イレギュラーハンターX
オリジナル版にも登場した、特定の条件(オリジナル版とは微妙に異なる)を満たすと習得できる『ストリートファイターII』の必殺技。ライフエネルギー満タン時のみ、地上で  +攻撃ボタン(右向き時)で発射(空中では使用不可)。ステージ中の敵にはエックスバスター通常弾の32倍の破壊力を発揮し、各種ボス(本作では最終ボスであるウルフシグマも含む)は一撃で葬ることができる。威力とエフェクト以外の特性はエックスバスターと大差無いため、バスターを弾く特性の敵には同様に弾かれてしまう。オリジナル版と比べて発生が非常に早くなり、強化された。オリジナル版ではパスワードで記録できないが、本作ではセーブで記録できる。
入手時に登場するライト博士はオリジナル版同様、普段の白衣ではなく格闘家のような格好をしており、普段と同じくシリアスな表情で「波動を感じるんじゃ」とエックスに語った後、自らの波動で背景を揺らすなど、ホログラムらしからぬ演出を見せる。
VAVAモードでは、エックスモードがヴァヴァの視点(平行世界もしくはIFの物語という位置づけ)で展開される。ステージ構成、ゲームの進行方法などの基本内容は変わらないが、敵の配置や一部ボスが変更されていたり、ボス戦前でも専用の会話が存在するなどの差別化が図られている。
装備武器については独自のシステムが採用されている。ボスキャラクターはエックスモードと変わらないが、ボスを倒した時にはヴァヴァの武器(作中では「兵装」と呼ばれる)を入手する。武器は腕部・肩部・脚部の3種類が存在し、ステージ開始前に予め各種1つずつ選択して装備する形となっており、ステージ中で武器を変更することはできない。1体のボスから1つの特殊武器を入手するエックスとは異なり、ヴァヴァは倒したボスの組み合わせによって複数の武器を入手することも可能となっている。
武器にはそれぞれ装備する際の制限として「コスト」が設けられており、コストの合計値が、設定された「コスト上限」を上回る組み合わせの装備はできない。コスト上限はボスを一体倒して武器選択が可能になった時点で11、以後ステージクリア毎に3ずつ上昇していき、選択ステージを全てクリアした時点で最大の32となる。それ以降のステージでは増加しないが、1度ゲームクリアした後は上限がなくなり、自由な組み合わせで武器を装備できる。
使用には(初期装備でも)エックスの特殊武器のように武器エネルギーを消費する。またヴァヴァは装備武器全てで武器エネルギーを共用しており、エネルギーを使い切った時はすべての武器が使用不可となる。ただしエネルギーは徐々にではあるが自然に回復するほか、武器エネルギーを取ることでより急速な回復が可能。
脚部・肩部の武器とは異なり、移動しながら使用できるのが特徴。
右手の指先から撃つ。この兵装系のみ、ボタン押しっぱなしで連射することができる(エネルギー切れ付近になると連射数、速度が低下する)。
また、ディスタンスニードラー以外のバルカン兵装は、ボスに有効がものが存在しない。
チェリーブラスト - 初期装備
初期装備かつバルカンの基本武装。
ディスタンスニードラー - アイシー・ペンギーゴを撃破
最長の有効射程を持つバルカン。連射は利かないが弾速が速く、盾をも貫く貫通力も持つ。
また、バルカンの中でも一発の威力が最も高く、弱点でないボスに対してもゲージ2目盛り分のダメージを与えられる。
バックショットダンス - スティング・カメリーオを撃破
拡散性が高く、連射力も高め。トリプルセブン同様、エネルギー切れが早い。
ジップザッパー - アーマー・アルマージを撃破
連射力が高く射程が短い。これもエネルギー切れを起こしやすい。
トリプルセブン - バーニン・ナウマンダーを撃破
拡散性と連射力を極めたバルカン。ただし、急激にエネルギーが減るためエネルギー切れを起こしやすい。
右腕関節部から発射。ランチャー・オクトパルドを撃破すると入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
そこそこの威力と連射力、少ないが弱点とするボスが複数存在するなど、バルカンとロケットパンチの中間の性能となっている。
ミサイルの基本兵装でバルカンよりも攻撃力は高いが、消費エネルギーも多い。何かに当たらない場合でも一定距離飛ぶとそこで爆発する。
セロティナルバレット - アイシー・ペンギーゴ
発射直後の弾速が遅く、敵の動きを先読みし設置するように使うことが可能。6発まで連射可能。
ポップコーンデーモン - スティング・カメリーオ
発射すると3つに分裂するミサイルを発射。分裂直後の3発全弾を命中させれば強力。
バンザイビートル - ストーム・イーグリード
上下に翼が展開して飛び、その分広範囲の敵に命中させることができる。威力は低め。
ロストラム - ブーメル・クワンガー
ランダムで軌道が変わるミサイルを発射。直進する可能性は低い。6発まで連射可能。ヒューメラスクラッシュと同じく、一定時間飛ぶとそこで爆発する。
右腕が拳を作って飛び、手元に戻ってくる。スパーク・マンドリラーを撃破すると入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
連射が効かないが腕部兵装の中では最も一発の威力が高く、スポイルドブラットを除き、弱点でないボスにもそれなりにダメージを与えられる。
ロケットパンチの基本兵装。威力は高めで、耐久力の高い敵でも数発で倒せる。
インフィニティーギグ - アイシー・ペンギーゴ
ホーミング性能を持つが追尾する敵を指定することはできない。攻撃力は低い。一定時間経つか、4回命中すると戻ってくる。敵の飛び道具や障害物に反応することもある。
スポイルドブラット - ランチャー・オクトパルド
威力は低いが移動速度(連射力)が高く、ゆえの手数の多さが特徴のロケットパンチ。
エゴイスティックピル - アーマー・アルマージ
貫通して軌道上にいる複数の敵を一気に攻撃できるが、毎回最大射程まで飛び、手元に戻ってくるまで時間が掛かるのがネック。
ゴールデンライト - バーニン・ナウマンダー
射程は極端に短いが、全兵装中トップクラスの威力。全てのボスに対し、弱点武器級の威力を発揮する。
ほとんどの武器は、方向キーの上下入力で発射角度を変えることが可能。また、発射時は強制的に停止する(空中でもその場にとどまる)。
デフォルトで上方向に攻撃する兵装が多い。
フロントランナー - 初期装備
初期装備かつキャノン系の基本兵装。標準レベルのキャノン砲。
トライデントライン - スティング・カメリーオを撃破
一度に3方向へ発射する。消費エネルギーと発射後の隙が大きい。3方向へ同時に発射するわけではなく、3方向それぞれに1発ずつ、順番に発射される。発射の順番は方向キーの上下入力で変えられる。
ファイヤーマーレイン - バーニン・ナウマンダーを撃破
敵や地形に当たると爆風が拡散し、敵を誘爆できるキャノン。爆風が起きなければ威力は半減する。
ロングショットギズモ - ストーム・イーグリードを撃破
一度に5連射する。隙は大きいがキャノン系の中では対雑魚敵に対する瞬間火力が最も高く、硬い雑魚敵を簡単に倒すことができる。
ファットボーイ - ブーメル・クワンガーを撃破
威力とコスト、エネルギー消費量が上がったフロントランナーで、一発の威力がキャノン系の中で最も高い。
スティング・カメリーオを撃破することで入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
正面と斜め上下の3方向へ同時発射。威力が低い。外見・性能共にエックスのカメレオンスティングに近い。
ネクロバースト - ランチャー・オクトパルド
広範囲にダメージを与える。ヒット数は多いが、一度に全てのエネルギーを消費する。また、装備コストも非常に高い。
ライジングスペクター - バーニン・ナウマンダー
斜め上方向に発射方向が固定されるが、威力は高い。
ストレートナイトメア - ストーム・イーグリード
貫通力の高いレーザー。ヒット数が多いがその分単発火力は低めで弾速が遅い。砲身は水平に固定される。
外見・性能共にエックスのストームトルネードに近い。
ナーバスゴースト - スパーク・マンドリラー
威力は普通のレーザー。
ブーメル・クワンガーを撃破することで入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
3枚のブーメランカッターを発射する。ゲーム内の武器説明では「同時に3枚」「方向キーの上下入力で発射角度を変更できる」とあるが、実際には3方向へ同時に発射するわけではなく、3方向それぞれに1発ずつ、順番に発射される。また方向キーの上下入力で変えられるのは角度ではなく発射の順番である。
パラサイトソード - アイシー・ペンギーゴ
飛距離に比例して巨大化する。貫通力が高く、複数の敵を同時に攻撃できる。
トゥーヘッドスラッシュ - ランチャー・オクトパルド
一度に2つのカッターを発射する。少しずつ広がりながら飛んでいく。直進方向にいる相手に当てることに特化したカッター。
マルーンドトマホーク - アーマー・アルマージ
発射後、自身の近距離で停止し、その場で回転し続ける。敵や地形を貫通し、持続時間も長い。
クイックホームシック - スパーク・マンドリラー
一定の軌道を描いて戻ってくるブーメランカッター。アイテム回収機能を持つ。
地上と空中とで攻撃方向が変わるのが特徴で、地上だと前方、空中だと下に向けて発射する(例外あり)。
地上で出すと発射前のモーションが長く、攻撃するまで時間がかかるが、空中ではそのモーションが比較的短い。
また、発射時は強制的に停止する(空中でもその場にとどまる)。
バンピティブーム - 初期装備
初期装備かつナパーム系の基本兵装。爆弾を発射し、時間の経過で爆発する。威力は高めで耐久力の高い敵に有効で、ラスボス以外の全てのボスにもそれなりのダメージを与えられる。さらに少しの間だが、爆発後も攻撃判定が残り続ける。
スプラッシュヒット - ランチャー・オクトパルドを撃破
少し離れた所で竜巻を発生させる。攻撃範囲は横に狭く縦に長い。また持続時間も長いため、敵の動きの先を見て当てる使い方も可能。
ランブリングバン同様、地面にしっかり着弾しないと発動しない。
外見・性能共にエックスのチャージ版ストームトルネードに近い。
テリトリアルパウ - アーマー・アルマージを撃破
防御主体のナパーム。攻撃力は低いが、一部の敵の攻撃を掻き消す効果を持った3つの小さな爆発を起こす。
バンナウェイボム - ストーム・イーグリードを撃破
転がるナパーム弾を発射。連続で爆発を起こし、遠距離の敵を攻撃でき、地面の敵を一掃できる。空中で使用するとその周辺で爆発が連続で起こる。
ランブリングバン - スパーク・マンドリラーを撃破
攻撃範囲は広いが、爆風の高さは低く、また地面にしっかり着弾しないと爆発しない。
アーマー・アルマージを撃破することで入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
地面を転がるエネルギー弾を発射。壁に接触すると跳ね返る。
敵の弾を消せない以外はエックスのローリングシールドに近い。
ホットアイシクル - スティング・カメリーオ
上方向に発射され、天井に着弾後、天井に沿って下向きにエネルギーの柱が次々と発生する。そのため、天井の無い場所ではほとんど威力を発揮できない。
ソードブーケットを上下逆さまにしたような動きをする。水中でも使えるが、水中で天井が存在する箇所はほぼ存在しない。
ソードブーケット - バーニン・ナウマンダー
地面に着弾後、地形に沿って上向きにエネルギーの柱が次々と発生する。壁に接触すると消滅する。
外見・性能共にエックスのチャージ版ファイヤーウェーブに近いが、こちらは水中でも使える。
ピースアウトローラー - スパーク・マンドリラー
地面に着弾後、2発に分裂して左右に直進する、電撃のエネルギー弾。床なら左右、壁なら上下に分裂する。坂に当てると、登り側は斜めに、下り側は真横に分裂する。
床の場合、分裂して進んだ先に上り坂がある場合、その地形に沿って進む。
また、電撃を使った攻撃なのでアーマー・アルマージの鎧を剥ぎ取ることができるが、この兵装の入手にはアーマー・アルマージを撃破する必要があるため、初戦で鎧を剥ぎ取る事は不可能。
外見・性能共にオリジナル版やエックスモードで、エックスと戦うヴァヴァが使用してくる電撃に類似する。
スタボーンクロウラー - ブーメル・クワンガー
天井を除いて完全に地形に沿って移動する、究極の対地用兵装。消費エネルギーは多めだが、弾速が速い。
防御状態のメットールを倒すことができる。また、ピースアウトローラーと同じ電撃を使う兵装のため、アーマー・アルマージの鎧を剥ぎ取る事ができる。
バーニン・ナウマンダーを撃破することで入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
一定時間バーナーを放出し続ける兵装で、攻撃判定が持続するため、ヒット時に無敵時間が発生しない敵には連続してダメージを与えることが可能(バーニングドライブを除く)。
なお、基本的に火を使う兵装のため、シードラゴンズレイジ以外水中では使用不可。
直線軌道で火炎を放射する。
シードラゴンズレイジ - アイシー・ペンギーゴ
ワイルドホースキックの約二倍の射程の冷却ガスを直線軌道で放出する。また、放射物が冷却ガスなのでバーナー系の中では唯一、水中でも使用可能となっている。
グリーンアイドランプ - スティング・カメリーオ
至近距離専用。目の前に火力が集中する。威力は高いが、消費エネルギーも多い。
ドラゴンズワース - ストーム・イーグリード
地上では上向き、空中では下向きの緩やかな弧を描く軌道で放つ火炎放射。直線ではないものの射程はシードラゴンズレイジより長い。また空中では先端部分が横向きになるため、空中でも前方の敵を攻撃することもできる。
バーニングドライブ - ブーメル・クワンガー
自分の周りの酸素を消費して周囲を強大な炎で包み込む。単発かつ射程が極端に短いが瞬間的な威力が非常に高い。
以下の2つもボスから入手するが、エックスの各パーツと同様に入手後はコストと関係なく標準装備となる(解除不可)。
フローズンキャッスル - アイシー・ペンギーゴを撃破
体の表面に薄く硬い氷を纏うことで、ダメージを半減させる。
スピードデビル - ストーム・イーグリードを撃破
全身に薄く空気の層を纏うことで抵抗を軽減し、移動速度とジャンプの飛距離を向上させる。
オープニングテーマ
『Don't wanna be』 - 歌:Spinwake