鳥羽・伏見の戦い
御所で将軍の藩屏をしていた京都守護職の会津藩や桑名藩の侍らの間では、長州進発兵をただちに武力排除する論が盛んだったが、慶喜ははじめ、「朝廷への嘆願」が目的と称し入京する者をみだりに武力行使するのは不可能だと固く制止していた。しかし日を経るに従って形勢が切迫してくると、7月18日御所から慶喜へすぐ参内するよう二条城に通達があった。9時ころ慶喜が衣冠し騎馬で3人ほどの従者と共に馳せいでると、途中ですでに軍備をしている兵士に会う事がしばしばあり、暴発が起きたのかと危惧しながら朝廷へ着いた。関白・鷹司輔煕以下の重臣が慶喜へ長州藩からの内密の上申書(密疏)を示すと、文章が長く全てを読み下す暇はなかったが末尾に「会津藩に天誅を加える」との字がみられたので、この一句をみれば足りる、と慶喜はただちに座を立ち、会津藩・桑名藩ら諸藩へ命令を下し、御所警備の兵隊を出した。19日午前4時頃、伏見で砲声がきこえると攻める長州藩兵と守る大垣藩兵とが開戦すると、慶喜は菊亭家に入って衣冠を小具足に改め、御所周囲を巡検した。下舘立売御門あたりで鉄砲で狙撃した者がいたため、慶喜はやむをえず御台所口から御所内へ引き入ったところ、公卿らが衣冠の上にたすきをかけ東奔西走し、甲冑をつけ抜き身の槍や刀などを携えた警備兵らが左右に徘徊しており、禁中の騒動はすでにただごとではなかった。慶喜はこの様に乱れていては仕方がないと一旦兵士らを御所内から追い出し、新たに部署を定め再配置した。そのとき孝明天皇は早くも慶喜が銃撃されたと聞くと酷く心を痛め、慶喜へ勅諚を与えた。慶喜はご覧のとおり無事な旨を申し上げ、ふたたび戦線にもどった。慶喜が御所の塀の外で指揮していると、急いでくるよう御所の中からしらせがあり、とりあえずもどってみると鷹司家に潜伏している長州藩兵が塀越しに打ち出す銃丸が「カツカツ」と時たま紫宸殿の高御座の軒端にあたっており、天皇の身に危険が迫っているのはいうまでもなく明らかだった。このとき長州加担派の公卿・裏松恭光をはじめとする堂上らが、しきりに長州兵と和睦すべきだと主張し、「万一玉体(天皇の体)にご異変があれば、禁裏御守衛総督たる職掌も立つまいに」などといった。慶喜は時勢が移れば長州への入京許可も朝廷から直接でるかもしれないものの、いまは一大事で、現実の天皇を守るに一刻の猶予もないと判断し、必死の覚悟を決めると心中で断然とその意見を退け、「玉体のご安全は確かにお請け合い申し上げます」と述べると、取り急ぎ裏松ら公卿の前を去って戦線にもどった。ちょうど正午ごろだったが、慶喜は戦線へもどるとすぐ会津藩・桑名藩兵と大砲方へ命じ鷹司家に火を放たせたため、ここに潜んで紫宸殿を正面から砲撃していた長州藩兵は死に絶えたり逃れたりしたりし、天皇へすぐそこまで迫った直接の危険をようやく除き得た。その後、慶喜は承明門を陣所に定め御所を警備していたが、20日午後3時ころ幕臣・糟屋義明が「支配向探索方(密偵)が十津川郷士一味の秘密会議を聴いたところ、今夜、鳳輦(ほうれん、天皇の行幸用の晴れの御輿)を奪って天皇を誘拐しようとする企てがあります」と慶喜へ秘密報告をした。同時にどこからか「十津川郷士らはすでに御所の中に入りこんでいます」と報告した者がいたので、慶喜は大変驚き、筑後守から会津・桑名両藩へ内々にしらせ、ひそかに衛兵を天皇のいる常御殿の塀外へおくりこんだ。慶喜はまた関白・鷹司輔煕へも十津川郷士勢の天皇誘拐計画を伝えておいた。夜が更け、慶喜が警備で御所に入ってみると天皇はまだ常御殿にいたが、その縁側にはすでに麻の裃を着た者数十人が入り込み、天皇誘拐用の1つの御輿を担ぎだし、御輿のそばでひざまづいていた。このため慶喜は急いで天皇へ事態を上奏すると紫宸殿へ移動してもらい、また会津・桑名藩兵を御庭内に繰りこませると、郷士らは誘拐に失敗したとみて御輿をかつぎ逃げ去った。あとから慶喜がきくところでは、御所の裏門の鍵がねじ切られており、そこから侵入されたように考えられ、また宮中にも彼らを手引きした者がいたと思われる節があった。慶喜はこのときが人生で死を覚悟したときの一つだったという。
こうして長州藩は京都守護職・会津藩ら江戸幕府軍(皇軍・官軍)による防衛戦に敗れ、さらに孝明天皇は1864年(元治元年)7月23日江戸幕府第14代征夷大将軍・徳川家茂へ長州征伐の勅命を発した。同年8月17-18日(元治元年7月27日-28日)、前年に長州藩から受けた砲撃への報復として、イギリスのオーガスタス・レオポルド・キューパー中将を総司令官とするイギリス、フランス、オランダ、アメリカの四国連合艦隊は横浜を出港し、9月5日(元治元年8月5日)に下関海峡から長門国を攻撃、長州藩は敗北・降伏し講和条件を受け入れた(下関戦争)。これをうけて長州藩政は尊攘派が後退し、俗論派(保守派)が皇軍(官軍、幕府軍)に恭順の意を示し、禁門の変の首謀者である3家老・4参謀の処刑、長州藩第13代藩主・毛利敬親の謝罪、山口城の破却、禁門の変以後に七卿落ちで同藩へ身を寄せていた三条実美ら5公卿の身柄引き渡しなどの要求に応じ戦わず降伏した。
尊王攘夷論を鼓吹した後期水戸学の大成者で同藩士・藤田東湖は、安政の大地震(1855年)の際、自宅内にとりのこされた母を助けに入って圧死していたが、彼の4男で同藩士・藤田小四郎は、父の果たせなかった勤皇の志である尊攘の勅命(戊午の密勅)を継ごうとする忠孝道徳に動機づけられ、1864(元治元)年3月みずからの決起で22歳のとき尊攘義勇軍・天狗党を常陸国筑波山で組織した。
前1863(文久3)年、水戸藩士・武田耕雲斎(当時60歳)は慶喜に侍って京都へ行くと、同4月15日に孝明天皇の陪食をし、天皇の用いた箸をもらった経験もあって、攘夷論者としての天皇を間近に感じていた。また、武田は、慶喜が烈公の遺志をたてまつる人物であることも、慶喜から武田へ宛てた手紙で知っていた。武田は幕府から、また同藩士・田丸稲之衛門、山国兵部らは同藩主・徳川慶篤から平定を命じられ天狗党を説得にきたが、小四郎の熱意により逆に説得され、61歳の武田が同党の総大将(首領)、59歳の田丸と22歳の小四郎が副大将にされた。天狗党は尊王の志から天皇の大御心を汲んで、慶喜を通して朝廷へ訴え、攘夷を実行しようとしない幕府を動かそうとした。御所へ向かって従軍していた天狗党は鎮圧を試みる幕府軍(藩兵)から攻撃を受けつつ、各地で呼応した浪人や農民らも加わって、1000人ほどの数で越前国敦賀に近づいていた。
しかし、幕府は天狗党を反乱者とみなし、水戸藩だけでなく諸藩へその鎮圧を命じていた上、江戸の幕吏らは慶喜と天狗党の内通を疑っていた。慶喜は禁裏御守衛総督として家来を討たねばならない板挟みの立場に置かれ、1864(文久4)年11月30日、孝明天皇は慶喜の願い出をゆるして、天狗党を処分させた。この頃、薩摩藩士・西郷隆盛の密使として同藩士・桐野利秋が武田に面会を求め、小四郎と水戸藩郷士・竹内百太郎が対応すると、桐野は薩摩藩士が入京を助けるので天狗党一行へ中山道を直進するよう促した。しかし天狗党はこの申し出に感謝しながら、慶喜軍と鉢合わせするのを避けるため北へ迂回した。同年12月11日、天狗党が新保宿に着いた時、長州藩の密使が日本海側を回って長州へきて共同行動をするよう勧めてきた。72歳の水戸藩士・山国兵部はこの案に賛成したが、武田は「主君に等しい二公(徳川慶喜と、彼と共に出陣していた弟でのちの第11代水戸藩主・徳川昭武)に逆らうのは臣子の情に忍びない」とし、越前国敦賀で慶喜軍へ恭順・投降した。12月21日、慶喜は天狗党の降伏状を正式にうけとり、23日京都へもどった。24日から25日にかけ天狗党員らは敦賀の3つの寺、本勝寺、本妙寺、長遠寺に収容されたが、地元の加賀藩は正月を迎えると鏡餅を差し入れするなど懇切に面倒をみながら、同藩士・永原甚七郎は幕府へ天狗党員の助命を嘆願した。1965(慶応元)年1月29日、遠江国相良藩主、若年寄・常野浪士追討軍総括(じょうやろうしついとうぐんそうかつ)・田沼意尊は慶喜から天狗党をひきうけた。田沼はすぐ越前海岸の船町にある16棟の鰊蔵に828人の天狗党員らを50名ずつ閉じ込め、足枷をはめ身動きをとれなくさせた上で、帯や袴などのひも類をすべてとりあげ、一日の食事も握り飯2、3個だけを与える状態へ追い込むとつぎつぎ餓死・病死させ、彦根藩士らへ命じてうち352人を斬首、他を島流し・追放などに処した。また田沼は、天狗党指導者格の水戸藩士・藤田小四郎、武田耕雲斎、山国兵部、田丸稲之衛門ら4名の首を塩漬けにすると水戸へ送り、市中に晒した。幕吏は天狗党員の家族や、彼らに縁のある者らも、80数歳の老婆や3歳の子供まで死刑にした。
翌1865(慶応1)年、討幕派の長州藩士・高杉晋作が自らの創設した奇兵隊と功山寺挙兵を起こし、山口藩庁を武力クーデターでのっとると幕府軍に反抗、続く1866年(慶応2年)6月7日から始まった第二次長州征討の最中、同20日、薩摩藩主・島津久光・島津忠義父子は連名で内覧で左大臣兼関白・二条斉敬へ第二次長州征伐の継続に反対する建白書を提出した。朝議が紛糾するなか、三回目(8月4日)の朝議に召し出された禁裏御守衛総督兼将軍後見職・徳川慶喜は、予てから腹案として温めてきた王政復古のもとでの議会主義(大政奉還後の諸侯会議の政体論、朝廷での諸大名合議制)に則り、長州藩への朝廷からの寛大な処置と、諸侯会議による国事の議決を願ったが、孝明天皇は幕府(徳川家の政体)へ長州征伐の継続を求め続けた。同月、幕府は長州征伐継続の費用を確保するためイギリスのオリエンタル・バンクと600万ドルの借款契約を締結していた。8日、前将軍・家茂の名代として出陣すべき慶喜は朝廷へ参内し孝明天皇から天盃と節刀を賜ったが、いよいよ進発になろうという時、肥後藩主・細川韶邦らはじめ、討伐する側がみなおびえてしまった報せが届いた。慶喜はみな兵隊を解散してしまってはいくら節刀を賜っても征伐の功を為すわけにはいかないと熟慮し、王政復古の議会主義に則り、薩摩藩主の父・島津久光、前越前藩主・松平春嶽、前宇和島藩主・伊達宗城、前土佐藩主・山内容堂などを残らず呼び寄せ、私を棄ててひとつ国家の為公明正大にに評議を尽してみたい、とのちの四侯会議を考え、水戸藩士で一橋徳川家臣の側近梅沢孫太郎を使者に、国家の大本について相談したいことがあるから至急、京都へ来てもらいたいと伝えさせた。また慶喜は、「よく考えてみると自分は別に長州を憎んでいるわけではなく、会津藩・桑名藩らはじめ旗下の者もひたすら長州憎しでどこまでもやってしまおうというのではない。ただ、禁門の変で同藩士らがが錦旗(朝廷の天皇)に発砲したとはいうものの決して主人(毛利藩主)の命令というわけではないだろうし、雪冤を望む尊攘の志からやむを得ずおこなったことでもあろうから、その筋さえ立てれば、どのように寛大にしてもよい」と思い、長州藩側に懇意な者がいる幕臣・勝海舟を呼び、彼を交渉役として長州藩が占領済みの場を譲って国許へ兵を引けば「長州は大人しい者だ」との名分が立つので、その意をくんで幕府軍も敵方を寛大に処することで平和裏に終戦に結ぼうとした。勝が交渉を終えて慶喜のもとへ帰ってくると、「談判相手の長州藩士・広沢真臣らから丁寧に取り扱われ、長州側は話を聞いて誠に喜びました」といい、長州藩も兵を引きましょうという事になり、ほとんどの兵らを占領地から引いた。
20日大坂城で将軍・家茂が20歳で薨去した。22日、孝明天皇は将軍・家茂の薨去により、上下(親王から庶民まで)が哀しむ情を察し、長州征伐を一時休止させる勅を出し、慶喜ら征長軍へしばらく戦を休ませたが、同時に「長門国・周防国を支配する長州藩に隣国の境界を侵略した地域を早々に引き払い鎮定するよう取り計らってほしい。また長州藩が朝命に逆らうようなら早々に討ち入りしてほしい」との国書を第二次征長軍の先鋒総督で紀伊藩主・徳川茂承へ送った。
この長州征討の失敗は、幕藩体制の限界と弱体化を白日のもとに晒し、幕府の威信を大きく低下させた。
1866年10月8日(慶応2年8月30日)公卿・大原重徳ら22名が、八月十八日の政変、禁門の変、長州征伐のあいだ孝明天皇により朝廷を追放された公家の政権復帰と朝廷改革を求め御所に押しかける騒擾事件を起こした(廷臣二十二卿列参事件)。こうしたなか、1867年1月30日(慶応2年12月25日)孝明天皇は満35歳で崩御した。
慶応3年1月9日(同2月13日)明治天皇が満14歳で践祚した。
江戸幕府第14代征夷大将軍・徳川家茂薨去後、老中・板倉勝静と幕臣・永井尚志はご遺命と称し、徳川宗家が初代家康以来代々継いできた将軍職の相続を、徳川慶喜へ勧めてやまなかった。12代将軍・徳川家慶の命で水戸徳川家から一橋徳川家の養子になり、のち父方の主家にあたる徳川宗家の将軍後見職とされ、また禁裏御守衛総督として母方(有栖川宮家)の主家にあたる天皇家へ侍っていた慶喜だったが、「予には以前ご養君の一件(未成年のまま14代の前将軍を継いだ家茂との間で生じた将軍継嗣問題)があって、さも将軍になろうとする野心があるかのよう風説で中傷された経験があるので、いまもし将軍職を継げばますます世評を害することになるだろうから受け入れがたい」と板倉らへ説明し、将軍職継承を拒んでいた。長倉と永井両人は「仰せられる事は誠にご道理ではありますが、いまのまつりごとの歩みは実に国難の際で、貴卿ならずんばこの政局にあたって適う人はひとりもございません。とにかく、ご議論をなさらず是非お引き受けください」と拒む慶喜へいった。慶喜は「たとえ朝廷からご沙汰があろうとも、お受けいたしますまい」というが、両人は「決して朝廷のご沙汰を請うような事はつかまつりますまいが、ただわれらが誠意をもって、貴卿のご許諾を待つのみでございます」というと、毎日慶喜のもとへやってきて「今日はどうなさいますか」「今日はどうなさいますか」と迫ってきていた。この間、慶喜にも思いを巡らしていたふしがあり、ひそかに水戸藩士の側近・原市之進を召して本当の心の内を語り、「板倉と永井らにはご養君の事で辞めると説明したが、実はあのような事はどうでもよい。ただつらつら考えると、今後の処置は極めて困難で、どうなりゆくかも予想がつかない。いづれにしても、徳川家をこれまでのよう持ち伝えようとするのは覚束ないので、この際いっそ断然と王政の御世にかえしてひたすら忠義を尽くそうと思うが、なんじの心に思うところはどうか」と問いかけた。原は「ご尤ものご存知よりではございますが、もし挙国一致できなければ非常な紛乱をまねくでしょう。第一、そのような大事を決行するに堪えられる人がございましょうか。今の老中らでは、まことに失礼ながら、無事なしとげられるとも拙者には思えませぬ。人物がいないわけではございませんが、いまのご制度では、急に身分の低い者を登用して大事に当たらせるのもまた、難しいでしょう。そうであれば、ご先祖以来の規範をご持続なさいます方がよろしいでしょう」といった。このため慶喜はまだ大政奉還をこのとき決行することはできなかったが、板倉と永井をよぶとついに「徳川宗家(徳川氏の本家)を継ぐだけで、将軍職は受けずに済むなら、足下らの願いに従ってもよい」といった。板倉と永井らはそれでもよいでしょうと、慶喜は宗家を相続した。このとき一橋徳川家の家臣で慶喜に仕えていた元農民(名主)の志士・渋沢栄一は、慶喜の為にはわが主君が国事の難局に当たって宗家を継ぐべきではないと考え、原へなにゆえ宗家相続へ反対しないのかと進言したが、採用されなかったので、たとえようもないほど落胆した。慶喜がいざ宗家を相続してみると、老中らはまた「将軍職も受けてくださいますよう」と強請してくるだけでなく、対外的な統一政権としての外国との関係――外交上の代表権の問題。大政奉還以前、天皇ではなく征夷大将軍(大君)が事実上の日本の主権を持つ、唯一の公的政権の代表者だった――なども重なって、結局は将軍職も許諾せざるをえなくなった。この頃、慶喜は大政奉還の志をもちはじめ、「東照公(徳川家康公)は日本国のために幕府を開き将軍職に就かれたが、予は日本国のために幕府を葬る任にあたるべき」との覚悟を定めた。
12月5日、慶喜は二条城で明治天皇から江戸幕府第15代征夷大将軍の宣下を受けた。