グリプス戦役
ジェリド、マウアーはガブスレイでアーガマを奇襲。エマは撃墜され、カミーユも窮地に陥るが、新型機受領のためグラナダに出向いていたアポリーとファ・ユイリィが帰還。Ζガンダムでガブスレイを撃退する。いきなりガブスレイを失ったジェリドだが、シロッコからニュータイプ候補生のサラ・ザビアロフとシドレを預かり出撃する。その頃、ラーディッシュからレコアのメタスとGディフェンサーがアーガマに向けて出発していた。先に接触した二機を叩こうとするジェリドだが、Ζガンダムを中心とするアーガマ隊が増援として駆けつけ、この戦闘でシドレを失う。Ζ計画機の実戦投入でアーガマ隊の陣容は整いつつあったが、同様にシロッコ隊の陣容も整いつつあった。
8月10日、ティターンズは月面のフォン・ブラウン市を武力制圧するアポロ作戦を開始。ティターンズ側の投入戦力はドゴス・ギア、アレキサンドリアとマラサイ 5機、ハイザック 10機、ジム・キャノン 2機、ガブスレイ 2機。シロッコはまずアレキサンドリア艦隊を囮に使い、続いてドゴス・ギアを発進したジェリド隊を囮としてZ、百式を足止め、その間にドゴス・ギアをフォン・ブラウン市に降下させる。フォン・ブラウンに入港したシロッコはエゥーゴが手を引かなければ都市を全面攻撃すると脅迫。このため一時フォン・ブラウンはティターンズによって占領される。シロッコは独断行動に激怒するジャマイカンに占領軍の指揮権を譲り、治療のため艦を離れていたジェリドと付き添いのマウアーを残し、ドゴス・ギアでフォン・ブラウン市から離れる。
一度は退いたエゥーゴ側はカミーユを敵情視察に派遣。これにカツはこっそり同行。カミーユはジェリドに発見され窮地に陥るがカツに助けられる。一方、アレキサンドリア隊のヤザン・ゲーブルは偵察中に接近するアーガマを発見し、戦闘状態となる。エマのガンダムMk-IIに撃墜されたハイザックが落下したり、ヤザンのギャプランと交戦状態となったファのメタスが市街に逃げ込むなどして、フォン・ブラウン市に被害が発生した。カミーユはレコアが運んできたΖガンダムでヤザンと交戦。その最中にエゥーゴがフォン・ブラウン市の発電施設を占拠。ジャマイカンはあっさりフォン・ブラウンを放棄し撤退、ヤザンも命令を受け不服ながらも撤退した。
ティターンズのフォン・ブラウン市制圧後、クワトロは連邦議会に出席するブレックス准将に同行するためにアーガマを離れる。8月17日、ブレックスはホテルでティターンズの刺客の手にかかり暗殺される。駆け付けたクワトロにブレックスは「シャア・アズナブル」としてエゥーゴの指揮を執るよう言い残して息を引き取る。エゥーゴのフォン・ブラウン市奪回と時を同じくして、議会ではティターンズに連邦軍の指揮権を委ねる法案が満場一致で可決された。
8月24日、ティターンズはエゥーゴに協力的な月面都市グラナダに対し、コロニー落としを謀る。サイド4の無人コロニーが月に向かって移動を始めたのを確認したエゥーゴは、艦艇での砲撃により落下軌道を変えようとする。最終的にエマ中尉のガンダムMk-IIがコロニーに設置された核パルスエンジンを作動させ、軌道の変更に成功、グラナダへの直撃は回避された。
9月21日、ティターンズはエゥーゴに協力的なコロニーへの見せしめとすべく、サイド2・25バンチコロニーにG3ガスによる攻撃作戦を決行。ティターンズ所属重巡洋艦アレキサンドリアより発艦したジェリド・メサ中尉(ガブスレイに搭乗、度重なる自身の失敗の挽回のため、誰もが嫌がる任務を志願した)率いる毒ガス付設部隊がハイザック3機を用いコロニー外壁エヌパイプにG3ガスボンベを設置するが、エゥーゴ所属戦艦ラーディッシュより発艦したカツ・コバヤシ(ネモに搭乗)がG3ガスボンベを破壊、ガス注入を阻止。
10月12日、ミネバ・ラオ・ザビを戴くジオン公国残党組織アクシズが、その拠点である小惑星アクシズとともに地球圏に帰還。エゥーゴはアクシズと接触するが、エゥーゴのクワトロ大尉とアクシズの実質的指導者ハマーン・カーンとの個人的確執から交渉は決裂。その頃ティターンズもまたアクシズと手を組むべく交渉を計り、ここにジオン残党討伐を大義とするティターンズと、ジオン残党そのものであるアクシズとの理不尽な同盟が築かれた。
11月2日、エゥーゴとカラバによる地球連邦軍(実質ティターンズ占有)キリマンジャロ基地攻略作戦が開始され、エゥーゴはカラバを支援するためアーガマによる衛星軌道からの攻撃を決行。一方ティターンズは、戦艦ドゴス・ギア所属のヤザン大尉率いるハンブラビで構成された部隊に重巡洋艦アレキサンドリア所属のバーザムで構成された部隊を合流させ、衛星軌道上でアーガマを攻撃する。戦闘中にハンブラビの攻撃を受けたクワトロ大尉の百式は制御不能となり地球へ落下、助けに入ったカミーユ・ビダンのΖガンダムとともに地球への降下を余儀なくされる。両名は、フォウ・ムラサメのサイコガンダムやジェリド・メサ中尉(バイアランに搭乗)等と交戦、アムロ・レイ大尉(ディジェに搭乗)やカラバ部隊と協力し、これらを撃退。キリマンジャロ基地はカラバの突撃部隊の活躍で基地の内部が爆発、誘爆により山頂全体を爆発させ陥落する。
11月16日、エゥーゴとカラバはダカールで開催中の連邦議会を占拠。ここでエゥーゴのクワトロ大尉は、自分が旧ジオン公国の軍人シャア・アズナブルであることを明らかにし、ジオン・ズム・ダイクンの遺志を継ぐ者として、エゥーゴの正しさとティターンズの非道性を訴える(なおシャア・アズナブルの正体がジオン・ズム・ダイクンの遺児・キャスバルであることは、ダカール演説によって初めて世に知られたとする解釈があるが、Ζガンダム本編の第5話「父と子と…」におけるカミーユの発言から、シャアがジオン・ズム・ダイクンの実子であり、一年戦争において復讐のためにザビ家打倒を目論んでいたことは、物語の開幕時点ですでに世間に知られていたと思われる)。この様子は全世界へTV中継されており、ジェリド中尉を中心とするティターンズの追撃隊は放送を妨害すべく光ファイバーの通信施設の破壊に動く。この武力に頼りきった、市街地でも平気で戦闘を行い、味方議員も大勢いるはずの連邦議会も破壊しようとする横暴なティターンズの姿はシャアの演説と共に放送され、ティターンズからの人心の離反を招くこととなる。
この戦いではティターンズの司令系統にカラバ攻撃を最優先とする追撃部隊と、都市の守備を任務とするダカール防衛隊所属と2系統あったため、混乱を生じている。防衛隊所属機の中にはアジス・アジバ中尉などが演説に誘導されてティターンズ内部から事実上の裏切り者が出たことにより設備や都市の被害低減の点では利害が一致したエゥーゴ･カラバよりも、市街地で暴れる追撃隊の方を危険視して妨害と制止に走る例もあった。このティターンズ同士の仲間割れの現場、しかも街を守ろうとした防衛隊側の機体が追撃隊の攻撃で擱座した場面も放映されてしまったことで、更にティターンズの印象は悪化することとなった。
この事件は、これまで情報操作などによりテロリスト扱いされていたエゥーゴと、連邦軍で圧倒的な主流派であったティターンズの立場が正反対に入れ替わる本戦役のターニングポイントとなった。その後、カミーユとシャアはカラバの援護により宇宙に帰還する。
また、コンペイトウ(旧ソロモン)では、ティターンズのコンペイトウ駐留部隊に対してダカール宣言をうけて蜂起した連邦正規軍部隊の一部とエゥーゴ艦隊が攻撃を加えたことにより、ティターンズ部隊はコンペイトウから撤退している。
アニメ37話「ダカールの日」では、この演説のテレビ中継の視聴者としてジャーナリストとして活動しているカイがちょうど来店していたスナックやパブのような居酒屋のテレビ画面で映り、客は男性ばかりで主に一年戦争時に兵役で戦闘経験がある元連邦軍人が集まっており、ティターンズの非難を行っている。
ティターンズがグリプス2をコロニーレーザーに改造中との情報がアーガマに届く。カミーユ達は偵察に向かうが、12月7日、ティターンズはコロニーレーザーをサイド2・18バンチに向け発射し、住民は全員死亡。
12月14日、ティターンズがグリプス2をグラナダへ移動させるための陽動としてサイド2・21バンチにG3ガスによる攻撃を決行。バスク・オム大佐直接の指揮の下、戦艦ドゴス・ギアより発艦したレコア・ロンド少尉(メッサーラに搭乗)率いる部隊により実施される。緊急通信を傍受したエゥーゴ巡洋艦アーガマは現場に向かい、攻撃を阻止すべくMS隊を発艦させるも、ガスは注入され住民は全員死亡する。ティターンズはサイド2・13バンチにもG3ガスによる攻撃を試み、コロニー外壁にG3ガスボンベを設置するが、エゥーゴ巡洋艦アーガマ所属のクワトロ大尉(百式に搭乗)がG3ガスボンベを破壊、ガス注入は失敗する。
ティターンズのグリプス2が月面都市グラナダを標的とすべく射程圏内へ移動を始めたため、エゥーゴはそれを阻止すべくアクシズに援護を要請する。12月26日、アクシズのハマーン・カーンは、エゥーゴからサイド3を譲渡するという約束を取り付けた上で、クワトロ・バジーナことシャア・アズナブルが頭を下げたことで、これを了解。エゥーゴのMS隊がティターンズを引き付けている間に、アクシズは「誤射」に見せかけてグリプス2の核パルスエンジンを破壊。グリプス2の移動は停止する。ティターンズに対してはアーガマを攻撃したものが外れたと虚偽の報告をする。
エゥーゴと手を組んだかに見えたアクシズだが、ティターンズのジャミトフ大将とも接触を計る。アクシズのハマーンは交渉の席で、青酸ガスによるジャミトフ大将暗殺を狙うが失敗。ティターンズと交戦状態に入ったアクシズはエゥーゴに援護を要請し、小惑星アクシズをティターンズの拠点ゼダンの門に衝突させ破壊する。ティターンズ艦隊は衝突間際に脱出するが、本拠地を失う。さらにアクシズは、手薄になったグリプス2に部隊を送り制圧することに成功した。ティターンズとエゥーゴは、この戦いで戦力を消耗してしまう。
同時期にルナツーの連邦軍正規部隊がティターンズから離反している。
ティターンズのジャミトフはシロッコを交えアクシズ旗艦グワダンでハマーンと会見する。会見中にエゥーゴのクワトロ大尉ことシャア・アズナブルが乱入、そしてティターンズのサラ・ザビアロフ曹長の暴走でグワダンが破損。混乱する艦内でその本性を現したシロッコは、ジャミトフを暗殺。その罪をハマーンに着せ、「報復」を叫ぶことでティターンズの実権を握る。さらに総旗艦ドゴス･ギアにモビルスーツ隊を差し向けて部下のレコア・ロンドの手(劇場版はヤザン・ゲーブル率いるハンブラビ隊)によりバスクを粛清した。
小惑星ペズンに駐留する地球連邦軍教導隊のうち、地球至上主義を奉じる一部青年将校がエゥーゴ主導の流れに反発して『ニューディサイズ』を結成し、宇宙世紀0088年1月25日にペズンの反乱事件が発生する。
グリプス戦役終結後、地球連邦軍は今後のネオ・ジオンとの戦いを考慮し、アーガマ級新造巡洋艦ペガサスIII一隻にSガンダム・FAZZ・Ζプラスで編成されたα任務部隊をニューディサイズの鎮圧に向かわせる。
宇宙世紀0088年2月2日、エゥーゴはアクシズの手中にあるグリプス2のコロニーレーザーを奪取するため、グリプス2を渦のように取り囲み奪取するメールシュトローム作戦を発動。作戦は成功し、グリプス2はエゥーゴの手に渡った。
一部資料の記述ではメールシュトローム作戦の日付が2月20日となっている。
アクシズは、グリプス2を奪われた報復として、自身らの象徴でもある小惑星アクシズをグラナダへと落下させようとする。
アーガマはグリプス2のコロニーレーザーで破壊する作戦を立案するが、艦の通信設備では出力が低く連絡が取れない。そこで、小惑星アクシズ内部にある高出力の通信施設を利用すべくアーガマのトーレス他数名が侵入し、グリプス2へ打電。なお、このとき小惑星アクシズは完全に無人となっており、激突させるまで敵に奪われぬよう周囲に自軍の戦力を置くといった措置を講じていなかったため、侵入は容易であった。要請を受けたグリプス2はコロニーレーザーを照射、破壊はならなかったが落下軌道が変わり、アクシズの目論見は失敗に終わる。
2月20日、グリプス2宙域のエゥーゴ艦隊はティターンズとアクシズの総攻撃を受ける。僚艦ラーディッシュが撃沈される中、アーガマ艦長ブライト・ノアはグリプス2のコロニーレーザーによる敵艦隊の一挙殲滅を画策する。
2月22日、ハマーン、シロッコが各々自らのMS(キュベレイ、ジ・O)でコロニーレーザーを攻撃し発射を妨害しようとするものの、カミーユ、クワトロらの活躍によりエゥーゴは発射準備が整うまでグリプス2を守り切ることに成功。グリプス2のコロニーレーザーが発射され、ティターンズ艦隊はアレキサンドリアを含む多数の艦艇が撃沈し壊滅的な打撃を受けた。その一方、戦いがまだ続く事を察知し、主要な艦を撤退させていたアクシズ艦隊の被害は最小限にとどまった。ハマーンはクワトロの百式を大破させた後に撤退、クワトロはそのまま行方不明となった。シロッコは戦力の回復を図って撤退しようとしたが、カミーユにより死者の魂を取り込み超常の能力を発揮したΖガンダムによりジ・Oは撃破され、シロッコは戦死した。最終的に、エゥーゴの勝利でこの戦役は終結した。
しかし、エゥーゴとアクシズは継戦し、第一次ネオ・ジオン抗争につながる。
三つ巴の決戦に勝利したエゥーゴではあったが、最終決戦においてカミーユやクワトロ、エマ・シーン中尉をはじめとする優秀なパイロットを多数喪失する。また、コロニーレーザーも破壊され戦力の過半数を失うなど損害は大きく、戦後の主導権を確立するには至らなかった。
最終決戦において艦隊を温存したアクシズが、まさに漁夫の利を得る形で主導権を握り、戦いは第一次ネオ・ジオン抗争へと移っていくこととなる。
30バンチ事件は劇場版の作中において過去の出来事となっている。TV版ではティターンズからエゥーゴに投降し、保護観察の身であったエマ・シーンにレコア・ロンドが話した際に初めて語られ、アーガマが30バンチコロニーに立ち寄ったが、劇場版では30バンチコロニーに立ち寄るエピソードが削除され、レコアがエマに事件をノートパソコンのようなもので30バンチの映像を見せ説明するという形に変更されている。
アポロ作戦、毒ガス作戦、キリマンジャロ作戦、ダカール演説、グラナダへのアクシズ落下は劇中では描かれず、上映後に公開された年表にも記載されていない。
また、最終決戦においてカミーユは精神崩壊することなく戦いを終え、ハマーンは事態が沈静化するまでアクシズ艦隊を地球圏から撤退させると宣言するなど、直接の続編である『機動戦士ガンダムZZ』や『逆襲のシャア』には繋がらない形のエンディングとなった。
小説版からOVA版、TVシリーズとして放映された『機動戦士ガンダムUC』では、「第一次ネオ・ジオン抗争」、「第二次ネオ・ジオン抗争」がそれぞれ“起きたこと"という前提で描かれている。