ドラゴンクエストIX 星空の守り人
大商人と花の街として知られる街。大商人は既に亡く、その遺産を相続した一人娘マキナがいる。主人公たちはより大きな世界へと踏み出すために船を求めてマキナを訪ねることになる。マキナを訪ねていたのは主人公だけではなかった。多くの人が貢物を持ってきて親しくなろうとしていた。当のマキナはどうかというと、もらったケーキを花瓶に刺して飾ろうとするなどこれまたかなりズレた感性の持ち主の様子。応接間に入ってきた主人公を一目見たマキナは主人公に何かを感じとり、「私を迎えにきたんでしょう。帰って」と意味不明な言葉を叫び部屋にこもってしまう。機嫌の悪い彼女を宥められるのは小さな時から面倒を見ていたカラクリ技師だけと聞いた主人公はカラクリ技師を訪ね、彼と共にマキナの部屋へ向かう。しかし部屋は間抜けの殻、代わりに彼女を誘拐したという書き置きが残されていた。書き置きにはサンマロウ北の洞窟へ来いと書いてある。主人公はこの誘拐事件を解決すべくサンマロウ北の洞窟へと向かう。
サンマロウの北にある洞窟。誘拐事件の犯人がアジトにしている。誘拐したマキナを丁重に扱って一緒に遊んだり、洞窟の危険な箇所を不器用な丁寧語で看板に書き示すなど、根は悪人ではないのかどこか憎めない2人組である。
檻に閉じ込められていたマキナは退屈していた。つまらないと言い残し、素手でいとも簡単に鉄格子を捻じ曲げるとそのまま抜け出して洞窟の奥へと遊びに行ってしまった。たどり着いた主人公は誘拐犯とともに彼女のいる牢屋に迎えに行ったが彼女がいない。誘拐犯らとともに洞窟のさらに深部へと捜索することになる。
主人公は洞窟の最深部で佇んでいる彼女を見つけた。しかし、そこは巨大な毒蜘蛛の魔物ズオーの巣であった。ズオーに対して「あなたとってもユニークな人ね。私の友達になってくださる?」と、これまたズレた発言を飛ばしているマキナをズオーは激しく攻撃し吹き飛ばしてしまう。主人公はズオーを退治したが、マキナは地面に転がったまま動かない。遅れて到りついた誘拐犯たちは急いでマキナに駆け寄ったが彼女は呼吸もしておらず、そして心臓も動いていない。マキナが死んだしまったと悲しむ誘拐犯。しかし次の瞬間マキナは何事もなかったかのように起き上がった。誘拐犯は確かに死んでいたはずのマキナが起き上がったことに恐れ慄き、彼女のことを化け物と叫ふわと逃げ出してしまった。化け物という言葉が引っかかるマキナ。
マキナは、本当は自分が周囲の人とうまくコミュニケーションを取れていないことに気づいていた。友達を作ろうとしてもやってくるのはお金やお返しを目当てに擦り寄ってくる者ばかり。鉄格子をいとも簡単に捻じ曲げてしまう腕力。自分はやはり化け物だと落ち込む彼女の元に、なんとマキナに瓜二つの幽霊が現れる。そして幽霊こそが本当のマキナであった。
彼女は生前不治の病に侵されており、いつも部屋にひとりぼっちであった。彼女を不憫に想ったカラクリ技師は彼女に生写しの人形を与えた。マキナはこの人形にマウリヤという名前を与えて唯一の友達とした。ある日マキナの元へ食べたものの願いを叶えると言われる黄金の果実が届く。しかし自身が既に手遅れであると感じていたマキナは果実を自分は食べずにマウリヤに与える。これによりなんとマウリヤは命を得たのだった。マウリヤと友達になれると喜んだ束の間、マキナの病状が突如悪化、彼女はそのまま死んでしまった。死の直前マキナはマウリヤに、「私の代わりにたくさん友達を作って」と残す。この言葉を受けてマウリヤはマキナを誰にも知られず密かに丁寧に裏庭に埋葬した。彼女の代わりとして生き、生前の彼女が果たせなかった「友達を作る」という夢をマキナに代わりに自分が果たすこと。これを使命として、マキナとしてこれから生きていくことを決意した。しかしもともと人形であるために人間のように自然に振る舞うことは難しく、周囲と広がってしまう軋轢。自分の残した言葉に縛られて1人ぼっちになっていくマウリヤをマキナは見ていられなかった。マキナは自分が既に死んでしまっていること、マウリヤは自分にとって最高で唯一の友達であること、そしてマウリヤには人形に再び戻ってほしいことを伝える。マウリヤはこれを受けてマキナが遠い場所へ旅に出ること、そして船を主人公に与える旨を書き残して人形に戻った。これにより町民はマキナの死を知らないまま、永久に帰ってこない彼女を待ち続けることになるのだった。
裏庭の名前の無い墓に寄りかかるようにしてマウリヤは動かなくなっていた。墓には「大好きな友達、ここに眠る。」と。マウリヤの隣に転がっている女神の果実を主人公は回収し、船に乗って新たな大陸を目指す。
砂漠に覆われたグビアナ大陸に位置する、ベリーダンスで有名な王国。船を得た主人公はこの砂漠の大陸に上陸し、グビアナ王国に到着する。城下町で、主人公は先日黄金の果実が女王に献上されたことを耳にする。これを受け、主人公は女王の謁見を申し込んだ。
女王との謁見。主人公は自分が遠い土地より黄金の果実を取り戻すためやってきた旨を伝える。美しく、そして傍若無人な女王ユリシスは主人公の言葉など意に介さず、果実は全てスライスし沐浴場の水に浮かべると伝え主人公を嘲笑い挑発するのだった。そのとき、不器用な使用人の女ジーラが女王が寵愛していたペットのトカゲ、アノンを逃してしまった。主人公はアノンを捕まえて女王へ返すが特に状況は変わらない。とうとう沐浴場へと行ってしまう女王を追って、苦肉の策で屋上の噴水から男子禁制の王女の沐浴場に突入する。しかし時すでに遅く、女神の果実は既に薄くスライスされ水に浮かべられていた。沐浴場にまで追ってきた主人公に呆れる女王の傍でこっそりとアノンが女神の果実を一切れ食べてしまう。突如アノンは巨大なドラゴンへと変貌すると、女王を連れてグビアナ地下水道へと逃げ去ってしまう。主人公はユリシス女王を救うためグビアナ地下水道の中を進んでいくことになる。
グビアナ城の地下に広がる水路。かつてはここがグビアナの水路であったが、新しい水路が作られたため利用されていない。
地下水道最深部にたどり着いた主人公。アノンはなんと言葉を話せるようになっていた。ユリシスは誰にも渡さないと激昂し襲いかかってくるが主人公はこれを退ける。倒されたアノンはユリシスの身を案じていることを吐露する。城の皆は傍若無人な女王を嫌っており城はユリシスにとって敵だらけであるとアノンは心配していた。しかしトカゲの自分には何もできないため黄金の果実を使って人間になりたいと願ったのだった。そこへジーラがやってくる。父親との関係に起因する女王の心の内の孤独感を心配しており、皆を信じて打ち明けて欲しいこと、皆女王の力になりたい旨を伝え、アノンはこれを聞いて安堵する。主人公たちに感謝と謝罪の言葉を残してトカゲへと戻ったアノン。その横に転がった女神の果実を主人公は回収する。今回の一件を受けて自身の在り方を考え直したユリシスは、今度こそ良き一国の王となるべく決意するのだった。
グビアナ大陸南東の一年中雨が降っている島。中央には不思議な青い木がある(先述の青い木とは別物)。
配信クエストにてこの木は過去にサンドネラによって焼き払われた大木の幽霊であることが判明し、彼女の墓もここで発見される。ガナン帝国から追放されたサンドネラはこの島に大賢者たちによって埋葬された。ある配信クエストでサンディのために世界樹の若葉なるアイテムを手に入れるため訪れるが、この際「もう1人の私を頼みます」という意味深な言葉を聞く。また、この島にサンドネラが埋葬されてからグビアナ近辺では若い女が死ぬと妖精になるという噂がたっている。サンドネラが夫であるガナサダイからサンディと呼ばれていたこと、彼女が死に際に残した「私は生まれ変わる」という言葉など、サンドネラとサンディの関係を匂わせる証拠が多数見つかるがサンディは最後まで否定、結局真相は不明なままである。
カルバドの西にある、大量の墓標が立ち並ぶ崖。本編中には特にイベントは無いが、配信クエストでは重要な地であることが判明する。
オンゴリの崖はかつて流刑地であり、大量の墓標は罪人達が作り上げた墓である。
大草原の中央にあり、遊牧民族が狩りをしながら暮らしている小さな集落。遊牧民達は族長一家を除き、東北弁のような口調で喋る。
族長の息子ナムジンはひどく臆病で魔物と戦うこともできず、集落の皆は心配していた。族長からその腕前を評価された主人公はナムジンの鍛錬を依頼される。ナムジンを追いかけ主人公は集落のはずれにある穴蔵に彼が入っていくところを突き止めた。ここは既に亡き母親の墓だと彼はいう。そして主人公はナムジンの本当の意図を聞く。彼はわざと臆病なふりを演じており、最近集落にやってきたシャルマナを怪しんでいるのである。シャルマナはその美貌と魔物を打ち倒す強さで族長をはじめ集落の皆から信頼されきっていた。ナムジンが一足先に集落へと戻った後現れた彼の母の霊からカズチャ村にあるアバキ草が役に立つという助言を得る。これをナムジンに伝え、彼と共にカズチャ村へと赴くことになる。
カルバドの集落の東にあった村。魔物の襲撃によって滅び、現在は封印されている。最深部にてアバキ草を見つけたナムジンと主人公。これをうまく使えばシャルマナの本当の姿が明らかになる。主人公に一言礼を言うと集落へと戻るナムジン。彼を追いかけて主人公もまた集落へと向かう。集落にたどり着いたとき、ナムジンは相棒であるマンドリルのポギーと協力してシャルマナの隙を作り、彼女にアバキ草を煎じて作った液体をかける。シャルマナは悍ましいその本当の姿を表し、ナムジンは集落の皆に今こそ戦う時だと主張するが集落の民は恐れ慄き、動転しているばかり。ナムジンは1人挑むが敗れてしまう。主人公に敗北し、魔力を喪ったシャルマナの身体はどんどん縮んでいき、その真の正体を表した。なんと女神の果実の力で草原を我が者にせんと考えたのはただの1匹のテンツクだったのである。
非力な自分は集落の民や草原の強い魔物に怯えながら暮らしてきたので力を望み、そして暴走してしまったのだという。許しを乞うシャルマナにナムジンは慈悲を与え、一人ぼっちのシャルマナを案じ自身の友人ポギーを紹介した。シャルマナは感謝と謝罪の言葉を述べ、ポギーと2人草原へと去っていった。残った女神の果実を主人公は回収し、草原をあとにするのだった。
カルバドの集落と同じ大陸の北東にある、雪原の名門校。なお、立地の悪い雪原地帯にあるのは、初代学院長が「子供達が寒さにも負けない心と身体を持てるように」と願ってのことである(または金がなくいい土地に建てられなかった為とも)。主人公が訪れた時点では生徒に行方不明者が続出するという事件が起きており、探偵を雇っている。主人公は依頼を受けてやってきた探偵と勘違いされるがサンディの助言もあり、流れで探偵を名乗り事件解決を任されることになる。学院内で過ごしていく中で、生徒が突如マインドコントロールされて自ら地下校舎へと入っていく場面を目撃する。主人公は行方不明になっている生徒たちの真相を掴むために地下校舎へと進む。
エルシオン学院に隠されている地下校舎。最深部の教室にたどり着いた主人公は驚愕の事実を目にする。態度の悪い生徒を金縛りで縛り付け、故エルシオン卿が夜な夜なスパルタ授業をしているのだった。主人公の姿を見たエルシオン卿は激昂、襲い掛かる。敗れたエルシオン卿は正気を取り戻し、その心境を話し始めた。能力も未来もある若者がそれを無駄にしてしまうことの勿体無さを死後の世界から憂いていたのだった。そんなとき偶然黄金の果実を手に入れたところ、この感情が暴走し、このように歪んだ形で現れたのだった。酷いことをしてしまったことを詫び、生徒達を解放した。翌日、行方不明になっていた生徒全員が戻り事件が解決した。また本件の真相を学長に伝え、謝礼を貰う。女神の果実回収の目標を達成した主人公は学院をあとにした。エルシオン卿に攫われた素行不良だった生徒達はエルシオン卿の気持ちが幾分か伝わったのか、前向きに学院生活に臨んでいるようである。(たまにサボっているようだが)
また、本件を依頼されていた本物の探偵は主人公が事件を解決した後にやってきたらしく、偽物扱いをされてしまっている。
これにて女神の果実を全て集め終わった主人公は天の方舟で天使界を目指すが、その道中、意外な人物が立ちはだかる。
ナザム地方上空(天の方舟内でのイベント)
天使界を目指す主人公たちであったが、突如飛行中の天の方舟のドアが開きある人物が入ってくる。その人物はなんと師匠であるイザヤール。自分が天使界に届けるから女神の果実を渡すよう要求するイザヤールに主人公は違和感を感じながらも、自分よりも上級の天使には逆らえない天使の掟のため逆らえず果実を明け渡す。果実を手に入れたイザヤールに「よくやった」と謎の声が届く。イザヤールは主人公を攻撃し打ち倒してしまうと、方舟のドアを吹き飛ばして闇竜バルボロスに乗るガナン帝国将軍ゲルニックと共に彼方へと飛び去ってしまった。意識を失った主人公は天の方舟から落下してしまう。
300年前にすでに滅亡したはずのガナン帝国が蘇ったのだ。
東ナザム地方にある村。過去にあったある事件のため、住人はよそ者に対して冷たい。主人公はナザム地方の草原に落下した。これを発見しナザム村へと運び介抱したのは、最近サンマロウからこの村に引っ越してきたティルという名の少年である。しかし、村は余所者である主人公に対して冷たい。夜になると主人公は村人たちの会合に呼ばれ、闇竜バルボロスの仲間ではないのかと問いただされる。どれだけ弁明しても少しも主人公を信用しようとしない村人たちにティルは嫌気がさし、村から飛び出してしまう。彼を追って泉へたどり着いた主人公はティルを宥める。ティルが村へ帰った後、カラコタ橋ですれ違った謎の女の霊が泉に現れる。彼女はラテーナと名乗り、村の守護天使像の下に隠した首飾りを持ってきてほしいと頼まれる。頼まれた通り首飾りを彼女に渡すと、首飾りの力で彼女は主人公が天使であることを知る。そして彼女はナザム村に起きた悲劇について話し出した。
300年前のある日ガナン帝国の攻撃によってひどく傷ついた大天使エルギオスは自身が守護天使を努めるナザム村付近に落下する。これを見つけ村に連れて帰り介抱したのがラテーナであった。しかし翼の生えた男がナザム村にいるという情報を得た帝国は兵隊をナザム村へ送り込んだ。エルギオスはこれを退けたが帝国はさらなる大軍を引き連れて戻ってきた。自分がうまくやるから泉に隠れていてほしいとの村長の指示通り、エルギオスはラテーナと共に泉に身を潜めるが、やはり放っておけないとして村に戻ろうとするエルギオスに対し、エルギオスの行動を予期していたラテーナは彼がこれ以上傷つくことを案じて睡眠薬を盛っていた。一方で村長は村の安全を優先するあまり、帝国と裏で取引をしていた。エルギオスを明け渡す代わりに村には手を出さないという取引である。薄れゆく意識の中でエルギオスは村長の手引きでやってきた帝国兵を目にし、村長の裏切りを知る。また、ラテーナが睡眠薬を盛ったこともこの裏切りの一環と勘違いしたまま意識を失う。こうしてエルギオスを得た帝国はなんとラテーナまで連れ去ろうとする。約束を無視しようとする帝国に村長は抵抗するが殺害されてしまい、ラテーナもまた帝国兵の攻撃によって倒れる。(しかしこの時点でラテーナは一命を取り留めている)村も帝国の深刻な攻撃を受けた。エルギオスは愛する村に裏切られ、また愛するラテーナに裏切られたと勘違いしたまま以降300年以上も帝国地下深くの牢獄に囚われることになる。この事件によってナザム村は余所者に対して冷たい村となってしまったのであった。図らずしもエルギオスに対する裏切りに加担してしまったラテーナはエルギオスを探し出し、そして彼を助け出すため彷徨っているのであった。
ガナン帝国の復活を知った主人公は、300年前に帝国と戦った空の英雄がいるドミールを目指すため竜の門を越える必要があると考える。竜の門を越えるため、魔獣の洞窟を目指す。
西ナザム地方にある洞窟。竜の門を越えるためのアイテム(=光の矢)が眠っている。
ナザム地方とドミール地方を分かつ底無しの谷。この谷のせいで二つの地方は行き来できない。魔獣の洞窟に封じられている光の矢を射ることで光の橋が崖の両端を繋ぎ、旅人の往来を可能にする。
竜戦士の伝説が今なお伝えられる火山の中腹にある村。かつての帝国との戦いから300年経った今もなお、空の英雄を崇めている者達が住む。
煮えたぎる溶岩がひしめく火山。山頂には空の英雄グレイナルが住む。山頂にたどり着いた主人公とサンディは空の英雄グレイナルと対面する。彼は人間ではなくドラゴンであった。天の方舟での一件で帝国と接触していた主人公に帝国の匂いを感じ、グレイナルは激昂して襲いかかる。主人公は彼を倒すが、老いた空の英雄はやはり主人公を気に入らないといってまともに取り合おうとしない。困った主人公は一旦里へと戻ると、なんと帝国軍の兵士がドミールの里を襲っていたのでこれを退ける。彼の好む酒を持っていけば機嫌も良くなるだろうという助言に従い竜の火酒を持ってグレイナルを再び訪ねる。火酒で機嫌を直したグレイナルは彼に300年前に帝国の将軍を殺したときに得た戦利品を自分には無価値だといって贈る。ドミール火山にまで帝国軍兵士は攻めてきたが、これも打ち倒したことで、グレイナルは遂に主人公のことを認める。主人公に竜戦士の鎧を与え、彼を背に乗せると里に襲来したバルボロスを迎え撃った。しかし、自分が年老いてしまったことに加え、天使の力を使って帝国によって改造されたバルボロスの力にグレイナルは及ばなかった。
「生きよ。ウォルロ村の守護天使よ。わしはわしの里を守ろう。」
真実を見通す竜の聖なる力か、彼をウォルロ村の守護天使と見抜いていたグレイナル。
主人公を背から振り落とすと彼は、バルボロスの放った巨大な火球を里を庇ってその身に受け消滅してしまう。
かつてベクセリア地方に存在し、ガンベクセン王が収めていたガナン王国を前身とした帝国。ガンベクセン王の息子、ガナサダイ皇帝が父を謀殺し封印した上で現在のガナン帝国領にあたる大陸に領地を移し、そこに建国した。他のあらゆる国に侵攻し、恐怖の象徴として恐れられていたが、300年前に突如一夜にして滅亡した。
ガナン帝国の領内にある留置場。帝国に連れ去られた人間が強制労働させられている。入り口にあるバリアは、帝国の紋章を持つ者でしか通れない。
牢屋の中で主人公は目を覚ました。隣の房にいるアギロという人物からここがカデスの牢獄であることを教えられる。彼は囚人たちのまとめ役で、多くの囚人達から厚い信頼を寄せられていた。囚人は毎日なんのためのものかもわからない大きな柱を回すよう指示される。(実はこの柱は地下に囚われている天使たちから力を奪うためのものである。)主人公は初日にアギロに牢獄内を案内してもらうが、この際主人公が帝国の紋章を持っていることが判明する。(グレイナルから貰ったものである。元々は300年前にグレイナルがゴレオン将軍を焼き殺した際に手に入れたものである。)これは脱獄に繋がる大きな鍵だとアギロは伝えると、チャンスを待つべきとして現時点では紋章の所持を隠しておくべきだと助言する。しかしある日、あまりにも理不尽な理由で仲間が処刑されそうになり、これに我慢ができなくなったアギロは帝国兵を打ち倒し、他の囚人達と共に暴動を起こした。彼は主人公に紋章を使ってバリアを抜け、中枢部にあるバリアの発生源を遮断しろと指示を出す。指示通り主人公はバリアを切り、牢獄の支配者ゴレオン将軍を打ち倒した。これにより囚われていた天使達を解放し、囚人も脱獄が可能となったがそこへバルボロスが襲来する。もうだめだと諦める囚人達をよそに未だ希望を捨てないアギロ。「俺がなんとかする」とだけ言い、他の囚人たちには逃げるよう指示を出す。彼を信頼している囚人達は皆言われた通りに散り散りに逃げ出した。そしてアギロと主人公のただ2人が残るのみとなった。アギロはホイッスルをおもむろに出すと力強く吹き鳴らした。すると天の方舟が現れ、バルボロスに一閃、これによってバルボロスは逃げ去っていった。なんと彼の正体は、箱舟が撃ち落とされた日から現在まで行方不明だった天の方舟の車掌アギロその人であった。呼び出した天の方舟に2人は乗り込むと傷ついた天使達を乗せて天使界へと向かった。
元々はガナサダイ皇帝の妃サンドネラが自身に逆らう者を捕えるために作らせたことが配信クエストで判明する。
創造神グランゼニスが住まうとされる場所。
天使界へと戻った主人公達は長老オムイにガナン帝国が魔物として復活したこと、そしてイザヤールが裏切って帝国の手先となっていることを伝える。しかし、長老の口から出たのはこれまた不可解なものだった。なんとイザヤールは主人公から女神の果実を奪った後、これを天使界に届けていたのである。イザヤールが天使界に女神の果実を届けたという事実と主人公に起きた事実、いずれにせよ今できることをするしかない。女神の果実も天の方舟も揃ったのでまずは神の国へ向かうという意見で一致する。
天の方舟で神の国までやってきた一行。しかしどうにも様子がおかしい。誰もおらずひっそりとしていて、多くの場所が崩落している。神のいるはずの宮殿は特に損壊がひどく、神の玉座は吹き飛ばされ床には大きな孔が開いていた。これは世界樹が実をつけた日に放たれた閃光が神の国を襲った事実を示していた。まさか神は閃光によって死んでしまったのか。一行は途方に暮れた。
しかし突然女神の果実が輝き始め、一行は光に包まれた。気がつくとなんとそこは天使界最上階の世界樹のもとであった。世界樹は女神の果実の力によって女神セレシアへと、本来のその姿を取り戻した。神は死んでしまったのかという問うオムイに女神セレシアは答える。閃光は確かに神を襲い、今は姿を失せているが神が消えればこの世界も消えているはずなのでどこかにいるはずと答える。
女神セレシアはこの世界の始まりの話を彼らに説いた。遠い昔、創造神グランゼニスは争いばかり起こし自分たちのことしか考えない野蛮な人間を失敗作と見做し、滅ぼすことを決めた。しかし人々の良き心を信じている女神セレシアはこれに反対した。そして自らを世界樹として封印した。世界樹となったセレシアは人間が感謝の心を抱いた時に生まれる星のオーラを集めることでしか元の姿に戻ることが出来ない。自らを封印してまで人間を信じる娘の意を汲み取り、グランゼニスは人間の滅亡を思いとどめた。そして星のオーラを世界樹の元へ集めるため遣える存在として天使達と天使界を創造したのであった。
女神セレシアは混沌とした地上界にこそ今進むべき道があるとして、青く光る木をガナン帝国領に宿した。そして主人公は突如謎の復活を遂げた魔帝国ガナンに踏み込んでいくのだった。
ガナン帝国の本拠地。周りが堀と闇のオーラによって囲まれている。城内には大砲が設置されている。あちこちは崩れ、枯れ木が侵入している。
主人公は、城門にてゲルニック将軍を打ち破り、城内でギュメイ将軍を破った。そしてとうとう玉座の間へとたどり着く。玉座には皇帝ガナサダイと、そしてなんとイザヤールがいた。実はイザヤールは師匠エルギオスの仇であるガナン帝国皇帝ガナサダイに迫るために主人公を、天使界を裏切ったのであった。(完全に裏切ってはいなかったが、主人公や仲間の天使達に対し嘘をついたことを強く悔いている。)皇帝に刃を向けるイザヤールであったが、皇帝の力は彼を遥かに上回っており、敗北した。倒れた師匠に代わり主人公が皇帝を打ち倒した。皇帝は死の間際に主人公を不意に背中から突き刺そうとするがこれをイザヤールが間一髪で庇い、そして皇帝にとどめを刺した。しかしこれが致命傷となってしまいイザヤールは主人公に謝罪の言葉を残し、死亡してしまう。
ガナン帝国城の地下に広がる留置場。
ガナサダイは倒され、ガナン帝国は再び消滅したにもかかわらず未だ禍々しい力の消えない帝国。原因を突き止めるべく主人公は帝国内を捜索、地下へと続く階段を発見、帝国地下に広がる閉ざされた牢獄へと進んでいく。地上に落ちた天使達はここにも囚われており、彼らを開放しながら深部へと進んでいく。最深部へと遂に到達した主人公は鎖に繋がれて囚われている翼の生えた男を見つける。もちろんこの男も解放するが、どうも男は様子がおかしい。彼はなんと300年前に帝国に連れさられ既に死んだものと思われていた大天使エルギオスであった。愛する人、村、人間に裏切られたという憎悪が彼を蝕み、堕天使となっていた。天使界や神の国を襲い、神を射抜いた閃光も、今回のガナン帝国の復活も、すべて世界への憎悪が限界に達した彼の仕業だったのだ。天使の掟により彼を攻撃できない主人公を一撃で倒すと、世界を滅ぼしにいくと残しどこかへと去ってしまう。彼が去った後、一足遅れてラテーナがたどり着く。彼女はまたしてもあと一歩間に合わなかった。
本作のラストダンジョン。
天使界にて目を覚ました主人公、長老オムイに一連の混沌の黒幕は堕天使となったエルギオスであることを伝える。驚きを隠せないオムイ。エルギオスは最上天使であり、天使界の誰もエルギオスと戦うことはできない。そしてエルギオスを止めることが出来なければ世界は滅亡する。唯一の方法として女神セレシアは自らの力で女神の果実を作り出し、これを主人公に渡す。これを食べ、人間になることを願えば天使の掟から解放されてエルギオスと戦うことができる。しかし、人間になるということはつまり、サンディやアギロら仲間たち、故郷と永久に別れることを意味する。主人公は迷った末に決意を固め、果実を口にした。天使としての理から解放された主人公は、天使の力が完全に失われてしまう前に(完全に失われてしまえばそもそもエルギオスや天使界、神の国も認識できず、天の方舟にも乗れなくなってしまう)エルギオスを追って神の国へと向かう。
閉ざされた牢獄から解き放たれたエルギオスは神の国を訪れていた。追ってきた主人公を再び迎え撃つが、自身を攻撃できるようになっていることで主人公が天使としての力を捨て人間に成り下がったことを理解し、主人公のその選択を嘲笑する。辛くもエルギオスに勝った主人公だが、エルギオスはさらに力を増し、その禍々しいエネルギーで神の国を絶望と憎悪の魔宮へと変貌させ、自身の体もまたさらに悍ましい姿へと変貌を遂げる。世界の破壊に備えるため魔宮中央部へと飛び立った。
主人公は道中のバルボロスによる妨害も退けて、遂に世界の破壊に備えているエルギオスの元へと追いつく。堕天使エルギオスをなんとか下すも体力を完全に使い果たしてしまった主人公。しかしエルギオスはその上で更なる無尽蔵のエネルギーを放出し世界を破壊しようとする。万事休すかと思われたその時、ラテーナが現れる。彼女を目にし一瞬気が緩むエルギオス、しかし未だ彼女が裏切ったと勘違いしている彼は再び憎悪を膨らませる。そのときラテーナの星の首飾りは光を放ちエルギオスに全ての真実を見せた。その光は彼を正気に戻し、天使として立ち戻らせた。エルギオスは全ての真実をようやく理解し、そして長い間募らせた絶望と憎悪から解放され、ラテーナと、そして世界と和解した。彼は自身のしたことを詫びた。神の国は元の姿を取り戻し、エルギオスとラテーナは主人公に感謝の意を伝えると星空へと昇った。時同じくして、世界樹が女神セレシアとして目覚めたこと、そして世界の混沌が収まったことで天使達もまた遂にその役目を終えたこととなった。こうして天使達は星として星空に帰り、「星空の守り人」となるのだった。女神セレシアによって天使界の最上階、彼女のもとへと戻された主人公。天使達が星空へと去り、天使界も役目を終え消滅してゆく中、女神セレシアは労いの言葉を彼にかけ、星空へと昇っていく天使達をセレシアと2人で見届ける。そして、天使としての力が尽き始かけ完全に人間になり始めている主人公に天の方舟に乗るよう促すと最後に別れの言葉
と再び感謝、そしてこれからは人間として「地上の守り人」として生きてほしいと伝えたのだった。
地上へと送り届けられた主人公はもはや方舟やアギロ、サンディまで見えなくなり始めていた。サンディは別れに耐えきれず泣き出し、アギロは短く別れと激励の言葉を送ってくれた。再び走り出し何処かへと去っていく天の方舟。サンディは最後の最後に自身の秘密を主人公に打ち明ける。しかし、風の音でそれはかき消され、主人公の耳に届くことはなかったのだった。