マリオストーリー
本作では大きく9つのステージに分けられている。この項ではサブタイトルと共に、ステージ内の概要も示す。なお、新ステージ開始の合図(ステージ○(番号) サブタイトル)の際には助け出す星の精と、倒すべきステージボスの影が画面上に現れる。どのステージを終えても一度はキノコタウンへ戻ってくることになる。
世界の中心の街から色々なステージを冒険する構成は『イースⅢ』から着想を得ている。
プロローグ 〜星とマリオとクリボーと…〜
本作最初のステージ。「スターのつえ」でパワーアップしたクッパに敗れたマリオはクリボー一家に助けられ、クリオが仲間になる。途中でハンマーが入手できたり、ストーリー上初めてコワッパと戦闘になる。キノコタウンに戻り、星の精達の話を聞くまでがこのステージである。このステージでマリオは、7人の星の精を助け出してクッパを倒す決意をする。
ステージ1 〜こうりゃく! ノコブロスのとりで〜
キノコタウンの東に、道路をふさいでいる4人の黒いキノピオが現れる。占い師「デアール」はキノピオたちの正体はノコブロスというノコノコの集団だと見破る。ノコブロスたちはキノコ王国の東部の草原「ポカポカロード」を荒らす悪者で、そこに砦を築いて根城にしているという。正体のばれたノコブロスは砦へと逃走し、マリオ達はそれを追いかけることになった。
ステージ2 〜アラビンいせきのなぞ〜
星の子・ティンクがマリオの前に現れ、次の星の精はアラビン遺跡にいると教えてくれた。山を超え谷を越えてやっとたどり着いた、遺跡の建つカラカラ砂漠は、人がほとんど足を踏み入れない広大な秘境。しかも、仮に広い砂漠から遺跡のある場所を探し出せたとしても、遺跡は地中深くに埋まっていて入ることすらできないという。マリオは遺跡に入るため、オアシスの町・カラカラタウンで情報集めをすることになった。
ステージ3 〜ふじみのドガボン〜
ピーチ姫の伝言により、次の星の精はピューピューヒルに棲むドガボンが持っていると判明した。マリオはピューピューヒルに向かうために、キノコ王国北東の樹海・迷いの森に足を踏み入れた。怪しい森の中でマリオはセバスチャンというテレサに出会う。セバスチャンに導かれたマリオは森の中に立つ不気味な洋館に招待され、そこでテレサからドガボン退治を依頼された。洋館に住むテレサであるレサレサが言うには、ドガボンは不死身で、今まで何匹ものテレサを食べてしまったらしい。マリオは勇敢にもドガボン退治を決意し、不死身の謎を解き明かすことにした。
ステージ4 〜とつげき! おもちゃばこ〜
3人目の星の精を助けてキノコタウンに戻ってきたマリオは、町の異変に気付いた。住民によると、急にキノコタウン中にヘイホーが大量発生してあちこち荒らしまわっているという。そこで、マリオは機転を利かせてヘイホーの出所となっている無人家屋を探し当てた。家屋の中をさらに奥に入っていくと、大きくてカラフルな箱がひとつ置いてあった。マリオがそこに入ってみると、中には多くのヘイホーと広大なおもちゃの世界が広がっていた。
ステージ5 〜南の海のジャンボル島〜
次の星の精は南の島のグツグツ火山に囚われていると分かった。同じ頃、キノコタウン南の港に突如として黒い塊が出現した。その正体は腹痛を起こした鯨で、その腹を治してあげたマリオは鯨に南の島・ジャンボル島まで乗せていってもらえることになった。島に着いたマリオは原住民族であるヨッシーたちの助けを得て島の内部に広がるジャングルの奥地に分け入り、そこで島の主であるビッグキューちゃんに会う。そしてマリオはキューちゃんの力を借り、前人未到のグツグツ火山に突入した。
ステージ6 〜花と雲につつまれて〜
5人目の星の精を助けてキノコタウンに戻ると、キノピオハウスの前にいるリップの横にフラワーさんがおり、フラワーさんによればフラワーランドがずっと曇っているという。マリオはフラワーランドに向かい、フラワーランドを救うことになった。フラワーランドにはコボックという大木がおり、コボックによると上の雲のオズモーンが曇らせており、星の精も捕らえているという。マリオは星の精を助けるためにフラワーランドを冒険することになる。
ステージ7 〜さいはての地へ〜
6人目の星の精も遂に助け、残るはあと一人となる。そんな中、マリオはデアールの家を訪れると星の生まれる谷から客が来ていた。来客のハックンはマリオに是非とも訪れてほしいらしく、町にある土管からサムイサムイ村を経由して来てくださいと言い、マリオはそのとおりサムイサムイ村に行く。だが村の端にある村長の家で、マリオは倒れて動かない村長を目撃し、村長を殺したと疑われ、村から出られなくなってしまう。村長が「ゴンベエ」と書かれた紙を持っていることに気づいたマリオは、ゴンベエを民家へ連れて行く。その後村長が生きているとわかり、疑いが晴れたマリオは村長から村の外に出ることを許可される。隣の星の子達が住む星の生まれる谷でスタールからクリスター神殿へ行くよう言われ、暖かいマフラーをもらう。その後サムイサムイ村の村長から戴いたすばらしいバケツとを、村に来る途中にあった雪だるまにつけると、最後の星の精のいるクリスター神殿への道が開かれた。
ステージ8 〜たいけつ! 大魔王クッパ〜
7人(?)全ての星の精を救出したマリオ。星のふる丘に来ると、どこからかチョールの声と共に、キノコタウンと星の宮殿をつなぐスターロードへの道が開かれた。星の宮殿に行くと、7人の星の精がマリオを歓迎し、クッパ城行きの星の方舟を召還した。マリオ達を乗せた星の方舟は、流れ星となり、ピーチのいるクッパ城へと流れていったのだった。
マリオたちが冒険する舞台全体はキノコワールドと呼ばれている。
キノコ城の城下町であり、キノコワールドで一番の都会。冒険の拠点となる場所で、様々な場所へ道や交通機関が繋がっている。ところどころに方角を案内する柱が立てられている。北部にはキノコ城が存在したが、プロローグでクッパ城に持ち上げられて大きな穴を残しており、持ち上げた際の地震により南部に積んでいた木材が散乱し、冒頭は南部に行くことができない。
キノコタウン南部の土管からいける下水道。キノコワールド各地へ繋がり近道できる青い土管があるが、はじめからすべてを利用することはできない。ステージ4,6,8以外のステージに繋がっている。ステージ7へはここからしか行けない。
キノコタウン北西部にある土管から行くことができる。前作の『スーパーマリオRPG』とは設定が異なっているため、今作は弟のルイージも一緒に住んでいるが、今回もルイージが留守番をする。冒険の記録を調べたり、途中でルイージが家を増築してからはルイージの日記を読んだり出来る。また、ステージをクリアするごとにルイージの言動が変わる。マリオ宛ての手紙を読むこともできる。
キノコタウン北西部にある、クリボー達が住む村。ただし、家を建てて定住しているのはクリオ一家だけ。ほかにあるのはキノピオハウスのみ。裏にはコワッパの遊び場がある。
クリ村とキノコタウンを結ぶ道。途中にクリキングの砦がある。
キノコタウン北東部に広がる道。ノコノコ村やノコブロスのとりでへはこの道を通っていく。ゲーム後半になるとゼニノコーが通せんぼするようになる。途中にはあることをするとHPを回復できる「伝説のキャンディバー」が存在する。
ノコノコ達が暮らす村。カメだけあって川の近くに作られている。建物の屋根が全て甲羅の型をしているのが特徴。ノコブロスから解放されたボムへい達はカメキの家に住むようになる。
ノコノコ村の東に建っている巨大な砦。内部には複雑な仕掛けが多数ある。元々はボムへい達が住んでいた。
名前の通りゴツゴツとした岩山。汽車の駅がここにしかないので、カラカラタウンまで歩かされる。
ゴツゴツ山とカラカラタウンの間にある砂漠。とても広大で同じ様な面が連なっているため、道から外れるととても迷いやすい。ある場所にアラビン遺跡が隠されているほか、オアシスも存在する。
砂漠に隠された遺跡。古代アラビン王国の遺跡らしい。なぜか途中の棺にはサンボマミーが入っている。カーメンはここの主を名乗っていたが、クリオ曰くアラビン遺跡はチューさんの遺跡である。チャールズ一行が後に発掘調査をしたが、大きな発見は無かったとのことである。
砂漠の先にある乾燥した町。今は亡きアラビン王国の国王が作ったといわれる。土造りの建物や頭にターバンを巻いた人々が印象的。町を支配するのはロレンチュ達チューさんで、キノコ族ではない。
キノコタウン東部に広がる森。4方向に道が伸びた面が多数ある。しかし、ほとんどの場合正しい場所に繋がっているのは1本のみで、誤った道に入ると入口に戻ることになる。なお、正しい道は他の道とは異なる目印を持つが、中には特別な道もある(正しい道はクリオで調べると分かる)。
迷いの森の奥にある、テレサが多く住んでいる屋敷。襲ってくることは無いが、イタズラをされる場合がある(ダメージを受ける物もある)。なお、『スーパーマリオブラザーズ』風のドット絵に変身できる壺がある。
荒涼とした丘。途中にある廃墟群にはテレサが住むが、全員友好的な性格で、マリオ達に攻撃してくる事もない。また、住んでいる場所のせいか、日に焼けたような茶色い体をしている。ふもとの風車小屋にはドガボンの重要な秘密が隠されている。
ピューピューヒルにある風車小屋。入ってすぐに井戸があり、そこから地下に行ける。中は狭い。
全てがドガボンサイズに作られた城。中にはキャッチャンという警備員がおり、捕まると外に放り出されてしまう。ガボン達も警備をしているが、ほとんどが居眠りをしている。ドガボンを倒すと、マップでの説明が「不死身のドガボンがいる城」から「不死身だったドガボンがいた城」に変更され、廃墟となりほぼ無人の状態になる。ガボンが1人だけ残っているが、やはり居眠りをしている。
ヘイホー達が暮らす世界。キノコタウンの空家に隠されている。中では電車の駅に沿ってブルー、ピンク、グリーン、レッドの4つのエリアに分かれているのだが、最初は動かす電車すらなく、さらに線路がところどころで途切れているため、行けるエリアは制限されている。
南の海に浮かぶ島。ヨッシー村とグツグツ火山がある他は未開のジャングルが広がっている。
ヨッシーたちが住んでいる村。なお、BGMは『スーパーマリオ ヨッシーアイランド』(1995年、スーパーファミコン)からの流用(ファイル選択画面のBGM)である。
ピロリン草だましやギタイ草などの擬態した敵や、一工夫しなければ通れない道など仕掛けが多い。
奥にはビッグキューちゃんの住処である巨樹が存在する。
熱い溶岩が噴き出す危険な火山。
フラワーさんから合計4つのタネをもらってキノコタウンのフラワーガーデンに植えるとドアが現れ、行けるようになる。自然豊かな場所だがオズモーンに荒らされている。なぜかイバラが多い。
フラワーランドで「マメのきのタネ」・「ゆたかなつち」・「おいしいみず」・「太陽の光」がそろうと豆の木が伸びていけるようになる。オズモーンがいるほか、ひとつバッジがあるだけで、他には何もない。
他の地域から隔絶された極寒の地で、キノコタウン地下道の土管でのみ行ける。住民の大半はペンギンのターくん。
サムイサムイ村の東にある雪原で、前述のノコブロスのとりでの真北にある。ここにいる雪だるまに秘密が隠されている。
サムイサムイ雪原の東端で、キノコワールド最果ての地。星の子はここから天に昇るが、クッパのせいでそれができないでいる。星以外の住民は少ない。
クリスターしんでんへの通り道。サムイサムイ村の村長曰く「1年に人が3人来るか来ないか」というほどの山。雪だるまの秘密を解くと行けるようになる。山というよりも神殿の城壁のようであり、特に複雑なトラップも見当たらない。
サムイサムイ山の頂上にある星を祭るための神殿。人々が神殿までの行き方を忘れてしまったため、「幻の神殿」とも呼ばれている。線対称な造りで、中央の鏡と絡んだ複雑な仕掛けが多い。なお、クッパの手下達がどのようにして神殿内に足を運んだかは不明。
キノコ城の北にある、不思議な場所。常に流れ星が見える。ゲーム序盤から訪れる場所だが、終盤になって初めて重要な役割を果たす。前作の『スーパーマリオRPG』に登場した同名の場所とは異なる。
星の国へ行くための道。星の精が全員集まると上ることができるようになる。星の降る丘同様、前作に同名の場所が登場するが、それとはまた異なる。
スターロードの先にある、星たちの住む国。古代ギリシア風のモニュメントや無限に湧き出る泉が幻想的な場所。クッパ城への渡し舟が発着する。
クッパの根城。鉄やコンクリートが剥き出しの無機質な造りで、溶岩が沸き上がる部屋や、暗い地下洞窟のような部屋もある。クッパ城というだけあって、敵も強く様々な仕掛けが随所に施されており、難易度が高い。
プロローグ序盤の舞台にして、クッパ城に持ち上げられていた冒険最後の舞台。キノピオがタンスに隠れている部屋で休むことができる。クッパを倒した後のエピローグでも登場している。
スタート画面を開くとき、ラグが発生する。一部エフェクトの挙動がオリジナル版とは異なる。スーパーブロックのエネルギーボールが半透明になっていており、爆発のたびに画面が一瞬暗くなるフィルターが掛かる。特定の場所での処理落ちが発生しやすく、特に「ジェットふんしゃ」の処理落ちが非常に激しい。星の国、テレサのおやしきといった特定のステージの床が変化しない。
Wii U版
Wii VC版では再現できなかったバーンエフェクトやノイズエフェクトが正しく描画される一方、一部エフェクト(主に左上隅または右上隅の太陽光線)が省略されている。特定のシーン(ジェットふんしゃ、ドガボンが廊下を壊すときのシーン、将軍ヘイホーとの戦闘開始時)では、音飛びが発生する。明度が下げられているためか爆発が発生した時のフィルターが掛からないほか、スーパーブロックのエネルギーボールの非透明度がオリジナル同様になるが灰色の輪郭が目立つ。同じく、特定のステージの床が変化しない。
NINTENDO 64 Nintendo Switch Online
明度がオリジナル同様になる一方、スタートメニューの表示に処理落ちが発生する。星の国に限り、その床がオリジナル同様虹色になっている以外はWii U版に準拠する。