京阪神快速
1986年11月1日の国鉄最後のダイヤ改正からは山科駅に新たに停車し、西明石駅にも全列車が停車するようになり、西側は全列車が姫路駅発着となり、東側も彦根駅と近江舞子駅(湖西線内は各駅停車に変更)まで1時間に1本ずつ延長されるとともに、草津駅 - 彦根駅間で各駅停車であった新快速の停車駅が削減され、篠原駅・安土駅・稲枝駅・河瀬駅・南彦根駅が停車駅から外された(栗東駅は当時は未開業)。また国鉄分割民営化を控えて、従来国鉄本社直轄だった外側線と列車線が大阪鉄道管理局に開放され、草津駅 - 西明石駅間の複々線区間で新快速はそれまでの内側線・電車線から外側線・列車線走行に変更となり、大阪駅 - 京都駅間と大阪駅 - 神戸駅間でそれぞれ3 - 5分程の時間短縮が図られた。のちに大阪駅 - 新大阪駅間と京都駅 - 草津駅間は平日朝ラッシュ時以外内側線を走行するようになった。またそれまで大阪駅で快速が新快速を待避していたが、これにあわせて快速・新快速と普通の緩急接続に変更された。側窓を下降式としたマイナーチェンジ版の117系100番台が6両×3編成増備される。この時点においても朝夕ラッシュ時には新快速の設定はなく(姫路駅発着は少ないながらも設定されていた)、外側線を走行する快速がラッシュ時の最速列車であった。また国鉄の鉄道管理局の境界が彦根駅 - 米原駅間であり、新快速の東端は彦根駅発着であった。
1970年10月1日に新快速が設定されて以後、快速に関しては17年後の民営化に至るまで基本的に大きな変更なく113系が使用され続けた。この時点の京都駅 - 西明石駅間での停車駅は原則として、高槻駅・茨木駅・新大阪駅・大阪駅・芦屋駅・三ノ宮駅・元町駅・神戸駅・兵庫駅・須磨駅・明石駅であった。外側線を走る一部の快速は上述の通り西ノ宮駅に停車し須磨駅・西明石駅を通過した。また、通勤時間帯には新快速は運行されていなかったため、速達列車の主流は113系を用いた快速であり、夕方ラッシュ時では内側線と外側線を利用した大阪駅同時刻発車の下り快速の設定もあった。その1本は宮原電車区所属の大阪始発下り最長走破となっていた12両編成グリーン車付岡山駅行き快速で、途中駅での編成開放もされず全区間12両で運用されており、これは宇野線への新幹線接続用快速のグリーン車連結のために関西から113系を送り込むため運転されていた。この列車は宇野線快速が岡山電車区の115系に置き換えられ、さらに京阪神快速のグリーン車が廃止された後も1988年3月ダイヤ改正まで運転され、担当も網干電車区に替わっていたが、上道駅や高島駅の開業後は両駅のホーム有効長の関係上網干駅で4両を切り離していた。
1972年3月15日の改正では、東側で草津駅まで1時間あたり4本に増発された。同時に垂水駅にも電車線の快速が停車するようになり、列車線の快速停車駅に西明石駅が追加された。同年4月20日には六甲道駅に内側線を運転する快速が停車するようになった。
1974年7月20日には湖西線が開業し、一部列車が湖西線に直通するようになった。
1980年10月1日の改正でグリーン車の連結が中止されたが、それに先立って8月末から時刻表からグリーン車のマークが消え、連結されていた車両は普通車として開放され、編成から抜かれたグリーン車は首都圏へ転出した。末期までサロには旧一等車→グリーン車を示す薄緑の帯が示されており、この時代を持って実質的に関西地区での普通列車へのグリーン車付属がなくなることになった。これにより基本編成が7両に統一され最大編成でも11両となったが、1981年10月には高槻電車区の編成にサハ111が連結され基本編成が再び8両に戻された。
1985年3月14日の改正で日中の快速は高槻駅 - 京都駅間で各駅に停車するようになり、この時間帯における普通(各駅停車)の同区間の運転はなくなった(1997年9月1日に復活)。
1987年(昭和62年)4月1日、国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道(JR西日本)が発足した。発足時は国鉄最後のダイヤ改正(1986年11月1日)時のダイヤをそのまま継承した。
JR発足後は朝ラッシュ時にも新快速が運転されるようになった。1989年には221系が登場し、その大きな窓と明るい車内が新生JRの格好のPR材料となった。JR他社が新設計の特急車両をフラッグシップとする中、国鉄時代に実現しなかった関西地区向け211系の分も合わせて一挙に投入された221系は、すぐに京阪神エリアの顔となり、通勤輸送の改善や120 km/h運転の開始により、今日のアーバンネットワークの基礎を築きあげた。私鉄沿線よりも開発余地の大きかった国鉄・JR沿線の発展に伴い、当初新快速用が6両、快速用は4両同士連結の8両編成であった221系も、8両編成が主体となっていき、最長12両編成の列車も徐々に増加していった。
1995年1月17日の阪神・淡路大震災では、各鉄道が大きな被害を受け、長期運休を余儀なくされた。その中から、阪神間でもっとも早く開通したのがJRであった。貨物輸送も担う幹線であり、復旧が急がれ、またJR各社の応援を得られたことも大きかった。
復旧後のJR神戸線は、不通区間のあった他私鉄からの一時的な転移客に対応して、通勤時間帯を中心に増発・増結が行われた。特に輸送力が求められた新快速は予備車の活用や先代117系の投入により増発、その後223系1000番台を急遽追加投入して輸送力確保に努めた。被害の大きかった阪神間や神戸市内での沿線人口が減り、明石市方面への転居者が多かったこともJRに有利に働き、先述の通勤時間帯に増発された列車は、さらなる利用増加を見据えて運転が継続された。
さらに、京都駅ビルの集客力強化に成功したほか、京都を越えて直通運転する琵琶湖線沿線、特に草津市・守山市を中心とする地域では、新快速による時間短縮効果が大阪・京都への通勤客を中心とする人口増を呼ぶとともに、京都市内からの大学の新キャンパス設置や滋賀県内への企業誘致など、新たな需要の拡大を生んでいる。
阪神大震災後に乗客が急増したJR神戸線の増発用として急遽製作された223系1000番台は、扉間の座席を1列減らしてドア周囲を広く取ると同時に、その空間を利用した補助席を新たに設け、ラッシュ時の混雑緩和と日中時間帯の着席サービスの両立を図った。朝夕時間帯の新快速の増発は、130 km/h運転に対応する223系の増備が進むにつれて、朝ラッシュ時の快速も223系化されて足並みが揃えられ、神戸駅 → 大阪駅間で快速が先着になるなど、ダイヤにも手が加えられている。
2005年4月25日にJR福知山線脱線事故が発生、余裕のないダイヤが一因であるとの批判を浴びた。翌2006年3月18日のダイヤ改正では余裕時間の見直しが行われ、京都・大阪・三ノ宮駅での停車時間を約2分とし、余裕を持った折り返し運用などが実施され、京都駅 - 大阪駅間が27分10秒から28分20秒に、大阪駅 - 三ノ宮駅間では19分50秒から20分50秒に、それぞれ改正前より約1分の所要時間増となった。また、主要駅に設置されていた新快速の宣伝看板も、所要時間の延長を理由に撤去されるようになった。なお、新快速と朝の一部の快速の最高130 km/h運転は継続しており、車体の強度を高めるなどの安全対策や全車両0.5Mとすることなどの製造コスト削減を図った223系の後継225系が2010年12月から運用が開始されている。
1988年(昭和63年)3月13日:夕方ラッシュ時に新快速が上下21本増発され、この時間帯に米原行きが上下11本設定される。外側線を走行する快速が六甲道駅に停車となる。
1989年(平成元年)3月11日:221系が新製投入されはじめ、一部の新快速・快速での運用を開始。初めて朝ラッシュ時に新快速を運転し、また最終列車を神戸・京都方面ともに大阪駅23時発に繰り下げ、終日に渡って新快速を運転するダイヤの基礎が確立。琵琶湖線での新快速運転区間が全列車彦根駅から米原駅まで延長。
1990年(平成2年)3月10日:高槻駅と芦屋駅が日中の新快速停車駅に、住吉駅が快速停車駅に追加。新快速は京都駅以東で内側線運転に変更となり、最高速度を110 km/hから115 km/hに引き上げ、京都駅 - 大阪駅間を高槻駅に追加停車しながらもダイヤ改正前と同じ29分で運転した。
1991年(平成3年)
3月16日:新快速は使用車両が朝ラッシュ時を除き221系に統一され、日中に120 km/h運転を開始。西明石駅折り返しの系統を加古川駅まで延長し、西明石・加古川間は1時間に新快速4本・快速4本体制となる。
9月14日:北陸本線田村駅 - 長浜駅間が直流電化され、米原駅発着の新快速の半数が長浜駅へ延長された。またこの改正から日中の新快速も徐々に8両編成に増強。
1992年(平成4年)3月14日:新快速の全列車が8両以上になる。大阪発0時台に西明石行きと野洲行きの快速が増発され、姫路行きの最終も繰り下げになる。
1993年(平成5年)3月18日:休日朝時間帯の新快速が高槻駅・芦屋駅に停車するようになる。
1995年(平成7年)
4月1日:阪神・淡路大震災の不通区間が復旧。私鉄他線が未復旧のため、JR神戸線内で新快速を臨時に朝ラッシュ時の大阪方面に4本(8分等間隔化)、夕方ラッシュ時の姫路方面に3本増発した。この臨時列車の運転開始時は113系・117系を使用する列車もあった。朝ラッシュ時の神戸線の外側線を走行する快速の運転間隔が8分等間隔になる。
4月20日:尼崎駅に朝ラッシュ時の神戸方面の一部の快速が停車となる。
6月12日:神足駅(現:長岡京駅)に一部の快速が停車となる。
8月12日:223系1000番台48両が投入され、223系新快速の運転を開始。私鉄他社復旧後も臨時列車の運転は継続。
9月1日:平日の朝晩を除いて、高槻駅・芦屋駅に新快速の全列車が停車となる。夕方の大阪駅始発の姫路方面下りの新快速(定期・臨時をあわせる)が19時前後に集められ、18時30分 - 19時15分の間は7.5分間隔での運転になる。長岡京駅に平日のすべての快速が停車となる。快速の尼崎駅停車列車が増える。
1996年(平成8年)3月16日:新快速の湖西線での運転区間が近江舞子駅から近江今津駅または永原駅まで延長され、同線内の快速運転が復活。大半の米原駅での折り返し列車が長浜駅まで延長され、日中に長浜駅まで運転する列車は新快速のみになる。朝夕ラッシュ時の臨時列車が定期列車化。快速は全列車が長岡京駅に停車となる。15分間隔ダイヤの時間帯が21時台まで拡大。
1997年(平成9年)
3月8日:223系1000番台44両を新快速に追加投入することで日中の快速をすべて221系で運転とし、高槻駅には曜日と時間帯を問わずすべての新快速が、またJR東西線開業で乗り換え駅になった尼崎駅にもすべての新快速・快速が停車、日中の223系新快速が30分間隔で運転されるようになる。この時点の新快速の使用車両は大阪発23時台の野洲行き1本と平日の大阪発8時30分台の姫路行きが117系であった以外はすべて223系と221系で、前者はおもに運転区間の短い野洲駅・草津駅発着と湖西線直通列車に、後者は長浜駅発着列車に充当。またラッシュ時や検査代走時には221系と223系1000番台の混結もあった。
9月1日:朝晩に上下各1本の新快速を増発。高槻駅 - 京都駅間で各駅停車となる快速が増加。
1998年(平成10年)3月14日:同年4月に開通する明石海峡大橋を通る高速バスが停車する舞子BSとの交点となる舞子駅に電車線を走行する快速が、このほか朝の通勤の利便性向上のため西ノ宮駅にすべての外側線の快速が停車となる。
1999年(平成11年)5月11日:223系1000番台の大量増備版である2000番台を投入し、朝ラッシュ時の新快速を223系に統一。これにより、草津駅 - 西明石駅間で普通列車としては日本初の130 km/h運転を開始。117系による新快速運用は前日をもって終了。
2000年(平成12年)3月11日:2000番台を236両とすることで新快速のすべての定期列車を223系化、130km/h運転の時間帯と区間を終日の米原駅 - 姫路駅間に拡大し、大阪駅 - 京都駅間で27分、大阪駅 - 三ノ宮駅間は芦屋駅通過列車では18分の運転となり、このときの運転時分が新快速の最速記録である。そのため1972年以来の京都駅00・15・30・45分発が崩れた。新快速の最高速度の引き上げに合わせて同区間を走行する特急の最高速度が引き上げられ、特急と新快速はほぼ平行ダイヤとなり、京都駅 - 姫路駅間では各線へ直通する特急が新快速の等間隔間に割って入る形になった。また新快速のスピードアップに伴い、芦屋駅 - 東灘信号場間で日中の快速が外側線運転になった。また、朝夕に一往復残っていた備前片上駅発着の快速が廃止された。
2001年(平成13年)3月3日:朝ラッシュ時の快速の停車駅に西ノ宮駅が追加。奈良線の「みやこ路快速」の運用開始により221系6両編成と4両編成の各3本の計30両が奈良電車区に転属。転属した分は余剰気味の113系で対応した。
2002年(平成14年)
3月23日:西ノ宮駅に停車する快速が平日の朝晩に拡大。早朝深夜に2往復西明石駅発着となっていた岡山電車区所属の115系の乗り入れが姫路駅までに短縮された。
10月5日:快速は全区間で内側線の運転に戻し、緩急接続パターンを両方向で統一。
2003年(平成15年)12月1日:芦屋駅にすべての新快速が、西ノ宮駅にすべての快速が停車となる。このため、大阪駅 - 三ノ宮駅間の新快速の所要時間は19分に延びた。JR神戸線の朝の外側線を走行する上り快速については、芦屋駅のホームが新快速と共用のため待避できなくなることにより、神戸駅から大阪駅まで先着させる必要が生じたため、車両をより最高速度の高い223系に統一し、130 km/h運転を開始。22時台の快速も高槻駅以東普通となる。夕方ラッシュ時の外側線を運転する快速(大阪駅 → 姫路方面)1本が新快速に変更。
2004年(平成16年)10月16日:新快速が朝のラッシュ時に増発され、京都方面から大阪駅へ向かう新快速が8分等間隔で運転されるようになる。また夕方ラッシュ時のピーク時に、大阪駅始発京都方面行きの新快速を増発し、7.5分間隔で運転するようになる。この改正で、朝に運転していた米原発西明石行きの快速を長浜発の新快速に変更したため18年ぶりに西明石行きの列車が復活。快速はJR京都線でも朝の下り列車を223系に統一し、等間隔運転と130 km/h運転を開始。113系の快速での運用を終了。
2005年(平成17年)
3月1日:加古川駅の高架工事の完成に伴って同駅で上下ともに新快速と普通の緩急接続を開始。日中にも赤穂線播州赤穂駅まで1時間あたり1本(ラッシュ時はこれまでと同様2本)の新快速が直通運転されるようになる。この時間帯の上郡・岡山方面発着の普通は相生駅発着になり、播州赤穂駅発着の新快速または普通と接続するダイヤが組まれた。
10月1日:同年4月に発生したJR福知山線脱線事故を受けて、所要時間短縮のために切り詰められていた余裕時分の見直しが行われた。ダイヤ上大阪駅での停車時間が1分未満の列車も多く、定時運行率は6割程度にまで落ち込んでいたことから実施された。
2006年(平成18年)
3月18日:再度余裕時分の見直しと、乗降客数が特に多い京都・大阪・三ノ宮駅での停車時間を約2分とする変更が行われたため新快速も所要時間が伸び、再び京都駅基準でも00・15・30・45分発となった。また、日中の播州赤穂駅への直通列車は、姫路駅以西で4両から8両に変更。これにより従来8両固定編成をおもに充当していた近江今津駅・長浜駅発着の新快速を敦賀駅への乗り入れに備えて4+4両編成に変更。JR京都線の夕ラッシュ時の外側線を走行する快速が廃止。
10月21日:北陸本線長浜駅 - 敦賀駅間と湖西線永原駅 - 近江塩津駅間が直流電化され、新快速のうち米原駅側の4両が湖西線または米原駅経由で近江塩津駅・敦賀駅まで直通運転を開始。これによって最長列車で総距離275.5 km、所要時間3時間59分の敦賀発米原経由播州赤穂行きが設定された。この改正で223系2000番台の6両編成同士連結の新快速運用がなくなり、これまでの米原駅・京都駅・姫路駅・網干駅に加え近江今津駅でも増解結が行われるようになる。また、このころから12(10)両編成の編成順序が逆転し、米原駅側が4両、姫路駅側が8(6)両となった。
2008年(平成20年)3月15日:土曜・休日ダイヤの一部列車が編成増強。敦賀発米原経由播州赤穂行き新快速は、列車としてはつながっているものの、敦賀発は網干駅までとなり、全区間を直通する車両運用はなくなった。
2009年(平成21年)3月14日:大阪駅を0時頃に発車していた快速(上下各2本ずつ)を、上下線とも0時00分発と0時25分発として新快速に種別を変更。下りの最終新快速列車である西明石行きは兵庫駅 → 西明石駅間で電車線での運転となった。この改正で再び6両編成同士の12両の新快速運用が復活したほか、京都方面行きの2本は高槻駅から普通に変更された。これにより京都駅 - 高槻駅間での通過運転を行う快速は朝のみになる。
2010年(平成22年)12月1日:新快速・快速の一部に225系0番台を投入。 新快速は223系のみから、223系と225系を使用することになった。
2011年(平成23年)3月12日:南草津駅が新快速停車駅となる。土休日ダイヤの新快速の全列車が12両編成での運転となる(米原駅・近江今津駅 - 姫路駅間のみ)が、再び6両2本連結の定期新快速が廃止。
2013年(平成25年)3月16日:平日朝夕夜の新快速の12両編成運転の時間帯を拡大。平日朝に姫路発大阪行きで1本、夕方に大阪発姫路行きで2本、新快速が増発された。これに伴い、夕方下りに残っていた、外側線を走行する快速(須磨駅・垂水駅・舞子駅通過)は廃止された。土休日の一部の快速を京都駅 - 高槻駅間で各駅停車とする。
2016年(平成28年)
3月26日:昼間時間帯の大阪駅を発車する新快速と快速を、15分間隔のちょうど中間に当たる7.5分間隔で交互に発車する形に(同様に、20分間隔の運転となる時間帯は、大阪駅から10分間隔で交互に発車するダイヤに)して快速の運転時刻が若干変化したことと、摩耶駅開業によって普通がスピードダウンしたことに伴い、芦屋駅と三ノ宮駅における新快速と普通との相互接続が不成立になり、高槻駅では新快速と一部のはるか停車列車専用のホーム供用開始に伴い、普通との同一ホーム乗換ができなくなる。昼間時間帯の新快速の播州赤穂駅発着を姫路駅発着に見直し、姫路駅 - 播州赤穂駅間の普通と接続する形に変更。朝の下り・夜の上りで運転していた快速の米原駅 - 大垣駅間直通を廃止した。
7月7日:225系100番台が営業運転を開始。
2017年(平成29年)3月4日:新快速が快速運転を行う米原駅- 姫路駅間で終日12両運転になる(平日夕方の大阪駅始発列車と京都駅8時20分発の米原行きは除く)。
2018年(平成30年)3月17日:ダイヤ改正により、草津→大阪間にて土休日昼間の新快速を46年振りに増発(2本)。同時間帯に運転されていた湖西線からの新快速は大阪止まりに変更された。
2019年(平成31年)3月16日:一部の新快速に有料座席「Aシート」を導入。
2020年(令和2年)12月1日:新快速「Aシート」の一部座席を指定席に変更。
2023年(令和5年)度:新快速・快速の使用車両を223系・225系に統一し、221系は主に大和路線・おおさか東線へ転用する予定。