皇居の生物相
皇居の生物相(こうきょのせいぶつそう)では、東京都千代田区にある皇居の生物相について解説する。皇居は、東京都心では珍しい、生物多様性に富んだ広大な緑地が濠に囲まれており、特に吹上御苑では豊かな自然環境が見られる。皇居では、天皇在位中だった明仁の希望・発案で、国立科学博物館などによる第I期(1996~2000年度)と第II期(2009~2013年度)の生物調査が行われ、合計5903種の動植物が確認された。
東京23区には皇居以外にも緑地が点在しているため(赤坂御用地や日比谷公園など)、この項では皇居以外の東京23区内にある緑地の生物相についても適宜触れていく。
文中の年代については、主な参考文献である生物学御研究所(1989)、国立科学博物館皇居調査グループ(2001)が、ともに和暦(元号)に西暦を併記する形式であるため、基本的に和暦に西暦を併記する形式に統一して記述した。
皇居は東京都千代田区のほぼ中央に位置している。面積は約115ヘクタールあり、周囲は濠と市街地に囲まれ、生物多様性において「島」のようになっている。皇居は乾濠、蓮池濠によって東と西に分けられる。東はかつて江戸城の本丸、二の丸、三の丸があった場所で、現在は皇居東御苑となっている。西側は御所などがある吹上御苑、宮殿、宮内庁などがあり、中でも現在豊かな自然環境が見られるのは吹上御苑である。
皇居は北側の荒川、入間川水系、南側の多摩川水系に挟まれた武蔵野台地の先端部にあたる、比較的平坦な淀橋台の北東部に位置している。場所によっては標高30mを超えており、かつて都内の高層の建物が発達していなかった頃は東京都東部や千葉県方面を望むことができた。また皇居の吹上御苑内で最も標高が低いのは下道灌濠(標高約8m)である。
皇居の周囲は濠に囲まれており、西側と北側は濠によって武蔵野台地の先端部にあたる淀橋台から切り離されている。また皇居の東部は濠を挟んで低地帯と接している。また皇居内にも道灌濠などの濠が存在する。いずれの濠も自然地形ではなく人工的に構築されたものと考えられ、濠の建設に使用された外部から移入された大量の石材が確認できる。
皇居の隣にある気象庁での気象観測によれば、皇居付近の年平均気温は約15度で比較的温暖な気候であると言えるが、夏季の最高気温と冬季の最低気温との寒暖の差は約30度と比較的大きい。また降水量は夏季から秋季にかけて多く、冬季には少ない。
皇居からは縄文土器が採集されたことがあり、また皇居東御苑の、かつて江戸城天守台があった付近には、昭和30年代まで貝塚があったことなどから、縄文時代には現在の皇居付近には人が居住していたものと考えられている。
平安時代末期には江戸氏が江戸に居館を定めたと伝えられているが、現在の皇居がある地に居館があったかどうかは明らかになっていない。室町時代の康正2年(1456年)、太田道灌が江戸城の築城を開始し、翌長禄元年(1457年)に完成したと伝えられている。その後、大永4年(1524年)になって北条氏綱が江戸城を落城させた後は北条氏の家臣である武蔵遠山氏が城主となっていた。小田原征伐により北条氏が戦国大名としては滅亡した後、徳川家康が天正18年(1590年)に江戸城に入城し、家康の本拠地となった。家康入城当時の江戸城は土塁のみで石垣は無く、また江戸城東側の日比谷付近まで海(江戸湾の日比谷入江)であった。現在の西の丸付近は山王社があって地域の信仰や行楽地であったといい、また現在の吹上御苑付近には局沢(つぼねさわ)と呼ばれ、仏教各宗派の16もの寺があった。これは江戸城の寺町としての機能があったものと考えられている。
天正18年の入城当初は、江戸城の改築は小規模なものを行ったのみであったが、文禄元年(1592年)より西の丸の築造を開始し、その後慶長8年(1603年)、徳川家康が征夷大将軍に任じられ江戸幕府が開かれた後は、全国の諸大名を動員して大規模な江戸城拡張工事が行われることになった(「天下普請」参照)。
江戸城拡張工事の中で、西の丸の地にあった山王社は移転され、吹上御苑の地にあった16の寺も移転された。寺が移転された後、家康は跡地を代官や年寄(後の老中)などの邸とし、その後、1610年代半ばの慶長末期から元和年間にかけて、尾張徳川家、紀伊徳川家、水戸徳川家、駿河徳川家、越前松平家などの徳川御三家・親藩を中心とした約20家あまりの大名家の邸宅も立ち並ぶようになった。この時点で現在の吹上御苑の多くはいったん宅地化したものと考えられている。なお現在の吹上御苑という江戸城本体に極めて近い場所に親藩などの邸宅が建設された理由としては、江戸城の防御面から考えて重要である現在の吹上御苑の地に親藩などの邸を建設することによって防御を固めたとの説が出されている。
江戸城内では天守や多くの殿舎、そして多くの濠が造られた。建設に用いられた多くの石材は主に伊豆半島から切り出されて運ばれ、現在の東京都青梅市からは大量の石灰が運ばれ白壁が作られるなど、各地から建築材料が運び込まれた。なお濠の中で道灌濠については太田道灌の築城時に造られたとの説もある。結局、寛永13年(1636年)から寛永15年(1638年)にかけて行われた外濠の築造によって江戸城は完成することになる。
明暦3年(1657年)の明暦の大火によって大きな被害を蒙った江戸城は、出火対策などの改造が実施されることになった。まず江戸幕府の支配体制が安定した時代には不要不急のものとされた天守の再建が断念された。続いてやはり安定した時代となって江戸城本体にほど近い現在の吹上御苑の地に親藩などの邸がある必要性が薄れ、その上、城本体の北西にあたる吹上御苑の地は冬の北西方向の季節風から城を守るためにも防火地とすることが望ましいとされ、まず明暦の大火後、徳川御三家の邸などが移転され、その後は幕臣の邸も順次移転されて、17世紀末から18世紀初めの元禄、宝永年間には現在の吹上御苑の地は庭園化されることになった。
吹上御苑は徳川家宣の代になって、全国の諸大名から珍石、名木を蒐集し、また大名たちに工事を請け負わせ、庭園施設の整備などが進められほぼ完成した。このときの工事によって現在も吹上御苑内にある約1ヘクタールの大きさの大池や、大滝と滝下の流れが造られたと考えられている。そしてこの頃以降、現在の吹上御苑付近は田地、広芝、新構の3地区に分けて呼ばれるようになった。新構は南側の地域に当たり、現在は生物学御研究所、賢所、桑畑などがある地域である。田地は北部の比較的標高が低い場所で、名前の通り江戸時代には一部地域が水田とされ、米が毎年10俵ほど収穫されたという。広芝は新構と田地の中間に位置し、やはり名前の通り広い芝地が中央にあって、将軍の武術鍛錬や閲兵などに使用されていた。
徳川吉宗の時代となると、実用主義を重んじた吉宗の考えにより、多くの庭園設備は壊され、学問所や天文所、馬場や鉄砲所、そして酒や砂糖などの食品製造施設などが建てられ、クリ、ハゼノキ、サツマイモなど商品作物が植えられた。いったん装いを新たにした吹上御苑であったが、吉宗の建設した実用的な施設はやがて廃絶した。化政文化で知られる徳川家斉の時代には再び庭園としての整備が大規模に進められ、更には全国から名所の松の苗木を40本取り寄せて、山吹の流れ沿いに植えるなどした。その後、江戸時代末期にかけては吹上御苑を手入れする余裕もなかったらしく、大きな変化は無かったとされる。
明治維新後の東京奠都で、江戸城は天皇が住まう宮城(皇居)となった。維新前後の吹上御苑は手入れが行き届かず荒廃が目立ったが、明治17年(1884年)からは皇居造営が開始され、それに伴い賢所がかつての新構と呼ばれた地区に建設された。広芝には馬場や温室などが設けられ、更にはかつての田地にあった田は埋め立てられて植樹が行われる等の整備がなされた。その後昭和3年(1928年)には、昭和天皇と香淳皇后が赤坂離宮から皇居内に引越を行うのに伴い、広芝にあった馬場と温室を移転し、跡地に小さなゴルフ場が建設された。昭和天皇と香淳皇后は休日には吹上御苑内のゴルフ場でゴルフを楽しんだが、昭和12年(1937年)に昭和天皇がゴルフを止めることを宣言し、その後は芝生の管理も中止された。そして昭和14、15年頃(1939年から1940年頃)からは一部を除き吹上御苑内の庭園としての管理も中止され、基本的に自然の成り行きに任せるようになった。そして武蔵野の自然の復活を求めた昭和天皇の希望によって、昭和23年(1948年)以降、自然状態の武蔵野に生育する植物の移植が実施された。1930年代後半から70年あまり庭園としての管理が行われなくなった上に野生種の移植が進められた結果、皇居の吹上御苑には野生種の植物が繁茂するようになり、武蔵野の自然を思わせる光景が広がるようになった。
皇居内の生物相については、大正10年(1921年)に皇居内の植物について行われた調査をまとめた『宮城風致考』が最初の調査と考えられる。その後、昭和54年(1979年)から昭和56年(1981年)にかけては皇居内各地の樹木についての調査が行われ、昭和62年(1987年)から昭和63年(1988年)にかけて皇居内の濠や池の生物についての調査が実施された。いずれの調査も宮内庁(大正時代の調査は宮内省)の内部調査であった。
平成元年(1989年)8月には、これまでの皇居内の植物調査についてまとめた、昭和天皇も執筆に参加した生物学御研究所編の『皇居の植物』が刊行された。そして国立科学博物館によって昭和42年(1967年)より始められた、日本全体の自然史学が的総合研究が終盤に差し掛かった平成6年(1990年)に、明仁天皇が東京の都心部にありながら、動植物が多く棲息する皇居内の生物についての科学的な総合調査を行うことが望ましいとの意向を示したことがきっかけとなって、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけて皇居内の生物相についての本格的な調査、そして平成12年度(2000年度)には補足調査が行われた。平成12年(2000年)12月には調査結果がまとめられ、その後も更に皇居内の動植物のモニタリング調査が継続され、平成18年(2006年)には継続調査の結果が公表された。。
なお平成21年(2009年)から平成24年度(2012年度)までの予定で、第二期の皇居の生物相調査が実施されている。2021年8月には第三期調査が開始された。
皇居周辺は天正18年(1590年)の徳川家康入城前は海が迫り、クロマツ林が広がっていたとされる。その後、江戸時代初期には親藩、譜代大名などの屋敷となり、17世紀後半からは庭園化された。昭和初期にはゴルフ場の造成が行われ、昭和12年(1937年)以降、庭園的な管理が中断されるという経緯を辿っている。また武蔵野の自然の復活を求めた昭和天皇の希望によって、昭和23年(1948年)以降、自然状態の武蔵野に生育する植物の移植が実施された。現在の吹上御苑を中心とする皇居の植物相は、このような皇居の歴史を反映したものとなっている。
現在の吹上御苑内の植生は、一部に建物、果樹園や田畑、バラ園、桑畑などが存在するが、大部分は深い森となっている。平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査によれば、道灌濠の斜面など主に吹上御苑の周辺部に広がるモチノキ、スダジイ、タブノキなどから構成される常緑広葉樹の森、またかつて広場があった御苑の中央部などに広がるクヌギを中心とした落葉広葉樹の森が見られることが明らかとなった。宮内庁庭園課が枯れた木々や不要な樹木の最小限の伐採を常に行っており、原生林的な森林であるとは言えないが、常緑広葉樹林は自然林に近い種構成と構造をしている。一方、落葉広葉樹林は庭園の樹木として植えられた人工的な植生である。常緑広葉樹林も落葉広葉樹林も土壌が良く発達しており、樹木の生育に適した環境を備えていた。このような豊かな森林と果樹園、田畑、桑畑など里山的な要素が広がる吹上御苑では、昆虫類などの生物多様性が高くなることも明らかとなった。
またよく発達した吹上御苑内の森林内は、夏季は皇居に近い気象庁よりも約2度気温が低いが、湿度はほぼ常時90パーセントに達する。皇居の森によって冷やされた大気が皇居東側の日比谷、銀座などに流れていることも確認されており、皇居の森の存在が東京都心部のヒートアイランド現象の軽減化につながっていることが明らかとなった。
皇居内にはかつて江戸時代の名残も残っている。まず吹上御苑内には巨木からなるケヤキ並木が見られる。この並木の起源は明らかになっていないが、1970年代に並木の中で周囲3.3mあったケヤキの風倒木の年輪を確認したところ、元禄時代の植栽と考えられることが明らかとなった。ケヤキの数は大正時代以降、枯死によって減少していることが明らかとなっている上に、並木の中で最も太い樹木は周囲が4.77mに達するため、並木の成立が元禄時代以前に遡る可能性もあり、徳川家康入城以前、吹上御苑が江戸城の寺町であった時代に寺院の境界として植えられたとの説もある。また吹上御苑北東部の山吹の流れには、徳川家斉が全国から名所の松の苗木40本を集めて植栽したが、大正10年(1921年)には17本程度残っていたものが、昭和61年(1986年)には植え替えた松を含めても5本にまで減少してしまった。
また、かつて吹上御苑内には数百本のモミが茂っていたが、明治38年(1905年)頃から枯死が目立つようになり、クロマツやスギの巨木も多く枯死した。モミやスギは大正時代に改めて植えられたが、大気汚染の深刻化などでなかなか生育できず、平成13年(2001年)には皇居内のモミは8本となっている。
吹上御苑では東京都内では初めて記録されたタシロランのような珍しい植物も見られる。吹上御苑でタシロランが発見されたのは平成6年(1994年)7月のことであるが、天皇、皇后が散策の折、変わった植物を見つけたことが発見のきっかけとなった。一方、平成元年(1989年)に発表された『皇居の植物』に記載されている植物で、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)の調査では確認できなかった種が55種あったが、その多くが日差しが強い環境で成長する種であるため、森林が深くなった現在の吹上御苑では生育が困難になったものと考えられている。
皇居内のコケ類の調査では、蘚類77種、苔類29種、ツノゴケ類1種の計107種が確認された。これまで都内で最も多くのコケ類が確認されているのは自然教育園の52種で、東京都区内で皇居のみで見つかっているコケ類は蘚類14種、苔類9種の23種に及び、皇居のコケ類が生物多様性に富んでいることがわかる。また絶滅危惧種であるコウライイチイゴケ、ヤワラゼニゴケが生育しているなど貴重な種が見られ、人家の周辺などに見られ都市化の指標とされるヒョウタンゴケ、ゼニゴケなどが生育しないといった特色も見られる。
地衣類の調査でも57種の地衣類が確認され、うち3属、5種は日本で初めて見つかった地衣類であった。その大部分は木陰や岩の上に飼育するものであった。他方、第一期調査(1996~2000年度)では、ウメノキゴケ、アカサルオガセなどの大気汚染への耐性が低い大型の地衣類は皇居内では生育しておらず、大都市東京の中心部にある皇居の環境を表している。これが第二期調査(2009~2013年度)になると大型地衣類が4種から16種に増え、ウメノキゴケも見つかった。東京都が2003年に始めたディーゼル車規制による大気汚染改善が寄与したと推定されている。
皇居内の濠や水流などで行われた藻類の調査では、日本で初めて見つかった11種の藍藻類をはじめ、156種(変種・品種を含む)の珪藻類、58種の緑藻類(クロロコックム目およびツヅミモ科)、その他6植物門11綱におよぶ多くの藻類が確認された。吹上御苑内の流水域からは山間部の渓流に産するとされる紅藻のベニマダラの生育が確認されるなど、興味深い種も確認された。珪藻類の出現状況からは、吹上御苑内の水質汚濁度が低いことが示唆された。しかし藻類全体では関東近郊の湖沼に分布する一般的なもの、あるいは世界的に分布する普遍種の出現が多く、希少種や特筆すべき分布を示す種は見られなかった。
キノコやカビなどの菌類の調査では、合計368種の菌類が確認された。これまで日本では発見されていない種が8種確認された他、オガサワラカミコウヤクタケのようにこれまで小笠原諸島のみで確認されていた2種と、日本では小笠原諸島のみで確認されていた種が一つ、吹上御苑内から確認された。これは現在の皇居の環境が暖地性の菌類に適したものとなっていることを示していると考えられる。
また子嚢菌類のボタンタケの一種は、吹上御苑のマテバシイの倒木や枯れ枝に多く見られ、同じ都内にある自然教育園のスダジイの倒木でも見ることができる種であるが、同属の別種で伊豆諸島の御蔵島のみで確認されている種はあるものの、現在のところ他の産地が知られておらず東京都区内の吹上御苑と自然教育園の固有種である可能性が指摘されている。
変形菌については昭和天皇が若い頃から高い関心を持っていたこともあり、調査の過程で主に昭和3年(1928年)から昭和5年(1930年)にかけて皇居で昭和天皇や側近が採集したものと判断される標本の存在が明らかとなり、64種類の変形菌が確認された。平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では98種の変形菌が確認されたが、昭和初期に確認された種の中で19種は確認されなかった。
皇居内で確認されている哺乳類としてはまずタヌキとハクビシンが挙げられる。ともにいつ頃から皇居内に住みだしたのかは不明であり、ペットとして飼われていた個体が逃げ出して繁殖した可能性もあるが、町田市付近など東京近郊の里山ではタヌキやハクビシンの生息が確認されており、皇居まで分布を広げた可能性もある。また1950年代の記録に皇居にタヌキがいるとの説が載せられていることから、タヌキについてはかなり以前から生息し続けている可能性もある。タヌキとハクビシンについては赤坂御用地内でも生息しており、特にタヌキが多く生息している。タヌキは10頭以上おり、糞の調査から皇居の生態系内で餌を得ていることが判明している。
その他、皇居内で生息が確認されている哺乳類としてはアブラコウモリとアズマモグラがある。皇居内に生息する哺乳類の中で自然分布と考えられるのはアブラコウモリとアズマモグラのみである。アブラコウモリについては皇居内で確認されているものの数は少ない、これは現在の皇居内がかなり深い森となっていて、高木が多いためアブラコウモリが餌を獲るために必要な開けた場所に乏しいことや、皇居内には夜の明かりが少ないためアブラコウモリの餌となる小型の昆虫が集まってこないことが原因であると考えられる。
アズマモグラは本州東部に分布し、東京23区内でも畑が残っている場所の多くで生息が確認できるが、市街化が進むと姿を消してしまうために山手線内側ではほとんど見ることが出来ない。皇居内では多くのアズマモグラの生息が確認されているが、遅くとも皇居周囲の濠が完成した1630年代には皇居のアズマモグラは周囲の環境から遮断され、その後は皇居内で生息を続けてきたものと考えられている。しかしDNAの塩基配列を調べたところ、現在皇居に生息するアズマモグラは東京都日野市に生息するアズマモグラと高い同一性を示し、関東地方に生息するアズマモグラと種として同一のものとみて良いことがわかった。
皇居内で確認された爬虫類はカメ目のクサガメ、アカミミガメ、スッポン、トカゲ亜目のヤモリ、トカゲ、カナヘビ、ヘビ亜目のアオダイショウ、シマヘビ、ヒバカリである。またカメ目のイシガメ、ヘビ亜目のジムグリはかつての目撃例などから生息している可能性があるとされる。また皇居内の環境はヤマカガシの生息環境として適していると見られるが、これまで確認されていない。これは後述のウシガエルによってヤマカガシの子ヘビが捕食され尽くした結果である可能性が指摘されている。また爬虫類はカナヘビやシマヘビのように極めて確認された数が少ないものがある。
皇居内の両生類の分布は爬虫類以上に特徴的である。皇居内ではサンショウウオ目の生育は確認されず、カエル目でもアズマヒキガエル、アマガエル、ウシガエルの3種しか確認されず、生育しておかしくないニホンアカガエル、トウキョウダルマガエル、ツチガエルは見られない。またウシガエルは皇居内各地で極めて多くの個体が確認されるが、アズマヒキガエルとアマガエルの個体数はウシガエルと比べて多くない。これは明らかにウシガエルが在来種のカエルの生育を強く圧迫した結果と考えられ、皇居内のニホンアカガエル、トウキョウダルマガエル、ツチガエルはウシガエルによって絶滅に追いやられたものと考えられる。またウシガエルの大繁殖は皇居内の昆虫類の生育にも大きな影響を与えている可能性が高い。在来種の爬虫類、両生類の中で欠けた種が見られる原因はウシガエルの大繁殖によるものと考えられるが、皇居内で何らかの理由でいったん数が減少していく種が現れた場合、濠に囲まれた皇居という閉ざされた環境では、周囲から新たな個体が入り込むことが非常に困難であるため、絶滅を防ぐことが困難であることを示している。
皇居内では昭和25年(1950年)頃から野鳥の調査が断続的に続けられてきた。その中で皇居の鳥類相が常に変化をし続けていることが明らかとなっている。変化の中には1950年代に皇居内の樹木を傷めるという理由から追い払われたサギ類のように、人為的な理由で分布が変化した鳥もあるが、自然環境の変化によって大きな変化を見せた種も多い。
環境変化によって分布が大きく変化したことが明らかなのは、冬季に越冬を行うカモ類やオシドリなどが昭和50年(1975年)頃と比べて激減したことである。これはかつて皇居内で見られなかった猛禽類のオオタカやノスリが住み着くようになったため、カモ類やオシドリが激減したものと考えられている。なおオオタカはカモ類の次にサギ類などを捕食するようになったが、猛禽類の存在によって皇居内から多くの鳥類が減少するとやがて主にハシブトガラスを捕食するようになり、東京都内で数の増加が目立つハシブトガラスも、皇居内では数の増加が抑えられるようになった。
また昭和50年(1975年)頃には冬鳥ないし稀に観察される冬鳥であったカワセミ、コゲラ、ハクセキレイ、ヒヨドリがほぼ一年中見られる留鳥となった点が大きな変化として挙げられる。カワセミなどの鳥類が東京都区内など都市部に進出していることは鳥類の都市化現象として知られており、皇居の鳥類相も鳥類の都市化現象が現れているといえる。また皇居や赤坂御用地内のカワセミについては、東京都区内の緑地を経由して南関東各地に移動していることが明らかになりつつある。
昭和50年(1975年)頃以降、サギ類とカワウのコロニーが皇居内から消滅したことも大きな変化の一つとして挙げられる。前述のようにサギ類は1950年代に人為的に皇居から追われ、その後も猛禽類の皇居内定着による捕食の増加といった事情は認められるが、各地でサギ類が多く生息する鷺山の消滅が伝えられるなど、生育環境の悪化などによってサギ類自体も減少している可能性が指摘されている。
皇居内の道灌濠からは、コイ、ゲンゴロウブナ、ギンブナ、ドジョウ、モツゴなど一般的な淡水魚10種が確認された。また蓮池濠からはカムルチーが確認された。道灌濠、蓮池濠からは皇居外濠で見られる外来魚のブラックバスやブルーギルは確認されなかった。また皇居内のギンブナの遺伝子を確認したところ、全て三倍体ないし四倍体の雌であり、皇居内のギンブナと遺伝的に全く同一のギンブナが広島県の河川に生息していること、また皇居の内濠の中で上道灌濠にはギンブナ以外のコイ、フナ類の生息が確認されていないため、上道灌濠のギンブナがどうやって繁殖しているのか明らかになっていないという興味深い謎が残っている。
皇居の内濠にはスジエビ、テナガエビ、ヌカエビ、アメリカザリガニの4種のエビ類の生息が確認された。4種とも低地の静水域に生息するエビ類であり、テナガエビの採集された数は少ないものの、他の3種については多くの数が採集された。しかし道灌濠の中で最も自然度が高いと考えられる上道灌濠からはアメリカザリガニの生息は確認されなかった。カニ類については皇居東御苑でサワガニの生息が確認された。そして内濠に生息するモツゴ、ギンブナ、ゲンゴロウブナ、エビ類からは寄生性の甲殻類が4種見つかった。
陸棲甲殻類としては、等脚目(ワラジムシ目)16種が採集され、端脚目(ヨコエビ目)は2種採集された。ワラジムシ目のうち4種は新種であり、中にはパプアニューギニアに分布の中心がある属など、南半球に多い種が2種あるなど興味深い種が見られる。また都市で最も一般的に観察されるワラジムシの生息が確認されず、深い森を好むトウキョウコシビロダンゴムシが皇居内のワラジムシの中で最も一般的な種であった。16種のワラジムシは一般的な都道府県全体に生息するワラジムシ目の数に匹敵する数であり、ともに皇居が豊かで多様な自然環境に恵まれていることを示していると考えられる。
また土壌性のソコミジンコ類は3種が採集された。3種ともに一般的な種ではあるが、ソコミジンコ類自体が一般的に里山のような人の手が入る地域での生息が難しく、山地の森林のような安定した自然環境に生息する種であるため、皇居の森が山地の森林のような安定した自然環境にあることを示している。
吹上御苑内で確認されたムカデやヤスデなどの多足類は合計41種であり、うち7種は新種であると見られる。日本の多足類の中で比較的良く調査が行われている千葉県の多足類は73種とされるため、吹上御苑からは千葉県全体で確認されている多足類の半分以上にあたる数の種が確認されたことになり、これは皇居の森の豊かな生物多様性を示していると考えられる。また皇居内の多足類で特徴的な点としては、冷温帯に分布の中心がある種が確認されず、暖温帯から亜熱帯にかけて分布の中心がある種が多く見出されたことが挙げられる。吹上御苑内の多足類の生息状況は照葉樹林帯のものであると考えられ、これはかつて江戸城の建設が本格化する江戸時代以前、吹上御苑付近はシイやカシを主な樹種とした照葉樹林であったことを示唆している。
カニムシ類の生息状況からも、かつての皇居の環境と現状の自然環境について示唆する興味深い結果が出た。皇居内に生息が確認されたカニムシは4種であり、関東地方北部の山林でのカニムシ生息調査では、皇居内で生息が確認された4種を含む6種が確認されており、皇居内の生息種が少ないことがわかる。カニムシ類は一般的には自然が良好に保全されている森林環境を好み、人為的な自然の撹乱に弱く、人の手が入るとすぐに生息できなくなる群とされている。また皇居内に生息するカニムシ類の中ではチビコケカニムシが多く見出されたが、この種はカニムシ類の中では二次林に多く生息するなど自然の撹乱に強い種とされており、これらのカニムシ類の生息状況からは江戸時代初期に吹上御苑の多くが宅地化されて以降、様々に手を加えられていったためにカニムシの生息に適さなかった時代があったことを示している。しかし日本の温暖な地域の森林帯で多く見られるムネトゲツチカニムシも、吹上御苑内で多くの生息が確認されていることから、いったん大きく撹乱された吹上御苑内の自然環境が確実に回復へと向かっていることも明らかとなった。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査の結果、皇居内からは30種141種のクモが確認された。それ以前の調査で確認されていたが平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では確認されなかった4種を含め、145種のクモが確認された。その後平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査の中で新たに20種が確認され、これまでのところ皇居内からは165種のクモが確認されている。
東京都内の公園では、これまで自然教育園からは181種、赤坂御用地からは100種、常盤松御用邸からは64種、上野公園からは69種のクモ類が確認されている。東京近郊の八王子市からは300種あまり、多摩川水系からは約240種のクモ類が確認されており、深い森林があり、田畑や桑畑など里山に近い環境も備えているなど、現在の皇居が多様な自然環境に恵まれていることを考えると165種のクモ類の生息というのは決して多いわけではない。