明清交替
明は後金の侵入にも対応しなければならず、農民反乱の拡大の一因となった。主な反乱には李自成と張献忠による鳳陽県の略奪や開封の戦いがある。開封の戦いでは、明の総督は李自成を止めるために1642年黄河洪水を人為的に引き起こした。
明は経済的混乱や反乱同様に多くの飢饉や洪水に見舞われた。李自成は1630年代から陝西省の農民反乱で軍勢を増やし、張献忠は1640年代に四川省で反乱を起こし、1643年には李自成の反乱軍が西安を攻略した。1644年2月、李自成は西安に順を建国して帝位につき、年号を永昌と定めた。3月に李自成の反乱軍(順軍)は山西省の重要な都市である太原市を手に入れ、ドルゴンと助言者が明をいかに攻撃するかを熟考するうちに、明の首都北京に迫った。
清では1643年にホンタイジが急死し、後継者をめぐって3派に分かれて対立した。ホンタイジの長子であるホーゲ派、ホンタイジの正夫人の子であるフリン(福臨)派、そしてヌルハチの第14子であるドルゴン派に分かれたドルゴンはかつてヌルハチの領旗であり、満洲八旗の最有力軍団である白旗を領有していた。。ドルゴンはホーゲと対立していたが、ホーゲ派とフリン派の双方と争うことを避けて、みずからは皇帝となる意思を示さなかった。こうして同年8月に6歳のフリンが皇帝に即位して順治帝となり、ドルゴンとジルガランはフリンの摂政となった。ドルゴンはフリン派と協力してホーゲ派に打撃を与え、続いてフリン派の一部を味方につけて反対勢力を排除し、権力を確かなものとして摂政王となる。フリンの母であるボルジギト氏(孝荘文皇后)も宮廷を掌握してドルゴンらに協力した。1644年3月6日、ドルゴンは李自成に使者を送った。提案の内容は、中原を占領する明に対して連合して攻撃し、順と清で明の領土を分割するというものだった。
李自成が率いる順軍は1644年3月に北京に到着し、明の元宦官杜勲を通じて明の崇禎帝に申し出た。申し出の内容は、明が陝西省・山西省間の封土に関する李自成の支配を承認して100万両を支払い、李自成の身分を保持するなら、李自成は明のために清と戦い、全ての叛徒を全滅させるというものだった。明の宮廷では南への遷都も検討されていたが、崇禎帝は体面を重視して結論を出さなかった。明の官吏が投降し亡命したので、李自成は北京を占領した。崇禎帝は娘や側室を殺傷し、皇后が自害するのを見届けてから、紫禁城の外にある罪塊から首を吊って自殺した。崇禎帝にしたがって殉死したのは宦官の王承恩だけだったとされる。李自成は崇禎帝と皇太子を殺さずに順の貴族として認めるつもりでいたが、崇禎帝はすでに自殺したあとだった。李自成は権力を共有し共同統治するために来たと言いながら、崇禎帝の死を嘆いた。投降した官吏の中には李自成にこびる者もいたため、李自成は官吏たちを明滅亡の原因と見て信頼しなかった。順軍は北京入城までは規律がとれていたが、北京占領後は城内で略奪や暴行を行ない、上層部は内部の権力闘争にあけくれた。
崇禎帝は、4月5日に呉三桂に緊急の援助要請をしていた。呉三桂は、崇禎帝から助けを求められて間もなく寧遠要塞を去り、北京に向かった。4月26日、軍は万里の長城の東端である山海関を通って移動したが、北京が順軍によって陥落したと聞き、山海関に戻った。李自成は、呉三桂に貴族の地位や高官と引き換えに降伏を求める使者を送った。呉三桂は降伏を決定するまでに数日を要したため、李自成は申し出が拒否されたと考え、呉三桂の父親を打ち首にさせる。すでに呉三桂は李自成への降伏を決めて亡命する途中であったが、取りやめて清に亡命を決めた。李自成は山海関に2軍を送ったが、呉の部隊は5月5日と5月10日に簡単に勝利した。李自成は呉を攻撃するために5月18日に北京を出て6万の順軍を率いた。
同じ頃、呉三桂は李自成を排除して明を復興するために、清に助けを求める手紙をドルゴンに書いた。ドルゴンの助言者である洪承疇と范文程は、「仁義の軍を率いて流族を滅ぼす」という天命に訴える印象を与えるために、北京占領を要請した。したがってドルゴンには、呉の手紙を受け取った時には北部を攻撃するつもりはなく、明を復興するつもりもなかった。その代わりにドルゴンが呉に清のために働くか尋ねた時、呉にはほとんど選択肢はなく受け入れるしかなかった。
呉三桂は5月27日の朝に清に投降し、ドルゴンは呉三桂を平西王に任命して北京まで清軍を先導させた。清軍は繰り返し順軍を攻撃したが、戦列を崩せなかった。ドルゴンは呉三桂の軍に順軍を攻撃させて双方が弱体化するまで待ち、順軍は敗走して北京に舞い戻った。これを一片石の戦いと呼ぶ。敗れた李自成は北京で皇帝即位の儀式を行なったのちに宮殿を焼き払い、金銀や崇禎帝の息子とともに北京を脱出した。李自成の北京占領は40日間で終了した。ドルゴンが率いる清軍は無抵抗の北京に入城し、順治帝は9月に北京に入った。ドルゴンは民心を安定させるために占領政策を進めて、清軍には市民からの略奪を禁じたほか、剃髪令の一時撤回、刑罰の寛免、強制買付や付加課税の中止、明の皇族や官僚の地位保持などを行なって帰順を呼びかけた。こうした政策の多くは、范文程や洪承疇の助言によって立案された。
北京が脅威にさらされた際に、崇禎帝が南部への移動を拒否したため、清は北京占領によって国を統治する有能な官吏を手に入れた。清は北京占領後に間もなく科挙などを開始したため、初期の清政府は北部出身の学者に支配され、北部の学者と南部の学者の強い分派対立が起きた。財務や軍事に関する部門では、明から投降した官吏が中核を形成したが、典礼や音楽、文学の担当にはならなかった。軍事部門の文武百官の大部分は、帰順後に昇進した。最高位の官吏は、主に遼東半島出身の漢軍八旗であった。
ドルゴンは八旗と共に北京内部に住み、漢人には外延部への移住を命じた。のちに例外として、官吏や商業に携わる漢人は内部の居住が認められた。中央の行政機構は明の六部を引き継ぎ、主要な地位は漢軍八旗で満たされた。漢人は庶民を除き、順治帝や康熙帝の時代には知事長官(承政)で優位に立った。江南征服で主要な役割を演じた遼東半島の漢軍八旗は、尚可喜、耿仲明、孔有徳が指揮した。3人は征服後に江南を統治して三藩と呼ばれた。清は1658年まで単独の満洲人知事、1668年まで単独の知事長官を置かず、各地の知事や知事長官には満洲人やモンゴル人を意図的に置かなかった。清は漢軍八旗に加えて、漢人の兵で構成される緑営を組織した。緑営は日々の軍事統治を提供し、前線の戦いで武力を供給する部隊であった。漢軍八旗や蒙古八旗、満洲八旗は、反乱などの緊急事態に対応した。清の治世初期、漢人の多くは満洲人に隷属したが、後に漢人の中でも出世して権力を持ち、奴隷を所有するようになった者もいた。
ドルゴンは「清の征服の黒幕」、「大マンジュ事業の主建築家」など様々に表現される。彼の統治の下で、清は直隷地域を抑えて山東省の郷紳や官吏を降伏させ、山西省や陝西省を征服した。その後ドルゴンらは長江下流域の南にある江南の豊かな商業地域や農業地域に目を転じた。清に北京を占領されたのちの明は、福王の弘光政権、唐王の隆武政権、魯王の監国政権、桂王の永暦政権があり、南明政権と呼ばれる。しかし清軍に対抗するための協力をせず、永暦政権以外は短命に終わった。
ドルゴンは強権的な手腕で中央集権化を進めたが急死し、順治帝はドルゴンの死後に彼を反逆者として扱った。清は順治帝が即位時6歳、康熙帝が即位時8歳と若い皇帝の即位が続いたが、順治帝の母で康熙帝の祖母にあたるボルジギト氏らが宮廷を安定させた。女性が政治的権威を発揮した点は、満洲人の特徴でもあった。
ドルゴンは1644年6月に北京に入城して間もなく、呉三桂を派遣して李自成を追撃した。呉三桂は何度も順軍の後衛と交戦するが、李自成は山西省に向かって故関を横断した。呉は北京に戻り、李自成はかつて順の建国を宣言した西安に拠点を置いて権力を再構築した。李自成は、1644年の夏と秋に河北省と山東省で清の支配に対して反乱を起こし、ドルゴンは10月に陝西省の要塞から軍を送った。アジゲやドド (清)(多鐸)、石廷柱に率いられた清軍は、1645年2月に李自成を西安から追い出し、山西省と陝西省で順軍に連勝した。同年9月、李自成は数省を通って退却する途中で死亡した。村民に追い詰められて自害した説や、村民に倒された説などがある。李自成は、李厳を謀叛の疑いで殺害したのちは統制を失っていたといわれる。
1644年、張献忠は大西国の王を名乗って大順と改元し、西_(張献忠)と呼ばれた。1646年初めにドルゴンは大西政権へ2つの遠征隊を送り、同年10月にはホーゲの指揮下で第二派が四川省に到達した。清軍の接近を聞いた張献忠は部隊を4つに分けて、何かあれば独立して行動するように命じて陝西省に逃げた。さらに逃げる前に首都成都の人々を虐殺するようにも命じた。張献忠は1647年2月1日に四川省中央部の西充県近くで清軍と戦い、殺された一説には官吏の一人である劉進忠に裏切られて射手に射倒された
。ホーゲは成都を奪取したが、予期しなかった荒地であることに気付いた。兵隊は田園地帯で食料を発見できず、抵抗する者を殺しながらこの地域を略奪し、食糧の欠乏が激しかったので人肉さえ口にした。
1645年、山西省で「皇天清浄善友」や「善友会」を自称する宗教的秘密結社が清に反乱を起こした。『清実録』によれば同年3月、山西朔州の蒋家峪に200人ほどの男女が集まって善友を称した。利民堡参将の王守志がこの機を見て掠奪を試み、かえって激化させたため、後に王守志は死刑になった。善友会の会衆は武術を修練した農民たちであった。
トゥ族は明の皇帝に任命された土司である。1642年のチベットの暴動や李自成の反乱に対しては明を支援したが、多くの土司長が李自成の軍に虐殺された。1644年以降にアジゲと孟喬芳の指揮する清軍が順軍と戦った際には、速やかに清側に加わった。その間に明軍は設備を十分に整えて、7万を数える軍で鳳翔県の都市を占領しながら、明の司令官だった孫守法や賀珍、武大定の指揮により西安の南の山で合流しようとした。明軍が西安に向けて進軍すると、孟喬芳のもとで清に帰順した人々に側面を攻撃された。賀珍の叛徒は主に盗賊であり、森林や山岳では砦柵ごとに10から15の小部隊が作戦を続けた。大衆の支援を受けた叛徒は、地域の情報を得ながら山岳の拠点に撤退したが、任珍が率いる部隊に制圧された。
1646年後半、米喇印として知られるムスリム指導者の集めた軍が甘州で清に反乱を起こした。丁国棟という別のムスリムも参加し、没落した明を復興したいと表明しながら蘭州などを占領した。この反乱はムスリム以外の中国人と協力しており、イスラム国家の建国は意図していなかったことを示唆している。清政府は反乱を鎮圧するために、陝西省長で明の元官吏の孟喬芳を派遣した。米喇印と丁国棟は1648年に捕えられて殺され、1650年までにムスリムの反乱は制圧された。ムスリムの明一派は、チャガタイ・ハン国やハミ、トルファン汗国に支援され、ハミは敗れた後で清に服従した。もう一人の叛徒である馬守応は、李自成と順に協力した。
北京陥落と崇禎帝自殺の情報は、4月には江南にも伝わったが、人々は信じようとせずに通常の祭礼を行なっていた。しかし、明王家の一部が予備的首都であった南京に到着して事実と分かると、江南も騒然とした。南京では後継者をめぐって議論が起きたが、崇禎帝の息子が生死不明であったため意見が一致しなかった。南京の史可法と鳳陽県の馬士英は、次の後継者であり崇禎帝の最初の従兄弟である福王朱由崧のもとで明に忠誠を誓う政権を作ることに合意した馬士英は四川省から来た南京固有の少数民族の戦士の中で指揮を受けていた。。1644年6月19日、朱由崧は馬士英と大艦隊の擁護のもとで弘光帝として即位し、年号を弘光として統治することになった。しかし、明末の特徴である政争や官僚の腐敗は続き、弘光政権は支持を失っていった弘光帝の宮廷を弱体化させた分派論争の例については、を参照。清軍は南明司令官李成棟と劉良佐の降伏に助けられ、1645年5月初旬に徐州を手に入れた。南明の司令官の裏切りは清軍を助け、史可法が防衛する揚州府をのぞいて北部全域を得た。
江南における清軍は、平和的な亡命者に対しては暴力をふるわなかった。1645年5月13日には清の数個分隊が揚州に集まった。揚州を行進する清軍の大多数は、明の亡命者であり、満洲人や八旗をはるかにしのいでいた。揚州では史可法の小部隊が市民や農民も率いて戦ったが、ドドの砲兵隊には抵抗できず、5月20日に漢軍八旗が使う清の大砲が市の城壁を突破した。史可法は投降を拒否して処刑され、揚州城の陥落時にも市民や兵士は激しく抵抗したため、清軍の怒りを招いた。ドドは江南の他の都市を恐怖に陥れて清に降伏させるように、今後の見せしめとして揚州の全人口[145]の「残忍な大虐殺」を命令した。
6月1日に清軍は長江を渡り、南京への道を守る鎮江府を奪取した。清軍は1週間後に南京の城門に到着したが、南明の弘光帝は既に逃げていた。1か月も経たないうちに、清は逃げていた弘光帝を捕えて蘇州府や杭州府など江南の主要都市に侵攻し、清と南明の国境は南の銭塘江へと押されていた。ヨハン・ニューホフは南京が清の兵士により傷つけられなかったことに気付いた。ドドは、清軍が黄河を渡る前に南明が清軍を強襲したなら南明は勝っただろうと語り、1645年の戦略について弘光帝を厳しく叱り、弘光帝は言い返す言葉が見付からなかった。弘光帝は翌年に北京で死去した。
満洲人の兵士は、城内に女性を囲い込んだ。女性は身代金の価格を示す札を付けられ、安くて3両ないし4両、良い服を着ている女性は最大で10両だった。南京が平和的に降伏した後で、揚州から捕らえた女性を元々の夫や父親に受け戻した。
杭州が1645年7月6日に清に陥落すると、明の建国者朱元璋の9世の子孫である隆武帝は、東南の福建省を陸伝いに逃げた。隆武帝は8月18日に沿岸の福州府で即位し、有能な福建商人である鄭芝龍の擁護をあてにした。子供のいない隆武帝は、鄭の長男を採用し、王家の姓を認めた。この息子が鄭成功であり、彼は国姓爺という肩書を持った。同時期に明の後継を名乗る朱以海が浙江省で摂政を名乗ったが、二つの政権は協同に失敗した。
1646年2月、清軍は朱以海政権から銭塘江の西の土地を獲得し、隆武帝の部隊を破った。5月、清軍は江西の南明の最後の要塞である贛州府を包囲した。7月、愛新覚羅博洛(博洛)が率いる清軍は、朱以海の浙江省政権を混乱に陥れ、福建省の隆武帝政権を攻撃するために進行した。9月後半、隆武帝の宮廷は贛州包囲を解除することを口実に福建省を去ったが、清軍は追いついた。隆武帝と妃は10月6日に福建省西部の汀州府で処刑された。10月17日に福州が陥落すると鄭芝龍は清に降伏し、息子の鄭成功は自分の艦隊で台湾島に逃げた。
摂政の朱以海は、海軍武官張名振の援助を得て、沙埕島の海上で抵抗を続けた。1649年7月までに、作戦基地は北方に移動した。朱以海は対立する海軍司令官の黄斌卿を殺すと、11月に基地を舟山へ移動した。朱以海は舟山から反乱を起こすことを企図したが、清軍によって陥落した。張名振は家族全員を殺され、廈門の鄭成功と手を結ぶために逃げた。
紹武政権・永暦政権
1646年には二つの南明政権が成立した。隆武帝の弟の朱聿𨮁は福州に逃げ、12月11日に紹武という肩書の王位を得て、広東省の首府広州府に政権を打ち立てた。しかし紹武帝は公式の衣装が欠乏しており、地元の部隊から衣装を購入しなければならなかった。12月24日には、永暦帝が政権を樹立した。もと南明の司令官だった李成棟が率いる清軍は1647年1月20日に広州を獲得し、紹武帝は滅ぼされ、永暦帝は南寧府に潰走した。
しかし1648年5月、愚にもつかない地域司令官に失望した李成棟は、清に対して反乱を起こして明に復帰した。不満を持つ明の元将軍金声桓が李成棟に協力し、永暦政権が江南のほとんどを再奪取する手助けになった。清軍は、1649年と1650年に湖広行省や広西省、広東省の中央部を征服し、永暦帝は南寧から貴州省に逃げた。ついに1650年11月24日、尚可喜が率いる清軍はオランダ人の援助を得て広州を奪取し、7万人という大量の人々を虐殺した。
山東省鄒平市近郊の主要な暴動は、1647年3月に起こった。山東省は明の崩壊前から山賊行為に苦しめられており、山賊は銃や大砲も装備した大規模な軍に成長して、指導者が王を自称した。明の官吏や紳士階級で組織された民兵は協同して山賊に対抗しつつ、清政権を歓迎した。1647年、三河県の張氏という女が明の懿安張皇后を自称し、天啓帝の太子を自称した西淀の楊四海と手を結び、王礼、張天保らとともに天津で蜂起した。さらに山東省、河北省、河南省の森林地帯では、明一派が1000人ずつ、20個旅団が集結しようとしていた。この部隊は西洋式大砲を装備した「楡園部隊」として知られた。司令官の李化鯨は天正帝を自称し、明の王族の遠縁であると主張して、曹州や定陶県、成武県、東明県、蘭考県、封丘県を包囲し奪取した。明の元将軍である高弟は清に帰順して、優秀な多民族部隊を率いて11月18日までに反乱を鎮圧した。
1649年1月、山西省大同府の知事姜瓖は、ドルゴンが権限を制限しようとしているかもしれないと脅威を感じ、明に転向して反乱を起こした。ドルゴンは反乱鎮圧のために自ら指揮して進軍した。陝西省楡林府の司令官である劉登楼と、陝西省延安府の最高司令官である王永強も反乱を起こした。年末までに反乱はボロと呉三桂の指揮する清軍に敗れ、明一派の要する汾州は虐殺にさらされた。同時期、明の王族と関係があると主張する朱森滏は、1万の部隊を擁する地元のお尋ね者の趙栄貴の後援を得て四川省近くの陝西省階州で秦王子を自称したが、呉三桂の部隊に鎮圧された。混乱の中で多くの山賊集団が奇襲を拡大した。張五桂という山西省のお尋ね者は、明の階級と文書を与えて手勢を集めて決起した。張五桂は1649年に五台県を攻撃したが撃退され、1655年2月に殺されるまで山西省を略奪し続けた。
張献忠が倒されると、その軍は広西省から撤退する南明軍とともに貴州省へと撤退した。永暦帝は、張献忠の後継者である元副王の孫可望に援助を要請した。孫可望は南明の宮廷の反対派を皆殺しにし、張献忠を亡き皇帝と呼び続けながら、永暦帝を事実上拘禁した。ドルゴンの指揮する清軍は南部深くに進軍したが、南部では明への忠誠は依然なくなっていなかった。張献忠の元将軍だった李定国は永暦帝を擁護し、1652年8月前半に清から桂林府を再奪取した。広西省で清を支援していた司令官のほとんどが、一か月以内に南明に寝返った。その後の2年間、李定国は湖広行省と広東省で例外的に戦役が成功したとはいえ、重要な都市の再奪取に失敗した。
1653年、清は南西部を再奪取する担当に洪承疇を任命した。洪承疇は長沙府に司令部を置いて根気良く軍を編成し、1658年後半には栄養が十分で装備の整った清軍が貴州省や雲南省を攻撃した。李定国の軍と孫可望の軍の間では内紛が発生し、永暦帝は孫可望が皇帝の座を望むことを恐れて、孫可望を解放するよう李定国に頼んだ。孫可望と生き残った軍は敗走して、洪承疇の清軍に投降した。1659年1月後半、ドニに率いられた清軍は雲南省の首都を奪取し、永暦帝はタウングー王朝のピンダレ・ミン王が支配するミャンマー近くに逃げ込んだ。1662年、永暦帝は呉三桂に捕えられて処刑された。
鄭成功は1646年に隆武帝に採用されたのちに1655年には貴族に叙されて、南明を擁護し続けた。1659年、順治帝が在位の栄光と南西部での戦役の成功を祝う特別な式典を準備していたので、鄭は清から数都市を奪取して南京に脅威を与えながら、武装の整った艦隊と長江を航海した。鄭成功は当初の攻撃で数県を奪取して主導権を握り、父親が料羅湾海戦でオランダに対して行ったような決定的な大団円を欲した。鄭は前もって南京での最終戦を発表して、清が準備できる時間を大いに与えた。1671年のフランス人宣教師の報告書によると、鄭成功は大運河の補給路を分断する南京を手に入れて、北京での飢餓の可能性を引き出した。そして満洲人のあいだに、中国を放棄して満洲に戻ろうという考えを引き起こした北京と南京の庶民と官吏は、どちらの側でも良いから勝つことを待っていた。北京のある官吏は南京の家族や別の官吏への手紙で、鄭成功の鉄の軍が無敵だという噂があるために、清は辺鄙な土地に遷都を考えていると書いた。この官吏は、自身は鄭成功軍への投降を準備しており、南京の子供にも投降の準備をすすめた。この手紙は途中で鄭成功軍に奪われ、手紙を読んだ鄭成功は、迅速に南京を攻撃する代わりに清が大規模な最終戦に向けて準備ができるように意図的に遅らせたことを残念がったかもしれない。。順治帝は鄭成功軍の急襲を聞いた時、怒りのあまり剣で玉座を切りつけたと言われている。鄭成功軍は南京を攻撃し、漢軍八旗が多数を占める清軍と戦った。南京の清軍は騎馬攻撃が成功して、補給や増援部隊も得られる状況にあった。包囲攻撃は8月24日に始まったが、鄭成功の軍は包囲を維持できずに撤退し、数週間で終結した。
清の艦隊の圧力を受けて、鄭は1661年4月に台湾に逃げた。明の皇族である寧靖王朱術桂と、魯王朱以海の世子朱弘桓らは、鄭成功に同行した。
鄭成功は台湾で鄭氏政権を樹立し、ゼーランディア城包囲戦でオランダを破ったオランダは遺跡を略奪し、鄭成功の息子鄭経との戦争が行われた1665年に舟山島の普陀山を攻撃して僧侶を殺した。。鄭成功軍は軍規が厳しく、兵士に対して非常に厳格で容赦のない懲罰を課した。鄭成功は部下の施琅が命令に背き、清に投降したことを理由に施琅の家族を処刑した。戦闘で失敗すると、鄭成功から無慈悲な死刑を課される可能性があった。他方で清は投降者を寛大に扱い、裏切った者でも清の階級に戻すことを許したため、大量の投降者を得た。
清は鄭成功を孤立させるために遷界令を施行した。遷界令によって漁船や商船は海に出ることを禁止され、人々は海岸から30里離れた内陸に移住させられた遷界令は、かつて明が倭寇対策として行った政策を参考としている。。このため鄭成功軍は本土との接触ができなくなり、台湾へと移住した。ここから満洲人は水を怖れるという俗説が生まれた。福建省のほとんどの沿岸民は、戦争から逃れるために丘か台湾に逃げ、福州は清軍が入城した際には空になっていた。鄭成功は1662年に死去した。
呉三桂、尚之信、耿継茂らの三藩が清に対して反乱を起こした。三藩はかつて明の孔有徳・耿仲明・尚可喜が後金に帰順したときに与えられた土地だったが、清政府の統制から外れて軍備を強化して行政や財政を行なっていたたとえば呉三桂は茶馬貿易の利益、関税や塩税の徴収、鉱山開発や銅貨(銅銭)の発行などで清政府から経済的に自立をしていた。。このために廃止が決まり、前後9年におよぶ反乱につながった。台湾では鄭経が三藩に呼応して沿岸を攻撃して、さらに北方ではチャハルのブルニ(布爾尼)、南方ではベトナムの莫朝の莫元清が挙兵した。清軍は1673年から1674年にかけて呉三桂軍に敗北した。
三藩の軍は長江以南を勢力下として、呉三桂は国号を「周」としたが、三藩にはそれぞれの思惑があったために統一戦線は組まなかった。清の順治帝を継いだ康熙帝は、三藩の乱の勃発時は20歳であり、清の財政は戦乱で底をついていた。清政府は財源を確保するために損納(一種の売官制度)などを行い、康熙帝は自ら作戦を指導した。尚可喜の子尚之信と耿継茂の子耿精忠は1681年までに清に降伏し、呉三桂は孤立した。八旗と満洲人の官吏は呉三桂軍に対し有効に戦えなかったため、清は八旗に代えて90万人以上の緑営の大軍を用いて呉三桂軍を鎮圧した。
三藩の乱が失敗した主因は、ほとんどの漢人指揮官が清への敵対を拒否したことにあった。特に一生の間に二つの王朝を裏切った呉三桂は、多くの人々にとって不快だった。呉三桂が南明の永暦帝を処刑したことは知られており、明の遺臣でさえ呉三桂の掲げる大義を嘲笑した。范文程の息子范承謨は耿精忠に囚われたが、清への忠誠を失わず殺された。遼東の指導的な武官の出身である范承謨の死は、他の遼東出身の武官が清への忠誠心を保つことに寄与した。三藩の乱で、清の側に留まり戦死した漢軍八旗は、手厚く遇された。
清は明の遺臣がいる福建省と台湾を攻撃するためにオランダ東インド会社と協力した。オランダには植民地支配の前哨基地として台湾を再征服する意図があった。1663年10月、清とオランダの連合艦隊は南明から廈門と金門を奪取した。しかし清は、オランダが台湾で植民地を維持して交易上の特権を迫ることを警戒し、このために連合は崩壊した。水師提督の施琅はオランダへの台湾割譲に強く異議を申し立て、代わりに自分の遠征隊を派遣するよう要請した
台湾は、オランダ統治時代から東南アジア - 明 - 日本(長崎)をめぐる中継貿易で栄えており、鄭氏政権でも引き継がれた。1670年頃から次第に遷界令が解除されてマカオを中心に密貿易が行われ、清当局は黙認した。三藩の乱が起きると、台湾・福州・広州の密貿易はさらに増え、日本・シャム・バタヴィアなどの地域と取り引きをした。この状況は、康熙帝が乱を鎮圧するまで続いた。
1683年、鄭氏が建てた東寧王国を占領するため、康熙帝は施琅に300隻の艦隊を与えて派遣した。施琅は澎湖海戦で勝利し、敗れた鄭成功の孫鄭克塽は投降し、康熙帝は施琅に海澄公の肩書を与えて報いた。鄭氏とその軍隊は八旗に加えられ、清は台湾島を放棄して澎湖島を東の境界とする検討もしたが、施琅は台湾保留を主張して、1684年に台湾府が設立された。寧靖王とその5人の妃は、捕虜に甘んずるよりも自殺することを選んだ。
奴変とは、奴僕などと呼ばれる隷属民たちによる反乱を指す隷属民が主人に対して反抗するのは本来ありえないという、支配層の価値観が反映された名称である。。明は特定の支配層に奴僕の所有を許可しており、明末には破産したり、あるいは破産前に農民から奴僕になる者が急増した。明清交替の時代に入ると、奴僕は身分解放を求めて争った。時期は清の北京占領後、地域的には華中・華南を中心としており、江南デルタ、珠江デルタ、福建・江西・広東省境、江西、安徽、湖北・安徽・河南省境などで激しかった。奴変の中には、身分の解放とともに、士大夫と庶民の身分差別の廃止を要求するものもあった。奴変を鎮圧した清は、のちに庶民にも奴僕の使用を許可し、金銭による人身売買も許可した。これは、明の時代に横行していた非合法な人身略奪や人身提供を禁止する措置でもあり、自分の身柄を金銭で買い戻すことを可能とした。こうして奴変は奴僕の廃止を実現できなかったが、固定的だった奴僕の立場に変化をもたらした。
明末からの戦乱と人口減少によって経済活動は大きく縮小しており、中国経済は1750年まで明末の水準に達しなかったという説もある。清では、少数である満洲人が多数派である漢人を統治するために、物資の不足が生じないように政策が進められた。新大陸から流入した作物の普及、小額取引を円滑にする銅貨(銅銭)の発行量増加などがそれである。三藩の乱と清・ジュンガル戦争が終結すると、清は経済成長を続けて康熙帝・雍正帝・乾隆帝の3代は繁栄した。明からの税体系を変更して地丁銀制を実施し、減税にも関わらず国庫金は増加した。明の時代から繁栄していた徽州商人(新安商人)や山西商人(晋商)は清政府とも結びついたが、清によって遼東や長城の情勢が安定したため軍需景気がなくなり、徽州商人の活動は縮小した。代わって拡大した満洲・中央アジア・ロシア国境の市場は山西商人や陝西商人が握った。