マニラ大虐殺
アメリカ軍はサント・トーマス収容所に大量の捕虜が収容されていることを掴んでおり、マッカーサー直々の「とにかく早く行け。サント・トーマスの捕虜を解放しろ」との命令によって、第1騎兵師団第1旅団のM4中戦車も含む700人の兵士で編成された遊撃隊は遮二無二に進撃して、2月3日の午後8時40分に収容所に到達した。アメリカ軍の急進撃は日本軍の予想を遥かに超えており、収容所に向かうアメリカ軍戦車は突然湧いたかの如く、マニラ都心近くの道路上を進撃してきたため、マ海防の兵士たちは日本軍の戦車と誤認し、直立不動で捧げ銃をしたところをアメリカ軍戦車の機銃掃射で射殺されてしまった。アメリカ軍侵攻の報告を受けたマニラ防衛隊陸軍部隊指揮官野口は「やられた。こんな急襲のされかたは面目ない」とマ海防の海軍士官に呟いたほどであった。
サント・トーマス収容所には林寿一郎中佐率いる警備隊65人が守っていたが、第1騎兵師団第1旅団の急襲によりなすすべなく3,785人の収容者の殆どは解放された。そこで林は収容所本館横の教育館に立て籠もったが、教育館には221人の収容者がおり、アメリカ軍が強攻すれば収容者も危険に曝されることとなった。アメリカ軍は軍使を出して林に投降を勧告したが、林は「日本軍は命令がないと降伏出来ない。しかし、捕虜は渡せと命令されているから渡す」と投降を拒否した。さらにアメリカ軍は林に投降を迫ったが「それは出来ない。そっちがあくまで無条件降伏を要求するのなら我々は最後まで戦うが、弾が居留民に当たっても、それは俺たちの責任じゃないぞ」と再度拒否した。
そこで収容者の1人であったイギリス人宣教師アーネスト・スタンレーが「日本は我々によくしてくれた。こんなところで戦争をやられては困る」と林との交渉を申し出て、流ちょうな日本語で林と交渉、林ら警備隊が武装したまま安全に日本軍支配下地域に脱出することを条件に221人を解放することで同意した。2月5日に同意に基づいて林らは教育館を出たが、周囲を取り囲んでいたフィリピン人から日本兵を守るためにアメリカ兵が警護するといった珍しい光景が展開された。アメリカ軍は前線の数ブロック先まで林らを護衛したが、さすがにここまでで限界と言い渡した。林ら日本兵は覚悟を決めると、周囲に殺気立って取り囲んでいたフィリピン人の集団に走って飛び込みそのまま見えなくなってしまった。
サント・トーマス収容所を望み通り解放できたマッカーサーは、山下による日本軍の無防備都市宣言を期待して、マニラで戦勝パレードを行うつもりで、市街の破壊を避けるべく空爆の禁止と重砲の砲撃の制限的運用を命じていた。アメリカ軍もゲリラからの情報で、マニラには少数の日本軍しか配置されておらず、激戦にはならないと考えていたが、既にマニラ防衛を決意していた岩淵は、アメリカ軍のマニラ侵攻の報告を受けるや直ちにマ海防全軍に陸戦第1配備の命令を下した。2月3日の午後11時には振武集団命令で陸軍の野口部隊も岩淵の指揮下となったが、既にマニラ市内でもアメリカ軍が支援したユサッフェ・ゲリラとフクバラハップ・ゲリラが武力蜂起して電話線の切断など破壊行為を開始し、岩淵と野口は連絡を取ることが困難になっており、陸海軍の連携はマニラの市街戦当初から殆ど取れなかった。
岩淵は掌握していたマ海防の戦力で、マニラの都心イントラムロスに多数存在していたアメリカが建築した鉄筋コンクリート製の堅牢な建築物や、スペイン支配時代に構築された高さ25フィートの防壁を利用して陣地を構築しており、その堅牢な陣地に籠って徹底抗戦を行った。マッカーサーは2月3日中には「我が軍は急速にマニラから敵を掃討しつつある」という勝利宣言をマスコミ相手に公表し、それを真に受けたアメリカ国内の各新聞は「勝った、マブハイ(タガログ語で万歳)」「太平洋戦の賞品たるマニラは熟れたプラムのようにマッカーサーの手に落ちた」などと報道したが、実際はマ海防の激しい抵抗でマニラ攻略の目途は立っておらず、マッカーサーとアメリカ軍の目論見は大きく崩れていた。このマ海防の激しい抵抗もマニラ市民の犠牲を増やす要因ともなった。
日本人住民の一部はアメリカ軍侵攻前にマニラを脱出していたが、他の住民たちの避難は殆ど進んでいなかった。その要因としてマニラを目指しているマッカーサーが「日本軍はマニラは無防備都市として宣言するであろう」とラジオなどを通じて喧伝しており、それを多くの住民が信じて避難が進まなかったという指摘もある。アメリカ軍がマニラに侵攻してきた時点では、マニラ市内には約80万人の市民が残っていたが、市内は平静を保っており、2月4日の時点でも、多くのマニラ市民は日曜日の礼拝のために教会に訪れ、まだ日本軍による食糧買い出しにフィリピン人経営の商店が応じていた。
しかし、アメリカ軍がマニラ市のダウンタウンを占領すると、占領地のフィリピン人はどこかに隠し持っていた星条旗をちぎれるほどに振ってアメリカ兵を大歓迎し、マニラ市内では日本軍の軍票がまったく使えなくなってしまった。ゲリラ活動も激化しており、アメリカ軍と戦闘している日本兵の背後にゲリラが忍び寄って撲殺するなど日本軍に対する攻撃も激化し、マニラ市内に取り残されていた日本人住民に対する“日本人狩り"も開始され、日本人住民が次々と殺害されていった。
また、マニラ外部からも多数のゲリラが潜入しており、日本軍には一般市民とゲリラの区別が困難となっていた。そのため、アメリカ軍とフィリピンゲリラに挟撃される形となった日本軍の各部隊は、ゲリラ討伐としてフィリピン人の虐殺を行った。このようにゲリラ討伐を目的としたフィリピン人虐殺は、日本軍が組織的に計画して実行したものであるが、その命令は軍司令官でも師団長でもなく、歩兵第17連隊の様な地方分遣隊の将校によって決定されたものであった。
さらにアメリカ軍がマニラの都心に迫ると、追い詰められたマ海防は戦局挽回のため後顧の憂いとなっていたゲリラ討伐をさらに加速させていく。イントラムロスを防衛していたマ海防海軍第2大隊が、2月7日ないし8日にアメリカ軍との戦闘について命令を出しているが、その中に「五 比島人を殺す時は、極力一ヶ所に纏めて之を行い、弾薬および人力を過度に消耗せざるよう配慮すべし。死体の処置は困難多きにつき、焼くか、若しくは破壊を予定されある建物に彼等を集めるか、あるいは河の中に誘導すべし」という具体的なフィリピン人の殺害方法の命令も含まれていた"注"。大規模な虐殺事件はこの時期に集中しており、2月7日「ゲリラ隊員150名ヲ今夜処分セリ」、2月8日「今夜新タニ連行サレシゲリラ隊員1164名ヲ拘置」、2月9日「夜、ゲリラ1000人を焼殺ス」などの記述が各部隊の記録や兵士の日誌に見られるようになった。
また、ゲリラを匿っているとして、第三国の施設に対する討伐も行われるようになっていき、のちの国際的に問題となった多くのフィリピン人以外の外国人、とくにヨーロッパ系の白人に対する虐殺事件の原因ともなっていく。マ海防司令部付であった西岡半一によれば、イントラムロスにあったスペイン人クラブには多くのスペイン人やトルコ人といったヨーロッパ系の住民が避難していたが、ゲリラ多数もクラブ建物内に入り込んで活動しているという情報があり、日本軍はスペイン人クラブに対してフィリピン人を外に出すように再三勧告したが黙殺された。そこで部隊指揮官は「正午を期してゲリラを一兵残らず全滅せよ」と西岡らの分隊に命令、命令を受けた西岡らはクラブ建物の四方の入り口に爆薬を設置し、正午ちょうどに点火、驚いて飛び出してきた、多くの婦女子を含む避難民に向けて機銃掃射し、スペイン人ら172人が殺害された。
2月9日には、マニラの中心街のエルミタ地区もアメリカ軍の砲撃により火災が発生していたが、この頃には、岩淵もマニラで戦うことについて決心が揺らいでおり、一部兵力を引き連れてマニラを出てフォート・マッキンレーの地下壕に移動していた。2月初めの時点で岩淵が掌握していたマ海防の海軍兵士は16,685人であったが、戦後の第二復員省の調査によればマニラで戦死した海軍兵士は7,495人であり、最大人員23,664人と比較すると、かなりの人数が戦闘激化前にマニラから撤退していた。
岩淵がマニラを離れている間、10日にアメリカ軍は要衝パコ駅を占領、11日にはパシッグ川の中にあるロビソール島を占領して日本軍の発電施設を奪取した。さらに12日には南側のニコルス飛行場にまでアメリカ軍が達した為、マ海防は西側の海を除いて北東南の三方から包囲されることとなり、日本軍主力との連絡を絶たれてしまった。この間、南西方面艦隊参謀長有馬馨少将は岩淵を撤退させようと、第14方面軍参謀長武藤に正式な撤退命令を出すよう要請したが、第14方面軍はマ海防の動きを把握しておらず、武藤は既に岩淵が撤退を開始したと認識しており、「予定通りに行っているから別に命令を出す必要もないだろう」と返事をしている。しかし、岩淵にはその方針は伝わっておらず、フォート・マッキンレーで状況を分析すると撤退を翻意して徹底抗戦を決意し、2月11日に3時間以上徒歩によりマニラに戻り「各隊は概ね現在地付近に陣地を整理し、最後の1兵まで敢闘、敵の来攻を撃砕すべし」という死守命令を出した。
アメリカ軍が多くの住民が残っているマニラ市街地で日本軍を完全に包囲して閉じ込めてしまったことは、日本兵の死に物狂いの抵抗をさせることなり、ひいては絶望的になった日本兵による残虐行為の原因になったという批判もある。フィリピンの国家公式ポータルサイトにおけるマニラの戦いのページで、中国古代・春秋時代の武将・兵法家孫武の言葉を引用して以下の様にアメリカ軍の作戦を批判している。
当時メトロ・ゴールドウィン・メイヤーのフィリピン代表として勤務していた映像制作のフランシスコ・ロペス(Francisco Lopez)によれば、2月10日には、マニラの高級住宅街であったエルミタ(Ermita)地区では、戦闘により火災が発生しており、当時35歳のロペスが500人以上の隣人や家族と共に戦火から逃れようと、フィリピン在住のドイツ人クラブの建物の地下に避難したところ。午前10時頃、日本軍の部隊がクラブを包囲し、誰も地下スペースから出てはならないと命令する一方で、施設内ではクラブの中心にあった絨毯、椅子、テーブルを、施設の入口ではスーツケース、缶詰の包み、避難民が持参していた衣類を積み上げてガソリンを撒き、火を放った。女性や子供たちはパニックに陥り、「トモダチ!友達です、私たちは友達です!」と叫んだ。ドイツ人クラブのマルティン・オハウス(Martin Ohaus)は、ドイツが日本と同盟を組んでいることを材料に避難民のことを考慮してくれるよう日本軍の士官を説得しようとしたが、士官はオハウスを突き飛ばして足蹴にした。赤子を抱えた母親たちは命乞いをしたが、海軍兵士らは銃剣で赤子を突き刺し、地面に叩きつけた。そして女性たちの髪を掴み、強姦し始めた。20人を超す海軍兵士たちが13歳に満たない外見の少女を輪姦した上、少女の乳房を切り取り、そのうちの一人が自分の胸に切り取った乳房を押し当てて女の真似をし、他の兵士たちはそれを囃し立てた。海軍兵士たちは他複数名の女性も強姦した挙句、髪にガソリンを撒いて焼いた。また、同じ現場ではロペスの使用人の一人 Bernardino Calub も当時2歳の息子を竹槍で突き殺され、下手人に仕返ししようとして袋叩きにされた挙句連行されたロペス邸跡のガレージの柱に縛り付けられ、性器を切断されて口内に突っ込まれた。ロペスは母カルメン(Carmen)と別れてクラブを脱出する決断をし、弟のホセ(Jose)や隣人のホアキン・ナバロ(Joaquin Navarro)と共に逃げ出すが、ロペス以外の2人は撃たれて倒れてしまった。ロペス自身も左足を撃たれるが死んだふりをして兵士をやり過ごした。姉マリア(Maria; 当時40歳)はクラブからの脱出に失敗して焼死し、義姉フリア(Julia; 当時28歳)は日本軍兵士に輪姦され、乳房を切断、髪にガソリンを撒かれて焼かれ、知人の女性も殺害後に死姦された。
ドイツ人クラブに避難していたスペイン人ホセ・フランシスコ・レイナスによれば、クラブには1,500人もの住民が避難していたが、ドイツ人住民の多くはマラカニアン宮殿近くの女子大やマニラ南部の修道院に避難しており、クラブに避難していたドイツ人は6人であり、殆どはフィリピン人であったという。クラブの建物自体はそれほど大きくないため、多くのフィリピン人が建物の床下や庭の防空壕に隠れていた。2月10日午後2時30分頃に30人ぐらいの海軍陸戦隊の兵士が現れ、そのうちのひとりが英語で「アメリカがやってきた。お前たちはアメリカ人の顔を見ることはないだろう」と叫ぶとクラブの建物を取り囲んだ。やがて日本兵は防空壕に手榴弾を投げ込み、建物に火をつけて炎と煙にたまらず外に飛び出した避難民に銃撃を浴びせた。レイナスの父親も日本軍に射殺された。レイナスも腹部に銃撃を受けたが、死んだ真似をして日本兵をやり過ごして、陽が落ちた頃に防空壕に逃げ込んで難を逃れた。虐殺は翌朝まで続いたが、日本兵が女性に性的暴行を加えてるような、女性の泣き叫ぶ声や日本語の卑猥な言葉が聞こえてきたという。クラブは完全に焼け落ち、レイナスは1週間防空壕で地下水だけで生き延びたのちにアメリカ軍に保護された。ドイツ人クラブで生存することができたのはレイナスを含めてわずか5人だけであった。
アメリカ軍侵攻時マニラには約2,000人のスペイン人が居住していた。スペイン人の殆どは、戦闘は短期間で終わり被害はあまり出ないと考えていたため、マニラ市街に溢れる浮浪者からの盗難被害の方を心配し、自宅から避難することはなかった。またフランコ体制下のスペインは枢軸国側と同じファシズム政権ではあったが、マニラに居住するスペイン人は日本軍よりはむしろアメリカ軍に好感を抱いており、そのこともマニラから避難しない一因となっていた。一方で日本軍も、スペインは中立国であったが、アメリカ人と同じ白人であるというだけで反感を抱いている兵士もいたという。そしてアメリカ軍はマニラに侵攻してくると、多くのスペイン人の予想に反し、日本軍の激しい抵抗によって長期間に渡る市街戦が展開されたが、スペイン人の多くはマニラ都心に居住しており、戦闘に巻き込まれることとなってしまった。
当時のスペインのマニラ総領事ホセ・デル・カスターニョ・カルドナは領事館より避難していたが、領事が不在の領事館に19人のスペイン人と約50人のフィリピン人と中国人が避難していた。マニラ都心での激戦が続いていた2月12日、数名の日本兵が現れて中立国の領事館であるのにも関わらず押し入ろうとしたため、避難者たちは扉を固く閉ざして日本兵の侵入を防いだ。そこで日本兵は一計を謀って、領事館外に停めてあった荷車に放火し、消火するため外に出るように促した。火災発生と聞いた領事館使用人のリカルド・ガルシア・ブツクがスペイン国旗を掲げながら外に出たところ、日本兵が待ち構えておりガルシアは射殺されてしまった。日本兵はガルシアを射殺すると領事館内に突入して、避難していたスペイン人たちを片っ端から銃剣で刺殺していった。日本兵は避難民全員を殺害したと思ったのか領事館を後にしたが、3人が重傷を負いながらも生存しており、そのうち2人は隣家に助けを求めに逃げ込んだが数時間後絶命している。残り1人は5歳の女児アナ・マリア・アギレリヤであったが、アメリカ軍に保護されて領事館事件唯一の生存者となった。アナはショックのあまり当時の記憶を殆ど失っていたが、後に断片的に思いだして「自分が這って出たのは、覚えている。だれも呼ばなかった。頭にとどめをさされて、骨の一部が削
れたけれど、急所は外れていた」「死んだふりをして、ずっと隅にいた。そこは、ガレージかなにかだった」「這って出たときに、手袋もしていなかったから、爪にガラスがささっていた」「日本兵は、生きている人にとどめを刺した。動いていたから」などと事件当日のことを語っている。
この事件は難を逃れた総領事カスターニョよりスペイン本国に報告されて、本国から在日スペイン特命全権公使に日本政府に対して「断固たる抗議」をするようにとの指示があっている。その抗議の中には「在比スペイン居留地において日本軍隊により引き起こされた言語道断の治安蹂躙の全てに対して、断固たる抗議を表明するよう強く要請する。日本軍による都市の組織的破壊が全面的に遂行される数日前、全ての修道会に対する行為とまさに同じころ、民間人と領事館に対して日本軍による残虐行為が始まっていた。領事館には数グループのスペイン人たちが避難していたが、そこへ日本軍が侵入し、全ての避難民を殺害した。スペイン人ヘナロ・アルバダレホだけが致命傷を負いながらも領事館を脱出したものの、事件を報告したのち死亡。避難民の家族である5歳の少女アギレリヤは銃剣による刺傷を負いながらも救助されている。領事館に居た人びとは、女性や子ども、領事館守衛も含め全て殺害された。アルバダレホの証言によると、その数は50人に上るとのこと。そののち日本兵らは故意に領事館に火をつけた。これらは全て2月12日に発生。日本兵らによる火災で火傷を負いながらひとりの女性が近隣の家に逃れ、先の人物と同じく情報を伝えたが死亡」と領事館事件の詳細な内容が含まれていた。公使は本国の指示通り、4月4日に日本の外務省に抗議を申し入れたが、日本側はマニラの戦況について殆ど情報を持っておらず、外務次官はスペインの抗議に対して「アメリカのプロパガンダだ」とはねつけている。それでも怒り冷めやらぬスペイン本国は、4月12日に対日断交を決議して4月19日に公使から日本側に通知された。
太平洋戦争が終わり、日本とスペインで国交回復の交渉が開始されたとき、まずは国交回復の前提条件として、スペインから日本へ領事館事件への謝罪が必要との申し出があり、両国間の調整のうえ、事件発生のちょうど7年目にあたる1952年2月12日に、マニラ領事館事件に対する、日本政府の「深甚なる遺憾の意を表明」する文言が入った公文を交換し国交が回復した。国交回復後に、日本が支払う賠償金額を確定するため、スペインの戦争被害の全容について徹底的な調査が行われたが、マニラの戦いで犠牲となった330人のスペイン人の死因について個別に検証され、そのうち235人が日本側に100%の責任があり、45人が日本側の責任とアメリカ側の責任がそれぞれ50%とされた。また物的損害についても、日本側の責任100%、日本とアメリカ50%ずつ、日本とアメリカとスペイン1/3ずつに分担するといった3通りに被害が分別され、その算定に基づき550万アメリカドルをスペインは被害額として算定、日本はスペインの請求通りの賠償額を支払うことを決めて、1957年1月8日に「スペインのある種の請求権に関する問題の解決に関する日本国政府とスペイン政府との間の取極」の文書が交わされて、日本はスペインに「日本国政府は第二次世界大戦の間に日本国政府の機関がスペイン政府およびスペイン国民に与えた損害および苦痛であって日本国政府が国際法の規則に基づいて責任を有するもの」と責任を認め、日本とスペイン間での問題が解決した。
エルミタ地区では、フィリピン人に加えて、居住していたヨーロッパ系の住民なども避難を開始していた。そのような状況であった2月9日に、日本軍によって住民がファーガソン広場に集められた。集められたのはフィリピン人の他にも、同盟国のドイツ人やイタリア人、中立国のスペイン人、ロシア人などのヨーロッパ系白人も含まれていた。日本兵は集めた住民に「アメリカ軍はどこにいる」、「ゲリラのメンバーか」など尋問したのち、午後7時か8時ごろ、男たちだけのグループと女性・子どもたちのグループに分けられ、女性と子供たちのグループは広場の近くにあるベイビューホテルに収容されたが、そのなかから、イギリス人、トルコ人、スペイン人、イタリア人の若いヨーロッパ系白人女性を中心に20数人の女性が選抜されてホテルの近隣にあったレストラン「コーヒーポッド」に連れていかれると、数日間に渡って繰り返し多数の日本兵から性的暴行を受けることとなった。暴行を受けた女性のなかには少女も多数含まれていたが、その最低年齢は11歳から14歳まで証言によって食い違っている。14歳のイギリス人少女はコーヒーポッドの状況を、「日本兵たちは少女の腕をつかまえ部屋から引きずり出していきました。少女たちは抵抗し床に転がりましたが、同じようにして、銃剣をつきつけて、連れ出されました。少女たちは泣き叫びながら、連れて行かないように嘆願しましたが、無視されました。」「私たちはとても怯え、できるだけ目を付けられないように努力しました。髪の毛を顔にたらして隠し、できるだけ部屋の隅にうずくまっていました」と述べている。このイギリス人少女も、日本兵から別室に引きずり込まれると、性的暴行を受けた。彼女は激しく抵抗したため、日本兵は平手打ちを加えたうえ、左手で喉元を抑え、右手で銃剣を喉に突きつけ、抵抗を封じたうえで強姦したという。彼女はその夜にも、他の日本兵によって髪を掴まれて床に叩きつけられたのちに性的暴行を受けた。コーヒーポッドの少女たちはみな泣き叫び、すすり泣き、悲鳴を上げ、祈ったが、多くの女性が性的被害を被った。
ベイビューホテルに残された女性も被害を逃れたわけではなかった。収容された女性と子供のうち200~300人は2階のダイニングルームに集まったが、夜になると日本兵が現れて女性を物色して性的暴行を加えたという。また、部屋に残っている女性も性的暴行の被害を受けている。25歳のフィリピン女性の部屋では10人ほどの少女が連行されたが、しばらくして戻ってきた少女は「神様、神様、汚らわしいやつらめ、あいつらは私をレイプした」と泣き叫んだという。また他の少女は、日本兵から喉に銃剣を突きつけられて連れ去られ、戻ってくると「3人の日本兵が私を辱めた。死にたい」と泣きながら嘆いた。
近くのマニラホテルやアパートに連れていかれて性的暴行を受けた女性もいた。ほとんどの女性たちは、床に崩れ落ち、身体を折りたたんで目立たないようにしながら、日本兵に連れていかれないように祈ったが、その願いはかなわなかった。被害者のひとりは「一晩中、拷問と大きな恐怖と苦しみの夜でした」「日本兵はとても人間ではありませんでした。けだもののように振舞っていました」と振り返っている。他の被害者によれば、日本兵は彼女をホテルの窓際に連れて行くと川の対岸を指さして「川の向こうにはアメリカ人がおるが、俺もお前も奴らを見ることはない。俺たちはみんな死ぬのだ」と言ったとのことであり、死を決意した男が、文明の一切の抑制を脱ぎ捨てた様子が赤裸々に語られている。日中は日本兵らは戦闘に行くのか、女性らが逃げないよう若干の警備兵が玄関等にいただけで、女性らはフロア内を動くことも話をすることも比較的自由であったが、夜になると日本軍の将兵らがやって来て性的暴行をしたという。
娘が被害を被った何人かの母親たちは、ベルビューホテルの日本軍の責任者テラモト(漢字不明)に兵士の性的暴行を止めさせるように泣きついたが、テラモトは「自分にできることは何もない」と答え、日本兵による性的暴行は止まらなかった。しかし、なかには他の日本兵が女性を連れて行こうとするのを止めようとした日本兵もいたという。
戦後のアメリカ軍の捜査によって、ベイビューホテル周辺で日本兵により性的暴行を受けた被害者は40人、未遂が36人の合計76人が特定された。ただし、自らが性的な被害を被ったと証言する女性は少なく、また、ヨーロッパ系の被害者はアメリカ軍の捜査が開始される前に多くが帰国してしまったため、実際には被害者はもっと多かったものと推定されている。ベイビューホテルとその周辺地区の性的暴行事件は、マニラにおける日本軍の残虐行為の代表的なものの1つとされ、戦後の多くの被害者女性がマニラ軍事裁判で生々しい被害状況の証言を行い、アメリカ軍等の裁判関係者はおろか、フィリピン人や敗戦に打ちひしがれる日本人にも衝撃を与え、日本軍の残虐性を強く印象付けたが、同じエルミタ地区でも、ドイツ人クラブの様に虐殺が行われた場所もあったのに対して、ベイビューホテル事件の被害者は性的暴行を受けたが、日本兵から銃剣などで脅されることはあっても、殺害された女性はほぼ存在せず、少量ながら水や食料やビタミン剤なども支給されたという。ベイビューホテルとその周辺について虐殺が行われなかったのは、責任者とされるテラモトを含む日本軍将校が、住民殺害に消極的であったからと推測されている。コンノートンは、虐殺に消極的だった理由として「日本軍がおこなったことは、戦闘地域の近くに女郎屋あるいは売春宿を設けることだった。そうすることによって戦闘任務をはずれてやってきた海軍陸戦隊が、戦闘で死ぬ前に楽しみ夢をかなえるようにするためだった」との指摘もある。実際に、慰安所を部隊で正式な決裁を得て、あるいは、一部末端のグループで私的に設けることは日本軍においてままあったが、短期間であったことやその特異性から、本来はあくまで民間人捕虜の収容所として設けたはずが、女性たちがいて、そこにいけば性交が出来るとの噂が広まり、将兵らが押しかけるようになったのではないかとの指摘もある。テラモトは後方部隊の関係者で、そのために前線部隊の将兵らの押さえが利かなかったのではないかとの見方もある。林博史は本事件を集団強姦事件として捉えている。
犠牲が多かったエルミタ地区においてもフィリピン総合病院は安全地帯であり、負傷した多くの住民の避難場所になっていた。フィリピン人コラソン・G・サモディオによれば、砲撃と日本軍によるゲリラ討伐を避けるためにはフィリピン総合病院に避難しなければならないという認識が住民のなかで広まっており、サモディオは家族や近所の住民とアメリカ軍の砲弾が降り注ぐ中でフィリピン総合病院を目指した。やがて、道中で日本軍の歩哨と遭遇したが、サモディオの母親が片言の英語で日本兵に自分たちはゲリラではなく、病院まで避難したいだけだと伝えたところ、その日本兵は身振り手振りでサモディオたちに「男女が交互になって横に並んで道を歩けば、日本軍はゲリラとは見なさない」と親身になって説明したという。サモディオらはその日本兵の指示に従って病院を目指したところ、途中で日本兵から引き留められることはなく無事に避難できた。
フィリピン総合病院には最終的に7,000人の住民が避難していたが、赤十字の旗を掲げていたのにも関わらずここにも日本兵は現れた。戦後のBC級軍事裁判で証言したフィリピン人モデスト・ファローランによれば、日本兵は手術室に乱入すると緊急手術の準備中であった看護婦や助手を射殺したり銃剣で突き刺した。その後は目についた避難民も虐殺したが、中には赤ん坊を抱えた婦人を赤ん坊もろとも射殺した日本兵もいたという。日本兵は目についたすべての人を虐殺し終えると、略奪を開始し乏しい避難民の食料も奪っていった。日本軍の手によって殺害された病院関係者や避難民は30人~60人になったという。
しかし、フィリピン人看護婦フェ・ロンキーヨによれば、日本兵による看護婦への性的暴行はあったが、大規模な虐殺事件はなかった。まもなくして日本兵はいなくなったが、まだ日本兵が立て籠もっていると誤認していたアメリカ軍により容赦なく砲撃が浴びせられて病院は炎上した。ファローランの裁判での証言は、アメリカ軍は数万発の砲弾を撃ち込んだものの、病院に着弾した砲弾は“わずか"3発とアメリカ軍の砲撃の正確性を強調するものであったが、ロンキーヨによれば、日本兵は既にいないのに、容赦なくアメリカ軍の砲弾は三方面から降り注ぎ、火災に加えて停電と断水も発生し、砲弾を気にしながら看護婦が治療用の水を井戸まで汲みにいかないといけなかったという。さらに、病院に接近してきたアメリカ兵は、逃げ惑うフィリピン人を機銃掃射したため多数のフィリピン人が死傷することとなった。戦後に病院がアメリカ軍に被害の説明を求めると、アメリカ軍からは「遠方に撃ったが届かなかった」という事実に反する釈明があっている。
マニラを占領後にアメリカ軍歩兵第37師団医務班のディヴィット・V・ビンクレー少佐が報告した日本軍の虐殺は以下の通り。
2月7日、男女およぶ幼児の屍体24個を停車場付近にて発見。これら犠牲者は日本軍によりゲリラ活動嫌疑の下に射殺されたものである。