Spreadsheet: 15cd862c-1d08-4a6a-a8c7-7e8125bdeebf
Sheet: B) Gottwein et al. PAR-CLIP

Supplementary Table S6B
Ago-HITS-CLIP recovery of KSHV miRNA targets previously identified via PAR-CLIP (Gottwein et al., 2011). We recovered 830 of the 1921 genes found by Gottwein et al. Columns show from left to right: Official gene symbol of common targets identified by [NAME] and by PAR-CLIP, cell lines (BCBL-1 and BC-3) from which the genes were recovered. Y = yes
[NAME] | found in BCBL-1 | found in BC-3
ABCA3 | Y
ABCE1 |  | Y
ABI1 | Y
ABI2 | Y
[NAME] | Y
ACSL1 | Y | Y
ACSS1 | Y
ACTR2 | Y | Y
ADIPOR2 | Y | Y
ADO | Y
ADPRHL1 | Y
ADRBK1 | Y | Y
AFF1 | Y | Y
AK3 | Y
AKAP11 | Y
[NAME] | Y | Y
ALG3 | Y
ANAPC13 | Y
ANAPC7 | Y
ANKHD1 | Y
ANKIB1 | Y
ANKRD17 | Y | Y
ANKRD46 | Y
ANKRD52 | Y
[NAME] |  | Y
ANLN | Y | Y
ANO6 |  | Y
ANP32A | Y | Y
ANXA11 | Y
ANXA2 | Y | Y
ANXA5 | Y | Y
AP1G1 | Y | Y
AP3D1 | Y | Y
APP |  | Y
ARFGEF1 | Y | Y
ARHGEF2 | Y
ARID1A | Y
ARID2 | Y | Y
ARL5B |  | Y
ARL6IP5 | Y | Y
ARL8A |  | Y
ARL8B |  | Y
ARPC5 | Y
ARPP19 | Y | Y
ASH1L | Y
ASXL1 | Y | Y
ATE1 |  | Y
ATP11B | Y
ATP2A2 | Y | Y
ATP6V1A | Y | Y
ATP6V1G1 | Y
ATRN | Y | Y
ATRX | Y | Y
ATXN1L | Y
AVL9 | Y
AZIN1 | Y | Y
BACH1 | Y | Y
BAG3 | Y | Y
BAZ2A | Y | Y
BBX | Y | Y
BCLAF1 | Y | Y
BCOR | Y | Y
[NAME] |  | Y
BLCAP | Y
BNIP2 |  | Y
BPTF | Y | Y
[NAME] | Y
BRWD1 | Y
BRWD3 | Y | Y
BST2 | Y | Y
[NAME] | Y
BTBD3 | Y | Y
BTG2 | Y | Y
C10orf137 | Y
C10orf18 | Y | Y
C11orf30 |  | Y
C11orf58 | Y
C12orf23 |  | Y
C13orf23 | Y | Y
C14orf129 | Y | Y
C14orf2 | Y
C16orf80 | Y
C17orf63 | Y
C18orf55 | Y | Y
C20orf112 | Y | Y
C2orf29 | Y
C4orf43 | Y
C5orf24 | Y | Y
C7orf44 | Y
C7orf60 |  | Y
C8orf38 | Y
C8orf44 | Y
C9orf25 | Y
C9orf80 | Y | Y
CACNA2D1 |  | Y
[NAME] | Y | Y
CALM2 | Y
CALM3 | Y | Y
CAMSAP1 |  | Y
CANT1 | Y | Y
CAPRIN1 | Y
CASK | Y
CASP2 | Y
CBFA2T2 |  | Y
CBL |  | Y
CBX6 | Y
CCDC117 | Y
CCDC50 | Y
CCDC82 | Y | Y
CCND2 | Y | Y
CCNG1 | Y
CCNL1 |  | Y
[NAME] | Y | Y
CCT2 | Y
CD200R1 | Y
CD48 | Y
CD59 | Y | Y
CDC25A | Y
CDC42SE2 | Y | Y
CDC73 | Y
[NAME] | Y
CDKN1B | Y | Y
CDS1 |  | Y
CDV3 | Y | Y
CEBPB | Y | Y
CEP97 |  | Y
CERK | Y
CETN3 |  | Y
CFL2 | Y
CHCHD8 | Y
CHD9 | Y
CHST15 | Y
CITED2 | Y | Y
CKAP5 |  | Y
CLCN3 | Y | Y
CLDN12 | Y | Y
CLEC16A | Y
[NAME] | Y | Y
CLIC4 | Y
CLPTM1L | Y
CLUAP1 | Y
CMTM4 | Y
CMTM7 |  | Y
CNN2 | Y | Y
CNOT4 | Y
CNP |  | Y
COMMD1 | Y | Y
COPA | Y
COPG | Y | Y
COPS5 | Y | Y
CPD | Y
CPEB3 | Y
CPEB4 | Y | Y
CPNE3 |  | Y
CPNE8 |  | Y
CREBL2 | Y
CREG1 | Y
CRK | Y | Y
CSNK1A1 | Y
CSNK1G3 | Y
CTDSP2 | Y | Y
CTNNA1 | Y | Y
CTNNB1 | Y | Y
CUL3 | Y
[NAME] | Y
CYCS | Y
DAPP1 |  | Y
DCK | Y
DCTN4 | Y
DDX17 | Y | Y
DDX21 | Y
DDX56 | Y
[NAME] | Y | Y
DEF8 | Y | Y
DEPDC1 |  | Y
DERL1 | Y
DHX15 | Y
DHX33 | Y
DHX36 | Y | Y
DICER1 | Y | Y
DIP2B | Y | Y
DLG1 | Y
[NAME] | Y
DNAJA1 | Y | Y
[NAME] | Y
DNAJC5 | Y
DNM2 | Y | Y
[NAME] | Y
DPY19L1 | Y
[NAME] | Y
DUSP16 | Y
DYNC1LI2 | Y
E2F2 | Y
E2F3 | Y
E2F7 | Y
EDEM3 | Y
EDNRB | Y
[NAME] | Y | Y
EIF2B1 | Y
EIF4A2 | Y | Y
EIF4E3 |  | Y
EIF4ENIF1 |  | Y
EIF4G2 | Y | Y
EIF5 | Y | Y
EMB | Y
ENPP4 | Y
ENTPD7 | Y
EP400 | Y
EPB41L2 |  | Y
EPB41L4A | Y | Y
EPDR1 | Y | Y
ERO1L | Y | Y
ESRRA | Y
ETV1 | Y
EXOSC3 | Y
[NAME] | Y | Y
EYA4 | Y | Y
EZH2 | Y
FAM103A1 | Y | Y
FAM105B |  | Y
FAM107B |  | Y
FAM116A | Y | Y
FAM160B1 |  | Y
FAM178A |  | Y
FAM46C | Y | Y
FAM60A | Y
[NAME] | Y
FAR1 | Y | Y
FBN1 | Y | Y
FBXO11 | Y | Y
FBXO3 | Y | Y
FBXO7 |  | Y
FEM1B | Y | Y
FEM1C | Y
FITM2 | Y
FLOT2 | Y | Y
FLVCR1 | Y
FNDC3B | Y | Y
FNIP1 | Y
FOXK1 | Y | Y
FOXK2 | Y | Y
[NAME] | Y
FOXN3 | Y
FOXO1 | Y | Y
FOXO3 | Y
FOXP2 | Y
[NAME] |  | Y
G3BP2 | Y | Y
GALNT3 | Y
GALT | Y
GANAB | Y | Y
GART | Y
GATAD1 | Y
GCC1 | Y
GCNT2 | Y | Y
GGA2 | Y | Y
GGA3 | Y
GIT2 | Y
GLCCI1 | Y | Y
GLRX | Y
GLS | Y
GLT25D1 | Y | Y
GMPS | Y
GNA13 | Y | Y
[NAME] | Y
GNB1 | Y
GOLGA5 | Y
GOLM1 |  | Y
GOLT1B |  | Y
[NAME] | Y | Y
GPN1 | Y
GPR107 | Y
GPR172A | Y
GPRIN3 | Y | Y
GRAMD4 | Y
GRB2 | Y | Y
GREM2 | Y
GRHL1 | Y
[NAME] | Y
GTF2H1 | Y
GTSE1 | Y
GYG1 | Y
HACL1 |  | Y
[NAME] | Y | Y
HDAC7 | Y | Y
HDDC2 |  | Y
HDLBP | Y
HECTD1 | Y
HIATL1 | Y | Y
[NAME] | Y | Y
HIST1H4D | Y | Y
HMGB2 | Y | Y
[NAME] | Y | Y
HMGXB4 | Y | Y
[NAME] | Y | Y
HNRNPH1 | Y
HNRNPK | Y
HS2ST1 | Y
[NAME] | Y | Y
HSPA4L | Y
HSPA9 | Y | Y
HSPH1 | Y | Y
IFI16 | Y
IFIH1 | Y
IFNAR2 | Y | Y
IGF1R |  | Y
IGF2BP3 | Y
IKZF1 |  | Y
IL16 | Y
IL21R | Y
IL2RB | Y | Y
IL6ST | Y | Y
IMPDH1 | Y
INTS6 | Y
IPO7 | Y
IPO9 | Y
IQGAP1 | Y
IRF2BP2 | Y | Y
IRF4 | Y
IRGQ | Y
ISG20L2 | Y
JARID2 | Y
JHDM1D | Y
JMJD1C | Y | Y
KBTBD2 | Y | Y
KDELR2 | Y | Y
KDM2A | Y | Y
KDM3B |  | Y
KDM5A | Y | Y
[NAME] | Y | Y
KDM6A | Y | Y
KHSRP | Y | Y
KIAA0317 | Y
KIAA0494 | Y
KIAA1147 | Y | Y
KIAA1191 | Y
[NAME] |  | Y
KIAA1462 | Y
KIAA1715 |  | Y
[NAME] | Y | Y
KIF2A | Y
[NAME] | Y
KIF5B | Y
KLF13 | Y | Y
KLF3 | Y
KLHDC10 | Y
KLHDC2 | Y | Y
KLHL13 | Y
KLHL15 |  | Y
KLHL18 |  | Y
KLHL21 | Y
KLHL8 | Y
KPNA1 | Y
KPNA4 | Y
KRIT1 | Y
KRT10 | Y
KSR1 | Y
LAMP2 | Y | Y
LAPTM4A |  | Y
LARP4 | Y
[NAME] | Y | Y
LBR | Y | Y
LCORL |  | Y
LDLRAP1 | Y
LIMA1 | Y
[NAME] | Y
LIN7C | Y
LIPH | Y
LIX1L | Y
LMNB2 | Y | Y
LMO4 | Y
[NAME] | Y | Y
LPIN2 |  | Y
LRRC58 | Y | Y
LRRC59 | Y
LUC7L2 | Y | Y
[NAME] | Y
LYRM5 | Y
MACROD2 | Y | Y
[NAME] | Y | Y
MALAT1 | Y | Y
MAML1 | Y | Y
MAP2K1 | Y | Y
MAP2K4 |  | Y
MAP3K14 |  | Y
MAP3K2 | Y
MAP3K3 | Y
MAP7D2 | Y | Y
[NAME] |  | Y
MAPK6 | Y | Y
MARK2 | Y
MAT2A | Y | Y
MBNL2 | Y
MBP | Y | Y
MCFD2 | Y
MCL1 |  | Y
MDM2 | Y | Y
MDM4 | Y
MECP2 |  | Y
[NAME] | Y
MED13L | Y | Y
MEF2D | Y
MEX3C | Y
MFN2 | Y | Y
MFSD8 | Y | Y
MGA | Y | Y
MGST1 | Y | Y
MIDN | Y | Y
MIF | Y | Y
MINK1 | Y | Y
MKI67 | Y | Y
MKI67IP | Y
MKNK2 | Y | Y
MKRN3 |  | Y
MLL | Y | Y
MLL2 | Y | Y
MLL5 | Y | Y
MLLT10 |  | Y
MOBKL2A | Y | Y
MRPL42 |  | Y
MRPS35 | Y
MSN | Y | Y
MTAP | Y
MTCH1 | Y
MTHFD2 | Y | Y
MTHFR | Y
MTMR12 | Y | Y
MTMR4 | Y
MTMR9 | Y
MTUS1 | Y
MXD1 |  | Y
MXD4 |  | Y
MXI1 | Y | Y
MYD88 | Y
MYO1D | Y | Y
MYST3 | Y
NBN | Y | Y
NBR1 | Y
[NAME] |  | Y
NCKAP1 | Y
NCOA3 | Y
NCOR1 | Y
NDRG1 | Y | Y
NDUFC1 | Y | Y
NET1 | Y
NFAT5 | Y
NFATC2 |  | Y
NFE2L2 | Y | Y
NFIB | Y | Y
NHLRC2 | Y | Y
NISCH | Y | Y
NLGN1 | Y
NLN | Y
NMI | Y
NOTCH2 | Y | Y
NSD1 |  | Y
NSF | Y
NUCKS1 | Y
NUDCD3 | Y
NUDT19 |  | Y
NUFIP2 | Y | Y
NUP153 | Y | Y
NUP155 | Y
NUP205 | Y
NUP35 |  | Y
NUP98 | Y | Y
NUPL1 |  | Y
NXF1 | Y | Y
OAS2 | Y | Y
OBFC2A | Y
OGT | Y
OIP5 |  | Y
ORMDL3 | Y
OXR1 | Y | Y
PAFAH1B1 |  | Y
PALM2-AKAP2 |  | Y
[NAME] |  | Y
PANK2 | Y
PAPOLA | Y
PAPOLG | Y
PARP16 |  | Y
PARP8 | Y
PATZ1 | Y
PBRM1 |  | Y
PCBP1 | Y | Y
PCMT1 | Y
PCMTD1 |  | Y
PCNX | Y
PCNXL3 | Y
PDCD4 | Y
PDE7A | Y | Y
PDHX | Y
PDLIM5 | Y
PEBP1 | Y | Y
PEX13 | Y | Y
PFKM | Y
PGRMC2 | Y | Y
PHACTR4 | Y
PHC3 | Y
PHF12 | Y
PHF16 |  | Y
PHF17 |  | Y
PHLPP2 |  | Y
PHTF2 |  | Y
PI4KB | Y
PIAS4 |  | Y
PICALM | Y | Y
PIGM | Y
PIP5K1C | Y
PKN2 | Y
PLEKHA2 | Y
PLEKHB2 | Y | Y
PLXNB2 | Y
PMPCB | Y
PNPLA6 | Y | Y
POFUT1 | Y | Y
PON2 | Y
POU2F1 | Y | Y
PPAP2B | Y | Y
PPHLN1 | Y
PPIF | Y | Y
[NAME] | Y | Y
PPM1G | Y | Y
PPP1CB | Y
PPP1R2 | Y
PPP2CA | Y | Y
PPP2CB | Y | Y
PPP4R2 | Y
PRC1 | Y | Y
PRDM1 | Y | Y
PRDM15 |  | Y
PRKAR1A | Y | Y
PRKCI |  | Y
PRKDC | Y | Y
PROK2 | Y | Y
PRPF40A |  | Y
PSAP | Y | Y
PSEN1 |  | Y
PSIP1 |  | Y
PSKH1 |  | Y
PSMB2 | Y
PSME4 | Y
PTAR1 | Y | Y
PTCD3 | Y
PTEN | Y | Y
PTPLAD1 | Y | Y
PTPLAD2 | Y
PTPN1 | Y | Y
PTPN13 | Y
PTPRC | Y
PTPRJ | Y | Y
PUM1 | Y
PUM2 | Y
PUS7L | Y
PYGO2 | Y
QKI |  | Y
QRICH1 | Y
QTRTD1 | Y
RAB11FIP1 | Y
RAB14 | Y | Y
RAB23 |  | Y
[NAME] | Y | Y
RABEP1 |  | Y
RAD21 | Y | Y
RAD23B | Y
RAN | Y | Y
RANGAP1 | Y | Y
RARS2 |  | Y
[NAME] | Y | Y
RBM22 | Y | Y
RBM26 | Y | Y
RBM39 |  | Y
RC3H2 | Y | Y
RCN2 |  | Y
REEP5 |  | Y
RERE | Y
REV3L | Y
[NAME] | Y
RGL1 | Y
[NAME] | Y | Y
RGP1 | Y
RIF1 |  | Y
RMND5A | Y | Y
[NAME] |  | Y
RNF157 | Y
RNF19A | Y
RNF213 | Y | Y
ROCK2 | Y
ROD1 |  | Y
RORA |  | Y
RPE | Y
RPL27A | Y | Y
RPL31 | Y
[NAME] | Y
RPS6KA3 | Y
RRM2 | Y
RRM2B | Y | Y
RTN3 | Y | Y
[NAME] | Y
RYBP | Y | Y
S100A6 | Y
SACM1L | Y | Y
SAMD8 | Y | Y
SCAMP1 |  | Y
SCARB2 | Y
SDHD |  | Y
SEC24A | Y
[NAME] | Y | Y
SEL1L | Y
SELPLG | Y | Y
SEMA3C | Y
SENP2 | Y
SEPT2 | Y | Y
SERP1 | Y
SERPINH1 | Y
SERTAD2 | Y | Y
SESN2 | Y
SETD5 | Y
SETD7 | Y
SF3A1 | Y | Y
SFMBT2 | Y
SH3BGRL2 | Y
SH3GL1 | Y
SH3GL2 |  | Y
SHOC2 | Y
SIAH1 | Y | Y
SIRT1 |  | Y
SKIV2L2 | Y
SLA | Y
SLAIN2 |  | Y
SLBP | Y | Y
SLC11A2 |  | Y
SLC1A5 | Y
SLC25A36 | Y
SLC25A4 |  | Y
SLC26A11 | Y
SLC35F5 | Y
SLC38A1 | Y | Y
SLC38A2 | Y | Y
SLC39A9 | Y
SLC7A1 | Y | Y
SLTM | Y
SMAD2 | Y | Y
SMAD3 | Y
SMAP1 |  | Y
SMNDC1 |  | Y
[NAME] | Y
SNW1 | Y
SOCS5 | Y
SOD2 | Y | Y
SOLH | Y | Y
SOS1 | Y
SP3 | Y | Y
SPEN | Y
SPIN1 |  | Y
SPRED2 | Y | Y
SPTLC2 | Y
SPTY2D1 | Y | Y
SQSTM1 | Y
SRP54 | Y
SRPR | Y | Y
SSH1 | Y
SSU72 | Y
STAG1 |  | Y
STAG2 | Y | Y
STARD4 | Y
STAT2 |  | Y
[NAME] | Y | Y
STK35 | Y | Y
STRN3 | Y | Y
STX12 | Y
STX6 |  | Y
STXBP3 | Y
STYX | Y
SUMF2 | Y
SUMO3 |  | Y
SYNCRIP | Y | Y
SYT1 | Y
TAF2 | Y
TAF6 |  | Y
[NAME] | Y | Y
TANC2 | Y | Y
TAOK1 | Y
TBC1D15 | Y
TBL1XR1 | Y
TCF20 |  | Y
TCF4 | Y
TECPR2 | Y
TERF1 | Y
TES | Y
TFPI | Y
TFRC | Y
TGIF2 | Y | Y
TGOLN2 |  | Y
THAP1 |  | Y
THOC5 | Y
TIAL1 | Y | Y
TIMM17A | Y
TIPRL | Y
TLN1 | Y | Y
TMED7 | Y
TMEM123 |  | Y
TMEM126B | Y
TMEM127 | Y | Y
TMEM170A | Y | Y
TMEM173 | Y
TMEM181 | Y
TMEM48 | Y
TMEM50A | Y | Y
TMPO |  | Y
TMTC2 |  | Y
TNFRSF10B | Y | Y
TNFSF9 | Y | Y
TNKS | Y
TNPO1 | Y | Y
TNRC6A | Y | Y
TNRC6B | Y
TOP2A | Y | Y
TOR1AIP2 | Y | Y
TP53INP1 | Y | Y
TPD52 |  | Y
TPX2 | Y | Y
TRAK1 | Y
TRAM2 | Y
TRIB1 | Y | Y
TRIM14 |  | Y
TRIM25 | Y
TRIM32 | Y
TRIM33 | Y
TRIM36 | Y
TRIM4 | Y
TROVE2 | Y
TRPS1 | Y
TSG101 | Y
TSNAX | Y
TSR1 | Y
TTC35 | Y
TTC7A |  | Y
TUBA1B | Y | Y
TUBA1C | Y | Y
UBE2D3 | Y | Y
[NAME] | Y
UBE4A | Y | Y
UBL3 | Y | Y
[NAME] | Y
UBQLN1 | Y
UBTD2 | Y
UBTF | Y | Y
[NAME] |  | Y
USP22 | Y | Y
USP3 | Y
USP33 | Y | Y
USP8 | Y | Y
VCL | Y
VCPIP1 | Y | Y
VDAC1 | Y | Y
VEZF1 | Y
VGLL4 | Y
VKORC1L1 | Y
VMA21 | Y | Y
VPS13C | Y
VPS24 |  | Y
VPS25 | Y
VPS54 | Y | Y
VRK3 | Y
WAC | Y | Y
WBP11 | Y
WBP2 | Y
WDR75 | Y | Y
WDR82 |  | Y
WEE1 | Y | Y
WHSC1L1 | Y | Y
WIPF2 | Y
WWP2 | Y | Y
WWTR1 | Y
XIAP | Y
XPNPEP1 | Y
XPO1 |  | Y
XPOT | Y | Y
XRN1 | Y
XRN2 | Y
[NAME] | Y | Y
YWHAG | Y | Y
YY1 | Y | Y
ZBTB34 | Y
ZBTB38 | Y | Y
ZC3H13 | Y | Y
ZCCHC14 |  | Y
ZDHHC7 | Y | Y
[NAME] | Y
ZFAND5 |  | Y
ZFP36 |  | Y
ZFP36L2 | Y | Y
ZFYVE20 | Y
[NAME] | Y
[NAME] | Y
ZMAT2 |  | Y
ZMYM2 | Y | Y
ZNF12 | Y | Y
ZNF124 | Y | Y
ZNF148 | Y | Y
ZNF160 | Y
ZNF217 | Y
ZNF254 | Y | Y
ZNF273 | Y
ZNF275 | Y | Y
ZNF281 | Y
ZNF292 | Y | Y
ZNF317 | Y
ZNF318 |  | Y
[NAME] | Y
ZNF35 | Y
[NAME] | Y
ZNF431 |  | Y
[NAME] | Y | Y
ZNF652 | Y
ZNF655 | Y
ZNF678 |  | Y
ZNF680 |  | Y
ZNF706 | Y
ZNF714 | Y | Y
ZNF717 | Y
ZNF724P | Y | Y
ZNF740 |  | Y
ZNF780B | Y
ZNF845 | Y
ZNF90 | Y
ZNF91 | Y | Y
ZNFX1 | Y
ZNRF2 | Y | Y