Spreadsheet: 06ffc6e8-32c5-4086-a981-7e37fefe02ab
Sheet: Sheet1

Table S2. | Summary results of the analysis of two-dimensional gels. Spot, the number of the spot on the master gel; [NAME], the abundance of the proteins in the treated sample in Des (Solanum tuberosum [NAME]. Désirée) and Com (S. commersonii). A t-test was done and represented as p-value < 0.05. n.s, ratio value was not significant; GI accession, accession number in the NCBInr database; Name, name of the protein as given in the NCBInr database (http://ncbi.nlm.nih.gov/); [NAME], species in which the protein has been described.
Spot |  | Ratio |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | GI accession |  |  | Name |  | Species
 |  | Sucrose |  |  | [NAME] |  |  |  | Cold |  |  | Control
 |  | Com |  | Des | Com |  | Des |  | Com | Des |  | CvsD
CH metabolism
1208 |  | -3.82 |  | n.s | -3.35 |  | n.s |  | n.s | n.s |  | 5.94 | GI: | 56562177 |  | Carbonic anhydrase |  | Solanum lycopersicum
561 |  | -1.54 |  | -1.66 | -1.32 |  | -1.73 |  | n.s | -1.55 |  | 1.27 | GI: | 306481954 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
546 |  | -1.55 |  | -1.96 | -1.33 |  | -1.83 |  | n.s | -1.59 |  | n.s | GI: | 306481960 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
548 |  | -1.94 |  | -2.34 | -1.39 |  | -1.49 |  | n.s | -1.75 |  | 1.76 | GI: | 306481960 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
532 |  | -2.19 |  | -2.7 | -1.57 |  | -2.54 |  | n.s | -2.17 |  | 1.61 | GI: | 108773138 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum tuberosum
534 |  | n.s |  | -2.67 | -1.5 |  | -2.69 |  | n.s | -2.02 |  | 1.67 | GI: | 306481956 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
1755 |  | -1.64 |  | -1.52 | n.s |  | -1.6 |  | n.s | -1.33 |  | 1.34 | GI: | 237784019 |  | RuBisCO large subunit |  | Lycium deserti
535 |  | n.s |  | -3.04 | n.s |  | -2.3 |  | n.s | n.s |  | 2.46 | GI: | 306481960 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
536 |  | n.s |  | -2.72 | -1.61 |  | -2.69 |  | n.s | -2.13 |  | 1.94 | GI: | 306481964 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum sp. [NAME]
552 |  | n.s |  | -1.55 | n.s |  | -1.71 |  | n.s | -1.39 |  | n.s | GI: | 237784019 |  | RuBisCO large subunit |  | Lycium deserti
1813 |  | n.s |  | -2.43 | n.s |  | -2.21 |  | n.s | n.s |  | 4.36 | GI: | 237784027 |  | RuBisCO large subunit |  | Phrodus microphyllus
697 |  | -2.04 |  | n.s | n.s |  | -1.31 |  | n.s | n.s |  | 1.59 | GI: | 290586236 |  | RuBisCO large subunit |  | Solanum laciniatum
685 |  | -2.21 |  | n.s | n.s |  | n.s |  | n.s | n.s |  | 2.06 | GI: | 237784029 |  | RuBisCO large subunit |  | Grabowskia glauca
604 |  | n.s |  | n.s | n.s |  | n.s |  | 1.59 | n.s |  | 1.57 | GI: | 125859071 |  | RuBisCO large subunit |  | Lycium ferocissimum
1756 |  | -2.11 |  | -2.8 | -1.45 |  | -2.11 |  | n.s | -2.03 |  | 1.33 | GI: | 125859071 |  | RuBisCO large subunit |  | Lycium ferocissimum
691 |  | -2.48 |  | n.s | n.s |  | n.s |  | n.s | n.s |  | 2.12 | GI: | 11182401 |  | Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase |  | Lycium carolinianum var. sandwicense
1803 |  | n.s |  | -1.75 | n.s |  | -2 |  | n.s | -2.06 |  | n.s. | GI: | 132071 |  | RuBisCO small subunit C |  | Solanum tuberosum
1773 |  | n.s |  | n.s | n.s |  | -1.89 |  | n.s | -1.94 |  | -2.04 | GI: | 132071 |  | RuBisCO small subunit C |  | Solanum tuberosum
1591 |  | -3.46 |  | n.s | -3.2 |  | -2.07 |  | n.s | n.s |  | 18.6 | GI: | 417593 |  | RuBisCO small subunit 3 |  | Solanum tuberosum
937 |  | n.s |  | -2.09 | -1.59 |  | n.s |  | -2.15 | -1.9 |  | -1.62 | GI: | 38605155 |  | Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase |  | Solanum lycopersicum
942 |  | -1.63 |  |  | n.s |  | n.s |  | n.s | n.s |  | n.s. | GI: | 1706545 |  | Glucan endo-1,3-beta-glucosidase, basic isoform 3 |  | Solanum tuberosum
1143 |  | n.s |  | -2.56 | n.s |  | n.s |  | n.s | n.s |  | -1.44 | GI: | 225438529 |  | Probable ATP synthase 24 [NAME] subunit, mitochondrial |  | Vitis vinifera
1182 |  | n.s |  | -1.66 | n.s |  | -1.65 |  | n.s | n.s |  | n.s | GI: | 77745458 |  | Triose phosphate isomerase cytosolic isoform-like |  | Solanum tuberosum
906 |  | n.s |  | -1.57 | -1.55 |  | n.s |  | -1.9 | n.s |  | n.s | GI: | 21388546 |  | Putative mitochondrial NAD-dependent malate dehydrogenase |  | Solanum tuberosum
1544 |  | n.s |  | n.s | n.s |  | 1.98 |  | n.s | n.s |  | 5.18 | GI: | 73808794 |  | Cytosolic nucleoside diphosphate kinase |  | Solanum chacoense
1319 |  | n.s |  | n.s | n.s. |  | n.s. |  | -2.81 | n.s |  | 1.93 | GI: | 34787117 |  | Putative photosystem I reaction centre PSI-D subunit precursor |  | Solanum tuberosum
1581 |  | -2.72 |  | -2.06 | -2.99 |  | -2.2 |  | -2.55 | -1.99 |  | n.s. | GI: | 270311593 |  | Photosystem I reaction center subunit |  | Nicotiana tabacum
1740 |  | -1.86 |  | -1.74 | -1.88 |  | n.s. |  | -1.65 | -1.33 |  | 1.36 | GI: | 2499967 |  | Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic |  | Nicotiana sylvestris
1615 |  | -1.74 |  | -1.74 | -1.66 |  | -1.6 |  | -1.92 | -1.75 |  | n.s. | GI: | 197132134 |  | Photosystem I subunit VII |  | Geranium carolinianum
1633 |  | n.s |  | -1.52 | -1.55 |  | -1.9 |  | -1.93 | -1.66 |  | n.s. | GI: | 197132134 |  | Photosystem I subunit VII |  | Geranium carolinianum
1655 |  | n.s. |  | n.s. | n.s |  | n.s. |  | n.s. | -2.77 |  | n.s. | GI: | 228016106 |  | Photosystem I subunit VII |  | Pinus rzedowskii
1526 |  | -1.91 |  | -1.8 | -2.03 |  | -2 |  | -2.23 | -2.23 |  | n.s. | GI: | 226491700 |  | Photosystem II 11 kD protein |  | [NAME] mays
1741 |  | n.s. |  | -2.38 | n.s. |  | -1.98 |  | n.s. | -1.85 |  | n.s. | GI: | 51457944 |  | Photosystem II oxygen-evolving complex protein 3 |  | Solanum lycopersicum
1705 |  | -2.31 |  | n.s. | -1.87 |  | n.s. |  | -2.05 | n.s. |  | n.s. | GI: | 12644171 |  | Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic |  | Solanum lycopersicum
1121 |  | -2.27 |  | n.s. | -4.79 |  | n.s. |  | -3.26 | n.s. |  | 1.68 | GI: | 12644171 |  | Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic |  | Solanum lycopersicum
1115 |  | -2.48 |  | n.s. | -2.46 |  | n.s. |  | -2.27 | n.s. |  | 1.65 | GI: | 809113 |  | 33kDa precursor protein of oxygen-evolving complex |  | Solanum tuberosum
1470 |  | -2.1 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | -1.92 | n.s. |  | 1.65 | GI: | 255571642 |  | Thylakoid lumenal 19 kDa protein, chloroplast precursor |  | Ricinus communis
1578 |  | -2.88 |  | n.s. | -2.38 |  | -1.67 |  | -1.85 | -1.47 |  | 3.26 | GI: | 14275856 |  | Subunit A of ferredoxin-thioredoxin-reductase |  | Solanum tuberosum
1807 |  | -1.62 |  | -2.12 | -1.55 |  | -2.19 |  | -1.2 | -1.83 |  | n.s. | GI: | 3913651 |  | Ferredoxin--NADP reductase, leaf-type isozyme, chloroplastic |  | Nicotiana tabacum
1038 |  | -2.01 |  | n.s. | -1.76 |  | -1.72 |  | -1.52 | -1.66 |  | n.s. | GI: | 61969078 |  | Putative ferredoxin-NADP reductase |  | Solanum peruvianum
1710 |  | -1.71 |  | n.s. | -2.41 |  | n.s. |  | -1.48 | n.s. |  | 2.23 | GI: | 115813 |  | Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic |  | Solanum lycopersicum
1742 |  | -1.53 |  | -1.85 | n.s. |  | -1.65 |  | -2.41 | n.s. |  | -1.85 | GI: | 130284 |  | [NAME] |  | Solanum tuberosum
Protein metabolism
1343 |  | -1.62 |  | n.s. | -1.62 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 1.68 | GI: | 7331143 |  | Chaperonin 21 precursor |  | Solanum lycopersicum
567 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | 1.94 |  | 1.46 | GI: | 84468296 |  | Putative RuBisCO subunit binding-protein alpha subunit |  | Trifolium pratense
1422 |  | 2.97 |  | n.s. | 3.24 |  | 2.37 |  | 1.97 | n.s. |  | 2.5 | GI: | 255547634 |  | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative |  | Ricinus communis
665 |  | n.s. |  | n.s. | 1.54 |  | n.s. |  | n.s. | 2.08 |  | n.s. | GI: | 21487 |  | Leucine aminopeptidase |  | Solanum tuberosum
1785 |  | 1.73 |  | 1.45 | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | 1.86 |  | n.s. | GI: | 135721 |  | Threonine dehydratase biosynthetic, chloroplastic |  | Solanum lycopersicum
1743 |  | 3.04 |  | n.s. | 2.35 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | -2.14 | GI: | 33327286 |  | [NAME] |  | Phaseolus vulgaris
1167 |  |  |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | -1.54 |  | -1.18 | GI: | 12229948 |  | Proteasome subunit alpha type-6 |  | Nicotiana tabacum
1132 |  | -1.76 |  | -1.6 | -1.62 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 18404496 |  | Binding / catalytic/ coenzyme binding |  | Arabidopsis thaliana
Transcription and Translation
958 |  | -1.93 |  | n.s. | -1.67 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 15226167 |  | 30 S Ribosomal protein S5 family protein |  | Arabidopsis thaliana
1589 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | -1.63 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 255551737 |  | 40S ribosomal protein S21e, putative |  | Ricinus communis
1413 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | -1.94 |  | n.s. | GI: | 82623431 |  | Putative transcription factor BTF3-like |  | Solanum tuberosum
848 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | -1.46 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 3850621 |  | Putative RNA binding protein |  | Arabidopsis thaliana
Lipid metabolism
917 |  | 10.8 |  | n.s. | 5.35 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 122217722 |  | Patatin-1-Kuras 2; Precursor |  | Solanum tuberosum
927 |  | 8.97 |  | n.s. | 4.93 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 2.12 | GI: | 122217722 |  | Patatin-1-Kuras 2, Precursor |  | Solanum tuberosum
Oxidative Homeostasis
1362 |  | -1.88 |  | n.s. | -2.2 |  | n.s. |  | -2 | -1.61 |  | 2.96 | GI: | 33413303 |  | Superoxide dismutase [Fe] |  | Solanum lycopersicum
1330 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | -1.56 | -1.69 |  | -2.49 | GI: | 33413303 |  | Superoxide dismutase [Fe] |  | Solanum lycopersicum
641 |  | n.s. |  | n.s. | -1.68 |  | -1.6 |  | -1.55 | -2.85 |  | n.s. | GI: | 295355 |  | Peroxidase |  | Solanum lycopersicum
703 |  | n.s. |  | n.s. | -1.9 |  | -1.77 |  | -1.64 | -2.53 |  | n.s. | GI: | 295355 |  | Peroxidase |  | Solanum lycopersicum
746 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | -1.8 |  | n.s. | -1.56 |  | n.s. | GI: | 218138216 |  | Peroxidase 4 |  | Litchi chinensis
577 |  | 2.11 |  | n.s. | 2.2 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 14031049 |  | Peroxidase |  | Nicotiana tabacum
613 |  | n.s. |  | n.s. | 1.86 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 14031049 |  | Peroxidase |  | Nicotiana tabacum
1053 |  | n.s. |  | -2.25 | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 74483947 |  | Cytosolic ascorbate peroxidase isoform 4 |  | Solanum lycopersicum
926 |  | 5.27 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 21912927 |  | Thioredoxin peroxidase |  | Nicotiana tabacum
1047 |  | -1.51 |  | -2.32 | -1.9 |  | -2.77 |  | -1.79 | -2.85 |  | n.s. | GI: | 3378208 |  | Annexin p34 |  | Solanum lycopersicum
951 |  | -1.65 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | -1.34 | n.s. |  | 2.14 | GI: | 255568816 |  | Alcohol dehydrogenase, putative |  | Ricinus communis
Response to stress
396 |  | n.s. |  | 1.42 | n.s. |  | n.s. |  | 1.55 | 1.4 |  | n.s. | GI: | 108864707 |  | Heat shock cognate 70 kDa protein, putative, expressed |  | Oryza sativa (japonica cultivar-group)
1748 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | 2.39 |  | n.s. | GI: | 51317936 |  | Pathogenesis-related protein 10 |  | Solanum virginianum
1305 |  | -1.64 |  | -1.93 | -1.51 |  | -1.57 |  | n.s. | -1.56 |  | 1.78 | GI: | 123965222 |  | Germin-like protein |  | Capsicum chinense
1350 |  | -1.33 |  | -1.9 | n.s. |  | -1.56 |  | -1.3 | -1.35 |  | n.s. | GI: | 31711507 |  | 24K germin like protein |  | Nicotiana tabacum
1716 |  | n.s. |  | n.s. | -1.61 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 123965222 |  | Germin-like protein |  | Capsicum chinense
1178 |  | n.s. |  | n.s. | -2.56 |  | n.s. |  | -3.86 | n.s. |  | 17.1 | GI: | 53830836 |  | Osmotin-like protein |  | Solanum tuberosum
1235 |  | 3.68 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | -2.58 | GI: | 53830841 |  | Osmotin-like protein |  | Solanum tuberosum
1190 |  | 9.29 |  | n.s. | 9.75 |  | 4.9 |  | 3.01 | 3.41 |  | n.s. | GI: | 20137277 |  | Aspartic protease inhibitor 5;  Precursor |  | Solanum tuberosum
1289 |  | 6.99 |  | n.s. | 4.33 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 8.34 | GI: | 124148 |  | Aspartic protease inhibitor 11 |  | Solanum tuberosum
1323 |  | 3 |  | n.s. | 3.4 |  | 5.24 |  | n.s. | 3.92 |  | n.s. | GI: | 73920899 |  | Kunitz-type protease inhibitor precursor |  | Solanum tuberosum
1450 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 4.87 |  | n.s. | 4.27 |  | -2.14 | GI: | 73920899 |  | Kunitz-type protease inhibitor precursor |  | Solanum tuberosum
1584 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | -1.71 | n.s. |  | -3.21 | GI: | 73920899 |  | Kunitz-type protease inhibitor precursor |  | Solanum tuberosum
1746 |  | 9.21 |  | n.s. | 13.3 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 73920899 |  | Kunitz-type protease inhibitor precursor |  | Solanum tuberosum
1310 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 6.91 |  | n.s. | 4.6 |  | n.s. | GI: | 238684523 |  | Kunitz-type proteinase inhibitor group A5 |  | Solanum tuberosum subsp. andigena
1711 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 4.87 |  | n.s. | 3.54 |  | -3.65 | GI: | 239735943 |  | Kunitz-type proteinase inhibitor A6 |  | Solanum palustre
1474 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 3.15 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. | GI: | 14329818 |  | Putative miraculin |  | Atropa belladonna
1396 |  | -1.65 |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | -1.92 | n.s. |  | 1.66 | GI: | 585699 |  | Cysteine protease inhibitor 9 |  | Solanum tuberosum
1477 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 3.77 |  | n.s. | n.s. |  | -9.67 | GI: | 3913948 |  | Proteinase inhibitor type-2; Precursor |  | Solanum tuberosum
1494 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 3.74 |  | n.s. | n.s. |  | -5.36 | GI: | 3913948 |  | Proteinase inhibitor type-2;Precursor |  | Solanum tuberosum
1499 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | 2 |  | n.s. | n.s. |  | -3.62 | GI: | 3913948 |  | Proteinase inhibitor type-2; Precursor |  | Solanum tuberosum
1610 |  | n.s. |  | n.s. | -2.08 |  | n.s. |  | -2.02 | n.s. |  | 11.8 | GI: | 462765 |  | Auxin-induced proteinase inhibitor |  | Solanum lycopersicum
1377 |  | n.s. |  | 2.76 | n.s. |  | 11.8 |  | n.s. | 10.8 |  | n.s. | GI: | 58373382 |  | Proteinase inhibitor Iib |  | Solanum americanum
1739 |  | 5.5 |  | n.s. | 6.38 |  | 3.06 |  | n.s. | n.s. |  | -4.66 | GI: | 21528 |  | Proteinase inhibitor I |  | Solanum tuberosum
1662 |  | 5.12 |  | n.s. | 3.5 |  | 2.65 |  | n.s. | n.s. |  | -5.54 | GI: | 268374352 |  | Type I serine protease inhibitor |  | Solanum tuberosum
1639 |  | n.s. |  | n.s. | n.s. |  | n.s. |  | n.s. | -1.78 |  | -1.67 | GI: | 1706276 |  | Cysteine proteinase inhibitor A |  | Helianthus annuus