普天間基地移設問題
なお、政府内での検討とは独立して、鳩山ブレーンとされていた孫崎享や田岡俊次が大村基地への移設を軸にした案を鳩山に提案している。
2005年、政治学者で大阪大学大学院助教授(当時)のロバート・D・エルドリッヂ(元在沖縄米軍海兵隊外交政策部次長)が提案した移設案である。エルドリッヂ案は、勝連半島沖に人工島を作り、大規模施設を建築して、那覇空港の航空自衛隊および米軍嘉手納基地のF-15部隊を移して自衛隊管理下の基地に基地機能を集約した「勝連構想」を提案。しかし、うるま市を含め、勝連沖案は海兵隊だけでなく、自衛隊を巻き込む構想であり調整がさらにややこしく、結局、2006年の日米合意には反映されなかった。
また、2009年2月、鳩山由紀夫(当時は民主党幹事長)及び沖縄県選出議員に政策提言を行っていたため、その後、鳩山政権時の平野博文官房長官や沖縄商工会議所名誉会頭の太田範雄等が自身の案としてメディア等に喧伝していた。
民主党衆議院議員の川内博史、社民党党首の福島瑞穂などが主張し、北マリアナ知事が受け入れに前向きな姿勢を示したと報じられたが、日米両政府で具体的な検討はなされなかった。
国民新党が主張した案(ただし同党はテニアン島案の可能性も探る立場であった)で2010年2月に党の案として推すことを固めた。過去折に触れては何度か浮上しその度に棄却されてきた経緯がある。
なお、過去メガフロートの旗振り役であった亀井静香も今回は国民新党の一員としてキャンプ・シュワブ陸上案を主張していたが、現行の埋立案には建設業者の利権批判の面から引き続き冷淡であり、自党の陸上案について「米国は(土木)利権に関係ないからな。だから(米国は)辺野古沖に、それほどこだわらないと思うんですよ。」と述べた(メガフロート案については別記)。
洋上に浮かべたメガフロート上に滑走路を建設する移設案は現行計画の策定に当たって一度は放棄されたが、本案を推す意見表明も度々なされている。中には、鳩山内閣が「ゼロベース」からの議論を掲げたことを逆手にとって採用を提言したものもある。自民党政権時代防衛大臣を務めた石破茂は対案の一つとして本案(セミサブ式)の再検討を提案している。
なお、亀井と同じく過去メガフロートの旗振り役であった平沼赳夫は2010年に自民党を離党し、たちあがれ日本の結党に参加したが、選挙のために現行案を否定し、その他にも軽率な振る舞いばかりであった旨を指摘するなど、鳩山の批判に留めた。
2010年に入り、辺野古現行案への回帰が有力になる中、「埋立による環境への影響が小さい」という理由で政府内で検討された。鳩山が4月24日に漏らした「埋立は自然への冒涜」という発言が発端になったとされるが、具体的に発展することはなかった。
ヘリ部隊の大半を鹿児島県徳之島に移設する案。上述のように、2010年入りしてからは鳩山政権がもっとも有力な選択肢として模索したものである。平野博文官房長官を中心に、前年末から密かに検討がなされ、地元有力者との接触を図っていた。翌年になって表沙汰となったが、ヘリ部隊と地上部隊の主要基地であるキャンプ・シュワブとの距離が180キロ離れることから米側は当初から難色を示した。日本政府は一方で地元村長や徳之島において影響力の強い元衆議院議員徳田虎雄らに要請を行ったが、いずれも芳しい成果は得られず、断念に追い込まれた。
毎日新聞の取材に対して、鳩山は徳之島案は最後の唯一残された案であったが、2010年4月19日に外務省幹部から渡された極秘文書「普天間移設問題に関する米側からの説明」に徳之島では米軍のマニュアルの基準にあわずふさわしくないという説明があり県外移設を断念したものの、後に川内博史によりマニュアルがないことが確認され、また役所側はその後極秘文書のあるべき写しを破棄したと答えた。
鳩山が2010年3月31日の党首討論で存在すると主張し、政局と絡めて話題となった。徳之島案のことを指していたと考えられるが、詳細は不明。鳩山は日米合意を受け入れた後、腹案について以下のように語っている。
また鳩山は2013年2月20日の記者会見で、「ヘリコプターを搭載する船を数隻建造し、普天間のヘリを移す案」などをアメリカ側に提案するよう北沢防衛相に話したが、アメリカ側には伝えられなかったとしている。
米軍ヘリ部隊の訓練を、九州の築城、新田原、鹿屋などの各自衛隊基地に順番に移転させる案。2010年5月頃に鳩山ブレーンを自称する橋本晃和が「腹案」の中身であるとしてTV、雑誌メディアで言及し、一部で大きく報じられた。しかし、政府部内で具体的に検討された形跡はない。
高度成長時代の開発計画の失敗によって、広大な未利用地が存在する北海道の苫小牧東の名前などが元防衛事務次官の守屋武昌により挙げられている。防衛副大臣の榛葉賀津也は佐賀空港移転案(大村湾移転案に別記)と共に「手記の話だろ。無責任なつぶやきなど聞く必要はない」と否定し平野も同調している。しかし、実際に守屋が受けたインタビューでは検討を試みたが戦略的に無理である旨結論したという経緯を語っており、当時もインタビュー時も苫小牧東については自身で明確に否定している。
これは政府部内で検討されたものではないが、基地の無条件撤去論も、左翼・革新勢力を中心に存在し、鳩山政権下でも根強く主張された。日本共産党の志位和夫委員長は訪米し、2010年5月7日、ケヴィン・メア国務省日本部長、多国間核安全部のジョナサン・サンボアとの会談で、「普天間問題解決の唯一の道は、移設条件なしの撤去しかない」と主張した。しかし双方の見解は平行線に終わった。
基地自体の撤去を主張する論者からは、県外・国外への代替案も、基地自体は存続するという意味で批判対象となる。新社会党の片山貴夫は、グァム・テニアンへの代替施設案に対し、「暴力団」同然の米軍基地に移転案を出すこと自体が問題であるとして、「軍事基地をどうしても必要とするというのであれば、アメリカ本土に持って帰ってもらえばよいのです。」という批判を行った。しかし、こうした論が政治日程に上ることはなかった。
2012年(平成24年)12月26日に、自民党・公明党の連立政権である第2次安倍内閣が成立。普天間飛行場の県内・辺野古移設を引き続き進めた。2013年の第23回参議院議員通常選挙でも、辺野古移設を公約としたが、沖縄県選挙区で自民党公認を受けた安里政晃候補は党本部に反して県外移設を訴えた。党本部は正式な公約とは認めなかったが、安里が県外移設を訴えることは黙認した。
しかし参院選の結果、安里は県外移設派の糸数慶子(社大党)に敗れたが、全国的には自民党は大勝し、衆議院に加え、参議院でも与党の安定多数を回復した。自民党は従来、沖縄県選出の所属議員が県外移設を主張することを黙認していたが、ここに来て石破茂幹事長始め党幹部は、県外移設を主張する党所属国会議員の國場幸之助、比嘉奈津美、宮崎政久および党沖縄県連に対し、辺野古移設を受け入れるよう迫った。また、11月24日には辺野古移設賛成派の「基地統合縮小実現県民の会」(中地昌平会長)が「県民大会」を開き、7万人を越す賛同を得たと発表した。結果として、11月24日には宮崎が、11月25日には國場と比嘉が従った。12月1日には沖縄県連も辺野古移設受け入れを容認し、翁長政俊県連会長は公約を違えたことを理由に会長の職を辞した。自民党は従わない場合の離党勧告や除名処分を明言する強硬姿勢を取り、『沖縄タイムス』は石破を琉球処分官になぞらえ強く批判した。
こうして第2次安倍内閣は自民党内の慎重・反対論を封じると、12月25日、普天間飛行場の県内移設実現に向け、安倍晋三内閣総理大臣は沖縄県知事の仲井眞弘多と会談し、日米地位協定に関し環境面を補足する協定を締結するための日米協議開始などの基地負担軽減策を示した。仲井真は「驚くべき立派な内容だ」と評価して移設先である名護市辺野古沖の埋め立て申請を承認する方針を固め、同年12月27日午前にこの申請を承認した。
2014年1月19日投開票の名護市長選挙では、仲里利信元県議会議長・元自民党沖縄県連顧問が辺野古移設反対の稲嶺進を支援した。仲里は先に離党届を出していたが、自民党はこれを認めず、追って除名処分とした。名護市長選挙では移設反対の稲嶺が再選されたが、4月にオバマ米大統領が来日すると、安倍首相はオバマ大統領との会談で改めて「(辺野古移設の)強い意志を持って早期かつ着実に工事を進めていく」と述べた。また4月25日発表の日米共同声明では、普天間基地のキャンプ・シュワブへの移設と、長期的に持続可能な米軍のプレゼンス(駐留)を前提とした上での沖縄の負担軽減を表明した。4月27日投開票の沖縄市長選では自公推薦、民主・維新・そうぞう支持の桑江朝千夫が勝利した。菅義偉官房長官は、11月の県知事選に向け「与党にとって弾みになった」と述べた。
普天間基地飛行場の運用停止2019年2月までの運用実現を目指す方針を菅官房長官2014年9月17日に那覇市内で記者団に表明。沖縄県が2013年末から5年以内の運用停止を要望してきたことを踏まえ起点は2014年2月と考えていると述べた。
11月16日投開票の沖縄県知事選挙で、現職の仲井眞弘多は落選し、辺野古移設反対を公約した翁長雄志が当選した。しかし、菅官房長官は「(辺野古)移設は粛々と進めていく」「辺野古移設の賛成、反対の投票ではなかった」と述べた。12月14日投開票の第47回衆議院議員総選挙では、辺野古移設反対派が県内4小選挙区全てを制した。ただし、自民党候補も全て重複立候補した比例区で当選した(他に維新の党から立候補した下地幹郎も比例区当選)。
沖縄県は普天間基地移設のために仲井眞弘多前知事が出した辺野古沿岸部の埋め立て承認の検証を行う第三者委員会を設置し、2015年7月16日に第三者委員会は翁長雄志知事へ報告書を提出した。
報告書は、仲井眞弘多前知事が出した承認は法的に瑕疵があり取り消し可能、としている。
また第三者委員会の大城委員長が所属していた沖縄弁護士会は2014年1月15日に、当時の仲井眞弘多知事が出した辺野古埋立承認を反対する声明を発表している。
2015年(平成27年)10月13日、翁長雄志知事は第三者委員会の報告書を根拠に辺野古埋め立て承認を取消した。日本政府は取消し撤回の是正指示に翁長知事が応じなかったため、不作為による違法を主張して福岡高裁那覇支部に提訴した(#国による県に対する違法確認訴訟参照)。
また10月20日には宜野湾市の市民12人が「辺野古の埋め立て承認取り消しで基地が固定化し住民の生存権を脅かす」として沖縄県と翁長雄志知事へ承認取り消しの無効確認を求め那覇地裁に提訴した。
2018年(平成30年)12月14日午前11時ごろから埋め立て海域への土砂投入が開始された。これにより原状回復は極めて不可能となった。岩屋毅防衛大臣は「普天間飛行場の一日も早い全面返還」に向け、工事を進める考えを示した。
2019年2月24日には埋め立てに対する賛否を問う2019年沖縄県民投票が行われ、有効票数の71.74%が反対の意思表示を示したが、投票結果に法的拘束力はなく、3月25日には新たな区画への土砂投入が開始された。2019年6月には、2017年の衆議院選挙期間中に自民党議員(西銘恒三郎、国場幸之助、宮崎政久)が辺野古移設の関連工事を受注した業者から献金を受けていた事が分かった
2020年9月12日に実施された、日本記者クラブ主催の、自民党総裁選立候補者による討論会では、移設問題について、次のような発言があった。
菅義偉:国と国との約束。世界で一番危ないといわれる飛行場があるわけで、危険除去のために県内に移そうと決まってきた。地元の知事も市長も同意してくれた。普天間の危険状況を考えた時に、辺野古移設は進めていくべきだ。
石破茂:なぜ辺野古になったのかといえば、あそこしか受け入れてくれるところがなかったから。軟弱地盤などきちんと科学的に検証する。埋め立てをやめるとは言っていないが、日米での共同使用はどうなった。管理権は自衛隊が持てるのではないか。普天間の負担を軽減することが(検討の)主眼だ。
2021年11月25日、沖縄防衛局が提出した設計変更に対し、玉城デニー沖縄県知事が不承認の処分を行った。沖縄防衛局は12月7日、行政不服審査法に基づき、不承認の取り消しを求める審査請求を斉藤鉄夫国土交通相に提出した。2022年3月10日までに、日下部治東京工業大学名誉教授が、防衛省の採用した方法は適切だとする鑑定書を作成し、4月8日、斉藤国土交通大臣により、不承認処分の取消しがなされた。5月30日、沖縄県は、防衛省の設計変更申請を承認するよう斉藤国土交通大臣が県に出した是正指示は違法だとして、総務省の第三者機関である国地方係争処理委員会に審査を申し出た。7月12日、国地方係争処理委員会は国の違法性を問う沖縄県の申し出を却下した。8月12日、沖縄県の玉城デニー知事は、斉藤鉄夫国土交通大臣を相手どって、国の設計変更申請に対する県の不承認を取り消した大臣の裁決は違法として、裁決の取り消しを求める訴えを福岡高裁那覇支部に起こした。
2016年3月、国と県が双方に対する訴訟を全て取り下げた上で、県が提訴するとする和解が成立したが、県は履行しなかった。国は、前知事自体の埋立承認に法的瑕疵がないにもかかわらずそれが取り消した点等が違法であるとして、承認取消し撤回を行わない不作為に対し「是正の指示」を行った。県がこれに従わなかったため、国(国土交通大臣)が同年7月22日に翁長知事を提訴した。内容は、沖縄県知事が指示に従って取消処分の取消しをしないという不作為の違法の確認を求めるものである。
福岡高等裁判所那覇支部(裁判長・多見谷寿郎)は、同年9月16日、承認の取消し処分を撤回しないのは「違法」であるとする初の司法判断を下した。判決は、仮に県の再審査が誤っていたとしても「有効に取り消せる不条理を招く」として承認という行政処分の重さを重視、外交・国防政策については、知事の審査権は及ぶものの、地方公共団体の所管事項ではなく、「国と地方の役割分担の原則」に基づき、「国の説明が具体的な点で不合理が認められない」限り、国の判断を尊重すべきであるとした。また、在沖縄海兵隊や沖縄の地政学的重要性についても国の主張に沿った見解を示し、国の環境対策も合理的であり、辺野古移設は基地負担軽減に繋がるものであるとし、仲井眞前知事の承認に瑕疵はなく、違法とはいえず、それを取り消すことは「許されない違法」で、法定受託事務の履行義務を放棄したものである。是正指示に従わないことも「不作為の違法にあた」る。さらに訴訟を提起して「自らの違法状態を解消」するよう努めなかったことも疑問視。国の主張を全面的に認めるものであった。翁長は、判決を不服として最高裁判所に上告。
2016年12月20日、最高裁第2小法廷(裁判長・鬼丸かおる)は、県の上告を棄却し、埋め立て承認の取り消しを撤回しない翁長の対応を違法と認定。国の勝訴が確定した。辺野古移設を巡り、初めて司法判断が下された。国の勝訴確定を受けて、アメリカ合衆国国務省のジョン・カービー報道官は、歓迎すると声明を発表し、「米国と日本は、普天間飛行場の辺野古移設計画を守る立場に変わりない」ことを改めて強調した。翁長は処分の撤回を速やかに進めることを表明、菅義偉官房長官は、「世界一危険といわれる普天間飛行場の危険性除去と閉鎖・返還は絶対やらなければならない」ことを指摘し、処分の撤回がなされ次第、工事を再開する考えを示した。
根本的な問題として、海兵隊の存在意義や必要性の問題がある。これについても、相反する立場から見解が出されている。
駐日大使のジョン・ルースが2010年に講演で語ったところによれば概要としては次のようになる。
(在沖米海兵隊を含む在日米軍の役割に係る部分の抜粋)
在日米軍の基本的役割は、東アジア地域において武力行使は選択肢にならないと他国等に理解させることである。
在日米軍の現在の構成は、この非常に重要な地域における安定及び抑止という目標を達成するために必要な軍事力の評価に基づいている。
在沖米海兵隊は、最も一般世論から理解を得られていないが、平時、有事を問わず我々が配備している部隊の中で最も重要である。
海兵隊は、航空部隊、地上部隊及び後方支援部隊を統合させているので、緊急事態において他軍種からの複雑な後方支援及び航空支援を待つ必要がない。
在沖米海兵隊に配備されているヘリコプターは、北東アジアから南東アジアを結ぶ列島線を越え、必要とされる場所へ在沖の地上戦闘部隊及び後方支援部隊を迅速に輸送することができる。
より大規模な、又はより長期間の作戦においては、米海兵隊は佐世保の米海軍艦隊に支援されることとなる。佐世保の米海軍艦隊は、わずか数日で来航し、米海兵隊の地上部隊及び航空部隊をこの地域のどこにでも投入できる。
このような機動性と前方展開こそ、在沖米海兵隊がアジアにおける主要な自然災害に対する対処主体となっている理由である。
この地域における武力紛争においても、在沖米海兵隊は同様の迅速に対処する役割を担うこととなる。在沖米海兵隊は事態の最初期に現場に到着し、重要な施設を確保しつつ、非戦闘員の避難活動を誘導し、前線での地上及び航空打撃力を提供する
もし米海兵隊が日本から完全に撤退すれば、米海兵隊のこの地域における機動性と効率性は影響を受けるし、当該撤退はこの地域に対する米国のコミットメントという点で否定的に受け取られかねない。
また、米海兵隊を含む在日米軍が実戦的な訓練を実施できる能力は、米軍がどんな事態にも対応できるようにするだけでなく、はっきりとした抑止力として機能してもいる。
アメリカ軍は上述のような認識を基礎とし、公式には沖縄県内での海兵隊移設・一部部隊の残置を条件としている。その理由と抑止効果については拓殖大学教授の川上高司を参考人とした次のような国会答弁がある。
次に、抑止力の維持という観点から申し上げます。これは、なぜ実戦部隊の第31海兵遠征隊、31MEUが残されたかということに対する答えになります。31MEUの想定される任務は、朝鮮半島危機、台湾海峡への抑止と初動対応、対テロ作戦の実施、災害救助、民間人救出作戦などが考えられるわけであります。31MEUは、最大四隻の強襲揚陸艦で出動し、歩兵大隊、砲兵大隊混成の航空部隊及びサポートグループなどのエレメントで構成されるわけですが、各エレメントは平時は一つの駐屯地に集結しているわけではなく、緊急時になりましたら一つの部隊として集結し出動いたします。したがいまして、それぞれのエレメントが離れた場合、集結するまでに時間が掛かり、即応性が低下してしまいます。また、特にヘリ部隊の役割が大きく、歩兵とヘリを分散化することは困難になるわけであります。
(中略)このロードマップが決まりました当時、私は海兵隊司令部でグッドマン海兵隊司令官にインタビューをしました。グッドマン海兵司令官は、抑止力を維持しながら大幅な在沖縄海兵隊を削減せよとの難題を命じられて随分頭をひねった結果、実戦部隊を沖縄に残すことにより抑止力を維持し、モビリティーのある司令部機能をグアムへ移転させることにより沖縄地元からの負担軽減をするように決断したという具合に述べておりました。
ここで、海兵隊の戦闘単位について簡単に説明すると、部隊規模が小さい順から
MEU(Marine Expenditionary Unit:海兵遠征隊)
テロ、低強度紛争への対処能力を持ち、命令から6時間以内に出動可能で、15日の従戦能力を持つ。部隊規模1500~3000名
MEB(Marine Expenditionary Brigade:海兵遠征旅団)
命令より5~14日で出動可能。従戦能力30日。部隊規模3000~2万名
MEF(Marine Expenditionary Force:海兵遠征軍)
命令より30~45日で出動可能。従戦能力60日。部隊規模2~9万名。統合作戦、後方支援能力も充実。
となる。第3MEFは海兵隊の中で唯一海外に駐留するMEFであり、その先鋒が31MEUとなる。再編ロードマップで沖縄に残留することになったMEUは即応戦部隊としての能力を期待され、アジア地域の紛争に一週間以内で派遣できる唯一の海兵部隊とされている。また、上述の川上答弁のように、統合軍としての性格を帯びた海兵隊は陸上部隊、航空部隊、支援部隊が一体となって作戦しなければ戦力を発揮しない。その前提として平時の訓練段階から機能的に結合度が高いことが求められる。
なお、参議院議員の佐藤正久は、日本の政府内には米軍施設を迷惑施設ととらえる傾向があり、軍事的有意性の観点が欠落しているとして、議論のあり方に異議を唱えた。
なお軍事的観点に関連して、2010年4月、設置場所の条件と情報管理に関して次のような出来事があった。アメリカ政府は海兵隊の地上部隊とヘリ部隊の駐留場所の距離を、65海里以内とするように求めていることを日本政府高官が明らかにした。この数字はアメリカ側では「海兵隊の運用」という軍事機密に関わる情報とみなされており、後に日本国外務省に対して抗議を行った。『産経新聞』はこの一件を「日本政府の稚拙な対応」として報じている。
琉球新報は海兵隊の展開能力を考慮すれば沖縄県内に基地を置く必然性は低いとしている。沖縄に駐留する第3海兵遠征軍(3MEF)のうち、機動部隊である第31海兵遠征隊(31MEU)は、1年のうち約9ヶ月は強襲揚陸艦でアジア太平洋地域に展開しており、沖縄を離れている。また、航空機の航続距離延伸等の技術的革新で、海兵隊が沖縄に常駐する必要が薄れており、2012年に日米合意した米軍再編計画では、地上戦闘兵力の中核である第4歩兵連隊がグアムなどへ移転することが決まっている。肯定する立場のいう「陸上部隊と航空部隊の統合」が重要であるならば、第4歩兵連隊とともに第36海兵航空群も移転させるべきことになる。江畑謙介は著書「米軍再編」で「実際問題として高速輸送艦の実用化により、こと東アジア地域においては、米海兵隊の基地が沖縄にあろうが九州にあろうが、移動に要する時間はそれほど違わないという条件になってきた」と述べている。また、従来よりなされている主張であるが、本土に比べて沖縄県に多数の米軍基地が集中しており、過重負担が不公平であるとの意見も根強い。
マイケル・アマコスト元米駐日大使は、2015年6月23日に『朝日新聞』によるインタビューにおいて、次のように答えている:
場合によっては沖縄を完全撤退する可能性まである海兵隊のため、なぜ日本が1兆円を投じて新基地を作る必要があるのかと疑問を呈する声がある。一方で、将来海兵隊が撤退しても自衛隊の基地として使えるとする指摘も存在する。
浦添市長の松本哲治は翁長知事や共産党・社民党・社大党・県民ネットなど辺野古移設反対派への那覇軍港の浦添移設への態度はダブルスタンダードだと主張している。松本は那覇市長候補だった翁長が市長選挙直前の2013年1月12日に那覇軍港返還による浦添への移設反対、浦添市長選挙後に「認める」と変遷した翁長前那覇市長を公約違反と指摘しないことに疑念を呈している。更に松本は辺野古反対派の「辺野古はダメだが浦添は進める」という理由が「論理的には成立しない」と主張している。
普天間基地機能の沖縄県内移設案について沖縄県内では、沖縄県知事・名護市長が2010年1月の名護市長選挙にて移設容認派が推す候補が当選したものの移設反対派の声は根強かった。しかし、鳩山由紀夫内閣が県外移設を断念し内閣総辞職して以降、一連の尖閣諸島中国船領海侵犯事件ないし尖閣諸島中国漁船衝突事件の発生もあり、移設反対派の翁長雄志が当選して以降も石垣市等では移設容認派の動きが続いており、2016年の宜野湾市の市長選では、普天間基地移設を推進する第2次安倍政権が推す佐喜真淳市長が当選した。
沖縄県内移設に賛成する意見として、沖縄本島内では、建設工事が行われることになった場合に地元の中小建設事業者としては多くの工事の受注が期待できること、県知事および市長の受け入れ表明に呼応する形での経済振興策がすでに多数実行されている(九州沖縄サミットの開催、沖縄科学技術大学院大学の設置、国立沖縄工業高等専門学校の設置など)ことなど、経済的便益をもとにする意見がある。また、アジア地域で紛争が現実に発生しているかまたは発生が予想される各地点につき、距離などの点での地政学的において沖縄県の優位性を指摘する意見もある。沖縄本島以外では、日本の漁船が尖閣諸島周辺の日本領海へ侵入した中国公船から追尾を受け、石垣市でも漁業者が漁が行えない状況にあり、石垣島への自衛隊誘致と合わせ、先述の通り辺野古移設を支持する動きがある
。
軍事的観点以外からの反対意見として度重なる海兵隊員及び関係者による事件とその後処理に対する不信・不安が大きい。また、辺野古海域を埋め立て自然破壊をすることで絶滅危惧種であるジュゴンの生息に大きな影響を与えると言われている。基地建設のための巨額の財政負担も問題として指摘されている。
宜野湾市は、米軍再編に当たって米国側が行った環境アセスメントにつき、沖縄駐在の海兵隊のほとんどすべてがグアム島に移転する想定であると指摘し、従ってそもそも代替施設を日本国内につくる必要がない旨主張している。もっとも、当該アセスメントにかかわらず、日本政府の想定ではグアム移転は既存の米軍再編の枠内に留まるものとしている。ただし、市長の伊波が2009年末に一部閣僚に説明を行った際、外相の岡田は「話を少しうかがったが、根拠がよく分からない」と述べた。防衛相の北沢も同様のスタンスをとり、宜野湾市の説に否定的である。
米軍再編計画の中間報告の提出後、2006年1月に『琉球新報』はフィリピン関係筋情報として、オーストラリアへの配転となっていた当初案(2005年6月関係国で合意したとされる)が、グアムへの振り替えされたことを報じている。
『琉球新報』によれば、在沖米軍のうち1万人をフィリピンへ4000人、オーストラリアへ6000人配転する案が一度固まったが、豪州配転分はグアム移駐6000人に振り替えられた。当初案が起案された理由はインドネシア・バリ島爆弾事件を起こしたテロ組織が東南アジア諸国に組織拡大を図っているという情報への対処であった。なお、フィリピン配転分は、同国の現行憲法が外国軍駐留を禁止しているため公にはされず、正式な数字にも入っていないと言う。当時米側はグアム移転経費を日本側がどれだけ負担するのかや、移転計画の期限などで不確定要因があったことを気にしていたとされる。
実際その後、日米での負担割合の交渉では日本側が負担割合の低減を求めて事務レベルでは決着しなかった。当時首相だった小泉純一郎は「まとまらないときはまとまらなくてもいい」と防衛庁長官の額賀福志郎に述べていたものの、額賀は小泉を説得して訪米の了承を取り付けた後2006年4月23日ワシントンに飛び、ラムズフェルドと防衛首脳会談を行った。ここでも交渉は一時は決裂寸前までもつれ込んだものの、アプラ基地-アンダーセン基地間の高速道路建設費10億ドルをアメリカが負担する等の譲歩案を飲ませて妥結したとも報じられている。
2006年7月11日、太平洋軍はHHF社にも依頼して具体的な移転内容を纏めた『GIMDP(Guam Integrated Military Development Plan:グアム統合軍事開発計画)』を公表した。
アメリカ合衆国会計検査院(GAO)は2007年にこのグアム移転計画に関する報告書を公表した。その中で軍事的には次のような問題点を指摘している。