新幹線変形ロボ シンカリオン
最深部の格納庫で新幹線E5系を発見したハヤト。すると、なぜか乗車扉が開いたので乗り込んでみたその時、突然、警報とアナウンスが響き渡った。新幹線E5系はハヤトの持つ『Shinca』に反応し、ハヤトを乗せたまま、自動操縦により目的地に向かって発車してしまう。
異次元からやってくる巨大な物体『バチガミ』が街へ近づき暴れているのが見えたとき、ハヤトがホクトの指示で運転席に『Shinca』をタッチすると、車両は『新幹線超進化研究所』が秘密裏に開発した人型ロボット『シンカリオン E5はやぶさ』へと変形する。日本の安心と安全を守るため、ハヤトはE5はやぶさと共にバチガミへ立ち向かう。
鉄道ファンの小学生・速杉ハヤトは、鉄道博物館の職員である父・速杉ホクトと一緒に東京駅から新幹線に乗る。東北新幹線「E5系はやぶさ」に乗るという約束で出発した旅は、ホクトが指定席券を忘れたため「E2系やまびこ」での旅となったが、ハヤトは普段忙しいホクトとの旅を楽しみにしていた。しかし、突然の鉄道博物館からの電話でホクトは大宮駅で下車することになり、旅は半ばで打ち切りとなってしまう。失意のハヤトだったが、ホクトから預かったタブレットに残されたIDカードを届けるためにホクトを追い、鉄道博物館のバックヤードへと迷い込み、普段とは違う様子で何かに対応するホクトの姿を目撃する。
鉄道博物館の地下にあったのは特務機関『新幹線超進化研究所』の大宮支部。「巨大怪物体」と呼ばれる存在への対応を目的とした組織で、巨大怪物体に対抗するために秘密裏に開発された人型変形ロボット「シンカリオン」を保有していた。大宮支部の格納庫には調査のために捕獲された巨大怪物体が保管されていたが、再起動して暴走し格納庫があと10分で破壊される状態におかれていた。ホクトは大宮支部指令長・出水シンペイとともに、この巨大怪物体への対処を迫られていた。ハヤトはこの様子をずっと覗き見ていたが、車掌型ロボット・シャショットに見つかり不審者と勘違いされる。騒動で職員にも発見されるが、シャショットの計測によりハヤトがシンカリオン運転士適合者であることが判明する。新人指令員・三原フタバはハヤトをシンカリオンに乗せることに反対するが、ハヤト自身は「お父さんの役に立てるなら」と志願。専用の「Shinca」受け取ってシンカリオン E5はやぶさへと乗り込み、シャショットのサポートを受けながら巨大怪物体の撃退に成功する。
ハヤトと同じ大宮支部の男鹿アキタのE6こまち、大門山ツラヌキのE7かがやき、月山シノブのE3つばさ、名古屋支部の清洲リュウジのN700Aのぞみ、北海道支部の発音ミクのH5はやぶさ、門司支部の大空レイの800つばめとシンカリオンの配備が進む。リンク合体も活用しながら巨大怪物体を撃退していくが、その中で数段異なる強さを持ち、会話・意思疎通が可能な巨大怪物体が襲来する。この時の巨大怪物体は後に、人類以前の種族であるキトラルザスのエージェントの1人・ゲンブであると判明し、これ以降ビャッコ・スザク・セイリュウら他のエージェントや、それらを束ねるイザの存在も表面化するようになる。なお、巨大怪物体が出現する際には「黒い粒子」(「ナノマシン」「ルクスヴェテ」などと呼称)が確認されており、超進化研究所ではこの粒子の調査・研究も始まる。
敵対するキトラルザス側にもシンカリオンが存在し、セイリュウのブラックシンカリオンは圧倒的な力を見せ付ける。西日本における指令体制構築のために京都支部に転属されていたホクトは、激化する戦いを見据えて大人が搭乗可能なシンカリオンの開発に着手する。こうして試作された500こだまは従来のシンカリオンを強化するクロス合体の機構を備えており、クロス合体したE5×500の超グランクロスでブラックシンカリオンの撃退に成功する。この戦いを通じてハヤトはセイリュウとの対話の可能性を考えるようになり、一方のセイリュウも戸惑いつつも興味を持つ。セイリュウはスザクの助けを受けて人間界を訪れ上田アズサと出会い、知らず知らずのうちにハヤトとも遭遇した。超進化研究所では西日本に五ツ橋ギン・五ツ橋ジョウ・霧島タカトラのトリニティも配備するが、キトラルザスとの対話も考慮されようになる。
一方のキトラルザスでは、「人類とは戦い以外の道はない」と考える旧世代のエージェントが帰還しつつあった。現代のエージェントは人類との対話の道を模索しつつあったが、中でもビャッコは自分たちの作戦が無に帰すことを危惧して焦り、自ら決着をつけるべく新たにドクターイエローに搭乗したリュウジやハヤトを地下世界へと誘い込むが敗北。ビャッコはこの敗北や、戦いに介入したトラメを妨害したことで、古い掟にしたがってカイレンにより胸の赤い石を抜かれて石化する。ビャッコの石化を知ったゲンブは、ソウギョクに対してカイレンにビャッコの意思を伝える時間を設けるように求める。承諾を得るとゲンブは自らシンカリオンを知るために人間界へ赴き、ソウギョクにシンカリオンの強さを見せるために戦い一方的に攻撃を受けて敗北する。ゲンブは倒れていたところを超進化研究所に保護されるが、当初は仲間のことを考えて心を閉ざしていたが、ハヤトやツラヌキとの対話を通じて態度を軟化させる。対話のために一旦地底世界へ戻ろうとするが、ソウギョクの計略により巨大怪物体化させられ意思とは関係なく暴走し、ハヤトによって胸の赤い石を破壊されることを望む。赤い石が破壊されたゲンブは石化するが、ハヤトは自分たちを守るためにゲンブが自ら石化することを選んだことを知り号泣する。
セイリュウはソウギョクから「ゲンブを殺したのはシンカリオン」と伝えられるが、言葉の真偽を確かめるべく再び人間界へと赴く。ハヤトから事実であると回答されるが、その真意を問う間もなくソウギョクの計略によって呼び戻され、怒りをハヤトに向けたままブラックシンカリオンでハヤトと戦うことになる。E5×ドクターイエローとブラックシンカリオンの戦いの最中に、ハヤトとセイリュウは精神世界で対話する。セイリュウの問いにハヤトは「ゲンブは仲間だ」と回答し、対してハヤトからは「好きなものは何か」と問われるがセイリュウは答えることができなかった。戦いは両機のグランクロスのぶつかり合いとなり、敗れたセイリュウがハヤトに「ハヤトたちを信じた自分の気持ちを信じる」「俺もシンカリオンが好きだ」と答え去っていった。決着後、セイリュウは地底世界には戻らず人間界を放浪していたが、再会したアズサから懇願される形で迷いながらもクレアツルスのと戦いに苦戦するハヤトたちを救援する。この行為によりトラメから「反逆者」として断定されるが、セイリュウ自身はしばらくハヤトたちとは一定の距離を保っていた。後にキトラルザスとの決別を決意しハヤトたちと共闘、適合率上昇に伴い進化したブラックシンカリオン 紅とともに大宮支部所属のシンカリオン運転士として認められる。同時にこの頃、空席となっていたN700Aの運転士にリュウジの弟・清洲タツミが就いていた。
大宮支部への正式加入後、セイリュウを仲介役としてイザとの対話が試みられる。しかしカイレンらの妨害によって失敗に終わり、カイレンの影武者との戦いにおいてE5×500はリミッターを解除した超グランクロスの使用を余儀なくされ、その結果リミッターの役割を担っていたシャショットが機能停止してしまう。影武者を退けたハヤトたちはイザの下にたどり着く。かつて八代イサブロウの名でプロジェクトシンカリオンに参加したイザは、かつての部下であるホクト・出水に対して人類とキトラルザスの双方にシンカリオンを与えて、その結果創造される未来が見たかったという思いを語る。しかし、カイレンは自らが審判者だとして人類は不要と考えイザと思想が対立しており、イザはカイレンを止める願いをこめてハヤトに「E5はやぶさ MkII」を託し、ハヤトとホクトを東京駅に送ることをスザクに命じる。1人残された出水にイザは地底世界が維持できないことを語り、もう一人いると意味深な言葉を投げかけて避難を促した後、イザ本人は崩れてきた岩の下敷きとなった。
一方でカイレン本人は地上への宣戦を布告し、黒い貨物列車で新幹線超進化研究所総合指令部がある東京駅へ向かう。直前には東日本ではソウギョク、西日本ではトラメが同時に出現したことでシンカリオン各機が対応に追われており、無防備となっていた東京駅には最終防衛手段の「中央迎撃システム」が展開される。ソウギョク・トラメを退けてE5はやぶさ・500こだま以外のシンカリオンが東京駅に集結するが、真の姿となったカイレンの前に圧倒されていった。ハヤトたちが帰還しE5はやぶさ MkIIが参戦すると戦況は互角となるものの防御を崩せずに攻め手を欠くが、突如復活したシャショットの励ましにより形勢優位へと傾く。最後はE5はやぶさ MkIIとブラックシンカリオン 紅のダブルグランクロスを受けてカイレンは倒される。
キトラルザスとの戦いは終わり、セイリュウ・スザクの2人は人間界で生活を送っていた。各地に以前倒した巨大怪物体が再出現する事象も散見されたが、E5はやぶさ MkIIを主機体とするオーバークロス合体により撃破していく。そんな折、行方不明になっていたソウギョクが再来し、ブラックシンカリオンを複製した「ブラックシンカリオン ナンバーズ」を駆使して、セイリュウからオリジナルのブラックシンカリオン 紅を強奪する。これによりセイリュウはハヤトたちと和解した後の記憶を失ってしまうが、シノブから一時代替機として運用され、現在は予備機として保管されていたE3つばさ アイアンウイングを借り受けて再来したナンバーズとの戦いに臨み、戦いの中で記憶を取り戻していった。
ソウギョクは、自分たちよりも古い時代に人間との共存を模索して潜入したキリンと接触していた。表向きは協力体制をとっていたが、その思惑は異なっていた。キリンは他者の運転士適合率をある程度推測できるアズサの得意な能力に目をつけ、協力関係に合った科学産業省に勤める倉敷ヤクモが超進化研究所司令員のフタバの幼馴染であることを利用して接触。この時ソウギョクはアズサを手中に収めようと誘拐を画策するが、アズサたちを「客人」として扱うキリンにより一撃を加えられ姿を消す。キリンはハヤトら運転士に試練を与えていたことを明かし協力を要求するが、拒否されると豹変して超進化研究所各支部にナンバーズを差し向けるとともに、自身はブラックシンカリオン オーガに乗り込んで東京都庁へと移動し日本政府との交渉を要求した。この件により今まで一般には秘匿されていたシンカリオンの存在が露見する。ハヤトは新造された923 ドクターイエローとのオーバークロス合体でキリンに挑むが、最新鋭の戦力をもっても互角の形勢であった。セイリュウはヤクモからブラックシンカリオンを返還され、キトラルザス同士で決着をつける決意でハヤトたちに仲間になってくれてありがとうと礼を述べ、キリンを無理やり地底世界へと押し込み、出入口を破壊して外界との接続を絶って相討ち覚悟の決戦に挑む。
セイリュウを案じるハヤトたちは、ヤクモの父でキリンに協力していた倉敷イズモがCEOを勤めるクラシキ重工が敷設していたトンネルを利用して櫻島の地下へ駆けつけ、セイリュウを説得して力を合わせてキリンを討つ決意を固める。
ヤクモが罪滅ぼしにフタバに連絡してきたトンネルのことで、出水は一つの疑問に対して答えを得ていた。かつてドクター・イザとの対話を求め地底世界に赴いた際、そこに「E5はやぶさ MkII」があることに引っかかっていたが、ヤクモよりクラシキ重工が地底世界に繋がるトンネルを作っていたことを知り疑問が氷解した。八代イサブロウだった頃のイザが地底世界に向かったのはE5が開発されるよりずっと前、その情報を知るはずがなかった。それなのに地底世界にE5 MkIIがあるのはクラシキ重工とソウギョクが繋がり、地底世界に超進化研究所の情報がリークされていたからなのだった。スザクも自分たちの世界と地上とがトンネルで繋がりがあることに、非常に驚いていた。
ハヤトとセイリュウはスザクからルクスヴェテを提供され、ブラックシンカリオン オーガを名古屋支部へと転送し、シンカリオン全機が集結して最終決戦へと突入する。しかしライジングモードを展開したブラックシンカリオン オーガの力は圧倒的で、シンカリオン全機は一時撤退を余儀なくされ、名古屋支部を脱出したブラックシンカリオン オーガは国会議事堂を目指す。高速で飛行するブラックシンカリオン オーガに追いつく手段がなく、頼りのルクスヴェテも残っていなかったため絶望的な空気となるが、研究所内にごく僅かに保管されていることが思い出され、また人々が「協力」することでルクスヴェテが増殖することが判明する。一般の人々はシンカリオンの一切が秘匿されていたことで不安や疑念を抱いていたが、アズサがこれまでに撮影・編集しながらも公開されることがなかった動画を公開すると払拭され、世間の支持と協力を得ることに成功し大量のルクスヴェテが確保される。スザクは、ルクスヴェテの増殖で復活したビャッコやゲンブと協力して名古屋支部との直通線路を作ることに成功し、ブラックシンカリオン オーガに追いついたシンカリオン各機は一斉攻撃を開始し、最後はE5 MkII オーバークロス ブラックシンカリオン 紅の攻撃によりブラックシンカリオン オーガは倒される。
速杉家では速杉ハヤトが北海道への家族旅行のために荷支度をしていた。ハヤトは自室のクローゼットから父・ホクトが子どものころに「超進化速度」「長距離海底トンネル」などを描いたノートを発見するが、そのうち1ページが破かれていることを不思議に思う。北海道へ向かう道中に青函トンネルを通過する際にノートの話題に触れ、父も鉄道好きの少年であったことをハヤトは確信する。ニヤマ高原スキー場を訪れたハヤトは、ライブイベントで歌うミクと再会する。速杉一家と談笑するミクは、以前出現したがすぐに姿を消した「ゴジラのような姿の怪物体」がスキー場近くに再来するのを確認する。ハヤトとホクトは「雪のゴジラ」と名付けられた怪物体に対応するため北海道支部へ急行しシンカリオンで出撃するが、その強大な力に圧倒され、ハヤトがゴジラが放つビーム状の光の粒子の直撃を受け、ホクトはハヤトを救うべく手を伸ばし光の粒子へと突入してしまう。一方その頃、大宮支部ではシンカリオンを離れて地元に戻っていたアキタ・ツラヌキ・シノブが集められ、セイリュウを含めた4人でシミュレーター検査を受けるが誰一人として新型のシンカリオンには適合しなかった。
気を失ったハヤトは北海道支部の医務室で目を覚ますが、隣のベッドには見知らぬ少年が眠っていた。フタバとヒビキから状況説明を受けるハヤトは、例の見知らぬ少年が現場近くで発見されたこと、回収された923ドクターイエローが無人であったことを知る。ハヤトは大宮支部から急行した4人とアズサ、リュウジと対面するが、勝手にシミュレーターを使用した例の少年が適合者であることが発覚する。新型のシンカリオンとは何かを問うアキタらに出水は、キリンとの戦いの3か月後に宇宙の巨大人工物が地球に向かっていることが発覚したことで開発中だった「ALFA-X」の開発を急いでいたことと、今から数ヶ月前に北海道新幹線延伸のためのトンネル掘削工事中に見つかった地下空間から完成されたALFA-Xが発見され、同時に超進化研究所大宮支部のALFA-Xの開発データに起動データが書き加えられたことを明かし、万が一に備えてALFA-Xの運転士を探す必要があったと説明した。「ALFA-X」に適合した少年の素性を探ろうとするハヤトは、その口調が妹・ハルカに似ていることに気づき、父・ホクトの幼い姿であることに気づき困惑する。中学受験を控えながら「鉄道好き」であることに迷いがあった少年ホクトはその旨を吐露、その迷いをハヤトに肯定されたことで気を許していく。持っていたノートに「鉄道路線の夢」を描き、1ページを破いてハヤトに渡した。それでも本音は戸惑っていたハヤトであったが、母・サクラから「信じて待とう」と励まされる。
出水の説明した「宇宙の巨大人工物」の正体はメトロポリタン・ヴァルハラン。宇宙へと散らばったキトラルザスの一派「ヴァルハラン」の本拠地で、リーダー・ナハネが率いる時空間を操る「光の粒子」を持つ種族であり、光の列車から変形する光の機械神「ヴァルドル」を有していた。小田原駅付近に光の列車が出現しN700A・800・トリニティーが出撃するが、「光の粒子」の力で過去の時代・場所に転送されてしまい連絡不能の状態となる。続いて岩手県内にブラックシンカリオン オーガが出現、E5・E6・E3・H5・ブラックシンカリオン 紅とリュウジが搭乗する923ドクターイエローが出撃するが、こちらも「光の粒子」の力で別の時代・場所に転送されてしまう。
ハヤトが少年ホクトを探すとALFA-Xの前にいた。少年ホクトは青函トンネルの存在により自分が過去からやってきたこと、自分がハヤトの父親であることを察していた。そして、ハヤトと家族を悲しませないためにも自分は元の世界に戻ることを望み、そのためにALFA-Xに乗ることを決意する。E5 MkIIとALFA-Xは光の列車とヴァルハランが迫る東京駅へと急行するが、またも「光の粒子」の力で別の時代・場所に転送される。しかし、これはナハネや裏で糸を引いていたソウギョクにとっても計算外でありナハネの側近・オハネフによって即時呼び戻されるが、ハヤト自身は別次元の出来事は思い出せなかった。ヴァルハランの中でハヤトはナハネと対峙し、ナハネは地球に望みを叶える力があるというメッセージを受け取ったと伝え、人類から地球を奪い返すことを宣言する。直後ALFA-Xは操られE5 MkIIに対して攻撃を開始、少年ホクトは自らのノートを破り捨てることで「シンカリオンそのもの」の存在を消してハヤトを救おうとするがハヤトに説得されて思いとどまる。相変わらずのE5 MkIIの窮地は、駆けつけたゲンブのE5によって救われる。
一方でソウギョクの前には巨大怪物体化したビャッコが立ち塞がる。何のつもりかと問うビャッコにソウギョクは、シンカリオンとの最終決戦の後から宇宙に散らばったキトラルザスに対して「地球を去らなければならなかった問題は解消した」とのメッセージを送っており、それに最初に応えたのがヴァルハランであったこと答える。ヴァルハランはヴァルドルの完成のために未来の技術を欲しており、それに対してソウギョクは開発中のALFA-Xの存在を提供し、ヴァルハランは求める技術が「将来完成するであろうALFA-X」に搭載されていると踏んだが十分な量の「光の粒子」は残されておらず、偶然その頃に地中に埋まっていた膨大な「光の粒子」を人類が掘り当てたことを利用し、未来から完成したALFA-Xを現代へと呼び寄せたと続けた。
ナハネはヴァルドルを呼び込みALFA-Xを取り込み、光の列車に変形して東京駅へと向かう。対応できるシンカリオン不在の東京駅では中央迎撃システムを展開、光の列車は中央迎撃システムの中へと誘導される。一方ハヤトたちはヴァルハランの中に残されていたが、「黒い粒子」の影響で忘却していた別次元の出来事を思い出し、姿を消した他のシンカリオンたちも別次元にいるのではないかと推測した。ヴァルハラン上空の光の集合体を破壊するとシンカリオン全機が帰還すると、一斉に中央迎撃システムを目指す。再度変形したヴァルドルに対し全機が必殺技を使用するが通用しなかった。
その刹那、ブラックシンカリオン オーガが東京駅に襲来。乗っていたのはソウギョクから機体を奪い取ったビャッコであり、到着するとすぐブラックシンカリオン 紅とオーバークロス合体し、その攻撃によってALFA-Xの解放に成功する。ALFA-Xが解放されるとすぐさまE5 MkIIとオーバークロス合体し一気呵成に転じるが、「光の粒子」に護られたヴァルドルは堅固であった。ハヤトは逆に「光の粒子」を利用することでヴァルドルを倒すことを思いつき、スザクから転送された「黒い粒子」を利用して「光の粒子」を増幅させ、最後はアルティメットグランクロスでヴァルドルを撃破する。
戦いが終わると少年ホクトは姿を消していた。大人ホクトとの再会を喜ぶ速杉一家。ハヤトの傍らには少年ホクトから渡されたノートの1ページが残っていた。
キトラルザスとの戦いから数年後。オカルト好きの小学生・新多シンは、ジャーナリストを志望する姉・新多アユともに碓氷峠鉄道文化むらを訪れていた。旅の目的は旧丸山変電所に現れた宇宙人と見られる謎の影の正体を探ることであったが成果は得られず、荻野屋で昼食をとっていた。姉弟で「夢」について意見をぶつけているとそれを聞いていた走り屋に絡まれるが、居合わせた少年・碓氷アブトやカメラマン・明星アケノに助けられる。アブトは何かの呼び出しに応じて急いで場を後にするが、アブトの持つ小型ロボットに興味を持ったシンはアブトを追跡し、再び碓氷峠鉄道文化むらへと辿り着く。
一般には秘匿されていたが、碓氷峠鉄道文化むらの地下には『新幹線超進化研究所 横川支部』が存在しており、今まさに巨大怪物体の対応に追われていた。アブトは自ら強化・改造を担当したシンカリオンZ E5はやぶさで巨大怪物体と戦うために駆けつけるが、適合率の低さからE5はやぶさは起動できず悔し涙を流す。一方、アブトを追って格納庫に潜入したシンは、目の前のシンカリオンが数年前に謎の怪獣と戦ったと噂される正体不明の新幹線型のロボット「テツドウダー」の正体だと確信する。現場近くの一般人(アケノ)に巨大怪物体が迫るがシンカリオンは出動せず、業を煮やしたシンはアブトに「シンカリオンは世界を救うんじゃないのか」と詰め寄る。その時、アブトが持つ小型ロボット・スマットの計測器がシンの高い適合率を表示する。アブトは迷いながらも起動に必要なZギアをシンに手渡す。E5はやぶさで出動したシンは、アブトやスマットの助けも受けつつ巨大怪物体の撃退に成功する。運転士になれない悔しさを島に慰められるが、アブトは複雑な思いでE5を見つめていた。
正式にE5はやぶさの運転士となったシンは、E235ヤマノテとのZ合体にも成功して強化されて再来した巨大怪物体をも退ける。その後は同じく運転士となった大曲ハナビのE6こまち、戸隠タイジュのE7かがやきとも協力して巨大怪物体を撃退していく。戦いを通じて地下空間に「黒い結晶体」(「ブラックストーン」「クサビ石」などと呼称。以下「ブラックストーン」とする。)の存在が発覚し、敵対するテオティを名乗る集団で目的がこのブラックストーンの破壊であることが判明する。戦いの激化に備えて主要メンバーの大宮支部転属が決定されるが、そんな折にテオティのワダツミの横川支部への潜入を許してしまう。シンは辛くもこれを撃破するが、ワダツミは去り際に宣戦を布告する。シンたちは大宮支部へと転属し、中州ヤマカサの800つばめ、安城ナガラのN700Sのぞみ、嵐山ギンガの500こだまと各地にシンカリオンZやザイライナーの配備は進む一方で、開発のキーマンであったアブトは「父さんの手がかりを掴んだから会いに行く」と言い残して姿を消す。アブトが旅立ってから間もなく突然襲来した「闇の新幹線」(ダークシンカリオン)が現れ、シンカリオンZ3機を相手に戦いを繰り広げる。かつて異動を巡りめがね橋の上での追いかけっこでアブトが驚異的な身体能力で自分の頭上を越えて回避した時と同じ動きに愕然となり、ダークシンカリオンの運転士がアブトだと気づく。想像だにしなかったアブトの背信行為に大宮支部に激震が走る。特にアブトの手で作られたスマットは混乱してアブトの記憶を封じようとし、一時シンのE5はやぶさは適合率不足の状態となりZ合体ができない状態に陥る。シンの協力により、スマットはシンとともにアブトを取り戻す決意を固め、時を同じくして大宮支部を襲撃したワダツミの迎撃で再度Z合体に成功するとともに適合率上昇によりE5ヤマノテは覚醒する。これによりワダツミは撃退され、ワダツミは全身を赤い結晶に覆われ活動を停止する。
アブトは、父からのメッセージと考える予知夢に出て来るダークシンカリオンに乗り込んでテオティに潜入していた。テオティの内部を探るために実質的指導者・カンナギの命を受けてダークシンカリオンに搭乗し、苦痛を堪えながらもシンたちと何度か戦ううちに、カンナギたちが「ザガン」と呼ぶダークシンカリオンの開発者が父・トコナミであることに気づく。アブトがどうやって宇宙空間にあるユゴスピアに来たのか疑問に思いつつもトコナミは数年ぶりの再会に驚きながらも失踪したことを謝罪し、アブトにダークシンカリオンの「デビルモード」の危険性を説き、そのダークシンカリオンの力で地球とシラユキを守って欲しいと懇願する。トコナミはテオティであることや設計図などは思念波として送っていたことを告白するが、「闇の新幹線」については送っていないと語り、アブトが利用されてユゴスピアに来させられたと告げるもプライドの高いアブトは敵に踊らされたとは認めたくなくて必死に否定する。その時トコナミはアストレアの気配を察し、アブトにカンナギの危険性を伝えようとするも一時的に声を奪われ、父親を人質にされたアブトは地球に戻るよう命じられ地球上のテオティの基地に監禁され、ソウギョクを伴って現れたアストレアは顔の上半分を常に隠す仮面を外して素顔を見せ、今まで地球では地球人の女性に変身し、女性カメラマンの明星アケノと名乗りアブトや運転士たちを騙していたことを明かしアブトを絶望させる。地球に降りた際、彼らと会うことがあっても余計なことを口走ればかつての仲間を害すると告げ、また、生きて父親に会いたければカンナギに仕えろとアストレアは脅迫した。
テオティとの戦いにはブラックストーンが重要と考えた超進化研究所は、地下空間を調査するための機能を備えたシンカリオンZ ドクターイエローを開発していた。運転士には安城シマカゼが抜擢され、大宮支部周辺では上野と横川に地下空間が発見された。上野の地下空間に赴いたシマカゼはカンナギと遭遇し、カンナギは「ダークシンカリオンがある限りテオティは止められない」と言い残して姿を消す。シマカゼはこの言葉から横川に地下空間に向かったシンの身を案じたが、案の定シンの前にアブトが立ち塞がっていた。シンとスマットは対話を試みるが、声を奪われているアブトからの返答はなかった。無反応の様子から父親を人質にされているとは想像できないシンたちはアブトが洗脳されている可能性を考えて攻撃を決断するが、アブトの反撃によって追いつめられブラックストーンも破壊されてしまう。シンは救援に駆けつけたシマカゼによって救われるが、戦いの衝撃により地下空間が崩落し双方ともに撤退を余儀なくされる。この戦いでシンは自らの戦闘能力不足を痛感する。一方でアブトはデアボルの襲来の際に声を戻されテオティの民を護ったことで事情を知らない民に英雄視され、そんなテオティの民との交流で先住民族であり地球を離れざる得なかった事情を知り動揺する。自分たち親子を引き裂き不幸を齎したテオティに対して憎しみしかなかったが、カンナギはテオティが憎いアブトを民の善意を利用して憎しみを向けられぬよう雁字搦めにし、先住民族の不遇と地球帰還を願う姿を見せて同情を誘い2つの種族の板挟みで悩み苦しめ嘲笑する。アブトは守るべき民をも道具として利用し同情につけ込むカンナギの策略に嵌まってしまい、人質にされたトコナミとテオティの狭間で葛藤するようになるが、それすらもカンナギの悪意に満ちた思惑の内とは知る由もなかった。