Spreadsheet: cf7815f4-99b0-45a2-ba20-416b733e81b1
Sheet: Sheet1

TABLE S3. Summary of epitope characteristics. | Unnamed: 1 | Unnamed: 2 | Unnamed: 3 | Unnamed: 4 | Unnamed: 5 | Unnamed: 6 | Unnamed: 7 | Unnamed: 8
Category | Rv# | Sequence | Donor | SFC | T cell phenotype | References |  | References
Cell wall and cell processes | Rv0110 | AMHLLLNMWALYVVG | TU21 | 21.66666666666667 | n.d. |  |  | 1. Skjot, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2002. [NAME] of the Immunodominant Antigen TB10.4 and the Two Homologous Proteins TB10.3 and TB12.9, Which Constitute a Subfamily of the esat-6 Gene Family. Infect. [NAME]. 70:5446-5453.
 | Rv0192A | SLFAALNIAAVVAVL | TU2 | 48.33333333333333 | n.d. |  |  | 2. [NAME], [NAME], F. Ivaldi, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2008. Evaluation of Antigen-Specific T-Cell Responses with a Miniaturized and Automated Method. Clin. [NAME]. 15:1811-1818.
 | Rv0287, Rv3020c | AAFQGAHARFVAAAA | TU22 | 245 | CD4 |  |  | 3. [NAME], [NAME], T. Bement, C. H. Day, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2000. Expression Cloning of an Immunodominant Family of Mycobacterium tuberculosis Antigens Using Human Cd4+ T Cells. The Journal of Experimental Medicine 191:551-560.
 |  |  | TU23 | 115 | CD4 |  |  | 4. [NAME], A. S. 2011. Comparative evaluation of MPT83 (Rv2873) for T helper-1 cell reactivity and identification of HLA-promiscuous peptides: studies in M. bovis BCG-vaccinated healthy subjects. Clin. [NAME].
 |  |  | TU29 | 375 | CD4 |  |  | 5. [NAME], R., [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2003. Synthetic Peptides Identify Promiscuous Human Th1 Cell Epitopes of the Secreted Mycobacterial Antigen MPB70. Infection and Immunity 71:1953-1960.
 |  |  | TU33 | 420 | CD4 |  |  | 6. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], J. Franco, D. Rivera, [NAME], [NAME], and [NAME]. 2005. Developing an epitope-driven tuberculosis (TB) vaccine. Vaccine 23:2121-2131.
 |  |  | TU35 | 85 | CD4 |  |  | 7. [NAME], [NAME], and [NAME]. 2006. ProPred analysis and experimental evaluation of promiscuous T-cell epitopes of three major secreted antigens of Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis 86:115-124.
 |  |  | TU75 | 56.7 | CD4 |  |  | 8. Arend, [NAME] [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2000. Antigenic Equivalence of Human T-Cell Responses to Mycobacterium tuberculosis-Specific RD1-Encoded Protein Antigens ESAT-6 and Culture Filtrate Protein 10 and to Mixtures of Synthetic Peptides. Infect. [NAME]. 68:3314-3321.
 |  |  | TU8 | 480 | CD4 |  |  | 9. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], M. Moutaftsi, [NAME], [NAME], D. Park, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2012. Dissecting Mechanisms of Immunodominance to the Common Tuberculosis Antigens ESAT-6, CFP10, Rv2031c (hspX), Rv2654c (TB7.7), and [NAME] (EsxJ). The Journal of Immunology 188:5020-5031.
 |  |  | TU81 | 518.3 | CD4 |  |  | 10. Shams, H., [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], H. Safi, B. Wizel, K. Ewer, [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2004. Characterization of a Mycobacterium tuberculosis Peptide That Is Recognized by Human CD4+ and CD8+ T Cells in the Context of Multiple HLA Alleles. J [NAME] 173:1966-1977.
 |  |  | TU1 | 60 | n.d. |  |  | 11. [NAME], [NAME], F. Oftung, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME] Krands, and [NAME]. 2000. [NAME] from the Mycobacterium tuberculosis ESAT‐6 Antigen Are Recognized by Antigen‐Specific Human T Cell Lines. Clinical Infectious Diseases 30:S201-S205.
 |  |  | TU70 | 23.3 | undetectable |  |  | 12. Ulrichs, T., [NAME], H. Mollenkopf, S. Behr-Perst, R. Colangeli, [NAME], and [NAME]. 1998. Differential T cell responses to Mycobacterium tuberculosis ESAT6 in tuberculosis patients and healthy donors. European Journal of Immunology 28:3949-3958.
 |  | AAGTYVAADAAAASS | TU22 | 105 | CD4 |  |  | 13. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2011. Identification of human T-cell responses to Mycobacterium tuberculosis resuscitation promoting factors in long-term latently infected individuals. Clin. [NAME].
 |  |  | TU23 | 345 | CD4 |  |  | 14. Launois, P., [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1994. T-cell-epitope mapping of the major secreted mycobacterial antigen Ag85A in tuberculosis and leprosy. Infection and Immunity 62:3679-3687.
 |  |  | TU75 | 28.3 | CD4 |  |  | 15. Roche, [NAME], P. W. Peake, [NAME], [NAME], and [NAME]. 1994. T-cell determinants and antibody binding sites on the major mycobacterial secretory protein MPB59 of Mycobacterium bovis. Infection and Immunity 62:5319-5326.
 |  |  | TU8 | 156.7 | CD4 |  |  | 16. Hiemstra, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1998. Definition of Natural T Cell Antigens with Mimicry Epitopes Obtained from Dedicated Synthetic Peptide Libraries. The Journal of Immunology 161:4078-4082.
 |  |  | TU81 | 940 | CD4 |  |  | 17. Silver, R., [NAME], and [NAME]. 1995. Mapping of T cell epitopes of the 30-kDa alpha antigen of Mycobacterium bovis strain bacillus Calmette-Guerin in purified protein derivative (PPD)-positive individuals. J Immunol 154:4665-4674.
 |  |  | TU1 | 36.7 | n.d. |  |  | 18. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], L. Bracci, L. Lozzi, [NAME], and F. Manca. 2001. [NAME] focus, clonal composition and Th1 phenotype of the human CD4 response to the secretory mycobacterial antigen Ag85. Clinical & Experimental Immunology 123:226-232.
 |  |  | TU33 | 36.7 | undetectable |  |  | 19. Dillon, D. C., [NAME], [NAME], [NAME], R. Coler, T. Bement, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], W. Dalemans, [NAME], and [NAME]. 1999. Molecular Characterization and Human T-Cell Responses to a Member of a Novel Mycobacterium tuberculosis [NAME]. Infection and Immunity 67:2941-2950.
 |  |  | TU70 | 30 | undetectable |  |  | 20. Chaitra, [NAME], [NAME], and [NAME]. 2008. Characterization of T-cell immunogenicity of two PE/PPE proteins of Mycobacterium tuberculosis. J Med Microbiol 57:1079-1086.
 | Rv0288, Rv3019c | EDLVRAYHAMSSTHE | TU33 | 21.7 | undetectable | 1 |  | 21. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2008. Efficient Testing of Large Pools of Mycobacterium tuberculosis RD1 Peptides and Identification of Major [NAME] and Immunodominant [NAME] by Human Th1 Cells. [NAME]. [NAME]. 15:916-924.
 |  |  | TU8 | 96.7 | undetectable |  |  | 22. [NAME], [NAME], [NAME], F. Follmann, E. Agger, [NAME], [NAME], [NAME], I. Rosenkrands, and [NAME]. 2003. PPE protein (Rv3873) from DNA segment RD1 of Mycobacterium tuberculosis: strong recognition of both specific T-cell epitopes and epitopes conserved within the PPE family. Infect Immun 71:6116 - 6123.
 |  |  | TU81 | 85 | undetectable |  |  | 23. Munk, [NAME], [NAME], and [NAME]. 1990. Epitopes of the Mycobacterial Heat Shock Protein 65 for Human T Cells Comprise Different Structures. Immunobiology 180:272-277.
 |  | LQSLGAEIAVEQAAL | TU11 | 60 | undetectable | 1 |  | 24. Oftung, F., [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1988. Epitopes of the Mycobacterium tuberculosis 65-kilodalton protein antigen as recognized by human T cells. The Journal of Immunology 141:2749-2754.
 |  |  | TU22 | 90 | CD4 |  |  | 25. Haanen, [NAME], [NAME], [NAME] A Fat, [NAME], [NAME], and [NAME]. 1990. Mycobacterium leprae-specific T cells from a tuberculoid leprosy patient suppress [NAME] T cell responses to an immunodominant epitope on 65-kDa hsp of mycobacteria. The Journal of Immunology 145:3898-3904.
 |  |  | TU23 | 833 | CD4 |  |  | 26. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1993. Evolutionary conservation of major histocompatibility complex-DR/peptide/T cell interactions in primates. The Journal of Experimental Medicine 177:979-987.
 |  |  | TU8 | 333.3 | CD4 |  |  | 27. [NAME], [NAME], and [NAME]. 1999. Influence of HLA-DR on the phenotype of CD4+ T lymphocytes specific for an epitope of the 16-kDa α-crystallin antigen of Mycobacterium tuberculosis. European Journal of Immunology 29:1753-1761.
 |  |  | TU81 | 975 | CD4 |  |  | 28. Caccamo, [NAME], A. Barera, [NAME], [NAME], J. Ivanyi, [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2003. Cytokine profile, HLA restriction and TCR sequence analysis of human CD4+ T clones specific for an immunodominant epitope of Mycobacterium tuberculosis 16-kDa protein. Clinical & Experimental Immunology 133:260-266.
 |  |  | TU1 | 26.7 | n.d. |  |  | 29. [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1995. Human T cell responses to peptide epitopes of the 16-kD antigen in tuberculosis. [NAME] 102:53-57.
 |  |  | TU46 | 61.7 | undetectable |  |  | 30. Wilkinson, D. Smet, Haslov, Pasvol, Singh, Svarcova, and Ivanyi. 1998. Human T- and B-Cell Reactivity to the 16&nbsp;kDa &#[NAME] of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>. Scandinavian Journal of Immunology 48:403-409.
 |  | MSQIMYNYPAMMAHA | TU11 | 86.7 | CD4 | 1,2 |  | 31. Hussain, R., [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 2004. Immune profiling of leprosy and tuberculosis patients to 15-mer peptides of Mycobacterium leprae and M. tuberculosis GroES in a BCG vaccinated area: implications for development of vaccine and diagnostic reagents. Immunology 111:462-471.
 |  |  | TU2 | 126.6666666666667 | CD4 |  |  | 32. [NAME], I., Ivanyi, Hills, Thole, [NAME], and Vordermeier. 1998. Predominant recognition of species-specific determinants of the GroES homologues from Mycobacterium leprae and M. tuberculosis. Immunology 93:64-72.
 |  |  | TU22 | 96.7 | CD4 |  |  | 33. [NAME], J., [NAME], [NAME], S. Southwood, P. A. Sieling, [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], [NAME], B. R. Bloom, and [NAME]. 1997. Determinants of T cell reactivity to the Mycobacterium leprae GroES homologue. The Journal of Immunology 159:335-343.
 |  |  | TU29 | 248.3 | CD4 |  |  | 34. [NAME], [NAME], [NAME], and [NAME]. 1997. Evidence for self and nonself peptide partial agonists that prolong clonal survival of mature T cells in vitro. The Journal of Immunology 158:5685-5691.
 |  |  | TU33 | 555 | CD4
 |  |  | TU35 | 75 | CD4
 |  |  | TU36 | 235 | CD4
 |  |  | TU64 | 150 | CD4
 |  |  | TU74 | 123.3 | CD4
 |  |  | TU78 | 285 | CD4
 |  |  | TU55 | 41.7 | n.d.
 |  |  | TU13 | 126.7 | undetectable
 |  |  | TU40 | 50 | undetectable
 | Rv0289 | DRWLDLRYVGPASAD | TU22 | 125 | CD4
 |  |  | TU23 | 156.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU29 | 150 | CD4
 |  |  | TU33 | 80 | CD4
 |  |  | TU35 | 76.66666666666667 | CD4
 |  |  | TU8 | 335 | CD4
 |  |  | TU81 | 613.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU1 | 43.33333333333333 | n.d.
 |  | EVVDYLGIPASARPV | TU23 | 30 | CD4
 |  |  | TU81 | 241.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU8 | 21.66666666666667 | undetectable
 |  | GNGVVALRNAQLVTF | TU22 | 33.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU23 | 65 | CD4
 |  |  | TU81 | 301.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU8 | 25 | undetectable
 | Rv0290 | AAGAQLLWQLPLLSI | TU23 | 88.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU8 | 20 | CD4
 |  |  | TU81 | 355 | CD4
 |  |  | TU46 | 36.66666666666666 | undetectable
 |  | AAGVAAWSLIALMIP | TU23 | 88.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU81 | 195 | CD4
 |  |  | TU1 | 31.66666666666667 | n.d.
 |  |  | TU22 | 33.33333333333333 | undetectable
 |  |  | TU8 | 38.33333333333334 | undetectable
 |  | GWYLVAATAAAATLR | TU81 | 20 | undetectable
 |  | IPVMAYLVGLFAWVL | TU22 | 70 | CD4
 |  |  | TU29 | 55 | CD4
 |  |  | TU35 | 43.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU8 | 148.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU81 | 238.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU23 | 56.66666666666666 | undetectable
 |  | [NAME] | TU81 | 33.33333333333334 | CD4
 | Rv0292 | AILRRRRRIAEPATC | TU81 | 61.66666666666666 | CD4
 |  | EIGWEAGTAAPDEIP | TU23 | 138.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU8 | 40 | CD4
 |  |  | TU81 | 445 | CD4
 |  |  | TU1 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv0522 | ARIVIFFVGSVFLLT | TU40 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv0544c | RRPLLVAVSWAIFAL | TU21 | 38.33333333333334 | n.d.
 | Rv0985c | IDLNVLLSAAINFFL | TU64 | 20 | CD4
 |  |  | TU22 | 21.66666666666667 | undetectable
 |  |  | TU46 | 28.33333333333334 | undetectable
 | Rv0987 | CILAWILVRIINVRS | TU40 | 41.66666666666666 | undetectable
 |  | IGLVTQTINDFYFVI | TU78 | 61.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU81 | 30 | undetectable
 | Rv0988 | EPYAVWLDDWYARES | TU40 | 20 | n.d.
 |  |  | TU46 | 21.66666666666667 | n.d.
 | Rv1037c, Rv1198, Rv1793, [NAME], Rv3619c | AEHQAIIRDVLTASD | TU29 | 320.8 | CD4 | 3
 |  |  | TU33 | 105 | CD4
 |  |  | TU11 | 37.5 | undetectable
 |  | AEHQAIVRDVLAAGD | TU11 | 31.7 | n.d. | 3
 |  |  | TU29 | 205 | n.d.
 |  |  | TU33 | 33.3 | n.d.
 | Rv1038c, Rv1197, [NAME], Rv3620c | NQAFRNIVNMLHGVR | TU75 | 65.8 | n.d.
 |  | NYEQQEQASQQILSS | TU25 | 66.7 | n.d.
 | Rv1174c | TCNYGQVVAALNATD | TU29 | 50 | n.d.
 | Rv1270c | TDAMRKVTGMHVRLA | TU35 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv1431 | [NAME] | TU10 | 20 | n.d.
 |  |  | TU63 | 69.99999999999999 | n.d.
 | Rv1565c | AEVIRLIRRLLPALV | TU64 | 25 | n.d.
 | Rv1639c | LWIWVALTGAAATVL | TU46 | 50 | n.d.
 |  |  | TU63 | 51.66666666666666 | n.d.
 | Rv1877 | AAVALGFFVWLEGRA | TU70 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  | AISVTAYALAAEVVP | TU1 | 25 | n.d.
 | Rv2094c | TPVQSQRVDPSAASG | TU2 | 33.33333333333334 | n.d.
 |  |  | TU22 | 45 | n.d.
 | Rv2376c | NQGGWMLSRASAMEL | TU22 | 38.33333333333333 | n.d.
 | Rv2575 | FFQVLVTQFGSSGGP | TU11 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv2576c | ADSSKYMITLHTPIA | TU23 | 245 | n.d.
 |  |  | TU64 | 36.66666666666667 | n.d.
 | Rv2609c | ALGERRLVRLLRLGG | TU22 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv2869c | NLAICLVLIYAIALV | TU75 | 21.66666666666667 | n.d.
 | Rv2873 | AATIDQLKTDAKLLS | TU33 | 90 | n.d. | 4
 | Rv2873, Rv2875 | AAFSKLPASTIDELK | TU8 | 90 | CD4
 |  | ANATVYMIDSVLMPP | TU11 | 70 | CD4 | 5-7
 |  |  | TU22 | 55 | CD4
 |  |  | TU24 | 36.7 | CD4
 |  |  | TU29 | 123.3 | CD4
 |  |  | TU82 | 26.7 | undetectable
 | Rv2963 | AFIFADLLILPILNI | TU10 | 45 | n.d.
 | Rv2999 | AINGDFILIAPEVQE | TU40 | 48.33333333333333 | n.d.
 |  | EEPRLFYMHYWAVDD | TU40 | 25 | n.d.
 | Rv3000 | IVVMYLLLAATAVAA | TU40 | 26.66666666666667 | n.d.
 |  | LTAIRYQIVVMYLLL | TU40 | 26.66666666666667 | n.d.
 | Rv3004 | LLVIPVALSASIIRL | TU40 | 28.33333333333334 | n.d.
 | Rv3006 | GTVLVNLINTKLTVA | TU2 | 115 | n.d.
 |  |  | TU40 | 35 | n.d.
 | [NAME] | LENDNQLLYNYPGAL | TU11 | 78.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU29 | 163.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU33 | 593.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU35 | 160 | CD4
 |  |  | TU64 | 133.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU74 | 145 | CD4
 |  |  | TU78 | 235 | CD4
 |  |  | TU55 | 58.33333333333333 | n.d.
 |  | MAFLRSVSCLAAAVF | TU64 | 28.3 | n.d.
 | [NAME] | LRIAAKIYSEADEAW | TU2 | 68.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU23 | 481.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU25 | 628.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU70 | 173.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU74 | 35 | CD4
 |  |  | TU8 | 158.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU81 | 263.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU5 | 56.66666666666666 | undetectable
 |  | VDLAKSLRIAAKIYS | TU2 | 81.66666666666669 | CD4
 |  |  | TU23 | 438.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU25 | 613.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU70 | 180 | CD4
 |  |  | TU74 | 48.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU8 | 245 | CD4
 |  |  | TU81 | 215 | CD4
 |  |  | TU5 | 23.33333333333334 | undetectable
 | Rv3616c | IISDVADIIKGTLGE | TU25 | 73.33333333333333 | n.d.
 | Rv3823c | ADYNMLLISRLREEA | TU40 | 41.66666666666667 | n.d.
 |  | AITILLLVILLIIYG | TU40 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  | DRSRIEFAITILLLV | TU40 | 26.66666666666666 | n.d.
 |  | IIPEYLFIQSSTDLR | TU40 | 20 | n.d.
 |  | LVILLIIYRNPITMV | TU40 | 28.33333333333333 | n.d.
 | [NAME] | AAVVRFQEAANKQKQ | TU22 | 550 | CD4 | 8-10
 |  |  | TU33 | 518.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU74 | 381.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU78 | 136.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU55 | 51.66666666666666 | n.d.
 |  |  | TU11 | 20 | undetectable
 |  |  | TU29 | 56.66666666666666 | undetectable
 | Rv3875 | EQQWNFAGIEAAASA | TU22 | 78.33333333333333 | CD4 | 9, 11, 12
 |  |  | TU70 | 66.66666666666666 | CD4
 |  |  | TU74 | 216.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU75 | 105 | CD4
 |  |  | TU81 | 476.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU25 | 118.3333333333333 | undetectable
 | Rv3876 | RQSGATIADVLAEKE | TU22 | 561.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU33 | 503.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU74 | 145 | CD4
 |  |  | TU78 | 60 | CD4
 |  |  | TU55 | 53.33333333333333 | n.d.
Conserved hypotheticals | Rv0293c | AQAVYDFRSIVDYLR | TU81 | 53.33333333333333 | CD4
 |  | LDYLRRMTVFLQGLM | TU81 | 36.66666666666666 | undetectable
 |  | LNYRPLLPKDRRMII | TU23 | 176.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU8 | 86.66666666666669 | CD4
 |  |  | TU81 | 358.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU1 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  | RCALHWFPGSHLLHV | TU23 | 61.66666666666666 | CD4
 |  |  | TU81 | 276.6666666666666 | CD4
 | Rv0295c | IAYPVLWRHLTAIVA | TU81 | 31.66666666666667 | n.d.
 | Rv0298 | AYAQRVYQANRAAGS | TU23 | 56.66666666666667 | CD4
 |  |  | TU81 | 196.6666666666667 | CD4
 |  | VTVDAAVLAAIDADA | TU23 | 171.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU81 | 333.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU1 | 25 | n.d.
 | Rv0299 | EHELYVAVLSNALHR | TU81 | 38.33333333333333 | undetectable
 |  | RVPEDLLAMVVAVEQ | TU23 | 93.33333333333331 | CD4
 |  |  | TU81 | 283.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU1 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  |  | TU8 | 28.33333333333333 | undetectable
 | Rv0371c | ATGIVLMLGDQPQVA | TU81 | 25 | n.d.
 | Rv0372c | DNGVGYVGLVASTVR | TU81 | 20 | n.d.
 | Rv0508 | ICVRVAEQLAELSSE | TU23 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv0690c | AVPLRLLGGLHRMVL | TU46 | 20 | undetectable
 |  |  | TU63 | 71.66666666666666 | undetectable
 |  | MYRELLELVAADVES | TU63 | 90 | CD8
 |  |  | TU46 | 28.33333333333334 | undetectable
 |  |  | TU64 | 23.33333333333334 | undetectable
 | Rv0776c | GDCLVAFDAPLVVAN | TU63 | 81.66666666666669 | n.d.
 | Rv0854 | SPEEILDVIADFEAM | TU63 | 66.66666666666666 | n.d.
 | Rv1045 | RRDIELIHEQLADAG | TU75 | 25 | n.d.
 | Rv1186c | TVRYRIRRIEQLLST | TU22 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv1301 | RELIRAFWPGALSLV | TU23 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv1339 | ASVHVLLSHLHADHC | TU46 | 20 | n.d.
 |  | LGALTIVPRLVAHPT | TU78 | 93.33333333333334 | n.d.
 | Rv1366 | AVHVWLRLPAGRVEI | TU63 | 58.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU46 | 45 | undetectable
 |  | LQSLWANFYELLADA | TU63 | 101.6666666666666 | CD4/CD8
 |  |  | TU22 | 50 | undetectable
 |  |  | TU46 | 53.33333333333333 | undetectable
 | Rv1367c | ADLILLYLIQHCPDL | TU46 | 38.33333333333334 | n.d.
 |  | HPARRAILIEDLLTH | TU63 | 68.33333333333333 | n.d.
 |  | MVWQREKLLQVNEIG | TU46 | 51.66666666666666 | n.d.
 | Rv1503c | ELVAAFLWAQFEEAE | TU46 | 45 | n.d.
 | Rv1535 | HNDVVTVASAPKLRV | TU1 | 88.33333333333334 | n.d.
 | Rv1765c, [NAME] | SSTATSGAAVVSPAE | TU23 | 25 | n.d.
 | Rv1870c | IAGMRLLVIKPEPLA | TU81 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv1871c | DYVYNIKANPAVRVR | TU23 | 53.33333333333333 | n.d.
 |  |  | TU81 | 45 | n.d.
 | Rv1873 | LAVRYGISSLEEAQA | TU23 | 40 | n.d.
 | Rv1879 | AFNEILRRRAATAVA | TU22 | 75 | n.d.
 |  | VDLIAHGTAARIYRL | TU23 | 58.33333333333333 | n.d.
 |  | YLLDFLRQSGNTPIV | TU23 | 30 | n.d.
 | Rv2226 | VVSREHLIQQAIAAN | TU40 | 443.3333333333333 | n.d.
 | Rv2567 | KAGLDRLRSVVHSLI | TU63 | 61.66666666666667 | n.d.
 |  | NPGLLRFLPQLSERL | TU63 | 46.66666666666667 | n.d.
 | Rv2574 | PALFVFRPLLNLALR | TU70 | 21.66666666666667 | n.d.
 | Rv2627c | RRSFYRIFFDSGFTP | TU22 | 25 | n.d.
 |  | RSAFRLSPPVLSGAM | TU22 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv2819c | LTLNEIHAFIKDPLG | TU63 | 41.66666666666667 | n.d.
 | Rv2823c | AAFSRMLSLFFRQHI | TU11 | 38.33333333333333 | CD4
 |  | FDREFTFGWDELLSK | TU1 | 98.3 | n.d.
 |  | FYNEKAFLLTTFDVS | TU63 | 96.66666666666669 | CD4
 | Rv2868c | VADIHFQPRYIFAAI | TU40 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv2955c | DFFVAADSAFSSLND | TU23 | 133.3333333333333 | n.d.
 |  | HRDDRYCYFFIPSRK | TU21 | 28.33333333333334 | n.d.
 | Rv3015c | AASLLDEDMDALEEA | TU33 | 50 | CD4
 |  | YRIAARPGAVTRRAA | TU33 | 426.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU35 | 76.66666666666666 | CD4
 |  |  | TU64 | 88.33333333333331 | CD4
 |  |  | TU11 | 68.33333333333333 | undetectable
 |  |  | TU78 | 200 | undetectable
 | Rv3026c | LALLLVPGVPLVVMP | TU40 | 33.33333333333334 | n.d.
 |  |  | TU64 | 28.33333333333334 | n.d.
 | [NAME] | ADQILRETLLTVSSD | TU40 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  | EWLYQSWAAAYLPLL | TU33 | 85 | n.d.
 | Rv3035 | [NAME] | TU40 | 25 | n.d.
 | Rv3142c | DDYNELVISVPLQLT | TU63 | 120 | n.d.
 |  | DGLVLNFDDYNELVI | TU63 | 90 | n.d.
 | Rv3267 | DDGAIDILLVGLDSR | TU40 | 36.66666666666666 | n.d.
 | Rv3268 | DGLLAILAAGASLVQ | TU1 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv3856c | DIGCVFSIDTDAHAP | TU63 | 61.66666666666667 | n.d.
 |  | EPEMLDRLDIVVASV | TU63 | 63.33333333333333 | n.d.
Information pathways | Rv0640 | KKVAGLIKLQIVAGQ | TU46 | 28.33333333333333 | n.d.
 | Rv0703 | EKSYGLLDDNVYTFL | TU46 | 20 | n.d.
 | Rv1210 | [NAME] | TU63 | 50 | n.d.
 | Rv1297 | NQRQKFNPLVRLDSI | TU13 | 216.6666666666667 | n.d.
 | Rv1312 | AAFYRLSSLRLWPDR | TU64 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv1317c | AQLGYTIRQLERLLQ | TU63 | 49.99999999999999 | CD4/CD8
 |  | IRQLERLLQAVVGAG | TU64 | 23.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU46 | 23.33333333333333 | undetectable
 | Rv1420 | AAQHRQIVADFCDFL | TU63 | 86.66666666666666 | n.d.
 | Rv1641 | GHVVRFLEAGSKVKV | TU22 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv1642 | GKIVRQKANRRHLLE | TU22 | 53.33333333333334 | n.d.
 |  |  | TU64 | 20 | n.d.
 | Rv2069 | DGDRHARGFEDLVEV | TU36 | 45 | n.d.
 | [NAME] | EEIALIARWLAEPGV | TU23 | 130 | n.d.
 | Rv2572c | DHGGVIFIDLRDASG | TU63 | 46.66666666666667 | n.d.
 |  | FTQLDMEMSFVDAED | TU63 | 75.00000000000001 | n.d.
 |  | FVDAEDIIAISEEVL | TU63 | 76.66666666666667 | n.d.
 |  | MFVLRSHAAGLLREG | TU64 | 25 | n.d.
 | Rv2736c | ALCLRLLTARSRTRA | TU21 | 63.33333333333333 | CD8
 | Rv3012c | AVDGRFAVPQILGDE | TU33 | 126.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU78 | 38.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU11 | 26.66666666666667 | undetectable
 |  |  | TU35 | 41.66666666666664 | undetectable
 | Rv3014c | QAYLALRAWGLPVSE | TU33 | 58.33333333333333 | n.d.
 |  |  | TU78 | 31.66666666666667 | n.d.
 |  | VDHLERMLSLDNAFT | TU33 | 58.33333333333333 | n.d.
 |  | VGGAGFATDFEPVDH | TU33 | 45 | n.d.
 |  |  | TU78 | 58.33333333333333 | n.d.
 | Rv3024c | AEKFKEDVINDFVSS | TU63 | 116.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU10 | 26.66666666666667 | undetectable
 |  | AHGETVSAVAELIGD | TU33 | 130 | CD4
 |  |  | TU78 | 35 | CD4
 |  |  | TU35 | 36.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU36 | 43.33333333333333 | undetectable
 |  | QQIKFAALSARAVAL | TU11 | 65 | CD4
 |  |  | TU13 | 101.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU33 | 560 | CD4
 |  |  | TU35 | 86.66666666666669 | CD4
 |  |  | TU36 | 85 | CD4
 |  |  | TU64 | 123.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU78 | 220 | CD4
 | Rv3062 | ARVQIHRANDQVRIY | TU10 | 34.99999999999999 | n.d.
 | Rv3598c | GDGTQLQVMISLDKV | TU64 | 36.66666666666666 | n.d.
 |  | LGDIVYVHGAVISSR | TU64 | 48.33333333333334 | n.d.
 | Rv3834c | SRFYFLTGRGALLQL | TU8 | 30 | n.d.
Insertion sequences and phages | Rv0741, Rv1313c, Rv3798 | ESTNTKIRLLTRIAF | TU46 | 21.7 | n.d.
 | Rv1036c | ALVAEGIEAIVFRTL | TU75 | 30 | n.d.
 | Rv1047, Rv1199c, Rv2512c, Rv2666, Rv3023c, Rv3115 | AGWLAFFRDLVARGL | TU29 | 163.3 | CD4
 |  |  | TU75 | 26.7 | CD4
 |  |  | TU40 | 30 | undetectable
 |  |  | TU63 | 86.7 | undetectable
 |  | LRGLLSTFIAALMGA | TU29 | 493.3 | CD4
 |  |  | TU33 | 68.3 | CD4
 |  |  | TU75 | 35 | CD4
 |  |  | TU11 | 46.7 | undetectable
 |  | [NAME] | TU11 | 23.3 | CD4
 |  |  | TU29 | 200 | CD4
 |  |  | TU75 | 48.3 | CD4
 | Rv1047, Rv1199c, Rv2512c, Rv3023c, Rv3115 | ARTDLLAFTAFPKQI | TU63 | 41.7 | undetectable
 |  | ASIIRLVGAVLAEQH | TU63 | 70 | CD4
 |  |  | TU23 | 30 | undetectable
 |  | FPDRASIIRLVGAVL | TU63 | 48.3 | CD4/CD8
 |  | [NAME] | TU33 | 181.7 | CD4
 |  |  | TU36 | 46.7 | CD4
 |  |  | TU64 | 46.7 | CD4
 |  |  | TU13 | 20 | undetectable
 | Rv1313c, Rv3798 | MRNVRLFRALLGVDK | TU46 | 36.7 | n.d.
 |  |  | TU64 | 28.3 | n.d.
 | Rv3427c | KPLVLILDDFAMREH | TU63 | 115 | n.d.
 | Rv3428c | AVWAFVMVLAFSRHL | TU5 | 341.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU70 | 151.6666666666667 | n.d.
Intermediary metabolism and respiration | Rv0291 | AARLLSIRAMSTKFS | TU23 | 60 | CD4
 |  |  | TU81 | 195 | CD4
 |  |  | TU1 | 20 | n.d.
 |  | ALSVLVGLTAATVAI | TU23 | 143.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU8 | 138.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU81 | 456.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU1 | 33.33333333333334 | n.d.
 |  | ATEVVRRLTATAHRG | TU81 | 93.33333333333334 | CD4
 | Rv0291, Rv1796 | AAVDKDAVIVAAAGN | TU81 | 26.7 | undetectable
 | Rv0294 | AKLMRDIPFRVGAVV | TU23 | 105 | CD4
 |  |  | TU81 | 368.3333333333334 | CD4
 |  |  | TU8 | 36.66666666666667 | undetectable
 |  | DESWQQFRQELIPLL | TU23 | 50 | CD4
 |  |  | TU81 | 316.6666666666666 | CD4
 |  | MWDPDVYLAFSGHRN | TU23 | 70 | CD4
 |  |  | TU75 | 60 | CD4
 |  |  | TU81 | 241.6666666666667 | CD4
 |  | STIFPFRRLFMVADV | TU81 | 80 | CD4
 |  |  | TU22 | 20 | undetectable
 |  |  | TU23 | 20 | undetectable
 | Rv0529 | AYRTTIFAFPVFGFG | TU40 | 30 | n.d.
 |  | FGVIFGAIWAEEAWG | TU22 | 20 | n.d.
 |  | [NAME] | TU40 | 21.66666666666667 | n.d.
 | Rv0637 | ILAKYVQLDFFRHVD | TU46 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  |  | TU63 | 58.33333333333332 | n.d.
 | Rv0693 | DSFFHLAPLGQSGAL | TU63 | 68.33333333333331 | n.d.
 |  | QCKDIIDELERMQVF | TU46 | 20 | n.d.
 |  |  | TU63 | 100 | n.d.
 | Rv0694 | MAEAWFETVAIAQQR | TU46 | 63.33333333333334 | n.d.
 |  |  | TU63 | 85 | n.d.
 | Rv0773c | GIVALIALGILEHFD | TU46 | 26.66666666666666 | n.d.
 |  |  | TU63 | 81.66666666666669 | n.d.
 | Rv0777 | AAQEMMIALRRLREL | TU64 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  | LQVVLRGYASMVAEL | TU63 | 40 | n.d.
 | Rv0853c | [NAME] | TU63 | 65 | n.d.
 | Rv0993 | GKDGVVAHFVEDLVL | TU64 | 23.33333333333333 | n.d.
 | Rv1122, Rv1844c | GSGHFVKMVHNGIEY | TU40 | 40 | n.d.
 | Rv1187 | GSPLNLLRWTSARSI | TU29 | 76.66666666666667 | n.d.
 | Rv1300 | ELVRADVTTPCLLPE | TU13 | 53.3 | n.d.
 | Rv1307 | VYLVWRFIVPLVGRL | TU46 | 40 | n.d.
 | Rv1308 | AMDYTTIVAAAASES | TU22 | 26.66666666666667 | n.d.
 |  | [NAME] | TU46 | 40 | n.d.
 | Rv1310 | DNLVRTISLQPTDGL | TU64 | 33.33333333333333 | n.d.
 |  | FDHVPEQAFFLIGGL | TU64 | 30 | n.d.
 |  | KDLQDIIAILGIDEL | TU64 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv1311 | EGVSILAESAEFESE | TU64 | 20 | n.d.
 | Rv1436 | GRLKGILKYYDAPIV | TU36 | 25 | n.d.
 |  | IGRNFYRALLAQQEQ | TU63 | 106.6666666666667 | n.d.
 | Rv1568 | CRRYEVLLIFDEIAT | TU35 | 41.66666666666664 | n.d.
 |  |  | TU78 | 65 | n.d.
 | Rv1785c | CLGSHLARLELTLLV | TU46 | 91.66666666666666 | n.d.
 | Rv1844c | DLDSYLVEITAEVLR | TU64 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  | EPGDIIIDGGNALYT | TU40 | 35 | n.d.
 | Rv1872c | AAFDYADGAAEDELS | TU23 | 21.66666666666667 | n.d.
 |  | RARQGFRDIEFHPTI | TU23 | 45 | n.d.
 |  |  | TU81 | 28.33333333333334 | n.d.
 | Rv1876 | AVLLEKIVADEEEHI | TU22 | 26.66666666666666 | n.d.
 |  |  | TU23 | 28.33333333333334 | n.d.
 | Rv1885c | AVSIGILLSLIAPLG | TU63 | 55 | n.d.
 | Rv2096c | LLSTRGYITAEKIRS | TU22 | 35 | n.d.
 | Rv2122c | SLAVKTFEDLFAELG | TU46 | 23.33333333333333 | n.d.
 | Rv2200c | DVIHAFWVPEFLFKR | TU23 | 158.3333333333333 | n.d.
 | Rv2215 | DMTKIVGLRARAKAA | TU82 | 35 | n.d.
 | Rv2476c | APPNLIRAILRAPVD | TU40 | 30 | n.d.
 |  | EVNIKILIDSLVSAG | TU40 | 201.6666666666667 | n.d.
 | Rv2495c | LRLLVIALKHNVILN | TU40 | 31.66666666666666 | n.d.
 | Rv2855 | DTQSMIVTDHRYVPA | TU23 | 33.33333333333333 | n.d.
 |  | VDVEDGRVIVDEYQR | TU78 | 20 | n.d.
 | [NAME] | DSTVITDGDIVNIDV | TU40 | 31.66666666666666 | n.d.
 |  | EKMRVAGRIAAGALA | TU78 | 20 | n.d.
 | Rv2867c | AAVIVGSGRIASLYV | TU40 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  | AHESLCFAGANLIPL | TU40 | 25 | n.d.
 | Rv2874 | AALPLLFFALAGQRI | TU11 | 81.66666666666669 | CD4
 |  |  | TU24 | 36.66666666666667 | CD4
 |  |  | TU82 | 33.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU29 | 143.3333333333333 | undetectable
 |  |  | TU40 | 45 | undetectable
 |  | GTVVLTATFALGAAL | TU24 | 33.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU29 | 128.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU11 | 71.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU82 | 30 | undetectable
 |  | LALVGFLGGLITGIS | TU29 | 65 | CD4
 |  |  | TU11 | 65 | undetectable
 |  |  | TU40 | 36.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU82 | 25 | undetectable
 |  | RGKVVLIDFWAYPCI | TU11 | 35.00000000000001 | undetectable
 | Rv2984 | ARVFLDSVLPALGEE | TU40 | 38.33333333333334 | n.d.
 | Rv2987c | FRVVISSRFGDIFRG | TU40 | 20 | n.d.
 | Rv2988c | [NAME] | TU40 | 46.66666666666666 | n.d.
 |  | DTEVYLDAASLSPFV | TU33 | 266.6666666666666 | n.d.
 | Rv2996c | INLIIHYVDRPGALG | TU40 | 31.66666666666666 | undetectable
 |  | IVQINGRHFDLRAQG | TU40 | 26.66666666666666 | undetectable
 | Rv3001c | AGYPAELAYFEVLHE | TU40 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  | ALEMFYDDDADLSII | TU40 | 25 | n.d.
 | Rv3002c | SQVIEAVNLFRANVI | TU40 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv3003c | AVITELIAMLRHHHI | TU81 | 40 | n.d.
 |  | DDIPRVLAEAFHIAA | TU81 | 31.66666666666667 | n.d.
 |  | QAARGIRPLFDDITE | TU81 | 21.66666666666666 | n.d.
 | Rv3007c | CSEDLLYLSDLDFDV | TU10 | 33.33333333333334 | n.d.
 | Rv3010c | AAHAGEYGQMVTLRG | TU40 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv3025c | ALQSHDDVALVSVMW | TU33 | 28.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU63 | 61.66666666666667 | undetectable
 |  | ILPIAEMSVVAMEFG | TU63 | 111.6666666666666 | CD4
 |  |  | TU10 | 26.66666666666667 | undetectable
 |  |  | TU64 | 33.33333333333334 | undetectable
 |  | SARLRLLRDRLVEGV | TU63 | 138.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU64 | 23.33333333333334 | undetectable
 | Rv3028c | GSAENFSVVEALADS | TU33 | 138.3333333333333 | n.d.
 |  |  | TU64 | 20 | n.d.
 | Rv3029c | EGGNQIVQYLVAQKI | TU40 | 25 | n.d.
 | Rv3032 | LVAQEAAAAGTPLVT | TU35 | 23.33333333333332 | n.d.
 | Rv3109 | ELADLIEFARTVNEE | TU64 | 43.33333333333334 | n.d.
 | Rv3146 | KMAPVLRQIYDQMAE | TU63 | 66.66666666666667 | n.d.
 | Rv3161c | AQTSQFVMAMINYED | TU40 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv3232c | AELFRLQTEFVKLQE | TU21 | 85 | n.d.
 |  | EQMLIDDGILLRKYW | TU21 | 178.3333333333333 | n.d.
 | [NAME] | [NAME] | TU64 | 21.66666666666667 | n.d.
 | Rv3393 | ALPRLLRRLVIMGGM | TU63 | 128.3333333333333 | n.d.
 |  | RVIEDALRFYFESHE | TU63 | 141.6666666666667 | n.d.
 | [NAME] | ADVLTMKAVRAATAL | TU63 | 41.66666666666666 | n.d.
 |  | TDNGAMIAAFAAQLV | TU63 | 203.3333333333334 | n.d.
 |  |  | TU81 | 30 | n.d.
 | Rv3634c | EIYLNTFRHLYGLDC | TU22 | 25 | n.d.
 | Rv3775 | LYRPGLVHIYHALTW | TU1 | 28.33333333333334 | n.d.
 | Rv3859c | ENFFMFIAEEVREYL | TU40 | 23.33333333333333 | n.d.
 |  |  | TU63 | 65.00000000000001 | n.d.
 |  | QRPRMLYDYFHQLFA | TU63 | 141.6666666666667 | n.d.
 |  | QTLVYKGMLTTPQLK | TU63 | 40.00000000000001 | n.d.
 | Rv3883c | AQIIHRITATARHPG | TU29 | 53.33333333333334 | n.d.
Lipid metabolism | Rv0129c | GQNYTYKWETFLTRE | TU75 | 26.66666666666667 | CD4
 |  |  | TU23 | 66.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU33 | 50 | undetectable
 |  |  | TU70 | 33.33333333333333 | undetectable
 |  |  | TU8 | 50 | undetectable
 | Rv0129c, Rv1886c | [NAME] | TU2 | 60 | undetectable
 | Rv0129c, Rv1886c, Rv3804c | AGCQTYKWETFLTSE | TU2 | 60 | CD4 | 11, 13-15
 |  |  | TU23 | 55.8 | CD4
 |  |  | TU75 | 36.7 | CD4
 |  |  | TU8 | 51.7 | CD4
 |  |  | TU33 | 36.7 | undetectable
 |  | PSPSMGRDIKVQFQS | TU1 | 45 | n.d. | 11, 13-17
 |  |  | TU33 | 46.7 | undetectable
 |  | QVPSASMGRDIKVQF | TU1 | 53.3 | n.d.
 |  |  | TU33 | 48.3 | undetectable
 | Rv0244c | FLMSVGALIIGWLLQ | TU40 | 26.66666666666667 | n.d.
 | [NAME] | AGISSLIIDPNPMFV | TU35 | 88.33333333333333 | n.d.
 | Rv0644c, Rv3392c | RVLLAGWEQFDEPVD | TU63 | 101.7 | n.d.
 | Rv1185c | EHIHRPNTNNVGPII | TU8 | 65 | n.d.
 | Rv1493 | SILDMRQLFDGIDLS | TU46 | 26.66666666666666 | n.d.
 | Rv1886c | HPQQFIYAGSLSALL | TU64 | 35 | n.d. | 6, 11, 15, 17, 18
 | Rv2881c | IGLVLIAVLVFVPRV | TU40 | 38.33333333333334 | n.d.
 | Rv3061c | SEFNEVFFNDVFVPD | TU10 | 41.66666666666667 | n.d.
 | Rv3285 | DPVKGADEVVAFAEE | TU8 | 813.3333333333333 | n.d.
 | Rv3392c | EHFGHERYDAFFSLA | TU63 | 66.66666666666667 | n.d.
 | Rv3824c | FSLVNFFDAQVGPLS | TU40 | 43.33333333333334 | n.d.
 | Rv3825c | AVVVLKRLPDALADG | TU40 | 25 | n.d.
 |  | ESVFAATVAELESLI | TU10 | 36.66666666666666 | n.d.
 |  | ITPDEGAYAFEALLR | TU10 | 28.33333333333334 | n.d.
 |  | LDWFCLFSSAAALTG | TU40 | 23.33333333333333 | n.d.
PE/PPE | Rv0109, Rv0124, Rv0278c, Rv0279c, Rv0297, Rv0834c, Rv1243c, Rv1788, Rv2490c | [NAME] | TU22 | 41.7 | n.d.
 | Rv0124, Rv0278c, Rv0279c, Rv0297, Rv0834c, Rv1243c, Rv2490c | GQQYQAMSAQAAAFH | TU81 | 50 | n.d.
 | Rv0124, Rv0297, Rv1243c, Rv1788, Rv1791, Rv2490c | AQIYQAVSAQAAAIH | TU75 | 225 | CD4
 |  |  | TU81 | 86.7 | CD4
 | Rv0124, Rv2634c | GSTINAANAAAALPT | TU23 | 36.7 | n.d.
 |  |  | TU81 | 190 | n.d.
 | Rv0159c | ERYVGLYLPFLDMSF | TU33 | 23.33333333333334 | n.d.
 | Rv0256c | AEAPAAAAAPEEQVQ | TU22 | 20 | CD4
 | Rv0256c, Rv0280, [NAME], Rv0453, Rv1387, Rv2123, Rv3018c, Rv3021c | GAMVATNFFGINTIP | TU63 | 90 | CD4
 |  |  | TU81 | 393.3 | CD4
 |  |  | TU21 | 28.3 | undetectable
 | Rv0256c, Rv0280, [NAME], Rv0453, Rv1387, Rv3018c, Rv3021c, Rv3873 | [NAME] | TU70 | 102.5 | CD4
 |  |  | TU81 | 458.3 | CD4
 |  |  | TU1 | 33.3 | n.d.
 |  |  | TU21 | 35 | undetectable
 |  |  | TU23 | 36.7 | undetectable
 |  | HTVLVATNFFGINTI | TU81 | 331.7 | n.d.
 | Rv0256c, Rv0280, [NAME], Rv1387, Rv3018c, Rv3021c, Rv3873 | QAVLTATNFFGINTI | TU81 | 341.7 | n.d.
 | Rv0256c, Rv0280, Rv0453 | [NAME] | TU22 | 428.3 | CD4
 |  |  | TU46 | 158.3 | CD4
 |  |  | TU78 | 31.7 | CD4
 | Rv0256c, Rv3018c | [NAME] | TU46 | 25 | undetectable
 | Rv0278c, Rv0279c | DPINEFFLANTGRPL | TU63 | 66.7 | n.d.
 | Rv0280, [NAME], Rv0453, Rv1387, Rv3018c, Rv3021c | GINTIPIAINEAEYV | TU70 | 120 | CD4
 |  |  | TU81 | 201.7 | CD4
 |  |  | TU20 | 20 | n.d.
 |  |  | TU23 | 118.3 | undetectable
 | [NAME] | QLSAEYASTAAELSG | TU22 | 26.66666666666667 | n.d.
 | [NAME], Rv0453 | YAAALVAMPTLAELA | TU40 | 25 | undetectable
 | Rv0297 | LTVDAGAYASAEAAN | TU11 | 31.66666666666666 | n.d.
 |  |  | TU22 | 58.33333333333333 | n.d.
 | Rv0442c | APWQQVLRNLGIDIG | TU63 | 96.66666666666666 | n.d.
 | Rv0442c, Rv1789 | [NAME] | TU81 | 25 | undetectable
 |  | YLAWLSTAAAQAEQA | TU29 | 145 | n.d.
 |  |  | TU63 | 100 | n.d.
 | Rv0453 | GWSSLGREYAAVAEE | TU23 | 185 | CD4
 | Rv0834c | AGAMGAYAAAEAANA | TU22 | 111.6666666666667 | n.d.
 |  | AGGFGGAGAGIANFL | TU81 | 20 | n.d.
 | Rv0834c, Rv1087, Rv1091 | GAYAAAEAANVSAAQ | TU22 | 176.7 | n.d.
 | Rv0834c, Rv1243c, Rv1441c | SAAGSYAAAEAANAS | TU22 | 91.7 | n.d.
 |  |  | TU81 | 21.7 | n.d.
 | Rv1172c | ALLPRAGAAAAAALP | TU22 | 45 | CD4
 |  |  | TU74 | 26.66666666666667 | CD4
 |  | ALSRVHSMFLGTGGS | TU22 | 71.66666666666666 | CD4
 |  |  | TU74 | 43.33333333333333 | CD4
 |  | APQINFFYYLGEPIV | TU40 | 20 | undetectable
 | Rv1172c, Rv1788, Rv1791, Rv3812 | MSFVTTQPEALAAAA | TU22 | 121.7 | CD4
 | Rv1195 | MHVSFVMAYPEMLAA* | TU22 | 165 | CD4
 |  |  | TU33 | 290 | CD4
 |  |  | TU74 | 181.7 | CD4
 |  |  | TU81 | 283.3 | CD4
 | Rv1195, Rv1788, Rv1791 | [NAME] | TU81 | 60 | CD4
 | [NAME] | LGGLWTAVSPHLSPL | TU22 | 38.33333333333333 | CD4
 |  |  | TU74 | 25 | CD4
 |  | LSPISNMVSMANNHM | TU22 | 70 | CD4
 |  |  | TU29 | 115 | undetectable
 |  |  | TU40 | 43.33333333333333 | undetectable
 |  |  | TU75 | 28.33333333333334 | undetectable
 | [NAME], [NAME], Rv3478 | AELMILIATNLLGQN | TU78 | 33.3 | CD4 | 19
 |  |  | TU40 | 90 | undetectable
 |  | AQNGVQAMSSLGSSL | TU22 | 46.7 | CD4
 | Rv1243c, Rv1441c, Rv1791 | ASVGSYAAAEAANAS | TU22 | 38.3 | n.d.
 | Rv1386 | ESGASYAARDALAAA | TU33 | 45 | n.d.
 | Rv1441c | ARFHQQFVQALTASV | TU82 | 35 | n.d.
 | Rv1450c | IGSSIGAANAAAAGS | TU23 | 45 | n.d.
 | Rv1705c | APYVAWMRATAIQAE | TU29 | 41.7 | undetectable
 |  | WFINWYLPISQLFYN | TU40 | 40 | undetectable
 | Rv1705c, Rv1706c, Rv1789, Rv1802 | AAAQASAAAAAYEAA | TU81 | 20 | n.d.
 | Rv1705c, Rv1706c, Rv1789, Rv1802, Rv3125c, Rv3135 | AATQARAAAAAFEAA | TU81 | 25 | undetectable
 | Rv1705c, Rv1789, Rv1802, Rv1808, Rv2892c, Rv3136, Rv3621c | FGQNTSAIAAAEAQY | TU70 | 161.7 | CD4
 |  |  | TU81 | 176.7 | CD4
 | Rv1705c, Rv1789, Rv1808, Rv2892c, Rv3136, Rv3621c | FFGQNTAAIAATEAQ | TU70 | 193.3 | CD4
 |  |  | TU81 | 165 | CD4
 |  | FGQNTASIAATEAQY | TU70 | 110 | CD4
 |  |  | TU81 | 26.7 | CD4
 | Rv1706c, Rv1800, Rv1802, Rv1808, Rv2892c, Rv3135, Rv3621c | LAAAAAWDALAAELY | TU23 | 170 | CD4
 |  |  | TU8 | 78.3 | CD4
 |  |  | TU81 | 411.7 | CD4
 | Rv1706c, Rv1808, Rv3135, Rv3136 | AAASWDALAAELASA | TU23 | 217.5 | CD4
 |  |  | TU8 | 130 | CD4
 |  |  | TU81 | 440.8 | CD4
 | Rv1788, Rv1791 | AAIHEMFVNTLQMSS | TU29 | 25 | CD8
 |  |  | TU55 | 165 | n.d.
 |  | AAIHEMFVNTLVASS | TU29 | 41.7 | CD8
 |  |  | TU55 | 160 | n.d.
 |  |  | TU40 | 26.7 | undetectable
 |  |  | TU64 | 61.7 | undetectable
 | Rv1789 | NRASLMQLISTNVFG | TU55 | 21.66666666666666 | n.d.
 | Rv1789, Rv1802, Rv1808, Rv2892c, Rv3136 | FGQNTGAIAAAEARY | TU70 | 108.3 | CD4
 |  |  | TU81 | 276.7 | CD4
 | Rv1800, Rv2608, Rv3125c | [NAME] | TU70 | 38.3 | n.d.
 |  |  | TU74 | 31.7 | n.d.
 | Rv1802 | YVAWMSATAALAREA | TU29 | 150 | CD4
 |  |  | TU8 | 83.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU81 | 58.33333333333334 | CD4
 |  |  | TU40 | 25 | undetectable
 | Rv1806 | [NAME] | TU40 | 31.66666666666666 | n.d.
 | Rv1808 | AQLSQLISLLPSTLQ | TU40 | 50 | undetectable
 |  |  | TU64 | 51.66666666666667 | undetectable
 |  |  | TU81 | 23.33333333333334 | undetectable
 | Rv1917c, Rv2892c | FFGQNAPAIAAIEAA | TU70 | 20 | n.d.
 |  |  | TU8 | 21.7 | n.d.
 | Rv2123, Rv3018c, Rv3021c | ADYLRMWIQAATVMS | TU22 | 375 | CD4
 |  |  | TU24 | 35 | CD4
 |  |  | TU46 | 128.3 | CD4
 |  |  | TU64 | 48.3 | CD4
 |  |  | TU78 | 26.7 | CD4
 |  |  | TU40 | 75 | undetectable
 |  | DYVRMWVQAATVMSA | TU22 | 343.3 | CD4
 |  |  | TU64 | 38.3 | CD4
 |  |  | TU78 | 31.7 | CD4
 |  |  | TU46 | 81.7 | CD4/CD8
 |  |  | TU40 | 28.3 | undetectable
 | Rv2608 | LPLLVPLRAIPLLGN | TU64 | 20 | n.d.
 | Rv2853 | FVQALTTAAASYASV | TU40 | 26.66666666666666 | undetectable
 |  |  | TU78 | 23.33333333333334 | undetectable
 |  | YASVEAANASPLQVA | TU23 | 35 | undetectable
 | Rv3018c | EIVQFLEETFAAYDQ | TU22 | 103.3333333333333 | CD4
 |  |  | TU64 | 105 | CD4
 |  |  | TU81 | 25 | CD4
 |  |  | TU46 | 80 | undetectable
 | Rv3018c, Rv3021c | AAVPAVGAAAGAPAA | TU22 | 203.3 | CD4
 |  |  | TU46 | 28.3 | CD4
 |  |  | TU70 | 20 | undetectable
 |  |  | TU81 | 30 | undetectable
 | Rv3018c, Rv3021c, Rv3022c | ALSAEYAAVAQELSV | TU81 | 31.7 | CD4
 |  |  | TU64 | 46.7 | n.d.
 | Rv3018c, Rv3022c | ELFVAAYVPYVAWLV | TU8 | 25 | n.d. | 20
 |  |  | TU40 | 20 | undetectable
 |  |  | TU46 | 30 | undetectable
 |  |  | TU64 | 21.7 | undetectable
 |  |  | TU81 | 28.3 | undetectable
 | Rv3021c | GWIISNIFGAIPVLG | TU22 | 195 | CD4
 |  |  | TU46 | 41.66666666666667 | undetectable
 |  |  | TU8 | 58.33333333333334 | undetectable
 |  |  | TU81 | 26.66666666666666 | undetectable
 |  | LLEFAVVLELAILSI | TU46 | 26.66666666666666 | undetectable
 | Rv3125c | ASMSMAAAASPYVGW | TU29 | 78.33333333333333 | n.d.
 | Rv3125c, Rv3135, Rv3136 | IQARAAALAFEQAYA | TU22 | 23.3 | CD4
 |  |  | TU25 | 33.3 | undetectable
 | Rv3136 | AAGGWDSLAAELATT | TU23 | 130 | CD4
 |  |  | TU8 | 31.66666666666667 | undetectable
 | Rv3812 | AGTLSTFFGVPLVLT | TU75 | 21.66666666666667 | n.d.
 |  | NPFPFLRQIIANQQV | TU75 | 26.66666666666667 | n.d.
 | Rv3873 | MDYFIRMWNQAALAM | TU22 | 46.66666666666666 | n.d. | 21, 22
Regulatory proteins | Rv0339c | EMLSMLRAMLAPESL | TU21 | 40 | n.d.
 | Rv0691c | TVAWTMLGVALSAYE | TU40 | 50 | n.d.
 |  |  | TU46 | 25 | n.d.
 | Rv0890c | GFTIANHNAAAVGEI | TU2 | 140 | n.d.
 | Rv1027c | LVLVIDDEPQILRAL | TU63 | 81.66666666666666 | n.d.
 | Rv1028c | [NAME] | TU63 | 48.33333333333334 | n.d.
 |  | ESALFFIGVLIVALL | TU63 | 55 | n.d.
 | Rv1453 | AHLIHFAAANLRNPG | TU23 | 30 | n.d.
 | Rv3143 | ALRILVYSDNVQTRE | TU63 | 91.66666666666669 | n.d.
 | Rv3173c | ALVEEYLRGLRQAAG | TU40 | 30 | n.d.
Virulence, detoxification, adaptation | Rv0350 | ADKNPLFLDEQLTRA | TU33 | 45 | n.d.
 | Rv0440 | AVLEDPYILLVSSKV | TU1 | 21.66666666666667 | n.d. | 23, 24
 |  | MAKTIAYDEEARRGL | TU1 | 38.33333333333334 | n.d. | 16, 25, 26
 |  |  | TU25 | 56.66666666666666 | n.d.
 | Rv2031c | AYGSFVRTVSLPVGA | TU63 | 271.6666666666666 | CD4 | 27-30
 |  |  | TU75 | 45 | CD4
 | Rv2865 | ETLYWLAQPGIRESI | TU26 | 31.66666666666667 | n.d.
 | Rv3418c | GEEYLILSARDVLAV | TU2 | 136.6666666666667 | CD4 | 31-34
 |  |  | TU22 | 60 | CD4
 |  |  | TU40 | 145 | CD4
 |  |  | TU81 | 151.6666666666667 | CD4
 |  |  | TU23 | 45 | undetectable
 |  |  | TU82 | 53.33333333333333 | undetectable
 | Rv3497c | TGIFGLVLVICVVLI | TU40 | 34.99999999999999 | n.d.
 | Rv3500c | DVTIRFRRFFSRLQR | TU40 | 50 | n.d.
 | Rv3617 | [NAME] | TU23 | 23.33333333333334 | n.d.
 |  | [NAME] | TU75 | 31.66666666666667 | n.d.
n.d. indicates assay not done