クローン・トルーパー
ARCトルーパーは、成功困難である極めて複雑で危険な任務に単独、又はツーマンセル以上のチームで派遣されることが多かった。また、戦争が長期化するにつれ、個々のARCトルーパーがクローン大隊を率いることが多くなり、クローン・コマンダーやクローン・キャプテンと同等に部隊指揮官としての活動も増えていく。アニメ「クローン・ウォーズ」では、クローン訓練兵の間でARCトルーパーになることはクローンとしての夢であり憧れであることが語られている。
初期の個体はジャンゴ・フェットから直接訓練を施されており、ジャンゴ・フェットのクセであるガンスピン等のガンプレイや性格に影響を受けた者も何人かいる。しかし、教官であるジャンゴ・フェットがジオノーシスの戦いにて落命したため、彼から直接訓練を受けたARCトルーパーはごく少数に留まる。その後、ARCトルーパーの一部は教官としてカミーノを都度訪れ、次世代のARCトルーパーになる兵士の育成に取り組んだ。ARCトルーパーに選ばれるのは指揮官となるために自我の抑制を極力無くした個体が多かったが、戦闘の長期化に伴い自我が抑制されているはずの一般の兵士が、経験を積み戦果を挙げることでARCトルーパーへの転属・昇進を認められるようになる。代表的な例としては第501大隊所属のファイブス、エコー、ジェシーは一般兵からARCトルーパーにまで昇進したトルーパーである。
なお、ARCトルーパーはあくまでも兵科の一つであり、ARCトルーパーに昇格しても、誰もが指揮官(中佐以上)の階級に昇進できるわけではなかった。新兵から昇格して生死不明となる短い期間を第501大隊のARCトルーパーとして過ごしたエコーはARC昇格後に伍長、第501大隊の古参兵として多くの戦いで小隊を指揮してきたジェシーはARC昇格後に中尉の階級に昇進している。そのため、クローンたちの憧れの兵科ではあるが、同じ部隊にARCがいた場合にもその階級が低い場合には、彼らに対し同僚や後輩に対するようなフランクな接し方をしているトルーパーも多く、ARCたちも一般兵に対して友人のように接していた。一方で、コマンダークラスや第一世代のARCトルーパーは軍内でも高い権限を有しており、カミーノで教官を務める賞金稼ぎたちも、彼らには敬意をもって敬語で接していた。
別名リパブリック・コマンドー(Republic commando)は、共和国クローン軍の中でARCトルーパーと対をなす代表的な特殊作戦部隊の兵士である。自我の抑制がほとんど行われなかった初期のARCトルーパーと違い、クローン・コマンドーはARCの独立心を危険視し従順性を求めたカミーノの技術者により、通常のクローンと大きな差のない程度に自我の抑制が行われている。しかし、高度な戦術訓練を受けた彼らは単体でも標準的なクローンを上回る戦果を挙げた。
クローン・コマンドーは単体でも優秀ではあるが、部隊行動においてその真価を発揮する。4人組の分隊単位で作戦を実行する彼らは、主に戦場にて敵の主要拠点となる堅固な要塞・基地への破壊工作、作戦妨害に投入された。単体又はツーマンセルでの活動が多く独断で作戦を実行することも多いARCトルーパーと異なり、チームでの連携と指揮系統を重視したクローン・コマンドーは数多くの戦場で共和国に勝利をもたらしている。
特殊作戦に投入される彼らは装備・武器も他の部隊とは異なる。装甲服には通常のブラスターでは簡単に貫通できない強固な素材で作られたカターン級コマンドー・アーマーを装備し、武器にはブラスターモードからアタッチメントを取り付けることにより瞬時にグレネードランチャー等に装備を付け替えれるDC-17Mブラスター・ライフルや近接格闘を想定して手甲に仕込んだバイブロブレードなど多種多様な武器を使用して工作任務を遂行する。
クローン大戦では様々なコマンドー部隊が戦場で名を馳せた。クローン戦争の最初の戦いであるジオノーシスに投入された「デルタ分隊」は多くの任務で作戦を遂行し、その活躍はジェダイ評議会にも知れ渡っていた。コマンダー・コーディが率いる第212突撃大隊に属していた「フォックストロット・グループ」はコマンドー・キャプテン・グレガーが指揮官を務めていた。この部隊は共和国史上最大の負け戦とも言われるサーリッシュの戦いで戦闘中行方不明となる。その後、記憶喪失の状態で発見されたグレガーは、ある事件をきっかけに記憶を取り戻し、共和国軍への奇襲攻撃阻止に貢献。さらに彼は、バイオチップを頭部から取り除きオーダー66に参加せず、十数年後には反乱同盟に参加している。コマンドー・サージェント・ハンターが率いる「クローン・フォース99(別名:バッド・バッチ)」は意図的に遺伝子の大きな改変を受けた奇形クローンによる部隊であり、一騎当千も可能なほどの戦闘能力を秘めるこの実験的部隊も各地で極めて大きな戦果を挙げていた。
帝国樹立後、コマンドーたちは戦線を離れ、帝国の重要施設の警備任務のほか、帝国軍の新戦力である非クローンの人間の男女により構成されるストーム・トルーパーの訓練教官となる。しかし、自分たちの代わりに台頭することになる彼らを快く思わなかったコマンドーたちは、彼らにすべての技能を教えることはなかった。ストーム・トルーパーが正式に認可されると、彼らの指揮官を務めたほか、主要施設や要人の警護を主任務としていた。
クローン・シャドウ・トルーパー(Clone shadow trooper)はクローン戦争が激化する中で「クローン情報部」に新設された潜入・スパイ任務を専門とするエリート部隊。新設の背景には戦争の激化によるARCトルーパーの減少も影響していた。
彼らの装甲服は通常の装甲服を漆黒に染めただけのようにも見えたが、この装甲服に備えられた装置は潜入任務に特化した高価な装置ばかりであり、特殊なセンサーにより他の人間や種族の姿を投影して変装する装置やジャンゴのクローン特有の歩き方を偽ることもできる装置、電波妨害装置など、潜入やスパイ任務に必要な多くのシステムを備えていた。ただし、この妨害装置は通常のクローン部隊の装備に影響を与えてしまうため、シャドウたちは通常部隊との合同任務を行うことはできなかった。また、彼らの使用するDC-19・ステルス・カービンは銃弾の音を消す音声抑制器のほか、僅かな弾数ではあるが目では視認できない銃弾を発射することが出来た。
彼らの任務は戦闘ではなく隠密活動がメインであり、敵地への偵察やスパイ任務、情報収集が主となっていたが、その内容は通常の偵察部隊よりもはるかに危険な潜入任務が殆どであった。ARCトルーパーのように単独、又はツーマンセルで行動する彼らは任務中は変装をしていることが多く、その存在を実際に視認できた人物は敵や味方も含めごくわずかといわれている。高い戦闘技術も備えていた彼らは前線に投入されることもあったがジャミング装置の影響で通常部隊との合同任務は不可能であったため、基本的には大規模部隊を投入する大きな作戦の際に先行して敵地に侵入し妨害作戦を実行する任務に就いていた。彼らの妨害技術はクローン戦争終盤の「ウータパウの戦い」でジェダイ将軍のオビ=ワン・ケノービが囮になっている間に敵に気づかれることなく大規模部隊を都市に送り込むことに成功している。
帝国樹立後は要人警護や主要施設の警備任務に割り当てられ、皇帝の宝物庫の警備も担当していた。その能力を評価した尋問官・ヴァリン・ドレイコは彼らを自身の任務に同行させていた。その後、クローンが全員退役となって以降はストーム兵団内に彼らをモデルにした新部隊であるストーム・コマンドやシャドウ・ストームトルーパーが誕生している。
パージ・トルーパー(Purge Trooper)は、帝国軍樹立後に設立された対ジェダイに特化した特殊ユニットであり、帝国最後のクローン・トルーパー部隊。非クローンの人間で構成されるようになった帝国軍において唯一、ジャンゴ・フェットのクローンで構成されたこの特殊部隊は、元ジェダイを中心としたフォース感応者による暗黒面の組織「帝国尋問官(Imperial Inquisitors)」の専属部隊として、オーダー66を生き残ったジェダイの討伐を専門に活動していた。最後に製造された世代のクローンを中心に組織された彼らは、クローン戦争時代と同じく、クローン・アーマーにクローン戦争当時の武器を使用していた。また、対ジェダイ専用にエレクトロスタッフ、エレクトロバトン、エレクトロハンマーを装備し対ライトセイバー戦にも対応できた。また、フォースに対する知識にも富んでいた彼らはフォース・プッシュ等の技にも即時に対応し、対ジェダイ戦で彼らを苦しめた。
装甲服はクローン戦争時の空挺部隊と同じくビーハイブ型のヘルメットを装着し黒のクローン・アーマーに赤い差し色が入った装甲服を装着していた。武器はクローンと同じくDC-15Aブラスター・ライフルを装備。ジェダイとの白兵戦の際にはエレクトロスタッフ、エレクトロバトン、エレクトロハンマーなどの対ライトセーバー用の近接戦闘武器やフォースを想定した近接格闘により、未熟なジェダイであれば一対一であっても互角の戦いが行えた。
通常、パージ・トルーパーは尋問官かパージ・トルーパー・コマンダーの指揮のもと活動し、クローン・トルーパーが使用していた戦術を駆使しながら、かつてのジェダイとクローンのように尋問官と連携して生き残りのジェダイを狩っていった。
なお、クローンを主体としたパージ・トルーパーは帝国初期に運用されていたが、成長加速の影響もあり徐々に退役し、クローン戦争終結から10年後が舞台となるドラマ『オビ=ワン・ケノービ』の時代にはアーマーや武器がストーム・トルーパー仕様に変更された人間の兵士に置き換わっている。
銀河系全体でクローン戦争が広まり、クローン部隊も様々な環境下での戦いを要求された。クローンの中には特殊な環境下での戦闘を目的とした兵科が多く誕生した。そうした数多くある兵科・部隊の中でも特に代表的なものを以下に列挙する。なお、クローンはどの専門分野に関してもある程度の訓練は受けており、専門部隊所属のクローン兵ほど特化した技術はないが全クローンたちが各種兵器やスターファイターを平均以上の技術で扱うことができた。劇中でも一般のクローン兵がファイターやガンシップを操縦して戦闘に参加するシーンが描かれている。
ARCトルーパー(アーク・トルーパー):自我の抑制が抑えられ高度な思考力を持ったエリート兵士。成功困難である極めて複雑で危険な任務に投入されることが多い。戦争の長期化に伴い、一般兵から昇格した兵士も現れる。
クローン・コマンドー:敵陣に潜入し破壊工作・妨害作戦を遂行する特殊部隊。1分隊4人で行動し、そのチームワークで多くの戦場で勝利をもたらした。
クローン・トルーパー・パイロット:共和国軍の戦闘兵器・スターファイターの操縦訓練を受けたパイロット。 多くのクローン・パイロットはマンダロリアン・プロテクターのフェン・ラウより訓練を受けており、ドロイドよりも柔軟な思考力と操縦技術で共和国宇宙軍の柱となる。
クローン・ガンナー:砲台の砲手を専門とするクローン。戦車や軍艦、砲台の砲手として活躍した。
クローン・トルーパー・フライト・クルー:整備兵として共和国軍のあらゆる兵器をメンテナンスするクローン兵。灰色の作業着と黄色のベスト、ヘルメットを着用する。
クローン・トルーパー・メディック:クローン・トルーパーの衛生兵。身体に関する問題はジェダイを含めたどの階級よりも権限を持ち命令権もある。
クローン・メディカル・オフィサー:衛生兵部門の士官。前線に立たない彼らは装甲服を身につげず、白い軍服を身に着けていた。
クローン・ナビゲーション・オフィサー:クローンの士官。多くは共和国の軍艦にて操縦、ナビゲーション、ジェダイ将軍や提督の補佐に務めたり艦長として軍艦全体を指揮していたため、装甲服は身に着けず軍服を着ていた。一般のクローン兵も平時には色の違う同じ形の軍服を身に着けていることがある。
ARFトルーパー(アーフ・トルーパー):アドバンスト・レコン・フォース・トルーパーの略。サバイバル技術に特化した偵察専門部隊であり、各大隊に一定数の部隊が配備されている。装甲服も軽量化され、素早い行動を必要とする偵察任務を可能にした。通常戦闘ではAT-RTウォーカーなどを操作しながら兵士たちをサポートしている。彼らの潜入技術は腕利きの賞金稼ぎが存在に気が付かないほどであった。
クローン・ショック・トルーパー:別名コルサント・ガード。共和国の首都である惑星コルサントの治安維持を専門とする保安警察の役割を持った赤いマーキングのトルーパー。軍内の憲兵としての役割や最高議長を中心とした要人のボディーガードも務める。
クローン・コールド・アサルト・トルーパー:寒冷地に特化した装備を身に着けたトルーパー。
クローン・スキューバ・トルーパー:水中における活動に特化した軽量化装備と酸素ボンベを身に着けたトルーパー。
クローン・ジェットパック・トルーパー:ジェットパックを使用した戦闘を専門とするトルーパー。専門部隊も存在するが、一般兵も含めたすべてのクローンはジェットパックの操作も訓練されており、兵科は関係なくジェットパックを身に着けて作戦に加わるトルーパーも多い。
クローン・シャドウ・トルーパー:ARCトルーパーに変わる新しい兵科として新設された漆黒の装甲服が特徴の「クローン情報部」の偵察ユニット。クローン軍に存在する偵察・潜入部隊の中でも最上級といわれる技術を持ち、秘密任務やスパイ任務を遂行するためのジャミング装置や変装装置など特殊な装備を備えている。その装置の影響もあり、通常の部隊と合同任務を行うことが困難であったため、戦闘に投入される際には大規模部隊を投入する前に敵都市に潜入して妨害装置を設置するなどの任務を務めた。帝国樹立初期には施設及び人物の護衛要員を務め、皇帝の宝物庫の警備もしていた。
第501大隊
クローン・キャプテン・レックス(終戦時にはコマンダーに昇進)が率いる青いマーキングを施し、共和国軍の中でも有数の精鋭として名を馳せたクローン大隊。ジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーの指揮の下で戦ったこの部隊は銀河でも最高の大隊として知られ、数多くの戦いで勝利をおさめた。所属するクローンもアナキンの影響を受けて個性的で感情的な思考を持つクローンが多い。アナキンや彼に影響を受けたレックス、そしてファイヴスやジェシーなどの士官クラスのクローンたちは絶望的な戦況において常に型破りな戦術を駆使し、ジオノーシスの戦いから終戦であるマンダロア包囲戦までの勝利困難と言われる歴史に残る戦いを生き抜いた。また、ファイブス、エコー、ジェシーのように一般兵からARCトルーパーを多く輩出している。
彼らを率いるアナキンは常に最前線に立ちカリスマ性があるだけでなくクローンたちにも友人のように気安く接しており、クローン・トルーパーを『兵士以上の存在』と高く評価していた。そんな彼に心酔しているクローンも多く、彼のためなら命を投げ出してもかまわないと感じている者も多くいた。第501大隊のクローンたちはジェダイ評議会や軍上層部の命令よりアナキンの考えを優先し、アナキンのためにジェダイ評議会に嘘の報告をするなど、クローンらしからぬ行動をするものが多かった。アナキンも彼らを心を許せる数少ない存在と認識しており、他のジェダイに指揮権を譲ることを拒否する場面もあった。中には自身の出生やパドメとの秘密の婚約というジェダイの掟に反する行為を打ち明けられていたクローンもいる。ジェダイらしからぬ好戦的なアナキンの戦術についても多くの隊員が高く評価しており『スカイウォーカーの任務はただの輸送任務でも攻撃に変わる』というジョークが501大隊のクローンたちの中で言われていた。
オーダー66以前にジェダイとの戦闘経験もあり、共和国を裏切ったジェダイ・マスター、ポング・クレル将軍の裏切りに気付いた彼らは第212大隊と協力し、現場のクローンのみの判断でクレルの指揮官権限を剥奪。戦闘の末、逮捕し処刑している。また、阻止こそ叶わなかったが、オーダー66の真実に最も近づいた部隊でもある。また、アナキンのパダワンであるアソーカのライトセーバー訓練も彼らの任務の一つであり、アソーカへの戦闘訓練をクローンたちが監督していた。当初はクローンたちを相手に数秒と持たず倒されていたアソーカは、終戦の年にはレックスに倒されることはあっても501大隊の兵士たちを相手に5分間の戦闘続行が可能なほどに戦闘技術が成長していた。
クローン戦争終盤(エピソード3)では部隊を2つに分け、アナキン率いる本隊はクローン・サージェント・アポーを指揮官としてコルサントを防衛し、コマンダー・レックスはARCトルーパー・ジェシーやクローン・キャプテン・ヴォーン、第501大隊古参兵のリッジらと共に第332中隊として別動隊を率いて共和国軍軍事顧問であるアソーカ・タノと共に元シス卿ダース・モール率いるマンダロリアン・スーパー・コマンドーを殲滅するために惑星マンダロアで戦闘を繰り広げていた。オーダー66が発令されるとアナキン改めダース・ベイダーは第501大隊を率いてジェダイ聖堂を襲撃し制圧。第501大隊はジェダイを最も多く殺害した部隊として名前が知られることになり、「ヴェイダーズ・フィスト(ヴェイダーの拳/Vader's Fist)」の異名で呼ばれるようになる。一方、レックスが率いていた第332中隊を含む第501大隊の別動隊の乗ったクルーザーはオーダー66発令直後に墜落。公式には、アソーカやレックスを含めた第501大隊の全搭乗員は死亡したことになっている。墜落現場には多くのクローン兵が埋葬されており、戦争終結から数年後にはダース・ヴェイダーも現場を訪れている。
第212突撃大隊
第7空挺兵団に所属するクローン部隊であり、クローン・コマンダー・コーディが指揮を執るオレンジ色のマーキングを施した部隊。ジェダイ将軍オビ=ワン・ケノービが率いたこの部隊は苛烈な正面攻撃と上空からの降下作戦、陸空からの包囲戦技術で高く評価された。オビ=ワンの弟子であるアナキンとの共同任務の多さから、第501大隊とは共同任務を多くこなしており、隊員同士の交流も深かった。クローン・コマンドー部隊「フォックストロット・グループ」や、他の部隊からも狙いを外さないことで知られるクローン・コマンダー・オッド・ボール率いるパイロット部隊「スクワッド・セヴン」も所属する。分離主義者のグリーヴァス将軍との遭遇率が高く、幾度となく彼の部隊と戦闘を繰り広げている。クローン戦争終盤、ウータパウの戦いではグリーヴァスを含めたドロイド軍団を壊滅させ、クローン戦争を事実上終戦させた部隊として名を残すことになる。
同部隊指揮官のコマンダー・コーディーは帝国樹立後まもなく、オーダー66への疑問や帝国の圧政に反発して軍を無断離隊している。
第104大隊
クローン・コマンダー・ウォルフ率いるクローン大隊。別名ウルフパックと呼ばれ、所属隊員は全員オオカミの紋章が入った装甲服を身に着けていた。ジェダイ将軍プロ・クーンに率いられたこの部隊は、様々な戦場で活躍し、救出作戦や紛争・災害などの被害にあった惑星への救援・支援任務に従事することが多かった。彼らの乗るガンシップには全てにプロ・クーンの顔とクローンのヘルメット、「Plo's Bros(プロの兄弟たち)」という文字が描かれていた。
第41精鋭兵団
クローン・コマンダー・グリーが率いる緑色のマーキングや迷彩色のマーキングの装甲服を着た部隊。主に分離主義者の進攻を受けた惑星にて様々な異種族との交渉や軍事指導、協力体制の構築をメインとする部隊であり、所属するクローンは様々な言語や伝統に通じているものが多い。戦争終盤にはマスター・ヨーダと共にキャッシーク防衛線に1個大隊が派遣され、ウーキーの戦士たちと戦力差のある戦いを生き抜いた。
第91機動偵察兵団
クローン・コマンダー・ネーオが率いる部隊。所属するクローンは偵察任務とスピーダーバイクによる機動戦闘に特化しており、戦地での事前調査や侵攻経路の確保などの任に就くことが多かった。そのため、装備も基準の装備より軽装である。同部隊所属でネーオの所有するピット・ドロイド・WAC-47伍長は、R2-D2等を含むジェダイ騎士団所属のドロイドを中心にジェダイ・マスター・メイス・ウィンドゥが編成した特殊部隊「D分隊」の中で唯一、クローン軍から選抜されたドロイドである。
クローン・フォース99
通称『バッド・バッチ(不良分隊)』。意図的な突然変異により生まれた特殊技能を持つ4人のクローンコマンドーで構成されている。後に元・ARCトルーパーも加わり5人編成となるも、クローン戦争終結直後、帝国の樹立と共に、部隊内で帝国に対する意見の相違があり、クロスヘアーが部隊を抜け、残りのメンバーは軍を脱走することになる。その高い戦闘技能は『一個師団と同等の戦力』ともいわれるほどであり、数多くの危険な任務を成功に導いた。特定の上官は存在せず、これまでに指揮官として、クローン・コマンダー・コーディの指揮下で戦ってきた他、クローン・キャプテン・レックスやジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーの指揮下でも活躍した。
クローン・キャプテン(後にコマンダーに昇進)のレックスが率いる青いマーキングの精鋭部隊。ジェダイ将軍のアナキン・スカイウォーカーと彼のパダワン・アソーカ・タノと共に数多くの戦いで勝利をおさめ、彼らに影響され個性豊かで型破りなクローンが多く所属する。オーダー66の際にジェダイ聖堂を襲撃した部隊でもある。また同時期にアソーカやレックスを含めた大隊の主要メンバーの属する別動隊を乗せたクルーザーが墜落。公式には搭乗員全員が死亡したことになっており、墜落現場にはARCトルーパー・ジェシーを含めた多くの第501大隊のクローン兵が埋葬されている。
レックスキャプテン・レックス(Rex/CT-7567)
装甲服の随所に青い塗装が施された第501大隊所属の大隊指揮官を務めるキャプテン(大尉)。終戦時にはコマンダー(中佐)に昇進した。認識番号はCT-7567。第501大隊全体を指揮しているが、その中でもトレント中隊を主力として指揮下に置いている。
アナキン・スカイウォーカーの副官を務めたクローン・トルーパーであり、彼と彼のパダワンであるアソーカ・タノと共にクリストフシスの戦いをはじめとする多くの戦場に従軍している。また、アナキンがオビ=ワン・ケノービと行動を共にする機会が多い為、彼の指揮下にあるコーディと行動を共にする事もあり、上官であるコーディを呼び捨てるなど階級の枠を越えた友情を築いていた。特にリシ・ムーン(第5話「ルーキーたち」)にあった前哨基地では実戦経験のない新人クローン・トルーパー達を彼と共に指揮し、基地を占領していたドロイド・コマンドーを倒し、基地を破壊。これによって共和国軍に異常を知らせ、敵艦隊を撤退に追い込んでいる。後に彼はリシ・ムーンで共に闘い生存した2名のクローン・トルーパーのエコーとファイヴズを第501大隊に入隊させている。アンバラの戦いでは、一時的に部隊の指揮から外れることとなったアナキンの代わりを務めたジェダイ将軍ポング・クレルの無謀な命令や部下を物として扱う態度に「我々は人間」「部下の命を守ることが仕事である」と抗議した。その後、クレルが裏切り者であることを知ったレックスは彼を逮捕することを決意し、部下たち率いて彼と拘束しに向かう。戦闘の末、クローン兵のみで拘束することに成功(その後クレルは銃殺刑が命じられるが、執行直前にレックスの部下の一人ドグマにより射殺される)したが、この事件をきっかけにクローン戦争の在り方、戦後、クローンはどうなるのかについて疑問を持ち始める。
柔軟な思考の持ち主であるレックスは、上官であるジェダイに対しても堂々と自分の意見を述べ、階級よりも経験を重視している。後にレックスはアナキンの影響を受け、恐れ知らずの戦士として知られるようになる。また、アサージ・ヴェントレスのマインド・トリックに耐えうるだけの精神力を持ち合わせており、マインド・トリックにかかったふりをしてアナキンに危機を知らせることに成功している。アナキンとはクローン大戦を通して共にいることが多く、友人としての関係を築いている。アナキンのためなら命を捨てることもいとわず、軍やジェダイ評議会の命令よりアナキンの命令を優先することもある。アナキンとパドメの結婚については本人から聞いており、彼らが夫婦としての時間を過ごすためにジェダイ評議会や軍上層部に根回しをしたり、アソーカの監督役を引き受ける、戦場でパドメと通話する時間を作るためにオビ=ワンを相手に時間稼ぎをするといった場面もあった。アナキンとパドメが自ら結婚の秘密を明かしていたのはレックスのみであった。こうした事もあり、レックスはアナキンからも数少ない理解者の一人として信頼を得ていた。アナキンの弟子であるアソーカとも上官と部下としてだけではなく友人関係を築いており、ときには「アソーカ」と名前で呼ぶこともある。また、アソーカに対し軍事や礼儀作法などの指導を行うこともあった。また、ライトセーバー訓練の監督役を担うこともあり、終戦までの3年間、アナキンと共に彼女に戦闘訓練を施していた。終戦までにアソーカは501大隊を相手に5分間生き残れるほどにまで技術を磨き上げたが、それでもレックスは一瞬の隙をついてアソーカを倒しており、ジェダイを相手でも後れを取らない戦闘技能を見せている。
他のクローンとレックスとの最大の違いは、短い金髪(スキンヘッドと表記されることも)だということである。彼は常に所属部隊を示す青い塗装が施された装甲服に身を包み、指揮官が身に付けるカーマ(腰巻)と青いポールドロン(首周りを覆う肩あて)を身に着けている。また、2丁のブラスター・ピストルを装備し使用することが多いが、状況に応じてブラスター・ライフルも使用している。
大隊指揮官という立場であり、さらに多くの功績をあげてきたにもかかわらず終戦直前まで階級はキャプテンのままであった。これに対し、コマンダー昇進後にアソーカに対し「自分はコマンダーという階級が好きじゃない」と話している。
クローン大戦が終盤に差し掛かった頃、タップが上官のジェダイを突発的に射殺する謎の事件を発端として、クローン達の脳に取り付けられた「行動抑制チップ」に隠された真の目的となるプログラム「オーダー66」の存在を知った部下ファイブスの最期の言葉を耳にしたレックスは、数名の仲間と共に密かに調査を続ける。
クローン大戦最後の数週間、ジェダイを離反したアソーカ・タノの要請によりレックスはマンダロアへ派遣される。久しい友の再会に喜ぶ第501大隊であったが、コルサントからの救援要請を受けた第501大隊は部隊を二つに分けて任務を遂行することになる。その際、ジェダイでも共和国軍人でもないアソーカの立場を問題視したオビ=ワンを納得させるため、アナキンはレックスをコマンダーに昇進させ、アソーカを彼の軍事顧問という立場で同行させることでオビ=ワンを同意させた。軍事顧問という立場のアソーカであったが、レックスと彼が率いる第332中隊のメンバーは彼女を「コマンダー」と呼び、アソーカと同じ文様のヘルメットをかぶることで彼女への敬意を表した。