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西元592年，和蘇我氏有姻親關系的皇族女性豐御食炊屋姬即位為推古天皇。她提名圣德太子（廄戶皇子）為攝政以加強皇權為核心的聖德太子改革。圣德太子制定十二階冠位和十七條憲法，奠定漢式的官僚制度的基礎，並受儒學影響，首先使用天皇名號；同時還派遣使節和留學生到隋朝學習。為了維持自己的專權，蘇我氏極力反對改革，蘇我入鹿還殺害圣德太子的兒子山背大兄王，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣鐮足（藤原鐮足）合謀刺殺蘇我入鹿，結束蘇我氏的專權。同年，孝德天皇即位，頒布大化改新詔，推行大化革新。
西元660年，唐朝滅百濟，為了復興自己的朝貢國百濟，日本出兵朝鮮半島，被唐朝和新羅聯軍在白村江擊敗，史稱白江口之役。668年，天智天皇即位，模仿唐朝建立戶籍管理制度，并于670年制定最早的全國性戶籍。672年，天智天皇駕崩，兒子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子與其爭位，爆發戰爭，史稱壬申之亂。大海人皇子在岐阜縣擊敗弘文天皇並即位，是為天武天皇。天武天皇時期，日本出現歷史上最早的錢幣富本錢。701年（大寶元年），頒布大寶律令。710年，元明天皇遷都平城京，飛鳥時代結束。
以平城京（今奈良）為都的時代。自710年（和銅三年）定都平城京，至784年（延歷三年）遷都長岡京，共計74年，是律令制社會的繁榮鼎盛時期，表現在政治經濟制度、階級關系、文化以及對外關系等方面。此時貴族內部政治斗爭不斷發生，例如長屋王之變、藤原四兄弟和橘諸兄與僧玄昉等爭權。而後在藤原廣嗣之亂，藤原仲麻呂排斥皇族成為第一個非皇族的太政大臣，僧道鏡利用孝謙上皇復位誅藤原仲麻呂，進升法王，企圖以禪讓方式覬覦皇位，引發道鏡之亂，實為天智家與天武家之皇位爭奪，使天皇專政的絕對權威受到削弱。光仁天皇及桓武天皇時期，朝廷力圖整頓混亂的政治形勢，縮減財政開支，改革兵制，向東北地區擴展疆域，謀求整形和重新加強律令制。
以平安京（京都）為都城的歷史時代，始于794年（延歷十三年）桓武天皇遷都平安京，終于1185年鐮倉幕府成立，歷經約400年。平安時代可分為三個時期：前期（794-967年）為律令制松懈但繼續運用時期。中期（968-1068年）為攝關政治確立與全盛時期。后期（1069-1190年）為院政時期，被史學界劃入中世。院政后期由伊勢平氏專政，平清盛長年擔任公卿，權傾朝野，更透過婚姻關係成為天皇的親家，院政時期的藤原攝關家、法皇等各自與各種武家勢力結合，促使伊勢平氏與清和源氏等武家勢力急劇上升。
莊園制度讓開墾耕地的人永久擁有耕地，他們結合成利益集團，更武力兼併莊園，漸成各地武家實力的來源。
平安時代晚期后三條天皇開啟日本的院政期。現在的研究認為，作為歷史分期的標誌的主要因素，如莊園制、權門體制等等，都在院政期確立。因此，中世從院政時代開始而不是鐮倉時代開始已經成為共識。院政是中世王權的基本形式，退位的天皇即“治天”作為天皇家的家長執掌國政。盡管院政時代一般僅指鐮倉時代以前的時期，但事實上，院政這一政治形式一直延續下去。
關于中世國家的統治模式，有“權門體制論”和“東國國家論”兩個基本觀點。“權門體制論”認為以莊園制為基礎的“權門勢家”（武家、公家、寺社勢力）互相補充、分掌國政，統一在天皇王權之下。鐮倉幕府是承擔軍事、警察職能的軍事權門。也有的學者主張京都的天皇、公家朝廷與鐮倉幕府是兩個不同的政權及王權。在中央朝廷的秩序之外，權門勢家均有各自的家政機構及法制體系，公家、武家、寺家各大權門勢家各有自己的政所、武裝力量，有著自己的莊園支配系統，并且在自己的支配范圍內實施審判權。院政晚期，以平清盛為代表的武士勢力登上中央政治舞臺。
在宗教政策上，中世的典型特征是顯密體制。以延歷寺、園城寺、東寺、興福寺為中心的顯密寺院承擔鎮護國家的職能，開展各樣的密教法會、祈禱。而大寺社也有自己的家政機構、武裝力量、莊園，作為“寺家”或者“寺社勢力”與公家、武家互相補充，掌控國家。
源平合戰（治承·壽永內亂）與後，源賴朝建立以鐮倉為中心的武家權力機構。武家權力機構鐮倉幕府作為執掌軍事警察權和一部分裁判權的武家權門機構與公家政權共同支配國家。鐮倉幕府與公家朝廷在長時間內保持著合作的友好關系。鐮倉幕府于治承·壽永內亂之中成立，終于1333年（正慶二年，元弘三年）幕府滅亡，歷經近一百五十年。
源賴朝在打敗伊勢平氏以後，在后白河天皇（時為法皇）的挑撥下，與他的弟弟源義經交惡，後來義經轉投奧州藤原氏，賴朝迫奧州藤原氏殺死義經，但義經死後兩月，奧州藤原氏仍然被鎌倉幕府所滅。
源賴朝死後，幕府的政權開始被他的妻子北條政子與岳父北條時政掌握，北條政子又稱為尼姑將軍。北條氏借由世襲幕府執權一職架空幕府將軍的權力，甚至在除掉第二、三代將軍源賴家、源實朝兄弟以後，從京都迎接貴族攝關家藤原氏甚至皇室成員出任將軍，即“攝家將軍”與“親王將軍”時期。在將軍九條賴經的時代，將軍支配眾多有力御家人以對抗北條氏，在京都則有將軍的父親九條道家執掌公家最高權力，延歷寺等大寺社也被九條家控制，此時九條家的勢力達到頂點。但在寶治合戰后，九條家失敗。此後，幕府的政權被北條得宗家所世襲的執權所領導，史稱得宗專制。而幕府也很大程度上左右朝廷的政局、攝關的更替及皇位的廢立等等。
鐮倉時代的朝廷仍然維持了院政時期以來的政務治理，并在鐮倉幕府的影響之下積極實施訴訟審判制度改革。朝廷與幕府之間建立了以關東申次為核心的公武交涉制度。鐮倉時代后期，天皇家分裂為大覺寺統和持明院統，二者交替執政，史稱“兩統迭立”。“兩統迭立”造成的混亂最終給南北朝動亂的爆發埋下了伏筆。
在幕府執權北條時宗執政的時候，元世祖忽必烈曾兩次侵日未果。但“蒙古襲來”卻給日本社會帶來了深重的影響。尤其十一、十二世紀以來的“神國”“佛國”思想在“蒙古襲來”以后進一步發展。
後期，鐮倉幕府的統治日漸衰敗，無法維持。鐮倉幕府對王位繼承的介入引發了王權的混亂。特別是后醍醐天皇即位后，他不滿足于作為過渡者的地位，決心討伐其政治上最大的障礙鐮倉幕府。元弘年間，鐮倉幕府被討伐大將、上野大族足利尊氏的倒戈而滅亡。
在院政后期和鐮倉時代，日宋日元貿易的繁榮推動文化的發展。禪律僧推動的佛教變革，為日本文化引入新的元素。入宋僧榮西、道元、俊芿、圓爾辨圓等在宋朝留下足跡，而蘭溪道隆、無學祖元等的東渡也使得鐮倉時代被稱為“渡來僧的時代”。
後醍醐天皇消滅鎌倉幕府後，就進行第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。后醍醐天皇的新政措施引發了一部分武士和公卿貴族的不滿。其中，倒幕大將足利尊氏更為不滿，他雖然被賜給天皇名字中的尊字，但他想再度開創幕府，結果足利尊氏迫使大覺寺統的後醍醐天皇退位。足利尊氏與失勢的持明院統及反對后醍醐天皇的公家勢力結合，擁立新天皇，新天皇光明天皇策封他為征夷大將軍，建室町幕府，是為北朝。而後醍醐天皇退位後持著天皇象徵的三神器退往大和的吉野（今奈良縣），是為南朝，至此南北朝終於形成，史書還稱為“一天二帝南北京”。
南朝在支持他的武家勢力的幫助下持續與北朝作戰，并利用足利尊氏與足利直義的矛盾，一度在觀應擾亂中得勢，北朝的光嚴上皇光明天皇直仁親王都被擄走。經過多次攻防後，南朝的勢力衰退，最終南朝的天皇把三神器交給北朝的天皇，結束南北朝時代。觀應擾亂之后，公家朝廷的實力弱化，在室町幕府的幫助之下繼續維持，室町政權的統治者則作為公家與武家政權的首班，成為“公武統一政權”的實際領導者。
鹿苑寺金閣（北山文化）
足利氏原是上野豪族，而且更是鎌倉幕府將軍源賴朝同族，足利尊氏在京都的室町開設幕府，是為室町幕府。
南北朝的統一是第三代將軍足利義滿進行的，今谷明認為他統一以后曾企圖篡奪皇位，但是現在的更多研究則傾向于認為足利義滿不曾有篡位的企圖，足利義滿受明國（即國號中國、中華，所謂的明朝。不過，在國際的古書們中，包括國號朝鮮的古國，都是記載著明，或者是明國）冊封的“日本國王”稱號也并未在日本國內使用。一些學者認為，足利義滿獲得了近乎“院”的權力，但在足利義滿之子足利義持執政以后，足利義持則退回到相當于攝關的地位上。足利義滿當政期間，公家、武家紛紛與足利義滿結成主從關系，在他的庇護之下建立公武一統的政權。足利義滿在京都及京都郊外建立華麗的相國寺、相國寺七重塔、北山殿，使得足利義滿時期的文化被稱作“北山文化”。
室町時代前中期是相對穩定和平的時期，也是日本文化形成的最關鍵時期之一。但室町時代同時也是不斷爆發饑荒的時代，受到饑荒影響的“德政”運動和“一揆”的頻發也動搖了室町政權的統治基礎。
室町幕府第三任將軍足利義滿推動了日明勘合貿易的發展。1401年，足利義滿曾向明朝朝貢，明國（即國號中國、中華，所謂的明朝。在當時的國際古書們中，都是記載著明，或者是明國）賜足利義滿“日本國王”金印一枚，足利義滿回書自稱“日本國王，臣源義滿”。當時，足利義滿身著僧衣，在金閣寺迎接明使，但兩國於7年後斷交。日本對“唐物”有著空前的喜好，而明朝銅錢的流入推動了日本商品經濟的發展。
第八代將軍足利義政執政時期，將軍權力與大名集團的矛盾、大名集團內部的矛盾引發應仁之亂，自此幕府的權威日漸低落。受到應仁之亂的影響，尤其是其后爆發的明應之變使得將軍權力的影響力急劇降低。原本居住在京都參與中央政治的大名們紛紛回到自己的領國，著力于領國治理，日本至此進入以地方為主的社會。傳統的大名與天皇權威漸趨弱勢，原本受幕府策封於各地的守護大名，有的漸漸被守護代（副官）、家臣、國人篡奪政權，稱之為「下剋上」，而有的大名則可以保持政權至戰國時代。從應仁之亂開始至室町幕府滅亡，被稱為戰國時代。
在京都，由於被管領細川家所干涉，足利幕府的權威日漸衰落，細川勝元甚至另擁立新將軍。之後第十三代將軍足利義輝被三好長慶家臣松永久秀所殺，他的弟弟足利義昭被織田信長擁立，後因與信長作對而被流放，足利幕府滅亡，正式進入安土桃山時代。
天正元年（1573年），織田信長放逐末代將軍足利義昭，室町幕府宣告滅亡。後逐漸成為全國最強大的軍事首領，並開始積極拓展統治版圖，直到天正十年（1582年）消滅甲斐大名武田氏為止，已幾乎完全控制近畿與東海地方，並將勢力延伸至中國地方、甲信越地方、四國地方以及北陸地方，此時的全國實際政治中心也轉移到安土城的織田氏手上。同年，部將明智光秀發動本能寺之變，織田信長死去（或說失蹤），其長子兼織田家家督織田信忠敗給明智光秀後自殺，整個織田氏頓時陷入混亂。
此時，織田氏部將羽柴秀吉在山崎之戰中討滅明智光秀，並在後來的清洲會議中擁立織田秀信繼位並取得優勢，而於隔年的賤岳之戰打敗另一重臣柴田勝家，成功整合織田氏的版圖。
1584年，羽柴秀吉與東海地方大名德川家康爆發會戰，雙方經過一番對峙後進行和解並結為同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此為根據地建立豐臣政權，開始進行統一全國的計劃。1585年，羽柴秀吉認近衛前久為猶父提高身價出任關白。經歷四次的大規模討伐後，1590年，接受天皇賜姓豐臣的秀吉完成全國大致上的統一，使日本進入百年來首見的和平時期，全國的實際政治中心也轉移到大坂城的豐臣氏手上。
此後，豐臣秀吉鼓勵商業以廣開財源外，持續推動全國檢地與刀狩令的工作，並以各種手段削弱主要大名的封地。
1592年起，他發動兩次侵略朝鮮的戰爭，史上合稱文祿·慶長之役（即萬曆朝鮮戰爭，韓稱壬辰衛國戰爭）。這場戰爭導致西日本諸大名實力大損外，也造成豐臣氏財力上嚴重的負擔，並促使家臣嚴重分裂。1595年，秀吉為幼子豐臣秀賴接班鋪路，賜死時任關白的養子豐臣家家督豐臣秀次。
1598年，太閤豐臣秀吉去世，秀賴年幼繼位。全國再度陷入混亂。當時最強大的大名德川家康利用政治手段控制大坂城的權力中心，招致多數大名與豐臣內部文官的不滿。1600年，不滿的大名在文官石田三成與大名毛利輝元的號召下起兵討伐德川家康，雙方在關原之戰中交手，結果德川家康大獲全勝，成為全國實際的統治者。1603年，天皇下旨封其為征夷大將軍開創江戶幕府，至此進入江戶時代。
江戶幕府時期的熊本城。
1603年（慶長8年）至1867年（慶應3年）間被稱為江戶時代，於江戶設置江戶幕府。
豐臣秀吉死後，德川家康在關原之戰中獲得勝利並被委任為征夷大將軍，於大坂之戰中滅豐臣氏。幕府藉由禁中並公家諸法度與武家諸法度駕馭朝廷和大名，各大名因參勤交代制度被要求定期往返江戶與其領地。幕府禁止基督教，經歷島原之亂並完成鎖國政策，只進行少部份在長崎出島與荷蘭和清朝的交易。和朝鮮王朝則透過朝鮮通信使維持關係。
政治一安定經濟也跟著發展，在德川綱吉時代景氣良好，商人與町人盛行元祿文化。江戶時代中葉，幕府財政陷入困境，德川吉宗實行享保改革後暫時恢復財政，之後卻又再度惡化，在其後由松平定信推動的寬政改革、水野忠邦推動的天保改革等企圖改善，但卻未解決根本。伴隨著貨商經濟的發展，在化政文化和町人文化盛行之下，以往以米的年貢為基本收入的大名與旗本轉為貧窮。大名實行藩政改革，土佐藩、長州藩與薩摩藩等在靠此改革成功後被稱呼為「雄藩」。
日本最早對蝦夷地的開拓始於江戶時代，當時幕府派出最上德內、、間宮林藏、伊能忠敬等人探險北海道、庫頁島和千島群島地區，和人對北海道的地理狀況亦有了更多了解。1799年，幕府將東蝦夷地改為幕府直轄地。1807年又將西蝦夷地改為幕府直轄地。不過在沙俄的威脅減輕之後，1821年，全蝦夷地又重新成為松前藩領地。
幕府末年經由培里來航而簽下神奈川條約（即「」），依此條約，日本開放了下田及箱館兩港口。隨著尊王攘夷思想強盛，幕府大老遇刺身亡與薩英戰爭都令幕府的權威一落千丈，最終德川慶喜先後把政權與領地交還朝廷。
明治年間（1868年－1912年）稱為明治時代。經過王政復古大號令及戊辰戰爭後，擁戴朝廷的諸藩，成立明治大日本帝國政府。1867年末代德川幕府將軍德川慶喜主動大政奉還，以明治天皇為首的新政府正式成立，江戶時代結束。
1868年開始的明治維新對日本進行了多項大刀闊斧的改革，在地方政治上廢藩置縣，廢除大名制度。新政府確立新的國家制度，設立議會及制定憲法。1889年，新政府頒布了《大日本帝國憲法》（又稱《明治憲法》），1890年舉行了第一次帝國議會。另一方面，又以培植產業及加強軍力為國策推進。
1868年，明治新政府宣布設立後，便將北海道納入新政府統治之內。然而在1869年1月，舊幕府軍佔領五稜郭，其首領榎本武揚宣布成立蝦夷共和國，並和新政府軍之間爆發箱館戰爭。在舊幕府軍投降之後，新政府宣布在北海道全境設11國86郡。1869年，新政府創建了開拓使，北海道開始進入大規模開發時代。新政府鼓勵失去工作的武士和士族移民北海道，並且為了加強國防，還設置了屯田兵制度。除了政府動員的移民之外，亦有自發性的大規模移民，其代表例為帶廣的晩成社。1882年，開拓使被廢止，政府改設函館縣、札幌縣、根室縣三個縣來管理北海道。但由於北海道人口分佈不均，這一體制效率不彰。1886年，政府決定廢除三縣，改設。
然而大量士族在明治維新的過程中失業，造成極大社會問題，舊藩士在新政下生活困苦，演變成西南戰爭。
日本後來有出兵臺灣之議。1871年10月，一艘琉球國船隻於颱風後漂流至臺灣東南部，其中54名登島乘客被原住民出草殺害，史稱八瑤灣事件。由於當時琉球國同時向清朝和日本朝貢，而清廷表示將事件交由日本處理，日本因而在1874年5月攻打臺灣南部排灣族部落，是為「牡丹社事件」。
在駐華英國公使調停下，中日兩國簽訂《北京專約》，後來日本政府將條文中的「琉球人」詮釋為「日本國屬民」，染指清朝朝貢國琉球國，藉此在1879年吞并了琉球，琉球王國滅亡，并改設為沖繩縣。
1894年，朝鮮發生東學黨起義，中日按《天津條約》同時出兵朝鮮半島，起義平息后日本要求繼續駐兵被拒，其後扣留高宗李熙，命大院君李昰應主國事，後日本稱發現李昰應曾要求東學黨與清軍一起驅逐日軍，於是不宣而戰，突襲駐守於朝鮮的大清海軍。隨後於1894年8月1日，中日兩國互相宣戰，甲午戰爭正式爆發。1895年2月，清軍潰敗，清廷被迫派李鴻章代表清廷向日本求和，並以戰敗國身份在日本威逼下簽訂了條件苛刻的不平等條約《馬關條約》，日本在此條約中獲得了臺灣主權、以及二億兩白銀的巨額賠款，使臺灣成為日本第一個殖民地。
1900年，俄國趁八國聯軍侵華戰爭時單獨出兵佔據中國東北，但各國與清廷議和后俄國拒不撤兵，遂與日英等國交惡，最終在1904年爆發日俄戰爭，日本獲勝，取得庫頁島（日本稱樺太）北緯50度以南的部分。
1910年與大韓帝國簽訂了《日韓合併條約》，令朝鮮半島合併成為日本的一部分。
大正年間（1912年－1926年）稱為大正時代。明治天皇於1912年駕崩，子嘉仁繼位，改元大正，是為大正時代。大正元年，因為陸軍倒閣而引起第一次護憲運動（即：大正民主運動），開始出現政黨政治。大正時代前期，發生第一次世界大戰，時為自明治維新以來日本國力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁攝政，1923年發生關東大地震，以及一戰後在國際和平會議中節節敗退，使日本日漸艱難。權貴與政黨不斷抗爭，發生第二次護憲運動，實行全民普選（1925年）。亦由唯一的元老西園寺公望推薦內閣總理大臣（首相），提倡“”。
日本在第一次世界大戰中投向協約國，向同盟國宣戰，戰勝後獲得了德國在中國山東半島的殖民地。1914年9月，日本向德國宣戰，發動青島戰役，11月攻佔青島。第一次世界大戰使日本富強，日本進入「大正民主」時期。1918年，米價急漲，日本農村爆發米騒動事件，並演變成武裝衝突，參與者逾二百萬人；事後警方逮捕超過二萬五千人，其中八千二百人被判各項刑罰：輕則罰款，重則處死；此事亦使寺內內閣下臺。由於當時日本內地的大米供不應求，因而增加生產朝鮮和臺灣的大米，並進口更多的外地大米至內地，以解內地缺米之憂；朝鮮和臺灣對內供米減少，朝鮮農民只能從滿洲進口雜糧充饑。
第一次世界大戰期間，由于軍需等因素的影響，日本的經濟呈現畸形繁榮。大戰剛結束，日本就爆發了1918年經濟危機，經過調整，至1919年四五月間開始回升。1920年春，日本又陷入了新的經濟危機，日本經濟由此一蹶不振，陷入了歷時十年的長期蕭條。對此日本政府采取了救濟措施，但這些措施都未能從根本上扭轉局勢。在整個社會尚處在經濟危機的泥沼之中時，1923年9月1日日本又遭受了關東大地震的嚴重打擊。
西伯利亞干涉時，協約國士官合影。
1917年，俄國爆發十月革命，布爾什維克黨推翻了克倫斯基的臨時政府，奪取了彼得格勒的政權。1918年3月蘇維埃俄國與德國單獨媾和，簽訂了《布列斯特-立陶夫斯克條約》，退出第一次世界大戰。為此，協約國決定武裝干涉蘇俄革命，俄國白軍得到日本等協約國成員支援推翻布爾什維克政權。
1918年，第一次世界大戰的協約國派遣軍隊在西伯利亞東面海岸登陸，直接武裝支援俄國白軍推翻在西伯利亞的布爾什維克政權。事件最後失敗告終，蘇聯共產政府確立。1920年協約國撤出俄國后，日本軍隊單獨留在西伯利亞，直至1922年日本軍隊才撤出西伯利亞。
1926年12月25日，大正天皇駕崩，皇太子裕仁親王繼位，是為昭和時代。
昭和金融恐慌時，銀行擠提的情形。
翌年，臺灣總督府宣布，開始臺灣日治時期極重要的水利工程——嘉南大圳，並於1930年竣工。1923年9月，日本關東大地震，死亡人數達十三萬人，日本經濟遭遇重創；1927年4月，由于日本政府救濟臺灣銀行失敗，陷全國金融於險地，史稱「昭和金融恐慌」；1930年，世界經濟陷入嚴重衰退，日本未能倖免。在此期間，濱口、犬養和岡田內閣為挽救經濟，主張削減軍費，使軍部和右翼組織不滿，三人亦先後被暗殺。
1931年，日軍發動九一八事變，入侵中國東北，扶植傀儡國家滿洲國；再於1932年，在上海發動一二八事變。
八纮一宇是大日本帝國第二次世界大戰時期的國家格言，日本政府宣傳部門的解釋是天下一家、世界大同的意思，但在當時的氛圍下，實質上是服務軍方的侵略擴張政策。圖為八纮之基柱的竣工儀式。
1936年2月26日，發生了二二六事件，廣田弘毅組閣，建立以天皇及軍部為本的法西斯體制。
統制派軍人東條英機掌權後，日本對中國開展大規模侵略。1937年7月7日，日軍策動盧溝橋事變，正式入侵中國，引發中日戰爭。戰時日軍佔領華東平原，包括首都南京，並試圖以南京大屠殺逼中國軍民屈服，估計被殺人數約三十萬人，蔣中正率領的國民革命軍只能退守中國西南一帶。但其後戰情僵持不下，令日軍陷入消耗戰；曠日持久，消耗日軍大量人力、物力和財力，加上歐美對日本禁運，石油和鋼鐵等，不得運往日本。因此軍方孤注一擲，發動「大東亞戰爭」，向南亞繼續擴張，史稱太平洋戰爭。
在政黨政治日漸衰落（例如田中義一主張懲罰殺害張作霖的兇手而被迫下臺），內閣總理大臣（首相）甚至會被軍人政變刺殺，如五一五事件，或任意廢立（首相意見或政策若與軍部不同調，便會遭到軍方倒閣撤廢，換上親軍部的人馬），二二六事件之後，統制派首腦東條英機等軍人集團漸漸掌握內閣與議會的控制權，朝向軍閥獨裁的方向前進。
1941年12月，日軍偷襲夏威夷的美軍基地珍珠港，並正式向美國、英國和荷蘭宣戰，同時開始進軍東南亞等太平洋地區。日軍起初連戰皆捷，然而大日本帝國海軍在中途島戰役大敗，成為太平洋戰爭的轉捩點。1938年以來，日軍以「掃蕩」、「三光作戰」，試圖穩定中國的日佔區，但仍無法扭轉整體局勢。戰爭後期，美國海軍陸戰隊接連攻下硫磺島和沖繩島，美軍B-29轟炸機隨即密集轟炸日本本土，許多城市遇襲，市民傷亡慘重、工業設施盡毀，並重創日本的飛機工廠和機場。1945年8月6日和9日，美軍依次在廣島市和長崎市投下兩枚原子彈；同時蘇聯亦於8月8日對日本宣戰，佔領日屬滿洲。8月15日，昭和天皇以電臺廣播宣佈投降。9月2日，日本政府簽署降伏文書，接受波茨坦宣言，並將領土範圍限於本州、北海道、九州、四國以及其他指定島嶼。第二次世界大戰正式結束。
日本投降詔書發出的同時，昭和天皇所信任的鈴木貫太郎內閣總辭，授意與皇族東久邇宮稔彥王組閣，東久彌宮是皇后久彌宮良子的伯父。東久彌宮內閣，是日本歷史上唯一的皇族內閣。天皇發布大命時通常是為了穩定變局。當時，東久邇宮內閣中，有前首相近衛文麿任國務大臣、重光葵任外務大臣。後來重光葵因故辭職，由前奉天總領事，元老牧野伸顯的女婿吉田茂繼任。
此時，盟軍派遣道格拉斯?麥克阿瑟擔任盟軍政府總司令，要求內務大臣山崎巖，東久彌宮內閣於是總辭，任期只有五十四日，成為日本史上最短命的內閣。
東久彌宮內閣倒臺後，昭和天皇任命親美英派的幣原喜重郎組閣，昭和二十年（1945）十月九日，幣原內閣成立。幣原令人熟悉的事跡就是二十年代的幣原外交。
戰後的政黨如雨後春筍一樣大量成立，包括日本自由黨（總裁鳩山一郎）、日本社會黨（片山哲書記長）、日本進步黨（總裁町田忠治）、日本協同黨（委員長山本實彥）、日本共產黨（書記長德田球一）也恢復活動。翌年一月，盟軍總部（GHQ）公布公職追放令，禁止戰犯出任公職。
戰後，第一次總選舉在昭和二十一年（1946年）四月十日舉行，自由黨得到141席、進步黨得到94席、社會黨得到93席、協同黨得到14席、共産黨得5席、其餘諸派38席、無黨籍81席。自由黨成為第一黨，鳩山一郎正準備組閣之際，盟軍總部的公職追放令也燒到他身上，使他失去組閣的權力，於是他把自由黨以及總理職位暫交給外務大臣吉田茂。
結果，吉田茂成為舊憲法下，最後一個被天皇大命降下而任命的總理大臣。他邀請前首相幣原入閣，與進步黨聯合組閣。
戰後在盟軍的佔領下，根據日本國憲法，天皇成為國家的象徵，國民主權與全力發展經濟路線也在憲法中得到確立。日本國憲法下第一次國會大選，吉田的政黨大敗，以日本社會黨為首的在野政黨勝出，組成以日本社會黨及民主黨為首的聯合內閣，社會黨的片山哲、民主黨的蘆田均相繼出任首相，可惜當時社會黨內部左右派嚴重對立，而且又爆發昭電疑獄事件，聯合政府倒臺。吉田茂再次重登相位，連續四次組閣，合共第一次組閣為日本史上唯一的。1948年12月23日，七名甲級戰犯在東京都豐島區池袋巢鴨監獄執行死刑。
1951年舊金山和約簽定。
1951年9月8日，舊金山和約簽定。1952年4月28日，和約生效，日本恢復國家主權。
鳩山一郎復出後，與吉田茂對立，最後吉田茂在內外交困下，不得不下臺，鳩山一郎以上臺後立即解散國會為條件與在野黨妥協組閣，大選以後再次組閣。1955年，已經分裂的左右社會黨，再次結成日本社會黨；同年，鳩山一郎再次結合他的民主黨及自由黨，結成自由民主黨，時稱為。此後，自由民主黨為執政黨、日本社會黨為最大在野黨的政治生態一直持續到1993年，被稱為「55年體制」。
鳩山一郎在促成日蘇建交後退下，石橋湛山繼任，但石橋不久又因健康而被迫辭職，最後由被指為戰犯嫌疑的外務大臣岸信介繼任（1957年）。岸信介主要政績是修改日美安保條約，為此，革新與保守兩大勢力進行最終對決，爆發日本現代史上最大規模的社會運動「安保鬥爭」，出現不斷的學生運動。其後，日美安保條約修訂自然生效。岸信介被右翼份子刺傷後退任，由吉田茂的得意弟子、通產大臣池田勇人繼任。
池田上場後，面對岸信介所留下的社會對立局面，他提出「寬容與忍耐」口號。經濟高速增長（尤其在1960年代池田內閣時期，所得倍增計劃得到實現），還被稱為經濟大國。池田連續三次組閣，甚至與同屬吉田茂門下的佐藤榮作在自民黨總裁選舉中競爭，最後因患上喉癌不得不辭職。佐藤榮作繼任。佐藤組閣後，日本的經濟進一步上揚，沖繩返還也在其任內發生。
1964年，東京舉辦夏季奧運，這是日本首次舉辦奧運，也是奧運第一次在亞洲國家舉辦。奧運開幕前，全世界首條商用的高速鐵路——東海道新幹線通車啟用。1970年，大阪萬博舉辦，這是日本首次主辦世界博覽會。
佐藤榮作連續四次當選自民黨總裁，並連續三次組閣，任期也超過恩師吉田茂及明治時代的桂太郎。他宣佈引退後，自民黨有5人參選黨總裁，分別是佐藤派的田中角榮、大平派的大平正芳、福田派的福田赳夫、三木派的三木武夫，四人參與總裁選舉。結果只有田中與福田二人出線，世稱為角福戰爭，田中角榮成功拉攏大平、三木以及中曾根康弘結果以擊敗福田當選總裁組閣。
田中角榮最重要政績，是日本與中華人民共和國建交、以及日本列島改造計劃。同時田中被指責推動金權政治。自此自民黨走入一連串的弊案之中。昭和四十九年（1974年）10月，《文藝春秋》刊出「田中角榮研究──其金脈與人脈」，引來黨內及國會的追究。田中在同年十一月宣佈辭職。
自民黨副總裁椎名悅三郎召見大平正芳、福田赳夫、三木武夫、中曾根康弘。指定由三木武夫繼任總裁，世稱椎名裁定。三木武夫組閣後，美國水門案所引發的餘波，揭發洛克希德事件。田中涉及貪污醜聞。三木武夫企圖拿此事向田中角榮開刀。結果引來黨內大派系組成舉黨協，推舉福田赳夫為繼任總裁，結果在眾議院選舉中，自民黨大敗，僅籍追加公認維持議席過半數，三木辭職，由福田赳夫繼任。
福田赳夫原本與大平正芳有密約，福田把黨務交給大平，許諾只做一任（兩年），會讓給大平。但福田背約競選連任黨總裁，大平參選。結果在初選中，大平壓倒性擊敗福田，福田宣佈退選。大平組閣。
翌年眾議院選舉，自民黨由於一連串的醜聞，失去不少議席，僅籍追加公認維持議席過半數。福田、三木、中曾根三派要求大平辭職，大平得到田中派支持而拒絕，引發四十日抗爭。昭和五十四年（1979年）十一月，自民黨創黨以來，首次在國會首相指名選舉中，自民黨黨總裁與黨員同時參與選舉，結果大平在田中派以及小黨新自由俱樂部支持下，在決選投票中擊敗福田赳夫組閣。
昭和五十五年（1980年），日本社會黨、公明黨、民社黨提出內閣不信任動議，非主流派組成黨風刷新聯盟。要求整頓綱紀。但領導層的回覆不完整，結果非主流派態度強硬，結果在非主流的支持及缺席下，不信任動議以243對187通過，大平被迫解散國會，在選舉中大平突然死去，由於大平之死，自民黨大勝。最後由鈴木善幸組閣。
兩年後，鈴木善幸不連任黨總裁，結果中曾根康弘當選黨總裁組閣，中曾根帶領自民黨再次走向高峰，1983年及1986年的參眾兩院同時選舉，自民黨大勝。中曾根的總裁任期也曾被延長一年，直至1987年宣佈辭職，指定竹下派的竹下登繼承總裁及組閣。日本的經濟在此時期達至高峰，但在廣場協議後，開始出現經濟泡沫的局面。昭和六十四年（1989年）1月7日，在位64年的昭和天皇崩御，享壽87歲。昭和天皇的去世，為日本長達64年（實際62年零14天）的昭和時期劃上句號，日本進入平成時代。
在位62年的昭和天皇於昭和六十四年（1989年）1月7日駕崩，子明仁繼位，駕崩隔日起（1月8日）改元平成，日本進入平成時代（1989年1月8日至2019年4月30日）。
1989年，受到連串醜聞的打擊，自民黨在參選院改選失去多數，至此參議院出現沒有單一政黨可以取得過半數議席，加上數個新政黨的成立，開始出現多黨競合的時代。
1993年，由於自民黨未能實現政治改革，羽田派在不信任案中造反引致大選。在羽田派、武村正義等人離黨競選下，自民黨失去國會眾議院過半的席位。以羽田派的核心人物小澤一郎的奔走下，成功拉攏日本新黨的細川護熙，組成非自民黨及非共產黨的七黨一會聯合政府，自民黨38年的執政告終。55年體制宣告瓦解，宮澤喜一辭去自民黨總裁，由河野洋平接任。自民黨首次淪為在野黨。不過，由於七黨一會聯合政府的不和，加上小澤一郎在聯合政府的角色，讓聯合政府的最大政黨社會黨等不滿。聯合政府於1994年4月瓦解。最終社會黨與過去多年來的最大對手自民黨合組聯合政府。自民黨在短暫下臺11個月後重新執政。
1995年9月，橋本龍太郎接替河野洋平出任自民黨總裁。1996年1月11日，社會黨籍首相村山富市辭職，由橋本接任，自民黨正式重新執政。1998年，自民黨再次在參議院選舉失敗，橋本辭職。自民黨其後與公明黨組建聯合政府，維持參眾兩院的多數。
2001年，小泉純一郎當選自民黨總裁，成為首相。小泉擔任首相長達五年半，是日本戰後少數在任較長的首相之一。任內加強與美國的關係，推動郵政民營化等政績。2003年，小泉獲得連任。同年，自民黨總裁的任期由兩年延至三年。不過，任內由於堅持每年也參拜靖國神社，導致與中國、韓國的外交關係緊張。2006年，安倍晉三接任首相。
2007年，自民黨在參議院選舉大敗，首次在參議院淪為第二大黨，最終導致安倍辭職。此後首相更替頻繁。2009年的眾議院選舉，自民黨首次失去眾議院的第一大黨地位，民主黨成為執政黨，實現21世紀日本首次的政黨輪替。不過，由於民主黨施政失誤，違反競選承諾，加上處理311大地震（東日本大震災）失當，首相更替頻繁及派閥鬥爭，政府支持度大減。最終由於消費稅增稅的問題，導致民主黨提前於2012年底改選眾議院。
2012年底，自民黨連同公明黨在眾議院選舉取得三分之二的議席，以壓倒性勝利重新執政，安倍晉三再次出任首相。安倍晉三政權上臺後，推行安倍經濟學。2013年，自民黨在參議院選舉重新成為第一大黨，結束六年的扭曲國會局面，當年9月成功申辦2020年夏季奧林匹克運動會，是日本自1964年以來第二度主辦夏季奧運，主辦城市與1964年一樣為東京。2015年，日本通過和平安全法制，可以在不受外力的影響下請求自衛隊向海外派兵進行維和任務。
2016年8月8日，天皇明仁發表全國電視演說，正式向日本國民表達生前退位的意向。由於日本當時的憲法或皇室典範都沒有天皇生前退位的規定，因此國會在聽取了皇室成員和內閣官員意見後，提出專用於明仁生前退位的，並在2017年獲參眾兩院通過。
2019年4月30日，明仁正式退位，隔日（5月1日）皇太子德仁親王繼位並改元令和，日本進入令和時代。
2020年，日本受到新冠肺炎（COVID-19）疫情影響嚴重，導致日本政府數次援引新型冠狀特措法發布緊急事態宣言（緊急狀態）。同樣受到新冠肺炎疫情影響，原定該年夏季在東京舉行的夏季奧運順延至2021年夏季舉辦。
* 黑田俊雄著，《権門體制論》，法藏館，1994年，ISBN 9784000113267
* 大津透、櫻井英治等主編《巖波講座 日本歴史 中世1》，巖波書店，2013年，ISBN 9784000113267
* 鄭樑生著，國立編譯館主編，《日本通史》，臺北：明文書局，1993年，ISBN 957-703-044-0
* 鄭樑生編著，《日本史》，臺北：三民，2003年，ISBN 957-14-3715-8
* 趙建民、劉予葦主編，《日本通史》，臺北：五南，1991年，ISBN 957-11-0351-9
* 許介鱗著，《日本現代史》，臺北：三民，1991年，ISBN 957-14-1783-9
* 楊永良著，《日本文化史－日本文化的光與影》，臺北：語橋文化，1999年，ISBN 957-98216-3-1
* 陳水逢著，《日本文明開化史略》，臺北：臺灣商務印書館，1967年
* 六國史： 日本書紀 、 續日本紀 、 日本後紀 、 續日本後紀 、 日本文德天皇實錄 、 日本三代實錄
* 古史書： 古事記 、 先代舊事本紀
* 史略： 日本國史略 、 國史略
* 私史： 藤原家傳 、 聖德太子傳曆
* 戰記： 將門記 、 陸奧話記
軟件復用是一種計算機軟件工程方法和理論。20世紀60年代的“軟件危機”使程序設計人員明白難于維護的軟件成本是極其高昂的，當軟件的規模不斷擴大時，這種軟件的綜合成本可以說是沒有人能負擔的，并且即使投入了高昂的資金也難以得到可靠的產品，而軟件重用的思想是解決這一問題的根本方法。
軟件復用的主要思想是，將軟件看成是由不同功能部分的“組件”所組成的有機體，每一個組件在設計編寫時可以被設計成完成同類工作的通用工具，這樣，如果完成各種工作的組件被建立起來以后，編寫一特定軟件的工作就變成了將各種不同組件組織連接體來的簡單問題，這對于軟件產品的最終質量和維護工作都有本質性的改變。
2009年全球人力資源論壇大會
人力資源管理是指為了完成管理工作中涉及人或人事方面的任務所進行的管理工作。
人力資源管理工作包括：工作分析；制定人力需求計劃以及人員招募；培訓及開發；薪酬及福利管理、績效評估；勞動關系管理等。
人力資源管理愈來愈被重視。在經濟發展成熟的體系下，人力資源管理必須配合以爭取最佳的資源效益，若將不適當的人力配對不適當的職位，資源效益不但全無，或有可能損耗。現代經濟講求平衡及配合，提升管理效能和素質，就要人力資源配合以作平衡，箇中的內容是設立人力資源架構框架，用最適合的人做最適合的工作。建立人力資源平臺，作為溝通及搜集資訊渠道，將各方意見綜合，捨短取長，以處理薪酬、福利等事宜。人力資源最重要是培訓及發展，人力資源發展必須投資在培訓方面，以發揮各階層的人力資源潛能。
企業價值鏈中對人力資源管理的定位
人力資源管理的主要職能包括：人員招募；培訓及開發；薪酬及福利管理；績效考核；員工關系；企業文化。
這六項人力資源職能是依據西方的人力資源管理實踐所歸納的職能，對于大部分中小型企業而言已經足夠，大型集團企業往往還會包括人力資源信息化、干部管理等；具體到中國的管理實踐中，還有傳統的人事檔案、職稱資質管理等有中國特色的模塊。
人員招募又稱為人員招聘。主要是基于組織（公司，政府，非盈利組織等）的近期及遠期的業務需要，來制定人員需求的計劃，并通過各種招聘手段來完成組織的人員需求。
人員招募主要涉及人員規劃，簡歷收集，選聘，錄用及員工入職培訓。
培訓及開發：
培訓及開發主要是通過一些培訓及開發的技術及手段，提高員工的技能，以適應公司所處經營環境中的技術及知識的變化。
主要的技術及手段有：培訓、在崗培訓、輪崗、員工繼續教育計劃、輔導、訓導。
薪酬及福利管理：
# 人力規劃根據企業的目標預計未來人力的需求，建立員工招募、訓練、重新部署與遣散或解僱等程序，確保企業在指定時間內能有足夠和合適的人員。
# 招聘和挑選招攬和吸引具備才能的人應徵有關職位，并從中挑選最合適的申請人。
# 培養和發展從各方面提升員工的工作能力，例如專業技能、人際關係技巧和解難能力等，從而改善他們的工作表現。
# 工作表現評核評估員工的工作表現
# 薪酬和福利管理制定有效薪酬和福利制度，以吸引和保留人才，并激勵員工努力工作。
有以下三種方式：
#職能型組織設置
##人力規劃
##社會事業
#對象型組織設置
##技術類員工
##管理類員工
##受培訓者
德國國旗是由三條等寬的分別為德國國家代表色「黑、紅、金」色的橫條組成的三色旗。
黑、紅、金三色旗最早出現於19世紀早期，開始正式使用是在1848年德國革命。短命的法蘭克福國民議會（1848–1850）提議使用三色旗為民主化德國聯邦的旗幟。一戰之後建立的威瑪共和國也使用三色旗為德國國旗。世界大戰後的東西德都將三色旗作為自己的國旗，直到1959年東德在三色旗上加上國徽前這兩個國家的旗幟是完全相同的。從1990年10月3日兩德統一後，黑、紅、金三色旗再次成為德國國旗。
德國國旗也並非總是使用黑、紅、金三色作為其基色。1866年的普奧戰爭之後，普魯士王國領導的北德意志邦聯採用黑、白、紅三色旗為聯邦旗。黑-白-紅三色旗後來也成為1871年德意志統一後的德意志帝國（德意志第二帝國）的國旗，並一直使用到1918年一戰結束。1933年開始納粹德國也曾短期的使用過黑、白、紅三色旗。
三基色黑、紅、金和黑、白、紅在德國歷史上都有著重要的意義，也常常獲得不同的解釋。現在黑、紅、金代表二戰後的共和民主政體體制，現在的德國聯邦和自由的聯合體：不僅僅是德國的自由，還包含了德國人民的民主自由。
飄揚的德國國旗
德國聯邦用國旗（德語為Bundesflagge），由德國基本法於1949年規定只由黑-紅-金三基色組成，之後由於出現了單獨的政府和軍隊專用國旗，黑-紅-金三色旗現在成為德國的民用國旗。樸素的三色現在被用作德國政府旗和民用旗。這面國旗也被非聯邦當局用來顯示他們與聯邦政府的聯系，比如聯邦州會將德國國旗和他們的州旗一起使用。
飄揚的德國政府旗
政府用國旗官方名稱為：聯邦政府專用國旗（德語：Dienstflagge der Bundesbeh?rden 或縮寫為 Bundesdienstflagge），在黑-紅-金三色旗的基礎上加上了聯邦盾形徽章，徽章的位置是從黑色橫條的下五分之一的位置到金色橫條的上五分之一的位置。聯邦盾形徽章是德國國徽的變體，其主要變化在於鷹的造型和盾牌的形狀： 聯邦盾形徽章的盾形下部為圓弧，而國徽的下部為尖型。該旗只能由聯邦政府使用，如果其它任何組織或個人使用都將被認為是違法行為，不過，某些公眾場合使用的政府用國旗的變體（如使用國徽代替聯邦盾形徽章）是被允許的，這種情況多見於國際性的體育活動。
3:5  , 聯邦政府專用國旗(僅聯邦政府使用，其它任何組織或個人禁止使用)
3:5  帶國徽的國旗 (非官方用旗，在公眾場合允許個人或組織使用)
垂掛式民用旗
垂掛式政府專用旗
駐阿富汗國際維和部隊中的德國聯邦國防軍的旗幟標誌(波斯語: 德國)
二戰時期的德國軍艦旗
由於德國聯邦國防軍同樣是聯邦機構，聯邦政府專用旗同時也是德國的陸上用軍旗。1956年，德國海軍專用旗則被定義為：以燕尾形結尾的聯邦政府專用旗。本來使用燕尾形的旗幟是為了讓海軍的旗幟和早期帝國軍旗分別開來，因為它們都是以條頓騎士團十字架為標誌。現在的德國海軍用國旗是以1848年國民議會艦隊所用旗幟為藍本，其延續了法蘭克福議會的民主傳統。
德國海軍現用國旗於1956年5月25日由德國總統下令使用，其必須使用於德國海軍的所有戰艦及其船載小艇上。同樣德國所有的沿海軍事基地也使用該旗。但海軍的民用輔助艇，補給點和聯邦海軍的軍營則還是使用聯邦政府專用國旗。
除了最常用的橫式旗之外，在德國很多公共場所的建築還會使用垂掛式國旗。很多鄉鎮政府大樓外都會將國旗和鎮旗同時垂直懸掛–德國的很多鎮只有垂掛式鎮旗。1996年德國發布了關於垂掛式政府專用旗的規格：“盾形徽章”在旗幟的中心，從黑色豎條的右五分之一到金色豎條的左五分之一。如果國旗像帷幔一樣懸掛，則黑色豎條必須在左邊；如果是懸掛於豎直的旗桿，則黑色豎條必須面向桅桿。
雖然並沒有硬性規定其縱橫比，但是一般垂掛式國旗的長寬比為5：2。
德國國旗詳細說明
《德國基本法》第22條：“德國聯邦國旗必須為黑色、紅色和金色組成的三色旗。”根據1950年西德政府的詳細說明：德國國旗由三條等寬的橫條組成，其縱橫比為3:5。魏瑪共和國使用的國旗長寬比則為2:3。
德國國旗在被採用時對其顏色並沒有進行官方明確的規定因此在不同的時期可能使用了不同的顏色（保持黑-紅-金的基本色，但是顏色的深淺可能有差異）。1999年6月2日德國聯邦政府頒布了關於的德國國旗的官方設計方案，規定國旗的顏色如下：
Pantone色卡
CMYK色卡
RGB色卡 (顏色和十六進位)
9005 墨黑色0A 0A 0D
00 00 00
3020交通紅C1 12 1C
0-100-100-0
FF 00 00
1021油菜黃EE C9 00
黃色：765克，紅色：26克，黑色：11克，白色：198克，可選擇7405號色
0-12-100-5
FF CC 00
樣板之一：有著金屬色橫條的德國國旗。在1999年官方設計出臺之前，這款國旗有時會在公共場合被使用。可以注意到它的紅色橫條也比較鮮豔
在旗幟學中，金色和黃色基本上沒有區別；在紋章學中，它們都被稱為Or（意指金色顏料）。對於德國國旗，其區別僅為：無論它們多么接近，德國國旗的顏色是金色而不是黃色。
當魏瑪共和國採用黑－紅－金三色旗為國旗時，其受到了保守主義，君主主義和極右派的攻擊，他們為三色旗取了不少極具惡意的綽號，像「黑－紅－黃」、「黑－紅－芥末」甚至「黑－紅－狗屎」。
德意志民族神圣羅馬帝國（1410——1806阿爾特多弗爾·阿爾布雷特作品）
神圣羅馬帝國（10世紀到1806年，1512年後被稱為：德意志民族神圣羅馬帝國）並沒有專用國旗，但是黑色和金色是神聖羅馬皇帝的代表色，并常常被用於他們的標誌：金色的背景上的一只黑色的老鷹；關於這個標誌的最早記錄為海德堡馬內塞古抄本。在13世紀後期或14世紀早期之後，鷹的爪和嘴被染為紅色（紋章學中被稱做：金底紅爪黑鷹，黑－紅－金三色搭配第一次用在國家標誌上）。15世紀初期開始，雙頭鷹開始被使用。
1804年拿破侖一世成立法蘭西第一帝國。為了和其抗衡，哈布斯堡王朝的神聖羅馬皇帝弗朗茨二世宣布他的個人領地為奧地利帝國并自稱為奧地利的弗朗茨一世。而奧地利帝國的國旗也就使用和神聖羅馬帝國的標誌一樣的黑色和金色。由於拿破崙於1806年強迫帝國解散，弗朗茨二世是神聖羅馬帝國的最後一位皇帝。之後奧地利國旗到1918年為止一直是黑色和金色的。
紅色和白色在這段時期也常常被當成德國的代表色。當神聖羅馬帝國參加十字軍東征的時候，除了黑－金的帝國標誌外，還有紅－白軍隊被使用。它被稱為“聖喬治旗”, 紅底白十字架。紅－白色也曾是 漢薩同盟 （13到17世紀）的代表色。漢薩商船即以紅白細長三角旗為他們的標誌，而很多漢薩同盟的城市也以紅白做為市旗的基本色。現在紅－白仍然是很多前漢薩同盟城市，如漢堡或不來梅的代表色。
「呂佐夫志願軍中的耶拿學生」，費迪南德·霍德勒繪於是1909年
漢巴赫節使用的旗幟，金條在最上面（1832）
1806年神聖羅馬帝國倒塌，很多前神聖羅馬帝國的邦國加入了由拿破侖支配的萊茵邦聯。當時邦聯使用綠－白－藍三色旗，表示它效忠於其“保護者”拿破侖一世。
1813年由呂佐夫志願軍為主力的德國反對拿破崙的解放戰爭暴發。這隻軍隊主要由反對法統德國的學生組成。他們是從德國各地自願集中於普魯士少將阿道夫·馮·呂佐夫的徽下，因此他們的軍裝是各式各樣，為了統一，軍服最終全部使用黑色。在加上金色（黃銅色）鈕釦和紅色的翻領和滾邊後，正好和前神聖羅馬帝國旗基色相同。
這三種顏色的組合同時也成為了解放戰爭的格言：
:從被奴役的黑暗（黑色）中藉由流血（紅色）的抗爭得到自由的金色光芒。
耶拿學生社團旗幟為黑紅金三色旗的起源
1813年6月17日名為“黑色獵手”的軍隊在萊比錫附近的Kitzen中了法軍的埋伏，幾乎全軍覆滅。1815/6年的維也納會議後德國成立了鬆散組織德意志邦聯, 以團結在1806年神聖羅馬帝國被廢除後餘下的德意志邦國，並以弗朗茨二世為其領袖。這個組織並沒有自己的旗幟，雖然有人認為它也使用過黑-紅-金三色旗。1815年6月12日年由七名本身為呂佐夫志願軍成員同時又是耶拿高級學生聯合會軍隊成員的學生領頭，同其他愛國學生一起建立了耶拿的（學生社團，類似現今學生會，成立主旨是要消除當時大學裏面，各德國邦聯成員國學生各自成立組織，各自為政的分裂狀況，而以學生社團做為共同的組織，成為當時校園裏一種要求變革的學生運動，以「榮譽、自由、祖國」（Ehre, Freiheit, Vaterland）為口號，要求德意志統一、領邦立憲、新聞自由與一般民眾參與政治的權利）。這七個學生選擇黑-紅-金作為學生社團的旗幟顏色，其造型是三條等寬的的紅-黑-紅的橫條組成的三色旗，有金色的流蘇以及在黑色的橫條中間有金色的橡樹枝標誌。。在憲法中提到：“在1817年的瓦爾特堡節，年輕人們不僅慶祝他們的喜悅同時也嚴肅的思考了生活的意義，因此他們選擇了黑-紅-金作為他們旗幟的顏色。”
為了紀念為期四天的萊比錫戰役，約500名從不同德意志邦聯的學生社團的學生和一些教授於1817年10月18日在“Nur im Ganzen ist Heil”（只有統一才是神聖）的口號下，高舉黑-紅-金旗幟（金色僅為流蘇的顏色，旗桿為用黑色緞帶環繞的橡樹枝）集結於艾森納赫附近的瓦爾特堡（瓦爾特堡節）爭取德國的民主統一。奧地利帝國為了維持對德國的現狀，於1819年通過卡爾司巴德敕令，以對大學學術自由及出版言論自由加強控制，官方強制性結束了所有''學生社團''。
從1832年5月27日到30日，大約三萬民眾參加了為進一步民主統一的漢巴赫節，他們第一次使用了真正意義上的黑-紅-金三色旗，中間紅色部分上題字到“Deutschlands Wiedergeburt”（德國重生），充分表示了參與者要求建立真正統一的民族國家的意願，這面旗被稱為Ur-Fahne（起源旗），現在仍然在瓦爾特堡城堡上飄揚。。同時代的插圖中還顯示了人們使用一種金-紅-黑三色旗（恰好和黑-紅-金三色旗上下顛倒）。
德意志1848年革命（1848年3月）
德意志邦聯（1815–1866）期間黑-紅-金三色逐漸確立了其作為國家代表色的地位。為了推翻君主制建立共和制的德國，1848年爆發的德意志1848年革命開始使用黑-紅-金三色垂掛旗，在此期間舉行的國家議會將國旗的設計作為討論主題之一。1848年3月9日，於法蘭克福最終決定開始官方使用黑-紅-金三色旗。
1848年5月18日第一次德意志國民大會在法蘭克福聖保羅教堂舉行。1848年11月13日帝國法律公報宣布黑-紅-金三色橫條旗為德國國旗。另外黑-紅-金三色旗同樣也是德國國民議會艦隊（1848–1852）的軍旗。
北德意志邦聯(1867–1871)和 德意志帝國(1871–1918)國旗，也成被魏瑪共和國用作外交用旗(1922–1933)
德意志帝國殖民統治時期的諾魯國旗
德意志邦聯中最有影響力的普魯士，為了達到其控制整個德國的目的，於1867年建立了北德意志邦聯。普魯士王國首相奧托·馮·俾斯麥私下安排在於1867年7月1日分裂的德國憲法中使用一種新的軍旗和貿易旗：黑-白-紅三色旗。這三種顏色最早是由漢堡商會的秘書Adolf Soetbeers博士在1866年9月22日的不萊梅商業報紙的一篇文章中提議的：理論上當時德國所有的國際海上貿易是同時屬於普魯士和漢薩同盟的，所以這些商船都應該使用一個統一的既代表普魯士（黑-白）又代表漢薩同盟（紅-白）的標誌。1867年12月22日俾斯麥在北德意志邦聯第一憲法綱要中提出在國旗中使用這個顏色組合，1848年到1851年出任普魯士海軍部長的普魯士親王阿爾布雷希特也在同年12月25日對皇帝和王儲的報告中推薦這個提議，因此1867年6月22日最終憲法中規定黑-白-紅為國旗顏色。官方解釋為黑-白代表普魯士，紅-白則代表所有漢薩同盟的城市。
普魯士皇帝，威廉一世，對這個顏色組合也非常滿意，因為黑-白代表了普魯士而紅-白代表了勃蘭登堡選帝侯。黑-白-紅三色旗的使用基本上沒有得到反對，原本使用黑-紅-金三色旗的首要目的也是為了德國的統一而不是因為其顏色的緣故，取消掉金色也同時說明當時的德國聯邦不再包括奧地利帝國。在普法戰爭後，其他南德聯邦和北德意志邦聯聯合，於1871年完成了德意志統一，霍亨索倫王朝成為新的德意志帝國的統治者，黑-白-紅三色旗最終於1892年成為德意志帝國的國旗，其一直被使用到1918第一次世界大戰最後帝國的終結日。
普奧戰爭中奧地利帝國和其盟軍仍然使用黑-紅-金三色旗為軍旗，之後的奧匈帝國也使用黑-紅-金三色旗為其國旗。瓦爾德克公國，羅伊斯長系親王國（黑-紅-金三色橫條旗）和羅伊斯幼系親王國（黑-紅-金三色豎條旗）也分別使用黑-紅-金三色旗為其國旗。
德國在第一次世界大戰戰敗後於1919年8月14日成立了威瑪共和國，其再度啟用黑-紅-金三色旗為德國國旗，因為其代表了德國的民主。而原來的黑-白-紅三色旗根據魏瑪憲法代表了君主獨裁-{}-制，雖然作為國家標誌得到保留，但是必須進行修改：在其左上角加上了黑-紅-金三色旗。黑-紅-金三色旗的推行在當時的德國引起了一場國旗鬥爭。君主主義者和納粹主義者都讚同使用原本的黑-白-紅三色旗並嘲弄黑-紅-金三色旗為“黑-紅-芥末”。當時還有第三種國旗方案，即德國獨立社會民主黨在1918年德國十一月革命中使用的純紅色旗。
1919年7月3日關於選擇德國國旗的最終投票在德國國會舉行，黑-紅-金三色旗以211票的同意、90票的反對獲勝。對貿易用旗則達成了妥協，仍然使用黑-白-紅三色旗為底色。1921年7月31日出臺的第一部國旗法令更是具體規定了其他各種相關旗幟，其中包括五張以黑-紅-金和五張以黑-白-紅為底色的旗幟。這些複雜的法令並沒有讓任何人滿意，他們仍然認為自己的觀點才是德國真正的國旗。1922年，出於妥協，魏瑪政府重新使用黑-白-紅三色旗作為外交用旗。
德國的貿易用旗一直到1933年仍然使用以黑-白-紅三色旗為底色，左上角為黑-紅-金三色旗的設計。而德國國防軍也一直使用原來的黑-白-紅軍旗。很多納粹主義政黨，如德國國民黨（如海報所示）和國家社會主義德意志勞工黨（即納粹黨）一直沿用黑-白-紅三色，現今德國的德國國家民主黨也仍然堅持使用這三種顏色作為標誌。
1924年2月24日，名為“黑紅金國旗團”的組織在馬格德堡成立，它是由魏瑪聯盟的組成政黨：德國中央黨（''ZENTRUM''），德國民主黨（''DDP''），德國社會民主黨（''SDP''）和德國工會組成。該組織的目的是在極右派和極左派的壓力下保護代表民主的黑-紅-金三色旗。通過這個組織的努力，黑-紅-金三色旗不再僅僅是德國民主的象徵，也同時成為反抗政治極端主義的標誌。該組織的第一任主席Otto H?rsing描述其任務為“同納粹萬字和蘇聯紅星搏鬥”。
由於納粹黨的崛起，以及極右翼主義的人數不斷增加以及其他各種因素，魏瑪共和政府最終於1933年被納粹奪權，由阿道夫·希特勒出任德國總理。
1933年開始的納粹德國時期納粹主義者將自己黨派的“卐字旗”和舊帝國的“黑-白-紅”三色旗共同作為德國國旗。阿道夫·希特勒擬定了納粹的很多標誌，卐字旗是他於1920年夏天作出的設計。他在《我的奮鬥》中提到，一個施塔恩貝格的牙醫，據推測可能是Friedrich Krohn，曾做了一個相似的設計，這個設計給了他靈感。卐字旗基本使用舊帝國國旗的色調，因為希特勒認為“這些尊貴的顏色表達了我們對給我們德意志民族帶來了無限榮耀的光榮過去的尊重。”更重要的是“新的旗幟...必須具有如同海報的強大號召力” 因為“成百上千的事實說明一個真正醒目的標幟會成為一場運動成功的第一要素。”希特勒描述道：紅色代表了革命的“社會思想”，白色代表了納粹主義和高尚的純種（希特勒心目中的純種德國雅利安人），黑色的卐字代表了針對世界的“讓雅利安人崛起的戰鬥任務”。
當時世界上很多地方卐字為自己的標誌，在20世紀30年代，愛沙尼亞，拉脫維亞，瑞典、芬蘭和印度都使用過以卐字為標誌的旗幟。
從1933到至少1938年納粹黨常常為了將卐字旗神化，在其使用前將其和納粹在1923年啤酒館政變中使用的名為“血旗”（Blutfahne）的卐字旗接觸，這個儀式在每一屆的紐倫堡集會中都有舉行。納粹黨中的一些成員認為，卐字只有“純種的雅利安”血統才可以使用，卐實際上是由德語的Schutzstaffel（黨衛隊）縮寫成SS再轉化為兩個閃電型的字母S合併而成 ，也是源自雅利安人傳統代表神聖和吉祥的標誌。
1933年3月12日帝國總統保羅·馮·興登堡在其公告中確定，從這一天開始“第三帝國”只能使用兩種國旗：舊帝國的黑-白-紅三色旗和卐字旗。兩面旗理論上應該同時使用。內務部長威廉·弗利克在1933年4月29日的公告中則再次補充，在貿易商船的船尾必須掛上黑-白-紅三色旗，卐字旗則應該掛在信號旗的位置上。
阿爾伯特·斯佩爾在他的回憶錄開始寫道“他（阿道夫·希特勒）只在兩件其他的設計中表現了他對其消暑別墅伯格霍夫同樣的熱情：帝國戰旗和希特勒的個人旗幟。”
一個卐字偏離中心的卐字旗設計被應用於德國軍艦。這面國旗背面的卍字是右旋的，因為海上用的旗幟都是“透染”的，也即是左旋的顏色透染到了背面變為右旋的。
1935年9月15日頒布的《帝國國旗法》規定到，從這一天開始德國國旗只能是卐字旗（帶左旋的卐字），不能再使用黑-白-紅三色旗作為國旗。赫爾曼·戈林以國會主席的身份在紐倫堡的一次談話中解釋了這個改變的原因:
舊的國旗（指黑-白-紅三色旗）飽含了榮譽，但是她只是代表了德國過去的榮譽。… 我們對舊的黑-白-紅三色旗的尊重，妨礙了我們對這種旗幟隱含在勝利的標誌下的反動意義的注意。
禁止使用黑-白-紅三色旗的一個比較公認的原因是於1935年7月26日發生在紐約的“不萊梅號事件”：在德國班輪“不萊梅號”在紐約港口靠岸時，一群“反納粹遊行”參與者爬上不萊梅號並將納粹的卐字旗撕成碎片投入哈德遜河。四天后德國大使向美國政府投了封尖刻的抗議信，文中指出德國國旗被“玷辱”了。美國方面卻以卐字旗只是納粹黨旗，而作為德國國旗的黑-白-紅三色旗並沒有受到損壞為理由推卸責任。這個事件最終讓希特勒決定修改國旗法。
二次大戰後，盟軍管制理事會的通過的第一項法令即是永久廢除納粹的所有標誌。歐洲許多國家，特別是德國，嚴禁卐字標誌和卐字旗在公共場所張貼或發放。
二戰戰敗後，德國遭到盟軍佔領。雖然當時已不存在任何德國政府和德國國旗，德國的船隻在國際法的要求下必需一個國家標誌。由於曾被用作德國的國家標誌，國際信號旗中的C-信號旗被盟國管制理事會作為盟軍佔領下的德國的臨時的國家標誌。其設計為帶燕尾的C-信號旗（，）。理事會規定「這面旗幟不能夠用於垂掛，也不可以掛在任何國家的戰船和商船上，任何人不能對其進行任何致意的儀式。」同理，日本在二戰戰後的盟軍佔領時期也只能使用帶燕尾的E-信號旗作為國家標誌。
在奧德河-尼斯河線以西的德國聯邦州在分別為英、美、法、蘇四國盟軍統治，並建立了新的聯邦州政府。在美軍統治區，原符騰堡自由人民州和巴登共和國的北半部地區於1946年合併為巴登-符騰堡州。符騰堡-巴登州使用黑-紅-金三色旗為州旗。選擇這三種顏色並不是基於三色旗的歷史意義，而是簡單的將金色和代表符騰堡州的紅色和黑色放在一起，因為巴登州的代表色正好是紅色和黃色。1952年，符騰堡-巴登歸入了現在德國的巴登-符騰堡州，其州旗改成黑色和金色。
戰後德國還成立了兩個新的聯邦州：萊茵蘭-普法爾茨（法國占領區）和下薩克森（英國占領區），它們也選擇黑-紅-金三色旗為州旗，這三種顏色也和它們的紋章顏色相同。這兩個州都是從原來的一些聯邦州中分出來的部分重新組合產生的，由於原來的州旗顏色無法合理搭配，所以只能使用其他方案。選擇黑-紅-金三色旗有兩個主要原因：這三種顏色和組成它們的任何一個舊的聯邦州都沒有什麼特殊的聯繫，而使用原來魏瑪共和國的旗幟也標誌了新的聯邦德國。
1955年世界拳擊賽上的東德國旗（當時國旗中間沒有東德國徽）
1973年9月，西德和東德國旗同時在聯合國總部飄揚
由於蘇聯和美國關係的惡化，1948年3月，三個西方聯盟英，美，法將其占領區合併並成立了德意志聯邦共和國，即西德。隨后，蘇占區也成立了德意志民主共和國，即東德。
在準備西德的新憲法的過程中，於1948年8月在海倫基姆湖宮舉行的一次會議中新的德國標誌的-{制}-定被提上了議程。雖然有提議在德國統一前不要-{制}-定新的德國國旗，但由於1946年11月德國統一社會黨的大力推薦，最終通過了使用黑-紅-金三色旗作為共和國國旗的決議。
當時西德對國旗有好幾種設計方案，最後的是決定在兩個都是用黑-紅-金為基色的設計中作出的：德國統一社會黨推薦再度啟用原魏瑪共和國國旗，而保守黨派基民盟/基社盟和德意志黨則推薦使用由議會委員會成員恩斯特·威爾邁爾和後來成為聯邦總理的康拉德·阿登納共同設計的帶十字架的國旗方案。約瑟夫·威爾邁爾則於1944年也設計了一款和他兄弟設計的旗幟十字架顏色相反的國旗。最後，黑-紅-金三色旗以絕對多的票數獲勝，因為其更能闡述新的德國聯邦和魏瑪共和國之間的持續性。根據1949年5月23日頒布的西德憲法黑-紅-金三色旗正式成為德意志聯邦共和國國旗。
1955年，法統薩爾保護領的居民投票加入西德，因為其於1947年成為法國的一個獨立的保護國，因此薩爾保護領的旗幟是由藍紅色的底色加上白色的北歐十字組成。為了表示其從此成為西德的一部分，1956年7月9日薩爾保護領啟用了新的旗幟：中央有薩爾紋章的黑-紅-金三色旗。1957年1月1日開始，這面旗幟也成為了新的聯邦州薩爾的州旗。
1946年起蘇聯統治區開始考慮使用黑-紅-金三色旗，並於1948年的第二次人民大會開始對是否啟用黑-紅-金三色旗作為東德國旗開展了討論。這項提議是基於二戰最後兩年的蘇聯的一個反納粹的組織自由德國民族委員會對黑-白-紅三色的使用。根據弗里德里希·艾伯特的提議，1949年10月7日黑-紅-金三色旗正式成為德意志民主共和國國旗。在1949年到1959年期間，東德和西德的國旗理論上是完全相同的，但從1959年10月1日開始，東德政府在黑-紅-金三色旗的中間加上了德意志民主共和國國徽在西德方面看來，東德的這個舉動是蓄意加深兩德的分裂，因此在西德和西柏林這個旗幟被稱為“分裂之旗”。
從1956年到1964年，東西德共同以一支名為德國統一代表隊的代表隊參加了冬季和夏季奧林匹克運動會，由於東德在1959年改變了國旗後，東西德間都不承認對方的國旗，因此作為妥協，1960年到1968年間在由東西德共同參加的運動會上使用的德國代表隊旗幟是以黑-紅-金三色旗為底，紅色橫條中央有白色的奧林匹克五環的設計。
1990年10月3日在國會大廈前升起的德國國旗
2006年世界杯足球賽上的德國球迷，一些國旗上有德國國徽
2005年新納粹慕尼黑大遊行