清原和博
2002年も開幕から好調だったが、故障のため戦線離脱。8月23日には長男が誕生した。シーズン終盤には復帰し55試合出場に終わるが、打率.318、12本塁打と一定の成績は残した。この年の開幕第2戦(巨人-阪神:東京ドーム)で400号本塁打達成時に目標にしていた尊敬する長嶋の現役通算本塁打数「444」本に並ぶ。またそれは試合当日、解説を担当していた長嶋の目の前で放った。故障を押して出場した日本シリーズでは古巣の西武と対戦。第1戦に松坂大輔から2点本塁打、第3戦では1点ビハインドの2回に張誌家から同点本塁打を放つなど計2本塁打を放ち、日本一に貢献し、西武時代だった1988年以来、14年ぶりに優秀選手賞に選出。清原自身はこれ以降はリーグ優勝も日本一も経験していないため、この年が自身にとって最後のリーグ優勝と日本一となった。また、張からの本塁打が日本シリーズ最後の本塁打となった。
2003年は前年オフに松井移籍数日後、燦々会の会合で原監督に早々と4番に指名され、故障に悩まされ続けながらも打率.290、26本塁打を記録。4月24日の対ヤクルト戦(東京ドーム)7回裏に成本年秀に腕に死球を当てられ、167死球で竹之内雅史の記録を抜きプロ野球記録となる。5月18日の対阪神戦で下柳剛と安藤優也から本塁打を放ち門田博光を抜いて本塁打を打った投手が185人でトップに立つなど記録を作ったが、シーズン後半にはロベルト・ペタジーニが4番を打つことが多くなり、(ただし、ペタジーニも規定打席不足)清原は主に5番を打ち114試合、341打数と評価の分かれるシーズンとなる。この年以降は度重なる怪我の影響で出場数が激減したため最後の100試合出場となった。なお、7月5日PLの2年後輩で中日の立浪和義が先輩清原に先んじて通算2000本安打を東京ドームの巨人戦で達成。その際、一塁守備に就いていた清原が花束を贈呈し祝福した。
2004年は出場試合数が減少。4月4日に秋山幸二を抜き通算三振記録1位となる(2022年7月6日に中村剛也が更新)、6月4日のヤクルト戦(神宮)でジェイソン・ベバリンから史上31人目、巨人の選手では落合以来6人目の通算2000本安打を達成するが、6月に死球を受け骨折で長期離脱した影響もあって40試合の出場に終わり、打率.228、12本塁打、27打点と低迷。シーズン終了後に堀内恒夫監督の戦力構想から外れたことが判明し、退団の危機に陥ったが、滝鼻卓雄新オーナーに「編成権は監督にあるのか、フロントにあるのか」と直談判、巨人には契約があと1年残っていたこともあり、なんとか残留を果たす。なお清原自身はこの直談判について、(当時は球団には関わってなかった)長嶋一茂を通して構想外を通告してきたことに困惑し、球団から直接話して欲しかったことを最大の理由に挙げている「反骨心」でも触れられているが、一茂の名前は伏せられていた。。残留決定の際、「泥水をもすする覚悟で精一杯プレーしたい」とコメントした。この年の秋には、後述するオリックスやセ・リーグのあるチーム(交換相手は投手)から巨人にトレードが打診され、オーナー辞任直後の渡邉恒雄が特に清原放出に積極的だったが、これらは成立しなかった。
2005年は400m日本記録保持者、東海大学陸上競技部コーチの高野進から走法の指導を受け、下半身の強化に努めた。また、ダイヤのピアスを両耳に付けて試合に臨んだ。これは一般にメジャーリーガーであり、尊敬してやまないバリー・ボンズにあやかったと受け取られていたが、実際には後に自らの著書『男道』や『告白』で「巨人軍に契約交渉の席で煮え湯を飲まされ、その悔しさを忘れないために刺青の代わりにつけた」と述べている。このピアスに関しては巨人OBをはじめ、他球団のOBからも評判は悪く、野村克也など苦言を呈す野球関係者も多かった。なお、元来巨人は「紳士たれ」という姿勢でいるため、茶髪、ひげ、ピアスなどは基本的に禁止であったが、当時の監督であった堀内もキャンプでは無精ひげを生やし「お山の大将同士の冷戦」と揶揄された。それでもこの年開幕4番を任され、4月14日の阪神戦で福原忍から本塁打を放ち、本塁打を打った投手の人数が200人に到達(史上初)した。一方で500本塁打に王手をかけた状態で臨んだ4月21日の対阪神6回戦(東京ドーム)では、10対2とリードを許していた7回裏・二死満塁の場面で藤川球児と対戦したが、藤川がフルカウントまで追い込んだ後、フォークを投げてきて三振したため、相手バッテリーに対し品のない発言「尻の穴が小さい」「陰茎がついていないのか」という趣旨の発言。直球勝負にこだわっていたのはこの時だけではなく、2014年7月31日発売の雑誌『Sports Graphic Number』第858号では、スライダーで三振した時に相手投手が直球を投げなかったため卑怯だと発言したことがあると桑田が証言している。また、オリックス時代にも紅白戦で金子千尋がイチローに対して変化球を投げた時には、金子に対して直球で勝負しろと叱責したことがある。をした。これに対し、阪神側(岡田彰布監督ら)は「藤川はその前に直球勝負していた。空振りした清原が悪い」と反論した。なお、この発言に関しては「藤川に対する罵倒」という旨で報道されていたが、当時藤川とバッテリーを組んでいた捕手の矢野輝弘は魚住ゆかり(『朝日新聞』記者)のインタビューに対し、サインを出した自身に対する非難の言葉であり、藤川に対しては「悪いな」と思っていると述べている。また、清原本人は2020年11月10日に開かれた藤川の引退試合後のセレモニーで流されたビデオメッセージで、自らの非を認めて謝罪している。4月29日の対広島東洋カープ戦(広島市民球場)で広池浩司から本塁打を打ち、史上8人目の通算500本塁打を達成。その後もしばらくは本塁打、打点の暫定2冠王で、打率も一時は.309まで上昇、オールスターゲームにも出場し、西口文也から本塁打を放った。
しかし、チームは相反する様に開幕から勝てない日々が続き、清原自身も交流戦の対オリックス戦で山口和男から頭部への死球を受け、下半身の故障なども重なって成績は徐々に低迷した。この時、清原は山口に対して直接忠告したが、翌年にチームメイトになった際に山口から直接謝罪を清原に対して行った際に、清原はこれを受け入れ、「あれは事故だ」と山口にコメントした上で許していた。
そこへ堀内との確執が表面化した問題が起こった。怪我から復帰した8月4日の対広島戦では、4回表に本塁打を放ち、ダイヤモンドを一周した後、ベンチで堀内やコーチ、選手とのハイタッチを拒否する。7番打者で起用されたことに激怒したとされている。なお、8月13日に登録抹消されたこともあり、この本塁打が巨人時代最後の本塁打となった(先述した大怪我から最前線に立てる状況ではなく、球団も配慮をしての対応だったが、清原の打者としてのプライドから認めることができなかったとされる)。
結局この年は張本勲に並ぶ入団以来20年連続2桁本塁打、2年ぶりの20本塁打以上を記録し、前年よりも出場機会を増やし96試合に出場するも、打率は自己最低となる.212となった。
結局は左膝半月板損傷の怪我と、前述のハイタッチ拒否事件で自ら孤立したためただし、自著「反骨心」では2004年の時点で戦力外通告されることを前もって知らされていたとのこと。、シーズン終了を待たず、10月1日には同シーズン限りでの退団が決まったことが球団から発表され、12月2日に正式に自由契約選手として公示された。
清原の巨人時代はマスコミや野球ファンからは否定的な意味で語られることが多く、在籍中には様々なバッシングに晒され続けたものの「巨人に入団して後悔しているか」との質問に対しては「NO」と即答しており「様々な感情が入り混じっているけれども、それらをひっくるめて人生の中で充実した9年間だった」「巨人に対して感謝している」と後に語っている。
その一方で同年監督を辞任した堀内は週刊ポストで「清原は野球に向かない。団体競技である野球に進んだのが間違い」と批判していた。また、清原も後にイベントなどで何度も堀内を批判している。なお、両者の確執は堀内がコーチ時代からあったという。
巨人時代は規定打席に到達したのは1997年、1998年、2001年の3回だけで、巨人では規定打席に到達しての3割は記録できなかった。また、100試合出場は前述の規定打席到達年の他、2003年の計4回しかなかった。また、巨人入団後の優勝経験も2000年と2002年の2回しかなかったが、いずれも日本一となっている。
巨人から戦力外通告を受けたシーズン終了後のある日、オリックスの監督を辞任したばかりの仰木彬から電話があり、「大阪に帰って来い。お前の最後の花道は俺が作ってやる」との口説き文句を言われるなど、何度も説得され、オリックス入団を決意した。仰木が近鉄の監督1年目だった1988年、10.19の死闘の末西武との優勝争いに敗れ、その後清原擁する西武が中日との日本シリーズを制し、清原は日本シリーズ優勝後のインタビューで「これで近鉄の選手の皆さんに顔向けができます」と語った。これを観た仰木は「なんて男気のある奴なんだ」と心を打たれ、以来、ことあるごとに清原に声を掛けていた。
直後に仰木は肺癌による呼吸不全で他界したが、なおも清原は仰木を「野球界で最も尊敬する人物」と語っている。しかし、オリックス入団の決断は仰木の死去後に下されたため、「他球団からのオファーが無かったことを確認してからオリックス入りを決めたのではないか」との批判もなされたが、これについては本人は「入団は決意していたが、膝の具合をみて自分が戦力になるかどうか判断したかった」と否定している。仰木は近鉄との球団合併前年のブルーウェーブ時代、2004年オフにも熱心に清原を勧誘し、巨人の球団代表らと直接会ってトレードの交渉をしていた。なお、東北楽天ゴールデンイーグルスも清原の巨人退団直後に楽天オーナーの三木谷浩史や当時監督の田尾安志による意向でオファーを検討していたことが後年(2022年)に判明している。
背番号は巨人時代に引き続き「5」(当初は西武時代の3と巨人時代の5を足した8も用意されたが、8は同年入団の中村紀洋中村紀洋もかつてパ・リーグを代表する強打者で、メジャーリーグへ挑戦したのち帰国していた。が着けた)。入団会見では「ヒットにせよデッドボールにせよ、塁に出てチームの勝利に貢献したい」と新たな決意を語った。当時体重は120kgに達していたが、2か月足らずで約20kgの減量をした。
2006年は開幕前に球団が吉本興業と業務提携を結んでいたことから、中村らと共に吉本新喜劇にも出演した。シーズンでは開幕後しばらくは清原の持ち味であるセンターからライト方向へのヒットや四球が目立った。5月21日の対阪神戦に代打で出場し、満塁で中前適時打を放って史上8人目の通算1500打点を達成。5月26日の対横浜戦で通算517号となる3号ソロ本塁打を三浦大輔から右翼席に放ち、史上12人目の4000塁打を達成。翌5月27日の対横浜戦では、9回裏に4号逆転サヨナラ満塁本塁打をマーク・クルーンから放ってチームを勝利に導いた。なお、このサヨナラ本塁打で野村克也の持つ通算サヨナラ本塁打記録11本に並んだ。7月23日のオールスターゲーム第2戦では8回二死走者なしの場面で代打として出場し、藤川球児と対戦、あと1本と迫っていたオールスターゲーム最多本塁打記録を狙ったが、空振り三振に倒れている。8月29日の対西武戦で長田秀一郎から10号サヨナラ本塁打を放つ。この本塁打で21年連続2桁本塁打を達成し、通算サヨナラ本塁打(12本)及び通算サヨナラ安打(20本)でプロ野球歴代単独トップに立った。9月2日のロッテ戦で初回に清水直行から11号3点本塁打を放つが、2007年は一軍出場できず、2008年は現役最終年で2年ぶりに一軍出場したが本塁打を打てなかったため、これが現役最後の本塁打となった。
この年は前述のサヨナラ本塁打など記憶に残る活躍もあり、本塁打数は11本と中村紀洋に次ぐチーム2位の本塁打数だが、中村も清原も故障離脱を繰り返し、チームに大きく貢献しているとはいえず、中村と合わせて23本の本塁打しか打てず67試合の出場で打率も.222と低迷し、チームの順位も5位と下がった。
このシーズンで死球を受けた後日、死球についてインタビューされた際に「もしそういうことがあれば命をかけてマウンドに走っていき、そいつを倒したいと思う」と報復を宣言したともとれる発言をしたため問題になった。
2007年はキャンプ中に左膝を痛めて離脱し、2月28日に左膝の軟骨除去手術を行う。交流戦での復帰が報道されたこともあったが回復具合は思わしくなく、7月6日に神戸市内の病院で左膝に移植手術をし、この年はプロ入り以来初めての一軍試合出場なしに終わった。その後記者会見で、「桑田の、メジャーでの頑張りを見てたらね、桑田がこんなに頑張ってるんだからって思うし、僕も現役を続行したい」と宣言。「普通の選手ならこんな大手術を認めてもらえないのに、球団にはそれを認めてくれたことに感謝している」と語っている。12月10日に契約更改を行い、野球協約による減額制限(40%)を上回る45%・9000万ダウンの1億1000万円の単年契約でサインした。
2008年も前年の手術の影響で二軍調整が続いたため、同年から始まった「ビッグボーイズ打線」のレギュラーを務めることはできなかったが、7月31日に532日ぶりに一軍に合流した。しかし、8月2日に記者会見を開き、「こんな状態なので、来年はグラウンドに立てないと思う」と話し、同年限りでの現役引退を事実上表明した。この1日に、清原関連の球団グッズは5000万円を売り上げた。これはオリックス全選手1年分の売り上げに相当するという。8月3日の福岡ソフトバンクホークス戦で7回に代打で695日ぶりに出場したが、大隣憲司の前に空振り三振。翌日の同戦でも再び代打で出場し三瀬幸司のストレートをセンター前に打ち復帰後初のヒットを打った。8月18日の西武ドームでの対西武戦終了後、「現役選手として最後の誕生日を、ここ(西武ドーム)で迎えられて嬉しかった」と語り、同年限りでの現役引退を決めていることを明らかにした。9月29日プロ入りから11年間を過ごした西武ドームでの西武とのカード最終戦終了後、グラウンドに出てライトスタンドの西武ファンの清原コールに応えた後、オリックスと西武の両軍選手が清原を胴上げするというセレモニーが行われ、渡辺久信からも花束を贈呈された。また中島裕之とユニフォームを交換した。
10月1日、京セラドーム大阪でのオリックスのシーズン最終戦、対ソフトバンク戦が清原の引退試合となった。通常、前売り入場券は試合の1か月前、ただし、その日が月曜日の場合はその翌日に発売開始されるのが通例だが、オリックスは特例として月曜日の9月1日に発売開始の措置を取った。入場前売り券は発売開始から1時間足らずで完売した。イチローや下柳剛、同年に引退した桑田真澄、PL学園野球部時代の監督だった中村順司らが見守る中、4番・指名打者で先発出場(野球関係者以外では、藤原紀香、秋山成勲などが駆けつけていた。)。試合前には王貞治から花束贈呈もあり、王は清原に対し「生まれ変わったら、同じチームでホームラン競争しよう」と伝えた。外野スタンドから西武・巨人・オリックスの在籍時代の応援歌が順に演奏される中、第1打席は2回先頭打者、2ストライクから3球目をライトフライ。第2打席は4回裏一死一塁で4球目を空振り三振。第3打席はオリックスが3-1とリードした6回裏一死一塁で5球目を右中間適時二塁打(打点1)。これが現役最後の安打・打点となった。8回裏一死での最終打席は6球目を空振り三振に終わる。対戦投手の杉内俊哉は4打席18球全て直球を投げた。清原は杉内にヘルメットを脱いで一礼し、空振りしたボールは記念球として、この試合で球審を務めた東利夫から清原に手渡され、清原はこのボールに『杉内へ 最高の球をありがとう 清原和博』とサインし杉内に贈った。試合は4-1でオリックスが勝利した。ウイニングボールは完投勝利を記録した近藤一樹から清原に手渡されたが、近藤がこの試合でプロ入り初の2桁勝利と規定投球回を達成したことを知っていた清原は、このボールにもサインを入れて近藤に贈り返している。試合終了後の引退セレモニーでは、北川博敏と金本知憲から花束が贈呈され、長渕剛が清原が巨人時代から入場テーマ曲として使用していた「とんぼ」「死にたいくらいに憧れた 花の都大東京」の一節を、自分が子供の頃から巨人軍に憧れていたことに重ね合わせたもの。をアコースティック・ギターの生演奏で熱唱した。引退挨拶では自分が所属した西武・巨人・オリックス及び各球団ファン、そしてオリックス入団への道を開いた仰木に感謝の気持ちを述べ、最後に「今日、引退させて戴きます。全国のプロ野球ファンの皆様、23年間、応援どうもありがとうございました」と涙ながらに締めくくった。その後場内を1周し、ホームベース上でオリックスの選手たちによって胴上げが行われた。翌10月2日、オリックス球団は本人の希望で清原を任意引退選手として申請し、同日パシフィック野球連盟から公示された。オリックスはこの年2位に入りクライマックスシリーズ出場権を獲得したが、清原は出場の辞退を自ら申し入れた。そのクライマックスシリーズ・第1ステージ(対北海道日本ハムファイターズ)では選手の要望で清原のユニフォームがベンチ内に掲げられ、清原本人もゲストルームから声援を送った。
引退後以降は野球評論家として活動を開始することとなり、2009年1月29日に日刊スポーツ大阪本社と専属評論家としての契約を交わした。評論家契約後のコメントにて、「将来的にはNPBの属する球団の二軍監督となって、自身が育てた選手と一軍で戦いたい」とも語っており、「ワールド・ベースボール・クラシックも取材する」意向を示していた。
前述のこともあり、プロ野球解説者として引退直後以後特定の放送局との専属契約を結ばず、「2009 ワールド・ベースボール・クラシック」にてサンディエゴラウンドの中継権を保持していた、TBSテレビ中継分のスペシャルナビゲーターに就任。
その後は、『すぽると!』(フジテレビ)や『サンデーモーニング』(TBSテレビ)へのコメンテーター出演や、『F1グランプリ』(フジテレビ)のゲストとして、モナコGPへスペシャル・キャスターとしての現地出演を含めたタレント活動を行って行った。
2011年2月15日、2011年シーズンにおいて『文化放送ライオンズナイター』(文化放送)の番組30周年記念イメージキャラクターに就任。それに伴い、特別解説者として、月1度程度出演していた。
しかし、評論家・タレント転身後以後、ジャイアンツ時代末期と同様に仕事のドタキャンが目に付くようになった。
前述の2009 WBC出演時には、アメリカ合衆国に入国したのにも関わらず、準決勝・決勝の中継解説は行ったが、サンディエゴラウンドの解説をドタキャンした。『ライオンズナイター』の特別解説も同様な対応を取ったことで、このシーズンを最後に放送局から野球解説者として出入り禁止状態となった。
また、前述のコメンテーター・タレント活動開始直後から、妻帯者でありながら、銀座の高級クラブのママと不倫関係を週刊誌に報じられていた。そのクラブママをサンディエゴやモナコに帯同させるといった公私混同行為を問題視され、日刊スポーツ大阪本社との評論家契約も、契約更新されず契約解除された。
その他、講演会やCMキャラクターとしての撮影でも、撮影中に立腹して帰宅する等の素行不良が相次ぎ、写真週刊誌の的となった。
2013年には週刊実話で落合を大批判したことで話題になった。
自身が所属したチームにおいても、2014年2月21日、2014年シーズン春季キャンプにて、沖縄セルラースタジアム那覇で行われたジャイアンツの一軍キャンプ訪問時、奇抜な上下白のスーツとエナメル靴を着用した。結果的に自らプロ野球界と疎遠にさせる行動を行っていた。清原は、2015年のインタビューでは、OBの集まりでは巨人からは招待状すら来なかったと発言してる。
2014年3月6日、「週刊文春」2014年3月13日号にて、「清原和博 緊急入院 薬物でボロボロ カリスマモデル妻は『刃物を持って追いかけ回された』」と言うトップ記事で、違法薬物使用による副作用の治療のため、大学病院での診察後に清原に直撃した記事が発刊された。また、文春記者に暴行を加えて恫喝したことも掲載され、録音機を破壊したことも報じられている。
しかし、清原は翌週発売の写真週刊誌「FRIDAY」にて、「診察は2型糖尿病のためである」との診断書やインスリン接種用ペン型注射器を提示して違法薬物使用を否定する主張をし、文春に対して民事訴訟を提起する意向を示したが、結果的に民事訴訟を提訴しなかった。この文春発刊記事により、後述にも出て来る事案として、右足のと左胸から背中に掛けて昇り龍の刺青を入れたことが、公然となった。
また、妻である木村との前述の素行不良の影響もあり、夫婦喧嘩で木村へのDV等の家庭内不和を起こしていた。その結果、木村と長男、次男は別居となり、同年9月22日付発信で同年8月に離婚成立したことを発表。長男、次男の親権は木村に渡った。
タレント活動は継続されたが、前述の素行不良で実質的タレント活動が立ち行かなくなった。しかし、2015年夏頃から清原は疑惑を払拭するため、大手芸能事務所の後ろ盾を得て、番組制作者側へ積極的にプッシュを行った結果、テレビのバラエティ番組に出演し続けた。しかし、『とんねるずのみなさんのおかげでした』(フジテレビ)のロケ企画である「男気ジャンケンシリーズ」のロケ中、真冬にもかかわらず覚醒剤使用の副反応である大量の発汗を起こし、ロケVTRをお蔵入りさせてしまう。また『ダウンタウンなう』(フジテレビ)2015年8月放送分の「本音でハシゴ酒」に出演の際、番組内トークでの求めに応じ、左胸の刺青の公開や、冗談を交えながら薬物使用を否定した。疑惑に答える機会を増やすため、2015年11月25日午後3時33分に、突如オフィシャルブログを始めた。また、逮捕の1か月前の2016年1月11日に福岡ドームで行われた名球会主催のイベント「名球会ベースボールフェスティバル2016」にパ・リーグチームとして出場し、打席に入り佐々木からヒットを放ち、普段と変わらない様子を見せていた。
しかし、週刊文春の報道は的中する。文春の記事が引き金となり各種週刊誌も後追い報道を行ったのを機に、警視庁組織犯罪対策部第五課ならびに厚生労働省地方厚生局麻薬取締部は1年に渡り内偵捜査を続けた。清原の行動確認を継続的に行った結果、当初は2015年夏に逮捕の方針を立てる。だが、清原が捜査を警戒し、自宅分譲マンションや自家用車を売却したことで証拠隠滅を謀っていると見做し、方針を見送り自当たり捜査を続けていた。後に逮捕の前日に滞在していた都内ホテルの廃棄物であるティッシュに付着した汗から覚醒剤成分が検出された。
2016年2月2日午後8時頃、警察は清原の港区東麻布に所在した自宅であるウィークリーマンションにて家宅捜索を行い、48分頃覚醒剤0.1gの所持を現認し、注射器3本、ストローとパイプ各1本、スマートフォン2台を含む携帯電話計4台を押収。その後、清原に任意同行を求め、同日午後11時に同行先である中野区の警視庁庁舎にて覚醒剤取締法(所持)容疑で通常逮捕。同年2月23日、同法違反(使用)容疑で再逮捕され、同日に東京地方検察庁は、同法違反(所持)事実で東京地方裁判所に起訴した。その後、3月15日には同法違反(使用)の罪(2月1日頃港区内のホテル客室で覚醒剤を使用したとされる)で、都合3回追起訴された。
清原は逮捕後、警視庁本部庁舎に収監。後に留置番号「114番」で管理されていた事実を公表、その後の発信のネタの1つになっている。同年3月16日、清原の弁護人は東京地裁に保釈請求を行い、翌17日に東京地裁は許可の裁定を行い、保釈金500万円を納付して、逮捕から44日ぶりに保釈。保釈後、警視庁本部から出発し、民放放送局の中継用のヘリコプターやオートバイに追われながら、千葉県松戸市に所在する千葉西総合病院に直行し、そのまま保護入院。弁護人を通じて、4月1日に東京地検は「9月1日頃、群馬県太田市内のホテルでから覚せい剤約1.2gを8万円で譲り受けた」として覚醒剤取締法違反の罪で清原を在宅のまま追起訴し、一連の捜査は終結した(同日には清原に覚醒剤を売った密売人の男も起訴された)。
逮捕後、清原の覚醒剤使用や売人等の後追い報道が発信されており、折しも逮捕のタイミングが2016年シーズンの春季キャンプ中のタイミングと重なり、疎遠となっていた現役プロ野球選手・OBである各球団の指導者、評論家、フロントスタッフ、学生時代の指導者、交友関係の有名人やプロ野球ファン等のコメントがメディアに踊り、清原の逮捕から3日後には元妻である木村も対外的にコメントを発表した。野村貴仁からは巨人時代から覚醒剤を使用していたと証言された他、一部報道からは西武時代に既に大麻吸引に及んでいたとする西武関係者の証言が聞かれた。また、公式ブログでは逮捕前日まで発信をし続けていたが、アメーバブログの運営元であるサイバーエージェントの規約に基づき、削除された。
2016年5月17日、東京地裁にて初公判が開かれ、清原は起訴内容を概ね認め、「遅くとも現役引退の2008年からの覚醒剤使用」を認め、ジャイアンツ時代の元同僚であった野村貴仁が週刊誌誌面でのロングインタビューで証言した、現役時代からの覚醒剤使用については否定。「引退後の目標もなく、私生活が荒み、指導者としてのオファーもなく、心の隙を埋める為」との理由を証言した。
また、情状酌量の証人として佐々木主浩が出廷し、「「野球人」として、一緒に野球を通して野球を通じた更生の道を探りたい」と証言を行い、検査側は「依存性や常習性は顕著」として、懲役2年6月の実刑を求刑して、審理は即日結審。同年5月31日に判決が下され、懲役2年6か月(執行猶予4年。弁護側が求めていた保護観察はつかない)の有罪判決が下された。
判決確定後は、人目を気にしてプロ入団以後から生活の拠点としていた東京から、出身地の大阪に身を潜めて潜伏生活を送っており、後に同年9月に沖縄県の宮古島へバカンスする姿が、写真週刊誌に掲載された。また、判決確定に伴い、覚醒剤常習者でありながら、自動車運転をしたとして、東京都公安委員会から180日間の運転免許停止の行政処分が執行された。清原は後の発信で、この行政処分明け以後も自家用車所持はおろか、自動車を運転していないことを語っている。
判決確定前後時期の同年11月30日、野球殿堂博物館は、2017年の野球殿堂入りの候補者を発表し、2014年からプレーヤー部門で清原が候補者入りしていたが、競技者表彰委員会の幹事会は、有罪判決が確定したことを受けてメンバー18人の全会一致で候補から除外することが決定された1959年の殿堂の制定以降、1994年の殿堂時の江夏豊以来、2人目の覚醒剤取締法違反の有罪判決起因の候補者除外となった。ただし、永久追放では無く、プレーヤー表彰の候補者復活の可能性は残っており、後にエキスパート表彰へと回る道も復帰の可能性は存在するが、委員会規程第11条2項がついて回るため、相当厳しい道のりとなる。。