新幹線変形ロボ シンカリオン
E5×500に敗れた後は傷を癒すために眠りについていたが、帰還した旧世代のエージェント・トラメの気配を感じて目覚め、現在の人類を知らないトラメに「以前の人類とは違う」ことを忠告する。完全に回復するとセイリュウはスザクの力で人間の少年の姿となって地上世界に潜入し、耳にした「新幹線」という言葉を頼りに上野駅を訪れ、ハヤトやアズサと知り合う。旧世代のエージェントの帰還により焦ったビャッコが作戦を開始した際には、助力を頼まれるもハヤトたちとの接触で戦うことに迷いが生じて戦うことに迷いが生じ、ビャッコは単独で行動して失敗しカイレンによって石化される結果を招いてしまう。次いでゲンブが石化については「ゲンブを殺したのはシンカリオン」という部分しかソウギョクから伝えられず、ソウギョクに操られるままハヤトたちと敵対することになるが、E5×ドクターイエローの戦闘の最中に精神世界でハヤトと対話。ハヤトが信じた自分の気持ちを信じる決意を固め、その場を去った。
その後は地底世界には戻らず上野駅近辺を放浪していたが、アズサの自宅に居候することになり彼女の影響もあって迷いながらもハヤトたちを助けるようになる。キトラルザスとの決別後は徐々にハヤト以外の運転士とも打ち解け、後に正式に大宮支部所属のシンカリオン運転士として迎えられた。なお、偶然シャショットをブラックシンカリオンに乗せたまま変形した際に通常の変形時の3倍近い速度まで達し、ブラックシンカリオンはこの時「ブラックシンカリオン 紅」へと進化した。以降はセイリュウの適合率が高まるとブラックシンカリオン 紅に変形するようになり、これを機にハヤトの強さの秘訣を理解する。
カイレン撃破後も変わらず大宮支部所属として活動したが、再び姿を現したソウギョクの策略によりブラックシンカリオンを奪われ、ハヤトたちと和解した後の記憶を失ってしまう。シノブからE3つばさ アイアンウイングを借り受けて戦うことで記憶を取り戻していき、キリンとの最終決戦前にはヤクモからブラックシンカリオンの返還を受ける。仲間と地上世界をキトラルザス同士の争いから守るため、キリンを地底世界に引きずり込んで決闘に臨み勝てなくても道連れにしようと死闘を繰り広げるが、ハヤトたちの説得で翻意し、ともにキリンとの決戦に臨んだ。
第2期にも登場。劇場版での戦いの後は大宮支部所属のシンカリオン運転士のまま世界中の鉄道を巡る旅に出ていたが、ゲンブの依頼に応じて大宮支部に帰還。いくつかの国の鉄道の感想をドヤ顔で語り、スマットにアブトを上回る鉄分の持ち主だと評される。自らブラックシンカリオン 紅に搭乗してシンたちと模擬戦を行ってシンたちの欠点を指摘。その後にイギリスのハヤトを訪ねる。アラバキ討伐後にスザクやビャッコと再会する。
キャラクター人気投票では第1回で第22位、第2回で第4位。
声 - 渡辺明乃
女性エージェント。直接的な戦闘は避け、搦め手を用いた作戦を得意としている。姿を変化させる能力や、テレポーテーションを使うことができる。
アズサを利用してシンカリオンの存在を一般人に暴露しようとしたり、シャショットに接近してブラックShincaを挿入して操ったりと、他の3人とは雰囲気の異なる手段で超進化研究所へと迫った。さらにアズサを利用してシンカリオンのデータを盗もうと画策するが、それを逆手に取った出水の作戦に利用される形となる。「心がある」ことが人間の弱点だと考えていたが、ゲンブからは逆に持たないことが自分たちの欠点だと反論されている。
ソウギョクの「ゲンブを殺したのはシンカリオン」という言葉に違和感を感じ、ソウギョクに対して強い不信感を抱くようになる。セイリュウが離反した後はイザのサポートに回るが、ソウギョクとカイレンの存在に追い込まれ、自分で石化するために巨大怪物体と化してシンカリオンの前に現れるが、セイリュウの説得により協力を決意する。
ハヤトたちとイザの対面し、ハヤトたちを東京駅に転送した後は地上に残り、セイリュウとともにアズサの自宅で居候することになる。キリンとの最終決戦ではルクスヴェテを増殖させ、シンカリオン各機がブラックシンカリオン オーガを追撃する手助けを、復活したゲンブ・ビャッコの協力を得て担った。
最終決戦後も地上に留まることを決め、劇場版までに一人暮らしをしている。
第2期では、地球で暮らすとビャッコの誘いを断っていたが何らかの理由でブラックシンカリオン オーガに搭乗して宇宙に赴いており、ソウギョクが活動再開したとの報をセイリュウから受けて通信を傍受し、アラバキの復活に手を貸すソウギョクを一喝する。アラバキ討伐後にソウギョクからの連絡を受けて地球に帰還、ビャッコと合流してカンナギたちの新天地を捜す旅に帯同する。
本編の10年前に人類に攻撃を仕掛けたファーストエネミー事件を引き起こした3人を指す。カイレンが指揮を執って人類に攻撃を仕掛けたが失敗に終わり、5年後に地球を離れて移住可能な星を探索するため宇宙に旅立ったが結局見つけられず、作中においてまずトラメが帰還し、追って他の2人も帰還した。3人とも好戦的な性格であり、滅びから逃れるためには人類に対し武力行使による道しかないという思想のため、ビャッコたち現在のエージェントとは反りが合わない。
最終的に共存を望むセイリュウたちと対立し、激闘の末に倒された。
声 - 増田俊樹
人間に近い容姿をしており、白髪で黒いコートのような衣を羽織っており、顔にひび割れがある。旧世代のエージェントのリーダー的立ち位置にあり、特に「人類とは戦うこと以外道はない」と考え知的生命体は自分一人で良いという危険思想の持ち主で、地球を太古の状態にリセットすることを目指している。地球に知的生命体は自分だけがいればいいと考えた。
帰還するとまず、先に帰還していたトラメを裏切ったうえシンカリオンに敗れたビャッコを、古い掟に従い処刑した。イザに対面した後に多数の手勢を率いてシンカリオンに戦いを挑み、シンカリオンが優位になると自ら姿を現し、シンカリオンを高く評価するとともに自らの名を伝え姿を消した。セイリュウが人間側に協力し、イザとの対話を試みるとこれを阻止するために動き、影武者を用いて自らは地上へと脱出し、超進化研究所総合指令部がある東京駅を目指す。E5はやぶさ、500こだま以外のシンカリオン全機が待ち受ける中央迎撃システムに誘導されるが、真の姿を現してそれら全てを圧倒したものの、最後はハヤトのE5はやぶさ MkII、セイリュウのブラックシンカリオン 紅により倒された。
声 - 山内健嗣
得体のしれない容姿で、背中に薄紫の骨格翼のようなものが生えており、白と黒の仮面のようなものを被っている。紳士的な口調が特徴だが、何を考えているかわからない策略家であり、平然と仲間を手駒として利用するなど狡猾な作戦を用いる。時々に応じて立ち位置を変える謎多き人物だが、ビャッコは「自分が生き残ること」だけを考えている「分かりやすいやつ」だと分析している。
第1期ではカイレンとともに帰還する。ゲンブからカイレンとの対話の時間を設けることを求められると、条件としてシンカリオンの強さを見せることを約束させゲンブが人間界へ行くよう仕向けるが、これはゲンブを犠牲にすることでブラックシンカリオンとセイリュウを手駒に引き入れるソウギョクの計略であった。ゲンブを暴走させシンカリオンに倒させ、怒りの支配されたセイリュウとシンカリオンを対立させることに成功するが、セイリュウはハヤトとの接触を経て結局離反する。その後、カイレンとの最終決戦前には郡山駅付近で巨大怪物体となり、E6・E7・E3・ブラックシンカリオンの4機を引きつけ、カイレンが東京駅へと迫る時間を稼ぐ。
カイレンが敗れた後は行方知れずとなるが、自分らよりも古い時代に人間界に潜入していたキリンと接触する。互いの思惑が異なりながらも表向きは協力し、ブラックシンカリオンをコピーしたブラックシンカリオン ナンバーズ5機を活用して、オリジナルのブラックシンカリオンを強奪する。その後はキリンが目をつけたアズサの誘拐を画策するが、それを良しとしないキリンにより妨害され再び姿を消した。
劇場版では宇宙に散らばったキトラルザスに対して地球の豊かな現状を通信で送り、応答したヴァルハランと接触して彼らが欲する技術が搭載されたシンカリオン ALFA-Xの情報を提供し、ヴァルハランの地球侵攻を手引きした。自らもかく乱のためにブラックシンカリオンオーガに搭乗して出撃するが、ビャッコにより迎撃され行方は知れない。
第2期ではカンナギに勧誘されてテオティに協力、アストレアとともに暗躍し、アブトを地球上のテオティの基地に監禁して洗脳に加担したりもする。また宇宙に散った同胞のキトラルザスに対する通信を続けており、間接的にメーテルがシンカリオンのことを知り、運転士になるきっかけを作る。
表向きはテオティに協力しながらも、スザクやメーテルの呼び掛けもあって内心は自分の立ち位置に疑問を抱いており、王位を簒奪したヴァルトムからセツラを救い出して大宮支部に送り届けたり、再来したヴァルドルの発する信号についての情報を与えるなど超進化研究所に協力する姿勢も見せている。第40話で地球帰還を急ぐアブトと大宮支部の通信を助け、スザクに連絡してテオティとキトラルザスが協力して新たな居住星を探す旅に出発する手引きをするが、自身は再び行方をくらました。
声 - 髙階俊嗣
獣人のような容姿の大柄なキトラルザス。戦闘能力ならキトラルザスで随一だが、頭の出来はいまひとつで、細かいことや難解な作戦は苦手。
旧世代のエージェントではいち早く帰還し、ビャッコと戦った直後のシンカリオンに交戦を挑むが、ビャッコの妨害により撤退した。その後ブラックシンカリオンに興味を持ち、セイリュウから奪おうとするが適合率不足で搭乗すら拒絶されて運転できず、これが悔しかったのか後にブラックシンカリオン破壊すら計画した。セイリュウがブラックシンカリオンとともに行方をくらますと、クレアツルスを用いて反逆したと断定した。ハヤトやセイリュウに対して宣戦布告し、緒戦はバーサーカーモードを展開したブラックシンカリオンを圧倒するが、E6・E7・E3・H5・ドクターイエローの怒涛の攻撃で追い込まれ、最後はE5×ドクターイエローとブラックシンカリオンの攻撃を受けて倒された。
その後、ソウギョクによって石化が解かれ、戦線に復帰した。カイレンとの最終決戦前には相生駅付近で再び巨大怪物体になり、ドクターイエロー・N700A・トリニティーの3機を引きつけるが、早々にトリニティーが分離した700シリーズ3機の波状攻撃とかく乱により倒れこみ、N700Aのぞみとドクターイエローの同時攻撃を受けて、再び倒された。
ドクター・イザ / 八代 イサブロウ(やつしろ いさぶろう)
声 - うえだゆうじ
エージェントを束ねる首領的な存在。姿は白髪の老人であり、背中には緑の結晶体のようなものが生えている。
その正体は、新幹線超進化研究所の創設者でもある初代所長・八代イサブロウである。キリンと多くの情報を共有し共存を提唱するも地球人類の身勝手さに辟易していた彼に交渉のテーブルにつくことは可能でも決裂するだけだと一蹴されたが、和解と共存のための対話を目指し、一見兵器とも思えるシンカリオンを研究開発し人類とキトラルザスの双方に与え、適合率100%を越えたE5およびE5MrⅡとブラックシンカリオンの運転士同士が精神世界に導かれ、対話が可能となる機体と2つの種族、第2期のもう一つの先住民族テオティを含めて3つの種族の未来を運転士たちに託すこととなった。
地上にいた頃は紛れもなく地上の人類の一員だったが、E2系シンカリオン試験車を使った「第1回超進化速度到達実験」に運転士として臨むも突如起きた爆発事故により地底世界に試験車両と共に投げ出され瀕死の重傷を負い、キトラルザスに救われドクター・イザとなった。試験車両は改造してブラックシンカリオンに生まれ変わり、セイリュウに与えた。事故死したと思われて8年後、キトラルザスのイザとして生きていたことが超進化研究所が知ることとなったため、ハヤトたちとの対話の後に地底世界の崩壊で死んだとされるも謎に包まれている。
カイレンとの決戦直前にハヤトたちと面会した際には、人類とキトラルザスの双方にシンカリオンを与え、どのような未来を創造するのか人類とキトラルザスの行く末を見守りたいと願っていたが、カイレンは自らが審判者として地球のリセットを考えており、そのため、カイレンを制止する手段としてハヤトに新たなシンカリオン「E5はやぶさ MkII」を託す。その機体の存在が、出水に新たな謎を与えた。
石化の侵食で衰弱が進んでおり、地底世界の崩壊に際してはスザクに出水を地上に送らせ自ら望んでその場に残り、建物の下敷きとなって死亡した。死んだと思われて生きていた過去があるため、助かりようもない2度目の死も疑問視されている。その直前、左後方にいるキリンに目をやっていた。彼の存在を暗に示す意味で出水に「もう一人いる!  気を緩めるな!」と警告の言葉を遺した。
第2期にはキリンやトコナミの回想で登場、2人を超進化研究所に採用して引き合わせ、共にシンカリオンの研究開発をしていたことが判明している。
声 - 浪川大輔
カイレンたちより古い時代に、地上への移住を目的に人間界に潜入したエージェント。長年にわたって人間界に馴染んでおり、人間に近い容姿をしている。かなりの高身長だが、セイリュウを除き、同族の者たちの中で一番背が低い。金髪碧眼で金色のまつ毛と白い肌の青年の姿を持つが、本来は紅の瞳の金髪紅眼。首から下は浸食が進んでおり、常にスーツを着用し手袋をしている。
十数年前に同胞に「地上への移住」を提唱して先遣として地上に上がり人間だった頃の八代イサブロウと出会い、多くの情報を共有し、カイレンを説得すべく情報を送り続けていた。しかし、本編の10年前にカイレンたちの侵攻「ファーストエネミー」以降、後述する人類との戦いまで音信不通となっていた。その間、超進化研究所に所属してシンカリオンの開発に寄与していた。八代の介添えで開発の段階でトコナミ(ザガン)と邂逅しており、彼を本名で呼び親しい間柄の同僚だった。しかし、自分は人間は支配しなければ自分たち異種族を受け入れないと考え、そんな気持ちを理解しつつ人類・キトラルザス・テオティの共存を信じるトコナミとは思想的に相容れない関係にあった。
武力によって支配しなければ人類は異種族を受け入れないと考えを持ち「シンカリオンで世界を導く」という思想に至っており、利害の一致したクラシキ重工の倉敷イズモとは協力関係にあった。イズモの息子・ヤクモから科学産業省や上田アズサの持つ得意な能力の情報を得て、自らの理想実現のために役立つと考えアズサに接触する。アズサやシンカリオン運転士たちに拒絶されると敵意を露わにし、ブラックシンカリオンオーガに乗り込み日本政府に交渉を要求する。最後はシンカリオン全機による一斉攻撃を受け、E5 MkII オーバークロス ブラックシンカリオン紅の攻撃により敗れ、 超進化研究所総合指令部によって保護された。
第2期でも超進化研究所の保護下にあり、時折外出して裁判の傍聴をしている。未だに「人類を力で支配する」という考えは変わっておらず、トコナミから無理やり情報を引き出したアストレアにより巨大怪物体化させられシンカリオンZと戦うが、E5ヤマノテに敗れる。戦いの中で異種族との共存を模索するシンたちの「まだテオティのことは分からないが、理解しようとし続ければ線路はいつか交わる」という彼らの思いに触れ、戦闘後にこれ以降は傍観者として戦いの行く末を見守ることをシンたちに告げる。
倉敷 ヤクモ(くらしき やくも)
声 - 辻井健吾
将来を嘱望される科学産業省の若手キャリア官僚で、クラシキ重工の御曹司。超進化研究所総合指令部からの依頼でシンカリオンの調査を行っている。超進化研究所だけでは解明できない様々な謎を解明するために、超進化研究所と海外の研究機関、科学産業省および政府との協力を依頼するための橋渡しをする役目を担う。
フタバとは4つ年上の幼馴染であり、親が勝手に決めた婚約者の間柄。子どもの頃はフタバにとってのヒーローのような存在だったが、中学校は別の町の進学校に通うために引越して疎遠になり、以後は年に一度クリスマスの時期に会う程度の付き合いになっていた。フタバの大宮支部赴任後に会った際には数年間フランスに赴任することが決まったことを伝えプロポーズするが、フタバからは「大宮支部で支えたいものがある」ことを理由に断られる。
物語終盤にフランスから一時帰国した際にフタバからアズサの能力のことを聞き、これをクラシキ重工と協力関係にあったキリンに伝える。キリンや父・イズモに協力はしていたがその目的までは知らされておらず、2人の真の目的を知るとソウギョクが奪ったブラックシンカリオンをセイリュウに返還し、地底世界に通じるトンネルの存在をフタバに伝える。
モデルになったのは企画発足から携わり、テレビアニメではプロデューサーを務めたジェイアール東日本企画の鈴木寿広。
倉敷 イズモ(くらしき いずも)
声 - 小形満
超進化研究所とも取引がある有名な大企業「クラシキ重工」のCEO。ヤクモの父で、フタバとの縁談を勝手に進める張本人。
日本全国に新幹線を整備し地域格差をなくすべきという思想を抱いており、そのためにキトラルザスの技術を利用するため、利害の一致したキリンとは協力関係にあった。しかし、結局はキリンの野望の片棒を担がされていただけだと知り、キリンとの最終決戦後にヤクモに説得され全てを詳らかにする決意をする。
スーパー・スパイス(イナホ・ミヤコ・ナスノ)
声 - 洲崎綾(イナホ)、金魚わかな(ミヤコ)、井上遥乃(ナスノ)
3人組の人気女性アイドルユニットで、イナホが桃色、ミヤコが黄色、ナスノが青色の衣装を着用している。
辻本 達規(つじもと たつのり)
声 - 辻本達規(本人)
王子駅近くの北とぴあで行われた超進化研究所大宮支部の忘年会に、出水がサプライズゲストとして招いた「BOYS AND MEN」のメンバー。
なお、本人役で出演できるのは1人だけと決まっていたため、メンバー全員によるオーディションを実施し、池添の審査により辻本に決定した。
辻本は、劇場版には北海道支部の指令員「渡島 カムイ(おしま かむい)」役で出演し、第2期にも本人役で出演している。
新多 シン(あらた しん)
声 - 津田美波
主人公。東京都北区田端に住む小学校5年生。シンカリオンZ E5はやぶさの運転士。10月1日生まれの10歳 → 11歳。一人称は「俺」。
宇宙人やUFO、UMA、妖怪などのミステリーに興味を持っており、自らを「世界の謎と不可能に挑戦する男」と称する。夢は宇宙人と友だちになること。人に会えばオカルトの知識を披露してしまう癖がある。「可能性はゼロじゃない」が口癖。アブトがテオティに寝返って以降はアブトの奪還を目指すとともに、地球人類とテオティの共存の可能性を模索するようになる。
大曲 ハナビ(おおまがり はなび)
声 - 寺崎裕香
秋田県大曲市に住む小学校5年生。シンカリオンZ E6こまちの運転士。12月21日生まれの10歳 → 11歳。一人称は「俺」。
実家は大曲でも有数の老舗花火師で、自らも花火師を志望している。父・タネビの花火に音楽との響きを感じてロック音楽に傾倒し、花火と音楽を融合させた究極の花火を打ち上げることが夢で、自らを「大曲の歴史にその名を刻む男」と称する。
戸隠 タイジュ(とがくし たいじゅ)
声 - 鷄冠井美智子
長野県木曽の山奥に住む小学校5年生。シンカリオンZ E7かがやきの運転士。8月10日生まれの10歳 → 11歳。一人称は「自分」または「俺」。誰に対しても丁寧語で話し、相手を呼ぶ時は君付けやさん付け。技を放つときに「ほいよ!」という掛け声を口にする。
親元を離れて林業を営む祖父と暮らしており、森や山が大好きでその知識も豊富。虫が苦手で気弱でな性格で、もの静かな雰囲気だが、野生のイノシシすら投げ飛ばす怪力の持ち主。学校で友達を助けようとして逆に怪我をさせてしまったことがトラウマとなり、それが理由で運転士になることも断っていたが、友達になりたいと何度も自分の元に通うシンに触れるうちに運転士になることを承諾する。
ブラックストーンの捜索で訪れた遠野で、ソウギョクを探っていたメーテルと遭遇し、それ以来メーテルを意識した様子が見られる。最終話でアマチュア無線の免許を取得し、メーテルとやり取りしていると語っている。
中洲 ヤマカサ(なかす やまかさ)
声 - 島袋美由利
福岡県福岡市在住の小学校6年生。シンカリオンZ 800つばめの運転士。7月15日生まれの11歳 → 12歳。一人称は「僕」。
成績優秀でスポーツ万能。アブトにも劣らない鉄道知識の持ち主で、初対面でアブトと火花を散らしたこともある。実家はおきゅうとを製造する会社を営んでおり、会社を継いで九州一にするために家業を手伝っている。鷹匠でもあり、相棒のオオタカの名前は「アルバート」。リアリストであり、シンの考え方やオカルト好きを「非科学的だ」と一蹴するが、戦いの中で互いの考え方を尊重することを学び和解する。800つばめの運転士の先輩にあたるレイを慕っている。
安城 ナガラ(あんじょう ながら)
声 - 東山奈央
愛知県名古屋市在住の小学4年生。シンカリオンZ N700Sのぞみの運転士。3月16日生まれの9歳。一人称は「俺」。物怖じしない積極的な性格だが、熱くなると目の前の事象にとらわれてしまうことが欠点。
兄・シマカゼとともにリュウジと同じの空手道場に通っているが、兄を超えたいという思いから兄とは異なるフルコンタクト空手を習っている。リュウジに見出されて兄弟で運転士候補として訓練を受けるが、当初ナガラはシマカゼが運転士には適任と考えていた。ナガラのほうが適合率が少しだけ高いことを理由に運転士に選ばれる。
安城 シマカゼ(あんじょう しまかぜ)
声 - 内田雄馬
愛知県名古屋市在住の小学6年生。シンカリオンZ N700Sのぞみのサブ運転士 → ドクターイエローの運転士。3月21日生まれの11歳。一人称は「僕」。弟・ナガラとは対照的に、状況を冷静に判断できる性格の持ち主。
シマカゼ自身は伝統的な空手を貫いており、ナガラとは「目指すものが違う」として手合わせを避けていた。これには幼い頃に父・シナノから「兄としてナガラの前を新幹線のように真っ直ぐ走れ」と言われたことに起因し、異なる流派を志した弟の成長を願ってのことであった。ナガラとともに運転士候補として訓練を受けるが、この思いから適合率の高いナガラに運転士を譲り、自らは直感的に動きがちなナガラのサポート役に回る。2名が搭乗可能なN700Sのサブ運転士としてナガラの成長を見届けて正式にナガラ1人にN700Sを託した後、ドクターイエローの運転士に任命される。
嵐山 ギンガ(あらしやま ぎんが)
声 - 蒼井翔太
京都府京都市在住の小学5年生。シンカリオンZ 500こだまの運転士。9月11日生まれの10歳 → 11歳。一人称は「僕」。
芸能事務所に研究生として所属するアイドルの卵でもあり、自分のきらめきをたくさんの人に届けたいと思っている。駅の発車メロディが好き。
月野 メーテル(つきの めーてる)
声 - ゆきのさつき
北海道長万部町在住の小学5年生。シンカリオンZ H5はやぶさの運転士。9月9日生まれの11歳。『銀河鉄道999』とのコラボレーションによるキャラクターで、モチーフとなったのは主要キャラクターのひとり、メーテル。『銀河鉄道999』とのコラボレーションは劇場版公開に合わせて製作されたコラボレーショングッズに続いて2度目。
北海道新幹線の長万部延伸を楽しみにしている。人と話すのが苦手で、当初は北海道支部指令長の大沼とすら顔を合わせて話すことができないほどの人見知り。アマチュア無線でさまざまな無線を傍受するのが趣味で、物語の1年前に偶然ソウギョクが宇宙の同胞に送っていた通信を傍受してシンカリオンの存在を知る。新函館北斗駅を訪れた際に電話でシンカリオンについて話す出水を見かけ、出水を追跡するうちに超進化研究所にたどり着き、適合率の高さを見込まれて運転士候補となり、出水に協力してソウギョクを追っていた。ソウギョクを追跡する過程で遠野でタイジュとニアミスしている。
横川支部は碓氷峠鉄道文化むらの地下に存在する超進化研究所の支部のひとつ。テオティとの戦いの激化とブラックストーンの分析のため、後に主要メンバーは大宮支部に異動した。
以下の人物は、#大宮支部(第1期)を参照。
久留米 ミドリ(くるめ みどり) - 大宮支部の女性医師。
三島 ヒビキ(みしま ひびき) - 大宮支部の女性研究員。
小山 ダイヤ(おやま だいや) - 大宮支部の男性指令員。
三条 ミノリ(さんじょう みのり) - 大宮支部の女性指令員。
以下の人物は、#現代のエージェントを参照。
ゲンブ - キトラルザスのエージェント。正式に大宮支部に配属されている。
碓氷 アブト(うすい あぶと)
声 - 鬼頭明里
もう一人の主人公。群馬県横川に住む小学校5年生。横川支部 → 大宮支部。整備士 → 運転士。4月1日生まれの10歳。一人称は「俺」。名前は「アプト式のように困難を乗り越えて欲しい」という父・トコナミの願いが込められている。プライドが高く、慰められることを嫌う。また、失敗することに慣れておらず、失敗すると必要以上に苦悩する。気晴らしに旧丸山変電所に夜訪れることがあり、屋根の上に佇み夜空を見上げる姿を宇宙人だと噂され、これがシンと出会うきっかけとなる。赤みの強いピンクのメッシュのあるアホ毛が入った銀色の短髪と金色の瞳を持つ。物語中盤で、父がテオティのザガンであり、地球人の母・シラユキとの間に産まれた混血児だと判明する。
小学生ながら島とともにシンカリオンZやザイライナー、Zギア、スマットを開発する。優秀な技術者だった父は幼い頃に失踪しており、その直後から設計図のイメージが脳内に浮かぶようになるが、この設計図を基にシンカリオンZなどの開発が進められ、Z合体に必要なZコードの所在地のヒントを夢の中で見るようになるが、これらはトコナミが思念波として送ったものだと後に判明する。また、常人から外れた運動神経を持っており、他の人間には聞こえない音を聞いたりできる。シンカリオンZの運転士も志していたが、適合率が低くて起動せず断念している。
母・シラユキと2人で暮らしており、大宮支部への異動の際には失踪した父親の代わりに母親のそばにいようと決意し「母さんをひとりにできない」と異動を拒否したが、島から話を聞いたシラユキに説得され、異動を受け入れる。その後、夢にたびたび出てきた「闇の新幹線」(ダークシンカリオン)に乗り込み、敵の罠に嵌まってダークシンカリオンの運転士にされてしまう。以降、カンナギとアストレアに父・トコナミを人質に取られての脅迫に従わせられ、カンナギによってテオティの救世主に祭り上げられ何も知らないテオティの民の不遇に同情し守りたいと考えるよう仕向けられ、マインドコントロール状態に陥る。ヴァルトムに誘拐されたセツラを救おうと地球に急行するが、ダークシンカリオンの侵食やカンナギに追いつめられ負の感情を膨れ上がらせてトレランティアを暴発させ、デビルモードを発動させ自分はテオティだと宣言しシンたちに対する憎しみを露わにするようになる。人格と同時に容姿もテオティ寄りに変化しヒステリックで冷酷な性情となり、カンナギが主張する地球人類殲滅こそがテオティを守ることだと妄信するようになり、トコナミの説得に耳を貸さなくなる。ユゴスピアに乗り込んだシンたちの必死の呼び掛けとシンとの戦いに敗れたことで正気を取り戻し、自分一人で悩むのではなく、仲間を信頼して共に歩むことの大切さを学び、トコナミを取り戻し家族3人で暮らすことを誓い、シンたちを信じて共闘する。
十河 サイジョウ(そごう さいじょう)
声 - 後藤光祐
横川支部 → 大宮支部の指令長。恰幅の良い初老の男性で、気が弱く有事の際にはよく狼狽している。大宮支部異動前の平時は、碓氷峠鉄道文化むらで園内を周遊するミニ列車の運転士をしている。
吾孫子 カスミ(あびこ かすみ)
声 - 千本木彩花
横川支部 → 大宮支部の指導員。眼鏡をかけ理知的な雰囲気を漂わせる真面目な女性だが、アイドル好きな一面がある。