ゾイドフューザーズ
ジャンクヤードを根城とする盗賊団・ボーン一家の頭領。多数の斥候を率いており、谷を渡る輸送者に対して略奪行為を繰り返している。ハルドがレアメタルを輸送していることを耳にし、彼のグスタフを襲撃しようとしたが、ボルドガルドとライガーゼロフェニックスに倒された。
乗機とするブラキオレックスは、サマンサのミサイルトータスとのユニゾンによりブラキオトータスへの強化を遂げる。
サマンサ / Samantha
声 - 勝生真沙子
ボーン一家のサブリーダー格。手下たちからはアネゴの愛称で慕われており、略奪の際には主にボーンの補佐を務めている。
劇中では一貫してアネゴと呼ばれているが、ここではブラキオトータスのパッケージ表記に従い、本名のサマンサで呼称する。
ミサイルトータスを乗機とし、ユニゾン時にはブラキオトータスの主砲として稼動する。
キッド / Keith
声 - 咲野俊介
自らの強さを誇示するため、連続ゾイド襲撃事件を引き起こしたZiファイター。
かつてエミーとはコンビを組んでいたが、実力は今一つでそのことをゾイドに当てつけ、より強いゾイドを求めて彼女の前から姿を消した。その後、セイバータイガーホロテックを手に入れると、増長して愉快犯のように他のZiファイターのゾイドを不意打ちで次々と破壊して行った。しかし、その際に乗機を破壊されたシグマが新たに乗り換えたレオストライカーで敵討ちに現れ、特殊なペイント弾でセイバータイガーホロテックの透明化機能を無力化され敗北。エミーに「(ゾイドに)釣り合う男になりなさい」と諭された。
乗機はセイバータイガーホロテック。
声 - 小山剛志
ハルドの使い。彼の頼みで、レオストライカーの整備とセイバータイガーホロテック対策の特殊な偏光ペイント塗料をシグマのところへ届けた。
ジーン・ホリデー / Jean
声 - 櫻井孝宏
マットが起こしたライガーゼロ暴走事故を止めたことでRDとチャオが知り合ったミラクルサーカス団のメンバー。口当たりの良いプレイボーイで、チャオは彼に好意を寄せるようになる。しかし、その正体はサーカスに扮してやってきた街のゾイドを盗んで回るゾイド窃盗団の一員で、サンドラとの契約でRDのライガーゼロを強奪するのが目的であった。最後はチャオ自身の手で捕らえられる。
乗機は背部にブースターキャノンを搭載したアロザウラー。
ロジャー / Rotten Roger
声 - 若本規夫
「地獄の破壊王」の異名で知られるZiファイター。バトルロイヤルに参加するためブルーシティにやってきた。
乗機はパーソナルカラーを施したジェノザウラー。
サラ / Sarah Storm
声 - 加藤優子
「超音速の翼」の二つ名を持つZiファイター。バトルロイヤルに参加するためブルーシティにやってきた。
乗機はレイノス。
ギルバート / Gilbert the Impaler
声 - 福山潤
「動く要塞」と呼ばれるZiファイター。バトルロイヤルに参加するためブルーシティにやってきた。
乗機はレッドホーンGC。
ドク / Doug
声 - 岸尾大輔
開拓団の一員。マッハストームに暴れまわる野良ゾイドのディスペロウとエヴォフライヤーのハンティングを依頼した。
マッハストームの作戦にも同行したが、戦いに巻き込まれ負傷してしまった。気弱で温厚な性格だが、後に反リヒターのレジスタンスにも参加している。
愛機はヘルキャット。
フェニス / Venus
声 - 石村知子
ウルカの森をさまようRDの前に現れた謎の少女。ライガーゼロと意思を通わせることが出来る。他にもウルカの森に封印されていたジェットファルコンの再生を促し、封印場所の近くにいたマットにテレパシーのように自分の声を送るなど不思議な能力を持っている。
ジェットファルコンの復活後は、どこかへと姿を消した。
ピアーズ / Dr. Wolfgang Pierce
声 - 青野武
ゾイド研究の権威。Zi(ズィー)ユニゾンの名称を提案し、「全てのゾイドがユニゾンできる可能性がある」と説いた。また、Ziファイターたちから厚い信頼を寄せられている。アドバイザー的な存在でもあり、セイバータイガーホロテックの事件の際には治安局とマッハストームに協力することもある、気の良い老人。
その正体は自分が開発したゾイドに絶対の自信を見せるマッドサイエンティストであり、裏では密かにリヒタースケールと組んで、“オペレーションジェネシス"に基づき「世界制覇の象徴に相応しい最強のゾイド」を開発していた。リヒタースケールのボスであるリヒターの息子・リュックをサベージハンマーに紹介するなど、各所でリヒタースケールが陰ながら接触するよう行動していた。
物語終盤では治安局の信用を失墜させリヒターが新市長に就任できるように、「ゴジュラスギガの暴走事件の罪は、マッハストームのマスクマンにある」と嘘の告発をしてマッハストームの面々を逮捕されるよう仕組み、市民にとってゾイドが恐怖の存在であると認識させ、ガミーが治安局チーフの座を追われる原因を作る。
オペレーションジェネシスの一環でライガーゼロをベースにエナジーライガーの開発するがエナジーライガーには時折制御不能になる欠陥が発見されたため、アルファによりエナジーライガーを廃案にされ自身も計画から切り捨てられたことで彼に強い復讐心を抱き見返すべく、エナジーライガーを完成させるデータを集めるために、レイコングを使用して幾度となくRDとブレードたちの戦いに介入してくる。
第24話で本性を表し、一人称が「私」から「俺」に変わり口調も威圧的となった。乗機のレイコングと合体し、完璧な性能となった“エナジーレイライガー"でRDのライガーゼロファルコンとブレードの凱龍輝スピードを圧倒し、凱龍輝にユニゾンしていたエヴォフライヤーが大破してしまうが、精神的なショックから立ち直ったRDのライガーゼロファルコンの猛攻の前に敗北した。
乗機であるレイコングは、ユニゾンの際に制御ユニットとしてエナジーライガーの背部に合体する。
Zi(ズィー)ファイター
『ゾイドバトル』を行う戦士たちの総称。なお、本作と同時期の年代(ZAC2230年)を舞台としたバトルストーリー『三匹の虎伝説』の劇中では、ゾイドに無制限の武装を施すことが許可された唯一の存在として描かれている。
Ziファイターとなるためにはゾイドの操縦を扱った試験に合格する必要があるが、マットのような幼い子供でも受験することは可能となっている模様。
Zi(ズィー)コンガントレッド
ゾイド乗りが左腕に装着する電子機器。Ziファイターの証とされており(『ゾイド新世紀スラッシュゼロ』においても、同様の存在として携帯電子機器・ゾイドギアが登場する)、遠隔操作機能によってゾイドを呼び出すことも可能となっている(第21話)。ブレードのZiコンガントレッドのみ、凱龍輝専用のものが登場している。アメリカでは「Zi-Comm Gauntlet Zoids Zi-comm Control」としてハズブロ社よりゴールドカラーのシールドライガー・ゾイドバトルアクションフィギュアとのセットで玩具が発売されている。
Zi(ズィー)ユニゾン
ピアーズ博士によって提唱された、二機以上のゾイドによる合体現象。理論上は全てのゾイドが可能であるとされ、合体時には互いのゾイドコアを共振させることにより、性能や戦闘能力が大幅に向上される。しかし、発動の際はコアに多大な負担を及ぼすため制限時間が設けられており、タイムリミットを迎えた場合ゾイドは強制分離され、満足に動くことすら間々ならない状態に陥ってしまう。ただし、無限のエネルギーを供給し続けられるエナジーシステムを搭載したRDのジェットファルコンおよびライガーゼロファルコンは、ユニゾンのタイムリミットを無視して活動できていることが作中描写で確認できる。
また、ユニゾンに対応するゾイドはどの個体でもよいというわけではない。例えばマトリクスドラゴンの場合、ワッツたちは最後のピースとなるレオブレイズを何体も探し、ようやく自分たちのゾイドとのユニゾンに適合する個体を見つけることができている。
物語中盤から登場する、戦術AIを搭載した無人ゾイド。リヒタースケールがオペレーションジェネシスのデータ収集およびブルーシティ制圧のために作り出した。AIにより計算され尽くした行動をとり、人間には耐えられないような動きで戦闘を行う。
キメラドラゴンを構成するフライシザース、シェルカーン、ディプロガンズ、デモンズヘッドはバートンを経由してチーム・ブラックインパクトの新オーナー・レナートが買い取り、シザーストーム、レーザーストーム、スティルアーマーはブルーシティに治安局ゾイドとして新規配属された。なお、シザーストームおよびレーザーストームは量産型キメラとして大量に配備され、セイスモサウルスのユニゾン用に巨大な個体が1機ずつ用意された。
本作での主な舞台となる、東方大陸に存在する近代都市。ゾイドバトルが盛んに行われており、そのためZiファイターたちからは聖地として特別視されている。
バラフ、ツルギ、ファンの出身地。遥か東方部にある国で、その文化は旧アジア圏におけるものに非常に近い。なお、リヒタースケールのアルファ・リヒターによれば「機械とは交わらない者たち」とのことだが、ゾイドに関してはその限りではないとされている。
物語の終盤、アルファ・リヒターの「ブルーシティ市長就任」に伴って新たに編成された、無人キメラユニット主要の治安局の特殊部隊。しかし、その実態はアルファの政策に反対する市民やZiファイターを弾圧する秘密警察的な組織である。
主力ゾイドは、最新鋭のキメラであるシザーストームとレーザーストーム。マービスの乗るスティルアーマーを隊長機としている。
リヒタースケールのボス、アルファ・リヒターが惑星Ziを支配し手中に収めるための「究極のゾイド」開発計画。
そのベース候補に選ばれたのはライガーゼロとバーサークフューラーであり、その2体に搭乗するRDやブレードに影から様々な形で接触し戦闘データを収集。そして組織と組んだピアーズはゼロをベースにエナジーシステムを搭載したエナジーライガーを、リヒタースケールはバーサークフューラーをベースに凱龍輝を完成させたが、エナジーには時折制御不能となる欠陥が発見されたため、ピアーズはエナジー共々計画から外されることとなる。
完成した凱龍輝はリュックによりブレードの手にわたり、RDもまたゼロファルコンを誕生させたことで、彼らからさらなる戦闘データの収集を行い、最終的には究極のゾイド「セイスモサウルス」と量産型キメラ「シザーストーム」「レーザーストーム」が完成したことで、凱龍輝もゼロファルコンもエナジーライガーもアルファにとっては不要のものとなった。
原作 - タカラトミー
総監督 - 山口頼房(16話から)
監督 - 蒔田浩二(15話まで)→不在
シリーズ構成 - 白根秀樹
キャラクターデザイン - 渡部圭祐
メカニックデザイン - 岩瀧智、常木志伸
デジタルディレクター - 林成輝
アニメーションディレクター - 平野崇之
VFXディレクター - 斉藤寛
CGディレクター - 山口頼房(15話まで)→中一大志(16話から)
3DCGIテクニカルディレクター - 中一太志
3DCGキャラクターテクニカルディレクター - 海谷陽一
3DCGモデリングディレクター - 長谷川歩
美術監督 - 吉川洋史
色彩設計 - 阿部みゆき
撮影監督 - 今泉秀樹
編集 - 櫻井崇
音楽監督 - 小室哲哉
音響監督 - 明田川仁
3DCG制作 - 小学館ミュージック&デジタル エンタテイメント
デジタルプロデューサー - 西山宗弘
アニメーションプロデューサー - 木村健吾
プロデューサー - 東不可止、中沢利洋
アニメーション制作 - 東京キッズ
製作 - テレビ東京、小学館プロダクション
ナレーション - 池田政典
オープニングテーマ「enemy of life」
作詞・作曲・編曲 - 小室哲哉 / 歌 - 2am(宮迫博之)
エンディングテーマ「self control 2004」
作詞・作曲・編曲 - 小室哲哉 / 歌 - 2am(天方直実)
AT-X限定で本作の後にミニ番組としてZOIDS Roots(ゾイドルーツ)が放送されていた。全14回。田島豊が出演していた。