読売ジャイアンツ
村田真一や広澤の離脱、後半戦は清原の故障によるシーズン離脱などもあったが、20勝を挙げた新人の上原浩治や前年西武を解雇されたドミンゴ・マルティネスをシーズン途中に獲得し清原の穴を埋める活躍もあり2位となったがチームの貯金は15個。上原がこの年挙げた貯金が16と上原以外の投手陣に課題の残るシーズンとなった。シーズンオフ、広澤が自由契約となり阪神に移籍した。
20世紀最後の年、FA宣言をしていたダイエーの工藤公康と広島の江藤智、さらに阪神のダレル・メイを獲得するなど大補強を敢行。長嶋監督は、江藤に背番号33を譲り自らが現役時代に付けていた背番号3を25年ぶりに復活させた。松井が4番として定着、5番にマルティネス・清原、6番に高橋由を擁した打線はシーズンで投打ともに他を圧倒。投手陣も工藤・メイ・ルーキーの高橋尚成の左3枚がしっかりローテーションを守る。9月24日の対中日戦(東京ドーム)では、0-4で迎えた9回裏に江藤の満塁本塁打で同点に追いつき、直後に二岡智宏がサヨナラ本塁打を放ち4年ぶりのリーグ優勝を劇的に決めた。結果的には2位中日に8ゲーム差をつけた。日本シリーズの相手は、長嶋と共にV9時代の主軸を担った王が1995年から率いるダイエーで、2連敗からのスタートだったがその後シーズンで不本意な結果だった上原・斎藤の奮闘もあり4連勝。4勝2敗で19回目の日本一を達成し20世紀の最後を締めた。
シーズン終盤までヤクルトと優勝を争ったが投手陣の不振で2位に終わる。同年限りで長嶋監督は勇退し、「終身名誉監督」に就任した。それと同時に槙原寛己、斎藤雅樹両投手そして村田真一捕手が引退した。長嶋監督の後任として、ヘッドコーチの原辰徳が就任した。
原ヘッドコーチが監督に就任、原監督と鹿取義隆ヘッドコーチは投手陣を立て直し不振で苦しんでいた上原、桑田が復活。故障がちで一軍に常時いられなかった河原を抑えに抜擢し年間通して活躍。松井が50本塁打を放ち打線を牽引。1年目でセ・リーグの全球団から勝ち越してのリーグ優勝を果たす。また、日本シリーズでも西武を相手に球団史上初でシリーズとして12年ぶりの4連勝のストレート勝ちで日本一に輝いた。シーズンオフに松井がFA権を行使してメジャーリーグ・ニューヨーク・ヤンキースへ移籍した。
松井に代わる大砲としてヤクルトからロベルト・ペタジーニを獲得。しかし、原監督は守備位置の問題を解決できず、鹿取ヘッドコーチは一任されていた投手陣が崩壊し整備できずチームは3位に終わった。6月27日には球団史上初めて6月での自力優勝消滅を記録、シーズン終盤には9連敗を喫するなど、優勝した阪神に15.5ゲーム差をつけられた。さらに、この頃から巨人戦視聴率の大幅な低下が起こり始めた。そして9月26日、原監督は責任を取り監督を辞任した。辞任をするにあたってのセレモニーも行われなかった辞任に際してのセレモニーがないことに、阪神の星野仙一監督(当時)がたまたま最終試合は甲子園球場での試合だったために、「せめて花束贈呈をして、花道を飾りたい」と球団に直訴。そして、最後の試合を終えた後、球団史上、前代未聞の相手本拠地での辞任セレモニーが執り行なわれた。星野監督の花束贈呈のあと、原監督は男泣きをし、スピーチをした。そして、阪神ファンに温かく迎えられて無事にセレモニーを終えることが出来た。。辞任に関して、原監督と渡邉恒雄オーナーとの確執がマスメディアに報じられた。この混乱が原因で川相昌弘がコーチ就任要請を辞退して現役引退も撤回、中日に移籍した。後任監督に堀内恒夫が就任した。
V9時代のエースだった堀内が監督に就任、生え抜きの高橋由伸らに加え、前年までで近鉄との契約が終わったタフィ・ローズ、ダイエーから膝の靭帯を断裂した後出場のなかった小久保裕紀を獲得した。かねてより所属する清原和博、ペタジーニ、江藤智などのさまざまな球団で活躍した4番打者が1チームに顔を揃えるという超重量打線となった。長嶋終身名誉監督に「史上最強打線」と名付けられた打線は、事実この年にローズが45本塁打で外国人選手史上初めて両リーグでの本塁打王に輝いたのに加え、小久保が球団史上初の右打者で40本塁打を記録する等年間259本塁打のプロ野球新記録それまでのプロ野球最高記録は1980年の近鉄の239本、セ・リーグ最高記録は1985年の阪神の219本だった。を樹立。しかし、259本塁打の新記録を達成したものの100打点を挙げた打者が一人もいなかった事やチーム最多盗塁が鈴木尚広の9と機動力をあまり駆使しなかった事で繋がりを欠き、チーム盗塁数は25と12球団で最も少なく、また平成に入ってからのワースト記録にもなっている。ちなみに、12球団11位の日本ハムは45盗塁。投手陣においても上原が2.60で最優秀防御率を獲得したものの、その後が続かず規定投球回に到達したのはその上原だけでチーム防御率は4.50とワースト3位で完封勝ちは5とヤクルトに次ぐワースト2位タイと投手陣が打撃陣の頑張りを活かせず、成績は前年と同じ3位だった。近鉄・オリックスの合併問題に端を発したプロ野球再編問題では、球団スカウトが行った明治大学の投手一場靖弘への不正な金銭授受の責任を取り、渡邉恒雄がオーナー職を辞任した。また、テレビ視聴率も前年から低下した。
ポジション争いをやめさせ、打順を固定することにより1年を戦う打線として「不動明王打線」と名付けたが、高橋由、二岡智宏らが軒並み故障。この年から始まった「セ・パ交流戦」では4位(セ・リーグでは阪神に次いで2位)と好調だったものの、前年にヒューストン・アストロズで74試合に登板と抑えとして期待された新外国人のダン・ミセリが4月1日に行われた広島東洋との開幕戦で1点リードの9回に3点を奪われてセーブに失敗すると、次の登板もサヨナラ負けで2戦連続の敗戦投手と極度の不振で4試合に登板しただけで4月19日に球団史上最速で解雇となり、5月11日のオリックス戦で3・4月は8本塁打21打点と奮闘していた清原が11回裏に山口和男から頭部への死球を受けて以降は不振に陥る等、投手陣の崩壊やチームの空中分解により、8年ぶりのBクラスとなる5位に終わっただけではなく、9月28日の阪神戦で敗れた事でシーズン77敗目を記録し唯一最下位に沈んだ1975年の76敗を超えて球団史上ワーストの敗戦数を更新。4.80の防御率と737失点が何れも球団史上ワーストとなり、結局シーズンは62勝80敗4分と球団史上初のシーズン80敗となってしまった。さらに、昨年の球界再編騒動および原監督の辞任騒動が原因で人気が一気に下降した影響により、観客動員数の減少やテレビ視聴率の低下が顕著化する。そのため、日本テレビを筆頭に各キー局が地上波中継の延長短縮や中止があり、中継自体も深夜枠での録画放送および衛星放送への移行が進む様になった。この低迷によって2005年シーズン中からストーブリーグを見越した活動が表面化し、怪我と成績不振が重なったローズと清原は8月頃からチーム編成を外れ、監督候補についても、初の他球団出身監督として阪神のシニアディレクター星野仙一の名前があがった。星野シニアディレクター招聘の報道が表面化すると球団出身者のみが監督となってきた伝統を崩す事に一部OBやファンが反発。星野シニアディレクターは9月10日に会見を開き、阪神に残留する事を表明した。10月5日、堀内は成績不振の責任を取って任期を1年残し退任し(堀内自身は解任されたと述べている)、翌年からの新監督として原が3年ぶりに復帰する事を正式に発表した。なお、堀内が監督を務めてから2年間の成績が133勝144敗7分となった為、監督が通算成績で負け越しのまま退任したのは球団史上初となる。
第1次では同じ時期に現役として活躍した選手が中心であったコーチ陣容を組んだ原監督だったが、第2次では彼らに加えて他球団での豊富な経験のある人材を求めた。2006年は近藤昭仁がヘッドコーチ、篠塚和典が守備走塁コーチに復帰。尾花高夫を投手コーチに招聘、また1994年から2002年まで打撃コーチを務め、2003年より広島に戻っていた打撃コーチ・内田順三が復帰した。第2次原政権下、2006-2015年までの10シーズンでは優勝7回、日本一3回、795勝595敗(貯金200)という大きな成果を挙げ、特に横浜・DeNA戦においては154勝79敗(貯金75)と大得意にしていた。
投手陣ではオリックスを自由契約となったジェレミー・パウエル、FA宣言した豊田清(西武)、野口茂樹(中日)、野手陣ではロッテの李承燁、金銭トレードで過去ゴールデングラブ賞を4度受賞した小坂誠(ロッテ)を獲得し、その一方で昨年のシーズン途中に既に構想から外れていた清原とローズを自由契約で、豊田の人的補償として江藤を放出した。チーム方針として2005年のワールドシリーズを制したシカゴ・ホワイトソックスに倣い、「スモール・ベースボール」を掲げた。開幕当初は首位を独走していたが、5月に始まったセ・パ交流戦の途中で主力選手に負傷者が続出したことで失速することとなった。これに対して西武を自由契約となり米国挑戦したものの契約を結べず帰国していた小関竜也を入団テストで、広島の木村拓也を交換トレードで、前年阪神を解雇されたもののメキシカンリーグで好成績を収めていたジョージ・アリアスを来日させそれぞれ獲得するなど建て直しを図ったが、6 - 7月には8連敗、10連敗、9連敗と立て続けに大型連敗を喫した。最終的に昨年に次ぐワースト記録となる79敗を喫し、チーム防御率は1点以上の改善があったものの打撃不調(チーム打率最下位)で4位に終わり、球団史上初の4年連続完全V逸と2年連続Bクラスとなった。交流戦での低迷(13勝23敗で11位)、中日戦での6勝16敗が最大の敗因であった。そんな中、投手では内海哲也が防御率4位(2.51)、打撃では李承ヨプが打率2位(.323)・本塁打2位(41本)と大黒柱の働きであった。シーズン後、仁志敏久を横浜に放出、小久保がFAでソフトバンクに放出したが、ソフトバンクを戦力外となったベテランの大道典嘉、オリックスの谷佳知、日本ハムの小笠原道大を獲得したほか、横浜の門倉健もFA獲得した。一方、門倉の加入に伴って補償選手として工藤公康を放出することとなった。
5月2日に行われたナゴヤドームの中日5回戦でプロ野球史上初となる球団通算5,000勝を達成した。これまで主にクリーンナップを打っていた高橋由を1番に、怪我で出遅れていた上原浩治を先発からクローザーとして起用するなどの大胆な配置転換を行った。これが成功し、前年のような大型連敗もなく安定した戦いを続けた。鬼門だった交流戦も2位でクリア。そして9月23日の横浜戦に勝利し、この年から導入されたクライマックスシリーズの出場権をセ・リーグ一番乗りで獲得。中日・阪神との三つ巴のデッドヒートの末、10月2日のヤクルト戦でサヨナラ勝ちし、5年ぶりのリーグ優勝を達成した。しかし、同年より導入されたクライマックスシリーズ第2ステージで、第1ステージで阪神を破った中日に0勝3敗でストレート負け。日本シリーズ出場権を逃し、史上初の「リーグ優勝しながら日本シリーズに出場できないチーム」となっている2004年と2005年のパ・リーグでシーズン1位のダイエー(ソフトバンク)ホークスがプレーオフで敗退し日本シリーズ未出場であるが、これはプレーオフ勝利チームをその年の優勝チームと定めていたためである。なお2010年のソフトバンク、2014年の巨人、2017年の広島、2018年と2019年の西武がいずれもリーグ優勝しながら、それぞれCSでロッテ、DeNA、ソフトバンクに敗れ日本シリーズ出場を逃している。。小笠原が前年日本ハム時代から2年連続でMVPを獲得、また高橋尚が最優秀防御率(2.75)、14勝4敗でチームを引っ張った。球団は、期待不足に終わったジェレミー・ゴンザレス、ジェレミー・パウエル、デーモン・ホリンズの外国人3選手を自由契約とすると、ロッテから自由契約となった藤田宗一、横浜から自由契約となったマーク・クルーン、ヤクルトから自由契約となったセス・グライシンガーとアレックス・ラミレスを獲得した。
開幕戦となる3月28日のヤクルト戦(神宮球場)から4月2日の中日戦(東京ドーム)まで、球団ワースト記録となる開幕5連敗を喫した。開幕戦で4番打者を務めた李承燁、昨年のクローザーから先発に復帰した上原が共に不調で二軍降格する等戦力が揃わず開幕ダッシュに失敗した。また、ルイス・ゴンザレスがドーピング違反で5月26日に解雇。だが、交流戦あたりから調子を上げはじめ、若手の積極的な起用策が功を奏したのに加え、投手陣では2年間一軍登板のなかった越智大祐がリーグ2位の68試合に登板し150キロ近い速球と落差のあるフォークで101三振と活躍したのに加え、山口鉄也がリーグ3位の67試合に登板、防御率2.32と結果を残し球団史上初の全てリリーフ登板での二桁となる11勝、6月1日にソフトバンク戦で当時日本球界最速の162キロをマークしたクルーンが61試合登板で球団新記録の41セーブを挙げた。また、強力中継ぎ陣が確立された事で(抑えから先発復帰の)上原を含めた先発陣の不調セ・リーグで唯一200イニングを達成したセス・グライシンガーがヤクルト時代の16勝から1つ勝ち星を伸ばして最多勝と最優秀投手を獲得し、内海も14勝を挙げたのが12勝と2つ減らすにとどまったが、高橋尚成が14勝を挙げたのが8勝、木佐貫が12勝を挙げたのが6勝、7勝を挙げた金刃と5勝を挙げた福田が勝利なしと前年52勝だった先発陣の勝利数が26勝と半分に減った。をリリーフ陣がカバーした。また、打撃陣ではオガラミ弾と呼ばれる3番・小笠原と4番・ラミレスのホームランにモノを言わせた強力打線、リーグ2位の78盗塁を記録する機動力野球を武器に後半戦も順調に勝ち星を重ね、7連勝中の9月19日から首位阪神に3連勝し、最終的に球団32年ぶりの12連勝を記録するなど猛追、同率首位で迎えた10月8日の最終直接対決で勝利し、セ・リーグ記録となる最大13ゲーム差7月8日時点でのゲーム差。日本プロ野球全体では1963年の西鉄ライオンズに次ぐ2番目。からの逆転優勝を果たし、1989年 - 1990年以来となるリーグ2連覇を達成したその日は神宮球場で優勝を決めたのは史上初である。。11.5ゲーム差を逆転し「メークドラマ」と呼ばれた1996年の優勝時以上の大差を逆転したので、マスコミ等は「メークレジェンド」と呼んだ。クライマックスシリーズでは第2ステージで中日と対戦、アドバンテージの1勝を含む3勝1敗1分で勝ち抜けし、2002年以来6年ぶりの日本シリーズへの出場を決めるが、リーグ連覇を決めた10月10日のヤクルト戦でキャプテン・阿部が二塁への牽制球を手から帰塁した際に右肩を負傷、診断の結果右肩関節挫傷で離脱。日本シリーズでは、阿部の出場機会が減った事が祟ってか先に日本一に王手をかけながら東京ドームに戻っての最後の2戦を落としてしまい、3勝4敗で西武に敗れた。ラミレスが打点王とMVP、グライシンガーが最多勝でタイトルを獲得、山口鉄也も最優秀新人に輝いた。日本シリーズ後、上原がFA宣言してMLB・ボルチモア・オリオールズへ移籍し、二岡智宏、林昌範が日本ハムへ移籍した。また、清水隆行が金銭トレードで西武へ移籍し、生え抜き選手が相次いでチームを去る形になった。なお、この年には桑田真澄が現役を引退したため、後楽園球場での公式戦に出場した選手が全員引退した。一方、ヤクルトを自由契約になったディッキー・ゴンザレスを獲得した。
シーズンは創設75周年を迎えた。原監督が2009 ワールドベースボールクラシック日本代表監督に就任した事もあり、オープン戦は伊原春樹ヘッドコーチが監督代行を務めた。シーズンに入ると、坂本を1番打者、松本哲也を2番打者に固定するなど選手起用が当たり、開幕8試合目で首位に立つとそのままシーズンを乗り切り、9月23日の対中日ドラゴンズ戦に5-3で勝利し、1965年から1973年のV9時代以来となるリーグ3連覇、33回目のセントラル・リーグ優勝を達成した。クライマックスシリーズでは、第2ステージで中日と対戦、アドバンテージの1勝を含む3勝1敗で勝ち抜けて日本選手権シリーズに出場を決めた。1981年の後楽園シリーズ以来となった日本ハムとの日本シリーズは、4勝2敗で勝利し2002年以来7年ぶり21回目の日本一を獲得した。11月14日には長崎で行われた韓国シリーズ勝者起亜タイガースとの日韓クラブチャンピオンシップに勝利し、日韓王者に輝いた。ラミレスが首位打者・2年連続MVPを獲得、またD.ゴンザレスが15勝2敗と大化けし、投手陣の柱となった。ドラフト会議では巨人を熱望してきた長野久義を1位指名で獲得した。
開幕直後に前年限りで現役を引退し、コーチとなっていた木村拓也が試合前の練習中にクモ膜下出血で倒れ、急死し、野手では亀井義行、投手ではゴンザレスが不調でグライシンガーも故障で長期離脱だったが、ルーキーの長野久義(新人王獲得)を加えた強力打線は球団史上4度目のシーズン200ホームラン越え(226本)と相変わらずで開幕からしばらくの間は東野峻(13勝8敗)らを中心に先発投手陣も好調であり、首位に立っている時期も長かったが、7月以降は好調だった先発投手陣が不調に陥りこの年の7月、球団ワースト新記録となる12試合連続2桁被安打を記録。、野手陣でも坂本と松本が調子を落としてしまう。また、この年のクローザーのマーク・クルーンが不振に陥り、抑え投手がたびたび変わる等中継ぎ投手陣も安定しなかった。それでもラミレス(本塁打・打点の2冠)らの活躍により最後まで首位争いに絡み続けるが、前述の投手陣の低迷とナゴヤドームの中日戦で2勝10敗と大きく負け越したのが響き、中日と1ゲーム差ながらリーグ4連覇を逃した。だけではなく、引き分け以上で2位(クライマックスシリーズではホームアドバンテージを得る事が出来る権利)が確定する10月8日のヤクルトとの最終戦では逆転負けを喫し、3位に転落した。クライマックスシリーズでは甲子園での第1ステージで阪神に2連勝し勝ち上がるものの、続く第2ステージでは中日相手に1勝4敗で敗れ、敗退した。この年、不安定な投球が目立ったクルーンが翌シーズンの構想から外れ、退団した。ドラフト会議では、中央大学の澤村拓一をドラフト1位で指名し獲得した。
この年は3月11日に発生した東日本大震災の影響で開幕が3月25日から4月11日に延期。開幕戦は山口県の宇部市野球場で行われこれは東京ドームの代替ではなく、震災発生前よりこの日の宇部での試合が決まっていた。、1952年のフランチャイズ制導入以後、地方球場で初となる巨人主催試合開幕戦となった。また電力の節電要請で4月の東京ドームの使用を自粛、延期になった分を含めて大幅に試合日程が変更となっている。この年から導入された統一球の影響を12球団で一番と言って良い程もろに喰らってしまい、小笠原とラミレスが不調に陥り、打撃陣全体の長打力も2010年までと比べると激減(特に本塁打)する等、打撃陣が不振に陥った。一方で投手陣はルーキーの澤村拓一が4月21日に初勝利を挙げるなど、先発投手陣が引っ張った。しかし前半は、抑え投手が固定出来なかったこと、阿部慎之助が開幕時にケガで離脱したこと、獲得した多くの外国人選手が活躍できなかった事もあり、オールスターまでの前半戦はBクラスに低迷することとなった。それでも後半戦に入り抑え投手に久保裕也が固定できたことなどで8月に7連勝するなど調子を上げていく。終盤は阪神との3位争いとなったが、10月の阪神、中日との6連戦を5勝1敗として、クライマックスシリーズ進出を決め、最終的には首位から3.5ゲーム差の3位で終了。クライマックスシリーズはヤクルトと対戦するが、先発投手が好投するも継投でつまづき1勝2敗で敗退となった。打撃陣では長野が首位打者、藤村大介が盗塁王のタイトルを獲得。投手陣ではエース内海が防御率1.70と絶好調、18勝5敗で最多勝タイトルを獲得した。11月11日、ヘッドコーチ人事を巡って清武英利球団代表が渡邉球団会長が不当に介入したとして渡邉球団会長を告発する問題が起きた。清武球団代表はこれを理由に18日付で職を解任されている(詳細は清武の乱参照)。このオフ、FAで横浜DeNAベイスターズから村田修一、ソフトバンクから杉内俊哉を獲得した。その一方で、外国人と移籍組で史上初の先発4番としての通算100号を達成したラミレス、グライシンガー、大村三郎、鶴岡一成らが退団した(ラミレスと鶴岡はDeNA、大村とグライシンガーはロッテに移籍)。
3月15日、球団が1997年から2004年度に6選手と結んだ契約でこのうち計27億円が最高標準額(2007年までは上限ではなく超えても構わないというのがプロ野球全体の理解であり、超過の場合に制裁措置と定められたのは2007年以降)を超過していたのではないかと朝日新聞の記事で報じられた。シーズンでは開幕序盤、球団史上初の開幕戦完封負けを喫するなど低迷し、開幕8試合で5度の完封負けで46イニング無得点を記録するなど4月は2度の5連敗を記録した。それでも、5月は6日の阪神戦から25日のロッテ戦まで10連勝(3分挟む)を記録、交流戦に入っても好調は続き、6月16日の対楽天戦に勝利して、17勝7敗でセ・リーグ球団初の交流戦優勝を達成。前半戦を中日と4.5ゲーム差、貯金20の首位で折り返す。後半戦に入っても7月は14勝4敗3分け(勝率.778)と一気に駆け抜けると8月には6連勝と7連勝を記録、8月23日に優勝へのマジックナンバー30を点灯させ、1度も優勝へのマジックナンバーを消滅させる事なく9月21日の対ヤクルト戦で勝利して3年ぶり34度目のリーグ優勝を達成。最終的に86勝43敗15分で、2位中日に10.5ゲーム差。最終戦ではDeNAに2-1でサヨナラ勝ちしDeNA相手に東京ドームで無敗を記録した。打者では阿部慎之助が首位打者、打点王の二冠、長野と坂本が最多安打を獲得、投手では15勝の内海哲也が最多勝、杉内俊哉が最多奪三振、最高勝率の二冠を獲得した。チームとしても防御率2.16は、1966年の西鉄ライオンズ(2.13)以来の好成績となり、2年目の澤村が10勝、ソフトバンクから移籍した杉内とホールトンが12勝と1990年以来となる二桁勝利の投手が4人誕生。ルーキーの高木京介が球団記録の29試合連続無失点を記録した。クライマックスシリーズファイナルステージでは2位の中日と対戦するが、クライマックスシリーズ史上初の3連敗からの3連勝で日本シリーズ進出を決める。3年ぶりに実現した日本ハムとの日本シリーズは主将の阿部が負傷離脱するアクシデントに見舞われながらその阿部が6戦目で決勝タイムリーを放ち4勝2敗で3年ぶり22度目の日本一を達成。アジアシリーズ2012では決勝戦で台湾のLamigoモンキーズに6対3で勝利し、初のアジア王者となった。これで交流戦、セ・リーグ、クライマックスシリーズ、日本シリーズ、アジアシリーズの全てで優勝し、日本プロ野球史上初の5冠を達成した。ドラフト会議では前年日本ハムの1巡目指名を拒否した東海大の菅野智之を単独指名で獲得した。また、東野峻をオリックスへトレードし、交換で阿南徹と香月良太を獲得した。
開幕から球団タイ記録の7連勝を飾り、5月5日の東京ドームでの対広島戦の試合前に終身名誉監督の長嶋茂雄と巨人OBの松井秀喜の国民栄誉賞の授与式が行われている。交流戦は13勝10敗の3位。前半戦は2位の阪神と2.5ゲームの首位で折り返し。8月9日に優勝へのマジックナンバー39が点灯。9月22日の対広島戦の試合開始直後に2位の阪神がヤクルトに6対7で敗れたため、この時点で巨人の2年連続35度目のセ・リーグ優勝が決定した。開幕戦以降、6月に阪神が一時首位に立った以外は、首位を譲らなかった。広島とのクライマックスシリーズファイナルステージは3連勝で日本シリーズ進出を決めた。迎えた東北楽天ゴールデンイーグルスとの日本シリーズでは第5戦までに2勝3敗で王手をかけられたものの、第6戦でシーズンから無敗の田中将大にこの年初の黒星をつけタイに持ち込む。第7戦で敗れて3勝4敗で敗退した。この年のオフにFAで西武の片岡治大と広島の大竹寛、中日を自由契約となった井端弘和を獲得した。
球団創設80周年を迎えた。4月19日、キューバの国内リーグ「セリエ・ナシオナル・デ・ベイスボル」の中心選手であるフレデリク・セペダと契約。同時に球団はセリエ・ナシオナル・デ・ベイスボルとの友好関係を結ぶことを発表した。シーズン序盤より投打ともに勢いに乗りきれず、交流戦に入る段階では首位の広島とは4.5ゲーム差の3位だったが、交流戦ではソフトバンクと優勝を争い、交流戦の最終戦でのソフトバンクとの直接対決に勝利し、2年ぶりに優勝を達成。6月8日にリーグ首位に立つと以降は首位から陥落することはなかった。8月には13勝13敗で一時は2位の阪神と0.5ゲーム差となるが、9月に入り、4日にはこの年初めて優勝へのマジックナンバー22が点灯、翌日に消滅したものの、11日には16で再点灯。9月14日に木田優夫が現役を引退したため、後楽園球場時代に在籍した選手が全員引退した。優勝へのマジックナンバーを2とした9月26日の対DeNA戦に6対3で勝利し、マジック対象チームの広島が阪神に敗れたため、3年連続通算36度目のセ・リーグ優勝が決定した。なお、打線では規定打席に到達しての3割打者がおらず、逆に盗塁でリーグトップというシーズンであった。2位の阪神とのCSファイナルステージでは菅野と大竹を欠いた状態で臨んだ事が響いてCS史上初の4連敗で敗退し、日本シリーズ進出を逃した。菅野がMVPと最優秀防御率を獲得した。同年オフ、東京ヤクルトスワローズから相川亮二、横浜DeNAベイスターズから金城龍彦がFA権を行使して入団した。さらに、テキサス・レンジャーズからマイルズ・マイコラス、アーロン・ポレダを獲得した。
序盤はDeNAと首位を争う展開となった。4月15日に監督の原がB型インフルエンザウイルスに感染し、当面自宅で静養となり監督代行をヘッドコーチの川相が務めることが発表された。4月末、阿部、坂本、亀井が故障離脱、レイズから自由契約になっていたホアン・フランシスコを獲得した。交流戦では4年ぶりに負け越し11位に終わった。前半戦最後のカードの対DeNA戦に3連敗を喫し、首位から陥落、前半戦を2位で通過した。8月5日の対ヤクルト戦(神宮)において、公式戦通算10,000試合を達成した。阪神、オリックス、中日に次いでプロ野球4球団目となった。後半戦は阪神・ヤクルトとの優勝を競ったが、カステヤーノスらを補強しても相変わらず打線が不振で、首位に立つチャンスを幾度となく逃し、レギュラーシーズンは2位で終えた。CS開幕前の10月5日に所属選手の野球賭博への関与を告発。シーズン後には3選手に失格処分、また球団にも1000万円の制裁金を科し、現在でもセントラル・リーグ略史(NPBホームページ)に掲載される汚点となった。