サリー・ヘミングス
2000年の後半、新しく設立されたトマス・ジェファーソン遺産協会が「ジェファーソン=ヘミングス学会委員会」を創立して、父親の問題を検証した。2001年4月12日、委員会は565ページに上る報告書を発行した。それは財団の報告書よりはるかに長かったが、多くのページはトマス・ジェファーソン財団が検証した証拠の照査に充てられていた。学会委員会の大半の結論は、「ジェファーソン=ヘミングスの主張は決して証明できない」ということであった。委員の個々の結論は「告発に付いて極めて懐疑的」から「それはほとんど確実に嘘であるという確信」まで幅があった。多数意見では、最も可能性がある結論として、トマス・ジェファーソンの弟ランドルフ・ジェファーソンがエストンの父親であるということである。この可能性は19世紀にジェファーソンの孫やその他の者が挙げてはいなかった。1988年にランドルフ・ジェファーソンとサリー・ヘミングスの関係を最初に公にしたのは、7年間ジェファーソンの研究をした劇作家のカリン・トラウトであった。その夫で生物学者のトマス・トラウトは学会委員会のメンバーになった。当時のバージニアには可能性のある25名の男性ジェファーソンが住んでおり、そのうちの8人はモンティチェロかその近くに住んでいたということである。
学会委員会の結論にただ一人不同意の者ポール・ラーエは、「トマス・ジェファーソンがエストン・ヘミングスの父であることよりももっと可能性があるもの」を考慮したと書いた。また「私の知らないことが1つあり、それは大変ひどいことだ。ジェファーソンは奴隷所有者とその関係者がその力を悪用する性向について表明した嫌悪感にもかかわらず、自分でもそのような虐待に関わるか、彼の広い意味での家族のメンバーの1人あるいはそれ以上に加担して虐待に寛容であったことだ」と付け加えた。
この委員会の議長であった歴史家のロバート・ターナーはジェファーソンとヘミングスの性的関係の証拠は、ビル・クリントンの弾劾を取り巻く政治的雰囲気のゆえに「急いで発表」されたことを示唆した。
さらに研究が進められた。『国立系図学協会クォータリー』2001年9月号ではサリー・ヘミングスの4人の子供の父親はトマス・ジェファーソンだったと結論付けた。この記事は明白に学会委員会の報告を批判している。
ウッドソン家は『家庭における大統領』という本で彼らの主張を出版し続けている。この本では、次のように議論している。
ジェファーソンの農園記録には1790年に生まれた奴隷の節に削除した跡がある。
1800年と1801年のトマス・ジェファーソンが贈り物をした記録は、贈り物(複数)がトマスという「従僕」に贈られたことを示している(キャレンダーの言うトムはこの贈り物の時に10歳であった)。
歴史家ジョセフ・エリスが報告の過程に以前関わったことは、フォスター博士が歴史家はDNA鑑定やその報告に関わらせないと鑑定の参加者に約束していたが、その過程の管理を失ったのだから批判の対象になる。
現在のアメリカ歴史家の間で一致した意見は、完全な様変わりを経験しているように見える。かつては、ほとんどの学者が証拠を詳しく調べずにジェファーソンはヘミングスの子供の父親であるという考えを切り捨ててきた。今や、多くの歴史家があらゆる記録を必ずしも精査したわけではないが、この話は有り得るということで一致している。学者はさらに証拠を当たるべきであるが、それがどこで見つかるかは不明である。
大衆の間でも、トマス・ジェファーソンとサリー・ヘミングスの関係に関する問題は議論を呼んだままである。モンティチェロ協会のメンバーはジェファーソンの一番上の娘マーサ・ジェファーソン・ランドルフの系統でジェファーソンの子孫を主張しているが、投票でヘミングスの子孫は会員に入れないことを決した。にもかかわらず、歴史や生物学の展開によって、1組のアメリカ人がその先祖はモンティチェロで生まれ、ジェファーソン家と同じY染色体を持っていることを示している。サリー・ヘミングスの一番下の息子エストン・ヘミングスの父系の男性子孫である。
この論議は別の面から熱を帯びることになった。1998年アメリカ合衆国議会はビル・クリントンに弾劾を実施し、ピュリッツァー賞受賞歴史家のジョセフ・エリスは、以前にも『ニューヨーク・タイムズ』の全面広告にも他の歴史家たちと登場していたが、クリントン弾劾について反対意見を表明し、ジェファーソンと比べることでクリントンを擁護した。エリスは以前1996年に書いた『アメリカのスフィンクス:トマス・ジェファーソンの性格』で、ジェファーソンがヘミングスと性的関係を持ったのはその性格から有り得ないものだと書いていた。エリスは後に、自著が出版された後に出たDNA鑑定の結果で確信を抱いたときにこの声明を撤回し、この関係があったことが証明されたと考えた。エリスは次のように書いた。
エリスの主張は曲解という告発を受けた。ステーブン・グッドは『インサイト・マガジン』に、DNA鑑定で「合理的な疑いを越えて」ジェファーソンとヘミングスの関係を肯定したというエリスの声明は誇張であると書いた。『ネイチャー』誌の記事の主要な執筆者であるフォスターも、DNAの証拠は具体的な父親を特定したのではなく、他の候補を排除しただけだと主張した。
報告書がジェファーソンとヘミングスの関係を示唆していることを認めた者の中でも、エリスの主張する「合理的な疑いを越えて」関係を示しているということには同意しない者がいる。モリー・セコールズは『ナッシュビル・シティ・ペーパー』にその関係について記事を書き、「我々がそのことを「強姦」以外の何かと言うことは陰険で危険である」と言った。デウェイン・ウィッカムは『USAトゥディ』で、「彼とその奴隷の間の性交を合意に基づくと仄めかすことは、たとえテレビの映画の中であったとしても、アメリカの奴隷制の最も汚れた秘密を残酷なくらい不正直に表すことである」と書いた。
マディソン・ヘミングスの息子ウィリアム・ヘミングスの遺体を発掘して、さらにDNA鑑定をする提案がなされている。エストンの父系の線でのみDNA鑑定がなされているので、ウィリアム・ヘミングスのDNAとジェファーソンやカーのDNAとを比較すれば、ジェファーソンがヘミングスの子供の1人以上の父親であるか、あるいはジェファーソンの孫達が主張するカー兄弟がその何人かの父親であるかが分かる可能性がある。ウィリアム・ヘミングスはカンザス州レブンワースのレブンウォース国立墓地に埋葬されている。しかし、ヘミングス家はウィリアム・ヘミングスの遺体のDNA鑑定に同意していない。
ウィリアム・ヘミングスの遺体のDNA鑑定で、次の3点を明らかにできる。
何も一致しないとき。マディソン・ヘミングスの主張するトマス・ジェファーソンの息子ということは無効となる。ただし、他の兄弟はジェファーソンかその親戚の誰かの子という可能性は残る。
ウィリアム・ヘミングスのY染色体がカー家の子孫のものと一致した場合。カー家の1人または他の者がヘミングスと関係したというジェファーソンの孫たちの主張が証明される。
鑑定はウィリアムの叔父エストンの子孫の鑑定まで繰り返される。これでエストンと同様、マディソンはジェファーソン父系の誰かの子孫となる。
ウィリアム・ヘミングスのDNA鑑定は、DNAによる知識取得の最善の期待である。なぜならジェファーソンの公認された子孫は彼の娘の系列であり、彼のY染色体を継いだ者はいないからである。ジェファーソンの遺体を発掘したとしても、彼がジェファーソン家の1人であり非嫡出ではないことを証明できるだけで、彼が父となった子供のことは何も告げてくれない。
ヘミングスの子供たちのうち3人は、白人として通すことを選んだ。そのうちの一人ハリエットは、モンティチェロの監督者に言わせれば、「ほとんどそこらの白人と同じで大変美しい」人であり、モンティチェロを離れた後で白人と結婚した。ビヴァリーも良い境遇にある白人と結婚し、エストンはオハイオ州に転居して名前をエストン・ジェファーソンに変え、白人として暮らした。マディソン・ヘミングスは白人として暮らすことを選ばなかった唯一の子供だった。
マディソン・ヘミングスもその兄のビヴァリー・ヘミングスも、その男系の子孫が南北戦争で絶えた。2007年時点で一番下の弟エストンの男系子孫とマディソン・ヘミングスの3人の娘サラ、ハリエットおよびエレンの男系子孫が存命である。
ヘミングスの曾孫であるフレデリック・マディソン・ロバーツ(1879年 - 1952年)は、西海岸で公的な役職に選ばれた、アフリカ人を先祖に持つ初めてのアメリカ人であった。ロバーツは1919年から1934年までカリフォルニア州議会に勤めた。
ルイス・ウッドソンの子孫は長い間、彼がサリー・ヘミングスとトマス・ジェファーソンの息子だと主張した。その主張は1998年のDNA鑑定で決定的に否定されたが、ヘミングスは彼の母として完全に排除されたわけではない。