国土交通省直轄ダム
利根川・荒川水系以外では山梨県南部を流れる富士川支流の早川に計画されていた角瀬ダムが1950年代に中止されている。完成すれば富士川水系最大規模の多目的ダムとなるが、計画を検討したところダムを建設するだけの費用対効果が得られないという結論に達し、事業は調査段階で中止となった。
北陸地方整備局管内では、既設ダム・堰が11基、施工中ダム1基、再編事業中3基の計15基が存在する。日本最長の河川・信濃川を始め阿賀野川、荒川の各水系を一貫管理する関係上、本来は東北地方整備局管内である山形県の横川ダム(横川)、福島県の大川ダム(阿賀野川)や中部地方整備局管内である長野県の大町ダム(高瀬川)は北陸地方整備局管理の直轄ダムである。反面北陸地方でも福井県を流域に持つ九頭竜川水系と北川水系は、近畿地方整備局の管轄となっている。事業形態としては河川法第17条における兼用工作物規定に基づき、管内最大規模の直轄ダムである手取川ダム(手取川)は電源開発、北陸電力、石川県との共同事業で建設され(後述)現在は電源開発との共同管理である。また新潟県長岡市に建設された妙見堰(信濃川)は治水目的のほか国道17号バイパス(越の大橋)としての渋滞緩和、東日本旅客鉄道(JR東日本)の小千谷・新小千谷発電所の放流水均等化(逆調整)目的も有することから、旧建設省の河川管理部局と道路管理部局および東日本旅客鉄道の三者による共同事業として建設されている。
北陸地方を流域に持つ河川は融雪による豊富な水量、北アルプスや三国山脈といった急峻な山岳地帯を流れるため急流かつ高落差であるという水力発電の好条件を備える河川が多く、大正時代から水力発電事業が各河川で盛んに実施された。だが水力発電に適した河川は大雨が降れば容易に洪水を引き起こし、信濃川の戌の満水や横田切れなど流域に甚大な被害を与える水害を度々もたらしていた。こうした中で実施された国直轄の河川事業で早期に行われたものとして信濃川大河津分水事業が挙げられる。享保年間より構想された分水計画は1896年(明治22年)7月22日の横田切れを機に急速に進められ、放水路である大河津分水(新信濃川)と信濃川の流量を調節する大河津洗堰が1922年(大正11年)完成する。しかし1927年(昭和2年)の洪水で分水側の堰が破壊されたことから、1931年(昭和6年)大河津可動堰が完成し分水本来の目的が強化された。しかし完成から70年以上経過して老朽化が著しく、治水安全上施設を改良する必要性が生じた。このため2000年(平成12年)に大河津洗堰が改築され、続いて大河津可動堰の改築が2014年(平成26年)にそれぞれ実施された。何れも旧堰地点とは別に新堰を建設し、旧堰の機能を継承・向上させる目的である。
戦後、国土総合開発法に基づく特定地域総合開発計画のうち、北陸地方の河川に関連するものとしては只見川を中心とした阿賀野川、信濃川水系が対象の只見特定地域総合開発計画、神通川、常願寺川、庄川水系を対象とした飛越特定地域総合開発計画があるが、何れも主目的は電力会社が事業主体の水力発電であり治水は常願寺川の砂防事業程度であった。活発な水力発電開発により黒部ダム(黒部川)を筆頭に日本屈指の規模を持つダムが多く建設されたが、他地域で盛んに実施されていた河川総合開発事業に基づく治水が主目的の多目的ダム事業は一級河川では富山県が神通川水系の支流で実施した程度であった。しかし1967年(昭和42年)に新潟県下越地方・山形県置賜地方を襲った羽越豪雨は特に荒川流域に致命的な被害を与え、1969年(昭和44年)8月の前線による集中豪雨は信濃川・黒部川流域に大きな被害をもたらした。これら水害を機に新たな河川整備が計画され、荒川では二級河川だった河川等級を1968年(昭和43年)に一級河川に昇格させ大石(大石川)・横川ダムが、信濃川水系では関屋分水・蒲原大堰(信濃川)などといった下流部治水事業に加え支流魚野川流域に三国川ダム(さぐりがわダム)(三国川)と犀川流域に大町ダムが建設され、水力発電専用ダムしか存在しなかった黒部川水系にも宇奈月ダム(黒部川)が建設された。一方石川県最大の河川・手取川では手取川ダムを巡り旧建設省の治水事業、電源開発・北陸電力の水力発電事業、石川県による水道事業が競合していたが一本化され、河川法第17条に基づき四事業者の共同事業による手取川総合開発事業として1979年(昭和54年)完成した。
施工中の事業としては新規ダムとして利賀ダム(利賀川)がある。利賀ダムは庄川水系における初の特定多目的ダムとして計画されている。国土交通省によるダム事業再検証の対象となっていたが事業は継続となった。またダム再開発事業としては長野県の高瀬川に建設された大町ダムと、東京電力が管理する新高瀬川発電所の上部・下部調整池である高瀬ダム・七倉ダムを含めた再開発事業である大町ダム等再編事業が着手されている。この事業は信濃川(千曲川)の治水安全度向上を目的に大町ダムの治水容量増加に加え、発電専用ダムであった高瀬・七倉両ダムに治水容量を新設して多目的ダムとするものであり、堆砂(たいしゃ)が深刻な高瀬ダムの貯水容量確保のため長大なベルトコンベアによる排砂事業も同時に実施する
一方、北陸地方整備局におけるダム事業の技術的特色として宇奈月ダムは関西電力の出し平ダムと連携してダム管理上の宿敵である堆砂を海に流す連携排砂事業を実施している。しかし宇奈月ダム完成前の1991年(平成3年)に出し平ダムが単独で実施した第1回排砂に対し、富山湾の漁業関係者の一部が排砂による漁業被害を理由に排砂の中止を求めて起こした黒部川ダム排砂被害訴訟が起こり、第一審の富山地方裁判所判決では排砂とワカメ被害の因果関係を認め被告の関西電力に賠償を支払う判決が下されたが原告・被告双方が控訴。最終的に「海中での被害立証は困難」とする名古屋高等裁判所金沢支部が和解を提案、2011年4月に両者の和解が成立した。本訴訟に宇奈月ダムは直接の関係は無いが、連携排砂と環境保護の両立は先の見えない状況が続いている。
なお、北陸地方の一級河川では関川、姫川、常願寺川、神通川、梯川の各水系で直轄ダムが建設されておらず、特に姫川水系には本支流の何れにもダムが建設されていない。常願寺川は砂防事業が治水事業の根幹であり、支流を含め治水目的のダムは建設されていない。神通川・梯川水系は富山・石川・岐阜県により治水目的を有する補助多目的ダム・補助治水ダムが建設されているが、関川水系の笹ヶ峰ダム(関川)は治水目的を持たない多目的ダムである。
北陸地方整備局管内で中止したダム事業は旧建設省時代を含めると4ダム事業があり、信濃川水系と阿賀野川水系で中止事業が存在する。
信濃川水系では1964年に構想が発表され1985年(昭和60年)に予備調査が開始された信濃川本流の千曲川上流ダム計画と、1974年(昭和49年)3月の信濃川水系工事実施基本計画で三国川、大町ダムと共に計画され1984年(昭和59年)に事業が着手された清津川ダム計画(清津川)がある。両ダムとも大規模な特定多目的ダムであり、仮に完成すれば千曲川上流ダムは長野県最大、清津川ダムは新潟県最大の多目的ダムとなる。しかし千曲川上流ダムでは南佐久郡南牧村主要部と川上村で250戸が水没し、さらにJR小海線や国道141号が水没するなど地域に大打撃を与えるとして両村が反対、参議院に請願書を提出するなど抵抗した。また清津川ダムも南魚沼郡湯沢町などで110戸が水没、さらに上信越高原国立公園・名勝・国の天然記念物に指定されている清津峡が水没することで強い反対が起こり、当時の中魚沼郡中里村(現在の十日町市)議会も反対に回るなど流域間で対立を招いた。最終的に千曲川上流ダム・清津川ダムは両方共2002年(平成14年)に事業中止が決定する。しかしダム建設に反対していた地元住民は中止後の生活再建に対し国のみならず、ダム事業に反対していた政党や市民団体、旧中里村が何ら手を差し伸べないことを批判している。治水目的のダムは千曲川上流・清津川に限らず信濃川水系では田中康夫長野県知事(当時)による「脱ダム宣言」以降多くのダムが中止された。しかし平成16年7月新潟・福島豪雨(2004年)や平成23年7月新潟・福島豪雨(2011年)、東日本台風(2019年)など信濃川水系は水害による被害を受け続けており、治水事業は途上である。また平成18年7月豪雨では大町ダムと犀川流域の発電用5ダム(奈川渡、水殿、稲核、高瀬、七倉)の連携洪水調節で、犀川の氾濫が抑制されている。
阿賀野川水系では只見川支流の伊南川に計画していた大桃ダムが中止されている。只見川流域唯一の治水目的を持つダムで、只見特定地域総合開発計画で計画された内川ダム計画中止後の伊南川流域における水力発電目的を有していたが、計画自体が立ち消えとなった。これにより奥只見ダム(只見川)を筆頭に多数のダムが建設されている只見川は、治水を目的とするダムが現在一つも存在しない。一方日橋川上流総合開発事業は、天然湖沼である猪苗代湖周辺地域の治水安全度向上を図るため、日橋川流出口にある十六橋水門を改築することで猪苗代湖に新規の治水容量を確保、同時に複数の事業者に分散している猪苗代湖の水利権を河川管理者である国が一括管理することを主目的とした事業であるが、公共事業見直しにより中止されている。なお、猪苗代湖自体は日橋川上流総合開発中止後2005年(平成17年)より福島県が河川管理者として湖を管理し、現状の十六橋水門を利用した多目的ダムとして運用している。
中部地方整備局管内では既設ダム・堰7基、工事中・再開発・再生事業中ダム6基の13基を直轄管理・施工している。ただし、河川法第17条の兼用工作物として丸山ダム(木曽川)は関西電力と、新豊根ダム(大入川)は電源開発と、櫛田川可動堰(櫛田川)は三重県との共同事業として建設されている。また、中部地方を流れる河川のうち富士川水系は関東地方整備局、信濃川水系、神通川水系、庄川水系は北陸地方整備局が管理する河川である。
管内を流れる木曽川水系、大井川水系、天竜川水系、矢作川水系は北陸地方の河川と同様に水力発電に適した河川として、大正時代から福澤桃介や松永安左エ門などにより大井ダム(木曽川)などの水力発電用ダムが建設され、治水は木曽三川(木曽川・長良川・揖斐川)の分流工事など堤防整備を中心とした改修が行われていた。しかし戦後の水害頻発や食糧・電力不足を補う必要が生じたため多目的ダムによる河川開発が木曽川水系と天竜川水系で計画され、それぞれ木曽特定地域総合開発計画、天竜東三河特定地域総合開発計画として1951年閣議決定されて本流・支流に多数の多目的ダムが計画された。直轄ダムとしては木曽川水系において日本発送電が施工し関西電力に継承された丸山ダムが治水目的を加えた多目的ダムとして1955年(昭和30年)に完成。天竜川水系では特定多目的ダム法指定第一号の直轄ダムとして美和ダム(三峰川)が1957年(昭和32年)に完成した。その後1959年(昭和34年)9月の伊勢湾台風や1961年(昭和36年)の昭和36年梅雨前線豪雨(三六災害)による管内河川の洪水被害を受け木曽川、矢作川、天竜川の各水系で多目的ダムが計画され、横山ダム(揖斐川)、矢作ダム(矢作川)、小渋ダム(小渋川)が建設された。小渋ダムはその後貯水池への堆砂が深刻になったため、2018年にバイパストンネルを建設して排砂を促進している。
中部地方については名古屋市を中心とした中京圏の人口増加、古くから穀倉地帯である濃尾平野の農業生産力向上と知多半島、渥美半島、三方原台地、牧之原台地など慢性的な水不足地域への水供給、さらに中京工業地帯の拡充による利水需要の増大が戦前・戦後を通じ表面化。愛知用水(1961年)や豊川用水(1963年)などの完成により水需要は改善したものの東名高速道路や東海道新幹線の開通は人口の増加に拍車を掛け、水不足は容易に解決しなかった。このため1965年(昭和40年)に木曽川水系が水資源開発促進法の対象河川として水資源開発公団(現在の独立行政法人水資源機構)の開発河川に指定され、同法に基づく木曽川水系水資源開発基本計画により建設省が計画していた徳山ダム(揖斐川)、岩屋ダム(馬瀬川)、阿木川ダム(阿木川)は公団へ事業が移管された。
このほか中部電力による水力発電事業が先行していた大井川水系では島田市、掛川市など大井川流域市町村への治水・利水を目的に流域唯一の多目的ダムとして長島ダム(大井川)が2001年(平成13年)に完成。名古屋市を貫流する庄内川水系では下流域の都市化により堤防建設や川幅拡張が極めて困難な状況になったことからダムによる治水が計画され、支流の小里(おり)川に小里川ダムが2003年(平成15年)完成している。櫛田川では1969年(昭和44年)に三重県が従来建設していた農業用の固定堰を改築して治水目的を加えた櫛田川可動堰が完成、さらに1991年(平成3年)には水系唯一の多目的ダムである蓮(はちす)ダムが支流の蓮川に完成。三重県中南部のみならず離島である神島の水需要に貢献している。
管内における施工中のダムは6基あるが、このうちダム再開発事業が5ダム存在する。天竜川水系の美和ダムは流域が南アルプスに属しているが南アルプスは脆弱な地質が原因で絶えず崩壊しており、崩壊による大量の土砂がダム湖に流入して深刻な堆砂を招いていた。このため堆砂を防除してダム機能を維持するためのバイパストンネル建設を軸にした再開発事業が現在進められている。また天竜川最大にして日本屈指のダムである佐久間ダム(天竜川)は天竜川下流の治水強化とダム機能維持を目的として2004年(平成16年)より佐久間ダム再開発事業(天竜川ダム再編事業)が計画されており、完成すれば佐久間ダムは従来の水力発電目的単独から洪水調節目的が加わり多目的ダムとなる。一方木曽川本流の丸山ダム再開発は1983年(昭和58年)の台風10号で木曽川が美濃加茂市で氾濫し、丸山ダムの治水機能向上が不可避となったことから日本国内では最大級となる20.2メートルのダム嵩上げをして治水容量を旧ダムの約3倍に拡張する新丸山ダムがある。さらに矢作ダムの放流設備を新設して治水能力を向上させる矢作ダム再生事業も施工中である。また新規ダム事業としては慢性的な水不足が頻発する豊橋市など愛知県東部の水がめおよび治水ダムがない豊川水系の治水を目的にした設楽ダム(豊川)があり、新丸山と設楽の両ダムはダム事業再検証対象となったが事業継続が決まっている。
なお、管内の一級河川において狩野川、安倍川、菊川、鈴鹿川、雲出川、宮川の各水系には直轄ダムが建設されておらず、このうち狩野川と安倍川には本支流を含めダムが全く建設されていない。ただし狩野川については狩野川台風による甚大な被害を契機に狩野川放水路が建設されている。雲出川と宮川については三重県により君ヶ野ダム(雲出川水系八手俣川)、宮川ダム(宮川)といった補助多目的ダムが完成。鈴鹿川には支流に利水専用ダム(加佐登調整池)が建設されている。
中部地方整備局管内における中止したダム事業は旧建設省時代を含め16ダムあるが、その大半は木曽川水系におけるものである。
木曽川水系では木曽特定地域総合開発計画において、木曽川の丸山ダムを始め多数の多目的ダムが計画されたが、木曽三川のほか流域面積では木曽川水系最大の支流である飛騨川流域において河川総合開発が計画されていた。当時飛騨川は中部電力による飛騨川流域一貫開発計画に基づく水力発電事業が積極的に実施されていたが、木曽特定地域総合開発計画により建設省が新たにダム計画を定めていた。飛騨川本流の久田見ダムをはじめ支流に大規模な多目的ダムを建設するほか、中部電力が施工していた朝日ダム(飛騨川)を丸山ダムと同様に多目的ダム化する計画も存在していた。また揖斐川流域(揖斐川、根尾川、牧田川)にも横山ダム以外にダムを建設するほか、長良川支流の板取川にも大規模ダムを建設。さらに木曽川本流中流部の愛知県犬山市に犬山ダムを建設するのが当初の計画だった。
しかし計画は変更されて揖斐川・長良川流域のダム計画は横山ダムを除き中止され、飛騨川のダム計画も久田見、岩屋、岩瀬3ダムに縮小された。代わりに信濃川水系との導水計画が加わって木曽川最上流部に薮原ダムが計画され、信濃川水系奈良井川との間にトンネルを建設して導水する予定であった。だがこれらの計画も変更されほとんどのダム計画が立ち消えとなり、最終的に完成したのは丸山、横山および二子持ダム計画から治水目的を除き愛知用水の水源とした牧尾ダムの3ダムである。高度経済成長期に入ると木曽川水系においても上水道・工業用水道需要が高まり、水資源開発のため水資源開発公団により岩屋ダム計画などが進められたが、建設省も新たな多目的ダム計画を検討した。1970年時点で建設省が予備調査もしくは建設構想を進めていたダムとして木曽川本流筋では新丸山ダムと関西電力笠置ダムをかさ上げして再開発する新笠置ダム、揖斐川筋では本流の徳山ダムと根尾川の黒津ダム、長良川筋では板取川の板取川ダム、飛騨川筋では白川の白川ダムそして付知川の付知ダムがある。何れも総貯水容量が1億立方メートルを超える巨大ダムであった。だがこれらのダム計画で建設にまで漕ぎ着けたのは新丸山と徳山の2ダムのみであり、板取川ダムは水没予定地である板取村の強固な反対運動により1982年に白紙撤回され、残りは本格的な実施計画調査まで行かず計画が消滅した。
なお中止したダム計画のうち幾つかは、その後別なダム事業として事実上の前身となる例があった。その例として薮原ダム地点に味噌川ダム、東杉原ダム地点に徳山ダムが建設され、岩屋ダムは1969年に旧計画を大幅に凌駕する大規模ダム計画として復活した。また根尾ダム地点付近には中部電力により1995年(平成7年)、奥美濃揚水発電所の下部調整池・上大須ダム(根尾東谷川)が建設されている。
一方1990年代の公共事業見直しにより中止した事業としては矢作川水系の2ダムがある。矢作川本流に1971年(昭和46年)より計画された矢作川河口堰は矢作川河口より1.7キロメートル上流に計画され、矢作川河口部の治水と衣浦臨海工業地域への工業用水道供給を目的としていたが、水道事業者である愛知県が水利権を返上して事業から撤退し事業継続の必要性が低下、2000年(平成12年)に事業が中止された。また支流上村川に計画されていた上矢作ダムは東海豪雨による矢作川・上村川流域の被害が甚大であったものの、費用対効果と迅速な治水事業の進捗という観点で矢作ダムの有効活用と河川改修を重点に置くという矢作川水系河川整備基本方針の策定を受け、2009年(平成21年)に事業は見送りとなり鳩山由紀夫内閣の前原誠司国土交通大臣によるダム事業見直しで中止が決定した。天竜川水系では戸草ダム(三峰川)があり、2001年に当時の長野県知事である田中康夫が利水事業からの撤退を表明、2008年(平成20年)には国土交通省が事業中止を表明したものの伊那市など地元の反発により中止を撤回した経緯があるが、2012年(平成24年)7月に行われた事業再検証の結果、多目的ダムとしての戸草ダム事業は中止し、治水ダムとして再度計画を検討する方向性となった。
近畿地方整備局管内では管理中ダム9基(取水ダム含む)、施工・ダム再開発事業・再生事業中4基の計13基を管理・施工している。ただし河川法第17条の兼用工作物として管内最大の直轄ダムである九頭竜ダム(九頭竜川)は電源開発と、淀川大堰(淀川)は水資源開発公団(現在の独立行政法人水資源機構)との共同事業として建設されている。
管内に大阪市、京都市、神戸市などの大都市と西日本最大の河川・淀川を擁する関係上、淀川水系の河川開発は最重要であった。古くは行基の頃より手掛けられた淀川の治水は1900年(明治33年)より実施された淀川改良工事で新淀川開削のほか琵琶湖の水位を調整する南郷洗堰(淀川)が建設され、さらに琵琶湖河水統制事業が1943年(昭和18年)より実施されて治水のほか水力発電、灌漑を目的に1952年(昭和27年)完成する。ところが1953年(昭和28年)台風13号が淀川、由良川に過去最悪となる水害を起こし、根本的な河川改修が求められた。この結果淀川水系改修基本計画が定められ淀川本流に天ヶ瀬ダムが建設されたほか瀬田川洗堰(淀川)の改築、木津川や桂川といった大支流に多目的ダムを建設する計画が立案された。その後淀川水系の河川開発は大阪市など関西圏の人口増加や阪神工業地帯の拡充による水道需要の急増に伴い、水資源開発に重点が移ったことから1962年(昭和37年)に水資源開発促進法に拠る淀川水系水資源開発基本計画が策定され、旧建設省が計画していた高山ダム(名張川)は水資源開発公団に事業を移管させた。以後、淀川水系の多目的ダム事業は水資源開発公団が主体で行い、青蓮寺(青蓮寺川)、室生(宇陀川)、一庫(一庫大路次川)、布目(布目川)、比奈知(名張川)、日吉(桂川)の各ダムが建設された。また1972年(昭和47年)琵琶湖総合開発特別措置法制定により建設省・水資源開発公団・滋賀県および琵琶湖沿岸市町村が一体的に参加した琵琶湖総合開発事業が実施され、琵琶湖の多目的ダム化が図られた。これに関連し1971年(昭和46年)の淀川水系工事実施基本計画に伴い、琵琶湖に関連する河川での多目的ダム事業が計画され、丹生ダム(高時川)や大戸川ダム(大戸川)が計画された。琵琶湖の湖水流出は瀬田川洗堰で調節されるが、国直轄管理下で操作するためいわゆる「琵琶湖の水止めたろか」と滋賀県が止めることはできない(当該項目参照)。
淀川と同時期に総合開発が実施された河川としては紀の川がある。紀の川の水を奈良盆地へ導水する吉野川分水計画は奈良県300年来の悲願であったが、水利権を巡る下流の和歌山県との対立は激化し単独での事業遂行は不可能だった。戦後1949年(昭和24年)に農林省(現在の農林水産省)主導による十津川・紀の川総合開発計画で新宮川(熊野川)の水を紀の川へ導水、さらに紀の川の水を奈良盆地に導水して奈良・和歌山両県の水需要を満たす計画が立案。同事業は1950年(昭和25年)の国土総合開発法に基づく吉野熊野特定地域総合開発計画に組み入れられ、新宮川・紀の川間導水の要である猿谷ダム(熊野川)を皮切りに農林省直轄ダムとして大迫(紀の川)、津風呂(津風呂川)、山田(野田原川)の各ダムが完成し奈良県の悲願である吉野川分水が達成された。ところが1959年(昭和34年)の伊勢湾台風で紀の川流域は水害による大きな被害を受け、治水目的の多目的ダム建設が急務となり紀の川本流に大滝ダムが計画されることになる。
このほか九頭竜川水系は九頭竜ダムを核にした電源開発と北陸電力による奥越電源開発計画が競合していたが、伊勢湾台風や第二室戸台風による九頭竜川の洪水を機に建設省が九頭竜ダム計画に参入。電源開発との共同事業で1968年(昭和43年)に完成させるが、1965年(昭和40年)9月の奥越豪雨は笹生川ダム(真名川)の治水機能を喪失させ、当時の大野郡西谷村(現在の大野市)に壊滅的被害を与えた。このため支流真名川の総合開発も計画され1977年(昭和52年)真名川ダムが完成する。その後九頭竜川中流部の治水・利水を目的に九頭竜川鳴鹿大堰(九頭竜川)が完成し、福井市などへの利水も強化された。こうした中発生した2004年(平成16年)の平成16年7月福井豪雨において、真名川流域では真名川ダムの洪水調節で下流域への洪水被害をほぼ皆無に抑えた反面、強固な反対運動で足羽川ダム事業が凍結していた足羽川流域では福井市内で堤防が決壊するなど死者を出す大きな被害を生じ、同じ降水量にも関わらず対照的な結果をもたらした。福井豪雨以後ダム建設再開要望が福井市など流域市町村より高まり、穴あきダムとして足羽川支流の部子川に建設する新ダム計画となった。前原誠司国土交通大臣(当時)はダム事業再検証対象としたが、2012年(平成24年)にダムは事業継続となる。加古川水系は農林水産省による広域農業水利事業により鴨川ダム(鴨川)、呑吐(どんど)ダム(志染川)など農林水産省直轄ダムが支流に建設されていたが、治水・利水を目的として水系初の直轄ダムである加古川大堰(加古川)が1988年(昭和63年)に完成した。
管内におけるダム事業と移転住民の摩擦では大滝ダムが特に知られる。1962年(昭和37年)より計画に着手したが吉野郡川上村で399戸487世帯が移転対象となり激しい反対運動が繰り広げられ、さらに試験的に貯水を行う試験湛水中に川上村白屋地区で地すべりが発生。対策工事などで運用を開始するまで51年を費やし、日本の長期化ダム事業の代表格となった。また建設省が施工し京都府に管理が移管された大野ダム(由良川)は蜷川虎三京都府知事(当時)の奔走により補償交渉が妥結するという状況であった。一方で水没戸数が大野郡和泉村(現在の大野市)で529戸と大滝ダムを上回る規模の九頭竜ダムでは、施工を担当した電源開発が「補償交渉終了まで工事は実施しない」という方針を打ち出し、大滝ダムとは対照的にわずか2年で補償交渉を妥結に導いた。この原則は「九頭竜補償方式」と名づけられ以後電源開発によるダム事業の大原則となる。そして2005年(平成17年)に国土交通省の諮問機関である淀川水系流域委員会が答申した計画5ダム(丹生、大戸川、余野川、川上、天ヶ瀬ダム再開発)の事業中止答申は流域自治体に大きな影響を与え、国土交通省は一旦5事業を中止する意向を示したものの流域自治体が反発。その後嘉田由紀子滋賀県知事によるダム事業見直し政策などで状況は二転三転し淀川水系の河川開発は混乱を来たした。結果5ダムのうち余野川と丹生が中止(後述)、大戸川・川上・天ヶ瀬ダム再開発事業は事業が継続している。また関西国際空港関連事業として大阪府が水利権を有していた紀の川大堰(紀の川)では、当時の橋下徹大阪府知事が2009年(平成21年)に水利権を返上している。
施工中のダムとしては足羽川ダム、大戸川ダム、天ヶ瀬ダム再開発のほか九頭竜ダムなどの貯水容量再配分などによる治水安全度向上を軸とした九頭竜川上流ダム再編事業が施工中である。なお、管内における一級河川のうち北川、円山川、揖保川、大和川水系には直轄ダムが建設されていない。大和川を除く3水系は本流にダムが建設されていないが、支流に補助多目的ダムが福井県や兵庫県、奈良県により建設、施工されている。また淀川水系の主要な支流のうち、木津川本流にはダムが建設されていない。ダム管理上の新たな問題点として天ヶ瀬ダムでは自殺者が急増したことにより一時緊急的にダムの立入を禁止し、現在はダムの夜間訪問が禁止されている。自殺防止対策として飛び降り防止柵や青色照明灯を導入するなどの対策により、2011年(平成23年)度における自殺者はゼロとなっている。
近畿地方整備局管内における中止したダム事業は、旧内務省・旧建設省時代を含め11事業に上る。
日本における最初期の直轄ダム事業として計画された猪名川ダム(猪名川)は太平洋戦争の激化により事業が中断され、戦後も再開されることはなかった。猪名川流域における多目的ダム事業は1968年(昭和43年)の一庫ダム着工まで行われなかったが、猪名川支流の余野川に余野川ダムが1980年より計画された。これは猪名川流域の洪水調節と上水道供給に加え、深刻な水質汚濁が慢性的に続く猪名川の水質改善を目的にダムより河川維持放流を行い、下流に設けられる河川浄化施設と連携することで猪名川の水質を改善させる計画であった。しかし2005年の淀川水系流域委員会答申で余野川ダムの中止が勧奨され、2008年には中止方針が決定された。