縄文時代
イネ・オオムギ・コムギといったイネ科植物については、晩期終末までに伝来していたことはほぼ確実であり、後期に畑作物の一つとして伝来していた可能性もある。後述するように、稲作は中期以前に遡るとする見解もあるが評価は分かれており、伝来期の古代米が水稲・陸稲・水陸未分化稲のいずれであったか、農法・立地が焼畑・常畑・水田・湿地のいずれであったかについても、議論の決着はついていない。イネは単独で栽培されていたわけでなく、オオムギ、ヒエ、キビ、アワ、ソバなどの雑穀類の栽培やアズキ・ダイズなども混作されており、畑作・稲作と並行して堅果類も弥生時代に至るまで近代に至っても本州から九州にかけての山間部では、木の実が重要な食料源であった。継続して利用されていた。
北部九州の後・晩期遺跡の遺物では、焼畑農耕が行われていた可能性が高いと考えられている。福岡県下の後・晩期遺跡の花粉分析、熊本市の遺跡でイネ、オオムギ、大分県遺跡でイネなどが検出されており、東日本からも同じく後・晩期の10個所を超える遺跡からソバの花粉が検出されている。これらも焼畑農耕による栽培であると推定されている。
前述したように縄文時代には弓矢の使用が始まっており、蜆塚貝塚・田柄貝塚(宮城県)といった縄文後期から晩期にかけての遺跡からは、石鏃の刺さったシカやイノシシの骨が出土している。落とし穴は旧石器時代から用いられていたが、縄文時代にはより盛んに用いられた佐藤宏之は、これらの落とし穴は能動的な追い込み猟の一部としてではなく、受動的な罠猟として用いられたという説を採る。他種の罠は遺物として発見されることが世界的に稀であるが、 は、括り罠やトラバサミ、箱罠に類する罠の使用も想定可能であると述べている。。その他、佐賀貝塚(対馬)からは縄文後期とされる鹿笛が、里浜貝塚の縄文晩期の層からは雉笛が、中山遺跡(秋田県)からはワラダ猛禽類に似た飛翔音に対する小動物の反応を利用する円盤状の猟具。の可能性のある縄文晩期の樹皮製品が出土している。遺跡から検出される陸上動物としては、シカおよびイノシシがそれぞれ40パーセント近くを占める以下、タヌキ・ノウサギ・アナグマ・サル・ムササビ・カワウソ・テン・オオカミ・ヤマネコ・オコジョ・ネズミが続く。。
イヌ(縄文犬)の出土例最古の出土例は夏島貝塚の約1万年前の層からのものであり、それよりやや新しい上黒岩洞穴の押型文土器を含む層からは埋葬例が出土している。は縄文時代の前期から晩期にかけて増加していく。散乱状態で出土する例も多いが、人間と同じ墓域において埋葬状態で出土する例も多く、縄文時代を通じてイヌを家族として扱い、人ともに埋葬する習慣があったことがうかがえる。また、イノシシについては土偶や埋葬例田柄遺跡(宮城県、高期末)にはウリボウの叮嚀な埋葬例がある。が見つかっており、舟にイノシシを乗せて伊豆大島や八丈島に移住したことも示されている。ブタについても縄文時代に少数移入されていた可能性がある。ウマについては、以前縄文時代に移入されたと考えられていた矮小馬の骨は中世の混入品である可能性が高いことがAMS法により明らかになった3世紀の『魏志倭人伝』にも<q>牛馬なし</q>との記載がある。。一方、家畜としてのネコ(イエネコ)は縄文時代の日本列島にはまだ伝来していなかった。
草創期にはフラスコ状の貯蔵穴が掘られており卯ノ木南遺跡(新潟県)。、晩期には湧水地にアク抜き施設を兼ねた貯蔵穴が設けられた例南方前池遺跡(岡山県)。も見られる。魚類や貝類についてもなんらかの保存技術が用いられていたことが想定されるクロダイの鱗や貝類の成長曲線の分析から、集中的な採取がおこなわれていたこと判明していることによる。。草創期に出現した縄文土器は、メソアメリカやメソポタミアの土器が主に貯蔵・運搬に用いられたのと異なり煮炊きを用途としており、煮沸やアク抜きにより他地域よりも多様な動植物の摂取を可能とした。
住居・集落
早期までは洞窟に居住しており、前期には台地上に竪穴建物が造られるようになり、当初3棟程度であった集落は、中期には十数棟規模にまで増えた。また中期以降、平地にも建物がみられるようになり、掘立柱建物神奈川県横浜市の小丸遺跡の調査で縄文時代における掘立柱建物の存在が確認された。また富山県小矢部市の桜町遺跡では木材が発見されている。も造られるようになる。17メートル×8メートルといった大型の建物を1、2棟含む集落不動堂遺跡など。も多い。中部地方・関東地方では前期から後期にかけて、広場を中心に墓群・掘立柱建物群・竪穴建物群が環状ないし馬蹄形状に展開する環状集落が発達する。また集落には、通年居住する母村と季節の狩猟などでの一時滞在用のキャンプとがあった。
遅くとも縄文中期(紀元前5000年)ごろには翡翠製勾玉が作られていたことが判明しており、特に長者ケ原遺跡からはヒスイ製勾玉とともに翡翠の工房が発見されている。
水運については、後期旧石器時代ごろから沿岸や島沿いの渡海が行われていたことが推定されている。縄文前期の丸木舟鳥浜貝塚や加茂遺跡から早期ないし前期の丸木舟が出土している。は鰹節型のものが多く、大型の舟は長さ7メートル・幅0.7メートルほどで、帆を立てる装置や櫂を固定する装置はない。河川における使用が推定される例が多いが、海における使用も推定しうる例浦入遺跡(京都府)や中里遺跡など。もある琵琶湖においては、後期の丸木舟(鰹節型・割竹型)が出土している。。翡翠は列島規模で流通しており、石器石材も200 - 300キロメートルの範囲で持ち運ばれていた蛍光X線分析によると三内丸山遺跡や北海道南部で出土されるヒスイは糸魚川産であることが分かっている。後年には日本製勾玉は朝鮮半島へも伝播している。。黒曜石の流通域は、朝鮮半島・サハリンにまで及んだ。
欧米から日本に考古学がもたらされたのは明治時代のことであり、1877年(明治10年)に来日したエドワード・S・モースをはじめとするお雇い外国人によって研究が始められた。この時点ではまだ縄文時代という時代区分は用いられておらず、石器時代という枠組みのもと、そのころの日本列島に住んでいたのはアイヌであったという説(ハインリヒ・フォン・シーボルト)、そのアイヌの前に住んでいた人々がいたというプレ・アイヌ説(モース)、北海道においてはアイヌの前にコロポックルが居住していたという説(ジョン・ミルン)などが唱えられたこのほかヴィルヘルム・デーニッツやエルヴィン・フォン・ベルツは、それぞれ異なるかたちで日本人は複数の人種を起源にもつとする説を唱えた。。1880年代末ごろになると、ヨーロッパ留学からの帰国者らがお雇い外国人と入れ替わり、坪井正五郎らによるコロポックル論争に発展し、石器時代人=アイヌ説も小金井良精を中心に引き継がれた。その後、長谷部言人による形質人類学的研究や清野謙次による統計学的研究などを受け、1920年代中ごろまでには、旧石器人は現代日本人の直接の先祖であるとの見解が主流となった。しかし、1930年代には長谷部や清野も記紀に基づいた建国神話について時局迎合的となるなど教科書については、1891年の『高等小学歴史』には日本の旧石器時代人についての記述が見られるが、1927年の『尋常小学校国史』は記紀に基づいた記述となっている。、こういった見解はあまり顧みられなかった。
戦後に編纂された歴史教科書では日本列島の先史時代に弥生文化と縄文文化の二つの文化の存在を示していたが、登呂遺跡や岩宿遺跡の発掘など考古学上の大きな事件が続いたことも影響し、1959年から60年にかけて日本考古学協会から刊行された『世界考古学大系』1巻および2巻において、学界における「縄文時代」「弥生時代」の区分が確立された。縄文時代は、縄文土器が使用された時代を示す呼称であったが、次第に生活内容を加えた特徴の説明が為されるようになり、磨製石器を造る技術、土器の使用、農耕狩猟採集経済、定住化した社会ととらえられるようになった。
縄文の語は、モースが『大森介墟古物編(Shell Mounds of Omori)』において大森貝塚から出土した土器をCord Marked Potteryと命名したことに由来する。この語は当初1879年(明治12年)に矢田部良吉によって索紋土器と訳されたが、その後1886年(明治19年)に白井光太郎が用いた縄紋土器の語が東京人類学会において広く用いられるようになった。縄文の表記は神田孝平が1888年(明治21年)に用いており、これが縄紋から縄文へと表記の主流が転換する契機となったとの認識が通説となっているが、 はこの時点においては誤植にすぎなかったと推察している。
縄文の表記の使用は1920年代から1940年ごろにかけて拡大この表記の転換は、まず考古学会、次いで人類学会の順に生じている。 は、この背景には建築学会における紋様から文様への転換があったとしている。するが、それ以降も長谷部言人や山内清男は縄紋の表記のほうが適切であると主張しており、21世紀初頭現在においても縄紋の表記を用いる研究者はいる。佐原真によると、師である山内が縄紋の表記を用いたのは研究史的な経緯を尊重してのことであり、自身が同表記を用いるのは、模様には糸偏をつけることにすれば甲骨文などの文字と区別がつくという分かりやすさを考慮してのことだと述べている。『日本考古学事典』(三省堂、2003年)の「縄文土器」の項(小林達雄)は、<q>紋章や指紋を文章や指文とは書かないように、文様は文字ではないから紋様と書くべきであり、土器の文様も縄文ではなく縄紋とすべきとする主張</q>により縄紋の表記が用いられているとしている。
2000年ごろにはAMS法が導入されるなど放射性炭素年代測定の精度が上がったことにより、縄文時代の開始年代や時期区分の見直しについて、再び活発に議論がかわされるようになり、環境史と人間活動・土器型式の対応関係や遺跡内の遺構の変遷などもより詳細に把握できるようになった。
前述のとおり、縄文時代の時期区分は土器形式上の6期区分が慣例化している。これは研究当初の前・中・後の3期区分に、資料の増加や研究の進展によって早期、晩期が加わり、最後に草創期が加えられたものである。そうした土器研究上の経緯を反映した時期区分であるため、中期が縄文時代の中頃というわけでもなく、生業や文化内容から見た時代区分としても再考の余地があるものの、慣用化した時期区分として定着しているのである。また上述のようにAMS法での測定により、2000年ごろには従来より推定年代が遡ることになった。その他、文化形式の側面から見ていくつかの時期に分類する方法も存在している。文化史的区分については、下記のように研究者によっていくつかの方法があり、現在のところ学界に定説が確立されているわけではない。
考古学者の岡村は、定住化の程度で時期区分すると草創期から早期半ば頃までは、住居とゴミ捨て場が設置されるが、住居を持たなかったり、季節によって移動生活を送るなどの半定住段階であると想定している。この段階は縄文時代の約半分の時間に相当する。次いで早期末から 前期初頭には、定住が確立し集落の周りに貝塚が形成され、大規模な捨て場が形成される。中期後半には、東日本では地域色が顕著になるとともに、大規模な集落が出現して遺跡数もピークに達する。一方西日本では遺跡数が少なく定住生活が前期には既に後退している可能性すらある。後期になると東北から中部山岳地帯の遺跡は、少数で小規模になり分散する。関東は大規模貝塚を営み、西日本も徐々に定住生活が復活する。後期後半には近畿から九州まで定住集落が散見されるようになる。この傾向は晩期前半まで続き、後半はさらに定住化が進み、瀬戸内地方から九州北部は水田稲作農耕を導入後、弥生時代早期へと移ってゆく。
文化人類学者の佐々木は縄文土器編年区分のうち草創期を旧石器時代から新石器時代への移行期として縄文I期、土器編年の縄文早期を縄文文化が完成に向かう時期として縄文II期、土器編年の縄文前期から晩期までを完成した縄文文化が保持された時期として縄文III期に分類した。
泉も佐々木による区分に近く、縄文草創期を「模索期」、縄文早期を「実験期」、縄文前期から晩期までを「安定期」としている。
縄文農耕論は、明治時代以来の長い研究史があり、農耕存否の論争は現在も続いている。1980年代には低湿地遺跡の発掘調査が進み、従前の種実に加え材木も含めた森林・植物資源の管理・利用の研究が進んだ。またその後、土器に残された種実・害虫の圧痕や網組製品の研究なども進めら、2000年ごろからは上述のように高精度の放射性炭素年代測定も利用できるようになった。
前述のとおり、稲作の開始時期や当時の農法などについては諸説ある。2000年代ごろに進められたイネのプラント・オパールの分析の結果、日本列島での稲作は縄文中期から早期にまで遡るとの報告もされているが、土壌中のプラント・オパールはコンタミネーションの可能性が排除できないことなどから、証拠として採用しない研究者もいる。石の本遺跡(熊本県)で発見されたものなど、イネの圧痕がついたとされる縄文後期の土器は複数あるが、イネとの同定に疑問を示す見解が出されている。南溝手(みなみみぞて)遺跡(岡山県)で岡山県古代吉備文化財センターが発掘した土器6点の中の4点からはイネのプラント・オパールが見出され岡山県古代吉備文化財センターは、穂を摘み取るのに使われたと推定される石器(穂摘み具)や、打製土掘り具と見られる石器も発見している、うち2点は縄文時代後期中頃、およそ3500年前(炭素14年代)に属しているともされるがこのほか上南部(かんなべ)遺跡(熊本県)の土壌と土器胎土からもイネのプラント・オパールが見出されている。、土器の年代比定に疑問が示されており、 は報告に付された写真が不鮮明であることからプラント・オパールの同定についても疑問視しているこのほか、熊本県の遺跡や上野原遺跡などからは縄文後期とされる炭化米が検出されたとの報告がある。。プラント・オパールの研究から、縄文時代後期から晩期にかけては熱帯ジャポニカイネ(Oryza sativa)には、ジャポニカ(日本型)とインディカ(インド型)などの亜種があり、ジャポニカはさらに、温帯ジャポニカ(水稲)と熱帯ジャポニカ(ジャバニカ米、陸稲)に分かれる。温帯ジャポニカは、長江北側から、日本列島というごく限られた地域に水稲農耕と密接に結びついて分布している。弥生時代以降の水稲は温帯ジャポニカであるとされている。の焼畑稲作が行われていたとする説もあり、列島へは、まず熱帯ジャポニカが南西諸島を通って列島に伝播したともされる。水田遺構としては、菜畑遺跡(晩期)のものや遺跡は縄文前期・晩期、弥生前期・中期と層序的に形成され、縄文晩期の水田は畦畔や水路を伴う。。晩期の突帯文土器を伴う津島江道遺跡(岡山県)のもの3メートル×5メートル前後の小区画水田である。が最古とされる。そのほか板付遺跡では、弥生I層(弥生前期)より下の縄文晩期末の土層から大区画の水田跡と木製農機具・石包丁などが出土している。