河内風穴
これがきっかけとなり、2001年に東京スペレオクラブ主催の調査プロジェクトが計画された。2001年11月3日から11月4日にかけて、東京スペレオクラブに加え、西日本洞窟潜水研究会および大阪市立大学探検部により調査が行われた。この活動は河内プロジェクトという仮称で呼ばれていたが、活動リーダーの本田幸雅により多賀大社の祭神である伊弉諾に因み「イザナギプロジェクト」という名称が提案され、これが第1回イザナギプロジェクトとなった。ベンチマークが設置され、新最奥部の測量が開始された。
2002年には後藤聡がリーダーとなってイザナギプロジェクトが開催され、洞内環境保護のため希少な鍾乳石のある範囲にトラロープが設置された。2003年頃には西日本洞窟潜水研究会によって、第二水流上流部に向けて試験的な潜水が行われ、河内風穴の第二水流は上流に空間が続いており、奥から大量の水が流れる大水脈であることが確認された。また蟻の巣の測量が開始された。
2005年には日本洞窟学会多賀大会が開かれた。後藤ほか (2005) は河内風穴の総延長を6,800 mに更新した。また、河内観光協会向けにケイバーによる河内風穴の観察会も行われ、鐘の鳴池までのガイドが行われた。
2006年8月5日には一般人が河内風穴非公開部分の洞奥に立ち入ることができるイベントである、多賀の自然と文化の館(現多賀町立博物館)主催の観察会が開かれた。イザナギプロジェクトもこの観察会のスタッフとして参加し、2008年以降はイザナギプロジェクト主催の河内風穴観察会が開催されるようになった。2008年の観察会はイザナギプロジェクトおよび多賀町観光協会の共催で多賀町、多賀町教育委員会、河内観光協会の後援のもと9月21日に行われた。また、イザナギプロジェクトの協力で、VINZによりDVD「神秘の洞窟 河内の風穴」が撮影された。2009年にも11月29日に同様に観察会が行われた。
2010年11月時点の報告では、新最奥部や蟻の巣、水流部や石切場上層の測量結果などが加えられ、総延長は9,845 mだとされた。
イザナギプロジェクトには東京スペレオクラブ以外にも立命館大学探検部や大阪市立大学探検部をはじめとした探検部が参加している。イザナギプロジェクトは洞窟調査の教育の場としても機能しており、測量技術の習得にも寄与している。
イザナギプロジェクトによる測量活動及び観察会は現在も続けられている。2020年5月現在、最後の観察会は2019年11月24日に行われている。
河内風穴の動物相はこの地域の他の石灰洞に比べ非常に豊富である。ただし種数は佐目のコウモリ穴(佐目風穴)の方が僅かに多く、他の石灰洞から見つかっているガロアムシは未発見である。これらの洞窟からは多くの新種の洞窟記載と多くの洞窟動物の記録があり、生物学的に極めて重要な産地である。コバヤシミジンツボやカワチメクラチビゴミムシのように河内風穴の固有種 または鈴鹿山脈北部地域の固有種であるものは多い。そのうち、12種が河内風穴をタイプ産地として記載されている。
洞窟に生息する動物には、洞窟(またはそれに近い環境)で世代交代を繰り返す真洞穴性動物(地中性動物)および、それ以外の動物に大別される。後者は従来、ある時期に洞窟内に入る動物またはそれに寄生する動物である好洞穴性動物、および紛れ込んだ迷洞穴性動物に分けられていた。石灰洞の形成される歴史は極めて古く、その間に洞窟環境を好んで入る昆虫が知られており、世代交代を長い間繰り返すうちに環境に適応するため体型が進化していく状態が真洞穴性昆虫に多く見られる。
真洞穴性動物ではメクラチビゴミムシ類やチビシデムシといった昆虫類に加え、ヨコエビ類・トビムシ類・クモ類・ヤスデ類などの節足動物が棲息している。また、水流からはコバヤシミジンツボ 、洞壁からはホラアナゴマオカチグサ といった、旧中腹足目の小型の巻貝が発見されている。
好洞穴性動物では、カマドウマやガなどの昆虫および、コウモリとそれに寄生するクモバエなどが棲息している。また、ニホンザル および コウモリ類  gen. indet. sp. indet.の動物遺体が発見されている。これらの標本は樽野博幸によって同定され、大阪市立自然史博物館に保管されている。
河内風穴から発見された生物は以下の通りである。
コバヤシミジンツボ  Kuroda & Habe
腹足綱 タマキビ型新生腹足目 ミズツボ科。約1.5 mmの非常に小さい地下水棲の巻貝で、深部の小さい水流の中から発見された。真洞穴性動物である。1958年、黒田徳米および波部忠重により、上野俊一が採集した標本に基づいて記載を行われた。絶滅危惧II類(2007年版、cf. 貝類レッドリスト (環境省))であり、環境省は河内風穴を「日本の重要湿地500」の一つに選定した理由として「コバヤシミジンツボのタイプ産地および唯一の生息地」であることを挙げている。
ホラアナゴマオカチグサ  (Suzuki)
腹足綱 タマキビ型新生腹足目 カワザンショウ科。湿った洞壁に棲息している約2 mmの小型巻貝。広い地域の洞窟内から見つかっている真洞穴性動物である。絶滅危惧I類(2007年版)。
キセルガイモドキ  (Kobelt)
スズカホラヒメグモ  Yaginuma
蛛形綱 真正蜘蛛目 ホラヒメグモ科。約5 mmの鈴鹿山系に広く分布しているクモ。この地域を代表する真洞穴性動物である。洞壁のくぼみや岩の陰に不規則な網を張って生活しており、洞外でも沢の大きな歴や岩の下で見られることがあるため、好洞穴性に近い種である。かつてはアキヨシホラヒメグモ N. akiyoshiensis (Uyemura)と同種とされていたが、1975年に八木沼健夫により整理された。本種は河内風穴、篠立風穴や関ヶ原鍾乳洞などこの地域の石灰洞14洞の標本にもとづいて新種記載された。
ホラヌカグモ  Oi
蛛形綱 真正蜘蛛目 サラグモ科。2.5 mmで淡褐色のクモ。真洞穴性動物である。河内風穴および佐目のコウモリ穴の特産種(タイプ産地)。洞壁、洞床の間隙、石の下などに小さなシート状の網を張っている。
ホラヤミサラグモ  Oi
蛛形綱 真正蜘蛛目 サラグモ科。2.5 mmで淡褐色のクモで、真洞穴性動物。河内風穴および佐目のコウモリ穴の特産種(タイプ産地)で、洞壁、洞床の間隙、石の下などに小さなシート状の網を張っている。
ヤチグモの一種  sp.
蛛形綱 真正蜘蛛目 ヤチグモ科。
ナミハグモの一種  sp.
蛛形綱 真正蜘蛛目 ナミハグモ科。真洞穴性動物。1975年に1頭採集されており、米原市の石灰洞からも発見されている。
コアシダカグモ  (Karsch)
蛛形綱 真正蜘蛛目 アシダカグモ科。
スズカメクラツチカニムシ  (Morikawa)
蛛形綱 カニムシ目 オウギツチカニムシ科。体長約2.7 mm。河内風穴および佐目のコウモリ穴がタイプ産地で、この2洞及びナベイケに特産の亜種である。コバヤシメクラツチカニムシ  (Morikawa)のいくつかの別亜種は奈良県洞川(Ps. k. dorogawaensis (Morikawa))や山口県秋芳洞(Ps. k. akiyoshiensis (Morikawa))など本州の洞窟に広く分布し、篠立風穴に棲息するシノダチメクラツチカニムシもその一つである。
ウエノホラヤスデ  Haga
倍脚綱 ヒメヤスデ目 カザアナヤスデ科。ウエノタテウネホラヤスデとも呼ばれる。細長い白色のヤスデで、コウモリのグアノの上や洞床を這っている。佐目のコウモリ穴および河内風穴がタイプ産地で、滋賀県側のみの鈴鹿山脈北部の石灰洞に広く分布している。日本における本属の分布の西限である。ホロタイプは佐目のコウモリ穴のもの、パラタイプは佐目のコウモリ穴および河内風穴のものである。
ナナメオビヤスデ  Takakuwa
倍脚綱 オビヤスデ目 オビヤスデ科。体長30 mm、体幅3.4 mmで赤褐色。静岡県の富士風穴からも知られており、河内風穴のものは上野俊一によって報告された。
ムカデの一種  gen. sp.
キョウトメクラヨコエビ  Akatsuka & Komai
(甲殻類)軟甲綱 端脚目 メクラヨコエビ科。体長6 mm、乳白色透明の真洞穴性の端脚類。三重県の篠立風穴および鷲嶺水穴からも発見されており、僅かな水路を伝って広範囲に移動することが示唆されている。
ナガコムシの一種  gen. sp.
内顎綱 倍尾目 ナガコムシ科。真洞穴性動物。
タカチホホラズミトビムシ  Yosii
内顎綱 粘管目 イボトビムシ科。カワチホラズミトビムシとも呼ばれ、体長2.5–3 mm。河内風穴がタイプ産地で特産種。この亜属の種(ホラズミトビムシ)は白化種で、古生洞に産する真洞穴性動物である。
ホラズミトビムシ  Yosii
内顎綱 粘管目 イボトビムシ科。コウモリのグアノの上や洞床を這っている。洞内の水溜りに数頭が浮いていることがよくある。吉井良三によって質志洞から発見された。
クレナイイボトビムシ  Yosii
内顎綱 粘管目 イボトビムシ科。河内風穴および京都府北桑田郡芦生、滋賀県北小松寒風峠がタイプ産地。
ウエノシロトビムシ  (Yosii)
内顎綱 粘管目 シロトビムシ科。河内風穴、佐目のコウモリ穴に加え、伊勢市奥島路、広島県帝釈峡、奈良県洞川、山口県秋吉台、愛媛県玉津村の洞窟や、福岡県水無鍾乳洞など広域の多くの標本に基づいて記載された。
マツモトシロトビムシ  Matsumoto
内顎綱 粘管目 シロトビムシ科。マツモトトビムシモドキとも呼ばれる。岡山県の洞外の標本に基づいて記載された種であるが、河内風穴および高知県の白岩洞のものに基づき吉井良三により好洞穴性種として発表された。
スズカトゲトビムシ  (Yosii)
内顎綱 粘管目 トゲトビムシ科。体長2.0 mmで、洞穴内で最も個体数が多く、鈴鹿山脈北部の殆どの洞窟で見られる ほか、静岡、岐阜、京都、福井、三重でも見られる。白色で、銀色の鱗片状物質により覆われている。眼は殆ど退化している真洞穴性動物。河内風穴がタイプ産地で、1939年、吉井良三により河内風穴の標本に基づき記載された。
トゲユウレイトビムシ  Yosii
内顎綱 粘管目 アヤトビムシ科。体長1.6 mmのシロアヤトビムシの一種で、黄味がかった白色をしている洞穴性動物。河内風穴がタイプ産地。
マダラカマドウマ  Blatchley
昆虫綱 直翅目 カマドウマ科。洞内入口付近によくみられる好暗性の種で、日中は入口周辺の岩の隙間に多く静止しているが、夜間は洞外に餌を獲りに出ることがあり洞内外を往復していると考えられている。鈴鹿山脈北部の各洞窟に広く生息している。
チャイロカドモンヨトウ  Butler
昆虫綱 鱗翅目 ヤガ科。洞外性ではあるが、洞壁にしばしば観察される。5月から8月の時期に洞窟内で仮眠している好洞穴性動物。
マエモンウスグロオオナミシャク  Butler
昆虫綱 鱗翅目 シャクガ科。洞外性ではあるが、洞内の壁にしばしば見られる。6月から10月まで洞穴内で夏眠している好洞穴性動物。走光性はなく、洞穴からの記録しかない。
カワチメクラチビゴミムシ  S. Uéno
昆虫綱 鞘翅目 オサムシ科。約4 mmの河内風穴特産の真洞穴性甲虫。佐目のコウモリ穴から発見されたサメメクラチビゴミムシ  S. Uénoとともにイシダメクラチビゴミムシ属 に属している。体は淡く飴色で、眼や後翅は完全に退化しており、洞窟の深部で見つかる真洞穴性動物である。比較的近縁なクラサワメクラチビゴミムシ属 は篠立風穴や鷲嶺水穴など三重県側の洞窟より東側に、ノコメメクラチビゴミムシ属 は奈良県、和歌山県、大阪府以西に分布しており、それらの接点である多賀町で両属と区別できる2種が分布しており、生物地理学上特異である。
スズカメクラチビゴミムシ  S. Uéno
昆虫綱 鞘翅目 オサムシ科。約5.5 mmの真洞穴性甲虫。体色は飴色(赤褐色)で、体全体に長い毛を疎らに具え、眼や後翅は退化し、翅鞘の会合線は癒着している。篠立風穴や廃坑跡など、三重県を含む鈴鹿山脈北部の石灰洞に広く分布する。1962年に篠立風穴から山下善平らによって採集されたが、長らく記載されず、上野俊一により記載された。アナノオメクラチビゴミムシ  S. Uénoとともに鈴鹿山脈北部に特産のナガチビゴミムシ属 で、洞外の沢の湿った土や礫層の中の地下浅層からも発見されている。この属のうち本種は近畿・北陸地域に分布する種群(T. Oshimaiグループ)に属すのに対し、後者は東海・関東地方に分布する種群(グループ)であり、鈴鹿地域では両種群がほぼ同所的に分布している。
オオバヤシチビシデムシ  Jeannel
昆虫綱 鞘翅目。真洞穴性のチビシデムシで、篠立風穴や岐阜県及び三重県南部の石灰洞でも記録されている。
コヘラズネクモバエ  Speiser
昆虫綱 双翅目 クモバエ科。ニホンユビナガコウモリに寄生している。
ケブカクモバエ  (Westwood)
昆虫綱 双翅目クモバエ科。ニホンユビナガコウモリに寄生している。生活をコウモリに依存している好洞穴性動物。
キクガシラコウモリ  (Schreber)
哺乳綱 翼手目 キクガシラコウモリ科。縦長三角形の鼻葉をもち、前腕長は50 mm以上と洞穴棲コウモリの中では大型である。洞穴内で最も普遍的に目撃されるが、殆ど単独である。
コキクガシラコウモリ  Temminck
哺乳綱 翼手目 キクガシラコウモリ科。縦長三角形の鼻葉をもち、前腕長は45 mm以下。河内風穴では第1水流付近で新しい全身骨格が観察されている。
ユビナガコウモリ  Hodgson
哺乳綱 翼手目 ヒナコウモリ科。耳が短く尾は長く、前腕長は46–47 mm前後。複数の洞窟を移動することが知られており、規模の大きな洞窟が選ばれる傾向にある。高速で移動し、鈴鹿山系でも三重県北勢町の廃坑と福井県上中町間の約70 kmを移動した事例が知られている。河内風穴では観光洞ホール(大広間)にて天井に目測100頭を超えるコロニーが観察されている。
テングコウモリ  Milne-Edwards
哺乳綱 翼手目 ヒナコウモリ科。鼻は管状で左右に突き出し、前腕長は40 mm以上。第1指は大きく、岩の割れ目に入り込むのに適しているが、本来は樹洞を塒とする森林性コウモリだとされる。洞口から中央部のホールにかけて岩の割れ目などで16-17頭記録されている。
モモジロコウモリ  Temminck
哺乳綱 翼手目 ヒナコウモリ科。耳は細長く先端は尖っており、前腕長は40 mm前後だが後肢は大きい。多種のコウモリのコロニーに交じって記録されることが少なくない。河内風穴では観光洞大広間の岩陰で1頭のみ観察されている。
芹川および犬上川の上流部に広がる石灰岩地(霊仙山石灰岩層)表層部は、近畿地方でも有数の陸貝(カタツムリ)の産地であり、多賀町域では47種が確認されているが、なかでも河内風穴の周辺地域には多数の陸貝が棲息している。また、ニホンリスやミソサザイなどの動物も見られる。
河内風穴の位置する多賀町は裏日本植物区系(山陰地区)と表日本植物区系(瀬戸内地区)の境界に位置するため、日本海側の植物と太平洋側の植物の何れもが分布している。また、河内風穴のような石灰洞があるように、石灰岩地域の分布により好石灰岩植物が見られる。
石灰岩地は土壌の発達が悪く乾燥する上に、土壌中のカルシウムやマグネシウムの含有量が多く、塩基性に偏っている。好石灰岩植物はそういった環境に生理的適応性を獲得した植物であり、Shimizu (1962–1963)により3群に分けられている。第Ⅰ群は石灰岩地に見られるもの、第Ⅱ群は石灰岩地に特に多いが、その他でも生えているもの、第Ⅲ群は石灰岩地に限らずそうでないところにも棲息するが、石灰岩地に多いものを指す。
この地域が分布の境界となっている植物もある。芹川の上流域に分布するサツキヒナノウスツボ  Bonatiは近畿では鈴鹿山地以外に棲息せず、分布の西限である。河内風穴付近に棲息する好石灰岩植物(第Ⅲ群)のクロタキカズラ  (Makino) Makinoは分布の東限である。好石灰岩植物で、芹川上流部の石灰岩地に多く産するスズシロソウ  Miq.(第Ⅲ群)やイブキシモツケ  Bunge(第Ⅱ群)も鈴鹿山地が分布の東限に位置する。
上記の植物に加え、河内風穴の位置するエチガ谷や権現谷など芹川上流部に棲息する植物は以下のものが挙げられる。
ヒメフウロ  L. - 好石灰岩植物(第Ⅰ群)
オウギカズラ  Miq.
ヨコグラノキ  (Makino) Nakai - 好石灰岩植物(第Ⅲ群)
レンプクソウ  L.
ヤマトグサ  Okubo et Makino
クモノスシダ  Kurata - 好石灰岩植物(第Ⅱ群)
また、周辺の集落である大字甲頭倉にはアズマイチゲ  Regel、キバナノアマナ  (L.) Ker Gawl.、キクザキイチゲ  H.Hara、セツブンソウ  Maxim.やフクジュソウ  Franch.が、大字屏風にはヒロハノアマナ  (Baker) D.Y.Tan et D.Y.Hong、大字向之倉にはカワノリ  Yatabeが、また白谷にはイナベアザミ  Kitam.やタイミンガサ  (Makino) H. Koyamaが、鍋尻山にはウスゲレイジンソウ  Koidz. var. glabrescens Tamuraや好石灰岩植物(第Ⅰ群)のイワツクバネウツギ  (Koidz.) Makino ex Ikuse et S.Kuros.が分布する。更に、河内風穴より少し北にある落合集落は分布地理学上重要な地域である。
■近江鉄道のred多賀線を終点のred多賀大社前駅で下り、ここから河内まで約8.8 kmの道のり。
多賀大社前駅からは近江タクシー(彦根近江タクシー)による予約型乗合タクシー「愛のりタクシーたが」が運行されている。所要時間は約18分。
過去には路線バスが河内線を運行し、「河内の風穴(宮前)」バス停留所が設置されていたが、今は運行されていない。
green名神高速道路をblue彦根ICで下り、blue国道306号を南東方面へ久徳(きゅうとく)地区 まで走り、そこからblue県道17号(多賀醒井線)に入って芹川沿いを上流域へと進み、河内に到る。彦根ICから約12 kmの道のり。河内に有料駐車場(普通車数台規模)あり。