後白河天皇
滋子の死去によって、後白河院と平氏の関係は悪化の兆しを見せ始める。10月23日、四条隆房が後白河院の第九皇子(後の道法法親王)を抱えて参内、11月2日には平時忠も第十皇子(後の承仁法親王)を連れて参内し、2人とも高倉帝の猶子となった。九条兼実は「儲弐(皇太子)たるべきの器か」(『玉葉』10月29日条)と憶測しているが、これは後白河院による高倉帝退位工作の一環と考えられる。成人天皇の退位自体は白河・鳥羽院政期にもあったことで珍しくはなかったが、平氏にとって徳子に皇子が生まれる前の退位は絶対に認められるものではなかった。2人の皇子が高倉帝の猶子となったのは、後白河院と平氏の対立を回避するための妥協策と思われるが、これは問題の先延ばしに過ぎず、両者の対立は徐々に深まっていく。
12月5日に除目が行われ、院近臣の藤原成範・平頼盛が権中納言となる。空席となった参議には蔵人頭の西園寺実宗・藤原長方が昇任したため、後任の蔵人頭の人事が焦点となった。ここで後白河院は、院近臣の藤原定能・藤原光能を押し込んだ。定能は道綱流、光能は御子左家の出身で長く公卿を出していない家系であり、位階上臈の藤原雅長・平知盛を超えたことについて、九条兼実は「希代」と評している(『玉葉』同日条)。一方、安元3年(1177年)正月14日には平氏による巻き返しがあり、平重盛・宗盛がそれぞれ左大将・右大将となり、両大将を平氏が独占した。ただし宗盛は滋子の猶子で、後白河院との関係は良好だった。2月3日の宗盛の拝賀には殿上人・蔵人を前駆として遣わしている。3月14日には福原に御幸、千僧供養に参加して滋子の菩提を弔った。
平氏との関係は修復されたかに見えたが、ここで新たな要素として延暦寺が登場する。加賀国目代・藤原師経が白山の末寺を焼いたことが発端で、当初は目代と現地の寺社によるありふれた紛争にすぎなかったが、白山の本寺が延暦寺であり、師経とその兄である加賀守・藤原師高の父が院近臣の西光だったため、中央に波及して延暦寺と院勢力との全面衝突に発展した。3月28日、後白河院は師経を備後国に配流するが、延暦寺の大衆はあくまで師高の配流を求め、4月13日に神輿を奉じて内裏に向かった。後白河院は大衆の行動を「大衆已に謀叛を致す」(『玉葉』4月14日条)、「訴訟にあらず。已に謀叛の儀に同じ」(『玉葉』4月17日条)と断じて、平重盛に防御を命じる。ところが重盛の軍兵が神輿に矢を当てるという失態を犯したため、情勢は一挙に不利となった。14日、高倉帝と徳子は内裏から法住寺殿に脱出するが、その様子は「禁中の周章、上下男女の奔波、偏に内裏炎上の時の如し」(『玉葉』同日条)であったという。
院御所議定では、内侍所(神鏡)も法住寺殿に移すべきか議論されたが「内侍所が洛外に出た例はない」と反対意見が出たため沙汰止みとなった。後白河院は内侍所の守護を平経盛に命じるが、経盛は「左右は入道の許しにあり」と取り合わず、宗盛も「経盛は一所(天皇)に候すべきの由、入道申す所なり」と弁護したため、やむなく源頼政を内裏に派遣した(『玉葉』19日条)。後白河院は神輿を射た責任を認め、20日、藤原師高の尾張国への配流、神輿を射た平重盛家人の禁獄の宣旨が下された。
4月28日、安元の大火が起こり、大内裏・京中の多くを焼き尽くした。5月4日、後白河院は天台座主・明雲を逮捕し、5月5日には座主の地位から解任する。5月11日になると、嘉応の強訴と今回の事件は明雲が首謀者であり、「朝家の愁敵」「叡山の悪魔」と糾弾して法家に罪名を勘申させるとともに、所領を全て没収する(『玉葉』同日条)。後任の天台座主には覚快法親王を任じた。この措置に対して延暦寺が蜂起するという情報が流れ、「洛中驚目、偏に軍陣の如し」と緊迫した情勢となる(『百錬抄』5月13日条)。事態の急転の背景には、藤原師高の配流を嘆く西光の讒言があったとされる。
15日、延暦寺の僧綱が法住寺殿に参上して、座主配流の例はないことを理由に宥免を訴えるが、後白河院は拒絶する。法家が、謀叛の罪により罪一等を減じて流罪と勘申したのを受けて、20日、明雲罪名について公卿議定が開かれた。藤原長方は「衆徒訴訟により参陣を企て相禦るる間、自然合戦に及ぶ。偏に謀叛と謂ふべからず」として還俗・流罪の宥免を主張し、他の公卿も同調した(『玉葉』同日条)。しかし後白河院は議定の決定を「時議に叶はず」と一蹴して、21日に明雲を伊豆国に配流した(『百錬抄』同日条、『玉葉』22日条)。
23日、大衆は配流途上の明雲の身柄を奪還する。後白河は伊豆国知行国主で配流の責任者だった源頼政を譴責し、延暦寺武力攻撃の決意を固める。ところが兵を率いる平重盛・宗盛が「清盛の指示がなければ動かない」と出動を拒否したため、業を煮やした後白河院は、福原から清盛を呼び出して攻撃を要請する。28日の会談で清盛は出兵を承諾するが、内心は悦ばなかったという。29日、武器を携帯して京中を往来する輩の捕縛、諸国司への延暦寺の末寺・荘園の注進、近江・越前・美濃の国内武士の動員が行われた(『玉葉』29日条)。承安3年(1173年)の興福寺の時と同様に、延暦寺領荘園の停廃を意図していたと見られる。
しかし、6月1日に多田行綱が、西光や藤原成親らが行綱を誘い平氏打倒の謀議を企んでいたことを清盛に密告したことで状況は激変する。延暦寺攻撃は中止、西光は捕らえられて斬首、藤原成親は配流、他の院近臣は一網打尽にされた(鹿ケ谷の陰謀)。5日には明雲が召還され、9日には藤原師高が清盛の家人の襲撃を受けて惨殺される。この事件により後白河院は有力な近臣を失い、政治的地位の低下を余儀なくされる。7月29日、天下の物騒は保元の乱の怨霊によるものとされ、鎮魂のために讃岐院の院号を崇徳院に改め、藤原頼長には太政大臣正一位が贈られた(『百錬抄』『玉葉』同日条)。
鹿ケ谷の陰謀により、高倉帝退位工作と延暦寺攻撃は吹き飛んだ。失意の後白河院にさらなる追い討ちとなったのが、滋子の一周忌における法華八講の挙行を巡る紛糾である。高倉帝は閑院を里内裏としていたが、清盛の意向で八条殿に行幸していた。後白河院は閑院に戻って法華八講を行うことを命じるが、兼実邸を訪れた日野兼光は「無断で閑院に戻ると清盛が内心どう思うか分からない。八条殿で挙行しても問題はない」と語り、決定は先延ばしにされた(『玉葉』安元3年6月21日条)。後白河院は妻の冥福を祈る仏事の場所すら自由に決められなくなっていた。
後白河院の政治力低下に反比例するように、17歳となった高倉帝が政治的自立の傾向を見せ始める。「今度の除書一向に内の御沙汰たるべし。院知ろし食すべからざるの由これを申さると云々」(『玉葉』治承元年11月15日条)と後白河院が全く政務に関与しないこともあった。もっとも弱体化したとはいえ院政も継続していたため、かつての二条天皇の時と同じく二頭政治となった。
治承2年(1178年)正月、後白河院は園城寺で権僧正・公顕から伝法灌頂を受けることを計画するが、灌頂の賞により園城寺に戒壇が設立されることを恐れる延暦寺は、末寺荘園の兵士を動員して蜂起、園城寺を焼き払う構えを見せる(『玉葉』『山槐記』正月20日条)。後白河院は僧綱を派遣して延暦寺を譴責するとともに、平宗盛を福原に向かわせて清盛を呼び出す。しかし清盛は呼び出しに応じず、後白河院は園城寺御幸と灌頂を断念せざるを得なかった(『山槐記』正月25日条、『百錬抄』2月1日条、『玉葉』2月5日条)。この事件は大きな遺恨となり、5月になると後白河院は報復措置として最勝講への延暦寺僧の公請を停止する(『玉葉』『山槐記』5月16日条)。延暦寺との衝突を望まない高倉帝から再三のとりなしがあったが、後白河院は灌頂を阻止した罪科によるとして耳を貸さなかった。
このように院政と親政の並立は困難で、二頭政治は早くも行き詰まる。歴代の治天の君は幼帝を擁立することで二重権力となることを回避していたが、平氏の支援を受けている高倉帝を退位させることは、後白河院にはもはや不可能だった。平氏の意図は高倉帝親政に速やかに移行することで、後白河院を政界から引退させることにあったと推測される。
5月24日、平時忠が高倉帝に徳子の懐妊を伝える(『山槐記』同日条)。後継者の不在が高倉帝の弱みだっただけに皇子誕生の期待が高まり、朝廷は出産のための祈祷に明け暮れた。後白河院も徳子を養女としていたことから、平氏へのわだかまりをひとまず解いて安産祈願に参加し、11月12日、高倉帝の第1皇子が無事に誕生する。清盛からの立太子の要請を受けて、後白河院は九条兼実に年内の立太子の是非を諮問した。兼実は「2歳・3歳で立太子の例は良くなく、4歳まで待つのは遅い」と奏上し、年内の立太子が決定される(『玉葉』11月28日条)。12月9日、皇子に親王宣旨が下り「言仁」と命名、15日に立太子するが、立太子の儀式は六波羅で挙行され、春宮坊は平氏一門で固められた。皇太子周辺から排除される形となった後白河院は、再び平氏への不満と警戒を強めることになる。それでも治承3年(1179年)3月の段階では、後白河院が厳島巫女内侍の舞を見るため清盛の西八条邸に御幸、翌日にも院御所・七条殿で同じ舞が行われるなど両者の交流は辛うじて保たれていた(『山槐記』3月17日、18日条)。
6月21日、後白河院は小松殿に御幸し、重病の平重盛を見舞った(『山槐記』同日条)。重盛は平氏一門では親院政派であり、清盛との対立を抑える最後の歯止めだった。それに先立つ17日、清盛の娘の白河殿盛子が死去している。盛子の死による摂関家領の帰属問題は、後白河院と清盛の全面衝突を惹起することになる。
前関白・近衛基実没後の摂関家領は後家の盛子が管理していたが、これはあくまで嫡男の基通が成人するまでの一時的なものだった。盛子の早すぎる死は、基通への継承という清盛の既定路線を大きく狂わせることになる。この時点で非参議右中将に過ぎない基通が、関白氏長者の松殿基房を差し置いて遺領を全て相続することには無理があった。そこで平氏の打った方策が、盛子が准母となっていた高倉天皇への伝領である。盛子が死去してわずか2日後の19日には、平時忠が中山忠親に「荘園一向に主上に附属し奉られ了はんぬ」と通告し(『山槐記』同日条)、20日には九条兼実も「白川殿の所領已下の事、皆悉く内の御沙汰あるべし」という情報を入手している(『玉葉』同日条)。この措置は、基通が成長して関白氏長者になるまでの時間稼ぎと見られる。
この措置に不満を募らせた松殿基房は、氏長者として遺領相続の権利があることを後白河院に訴える。『愚管抄』には「白川殿ウセテ一ノ所ノ家領文書ノ事ナド松殿申サルル旨アリ。院モヤウヤウ御沙汰ドモアリケリ」とあり、基房の訴えを聞いた後白河院が遺領問題に介入したとする。やがて「内の御沙汰」となったはずの盛子遺領は、院近臣・藤原兼盛が白河殿倉預に任じられて後白河院の管理下に入った。これは高倉天皇領に対して、皇統の長の権限を行使したものと考えられる。この時期、在位中の天皇の所領管理は後院が行っており、皇統の長である治天の君が後院を掌握していた。
後白河院・松殿基房と清盛の対立は、10月9日の除目で決定的なものとなる。仁安元年(1166年)以来の平重盛の知行国・越前が「入道ニモトカクノ仰セモナク」(『愚管抄』)没収されて院分国となるが、それにも増して衝撃だったのが清盛の推挙する20歳の近衛基通を無視して、基房の子でわずか8歳の松殿師家が権中納言に任じられたことである。この人事は師家がいずれ氏長者となり、後白河院の管理下に入った摂関家領を継承することを意味した。この強引な措置は、摂関家出身の九条兼実でさえも「法皇の過怠」「博陸の罪科」であり国政を乱すものと批判している(『玉葉』11月15日条)。さらに後白河院と基房が平家党類を滅ぼす密謀を練っているという情報も流れた(『百錬抄』11月15日条)。
これに対して清盛は、11月14日に政変を起こす(治承三年の政変)。松殿基房・師家父子はただちに罷免されるが、これは天皇の公式命令である宣命・詔書によって執行された。院政は天皇の後見であることを権力の源泉としていたため、天皇の側が独自の支持勢力を背景に攻撃を仕掛けてくると抵抗できないという構造的な弱点を抱えていた。清盛の強硬姿勢に驚いた後白河院は静賢を派遣して「自今以後、万機に御口入有るべからざる(今後二度と政務に介入しない)」(『百錬抄』11月15日条)ことを申し入れるが、20日、住み慣れた法住寺殿から洛南の鳥羽殿に連行されて幽閉の身となった。ここに後白河院政は完全に停止された。
後白河院は鳥羽殿で厳しい監視下に置かれ、藤原成範・脩範・静賢(いずれも信西の子)や女房2・3人以外の御所への出入りは禁じられた。幽閉の11月21日、清盛は院庁年預・中原宗家に院領目録を書き出させ、12月には後院庁が設置される(『百錬抄』)。これらは後白河院から院領を没収して、高倉天皇領に組み込むために必要な措置だった。治承4年(1180年)2月21日に高倉帝は譲位、後院庁の院司(藤原隆季・吉田経房・藤原長方)はそのまま高倉院庁別当に異動して、高倉院政が発足する。幽閉生活の後白河院は正月下旬より病気で憔悴状態となり、平宗盛の許可を得て診察に赴いた典薬頭・和気定成に「もう一度、熊野詣に行きたい」と涙ながらに訴えたという(『山槐記』2月27日条)。
3月になると高倉上皇は清盛の強い要請により、厳島神社への参詣を計画する。しかし上皇の最初の参詣は、石清水八幡宮・賀茂社・春日社・日吉社のいずれかで行うことが慣例だったため、宗教的地位の低下を恐れる延暦寺・園城寺・興福寺は猛然と反発した。三寺の大衆が連合して高倉院・後白河院の身柄を奪取する企てが密かに進行していたが、後白河院が平宗盛に大衆の動きを伝えたことで露顕する(『玉葉』『山槐記』3月17日条)。宗盛は平通盛・平経正を鳥羽殿に、平知盛を高倉の御所に派遣して警護を厳しくすると、福原の清盛に今後の指示を仰いだ。清盛は後白河院の協力的姿勢に幾分態度を軟化させたらしく、女房2人(京極局・丹後局)の伺候を認めた(『山槐記』3月17日条)。洛南の鳥羽殿は洛中から遠く警備に不安があったため、後白河院を五条大宮の藤原為行邸に遷すことになったが、宗盛が「日次(ひなみ)よろしからず」と判断して延引となった(『玉葉』3月19日条)。
5月10日、清盛が上洛して武士が洛中に充満する。14日、後白河院が武士300騎の警護により八条坊門烏丸邸に遷った(『百錬抄』は藤原俊盛邸、『玉葉』は藤原季能邸とする)。これらの動きは以仁王の謀叛が発覚したことによるものだった。以仁王の挙兵は短期間で鎮圧されるが、その背後には暲子内親王(八条院)の存在があり、後白河院と密接な関係にある園城寺、関白配流に反発する興福寺が与同したことは、成立したばかりの高倉院政にとって大きな脅威となった。6月2日、清盛は敵対勢力に囲まれて地勢的に不利な京都を放棄し、平氏の本拠地の福原への行幸を強行する。後白河院は強制的に同行させられ、福原の平教盛邸に入った。
福原での新都建設は準備不足のため難航し、貴族だけでなく平氏一門・高倉上皇・延暦寺からも反対の声が上がった。そして10月の富士川の戦いの大敗で軍事情勢が極度に悪化したことから、清盛も還都に同意せざるを得なくなる。11月23日に福原を出発した一行は、26日に京都に到着、後白河院は六波羅泉殿に入った(『山槐記』同日条)。30日、東国逆乱についての公卿議定が開かれるが、その席上で藤原長方が後白河院政再開と松殿基房の召還を主張する(『山槐記』同日条)。この発言は「長方卿善言を吐く」(『百錬抄』11月30日条)、「時勢に諛はず、直言を吐く」(『玉葉』12月3日条)と貴族から広範な支持を集めたらしい。その効果によるものか、16日夜に基房が配流先の備前国から帰京し、18日には清盛が「法皇天下の政を知し食すべき由」を後白河院に再三申し入れる。後白河院は当初辞退していたが最後には承諾して、讃岐・美濃を院分国とすることも決まった(『玉葉』12月18日条)。
この時期、高倉上皇の病状が「今においては起き揚り給ふ能はず」(『玉葉』12月21日条)というほど悪化していたことが、清盛が譲歩した要因の一つとして考えられる。高倉院が崩御すれば幼児の安徳天皇が政務を執れない以上、後白河院の院政再開しか道は残されていなかった。清盛は後白河院の院政を無条件で認めるつもりはなく、園城寺・興福寺を焼き払う(近江攻防・南都焼討)とともに、治承5年(1181年)には東大寺・興福寺の僧綱以下の任を解いて寺領荘園を没収(『百錬抄』正月4日条)、院近臣の平知康・大江公朝、甲斐源氏の武田有義などの危険分子を解官するなど(『玉葉』正月8日条)、可能な限り後白河院の勢力基盤削減を図った。
正月12日には高倉上皇が危篤状態となるが、ここで高倉院崩御後に中宮・徳子を法皇の後宮に納めるという破天荒な案が飛び出し、清盛・時子夫妻が承諾したという情報が流れ、見舞いに駆けつけた九条兼実は「およそ言語の及ぶ所にあらざるものなり」と呆然とした(『玉葉』正月13日条)。後白河院は、この平氏の策謀に辟易としたらしく「平に以て辞退」する。徳子の身代わりとして、清盛の別の娘の御子姫君が法皇の猶子として後宮に入るが、「ただ付女の如くなり」と全く省みられることはなかった(『玉葉』正月30日条)。
14日に高倉上皇が崩御したため、「天下万機、法皇元の如く聞し食す」ことになり後白河院の院政が再開される(『百錬抄』正月17日条)。高倉院の崩御で平氏の動きは慌しくなり、16日、高倉院の遺詔により畿内惣官職が設置される。これにより平氏は、後白河院政下で軍事的権限を行使することができるようになった。さらに2月4日には、高松院領がやはり高倉院の遺言により中宮・徳子に伝領される。これは高倉院庁別当・中宮大夫の平時忠が強引に処理したもので、後白河院は内心喜ばなかったという(『玉葉』同日条)。院政再開により治承三年の政変で後白河院から没収した院領は返還しなければならず、皇位に付随する後院領が後白河院の管理下に入ることは目に見えていた。徳子への伝領は、王家領が後白河院に流出することを食い止めるための防衛策であったと考えられる。
2月7日、丹波国に諸荘園総下司職が設置され、翌閏2月に関東への追討使として平宗盛が自ら出馬して「一族の武士、大略下向」することが決まり(『玉葉』2月26日条)、反撃の準備が整えられていった。しかし、清盛の病が「十の九はその憑み無し」という状況となり、派兵は延期となる(『玉葉』閏2月1日条)。閏2月4日、清盛は後白河院に「愚僧早世の後、万事は宗盛に仰せつけ了はんぬ。毎事仰せ合せ、計らひ行はるべきなり」と申し入れる。しかし後白河が明確な返答を避けたため、清盛は怨みを含む色を見せ「天下の事、偏に前幕下の最なり。異論あるべからず」と言い残して死去した(『玉葉』閏2月5日条)。
この夜、後白河院の宮に武士が群集しているという風聞があり、人々は後白河院が平宗盛に変異の心を抱いたのではないかと憶測した。『平家物語』「築島」には、六波羅の南(法住寺殿)から2、30人の「うれしや水、なるは滝の水」 と舞い踊り、どっと笑う声が聞こえたという話が記されている。『百錬抄』閏2月4日条にも「八日葬礼。車を寄するの間、東方に今様乱舞の声〈三十人許りの声〉有り。人をもってこれを見せしむ。最勝光院の中に聞ゆ」とある。後白河院は2月2日に最勝光院に遷っているので(『玉葉』同日条)、今様乱舞の中にいたことはまず間違いない。後白河院にとって清盛の死は、絶えず存在した重圧からの解放だった。
清盛の死後、平宗盛は「故入道の所行等、愚意に叶わざるの事等ありと雖も、諫争する能はず。只彼の命を守りて罷り過ぐる所なり。今に於いては、万事偏に院宣の趣を以て存じ行うべく候」(『玉葉』閏2月6日条)と表明して、後白河院に恭順する姿勢を示した。宗盛の発言を受けて、後白河院は公卿議定を開いて追討の中断を決定する。静賢が宗盛に議定の決定を伝えると、宗盛は追討使として平重衡を下向させることを理由に、追討のための院庁下文を発給することを要求した。静賢が「それでは話が違う」と抗議すると、宗盛は「頼盛・教盛等の卿を招き相議し、重ねて申さしむべし」と返答した(『玉葉』閏2月7日条)。
親平氏派の四条隆季・中山忠親は、平宗盛の意向に沿った院庁下文の草案を作成する(『玉葉』閏2月9日条)。後白河院は草案を見て「全く拠る所がなく、然るべからざる内容だ」と反発したが、結局は宗盛の圧力に屈して追討の院庁下文を発給することになった。このように軍事問題に関しては平氏が主導権を握り、後白河院の意向が反映されることはなかった。後白河院は東国追討について融和策を考えていたらしく、源頼朝からの密奏を受けて宗盛に和平を打診する。和平案の内容は「古昔の如く、源氏平氏相並び、召し使ふべきなり」と平氏の立場にも配慮したものだったが、宗盛の拒絶により調停は失敗に終わる(『玉葉』8月1日条)。
この時期の後白河院は平氏の圧力に対抗するため、八条院と緊密な連携を取っていた。さらに、4月10日に安徳天皇を八条頼盛邸から閑院に遷し(『吉記』)、11月25日に徳子が院号宣下を受けると殿上人を自ら清撰している(『明月記』12月1日条)。天皇と母后を平氏から引き離す狙いがあったと見られる。養和2年(1182年)3月には、藤原定能・藤原光能・高階泰経が還任して「去る治承三年解官の人々。去る冬今春の除目、過半還補」(『玉葉』3月9日条)となる。壊滅状態だった院政派が息を吹き返したことで、平氏は後白河院の動きに警戒心を強めていく。4月15日、後白河院が比叡山に御幸した時には、大衆が不穏な動きをしているという噂が流れ、平重衡が兵を率いて出動する騒ぎとなった(『百錬抄』『玉葉』)。
ただし、九条兼実に代表される貴族層は日和見的態度を取ったため、後白河院も一挙に主導権を握ることはできなかった。後白河院は平氏に協力的な姿勢を示し、諸国荘園に院宣を下して兵粮米を徴収する(『吉記』3月17日条、26日条)。しかし養和の飢饉の影響で徴収は思うように進まず、吉田経房は「万民の愁い、一天の費え、ただこの事にあるか」と慨嘆している。
8月14日、後白河院は第一皇女の亮子内親王を新たに安徳天皇の准母として送り込み皇后とする(『吉記』『玉葉』)。安徳天皇の准母には、それまでは清盛の後押しで近衛通子(基実の娘)が選ばれていた。准母は禁中に伺候し、行幸の際は幼帝と同輿するなど重要な機能を有していたため、政治の主導権を奪還するために必要な措置だったと推測される。9月には大嘗会の準備のため、院宣により追討が停止された(『吉記』9月14日条)。
寿永2年(1183年)2月21日、安徳天皇は初めて後白河院への朝覲行幸を行う(『百錬抄』『玉葉』『吉記』)。後白河院は逆修(生前に死後の冥福を祈る仏事)と日程が重なることから延期を希望していたが、平宗盛の強い要望で予定通りに執り行われた。宗盛は3月に追討使を発向させる準備を進めていたため、日程を変更する余裕はなかった。追討使の発向は遅れ、4月9日にようやく北陸征討が伊勢神宮以下16社に祈願され(『玉葉』)、4月17日、平維盛を総大将とする10万騎といわれる大軍が北陸道に下向する(『百錬抄』)。しかし、平氏が総力を結集して送り込んだ追討軍は5月11日の倶利伽羅峠の戦い(『玉葉』5月16日条)と、6月1日の篠原の戦いで壊滅し、これまで維持されてきた軍事均衡は完全に崩壊した。7月22日には延暦寺の僧綱が下山して、木曾義仲軍が東塔惣持院に城郭を構えたことを明らかにした(『吉記』)。
24日、安徳帝は法住寺殿に行幸するが、すでに「遷都有るべきの気出来」(『吉記』7月24日条)という噂が流れており、平氏が後白河院・安徳帝を擁して西国に退去する方針は決定していたと思われる。夜になると後白河院は平宗盛に御書を送り、「若し火急に及ばば何様に存じ御しまさしむべきか。期に臨んで定めて周章せしめんか。其の仔細を申さるべし」と探りを入れた。宗盛の「左右無く参入、御所に候ふべし」という返事を聞いて都落ちの意図を察知すると、25日未明、源資時・平知康だけを連れて輿に乗り法住寺殿を脱出、鞍馬路・横川を経て比叡山に登り、東塔円融坊に着御した(『吉記』7月25日条)。後白河院の脱出を知った宗盛は六波羅に火を放ち、安徳帝・建礼門院・近衛基通・平氏一族を引き連れて周章駆け出した。
26日には公卿・殿上人が続々と後白河院の下に集まり、円融坊はさながら院御所の様相を呈した。27日、後白河院は錦部冠者(山本義経の子)と悪僧・珍慶を前駆として下山し、蓮華王院に入る。28日、公卿議定が開かれ、平氏追討・安徳天皇の帰京・神器の返還が議論された。中山忠親・藤原長方は追討よりも神器の返還を優先すべきと主張するが、木曾義仲・源行家軍が都を占拠しており、天皇・神器の回復の目処も立たないことから、「前内大臣が幼主を具し奉り、神鏡剣璽を持ち去った」として平氏追討宣旨を下す(『百錬抄』『玉葉』『吉記』)。ここに平氏は賊軍に転落し、義仲・行家軍が官軍として京都を守護することになった。
7月28日、後白河院は木曾義仲・源行家に平氏追討宣旨を下すと同時に、院庁庁官・中原康定を関東に派遣した。後白河院にとって平氏が安徳帝を連れて逃げていったのは不幸中の幸いであり、8月6日に平氏一門・党類200余人を解官すると(『百錬抄』同日条、『玉葉』8月9日条)、16日には天皇不在の中で院殿上除目を強行して、平氏の占めていた官職・受領のポストに次々と院近臣を送り込んだ。院殿上除目に反対していた九条兼実は「異議なし」と屈服し、「任人の体、殆ど物狂と謂ふべし。悲しむべし悲しむべし」(『玉葉』8月16日条)と憤慨している。
後白河院は平時忠ら堂上平氏の官職は解かずに天皇・神器の返還を求めたが、交渉は不調に終わる(『玉葉』8月12日条)。やむを得ず、都に残っている高倉院の皇子2人の中から新天皇を擁立することに決めるが、ここで木曾義仲が突如として以仁王の子の北陸宮の即位を主張する。九条兼実が「王者の沙汰に至りては、人臣の最にあらず」(『玉葉』8月14日条)と言うように、この介入は治天の君の権限の侵犯だった。義仲の異議を抑えるために御卜が行われ、20日、四宮(尊成親王、後の後鳥羽天皇)が践祚する。後白河院は義仲の傲慢な態度に憤っていたと思われるが、平氏追討のためには義仲の武力に頼らざるを得ず、義仲に平家没官領140余箇所を与えた(『平家物語』)。
木曾義仲に期待された役割は、平氏追討よりもむしろ京中の治安回復だったが、9月になると略奪が横行する。たまりかねた後白河院は19日に義仲を呼び出し、「天下静ならず。又平氏放逸、毎事不便なり」(『玉葉』9月21日条)と責めた。義仲がすぐに平氏追討に向かうことを奏上したため、後白河院は自ら剣を与え出陣させている。
木曾義仲の出陣と入れ替わるように、関東に派遣されていた使者・中原康定が帰京する。康定が伝えた頼朝の申状は、「平家横領の神社仏寺領の本社への返還」「平家横領の院宮諸家領の本主への返還」「降伏者は斬罪にしない」というもので、「一々の申状、義仲等に斉しからず」(『玉葉』10月2日条)と朝廷を大いに喜ばせるものであった。10月9日、後白河院は頼朝を本位に復して赦免、14日には寿永二年十月宣旨を下して、東海・東山両道諸国の事実上の支配権を与える(『百錬抄』)。ただし、後白河院は北陸道を宣旨の対象地域から除き、上野・信濃も義仲の勢力圏と認めて、頼朝に義仲との和平を命じた(『玉葉』10月23日条)。高階泰経が「頼朝は恐るべしと雖も遠境にあり。義仲は当時京にあり」(『玉葉』閏10月13日条)と語るように、京都が義仲の軍事制圧下にある状況で義仲の功績を全て否定することは不可能だったが、頼朝はあくまで義仲の排除を要求した。
後白河院と頼朝の交渉が容易に妥結しない中、閏10月15日に木曾義仲が帰京する。人々の動揺は大きく「院中の男女、上下周章極み無し。恰も戦場に交るが如し」(『玉葉』閏10月14日条)であったという。20日、義仲は頼朝の上洛を促したこと、頼朝に宣旨を下したことを「生涯の遺恨」と抗議し(『玉葉』同日条)、頼朝追討の宣旨ないし御教書の発給(『玉葉』閏10月21日条)、志田義広の平氏追討使への起用を要求するが、後白河院は拒絶した。