バイキンメカ
パクパク竜を模したロボット。たまごの国を乗っ取るために発明された。たまご姫やパクパク竜を除く住人全員とアンパンマンやジャムおじさんたちをアンパンマン号ごと(チーズは飲み込まれる寸前ハッチから転落したため助かった)飲み込んで監禁する。くしゃみのスイッチが付いており、パクパク竜に押し倒された弾みでばいきんまんがうっかり押してしまったため、アンパンマンたちをアンパンマン号ごと解放してしまった。
餅つきマシーンロボ餅つきマシーンロボ(もちつきマシーンロボ)
初登場回 - TV第1060話A「アンパンマンとモッチーくん」
石臼型のロボット。両手に持った兎杵で攻撃する。「ペッターン!」と唸り声を上げる。ばいきんまんの遠隔操作で動く。
餅つきロボット餅つきロボット(もちつきロボット)
初登場回 - TV第164話A「アンパンマンともちつきまん」
木製の臼を模したロボット。手足が杵型になっており、バイキンUFOと合体して暴れる。なべこさんの水蒸気で視界が遮られたところを、脚部をもちつきまんが破壊し、倒れたところをどんぶりまんトリオとアンパンマンに破壊された。
物忘れスプレー物忘れスプレー(ものわすれスプレー)
初登場回 - TV第74話A「アンパンマンとブックマン」
浴びると頭が空っぽになってしまうスプレー。ばいきんまんがブックマンに浴びせようとするも扇ぎ返されて自身が浴びてしまったが、気絶しただけで記憶に異常は見られなかった。
ヤシガニを模したバイキンロボット。
ヤシガニメカ1号1号(1ごう)
初登場回 - TV第262話「南の島のホワイトクリスマス」
ココナッツ島を荒らすために作ったロボット。口から水鉄砲や相手を閉じ込める泡を出す。両手のはさみも武器。潜水も可能。
ヤシガニメカ2号2号(2ごう)
初登場回 - TV第670話A「アンパンマンとトロピカル島」
バイキンUFOから変形したヤシガニメカ。こちらは体色が青く、頭部がUFOのキャノピー部になっている。両手のはさみを使って攻撃し、はさみは最大で6本まで出せる。はさみから出す泡で敵を包みこむこともできる。岩にカモフラージュすることもできる。ホットアンパンマンや、カレーパンマンのカレーなどの高熱攻撃には弱い。
ヤシガニメカ3号3号(3ごう)
初登場回 - TV第903話B「カレーパンマンとホットサンドちゃん」
2号に両目を付け変えて改造をしたロボット。武器のはさみも強化している。『海の王様』に変装したばいきんまんと『海のお姫様』に変装したドキンちゃんがカレーパンマンとホットサンドちゃんの料理を食べ尽くし、お腹のすいた子供たちにアンパンマンが顔を与えた隙に攻撃する作戦に使われた。
UFO水鉄砲メカUFO水鉄砲メカ(ユーフォーみずでっぽうメカ)
初登場回 - TV第1083話B「ドキンちゃんとすいとうくん」
アンパンマンを倒すために作られた小型のUFO。リモコンで操作するようになっていて、ピンク、黄緑、水色、黄色がひとつになった水を発射し、なんでも4色にしてしまう。
雪降らしマシーン雪降らしマシーン(ゆきふらしマシーン)
初登場回 - TV第551話A「ばいきんまんとタータン」
バイキンUFOの装置の一つ。名前の通り人工的に雪を降らせることができる。他にもこれと同じような装置もある。
リモコン十手リモコン十手(リモコンじゅって)
初登場回 - TV第1239話A「おことちゃんとちょうちんへいじ」
ちょうちんへいじに変装したばいきんまんが村の人々の食べ物を奪う為に使った十手。
冷凍銃冷凍銃(れいとうじゅう)
初登場回 - TV第450話A「ホラーマンとハロウィンマン」
ばいきんまんがハロウィンマンを倒すために作った武器。その名の通り、なんでも凍らせる光線を発射する。
冷凍ホバークラフト冷凍ホバークラフト(れいとうホバークラフト)
初登場回 - TV第828話B「クリームパンダとヌマッチ」
ふしぎ沼の近くで昼寝をしていたドキンちゃんが、しょくぱんまんとスケートする夢をみて、ふしぎ沼でスケートをしたいと言ったために使用したメカ。ホバークラフトとは違った形をしており、怪物のような顔が付いている。先についている四角いホースから吹雪が出て、なんでも凍らせる。
ロイヤル・リムジンロイヤル・リムジン
初登場回 - TV第101話B「アンパンマンとわたあめじいさん」
お菓子評論家に変装したばいきんまんが乗り、付き人に変装したドキンちゃんが運転しているリムジン。バイキン運搬用UFOに変形できる。
バイキン運搬用UFOバイキン運搬用UFO(バイキンうんぱんようユーフォー)
初登場回 - TV第101話B「アンパンマンとわたあめじいさん」
ロイヤル・リムジンから変形した大型のUFO。吸盤の右手とペンチ型の左手で大きな物を運ぶ。
初登場回 - TV第426話B「ほのおくんとキャンドルちゃん」
バイキンUFOからの変形ロボット。足のタイヤでとても早く移動することができる。手が何本もある。
初登場回 - TV第1317話B「しょくぱんまんとアロマちゃん」
しょくぱんまんに気付かれる事無く自滅してしまったばいきんまんが逆襲するために用意したロボ。ばいきんまんの顔がついた手足のある蝋燭のような形をしており、口のノズルから溶けたロウを発射する。
ロボット馬ロボット馬(ロボットうま)
初登場回 - TV第138話A「ハンバーガーキッドとちくりん」
馬の形のロボット。ハンバーガーキッドに対抗するために作った。ちくりんと一緒に町を襲い、やってきたハンバーガーキッドを鼻から出す粘液で身動きを封じ追い詰めるが、そこへアパンマンが駆けつけてちくりんを一掃。最後はアンパンチに敗れた。
初登場回 - TV第877話B「ばいきんまんとフランケンロボくん」
丸ロボ、三角ロボ、四角ロボで構成される3台の自律行動型メカ。丸ロボがアンパンマンの前でくしゃみをして驚かせ、その隙に三角ロボがくすぐり、そこを四角ロボが水をかけて弱らせ、ばいきんまんがトドメを刺すというコンビネーション作戦のために作られた。しかし、フランケンロボくんと遭遇し、自分の弟たちと勘違いされたことで、彼の電気により故障。バイキン城で更に彼の電気を浴び、フランケンロボくん同様、帯電性を持つ無邪気なロボットたちになってしまった。
ロボット花ロボット花(ロボットばな)
初登場回 - TV第342話A「ロールパンナとオカリナひめ」
巨大な花に大口が付いたような自律行動型のメカ。食虫植物のように相手を飲み込む。
設計・開発が計画されていたものの、諸事情で実現に至らなかった存在しないバイキンメカ。
初登場回 - 2015年TVスペシャル「ばいきんまんとすてきなクリスマスケーキ」
クリスマスを滅茶苦茶にするために開発していたクリスマスツリー型の巨大メカ。しかし、製作の合間にばいきんまんがおやつを取りに行っていた間、ドキンちゃんが機材の一部をなぎ倒した事が原因で壊れてしまった。
第2の基地(だい2のきち)第2の基地
初登場回 - TV第1022話B「メロンパンナとプリンちゃん」
ばいきんまんが広い草原に建設する予定だった新しい基地。完成予想図上の外見はバイキン城に似ており、本体の周囲を回転式の大砲に囲まれた構造になっている。大量の材料を持ち込んで設計に取り組むが、「メロンパンナへのお返しのプレゼントを作ってくれている」とプリンちゃんとエクレアさんに勘違いされ、途中で仮眠を取っている間、彼女らに遊園地に作り変えられてしまった。また、鉄球を投擲するカタパルトやばね式の砲台も開発予定だったが、いずれもプリンちゃん達には間違えてシーソーやジェットコースターを作られてしまっている。
初登場回 - TV第1316話B「コキンちゃんとゴミラ」
バイキン城で開発中だったゴリラのようなロボット。名前は明言されていない。コキンちゃんが連れて来たゴミラに装甲を食べられてしまい、骨組みだけになってしまった。