BỘ TÀI CHÍNH

Số: 03/2021/TT-BTC

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập – Tự do – Hạnh phúc

Hà Nội, ngày 11 tháng 1 năm 2021

THÔNG TƯ
Hướng dẫn về miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại

Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ

về doanh nghiệp khoa học và công nghệ

Căn cứ Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 3 tháng 6 năm 2008; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 32/2013/QH13 ngày 19 tháng 6 năm 2013; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế số 71/2014/QH13 ngày 26 tháng 11 năm 2014;

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13 tháng 06 năm 2019;

Căn cứ Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp: Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế; Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế;

Căn cứ Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ;

Căn cứ Nghị định số 87/2017/NĐ-CP ngày 26 tháng 7 năm 2017 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 4377/VPCP-KTTH ngày 02 tháng 6 năm 2020 của Văn phòng Chính phủ về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ:

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế:

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn về miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng

1. Phạm vi điều chỉnh: Thông tư này hướng dẫn về ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại Luật Khoa học và công nghệ và Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.

Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ có chi nhánh trực thuộc hạch toán độc lập nếu chi nhánh đáp ứng điều kiện theo quy định tại Điều 2 Thông tư này thì thu nhập từ sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ của chi nhánh cũng được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ.

Điều 2. Điều kiện áp dụng

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ phải đáp ứng các điều kiện sau:

1. Được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp.

a) Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ là doanh thu của toàn bộ các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học công nghệ theo quy định tại Khoản 1 Điều 2 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ.

b) Tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp là toàn bộ doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, doanh thu từ hoạt động tài chính và thu nhập khác của doanh nghiệp (tổng doanh thu bao gồm cả doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong năm đó).

3. Doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường.

Tiêu chí, cơ sở xác định dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là dịch vụ mới thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

4. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.

Điều 3. Ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Mức và thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

a) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

b) Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

c) Trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu năm nào doanh nghiệp khoa học và công nghệ không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

d) Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã có thu nhập chịu thuế nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế của năm đầu tiên dưới 12 (mười hai) tháng thì doanh nghiệp khoa học và công nghệ được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay trong năm đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo. Nếu doanh nghiệp đăng ký để miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của năm đầu tiên đã có thu nhập chịu thuế để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

2. Một số trường hợp áp dụng

a) Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp khoa học và công nghệ) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.

b) Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang hoạt động và đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được cơ quan có thẩm quyền bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ vào Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ bổ sung được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cùng với ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang được hưởng cho thời gian còn lại.

Điều 4. Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý thuế.

2. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi và kê khai vào Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ kèm theo Thông tư này. Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được gửi kèm theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Điều 5. Hiệu lực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01 tháng 3 năm 2021.

2. Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ và phát sinh doanh thu, thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ kể từ ngày Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 có hiệu lực thi hành (ngày 20/3/2019) thì được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ và hướng dẫn tại Điều 1, Điều 2, Điều 3 và Điều 4 Thông tư này.

3. Điều khoản chuyển tiếp

a) Trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ có hiệu lực thi hành đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại, không tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.

b) Trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học công nghệ trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ có hiệu lực thi hành nhưng chưa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ có hiệu lực thi hành, nếu đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ thì được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ cho thời gian còn lại.

4. Thông tư này bãi bỏ các quy định sau đây:

a) Bãi bỏ Điểm 1 Mục III Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 18/6/2008 của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

b) Bãi bỏ Khoản 8, Khoản 9 Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 10/9/2012 của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT BKHCN-BTC-BNV ngày 18/6/2008 của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chỉnh và Bộ Nội vụ hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

5. Trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được viện dẫn trong Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế bằng các văn bản quy phạm pháp luật mới thì áp dụng theo các văn bản mới.

6. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết./.

KT. BỘ TRƯỞNG
THỨ TRƯỞNG

(Đã ký)

Trần Xuân Hà