ふしぎの海のナディア
これはスケジュールが遅延したため、全体に作品の質を低くするよりも、あえて捨てる回を作って、重要なエピソードに人的資源を集中してその回の質を高めることを意図したものだった。島編の監督は庵野でなく、樋口が務めている。これらの回の低調な作画は外注によるもので、「島編」などと呼ばれて『ロスト・ユニバース』の第4話「ヤシガニ屠る」などと同様に語り草となった。外注先が大韓民国国営のアニメ製作会社・世映動画であり、韓国人スタッフのクレジットの多くが漢字三文字であったことから「三文字作画」とも揶揄された。特に第34話はほぼ全編が挿入歌のプロモーションビデオ的様相を呈しているが、これはあまりの作画のひどさに庵野が自腹を切って作り直したためで、新しく絵を描き直す余裕も無く、これまでの絵をひたすら繋ぎ合せて編集を行った結果である。そのためか第34話の原画担当者の名前は全てペンネームで記されている。ただし第34話は絵は流用してはいるものの編集に大変な手間がかかっている。編集を担当した薩川によれば編集だけで1曲に12時間、合計で約60時間がかっているという。また薩川自身がオペラが好きなことからロッシーニの『ランスへの旅』を意識した手法がとられている。
後のテレビアニメでも、ストーリーの本筋から離れた寄り道のエピソード全般のことを「島編」と総称することがあるが、これは『機動戦士ガンダム』の第15話「ククルス・ドアンの島」が由来であるとも、本作の南の島編が由来であるとも言われている。
島編の動画の大部分を世映動画が作った理由を当時のガイナックス社長・岡田斗司夫は「最終的には確認してないし、僕にはわからないこと・調査できないこともあって事実だとは断言できないんですけど、状況証拠だけはいっぱいありました」と前置きしたうえで、当時、東宝とグループ・タックのプロデューサーから、ナディアのオンエア2年ほど前に日韓の政府間で「韓国のアニメスタジオにアニメの作り方を教える」という取り決めがなされ、NHKが作るアニメは作画の何%以上は韓国のスタジオに発注し、作画以降の動画と仕上げ、撮影のほとんどの工程をやらせると決まっていたと岡田たちが実際に説明されて「これは国会で決まったことだから」と真顔で言われたと証言している。しかし実際には国会でそのようなことが決まった事実はなく、2年前のNHKの同じ放送枠だった『アニメ三銃士』でNHKが韓国に外注することが1987年3月24日に第108回通常国会衆議院逓信委員会のNHKの運営に関する審議で取り上げれた際は、日本のアニメ産業の空洞化を招くとして国会で問題視されている。質問に立った日本共産党の佐藤祐弘議員は、日本国民からの受信料で運営される公共放送として日本の文化を育てるという見地から韓国への外注をやめて日本国内の業者に発注するよう再検討すべきと迫ったが、答弁したNHKの尾西清重理事は、韓国に外注すると1話あたり100万円から200万円くらい安く上がるとし、国民からの受信料で番組制作をする以上、経済効率を無視する訳にはいかないと述べ、国会で決まったのではなく国会でNHKが弁明したに過ぎない。
第34話スタッフ(抜粋)
演出 - 宇田忠順、岡本悲八(薩川昭夫)
絵コンテ - いぬまくら(もりたけし)
作画監督 - 金世昌(世映動画)、空母そ・そ・そ・そ(庵野秀明)
原画 - KAC、マッキィ・F・スタインベック、木木木人建(もりたけし)、マスオさん(増尾昭一)、キング、紫美望、魔砂一(摩砂雪)他
色彩設定 - 高星晴美
編集 - 薩川昭夫
音響監督 - 清水勝則
ミキサー - 成清量、西澤規夫
効果 - 野口透
アニメーション制作担当 - 頼経康史、村田康人
1990年の本放送では中盤以降放送休止が相次ぎ、3クールの放送に、ほぼ1年を要した。中でも第20話と第21話の間は4週間連続で放送が延期となったため、制作スケジュールには余裕が生じた。NHK側から休止が入ると聞かされていたがあれほど放送休止が相次ぐとは思わなかったとガイナックス社長だった岡田は後に語っている。放送休止のために1年間52話の予定が39話に短縮されたと言われることもあったがこれは誤りである。
一般には、イラクのクウェート侵攻に関連してニュースの延長による放送休止が相次いだためという情報が知られている。しかし、実際には湾岸危機との関連がない番組の放送による休止の方が多く、放送予定日になって急遽休止になったのは、1990年9月28日、1991年1月18日の2回のみである(尤も、1月18日については湾岸危機関連の特番によるものではある)。
実際の放送休止は、以下の理由による。
6月29日 - 文仁親王と紀子妃の結婚によるニュースの延長
8月3日 - テレビ映画『はるかなるドーバー』放送によるもの
8月10日 - 『とまとくらぶ 片岡鶴太郎が元気な小学生二百人の＂家族写真にビックリ。ものまね対決に冷汗。将来の夢に感激』放送
8月17日 - NHKスペシャル『秘境大シベリア② さいはてに生きる』放送
9月28日 - 各紙夕刊発行後に急遽休止になったものであるため不明。旭化成ヘリコプター墜落事故によるものとされる場合と、金丸訪朝団帰国による特番とされる場合がある。NHKアーカイブスの番組検索によると、7時のニュースが19:57まで延長されたことになっていて独立した特番ではない。
10月5日 - NHKスペシャル『中東・侵攻から2か月・出口なき紛争・アラブの本音・アメリカの戦略』放送
10月12日 - NHKスペシャル『緊急・土地改革 地価は下げられる』放送
10月19日 - NHKスペシャル『徹底討論・中東貢献策・日本は何をなすべきか・与野党政府代表ナマ討論』放送
11月23日 - NHK杯国際フィギュアスケート競技大会中継
12月28日 - NHKスペシャル『銀河宇宙オデッセイ総集編 第2部 夢・母なる宇宙』放送
1月4日 - 『不思議おもしろ生き物大全集』放送
1月18日 - 湾岸危機関連の特番『どうなる湾岸戦争』の放送開始が早まったため
3月15日 - NHKスペシャル『巨大都市・東京をどうする』放送
3月22日 - NHKスペシャル『テレビは戦争をどう伝えたか』放送
もともと放送休止で放送期間がかなり押していたとはいえ、当初の予定では1991年3月29日に最終話が放映されるはずだった。だが、突然2週に渡りNHKスペシャルの放送が割り込んでしまい(放送休止日に放送された番組としてはNHKスペシャルが7回と最も多い)、最終話の放映は4月12日に延びてしまう。当時の月刊主要アニメ誌である『アニメージュ』『アニメディア』『月刊ニュータイプ』は「3月29日最終回放映」を前提に、4月10日発売の誌面には揃って『ナディア』最終話特集を組んでいた。しかし雑誌発売後に最終回が放送されることになり、表紙が「最終回特集」から「最終回直前特集」に切り替えられることになった。『アニメージュ』に至っては毎年5月号で発表されていた「アニメグランプリ」で当時4冠を達成していたことで特集が組まれていたため、未放映の内容に関する記述が多数見られた。
『新スタートレック』の美術設定を担当したマイケル・オクダは本作の大ファンであり、フェイザー銃に関する設定に際して「『fushigi-no-umi』なる超伝導結晶体から発せられるナディオン放射を応用したビーム」と定義づけた。つまり、不思議の海という超伝導結晶体とはブルーウォーターのことで、ナディオン放射はナディアをさす。
NHKの番組のタイムスケジュールにはCM枠がなく、民放感覚で30分アニメを制作すると30分では時間が余るため、本編と次回予告終了後に「イメージソングをバックに自然を扱った環境ビデオ的な映像」が第1話から第37話まで放送されていた。用いられた曲は「Real Heart(松下里美)」「FAMILIES 家庭の構造(桐島かれん)」「どうしてそうなの?(水谷優子)」「海よりも優しく(鷹森淑乃)」「レッツ・ゴー・ジャンくん(日高のり子)」「マーメイド メモリー(早見優)」であり、曲は全てメディアに収録されて発売されているが、映像部分のメディア化は未だなされていない。
なお、こうした環境イメージビデオは、本作だけではなく同時間に放映されていた他のNHKアニメでも存在しており、原作・原題となった物語の舞台の歴史や史跡の紹介を行っていた。NHKはその後、アニメ枠は30分から25分程度に短縮して調節している。
後年、庵野が発表する作品『新世紀エヴァンゲリオン』は、当時の庵野の構想では、『ふしぎの海のナディア』に準じた世界観上にある続編的物語であった。本作の権利を所有するNHKから版権許可が得られなかったためこの案は実現しなかったが、『エヴァ』の初期の企画書でも『ナディア』の敵役「ガーゴイル」が閃光に触れて塩になってしまったことと「セカンドインパクト」は同種の現象であり、「セカンドインパクト」は「死海蒸発事件」という名になっていた他、特務機関ネルフの前身機関であるゲヒルンは、ネオ・アトランティスの残党の予定だった。また、レッドノア内部にはエヴァンゲリオンの素体を思わせる巨人(アダム)や、それらの骨格、部品などが随所に見られる。『ナディア』最終回では、16個の白い球体(爆発したレッドノアの光玉がそのように見える)が、衛星軌道上から地球各地に飛び散っていくシーンがある(使徒は全部で18種であるが、第二使徒のリリスは月が出来た時から地中に埋没、そのリリスを起源とする第壱拾八使徒のリリンは人間の事)。CD「Good Luck Nadia」ドラマパートにて、西暦2005年の第2新東京でナディアのひ孫である伊藤ナディアとその友人「リツコ」が語り合う場面で「ナディア」の物語は幕を閉じている。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』では本作の劇中音楽の一部が使用されている。
メカニックのデザインモチーフなどは、#メカニック・アイテムなどを参照。
2004年4月7日よりNHK教育で再放送された際、同年10月23日に発生した新潟県中越地震の直後に放送された第30話では、地震によって地割れが発生する場面がカットされた。翌週は特番によって休止となり、その後は第31話を飛ばして第32話から放送が再開された。第32話冒頭の「これまでのあらすじ」は、第31話から地震に無関係な場面のみを編集し、井上による新録ナレーションを付けたものへ差し替えられた。
なお、この再放送に際して開設された公式ホームページ(2012年にリニューアル)では、第31話のあらすじを掲載している。
2012年4月7日よりNHKEテレで、デジタルリマスター版として再放送された際、光過敏性発作を起こすと思われるシーンを、スローモーションで基準値以下に、第12話でナディアの着替えシーンが修正され、彼女の乳首を消去するという自主規制が施された。第30回の終盤では地下のシーンで地震による縦揺れが静止画に置き換わったり、エアトン付近の地割れの瞬間がカットされたり、彼の周りの地面が徐々に地割れしていく部分が既に開いたままで静止していた。
2004年再放送時と違って第31話は放送されたが、レッドノアの崩壊シーンが一部カットされている(カットされた分の尺は、冒頭の前回紹介の後に前回の終盤を重ねて補填されている)。なお、後者では放送開始早々に、千葉県北西部を震源とする地震 の発生速報テロップが流れるという一幕もあった。また、第31話最後のガーフィッシュ発見のシーンでは、ガーフィッシュにズームインしたところで本放送時と違って左右が反転され、空から見たシーンにおける航跡の方向のつじつまが合わなくなっていた。
全話ともアイキャッチがカットされている他、第21話は前回のあらすじの解説もカットされている。上記の理由からも放送時間は25分だったが、第39話だけは30分となった。