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元嘉之治指的是劉宋文帝劉義隆時期（年號元嘉），因其政治較為清明，又致力推行繁榮經濟文化的政策，經濟有所恢復，人民生活較為安定的政治局面。
宋文帝即位初期，勵精圖治，著手整頓吏治，派散騎常侍袁渝等十六人到各地視察地方行政，了解民間疾苦。元嘉三年五月，他親自到華林園的延賢堂審理案件，規定每年舉行三次，以表示重視刑獄。史載：“兵車勿動，民不外勞，役寬政簡，氓庶繁息，至餘糧棲畝，戶不夜扃”。
元嘉中期，文帝多病，諸事悉委其弟劉義康，而義康獨斷獨行，權勢顯赫。義康聽信劉湛的讒言，在文帝面前攻擊殷景仁。是以元嘉十五年以后朝政日非。元嘉十三年（436年），劉湛見文帝有病，對劉義康說：“如果宮車一日晏駕，道濟不復可制。”恰巧文帝病危，劉義康便要求召檀道濟入朝。道濟到建康后，文帝病勢漸輕，就讓道濟回江州，不料病勢轉劇，義康便假傳詔書，誣殺道濟。道濟死前說“乃壞汝萬里長城”。二十二年（445年），范曄等謀劃擁立劉義康，事露被殺，義康亦被廢為庶人。二十八年，義康被殺。
元嘉時期分別於元嘉七年、二十七年、二十九年發動三次北伐，意在收復河南。元嘉七年，宋文帝好大嘉功，派出近十萬大軍揮師北伐，結果慘敗而歸。但彭城太守王玄謨投其所好，屢次建議北伐。文帝曾對殷景仁說：“聞王玄謨陳說，使人有封狼居胥意。”元嘉二十七年（450年），劉宋又整頓軍武，大量招募民丁、勇士，王公、妃主“獻金帛、雜物以諸國用”，又令揚、南徐、南充、江四州富民家資滿五十萬錢、僧尼滿二十萬錢者，借款四分之一，史稱元嘉北伐。但這三次北伐全遭失敗，尤以元嘉二十七年之敗最為慘重。這時劉宋已經耗竭民力，國勢衰落，元嘉之治結束。元嘉三十年（453年）二月二十二日凌晨，文帝為太子劉劭所殺。改元嘉三十年為太初元年。
* 楊恩玉：《治世盛衰:“元嘉之治”與“梁武帝之治”初探》
侯景之亂發生於548年南朝梁，軍人侯景策動軍事政變劫持梁武帝，此後4年侯景成為實際掌權者。首都建康（今南京城）被圍城時饑荒和人相食，死屍又引發瘟疫，城破前建康十萬人，城破後不足四千（<4%）。由於缺軍糧，城破後侯景「軍人屠馬于殿省間鬻之，雜以人肉，食者必病」；552年陳霸先和王僧辯聯軍逼走侯景，聯軍又搶劫建康百姓。百濟國使者見之流淚。自六朝以建康為首都起，南京被戰火屠戮約七、八次，南朝梁的侯景之亂、太平天國時期的湘軍南京屠城和中華民國抗日戰爭時期遭遇的南京大屠殺為最惡者。
建康城破加劇了南北朝北強南弱，士族門閥在此亂中不僅充分暴露了腐朽無能，而且受到了極其沉重的打擊，從而大大加速了南朝士族的衰亡。而這之后陳霸先的影響力日益增強，最終取而代之建立南陳。
侯景原為東魏大將，后投西魏但未能得到西魏的信任，又于梁武帝太清元年（547年）率部隊投降南梁，但隨即奪取南梁的壽陽。梁武帝為收復中原而招納侯景，默許他割據壽陽，封為河南王。武帝兄子貞陽侯蕭淵明被東魏俘獲，梁武帝打算用侯景與東魏進行交換。這件事激怒了侯景，於公元548年舉兵反叛。
另外，南梁開國君主梁武帝蕭衍在位中后期篤信佛教不事朝政（見漢傳佛教#南北朝），廣建寺廟佛塔，還出家同泰寺，要群臣用巨款為他贖身。武帝晚年，出任方鎮的諸王無不擁兵自重。吏治極端黑暗，士族日趨腐朽，形成了“人人厭苦，家家思亂”，給了侯景之亂可乘之機。
548年八月，侯景反對南梁與東魏議和，以誅殺中領軍朱異、少府卿徐驎為名，在壽陽起兵反梁。暗中勾結臨賀王蕭正德，讓他在梁都建康（今江蘇南京）作內應。梁武帝立即派邵陵王蕭綸統軍征討侯景。侯景放棄淮南，率輕騎攻打建康，九月，留下部將王顯貴守壽陽（今安徽省壽縣），詐稱游獵，出壽陽城。十月，侯景揚言進攻合肥，實際上攻下譙州（今安徽省滁州市）、歷陽（今安徽省和縣），率軍抵達長江。梁武帝召尚書羊侃問討伐侯景之策，羊侃請派二千人守采石（今安徽省馬鞍山市），另派一軍攻打壽陽，使侯景前進受阻，退失基地。因朱異反對，羊侃的建議未被采納。
梁武帝命蕭正德為平北將軍、都督京師諸軍事，屯守丹陽郡（今江蘇南京西南）。蕭正德派大船數十艘，以運蘆葦為名，暗中接濟侯景輜重。梁將王質率水軍三千巡弋江上。侯景將要渡長江，派間諜探查。臨川郡太守陳昕向梁武帝建議，重點守衛采石，王質水軍力弱，要求增加守軍。梁武帝命王質與陳昕換防，間諜將這件事告知快景，侯景在王質與陳昕換防之時，以騎數百人聯合步兵八千人自橫江（今安徽省和縣西南）渡長江，搶占采石，俘獲陳昕，分兵攻下姑孰城（今安徽省當涂縣），俘獲淮南郡太守蕭寧，大軍至慈湖（今安徽省當涂縣西北）。
梁武帝命宣城王蕭大器總督城內諸軍，赦免囚徒作為軍隊。侯景大軍抵達朱雀桁（今江蘇南京南），蕭正德開宣陽門，迎接侯景軍入建康城。侯景包圍了臺城（今南京玄武湖南），筑長圍以斷絕臺城內外聯絡。羊侃指揮臺城保衛戰。由於臺城被圍，無法聯繫，羊侃以風箏傳達音訊。十一月，羊侃積勞成疾卒，吳景頂替。
侯景立蕭正德為帝，自為丞相，改元正平，又攻下東府城（今江蘇南京東南角）。再攻臺城，荊州刺史湘東王蕭繹聯絡侄子湘州刺史河東王蕭譽、雍州刺史岳陽王蕭詧等一起增援建康。蕭繹從江陵（今湖北省荊州市）發兵。蕭綸回軍京口（今江蘇鎮江），率步騎三萬西上。侯景派軍抵達江乘（今江蘇句容北）阻擊。蕭綸迂回至蔣山（即南京鐘山）扎營，侯景一面準備退走，一面分兵三路進攻蕭綸。蕭綸擊敗侯景，使他退向覆舟山（今南京市九華山）北。玄武湖一戰，蕭綸戰敗，逃到朱方（今江蘇丹徒東南）。侯景繼續攻打臺城。鄱陽王蕭范與西豫州刺史裴之高、建安郡太守趙鳳舉率軍救援，在蔡洲（今江寧區西南江中）屯兵，等待長江上游的援軍。北徐州刺史蕭正表則投降侯景，率兵一萬人在歐陽（今江蘇儀征）長江中立柵，阻遏江陵蕭繹等援軍，又襲廣陵（今江蘇揚州西北），敗后還鐘離（今安徽鳳陽東北），歸降東魏。十二月，侯景火攻臺城，又引玄武湖水灌臺城，仍未攻下。此時，梁朝衡州刺史韋粲、司州刺史柳仲禮、西豫州刺史裴之高、南陵郡太守陳文徹等援軍在新林王游苑（今江寧區西南）會師，合兵十余萬，沿秦淮河立柵，侯景在秦淮河北岸立柵相拒。侯景兵不過八千，建康城外有援軍二三十萬人，共推司州刺史柳仲禮為大都督，協調諸軍行動。但援軍多持觀望態度，沒積極勤王。侯景派步騎萬人挑戰，柳仲禮因為諸軍新至，堅壁不出。后聽蕭繹已率三萬鋭卒自江陵東下，部署諸軍進擊侯景。
549年正月，韋粲率軍進攻，遇大霧迷路，到達青塘，夜已過半，立柵未成，被侯景軍突襲，韋粲戰死。柳仲禮在青塘，稍稍挫敗侯景軍，但自己也幾乎被殺。雙方隔秦淮河對峙。蕭綸收殘軍與東路援軍蕭大連等同柳仲禮會合，江陵援軍蕭方等、王僧辯率軍抵達。正月二十七日，蕭綸所屬蕭嗣、李遷仕、樊文皎等部渡過秦淮河，攻破東府前柵，使侯景軍后撤。李遷仕、樊文皎率五千精銳深入敵軍營地攻打，開始獲勝，后被侯景部將宋子仙用伏兵擊敗，樊文皎戰死。柳仲禮凌侮援軍諸將，援軍內部猜忌，諸將均無戰心，各自思歸。
太清三年三月十二日，臺城兵盡糧絕，瘟病流行，蕭綸子蕭堅不恤士卒，其書佐董勛、熊曇朗引侯景軍由西北角樓處攻入臺城，臺城終於城破，蕭堅被殺。侯景挾持梁武帝及太子蕭綱，矯詔解散援軍。各路援軍退還，柳仲禮等出降，侯景占領了建康全城，控制了梁朝軍政大權。史書記載的人相食、瘟疫如下：
*《魏書·卷98列傳第86 島夷蕭衍傳》：「衍城內大飢，人相食，米一斗八十萬，皆以人肉雜牛馬而賣之。軍人共於德陽堂前立市，屠一牛得絹三千匹，賣一狗得錢二十萬。皆熏鼠捕雀而食之，至是雀鼠皆盡，死者相枕。...自景圍建業，城中多有腫病，死者相繼，無復板木，乃刳柱為棺。自雲龍、神虎門外，橫屍重沓，血汁漂流，無復行路。及景入城，悉聚屍焚之，煙氣張天，臭聞數十里。初，城中男女十餘萬人，及陷，存者纔二三千人，又皆帶疾病，蓋天亡之也。衍尋為景所餓殺。自衍為景攻圍歷百餘日，衍子荊州刺史、湘東王繹，益州刺史、武陵王紀各擁兵自守，坐看衍之懸危，竟不奔赴。始景渡江至陷城之後，江南之民及衍王侯妃主、世胄子弟為景軍人所掠，或自相賣鬻，漂流入國者蓋以數十萬口，加以饑饉死亡，所在塗地，江左遂為丘墟矣。」
*《資治通鑑·卷162 梁紀十八》：「初，閉城之日，男女十餘萬，擐甲者二萬餘人；被圍既久，人多身腫氣急，死者什八九，乘城者不滿四千人，率皆羸喘。橫屍滿路，不可瘞埋，爛汁滿溝，而眾心猶望外援。」
*《梁書·卷56列傳第50 侯景》：「景食稍盡，至是米斛數十萬，人相食者十五六。初，援兵至北岸，百姓扶老攜幼以候王師，才得過淮，便競剝掠，賊黨有欲自拔者，聞之咸止。賊之始至，城中才得固守，平蕩之事，期望援軍。旣而四方雲合，衆號百萬，連營相持，已月餘日，城中疾疫，死者太半。...城中積屍不暇埋瘞，又有已死而未斂，或將死而未絕，景悉聚而燒之，臭氣聞十餘里。」
*《南史·卷80列傳第70 賊臣》：「城中圍逼既久，膝味頓絕，簡文上廚，僅有一肉之膳。軍士煮弩熏鼠捕雀食之。殿堂舊多鴿群聚，至是殲焉。初，宮門之閉，公卿以食為念，男女貴賤並出負米，得四十萬斛，收諸府藏錢帛五十億萬，並聚德陽堂，魚鹽樵采所取蓋寡。至是乃壞尚書省為薪，撤薦銼以飼馬，盡又食飰焉。禦甘露廚有幹苔，味酸鹹，分給戰士。軍人屠馬于殿省間鬻之，雜以人肉，食者必病。賊又置毒于水竇，於是稍行腫滿之疾，城中疫死者太半。初，景之未度江，魏人遣檄，極言景反復猜忍，又言帝飾智驚愚，將為景欺。至是禍敗之狀，皆如所陳，南人咸以為讖。時景軍亦饑，不能復戰。...初，城圍之日，男女十餘萬，貫甲者三萬，至是疾疫且盡，守埤者止二三千人，並悉羸懦。橫屍滿路，無人埋瘞，臭氣熏數里，爛汁滿溝洫。」
城破後，侯景又矯武帝詔，復廢蕭正德為臨賀王、侍中、大司馬，蕭正德遂圖謀殺侯景，事敗被殺。侯景又克扣梁武帝飲食，五月，梁武帝躺在凈居殿，多病口苦而死，侯景又立太子蕭綱為傀儡皇帝，自居相國、都督六合諸軍事，幽禁簡文帝蕭綱且防衛很嚴，只允許他和幾個文弱大臣接觸、講談。不久自稱漢王，以王克為太師，宋子仙為太保，元羅為太傅，郭元建為太尉，支化仁為司徒。娶蕭綱女溧陽公主。蕭堅弟蕭確引弓殺侯景，弦斷失敗，被殺。侯景又殺死其他謀害自己的人如南康王蕭會理兄弟、柳敬禮等。三月至十二月，侯景派軍奪下三吳。
南梁宗室中，蕭繹軍隊較強，卻沒有積極勤王，而因與蕭譽、蕭詧生隙而互相攻擊。大寶元年（550年）四月，王僧辯攻破湘州，殺蕭譽，蕭詧以襄陽附西魏，被封為梁王。逃據郢州（今湖北鍾祥）的蕭綸雖寫信及出兵仍未能阻止此次叔侄相爭，準備討伐侯景時亦遭蕭繹猜忌攻擊。八月，王僧辯攻郢州，蕭綸投靠北齊。因蕭繹亦依附北齊，北齊雖封蕭綸為梁王，但不助之，蕭綸又被侯景將任約所敗，終被西魏所殺。益州刺史武陵王蕭紀也沒有出兵勤王，僅派次子西陽王蕭圓正在蕭繹手下聽候調度。
侯景攻下江州（今江西九江）、豫章郡（今江西南昌）后，蕭繹派徐文盛率軍數萬在貝磯（今湖北省黃岡市西）打敗任約，侯景派宋子仙等率兵二萬西援。大寶二年（551年）正月，新吳郡（今江西奉新）太守余孝頃舉兵聲討侯景，侯景命于慶攻打。蕭繹派護軍將軍尹悅、安東將軍杜幼安、巴州刺史王珣等率軍二萬，自江夏（今湖北武漢市武昌區）到達武昌（今湖北鄂州市），受徐文盛節度，進擊任約。三月，徐文盛等攻克武昌，任約求救于侯景。侯景親領軍西上，閏三月，進至西陽（今湖北省黃岡市東），與徐文盛等隔江對峙，徐文整擊破侯景軍壘。四月，侯景聽說江夏空虛，命宋子仙、任約率四百騎兵從黃岡過江，襲郢州，擒殺蕭繹的兒子蕭方諸。侯景越過徐文盛軍壘入據江夏。徐文盛各軍潰敗，徐文盛逃往江陵，王珣、杜幼安等人投降侯景。
蕭繹派王僧辯為大都督，統率諸軍，進至巴陵（今湖南-{岳}-陽）。王僧辯知郢州失守，在巴陵筑壘固守。宋子仙率軍一萬人，從隱礬（今湖南臨湘西北長江南岸）直攻巴陵，侯景隨後亦趕往巴陵，「緣江戍邏，望風請服」，非常得意。五月，侯景軍疾疫流行，士卒死傷大半。蕭繹以胡僧祐為武猛將軍援救巴陵，與信州刺史陸法和在赤沙亭（今湖南華容南）會師。
五月二十九日，侯景派儀同三司來亮接收宛陵（安徽宣州），為宣城郡長楊白華所殺。六月，任約兵敗，被俘。侯景得知，燒營退走。留宋子仙領兵二萬駐守郢州，派別將支化仁鎮守魯山（今湖北武漢東北），派儀同三司任廷和與范希榮等分別守晉州（今安徽懷寧）、江州（今江西九江）自率大軍東歸，在蕪湖被豫州刺史荀朗攻擊，突圍回到建康。侯景部將于慶進攻鄱陽（今江西波陽）沒有成功，也撤兵。
蕭繹督軍東下，命陸法和扼守巫峽口，以防蕭紀東出。六月十八日，王僧辯抵漢口，攻克魯山，擒俘支化仁。六月十九日，攻郢州，克外城。宋子仙退守內城。荀朗攻擊濡須（安徽省含山縣），打擊侯景後勤部隊。六月二十二日，宋子仙退到白楊浦，被周鐵虎生擒。
江州刺史陳霸先在南康（今江西贛州市西南）發兵，進屯西昌（今江西泰和）。七月，王僧辯克湓城（今江西九江西），陳霸先三萬人屯巴丘（今江西峽江北），想要和王僧辯會合。八月，王僧辯前鋒在郭默城（今江西九江東北）攻打于慶，于慶與潯陽（今江西九江）守將范希榮棄城東走。蕭繹命王僧辯屯兵潯陽，以待上流援軍。
八月，侯景迫使簡文帝禪位給昭明太子之孫豫章王蕭棟，給自己加九錫，廢梁簡文帝為晉安王。后殺死梁簡文帝。十一月自立為帝，國號漢。承圣元年（552年）二月，蕭繹進攻侯景，命王僧辯率諸軍從潯陽出發。陳霸先率甲士三萬、舟船二千從南江（今江西省贛江）北上。王僧辯與陳霸先會合在白茅灣（今安徽懷寧東）。王僧辯攻克南陵（今安徽省繁昌縣西）、鵲頭（今安徽省銅陵縣）二地，進至大雷（今安徽省望江縣），侯景命侯子鑑率水師拒之，侯子鑑敗奔淮南（今安徽當涂縣）。王僧辯和陳霸先合軍抵蕪湖，守將張黑不戰而走。侯景派兵二千助守侯子鑒所據姑孰。三月，王僧辯軍以大艦斷其歸路，輕取姑孰（今安徽當塗），擊敗侯子鑑，克歷陽（今安徽和縣），侯景命人把裝滿石頭的大小船只沉入江里，堵塞秦淮河口，從石頭城（今江蘇南京西）至朱雀桁十余里筑壘。
陳霸先開始強渡秦淮河北岸，三月十四日，駐軍落星山，擇地築柵。王僧辯亦進軍招提寺北（石頭城北），各軍依次一連興築八個城寨。侯景恐怕西州（建康城西）道路被切斷，率侯子鑑等在石頭城東北修筑五城，以大將王偉守臺城，自率萬余人列陣于西州之西。陳霸先退軍誘敵，派弓弩手二千橫擊其后，率先擊敗侯景，王僧辯亦率兵前進。侯景部將盧暉略開北門迎降，王僧辯攻下建康，侯景兵敗，不敢入臺城，乘船東逃吳地（今江蘇蘇州），王僧辯入臺城，命侯填追擊，四月，侯景從滬瀆入海，至胡豆洲（今江蘇南通一帶）為其部下殺死。
王僧辯攻克臺城時，亦大肆搶掠，時“僉以王師之酷，甚于侯景。”十一月蕭繹稱帝於江陵，是為梁元帝。
最初侯景曾向蕭衍求婚於瑯琊王氏、陳郡謝氏兩家，蕭衍認為王謝門第太高而無法答應，說：“王謝門高非偶，可於朱張以下訪之。”侯景恨道：“會將吳兒女以配奴！”侯景深深記恨，一進入建康後，屠殺王謝兩家最慘，幾乎亡族。劉禹錫有〈烏衣巷〉詩：“舊時王謝堂前燕，飛入尋常百姓家”。侯景之亂歷時長達三年零八個月，南朝士族遭到沉重打擊，南方社會造成極大破壞，六朝古都建康“千里煙絕，人跡罕見，白骨成聚，如丘隴焉”。據顏之推《觀我生賦》自註：“中原冠帶，隨晉渡江者百家，故江東有《百譜》；至是，在都者覆滅略盡。”在此期間，國勢大衰的南梁相繼遭到西魏和北齊的進攻，平亂后又經歷了元帝蕭繹和蕭紀的帝位之爭，并最終被南陳取代。
自六朝以建康為首都起，南京被戰火屠戮不下七、八次，南朝梁的侯景之亂與1864年太平天國時期的湘軍南京屠城和1937年中華民國抗日戰爭時期的南京大屠殺為最惡者。「在古代，南京遭到最為嚴重的一次災難無疑是發生在南朝蕭梁末年的侯景之亂。這場叛亂，不僅顛覆了一個王朝，也在南京城市史上留下了一個極為慘痛的印記」。
:*1864年湘軍南京屠城
:*1937年南京大屠殺
category:中國瘟疫史
太平天國是清朝道光晚年、咸豐至同治初年間建立的政教合一政權，創始人為洪秀全和馮云山。洪秀全與少年時代的私塾同學馮云山經過多年傳播拜上帝會，于道光三十年（1850年）末至咸豐元年（1851年）初與楊秀清、蕭朝貴、曾天養、石達開等人在廣西省右江道潯州府桂平縣（今廣西壯族自治區貴港市桂平市金田鎮金田村）組織團營舉事，后建國號“太平天國”，史稱太平天國之亂，并于咸豐三年（1853年）攻下江蘇省江寧道江寧府城（今江蘇省南京市），號稱天京，定都於此，開始粗暴統治。同治三年（1864年）天京被湘軍攻破，湘軍同樣縱兵屠城、奸淫擄掠，洪秀全之子兼繼承人太平天國幼天王洪天貴福被俘虜，及後更因被清朝凌遲處死而成為人類歷史上凌遲極刑受刑人之中最年幼者。同治十一年四月六日（1872年5月12日），翼王石達開餘部李文彩在貴州敗亡，是最后一支打著太平天國旗號作戰的太平軍部隊。
太平天國之亂是中國歷史上規模最大的戰爭，亦是傷亡最慘重的內戰。總計傷亡人數無定論，各種統計從1000萬至7000萬人失蹤，移民，死亡或受傷。太平天國穩固行政版圖在江蘇、浙江、江西、安徽為主的江南繁華地區，治下人口大致接近3000萬人口。太平軍的足跡先后到過廣西、湖南、湖北、江西、安徽、江蘇、河南、山西、直隸、山東、福建、浙江、貴州、四川、云南、陜西、甘肅諸省，攻克過600余座城市，勢力范圍遍及十八省。
因清朝推行薙發令，太平天國蓄發、披髮，故太平軍被稱作「長毛」，清廷稱其為「長毛賊」、「毛賊」、「髮賊」、「髮匪」、「髮逆」等。又因洪秀全籍貫為廣東省花縣（今廣東省廣州市花都區新華街道官祿布村），其他的太平軍將士亦多起自兩粵（即兩廣的廣東、廣西），故清廷亦稱其為「粵匪」、「粵賊」，平定事件後，慈禧太后命令宮廷畫師繪畫《平定粵匪圖》。民國十八年（1929年），南京國民政府就《禁止誣蔑太平天國案》，函請內政部、教育部參考酌辦，不久正式訂立規定，“嗣后如有記述太平史實者，禁止沿用『粵賊』諸稱，而代以太平軍或相應之名稱”，從此將“太平天國”、“太平軍”等稱謂寫入正史。
太平天國辛酉11年正月二十六日至二月十七日之間（清咸豐十一年，公元1861年3月7日－3月27日），洪秀全曾實行“改政”。正月二十六日（1861年3月7日）把“太平天國”國號改為“上帝天國”，規定在璽印文字和各種文書內統要把“太平天國”改為“上帝天國”，但此事還沒有來得及推廣實行，洪秀全改變主意。二月十七日（1861年3月27日）再度實行“改政”，把“上帝天國”改稱“天父天兄天王太平天國”，規定文書、印文都要在原來的“太平天國”四字之上加“天父天兄天王”六字。
廣東人洪秀全與馮云山之所以選擇在廣西舉事，源遠流長，“廣西地方遼闊，群盜如毛，散則為民，聚則為寇，形跡既無可辨，黨類幾不勝窮”，特別是廣西紫荊山地區，“游匪外滋，土匪內迫”。從宏觀上看，“中國在1840年（道光二十年）第一次鴉片戰爭失敗后被迫付給英國的賠款，大量的非生產性的鴉片消費，鴉片貿易所引起的白銀外流，外國競爭對本國生產的破壞，國家行政機關的腐化，這一切就造成了兩個后果：舊稅捐更重更難負擔，此外又加上了新稅捐。”“一般的貧窮到達了極點，人們正在賣妻鬻子，許多人靠樹皮為生。”屢次科舉失敗并在廣州目睹第一次鴉片戰爭的洪秀全說：“以五萬萬華人受制于數百萬之韃妖，誠足為恥為辱之甚者，一年如是，年年如是，至今二百年，中國之民富者安得不貧？”終于道光二十三年（1843年）6月洪秀全在廣東花縣蓮花塘吸收了第一個拜上帝會員李敬芳，隨后少年時代的同學馮云山與族弟洪仁玕參加。洪秀全打造了一把斬妖劍，并作詩稱“天父天兄太平時，保汝處處有飯喫。耕田首先在根苗，殺盡韃子閻羅妖。”又作“手握乾坤殺伐權，斬邪留正解民懸。手持三尺定山河，太平一統樂如何（又作「何如」）。”
道光二十四年（1844年），他與表親馮雲山、族弟洪仁玕從梁發的《勸世良言》宣傳書籍中吸取某些基督教教義，後來自行洗禮。是年，洪秀全和馮雲山到廣西貴縣一帶傳教，洪不久便返回廣東，馮留在廣西發展，在當地的信徒日增。道光二十七年（1847年），洪秀全和洪仁玕到廣州跟隨美國美南浸信會傳教士羅孝全學習《聖經》，曾要求受洗，但羅孝全不同意洪秀全對以前大病時所見「異象」的見解，並認為洪秀全對教義的認識不足夠，洪秀全又要求羅孝全按月付工資給他，被羅孝全拒絕，從而羅孝全拒絕為洪秀全洗禮。洪秀全失望之余離開廣州，前往廣西桂平與馮云山會合。
洪秀全與馮云山到達廣西后以私塾教師為職業傳教。洪秀全負責理論，“亂極則治，暗極則光，斬邪留正”，“邀小的（恤王洪仁政）前往同打江山，并說拜上帝好”；馮云山負責傳教，“在紫荊山一帶，熱心傳教，成績頗大，至多人信教，甚至有全家全族來領受禮拜者，未幾，遠近馳名，而成為拜上帝會。
拜上帝會將基督教聖經的《舊約》、《新約》分別修改為《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》作為教條。拜上帝教會實行政教合一。拜上帝教的宗教規范還有《原道救世歌》、《原道覺世訓》、《原道醒世訓》、《天父詩》等，號召人們信仰「皇上帝」（上帝耶和華），擊滅「閻羅妖」（滿族皇帝），為實現“天下一家，共享太平”的理想而奮斗。
事實上部分清廷高層，如軍機大臣穆彰阿甚至道光帝本人等都清楚地知道拜上帝會的存在，但聽之任之，道光二十一年（1841年）的全國狀元龍啟瑞在其《上梅曾亮先生書》中這樣記載：“宰相（穆彰阿）風示旨意，謂水旱盜賊不當以時入告。督撫受戒，莫敢復言，金田會匪萌芽于道光十四五年，某作秀才時已微知之，彼時不肯辦盜，則所謂窺時相（穆彰阿）旨意是也。”
道光二十八年（1848年）初，馮雲山被紫荊山蒙沖鄉石人村地方士紳王作新以「聚眾謀反」罪名逮捕，送往廣西桂平知縣衙門囚禁。洪秀全逃亡外地，自稱“找兩廣總督徐廣縉營救”，后馮云山信徒集資賄賂某個來歷不明但有實權的清朝官員，因而馮云山得到釋放。
道光三十年（1850年）夏，洪秀全發佈團營令，要求會眾到廣西桂平縣金田村團營編伍，同年年底，太平軍先后在思旺和蔡村江與清軍展開戰斗，由此開始了與清廷的武裝對立，初以“太平”為號，后建國號“太平天國”，並實行公有財產制。
道光三十年十二月十日（1851年1月11日），洪秀全生日，拜上帝會眾萬人在金田村「恭祝萬壽」，后世人將這一天定為金田起義紀念日。3月23日，洪秀全在廣西武宣登基稱太平王，后改稱天王。參加金田起義者“有患難之村民，而且被官兵擊散之賊匪，均視拜上帝會為逋逃藪，老幼男女攜眷挾財產大隊加入”，“從者具（俱）是農夫之家，寒苦之家”，還有在械斗中失敗的客家人。4月3日爆發了三里圩之戰，馮云山“視死如歸，赤身赴敵，立刻殺死黔兵二十四人，黔兵始大奔。”
咸豐元年（1851年）秋，太平軍佔廣西永安州（今蒙山縣）。12月在永安城分封諸王，封原中軍主將楊秀清為「左輔正軍師」東王，稱九千歲，原前軍主將蕭朝貴為「右弼又正軍師」西王，稱八千歲，原后軍主將馮雲山為「前導副軍師」南王，稱七千歲，原右軍主將韋昌輝為「後護又副軍師」北王，稱六千歲，原左軍主將石達開為翼王，并詔令諸王皆受東王節制。太平天國在南王馮云山的構想基礎上建立了初期的官制、禮制、軍制，推行自創的歷法——“太平天曆”。
咸豐二年（1852年）4月5日，太平軍自永安突圍，北上圍攻省城桂林，不克，繼續北上，在全州蓑衣渡遭遇清軍楚勇江忠源部攔截，南王馮雲山被清軍炮火擊中，后傷重不治。5月19日離開廣西進入湖南省，克道州、郴州。6月楊秀清與蕭朝貴發布《奉天誅妖救世安民諭》、《奉天討胡檄布四方諭》、《救一切天生天養中國人民諭》。結果“湖南南部加入的洪門人數有五萬多人”。與此同時楊秀清制定了“專意金陵，據為根本，然后遣將四出，紛擾南北”的作戰方針。
咸豐二年七月（1852年8月），西王蕭朝貴聞長沙兵力空虛，率偏師進攻，9月12日“辰刻進兵，殺死清朝大小官員數十人，清兵死者兩千餘人，尸堆如山，不料清兵炮打著西王胸膛上，穿身”，陣亡。洪秀全、楊秀清聞訊后急率主力來到長沙城下，但此時清方已重兵云集，太平軍攻長沙近三個月仍未能成功，撤圍北上攻克岳州。傳聞太平軍在當地獲得吳三桂秘密埋藏的大量兵器，所謂“祭起吳王炮藥”正說此事。
南京太平天國紀念館天王寶座
咸豐二年十月（1852年11月），湖北巡撫常大淳鎮守武昌城，貼出告示：“兵法以清野為先，且廣西湖南等省，皆因民房毀除未盡，致賊藏身，潛掘地道，前車可鑒。”下令燒毀附近市鎮，拆除城外民房，採用焦土政策。咸豐二年十一月十三日（1852年12月23日），太平軍攻下漢陽，知府董振鐸被殺；六天後，太平軍攻下漢口，俘獲1萬首江船，裝備其水師。咸豐二年十二月初九（1853年1月17日），石達開率領太平軍攻克武昌，湖北巡撫常大淳舉家自盡。太平軍在武漢嘗試建立「太平一統」的平等社會，吸引了一些貧苦大眾，血腥鎮壓清兵、士人和一切反對者，破壞衙門、寺廟、學校和藏書樓，沒收一切財產，存入設於武昌原絲綢貨棧的「聖庫」，並把居民編入25人為一組的軍營，男女分營，又拉伕強迫當地人作搬運工或其他勞動。有流氓假冒太平軍劫掠，許多當地人反對男女隔離分居，也反對大型的公開佈道。太平軍先後將漢陽和武昌立為首都，但只短暫停留，大部份太平軍沿江而下。清提督向榮於2月下旬奪回武漢三鎮。
咸豐三年正月初八（1853年2月25日）爆發了巢湖之戰，太平軍“偽為差弁，約期速進，陸建瀛信為實，急飭所部，溯流上，陸建瀛與翼長安徽壽春鎮總兵恩長遂越道士洑，恩長戰歿，尸順流下，全軍大駭，反棹急奔。”太平軍“革除了對鴉片煙的耽溺”，“恨賊者虛，資賊者實，尤為可慮，或謂鄉民處處助賊打仗。”3月19日（咸豐三年二月十日）太平軍攻克江寧（今南京），兩江總督陸建瀛及副都統霍隆武陣亡。太平軍在江寧城破後宣佈懸賞旗人，能抓捕旗人者賞銀五兩，同時城內旗人婦女亦遭到屠殺。
楊秀清稱：「洛邑天下之中」，建議洪秀全定都洛邑。被一位湖南的老水手阻撓；老水手堅持要定都於金陵（又稱江寧府，今江蘇南京）。楊秀清後來居然聽老水手的話，也贊同定都金陵，改名天京。太平軍將江寧改名「天京」並定都在此。英國人Brine Lindesay在1862年《中國太平叛黨志》中這樣評論建都南京：“南京的占領在太平軍的戰術上引起了一個全面的變化，清軍借助這個不進不退的變化而贏得了大好時機，他們不再無望地尾隨一支前進的和劫掠的大軍之后，如今已經能夠在一個或兩個據點上集結他們的軍隊，因此，太平軍也隨即發現他們自己在南京和鎮江被一支軍隊所水路圍攻，而他們要在戰場上擊敗這支軍隊希望也不大。”這就是清朝集結全國綠營精銳組建的江南大營與江北大營。英國人F. A. Lindley在1866年英文版《太平天國》第一卷中指出：“南京的占領完全改變了天王的戰術，他不再繼續進行由前進的恐怖來制衡滿洲的、迅速和凱旋的進軍，卻把他的黨徒集合在南京及郊區周圍，在同一時期從事組織有朝廷和法院的正規政府。”
1853年3月太平軍攻克江寧（今江蘇南京），易名為天京。此後由東王楊秀清策劃，在5月派兵北伐及西征，北伐軍目標為北京，西征軍目標為長江中游地區。南京附近的太平軍海戰
咸豐三年（1853年）3月底清欽差大臣向榮在金陵城外孝陵衛建江南大營；4月16日，清欽差大臣琦善在揚州城外建江北大營。
咸豐六年三月一日（1856年4月5日），太平軍再克揚州，攻破江北大營，“次早黎明，親領人馬同陳玉成、涂鎮興、陳仕章、吳如孝力攻土橋，破入土橋清軍馬營。那時清軍大敗，紅橋以及卜著（樸樹）灣、三岔（汊）河清營盡破，大小清營一百二十余座，清營那時聞風而逃。”
咸豐三年四月一日（1853年5月8日），林鳳祥、李開芳等奉楊秀清命令率兩萬余人從揚州出發北伐。清朝采取了正確的防御措施，銷毀了全部黃河渡船，“黃河四十里之遙，并無船只，有韃妖在對江把守，難以過江，離黃河二十里，亦無船只，糧料甚難”，“二十八日尚未渡盡，未及渡河者尚有千余”。
咸豐三年九月十一日（1853年10月13日）太平軍進駐保定，咸豐帝集結華北清軍主力與太平軍決戰，包括嘉慶帝五子惠端親王“奉命大將軍”綿愉部、嘉慶帝嗣外孫科爾沁部僧格林沁部、八旗察哈爾部、欽差大臣勝保部，并征召朝陽、阜新、赤峰、通遼四地大軍，賜努爾哈赤御用大刀。北伐軍雖然一度進至天津附近，但因孤軍深入，被清軍包圍。
咸豐四年至五年 連鎮附近戰役清代宮廷畫十幅，標注清軍主要將領有慶大人(宗室慶祺)、桂大人（提督桂明桂齡兄弟）、玉大人（玉明）、綿大人（綿洵）、董鎮臺（總兵董占元）、雙大人（雙成或雙禧）、瑞大人（瑞麟或瑞昌）、參贊大臣（僧格林沁）、經大人（經文岱）、拉貝勒（拉木棍布扎布）、希大人（西凌阿）、穆侯爺（一等果勇侯穆輅） 、珠大人（珠勒亨）、繃侍衛（繃闊）、巴營總（巴揚阿）、舒營總（舒保）、明大人（明慶）、伊大人（伊勒東阿）。畫里有林鳳翔被抓跪地受審。咸豐五年二月（1855年3月），林鳳祥在直隸滄州東光縣連鎮受傷被俘，不久被押到北京處死。李開芳在山東聊城茌平縣馮官屯被俘，6月在北京被處死。
在湖南被曾國藩打敗后，咸豐四年六月二日（1854年6月26日）太平軍第二次攻下武昌，十八歲的陳玉成在武昌“舍死苦戰，攻城陷陣，趫捷先登，縋城而上，以致官兵潰散，遂陷鄂省。”
咸豐四年七月一日（1854年7月25日）曾天養率西征太平軍與曾國藩湘軍在湖南岳陽城陵磯進行第一次決戰，太平軍虎頭軍統帥曾天養、清軍登州鎮總兵陳輝龍、湘軍水路各營總統褚汝航全部陣亡。1854年10月14在桂明、曾國藩的統帥下第二次收復武昌。1854年11月23日秦日綱率西征太平軍與桂明、羅澤南、李續賓、楊載福、彭玉麟湘軍在湖北十堰田家鎮進行第二次決戰失敗。
咸豐四年十二月十二日（1855年1月29日），石達開、羅大綱率西征太平軍與湘軍在江西九江湖口縣進行第三次決戰，大敗湘軍。
咸豐五年（1855年）初，太平軍反攻漢陽和漢口，4月3日，擊破湖北巡撫陶恩培的軍隊，第三次攻下武昌。
咸豐六年五月（1856年6月），太平軍攻破江南大營，解天京三年之圍，“步戰漢兵，馬戰滿兵，兩交并戰，自辰至午，得翼王帶曾錦兼（謙）、張瑞（遂）謀等引軍到步助戰。清軍滿兵馬軍先敗，次即向、張所領漢軍亦敗也。”
咸豐六年（1856年）十二月天京之變后湖北巡撫胡林翼第三次也是最后一次收復武漢三鎮，此役湘軍羅澤南陣亡，武漢三鎮都已成廢墟，遍地瓦礫
咸豐三年三月十九日（1853年4月26日）香港總督文咸訪問太平天國，他的翻譯密迪樂就從兩個太平軍船員的口中得知：“東王楊秀清是首要的軍事權威和政治權威，他們說天王只是一個被承認的君主，他把他的時間用在編書上面，人們從來看不到他。”咸豐三年十一月二十四日（1853年12月24日），東王楊秀清自稱天父下凡（降乩），指責洪秀全杖責天王府女官，兩天后即二十六日，楊秀清召集韋昌輝及秦日綱“到天王面前請寬心安福。”洪秀全本人“深藏不出，秀清則盛陳儀衛巡行閭市，凡有軍務，議定上奏（洪秀全）無不準者，每批旨準二字。屬下偽官，惟奏謝恩賞，徑達洪秀全，其余軍務，悉秉奏秀清，聽其裁處轉奏。（楊秀清）自恃功高，一切專擅，洪秀全徒存其名；秀清叵測奸心，實欲虛尊洪秀全為首，而自攬大權，獨得其實。”“因此也許有人以為洪秀全早已死了，但一經詢問，一致的證言咸謂其仍然健在，現深居城內。”
至于北王韋昌輝，洪秀全認為他“愛兄（洪秀全）之心誠”。但韋昌輝對楊秀清“陽下之而陰欲奪其權”；北王韋昌輝對東王楊秀清“甚諂，輿至則扶以迎，論事不三四語，必跪謝曰：非四兄（楊秀清）教導，小弟肚腸嫩，幾不知此。肚腸嫩潯州鄉語，猶言學問淺也。”而韋昌輝暗地里“請洪秀全誅楊秀清””，但洪秀全說：“暫且容他（楊），他服便罷。”楊秀清曾去北王府，“杖昌輝數百，至不能興。”以至于兩人“相互猜忌，似不久必有并吞之事。”
至于燕王秦日綱，咸豐四年三月（1854年5月），秦日綱的下人與楊秀清的下人發生矛盾，判官是石達開的岳父黃玉昆，黃玉昆采取息事寧人的做法，“可勿杖，轉相勸慰”，但楊秀清不同意該判決，命令石達開逮捕自己的岳父黃玉昆，“玉昆聞而辭職，燕王秦日綱聞之亦相率辭職。”結果楊秀清“杖日綱一百，玉昆三百，玉昆杖后，夜投水救起”。李秀成認為“東王威逼太過，此三人（北、燕、翼）積怨于心，北翼二人，同心一怒于東。”
“及破南省，（楊）眾權獨攬，雖洪賊亦拱手受成，北、翼賊無論矣，（楊）有去洪賊而自稱天王意。”洪秀全為以示慶祝，定于楊秀清生日（公曆當年9月23日）時正式封萬歲。洪秀全一面“所筑土城上密布槍炮，恐楊來暗算，一面遣腹賊至江西調北賊韋昌輝回金陵”。與楊秀清有宿怨的韋昌輝在咸豐六年八月三日（1856年9月1日）深夜回到天京，與秦日綱在夜間入城，2日凌晨“率三千余人遽入南門，趨圍東賊宅，自攜數賊入，殺東賊及其妻小”，史稱「天京之變」。咸豐六年八月四日（1856年9月2日），韋昌輝將楊秀清首級交給洪秀全。
翼王石達開抵天京後，責備韋昌輝濫殺，二人不歡而散，韋昌輝又欲殺石達開，石達開見勢不妙，當夜逃出金陵城外。在韋昌輝進攻洪秀全天王府的最后關頭，天王府內的大量宮女參加了保衛洪秀全的戰斗，“韋昌輝陳兵三千人于洪居前火攻（天王府），洪秀全乘墉與韋昌輝對壘，槍炮互施，逾時無勝負，洪居服役少女，悉使裹髮、效男裝，各持械啟門，大呼出沖陣，北賊不意其速出，大驚，眾遂潰，縛北奸送洪秀全，令肢解之。”
咸豐六年十月（1856年11月），石達開奉詔回京，被軍民尊為“義王”，合朝同舉“提理政務”，洪秀全礙于眾議，被迫詔準。他不計私怨，追究屠殺責任時只懲首惡，不咎部屬，北王親族也得到保護和信用，人心迅速安定下來。盡管武昌在石達開回京后不久即因糧盡援絕而陷落，但在石達開的部署下，太平軍穩守要隘，伺機反攻，陳玉成、李秀成、楊輔清、石鎮吉等后起之秀開始走上一線，獨當一面，內訌造成的被動局面逐漸得到扭轉。咸豐七年（1857年）春天，李秀成與陳玉成擊敗清軍秦定三部，北上六安、霍丘，與捻軍會合，兵鋒直指湖北。
天京之變後，太平天國合朝推薦石達開主持朝政，但洪秀全卻忌憚石達開的聲望才能，不肯授予他“軍師”的地位，只封他為“聖神電通軍主將義王”，局勢稍見好轉後，又對他產生謀害之意。為免再次爆發內訌，石達開被迫率數千人逃出天京，前往安慶。
咸豐七年八月（1857年9月），洪秀全迫于形勢的惡化，遣使請石達開回京，石達開上奏表示不會回京，但會調陳玉成、李秀成、韋俊等將領回援，并以“通軍主將”身份繼續為太平天國作戰。洪秀全詔準了這一方案，天京官方遂承認石達開此后的作戰是太平天國的遠征活動。
此后，石達開先后轉戰于天京外圍的閩、浙、贛等省，牽制大量清軍，緩解了天京、安徽兩地的軍事壓力。
咸豐八年（1858年），清軍乘太平天國內訌之後，重建江北、江南大營。4月，洪仁玕從香港輾轉到達天京，被封為干王。
咸豐九年（1859年）春，石達開入湖南，發動“寶慶會戰”，欲取上游之勢，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰，并伺機分兵入川。彼時湘勇正計劃分兵三路進攻安慶，聞石達開長驅直入湖南腹地，軍心全線動搖，只得將因勢利導，全力援湘。面對湘軍的重兵馳援，石達開孤軍作戰，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。
咸豐十一年八月（1861年9月），石達開自桂南北上，為北渡長江，奪取成都，建立四川根據地，轉戰蜀、黔、滇三省，先后四進四川，并于同治二年三月（1863年4月）渡過金沙江，突破長江防線。但為大渡河百年不遇的提前漲水所阻，在紫打地陷入絕境。時任四川總督的駱秉章遣使入太平軍中談判。經協議，太平軍自行遣散四千人，剩余兩千武士保留武器隨行，在石達開被押往成都后，清軍背信棄義，兩千太平軍被屠戮。同治二年五月十二日（1863年6月27日），石達開在四川成都被凌遲。
咸豐八年四月七日（1858年5月19日），九江被湘軍李續賓攻克。“林啟容踞九江六載，號堅忍能軍，塔齊布、羅澤南為名將，拼命力攻，亦卒不拔，食罄則嬰城種麥以自給，其守愈暇，凡圍城十有六月。”	日本人宮崎滔天曾說：“睢陽而后有斯人。”湘軍彭玉麟參與克復九江后曾作詩：“尸涌長江水不流”。
咸豐八年八月（1858年9月），陳玉成李秀成太平軍攻占浦口和揚州，殲滅清軍江北大營，李秀成說：“陳玉成攻德帥（清軍德興阿部）之前，我攻德帥之后，德軍大亂，死于甫〈浦〉口一萬余人。”安徽江北的湘軍乘太平軍東下，攻安徽、據太湖、撲安慶，李續賓湘軍沿黃梅、宿松、太湖、潛山、石牌、桐城、舒城向三河鎮進攻（即今天G50-G35-G4212-G3高速公路一線），進逼廬州（合肥）。陳玉成率兵救援，李秀成援軍繼進。1858年11月15日，陳玉成李秀成太平軍與湘軍在安徽合肥三河鎮第一次決戰，李秀成說：“我聽聞金牛鎮炮聲不絕，是知開仗，我親引本部人馬向三河邊區而來，斯時正逢陳、李兩軍迎戰，離李將營前七八里交鋒。我軍即至，陳玉成見我軍生力一壯，破李續賓陣門，陣腳一動，大敗而逃”，擊斃李續賓（一說自縊）、曾國華。湘軍從安慶外圍撤走，安慶之圍遂解。
咸豐十年（1860年）冬，太平天國決策層部署第二次西征，計劃以陳玉成、李秀成兩支主力分別從長江南北西上進攻武昌，以解安慶之圍。
陳玉成解圍心切，立即從安徽桐城出發，十一天內行軍六百里，連取霍山、英山、黃州，兵鋒直指武漢。此時，清軍主力盡在安慶，武漢城防空虛。關鍵時刻，英國艦隊司令何伯派參贊巴夏禮前往黃州覲見陳玉成，請求他不要攻打武漢，以維護大英帝國在武漢的商業利益。由于李秀成部進軍遲緩，太平軍并無把握在短期內攻下武昌，及湘勇加緊對安慶的圍攻，陳玉成決定命部下賴文光率部隊軍隊留在武昌附近，繼續等候李秀成部，本人率主力返回安慶。
李秀成轉進至湖北東南部，在附近地方招兵30萬人，得知東線太平軍作戰不利，又聽說陳玉成已經返回安慶，遂放棄進攻武漢三鎮，改向東進軍，與李世賢部共同攻下浙江大片土地。陳玉成與李秀成兩人不和導致第二次西征無果而終，會攻武漢的計劃就此功虧一簣。“偽天王弟洪軍師到蘇，即調停忠英二酋之誤會也，賊中相互猜忌如此。”
所謂“第二次西征”實際上是一個敗招，因為湘軍的補給基地是九江與南昌，曾國藩也說：“力求破安慶一門，此外皆不遽之爭得失。”
咸豐十一年（1861年）春，第二次西征后，太平軍與湘軍和多隆阿部清軍在安徽安慶進行第二次決戰。湘軍的部署是湘軍曾國藩、左宗棠、鮑超在安徽南部，湘軍李續宜、胡林翼、清軍多隆阿在安徽北部，兩個方向向安慶進攻，陳玉成回救安慶，洪仁玕、林紹璋、吳如孝、黃文金等也來配合作戰，失敗，6月集賢關、赤崗嶺失守，8月陳玉成與楊輔清等奪回集賢關，再救安慶，為清副都統多隆阿部所拒。9月，曾國荃攻克安慶，太平軍守將葉蕓來、吳定彩及全軍1.6萬余人全部陣亡。同治元年四月（1862年5月），陳玉成在安徽壽州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清軍兵部侍郎勝保，同年6月陳玉成被處死。
江南大營是清朝為鎮壓太平天國集結起的最后兩支直接聽命于咸豐帝的野戰軍之一（另一支為科爾沁部僧格林沁野戰騎兵）。全國各地素質較好的綠營官兵駐扎天京孝陵衛屏蔽蘇杭財賦區成為江南大營。咸豐十年三月十二日（1860年5月2日），太平軍與江南大營最后的決戰打響，太平軍“乘勢撲至，內外夾攻，頃刻之間，得勝門至江邊一帶官軍營壘五十余座全行失陷，陜西延綏鎮總兵黃靖等均歿于陣，官兵死者數萬人。”“兩日交鋒，頭一日勝富〈負〉未分，次日一戰，自辰至未，（江南大營）張（國梁）軍大敗，死者萬人。”
江南大營的被殲宣告在華東地區、中南地區再無直接聽命于清朝皇室的野戰大軍，清朝皇室不得不起用漢族地主私人武裝湘軍與淮軍而尾大不掉。咸豐十年四月十九日（1860年6月8日）咸豐帝與曾國藩達成協議，咸豐帝授予曾國藩欽差大臣兵部尚書兩江總督督辦江南軍務，華東地區所有軍隊均歸節制，曾國藩經咸豐帝許可罷免咸豐帝此前任命的官員，包括皖南督辦軍務大臣張芾、閩浙總督慶端、浙江巡撫王有齡、江蘇巡撫薛煥、江南團練大臣龐鐘路、江北團練大臣晏瑞書，轉而把湘軍系統的軍官扶上位。
其后李秀成太平軍占領江蘇，“克（無）錫次日，行營而下蘇郡，初到閶門，將分困各門，看閶門街方等村百（姓）多有來迎，街上鋪店民房門首具（俱）貼字樣云：“同心殺盡張（國梁）、和（春）兩帥官兵”。民殺此官兵者，因將丹陽之下到蘇〈州〉，水陸民財，概被其兵搶擄，故恨而殺也。”
咸豐十年六月二十三日（1860年8月9日），李秀成太平軍與華飛烈（Frederick Ward）和上海買辦楊坊聯合組建的洋槍隊在上海決戰。
由于太平天國禁止鴉片貿易（洪秀全曾作《戒鴉片詩》：“煙槍即炮槍，自打自受傷。多少英雄漢，彈死在高床。”）加上清政府與英、法、俄簽署《北京條約》后，太平天國威脅到各國條約利益，西方各國對太平天國運動轉向反對。1862年1月，清政府確立了「借師助剿」的方針，選擇與外國軍隊聯合對太平天國實施作戰：由該年1月-6月，李秀成太平軍與英法聯軍在上海決戰。譚紹光太平軍從吳淞包抄浦東，英法聯軍在高橋鎮與太平軍激戰，原石達開部將吉慶元陣亡，太平軍包抄計劃失敗。法國海軍駐華司令卜羅德少將被太平軍流彈擊斃後，法軍為了報復，占領上海柘林鎮後，讓清軍殺傷村中數百名男女老幼和太平軍軍人。
咸豐十一年（1861年）八月，太平軍安慶失守，陳玉成為召集人馬、牽制清軍兵力，派陳得才、賴文光、藍成春等太平軍將領，率兩萬余人遠征陜西，進奪西安。
同治元年（1862年）三月，陳得才率軍經河南內鄉進入陜西商洛地區。
同治元年（1862年）四月，太平軍北上秦嶺子午谷，直逼西安城南三十里的引駕回（亦稱尹家衛，今陜西西安長安區引鎮），在三兆、杜曲大勝清軍。清副都統烏蘭都潰逃入西安城內，并令清軍緊閉西安城門，坐困孤城待援，不再出戰。太平軍進攻西安城數次無果，未能攻破。不日，多隆阿、張得勝率清軍包圍廬州（今安徽合肥），陳玉成調陳得才等部回援東返解圍。陳得才奉調東返，放棄奪取西安的計劃，進駐藍田厚子鎮。四月二十四日張得才攻克渭南縣城，擊斃知縣曹士鶴等人。四月二十五日擊敗尾追而來的清軍，殺臨潼軍功安定邦。隨后陳得才率部一路沿渭河東進，攻克華州、華陰等地，擊斃團練首領陳茂經，擊潰潼關守將哈連升的阻擊。
同治元年（1862年）五月三日，太平軍陳得才部東出潼關，進入河南，東去解廬州之圍。
同治元年五月（1862年6月），洪秀全命令各地太平軍回援天京，太平軍集結二十萬人兵力，10月起大戰湘軍四十多天，未能取勝。天京無糧，據李秀成說原因是“在京時，當與合朝文武在我府會集，聲言：眾位王兄王弟，凡有金銀，概行要買多米糧，切勿存留銀兩，買糧為首切等敘云云。合城文武遵我之言，果買米糧。那時洪姓出令，‘某欲買糧者非我洪之票不能。’要票出京者亦要銀買方得票行，無錢不能發票也，得票買糧回者重稅，是以各不肯買糧入京。固〈故〉積今日之患，國破實洪姓之自害此也。”12月，李秀成奉命北渡長江，由于無糧，太平軍損失很大，“此舉前后失去戰士數萬余人，因我一人之失銳，而國之危也。”
“攻克蘇州等縣，非算李鴻章本事，實得洋鬼之能。其將尚〈上〉海正稅招用其力，該鬼見銀亡命。”同治二年十月二十四日（1863年12月4日），蘇州守將譚紹光被部下郜永寬等八人殺死，蘇州被克復。淮軍奪回蘇州後，郜永寬等八人在常勝軍首領查爾斯·戈登的協調下，已經是清兵的臥底，李鴻章曾答應保住他們的性命，但而後李鴻章違反不殺降的諾言，命程學啟將郜永寬等八人斬首，還射殺千餘名投降的太平軍。不得不指出的是，蘇州屠殺事件直接當事人李鴻章與清朝政府、淮軍與清軍，不能互為代表，江南大營被太平軍殲滅后，華東地區已經沒有直接聽命于清朝皇室的大軍，淮軍為李鴻章個人的募兵，清朝政府也不得不起用，李鴻章也只能代表他自己而成為實力派，游走于清朝政府與英國之間。
同治二年十一月二日（1863年12月12日）李鴻章淮軍克復無錫，無錫太平軍守將黃子隆是“廣西藤縣人，軀幹矮小，狡勇非常，目光炯炯若電，詐稱不識字，不多言，亦無供狀，臨刑時顏色自若。”
同治三年三月二十二日（1864年4月27日），陳坤書太平軍與戈登常勝軍及劉銘傳淮軍在常州激戰。
同治三年四月六日（1864年5月1日）常州被克復，陳坤書“昂然直立，拒絕投降，并憤然（對李鴻章）說道，要不是戈登及其軍隊協助你作戰，我定叫你毫無辦法從我手中奪取這城池。”1864年7月南京最后的戰斗打響，事前李秀成違反洪秀全命令，將南京城內部分分不到糧食的人口遣散到城外，“闔城男女饑餓，日日哭求我救，不得已，即已強行密令，城中寒家男婦，準出城外逃生，各門分〈放〉出足有十三四萬之敷〈數〉。”而李秀成妻舅宋永祺勸降李秀成被補王莫仕暌當眾揭發。
淮軍占領蘇州
同治元年五月三日（1862年5月30日）天京被曾國荃包圍，后洪秀全命洪仁玕外出催救兵，“各守疆土，招兵固寵，不肯將國庫以固根本。于去歲十一月奉旨催兵解圍，身歷丹陽、常州、湖州。殊各路天兵憚于無糧，多不應命。”其時黃文金鎮守湖州，“因道路不通，不能頒兵往援”，洪仁政也“就在湖州住下”，所謂因“道路不能”而不能往援，如確是實情，則是對援救南京不負責任的表現了。
同治三年四月二十七日（1864年6月1日），洪秀全在多日以野草充饑後病逝，幼天王洪天貴福繼位。同治三年六月十六日（1864年7月19日）天京失守，隨後湘軍屠城，許多當地平民和太平軍人被殺。譚嗣同《北游訪學記》：“頃來金陵，見滿地荒寒現象。本地人言：發匪據城時，并未焚殺，百姓安堵如故。終以為彼叛匪也，故日盼官軍之至，不料官軍一破城，見人即殺，見屋即燒，子女玉帛，掃數悉入于湘軍，而金陵永窮矣。至今父老言之，猶深憤恨。”譚嗣同《仁學》：“一經湘軍之所謂克復，借搜緝捕盜為名，無良莠皆膏之于鋒刃，乘勢淫虜焚掠，無所不止，卷東南數省之精髓，悉數入于湘軍，或至逾三四十年，無能恢復其元氣，如金陵其尤凋慘者也。”中央研究院院士、中央研究院近代史研究所創所所長郭廷以在其所著《近代中國史綱》亦引趙烈文《能靜居日記》記載曾國荃率湘軍攻入南京城後的情景：「湘軍『貪掠奪，頗亂伍。中軍各勇留營者皆去搜括』，……『沿街死屍十之九皆老者。其幼孩未滿二、三歲者亦被戳以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無（均被虜），老者負傷或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四方。』凡此均為曾國荃幕友趙烈文目睹所記，總計死者約二、三十萬人。
洪仁玕、黃文金護送幼天王突圍。當幼天王、洪仁玕等被俘、失散的前一天，康王汪海洋的大軍從瑞金北上正進攻寧都州城，與幼天王一行相距只數十里。但事實是，近在咫尺，而幼天王一行竟孤立無援而敗亡被俘，原因不大可能是汪海洋不知道幼天王之所在——敗散的殘軍尚能得知與汪相距只六七十里，只要愿意，汪豈能探聽不到數十里外蒙難的幼天王之所在？豈能做不到親身或派出精兵去主動迎護？其所以沒有，主要是對幼天王一行不重視，心目中沒有幼天王一行的地位。洪天貴福等與汪相距不遠，洪盡力想趕上汪，而汪則是“要往福建去”，其無意于幼天王可知
李世賢是汪的主帥，其力量、威望遠高于汪海洋，而李世賢早已對洪秀全、對洪族不滿，對洪秀全的戰略及某些政策不滿。李世賢在幼天王一行進入江西之際卻到了廣東。英國駐廈門領事曾往訪長談，對李的才干和在軍中的威信，極為推重。：李極不滿洪秀全，認為昏庸無道，只是因不愿意造成分裂他才沒有公開反對，今則可以自行其志云云。處于這樣的思想狀態下，李世賢擺脫洪秀全還來不及，又怎會去迎接洪天貴福一行？李世賢、汪海洋對“迎駕”、“護駕”至少是不積極的。這應是當時洪仁玕、幼天王等總“趕不上”他們的一個重要原因。
同治三年九月九日（1864年10月9日），洪仁玕在江西石城（今江西石城縣木蘭鄉新河村古嶺組）兵敗被俘，十月二十五日（陽曆11月23日）在南昌被殺。九月二十五日（陽曆10月25日），幼天王洪天貴福在逃脫清兵追殺后四處亂走導致被盤出拿獲，十月二十日（陽曆11月18日）在南昌被凌遲處死。“偕王譚體元因埋銀二萬兩，后變了百姓，想挖銀子。”
江北的太平軍賴文光部與捻軍合并，于1865年在山東菏澤高樓寨摧毀了中原最后一支直接聽命于清朝皇室的野戰軍科爾沁部僧格林沁野戰騎兵（另一支直接聽命于清朝皇室的野戰軍為江南大營），這導致了長城以南廣大中國本土已經沒有直接聽命于清朝皇室的大軍，清朝皇室不得不重用湘軍與淮軍而尾大不掉。東捻軍於同治六年十二月十一日（1868年1月5日）在揚州東北瓦窯舖覆滅，西捻軍於同治七年六月二十八日（1868年8月16日）在山東茌平徒駭河被李鴻章淮軍消滅。最後一支留下太平天國年號的殘餘捻軍袁大魁部，於同治八年（1869年）在陝北保安被左宗棠消滅。
同治十一年三月（1872年4月），石達開餘部李文彩部在貴州大塘覆滅，這是最后一支可以查證的使用太平天國旗號的反清武裝，理論上是最后一支太平軍。，應以李文彩部的覆滅作為太平天國運動的結束標志。
紅色部分為太平天國的勢力範圍
太平天國在建國後，改清廷「省、府、道、縣」的行政區劃方式為「省、郡、縣」三級制，即取消“道”，改“府”為“郡”。
太平天國后期領導人之一干王洪仁玕曾數次聲稱太平天國欲劃分天下為二十一個省，這二十一省當是指清朝所設的十八省和東北三省，但太平天國各個時期的文獻中提到的省卻不止于此，另有蘇福省、天浦省、桂福省和伊犁省（新疆）。
洪仁玕還曾宣布，太平天國將在江南省設十二郡，其他省每省設十一郡，但這一構想脫離實際，沒有、也不可能得到落實。
太平天國文獻中提到過的省份分別是
# 江南省（又稱“天京省”，首府為天京，今南京周邊地區）
# 安徽省（首府為安慶）
# 江西省（首府為九江）
# 湖北省（首府為武瑲，即武昌）
# 天浦省（僅含天浦一縣，即江浦縣。）
# 蘇褔省（“福”字左側的“示”字旁改為“衣”字旁，又作蘇馥省。首府為蘇州，即今日蘇南東部）
# 桂褔省（“福”字左側的“示”字旁改為“衣”字旁。轄區不詳，有學者推測系蘇福省之改稱，但證據不足）
# 浙江天省（首府為杭州）
# 珊東省（即今日之山東）
# 珊西省（即今日之山西）
# 罪隸省（定于佔領后改為“遷善省”，即直隸，今日之京津地區、河北大部及河南、山東小部份地區。）
# 蕓南省（即云南）
# 桂州省（即貴州）
# 奉添省（即奉天，今日之遼寧）
# 烏隆江省（即黑龍江）
# 伊犁省（今日之新疆）
太平天國洪秀全玉璽，原印邊長19.6厘米，側面雕雙鳳朝陽紋。對於玉璽的真偽及其文字應怎樣讀起，學界歷來存有分歧
1856年以前太平天國全部圖書被命名為《旨準頒行詔書》包括24本：《天父上帝言題皇詔》、《天父下凡詔書》、《天命詔旨書》、《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》、《天條書》、《太平詔書》、《太平禮制》、《太平軍目》、《太平條規》、《頒行詔書》、《頒行歷書》、《太平癸好三年新歷》、《三字經》、《幼學詩》、《太平救世誥》、《建天京于金陵論》、《貶妖穴為罪隸論》、《詔書蓋璽頒行論》、《天朝田畝制度》、《天理要論》、《天情道理書》、《御制千字詔》、《行軍總要》。太平天國科舉考試考綱為《旨準頒行詔書》，就是上述24本書。“但世間有書不奏旨、不蓋璽而傳讀者，定然問罪也。”特別是“凡一切孔孟諸子百家妖書邪說者盡行焚除，皆不準買賣藏讀也，否則問罪也，讀者斬，收者斬，買者賣者一同斬。”“梵宮寶剎，必毀拆殆盡。”
1859年洪仁玕被洪秀全任命為（文化方面）總裁，總攬文衡，聿修試典，陳玉成為副總裁，蒙得恩為又副總裁，考綱改為《舊遺詔圣書》、《新遺詔圣書》、《天命詔旨書》、《天條書》、《三字經》、《真圣主御筆改正四書五經》，武舉加試《欽定武略》、《兵要四則》、射箭、刀法、大炮。
太平天國最高爵位為「王」，又設有義、安、福、燕、豫、侯，位居王爵之下。
太平天國的《太平軍目》、《天朝田畝制度》、《資政新篇》及貨幣。
太平天國的軍隊號稱太平軍，1850年7月為洪秀全建立。“太平軍行伍中以湖南湖北的人為最多，少數是來自廣西的。”太平軍按《太平軍目》規定，在正副軍師的統率下，有王、丞相、檢點、指揮、將軍；軍中官品級次序是總制、監軍、軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬。五人為伍、五伍為兩、四兩為卒、五卒為旅、五旅為師、五師為軍，其中伍長統轄4人、軍帥管13156人。
太平軍表定紀律甚嚴，按《定營條例》及《行營規矩》規定，必須遵守命令、愛護武器、保護人民利益、禁止私自藏匿金銀物資等；作戰號令按《行軍總要》部署。前期執行甚嚴，后期日漸松弛，在有將軍管理的地方軍紀較好，外圍軍隊軍紀不佳。太平天國從廣西轉戰到南京后曾在軍中推行男女隔離的分館制度，并將這一制度在首都天京推行了兩年，其后全面廢止。但在南京以外的太平天國占領區，僅于1852年初一克武昌期間在武漢短暫推行過，其他地區并未將此制度推行民間。
在1853年頒布的《天朝田畝制度》中，洪秀全規定平均分配土地，全國土地按年產的高低，分為上中下3級9等，上上田畝產1200斤，以下各等以100斤遞減，第九等以下田畝產400斤。好田和次田搭配，按照每家人口、年齡分配，16歲以上男女每人分數量相同的土地，15歲以下者減半。土地所有權歸天國所有。“凡天下田，豐荒相通，此處荒則移彼豐處，以賑此荒處，彼處荒則移此豐處，以賑彼荒處。”社會理想為“務使天下共享天父上主皇上帝大福，有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使，無處不均勻，無人不飽暖也。”
圣庫制度是太平天國創立的第一個經濟制度。這個制度是伴隨著太平軍金田團營而同時產生的，直到太平天國運動失敗，圣庫制度也隨之泯滅。太平軍第一次攻陷武漢後，沒收一切財產，存入設於武昌原絲綢貨棧的「聖庫」。太平軍中每軍都設有圣庫，定都南京后，在它的中央機構中設立“總圣庫”、“總圣糧”，俱各正副、又正副官四員，“職同檢點”。其下分設備典官任其事。
太平天國圣庫的物資來源，約有以下五方面；一是造反初期持上帝全會眾交給圣庫的銀糧衣物；二是打敗清軍或攻克城鎮所獲的戰利品；三是各處城鄉的員獻及對富戶派大捐、打先鋒所得的財物；四是“科派”、田賦與工商稅的收入；五是百工衙的生產品（如同今日的國營事業所得）等。天京城中設立的百式衙與諸匠營，是圣庫物資的重要來源之一。
英國傳教士麥都思于1853年采訪太平軍記載圣庫制度：
* 1853年4月27日—5月2日（咸豐三年三月二十一日至二十五日），英國戰艦HMS Hermes搭載第三任香港總督文咸爵士訪問太平天國并與北王韋昌輝及翼王石達開展開會晤。密迪樂為翻譯。文咸向英國外務大臣報告：“從任何觀點看，中立乃最為切要的辦法。”
* 1853年12月6日—13日（咸豐三年十一月六日至十三日），法國駐華公使布爾布隆訪問太平天國。
* 1854年5月27日—6月1日（咸豐四年五月一日至六日），美國駐華大使麥蓮訪問太平天國。麥蓮向美國國務院報告：“天王是不是會承認清朝與英國、美國、法國三國已簽訂的條約義務呢？這是極不可能的。”
* 1854年6月20日—7月6日（咸豐四年五月二十五日至六月十二日），第四任香港總督寶寧訪問太平天國并與東王楊秀清展開會晤。楊秀清說：“一俟平定時，不惟英國通商，萬國皆通商，天下之內兄弟也，立埠之事，俟后方定，害人之物為禁。”
* 1858年天津條約簽訂后英國駐華公使卜魯斯多次宣布不許太平軍進入上海，否則武力相見，還命令駐滬領事不準收受太平天國的公私函件。
* 1862年5月9日，英國駐寧波領事夏富禮向英國公使卜魯斯報告寧波太平軍射擊英法炮船的信：“太平天國竟宣稱租界是他們的，不屬我們，斷然拒絕承認我們在租界區的權利，因為租界區屬于天朝，所以它應該像中國其他的地方一樣，絕對受太平軍的管轄。”
太平天國也舉辦科舉考試，但是試題不來自四書五經，而是來自洪秀全頒行的詔書。考試資格也相較於清朝寬鬆。
太平軍早期的主體是客家人。在兩廣地區和廣府人等民系長期爲爭奪生存資源而爆發土客械鬥。
太平軍中期經過湖南后大舉擴軍，兵員主體變成湖南人為主（參見呤唎《太平天國革命親歷記》）
到后期，太平軍以廣西人為核心，湖南人為中層，基層士兵則以所到之處招募為主。
孫中山評價太平天國：
*「朱元璋、洪秀全各起自布衣，提三尺劍，驅逐異胡，即位於南京。朱明不數年．奄有漢家故土，傳世數百年而皇祀忽衰：洪朝不十餘年，及身而亡。無識者，特唱種種謬說，是朱（元璋）非洪（秀全），是蓋依成敗論豪傑也。」
*「本會以異族潛亂，天地慘黷，民不聊生，負澄清天下之任，使朱明之緒不絕，太平之師不熸，則猶漢家天下，政由已出，張弛自易。」
* 「五十年前太平天國即純為民族革命的代表，但只是民族革命，革命後仍不免專制，此等革命不算成功。」
* 「洪氏之覆亡，知有民族而不知有民權，知有君主而不知有民主。」
蔣中正評價太平天國：
* 「往者，洪楊諸先民，崛起東南，以抗滿清，雖志業未究而遽爾敗亡，而其民族思想之發皇，轟轟烈烈，在歷史上足以留一重大紀念焉。」
* 「太平天國之戰爭，為十九世紀東方第一之大戰。太平天國之歷史，為十九世紀在東方第一光榮之歷史。」
白崇禧評價太平天國：
* 「吾國自晉而後，異族代興赤縣，神州迭遭蹂躪，滿清崛起東北，入主中華二百餘載，其間熱血之士，慨華冑之胥溺、抱恢復之壯圖，隨時隨地以發難者不絕記載，而促其亡，以啟後人之思，莫若太平天國。按洪、楊諸子起自田間，揭竿舉義，縱橫十餘省，歷時十餘年，改正朔，易服色，定制度，開科舉，建國規模，亦巳粗備。雖勝敗靡常，興亡飆忽，然民族思想之磅礡，奇材異能之薈萃、革命建設之偉大，新制善政之措施，炳炳麟麟，至今猶有生意。」
蔡元培評價太平天國：
*「洪楊之事，應和之者率出於子女玉帛之嗜好；其所殘害，無所謂滿漢之界；而出死力以抵抗破壞之者，乃實在大多數之漢族。是亦足以證其種族之見之薄弱也。」
廣西梧州的一座太平天國紀念碑
在中國大陸，由於太平天國與中國共產黨的歷史相似性，太平天國一度成為一門顯學，二十世紀五十年代到八十年代中國資深的歷史學者大多數都曾涉足這一領域，整理挖掘的文獻資料和發表的學術論文數量總數上億字，參與太平天國歷史調查、研究、討論的人群從專家學者到普通的公民。整體說來，羅爾綱的《太平天國史》中對太平天國的評價，代表了二十世紀中國大陸學者對太平天國的主流評價，其基本觀點包括：
* 太平天國是在舊農民戰爭條件下的反對西方侵略反對封建統治的偉大的愛國農民戰爭。
* 太平天國深遠的影響和激動人心的革命精神，在中國近代史上起了偉大的推動歷史前進的火車頭的作用。太平天國運動失敗后，散落各地的太平天國將士在民間廣泛地傳播太平天國與西方侵略者和封建統治者斗爭的業績，激勵著后來的中國人民向帝國主義和封建主義進行英勇的鬥爭。
* 太平天國為辛亥革命鋪平了道路。太平天國掃蕩了清朝的八旗和綠營，清朝依靠漢族地主曾國藩的湘軍和李鴻章的淮軍的支援，維持住它的瀕臨絕境的統治。到太平天國失敗後，全國兵權、財權都分握於曾國藩一係的湘軍和李鴻章一係的淮軍人物的手裏，造成晚清中央政府無權、各省總督巡撫專政的局面。由於太平天國打破了清朝的統治機器，愛新覺羅氏的皇權陷於衰落，不可能再建立起堅強的中央政府，從而失去了對地方的控制權力。所以武昌起義，全國響應，太平天國不僅是直接影響了辛亥革命，而且為辛亥革命鋪平了道路。