リスボン条約
2009年10月2日に2度目の国民投票が実施され、翌日に開票された結果、投票率59%(1,816,098票、うち無効7,224票)で、賛成67.13%(1,214,268票)、反対32.87%(594,606票)となり、憲法改正、条約批准が国民に承認された。前回と結果が異なった背景として、1990年代後半からおよそ10年続いた「ケルトの虎」と呼ばれる好景気で外資や輸出に経済を依存してきたアイルランドは世界金融危機の影響によって一転し、失業率も2009年中に17%にまで達するという見込みがなされるなど深刻な不況に見舞われているなかで、有権者の間で欧州連合に対する評価が再確認されたことが挙げられる。
2回目の国民投票にあたって与野党を問わずほとんどの政党が賛成に投票するよう呼びかけたほか、元ポーランド大統領レフ・ヴァウェンサや欧州議会議長イェジ・ブゼクといった国外の政治家もアイルランドで条約批准への支持を有権者に求めた。また経済界からもアイルランド産業雇用者連合会長ダニー・マッコイやライアンエアー最高経営責任者マイケル・オリアリーなどが批准賛成を打ち出してキャンペーンを展開するなど、リスボン条約への支持が広まっていった。
ポーランドでは大統領レフ・カチンスキがリスボン条約に懐疑的な立場をとってきた。2008年4月に議会両院でリスボン批准が承認されたが、カチンスキはただちに批准法に署名しなかった。2008年6月にアイルランドの国民投票でリスボン条約批准が拒否されると、カチンスキは「アイルランドが国民投票で承認しない限りは、ポーランドの批准法に署名しない」と表明した。カチンスキは「リスボン条約の障害になるつもりはないが、アイルランド国民が yes と言わないような条約に署名するつもりもない」という意思を繰り返し述べていった。
2009年10月、アイルランドの2度目の国民投票で賛成が大きく上回ったという結果を受けて、カチンスキはただちに批准法に署名することを表明した。同月10日、カチンスキは欧州委員会委員長ジョゼ・マヌエル・ドゥラン・バローゾ、2009年後半の欧州連合理事会議長国であるスウェーデンの首相フレドリック・ラインフェルト、欧州議会議長イェジ・ブゼクを大統領宮殿に招いて式典を行い、その場で批准法に署名した。
ドイツでは野党左翼党や与党キリスト教社会同盟に所属する連邦議会議員ペーター・ガウヴァイラーらによって、リスボン条約がドイツ連邦共和国基本法に違反するとして連邦憲法裁判所に違憲審査を求めた。ドイツでは議会での批准手続を2008年5月までに終えていたが、違憲審査の開始を受けて連邦大統領ホルスト・ケーラーは連邦憲法裁判所が合憲と判断するまで、ドイツでの批准手続完了に必要な連邦大統領の署名をしないことを表明した。
2009年6月30日に連邦憲法裁判所は違憲審査の結果を明らかにし、結論としてはリスボン条約はドイツ連邦共和国基本法に反しないと判断した一方で、欧州連合の政策決定に関与する点で国内法の改正が必要であるとした。この判断を受けて、同年9月27日に総選挙が実施されるという日程上の余裕がないなかで8月27日から議会における議論を開始し、連邦議会で9月8日に、連邦参議院で9月18日にそれぞれ改正法案を可決した。議会での改正法成立を受けてケーラーは9月25日に批准文書に署名し、ドイツの批准手続を完了させた。
チェコでは2008年4月24日、元老院において議員全70人中48人が、リスボン条約がチェコ国内法に反しないかどうかを憲法裁判所に審査することを求める決議を採択した。この決議によりチェコでは元老院、代議院ともにリスボン条約の批准についての審議を保留することとなった。
2008年11月26日、憲法裁判所はリスボン条約について判事全員が国内法に反しないと判断した。ところがこの判断に対してリスボン条約に批判的な立場をとる大統領ヴァーツラフ・クラウスは「憲法裁判所の判断はもっぱら政治的なものであり、司法の立場からなされたものではない」と述べている。他方で議会はリスボン条約批准の手続を開始し、2009年2月18日、代議院は批准承認に必要な全議員(200人)の5分の3をわずかに上回る125人が賛成した。ところが3月24日、チェコが2009年前半の欧州連合理事会議長国であるにもかかわらず、代議院においてミレク・トポラーネク政権に対する不信任決議が与党市民民主党の一部の議員の造反によって可決されるという波乱が起きる。政治情勢が流動化するなかで元老院での批准の見通しが一時は不透明となったが、5月6日に採決を行い、全議員79人中54人が賛成して批准が承認された。
議会での批准手続は完了したものの、クラウスは「アイルランドでの2度目の国民投票の結果が出るまで批准文書に署名しない」と発言してきており、さらには憲法裁判所に再度の審査を求めるよう、自分に近い元老院議員に促してきた。この動きに同調してイギリスの野党保守党党首のデービッド・キャメロンは、2010年に実施が見込まれている総選挙で政権を奪取したさいにはイギリスで国民投票を実施する意向を表明しており、この国民投票実施まで批准文書への署名延期をクラウスに求めた。くわえて2009年9月29日にイルジー・オベルファルゼルら市民民主党所属の元老院議員が憲法裁判所に対して再度の審査を求め、10月1日に憲法裁判所は審査を開始することを発表した。
2009年10月にアイルランドの国民投票でリスボン条約の批准が承認されたものの、クラウスは上述の憲法裁判所における審査の結果を待つとしたうえに、リスボン条約によって欧州連合基本権憲章が法的拘束力を持つようになると、第二次世界大戦後に旧チェコスロバキア政府がいわゆるベネシュ布告によって、追放したドイツ人などから没収した財産の返還請求訴訟を欧州司法裁判所に提起することができるようになると指摘した。クラウスはこのような事態を懸念し、条約協議のさいに盛り込まれたイギリスやポーランドに対する欧州連合基本権憲章の適用除外をチェコに対しても認めるように要求した。当時の議長国であるスウェーデンの首相フレドリック・ラインフェルトはこのクラウスの要求に応じ、同月29-30日に開催された欧州理事会の会合でチェコに対する欧州連合基本権憲章の適用除外を認めることを提案した。この提案に各国首脳は合意し、ポーランドとイギリスに対する欧州連合基本権憲章の適用除外を規定している、修正後の欧州連合条約および欧州連合の機能に関する条約の付帯第30議定書をチェコにも同様に適用することで合意した。
リスボン条約の違法性をふたたび審査していたチェコの憲法裁判所は2009年11月3日に、リスボン条約はチェコの国内法に違反することはないという判断を示した。欧州連合基本権憲章のチェコへの適用除外と憲法裁判所によるリスボン条約の合法性の確認を批准書への署名の条件としていたクラウスは、この2つの条件が満たされたことを受けて同日午後3時にリスボン条約に署名した。
2007年6月の合意を受けて、ドイツの外相フランク=ヴァルター・シュタインマイアーは「もはや残されたことは6月に合意された妥結案を法定化することだけだ」と述べている。オーストリア外相ウルズラ・プラスニックもこれに同意し、そのうえで「残されているのは多言語での正文作成と法的な詳細をまとめること」と付け加え、12週間以内に調印の準備を完了させることへの自信を覗かせた。この考え方には欧州委員会委員長ジョゼ・マヌエル・バローゾも同調し、10月までに27の加盟国が改革条約に政治的合意に達するということに自信を見せた。またバローゾは「われわれにはいまや条約文の草案がある。先の欧州理事会で得られた政治的なコンセンサスが法典化されているのだ」とも述べている。
しかしながらポーランドといった国には、一部の分野で議論の再開を望む空気があった。2007年6月、ポーランド首相ヤロスワフ・カチンスキは、ポーランドは第2次世界大戦が起こらなければ今よりもずっと人口が多かっただろうと、物議をかもす発言をしている。欧州議会議長ハンス=ゲルト・ペテリングは、条約について実質的に新たな議論を行う余地はなく、またポーランドなどが示唆しているような議論の再開などもありえないと述べている。IGC に参加した欧州議会代表団の1人であるエルマー・ブロックはペテリングの発言に加える形で、もはやこの付託文書は条約草案にされる段階となっていると述べている。
イギリスにおいてリスボン条約は議論を呼んでいる。与党労働党は欧州憲法条約の批准にあたって国民投票の実施を掲げていたが、同国首相トニー・ブレアは、新たな改革条約については国民投票の実施の必要はないと述べている。リスボン条約には憲法条約で提唱された欧州連合の基本的な枠組みへの変革策を多く含まれているため、メディアではイギリス世論において新たな改革条約についての国民投票が実施されるべきだと報じていた。これに応じて、ブレアとその後任となることが決まっていたゴードン・ブラウンは、新条約では、欧州連合としての外交政策やコモン・ロー(基本権憲章がイギリスに対して法的効力を持たない内容)、社会政策、税法について拒否権が残ることから「レッド・ライン」を越えていないとして、国民投票の実施は必要ないと述べている。ブレアが妥結に至ったと主張しているが、欧州連合には外交担当機関が数多く残っており、つまり欧州連合はイギリスの利益とは関係なく外交政策を運営することとなるため、ブレアの外交政策に関する適用除外の実際の有効性に疑問が投げかけられた。また欧州連合の目的から「自由で歪みのない」という言葉が除かれたことも関心を集めた。これはフランス大統領ニコラ・サルコジが求めたことで、サルコジはこの文言について思想的な目標ではなく目的達成のための手段として用いられていると考えていた。
(日本語仮訳)欧州連合条約新第3条
イギリス議会の議員には当初改革条約の草案がフランス語版しかなかったことに批判するものがおり、それらの議員は庶民院に英語版の草案が用意されなかったとして新条約を適切に精査できないと主張した。2007年10月、庶民院欧州監視委員会は、改革条約は大筋で欧州憲法条約と同質のものであり、この条約でイギリスのために規定された特例は実際のところでは効果を持たないと主張した。この見解は外相デイヴィッド・ミリバンドの意見と対立するものとなっている。