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1959年開始，中國大陸進入了當時被官方稱為“三年自然災害”，大躍進結束后被稱為“三年經濟困難”的時期，糧食產量嚴重下滑，全國大部分地區陷入饑荒之中。官方表示很多人“非正常死亡”，據各方估計有1500萬-5500萬人死于饑荒。中國經濟遭遇嚴重困難。劉少奇主持中共中央政治局和中央政治局常委會議，對中共和國家的重大問題進行決策和處理；鄧小平主持中央書記處會議，對黨、政、軍日常工作進行決策和處理。毛澤東在經濟領域退居決策二線，包括中共中央副主席兼國家主席的劉少奇與中央書記處負責人鄧小平在內的一些決策者改變了大躍進中的一些政策，部分恢復大躍進以前的體制，解散公社，實行三自一包。1960年11月中共中央發出《關于農村人民公社當前政策問題的緊急指示信》，要求堅決糾正農村人民公社的“共產”風、浮夸風，允許社員經營少量的自留地和小規模的家庭副業。公社開始退還社員自留地、糧食、房屋、農具、家具、生豬、家禽。1960年8月14日李維漢在中共中央統戰部為六個民主黨派的中央全會擴大會議所舉行的報告會上講話指出：“我國社會主義革命和社會主義建設的新形勢，向工商界、知識界和各民主黨派成員提出了努力學習毛主席著作、改造世界觀的需要，同時也提供了學習毛主席著作、改造世界觀的可能和條件。希望我們大家不做一個言行不一致的自由主義者，而做一個毛主席的老實學生。”
中國大陸人口數量變化圖。可以看到在“大躍進”期間出生率的大幅降低和死亡率的顯著提高
1959年7月2日，中國共產黨中央政治局擴大會議和中國共產黨第八屆中央委員會第八次全體會議在廬山召開，通過《為保衛黨的總路線、反對右傾機會主義而斗爭的決議》和《關于以彭德懷同志為首的反黨集團的錯誤的決議》。廬山會議原本是要整頓在1958年大躍進中出現的極“左”錯誤，但是在會議后期出現了分歧。7月14日， 國防部長彭德懷寫了一封“橫直是寫給主席自己作參考的信”，給毛澤東，批評大躍進是“小資產階級的狂熱性”，“要阻止斯大林晚年的危險”。彭德懷的批評意見與一年前蘇共中央第一書記赫魯曉夫的意見十分相近，而當時中蘇關系已經破裂。毛澤東收到信后分發給各小組討論，黃克誠、張聞天、周小舟等多人都表示贊同。7月23日，一直沒有明確表示意見的毛澤東，經權衡黨內具有壓倒性趨勢的肯定彭德懷的意見，認為信件表現了“資產階級的動搖性”，是向黨進攻。毛澤東怒責彭德懷：你是反中央”。7月12日張聞天同住在旁邊的彭德懷說“毛澤東同志很英明，整人也很厲害，同斯大林晚年一樣”，這成為了彭、張談話一個重要把柄。胡喬木說，毛主席有點像斯大林晚年這個話，用意顯然是專門說斯大林錯誤方面，這是嚴重的原則問題，這是對毛主席和黨中央很大的侮辱和惡毒的污蔑。胡喬木引述恩格斯《論權威》中的相關文字，說明黨需要領導者個人的威信，是黨和人民寶貴財富，必須保衛，決不能破壞。這顯然是指要維護毛澤東權威而言的。廬山會議至此峰回路轉，開始批判所謂的“彭德懷反黨集團”和右傾。會議結束後，彭德懷被罷官，宣布彭黃張周為“反黨集團”，一批同情彭的意見的干部被劃為“右傾機會主義分子”。各地黨的地方委員會先后召開常委會、黨委書記會、黨支部書記會和工業戰線上的黨員廠長、支部書記會，傳達八屆八中全會《關于以彭德懷同志為首的反黨集團的錯誤的決議》和《為保衛黨的總路線、反對右傾機會主義而斗爭的決議》兩個文件，采用大放大鳴大字報的方式，揭發、批判右傾問題。參加“反右傾”斗爭的黨員，從領導開始，個個作自我檢查，搞人人過關，把“大躍進”和人民公社化運動中提出的不同看法，作為右傾情緒加以批判。
在1958年開始的三年“大躍進”中，中國大陸經濟陷入了非常的困境。1961年1月召開的中共八屆九中全會指出，在1960年，中國大陸人民繼續高舉黨的總路線、大躍進、人民公社三面紅旗，在1958年和1959年大躍進的基礎上，取得了國民經濟繼續躍進的勝利。在1961年5月召開的中央工作會議上，國家主席劉少奇提出了“三分天災、七分人禍”之說。為了克服嚴重的經濟困難，中共八屆九中全會正式通過了“調整、鞏固、充實、提高”的方針，開始對國民經濟進行調整。但由于思想認識不統一，調整措施并沒有得到切實的貫徹，整個經濟狀況仍很嚴峻。在這種情況下，中共中央決定召開“七千人大會”來統一思想。由于毛澤東的態度，會議報告對經驗的總結，就只能在堅持“三面紅旗”的前提下進行。1961年11月5日，劉少奇宣布由陳伯達牽頭，胡繩和吳冷西等參加，擔負具體的報告起草工作。劉少奇反復強調要科學分析當前嚴重經濟困難的原因，主要不是天災，也不是赫魯曉夫撕毀全部協議和合同，而是我們工作中的錯誤。
1962年1月，擴大的中共中央工作會議在北京舉行。中央決定這次擴大的會議參加者有各中央局、中央各部門、省、市（地）、縣、重要廠礦的負責干部及解放軍的一些負責干部，共7078人，又稱“七千人大會”。1月18日，彭真在發言時稱我們的錯誤首先是中央書記處負責，包括不包括主席、少奇和中央常委的同志？彭真接著說：“毛主席的威信不是珠穆朗瑪峰，也是泰山，拿走幾噸土，還是那么高；是東海的水，拉走幾車，還有那么多。現在黨內有一種傾向，不敢提意見，不敢檢討錯誤。一檢討就垮臺。如果毛主席的百分之一、千分之一的錯誤不檢討，將給我們黨留下惡劣影響。省市要不要把責任都擔起來？擔起來對下面沒有好處，得不到教訓。各有各的賬，從毛主席直到支部書記。”而1月19日會議一開始，陳伯達就搶著發言，稱彭真關于毛主席的話值得研究，我們做了許多亂七八糟的事情，是不是要毛主席負責？是不是要檢查毛主席的工作？
后來，毛澤東、劉少奇、周恩來和鄧小平等中央領導都在這次大會上作了自我批評。毛澤東在會上講話，作了自我批評，他說：“第一個負責的應當是我。”承認中央犯了主觀主義和脫離群眾的錯誤。毛澤東提到了國家變修的可能性，他說：“我們國家如果不建立社會主義經濟，那會是一種什么狀況呢？就是變成修正主義國家，變成實際上是資產階級的國家，無產階級專政就會轉化為資產階級專政，而且會是反動的、法西斯的專政。這是一個十分值得警惕的問題。”毛澤東還講道：“沒有民主集中制，無產階級專政不可能鞏固。”“整個社會主義階段，存在著階級和階級斗爭。這種階級斗爭是長期的、復雜的，有時甚至是很激烈的。我們的專政工具不能削弱，還應當加強。”“沒有廣泛的人民民主，無產階級專政不能鞏固，政權會不穩。沒有民主，沒有把群眾發動起來，沒有群眾的監督，就不可能對反動分子和壞分子實行有效的專政，也不可能對他們進行有效的改造。他們會繼續搗亂，還有復辟的可能。”
劉少奇的報告表示，這幾年來工作中的缺點和錯誤“首先要負責的是中央”，“當然也包括中央各部門和國務院及其所屬各部門”；“其次要負責的是省一級領導機關”。1月27日劉少奇在向大會解說出現經濟困難的原因時，提出“如果說這些地方的缺點和錯誤只是三個指頭，成績還有七個指頭，這是不符合實際情況的，是不能說服人的。我到湖南的一個地方，農民說是‘三分天災，七分人禍’。你不承認，人家就不服。全國有一部分地區可以說缺點和錯誤是主要的，成績不是主要的。”七千人大會閉幕后，劉少奇在整理他的口頭報告時，情緒很激動地說：““大躍進”錯誤嚴重，這次總結經驗是第一次。以后每年要回過頭來總結一次。總結一次，修改一次，一直搞它10年，最后做到這個總結符合實際，真正接受經驗教訓，不再犯“大躍進”的錯誤為止。歷史上人相食，是要上書的，是要下“罪己詔”的。我當主席時，出了這種事情！”1月29日下午時任國防部長的林彪于在大會上發言指出：“我感覺到，我們的同志對待許多問題，實際上經常出現三種思想：一種是毛主席的思想，一種是‘左’的思想，一種是‘右’的思想。當時和事后都證明，毛主席的思想總是正確的。”
七千人大會以后，2月21日至23日，國家主席劉少奇在中南海西樓召集了政治局常委擴大會議，專題討論1962年國家預算和整個經濟形勢，被人稱作“西樓會議”。在會上陳云做了《目前財政經濟的情況和克服困難的若干辦法》的報告。劉少奇提出：“中央工作會議（即七千人大會）對困難情況透底不夠，有問題不愿揭，怕說漆黑一團！還它個本來面目，怕什么？說漆黑一團，可以讓人悲觀，也可以激發人們向困難作斗爭的勇氣！”會議制定了一系列政策和措施，對國民經濟進行堅決的全面的調整：大力精簡職工，減少城市人口；壓縮基本建設規模，停建緩建大批基本建設項目；縮短工業戰線，實行必要的關、停、并、轉；進一步從人力物力財力各方面加強和支援農業戰線，加強農村基層的領導力量。從1961年初到1963年6月，全國共精簡職工約2000萬、城鎮人口2600萬。1962年上半年各地出現了有關包產到戶和分田單干的做法。毛澤東批評分田到戶、包產到戶的主張，是對社會主義喪失信心的表現，是刮“單干風”。1962年7月，毛澤東對劉少奇說：“三面紅旗也否了，地也分了，你不頂住？我死了以后怎么辦！”
1962年9月24日至27日中國共產黨第八屆中央委員會第十次全體會議在北京正式召開。毛澤東主持了會議。中共中央政治局決定，彭德懷、習仲勛、張聞天、黃克誠、賈拓夫五人不參加全會。毛澤東作了關于階級、形勢、矛盾和黨內團結問題的講話，斷言在整個社會主義歷史階段資產階級都將存在和企圖復辟，并成為黨內產生修正主義的根源。毛澤東說，在無產階級革命和無產階級專政的整個歷史時期（這個時期需要幾十年，甚至更多的時間）存在著無產階級和資產階級之間的階級斗爭，存在著社會主義和資本主義這兩條道路的斗爭。會議根據毛澤東關于階級、形勢、矛盾的講話，批判了所謂“黑暗風”、“單干風”和“翻案風”。把劉少奇等中央領導人對1960年以來我國出現的嚴重經濟困難形勢所作出的估計，說成是只講“黑暗”、不講“光明”的“黑暗風”，是右傾機會主義；把有些地區為了反對平均主義而采取的包產到戶等生產責任制和鄧子恢等支持這種責任制的意見，視為刮“單干風”，是“走資本主義道路”；把彭德懷為了澄清1959年廬山會議上強加于他的右傾機會主義、反黨、反社會主義的罪名，按照黨的組織原則，給中共中央、毛澤東寫信申訴和為受錯誤處分的干部平反，視為“翻案風”、“平反風”，是對1959年反右傾的“一風吹”。會上，康生首先提出，李建彤寫的歷史小說《劉志丹》有嚴重政治問題，習仲勛、賈拓夫、劉景范等人曾為小說《劉志丹》提出過意見，是利用小說反黨，為高崗“翻案”，是個“反黨集團”。全會接受了毛澤東關于階級、形勢和矛盾的基本觀點，并將它寫進八屆十中全會的公報。公報指出：
公報還提出了“千萬不要忘記階級斗爭”的號召。
在中蘇論戰中，1963年9月6日至1964年7月14日，中共中央連續發表九篇對蘇聯共產黨公開信的評論，認為赫魯曉夫修正主義集團已經篡奪了蘇聯的黨和國家權力，蘇聯“正面臨著空前嚴重的資本主義復辟的危險”。并在第九評中總結了十五條反對資本主義復辟的理論和政策，其中第二條說：“單有在經濟戰線上(在生產資料所有制)的社會主義革命，是不夠的，并且是不鞏固的，必須還有一個政治戰線上和一個思想戰線上的徹底的社會主義革命。”
《毛主席語錄》，原本是1964年林彪在軍中發行的，1966年8月文化部召開全國毛主席著作印發會議後，便流行開來
1963年，在與歐美共產黨爭論激化的同時，國內也掀起了轟轟烈烈的「社會主義教育運動」，口號是清政治、清經濟、清組織、清思想，又稱四清運動。到了第二年，林彪便號召軍隊學習毛澤東語錄，「突出政治」。
1965年11月10日，在毛澤東的指示及其夫人江青等人的策劃下，姚文元在上海《文匯報》上發表《評新編歷史劇〈海瑞罷官〉》一文，將矛頭對準了明史學家、北京市副市長吳晗在1960年發表的歷史劇《海瑞罷官》。《評》文認為該劇借古諷今，通過描寫“平冤獄”為被打倒的彭德懷翻案，而劇中的“退田”情節則是為單干風和三自一包做輿論準備，并認為全劇實質是階級斗爭在意識形態領域的反映。
此文-{一出}-引起極大震動，全國各大報紙、雜志紛紛轉載。支持吳晗的北京市長、當時負責中共文化宣傳工作的彭真帶頭成立“文化革命五人小組”，并于1966年2月草擬了《關于當前學術討論等匯報提綱》（即《二月提綱》），試圖將對《海瑞罷官》的批判局限于純學術范圍。然而與此同時江青則在上海活動，宣稱文藝界已經“被一條與毛澤東思想對立的反黨反社會主義的黑線專了我們的政”。而同時林彪則通過解除羅瑞卿中國人民解放軍總參謀長職務一事，基本掌握了軍隊的主導權，為江青出面的文化方面的斗爭做好了保障。共青團九屆三中全會公報通過了《關于在全國青年中更好地開展學習毛主席著作運動的決議》。在1966年4月舉行的中央書記處會議上，康生傳達了毛澤東的指示。會議決定：以中央名義起草一個通知，徹底批判“二月提綱”的錯誤，并撤銷這個提綱；成立文化革命文件起草小組，報毛澤東和政治局常委批準。會議期間，陳伯達等人起草了《中央關于撤銷〈文化革命五人小組關于當前學術討論的匯報提綱〉的通知》。
1966年5月4日，中共政治局擴大會議召開前夕，《解放軍報》題為《千萬不要忘記階級斗爭》的社論，指出應該全面“大興無產階級思想，大滅資產階級思想”。隨后在5月9日上海《解放日報》和《文匯報》發表姚文元《評“三家村”——〈燕山夜話〉、〈三家村札記〉的反動本質》的文章，再度將矛頭對準“反對毛澤東路線”的彭真、吳晗等人。
毛澤東認為蘇聯的黨和國家的領導被以赫魯曉夫為首的修正主義者篡奪了，據此毛澤東提出的所謂“四個存在”理論，即“社會主義社會是一個相當長的歷史階段，在這個歷史階段中，始終存在著階級、階級矛盾和階級斗爭，存在著社會主義同資本主義兩條道路的斗爭，存在著資本主義復辟的危險性，存在著帝國主義和社會帝國主義進行顛覆和侵略的威脅。”在此基礎上，毛澤東發展出“無產階級專政下繼續革命的理論”。
1966年5月5日，毛澤東會見外賓時說道：“我們這批人一死，修正主義很可能起來。”“我們是黃昏時候了，所以，現在趁著還有一口氣的時候，整一整這些資產階級復辟。”
文化大革命發展過程分為三個階段：
*第一個階段：1966年5月“文化大革命”的發動到1969年4月中國共產黨第九次全國代表大會的召開，結果是"劉鄧走資派"被打倒下臺，毛澤東重掌大權，其心腹林彪在中共九大上被確立為接班人。
*第二階段：從1969年4月中共九大的召開到1973年8月中國共產黨第十次全國代表大會的召開，此間當權的勢力之間發生內部爭鬥，林彪失勢並因企圖篡位而墜機身亡。
*第三階段：從1973年8月中共十大召開到1976年10月“四人幫”被粉碎。林彪死訊漸漸為人所知，鄧小平再度被四人幫批鬥，華國鋒在毛澤東生前成為中共中央第一副主席和國務院總理，毛澤東逝世后，他粉碎四人幫，使得文革得以結束，華國鋒成為新的中國最高領導人。
1966年5月4日至26日，中共中央政治局召開了擴大會議。7日，毛澤東致信林彪，即《五·七指示》，他在信中描述了一幅理想社會的藍圖，許多地方與大躍進的內容相似，其中所含的“社會大治”的設想，是毛澤東發動文革所要追求的目標之一，16日通過了康生、陳伯達起草、毛澤東修改的《中國共產黨中央委員會通知》（即《五一六通知》），標志“黨內走資派篡權”的陰謀論在黨內最高層已經到達一個頂點，已經達到嚴重妄想的程度。該通知指出“混進黨裡、政府裡、軍隊里和各種文化界的資產階級代表人物，是一批反革命的修正主義分子，一旦時機成熟，他們就會要奪取政權，由無產階級專政變為資產階級專政。”“例如赫魯曉夫那樣的人物，他們現正睡在我們的身旁，各級黨委必須充分注意這一點。”“高舉無產階級文化革命的大旗，徹底揭露那批反黨反社會主義的所謂‘學術權威’的資產階級反動立場，徹底批判學術界、教育界、新聞界、文藝界、出版界的資產階級反動思想，奪取在這些文化領域中的領導權”。《五一六通知》的發布標志著文化大革命的正式開始。會議還決定成立新的“中央文化革命小組”，取代原先由彭真、陸定一領導的“文化革命五人小組”，原五人小組上報并得到劉少奇、鄧小平、周恩來等批準，《二月提綱》也被廢除。“五一六通知”發布和“二月提綱”被撤銷，往往被視為文革正式開始的標志。不過“五一六通知”直到1967年5月17日才由《人民日報》公開發表，在此之前是作為黨內二級機密文件，只有達到17級以上的黨員干部才能接觸。會議同時決定撤銷彭真、陸定一、羅瑞卿、楊尚昆的職務，不過對于他們犯下的錯誤的通告同樣也是機密文件，并不公開。
5月18日，在會議上中共中央副主席林彪發表長篇談話，談到古今中外的政變實例，稱中央內部有人要政變，“毛主席最近幾個月，特別注意防止反革命政變，采取了很多措施。羅瑞卿問題發生后，談過這個問題。這次彭真問題發生后，毛主席又找人談這個問題。調兵遣將，防止反革命政變，防止他們占領我們的要害部位、電臺、廣播電臺。軍隊和公安系統都作了布置。毛主席這幾個月就是做這個文章。……毛主席為了這件事，多少天沒有睡好覺。”“現在毛主席注意這個問題，把我們一向不注意的問題提出來了，多次找負責同志談防止反革命政變問題。”林彪還開始倡導個人崇拜，稱 “毛主席是天才，毛主席的話句句是真理，一句超過我們一萬句”，“他的話都是我們的行動的準則，誰反對他，全黨共誅之，全國共誅之。”同日，《人民日報》原總編輯鄧拓自殺，由康生接管改組這一共產黨的喉舌。當年開始，教育部、教育工會全國委員會聯合發出通知，要求教育戰線掀起活學活用毛主席著作的新高潮。中共中央、國務院批轉教育部黨組《關于一九六六—一九六七學年度中學政治、語文、歷史教材處理意見的請示報告》。中央批示指出：目前中學所用教材，沒有以毛澤東思想掛帥，沒有突出無產階級政治，違背了毛主席關于階級和階級斗爭的學說，違背了黨的教育方針。要求中小學停開歷史課，合并政治與語文課，以毛主席著作作為基本教材。由于原來負責北京市、中共文化宣傳、解放軍、中央文書等重要職務的四人被撤職，其下的大批黨員干部也受到牽連，而林彪、康生等人則開始逐漸獲得實權。
1966年6月1日，《人民日報》發表頭版社論《橫掃一切牛鬼蛇神》
與此同時由于中下層并不了解高層發生劇烈人事變動的原因和內情，康生等決定采取手段“發動群眾”。康生派遣自己的妻子曹軼歐赴北京大學調查工作，并專門會面了曾在延安結識的北京大學哲學系總支書記聶元梓。5月25日，聶元梓等七人在北京大學大飯廳貼出了題為《宋碩、陸平、彭珮云在文化革命中究竟干些甚么？》的第一張大字報，批判北京大學黨委和北京市委。此時一直身在杭州的毛澤東大舉贊揚這是「全國第一張馬列主義大字報」，6月1日親自寫了批語：“此文可以由新華社全文廣播，在全國各報刊發表，十分必要。北京大學這個反動堡壘，從此可以開始打破。”由于毛澤東的批準，中央人民廣播電臺立即于當晚八時，向全國廣播這張大字報的內容。同一天，《人民日報》發表了經陳伯達、王力、關鋒修改的頭版社論《橫掃一切牛鬼蛇神》，呼吁民眾進行無產階級文化大革命，把所謂資產階級的專家、學者、權威、祖師爺打得落花流水，使他們威風掃地。同時還發表的有聶元梓等六人撰寫的《大海航行靠舵手》，號召要把所有的資產階級權威、學者等打倒。
5月28日，中央文化革命小組成立，組長陳伯達，顧問康生，副組長江青、張春橋等，組員有王力、關鋒、戚本禹、姚文元等。這個小組逐步取代中央政治局和中央書記處，成為“文化大革命”的實際指揮機構。8月底，由江青代理中央文化革命小組組長。5月31日經毛澤東批準，陳伯達率領工作組到人民日報社奪權，“掌握報紙的每天版面，同時指導新華社和廣播電臺的對外新聞”。6月1日《人民日報》發表社論，號召群眾起來“橫掃一切牛鬼蛇神”。7月20日中共中央通知：中央宣傳部已經改組，陶鑄任部長，陳伯達任顧問（仍掛副部長名義）。當時，原中央宣傳部連同前已改組的文化部和中共北京市委，稱為“三舊”。
5月29日，清華大學附屬中學成立了全國第一個紅衛兵組織，一群學生慷慨激昂地宣誓：要用生命和熱血保衛毛主席、保衛黨中央。1966年8月《人民日報》轉載清華大學附屬中學紅衛兵大字報《無產階級的革命造反精神萬歲》、《再論無產階級的革命造反精神萬歲》、《三論無產階級的革命造反精神萬歲》、《打碎舊世界，創立新世界——無產階級革命造反精神萬歲》，宣揚《紅衛兵小將的革命造反精神好得很》、《北京城里盡朝輝》。此后局勢迅速發展，全國大中學校學生紛紛起來造反，反對學校黨委或支部的領導，很快使得很多學校的領導和教學工作癱瘓或基本癱瘓。北京大學、南京大學和上海音樂學院等高校的校長被公開批判。
當時毛澤東已經退居二線，在此之前已經長期不在北京，由劉少奇、鄧小平等領導中央一線工作。在這種非常局勢之下，劉少奇在六月初主持中央會議，決定向大中學校派出“工作組”領導文化大革命，試圖減緩基層被挑動起來的革命情緒。6月3日，中央政治局常委擴大會議作出“八條規定”，包括不應影響工作學習、不得打人等，口頭傳達下去。這時毛澤東在杭州，對于劉少奇給他的請示匯報，沒有明確回復。6月6日的《解放軍報》刊登了《高舉毛澤東思想偉大紅旗把無產階級文化大革命進行到底——關于文化大革命的宣傳教育要點》，其中提到“消滅一切剝削階級、剝削制度，逐步消滅工農、城鄉、腦力勞動、體力勞動之間的差別。”6月9日，劉少奇、周恩來、鄧小平、陶鑄、陳伯達乘專機到杭州向毛澤東匯報情況，并請毛澤東回京主持有關工作，毛澤東拒絕，委托劉少奇相機處理運動的問題，但是同意了向北大派遣工作組的想法。
派工作組是共產黨在對“有問題”下屬機構進行接管的傳統辦法，在不久以前的“四清”運動中，劉鄧依然沿用，派大量的工作隊下基層大兵團作戰，結果引起毛澤東的不滿，后來被認為是“形‘左’而實右”。現在他們依然按照傳統的黨的領導的方法理解文革，認為是“四清”運動的繼續，所以想到還是派工作組。劉鄧派到基層的工作組站在黨委一邊，把起來造反的造反派鎮壓下去，結果引起很多激進分子“造反派”的不滿，激起很多矛盾和爭斗事件。僅在首都24所高等院校統計，工作組把10211名學生打成“右派”，把2591名教師打成“反革命”。
1966年6月10日，毛澤東在和越共中央主席胡志明談話中說：「我們都是七十歲以上的人了，總有一天被馬克思請去。接班人究竟是誰？是伯恩斯坦、考茨基，還是赫魯曉夫，不得而知。要準備，還來得及。總之，是一分為二，不要看現在都是喊“萬歲”的。他還說：我勸你，你們的人不是都忠誠于你的。忠誠的可能是大多數，但小部分可能是只在口頭上叫你“萬歲”，實際上是希望你早死。他叫你“萬歲”時，要注意，要分析，越是捧你的越靠不住，這是很自然的規律。一個黨不分裂？沒有那回事。」一切事物都是一分為二，對立統一。事物總是有兩個對立面。你們黨如果只有完全的團結，沒有對立面，就不符合實際。全世界的黨都分裂嘛。馬克思、恩格斯沒有料到他們的接班人伯恩斯坦、考茨基成為反馬克思主義者，他們創立和領導的黨——德國社會民主黨、法國社會黨等，在他們死后就成為資產階級的黨。這條不注意，要吃虧的。中共中央、國務院批轉教育部黨組《關于1966—1967年度中學政治、語文、歷史教材處理意見的請示報告》，其中指出，不論高小或初中都要學習毛主席的著作。8月8日中共中央決定大量出版毛主席著作。
學者認為，此時中國可能還沒有人意識到毛澤東發動文化大革命的真正對象是最高層的劉少奇等人，而誤以為只是反右四清等運動的延續，所以他們的目標僅僅是中下層敢于發表不同觀點的知識分子等。日后“四人幫”之一的張春橋在1967年5月承認，自己當時也絕對沒有想到“五一六通知”中“赫魯曉夫那樣的人物”指的是國家主席劉少奇。而副總理薄一波在當時對工作組講話時，就認為目前已經把牛鬼蛇神引蛇出洞了，現在就可以一網打盡，顯然也完全誤讀了當時的形勢。
7月18日，毛澤東在暢游長江后，終于從武漢回到北京。當天聽取了江青等人關于工作組的匯報，看了一些學校反工作組的材料。19—23日，文革情況匯報會上毛澤東指責工作組“鎮壓學生運動”；24日，毛澤東召集中央常委和中央文革小組成員開會，批評了劉少奇和鄧小平，作出了撤銷工作組的決定。7月26日，中央政治局常委擴大會議決定撤銷工作組。27日，中央文革小組起草了撤銷工作組的決定。28日，根據毛澤東的指示，中共北京市委下達《關于撤銷各大專學校工作組的決定》，同時這一決定“也適用于中等學校”，并于29日在人民大會堂召開全市大中學校文化革命積極分子大會，當眾宣布這一決定。會上，劉少奇承認，文化大革命到底應該怎么搞，他也不曉得；鄧小平的發言承認，老革命碰到新問題。當日紅衛兵寫信給毛澤東，聲稱“造反有理”，毛澤東表示同意。
1966年8月8日，《中國共產黨中央委員會關于無產階級文化大革命的決定》刊于報刊
8月1日，中國共產黨第八屆中央委員會第十一次全體會議召開。會上，毛澤東支持紅衛兵，再次指責中央派工作組，“這是鎮壓，是恐怖，這個恐怖來自中央”，工作組是“明明白白站在資產階級方面反對無產階級”，“牛鬼蛇神，在座的就有”。會議原定在8月5日結束，但在當日，毛澤東用鉛筆在一張報紙的邊角上寫了《炮打司令部——我的一張大字報》，指出中央有另外一個「資產階級司令部」，令會議日程被延長，內容也很快轉向對劉少奇和鄧小平的批判。8月7日，毛澤東在謄清稿上修訂後加標題，由當日會議印發。文中說：“五十多天里，從中央到地方的某些領導同志……站在反動的資產階級立場上，實行資產階級專政，將無產階級轟轟烈烈的文化大革命打下去，顛倒是非，混淆黑白，圍剿革命派，壓制不同意見，實行白色恐怖，自以為得意，長資產階級的威風，滅無產階級的志氣，又何其毒也！”雖然沒有點名，但是實際矛頭已經直指過去50天內執政的劉少奇。毛澤東同時將之前缺席了一周會議的林彪從大連召回北京，林彪隨即于8月8日發表針對劉少奇發表了言辭激烈批判，并與其在5月18日關于彭陸羅楊等人“錯誤”地言論，一起印發大會。
8月8日，全會通過了《中國共產黨中央委員會關于無產階級文化大革命的決定》（后來簡稱《十六條》）。“文化大革命”一語首次出現于公開的中國共產黨中央委員會決定里，無產階級文化大革命全面開始。“十六條”裡說這次運動的目的，是“斗垮走資本主義道路的當權派，批判資產階級的反動學術‘權威’，批判資產階級和一切剝削階級的意識形態，改革教育，改革文藝，改革一切不適應社會主義經濟基礎的上層建筑，以利于鞏固和發展社會主義制度。”并做出了“‘敢’字當頭，放手發動群眾”“讓群眾在運動中自己教育自己”“要用文斗，不用武斗”等規定。第十條“教學改革”提出：在各類學校中，必須徹底貫徹執行毛主席提出的“教育為無產階級政治服務、教育與生產勞動相結合”的方針，使受教育者在德育、智育、體育幾方面都得到發展，成為有社會主義覺悟的有文化的勞動者。中共中央發布《關于農村無產階級文化大革命的指示（草案）》。其中第九條規定：中等學校放假鬧革命，直到明年暑假。
八屆十一中全會決定的游行
8月12日，會議選舉毛澤東、林彪、周恩來、陶鑄、陳伯達、鄧小平、康生、劉少奇、朱德、李富春、陳云等11人為政治局常委。其中新常委為陶鑄、陳伯達、康生、李富春。林彪則第一次成為中共第二號人物，此后不久又以唯一的中國共產黨中央委員會副主席的身份出現，成為毛澤東形式上的接班人，而比之資歷更高的周恩來、劉少奇、朱德、陳云等的副主席身份不再被提及。會議還正式確認了政治局擴大會議在5月對于彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆四人撤職的決定，更高層的劉少奇、鄧小平等人被點名批判。
10月，中共中央又召開工作會議，著重指責劉少奇、鄧小平“壓制群眾、打擊革命積極分子的錯誤路線”。鄧小平是批判對象，自然出席了會議。他在檢討時直言不諱：“毛主席的一張大字報，就是炮轟劉少奇同志和我兩人的司令部。”在這次會上，林彪拖著慣有的長音煞有介事地說：“這次文化大革命運動的錯誤路線主要是劉、鄧發起。”
1966年8月18日，毛澤東第一次接見紅衛兵，接受紅衛兵們「毛主席萬歲，萬萬歲！」的歡呼
在中共高層權力大規模調整的同時，5月底出現的紅衛兵于此同時大規模壯大。6月13日，中共中央和國務院在發出通知，決定1966年高等學校招收新生工作推遲半年進行。6月18日，人民日報社論“徹底搞好文化革命徹底改革教育制度”，廢除高考制度。從此中國的大學十多年內無法正常招生，而在校的中小學生也失去了繼續就學的必要。
由于得到毛澤東對“造反有理”的支持，之前各級政府黨委試圖控制局面的措施反而可能被視為鎮壓革命，于是對于紅衛兵的管制全面撤銷。有大量“革命師生”從各地前往北京、上海等大城市“革命”，至8月十一中全會期間，北京市有數萬名外來學生，僅清華大學校園內就住下了7000人。8月12日，文革小組提議勸導學生返回居住地進行革命，但是毛澤東不同意，反而決定鼓勵紅衛兵運動，并安排親自接見在京紅衛兵。
8月18日，北京紅八月期間，毛澤東、林彪在天安門廣場接見了來自全國各地的紅衛兵，此后至11月期間，毛澤東又陸陸續續會見了超過1100萬紅衛兵，并且由紅衛兵代表為其佩戴紅色袖章，成為全面支持紅衛兵活動的最有力表示。從此全國便進入混亂狀態，紅衛兵四處串聯并散發傳單、張貼大字報、標語，開會演說辯論，對各地的事物進行改名活動，以“破四舊”的名義沖擊寺院、廟宇、教堂等，大肆砸毀文物，破壞古蹟，焚燒書籍、字畫。同時針對被視為“剝削階級”、“反動派”的個人開始抄家，攻擊學術權威、知識分子，大批學者、知識分子被毆打、虐待，受到人格上的侮辱，被害或自殺。除了批斗“反動學術權威”外，全國紅衛兵還進行了大串聯。9月5日，中共中央發出通知，凡外地師生來京觀摩文革運動者，交通費與生活費由中央財政補助，這個通知使之前就已經開始的大串聯達到高潮。全國掀起了“踢開黨委鬧革命”的浪潮。
1966年國慶節，毛澤東與林彪在天安門城樓上接見紅衛兵
這一期間受到波及的人不計其數。比丘、比丘尼、修女、神父、牧師、傳教士等被公開批斗，學生當眾毆打、侮辱教師，還有教師遭到以糞淋頭等極不人道虐待。有的人因為有親戚在國外，被紅衛兵以有“海外關系”等罪名批斗抄家。8月與9月，北京市共有33,695戶家庭被紅衛兵或自稱紅衛兵的人員抄家，紅衛兵在一個多月內獲得了十萬三千兩（約5.7噸）黃金、三十四萬五千二百兩白銀、五千五百余萬人民幣現金，以及六十一萬余件古玩玉器等。在上海，僅8月23日至9月8日期間就有84,222戶家庭被抄家，其中1,231戶為教師或知識分子，紅衛兵除獲得了大量的金銀珠寶外，還獲得了三百三十四萬元美金、價值三百三十萬萬元人民幣的其它外幣、二百四十萬萬民國銀元，以及三億七千萬元的人民幣現金或憑證。據1966年10月的黨中央工作會議文件稱，至此之前全國的紅衛兵僅黃金就獲得了一百一十萬余兩（約65噸），并將這稱為充公“剝削階級”的不義之財。
1966年10月18日，毛澤東于天安門廣場視察紅衛兵
針對出現了許多人被打死的事件，毛澤東寫了一個《關于發生打人事件的指示》，內容是：“黨的政策不主張打人。但打人也要進行階級分析，好人打壞人活該；壞人打好人，好人光榮；好人打好人誤會。今后再不許打人。要擺事實，講道理。”8月22日，毛澤東厭惡當權派利用國家機器大肆逮捕學生，發布了《嚴禁出動警察鎮壓革命學生運動》，規定警察不得干涉、鎮壓“學生革命運動”，致使治安惡化。在這段后來被稱為“紅八月”的打人無罪時間內，據官方統計僅在北京就發生1700多起死亡案，在市郊的大興縣更是發生屠殺，三天之內用包括活埋等手段殺死了325人。
在1966年10月為期近三周的中央黨會上，劉少奇、鄧小平被定性為“資產階級反動路線”的代表，并分別作了自我檢討，內容向全國印發，這也成為文革中最知名的罪名之一，不過劉鄧二人仍然是政治局常委，尚未被正式撤職。11月8日，那個張貼“全國第一張馬列主義大字報”的聶元梓，又與另外10人貼出了《鄧小平是黨內走資本主義道路的當權派》的大字報。12月25日，“造反司令”蒯大富帶領5000余人在北京城區把“打倒劉少奇！”、“打倒鄧小平！”等巨幅標語，貼上了天安門城墻。1967年1月1日，北京20幾所高等院校學生和一些群眾，在天安門廣場舉行游行集會，“聲討”劉少奇、鄧小平的“罪行”。在“中央文革”的支持下、鼓動下，北京各學校也紛紛打出“劉少奇、鄧小平是黨內最大的資產階級當權派，是中國現代修正主義的祖師爺，資產階級司令部的黑司令”、“打倒劉、鄧”的大字報。與此同時，六年前就已經被“打倒”的彭德懷被押送回北京，與彭真、羅瑞卿等一起接受批斗。
1967年1月1日中南海內的造反派在劉少奇住處的院墻上張貼“打倒中國的赫魯曉夫劉少奇”等大標語。三日晚，在戚本禹等指使下，造反派第一次批斗了劉少奇、王光美。六日，清華大學的造反派謊稱劉少奇女兒車禍致殘，將王光美騙出中南海扣押并批斗（后在周恩來干預下釋放）。
1967年3月上旬，陳伯達、康生在軍以上干部會上，傳達毛澤東的指示，開始批判《論共產黨員的修養》。5月8日，以《人民日報》、《紅旗》雜志編輯部的名義，發表了長篇批判文章《〈修養〉的要害是背叛無產階級專政》。5月11日專門發出中共中央通知，說這篇文章是經過政治局常委擴大會議討論通過并經毛澤東親自批準的，“希望各單位的革命同志，認真地組織學習和討論，進一步深入地開展對黨內最大的一小撮走資本主義道路當權派的大批判運動。”
1967年4月，《人民畫報》刊登上海造反派慶祝游行情景
1966年11月以后，原來以教師和學生為主的紅衛兵運動開始向工廠和農村擴張，上海率先成立了“上海工人革命造反總司令部”（簡稱“工總司”），由年僅三十出頭的工廠職工王洪文領導，很快取代了各種紅衛兵組織。1967年1月3日，張春橋與姚文元從北京趕赴上海，支持王洪文等工人運動的首腦奪取了上海的黨政大權，陳丕顯、曹荻秋等原上海市委領導被批斗。這次事件被稱為“一月風暴”，也成為全國“奪權”行動的開始。1月8日，毛澤東對此表示贊譽，《人民日報》發表了中共中央給上海的“賀電”。11日，由中央文革小組起草，以中共中央、國務院、中央軍委、中央文革的名義給上海市各“造反團體”發出賀電。《紅旗》雜志、《人民日報》相繼發表社論，肯定和支持上海的奪權，號召全國“無產階級革命派聯合起來，向黨內一小撮走資本主義道路的當權派奪權。”1月13日中共中央、國務院頒布《關于在無產階級文化大革命中加強公安工作的若干規定》（簡稱《公安六條》），規定凡是“攻擊誣蔑偉大領袖毛主席和他的親密戰友林彪同志的，都是現行反革命行為，應當依法懲辦”。1月23日，按照毛澤東的提議，中共中央、國務院、中央軍委、中央文革發出《關于人民解放軍堅決支持革命左派群眾的決定》。3月19日中共中央軍委發出《關于集中力量執行支左、支農、支工、軍管、軍訓任務的決定》。《決定》要求：軍委各總部、各軍兵種機關要視情況抽調三分之一至三分之二的人員，立即投入支左、支農、支工、軍管、軍訓的工作，即“三支兩軍”。11月5日，毛澤東同中央文革小組成員談九大和整黨問題。他說：“文化大革命就是整黨、整團、整政府、整軍隊，黨、政、軍、民、學，都整了。”“我們的黨要吸收新血液。工人、貧農、紅衛兵中的積極分子要吸收到黨里來。”全國多個省區市的領導機構被“革命群眾”奪權，奪權后成立的革命委員會往往無法履行原有的政府機關職能，導致中央和全國各地的政府機關陷入癱瘓。同時由于沒有明確的原則和規則，奪權的形式與內容也是無奇不有，比如北京市就在同一天內被三股不同革命群眾先后奪權，黑龍江奪權后成立的革命委員會的主任最后就是奪權前的省委第一書記潘復生，而中央某部委居然還向康生寫信申請批準被奪權。月中，原本負責港澳事務的廖承志被紅衞兵奪權。
文革時代藝術家並將毛澤東的形象應該是“紅、光滑、發光”的表現方式來顯示毛澤東本人是光的主要來源，無產階級專政的代表：無產階級專政為文化大革命主要的意識形態及口號之一，表現在數張文化大革命中的政治宣傳海報中，在1949年文盲率為80%到1964年文盲率降為57%的歷史背景下，以海報圖文的方式去對大眾宣傳特定想法及口號，。
1967年4月，《人民畫報》刊登貴州革命派造反情景
與此同時，在中央，陳伯達、江青等開始將斗爭對象轉移到當時中央第四號人物、主要協助周恩來維持社會和生產秩序的陶鑄。此后雖然毛澤東對于陳伯達、江青隨意針對文革小組同僚的行為提出指責，并且要求他們在小組內自我批評，但是并未插手陶鑄被“打倒”。
不過毛澤東對于陳、江的批評是這些在文革開始后權力日大的活躍人物第一次重大受挫，也促使一些不滿其做法的中共元老做出了聯手抗爭。2月11日和2月16日，在周恩來主持的兩次中央碰頭會議上，陳毅、葉劍英、譚震林等七位國家和軍隊的最高層領導對當時混亂的局勢感到不滿，發表反對造反運動的強硬談話，與張春橋等人當場發生激烈爭論。此后張春橋召集姚文元、王力，先與請病假的江青會面，隨后于當晚即會面毛澤東，匯報了這些元帥副總理的發言。最終毛澤東認為這是從根本上反對文化大革命，而這次事件則被張春橋等稱為“二月逆流”。此后雖然這些領導人并未立即被正式停職，但實際上國務院、政治局在少了他們以后已經無法繼續正常工作，中央文革小組實際已經取代了政治局的地位。到該年5月，針對劉少奇、鄧小平的批判已經完全公開化。另一方面，文化大革命的風潮已經蔓延至南面受英國統治的香港，這種風潮直至同年12月才告結束（參閱六七暴動）。
與此同時，各個紅衛兵組織之間的矛盾也日益嚴重。3月份，中共中央就不得不發出通知，停止一切串聯活動。4月6日，中南海造反派第一次公開批斗劉少奇。7月20日，武漢發生七二〇事件，江青批示“反革命運動”，乘機指責武漢軍區司令員陳再道“搞兵變”。7月22日，江青首次提出“文攻武衛”的口號，支持左派，有些紅衛兵開始搶軍隊的權。此后，全國沖擊軍隊、搶掠武器、槍支的事件不斷發生，武斗由群體互毆升級為槍炮對打，全國進入內戰狀態。重慶大武斗中甚至使用了自行反坦克炮、火箭炮、坦克、軍艦、重型登陸艇等重裝武器。9月，中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組發表《九五命令》，規定不準搶奪解放軍武器裝備，解放軍對搶奪行為有權自衛反擊。大規模武斗一直持續到1968年8月份才漸漸平息下來。
1967年，批判劉少奇的群眾集會
1967年中共中央發出《關于小學無產階級文化大革命的通知（草案）》。其中規定：春節后各地小學一律開學。在外地串連的小學教師和學生應當返回本校。五、六年級和1966年畢業的學生，結合文化大革命，學習毛主席語錄、“老三篇”和“三大紀律八項注意”，學習“十六條”，學唱革命歌曲。一、二、三、四年級學生學習毛主席語錄，兼學識字，學唱革命歌曲，學習一些算術和科學常識。1967年7月13日，中共中央印發《關于建造毛主席塑像問題的指示》。 這個指示除了要求各地由中央統一規劃建造毛澤東塑像外，還提到：“各地編印了一些毛主席沒有公開發表過的講話材料，甚至將別人的講話、詩詞也編進去了。中央重申：毛主席沒有公開發表過的講話、文章、文件、詩詞，未經毛主席和中央批準，一律不得編印，不得出版發行。
1967年4月7日人民日報頭版發表了《戳穿〈修養〉再版的惡毒用心》：
3月16日中共中央印發所謂《薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等自首叛變材料的批示》和附件，把1936年8月至1937年3月薄一波等經組織決定先后出獄錯定為“自首叛變”。從此掀起“抓叛徒”的惡風（這件錯案已于1978年12月16日宣布徹底平反）。林彪、江青等還誣稱有一條所謂“劉少奇叛徒集團組織路線”，由此制造了“新疆馬明方叛徒集團”、“東北叛徒集團”、“南方叛徒集團”等重大冤案。在“抓叛徒”活動最猖獗的時候，5月17日，江青還利用三十年代由國民黨特務機關偽造的所謂《伍豪等脫離共產黨啟事》的抄件，妄圖誣陷、攻擊周恩來。
1967年5月11日中共中央發出通知，說《〈修養〉的要害是背叛無產階級專政》一文是經過政治局常委擴大會議討論通過的重要文章，要求各單位“認真地組織學習和討論，進一步深入地開展對黨內最大的一小撮走資本主義道路當權派的大批判運動”。十八日，《人民日報》、 《紅旗》雜志發表編輯部文章《偉大的歷史文件》，以“中國赫魯曉夫”為代名詞，對劉少奇進行上綱上線的批判。
1967年，北京大學校園張貼大字報，刊于1967年11月《人民畫報》
1967年5月22日人民日報發表《馬克思主義發展史上的偉大里程碑　熱烈歡呼中國無產階級文化大革命一年來的偉大勝利》指出：“當前，中國億萬革命群眾，以毛澤東思想為武器，正在從政治上、思想上、理論上徹底批判這個中國的赫魯曉夫，特別是對他那本反革命修正主義的陰險的《修養》——這本書被販賣到全世界，取名為《怎樣做一個好的共產黨員？》——進行徹底的批判。這對于中國人民和世界人民都是一項十分重要的任務。因為這個人是當前在中國這個世界革命中心扛著修正主義和對帝國主義的投降主義破旗的旗手，他的這本書就是修正主義和投降主義的綱領。”
1967年，北京師范大學學生書寫大字報批評劉少奇，刊于1967年11月《人民畫報》
1967年8月27日人民日報發表了《無產階級專政和叛徒中國赫魯曉夫》指出：“這是一場你死我活的階級斗爭。這場斗爭，集中表現為無產階級同黨內一小撮走資本主義道路當權派的斗爭，表現為無產階級司令部和資產階級司令部的斗爭。斗爭的焦點始終是一個政權問題。在資產階級方面，掛帥的人物始終是中國赫魯曉夫。反革命的“理論”是他提供的，反革命的活動是他策劃的，他是中國一切反動勢力的總后臺。”
1967年8月30日人民日報頭版發表了《資產階級反動路線的本質就是走資本主義道路》：
1967年，北京二十三中“復課鬧革命”，黑板上寫有文字“控訴批判修正主義教育路線大會”，刊于1968年2月《人民畫報》
1968年春天，在全國興起了一股對毛澤東的盲目崇拜浪潮，當時的口號就是“三忠于四無限”，毛澤東已經被神化。《參考消息》轉載的蘇聯“斯大林小組”《文化革命真相》的長篇文章指出：“文化革命是以毛澤東和林彪為首的中國布爾什維克，反對黨內的機會主義派（劉少奇、鄧小平、彭真）的原則性斗爭。這場斗爭是中共同赫魯曉夫式的修正主義分子（一九五四年至一九五六年高崗、饒漱石集團；一九五八年彭德懷集團）長期斗爭的合乎邏輯的繼續和結果。這場斗爭之所以困難和艱巨，是因為中國的機會主義分子在黨和國家里奪取了發號施令的崗位。”
不過此時的毛也已經發現局勢有些失控。全國武斗日益嚴重，打死、打傷的人不計其數，接近于開始一場內戰。7月27日，中央派出“工宣隊”進駐各高校，試圖停止武斗，實際采取的正是兩年前劉少奇、鄧小平等因之獲罪的措施。但在清華大學，造反派頭子蒯大富無視工宣隊，甚至下令抵抗，打死五人，情況已經非常嚴重。8月26日，毛澤東的“最高指示”下達全國：“工人宣傳隊要在學校中長期留下去，參加學校中全部鬥、批、改任務，并且永遠領導學校。在農村，則應由工人階級最可靠的同盟者——貧下中農管理學校。”武斗才逐漸平息。10月，毛澤東提出干部下放，于是全國各地大批被打擊的干部下放五七干校。
林昭，1957年成為全國第一批右派，獄中公開反對毛澤東，1968年遇害
1968年10月13日至31日召開的中共八屆十二中全會上，中央委員會提出了新黨章，提請接下來的中共九大批準，第一次將林彪正式作為毛澤東的繼承人，而前國家主席劉少奇則被定為“叛徒、內奸、工賊”、“永遠開除出黨”。10月17日人民日報公布了中央決定，攻擊劉少奇是中國的赫魯曉夫：
1967年，批判劉少奇的群眾集會，打出“徹底肅清中國赫魯曉夫罪惡流毒”標語
隨后人民日報揭露劉少奇攻擊毛澤東的親自樹立起來的總路線、大躍進、人民公社三面紅旗，大肆販賣赫魯曉夫修正主義黑貨，瘋狂地進行反黨反社會主義反毛澤東思想的罪惡活動。劉少奇這個黨內頭號走資派是美帝國主義、蘇聯現代修正主義的走狗，反動派的幫兇。1969年3月15日《紅旗》社論《關于總結經驗》一文中開宗明義寫出：
劉少奇夫人王光美遭到批斗
毛澤東在大會上的發言從一定程度上維護了鄧小平，使其得以去江西的一家拖拉機場工作、反省，而沒有得到毛澤東維護的另外兩名元老劉少奇、賀龍則不得不面對更加嚴酷的待遇。劉少奇被匿名關押，缺醫少藥，1969年11月12日在河南開封的一座封閉的舊銀行中因肺炎去世，1967年后就未能與其見面的妻子王光美被繼續關押至文革結束后的1979年。而元帥賀龍則連基本的飲食飲水都得不到供應，“賀龍專案組”還刻意造成錯誤用藥，促使其于1969年6月9日在北京解放軍三〇一醫院去世。這次全會從很大程度上反映了文革對于中共政治局面的影響，中央委員會1966年十一中全會后仍然在世的87位正式中央委員中，僅有40人被邀請出席十二中（其余多數已經被“打倒”），1956年及1958年八大選舉的96名候補委員中，僅有19名參加了會議，其中10人被補選為正式委員，替換已去世的10名正式委員（其中兩人自殺身亡），才使得出席人數達到了中央委員會全體會議的最低標準。而與此同時，又有74名非中央委員會委員或候補委員被邀請參加了大會，主要來自文革開始后得勢的中央文革小組、“奪權”成功的各省市的革命委員會、實際控制局勢的解放軍機構等，也使得大會成為中共歷史上罕見的與會非委員人數超過委員的奇觀。
12月，毛澤東又下達了“知識青年到農村去，接受貧下中農的再教育”的指示，這是鑒于青年情緒激動難以穩定控制的考慮，于是將這些人清除出城市，人選以1966、1967、1968年的初高中畢業生（后來稱為“老三屆”）為主，中國上山下鄉運動開始。
5月起，按毛澤東的要求，全國陸續開展了“清理階級隊伍”運動。各地采用軍管會和進駐工宣隊的方式，對在文化大革命進程中，以各種名義，各種方式揪出來的所謂“地、富、反、壞、右、特務、叛徒、走資派、漏網右派、國民黨殘渣余孽”，進行了一次大清查。非官方的數據認為，此間全國有3000萬人被斗，50萬人死亡。
1970年1月31日，中共中央發出《關于打擊反革命破壞活動的指示》，2月5日發出《關于反對鋪張浪費的通知》和《關于反對貪污盜竊、投機倒把的指示》。三份文件合而為一，成了「一打三反」運動。由中共各級組織正式領導，以政治運動的方式，對相當多的人進行了死刑，有期徒刑和剝奪政治權利的懲罰。27歲的遇羅克就是在1970年3月5日，一打三反運動高潮中，在北京被公審宣判死刑，并立即執行。
在中共九屆二中全會后，林彪在設立國家主席問題上和毛澤東的矛盾越來越大，最終關系破裂
1969年4月1日，中國共產黨第九次全國代表大會召開。中共九大正式會議上，中國共產黨中央委員會副主席林彪代表中共中央作了政治報告。報告以“無產階級專政下繼續革命的理論”為核心，全面肯定了“文化大革命”，稱“無產階級文化大革命”是一場真正的無產階級革命，是對馬列主義理論和實踐的一個偉大的新貢獻。在此基礎上提出了所謂“鬥、批、改”的新任務，宣告“摧毀了以叛徒、內奸、工賊劉少奇為首的資產階級司令部，揭露了以劉少奇為總代表的黨內一小撮叛徒、特務、死不改悔的走資本主義道路的當權派，粉碎了他們復辟資本主義的陰謀”。在大會選舉新的中央委員會過程中，林彪、江青集團的主要成員幾乎全部進入了中央委員會。在這次會議上，中共中央副主席林彪作為黨的接班人列入《黨章》。國家主席劉少奇已經被打倒，主席一職懸空，周恩來繼續保持黨內第三的位置且繼續擔任國務院總理，擔當處理國家日常事務大權。
九大會議由林彪作政治報告。原政治報告草稿為陳伯達所寫，題目為《為把我國建設成為強大的社會主義國家而奮斗》。該題目遭到毛澤東反感，后由張春橋起草政治報告，林彪在會上宣讀。而中共官方指出，林彪對張春橋起草的報告不滿，宣讀時磕磕巴巴，照本宣科。張的報告中不斷引用毛澤東語錄，再度批判“劉少奇反革命集團”，還贊揚了軍隊的作用。會議的第二項議程是修改黨章。新的黨章中明確提到“林彪同志是毛澤東同志的親密戰友和接班人。”從此毛澤東與林彪的名字就一直聯系在一起。會議還選舉了中共的新領導人，毛澤東、林彪、周恩來、陳伯達、康生為中共中央政治局常委，而江青、林彪集團進入中共中央政治局，周恩來維持了自己的地位，至于陳云等一些中共元勛則全都被排斥在政治局之外。而有資料稱，周恩來在九大期間地位上升，并幾乎成為黨的第二副主席。
1968年中共八屆十二中全會，因劉少奇被免去黨內外一切職務并開除出黨，國家主席職務空缺。到了1970年因面臨召開第四屆全國人大，憲法需要修改以容納文革綱領。1970年3月，毛澤東在收到周恩來送來的憲法修改草案提要和一封信之后明確與汪東興說，“憲法中不要寫國家主席這一章，我也不當國家主席。”。3月8日晚，汪東興在周恩來主持的政治局會議上傳達了毛澤東的這一指示。中央政治局一致擁護毛澤東的建議。整個過程中，林彪僅有一次單獨表態，即在1970年4月11日，林彪寫信給毛澤東“一，關于這次‘人大’國家主席的問題，林彪同志仍然建議由毛主席兼任。這樣做對黨內、黨外、國內、國外人民的心理狀態適合。否則，不適合人民的心理狀態。二，關于副主席問題，林彪同志認為可設可不設，可多設可少設，關系都不大。三，林彪同志認為，他自己不宜擔任副主席的職務。”。周恩來向政治局轉達了林彪的建議，“多數政治局成員同意仍由毛澤東擔任國家主席，周恩來對此也沒有提出異議”。
毛澤東和林彪（1967年1月）
由于按照黨的紀律，少數服從多數。在除毛澤東外多數政治局委員要求設立國家主席的情況下，毛澤東再度以個人權威壓倒集體決議，以《三國志》中，孫權勸曹操稱帝的故事為典故，聲稱“孫權是要把他放在爐火上烤。我勸你們不要把我當曹操，你們也不要當孫權。”九屆二中全會上，事情再度出現轉折，康生、周恩來、陳伯達等人再度要求設立國家主席。周恩來建議設立國家主席是為了外事活動，如毛澤東不愿意參加外事活動，可以授權他人進行。憲法修改小組的康生對撤銷國家主席反應激烈，他認為撤銷國家主席違背民眾愿望，但又不能違反主席的指示，導致他們修憲小組壓力很大。陳伯達表示毛澤東任國家主席是對人民的鼓舞。林彪僅表示附和。
有學者認為，國家主席問題涉及國家體制，多數政治局委員對于涉及國家大事的重大問題有激烈反應完全可以理解。而撤銷國家主席職務這樣的更改國家體制的提議，毛澤東應光明正大地說明原因和理由，但他一直未能做出解釋，反而指責反對者有陰謀。中共的史料對此也指責反對者，即林彪覬覦國家主席職務而引起毛澤東懷疑，“林彪陰謀設立國家主席以篡黨奪權”。
有學者認為，據中共承認，毛澤東最早公開指出林彪有篡奪國家主席野心是在1971年8月南巡期間，而中共迄今認定林彪有篡奪國家主席野心的唯一證據是吳法憲在1971年10月21日對中央專案組揭發葉群對他的談話。該學者認為，根據這兩個時間可以得出毛澤東是在得到證據兩個月之前就開始懷疑林彪陰謀奪取國家主席職務的結論。
關于毛澤東與林彪關系惡化的原因，目前有兩種對立的說法。中共官方說法是林彪覬覦國家主席，篡黨奪權的野心引起毛澤東懷疑，后林彪襲擊毛澤東專列未果，倉皇出逃。而有學者則提出相反的觀點，認為是九屆二中全會上陳伯達與張春橋的文人相斗，引起了大會成員對張春橋的怒討。而偏袒張春橋的毛澤東則懷疑這種大規模聲討（毛澤東語“大有炸平廬山停止地球運轉之勢”）是林彪背后指使，故引起毛澤東批判陳伯達，矛頭對準林彪，毛林關系由此惡化。這個觀點認為國家主席問題僅僅是為遮掩批斗張春橋事件引發毛林關系惡化的一個藉口。
《五七一工程紀要》影印本封面，可見其被定義為“反革命政變綱領”
高文謙等學者則明確指出，毛澤東在1971年8月繞過黨中央直接向南方的地方干部揭發林彪問題，并采取“摻沙子”“拋石子”等辦法斗爭林彪，均成為后來林彪出走事件的直接原因。
受到挫敗的林彪，雖然并沒有被直接點名批評，但毫無疑問他也已經意識到，其在黨內的地位已經搖搖欲墜。在這種情況下，林彪及其兒子林立果與其親信組成了代號為“聯合艦隊”的秘密組織，并在林彪等人的根據地上海制訂了著名的《五七一工程紀要》（“五七一”取自“武裝起義”的諧音）。紀要內明確提出“一場新的奪權斗爭勢不可免，我們不掌握革命領導權，領導權將落在別人頭上。”林彪的計劃是要利用空軍為主導武力奪權，如果成功的話就可以一舉逮捕所有要員，獲得全國的政權。另一種可能性則是形成割據局面。
有學者對此說法提出質疑，認為迄今尚無任何證據證明林彪參與《五七一工程紀要》的制訂，甚至連林彪親信李作鵬，吳法憲，邱會作等人均不知道該紀要的存在。該學者提出一個論點，即“似乎死了的（指飛機上摔死的），都是‘571工程紀要’的目擊者，而活著的，卻沒有一人見過這個‘綱領’。”。
不過林彪的計劃并沒有實現，政變失敗了。根據香港《明報》幾星期后的報導，1971年9月8日至10日之間，毛澤東曾在上海險些遭到一系列襲擊。在此之前公安部就已經接到情報，稱林彪正在預謀一起重大政治陰謀，一批軍中林彪的親信正在接受特殊軍事訓練。而上海的襲擊陰謀則完全證實了該情報。此外還有其他各種傳聞，稱毛澤東在往北京的火車上險些遭襲，甚至有人到毛澤東寓所行刺。這些傳聞是否屬實不得而知。
據中共官方表述，9月13日晚，林彪等人倉促從隸屬海軍的山海關機場乘256號三叉戟飛機準備逃往蘇聯伊爾庫茨克，飛機在沒有副機長和領航員且跑道燈未開的情況下強行起飛，在進入蒙古國領空幾百公里后在溫都爾汗墜落，林彪及其妻子葉群、兒子林立果、駕駛員潘景寅在事故中喪生，是為九一三事件。而在同一天，北京的政治局召開緊急會議商討林彪事件。直到9月14日林彪墜機的消息才傳到北京。當年10月1日的天安門國慶慶祝活動也被取消。
近年來，有學者發現林彪飛機的飛行軌跡是從山海關至蘇蒙邊境后折返蒙古，在蒙古墜毀。林彪出走事件因整個事情撲朔迷離，其出走原因，出走過程，出走目的，出走性質仍然爭議極大。
從1974年開始，中國大陸掀起了“批林批孔運動”
林彪之死，一方面使毛澤東精神上受到極大打擊，身體狀況急劇變差；另一方面國家也失去了原定的接班人。
1972年9月，毛澤東將王洪文從上海調到北京，次年在中共十屆一中全會上就成為名列周恩來之后的黨的排名第二的中共中央副主席，似乎有意培養為接班人。十屆一中全會選舉毛澤東、王洪文、葉劍英、朱德、李德生、張春橋、周恩來、康生、董必武為中央政治局常委。從此，江青、張春橋、王洪文、姚文元在中央政治局內結成“四人幫”。
1973年，十大黨章刪去了九大黨章中有關林彪為接班人的內容。十大黨章繼續肯定了“文化大革命”，并且強調“這樣的革命，今后還要進行多次。”
當時蘇聯以“人性論”來反對“階級論”，以“人道主義”來代替共產主義，以和平主義來反對革命戰爭。蘇聯出版了一系列專門著作和論文，宣傳尊儒反法。吹捧孔孟的“人道主義”，大罵法家“反人道主義”，被中國說成是要用孔孟之道給林彪撐腰打氣，從內部顛覆中國的無產階級專政。蘇聯學者說孔子提出了"世間和平和安寧"的思想，孔子學說中包含著“民主思想”。
1973年7月，毛澤東在一次談話中說，林彪和國民黨都是尊孔的。1974年1月18日，經毛澤東批準，中共中央轉發由江青主持選編的《林彪與孔孟之道》（材料之一）。批語說：這個材料，對于繼續深入批判林彪路線的極右實質，對于繼續開展對尊孔反法思想的批判，對于加強思想和政治路線方面的教育，會有很大幫助。江青等人便發動了“批林批孔運動”。蘇聯攻擊批林批孔運動是“反對國內的國際主義力量”。在國際上宣傳孔子是“最理想社會和國家制度的政治理論創始者”。1974年1月24日《人民日報》發表《孔老二的亡靈和新沙皇的迷夢——評蘇修尊孔反法的卑劣表演》一文指出：蘇修尊孔反法是為了反華。而林彪這個“超級間諜”，在無產階級文化大革命勝利的重要時刻，一面大肆吹捧孔老二，一面陰謀策劃反革命政變。《“571工程”紀要》反革命武裝政變計劃中供認，他要投靠蘇修，找“保護傘”，并肯定他們的反革命“行動會得到蘇聯支持”。《人民日報》隨后發表社論《把批林批孔的斗爭進行到底》，指責“林彪叫喊中庸之道‘合理’，反對馬克思主義的斗爭哲學，攻擊反修斗爭‘做絕了’，妄圖投降蘇修，把我國變為蘇修社會帝國主義的殖民地。”《文史哲》雜志指出：“文化大革命是生產力發展的強大動力，把批林批孔這個頭等大事抓好，就一定能夠促進我國社會生產力的更加蓬勃發展。”
這場運動的主要目標就是批判宣揚“上智下愚”維護等級制度的孔孟之道，毛澤東曾經在一次接見外賓時贊揚秦始皇，并且針對郭沫若的十批判書寫了一首詩表示異議，而四人幫把此事提升為「儒法斗爭」。批林批孔運動很快被篡改為所謂研究儒法斗爭史的運動。林彪死后，周已經成為四人幫在毛澤東死后獲取政權的最主要障礙。“批林批孔運動”雖然是對著死去的孔丘和林彪，周恩來卻強調林彪“左”的錯誤，而此時中國普通老百姓經過長時間的政治運動，對各種新的批判運動也失去了興趣。四人幫的“批林批孔”并不是很成功。
1974年10月，周恩來入院后，中央委員會委員鄧小平獲任排名第一的國務院副總理，其后被增補為中共中央副主席，實際負責政府日常工作，工作方向就是延續周恩來提出的“四個現代化”目標。
1975年2月，毛澤東不顧“四人幫”的反對，堅持把在“文革”中被打倒的“黨內第二號走資派”鄧小平重新推上黨和國家重要領導崗位來主持黨政軍日常工作，并支持鄧小平領導開展全面整頓，用意在于盡可能挽回“文革”造成的損失，恢復經濟和國家政權正常運轉。鄧小平領導的全面整頓到后來發展成為一場有組織有領導的聲勢浩大的全面糾正“文革”錯誤的大動作。人民日報發表毛的指示《為鞏固無產階級專政而斗爭》“毛主席指出：列寧為什么說對資產階級專政，這個問題要搞清楚，“這個問題不搞清楚，就會變修正主義。”到了9月，毛澤東也病重，毛澤東把他的姪兒毛遠新由沈陽調回北京陪在身邊當上傳話人。
1976年，是文革關鍵的一年。1月8日，周恩來去世，但悼念周恩來的活動卻受到政府壓制。從第二天開始，北京人民英雄紀念碑前就已經出現了紀念周恩來的花圈，向紀念碑前送花圈，這在過去是從未出現過的，全國都有自發的紀念活動。1月15日，是周恩來的追悼會，鄧小平致悼詞。
2月，情況再度改變。自認已經沒有了障礙的四人幫開始打擊鄧小平，經毛澤東批準，搞出了“批鄧、反擊右傾翻案風”，針對的正是鄧小平。經毛澤東提議，中央政治局委員華國鋒出任國務院代總理。
3月底，南京爆發了悼念周恩來、支持鄧小平、反對四人幫的“南京三·二九事件”，并迅速擴展到全國。4月4日清明節，從3月底開始北京群眾自發聚集在天安門廣場，紀念周恩來的逝世，同時也有人是對四人幫的抗議。人們還自行在紀念碑上張貼悼詞，并送來花圈。廣場上還逐漸出現了一些直接針對四人幫的批判性文章。到4月5日，已經有大約200萬人來過廣場。由于擔心有人放火焚燒堆積在紀念碑四周的花圈，中共中央政治局派出警察在夜間把花圈收走。對立情緒演變成燒毀汽車和房屋，于是要求各單位禁止本單位人員去廣場，并下令廣場上的人群離開，當夜，廣場上剩下的200余人不肯離開，被北京市委組織的工人民兵拘留甄別后遣散。這一事件后來被稱為“四五天安門事件”，中共中央政治局定性為反革命活動，撤消鄧小平的一切職務，同時決定華國鋒任中共中央第一副主席、國務院總理。天安門事件直到1978年冬才完全平反。
1976年9月9日，毛澤東逝世，中央政治局常委只剩下華國鋒、王洪文、葉劍英、張春橋。毛澤東逝世前的五個月給華國鋒寫了三句話：“慢慢來，不著急”、“照過去方針辦”、“你辦事，我放心”。四人幫在上海組織民兵，有奪取政權之意。