中央新幹線
2017年3月10日の川崎市議会まちづくり委員会では、リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会から3件の陳情が審査された。2017年1月・3月のJR東海からの住民説明会でリニア東百合丘非常口については矢上川雨水貯留管からの雨水調整池への影響が指摘された。また、東百合丘の工事ヤードの影響から来る交通渋滞も朝ラッシュ時においては深刻になると市民にメリットがないと指摘している。JR東海は環境保全書に示された環境保全対策が住民との約束事とはしているものの、説明会では住民の意見が取り入れておらず、まちづくり委員会でも同じ内容の指摘が各委員からされている。雨水調整池についてはJR東海も調整中としており、工事車両・時間の調整も周辺住民には工事前に行うべきであるとする一方で、3件の連絡会からの陳情は審議継続するが、JR東海が工事着工を急ぐために川崎市も市議会も住民への問題を先延ばしに出来ないとした。それを受けてのJR東海の対応としては先述の川崎市に関して、2017年2月に東百合丘非常口の工事に関しての調査をした上、2017年3月に工事計画を変更している。
2017年6月1日にJR東海は川崎市長に対し「梶ヶ谷非常口から排出される建設発生土を東扇島造成事業に受け入れるよう要請する申し入れ」をしたことが明らかになり、市民団体(リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会)は、千葉県安房郡鋸南町の採石場跡に予定されていた汚染土壌の受け入れ施設の建設において、地元住民51人および漁協が「生活環境が悪化し漁場が汚染される」として申請していた操業差し止めを命じる仮処分を千葉地裁木更津支部が2016年6月20日に住民のうち17人と漁協の訴えを認めた上で決定したことから、川崎市の「東扇島造成事業」に残土を流用しようとすることについて、処分先が未定の環境影響評価は環境影響評価法違反であると指摘した。これに対し川崎市長も発生土受け入れ可否については考え方を整理し、中央新幹線の非常口設置工事については環境影響に最大限配慮した対策を取り住民理解を得ると回答している。2017年8月28日にJR東海と川崎市は東扇島堀込部土地造成事業において、中央新幹線の発生土を有効活用する覚書を締結した。
2018年12月13日には、横浜市は横浜港新本牧ふ頭 第1期地区におけるロジスティクス用地の護岸に建設発生土の受け入れを表明している。
2017年11月20日には、山梨県南巨摩郡早川町における発生土から環境基準値を越えたフッ素が検出されたとの同年6月30日の報道を受けて、市民団体「リニア・市民ネット山梨」は山梨県知事への今後の対応も含めた質問書を提出している。富士川水系早川支流雨畑川等の調査を経た上で、JR東海側の報告も含めてモニタリングに問題がないと回答している。(上記のJR東海のプレスリリース「中央新幹線第四南巨摩トンネル新設(西工区)工事における環境保全について」も参照)
中央新幹線が静岡県域を通過するのは、南アルプストンネル(仮称、延長約25 km)のうち、静岡市葵区の約8.9 km 区間のみであるが、この区間が大井川水系の源流域に当たり、大井川水系の水量が減少することについて静岡県が懸念を示し、これを理由に静岡県がこの区間の工事について同意をしていない。2020年(令和2年)11月1日の報道では、静岡県は「(建設工事における)想定する主なリスクは、トンネル湧水の県外への流出による水利用への影響」「トンネルが地下水の流れを変える可能性」「地下水位の大幅な低下による沢枯れ、生態系への悪影響」などを挙げ、JR東海に対して「着工前に将来、発生する現象と影響を完全に予測できない」「掘削でトンネル内に湧き出る水の量を確定的に予測することができない」ことを理由に、不確実性を前提にした対処を要求していると報じられており、(他県側で湧出したものも含めた)トンネル湧水の全量を恒久的に大井川に戻すことを要求する静岡県と、大井川水系の水量と水質が維持できる範囲での湧水戻しを主張するJR東海の間で意見が対立し、国(国土交通省)を巻き込んだ議論となっている。
大井川については中央新幹線計画が本格化する以前より、中下流域の奥泉ダム、大井川ダムおよび塩郷ダムからの取水が主な原因で、下流域で渇水の傾向が見られた。
特に塩郷ダムから下流は、分岐する導水路から川口発電所が最大毎秒90トンにも及ぶ発電用水を利用し、大井川に戻らずにそのまま大井川用水として最大毎秒43トン利用されていることもあり、大井川の流量減少が問題となっていた。
2013年9月にJR東海が示した環境影響評価準備書では、上流域にあたる二軒小屋から木賊までの9地点において、河川および井戸の流量が最大毎秒2トン減少するという予測が発表された。これに対し、静岡県は翌2014年3月、川勝平太静岡県知事による知事意見として「大井川の流量を減少させないための環境保全措置を講ずること」などを要望し、「本県境界内に発生した湧水は、工事中及び供用後において、水質及び水温等に問題が無いことを確認した上で、全て現位置付近へ戻すこと」とした。
JR東海は同2014年8月に環境影響評価書を公表し、流量減少予測の前提として「地下水が岩盤の隙間からトンネル内に湧水として排出される」とした上で、環境保全措置としてNATM工法の採用を挙げ、「覆工コンクリートと地山の間に空隙が出来ないため、トンネル内への地下水の湧出が少ないと考えられる」「河川流量の減少量を少なくできると考えている」とした。また、流量減少に伴う代替水源の確保として、先進導坑掘削中は非常口までポンプアップして大井川に戻し、貫通後および工事完了後は流量減少量や河川への影響に応じて戻すとした。
その後、JR東海が大井川水資源検討委員会を設置し、有識者らと共に検討した結果、2015年(平成27年)11月に導水路トンネルの計画を公表した。西俣非常口から椹島で大井川に合流する地点まで約12 kmのトンネルを大井川右岸に建設し、自然流下で毎秒1.33トンの流量が戻るとした。残りの毎秒0.7トンについても、先進導坑から導水路トンネルまで必要に応じてポンプアップすることで減少を回避することができるとした。2017年1月には環境アセスメントの事後調査報告書が公表され、導水路トンネル等に関して大井川水資源検討委員会で提示されたものと同様の内容が盛り込まれた。これに対し、静岡県 環境影響評価審査会は県知事への答申案をまとめ、ポンプアップについて「『常に』でなくては困る」として、ポンプ施設の維持管理や恒久的な稼働についても明記した協定を締結するよう求めた。これを受けて、静岡県は2017年4月3日に知事意見を発表し、「導水路トンネルにより流量が回復するのは導水路トンネル出口から下流域であり、出口から上流域については別途の流量回復措置が必要となる」として、西俣非常口及び千石非常口へのポンプアップを求めた。これに加えて、水資源の減少に伴う水利用への影響回避に向けて、大井川の下流利水者11者とJR東海が、流量減少対策に関する基本的な事項を共有するための基本協定を同月末までに締結することを求めた。この基本協定に関して、JR東海は同月28日に静岡県に宛てた回答書のなかで、「大井川下流域の水利用の保全に関する書面を取り交わすことについて、静岡県を窓口として打合せをしております」と記載している。報道によれば、静岡県が取りまとめ役となって基本合意の文書案作りを進めており、2017年10月までの時点で合意案がほぼまとまり最終段階に入っていたとされている。
2017年10月10日、川勝平太・静岡県知事は記者会見の冒頭、南アルプストンネル工事について発言を行った。川勝知事が自ら会見でリニアに言及するのは2010年6月28日以来、実に7年ぶりのことであった。川勝知事は、かつて国土交通省の国土審議会の委員を務めていたことに触れ、大井川の水問題について「不明にして私が分からなかった、気付いていなかったこと」としながら、以下のように発言した。
水問題を中心に多くの課題についてご指摘を頂き、JR東海に対してトンネル湧水の全量戻しなどを求めてまいったところであります。現時点で、これに対するJR東海からの誠意ある回答はまいっておりません。平成23年、今、平成29年でございますので、丸6年以上経過しているということであります。
この工事では、何本ものトンネルを掘られます。当然、大井川の流量が減ります。これが一番大きい問題ですね。第二には、残土を南アルプスに処分するということです。第三に地形が改変されます。第四に生態系が壊れます。こうした問題がございます中で、JR東海は、トンネルが掘られることによる水問題につきまして、全量を戻すと明言されていないわけであります。利水団体が求める水の確保について、JR東海が約束をして水を戻すのは当たり前のことであります。
(中略)
この水問題に関しましても、具体的な対応を示すこともなく、静岡県民に対して誠意を示すといった姿勢がないということに対し、心から憤っております。
現時点では、JR東海への協力は難しいと言わねばなりません。リニア中央新幹線工事に先行して、静岡県民に、例えばこの工事によって、どのような地域振興なり、地域へのメリットがあるのかといったことについて、基本的な考え方もないまま、勝手にトンネルを掘りなさんなということでございます。厳重に抗議を申し上げ、その姿勢に対して猛省を促したいと思っております。
また、同年11月30日の記者会見でも、川勝知事はJR東海に対し「南アルプストンネル(仮称)で発生したトンネル湧水の全量を恒久的にかつ確実に大井川に戻すこと」を求めた。
2018年3月13日には引き続き静岡県知事が記者会見で、中央新幹線の工事業者が指名停止処分を受けたことについて、不正がはっきりした場合はそれに応じた仕事はそちらに回せないという形で対応したい旨発言している。
同年7月11日に静岡県知事は、トンネル工事の作業員の宿舎や道路については問題はないということだが、水の問題についてはトンネル工事開始の段階で別の話としている。
続く8月29日には静岡県が、大井川の水資源が減少する問題について、トンネル工事でポンプアップしないと一部が山梨県側に流れるものとしている。静岡県内では渇水問題で節水対策として取水制限が頻発している状況で全量を静岡県側へ戻すものとしないといけないものと資料で提示している。
同年9月19日、JR東海は南アルプストンネル建設の準備工事となる作業員宿舎の建設に着手した。これに対して静岡県知事は「私たちが問題にしているのは、南アルプスにトンネルを掘ると大井川の水が減少すること。それはとても心配している。工事は誠意ある形にしてもらわないと周りの非難を浴びる」と同月19日に報道されている。
翌20日には静岡市長・田辺信宏の記者会見において、静岡県とJR東海が「大井川の流量減少問題」について合意がない段階でも「南アルプストンネル工事静岡工区」での林道東俣線の通行許可をJR東海に出すとし、トンネル建設に向けた準備工事にあたる作業員用宿舎建設工事に限って林道の使用許可を出したことが報道された。
同年10月9日には、静岡県知事は大井川の水資源喪失について丹那トンネルによる丹那盆地での産業変化を例に挙げて、失われた水資源は戻らないことを指摘している。同月19日にはトンネルを掘れば必ず水が出るが、失われた水は戻ってこない。2027年開通にこだわる理由が国への債務であると考えているが、南アルプス山脈は軟弱土質で重金属が出る所もあり、中部横断自動車道の開通が1年以上延期になったように、軟弱土質にぶつかれば2027年どころではない。JR東海はようやく問題の重大さに気付いたようだが、環境調査を精査するべきであると指摘している。大井川水資源の問題は国土交通省の関係者も「2018年8月の日経ビジネス」で掲載されるまで認識していなかったのでは、とする一方で、技術的に可能、大阪まで一気に開通しないとリニア新幹線としての有効性がないという判断でルートを決定したのは安易であると問題提起している。
同年11月21日には静岡県が独自に「静岡県中央新幹線環境保全連絡会議」を設置。JR東海は静岡県に対し大井川水系の水量を全量戻す方法などを説明し、今後も協議を重ねていくとしている。ただ、水量を戻す手段や水利権者の合意が課題となる。ただ、静岡県知事は同年12月18日の記者会見において、リニアの耐久年数から水量の全量戻しが30年の補償期間がないことも懸念している。
2019年1月4日には、静岡県知事は「大井川の水量および生態系の影響」を熟考する条件なら賛成であると表明している。
同月25日には大井川の水資源の影響について、静岡県の中央新幹線対策本部長である難波喬司静岡県副知事は「正直、あぜんとした。リスク管理を事前にできないと言っているに等しい。それなら(リニア新幹線事業を)やめてほしい。そのような基本姿勢を改めない限り、議論を進める必要はない」と言及しており、JR東海に対する基本認識の違いから来るリスク管理の再考を求め、同月30日の連絡会議でもリスク管理の要求を改めて求めている。同年2月5日の知事会見でも同様に言及している。
同年2月4日には、静岡県庁で公共事業チェックの会(宮本岳志、武田良介、初鹿明博、山崎誠の4名の国会議員の参加)により、「リニア中央新幹線」のトンネル工事における主に大井川減水問題でヒアリングを行っている。
同年5月10日には、大井川利水関係協議会が開催された。島田市長はJR東海からの準備工事の申し入れ受認について明文化が必要、川根本町長は静岡市のJR東海とのトンネル工事合意協定の発言については一旦白紙撤回しない限り静岡市との協議に応じないと明言していることを知事会見で報告している。
同月28日には、静岡新聞社の取材に対し、大井川流域の川根本町と島田市だけでなく水資源を利用している8市2町(焼津市、掛川市、藤枝市、袋井市、御前崎市、菊川市、牧之原市、吉田町)の首長は大井川利水に関して準備工事を認めると本体工事も容認したように受け取られかねないと警戒し、水の全量確保や水質問題に万全を期すようにと意見を述べている。リニア建設に賛同する首長もおり、袋井市の原田英之市長は「国全体として考えるならリニアは必要だ」とした上で、「JRは、地域の人を納得させるプロセスをきちんと踏むべきだ」とも訴えている。
同年7月18日には、難波喬司静岡県副知事が山梨県庁を訪れ、若林一紀山梨県副知事と面会し、山梨県側からは「静岡県の懸念は理解した。JR東海と静岡県が課題の解決に向けて互いに真摯に話し合うことを願っている」とのコメントがなされた。
同年8月29日には、新美憲一中央新幹線推進本部副本部長は2018年(平成30年)10月にJR側がトンネル湧水の全量を大井川に戻すという方針を「工事終了後の認識」と釈明し、工事中を含む全量回復の方針を事実上撤回した。
2020年1月17日には、国土交通省は「トンネル湧水の全量の大井川表流水への戻し方」「トンネルによる大井川中下流域の地下水への影響」の2点についてJR東海側の説明が静岡県側において納得が得られていないと考えており、この科学的・工学的な課題については三者協議とは別に設置した有識者会議の検証結果を踏まえた助言や指導を行うことが考えられるとし、JR東海に対しては責任ある説明を求め、地元の不安を払拭して適切な方法で工事を進めることが大切であると指導、監督を行いたいとする旨の回答を公表した。同年3月中に「リニア中央新幹線静岡工区に係る有識者会議」の委員候補者を静岡県が独自に公募した。同年4月、蔵治光一郎東大教授(森林水文学)並びに稲場紀久雄大阪経済大学名誉教授(環境科学)を推薦したが、国土交通省はこれを拒否した。
同年2月12日には、知事会見で南アルプスがユネスコエコパークに指定されており、SDGsの観点からも環境省などの関連する他省庁が委員として協議に関わるべきであると言及している。同年4月に第1回リニア中央新幹線静岡工区有識者会議の開催がなされた。座長には元国土交通省社会資本整備審議会会長の福岡捷二中央大学教授が選任された。
同年6月26日、JR東海の金子慎社長が静岡県庁を訪れ、川勝平太県知事との初会談に臨んだ。金子社長は2027年開業予定が困難になるとして準備工事着手に同意を要請したが、川勝知事は認めず物別れに終わった。更に、県は同年7月3日にJR東海宛に「準備工事の着手を認めない」と文書で回答した。JR東海は事実上の期限としていた予定月内(2020年6月)着工を断念し、翌週にも開業の延期と計画の見直しを表明する見通しとなり、同年7月3日に「品川 - 名古屋間の2027年開業は難しい」として、開業延期を事実上表明した。同年7月10日には国土交通省の事務方トップの国土交通事務次官・藤田耕三が静岡県庁において川勝知事と会談をした。
2021年3月23日、10回目となる有識者会議において公表された中間報告で、「大井川水系の全量の戻し方が論点」としつつ、「工事期間中は全量戻しとはならないが、下流の河川流量は維持される傾向にある」と纏められ、翌日の会見で川勝知事は、有識者会議の進み具合を「1合目だ」との認識を示した。これは、難波副知事が3月上旬に「8合目」と評したのと対照的だった。南アルプスにトンネルを掘れば山の水が抜け、JR東海の計画では工事期間中は山梨県側などにこの水が流出する。県はトンネルに抜けた水を大井川に全量を戻すよう主張しているが、中間報告には「全量戻しでなくても大井川水系の水量と水質は維持できる」と考えているJR東海の主張がソフトな言い回しで採り入れられた。これを受け、金子社長は3日後の会見で「中下流に影響ないとの議論をいただいた」とし、同年4月8日の会見でも「有識者会議も水利用に影響しないだろうとおっしゃっていただいている」と踏み込んだ認識を示している。
同年4月7日、有識者会議の第9回の議事録の中で座長の発言の改変が判明し、13日にも第8回の議事録が改変されていることが判明。これに対し県は「議事録の透明性が確保されていない」と国交省を批判している。
2017年4月19日には、長野県の沿線行政の首長との意見交換会が県飯田合同庁舎で行われ、残土処分地安全性確保・現地要因の増員・残土運搬計画確認書を早期に提示するように求めた。一方でJR東海の宇野護中央新幹線推進本部長は、三六災害の経験を伊那谷全体の特殊な事情と位置付け、自社による残土処分地の長期管理を「一つの方策」として豊丘村本山の計画地に限らないとする考えを示した。JR東海側のマンパワー不足についても「協議や調整を進める上で課題」と複数の首長が指摘しているが、宇野本部長は「人数はそれほど多く望めないが、仕事内容の方で努力する」とも述べている。1961年(昭和36年)の三六災害からの残土処分地の長期管理における住民不安が「伊那谷全体の事情」ともしている。また、残土問題以外でも観光・地域振興への協力も合わせて求めている。
2018年6月6日-7日には風越山トンネル工事に関する説明会が長野県飯田市の座光寺地区および上郷飯沼北条地区で実施された。苦手とされている巨石や高い地下水位が確認されているものの「軟らかくなっている可能性が高いこと、地下水位が特に高い区間は短い」として、シールド工法が適用可能と説明されたが、未調査箇所があることも説明されている。また、住民移転の代替地の説明では長野県駅周辺整備の説明から開始したため、住民軽視との抗議で駅周辺整備の説明を途中で中止せざるを得なくなったことや、住民相談に応じるために飯田市が設けた現地事務所の対応に不満が出ていることから、同年6月26日に飯田市議会リニア推進特別委員会は飯田市に地権者との信頼関係を重視した協議の場を設けることなどを要求する要望書を提出した。同年8月1日には移転可能な代替地情報の閲覧が飯田市で開始された。
2019年3月19日に長野県環境審議会は「中央アルプス県立公園」の中央新幹線の促進のために県指定解除を要求している。
2022年10月21日に長野県環境影響評価技術委員会は長野県駅新設の環境保全計画を審議をした結果、JR東海からの計画では地下水への影響の監視体制が不十分と指摘している。
2017年12月11日-2018年1月16日に岐阜県庁ではパブリックコメントを募集し、県環境管理課はその期間中に中津川市・恵那市・可児市・御嵩町の3市1町で環境基準の類型の当てはめ方針(案)についての住民説明会を実施。その結果が公表されている。2018年6月26日には、JR東海が2017年(平成29年)のウラン鉱床に比較的近い地域における掘削調査においても「ウラン鉱床のようなウラン濃度が高い地盤を掘削する可能性は低いことが確認されている」と岐阜県に報告し、日吉トンネルでのウラン濃度の管理結果を『平成29年度における環境調査の結果等について【岐阜県】』に記載している。また、『「中央新幹線(東京都・名古屋市間)環境影響評価書【岐阜県】平成26年8月」に基づく事後調査報告書(平成29年度)』を岐阜県知事と多治見市長、中津川市長、瑞浪市長、恵那市長、土岐市長、可児市長、御嵩町長に提出しており、提出先の各地方自治体で縦覧可能である。
2020年3月31日には、岐阜県が第一中京圏トンネルから出る発生土を仮置きする可児市内への環境影響について検討した結果を具体的に示すよう求める意見書をJR東海に送っている。それに対し、同年9月17日にはJR東海から公表する旨が環境影響評価書で示されている「可児市内大森発生土仮置き場」における環境の調査及び影響検討の結果と環境保全措置を具体化した内容を関係自治体に送付したと発表している。
2020年9月7日には、御嵩町においてはJR東海の打診に対してトンネルから出る発生土処分所の設置を環境保全策が不十分として受け入れられないとしている。しかし、2021年9月9日の報道では町長は「専門家の意見を聞いて、一定の理解はできた」と述べ、受け入れは「消極的賛成」としている。
2018年4月1日に春日井市の伊藤太市長は大深度地下使用について、環境に対する住民の不安を払拭するため地域住民と合意形成を図るとともに、十分な説明を行うこと、何らかの影響があった場合の事業者の補償を含めた対応を明らかにすること、評価書には評価の根拠となる数値等を具体的に掲載することを求め、事業計画の具体的な内容、浸水や火災などがあった場合の安全性、環境保全、騒音・振動、水質、地下水・水資源、地盤沈下、生態系などについて愛知県知事に意見を提出している。
2018年12月に「名城非常口」(愛知県名古屋市)で、地下水漏洩により工事が中断していることが2019年3月16日の報道で判明した。それ以前の2018年11月24日に「リニアを問う 愛知市民ネット」は愛知県・名古屋市に『大深度地下使用についての要望書』を提出していた。
静岡工区で着工が遅れ、開業が延期される可能性が出て来たことから、愛知県の大村秀章知事は2019年6月5日に中部圏知事会議の席で静岡県の川勝平太知事に「(JR東海に)意見を言ってもできることとできないことがある。JRとよく話し合ってほしい」と伝え、6月10日の定例会見で開業時期が遅れることは「到底受け入れられない」と訴え、国との調整を望む考えを示したことに対して、6月11日の定例会見で川勝平太知事が「(リニア新幹線は)国の事業ではない。JR東海の事業計画で国が認可しているということだ」と述べ、当事者は静岡県とJR東海であると強調し、「私の立場としては南アルプスを大事にしたい」と愛知県との立場の違いを主張している。
2019年1月10日には東京都大田区の沿線住民が国土交通省に「JR東海の説明は不十分だ」として、大深度地下の使用許可の認可取り消しを審査請求した。神奈川県でも同月21日の報道では「住宅地の地下で工事が行われることになり、地盤の陥没や有害物質の排出が懸念される」として同様に認可取り消しの請求を行っている。
2014年4月23日に、JR東海はリニア中央新幹線の環境影響評価書を国土交通大臣に送付したが、環境省はこれを審査し、同年6月5日に石原伸晃環境大臣(当時)が意見を太田昭宏国土交通大臣(当時)に提出した。この中では、リニア新幹線計画全体について、「その事業規模の大きさから、本事業の工事及び供用時に生じる環境影響を、最大限、回避、低減するとしても、なお、相当な環境負荷が生じることは否めない」と指摘している。地下水の問題については「本事業のほとんどの区間はトンネルで通過することとなっているが、多くの水系を横切ることとなることから、地下水がトンネル湧水として発生し、地下水位の低下、河川流量の減少及び枯渇を招き、ひいては河川の生態系に不可逆的な影響を与える可能性が高い」とした上で、「水量の変化等、本事業が水資源に影響を及ぼす可能性が確認された場合、応急対策を講じた上で恒久対策を講じること。また、湧水については水質、水量等を管理し、適正に処理すること」が勧告された。また、電力消費の問題については、「本事業の供用時には現時点で約27万 kWと試算される大量のエネルギーを必要としているが、現在我が国が、あらゆる政策手段を講じて地球温暖化対策に取り組んでいる状況下、これほどのエネルギー需要が増加することは看過できない」とした上で、再生可能エネルギーや省エネ設備の導入計画(できる限り定量的な削減目標)を策定し、計画的に温室効果ガス排出を削減することが勧告された。他にも、「南アルプス国立公園及び拡張予定地の影響をできる限り回避すること」や、発生土の抑制・管理計画、大気質、騒音、振動、土壌のモニタリングと措置などの点についても指摘されている。
JR東海は2017年(平成29年)6月までに、路線の工事の状況や沿線の事後調査・モニタリングを更新しており、その中では2015年(平成27年)・2016年(平成28年)度の環境調査の結果や岐阜県のウラン鉱床の調査についても公表している。大井川水系の問題に関しても、工事の影響による河川における静岡県静岡市葵区の流量調査を年2回から月1回に変更している。
2017年11月1日には山梨県南巨摩郡早川町での第四南巨摩トンネル新設工事における環境保全を一部更新している。
2018年1月18日には、工事業者の私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律(独占禁止法)違反について、工事契約手続きにおいて2017年12月25日分に加えて追加の対応を発表している。
2018年2月1日には「第一中京圏トンネル新設(西尾工区)工事」と「中央アルプストンネル(松川)外工事」における環境保全措置を公表すると発表している。
2018年2月21日には長野県下伊那郡大鹿村内発生土置き場(旧荒川荘)における環境調査・保全の概要が公表されている。
2018年3月20日には『大深度地下の公共的使用に関する特別措置法』に基づく、大深度地下使用の認可申請を行ったことと説明会を実施することを発表している。2018年5月に川崎市に行われた説明会資料も公開されている。
2018年9月14日には、静岡県・静岡市を始めとした関係自治体に対して作業員宿舎の工事の環境保全措置資料を送付し、静岡県・静岡市には工事着手前の事後調査報告書を提出している。
2018年12月には、第一中京圏トンネル新設(大森工区)の工事に当たり、『中央新幹線(東京都・名古屋市間)環境影響評価書【岐阜県】平成26年8月』に基づいた工事中の環境保全・事後調査・モニタリングにおける工事計画を公表している(2019年5月28日更新)。
2018年3月23日、東京地方検察庁特捜部は公正取引委員会からの告発を受け、談合を行ったとして大林組、清水建設、大成建設、鹿島建設の4社および大成建設・鹿島建設の担当者各1名を起訴した。中央新幹線品川駅・名古屋駅の建設工事に関して、事前に受注予定業者を決めるなどして競争を制限した疑い。起訴内容を認めた大林組と清水建設に対しては、2018年10月22日に罰金刑が下された。無罪を主張する大成建設・鹿島建設とその担当者各1名についても、2021年3月1日にそれぞれ有罪判決が下された。
独占禁止法に基づく談合事件に関する行政処分として、公正取引委員会による排除措置命令と課徴金納付命令があり、該当する工事を受注した大林組と清水建設に数億円から数十億円の課徴金が課されることが見込まれている。なお、2019年の独占禁止法改正により、これらの処分の除斥期間は違反行為がなくなった日から7年とされている。