中央新幹線
中央新幹線(ちゅうおうしんかんせん)は、東京都から大阪市に至る新幹線の整備計画路線である。
日本政府による整備計画における正式名称は「中央新幹線」だが、新幹線で初となる超電導リニアを採用する路線であることから、東海旅客鉄道(JR東海)が開設した解説ウェブサイトやマスコミ報道などでは「リニア中央新幹線」という通称でも呼ばれている。
高速輸送を目的としているため、直線的な経路で最高設計速度505 km/hの高速走行が可能な超電導磁気浮上式リニアモーターカー「超電導リニア」により建設される。2011年5月26日に整備計画が決定され、営業主体および建設主体に指名されていた東海旅客鉄道(JR東海)が建設すべきことが同年5月27日に定められた。
首都圏 - 中京圏間の2027年の先行開業を目指しており、2014年12月17日に同区間の起工式が行われた。完成後は東京(品川駅) - 名古屋駅間を最速で40分で結ぶ予定。ただし、JR東海は後述する大井川の流量減少への懸念を理由とした静岡県のトンネル着工反対などにより、2027年開業は困難との見解を2020年7月時点で示している。
東京都 - 大阪市の全線開業は最短で2037年の予定で、東京 - 大阪間を最速67分で結ぶと試算され、東海道新幹線と比較して所要時間を大幅に短縮できると見込まれている。
東京都 - 大阪市の間をほぼ直線で結んだ経路が予定され、それによると経由地は甲府市(山梨県)附近、赤石山脈(南アルプス)中南部、名古屋市(愛知県)附近、奈良市(奈良県)附近とされており、東海道新幹線のバイパス路線としての性格を強く持つ。国鉄は1972年からリニアモーターカー(後の超電導リニア)の開発に着手した。当初、リニアモーターカーによる超高速新幹線として第二東海道新幹線が構想されていたが、中央新幹線の計画と統合された。そのため中央新幹線はリニア方式で建設され、リニアモーターカーは中央新幹線で実用化されると考えられてきた。
なお、新幹線の基本計画路線であり、2011年5月には整備計画も決定されたが、整備新幹線には含まれない。
日本経済がオイルショック後に低成長に転じたことなどから新幹線の建設は全体的に停滞したが、バブル期には東海道新幹線の輸送量が急伸し、近い将来に輸送力が逼迫すると考えられたことから中央新幹線が注目され、リニア方式での建設を前提として、JR東海による建設促進運動や沿線自治体による誘致運動が展開された。沿線各駅は東京や大阪へ1時間以内で到達できることから、首都機能移転議論のきっかけの一つにもなった。また、建設の理由としては東海道・山陽新幹線が兵庫県南部地震の被害で長期間不通になった経験から、「東海地震の予想被災地域を通過する東海道新幹線の代替路線が必要である」ことや、「東海道新幹線自体の老朽化により長期運休を伴う改築工事の必要が生じる可能性がある」ことが挙げられた。
以下は、東京都 - 名古屋市間の概要である。
路線距離(実キロ):285.6 km
駅数:6(起終点駅含む)
複線区間:全線複線
電化区間:全線電化(交流 33,000 V)
走行方式:超電導磁気浮上方式
最高設計速度:505 km/h
最小曲線半径:8,000 m
最急勾配:40 ‰
車両基地:関東車両基地(仮称。神奈川県相模原市緑区鳥屋)および中部総合車両基地(仮称。岐阜県中津川市千旦林)の2か所
路盤:2 % (4.1 km)
橋梁:4 % (11.3 km)
高架橋:8 % (23.6 km)
トンネル:86 % (246.6 km)
品川駅、名古屋駅、新大阪駅は現在の東海道新幹線の駅に中央新幹線の駅が設置されることが計画で明らかになっている。
山梨県駅と長野県駅の間で静岡県静岡市葵区を通過するが、駅の設置予定はない。
神奈川県相模原市緑区鳥屋付近に関東車両基地(仮称)が設けられる。神奈川県駅(仮称)の名古屋駅側に位置する。
岐阜県中津川市に中部総合車両基地(仮称)が設けられる。岐阜県駅(仮称)の品川駅側に位置する。
山梨リニア実験線の先行区間18 kmでは、1996年から2011年にかけてMLX01による試験が行われた。実験線全区間43 kmの完成後、2013年から営業用車両L0系での試験が開始されている。
L0系の試験車両は先頭車を三菱重工業、中間車を日本車輌製造が製造したが、三菱重工業は発注元であるJR東海と製造コストの面で折り合えなかったことから、リニア新幹線車両の開発・製造から撤退している。改良型試験車の先頭車は日立製作所が製造している。
1990年には中央新幹線の通過予定地である山梨県都留市付近に山梨リニア実験線を建設する工事に着手した。過去の新幹線では先行して建設した実験線が実用路線の一部になってきたことから、事実上の中央新幹線着工と期待された。当初は総延長42.8 kmの複線路線が計画されたが、予算節減のため先行区間として18.4 kmのみを建設し、1997年より実験を開始した。
運輸省(現・国土交通省)超電導磁気浮上式鉄道実用技術評価委員会は2000年に「長期耐久性、経済性の一部に引き続き検討する課題はあるものの、超高速大量輸送システムとして実用化に向けた技術上のめどは立ったものと考えられる」と評価した。2005年には「実用化の基盤技術が確立したと判断できる」と総合技術評価した。2006年には「2016年度までに他の交通機関に対して一定の競争力を有する超高速大量輸送システムとして実用化の技術を確立することを目指す」と表明した。2011年の交通政策審議会中央新幹線小委員会による答申でも超電導リニア方式が適当とされ、整備計画もそれで決定された。
鉄軌道方式で建設される可能性も存在した。JR東海は鉄軌道での高速試験車両として955形新幹線高速試験電車(通称300X)を開発し、1995年から7年間にわたり走行試験を実施した。リニアには及ばないものの、東日本旅客鉄道(JR東日本)の新幹線E5系電車は2013年3月から最高速度320 km/hで営業運転を実施している。また、鉄軌道方式であれば山陽新幹線への直通、および東海道新幹線との共通運用も可能になる。
このような理由から鉄軌道方式を推す意見も一部にあったものの、事業主体であるJR東海は自己負担による超電導リニア方式(超電導磁気浮上方式)での建設を発表し、国土交通省はJR東海に対し超電導磁気浮上方式による建設を指示した。なお、2009年に発表されたJR東海の試算には、超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。
1座席(=1乗客)が1 km移動するのに必要な電気エネルギーの比較
リニア新幹線:90 - 100 Wh / 座席・km
鉄軌道の新幹線(「のぞみ」) : 29 Wh / 座席・km
つまり、リニア(中央)新幹線は、同じ1名の乗客が同じ距離を移動するのに、従来の鉄軌道の新幹線の3倍ほどの電気を消費すると推算される。
首都圏から相模原市付近、山梨リニア実験線を経由し、名古屋に至るまでのルートとして下記の3案が検討されていた。
Aルート:木曽谷ルート (山梨県甲府市付近から木曽谷を経て愛知県名古屋市へ至る大回りルート)
Bルート:伊那谷ルート (山梨県甲府市付近から伊那谷を経て愛知県名古屋市へ至る迂回ルート)
Cルート:南アルプスルート (山梨県甲府市付近から赤石山脈(南アルプス)を経て名古屋市へ至る直線ルート)
JR東海は、距離が短く経済合理性が高いとされる「南アルプスを貫く直線ルートでの建設は可能」とする地形・地質調査結果に基づき、Cルートでのリニア中央新幹線の建設方針を2008年10月21日に固めた。これに対し長野県が1989年(平成元年)の県内合意に基づきBルートによる建設を要望し、Cルートでの建設へは反対を取り続けていたため、リニア新幹線構想が頓挫しかねない場合の状況打開策として長野県を迂回する第4のルートが提案されるとの声もあがった。
Bルート支持・Cルート反対の立場を取ってきた長野県だが、2010年6月の交通政策審議会中央新幹線小委員会では特定のルートへの賛否を明言しない中立方針へと転換した。同年10月20日には、小委員会が「Cルート」(南アルプスルート、直線ルート)が費用対効果などで優位とする試算を発表し、中央新幹線のルートはJR東海が主張していたCルートで事実上、決着した。同年12月に小委員会が出した『中間とりまとめ』では、費用対効果、技術面での評価、環境の保全、地域の意見についてまとめたうえで「以上を総合的に勘案し、中央新幹線のルートとして南アルプスルートを採択することが適当と考えられる。」と結んでいる。これについて長野県は「最終的に国の判断は尊重すべき」としている。2011年5月12日、小委員会は「南アルプスルートを採択することが適当」とする最終答申をし、同26日には国の整備計画として「赤石山脈中南部」を経由地とする(Cルートでの)整備計画が決定された。
2013年9月、JR東海は『中央新幹線(東京都・名古屋市間)環境影響評価準備書』を公表し、東京と名古屋間のルートと駅の位置などについての計画を明らかにした。
ルートの検討にあたり、各ルートの路線長、所要時間、需要量および費用などの試算が2009年に公表された。これによる試算の結果は下記の通りである。超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。
2011年6月7日、JR東海は東京・名古屋間のルートおよび駅位置のその時点での計画を発表した。調査の結果、東京都は品川駅、神奈川県は相模原市緑区、山梨県は峡中地域、岐阜県は中津川市西部、愛知県は名古屋駅に駅が設置される予定だと発表された。別途選定するとされていた長野県は、2011年8月5日、高森町・飯田市北部に駅を設置する予定であることが発表された。
2013年9月にJR東海が公表した『中央新幹線(東京都・名古屋市間)環境影響評価準備書』によると、東京都港区と名古屋市にターミナル駅を置き、相模原市、山梨県甲府市、長野県飯田市、岐阜県中津川市に中間駅を置くという計画になっている。
名古屋以西のルートについては、基本計画(昭和48年11月15日運輸省告示第466号)の主要な経過地で「奈良市附近」とあるのみで、具体的なルートは記されていない。経由地付近の自治体では中間駅の検討、誘致運動が行われている(後述)。
川崎市(中原区 - 高津区 - 宮前区 - 麻生区)
相模原市(中央区 - 緑区)
静岡市(葵区)
春日井市 - 名古屋市(守山区 - 北区 - 東区 - 中区 - 西区 - 中村区 )
名古屋駅 - 新大阪駅間のルートは未定である。
名古屋市(中村区)
大阪市(淀川区)
1979年、9都府県により「中央新幹線建設促進期成同盟会」が発足(参加自治体は東京都、神奈川県、山梨県、長野県、岐阜県、愛知県、三重県、奈良県、大阪府)。その後、1988年に「リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会」、2009年に現在の「リニア中央新幹線建設促進期成同盟会」に改称した。早期実現に向けて広報啓発・調査・要望活動などを積極的に行い、年に1回「リニア中央新幹線建設促進期成同盟会総会」を開催している。事務局は愛知県地域振興部交通対策課にあり、愛知県知事の大村秀章が会長を務めている。
また東京都を除く8府県には、それぞれの府・県知事が会長を務める「リニア中央新幹線建設促進○○県期成同盟会」(○○には府県名が入る。長野県はリニア中央新幹線建設促進長野県協議会、大阪府はリニア中央新幹線等建設促進大阪協議会)が設立されている。
国会議員連盟には超党派議連による「リニア中央新幹線建設促進国会議員連盟」(1988年設立、2008年改称)と自由民主党議連による「リニア中央新幹線建設促進議員連盟」(1978年設立、2008年改称)、民主党議連による「民主党リニア中央新幹線推進議員連盟」(2008年設立)が存在する。
東海道新幹線を抱えるJR東海は、会社設立時からリニア建設に積極的であり、1987年7月には社内にリニア対策本部を設けている。
1990年2月、運輸大臣(当時)はJR東海および日本鉄道建設公団に対し、中央新幹線の整備計画決定に向けて地形や地質などの調査を全線にわたり行うよう指示した。JR東海は中央新幹線を「中央リニアエクスプレス」と称して、東海道新幹線主要駅にリニア車両の実物大模型を展示するなど建設へ向けたキャンペーンを展開した。
ただし、当時JR東海がリニア建設に積極的だったのに対して、首都圏エリアや中央東線の在来線を担当するJR東日本が疑念を示すなどして、一部で対立が見られた。
その後、東海道新幹線は品川駅新設(「品川駅#JR東海」参照)などの輸送力増強策に加え、バブル崩壊後の輸送量頭打ちにより輸送需給が逼迫する可能性が遠のいたため、中央新幹線建設の動きも一旦は低調になった。しかし、景気の回復により再び2003年から輸送量が増加に転じたことから、JR東海は再び中央新幹線のリニア方式での建設に乗り出した。
2005年に開催された2005年日本国際博覧会(「愛知万博」「愛・地球博」)では、JR東海は「超電導リニア館」を出展した。会場にはMLX01-1の実物が展示され、来場者が実際に車中に入ることもできた(なお、JR東海は1989年に開催されたこうふ博'89などの地方博覧会でもリニアモーターカーに関するパビリオンを出している)。
2006年9月25日、JR東海は独自資金3550億円を投入して山梨リニア実験線の未建設区間を建設して当初計画通りの42.8 kmに延伸することを発表した。同時にこれまでの実験に基づいて開発された経済性や耐久性を高めた機器を導入し全面的に設備を更新するほか、実用時に近い長編成の車両や大深度地下を想定し長編成にも対応した駅設備も導入する。本計画は2007年には国土交通省に認可され、2008年5月30日に延伸工事が着工された。
2007年4月26日に東海道新幹線の輸送量が過去最高となった2006年度の決算短信が発表され、首都圏 - 中部圏 - 関西圏を結ぶ東海道新幹線の発展的・代替的バイパスを自らのイニシアティブのもとに推進・実現するための第一局面として、2025年に首都圏 - 中部圏でリニアモーターカーを使った中央新幹線の営業運転開始を目指す方針が明記された。これにより、具体的な工事計画、ルート、建設費用の負担などの検討を開始することとなった。
2007年10月16日にJR東海は東京 - 名古屋間の用地買収を含む建設費を4兆から6兆円と試算していることを明らかにした。1 km当たりの建設費は平均すると150億から200億円と試算しており、これは東京 - 名古屋間を最短距離である280 kmで結ぶことを前提としている。また、山梨県から長野県にまたがる区間は、南アルプス(赤石山脈)にトンネルを掘る計画を打ち出し、実現可能かの検討を開始した。
2007年10月23日には、JR東海が南アルプス付近で地形・地質調査を行うことを決定した。中央新幹線の南アルプスでのトンネル建設の可能性を探るのが目的とみられている。リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会が作成した中央新幹線のルート概略図では、長野県内で南アルプスを避けるようにカーブを描くため、この概略図通りに建設された場合は時間的なロスが想定されていた。もし、南アルプスにトンネルが建設された場合、ほぼ直線に近いルートになることに加え走行距離も短くなるため、建設促進期成同盟会が想定したルートよりも所要時間を短縮できる。トンネルの建設工事に伴い、建設費が膨らむことも予想されるが、JR東海は諏訪地域を通るBルートで建設するより用地買収費が安くなるとしている。なお、中央自動車道は当初、東京から南アルプスを貫通して愛知県に至るルートで計画され、一部建設を開始していたが、建設費の増大や、当時の技術力不足などを理由に現在のルートに変更された経緯がある。現在の中央自動車道富士吉田線は、その旧計画による先行建設部分である。
2007年12月25日に、JR東海は超電導リニア方式による東海道新幹線バイパスとして首都圏 - 中部圏間の中央新幹線を全額自己負担で建設することを発表した。路線距離は約290 km、総事業費は約5.1兆円、具体的な資金調達方法は未定としたが、試算では開業8年目には2007年度と同水準の長期債務残高に戻り、自力(東海道新幹線の黒字と、借入金による資金調達)で建設しても財務の健全性に問題ないとの説明を行った。また、全額自己負担での建設が実現した場合、民間企業が独力で開業する初の新幹線となるが、地元の要望で建設される途中駅については、地元に建設費用の負担を求めるものとした。今後、実用化・建設にあたっては全国新幹線鉄道整備法に則る方向も打ち出した。
2007年12月28日に、JR東海がこれまで「首都圏」としてきた中央新幹線の乗り入れ先を、東京駅、品川駅、新横浜駅の3駅に絞り込んでいること、「中部圏」での乗り入れ先を名古屋駅と見込むことを明らかにした。これには、既存の東海道新幹線と接続し、利用客が東海道・中央の両新幹線を容易に選択できるようにすることで利便性を高める狙いがあることも示した。時事通信社によれば、首都圏の乗り入れ候補駅のうち有力視するのは、東海道新幹線などの主要路線の起点である東京駅、またはJR東海が拠点化を進めている品川駅のいずれかであり、ルートは山梨リニア実験線の東端となる山梨県上野原市からさらに延伸させ東京都心を深さ40 m超の大深度地下トンネルで貫く構想であるとされた。ただし、建設条件などで都心ルートが困難になった場合は新横浜駅とするか、または同駅を経由して東海道新幹線と並走し、東京駅に乗り入れる可能性も残した。
2008年1月23日には、共同通信社によってJR東海の松本正之社長(当時)へのインタビューが行われた。このインタビューの中で松本社長は、中央新幹線の開業後は、既存の東海道新幹線の停車駅数を増やすことで、生活密着型の鉄道路線として、中央新幹線との差別化を図る考えを示した。中央新幹線を都市間の超高速専用線と位置づけ、現在の「のぞみ」の役割を中央新幹線が担うことで、停車駅を増やすことができるようになり、沿線の利便性の向上が見込めるとの指摘である。
2008年2月20日にJR東海の葛西敬之会長(当時)が東京都内で講演し、中央新幹線の運賃は東海道新幹線より数百円から千円高い程度にすると述べた。また、「グリーン」や「普通」などの区分を設けず、全席指定とする考えを示した。
2008年7月3日にJR東海の松本正之社長(当時)による記者会見が行われ、松本社長は首都圏の中央新幹線の乗り入れ先として、品川駅が有力であるとの見方を示した。東京都心からの距離に加えて、新幹線などとの接続を考慮すると東京駅もしくは品川駅に絞られ、建設の難易度からすると、東京駅のほうが難しいと述べた。
2008年11月7日、JR東海の葛西会長(当時)が名古屋市内で講演し、「東京、名古屋、大阪では新幹線とリニアのどちらでも乗り換えが可能にしたい」と中央新幹線の新大阪駅乗り入れの意向を示した。
2009年1月29日、JR東海の松本社長(当時)は『読売新聞』のインタビューに答え、中央新幹線の車両編成は「10両以上は必要」として東海道新幹線の16両編成に近づける考えと、運賃について東海道新幹線の1.4倍を下回る範囲で検討を進める意向を示した。
2009年2月20日、JR東海は中央新幹線建設に向けて業務量が増えるため、技術職を中心に人材を確保することを狙い、2010年の新規採用者数を過去最高の1030人にすると発表した。
2009年6月18日、検討中の3案のルートに対する、路線長および建設工事費に関する試算を、また2009年7月21日には維持運営費、設備更新費、輸送需要量に関する試算をそれぞれ公表した(前述の項を参照)。これは2008年12月に金子一義国土交通大臣による指示の下で試算がなされた。
2009年8月5日には、JR東海の葛西会長(当時)が東京都内で講演し、中央新幹線が名古屋まで開通した場合には「ひかりとこだまの列車体系に戻る」と述べ、「のぞみ」は廃止する意向を示した。
2009年9月27日、「JR東海が中央新幹線を大阪まで延伸した場合、全体の工事費が7兆 - 8兆円になるという試算をまとめた」と『日本経済新聞』に報じられた。
2010年1月8日に名古屋市内で開かれた地元経済界の賀詞交歓会において、葛西会長(当時)が、2025年開業予定(当時)の東京 - 名古屋間のうち、可能な区間から前倒しして開業させること、その区間としては神奈川 - 山梨間が有力であることを明らかにした。ただし、その先行開業の時期について葛西は「言える段階ではない」とした。翌日の『読売新聞』『朝日新聞』『日本経済新聞』『毎日新聞』各紙は揃ってこれを報じたが、『産経新聞』は「JR東海が明らかにした」こととして「神奈川県相模原市付近から山梨県笛吹市付近」「32年度をめどに開業にこぎつけたい意向」「ルート選定をめぐって(中略)長野県との間で協議が難航。先に実験線を東に延伸させ…」と、他4紙より踏み込んだ内容の記事を掲載した(『産経新聞』は元号を西暦に優先するため「32年度」は平成32年度=2020年度)。その後、東京 - 名古屋間の開業予定が2025年から2027年と改められたが、同年11月になって『読売新聞』が「2020年前後」に相模原市 - 甲府市周辺の先行開業が検討中と報じている。2011年9月に『朝日新聞』が報じたところによると、工事期間に余裕がないことなどを理由にJR東海が先行開業を断念したという。
2010年4月28日、JR東海は東京 - 名古屋間の中央新幹線の開業時期を当初計画の2年遅れの2027年にすると発表した。景気低迷の影響で東海道新幹線の利用が落ち込み、今後の資金計画を見直した。
2010年12月8日、中央新幹線のルート計画から外れる横浜市、京都市、そして中央新幹線自体が通る計画すら無い兵庫県神戸市の各周辺の利用者に考慮し、JR東海山田佳臣社長(当時)が、前年の当時の会長の発言とは一転して、東海道新幹線の「のぞみ」を残す考えを示した。
2011年5月20日、国土交通大臣がJR東海を中央新幹線の営業主体および建設主体に指名した。同年5月27日、国土交通大臣がJR東海に対して中央新幹線の建設を行うよう指示した。
2011年5月30日、JR東海は、山陽新幹線との利便性を考慮し、リニア中央新幹線の大阪駅を現在の新大阪駅がある場所とする方針を初めて明らかにした。
2004年、国土交通省鉄道局長の私的諮問機関「中央リニア新幹線基本スキーム検討会議」は2000年のデータに基づいた試算結果を公表した。
工期は7年から10年。
全ルート約500 km、そのうちトンネルは約60 %、東京圏・名古屋圏・大阪圏の約100 km区間は大深度地下を使用。
沿線9都府県(東京都、神奈川県、山梨県、長野県、岐阜県、愛知県、三重県、奈良県、大阪府)にそれぞれ1駅ずつ、計9駅を設置。
1 km当りの建設コストは約170億から180億円。
全体の建設コストは約7兆7000億から9兆2000億円。
リニア車両1両約8億円。
1時間当たり10往復運転。必要車両約800から900両。
全体の車両コストは約6400億から7200億円。
経済成長率が0%、1%、2%の3パターンを想定。
運賃水準15,000円から17,000円と想定(2004年発表時、東京駅 - 新大阪駅間「のぞみ」通常期14,720円。)
リニア新幹線 254億から345億人キロ。
東海道新幹線 203億から238億人キロ(2000年実績397億人キロ、2006年度実績445億人キロ)
リニア+東海道新幹線 457億から583億人キロ。
全体需要は、2000年との比較で1.24から1.44倍。
リニア中央新幹線を建設しなかった場合、東海道新幹線のみの需要予測は390億から433億人キロ。
「国土形成計画」(平成27年閣議決定)において、中央新幹線によるスーパー・メガリージョンの形成が期待され、その効果を最大化し、全国に波及させるための取組が必要としており、2017年(平成29年)9月22日から国土交通省国土政策局において国・地方公共団体・経済団体のビジョンの構築を図るべく「スーパー・メガリージョン構想検討会」を実施している。
「リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会」の試算によると、経済効果は最大21兆円になるとされる。総投資額約8.3兆円から9.9兆円といわれる資金調達は明確ではないが、2017年には東海道新幹線施設購入費の支払いがほぼ終了するという見通しを示している。また建設費を圧縮するため、山梨リニア実験線では延伸工事に合わせ、より経済的な設計の軌道や駅設備等を設置して実証する予定である。
JR東海は首都圏 - 中部圏間を超電導リニアによる東海道新幹線バイパスとして、地元自治体に建設資金を負担させる中間駅を除くインフラを全額自己負担で建設する計画を発表している。事業費のうち約3兆円は日本国政府から財政投融資(年利0.8%強)で借り入れた。ただし、静岡県によるトンネル着工反対で品川 - 名古屋の2027年開業が遅れると、収入の逸失と金利や設備関連の負担が毎年発生する。
JR東海は、自社収入の85%(当時)を稼ぎ出す東海道新幹線の代替路線として中央新幹線を位置付け、東海道新幹線が更新工事で長期間運休することも念頭に、発足当初から中央新幹線の建設を働きかけていた。1988年、JR東海が中央新幹線を自社で運営することを前提に山梨実験線の建設費を負担する案が浮上すると、JRグループ内で対立が生じた。中でも東京圏でライバル関係にあるJR東日本は「JR東海の独走が認められたわけではない」と強く反発。JR東日本や西日本旅客鉄道(JR西日本)の在来線への影響を考慮せず、リニアの運営を独占しようとしていると激しく非難した。
1989年3月、JR東海とJR東日本、JR西日本、運輸省の幹部が極秘の会合を開いたと報道されている。『朝日新聞』によれば、この場で「中央新幹線をJR東海が一元的に経営する」「東京-甲府間と大阪-奈良間の在来線の収入減の影響は、各社間で経費配分する」ことが合意されたという。
1989年12月4日、江藤隆美運輸大臣(当時)は記者会見で、中央リニアをJR東海が一元的に管理するというJR3社の合意に異論はない、山梨実験線の建設費を負担するJR東海の役割は当然念頭においている旨を発言した。JR東海は、実験線建設費を負担するのは自社がリニアの経営主体になれることが前提だと発言した。1990年6月8日、運輸省は山梨実験線の建設計画作成をJR東海に指示した。22日、運輸省は公式に「中央新幹線の経営は、JR東海が東海道新幹線の経営と一元的に行う」ことを確認した。
2007年、JR東海が自己資金による中央新幹線建設を表明して以降も、JR東海は1990年の運輸省確認を根拠に自社一体経営を掲げている。しかし、中央新幹線のルートや駅の位置によっては、JR東日本の在来線の経営に影響を及ぼす可能性もあるとの指摘もある。
新幹線は、東海道新幹線の関ヶ原付近で雪の影響を強く受けた経験から、後に積雪地帯に建設された区間では排雪や消雪に対応した軌道設備、車両構造を開発して解決した。中央新幹線は山間部に建設されるため、リニア方式での積雪対策技術が開発されている。国鉄時代には、北海道千歳地区にリニア軌道を模した高架構造物を設置して、軌道の隙間から雪が落ちる構造が試験された。また、山梨実験線では積雪時の走行や除雪、設備の耐久性なども研究対象になっており、中央新幹線に向けて技術実証を続けている。
また、赤石山脈(南アルプス)など多くの山を通過するため地形問題のクリアも課題となっている。赤石山脈付近のルートの案は、長野県の木曽谷を南下する「木曽谷ルート」、同県の伊那谷を通る「伊那谷ルート」、赤石山脈を貫通する「南アルプスルート」の3つがあり(検討されていたルートを参照)、2008年時点には伊那谷ルートと南アルプスルートのいずれかにほぼ絞り込まれている。長野県や諏訪地域、上伊那地域の自治体などは伊那谷ルートを支持しているが、JR東海は最短距離で建設できる南アルプスルートを考えており、糸魚川静岡構造線の大断層帯を長大トンネルで貫通することになるため、地質調査を行い、2008年10月に適切な施工法を選択すれば建設可能との調査結果をまとめた。