Spreadsheet: 82013f44-8936-4e71-9e2a-5e1f8f4d3a5d
Sheet: Sheet1

Table S1. Sequences of paralogous DEFL genes in A. thaliana and their orthologs in A. lyrata | Unnamed: 1 | Unnamed: 2 | Unnamed: 3 | Unnamed: 4 | Unnamed: 5 | Unnamed: 6 | Unnamed: 7 | Unnamed: 8 | Unnamed: 9 | Unnamed: 10 | Unnamed: 11
Homology Groupa | Multiply duplicated genes of A. thaliana |  | Orthologous gene of A. lyrata |  |  | Synteny consevation between A. thaliana and A. lyrata genomesc | Amino acid sequence identityd | dN/dS (dN, dS)e |  |  | Notes
 | AGI code | Genomic sequence (5’ to 3’) | Location | Gene name in JGI | Genomic sequence (5’ to 3’)b |  |  | Full sequence | Putative mature peptide | First cysteine to last cysteine
CRP810 | [NAME] (CRP810_1.1) | ATGAAGTTGATTTTTATATTTTTAACTCTATTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaatttatttaattaggataatatatcagtattataatcaacaacaaaaaattgtttaagaatttgatatatcttttcaaaatttgatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGAAGAAGAGAGAATATATCCTTTCAATCCAGTAGCAAGTCCTTTCGATCCACGTTCACTGAACCAAATACTTAAAATAGGCAAAATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAGAGATAGGTATATTCGCACATGTAGTTTTGAAAGAAAACTTTGTCGTTGCAGTTATAGTCATATTCATCATACTCATGGTTAA | scaffold_8:4561525-4561886 | - | ATAAAGTTGACTTTTTTTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaaatctaaattaatttaatttggatattatttcggtatcgtaatcattatatatatatttgatagtttgatatgttttttcaaaatgttatagGTACATCAATACATATAAAGGAATCTAGTAGAGAAGAGGCAACTTATCATTTCAATCCAGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACCAAGAACTTTAACAAGGATAGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGTAATATGAGAAAGAAAAAGTATATTAAAGCTTGTAGTTTGGAATGACATCTTTGTCAATGCAATATTAGTGATATTCATTAA | Yes | - | See Table S3 | See Table S3 | See Table S3 | AlCRP810_1.1 Disruption of start codon by  single base substitution
 |  |  | scaffold_8:4559431-4559791 | - | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTCCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattaatttaattaggatactatttccgtattgtaatcatttaaaatttatatatatttgatagttcaaaattttatagGTGCATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAGCTTATTATTTCAATCCGGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACTAGGAACTTAAACAAGATTGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAAGGGAAAATATATTAAGAGATGTAATTTGGAAAGACGTCTTTGTCGTTGCAGTATTAGTAAGATTCATTAA |  | - |  |  |  | AlCRP810_1.2 Stop mutation by single base substitution
 |  |  | scaffold_8:4557801-4558162 | - | ATGAAGTTGACTTTTATATTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattaatttaattaggatactatttccatatagtaatcatttaaaatttatatatatatttgatagttcaaaattttatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAGCTAGTTATTTCAATCCGGCAGAAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACCAGGAACTTAAACAAGATTGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAAGGGAAAATATATTAAGAGATGTAATTTGGAAAGACGTCTTTGTCGTTGCAGTATTAGTAAGATTCATTAA |  | - |  |  |  | AlCRP810_1.3 Stop mutation by one base deletion
 |  |  | scaffold_8:4556184-4556544 | fgenesh1_pm.C_scaffold_8000410 | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTCCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattaatttaattaggatactatttccgtattgtaatcatttaaaatttatatatatttgatagttcaaaattttatagGTGCATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAGCTTATTATTTCAATCCGGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACCAGAAACTTAAACAATATTGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAAGGGAAAATATATTAAGAGATGTAATTTGGAAAGACGTCTTTGTCGTTGCAGTATTAGTAAGATTCATTAA |  | 66 / 90 (73%) |  |  |  | AlCRP810_1.4
 |  |  | scaffold_8:4554538-4554918 | - | [NAME] |  | 65 / 90 (72%) |  |  |  | AlCRP810_1.5
 |  |  | scaffold_8:4547970-4548319 | - | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaatttatttaattaggatactatgttggtattgtaatcattttaaaaaaattcaaaattttatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAACTTATTATTTCAATCCAGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATGCTTTGAACCAAGAACTTCTTCAACAAGGATGGGTTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAGGAAAAAATATATAAAAAGATGTAGTTTGGAAAGGCATCTTTGTCGTTGCAGTATTAAAGATATTCAATAA |  | 64 / 90 (71%) |  |  |  | AlCRP810_1.6
 |  |  | scaffold_8:4538868-4539229 | [NAME] | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaatttatataattaggatactatgttggtattgtaatcatttaaaaaaaaaatatttgatagttcaaaattttatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAACTTATTATTTCAATCCAGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATGCTTTGAACCAAGAACTTCTTCAACAAGGATGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAGGAAAAAATATATAAAAAGATGTAGTTTGGAAAGGCATCTTTGTCGTTGCAGTATTAAAGATATTCAATAA |  | 65 / 90 (72%) |  |  |  | AlCRP810_1.7
 |  |  | scaffold_97:545-906 (complementary strand) | - | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATataagtctaaatttatttaattaggatactatgttggtattgtaatcatttaaaaaaaaaatatttgatagttcaaaattttatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAACTTATTATTTTAATCCAGCACCAAGTCCTTTCGATCCATATGCTTTGAACCAAGAACTTCTTCAACAAGGATGAGTTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAGGAAAAAATATATAAAAAGATGTAGTTTGGAAAGACATCTTTGTCGTTGCAGTATTAAAGATATTCAATAA |  | - |  |  |  | AlCRP810_1.8 Stop mutation by single base substitution
 |  |  | scaffold_1021:829-1191 (complementary strand) | fgenesh1_pm.C_scaffold_1021000001 | ATGAAGTTGACTTTTTTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattaatttaattaggatactatttccatatagtaatcatttaaaatgtatatatatatttgattgttcaaaattttatagGTACATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAGCTAGTTATTTCAATCCGGCAGAAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACCATGAACTTAAACAAGATTGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGACGGGGAAAATATATTAAGAGATGTAATTTGGAAAGACGTCTTTGTCGTTGCAGTATTAGTAAGATTCATTAA |  | 65 / 90 (72%) |  |  |  | AlCRP810_1.9
 |  |  | scaffold_1021:2448-2808 (complementary strand) | Al_scaffold_1021_1 | ATGAAGTTGACTTTTCTATTTTTCACTCTTTTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattaatttaattaggatactatttccgtattgtaatcatttaaaatttatatatatttgatagttcaaaattttatagGTGCATCAATACTTATAAAGGAATCTAGTGGAGAAGAGACAGCTTATTATTTCAATCAGGCAGCAAGTCCTTTCGATCCATATTCATTGAACCAGAAACTTAAACAATATTGGATTGGTTATTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGAAAGGGAAAATATATTAAGAGATGTAATTTGGAAAGACGTCTTTGTCGTTGCAGTATTAGTAAGATTCATTAA |  | 65 / 90 (72%) |  |  |  | AlCRP810_1.10
 | At5g43510 (CRP810_1.2) | ATGAAGTTGCCTATTATATTCTTAACTCTATTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattatttaattaggataatgtgtcagtattataatcattataaaaactgtttaagaatttgatatatcttttaaaaatttgatagGTACATCAACACTTATAAATGGATCTAGTGATGAAGAGAGAACATATTCTTTCAGTCCAACAACAAGTCCTTTTGATCCACGCTCACTGAACCAAGAACTTAAAATTGGGAGAATTGGTTACTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGACGGGGTAAGTATATTCGTACATGTAGTTTTGAAAGAAAACTTTGTCGTTGCAGTATTAGTGATATTAAATAA | - | - | - | No | 61 / 89 (68%) ~ 64 / 90 (71%)
 | At5g43513 (CRP810_1.3) | ATGAAGTTGCCTTTTATATTCTTAATTACTCTATTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattatttaattaggataatgtgtcagtactataatcattacaaaaccagtttaagaatttgatatatcttttgaaaatttgatagGTACATCAATACTTATAAATGAATCTAGTGATGAAGAGAGAACATATTCTTTCAGTCCAACAACAAGTCCTTTTGATCCACGCTCACTTAACCAAGAACTTAAAATTGGGAGAATTGGTTACTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGACGGGGTAAGTATATTCGTACATGTAGTTTTGAAAGAAAACTTTGTCGTTGCAGTATTAGTGGTATTAAATAA | - | - | - | No | 64 / 89 (71%) ~ 66 / 89 (74%)
 | At5g43518 (CRP810_1.4) | ATGAAGTGTCCTTCTATATTCTTAACTCTATTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattatttaattaggataatgtgtcagtattataatcattacaaaaactgtttaaaaatttgatatatcttttgaaaatttgatagGTACATCAATACTTATAAATGAATCTAGTGATGAACAGAGAATATATTCTTTCAGTCCAACAACAAGTCCTTTTGATCCACGCTCACTGAACCAAGAACTTAAAATTGGGAGAATTGGTTACTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGACGGGGTAAGTATATTCGTACATGTAGTTTTGAAAGAAAACTTTGTCGTTGCAGTATTAGTGATATTAAATAA | - | - | - | No | 61 / 89 (68%) ~ 61 / 83 (73%)
 | At5g43525 (CRP810_1.5) | [NAME] | - | - | - | No | 61 / 89 (68%) ~ 64 / 90 (71%)
 | At5g43516 (CRP810_1.6) | ATGAAGTTGCCTTTTAATTCTTAATTACTCTATTAATTTTTGTTTCTTCATgtaagtctaaattatttaattaggataatgtgtcagtattataatcattacaaaaccagtttaagaatttgatatatcttttgaaaatttgatagGTACATCAATACTTATAAATGAATCTAGTGATGAACAGAGAATATATTCTTTCAGTCCAACAACAAGTCCTTTTGATCCACGCTCACTGAACCAAGAACTTAAAATTGGGAGAATTGGTTACTGTTTTGATTGCGCAAGAGCTTGTATGAGACGGGGTAAGTATATTCGTACATGTAGTTTCGAAAGAAAACTTTGTCGTTGCAGTATTAGTGGTATTAAATAA | - | - | - | No | -
[NAME] | At1g75830 (AtPDF1.1) | ATGGCTAAGTCTGCTACCATCGTTACTCTTTTCTTCGCTGCTCTTGTTTTCTTTGCTGCTCTTGgtgagtaatgatgttatcgtataccatatgcatggaaaattgagttttaaccttttttctttcattttattgtgataattaactgtgagagatatatctatatgcagAAGCACCGATGGTGGTGGAAGCACAGAAGTTGTGCGAGAGGCCAAGTGGGACATGGTCCGGAGTTTGCGGAAACAGTAACGCGTGCAAGAATCAGTGCATTAACCTTGAGAAAGCACGACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAATGTATCTGCTACTTCCCATGTTAA | scaffold_2:16904659-16905007 | fgenesh2_kg.2__1861__AT1G75830.1 | ATGGCTAAGTCTGCTACCATCGTTACCTTTTTTTTCGCTGCTCTTGTTTTCTTTGCTGCTCTTGgtgagtattgatcttatcatatatcatattcatatgcatggcaaattgagttttaacttttctctttgttgtgataactaactttgagagatatatccatatgcagAAGCGCCAACAATGGTGGAAGCACAGAAATTATGCGAGAGACCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTTTGCGGAAACAATAATGCATGCAAGAATCAGTGCATTAGACTTGAGAAAGCACGACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAATGTATCTGCTACTTCCCATGTTAA | Yes | 75 / 80 (93%)** | 0.1428 (0.0358 0.2506) | 0.0971 (0.0252 0.2594) | 0.1445 (0.0269 0.1859)
 |  |  | scaffold_2:16900634-16900968 | scaffold_202531.1 | ATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTTATCGTCGCTGCTCTGGTTCTCTTTGCTGCATTTGgttagtaatgatcttaattatatctatgcaaattgtgctttaaatatttcatttatttgataattaatcttgagcgatgtacacatatgcagAAGCACCAACAACTGTGGAAGCACAGAAGTTGTGCGAGAAGCCAAGTGGGACATGGTCAGGAGTTTGCGGAAACAGTGGCGCATGCAAAAATCAGTGCATTAACCTTGAAGGAGCACGACATGGATCTTGCAACTACGTCTTCCCAGCTCATAAGTGTATCTGTTACTTCCCATGTTAA |  | 68 / 80 (85%)** | 0.2827 (0.0900 0.3184) | 0.1408 (0.0426 0.3022) | 0.1417 (0.0455 0.3209)
 | At5g44420 (AtPDF1.2a) | [NAME] | scaffold_8:3357047-3357387 | fgenesh1_pm.C_scaffold_8000296 | ATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTTATCTTCGCTGCACTTGTTCTCTTTGCAGCTTTTGGTGAgtaatgcttttatcatacaaataaaaatgtgtgttaaatataattttaatttatatgataattaaccctgggagatgtatatatccatttgcagAAGCACCAACAATGGTGGAAGCACAAAGGTTGTGCGAGAAGCCAAGTGGGATATAGTCAGGGGTTTGTGGAAACAGTAATGCGTGCAAGAATCAGTATATTAATCTTGAGGGAGCAAAACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAGTGTATCTGTTACGTCCCATGTTAA | Yes | - | - | - | - | Stop mutation by single base substitution
 | At2g26020 (AtPDF1.2b) | ATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTTATCTACGCTGCTCTTGTTCTCTTTGCAGCTTTTGgttagtaatgctcttataatatgaattaaaatgtaatgttcatttacataactagagagatgtaacatacgcagAAGTACCAACAATGGTGGAAGCACAGAAGTTGTGCGAGAAGCCAAGTGGTACTTGGTCAGGAGTTTGCGGAAACAGCAATGCATGCAAGAATCAGTGCATTAACCTTGAAGGAGCAAAACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAGTGTATCTGTTACGTCCCATGTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g44430 (AtPDF1.2c) | ATGGCTAAGTCTGCTACCATCATCACCTTCCTTTTCGCTGCTCTTGTTCTCTTTGCTGCTTTTGgtgagtaaagatcttatataattgtcatatatatgcatggaaaaaaaactttgatttttctttctcttttagattgattgataattaacaaggggtgtatatatatgcagAAGCACCAACAATGGTGGAAGCACAGAAGTTGTGCGAGAAGCCAAGTGGGACATGGTCAGGCGTTTGCGGAAACAGTAATGCATGCAAGAATCAGTGCATTAACCTTGAGGGAGCAAAACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAATGTATCTGTTACGTCCCATGTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | [NAME] (AtPDF1.3) | ATGGCTAAGTCTGCTGCCATCATCACTTTCCTCTTCGCTGCTCTTGTTCTCTTTGCTGCTTTTGgtgagtaatgatcttataatattatatgcatgaaaaaataaattctgaattttcctctttagatttattggtaattaacaagatatttatatatgaatgcagAAGCACCGATAATGGTGGAAGCACAGAAGTTGTGCGAGAAGCCAAGTGGTACTTGGTCAGGAGTTTGCGGAAACAGCAATGCGTGCAAGAATCAGTGCATTAACCTTGAGGGGGCAAAACATGGATCTTGCAACTATGTCTTCCCAGCTCACAAGTGTATCTGTTACTTCCCATGTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At1g55010 (AtPDF1.5) | ATGGCTAAGTTTTGTACCACCATTACCCTTATTTTGGTTGCTCTTGTTCTCTTTGCTGATTTTGgtgagtgatgaccttatcatatgccttgaaaatgtgtttaagattttcctttcatttatgttaataattaaccattcatatagAAGCACCGACAATTGTGAAAGCAGAGCTTTGCAAAAGGGAAAGTGAGACATGGTCAGGACGTTGTGTAAACGATTATCAGTGCAGAGATCATTGCATTAACAATGATAGAGGAAATGATGGATATTGCGCTGGTGGCTACCCATGGTACAGATCATGTTTCTGTTTCTTCTCTTGCTAA | scaffold_1:31469769-31470085 | Al_scaffold_0001_5134 | ATGGCTAAGTTTTCTACCACCATTACCCTTATCTTGGCTGCTCTTGTTCTCTTTGCTGATTTAGgtgagtaatagaaaatgtgttcaagattttcctttcatctatgttaataattaacctttcatatatatacgcagAAGCACCGGTAATTGTGAAAGCAGAGCTTTGCAAAAGGGAAAGTGAGACATGGTCAGGACGTTGTGTAAACGATTATCAGTGTAGAGATCATTGCATTAACAATGATAGAGGAAATGATGGATATTGCGCTGGTGGCTACCCATGGTACAGAGGATGTTTCTGTTTCTTCTCTTGCTAA | Yes | 75 / 80 (93%)** | 0.9687 (0.0382 0.0394) | 0.4731 (0.0164 0.0346) | 0.4674 (0.0170 0.0364) | as an outgroup of AtPDF1.1-1.3 and their related genes of A. lyrata
 | - | - | scaffold_1:32348624-32348973 | scaffold_105619.1 | ATGGCTAAGCTTGCTACCATCATCATCACGGTTATATTCGATGCTCTTGTTCTCTTTGCTGCTTTTGgtgagtaatgatcttatcatatagtacatggcaaaatgaattattattttttatttttttaataattagccatgaaagataaattaaaatatatatgtatgcagAAGCACCAATAATGGTGGAAGCACAAAAGTTGTGCGAGAGGCTTAGTGGTACAACGTTGGGAGTCTGCGGAAACAGTAATGCGTGCAAGAATCGGTGCATTCTACTGGAGGGAGCACGACATGGTTCTTGCAACTTTATCTTCCCATATCACAGATGTGTCTGTTACTTCCCATGTTAA | No | - | - | - | -
 | - | - | scaffold_7:19551112-19551464 (complementary strand) | scaffold_703526.1 | ATGGCTAAGTTTGCTTCAATCATCTTCCTTTTTTTCGCTGCTCTGGTTGTCTTTGCTTCTCTCGgtgagtagtaaatgatcttatcatatatatgtaaatgagctatcaattttcttttgctataataattttttttattgtattgatttgcaactaacccaagaaatatatatatgcagAAGCACCAATGGTGGAAGCAAAGTTATGTGAGAGGTCAAGTGGGACATGGTCAGGAGTTTGTGGAAACAATAATGCATGCAAGAATCAGTGTATTAATCTTGAGGGGGCACGACATGGATCTTGCAACTATCGCTTCCCATATCACAGATGTATTTGTTACTTCGACTGTTAA | No | - | - | - | -
CRP700 | At2g43510 ([NAME]) | ATGGCAAAGGCTATCGTTTCCATCTTCGTTGTCTTTTTCATCTTCTTCTTAGTCATTTCCGgtaagcaaacttactctccgtttcttgacatatttgtttataacttaaaatttacccttatgttctggctacaaatctctttgaccatagcaaaatcatgatatgatcattctatcttttcttaattttgtttataacagATGTGCCGGAGATAGAAGCGCAAGGTAACGAGTGCTTGAAAGAATACGGAGGTGATGTTGGTTTCGGCTTTTGTGCGCCTCGGATATTTCCGACGATTTGTTACACAAGATGCCGTGAGAACAAGGGAGCTAAAGGTGGAAGATGCCGTTGGGGACAGGGCAGTAACGTCAAATGCTTATGCGACTTCTGCGACGATACTCCACAGTAA | scaffold_4:21279645-21280052 | fgenesh2_kg.4__2523__AT2G43510.1 | [NAME] | Yes | 83 / 89 (93%)** | 0.2699 (0.0320 0.1185) | 0.3271 (0.0389 0.1189) | 0.4996 (0.0373 0.0746)
 | At2g43520 (ATTI2) | ATGGCAATGAAGTCAGTTTCTACCTTGGCCGTTTTTGCCATCCTCTTTTTGGTTATCGTTGgtaaattaactaacttcatagatatttctcacgtagtttttaaagtttgcgtttgtgtttgaagcatccggggactatttttctcggtgatcgcagtcaagtttcattatgtttgatttctgtttgcttaattcgttttatatgataaacacagAAATGCCAGAGATAAAAGCGCAAGGTAGCAAGTGTCTGAAAGAATATGGCGGTAATGTGGGTTTCAGCTATTGTGCGCCTAGGATATTTCCGTCATTCTGTTATCGGAACTGCCGTAAGAATAAGGGCGCGAAGGGAGGTAGATGCCGTTCGGGAGGGGCAGGAGCTGGTAGTATGATATGTTTATGCGACTACTGCAGCGACAAACCTTAA | scaffold_4:21281220-21281654 | fgenesh2_kg.4__2524__AT2G43520.1 | ATGGCAACGAAGTCAGTTTCTACCTTGGCCGTTTCTGTCATCCTCTTTTTGGTTATCTTTGgtaaattaactaacaattcatacttctcccgtattttttaaaatttgcgtttgtgtttgaagttgtgattcacaggatccgggtatttttctcggtgatctcagtcaagtttcattatatgtaattactgtttgcttgattcattttatatgataaatgcagAAATGCCAGAGATAAAAGCGCAAGATAGCAAGTGTCTAAAAGAATATGGCGGTAATGTCGGTTTCAGTTATTGTGCGCCTCGGATATTTCCGTCGTTCTGTTATCGAAACTGCCGTAAGAATAAGGGTGCGAAGGGAGGTAGATGCCGTTCGGGAGGGGCAGGAGCTGGTGGTATGATATGTTTATGTGACTACTGCAGCGACAAACCTTAA | Yes | 84 / 90 (93%)** | 0.2076 (0.0294 0.1417) | 0.0635 (0.0138 0.2169) | 0.0329 (0.0080 0.2420)
 | At2g43530 (ATTI3) | ATGGGCATGGCAATGAAGTCAGTTTCTAACTTCGCAATCTTTTTAATCCTCTTTTTGGTCACCTCTGgtaaattttaactccgtacttctcacatacttattaaaatttgtgattcatacgatccatagaggatttaattatttctgttggtgattgctgcaagtttctttatatgtgaattttatttgccaaaactaatttatttgtatatacatgatatgtgagcagAAATATCTGAGATAGAAGCGAAAGATAAGGAATGTCTAAAAGGATACATTGATGCGCCTTTAAGCTATTGTATGGCTAGGATTTATCCGTCGTTGTGTTATCGAAATTGTCGTTTTTACAAGGGCGCGAAAGGTGGAAAATGCGACGGTCTTAAGTGCTTCTGCGACTTCTGCAGCGACAAGCCTTTTTAG | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At2g43535 (ATTI4) | ATGGCAAAGATGTCAGCACTTTCTATCTTCGCCATCTTTATCATCCTCGTTCTGGTTATCTTTGgtaaatttatttctcacatatttattcaactttatgattcacaggatccaaagagtatttctttcggtgatagcaataagtttcattatatgtgattttttatatgcttaaatctgtatgtacatatatttgtgcagAAATACCTGAGATAGAAGCACATGATAGCGAGTGTCTGAAAGAATATGGGGGTGATGTTGGGTTTGGCTTCTGTGCGCCTAAGATATTTCCGACGATTTGTTATAGAAATTGCCAAAAGGACAAGGGGGCTAATGGTGGAAAATGCCTCTGGGGAGAGGGCGGTAAAGTGAAATGCTTATGCGACTTCTGCAGCAATGAATCTTTTAATCAGTTTATAAGTCTTACTTGA | scaffold_4:21283548-21284001 | scaffold_403245.1 | ATGGCAACGAAGTCAGTTTCCACCTTCGCCATCTTTATCATCCTCGTTCTGGTTATCTTTGgtaaatttatttctcacatatttgattaactttatgattcatatgatccagagattatttctctcggcgctagcaataattaagtttcactatatgtgatatttatatgcttaaatctgtatgtatatatatatttgtgcagGAATATCTAAAATAGAAGCACAGGATAGCGAGTGCCTGAAAGAATATGGTGTTGATGATGATGGTGATGATGTTGGTTTTCGCTTCTGTGCGCCTAGGATATTTCCGACGCTTTGTTATAGAAGATGCCAAAAGGACAAGGGGGCTAAGGGTGGAAAATGCCTTTGGGACGAAGAGGGCAGCGGTAATGTGAAATGCTTATGCGACTTCTGCAGCGAGGAGCCTTTTAATCAGTTTATAAGTCCTACTTGA | Yes | 75 / 94 (79%) | 0.6877 (0.1062 0.1545) | 0.5595 (0.0997 0.1782) | 0.4716 (0.0884 0.1875)
 | At2g43550 (ATTI6) | ATGTCCGAATACATCTCCAAAGTAAGCAATAAGCAAAGGAAAATGAAGTTTGTTTCCGTCTTCCTCGTTCTGTTTATCTTCTTCCTCGTCGTTCTTGgtaagtactgaatctatatacagttactgcattatttacgatattacccactcttacaacctcataacaatatgcagAGGCCCCGGAGAAGATAGAAGCCAAAGACGACAAGTTCATATGTGTGGTTGAGTATGGAGGAGACGTGGGTCCAACGTTCTGTAACCCTAAATTCTTCCCCACGTTGTGCCGTCAAAACTGCCGGAGCTTCAAAGGTGCCAAAGGCGGTAAATGCGTGAAGCAACCCAAACACAAACATATCAAGTGCTTCTGCGACTACTGTAAAGACGACTAG | scaffold_4:21286263-21286637 | scaffold_403248.1 | [NAME] | Yes | - | - | - | - | Stop mutation by one base deletion
 | At5g52145 | ATGACCAAATCCGGTTCTATCATTACCGTCCTCTTCATCGTCTTCATAGTTATCTCTAgtaagttaacttactttgccttgcttgaatgtatttggtaatagctttatgttattgcaagcagaaaattcatgatatgcgttttctatatgttttgtgtttataacagAACAAATAGAAAGATAGTGATTGCTTGAAAGAATATGGAGGTAAGGTAATATATGTTGGTTTCCCCTGGCCTTTTGTGCAATTTTGATATTTCTGTCATACTGTTATATAAAGTGTCACAAAGACAAGGGGGCTGATGGCGGAAGATGCCAATAGGGACAGGAAGAAGGTCATACTAAGTTGACGTGCTTATGCGACTATTGTGACTCTTCGCCCTACCTGATCAAACTCTAA | scaffold_8:14987718-14988182 | Al_scaffold_0008_1593 | ATGTCCAAGGCAACTAAACCCAGTTCTATCATTACCGTCCTCTTCGTCTTCTTCTTAGTTATCTCTGgtaagtaaacttactttgcgttgtttgacattatttgttaataactttatatgtatacgtttgcagtcaagtttacaagttttgttttcgtgattaagaaagtacttttattttatcgcatgcagaagattcatgatatgtgcttatttttgtttgtgtttataacagAAATGCCAGAGATAAAAGCGCAAGATAGTGATTGCTTGAAAGAATATGGAGGTGATGTTGGTTTCCCCTTTTGTGCAATTTTGATATTTCCGTCAGTATGTTATATAAAGTGTCGCCAAGACAAGGGGGCTAAAGGCGGAAGATGCCAACACGGAGAGGAAGACGGTCATATTAAGTTCACGTGCTTTTGCGACTATTGTAACTCGTCGCCCTACCTAATCAAACTCTAA | Yes | - | - | - | - | These orthologous sequences could not be aligned
 | At1g47540 (ATTI7) | ATGGCAACGAAGTCAGTTTCTACCTTCGCCATCTTTTTCATCCTCGTTTTGGCTATCTTTGgtaaactaactcacttcatatttgttaaaatttgtgattcatcatagggttccagagattatttttctccgttatcgaagcaagtttcgttatacatcgtttttttatttgctttttaacctatctatatgaatacaaatataagCAGAAACTCCTGAGATAGAAGCGTATGATAGGAAGTGCCTGAAAGAATACGGCGGCGATGTGGGTTTCAGCTACTGTGCACCTCGAATATTCCCGACGTTCTGTGATCAGAACTGCCGTAAGAACAAGGGCGCGAAAGGTGGAGTATGCCGTTGGGAAGAGAACAACGCTATTGGTGTTAAATGCTTATGCAACTTCTGCAGCGAGGAACCCTCTGATCAAACTCTAAGTCGTATTTGA | scaffold_1:23723029-23723479 (complementary strand) | fmRNAsh2_kg.1__3851__AT1G47540.2 | ATGGCAACGAAGTCAGTTTCTACCTTCGCCATCTATTTCATCCTCGTTTTGGTTATCTTTGgtaaattaactaactccatacttctcatatttttaaaaaattttgtgattcatagggttccagagagtatttctctcgggtatcaaagcaagtttcgttatatacatgttttttttatttgctttaacctatctatatgcatgcaaataagCAGAAACGCCTGAGATAGAAGCGTATGATAGGAAGTGCCTGAAAGAATACGGCGGCGATGTGGGTTTCAGCTACTGTGCACCTCGAATATTCCCGACGTTCTGTGATCAGAACTGCCGTAAGAACAAGGGCGCGAAAGGTGGAATATGCCGTTGGGAAGAGAACAACGCTATTGGTGTTAAATGTTTATGCAACTTCTGCAGCGAGGAGCCTTCTTATAAGATTCTAAGTCGTATTTGA | Yes | 93 / 99 (93%)** | 0.3271 (0.0264 0.0806) | 0.2034 (0.0220 0.1082) | 0.2628 (0.0077 0.0294)
 | - | - | scaffold_2:11809706-11810097 (complementary strand) | Al_scaffold_0002_1289 | ATGGCAAAGGCAACAAAATCTGTTTCCATCTTTGTTGTCTTTTTCATCTTCTTCTTGGTTATCTCTGgtaagcaaacttactctgcgtttcttgaaattattttaaataaattaaaaaatctctgtgatcatagctagcaaattcattatatgtgattctatgttttcttttgtttatgacagACATGCCGGAGATAGAAGCTCAAGGTAGCGAATGCTTGGAAGAATATGGCGGTGATGTTGGTTTCGGCTTTTGTGCCCCTCGGATATTTCCGACGATTTGTTATACAAGATGCCGTGAAATCAAAGGAGCTAAAGGTGGAAGGTGTCGTTGGGGAGAGGGCAGTAACGTTAAATGCTTATGTGACTCCTGTGATGATACTCCTCAATAA | No | - | - | - | -
CRP860 | At1g60983 (SCRL8) | ATGAAGTTAGCTGCAATTTTCTTGGTTTCTTGTGTCTTATTGTCTCTTCTCCCAAGCCTAACCATTGCGGAGAAAAGGCCGTGGTGTCCAACAAGAAAACAAATATTTGATGGTTCATGCAATAGAACTGATTACACACAATGCTTTAACGACTTAAGAAATACATGGGATGATATTGGAGATCTTTGTCCGACCGATTGCACTTGCACTCCTCAACCACAGAATAAACGTCTCTGTTATTGTCGTTACTTGCCTTGTCCTAGTACCTAA | scaffold_2:2812504-2812773 (complementary strand) | scaffold_200507.1 | ATGAAGTTAGCTGCAATTTTCTTGGTTTCTTGTGTCTTATTCTCTCTTGTCCCAAGCCTAACCATAGCGGAGAAAAGGCCCTGGTGTCCAACAAGAAAACAAATATTTGATGGATCATGCAATAGAACTGATTACACACAATGCTTTAACGACTTAAGAAACACATGGGATGATATTGGAGATCTTGGTCCAACCGATTGCACTTGCACTCCTCAACCACAGAACAAACGTCTCTGTTATTGTCGTTACTTGCCTTGTCCTAGTACTTAA | Yes | 86 / 89 (96%)** | 0.1147 (0.0146 0.1274) | 0.0400 (0.0064 0.1605) | 0.0619 (0.0073 0.1182)
 |  |  | scaffold_2:2818056-2818325 (complementary strand) | scaffold_200508.1 | ATGAAGTTAGCTGCAATTTTCTTGGTTTCTTGCGTCTTATTCTCTCTTGTCCCAAGCCTAACCATAGCGGAGAAAAGGCCCTGGTGTCCAACAAGAAAACAAATATTTGATGGATCATGTAATAGAACTGATTACACACAATGCTTTAACGACTTAAGAAACACATGGGATGATATTGGAGATCTTGGTCCAACTGATTGCACTTGCACTCCTCAACCACAGAACAAGCGTCTCTGTTATTGTCGTTACTTGCCGTGTCCTAGTACTTAA |  | 86 / 89 (96%)** | 0.0625 (0.0146 0.2338) | 0.0221 (0.0064 0.2905) | 0.0283 (0.0073 0.2586)
 | At1g60985 (SCRL6) | ATGAAGTTTGCTGCAATCTTCTTGGTTACTTGTGTCTTCTTCTCCCTTTTCTCAAGCAACCTTTCACAAGgttttttaatcattttactgaagttaccattttgctcattgaaattcggttgtcctaaactagtttggtttaactctttgtattgttgttgaataataagGTGAAAAATTAAGCATGGATCCTACGAGGAGGCCGTGGTGTCCGTCGAAAAAACAAATGTTTGGTGGTAATTGTGGAAACGATGGAGACTCTCTATGTCTAATGCTCTTAGCAGCTAGTTGGGATGAAAGTTTAAGGCATAGCTCCATCTCCTGCAATTGCACTACTTATCCTAACTACAAAATTCTCTGTAGTTGTCCTAATATGATTTGTCCCTAG | scaffold_2:2813965-2814352 (complementary strand) | - | ATGAAGTTTGCTGCAATCTTCTTGGTTACTTGTGTCTTATTCTCCCTTCTCCCAAGCCACCTGTCACAAGgtcttctaataattctactgaagttatcattttgctcatcaaaattcggttaacctaaaccagtttggtttaactctttttattgttgttgaataattagGTAAAAAATCAAGCATGGATCCTACGAGGAGGCCGTGGTGTCCGTCGAAAAAACAAGTGTTTGGTGGTCACTGTGGAAACGATGGAGCACATCTTTGTCTAAATCTTTTAGCAAGTAGTTGGGATAATAGTGTAAGGCATAGCCCCATCTCCTGCAATTGCACTGATTATCCTAACTACAAAGTTCTCTGTAGTTGTCCTAATATGATTTGCCCCTAG | Yes | 78 / 95 (82%)* | 1.0986 (0.1073 0.0977) | 1.0450 (0.1176 0.1126) | 0.9216 (0.1294 0.1404)
 | [NAME] (SCRL4) | ATGAAGTTTGCTGCAATCTTGTTGGTTACTTGTGTCTTATTCTCCCTTCTCCCAAGCCATCTTTCACAAGgtcttctaatcattctactgagattaccattttgctcatcgaaatttgcttgacgtaaacaagtttggtttaactttttttttttttgttgatgatgaattagGTGAAGAATCAAGCATGAATATTGATGCGCAGAGAAGGCCATGGTGTCCGTCTAAAAAACAAGTGTTCGGTGGTTCGTGTGGAAATGATGGAGCACAACAATGTCTAAATAACTTATTAAGTACATGGGATCCAAGTGTAAGGCTTAGCCCAGTCTCCTGCAATTGCACTCCTCAACCTAACAACAATATTCTTTGCAGTTGTCCTAACATGATTTGCCCATAG | scaffold_2:2801406-2801801 (complementary strand) | scaffold_200506.1 | ATGAAATTTGCTGCAATCTTCTTAGTTAATTGTGTCTTATTCTCCCTTCTCTCAAGCCACCTTTCACAAGgtcttctaatcattctactaaagttatcattttgctcatcgaaattcggttgacctaaaccagtttgatttaacttttttgttgttgttgatgatgaattagGTGAAGAATCAAGCATAAATATTGATGCGCAGAGAAGGCCATGGTGTCCGTCTAAAAAACAGGTGTTCAGTGGTTCGTGTGGAAATGATGGAGCACAACAATGTCTAAATAACTTATTAAGTACATGGGATCCAAGTGTAAGGCTCAGCCCAATCTCCTGCAATTGCACTCCTCAACCTAACAATAATATTCTTTGTAGTTGTCCTAACATGATTTGCCCATAG | Yes | 91 / 97 (93%)** | 0.2209 (0.0267 0.1211) | 0.1860 (0.0175 0.0939) | 0.1237 (0.0147 0.1187)
 | [NAME] (SCRL5) | ATGAAGTTTGTTGCAATCTTCTTGGTTACTTGTGTCTTATTCTCCCTTTTCCCAAGCCACCTGTCACAAGgtcttctaatcattccaccgaagttaccattttgctcattgaaatttggttgacctaaaccagtttgatttaactcttttagttgttgttgatcaattagGTGAAGAATCAAGGATGAATATTAATGCGGAGAGAAGGCCATGGTGTCCGTCTAAAATACAAATGTTTGATACTAATTGTGAAGTGGATGGAGCAAAACAATGTCTAGATCTCTTAATAAGTACTTGGGATCCAAGTGTAAGGCTCACCCGAGTCTCTTGCATTTGCTCTGATTTTCCTTACAGGAATATGATGTGTAGTTGTCCTAATATGATTTGTCCCTAG | scaffold_2:2798694-2799088 (complementary strand) | Al_scaffold_0002_441 | ATGAAGTTTGTTGCAATCTTCTTAGTTACTTGTGTCTTCTTCTCCCTTTTCCCAAGCCACCTTTCACAAGgtcttctaatcattctaataaagttaccattttgctcatcgaaattcggttgacctaaactagtttgattttaactctttttgttgttgttgatgaattagGTGAAGAATCAAGCATAAACATTGCTGCGCAGAAAAGGTCATGGTGTCCGGATAAAAGACAAGTGTTTGATGGTATTTGTGAAAAGGATGGAGCAAAACAATGTCTAGATCTCTTATTAAGTTCTTGGGATCCAAGTGTAAGACTCAGCCCAGTCTCCTGCACTTGCTCTGATTTTCCTTACTACAATATTCTTTGTAGTTGTCTTAATATGAAATGTCCCTAG | Yes | 74 / 97 (76%) | 1.3600 (0.1433 0.1054) | 1.9581 (0.1878 0.0959) | 1.9644 (0.1780 0.0906)
 | At1g60989 (SCRL7) | ATGAAGTTGGCTGCAATCTTCTTGGCTTCCTCTGTCTTACTCTCCCTTCTTCCAATCCACCTTTCGCAAGgttcttcttatcagtctactgagattacaatttttctcatcgatctccgattaaccaaaaactcttcttttcgttgatggattagGTGAAGCTGCTGGGGAGAGAAGGCAGTGGTGCCCATCAAAACAACAAGTGTTCAGAGGTTCATGCTCAGACGATGGAGGACAAAAATGTCTAAATGACTTATTATGGACATGGAATCCAAGTGTAAGGCTTAGCCCTATCTACTGTGATTGCACTCCTAAACGTCACAACAAGCGTCTCTGCGATTGTCCTAGTATGATTTGCCTCTAA | scaffold_2:2797126-2797487 (complementary strand) | - | ATGAAGTTGGCTGCAATCTTCTTGGCTTCCTCTGTCTTATTCTCCTTTCTTCCAATCCACCTTTCACAAGgtcttcttatcattctactgagattacagttttgctcatcgatctccggttaaccaaaaactcttcttttcgttgatggattagGTGAAGCTGCTGGGGAGAAAAGGCAGTGGTGCCCGTCAAAACAACAAGTGTTCAGAGGTTCATGCTCAGACGATGGAGGACAAAAATGTCTAAATGACTTATTATGGACATGGAATCCAAGTGTAAGGCTCAGCCCTATCTACTGTGATTGCACTCCTAAACGTCATAACAAACGTCTCTGCGATTGTCCTAGTATGATTTGCCTCTA | Yes | 89 / 92 (96%)** | 0.1648 (0.0141 0.0857) | 0.0628 (0.0062 0.0994) | 0.0000 (0.0000 0.1189)
 | At2g05117 (SCRL9) | ATGAAGGTTGAAGTAATCTTTTTGGCTTCTTGTGTCCTTTTCTCTCTTATCCATGCCCACTTATCACATGgtaacaacaatacattacatcttaattagatgcatatatttgtccaccggaaaaatacaattttggttgagaaaaaaaagtatggataattactaatactctatttgcttgtgacttgtaaaacaaaagaatcaaatgttgcaccaacagAAGAACCAATGAAGGAACCAGAGTATTGTCGTTGGACAAATGCGTTTAATGGAACATGCTCAGACAGAGGTAATCCACAAACAATGTGTTTCTTTGACTTCTTAGATGCACATACTGCAAGAGTGATGCCTAAAAATTGCGCTTGTAATGATCTGCCCGGTAACAAGCGTTATTGTGAATGTTCATTTGTTTGCAATAGTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At2g25687 | [NAME] | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At4g15733 (SCRL11) | ATGAAAGGCATTGCGATGTTATTGGTTTCATGTCTTCTTTTCTCCTTTCTCTCAACCAACCTAGCCAAAGgtatcattctcatattttcatatgtaaccggtttatcaataccagtgcgttaaccaataaaatcccggttcaaaatgtaaaacacatacaatacaatctcattaacacgtctacgtatattgtttgaatatgtacgcagAGTTAAAGTGGTGTCCATCAAAGGACGTGTTCAATGGATCGTGCACAGACACAGGAAGTCCAAGCTACACATGTTTTCTAGATTTGTTGGGATCTAAGAGTGCAAGTGCTATGCCTAAGAATTGCAAATGCACTCCTCTTCCTCACAATCGTCGTCAATGTGACTGTTTTGTCGTTTGTGACAGCAATTAA | scaffold_7:12698266-12698666 (complementary strand) | Al_scaffold_0007_2694 | ATGAAAGCCGTTGCGATTTTATTGGTTTCATGTCTTCTTTTCTCCCTTCTCTCAACCAACCTAGCCAAAGgtatgatactcatattttcatatgaaaccggtttatcaatagcagttcgttaaccaatcaaatcccggttcaaaaatgtaaaacacgtacgatacaatctcattaaccagtgtacttatattatttgaatatgtacgcagAGTTGGAGTGGTGCCCATCAAAGGACGTGTTCAATGGATCGTGCACAGACAGAGGAAGTCCAAGCTACACATGTTTTCTAGATTTGTTGGGATCTAAGAGTGCAAGTGCTATGCCTAAGAATTGCAAATGTACTCCTCTTCCTCACAACCATCGTCAATGCGACTGTTTTGTCATTTGCGGCAGCAATTAA | Yes | 77 / 86 (89%)** | 0.4109 (0.0463 0.1126) | 0.1992 (0.0336 0.1686) | 0.1524 (0.0231 0.1519)
 | At4g15735 (SCRL10) | ATGAAGGTTGTGGCAATCTTTTTGGCTTCTTGTGTCCTTTTCTCTCTTATCCCCACCCACTTATCACATGgtaactacaaattatatcataattagatgtaaatatttgtgttaaaaaaagtattgattcatattactattcactaatagtcttttttttttgtgacatttaaacagAAGAACCAAAGGTTGCACCAACAGAAGAACTAATGTTTGCACCAAGCAATCAACCAAGGTACTGTCGTTCGAGACAAGTGTTTGATGGATCATGCACAGACAGAGGCACTCCACGCACGACTTGTTTCCTTGACTTCTTAGGTGCGCGAAGTGCAAGTGAGATGCCTAAGAACTGCGATTGTACCCCTCAGCCCAATAACAAGCGTCTTTGTGAATGTTCAGTTATTTGCACCGATTGTTGTGTAAAAAATTAA | scaffold_7:12696818-12697262 (complementary strand) | Al_scaffold_0007_2693 | ATGAAGGTTGCGGCAATCTTTTTGGCTTCTTGTGTCCTTTTCTCTCTTATCCCCACCCACTTATCACATGgtaacaacacattatatcataattagatgcaaatatttgcccaccgtaaagtactgcgtgtgttaaaaaaaagtattgattcatattactaagtctatttgtttttgtgacattttaacagAAGAACCAACGGTTGCACCAACAGAAGAACTAATGTTTGCACCAATGAAGGAACCAAAGTACTGTCGTTCGAGACAAGTGTTTGATGGATCATGCACAGACAGAGGCAGTCCACGCATGACTTGTTTCCTTGATTTCTTGGGTGCACGAAGTGCAAGTGAGATGCCTAAGAACTGCAATTGTACTCCTCAGCCCAATAACAAGCGTCTTTGTGAATGTTCAGTTATTTGCACCGATTGTTGTATACATAATTAA | Yes | 96 / 107 (89%)** | 0.9469 (0.0542 0.0573) | 0.8290 (0.0627 0.0757) | 0.2011 (0.0217 0.1079)
 | - | - | scaffold_7:12695533-12695936 (complementary strand) | - | ATGAAGGTCGCTGCAATCTTTTTGGCTTCTTGTGTCCCTCACCCTCTGATCACATGGTAACAACAATTCATTATATAtaattagatgcatatatttgcccaccaaaaaatacaatttgggttaaaaaaagtattgattcatatactaatagtcgatttgcttgcaacatgtaaaactgAAGAACCAAAGGTTGCACCAATAGAAGAACCAAAGGTTGCACCAATGAAGGAACCAGAGTATTGTCGTTGGAAACAAGCGTTTAATGGAACATGCTCATAAAGAGGCAGTCCACGAACCATTTGTTTCTTTGACTTCTTGGTGCACGAAGTGCAAGAGAAAGGCCTAAGAACTGCGATTGTACTCCTCAGCGTCTTTGTGAATGTTCAGTTGTTTGCAATAAATAA | No | - | - | - | - | Stop mutation by 7 base insertion (conpared to SCRL10)
 | - | - | scaffold_2:2804332-2804717 (complementary strand) | - | ATGAAGTTTGATGCAATCTTCTTGGTTACTTGTGTCTTATTCTCTCTTTTCCCAAGCCACCTTTCACAAGgtcttctaatcattctagttaccattttactcatcgaaattctgttgacctaaactagtttgatttaactctttttgttgttgttgatgaatcctGTGAAGAATCAAGCATGAATGTTGTGTGGAGGAGGCCGTGGTGTCCGTCGAAACAACAAGTGTTTGGTGGTGATTGTGAAACCGTTGGAGCACATCATTGTCTAGATCTCTTATTAGAAACTTCAGATCCAAGTATAAGGCCCAACCCAGTCTCCTGCAAGTGCCTTCCTTACCCTAACAACAATATTCTCTGTAGTTGTCCTAATATTATTTGCCCATAG | No | - | - | - | - | Probable non-functional gene due to substitution of splicing acceptor site
CRP580 | At4g29273 (LCR23) | ATGGCCAACATATCATGGTCTCATTTTCTTATACTCATGCTTGTGTTCTCAGgtaatttcatgtttcccacttccaaacatcaaaaagtagttttcatctttacattacattacacatctaagcgtgtacacatatacactatattgtttcacatcataacatatggtattttactttttaatattttcagTGGTTAAGAAGGGTAAGGGAGATCAGACTGATAAGTATTGTACTATAATCATTGATCCAAGAACTCCATGTGACCTTGTTGATTGTCGCCTAAGCTGCTATACGGGGTACAATGGAGTTGGGAAATGTATTGCATCCAAAGCTAGTAGAACTCCTAATTGTGTGTGTACTTATAATTGTTAA | scaffold_4:6048744-6049096 | fgenesh1_pm.C_scaffold_4000467 | ATGGCCAACATATCATGTTCTCATTTCCTCATACTCATGCTTGTGTTATCAGgtaattttatgttttccacttccaaacatcaaaaataggtttcatctttacattacataaaatatacactatatcgtttcacatcataacatatggtattttacttttagtattttcagTGGTTGAGAAGGCTAAGGGATATCAAACTGATAAATATTGTACTATAATCCTTGATCCAAGAACTCCATGTGATCTTGTTGACTGTCGTCTAAACTGCTATTCGGGGTACAATGGAGTTGGAAAATGTATTGCATCCAAAGCCGGTAGAACTCCTAATTGTGTGTGTACTTATAATTGTTAA | No | - | - | - | -
 | At4g29280 (LCR22) | ATGGCTAAGATATCATGTTCTTCTTTCTTCGTACTCATGCTAGTGTTTTCAGgtaatttcatgtttttcactttcaaatataaaaaaatagtttttaatttttacattacataaaatatttaagcgtgtacacatatatatatatagtttcatatcataacagatggtattttactttttcagTTTTTTCATTGGTTGAGAAGGCTAAAGGAGATGAACGTTGTACCATAATCATTCATCCAGGATCTCCATGTGACCCTTCTGATTGTGTTCAGTACTGCTATGCGGAGTACAATGGAGTTGGAAAATGTATTGCATCCAAACCTGGTAGAAGTGCTAATTGTATGTGTACTTATAATTGTTAA | scaffold_7:5353483-5353885 | fgenesh2_kg.7__1261__AT4G29280.1 | ATGGCCAAAATATCATGTTCTTATTTCTTCATACTCATGTTTGTGTTCTCAGgtaatttcatgttttccacttccaaacattaaaaaataatgttcatttttacattacataaaatatctaaacgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatagtttcatatcataacatatgatatttttctttttcagCTTTTGTATTGGTTGAGAAGGTTAAGGGAGATGAACGTTGTACTATAATCATTCATCCAGGATCTCCATGTGACCCTCCTGATTGTCGTCTATACTGTTTTGCGGAATACAATGGAGTTGGAGAATGTATTGCATCCAAACCTGGTAGAACTGCTAATTGTATGTGTGTACTTATAATTGTTAAAGAGACAAATTCTAAATAA | Yes | 61 / 73 (83%)** | 0.5642 (0.1313 0.2327) | 0.7447 (0.1365 0.1833) | 0.7533 (0.1466 0.1946)
 | At4g29283 (LCR21) | ATGGCCAAGATATCATGTTCTTATTTTCTCGTACTCATGCTTGTGTTCTCAGgtaatttcatgctttccacttccaaatataaaaaagtagtttttaatctttacattacataaaatatttaagcgtgtacacatatatatagtttcatatcataacatatggtattttactattttttcagTTTTTTCATTGGTTGAAAAGACTAAGGGTAAAAGACATTGTAGCACAATCATTCTTCCAGAATCTCCATGTGTCCCTCAAGATTGTGTTGAGTACTGCTTTGAGGAGTACAATGGAGGTGGAACATGTATTGCATCCAAAACTGGTAGAACTACTAATTGTATGTGTACTTACAATTGTCATGGAAATAACCTTTAA |  |  |  |  | 51 / 73 (69%) | 0.9830 (0.2424 0.2466) | 1.2532 (0.3035 0.2422) | 1.0190 (0.2613 0.2564)
 | At4g29290 (LCR26) | ATGGCCAAGTTATCATGTTCTTATTTCTTTATACTCATGCTTGTGTTCTCAGgtaatttcatatattccatttcttaaagttcattacttttttaaggttctgatttacattatgtataagatttttttttgtgttaataacacgatgttttactcttgtagCTCTTTTAATGGTTGAATGTGATGAGGGGAAGCGATGCCATACGACGATTGACAAGGGAAATTTTTGTGATCTTGTCGATTGTCGTTTAAGCTGCTTTTCTGGATACAATGGAGTTGGAAAATGCTTTGACGATCCTAAAGTTCCTGGACGTTCTAATTGTGGTTGTCTATACAATTGTTAG | scaffold_7:5348285-5348609 | fgenesh1_pm.C_scaffold_7001006 | ATGGCCAAGTTATCATGTTCTTATTTCCTTGTACTCATGCTTGTGTGCTCAGgtaatttaatatattctatttcttaaagttctgatttacattatgtataagattttgtttgtgatcataacacgatgttttactcttgtagCTTTTTTAATGGTTGAATGTGATGAGGGGAAGCGATGTCATACGACGATTGACCAGGCAAATTTTTGTGATCTTGTCGATTGTCGTTTAAGCTGCTTTTCTGGATACAATGGAGTTGGAAAATGTTTTGACGATCCTAAAGTTCCTGGAAGCTCTAATTGTGGTTGTCTATATAATTGTTAG | Yes | 70 / 77 (90%)** | 0.4736 (0.0398 0.0840) | 0.1940 (0.0245 0.1262) | 0.1898 (0.0270 0.1423)
 | At4g29300 (LCR27) | ATGGCGAAGTTATCATGTTCTTATCTTCTTGTATTCATGCTAGTGTTCTCAGgtacattcatcttttccatttccaaagatctgaaaatgcaatcacatacacatacatatatatgatttttattttgtatcatatcatcataacactgtacttaatttttgtagCTATTTTAATGGTTGAAAAAGTTGAGGGAGAGGAATGTCGTTTAACGATTGACAAAGCAACTCCATGTCATCTTAGTGATTGCCGTTTAAGCTGCTATACTGGATATAATGGAGTTGGAGAATGTTTTGATGATCCTAATGTTCCTGGACCTGATAACTGTGGTTGTCGCTATAATTGTTAG | scaffold_7:5347038-5347368 | fgenesh2_kg.7__1258__AT4G29300.1 | ATGGCGAAGTTATCCTTTTCTTATTTCCTTGTACTTATGCTCGTGCTCTCAGataatttcatattttttttttccaaagatcttaaaatgttgtcatatatacatatgatttttatttgtgaccataacaccgtacttaacctttgtagCTTTTTTAATGGTTGAGAGAGTTGAGGGAAAGCAATGTCGTTTGATTATTTACAAAGCAACTGCATGTTCTCTTAGCGATTGTCGTTTAAGCTGCTATACTGGATATAATGGAGTTGGAGAGTGTTTTGATGATCCAAATGTTCCTGGACCTGATAACTGTGGTTGTCTCTATAATTGTTAG | Yes | 64 / 77 (83%)** | 0.3616 (0.0856 0.2367) | 0.3950 (0.0760 0.1924) | 0.3043 (0.0602 0.1978) | The sequence shown as fgenesh2_kg.7__1258__AT4G29300.1 correspond to two genes
 | At4g29305 (LCR25) | ATGGCGAAGTTATCATGTTCTTATTTCCTTGTACTCATTCTTGTGTTCTCAGgtaatttcttatatattttccttttccaaagatctaaaaatgttatcatatatacatatatacatttttttttttatttgtgaccataacatcttatttaatatatatttgtagCTTTTTTAATGGTTGAAAGAGCTGAGGGAAAGCGATGTCATTTGACGATTGACAAAGCAACTGCGTGTAGTCTTAGCGATTGCCGTTTAAGCTGTTATAGTGGATATAATGGAGTTGGAAAATGTTTTGACGATCCTAAAGTTGCTGGACCTTCTAACTGTGGTTGTATCTATAATTGTTAG | scaffold_7:5345737-5346075 |  | ATGGCAAAGCTATTATGTTCTTGTGTCCTTGTACTCATGCTTGTGTTTTCAGgtaattttatttttccattctaaagatctaaaaatgttatatatatatatatatatatatatgatttttatttctgaccataacaccgtatttaactttttgtagCCTTTTTAATGGTTGAAAGAGTTGAGGGAAAGCGATGTCGTTTGACGATTGACAAAGCAAATCCATGTTACCTTAGTGATTGCCGTTTAAGCTGCTACAGTTTGTATAATGGAGTAGGAAAATGTTTTGACGATCCTAAAGTTCCTGGACCTTCTAACTGTGATTGTCTCTATAATTGTTAG | Yes | 64 / 77 (83%)** | 0.3534 (0.0886 0.2509) | 0.3463 (0.0899 0.2595) | 0.3350 (0.0934 0.2787)
 | At4g09153 (LCR36) | ATGGCTAAGATATCATGTTCTTATTTACTCATACTTATGCTTGCTTTGTCAGgtaatttcatgttttccactttcaaacatctaagcatgtacaaatatatagtttcaggtcataacatatgggattttaccttttcagTTTTTTCAGTTGTTGAGAAGGCTAAGGGAGATAAGCGTTGTAGTATAATCATTGATCTTTCTCCATGTTACCCTATTGAATGTCGTCTATCATGCATTACCGAGCGCAATGGAGATGGAGAATGTGTTGTATCCAAAGTTGGTAGTACTCCTAATTGTTTGTGTACTTATGATTGTTAA | scaffold_6:19204437-19204788 | scaffold_603243.1 | ATGACCAAGATATCATGTTCTTATTTCCTCATACTAATGCTTGTTTTGTTAGgtaatttcatgtttccacttctaaacatcgaaaattagttttcgtctttacattacataacatatccaagcgtgtacacatatatagttttacgtcataacatatggtattttaatttttttagGTTTTTCAATTGTTGAGTCTAAGGGAGATAGGCGTTGTACTCTAATCATTGATCTAGCTCCATGTCACCATGTACACTGTCGTCTAAACTGCTATGCGGAGCGCAATGGAGTTGGAGAATGTATTGCATCAAAAGTTGGTAGTACTCCTAATTGTGTGTGTACTTATGATTGTTGA | Yes | 53 / 75 (70%) | 1.0870 (0.1566 0.1441) | 1.1895 (0.1824 0.1533) | 1.1293 (0.1842 0.1631)
 |  |  | scaffold_6:19207301-19207651 | scaffold_603244.1 | ATGGCCAAAATATCATGTTCTTATTTCCTCATACTCATGCTTGTTTTGTCAGgtaatttcatattttttacttctaaacatcaaaaattagttttcatctttacattacataaactatctatgtgtatatatatagttttacgttataacatagggtattttacttttttagttttttcagTTGTTGAGAAGGTTAAGGGAGATAAACGTTGTACTCTAATCATTGATCTATCTCCATGTTACCCTGATGATTGTCGTCTAAACTGTTATGCGGAGCGCAATGGAGTTGGAGAATGTATTGCATCCAAAGTTGGTAGTACTCCTAATTGTGTGTGTACTTATGATTGTTAA |  | 59 / 73 (80%) | 0.6699 (0.1129 0.1685) | 0.8978 (0.1382 0.1540) | 1.1833 (0.1488 0.1257)
 |  |  | scaffold_6:19213772-19214122 | Al_scaffold_0006_3029 | [NAME] |  | 63 / 76 (82%)* | 0.5476 (0.1058 0.1933) | 0.7243 (0.1382 0.1908) | 0.9119 (0.1488 0.1631)
 |  |  | scaffold_6:19216604-19216958 | scaffold_603246.1 | [NAME] |  | 61 / 76 (80%) | 1.0433 (0.1270 0.1217) | 1.4277 (0.1706 0.1195) | 1.8829 (0.1716 0.0911)
 | At2g22121 (LCR35) | ATGGCCAAGATATCATATTCTTATTTCCTCGTACTCATGCTTGTGGTCTCAGgtaatttcattttccacttccaaacgttaaagtagttttcatatttacattacataaaatatctaagcattgacacatatatttagtctcacatcaaatttttttttttttttgaaagagaatagtttcacatcataacatggtattttaccttttcagTTTTTTCAGTGGTTGAGAAGGCTAAGGGAGATGGAAGTTGTACTATAATCATTGATCCAAAAGCTCCATCATGTGACATTATTCAATGTCGTCTATCCTGCATTACAGACTACAATGGACTTGCAGAATGTATTGCATCCAGAATTGGTAGTCCTCCTAATTGTGTATGTACTTATGATTGTTAA | scaffold_4:669240-669625 | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_4000109 | ATGGCCAAGATATCATGTTCTTATTTCCTCGTACTCATACTTGTGGTCTCAGgtaatttcatattccacttccaaacatcaaaaaatagttttcatctttctattacataaaatatctaagcatttacatatatatagtttcacatcatttttttaaaagagaatagtttcacatcataacatggtattttactttttcagTTTTTTCAGTAGTTGAGAAGGCTAAGGGAGATGGACGTTGTACTATAACCATTGATCCAAAAGCTCCATCATGTGACATTATTGAATGTCGCCTATCCTGCATAACGGAGTACAATGGAGTTGCAGAATGTATTGCATCCAAAATTGGTAGACCTCCTAATTGTGTATGTTCTTATGATTGTTAA | Yes | 68 / 78 (87%)** | 0.7914 (0.0586 0.0741) | 0.6027 (0.0628 0.1041) | 0.7006 (0.0663 0.0947)
CRP300 | At1g24062 | ATGGGTTCTTCTAAATTGTTGGTTGCACTCACTCTCGTTGTTATGATTACCATTTCCTATGACCTCTTCTCTGgtatgtttctttagataatacaattattacaatatttacttattcatagtatttttttttgcagttttaattacttcttatatatgatgatatcgcagAAATAGGAATAAGTGCGGCAACGCTTGTGATTCCAACATGCTTTGAAAATTGTAACGCGACATTTCAAGATCCAGAATGTAACAAATGGTGTGCATTATTGGCTTATAAAGATGGTAGCTGCCTATATCCTCCTTCTGAGGTTGATGATCTTCCCCCTATTAAACGACCTTACATTCCTCGTTGTTGTTGTAATCCTATTACTCTTTCACCTCCTTCTCCTTGA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At2g25305 | ATGGGTTCCTCCAAATTGATGGTTACATGCATTGTCGTTGCTATGCTGACCATTTCGTGTGACATTCTCTCTGgtataggttattattgatatatatacatattttactataagataacgaattttttatccttcttgaaaagaagattcatattttttttctttcatgattgatagTTGAAATGGGAATTAGCGTACAAGCTTTACCTCCGACTTGTGGACCAGATTGTACTGGAAGATTCATGAATCAAGACTGCTCTAAATATTGTGCAGCTTTATCTTATAAACATGGTGTTTGCATTCTATTCCGAGGACTTCCTCCAAGAACTTCTACATTACGTTGTTGTTGTGGGTAA | scaffold_4:4120347-4120696 (complementary strand) | Al_scaffold_0004_616 | ATGGGTTCCTCCAAATTGATGGTTACATGCATTGTTGTTGCTATTCTGGCCATTTCATGTGACATTCTCTCTGgtatatgttattataaatatgtattcgactatgtgctaaccaattttgtatccttcttcagaaaaagattcttatattttttttttcatgattaatagTTGAAATGGGAATTAGCGTACAAGCTTTACCTCCGACTTGTGGACCAGATTGTACTGGAACATTCTTGAAACAAGACTGCTATAAATATTGTGCAGGTTTATCTTATAAACATGGTGTTTGCATTCTATTCAAAGGACTTCCTCCAAGAACTTCTACATATCGTTGTTGTTGTGGGTAA | Yes | 74 / 83 (89%)** | 1.3724 (0.0580 0.0423) | 5.6026 (0.0661 0.0118) | 5.5188 (0.0874 0.0158)
 | At5g54215 | ATGGGTTCCTCCAGATTGATGATTACATTCATTGTTGTTGCTATGCTGGCCATTTCCTCTGACCTTTTCTCTGgtatatgttattttctctggtatatatatgttgtttttaatatagattcagctatgtatatacaaattcgtaattttttcgtttaatgactgatagTTCAAATAGGAATCAGCGTGCAAGCTGCGCCTCCCACTTGTGGACGAGACTGTACTGAGAAATTCTTGACACAAGACTGCGATAAATATTGTGTAGGTTTGTCTTATAAAAAAGGTGTTTGCATTCTATCCGAAGGACTTCCTCCGAAAACTTCTACATATCGTTGTTGTTGTTCGTAA | scaffold_8:16372192-16372539 | scaffold_801946.1 | [NAME] | Yes | 74 / 83 (89%)** | 0.4011 (0.0496 0.1236) | 0.8618 (0.0603 0.0700) | 0.2959 (0.0196 0.0662)
 | At5g54220 | ATGGGTTCTTCTAAATTGTTGGTTGCATTCACTCTCATCGTCATGATGACCATTTCCTATGACCTCTTCACCGgtatgtctctttacataatacagattttgtttttttttacttatttcatactgattttttttttctttttctttctggtatatttaatttctaattacttcttatgatgatcgtagGAATAGGAATAGATGCGAGAACTGTGCCTCCGACATGCTATGAAAGTTGTAACGCGACATTTCAAAATCCAGAATGTAACAAAATGTGTGTAGGATTGGCTTATAAAGATGGTAGCTGCATTTATCCTCCTCCTGAGGTTGATGGTCTTCCTCCTAAACGACCTTACTTTCCTCGTTGTTGTTGTAATCCTATAATTCTTTCACCTCCTTCTCCTTGA | scaffold_8:16373480-16373880 | scaffold_801947.1 | ATGGGTTCTTCTAAATTGTTGGTTGCATTCACTCTCGTCCTTATGATGACCATTTCCTATGACCTTTTCTCTGgtatgtctctttacataatacaattattacatttacttatttgatcatactggtttttgttttttaggtatatttaattttctatttactttttatgatgatcgtagGAATAGGAATAAATGCGAGAACTGTGTCTCCGACATGCTTTGATGAAAGTTGTAATGCGACATTTCAAAATCCAGAATGTAACAAAAAGTGTGTATTATTTGCTTATAAAGATGGTAGCTGCATTTATCCTCCTCCTAAGGCTTATGTTCTTCCTCCCAAACGACCTTACTTTCGTCGTTGTTGTTGTAATCCTTTAATTCTTTCACCTCTTTCTCCTTGA | Yes | 80 / 96 (83%)** | 1.0602 (0.0817 0.0770) | 1.1692 (0.0902 0.0772) | 1.3609 (0.0897 0.0659)
 | - | - | scaffold_8:16367914-16368267 | Al_scaffold_0008_1854 | ATGGGTTCTTCCAAATTGATGTTTACATTCATCGTTGTTGCTATGCTAGCCATTTCCTCTGACCTATTCTCTGgtacatgttatttttaatatggattcagctattacatatacaattttgtatccttctcaaaaaaaaaaaaaaatcttaattttcttgtttaatgattgatagTTGAAACTGGAATCAGCGTGCAAGCTGCGCCTCCCACTTGTGGACGAGATTGTACTGAGAAATTCTTGACACAAGACTGCGATAAATATTGTGTAGGTTTGTCTTATAAAAGAGGTGTTTGCATACTATCCGAAGGACTTCCTCCAAAAACTTCTACATATCGTTGTTGTTGTTCGTAA | No | - | - | - | -
 | - | - | scaffold_8:16368906-16369295 | scaffold_801944.1 | ATGGGTTCTTTTAAATTGTTGGTTGCATTCACTCTCGTTGTTATGATGACCATTTCCTATGACCTCTTCTCTGgtatgtctcaatacataatacaattattacatttacttattcatactgattttttttttcgtatttttcatctttaattacttcttgtggtgattgtagGAATAGGAATAAGTGCGAGAACTGTGCCTCCAACATGCTATGAAAGTTGTAACGCGACATTTCAAAATCCAGAATGTAACAAAATGTGTGTAGGATTGGCTTATAAAGATGGTAGCTGCATTTATCCTCCTCCTGAGGTTGATGGTCTTCCTCCTAAACGACCTTACTTTCCTCGTTGTTGTTGTAATCCTATAATTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTGA | No | - | - | - | -
CRP940 | At1g65352 | ATGGAGAAAATAGTGTTCAGGAAAATTGTGTTTGTTGCCTTCTTATTGTCCCTTTCATgtgagtccatctttcaactctaaatttaacttcagcgcattatcatagtgttctttatttttcatgataatctttattgtccacatgcaagttaaccgtttttcttacatatagtttatcttttttaacaacaaagccaaagaaacaaaataattcttttgtaagaaaaaaaagaaggcaaatcaattcaaatcaagatgatcatatatattcgtaataagaaacgaatatggaacctaagtgcataatattcgtaatgattcaaactatgttatatatagGTTTATTGGAGGGAGAAGCAAGAATGAGTGGAGATGTAACAATACAACGTGGAGGGTCTTGCAACAACGACAATACCTGTCACGATACATGTCCGGGTTGCCGTATCACACAATGTATTTTCAGGCAATGTGTTTGTACTCGTTGTAACACTCCACGATCAAGTTTACGTATTGAATCTCATATGTAA | scaffold_2:9217751-9218347 | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_2000604 | ATGGAGAAAATGGTGTTCAGGAAAATTGTGTTTATTGCCTTCTTATTGTCCCTTTCATgtgagtccatctttcaactctaaatttagtttcatcgcaatttcatagggttctttattttttcatgataataattattgtccacatgcaagttaactgtttttcttatatatagttttttttcctaatataaagtttatatcttctttaacaacaaagccaaagaaacaaaatatttgttttgtaaaaaaaaaagaggggcaaatcaattcatatcaagatgatcatattcgtaataagaaacgaatatgaaagtgaaacataagtgcatcatatattcgtaatgattcaaactatgttatgtgtatatatatcttaatgttttcttctttttttatgatttatatatagGTTTATTGGAGGGAGAAGCAAGAATTAGTGGAGATATAACAATACAACGTGGAGGGTCTTGCAACAACGACAATACTTGTCACGATACATGTCCGGGTTGTCGTGTAACACAATGTATTTTCAGCCAATGTGTCTGTTCTCGTTGTAATACCCCACGATCAAGTTTACGTATTAAATCTCATATGTAA | Yes | 73 / 81 (90%)** | 0.3616 (0.0436 0.1204) | 0.2613 (0.0483 0.1847) | 0.1608 (0.0443 0.2758)
 | At5g23035 | ATGATGTTGAGCAAAGTAGTTCTTCTTGCACTTCTGTTATCTCTTTCATgtaagtacatctgtcaactttaaattacaccaaattgtcatgtgcatttttgtattttataactttaaaaacaccatgattttagtattacaatgttattaaagacttctagtcgatttatatatacccgtacacaatattgatatttgttagattaaaaatgtcctagGTTTGTGGGTAGCTAAAGCATCGGAACAAAGAACGAGAGTTAGTGAAGTAGTGAGAGAGGCCGAAATACACGATGGAGGGCAATGCACCGACGACGACATTTGCAACAAGAATTGTCTGGATTGTATTGCTAGACAATGTATCTTCCAACAATGTGTTTGCTCTAAGCGTTTCTTCCCTCCTAATTCACAACCAAATTTACGTGTTAAAAAACATTAA | scaffold_6:9795703-9796143 (complementary strand) | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_6001821 | ATGGTGTTGAGCAAAGTAGTTCTTCTTGCACTTCTGTTATCTCTTTCATgtgagtccatttgtcaacttataaatacatcacattttcatctgtatgtgtgtgtgttttataacttttaaaccctcgtgattctagtattacaatgttgttatagacttctagtcgatttatcgtatacccttaaacaatattgataaatgttaagatgaataaatgtcctagGTTTGTGGGTAGCTAAAGCATCGGAAAGAAGAACGAGAGTTAGTCAAGAAGTGAGAGATGCCAAAAAACAACGTGGAGGGCCTTGCACCGACGAGAACACTTGCCACCAGATTTGTCCGGACTGTATAATCGCACAATGTATCTTCAAACAATGTGTTTGCTCTAAGTGTTTCCTCCCTCCTTCACAAGCAGCTTTTAGTGTTAAAACATTAATGTAG | Yes | 59 / 85 (69%) | 2.2683 (0.1924 0.0848) | 2.0771 (0.2608 0.1256) | 0.9724 (0.2099 0.2159)
 | At5g62623 | ATGGAGAAAATGGTGTTGAGGAAAGTGGTTCTTCTTGCCATTTTGTTGTCTCTTTCATgtgagtccatcattttaatttaaatacataatcttttattatgttctttagttttcaaaacataattgatgctcaaacttgattctggtttagttgaattgcgtggtagaaatactagttgactgtttttcttttgtttttataatctacattttgagttgattctacaagaatctcttttggattttagtcgtttaatctatcgacactaatttaaattagtgcatcaaattggttatttttcaactattcttatatgtacatgctagGTTTATGGGTAGCTAAAGCATTGGAAGGAGAATCAAAAGTTAGTGGACAAGTGAGAGATGAAACACCGCATACATGGTATTGCAAGTACGATGATAATTGTCGTGAAAATTGTCCAGGTTGTACTATCACTAAATGTAACTACGGAGTTTGCATTTGTTCAAACTGTTACCATCAACAATCAGATCTAGGTGTTGAATCGCATATGTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g62627 | ATGGAGAAAACTGTATCGAGAAAAGTAGTTGTTCTTGCCATTTTGTTGTCTCTTTCATgtaagtatgtctacggtctatcttttataaatcatgttttcataattttcatttatttcttacatgaaaattgatgccgagttttgatttttagtttgatttgaattcgtgtcctagacatactagttatatagtatatattagaacatcacactttttatcaaaaaatcattggttttaaaatcttaggactaatctagctaattctaaaataactcgatttttttataactcgactaatctagatctcgttgcagtcgtactagtctcaggactaatctagctaaaataactcgattaaatcctttgattaccgtacgctaaattaaattagtgcatcatatagGTTTGTGTATAGCAAAAGCATCAAAGGGAGAAGAAAAAACTAGTGGAGAACTAAGAGATGTAACACCGCAACGAGGAGGGCCTTGCAGCTACGACAATTTATGCCACAACCATTGTCCTGGTTGTAAAATTACTCAATGTGTCAATGGAGAATGTGTTTGCTTAATCTGTTACACACCACCATTATAA | - | - | - | No | - | - | - | -
CRP220 | At1g33607 | [NAME] | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g08055 | ATGGCCAGTTTGAAAGTTTTTTCTTTTGCTTTGATCCTTGTTCTCACTTTCTCAGTTGgtacgtcttctctcttataactaggggtattttctcgagtgtttataacactaacaaacttatttttgtgtttcaatacaaacttgttactttaattacaaaattccatgaactcatattaggcaaaactgtttcaattttgtgtgatattggcagATGTTGAAGGATATAATGTAGAGAGTGGTGGTTCCTTGTGTTGTAATAACCACCCGAAATTTGGAAAGTGCAACACAAACAATGACAATCAGAGATGTAACCGTTGGTGTCACAATGGATGCGGGAATGGAAAAGGCGATTACTGCAAAGCTATGTCTCACGGAGGACTATGTCATTGTTATTGTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g08315 | ATGGCTGGTTTGAAAGTTTTTTCCTTTGCTTTGCTCCTTATTCTCACTTTCTCACTTATTGgtacgtattctctcttataattaggggtattttctcaagtttttacactctaacaaacttatttttgtgtttcaatacaaacttattactttaattacaaaattccatgaattcatattagacaaaactgtttcaattctttgtgatattggcagATGTTGAAGGATATAATGTAGAGAATGGTGGTTCCTTGTGTTGTAATAACCACCCGAAATTTGGAAAGTGCAACACAAAAAATGACGACCAGAGATGTAACAGTTGGTGTCTCAATGGATGCGACAATGGAAAAGGCGGTTACTGCAAATCTATGTCTCACGGAGGACAATGCCACTGTTATTGTTAA | scaffold_6:3263901-3264630 | Al_scaffold_0006_755 | ATGGCTGGTTTGAAAGTTTTTTGTTTTGCTTTGCTCCTTGTTCTCACTTTTTCAGTTGgtacgtctttttcttttaattaaggtttatttctcaagtgtttacaatctaattaagaaacttatttttgtgtttcaatcagccccggctcaatatatttgagagccttagggcaaaaaaaatttttttggcctattattatatacaaagagaaaatttacttaatttttaaaaattttgcggagtttttatagtaaaaattgttattttaaaaattttgggcctttttatacattttcttataaataattaggcctcttaaaatataattctcatattaataatatttttaaaaaatatttgggccttttttatatgtaaaaattttttataaaaaaaaaagctccgggccgtcgcacttccgcccttcccatctaagccggggctggtttcaatatacaaacttgttatgttaatcacaaaaacccatgaactcatacatattatagaaattaaactgcttcacttctgtgtgatatattggcagATGTTGAAGGATATGTTGTAGAGAGTGGTTCCTTGTGTTGTAATAGCCACCCGAAATTTGGAAAGTGCAACACAAACAACGACGAGCAGAGATGCAACAGTTGGTGTCACAATGGATGCGACAATGGAAGAGGCGGTTTCTGCAAATCTCTGCCTCACGGAGGACAATGCCACTGTCGTTGTTAA | Yes | 66 / 80 (82%)* | 1.0412 (0.0891 0.0855) | 1.5373 (0.1000 0.0650) | 1.1031 (0.0879 0.0797)
 | At5g19315 | ATGACCACCACCATGAAAATAATGTCTTTTGCTATGCTACTTGTTCTTTTGTTCTCTATTGgttagtctctcaccataaattttgatatttttggggatacaaagatgtattatataaaaagtttttgtttgatctttacgtgaatcttaaagatgaaaaattgttgtttgcatgttatagATGTCGTTGAAGGATCCGGAAGTTCGTTGTGCTGTAACACACATGCGAAATTTGGAGCTTGCAACACATACCAAGACAGAAAGAGATGCAACAAATGGTGTCTTGATGGATGTGATAATAAGAAAGGCGGTTTTTGCAAACGTTTTGCTGGTGGAGCAAAAAAATGCCATTGTTACTGTTAA | scaffold_6:8160793-8161129 | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_6001549 | ATGACCACCACCGTGAAAATCATGTTTTTTGCTATGCTAATTGTTCTTCTGTTCTCTATTGgttagtcactcaccataaatcttgtattatacctaaatctttttgtttgatctttacgtgaatcataaaggtgaaaatctttgtttgcatgttatagATGTCGTTGAAGGATCCGGAAATTCGTTGTGCTGTAACACACATGCGAAATTTGGAGCTTGCAAAACGTACCAAGACAGAAAGAGATGCAACAAATGGTGTCGTGATGGATGTGATAATAAGAAAGGCGGGTTTTGCAAACGTGTTGCTGGTGGAGCAAAATGCCATTGTTACTGTTGA | Yes | 72 / 79 (91%)** | 0.4564 (0.0384 0.0842) | 0.4914 (0.0315 0.0642) | 0.3451 (0.0257 0.0744)
CRP670 | At4g30070 (LCR59) | [NAME] | scaffold_7:5000738-5001526 (complementary strand) | fmRNAsh2_kg.7__1180__AT4G30070.1 | ATGGAGAGGATGACATCAATTGTCTTCATTGTTAACTTACTTATCATTTTTACGTCAGgtattatataatcttctatatatctttcaactgttctgtttttcttttgaaaattcatttaacacatattttcttacattttaaaatgttcaaaaatacaactttatgatcagaaaaaatgaattttggcataactacttgtttttgtcatgaatagggatttgatcgtttattccctgaatgaaataaagtaggccatcggattttggattttttttttaaagatattagttttgacaaaaaaaaaaaggatattagtatgattgtgatatgatatttttctagcgattaagttttacaaatataacacatataagacctaatatgtcttagccataaaaaatgataacaaataaactaaaatatttatttatgtttaatttaataataaatacaatgttacagTTGTGAATCAGACTAGAGCAGATACGTGTACAGATGGATTAGGTCTTTGCAACGGCTGCGATGAGAGATGCAAGGCCAAGCACGGACCATCGAGCGAAAGCAACTGTGATCGCAGTATTGGGGTAGGGCTATGCGTGTGCTACTACCAATGTGGATCCCCATCACCACCCGTGCAGAAGAAATGCAACGGTGGGGCTGGTATATGTAGTCAAAGATGTCAAGGAACATGTTGTGATATGAACTGTGCACAAAAGTATAATGGTGGACATGGATTTTGTAACACTCTTGGTACATTTAGTTTGTGCCAATGCGAATATCCTTGTTAA | Yes (inverse) | 107 / 127 (84%)** | 0.4649 (0.0914 0.1967) | 0.3794 (0.0893 0.2354) | 0.4154 (0.0912 0.2196)
 | [NAME] (LCR19) | ATGGAGAAGGCACTTTCACTTGTGGTTTTCATCATCTTCTCTATCATGCTTGCTTCCGgtattatttctatctttttttccaattagtgaggccgtaaatcgtactctgaaaacattaagaaaaattattttattttcattaaattttacagttttagtatcataaatttttcttacaaaagatgaacctcaacatggttgcctagcacagtggcacatatttgtaatctcatttaagaaaaccacgatcattatacttcatttttgacaaagctcaaaattttcacaattatatgatcgtttccgttacttgtagtagattccaccaatggtttaatttccttatatactaagaaaaaaacaaaaaaaacaaataatgtatactcttttacagTTGAGAATAAGGTAAACGCAAATACATGCATCGAGGGTATTGGTAATTGTCAGCAATGTGACGTGAGATGCAAGGCCAGACACGGACCAGCGGCCAAAGGCGCTTGTGACTCCAAATTTCAACTATGCACGTGCAATTACCCTTGCGGACAGGGTCCATCGCCTCCGCAGCCCAAAAAATGTTATGGTGGAGCTGGCATTTGCAGCGATAGATGTGGGGCTCAGTGTTGCAACCAAAACTGTGCGCAAAAGTATAATCAAGGAAGTGGATTTTGTGACAGCATTGGCAATACTTCTTTGTGTAAATGCCAATATAATTGCTAA | scaffold_7:4998253-4998967 | Al_scaffold_0007_1101 | ATGGAGAAGTCACTTTCACTTATATATGGTTTCCATCATCTTCTCTATCATGCTTGCTTCCGgtatcatttctattttttttttcaaataattatgccgtaaatattagtatgaaaatattaagaaaaaaaacaattctttgttaaatttttaagttttattattctaatttttttcttaccaaaagataatccaacttggttgcctagcatatatttgtaatctcaattaagaaaaaccacgatcattatccttgatttgtgacaaagcacaaaactttcacaataatatgcaattccgttacttgtaaattgtaatagattccaccaatggtttatttctctgtgtatactaagaaaaaaagaaaactaattatgtatactcttttacagTTGAAAATAAGGTAAAAGCAAATACATGCACAGAGGGTCTTGGTAATTGTCAGCAATGTGATGAGAGATGCAAGGCCAACCACGGACCAGCGGCCAAAGGCGGTTGCGACCCCAAGTTTCAACTATGCACGTGCTATTACCCGTGCGGTCAGGGTCCATCGCCTCCGCAGCCCAAAAAATGCTATGGTGGGGCTGGCGTATGCAGCGATAAATGTGGGCCTCAGTGTTGCAACCAAAACTGTGCGCAAAAGTATAATCAAGGAACTGGATTTTGTGACAGCATTGGCCATACTTATTTGTGCAAATGCCAATATAATTGCTAA | Yes (inverse) | - | - | - | - | Stop mutation by 4 base insertion
 | At5g38317 (LCR58) | ATGGAGAGGATAACTTCACTTGTATTCTTTGCTAGCTTCCTTATTATATTTGTCTCAGgtatattatatattttgtatatctttcaattgttatggttctttactttattcgatttctttaaacgtttcaagtattttaaatataattatacgttcacaataatcaaattttgatattgccagtttatggacagttgacaaaaccacttctgcttgacattttctagtacaacgtagatgaattatcatatgtcccatggcaatggatgaacagaacataaacaaaatagtatgatatagtaatgtgattatttcatataaaagtattggttcttataatgataacataaataagacttactatgtctaatcataaatgtacaaatgcaagaacaaattaaagtgaattagatatatgccaacaaatttaagaaaatagcaatggcgtgacttattttcatcaaaacattaaattttgacattgtcaataatttaacattacgggaaacatgatttttgtgtaacgttattttcattatgtgaacgtctaatttatcaaaatgaagcaaaattaaaccgtaaaacccaaaattttaaactctaacctctgtttaataaattagatgtttacataagaataacatattttgggagatacatatagttgcatattccataaaacttacagaagagtaagattttttgaaaagtcttctcattgttattattgcttgtaccttatttctctatagagtgtaaatactcttaagtttgctatattaagagtactttatttctatattaagtttaataaggtatacgtatatatacaatgctctagGTGTTAATCAGACAAGAGCAGATTCATGCGATGAAAGTCTAGGCCTTTGCGAAACATGTGACGAAAGATGCCAGGCCAAACACGGGCCATCGTGCATAAGCAAATGTGACGGAGAGGTTGGGATGTTGTCGTGCACGTGCACTTACGAGTGTGGACCACCTTTACCCCCCAAAGGTAACGTTTGCAGCGGTGGGACTGGTATGTGCAGTGGAAAGTGTCCATATAAATGTTGTGATACCAGTTGCGCACAAAAGTATAATGGTGGACGTGGATTTTGTAACTCCTTTGGTAATTATAATTTTTGCCAATGCGAATACCCTTGCTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g38330 (LCR80) | ATGGAGAGGATACCTTCACTTGCATCCCTTGTTAGCTTGCTTATCATATTTGCCACAGgtattataattttttgtacacctttcaattttcatgttaaatatatttttttaaaaggttattttcttctattatgtgaacaaaaactaaacaaaaaatctcaaagtctaaccttagtttttataatttagacgtccacatagaagattaatgttatgagaattaagaaatacatattacagatatatatattttttttcttaagtcttcttgtagctattttcttgaattccttgtacttaatttctatagagtgaatatattcttatatatctgttaagtttaataaagtatatatacaatgctgtagTTGTTAATCAGACAAGAGCAAGTATCTGTAACGACAGACTAGGCCTTTGCGATGGTTGCGATCAAAGATGTAAGGCCAAACACGGGCCATCGTGCGAAAGTAAATGTGACGGGCCGGTTGGAATGTTGCTGTGCACGTGCACTTACGAGTGTGGTCCAACAAAGCTTTGCAATGGTGGGCTTGGCAATTGCGGTGAAAGTTGTAATGAACAATGTTGTGATAGGAATTGTGCACAAAGATACAATGGTGGACATGGATATTGTAACACCCTTGATGATTTTAGTTTGTGCTTATGCAAGTACCCTTGCTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At5g42242 (LCR57) | ATGGAGAGGACAAGTACTTCACTTCTATTCCTGCTTAGCTTACTTATCATATTTGCCTCAGgtattgatgtattatacatatatcttttagttttatatatcctttacatacctttcaattgttatgtttttgttcattccatattttctcttacagtaaaaataataatcaaaaatataattctacgatcagaataaacaaattttgatattgccaagagtccatggacagtttatgaaacaaccctgcttgaaatttttagtccaccgtaaatgaatttaacatatataggctcatgtaaaaaacaaattctctcattgctatattcaaaatttacttgtactttgtatcaatcaatatggcacaaataatcttattttttaagttaagtttactaacgtatataatgtttgtttcagCTGTGAATCAGATAAGAGCACAGACATGTGACGAGAACCTAAGCTCTTGTGAAAATTGCGACCAAAGGTGCAAGGCCAAACACGGACCATCGTCCGTAAGCAAATGTAACGGTCCGGATGGGACGTGCGGATGTGCCTCATTTAAACCAGCCAAACTGTGCATCGGTGCGACTGATATGTGCACTGATAAATGTCCTACAAGTTGTTGTGATAGACAATGCGCTATAAAATATAAGAATGGAAAAGGGGGTTGTGTCGACTATGCTGGTTATAGGATGTGCATTTGCGAGTACACTTGCTAA | scaffold_8:6904172-6905521 | fmRNAsh2_kg.8__621__AT5G42242.1 | ATGGAGAGGACAAGTACTTCACTTCTATTCCTTGTTAGCTTAGTTATCATATTTGCCACAGgtattaatatattatatacatatatcttttatatacttaatttttactcaaaaatttggctattttgtgatattaccctattatataatcttttacatacctttcaattgttatgtttttactcttcatcacatatttttcttacagtttaaaattttcaacagtataattctacgatcagaataaacaaattttgatattgccaagagtctatatgaacaattaaggaaacaaccctgcttgacatttttagtacacccgtagatgaattaacgtaggttcacatggcatgggatgaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaacacagtatgatagtaagttatgtgattttttttttatgaattgacttggtcttacaatgatgacacaaataagactattatctctaatcatgaacaaatgtattagatataacaacaacaaaatcagtttagtgcgtacgtgctagcttagtcgtccttagtgagtactacggcgtttggctcctgaggtcccaagctaagttggttgggtcatgtaggattagtttttcgttggctcagtaactttggtgtctttttattctgcccatccggcgacataagattgaattacatatataacaatatttgtagatgacattgaaaaaatcgcaatgacatgacttatttccatcaaatagttattttgttatgtgaacaactaatttatcacaatgatgttctatcaaactacacctcaaatcctaaactctaacctatgtttaatacattagatgcccatatatatatataaacatgttacgaaaatatcacatatttcataactatatatataaaaaaattctctcattgctatttttaaaatttatttgtactttatatctatatggtacaaatactcttatttttatgtttttttttttttgaacaccctcttatttttatgttaagtttactaaatcatataatgtttcagTTGTGAATCAGATAAGAGCACAAACATGTGACGACAAACTAGGCTCTTGTGAAAATTGCGACCAAAGGTGCAAGGCCAAACACGGACCATCGTCCGTAAGCAAATGTAACGGTCCGGATGGGATGTGCAAGTGCACCTACGAATGTGCGTCATTTAAACCAGCCAAAGTGTGCGTCGGTGCGACTGATATGTGCACTGACACTTGTCCTCAGAGTTGTTGTGATAGACAATGCGCAATAAAATATAAGAATGGACATGGGGGTTGTGTCAACTATGCTGGTTATAGGATGTGCATATGCGAGTACTCTTGCTAA | Yes | 104 / 120 (86%)** | 0.6192 (0.0726 0.1173) | 0.5152 (0.0735 0.1427) | 0.5995 (0.0752 0.1254)
 | - | - | scaffold_7:24083784-24084592 (complementary strand) | - | ATGGAGAGGATTCCTTCACTTGTATTCTTTGCTAGCTTACTTATCATTTTTGTCACAGgtaccttgtatatctttcaattgttatgtctctttattttattcgatttttaatcaaattttgctattaccagtttatggacaattgaccaaagcacctctgcttgataaatatttctagtacaacgtagataaaataacatatttcaaatggcaatggttgaaaagaaaaaaaaacaatagtatgatttttgataattaaaacaatagtatgatggtaatatgaatttgttttttcatagaaaatgattggttcttatattgatagtattttttttcatagaaaatgatttgtatcatagagttttttttttttttttaagtcttctcattgttagtatttacttgtataccttatttccatagagtgtgtaagtaagtactcttatttctatatgaagtttaataaggtatacaatgctctagTTGTGAATCAGACAAGAGCAATTTCATGCGATGAAAGCTTAGGCCTTTGCAAAAAATGTGACGAAAGATGCAAGGCCAAACACGGACCATCATGCATAAGCAAATGTGATGGAGAGGTTGGGATGTTGTCGTGCACATGCACTTACGAGTGTGGACCAACTTTACCCCCCAAAAGAAACGTTTGCAGCGGTGGGACTGGTATGTGCAGTGGGAATTGTCCTGATAAATGTTGTGATACCAACTGCGCACAAAAGTATAATGGTGGACGTGGATTTTGTAACTCCCTTGGTAATTATAATTTGTGCCAATGCGAATACCCTTGCTAA | No | - | - | - | -
 | - | - | scaffold_7:24166849-24167658 (complementary strand) | scaffold_704263.1 | ATGAAGAGGATACCTTCACTTGTATTCTTTGCTAGCTTACTTATCATTTTTGTCACAGgtaccttgtatatctttcaattgttatgtctctttattttattcgatttttaatcaaattttgctattaccagtttatggacaattgaccaaagcacctctgcttgataaatatttctagtacaacgtagataaaataacatatttcaaatggcaatggttgaaaagaaaaaaaaaacaatagtatgatttttgataattaaaacaatagtatgatggtaatatgaatttgttttttcatagaaaatgattggttcttatattgatagtattttttttcatagaaaatgatttgtatcatagagttttttttttttttttaagtcttctcattgttagtatttacttgtataccttatttccatagagtgtgtaagtaagtactcttatttctatatgaagtttaataaggtatacaatgctctagTTGTGAATCAGACAAGAGCAATTTCATGCGATGAAAGCTTAGGCCTTTGCAAAAAATGTGACGAAAGATGCAAGGCCAAACACGGACCATCATGCATAAGCAAATGTGATGGAGAGGTTGGGATGTTGTCGTGCACATGCACTTACGAGTGTGGACCAACTTTACCCCCCAAAAGAAACGTTTGCAGCGGTGGGACTGGTATGTGCAGTGGGAATTGTCCTGATAAATGTTGTGATACCAACTGCGCACAAAAGTATAATGGTGGACGTGGATTTTGTAACTCCCTTGGTAATTATAATTTGTGCCAATGCGAATACCCTTGCTAA | No | - | - | - | -
CRP500 | At3g20993 (LCR56) | ATGACCCAAAAAGCCACCATTCTTGCCATCTTCATGGTTGTCCTTGTTCTAGgtttgctttactttttaagttttaccattctcataccatataatataaatttatattgaagggaagataaattaacattcataaacatgtcaaatatttttttagGTCTGGAAACGAAAGAGACGCAAGGACAAGAAATGTGTCATGATCTTATTAAAAAAACAGATTGCGATGATGCTACTTGTGTCACTCTGTGTAAGCAAAAATGGAACGGAAATGGTGGTGGCTCGTGCTTCCAAATCGTAAATTTAAAGAGTTGCCTTTGCGCTTTTCCATGCCAAGTTTGA | scaffold_3:9274681-9275323 (complementary strand) | scaffold_302506.1 | ATGAATTACCAAGCCACCATTCTTGCTATCTTCATGATTGTCCTTGTTCTAGGTTTGCGTTACTTTTAATTTTTATGATTCTCTTAACATATTATAACAAATTTACATTGAAGGGAAGATGAATTAACATTGATGAATTAACATTGAGAGAGAGAGAGACAAAGGAAGATGAATTAACATTGATGAACATTTAAAATATTTTTTAGGGATGGATACGAAAGAGACGCAAGCAGGCCCGGCCCACCCATAAAGCAGGCAAAGCATCTGCTTTAGGCCACAAAATATATTAAAGGTTTTAGGGCCACATTACAAAGAAACTTATTTAGCCTAGTGGTTATGTAGTTAATAAGTTAGTGGCAAGTCTTGTGTTCGAATCTTGTCTTCTACAGTTTTTGTTTAAATTTTTAACAATAGTTTTAAATAAAATATTATATTATTAAAATATGCTTGAGGCCCCAAATATCCAAGGACCGGGCCTGGACGCAAGGACAAGAAATGTGTCATGATCTTATAAAAAAAAACAGATTGCGATGATGCTATGTGTGTCACTATGTGTAAGCAAAAATGGAAGGGAAGTGGTGGCTCGTGTTTCCAAAACGTAAATTTAAAGAGTTGCCTTTGCGCTTTTCCATGCCAAGTTTGA | Yes | - | - | - | - | Probable non-functional gene due to ~300 base insertion
 | At3g20997 ([NAME]) | ATGACTTACAAAGCCACCATTCTTGCTATCTTCATGATTATCCTTGTTCTAGgtttgctttacttttaagtttttaccattctcttaacatcatattataataagtttatattaaagggatgataaattaacattcgtaagcttttcaaatatttattagGGATTGGAACGAAGGAGACGCGAGGACAAGAAACGTGCCATGATCTTATAATGAAAAGAGATTGTGACGAAGCTACGTGTGTCAATATGTGTCAGCAAAAATGGAAGGGAAGTGGTGGCTCGTGCTTTCAAAACTTTAATGTAATGAGTTGCATTTGCAATTTTCCATGCCAAGTTTAA | scaffold_3:9278467-9278794 (complementary strand) | Al_scaffold_0003_2249 | ATGACTTTCCGAGCCACCATTCTTGCTATCTTCATGATTGTCCTTGTTCTAGgtttgctctgcttttaagttttaccattctgatcttaacatattatagtaaatttatattaaagggcaaataaactaacattttaaatactttttagGGATGGAAACAAAAGAGACGCAAGGACAAGAAACGTGTCATGATCTTATAATGAAAAGAGATTGTGACGAAGCTACGTGTGTCACAATGTGTCAGCAAAAATGGAAGGGAGGTGTTGGCTCGTGCTTCCAAAACGTCAATGTAATGAGTTGCCTTTGCAATTTTCCATGCCAAGTTTGA | Yes | 65 / 76 (85%)** | 0.4919 (0.0693 0.1409) | 0.3219 (0.0461 0.1431) | 0.3103 (0.0511 0.1647)
 | At3g61177 (LCR53) | ATGGCTAAATCCACCATATTCGCTATTTTCATGATCGTCTTCGTTCTAGgtttgcgttacatataccattctttaaaacatttaatacatctttttggttctatgaagattgtgtttaaagcttatgttttaatatttgttagGGATGGTAACGAAAGAGACGAAAGGACAAGAAATGTGTCGTGATCTTTTAATGAGAGCTAAAAACTGTGACGATAGCACTTGTGCTACTCTGTGTAAGCAAAAATGGAAAGGAAATGGATCGTGCTTCCCAAACGTATATAGAAAAAGCTGCCTCTGCACATTTCCTTGCAAAACTTGA | scaffold_5:20154306-20154636 (complementary strand) | fmRNAsh2_kg.5__2583__AT3G61177.1 | ATGGCTAAATCCACCATTCTTGCTATTTTGATGATCGTCCTCGTTCTAGgtttgcgttacatttaccattctctaaacatattaaaacatttctattattttttttgttttataaagattcgtttaaagattatgttttaattttttgttagGGATGGTAACGAAAGAGACACAAGGACAAGAAATGTGTCGTGATCTTTTAATGAGAGCTCAAAACTGTGATGCTGGCACTTGTGCCACTCTGTGTAAGCAAAAATGGAAAGGAAATGGATCGTGCTTCCCAAACTTTCAAATCAAAAGCTGCCTCTGCACATTTCCTTGCAAAACTTGA | Yse | 65 / 75 (86%)** | 0.5167 (0.0710 0.1374) | 0.6444 (0.0697 0.1082) | 0.6693 (0.0785 0.1173)
 | At3g61175 (LCR52) | ATGTCTAAATCCACCATTCTCGCTATTTTCATGATCGTCCTCGTTCTAGgtttgccttacatttaccattctttaaaacatttaatacattttttttggttttataaatttttttttaaagattatttaaaatatttgttagGGAAGGTAACGAAAGAGACGCAAGGACAAGAAATGTGTCGTGATATTTTAATGAAAGCTAAGAACTGTGATGAAGGCACTTGTGATACTCTGTGTAAGCAAAAATGGAAAGGAAATGGATCGTGCTTCCCAAACGTTTATACTTATAGAAAAAGTTGTCTCTGCACATTTCCTTGCAAAACTTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | - | - | scaffold_807:4817-5144 (complementary strand) | - | ATGACTTACCGAGCCACCATTCTTGCTATCTTCATGATTTTCCTTGTTCTAGgtttgctctacttttaagttttaccattctgatcttaacatattatagtaaatttatattaaagggcagataaactaacattttaaatatttattagGGATGGAAACAAAAGAGACGCAAGGACAAGAAACATGTCATGATCTTATAATGAAAAGAGATTGTGACGAAGCTACGTGTGTCACAATGTGTCAGCAAAAATGGAAGGGAAGTGTTGGCTCGTGCTTCCAAAACGTCAATGTAATGAGTTGCCTTTGCAATTTTCCATGCCAAGTTTGA | ND | - | - | - | -
CRP680 | At3g04943 (LCR41) | ATGAAAAACTCTTCTCTTCTTTTCATACTTATTGTCGTTTTCGTTATTTCTTCTTCAGgtaacattttttctttaaacattgtttgatatactaattctgatcactttatctaccatatctagtaggatgacaaaattaatattttgttgtgtccttggttggaactcggaactgagaaaaaagataacaaaatggttccacttcttttatattgataaacttgtgtttgtgttattatatagAAAACGGGATCATGATAGGAGAAGCAAAAAAGTGTAGTAATTCATGGATTTGTGAAGGAGACGAGAAATGCAAAGAGAAGTGCATGGCTGACTACAAAGGCAATGGAACATGTTATTACCCATCTCCTCCTTCAAAACAACATCCTGAGTTCTTTTATCCTACATGCTGGTGTGGGTTTGATTGTTAA | scaffold_3:1774498-1775257 (complementary strand) | Al_scaffold_0003_454 | ATGAAAAACTCTTCTCTTTTATTCATACTAATTGTCGTTATTTCTTCTTCAGgtaaattttttttttaatcgttgtttgatatactaattttgatcatttaatctaccatatatagtgggatcaatatcttgttgtggatccttggtcggaattgagaaaaaacaataaaactgagataaatattaaaaaaagttccacttcttaaccagaggtggtgggctagtggttctagtctggtggagagtggtcatgttggtctaggtcagggattgattctcctcagacgtagaattgctcaactttatctttttggccacatgggtatgagtccattgtttacggtccatttgaaaacctagaaagaccctacccgtgagacaccttctccccaggattggtcctacaccccttcataggtctggggatttaccataagttatcaaaaaaaaagttccacttcttttacattgataaactcgtgtttgtgttatttttttttattttttggtcaacttgtttgtgttattatttagagaagttgtctttcttttctttttcttttgataaatagAAAACGGCAAAATGATAGGAGAAGCAAAAAAGTGTAGTAATTCATGGATTTGTGAAGGAGACGAGAAATGCAAAGAGAAGTGCATGGCTGACTACAAAGGCAATGGAACATGTTATTACCCATCTCCTCCTTCAAAACAACATCCTGAGTTTTCTTATCCTACATGCTGGTGTGGGTTTCAGTGTTAA | Yes | 76 / 79 (96%)** | 0.3017 (0.0298 0.0987) | 0.4073 (0.0304 0.0747) | 0.6958 (0.0246 0.0353)
 | At3g04945 (LCR18) | [NAME] | scaffold_3:1775769-1776101 (complementary strand) | Al_scaffold_0003_455 | ATGAAGAACTCTTCGATTCTCTTCGTACTAATTGTTGTTTTGTTTTCTTTTAATTGTTTGAtatatcaatttgataaaatttctctgaaaaatctttgattgttctttaagatgaaatatgtaaaataaatttgtaatatttttgttttgatgaatgaataagGAAACAAGAAGATGGTAGGAGAAGCAAAGAAGTGCGAGAAGACGTGGAATTGTGAAGGAGAAGACAAATGCAGAGAAAAGTGCAAGACTTTGTACAATGGAGATGGAATCTGTGATTTGTACACTGCTCCTTTGGTTCCTAAGCAATGTTTCTGCCACTATGATTGCTAA | Yes | 61 / 76 (80%) | 0.7275 (0.1101 0.1514) | 0.6250 (0.0639 0.1022) | 0.9685 (0.0775 0.0800)
 | At3g23165 (LCR42) | ATGAAGAACTCTTCTATCATGTTCGTACTAATTGTCGTTTTTCTTATTTCTTCATCAGgtactatatcattaattatttaatatattaattttcatcatttaacctgcaaaaatcggattgacatatgttgttgtgttcttggttggaactgataaaaagtaaactaaaatataaaattaagagaaaaaataaaatatgttaatacaatgatttaaatcttgttttgatatatagAGAACCAAAAAATGGTAGGAGAAGCAAAACAATGTAAAACTGGATGGGCTTGTTTTGGAGAAGATGCATGCAAAGAAAAATGCATGGCTAAATACAAAGGTGTTGGAACTGTTACTTATTTTCCATTCCCTCCGGAAACTATTATTATATATTGCGAATGCTTGTATGATTGCTAA | scaffold_3:10579117-10579539 (complementary strand) | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_3002050 | ATGAAGAACTCTTCTCTCCTATTCGTACTAATTGTCGTTTTCGTCATTTCTTCTTCAGgtaattgtgtttgctatatcattatcattatttattatattaatttcatcatttaacctgcaaaaatgagatgacacatacattttgttgtgttcttgtttagaactgagaaaaaataaactaaaatataaaactaagagaaagataaactatgtaaataaaatgttttagtcttgttttgatatatagAGAACCAAAAAATGGTAGGAGAAGCAAAAAAGTGTAAAGCTGGATGGGCTTGTTCTGGAGAAGATATATGCAAAGAAAAATGCATGGCTAAATACAATGGTGTTGGCACTGTTACTTATTTTTCTTTCCCTCCGGAAACTATTACTATATTGTGCGATTGCGTGTATGATTGCTAA | Yes | 64 / 77 (83%)* | 0.6422 (0.0911 0.1418) | 1.0414 (0.0959 0.0920) | 1.4946 (0.1059 0.0708)
 | At3g23167 (LCR39) | ATGAAGAACTCTTCTATTCTATTGCTACTAGTTGTCTTTTTCGTCATTTCTTCTTCAGgtattttagattaaaaaaaacattctcattgtttgatatattaattttggtactttaacttgcaaaaatggcatgcaaacttttttgttgtgttcttggtgtaaataatttgtatattttggttttgatagtagGAGAAGCAAAAACGTGTTCTGATGGATGGACTTGCTTAGGTCCTAAAGAAGAAGACAAATGCAAAGAAAACTGCATGGCTAAACACAAAGGAGTTGGAACCTGTAATTTGTATACTATTCCAGAATTCCCAGCTCCGATAACTTATTATATGTGTGATTGCATGTTTGATTGCTAA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At2g14935 (LCR40) | [NAME] | scaffold_3:10581220-10581596  (complementary strand) | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_3002051 | ATGAAGAACTCTTCTACAATTTTATTCGTACTAGTTGTCTTTTTCTTCATTTCTTCTTCAGgtatttttaaataaaaattattattattgtttgatatattaattttggtaatttattgcaaaaaatggcatgcaaaatattatgttgtgttcttgctgtaaatagtttttatatttggttttgataaatagAGAATGGGAAAATTGTAGGAGAAAGAAAAAAGTGTTTTGATGGATGGACTTGTTTAGGAGAAGACAAATGCAAAGTAAAGTGCATGGCTAAACACAAAGGAGTTGGAACCTGTAACTTGTATACTATTCCTTCTTTCCCTGCTCCGGGAGCTTCTTATATTTGCGATTGCAAGTTTGATTGCTAA | No | - | - | - | -
CRP660 | At1g49715 | ATGGCCAAGGCAACTTCTTCACTTGTCGTCCCCATCATCTTTCTTGTGATATTTGCTTTAGgtatgcatttatctttaatatattcatacagtaataagttggcatatgtatccaatattgtagacttgtcattcacgtaactctactgtcatttttagtttcggctacattcattggcaatatatcatatagtatatatcttagttcagtgtattgataactcctaaatcttaatatagcttttgttatctgagacgaaattaattaattttgtttgatatagTTGAGCAGAATACGGGATGTTTCGATTATGATGTTTACCAACCGTGCGATCATTGTCGAGAAAGATGCCTCAAATATTATCCAGTTACAAGAAAAGCCATTTGTCGGAAAAATCATTGTGTTTGCATTGGCCCTTGTCCGAATGATAAAGCGATTCCAAATGTTAAACTCTTCAAAAATGTAAAAGAACAAATCCTAAGTTGA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At1g73603 (LCR64) | ATGGCCAAGGCAACTTCTTCACTTGTCGTCCCCATCATCTTTCTTGTGATATTTGCTTTAGgtatgcatttatctttaaattttattcatagagtaatgagttgacatatgtatccaatattgtagacttgtaattcatcgtggtgttagccttagttatacatttacctttgtggtttacttcaaatatgttcacgtaactctaccgtagtttgtagttttggctagattcattggcaaatatatcatatatatatatatatatatatatcttagttcagtatattgatatctcctaaatcttaatatatatattttttgttaattttgtctgatatagTTGAGCAGAATATGGGATGTAATGATTATATTGTTGGCGATGTGTGCGTTCATTGTCGAGAAAGATGCCTCAGATATTATCCAGTTACAAGAAAAGCCGAGTGTTACAGGAATCATTGTCTTTGCATCGGCCCTTGTCCGGATGATAGGCCTCATAAGCGATTCCAAATGTTAAACTCTTCCAAAAATGTAAAAGCACAAATCCTAAGTTGA | scaffold_2:15902995-15903544 | scaffold_202293.1 | ATGGCCAAGGCAACTTCTTCACTTGTCGTCCCCATCATCTTTCTTGTGATATTTGCGTTAGgtatgcatttatctttaaagtttattcatagagtaatgagttggcatatgtatccaatattgtatacttgtaattcatcgtggtgttagccttagaccttagttatacatttacctttgtggtttacttcaaatatgttcacgtaactctactgtaatttttagtttcggctagattcattggcaaatctatcatatatatcttagttcagtgtattgatatctcctaaatcttaatatatttttttgttatctgacgaaaataattttgtttgatatagTTGAGCAGAATATGGGATGTAATGATTATGATGTTGGTGGCAATGGGTGCGACCATTGTCGGCTAAGATGCCTCAAATATTATCCACCTACAAGAAAGGCCGAATGTCAGCTTAATCATTGTATTTGCATCGGCCCTTGTCCGGATGATAGGCCTCATAAGCGATTCCAAATGTTAAACTCTTCAAAAATGTATAAGCAAAAATCCTAA | Yes | 73 / 87 (83%)** | 0.7220 (0.1305 0.1808) | 0.7354 (0.1790 0.2434) | 0.6697 (0.1810 0.2703)
 | At1g73607 (LCR65) | ATGGCCAAGGCAACTTCTTCACTTGTCGTCCCCATCATCTTTCTTGTGATATTTGCTTTAGgtatgcatttatctttaatttaatcatagagtaatgagttggcatatgtatccaatattgtagacttgtcattcacgtaactctactgtcatttttagtttcggctagattcattggcaatatatcatattgtatatatctttgttcagtgtattgataactcctaaatcttaatatagcttttgttatctgagtataaacgaaattaattaattttgtttgatatagTTGAGCAGAATACGGGATGTTTTGATTATGATGTTTACCAACCGTGCGATCATTGTCGAGAAAGATGCCTCAAATATTATCCAGTTACAAGAAAGGCCATTTGTCGGAAAAATCATTGTGTTTGCATTGGCCCTTGTCCGGATGATAAAGCGATTCCAGATGTTAAACTCTTCAAAAATGTAAAAGAACAAATCCTAAGTTGA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At2g20208 (LCR60) | ATGGCAAAGGCATCTTCTACACTTGTTCTCTCAATCATCTTCCTTGTTATGTTTGCCTTAGgtatacatttctctctattcttgtcatattccccgcttaccgtagttcctcgataacatttgtctcacgtatacatttacatcttaaggtctacacttaggaattttcaaaagctttcacatatatagtgtctaggtataacatctcaaatgttgtagtttaaatggttttgttggatgtagTTGAGCAAAATATGGGATGCACAGCGACTATGGGACCATGCGAAAAGGATAAAAGCTGTAGTGCCACATGCAGAGCTACGTTTGGAGATAGGGCTAATGGCTTCTGCGACTACAGTACTAGTACTAGTCCTGGTGGAGAATGTACTTGCGTCTACCATTGTCCGCCTGTGGTGCCTCATGAATCCCATTTGTGA | scaffold_3:20533591-20534061 (complementary strand) | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_3002560 | ATGGCGAAAGCAGCTTCTACACTTGTTCTCCCAATCATCTTCCTTGTTATGTTTGCCTTAGgtatacacttatcttcatgtttgtttatgaaattatgtaatccataatctagtttcgctctattcattgtcaatttgtcatatcccgcaaatactgtagttcctcgctatatttacctcttaaagttttcacttagcaattttcaaaagctttcacatagtgtctaggtgttattctttctttggtataacatctcaaatgttgtagtttaaatggttttgttggatgtagTTGAGCAAAATATGGGATGCACAGCGAGTATGGGACTGTGCGAAAAGGATAAGAGCTGTAGTGCCAAATGCAGAGCTACGTTTGGAGATAAGGCTAATGGCTTCTGCGACCACAGTACTAGTACTGGTGGTGGTGGAGAATGTATTTGCGTCTACCCTTGTCCGCCTCTGGCGCCTTGA | Yes | 66 / 79 (83%)* | 1.0360 (0.0807 0.0779) | 1.7333 (0.0976 0.0563) | 1.3500 (0.0935 0.0693)
 | At2g29045 (LCR62) | ATGGCCAAGGCAGCTTCTACACTTGTTTTTCCCATCATTTTCCTTGTTATGTTCGCCTTAAgtacgcattttatctttagaattattcgtcaaaatattcaatcatcttcttttcttcttataaacatagtttttattgtagctatattaattgggttataccctatatgatgtaatccattgctatctttttcttaagtgtacatttaatttcgggctttcttcattgacatatactcttagggttatattagttccttgctatgatttctttatctcaagctttttttcttcaaaaattttatattcacaatattcattggcatatgccctaaatgttgtagtccattgtgattttagccatgcataaagtatcgtttgtatcaatggtttgctcataccaatatcttaaaagttttcacatatgatctactataatttgtagcgtcggctctattcattagcatgtagcagaaatattgtaattcagtgtaatgacatctcctaagttctagtaaatattttgttatctaaatatagaacggttttgttggttatagTTGAACAAAATATGGGATGCATGGCGGTTCTTGGCTCGTGTGGTGTCATTACAGATTGCAGTGGGTCATGCAAGACTAAGTTTGGACAAGATGCTAGTGGCGATTGTGACCGTGACGGTGGTCAAGGAACATGTATGTGTGGTTATCCTTGTCCACATGATAAGCTACATATGTGA | scaffold_4:13298579-13299303 | scaffold_401363.1 | ATGTAGGCTATATTCATTGGATATGCCCCAAACGTTGTAGTGAATTGTGATGTTAGCCTTAGgtatgtatacatttaccttcatggtttttttataccaatatcttaacatatgatctataataggtttcatcttcagctctattcattagcatatatcagaatgttgtagttcaatgtaatgatttcttctaagttctactaatattttgttatctaaatattactccctctgttcctagaagtttgatgttctaggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttgatgttctagtgttttggatttgtttcacaaagattaattttctagatattttctttatttttaattaattgattttaataaatcgtagatttcaagacgtaatgattaactgttttagattactattggttcatagtttattaagaattgtttaataaaaataaataattaaacaatgattgtttcttaaaatatgtgaaatctctagaaaatcaatcttctaggaacagagggagtatatagaacgattttgttggttatagTTGAACAAAATATGGGATGCATCGGTTCTTGGCTCGTGCGGTGTGATTACAGACTGTAGTGGGACATGCAAGACTAAGTTTGGACAAGATGCGAGTGGCGATTGTGACCGCGACGGTGGTGTTGGAACATGTGTTTGTGGTTATTCGTGTCCATCACCTCATCCCCATATGTGA | Yes | - | - | - | - | These two sequences could not be aligned
 | At4g10655 | TTTGATTGTTGGCGATGTGTGCGTTCATTGTCGAGAAAATGCCTCAGATATTATCCAGTTACAAGAAAGGCTGTTAGTCAGAAGAATCATTGTCTTTGCATCGGCCCTTGTCCGGATGATAGGCCTCATAAACGATTCGAAATGTTAAACTCTTCAAAAAATGTAAAAGAACAAATCCTAAGTTGA | - | - | - | No | - | - | - | -
 | At4g30064 (LCR61) | ATGGCCAAGACAGCTTCTTCACTTGTTCTCCCCATCATCTTCCTTGTAATGTTTGCATTAGgtatacatttattgtaacgtttgtttgtaaatatatattcaaaaatgtatttatttctcgcacgtagtaataactttttgatataaaatggtttgttggatatagTTGAGCAGAATATGGGATGCATGGCAGTTCTTGGCTCGTGTGGTGTGATTACCGACTGTAGTGGGGAATGCATTTCTAGATTTGGACCACAAGCACGTGGCTACTGTGACCGAGATGGTGGTTCTGGAACATGTGTTTGCGTTTATCCTTGTCCGGCTGATAAGCCACATATGTGA | scaffold_7:5005537-5006075 (complementary strand) | Al_scaffold_0007_1103 | ATGGCAAAGACAGCTTCTTCACTTGTTCTCCCCATCATCTTCCTTGTTATGTTTGCTTTAGgtatgcatttatattaatgtttattcgtaaatgtatattcaaaagtaaaaattactttaccttcggctttactcatcgagatattccccaattgttatagttcatattgtgatgttagccttagttagtatgcatttacctttatggtttattcataacaatattcaaaacttttcatatattcatcagaatatatatatatatcattaagatttttctgttcgatgtattgatttctcgcaagtagtattaactttttaatttgttatctaaatataaaaacggttttgtggatatagTTGCGCAGAATATGGGATGCATGGCAGTTCTTGGCTCGTGTGGTGTTATTAGTGACTGCAGTATGGCTTGCAAGTCTAAATTTGGATCAAACGCACGTGGCTACTGTGACCGAGATGGTGGTTCTGGAACATGTGTTTGCGTTTATCCTTGTCCGGCTGATAAGTCCCATACGTTATAG | Yes | 68 / 77 (88%)** | 0.5454 (0.0801 0.1468) | 0.8895 (0.1219 0.1371) | 0.9358 (0.1320 0.1410)
 | At4g30067 (LCR63) | ATGGCCAAGGCACCTTCTCCACTTGTTTTCCCCATCATCTTCCTTATTATCTTTGCTTTAGgtatttacttaccttaagtttttacatatacactttttcaccaaaatttaacgttaatttttgtagtattcattgtgactttagctttggatatacatttacatttataattgtgactttttgtcgatctctatatatatatatatataatttttttgttggatgtagTTGAGCCAAATATGGGGTGCATTCAAATTATTGGCAGATGCATTAAGATTCCAGACTGCAGTGCGTCATGTAGGAAATTCCTTGGGCCACATGCAAGTGGCTACTGTGACAACGATGGTGCTGGTGGAACATGTATTTGTACTTACCCCTGTCAGACTAAGGAAATACATATGTGA | scaffold_7:5003401-5003873 (complementary strand) | scaffold_701220.1 | TCCCCATCATCTTCCTTATTATATTTGCTTCCGgtattcgtttatcttaagcttttttatatattaaaataaactttttcaccaatattcattggtgtataccaatttttataattttggtaattatattcattgcgatgttagctttaaatatacattttaaaataataatttttagtttcggctatattcattggtgtataccaatttttagttcaatatagtcatttctcctaattacaaataactttttgctgtcgatctatatctttaaaaatggttttgttggatgtgtagTTGAGCCAAATATGGGATGCATTCAAATTATTGGCAAATGCATTAAGATTCCAGACTGTAGTGCGTCATGCAGGAAATTCCTTGGGCCACAGGCAAGTGGCTTCTGTGACAACGATGGTGCTGGTGGAACATGTATTTGTACTTACCCATGTCCGACTAAGGAAACGCATATGTGA | Yes | - | - | - | - | Lacking 5'-terminal sequence
CRP1050 | At1g47317 | ATGGCGACATTGAAAACAACAATCTTTATCATCTTCATTCTCTATATCTCATgtaagctttctctatatatactactactactactatatatatacctcttacattttgattattcgacctaaaagtccaaataaaatatggtatgtgtttgcaattaatagGTACAATGTTTGTAAATATCTTTAGAGTTCAAGCCGATGCATCATGCTTGACAACAAAAGAGTGTGTGGTGCGTTGTTCAGACGAAGATGCACAGTGTATTCATGGCGAGTGCCATTGTCCGCACCTAAAAGTCGACATTGAGCCGACCAAGGCGATACGGTGCAAGACTGATCTTGATTGTCCTGATCCTCATCAATGCCCTAAATATGATTATTATGCATGCCTTAATAATGGAGAATGTACTTGTATCTCTGTTTAA | scaffold_1:23576257-23576659 | Al_scaffold_0001_3984 | ATGGCGACATTGAAAACAACAATCTTCATCATCTTTGTTCTCTATATCTCATgtaagctttctctatatactatatatctcttacattttgattattcggtctaaaagtcaaataaaatatggtatgtgtttgcaattaatagGTACATTGTTTGCGAATATCTTTGGAGTTCAAGCCGATGCATCATGCTTGACAAAAAGAGAGTGTGAGAGGCGATGTTCCGATGACGAGGCACAGTGTATTCGTGGACAGTGCCAATGTCCGCACCTAAAAGTCGAGATTGAGCCGACCAAGGCGATACGATGCAAGACCGATCGTGATTGTCCTGATTCTCATCAATGCCCTAAAGATTATTATTATGCATGCCTTAATAATGGAGAATGTACTTGTATCTCTATTTGA | Yes | 84 / 103 (81%)* | 0.6021 (0.0879 0.1460) | 0.7198 (0.0982 0.1364) | 0.6458 (0.0995 0.1541)
 | At1g47320 | ATGACGGCATTGAGAAGAACAATCTCCATCATTTTCGTTTTCTATCTCTCATgttagcttctcactcagtcactctatatactacatatctcttacattttgattaatcgatctataagacctaataaaatatggtatgtgtttgcaattaatagGTACGTTGTTCGTGAATATCTTTGGAGTTCAAGCCAGAAATTTATGCAAGACAGATGAAGATTGTGTGTTGCGATGTCAAGATCCAGGTGCGAACTGTATTCTTGGAATATGCCATTGTTCGCGCCAACAAGTTGAGACTGAGCTGACCAAGGTGATAAGATGCAAGACTGATCGTGATTGTCCTGATTCTCATCAATGCCCTAAAGATTATTATTATGCTTGCCTTAATAATGGAGAATgtacttgtatctctgtttgagaaaccttaaaccactctaacaaataaaagagaaaccttaaaccatgattgttcagattctcatcaatgccctctattcaatatactaaacctttaaatagaactaaagctcaccctatatacaatattcaaagaaaataatagggtgggttaaaccgccagCTGGATGCTTGAAGATTAACACGGATGGTGCGTCACGTGGGAATCCGGGGCTGGCAACCGCTGGAGGAGTGCTACAGGATAATGAGGGGCGATGGTGTGGCGGTTTCTCTTTGAATATTGGGAGAAGCTCGGCACCAATGGCGGAACTGTGGGGAGCATATTACGGTCTCTACTTAGCTTGGGAGAGGAAATCATCACATATAGAGTTGGAAGTAGACTCGGAGATAGTAGTTGGTTTTTTGAAGACAGGGATAAGTGATCATCATCCACTGTCTTTCCTGGTACGTTTGTGCCATGGCTTCATATCGAAAGATTGGAGAGTCCGAATTTTTCACGTGTATAGGGAAGCTAATCGTTTTGCTGATGGATTAGCGAACTATGTTTTTTCTTTACCACTTGGGTTTCATTTTGTTCCGAATGTTGTTGATTTATTTTGGAAAGAGGATAACCTTGGGGTAACATGTCCAAGGCAAATCCCAGTCCATTAG | scaffold_1:23579822-23580227 | scaffold_104301.1 | ATGGCGGCATTGAAAACAACAATCTTCATCATTTTCGGCTTCTATCTCTCATgttagcttctctctatatactttatatatctcttacattttgattcatcgatctaaaagaccgaataaaatatggtatatgtatttgcaattaatagGTACGTTGTTGGTGGGTATCTTTGGAGTTCAAGCCAAATTATGCAAGACAGATGAAGAGTGTGACCGGCGATGTCAAGATGTAGGTGCGAAGTGTATTCTTGGAATATGCCATTGTTCGCGCCTAAAAGTTGAGACTGAGCCGACCAAGGCGAGAAGATGCAAGACTGATAGTGATTGTCCTGATTCTCATCAATGCCTTAAAGATTATTATTATGCTTGCCTTAATAATGGAGAATGTACTTGTATCTCTGTTTGA | Yes | - | - | - |  | At1g47320 is annotated as a transposable element gene by TAIR. First and second exons of this gene code a putative DEFL gene which lacks stop codon.
 | At2g21465 | [NAME] | scaffold_4:333259-333598 (complementary strand) | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_4000054 | ATGGCCGCATCAAAAACTACAATCTTCATCGTTTTTGTTCTTTGTCTTTCATgttagcttctctatatatatatttttcttacatattgattaaatcaatctaagagactaaatagaatgtgttatatgtttgcattttatagGCACATTGTTGGTGAATATCTCTGGAATTCAAGCCACTGCACCAAGCTCGACATCAAAAGAGAGCCTAACAGCCGAGACTGAGCTGACCAATGGGGAGCGATGCAAGACGGATAATGATTGTCCCCAATCCCATCCATGCCCTAAAGAGTTTTATTATGCTTGCCTTCTTGGAGAATGTACTTGTATCGCTATTTGA | Yes | 63 / 80 (78%) | 0.5774 (0.1126 0.1950) | 0.9569 (0.1824 0.1906) | 1.6903 (0.1575 0.0932)
 | At2g25185 | ATGTCGGCATCAAAAGCAACAATGCTCATTTTGTTCGCTCTCTTTCTTTCCGgtaagtcttgattcctctcatcttcttttatataaatgaaactgattagaaacatagcttgattccagtcaaattttattttaaaaatgaacagACATATTGTTGGTGAGCATTCCTAGAGCTGAAGCTCAGTTGATAGTTCCATGCAAGACATCAGAACAATGTAAATCGATTCGATGTTCTAATGGAAGCGCACAATGTGTGAACAAACAATGCCAATGTCCAAGCCTCAAACAGATTTACTCGGTGACGGATGTGTCGTGCAAGACGGTCTCTGATTGTGTTGCTTCTCATCAATGCCCGACTGGTTTATCTGCTTGTATTGAAGGAAAATGTATTTGTTTGCCTTAG | scaffold_4:3866527-3866927 | fmRNAsh1_pm.C_scaffold_4000379 | ATGTTGACATCAAAAGCAACAATGCTCATTTTGTTCGCTCTCTTTCTTTCCGgtaagtcttgatttcttcttcttttatatatatcaaatcgattacaaacatagcttgattccagtcagaatgtatataaaaaaaatgaacagGCATATTGTTGGAGAGCATTCCTAGAGCTGAAGCTCAGTTGATAGTTCCATGCAAGACATCAGAACAATGTAAATCGATTCGATGTTCTAACGGAAGCGCGCAATGTGTGAACAAACAATGTCAATGTCCGAGTCTCAAACAGATTAATTCGATGATGACTGTGTCGTGCAAGACGGTCTCTGATTGTGCTGCTTCTCATCAATGCCCGCCTGGTTTATATGCTTGTGTTGAAGGAAAATGTATTTGTTTGCCTTAG | Yes | 90 / 102 (88%)** | 0.6397 (0.0574 0.0898) | 0.4177 (0.0551 0.1319) | 0.4040 (0.0608 0.1506)
 | - | - | scaffold_3:9784747-9785148  (complementary strand) | scaffold_302635.1 | ATGGCGGCACTGAAAACAACAATCCTCATCATTTTCGGCTTCTATCTCTCATgttagtttctctctatatactgtatatatctcatattttgattcatcgatctaaaagaccgaataaaatatgatatgtgtttgcaattattagGTATGTTGTTGGTGGGTATCTTTGGAGTTCAAGTCGAATCATGTAGGACAGATGAAGAGTGTAGGTTGCTATGTTCAGATGAAGGTGCGGAATGTATTCTTAGAGTGTGCAATTGTTCGAAACTAAAAGTTGAGACTGAACCGACCAAGGCGAAAAGATGCAAGACTGATCGTGATTGTCCTGTTTCTCATCCATGCCCTAAAGATTATTATTATGCTTGCCTTAATAATGGAGAATGTACTTGTATCGCTGTTTAA | No | - | - | -
a Homology group identifiers have been assigned in [NAME] et al., 2005
b Deduced coding sequences (uppercase letters) plus introns (lowercase letters) of A. lyrata genes were determined from alinments with [NAME] genes. Red-letters indicate different bases compared to orthologous sequences, which could cause probable non-functionalization,. Underlined parts indicate codons corresponding to stop mutations.
c Yes, A. thaliana and A. lyrata genes showed a conserved synteny and an adjacency relationship in the phylogenetic tree
d Gaps were deleted from aligned full-length amino acid sequences. The identity of the sequences was determined by homology analysis in GENETYX. An asterisk and double asterisks indicate significant differences compared with the lowest identity of CRP810 (61 / 89 (68%)) using Fisher’s exact test (*P < 0.05; **P < 0.03).
e Synonymous and nonsynonymous substitution rates (dS and dN) in pairwise comparisons of orthologous protein-coding nucleotide sequences from [NAME] and A. lyrata were estimated using the method of Nei and Gojobori (1986) implemented in the yn00 program of the PAML version 4.5 ([NAME], 2007).