AIRDO
連帯運送乗継サービスは当初ANAのみだったが、2007年4月1日からはADOと同じ経緯でANAの支援下入りしたソラシドエア(SNA)とも連帯運送を行っている。
新千歳・羽田・帯広以外の就航地空港でのグランドハンドリングは全てANA側に委託している(→#就航路線)。
ANAコードシェア便搭乗者について、搭乗まではANAのサービスに準じる扱いとなっており、購入や座席指定はANA国内線航空券を扱う旅行会社・ANA国内線電話予約センター・ANA SKY WEBで、チェックインについてはANAのカウンターで行う。また、SKiPサービスが導入されている空港(ADO定期就航路線では全空港が該当)においては通常のANA便搭乗時と同じく、「eチケットお客様控え」に印字されたQRコードをリーダーにかざす方法のほか、ANAマイレージクラブEdyカード・ANAカードやモバイルAMCアプリがインストールされたおサイフケータイのFelicaをかざすことで、チケットレスでの搭乗が可能である。
ANAマイレージクラブやスターアライアンスの上級会員向けに提供されるANAラウンジなどのサービスも利用可能である。
ANAコードシェア運航の兼ね合いから2003年2月よりANAの機内誌『翼の王国』も搭載されるようになり、『ラポラ』と併せて座席ポケットに収納されていた。2006年頃より全席配備を取りやめ、乗客の必要に応じて客室乗務員へリクエストし求める形となった。
就航開始当初は広告に「マイレージ、やりません。」とあったように、マイレージサービスには否定的だったが、2016年時点では以下のサービスが行われている。
2007年12月10日から開始された会員制のインターネットサービス。2012年3月15日より、後述のDOマイルを貯めるにはMy AIRDOへの登録が必須となっている。2015年3月末時点の会員数は約47万6千人。
ADOのマイレージサービス。2012年3月15日より以下内容となっている。
航空券購入金額(空港施設使用料含まず)100円を1ポイントとしたポイント制。
特典航空券引き換えに必要なポイント数は、区間・時期によって異なる(2012年3月15日現在で1,200~2,000ポイント)。
同一年度内搭乗回数に応じたボーナスポイントを設定。
ポイント有効期限は、ボーナスポイント等一部を除き最終搭乗日より2年間。即ち搭乗に応じて蓄積するポイントは2年以内に再度搭乗すれば消滅しない。
2012年3月15日以前は、航空券購入金額にかかわらず1回の搭乗につき1ポイントが付与され、My AIRDO会員は8ポイント、My AIRDO会員以外は同一人名義の搭乗券10枚を郵送することで、片道分の無料航空券(現在の特典航空券)引換証(90日間有効)と交換することが可能であった。従前のMy AIRDOポイントは1ポイント当たり、新制度の200ポイントに換算され引き継がれている。
三井住友VISAカードの提携カードであるAIRDOカードでMy AIRDOにログイン後に航空券を決済するとAIRDO VISAゴールドカードでは、航空券購入額120円につき1ポイント(+年1回のプレゼントポイントが200ポイント)、AIRDO VISAクラシックカードは航空券購入額150円につき1ポイント(+年1回のプレゼントポイントが100ポイント)獲得することができる。
2022年現在。全便がADO機材・乗務員を使用した、全日本空輸(ANA)との共同運航便。
東京/羽田 - 女満別、釧路、旭川、帯広、函館
函館 - 名古屋/中部
札幌/新千歳 - 山形(2011年4月18日 - 5月22日、東日本大震災による仙台空港被災に伴う臨時便)
札幌/新千歳 - 新潟(2009年4月1日 - 2015年3月28日、翌29日からANAが運航)
札幌/新千歳 - 福島、富山、小松(2009年11月1日 - 2015年3月28日、翌29日からANAが運航)
札幌/新千歳 - 広島(2015年10月1日 - 2017年10月28日、翌29日からANAが運航)
札幌/新千歳 - 岡山(2013年3月31日 - 2018年3月24日、翌25日からANAが運航)
とかち帯広 - 長崎(2012年11月)
釧路 - 静岡(2013年10月)
女満別 - 仙台(2013年11月)
札幌/新千歳 - 熊本(2015年9月)
とかち帯広 - 広島、神戸 - とかち帯広(2021年11月)
札幌/新千歳 - 台北/桃園(2014年11月下旬)
女満別 - 高雄(2015年11月)
釧路 - 高雄(2015年11月)
とかち帯広 - 台北/桃園(2020年2月)
普通運賃は、ANAやJALと比較して羽田 - 北海道路線で5,000 - 7,000円程度、新千歳 - 東北・北陸路線では1,000円程度安く設定されていることが多い。
往復、小児、片道運賃がある。
AIRDOスペシャル75・60・45・28・21
それぞれ75・60・45・28・21日前までに予約・購入が必要な事前購入割引運賃。従来の事前購入割引と異なり、空席予測数に連動して運賃レベルを1 - 5段階(レベルA~E)に分け、レベルEの方がより安価な運賃で利用できる(ただし、キャンセル料等の制限はレベルEの方が大きい)。販売席数は需要予測に応じて個別設定され、空席予測数が多い便ほどレベルEの席が多く提供されるが、予約受付開始後に席数が変動することはない。なお、2010年10月1日搭乗分より往復割引(往復の区間・レベルが異なる場合も可)も設定された。
DOバリュー3、DOバリュー1
それぞれ3日前、1日前までに予約・購入が必要な事前購入割引運賃。従来の事前購入割引と異なり、空席予測数に連動して運賃レベルを1 - 3段階(レベルA・B・C)に分け、レベルB, Cの方がより安価な運賃で利用できる(ただし、キャンセル料等の制限はレベルB, Cの方が大きい)。販売席数は需要予測に応じて個別設定され、空席予測数が多い便ほどレベルB, Cの席が多く提供されるが、予約受付開始後に席数が変動することはない。
(1) 北海道に在住、(2) 北海道に本籍を有する、(3) 勤務先の本社所在地が北海道のいずれかを満たせば利用できる。予約・購入時および搭乗手続きの際、「道民カード」またはMy AIRDO道民会員番号の提示が必要だが、配偶者およびの二親等以内の親族は、道民カード所持者と同一便の場合に限り提示なしで利用できる。当日予約やお盆等の繁忙期の利用も可能なことから、対象者にとっては普通運賃とほぼ同等の使い勝手で利用できる。代理店・Webサイトなどで道民割引で予約をし、フライト当日の搭乗手続きまでに道民カードまたはMy AIRDO道民会員を申し込むことでも利用でき、予約購入時に一定条件を満たせばANAの自動チェックイン機も使用可能である。 ※道民カード発行等の詳細は  等を参照。
往路が北海道内発、復路が北海道内着のケースの場合に適用される往復割引運賃。往路と復路で区間が異なる場合でも利用可能であり、道民割引対象外の者も利用可能である。
身体障がい者(第1種・第2種)と、戦傷病者手帳に「航空割引」の証明印が押印されている者、精神障がい者保健福祉手帳・療育手帳を所持する者が対象。第1種身体障がい者に同伴する介護人(同一便の場合)も利用可能。予約の際にその旨を申し出、購入時および搭乗手続きの際、前述の手帳の提示が必要。ANAの自動チェックイン機は使用できない。
2019年4月より、精神障がい者への割引が開始。また2019年4月以降は、療育手帳に「航空割引」印がなくても割引を受けられるようになった。
精神障がい者保健福祉手帳と療育手帳に写真が貼り付けされていない手帳では、割引は受けられない。
搭乗日当日に身体障がい者手帳の更新日(再認定日)と精神障がい者保健福祉手帳の有効期限が切れている場合には、割引は無効となる(搭乗券購入日ではない)。
搭乗予定日に満60歳以上の乗客が対象。購入時に、満年齢が60歳以上であることを証明できる公的証明書か、他航空会社発行のシルバーカードの提示が必要。2007年4月1日より対象年齢を65歳以上から60歳以上に引き下げ、名称を「DOシルバー」から変更した。
搭乗日に満65歳以上の乗客が対象。事前予約不可、当日空席がある場合のみ使用可能。DOシニア60と同様、満年齢が65歳以上であることを証明できる公的証明書か、他航空会社発行のシルバーカードの提示が必要。
事前予約不可、当日空席がある場合のみ利用可能なスカイメイト運賃。「満12歳以上26歳未満」という点が、22歳未満までの他社と異なる。また、ADOでは他社のようなスカイメイトカードは発行しておらず、生年月日が明記された公的証明書(運転免許証や学生証など)、他社発行のスカイメイトカードを提示することで利用可能である。
DOバリュー7、1
それぞれ7、1日前までに予約・購入が必要な特定便割引運賃で多客期にも設定されるものもある。過去には10日前、21日前まで予約・購入が必要な特定便割引運賃も設定されていた。2010年4月より、羽田路線の事前購入割引運賃は上記DOバリュー3に変更された。
学生向け割引。スカイメイトと異なり事前予約は可能だが、設定のない期間がある。スカイメイトよりは高い。学校教育法(昭和22年法律第26号)第一条の規定による幼稚園を除く小学校、中学校、高等学校、大学と、専修学校、各種学校等の学生および生徒、または国際学生証を持つ者が対象。購入時および搭乗手続きの際に学生証(生徒手帳含む)または国際学生証の提示、または在学証明書の提出が必要。ANAの自動チェックイン機は使用できない。2012年3月31日発券分を以って取扱終了。
1998年12月の就航以来、国土交通省運輸安全委員会(旧・航空・鉄道事故調査委員会)から重大インシデント以上に指定された事故・トラブルは一件も起こしていない。これを実現しているのは、同時期に就航開始した航空会社の中ではエアドゥだけである。そのほか、2006年8月には指定本邦航空運送事業者の指定を受け、2007年3月には航空法20条に基づく航空機整備に関する事業場の認定を受ける 等、安全に対して積極的に取り組む姿勢も窺える。なお、いずれの認定も新規航空会社の中で初めてである。また、新卒採用や副操縦士採用(大手会社の事業用操縦士・自家用操縦士募集コースに相当)を行い、将来の経営中枢を担う人材の育成にも積極的に取り組んでいる。
2007年4月:1998年の就航より長らく予備機材がなく、定期点検時に機材変更や運休が生じていたが、このとき定期整備を委託していた中華人民共和国の済南市の整備工場で重整備を行っていた機材が工程上のトラブルにより遅延し、ゴールデンウィーク中の機材繰りがつかず多数の欠航便が発生。これにより、欠航便の他社便への振り替え等で数千万円の損害が生じ、機材に余裕のない新規航空会社の苦難が散見された。しかしながら、2008年1月31日より予備機材を導入しこれを解消させ、以後は機材整備に伴う長期運休は発生していない。
2013年4月5日8時50分頃:羽田発釧路行ADO97便ボーイング737-500が襟裳岬南東約60kmの太平洋上約1万mを飛行中、エンジン2基中の左エンジン1基に燃料漏れの可能性を示す警告が表示されたために停止、9時20分頃に釧路空港に緊急着陸した。着陸後のチェックで電気配線の不具合であることが確認されている。
9月26日:ボーイング767-300型機1機とボーイング737-700型機2機で、定められた期限内に主翼整備を実施せず、担当者が整備管理システムにデータ入力する際、期限内に実施したかのように入力するなど整備関連で4件の問題が見つかり、同日付で国土交通省航空局より厳重注意処分を受けた。これを受けAIRDOは再発防止策を策定し、同年10月10日、国土交通省航空局に防止策が提出された。
12月19日、同年9月11日に羽田発新千歳空港行きADO11便で機長昇格訓練中の副操縦士が新千歳空港着陸の際に不適切な操縦を行ったにもかかわらず機長に昇格させたとして国土交通省から事業改善命令を受ける。
7月29日:全日本空輸(ANA)より導入したJA602Aボーイング767-300型機のラッピング機材｢ベア・ドゥ北海道JET｣で運航のADO15便(ANA4715便)が羽田空港を離陸するため、タキシングを行っている際に燃料計器にトラブルが発生、離陸せずに引き返し及び機材変更(JA601Aへ)となった。
8月5日:同日正午過ぎ、新千歳空港にて保安検査すり抜け事案が発生。当時国内線ターミナル保安制限エリア内にいた旅客約1,000名の再検査が必要となり、同空港で欠航や大幅な遅延が発生。
このトラブルの起因となった人物は女性で、保安検査場で搭乗券の端末確認でエラーが出た。当該人物に搭乗券確認の必要性を問われ、保安係員が対応協議のため持ち場を離れた隙に、無断で金属探知機を通らずに脇をすり抜けた。この人物は、札幌午後0時20分発羽田行きADO20便の航空券を購入していたが、保安検査場の警備会社からは、同便の出発までにADOへ連絡はなく、この人物は搭乗口の係員に「搭乗券をなくした」と話していた。ADOのマニュアルでは、搭乗直前にチケットの紛失が発覚した場合、本人確認だけすればよい規定であり、購入履歴や本人確認が取れたため、同便への搭乗を許可し、午後0時28分に札幌を出発。羽田には定刻より3分早い午後1時57分に到着した。ADOによると、この段階でも警備会社から同社に連絡はなく、この女性は拘束されることは無く、事情も問われなかった。ADOはその後、搭乗券の購入記録などから女性を特定したが、同社では8月6日時点で警察が事件性はないとしているため、この女性の今後の利用を拒否する決定には至っていないという。女性の氏名については個人情報として公表していない。その後、女性は電話での聞き取りに対し「出発時間が迫っていて焦ってしまった。どう保安制限エリア内に入ったかは覚えていない」などと話しているという。
10月31日:乗員繰りの都合により2017年11月の期間中、新千歳-羽田、仙台線で17往復計34便で運休すると発表。同社によると、8月と10月に737の機長が自己都合で合わせて2人退職したこと、4機ある767のうち1機が重整備のため11月に運航から離脱することで、737の稼働が高まることが要因である。737の機長は現在37人だが、本来は40人程度必要であり、10月28日の札幌-広島線からの撤退も乗員繰りが理由の一つであるという。
11月16日:2018年2月の新千歳-羽田において、13往復計26便を乗員繰りの都合により運休すると発表。同社によると、運休理由は11月と同じ機長不足で、4機ある767のうち1機が重整備のため2月も運航から離脱することで、737の稼働が高まることが要因。11月と2月の運休便を除き、3月24日までの冬ダイヤ期間は、年末年始を含めて計画通りの運航を予定している。一方、3月25日からの夏ダイヤへの影響については、1月の運航スケジュール発表までに対応を決めるとしており、現時点では運休や減便などの影響が生じるかは未定だという。
5月21日の羽田-新千歳便で、羽田空港の滑走路へ移動中証明書を忘れていることを別の社員が発見。駐機場に引き返した後、機長を交代して出発し約1時間半遅れで到着した。航空法で携帯が義務づけられている技能証明書と航空身体検査証明書を羽田空港内の事務所に置き忘れたまま、羽田―新千歳間の往復2便を飛行していた。