ユグノー戦争
1590年5月にカトリック同盟が擁立したシャルル10世(ブルボン枢機卿)が死去した。1593年にマイエンヌ公は国王選出のための全国三部会を招集するが、無論アンリ4世はこれを妨害し、カトリック同盟のみが参加した。スペイン王フェリペ2世は王女イサベル・クララ・エウヘニアをフランス国王に送り込もうと企てるが、パリ高等法院がこれに反対してカトリック同盟の足並みが乱れた。
1590年から1592年の一連の戦役にもかかわらず、アンリ4世は「パリを取るには程遠かった」。アンリ4世は根強いカトリックのパリ市民がプロテスタントの国王を受け入れる見込みはないと悟った。彼は1593年7月の寵妃ガブリエル・デストレへの手紙で「とんぼ返りを打とう」と書いている。それから程ない7月25日、アンリ4世はサン=ドニ教会でカトリックに改宗した。巷間知られるところによれば「パリはミサをする値打ちがある」(Paris vaut bien une messe)と語ったという。
アンリ4世はカトリック教会に受け入れられ、1594年2月にシャルトル大聖堂において成聖式を行う。本来はランス大聖堂で行わねばならないが、ここは依然としてカトリック同盟の勢力下にあり、アンリ4世の誠意を疑って敵対していたためである。3月22日、アンリ4世は遂にパリに入城し、服従を拒否した120人のカトリック同盟のメンバーはパリから追放された。パリの開城により他の多くの都市も後に続き、ベアルンでのカトリックの復旧と高位官職にはカトリックのみを任命すると定めたトリエント布告の見返りに教皇クレメンス8世がアンリ4世を赦免して破門を取り消すと、残った都市も国王の支持に回った。アンリ4世の改宗はプロテスタント貴族たちを悩ませた。その時まで彼らの多くは妥協ではなく勝利をして、フランス教会の完全な改革を望んでいたからであり、彼らがアンリ4世を受け入れたのはこのような結果のためではなかった。ユグノーはアンリ4世の妥協的な態度を警戒し、1594年と1596年に政治会議を開いて国王へ警告を発している。
2018年8月1594年の終わりには幾分かのカトリック同盟のメンバーが依然として国中で活動していたが、全てはスペインの援助頼みだった。そのため、アンリ4世は1595年1月にスペインに宣戦布告を行った。これは、カトリックに対してはスペインが宗教をフランス侵略の口実に使っていると示すため、プロテスタントには国王はカトリックに改宗したが決してスペインの傀儡ではないと示すためであった。また一方で、スペインとの戦争により領土を獲得することも望んではいた。戦いは主にカトリック同盟を標的にして、フォンテーヌ=フランセーズの戦いなどが行われたが、春からスペインが集中攻勢をかけ、4月にカレーとアルドが占領される。1597年3月に国王軍はアミアンを包囲し、9月にこれを降伏させた。これより前の1596年1月にマイエンヌ公は降伏し、他のほとんどの地方もアンリ4世に帰順し、カトリック同盟は瓦解していた。
アミアンを落とすと、アンリ4世の関心はブルターニュへ向き、1598年初めにメルクール公を標的に進軍し、3月20日にアンジェで降伏を受け入れた。その後、メルクール公はハンガリーへ亡命し、彼の相続人である娘はアンリ4世の非嫡出子ヴァンドーム公セザールと結婚している。
アンリ4世はポンポンヌ・ド・ベリエーヴルとブリュラール・ド・シルリーを和平交渉のためスペインへ派遣した。ナント勅令の後の1598年5月にヴェルヴァン条約が結ばれ、戦争は正式に終わった。
アンリ4世は、破壊され疲弊しきった王国の再建と、唯一の権威の下で統一をする責務に直面していた。彼と国王顧問シュリー公はこの第一歩として、ナント勅令について話し合った。1598年4月13日、アンリ4世はナント勅令を発し、プロテスタントの信仰の自由を保障し、一定地域に限られていはいたが礼拝を認めた。また、ラ・ロシェルなどの都市を安全保障地とし、政治・軍事の自治権が与えられた。
これは単なる寛容政策の証ではなく、双方の宗派の自由を保障することによって宗派間の怨恨を休戦させる類のものであった。勅令はこの宗教戦争を終わらせる画期であると言われるが、当時の史料にはこれによる明確な成果は確認されていない。実際、アンリ4世は1599年1月にこの勅令を通過させるために高等法院へ自ら訪れねばならなかった。
宗派間の対立はその後何年間も政策に悪影響を及ぼし続け、二度と同様の勅令を出さなかったにもかかわらず、アンリ4世は幾度も生命の危険にさらされ、そして最後に、国王がキリスト教徒としての責務を果たさなかったと信じた一人のカトリックによって、それは成功した。1610年5月14日、アンリ4世は狂信的なカトリック信者に暗殺された。
ナント勅令によって戦争は終結したものの、ユグノーに与えられた政治的自由(中傷する者からは「国家の中の国家」と言われた)は、17世紀を通じて次第に騒動の元となる。南フランスの一部にカトリックを再導入するルイ13世の決定は、ユグノーの反乱を引き起こしてしまう。1622年のモンペリエ協定により、武装したユグノーの都市はラ・ロシェルとモントーバンの2つに減らされた。これに続く戦争で、リシュリュー枢機卿が指揮する国王軍がラ・ロシェルを14ヶ月間包囲した(ラ・ロシェル包囲戦)。1629年のラ・ロシェル和議により、過去の勅命による諸特許(brevets)は全て取り消されてしまったが、プロテスタントは戦前と同じく信仰の自由は保てた。
ルイ13世の残りの治世とルイ14世の幼少期、勅令の実施は年々様々に変わった。1661年、ユグノーを敵視するルイ14世がフランス政府の実権を握ると、勅令の条文の幾つかを無視し始める。1681年、竜騎兵の迫害(dragonnades)政策を始め、ユグノーの家族にカトリックに再改宗するか他国へ移住するかを迫った。最後にはルイ14世はフォンテーヌブロー勅令を発し、過去の勅令を正式に取り消し、フランスにおけるプロテスタントを非合法化した。勅令の撤回は、フランスに深刻な損害を与える結果となった。これは新たな反乱は引き起こさなかったが、多くのプロテスタントが改宗するよりはフランスを去ることを選び、ほとんどがイングランド、プロイセン、オランダ、そしてスイスへ移住している。
18世紀に入った頃には、プロテスタントは中央高地の僻地セヴェンヌ山脈にかなりの数が残っていた。カミザール(Camisard)の名で知られるこれらの人々は、1702年に政府に対して反乱を起こし、1715年まで戦い続けた。その後、カミザールはおおよそ平穏のうちに取り残されている。
== 年表 ==
1562年1月17日 - サン・ジェルマン勅令(一月勅令)
1562年3月1日 - ヴァシーの虐殺
1562年3月~1563年3月 第1次戦争、アンボワーズ勅令で終結
1562年12月19日 - ドルーの戦い
1567年9月~1568年3月 第2次戦争、ロンジュモー和議で終結
1567年11月10日 - サン・ドニの戦い
1568~70年 第3次戦争、サン・ジェルマン和議で終結
1569年3月 - ジャルナックの戦い
1569年6月 - ラ・ロッシュ=ラ・ベイユの戦い
1569年10月 -  モンコントゥールの戦い
1572年8月24日  - サン・バルテルミの虐殺
1572~73年 第4次戦争、ブローニュ勅令で終結
1572年11月~1573年7月 -  ラ・ロシェル包囲戦(1572年-1573年)
1573年5月 - アンジュー公アンリがポーランド王に選出
1574年5月30日  - シャルル9世死去
1574~76年 第5次戦争、ボーリュー勅令で終結
1576年  - カトリック同盟の結成
1576~77年 第6次戦争、ベルジュラック和議(ポアティエ勅令)で終結
1579~80年 第7次戦争、ル・フレクス和議で終結
1584年6月 - 推定王位継承者アンジュー公フランソワ死去
1584年12月 - ジョアンヴィル条約
1585~98年 第8次戦争、ヴェルヴァン和議とナント勅令で終結
1587年10月 - クトラの戦い、ヴィモリーの戦い
1588年12月 - ギーズ公アンリとその弟の暗殺
1589年8月 - アンリ3世の暗殺
1589年9月 - アルクの戦い
1590年3月 - イヴリーの戦い、 パリ包囲
1593年  - アンリ4世の改宗
1594年  - シャルトルでのアンリ4世の戴冠
1595年6月 - フォンテーヌ=フランセーズの戦い
1597年4月〜 9月 -  アミアン包囲戦
1598年4月 - アンリ4世がナント勅令を布告