メトロイド アザーエム
撃破後もバラッグはボトルシップ各所に登場するが単なる背景扱いで襲いかかってくる事はない。
ナミヘ&フーネ
セクター1の道中に登場する、ウミヘビのようなクリーチャーで、目があるほうがナミヘ、無いほうがフーネ。これまでのシリーズではザコ敵として登場していたが、中ボスとしての登場は今作が初となる。
部屋中の穴から顔を出しつつ、口から弾を吐いて攻撃してくる。一方が倒されると、もう一方が強くなる。
セクター1内の樹木に擬態している、六本足のキリンのような生物。弱点のコアから、こちらを追尾してくる毒玉をばらまく。体は上下を反転させることもでき、攻撃方法が若干変化する。
キング・キハンター星人
セクター1内の巨大なキハンター星人の巣を支配している、キハンター星人の王。本体は巣と一体化しているため無防備で、巣の周囲の植物「フラワナ」や、キハンター星人に攻撃させ身を守る。
未確認生物(リドリー第2形態)
銀河連邦軍の訓練所を模したバイオスフィア試運場にて、施設を探索中の第7小隊を襲った巨大なトカゲのような生物。後に戦闘に加わろうとしたサムスに襲い掛かる。サソリのように長く鋭い尾を持ち、これによる刺突で攻撃する。
戦闘中のサムスは、未確認生物に上から圧し掛かられている状態であるため身動きが取れず(センスムーブにより上体起こしのように回避することは可能)、強制的にサーチングビューでの戦闘となる。
アンソニーのプラズマ砲で胸を撃ち抜かれ、セクター3に撤退する。戦闘後にライアルの死体が発見され、同時に試運場の隅でリトルバードの抜け殻がサムスによって発見されたため、ライアルを殺害した犯人と目される。
後にリドリーに成長する中間体であることが判明するが、この時点でもグリプト星人等のクリーチャーを扇動、自分の配下として従え、サムスを援護しようとする第7小隊に差し向けて妨害するなど、オリジナルに引けを取らないカリスマ性、狡猾さを見せており、アダムもこの生物の存在を危惧していた。
逃げた未確認生物を追った先の、セクター3の火山の火口でサムスに襲い掛かった巨大生物。長い首と両手、飛び出た目玉が特徴。
火山弾を飛ばす、地面を叩いて溶岩を噴出させる等の攻撃を行うが、しばらくすると疲弊してしまう。
RB-176
セクター2の倉庫内で、マデリーンと思われる女性とサムスを襲撃した、何者かが操縦する巨大な作業用マシン。森林伐採用カッター、レーザーを持つほか、二本のアームの振り回しや突進攻撃を行う。最終的に倉庫内のコンテナに突っ込み、機能停止した。
操縦者が銀河連邦軍のスーツを着ていたこと、女性の証言で、連邦軍のスーツを着た兵士が、倉庫の外でモーリスをフリーズガンで射殺したことが判明したことから、サムスは小隊の誰かが秘密裏に暗躍していることを確信し始め、その人物を「デリーター」と呼称する。
セクター3内のゴミ処理施設を兼ねた、マグマ生成高炉内の溶岩を泳ぎ回っている魚のようなクリーチャー。マグマ生成高炉到着以前にも、セクター3探索中のサムスに何度か襲い掛かっていた。
溶岩内から飛びかかる、溶岩の飛沫をぶつける、溶岩弾を吐き出す等の攻撃を行う。
口内、腹部を弱点にもつ。また戦闘直前にサムスが作動させたグラップルポイント(今作のグラップルポイントは、施設内の監視、観測用カメラも兼ねるという設定)を飲み込んでおり、グラップリングビームでグラップルポイント諸共釣りあげることができる。
詳細は上記及びリンク先を参照。
セクター5内の超重力実験フロアの天井に格納されていた、重力を操る生体兵器。『メトロイドフュージョン』に登場したボスであるが、時系列としてはこちらがオリジナルである。
重力操作機能により滑らかな空中移動を行い、両腕からのレーザー、光弾、その巨体を活かした突進攻撃を行う他、ブラックホールを作り出し、こちらの攻撃を吸い込んで妨害する。また、超重力を発生されると、ミサイルは発射後すぐ地面に落下し、ジャンプが重くなってしまう。顔面がプレートで覆われているが、素顔は六つの目玉がある、緑色の肌の赤ん坊のような醜い顔である。
計2回戦い、初戦で勝利すると顔面のプレートが剥がれ、重力操作機能が暴走、周囲の壁に衝突を繰り返した末に地面に墜落、一時的に機能停止する。2度目の戦いでは、初戦での損傷からか、たびたび戦闘中に地面に墜落するようになる。再戦時、こちらはグラビティ機能を使用しているため、超重力の影響を受けなくなるが、ミサイルは変わらず無効化される。
撃破後、バラバラに爆散するが、エンディング後に訪れると残骸はすべて回収されており、後のメトロイドフュージョンでの登場に繋がる。
詳細は上記およびメトロイド (架空の生物)を参照。
エンディング後のボトルシップのコントロールブリッジで、突如サムスを襲撃するクリーチャー。
過去にスーパーメトロイドにおいてサムスに敗れたが、その後パワーアップして復活した。過去作以上に大きくなり、本作最大の巨体を誇る。左右の触手の振り回し、矢継ぎ早に繰り出される鬼火による弾幕、手のようなクリーチャーの召喚、目玉から発射するビーム等でサムスを追い詰める。
ギャラリーでの設定では、本体はアストラル体で構成された巨人型で、頭部と手だけが現実世界に実体化して現れているという。直前の通路では、ボトルシップで改造されたスペースパイレーツ軍団たちをアストラル界から召喚し、サムスを襲わせている。
救難信号の発信源であった廃棄スペースコロニー。外見が巨大なボトル瓶のようで、自力での航行能力を持つのが名前の由来である(模型のボトルシップからではない)。内部はいくつかのセクターに区分わけされており、エレベーターで移動が可能。
公表されたデータでは、テラフォーミングの検証のために作られた巨大研究施設となっており、各セクターごとに様々な自然環境や生物圏の再現がされており大規模な惑星環境のシミュレーションを行うことが可能となっている。検証後に破棄されたとされ、コロニーを取り囲む暗礁宙域の正体はコロニーから漏れた高密度ガスである。だがデータとは異なり、何らかの理由で現在も稼動を続けており、所々機能不全には陥ってはいるもののコロニーの機能自体はいたって健全で、かつ異形のクリーチャーが多数徘徊している。事態の究明および生存者の発見・確保がサムスらの任務となっている。
その正体は、銀河連邦軍の一部が生体兵器を違法に開発していた研究施設であり、軍事的利用が見込める生物の飼育や検証、戦闘能力の高いエイリアンのクローン培養、そしてそれらにサイボーグ化や遺伝子操作を施しての兵器化などを行われていた。研究を命じていた者たちの最終的な目的はスペースパイレーツを模した特殊部隊の設立であり、ゼーベス星人らのクローンのサイボーグ体、アダムがかつて提出した「メトロイド軍事化計画」の中止を説いたレポートを参考に作り出された凍結しないメトロイド、そしてそれらを制御するために作られたマザーブレインを再現した人工知能・MB(メリッサ)などの成果が既に完成していた。だが、人間を憎悪したメリッサが特殊部隊に反乱を指示したことと、クローン再生されたリドリーが施設中のクリーチャーを扇動・凶暴化させたことにより、施設そのものが本物のスペースパイレーツとその基地のような状況となってしまった。
メインセクター(Main Sector)
宇宙船の発着港が存在するボトルシップの中枢エリア。コロニーの管制室や研究者の住居区など職員用の施設が多数を占めている。
ボトルシップの航行を制御するエリア。ボトルシップでの電波障害は妨害電波によるものである可能性を踏まえ、序盤ではアダムの指示によりジェイムスがこのエリアの探索を行った。
サムスはエンディング後に訪れる事が可能で、ファントゥーンとの決戦の場となる。
ボトルシップ職員の居住エリア。序盤はケイジがこのエリアで生存者の探索を行った。
エンディング後にはサムスも訪れる事が可能で、メイジ・キハンター星人の巣窟となっている。
セクター1・バイオスフィア (Bio Sphere)
熱帯の惑星環境を再現したエリアでサムスが最初に訪れるセクター。序盤ではライアルがこのエリアの探索を指示されていたが、後にバイオスフィア試運場へのルート開拓が任務として課せられた為、代わりにサムスが探索を任されることとなった。ギャラリーモードの設定資料では、様々な惑星から採取してきた植物の生育が主な用途とされる。密林や荒野を模したエリアがあり、立体映像による高度な景観再現装置が設置されている。
セクター1に存在する、広大な草原、山岳地帯が広がる銀河連邦軍の訓練所を模したフィールドと、フィールド内に建つ研究施設『試験監視センター』からなる。センター内にはサイボーグゼーベス星人が多数格納されており、ここで作成したスペースパイレーツの特殊部隊の運動試験、戦闘訓練を訓練所で行わせるものと思われる。
試験監視センター発見に伴い全員の探索は一時中断されセンターへの集合が命じられたが、ライアルだけは到着せず、後に無惨な姿で発見された。サムスらが去った後、施設はデリーターが仕掛けた爆弾によって破壊された。
セクター2・クライオスフィア (Cryo Sphere)
極寒の惑星環境を再現したフロア。序盤ではモーリスがこのエリアの探索を任されていた。氷河や雪原、氷海などを模したエリアが広がっている。物資保管庫や輸送リフト室、超重力などの試験を行う実験区域なども存在する。
セクター3・パイロスフィア (Pyro Sphere)
灼熱の惑星環境を再現したフロア。序盤ではアンソニーが探索を行った。砂漠地帯や、巨大火山やマグマの大河が広がる溶岩地帯が存在する。深部にはゴミ処理炉兼のマグマ生成高炉や、地熱発電所などマグマを二次的に利用した機構も設置されている。
後に本作と同じくTeam NINJAが開発したニンテンドー3DS用ソフト『デッド オア アライブ ディメンションズ』(コーエーテクモゲームス発売)では、ここの地熱発電所をモデルとしたステージがサムスとリドリーと共にゲスト出演している。
『大乱闘スマッシュブラザーズ for Wii U』でも、対戦ステージとして登場する。
セクターZERO (Sector ZERO)
ボトルシップのデータ上は存在していない極秘エリア。最重要事項を扱う区域であり、メトロイド軍事化計画の完成形である遺伝子操作で低温への耐性を得たメトロイドが培養されていた。最終的に、アダムが施設にダメージを与えたことで自爆装置が作動し、彼自身とメトロイドもろともコロニーから切り離されて爆発、宇宙の塵となった。そのためサムスが到達できるのは入口のエントランスまでとなり、セクター切り離し後はエリアその物が消失している為、内部に潜入する事は無い。
生体兵器開発研究所 (Bioweapon Research Center)
ボトルシップにおける生体兵器研究の中心地。メインとなる研究設備やデータベースがあり、初めてクローン再生されたメトロイドが成長したクイーンメトロイドが飼育されていた。施設内やゲートロックにはデスバルク星人が多数配備されており、終盤になるまで最奥部に到達することはできない。
従来のシリーズ作品とは大きく異なる点が多いため一元的な比較・評価はできないが、『メトロイド』シリーズが人気の北米におけるウェブサイトでの品評は、高評価と低評価の両極端に分かれたものが多い。要約して述べると、ストーリー展開(前述したサムスの性格描写など)シンプルな操作性(爽快さと単調さのどちらで捉えられたか)、ゲームの進行システム(「システム」で述べたように謎解き・アドベンチャー要素の減少)など、目玉となった要素と従来作との差異がそのまま議論や賛否の対象となっている(詳しくは英語版ウィキペディアにおける解説を参照)。
なお備考として、日本における機関の品評としては、大手ゲーム雑誌『ファミ通』におけるクロスレビュー(編集者レビュー)では40点満点中35点で同レビュー最高ランクのプラチナ殿堂入り、Wiiチャンネル『みんなのニンテンドーチャンネル』の「みんなのおすすめ」(利用者アンケート)ではシルバーランク(投票点の平均が90~85点)など、高評価の方となっている。
ゲーム序盤のアイスビーム獲得後に奥に進んだ後、再びアイスビームを獲得した部屋に戻っていた場合ゲーム後半のセクター3のとある一室において先に進むための扉が開かなくなるという不具合がある事が発表された。この不具合について任天堂は「セーブデータをコピーしたSDカードかセーブデータが入ったWii本体を送れば無償で改善して返却する。」としている。
E3 2009で初公開された際と実際の製品版では、タイトルロゴの『Other M』部位のフォントが変更されている。
『みんなのニンテンドーチャンネル』および公式ホームページでは、本作オープニングにつながるまでのシリーズのストーリー展開をサムスの音声ナレーション付で解説したムービー「メトロイドと私」が公開されている(海外においても"Metroid and Me (by Samus Aran)"として公開されており、音声の英訳のほか一部の映像が変更されているもののほぼ同内容である)。なお、日本の『みんなのニンテンドーチャンネル』版は公開当初、前の週に公開されたムービー「ゲームセンターCX バーチャルコンソール」(同番組の出張版)の企画で『スーパーメトロイド』をプレイしたパーソナリティ・有野晋哉が『スーパー』クライマックスの展開の意味を理解できなかったため、それに合わせて「メトロイドと私~課長はなぜメトロイドに助けられたのか~」(「課長」とは同番組における有野の肩書き)という名称で公開されていた(現在はホームページと同じ名称)。