X-ファイル
映画版第2作『真実を求めて』から5年後の世界。モルダーとスカリーはバージニア州スポットシルバニア郡で暮らしていた。2人はそれぞれアンソニー・ブレイク、ダナ・ブレイクと名乗っていた。そんなある日、FBI長官代理を務めるウォルター・スキナーが2人を訪ねてきた。2人はスキナーから何者かがFBIのデータファイルをハッキングしてX-ファイルに関する情報を得たことを知る。その後、スキナーは宿泊しているホテルで殺されかけ、スカリーは勤務先の病院で何者かに誘拐されてしまう。スカリーを襲った一団には、スカリーが診察していた幼い女の子、エミリー・ヴァン・デ・カンプがいた。エミリーは何かに憑依されたかのようだった。
ジョン・ドゲット捜査官は石油パイプラインで起きた原因不明の爆発の調査を開始した。
モルダーはスカリーを助けるべく、ローン・ガンメンの3人を訪ねる(この場面で、読者はシーズン9での3人の死がFBIによって偽装されたものであったことを知る。なお、偽装死以降の3人は政府の雑務をしていた。)一方、スカリーは部屋の中で意識を取り戻し、自身がカトリックの司祭風の男たちに取り囲まれていると気が付く。ところが、そこにやってきた不気味な助祭によって救出される。
モニカ・レイエス捜査官はモルダーとスカリーの息子、ウィリアムの養父母を訪ねるが、2人はウィリアムの部屋で死んでいた。レイエスは謎の存在がウィリアムの養父母に成りすましていたことに気が付く。その頃、スカリーはドゲットが調査していたパイプラインがマグネタイトを運搬していたことを知る。一方、モルダーは死んだはずのシガレット・スモーキング・マンと遭遇する。スモーキング・マンは奇矯な振る舞いをするのだった。スキナーがエミリーを調べたところ、エイリアン特有の酸性で緑色をした血液が検出された。
モルダーはマグネタイトが運搬されているというパイプラインを突き止め、スカリーがその周辺の森の中に捕らわれていると推測する。しかし、実際には、スカリーは助祭によって商店に連れ込まれていた。そこで、警察官がスカリーを発見した。しかし、その警察官は司祭風の男が姿を変えたものだった。司祭風の男が突然、モルダーに姿を変えたため、スカリーは事故を起こす。そして、森の中で本物のモルダーを撃ってしまった。モルダーを変身した助祭と勘違いしたのである。
スカリーに撃たれたモルダーは司祭風の男たちによって治療されたが、その一団にスカリーがいると思い込まされてしまった。その頃、スカリーは自らを騙した一団を殲滅しようとして辿り着いたイエローストーン国立公園で予想もしなかったものを目撃する。
「Hosts」(第6話 - 第7話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:エレナ・カサグランデ、シルヴィア・カリファノ
FBIの地下にあったX-ファイル課のオフィスを整理する前に、モルダーとスカリーの2人は呼び出しを受ける。そこで、2人は新しい上司となるアンナ・モラレスFBI副長官と初めて会う。モラレスは再開されたX-ファイル課の業務を効率化を図ろうとしていた。モラレスはフルークマンと似た事件(シーズン2第2話「宿主」を参照)を解決するべく、スカリーをバージニア州クアンティコへ、モルダーをマサチューセッツ州マーサズ・ヴィニヤードへ派遣する。
モルダーはマーサズ・ヴィニヤードの下水道で巨大なフルークマンに襲撃されるも、スカリーが応急処置を施してくれたため、死なずに済んだ。ところが、モルダーとフルークマンの間に精神的なつながりが生じたことが判明する。
「Being for the Benefit of Mr. X」(第8話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マイケル・ウォルシュ
モルダーがかつて住んでいたアパートの住所から謎のボイスメールが送られてきたため、モルダーとスカリーは職場復帰のための訓練を中断することになった。ボイスメールから得た情報によって、2人は敵の正体と「純潔種支配(Purity Control)」計画の存在を突き止める。
なお、このエピソードではミスター・Xがなぜモルダーに協力しようとしたのかが明かされた。
「Chitter」(第9話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:グレッグ・スコット
モルダーとスカリーは失踪事件の捜査をするためにペンシルベニア州ミラーズバーグへ向かう。その事件の容疑者と目されている人物は犠牲者の絶望を増幅させる「さえずりの神」のコントロール下にある可能性があった。
「More Musings of a Cigarette Smoking Man」(第10話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:トニー・モイ、メントン3
シガレット・スモーキング・マンは記憶の一部を失ったことに気が付いていた。記憶を取り戻そうとする中で、自分が一度死んでいたことを知る。
「Pilgrims」(第11話 - 第15話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マシュー・ドー・スミス
モルダーとスカリー、モラレス副長官の3人はサウジアラビアの油田で起きたテロを捜査するために現地へ赴く。スカリーは現地の病院で治療中の負傷者に話を聞こうとしていた頃、モルダーは自爆テロの様子を収めたテレビの映像を見ていた。ローン・ガンメンの協力を得たモルダーは映像におかしな点があることに気が付く。そこに映っていた謎の人物について調査をしようとした矢先、モルダーは何者かに襲撃される。足を怪我したモルダーの前に現われたのは死んだはずの(シーズン8最終話「誕生」参照)アレックス・クライチェックだった。
襲撃者から逃げているうちに、モルダーとクライチェックの2人はカピトリウムがある通りに入り込んだ。そこで2人は空から強烈な光で照らされた。その瞬間、時間消失現象が起きた(UFOに遭遇した人間は時間を失う)。その頃、スカリーは負傷者の治療に当たっていたクラウス医師のオフィスに侵入していた。スカリーがオフィスで書類を調べていると、重傷を負った女性がスカリーに情報を提供した後、自殺してしまった。命からがらアメリカ大使館に戻ったモルダーは、スカリーに砂漠へ行って時間消失現象が起こるかどうか確かめないかと提案する。2人が砂漠へ行くと、確かに時間消失現象が起きた。ところが、時間と一緒にスカリーの姿も消えてしまうのだった。
アーリントン墓地で、ローン・ガンメンはスカリーを連れたクライチェックを目撃し仰天する。3人はクライチェックを自分たちの隠れ家に連れ込んで話を聞くが、クライチェック自身にもなぜ自分が蘇ったのかはわからなかった。スカリーはクライチェックの身の安全を確保するために、彼をスキナーの下へ連れていく。その頃、モルダーはサウジアラビアの砂漠を彷徨っていたが、そこで正体不明の女性と遭遇する。モルダーは女性が「ブラックオイル」に感染していると見抜き、彼女に銃を突きつけた。もみ合っているうちに、2人が乗るトラックは崖から転落してしまう。モルダーは何とか生還するが、「ブラックオイル」に感染してしまった。
「ブラックオイル」はモルダーを操ってアメリカにやって来た。スカリーはモルダーに銃を向ける。「ブラックオイル」は宇宙人が7200万年前になぜ地球にやって来たのかを語り始める。話を終えた「ブラックオイル」はシェルテムと名乗り、スカリーに自分を助けてくれないかと頼み込んだ。その頃、ニューヨークではシガレット・スモーキング・マンがスカリーとシェルテムが出会ったことを何者かに報告していた。
「Immaculate」(第16話 - 第17話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:コリン・ロリマー
「Monica & John」(第18話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マシュー・ドー・スミス
「G-23」(第19話 - 第20話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:トム・マンドレイク
「Elders」(第21話 - 第25話)
シナリオ:ジョー・スミス 絵:マシュー・ドー・スミス
『The X-Files Season 11』は2015年8月より連載が開始された。シナリオはジョー・ハリスが、絵はマシュー・ドー・スミスらが担当している。
「Cantus」(第1話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マシュー・ドー・スミス、メントン3
「Home Again」(第2話 - 第4話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マシュー・ドー・スミス、メントン3
追手から身を隠しながらも、モルダーはX-ファイルの捜査を続けていた。そんなある日、モルダーは偶然立ち寄った農場でピーコック一家に遭遇する(シーズン4第2話「ホーム」参照)。
「My Name is Gibson」(第5話)
シナリオ:ジョー・ハリス 絵:マシュー・ドー・スミス
当初、FOXは『X-ファイル』の復活版を「ミニシリーズ」と位置付けていたが、『X-ファイル』の動画配信を行っているAmazon.comやHulu及び多くの批評家たちは復活版を「シーズン10」と表記していた。しかし、第1話放送後、FOXもシーズン10の表記を使用するようになった。なお、テレビ版シーズン10は漫画版シーズン10の内容と関連していない。ところが、2017年4月10日、漫画版シーズン10を原作として劇場版第2作とテレビ版シーズン10の間を埋めるストーリーが展開されるオーディオブック『The X-Files: Cold Cases』の製作が発表された。このため、テレビ版シーズン10と漫画版シーズン10が内容的に無関係であるとは言えなくなった。
日本では『X-ファイル 2016』と言うタイトルで2016年6月1日からデジタル配信がスタートし、7月2日にDVD及びブルーレイBOXが発売された。漫画『金田一少年の事件簿R』とのタイアップが行われた。
製作総指揮:クリス・カーター、グレン・モーガン、ジェームズ・ウォン
製作:ダリン・モーガン、ゲイブ・ロッター
撮影:ジョエル・ランザム
音楽:マーク・スノウ
サイエンス・アドバイザー:アン・シモン(生物学者)
※ヴィンス・ギリガンとフランク・スポットニッツにもオファーが出ていたが、スケジュールが合わず、参加できなかった。
※()内は日本語吹き替えキャスト
デイヴィッド・ドゥカヴニー - フォックス・モルダー(小杉十郎太 / 風間杜夫)、元FBI捜査官。
ジリアン・アンダーソン - ダナ・スカリー博士(相沢恵子 / 戸田恵子)、病院で医師として働いている。
※映画第2作においてモルダーとスカリーは同居していたが、このミニシリーズで2人は破局している。
ミッチ・ピレッジ - ウォルター・スキナーFBI副長官(島香裕)
トム・ブレイドウィッド - メルビン・フロハイスヒキー(?)、ローン・ガンメンのメンバー
ブルース・ハーウッド - ジョン・フィッツジェラルド・バイヤース(稲葉実)、ローン・ガンメンのメンバー
ディーン・ハグランド - リチャード・ラングリー(落合弘治)、ローン・ガンメンのメンバー
ウィリアム・B・デイヴィス - シガレット・スモーキング・マン(小島敏彦)
アナベス・ギッシュ - モニカ・レイエス(佐々木優子)
シーラ・ラーケン - マーガレット・スカリー、ダナの母親(火野カチコ)
ジョエル・マクヘイル - タッド・オマリー(鈴木正和)、インターネットのニュース番組の司会者でモルダーの協力者でもある。
アネット・マヘンドル - スヴェタ(皆瀬まりか)、エイリアンに誘拐された女性。
アリザ・ヴェラーニ - サンディープ看護師
ヒロ・カナガワ - ガーナー
ダグ・サヴァント - オーガスタス・ゴールドマン(高岡瓶々)
レベッカ・ウィソッキー - ジャッキー・ゴールドマン
ジョナサン・ホワイトセル - ジャニトール
オマリ・ニュートン - ロジャース
クリス・ローガン - サンジェイ博士(山田浩貴)
ニコライ・ウィッチェル - ヒル博士
アリソン・ワンドズラ - シンシア
アーロン・ダグラス - リンドクィスト
ヴィク・サヘイ - グプタ、情報提供者
ライアン・ロビンズ - マーフィー
クリスティーン・ウィリス - メアリー
ケイシー・ロール - アグネス
ジョナサン・ホワイトセル - カイル(青木崇)
ミーガン・ペタ・ヒル - モリー(木下紗華)
リス・ダービー - ガイ・マン(島田敏)
クメイル・ナンジアニ - パシャ、害獣駆除の専門家(渡辺一茂)
リチャード・ニューマン - ルマノヴィッチ博士
シャンゲラ・ワドリー - アナベル
タイラー・ラビーン - 怪物の目撃者
ティム・アームストロング - トラッシュマン(松本大)
ダリル・シャトルワース - ダリル・ランドリー(楠見尚己)
ペギー・ジョー・ジェイコブズ - ハフ看護師(日野由利加)
アレッサンドロ・ジュリアーニ - ジョゼフ・カトラー(小室正幸)
クリス・シールズ - ドロス刑事
ゲイリー・セコン - 検視官
サチン・サヘル - ジャック・バッド
ヴィーナ・スード - ルイーズ・コルキット医師
ジャネン・カー - タリー看護師
ローレン・アンブローズ - リズ・アインシュタイン捜査官(甲斐田裕子)
ロビー・アメル - カイド・ミラー捜査官(川島得愛)
エリック・ブレカー - ブレム特別捜査官
スティーヴン・ロボ - スーツ姿の男性#1
シェイン・ジョーンズ - スーツ姿の男性#2
ジャネット・キダー - 看護師
アーティン・ジョン - シラズ
ニーラ・ナイエビ - ノーラ
ゲイリー・チョーク - マッド・ドッグ
マーシー・T・ハウス - 怒った女性
ローレン・アンブローズ - リズ・アインシュタイン捜査官(甲斐田裕子)
ロビー・アメル - カイド・ミラー捜査官(川島得愛)
ジョエル・マクヘイル - タッド・オマリー(鈴木正和)
アリザ・ヴェラーニ - サンディープ看護師
ジュリアン・クリストファー - オスカー・グリフィス医師
※アメリカのネット上において、ディープ・スロートを演じたジェリー・ハーディンがミニシリーズに登場するのではないかという噂が流れたが、2015年9月11日に行われたインタビューでハーディン本人がそうした噂を否定した。
第1話「闘争 Part.1」 - 監督・脚本:クリス・カーター
物語はフォックス・モルダーの独白から始まる。モルダーはX-ファイルの捜査を通して政府とエイリアンの陰謀に立ち向かった自身の歩みを振り返っていく。その独白の中ではダナ・スカリーについても言及された。自らの命を危険にさらしてまでも真実を追い求めたモルダーではあったが、2002年にX-ファイル課が閉鎖に追い込まれたため、陰謀の全容解明は不可能になってしまったかに思われた(シーズン9最終話「真実」を参照)。
1947年、ニューメキシコ州ロズウェル。ある医者が軍の関係者に案内されて「何か」の墜落現場へと入っていった。墜落物の残骸を見た医者は驚愕した。その「何か」は当時の科学技術では到底作り得ないものだったからである。医者が視線を別の場所に向けると、負傷した「何か」の搭乗員が墜落現場から這いずって逃げようとしていた。その姿はどう見ても人間ではなかった。医者は搭乗員を治療したいと申し出たが、兵士たちはそれを拒絶し搭乗員を銃殺してしまった。
2016年、ネット上で陰謀論に関する番組を放送し人気を博しているタッド・オマリーは驚くべき政府の陰謀を解き明かした。それを公にするために、オマリーはFBIのウォルター・スキナー副長官に助力を求める。オマリーはスキナーの仲介でかつてX-ファイルの捜査に当たっていたモルダーとスカリーにコンタクトをとることができた。オマリーの話を聞いたモルダーとスカリーはエイリアンに誘拐されたと主張するスヴェータという女性に会う。スヴェータは誘拐されたとき、胎児をエイリアンに奪われ、自身はエイリアンのDNAを埋め込まれたのだという。俄かには信じがたい内容ではあったがスカリーはスヴェータの遺伝子を検査することにした。その後、オマリーはモルダーをある施設へと連れて行った。その施設に隠されていたものこそ、モルダーが追い求めてきた真実を根底から突き崩すものだった。
第2話「変異」 - 監督・脚本:ジェームズ・ウォン
ヌージェニクス・テクノロジーの本社ビル。サンジェイ博士が仕事場に到着すると、博士は高周波のノイズ音を聞いた。そのノイズ音はいったんは止まったが、会議中に再び鳴り響きだした。奇妙なことに、博士以外の人間にはノイズ音が聞こえていないようだった。博士はノイズ音に耐えられなくなり、会議室から飛び出した。そして、近くのサーバー管理室に鍵をかけて閉じこもった。ガードマンたちは管理室に入るべく、ドリルを使って鍵穴をこじ開けようとした。ノイズ音とドリルの音に耐えきれなくなった博士は理性を失い、ペーパーナイフで鼓膜を破ってしまった。ガードマンたちが部屋に入ったときには、博士は絶命していた。
モルダーとスカリーはサンジェイ博士の不審死事件の捜査に赴いた。ヌージェニクス・テクノロジーの捜査に対する態度は非協力的なもので、手がかりひとつ得られなかった。そこで、モルダーはサンジェイ博士の携帯電話を盗み出し、博士が最後に電話した人物との接触を試みた。その人物は博士の恋人、グプタであった。グプタはモルダーに「サンジェイとは疎遠になっていた。どうも彼は子供たちが死にかけていることを気にしているようだった。」と語った。その頃、スカリーは博士の死体を解剖していた。その最中に、スカリーは博士の手のひらに「創設者の変異」と書かれていることに気が付いた。ヌージェニクス・テクノロジーには「創設者」と呼ばれる科学者がいた。彼の名はオーガスタス・ゴールドマン。人を避けることで知られていた。モルダーとスカリーはサンジェイ博士の自宅を捜査すると、醜い顔をした子供たちの写真が見つかった。そうこうしているうちに、警察も博士の自宅に到着した。その途端、モルダーは謎のノイズ音を聞き倒れてしまった。
ヌージェニクス・テクノロジーと深い関係を持つ国防総省がFBIの捜査に不快感を示したため、スキナー副長官はモルダーとスカリーの2人に懲戒処分を下す羽目になった。捜査を進めるモルダーはサンジェイ博士が死んだのとほぼ同時刻にヌージェニクス・テクノロジーの本社ビルの近くで撮影された鳥の群れの映像を見ていた。博士が死ぬ間際、なぜか鳥たちも飛び去って行ったのである。モルダーはサンジェイ博士が聞いたノイズ音は人間には聞こえないはずの周波数だったのではないかと考える。しかし、なぜ博士にだけは聞こえたのだろうか。その謎を解明していく過程で、モルダーとスカリーはヌージェニクス・テクノロジー社がある陰謀に関与していたことを突き止めた。
第3話「トカゲ男の憂鬱」 - 監督・脚本:ダリン・モーガン
オレゴン州の森林地帯で喉を裂かれた死体が発見された。現場付近で爬虫類型人間と思われる生命体の目撃情報が相次いだため、モルダーとスカリーが調査に当たることになった。いつもなら真っ先にUMAの存在を確信するはずのモルダーだったが、第1話で遭遇した真実があまりにもショックだったため、超常現象を素直に信じられずにいた。科学の立場から真相を究明しようとするモルダーの姿は、長年の相棒であるスカリーを戸惑わせた。地元の怪獣駆除専門家であるパシャと共に現場近くを捜査していると、モルダーとスカリーはトカゲ男に遭遇した。2人はトカゲ男をトイレに追い詰めたが、そこにいたのはガイ・マンと名乗る中年男性であった。
捜査を続けたモルダーはガイ・マンこそがトカゲ男に変身できるミュータントなのではないかという結論に至るが、真相はもっと仰天すべきものであった。
第4話「バンドエイド・ノーズ・マン」 - 監督・脚本:グレン・モーガン
ある晩、夜遅くまで勤務していた市の職員が何者かの手で殺された。引き裂かれた肉片を見た限り、犯人は人間をはるかに上回る怪力の持ち主であると推測された。そのため、超常現象の専門家であるモルダーとスカリーが捜査に協力することとなった。捜査中、スカリーは兄のウィリアムから「母さん(マーガレット)が心臓発作で病院に緊急搬送された」と電話で知らされた。病院に急行したスカリーに再度ウィリアムから電話がかかってきた。ウィリアムによると、マーガレットは最近になってリビング・ウィルを書き換え、延命措置や蘇生措置を拒絶することにしたのだという。医者でもあり娘でもある自分に相談することなく、マーガレットが延命を拒否する決定を下していたことに、スカリーは動揺した。しかも、昏睡状態に陥る間際、マーガレットが助けを求めたのは、スカリーではなく、音信不通の息子、チャーリーだったのである。
マーガレットの生命維持装置が外されて間もなく、チャーリーがスカリーの携帯に電話をかけてきた。スカリーは電話を介して、マーガレットにチャーリーの声を聞かせた。突然、目を覚ましたマーガレットは、モルダーの手を握りながら「私の息子もウィリアムという名前なんですよ」と言い遺して亡くなった。
捜査に戻ったモルダーとスカリーは、バンドエイド・ノーズ・マンというモンスターにまつわる都市伝説の存在を知った。このモンスターの正体を明るみに出していく過程で、スカリーは母親の最期の言葉の意味を見出すことになった。
第5話「バビロン」 - 監督・脚本:クリス・カーター
テキサス州のとある町。イスラム教徒の若者2人が画廊で自爆テロを起こした。捜査の結果、他にもテロを企てている者がいると判明したが、彼らがどこに潜伏しているのかまでは分からなかった。唯一の希望は自爆テロを起こした犯人のうちの一人が生存していることだったが、彼は昏睡状態にあった。
モルダーとスカリーはミラー捜査官とアインシュタイン捜査官の訪問を受けた。驚くべきことに、2人の捜査官は若かりし頃のモルダーとスカリーを彷彿とさせるような人物だった。ミラー捜査官は超常現象に対しモルダー以上に肯定的で、アインシュタイン捜査官は懐疑主義者であった。
母親の喪に服しているスカリーに代わって、モルダーはアインシュタイン捜査官とタッグを組んでテキサスで起きたテロの捜査を行うことになった。しかし、アインシュタイン捜査官が超常現象に対して極めて懐疑的な態度をとったため、2人は険悪になってしまった。
一方、スカリーとミラー捜査官は捜査を行いつつ、良好な関係を築いていた。しかし、突然現れた国土安全保障省のエージェントに捜査を妨害されてしまう。そこで、2人は昏睡状態のテロリストとの意思疎通を試みることにした。イラクでの勤務経験があるミラー捜査官がアラビア語でテロリストに話しかけ、スカリーがその時の脳波に覚醒の痕跡がないかを調べたが、テロリストは完全に昏睡していると判明しただけだった。
その頃、モルダーはサイロシン(マジックマッシュルームから精製される幻覚剤の一種)を用いてトランス状態に入っていた。シャーマニズムの手法でテロリストの潜在意識に働きかけようとしていたのである。
第6話「闘争 Part.2」 - 監督・脚本・原案:クリス・カーター、共同原案:アン・シモン、マーガレット・フィアロン
第1話から6週間が経過した。スカリーは行方が分からなくなったモルダーを探していた。FBIのモルダーのオフィスを調べたところ、彼はオマリーのオンラインニュースを見ていたことが判明する。スカリーはスキナーとアインシュタインにモルダーの失踪を報告した。その頃、モルダーは車でどこかへ向かっていたが、彼の体調は目に見えて悪化していた。
ワシントンD.C.に戻ったスカリーのもとに、オマリーが電話を掛けてきた。オマリーによると、モルダーの自宅が何者かによって荒らされているのだという。オマリーは「アメリカ国民に注入されたエイリアンのDNAによって、未知のウイルスの大流行が発生しているのではないか」という懸念をスカリーに伝えた。オマリーの仮説を突飛に過ぎると思ったスカリーではあったが、間もなくしてアメリカ中が大混乱に陥った。免疫不全を起こした人が続出したのである。医者でもあるスカリーはそれへの対処に没頭することとなった。
ミラーはスマートフォンの追跡アプリを利用して、モルダーの居場所を特定することに成功した。一方、スカリーとアインシュタインは治療法を模索していたが、対症療法で延命を図るのが精一杯であった。そんな折、スカリーに電話がかかってきた。電話の主はモニカ・レイエスであった。レイエスは「ワクチンの製造法について助言できるので、今から会いたい」と言ってきた。
レイエスと会ったスカリーは衝撃の事実を知らされることとなった。2002年にX-ファイル課が閉鎖された直後、レイエスはある人物から接触されたのだという。何と、その人物はシガレット・スモーキング・マンであった。ミサイル攻撃を生き延びたスモーキング・マンは、瀕死の重傷を負いながらも、人類を滅ぼすことを諦めていなかったのである。スモーキング・マンはレイエスに「私の計画に協力し給え。そうすれば、君は終末の時をスカリーと共に生き延びることができる。」と持ちかけてきた。その申し出を断ろうとしたレイエスだったが、独力でスモーキング・マンを止める自信はなかった。そんな弱さに抗えぬまま、レイエスはスモーキング・マンの申し出を受け入れてしまったのである。レイエス本人は「スモーキング・マンと12年にもわたって行動を共にしたのは、彼の計画を止めるためだった」と弁明したが、人類滅亡の危機が迫った現状では、それは言い訳でしかなかった。
スカリーはレイエスに失望して「臆病者」と罵倒したが、彼女と協力する以外に道がないのは事実であった。無念の感情を押し殺し、スカリーはレイエスの助言通りにワクチンの開発を始めた。その頃、モルダーは意識が朦朧とした状態で、実の父親であり、一連の事件の黒幕でもあるスモーキング・マンと対峙していた。
2015年1月、FOXテレビジョングループの会長ダナ・ウォルデンとCEOのゲイリー・ニューマンは、シーズン9のその後を描くという形で『X-ファイル』をリブートすることが真剣に検討されていると明かした。また、Fox側はデイヴィッド・ドゥカヴニーとジリアン・アンダーソンの出演を望んでいるが、両名とも多忙なためスケジュール調整が難航していると報じられた。(なお、FOXは2014年に『24 -TWENTY FOUR-』の4年ぶりの新作である「リブ・アナザー・デイ」を放送し、成功を収めた。そのため、2002年の放送終了後も熱狂的なファンが多いX-ファイルのリブートを決めたとの報道がある。)
デイヴィッド・ドゥカヴニーもリブートには意欲的である。ただし、「僕らはもう年だから、フルシーズンやるエネルギーがないんだ」と述べている。
FOXとクリス・カーターはテレビシリーズでジョン・ドゲット捜査官を演じたロバート・パトリック、モニカ・レイエス捜査官を演じたアナベス・ギッシュ、マリタ・コバルービアスを演じたローリー・ホールデンの3人が出演することを望んでいた。しかし、パトリックはミニシリーズに出演することはないと述べている。なお、ホールデンは自身のTwitterでフォロワーから「ミニシリーズに出演する可能性があるか」と尋ねられた際に、「まだ分からない」と返答している。また、アルビン・カーシュFBI副長官を演じたジェームズ・ピケンズ・Jrにも出演オファーが出ていて、本人も出演に意欲を示していたが、ピケンズがレギュラー出演していた『グレイズ・アナトミー 恋の解剖学』の撮影スケジュールと重なったため、出演は取りやめとなった。
2015年3月24日、FOXは全6話のミニシリーズとしてテレビシリーズ終了後13年ぶりに新作を制作することを正式に発表した。テレビシリーズでシガレット・スモーキング・マンを演じたウィリアム・B・デイヴィスによると、ミニシリーズもカナダのバンクーバーで撮影される。(当初、カーターは全7話の構成を予定し、すでに7話目の脚本の執筆が終了していた。しかし、キャストのスケジュールの都合で第7話は製作されないこととなった。)
テレビシリーズでウォルター・スキナー副長官を演じたミッチ・ピレッジに出演オファーが出ていると報じられた。後日、ピレッジ本人がミニシリーズに出演すると正式に発表した。
5月11日、FOXはミニシリーズの放送開始日を2016年1月24日に決定した。6月8日、バンクーバーでの撮影が開始された。16日には新シリーズ第1話の撮影予定表の一部がネット上に流失する事件が起きた。
6月4日、『TVLine』は新シリーズの第2話がシーズン4第2話「ホーム」の続編になるのではないかと報じた。しかし、6月25日付の『エンターテインメント・ウィークリー』のインタビューにおいて、カーターはそうした噂を否定した。