アフマド・ブン・トゥールーン
シリアから帰還したイブン・トゥールーンは自分の統制下にある造幣所で発行される硬貨にカリフのムウタミドとその後継者に指名されていたムファッワドの名前とともに自分の名前を付け加えた。その一方で882年の秋にトゥールーン朝の将軍のルウルウがアッバース朝へ逃亡した。さらに同じ頃にトゥールーン朝から任命されていたタルスースとスグールの総督が死去し、後任のヤーザマーン・アル=ハーディムは民衆の支持を得たことでトゥールーン朝による支配の承認を拒否した。イブン・トゥールーンは用心のために鎖につないだアル=アッバースを連れて直ちにシリアに向けて出発し、タルスースを目指した。ところが、ダマスクスで今やほとんど無力となっていたカリフがサーマッラーを脱出しシリアへ向かっているという知らせをムウタミドから受け取った。もしムウタミドを保護することができればイスラーム世界の政治的正当性の唯一の源泉となる存在を自分の統制下に置けるだけでなく、カリフの「救済者」として自分を示すことができ、イブン・トゥールーンの立場は大きく強化されるはずであった。このため、イブン・トゥールーンは進軍を中断してムウタミドの到着を待つことにした。しかしながら、ムウタミドはユーフラテス川沿いのハディーサでモースル総督のイスハーク・ブン・クンダージュに追い付かれ、イスハークはカリフの護衛を破って883年2月にムウタミドをサーマッラーへ連れ戻した。さらにムウタミドはムワッファクがより確実にカリフを統制下における南方のワースィトへ連行された。
この出来事は2人の支配者の間に新たな亀裂を生むことになった。ムワッファクはエジプトとシリアの総督にイスハーク・ブン・クンダージュを指名したが、実際にはこの任命はほとんど象徴的なものだった。一方のイブン・トゥールーンはダマスクスで宗教法学者による会議を主催してムワッファクを強奪者であるとして非難し、カリフに対する酷い扱いを糾弾した。さらにムワッファクの継承権者としての地位を無効であると宣言し、ムワッファクに対するジハードを呼びかけた。会議の参加者のうちエジプトの主席のカーディー(裁判官)であるバッカール・ブン・クタイバを含む3人だけが公にジハードの呼びかけの宣言を拒否した。イブン・トゥールーンはトゥールーン朝の支配地一帯のモスクで説教(フトバ)の際にムワッファクを公に非難させ、ムワッファクもイブン・トゥールーンの説教での非難と同じやり方でこれに応えた。しかしながら、その好戦的な非難の言辞にもかかわらず、両者とも軍事的に対峙する動きは見せなかった。
カリフを自分の統制下に置くことに失敗したイブン・トゥールーンはタルスースに矛先を向けた。そしてアレッポのルウルウが保持していた地位にアブドゥッラー・ブン・ファトフを任命し、自身はキリキアに進軍した。その後883年の秋にタルスースを包囲したが、ヤーザマーン・アル=ハーディムは現地の川の流路を変えてトゥールーン朝軍の陣地を水浸しにし、イブン・トゥールーンを撤退させた。イブン・トゥールーンはエジプトに帰還する途上で病に罹り、車輪の付いた台車に乗せられてフスタートへ運ばれた。同じ年にイスラームの二大聖地であるメッカとマディーナの占領を目指したメッカの戦い (883年)も失敗に終わった。エジプトに戻ったイブン・トゥールーンはバッカール・ブン・クタイバの逮捕を命じ、ムハンマド・ブン・シャーザーン・アル=ジャウハリーが後任となった。しかし、慈善事業の基金(ワクフ)の責任者でもあったバッカールの会計を徹底的に調べたところ、不正な流用は見つからなかった。イブン・トゥールーンはバッカールを釈放するように命じたが、年老いて病気を患っていたバッカールは監房から出ようとしなかった。時を同じくしてイブン・トゥールーンの病状も悪化した。ティエリ・ビアンキは、「女性や子供を含むイスラーム教徒、キリスト教徒、ユダヤ教徒たちが別々にムカッタムの丘の側に集結してイブン・トゥールーンを救うように神へ懇願した」と記している。しかしながら、イブン・トゥールーンは884年5月10日にフスタートで死去し、ムカッタムの斜面に埋葬された。アル=バラウィーによれば、イブン・トゥールーンは後継者に24,000人の召使い、7,000人の家臣と7,000頭の馬、3,000頭のラクダ、1,000頭のラバ、350頭の式典用の馬、そして完全な装備をした200隻の軍船を残した。
イブン・トゥールーンの死後、フマーラワイフはトゥールーン朝の支配層の支持を得て反対されることなく後継者となった。また、イブン・トゥールーンは安定した経済、よく訓練された軍隊、そして経験豊富な軍の指揮官や官僚の集団を後継者に残した。フマーラワイフはタワーヒーンの戦いでの勝利によってアッバース朝が自分を屈服させようとする試みを退け、自身の支配権を維持するとともにさらなる領土の拡大に成功したが、行き過ぎた浪費によって国庫を使い果たし、896年にフマーラワイフが暗殺されたことでトゥールーン朝政権は急速な衰退を始めた。その後に続いた政権内の対立はトゥールーン朝の権力を弱体化させていった。大酒飲みであったフマーラワイフの息子のアブル=アサーキル・ジャイシュ・ブン・フマーラワイフは叔父のムダル・ブン・アフマド・ブン・トゥールーンを処刑した末に数か月で廃位され、兄弟のハールーン・ブン・フマーラワイフに取って代わられた。しかしハールーンも意志の弱い統治者であり、叔父のラビーア・ブン・アフマド・ブン・トゥールーンがアレクサンドリアで起こした反乱は鎮圧に成功したものの、同じ頃に始まったカルマト派の襲撃に対しては抵抗することができなかった。さらには多くの軍司令官がアッバース朝へ亡命し、そのアッバース朝はムワッファクの息子であるカリフのムウタディド(在位:892年 - 902年)の優れた指導力の下で勢力を挽回することに成功した。そして904年12月にはイブン・トゥールーンの別の息子であるアディーとシャイバーンが甥のハールーンを殺害し、トゥールーン朝政府の実権を握った。この事件はシリアの重要な軍司令官たちとの不和を招くことになり、衰退に歯止めが掛からなくなった。そしてムハンマド・ブン・スライマーン・アル=カーティブに率いられたアッバース朝軍が比較的抵抗を受けることなく迅速にシリアとエジプトを征服し、905年1月にフスタートに入った。勝利したアッバース朝の軍隊はイブン・トゥールーン・モスクを除くアル=カターイを略奪し、徹底的に破壊した。
アル=バラウィーによれば、イブン・トゥールーンは何人かの妻と内妻の間に17人の息子と16人の娘を残した。この情報が記されているアル=バラウィーの唯一の現代版の文献には次の名前が挙げられている。
息子:アブル=ファドル・アル=アッバース(長男)、アブル=ジャイシュ・フマーラワイフ、アブル=アシャーイル・ムダル、アブル=ムカッラム・ラビーア、アブル=マカーニブ・シャイバーン、アブー・ナーヒド・イヤード、アブー・マアド・アドナーン、アブル=カラーディース・カズラジュ、アブー・ハブシューン・アディー、アブー・シュジャー・キンダ、アブー・マンスール・アグラブ、アブー・ラジャー・マイサラ、アブル=バカー・フダー、アブル=ムファッワド・ガッサーン、アブル=ファラジュ・ムバーラク、アブー・アブドゥッラー・ムハンマド、アブル=ファラジュ・ムザッファル
娘(リストに載っている名前は15名のみ):ファーティマ、ラミース、判読不能の名前の娘、サフィーヤ、ハディージャ、マイムーナ、マルヤム、アーイシャ、ウンム・アル=フダー、ムウミナ、アズィーザ、ザイナブ、サマーナ、サーラ、グライラ
自身が築いた王朝は短命に終わったにもかかわらず、イブン・トゥールーンによる支配はエジプトだけでなくイスラーム世界全体にとって大きな影響を残す出来事となった。エジプト自体にとってもその治世はファラオの時代以来初めて国外の帝国の権力に服従する従順な属国ではなくなり、再び自立した政治的主体者となる転機になった。イブン・トゥールーンが築き上げた新しい統治領域は、エジプト、シリア、ジャズィーラ、キリキア、さらには比較的規模は小さいもののマグリブ東部にまで及び、より東方に位置するイスラーム世界から分離された新しい政治圏を確立し、古代のローマ帝国とサーサーン朝ペルシアの間に存在した領土の境界線をある意味で復活させることになった。
イブン・トゥールーンは自身の権力の基盤となっていたエジプトにおいて特に現地の経済の復興に力を注ぎ、自律的な官僚機構、陸軍、そして海軍を築き上げた。このような政策は後の時代にエジプトを拠点としたイフシード朝(935年 - 969年)やファーティマ朝(909年 - 1171年)にも引き継がれ、これらの政権はトゥールーン朝と同様にシリアの一部あるいは大部分の支配を築くためにエジプトの富を活用した。ティエリ・ビアンキが指摘するように、イブン・トゥールーンがシリアで支配した領域は、後にエジプトに政権を築いたサラーフッディーンやマムルーク朝(1250年 - 1517年)が支配した領域と実際に驚くほど似ている。
歴史家のマシュー・ゴードンによれば、イブン・トゥールーンとアッバース朝の関係、そしてアッバース朝からの自立の追求は、「トゥールーン朝史の中心的な問題」である。現代の学者たちはイブン・トゥールーンの政策に「注意深いバランス感覚」を見出し、さらにはアッバース朝の体制から決して完全には離脱することなく、意外にも無力な傀儡であるムウタミドへの忠誠心が際立っていたことに注目している。それにもかかわらず、イブン・トゥールーンが自身の治世を通じて自治権の拡大を追求していたことは明らかであった。また、イブン・トゥールーンとアッバース朝政府の関係はムワッファクとの対立に支配されていた。ムワッファクはエジプトに対する支配を確立しようとしたが、これは多大な戦費を要するザンジュとの戦争でエジプトの富を切実に必要としていたためであり、その目的のためにイブン・トゥールーンのさらなる台頭を防ごうとした。マシュー・ゴードンは、ある意味でイブン・トゥールーンの施策の多くは「トゥールーン朝の支配権を確保するための努力であると同時にイラクにおけるムワッファクとその(主にトルコ系の)軍人グループの野心から帝国の利益を守るための手段でもあった」と記している。イブン・トゥールーンが少なくとも2回(871年と875/6年)アッバース朝の国庫に巨額を送金していたことを考慮すると、ムワッファクとの対立がなければこのような送金がより定期的に行われていた可能性があるが、これは未解決の疑問であり続けている。
それでもなお当時を振り返って見るならば、イスラームの歴史の広い文脈におけるイブン・トゥールーンの役割は、アッバース朝の支配地域の分裂と各地域における地方王朝の台頭の先駆けとなったことである。これは特に息子のフマーラワイフが後継者となったことからも明らかであった。ティエリ・ビアンキの言葉を借りれば、「アッバース朝の歴史上、これほど広大で肥沃な領域の統治に関して(イブン・トゥールーンを任命した)カリフによって正当性を与えられるワーリーの地位が相続の正当性を主張するアミールによって公然と継承されたのは初めてのことであった」。このような理由から、ザキー・M・ハサンは、イブン・トゥールーンを「ハールーン・アッ=ラシードの時代以降カリフや国家の高官に私的に仕えたトルコ人奴隷軍人の典型例であり、これらのトルコ人たちはその野心に加えて策略と独立の精神によって、ついにはイスラーム世界の真の指導者になった」と指摘している。