スーパーマリオ64
64版では赤・緑・青色のブロックとスイッチがあったが、ブロックとスイッチの色が赤に統一された。なお、赤スイッチの場所は64版と変わらない。青・緑のスイッチのあった場所には新規のパワースターが設置されており、登場箇所も増加している。
星型スイッチを踏むと一定時間のみ出現するパワースター(時間はコースにより異なる)。「パワースターのカプセル」の中に出現する。一定時間内に取らないとパワースターが消滅するが、何度でも押す事が可能。
飛び回る銀色の5枚のスター。コース上に静止した状態でそのまま置かれている事もあるが、特定の敵を倒したり特定の条件を満たす事で出現する場合もある。赤コインとは異なり、シルバースター集めのスター以外では出現しない。全て入手すると「パワースターのカプセル」の中にパワースターが出現する。ダメージを受けると入手したシルバースターを1枚ずつ落としてしまう(全て集めていても同様で、その際は再び5枚取るまでパワースターが消滅する)。
氷でできた大きなブロックで、ヨッシーの炎を吐くアクションでしか消す事ができない。中にコインやパワースターが入っている事もある。
頑丈で黒い大きなブロックで、スーパーキノコで巨大化している時に体当たりするか、ワリオのパワフルパンチでしか壊れない。アイスブロック同様、中にコインやパワースターが入っていることもある。
花壇とお堀へ行く坂が追加された。また、屋根の1UPキノコのある場所の床が白くなり、柵が設置されている。
新たにチェンジルームとミニゲーム部屋が出来た。ミニゲーム部屋には「たからさがしアイランド」と「おこりんぼクリキング」の入り口がある。
基本コース1・ボムへいの せんじょう
シナリオ1以外は水爆弾が降ってこなくなった。
基本コース2・バッタンキングの とりで
砦の周りにある緑色の地面が増えて、バッタンがいる所から落ちてもミスにならないようになった。
基本コース3・かいぞくの いりえ
沈没船にある宝箱が4つから1つになった。
基本コース4・さむい さむい マウンテン
赤コインの一部が氷ブロックの中に設置された(ヨッシー以外では取れない)。
基本コース5・テレサの ホラーハウス
必要なパワースターが15枚になった。64版ではコース入り口の大きいテレサをいちいち倒す必要があったが、DS版では広場から出ない限りテレサが復活しなくなっている(ヨッシーはテレサを倒せないので事実上マリオ救出後に入れる)。「きょうふ!キングテレサ」への入口が追加された。別館の横にあるブロックが黒ブロックに変更された。また、赤コインの一部の位置変更。本棚の部屋の出口(キラーピアノの部屋の上付近)に新たに透明の壁が設置され、本棚の謎を解かずにパワースターを取る事が完全に不可能になった(透明ルイージでも不可能)。
基本コース6・やみにとける どうくつ
毒ガスの色が黄色から紫色に変更(また、毒ガスによるダメージを受ける度に動けなくなる)。大穴付近の足場増加。
基本コース9・ウォーター ランド
宝箱が4つから3つになった。
基本コース10・スノーマンズ ランド
コース中腹にあるかまくら(フワフワさんのおうち)内部の構造の大幅変更。64版では氷の立体迷路だったのが、DS版では水上に氷の板が浮いている。こおりのオブジェが64版では入り組んだ家のような構造だったが今作ではかなりシンプルな物になった代わりにヨッシーでしか取れなくなった。シルバースターの位置が64版の一部の赤コインと同じ位置になり、赤コインはかまくら内に移動された。
基本コース12・たかい たかい マウンテン
マウンテンスライダーの出口(ホルヘイの足場の下付近)に新たに金網が設置され、スライダーを滑った後コースに復帰するのが不可能になった。また、足場や柵が増加あるいは拡大され、難易度が低下された。64版では出来たスライダーのコース中盤でのショートカットができなくなっている。(64版では落下中に下部のコースが現れるが、DS版ではコースアウトとなる)
基本コース14・チック タック ロック
コースの構造(スタート位置など)が大幅に変更され、64版とはほぼ別物となった。下部分の足場も増え、落下ミスをしにくくなった。
基本コース15・レインボー クルーズ
船で発生する風が強くなった。
エクストラコース1・ピーチのかくれスライダー
ピーチの部屋の構造が変わったためコースの入口も若干変更されたが、コース内については特に変更はない。
エクストラコース3・はばたけ!はねスイッチへ
名称が「びっくり!はてなスイッチ」に変更され、必要なパワースターは14枚になった。はねマリオの状態でスタートする都合上、マリオ以外で入るとそのまま谷底に落下して城内に戻る。
エクストラコース4・おほりのとうめいスイッチ
青スイッチの撤去に伴い名称が「おほりのしたのひみつ」に変更され、コースの入口が黒ブロックになっており、ワリオしか入る事ができなくなった。
エクストラコース5・メタルスイッチのたき
緑スイッチの撤去に伴い名称が「たきのうらのひみつ」に変更された。
エクストラコース6・にじかける はねマリオ
2つあるパワースターのうち1つが黒ブロック内に隠れており、ワリオが必要となった。
クッパコース1・やみの せかいの クッパ
必要なパワースターが12枚になった。クッパの部屋が8角形になり、爆弾が8つに増えた。マリオ以外のキャラでも入れる為、クッパの台詞のマリオの部分が削除された(「ほのおのうみのクッパ」も同様)。
クッパコース3・てんくうの たたかい!
無限階段を解除する為に必要なパワースターが80枚になった。
エクストラコース7・たからさがしアイランド
ピーチの部屋のミニゲーム部屋にあり、スター1枚で入れる新コース。
浅い海の上に浮かぶ島でシルバースターを集める。このコースのジャンゴは襲うことはあるが、影響はダメージを受けるだけで、他のコースと異なり帽子は取られない。
BGMは『スーパーマリオサンシャイン』の「ドルピックタウン」のアレンジになっている。
エクストラコース8・びっくりひみつきち
城1階の中庭にあり、スター8枚で入れる新コース。入口が中庭のレンガの下にあり、ヨッシーでは入れない。マリオ救出後に入る事ができる。あちこちにあるシルバースターを集めるコースだが、鉄球が転がっている為シルバースターを落としやすい。
BGMは「ピーチのかくれスライダー」と同じである。
救出コース1・おこりんぼクリキング
ピーチの部屋の奥の部屋にあり、スター8枚で入れる新コースで、マリオが捕らわれているコース。
動く足場や狭い道が多い。コースのほぼ全体が毒沼の上にある。毒沼は「やみにとけるどうくつ」と同じく落ちると1ダメージ。
BGMは「やみにとける どうくつ」と同じである。
救出コース2・きょうふ!キングテレサ
「テレサのホラーハウス」内の2階に入口がある新コースで、ルイージが捕らわれているコース。ヨッシーは入れず、ワリオも通常はルイージでしか救出できないのでマリオが救出することになる。
スタートから4つ目の部屋まではキングテレサの笑い声が聞こえ、4つのドアのうち正しいドアを開けないとスタート地点に戻されてしまう。また、穴に落ちてもミスにならず、スタート地点に戻される。
BGMは「テレサのホラーハウス」と同じである。
救出コース3・どつけ!キングアイスどんけつ
城2階の鏡の部屋にある新コースで、ワリオが捕らわれているコース。
鏡の中に入口がある為、入るには透明ルイージで鏡の中に入る必要がある(ルイージで鏡の部屋に入ると、パワーフラワーが設置されている)。
「スノーマンズ ランド」に似た氷のコースで、どんけつが多く登場し、滑りやすい。突風が吹いている所もあり(この突風は他のコースと異なり止む事無く吹き続ける)、それを利用して進むところもある。また2種類の冷たい池も存在する。入口は鏡の中にあるワリオの絵だが、出るときは鏡の外にあるルイージの絵から出てくる。
BGMは「さむいさむい マウンテン」と同じである。
全てのステージの曲がピーチのかくれスライダーになっている。
キャッスルバトル - 本編におけるキノコ城の表側。大砲とコースの入り口が封鎖されており、大砲のところにリフトが浮かんでいる。堀の水は張った状態になっている。
スライダーレース - 本編における「ピーチのかくれスライダー」。
たからさがしアイランド -  ブロックから出るアイテムがはねになっている。