥力量，1907年袁世凱和張之洞就在明升暗調中被剝奪軍權。1908年宣統帝的攝政王載灃決定進一步加強對軍隊的控制，在1909年的一道上諭中，他宣布自己（代表年幼的皇帝）對軍隊行使最高統帥權，他還把自己的兄弟任命為海軍處和軍咨府的管理大臣。到清帝國滅亡前夕，其陸軍可以號稱100萬，但大概只有60萬戰斗人員，其中只有17.5萬人是現代化的正規軍。並非所有新軍均效忠清廷，部分是暗中支持革命軍的。參謀機制上，在1907年即仿照西制成立參謀部門軍咨處，隸屬陸軍部之下。為把軍事管理和軍事指揮分開，1911年決定把它升格為獨立于陸軍部外的軍咨府。
清朝視水師為陸軍之輔。加之滿洲以騎射為本，故不善水戰。入關初期，在對抗鄭成功等海上抗清勢力時，往往力不從心。1636年皇太極征滿洲瓦爾喀部，即開始造戰船。1651年順治帝令沿江沿海各省循明制，各設水師，此為清朝水師之始。內河防務以長江為主體，沿岸各設水師。海防上，清朝為封鎖明鄭的經濟力量，實施海禁。即使在平定明鄭后，仍受海禁影響，水師多以防御為主，缺乏攻擊性戰艦。嘉慶時由于東南沿海海盜泛濫，就有學者開始注意海防，如湖南的嚴如煜寫有《海防輯要》。鴉片戰爭后在面對西方炮艦時，清朝水師一戰即潰的事實讓魏源、鄭復光等人意識到東西方的差距，紛紛提倡建立現代化海軍。太平天國興起時，英國協助清朝建立中英聯合指揮的阿思本艦隊，然而指揮權的問題使得艦隊解散。
鐵甲艦鎮遠是當時北洋主力艦，也是亞洲少見的鐵甲巨艦之一
直到自強運動時，清朝才有新建海軍的動作。為建立船艦自製能力，1866年清廷在福州馬尾成立總理船政事務衙門，以沈葆禎為船政大臣。同年，李鴻章要求其江南制造局建造炮艦。1868年8月，第一艘中國制造的蒸汽軍艦，“恬吉”號下水。然而自製船艦與外國艦隊相比較差也較貴，李鴻章等官員仍然從國外購艦為主。其中最有名的即是由德國建造定遠與鎮遠，這兩艘是北洋艦隊的主力艦。人事上，早在1867年即建立福州船政學堂以培養海軍軍官，1872年和1876年分別派使團前往海外學習。沈葆楨和丁日昌離開後，福州船政局開始衰落。1880年李鴻章在天津成立天津水師學堂，張之洞在廣州成立水陸師學堂（1887年），曾國荃在南京開辦南洋水師學堂（1890年）。1885年10月清政府宣布成立海軍衙門，以醇親王為總理大臣。
鐵甲艦定遠是當時北洋主力艦，也是清朝北洋水師的旗艦，也是亞洲少見的鐵甲巨艦之一
清朝先後建立四支艦隊：受北洋大臣節制的北洋艦隊，受南洋大臣節制的南洋艦隊，受福州船政局節制的福建水師，受兩廣總督節制的廣東水師。其中北洋艦隊在當時被評論為世界第八、亞洲第一的海軍艦隊。然而四只艦隊資源獨立，互不統屬，也不互相合作。財政上，1891年慈禧太后挪用海軍預算於興建頤和園。到1890年后，守衛黃海、東海的北洋艦隊即已“停購船械”。李鴻章也稱“自光緒十四年（1888年）后，并未添購一船。操演雖勤，戰艦過少”。隨後的中法戰爭南洋水師、福建水師遭受重創，甲午戰爭中北洋水師全軍覆沒，這也標志自強運動的失敗。隨後旅順、大連、威海衛、膠澳與廣州灣等海軍基地相繼喪失，八國聯軍後大沽等地沿海砲臺又被列強下令摧毀，清朝已無海防可言。1909年，清廷決定成立海軍處，并將殘余的戰艦重編成巡洋和長江兩艦隊。1910年改海軍處為海軍部，力圖重振海軍。
清朝統治者根據實地情況的差異採取不同的政策。在中原地區基本沿襲明代的統治方式，包括開科舉等，以贏得漢族知識分子的支持，並根據清朝的實際情況實行旗民分治；在邊疆地區則採取加派駐防大臣與當地貴族共同治理。
清朝統治合法性建立的基礎與前朝有所不同，清朝統治在鞏固滿洲自我認同的同時，兼容其他族群的信仰和習俗，使之擁有遠超前代的疆域和領土。清朝皇帝本身擁有各種政治與宗教頭銜，具備不同文化象征意義的多維品格，體現出對各類臣民復雜多樣之宗教信仰的認可。因為清朝對不同地域和族群的宗教信仰采取了更多的包容政策，使各種異質文化因素能夠共存。
清初入關之后有「六大弊政」之說，剃髮（或薙髮）、易服、圈地、佔房（侵佔房舍）、投充（搶掠漢人為奴隸）、逋逃（逃人法），延續時間最長的，是逃人法。順治七年六月，廣西巡撫郭肇基等人因為「擅帶逃人五十三名」，被處死。清初曾頒令諭：一、八旗制度移入關內，全族皆兵。二、鼓勵滿人入關。三、圈地，使近畿五百里內全屬旗人所有。四、禁止旗漢通婚；禁止滿人自由擇業。弊政中的投充和逋逃皆為圈地所造成的直接結果。康熙帝親政後即立即下令永遠停止圈地，並逐步放寬對逃人的禁令並最終裁撤督捕衙門。隨後康熙開始採取一系列與民休息的政策。
1910年舊金山街上留髮辮的中國人
; 剃髮易服
清軍入關之前，為易於辨識順逆，就已要求被征服或投效的漢人改變髮式。順治元年（1644年），多爾袞率清軍入關。山海關之戰後，多爾袞下令沿途州縣官員按滿人風俗，剃頭留辮。清軍驅逐李自成，定鼎北京，漢人強烈反對剃髮，降清之漢族官員剃髮者亦寥寥無幾。多爾袞見滿清統治尚未穩固，便下旨收回成命，命「天下臣民照舊束髮，悉從其便」。明朝降臣孫之獬卻全家主動剃髮迎降，更令妻子不再纏足，並上疏標榜「臣妻放足獨先，閤家剃髮效滿制」，得授禮部左侍郎，兼翰林院侍讀學士。清初筆記《研堂見聞雜記》稱，孫之獬入朝後，列於滿班，滿臣認為他是漢人而不受；歸入漢班，漢臣又因為他從滿俗而不容，孫之獬於是羞憤上疏，稱「陛下平定中國，萬里鼎新，而衣冠束髮之制，獨存漢舊，此乃陛下從中國，非中國從陛下也」，言辭激烈。順治二年（1645年）五月，大順與南明弘光政權相繼被清軍摧毀，多爾袞認為大局已定，於六月重新下剃髮令。七月，又下令「衣冠皆宜遵本朝之制」，規定清軍所到之處，成年男子無論官民，限十日內盡行剃頭，削髮垂辮，不從者斬，以恫嚇抵抗軍民。關內地區不少人反抗剃髮令，嘉定三屠、大同之屠等亦由此引發。
當時一些在華傳教士曾描述過當時一些城市的屠城情況。20世紀的法蘭西學院院士阿蘭·佩雷菲特認為：「建國後的最初幾年，整批整批的百姓遭到屠殺。強迫留辮子引起騷亂，結果都被殺害而倒臥在血泊之中。」
被指帶有「傳統漢化的歷史觀」和「近代反滿興漢民族主義」觀點，且對滿人統治者的統治評價負面的錢穆認為：「清人又想討好民眾，又存心壓迫知識分子，他們只需要有服服帖帖的官員，不許有正正大大的人，結果造成了政治上的奴性、平庸、敷衍、腐敗、沒精神」。
; 漢臣與漢軍
清朝統治者為能使自己的王朝更長久，按歷代漢人王朝的傳統開設科舉，大力尊崇儒學，從中選拔統治精英以贏得漢族知識分子的支持。早在後金時期，努爾哈赤和皇太極就曾起用範文程、寧完我等漢八旗人士。崇德年間，又先後招降洪承疇、吳三桂、孔有德、尚可喜、耿仲明及其統領的漢族軍隊。後來，這些前明將領在消滅南方反清勢力的過程中起到重要作用。另外，康熙年間帶兵攻克臺灣的水師將領施瑯也是前明降將中為清朝立功的代表人物之一。晚清時期，漢族官員逐漸成為清王朝的中流砥柱，有虎門銷煙的林則徐；還有在消滅太平天國和捻軍中立下大功的曾國藩、李鴻章、左宗棠；又如在洋務運動中起到關鍵作用的張之洞、劉坤一；實行新式練軍的袁世凱等。
清太宗皇太極即汗位後改變努爾哈赤對漢人的政策，釋放掠奪來的漢人奴隸，編莊別居，將加入漢軍八旗的明朝官員或後金提拔的漢人官員來管理。1633年皇太極下令從所屬的滿洲八旗的漢人壯丁中每十名抽出一名，組成一旗漢軍，這是皇太極組成漢軍的開始，並成為漢八旗的前身。
隨著軍隊的發展，崇德二年（1637年），即皇太極稱帝改後金為大清的第二年，又分漢軍旗為兩旗。又過五年，崇德七年（1642年），把漢軍擴為八旗。至此，漢軍八旗正式出現，成為清朝三軍之一。所使用的旗幟和滿洲、蒙古相一致，即正黃、鑲黃，正白、鑲白，正紅、鑲紅，正藍、鑲藍。由於漢軍編成八旗，所有旗下成員都是旗人，也稱漢軍旗人。漢八旗中的原漢人後代與滿人同樣享受世襲待遇，亦有很多世襲佐領之職。漢軍旗人在司法上和滿洲旗人一樣，與民人同罪不同罰。乾隆年間，由於財政原因，漢軍八旗曾大量出旗為民，僅剩在後金時期便跟隨滿洲統治者漢軍勳舊之後。雍正元年（1723年），漢軍與漢人家奴壯丁共計44萬余人，約占當時八旗人丁總額的72%。至出旗后嘉慶元年（1796年）的再度統計，已降至總人口的43%，可見漢軍出旗之規模是巨大的。到宣統末年，漢軍旗人共有21596人，約佔旗人總數的6%。
清朝漢族女子衣著融合滿漢特徵的服飾
; 滿漢文化
一般認為，清朝統治者在保持滿族優先前提下，很大程度上採取漢化政策。但一些研究遼金元清史的日本學者認為，清和遼金元一樣屬於中國的征服王朝，漢化深度和速度均遜於北魏等滲透王朝；清室只推行對自己有利的漢化措施，並儘可能保留本族文化，而非全盤漢化。
所有施政文書都以滿漢兩種文字發佈。自康熙起大力推行以儒學為代表的漢文化，漢傳統經典成為包括皇帝在內的滿族人必修課。滿族皇帝也納有漢族嬪妃，詳見滿漢通婚。儘管滿漢通婚的現象早已普遍存在，不過真正解除滿漢通婚禁令，是直到1902年清末新政才完全落實。到乾隆中期，滿人幾乎全部以漢語為母語，滿文漸漸成為僅用於官方歷史記載用的純書面文字，並在使用中逐步為漢文所取代。部分史學者認為，正因滿人自動漢化才沒有在短時期之內覆滅，甚至反被漢人奴化。若無法漢化，則如南北朝的胡族政權一樣，無法吸收漢族先進的文化而滅亡。支持儒化說者則認為，清朝皇帝只是有選擇尊儒，儒家的一些思想清朝皇帝也沒有完全接受，而儒家只是漢文化的內容之一，漢文化不僅僅只包括文字和儒家，還有衣冠、風俗禮儀、各種宗教信仰等。
土司制度是在唐宋時期羈縻州縣制的基礎上發展而成的，其實質是「以土官治土民」，承認各少數民族的世襲首領地位，給予其官職頭銜，以進行間接統治，朝廷中央的敕詔實際上並沒有能夠得到真正的貫徹。有些土官以世襲故，恣肆虐殺百姓，為患邊境，「漢民被其摧殘，夷人受其荼毒。」。
康雍乾盛世時期，國力強盛，中央政府已經有足夠的力量加強對少數民族地區的統治。雍正四年（1726年），鄂爾泰大力推行改土歸流政策，即由中央政府選派有一定任期的流官直接管理少數民族地區的政務，“改流之法，計擒為上策，兵剿為下策，令其投獻為上策，敕令投獻為下策。”，“制苗之法，固應恩威并用”。
乾隆後期學者魏源通過《聖武記》的編寫，認同清朝所代表的正統地位。至於地方上的士大夫們，還透過他們編寫於乾隆、道光和光緒等不同時期的《鳳凰廳志》，逐步確證了民間對國家及其民族平等政策的認同。日本東亞史學家安部健夫指出，改土歸流是一個借苗族的漢化，證明「夷性華化」能夠實現的「活廣告」，中國史學家王柯指出，至遲到道光皇帝在位的十九世紀前半，在清朝的帝國構造中，西南部的非漢民族地區就已經被完全當作「內地」來對待。
呼爾查巴圖魯占音保
清朝皇帝強調“滿漢一體”，在實行一些政策時會考慮到要平衡各族的心理，例如在康熙晚年的內閣大學士中經常在五至六人中保持一兩個南方人的名額，令南北地主共同參政。在康熙二十年（1681年）的內閣新加入的成員當中，有兩名滿人，四名漢人，而在四名漢人當中南人北人各半。此外，康熙亦重點選拔升遷較快的漢族士大夫，這些士大夫同時是內閣的候補成員，亦容許有「反清」思想的學者嚴繩孫擔任官職。有學者指出，“滿漢一體”實際上是以「首崇滿洲」為前提，清朝統治者的滿漢畛域觀念始終根深蒂固。作為統治族群和八旗軍隊中的主要組成部分，滿洲人尤其被清朝歷代君主視為國家根本、朝廷柱石。滿洲將士為清朝定鼎中原、以及之后平三藩、滅準部等戰役中立下汗馬功勞。故終清一代，“首崇滿洲”（又稱“滿洲根本”）是清朝的既定國策。雍正帝曾明言，“惟望爾等習為善人，如宗室內有一善人，滿洲內亦有一善人，朕必先用宗室；滿洲內有一善人，漢軍內亦有一善人，朕必用滿洲；推之漢軍、漢人皆然，茍宗室不及滿洲，則朕定用滿洲矣。”。
清朝時期，八旗子弟（以滿洲為主，也包含蒙漢八旗子弟）在政治或生活領域主要在教育、科考、補缺、律法、生活待遇等方面享有一定特權待遇。清廷特為宗室子弟特設宗學，覺羅子弟有覺羅學，普通八旗子弟有咸安宮官學等八旗官學，內務府子弟有景山官學等。在文武科舉之外，還提供筆帖式、翻譯士、皇帝侍衛等方式供旗人子弟進入仕途。高層官職也一向有旗缺與漢缺之分。旗人可酌任漢缺，反之除極個別情況外，理論上是不可能的。能力不足以登科做官的旗人可以從參與最基本的挑選八旗兵丁做起，旗人子弟中的未成年者還可以參與類似于預備役制度的“養育兵”選拔，按月可得一定薪資。清代旗漢亦不同刑，若正身旗人犯充軍、流刑罪者有免發遣以枷號代替的特權。滿洲人的司法權也獨立於漢人之外。例如，駐防旗人觸法不歸當地督撫管制，而由該地區駐防將軍、都統負責。京旗子弟則由步軍都統衙門負責處理、宗室則由宗人府全權裁決。清廷還分撥旗地和營房給八旗子弟居住生活，不必承擔任何賦稅。旗地和營房受國家保護，不得私自買賣。清廷在全國各處八旗駐防地實施旗民分治，駐防地俗稱“滿城”，專供兵丁居住，非旗人不得隨意出入滿城。
東北滿洲故地無滿城之分，清初設置柳條邊，防止漢人及外藩蒙古進入“龍興之地”。然而在康熙、乾隆、嘉慶年間有多次漢人移居中國東北地區的記載：「其吉林寧古塔、伯都訥、阿勒楚喀、拉林等地方，乾隆二十七年定例不準無籍流民居住。及三十四年，吉林將軍傅良奏：“阿勒楚喀、拉林地方流民二百四十二戶，請限一年盡行驅逐。”上曰：“流寓既在定例之前，應準入籍墾種，一例安插，俾無失所。”嘉慶中，郭爾羅斯復有內地新來流民二千三百三十戶，吉林有千四百五十九戶，長春有六千九百五十三戶，均經將軍奏令入冊安置。其山東民人徙居口外者，在康熙五十一年已有十萬馀人。圣祖諭：“嗣后山東民人有到口外及由口外回山東者，應查明年貌籍貫，造冊稽查，互相對覈。”其后直隸、山西民人亦多有出口者。」
諸多優待政策的初衷主要是為了保證兵源、加強八旗的軍事職能。同時，這也導致滿族受到束縛，居所不能遠離本佐領之所在；八旗兵役也使得許多人在各大戰爭中戰死疆場，一定程度上阻礙滿族人口的發展；經濟方面，滿族也過于依賴八旗制度，清廷除兵差外，僅允許旗人在所屬旗地務農，這使得以京旗為主、已經適應城居生活的滿族在清朝中期開始出現生計問題。幾代皇帝都曾嘗試解決八旗生計問題，但終因不肯放任旗人自行謀生而均告失敗。此外，東北滿族因保持八旗兵農合一的習俗，始終沒有產生嚴重的生計問題。自乾隆末年，清朝開始走向衰落，并且在之后一系列與外國侵略者的戰爭中接連失敗，陷入內憂外困。這期間，在與漢人的交流中，滿族逐漸接受漢文化，被視為立國根本的國語騎射遭到廢弛。清末民初時，僅有黑龍江齊齊哈爾和璦琿一帶還有滿語使用者。1911年，辛亥革命爆發，清帝遜位，民國建立，“首崇滿洲”之國策也隨之壽終正寢。
美國達特茅斯學院歷史學教授認為，在清帝國統治者所構建的天下秩序觀中，皇權的表達具有「共主性」（Simultaneities），清帝國成功地將幾種不同的統治方式糅入皇權之中，並在不同的地域空間和價值體系中發揮不同的作用，在這樣的天下秩序觀之下，談論「滿族中心觀」並沒有意義，清朝皇帝在絕大多數時間裡僅僅把滿洲人看作是多民族帝國的一份子，認為一個真正的帝國不是隸屬於某一個文化的，而是超越文化的存在，帝國的皇權也是如此。她又說，乾隆皇帝作為清帝國的最高統治者，擁有征服者、家族首領、神權領袖、道德典範、律令制定者、軍事統帥、文化藝術贊助者等多重身份，這多種身份既相互聯繫又具有混雜性，但是又集中統一於乾隆帝一身，乾隆帝不僅僅是滿洲人的大汗，更是全天下的共主。
清朝統治者對滿洲民族意識的梳理和重塑有重要的政治層面的考慮，清代邊疆的少數民族主要是通過對「滿洲」的認同來體認中華「大一統」，故有「崇滿洲以安藩部」，從而有效聯繫「大一統」政治格局的切實需要。「崇滿」所針對的主要是日漸興起的蒙古和回疆勢力的挑戰，及其所觸發的「胡虜無百年之運」的思想異動，這種異動在清朝國內和屬國朝鮮有所反映，雍正時期出使清朝的朝鮮使臣回國後給朝鮮國王的上疏中說：「自古夷狄之主中國，非有仁義德禮，服天下之心而臣之也。華夷雜處，禍變層生，茍無聖人之應期，則漠北諸種，必將因其衰而代之。蓋今胡運之窮，不十數年可決，而蒙古強盛，異時呑倂，必至之理也。」這種情況在朝隆時期進一步深化，並且從準噶爾蒙古和大小和卓之亂可見。在這種歷史背景下，清朝統治者通過對滿洲部眾的精神整合與「國語騎射」傳統的張揚，威服和結合邊疆地區。
賽音諾顏部郡王車木楚克扎布
清朝在外藩蒙古地區建立盟旗制和札薩克制，對蒙古部落採取因俗而治、多封眾建的政策。旗是分解原來的部落而組成。每盟設盟長、副盟長各一人，掌管盟務。盟長先由各旗會盟時，從旗長即札薩克中推選。後來改為清朝理藩院開列盟內札薩克，由皇帝任命。其外每盟各設備兵札薩克一人，管理軍務。有的盟還設幫辦一二人，協理盟務。旗是軍政合一的地方政權機構，每旗設旗長一人，即札薩克，掌全旗要務，可以世襲。又設協理臺吉襄贊旗務。其屬有管旗章京、副章京及參領、佐領、驍騎校等。旗盟官員多是原蒙古各部落的貴族，並被冊封為札薩克親王、郡王、貝勒、貝子、公、臺吉等爵位。另外，清朝統治者在一些方面較為優待蒙古人，只有蒙古王公可得到親王封號的待遇。
盟是由各部定期會盟而形成的機構，主要職能是監督各旗札薩克。若干相鄰的旗為一盟，盟有盟長，由朝廷直接任命，多選旗長中勢力大、威望高、與中樞關係親密者任之。盟為監察區，不屬行政單位。當時主要有哲裡木、昭烏達、錫林郭勒等盟。各盟旗直接對朝廷負責，受理藩院的管理。另外，在內蒙古地區設熱河都統、察哈爾都統和綏遠副將軍，率軍駐防要地，以加強軍事控制。但各都統、將軍不干涉行政事務。如科爾沁部一類可以自治，察哈爾與土默特則被取締。
清朝對外札薩克蒙古盟旗的管轄，中央有理藩院的典屬、柔遠清吏司等機構，地方上有駐紮大臣。定邊左副將軍即烏里雅蘇臺將軍，為漠北蒙古地區的最高官員，下設烏里雅蘇臺參贊大臣二人，與將軍共同管轄喀爾喀諸部盟旗。科布多參贊大臣及幫辦大臣管轄杜爾伯特、輝特、新土爾扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、烏梁海等旗。庫倫辦事大臣掌中俄交涉事務，其屬恰克圖辦事司員等人，負責監督中俄貿易。
清王朝統一蒙古各部後，對蒙古的統治策略是，既要使其不再成為朔方邊患的勢力，又要籠絡當地領袖們統治當地人民，使蒙古成為清政府統治全國的一支重要軍事力量和清帝國北部疆域不設防的屏障。包括在蒙古大力扶植推廣藏傳佛教，有效地收服人心，維護蒙古地區安定局面。蒙古人一向信藏傳佛教中的黃教，滿人一直重視籠絡大喇嘛，如哲布尊丹巴與章嘉呼圖克圖；與此同時，蒙古八旗亦成為清朝軍隊的一支生力軍，在征討噶爾丹的過程中曾發揮過重要作用。外藩蒙古旗下的軍事力量（不屬八旗）也曾發揮重要作用，如清中期的喀爾喀的超勇親王策棱和晚清時的博多勒噶臺親王僧格林沁的部隊。
清代西藏地方官府為噶廈。清朝將西藏納入版圖後為加強對西藏的治理曾採取一系列重大措施，建立政教分離的制度。當時清政府的治藏政策有設置駐藏大臣，訂立治藏章程；派駐官兵，整頓藏軍；設立臺站，釐定疆域等。乾隆十六年（1751年），清政府平息頗羅鼐之子珠爾默特那木札勒叛亂後決定廢除札薩克郡王監政的權力，設立噶廈衙門，由駐藏大臣與達賴喇嘛共同領導。噶廈為總管藏務衙門，設三品官噶倫四人。下設商上，為分管財政的機構，除以噶倫一人管理外，設四品仔琫（孜本）三人，商卓特巴二人。還有專掌糧務的葉爾倉巴、管理拉薩城的朗仔轄、掌刑名的協爾幫、掌馬廠的達琫及第巴等四至七品的各種名目官員。後藏也設四品商卓特巴、葉爾倉巴，五品達琫等官員，掌管相應的政務。武官則有四至七品的戴琫（代本）、如琫、甲琫、定琫，從幾人至百多人。凡前後藏皆有營寨，按其地理險易和大中小，各設邊營官及營官，總計一百六十餘人。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶廈、商上任職，而僧官又分國師、禪師、札薩克大喇嘛、札薩克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，專掌教事。
乾隆五十八年（1793年）清政府出兵打敗入侵西藏的廓爾喀（尼泊爾）後頒行《藏內善後章程》二十九條，對西藏的宗教事務、外事、軍事、行政和司法等做出詳細的規定，并加強駐藏大臣的權力。駐藏大臣與達賴、班禪的地位是平等的，而達賴與班禪之間則互為師徒。駐藏大臣作為清政府的代表，可直接向皇帝上奏。達賴、班禪上奏事宜必須通過駐藏大臣轉奏。此外，達賴、班禪及以下呼圖克圖十八人、沙布隆十二人等活佛轉世，稱為「呼畢勒罕」，即奔巴金瓶掣簽，均由駐藏大臣監督。
清朝治藏期間，清政府振興西藏經濟的措施有改革烏拉、租賦、錢法、貿易制度；活躍民族貿易；創報、興學、發展農牧工礦業和加強交通、郵電事業的開發等。清末時為防止英國殖民者對西藏的滲透，川滇邊務大臣趙爾豐等決定在川邊藏區進行改土歸流、建置州縣等，以繼續加強中央政府對西藏地區的管理。宣統二年（1910年）川軍入藏後還曾計劃將改土歸流擴大到整個藏區並鞏固對藏南地區的控制，但因次年（1911年）武昌起義的爆發而作罷。
天山山脈將新疆分成天山南北兩個區域。天山南路的大部分地區為當今維吾爾族的祖先所居，亦稱為回部。由於哈密、吐魯番率先歸服，被封為回部札薩克。乾隆平定大小和卓之亂之後，新歸附的地區不設札薩克，實行伯克制。伯克原來是回部的酋長，經清朝重新任命，按職責和品級稱「某某伯克」，共三十餘名目。最高的為阿奇木伯克，掌綜一城回務，三品至六品，其次為伊什罕伯克，掌贊理回務。四品至六品。其餘分掌地畝、田糧、稅務的，大抵四品至七品。在清朝所封的札薩克郡王和諸伯克之上，清朝還派駐伊犁將軍，掌天山南北最高軍政大權，下設參贊大臣一人輔之。又設塔爾巴哈臺參贊大臣，喀什噶爾參贊大臣及幫辦大臣，葉爾羌辦事大臣及幫辦大臣，和闐、阿克蘇、烏什、庫車、喀喇沙爾辦事大臣等。乾隆末年以後，內地漢人和回民開始遷往新疆（以天山北路為主），把大片不用的牧場變為戶屯。到十九世紀初，這些定居北疆的移民已達數十萬人。在迪化（烏魯木齊），1808年時各縣的民戶農田數量已達到1775年的十倍。
從乾隆後期開始，以沈垚、張穆、龔自珍等為代表的學者，均紛紛關心邊疆事務，為國家獻計獻策。龔自珍大倡「回人皆內地人也」，無所謂「華夷之別」，並上疏安西北策，將新疆等同內地，主張「疆其土，子其民，以遂將千萬年而無尺寸可議棄之地，所由中外一家，與前史迥異也」。
總理各國事務衙門
恭親王奕訢，曾任總理衙門首席大臣、領班軍機大臣、議政王
清朝在近代以前並沒有正式的外交機構，因當時清廷一向以天朝上國自居，不愿承認與四周國家的平等關係。清朝的外交按照對象的不同，分由禮部、理藩院、內務府與公行制度負擔外交事務。六部的禮部負責對日本、朝鮮、琉球與東南亞各國外交或朝貢事務，以維繫朝貢體制。理藩院負責交涉東亞內陸如內外蒙古、準噶爾、西藏、俄羅斯帝國等事務，主要防止邊患形成。其編制與六部基本相同，官員大多由滿族、蒙古族人擔任，漢人只能擔任堂主事、校正官等少數官職。內務府除管理本身內廷事務，也管理歐洲來華傳教士、宗教使節團的事務以及國外貿易的傳運徵收特別稅。公行制度負責西洋各國如葡萄牙、荷蘭、英國等貿易關係（在清朝來看仍為朝貢），限制於廣州一地，又稱廣州制度。
鴉片戰爭開啟中國近代史，清朝對外關係轉向被歧視。由於缺乏正式外交機構，為西方國家不滿，在《天津條約》就有要求外國公使進駐北京，這使得中國正式開始面對新的外交形勢。1861年，總理各國事務衙門成立，專門負責對外關係；然而，其地位逐漸被1870年成立的北洋通商大臣所取代。直到1901年的清末新政，將總理衙門改制為外務部後，才得以統一負責對外事務。
清朝的藩屬國方面，早在皇太極與康熙時期就有朝鮮與琉球國。到乾隆時期擴充到東南亞地區的安南（即越南）、南掌（瑯勃拉邦王國，地屬今寮國）、暹羅（今泰國）、緬甸以及南洋群島的蘭芳共和國（柬埔寨被安南與暹羅瓜分，呂宋與蘇祿於西班牙統治菲律賓群島後相繼消失）；西南喜馬拉雅山有廓爾喀（尼泊爾）、哲孟雄（錫金）、不丹等國；中亞地區有哈薩克汗國、布魯特汗國、浩罕汗國、布哈拉汗國、愛烏罕（今阿富汗）、巴達克山、乾竺特與拉達克等國。
英使馬戛爾尼晉見乾隆帝圖
清朝建立伊始，清政府為禁止和截斷東南沿海的反清勢力與據守臺灣的鄭成功部的聯繫，以鞏固新朝的統治，曾五次頒布禁海令，並三次頒布「遷海令」，禁止人民出海貿易。1683年清軍攻佔臺灣後，康熙接受東南沿海的官員請求，停止清初的海禁政策，并在“粵東之澳門（一說廣州）、福建之漳州府、浙江之寧波府、江南之云臺山”分別設立粵海關、閩海關、浙海關、江海關作為管理對外貿易和征收關稅的機構。江浙閩粵四大海關總領各自所在省的所有海關口岸，通常下轄十幾至幾十個海關口岸。但當時西方殖民者的殖民地已遍佈中國周圍，其殖民步伐引起了清廷警惕，康熙甚至曾口諭大臣們：「海外如西洋等國，千百年後中國恐受其累，此朕逆料之言」。
乾隆二十二年（1757年），乾隆帝以海防重地規范外商活動為理由，諭令西洋商人只可以在廣東通商。乾隆諭令“本年來船雖已照上年則例辦理，而明歲赴浙之船，必當嚴行禁絕。……此地向非洋船聚集之所，將來只許在廣東收泊交易，不得再赴寧波。如或再來，必令原船返棹至廣，不準入浙江海口。豫令粵關，傳諭該商等知悉。……令行文該國番商，遍諭番商。嗣后口岸定于廣東，不得再赴浙省”這一上諭只是讓“外洋紅毛等國番船”、“番商”只在廣東通商，不得再赴浙江等地，而不是一些資料中所說的關閉江、浙、閩三海關，更不是“廣州一口通商”。
鴉片戰爭前美國和英國兩個航海大國的船舶總噸位的總和一度遜於清朝，當時中國沿海商船總數約在9,000至將近10,000艘之間，約有150萬噸。加上其他種類的船舶，全國總有大小江海船舶20多萬艘，共計400多萬噸。而在1814年，英國全國有大小21,500多艘船，共240萬噸；美國在1809年全國有船舶135萬噸。
一幅描繪列強瓜分中國情形的漫畫。英、德、俄、法、日嘗試瓜分「」（法語“中國”）這個大餅，後面的中國官員無力阻止
18世紀，歐洲各國普遍流行中國風尚，當時歐洲人對中國普遍持正面和嚮往的態度，例如被譽為「法蘭西思想之父」的法國啟蒙時代思想家伏爾泰就曾高度讚揚當時在位的乾隆帝及中國的政治和文化。不過與此同時亦存在不同的聲音，佩雷菲特指出1792年外交失敗的英使馬戛爾尼回程路上寫的紀事中就包含批判性的看法。然而馬戛爾尼在他的日記《''A Journal of an Embassy from the King of Great Britain to the Emperor of China''》裡對清朝的平民百姓的日常生活、官員對下屬的態度、統治者的儀態以至整體社會和國家的法律制度有多處正面評價。
有學者指出，在乾隆以後，清朝開始實行「閉關鎖國」政策，一開始是四口通商，到後來只有廣州開放對外通商，且由十三行壟斷其進出貿易。當時西洋的科技發展蓬勃，漸漸地超越奧斯曼帝國為首的伊斯蘭世界和以清朝為首的東方世界。
但也有學者指出，「閉關鎖國」實際上是西方侵略者強加在清朝頭上的貶詞，反映出當時對華虎視眈眈的西方國家不顧事實反誣清朝排外，又指出就算是當時西方各國的口岸也只容許本國船隻進出，本國的進口貨物只容許本國船或原產國船裝運，稱之為「保護政策」，但又同時強迫其他國家洞開國門，任由他們自由離去和壟斷，是為雙重標準。此外，英使馬戛爾尼曾向清朝提出六項要求，當中包括：
# 要求英國貨船能到浙江、天津等地收泊；
# 要求在北京設立商行；
# 要求在珠舟山佔一島嶼，以便英國人居住和收存貨物；
# 要求在廣州城劃一地方居住英國人，或者居住澳門之人出入自便；
# 要求準許英商從廣東內河航行澳門，貨物不納稅或少納稅；
# 要求確定關稅條例。
乾隆帝隨之復書批駁英國使臣的要求，有學者認為信中雖有妄自尊大的一面，但一些史學家往往斷章獨引「天朝物產豐盈，無所不有，原不藉外夷貨物以通有無」這句話證明清朝「閉關鎖國」，對英國侵犯中國領土完整及關稅自主的六項要求避而不談。清廷為了防止澳門被霸佔的情況重演而限制英國只能在廣州一口通商，其他國家仍然可到四口通商，且並無任何限制。廣州海關以外的江、浙、閩三個海關依然對外開放。美國東亞史學家歐立德也指出乾隆帝並非如過去所想的對外界一無所知，乾隆不僅熟悉西方地理，同時也清楚歐洲法、俄兩國內部的情勢，且清朝政府也認識到英國在印度和廣州的影響力。
清朝在近代以前與他國簽定的條約較少，主要有《尼布楚條約》與《恰克圖條約》，均為與俄國簽定。
自19世紀以來，經歷一系列失敗之後，清廷在列強的威迫下，前後被迫簽定許多不平等條約。據統計，中國近代簽定的不平等條約共有343個，其中四十多個條約影響較大。清朝在西方國家的威逼下通過開放租界口岸，允許外國人來華經商等割地手段來達到和解。致此中國開始向近代過渡，清廷在被迫打開國門的同時也喪失中國大量領土的管轄權。甲午戰爭後，列強鑒於清朝失去自衛能力，紛紛劃分在中國勢力範圍，中國變成半殖民地。由於受到西方乃至日本的侵略以致割地賠款，中國人的國際形象和地位也驟然下降。但與此同時也激發自強運動等改革措施使西方的科技、文化以及民主憲政思想傳入中國，並為隨後的辛亥革命提供發展契機。
1888年後的大清國旗
清朝與中國歷史上的其它朝代一樣，本來並無法定的國旗與國歌。近代以後，隨著西方國家打開清朝國門，清朝逐漸引入西方國家的一些概念，其中就包括國旗與國歌。晚清重臣李鴻章在同西方國家談判、簽約、通商、互派外交人員等外交活動中，看到西方列國莊嚴懸掛國旗，而中國卻無旗可掛，深感有失「天朝威儀」。於是上奏慈禧太后，提出在外交場合中需要有代表中國的旗幟，請求頒制國旗。1888年（光緒十四年），清政府認定「黃底藍龍戲紅珠圖」（即俗稱的「黃龍旗」）為大清國旗。這是中國歷史上正式確立的第一面國旗。19世紀後期至20世紀初，清朝曾先後使用《普天樂》、《李中堂樂》、《頌龍旗》作為其半官方國歌或代國歌。1911年，清政府將《鞏金甌》定為正式國歌。不過由於辛亥革命的爆發，《鞏金甌》後來沒有流行開來。
古代中國只有「戶籍」制度而無明確的「國籍」規定，是以「戶籍」管理制度實現「國籍」管理功能。為了能夠在保護海外華人、華僑方面能夠採取法律依據，以及加強海外華人及華僑對大一統中國的認同，清政府於1909年3月28日頒布針對荷蘭國籍法的「出生地主義」、採用「血統主義」原則的《大清國籍條例》，也就是中國第一部國籍法，條例中的《固有籍》部分規定：
* 第一條凡左列人等不論是否生於中國地方均屬中國國籍：
*# 生於父死後而父死時為中國人者
*# 母為中國人而父無可考或無國籍者。
* 第二條若父母均無可考或均無國籍而生於中國地方者亦屬中國國籍。其生地並無可考而在中國地方發現之棄童同。
由於受到當時「大民族」主義的影響，清政府以「血統主義」而不以「居住地主義」的原則來確立國籍法，清政府「獨采折衷主義中注重血脈系之辦法」，其「血脈」亦包括中國各個民族如滿、漢、回、蒙等民族，「統轄於中國中華大『血脈』之中之意」與「大民族」主義主張的「國內本屬部之諸族，以對國外之諸族」觀念一致。旅美華裔史學家何炳棣表示，是滿族創造一個包括滿、漢、蒙、回、藏和西南少數民族的多民族國家，而為五族共和的中華民國張本。
明末清初，因為流寇擾亂、清兵入塞、入關戰爭與三藩之亂的關係造成人民生命與財產的損失。而飢饉、瘟疫使得中國人口又一次地急速下降。史學家葛劍雄認為明清之際人口的跌幅估計可達40%，從崇禎元年（1628年）以來平均每年下降19%，至順治末年達到谷底。另一種說法則認為，人口隱匿數量遠大於人口損失數量，而真正人口損失最大的時期就是入關戰爭的戰亂時期，以及各種的滅絕性屠殺如屠蜀。康熙二十年（1681年）後，清廷平定三藩之亂並佔領臺灣，經過康雍乾盛世獲得長期的休養生息，人口得以迅速增加。清初人口數量未明確，史學家姜濤估算康熙十九年（1680年）前後，人口增長到1億；趙文林推估在康熙二十四年（1685年）超過1億。到乾隆時期，全國人口正式突破2億，到鴉片戰爭前夕的道光十三年（1833年）又猛增到4億。清朝人口的增長一反中國人口過去的波浪式增長型態，呈現斜線上升。
中國饑荒》（''The Famine in China''）。饑荒受難者被強迫把兒女給賣掉
19世紀時，清朝因為太平天國、捻亂及回亂等戰亂損失不少人口；光緒年間又發生不少天災，光緒元年至四年（1875-1878年）河南、山西、陜西、直隸、山東等地發生特大旱災饑荒，尤以山西最嚴重，太原府100萬人死95萬。總死亡數計950萬-2000萬不等，也就是清朝人口的約2-4%，史稱丁戊奇荒。光緒十三年（1887年）河南鄭州下汛十堡（今惠濟區花園口鎮石橋村）發生黃河決口，致使200多萬（一說93萬；一說最保守估計150萬；一說700萬）人罹難。最後加上海外移民風氣日盛，因此到清朝滅亡時，中國人口維持在4億3千萬多人，與道光年間的人口數差不多。
18至19世紀華人移民全球路線圖
清朝的人口擴張和流動規模在長期性和常規化等方面在中國歷史上前所未有，而且清政府在大部分情況下都鼓勵內地人往外移民。
學者認為，清朝鼓勵內地人移民，讓漢文化推廣到非漢民族地區，是為了「移民實邊」，發展經濟，保衛疆土，是「為了中國本身的利益，也為了較為落後的邊疆地區人民的前途」。
在鴉片戰爭前後，中國內地各省約有七百至八百萬人遷移到邊疆向海島地區，形成了一股股由中原向東南、西南、西北、北、東北四面八方輻射狀的移民浪潮。
四川由於明末清初長年的戰亂與屠殺，產生許多真空地區，而後又因為人口大量提升，使部份省份人口過剩，這些都帶動移民潮。後來清廷推動以湖廣、陝西等各省人口填補四川地區，史稱第二次湖廣填四川，移民四川的趨勢歷經一個世紀。
1870年的清朝農民照片
清廷為保護其發祥地中國東北地區，於奉天（今遼寧省）設立柳條邊以限制漢人及外藩蒙古向盛京地區及長白山地區移民，但仍「封而不禁」，對越邊時而佯作不知，並通過流放犯人，招撫流民及移旗等方式進行移民實邊。而乾隆年間則開始嚴厲封禁東北地區，直到1792年，由於發生旱災，清政府公開放鬆禁令，允許並鼓勵災民前往長城及柳條邊外的東蒙及東北地區謀生，以分流難民潮。該措施隨即引發了規模空前的難民遷徙，東北三省、特別是柳條邊沿線地區從此開始大量接收關內移民。1792年旱災後的10餘年間，清廷即在東北柳條邊沿線地區新建四個行政單元以管理移民，包括長春、昌圖、伯都訥和新民，大凌河東岸、養息牧廠、拉林、雙城等官墾聚落也分佈在附近。
據統計，1780年東北人口約95萬，至1820年猛增至247萬人，較1780年增長1.6倍，年均增長率24.2‰，增長人口中大部分來自移民（約100萬），其中吉林省接收移民30萬人，移民增加的趨勢極為迅猛。1873年，清廷考量俄國與日本有意染指東北，故撤除柳條邊，並且在日俄戰爭後完全開放移民。
清朝初期，清朝統治者限制漢人與蒙古人混雜。但到了康熙年間攤丁入畝後，清廷放開封禁，引起大量民眾遷徙到長城口外漠南之地定居謀生的浪潮，史稱「走西口」。到了二十世紀初，清延開始以各類優惠政策大力鼓勵漢人移民內外蒙古，原因之一是為了反制當時俄國人在內蒙古東部的殖民計劃。由於意識到漢人大量移民最終可能會導致蒙古人自身被同化或全面漢化，加上漢商的詐欺手法以及清朝統治者的政策轉變，一些蒙古人因此懷恨在心並發起叛變。然而那些叛變基本上是地區性的叛變，而非組織嚴密的「全區性暴動」。
自雍正朝大規模地實行改土歸流政策以後，內地與西南廣西和雲南邊疆地區之間的交流被加強，地域壁壘被打破，內地人迅速移往西南邊疆地區，自清初至道光中葉，約有200-350多萬人遷入了西南滇桂地區。
康熙二十三年（1685）以後，清朝向前往臺灣的大陸人民實行限額發給照票。雍正十年（1732）後規定渡臺者有田產生業足以謀生，均可允許攜眷入籍，從此渡臺人數急升。乾隆五十五年（1790），清政府為了減少私渡偷渡而決定多處官渡。自清初至道光中葉，共有150多萬人從中國大陸遷入了臺灣。1895年臺灣割讓日本，住民根據《馬關條約》第5款，在同年5月8日住民去就決定日決定去留，最終99.75%臺灣人決定留在臺灣。隨之于5月25日有部份臺灣人成立臺灣民主國，但為期不長。同時，各地也有抗日人士展開了長達二十餘年的武裝對抗殖民統治的臺灣抗日運動時期，而中國大陸渡臺亦隨之中斷。
鑑於新疆戰略地位的重要性，清朝在統一新疆前後，對治理新疆的方針開展過深入討論，並確定向新疆移徒中國內地人口以充實農業勞動人口的方針，又制定一系列組織移民出關的具體措施，因而出現內地人戶移民新疆的熱潮。自清初至道光中葉，新疆地區約遷入了五十萬人。
福建與廣東各省因為山多人狹，又靠海，許多人口移民海外。臺灣早在荷西統治時期、明鄭時期就獲得閩南、粵東的移民，約有十餘萬人。清初因為防止如朱一貴事件等動亂發生，曾嚴格限制移民臺灣。同治末年發生牡丹社事件，日軍一度侵臺，這使得清廷積極開放移民臺灣。到臺灣割日前夕，已經有三百數十萬的移民人口。早在十五、六世紀，閩粵人民就時常移民泰國、馬來西亞與印尼等東南亞地區，這些海外華人還建立了華人為主體的蘭芳共和國。鴉片戰爭之後更多華人移民海外，主要以東南亞地區、美國西部、加勒比海群島為主。清朝滅亡時，海外已有七百萬的華僑。
清兵入關後，多爾袞令蠲免三餉，順治元年七月十七日發布“大清國攝政王令旨”：“前朝弊政，厲民最甚者，莫如加派遼餉，以致民窮盜起，而復加剿餉，再為各邊抽練，而復加練餉。惟此三餉，數倍正供，苦累小民，剔脂刮髓，遠者二十余年，近者十余年，天下嗷嗷，朝不及夕。更有召買糧料，名為當官平市，實則計畝加征，初議準作正糧，繼而不肯銷算。……予哀爾百姓困窮，……為爾下民請命，自順治元年為始，凡正額之外，一切加派，如遼餉、剿餉、練餉，及召買米豆，盡行蠲免。”福臨登極詔書又重申：“地畝錢糧俱照前朝《會計錄》原額，自順治元年五月初一日起，按畝征解。凡加派遼餉、新餉、練餉、百買等項，悉行蠲免。”但清初由於軍費繁浩，財政困難，並沒有認真實行，特別是順治四年（1647年）復徵遼餉，七年（1650年），多爾袞邊外筑避暑城加派9省額外錢糧250余萬兩，順治十四年（1657年）遼餉編入《賦役全書》，即為“九厘額銀”，“順治十八年（1661年）還食言自肥，恢復了明末時的剿餉，加賦五百多萬兩”，州縣也常私自另有科派，終清一代，從未蠲除。例如清光緒十三年臺灣民田中田每甲徵租稅2兩8分5毫4絲，不含地方官員加派，相當於每畝徵2分4釐8毫，是明初稅制「卅取一」得八倍，若加上地方官加派則達十倍之譜。
乾隆時期的中國婦女、小孩和女僕
康熙後期，經過長時期的休養生息，社會已日趨安定，但人丁與地畝的載冊數增加遲緩。一方面由於土地與人口的清查不夠徹底，再者也由於地主以多報少之故，貧民迫於賦役的繁重而相率逃亡，人丁的統計並不確實。康熙帝為確實掌握人口數，於康熙五十一年（1712年），下詔「盛世滋生人丁永不加賦」，以康熙五十年（1711年）在冊人丁數作為全國徵收丁銀的固定總額，以後新增者為「盛世滋生人丁」，從中央到地方均不得隨著人口的增加而增稅。但除補不易，弊端又無法避免。所以採取攤丁入地政策，廢除人頭稅（丁稅），併入土地稅內。這使得無產者沒有納稅負擔，而地主的負擔增加，對於清朝人口的持續增加、減緩土地兼併、以及促進工商業的發展有一定的作用。
錢穆認為“地丁攤糧”只收田租，不收人丁稅的辦法是「清朝統治者自己夸許的『仁政』。但是實際上，這一規定，并不算的是仁政，從中國歷史講，兩稅制度，早把丁稅攤派到地租了」。中國科學院地理科學與資源研究所的學者說，地丁攤糧改革政策也給當時及其後的土地墾闢帶來了重大影響，雖然這是一次賦稅改革，似乎與墾荒並不相干，但它卻有效放鬆了對貧苦無地農民的約束，使人們可以自由流遷，為異地墾荒提供了豐富的勞力資源。歷史學者張硏評價，攤丁入畝在一定程度上改變了賦役不均的情況，增加了地主的賦役，減輕了無地少地農民的負擔，減少了戶口隱漏，穩定了社會秩序，促進了生產發展，以及改善了國家的財政狀況。
學者姚念慈認為清史研究者們往往忽視清代賦稅的沉重。通過比較明清賦稅，清初全國賦稅總額是以明朝萬歷末期至崇禎時期的橫征暴斂為基準的。直至康熙末年清朝的人口土地并未超過明萬歷時期，然而其賦稅收入卻較萬歷初期增加了許多倍。清廷立國的基礎，就是過于沉重的高額賦稅。康熙朝實行的大量而頻繁的蠲免，實質上是變換手法，將竭澤而漁也無法獲得的部分宣揚成惠政。
乾隆六年（1741年），戶部有感於人口的增長，有必要對人口登記制度加以檢討，並徹底改變戶口統計與管理制度，以掌握人口真實情形。然而卻遭到廷臣蘇霖渤等人們的反對，他們認為實施人口普查對維護統治沒有實質意義，各省戶口殷繁，「若每歳清查，誠多紛擾」。到乾隆三十九年（1774年），湖北東部發生災害，由於賑濟的人數超過地方登載的戶口總數，經過清查發現，有些縣份在每年上報人口數都含混交代。乾隆帝大怒，要各省督撫全面展開人口清查。隔年，保甲嚴格執行人口普查制度，共增加43,534,131人，此後全國各省人口數較以往更接近實際人口數。人口查報也成為保甲的一項重要職責。無論在乾隆四十年（1776年）前後，人口統計都限於各省。而且京師順天府、八旗、黑龍江、新疆、蒙古、西藏、臺灣、雲貴川廣地區居住的少數民族等並未列入戶口統計中，不管何時見於官方記載的人口均低於實際人口數。葛劍雄以為乾隆四十一年至道光三十年的戶口統計數基本上是較可靠的。
清代社會上七十歲以上的老年人口占總人口的比例約百分之二。清代法令對於老人給予免稅和減刑，獨子犯罪可因親老而留養，而官員可因自己年老告休，也可因父母年老而申請終養。此外，清代老人在一些場合中獲政府的賞賜、禮遇和優待。貧窮的老人也是慈善機構救濟的對象之一。
+ 清朝戶口流動表
順治八年（1651年）
人丁10,633,326戶
這是清朝第一次人口統計，其中人丁指成丁（十六至六十歲的男子）或是指賦稅基本單位。
順治十二年（1655年）
人丁14,033,900戶
推算為4、5千萬人
順治十七年（1660年）
安格斯·麥迪森推算為1億3千5百萬人
康熙二十一年（1682年）
高王凌推算7、8千萬人
去年清廷平定三藩之亂並佔領臺灣。
葛劍雄推算1億3千萬人
康熙三十九年（1700年）
何炳棣推算1億5千萬人
康熙五十一年（1712年）
人丁24,621,324戶
康熙帝為確實掌握人口數，宣布永不加賦，自康熙五十二年起人口數字分成應繳稅的“人丁戶口”和不需繳稅的“盛世滋生人丁”。
雍正二年（1724年）
人丁26,111,953戶
推算為8、9千萬人
雍正十二年（1734年）
人丁27,355,462戶
乾隆六年（1741年）
143,411,559人
本年起統計制度廢除人丁，改為統計口數（含大小男婦），此後人口穩定成長。
乾隆三十九年（1774年）
221,027,224人
乾隆四十年（1775年）
264,561,355人
保甲嚴格執行人口普查制度，增加43,534,131人，此後全國各省人口數較以往更接近實際人口數。
乾隆五十五年（1790年）
約301,000,000人
乾隆五十九年（1794年）
313,281,795人
嘉慶十七年（1812年）
361,695,492人
天災、川陝楚白蓮教和各地起事不斷，造成人口傷亡，也影響人口查報。
嘉慶二十五年（1820年）
383,100,000人
道光十三年（1833年）
398,942,036人
鴉片戰爭前夕。
咸豐元年（1851年）
432,164,047人
咸豐二年（1852年）
334,403,035人
太平天國進入長江流域，華北有捻亂，影響人口查報。
宣統三年（1912年）
347,902,565人
到宣統年間（1910年至1911年間），清廷再度實施人口普查，至本年完成。本年清朝滅亡，中華民國成立。
註：本表主要以《清實錄》為主，僅用於觀察人口變化的狀況。雖然文獻中的人口數字都是一些近似值，並非完全準確，但即使統計誤差為上下十個百分點，這個數字仍然是相當龐大的。
乾隆時期人民的雨裝
清朝人口呈現爆發式增長，乾隆時期已達三億，相對應地，需要更加以多種方式提升糧食作物的產量。清朝採取開墾荒地、移民邊區及推廣新作物，改進種植技術等方式以提高生產量。由於國內與國外的貿易提升，經濟農業也相對發達。手工業方面改工匠的徭役制為代稅役制。產業以紡織和瓷器業為重，棉織業超越絲織業，瓷器以琺瑯畫在瓷胎上，江西景德鎮為瓷器制造業中心。清朝商業發達，分成十大商幫。其中晉商、徽商支配中國的金融業，閩商、潮商掌握海外貿易。清朝曾實施海禁政策，直到消滅明鄭統治臺灣後，才宣佈展界開海，沿海對外貿易開始活躍，而貨幣方面則採銀銅雙本位制。康熙晚期曾為防止民變，一度推行禁礦政策，在一定程度上阻礙工商業的發展。
清朝人口在中國古代歷史上為最高，其國內生產毛額（GDP）總量所占的世界比例在中國近三千年歷史上也是最高的，據英國經濟學家安格斯·麥迪森的研究，按照1990年美元價格計算，1820年清朝GDP總量為2286億美元，占世界GDP總量的32.9%，中國人均GDP為600美元，當時經過第一次工業革命的英國人均GDP為1,706美元。據他研究，即便被認為是中國歷史上經濟最繁榮時代的宋朝，其GDP總量為265.5億美元，才占世界經濟總量的22.7%，宋代中國的人均GDP在450美元，略低于阿拉伯帝國阿拔斯王朝的人均GDP（621美元）；這兩個地區皆超過當時西歐人均GDP（427美元）。這里僅表明購買力平價，與所謂財政收入是不同的概念，英國財政年收入在1830年代至1840年代在5000萬英鎊以下；不過，清朝GDP數值在1840年前凌駕于歐洲之上，這一說法基本得到普遍認同，但部分中國學者如劉逖仍認為麥迪森高估了中國歷史上的GDP總量和人均GDP。因此，劉逖對麥迪森1600至1840年數據做了調整，認為1820年中國人均GDP在325美元，而非麥迪森說的600美元。
湖廣地區的中心洞庭湖於明清時期的圍墾區
1908年清朝末年農民的生活
清代的土地仍可分為官田和民田兩大類。清朝入關後，1644年順治帝頒布圈地令。有主與無主地被滿人圈占，統稱“官莊”。大量農民不得不棄家逃亡，或者淪為新主人的奴仆。圈地主要執行三次，以北京附近的順天、保定、永平、河間四府最為突出，直到1685年康熙帝宣布廢止而終。至於全國其他原明朝皇室或地主的土地，清廷稱其為“更名田”，分配給無地農民使用，或是被新地主霸占。據統計，這種土地的總數不下二十多萬頃。清代也擁有不少屯田，屯區多在新疆、漠南等邊疆地帶。清帝推行令民墾荒的政策。使得華北、華中地區先後著令準墾，一些邊疆如新疆、青海、海南、臺灣、漠南等地區於清朝中葉先後實行開墾政策，而東北地區直到清朝後期才準許大量漢人前往開墾。
清代農業亦是歷史畝產量最高的一個歷史時期，秦漢時中國的畝產量為264市斤/市畝，唐代是334市斤/市畝，清以前畝產量最高是明代，為346市斤/市畝，清代的畝產量達到了374市斤/市畝，分別比漢代增加了41.6％，比唐代增代11.9％，比明的畝產量高了8％」，清代所編著的農書數量為之前所有中國朝代總和的2.09倍。另外，在清代的農書中，蠶桑類的農書共155部，而清以前所編寫的蠶桑書有4部，反映了清代蠶桑生產和蠶桑技術發展的程度。
; 水利設施
清初，在康熙時期進行的多項水利興修。明末清初，黃河、淮河下游堵塞，京杭大運河也受阻塞。康熙帝時大力修治黃河，任靳輔為河道總督，採用疏導和築堤的辦法將黃、淮故道逐漸修復，使這一帶的農業生產在一段較長的時間裡減少水患的威脅。1713年康熙帝成功修浚位於北京的永定河，使舊河兩岸的「斥鹵」變為膏腴良田。另外，雍正時修築江浙海塘也是保護農田的水利工程。由於明末戰亂，耕地遭到破壞大為減少，清朝的耕地總面積直至嘉慶初期達10.5億市畝，恢復到明代萬歷年間水平。在之后的道光年間，並逐漸反超，耕地面積達14億市畝。江南、湖廣與四川等地的土地比中原地肥沃許多，湖廣更有“湖廣熟，天下足”之譽稱。
; 糧食作物