東海道本線
12月1日:丹那トンネルが完成し、熱海駅 - 沼津駅間 (21.6 km) が電化複線で開業。国府津駅 - 御殿場駅 - 沼津駅間 (60.2 km) は御殿場線として分離。熱海線の国府津駅 - 熱海駅間 (26.9 km) とともに新規開業区間が東海道本線に組み込まれ、これにより東京駅 - 神戸駅が現在のルートで完成。函南駅・三島駅開業。江尻駅を清水駅に改称。品川駅 - 新鶴見操車場間に蛇窪信号場を、熱海駅 - 函南駅間に来宮信号場を開設。
12月5日:東山仮信号場が廃止。
1935年(昭和10年)
2月11日:貨物支線 汐留駅 - 東京市場駅間 (1.1 km) が開業。(貨)東京市場駅が開業。
3月30日:来宮信号場廃止。
7月15日:高島線 入江駅 - 千若信号場 - 瑞穂駅間 (2.8 km) が開業(入江駅 - 千若信号場間は本線と支線の重複区間)。(貨)瑞穂駅が開業。
10月23日:山崎駅 - 高槻駅間に桜井仮信号場を開設。
12月25日:摂津本山駅が開業。
1936年(昭和11年)
2月13日:新所原仮信号場を開設。
3月8日:桜井仮信号場が廃止。
12月1日:新所原仮信号場を駅に変更し新所原駅が開業。
1937年(昭和12年)
2月1日:名古屋駅付近高架化・経路変更。(貨)笹島駅が開業。
2月2日:栄生仮信号場が廃止。
3月15日:名古屋汎太平洋平和博覧会開催により、八幡信号場 - 名古屋港駅間に名古屋博覧会前駅が開業。
5月23日:東灘駅 - 神戸駅間が複々線化。
6月1日:名古屋博覧会前駅が廃止。
10月10日:京都駅 - 吹田駅間が電化。大阪駅 - 塚本駅間が複々線化。
1938年(昭和13年)
7月5日:阪神大水害が発生。神戸市内周辺の線路が冠水し、道床の流出箇所も多数。住吉駅では構内一帯が土砂や住宅の残骸などで埋まり、立往生中の急行列車も傾斜したまま泥土に埋没するなどの被害。
9月16日:西大路駅が開業。
12月1日:千里丘駅が開業。京都駅 - 梅小路駅間が複々線化。
1939年(昭和14年)
8月1日:品鶴線 品川駅 - 新鶴見操車場間が電化。
11月1日:小野浜駅に神戸港駅(こうべみなとえき)を併合 (-1.5 km)、小野浜駅が神戸港駅(こうべこうえき)に改称。
1940年(昭和15年)
4月1日:東淀川駅が開業。
6月1日:舞坂駅を舞阪駅に改称。
11月1日:共和駅が休止。
1942年(昭和17年)
1月15日:枇杷島駅 - 清洲駅間に五条川信号場を開設。
4月10日:大高駅 - 熱田駅間に笠寺仮信号場を開設。
6月28日:吹田駅 - 東淀川駅間に西吹田仮信号場を開設。
8月10日:名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋港駅間で旅客営業開始。八幡信号場 - 名古屋港駅間に東海橋乗降場が開業。
9月6日:西吹田仮信号場が廃止。
10月1日:宮原信号場が廃止。
10月10日:中泉駅を磐田駅に改称。
1943年(昭和18年)
6月1日:笠寺仮信号場を駅に変更し笠寺駅開業。
9月14日:貨物支線 川崎駅 - 浜川崎駅間に小田操車場を開設。
11月1日:新子安駅が開業。
1944年(昭和19年)
4月1日:決戦非常措置要綱に基づき東京駅 - 沼津駅間の通勤列車、短距離列車への二等車連結を廃止。
7月1日:清水港線 清水港駅 - 清水埠頭駅間改キロ (-0.2 km)、清水埠頭駅 - 三保駅間 (6.0 km) 延伸開業。*(貨)巴川口駅・*(貨)三保駅が開業。
10月11日:大垣駅 - 新垂井駅 - 関ヶ原駅間に下り列車用の迂回線 (13.8 km) が完成、同区間を下り本線とし垂井駅経由の下り本線を撤去。新垂井駅が開業。
12月1日:貨物支線(清水港線)を旅客営業開始に伴い清水港線 (8.3 km) として分離。(貨)山内町駅が(貨)横浜市場駅に改称。膳所駅 - 京都駅間が3線化(上り2線・下り1線)。
12月:用宗駅 - 焼津駅間の経路を石部トンネル経由から内陸側の日本坂トンネル経由に変更。
1945年(昭和20年)
1月1日:名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋港駅間の旅客営業が廃止。東海橋乗降場が廃止。
6月10日:西伊奈信号場を開設。
7月11日:共和駅が営業再開。
1946年(昭和21年)
6月28日:由比駅 - 興津駅間に洞仮信号場(2代目)を開設。
9月13日:洞仮信号場(2代目)が廃止。
11月1日:南荒尾信号場 - 垂井駅 - 関ケ原駅間の垂井線が開業(旧下り本線が復活)。
1947年(昭和22年)
4月11日:岸辺駅が開業。
7月1日:(貨)蛇松駅を(貨)沼津港駅に改称。沼津駅 - 沼津港駅間改キロ、0.2km短縮。
1948年(昭和23年)8月1日:西伊奈信号場を駅に変更し西小坂井駅が開業。御油駅を愛知御津駅に改称。
1949年(昭和24年)
1月1日:神埼駅を尼崎駅に改称。
2月1日:沼津駅 - 静岡駅間が電化。
5月20日:静岡駅 - 浜松駅間が電化。
7月12日:友田信号場が廃止。
9月15日:東田子の浦駅が開業。
10月27日:名古屋港線 名古屋駅 - 八幡信号場間に中日球場前乗車場(初代)が開業。
12月4日:中日球場前乗車場(2代目)が開業。初代・2代目とも1日限りの営業で、乗車のみ可能であった。
1950年(昭和25年)
5月20日:品川駅 - 新鶴見操車場間に丸子信号場を開設。
6月1日:貨物支線(西名古屋港線)笹島駅 - 西名古屋港駅間 (12.6 km) が開業。(貨)西名古屋港駅が開業。
1952年(昭和27年)11月15日:尾張一ノ宮駅を尾張一宮駅に改称。
1953年(昭和28年)
7月8日:三河大塚仮停車場が開業。
7月21日:浜松駅 - 名古屋駅間が電化。
11月11日:名古屋駅 - 稲沢駅間が電化。
1954年(昭和29年)
1月1日:名古屋港線(貨)堀川口駅が移転 (+1.5 km)。
4月15日:東京駅 - 有楽町駅間に1線増設し常磐線の電車が有楽町駅まで乗り入れ開始。
1955年(昭和30年)
1月17日:(貨)東高島駅が開業、千若信号場を統合。高島線 瑞穂駅への貨物支線の起点を入江駅から東高島駅に (-0.6 km)、横浜市場駅への貨物支線の起点を高島駅から東高島駅に (-1.4 km)、東神奈川駅からの貨物支線の終点を高島駅から東高島駅に変更 (-1.0 km)。
2月10日:宮原第一信号場 - 大阪駅間が複々線化。
7月20日:稲沢駅 - 垂井駅 - 米原駅間、大垣駅 - 新垂井駅 - 関ヶ原駅間が電化。
1956年(昭和31年)
4月10日:鈴川駅を吉原駅に、堀ノ内駅を菊川駅に改称。
11月19日:米原駅 - 京都駅間が電化され、東京駅 - 神戸駅間の電化完成。電化による牽引力増加のため膳所駅 - 京都駅間が3線から複線に戻る。東京駅 - 田町駅間を2線増設し6線化。常磐線電車の有楽町駅乗り入れ廃止。
1957年(昭和32年)
2月1日:名古屋港線 白鳥駅 - 名古屋市場 (1.2 km) 駅間が延伸開業。(貨)名古屋市場駅開業。
7月17日:丸子信号場が廃止。
9月25日:茨木駅 - 宮原第一信号場間が6線化。
1958年(昭和33年)
5月1日:高島線 東高島駅 - 瑞穂駅間 (2.2 km) が廃止(在日米軍専用線に転用)。(貨)瑞穂駅が廃止。
10月1日:美濃赤坂線、北方貨物線が電化。
1959年(昭和34年)4月1日:貨物支線 東神奈川駅 - 海神奈川駅間 (2.0 km)、高島線 東神奈川駅 - 東高島駅間 (1.5 km) が廃止。(貨)海神奈川駅が廃止。
1960年(昭和35年)3月1日:三河大塚仮停車場を駅に変更し三河大塚駅開業。
1961年(昭和36年)4月6日:貨物支線(梅田貨物線)吹田駅 - 梅田駅間 (7.6 km)、梅田駅 - 福島駅間 (1.0 km)、神戸臨港線 神戸港駅 - 湊川駅間 (2.4 km) に営業キロを設定。吹田駅 - 大阪駅 - 尼崎駅間の貨物営業が廃止。
1962年(昭和37年)
9月28日:用宗駅 - 焼津駅間の経路を日本坂トンネル経由から、改修した石部トンネル経由に変更。
10月1日:静岡操車場が開設。
10月10日:名古屋港線 名古屋駅 - 八幡信号場間に山王信号場を開設、名古屋駅 - 山王信号場間は中央本線と共用の複線となる。
1964年(昭和39年)
3月25日:貨物支線 浜川崎駅 - 塩浜操駅間 (4.9 km) が延伸開業。(貨)塩浜操駅(現在の川崎貨物駅)が開業。
4月21日:貨物支線 浜川崎駅 - 塩浜操駅間が電化。
5月19日:横浜駅 - 桜木町駅間 (2.0 km) を根岸線に編入。
6月1日:高島線 高島駅 - 桜木町駅間 (1.9 km) が開業。
1964年(昭和39年)
10月1日:東海道本線の輸送増強としての別線として建設された東海道新幹線が開業。新大阪駅が開業。
1965年(昭和40年)
3月18日:梅田貨物線 梅田駅 - 福島駅間改キロ (-0.1 km)。
7月:目黒川信号場・蛇窪信号場が廃止。
7月1日:高島線 横浜港駅 - 山下埠頭駅間 (2.0 km) 開業。(貨)山下埠頭駅開業。
10月1日:貨物支線 品川駅 - 汐留駅間および汐留駅 - 芝浦駅間を区間統合し、品川駅 - 芝浦駅間に表示を変更。
1966年(昭和41年)
11月20日:京都駅 - 向日町駅間で貨物線1線が増設され5線化。
12月24日:東刈谷駅が開業。
1967年(昭和42年)
3月20日:三ケ根駅が開業。
10月1日:貨物支線 尼崎駅 - 尼崎市場駅間 (1.5 km) が開業。静岡操車場を駅に変更し(貨)東静岡駅(現在の静岡貨物駅)が開業。(貨)尼崎市場駅が開業。
1968年(昭和43年)10月1日:新蒲原駅が開業。
1969年(昭和44年)
8月12日:瀬田駅が開業。
9月13日:梅田貨物線 吹田駅 - 梅田駅間が電化。
10月1日:(貨)湘南貨物駅が開業。袖師仮停車場を(臨)袖師駅に変更。
11月1日:貨物支線 膳所駅 - 浜大津駅間 (2.2 km) が廃止。(貨)浜大津駅が廃止。
1970年(昭和45年)
2月23日:膳所駅 - 京都駅間が複々線化。
3月9日:草津駅 - 膳所駅間が複々線化。
5月20日:(貨)西湘貨物駅が開業。
4月1日:梅田貨物線 梅田駅 - 福島駅間が電化。
6月1日:岩淵駅を富士川駅に改称。
9月15日:高島線 鶴見駅 - 桜木町駅間が電化。
1971年(昭和46年)
4月26日:(貨)西浜松駅が開業。
9月25日:(貨)相模貨物駅が開業。
10月1日:(臨)袖師駅が廃止。
1972年(昭和47年)
4月20日:神戸臨港線 神戸港駅 - 摩耶埠頭駅間 (4.5 km) が開業。(貨)摩耶埠頭駅が開業。
6月12日:根府川駅 - 真鶴駅間の経路を内陸側に移設し、現在の真鶴トンネル経由に変更。
10月1日:(貨)東灘駅を操車場に変更、東灘操車場が開設。神戸臨港線 東灘駅 - 神戸港駅間の起点を六甲道駅に変更 (+1.4 km)、灘駅 - 神戸港駅間 (4.3 km) にも営業キロ設定(六甲道駅 - 東灘操車場間、灘駅 - 東灘操車場間は本線との重複区間)。
1973年(昭和48年)10月1日:貨物支線(東海道貨物線) 汐留駅 - 東京貨物ターミナル駅 - 塩浜操駅間 (16.5 km) が開業。貨物支線 川崎駅 - 小田操車場 - 浜川崎駅間 (4.1 km) が廃止。塩浜操駅 - 浜川崎駅間改キロ (-0.1 km)。(貨)東京貨物ターミナル駅が開業。小田操車場が廃止。
1974年(昭和49年)
7月7日:静岡県内で七夕豪雨災害。由比駅 - 興津駅間で河川が氾濫して1万立方メートルの土砂が線路を埋めた。復旧までに6日を要し、同年7月6日開通。
9月1日:貨物支線 沼津駅 - 沼津港駅間 (3.0 km) が廃止。(貨)沼津港駅が廃止。
10月1日:六甲道駅 - 神戸港駅間の旅客営業廃止。梅田貨物線 吹田駅 - 梅田駅間および梅田駅 - 福島駅間を区間統合し表示を吹田駅 - 福島駅間に、神戸臨港線 六甲道駅 - 神戸港駅間および神戸港駅 - 湊川駅間を区間統合し表示を六甲道駅 - 湊川駅間に変更。
1976年(昭和51年)
3月1日:東海道貨物線 浜川崎駅 - 鶴見駅間 (5.3 km) が開業。塩浜操駅 - 浜川崎駅間改キロ (+0.5 km)。
3月16日:貨物支線 梅小路駅 - 京都市場駅間 (2.8 km) が開業。(貨)京都市場駅が開業。貨物支線 梅小路駅 - 丹波口駅間改キロ (+0.5 km)。
10月1日:東京駅 - 品川駅間の地下別線(総武快速線、のち横須賀線)が開業。
1978年(昭和53年)10月1日:名古屋港線 白鳥駅 - 名古屋市場駅間 (1.2 km) が廃止。(貨)名古屋市場駅が廃止。
1979年(昭和54年)10月1日:東海道貨物線 鶴見駅 - 横浜羽沢駅 - 戸塚駅間 (20.2 km) が開業。平塚駅 - 小田原駅間が複々線化。(貨)横浜羽沢駅が開業。(貨)東横浜駅を信号場に変更し東横浜信号場開設。東海道貨物線 汐留駅 - 浜川崎駅間および浜川崎駅 - 鶴見駅間を区間統合し表示を汐留駅 - 鶴見駅間に変更。
1980年(昭和55年)10月1日:新鶴見操車場 - 鶴見駅間複々線化、戸塚駅 - 大船駅間6線化。品鶴線 品川駅 - 鶴見駅間に横須賀線電車が乗り入れ旅客営業を開始(SM分離)。貨物支線 尼崎駅 - 尼崎市場駅間 (1.5 km)、名古屋港線 名古屋港駅 - 堀川口駅間 (3.4 km) が廃止。新川崎駅・東戸塚駅・*(貨)名古屋貨物ターミナル駅開業。(貨)堀川口駅・(貨)尼崎市場駅が廃止。
1981年(昭和56年)
1月30日:東横浜信号場が廃止。
4月1日:東灘操車場を信号場に変更、東灘信号場が開設。神戸臨港線 東灘信号場 - 神戸港駅間が電化。
6月30日:南彦根駅が開業。
1982年(昭和57年)11月15日:貨物支線 千里丘駅 - 吹田操車場 - 大阪貨物ターミナル駅間 (10.3 km) が開業、岸辺駅 - 吹田操車場 - 大阪貨物ターミナル駅間 (8.8 km) にも営業キロ設定(千里丘駅 - 吹田操車場間、吹田操車場 - 岸辺駅間は本線との重複区間)。高島線 高島駅 - 表高島駅間 (1.3 km)、東高島駅 - 横浜市場駅間 (1.2 km)、名古屋港線 名古屋駅 - 八幡信号場 - 白鳥駅間 (4.9 km) が廃止。(貨)大阪貨物ターミナル駅開業。(貨)表高島駅・(貨)横浜市場駅・(貨)白鳥駅廃止。横浜港駅を信号場に変更し横浜港信号場開設。品川駅 - 芝浦駅間を区間分離し表示を品川駅 - 汐留駅間および汐留駅 - 芝浦駅間に表示を変更。
1984年(昭和59年)2月1日:貨物支線 汐留駅 - 東京市場駅間 (1.1 km)、梅小路駅 - 京都市場駅間 (1.8 km) が廃止。(貨)東京市場駅・(貨)京都市場駅が廃止。新鶴見操車場・吹田操車場を信号場に変更し新鶴見信号場・吹田信号場開設。
1985年(昭和60年)
3月1日:貨物支線 汐留駅 - 芝浦駅間 (2.8 km) が廃止。(貨)芝浦駅廃止。
3月14日:神戸臨港線 神戸港駅 - 湊川駅間 (2.4 km) が廃止。安倍川駅が開業。(貨)入江駅・(貨)湊川駅が廃止。入江駅廃止により貨物支線 入江駅 - 新興駅間の起点を鶴見駅に、終点を東高島駅に変更 (+8.3 km)。東海道貨物線 品川駅 - 汐留駅間および汐留駅 - 鶴見駅間を区間統合し表示を品川駅 - 鶴見駅間に変更。
7月27日:東海道貨物線 品川駅 - 汐留駅間の旅客営業が再開(カートレイン九州運行開始に伴う)。
12月1日:(貨)湘南貨物駅が廃止。
1986年(昭和61年)
4月2日:西大井駅が開業。
4月26日:六合駅が開業。
11月1日:高島線 横浜港信号場 - 山下埠頭駅間 (2.0 km) 、神戸臨港線 神戸港駅 - 摩耶埠頭駅間 (4.5 km) が廃止。(貨)岐阜貨物ターミナル駅・西岐阜駅が開業。(貨)汐留駅・(貨)山下埠頭駅・(貨)笹島駅・新垂井駅・(貨)摩耶埠頭駅が廃止。(貨)高島駅を信号場に変更し高島信号場開設。汐留駅廃止により、品川駅 - 東京貨物ターミナル駅間改キロ (-6.8 km)。高島駅廃止により貨物支線 高島駅 - 桜木町駅間の起点を東高島駅に変更 (+1.0 km) 。笹島駅廃止により笹島駅 - 西名古屋港駅間の起点を名古屋駅に変更(改キロなし)。
1987年(昭和62年)
3月21日:片浜駅・西焼津駅が開業。
3月31日:高島線 高島駅 - 横浜港信号場間が廃止。高島信号場を駅に変更し高島駅再開業。横浜港信号場が廃止。高島駅再開業により貨物支線 東高島駅 - 桜木町駅間の起点を高島駅に戻す (-1.0 km)。西名古屋港線 名古屋駅 - 西名古屋港駅間で旅客営業開始(書類上)。
以降、【東】はJR東日本、【海】はJR東海、【西】はJR西日本、【貨】はJR貨物に関する出来事を表す。
1987年(昭和62年)
4月1日:国鉄分割民営化。東京駅 - 熱海駅間など計176.2 kmを東日本旅客鉄道が、熱海駅 - 米原駅間など計372.7 kmを東海旅客鉄道が、米原駅 - 神戸駅間など計166.1 kmを西日本旅客鉄道が、貨物支線3線区計18.3 kmを日本貨物鉄道が継承。
東海道貨物線 品川駅 - 東京貨物ターミナル駅間改キロ (+4.4 km)。品川駅 - 鶴見駅間の区間を分割し、品川駅 - 浜川崎駅、鶴見駅 - 八丁畷駅間とする (-3.0 km)。鶴見駅 - 横浜羽沢駅 - 戸塚駅間の終点を東戸塚駅に変更(実態は変わらないが、これにより東戸塚駅 - 戸塚駅間が6線となる。-4.2 km)、名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋港駅間の起点を山王信号場に (-1.8 km)、貨物支線 千里丘駅 - 大阪貨物ターミナル駅間の起点を吹田信号場に (-1.6 km)、神戸臨港線 六甲道駅 - 神戸港駅間の起点を東灘信号場に変更 (-1.4 km)。
高島線 鶴見駅 - 高島駅間および高島駅 - 桜木町駅間を区間統合し表示を鶴見駅 - 桜木町駅間に変更。
高島線 鶴見駅 - 新興駅 - 東高島駅間 (11.0 km)、貨物支線 岸辺駅 - 大阪貨物ターミナル駅間 (8.8 km)、神戸臨港線 灘駅 - 神戸港駅間 (4.3 km) の営業キロ設定を廃止。
東海道貨物線 品川駅 - 浜川崎駅間、鶴見駅 - 八丁畷駅間、鶴見駅 - 横浜羽沢駅 - 東戸塚駅間、高島線 高島駅 - 桜木町駅間、貨物支線 梅小路駅 - 丹波口、北方貨物線 吹田駅 - 尼崎駅間、梅田貨物線 吹田駅 - 梅田駅 - 福島駅間で旅客営業開始。品川駅 - 東京貨物ターミナル駅間の貨物営業廃止。
大垣駅 - (新垂井)駅 - 関ヶ原駅間の下り専用線が本線であったのを、大垣駅 - 垂井駅 - 関ヶ原駅間の下り線を本線扱いに変更。大垣駅 - (新垂井)駅 - 関ヶ原駅間は支線となる。
7月1日:【海】第二種鉄道事業が開業(山王信号場 - 名古屋港駅間 6.2 km)。(臨)ナゴヤ球場正門前駅が開業。
1988年(昭和63年)
3月13日:【海】西岡崎駅・三河安城駅・逢妻駅が開業。
11月16日:【海】三河塩津駅が開業。
1989年(平成元年)
3月25日:横浜博覧会開催中に、山下臨港線 横浜港駅 - 山下埠頭駅間の廃線跡を利用し、横浜博覧会協会臨港線として日本丸駅 - 山下公園駅間で列車運行(同年10月1日まで)。
7月9日:【海】金山駅に東海道本線ホーム開業。金山駅 - 名古屋駅間が中央本線との重複区間となる。
1990年(平成2年)3月10日:
【西】貨物支線 梅小路駅 - 丹波口駅間が電化。
【貨】塩浜操駅を川崎貨物駅に改称。
1991年(平成3年)
3月16日:【西】栗東駅が開業。
12月14日:【海】豊田町駅が開業。
1993年(平成5年)3月18日:【貨】東静岡駅を静岡貨物駅に改称。
1994年(平成6年)
9月4日:【西】南草津駅が開業。
10月8日:【海】第二種鉄道事業(山王信号場 - 名古屋港駅間 6.2 km)廃止。(臨)ナゴヤ球場正門前駅が廃止。
1995年(平成7年)
1月17日:【西】阪神・淡路大震災により、大阪駅 - 神戸駅間が不通となる。翌日、一部区間で運行再開。以後段階的に開通し、不通区間を解消。
2月27日:【貨】高島駅が廃止。
3月16日:【海】尾頭橋駅が開業。
4月1日:【西】最後まで不通であった住吉駅 - 灘駅間が復旧したことにより全通。
9月1日:【西】神足駅を長岡京駅に改称。
1996年(平成8年)10月1日:
【東】東海道貨物線 品川駅 - 浜松町駅間 (3.7 km) 廃止。
【西】甲南山手駅が開業。
1998年(平成10年)
1月30日:【東】東海道貨物線 浜松町駅 - 東京貨物ターミナル駅間が休止。
3月30日:【海】西名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋貨物ターミナル駅間、稲沢線 名古屋駅 - 稲沢駅間が電化。
6月1日:【西】宮原操車場が宮原運転所と統合され宮原総合運転所となる(停車場としての宮原操車場は現存)。
10月30日:【海】東静岡駅(旅客駅)が開業。
2001年(平成13年)
3月31日:【海】西名古屋港線 名古屋貨物ターミナル駅 - 西名古屋港駅間 (8.7 km) が廃止。西名古屋港駅が廃止。
4月22日:【海】愛野駅が開業。
12月1日:【東】湘南新宿ライン運行開始。
2003年(平成15年)
3月31日:【海】西名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋貨物ターミナル駅間改キロ(3.9 km→7.0 km)。
12月1日:【貨】神戸港臨港線 東灘信号場 - 神戸港駅間 (3.4 km) が廃止。神戸港駅が廃止。
2004年(平成16年)10月6日:【海】西名古屋港線 名古屋駅 - 名古屋貨物ターミナル駅間が名古屋臨海高速鉄道に転換。
2006年(平成18年)4月1日:【貨】第二種鉄道事業(梅小路駅 - 丹波口駅間 3.3 km)が廃止。
2007年(平成19年)3月18日:
【海】野田新町駅が開業。
【西】さくら夙川駅が開業。西ノ宮駅を西宮駅に改称。
2008年(平成20年)
3月15日:【西】島本駅が開業。
10月18日:【西】桂川駅が開業。
2009年(平成21年)3月14日:【海】南大高駅が開業。
2010年(平成22年)
3月13日:【東】品鶴線に武蔵小杉駅横須賀線ホームが開業。
月日不明:【貨】新興駅が廃止。
2011年(平成23年)3月12日:【貨】梅小路駅を京都貨物駅に改称。
2012年(平成24年)
3月17日:【海】相見駅が開業。
10月8日:【西】営業開始前の吹田貨物ターミナル駅を信号場に準じた扱いで供用開始。北方貨物線 吹田駅 - 尼崎駅間の起点を吹田貨物ターミナル駅に変更 (JR西日本のみ+1.5 km)。
2013年(平成25年)
3月16日:【貨】吹田貨物ターミナル駅が正式開業し、貨物駅としての営業を開始。梅田貨物線 吹田駅 - 福島駅間の起点を吹田貨物ターミナル駅に変更 (JR貨物のみ+1.5 km)。同時に吹田信号場が吹田貨物ターミナル駅に統合され、貨物支線 吹田信号場 - 大阪貨物ターミナル駅間の起点も吹田貨物ターミナル駅となる(改キロはなし)。
4月1日:【貨】【西】(貨)梅田駅が廃止され、梅田信号場となる。
2014年(平成26年) 10月6日:【海】台風18号による土砂災害で熱海駅 - 豊橋駅間が不通となる。7日には富士駅 - 興津駅間除き復旧、10日には富士駅 - 由比駅間が、16日には全線が復旧。
2015年(平成27年)3月14日:【東】上野東京ライン開業に伴い東京駅経由で東北本線・高崎線・常磐線と直通運転開始。
2016年(平成28年)
2月28日:【西】梅小路 - 丹波口間が廃止される。
3月26日:【西】摩耶駅が開業。
9月30日:【東】東海道貨物線 浜松町駅 - 東京貨物ターミナル駅間改キロ(7.7 km→7.1 km)。
2018年(平成30年)3月17日:【西】JR総持寺駅が開業。
2019年(令和元年)
月日不明:【貨】高島線 鶴見駅 - (旧)新興駅 - 桜木町駅間の区間表示を、鶴見駅 - 東高島駅 - 桜木町駅間に変更 (11.2 km→8.5 km)。新興駅廃止により事実上廃線となっていた旧・入江駅 - 旧・新興駅間の営業キロ設定を正式に廃止。
11月30日:【東】品鶴線・東海道貨物線の旧蛇窪信号場 - 鶴見駅(通過) - 横浜羽沢駅間に相鉄・JR直通線として埼京線・相鉄新横浜線・本線直通電車が乗り入れ開始。羽沢横浜国大駅が開業しJR東日本と相鉄との境界駅となる。
2020年(令和2年)3月14日:
【東】高輪ゲートウェイ駅(山手線・京浜東北線)が開業。
【海】御厨駅が開業。
2023年(令和5年)
2月13日:【西】梅田貨物線の新大阪駅 - 福島駅間が地下化。梅田信号場は前日の2月12日を以って廃止とし、新駅(大阪駅地下ホーム)の開業までは同駅構内を信号場と同じ扱いで運用。
3月18日:【西】梅田貨物線 旧・梅田信号場の地点に大阪駅地下ホームが開業。
2031年(令和13年頃):【東】東京駅 - 田町駅間列車線、大汐線の田町駅 - 東京貨物ターミナル駅間(営業再開)及び新設支線東京貨物ターミナル駅 - 羽田空港新駅(仮称)間の3区間を運行する羽田空港アクセス線東山手ルート(仮称)開業。
2032年(令和14年)頃:【東】大船駅 - 藤沢駅間に村岡新駅(仮称)が開業。
※現在の日時より未来の日時で記されている事項は予定である。
東海道本線全線の運行形態の概要を以下に示す。
1964年の東海道新幹線開業前は、「つばめ」・「はと」・「こだま」をはじめとする優等列車(特急・急行・準急)が多数運転されており、沿線の各都市間を結んでいた。しかし、東海道新幹線の開業後は、都市間連絡鉄道としての機能を新幹線に譲ったため、当路線内のみの優等列車は縮小され、国鉄時代から準急・急行・特急と種別を変えながら最後まで残った「東海」も2007年に廃止された。現在では当路線全線を通して運転する昼行優等列車は設定されておらず、線内のみを運転する優等列車はJR発足後にホームライナーを置き換えた通勤特急「湘南」・「びわこエクスプレス」のみとなっている。一方、当路線の一部区間を経由して伊豆半島・甲信地方・岐阜県飛騨地方・北陸地方・北近畿・山陰地方など他路線沿線へ向かう優等列車は現在に至るまで存続し、さらにJR発足後には貨物線などの有効活用によって、新たに南紀方面の列車や成田国際空港・関西国際空港へのアクセス特急が乗り入れるようになった。
三島駅から富士駅までおよび静岡駅から名古屋駅までの区間には定期昼行特急列車の設定がない。一方沼津駅から浜松駅までと名古屋駅から大垣駅までにかけては乗車整理券制のホームライナー(正式には普通列車であり、優等列車ではない)が運転されている。
夜行優等列車はかつて、線内で運転される急行列車や、当路線沿線と山陰・四国・九州・北陸・東北方面を結ぶ寝台特急・急行が多数存在し、このうち客車を使用した寝台列車はブルートレインと呼ばれた。しかし、国鉄分割民営化によるJR発足後は、利用者の減少により列車の廃止・統合などが行われ、東海道本線を定期列車として走行するブルートレインは2012年の「日本海」の臨時列車化をもって姿を消した。現在では定期列車として残る夜行列車は、寝台電車を使用したサンライズエクスプレスのみである。
2023年3月改正時点の東海道本線を走行する列車は以下のとおり。強調表示した区間が東海道本線内を表す。(*)印の駅は全列車が通過する。運転区間・路線は主要なもののみ掲載する。詳細については当該列車の記事を、過去の列車については下記の列車項目および「#関連項目」節で挙げた項目を参照。
「ひたち」「ときわ」 : 仙台駅・いわき駅・勝田駅 - (常磐線・東北本線) - 東京駅 - 品川駅
「成田エクスプレス」 : 成田空港駅 - (成田線・総武本線) - 東京駅 - 品川駅 - 大船駅・新宿駅など
「湘南」 : 新宿駅・東京駅 - 小田原駅
「踊り子」 : 東京駅 - 三島駅 - (伊豆箱根鉄道駿豆線) - 修善寺駅
「ふじかわ」 : 甲府駅 - (身延線) - 富士駅 - 静岡駅
「しらさぎ」 : 名古屋駅 - 米原駅 - (北陸本線) - 金沢駅