山下奉文
政府や陸軍内で、戦争を主導した東條ら旧統制派に対する反感が渦巻いており、その結果として旧皇道派に対する評価が相対的に高まっていた。多くの皇道派高級軍人が二・二六事件の引責で軍籍を追われたなかで、山下が最高者となっていることは自明となっており、旧皇道派への期待がそのまま山下への期待となっていた。それは皇族も同様で、陸軍に軍籍を持っていた朝香宮鳩彦王、梨本宮守正王、東久邇宮稔彦王、三笠宮崇仁親王、賀陽宮恒憲王の宮家が協議した結果、山下を陸軍大臣に推薦する旨、天皇に上奏しようと画策していた。その動きを知った内大臣の木戸幸一は、陸軍首脳部と相談もせずに上奏で強行突破すれば、陸軍を刺激することになると換言し上奏を止めさせている。
組閣の大命を受けた小磯國昭も山下陸軍大臣を望んでおり、陸軍に申し入れを行ったが、陸軍内ではすでに梅津主導で後任陸相として杉山元を人選しており、小磯の申し入れを拒否している。この拒否については、事前に梅津から山下に話があって山下は諒解していたという推測もあるが定かではない。しかし、山下は東京での政治劇に興味を示すようなこともなく、満州の地で軍司令官官舎工事を自ら指揮したり、妻女を日本から呼び寄せるなど、日本内地の不自由な生活に比べて別天地の豊かさと楽しさを満喫していた。
1944年(昭和19年)9月26日、フィリピン防衛のため再編成された第14方面軍司令官に親補され、フィリピンの戦い (1944-1945年)を指揮することとなった。山下は一旦東京に戻り、そこで天皇への拝謁を望んでいた。その席で山下はようやく二・二六事件のお詫びを天皇に直接できると考えていたが、大本営からは10月1日にフィリピンに出発せよとの命令があり、日程的に天皇との拝謁は困難となってしまった。それでも山下は諦めずに梅津にフィリピン着任日の延期を申し出ると、9月30日にようやく念願の天皇への拝謁を行った。拝謁は儀式ばったもので、天皇は頭をたれる山下に対して「ご苦労である、帝国の安危はひとつに比島軍の肩にかかっている・・・」という言葉をかけ、儀式が終わると天皇は侍従から教えられていた作法通りに静かに後ずさりで退出した。山下はお別れを・・・・と結んだ唇で声にならぬ声で天皇に別れを告げたが、これまでの切願を果たして安堵感が全身を伝っていった。なお、第14方面軍参謀長には、山下の指名により近衛第2師団長の武藤章(陸軍中将)が任ぜられている。
フィリピンの戦局は風雲急をつげており、近隣のパラオ諸島のペリリュー島にはアメリカ軍が侵攻し、激戦が展開され、フィリピンにもアメリカ軍による空爆が強化されていた。そのような戦況のなかで、大本営は台湾沖航空戦での誤った戦果報告に基づき立案された捷号作戦によるレイテ島での決戦を目論んでいたが、フィリピンを守る第14方面軍の指揮は現司令官の黒田重徳大将では荷が重いと判断されて、山下に白羽の矢が立ったものであった。しかし、ダグラス・マッカーサー大将の指揮する西太平洋方面の連合軍はビアク島の戦いを制して、フィリピン目前まで迫っており、山下に残された時間は殆どなかった。山下は早速ルソン島の防衛作戦を検討しようとしたが、レイテ決戦を掲げる大本営や南方軍が作戦を指導してくるし、また参謀長の武藤をはじめまだ幕僚全員がフィリピンに到着すらしておらず、山下は全く身動きがとれなかった。
マッカーサーが率いるアメリカ軍大船団は、山下が着任して半月も経たない10月19日にレイテ島に来襲すると、翌20日には約20万人のアメリカ軍が上陸を開始した。山下は着任以来、事務的な業務などに忙殺されて、レイテ島を視察することもできなかったが、飛来する敵航空機がまったく減らないことから、山下は台湾沖航空戦の戦果発表を誤報と考え、このレイテ決戦に反対していた。このとき山下の司令部には、敵の意図や行動を正確に予測することから「マッカーサーの参謀」というあだ名をつけられていた名参謀堀栄三陸軍中佐がおり、あらゆる困難を排して状況把握に成功していた。そのため山下は、レイテ島へのアメリカ軍上陸の報を受けても、大規模な戦力移動などは考えていなかったが、南方軍総司令官寺内寿一元帥はアメリカ軍レイテ島上陸の報告を受けるや、山下に対して「驕敵撃滅ノ神機到来セリ」「第14方面軍ハ海、空軍ト協力シ、成ル可ク多クノ兵力ヲ以テ『レイテ』島二来攻セル敵を撃滅スベシ」と命じた。
山下とフィリピンに到着したばかりの武藤は寺内の方針に反対したが、既に日本軍全体がレイテ決戦に向けて動き出しており、連合艦隊は総力を結集してレイテ湾を目指し、第4航空軍や第一航空艦隊も航空総攻撃を開始した。しかし、連合艦隊はレイテ沖海戦で大敗して撃退されて、レイテ島の戦いの主導権は完全にアメリカ軍に奪われた。山下はレイテ島を持ち堪えることは困難と考えて、寺内にこれ以上の戦力をレイテ島に送るべきではないと迫ったが、寺内はレイテ決戦方針を変えることなく、山下にさらなる増援をレイテ島に送り込むことを命じた。寺内の命令によってルソン島や他のフィリピン諸島から多号作戦でレイテ決戦に多くの兵力が投入され、陸海軍の航空隊は神風特別攻撃隊や万朶隊といった特別攻撃隊まで出撃させて激しく防戦したが、やがて制海権と制空権をアメリカ軍に奪われると、輸送船の大半が撃沈されてレイテ島の日本軍は孤立することとなった。しかし、寺内はレイテ決戦を最後まで見守ることはなく、大本営の命令もあって11月17日にフィリピンからサイゴンに南方軍司令部ごと撤退してしまった。寺内の命令に憤慨していた山下は撤退していく寺内一行を見送ることすらしなかった。孤立したレイテ島の日本軍はアメリカ軍とフィリピンゲリラに包囲されて、飢餓と戦病で次々と倒れていき、やがてレイテ島はアメリカ軍の手に墜ちた。
レイテ島を攻略したアメリカ軍は、ついにルソン島に侵攻を開始した。これまで大本営や南方軍に振り回されてきて山下は、ようやく自分自身の考えでで現実的な作戦を行うことができたが、既に多くの戦力を失っておりできることは限られていた。山下の指揮下には、第4航空軍や海軍陸戦隊なども含めて275,000人もの兵力が集められたが、形式上は山下の指揮下であったはずの第4航空軍の冨永恭次中将や海軍陸戦隊は山下の命令に従わず、また、兵力の多くはフィリピン在住の日本人を招集したもので、武器も不足しており戦力も士気も乏しかった。この戦力ではアメリカ軍との正面決戦は不可能であり、山下は「できるだけ長く敵の大軍をルソン島に引き付けて」「アメリカ軍の我が本土攻撃を遅延せしめ、友軍の作戦準備の余裕を与える」ために「ルソン島では決戦せず、戦略持久に徹する」ことを決めた。
マッカーサーはルソン島には日本軍が大兵力を配置しており、その攻略には太平洋戦線過去最高規模の兵力が必要と考えていたが、既にナチスドイツは追い詰められて、連合国首脳はヨーロッパの戦争は最終段階に入っていると考えており、そのような状況で、マッカーサーは政治力を駆使して、ヨーロッパ戦線への増援に予定されていた戦力も含めた300,000名の兵員と1,000隻の艦艇と多数の航空機をルソン島攻略のために準備した。この戦力はSHAEF司令官ドワイト・アイゼンハワー大将が北アフリカ戦線やノルマンディ上陸作戦で指揮した戦力より遥かに大きいものとなった。
1945年(昭和20年)1月6日、ルバング島の小野田寛郎少尉からの「敵艦見ゆ、針路北」との報告あった後に、アメリカ軍がリンガエン湾に上陸しルソン島の戦いが始まった。山下のルソン防衛作戦は、山下は第14方面軍のうち直卒する尚武集団約15万人をルソン島北部、横山が指揮する振武集団約8万人をルソン島南部、塚田理喜智中将が指揮する建武集団約3万人をクラーク地区とバターン半島に配置し、自らもマニラからバギオに司令部を移して持久戦を展開するというものであった。山下はリンガエン湾にアメリカ軍が上陸してくると、尚武集団の撃兵団重見支隊(支隊長:重見伊三雄少将。戦車第3旅団基幹の戦車約60両他)など反撃を命じ、太平洋戦争中で最大の戦車戦が戦われたが、戦車の性能差と戦力差は大きく重見隊は撃破されて、海岸近くの部隊はアメリカ軍に包囲されてしまった。山下はこれ以上反撃を続けたのでは持久戦術は貫けないと判断し、「尚武集団はバギオの山系の山裾まで後退すべし」と当初計画通りの持久戦を命じた。しかし、アメリカ軍の進撃は早く、尚武集団を山中に追いやると先行部隊がマニラを目指して急進撃、マニラ近を守っていた建武集団を蹂躙し、マニラは市街戦に巻き込まれることとなった。
持久戦戦略にあたって、首都マニラの防衛をどのようにするかが課題となったが、山下は以下の理由によってマニラの防衛戦を行わないことを決めていた。
マニラの人口は約100万人であり、住民を飢えさせずに戦闘することは不可能である。
都心のイントラムロス以外は木造建築物が多く燃えやすい。
マニラは平地であり、防衛するためには大兵力の投入が必要である。
また地下水脈が多く地下陣地の構築も困難なことから防衛には適さないと判断していた。無防備都市の宣言も検討したが、その権限は山下にはない上に、宣言するにもすべての軍事施設を撤去して、膨大な軍需物資を運び出さなければならなかったが、その時間的な余裕もなかった。
当時、マニラには日本陸軍のマニラ市内防衛を任務とするマニラ防衛隊(司令官小林隆少将)と第4航空軍(司令官冨永恭次中将)、日本海軍のマニラ湾の防備とマニラ市内の海軍施設の警備を任務とする第31特別根拠地隊(司令官岩淵三次少将)が配置されていた。そのなかで第4航空軍は、司令官の冨永が、クラーク飛行場中心とするマニラ近郊の飛行場を易々とアメリカ軍に渡すことによる戦略的な悪影響と、さらに自分が万朶隊を皮切りに多数の特別攻撃隊を見送ってきており、「決戦というからには、国家の興亡がかかっているから体当りをやらせた。それなのに今度はルソンで持久戦をやるという。これでは今まで何のために特攻隊を犠牲にしたのかわからなくなる」「マニラで死んで、特攻隊にお詫びするんだ」という富永自身の強い拘りもあって、山下の方針に反してマニラからの撤退を拒否していた。
山下は、富永と陸軍幼年学校からの同期で個人的にも親しかった第14方面軍参謀長武藤を説得に差し向けた。撤退を促す武藤に対して富永が｢航空隊が山に入ってなにをするのだ? ｣と不満を明かしたところ、武藤も理解を示して｢燃料も航空機もない山中に航空司令部が固着しても意味はない。司令部に来て山下閣下と相談し、台湾に下がって作戦の自由を得た方がよい｣と第4航空軍を台湾に移動させて戦力の再編成を勧めるような提案をした。それでも富永は頑なに撤退を拒否していたが、多くの特攻隊を送り出してきた富永の心身的疲労は極限状態に達していたうえ、デング熱による高熱で病気で床に伏せるようになり、精神的にも肉体的にも疲労困憊して限界に達していると考えた武藤が、1945年1月4日に再度富永と面談し、第14方面軍の司令部はバギオに転移するので、富永にも北方に移動するように勧めると、今回は素直にエチアゲへの撤退を承諾した。
第4航空軍をマニラから撤退させた山下は、軍需物資を運びだすまでの間に最低限の戦力をマニラに置いてアメリカ軍の足止めをし、軍需物資の搬出が完了次第にマニラを撤退するという作戦方針とした。そこでマニラ防衛隊司令官の小林に最低限の兵力を残してマニラを撤退するように命じ、小林はマニラ防衛隊から野口勝三大佐が指揮する3個大隊を残すとマニラを撤退した。野口の部隊の任務は、当面の間、最低限の重要な建物と橋を確保することであって戦力も僅かであり、3個大隊と言っても実際の兵力は2個大隊にも満たない2,000人弱の兵力と山砲2門のみで、兵員も将校に至るまで殆どがフィリピンで急遽召集された兵士であった。
一方で大日本帝国海軍は、レイテ沖海戦などで沈没した艦艇の生存者約3,000人やマニラ市内にいた海軍の軍需部や経理部といった後方部隊要員も岩淵の指揮下に入れてマニラ海軍防衛隊(マ海防)を編成していた。この再編成によって岩淵は6,794人の根拠地隊指揮官から、一気に師団規模の軍人軍属23,664人を指揮することとなった。しかし、このマ海防は編成目的も任務もはっきりと明示されていなかったうえ、本来であれば、マ海防を指揮するはずの海軍南西方面艦隊がマニラを撤退した為、マ海防はルソン南部防衛の責任者振武集団司令官横山静雄中将の指揮下となったにも関わらず、陸海軍の作戦連携は不十分で、山下の撤退方針が岩淵には伝わっていなかった。岩淵は南西方面艦隊が撤退前に受領していた、マニラの港湾設備や海軍施設を破壊せよという命令を実行するためにマニラに踏みとどまることとなった。
1月27日に振武集団の司令部から岩淵に対して作戦指導要領が示達されたが、陸海軍間の遠慮からか「上司(南西方面艦隊)の命令に依る海軍固有の任務(マニラ港湾施設や市内海軍施設等の破壊)に関しては干渉しない」と指示された。岩淵はこの指示で“海軍固有の任務"を完遂する間のマニラへの防衛は必要と認識しマニラ死守の決意を固めて、2月1日には海軍大臣、連合艦隊、南西方面艦隊向けに「マニラ海軍防衛隊戦備概ネ成リ、全員之レ特攻隊トナリ、来攻ノ会敵茲ニ邀撃シ、必死必殺之ヲ粉砕シ、以テ戦局ノ転機ヲ画サンコトヲ期ス」とするマニラ防衛の決意を打電している。
後に悲劇を招いた岩淵のマニラ防衛の決断であるが、この決断に至った理由については資料に乏しく正確にはわかっていない。岩淵は、戦艦「霧島」の艦長として戦った第三次ソロモン海戦で「霧島」を沈められて面目を失っていたため、その汚名返上のためにマニラを道連れにしたと推察されることもあるが、しかし「霧島」の沈没については、軍艦旗降納、万歳三唱、御真影移奉の退艦の礼は手落ちなく済ませて、生存者1,127人と共に退艦しており、海軍内でも問題視はされていなかった。そのため連合艦隊山本五十六大将からは岩淵の敢闘を称えて、銘刀1ふりが贈られている。戦記作家児島襄は、マ海防の生還者や他軍関係者、また岩淵の妻女など多くの関係者に取材をして、岩淵がマニラ防衛を決断したのは、曖昧な上部組織司令部の命令に対し、生来の几帳面な性格もあって与えられた使命をより厳格に捉えて、マ海防の任務はマニラでアメリカ軍をできうる限り足止めし、振武集団主力の防衛態勢強化の支援をしなければならないと考えたからではないかと推察している。
アメリカ軍は日本軍の激烈な抵抗を粉砕しながら2月3日にはマニラに達したが、オープン・シティとなっていることを期待していたマッカーサーの目論見は外れ、日本軍はマニラ都心のイントラムロスを要塞化し徹底抗戦を行った。マッカーサーは2月3日中には「我が軍は急速にマニラから敵を掃討しつつある」という勝利宣言をマスコミ相手に公表し、それを真に受けたアメリカ国内の各新聞は「勝った、マブハイ(タガログ語で万歳)」「太平洋戦の賞品たるマニラは熟れたプラムのようにマッカーサーの手に落ちた」などと報道したが、実際はマ海防の激しい抵抗でマニラ攻略の目途は立っていなかった
要塞化されたイントラムロスを攻めあぐねた司令官のオスカー・グリズワルド中将はマッカーサーに空爆と重砲砲撃の解禁を要請した。市街地の破壊を避けるため空襲を許可しないという建前のマッカーサーであったが、ただ爆弾を砲弾に変えただけの“焦土砲撃"は許可した。今まで太平洋戦線で行われた最大規模の重砲による砲撃がイントラムロスに浴びせられ、その様子はイントラムロスにピナトゥボ山が現れて大噴火をおこしたようなものだったという。アメリカ軍の砲撃は驚くほど正確に一定の距離間隔を置いて、あたかも市街に絨毯を敷くように撃ち込まれてきたので、フィリピン人はおろか、マニラの高級住宅街に居住していたスペイン人、ドイツ人、ユダヤ人といった白人たちも砲雨にさらされながら、喚き、泣け叫び、右往左往しながら砲弾に斃れていった。
そのような状況の2月14日になってようやく、山下が海軍部隊がマニラにとどまっていることを知って、慌てて振武集団司令官横山に対して「海軍部隊は後退せしむべし」と命じ、横山は岩淵に撤退を命じた。これは陸軍からマ海防への遅ればせながら初めての正式な撤退命令となったが、もはや包囲されている岩淵に撤退は不可能になっていた。また、マニラの戦況を固唾をのんで見守っていた南西方面艦隊司令長官大川内傳七中将は、敢闘しているマ海防に対して、山下の方針に反した「海軍の伝統を発揮せよ」や「戦況愈々重大ヲ加フ。切二御自愛奮闘ヲ祈ル」など督戦するかのような電文を送っており、この段階においてもマニラに対する日本軍全体の方針が固まっていなかった。動揺する陸海軍司令部をよそに岩淵の決心は既に固まっており、2月16日には「謹ミ畏ミテ、天皇陛下ノ万歳ヲ寿ギ奉ル。注、最後ノ一兵マデ敢闘スル決心ナルモ、通信途絶ヲ考慮シ御挨拶申シ上グ」とする最後の挨拶を司令部宛てに打電したのち、2月26日に自決した。
マニラでは激しい砲撃と市街戦の末、住宅地の80%、工場の75%、商業施設はほぼ全てが破壊された。日本アメリカ両軍に多数の死傷者が生じたが、もっとも被害を被ったのはマニラ市民となり犠牲者数は10万人以上にも達した。追い詰められた日本兵は虐殺や強姦などの残虐行為に及び、フィリピン人の他に同盟国であったドイツ人や中立国のスペイン人などの白人も日本兵の残虐行為の対象となった。特にフィリピン人については、アメリカ軍が支援したユサッフェ・ゲリラとフクバラハップ・ゲリラがマニラ市街で武力蜂起し、既に日本軍に対する攻撃や日本人市民の殺戮を開始しており、日本軍の攻撃対象となっていた。武装ゲリラの跳梁に悩む日本軍であったが、ゲリラとその一般市民の区別がつかず、「女子供もゲリラになっている。戦場にいる者は日本人を除いて全員処刑される」と命令が前線部隊から出されるなど、老若男女構わず殺害した。そして戦況が逼迫し日本軍守備隊の組織が崩壊すると日本兵の残虐さもエスカレートして、略奪、放火、強姦、拷問、虐殺などが横行することとなった。
アメリカ軍の猛攻撃と30万人以上にもなっていたフィリピンゲリラによって既に日本軍の連絡網は寸断されており、各部隊は孤立した状況での戦闘を余儀なくされた。山下が掌握できていた戦力は直卒していた尚武集団の一部に過ぎず、この間にマニラや
バタンガス州などで行われていた日本軍による戦争犯罪について全く把握していなかった。
そのような苦境に追い込まれても日本軍は善戦し、マニラ陥落直前の3月2日にはアメリカ第6歩兵師団に対して、山下が虎の子の兵力として温存してきた出倉利信中佐率いる迫撃砲第4連隊の九七式中迫撃砲24門が10,000発の砲撃を浴びせ大損害を与えて、一時的に撃退している。また、3月14日には同師団の師団長であったエドウィン・D・パトリック少将を戦死させている。
それでも、アメリカ軍の進撃は止まらずに山下の司令部のあるバギオにも迫ってきた。山下は一緒にバギオに後退してきたフィリピン第二共和国ホセ・ラウレル大統領を台湾に避難させるなど、戦線整理の準備を開始した。1945年4月12日、戦車第10連隊第5中隊丹羽治一准尉以下11名が2輌の戦車内に搭乗してアメリカ軍を足止めするために出撃したが、自爆攻撃も覚悟しており、戦車に爆薬を設置した他、戦車兵も各々爆雷を入れた雑嚢を抱え、手榴弾数発を腰から下げていた。4月17日午前9時、ついに丹羽隊はイリサン橋西北200mの曲がり角に差し掛かったアメリカ軍戦車隊と接触し戦闘に突入、2輌の日本軍戦車はアメリカ軍戦車に特攻を敢行した。特攻の結果、双方の戦車4両が爆発炎上して、その残骸がアメリカ軍戦車隊の侵攻路を妨害することとなったが、イリサン近辺の道路は狭隘であったために、戦車残骸の除去は難航、アメリカ陸軍は約1週間の足止めを受け、その間に山下は、大量の傷病兵や軍需物資とともに整然と撤退することができた。
山下ら司令部一行は3日かけてバンバンに到達し、戦線を整理縮小した。山下が掌握できている戦力は僅かになっていたが、それを機動的に運用して徹底してアメリカ軍の侵攻を食い止めた。サラクサク峠では撃兵団の残存兵力が激しく戦ってアメリカ軍第32歩兵師団を足止めし、師団長のウィリアム・ギル少将は「洞穴から洞穴、タコ壺からタコ壺に飛び移って攻撃する日本軍という最大の苦難に直面し、我が軍の前進は文字通りインチ単位のものでしかなかった」と激戦を評している。
日本軍が健闘してもアメリカ軍による包囲網は縮小していき、山下は司令部をバンバンからキアンガンに移したが、キアンガンにもアメリカ軍が迫ってきたため、その後も司令部を移して最終的にはキアンガン近隣の標高150mの森林地帯にある部落内に置いた。この頃には日本軍の組織は崩壊しつつあり、山中で孤立した日本兵の多くは飢餓や戦病によって倒れていった。そんな状況でも山下は軍紀の維持に努め、防戦中の鉄兵団を離れて山中を彷徨っていた将校の一団を見つけるとそのうちの1人を見据えて「貴様、部隊を見捨ておったのか」と叱責して、持っていた杖で将校の首筋を打ち据えた。あまりの激しい打撃で杖は折れてしまい、その権幕に驚いた副官が止めに入っている。食料がないのは司令部も同じで、巨漢で有名だった山下もすっかりやせ細ってしまっていた。軍服のベルトには何回も新しい穴を開けながら使用し続け、副官には「家内が知ったら喜ぶだろうな。いつも、もう少しスマートになれというとったからな」と冗談を言って笑わせていた。第14方面軍は多くの餓死者、病死者を出しながらも、アメリカ陸軍第6軍を終戦までルソン島に足止めした。
6月28日に山下はマッカーサーが行った「孤立化したいくつかの作戦をのぞき、アメリカ史上もっとも激しく血なまぐさい戦いの一つ……約103,475km2の面積と800万人の人口を擁するルソン島全域はついに解放された」というルソン島での戦闘の終結宣言をラジオで聞いた。いよいよ最後が迫ってきたと覚悟した武藤ら参謀は、山下の“将徳を守るため"の最期について協議し、弾薬が尽きる9月上旬を持久限度として、その後にわずかに残った精鋭部隊で最後の反撃を行うことに決めた。山下も既に覚悟を決めており、参謀の作戦案に同意すると、自分は自決するつもりで「腹切り場には爆薬をしかけてくれ、忘れずにな」と指示している。そして8月8日には残された食料と酒で最後の宴を開催したが、その席で山下は「これで日本は負けたわい」とはっきりと述べると、戦後を見据えて「将来の日本は女性にかかっておる。立派な婦人がおれば、必ず立派な子供、立派な国民が育つ」と述べて、クーデンホーフ光子の育児の苦心談も参謀らに聞かせている。
しかし、最後の反撃は行われることなく、8月14日にサンフランシスコからの放送で山下らは日本の降伏を知った。翌15日には途切れ途切れながらも玉音放送を聞き、山下は全軍に「軽挙に走ることなく後命を待って沈着に事にあたるべし」と訓示した。参謀らは山下が自決しないかと心配したが、山下は不審顔の参謀らに「心配はいらない。ひとりで極楽に行こうとは思ってもいないし、この際切腹は何の役にも立たない。兵たちを故郷に帰し、くつろいで休めるようにするのが私の義務だ」と約束している。若手の将校のなかには「武士の道には、敗北は切腹以外、とるべき責任の方法はない」と一緒に自決を迫る者もいたが、山下は笑いながら優しく以下の様に将校を説いた。
山下は敗戦に対して責任をとって自決しなかった理由について、後のマニラ軍事裁判で尋ねられた際に「それは天皇陛下の命令に背くことである」「命令は、降伏してアメリカ軍に協力せよであった」と答えている。
山下は8月24日にフィリピン作戦の戦没者慰霊祭を行った。山下は山中で彷徨う部下将兵を救うため1日でも早く投降すべきと考えており、8月31日にアメリカ軍歩兵第32師団が師団長名で出した「降伏を望むなら、アメリカ軍の前線に軍使を派遣すること」というメッセージを受け取ると、早速翌9月1日に軍使を出して、2日には自ら降伏交渉をすることを決めた。そして9月2日に山下は第14方面軍司令官として山中からキアンガンの町に降りてきて降伏したが、キアンガンに出発前に山下は参謀一人一人の手を握って「山を下りれば逮捕され、釈放されるのは不可能だろう。私のことは気に病まず、諸君は最善を尽くしてほしい。諸君のこれからの仕事は、新しい日本をつくることだ」と説いている。
山下が投降したのはアメリカ軍歩兵第32師団であったが、最高司令官の降伏を受け入れたということを栄誉に感じて、山下は参謀長以下の将官に敬礼で迎え入れられ、その夜は第32師団主催による軍楽隊づきの大パーティーに招待されている。その際、山下が一時逗留していたキアンガンの小学校の校舎は資料館となっている。
9月3日、バギオのキャンプジョンヘイ敷地内にある現アメリカ大使館に移され、武藤らとともに降伏調印式に臨んだ。そこには、捕虜収容所から解放されて参列していた、シンガポールで山下に敗れたパーシバルと、バターン半島で降伏したアメリカ軍のジョナサン・ウェインライト中将が参列していた。連合軍側はパーシバルの汚名返上のためこの降伏調印式の主役にしようという意図があったが、肝心の山下はパーシバルの顔を忘れており「どこかで見たような顔だな」としか思わなかったという。やがて、式が始まる前に紹介があってようやく認識したが、式が終わった後パーシバルは山下に近づくと「敗れた将軍の気持ちはよく自分にもわかる。心から同情する」と話しかけている。山下はかつての敗将に頭を下げさせるといった連合軍のあからさまな報復意識に屈辱感を抱いたが、天皇からの命令や部下将兵への責任感によって堪えている。調印式の写真および絵画が現アメリカ大使館に飾られている。
軍司令官として丁重に扱われたのはここまでで、調印が終わると捕虜としての扱いになり軍刀などの軍装品は取り上げられた。山下と武藤はマニラに移送される飛行機のなかで「これからどうなるだろう?」「おそらく軟禁ぐらいはされるだろう」と話し合っていた。米軍が山下を裁こうとした理由は諸説あり、日本軍がフィリピンの有力者から一般人まであまりに多くの人々を虐殺しており米軍としてもフィリピン人の日本人に対する復讐心を満足させる必要があったため、アメリカの寛大な占領政策を印象づけさせるため、市街戦によるマニラ破壊につき日本軍の責任と印象付けるためといったものがある。山下は戦争犯罪者として扱われることとなった。山下はマッカーサーの意向もあって、独房に入れられるなどぞんざいな扱いを受けていたが、武藤がその扱いに激高して「一国の軍司令官を監獄に入れるとは何事だ」と激しく抗議したが受け入れられることはなかった。
収監当初は行動制限が厳しかったが、じきに緩和されて、山下たち将官は天候がよければ内庭の散歩が許され、思い思いに身体を動かしながら「日本に帰ったらすき焼きを食おう」「いや、わしは鰻がまっさきだ」などと談笑するなど、しばらく平穏の日々を過ごしていた。しかしそのささやかな望みはかなうことなく、9月25日に山下の手元に「アメリカ合衆国対トモユキ・ヤマシタ」と題する起訴状が届けられ、山下はマニラ大虐殺やパラワン虐殺などの、多くの虐殺事件の責任を問われ、戦争犯罪人としてフィリピンのマニラにて軍事裁判の被告となった。その起訴状には英語と日本語で「アメリカおよびその同盟国と戦う日本軍司令官として、アメリカ国民およびその同盟国民と属領国民とくにフィリピン市民に対する部下の野蛮な残虐行為とその他重大犯罪を許し、指揮官として部下の行動を統制する義務を不法に無視し、かつ実行を怠った。ゆえに彼、山下奉文は戦争法規に違反した」と書かれてあったが、山下には全く身に覚えのないことであり、武藤に対して「どういうことだ、これは」と質問したが、武藤も唖然とするばかりであった。