中央新幹線
なお、2008年10月3日、同月4日付の『中日新聞』によるとCルート(南アルプスルート)が有力となっており、同月7日の『朝日新聞』によれば、JR東海は南アルプスルートで建設する方針を固め、2008年12月26日、葛西会長が東京都内で会見を行って「実現可能なのは直線ルートだけ」と強調した。
2020年11月1日の報道によると、JR東海が「(中央新幹線建設)工事に伴って大井川中・下流域の水資源の利用に影響を及ぼさないようにする」と主張してきた事に対して、静岡県はゼロリスクに否定的で、JR東海に対して工事によるリスクゼロが不可能なことを前提とし、環境への影響を回避・低減するように求めていると伝えている。
JR東海は、東京から名古屋までを建設する時点では、沿線の各県に1駅ずつ中間駅を建設する構想を示している。途中で通過する県は神奈川、山梨、長野、岐阜の4県で、これら各県でどこに中間駅を建設するかの検討・誘致が行われている。なお、JR東海の松本正之社長(当時)は1県に1駅ずつ設置するのが適切だとの考えを表明している。これに対し金子一義国土交通大臣(当時)は1県に1駅は合理的な判断と評価した。
2009年12月11日には中間駅の建設費として、1駅あたり地上駅は350億円(全体整備費は460億円)地下駅は2,200億円とする試算を公表した。また、神奈川県と奈良県は地下駅を想定していることも同時に公表した。JR東海は当初、これら中間駅の建設費用は全額の地元負担を要望していたが2011年11月21日、JR東海が全額負担することを表明した。また、2013年5月13日にはJR東海が用意する中間駅の地上駅のイメージを、同年7月24日には地下駅のイメージをそれぞれ公表したが、中間駅は待合室、切符売り場などが存在しないという既存駅と比較して簡略化した構造としている。
なお、東京都 - 愛知県間の正式なルートおよび詳細な駅位置については2013年秋に決定する見込みとしていたが、その後、JR東海は同年9月18日に発表することを公表し、予定通り18日に公表された。
基本計画当初から始点は東京都とされている。JR東海では始発駅の候補として東京駅、品川駅(いずれも東京都)、新横浜駅(横浜市)の3つを挙げていたが、品川駅とする方針を固めた。品川駅選定の理由は、地下空間が空いていた点と羽田空港へのアクセスを考慮したためであるが、さらに、JR東海が品川駅を東京でのターミナル駅に位置付けていることも関係する。なお東京駅は地下にJR東日本の在来線(京葉線、総武快速線、横須賀線)と地下鉄が入り組んでいるため、空間が空いていないと判断され、未調査で打ち切りになっているが、これについてはJR東日本への対抗意識があるのではないかという見方もある。品川駅に方針が固まったことで、東北・上越・北陸新幹線からの接続の悪さが指摘されている。その後、JR東海が進める案では、品川駅付近に南北方向で設置することが発表された。中央新幹線の品川駅は東海道新幹線の駅と東側道路の下に設けることが公表されている。工事に際して工事用車両をその都度大井車両基地との間で回送させる時間を節約するため、品川駅の東京駅寄りにある引込線に留置させ、その脇にある東京保線所から一部の資材を搬入したり、品川駅プラットホーム下を資材や工具の仮置き場としたりするなどの工夫が採られている。
非常口については、2018年11月28日に品川区北品川の「北品川非常口」工事現場を報道初公開した。
神奈川県においては、相模原市付近を通過することが想定されており、橋本駅付近に新駅の設置が計画されている。橋本駅は県の「北のゲート」としての構想から、相模線の複線化、相模線倉見駅への東海道新幹線の新駅設置とともに検討が行われている。また松沢成文前神奈川県知事はアクセスのよい橋本駅への設置が望ましいとの考えを示した。なお橋本駅以外にも、在日米軍相模総合補給廠の一部返還が予定される相模原駅にも小田急電鉄多摩線の延伸とともにリニア中央新幹線の誘致も求める声があったが、この案の場合米軍補給廠の真下を横断することとなり、安全保障上の観点から米軍の同意を取り付けることは非現実的であり、立ち消えとなった。
一方で2200億円に上る駅建設費の地元負担に対し松沢前神奈川県知事および加山俊夫相模原市長はともに負担できないとし、国などに負担を求めることを明らかにしている。また、橋本地区は東京都に隣接した地域にあり、八王子駅や多摩ニュータウンにも近く、駅の設置は多摩地域を中心とした東京都にも恩恵が大きいと考えられることから、地元負担が発生した場合は東京都にも負担を求める声も挙がっている。その後JR東海が進める案では、相模原市の緑区に地下駅で設置することが発表された。橋本駅(緑区)南口に隣接する神奈川県立相原高等学校を西約3キロの位置にある職業能力開発総合大学校移転後のキャンパス跡地に移転させ、2019年(平成31年)春より開校予定。その後、相原高等学校跡地に駅を建設することが予定されている。相模原市役所でも2016年2月の「広域交流拠点整備計画」で明らかにし、同年3月3日付で具体的に答申している。
山梨県においては、都留市を中心とする郡内地域、笛吹市を中心とする峡東地域、甲府市に近い峡中地域、市川三郷町など峡南地域の4地域が誘致に名乗りを上げた。郡内地域は実験センターに既に設置されているプラットフォームを有効活用できるとしたが、同時に富士五湖方面への支線建設を要求した。峡東地域は、リニア実験線建設に際して出た残土の捨て場があり、用地買収のコストが必要ないとされた。峡中地域は4地域の中で甲府市に最も近く、周辺人口が多いという利点がある。峡南地域はJR身延線や中部横断自動車道との連絡が良い。このうち、峡南地域は建設ルートが南アルプスルートになった場合にのみ可能性があると見られていた。横内正明知事は甲府盆地の市街地を縦断するAおよびBルートに対し、用地買収の困難さ、振動騒音などの環境問題、並行する中央本線の特急列車の本数が減るなどの問題が生じるとして、直線のCルート支持を表明した。
JR東海はその後、4地域を比較検討した結果、峡中地域に約20 mの高さで設置するという計画を発表した。2011年9月6日、甲府市、甲斐市、中央市、昭和町の4市町長ら「甲府圏域建設促進協議会」が横内県知事に、中央自動車道のスマートインターチェンジが設置される予定の甲府市大津町周辺、JR身延線小井川駅近くの中央市上三條周辺2か所を候補地として提示。県主導でこの提案を基に詳細な位置を絞り込み、同年内に決定する方針を明らかにした。同年10月にNHKが報道したところによると、山梨県は候補地を(小井川駅付近ではなく)甲府市の大津町周辺とする方針を固めたとされる。
2013年にJR東海が明らかにした計画では、山梨県の駅としては甲府市大津町付近とされ、2018年3月30日に甲府市役所がリニア駅を含めたエリア別の『甲府市都市計画マスタープラン』を発表している。但し2019年2月より知事に就任した長崎幸太郎は「(小井川駅付近で)身延線に接続できれば(甲府駅まで)10分で行ける」とし、位置を含めた計画の見直しを示唆し、県として小井川駅周辺と甲府市大津町周辺の比較検証を開始。2019年10月、甲府市は市内の大津町周辺が優位とする独自の検証結果を公表した。
長野県ではルート決定まで、諏訪市・茅野市・松本市といった中信地域にメリットの見込める伊那谷ルート(Bルート)で建設されることを軸とし、他の地域にも配慮した県内に複数の駅を設置することなどを強く要求していた。しかし、これがJR東海の推進する南アルプスルート(Cルート)案と1県1駅案に対立する構図を生むことになり、最悪の場合には長野県は迂回されるという代替案が挙がるまでになっていた。さらにCルート上では順当に駅の設置が予想されている飯田市・下伊那地区を中心とした南信地域の要望が、県の総意とするものと異なることに危惧した村井仁長野県知事(当時)は、2010年6月の小委員会で特定ルートの要望をせず事実上の方針転換の姿勢をみせた。また、同じくルート選定に関わる山梨県の横内知事が正式にCルート案を支持する姿勢をみせるなど、Cルート案の現実性がさらに高まった。これには、長野県が従来のような主張を続けた場合、JR東海、並びに沿線となる他県との意見の相違によって、リニア中央新幹線の誘致で孤立化するのは得策ではないと判断したのが背景にあるとされた。
また、Cルート上の飯田市は一時、飯田駅へのリニア駅併設を要望していた。しかし、JR東海側は用地買収の問題などから併設は困難とし、当初北隣の高森町内に駅を設置する案を提示していた。これに加えて、地元の要望を受けて同町と接する飯田市座光寺地区への設置という折衷的な案等、複数の案を長野県側に提示した。それを受け飯田市はJR東海案を受け入れ、長野県内のリニア駅は飯田市座光寺地区に造ることで決着した。東京都 - 愛知県の区間で唯一ルートと駅の案が発表されていなかった長野県でも、2011年8月5日にJR東海から発表され、駅予定地は飯田駅付近ではなく、飯田市座光寺地区と高森町を含む「天竜川右岸平地」とされた。その後の報道では、座光寺地区には遺跡群(史跡恒川官衙遺跡)があることから、ルートを遺跡群の南側に変更したため、元善光寺駅南西1 kmの飯田市座光寺・上郷飯沼地区に設置されると報道されており、飯田線の伊那上郷駅 - 元善光寺駅間に新駅を設置することも検討されている。飯田線に新駅を設置する構想に関し、2020年10月18日投開票の飯田市長選挙にて初当選した佐藤健は、地元負担での新駅建設は取りやめる、と明言、リニア駅との接続については元善光寺駅と新交通システムを活用する、との考えを示した。長野県及び近隣自治体に説明の上、合意形成に努めるという。
2013年にJR東海が明らかにした計画では、長野県の駅は飯田市上郷飯沼付近とされた。移転が必要となる住民には、2018年8月1日に移転可能な代替地情報の閲覧が開始される。2019年5月31日には飯田市は代替地造成を計画している地区のうち2.5ヘクタールを5億3000万円で取得をするための議案を、2019年6月市議会に提出することとした。
また、飯田市により駅周辺整備が進められており、駅前広場のイメージも公表されている。
岐阜県では、東側から中津川市、恵那市、瑞浪市、土岐市、多治見市などを通過する。これら5市は合同で東濃地区への駅設置を求めており、これらのどこかに1駅建設されると考えられていた。その後JR東海が発表した案では中津川市西部とされた。岐阜県などによる建設促進県期成同盟会は美乃坂本駅への併設または近接地への駅設置をJR東海に求めている。2013年にJR東海が明らかにした計画では、岐阜県の駅としては美乃坂本駅に近い中津川市千旦林付近とされた。
2015年4月27日にリニア中心線測量を中津川市山口から開始した。JR東海が利用権を設定するトンネル区間であり、測量結果から路線を確定し地元への説明を経て用地取得をする予定である。
2017年6月2日に中津川市役所でも岐阜県駅の位置について同様の発表をしている。
基本計画当初より名古屋市附近が念頭に置かれており、名古屋駅近辺を要望している。JR東海は、将来の関西圏への延伸まで一部の乗客が行う既存新幹線との相互乗り換えに配慮し名古屋駅新幹線ホーム直下の大深度に新駅を建設した場合に乗り換えに掛かる移動時間が3分から9分であると試算報告し、既存の名古屋駅を拡張する計画である。その後JR東海が進める案では、名古屋駅直下に東西方向で「ターミナル駅」を設置することが発表された。
2015年3月31日より名古屋駅周辺で測量が始まった。JR東海は2015年秋に名古屋ターミナル駅の本格工事に着手する考えとして、地元の理解を得た上で測量作業を進めたいとした。
2016年12月にJR東海は『中央新幹線名古屋駅新設(中央東工区・中央西工区)工事における環境保全について』を公表した。
2019年3月7日、名古屋駅北側にある工事現場が初公開された。名古屋駅では在来線から新幹線まで横断するような地上工事が始まっており、在来線ホームの一部を使用中止にしたほか、新幹線ホームでは直下での工事のため軌道に沈下などのひずみが生じていないかを常時観測するセンサーを新幹線軌道に設置した。
一方で中村区椿町界隈は再開発の対象となり、地下新駅建設が地表からの開削工事となるため用地買収が進められているが、立ち退き交渉が難航している既存建物もあり、買収済用地(建築物解体済)の空き地が点在している状態にある。
名古屋以西のルートについてはルート自体が決定されていないため、関西地方各地でルート選定も絡んだ中間駅の誘致運動が2020年時点も行われている。
三重県においては、リニア中央エクスプレス建設促進三重県期成同盟会が県内停車駅の設置を要望しており、中でも亀山市は「リニア中央新幹線・JR複線電化推進亀山市民会議」を中心に駅の誘致運動を行っているほか、リニア中央新幹線亀山駅整備基金の積み立てを行っている。亀山市は関西本線、紀勢本線、新名神高速道路、東名阪自動車道、伊勢自動車道、名阪国道、鈴鹿亀山道路、国道1号など、交通の要となる市である。
三重県では2020年7月より、「リニア三重駅」の設置場所について各自治体の意見を聞いていたが、翌年1月になって鈴木英敬知事より亀山市以外に誘致を希望する自治体がなかったことを理由に同市に誘致する意向が表明された。
基本計画当初より「奈良市附近」が経由地となることが計画されている。計画策定には当時(第2次田中角栄内閣)の新谷寅三郎運輸大臣の功績が大きいとされ、奈良県を中心に「リニア奈良駅」の設置を要望している。JR東海は駅の設置場所について「奈良、生駒、大和郡山、天理の各市と周辺市町とを含む範囲」を想定している。
しかし、奈良県内においては、奈良、生駒、大和郡山、天理の4市が「リニア奈良駅」の誘致を巡って対立していた。このうち、奈良市は奈良県の最大都市であり県庁所在地であること、生駒市は関西文化学術研究都市の中心部に近く大学や研究機関の集積があること、大和郡山市は奈良盆地の中央にあって交通の便がよい上に奈良県中南部やさらには紀伊半島全体にも波及効果があること、天理市は西名阪自動車道や京奈和自動車道のインターチェンジに近い交通上の利点があることを強調している。さらに新駅の候補地として、奈良市ではJR奈良駅や近鉄奈良駅または近鉄新大宮駅がある奈良市街地中心部と、奈良市街地の北郊で京都府との府県境附近にあたるJR関西本線の平城山駅の二つを挙げており、大和郡山市ではJRと近鉄の交点付近を挙げている。2018年4月現在は奈良、生駒、大和郡山の3市に中間駅設置の要望箇所が絞られている。
2013年12月26日、奈良県内の33市町村と県議会議員15人が参加して「『奈良県にリニアを!』の会」(世話人代表は橿原市長、世話人は御所市長、高取町長、上牧町長)を結成し、「リニア奈良駅」の誘致先を大和郡山市とするように奈良県知事に要望した。これに先立つ12月18日、天理市は「リニア奈良駅」誘致から撤退する方針を表明し、「『奈良県にリニアを!』の会」に同調した。しかしこの会が要望を出すにあたって、同じく「リニア奈良駅」の誘致を進めている奈良・生駒両市に対する事前打診は行われず、この両市は反発している事からも、県内での足並みは揃っているとは言えない現状である。
また2019年4月7日に、奈良県知事選に立候補した荒井正吾が、同県内に設置予定のリニア奈良駅から、奈良県の大和高田市、御所市、五條市と、和歌山県橋本市に途中駅を設けて、関西国際空港にまで至る支線を建設することを公約に掲げて当選。奈良県は2019年6月13日発表した一般会計6月補正予算案に調査・検討費用を計上した(後述)。
現在検討されているルートは滋賀県を経由していない。しかしながら、中間駅が京都府内に設置された場合、同県に中間駅の期待もある。
2012年3月25日の関西広域連合委員会にて、当時の嘉田由紀子滋賀県知事は京都駅経由のルートを支持し、会合後に「中間駅の期待もある」と発言した。
一方、2014年7月13日に投開票が行われ当選した三日月大造滋賀県知事は、同年10月20日の定例会見において「何でもかんでも京都でなくてもいいのではないか」と述べ、奈良市付近とされているルートが望ましいとの考えを示した。
現在検討されている計画では京都府に駅は作られないが、京都府では京都駅などへの誘致が行われている。京都府リニア中央新幹線推進協議会では、名古屋・大阪間のルートが「リニアではなく、時速250kmの新幹線を前提とした、東海道新幹線の老朽化等に備えた代替ルート、『第二東海道新幹線』として決定されたもの」であり、「日本にとって最適なルート」として京都を経由することを求めており、さもなくば「『リニアは通らず、のぞみも減る』ことになり、京都の産業や観光への影響が大きい」としている。京都市長の門川大作は「JR東海さんは可能性がないということを言われていますが、要望し続けていきたい」と述べ、京都駅経由を主張している。
1990年から京都府中央リニアエクスプレス推進協議会などが活動していたが、2012年に京都府は経済効果が高いとして国とJR東海に再考を働きかけることを発表し、関西広域連合委員会で議題となった。下記の試算と方針が公表された。
新たな交通の大動脈となるルートは、日本全体にとって最適なルートで整備されるべきであり、名古屋・大阪間のルートについての比較分析を早期に実施したうえで、「京都駅ルート」を実現すること。
整備効果を最大限発揮させるために、東京・名古屋間に遅れることなく、国家プロジェクトとして全線を一体的かつ早期に完成させるとともに、関西国際空港へのアクセス改善を図ること。
これに対し、JR東海は「われわれに求めるのは筋違い」と述べ、京都駅経由を考えていないことを表明しており、周辺府県および市町村の首長からも奈良ルート支持が多勢を占めている状況にある。
ただし、現在有力候補として検討されているルートは奈良市附近であり、JR東海も奈良市に隣接する京都府南部を経由する可能性に含みを残している。2013年、京都府南部にある相楽郡精華町の町議会は、中間駅を精華町を含む関西文化学術研究都市の中心部に設置することを求める決議案を可決し、翌年に議長が京都府町村議会議長会の会長として「リニア中央新幹線の京都誘致に向けた決起会」に出席した。
基本計画当初より大阪市が終点となることが計画されており、山陽・九州方面への乗り継ぎの利便性などから新大阪駅に乗り入れの意向がJR東海によって示されている。一方、橋下徹大阪市長が代表の地域政党「大阪維新の会」は、マニフェストで「リニアの駅を梅田北ヤードに誘致する」ことを挙げていたが、2012年4月20日の大阪府知事、大阪市長、関西経済3団体トップの意見交換会において、「東京・大阪間の早期着工を求めるには新大阪駅乗り入れの方が説得力がある」という方針で一致した。2013年12月には在阪経済4団体と関西広域連合が大阪までの同時開業を求める決起大会を行った。
国土交通省中央新幹線小委員会委員として、中央新幹線計画の策定にあたった東京女子大学の竹内健蔵教授(交通経済学)は、東海道新幹線は老朽化しており、災害で停止する危険性があるため、2本目の路線を整備する必要性があるとする。一方で同教授は、衆議院国土交通委員会に参考人として出席した際に、「単にリニアの駅ができれば客が集まるわけではなく、下車したくなる魅力ある街づくりが必要だ」と、地域活性化に対する効果については限定的であるとの見方を示した。
リニア中央新幹線計画は、事業規模や建設費等が日本有数の巨大プロジェクトであり、また、超電導リニアというこれまでに類を見ない技術を導入する交通機関だけに、計画そのものの採算性や環境適応性などに関する懸念や批判、反対の声も存在している。
2014年7月15日には、日本科学者会議 (JSA) が当路線の撤回・中止を求める声明を出している。
沿線住民の市民団体は連携して「」として活動している。また、JR東海労働組合もリニア計画反対を表明している。2014年8月27日には日本共産党も議員チーム「リニア中央新幹線問題プロジェクトチーム」を結成している。
自主的な市民運動としては、山梨県中央市で立ち木トラスト運動が実施されている。
2017年6月1日には、北陸新幹線の長野駅 - 飯山駅間の高丘トンネル(長野県中野市)のトンネル工事にて、周辺の住宅の88世帯182棟にゆがみ・傾きが発生したことが明らかになっており、「トンネル工事で建物に影響が及ぶのは珍しいことではない。補償の詳細は住民のプライバシーもあり、明らかにできない」と独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が回答している。それに対し愛知県春日井市の市民団体「春日井リニアを問う会」は、先の整備新幹線での被害住民に対する不透明な回答やラドンの問題も含めた工事対応への不信感を表明した。
そこで「リニア新幹線沿線住民ネットワーク」は、採算面・安全性・環境面の問題でリニア着工認可の取り消しを求める訴訟を2016年5月20日に東京地方裁判所に起こすことを明らかにした(平成28年(行ウ)第211号 工事実施計画認可取消請求事件)。第1回口頭弁論は2016年9月24日に開催している。また、第1-9回口頭弁論の争点を2018年3月23日に原告弁護士団でまとめている。JR東海の環境影響評価における不備から環境影響評価法33条違反での認可取消を第13回の口頭弁論を通じて訴えている。
2017年9月8日の第6回口頭弁論では大井川水系の源流部を路線予定地としているが、元々該当水系では渇水問題があると指摘された。なお、この点については、(裁判には参加していない)静岡県とJR東海との間で対立が大きくなっている(後述)。
2018年6月25日の第10回口頭弁論では、まずは日照問題・騒音問題を生活環境問題をはじめ、車両基地での発生土の大量産出を含めた発生土の問題を指摘している。2017年12月21日には長野県上伊那郡中川村で県道59号松川インター大鹿線で路線工事による土砂崩落が発生した上でJR東海側は謝罪をしており、今後の工事における事故の危険性を指摘している。更には、東海道新幹線においても東海道新幹線火災事件・のぞみ265号殺人事件における乗客の危機管理も指摘しており、計画に当該の危機管理での修正が行われておらず、トンネルで閉鎖的な環境になり避難の際に非常口が限られていることへの危機感を述べた。
2018年9月14日の第11回口頭弁論では、山梨実験線の環境影響報告が未だに不十分であることや静岡県でのJR東海の工事計画について指摘している。裁判長も「この工事の認可が抽象的な議論で認可された。」と感想を述べており、国の認定が甘い判断と基準で行われたとの印象を明らにした。
2018年11月30日の第12回口頭弁論では、愛知県・岐阜県での亜炭鉱跡やウラン鉱床を巡るアセスメントの違法性を指摘した。そして、長野県・東京都・神奈川県におけるアセスメントについても反論したいと申し出があったと述べられた。また、原告の適格についても調整・整理しており、次回の口頭弁論の際に主張する予定とした。報告集会では、山梨県立大学の当時の前学長(前理事長)である伊藤洋が講演でインパール作戦の例を挙げ、この中央新幹線の計画が無謀であることも指摘している。
2019年2月8日の第13回口頭弁論では、リニア工事の安全性は沿線住民に不安を与えるものであり、原告適格性の許容範囲を幅広く認めるべきと訴えた。次回の公判は2019年5月17日に決定した。弁論後の報告集会では初鹿明博、本村伸子、畑野君枝、井上哲士の国会議員(当時)4名から連帯の挨拶があり、その内の本村伸子、畑野君枝、井上哲士の3名で報告集会に参加しており、武蔵野大学工学部教授・阿部修治が「中央新幹線~限界技術のリスク」と題して講演を行った。
2018年5月29日にはリニア新幹線沿線住民ネットワークが「中央新幹線(品川・名古屋間)工事実施計画(その2)」について、認可取消の審査請求486通を国土交通省に提出している。その際、車両基地予定地にも地権者がいるが、電磁波問題の説明はいい加減であり、工事実施計画(その2)も環境アセスメントをするべきではないか、大深度地下使用許可申請の説明会の周知が不十分、担当職員を増やして迅速な審査を行うべきと主張している。また、2018年8月には「リニア新幹線工事実施計画(その2)」に対する訴訟の原告を募集している。2019年3月13日に「リニア新幹線工事実施計画(その2)」についても東京地方裁判所へ提訴した。この経緯により、2019年5月17日の第14回口頭弁論では先の認可取り消し訴訟(平成28年(行ウ)第211号 工事実施計画認可取消請求事件)と併合審理となった。2019年7月19日に第15回が行われた。公正審理を求める署名提出に加えて、原告適格・東京都と神奈川県の大深度地下法について意見陳述が行われた。2019年内の口頭弁論は10月11日に第16回、12月20日に第17回の実施が決定している。
2020年12月1日には当初の原告781人のうち532人について原告適格がないとして訴えを却下する中間判決が言い渡された。残る249人の原告適格は認められ審理が継続される。
2019年5月8日、山梨県南アルプス市の沿線住民ら8人がJR東海に対し、騒音や振動で住環境が悪化するなどとして、同市内の一部区間(約5 km)の工事差し止めおよび1人あたり100万円の慰謝料の支払いを求め、甲府地方裁判所に提訴した。原告側によると、用地の端から30 mまでの範囲について、騒音や振動、日照の阻害などに対する補償を求めて民事調停を申し立てていたが、不調に終わったという。
2020年10月30日、静岡県の利水者40人を含む82人がJR東海に対し、利水者の権利侵害や南アルプスの自然保護を主張する方針で、静岡県内区間 (10.7 km) の工事差し止めを求め、静岡地方裁判所に提訴する。
予定地沿線の東京都や各県・市町村などの地方自治体では以下の環境対応が行われている。
2019年6月25日には、JR東海が東京都環境影響評価条例に基づいた2017年(平成29年)度および2018年(平成30年)度の「事後調査報告書(工事の施行中その2)中央新幹線品川・名古屋間」を東京都知事に提出している。
「リニア新幹線を考える 高津・中原・宮前・麻生・多摩の会」が、2014年8月にJR東海の評価書での梶ヶ谷非常口及び資材搬入口新設工事における発生土の処理について、川崎市に「川崎市環境影響評価に関する条例(平成11年12月24日条例第48号)」に基いて陳情をしており、2014年11月11日のリニア事業中原区説明会でも川崎市リニア担当部は「JR東海の回答に納得していない」としている。それに対し、JR東海は2017年3月に工事説明会をしていると発表している。発生土の輸送については道路渋滞の回避を考慮して貨物列車を活用することになり、2017年3月30日に梶ヶ谷非常口と資材搬入口の工事が開始され、2017年5月26日には梶ヶ谷貨物ターミナル駅 - 扇町駅 - 三井埠頭間に、武蔵野南線・南武線(尻手短絡線・浜川崎支線)・鶴見線本線および三井埠頭専用線経由で運行する発生土運搬専用貨物列車の出発式がJR東海とJR貨物により行われた。ただし、梶ヶ谷非常口以外の他の箇所ではまだ発生土輸送の目処が立っておらず、大深度地下トンネル工事も含めた調整が必要となってくる。