奈良小1女児殺害事件
死刑適用基準を示した永山則夫連続射殺事件への最高裁判決(1983年 / 被告人:永山則夫)以降、被害者数が1人の殺人事件で死刑が適用された事例は、金品目的(身代金・強盗など)や、被告人に殺人前科があるなど特別な事情がある場合に限られていた。しかし奈良地裁は同判決で示された「永山基準」に言及し、「本事件で殺害された被害者は1人だが、本事件の被害者は何ら落ち度がなく、抵抗することもままならない幼少の女児で、性的被害にも遭っている前田雅英・首都大学東京教授(刑事法)は「性犯罪に対する国民感情を重く受け止めた判決だ。加害者が性犯罪の前科を有しており、反省の情を示さなかったことに加え、裁判所の『性犯罪を撲滅しなければならない』という意識の表れでもあろう」と評している。。残忍な犯行・自己中心的な動機・犯行後の情状の悪質性・遺族の被害感情・社会的影響の甚大さなどに加え、このような事情を併せ考えると、本件の結果はかなり重大で、被害者の数が1人であることだけで死刑を回避することはできない。本件の結果以外の情状も極めて悪く、罪刑の均衡の見地・一般予防の見地からも被告人自身の生命で罪を償わせるほかない」と結論付けた。この判断を受け、『朝日新聞』 (2006) は「永山判決より一歩踏み込んだ判決」と評した。なお、本件より以前(2006年7月)に第一審で無期懲役判決(求刑:死刑)が言い渡された広島小1女児殺害事件では「被害者は1人で殺害の計画性はなく、(同事件加害者の)前科も立証されていない」として死刑が回避されている同事件で広島地裁は「被害者1人の殺人事件の場合、死刑適用には被害者が複数の事件より高い悪質性が必要」と判断した。。本判決は被害者遺族の処罰感情に加え、加害者の前科・殺害の計画性が認定されたことが死刑適用の要因になったとされている。奈良地検の次席検事・西浦久子は「これまで被害者1人の場合は強盗殺人・保険金殺人などを除き死刑は考えにくかったが、流れが変わってきた。世論の後押しがあったためだろう。社会が公正な判決を望んでいたからだと思う」と所感を述べている。
判決宣告前、小林はガッツポーズや、ほくそ笑む態度をとった。一方で判決後に接見した主任弁護人・高野嘉雄に対しては「死刑は覚悟していたが、判決理由で自身のこれまでの公判の陳述より、奈良地検の主張に重きが置かれている点には不満がある」と述べた。
弁護人は判決を不服として大阪高等裁判所に即日控訴したがこの時、小林は控訴に異論を示さなかった。、2006年10月10日正午過ぎ、小林(奈良少年刑務所在監)が自ら控訴を取り下げ小林はその直前に弁護人と面会し「午後にも控訴を取り下げる」と話しており、弁護人から「なぜこんな事件を起こしたのかを説明する必要がある」と説得されたが、熟慮の末に決断したためか翻意しなかった。取り下げ後にも弁護人と再び面会し「(10月)5日に結論を出した。何を言っても社会は理解してくれない」と話していた。また、死刑確定後には控訴取り下げの理由について「弁護士を信じられなかったから」と述べている。、控訴期限の切れる2006年10月11日0時をもって死刑が確定した。
弁護人は当初「異議申し立てをするつもりはない」と表明していたが、2007年(平成19年)6月16日に一転して大阪高裁へ控訴取り下げの無効を求める審理開始の申し立てを起こした。しかし申し立ては2008年(平成20年)4月に棄却され、同年12月には再審請求を申し立てたが、奈良地裁により2009年(平成21年)5月に棄却された。再審請求棄却の決定を不服として即時抗告したが、大阪高裁(大淵利一裁判長)は2009年8月6日付決定で即時抗告を棄却した。さらに決定を不服として2009年8月9日付で最高裁判所へ特別抗告したが、2009年12月15日付で最高裁第二小法廷(竹内行夫裁判長)は小林の特別抗告を棄却する決定を出したため、再審が開始されないことが確定した。その後第二次再審請求を行い、「警察・検察の供述調書にて自分が『被害者を殺害した』と供述したとされる場面について、実際には検察官は検証しておらず、裁判官も提出されるべき捜査段階での現場検証時の写真・記録がないまま『供述調書は信用できる』と死刑判決を言い渡しており、不当判決だ」とする新証拠この新証拠は2008年3月25日、大阪拘置所講堂で行われた大阪高裁への公判期日申立てに関する事実調べの際に獲られた調書。を提出したが、奈良地裁で棄却決定がなされ、(後述のアンケート回答時点で)大阪高裁へ即時抗告していた。
2006年10月30日、小林は遺族に対して、自分の行為は「人として最低な行為」であったが、「公判中に謝罪の気持ちを表したくてもできなかった」と書かれた手記を弁護人を通じ手渡そうとするも、公判の態度を見た遺族は本心からの謝罪だと思えず拒否している。これについて、宮﨑勤・宅間守と面会した長谷川博一教授は「ほかの2人と違い、悪いことをしたということはしっかり認識している」と述べている。
小林は死刑確定後、大阪拘置所へ収監されていた。2006年2月、『創』第36巻第2号(通巻第398号)に手記を寄せている。また死刑確定者らを対象に実施されたアンケートに対し、以下のように回答していた。
2008年(平成20年)7月 - 8月にかけて「死刑廃止国際条約の批准を求めるフォーラム90」が実施したアンケート
「第一審・死刑判決は杜撰な審理により言い渡された者であり、現在の弁護人に『裁判官3名の訴追委員会への罷免請求を行いたい』と申し出、助言を得て2008年11月13日に訴追委員会へ罷免請求書を送付した」
「今後、再審における情状証人・支援者として友人を申請したが、大阪拘置所が『外部交通は必要ない』として不許可にした。その必要性は裁判官が判断すべきだろう。一般市民が参加する裁判員裁判は、司法のプロたち(裁判官・検察官・弁護士ら)が行うべき審理・検証を確実に実行すべきだ(そうでなければ、冤罪判決が下った場合には一般市民の裁判員たちにその責任が及ぶことになる)。死刑制度の基本的論理は『目には目を、歯には歯を』の復讐的行為であり、本当の正義と言えるのか?その認識が広まっているから、世界各国は死刑制度廃止へ向かっているのだろう」
2011年(平成23年)6月20日 - 8月31日に参議院議員・福島瑞穂が実施したアンケート"注" - 「第二次再審請求で『自分の供述調書は事実に反したものだ』と訴えたが、奈良地裁は非を認めず、不当な棄却決定を出した」
2011年9月 - 11月に福島の事務所が実施したアンケート - 「被害者には申し訳ない気持ちでいっぱいだが、現在の死刑制度には反対だ。現在の日本の刑法は『目には目を』の復讐法ではない。死刑制度の代わりに仮釈放のない終身刑を導入するか、死刑執行2日前に執行の告知を受けた上で、薬物投与による刑執行を希望する。拘置所内の生活では持病の腰痛に悩まされており、寝づらい。友人・知人との交流をさせてほしいし、(楽しみにしている)DVD・テレビの視聴回数を増やしてほしい」
2013年(平成25年)2月21日、法務省(法務大臣:谷垣禎一)が発した死刑執行命令を受け、収監先である大阪拘置所にて死刑が執行された(1968)。執行の2週間前には恩赦不相当の決定が出されていたほか、死刑執行当時は2度目の再審請求に向け準備中だった。同日には土浦連続殺傷事件・名古屋市中区栄スナックバー経営者殺害事件の両死刑囚(計3名。前者は東京拘置所・後者は名古屋拘置所に在監)の刑も執行され、自由民主党の政権復帰(2012年12月・第46回衆議院議員総選挙の結果により第2次安倍内閣が成立)以降では初の死刑執行となった。
インターネットでの匿名掲示板のとあるスレッドには、事件の手口を思わせる一連の書き込みがあり、「本事件を誘発したのではないか?」とする報道がなされた。