西肥自動車
各路線と直通運転される市内路線。国道204号から分岐し、大野を通って左石駅前に入る池野経由と上の角(かみのかど)から入る矢峰経由の2つのルートがあり、矢峰経由が国道498号に沿う。矢峰経由便は旧佐世保市交通局でも運行され、2000年代に一旦廃止されていたが、2022年3月24日のダイヤ改正に伴い、一部の便をさせぼバスへ委託運行する形で復活した。
柚木発の便は佐世保駅前行・重尾行が池野経由・矢峰経由それぞれに設定されており、重尾行には複数の経由ルートを設けている。また朝の通学便として、矢峰経由には佐世保東翔高校行、池野経由には長崎国際大学行や同大学を経由するハウステンボス西門行も運行されている。
(戸尾町以遠) - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 吉岡団地 - 佐世保商業高校
佐々バスセンター - 芳の浦  - バイパス本山 - 佐世保商業高校
佐々バスセンター - 第二ニュータウン - バイパス本山 - 佐世保商業高校
佐世保商業高校の通学路線であるが、吉岡団地等の住宅地を通るため、朝夕の通学時間帯だけでなく日中や休日にも一定の運行本数が確保されている。
平日には北松地区の佐々バスセンターを発着する便や、7時台に1本のみ新みなとターミナル前を出発する便が設けられている。
佐世保駅前 - 松浦町 - 花園町 - 山手町 - 烏帽子岳
山手循環を抜けて烏帽子岳山頂目前の展望所まで向かう山岳路線。佐世保駅前発着で朝・昼・夕の1日3往復運行。
戸尾・山祗循環線
(松浦町以遠) - 京町 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 勝富町 - 島瀬町 - (松浦町中央公園口以遠)
(松浦町以遠) - 京町 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 勝富町 - 京町 - 佐世保駅前( - 大宮町 - 大和町西龍橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 黒髪)
新みなとターミナル-医療センター線
新みなとターミナル前 - 鯨瀬ターミナル前 - 新みなとターミナル前 - 戸尾町 - 島瀬町 - 湊町 - 佐世保市総合医療センター - 湊町 - 共済病院前 - 平瀬橋 - 新みなとターミナル前
両端部が往復運転となり、地図に当てはめると8の字にルートをたどる変則循環線。平日朝のみ3周半設定される。最終便は佐世保市総合医療センターから松浦町(国際通り・中央公園口)を通り佐世保駅前に到着する。
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - パールシーリゾート九十九島水族館
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - SSK西門口 - パールシーリゾート九十九島水族館
パールシーリゾート九十九島水族館 → 鹿子前入口 → 長崎県立大学前 → 木宮町 → バイパス本山 → 佐世保商業高校
九十九島遊覧船が発着する九十九島パールシーリゾートへの連絡路線。佐世保駅前を発着するSSK経由便には快速便が毎日5往復運行されている。また、平日朝には相浦地区を周ってバイパス本山を経由する佐世保商業高校行も1本設けられている。
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 西小島町 - 天石 - 鴛の浦分道 - 九十九島動植物園 - 船越 - 下船越 - 展海峰 - 九十九島観光公園
2022年3月24日のダイヤ改正に伴い、従来の展海峰線を動植物園経由に一本化したうえで、九十九島観光公園まで延伸した路線
2023年4月1日のダイヤ改正に合わせて停留所名が変わり、「動植物園前」は「九十九島動植物園」に変更した。
(佐世保駅前以遠) - 福石観音前 - 観音裏 - 須田尾入口 - 下須田尾 - 若葉中央 - 観音裏 - 福石観音前 - (佐世保駅前以遠)
1時間に1本程度運行。幹線の福石観音前から1区間先の観音裏以北で反時計回りの循環運転をする。
十郎原・東浜線
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 東天神 - 天神町 - 西天神( - 十郎原) - 東浜入口 - 東浜町
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 天神二丁目 - 西天神 - 東浜入口 - 東浜町
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 天神二丁目 - 西天神 - 十郎原
十郎原までの区間便があるほか、天神町経由東浜町行には十郎原を経由する便もある。また、十郎原団地内は自由乗降区間である。
沖新町・東浜線
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 中央病院入口 - 工業団地前 - 高専グラウンド前 - 沖新町( - 辻の下 - 中波止 - 東浜入口 - 東浜町)
沖新町を発着する区間便もある。
東大和・十郎原線
(東浜町 - 東浜入口 - )十郎原 - 西天神 - 天神町 - 天神二丁目入口 - 東大和 - 工業団地前 - 中央病院入口 - 大和町西龍橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 黒髪
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 東天神 - 天神町 - 西天神公民館前 - 自衛隊官舎前 - 中大黒 - (佐世保駅前以遠)
福石観音前で周回が完結する大回り便が双方向あり、時計回りは「大宮経由」、反時計回りは「大黒経由」と呼ばれる。
(福石中学校以遠) - 中大黒 - 自衛隊官舎前 - 轟 - 教育隊前
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - (上東山 又は 天神町) - 自衛隊官舎前 - 轟 - 教育隊前
崎辺町にある佐世保教育隊(佐世保地方隊)を発着する路線。教育隊前発矢峰行のうち、大黒経由便の朝の1本は佐世保駅みなと口経由となる。また、天神町を経由する便は平日夕方の教育隊前行1本のみとなる。
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 大和町西龍橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 南高校前 - 黒髪 - 椿ヶ丘 - もみじが丘 - 大塔小学校前( - 食品団地会館前)
(白岳町入口以遠) - 日宇駅前 - 桜馬場 - 南高校前 - 黒髪 - 椿ヶ丘 - もみじが丘 - 大塔小学校前 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - (金田橋 又は 広田三丁目) - 重尾( - 佐世保東翔高校)
桜馬場 - 食品団地入口間を南高校前 - 大塔小学校前で迂回する路線。大宮市場下 - 大和町西龍橋間を通る大宮町経由が基本だが、重尾や佐世保東翔高校発着便には稲荷町 - 大和町間を通る藤原橋経由もある(佐世保東翔高校発着便は朝の到着便1本を除き、学休日を除く平日のみの運行)。
大塔小学校前と食品団地会館前を発着する便はさせぼバスによる委託運行である。
下の原線"city"
(卸本町入口以遠) - 陽光台入口 - 大塔インター口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 小森橋 - 中原町入口 - 下原橋
三川内地区直前の下原橋までを結ぶ路線。陽光台入口を経由する唯一の路線でもある。もみじが丘を経由する黒髪発着便がほとんどで、日宇バイパスを経由する西高校入口発着便は1日1往復(西高校入口発は夕方、下原橋発は朝)の運行となる。
2022年3月24日の改正までは全便させぼバスによる委託運行であったが、西高校入口発着便については西肥バスによる運行となった。
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - バイパス中央 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 広田工業団地 - 石浜 - 広田三丁目 - 重尾( - 佐世保東翔高校)
日宇駅前 - 卸本町入口間を日宇バイパス(バイパス中央)で経由し、住吉橋から広田工業団地を通り、石浜で折り返して広田駐在所前へ進む路線。朝には佐世保東翔高校までの通学便もある。
エコスパ佐世保・クレールの丘線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔インター口 ( - エコスパ佐世保) - クレールの丘中央 - 有福 - 観潮橋 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾
大塔町から大塔インター口に進み、クレールの丘団地内を横断、有福から観潮橋を周って早岐中町以降は重尾発着のルートに合流する路線。大半の便はエコスパ佐世保を経由する。
佐世保-花高団地線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔新田 ( - 若竹台県営アパート) - 花高一丁目 - 花高四丁目 - 早岐駅東口前 - イオンタウン早岐 - 広田三丁目 - 重尾( - 佐世保東翔高校)
大塔新田から花高団地内を周る路線。早岐警察署前と陣の内の間に若竹台団地内を周る若竹台経由便があるほか、広田工業団地線同様、朝には佐世保東翔高校までの通学便もある。
以前は早岐支所シルバーボウル前を発着地とする便が存在したが、2022年3月24日のダイヤ改正により、発着地が重尾に一本化され、全便広田三丁目を経由するようになった。
花高-大塔循環線
重尾 - 広田三丁目 - イオンタウン早岐 - 早岐駅東口前 - 花高四丁目 - 花高一丁目 - 大塔新田  - 大塔インター口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾
2022年3月24日のダイヤ改正により新設された路線で、重尾を出発して大塔インター口で折り返して重尾に戻る路線。花高団地から回るルートと早岐支所シルバーボウル前から回るルートがある。
大岳台循環線"city"
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 中央病院入口 - 川下 - 尼潟 - 大岳台東口 - 卸本町入口 - 桜馬場 - 日宇駅前 - 大和町西龍橋 - 大宮町 - (佐世保駅前以遠)
行きと帰りで経由地が異なり、行きが尼潟経由の場合は帰りが桜馬場経由に、行きが桜馬場経由の場合は帰りが尼潟経由となり、どちらのルートでも西大和で周回が完結する。
下の原橋線同様、2022年3月24日の改正までは全便させぼバスによる委託運行であったが、大半の便が西肥バス運行便となった。
長崎国際大学・ハウステンボス線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - バイパス中央 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋( - 長崎国際大学) - ハウステンボス( - ウインズ佐世保) - ハウステンボス西門
重尾 → 広田三丁目 → イオンタウン早岐 → 早岐駅東口前 → 花高四丁目 → 花高一丁目 → 早岐支所シルバーボウル前 → 早岐駅前 → 宮崎橋 → 長崎国際大学 → ハウステンボス → ハウステンボス西門
朝には花高団地や長崎国際大学を経由する重尾発の便や前述した柚木発長崎国際大学行の通学ダイヤが1本ずつ設けられている。土日祝のハウステンボス西門行(佐世保駅前以遠発の便のみ)は中央競馬開催時のみ、夕方以降の2本を除きウインズ佐世保を経由する。長崎国際大学行は2019年3月23日以前は大宮町を経由していたが、以降は藤原橋経由に変更されている。
ハウステンボス開業以来、ハウステンボス西門までの運転だったが、2010年に園内一部無料化にともない同年7月17日から園内のハウステンボス港町まで路線延長された。しかし、場内でイベント開催時はハウステンボス西門までの運行となる。
2012年10月1日のダイヤ改正より、一部の便の発着を針尾米軍住宅まで変更して運行開始した。
2015年5月1日より、園内の全面再有料化に伴いハウステンボス港町までの便はハウステンボス西門まで路線短縮された。また、4月30日をもって、ハウステンボス港町・ホテルヨーロッパ前の両停留所は廃止となった。
2019年3月24日まではクレールの丘~指方経由の便が運行されていたが、終着地変更に伴い運行がなくなった。また、針尾米軍住宅までの路線もハウステンボス西門までに短縮された。
2022年3月24日のダイヤ改正により、全便バイパス中央(日宇バイパス)経由となった。
佐世保-川棚線
(早岐中町以遠) - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋( - 長崎国際大学) - 日陰 - 長畑町 - 白石 - 川棚バスセンター
かつては大村市内(大村営業所)まで運行されていたが、2002年に川棚までに路線短縮された。
藤原橋・早岐田子の浦を経由する佐世保駅前以遠便と、2022年3月24日のダイヤ改正により新設された花高団地・早岐支所シルバーボウル前を経由する重尾発着便がある。重尾発着便は佐世保-花高団地線の早岐支所シルバーボウル前発着便廃止による代替路線も担う。
佐世保駅前以遠便については、川棚バスセンター発の始発便が佐世保市総合医療センター入口行となる以外は佐世保駅前を発着する。川棚バスセンター発重尾行は土日祝のみ、夕方の2本が長崎国際大学経由となる。
佐世保-西海橋線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 - 葉山 - 西海橋東口 - 西海橋コラソンホテル/西海橋西口
西海橋コラソンホテル/西海橋西口発の便は佐世保市総合医療センター入口行が大半で、西海橋西口発の始発便は佐世保商業高校行となる。
2023年4月1日のダイヤ改正に伴い、西海橋コラソンホテル便は西海橋コラソンホテル発の平日朝の1本のみに縮小された。
早岐-西海橋線
重尾 - 広田三丁目 - 宮崎橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 ( - 口木 - 針尾小学校前) - 葉山 - 西海橋東口 - 西海橋コラソンホテル/西海橋西口
指方 → 有福 → 観潮橋 → 早岐支所シルバーボウル前 → 早岐駅前 → (宮崎橋以遠)
佐世保東翔高校 - 宮崎橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 - 葉山 - 西海橋東口 - 西海橋西口
西海橋西口発の重尾行には、口木経由便がある。
平日の朝には、指方から佐世保東翔高校や長崎国際大学へ行く通学ダイヤが運行されている(学休日運休)。
西海橋西口 - 佐世保東翔高校間の通学ダイヤは行きと帰りで経由地が異なり、朝の佐世保東翔高校行は金田橋経由、夕方の西海橋西口行は広田三丁目経由となる。
針尾小学校・口木線
(佐世保東翔高校 - )重尾 - 広田三丁目 - 宮崎橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 - 口木 - 針尾小学校前 - 浦頭 - 指方 - 有福 - 観潮橋 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾
平日のみの運行。口木を経由して重尾 - 浦頭間を往復する循環路線が主体だが、重尾 - 針尾小学校前の区間便が朝に1本運行されている。
(佐世保東翔高校 - )重尾 - 広田三丁目 - イオンタウン早岐 - 早岐駅東口前 - 花高四丁目 - 花高一丁目 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 金田橋 - 重尾 - 東部営業所 - 長畑町 - 宮津町
2022年3月24日のダイヤ改正により、佐世保駅前以遠を発着する便が廃止され、後述する東部営業所線の代替路線として、重尾を発着点として早岐・花高団地を周回するルートに変更された。
佐世保-波佐見・嬉野線
(早岐中学校以遠) - 三川内駅前 - 岩崎 - 波佐見役場前 - 舞相 - 内海 - 永尾山 - 嬉野( - 嬉野医療センター)
(早岐中学校以遠) -  三川内駅前 - 岩崎 - 下宿 - 川内 - 波佐見高校
藤原橋や早岐田子の浦を経由する佐世保駅前以遠発着便と早岐支所シルバーボウル前や宮崎橋を経由する重尾発着便がある。なお、嬉野医療センター便は重尾発と佐世保駅前行が各1本ずつ運行、波佐見高校発の便は佐世保駅前行のみとなる。平日の朝には内海発金田橋経由佐世保東翔高校行も1本運行されている。
2014年4月のダイヤ改正で佐世保市内から波佐見高校まで直通する路線が新設された。
2019年6月2日から、嬉野医療センターの移転に伴い、嬉野医療センター前を嬉野老人福祉センター前に改称するとともに、嬉野から先に6つのバス停を新設して嬉野医療センターまでに路線延長された(路線延長により嬉野医療センター行が新設された)。
2022年3月24日のダイヤ改正に伴い、嬉野線に佐世保駅前を発着する便が新設された。
佐世保-伊万里線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 三川内支所前 - 伊万里口 - 前田( - 伊万里有田共立病院前) - 作井手 - 川西 - 伊万里駅前
2012年3月1日から、平日の一部の便が伊万里有田共立病院を経由するようになり、伊万里駅前から伊万里有田共立病院までの区間便も運転されている。また、曲川 - 伊万里有田共立病院前間は有田町コミュニティバス(西肥自動車に運行委託)も運行している。
川棚-石木-内海線
(川棚高校下 - )川棚バスセンター - 川棚役場前 - 石木 - 梅高野 - 万年橋 - 田の頭 - 下宿 - 舞相 - 内海
東彼杵郡川棚町と同郡波佐見町を結ぶ路線で、1時間に1~2本運行されている。
川棚高校下から発着する便があり、川棚高校下発は平日の夕方のみで学休日は運休。内海発は朝の一部の便が川棚高校下行となる。また、川棚バスセンター - 川棚高校下までの区間便もある。
伊万里-西分-松浦線・松浦-平戸線
伊万里駅前 - 川西 - 里 - 久原 - 干把町( - 西分) - ぎぎが浜入口 - 今鶴 - 調川 - 松浦駅前
松浦駅前 - 松浦市消防本部前 - 松浦発電所 - 御厨 - 大崎下 - 草切入口 - やよい幼稚園前 - 田平港 - 平戸新町 - 平戸桟橋
かつては伊万里~平戸間の直通運転もあったが、現在は松浦駅前で運転系統が分かれ、伊万里-西分-松浦線と松浦-平戸線となっている。1995年までは急行も設定されていて、武雄から平戸まで直通する便もあった。
浦ノ崎駅前 - 今福間で土肥ノ浦を経由する便もあったが2002年に廃止され、現在は松浦観光バスが代替運行している。
伊万里-西分-松浦線のうち、西分を経由する便は平日のみ1日2往復運行されている。この便は2017年のダイヤ改正に伴って経由便として整理されたもので、伊万里駅前から西分に向かった後浦ノ崎駅前まで引き返し、そのまま松浦駅前行になる形に変更された。
平戸口駅から平戸桟橋までの区間便も、本数は少ないが運転されている。
2021年4月1日のダイヤ改正に合わせて区間内の一部の停留所名が変わり、伊万里-西分-松浦線の「伊万里農林高校前」は伊万里農業高校と伊万里商業高校の統合により「伊万里実業高校農林キャンパス前」に、松浦-平戸線の「中央診療所前」は診療所の廃止により「松浦市消防本部前」にそれぞれ名称変更されている。
伊万里駅前 - 東町 - 小式原 - 平尾 - 下吉田 - 正力坊 - 大川内山
伊万里駅前 - 総合庁舎前 - 立花中央 - 伊万里温泉前 - 平尾 - 下吉田 - 正力坊 - 大川内山
伊万里市役所前を経由する系統は、かつての伊万里市役所循環線だったものが2002年に廃止されて本路線に統合されたものである。それ以前に、1999年から2001年までは伊万里~三間坂~武雄線に大川内山を経由する系統も設定されていた。
伊万里駅前 - 東町 - 小式原 - 大川内小学校前 - 鼓 - 岩谷 - 宮の上原 - 大野 - 白水 - 三間坂駅前
かつては武雄温泉駅前・甘久(武雄営業所)まで運行されていて、武雄市内の御船が丘小学校を経由する系統もあったが、2002年に三間坂駅前までに路線縮小された。さらに1995年までは、平戸桟橋から伊万里を経由して武雄まで直通する急行バスもあった。なお、路線内にある「大野」は佐世保市にも同じ停留所名が存在しているため、時刻表では「大野(伊万里)」と表記し、区別されている。
伊万里-波多津-福島線
(伊万里実業高校農林キャンパス前 ← )伊万里駅前 - (相生橋 又は 本町) - 生島橋 - 本瀬戸 - 黒川 - 青嶺中学校 - 波多津 - 福島公園入口 - 福島支所前
福島支所前を出発する便のうち、平日朝の1本は伊万里実業高校農林キャンパス前行となる。
1995年までは、大野(佐世保市)・佐世保駅前から伊万里を経由して福島港(現・福島支所前)まで直通する便もあった。
2023年4月1日のダイヤ改正により、社会福祉センター前 - 福島支所前の運行区間が変更となり、新たに福島養源小学校前停留所が設置された。
佐々バスセンター - 松浦町国際通り - 佐世保駅前 - 日宇駅前 - 卸本町入口 - 早岐田子の浦 - 川棚バスセンター - 彼杵本町 - 試験場前 - 長崎空港(※空港特急)
佐々バスセンター - 松浦町国際通り - 佐世保駅前 - 日宇駅前 - 卸本町入口 - 早岐田子の浦 - ハウステンボス - 川棚バスセンター - 彼杵本町 - 試験場前 - 長崎空港(※空港特急)
2011年11月のダイヤ改正で西九州自動車道佐々IC~佐世保中央IC経由に変更となった。それ以前は、佐世保駅前から佐世保市街へは、京町、島瀬町、佐世保市役所前、俵町に停車し、大野発着だった。
2014年10月のダイヤ改正で長崎空港行1便のみ、佐世保駅前始発となった。
2015年1月6日のダイヤ改正で、高速道路経由の実証実験開始に伴い、7便が西九州自動車道佐世保みなとIC~長崎自動車道大村IC経由のノンストップ便となった。ノンストップ便は、佐々インター→長崎空港(1便)、ハウステンボス⇔長崎空港(2.5往復)、長崎空港→佐世保駅前(1便)の運行であった。
2015年2月1日のダイヤ改正で、高速道路経由の長崎空港行1本が試験場前を経由するようになった。
2015年3月29日のダイヤ改正で、高速道路経由の実証実験終了に伴い、全便空港特急に変更となった。
2015年12月1日のダイヤ改正で、長崎空港行2便が佐世保駅前始発に、佐々バスセンター行2便が松浦町国際通りまでに短縮になった。
2018年3月25日のダイヤ改正で、佐々町発着の便が大幅に佐世保市内発着に短縮され、ハウステンボス - 長崎空港間の区間便が新設された。
2014年10月1日のダイヤ改正で全域にわたって土休日運行の減回が行われている。また2021年10月以降、予約制乗合タクシー「Smart GOTO」利用できるのは新上五島町の運行区域内の住民に限られ、それ以外の区域の住民や島外住民の利用はできない。の導入に伴い運行休止となった路線もある(後述)。
なお、カッコ内はこの停留所を経由しない便があること、太字はこの停留所を終着とする便があることを意味する。また、一部の路線・便では、3月から10月までの夏ダイヤと11月から2月までの冬ダイヤがあり、最終便の運行時間が変わる。
青方 - 上五島高校前 - 榎津 - 青砂浦別道 - 奈摩 ( - 矢堅目) - 青方
榎津を先回りする榎津経由と奈摩を先回りする奈摩経由がある。
矢堅目を経由する便は奈摩経由便のうちの2本である。
青方-有川線
(青方港相河ターミナル - )青方 - 上五島高校前 - (箒山) - 有川 - 有川港ターミナル
上五島地区の幹線路線である。時間帯により、箒山を通らず七目トンネルを経由する便もある。
有川港ターミナル行の始発便は青方港相河(あいこ)ターミナル発となり、野母商船が運航するフェリー太古の下り便に接続するダイヤで運行される。このため、フェリー太古の休航日は青方港相河ターミナル - 青方間が運休となる。
青方-船崎線
(上五島高校前 ←)青方 - 大曽 - 船崎
平日のみ、船崎からの始発便は上五島高校行きとなる。
青方-立串線
青方 - 上五島高校前 - 榎津 - 青砂浦別道 - 青砂ヶ浦天主堂前 - 小串入口( - 小串) - 立串
青方 ← 上五島中学校前 ← 奈摩 ← 青砂浦別道 ← 青砂ヶ浦天主堂前 ← 小串入口 ← 小串 ← 立串
上りのみ1日2本、奈摩経由の便が設定されている。
青方-江の浜・頭ヶ島教会線
(青方 - )有川港ターミナル - 有川 - 赤尾 - 友住 - (江の浜) -  頭ヶ島天主堂
頭ヶ島天主堂を発着する便は平日1日3往復・土休日1日2往復の運行となっている。
有川港ターミナルから青方へ足を延ばす便、また青方から江の浜へ向かう便も運行されている。
有川-阿瀬津-鯛の浦線
有川港ターミナル - 有川 - 箒山 ( - 阿瀬津) - 鯛の浦
青方 - 上五島高校前 - 箒山 ( - 阿瀬津) - 鯛の浦 - 干切(ひぎれ)
有川-太田線
有川港ターミナル - 有川 - 太田
有川-高井旅-奈良尾線
(有川港ターミナル - )青方 - 相河桟橋 - 今里 ( - 今里峠) - 浜の浦入口 - 郷の首 - 白魚(しろお)入口 - 高井旅 ( - 奈良尾幼稚園)( - 奈良尾医療センター)( - 奈良尾港ターミナル) - 奈良尾支所前 - 奈良尾車庫前
国道384号の道路改良により一部区間の経路変更や短絡化が行われているが、旧道の今里峠を経由する便もある。
旧奈良尾町内では経由地が複数存在するため、奈良尾幼稚園入口・奈良尾医療センター・奈良尾港ターミナルを経由しない便、また通過バス停の順番が前後する便もある"narao"。
2022年3月31日までは平日のみ1日1往復、上五島病院前 - 青方 - 白魚入口 - 若松港ターミナル間を結ぶ便も運行されていたが、2022年4月1日より予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い運行休止となった。
奈良尾-浜串線
奈良尾車庫前 ( - 奈良尾港ターミナル)( - 奈良尾医療センター) - 小奈良尾脇 (- 中五島高校) - 高井旅 - 奈良尾中学校前 - 福見 ( - 福見教会下) - 中山体育館 ( - 岩瀬浦 - 中山体育館) - 浜串入口 - 浜串 "narao"
岩瀬浦経由便は中山体育館から岩瀬浦内や天満神社前を回って再び中山体育館に戻る循環ルートとなる。
奈良尾車庫前行の昼の1便は高井旅の1つ前の奈良尾中学校発となる(学休日運休)。
有川-(青方)干切・浜串線
有川港ターミナル - 有川 - 中野 - 鯛の浦 - 上の佐野原 - 神之浦 - 船隠入口 - 船隠教会( - 船隠)- 干切
有川港ターミナル - 有川 - 中野 - 鯛の浦 - 神之浦 - 船隠入口 - 浜串入口
有川港ターミナル → 有川 → 青方 → 三日浦 → 上の佐野原 → 神之浦 → 船隠入口 → 浜串入口 → 浜串
有川港ターミナル ← 有川 ← 中野 ← 鯛の浦 ← 神之浦 ← 船隠入口 ← 干切 ← 船隠入口 ← 浜串入口 ← 浜串
浜串発着便は1日1往復の運行。行き帰りで経由地が異なり、浜串行は青方・上の佐野原経由、有川港ターミナル行は干切・鯛の浦経由となる。また三日浦 - 上の佐野原 - 神之浦間の道路が非常に狭隘なため、小型バスで運行されている。
学休日を除く平日には、鯛の浦発干切行の区間便(学休日の平日は出発地が有川港ターミナルとなる)や干切発中野行がそれぞれ1本ずつ運行されている。
奈良尾-中五島高校線
奈良尾車庫前 - 高井旅 - 中五島高校
浜串 - 奈良尾中学校前 - 高井旅 - 中五島高校
中五島高校行は朝の1便が浜串発(岩瀬浦・福見教会経由)となるのを除いて奈良尾車庫前発となる。また、中五島高校発の便は朝の始発が奈良尾福祉センター前・奈良尾医療センター経由、夕方以降の便は高井旅経由奈良尾車庫前行または浜串行となる。
中五島高校発の夏ダイヤ・冬ダイヤに加え、奈良尾車庫前発・中五島高校発の各1便は3月~9月までのダイヤと10月から2月までのダイヤもある。
学休日や土日祝は中五島高校行は朝の浜串発のみ、奈良尾車庫行は朝の始発便のみの1日1往復となる。
青方-津和崎線(2021年10月1日より運行休止中)
(青方 - 上五島高校前 - 榎津(奈摩) - 青砂浦別道 - 青砂ヶ浦天主堂前 - 小串入口( - 小串) -) 立串 - 江袋教会前 - 仲知教会前 - 赤波江入口 - 津和崎