クロノ・クロス
序盤でラディウスから戦闘指南のイベントバトルを発生させられるが、1回の攻撃で1024以上のダメージを与えると通常倒せないはずのラディウスを倒してしまい、場合によっては戦闘から抜けられなくなったり、自分自身を攻撃できるようになるなどの怪現象が発生する。フリーズすることもある。
土龍の島のアンダロブを爆破する手順によっては、爆破できずすり抜けるようになってしまう不具合が存在する。この現象が発生するとその後のシナリオを進行させることが不可能になり、この状態のままセーブすると不具合が継続してしまうため、こうなった場合は最初からやり直すしかない。
ツマルは進化に伴い成長率が上がるという触れ込みだが、実際はバグのため成長率が上がらない。これはどうやっても回避できないため、ステータスが全キャラクター中最下位になる(それでもスプリガンよりは高いが、彼女はスタイルコピーがあるため一概に弱いとは言えない)。
ツマルは進化した後にレベルスターを獲得することで初めてグリッド数が増える。しかしツマルが第三形態になった後、セーブしてからリセット(中断)すると、それ以降一切グリッドが増えなくなってしまう。そのためツマルを進化させるのは魔獣ならレベルスター43個、聖獣か神獣なら45個集めてからの方がよい(グリッドが完全に埋まるため)。レベルスターを集め切る前に第三形態に進化させてしまい、かつセーブしてしまった場合はノーセーブでレベルスターを集める必要がある。なお、レベルスター99個にしてから進化させた場合は、レベルスターが増えないのでグリッドも一切増えなくなる。
スプリガンのスタイルコピーを使用中にツマルが進化が起こった場合、そのまま戦闘を終了するとスプリガンの変身が解けなくなり、戦闘終了後にフィールドに戻るとフリーズしてしまう。これは身代わりの護符にスプリガンを設定しておくことで回避可能で、モンスターの姿のままスプリガンを使うことが可能になる。
またスプリガンが変身→ツマルが進化→その戦闘中にスプリガンが元の姿に戻るという手順を行うと、スプリガンの最大HPのみツマルと同じ値になってしまい、通常よりも大幅に上昇する。ただしレベルスターを取得すると元に戻るため、継続させたい場合は99個集めてからになる。
序盤でホームのヒドラの沼を訪れると、見張りがいるため通常は立ち入ることができない。しかしキャラクターが毒状態の時に見張りに話しかけると、キャラクターが自動的に見張りの後ろに移動して治療される。このため毒状態になれば見張りを通り抜けてダンジョンに入れてしまう。ただしこの時点で毒を使う敵は限られており、二周目以降から戦える「時を喰らうもの」のニードルプラントなどを喰らうしかない(毒になったらすぐに逃走する)。なお、ヒドラの沼ではドワッフ長やピパピパと戦うイベントが発生する。
序盤でポシュルを仲間にした後、上記の方法でヒドラ沼に侵入し、特定の行動を取ることでアナザーに行く前にラズリーを仲間にできてしまう。ドワッフ長との選択肢で最初に「立ち去る気はない!」を選ぶ。勝利後、ドワッフ長が倒れる前に左側の通路に行く(マップ移動してはいけない)。ドワッフ長が完全に倒れた後、マップ移動しピパピパ、ロザリーと戦闘。その後、オクトガル戦を得てラズリーが仲間になる。なお、ポシュルが仲間にいないとオクトガル戦後にバグにより操作できなくなってしまう。そのままヒドラの沼を探索して、ヒドラの体液を入手することも可能。ただし後述のバグが発生するので注意。この方法でラズリーを仲間にした場合、通常では見られない序盤のイベント台詞を見ることができる。
上記の方法でヒドラの体液を入手しており、かつキッドを見捨てるルートを選んだ場合、そのままドクの診療所に戻るとキッドを助けるイベントが発生する。この場合、星色のお守り袋が入手できず、ヤマネコになった時にツクヨミから星色のお守り袋をもらうまでホームに行くことができなくなる。
もともと、『ゼノギアス』が『クロノ・トリガー2』という企画から発足しており、『ゼノギアス』制作後にチームが再編成して、改めて『クロノ・トリガー』の続編を作るべく発足したのが『クロノ・クロス』の制作チームである。そのため本作には『ゼノギアス』との類似点が多々存在し、戦闘システムなども『ゼノギアス』のものを発展させた形となっている。
また、『ゼノギアス』のデモムービーで使われていた、「さあ、愛に血を流させてやろう!地獄の海のように、紅く……深く……!」という台詞も、『ゼノギアス』本編ではなく、『クロノ・クロス』本編で使われている。
当初の企画では短いシナリオを予定していたため、町の住人全員を誰でも仲間にできるというシステムが予定されていたが、さすがに多すぎたためメンバーを絞り込むことになり、一旦は64名まで絞り込まれた後、最終的に製品版での45名に減らされることになった。ウーナ、リサ、ザッパのかみさんなどメインストーリーにほぼ絡まない人物にも顔グラフィックが存在するのはその名残である。開発中は、仲間になるキャラクター全員にそれぞれ独自のエピソードを盛り込むことが予定されており、各キャラクター別の個別分岐エンディングを用意するなどの案もあったが、メインシナリオが長くなったため開発期間が足りず、製品版に入らなかったイベントもいくつか存在したとされている。
当初は前作に登場したサラとジャキ(魔王)のアフター・ストーリーとして本編シナリオが展開されることになっていたが、パーティーメンバーが総勢45人という仕様になった時点でこれを諦め、結果としてゲーム中で描かれることはなかった。終盤のイベントで、ルッカが遺した手紙をキッドが受け取るイベントがあり、その文中の一節に、パーティメンバー中の誰かの正体がジャキであるという推測を示唆しているものがあるが、これはジャキがパーティにいるという設定の元で開発初期に書かれたものであり、パーティに必ずしもジャキがいると断言するものではないため、あえてそのまま残されたもの。
なお、『クロノ・クロス』の雛形である『ラジカル・ドリーマーズ』では、ギルと名乗る人物がセルジュ、キッドと行動を共にしている。このギルは、メインストーリーの「Kid 盗めない宝石編」においては、正体は『クロノ・トリガー』の魔王ジャキそのものである。『クロノ・クロス』にギル本人は登場しないが、ゲーム内で見られる手記に名前のみ登場する他、どこかにその面影が存在するとされる。
初回版の『聖剣伝説 LEGEND OF MANA』には『クロノ・クロス』の体験版が付随していたが、本作とは処理速度などの基本性能から、ロード時間、キャラクターの移動およびバトル時のポリゴンモデルからモーション、はたまたエレメントのエフェクトまで大きく異なっている。特に、後に製品版では見直したとされるプログラムによるロード時間は比較にならないほど遅く、敵キャラクターが行動する毎にロードが発生していた。のちに公式サイトのトピックで急遽「体験版を出すのが早過ぎた。あの後すべてがパワーアップした。こんなことなら体験版を出さなければ良かった。」というメッセージが載せられた。
また、敵の回避率が異様に高かったが、これも敵側の基本回避率の撤廃などを通して改善されることとなった。ただし、製品版にもごく一部ではあるが、例外的に回避率を有する敵が存在する。このため、回避率を半減するエレメントである「スリップ」などは一部の敵以外に対してはほぼ意味がないものとなっている。
なお、体験版ではキッドの顔グラフィックが異なる他、バトルのチュートリアルや体験版限定の特殊イベント(本来登場しないはずのキッドとグレンが特別に一時加入する)など、製品版にはない要素も存在した。『ゼノギアス』の体験版と同様に「まだ出番は先だけど」とメタ的な台詞が入っている。また、体験版をクリアした際の予告ムービーデモに登場する演出や台詞は、製品版の本編とは一部内容が異なるものとなっていた。本編には採用されなかった演出の一部は、製品版のオープニングデモやマルチエンディングなどで登場している。
加藤自身が10ではなく9と評価されるゲームと語ったように、国内ではそれなりに高い評価を受け全部門にノミネートされるがすべて受賞には至らず、巨匠クリエイターによる企画と大々的に宣伝された前作の国内200万本以上に比べて、本作は60万本以上と売上を大幅に減らす結果となった。海外ではミリオンには至らなかったものの、高い評価を受け複数の賞を受賞するなどし、大手ゲームレビューサイト「GameSpot」では10.0と非常に高いスコアを誇っている。しかし加藤自身は「9点が最高のほめ言葉。絶対にヘンなゲームですからね」と語っている。
本作は一部で「クロノトリガー」「ゼノギアス」などの関連・同系列作品やスクウェアのFF等人気作品と比較されて酷評を受けることがしばしばある。
その内容は主に以下の通りである。
「前作」である「クロノトリガー」(1995)の人気が高すぎて、その「続編」を名乗っている以上、それ以上の評価を受けるという高いハードル
本プロジェクトに1年前(1998)に制作した「ゼノギアス」はストーリーの練り込み具合やエグい表現が強く、根強い人気を博したため、そのフォーマットを使用した以上、それを超えなくてはならないハードル
ヒロインであるキッドの魅力・求心力、レナ・ツクヨミといった他の女性キャラがそれほど人気を集められなかったため、男性ファン離れが進んでしまった
主人公のセルジュが途中で入れ替わることでプレイヤーの自己投影がし辛くなっている(この傾向は「ゼノギアス」でも見られることではある)
「クロノトリガー」の続編ではあるが、その「トリガー」の登場人物の未来がどうなったかを断定するため、そちらの頃からの根強いファンからの反発
キャラクターが戦闘可能キャラだけで全45キャラいるが、各々の深掘りができていないために人物像が希薄になった
等、色々あるが、
光田康典氏のBGMは相変わらず好評を極め、一番の魅力と一部ではいわれる
など、高い評価も受けている。
本作発売の2週間前である1999年11月2日に、『クロノ・トリガー』のPlayStation移植版が発売された。特定の条件を満たすと『クロノ・クロス』に繋がる時間軸への分岐を描いたアニメーションムービーが流れるようになっている。ただし、後に発売された『クロノ・クロス』本編とは一部食い違う描写がある。なお、両作間でセーブデータの互換性やゲーム上の連動特典などは一切無い。
その後、2008年11月20日にはニンテンドーDS移植版『クロノ・トリガー』も発売された。前述のPS版にあったアニメーションムービーの他、『クロノ・クロス』本編との関連を思わせる新イベント、新エンディングが追加されている。これらの追加イベントは後のフィーチャーフォン・スマートフォン移植版にも収録されている。
『クロノ・クロス -パラレルナビゲーター- (Vジャンプブックス ゲームシリーズ)』 ISBN 4-08-779043-6 / 集英社、1999年11月
『クロノ・クロス設定資料集 “Missing Piece"』 ISBN 4-925075-72-1 / デジキューブ、1999年12月
『クロノ・クロス アルティマニア』 ISBN 4-925075-73-X / デジキューブ、2000年1月 - スクウェア・エニックスより、2004年7月に再発売(ISBN 4-7575-1249-X)
『楽しいバイエル併用 クロノ・クロス オリジナル・サウンドトラック』 ISBN 4-8108-6360-3 / ドレミ楽譜出版社、2000年4月
『Chrono Cross Guitar Arrangement』 ISBN 978-4990430917 / プロキオン・スタジオ、2002年12月
WFS開発のiOS/Android/Microsoft Windows用ゲーム『アナザーエデン 時空を超える猫』にて、本作とのコラボレーションとして、2021年12月9日よりイベント「協奏 COMPLEX DREAMS」が5年の期間として実装(終了予定日2026年12月9日)。セルジュ、キッド、ツクヨミがプレイアブルな仲間キャラクターとして登場する他、ヤマネコ、グレン、星の子もストーリー中のサブキャラクターとして登場する。後日追加イベントで星の子もプレイアブルな仲間キャラクターとして実装した。