ドリーム号 (東京 - 京阪神)
詳細な時刻・運賃及び運行回数・停車停留所等については、公式サイトや高速バスネットを参照のこと。運賃は出発日によって4段階に分かれている。
バスタ新宿については発着枠の関係により夜行便の2号車以降は乗り入れできず通過となる。このことから2号車以降を仕立てずバスタ新宿を経由しない便番の異なる臨時便を別途運行することが多い。TDL、新木場駅、USJについても2号車以降は乗り入れできず東京駅 - 大阪駅間の運行になる。
東京駅では八重洲南口から発車し、日本橋口に到着する。また、上り東京行は池尻大橋でも降車扱いを行う(一部便は東名江田・東名向ヶ丘にも停車する)。
ドリームルリエ号
プレミアムドリーム号(臨時便のみ運行)
東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT
新型座席を導入し、車内設備はデラックス版を踏襲しているが、座席の専有面積やリクライニング角度は通常版とほぼ同等。基本運賃も通常版と同額である。シートピッチは通常版より僅かに拡げられている (+40mm) 。二階建てバスで運行される便はエコシート(4列シート)も備えている。
グランドリーム号
(新木場駅→)東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 京都駅烏丸口
東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT( - ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ))
東京ディズニーランド (TDL) -  東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT
新木場駅 - 東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT - 三宮BT
青春エコドリーム号
東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT( - ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ))
東京ディズニーランド (TDL) -  東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 大阪駅JR高速BT - 三宮BT
(新木場駅←)東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 京都駅烏丸口 - JR奈良駅
ドリームなんば・堺号(2016年12月11日をもって廃止)
東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 高速京田辺 - 湊町BT(OCAT) - 南海なんば高速バスターミナル - 南海堺駅前 - 南海堺東駅前 - JR堺市駅前
運行経路:首都高速3号渋谷線 - 東名高速道路 - 伊勢湾岸自動車道 - 東名阪自動車道 - 新名神高速道路 - 名神高速道路 - 京滋バイパス - 第二京阪道路 - 近畿自動車道 - 阪神高速13号東大阪線 - 阪神高速1号環状線 - 国道26号経由
かつてJRバス関東・西日本JRバスも運行していたが、その後は南海バスの単独運行であった。南海バスでは愛称を同社の統一愛称である「サザンクロス」と案内している。南海バスとの関係もあるために割引制度が適用されていなかったが、2008年1月16日から導入されている。2016年12月12日に「ドリーム和歌山号」と統合。
青春中央エコドリーム号(2021年10月27日をもって廃止)
東京駅 - バスタ新宿(新宿駅) - 谷保駅 - 中央道日野 - 中央道八王子 - 大阪駅JR高速BT - ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ)
首都高速3号渋谷線 - 東名高速道路 - 新東名高速道路 - 伊勢湾岸自動車道 - 東名阪自動車道 - 新名神高速道路 - 名神高速道路 - 新御堂筋経由
首都高速3号渋谷線 - 東名高速道路 - 新東名高速道路 - 伊勢湾岸自動車道 - 東名阪自動車道 - 新名神高速道路 - 名神高速道路 - 油小路通 - 第二京阪道路 - 新名神高速道路 - 京奈和自動車道- 国道24号経由(奈良系統)
神戸(三宮)発着系統
首都高速3号渋谷線 - 東名高速道路 - 新東名高速道路 - 伊勢湾岸自動車道 - 東名阪自動車道 - 新名神高速道路 - 名神高速道路 - 新御堂筋 - 阪神高速11号池田線 - 名神高速道路 - 阪神高速3号神戸線経由(大阪経由)
上下とも鮎沢PA(2018年11月22日出発便より、足柄SAの混雑常態化のため変更)、土山SA(神戸発の便は草津PA、神戸着の便は甲南PA)で休憩する。2021年10月28日から新東名高速道路経由となったが、途中休憩箇所の変更はない。
中央高速道路経由(廃止)は境川PA(下り便)、談合坂SA(上り便)、多賀SAで休憩していた。
ドリームなんば・堺号(廃止)は鮎沢PA(上下とも)、甲南PA(なんば・堺行)・草津PA(新宿・東京行)で休憩していた。
超得割青春号(廃止)は上下とも談合坂SA、諏訪湖SA、恵那峡SA、多賀SAで、超得割青春東京号(廃止)は上下とも足柄SA、日本坂PA、刈谷PA、土山SAでそれぞれ休憩していた。
乗務員についてはこの限りではない。
京都営業所(京都発着便のみ担当)
神戸営業所(三宮発着便のみ担当)
USJ、奈良駅発着便以外は、便により大阪高速管理所または大阪北営業所が担当する。ただし、USJ、奈良駅発着の便はUSJに近い大阪高速管理所のみ担当する。
バス事業に対する規制緩和が行われた2000年頃から、大きな需要が見込める首都圏と京阪神地区を結ぶ夜行高速バスの競争が激化しており、以下のような傾向が見られる。
首都圏と京阪神地区を結ぶ夜行高速バスは、本家のJR系ドリーム号以外の他社路線バス(関西・関東の大手私鉄系)に加え、近年格安のいわゆる高速ツアーバス(2013年8月1日以降はその多くが「新高速乗合バス」に移行)の参入もあり、かなりの激戦区となっている。もともと国鉄の東海道新幹線や在来線夜行列車の補完目的であったドリーム号は、おおむね発車時刻が22時以降(21時台に発車する便もある)と全体的に遅めの設定となっているため、1日の時間を有効に使えるメリットから根強い人気がある。特に週末(金 - 日曜日)では予約を取ること自体が困難な盛況ぶりである。発車時刻が遅くなった背景として、東海道新幹線「のぞみ」や関西国際空港発着便の飛行機が21時台まで運行されているため、この時間帯でもその日のうちに目的地に到達できるようになったことも挙げられる。
全体的に発車時刻が遅い分、東京行は首都高速道路、大阪行は新御堂筋(2009年9月10日廃止の青春メガドリームを除き新御堂筋を通行)での朝の渋滞に巻き込まれやすく、到着時間が見込めないリスクもある。平日と土曜・休日では首都高速・新御堂筋の混雑度にかなり差があり、加えて道路工事や事故による渋滞等で東京・大阪入りが遅れた場合には遅延が積み重なり、平日到着の場合は大幅に遅延することもあるが、定時より早着する場合もある。また、かつては連休時などで中国自動車道の宝塚東トンネル付近から名神高速道路まで伸びた渋滞により、一部便の大幅な延着も見受けられた。現在では関西側においては第二京阪道路全通により京滋バイパス - 第二京阪道路 - 近畿自動車道の迂回可能となり、延着リスクの幅が大幅に低減している。
かつて、東名高速経由便(ドリーム号)と中央道経由便(中央ドリーム号)は高速道路本線上の停留所でも乗車扱いを行っていたが、2008年1月16日改正をもって終了した。その後、2010年7月1日改正から中央ドリーム号の一部便が中央道日野および中央道八王子での乗車扱いを行っていたが、2021年10月28日改正で中央道経由便が廃止されたため、2022年現在では高速道路本線上停留所での客扱いは行われていない。
京阪神地区では、しばらくは大阪駅桜橋口・京都駅烏丸口(ドリーム京都号)・奈良駅(ドリーム奈良号)・神戸駅(ドリーム神戸号)および南海難波駅(のちなんば高速バスターミナルに変更、ドリーム難波号)・南海堺駅(ドリーム堺号)始発のみであったが、2001年からはユニバーサル・スタジオ・ジャパン(USJ)、2004年からJR難波駅(湊町バスターミナル・OCAT)、2006年からは天王寺駅・王寺駅にも立ち寄っていた。2010年7月の改正で京都駅始発便が全廃となり、京都駅は大阪・奈良・神戸系統の立ち寄りに変更となった。その後、2020年5月1日改正で王寺駅、同年12月1日改正でOCATおよび天王寺駅の乗り入れはそれぞれ終了となり、京都駅始発便の設定も復活した。
2010年の首都高速中央環状線(山手トンネル)開通に伴い、それまで東京駅か新宿駅のどちらか一方に発着していたプレミアムドリーム号(季節運行の81・82号)およびドリームなんば・堺号(ドリーム堺号としての営業開始当初より)は、全便が東京駅と新宿駅の双方に立ち寄るようになった。また、中央道経由便は2012年7月20日改正で、新宿駅発着から新宿駅経由の東京駅発着に延長されたが、2021年10月28日改正をもって全便廃止となった。
首都圏と京阪神を結ぶ夜行高速バス(ツアーバス→新高速乗合バス含む)の数が急増して過当競争にある中で、「ドリーム号」はJRバスが運行するため、大半の路線では2013年3月10日乗車分までJR駅の「みどりの窓口」でも乗車券を発売していた。このため、私鉄系より圧倒的に発売窓口が多く乗車券を購入しやすいこと、また老舗であるため知名度も高いことや、ツアーバスで見られる「乗り場がわからず乗り遅れてしまう」などのトラブル、零細事業者による運営が多いことに起因する各種サービスの脆弱さ、交通事故が起こるリスクの高さなどが存在しないという安心感から、営業面では私鉄系夜行バスやツアーバスを圧倒しており、「ドリーム号」が支持を得る大きな理由に挙げられていた。しかし、近年になってコンビニやインターネット上での乗車券の購入や予約が可能になると、この面でのアドバンテージは徐々に縮まりつつあったが、その後高速バスネットに一本化され、取り扱い店舗の少ないコンビニでの購入には制約がかかっている。
運賃も、曜日や時期によっては早売21・早売1などの早期購入割引により、10,000円前後でドリーム号で往復できるようになるなど、さらなる価格競争が進んでいる(2008年7月1日より「早売5」も設定)。
追加料金の支払いで快適で安全なサービスを提供する便(プレミアムドリーム号など)がある一方、低価格だが4列シートやトイレ無しの車両で運行する便(青春や超得割など)も登場するなど、この分野でも分化の傾向が見られた。一時期、中央ドリーム号も含めた東京(東京駅・新宿駅)⇔大阪(大阪駅)間では、使用車両のグレードとサービスに応じて、デラックス便・一般・廉価便(青春)・超廉価便(超得割・青春エコ)の4種類、女性の場合はさらに女性専用車(これもデラックス便・通常便・廉価便あり)が加わって5種類となり、目的に合わせた幅広い選択が可能となっていた(2011年7月15日のダイヤ改正で廉価便は「青春エコドリーム号」に一本化されている)。その反面、細分化により通常のドリーム号は2020年12月1日改正で設定がなくなっている。
2011年7月15日のダイヤ改正まで運行されていた超廉価便のうち、「超得割青春号」の乗車券を購入する際は、以下の条件にすべて同意する必要があった(JRバスチケットセンターの場合は窓口で係員が購入者に呼び掛ける場合もあった)。なお、補助席の発売は、2009年2月28日出発便をもって終了している。
バス車内にトイレがないため、4か所で休憩をとる(この他に、乗務員交代による停車箇所もあるが、原則として乗客は下車できない)。
休憩箇所では車内灯を原則として点灯する。
規制緩和による高速バス新規参入への対抗策を講じる必要から、効率化を図るために一般夜行用車と昼行特急車が共通運用となったことで、終点に到着後は夜まで車両基地に留置する以外に、車内清掃などを済ませた後で昼特急や間合い運用として、その他の昼行高速バスとして折り返す運用が設定されていた時期がある。大阪口では徳島便や岡山便、中国ハイウェイバスなどに、東京口では神栖・波崎線(はさき号)やつくば号(当時設定されていたつくばセンター発着便の出入庫便としての役割もある)、御殿場プレミアム・アウトレット線などの運用に入っていた。
以上のような首都圏と京阪神を結ぶ高速バスの競争激化によって、在来線(東海道本線)の夜行列車は競争力を失う結果となり、戦前の「名士列車」からの系譜を持つ東京駅と大阪駅を結ぶ夜行急行列車「銀河」は2008年3月14日のダイヤ改正をもってで廃止された。これにより、首都圏と京阪神地区を結ぶ在来線の夜行列車は事実上消滅した。
運行開始当初から、長らく4列シートWC付40人乗りの国鉄専用型式を使用してきたが、1986年に4列シートながらWC付36人乗りスーパーハイデッカーが投入された。
1989年にドリーム神戸号が運行開始(再開)した際に独立3列シート29人乗りのスーパーハイデッカーが導入され、同年度末には他の路線も独立3列シートWC付29人乗りスーパーハイデッカーに変更されている。1994年10月1日よりダブルデッカーを投入した。
2020年12月現在、原則として以下のような車両が使用されるが、車両によっては一部仕様が異なることがある。特記がない限りはすべて便所付き。
ドリームルリエ号(2列・3列合造車)
プレミアムシート(前方4席(2018年登場の新車は6席)・プレシャスクラス)とグランシートの改良型(アドバンスクラス)を装備したハイデッカー車。各座席がパーティションとカーテンで区切られており、アドバンスクラスでは更に前後を区切るカーテン付き。全席にiPad mini 4、Wi-Fiを装備している。
プレミアムドリーム号(1階2列シート・2階2-1配列の3列シートまたは独立3列シート)
1階プレミアムシート・2階スーパーシートのダブルデッカー。1階3席・2階29席の計32席タイプと、1階4席・2階24席の計28席タイプの2種類がある。2階席は前者と後者との間でシートの幅や前後間隔に差があり、前者の1席あたり専有面積はドリーム号とほぼ同じであるが座席の構造に差が設けられているためかつてはスーパーシート料金が適用されていた(現在は通常版と同額)。全席にAC100Vコンセントを装備、一部座席を除いて個室カーテンを装備。さらに、プレミアムシートにはフルセグ対応7インチ液晶テレビを装備する。
グランドリーム号(独立3列シート(ハイデッカー)/3列・4列合造車(ダブルデッカー))
ハイデッカー車は全席新型クレイドルシート(グランシート、ゆりかごタイプ)を装備。従来のスーパーシートに比較してシートピッチを40mm広げた。シート生地には抗菌防臭加工済。空気清浄機、Wi-Fiを装備している。
2020年8月から登場したダブルデッカー車は、1階は青春エコドリーム号仕様の4列シート、2階はクレイドルシートだが、ハイデッカー車に比べて足下スペースが拡大されている。全席USB充電ポート、フリーWiFi付き。3列シートにはプライベートカーテンも備える。
青春エコドリーム号(4列シート)
1階正座席12席・2階正座席40席のダブルデッカー。
1階正座席8席・2階正座席48席のダブルデッカー。
正座席44席のハイデッカー。