マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝
いろはは3人の奪還と記憶ミュージアムからの脱出のためにやちよに協力を求めるが、自身が持つ固有能力を「他者を犠牲にして生き残る」だと考えて思い悩んでいたやちよは、周囲に被害を出さないために孤立しようとしてそれを断る。その言動に対して強い怒りを覚えたいろはは、単独で記憶キュレーターのウワサを倒すという行動を持ってやちよの懸念を否定する。
うわさから脱出した先で、いろはとやちよはマギウスの翼となったマミ(ホーリーマミ)に襲撃され再び窮地に陥るが、見滝原市の魔法少女美樹さやかの助太刀で辛くも生還。帰宅したみかづき荘でももこやまどかの優しさに触れた2人は、自分たちにはまだ仲間が居るということを再認識し、これからの戦いへの決意を新たにする。
アナザーストーリー「運命との対峙」
「名無しさんのうわさ」の一件を終えて見滝原市へと戻ったほむらたちは、事情があって神浜市へと同行できずにいた友人・美樹さやかに神浜で起きた事の顛末を伝える。マミを強く慕っていたさやかは神浜へと向かい、そこで「魔法少女の真実」を知ってしまう。
さやかから真実を聞き、動揺する見滝原の面々。まどかは何らかの解決法があるはずだとし、マギウスの翼について調べていくことを決意する。一方杏子は単独でマギウスの翼に接触することを決める。
メインストーリー「楽園行き覚醒前夜」
洗脳された仲間を奪還するために、いろはとやちよは神浜市のうわさを消してまわることでマギウスの翼との接触を試みる。うわさが集中していた里見メディカルセンターにて、いろはたちはみふゆの手引きでマギウスの翼から脱出していたフェリシア・さなと再会する。
残る1人・鶴乃の行方と「遊園地のうわさ(キレーションランドのうわさ)」を調べるため、市内の東部(工匠区・大東区)へ行く必要が出てきたいろはたちは、東を統べる魔法少女和泉十七夜に接触する。事情を聞いた十七夜は協力を快諾し、いろはたちと共に「遊園地のうわさ」の舞台へと向かう。
うわさの場所にたどり着いたいろはたちは、そこでマギウスたちと、キレートビッグフェリスのウワサの一部となっていた鶴乃(ウワサの鶴乃)と出会う。いろはたちは仲間の助太刀もあって鶴乃の救出に成功し、マギウスたちの計画を挫くことにも成功する。しかしそこにマギウスの1人となっていたねむが現れる。ねむたちは「魔法少女を魔女化の運命から救うために、エンブリオ・イブを羽化させることを目指している」と語るが、犠牲を厭わないそのやり方・考え方をいろはたちは受け入れられず、話し合いは平行線で終わる。
戦いを終え、再び5人で揃うことができたいろはたちは「チームみかづき荘」としての結束を新たにする。そしていろはは記憶に残る万年桜のうわさの調査を、マギウスたちはワルプルギスの夜の利用を考えて動き出す。
アナザーストーリー「みんなで分かち合えるなら」
まどかたちが「魔法少女の真実」について思い悩む最中、見滝原に突如として多数の魔女が現れる。それらを手引きしていたのはマギウスの翼だった。彼女らと相対したまどかたちはその理由を問いただそうとするが、そこに現れたマミとアリナによって、拘束されてしまう。
一方、単独でマギウスの翼に近付こうとしていた杏子は、無事に組織への侵入を果たしていた。杏子は事が順調に進みすぎていることに警戒心を覚えるが、そのまま潜入を続ける。
メインストーリー「偽りに彩られ神浜」
遊園地での計画を邪魔されたことで手段を選ばなくなったマギウスたちは、羽根たちを使って神浜の魔法少女たちを襲撃する。彼女らの目的が魔法少女の殲滅だと知ったいろはたちは、手分けをして魔法少女たちを保護し、調整屋へと避難させることにする。当初は中立の立場であるからと協力に難色を示すみたまだったが、ももこの説得を受けて覚悟を決め、集まった魔法少女たちにいま神浜で起こっていることと、「魔法少女の真実」を告げる。
一方、羽根たちの暴走にはウワサが絡んでいると考えたやちよは、十七夜と合流して異常の原因を知るべく黒羽根たちの後を追い、マミと戦闘になっていた。多勢に無勢で苦戦を強いられるやちよたちだったが、そこに鶴乃・フェリシアが駆けつけ、フラワースピーカーのウワサを倒すことで羽根たちの暴走を止める。マミと一対一となったやちよは死闘の末にマミからウワサを剥がすことに成功し、マミから剥離した神浜聖女のウワサも、増援に来た魔法少女たちによって倒される。
やちよたちの戦いと時同じくして。さなと共に「万年桜のうわさ」の場所へと向かったいろはは、そこで灯花・ねむと遭遇する。二人に対して自分が持つ記憶(うい・灯花・ねむ・いろはの四人で過ごしていた過去)は確かなものであると説くいろはだったが、頑として聞き入れられず、遅れて現れたアリナの手によって捕らえられてしまう。
残された万年桜のウワサから、いろはがマギウスの翼の本拠地「ホテルフェントホープ」へと連れ去られたことを聞いたみかづき荘の面々と、ももこ・レナ・かえで、そしてみたまは、「魔法少女の真実」とどう対峙すべきかを悩みながらも、マギウスたちを止めるべく後を追う。
アナザーストーリー「ここからもう一度」
マギウスの翼に潜入していた杏子はそこで洗脳状態にあったマミと出会い、記憶にあるマミとはかけ離れた言動をとる彼女の姿に怒りを覚える。みふゆの手引きで見滝原へと戻った杏子は、マミによって囚われていたまどかたちを救出。自身は神浜の件からは手を引こうとするが、マギウスのやり方への怒りを抑えられず、あくまで自分自身のためだとして神浜へ戻る決意をする。
メインストーリー「サラウンド・フェントホープ」
ホテルフェントホープの地下牢に捕らえられていたいろははさなによって救出され、自身のソウルジェムの奪還のために行動を始める。一方、さなに遅れてホテルフェントホープへの侵入を果たしていたやちよたちは、ソウルジェムを奪われて仮死状態となっていたみふゆと天音姉妹を蘇生させるべく移送されていたソウルジェムを追い、別行動をとっていたももこやいろはたちと合流する。
各々のソウルジェムの奪還を果たし、みふゆらとも和解して全員が合流するが、発現した女王グマのウワサによって再度分断される。中に残されたチームみかづき荘と十七夜の6人は、マミの協力もあってマギウスとイブの元へたどり着く。外にはじき出されたみふゆたちと駆けつけた見滝原の魔法少女たちは女王グマのウワサと交戦。苦戦の末に、みふゆが自爆ともとれる禁じ手を使いホテルフェントホープを一掃。こうしてマギウスらの思惑通り、イブが外へと解き放たれる。
いろははイブと対峙し、その時突如として万年桜の蕾が花開く。いろは・灯花・ねむ・ういが居なければ開花しないはずのその桜を見て、いろははイブこそがういだったのだと直感する。
アナザーストーリー「この手を引いて、一緒に」
やちよとの一戦を経て正気に戻ったマミは、自身がしたことのけじめをつけるために戦いを続ける黒羽根たちの元へと向かう。マミは黒羽根たちにマギウスの計画がどういうものであるかを説き、黒羽根たちのもつみふゆへの信頼を思い出させて混乱を収める。そして自身も自分の弱さを認めると同時にまどかたちとの絆を再確認し、ホテルフェントホープへと向かう。
メインストーリー「浅き夢の暁」
解き放たれたイブと呼び寄せられたワルプルギスの夜による脅威が神浜を襲い、いろはたち神浜の魔法少女とほむらたち見滝原の魔法少女は、一致団結してそれらの討伐へと向かう。いろははイブに囚われたういを救うべく戦い、その際に小さいキュゥべえがイブと接触したことで、灯花とねむの脳裏に過去の記憶が蘇る。そして本来の記憶を取り戻した2人の加勢もあって、遂にいろははういを救出する。
イブを利用して世界の破滅を目論んだアリナ(ホーリーアリナ)は死力を尽くしたねむによって倒され、残されたイブも小さいキュゥべえの力によって消滅する。最後の脅威であったワルプルギスの夜も、別の時間軸で概念となっていたまどか(アルティメットまどか)の協力と、全員の力を合わせることで撃破される。
ういに関する記録が世界に戻った後、ういはみかづき荘に入居することになり、灯花とねむは神浜市の魔法少女たちにマギウスがやろうとしていたことを説明し、いろはは消えたはずの小さいキュゥべえと再会する。
アナザーストーリー「辿り着いた場所」
ワルプルギスの夜を倒したことでまどかを救うことができたほむらだが、それで全ての魔女が消えたわけではなく、これからも続く魔女との戦いでまどかを守り続けられるのか、この時間軸が自分の居場所なのかと悩んでいた。
そんなある時、見滝原と風見野を転々とする魔女が現れる。ほむらたち見滝原の魔法少女はその魔女との戦いを通じて互いの思いを打ち明け、ほむらはこの時間軸を自分の居場所として受け入れる。
2019年3月から10月にかけて、第1部の後日譚となる『ユメミルサクラ』『巣立ちは空を見上げて』、第2部の前日譚となる『深碧の巫』『新たな息吹より』『Crimson Resolve〜深紅の決断〜』が期間限定イベントとして開催された。2019年10月28日、メインストーリー第2部の配信が開始された。また、2021年3月には第3章と第4章の間の出来事を描く『ディペンデンスブルー』が、2022年1月には第2部の前日譚となる『灰色革命』が期間限定イベントとして開催された。同年9月配信の第12章をもって完結している。
序章「はじまりの記し」
転校して来たばかりの土地で使い魔に襲われていた少女、佐鳥かごめは、いろはによって助けられると同時に、人々を守る魔法少女たちの戦いが誰にも知られていないことに悲しみを覚える。その後かごめは魔法少女のことをよく知っているという男性との会話を経て、いろはたち魔法少女らの想いを伝える物語を記していくことを決意する。
メインストーリー「前書きは靴音と一緒に」
神浜市の復興が進む中、チームみかづき荘の前に、魔女でもウワサでもない謎の敵「キモチ」が現れ、それを倒したいろはの腕には「命を預けてもいいと思える相手にしか譲渡出来ない」と感じる謎のブレスレットが残される。そのブレスレットはイブが纏っていた宝石の欠片から出来ており、自動浄化システムを所有することにつながる強大な力を秘めた道具だった。
いろはが中心となって結成された「神浜マギアユニオン」では、中核メンバーであるいろはとやちよ、十七夜、そして南側のまとめ役である都ひなのがブレスレットについて善後策を協議していた。一方、神浜にはそのブレスレットと自動浄化システムを求め、神浜への復讐を誓う二木市の魔法少女たち「プロミストブラッド」(紅晴結菜、煌里ひかる、大庭樹里、笠音アオ)と、日の本の平和にその命をかけている「時女一族」の魔法少女(時女静香、広江ちはる、土岐すなお)らが訪れると共に、マギウスの翼の残党で構成される「ネオマギウス」(宮尾時雨、安積はぐむ)、絶対中立を誓う調整屋「ピュエラケア」(リヴィア・メディロス、篠目ヨヅル、佐和月出里)らがそれぞれの目的の元で活動していくようになる。
アナザーストーリー「流されず自分で選ぶ」
いろはたちによって結成された神浜マギアユニオンには、神浜市内の全ての魔法少女が参加したわけではなかった。フェリシアと仲の良い夏目かこと三栗あやめもユニオン加入の意志はあるものの、今後どうしようか悩んでいた。かこが属するチームを率いる常盤ななか、あやめと家族同然で長らく行動を共にしている静海このはと遊佐葉月の考えにより、いずれもチームとしてユニオンに一定の距離を置くようにしているためであった。
その最中、神浜でプロミストブラッドによる襲撃事件が多発するようになる。かこ同様ななかのチームに属する志伸あきらと純美雨は、この事態を重く見て、ななかに「ユニオンに加入するべきだ」と提案。そしてななかは個人加入のみを認め、このはもユニオンには所属しないものの何かあれば手を貸すことにした。
メインストーリー「微笑みと火花」
いろはたちはキモチの所在を探るために、スタンプラリーを利用して神浜市を巡回し始める。アオとひかるは一行を尾行するが、逆に北養区のモーモーファームに誘い出され窮地に陥り、結菜と樹里の助けで辛くも離脱。プロミストブラッドは神浜市の土地勘がある時雨とはぐむを脅して協力させ、キモチの所在地であるフェントホープ跡地に陣取ることに成功する。神浜マギアユニオンはみふゆの作戦でキモチの結界を見つけることを条件に決着を先延ばしにし、最終的に時女一族と協力してキモチを撃破、ブレスレットはフェリシアに取り付く。しかしその帰路でプロミストブラッドのスパイである有愛うららにより、ういが誘拐される。
一方、プロミストブラッドとの戦いで重傷を負い入院した御園かりんを見舞いに行ったももこは、そこで先の戦いの後行方がわからなくなっていたアリナと再会する。アリナは戦いの末に既に入院しており、しかも戦いの影響で魔法少女としての記憶を失っていた。
さらに、ネオマギウスに接触する藍家ひめな、父を探しに神浜を訪れた里見那由他、那由他の従者にして傍観者の立場に徹する氷室ラビ、那由他に協力するみたまの妹の八雲みかげも巻き込んで、物語は更なる動きを見せる。
アナザーストーリー「優しい繋がり」
時雨とはぐむは、神浜マギアユニオンとの今後の付き合い方について悩んでいた。二人は樹里から「神浜の東の魔法少女とプロミストブラッドが手を組んでいる」という噂を聞かされ、万が一事実なら東と西の魔法少女の対立が起こりかねないと考え、十七夜と共に真相を確かめに行く。
時雨とはぐむは東の魔法少女たちから歓迎されるものの、彼女たちを裏切った自責の念と魔法少女至上主義への固執から受け入れることができない。それを見かねた十七夜は、二人のために東の魔法少女たちと復帰記念の会を開催。はじめは気まずさを感じていた時雨とはぐむだったが、次第に打ち解けていき、ユニオンに所属しながらネオマギウスの再興を目指すことにする。
メインストーリー「内なる常夜の夜明け」
ういが小さなキュゥべえに託した暗号文を解読したいろはたちは、ういを救出すべく二木市に向かう。一方、神浜市南凪区では樹里とアオが率いるプロミストブラッドと十七夜たち神浜マギアユニオンがキモチを巡って交戦し、最終的にアオがキモチを倒す。二木への帰路で樹里たちは新たなキモチを発見し、現れた時女一族と争い、樹里がキモチを撃破する。一夜明けて二木では、いろはが「ういは魔女になった」というプロミストブラッドの嘘に騙され魔女化しかけるが、キモチの力に助けられる。いろはは、ういを救出したやちよたちと合流し二木を後にする。その後、魔法少女たちの前にキュゥべえが現れ、未発見のキモチの石が残り2つであることを告げる。
ネオマギウスに接触したひめなは、友人の栗栖アレクサンドラと共にユニオンとプロミストブラッドのキモチを巡る戦いに割って入り、戦いをかき回していた。ひめなはアレクサンドラと揃ってネオマギウスに入り、宝崎市で協力してくれる魔法少女を探し始める。一方、父・里見太助の手がかりを探す那由他は、従妹である灯花の協力を得て父からのメールの発信源を突き止めるが、それは宝崎市にある自身の旧宅から送られたものだった。
アナザーストーリー「覚悟を聞かせて」
プロミストブラッドの鈴鹿さくやは、いろは殺害計画が失敗したことで樹里に呼び出され、結菜に一線を越えさせないためにユニオンに情報を漏らしたことを正直に告げる。結菜は、ひかるにさくやを監視させ、もし自分たちを裏切るようであれば直接手を下すと樹里に伝える。さくやたちプロミストブラッドのメンバーは、二木市に神浜の魔法少女が侵入した場合は目的を探ったうえで始末するよう指示される。
後日、さくやはイベント出演のため二木を訪れたアイドルの史乃沙優希と彼女についてきた阿見莉愛・梢麻友ら神浜の魔法少女たちを始末しようとする。だが、沙優希のファンであるプロミストブラッドのメンバーに阻まれ、その気持ちにほだされたさくやは沙優希たちを逃がす。さくやは結菜に呼び出され、「さくやが勝てたら話を聞く」という条件で結菜と戦うことになる。さくやは敗れはしたが、なんとか結菜に一撃を浴びせたことで「半殺し」という制裁で済み、結菜に気持ちを伝えることに成功する。神浜に復讐する結菜の気持ちは変わらないものの、自身の気持ちを汲んでくれた結菜のためにさくやは覚悟を決めるのだった。
メインストーリー「彼方の群青」
争いで互いに被害を出すことを望まないいろはは、プロミストブラッドとの和解に一縷の望みをかけ、交渉を持ちかける。結菜はういにキモチを見つけさせることを条件に話を聞くことにするが、結果的に交渉は決裂する。原因は、プロミストブラッドの急所を探るべく観鳥令が起こした単独行動だった。使い魔が成長することで果てなしのミラーズの結界が各地に拡大し、それを使ってプロミストブラッドが行き来していることを知った令は、ミラーズを通じて自らの記憶を探るアリナと共に調査を行う。令・アリナと、それを制止しきれなかったひなのたちは魔女の反応のある神浜監獄へたどり着く。だがアオがそれを目撃したことで、神浜マギアユニオンが交渉の裏で動いていたとプロミストブラッドに判断されてしまう。令は監獄内で重要な情報を発見するものの、外に出た途端アオと交戦し、ソウルジェムを砕かれ命を落とす。
まさかの事態に令とはマギウス時代からの付き合いである牧野郁美が嘆き悲しんだ結果、キモチが出現する。いろはが自身が持つキモチの力を使うことで一撃を与え、郁美がとどめを刺し、8個の石が全て揃うことになる。結菜は街中に配置した部下にユニオンの魔法少女狩りを行うよう命令するが、彼女たちはキモチによって生成された結界に閉じ込められる。キモチはういを通じて、力の奪い合いに参加できる魔法少女を選抜したと宣言する。いろはたちみかづき荘の面々は、敵に居場所が割れており危険であることから、灯花の手引きで地下シェルターに移動、ここを拠点に今後の対策を練ることになる。
一方、南凪区のコンテナターミナルではキモチを巡る戦いの末、ユニオンと時女一族が連携してキモチを倒し、ちはるが石を得ることに成功していた。宝崎市でメンバーを増やしたネオマギウスがそこに現れ、プロミストブラッドとの決別を宣言。新たなリーダーとなったひめなは静香に手を組むことを持ちかけるが拒否される。ひめなの指示のもと、羽根の神楽燦と遊狩ミユリがちはるの腕を切り落とし、石を強奪する。
那由他は伯父である灯花の父に手はずを整えてもらい、同じく父の行方を探っている離婚した母と再会。父に関する調査資料を入手し、「湯国市」に手がかりがあるとわかって行動しようとする。その矢先に届いた父からの手紙には「魔法少女を救う手立てはどこにもない」という諦めの一文が記されていた。
アナザーストーリー「安全圏の苦悩」
観鳥令の死の翌日、ピュエラケアのヨヅルと月出里はリヴィアから、前日の出来事の調査と出会った魔法少女のケアを指示される。二人はその過程で、ユニオンとプロミストブラッドの衝突や、キモチによる魔法少女の選抜を知る。二人が立ち寄った喫茶店で出会った保澄雫は、令の死へのショックを隠しきれず、ソウルジェムを濁らせドッペルを発動させてしまう。二人は雫の友人である毬子あやかと言葉を交わし、今の雫に対し自分たちができることはないと悟る。一方、市外でキュゥべえと会っていたリヴィアは、かごめの動向を見張るよう依頼される。
メインストーリー「揺れて恋歌に霞む理想」
時女一族は、魔法少女に対する考え方の違いを理由に神浜マギアユニオンとの同盟を解消。ひめなは、ネオマギウスと似たような思想を持つと見なした時女一族の取り込みを図る。一方、ひめなから不可解な行動の理由を問い詰められたアレクサンドラは、自らが元々午前0時のフォークロアというグループに属していること、戦いの成り行きを見守っていることを明かす。
時女一族のすなおと青葉ちかはネオマギウスの集会に潜入し、静香たちを拠点である神浜市民会館に手引きする。ひめなは演説に加えて、三輪みつねの「認識改竄」の能力を持つドッペルを使って時女一族を洗脳しようとする。だが、静香が固有魔法を用いてそれを阻止し、さらに自ら壇上から訴えかけることで一族の結束を取り戻す。戦闘の末、ちはるはひめなから奪われたキモチの石を奪還する。三浦旭によって狙撃され、死亡したと思われたひめなだったが、実際はみつねの能力によって難を逃れていた。だが、ドッペルを続けて使った影響からかみつねは倒れ、下半身不随となってしまう。
ユニオンは、大学図書館で見つけた神浜監獄の地図と令が遺した写真を元に、監獄にあるプロミストブラッドの急所へのルートを割り出す。令の弔い合戦として監獄に入るが、迎え撃つプロミストブラッドの攻勢で窮地に陥り、さらにアオがキモチに身体を支配され暴走する。アオを何とか押さえ込むことはできたものの、ユニオンの作戦は失敗に終わり、株分けのミラーズによる神浜と二木を結ぶショートカットは他にもあることが判明する。
キモチを巡る戦いに参加できないみふゆたちは、アリナの記憶の在処を探るべくミラーズ内部の探索を行っていた。ある日みふゆとアリナ、居合わせたみかげと月出里がミラーズ内を探索していたところ、鏡が無数にある隠し部屋を発見。さらに魔力が集まることで強化された、他の地域から来たであろう魔女と遭遇することになる。
灯花とねむ、かごめは魔法少女の実態についてSNSなどを通じて拡散する計画を立てる。そして太助の助力を得るため、彼を探す那由他の協力を取り付ける。那由他はラビと共に、父の手がかりを求め湯国市へと向かう。また灯花とねむは、かごめが今後戦いに巻き込まれる危険を考え、彼女に憑依している風の伝道師のウワサを強化し、かごめは対話の末にウワサを完成させる。
魔法少女たちがそれぞれの思惑で動くその一方で、神浜では市長選挙も行われていた。その最中、演説中の灯花の父に観衆が石を投げつける騒動が起きる。
アナザーストーリー「善悪に惑う」
ひめなから「ネオマギウスと時女一族は魔法少女を特別視しているという点で似ている」と言われたちはるは、自分たち時女一族は人を見下してなどいないと憤る。他者が時女一族に抱く印象について思い悩む静香だが、同盟解消直後の神浜マギアユニオンには相談できなかった。静香は友人の空穂夏希に励まされ、人々の日常を守りたいという自身の思いが一族外の人に伝わっていたことを知る。さらに水徳寺の住職から性善説について説かれ、静香は誤解に対しても胸を晴れる自信を取り戻す。
時は流れキモチの石奪還後、静香は旭に、ひめなを射殺した件が本当に最善の手だったかを問いただす。しかしその行動が、静香が抱いたひめなへの殺意を旭が理解していたゆえだったということに気づき、静香はひめなの言葉によって再び苦悩することになる。
メインストーリー「薄氷のレゾンデートル」
ユニオンはプロミストブラッドが使うショートカットの位置を特定、2ヶ所から攻め込もうとするが、結菜の計略によって返り討ちに遭い、十七夜が重傷を負い、ユニオン内部にくすぶる東西間の不信感を払拭できないどころかさらに植え付ける結果となった。
ユニオンは改めて作戦を練り直し、プロミストブラッドが位置をずらす前に株分けのミラーズを破壊することを決定、明け方に決行することになったが、直前になってフェリシアがクレセントハウスから出て行ってしまう。過去に何かあると見た結菜が対象変更の魔法をかけたことで、フェリシアは両親が死んだのは自らの過ちによるものだと思いだし、惨状が残ったままのかつての自宅で自責の念に駆られ、キモチに囚われそうになる。いろはたちの説得を受けてもフェリシアは「両親から憎まれている」と考える中、かことあやめが連れてきた旭の降霊術で両親の霊が現れ、フェリシアを憎んでおらず大切に想っていることを告げ、フェリシアもその言葉を受けて生き続けることを決心する。
ショートカットを巡る戦いは十七夜が迷いを振り払ったアオの攻勢によって瀕死の状態となる中、いろはたちが駆けつけたことで一命を取り留める。また、鏡屋敷からターミナルを経由して株分けにたどり着いた一団も合流、郁美がキモチの力を使って株分けの魔女を倒すことに成功するが、力を制御できない郁美はそのまま身体が崩壊し消滅する。
プロミスドブラッドは郁美のも含め4つのキモチの石を手中にするが、この時キモチに本来の魔女の姿に戻りたいという意志があることが判明する。また、ユニオンは立て続けに仲間を失ったひなのが戦線離脱を表明、プロミストブラッドもショートカットを失い二木と神浜を自由に行き来できなくなったことから善後策を練る必要が出てきていた。さらにアリナもかりんを伴って姿を消していた。
ラビと共に湯国市を訪れた那由他は、ラビの旧知であるアレクサンドラを伴って父が定宿としていた民宿を訪れ、そこで父と再会する約束を得る。神浜に戻った那由他は里見メディカルセンターに向かうと、灯花の父が那由他の父を監禁状態に置くのを耳にする。その夜、灯花の父が再選したばかりの神浜市長と密談、みたまと静香は密談場所に仕掛けられた盗聴器の電波を傍受し話を聞くことに成功するが、その中で選挙中に起きた一連の騒動は市長の謀略によって行われていたことを知る。
魔法少女に起こる過酷な状況を目の当たりにしながらも、いろはは「あらゆる人を仲良くさせたい」という自らの信念は揺るぎないことをかごめに語っていた。それを立ち聞きしたラビはこのことを午前0時のフォークロアの会合の中で話し、墨家の思想に通ずると考えながらも、いろはの行動が一筋の光明だと思っていた。
アナザーストーリー「盾の隙間から変わる世界」
郁美の死後、以前より絵本作家を目指しているさなは夢を生み出す創作を現実逃避だと否定される夢を見てしまい、執筆が止まってしまう。そこにかごめが取材のために現れ、さなは現実と向き合うためにかごめの護衛を自ら引き受ける。
みふゆから情報を聞いた十七夜から行方不明となったアリナとかりんを探すべく、傷の浅い魔法少女たちが果てなしのミラーズを捜索しようとしていることを知ると、二人はミラーズへ。彼女たちはアリナと面識が無く、マギウスでの所業によりアリナを快く思っていないものの、郁美の死がきっかけでこれ以上の犠牲を増やさないために行動を起こした。結界内で魔女と遭遇し、さなの捨て身の特攻で撃破したものの、アリナとかりんは見つからず、一同は撤退。
今日一日の行動に意味があったのかと思い悩むさなはすなおに電話。そこで静香が性善説を説かれて以来、偏った善悪に固執し現実逃避していることとすなおが見た映像作品のことを聞かされ、後者は監督の幼少期の体験から来たものだと知りさなは先ほどの捨て身の行動を幼少期に見た作品の影響であり、さらにねむとの対話で創作には現実を変える力があると知らされる。
メインストーリー「トワイライト・レムナント」
ショートカットを失ったプロミストブラッドはユニオンと時女一族を潰すべく彼女たちを二木市へと誘い込む。
地理の有利とキモチが定めたルールの穴を突いた人数差で相手を追い込み、総攻撃を仕掛けるも雫の空間結合能力によって失敗、逆に背後を突かれ窮地に追い込まれるが、結菜は4つのキモチの石の力を得ていろはたちを圧倒する。しかし、仲間であるさくやが時女一族の南津涼子との一騎打ちの末に死亡、それを知った結菜は見境なく暴走してしまう。これに対しいろはは単身キモチの石による精神への干渉を行い、結菜と相互理解を果たして戦いを終結させる。
ラビの手引きによって監禁から脱した太助は那由他と再会するも、連絡を受けて追いかけて来た灯花の話に応じ、灯花の父の元に戻る。灯花の父は魔法少女の存在を知ったことで何らかの企みを考えていたが、太助は灯花の父や市長などが集まる会合で魔法少女の存在を否定する発言を行い、そのまま立ち去ってしまう。
一方、鳴りを潜めていたネオマギウスは再び動き出し、静香、アオ、そして十七夜に接触、さらに小さなキュゥべえも狙い始めていた。
アナザーストーリー「水面下の企み」
ユニオンとプロミストブラッドの決戦前、ひめなは他のグループに生存を知られまいと宝崎市に潜伏しており、合成の固有魔法を他人から物体に応用しようと特訓するが、燦の助力があっても一行に成功しなかった。