諫早湾干拓事業
佐賀県鹿島市沖の有明海で二枚貝「アゲマキ」の生息数が回復し、アゲマキ漁が1996年以来22年ぶりに再開された。稚貝の育成・放流事業が効果を表したのだと言われた。タイラギについても他海域からの移植や、稚貝の放流、環境改善などの努力がされている。佐賀県だけで平成30年度までに4万個の母貝を移植した。平成30年度以降は沖合3か所・干潟2か所に母貝団地を造成して母貝や稚貝を移植したが、生残率が低く回復の兆しは見えていない。
福岡高裁は「2013年12月20日までの開門」を命令し(上告せず2010年12月に判決確定)、長崎地裁は「当面開門しないこと」を命令(2013年11月仮処分命令)した。国は基本的に開門しない方向であったが、菅首相が上告を見送ったことにより、国は相反する司法判断を突き付けられることになった。いずれを優先するか明確な取り決めはなく、その後も裁判が続くことになる。農水省での開門問題の対処は、諫早市への出向経験もあり、2015年から農村振興局長を務めた末松広行が陣頭指揮を執った。
いったんは「水門を開けろ」と判決を下した福岡高裁は逆に、2015年9月の長崎地裁の上告審判決では「漁業被害と、開門しないこととの間に因果関係は認められない」として開門を求める漁業関係者の請求を退けた。また長崎地裁が認めた一部漁業者への賠償も取り消した。この判決を受けて、菅義偉官房長官は、改めて最高裁での統一的判断を速やかに求めていき、国が背負っている相反する義務を解消に努力する方針を示している。
2017年4月、国は漁業補償と復興のために100億円の漁業振興基金を創設して和解する提案をしたが、2018年3月、福岡高裁での和解協議で長崎県漁業者側弁護団はこれを拒否し、和解交渉は5月に打ち切られた。一方、福岡県・熊本県の漁協は国の和解案の受け入れを表明している。反対派だった佐賀県漁協も2018年5月に和解案容認の方針に転じ、残るは長崎県漁協とその同調者のみとなった。
2019年6月6日、原告団は部分に開門を行う「部分開門」の和解案を提出するが、宮本明雄諫早市長は「大雨のときだけ水門を閉めて水害を防ぐというが、そう都合よく対応できるはずはない。調節池に海水が入って農業水源として使用できなくなることには変わりなく、ありえない和解案である」としてこれを拒絶した。
2019年6月、最高裁第2小法廷(菅野博之裁判長)は、漁業側(長崎県諫早市小長井町などの漁業者を中心とした原告団)の上告を棄却し、最高裁判決では初となる「開門せず」の判断を示した。また同月、最高裁は別の原告団による開門請求裁判でも、同様に「開門せず」の判断を下した。
「開門しろ」「開門するな」「開門してもしなくても制裁金はどちらかに払え」という「捻じれた司法判断」を受けた国は、その解消に向けて確定判決を無力化する請求異議訴訟(民事執行法第35条)を起こす。2014年12月の1審佐賀地裁では国側は敗訴したが、2018年7月30日に福岡高裁は、制裁金の支払いを認めた一審佐賀地裁判決を取り消す決定を示し、漁業者側への制裁金の支払い停止を認めた。判断の理由としては開門の是非には踏み込まず「開門請求権の根拠となる共同漁業権が既に消滅している」ということを理由として挙げた。農水省で陣頭指揮を執っていた末松は、2018年からトップの農林水産事務次官になっていた。諫早市長の宮本は判決を歓迎するコメントを発表し、末松を訪ねて今後の協力を要請した。一方、漁業者側は支払いの再開を求めて最高裁へ上告した。
2019年9月の上告審では、最高裁は「漁業者側が開門を求める前提となる漁業権は再び与えられる可能性もある」として、漁業権が消滅するという理由だけで以前の判決の無力化は認められないとの判断を示し、2018年7月の高裁判決を破棄して福岡高裁に差し戻した。この判決では開門の是非に言及しなかったが、開門を命じた確定判決の無効化もあり得ると示唆した。国は開門しない前提で、100億円の基金を元に和解を求めていく方針だが、2019年9月時点でも漁業者側弁護団はこれを拒否する態度を強めている。判決後に都内の憲政記念館で開催された開門派の集会には、菅直人も駆けつけ「開門確定判決が(今回の差戻しで)ある意味で生き返った。潮受け堤防を全部壊して撤去すべきだ」とコメントした。
開門・非開門派による裁判は多数乱立し、一時期7件が同時に進行した。2019年現在でも、長崎地裁だけで3件の開門請求裁判が係争中である。さらに営農側でも「開門と野鳥食害の損害賠償請求訴訟」があり、今後「農地の整備不良で営農が破綻した」とする損害賠償請求も予定している。以下は主な訴訟のみ掲載している。
2004年8月、佐賀地方裁判所(一審) - 工事中止の仮処分を決定。
2005年5月、福岡高等裁判所(二審) - 工事中止の仮処分を取り消し。
2007年11月、干拓事業完成。
2008年6月、佐賀地裁(一審) - 開門を命じる。
2010年12月、福岡高裁(二審) - 水門開放を命令。菅首相、控訴せず。判決確定。
2013年11月、長崎地方裁判所(一審) - 水門開放請求を棄却。当面、開門してはならない。
2014年4月、佐賀地裁 - 開門しなければ制裁金を支払えと命令。(1人1日1万円)
2014年6月、長崎地裁 - 開門すれば制裁金を支払えと命令。
2014年6月、福岡高裁 - 長崎地裁の制裁金の判断は妥当である。
2014年12月、佐賀地裁 - 開門命令の判決を無力化せず。国側敗訴。2018年7月の福岡高裁へ。
2015年1月、最高裁判所 - 制裁金の判断は矛盾していても、どちらも有効と認める。判決確定。
2015年3月、佐賀地裁 - 国が開門しないので、制裁金を倍額に増やせ。
2015年9月、福岡高裁(二審) - 水門開放請求を棄却。
2015年6月、福岡高裁(二審) - 佐賀地裁の倍額増額判断は妥当。最高裁へ。
2015年12月、最高裁 - 佐賀地裁の倍額増額判断は妥当。判決確定。(1人1日2万円へ)
2016年1月、長崎地裁 - 和解勧告するも2017年3月に決裂。交渉打ち切り。
2017年4月、長崎地裁 - 開門を差し止める判決。
2018年3月、福岡高裁 - 和解勧告するも2018年5月に決裂。
2018年7月、福岡高裁(二審) - 漁業権が消滅しているとして、漁協への制裁金支払い停止を認める。また漁協側に開門を求める権利も消滅している(2014年12月佐賀地裁の上告審)。最高裁へ。
2019年6月、最高裁 - 漁業者による開門を求めた訴訟及び営農者による開門差し止めを求めた訴訟の上告を棄却。判決確定。
2019年9月、最高裁 - 2018年7月福岡高裁の上告審。福岡高裁へ差し戻し。高裁判決を破棄。開門しない方針での解決を示唆。
2020年2月、福岡高裁 - 国が潮受け堤防排水門の開門を強制しないよう求めた訴訟の差し戻し審が始まった。
2021年10月、高裁が提案した和解協議に入るかどうかの話し合いが打ち切られ、次回期日の12月1日に結審、年度内に判決を出すとの見通しが報じられた。
2022年3月、福岡高裁 - 開門を命じた確定判決の効力の無効化を判決。
諫早湾干拓事業による漁業被害は、科学技術振興機構(JST)のまとめた失敗知識データベース「失敗百選」において「ノリを始めとする漁獲高の減少など、水産業振興の大きな妨げにもなっている」として、公共事業(建設事業)での失敗例として事例提供され、この結果に至ったシナリオ(経緯)として「組織、管理、企画、戦略不良、利害関係未調整で事業開始、誤判断、狭い視野、社会情勢に未対応、調査検討の不足、事前検討不足、環境影響調査不十分、計画・設計、計画不良、走り出したら止まらない公共事業、裁判所による工事差し止め命令、二次災害、環境破壊、赤潮発生、漁業被害、社会の被害、人の意識変化、公共事業不信」としている。
ただしこの文章は2005年頃に作成されたもので、その後の裁判で明らかにされた事実や環境アセスメントの調査報告書は勘案されていない。添付された図表も住民団体が用意したものであり、農水省統計と異なる。貧酸素水塊や潮流の変化、海苔の生産高など、数多くの事実誤認が含まれている(本頁の該当項目などと参照比較のこと)。