コンゴ動乱
カタンガの分離状態が終結した後に派閥は政治的駆け引きを模索し始めた。この交渉と時を同じくしてコンゴ・ブラザヴィルに逃れた反体制派のルムンバ主義者による亡命政治団体、コンゴ解放委員会(CNL)が結成された。起草された都市がルルアブールであったことから『ルルアブール憲法』の名で知られる新たな改正憲法によって勢力均衡が引き起こされ、妥協の機運は最高潮に達した。新憲法は大統領権限を強化して大統領と首相の共同協議体制を終了させ、自主性を高めながら州の数をそれまでの6から21までに増やすことで連邦主義者を宥めた。また、新憲法によって国名はコンゴ共和国からコンゴ民主共和国に改称された。この憲法は1964年6月25日から7月10日の間に実施された国民投票によって可決され、8月1日に公布された。カサブブは亡命カタンガ人勢力の指導者であるチョンベを暫定首相に任命した。チョンベは有能な人物と見られ、西側諸国からは反共の砦として支持されていたものの、モロッコ国王ハッサン2世ら他のアフリカ諸国の指導者からはカタンガの分離独立の際に彼が中心的な役割を果たしたことで「帝国主義の傀儡」と非難された。
長い政治危機によって中央政府に対する幻滅が広まった。首都では政争が蔓延って不安定な状況が続き、泥棒政治からの「第二の独立」の需要が高まった。「第二の独立」のスローガンはかつてルムンバ内閣で教育大臣を務めたピエール・ムレレら毛沢東思想を掲げるコンゴの革命家によって提唱された。コンゴの政情不安は反乱の拡大を助長してしまった。
コンゴの農村の混乱はムレレに率いられたルムンバ支持者によって扇動されたキンブンド族やペンデ族が引き起こした。1963年末にはコンゴの中部・東部地域は混乱状態となった。1964年1月16日にはクウィル州の都市、イディオファとグングにおいてクウィルの反乱も勃発した。暴動と混乱はキヴ州、更にはアルベールヴィルにまで広がり、コンゴの他の地域にも暴動が飛び火してしまい、ついにはより大規模なシンバの反乱が勃発した。反政府勢力は7月から8月にかけて保有する領土を拡大するために北方へ向けて急激な勢いで進撃を行い、この期間にポールタンパン、スタンリーヴィル、パウリス、リサラを一挙に制圧した。
「シンバ」(スワヒリ語でライオンを意味する)という名で知られた反政府勢力は大衆的であるが、平等を優先して全体的に裕福な社会の実現を目指す緩やかな社会主義的傾向に基づいた、漠然としたイデオロギーを持っていた。活動していた革命家の多くが反乱は政府が与えてくれなかった好機を提供してくれると期待した若い男性であった。シンバは新入隊員に魔術をかけたと教え、規範に従うことで弾丸を受けても死ななくなると信じさせた。シンバ反政府勢力は敵対者をこの世から消し去るために制圧した領土内で多数の残虐な殺害を犯し、人々を恐怖に陥れた。
シンバ反政府勢力はクリストフ・グベニエを大統領としてスタンリーヴィルに首都を置く新国家、コンゴ人民共和国を建国した。新国家はソ連や中国から軍事援助を受け、タンザニアを筆頭とする様々なアフリカ諸国からも支援された。キューバも戦術や教義についてシンバに助言する目的でチェ・ゲバラが率いる100人以上の顧問団を派遣して支援していた。シンバの反乱が激化していくのとほぼ同時期にトンキン湾事件が発生し、アメリカ軍のベトナムへの本格的介入の道が開かれた。
1964年8月末からシンバ反政府勢力は後退を開始した。アルベールヴィルとリサラは8月下旬と9月上旬に国民軍が奪還した。モブツと手を組んだチョンベはシンバを嫌う、かつてはカタンガの分離主義活動に貢献した元傭兵連中を呼び戻した。マイク・ホアー(通称マッド・マイク)が指揮し、中部アフリカや南部アフリカ出身の白人で編成された傭兵部隊は第5コマンドー部隊の名で知られている。第5コマンドー部隊は国民軍の陣頭指揮を担当したが、広範囲に及ぶ許可されていない殺害に拷問、略奪行為、反乱軍から奪還した地域における大量強姦を行っていたことから悪名高かった。ホアーですら記者会見の中で、部下について「ゾッとするような凶悪犯」と言及したほどであった。その他、傭兵部隊にはボブ・ディナールが率いる第6コマンドー部隊、ジャン・シュラムが率いる第10コマンドー部隊などがあった。これらの傭兵部隊はCIAからも物質的援助を受けていた。
1964年11月には敗北を恐れたシンバ反政府勢力が支配地域の白人住民を捕らえてスタンリーヴィルに連行した。国民軍との取引材料としてスタンリーヴィルの中心部にあるヴィクトリアホテルに白人の人質が集められた。人質を解放するためにベルギーのパラシュート部隊とアメリカの輸送機のコンゴへの投入が決定した。11月24日にはドラゴン・ルージュ作戦の一環として、ベルギーのパラシュート部隊がスタンリーヴィルに上陸し、人質は即座に救出された。合わせて約70人の人質と約1,000人のコンゴの民間人が殺害されたが、大半は避難に成功した。ベルギー軍は人質を解放する命令のみを受けていたが、シンバ反政府勢力はこの作戦の前に町の外に逃亡してしまい、東部の暴動は一段落を迎えた。パラシュート部隊と民間人はその後にベルギーに帰国した。介入の余波として、新植民地主義に基づく行為であるとしてベルギーそのものが公的に非難された。
シンバ反乱軍勢力の抵抗は特に東部の南キヴ州で激しく、ローラン=デジレ・カビラが毛沢東主義を掲げて1980年代までこの地の反乱を主導した。
1965年コンゴ民主共和国総選挙ではモイーズ・チョンベが全国的政党に発展させたコンゴ国民公会(CONACO)とその同盟政党が大勝した。シンバ反政府勢力の衰退によって傭兵の軍事力を必要としなくなり、次期大統領選挙の最大のライバルとして危険視したカサブブはチョンベを首相から解任した。次いでカサブブは反チョンベの筆頭であるエヴァリスト・キンバを新たな首相に任命したが、チョンベ支持派が多数を占める議会は1965年11月14日にキンバの任命の批准を拒否した。カサブブも譲らずに改めてキンバが新首相であることを宣言し、本格的な政争に発展した。政府機能が麻痺状態になり、11月25日にモブツはまたしても混迷した政治状況を打開することを表向きな理由として二度目の無血クーデターを実行し、完全に権力を掌握した。
モブツは5年間、事実上の非常事態宣言下でほぼ絶対的な権力を行使し、それから後にはコンゴに民主主義が回復されることになるという将来構想を語った。経済的安定と政治的安定の両方を約束したモブツのクーデターはアメリカ及びその他の西側諸国から支持されていた。最初のうちは、彼の統治は幅広い層からの人気を獲得した。彼は1966年に首相職を廃止して翌1967年には議会を解散し、着実にその他の権限を奪取した。
独裁者としての地位を確立したモブツは1965年に手始めに州の数を削減してその独立した立法権の多くを廃止して地方の自立性を弱め、中央集権体制を強化した。着実に重要度の高い役職を彼の支持者で固めた。1967年にモブツは自己の正当性を示すために、彼が制定した新憲法下で1990年まで国家の唯一の合法政党として存在することになる、革命人民運動(MPR)を結成した。1971年には国名をザイールと改称して植民地時代の名残りを完全に取り除くための「ザイール化政策」を推進した。UMHKの後身企業であるジェカミンも含めて全国の外資系経済資産を国有化した。1980年代以降のモブツ政権は失政と腐敗の代名詞となっていた。
コンゴ動乱終結後の数年間で、モブツは彼の独裁を脅かす可能性のある多くの反対勢力の主要人物を排除することに成功した。反逆罪に問われたかつてのカタンガ分離独立運動指導者モイーズ・チョンベは1965年に第二の亡命生活を開始した。1966年から1967年にかけて二度にわたり、モブツ政権下での待遇に不満を感じる約800人のカタンガ憲兵隊やかつてチョンベに従っていた元外人傭兵部隊も関与したキサンガニの反乱が勃発した。反乱は最終的に鎮圧された。1967年にチョンベは欠席裁判で死刑を宣告され、同年に搭乗していた飛行機がハイジャックされ、アルジェリアで監禁された。1969年の彼の死は自然な原因によるものとされているが、その死にモブツ政権が関与したという憶測が国民の間にも流れた。かつてのシンバ反政府勢力幹部ピエール・ムレレはモブツから恩赦を約束され、亡命生活を終えてコンゴに帰国したが、この約束は反故にされ、拷問された後に殺害された。
動乱の間に反モブツの反乱を率いたローラン=デジレ・カビラは1997年5月16日に反政府勢力指導者としてモブツ独裁政権の打倒に成功したが、2001年1月16日に彼の護衛によって暗殺された。彼の息子のジョゼフ・カビラが後継のコンゴ民主共和国大統領に就任し、2011年11月に再選された。
統一ルムンバ主義党(PALU)を率いる旧ルムンバ派のアントワーヌ・ギゼンガは総選挙時にジョゼフ・カビラの支持に回り、2006年11月から2008年9月まで首相を務めた。
コンゴ動乱においてはとりわけ、アメリカや西ヨーロッパ諸国が介入した際に担った役割について論争があり、学者達は各国政府の歪みを非難している。ベルギー政府が実施した2年間に及ぶパトリス・ルムンバの殺害の真相に関する調査により、CIAに後援されるベルギーの将校らが関与せずに殺害を実行するのはほぼ不可能であったことが判明した。2002年2月5日、外務大臣 (ベルギー)ルイス・ミシェルは41年前のルムンバの殺害に関してベルギーの「道義的な責任」を認めて公式に謝罪し、賠償金代わりとしてルムンバ基金を設立すると発表した。アメリカでは、国務省が出版した『アメリカ外交文書シリーズ』がコンゴ動乱やモブツの権力掌握へのアメリカの関与についてわざと誤解を招くような内容になっていると学者達によって批判された。
コンゴ動乱の勃発以降、新たに独立したアフリカ諸国はかつての宗主国との関係構築について様々な態度を示した。穏健派寄りのフランス語圏のアフリカ諸国はフランスとの関係を維持するためにブラザビル・グループを形成し、急進的なアフリカ諸国はパン・アフリカ主義に基づいた連合を求めてカサブランカ・グループを形成した。南ローデシアは少数派の白人が多数派の黒人を支配する政治体制の変更を譲らずに、イギリスとの交渉が何度も決裂した後、一方的に独立を宣言した(ローデシアの一方的独立宣言)。
1965年から1979年まで行われたチャド内戦 (1965年–1979年)では、チャド民族解放戦線(FROLINAT)がフランソワ・トンバルバイ政権による南部優遇策を明白に拒否して「チャドにはカタンガは存在しない」という公式声明を発表した。1967年から1970年まで行われたビアフラ戦争では北の民族集団の利益が特権化されていて自分達が差別されていると主張するイボ族がナイジェリアから分離して独立国家を形成した。このビアフラ共和国とカタンガ国の分離主義活動は学術論文で頻繁に比較されてきた。ビアフラはカタンガとは異なり、限られた国々から外交上の承認を受けることに成功し、地元の石油企業に関与している西側諸国からの支援を拒否した。ビアフラ共和国は1970年に敗北し、ナイジェリアに再統合された。