森友学園問題
2017年2月24日、衆議院予算委員会で安倍晋三は民進党の福島伸享から森友学園の国有地の売却に関して「この土地の購入に関して一切政治家の口ききなどなかったということを、きょうこの場で断言できますか」という質問を受け、以下の回答を行った。私が言ったのは、この売却の問題あるいは認可の問題について、売却とそして認可について私と家内、あるいは安倍晋三事務所も一切かかわっていないというふうに申し上げました。それにもしかかわっているということであれば私は政治家として責任をとる、そう明言したわけでありますから、これはそのとおりでございます。
同年2月24日、安倍昭恵は「瑞穂の國記念小學院」の名誉校長を辞任した。その理由として安倍晋三は「引き受けていることで子どもたちや保護者に迷惑をかける。妻と話し、退くことになった」と説明した。
同年6月に国会が閉会した。翌7月、佐川は国税庁長官に就任した。同年10月には衆議院議員総選挙があり、安倍晋三が所属する与党・自由民主党が大勝した。
2017年7月、森友学園の理事長であった籠池泰典およびその妻は、「日本国および大阪府・大阪市から補助金の合計約1億7千万円を詐取した」という容疑で警察から逮捕され、さらに起訴された。その後、翌2018年5月に保釈された。
同年11月、内閣から独立した国家機関である会計検査院は「値引きの根拠は不十分」などとする検査結果を公表した。その後、国会での審議も断続的に続いたが、真相は明かされなかった。
翌2018年3月26日、安倍晋三は、昭恵が過去に森友学園の名誉校長へ就任したことを擁護する趣旨で「妻が名誉校長を務めているところはあまた(数多)ある」と述べた。
しかし、2日後の3月28日、その「名誉校長」を務めた具体例について日本共産党の書記局長であった小池晃が質問すると、晋三は「森友学園のほかには『加計学園』の認可外保育施設の合計2例だけであった」ことを明かした。また晋三は「昭恵が務めていた『名誉職』は合計55例あった」と釈明した。
ごみの撤去費用に関し、財務省は森友学園へ対して虚偽の説明を行うように要請した。「土地にあったゴミを撤去するため購入後に多額の出費が必要だった。トラックが何千台も走るほどだった」などと口裏を合わせるように依頼していた
翌2018年(平成30年)3月2日、朝日新聞が「森友文書 書き換えの疑い」と報じた。報道内容は「2016年6月の売買契約の当時の文書には記載されていた『特例』などの文言が、翌2017年2月に疑惑が発覚した後に財務省が提出した文書からは削除または改竄されている」というものであった。
さらに7日後の同月9日、同紙は続報として「当時の決裁文書では1ページにわたって記載されていた項目が削除されている」と述べた。
その同日である3月9日、佐川宣寿が国税庁長官を辞任した。理由は「決裁文書の国会提出時の担当局長だった」こととされた。
3日後の3月12日、財務省は「14件の決裁文書を改竄した」ことを認めた。
発表によれば、改竄が行われた時期は、売却価格の疑惑が発覚した後の2017年2月下旬から4月にかけてであった。削除された内容は、「本件の特殊性」といった文言や、安倍昭恵および政治家らについての記載であった。
さらに、財務省が森友学園の交渉記録を「2016年の取引の終了後に廃棄した」と2017年2月17日に発表して国会に提出していなかったものは、実際には発表時点まで存在していたことが判明した。また、それらの記録は、「廃棄した」という発表をした後、2月下旬に廃棄されていたことも明かされた。
すなわち、財務省理財局の局長であった佐川宣寿が「適正な取引」などと国会で答弁を続けていたのと同時期に、財務省はそれらの公文書を改竄し、交渉記録を廃棄していた。
くわえて、2017年2月から2018年3月までの1年以上にわたって国会では本疑惑への審議に時間を費やしていたが、その出典となっていたのも、財務省らによって改竄された文書であった。
2018年3月7日、土地の売却を管轄する近畿財務局職員の赤木俊夫が、上司から公文書の改竄を命じられた末に自殺した。
2019年8月7日、近畿財務局が公務災害と認定していたことが明らかになり、妻の赤木雅子は人事院に対して情報開示請求を行うが、開示された文書70ページのほとんどが黒塗りであった。
2020年3月18日、赤木雅子は国と元同省理財局長の佐川宣寿を提訴。同年3月26日、「週刊文春」4月2日号が発売。同号は「検察が握りつぶした極秘ファイル」があるとし、赤木俊夫の一周忌(2019年)に直属の上司だった池田靖が雅子の自宅を訪れ、俊夫が決裁文書改竄の経緯を克明に記したファイルが財務省に存在すると明かしたことを報じた。これ以後、俊夫が遺したファイルは「赤木ファイル」と一般に呼ばれるようになった。ファイルによれば、財務省から近畿財務局への指示内容として、安倍昭恵に関する記述の削除は「できる限り早急に」とされ、改竄初日に行われていたとされる。
同年4月13日、赤木雅子は近畿財務局に対し、上記の文書の情報開示請求を行うが、5月13日に開示されたのは、年金の金額や支払日などが書かれた10ページの文書しかなかった。財務省側は、コロナ禍の影響などを理由に「残りの文書については1年後の2021年5月14日までに開示決定をする」と答えた。
財務省は開示を拒否し続けていたが、大阪地方裁判所の命令により、2021年6月22日に全518ページの文書(通称「赤木ファイル」)が開示された。赤木が自宅に遺した手記には「元は、すべて、佐川理財局長の指示です」と記されていたが、同ファイルは「財務本省からのメールで指示」とより明確に記述していた。同年6月24日、立憲民主党など野党は、国会内で合同ヒアリングを開き、改ざん問題に関する財務書調査報告書の修正を求めた。この合同ヒアリングで、川内博史は「なぜ、このような大胆な指示を、佐川理財局長ができたのか」と追及するが、同省職員は答えを避けた。
同2018年6月、財務省は「改竄事件は佐川宣寿の主導」とする調査結果を発表し、職員20名を処分した。また財務省は「連日の国会審議で疲弊した財務省職員が、議論の材料を増やさないために書類を改竄した」などと主張した。
財務大臣であった麻生太郎は「誠に遺憾。深くおわび申し上げる」と謝罪した。
この改竄の公表を受け、内閣から独立した調査機関である会計検査院は追加検査を行い、翌2018年(平成30年)11月に「財務省が改竄文書を会計検査院に提出した行為は違法である」と認定した。
大阪地方検察庁特捜部はこれらの土地取引や改竄事件などについて、「背任罪」や「証拠隠滅罪」「公用文書毀棄罪」「虚偽公文書作成罪」などの6容疑の告発を受けて捜査を行っていたが、2018年5月、捜査対象とした佐川ら38名全員を「不起訴処分」とした。
特捜部長であった山本真千子は、不起訴としては異例の記者会見を開いた。山本は値引きの根拠とされたゴミ処理費用について「不適切だと認定するのは困難」、改竄事件について「虚偽の内容の文書が作られたかという観点から検討したが、認めることは困難」と説明した。詳しい経緯は明かさなかった。
この不起訴処分に対して、大阪や東京の市民団体などが抗議の申し立てを行った。翌2019年(平成31年)3月、大阪第一検察審査会は、不起訴には納得できないという「不起訴不当」を議決した。
同審査会は、不起訴となった38人のうち、財務省近畿財務局および国土交通省大阪航空局の職員4名を「背任罪」について、また佐川ら財務省の職員6名を「有印公文書変造・同行使と公用文書毀棄の罪」について、合計10名を「不起訴は不当である」とした。
上記の「不起訴不当」議決を受け、大阪地方検察庁特捜部は10名について再び捜査を行った。しかし、5ヶ月後の同2019年(令和1年)8月、全員を再び「不起訴処分」とした。この二度目の処分により、本事件の捜査は終結した。
2021年(令和3年)6月、公文書改竄に関して、2018年3月7日に自殺した赤木俊夫が記録していた新たな情報が公開された(詳細は上述)。
これに対して、財務大臣であった麻生太郎はさらなる調査の可能性を否定し、「財務省としてできる限りの調査は尽くしている」と述べた。
2016年6月、近畿財務局は小学校の開設を計画した学校法人森友学園に当該国有地を随意契約で売却した。連帯ユニオン議員ネットワーク副代表の木村真大阪府豊中市議は、同年9月に近畿財務局に売却価格の情報公開法による開示請求を求めたが、近畿財務局は「法人側の事業に影響がある」との理由で非開示とした。これを不服として、2017年2月8日、国に対して決定の取り消しを求め大阪地方裁判所に提訴した。2月9日、毎日新聞は朝刊でこの事実関係を簡潔に報道した。
2017年2月9日、朝日新聞は財務省近畿財務局が学校法人森友学園に払い下げた国有地の売却価格が例外的に非公表となっており、朝日新聞の調査では豊中市に売却された国有地(14億2300万円)の1割程度で、他の学校法人が7億円前後で交渉するも近畿財務局が「価格が低い」として断念した経緯のある土地であり、また、学園の理事長籠池泰典は日本会議大阪の役員で、安倍昭恵が同校の名誉校長となっていると報じた。ただし、日本会議は「籠池の日本会議大阪代表・運営委員」は虚偽の報告であり、籠池は2011年1月に日本会議からも退会していると反論している。
2月17日、衆議院予算委員会で、安倍晋三は私学設置認可や国有地払い下げに「私や妻が関係していたということになれば、首相も国会議員も辞める」と述べ、「安倍晋三記念小学校」の名目で寄付が募られていたと指摘には、「初めて知った」「私の考え方に共鳴している人から『安倍晋三小学校』にしたいとの話があったがお断りした。現役の政治家である以上、私の名前を冠にするのはふさわしくない」と答弁した。一方「妻から先生の教育に対する熱意は素晴らしいと聞いている」とも語っていたが、塚本幼稚園の教育方針に批判が集まると2月24日には「教育者としていかがなものか」と批判するようになった。
2月27日、衆議院予算委員会で、民進党は森友学園による国有地取得や、運営する塚本幼稚園で園児に「安倍首相頑張れ」「安保法制国会通過良かったです」「日本を悪者として扱う中国、韓国が心を改め、歴史でうそを教えないようお願いします」などといわせる教育は教育基本法違反の疑いがあると指摘、安倍は「園児に言ってもらいたいとは考えていないし、適切ではない」「教育の詳細は承知していない。所管の大阪府が監督するものだ」と答弁した。
3月1日、共同通信社配信記事で、2013年頃「安倍晋三記念小学校」の名称で小学校設置認可を打診された大阪府が政治的中立性を理由に難色を示した経緯があると報じられた。
3月1日、自由民主党の鴻池祥肇参議院議員は2014年4月頃、籠池夫妻から「紙に入ったもの」を差し出され「これでお願いします」と頼まれたが、受け取らず口利きもしていないと語った。
3月9日発売の週刊文春では、元鳩山邦夫事務所参与の肩書を持つ男が「“口利き"したのは私です」と証言した。しかし、鳩山側の事務所は「私設秘書ですらない人間が訪ねて8億円のディスカウントは絶対無理」と関係を否定。また、週刊新潮は元参与が塚本幼稚園のPTA役員を務め学園と安倍昭恵を取りつないだことや、元参与が麻生セメントの特約販売店である「新建産業」(大阪・茨木市)の元社員でもあり、同社の社長に対し、麻生太郎財務大臣を紹介してくれないか打診したところ固辞されたこと、新建産業社長の妻が橋下徹前大阪市長の後援会長で、長男が日本維新の会大阪7区支部長の奥下剛光であることから小学校の認可権を握る松井一郎大阪府知事ともネットワークがあることを報じた。一方、麻生側の事務所は「(元参与との接触や払い下げの口利きなどについて)いずれもそうした事実はございません」と関与を否定した。
3月10日、籠池は塚本幼稚園で記者会見を行った。
3月16日、参議院予算委員会の現地調査で民進党の舟山康江が記者団に「(籠池氏が)安倍(晋三)首相から、(昭恵)夫人を通して100万円をもらった、と語った。時期は2015年9月ごろ」と説明を行った。この発言に対して、菅義偉官房長官は同日午後の記者会見で「(安倍総理大臣は)自分では寄付していない。昭恵夫人、事務所等、第三者を通じても寄付していない」と籠池泰典の発言を否定した。野党が求めていた籠池の参考人招致について、3月17日、衆参両院の予算委員会は全会一致で籠池の証人喚問を可決した。3月18日、文筆家の菅野完が安倍晋三総理大臣が森友学園に100万円を入金した記録と説明する受領証があると発表し記者会見を行った。菅野は記者たちの前で籠池氏の長女にも電話をして経緯を説明させ、入金の時期を2015年9月5日に安倍昭恵が幼稚園の講演会に参加した後、その日は土曜日で、現金は金庫で保管し、月曜日の7日に幼稚園の別の職員が郵便局で入金手続きを取ったと話した。同日、菅義偉官房長官は午前の記者会見で「安倍事務所を通じて夫人に確認したところ、領収書等の記録もなく、夫人個人としても寄付は行っていないということだった。」と発表した。籠池泰典の息子の籠池佳茂は、100万円の領収書は菅野完の提案による捏造であり、両親は反政府主義者による倒閣運動の道具として利用された被害者であると著書で語っている。
学園側は2011年、幼稚園しか設置していない学校法人でも小学校の開設に借入金を充てることを容認するなどの内容の私立小学校設置認可基準緩和を府に要望し、府は2012年4月、基準を緩和した。森友学園以外から同様の要望はなく、基準の緩和後の小学校認可の申請は2017年時点で森友学園の1件のみであった。当時大阪府は教育の規制緩和を進めており、私学課は「同様の要件を設けている都道府県がほとんどなく、合理的でないと判断した」と説明した。
2014年10月、学園が小学校開設の認可を大阪府に申請。12月の大阪府私立学校審議会定例会で学園の小学校開設が議論されたが、校舎建設などのために積み立てる基金が無いなど、財務状況などの問題点の指摘が相次ぎ、継続審議となった。2015年1月27日の臨時会でも、「入学者が確保できるのか」「こんな絵空事でうまくいくとは思えない」などの疑問が委員から相次ぎ、「収支上、ウルトラC以上のすごい実態になる。不正の可能性はないと仰せられるんでしょうか?」との質問に対し、府の担当者は「(学園側からの)財務諸表に添付されている公認会計士からの書面を確認し、適正なものと判断している」と答え、寄付金の受け入れ状況や入学者の確保、教育内容などを追加報告することを条件とした「条件付き認可適当」の答申を出した。審査は府の基準で認めていない借地を利用した校舎建設を前提に進められ、学園側は土地購入を前提に近畿財務局と借地契約を結ぶと説明し、私学課は将来的に土地が学園の所有になると判断していた。問題発覚を受け、学園側が基準緩和を要望した時の大阪府知事であった橋下徹は、2017年3月にツイッターを更新し、「認可判断にミスがあるとすれば、私学新規参入の規制緩和実施後の審査体制を見直さなかった僕にある」「規制緩和と審査体制強化をワンセットでやらなければなりませんでした。ここは僕の失態」と述べ、手続きの不備に言及した。2017年4月に府は審査に問題はないとする検証結果を公表し、上司に判断を仰がなかったとして当時の私学課長を厳重注意処分とした。
問題が発覚した後の2017年3月3日には、大阪維新の会の中川隆弘大阪府議(豊中市選出)が、2014年12月の府の認可保留後、松浦正人山口県防府市長の仲介で籠池夫妻と面会し、小学校の設置認可について働きかけを受けたことを明らかにした。また、籠池は2013年には鴻池の元秘書であった自民党の黒川治兵庫県議を介して鴻池の神戸事務所を訪れ、国有地の確保に向け頻繁に陳情を繰り返したほか、2014年11月には豊中市選出の元自民党府議を通じて浅利敬一郎豊中市長と面会するなど、開校実現に向けて地方議員らへ接触を繰り返していた。
籠池による安倍昭恵との関係についての証言を以下に掲載する。
2008年以降、森友学園の教育方針が雑誌における論評を通じ、日本の保守系の政治団体「日本会議」を中心に高く評価されたことを受けて、森友学園のPTA役員が安倍晋三の妻である安倍昭恵へ同学園のことを紹介し、昭恵が「すばらしい学園ですね」と応じたことから、携帯電話でのやりとりによって同学園と昭恵との交流が始まったという。
籠池は安倍晋三の思想に共感して晋三を信奉していたことから、「安倍晋三記念小学校」という名称を使いたいことを昭恵へ打診したところ、晋三から許可されたという。小学校で使う予定の副読本を昭恵へ紹介したときも、晋三から「素晴らしい内容です」と賞賛されたという。しかし、2012年に安倍晋三が首相に就任(2度目)したのち、安倍は自身の名を小学校へ用いることについて「首相ですので」と辞退したという。
2014年4月、昭恵が森友学園が経営していた「塚本幼稚園幼児教育学園」を訪問して視察した。昭恵は園児たちの規律正しい様子に感動していたという。さらに、園長の籠池泰典が園児たちへ「安倍首相ってどんな人ですか?」と質問したところ、園児たちは「日本を守ってくれる人」と答えた。籠池によれば、昭恵はこれを見て涙ぐみ、「ありがとう。(安倍晋三に)ちゃんと伝えます」と述べたという。
2015年9月、安倍昭恵が同幼稚園を再び訪れて講演を行った。理事長であった籠池によれば、昭恵は籠池へ「どうぞ安倍晋三からです」として現金100万円を贈与し、籠池は昭恵へ謝礼として10万円を贈与したという。
同年秋、政府が工事費用を支払うことについて、昭恵付きの政府職員へ「財務省へ問い合わせてほしい」と依頼した。依頼は実行され、財務省は「2016年度での予算措置を行う方向で調整中」と返答したという。
さらに、同年11月、森友学園が昭恵へ「優遇を受けられないか」と問い合わせ、昭恵付きの政府職員が財務省へ同様の要請を行った。財務省は「現行ルールのなかで最大限の配慮をしている」と返答したという。
籠池泰典の証人喚問は、2017年3月23日午前10時から参議院予算委員会で14時50分から衆議院予算委員会で行われた。補佐人には山口貴士が選任された。西田昌司に促され、籠池は「はい。そうですね。もう九分九厘でき上がっていて、高げたを外された、はしご段を外されたという思いですね。」、はしごを外したのは「松井一郎大阪府知事というふうに思っています。」と証言。「誰がこのはしごをかけたのですか」と質問した浅田均に対して(はしごを)「掛けたのは私ですが。」と答えた。下地幹郎は「松井さんがはしごを外したというんじゃなくて、松井さんはあなたが学校ができるようにはしごをかけて、はしごから落ちたのはあなた自身なんですよ。はしごを外したんじゃないんですよ。あなたが自分で、みずからがはしごから落ちたんです。そこの認識をしっかり持たなきゃだめだということを一点申し上げたい。」と非難した。この下地の発言について、翌日の予算委員会で西田昌司は「下地議員が『松井さんははしごをかけてあげた』と言われたが、ここは(はしごを)かけたら駄目。いたずらに認可(適当の判断に)されてしまったために、こういう騒動になってきた」「この(私学審議会が認可適当とした)問題は大阪の方でしっかりと議論していただきたい。」とコメントし、大阪府の対応についても疑問視した。
籠池はこの中で、国有地取得については、鴻池のほか、柳本卓治・北川イッセイ両参議院議員(自民党)らに近畿財務局への働きかけを依頼したと述べた。また、小学校の設置基準緩和については、日本維新の会の東徹参議院議員(当時は大阪府議)に相談したほか、設置認可の申請後は畠成章元大阪府議会議長(故人)に松井一郎府知事やほかの政治家への働きかけを依頼したと説明した。これに対し柳本と東は依頼があったことは認めつつ不当な働きかけについては否定。北川は「依頼を受けたこともない」と全否定した。大阪府私立学校審議会の梶田叡一会長も政治家からの働きかけを否定した。
証人喚問後、日本外国特派員協会に対して記者会見を開いた。この際、「忖度」という言葉は適切な訳語が無いとして「sontaku」と伝えられた。海外メディアは「安倍首相、極右学校に秘密の寄付」などと報道した。後に籠池夫婦は、職員数を水増しして補助金を不正受給していたことが明るみになり逮捕される。
学校法人森友学園への国有地売却の件で、近畿財務局は2013年から2015年にかけて、大阪府私学・大学課(現:教育庁私学課)を計5回訪れ、設置認可の審議状況等を確認していた。2015年1月8日には大阪府の担当者の「いつ答申が得られるかわからない」との報告に対し、「審議会の結論を出す時期など、ある程度事務局でコントロールできるのではないか」と言明したとされている。
籠池泰典向けに、2014年12月17日時点でA4版3ページの「今後の手続きについて(説明資料)」を作成し、「10年間の定期借地契約を結んでから売買契約に移行するまでに必要な申請書類や手順」、「後に鑑定額から約8億円値引きして売買契約を結ぶ根拠となる地下埋設物の取り扱い」、「財務局長あての要望書案」を手解きしていたと報じられている。2017年4月25日、衆議院財務金融委員会で宮本岳志は「不動産屋並みのサービスだ。財務省が積極的に売却手続きを進めていると理解するのは当たり前だ」と非難、理財局長の佐川宣寿は「通常の国有地処分と比べてかなり複雑だったので、取得要望が出てからのやり取りも踏まえて先方に説明した」と答弁した。
財務省近畿財務局は、国有地内に埋まっていたごみの除去費を、国土交通省大阪航空局と調整し、対象面積5190m2、深さ:杭を打つ場所が9.9mまで、その他は3.8mまで、ごみの混入率を47.1%、ごみの量を19500tと推計、8億1900万円と算定した。国土交通省航空局長の佐藤善信は、大阪航空局に過去にごみの「撤去費を算定した経験はない」が「大阪航空局の職員は公共事業の仕事を通して、国交省全体の知見を蓄積している」と国会答弁した。なお籠池泰典は、2017年5月16日民進党によるヒアリングに対し、弁護士や設計業者のやり取りの電子メールを提示、「約3m以深には廃棄物がない」とする情報もあった。
2016年4月、学校法人森友学園への国有地売却に関し、不動産鑑定士に対し、ごみ撤去費8億1900万円に加え、深さ30mから40m程度の杭打ちを必要とするような、高層建築物を想定した軟弱な地盤改良費約5億円も差し引くよう求めていたが、この不動産鑑定士は「低層の建物しか建てるつもりがないのに、そこまでは引けません」と断ったという。
2016年6月の学校法人森友学園との売買契約を巡る交渉や面会の記録について、理財局長の佐川宣寿は2017年2月24日、衆議院予算委員会で「売買契約の締結をもって、事案は終了した。記録は速やかに廃棄した」と答弁した。文書廃棄をめぐっては、2017年5月15日、弁護士らの市民団体が、公用文書等毀棄罪に抵触するとして財務省幹部7名を東京地方裁判所に刑事告訴、また6月、神戸の大学教授がコンピュータ内のデータ復元を求める仮処分を大阪地方裁判所に申し立てた。
証人喚問で籠池から「はしごを外された」などと名指しで批判された松井一郎大阪府知事は、2017年3月24日に自民党府議団が求めている百条委員会の設置について賛意を示していたが、翌4月には「事のてんまつは見えてきた」と態度を一転させ、百条委の設置の動議は維新と公明党の反対多数で2度否決された。
2017年7月10日に府議会本会議で籠池の参考人招致が行われ、籠池は政治家への協力依頼について改めて述べたが、自身の補助金不正受給疑惑や、私学審に学園の資産状況をよく見せかけた資料を提出した疑いについては回答を避けた。
条件付き認可適当という答申の扱いを巡り、申請を取り下げた籠池が「はしごを外された」と府を批判した経緯から、同月27日に府は条件付きでの「認可適当」という答申の表現を「継続審議」に変更することなどを盛り込んだ私立学校設置認可基準の改正案を私学審議会に報告した。
2018年4月17日に大阪府教育庁は森友学園の小学校設置認可に関する申請書類などを情報公開請求に基づき開示した。
2018年3月2日、朝日新聞は、財務省が作成した土地取引に関わる決裁文書が契約当時の文書と国会議員らに開示した文書とで内容が異なることを一面トップで伝え、「学園側との交渉についての記載や、「特例」などの文言が複数箇所でなくなったり、変わったりしている」とし、文書が「(森友学園)問題発覚後に書き換えられた疑い」があると報じた。
5日、田端浩国土交通審議官から杉田和博内閣官房副長官に対し、森友学園問題に関する公文書が改竄された疑いがあると報告がなされ、改竄前の文書の写しが財務省に提出された。これを受け、杉田官房副長官から矢野康治財務省官房長に対し、徹底的な調査を行うように指示がなされ、矢野官房長から理財局に指示が伝達された。
9日、佐川宣寿国税庁長官に対し減給20%3ヶ月の懲戒処分がなされ、同日依願退官。矢野官房長の財務金融委における答弁によると、退職金額は約4999万円となるが、これから減給20%3ヶ月分の約66万円が減額される。
12日まで財務省内で調査が行われ、同日国会に対し改竄の事実が報告された。また、麻生財相がメディアの取材において、「理財局の一部の職員が書き換えた」ものであり、最終責任者は当時の理財局長だった佐川前国税庁長官であるとの説明がなされた。この改竄においては、平沼赳夫・鳩山邦夫両衆議院議員の秘書が「近畿財務局から森友学園に示された概算貸付料が高額であり、何とかならないか」などの問い合わせを行っていたことや、籠池が関与していた日本会議についての説明の記述、安倍昭恵や平沼、中山成彬、日本維新の会女性局(三木圭恵、杉田水脈、上西小百合)などが森友学園に来訪していた事などが文書から削除されていた。
2018年3月16日、自由民主党内に財務省公文書書き換え調査プロジェクトチーム(PT)が発足し、柴山昌彦、金田勝年、武見敬三、西田昌司、萩生田光一、青山繁晴ら11名がメンバーに就任。同日富山一成理財局次長から聴取を行った。
予算委員会で太田充理財局長から、佐川前局長の改竄への関与が大きかった旨の答弁がなされたことなどを受け、20日、二階俊博自由民主党幹事長、森山裕自由民主党国会対策委員長、井上義久公明党幹事長、大口善徳公明党国会対策委員長の間で会談が持たれ、井上幹事長の提案に賛同が集まる形で佐川前局長の証人喚問を行うことや、迫田英典前々理財局長の招致を行わないこと等が決定された。安倍昭恵夫人、夫人付であった政府職員の証人喚問については「必要ない」(公明党・大口善徳)と拒否する姿勢を示した。また、この自公会談では野党が求める麻生財相の辞任については話題にもならなかったという。
財務省による調査が行われていた最中、4月18日に福田淳一財務事務次官が麻生財務相に対し「職責を果たすのが困難になった」として辞意を表明し、矢野康治官房長が事務次官の代行となった。
2017年3月6日、参議院は会計検査院に対し、国会法第105条に基づいて森友学園への国有地売却に関する会計検査を要請。同年11月22日、値引き額算定にあたって国側が慎重な調査検討を欠いていた、などとする検査結果が報告された。2018年3月20日、会計検査院は、財務省から提出された14文書すべてが改竄後のものであったことを認め、提出資料の信憑性の確認をしなかったことを謝罪した。改竄の目的は国会審議において森友学園案件が大きく取り上げられる中で、更なる質問につながり得る材料を極力少なくすることであり、財務省の職員たちが連日の国会審議への対応のほか、説明要求や資料要求への対応により疲弊していたことが背景にあったと2018年6月4日付けの財務省の調査報告書は述べている。
2018年3月7日、近畿財務局職員の赤木俊夫が決裁文書改ざんを強要されたとのメモを残して自宅で自殺した。
2019年8月7日、近畿財務局が公務災害と認定していたことが報道により明らかになった。
2020年3月18日、赤木俊夫の妻の赤木雅子が、国と佐川宣寿元財務省理財局長を提訴した。同日、赤木雅子の弁護団は赤木俊夫の手記全文ならびに遺書を公開した。