0能者ミナト
明山大学オカルト研究会のために封印が解かれ復活し、自らを封じてきた注連縄の力が移った沙耶を狙う。御蔭の神官兵たちをおはじめ多くの人々を食らい、沙耶の匂いを追って人知らずの藪に向かったところを待ち伏せしていた湊と戦う。鏡で動きを封じる戦法をとるなんの力も持たないはずの湊に得体の知れない恐怖を抱くも、鏡のトリックを見抜いて消耗した彼を最大の力で打ち破ろうとしたが、光ファイバーと光増幅装置によって自分でも制御できないほどに力を増幅され、宇宙の果てへと追放された。
鏖(みなごろし)
江戸時代、1749年から数年間のべ1000人以上を殺した怪異で、山中に封じられていたが、道路建設の利権に目がくらんだ総本山の手で封印が解かれた。この怪異が現れたところでは、人々は喉をかきむしって悶え死に、胸や節々の痛みやしびれが現れ、古傷が開くといった症状を示し、弾丸並みの速さで飛来する石などで体を爆砕される。この怪異が発生するとき三弦町の金束神社に収められた鈴が鳴る。
その正体は蜃気楼を生み出す大ハマグリの怪異・蜃。幻次郎という足の悪い画家の願いから生まれた存在で、気圧を操る能力で大気の屈折率を操作、大気を吸って真空を作り空気による映像の劣化を最低限にして彼に遠い国の風景を見せていた。しかし、海底火山の噴火により海中から山の上へと吹き飛ばされ、そこで大気と水の屈折率の変化を理解できずに真空を作り出したことで、窒息死や減圧症による死だけでなく、真空の筒が宇宙空間へ突き抜けたために普通は大気の断熱圧縮で燃え尽きるはずの隕石や宇宙塵が猛烈な速度で地上へ落下することになった。
被害を拡大させながら生まれた海へと向かうが、乾燥と、大気にほとんど含まれないうえ非常に屈折率の高く、青潮の原因となる硫黄によって体が弱り、周囲の人間たちに世界中の名勝地の風景を見せた後に死亡した。
羅上が鏖のダミーとして解き放った怪異。ユウキに軽々と倒された。
夢魔(むま)
人の夢に取り憑く怪異の総称。精を吸い尽くすまで取り憑いた人間から離れない厄介な存在。予防には麻羅観音が有効。
憑依する人間を変えるときは静電気のような現象を起こす。脳波において通常の催眠術では現れないPGO波の姿として現れ、視床下部を刺激する。作中では沙耶に取り憑くも、潔癖な彼女とは相性が悪く強いコンプレックスや不安の方向に夢の行先を捻じ曲げることとなり、精を吸い尽くす前に発作を起こさせてしまう。その後、沙耶の夢でその願いを反映し、彼女の胸を大きくした夢を見せたことで現実ではないとばれてしまう。その敗北から、沙耶を死んだはずの両親がいる不安のない心安らかな世界に連れ込む。しかし、催眠術を利用して夢に干渉した湊に正体を看破され、梓弓で射られ消滅寸前にまで弱る。その後、霊力も法力もない湊に取り憑こうとするもゴム手袋とコンデンサを利用して絶縁体であるゴム製のコンドームに封印される。
船幽霊(ふなゆうれい)
溺死者の魂から生まれた怪異で、生者を引きずり込もうと柄杓で水を船に汲み入れて沈没させる。
作中で現れたのは腕だけのもので、魂と共に利き腕が怪異化する。船幽霊の襲撃で沈没したしらなみ丸の7名のクルーたちが最新の知識を持った船幽霊と化し、しらなみ丸を浮上させて白鳳を襲う。液化天然ガスをバラストタンク内にばらまき気体となった天然ガスによって水圧を誤認させ船体を傾けて転覆させようとし、過冷却現象で海を凍らせ、その影響で生じた淡水で内部波を起こして白鳳の前進を妨げたが、ユウキの手で全員が成仏した。
九尾の狐(きゅうびのきつね)/殺生石(せっしょうせき)
日本三大妖怪の1つに数えられる、狐の姿をした強力な怪異。様々な負の感情を食らう習性があり、権力者に近づいて人心を操り国を乱し争いを起こさせる。目にもとまらぬ速さで移動し、高度な防御の術をやすやすと打ち破ることができるほか、空間を歪めて一定領域内を無限にループさせる結界を作る能力を持つ。また、狐狸が持つ化ける力で自在に姿を変えるだけでなく、少々時間はかかるが対象の性質すら再現できる。ただし一度死んだことで性質変化の能力は対象に制限が生じて鉱物のみとなっている。さらに自分の鳴き声を利用し干渉定位を行って地形を360°全て把握し、飛来する矢をも回避できるが、その特性故に自分の鳴き声と同じ周波数の鏑矢を使用されたことで900年以上前に倒されており、死後に殺生石と化した後は玄翁和尚によって体を砕かれ各地へ飛び散りそれ以降も毒の気を吐いて人を害していた。
その内の1つは「夜泣き石」として栃木県との県境の山中から運び込まれ、亀田町の大幽霊妖怪展に展示されていた。大学の調査によると解析不可能な成分が1.7%含まれている。後に、栃木県の玉藻稲荷神社から飛来したものだと判明。沙耶とユウキが来館した日、突如毒の霧をはいて活動を始め、自分を殺した玄翁の末裔である美咲を狙い結界を張って館への出入りを封じ、石の狐として復活する。本体の4分の1ほどの大きさしかないにもかかわらず優れた回避能力と高い攻撃力で2人を苦戦させたが沙耶に弱点見抜かれ、鳴き声を録音したスマートフォンを取り付けた矢を躱すことができずに負傷し玄翁で体を砕かれ敗北した。
それからおよそ半年後、伊織を協力者に自分の一部を殺した沙耶とユウキに復讐を果たそうとする。カオナシを操ることで各地から殺生石の破片を御蔭神道の修練場へ集めさせ、伊織から授けられた現代の知識を利用して日本で産出する最も硬い鉱物である鋼玉(ルビー)で肉体を再構築して復活を果たす。全身の構造が変化したことでルビーレーザーを発射することが可能となり、その威力はSF世界のレーザー兵器のような非現実的な域に達している。さらに切り離した尾を拡散プリズムとして利用し、雨のように複数のレーザーを同時に放つこともできる。ただし全身が精密機械のようなものなので連射すると熱膨張でしばらくレーザーが撃てなくなり、加えて発射前は高音が響くためにソナーも使えなくなるという欠点がある。伊織の指示を受けてレーザーで神官や巫女、警察関係者を殺害し、結界内に閉じ込めた湊たちをいたぶるように攻め続けるが、自身が作り出していたループで井戸が高さ無限の状態となっていたことに気づけず、真空を作る術で2時間かけて時速25万km以上に加速した2カラットのダイヤモンドを弾丸として撃ち込まれて胴体を真っ二つに砕くほどの重傷を負い、最後は不動明王の羂索で捕らえられ完全に消滅した。
倫寧(りんね)
サトリと人間の女性の間に生まれた少女。外見は7,8歳だが実年齢は不明。直接人の心を読むことはできないが、触れた物から間接的に思念を読み取るいわゆるサイコメトリー能力を持つ。そのため、より強い残留思念を持つ物に触れると読み取りに失敗してしまう。当初この能力はサトリの血が薄まったことで生まれた亜種だと考えられていたが、サトリ同士が果てのない思考の読み合いをすることを避けるための進化である可能性が示唆されている。サトリ同士が交配せずに人間と子をなすことも同様に成熟したサトリ同士が出会わないための対策であると考えられている。凶暴な父親を嫌い、自分を父から隠すかわりに『彼岸の会』で偽りの降臨術に協力していた。
『彼岸の会』の消滅後は行き場をなくし湊の事務所で引き取られかけたが、彼が自分の能力を違法ギャンブルに利用しようと考えていることを読み取ったため、沙耶の勧めで静の元でイタコの修行を積むことになる。
一緒に遊んでもらったことがあるためかユウキに非常に懐いており、彼の秘密は絶対に口にしない。沙耶からも可愛がられているが、自分が慕うユウキの恋心が彼女に向いていることもあって少々冷たい態度をとっている。
倫寧の父親で、思考を読み取る能力を持つ怪異。3mを優に超える巨躯を誇る猿の姿をしている。行方をくらました倫寧を探して人里に下り、娘と接触した者たちを襲って殺害していた。骸が倫寧にかけた術を解いたことでそこに詰めていた僧兵たちをも殺害、湊にも襲い掛かるが、追い詰められても覚に対する殺害法への思考をやめず、無数に産み出す湊の前に臆し一歩も動けなくなってしまう(自身の知識にない薬品調合による毒ガス発生の化学式も正確に読み取ってしまうため殺害法の把握に時間が掛かるという要因もあった)。合計6名を殺していたこともあり、倫寧のペンダントに300年封印されることになった。
生まれてすぐに必中かつ不吉な予言を行ってすぐに死亡する人頭牛の怪異。
その本質は科学的なものから人間の思考や行動に至るまで地球上のありとあらゆる現象を複合的に計算することのできる超複雑性シミュレータ。その計算をなすために件は発達した人間の脳を有し、さらに脳のほとんど全ての領域を常に活性化させることで完全な予言を行っている。また、脳のオーバーワークによる生命維持に不可欠な領域の圧迫が原因で起こる臓器不全と、データが不完全であるために起こる計算の誤差のリセットが不可欠なことが相まって件は短命であるが、再び誕生する際には以前の件の知識を継承する形で転生が行われる。この脆弱性も、自分が封印されるなどした場合も次の件として別の場所で転生するための武器として利用している。さらに、自分の言葉一つで減少を任意に変化させることができるため、たとえ怪異の存在を察知できたとしてもそのこと自体が計算に含まれているため結果的に件の予言は絶対に防ぐことができない。しかし、あくまで予測できるのは地球上の現象のみで、宇宙規模の現象は太陽や月、太陽系の惑星の運行程度しかシミュレートできないため、隕石などの地球外からの要因によって予言が外れる可能性はあるが、逆に言えば偶発的な天文学的現象を観測することでもない限り絶対に予言には抗えないということでもある。
10年前、浅野家で誕生した際は、その予言で友哉を死に追いやった。それから10年後、小野寺の死がきっかけで自分を追ってきた湊に「4つの災いの後死亡する」と予言する。湊を追い詰めるが、4つ目の災いが起こる直前に彼に同行していた沙耶が偶然流星を観測したことで湊は死を免れる。予言から解放された湊の指示で脳梁を外科的に切断され、2つの人格が生じ、果てのない読み合いの末脳の処理が追いつかなくなって死亡する。その後転生するも、2分化された意識も継続されたことで「件の予言は外れる」というパラドックスを永遠に続けるだけの存在となった。
四国や中国地方に多く目撃される怪異。7体1組で出現し、7日ごとに人間を1人襲い、その人間を仲間に取り込む代わりにだれか1人が成仏するという習性を持つ。姿を見ただけで殺すという危険な特性を持つが、僧侶が複数いれば難なく消滅させられるためそれほど驚異的な存在とはされていない。ただし、数が非常に多く、全体で年間1000人を超える被害者を出すと推定され、行方不明や失踪の一部はこの怪異によるものとも言われており、一説には2000人以上の被害を出しているという。
1人当たり49日で成仏するという厳格なルールのもとに行動する。そのため、法力僧の祈祷などで群の個体数が減少すると上限が減少後の数に固定され出現頻度が変化する(例えば5人ミサキになれば9.8日=約10日ごとに1人を殺害するようになる)。詳細は不明だが、狙われる人間には一定の条件があるとみられている。また、湊によって、「かつては7以外の数のミサキもいた可能性があるが、生存競争によってもっともこのシステムに適した7人だけが生き残りそれ以外のミサキは絶滅した」という仮説が立てられた。
かつては七人ミサキを完全に消滅させることでその被害を減らす努力をしていたが、湊の発案であえて何体かのミサキを残しておくことで生存競争を誘発させその個体数を減少させるという方法がとられた結果、わずか3年で被害者数が約4分の1にまで減少した。
谷地村に住む化け狸。まだ幼いころに父母を御蔭神道の手の者に殺され、自身も命を狙われていたところを宗一郎に助けられ、それ以降彼と共に暮らしていた。変化の能力を持つが不完全で、極度の集中による副作用でくしゃみを多発してしまう。人の言葉をある程度理解できるほど高度な知能を持つが、怪異としての力は弱くほとんど普通の狸と変わらない。自分のことを獰猛な獣だと思っているが、可愛らしい外見で少々間の抜けたところがあるため初見で怯えられることは皆無。
村民消失の謎を解きに来た湊たちの前に現れ、前述の経緯から霊力・法力を持つ子供2人を警戒する一方で、ただの人間である湊に懐く。種まきの形跡がないこと、全ての人間の筆跡が全く同じであること、20年間埋葬の形跡が一切ないことなどの違和感から、湊が導き出した集団神隠しの真相は「20年前の土石流で宗一郎を除く村人全員がすでに死亡しており、時計の付喪神の力を借りてターボが20年ごと(土石流の直後〜宗一郎の死の1日後)に時間遡行し、総勢309名の村人全員に化けていた」というものだった。湊たちが出会ったターボこそがこれからまさに初めて時間遡行しようとする最初の1体であり、そのことを湊の口から聞いたことでかつて命を救ってくれた宗一郎を20年間悲しませないために時間遡行する決意を固めて旅立つ。それから宗一郎を完全に化かしぬき、優に6,000年を超える時間の旅を終え、彼の家の軒下で静かに息を引き取った。
有耶無耶(うやむや)/有(ゆう)
人間と交配する怪異の血を引く人間である一一と白銀スズの間に生まれ、人間では劣性形質となる因子を発現した史上初の怪異同士のハイブリッド。大蛇と鬼の因子を持つ。父母が法力僧と巫女であるため、法力や霊力に対して高い耐性を持つ。
生まれた時は肉の塊にしか見えない状態だったが、時間経過によって目鼻が分かるような顔立ちに変化した。人間よりも移動速度は遅いが人一人を取り込んで余りある巨体になることができ、産まれたてとは思えないほど高い知能を持つ。母体がウイルスに感染していたことで、飛沫感染により人間を怪異に変化させるウイルスを保有していたため討伐対象とされたが、表向きは双子という形で生き残り「有」と名付けられた(名付け親は湊)。
怪異化ウイルスは弱毒性でしばらくすれば治るうえ感染力も低いが、湊の手で無限令のあぶり出しと敵戦力の低下、人を化け物と呼ぶ者たちを戒めるという3つの目的のために意図的に蔓延させられた。実は無限令によりダイダラボッチに対する戦力として作り出された怪異である。
国造りを行ったともされる巨人の姿をした神話上の怪異。
身長は2000mを超え、咆哮を目視してから音が届くまで数秒のタイムラグがあるほど。人間に比べれば動きは緩慢に映るが、規格外の巨体を持つため歩く速さは音速越えの約1100km/h、パンチの速さはマッハ4と軽く動くだけで衝撃波が発生する。火器や法力による強力な攻撃も痛痒すら感じさせず、手をついただけで複数名の法力僧が張った防御障壁をたやすく破るほど。好奇心があり、大きな物体に興味を示す。量子力学に基づく動きをするということが判明し、霊能力者が観測することで現実の存在となる。霊能力の過多によって実体化するかどうかが決まり、強力な霊能力者が観測者ならば1人でも実体化してしまうが、霊力が少ない者が観測者となるとダイダラボッチによっておこる被害の可能性だけが見られることとなる。その肉体は40桁近い数の原子から構成される単一の超高分子で構成される。
日本中の総本山および御蔭神道に属する霊能力者が集まる場所に出現し民間人を含め数百名単位での死傷者を出す。湊の策で観測者を減らすために総本山および御蔭神道の人々を一カ所に集めたうえで麻酔で眠らせたことで被害を制御され、観測者役の沙耶とユウキによって半年前に出現した淤能碁呂島の前におびき寄せられ、CERNから取り寄せた反物質を打ち込まれて肉体を構成する原子の一部が対消滅し、「神の奇跡」ともいうべき絶妙な分子のバランスが崩れたことで自壊した。
淤能碁呂島でもあるもう1体のダイダラボッチを探していたのではないかと推測されており、地形を変えるのも捜索の一環である可能性がある。
結鬼(ゆうき)
かつて赤羽夏蓮が退治した馬頭鬼の息子の鬼。その存在を隠蔽するため秘術によりユウキと同じ名前を付けられ気配を消していた。ユウキの実の父である弦に育てられていたが、ユウキの記憶だけでなく莫大な法力の一部が流れ込んだせいでかなり衰弱しており、孝元が死亡した弦から彼の世話を引き継いだときにはすでに余命わずかだった。一生の最後に本物らしい体験をさせたいという孝元の願いによって「ユウキ」として学校に通っていたが、社会科見学で訪れた国立博物館で鬼を喰う神虫に襲われ致命傷を負う。本物と協力して神虫を退けた後に彼らが入っていた掛け軸の中に封印されることで命を長らえることになった。
神虫(しんちゅう)
神の化身で人に仇なす鬼を喰う8本脚の虫。雅に憑依した餓鬼に反応して国立博物館の掛け軸から復活し、結鬼にも襲いかかるがユウキに攻撃され致命傷を負って逃亡、雅の体から追い出された餓鬼を捕食して役目を果たしたことで消滅した。
餓鬼(がき)
憑依した人間に飢餓感を与える怪異。憑依された者はカエルのような顔になり、腹が出て手足がやせ細る。雅に取り憑き瑠璃を食い殺そうとしたがユウキ達に妨害され、まだ人のものしか食べていなかったおかげで体から追い出され、そこを神虫に食われて死亡した。
空怪(くうかい)
湊が提唱した「空気の怪異」。厳密には「生き物の感情に同調して怪異の形を作るもと」に相当するものとされ、原初の地球で様々な生命を生み出した有機物のプールにも例えられている。神仏の加護が強い、いわゆる「清浄な空間」以外のあらゆる場所に存在しているものの、そのせいで感覚が慣れてしまっているためよほど強力な霊能力者でなければ知覚すらできないとされる。自我があるのか不明で、基本的には人類にとって無害な存在。ただ、事故などで生じた脳腫瘍が原因で後天的に霊感に目覚めた人間の場合、空怪との同調で様々な怪異を周囲に生み出してしまう。このケースでは被害者が想いを維持するのが難しい上に拒絶の意識も持つことから出現した怪異もすぐに消えてしまい、加えて怪異の出現を知覚するのも困難なので事実確認が非常に難しい。一応信頼できる事例が2例確認されたため対処法も考案できる状態ではあるが、人類より昔から存在するかもしれないものを駆除したときの影響が測れないことから基本的に不干渉という扱いになり、同様の事例が発生した場合のみ対策を取るという方針になった。