国鉄165系電車
1980年10月1日ダイヤ改正では117系電車への完全置換えにより、153系・165系京阪神地区新快速運用を終了した。ブルーライナー塗装のクハ165形は順次湘南色に復元されることになり、2両がクハ164形非冷房車置換えに転用されたほか、8両が転出。また1961年から宮原電車区が担当していた急行運用のうち「鷲羽」は廃止。「比叡」は大垣電車区へ移管し定期運用を終了。中京快速用モノクラス8両C編成での運転となり1982年11月15日ダイヤ改正で完全165系化されたが、1984年2月1日ダイヤ改正で廃止され京阪神地区での定期運用すべてが終了した。
1986年11月1日に実施された国鉄最後のダイヤ改正で、中央東線昼行急行全廃となった松本運転所から余剰となった3両編成x11本計33両が紀勢本線に残る客車列車置換え用として日根野電車区(現・吹田総合車両所日根野支所)に転入。編成番号はMcM'ユニットの車両番号が若い順にF301 - F311が付番された。
分割民営化直前の配置であり、分社化後のJR西日本で165系・167系が配置されるのは当区以外で宮原電車区のみで初期配置された車両以外に他車両基地との転配経歴はない。
本転配により113系24両が捻出され福知山線宝塚 - 福知山間電化用などに転用された。
車両面の特徴としてモハ164形は全車とも低屋根の800番台であり、先頭車前灯はクハ165-45が唯一の原型白熱灯で、それ以外は松本運転所時代にシールドビーム化改造を施工済である。また本区独自の改造として#紀勢スイッチの設置工事がある。
定期運用は紀勢本線和歌山 - 新宮間を中心に紀伊田辺以南ほぼすべての普通列車のほか、阪和線経由天王寺発新宮行夜行に充当された。編成は3両が基本で、新宮行夜行列車では途中の紀伊田辺まで2編成併結6両で運転された。
新宮行夜行列車は客車列車時代の寝台車付き普通列車「南紀→はやたま」からの流れを汲むもので釣り客に多く利用されたことから太公望'列車と通称された。客車時代末期は寝台車連結や列車愛称が無くなり、天王寺 - 新宮間1往復で運転されていたが、天王寺行は利用客が少ないため165系化と同時に新宮行のみの片道運転となった。
一方で優等列車への充当は定期列車が存在せず1995年夏期まで紀勢本線多客期臨時急行列車のみとされたが、従来は宮原運転所所属波動輸送運用対応165系・167系4両編成x2本が充当された臨時急行「ちくま81・82号」「くろよん」へ1997年のゴールデンウィーク以降2000年まで本区所属車での運用に変更された。
また同年6月21日には父の日にちなんで阪和線で運転された臨時列車「お父さん感謝大漁号」は、165系3両編成を103系3両編成の中間に挟んだクモハ103+モハ102-クモハ165+モハ164+クハ165-クハ103の6両編成により天王寺 - 和歌山 - 和歌山市間で運転された。
1990年3月10日ダイヤ改正で新宮行夜行列車の始発駅を天王寺から新大阪に変更。経由線区となる大阪環状線は保安装置がATS-Pであることから、F306 - F311編成にATS-P搭載改造を施工。以後の大阪環状線へ乗入る列車にはATS-P搭載車限定運用となった。
1999年10月2日ダイヤ改正では運用縮小。紀伊田辺以南運用を105系電車に置換えATS-P未搭載のF301 - F305編成5本が廃車、新宮行夜行定期運転区間も紀伊田辺までに短縮。金・土・祝前日のみ臨時列車扱いで新宮まで延長運転とされたが、これも2000年10月1日ダイヤ改正で終了。ATS-P搭載編成からもF308・F311の2本が廃車となり、残存車は3両編成x4本計12両で編成番号をF301 - F304に再付番した。
2002年3月22日で新大阪発紀伊田辺行は221系へ、その他の運用も117系電車などに置換えられ定期運用を終了した。定期運用終了後は同月24日に白浜→天王寺・和歌山 - 新宮で臨時快速「ありがとう165系号」を運転。さらに同月30日には山陽新幹線新大阪 - 岡山間開業30周年記念として新大阪 - 宇野間「鷲羽」リバイバル運転で全運用が終了。同年10月までに全車廃車となった。
定期列車へは充当されない波動運用に特化した車両・編成が所属した基地には以下の5種類が存在する。
1:167系を充当した修学旅行列車および夏・冬シーズンの臨時列車に充当された車両基地
田町電車区・宮原電車区
2:配置開始から終了まで波動運用にのみ充当された車両基地
小山電車区・向日町運転所・岡山電車区
3:定期運用充当車とは別に波動運用専用車が配置された車両基地
新前橋電車区(1963年 - 1964年)・田町電車区・宮原電車区
4:定期運用開始前に波動運用専用車を配置 定期運用充当車が全車転出後に再度波動輸送専用車を配置
5:定期運用終了後に残存車もしくは転入車によって波動運用のみ担当した車両基地
新前橋電車区(1990年以降)・幕張電車区(1982年以降)
167系を充当した修学旅行列車運用には以下の2車両基地所属車が充当された。なお両基地とも修学旅行オフシーズンとなる夏休みやゴールデンウイークさらには年末年始の繁忙期には臨時列車運用にも充当されており、下関運転所所属車による「わこうど」と同時刻で運転された急行「長州」など予定臨時列車も存在した。
1965年7月に4両編成x4本計16両を田町電車区に配置し同年10月より品川 - 京都間「わかくさ」で運用開始された。
1966年1月から2月にかけて4両編成x3本・6両編成x4本計36両配置し同年4月より下関 - 広島間「なかよし」(小学生向け)・下関 - 京都間「友情」(中学生向け)・下関 - 東京間「わこうど」(高校生向け)で運用開始された。
1974年 - 1975年にかけて修学旅行列車の新幹線移行に伴い上述列車は廃止。車両は波動輸送用に転用された。また下関所属車は1974年から1975年にかけて田町区に4両編成x5本20両、宮原電車区にクハ167形4両とモハ167・166形ユニット6組12両の計16両が転出。主に山陽・信州・上越方面への臨時列車のほか、神奈川県内から日光への小学校向け団体列車運用にも充当された。
1963年4月に4両編成x5本の波動輸送編成が新製配置されたが、1964年4月 - 5月に三鷹電車区へ転出後は波動輸送対応編成はなくなった。しかし分割民営化後に高崎地区ローカル運用が終了した新前橋電車区では、1989年から1990年にかけて転出・廃車とならなかった3両編成x11本計33両に車両更新工事を施工。同時に編成番号をS1 - S12を付番し、ATS-P搭載ならびにアイボリーに青とピンクのストライプが入る通称「モントレー色」への塗装変更を実施し、波動輸送対応用とした。
2000年以降は運用数減少および183・189系転入に伴いS1 - S8編成は廃車。2002年からは残存していたS9-11編成を湘南色へ塗装変更を実施した上で以下のイベント急行列車で運用された。
11月2 - 4日 「草津」(上野 - 万座・鹿沢口)
11月9・10日 「ゆけむり」(上野 - 水上)
11月16日 「内房」(両国 - 館山)
11月17日 「外房」(両国 - 安房鴨川)
11月23日 「犬吠」(両国 - 銚子)
11月24日 「鹿島」(両国 - 鹿島神宮)
3月29・30日 「伊香保」(上野 - 水上)
4月12・13日 「奥利根」(上野 - 水上)
4月27日 「わたらせ」(上野 - 小山 - 桐生)
5月24・25日 「妙高」(上野 - 横川)
6月14・15日 「さよなら165系信越号」(上野 - 横川)
6月21・22日 「さよなら165系吾妻号」(上野 - 万座・鹿沢口)
6月28・29日 「さよなら165系上越号」(上野 - 水上)
上記イベント終了後に全車廃車となり、長野総合車両所で解体された。
1966年12月ならびに1967年3月に3両編成x5本、1968年3月にサロ165形3両の計18両が日本車輌で製造され、波動輸送対応用として新製配置された。
このうち3両編成x1本は1967年6月に田町電車区との間でモハ165-5+モハ164-805・クハ165-11と車両交換を実施したが、1968年9月25日付で田町区へ再転出。さらに普通3両編成x4本計12両は同月27日付で松本運転所へ、サロ165形3両は同年10月1日付で新前橋区へ転出し、配置が終了した。
1964年春期に運転された臨時準急「かいじ」充当用に新前橋電車区から4両編成x5本が転入したが、同年10月1日付で全車田町電車区へ転出。また中央東線急行「たてしな」充当車11両が配置されたが、1965年7月の中央東線松本電化により一旦は全車が松本運転所へ転出し本系列の配置は一旦終了した。
1985年3月14日ダイヤ改正で「かいじ」「かわぐち」「みのぶ」季節列車格下げに伴い松本運転所から余剰となった3両編成x5本と増結用クハ165形4両、「佐渡」「よねやま」「赤倉」が全廃となった新潟運転所から3両編成x2本と増結用クハ165形1両の165系計26両が転入し波動輸送対応車両基地となったが、分割民営化の1987年4月1日までに3両編成x1本がパノラマエクスプレスアルプスへ改造、増結用クハ165形は廃車もしくは新前橋電車区へ転出となった。
分割民営化時には一般車3両編成x6本とパノラマエクスプレスアルプス編成6両の計24両配置とされたが、一般車はその後に以下の経緯で廃車・転入を伴う車両の入換を実施した。
1991年9月:中央快速線中野 - 高尾間ATS-P使用開始に伴う以下の変更で3両編成x5本に減少
165系は1本廃車、1本にATS-Pならびに循環式汚物処理装置を搭載して配置継続
1992年3月:松本運転所から169系2本転入で3両編成x7本に増加
1994年6月1日:残存する唯一の165系編成廃車で169系3両編成x6本に減少
1998年には長野・松本・上沼垂から3両編成x6本が転入。1991・1992年転入車は置換えられ2000年1月までに廃車となった。
1998年転入車は塗装を湘南色から白ベースに窓周りをグレーとし、窓下に沿線の山梨県が主産地となる桃と葡萄をイメージしたラインを入れ、前面貫通路は濃い青色としたほか、先頭車前面客室扉戸袋窓下にINTER CITY TRAIN 169(M6編成のみ165)のロゴが入る三鷹色へ変更した。
松本・上沼垂から転入したM4 - M6編成は2000年度までにパンタグラフをPS35D形シングルアーム式に換装、長野から転入したM1 - M3編成は引き続きPS23A形パンタグラフを搭載し、いずれも中央本線高尾以遠の狭小トンネル区間への入線に対応した。また前灯も169系はシールドビーム改造施工車であるが、165系で組成するM6編成のみ原型の白熱灯車である。
座席も松本→長野に転出経歴がある#改座車でR51系簡易リクライニングシートのM1 - M3編成、元松本A8編成でセミクロス改造を施工されたものの三鷹転入時にクロスシートに復元したM5編成、車体更新工事は施工されたものの従来からクロスシートを維持するM4・M6編成の3仕様が存在し、6両編成を組成する場合リクライニング車+クロス車が前提とされたため基本的にM1+M4・M2+M5・M3+M6での組み合せが行われた。
運用面では波動輸送対応とされ定期列車運用はなく、パノラマエクスプレスアルプス編成が団体ならびに通常の臨時列車に、一般車は臨時列車扱いとして1997年から八王子 - 大宮間を武蔵野線経由で毎日運転された「こまちリレー号」(→「新幹線リレー号」→快速「むさしの号」)や各種「ホリデー快速」ならびに東京 - 大垣間増発夜行列車最混雑時増結車のほか、シーズン中の臨時急行「アルプス」への充当が主とされた。
このほか諏訪湖畔で毎年8月15日に開催される諏訪湖祭湖上花火大会ならびに9月第一土曜日に開催される全国新作花火競技大会での観客輸送応援用として、松本運転所への貸出名義で運用実績がある。
2001年9月にパノラマエクスプレスアルプス編成が除籍され富士急行へ譲渡。一般車は上述主運用のうち「むさしの」が2002年12月に豊田電車区(現・豊田車両センター)の115系に、「ホリデー快速」が183・189系に置換えられたほか、大垣夜行増結も同年中に終了。2003年1月2日の臨時列車充当を最後に全運用終了。同年1月30日付でM5編成は廃車となり部品取りとして富士急行へ譲渡。他の5編成は同年4月15日付で廃車となり配置が終了した。
東北本線黒磯以南・日光線および「湘南日光」の定期運用充当車とは別に1963年新製後は新前橋電車区配置となった165系4両編成x5本は、三鷹電車区への転属を経て1964年10月1日付で転入し定期運用を持たない波動輸送対応とされた。
ただし、1967年6月17日付でモハ165-5+モハ164-805・クハ165-11は小山電車区(現・小山車両センター)との間でクモハ165-113+モハ164-843+クハ165-146と車両交換を実施したが、1968年9月25日付で田町区へ復帰。小山からの転入車は中央東線増発用として松本運転所へ転出した。
また田町区には「ごてんば」充当用3両編成x2本と湘南急行組込用サロ165形の定期運用充当車ならびに167系4両編成x4本が配置されていたが、167系は修学旅行列車廃止により1975年に下関運転所から4両編成x5本が転入。これにより167系4両編成x9本計36両を波動輸送対応編成に転用。165系波動輸送対応編成は定期運用充当用として神領電車区へ転出した。
167系は編成番号を波動輸送対応を示すアルファベット記号Hと組成される電動車ユニット車両番号+10で付番され、1978年以降冷房化改造が施工されたが電源用MGはクハ167形偶数向き(東海道本線神戸向き)車のみに搭載されたほか、さらにクハ167形は一部車両へ前灯シールドビーム化を施工。また湘南色への塗装変更、折り畳み式テーブルなどの修学旅行用設備の撤去を実施した。1980年10月1日ダイヤ改正で4両編成x1本を「ごてんば」に充当する定期運用を担当したが、1985年3月15日ダイヤ改正で「ごてんば」廃止に伴い終了。以後は波動用として運用された。
ただしクハ167-2は事故のため1984年に廃車となり、代車として神領電車区からクハ165-3が転入した。
分割民営化後に全車車体更新工事を、全制御車へ前面強化工事ならびに前灯をシールドビーム化もしくは角形タイプへの改造・ATS-P搭載、モハ166形はパンタグラフをPS21形へ交換など施工したほか、H19編成を除きクハ165-3・クハ167形偶数向き車・モハ167形はトイレ・洗面所・水タンクを撤去。さらには残存した洗面所の窓を撤去するなど編成によって特化した改造を長野・新津・大宮・大井の各工場で施工しており、以下の4タイプに分類された。
H11編成 一般車
湘南色。事故廃車となったクハ167-2に代りクハ165-3を組成する。
前面強化と1989年に長野工場で施工した車体更新工事ではトイレならびに洗面所半数化ならびに洗面所窓撤去以外は原型外観を留めた編成である。
客席は通常のボックスシートであることから後述するH19編成と共に8両編成を組成して主に神奈川県内 - 日光方面修学旅行列車や東京 - 大垣夜行普通列車臨時増発へ充当された。
H12 - 16編成 アコモデーション改善車
後述するH17・18編成の「メルヘン」用改造が好評であったことから、1989年7月から改造された。改造内容は、座席を余剰となったR51系簡易リクライニングシートに換装し、定員を先頭車60名・中間車64名へ変更。またトイレ・洗面所のリニューアルを施工したほか、塗装をクリーム10号地に橙・赤・黄緑帯の通称田町色に変更した。
改造当初は「JR東日本ジョイフルトレイン」と表記したヘッドマークを先頭車前面に掲出し臨時快速列車を中心に成田初詣臨時などにも充当されたほか、H15編成は非電化区間である小海線へDD16形ディーゼル機関車の牽引・推進で乗入れる「葉ッピーきよさと」充当可能編成で本改造と同時に対応工事を施工。
H14編成のクハ167-8のみ角型ヘッドライトへの改造を施工。
H17・18編成 メルヘン車
1988年12月の京葉線暫定開業に合わせ設定された大宮・立川 - 舞浜間を武蔵野線経由で運転する東京ディズニーランド向け臨時快速「メルヘン」用に改造された編成。改造内容は、地に青緑1号と青9号のブロックパターンとしたメルヘン色と称する専用塗装を施し、座席をグリーン車用R27系リクライニングシートへ交換し定員を先頭車44名・中間車48名へ変更。
1991年2月ならびに6月に車体更新と同時に塗装をアコモ改善車と同様の田町色に変更。角形ライト化・荷物置き場となった箇所の側窓閉塞も同時施工された。
1993年4月 - 6月に山梨デスティネーションキャンペーンの一環として運転された臨時急行「しんせん・やまなし」でパノラマエクスプレスアルプスと併結で運用されることから同塗装に変更された。
H19編成 一般・角形ヘッドライト改造施工車
H11編成と同様に湘南色であるが、1991年の車体更新工事時にクハ167形は角形ヘッドライト化ならびにATS-P搭載を施工し、客席はボックスシートのままバケットタイプに交換した。
上述した波動輸送や臨時列車のほかに「ホリデー快速むさしの」「ホリデー快速ピクニック」「ホリデー快速河口湖」などの準定期とも呼べる運用も存在した。快速運用はアコモ改善車・メルヘン車が主に充当される一方で臨時大垣夜行には例外的に数回充当された程度である。これは臨時大垣夜行ならびに修学旅行列車運用ではアコモデーションより着座定員が優先されたためでボックスシートのH11・H19編成充当が主とされた。
首都圏中心の運用であったが、北長野運転所所属165・169系4両編成の1991年夏期臨時列車運用で、新宿⇔小海「葉ッピーきよさと」と軽井沢⇔能生間海水浴臨時快速「かもめビーチ」が同時運転となり、車両が不足したためアコモ改善車H15編成が貸し出された。このため北陸本線(現・えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン)ならびに快速「みすず」で飯田線への入線実績がある。
2003年春期臨時大垣夜行での運用を最後に同年5月から9月にかけて老朽化のため同年内に全車廃車となった。
1982年11月15日ダイヤ改正で千葉鉄道管理局管内の急行列車は全廃され、運用に充当されていた153系は全車廃車。サロ165形は他車両基地へ転出となった55・114・130 - 134を除き廃車、クモハ165形+モハ164形+クハ165形3両編成は4本のみが残留し波動運用対応編成となった。1986年には169系3両が松本運転所から転入して3両編成x5本計15両なったが、同年中に和式電車「なのはな」へ6両改造された結果、波動運用対応編成は3両編成x3本となり編成番号R1 - R3へ集約。1990年に「シャトル・マイハマ」へR1編成が改造された結果、165・169系3両編成x2本計6両が波動輸送対応となった。
1995年10 - 11月に運転されたホリデー快速「ときわ鎌倉」で取手 - 三河島 - 田端操車場(現・田端信号場) - 池袋 - 新宿 - 鎌倉が運転経路とされたため普段湘南色の電車が入線しない常磐線や貨物支線を走行したが、翌1996年3月の運転からは田町電車区の167系アコモ改善車へ運用移管され、幕張配置車は同年8月に廃車された。
国鉄宮原電車区時代の1965年に同区の定期運用充当車とは別に4両編成x8本計32両の波動対応用編成が新製配置された。主に大阪 - 富士宮間創価学会団体臨時列車に充当され、1966年3月25日ダイヤ改正より宇野まで延長された。
またこの波動輸送対応編成は、1966年から1968年にかけて向日町運転所(→京都総合運転所→現・吹田総合車両所京都支所)に一時的な転属をしたが、クハ165-118を除き宮原区復帰後の1972年に大垣電車区へ転出した。
上述した編成と入れ替わる形で1971年11月 - 12月にかけて下関運転所から以下の16両が波動運用対応として転入した。
本グループのうちクハ164-5 - 7は「鷲羽」「比叡」編成に組成されるモハ165形+モハ164形ユニットの冷房電源供給確保の観点から1972年夏期までに冷房化ならびに110 KVA MG搭載の改造を施工され、波動運用対応編成から除外。しかし残された編成とクハ164形全車はクハ165-112を除き中央西線全線電化用として1973年5月 - 6月に神領電車区へ転出し、一旦は波動運用対応編成は消滅した。
1974年から1975年にかけて下関運転所から8両編成x2本を組成するモハ167・166-10 - 15ならびにクハ167-19 - 22が転入。当初は6両編成x2本と大垣電車区から転入してきた非冷房のクハ164-1 - 4と4両編成x2本を組成して波動輸送対応とされたが、1978年にそれまでキハ58・65系で運転されていた大阪 - 長野・南小谷間夜行季節急行「ちくま」「くろよん」に波動運用対応編成を充当することになりクハ165形4両を加えて4両編成x6本に組成変更。167系冷房化改造が完了した1980年までにクハ164形は非冷房のまま廃車。新快速運用が終了したクハ165形4両へ置換えた上で編成番号K1 - K6の4両編成x6本に再組成された。
クハ167形は全車奇数(東海道本線基準で東京方)向へ方向転換した上で偶数(同神戸方)向にクハ165形を連結する4両編成x4本(K1 - K3・K5編成)
両端先頭車にクハ165形を連結する4両編成x2本(K4・K6編成)
K編成は宮原所属でありながら、通常は京都総合運転所野洲派出所(現・網干総合車両所宮原支所野洲派出所)もしくは吹田工場高槻派出所(現・網干総合車両所高槻派出所)に留置され、上述した「ちくま」「くろよん」などの臨時列車や団体列車などへ充当され、分割民営化時には全車JR西日本に承継された。
1988年9月から年末まで本系列初の四国乗り入れとなる岡山 - 高松間臨時快速運用を担当。充当車両は瀬戸大橋線通過対策として下段窓固定化を施工。
1997年に「ちくま」「くろよん」運用を日根野電車区に移管し、クハ167形全車とMM'モハ167・166-12・13を除いて廃車。両先頭車にクハ165-167・168を組成する6両のK1編成に組み替えられたが、2001年に廃車となった。
1966年に岡山電車区へ波動用4両編成x4本計16両が配置された。
1972年にクハ165-130・132・134・136を除き大垣電車区へ転出したが、以下の車両基地から転入実施された。
クモハ165-43 - 46+モハ164-502 - 505
サロ165-59・61
サハ153-3・4・9・101
サロ165-104
計19両が引続き波動運用対応編成とされたが、1973年までにサロ165形は網干電車区(現・網干総合車両所)配置を経て1975年に田町区へ、普通車は神領区へ転出して配置が終了した。
JRでの運用終了後に一部車両が他社に譲渡されたが、いずれも運用を終了している。
2001年にパノラマエクスプレスアルプスが富士急行へ2000形として譲渡され、6両を2本に分割のうえフジサン特急運用に投入された。編成方向の統一を実施しなかったため2001号編成と2002号編成では展望席の方向はそれぞれ逆向きとなる。また2003年に廃車となった三鷹電車区M5編成3両が部品取り名義で譲渡された。
2013年10月に老朽化のため後継車両として小田急20000形RSE車の譲渡導入を発表。これに伴い2002号編成の車体色をパノラマエクスプレスアルプス色へ復元し、同年11月30日の富士急電車まつりからさよなら運転を開始した。同編成は2014年2月9日のイベントで運用終了の予定であったが、記録的な大雪により中止となったまま営業運転を終了した。
一方の2001号編成も2015年度中にJR東海371系電車の譲渡による置換えが発表され、2016年2月7日に運用を終了した。これにより国鉄急行形直流電車は全廃となった。
1992年に秩父鉄道へ3000系として3両編成x3本計9両が譲渡され、急行「秩父路」で運用されていたが、2006年11月25日限りで営業運転を終了し6000系(元西武鉄道新101系)へ置換えられた。
1997年の北陸新幹線長野暫定開業に伴い信越本線横川 - 軽井沢間は廃止となり、軽井沢 - 篠ノ井間は第三セクター化されしなの鉄道に転換された。本転換に際しJR東日本から115系と169系3編成が譲渡され、1998年には1編成の追加譲渡が行われた。
169系は全車1986年に新急行「かもしか」充当用アコモ改善工事を施工した4両編成からサハ165形を除外した3両編成で移籍に伴う車両番号変更は未実施である。
これらとは別に車籍のない部品取りとして松本運転所A6編成に組成されていたクモハ169-17+モハ168-17+クハ169-7が譲渡された。部品取り車は2代目長野色・特別保全工事施工・全席クロスシートと譲渡車とは差異がある。この3両は2001年夏に西上田で解体された。
しなの鉄道開業時には、長野総合車両所所属N31・N32・N35編成が付随車を外した3両編成で譲渡され、編成番号はS51・S52・S53がそれぞれ付番された。
保安装置は小海線で運転された「葉ッピーきよさと」のほか京葉線に直通する「ファンタジー舞浜」で首都圏乗入する運用に充当されることからATS-Pを搭載していたが、譲渡時に撤去しATS-SNのみとした。車体色は当初長野色のまま譲渡されたが、まもなく赤とガンメタリックを基調とするしなの鉄道塗装(通称:しなてつカラー)への塗替を施工。客室ではリクライニングシートがそのままとされたが、トイレは使用停止となった。
115系ならびに169系の共通事項として、小諸駅では2番線・3番線ホームに長野方面・軽井沢方面の列車が並ぶことから階段付近となる長野方先頭車助士席側に案内用行先表示札が掛けられた。また115系を主体にワンマン運転を行う関係から、ホーム上ミラーで後方確認時に視界を遮らないよう運転室列車番号表示器が撤去された。
1998年には輸送力増強のためさらに1編成3両が追加譲渡され、編成番号はS54が付番された。
同編成はE127系100番台投入により余剰となったN33編成から付随車を外した3両編成で、S51 - S53編成と同様に譲渡に際しATS-Pが撤去された。塗装はガンメタリック部分を通常の灰色に変更を実施。これに併せてS51 - S53編成も灰色に変更された。
また種別幕の「普通」表示は原則白字に黒文字で表記されるが、S53編成のクハ169-20とS54編成のクモハ169-13は青地に白文字表記と相違点がある。
このほか冬期にはモハ168形のパンタグラフ集電舟に霜を取り除くカッターを装着した通称カッターパンへ換装された。
2004年から2005年にかけて、S52編成を除く3編成で110 kVAの冷房用電源MGがSIVに換装された。SIVは4基確保で1基は予備とし、換装されたMGはS52編成用予備とした。
2005年のJR福知山線脱線事故を受けて対応する運転状況記録装置やEB装置などの搭載を行う省令が施行され、しなの鉄道では115系に順次搭載工事を施工したが、169系では老朽化を考慮して搭載を見送った。
1997年のしなの鉄道線開業時に譲渡されたS51・S52・S53編成は、戸倉 - 軽井沢間のローカル列車が運用主体で、朝は小諸→長野の快速列車「しなのサンライナー」として6両編成で運転された。
1998年12月ダイヤ改正では平日の「しなのサンライナー」は9両編成化による輸送力増強を行い、さらにS54編成が譲受された。2002年12月ダイヤ改正で「しなのサンライナー」は「しなのサンライズ」に改称され、夕方時間帯に長野→上田の「しなのサンセット」を設定。169系は両列車に充当されたが、土休日の「しなのサンライズ」と「しなのサンセット」は3ないし6両での運転とされた。
2008年9月の信越本線軽井沢 - 関山間開業120周年記念イベントの一環として、S52編成を湘南色に塗装変更。同年10月 - 2009年3月に快速「リバイバル信州」などに投入された。S52編成は2009年3月末にしなの鉄道色へ復元されたが、2010年9月に再び湘南色に変更された。