ナゴルノ・カラバフ戦争
ほどなくホジャリの大部分は包囲され、26日にアルメニア軍は第366軍の装甲車両数台を以てホジャリの制圧を開始した。ヒューマン・ライツ・ウォッチや「メモリアル」の報告書、そしてアルメニア軍司令官モンテ・メルコニアンの兄によるメルコニアンの評伝が共通して記すところによれば、ホジャリを攻略した後、アルメニア軍は街から避難しようとする数百人のアゼルバイジャン人に対して虐殺を行った。アルメニア軍は以前、ホジャリを攻撃したとしても、市民の退避のためにアゼルバイジャン支配域への回廊は封鎖せずに残しておくと述べていた。にもかかわらず、攻撃が始まるとアルメニア軍は民間人を含むホジャリの防衛組織を武力で圧倒して空港の滑走路を破壊し、退路を断たれ回廊へ逃れようとした民間人たちに銃撃を加えた。生存者の多くも、凍死するか重度の凍傷を負い、犠牲者たちの遺体にも執拗に損傷が加えられた。事件の正確な犠牲者数は不明だが、少なく見積もったとしても485人、アゼルバイジャン当局の公式発表では女性106人と子供83人を含む613人の民間人が虐殺されたという。この他にも1257人がアルメニア側の人質となり、拷問、強姦されたとされる。ホジャリでのアルメニア人の略奪も、アルツァフ共和国政府によって合法化された。ホジャリの市長は、紛争の4年間で千人以上が殺害され、200人以上が行方不明となり、同じく200人が戦闘で負傷して300人が捕虜となったと語っている。
ホジャリの生存者らは、ムタリボフが自身の失政を隠蔽するためにホジャリからの救援要請を無視したと主張し、これに対しムタリボフは、虐殺事件そのものが自分を失脚させるために政敵のアゼルバイジャン人民戦線が仕組んだマッチポンプであると述べた。アルメニア側もムタリボフの論に同調し、虐殺を捏造であるとして否認している。ヒューマン・ライツ・ウォッチの前身であるヘルシンキ・ウォッチによる同年の調査では、制服あるいは武装した状態のアゼルバイジャンのOMONもしくは民兵が民間人の中に紛れており、アルメニア軍はそれに向けて発砲した可能性があると報告されている。
8万人を超す抗議者が議事堂を取り囲むなか、ホジャリの喪失と人命の損傷について野党人民戦線から責任を追及されたムタリボフは3月8日に議会に辞表を提出し、臨時大統領には人民戦線のヤグブ・ママドフが就任した。
一方、1992年初頭からは新たな和平調停の試みがイランによって始められていた。2月から外相のアリーアクバル・ヴェラーヤティーがバクー、エレヴァン、カラバフを訪問し、その後の一時調停はホジャリ大虐殺によって中止されていたが、3月にも特使のマフムード・ヴァエズィーがシャトル外交を繰り返し、最終的に大統領のハーシェミー・ラフサンジャーニーが5月7日にテル=ペトロシャンとママドフの両国大統領をテヘランでの会談に出席させることに成功した。この会談によって、軍人を含む両国の最高レベルの代表者による協議の組織化が取り決められ、当事者間のすべての紛争は全欧安全保障協力会議 (CSCE) によって国際法に基き解決されることが宣言された。ヴァエズィーとCSCEのオブザーバーの介入の後、両国はあらゆる交流の再開に合意した。合意事項には国境地帯の安全確保のみならず、継続的な難民問題の解決を国際基準や国連憲章によって保障することも含まれていた。
だが、合意の翌日に停戦協定に違反してアルメニア軍がシュシャに侵攻し、和平交渉は無に帰した。
3月28日にアゼルバイジャン側はステパナケルトへ攻撃を開始し、翌日午後には街の近くまで達したが、ほどなくアルメニア人たちによって押し返された。ホジャリ占領後の数か月後にはシュシャはアゼルバイジャン側の最後の砦となり、アゼルバイジャン軍は再びグラートミサイルでステパナケルトに対する砲撃を開始した。4月にはステパナケルトの5万人のアルメニア人は相次ぐ砲撃により地下壕暮らしを強いられ、都市周辺部からのアゼルバイジャン軍侵入の危険も高まったため、アルメニア軍は5月8日に戦車やヘリコプターと数百人の兵力を以てシュシャのアゼルバイジャン軍要塞に攻撃を加えた。繰り広げられた激しい市街戦によって双方に数百人の死者が発生したが、翌日にはアゼルバイジャン軍はアルメニア軍によってシュシャから追い立てられた。これにより、アゼルバイジャン側には23,156人の難民が発生した。
シュシャの占領は隣国トルコで大きな反響を呼び、首相のスュレイマン・デミレルは、自国民から紛争に介入しアゼルバイジャンを支援するよう強く要求されていると語った。デミレルは、トルコの介入はイスラム世界とキリスト教世界のさらなる対立を引き起こす恐れがあるとしてこれに反対した。しかし、トルコは派兵こそ行わなかったものの、実質的な軍事支援と顧問の派遣をアゼルバイジャンに対して行った。1992年5月にはCIS軍元帥のエフゲニー・シャポシニコフが、カフカース情勢への干渉は第三次世界大戦を招きかねない、とアメリカと西欧諸国に対して警告を発した。
2012年夏には、プレイヤーがアゼルバイジャン兵となってシュシャでの戦闘に参加するという設定の、ゴア描写を含むファーストパーソン・シューティングゲーム『占領下―シュシャ 』が、アゼルバイジャンでリリースされている。
5月18日、アゼルバイジャンでの政争を尻目にアルメニア軍は回廊内の小さな町、ラチンに攻撃を加え、ほとんど防御のなされていなかったラチンは翌日までに制圧された。その後もアルメニア軍は周辺の山岳地帯を攻略し、やがてナゴルノ・カラバフと本国のアルメニア人勢力圏は地続きとなった。同月にはナヒチェヴァンにもアルメニア軍によって砲撃が加えられている。これを受けてアゼルバイジャン国内では人民戦線の武装クーデターによって大統領府や議事堂、空港が占拠され、一時は復権していたムタリボフも政治生命を絶たれモスクワへ亡命した。6月7日には大統領が改選され、人民戦線大統領のアブルファズ・エルチベイが議会によって次代大統領に指名された。エルチベイは徹底した親トルコ、親欧米、かつ主戦派であり、ロシアとイランに対しては冷淡であった。シュシャ占領後も和平の努力を続けていたヴァエズィーの尽力もこれに至っては意味を持たず、最終的にイランは紛争によるアルメニア側の国境変更要求を一切受け入れないと言明するに至った。
同年夏にはCSCE加盟国のうち11か国がアルメニア・アゼルバイジャン間の和平調停を目的として新たに「欧州安全保障協力機構ミンスク・グループ」を結成した。CESEは停戦の監視や難民への人道支援の保護のためにNATOとCISによるPKOの投入を決定し、いくつかの地域で停戦は見られたものの、7月に入ると両国間の交渉は完全に決裂した。CESEは冷戦終結後に相次いで発生したユーゴスラビア紛争、沿ドニエストル戦争、チェチェン紛争、アブハジア戦争、南オセチア戦争 (1991年-1992年)などへの対応に追われ、ナゴルノ・カラバフ戦争についてはほとんど影響力を発揮することができなかった。また、ミンスク・グループで最も強い影響力を持っていたロシアが現地の親露勢力に肩入れするばかりで、民主化に注力しなかったことも、CSCEの和平調停が行き詰まった原因に挙げられる。
6月後半、アゼルバイジャン軍はナゴルノ・カラバフ北側に接し、アルメニア側の占領下にあったゴランボイ県へ進軍した。これに対して、従来まで戦争はアゼルバイジャンでの内戦であり自国は無関係であると主張していたアルメニア政府は、ナゴルノ・カラバフ分離独立を支援するとして公然とアゼルバイジャンを威嚇した。6月18日にアルツァフ共和国政府は非常事態宣言を発令し、8月15日にはロベルト・コチャリャン率いる国家防衛委員会が結成された。ナゴルノ・カラバフでは18歳から40歳、将校では50歳までの男性と訓練経験のある女性が国防軍へ徴兵された。しかし、アゼルバイジャン側でこの攻撃に加わっていたのが当時ギャンジャに駐屯していたロシア空挺軍第104防衛師団からのロシア人兵士であったため、彼らはアルメニア側の説得に応じて攻撃を停止し、また武器の譲渡も行ったため、反対にアルメニア側の武装が強化されることとなった。
1993年3月のテレビ・インタビューにおいてメルコニアンは、自分の軍はホジャヴェンドだけで55両のT-72と24両のBMP-2、15両の装甲兵員輸送車及び25基の重砲を鹵獲し、「我々の武装のほとんどはアゼルバイジャンからの鹵獲品だった」と語っている。また、ナゴルノ・カラバフ国防軍指揮官であったセルジ・サルキシャンは、戦争全期を通して鹵獲したアゼルバイジャン軍の戦車は156両に上ると主張している。
冬が近づくと、民生用のエネルギーが不足し始めたため、両勢力は大規模な攻撃を控えるようになった。アゼルバイジャンによる経済封鎖は未だ続いていたが、アルメニアとナゴルノ・カラバフにはトルコを経由した援助も散発的に届いていた。しかし、震災によってメツァモール原子力発電所が閉鎖されて以降、アルメニアの電力不足と食糧不足はその深刻さを増していった。さらに、隣国グルジアでアブハジアと南オセチアの分離戦争が発生したことにより、ロシアからアルメニアへ通じていた唯一の石油パイプラインも破壊された。そのため、1992年から翌1993年の冬の寒さは湯の供給を断たれたことにより、アルメニアとナゴルノ・カラバフで特に耐え難いものとなった。穀類の供給も滞るようになったが、これに対しては各国のアルメニア人ディアスポラが本国へ寄付と援助を行った。1992年12月にはアメリカからバトゥミを経由して3万3千トンの穀物と150トンの乳児用調整粉乳がアルメニアへ届けられた。翌年2月には欧州経済共同体からECUが450万送付された。
一方、アゼルバイジャン国内に発生していた難民たちは、アゼルバイジャンとイランの両政府が設置した臨時のキャンプでの生活を強いられていた。しかし、国際赤十字によれば、12月までに毛布の配給を受けており、食糧の状態も充分であったという。また、国家財政の重要な地位を占めていた石油の輸出も、ソ連時代からの設備の老朽化と、欧米企業の投資や介入によって、完全にその利益をアゼルバイジャンのものとすることはできなかった。
エルチベイはアルメニアとの和平交渉には楽観的で、またエリツィンとアメリカ大統領のジョージ・H・W・ブッシュも和平を求めていたが、1993年1月から機運は衰えていった。3月になると、ナゴルノ・カラバフ北部、マルタケルト近郊のサルサング貯水池にもアゼルバイジャン軍により攻撃が加えられた。ゴランボイでの戦いから戻ったばかりのメルコニアンの軍勢は、砲撃地点と考えられたカルバジャルへ向かい、ほどなく同地を占領していくらかの装甲車両と戦車を鹵獲した。4月2日にはアゼルバイジャン軍は壊滅的な打撃を受け、翌日の第二波攻撃でアルメニア軍はカルバジャルを占領した。
この戦闘の後2か月間、エルチベイは非常事態を宣言し国民皆兵制を敷いた。翌月の4月30日、トルコとパキスタンが共同主催した国際連合安全保障理事会決議822では、すべての敵対行動の即時停止とカルバジャルからのすべての占領軍の撤退が求められている。また、ヒューマン・ライツ・ウォッチはアルメニア軍がカルバジャルで民間人の強制追放や人質利用、無差別の放火を犯したと指摘している。
ゴランボイとカルバジャルでの相次ぐ敗北、そして反露、反イラン政策により両国の親アルメニア化を招いたことにより、アゼルバイジャンでエルチベイは支持を失った。そして、ギャンジャで軍閥を形成していたスラト・フセイノフ大佐がロシアに支援されたクーデターを引き起こしたことによりエルチベイは失脚し、後任に元共産党第一書記で新アゼルバイジャン党に所属するヘイダル・アリエフが大統領となった。一時は首相に就任していたフセイノフもアリエフにより逮捕され、以降のアゼルバイジャンではアリエフによる権威主義体制が構築されてゆくこととなる。10月に大統領となったアリエフはロシア、トルコ、欧米とのバランス外交を志向し、エルチベイ政権下で脱退していたCISへも再加盟を果たした。
1994年1月初め、アゼルバイジャン軍とアフガニスタンからのゲリラが、アルメニア側に占領されていたイラン国境のフィズリ県の一部を奪回したが、フィズリの街そのものを制圧するには至らなかった。同月10日にはマルタケルトに進軍し、いくらかのアルメニア軍兵士を捕虜としたりもしたが、アルメニア側が徴集兵、正規陸軍及び自国の内務省軍を出動させたことにより、ほどなくアゼルバイジャン軍は失速した。最終的に5千人のアゼルバイジャン人と数百人のアルメニア人が死亡し、アゼルバイジャン軍は1万5千人の兵員を喪失し撤退した。
ナゴルノ・カラバフ戦争においてアゼルバイジャン側が守勢に立たされ続けた原因には、開戦時の両軍の状態の差の他にもいくらかの要因が挙げられる。第一にアルメニア側に比較してアゼルバイジャン側の士気は概して低く、国益よりも私利私欲を優先するアゼルバイジャン人が数多く存在した。国費で武器を購入しながら廉価な装備を兵士に与えて私腹を肥やす者、果てはアゼルバイジャン人青年を数人単位百ドルでアルメニア側へ戦力として売り払うアゼルバイジャン人ブローカーもいたとされる。ロシアの政治学者ゲオルギー・ミルスキーもまた、アルメニア人の若い義勇兵はアゼルバイジャン人に比べて士気が高く、領土のために命を失う覚悟を持っていたと指摘している。あるジャーナリストは、ステパナケルトでは制服を着たアルメニア人男性の中に健常者を見つけることができなかったのに対し、アゼルバイジャンでは壮年の男たちがカフェでたむろしていたと述べている。サハロフもまた、アゼルバイジャン人にとってナゴルノ・カラバフは単に野心の問題に過ぎなかったが、ナゴルノ・カラバフのアルメニア人にとってそれは生死の問題に直結していたのだと指摘している。
ロシアはかねてから南カフカースでの自国の影響力を増すためにCSCEを差し置いて独自の和平工作を行っていたが、1994年5月5日にキルギス首都のビシュケクでアゼルバイジャン、アルメニア、アルツァフ、そしてロシアの代表が停戦協定に調印したことによってそれは実を結んだ。この「ビシュケク議定書」は非公開であるが、その内容には、アゼルバイジャンの主権を維持した上でのナゴルノ・カラバフへの広範な自治権の付与、ナゴルノ・カラバフに対する安全保障システムと難民問題に対する調整、占領地域からのアルメニア人の撤退、ラチン回廊及びアゼルバイジャン・ナヒチェヴァン間ルートに関する調整、などが含まれていると分析されている。
6年間の戦闘の末、1994年5月12日午前0時1分に停戦は成立した。
「アルツァフ共和国」は国際社会からの承認を得られないまま事実上独立し、アルメニア側はナゴルノ・カラバフとアルメニア本国を連結する形でアゼルバイジャン領の約14パーセント(ナゴルノ・カラバフ自体を除外すると9パーセント)を占領下に置いた"注釈"。アゼルバイジャン側では72万4千人、アルメニア側では30万人から50万人が難民として住処を追われた。停戦後にアルメニア人の多くはナゴルノ・カラバフへ帰還することができたが、アゼルバイジャン人の難民はアゼルバイジャン国内で難民キャンプ暮らしを余儀なくされており、深刻な社会問題となっている。
さらに「アルメニア占領下のナゴルノ・カラバフ一帯では古代からのアゼルバイジャンの多様な文化遺産が破壊されている」とアゼルバイジャン側は主張している。青銅器時代の古墳やモスクの破壊、歴史博物館からの盗難、古文書の焼却などが行われ、アゼルバイジャン人の文化的源泉であるシュシャの被害は特に甚大であるという。占領地で「文化的ジェノサイド」が繰り広げられているとのアゼルバイジャンの抗議に対しては、国際連合を始めとする多くの組織がアルメニアを批判する決議を採択しているが、国際社会はアルメニアの行為を強く制止するには至っていない。その一方で、アゼルバイジャン側もナヒチェヴァンに中世から存在するジュルファのアルメニア人墓地を2005年までに破壊し尽くしている。
「アゼルバイジャンは情報戦でアルメニアに負けた」との意識が共有されているアゼルバイジャンでは、戦争後も日常的にテレビでナゴルノ・カラバフに関する特別番組が組まれており、これは国内で和平への妥協を許さない空気を醸成している。一方のアルメニアではナゴルノ・カラバフに関する報道はほとんど行われず、ナゴルノ・カラバフをアルメニアの一部とする既成事実化が図られているという。
1997年から、CSCEの後身である欧州安全保障協力機構 (OSCE) は再三に渡ってナゴルノ・カラバフに関する和平案を提唱し続けたが、そのいずれもアルメニアとアゼルバイジャンの了承を得ることができなかった。同年にテル=ペトロシャンはナゴルノ・カラバフの一部をアゼルバイジャンへ譲渡することでの和平の用意があると述べ、ナゴルノ・カラバフの指導層を過激派であると批判した。このためにアゼルバイジャンに対し弱腰であると批判されたテル=ペトロシャンは失脚した。大統領後任にはナゴルノ・カラバフ出身でさらなる強硬派のコチャリャンが就任し、アゼルバイジャン側もバクー・トビリシ・ジェイハンパイプラインとバクー=トビリシ=カルス鉄道の敷設によってアルメニア排除の姿勢を見せたことにより、和平への道は遠ざかった。
ソ連から独立して間もなくの戦闘だったが、1993年半ばまでアルメニアとアゼルバイジャンは国際的な協定に調印していなかった。これにはジュネーヴ条約も含まれていた。両国およびナゴルノ・カラバフ政府は第三者のメディア、人権団体によってたびたび確認されていた敵の残虐行為を非難した。例えば1992年ホジャリ大虐殺がヒューマン・ライツ・ウォッチとメモリアルによって確認され、同時期にマラガ虐殺がイギリスに拠点を置くクリスチャン連帯ワールドワイドのグループによって主張された。ヒューマン・ライツ・ウォッチは市民が多数住む地域へのアゼルバイジャンの空爆を非難した。また両勢力とも無差別放火、人質の拘束、市民への退去の強要を非難された。
双方において戦争犯罪に対する事実上の拘束に従わない国際法違反があった。略奪と死んだ兵士からの身体の切断が広く報告され、それが兵士らの間で自慢された。もう1つの大きな出来事は兵士ではなく一般の市民によって行われた、アルメニアとアゼルバイジャンでの囚人の交換だった。正規軍または民兵とその家族との連絡が途絶えたとき、家族はしばしば彼らが捕らえていた敵兵士との捕虜交換を主導した。ニューヨーク・タイムズのジャーナリストYo'av Karnyは「この慣習はこの土地に住んでいる人々と同様に古いものである」とした。
戦争終結後、双方が捕虜を拘束し続けているとして相手を非難した。アゼルバイジャン側はアルメニアが5,000人近くを拘束していると主張し、アルメニア側はアゼルバイジャンが600人を拘束していると主張した。戦争後、非営利団体のHelsinki Initiative 92はシュシャとステパナケルトの2ヶ所の収容所を調査したが、戦争捕虜は1人もいないと結論づけた。また、アゼルバイジャンで労働させられているというアルメニア人の調査でも同様の結論がなされた。調査を行った団体のSvetlana GannushkinaがIWPRに語ったところによると「我々は数百人のアルメニア人がいるという情報を確かめるためアゼルバイジャンの採石場に登ったが、そこにアルメニア人は1人もいなかった」という。
戦争終結以来、いくつかの組織が紛争に関する決議を行っている。2005年1月25日、PACEは法的拘束力はないものの物議を醸した決議1416を採択した。これは「大規模な民族追放、単一民族地域の建設」を批判し、アゼルバイジャン領がアルメニア軍によって占領されているとした。2008年5月14日、国際連合総会の39ヶ国は総会決議62/243を採択した。これは「すべてのアゼルバイジャン領内占領地からの即時、完全かつ無条件でのアルメニア軍の撤退」を求めるものだった。しかしながら、この採決ではほぼ100ヶ国が棄権し、ミンスクグループ(OSCEがナゴルノ・カラバフ問題の平和的解決のため発足させた)の共同議長であるロシア、アメリカ、フランスを含む7カ国は反対した。
2008年3月14日、イスラム協力機構の首脳会議、外相会議において加盟国はOIC決議10/11を採択し、2010年5月18日から20日にかけて外相会議決議10/37を採択した。どちらもアルメニアのアゼルバイジャンに対する侵略行為を非難し、直ちに国連安保理決議822,853,874 および 884を履行することを求めた。これに対してアルメニアの指導者らは、アゼルバイジャンは「国際的な支援を呼び込むためにイスラームを悪用している」とした。
2008年、ロシアの軍事雑誌モスクワディフェンスブリーフはアゼルバイジャンの国防費の急激な増大のため、軍事力のバランスがアゼルバイジャン優位にシフトしつつあると述べた。別のアナリストらはより慎重な見方を示しており、アゼルバイジャン軍には管理上および軍事的な明らかな欠陥があると指摘し、またナゴルノ・カラバフ軍には「常に万全の用意」があるとする。
2008年、アルメニア、アルツァフ共和国、アゼルバイジャンの間で緊張が高まった。外交面では、アゼルバイジャン大統領イルハム・アリエフは「必要とされれば、アゼルバイジャンは領土を奪還するため武力行使に出るだろう」と再度述べ、これと同時に境界線での銃撃事件が増加した。2008年3月5日、最も重大な停戦違反となった第一次マルダケルト衝突が起こり、最大で16人の兵士が死亡したとされる。どちらの側も、もう一方が戦闘を始めたと主張した。さらに、この事件は砲撃が行われたという点で、狙撃あるいは機銃掃射にとどまっていたそれまでの衝突とは一線を画している。2010年夏には同様に死傷者が発生した第二次マルダケルト衝突が起こった。
2014年6月から8月にかけてアゼルバイジャンによる停戦違反、そして大統領がアルメニアに対し戦争を示唆したことで緊張が再び高まった。
2016年の4日戦争で緊張は沈静化するどころか悪化した。これは1994年の停戦以来最悪の衝突となった。アルメニア国防省はアゼルバイジャンが領土を奪うため攻勢を仕掛けたのだと主張した。アゼルバイジャンの報告ではアゼルバイジャン軍兵士12人が死亡、Mi-24と戦車が撃破された。アルメニア大統領セルジ・サルキシャンはアルメニア軍兵士18人が死亡、35人が負傷したと述べた。
2020年9月27日、再びナゴルノ・カラバフでの戦闘が勃発した。アルメニア軍は、アゼルバイジャン軍が先に爆撃を行ったと主張した。一方、アゼルバイジャン軍はトルコから供与されたUCAVであるバイラクタールTB2によるアルメニア軍の地対空ミサイル車両を撃破する映像を公開した。戦闘はナゴルノ・カラバフ戦争以来最悪の規模となり、700人以上が死亡したとみられる。