平成
1994年(平成6年)6月に、自由民主党・日本社会党・新党さきがけによる村山富市内閣が発足したことで下野した非自民・非共産勢力が、1人しか候補者が樹立できない小選挙区制度となった第41回衆議院議員総選挙で勝利するために新・新党を結成することとなり新生党・公明党の一部(公明党が解散して地方組織の公明と公明新党に分党して国会議員による公明新党のみが新進党に合流)・民社党・日本新党・自由改革連合(高志会・改革の会・新党みらい・柿沢自由党が合併した政党)が合併して、巨大新党で日本社会党に代わる第2政党である野党の新進党が結成されて、自由民主党対新進党の二大政党制が成立した。日本社会党とさきがけ勢力が結集した第三極(ゆ党)と呼ばれた民主党成立後に新進党が小沢自由党・新党友愛・新党平和・国民の声・黎明クラブ・改革クラブに分割されて解体する。1998年(平成10年)からは自民党と民主党による二大政党制が成立した。
2005年(平成17年)自由民主党は小泉内閣の郵政解散による選挙で大勝して絶対多数の議席を獲得したが、後継の安倍内閣は2007年(平成19年)の第21回参議院議員通常選挙で民主党に大敗して、参議院は与野党逆転をしてねじれ国会の構図が生じていた。2009年(平成21年)には、第45回衆議院議員総選挙で民主党が大勝して自由民主党が野党に転落して、民社国連立政権の鳩山由紀夫内閣が誕生して政権交代が起きた。2010年(平成22年)5月28日から、社民党が連立離脱し、民国連立政権が誕生した。
2012年(平成24年)1月、野田内閣が推進する消費税増税・TPP参加・八ッ場ダム建設再開・原発容認などの政策に対し、民主党が主張したマニフェスト(政権公約)に違反するものとして反発した議員が民主党を離党して、新党大地・真民主と新党きづなを結成した。3月には亀井静香国民新党代表が民国連立政権からの離脱を主張して、政権残留派と無所属となった離脱派に国民新党が分裂した。7月には、民主党の小沢一郎を中心とする小沢グループの議員の中から、消費税増税法案の衆議院での採決において反対投票を行った衆議院議員の一部と同調した参議院議員が離党を表明。衆議院と参議院に新会派「国民の生活が第一・無所属の歩」(後の「国民の生活が第一」)と新党の国民の生活が第一をそれぞれ結成した。第180回国会で消費税増税法案(消費税関連法案)が3党合意(民主党・自由民主党・公明党)与野党の多数で可決された。第1極の与党(民主党・国民新党)と第2極の野党(自由民主党・公明党・社会民主党・日本共産党)以外の第3極によるオリーブの木構想が浮上した。国民新党を離党した亀井亜紀子参議院議員と民主党から3人の女性参議院議員が離党して新会派の「みどりの風」を結成したことで、民主党・新緑風会は自由民主党・たちあがれ日本・無所属の会と並ぶ参議院の第2会派に近い少数会派となった。平成24年度の時点で日本の政党は二大政党と中政党とミニ政党が複数あり、与党が民主党と国民新党であり、野党 が自由民主党(自民党)・国民の生活が第一・公明党・日本共産党(共産党)・みんなの党・社会民主党(社民党)・日本維新の会・新党大地・真民主・太陽の党・減税日本・みどりの風・新党改革・新党日本であり、2012年(平成24年)の第46回衆議院議員総選挙の解散時点で史上最多の15個の政党が乱立した。
第46回衆議院議員総選挙で野党の自由民主党・公明党が勝利して政権を奪還し、自公連立政権は復活した。与党勢力(主に自民党)が強く、複数の野党勢力が弱い一強多弱状態の政界構図が誕生して、2013年(平成25年)の第23回参議院議員通常選挙からネット選挙が解禁された。2016年(平成28年)7月の第24回参議院議員通常選挙から野党4党が選挙協力をして民進党候補などを1人区で日本共産党が支援する民共共闘が実施された。
平成期は様々な政治改革や法制度改革が行われた。
選挙制度改革として以下の改革がされた。
参議院の比例代表制度が改定されて非拘束名簿式の導入と、2016年(平成28年)第24回参議院議員通常選挙からの鳥取県選挙区と島根県選挙区を鳥取県・島根県選挙区に、高知県選挙区と徳島県選挙区を徳島県・高知県選挙区にするそれぞれ合区して合同選挙区を創設することを実施。
政治改革として以下の改革がされた。
地方自治制度改革として以下の改革がされた。
行政改革として以下の改革が実施された。
司法制度改革として以下の改革がされた。
暴力団対策として地方自治体による暴力団排除条例の制定や、1992年(平成4年)施行の暴力団対策法が制定されて、2015年(平成27年)に山口組から分離した神戸山口組との暴力団同士の抗争事件が激化する。組織犯罪対策として1999年(平成11年)施行の通信傍受法が制定された。交通安全として携帯電話を使用しながらの運転規制やシートベルトの着用義務の強化やチャイルドシートの着用の義務が強化された。高齢ドライバーの急増で事故防止のために、もみじマーク・シルバーマーク・高齢者マーク・枯れ葉マークのニックネームで呼ばれていた高齢運転者標識の創設や居眠り運転や飲酒運転の取り締まり強化を目的とする「危険運転致死傷罪」の制定が行われた。国民総背番号制など国家の情報管理が行われて、正反対の考え方としてプライバシー権から「個人情報保護法」の制定がされて、情報公開の思想から「情報公開法」が制定された。18歳以上の投票権を認めた日本国憲法の改正を是非を問う国民投票法が制定された。2015年(平成27年)に公職選挙法が改正されて選挙権年齢が20歳以上から18歳以上に引き下げられた。民法(成年年齢)と少年法(成人年齢)を「20歳以上」から「18歳以上」に引き下げることが検討された。
日本国内や中華人民共和国を中心とする日本国外での商標問題やサイバー犯罪や第三国からの日本国内の企業や行政機関に対するサイバーテロ攻撃が問題となった。著作権が重視されて著作権法に違反する著作権侵害が問題となった。
2000年(平成12年)に犯罪被害者保護法が成立して、2004年(平成16年)に犯罪被害者等基本法が成立して、2008年(平成20年)から刑事裁判における被害者参加制度が導入された。冤罪が存在し、近代的な人権思想から欧州諸国で死刑が廃止されている現状から、法務大臣で死刑執行の署名をしない政治家がいるなど死刑存廃問題が凶悪犯罪への厳罰化との議論で注目された。日本の警察の警察官や検察官による捜査(取り調べの可視化)や基本的人権の保護や差別を訴える民主党による人権擁護法案が構想された。外国人参政権を巡って外国人地方参政権裁判が行われて、民主党などが日本における外国人参政権を推進している。
1997年(平成9年)に、北海道旧土人保護法が廃止されて、アイヌ文化振興法(アイヌ新法)が成立する。2008年(平成20年)6月6日にアイヌ人を先住民族と認可する国会決議が衆参両院で全会一致で可決される。
企業改革として1997年(平成9年)に独占禁止法が改正されて持株会社が解禁された。2005年(平成17年)に 新会社法が成立した。2007年(平成19年)に 新会社法の一部として三角合併制度が施行された。公社の民営化を推進して2003年(平成15年)に郵政事業庁が廃止されて日本郵政公社が成立した。2005年(平成17年)に日本道路公団が解散して分割民営化がされた。建物の構造を変える都市改革として1998年(平成10年)に建築基準法が改正された。雇用改革として1999年(平成11年)に労働者派遣法が改正されて、人材派遣が自由化された。2004年(平成16年)に労働者派遣法が改正された(製造業への派遣を解禁する)。
祝日法の大幅改正がされて、1996年(平成8年)に7月20日が海の日となり、2007年(平成19年)に先帝にあたる昭和天皇の誕生日でもある4月29日の「みどりの日」が「昭和の日」となる。2016年(平成28年)から8月11日が「山の日」として祝日になる法律が施行される。土曜日・日曜日・月曜日を合わせた3連休にして、国民に余暇を過ごしてもらう目的で成人の日・海の日・敬老の日・体育の日を月曜日に移動して祝日とする「ハッピーマンデー制度」が導入された。2010年(平成22年)に民社国連立政権によって「日本各地を分割して地域毎に休日を分散する祝日法改正案」が検討された。
平成期になり禁煙ブームで若年男性の喫煙率が低下傾向にあり、東京都千代田区などの路上喫煙禁止条例や神奈川県公共的施設における受動喫煙防止条例が執行された。平成20年代(2008~2017年)になって、自転車による交通事故の急増から、警察本部が道路交通法の観点から自転車のマナー違反の検挙をするなどの自転車運転の取締を強化する。
自公連立の保守政権によって以下の政策を推進する改革が断行された。
日本国憲法第9条を中心とする日本国憲法改正の検討(憲法改正論議)
国家安全保障会議(日本版NSC)の創設
平和安全法制の整備(集団的自衛権の限定的な行使容認を含む安全保障関連法の成立)
共謀罪の要件に「テロ等準備罪」を制定する。
水道法の改正による水道事業の管理・運営等の民営化
第二次大戦前への「逆コース」の傾向が強いとされた政策への抵抗感が弱まり、日本社会党など革新勢力は弱小していった。日本共産党は共産主義政党としては例外的にソビエト連邦の崩壊後も西側諸国の中でも国政で勢力を維持し、1990年代には日本社会党が与党として基本政策を転換したことを批判する左翼支持層からの革新票を吸収して躍進した。しかし、2000年(平成12年)以降は野党票が民主党に流れるようになり、小選挙区制度が機能して自由民主党VS民主党による平成日本の政治における二大政党化が進行した。日本共産党は比例区を中心に得票を減少して長期低落傾向に陥っている。
2001年(平成13年)以降の小泉純一郎政権(自公連立)および民主党政権では、特殊法人の廃止と民営化の議論が開始された。相次ぐ、選挙結果を無視する国会議員独自の政界再編と政治家のスキャンダルもあり国民の政治不信を呼んだ。そのため、特定の支持政党を持たない無党派層が既存政党への支持者を大きく上回っている。2003年(平成15年)12月1日から法改正されて期日前投票が開始されて、2003年(平成15年)の第43回衆議院議員総選挙から公職選挙法が改正されて、民主党が先駆けてマニフェスト選挙を行った。2009年(平成21年)の第45回衆議院議員総選挙では自民党に対する逆風から民主党へ無党派の浮動票が流れて、民主党は安定過半数の300議席を持つ第1党となった。自由民主党は110議席代となり初めて衆議院の第1党から転落した。創価学会からの組織票がある公明党を除く中小政党は後退傾向となり、2大政党化が進行した。特定の支持政党を有さない無党派層が政権を左右する風潮が2000年代以降顕著になり、政治家や政党のポピュリズム(大衆主義)やマスメディアによる世論調査が盛んになり、与野党攻防の劇場化現象や政治家の発言のワンフレーズ化と言われる風潮が生まれた。
2009年(平成21年)に誕生した民主党政権で最初の鳩山由紀夫内閣は、日米同盟を主軸とした外交政策は維持するものの、「対等な日米関係」を重視する外交への転換を標榜したが、普天間基地移設問題をめぐる鳩山由紀夫首相の見解が一貫せず、新しい外交政策の軸足が定まらず混乱、菅直人に党代表兼首相が移って、菅内閣では従前の外交路線に回帰した。また新自由主義政策からの転換も図られ、脱官僚や政治主導が再び叫ばれたが、民主党政権は鳩山由紀夫内閣や菅内閣では閣内の見解の不一致をたびたび露呈し、鳩山由紀夫首相や菅直人首相の発言も二転三転する有り様で、官僚に対し改革の主導権を握ることができなかった。民主党は政権公約のマニフェストで農業者戸別所得補償制度や高速道路無料化を掲げ、鳩山内閣や菅内閣で実施することを試みたが失敗して、2011年(平成23年)に野田佳彦に政権が託され野田内閣が発足するまでにマニフェストからの政策転換を余儀なくされた。
2010年(平成22年)頃から、地方から政治を変えていこうとする流れが起きており、大阪維新の会や減税日本などの地方政党が徐々に勢力を強めている。首相公選制や参議院を廃止して一院制を導入する議論が提案された。2012年(平成24年)頃には、第46回衆議院議員総選挙の候補者育成のための政治スクールとして、大阪維新の会が開設した維新政治塾。大村秀章愛知県知事が開設した東海大志塾。減税日本の河村たかし名古屋市長個人の河村たかし政治塾が開設された。
2012年(平成24年)10月1日から石油や石炭などの化石燃料への課税を強化する地球温暖化対策税(炭素税や環境税)が導入された。
橋本内閣の総理府に行政改革会議が設置されて、中央省庁等改革基本法が成立した。2000年(平成12年)の中央省庁再編により、官邸主導が強まった。2001年(平成13年)から2006年(平成18年)にかけての小泉政権下では社会保険庁の年金問題が表面化して、官僚による無駄使いや天下り批判がされ脱官僚の声が強まり、政権主導の改革を推進した。
2000年(平成12年)の第42回衆議院議員総選挙で最後の明治生まれの桜内義雄と原健三郎が議員引退して明治生まれが全て引退して、2009年(平成21年)の第45回衆議院議員総選挙で、中山太郎が落選して大正生まれ(大正世代)の議員がいなくなり全議員が昭和生まれとなった。1990年代は竹下派七奉行や清和会四天王と呼ばれた政治家が活躍した。20世紀の間は大正生まれから、昭和一桁生まれ・昭和10年代生まれの政治家に世代交代をする移行期であり、大正生まれ(中曽根康弘・竹下登・宇野宗佑・宮澤喜一・村山富市・梶山静六など)から昭和一桁生まれ(土井たか子・海部俊樹・武村正義など)・昭和10年代生まれ(小沢一郎・羽田孜・細川護煕・橋本龍太郎・小渕恵三など)までの政治家が1990年代の政界を主導したが、竹下派七奉行や安倍派四天王を中心に2000年代に入るとこれらの政治家の多くが死去したり引退した。自由民主党では自由民主党総裁選挙での自由民主党の派閥争いが弱体化したが総理大臣の座を巡って、ネオ・ニューリーダーと呼ばれた政治家が活躍して、金竹小・安竹宮・YKK(山崎拓・加藤紘一・小泉純一郎)・麻垣康三・NAISの会(根本匠・安倍晋三・石原伸晃・塩崎恭久)などと呼ばれた政治家が注目された。2000年代になると、昭和10年代生まれ(森喜朗・小泉純一郎・亀井静香・小沢一郎・福田康夫・麻生太郎など)・昭和20年代生まれ(鳩山由紀夫・菅直人・岡田克也・安倍晋三など)が主導権握り、2010年代になると、昭和30年代生まれ(前原誠司・野田佳彦など)の政治家が主導権を握り始めた。与野党で戦後生まれの党首が誕生して、国会議員は大日本帝国期の1945年(昭和20年)以前に誕生した戦前生まれ・戦中生まれの政治家より、団塊の世代など第二次世界大戦の後に誕生した戦後生まれの政治家の方が多数となった。新党ブームがあった1990年代には、1960年代生まれ(新人類・バブル世代)が、小泉チルドレン・小沢ガールズなどが注目されるようになった2000年代には、1970年代生まれ(団塊ジュニア・ポスト団塊ジュニア世代)が国会議員となった。2010年代には1980年代生まれが国会議員となった。
20世紀までは、高学歴・実業家・世襲議員などのエリート階層や労組出身の国会議員が一般的であったが、21世紀に入り、就職氷河期を経験した世代が台頭するにつれ、フリーター(元非正規労働者)から転身した杉村太蔵・太田和美など一般的な若者の経歴と共通点のある政治家も登場した。
昭和時代の末期まで長らく衆議院では女性議員の比率が約1%の少数であり、1986年(昭和61年)の衆参同日選挙の結果では、衆議院の女性議員の人数が7人で割合が1.4%で、参議院の女性議員の数が22人で割合が8.7%であった。平成初の国政選挙となった1989年(平成元年)の第15回参議院議員通常選挙でマドンナ旋風が吹き日本社会党を中心に女性候補が大量当選して以来、2009年(平成21年)の第45回衆議院議員総選挙の結果では女性議員が54人となり割合が11.3%となり、2010年(平成22年)の第22回参議院議員通常選挙の結果では女性議員が44人となり、割合が18.2%となり、徐々に女性政治家は増加している。
小選挙区比例代表並立制に選挙制度が変わり自民党と民主党の二大政党は、小泉チルドレンや小沢チルドレンなどのサラリーマン化した議員を輩出して、中選挙区制時代のような地主型政治家や労組出身者は激減した。
地方では、2000年(平成12年)に太田房江が大阪府知事となり、日本初の女性知事が誕生した。その後、女性知事は太田を含め7人誕生しているが、2022年(令和4年)現在では東京都知事の小池百合子(2016年<平成28年>就任)が唯一となっている。
1996年(平成8年)に内閣総理大臣補佐官制度が導入された。1999年(平成11年)に国会審議活性化法が成立した。2001年(平成13年)に国会における政府委員制度および政務次官が廃止されて、副大臣と大臣政務官が新たに設置された。内閣府副大臣・復興副大臣・総務副大臣・法務副大臣・外務副大臣・財務副大臣・文部科学副大臣・厚生労働副大臣・経済産業副大臣・環境副大臣・防衛副大臣・国土交通副大臣など副大臣制度が創設された。
内閣府大臣政務官・総務大臣政務官・法務大臣政務官・外務大臣政務官・財務大臣政務官・文部科学大臣政務官・厚生労働大臣政務官・経済産業大臣政務官・環境大臣政務官・防衛大臣政務官・国土交通大臣政務官・復興大臣政務官など大臣政務官制度が創設された。
内閣府設置法によって内閣府が創設された。阪神大震災の教訓や東日本大震災への対応から復興対策担当大臣が設置された。福島第一原子力発電所事故対策の必要から原発担当大臣が設置されて、原子力安全庁(原子力規制庁)の設置計画が閣議決定された。2011年(平成23年)に東日本大震災復興基本法が成立して、2012年(平成24年)2月に復興庁設置法が施行されて、復興庁が設置された。同時に内閣の定員である担当大臣枠を1人増加させる法案が可決された。急速に進んだ少子化対策として内閣府特命担当大臣(男女共同参画担当)と内閣府特命担当大臣(少子化対策担当)が創設された。消費者庁を管轄する消費者及び食品安全担当大臣・金融庁を管轄する金融担当大臣・沖縄振興と北方対策を管轄する沖縄及び北方対策担当大臣が創設された。経済財政諮問会議を管轄する経済財政政策担当大臣が設置された。拉致問題対策本部のトップである拉致問題担当大臣が創設された。2015年(平成27年)10月1日に、東京オリンピック対策とスポーツ振興のためスポーツ庁が、軍事兵器調達のため防衛装備庁がそれぞれ設置された。
一時的に規制改革担当大臣・科学技術政策担当大臣・防災担当大臣・食品安全担当大臣・青少年育成及び少子化対策担当大臣・個人情報保護担当大臣・産業再生機構担当大臣・食育担当大臣・公務員制度改革担当大臣・再チャレンジ担当大臣・イノベーション担当大臣・地方分権改革担当大臣・国民生活担当大臣などが設置された。民主党政権に入ってからは地域主権推進担当大臣・「新しい公共」担当大臣・原子力損害賠償支援機構担当大臣・原子力行政担当大臣・宇宙政策担当大臣・原子力防災担当大臣・福島原発事故再生総括担当大臣が設置された。第2次安倍内閣で国土強靭化担当大臣・教育再生担当大臣・国家戦略特別区域担当大臣、第2次安倍改造内閣で地方創生担当大臣や安保法制担当大臣を設置、第3次安倍第1次改造内閣で一億総活躍担当大臣を設置、第3次安倍第2次改造内閣で働き方改革担当大臣を設置。
海部内閣で森山真弓が女性初の官房長官となり、小渕内閣で野田聖子が女性初の郵政大臣、小泉内閣で田中真紀子が女性初の外務大臣、第1次安倍内閣で小池百合子が女性初の防衛大臣、第2次安倍改造内閣で、高市早苗と小渕優子が、それぞれ女性初の総務大臣、経済産業大臣となった。女性大臣は昭和時代の男性のみ女性無しから、第1次小泉内閣、第2次安倍改造内閣女性大臣5人を最多に女性が平均1人から2人の割合で入閣するのが当たり前となった。1993年(平成5年)8月6日に日本社会党出身の土井たか子が女性初の衆議院議長(第68代)となり、2004年(平成16年)7月30日に自由民主党出身の扇千景が女性初の参議院議長(第26代)となる。
民主党政権では国家戦略室が設置されて、行政刷新会議による事業仕分けが実施された。2011年(平成23年)の野田内閣では政策仕分けが実施される。
2010年(平成22年)1月1日に社会保険庁長官をトップとする厚生労働省の外局の社会保険庁が廃止されて日本年金機構となる。
国税の徴収・課税をする国税庁と、国民年金と厚生年金など公的年金の運営業務をする日本年金機構を統合して、新たに歳入庁を設置する構想も浮上した。
2006年(平成18年)に内閣官房内に「電子政府推進管理室 (GPMO)」を設置した。さらに2012年(平成24年)には政府情報化統括責任者(政府CIO)を設置して、各省庁の情報システム刷新に関する指揮やマイナンバー制度(「国民総背番号制#日本」参照)に伴うシステム調達の監査、各省庁の調整を担当することが決まった。
地方では、ユニークな「改革派首長」が登場して、財政再建や過疎対策などに辣腕を振るうようになった。
1999年(平成11年)から〜2006年(平成18年)頃に、総務省の政策で平成の大合併による市町村合併が行われて地方自治体は大幅に削減されて多くの市町村が消滅した。
東京一極集中が再び加速して地方経済の衰退が顕著になった。これに伴い財政再建団体に転落した自治体や医療崩壊に至った地域が現れ問題になっている。
1989年(平成元年度)には竹下内閣によるふるさと創生事業が実施された。2008年(平成20年度)以降にはふるさと納税制度が導入された。
地方自治法の改正で都市制度が緩和されて以下の地方自治制度が整備される。
政令指定都市制度   平成の間に10都市から20都市に倍増した。
中核市制度  1996年(平成8年)新設。
特例市制度 2000年(平成12年)新設。2015年(平成27年)に廃止され、制度としては中核市に統合。
道州制の議論が盛んになった。
神奈川県知事の黒岩祐治が提唱する神奈川独立国構想や神奈川州構想が立案された。
大阪府と大阪市を統合する大阪都構想が立案された。
減税条例の実現を理念とする愛知県と名古屋市を統合する中京都構想や尾張名古屋共和国構想が立案された。
新潟県と新潟市を統合する新潟州構想が立案された。
関西広域連合が立案された。
皇族の一部を京都に迎える双京構想が立案された。
新しい地域政党として結成されたのは以下である。
大阪維新の会(橋下徹大阪府知事が設立)
日本一愛知の会(大村秀章愛知県知事が設立)
中京維新の会(大村秀章愛知県知事が設立)
都民ファーストの会(小池百合子東京都知事が設立)
地域政党いわて(飯沢巧岩手県議会議員が設立)
埼玉改援隊(清水勇人さいたま市長が設立)
三木新党8人のサムライ(蕨本吉秀兵庫県三木市長が設立)
減税日本(河村たかし名古屋市長が設立)
対話でつなごう滋賀の会(清水鉄次滋賀県議会議員が代表を務める)
龍馬プロジェクト吹田新選会(石川勝前大阪府吹田市議会議員が設立)
松山維新の会(愛媛県松山市議会議員らが設立)
愛媛維新の会(愛媛県議会議員らが設立)
西予維新の会(愛媛県西予市議会議員らが設立)
京都党(村山祥栄京都市議会議員が設立)など次々と地域政党が設立された。
1989年(平成元年)12月29日に日経平均株価が最高値をつけた後、日本銀行による金融引き締めへの転換と、不動産金融に対する総量規制による政府の地価上昇に対する抑制政策によってバブル景気が崩壊した。
この頃からフランスの経済学者のJ・クレメンス・ジュグラーが存在を主張したジュグラー波と呼ばれる企業の設備投資に起因する景気循環に当たる景気後退期の失われた10年(1991年(平成3年)〜2002年(平成14年)の期間内の平成不況と経済停滞)が始まった。
さらにアメリカ合衆国の経済学者のサイモン・クズネッツが唱えたクズネッツ波と呼ばれる建設需要と人口の変化に起因する 約20年の周期の景気循環の後退期に当たる失われた20年(1991年(平成3年)から〜2012年(平成24年)の期間内の経済成長のストップ)が始まり、平成初期は日米間の貿易摩擦からジャパンバッシングがあり、アメリカ合衆国からスーパー301条や年次改革要望書などの対日圧力があった。
その後の、1995年(平成7年)から1996年(平成8年)の期間内にいったんは経済成長率が回復した。しかし、1998年(平成10年)から1999年(平成11年)の期間内には橋本内閣による財政構造改革で、財政支出の削減、所得税、住民税の特別減税の打ち切り、健康保険料の負担増加、消費税を3%から5%に引き上げたことが最大の要因となり、それに加えて、日本で発生した金融危機とアジア通貨危機の影響でGDPがマイナス成長となり日本経済は停滞期に入った。
企業の設備投資は抑制されて、雇用不安の高まりで個人消費は低迷した。バブルの崩壊で巨額のキャピタルロスを生み出した。三洋証券の経営破綻によるコール市場でデフォルトが発生して、コール市場への資金供給は縮小した。その後、企業や経済のシステムは、アメリカ一極体制を背景に根こそぎアメリカ型に変わり、1980年代のアメリカを襲った整理解雇が、リストラやダウンサイジングという雇用者による労働者の解雇を正当化した名前が普及して、1990年代以降の日本でも増加した。企業は投機の含み損により不良債権を抱え、不良債権処理の問題が発生した。
住専問題などを抱える、金融機関や銀行は貸し渋りに走り、第136回国会(住専国会)で対策が審議されて、金融危機対策として金融ビッグバンの実施や金融機能早期健全化法・金融再生法が第143回国会(金融国会)で制定されたことによって破綻した銀行が特別公的管理(一時国有化)となった。新卒者は就職氷河期に、中高年は整理解雇ブームに襲われた。
1997年(平成9年)4月1日に橋本内閣下で行われた消費税増税(3%から5%の増税)は、バブル崩壊の痛手から立ち直りかけていた日本経済に打撃を与え、日本は未曾有の長期にわたるデフレ経済に突入することになる。企業の倒産として2000年(平成12年)にそごうグループが民事再生法の適用を申請して、2010年(平成22年)には日本航空が会社更生法の適用を申請するなどの企業の倒産・企業間の合併・企業間の再編・海外の企業による企業買収が相次ぎ、1997年(平成9年)に山一證券・北海道拓殖銀行が廃業した。翌年の1998年(平成10年)には日本長期信用銀行が破綻して経済的理由からの自殺が激増した。
加えて、この頃から金融機関の含み損が再び表面化して、多額の不良債権を抱えた企業の経営破綻が相次いだ。この反省から1998年(平成10年)に発足した小渕内閣では積極財政・景気対策路線が採られて、1999年(平成11年)には、ゼロ金利政策の導入と地域振興券という名称の商品券が配られた。公共事業や減税によるケインズ政策によって財政赤字が増大したが、経済は本格的な回復路線に乗ることはなかった。
2001年(平成13年)に首相に就任した小泉純一郎によって「聖域なき構造改革」が推進された。小泉内閣は民間人による駐車監視員制度の導入、整腸剤やビタミン剤の薬局以外の販売の認可、株式会社の1円からの設立可能などの規制緩和を実施した。また『官から民へ』をスローガンにして、日本道路公団・営団地下鉄・成田空港の民営化を実施した。小泉内閣は郵政三事業などの公共サービスの民営化・電気産業・通信産業・運輸業などの参入規制改革を政策目標としていた。民間金融機関に係る行政は、伝統的に大蔵省(現在の財務省)が担ってきたが、民間金融機関等の検査・監督を分離して2001年(平成13年)に内閣府の外局として発足した金融庁によって金融再生プログラムが実施されて、銀行の不良債権処理が進んで金融機関は健全化した。日本銀行はゼロ金利政策から量的金融緩和政策に転換して、都市銀行は三大メガバンクに統合された。デフレが進行した経済対策からノーベル経済学賞を受賞した経済学者のポール・クルーグマンが提唱したインフレターゲットの導入が検討された。