皇居の生物相
皇居内のクモ類の種が比較的少ない理由としては、皇居の地は江戸城築城以前、海岸沿いの地であったためにもともと冷温帯や山地性の種に乏しかった上に、江戸初期には吹上御苑がいったん宅地化し、その後も庭園やゴルフ場になる等、クモ類の生息に望ましくない環境となった上に、江戸期以降の周辺の都市化の進行に伴い、緑地が減少してクモ類が皇居の地にやってくることが困難となる等の理由で個体数の維持が困難となり、多くの種が絶滅したものと考えられている。
皇居内に生息するクモ類や皇居よりも多くのクモ類が確認されている自然教育園のクモ類は、伊豆諸島に生息するクモ類と多くの種が共通している。火山活動により誕生した伊豆諸島は島としての歴史が比較的浅く、クモ類は海を渡って分布を広げた種が中心となっている。皇居をはじめとする東京都区内の緑地のクモ類が伊豆諸島のクモ類との共通点が多い事実は、皇居などに分布するクモ類の多くが伊豆諸島に分布するクモ類と同じく、風によって運ばれて分布を広げていった種であることを示している。これは生育環境の悪化によっていったん大きな打撃を蒙った皇居のクモ類であるが、自然環境の回復に伴い移動能力の高い種を中心に再び皇居に戻りつつあることを表している。
そのため、現在皇居では移動能力が低いと考えられている地表性のクモ類などが少ない。大都市東京の中心部にある上に周囲を濠で囲まれている皇居内に、再び移動能力が低いクモ類が移住することは非常に難しいと考えられている。しかし種の数としては多くはないが、移動性が低く東京や横浜などではほとんど見ることが難しくなったクモ類や、全国的にみても希少な種なども皇居内に生息していることが確認されている。
皇居内からは新種1種を含む39科68種のササラダニ類が確認された。皇居内で確認されたササラダニ類の中には良質な自然環境で見られるとされる種が複数見られることが明らかとなった。またかつて都内の明治神宮、等々力渓谷、常陸宮邸、武蔵村山市と国分寺市の雑木林で行われたササラダニ類の調査結果と皇居での調査結果を比較すると、皇居のササラダニ相が最も自然度が良好であるとの結果が出された。これらは皇居の良好な自然環境を示していると考えられる。
クマムシ類は4科9属21種の生息が確認された。クマムシ類からもこれまで南アフリカの2種のみしか確認されていなかった属の新種が発見された。
貧毛類(ミミズ類)は3科4属20種が確認された。うち4種が新種であった。自然教育園など東京都内11ヵ所の調査結果と皇居でのミミズ類の調査結果を比べると、皇居で確認されたミミズ類の種が最も多く、森林が発達し腐葉土に恵まれた皇居がミミズの生息に適した環境であることが判明した。
皇居内の調査の結果、淡水性の貝類は13種、カタツムリの仲間である陸産貝類は40種確認された。淡水貝類の中には外来種も見られるが、ドブシジミ、マルタニシ、モノアラガイなど、かつては日本各地の水田などで見られた普通種であったものが、現在は激減して都市部ではほとんど見ることができなくなった種も確認された。ただし淡水貝類は魚や水草などの移動に伴って人為的に持ち込まれることが多く、皇居の場合ではホタルの繁殖のためにカワニナが持ち込まれていることが確認されているため、皇居内の現在の淡水貝類分布が自然分布であるかどうかははっきりとしない。
陸産貝類は、宮内庁が管理する盆栽の下など、人工的な環境に生息する外来種や撹乱された環境を好む在来種と、樹林帯に生息する主に在来種の2グループに分けられた。人工的な環境に生息する種からは、新たに外国から移入してきたと考えられる2種の新種が発見された。また樹林帯に生息する種は、奥多摩や神奈川県内の丘陵地にある自然林などで見られるものの、都市部ではほとんど見られなくなった種が多く見出された。これは江戸城の建設以前からの生き残りである可能性もあるが、いったん宅地化され、その後も庭園やゴルフ場などが作られた後、昭和23年(1948年)以降、武蔵野の自然を蘇らせることを願った昭和天皇の希望により多くの植物が移植された経過を考えると、移植に伴い外部から持ち込まれた種である可能性も否定できない。
皇居内で生息が確認された陸産貝類の中で最も興味深い種は新種と考えられるコオオベソマイマイ類の一種と、絶滅危惧種であるヒログチコギセルである。ヒログチコギセルは海岸付近に見られる、環境の変化に脆弱な種であるとされている。前述のような理由から皇居内の分布は自然分布ではない可能性もあるが、現在の皇居がかつて海岸沿いにあった時代から生き残ってきた可能性もある。このような都市部ではほとんど見られなくなった陸産貝類が多産することからも、皇居の陸産貝類相が豊かであることを示している。
皇居内の道灌濠、蓮池濠、人工池である瓢池では、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけて動物性のプランクトン等、微小生物の調査が行われ、続いて平成12年度(2000年度)から平成16年度(2004年度)にかけて継続調査が実施された。
これまでの調査の結果、皇居の内濠である道灌濠、蓮池濠、そして瓢池からは原生動物、輪虫類、鰓脚類、撓脚類が合計63属130種確認された。珪藻類の出現状況と同じく、皇居の内濠と瓢池で確認された淡水性の動物性プランクトンには希少種や特異な分布を示すものは見られなかったが、赤坂御用地の庭園にある池で確認された種は53属87種であり、赤坂御用地の池よりも多くの種が生息していることが明らかとなった。水質の分析からも皇居の内濠は比較的良好な自然状態が保たれていることがわかっており、淡水性の動物性プランクトンの高い生物多様性が保たれた貴重な環境であることが明らかとなった。
また東京都区内とその周辺では自然の湖沼は洗足池、三宝寺池、井の頭池、不忍池などしか見られず、また溜池も少ないため、水質が比較的良好で豊かな生物多様性が保たれている皇居の内濠は、東京都区内やその周辺の中では淡水性動植物の貴重な生息地であるといえる。
皇居内のトンボ類については、昭和62年(1987年)、昭和63年(1988年)に行われていた調査結果を併せて8科27種が確認された。続いて平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査の中で6種が確認され、皇居内からは8科33種のトンボ類が確認された。東京都内の一つの区全体で確認できるトンボ類はおおむね20-30種であり、皇居内からは一つの区全体と同程度の種数が確認されている。また皇居内からは東京23区内からはほぼ絶滅したと考えられていたベニイトトンボ、コサナエ、アオヤンマの生息が確認されるなど、東京の都心に位置し面積も限られる皇居の環境を考えると、皇居のトンボ相は豊かといえる。
皇居のトンボは道灌濠や蓮池濠、生物学御研究所の水田や灌漑施設、吹上御苑内の大池やその周辺の流水、湿地帯などに生息している。そのため静水域や湿地帯を好むトンボは多く見られるが、皇居内の流水は規模が小さすぎる上に流れも遅いため、河川などの流水域に生息するトンボは生息が困難であるためほぼ見ることができないという特徴が見られる。また平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査では、チョウトンボが皇居内に定着した半面、都市部でも生息が確認できるアカネ類が著しく減少していることが判明した。
皇居内は流水域は欠けるものの、恵まれた自然の中に多くの水域があるトンボ類にとって極めて恵まれた環境下にあり、多くのトンボ類が繁殖している。特にコサナエは東京23区内では皇居以外での繁殖が確認されておらず、また皇居で繁殖したトンボ類が皇居外に移動している可能性も高く、トンボ類の生息地として皇居の存在は貴重である。
バッタやゴキブリなど直翅類の昆虫は、皇居からは45種が確認された。種構成としては武蔵野で見られる普通種が中心であるが、東京都区内では確認されなくなった種が多く確認されている。他の東京23区内で行われた直翅類昆虫の調査と比較しても皇居内の直翅類の種数は多く、やはり皇居が豊かな自然環境に恵まれていることを示している。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての皇居内の調査の結果、95種の植物に寄生していた2科95種のアブラムシが確認された。そして平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査の中で新たに20種が確認され、皇居内からは計115種のアブラムシが確認されている。アブラムシは一般的には寄生する植物を選ぶ傾向が強いが、植物を選ばず寄生をする多食性の種もあり、都市化が進行すると、多食性の種が増加する傾向が知られている。これは都市化の進行が植生を単純化させるため、寄主を替えながら生息を続けることのできる多食性の方が生存に有利であるからと考えられる。またアブラムシ類は原生的な自然環境よりも適度に人の手が入る里山的な環境の方が種の多様性が高くなることも知られている。
皇居内のアブラムシ類の構成を見ると、多食性の種は約5パーセントに過ぎず、また近年人の手が入らなくなったために関東地方の里山では見ることが少なくなった種の多くが普通種として確認された。また千葉市内の里山で行われたアブラムシ類の調査結果と皇居内のアブラムシ類の調査結果はよく一致しており、庭園的な管理は行われていないものの最低限の手入れは行われている吹上御苑の環境は、アブラムシ相から見ると里山的環境であると言え、アブラムシの生育に適した環境であるといえる。
カイガラムシ類については、新種ないし未記載種と考えられる12種を含む9科127種が確認された。構成種を見るとシイ、タブなど照葉樹林に生息する種が中心となっているが、伊豆半島や三浦半島沿岸の普通種で確認されなかった種も多く、皇居のカイガラムシ相は関東南部沿岸の中でも北端にあたるカイガラムシ相であると考えられた。また皇居が分布の北限となっていると考えられるカイガラムシが9種確認されたが、ヒートアイランド現象に伴う温暖化によって生息が可能となったと見られる種が複数確認されている。
またモミにのみ寄生するモミニセカキカイガラムシが、皇居内にわずかに残る、江戸時代に植栽されたと考えられるモミの古木から確認された。この種は知られている皇居に最も近い生息地は東京西部の奥多摩山地と房総半島の清澄山であり、皇居近郊からは全く知られていない。モミニセカキカイガラムシはモミの古木とともに江戸時代から生き続けてきたものと推測されている。
皇居のカイガラムシ相を分析すると、やはり都市化の影響も強く見られるが、皇居近隣の都市部の普通種のうち9種が確認されず、山地性の種が8種、分布が限られている種が6種確認されているなど、皇居が都市化の影響を強く受けながらも豊富かつ多様な植生に恵まれた、都市に生息するカイガラムシ以外の種も多く生息する環境であることが明らかとなった。
アブラムシ、カイガラムシを除くカメムシ目は、41科214種が確認された。確認された種の多くは関東地方で見る普通種であるが、かつて東京都の区で行われた調査ではいずれも確認された種が200種に及ばなかったことから、皇居のカメムシ目は豊かであるといえる。ただし陸産のカメムシ目については、本来の植生は江戸城築城以降大きく改変がなされ、これまで多くの植物が植えられてきた経緯を考えると、植物の移植に伴い持ち込まれた種もあると考えられ、単純に自然分布と見なすことは無理があると考えられる。
一方、アメンボなどの水生のカメムシ目は一般的には移動能力が低く、また道灌濠などの内濠にカメムシ目の昆虫が持ち込まれる状況が考えにくいことなどから、以前より生息していたものと考えられる。皇居内の道灌濠付近は昭和天皇の希望によって吹上御苑と同じように最低限の管理のみ行われており、自然に近い環境が保全された結果、コオイムシなどの都市化に伴う環境の撹乱に弱く、東京都内ではほとんど見ることが出来なくなった種が生息している。またトンボ類と同じく水生のカメムシ目も静水域を好む種中心の分布であることも特徴として挙げられる。
水生のカメムシ目は、トンボ類と同じく昭和62年(1987年)、昭和63年(1988年)に調査が行われているが、このときの調査で確認された種のうち5種が平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では確認されなかった。5種とも昭和62年(1987年)、昭和63年(1988年)に確認された時、生息数が極めて少なかったため、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では見落としをした可能性もあるが、約10年の間に絶滅した可能性も否定できない。水生カメムシ類は一般的に移動能力が低いため、東京の都市部に囲まれている皇居では、いったん絶滅してしまうと、再び皇居内で生息することは極めて困難であると考えられる。
皇居内の調査によって、3科74種のアザミウマが確認された。中には未記載種ないし日本で未記録である種が10数種あり、うち一種はこれまでのところ皇居以外では確認されていない種である。皇居内のアザミウマ類の特徴としては、まず種の多さが特筆され、その他にも植物を食べる種が多く、これは皇居内の豊かな植生を反映しているものと考えられた。また豊かな森林があるのにもかかわらず、森林の落ち葉層に生息するアザミウマがわずか1種しか確認されず、神奈川県逗子市内の林などでは10種以上の落ち葉層に生息するアザミウマが確認されており、これも皇居のアザミウマについての特徴と考えられる。
皇居内からは平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査で、42科514種のガが確認された。皇居内に生息するガのなかでまず注目されるのがオオミズアオである。オオミズアオが属するヤママユガ科は、かつては東京でも6種が記録されていたが、現在の東京都心部で生き残っているヤママユガ科のガは皇居に生息するオオミズアオのみとなった。これは、ヤママユガ科のような大型のガは環境の悪化に弱いために、都市化の進行に伴う環境の悪化によって次々と姿を消したこと、東京都内で数を増しているハシブトガラスの格好の餌となることも原因と考えられる。皇居内のオオミズアオの生息数は少ないが、確実に生息し続けている。
皇居内のガはヤママユガ科以外にもカレハガ科、カキバガ科、シャチホコガ科、ヒトリガ科の衰退が目立ち、一方で冬季に成虫となるヤガ科のキリガ類やシャクガ科のフユシャク類は多摩丘陵を上回る多くの種が確認された。また皇居内で確認されたキリガ類とフユシャク類は常緑樹林に生息する種が多く、落葉広葉樹林に生息する種が少ない。これは皇居の森が深くなるにつれて落葉広葉樹林産の種が衰退していると考えられている。そしてキリガ類とフユシャク類は多食性の食性を持つ種が多いこともわかった。皇居内のキリガ類とフユシャク類が多食性である事実は、食草が限定されるシャチホコガ科が皇居ではほとんど見られない点とともに注目される。
皇居内のガの分布で、地衣類を主に食べるヒトリガ科のコケガが発見されなかったことも注目された。コケガは平地から高山帯までどこでも見かける普通種であるが、1970年代の光化学スモッグの影響で東京都区内の地衣類は壊滅的な打撃を蒙ったと考えられ、その結果、地衣類を食べるコケガも大打撃を受けたとみられる。1980年代以降は東京都区内の大気汚染は改善傾向を見せ、地衣類も回復してきた。その結果、自然教育園などではコケガが確認されるようになり、東京都区内にコケガが戻り始めてきたことがわかったが、周囲を濠に囲まれた皇居では濠が障害となってコケガの回復が遅れているものと考えられた。そして平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査の中で皇居内でコケガが確認され、ようやく皇居にもコケガが戻り始めたことが明らかとなった。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査で、8科37種のチョウが確認され、平成13年度(2001年度)から平成17年度(2005年度)まで続けられたモニタリング調査の中で更に11種が確認されたため、皇居内では合計48種のチョウが確認されている。皇居内ではチョウの中には東京都区内で激減しているジャコウアゲハ、ツマキチョウ、トラフシジミが多く生息していることが確認され、皇居が貴重なチョウ類の生息地であることが明らかとなった。
東京都区内では皇居以外でもチョウ類の生息状況の調査が行われている。それによると自然教育園では47種、新宿御苑では24種、常盤松御用邸からは21種、足立区元渕江公園からは27種のチョウ類が確認されている。それぞれの緑地で確認されたチョウ類のうち14種が共通種であり、また大型緑地である皇居と自然教育園、新宿御苑の確認されたチョウ類も高い一致が見られた。これは東京都区内には大小の緑地が点在しており、チョウ類は各緑地間を移動しながら分布を維持していることを示していると考えられる。また大型緑地の明治神宮でのチョウ類が種数が少ないのは、常に公園管理が行われているために草原や林縁で成育する種が見られないためと考えられる。つまり皇居内で多くのチョウ類の繁殖が見られるのは、緑地としてある程度の面積がある上に、最低限の管理のみが行われているよく発達した森林、湿地、田畑や果樹園などといった様々な環境に恵まれているからであると考えられる。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査で、73科738種の甲虫類が確認された。東京都区内ではごく少なくなったノコギリクワガタが多数採集されたり、オオミズスマシなど東京都区内では絶滅した可能性が指摘されている水生甲虫類の生息も確認されたりしており、また湿地性の甲虫や、ゴミムシ類やコガネムシ類の中で低地ではまれである種も確認されるなど、高い生物多様性が見られることがわかった。
皇居の甲虫相の特徴としては伊豆諸島や三浦半島との関連性が高いと考えられる種が複数見つかっていることなど、武蔵野のクヌギやコナラ中心の落葉広葉樹林に分布する種よりも、カシやタブノキなど照葉樹林に分布する種が中心となっている。また海岸性の甲虫であるチャイロチビゲンゴロウが確認され、これはかつて皇居がある地は海のそばであったことを示す可能性も指摘されている。
皇居からは2科39種のカミキリムシが確認された。カミキリムシ相に関していえば、かつて武蔵野の雑木林に生息していた種がほとんどであり、都区内ではほとんど見られなくなった種が多く確認された。
皇居内で採集された甲虫類の中で、特徴的な結果が出たのがハネカクシ類であった。ハネカクシ類は平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査、そして平成13年度(2001年度)から平成17年度(2005年度)まで続けられたモニタリング調査の結果、5科161種が確認された。皇居内のハネカクシ類は落ち葉内に生息する種が多く、また湿地性の種も多く見出された。しかし後翅が退化して飛翔力を失った移動能力が低い種は全く観察されなかった。これは吹上御苑は江戸初期にはいったん宅地化され、その後も様々な利用のされ方をする中で森林性のハネカクシ類は姿を消し、現在、皇居に良好な森林環境が戻っても、移動能力の低さゆえに皇居に戻ってくることが非常に困難であるためと考えられる。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての皇居内での調査の結果、48科513種のハチ類が確認された。幼虫が植物の葉を食べるハバチ、キバチ類は7科60種が確認され、うちハバチ科の1種は新種であった。捕食寄生性のヒメバチ上科、ヤセバチ上科、カギハラバチ上科、コンボウヤセバチ上科、タマバチ上科では合計160種が確認され、うち9種が日本では初記録の種であった。小型の捕食寄生性のコバチ上科では日本での初記録種3種を含む103種が記録された。
アリ類に関しては49種が確認された。アリ類に関しては東京都区内で比較的調査が進んでおり、大田区、中野区、板橋区などで確認されたアリ類の種数よりも皇居で確認された種数が多く、また都心部に多く見られる人為的に分布を広げていると考えられる種が皇居内ではほとんど確認されなかったことが皇居のアリ類の特徴として挙げられる。またセイボウ上科に属するハチ類は3科18種確認され、うち3種は未記載種であると考えられる。スズメバチやミツバチなど、針を持つ有剣類のハチ類は18科128種が確認された。皇居内の有剣類に属するハチ類の特徴としては、大型のスズメバチ類が多く、逆にアナバチ類が少ないことが挙げられる。アナバチ類が少ない理由はアナバチは都市化による自然環境の撹乱に弱い種であると考えられ、東京の中心部にある皇居はやはり都市化の影響を受けているものと考えられる。しかしかつては東京都内でも観察されたが、現在埼玉県の平野部でも見ることができないムネアカアリバチが確認されるなど、かつての武蔵野に生息していた種の遺存種とも考えられる種も観察されている。
皇居内で見られるミツバチはその多くがニホンミツバチである。皇居内では複数のニホンミツバチの巣が確認されているが、セイヨウミツバチは数が少ない。これは養蜂の巣が皇居近くに無いうえに、スズメバチが多い皇居ではスズメバチを防御する手段を持つニホンミツバチの方が生存に有利であるためと考えられている。
ハエやカなどの双翅類(ハエ目)は、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての皇居内での調査の結果、525種が確認された。東京都区内では見られなくなった日本脳炎を媒介することで知られるコガタアカイエカの生息が確認され、ユスリカ科では74種が確認され、うち4種が日本での初記録種であった。また74種のユスリカはこれまで多摩川流域全体で確認された種数に匹敵する数である。
ハエ類の調査結果からは、東京郊外の多摩丘陵の雑木林で見られる種との同一性が高いが、暖地である照葉樹林帯に生息する種が混じっていることがわかった。また街中のゴミなどで繁殖する種は少なかった。ハエの中でショウジョウバエは77種が確認された。東京都内の中心部にある皇居からは人家周辺に多く分布するショウジョウバエも多数採集されたが、その一方、皇居のショウジョウバエ相は千葉県清澄山にある東大演習林で行われたショウジョウバエ相の調査結果とよく一致していることが判明した。これは清澄山の演習林と皇居が同じ照葉樹林帯にあるとともに、演習林内の森林、草地、水系といった多様な環境と同じような環境を皇居が備えていることを示している。皇居のショウジョウバエ相からは、皇居の環境は全体としては森林的な環境であり、その中に草地や水辺という環境が含まれていると考えられ、そのような環境が豊かな生物多様性を維持していることを示唆している。
また皇居のショウジョウバエの調査からは、マキオショウジョウバエ、フタスジショウジョウバエ、ヒトクシショウジョウバエの3種については皇居内では秋の10月末から翌年の5月頃までは観察されるものの、夏季は高地帯へと移動するためにほとんど見ることが出来ず、また秋季になると皇居に戻ってくることが確認された。そして人工的な環境を好むショウジョウバエの多くも、春から夏にかけて低地から高地へと分布を拡大することがわかってきた。つまり皇居は東京の都市部に囲まれた閉鎖的な自然環境であることは事実であるが、外の自然環境とのつながりも維持されており、皇居の自然環境の維持ばかりではなく皇居外の生態系の維持もやはり重要であることを示している。
皇居では3科16種のカマアシムシ類が確認された。皇居で確認されたカマアシムシ類は日本の暖温帯、温帯に広く分布している種であったが、これまでの東京都区内で行われたカマアシムシ類の調査で確認された種の数を上回っており、やはり皇居の森の環境が豊かな自然を保っていることを示している。
また皇居のカマアシムシ類には、安定した湿潤な環境を好むカマアシムシ科は少なく、乾燥した環境に適応できるクシカマアシムシ科が多く見られるという特徴が見られる。これは大都市である東京都区内の中心部にある皇居の環境によるものである可能性が指摘されている。そして皇居内で採集されたカマアシムシ類の中には個体内に同一の種としては大きな差異が見られる種が複数見られる。これは皇居内に外部から移植された樹木に伴い、異なった場所から同一種が持ち込まれたことによって、皇居内のカマアシムシ類の中に同一種としては大きな差異が見られるようになった可能性がある。
トビムシ類は12科74種が確認されている。自然林や人為的影響が小さい二次林で確認されるトビムシ類は50-80種とされ、皇居で確認された74種というトビムシ類は皇居の良好な自然環境を示している。皇居の調査によって確認されたトビムシ類の中には、日本で初めて記録された種が2種確認されたとともに、明治38年(1905年)に横浜で発見されて以降、確認されていなかったタマトビムシが再確認された。
皇居は現在は大都市である東京都の中心部にあるが、多足類、クモ類などの状況から考えると、16世紀末の徳川家康の入城以前は海に面した照葉樹林帯であったと考えられる。江戸幕府の成立後、江戸城の建設が本格化し、現在の吹上御苑も御三家の邸宅など宅地化され、その後も庭園、馬場、そして昭和になってからはゴルフ場と様々な利用のされ方をすることになった。そのような中、武蔵野の自然を蘇らせる希望を持った昭和天皇の意向で、昭和12年(1937年)以降吹上御苑の公園的な管理は中止され、更には昭和23年(1948年)以降、武蔵野に自生する植物の移植が進められていった。その結果、最低限の管理が行われていることと成立の経緯から原生林とは言えないものの、現在の吹上御苑は豊かな森林に覆われるようになり、大都市の中心部としては異例の豊かな自然が見られるようになった。また吹上御苑内には田畑、桑畑などがあって里山的な環境もあり、小さいながらも流水域と湿地帯も見られるなど、極めて多様な環境に恵まれており、大都市の中心部にあるために都市に適応した種も見られる点を含めて、極めて多様な生物相に恵まれることとなった。また皇居は関東平野本来の自然環境を現在見ることが出来る場所であると考えることも出来る。それぞれの分類群で、皇居を「都内の他地方では見られなくなってしまった動・植物」が多数生息する場であるとの言及があるのは、その意味である。
しかしアズマモグラなど江戸時代以前から現在まで生き残り続けていると考えられる生物も存在するが、16世紀末の徳川家康の江戸城入城以降、姿を消していった生物も多かったと考えられる。特に都市化の影響は、多くの皇居内のモミ、スギの大木が枯れるなど明治末頃から顕著となり、公害問題が深刻化する1970年代には光化学スモッグによって地衣類が打撃を受け、ガの仲間のコケガが姿を消すなど、近代以降多くの動植物が姿を消したと考えられる。大型地衣類については、現在もその姿が見られない。
皇居の生物相の構成要素としては、外部から意図的に持ち込まれた植栽や、それに付随する生物の移動も重要である。例えば江戸時代に植栽されたモミとともに生き続けてきたと考えられるカイガラムシの仲間のモミニセカキカイガラムシの存在や、御苑内の落葉広葉樹の森は、かつて庭園であった時代に植栽された木々が林になったものと考えられ、現在の吹上御苑の生物相にも江戸時代に庭園化された時代の影響が残っている。そして陸産貝類、カメムシ目のように植栽によって持ち込まれた可能性が高いとされる種も見られる。また陸産貝類など多くの分類群で外来種と考えられる種の存在も確認されている。
また調査の中で、藻類、ササラダニ、ミミズなどいくつもの分類群で、新種や未記載種が発見されている。それらについては皇居が持つ豊かで多様な自然環境を示しているとともに、クマムシについてはこれまであまり調査されていなかった環境から見つかったことなど、これらの群についての調査研究がこれまで十分に行われていなかった点が、皇居の生物相調査で新種や未記載種の発見が相次いだ原因と考えられる。