日本学術会議
1967年5月、日本物理学会 主催、日本学術会議 後援により国際純粋・応用物理学連合傘下の半導体国際会議が京都で開催されたが、この会議におけるアメリカの参加者に対して米国陸軍極東研究開発局から資金供与があったことが明らかとなる。さらに極東研究開発局が1959年から19の日本の大学・研究所に対して、アメリカで研究されていない医学などの研究に総額で数百万ドルの資金を援助していたことも発覚する。当時会長であった朝永振一郎が参議院予算委員会に呼ばれる事態に発展し、朝永は記者会見で遺憾の意を表明。日本学術会議では運営審議会を経て、学問思想の自由委員会や学術交流委員会、長期研究計画委員会などの常置委員会で議論を重ね、5委員長の連名で声明を発表する。この声明は1950年とほぼ同じ内容であったが、表題は「軍事目的のための科学研究を行わない声明」となっていた。
近年の国際社会の動きではハイブリッド戦争やサイバー戦争と呼ばれる工作活動も見受けられるため、2015年に防衛省が制定した「安全保障技術研究推進制度」に対し、日本学術会議は防衛省や文部科学省と議論を進め、「安全保障と学術に関する検討委員会」を設置する。検討会では、日本学術会議会長で検討会委員の大西隆と、有識者として検討会に招かれた池内了の意見が対立。大西は攻撃のための研究は駄目だが自衛研究は良い、デュアルユースは区別できるとしたが、池内は攻撃と自衛の研究は区別できず、自衛のための研究も認められないと主張した。学問の自由が保障されるかという観点では、大西は研究成果が公開されるので問題ないとしたが、池内は防衛省職員が研究進捗の管理に関わることから「担保されるはずはない」とした。サイバー犯罪の大規模化がサイバー攻撃として「武力の行使」に近いものになるという懸念も示された。
2017年には「軍事的安全保障研究に関する声明」を発表し、報告『軍事的安全保障研究について』もまとめられた。声明には1950年と1967年の声明を継承するという文言が含まれ、「安全保障技術研究推進制度」で政府の人間である防衛省職員が進捗管理に関わることの懸念も表明した。また、報告では「自衛目的の技術と攻撃目的の技術との区別は困難な場合が多い」と明記された。その一方で、日本学術会議に関係する研究者が中国軍の「国防7校」に所属していたことが2021年1月に報じられている。千人計画#日本との関係日本学術会議の声明の影響で、防衛省の「安全保障技術研究推進制度」への応募が2015年度の58件から、2018年度18件、2020年度9件と減少したと報じられている。また、2019年には日本天文学会の学会誌『天文月報』で議論を呼び、2020年10月の日本学術会議の見直し論議でも本声明が注目された2020年10月13日、内閣府特命担当大臣(科学技術政策担当)の井上信治は日本学術会議の意思を尊重すると述べながらも、戦後70年を踏まえた時代の変化に対応することを求め、「デュアルユースはどの分野でもあり得る」と強調した。。
国立大学協会会長の永田恭介(筑波大学学長)は2020年3月26日の記者会見で、GPSの過去の例、ウイルスに対するワクチン研究が生物化学兵器に転用される可能性を例に「デュアルユースは(線引きが)難しい」「自衛のためにする研究は、省庁がどこであれ正しいと思う」と日本学術会議が大学や研究者に事実上研究を禁止することに批判的な見解を述べた。また、東京大学教授の戸谷友則は、1967年の声明の表題に戦争や平和ではなく「軍事目的」という言葉が入ってしまったことの影響や問題点を指摘するとともに、日本学術会議の影響力から「非民主的に選ばれたごく一部の研究者の団体が、全ての研究者に画一的な価値観を押しつけて、自由を縛ることが許されるだろうか」と問題提起した。
2022年4月26日の参議院内閣委員会において日本学術会議の三上明輝事務局長は、2017年の声明について「デュアルユースのような安全保障に資する研究を一律に禁止する趣旨ではない」と発言している。
第1期から会員を務めた伏見康治によると、科学技術行政協議会に出席する委員を日本学術会議(以下、学術会議)から推薦し、政府がその人物を委員として発令することになっていた。しかし、羽仁五郎と山田勝三郎については政府は発令を出さず、欠員を生じながら協議会が開催されていたという。
2014年(平成26年)、会員105名の推薦時に政府が理由説明を要望。会員任命はそのまま行われたが、最終選考に残った12名を加えた117名の名簿も政府に提出した。2016年(平成28年)、補充人事で官邸から事前説明を求められ、日本学術会議は優先順位を付けて候補を提示。しかし官邸から難色を示されため、日本学術会議は補充を断念した。これに伴い、翌2017年の会員推薦でも事前説明を実施した。当時は大西隆会長の時代であり、元外交官でジャーナリストの佐藤優は、大西会長が事前説明というルール変更を一旦受け入れたことの問題点を指摘した。
2020年(令和2年)10月1日、新会員の任命が行われたが、任命権者である菅義偉首相は理由を明かすことなく、学術会議が推薦した105人のうち6人が除外された。2004年に組織内部からの推薦を受けて会員に任命される制度となって以降、除外される措置は初めてであった。『しんぶん赤旗』のスクープが契機となり、学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判が巻き起こる。2020年10月1日付で会長になった梶田隆章は翌2日、説明と6人の任命を求める要望書を同会議に提案し、同月3日に同会議は内閣府に送付している。
同月5日、菅義偉首相は記者会見を行い、(1)学術会議は政府機関であり会員は公務員、(2)(当時の中曽根康弘首相が拒否権はないと答弁した)1983年当時は学会推薦であったが、現在は個々の会員が推薦する形に変わっており会員が自分の後任を指名する事が可能、(3)学術会議は従来よりそのあり方について議論されており、総合的、俯瞰的な活動が求められているといった点から任命について法に基づき判断する必要がある、と釈明したまた、政府は「1983年の法改正以来一貫した考え方として成り立っている」ものの、推薦されたものを任命拒否することはあり得るという日本学術会議法について明瞭に書かれた法解釈文書はない一方、時の首相が学術会議の推薦に従う義務はないとの見解を記した2018年の文書を内閣府は公表した。加藤勝信 官房長官も「解釈が変わらないので直ちに公表する必要はなかったと当時判断した」と説明。内閣府副大臣の三ツ林裕巳も学術会議の推薦に首相が従わないことは可能とした上で、「会員が任命制になったときからこの考え方が前提だ。解釈変更を行ったものではない」と述べている。。その後、2016年の補充人事で官邸が難色を示して補充を断念したこと、2017年の会員推薦時には事前説明を実施していたこと、6名に難色を示したのは杉田和博官房副長官であったことも明らかになる(詳細は「日本学術会議会員の任命問題」や「菅義偉内閣#日本学術会議会員の任命問題」を参照)。
90以上の学会が共同声明を出し、大学や市民団体も抗議声明を出した(その総数は10月末には600団体を超える)。また、ネイチャーなどの世界的学術雑誌も批判を行い、野党第一党である立憲民主党の枝野幸男代表なども「明確な違法行為」と非難した。一方で任命を拒否された大学教授の教え子に対する嫌がらせも発生したという。また、同年10月7日には自由民主党の下村博文・政務調査会長は政府へ提言し、日本学術会議の在り方自体を検討・議論し直す考えを示し、日本学術会議のあり方問題が議論されていく(詳細は「#2020年の見直し論議」節を参照)。
1981年5月、総理府 総務長官の中山太郎が日本学術会議の「公選制に疑義あり」と発言する。同年10月の同会議総会において、当時の同会議会長の伏見康治は、「学術会議の性格を変えてはならない」「会員の選挙制を守る」と語り、「研究連絡委員会の役割の重要性」を強調した。当時副会長であった岡倉古志郎を委員長とする改革委員会を中心に「各部定員30名のうち20名を選挙で選び、残り10名を推薦制にする」という「改革要綱」がまとめられ、1982年10月の総会で決議。
「政府との交渉に入るにあたって三役の陣容一新が必要」として会長の伏見と副会長の岡倉、塚田裕三は辞任し、第12期途中で会長は久保亮五に交代。久保新会長は首相に「改革要綱」を提出するが、鈴木善幸政権時の1982年11月、総理府総務長官から「改革についての総務長官試案」を示される「総理府総務長官試案」と書かれる場合もある。。1983年2月の総会、4月の臨時総会も経て久保会長は「改革要綱」に基づく折衝を続けるが、中曽根政権は同年4月に「日本学術会議法の一部を改正する法律案」を閣議決定。その内容は登録された科学者団体を基礎とする研究連絡委員会ごとの推薦制というものであり、学術会議の事前合意なしに国会へ提出された。これを受けた5月の総会で「職務遂行は困難」として久保は会長を辞任。塚田裕三が会長を引き継ぐことになる。
当時の中曽根康弘首相は、国会で「学会やらあるいは学術集団からの推薦に基づいて行われるので、政府が行うのは形式的任命にすぎません。したがって、実態は各学会なり学術集団が推薦権を握っているようなもので、政府の行為は形式的行為であるとお考えくだされば」と形式的任命であると答弁していた政府は国会答弁で「総理大臣の任命で会員の任命を左右するという事は考えておりません」「任命制を置いておりますが、これが実質的なものだというふうに私どもは理解しておりません」「その推薦制もちゃんと歯どめをつけて、ただ形だけの推薦制であって、学会の方から推薦をしていただいた者は拒否はしない、そのとおりの形だけの任命をしていく」「政府が干渉したり中傷したり、そういうものではない」と政府答弁を行っている。。11月の国会で改正法案は可決され、塚田会長は遺憾の意を示す声明を発表。塚田と副会長は「けじめをつけるため」に辞任したが、再任されている。
このように、第12期は一貫して政府の法改正に反対の立場を取った。1980年初頭の頃から「コ・オプテーション方式は政府の宿願であった」とも言われている。日本学術会議の側でも、公選制では複合領域・学際領域の研究者や重要な国際学術団体を担っている学会の代表者が選出されにくいことから、3分の2は公選で残り3分の1をコ・オプテーション方式とする提案があった。なお、この法改正で研究連絡委員会が法制的に確立し、定員が拡充された。また、研究連絡委員会、分科会、専門委員会における専門分野の枠組みも再編されている。
政府の行政改革(中央省庁等改革基本法)を契機に、日本学術会議も改革が求められるようになる。1997年の第17期初頭、会長の吉川弘之は「日本学術会議はかつてのような大型陳情団体ではない」と宣言し、ほぼ一人で内部討議のための改革提言を書き上げる。吉川は私的諮問委員会 「未来構想懇談会」を設け、日本学術会議としての改革基本構想を議論していき、1999年の連合部会で案を示すが議論は紛糾する。第18期に入ると「日本学術会議の在り方に関する委員会」を設置し、吉川は『学術の動向』に論文を発表。さらに委員会は中間まとめを2002年4月の総会で報告し、これが改革の「学術会議案」になっていく(最終報告書は2003年2月)。
また、中央省庁等改革基本法の第十七条の九には「日本学術会議については、総務省に置くものとするが、総合科学技術会議において、その在り方を検討すること」と定められており、総合科学技術会議は2001年5月に「日本学術会議の在り方に関する専門調査会」を設置。2003年2月に最終報告が出され、同年7月に「日本学術会議の改革の具体化について」がまとめられた。これには学術会議案がかなり反映されたという。
2004年に法改正がなされ、会員はコ・オプテーション方式で選出されることになった。所管の総務省が内閣法制局に提出した法案審査資料には、推薦方式変更にあたって「日本学術会議から推薦された会員の候補者につき、内閣総理大臣が任命を拒否することは想定されていない」と書かれていた。改正により組織も7部構成から3部構成になり、縦割りの打破を図られた。政策への提言なども総合科学技術会議との棲み分けが図られた。また、この改革で日本学術会議は科研費の審査委員推薦権を失い、「登録学術研究団体」は「日本学術会議協力学術研究団体」に変わった。
改革案がまとまりつつある2003年、日本原子力研究所の郷信広は、「政府の一組織である日本学術会議は、ほかの政府組織の所掌事項に関しては発言してはならない」と制約を受けているように捉えられることを懸念し、「その結果、日本学術会議には国際学術交流を除けば、抽象的な機能のみが残ることとなった」と指摘した。法改正に伴い2005年に改選・組織再編がなされたが、改正前の第19期だけは1年短縮された2年任期になった。第19期は40代の会員は0名で平均年齢が63.5歳だったものが、第20期では40代会員14名(最年少会員44歳)、平均年齢58.8歳と若返りとなった。しかし国立大学偏重(公立・私立大学会員の減少)、選出地域の偏り(中四国の会員は1名)という特徴も見受けられた。
2004年に改正された法律には付帯決議があり、今後10年で日本学術会議の見直しを図るとされていた。第19期副会長であった戒能通厚は、第20期が始まった後の2006年1月の『学術の動向』において「10年後見直しと言ういわば時限的な法という理解がある」と指摘し、「今回の法改正が、日本学術会議自身の意思によって行われたものと言い難いから、日本学術会議は早急に自らの改革に取り組むようにとの激励とみていいのでは」という認識を示した。
また、戒能は今回の会員の選考基準の公表を求めるとともに、新しい組織では個々の領域だけでなく横断型・俯瞰型の課題が重要になることから、会員に対して「その主な役割は、それぞれの専門分野に限定されない領域横断・俯瞰型の知見の発揮と、調整およびマネージメントにあろうから、これらのミッションをこなす能力がないと、なかなかに大変」と指摘した。
2014年7月、「日本学術会議の新たな展望を考える有識者会議」が内閣府の科学技術担当大臣の下に設置され、翌2015年3月に報告書「日本学術会議の今後の展望について」がまとめられた。活動面では「緊急課題や新たな課題への機動的対処等の改革の趣旨・目的は実現されてきており、活動面においては着実に成果が上がっている」と評価され、組織面でも「一部には改革で意図された成果が表れている」とされたものの、「改革の趣旨を尊重しつつ、運用面での工夫を重ねていくこと」が期待された。
この報告書に提示された改善策には、会員について「求める人材像や選考プロセスのオープン化」が求められ、「自らの専門分野の枠にとらわれない俯瞰的な視点をもって向き合うことのできる人材が望ましい」という提言がなされた。また、コミュニケーションについては「若手アカデミー」活動や地域活動の推進などが盛り込まれていた(「#連携・コミュニケーション」節も参照)。
また、慶應義塾大学名誉教授の小沼通二は2017年の『学術の動向』において、研究者の直接選挙から学協会推薦、コ・オプテーション方式と変遷していく中で、一般研究者の関心が薄くなっている問題を指摘。特に企業研究者などは日本学術会議を自分達の代表と考えていないこと、「日本学術会議の「独立した」発言を嫌がる人たちがいるのだから、学術研究者や社会、特にメディアとの交流を強化しないと学術会議の将来は危うい。」などの懸念を持っていた。
2020年(令和2年)10月1日、日本学術会議が推薦した新会員候補105人の内、6人が任命権者である菅義偉首相によって理由が明かされないまま任命を拒否され、日本学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判が巻き起こる。その後、2016年の補充人事で官邸が難色を示して補充を断念したこと、2017年の会員推薦時には事前説明を実施していたこと、6名に難色を示したのは杉田和博官房副長官であったことも明らかになる。
自由民主党は塩谷立を座長とする「学術会議の在り方を検討するプロジェクトチーム」を組織し、同年10月14日に初会合を開催。同年11月中に秋の行政刷新レビューで予算(国費負担)や組織形態(民営化やNGOも一案)を検証し、12月上旬に自民党が日本学術会議の在り方について提言をまとめ、同月下旬の次年度予算編成に行政刷新レビューの結果を反映される方針を示した。10月16日に梶田会長は菅義偉首相を訪問し、任命拒否の理由説明と6名の任命を求める要望書を直接提出。さらに日本学術会議の在り方について、梶田会長と井上信治科学技術担当大臣が中心となって今後の協議を進めることが確認された。
なお同年10月28日の国会答弁において、菅義偉首相は民間出身者や若手が少ないこと、出身や所属大学に偏りがあり多様性を考慮したと弁解した。しかし大西隆元会長は、2005年当時に比べて東京大学出身者は3割近くから17%程度へ、関東の大学在籍者の割合は63%から5割程度に減少しており、会員の偏在には改善がみられると反論している。なお、女性会員は第19期で13名だったものが第20期で42名の約20%となっており、第25期の時点では約38%にまで達している。また、同月30日の国会答弁において首相は、旧帝大所属が45%を占め、産業界は3%、50歳未満の若手は3%に過ぎないと指摘した。野党などはこの答弁に対し、任命拒否された6名のうち3名が私立大学所属であり、女性も1名いると批判している。
1948年(昭和23年)7月 - 日本学術会議法公布
1949年(昭和24年)1月 - 内閣総理大臣の所轄の下、日本学術会議が設立(前身の学術研究会議は廃止され、日本学士院は日本学術会議の中に置かれる。)
1949年(昭和24年)6月 - 総理府の設置に伴い、総理府の機関となる(なお、同年総理府には科学技術行政協議会が設置された。)
1956年(昭和31年)4月 - 日本学士院が日本学術会議から独立(日本学士院のみ文部大臣の所轄に移る)1956年(昭和31年)3月としている文献もある。
1970年(昭和45年)7月 - 日本学士院庁舎(上野公園内)から移転
1984年(昭和59年)5月 - 会員選出方法を公選制から学会推薦制へ変更
2001年(平成13年)1月 - 中央省庁再編に伴い、総務大臣の所轄となり、総務省の特別の機関となる
2005年(平成17年)4月 - 再び内閣総理大臣の所轄となり、内閣府の特別の機関となる
2005年(平成17年)10月 - 会員選出方法を日本学術会議が自ら選考する方法へ変更し、7部制から3部制への改組、連携会員の新設などの組織改革を行う
1950年(昭和25年) - 4月28日、第3回総会において、声明「戦争を目的とする科学の研究には絶対従わない決意の表明」を採択。
1952年(昭和27年) - 10月24日、第13回総会で破防法反対声明を可決。
1954年(昭和29年) - 4月、第17回総会で原子力研究三原則を提言。5月、放射線影響特別委員会を設置。
1955年(昭和30年) - ソ連・中国学術視察団派遣。南極学術探検隊派遣について提言を行い、南極特別委員会を設置。
1957年(昭和32年) - 3月25日、イギリスの、4月26日、米ソの科学者にアピールを送付し、全世界の科学者に原水爆禁止を訴えた。
1961年(昭和36年) - 1月に「人文・社会科学振興のためのシンポジウム」が開催され、5月の総会で「人文・社会科学の振興に関する勧告」を発表。
1962年(昭和37年) - 4月の総会で「科学研究基本法の制定について」が決議され、5月に政府へ提言される前年の1961年(昭和36年)4月の総会で「基礎科学振興5原則」が確認されていた。。
1967年(昭和42年) - 「軍事目的のための科学研究を行なわない声明」を採択。
1968年(昭和43年) - 文部省と科研費審査委員推薦制度の改正で対立し、審査委員の選出を拒否。
1976年(昭和51年) - 5月の総会で科学研究基本法の成立を求める勧告を決議。
1980年(昭和55年) - 「科学者憲章について」の声明を採択。
1990年(平成2年) - 「地球圏-生物圏国際協同研究計画(IGBP)の実施について」を勧告。
1999年(平成11年) - 「地球圏-生物圏国際協同研究計画(IGBP)の促進について」を勧告。
2002年(平成14年) - 日本が持続可能な開発のための教育(ESD)を提唱した持続可能な開発に関する世界首脳会議(環境・開発サミット、開催地は南アフリカ共和国)において、吉川弘之会長が応援演説。
2006年(平成18年) - 12月、法務大臣と厚生労働大臣から審議依頼を受け、「生殖補助医療の在り方検討委員会」を設置。2008年4月に代理出産は法律で原則禁止が望ましいとする報告書を返した。
2008年(平成20年) - 「日本学術会議憲章」を発表。
2010年(平成23年) - ホメオパシーは科学的根拠が否定されており、医療従事者は使うべきではないとする会長談話を発表。
2014年(平成26年) - 7月、内閣府の科学技術担当大臣のもとで「日本学術会議の新たな展望を考える有識者会議」が設置され、翌2015年7月に報告書がまとまる(詳細は節「#2005年改革の宿題」を参照)。
2015年(平成27年)
同年に防衛省が制定した「安全保障技術研究推進制度」について、防衛省や文部科学省と議論し「安全保障と学術に関する検討委員会」を設置。
9月7日 - 日本学術会議と中国科学技術協会間の協力覚書を締結(https://www.scj.go.jp/ja/int/workshop/abstract.pdf)
2020年(令和2年) - 10月1日、新会員の任命において学術会議が推薦した105人のうち6人が除外される(詳細は節「#政府による人事介入」や記事「日本学術会議会員の任命問題」、「菅義偉内閣#日本学術会議会員の任命問題」を参照)。
2021年(令和3年)4月22日 -「日本学術会議のより良い役割発揮に向けて」公表(https://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-25-s182-2.pdf)。