U.S.S.ヴォイジャー
短距離用の小型ワープ艇シャトルクラフトは第2級・タイプ6「サカジャウェア」、タイプ8「テレシコワ」「ドレイク」、タイプ9「コクレーン」を艦載。頼る者のいないデルタ宇宙域からの帰還の旅という性質上、当艦ほどシャトルの有効性を実証した艦もないであろうと言われるほど、道中での物資の調達や偵察、観察調査、難民輸送など数々の任務においてシャトルはたびたび利用された。コクレーンはトランスワープ実験にも用いられた(第31話「限界速度ワープ10」)。
一方で、惑星連邦域にいるエンタープライズDでは1ヵ月間誰もシャトルを使わないことすらある程度の利用頻度であり(『新スタートレック』第163話「無限のパラレルワールド」)、ヴォイジャーに標準搭載されているシャトルもさほど頑強に造られているわけではない。そのため惑星連邦域に比べ過酷かつ長期になりやすいデルタ宇宙域でのシャトル任務においては、エンジンパワーと船体強度に乏しく船内も狭いシャトルは、徐々にその能力不足が指摘されるようになっていった。実際、当艦のシャトルはそのパワー不足からたびたび墜落などの憂き目に遭い損耗率が高く、死亡したクルーもいる。第96話「新生ボーグの悲劇」では、ベラナ・トレス中尉とトム・パリス中尉の「第2級シャトルの閉所恐怖症」の会話を聞いたセブン・オブ・ナインが「広くて能率的なシャトルを設計すればいいのだ」と述べるシーンがあり、後述のデルタフライヤー建造の伏線となっている。
第97話「心は闘いに傷ついて」において、クルーは従来の宇宙艦隊のシャトルより大型かつパワフルで頑丈な新型シャトル「デルタフライヤー」を開発・建造した。構想と設計はトム・パリス中尉が中心となり、ベラナ・トレス中尉、トゥヴォック少佐、ハリー・キム少尉、セブン・オブ・ナインによる。従来の箱型をしたシャトルとは異なり、デルタフライヤーは上から見ると菱形の船体をしている。また、惑星連邦とボーグ双方の技術が融合されており、船体各所にボーグ艦のような黒地に緑色発光の機関ディティール「ボーグシステム強化装置」が見られる。またメインビューウインドウ(車でいえばフロントガラス)はボーグの文様を思わせる独特のピラーが敷かれている。その他、母艦同様の可動式ワープナセル(格納式ワープナセル)、テトラバミューム合金の船体、トゥヴォック少佐が小型探査機用に開発した強力なユニマトリックスシールド、ボーグ仕様の武装を持つ異色のシャトルとなっている。
内装セットは高低差のある画面効果の高いもので、スタートレックシリーズに登場したシャトルの中でもっとも力が入っている。先頭の操舵席には1999年当時まだ珍しかった薄型液晶ディスプレイが設置され、コンピュータ画面を実際にアニメーションさせながら演技できるようになっている。特筆すべきは、コンソールパネルが平面ではなく一部が曲面状という、連邦の最新技術を思わせる新しいデザインをしている点である。デルタフライヤー以外に曲面コンソールパネルを持っているのは第94話「裏切られたメッセージ」に登場した偽の連邦艦U.S.S.ドーントレスと、劇場版第10作のU.S.S.エンタープライズEなど限られた場所のみ。一方で、操舵席は古めかしい操縦桿やレバー、アナログメーターなどのトム・パリス中尉の「パネルをタップするだけの操縦はつまらない」という趣味が反映されたディティールもあり、これまでのシャトルとは一線を画す愛嬌のある内装となっている。
従来のシャトルと比較してすべての面において強力ではあるが、特にシールドとセンサー、機動力が強力で以後のエピソードで頻繁に運用されるようになり、第103話「水の惑星に消えた夢」ではモニアン海洋国の深海に潜り、第110話「ボーグ暗黒フロンティア計画(後編)」では危険なボーグ本拠地であるユニマトリックス01に潜入した。第148話「セブンの涙」ではディファイアント級を思わせる鋭い機動力でボーグ艦の残骸デブリが大量に浮かぶ宙域で敵小型艇をかわし、第149話「愛の危機」では亜光速限定のラリーレースに参加し、強化されたインパルスエンジンでその機動力をいかんなく発揮した。なお、同エピソードエピローグでは船体に「Just married」と書かれ、トム・パリス中尉とベラナ・トレス中尉のブライダルカーとしても使われた。
なお、1号機は第146話「聖域ユニマトリックス・ゼロ(前編)」でボーグのクラス4戦略キューブへの侵入の際に破壊されており、第148話「セブンの涙」から登場している2号機は格納式のインパルスエンジンが追加されている他、内装もマイナーチェンジされている。
第1船体腹部、第9デッキ船体に埋め込まれるようにして格納されている。このシャトルは劇中では使用することがなかったが、第1船体船腹中央のT字型の切れ込みからその存在を知ることができる。
なお、劇場版第9作では、同様の場所に格納されたエンタープライズEの艦長専用シャトルが登場し、こちらはクストー(Cousteau)と名づけられている。エンタープライズDにも同様の艦長専用シャトルが埋め込まれているが、同様にテレビシリーズでは運用されず、関連書籍のイラストで紹介されるに留まっている。『スタートレック:ローワーデッキ』20話ではU.S.S.セリトスの艦長専用シャトルに艦内から乗り込み発進しようとするシーンがある。
第1デッキ:メインブリッジ、艦長室、会議室
第2デッキ:食堂
第3デッキ:乗員私室、転送室
第4デッキ:乗員私室
第5デッキ:医療室
第6デッキ:乗員私室、第1ホロデッキ、第2ホロデッキ
第7デッキ:貨物室
第8デッキ:天体測定ラボ、貨物室
第9デッキA:エアロシャトル
第9デッキB:乗員私室
第10デッキ:シャトル格納庫
第11デッキ:機関室
第15デッキ:プラズマリレー室
艦長:キャスリン・ジェインウェイ大佐
副長:チャコティ少佐(マキ出身、吹き替えでは中佐)
戦術・保安主任/第2副長:トゥヴォック大尉(第73話で少佐に昇格)
操舵主任:トーマス・ユージン・パリス中尉
機関主任:ベラナ・トレス中尉(マキ出身)
オペレーター主任:ハリー・キム少尉
医療主任:緊急医療ホログラムドクター
医療助手:ケス(第70話で離脱)
デルタ宇宙域ガイド・コック・親善大使:ニーリックス
元ボーグドローン:セブン・オブ・ナイン(第69話から加入)
デザインはリック・スターンバック。プロデューサーからの注文は「弾丸のような流線型でエンタープライズDよりわずかに技術が進んでいる艦」であった。制作はスタッフと話し合ったアイデアをまとめあげ、スケッチから模型とCGI制作まで1993年9月から11ヶ月もの期間がかかり、スターンバックは「まさに旅であった」と語っている。彼はデザインにシャチやマンタなどの海洋生物や数種類の鳥をモチーフに取り入れたという。初期デザインでは第1船体が鋭くとがり、第2船体は薄く描かれている。作業の途中でプロデューサーから「艦に何か可動する部分がほしい」という要望を受け、検討を重ねた結果ワープナセルパイロンが選ばれた。ワープナセルに関しては、デザイン時や1994年5月の検討用モデル(study model)段階ではいずれも長大なワープナセルが下向きについているデザインであったが、完成型では小振りなワープナセルを持つ艦となった。これは船体の全長を抑えてテレビ画面への収まりを良くし、多彩な撮影アングルを可能にするためである。この1994年5月に完成した検討用モデルは第1船体などの形状が鋭すぎ(プロメテウス級宇宙艦に似ている)、プロデューサーから「もっと丸く滑らかにしてほしい」という要望を受けた後に最終的なブラッシュアップがされ、完成型では初代エンタープライズを思わせる全体に丸みを帯びた女性的な姿の艦となった。撮影用模型は5フィートモデルが作られたが、シーズン3終盤から新撮されたヴォイジャーはCGIに移行している。
艦級不明。『Star Trek: Prodigy』にNCC-74656-Aの船体表示を持つシャトルが登場しており、2384年時点での存在が示唆されている。
パスファインダー級、全長431.42m、乗員166名。2401年に宇宙艦隊のラファエラ・ムジカー中佐が「近日開催予定の惑星連邦のイベント」を検索した際の結果一覧として、「フロンティア・デー250周年記念式典」「レイチェル・ギャレット艦長の立像除幕式」「U.S.S.エンタープライズF退役式典」などと共に本艦の進宙式典がメインビューワーに表示されている。
3189年を舞台とする『スタートレック:ディスカバリー』第34話「鋼の意志」にて、エンタープライズ同様に登録番号にアルファベットがついた、「U.S.S.ヴォイジャー NCC-74656-J」が登場。艦級はイントレピッド級(32世紀)、全長452.95m、艦長は不明。オリジナルのNCC-74656に32世紀風の化粧をさせた、三角形の第1船体と小振りな分離型ワープナセルというデザインの船となっている。
デザイナーはコンセプト・アーティストのライアン・デニング。詳細に見ると第1船体、第2船体ともにほぼ同じ形状の平たいピラミッド型をしており、それらが点対称に寄り添っている。第2船体の船首には三角形型のデフレクター盤が埋め込まれ、船尾には2基の小振りなワープナセルが寄り添う。船窓はドット状のものではなく、帯状になっている。第1船体、第2船体、ワープナセルはそれぞれ分離型で直接接続されていない。ワープナセルのバサードラムスクープとワープフィールドグリルは一体化しており、赤と青の発光が混ざりあっている。オリジナルのヴォイジャーは細かいディティールがぎっしり詰め込まれていたが、それらをオマージュしつつ極力シンプルに収まるよう洗練されたデザインがされている。