クローズアップ現代
NHKは同局の“偏向報道"を批判する「NHK報道を考へる会」という団体が提出した公開質問状への回答にて、本番組にて北朝鮮による日本人拉致問題について放送した旨の回答を行ったが、同団体は拉致問題に初めて触れたのは2000年4月4日の「対話は進むか・日朝交渉きょう再開」であり、北朝鮮による拉致被害者家族連絡会の結成から3年も経過した後のことであることを理由として、その対応の鈍さを再度批判した。この批判は『正論』2000年6月号に「NHKウォッチング」として関係記事が掲載されている。
2001年5月21日、竹林の拡大を取り上げた回を放送した。この放送に対して、竹文化振興協会は「竹林が放置されたため、竹林が拡大した」と言う説明とは異なり、輸入筍の増加により国内の筍栽培が打撃を受けたことや、自然拡大は筍栽培のための植林が実施されなくなった1978年以降の拡大分のみであること、竹林を管理しても竹の特性から林外まで根を伸張させる竹は発生すること、番組で紹介した伐採するボランティアばかりでなく、拡大した竹林を活用するボランティアも居ることなどを挙げて、番組の偏向を批判している
2002年11月7日「ベストセラーをめぐる攻防〜作家VS図書館〜」が放送された。これはベストセラー作家の新刊書籍を公共図書館が複数購入(複本と称する)する行為に対しての是非を検証した内容で、町田市市立図書館は放送の内容に偏りがあり、ベストセラー作家の本だけを購入しているわけではないこと、図書を借りる市民の需要に応えるためには複本の購入は必要であること、資料購入費の削減がサービス内容の劣化を招くこと、出版不況の理由を図書館に求める姿勢が誤っているというスタンスを取っていることなどを理由として、反論している。
2003年2月6日、レジオネラ菌について取り上げた回を放送した。この中で厚生労働省の管理規定に沿った運営を実施していた温泉施設で感染が発生した過程を追っていったが、高齢者向け施設太陽の郷は「"課題を限定した詳細な報道"のみでなく、"問題点をクローズアップした実証的解説"から、"日常生活に役立つ、適切な判断材料(生活情報)"を期待しているのではないでしょうか」と述べ、このケースでは行政指導に沿った運営をしていたが故に番組が「魔女狩り」の判定根拠を失ってただ不安を煽るだけの結果を招いたと分析した。更に、番組で問題にした配管内の生物膜と管理規定を再検証し、同施設で考えているレジオネラ防止策を提案した上で「厚生労働省が指導している、大容量の水質管理指導は、細菌増殖抑制の点で、適切なものとはいえません」と結論している。
2005年3月28日放映の「国旗国歌で教師処分へ卒業式」に対し、東京都教育委員会は「当初の取材申し出の趣旨である『学校の実態はどうなっているのか。なぜ、適正化を図らなければならなかったか』まで踏み込んだ内容になっているとはとうてい言えず、結果として『強制』をめぐっての都教育委員会と学校現場の教員との対立という印象を与える番組としたことについて、都教育委員会として極めて遺憾である」としてNHKに抗議している。4月5日、東京都議会の自民党会派はNHKに「様々な教育の意見の中で、あえて反対する教員の声だけを取り上げ、あたかも教職員と都教育委員会が敵対しているかのような内容や構成になっている。NHKの今回の報道内容は公正公平を基本とすべき公共放送の報道姿勢として大変遺憾なことであり、 今後、こうしたことのないよう、強く要請する次第です」とのコメントを発表した。また、自民党の柏村武昭(参議院議員、当時)は2006年6月15日の参議院総務委員会で上記番組について質問し政治的な公平や意見が対立している問題について多くの論点を明らかにすることなどを定めた放送法の規定を挙げ、「国旗・国歌に偏見を持たせるような番組づくりだ。放送法に抵触するのではないか」などと指摘した。
2007年6月21日、沖縄戦における集団自決をテーマとした「集団自決"62年目の証言〜沖縄からの報告〜」を放送した。この放送について、地方議員でつくる日本会議系の下部団体は番組のゲスト大城将保(当時沖縄国際大学講師)が反戦運動の活動家であることや、当時は裁判にて係争中の段階であり、その上自決命令を下したとされる日本軍指揮官の冤罪が明らかになりつつあるとし、原告である元日本軍指揮官側の声をほとんど取り上げなかったとして、抗議活動を行っている。なお、関連の大江健三郎・岩波書店沖縄戦裁判は原告(元日本軍兵士)側敗訴で終結した。
2008年5月7日、映画『靖国 YASUKUNI』の公開延期を取り上げた回の放送にて、取材を受けた同映画に批判的な主張を行っている人物が、「ネット社会の匿名性を正したい」という番組の女性スタッフの発言を信じ、「わたしを悪人のように表現しなかったらブログをつかっていいです。信頼しますよ」とそのスタッフと口頭で約束したにもかかわらず、実際の番組では悪人扱いをされたとして、抗議を行っている。
2008年12月9日の放送において航空自衛隊幕僚長(当時)の田母神俊雄が政府見解と異なる発言をしたことに関連した放送を行った。冒頭で、自衛隊員には様々な考え方の人物がおり、田母神のような考え方をしない隊員が大勢いる旨を予め断った上での放送であったが、チャンネル桜は内容が偏向しているとして12月末にこの回を批判する討論番組を制作した。
2009年2月25日、「売買される基地の土地沖縄」が放送された。沖縄県内の軍用地主を取材した内容だったが、沖縄防衛局は広報誌『はいさい』120号にて本来、土地価格は地価の動向を客観的に反映して決定されるにもかかわらず、地価が上昇している地点があることを強調した内容であること、地主たちが軒並み地代による不労所得に依存した低所得者であるかのような発言があったこと、米軍からのまとまった土地の返還事例がないかのような報道があったが実際にはまとまった土地が返還された事例があることなどを理由として、反論している。
2009年3月5日に同番組の取材中に外部プロダクションのカメラマンらがJR桜井線巻向駅近くに位置する遺跡の位置関係を撮影するためカメラの三脚をセットしたが、その際線路からほとんど離れていない場所に三脚を立て、走行してきた列車が気付いてブレーキをかけ列車が停止するトラブルがあった。
2009年10月8日には健康食品をめぐるトラブルについて放送した。『通販新聞』はこの放送に対して、ある業者が「剤形が誤解を与え安全性が担保できないなら"表示制度を整備すれば良い＂ということになってしまう。そうした本質的な議論に踏み込めないから『錠剤・カプセルが駄目』とお茶を濁している」と不満を漏らしていたと報じている。また、放送中より健康食品販売を行っている会社の一部には問い合わせが相次ぎ、その後業界団体の『日本健康・栄養食品協会』が番組に追従するコメントを出したとして、一連の流れを批判する記事が掲載された。
2013年5月16日放送の「揺らぐ警察」では、大阪府警察警察学校での教育における警察不祥事の対策例を採り上げたが、弁護士の清水勉は、自身のブログで「真に必要なのは警察がノルマ主義をやめる事だ。自分も取材を受けたが、放送されず焦点が意図的に外されているとしか思えない。」と、この内容を批判している。
2014年1月14日に「あふれる“ポエム"?! 〜不透明な社会を覆うやさしいコトバ〜」が放送された。取材対象となった「居酒屋甲子園」は、特定非営利活動法人居酒屋甲子園が、外食産業の活性化を目的として主催するイベントで、2013年11月の第8回大会の決勝は料理や接客ではなく、エントリーされた居酒屋の店長や店員のステージ上でのスピーチを競った。番組は「ポエム化」が「目にしたくない現実を覆い隠す道具になりかねない」と伝え、甲南大学准教授の阿部真大は「一見すると異様で騙されているようにも見えるが、彼らの労働状況を考えると『そう思わないとやっていけない』というのも事実」と述べた。同NPO法人は関係者に放送内容によって迷惑を掛けたとして謝罪文を公表し、NHKへの異議を唱えた。
2014年7月3日の「「集団的自衛権」 菅官房長官に問う」において菅官房長官の答弁の途中に音声が切れて番組終了となる異例の事態となった。国谷裕子キャスターが番組の最後をまとめる時刻になったのに議論に熱中しスタッフの終了指示を無視して質問を繰り返したのが原因である。
2018年4月24日に、「郵便局が保険を“押し売り"!?」を放送したところ、日本郵政から複数回の抗議があり、同年10月にNHK経営委員会より上田良一NHK会長が厳重注意処分を受けるとともに、インターネット上の関連動画の削除や続編放送の延期などの対応が取られた。かんぽ生命保険の親会社である日本郵政の上級副社長(当時)は電波行政を扱う役所の元総務省の事務次官の抗議のためか、NHKの経営委員会がNHK会長を厳重注意する結果になる。会長の厳重注意の議決があるはずで、その議事録は放送法で公表が義務付けられているが議事録ではなく議事経過なるものを公表。翌年7月には次期会長指名部会が設立され、上田会長の業績評価などが行われた。議事録については後に情報開示請求を行っていた朝日新聞や産経新聞などの求めに応じて文書を開示し、その中で当時経営委員長代行の森下俊三(現・経営委員長)が「極めて稚拙」などと本番組の取材手法などを批判した内容が記載されており、これらの発言が番組への干渉を禁じた放送法に抵触する可能性も指摘されている。
2014年5月14日に放送された「」(2014年4月25日に『かんさい熱視線』で放送)でNHK大阪放送局の記者が、大阪府在住の50代の男性に対し「多重債務者が出家して別人になりすまし、融資を受ける「出家詐欺」のブローカー役になって債務者とやりとりする演技をしてほしい」と依頼され、これがいわゆる「やらせ」があったことを週刊文春が報じた。2015年4月1日に、大阪府在住の50代の男性が大阪市内で取材に応じ、「ブローカーをしたことはなく、犯罪者のように放送されたことに憤りを感じる」と語ったうえで、NHKに対し訂正放送を求めたことを報道各社に対し明らかにした。また、この男性は、「番組内で「多重債務者」とされた男性から記者を紹介された」と述べていて、「男性に50万円の借金があり、(出演依頼を)断りきれなかった」と説明した。さらに、「事前にNHK大阪放送局の記者から“演技指導"を受けて、撮影後は(NHK大阪放送局の記者と「多重債務者」の男性と)3人で居酒屋に行って飲食した」とも証言。
2015年4月3日に、JR新大阪駅の近くにあるビルの中にある「詐欺目的で出家を斡旋する場面の撮影に使われた事務所」を借りている大阪府在住の40代の男性が会見に応じ、「そのような場所ではない」と詐欺との関係を否定した。この事務所は40代の男性が自ら使用するために借りていて、その事務所の鍵を預けていた男性を一緒に事業を始めることになっていたという。また、その40代の男性は「リポートしていたNHK大阪放送局の記者と「多重債務者」として“出演"した男性とは以前から面識があった」と明らかにした。この借主は番組内で「多重債務者」とされた男性とおよそ10年前に知り合って、2013年2月に事務所を借りたという。また、NHK大阪放送局の記者と「多重債務者」とされる男性から数年前に紹介されていた。今回取材に係わったNHK大阪放送局の記者はいわゆる「覆面インタビュー」を多く取り付けている為、NHK局内でもいわば「敏腕」と評価されていた。
NHK大阪放送局の記者と旧知の関係であった大阪府在住の53歳の男性は産経新聞の取材に対して、やらせを否定した上で、記者がインタビューで初めて会ったかのようにした点は「身元が特定されないよう、初対面のふりをしてくれた」と述べて、「取材源秘匿のための演出だった」との見方を示している。
この問題について、NHKの籾井勝人会長は2015年4月2日に行われた参議院予算委員会で、「調査委員会を立ち上げて徹底的に調査する。第三者にチェックしてもらうことを考えている」と述べ、その上で「(証言に)かなり食い違いがあると聞いている。先入観を持たずにさらに調査を進め、来週には途中段階であっても何らかの形で報告したい」との考えを示している。さらに、4月2日に行われたNHKの会長定例会見でも籾井会長は「こういうことが報道されること自体、残念だと思っている。真相については鋭意、調査をしている。我々としては先入観を持たずに調査をしたいと思っている」と述べた。また、NHKの森永公紀理事は、「申し立てをした男性への聞き取り調査は(4月)1日に初めて行われた」と述べた上で「男性とNHK関係者や外部の関係者で話に食い違いがあるという指摘がある。食い違う部分が多いので、慎重に判断している。やらせがあったのか、先入観を持たずに調査を進めている。自ら調査して事実認定するのは放送事業者としての義務。そのうえで、第三者にも入っていただいて、判断いただく。調査委員会は遅くとも今週中には立ち上げる」と報告した上で、この時点で「来週わかったところまでです。途中経過になる可能性もある」と翌週中に何らかの報告を行うことを示唆した。
2015年4月3日、NHKはこの問題についての調査委員会を設置し、委員長に堂元光副会長が務め、木田幸紀理事、黄木紀之編成局長、松坂千尋編成局計画管理部長他が局内の委員を務める。また、外部の委員に、弁護士の宮川勝之・山川洋一郎に加え、長谷部恭男・東京大学名誉教授が外部委員として、見解を明らかにすることになっている。
2015年4月7日、参議院総務委員会にて「公共放送の在り方に関する」集中審議が行われ、この中でNHKの板野裕爾専務理事は、4月6日に調査委員会の初会合を開いたことを明らかにした上で、「今週中には聞き取り調査などこれまでに把握できた事柄や、検証すべきポイントを中間報告としてまとめ、公表することにしている」と語った。また、今後の調査については、「作業をスピード感を持って行い、事実関係を明らかにして調査報告書にまとめ、外部委員のチェックを受けた上で、できるだけ早いうちに公表したい」とも語った。
2015年4月9日、NHKの調査委員会は、やらせの有無について、さらに調査を進めるものの、収録の現場については「(詐欺の)活動拠点」と表現したことは「誤り」であって、裏付けが不十分だったとする  を明らかにした。また、中間報告では、NHK大阪放送局の記者が、多重債務者の男性と8、9年前から知り合いで、「出家詐欺の相談に行く」と聞いたことをきっかけに取材が始まったことも明らかにされ、さらに、多重債務者の男性が、ブローカーとされた男性に対して、交渉を行ったうえで、撮影したもので、事前に記者も含めて、3人で打ち合わせもしていたと明らかにされた。特に収録前の15分間の「打ち合わせ」の場面では、大阪府在住の50代の男性の証言によれば「最初は大阪府在住の50代の男性が多重債務者、大阪府在住の53歳の男性がブローカーという「配役」だった」が、大阪府在住の50代の男性の方が、寺のことに詳しかった為から、NHK大阪放送局の記者から「役を入れ替えましょう」と提案されたという。一方で、大阪府在住の53歳の男性によれば、「最初の10分は単なる世間話だった」と語ったうえで、「残りの5分間は記者が「顔を隠す」「声を変える」といった事務的な説明をしただけ」と述べていて、「演技や役といった言葉」については「一切聞かなかった」と否定していて、2人の間で主張の対立が鮮明になっている。同日、この番組内で、ビルの一室を詐欺の「活動拠点」としたのは誤りだったことについて触れ、国谷裕子キャスターが「取材が不十分だった」と述べた上で「視聴者の皆さまなどにおわびいたします」と謝罪。
2015年4月10日に行われたBPOの放送倫理検証委員会で、この番組について討議され、委員からは「放送倫理上、問題がある」という趣旨の意見が数多く出されていた。
2015年4月15日、大阪府在住の50代の男性の代理弁護士が、翌週の明けにもBPOの放送人権委員会へ申し立ての準備をしている事を明らかにした。その後、4月21日にBPOの放送人権委員会に対して審理を申し立てた。
2015年4月17日に自民党の情報通信戦略調査会を行って、この中で、テレビ朝日の『報道ステーション』の問題とともに、この『クローズアップ現代』のやらせ疑惑について、幹部を呼んで事情聴取した。この件を巡っては、自民党の佐藤勉国会対策委員長は2015年4月15日に「公共の電波を使ってああいうことがあったこと自体、問題視しないでいいのか」と述べ、「報道機関への圧力との見方」について否定したのに対し、民主党の安住淳国会対策委員長代理は15日に行われた記者会見で「特定の番組の中身をめぐり聴取するのは、言論の自由という民主主義で最も守らないといけない領域に触れる恐れがある」と批判している。また、日本ジャーナリスト会議などが4月16日付で、「自民党の行為は、放送メディアに対するあからさまな干渉」だと、自民党の情報通信戦略調査会に  を提出、聴取の撤回を要求。
2015年4月28日、NHK調査委員会が最終報告で「過剰な演出」があったとする調査結果をまとめ、NHKは取材を担当した大阪放送局の男性記者を停職3カ月としたほか、上司ら14人を懲戒処分とし、会長ら役員4人は報酬の一部を自主返納することを発表した。これを受けて同日、予定を変更して調査報告書の内容や調査委の会見の様子を放送。番組の最後にキャスターの国谷が「22年間番組を放送してきましたが、事実に誤りがある番組を放送してしまったこと、視聴者の信頼を損ねてしまったことをおわびいたします。常にフェアで事実に誠実に向き合うことで番組に取り組んできましたが、今回調査委員会により、その一部が視聴者の信頼に反する内容と指摘されました。私としても残念でおわび申し上げます」と涙ぐみながら謝罪した。
2015年11月6日、NHKの「最終報告書」を不十分として番組の審議入りを決定し、その内容や製作過程を検証していたBPOの放送倫理検証委員会は、「重大な放送倫理違反があった」とする検証結果を意見書 にして公表した。
放送内容の一部は書籍化されている。
『クローズアップ現代 v.1』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2000年9月
『クローズアップ現代 v.2』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2001年3月
『クローズアップ現代 2002』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2002年12月
『クローズアップ現代 v.3』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2001年9月
『クローズアップ現代 v.4』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2002年3月
『助けてと言えない いま30代に何が』 NHK「クローズアップ現代」制作班 日本放送出版協会 2010年10月