鳥羽・伏見の戦い
谷は大仏智積院の土州本陣に戻って、執政・山内隼人(深尾茂延、深尾成質の弟)に報告。慶応4年1月1日(太陽暦1月25日)、谷は下横目・森脇唯一郎を伴って京を出立、1月3日(太陽暦1月27日)、鳥羽伏見で戦闘が始まり、1月4日(太陽暦1月28日)、山田隊、吉松隊、山地元治、北村重頼、二川元助らは藩命を待たず、薩土密約を履行して参戦。その後、錦の御旗が翻る。1月6日(太陽暦1月30日)、谷が土佐に到着。1月9日(太陽暦2月2日)、乾退助の失脚が解かれ、1月13日(太陽暦2月6日)、深尾成質を総督、乾退助を大隊司令として迅衝隊を編成し土佐を出陣、戊辰戦争に参戦した。
「徳川家(徳川宗家)の政体(江戸幕府)」は大政奉還の後から、日本政府の外交事務は「徳川家の政体(幕府)」と「天皇家の政体(朝廷)」のどちらで取り扱うのかと、各外国公使から頻繁に問い合わせられていた。慶喜はみずからがかねてからの志であった大政奉還をした以上「天皇家の政体(朝廷)」が日本政府として外交事務をつかさどるべきだと考えていたが、これまで日本の公儀としてあらゆる政治的実務をつかさどってきたのは「徳川家の政体(幕府)」であった一方、「天皇家の政体(朝廷)」側にはまだその準備がまだ整っておらず、外交上の実務経験や心構えも不足しているからには、いますぐ外交事務をおこなうのは難しいだろうと天皇家を思いやっていた。慶喜には、水戸徳川家代々の「尊王の大義」で母方(有栖川宮家)の主家に当たる天皇家を立てる必要があり、その尊王主義の手前、新政体が発足間もない天皇家側にはまだ政治的能力がないと直接正直に外国公使らへ打ち明けて語るのも難しい事情があった。また、慶喜は、彼と同様の認識であった明治天皇(当時16歳)の摂政・二条斉敬から内々に、「ただいま朝廷(天皇家の政体)では外国人らを接受することはできそうにないので、徳川家(徳川宗家)には気の毒だが、大政を奉還される前のとおり、外国公使らを応接して下さい」との外国公使・接受代行の依頼を受けていた。そんななか二条城を出て、大坂城に入った慶喜は、12日大坂城黒書院へフランス、イギリス、イタリア、アメリカ、プロイセン、オランダ各国公使らを集め、各国との条約の締結や外交事務は、唯一の公式政権として徳川宗家が一時的に取り扱う旨を説明した。
この頃、フランス公使・レオン・ロッシュが「徳川家(徳川宗家)が政権をお持ちになっているあいだ、フランス側は飽くまで貴家へお味方させていただくつもりですが、政権を奉還(大政奉還)なさった以上は、これまで通りお味方させていだくのは難しいかと存じ上げます」と、旧幕府側へ申し出た。このため、幕閣の一人として諸外国と直接外交を行ってきていたもと老中・外国事務取扱(外交官)の丹波亀山藩主・松平信義が、「いまご当主(徳川宗家主、慶喜)が外国の助けを失っては一大事でございます」と、慶喜に朝廷(天皇家の政体)からの外交権委任状をフランス側へ示す事を勧めた。実際は徳川宗家当主で(前)内大臣・慶喜が内々に(まだ当時16歳で十分な実務能力を持たない)明治天皇の摂政・二条斉敬から依頼を受け、日本政府側として外交事務を一時代行する予定だったが、松平信義が勧めている委任状の内容は「天皇家(朝廷)からの委任で」徳川宗家が外交事務をつかさどる、とわずかな事務手続き上の偽りを含んでいた。慶喜はこの委任状の事務手続き状の偽り(摂政個人からの内々の依頼と、天皇家の政体からの公式の外交権委任として勅許があった事実の違い)を厳格にみて、松平信義にそのような文書を朝廷からわざわざ取り付けたりロッシュへ渡したりすることを許さなかった。しかし、松平信義はロッシュの説得にはやむを得ない措置と考え、密かに作った自作の外交権委任状を外国人へ示した。
と、慶喜の周囲では「薩摩討つべし」の声が高まる。
慶喜は大阪城で物情の鎮静化につとめていたが、小御所会議(王政復古クーデター)での辞官納地の通達以来、幕臣の激昂が甚だしくなっており、そこでさらに薩摩藩士が家康以来徳川宗家(将軍家)の本拠で主城を構えていた江戸で市中への放火等の騒擾事件(江戸薩摩藩邸の焼討事件)を起こすと、庄内藩士らによる治安維持のための鎮圧戦が始まった。
老中・板倉勝静は江戸薩摩藩邸の焼討事件について憂慮し、「焼き討ちする様な事は以ての外だ。上方(京阪地方)も江戸もひたすら静まっていて、薩摩藩につけいる隙を与えないことが肝要でござる」と慎重姿勢を崩さなかった。しかし大阪城のなかでは上司も下士も今にも暴発しそうな勢いが誰にもほぼ制御できなくなり、老中で丹波亀山藩主の松平信義は「令状を出して、大阪を徘徊する薩摩人(鹿児島人)1人を斬るごとに15金を与えよう」との公議を出すに至った。慶喜はこれを聴くと、無謀な議論で、血気の小勇(蛮勇)にすぎないと、幕命による大阪からの鹿児島人抹殺の企てを制止した。
京都から越前藩士・中根雪江や尾張藩の者ら4、5人が大阪へきて、朝命(天皇家の政体・朝廷からの指令)によって、慶喜へ再び京都へくるよう勧めた。慶喜は「では軽装(少数のお供だけを連れての朝議参内)で京都へ行こう」と考えたが、会津藩・桑名藩やほかの旗本の者らがこの慶喜の台慮(貴人の思い)をききいれず反対し、「薩摩藩を討つ好機会なので、十分な兵力を持って京都へ行き、是非とも君側の奸を清めましょう」と主張した。このとき、官僚で最も身分が高い者で老中からそれ以下の官職にあたる大目付や目付までほとんど半狂乱のありさまで、もし慶喜が薩摩藩征討(討薩)を肯定しなければ配下が一体なにをしだすか想像もできない状態で、しかも官僚から兵士らまでみなが完全に討薩を心から固く決意している気配だった。当時の大小目付部屋の光景は驚くべきもので、居並ぶ武者のみながあぐらをかき口角泡を飛ばしながら討薩論に熱中しているありさまは、ほとんどどこからも手の下しようもない状態だった。
このとき慶喜は風邪をひいており、寝巻(寝間着、寝衣)のまま寝床(布団)の中にいたところへ老中・板倉勝静がやってくると、将校から兵士までの討薩を望む士気の激昂は凄まじいもので、このまま何もせずには到底いられない旨、また「いくら少数のお供を除けばおひとりで京都へ行かれたいとはいえ、所詮、大君(日本最大の大名)であらせられるからには、万が一の為に御身をお守り申しあげる大勢の兵隊を帯びねば到底その様な事は叶いますまい」とくりかえし慶喜を説き伏せた。慶喜はそのとき読みかけの『孫子』の一節を示しながら「『彼を知り己を知れば百戦あやうからず』とこの本にある。そこで試しに聞くのだが、今わが幕府に西郷隆盛に匹敵すべき人物はいるか」と板倉に問うと、板倉はしばらく考えてから「おりません」と答えた。慶喜が続けて「では大久保利通ほどの者はどうか?」と問うと、板倉はまた「おりません」といった。慶喜はさらに吉井友実ら薩摩藩で名のある数人を挙げ「この人々に拮抗しうる者はいるか」とつぎつぎ尋ねてみると、板倉はまたまた「おります」とは言えなかった。このため慶喜は「こんなありさまでは、もしわが軍が薩摩藩側と戦っても必勝を期し難いだけでなく、遂にはいたづらに朝敵の汚名をこうむるだけではないか。決してわが方から戦を挑むことなきよう」と板倉へ無謀な開戦を制止した。それでも、板倉と若年寄・永井尚志らはしきりに将校・兵士らの激憤状態を慶喜へ説明し、「もし上様(慶喜)が飽くまで討薩の命令をゆるして下さらなければ、おそれ多くも、上様を刺し違えたてまつってでもわが軍隊は脱走しかねない勢いなのでございます」といった。慶喜は「まさかおのれを殺すまではしまいが、わが方の兵が脱走しそうなのは勿論だ。そうなったらいよいよ国が乱れるもとであろう」と、自軍の制御が十分に及んでいないのをひたすら嘆いていた。こうして江戸薩摩藩邸の焼討事件以後、なおさら大阪城のなかの将校・兵士らの憤激は到底制御することが不可能になった。
慶喜が薩摩藩への義憤に逸る大阪城配下の兵隊の大勢を抑え続けられなくなり、「なんじらのなさんと欲するところをなせ」「いかようとも勝手にせよ」と放任すると、将校・兵士らは『討薩表』を慶喜の名で書くと旗本・竹中重固が薩摩藩側へ持って行った。
こうして朝廷から御所への参内を命じられた慶喜は、慶応4年(1868年)元日『討薩表』と共に京都へ向け近代装備を擁する軍勢を進軍させた。さきども進軍の間、朝命のとおり軽装で上京するつもりで出兵が本意ではなかった慶喜はこのとき風邪をひいてずっと寝巻で布団の中にいて、はじめからおわりまで大阪城の中から出ず、甲冑・軍装などの軍服も着ずに、ただ嘆息していた。後年、慶喜は回想談中で、自身はもとから朝命どおり軽装(連れても少数のお供だけ)で御所へ参内するつもりだったことともあわせ、当時の大阪城の配下がことごとく「なにがなんでも討薩の命令を」と大憤激し、全軍の総指揮官としての自分には彼らの進軍を抑えきれなくなってしまったありさまは、自身の為に御所までの道を開ける先供の制止にあらゆる手を尽くしたが最早どんななすすべもなく、形の上でそういう結果に立ち至ってしまったもの、と語っている。
アメリカ合衆国(米国)弁理公使(駐日アメリカ合衆国大使)・ロバート・ヴァン・ヴォールクンバーグはの老中・板倉勝静、酒井忠惇、松平信義 (丹波亀山藩主)らへ正式な外交文書を送り、そのなかで旧幕府側は条約に基づく米国人保護を依頼されると共に、旧幕府は現在誰と戦争をしているのか」「旧幕府側に反抗しているのは島津忠義だけか、それとも味方や協力者がいるのか」と米国政府側から問われると、これへ返信した老中・板倉勝静と酒井忠惇は連署による公文書で「当今わが国(日本国)に政変があり、やむを得ず兵力を用いるときは賊徒・不臣である島津忠義の一藩(薩摩藩)を除くためで、同藩がどこへ潜伏しどんなはかりごとを企んでいるかも測り難い。旧幕府が兵力を用いる際、条約批准済みの外国人は保護し、その方法も厳重に手配するので安心して欲しい。事態の鎮静化までにはなるだけ遠行等もなきようお心づきを頼み入ります」と、不測の事態による武力衝突時には、飽くまで徳川方へ反抗し謀略を企んでいる島津忠義の率いる薩摩藩一藩との間のもの、との政府公式見解を出した。武備を鞏めての進軍は明らかに朝廷に対する威圧行為であった。
旧幕府軍主力の幕府陸軍歩兵隊及び桑名藩兵、見廻組等は鳥羽街道を進み、会津藩、桑名藩の藩兵、新選組などは伏見市街へ進んだ。旧幕府軍の本営は淀本宮(淀姫社)に置かれ、総督は松平正質、副総督は塚原昌義であった。
慶喜出兵の報告を受けて朝廷では、2日に旧幕府側の援軍が東側から京都に進軍する事態も想定して、橋本実梁を総督として柳原前光を補佐につけて京都の東側の要所である近江国大津(滋賀県大津市)に派遣することを決めるとともに、京都に部隊を置く複数の藩と彦根藩に対して大津への出兵を命じた。だが、どの藩も出兵に躊躇し、命令に応えたのは大村藩のみであった。渡辺清左衛門率いる大村藩兵は3日未明には大津に到着したが、揃えられた兵力はわずか50名であった。
旧幕府軍は慶喜参内にあたって軽装(少数のお供)でくるよういわれていたので、それなら幸いと先供を進軍させていた。慶喜が朝命(明治天皇の頼み)に従い御所へ参内するにあたって、島津家文書の『慶明雑録』では旧幕府軍は薩摩藩との戦闘を京都に入った後で行う認識だったとし、『村摂記』では旧幕府軍側は京都に入るまでは平穏に行軍するよう慶喜から命令されていたとする。
京都見廻組400名、幕府陸軍歩兵第一連隊、歩兵第五連隊、伝習第一大隊、砲6門、桑名兵4個中隊、砲6門をはじめとする、旧幕府軍が鳥羽街道を北上した。先頭を進んでいたのは大目付滝川具挙の護衛として行軍する京都見廻組であった。滝川具挙は討薩表を朝廷に提出するための使者であるため、軍の指揮権は有さないはずであったが、実際には滝川具挙が鳥羽街道方面の指揮を執っていたとみられている。代わりに本来鳥羽街道方面の指揮官であった竹中重固は伏見にいた。見廻組は和装に甲冑や鎖帷子を身につけ、刀槍を装備し、銃は持っていなかった。3日午前、街道を封鎖するために南下する薩摩軍の斥候と京都見廻組の先発隊が上鳥羽村において接触した。見廻組は慶喜の先供であるとして通行の許可を求めたが薩摩軍斥候はそれを認めず、可否を京都に問い合わせるためそれまで控えるようにと回答した。そのため見廻組は一旦控えるということで、小枝橋を渡って鴨川左岸へ引き返した。薩摩軍はこれを追尾して前進し、鴨川を越え、小銃五番隊、外城一番隊、外城二番隊、外城三番隊の4個小銃隊および一番砲隊の半隊砲4門が鴨川左岸に展開した。小銃六番隊は鴨川を越えず、右岸の小枝橋付近に潜伏した。旧幕府軍は小枝橋の南、鳥羽街道の赤池付近を先頭に行軍隊形のまま停止した。
滝川具挙は薩摩側の代表、椎原小弥太と山口仲吾に通行許可を求めたが薩摩軍は朝廷へ問い合わせ中であるとしてそれを認めなかった。『昔夢会筆記』での徳川慶喜の証言によればこの交渉を行ったのは滝川ではなく竹中重固であるとされている。このような交渉が繰り返されたが状況は変わらず、午後5時頃、滝川は「最早や夕刻ともなるによって、強行して入京す」と最後通告を行ない、これに対して椎原が「われわれは朝命を奉じ、この地を守るものゆえ臨機の応対を仕る」と答えた。そこで、旧幕府軍は封鎖を強行突破するため縦隊で行軍を開始した。椎原、山口が自陣へ走り「手切れだ」と叫ぶと薩摩軍は合図のラッパを吹き、それと共に一斉に射撃を開始した。
そのため旧幕府軍は隊列の前から薩摩軍に潰された。薩摩軍は左右の藪へすでに兵士を回してあり、こうして関門を置いて旧幕府軍を前と左右から生け捕り状態に奇襲の罠にかけつつ先制攻撃をしかけたため、旧幕府軍は残らず潰滅させられかけた。
薩摩軍砲兵の砲撃が先頭に砲列を布いていた旧幕府軍の3門の砲車のうちの1門に命中し大爆発を起こした。これに滝川具挙の乗馬が驚き、滝川具挙を乗せたまま後方に向けて走り出し、街道上の友軍をかき乱しながら戦場を離脱した。旧幕府軍は強行突破はしようとしていたものの、この段階での戦闘を予期しておらず、行軍隊形のままで、小銃にも弾薬を装填していなかった。激しい射撃により死傷者が続出した旧幕府軍の先頭の部隊は大混乱に陥り、一部の小隊のみが応戦した。また、1門を撃破された残りの2門の砲も応射したが薩摩軍砲兵の集中砲火を受けて制圧された。京都見廻組も混乱状態となったが、与頭の佐々木只三郎によって叱咤されて指揮統制を回復し、前方の薩摩軍へ向けて突撃前進した。薩摩軍の射撃によって突撃は撃退されたが、この間に旧幕府軍は体勢を立て直し、部隊を戦闘隊形に展開し始めた。幕府陸軍歩兵第一連隊、続いて桑名兵など旧幕府軍部隊が続々と攻撃前進し、桑名藩の砲兵も到着し、砲撃を始めた。しかし、薩摩軍は凹型に展開しており、旧幕府軍は前進すると包囲の中に飛び込む形となり、前方および左右から射撃を浴びることとなった。そのため旧幕府軍の一部は薩摩軍最左翼の外城一番隊を攻撃し始めたが、そこへ長州軍の一個小隊が増援として到着し、薩摩軍左翼のさらに左に展開して、攻撃中の旧幕府軍の右側面を射撃したため、攻撃は撃退された。旧幕府軍主力の薩摩軍中央への攻撃も大損害を受けて頓挫し、旧幕府軍は下鳥羽方面へ後退した。下鳥羽には公卿の菊亭家の米蔵があり、そこにあった米俵を使って幕府陸軍の築造兵(工兵)が陣地を構築し、旧幕府軍はその陣地に入って宿営した。薩長軍は下鳥羽に旧幕府軍陣地があることを発見すると夜戦を避けてこれを深追いせず、元の位置を陣地としてそこにとどまった。
4日午前5時頃、旧幕府軍は下鳥羽の陣地を出て薩摩軍陣地を攻撃した。旧幕府軍は前日に大損害を受けた第一連隊に代わって第十一連隊と砲4門を第一線として攻撃前進した。(第七連隊と第十二連隊の2個連隊との説もある)薩摩軍は私領二番隊が戦列に加わり、一部の部隊の位置が入れ替わった他は前日同様の配置であったが旧幕府軍は前日同様、戦線の中央突破を図ったため、包囲に飛び込む形となり、前方と左右より射撃を受けた。そのため旧幕府軍の両翼の部隊は向きを変えて応戦したが、中央の部隊はなおも突進して薩摩軍中央の小銃五番隊、私領二番隊に迫り、猛烈な射撃を加えた。しかし薩摩軍はこれを持ちこたえ、旧幕府軍は戦線を突破することができなかった。しばらく両軍の間で火戦が行われたが、次第に旧幕府軍の損害が増え、旧幕府軍は攻撃を断念して下鳥羽の陣地へと後退した。この戦闘において、馬上で第十一連隊を指揮していた幕府陸軍歩兵奉行並の佐久間信久が狙撃され、戦死した。
午前8時頃薩摩軍は攻勢に転じ、下鳥羽の旧幕府軍陣地を攻撃した。この間、旧幕府軍は損害を受けた第十一連隊に代わって第十二連隊を前面に出して再度攻勢に出るつもりであったが、その前に薩摩軍の攻撃を受け、防御戦闘を行った。旧幕府軍は米俵を胸壁としつつ薩摩軍に激しい射撃を浴びせ、薩摩軍は陣地に近づくことができなかった。薩摩軍は散兵で射撃し、そのうち小銃六番隊は一人あたり100発以上の射撃を行うなど、激しい火戦が行われたが戦線を崩すことはできなかった。そのため、薩摩軍は一旦後退して弾薬を補充した後、再度攻撃前進した。今度は小銃隊からの支援要請により小銃隊だけでなく砲隊も前進した。砲戦をしつつ前進した一番砲隊は4門の砲のうち2門が途中で破損したが、残りの2門が旧幕府軍陣地近くまで進出し、至近距離から榴弾を撃ち込み、米俵でできた胸壁を吹き飛ばして破口を作り、また旧幕府軍の砲台を制圧した。正午過ぎには薩摩軍の増援として兵具方一番隊と一番遊撃隊が到着した。加えて、伏見からも小銃一番隊が転進し、薩摩軍最左翼の外城二番隊と協力して南下し、旧幕府軍の右側面を攻撃した。これにより旧幕府軍は前方と右側面より包囲されることとなった。旧幕府軍はしばらくは持ちこたえたものの、午後2時頃、富ノ森方面へ後退した。この戦闘で幕府陸軍第十二連隊長窪田鎮章および連隊副長秋山鉄太郎が戦死した。富ノ森には築造兵が酒樽に土砂を詰めて畳や戸板などを積み重ねて胸壁とした陣地を構築しており、後退した旧幕府軍はその陣地に入った。
旧幕府軍の後退を受けて薩長軍は追撃に移り、私領二番隊、兵具方一番隊、一番遊撃隊、伏見から転進してきた三番遊撃隊、長州軍第三中隊が追撃を行った。午後4時頃、薩長軍は富ノ森の陣地を攻撃したが、陣地には旧幕府軍の小規模な一部隊しか残っておらず、主力は淀方面へと後退していたため陣地は容易に占領された。その後、薩長軍は後退する旧幕府軍をさらに追撃した。薩長軍の進撃路である鳥羽街道は桂川の堤防になっており、右手は近くに桂川が流れており、左手は横大路沼から続く湿地と田畑が混在する地形であった。そのため薩長軍は部隊を広く展開することができず、狭い進撃路を進まざるを得なかった。薩長軍が街道を進んでいくと、前方の納所に旧幕府軍の陣地が構築されており、そこから砲撃を受けた。また横大路沼を挟んだ南東の伏見街道、淀堤にも旧幕府軍の砲台があり、その砲台からも砲撃を受け、薩長軍は前方と左側面からの十字砲火を浴びることとなった。さらに、湿地帯の枯れた蘆荻の茂みには会津藩や大垣藩の部隊が少人数に分かれて潜伏しており、薩長軍の隊列が近づくと茂みから飛び出して槍や刀で薩長軍部隊の側面から斬り込み攻撃を行った。これらの砲撃と待ち伏せ攻撃によって薩長軍部隊は混乱し、後退しはじめた。これを見た旧幕府軍は薩長軍を追撃し、余勢を駆って富ノ森の陣地を奪還した。これらの経緯から当初旧幕府軍主力が富ノ森の陣地から撤退したのは薩長軍を待ち伏せに誘い込むための計略であった可能性を指摘する意見もある。薩長軍はさらに後退し、旧幕府軍はこれを追撃したが、薩摩軍の小銃三番隊と二番砲隊が増援として到着し、射撃を行って友軍の退却を援護すると、旧幕府軍はそれ以上の追撃を止めて富ノ森の陣地に入った。すでに日没近くでありこの日の鳥羽方面の戦闘はこれで終わった。
5日朝、薩長軍は再度攻勢に転じた。薩摩軍小銃三番隊、小銃五番隊、小銃六番隊、外城二番隊、一番砲隊、二番砲隊、長州軍第三中隊が鳥羽街道方面の部隊として編成された。午前7時頃、薩長軍の小銃隊が富ノ森の旧幕府軍陣地への攻撃を開始した。これに対して旧幕府軍は砲と小銃により全力で射撃を行って抵抗し、薩長軍には弾丸が雨のように降り注いだ。薩長軍は苦戦し、小銃五番隊監軍椎原小弥太、小銃六番隊隊長市来勘兵衛もこの戦闘で戦死した。小銃隊のみによる陣地攻略が困難なことから、砲兵による支援が要請され、大山弥助(大山巌)率いる二番砲隊砲6門が第一線に進出し、砲撃を開始した。この間、二番砲隊は旧幕府軍の歩兵が集結して逆襲に出る兆候があることを発見し、急遽取り寄せた臼砲による射撃でこれを阻止した。しかし、二番砲隊も旧幕府軍の激しい射撃を受け、敵弾を避けるために一時は伏せながら戦闘を行わざるを得なかった。旧幕府軍はさらに反撃を行ない、薩長軍左翼の薩摩軍小銃三番隊の左側面へ会津兵が数度の白兵突撃を行ったが、この時には薩摩軍は旧幕府軍の白兵突撃対策として剣士と狙撃兵からなる掩護隊を配備しており、これによって会津兵の突撃は撃退された。大規模な突撃が失敗したことから、会津兵は4、5名ずつの少人数の部隊に分かれ、匍匐で薩長軍の戦線後方へ浸透した。薩摩軍二番砲隊の位置まで浸透した会津兵は射撃中の二番砲隊へ斬り込み攻撃を行ったが刀槍を執った砲兵の白兵戦により撃退された。しかしこの戦闘で二番砲隊にも死傷者が発生した。このように二番砲隊は苦戦を強いられ、また、事故や被弾によって多数の砲が損傷し、砲弾も残り少なくなったことから砲兵として戦闘を継続することができなくなった。そこで二番砲隊は小銃を執って小銃兵として前進した。連戦の一番砲隊は当初後方で補給と休息を行っていたが、二番砲隊苦戦の報を受け、臼砲2門と砲5門をもって第一線に進出した。一番砲隊は旧幕府軍陣地の至近距離まで進出して榴弾や散弾を撃ち込んで打撃を与えた。これらの砲撃と小銃隊の突撃により旧幕府軍は後退を始めた。薩長軍はこれを追撃し、旧幕府軍後方の納所の陣地も陥落させたため、旧幕府軍はさらに淀方面へ向けて後退した。
高浜砲台の守備に入っていた津藩主・藤堂元施は山崎の関門を固めていた。始まった戦が2、3日ほど続くと、藤堂の守っている関門あたりまで旧幕府軍の前線が引いてきた。薩摩藩兵の使いが藤堂のところへきて新政府軍として参戦するよう説得すると、津藩兵は旧幕府軍を撃ち始めた。旧幕府軍は味方と思っていた津藩兵から砲撃を受け、山崎に陣を張ることができなくなり、そこから後退していった。
この時、歩兵隊は銃に弾丸を込めてさえおらず、不意の攻撃に狼狽し、滝川具挙は砲撃に驚き乗馬したまま前線から逃亡。奇襲を受け指揮官不在の形になった旧幕府軍の先鋒は潰走し、見廻組など一部が踏みとどまって抗戦していたところ、後方を進行していた桑名藩砲兵隊等が到着し反撃を開始した。日没を迎えても戦闘は継続し、旧幕府軍は再三攻勢を掛けるが、薩摩藩兵の優勢な銃撃の前に死傷者を増やし、ついに下鳥羽方面に退却した。具挙は前線を去り淀城に逃げ込もうとするが淀城側に拒まれて断念。戻って幕府軍の指揮をとるが再び敗れ、大坂を経て江戸に向けて敗走した。
伏見でも昼間から通行を巡って問答が繰り返されていたが、鳥羽方面での銃声が聞こえると戦端が開かれた。旧幕府軍は陸軍奉行・竹中重固を指揮官として旧伏見奉行所を本陣に展開、対する薩摩・長州藩兵(約800名)は御香宮神社を中心に伏見街道を封鎖し、奉行所を包囲する形で布陣していた。奉行所内にいた会津藩兵や土方歳三率いる新選組が斬り込み攻撃を掛けると、高台に布陣していた薩摩藩砲兵等がこれに銃砲撃を加えた。旧幕府軍は多くの死傷者を出しながらも突撃を繰り返したが、午後8時頃、薩摩藩砲兵の放った砲弾が伏見奉行所内の弾薬庫に命中し奉行所は炎上した。新政府軍は更に周囲の民家に放火、炎を照明代わりに猛烈に銃撃したため、旧幕府軍は支えきれず退却を開始し、深夜0時頃、新政府軍は伏見奉行所に突入した。旧幕府軍は堀川を超え中書島まで撤退して防御線を張ったが、竹中重固も部隊を放置したまま淀まで逃亡した。
この時の京都周辺の兵力は新政府軍の5,000名(主力は薩摩藩兵)に対して旧幕府軍は15,000名を擁していた。鳥羽では総指揮官の竹中重固の不在や滝川具挙の逃亡などで混乱し、旧幕府軍は狭い街道での縦隊突破を図るのみで、優勢な兵力を生かしきれず、新政府軍の弾幕射撃によって前進を阻まれた。
3日、朝廷では緊急会議が召集された。大久保利通は「旧幕府軍の入京は新政府の崩壊であり、徳川征討の布告と錦旗が必要」と主張したが、松平春嶽は「これは薩摩藩と旧幕府勢力の私闘であり、朝廷は中立を保つべき」と反対を主張。会議は紛糾したが、議定の岩倉が徳川征討に賛成したことで会議の大勢は決した。
山内容堂は在京の土佐藩兵に「此度の戦闘は、薩摩・長州と会津・桑名の私闘であると解するゆえ、何分の沙汰ある迄は、此度の戦闘に手出しすることを厳禁す」と伝令を通して告ぐが、伏見方面では土佐藩士・山田喜久馬、吉松速之助、山地元治、北村重頼、二川元助らの諸隊は藩命を待たず、薩土密約に基づき戦闘に参加し旧幕府軍に砲撃を加えた。これが効を奏し幕軍は敗走。(渋谷伝之助隊は迷った末、参戦せず)土佐藩兵は勝利を挙げるが北村重頼率いる砲兵隊は妙法院に呼び戻され、厳しく叱責を受け切腹を覚悟する中、錦の御旗が翻り、藩命違反の処分が留保される。
一方、旧幕府軍では伊勢方面から京都に向けて援軍として騎兵1個中隊と砲兵1個大隊が発進していたが、3日夜になって大津に潜入していた偵察から既に大津には新政府軍が入っているとの報告が入った。これは大村藩兵50名のことであったが、旧幕府軍の援軍は大津に新政府軍が結集していると誤認して大津から京都を目指す事を断念し、石部宿から伊賀街道を経由して大坂に向かうことになった。4日になると、朝廷から改めて命令を受けた佐土原藩・岡山藩・徳島藩の兵が大津に入り、彦根藩もこれに合流した。これによって5藩合わせて700名となり、6日は更に鳥取藩兵と参謀役の木梨精一郎(長州藩)を大津に派遣するも、新政府軍側が危惧したこの方面からの旧幕府軍の侵攻は発生しなかった。
近江方面の戦況について、大久保は5日付の蓑田伝兵衛宛の書状で、井伊直弼などを輩出した譜代の大藩である彦根藩の旧幕府からの離反に皮肉を込めつつも、彦根藩が味方に付いたことで背後(近江側)の不安がなくなり、旧幕府軍の支配下にあった大坂から京都への物資の流入が止まったとしても、近江から京都への兵糧米の確保が可能になったと記している。また、東久世通禧も後になって大村藩が素早く大津を押さえたことで、旧幕府軍からの京都侵攻とこの戦いで未だに態度を決しかねていた諸藩部隊の新政府からの離反を防いだこと、同藩が大津にある彦根藩の米蔵にある米の新政府への借上げを交渉したことなどをあげて、大村藩の功労が格別であったことを述べている。
翌4日は鳥羽方面では旧幕府軍が一時盛り返すも、指揮官の佐久間信久らの相次ぐ戦死など、新政府軍の反撃を受けて富ノ森へ後退した。
同日、朝廷では仁和寺宮嘉彰親王を征討大将軍に任命し、錦の御旗と節刀を与え、新政府軍を官軍として任じた。なお、この錦旗となる旗は岩倉と薩摩藩が事前に作成しており、戦闘の際にその使用許可を朝廷に求めた事から「薩長が錦旗を偽造した」とする説もあるが、朝廷の許可を得て掲げられた事は確かであり、天皇の許可を経たのかは定かではないものの朝廷はそれを錦の御旗であると認めている。
また朝廷から薩摩藩に、黒谷にある会津藩邸の制圧の命が下る。薩摩兵は大砲を以て黒谷を攻撃した為、洛中は一時騒擾が起きた。尾張藩の徳川慶勝には二条城接収の命が下り、6日に接収している。入京していた因幡藩や柏原藩などの諸藩の兵も参戦を表明し、官軍となった薩長側に合流を始める。