全日本学生自治会総連合の歴史
警職法闘争が反対派の勝利に終わったのち、政府は日米安全保障条約改定に動き始めた。全学連は1959年4月2日の安保改定阻止青年学生共闘会議(青学共闘)の結成に参加した。全学連内部では安保改定を日本帝国主義の復活とみなす中執派と対米従属を深めるとみなす日共系とに分かれ、また中執派も革共同系と共産同系とに対立したまま闘争に参加することとなった。6月5日の第14回大会では唐牛健太郎を委員長とし中執を共産同系が独占し、社学同内でも共産同がイニシアチブをとった。この大会では唐牛、清水丈夫ら平均21歳という史上最年少の指導部が成立した。日共系の学生は、全学連指導部を「学生戦線を平和民主勢力の前線戦から孤立させる役割を果たした」として批判する提起を行ったが、のちの構造改革派につながる発想を含んだものであった。8月26日革共同が分裂し(第二次分裂)、革共同全国委は共産同と組み主流派に残留した。11月27日、全国ゼネストに2万人の学生が参加、警官隊を突破して国会に突入し構内集会を行った。社共はともに遺憾の意を表明し、日共は「トロツキストの挑発」と非難した。
1960年1月16日、全権団渡米阻止のため羽田空港ロビーを占拠し、唐牛以下76名が逮捕。このことは無駄な犠牲を出したとの批判を受けたが、同時に安保に対する国民の関心を高める役割もあった(これに影響されて日本社会主義青年同盟(社青同)全国学生班協議会とマルクス主義学生同盟(マル学同)が結成された)。2月の第22回中央委員会では、徳江和雄以下8人の革共同関西派系中執が罷免され、3月16日から17日にかけての第15回臨時全国大会では革共同関西派と日共系の代議員を罷免、共産同と少数の革共同全国委による支配を確立した。これを受けて反主流派は東京都自治会連絡会議(都自連、全都学生自治会連絡会議とも)を結成し、全学連に対抗する運動を展開することとなる。4月10日、日共港区地区委員会が組織ごと共産同に加入する。これを受けて日共は運動の暴走を懸念し、いわゆる「お焼香デモ」路線を取る。4月26日、国会前バリケード突破闘争(4.26国会突入闘争)により唐牛健太郎が逮捕された。唐牛の盟友・篠原浩一郎の証言によると、この4.26国会前デモの前に、全学連は東京青山の田中清玄事務所で山口組の田岡一雄と引き合わされていた(児玉誉士夫らが右翼を結集するという噂が流れており、全学連に近づいてきていた田中清玄がそれに対抗しようと考えたため)。
4月に全学連主流派がゼネストを決行したものの、5月20日未明に新安保条約は強行採決された。強行採決以後、街頭は連日デモの人並みであふれかえり、6月10日には労働者との共闘でハガチー事件、6月15日の第18次統一行動日には全学連国会突入事件が発生した。174人の逮捕者を出したこの事件で、東大生の樺美智子が死亡する悲劇も起こった。安保条約自然承認日の6月18日、闘争は頂点に達し4万人の民衆が座り込みを行っていたが、この時にはすでに全学連を指導すべき立場だった共産同はほとんど解体している状態であり、訴えられていた再突入はできないまま新安保条約は承認された。
60年安保におけるブント全学連の無方針と「自滅戦略」は、既成左翼よりも「一歩だけ左」を志向したゆえに発生した故のものであった。これには全学連内からも批判があり、東大教養学部自治会委員長であった西部邁に至っては日共との抗争ばかりのブント指導部の無方針を忌避して北海道に帰省した。
60年安保とブント全学連の出現はしかし、日本の階級闘争に対して「前衛党神話の崩壊」を告げる役割を果たした。吉本隆明はのちにブント全学連が、戦前派の指導する「擬制前衛」に自ら闘い、闘いを方向づける能力がないということを完膚なきまでに明らかにしたと評価している。
7月4日から7日、全学連第16回大会は主流派が日共系、革共同関西派系を締め出したため分裂大会となり、日共系の反主流派学生は全国組織として全国学生自治会連絡会議(全自連)を結成することとなった(議長黒羽純久(教育大)、副議長野口武彦(早大)、事務長松本純一(早大))。共産同は7月の全国大会で解体状態にあることが明らかとなり、全学連書記局グループのプロ通派、労対グループの戦旗派、東大細胞などの革通派、共産主義の旗派に分裂し、安保ブントは崩壊した。結成以来全学連を唯一の統一大衆組織としてきた学生運動はここに決定的な分岐を迎えることとなった。
60年安保闘争の敗北後、全学連の運動は急速に停滞期を迎える。中心的活動家の中には「消耗」して戦線から離脱する者が出現し、大衆も大闘争を闘ったことへの安堵感と疲労感が広がり、運動は昂揚を見せなくなった。1960年に打ち出した「池田治安内閣打倒」スローガンの下での倒閣闘争では、全学連が方針や位置づけに関して迷走していることが露呈し、活動家の尖鋭的なアジテーションや方針がかえって混迷を深めていくという事態に陥っていた。1961年春の政治的暴力行為防止法案反対闘争になって、60年安保とは比べ物にはならないにせよ、学生運動が一定の高揚を再び見せ始めていた。
ブント崩壊後の全学連を握ったのはマル学同(革共同全国委員会の学生組織)であった。これは、崩壊した共産同のうち全学連書記局の主要なメンバーがマル学同に移行したことによる。また、1961年4月の第27回中央委員会時点でマル学同の代議員は10名であったが、全学連解体の危機を訴えるマル学同が指導権を握っていった。第17回大会直前の1961年7月7日、社学同、革共同関西派、社青同の三派はつるや旅館で会合を持ちマル学同に反対する立場で一致した(いわゆる「つるや連合」)が、具体的な一致点を見出すことはできなかった。第17回大会では反主流派=反マル学同派がピケットとボイコットで対抗した結果(マル学同がはじめてここでゲバ棒戦術を使い、それによって大会自体を流会したとも)指導部をマル学同が独占し北小路敏を委員長に選出し、「反帝国主義・反スターリン主義」の方針を決定した。17回大会は内ゲバの嚆矢であるといわれる。以降18回大会、19回大会をマル学同は自派のみで開催した。社学同は組織再建に乗り出し、全自連も全学連再建協議会(木内啓詞議長)を結成したことから、分裂は組織形態上も決定的なものとなった。つるや連合は「全国自治会代表者会議」(全自代)を計画したが、これは運動の展開を第一目標とし、行動の統一のみ行って執行部は選出しないというものであった。1962年に革共同本体が革命的マルクス主義派(革マル派)と中核派に分裂した。20回大会では革マル派が中核派を締め出し執行部を占拠、以後全学連は「革マル派全学連」としての道をたどることとなる。社学同、社青同、構改派は12月に「三派連合」(旧三派連合)を結成し対抗したが革マル派のヘゲモニーは動かなかった。
反日共系の党派が四分五裂する中、全自連は徐々に勢力を取り戻していたが、1963年の日共第8回大会綱領をめぐって党中央と対立した。当時全自連活動家の多くは一段階革命論を取っていたが、日共の新綱領は当面する革命は民主主義革命であることを規定したものであった。宮本主流派に反発して春日庄次郎らが集団離党したことから、全自連からの次々と集団離党が起った(ここで離党したグループは社会主義革新運動結成準備会を組織することとなる)。第17回大会を統一大会とすべく策動するも失敗し、ブント派と協定して全自連は解体された。後に日共系の学生は安保反対・平和と民主主義を守る東京と学生共闘会議を結成、1963年安保反対・平和と民主主義を守る全国学生自治会連合(平民学連)に改称し7月の第1回大会では「明るく豊かな学生生活」路線を採択、1964年には72大学129自治会を結集して全学連再建(第15回)大会を開催して全学連を「再建」した。「反動的な学問を学ぶことにも意義がある」とする「勉学闘争」の方針が持ち出されていた。この日共全学連は共産党の方針に忠実でない者・異論を唱えるものを認めない体制であり、シャンシャン大会に疑問を唱える者は分裂主義者であるとして糾弾された。構造改革派など日共を除名・脱退した活動家らは、「プロ学同」(共産主義労働者党)、「民学同」(日本のこえ)、「フロント」(統一社会主義同盟)などの新組織を作っていった。
1965年7月23日、第16回大会を開催し日韓条約反対方針を決定する。1966年からは早大闘争に参加し、全学共闘会議と競り合ったため各セクトとの関係が悪化する。こうした中で第17回大会では国際学生連盟(国際学連、IUS)代表権の所在を確認することを決議し、その旨国際学連へ照会した。1968年、国際学連のヌーリ書記長らが代表権に関する調査で訪日し、4月に国際学連は日共系全学連の代表権を承認した。1968年10月21日の新宿騒乱に参加しジグザグデモと座り込みを行っている。
全学連の運動潮流が分裂・再編に向かう中、1962年には憲法公聴会に反対する公聴会阻止闘争と5月の大学管理法改正反対闘争(憲法・大管法闘争)が闘われた。1963年の日韓基本条約反対・原潜寄港阻止闘争はさほど昂揚することはなかった。この時期に、慶応、早稲田、高崎経済大などでは学内闘争が始まっており、後の全共闘運動につながる社会闘争と、内ゲバにつながる党派対立が始まりつつあった。奥浩平と和井田史郎の死はこの時期の出来事である。1965年6月22日に日韓基本条約が調印されると、三派系の都学連は日韓条約批准阻止を闘争課題とした。8月30日にはベトナム「侵略」反対・日韓条約反対の方針のもとに反戦青年委員会(反戦)が結成された。1966年に入ると早大闘争の激化の中で、日韓条約、原潜寄港阻止などのような政治闘争との結合の機運が高まった。このころ空港予定地の一方的閣議決定から始まる三里塚闘争、中国でのプロレタリア文化大革命と中ソの対立、ストークリー・カーマイケルらのブラック・パワーの運動などが発生していた。
日共系全学連の「再建」を認めない三派連合と中核派(あわせて四派連合とも)は共闘路線をとり、後に脱退・分裂をはらみながらも中核派、社学同マル戦派、社青同解放派(青解派)の三派(新三派連合、ネオ三派連合、革マル派からは「三馬鹿連合」とも)が1964年より都学連を再建、1966年12月7日に全学連再建全国大会を開き新たに全学連を結成した(三派全学連、「第三の全学連」とも)(1967年7月12日から14日の東工大での大会を以て再建とも)。委員長は社学同の斉藤克彦、副委員長は青解派の高橋孝吉、社学同の蒲池裕治、書記長は中核派の秋山勝行が選出された。再建の時点で三派はベトナム戦争に関する情勢分析や、17回大会から19回大会までの全学連の正当性に関する認識などで対立を見せていた。この再建には自治会権力としては少数派であったML派、社青同国際主義派なども関係していた。委員長を出した社学同であったが、1967年、明大闘争における「ボス交」問題で斉藤委員長が罷免され、かわりに中核派の秋山が委員長に就任することとなった。なお、構改派は1967年10月に全国自治会共同闘争会議を結成している。革マル派全学連は7月13日から4日間、早大にて第24回大会を開催し、43自治会が参加している
1967年、日本政府がベトナム戦争への加担を強め始める中で、各派全学連は対立をしつつも共通の課題に向かって闘争を行っていった。70年安保が運動日程に上る中の1967年10月8日、日共系全学連が多摩湖畔でピクニックをしていたこととは対照的に、革マル派系全学連と三派全学連は佐藤栄作首相の南ベトナム訪問阻止を叫び、機動隊と激しく激突した(10・8羽田闘争)。これは反戦青年委員会と共闘されたもので、この労学共闘の大衆的武装闘争は日本の反体制運動史の中で画期的なものであった。この闘争で京都大学学生の山崎博昭が機動隊に殺害される惨事も発生した。この闘争では前持った組織的な武装が初めて行われ、また武装闘争を公然化した契機であり、それは学生運動の質的転換であった。この10・8羽田について日共系全学連は一部暴力学生集団の挑発と非難するとともに、善隣会館事件を転機とする対立党派に対するテロ攻撃・リンチ・武装襲撃を一層徹底していった。11月12日にも三派全学連はヘルメットとタオルをつけ石と角材で武装して機動隊と激突し、マスコミからは「暴力集団」と報道された。1968年1月には佐世保エンタープライズ寄港阻止闘争、2月には王子野戦病院開設阻止闘争、3月には成田空港建設阻止闘争(三里塚闘争)があり、羽田での高揚を引き継いだ三派全学連と革マル派全学連は実力闘争を行った。7月、三派全学連は中核派全学連と反帝全学連に分裂する。この分裂の経緯には諸説あり不明点も多いが、いずれにせよ7月5日の拡大中央委員会が中核派抜きで行われ、秋山は委員長を罷免された。7月、中核派全学連と反帝全学連は別個に大会を開き、第4インター系はその両方をボイコットした。
10月21日、新宿騒乱は騒乱罪が適用されるほどの騒擾となった。佐世保闘争以降学生に好意的であったメディアの反応であったが、新宿騒乱以降は第一次羽田事件の頃のように学生に批判的な論調となった
これらの大衆的政治闘争に呼応して大学内の闘争も昂揚することとなった。1967年から68年にかけて、中大の学費闘争と東大の医学部登録医制度反対に端を発する東大闘争が闘われた。また、5月21日からは日大の使途不明機問題から日大闘争が始まるなど、この年は政治闘争と学園闘争が結合していった時期であった。
日大闘争と東大闘争のもりあがりは、全国の大学に全共闘運動を拡大させた。日大闘争では、大学に抗議する学生を当局が処分したことをきっかけとして1万名の学生が結集して全学共闘会議(秋田明大議長、田村正敏書記長)が結成され、3万人の学生による大衆団交にまで発展した。日大全共闘の結集した学生のほとんどが学生活動家ではなくそれまでノンポリだった者であった。医学部の闘争から学内全体に波及した東大闘争では、6月の安田講堂占拠と機動隊による排除、総長団交の物別れを経て、7月5日に全学共闘会議が結成された。全共闘の学生らは「帝大解体」「自己批判」を主張して権力との衝突を見据えた闘争を行い、秋には全国の活動家が東大に結集することとなった。11月22日、安田講堂での日大・東大闘争勝利全国学生総決起集会には20000人の学生が集まった。日共系は大学当局と「10項目確認書」を取り交わし、「大学正常化」にむけて封鎖中の建物への武装襲撃を行った。三派全学連を中心とする部隊が安田講堂を占拠する中、1月18日東大構内に機動隊が投入され、2日間の攻防の末安田講堂封鎖は解除された。時を同じくして日大では、神田カルチェ・ラタン闘争が行われた。個別要求闘争をこえて闘われた大学解体の闘争は全共闘の特徴でもあったが、同時に闘いの展望を失って動揺する性質もあり、この動揺を立て直す論理をノンセクト・ラジカルは持ちえなかった。この間隙をぬって、自然発生的な全共闘運動を、強固な組織性と論理をもった既存新左翼党派が蚕食していった。1969年9月5日、全国全共闘連合(全国全共闘)結成大会が開かれたが、もはや運動的な生命力はなくなっていた。これを以て、全共闘運動は終焉を迎えたとされる。全国全共闘の「全国全共闘宣言」は、矛盾を露呈する全員加盟自治会=ポツダム自治会および戦後民主主義をのりこえたソビエトとして、小ブルジョワ的学園改良運動(ここでは日共のこと)と革命的学生運動(ここでは全学連のこと)への両極化をのりこえ発展させる者としての立場を謳ったが、結局は一年足らずで解散に至ることとなった。ただし全共闘運動の高揚は、それ以前の時点で四分五裂していた全学連と各セクトの命脈を繋ぎ、勢力を拡大させる役割を果たした側面もあった
三派全学連にとって、全共闘運動の予想外の高揚は政治闘争への障害物でもあった。これは、学園闘争が必ずしも安保やベトナムの問題に直結するものではなく、運動を担う無党派大衆は党派の制動にかならずしも従わない性格をもっていたからであった。68年の10月21日の国際反戦デー闘争(新宿騒乱)を享けて闘われた11月7日の沖縄闘争は東大闘争のピークに押され、反戦・反安保・沖縄の闘争は影をひそめるようになった。このころから、全国全共闘を批判して結成された赤軍派、あるいは中核派やML派による武装闘争が激化していった。佐藤首相訪米阻止闘争では2万人が結集し、羽田周辺でのゲリラ戦が闘われた。ベ平連、反戦青年委員会、全国全共闘の連日のデモも甲斐なく、6月23日に安保条約は自動延長を迎えた。
自治会運動の形をとった学生による大衆運動は三派全学連でピークを迎え、全学連運動へと発展していったが、全国全共闘の結成を境に党派連合政治の舞台へと姿を変えた。そしてその全国全共闘も山本義隆議長の辞任によって解体し、学生運動はその全体性を完全に見失うに至った。そうした中で、革マル派対中核派・青解派の内ゲバや連合赤軍による山岳ベース事件が発生し、これはマスコミによる批判の的となった。1965年ごろから革マル派・中核派・革労協の三全学連という系統が明確化し、それと同時にこの三派間での内ゲバが激化していた。内ゲバへの批判キャンペーンは武装闘争への批判よりも甚大で、各党派・全学連から後続世代の学生が遠ざかるに至った。内ゲバによって学生運動は一時的に壊滅したともいわれる。70年代以降は、「学生運動冬の時代」ともいうべき時代となった。そのような中でも、日共全学連は人員・組織数を維持していた。1968年には徴収された自治会費は総額で日共系1億8千万円、三派1億円、革マル派2500万円と伝えられており、このころに全学連中枢の学生による自治会費の個人的流用が問題となっていた。この莫大な自治会費の存在から自治会掌握は各セクトにとっては死活の問題であり、不正選挙がたびたび発生したという。
1970年7月7日の華僑青年闘争委員会によるいわゆる華青闘告発をきっかけに、部落解放運動、障碍者解放運動、女性解放運動、寄せ場の運動、地域住民闘争や反原発闘争など、中央権力闘争を補てんするような具体的な戦いが推進されるようになった。この告発は、直接的には「盧溝橋事件33周年大会」の準備過程で中核派の全国全共闘書記局員が差別発言を行ったことの告発であったが、国際主義を掲げる革命的左翼の内実の不十分さを浮き彫りにしたものであった。
1972年11月8日、早稲田大学学生の川口大三郎の遺体が東大病院前で発見された。川口は中核派シンパとみなされ革マル派によって殺害されたとされる。川口をリンチしていたところ様子が急変し、応急処置をしたが死亡させてしまったというのがいきさつであり、中核派によれば中核派の威力に恐れた革マル派が中核派の「全学連戦士」であった川口を虐殺したのだという。革マル派全学連は事実関係を公表し謝罪することとなった。
70年安保闘争の前後には、中核派全学連は過激な武装闘争を繰り広げた。中でも1971年11月14日の渋谷暴動事件や同19日の日比谷暴動事件では街頭を大混乱に陥れ、社会からの大きな反発と警察からの大量検挙を受けた。これによって中核派系全学連の運動は大打撃を受け衰退することとなり、また中核は非公然の軍事組織を中心とするテロ・ゲリラにシフトしていったことから、全学連は街頭闘争の先頭から姿を消していった。その中で、中核派全学連は三里塚闘争を最大の闘争課題とし、また国鉄分割民営化阻止をかかげた浅草橋駅放火事件などの実行部隊として参加することもあった。
「層としての」学生による運動は70年代にはその実態を失い、「五流二十三派」と呼ばれる党派においても、もはや活動家は学生よりも労働者が主体となっていった。学生運動の母体であったはずの全学連や自治会の地位は低下していった。1980年代に入ると各派の全学連大会参加者は3ケタまで落ち込み、加盟数も84年時点で日共171校362自治会、革マル16校25自治会、中核派5校10自治会、青解派4校10自治会(そのほかブント系3校5自治会、第四インター系2校2自治会)となっていた。一定の組織を保っていた日共系でさえも、83年3月の第34回定期大会でそれまでの交渉数であった300校40万人を217校36万人に下方修正するに至った(人数は把握自治会学部の学生総数)。また、80年代までに国立大学では自治会費の代理徴収制度が廃止され、自治会費の不足で全学連への単位自治会からの機関紙代上納ができなくなるような状態に陥っていた。そのような中、1987年の国際学生連盟の大会で、日共系全学連は27年ぶりに書記長のポストを回復し、書記局に代表を送っている。
1990年代に入る頃には、全日本学生自治会総連合を名乗る団体は4団体存在していた。
奥島孝康が学長に就任した1994年以来、早稲田大学は革マル派勢力の学内からの排除に乗り出した。1995年、商学部自治会が公認取り消し・自治会費代理徴収廃止されたことを皮切りとし、1997年には早稲田祭プログラムの広告収入を革マル派の支配下にある早稲田大学新聞会に横流ししていたことが発覚し早稲田祭を中止した。商学部自治会の公認取り消しは資金の枯渇を意味することから、全学連は連日の抗議行ったほか、自治会費の引き渡しを求める訴訟も提訴した。対して革マル派は早稲田大学学生部長宅の電話を盗聴する事件を起こした(早稲田大学学生部長宅盗聴事件)。1999年以降は、革マル派系が1960年代以来支配し自治会補助金を革マル派系ダミーサークルに分配するために用いてきた文化団体連合会に対し、早稲田大学当局は一切の交渉を拒否することを決定した。
日本共産党系の全学連は、1997年ごろには薬害エイズ訴訟支援や災害ボランティアによって多くの学生を獲得した。
1990年には「90年天皇決戦」と称して中核派全体で124件ものゲリラ事件を引き起こし、これによって警察の取り締まりが一段と厳しくなったことから、活動に嫌気がさした学生活動家の相次ぐ離脱が起こった。
そのような中でも中核派全学連は法政大学を「不抜の拠点」とし、自治会費の代理徴収で多額の資金を確保し、同学生会館を鉄板で要塞化し活動家を常駐させていた。しかしその法政大学でも中核派排除が始まり、1995年に第一法学部自治会、1996年に第一文学部自治会が公認を停止され、大学が預かっていた自治会費は学生に返還された。これに対抗して1997年に法政大教授宅に時限発火装置で放火するも、法政大学はこれに屈せず排除を進めていった。
岡山大学では1995年に学友会が校友会への発展的解消を決定したが、中核派全学連はこれを大学当局の介入があったとして反対運動を展開した。同年東北大学と広島大学ではフランスの核実験に反対するストライキが決行された。
1999年に上部団体である革労協狭間派の分裂と共に解放派系全学連が革労協現代社派系(主流派)と革労協赤砦社派系(反主流派)の2つに分裂した。これ以後、全日本学生自治会総連合を名乗る団体が5団体存在することとなった。
1999年から分裂に伴う内ゲバにより活動家が大量に逮捕され、九州大学から解放派系の活動家が消滅した。また、明治大学は内ゲバの激化を理由として自治会への便宜供与を停止した。
2007年時点で、新左翼が掌握する自治会数は最盛期の90自治会から26自治会にまで減少した。この大幅な退潮の理由には、学生の価値観の多様化、度を越えた学内運動への当局の管理強化、セクト思考・行動パターンへの学生の嫌悪感の顕著化などがあると考えられている。1997年から2007年の間の10年間、革マル派系を除く他のセクト系は活動家数を減少させ続けている。
1990年代後半から2000年代前半にかけて、革マル派系全学連は勢力を維持し続けていたが、國學院大學・専修大学などでの体育会系学生による革マル派系執行部の役員就任阻止や、琉球大学自治会選挙での全学連脱退を公約とする学生の立候補などにみられるような一般学生の反発が顕在化し始めていた。
2000年、早稲田大学で「自治会潰し」への批判運動を行う一方で、社会科学部自治会と文化団体連合会を死守すべく大学側の自治会費使途監査を受け入れるなど硬軟織り交ぜた対抗策を繰り広げた。
2001年、早稲田大学で新学生会館が完成したことに伴って第一・第二学生会館などに退去命令を出したことに対して、7月31日から8月1日にかけて学内と大学周辺で一般学生を巻き込んだ抗議行動を実施した。
2002年、早稲田大学の講義にゲストスピーカーとして招かれた安倍晋三が「核兵器の使用は違憲ではない」と発言したことに関して大学当局への質問状と内閣府に対する安倍の官房副長官辞任を求める要請文を提出した。また同年、神戸大学でゼミナールとして自衛隊と共同で研究を行う「安全保障共同ワークショップ」が実施されることを巡り、大阪経済大学や奈良女子大学の学生を動員して「神戸大学の有事研究を許さない会」を結成し大学当局への追及に取り組んだ。
2003年、数回にわたってアメリカに活動家を派遣し、「ANSWER」「キャンパス反戦ネットワーク」などの米国の反戦団体と交流した。
2004年、早稲田大学は社会科学部自治会への便宜供与を見直す方針であることを通告。2005年3月2日、早稲田大学当局は社会科学部自治会の公認廃止と自治会室明け渡しを決定、全学連は公認廃止無効を求める訴訟を申し立てたが2007年に東京地裁は訴えを退けた。
2005年、革マル派シンパで大阪経済大学元教授の里上譲衛特任教員が任用取り消しされたことに反発し抗議活動を展開した。2005年3月、1970年代以来革マル派全学連の早稲田大学支配の中核を担ってきた社会科学部自治会が公認廃止を決定された。革マル派全学連は全国から100人程度の学生を結集させ公認廃止反対のアピールを行ったが、一般学生には「自治会=革マル」との認識が浸透していたこともあり、一般学生を巻き込んだ運動に発展することはなかった。また、早稲田大学で革マル派系と目されてきた商学部・一文・二文・社会科学部の自治会と文化団体連合会は学部長宅盗聴事件の際には革マル派との関係を否認し続けていたが、この際マル学同革マル派早稲田支部は上記の団体が革マル派の支配下にあること『解放』紙上で公然と認めた。2005年5月3日、早稲田大学の学生を中心とする活動家ら40名が街宣中に右翼団体構成員約60名と口論となり乱闘に発展する事件が発生。翌日奥野委員長らが解放社で記者会見を開き、「国家権力が仕組んだ右翼の襲撃」であると弾劾、後日国家賠償請求を提訴した。2005年11月、大阪経済大学の職員と活動家がもみ合いとなり、石原克哉学友会委員長が職員から暴行を受けたとして謝罪を要求した。大学当局は暴行は狂言であるとして謝罪を拒否し、11月10日には自治会の公認廃止と自治会費・学友会費の代理徴収廃止を決定した。
2006年1月、革マル派系が30年以上にわたり支配し「関西における不抜の拠点」としていた大阪経済大学での立て看板制限を巡り大学職員に暴行した活動家9人逮捕(うち同大学学生の5人は退学)、これを受けて革マル派系自治会・サークルは非公認化される。大経大で活動していた革マル派活動家は10人であったが、学籍を持っていたのは前述の5人のみであり、その5人も他大学から移ってきた既存の学生活動家であった。これにより大経大での同全学連の影響力が大きく後退する。大阪経済大学から革マル派が完全に締め出されたという分析もあり、また堀部泰治郎によれば早稲田大学社会科学部自治会の公認廃止よりも大きなダメージを革マル派に与えたという。同年、高畑勲を招いて講演会を開催。
2000年6月、解放派内ゲバの間隙を突く形で九州大学学友会の主導権を現代社派から奪取。また、同年11月21日、東北大学に於いて三年ぶりにバリケードストライキを行い授業をボイコットした。
2001年6月、1991年ごろから活動がみられなかった広島大学学生自治会を再建。同年、東北大学有朋寮の廃寮決定に対し全国の学生活動家を東北大学に結集させて反対運動を実施。
2002年、イラク反戦運動に乗じて「止めよう戦争への道!百万人署名運動」の大学連絡会を立ち上げ、空白大学での自治会建設の足場づくりに務めた。同年、法政大学第一経営学部自治会が公認停止。