エバーグレーズの地形と生態系
マングローブは鳥類にとっても優れた繁殖地である。ベニヘラサギ、白鷺、サンショクサギなどの水禽は、マングローブ林が餌場に近く、猛禽類からの保護にもなるので、子育ての場所に使っている。一時に数千羽の鳥類がマングローブ林で巣を作ることができ、騒がしい場所になるが、その糞がマングローブ林を肥やすことになる。クイナ、アジサシ、カモメなどの海岸の鳥、ペリカンやカイツブリなど飛び込む鳥、ミサゴ、鷹、ハゲワシなどの猛禽類が、エバーグレーズのマングローブを子育ての場所に選ぶ100種以上の鳥の中に含まれている。
海岸と内陸の三角江の大半はマングローブ林でできているので、海岸沼地とベイの間に境はなく。フロリダ湾の生態系はエバーグレーズの一部だと考えられる。フロリダ湾の800平方マイル (2,100 km2) がエバーグレーズ国立公園の中で最大の水域として保護されている。フロリダ湾には約100のキー (島) があり、その多くはマングローブ林である。大きな島は硬木叢林に変わっている可能性がある。テンサウザンド諸島とケープ・セイブルは海水の湾と淡水の沼が縒り合わさるという性格を共有している。
エバーグレーズからフロリダ湾に入る淡水は海草や藻の広大な床を形成するための理想的な条件を作り出しており、それが湾内の動物の命を支えている。ウミガメやマナティが海草を食べ、フナクイムシ、二枚貝、軟体動物など無脊椎動物が藻の塊や微小プランクトンを消化している。メスのウミガメは毎年岸に上がって巣を作り、マナティは冬の間を湾内の温かい海域で過ごす。カルーサ族インディアンは道具を作るための密度の高い岩石が無かったので、海洋無脊椎動物の殻を様々な用途に用いた。ダイオウイトマキボラ、ヒダリマキウェルク、クラウンボラを飲み物の容器、ピック、ナイフ、キリに使った。
海草は海底を安定させ、波のエネルギーを吸収して海岸線を浸食から守る。エビ、イセエビ、ウニが海草の中で生活し、植物プランクトンを餌にしている。それらはより大きなサメ、エイ、カマス、キングマッケレルなどの餌になる。フロリダ湾は水深が浅く、日光が豊富に届くので、サンゴ礁や海綿動物もいるが、州内のサンゴ礁の大半はフロリダキーズに近い方にある。エバーグレーズのキーはマングローブ林を育むが、1935年のレイバーデイ・ハリケーンでほとんど居なくなったオオアオサギのような水禽の営巣地でもある(ハリケーンの後は僅か146羽が数えられただけだった)。その後2,000羽以上まで戻っていたが、1960年のハリケーン・ドナでも危険な状態となり、35ないし40%を減らした。
フロリダ湾の海底は海流と風で形成されている。しかし1932年以後、海面が100年につき1フィート (30 cm) のペースで上昇している。マングローブ林が海岸線を築き、安定化させているが、樹木が築き上げる以上のペースで海面が上昇している。
エバーグレーズの生態系は脆いとも弾力性があるとも言われてきた。著作家のマイケル・グルンワルドはエバーグレーズを初めてみたアメリカ人訪問者の観察したことについて、「グランドキャニオンが息をのむような絵画ならば、エバーグレーズは複雑なドラマであり、そこにある全てのものが役割を持っている。」と書いていた。エバーグレーズには推計で11,000種の種のある植物と400種の陸上、水中の脊椎動物が住んでいるが、水位が少しでも変わると多くの有機物に影響し、陸地の形状を変える。生態系の健全性や生産性はそこに生きている多くの種に依存している。1つの種が失われると生態系の全体を弱らせることになる。
例えば、フロリダ・スクミリンゴガイは両生の淡水軟体動物である。単一のエラと肺を持ち、水深20インチ (51 cm) 未満の水中にあるソーグラスの茎で生活している。エバーグレーズの絶滅危惧種であるタニシトビやツルモドキ、さらにはアライグマ、カワウソ、若いアリゲーターの主要な餌になる。リンゴガイはソーグラスの茎の水面より6インチ (15 cm) 上に卵を産み、長期間水面下に居ることには耐えられない。卵が孵ると直ぐに水中に入らないと死に直面することになる。卵である間に水位が低すぎるときは、あるいは急速に上昇するときは、繁殖できず、これを餌にする多くの爬虫類、哺乳類、鳥類に影響する。食物網すなわち食物連鎖の生態学に関連して、174種の無脊椎動物がエバーグレーズで重要な役割を演じている。ザリガニ、昆虫、サソリ、その他の無脊椎動物も動物の網を支えている。
エバーグレーズの野生生物が生き残っていくうえで、最も不可欠な動物群は淡水魚である。エバーグレーズの中で年間を通じて水面下にある場所は少なく、アリゲーターの穴や石灰岩の深い割れ目は魚類の、ひいては生物全体の生息域の存続にとって重要である。淡水魚は水禽、アリゲーター、カワウソの主要な餌であり、個体数を増やすには大きな開けた水域を必要とする。若い両生類も食物連鎖の中で重要な役割を演じている。オタマジャクシは、魚類が大型動物を養うだけの数を再生産できるだけの時間が無い、あるいはアクセスが無い孤立した場所でも急速に増える。数百種の両生類がエバーグレーズで見つかっており、それが得られることは、短い水力期間あるいは遠隔の場所で野生生物を支えることになる。
これら小さな動物は、エバーグレーズの中で餌を取る70種の陸の鳥類、120種の水鳥など大型の動物の社会を支えている。水鳥の43種は地域で餌を取っている。これら鳥類の多くは西インド諸島や北アメリカの全体で渡りを行っている。哺乳類数十種も地域で殖えており、小さなコウモリやトガリネズミから、中サイズのアライグマ、カワウソ、オポッサム、キツネまでいる。大型の哺乳類ではオジロジカ、フロリダクロクマ、フロリダパンサーがいる。
水位の微妙な変化が多くの生物種に影響するが、その体系は全体として循環し、各変化ごとに脈動してもいる。植物や動物の多様性への遷移は自然のものであり、野火や嵐で生じる。また都市化の拡大や、外来種の導入、急速な地球温暖化のような人為的なものもある。エバーグレーズの環境条件は特定の種に都合の良いものではない。タニシトビやリンゴガイのような種は湿気た条件がいいが、アメリカトキコウやケープ・セイブルの海岸にいるスズメは乾燥した条件を好む。
人類は数千年にわたってエバーグレーズの地域に住んできた。しかし、過去100年で自然の景観を劇的に変えてきた。南フロリダの都市化地域に入ることは、土地を増やそうとした大規模な排水計画で行われた。排水は、エバーグレーズの生態系の複雑さや生成の過程に関して十分な理解も無いままに実行される場合が多かった。南フロリダ都市圏は爆発的に成長し、エバーグレーズ全体の生態系に問題を生じさせた。1990年代までにそれら都市化地域の多くで減退する生活の質は、質が落ちた地方環境に結びついていた。フロリダ州とアメリカ合衆国政府は2000年に、エバーグレーズの大半をできる限り排水前の状態に戻す計画を策定し、承認した。それは歴史上最も費用が掛かり、最も包括的な環境修復事業となっている。
人類は多くの外来種をエバーグレーズに持ち込み、それが在来種を餌にしたり、競合したりすることで、その生態系に負の影響を与えてもいる。この現象のなかでも注目に値し、特に危害を与えた例として、近年エバーグレーズとさらにはフロリダ各所にビルマ・パイソンが蔓延したことである。このパイソンが最初に自然の中で観察されたのは1979年であり2度目は1995年になってからだった。2000年以降は驚くほどに増加している。
2011年までに、ボブキャットが目視された回数は87.5%減少し、オジロジカは94.1%、オポッサムは98.9%、アライグマは99.3%の減少となった。ウサギの場合は全く目視されていない。