2019年コロナウイルス感染症の流行に対する日本の行政の対応
2019年コロナウイルス感染症の流行に対する日本の行政の対応(2019ねんコロナウイルスかんせんしょうのりゅうこうにたいするにほんのぎょうせいのたいおう)では、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行への日本の行政機関の対応について記述する。
日本における新型コロナウイルス感染症対策にかかわる主な施策・事業と、その財政規模は以下の通り。
社会保障費用以外の支出には、以下が挙げられる。
1人あたり現金10万円の特別定額給付金(約12兆7千億円)
中小企業への持続化給付金(約5兆6千億円)
新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金(約2兆6千億円)
個人向け緊急小口資金等の特例貸付の実施(約1兆円)
家賃支援給付金(約1兆円)
介護施設等への布マスク配布(約280億円)
全世帯への布マスクの配布(約260億円)
日本国政府は2020年の予算成立後、2度にわたる補正予算を成立させ、経済対策を打ち出した。
4月30日に第1次補正予算案が成立した。与党(自民党と公明党)に加えて、立憲民主党、国民民主党、日本維新の会、日本共産党、社民党などが賛成したが、れいわ新選組は反対した。一般会計からの歳出の総額は25兆6914億円であり、補正予算の中では過去最大となる。全国民に一律10万円を給付する特別定額給付金などが含まれる。
消費者が外食や旅行に支払う費用の一部を、割引クーポンなどを用いて国が助成する制度を検討する。高齢者にはより高い補助率を設定し、一段の消費を促すことも検討している。
緊急事態宣言が出された2020年4月7日には事業規模約108兆円の緊急経済対策を決定した。その後、4月20日に10万円の給付を含めた経済対策を再度閣議決定をし、事業規模は117兆円に拡大した。この中には、2019年12月に決定した経済対策のうち未執行分(19.8兆円)、納税・社会保険料の支払いの猶予(26兆円)も含まれている。経済対策の真水部分の金額を問われた菅は「真水に確たる定義は無いと承知しているが、財政支出は39兆円である」と答弁した。
国民民主党の玉木雄一郎代表は「膨らし粉で膨らませたような経済対策」と非難した。上武大学教授で経済学者の田中秀臣は「日本経済の生命線を維持する真水の部分は必要額の半分にも満たないと予想される」と指摘した。また、自民党の議員連盟「日本の未来を考える勉強会」は首相官邸や党本部に若手議員50名超の賛同を得て「消費税ゼロ」「30兆円規模の真水投入」などの提言を行い、議員連盟の代表を務める安藤裕は政府の対応を「点数をつけるなら100点満点で10点」、経済対策についても「こんな対策しか作れないのなら与党でいる資格がない」と公然と非難した。安藤によれば、党の幹部も務める某議員に「損失補償・粗利補償をしないと潰れる会社が出て来る」と諫言したところ「これで持たない会社は潰すから」と返されたという。自由民主党政務調査会では若手議員が「休業補償を実施すべきだ」と主張したところ「働かざる者食うべからずだ」と新自由主義的自己責任論が多勢で、賛同者はほとんどいなかったという。
第1次補正予算は執行の遅さが目立ち、米国など海外と比べても遅いと報道された。
当時の内閣総理大臣安倍晋三は2020年4月16日、経済対策として国民1人あたりに一律10万円を給付する考えを表明した。当初の「減収世帯に対して30万円を給付する」という補正予算案を、国会に提出する前に組み替えるという異例の事態となった。安倍は4月17日の記者会見で、「混乱を招いたことは私自身の責任。心からおわびを申し上げたい」と陳謝した。北海道東川町は先払いで支給を行った。
5月27日、政府は第2次の補正予算案を閣議決定した。事業規模は約117兆円となるが、このうち「真水」は国費などとして計上された33兆円程度である。
6月12日、第2次補正予算が成立した。自民党・公明党の他、立憲民主党や国民民主党などの野党共同会派も賛成した。一般会計からの歳出の総額は31兆9114億円であり、補正予算の中では過去最大となる。
予備費は10兆円であり、これも過去最大の金額である。予備費が過去に例のない多額となったことに対して、与野党からは疑問の声が上がった。野党のみならず、自民党議員からも「財政民主主義に反する」との懸念が表明された。
2020年12月15日、政府は第3次補正予算案を閣議決定した。翌2021年1月28日に成立した。
自民党と公明党は、年金受給者に対して一律5000円を給付する「臨時特別給付金」を提案した。2022年3月15日、自民党と公明党の幹事長・政務調査会長(茂木敏充・高市早苗・石井啓一・竹内譲)が内閣総理大臣の岸田文雄に対して、特別給付金に関する申し入れを行い、岸田も「政府としてしっかり対応したい」と応じた。
この案に、立憲民主党の蓮舫は参議院予算委員会で「今夏の参議院選対策だ。なぜ高齢者だけなのか」と批判し、日本維新の会の藤田文武は「政策合理性のない全くの愚策と断じざるを得ない」と批判した。日経新聞の編集委員は「この手の(年金の)減額隠しは年金制度そのものを脆弱にするリスクを孕む。2004年に始まったマクロ経済スライドがこれまでほとんど機能せず、現状でも年金の所得代替率は導入時の想定よりも高止まりしていて、年金財政の安定性が低下している」と批判した。
2022年3月29日、高市は給付金について白紙に戻して見直す考えを示した。
感染症法の改正に関して当初の与党案では、入院を拒否した感染者に対して刑事罰を導入するという規定を盛り込んでいた。1月15日には改正案に対して厚生労働省の厚生科学審議会感染症部会で議論があり、議事録では反対または慎重論が多数であった。しかし25日の予算委員会では、厚生労働大臣田村憲久は議論の内容を「おおむね賛成という形でありました」と報告していた。共産党の小池晃・立憲民主党の長妻昭 は、部会での反対意見を踏みにじって法案を提出したとして批判した。なお、部会の総括コメントには事前に2種類のシナリオがあり、そのシナリオでは賛成反対のどちらの意見が多い場合でも政府案の国会提出を認めることになっていた。1月26日から二日間の修正協議で改正案から刑事罰は削除され行政罰に改められた。松本純・遠山清彦両氏が東京の銀座のクラブで飲食していたことが1月26日に発覚したことも、野党側の主張を全面的に受け入れて譲歩する一因となった。
2月4日、入院拒否及び療養施設からの脱走をした場合50万円以下の過料、濃厚接触者を調べる疫学調査の拒否に20万円以下の過料を盛り込んだ改正感染症法が自民、公明、立憲、維新が賛成、共産、国民が反対の賛成多数で成立した。
国立保健医療科学院を一時停留場所として提供。
2020年2月13日、厚生労働省は、クルーズ船「ダイヤモンド・プリンセス号」の乗客について、80歳以上の高齢の乗客から順次、窓のない部屋と開閉できない窓しかない部屋で生活する乗客、基礎疾患などを抱えている乗客のPCR検査を実施し、陰性が確認された乗客本人が希望する場合は下船して政府が用意する宿泊施設で生活させる方針を発表した。
2月14日、厚生労働省は新型コロナウイルス感染症により影響を受けた飲食店営業者、喫茶店営業者及び旅館業を営む者に対し、同月21日より「衛生環境激変対策特別貸付制度」を実施すると発表した。
2月17日、厚生労働省は「新型コロナウイルス感染症についての相談・受診の目安」を公表した。
3月22日、厚生労働省は「新型コロナウイルス感染症についての相談・受診の目安」を解説する文書を公表した。
5月8日、厚生労働省は「新型コロナウイルス感染症についての相談・受診の目安」の改定を発表した。この際の記者会見で当時の厚生労働大臣加藤勝信は「受診の目安が基準のように誤解された」という趣旨の発言を行った。
2020年4月28日に、「現在日本で流行しているウィルスは3月末に欧米から来た第二波である可能性が高い。ダイヤモンドプリンセスの株は見つかっておらず第一波の中国のも抑え込めていた」と発表した。
防衛省・自衛隊は新型コロナウイルス感染症対策が「都道府県知事等の要請を待ついとまがない」と認められることから、自衛隊法第83条第2項ただし書きに規定する災害派遣(自主派遣)に災害派遣活動を行った。「ダイヤモンドプリンセス」号支援ではのべ約2700名、帰国者支援ではのべ約2200名、のべ4900名が支援活動した。最大活動規模は陸上自衛官150名、予備自衛官最大50名程、艦船2隻の体制であった。主な出動部隊は陸上総隊司令部の下、対特殊武器衛生隊、東部方面衛生隊、第1後方支援連隊であり、自衛隊中央病院の医官・看護官・薬剤官らも派遣された。関東補給処用賀支処も物資支援を行った。
当時の防衛大臣河野太郎は「自衛隊から感染者を出すな」という大臣命令を下した。厚生労働省の基準ではマスク、手袋、ガウンのみが義務付けられていたが、自衛隊は独自判断で防護服を着用した。手袋も2重にし、防護服とのつなぎ目を粘着テープでふさいだ。船側は『乗客に不安を与える』と防護服着用を控えるよう依頼したが、隊員は防護服着用を続けた。他省庁・関連機関で業務従事者の感染が確認されたなか、自衛隊員は感染者を出すことなく災害派遣行動を完結した。3月16日、「ダイヤモンドプリンセス」号等への支援が終了したことから防衛大臣は、災害派遣の終結を下命した。
2月15日、活動隊員に対する後方支援拠点として民間フェリー「シルバークィーン」を借り上げ、横浜港に派遣。19日には従事する隊員の感染防護を強化し、3月1日に大黒ふ頭における活動を終了。
3月8日、陸上における活動を終了。以後、自衛隊病院等におけるPCR陽性患者対応を実施。
3月12日、陸上自衛隊が保有するマスク約35万枚を、保管する用賀駐屯地より供出。
3月16日、河野より災害派遣活動の終結を下命。以後、自衛隊病院での患者受け入れ、自治体からの要請に応じて支援を実施予定。
新型コロナウイルス感染症の水際対策の強化が特に緊急を要し、「都道府県知事等の要請を待ついとまがない」と認められることから、「新型コロナウイルス感染症に対する水際対策強化に係る救援活動」を目的として、防衛大臣から自衛隊に対して、災害派遣(自主派遣)が再度下命された。
主な活動内容は、成田国際空港等におけるPCR検査用の検体採取、一時待機施設への搬送・同施設での生活支援を主としている。
4月6日より、自衛隊の支援の下、防衛省共済組合が運営する「ホテルグランドヒル市ヶ谷」を一時待機場所として提供している。
流行が収束しつつあること等から、2020年5月31日19時00分をもって、自主派遣を終了した。以後、都道府県知事の要請に応じて活動予定。
新型コロナウイルスに関する、都道府県知事等からの災害派遣要請は以下の通り。都道府県からの「依頼」を受けて活動を行った例もあるが、ここでは都道府県知事が自衛隊に対して正式に災害派遣要請を行い、自衛隊が公表したものを列挙する。2020年7月31日20時00分現在、27都道府県知事から計42件の災害派遣要請が行われた。
2021年、東京都と大阪府には自衛隊大規模接種センターが設置され、モデルナ製ワクチンの大規模接種が行われた。
水際対策に係った隊員数(2020年5月27日時点):延べ約8,600名
生活支援者数(2020年5月27日時点):延べ約16,980名
職員教育に従事した隊員数(2020年5月25日時点):延べ約1,300名
教育支援実施者数(2020年5月25日時点):延べ1,650名
以上出典:
2013年(平成25年)に国家安全保障会議が設置されて以降、(「四大臣会合」や「九大臣会合」が開催されても)6年強に渡って開催されていなかった「緊急事態大臣会合」だが、本ウイルスの流行に伴い、国家安全保障会議設置法に基づく「重大緊急事態」 に該当するとの前提で、2020年1月31日に初開催されて以降、平均して週1回ペース(3月10日時点)で開催されており、特に既に本ウイルスが流行している特定の外国・地域から日本への外国人の入国規制の強化に際しては、その影響が日本国内にとどまらず、外交上の影響も大きいこと等から、「緊急事態大臣会合」を開催した上で決定されている。
連絡会議は、安倍・菅・加藤などが対応を協議する会議であり、2020年1月下旬以降、ほぼ連日開催されている。対策本部の話し合いに先立ち、実質的に関係閣僚との議論を交わしている。新型コロナウイルスが「歴史的緊急事態」に指定された際に、「政府が意思決定をする会議」ではなく、議事録作成の必要はないと定められた。開示された議事概要では、開催時間20〜50分に対して議事の内容は6〜19行であり、安倍を含む政府高官の発言は全く無い。省庁の説明内容が箇条書きで記載されているだけで、首相や高官の意見や指示内容は一切書かれていない。対策をめぐる意思決定の過程が後から検証できない懸念がある。
2020年2月時点で、政府は天皇誕生日に行われる予定であった皇居での一般参賀の中止を発表。
2020年12月29日、新型コロナウイルスに感染拡大に伴って取りやめとなった新年一般参賀に代わる天皇陛下のビデオメッセージを2021年1月1日午前5時30分に、宮内庁のホームページにメッセージ動画と全文を掲載と発表。
2020年春のコロナ禍による全国での休校措置により、長期休校中オンライン授業等に踏み切った学校と対応しない学校に分かれたが、2020年5月11日の文部科学省の学校の情報環境整備に関する説明会では、文部科学省 初等中等教育局 情報教育・外国語教育課長が5%が環境が整っていないから実施しないのは言い訳であると断罪し、この非常時にさえICT(情報通信技術)を活用しないのは何故かと投げかけている。
観光業を支援するGo To キャンペーンを行っている他、3つの密対策に歩道の道路占用許可の緩和を行い、飲食店の席を設けることの出来るコロナ占用特例を令和2年6月より行っている。この措置は利用可能な場所では令和2年11月に施行された歩行者利便増進道路制度に移行することが推奨されている。
座長は永井良三自治医科大学長で、社会学者の古市憲寿ら8人で構成されている。岸田首相が2021年末に「コロナ対応を徹底的に検証し、6月までに抜本的な体制強化策をまとめる」と述べたことを受けて設置された。2022年5月11日に初めての会合を開催し、17日・20日の2日間で14の団体や個人から意見をヒアリングした。ヒアリングの対象は経済関係者や医療関係者だけであり、安倍晋三元首相や菅義偉前首相、厚生労働省や内閣官房など当時の政府関係者は対象外とした。尾身茂は「呼ばれたが(説明は)たった7分」と語っている。
初会合から約1ヶ月後の6月15日に報告書を発表した。報告書には、緊急事態宣言及びまん延防止等重点措置に基づく対策が感染対策防止にどれだけ効果があったのかという「検証」は含まれなかった。主なテーマは「司令塔機能の強化」「医療体制の強化」に絞られた。一元的に対策を担う司令塔組織を政府内に発足させ、事前準備の具体策を講じるよう求めた。これを受けて政府は、「内閣感染症危機管理統括庁」を設置する方針である。
政府は2020年4月以降、4回にわたって緊急事態宣言を発出した。また、2021年4月以降はまん延防止等重点措置を発出した。
1回目の緊急事態宣言は2020年4月7日から5月25日までの49日間にわたって出された。最も多いときでは全ての都道府県が宣言の対象となり、期間は当初1ヶ月とされたが1回延長された。
2020年3月30日、当時の内閣総理大臣(首相)安倍晋三は自民党役員会で、ウイルス感染拡大を受け、政府が4月1日にも緊急事態宣言するとの臆測が流布していることについて、「そんなことは全くない、こうしたデマやフェイクニュースに気をつけなければならない」と否定した。首相は「明後日に緊急事態宣言をし、戒厳令まで出すとデマが流れている」とも語った。当時官房長官の菅義偉は、東京都を対象に緊急事態宣言を出す可能性について、「ぎりぎり持ちこたえている状況、緊急事態宣言については、多方面から専門的な知見に基づいて慎重な判断が必要」と述べた。
一方で、日本医師会は2020年3月30日の記者会見で、専門家の間で「緊急事態宣言を出したほうが良い」という認識が強まっていることを明らかにした。東京都について、新たな感染者が1日100人を超えるかどうか、感染経路が不明な者の割合、患者数と病床数との兼ね合い、などが緊急事態宣言の判断基準になるという認識を示した。日本医師会は4月1日、緊急事態宣言を出すべきだとの考えを改めて示した。当時会長の横倉義武は「欧米諸国では感染の拡大が止まらず、日本も油断すると同じような状況になる」と述べた。
3月31日、東京都知事の小池百合子は、安倍と首相官邸で会談し、感染防止対策について協議した。小池は、記者団に対し「緊急事態宣言については国が決めること、国家としての判断が求められている」と話した。
その後、4月7日に当時内閣総理大臣の安倍晋三は改正新型インフルエンザ等対策特措法に基づく緊急事態宣言を東京、神奈川、埼玉、千葉、大阪、兵庫、福岡の7都道府県に発出している。
改正新型インフルエンザ対策特別措置法による、東京、神奈川、埼玉、千葉、大阪、兵庫、福岡の7都府県に対して「緊急事態宣言」が4月7日に発令された。同日夜に宣言内容を記載した官報が張り出され、宣言が発効した。東京都などは、不要不急の外出自粛が始まり、デパートなどの休業も相次ぎ、ビジネス街や商業地は閑散とした。期間は5月6日までの1か月間である。
4月9日、愛知県知事大村秀章は「明日(県独自の)緊急事態宣言を出す」と公表し、4月10日に愛知県の緊急事態宣言を発表した。一方で、愛知県に隣接している岐阜県では4月10日に県独自の緊急事態宣言として非常事態宣言を発令した。緊急事態宣言が発出された自治体は宣言に基づき、各自治体ごとに休業や自粛などの要請を行う緊急事態措置を発令する。
4月7日に緊急事態宣言を発出したあと、愛知県や京都府が対象に加えることを要請した。これに対し当時の官房長官の菅義偉は、4月9日と10日の会見で「現時点で愛知県、その他の自治体について、対象地域に加えるべきだとの評価に至っていない」と答弁した 。同月16日に全国に範囲を広げて緊急事態宣言を発令し、さらに同月7日に発令された7都府県と同程度に1日の感染者数が増加傾向にあり医療体制が逼迫している状況にある北海道、茨城、石川、岐阜、愛知、京都の6道府県を加えた13都道府県が「特定警戒都道府県」に位置付けられた。
4月16日には、緊急事態宣言の対象範囲が全国へと拡大された。背景には都市部から地方への感染が拡大する危機感がある。感染者が少ない地域では「うちの県がなぜ」「収束には必要」と様々な声が上がった。その一方で7日に発令された7都府県に、新たに同程度に1日の感染者数が増加傾向にあり医療体制が逼迫している状況にある北海道、茨城、石川、岐阜、愛知、京都の6道府県を加えた13都道府県が「特定警戒都道府県」に位置付けられた。このうち、北海道では2月28日と4月12日に、愛知県では4月10日にそれぞれ独自の緊急事態宣言を発出している。また、「特定警戒都道府県」以外の地域では沖縄県も4月20日に県独自の緊急事態宣言を発出している。
4月25日、政府内で、緊急事態宣言について、5月6日の全面解除は困難との見方が強まっている。「特に特定警戒都道府県」は感染拡大が収束していない、「解除は考えにくい」との声が出ている。政府は、5月初旬に最終判断する見通し。菅は、「状況は時々刻々と変化している。専門家の話をうかがったうえで判断したい」と述べた。
5月1日、安倍は、専門家会議の結果を受け経済再生担当大臣の西村康稔から報告を受け、緊急事態宣言を全国を対象として1か月程度延長する方針を表明した。4日に正式決定し、記者会見で国民に協力を呼びかける。記者団に「緊急事態宣言をおおむね1か月程度延長する」ことを明らかにした。
5月3日、政府は、4日に緊急事態宣言を延長するにあたり、感染拡大が深刻な「特定警戒都道府県」以外は、感染防止策をとった上で社会経済活動を再開する方針。政府が4日に開く基本的対処方針等諮問委員会の評価を踏まえ、指定対象を修正する。感染防止策の基本方針は「緊急事態宣言は国民一丸で感染防止に全都道府県で取り組む」「特定警戒都道府県は行動制限の継続が必要」「特定警戒都道府県以外はより社会経済活動の維持との両立に配慮、少人数のイベントを事実上容認」「業種や施設ごとに感染防止の指針を作成」。
5月4日、安倍は、全都道府県への緊急事態宣言を31日まで延長することを決めた。また、長期化する自粛にも配慮し、深刻ではない地域の制限緩和など、社会経済活動を徐々に再開する方針。14日をめどに感染者数や医療提供体制などを分析し、期限前に緊急事態を解除する考え。
1回目の緊急事態宣言は5月14日以降順次解除 され、5月25日までにすべての都道府県で宣言が解除された。
5月14日、政府は、特定警戒都道府県の茨城、石川、岐阜、愛知、福岡の5県を含む計39県の緊急事態宣言の解除案を、「基本的対処方針等諮問委員会」に提示、同委員会は妥当と判断した。集団感染発生の愛媛県は「条件付き解除」となった。残る8都道府県、北海道、千葉、埼玉、東京、神奈川、京都、大阪、兵庫の宣言の期限は31日とし、21日に解除の可否を判断する。
5月19日、緊急事態宣言解除の直近1週間の新規感染者数(人口10万人当たり0.5人程度以下)を、大阪、京都、兵庫が基準を満たした。緊急事態宣言継続の8都道府県の17日までの1週間で、大阪府0.31人、京都府0.23人、兵庫県0.11人となっている。
5月20日、全国知事会は、政府が緊急事態宣言解除の判断の前に、首都圏や関西圏の一体性に配慮するよう求める緊急提言案をまとめた。社会・経済的に結びつきが強く、都道府県単位の解除では、人の移動が生じ再び感染拡大が起こる懸念を示した。政府は21日、宣言継続中の8都道府県について、解除の可否を判断する方針だ。西村は、「東京と3県の関東圏、大阪、兵庫、京都の関西圏は一体的に判断することが基本」と述べている。
5月21日、安倍は、ウイルス感染拡大に伴う緊急事態宣言が続く大阪、兵庫、京都の3府県の宣言の解除を決定した。北海道、千葉、埼玉、東京、神奈川の5都道県は、25日に解除の可否を判断する、「可能であれば31日を待たず解除したい」と述べた。
大阪、兵庫、京都の関西3府県は、5月23日に事態宣言が解除されて初の週末を迎え、商業施設や観光地には人波が戻ってきた。また3府県以外でも、多くの人が外出を楽しんだ。西村は5月24日、この日の感染者数が東京都14人、北海道15人だったことに、「減少傾向にあることに変わりはない」と解除に期待感を示した。当時厚生労働大臣の加藤勝信は「状況は改善し医療の逼迫はかなり緩んでいる、専門家の意見を聞き解除に向け判断となる」と語った。解除にあたっては「感染状況」「医療提供体制」「PCR検査などの監視体制」を総合的に判断する。
5月25日、政府は、北海道、埼玉、千葉、東京、神奈川の5都道県の緊急事態宣言解除を決めた。決定に先立ち安倍は、緊急経済対策として第2次補正予算案(事業規模100兆円程度)を閣議決定すると表明した。今月末の期限を待たずに宣言解除となったことに「わずか1カ月半で流行をほぼ収束できた」と語った。北海道と神奈川県は、解除基準の目安である「直近1週間の新規感染者が10万人あたり0・5人程度以下」を上回ったが、医療提供体制などを踏まえて「総合的に判断いただいた」と述べた。これに関連して、WHOは日本の対策を「成功」と評価した。
2回目の緊急事態宣言は2021年1月8日から3月21日までの73日間にわたって出された。最も多いときで11の都道府県が宣言の対象となり、期間は2度にわたって延長された。
2021年1月7日、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県に緊急事態宣言を発令した。
1月13日、京都府、大阪府、栃木県、岐阜県、愛知県、兵庫県、福岡県の7府県を14日から緊急事態宣言の対象地域に追加することを決定。
2月2日、政府が緊急事態宣言を栃木県を除き3月7日まで延長すると発表した。
2月28日、この日を最後に京都府、大阪府、岐阜県、愛知県、兵庫県、福岡県の6府県で先行解除された。
3月5日、政府が東京都、埼玉県、千葉県、神奈川県の1都3県に発令中の緊急事態宣言について、21日までの再延長を正式決定。
3月21日、この日を以って東京都、千葉県、埼玉県、神奈川県の1都3県に発令されていた緊急事態宣言が解除された。
2020年の12月に入り再び感染者が全国的に増加し、同月31日には東京都で1日の感染者が1,337人と千人を超える過去最高を記録した。翌2021年1月2日には、東京都の小池百合子、埼玉県の大野元裕、神奈川県の黒岩祐治、千葉県の森田健作ら首都圏4都県各知事が経済再生担当大臣兼新型コロナウイルス対策担当大臣の西村康稔と面談し、(特措法に基づく)緊急事態宣言の発出を速やかに検討するよう要請した。これを受けて、同月4日に安倍の次期内閣総理大臣に就任した菅義偉が記者会見で対象地域を要請のあった1都3県とする特措法に基づく緊急事態宣言の発出について検討に入ることを表明し、1月8日より2月7日までの予定で当該1都3県に対し特措法に基づく緊急事態宣言を発出することを固め、7日夕方の政府の新型コロナウイルス感染症対策本部で発出を決定し、官報公示された。
その後も宣言地域以外でも感染者が増加していることから、大阪・京都の2府と兵庫県も9日、政府に特措法に基づく緊急事態宣言発出を要請する方針を決め、愛知県も要請の検討に入っていたが、11日に岐阜県とともに政府に特措法に基づく緊急事態宣言発出を要請する方針を決めた。さらに12日には栃木県の福田富一知事が西村担当大臣と電話会談し、同県を特措法に基づく緊急事態宣言地域に含めることを要請した。政府は各府県の要請を受けて、大阪・京都・兵庫・愛知・岐阜・栃木の2府4県と発出要請を検討していた福岡県について、1月14日から2月7日までの予定で特措法に基づく緊急事態宣言を発出することを固め、13日夜の政府の新型コロナウイルス感染症対策本部で発出を決定し、官報公示された。
政府による特措法に基づく緊急事態宣言以外にも、感染者の増加から独自の緊急事態宣言を発出する県も相次いでおり、宮崎・三重・熊本・長崎・茨城・沖縄などの各県で発令された。このうち沖縄県の玉城デニー知事は1月22日に同県を特措法に基づく緊急事態宣言地域に含めることを国に要請した が、同県の対象地域への追加には至っていない。
2度目の緊急事態宣言発出の期限が近付いた2月2日、政府は医療提供体制の逼迫が依然深刻なため、感染状況が落ち着いた栃木県を除く1都2府7県に対する緊急事態宣言を3月7日まで延長することを決め、官報公示された。ただし、対象地域で感染状況の改善が確認された場合は、宣言期限を待たずに順次解除する方針であった。
2月26日、政府の新型コロナウイルス感染症対策本部は緊急事態宣言の対象地域のうち、愛知、岐阜、大阪、京都、兵庫、福岡の2府4県について、同月28日をもって解除することを決定した。東京など首都圏1都3県は3月7日の期限まで維持する。その後、期限間近となった3月5日、政府は首都圏の病床使用率がなお高い水準にあることから、宣言に基づく感染対策の継続が必要と判断し、4都県に発令中の緊急事態宣言を同月21日まで延長することを決定、官報公示された。その後、宣言を延長していた首都圏4都県では逼迫していた医療提供体制が改善し、4段階の指標の中で宣言解除の目安とした「ステージ3」相当を下回ったと判断し、同月18日の政府の新型コロナウイルス感染症対策本部で予定の同月21日で緊急事態宣言を終了することが決定され、同日の官報で公示された。全国の新規感染者数は3月の上旬以降微増傾向が続き、17日の専門家会合では「都市部ではすでに感染の再拡大、リバウンドが生じ始めているのではないかという指摘もある」としている。閣僚の一人は緊急事態宣言の解除のタイミングに関して「解除は今週しかない。延長したら感染者が増えて解除できなくなるかもしれない」と述べた。