JR九州787系電車
3月13日:ダイヤ改正。九州新幹線新八代駅 - 鹿児島中央駅間の開業により「つばめ」は新幹線に移行し「ドリームつばめ」は廃止。「つばめ」編成は新幹線「つばめ」に連絡して博多駅 - 新八代駅間を結ぶ「リレーつばめ」として運行開始。鹿児島所属の全編成が南福岡に転属(BK-1〜8、10〜15 → BM-1〜8、10〜15)、787系は全車南福岡所属となる。
4月:この年から有田陶器市の時期に走る臨時列車の「みどり」の一部に運用されるようになった。この運用は「みどり」の一部が787系になる前年の2010年まで行われ、「リレーつばめ」用の7両編成が用いられていた(ただし2004年のみは1両減車した6両編成で運転)。
2005年(平成17年)
10月1日:ダイヤ改正。トップキャビンを廃止し、その跡地にJRグループとしては初の"上級グリーン席"である1列車3席の「DXグリーン席」を車両のリニューアル工事が完了次第順次設置。「かいおう」増発分に4両編成を充当。
12月23日:博多発長崎行きの臨時特急「かもめ81号」に「有明」用4両編成が使われた(25日まで)。長崎本線肥前山口駅以西への営業列車での入線は9年9か月ぶり。これ以降、885系電車・783系電車だけで臨時列車を運行しきれない場合、臨時列車の一部に787系が用いられるようになる。
2006年(平成18年)
5月31日:BM5編成が､新八代発博多行特急「リレーつばめ70号」として運用中､玉名〜大野下駅間で踏切事故に遭遇。
2007年(平成19年)
3月18日:ダイヤ改正。787系使用列車は全面禁煙化。「リレーつばめ67号」で4両編成2本連結の運用が登場。
9月26日:チャレンジ!おおいた国体開催に伴い、臨時特急「おおいた国体号」を博多駅・小倉駅 - 大分駅間で運行。
2011年(平成23年)
3月12日:ダイヤ改正。
九州新幹線の全線開業に伴い「リレーつばめ」は全て廃止され、「有明」は早朝・深夜の通勤対応として上下7本に減便(787系での運行は3本)。「リレーつばめ」「有明」の門司港駅・小倉駅 - 博多駅間は「きらめき」に編入。
余剰となった787系は「かもめ」「にちりんシーガイア」へ運用復帰、「みどり」「にちりん」「ひゅうが」「きりしま」「川内エクスプレス」での運用開始。
それまでの運用区間は鹿児島本線門司港駅 - 新八代駅間、豊肥本線熊本駅 - 肥後大津駅間および福北ゆたか線直方駅 - 吉塚駅間のみであったが、この改正で鹿児島本線川内駅 - 鹿児島駅間、長崎本線の喜々津駅 - 長与駅 - 浦上駅間を除く全区間、佐世保線全区間、日豊本線全区間、日南線・宮崎空港線南宮崎駅 - 宮崎空港駅間にも拡大し、JR九州の交流電化区間の大半で運用されることになった。佐世保線と南宮崎駅 - 鹿児島中央駅間での定期運用は初めてである。逆に、鹿児島本線長洲駅 - 新八代駅間および豊肥本線からは撤退(熊本駅発着の「有明」は2014年まで運行されたが、787系は当初から長洲駅発着の「有明」のみに充当されていた)。
この運用変更に伴い、4両編成は大分鉄道事業部大分車両センターに異動(BM-101〜111→BO-101〜111)。7両編成は全編成6両編成に減車し、繁忙期に「かもめ」「みどり」などでは8両編成に増結することとなった。
2014年(平成26年)
3月15日:ダイヤ改正。6両編成14本のうち、6本を7両編成に増結。「かもめ」「みどり」では787系全列車が7両編成での運行となる(繁忙期は8両編成に増結)。
2016年(平成28年)
3月26日:ダイヤ改正。「川内エクスプレス」が廃止されたため、鹿児島本線川内駅 - 鹿児島中央駅間から撤退。
2017年(平成29年)
3月4日:ダイヤ改正。
「にちりん」「ひゅうが」および宮崎空港線充当列車の4両編成の列車の一部をワンマン化。
783系で運行されていた「にちりん22・25号」、「ひゅうが8・9号」に4両編成が充当されるようになる。
2018年(平成30年)
3月17日:ダイヤ改正。
「きらめき」での運用は本数削減と783系への置き換えにより大幅に減少。
「有明」の区間縮小に伴い鹿児島本線大牟田駅 - 長洲駅間から撤退。
「かもめ」「みどり」での6両編成の運用が復活(「かもめ100・103号」「みどり1・10号」が該当。なお「かもめ103号」を除き、「ハウステンボス1・10号」の運転日は783系での運行となる)。
「にちりん」「ひゅうが」「きりしま」および宮崎空港線普通列車のうち4両編成の列車の全てをワンマン化。なお多客期に小倉駅 - 大分駅間で運転される臨時「にちりん」には引き続き車掌が乗務する。
日豊本線の佐伯駅 - 延岡駅間を通しで運転する普通列車はすべて787系4両編成での運転となる(いずれも先頭車1両のみ乗車可能、車掌乗務)。
2020年(令和2年)
9月29日:787系をベースにしたD&S列車「36ぷらす3」用編成(BM-363、BM-15から改造)が報道陣に公開される。
10月16日:「36ぷらす3」運行開始。
2021年(令和3年)
3月13日:ダイヤ改正。
「有明」が廃止。鹿児島本線鳥栖駅 - 大牟田駅間から撤退。
783系の日豊本線での運用を全て当系列で置き換え、「にちりんシーガイア」「にちりん」「ひゅうが」「きりしま」を全て787系に統一。下り「にちりんシーガイア」への当系列の充当が21年ぶりに復活する。また4両編成の小倉駅への定期乗り入れが「有明」時代以来10年ぶりに復活(にちりん3・20号)したことで、4両編成が日豊本線全区間で定期運用を持つようになる。
「かいおう」から撤退。篠栗線および筑豊本線での定期運用が消滅。
「かもめ102号」(肥前鹿島駅→博多駅)を885系から787系7両編成での運転に変更。
2022年(令和4年)
9月23日:ダイヤ改正。
ダイヤ改正で新設される特急「リレーかもめ」「かささぎ」の大半の列車に充当。従来の7両編成は8両編成に増結し、本系列の「リレーかもめ」は全て8両編成での運転とする(「かささぎ」は8両編成と6両編成を併用)。
「かもめ」は新幹線列車への移行に伴い在来線特急としては廃止。
「みどり」からは撤退。また「36ぷらす3」の月曜日ルートが長崎駅発着から佐世保駅発着に変更となる。
以上の運用変更に伴い、長崎本線肥前浜駅 - 長崎駅間から撤退するほか(同区間は非電化となるため本系列の自走での乗り入れができなくなる)、長崎本線肥前鹿島駅 - 肥前浜駅間、佐世保線武雄温泉駅 - 佐世保駅間での運用は「36ぷらす3」のみとなる。
「かいおう」全列車での運用が復活(6両編成での運転)。
「きらめき」(2000年3月 - ):1・2・4・5・6・12号
4・12号は6両編成、他は8両編成で運転。
「リレーかもめ」(2022年9月 - ):1・3-5・8・9・12・13・16・21・24・25・28・29・32・33・36・37・40・41・44・57・61・62・62・65号
すべて8両編成で運転。
「かささぎ」(2022年9月 - ):101・103・106 - 109・111・112・114・201・202・204号
101・106・201・202号は6両編成、他は8両編成で運転。
「かいおう」(2001年10月 - 2021年3月、2022年9月 - ):全列車
6両編成で運転、個室は利用不可。
「にちりん」(1993年3月 - 2000年3月、2011年3月 - ):全列車
4・5・6・7・11・12・14・15号は6両編成、他は4両編成で運転。
5・14号は「にちりんシーガイア」として運転。
1993年 - 2000年は「にちりんシーガイア」のみに充当されていた。1993年3月のダイヤ改正で南宮崎駅発着の2往復に新製した当形式を投入した際、従来の485系と異なる愛称「にちりんシーガイア」を与えたのが始まり。その後2000年に787系は一時撤退し783系に変更されたが、2011年に一部「にちりんシーガイア」に復帰した(24号のみ、1往復は引き続き783系が充当)のち、2021年に再び全列車が787系で運転されるようになった(下り便への充当は21年ぶり)。
「ひゅうが」(2011年3月 - ):全列車
1・5・12・16号は6両編成、他は4両編成で運転。
「きりしま」(2011年3月 - ):全列車
すべて4両編成で運転。
「36ぷらす3」(2020年10月 - ):専用車両で運転
一部の宮崎空港線の普通列車(宮崎駅 - 宮崎空港駅)(2011年3月 - )
日豊本線・佐伯駅 - 延岡駅間の普通列車の一部(2018年3月 - )
4両編成で運転。乗降は先頭車のみ可能。
「つばめ」(1992年7月 - 2004年3月)
「ドリームつばめ」(1993年3月 - 1995年4月、1996年3月 - 2004年3月)
「リレーつばめ」(2004年3月 - 2011年3月)
「有明」(1992年7月 - 1994年6月、1995年4月 - 2021年3月)
「川内エクスプレス」(2011年3月 - 2016年3月)
「かもめ」(1994年3月 - 1996年3月、2001年3月 - 10月、2011年3月 - 2022年9月)
「みどり」(2011年3月 - 2022年9月)
「ドリームにちりん」(1993年3月 - 2000年3月)
本形式は他社エリアに展示用として貸し出されたことがある。
1993年12月20日には、西日本旅客鉄道(JR西日本)大阪駅で展示会が行われた。
1994年「鉄道の日」制定を記念したプレイベントとして、10月9日・10日に「新旧つばめの出合うとき」が東日本旅客鉄道(JR東日本)大宮工場(現・大宮総合車両センター)で開催され、梅小路蒸気機関車館のC62形2号機、JR東日本高崎運転所(現・高崎車両センター高崎支所)のEF55形1号機とともに展示されたことがある。