サンフランシスコ・フォーティナイナーズ
1994年、チームは大金をかけてケン・ノートン・ジュニア、ゲイリー・プラマー、リッキー・ジャクソン、リチャード・デント、チャールズ・マン、ディオン・サンダースなどのフリーエージェント選手を獲得した。またドラフトでもブライアント・ヤング、ウィリアム・フロイド、リー・ウッドールなどその後数シーズン先発を務める選手を獲得した。シーズン序盤にフィラデルフィア・イーグルスに8-40、モンタナのカンザスシティ・チーフスに17-24で敗れた試合もあった。イーグルスに敗れた試合の直後には地元ラジオ局によってファンがシーファートヘッドコーチの解任を望んでいると報道された。大差がついたイーグルス戦ではヤングがベンチに下げられたことに対して不満を持ちシーファートと激しく口論する姿が見られた。翌週のデトロイト・ライオンズ戦で14-0とリードしていた場面でパスを投げた後にヒットを受けたヤングは顔面を真っ赤に染めたが2プレー後にはフィールドに復帰しチームは27-21で勝利した。チームは2年連続スーパーボウルを制覇していたダラス・カウボーイズへの21-14の勝利も含み10連勝を果たした。この間チームは平均約20点差をつけて勝ち続けた。8得点、14得点に終わった試合もあったもののこの年チームはレギュラーシーズン総得点、プレーオフまでの合計総得点で新記録を達成した。この記録は1998年のミネソタ・バイキングス、2007年のニューイングランド・ペイトリオッツに破られている。
チームは13勝3敗でホームフィールドアドバンテージを獲得、プレーオフでもシカゴ・ベアーズに44-15、ダラス・カウボーイズとの試合では第1Q終了時点で21-0とリードした。前半終了間際にヤングからライスへの29ヤードのタッチダウンパスが決まり、ハーフタイムを31-14で迎えた。第3Q最初のキックオフでファンブルし、それをタッチダウンに結び付けられて31-21と迫られたがヤングが自ら走りタッチダウンをあげて38-21とし、その後1タッチダウンを返されたが38-28で5度目のスーパーボウル出場を果たした。サンディエゴ・チャージャーズとのカリフォルニア州のチーム同士となった試合に49-26で勝利し史上初のスーパーボウル優勝5回を果たしたチームとなった。MVPにはこの試合で6本つのタッチダウンパスを投げたヤングが選ばれた。
1995年から1997年までの3年間もチームはプレーオフに出場したがいずれの年もグリーンベイ・パッカーズに敗れた(1997年は地元キャンドルスティックパークでの試合)。この年はライスが負傷で14試合欠場した。
1998年、チームは12勝4敗でシーズンを終えて16年連続勝ち越し、全てのシーズンで10勝以上あげた。この年のプレーオフでもパッカーズと対戦したが23-27とリードされた試合時間残り3秒、ヤングからテレル・オーウェンスへのタッチダウンパス(The Catch II とも呼ばれる。)が決まり30-27で勝利した。翌週のアトランタ・ファルコンズ戦でヤングが3回のインターセプトを喫して27-30で敗れた。
1990年代終わりにチームオーナーのエドワード・デバートロ・ジュニアはルイジアナ州知事のエドウィン・エドワーズの汚職に絡んで名前が取りざたされたり、ミシシッピ川のリバーボートでのカジノが問題視された。1998年に有罪判決を受けた彼はNFLのオーナー資格を失い、妹のデニス・デバートロ・ヨークと彼女の夫のジョン・ヨークに経営権が委ねられた。
1999年、チームは3勝1敗と好スタートを切ったがアリゾナ・カージナルスとのマンデーナイトフットボールでヤングがブラインドサイドからコーナーバックのアニーアス・ウィリアムズにヒットされそのまま引退に追い込まれた。この怪我はそれほど深刻なものと見られておらず、ヤング自身も後に翌シーズンまたは2シーズン後の復帰を希望していたが、GMとなっていたビル・ウォルシュとの話し合いの結果、サラリーキャップに苦しむチーム、自分自身の将来的な健康のために引退を決意したという。ヤングを失ったチームは残り12試合中11試合を落とし1982年以来の負け越しとなった。また1979年からオフェンスラインコーチを務めたボブ・マッキトリックがシーズン終了後の2000年3月15日に亡くなった。
2002年、QBジェフ・ガルシアに率いられたチームはチームのプレーオフ史上2回目となる24点差からの逆転劇で39-38とニューヨーク・ジャイアンツに勝利した。しかしタンパベイ・バッカニアーズに敗れてシーズンを終えた。シーズン終了後、スティーブ・マリウチヘッドコーチは解任されて後任のヘッドコーチとしてシアトル・シーホークスやオレゴン州立大学のヘッドコーチを務めたことのあるデニス・エリクソンと5年契約を結んだ。ヘッドコーチ候補には3人のディフェンスコーディネーターの名前が挙がっていたが、エリクソンのオフェンス理論はウェストコーストオフェンスと大きく異なっていたため、この契約に対してファンやメディアは厳しく非難した。
2002年以降、チームは怪我人の続出、弱体化したオフェンスライン、一貫性のないディフェンスなどで低迷している。2003年チームは7勝9敗と負け越し、8シーズンチームに在籍して85タッチダウンをあげたテレル・オーウェンスはこの年でチームを去った。
2004年9月26日、シアトル・シーホークスに0-34とレギュラーシーズンでは1977年にアトランタ・ファルコンズに0-7で敗れて以来となる420試合ぶりの完封負けを喫した。これはリーグ記録となった。この試合第4Qに得点する機会があったがインターセプトやファンブルでつぶしてしまっていた。シーズン中デバートロオーナーがチームを売却しようとしているという噂が立ち買い手としてオラクルのラリー・エリソンやスティーブ・ヤングのグループの名前があがった。チームは2勝14敗に終わり1979年以来となる地区最下位となった。この年NFL32チーム中最低の成績に終わり、エリクソンヘッドコーチと彼を選んだGMのテリー・ドナヒューは解任された。
後任のヘッドコーチにはボルチモア・レイブンズのディフェンスコーディネーターをしていたマイク・ノーランが選ばれた。彼は1970年代にチームのヘッドコーチだったディック・ノーランの息子であった。多くのチームがヘッドコーチとGMをそれぞれ置いていたがこの時、GMは置かれずノーランは全権を手に入れた。彼はドラフト全体1位で地元カリフォルニア大学バークレー校のアーロン・ロジャースではなく、ユタ大学のQBアレックス・スミスを指名した。
2005年8月20日にインベスコ・フィールドで行われたデンバー・ブロンコスとのプレシーズンゲームの終了直後、オフェンスラインのトーマス・ヘリオンがロッカールームでのミーティング中に倒れ病院に運ばれたが心臓発作で急死した。
2005年もチームは地区最下位に終わったが前年の2勝から4勝と勝ち星を倍増させた。最後の2試合には連勝した。チームが連勝したのは2003年以来のことであった。また同地区のライバル、ラムズから1998年以来となる2勝をあげた。
2006年には4年連続の負け越しとなったが7勝9敗で地区3位で終えた。最終節のデンバー・ブロンコス戦では0-13とリードされながらオーバータイムの末26-23で破りブロンコスをプレーオフ争いから脱落させた。また前年NFCチャンピオンになった同地区のシアトル・シーホークスからも2勝をあげた。チームはマイアミ大学から入団して2年目のフランク・ゴアをエースRBに決めたがゴアはチーム記録であり、その年NFCトップの1,695ヤードを走り8タッチダウンをあげてプロボウルの先発選手にも選ばれた。
2007年シーズン開幕前、元ヘッドコーチのビル・ウォルシュが白血病で亡くなった。オフシーズンにバッファロー・ビルズのコーナーバック、ネイト・クレメンスがチームに加入し当時NFLのディフェンス選手として史上最高額となる8年間で8000万ドルの契約を結んだ。この年ドラフト1巡目に指名したLBパトリック・ウィリスはこの年のAP通信によって最優秀新人守備選手に選ばれた。シーズン開幕からアリゾナ・カージナルス、セントルイス・ラムズに連勝し1998年以来となる好スタートを切ったが4試合目のシアトル・シーホークス戦でエースQBのアレックス・スミスが肩を負傷し戦線を離脱した。彼の代役としてトレント・ディルファーが起用されたがチームは第3週から第12週まで8連敗を喫し5勝11敗に終わった。
2008年、オフシーズンにチームはショーン・ヒルと3年間の再契約を結んだ。またフリーエージェントでジャスティン・スミス、アイザック・ブルース、J・T・オサリバンを獲得した。オサリバンの獲得はチームの将来に期待したアレックス・スミスが怪我などにより満足にプレーできていないことによるものだった。ノーランヘッドコーチと新しくチームに来たオフェンスコーディネーターのマイク・マーツはスミス、ヒル、オサリバンの3人を競わせたがプレシーズンゲームで最も良いパフォーマンスを見せたオサリバンが先発QBとなった。
同年10月20日、ノーランヘッドコーチはシーズン途中で解任され暫定ヘッドコーチにはアシスタントヘッドコーチのマイク・シングレタリーが就任した。シングレタリーは不調のオサリバンに代わってシーズン途中からヒルを先発QBとして起用し、指揮を執り始めてからの9試合を5勝4敗の成績とし、チームは7勝9敗でシーズンを終えた。2009年から正式なヘッドコーチに就任、マイク・マーツオフェンスコーディネーターを解雇した。
2009年のドラフトでチームはWRマイケル・クラブツリーを1巡目全体10位で指名した。2009年の開幕先発QBを巡ってショーン・ヒルとアレックス・スミスが競ったがヒルが開幕QBに指名された。クラブツリーとの契約交渉はシーズン開幕を直前にした9月に入っても契約がまとまらず10月7日になってようやく契約を結んだ。この年チームは7点差以下での敗北が6試合と接戦をモノにすることができなかったが、8勝8敗でシーズンを終えて2003年から続いたシーズン負け越しが止まった。
2010年、同地区のアリゾナ・カージナルスのエースQBカート・ワーナーの引退もあり地区優勝の候補にあげられていたが1979年以来となる開幕から5連敗を喫し、その間3連敗した時点でオフェンスコーディネーターのジミー・レイを解任した。同じく開幕から連敗続きであったカロライナ・パンサーズに敗れた際には球団幹部がシングレタリーヘッドコーチに不信感を持っているという報道も流れたがジョン・ヨークオーナーはこれを否定した。しかし5勝10敗となり、プレーオフ進出の可能性が完全に消滅した後チームはシングレタリーを解任。最終戦はジム・トムシュラが暫定ヘッドコーチとして指揮を執ることになった。
2011年1月7日、スタンフォード大学のHCであったジム・ハーボーをHCに招聘し、5年契約を結んだことを発表した。シーズン前はそれほど期待されていなかったが、第13週までに10勝2敗の成績をあげて8年ぶりにNFC西地区優勝を果たした。TDランを第15週まで相手に1つも許さなかったが、第16週にシアトル・シーホークスのマーショーン・リンチにTDランを許した(これまでのNFL記録は2)。NFC第2シードとなる13勝3敗の成績でシーズンを終えて駒を進めた、ニューオーリンズ・セインツとのディビジョナルプレーオフでは17-0のリードを一時逆転されながらも、残り9秒にアレックス・スミスからバーノン・デービスへの逆転TDパスが決まり36-32で勝利したが、NFCチャンピオンシップではニューヨーク・ジャイアンツに20-17(延長)で屈し、スーパーボウル進出は果たせなかった。
2012年、6勝2敗という好成績でシーズンをスタートし、第10週から脳震盪で負傷したQBアレックス・スミスに代わって2011年ドラフト2巡目指名のコリン・キャパニックに先発を交代させると、第11週のシカゴ・ベアーズ戦では243ヤード、2TDパスの活躍で勝利した。第12週にアレックス・スミスは先発できるまでに回復したものの、ハーボーはキャパニックを先発で起用し続けた。当初ハーボーはこの采配を批判されたが、ハーボーは走力のあるキャパニックを先発することでより戦術の幅が広がると考えた。その期待に応えキャパニックはピストル・オフェンスを多用し、第15週のペイトリオッツ戦でも42対31、自身も4TDパスの活躍で勝利した。レギュラーシーズンを11勝4敗1分の成績でプレイオフに進出、ディビジョナル・プレーオフのパッカーズ戦では自慢のランにより181ヤード、2TDを記録し45対31で勝利した。アトランタ・ファルコンズとのNFCチャンピオンシップゲームでは0対17の劣勢から堅守と自慢の攻撃力で逆転し、28対24で勝利し18年ぶりのスーパーボウル出場を果たした。スーパーボウルではジム・ハーボーの兄ジョン・ハーボーがHCであるボルティモア・レイブンズに敗れた。
2013年シーズンは12勝4敗でワイルドカード枠からプレイオフに進出し、NFCチャンピオンシップゲームに勝ち進み同地区ライバルのシアトル・シーホークスと対戦。序盤はリードしたが終盤にキャパニックが2インターセプト・1ファンブルロストと崩れ17対23で敗退した。このシーズンで本拠地キャンドルスティック・パークを離れた。
2014年シーズンは新本拠地のリーバイス・スタジアムで迎える最初の年となったが、序盤からハーボーHC解任の声が選手側からのリークをにおわす形で外部から挙がるなど、不穏な空気が漂った。それでもシーズン中盤まではプレーオフ争いに加わったが、終盤シーホークスに連敗したのが響き、最終成績8勝8敗で4シーズンぶりでプレーオフ進出を逃した。シーズン終了後、ハーボーは退任しミシガン大学のヘッドコーチに就任した。だがハーボー退任後、チームは連続して地区最下位に甘んじる結果となる。後任には代行HCの経験があり、ディフェンスラインコーチを務めていたジム・トムシュラが就いた。
2015年シーズンはシーズン中盤までバーノン・デービスをはじめとした主力選手の大量流出に見舞われ、更にキャパニックも負傷してQBがブレイン・ギャバートに交代するなどけが人も続出、終始チームが安定しないまま、5勝11敗で地区最下位に沈んだ。トムシュラHCは1年で解任され、後任には前フィラデルフィア・イーグルスHCのチップ・ケリーが就いた。
2016年は初戦を勝った後に、チーム史上最長の13連敗を喫してNFC最下位に沈み、2017年1月1日にHCチップ・ケリーも1年で解雇された。後任にはアトランタ・ファルコンズのオフェンス・コーディネーターであったカイル・シャナハンが就任した。
2017年も開幕から9連敗を喫し、地区最下位が確定した。第7週から先発QBをブライアン・ホイヤーから新人のC・J・ベサードに変更した後、第10週、ジャイアンツに勝利してシーズン全敗を回避。さらに、第12週の試合終盤に負傷したベサードに代わり、トレード期限直前にペイトリオッツから獲得したQBジミー・ガロポロが出場し始めるとチーム成績は上昇し、カンファレンス最下位を免れた。
2018年、開幕3試合目にしてガロポロが膝靭帯を断裂してシーズン絶望となった。4年ぶりに地区最下位を脱したが、4勝12敗に終わり5年連続してプレーオフを逃した。
2019年はガロポロおよびタイトエンドのジョージ・キトル、新人のディフェンシブエンドのニック・ボーサなどの活躍により、最終戦でシアトル・シーホークスに勝って13勝3敗と前年から大幅に成績を改善し、第1シードで6年ぶりにプレーオフに進出した。この年のレギュラーシーズンは、敗北した3試合を含む8試合が7点差以内と接戦が多く、最後の5試合は3勝2敗で終えたが、いずれも最後の10秒以内の得失点によって決着がついた。プレーオフでは初戦でミネソタ・バイキングスに勝ち、6シーズンぶりにNFCチャンピオンシップゲームに進み、グリーンベイ・パッカーズを破って7年ぶりにスーパーボウルに出場した。スーパーボウルではカンザスシティ・チーフスと対戦し第3Q終了時点で20-10とリードしていたが、第4Qに3TDを奪われ20-31で敗れた。
2020年シーズンは新型コロナウイルス感染症の流行により、カリフォルニア州の命令で、州内の他のチームと同様にシーズン初めから無観客での開催試合を強いられた。さらに流行拡大に伴い、2020年11月28日には、ホームスタジアムのあるサンタ・クララ郡から3週間にわたって試合及び練習を禁じられたため、第13週と14週と第17週はアリゾナ・カーディナルスのホームであるステートファーム・スタジアムでホームゲームを開催することになった。チームはシーズン途中でガロポロやキトルを負傷で欠き、地区最下位に沈んだ。この年の12月、タンパベイ・バッカニアーズの練習生であったQBジョシュ・ローゼンと契約した。
2021年3月、故障がちのガロポロに代わるQBを得るため、マイアミ・ドルフィンズとの間でドラフト権の大規模なトレードを成立させた。2021年ドラフトの第1ラウンド3番目の権利を得る代わりに、同年第1ラウンド12番目の権利、2022年の第1ラウンドの権利および第3ラウンドの補償ドラフトの権利、さらに2023年の第1ラウンドの権利を譲渡した。2021年のドラフトでは、全体3位でノースダコタ州立大学のQBトレイ・ランスを指名した。2021年もガロポロがたびたび負傷欠場し、地区3位となった。最終戦で地区首位のロサンゼルス・ラムズと対戦し、17点差を逆転して延長で勝利し、対ラムズ戦の連勝を6に伸ばしてプレーオフに進出した。初戦ではシード3位のダラス・カウボーイズ、2戦目ではシード1位のグリーンベイ・パッカーズを破った。パッカーズ戦では第4Q中盤時点で3-10と劣勢だったが、敵陣深くで相手のパントをブロックし、新人のタラノア・フファンガがリカバーからTDを奪って同点、さらにラストワンプレーで45ヤードの決勝FGを決めるという劇的な内容だった。NFCチャンピオンシップ・ゲームではレギュラーシーズンでは連勝中であるラムズに敗れた。
2022年は開幕から若きランスを先発QBに起用することが明言され、故障がちなガロポロの去就が注目されていた。しかしシーズン開幕直前の8月29日に1年契約を結んで残留すると報じられた。迎えた開幕戦はシカゴ・ベアーズに敗れた。第2週のシーホークス戦の序盤にランスが右足首を負傷し、2023年シーズンの復帰を目指すことになった。その後はガロポロが先発QBとして出場した。ディフェンス面では開幕5試合全てを20失点以内に抑えたが、オフェンス陣はディーボ・サミュエル以外のレシーバーが今ひとつだったことから、10月20日にパンサーズとのトレードで2023年ドラフト2巡目、3巡目、4巡目指名権、2024年5巡目指名権と引き換えにRBクリスチャン・マカフリーを獲得した。第7週のチーフス戦に敗戦した時点で3勝4敗であり、一試合当たりの平均得点は20.7点であったが、ランとレシーブ両方で活躍するマカフリーを得て、残りの10試合の平均得点は30.5に向上した。平均失点も最初の7試合の19.0から、それ以降の10試合では14.4に改善し、最終的に総失点277、得失点差173はともにNFL全体1位を記録している。第13週のドルフィンズ戦1Qでガロポロが少なくともプレーオフ終盤までは復帰不可能だとされる負傷で交代すると、2022年ドラフトで"Mr.イレレバント"として最後の262位で指名されたQB ブロック・パーディーが交代出場し、レギュラーシーズンでタッチダウンパスを成功させた史上初めてのMr.イレレバントとなって勝利に貢献した。翌第14週のバッカニアーズ戦から先発出場すると、チームは第15週にシーホークスとの直接対決に勝利して連勝を7に伸ばし、同時に3年ぶりの地区優勝を果たした。そのままパーディーが先発し続けてチームは第8週以降10連勝でシーズンを終え、第2シードでプレーオフに進んだ。初戦のワイルドカードゲームでは、レギュラーシーズンでも2連勝していた同地区のシアトル・シーホークスを41-23で、続くディビジョナルラウンドではダラス・カウボーイズを19-12でそれぞれ破り、2年連続でNFCチャンピオンシップゲームに進出した。チャンピオンシップゲームではフィラデルフィア・イーグルスと対決したが、1Qでパーディが右ひじを負傷し、交代したジョンソンもまた脳震盪で負傷退場し、パーディが試合に戻るものの長いパスは投げられずに大差で敗退した。2023年3月14日、フォーティナイナーズとの契約が切れたガロポロがラスベガス・レイダースに移籍した。カロライナ・パンサーズでプレーしたQBサム・ダーノルドと契約した。フィラデルフィア・イーグルスでプレーしたDTジャボン・ハーグレイブと契約した。
チームのマスコットは、1970年代に誕生したゴールドラッシュの炭鉱者をモチーフとしたサワードウ・サム(Sourdough Sam)である。現在のマスコットは2代目であり、かつて1950年代にクレメンテインというラバのマスコットも存在していた。
チームのチアリーディングチームは、サンフランシスコ・フォーティナイナーズ・ゴールドラッシュ・チアリーダーズ(San Francisco 49ers Gold Rush Cheerleaders、略称: サンフランシスコ・ゴールドラッシュ)である。1983年に創設されて以降、フォーティナイナーズの試合だけでなく、チャリティーイベントへの参加や日本を含む海外公演なども行っている。かつて1946年から1970年までザ・ナイナー・ナゲッツ(The Niner Nuggets)と呼ばれるチアリーディングがおり、NFL唯一のチアリーダーとして活動していた。
女優のテリー・ハッチャーが1984年に在籍していたほか、日本人の安田愛(2001年 - 2003年)、杉谷季子(2001年)、齋藤佳子(2004年)、石田真紀(2006年 - 2008年)、佐竹美帆(2011年)、石阪愛理(2014年 - 2015年)、中野友理(2014年 - 2015年)も所属していた。
日本との関係が深いチームであり、前述のチアリーダー以外にも、後に読売ジャイアンツで活躍する日系アメリカ人の与那嶺要が1947年から2年間在籍。2002年には河口正史が日本人として初めてアメリカ本土でのNFLプレシーズン・ゲームに出場した。また、ジョー・モンタナは49ers在籍時に日本のCMにも出演した。
ラムズと49ersは、共にカリフォルニア州を本拠地とするチームとして、激しいライバル関係にあった。ラムズのセントルイス移転時(同地区に残留)、ライバル関係は解消したと考える者もいたが、元ナイナーズのロジャー・クレイグはラムズがホームゲームを火星で行ったとしても両チームはライバルだと述べている。2016年シーズンよりラムズがロサンゼルスに本拠を戻したため、カリフォルニア州のライバルとしての関係が復活した。
2002年のリーグ再編により、シアトル・シーホークスがAFC西地区からNFC西地区に移転してきた。2010年シーズンからはシーホークスがHCにピート・キャロルを迎え、2011年シーズンからはフォーティーナイナーズがHCにジム・ハーボーを迎え、二人の大学チームHCとしてのライバル関係はNFLに持ち込まれた。ハーボーの去った後にフォーティーナイナーズは低迷したが、2019年には復活し、直接対決の2試合はいずれも3点差以内の僅差で1勝1敗となり、両チームともプレーオフに進出した。2022年シーズンにはワイルドカードラウンドで戦って勝利し、レギュラーシーズンを含めて3連勝とした。
2001年シーズンまではラムズの他にアトランタ・ファルコンズ、カロライナ・パンサーズ、ニューオーリンズ・セインツの3チームが同一地区で争った。これら3チームは全てミシシッピ川以東にあり、NFC東地区のアリゾナ・カージナルスやダラス・カウボーイズより東に位置していた。1970年から2002年までの33年間中28回はナイナーズかラムズが地区優勝を果たした。2003年から2007年まではシアトル・シーホークスが地区優勝を果たしている(2008年はカージナルスが地区優勝した)。
サンフランシスコ湾沿いの同じ大都市圏に本拠地を置いていたオークランド・レイダースとの試合は"Battle of the Bay"と呼ばれている。ただし両チームは違うカンファレンスに所属しているためレギュラーシーズンに対戦することは4年に一度のみである。プレシーズンゲームはレイダースがAFLに所属していた1967年に初めてプレシーズンゲームが行われ、13-10でナイナーズが勝利した。1970年にNFLとAFLが統合したが、この年38-7でナイナーズが勝利した。両チームの間の熱戦は、レイダースがロサンゼルスに移転した後も行われ、カリフォルニア州北部のレイダースファンは、多くがナイナーズファンとなり、州の北部と南部での対立となった。1982年にはスーパーボウルチャンピオンのナイナーズをレイダースが23-17で破った。2011年のプレシーズンゲーム第3週にキャンドルスティック・パークで行われた試合でトイレやスタンドなどで衝突が起き、スタジアムの外では拳銃も使用される事件が起きて以降、プレシーズンゲームでは対戦していない。レギュラーシーズンの対戦では8勝7敗であり、直近では2022年の第17週に対戦し、延長の末37-34でナイナーズが勝利した。なお、レイダースは2020年にラスベガスに移転した。
ダラス・カウボーイズとはプレーオフで9度対戦している。1970年、1971年のNFCチャンピオンシップゲーム、1972年のディビジョナルプレーオフでチームは3年連続敗れた。1981年のチャンピオンシップゲームでは試合終了間際にモンタナからクラークへの決勝TDパス(ザ・キャッチ)が決まりナイナーズが勝利した。1992年から1994年までの3年間もNFCチャンピオンシップゲームで対戦し事実上の頂上対決と言われた。1992年、1993年はチームは敗れたが1994年に勝利し、その後第29回スーパーボウルを制している。両チームはスーパボウルを5回制しており、これはピッツバーグ・スティーラーズとニューイングランド・ペイトリオッツの6回に次ぐ記録である。その後26年間プレーオフでの対戦はなかったが、2021年ワイルドカードゲームで23-17、2022年ディビジョナルラウンドで19-12といずれも勝利を収めている。
ニューヨーク・ジャイアンツとは1980年代以降プレーオフで8回対戦している。1981年、1984年には地元キャンドルスティックパークで38-24, 21-10で勝利したが1985年、1986年にはジャイアンツ・スタジアムで3-17, 3-49と敗れた。1991年1月に行われた1990年のレギュラーシーズンのプレーオフではNFCチャンピオンシップゲームでマット・バーの5本のFGで13-15と敗れてスーパーボウル3連覇の夢を断たれた。この試合でレナード・マーシャルのヒットを受けて負傷したモンタナはその後2年間で1試合しか出場できずその後チームを去った。1993年のプレーオフでは44-3とナイナーズが圧勝した。2002年のワイルドカードプレーオフでは14-38とリードされ、ジャイアンツのその年の守備はNFLの上位であったがTD2本を短い時間で決め2度の2ポイントコンバージョンも共に成功、FGも決めてチームは33-38と追いすがった。残り1分でジェフ・ガルシアからタイ・ストリーツへの13ヤードのTDパスも決まり39-38と逆転した。その後ジャイアンツのQBケリー・コリンズもナイナーズ陣23ヤードまで攻め込み残り6秒で逆転FGを狙ったがスナップのミスでホールダーのマット・アレンはパスを狙ったが不成功に終わり試合は終了した。この試合はNFLプレーオフ史上の逆転劇中2番目の得点差からのものである。2011年シーズンのNFCチャンピオンシップにおける対戦では20-17で敗れた(前記)。