Spreadsheet: 1d9355c9-0545-4f4c-96d0-69b5b9140731
Sheet: Sheet1

Unnamed: 0 | Unnamed: 1 | Unnamed: 2 | Unnamed: 3 | Unnamed: 4 | Unnamed: 5 | Unnamed: 6 | Unnamed: 7
Table S2. Enzymatic reactions
Group | Enzyme | Substrate | Product | Km (uM) | kcat (sec^-1) | Initial conc of complex | Reference
PKA | PKA_act | I1 | I1p | 5 | 1.4 | 0.00882516666666667 | Estimated
 | PKA_act | [NAME] | PP2Ap | 1 | 1.2 | 0.135655 | Estimated
 | PKA_act | D | D34 | 2.4 | 2.7 | 0.940883333333333 | [57, 68]
 | PKA_act | D137 | D34_137 | 2.4 | 2.7 | 0.0368366666666667 | [57, 68]
 | PKA_act | GluR | GluR_845p | 2 | 1 | 0.000567416666666667 | Estimated
 | PKA_act | [NAME] | GluR_I_845p | 2 | 1 | 0.00523033333333333 | Estimated
 | PKA_act | PDE | PDE2_p | 7.5 | 9 | 0.00956283333333333 | [72]
PDE | PDE1 | cAMP | AMP | 39.7 | 9 | 0.0222266666666667 | [72]
 | PDE1_CaM | cAMP | AMP | 4.6012 | 18 | 2.42983333333333e-07 | [72]
 | PDE2 | cAMP | AMP | 39.7 | 18 | 0.006203 | [72]
 | PDE2_p | cAMP | AMP | 19.841 | 20 | 0.009617 | [72]
PP1 | PP1_act | CaMKII_Thr286p_CaM | CaMKII_CaM | 5.1 | 0.35 | 0.0073075 | [72]
 | PP1_act | CaMKII_Thr286 | CaMKII | 5.1 | 0.35 | 0.148641666666667 | [72]
 | PP1_act | CaMKII_Thr286_305 | CaMKII_Thr286 | 5.1 | 0.35 | 0.00600233333333333 | [72]
 | PP1_act | CaMKII_Thr286_305 | CaMKII_Thr306 | 5.1 | 0.35 | 0.00600233333333333 | [72]
 | PP1_act | CaMKII_Thr306 | CaMKII | 5.1 | 0.35 | 0.00600233333333333 | [72]
 | PP1_act | GluR_845p_831p | GluR_845p | 100 | 1 | 3.3585e-05 | [69]
 | PP1_act | GluR_845p | GluR | 100 | 3 | 0.000191033333333333 | [69]
 | PP1_act | GluR_I_845p_831p | GluR_845p | 100 | 1 | 0.000162915 | [69]
 | PP1_act | GluR_I_845p | [NAME] | 100 | 3 | 0.00171316666666667 | [69]
[NAME] | PP2A_PKA | D75 | D | 0.37222 | 6.7 | 0.23695 | Estimated
 | PP2A_PKA | D34_75 | D34 | 0.37222 | 6.7 | 5.62966666666667e-08 | Estimated
 | PP2A_PKA | D75_137 | D137 | 0.37222 | 6.7 | 0.00927633333333333 | Estimated
 | PP2A_PKA | D34_75_137 | D34_137 | 0.37222 | 6.7 | 2.56333333333333e-09 | Estimated
 | PP2A_PKA | GluR_831p_845p | GluR_845p | 30 | 1 | 4.32616666666667e-07 | [69]
 | PP2A_PKA | GluR_845p | GluR | 30 | 3 | 2.46083333333333e-06 | [69]
 | PP2A_PKA | GluR_I_831p_845p | GluR_I_845p | 30 | 1 | 2.09866666666667e-06 | [69]
 | PP2A_PKA | GluR_I_845p | [NAME] | 30 | 3 | 2.20683333333333e-05 | [69]
 | PP2A_Ca | D75 | D | 0.37222 | 6.7 | 0.0322866666666667 | Estimated
 | PP2A_Ca | D34_75 | D34 | 0.37222 | 6.7 | 7.67316666666667e-09 | Estimated
 | PP2A_Ca | D75_137 | D137 | 0.37222 | 6.7 | 0.00126436666666667 | Estimated
 | PP2A_Ca | D34_75_137 | D34_137 | 0.37222 | 6.7 | 3.49366666666667e-10 | Estimated
 | PP2A_Ca | GluR_831p_845p | GluR_845p | 30 | 1 | 5.89666666666667e-08 | [69]
 | PP2A_Ca | GluR_845p | GluR | 30 | 3 | 3.35416666666667e-07 | [69]
 | PP2A_Ca | GluR_I_831p_845p | GluR_I_845p | 30 | 1 | 2.8605e-07 | [69]
 | PP2A_Ca | GluR_I_845p | [NAME] | 30 | 3 | 3.008e-06 | [69]
PP2B | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | D34 | D | 0.0136 | 6.8 | 0.00502016666666667 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | D34_75 | D75 | 0.0136 | 6.8 | 1.09751666666667e-06 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | D34_137 | D137 | 0.0136 | 2 | 0.000211983333333333 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | D34_75_137 | D75_137 | 0.0136 | 2 | 4.99716666666667e-08 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | PP1_D34 | PP1_D | 0.0136 | 6.8 | 0.112996666666667 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75 | PP1_D75 | 0.0136 | 6.8 | 2.47033333333333e-05 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_137 | PP1_D137 | 0.0136 | 2 | 0.0154948333333333 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75_137 | PP1_D75_137 | 0.0136 | 2 | 3.65283333333333e-06 | [55]
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | I1p | I1 | 4 | 3 | 0.00278616666666667 | Estimated
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | PP1_I1p | PP1_I1 | 5 | 1.4 | 1.06541666666667e-06 | Estimated
 | CaMCa2_CaNAB_Ca4 | CK1p | CK1 | 2 | 6 | 0.00150895 | Estimated
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | D34 | D | 0.0136 | 6.8 | 0.0101116666666667 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | D34_75 | D75 | 0.0136 | 6.8 | 2.21066666666667e-06 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | D34_137 | D137 | 0.0136 | 2 | 0.000426966666666667 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | D34_75_137 | D75_137 | 0.0136 | 2 | 1.00653333333333e-07 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | PP1_D34 | PP1_D | 0.0136 | 6.8 | 0.2276 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75 | PP1_D75 | 0.0136 | 6.8 | 4.97583333333333e-05 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_137 | PP1_D137 | 0.0136 | 2 | 0.03121 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75_137 | PP1_D75_137 | 0.0136 | 2 | 7.3575e-06 | [55]
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | I1p | I1 | 4 | 3 | 2.146e-06 | Estimated
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | PP1_I1p | PP1_I1 | 5 | 1.4 | 0.005612 | Estimated
 | CaMCa3_CaNAB_Ca4 | CK1p | CK1 | 2 | 6 | 0.00303933333333333 | Estimated
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | D34 | D | 0.0136 | 6.8 | 0.0170233333333333 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | D34_75 | D75 | 0.0136 | 6.8 | 3.72166666666667e-06 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | D34_137 | D137 | 0.0136 | 2 | 0.00233433333333333 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | D34_75_137 | D75_137 | 0.0136 | 2 | 5.50316666666667e-07 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | PP1_D34 | PP1_D | 0.0136 | 6.8 | 0.000756316666666667 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75 | PP1_D75 | 0.0136 | 6.8 | 1.65348333333333e-07 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_137 | PP1_D137 | 0.0136 | 2 | 3.1935e-05 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | PP1_D34_75_137 | PP1_D75_137 | 0.0136 | 2 | 7.52866666666667e-09 | [55]
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | I1p | I1 | 4 | 3 | 1.60511666666667e-07 | Estimated
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | PP1_I1p | PP1_I1 | 5 | 1.4 | 0.00041975 | Estimated
 | CaMCa4_CaNAB_Ca4 | CK1p | CK1 | 2 | 6 | 0.000227333333333333 | Estimated
CaMKII | tot_CaM_CAMKII | CaMKII_CaM | CaMKII_Thr286p_CaM | 113.6 | 0.5 | 4.883e-07 | [72]
 | tot_CaM_CAMKII | CaMKII_Thr286 | CaMKII_Thr286_305 | 113.6 | 6 | 5.53666666666667e-05 | [72]
 | tot_autonomous_CaMKII | CaMKII_CaM | CaMKII_Thr286p_CaM | 175 | 0.5 | 5.68766666666667e-06 | [72]
 | tot_autonomous_CaMKII | CaMKII_Thr286 | CaMKII_Thr286_305 | 175 | 6 | 0.0006449 | [72]
 | CaMKII_act | GluR_845p | GluR_845p_831p | 150 | 1 | 2.00166666666667e-05 | Estimated
 | CaMKII_act | GluR_I_845p | GluR_I_845p_831p | 150 | 1 | 0.0001795 | Estimated
CK1 | CK1p | D | D137 | 3.4 | 3 | 0.191366666666667 | [55]
 | CK1p | D34 | D34_137 | 3.4 | 3 | 5.897e-05 | [55]
 | CK1p | D75 | D75_137 | 3.4 | 3 | 0.05426 | [55]
 | CK1p | D34_75 | D34_75_137 | 3.4 | 3 | 1.28921666666667e-08 | [55]
 | CK1p | CDK5 | CDK5p | 0.6 | 4 | 0.0154701666666667 | Estimated
Cdk5 | CDK5p | D | D75 | 4 | 3 | 0.6011 | Estimated
 | CDK5p | D34 | D34_75 | 4 | 3 | 0.000185233333333333 | Estimated
 | CDK5p | D137 | D75_137 | 4 | 3 | 0.0235333333333333 | Estimated
 | CDK5p | D34_137 | D34_75_137 | 4 | 3 | 7.82116666666667e-06 | Estimated
PP2C | PP2C | D137 | D | 3 | 1 | 0.5741 | Estimated
 | PP2C | D34_137 | D_34 | 3 | 1 | 0.0001908 | Estimated
 | PP2C | D75_137 | D75 | 3 | 1 | 0.16278 | Estimated
 | PP2C | D34_75_137 | D34_75 | 3 | 1 | 4.498e-08 | Estimated
 | Enzymatic Reactions and Parameters Used in the Model
 | In our simulation, we used the ration of kb to kcat is fixed to 4, which is default setting of GENESIS/kinetikit.
 | Km is calculated by Km = (kb+kcat)/(kf*NA*V) , where V is volume and NA is Avogadro’s number.