ニンジャスレイヤー
ピザ屋「ピザタキ」を営む、日本人とアメリカ人のハーフ。本名ではなく偽名。黒髪混じりの金髪。情報屋が本業だが、ハッカーとしての能力は二流。しかし物語の進行と共に能力を高めつつあり、最高時にはテンサイ級の腕前を発揮、合成麻薬ブラックベルトを用いUNIX無しでのIRCダイブを可能とする。
マスラダに命を救われたのをきっかけに、脅される形でサツガイ探しに協力することとなる。
性格は軽薄で無責任だが、ニュースでマスラダ達の危機を知り動揺するなど仲間思いな面もある。
ニンジャとの戦闘はできないため、自らは「ピザタキ」地下アジトからUNIXでのナビゲーションとハッキングにより、IRCを通じてマスラダ達を支援する。
ディテクティヴ(Detective) / タカギ・ガンドー(Takagi Gando)
声 - 小山力也
身長190cmを越える壮年の私立探偵。ナンシーに紹介されたことで、第2部を通してフジキドの相棒となる。
カートゥーンとオスモウを好む明るく快活な性格。「かつてはアニメに出てくるニンジャに憧れたこともあったが、現実的ではないので、探偵に憧れるようになった」と語る。
49口径マグナムの二丁拳銃とその反動を利用する「暗黒武道ピストル・カラテ」の達人。モータルでありながら下級ニンジャとある程度は戦える程の腕前だが、ZBRの中毒によりすでに白髪で腕も錆びつきつつある。LAN直結者であるが、そのハッキングの技量はナンシー程ではない様子。
ある事件にて瀕死の重傷を負うも、カラス・ニンジャに憑依されニンジャ「ディテクティヴ」として甦った。影からカラスを生成して操ったり、弾丸として銃に装填できるユニーク・ジツを使う。しかし当人のニンジャに関する知識が少ない(それでも一般人と比較すれば破格である)ため、ジツではなくニンポと言ったり、能力を直感的に使っていることが多い。
第4部ではヤタガラスの姿で登場する。
シキベ・タカコ(Shikibe Takako)
ガンドーの助手だった女性。本編時点では故人。
かつてクルゼと助手のガンドーに殺人鬼から救助され、失職した際にその縁で探偵事務所に雇用された。
ネオサイタマで人気のアニメ「サムライ探偵サイゴ」の原作者。
ある事件の捜査中に何者かに射殺され、現在はその人格だけが移植されたチップのみが残っている。ガンドーはその犯人を見つけること、そして復讐することを誓っている。
第4部ではチップによる人格の蘇生が成功、オイランドロイドボディに体を移している。
クルゼ・ケン(Kurse Ken)
伝説の私立探偵。ガンドーにとっては探偵業とピストルカラテの師匠。
劇中では既に故人であり、回想にのみ登場する。ガンドーによれば「シリアスになり過ぎて死んだ」とのこと。
ガンドーより背は低く痩せており、ストライプが入ったレトロなスーツと目元が隠れる帽子を身につけている。
ラオモト・カン(Laomoto Khan)
声 - 津嘉山正種
ネオサイタマに君臨する悪の帝王。「ソウカイ・シンジケート」のボス。「リアル・ニンジャ」を称することもあるが、真相は定かではない。
「ヨクバリ計画」による人体改造の結果 「ブケニンジャ」をはじめとした七つのニンジャソウルを宿し ニンジャネームとして「デモリション・ニンジャ」と表現される。黄金のメンポにアルマーニのスーツという派手な出で立ちで、「ムッハハハハハハ!」という笑い声が特徴。金髪の白人オイランを侍らせていることが多い。
ミヤモト・マサシの信奉者で、その愛刀「ナンバン」「カロウシ」を振るう。その強さは圧倒的で、シンジケート自体「自分で動くまでもない些事に対応するために」作っただけに過ぎないという。
弱者が苦しむ姿を見ることを何よりも好む残忍な性格だが、絶大なカリスマ性を持ち多くの信奉者がいる。「ネコソギ・ファンド」の社長としてネオサイタマ知事選挙に出馬し、表裏両方からネオサイタマの支配を画策する。
自らの欲望のままに無辜の人々を犠牲にしており、フジキドの妻子はそのための抗争に巻き込まれて死亡した。
ダークニンジャ(Dark Ninja) / フジオ・カタクラ(Fujio Katakura)
声 - 速水奨
フジキドの妻子を殺し、ニンジャスレイヤー誕生のきっかけを作った男。本作におけるライバルキャラクター。
憑依したソウルは「ハガネ・ニンジャ」。己のカラテのみを頼りとする戦闘機械のような人物で、心の奥底には貪欲な戦闘者の意思と残虐性を秘めている。カラテだけでなく妖刀「ベッピン」の使い手で、必殺の「デス・キリ」により多くの敵を葬り去ってきた。クナイ・ダートを使う。
彼の先祖は名も無きモータルであったが、村に落ち延びてきたハガネ・ニンジャを殺害したため、子孫末代に至るまで解けることがないエンシェント・カンジの呪いをかけられた。以降、カタクラ家の当主は背中に消えない漢字が刻まれ、若くして命を落としたり、精神を病んだ者が続発したりという不運が代々続いた。フジオ自身も一族に伝わる呪いに加え、事業に失敗した両親から捨てられるなど、恵まれない幼少時代を過ごした。そんな自らの運命に抗うため、世界各地をトレジャーハンターとして放浪し、エジプトの遺跡にてついにベッピンを手に入れた。それと同時にカンジの呪いが解け、ハガネ・ニンジャのソウルが憑依したことでダークニンジャとなり、第1部ではラオモトの懐刀、第2部ではザイバツの懲罰騎士として、ニンジャスレイヤーの前に幾度と無く立ちはだかる。
伝説のニンジャ六騎士にちなむソウカイヤの威力部門。文脈によってはその中の最高幹部、シックスゲイツの六人を指している。
ニンジャスレイヤーによって次々に殺害されており、アンダーカードと呼ばれる下級幹部から補充されるために六人は入れ替わりが激しい。ここでは複数のエピソードに登場するメンバーのみ紹介する。
下記以外の代表的なメンバーは、常人の三倍の脚力を誇るバンディット(声 - 広瀬淳)」、フドウカナシバリ・ジツの使い手ビホルダー(声 - てらそままさき)、氷のスリケンを操るフロストバイト、ショーゴーとヤモトを勧誘するために現れたソニックブーム(声 - 黒田崇矢)など。
入れ替わりが激しいために力量は時期によってまちまちだが、初期メンバーの六人はザイバツ・グランドマスター級と比較しても遜色のない実力者揃いであったとされる。
アースクエイク(Earthquake)
声 - 白熊寛嗣
2.5mの巨体を誇るビッグ・ニンジャクランのニンジャ。ヒュージシュリケンとコンビを組んでドラゴン・ドージョーを襲撃した。
巨体から繰り出す強力なカラテとナラク化したニンジャスレイヤーの猛攻に耐える耐久力が武器。一方で頭脳も明晰であり時には冷徹な判断をも下す。
ヒュージシュリケン(Huge Shuriken)
声 - 代永翼
背中に背負った巨大な強化セラミック製スリケンを操るニンジャ。
一対多数の戦闘を得意とし、アースクエイクとコンビを組んで接近戦の不利を補っている。
なぜか「スリケン(suriken)」ではなくhが入った「シュリケン(shuriken)」の表記。ニンジャ名鑑では「ヒュージスリケンとも」と記述されているが、書籍版の名鑑では翻訳チームが原作者に問い合わせたものの、回答はなかったとされている。
グラマラス・キラーズの単行本第1巻には、アースクエイクとの出会いを描いた漫画オリジナル作品が収録されている。
ヘルカイト(Hell Kite)
声 - 高木渉
「ハリキリ」「殺伐」といった威圧的なショドーで飾られた折りたたみ式巨大凧で自在に宙を舞う、斥候および後方支援に長けたニンジャ。バイオバンブーの槍で上空から急襲する戦法で直接戦闘もこなす。
専用のトレーニングルームを持つなど、若くしてシックスゲイツの座に登り詰めたが、そのスピード出世には多くの同僚から疑惑と嫉妬の目を向けられている。
物語開始時点ではシックスゲイツの中では新参者であったが、ニンジャスレイヤーとの直接戦闘を回避し続けたため長期に渡り在籍し続け、第1部終盤には最古参のメンバーとなっていた。
ダイダロス(Daedalos)
声 - 宮下栄治
ソウカイヤのネットセキュリティを担当するハッカーニンジャ。
カラテには優れないが驚異的タイピング能力により電脳戦は敵無し。数々のLAN直結者のニューロンを破壊し廃人に追いやってきた。
自身に匹敵するハッキング能力を持つナンシーを「電子のヨメ」と呼びしつこく追い掛け回す。
ウォーロック(Warlock)
声 - 緑川光
遠方に居ながらにして他人の精神を乗っ取り、肉体を遠隔操作できるフドウノリウツリ・ジツの使い手。
新参者ながらその特異な能力を活かして組織の重鎮にのし上がったが、胸の内にはさらなる野心をひた隠しにしている。
ゲイトキーパー(Gatekeeper)
声 - 糸博
シックスゲイツ創始者であり、ラオモトの懐刀。エンハンスメント・ジツで強化された、攻防一体のトンファー・ジツを操る。
現在は名誉構成員として第一線を退き管理維持にあたっているものの、未だその実力は衰えず、他のニンジャとは別格のワザマエを誇る。また戦闘の中にあっても敵の力量を素直に認めて讃えるなど、人格面も優れている。
ラオモトを「清濁併せ呑む大樹のごとき器」と称し心酔。彼ならば無軌道なニンジャ達を従え、混迷のネオサイタマに秩序を齎すものと忠誠を誓っている。そのためなら多少の犠牲をも厭わない。
ロード・オブ・ザイバツ(Lord of Zaibatsu)
「ザイバツ・シャドー・ギルド」の首領で、顔をベールで覆った車椅子の老人として描写される。
しかし自分の存在を巧妙に隠匿しており、その正体を知るのはパラゴンのみ。すべてが謎に包まれた存在である。
何らかの陰謀のため、三種の神器とユカノを求めている。
第2部クライマックスにてその正体が明かされるが、正体について読者が公表することは作者サイドから禁止されている 。
パラゴン(Paragon)
グランドマスターの筆頭。事実上のザイバツNo2。
様々な知識に通じた完璧主義者。政治力にも長けた曲者であり、他のグランドマスターからは警戒されている。
しかしロードへの忠誠心は本物で、唯一その素顔と正体を知っている人物でもある。
ダークドメイン(Dark Domain)
次元操作能力を持つ唯一のニンジャソウル「マイニュ・ニンジャ」憑依者。
己の腕のみを信頼する武闘派であり、自身の気晴らしのためだけに眉一つ動かさず民間人を殺傷するなど非常に残忍な性格。
アンタイ・ウェポンと呼ばれる武器を呼び寄せるユニーク・ジツ「ムシアナ・ジツ」の使い手。ニンジャスレイヤーとメイアルーアジコンパッソの応酬を繰り広げる等、カラテの力量も高い。
サラマンダー(Salamander)
ドラゴン・ドージョー出身。
何の特殊能力も持たないゲニン憑依者でありながら、その類いまれなる学習能力とカラテの強さで伸し上がった。
死の格闘大会「シャドー・コン」の主催者として兄弟弟子のニンジャスレイヤーを待ち受ける。
ケイビイン(Keibiin)
憑依したニンジャソウルは「オダ・ニンジャ」。
「警備員」の名の通り、キョート城本丸の警備および庭園の管理を担っており、敵の侵入を許したならば相手を倒した後に自らもセプクして償う覚悟を持つなど、強い責任感の持ち主。
その実力も極めて高く、念力で刀や盾を操る「アスラ・カラテ」の力量は「アイサツの時点でカラテの格が伝わる」と表現された。
スローハンド(Slow Hand)
憑依したニンジャソウルは「イダテン・ニンジャ」。
自らの肉体を一気に加速させる「ヘイスト・ジツ 」の使い手だが、加速にともなって老化も進行するという弱点があり、多用はできない。
老化を治療し、またロードの支配を盤石にするため、ヨロシサン製薬と密かに手を組まんと画策している。
イグゾーション(Exhaustion)
声 - 鳥海浩輔
強力な「マズダ・ニンジャ」の憑依者。
生命力を活性化、暴走させる「バリキ・ジツ」の使い手で、敵の肉体を爆発四散させることも出来る。また「バリキ・ジツ」は脳にも影響を与え、判断力を低下させる 。
鷹揚かつ典雅な物腰だが、モータルはおろか自身の部下すら消耗品として扱う酷薄な人物。政治手腕にも長け、パラゴンを警戒しつつ、同じ上流階級出身のスローハンド、パーガトリーらと派閥を形成する。
他のものに先んじてロードの求める三種の神器を入手しようと、セキバハラを舞台に計画を張り巡らせた。
パーガトリー(Purgatory)
全身に暗黒カラテ粒子をまとってバリアにする他、連射が可能な「暗黒カラテミサイル」の使い手。
政治闘争にばかり注力する小心な愚鈍者として他のグランドマスターから軽んじられているが、これらは自らの本心を隠すための演技に過ぎない。
ニーズヘグ(Nidhogg)
逆棘状の異形の銛のようなヘビ・ケンを振る優れたカラテの持ち主。武人気質な戦闘狂。
高い戦闘能力を持ったダークニンジャに惹かれ、彼とその配下であるシテンノの後ろ盾となる。
ヴィジランス(Vigilance)
電算機室の最高責任者で、普段は電算機室の天井裏にいる。
元エコノミストであり、キョートの経済監視、ザイバツの秘密に迫った者を社会的に抹殺するなどの激務を24時間体制でこなしている。電脳担当にも関わらずLAN直結者ではない。
カラテでの戦闘力は他のグランドマスターに劣るが、報管理能力・外交能力の高さとエコノミック・カラテの実力からグランドマスターの地位にある。
ディプロマット(Diplomat)、アンバサダー(Ambassador)
ザイバツのマスター位階に就く双子のニンジャ。
兄弟が力を合わせる事で離れた空間を繋ぐ「ポータル・ジツ」を使い、それぞれが有事に備えキョートとネオサイタマに待機している。
ワイルドハント(Wild Hunt)
ザイバツには珍しくハイテクや外部協力者の使用を躊躇しない合理的な思想の持ち主。組織へ忠誠心はあるが意志決定の遅い上層部への不満を持っている。
アデプトのモスキートやインペイルメントらと共に先遣隊としてネオサイタマへ駐留している。
現場指揮官として上層部との折衝に腐心しつつ、直接戦闘においても様々な機能を持つ独楽を駆使して活躍する優秀な指揮官ニンジャ。
パープルタコ(Purple Tako)
ザイバツ・サイバネ強化ニンジャ集団「ザイバツ・シテンノ」のメンバー。シテンノの中では唯一の女性。ダークニンジャの腹心の一人となる。
その眼力と色香で相手を魅惑し操るヒュプノ・ジツの使い手。性交しながら口の触手で相手の精気を吸い取って殺すことを好むという異常性欲者である。
ブラックドラゴン(Black Dragon)
漆黒の装束と竜頭型のメンポを装着したニンジャ。バイオサイバネ手術により爬虫類を思わせる口に改造しているが、極端な性格が多い「シテンノ」の中では常識的な性格。
状況分析に優れ、素手のカラテだけでなく武器術の力量も高い。シャウトは「シテンノ!」。
自在に操作できる黒い霧を放つユニーク・ジツを持つが、目くらましの一種に過ぎないと自覚しており、強力なユニーク・ジツをもつレイジをアプレンティスとして迎え、彼のメンターとして指導している。
レッドゴリラ(Red Gorilla)
「何事も暴力で解決するのが一番」という過激な思想の持ち主で、筋力を武器とするビッグニンジャ・クランのソウル憑依者である。
役立たずと見なした部下は容赦なく切り捨てる非情さや、暴力主義的な思想からレイジには嫌われているが、同じビッグニンジャ・クランの部下からは精神的なメンターとして慕われている。
アイボリーイーグル(Ivory Eagle)
寡黙かつ冷静に任務を遂行する人物で、イーグルの名の通り飛行能力を持つ。戦闘ではナパーム弾や空中からのエアロカラテを使う。
誰にも明かさないある秘密があり、それは任務中に明らかになる。
シャドウウィーヴ(Shadow Weave) / ナブナガ・レイジ
ザイバツに所属するアデプト・ニンジャ。本名は「ナブナガ・レイジ」。
「Shadow Weave(影を編む)」の名の通り、影を自在に操る強力なジツを使えるが、未熟なため力は制限されておりクナイ・ダートの生成も出来ない。またカラテの力量も低く、モータルであるガンドーにさえ苦戦した。
自身に道を示してくれたブラックドラゴンに心酔する一方で、ザイバツの理想であるニンジャ階級社会には疑問を抱いている。
フェイタル(Fatal)
アンバサダー配下のアデプト。
普段はプラチナブロンドで豊満な胸の美しい女性だが、「ヘンゲヨーカイ・ジツ」により醜怪な獣へと変化する。
アムニジア誘拐の命令を受け、ブラックヘイズと共に行動するが、ザイバツの壊滅以降もそのままコンビを組んでいる。
イグナイト(Ignite)
アンバサダー配下のアデプト。髪を赤く染め左側だけを丸刈りにしている。
強力なカトン・ジツの使い手で、短距離ではあるが瞬間移動能力も持つ。短気で粗暴な性格ではあるが、上司であるアンバサダーのことは尊敬している。
アラクニッド(Arachnid)
元ザイバツ・ニンジャ。
ザイバツから脱走しようとした咎でホウリュウ・テンプルの地下座敷牢に幽閉されている。
他人の夢の中に入り込むユメアルク・ジツを使う。
ニンジャ考古学に詳しく、花札タロット占いを得意とする。
ラオモト・チバ(Raomoto Chiba)
声 - 松本梨香
ラオモト・カンの息子。父の跡を継いで「ネコソギ・ファンド」を経営し、「アマクダリ・セクト」の首領としてネオサイタマ経済を表裏から牛耳ろうとしている。なお、ラオモト・カンの子は腹違いでチバ以外にもいたが、跡目争いで大半が死亡した。
未だ変声期を終えていない少年であり、アガメムノンに傀儡として利用される一方、その内面には父に通じる王としての資質を秘めている。父親譲りの笑い声も特徴。
父の敵であるニンジャスレイヤーを執拗に狙う。ソウカイヤを離反したダークニンジャにも憎悪を募らせている。
アガメムノン(Agamemnon)/シバタ・ソウジロウ(Shibata Soujirou)
アマクダリ・セクトのアクシスを束ねる「12人」の一人。
表向きはネオサイタマ知事サキハシの私設秘書として行動しているが、裏ではチバの参謀役として実質的にアマクダリを牛耳っている。紳士的な口調ではあるが、モータルを見下している。
政治手腕だけでなく、憑依した「ゼウス・ニンジャ」 の電撃を操るユニーク・ジツ「デン・ジツ」も強力。
スパルタカス(Spartacus)
アマクダリ・セクトのアクシスを束ねる「12人」の一人。
ネオサイタマの警備保障会社上位3社の筆頭株主およびネオサイタマ格闘技振興連盟会長にして、古代ローマカラテの筆頭伝承者で圧倒的カラテの持ち主。
アマクダリの中枢を担う組織。
アガメムノンを含めた「12人」の意思決定機関を頂点として、彼らの配下やチバ直属の精鋭ニンジャによって構成される。「12人」は全員が表社会でも高い地位や権力を有しているとされる。
幹部以外のアクシス構成員は、全長10フィートもの巨大な槍を自在に操るドラゴンベインや、隠密状態からの単分子ワイヤーによる絞殺を得意とする暗殺ニンジャシズケサ、拳で殴った箇所を爆破するガングローブを装備したファイアブランドなど。
ネヴァーモア(Never More) / オニヤス・カネコ
ラオモト・チバの忠僕であり唯一全幅の信頼を置く存在。ソウカイヤ系列のヤクザ上がりのニンジャ。
ラオモト・カンの狂信者でありその姿を入れ墨として背負うほど。チバの護衛として常に傍らに立ち苦悩も理解しているため、彼を傀儡として利用するアガメムノンを憎悪している。
ユニーク・ジツは無いが、相手の反撃を許さないまま圧倒する強力なカラテが武器。
ニンジャネーム命名の経緯は「ライズ・オブ・アマクダリ」で語られる。
シャドウドラゴン(Shadow Doragon)
アマクダリ・セクト、アガメムノンの忠実なる配下。
竜人のような影に全身を包まれた謎のニンジャ。相手の影を縫いとめて動きを封じるシャドウピン・ジツや強酸性のブレスなど強力なジツを使うが、アガメムノンの命令を最優先に行動するため融通が利かず扱い辛い。
バスター・テツオ(Buster Tetsuo)
声 - 小西克幸
イッキ・ウチコワシの書記長。背中に「一揆」「打毀」と書かれた2本の旗を背負う。
その正体は謎に包まれているが、フェイタルによると、ニンジャではないらしい。
アンサラー(Answerer)
声 - 楠見尚己
鎌と槌が刻まれたメンポに赤い装束という出で立ちのニンジャ。
バスター・テツオに代わって演説を行うなど組織では上位におりアジテーション能力も高い。
ドラゴン・ドージョーの出身者であり「バーニングハンド」という強力なチョップ技を使う。アマクダリのニンジャを一蹴し、ネコネコカワイイの機体ですらも一刀両断してしまうほどの威力を誇る。戦闘能力も高く、ナラクの力を引き出したニンジャスレイヤーとも互角に渡り合える。
アムニジア / マナメ
声 - 種田梨沙
記憶喪失となっていたユカノが、アンサラーにより革命闘士として染め上げられた姿。
イッキ・ウチコワシの戦闘エージェント、ラプチャー(声 - 西田雅一)と婚約している。アムニジア自身は一目惚れと言っているが、書籍版の名鑑では組織ぐるみの不可解な経緯を疑われている。記憶をなくしていることと洗脳されているためか、ニンジャスレイヤーの助言には耳を貸さなくなっている。
学生を革命運動に引き込む際は「マナメ」の偽名を名乗る。武器は弓で、その腕前はモーターヤブやモーターツヨシの関節や武装を狙って撃ち抜けるほど。ユカノと同じく、シャウトは「キエーッ!」。
モーティマー・オムラ(Mortimer Omura)
オムラの社長。47歳。アメフト選手のような体格。
大きく強力な兵器を推進する「モーター理念」を提唱するなど、子供じみた考えの持ち主。
アルベルト・オムラ(Albert Omura)
モーティマーの父でオムラの会長。体の衰えから車椅子に乗っている。
会長職に退いてはいるが、社長室に来てはモーティマーの経営に苦言を呈している。
オメガ(Omega)
会長の護衛を主な任務とするニンジャ。
専属ニンジャとしては珍しく身体改造を全くしていないが、オムラでは最強とされる。
憑依したのはアーチニンジャの「ウルシ・ニンジャ」で、機械生物問わずに効果を及ぼす漆色の毒液を流し込むユニーク・ジツを使う。
カラテやジツだけでなく判断能力も優れており、暴走しがちなモーティマーに時折忠告を与える。
ネブカドネザル(Nebuchadnezzar)
オムラ・インダストリ専属のニンジャ。体の9割以上を改造しており自身を「所有物」と呼んでいる。名鑑では「決戦ニンジャ」と称された。
外付けの巨大な武装ユニットである「モーターツヨシ」による圧倒的火力と重装甲、秀でた戦術眼で複数のニンジャを同時に制圧する。
声 - 五十嵐裕美(ネコチャン)、内山夕実(カワイイコ)
ネオサイタマにおいて人気のアイドルデュオユニット。2体のオイランドロイド「ネコチャン」と「カワイイコ」により構成される。売りとするジャンプは脚をW字に真横へ曲げる人間の骨格では不可能なもので、「ネコネコカワイイ姿勢」と表記される。「ネコネコカワイイ」として使われているオイランドロイドは1体だけではないらしく、複数のボディの存在が語られている。
オムラ・インダストリ製暗殺用オイランドロイド。オイランドロイドとしてのAIのほか、モーターシリーズとしての戦闘用AIを併設する。モーターヤブやモータードクロよりAIの性能は上で、ボディガードに当たれる程度の性能はある。しかし、ニンジャには歯が立たない。
声 - 能登麻美子
ネオサイタマやキョートなどで広く使われている電子音声。マグロツェッペリンからの放送においても、電子マイコの音声が使用される。京都弁。
リー・アラキ(Dr. Lee Aaraki)
声 - 千葉繁
第1部の段階ではヨロシサン製薬からソウカイヤに派遣された科学者。劇中では敵味方問わず「リー先生(Dr.Lee)」と呼ばれることが多い(先生は敬称ではなく、肩書である)。
ニンジャに関する科学だけでなく歴史にも詳しいが、出で立ちや言動・行動は典型的なマッドサイエンティストである。一人に複数のニンジャソウルを憑依させる『ヨクバリ計画』や、ゾンビー・ニンジャの開発などの功績から、数々の失敗も見逃されている。
ソウカイヤの崩壊後も研究を続けており、第2部からはヨロシサンから独立して不死のニンジャ開発を目指す『イモータル・ニンジャ・ワークショップ(INW)』を創設。第3部の時点ではアマクダリの「12人」に数えられるまでに至り、第4部でもINWの拠点をフジサンの地下に移して研究を続けている。
あくまでニンジャの研究が第一目的であるため、協力対象は問わないので、結果的にニンジャスレイヤーの味方になることもある。
フブキ・ナハタ(Fubuki Nahata) / フォーティーナイン(Forty Nine)
声 - 水谷優子
リー・アラキの助手であり、愛人。自身も優秀な研究者である。
髪はボブカットでオレンジ色。劇中ではシリコンによる豊胸と明言された唯一の人物。
リー・アラキに惹かれており、胸元を強調した白衣でたびたびアプローチをかける。
ニンジャ名鑑によれば、リー先生の49番目の被検体となったのが彼女であり、最後の、そして最高の作品だったとされる。第3部で致命傷を負い、リー先生の手でアンデッド・ニンジャとなった経緯を持つ。
アンデッド・ニンジャと化してなお生前の容姿を保つが実体は無く、触れた者からカラテを吸収するカラテドレインが発動してしまうため彼女自身もリー先生に触れられない。この実体のない存在とは別に「巨大な死肉と触手と目玉の塊」と表される物理的な肉体が存在しており、ツキジ下層部全域に潜んでいる。捕らえた生物をゾンビー化させる能力も有しているらしい他に、UNIXに干渉し操る能力も秘めているようで、誕生の瞬間にダンジョン内に居合わせたユカノとエーリアスはただならぬ気配に戦慄している。
憑依しているソウルは「ヨミ・ニンジャ」のものに加え、イカ・ニンジャ・クランの上位ニンジャソウルも半ば事故のような形で憑依させている。
ブルーブラッド(Blue Blood) / トリダ・チェンイチ(Torida Chenich)
リー・アラキの助手。気弱な性格。日本有数の頭脳を持っている。
ジェノサイドの脱走事件に巻き込まれ死亡するが、保管されていた遺体にアーチニンジャの「フジミ・ニンジャ」を憑依させられヴァンパイアニンジャ「ブルーブラッド」となり復活。アンデッドでありながら生前の記憶を有する杞憂なニンジャとなり、以降は芝居がかったナルシストな性格になっているが、リー先生への忠誠は全く変わらない。
リー・アラキに心酔する一方、フブキを一番に嫌い、次いでニンジャスレイヤーを憎んでおり、またソウルがシ・ニンジャの眷属であったため、第4部の段階では本人の意思とは別にヤモト・コキに対しても忠節を尽くしがちである。
ヨロシサン製薬によって開発された、肉体改造の施されたニンジャ。ソウカイヤやザイバツに多数派遣されている。
両腕がハサミに置換されたロブスターのように生体部品を移植した後天的な者、培養槽で調整を施された先天的な者が存在する模様。後者は変幻自在の肉体や複数の腕などの特殊能力を有する。生存のためには「バイオインゴット」と呼ばれるヨーカン状の物質を定期的に摂取する必要がある。
サブジュゲイター(Subjugator)
度重なるバイオニンジャの暴走、脱走を問題視されたヨロシサン製薬が、社運を賭けて開発したバイオニンジャ。
人造筋肉由来の優れたカラテと、ヨロシサン製薬が作り出したバイオ生物を服従させるヨロシ・ジツを使う。支配する者として生まれヨロシサンのCEOとなる野心を持つ。
ロブスター(Lobster)
声 - 津田健次郎
ヨロシサン製薬が放ったバイオニンジャ。両腕がハサミに置き換えられている。アニメイシヨンでは人間大のロブスターの姿をしている。ハサミからはハサミ型スリケンが発射される。
ロブスターの登場する「デイ・オブ・ザ・ロブスター」はニンジャ名鑑によるとゴーストライター説がつきまとうとされ、名前やデザインも安直であることから読者の評判も悪いとの記述がある。人気投票や書籍版のイラスト募集でロブスターは無効票扱いされるなど、色々と曰く付きのニンジャである。
フォレスト・サワタリ(Forest Sawatari)
声 - 関俊彦