エドマンド・アンドロス
4月19日、メアリー砦が反乱者の手に落ちた後、アンドロスはアッシャーの家からそこに移された。そこでは6月7日までジョセフ・ダドリーやその他自治領の役人と共に拘束され、その後はキャッスル島に移された。アンドロスが女性の衣服を着て逃亡を試みたのはこの時期だと言われている。この話は広く噂されたものの、聖公会の牧師ロバート・ラトクリフに言わせれば、「真実のかけらも無い」ものであり、「馬鹿話と嘘」が「総督を人民から嫌われるようにする」ために広められたと主張していた。実際に8月2日、従僕が見張り番に酒を飲ませた後に、アンドロスはうまくキャッスル島から逃げ出すことに成功した。ロードアイランドまで行くことができたが、その後直ぐに再度捕捉され、その後は事実上独房に留め置かれた。アンドロスやその他の役人は10か月間も拘束され、その後は裁判を行うためにイングランドに送られた。ロンドンのマサチューセッツ代理人はアンドロスに対して作成された告発書への署名を拒んだので、裁判所は即座にそれを却下し、アンドロスを解放した。アンドロスが自分に突きつけられていた様々な非難について質問されたとき、その行動は全て植民地の法をイングランドのものに合わせるために行われたものであり、あるいはその与えられた任務や指示を実行するために具体的に取られたものだと指摘した。
アンドロスがまだ拘束されている間に、ニューヨークのフランシス・ニコルソン副総督政府は、ジェイコブ・ライスラーが率いた軍隊によって同時に退陣させられており、この事件はライスラーの反乱と呼ばれるようになった。ライスラーは1691年までニューヨークを統治していたが、新しく植民地総督に指名されたヘンリー・スローターが率いる軍隊に捕まえられ、処刑された。アンドロスはイングランドに行くことを許された。その時点までにニューイングランド自治領は事実上存在しなくなっており、その中にあった植民地はもとの政府形態に戻っていた。マサチューセッツとその周辺領土は1691年にマサチューセッツ湾直轄植民地として再編成された。
アンドロスがイングランドに戻ると宮廷で歓迎された。特に国王ウィリアム3世はアンドロスがオランダで国王の宮廷を訪問したことを覚えており、アンドロスの貢献を認める意を表明した。アンドロスは働き口を探しており、パリに行って追放された前王ジェームズに表面上会見するが、実際にはフランスの軍事計画を取得しようとするスパイの役を提案した。この計画は却下された。アンドロスはイングランドに居る間の1691年7月、エリザベス・クリスプ・クラッパムと再婚した。エリザベスはクリストファー・クラッパムの未亡人であり、クラッパムはその結婚によって、アンドロスの最初の妻との縁戚になっていた。
アンドロスの次の就職機会は、1692年2月、バージニア植民地総督のエッフィンガム卿が辞任した時だった。元自治領副総督のフランシス・ニコルソンがこのときバージニア植民地副総督を務めており、上の位を狙っていたが、国王ウィリアムはアンドロスに総督の地位を与えた。ニコルソンにはメリーランド植民地副総督の地位を与えた。ニコルソンとの関係が他の理由で悪化していたために、このことはアンドロスの任務を難しいものにすることになった。この敵意の正確な理由は不明である。ある同時代人はニコルソンが「アンドロスに対して、以前の待遇について特別立腹したことがあったので特に不満を抱いた」と記していた。
アンドロスは1692年9月13日にバージニアに到着し、その1週間後には任務に就いた。ニコルソンは愛想よくアンドロスを受け入れ、それから間もなくイングランドに行った。アンドロスはミドル・プランテーション(後のウィリアムズバーグ)に入り、1695年までそこで過ごした。ベイコンの反乱以来その維持が問題になっていた植民地の記録を整理し、奴隷の反乱を防ぐために考案された法の執行を進めた。
当時ほとんど全てタバコに依存していたバージニア経済の多様化を奨励した。当時は九年戦争(1688年-1697年)が進行しており、商船は護衛付きで動く必要があったために、輸出志向の経済は悪い影響を受けていた。バージニアが軍事的に防衛されなかった数年間では、そこの生産品がヨーロッパの市場に運ばれ中他t。アンドロスは綿花やアマなど新しい農作物の導入を奨励し、繊維の製造も勧めた。
バージニアはアンドロスが初めて土地の議会と協力しなければならなかった植民地の役職だった。バージニア議会との関係は概して協調的だったが、特に戦争や植民地の防衛に関する手段については幾らか抵抗があった。植民地の海域をパトロールさせる武装艦船を雇用したが、これはニューヨークの植民地防衛に財政的に貢献することとなり、フランスやインディアンがバージニアに侵入してくる可能性に対する防波堤を構築した。1696年、アンドロスは国王から軍隊をニューヨークに派遣するよう命じられ、それに対して植民地議会は渋々ながら1,000ポンドを割り当てた。アンドロスの植民地防衛とインディアンとの関係はうまくいった。バージニアはニューヨークやニューイングランドとは異なり、戦争中に攻撃されることは無かった。
アンドロスは在任中に著名な聖公会牧師であるジェイムズ・ブレアと敵になった。ブレアは聖公会の牧師を教育するための新しい大学設立のために動いており、アンドロスはそのアイデアを支持しないと考えていた。しかし、ブレアとニコルソンはこのアイデアを共に作り上げ、ニコルソンがメリーランドからしばしば訪れてこの件の協議をしていた。この二人はアンドロスを嫌っていることでも協力し、その行動がアンドロスを辞任に追い込むことになった。ウィリアム・アンド・メアリー大学は1693年に設立された。アンドロスが支持していないというブレアの主張があったにも拘わらず、アンドロスは大学の礼拝堂を建設するためのレンガ代を自身の基金から寄付し、植民地議会には毎年100ポンドの予算を割り当てさせるよう説得した。
ブレアの不平は、その多くが曖昧で不正確なものであったものの、ロンドンに連絡され、1697年には貿易省とイングランド国教会の宗教裁判所でアンドロスの行動に関する審問が始まった。ロンドンでホイッグ党が権力を握ったときにアンドロスは貿易省の支持の大半を失い、その弁護も貿易省を自分の味方に引き寄せることはできなかった。聖公会の司祭はブレアとニコルソンを頑として支持した。1698年3月、アンドロスは疲労と病気を訴え、イングランドへの召喚を求めた。
アンドロスの召喚は1698年5月にロンドンで宣せられた。後任はニコルソンとなった。アンドロスはイングランドに戻り、ガーンジーの管財人の職に戻った。その後はガーンジーとロンドンで時間を過ごした。ロンドンではデンマークヒルに家を持っていた。後妻のエリザベスが1703年に死亡し、1707年にはエリザベス・フィッツヒーバートと3回目の結婚をした。1704年、アン女王がアンドロスをガーンジー副総督に任命し、それを1708年まで務めた。1714年2月24日、アンドロスはロンドンで死に、ソーホーのセントアン教会に埋葬された。その妻は1717年に死にアンドロスの傍に埋葬された。その教会は第二次世界大戦で破壊され、その墓の跡も残っていない。アンドロスは3人の妻のだれとも後継ぎができなかった。
アンドロスはニューイングランドで、特にコネチカットでは悪名が残っている。コネチカット州はその植民地総督の一覧から公式にアンドロスを外したが、ハートフォードにある州会議事堂とは通り向かいの州立博物館の知事ホールには、アンドロスの肖像画が掛けられている。植民地では嫌われたが、イングランドでは有能な管理者と見なされており、実行すべく命令された政策を遂行し、国王の計画を推進したと考えられている。伝記作者のメアリー・ルー・ラスティーグはアンドロスが「功績を残した政治家、勇敢な軍人、洗練された廷臣、忠実な公僕だった」が、そのやり方はしばしば「独裁的、専断的、専横的だった」としており、戦術に欠け、妥協を生むことが下手だったと記している。
同様にアンドロスはサミュエル・アダムズ・ドレイクによる1879年の小説『ネルソン船長』で敵を作る人として描かれ、「植民地時代のロマンス」と表現されている。
エリザベス・ジョージ・スピアの児童文学『からすが池の魔女』のエピソードの幾つかにはアンドロスが登場し、コネチカットの植民地人との紛争が主人公の個人的な問題の背景にされている。
バハマ諸島のアンドロス島はアンドロスにちなむ命名だと考えられている。バハマの初期領主にはアンドロスの最初の妻の実家であるクレイブン家の者がいた。