バルト諸国占領
バルト諸国占領(バルトしょこくせんりょう)とは、エストニア、ラトビアおよびリトアニアが、初めは1939年のドイツ国とソ連が締結したモロトフ・リッベントロップ条約の条項に基づきソ連によって、続いて1941年から1944年まではドイツによって、さらに1944年から1991年までは再びソ連によって行われた占領のことである。
1939年9月、第二次世界大戦が開始された時にはバルト三国の運命は1939年8月の独ソ不可侵条約とその秘密議定書によって既に定まっていた。
バルト三国の第二次世界大戦時の被害はヨーロッパにおける最大のものの1つである。人口の損失はエストニアの25%、ラトビアの30%、リトアニアの15%と見積もられている。戦争と占領において死亡した犠牲者数はエストニアで9万人、ラトビアで18万人およびリトアニアの25万人と推定される。これには1941年のソビエトによる追放、ドイツによる追放、およびホロコーストの犠牲者を含んでいる。
ペレストロイカ期の1989年に始まったソビエト史の再評価で、ソ連は自国とドイツとの間で結ばれた1939年の秘密議定書がバルト三国への侵攻と占領を導いたとして自己批判している。
バルト三国の独立を求めた闘争は1991年に結実し、各国の独立が回復してソ連から離脱した後は、その半年後のソ連の最終的な分裂を加速した。ロシア軍は、1993年8月にバルト三国からの撤退を開始した(初めはリトアニアから)。最後のロシア軍部隊は1994年8月にバルト諸国から撤退している。ロシア政府は1998年8月まで、スクルンダ-1のレーダー基地を借りる契約を結んでいた。最後のロシア軍部隊は1999年10月にスクルンダ-1から撤退している。
以前はロシア帝国の領土であったバルト海のフィンランド、エストニア、ラトビアおよびリトアニアの4カ国は第一次世界大戦後、エストニア、ラトビアおよびリトアニアの独立戦争を経て1920年までに各国の国境を確定した(参照:タルトゥ条約、ラトビア・ソビエト・リガ平和条約、ソビエト・リトアニア平和条約 (en))。
1924年、リトアニア、ラトビアおよびエストニアは、最終的な侵略者に対する相互防衛協定に調印。10年後には、スターリン指導下のソ連は、1944年までこれらのバルト三国を攻撃しないことを誓約した。
1939年8月24日早朝、ソビエト連邦とドイツは期間10年の独ソ不可侵条約に調印した。この条約には1945年のドイツ敗戦後になってから初めて明かされる秘密議定書が含まれていた。その条項によるとヨーロッパの北部と東部の国々がドイツとソビエトの「勢力圏」に分割されていた。北部ではフィンランド、エストニア、およびラトビアはソビエトの勢力圏に割り当てられていた。ポーランドについてはナレフ川、ヴィスワ川、サン川の東側地域はソビエト、西側地域はドイツが占領することになっていた。東プロイセンに隣接するリトアニアは当初ドイツの勢力圏となる予定だったが、1939年9月に合意された次の秘密議定書(ドイツ・ソビエト境界友好条約)ではリトアニアの大部分はソ連に割り当てられた。秘密条項により、リトアニアは戦間期にはポーランドに支配されていた、かつての首都ヴィリニュスを取り戻した。
1939年9月1日、ドイツがポーランド侵攻(第二次世界大戦始まり)
1939年9月3日、イギリス、フランス、オーストラリア、ニュージーランドがドイツに対して宣戦布告(まやかし戦争)
1939年9月4日、フランス・ポーランド軍事同盟更新
1939年9月10日、カナダがドイツに対して宣戦布告
1939年9月14日、ポーランド潜水艦オジェウがエストニアのタリンに入港
1939年9月17日、ソ連がポーランド侵攻。イギリス、フランスは宣戦布告せず
1939年9月18日、オジェウ事件が起こる: ポーランド潜水艦オジェウがタリンにおける拘束状態から脱出し、最終的にイギリスに向かう。このことからソ連とドイツがエストニアの中立性を疑う。
1939年9月24日、赤軍の海軍軍艦がエストニアの港沖に現れ、ソ連軍爆撃機がタリンとその近郊上空で威嚇飛行を始めた。9月25日、ソ連はバルト三国全ての空域に入り、大規模な情報収集活動を実施。ソ連政府はバルト三国がその領土にソ連の軍事基地建設と部隊の駐留を認めることを要求した。
1939年9月28日、エストニア政府は最後通告を受諾し、関連する協定に調印した。10月5日にラトビアが続き、リトアニアは10月10日に調印した。その協定はヨーロッパの戦争の期間、ソ連がバルト三国の領土にソ連の軍事基地を建設することと1939年10月からエストニアに2万5千人、ラトビアに3万人、リトアニアに2万人の赤軍駐留を認めるものだった。
1939年前半、レニングラード軍管区は既にバルト三国に向けて赤軍の約10%に当る17師団の配備を終えていた。間もなく動員が行われた。1939年9月14日、第8軍がプスコフに派遣され、動員された第7軍はレニングラード軍管区の指揮下に入った。侵攻準備はここまでに完成に近づいていた。9月26日、レニングラード軍管区には「エストニア・ラトビア国境へ部隊の集中の開始と9月29日の作戦終了」が命じられる。その命令では「攻撃開始の時刻については別の命令が発せられる」ことと伝えられる。1939年10月初めまでにソビエトはエストニア・ラトビア国境に全部で以下のような準備を終えていた。
兵力 437,325
砲撃火器 3,635
戦車 3,052
装甲車 421
車両 21,919
ソ連はフィンランドにも同様の協定への調印を要求したがフィンランドは拒否し、1939年11月30日、ソ連はフィンランドに侵攻し、冬戦争が勃発した。この侵攻は国際連盟によって違法なものと判断され、12月14日にソ連を国際連盟から除名する。この戦争は1940年3月13日に終り、フィンランドとソ連はモスクワ平和条約に調印した。フィンランドは首都ヘルシンキに次ぐ第2の都市ヴィープリを含む産業の中心部も併せてカレリアのほとんど全て(全部で領土の10%近く)を譲渡することを強制された。軍隊と残っていた住民は、新しい国境の内側に急いで避難している。フィンランドの全人口の12%に相当した42万2千人のカレリア住民が家を失った。フィンランドはバレンツ海のリバチー半島(英語:Rybachy Peninsula、フィンランド語:Kalastajasaarento)のフィンランドの領域であったサッラ (Salla) の一部に加えてフィンランド湾のスールサーリなど4つの島も譲渡しなくてはならなかった。最終的にハンコ半島は30年間海軍基地としてソ連に貸与された。1941年6月、フィンランドとソ連は継続戦争で交戦を再開する。
バルト三国に対してあり得る軍事行動のため配置された赤軍部隊には43万5千人の兵員、約8千の大砲と迫撃砲、3千台以上の戦車、500台以上の装甲車があった。
1940年6月3日、バルト三国を拠点とする全ての赤軍はアレクサンドル・ロクティオノフ (Aleksandr Loktionov) の指揮下に統合されていた。
6月9日、命令02622ss/ovがセミョーン・チモシェンコにより赤軍のレニングラード軍管区に出され、6月12日までに準備されることとして次のことが求められた。a) エストニア、ラトビアおよびリトアニア海軍の船舶の基地と海上のいずれかあるいは両方における捕捉、b) エストニアとラトビアの商船艦隊と他の船舶の捕捉、c) タリンとパルティスキへの侵攻と上陸に対する準備、d) リガ湾閉鎖とフィンランド湾とバルト海のエストニアとラトビアの沿岸の封鎖、e) エストニアとラトビアの政府、軍隊および資産の避難の阻止、f) ラクヴェレへの侵攻に対する海軍による支援の手配、g) エストニアとラトビアの航空機のフィンランドあるいはスウェーデンへの飛行の阻止
1940年6月12日、エストニアの完全な軍事封鎖の命令がソビエトのバルチック艦隊に出される(海軍部ロシア国立公文書館の責任者である歴史学者パーヴェル・ペトロフ (Pavel Petrov) 博士による文書記録の参照より)。
6月13日午前10時40分、赤軍が決められた位置に移動を開始、6月14日午後10時までに終了している。
a) 4隻の潜水艦と海軍の何隻かの小型艦艇がバルト海で所定の位置に着いた。
b) 駆逐艦隊3を含む小艦隊が侵攻を支援する為ナイッサール島の西に位置した。
c) 第一海兵旅団の4大隊が乗船した輸送船「シビル」 (Sibir)、「第二ピャティレトカ」 (2nd Pjatiletka) および「エルトン」 (Elton) はナイッサール島とアエグナ島への上陸と侵攻のための位置に着いた。
d) 輸送船「ドニエステル」 (Dnester) と駆逐艦「ストロゼヴォイ」 (Storozevoi) と「シルノイ」 (Silnoi) は首都タリン侵攻のため数個の部隊を乗艦させて位置に着いた。
e) 第50大隊はクンダ (Kunda) 近くに侵攻するための艦艇の中に位置した。海軍封鎖には全部でソビエト船舶が120隻参加している。それには1隻の巡洋艦、7隻の駆逐艦、17隻の潜水艦が含まれていた。参加した航空機は219機であり、これにはイリユーシンDB-3 (DB-3) 型とツポレフSB型の両爆撃機計84機を持った第8航空旅団と62機の航空機を持った第10旅団が含まれていた。
1940年6月14日、世界の注目がナチス・ドイツによるパリ陥落に集中している間にソビエトによるエストニアの軍事封鎖が実施された。タリン、リガ、ヘルシンキに置かれたアメリカ公使館からの3つの外交文書の包みを運んでいたタリン発ヘルシンキ行のフィンランド旅客機「カレヴァ (Kaleva)」は2機のソ連爆撃機に撃墜されている。アメリカの外務部事務員ヘンリー・W・アンタイル・ジュニア (Henry W. Antheil, Jr.) はその墜落によって死亡した。
6月15日、赤軍はリトアニアに侵攻し、マスレンキ (Masļenki) でラトビア国境守備隊を攻撃する。
1940年6月16日、赤軍は相互援助条約に基づきエストニアとラトビアに進駐を開始。両国内の自由通過権と新政府組織の設立を要求。進駐時に出版されたタイム誌の記事によると、ほんの数日の間に約50万人の赤軍部隊がバルト三国を占領し、それはナチス・ドイツにフランスが降伏するちょうど1週間前のことである。
モロトフはバルト三国のソ連に対する陰謀を非難し、ソビエトが承認する政府の設立を求める最後通告をバルト三国に渡した。侵攻をにおわせ、さらに三国がソ連に対する陰謀を企てることで、もともとの条約に違反したとして告発し、モスクワは最後通告を出している。それはバルト諸国に新しい譲歩を求め、その中には各政府の交代と三国に軍隊がいくらでも入ることを認めさせることが含まれていた。数十万の赤軍が国境を越えてエストニア、ラトビア、リトアニアに入った。この追加された赤軍は各国の軍隊よりかなり多かった。
国際的に孤立し、圧倒的な赤軍が国境と国内の両方にいる状態の中で、バルト三国の政府は積極的な抵抗を行わず、勝ち目のない戦争における流血を避けることが彼らの利益であると決定する。バルト三国の占領は赤軍の支援を得た共産主義者によって各国に起こされたクーデターによって達成された。
エストニア国防軍とエストニア防衛連盟の大部分は抵抗が無益であると信じるエストニア政府の命令に従い降伏し、赤軍に武装解除された。1940年6月21日、タリンのラウア (Raua) 通りに駐屯していたエストニア通信大隊のみが赤軍および「人民の自衛」と呼ばれる共産民兵に抵抗を示している。赤軍が6台の装甲戦闘車両を含めた増援をつぎ込み、闘いは日没までの数時間続いた。結局軍事的抵抗は交渉で終了し、通信大隊は降伏し、武装解除される。エストニア軍人アレクセイ・ミャンニクス (Aleksei Männikus) とヨハンネス・マンドレ (Johannes Mandre) の2人が死亡、エストニア側の負傷者は数人、ソビエト側では約10名が死亡し、それ以上の負傷者が出ている。戦いに参加したソビエト民兵は、ニコライ・ステプロフ (Nikolai Stepulov) に率いられていた。
ソビエトは圧制に加えて大規模な国外追放を実施した。イワン・セーロフ将軍が署名した「エストニア、ラトビアおよびリトアニアから反ソビエト分子をロシアに追放する手続き」(セーロフ文書) はバルト三国の人々の国外追放を監督するための手順と規約の詳細な説明を含んでいる。
赤軍による制圧直後から、地元の共産主義支援者およびロシアから入った者達の指導で、三国全ての大統領と政府の辞任が強制され、彼らのかわりに完全に共産主義者からなる「人民の政府」に変えられた。これらの作業を監督・指導するため、スターリンの側近のうち、アンドレイ・ジダーノフがエストニアへ、アンドレイ・ヴィシンスキーがラトビアへ、ウラジーミル・デカノゾフがリトアニアへそれぞれ派遣された。
翌7月にはソ連に忠実な地元の共産主義者によって仕組まれた議会選挙を実施。共産主義者と彼らの同盟者のみ参加が認められた。選挙結果は完全な捏造で、ソビエト報道部は投票の終了する24時間以上前にロンドン紙にその結果を付けて選挙を取り上げている。選挙の結果、バルト三国全ての議会で共産主義者が多数派となり、全く寝耳に水の話に対する人々の抗議を押し切って、8月には彼ら全員でソ連への併合を求める動議を提出した。いずれの国でもその動議が可決される。ソ連は予定通り三つの嘆願書全部を「受け入れ」、正式にバルト三国を併合する。
共産党に投票してパスポートに検印を押してもらうことが出来なかった人々は、後頭部を撃たれた。公共の裁判所も、「人民に対する反逆者」、つまり「政治的義務」であった彼らの国をソ連に入れる投票ができなかった人々を罰するために設立された。
選挙直後、イワン・セーロフ指揮下のNKVD部隊は1万5千人以上の「敵対的分子」とかれらの家族を逮捕している。ソビエト占領の最初の年、つまり1940年6月から1941年6月までの間における確認された処刑、徴兵あるいは国外追放された数は少なくとも12万4千467人と推定され、内訳はエストニアで5万9千732人、ラトビアで3万4千250人、リトアニアで3万485人である。これにはエストニアの8人の前国家元首と38人の大臣、ラトビアの3人の前国家元首と15人の大臣、リトアニアの大統領、5人の首相と24人の他の大臣が含まれる。最後の大規模な作業が1941年6月27日から28日の夜に予定されていた。それは1941年6月22日、ドイツがソ連に侵攻したバルバロッサ作戦が行われた時に戦後まで延期される。歴史家ロバート・コンクエストによれば、バルト三国からの選択されての国外追放は、「カティンの森事件の動機として後には明らかだったように」、政治的および社会的エリートを除くことによる国の「指導層の除去」という政策の典型である。
この時期、リトアニアのカウナスには日本領事館領事代理として杉原千畝が駐在していた。ソ連からはリトアニア併合に伴う日本領事館の閉鎖通告が伝えられ、杉原はソ連政府と日本政府からの再三の退去命令を受けながらも、ドイツのユダヤ人に対する迫害政策から逃れようとしてドイツ占領下のポーランドからリトアニアに逃亡してきた多くのユダヤ人に対し、1940年7月から彼自身がリトアニアを離れる同年9月にかけて大量のビザを発給している。(参照:杉原千畝#「命のビザ」)
1940年の7月から8月、エストニア、ラトビア、リトアニアの使節は、アメリカとイギリスに対し、ソビエトによる彼らの国々の占領と併合について正式に抗議を行った。アメリカはスチムソン・ドクトリンの原則に沿い(サムナー・ウェルズの1940年7月23日の宣言)、他のほとんどの西側諸国と同様、併合を決して正式に承認しなかったが、ソビエトの統治に直接的な干渉を行わなかった。バルト三国は国際法に基づいて法的(デ・ジュリ)に存在を続けた。バルト三国の外交および領事の代表は1940年から1991年の間いくつかの西欧諸国(アメリカ、オーストラリア、スイス)でその役目を果している。
バルト三国が独立を回復するまでの1940年から1991年までの期間、西欧諸国においてエストニア、ラトビア、リトアニアの外交担当者は、それぞれの国の正式な意見をまとめ、発表することを継続し、各国の利権と各国の市民を保護した。
バルト三国の事件は単独のものではなかった。独ソ両国はフィンランドとスカンディナヴィア半島にその中立あるいは主権を侵害する居留地を要求した。ドイツはノルウェーでの戦闘中、スウェーデンに圧力をかけてノルウェーと南スウェーデンの港との間で物資と人を輸送する権利を認めさせようとし、これはノルウェーの敗退後に達成される。その直後、ソ連はフィンランドに圧力をかけハンコ海軍基地とソ連国境間の輸送の権利を要求し始め、ペツァモ(Petsamo、現ロシア領ペチェングスキー地区)のニッケル鉱山の支配権とともにモスクワ平和条約の中のフィンランドの譲歩として達成された。
8月、フィンランドは1930年代半ばからのイデオロギーの違いに起因してナチス・ドイツとは冷めた関係だったが、ソ連との冬戦争によってナチス・ドイツ側とはっきり示され、ドイツとの関係を発展させる外交努力の中でドイツ軍の部隊に北ノルウェーとボスニア湾の港との往来の権利を認めた。フィンランドはソビエト占領に対抗する唯一の望みに見られるようになったドイツとの政治的な接触を続けている。9月、フィンランドとソ連は、ハンコを経由地として使用することについて合意した。1940年11月、ソビエト外務人民委員(ヴャチェスラフ・モロトフ)はフィンランド侵略のためドイツに承認と消極的支援を求めが、ヒトラーはフィンランドは近づくソ連への侵攻における潜在的な同盟国と見ていたため断っている。間接的なドイツの支援がフィンランドに交渉の終了を許すまではペツァモ鉱山についての交渉は数カ月の間進展がなかった。
バルバロッサ作戦におけるソビエトへの侵攻の後、ドイツはバルト諸国地域を占領した。最初リトアニア人、ラトビア人およびエストニア人は、ドイツがソビエトの支配から彼らを解放するものであると考えた。リトアニアでは戦争の初日に反乱が起こり、独立臨時政府が設立された。ドイツ軍がリガとタリンに近づくにつれ、国民政府を再建しようとする試みがなされた。ドイツがバルト三国の独立を回復することが望まれた。そのような政治的願望はすぐ失われ、バルト三国の協力は率直さを欠くようになったり、あるいは全く停止された。ドイツがバルト三国(1939年に第三帝国に取り戻されたクライペダ地方を除き)とベラルーシの大部分を東方占領地域(Reichskommissariat Ostland)と呼ばれる四つの国権をドイツの管理の下に統治する植民地に変更するに従ってナチ体制に反対する地方住民の割合は増えている。ドイツのナチ政治家ヒンリヒ・ローゼがソビエトによる再占領まで、その植民地の監督官であった。
この地域におけるドイツの方針は厳しく、地元住民を服従させ、ホロコーストに巻き込んだ。東側で征服した領土の植民地化のためのナチの計画の1つは東部総合計画と呼ばれ、ドイツの勝利の場合にはバルト三国の領域から地元住民の約3分の2に及ぶ大規模な国外追放を求めていた。
戦争末期、ドイツの敗色が濃厚になってくると、多くのリトアニア人、ラトビア人およびエストニア人は再度ドイツに加担した。彼らはそのような戦争に関わることで、バルト三国がソ連から独立を得るための西側諸国の支援を呼び込むことができるようになることを望んだ。ラトビアでは1943年8月13日、地下組織としてのラトビア国家主義者中央会議が成立した。1943年11月25日、類似の組織としてリトアニア解放最高委員会が誕生。1944年3月23日にはエストニア共和国の地下国民委員会が設立された。エストニアは国として東方占領地域(Reichskommissariat Ostland)のドイツ行政区に組み込まれた。ナチスに味方する気持がない数千のエストニア人はソ連と戦うためにフィンランド軍に加わっている。フィンランド歩兵連隊200(Finnish Infantry Regiment 200)はフィンランド国内のエストニア人志願兵で編成され、世間では「フィンランド・ボーイズ」(soomepoisid)として知られた。1944年1月にはロシアの前線は以前のエストニア国境近くまで進んでいた。ナルヴァから退避が行われた。1940年にソ連によってエストニア共和国が併合される前の同国憲法に従えば最後の合法的首相だったユーリ・ウルオツはエストニア共和国の地下国民委員会の長となり、1904年から1923年までに生れた健康な男性に兵役に応ずるよう懇願するラジオ演説を行った(その前にはウルオツはエストニア人の動員に反対していた)。この呼び掛けは国中からの支持を得て、3万8千人の志願兵で受付は混雑した。ソビエトの進軍に対してエストニアを守る任務に従事するため新規に編成された領土防衛軍(Territorial Defense Force)に加わるためにフィンランド軍に加わっていた数千のエストニア人はフィンランド湾を渡り帰国している。1943年および1944年には、赤軍と戦うために主に徴兵によって集められたラトビア人からなる武装親衛隊の2師団 (Latvian Legion) が編成された。ナルヴァの戦いはエストニア人に自国のための戦いであると認められ、1939年にあった事件に対する屈辱の気持を和らげるものであった。北東部国境におけるドイツの長い防衛陣はソビエトのエストニア国内への短期突破を防ぎ、このことはエストニアの地下国民委員会にエストニアの独立回復を試みる十分な時間をもたらした。1944年8月1日、エストニア国民委員会は、それ自体をエストニアの最高権威と宣言し、さらに1944年9月18日、代理元首ユーリ・ウルオツはオットー・ティーフを指導者とする新しい政府を定めた。英語によるラジオ放送によりエストニア政府は戦争における中立を宣言した。その政府は官報を2回発行している。9月21日、国民軍がタリンの政府庁舎を占拠し、ドイツ軍に退去を命令した。エストニアの旗はタリンの最も高い塔 (Pikk Hermann) のポールに掲げられたが4日後にはソビエトによって取り除かれている。エストニア亡命政府は1992年までエストニア国家の継続を将来に渡すために活動し、その時国家元首の任にあった最後の首相であるハインリヒ・マルク (Heinrich Mark) が彼の信任状を後任のレナルト・メリ大統領に渡した。ラトビアとリトアニアはアメリカとイギリスの大使館を拠点として亡命状態の中、存在を続けた。
エストニアでは戦前の約4,300人のユダヤ人の内、ナチの侵攻までに963人が迫害されている。およそ500人と推定されるユダヤ人がソビエトによって他のエストニア人とともにシベリアに国外追放された。ナチの占領期間には約1万人と推定されるユダヤ人がエストニアで殺されたが、彼らは予め東欧の別の地域からエストニアのキャンプに追放されていた。人道に対する罪について7人のエストニア人、ラルフ・ゲレッツ (Ralf Gerrets)、アイン=アーヴィン・メレ (Ain-Ervin Mere)、ヤーン・ヴィーク (Jaan Viik)、ユハン・ユリステ (Juhan Jüriste)、カール・リンナス (Karl Linnas)、アレクサンダー・ラーク (Aleksander Laak) およびアーヴィン・ヴィクス (Ervin Viks) の裁判が行われた。エストニアの独立回復以後、人道に対する罪を対象とするエストニアの国際調査委員会が設立されている。
ユダヤ人社会はソビエトによる大規模な国外追放でその多くの市民的および政治的指導層を失い、重大な悪影響を受けていた。比率ではユダヤ人は他のどの民族より多く国外追放の犠牲になっている。ユダヤ人は指導層を奪われ、ナチの脅威に対応するには準備不足であった。
ドイツ当局の設立後、ユダヤ人とジプシー(ロマ)の人口削減の手順が開始され、リガのルンブラで多くの殺人が行われた。悪名高いアライス・コマンドーに所属する500人から1500人と保安諜報部に所属の2千人以上を含めたドイツ側に協力するラトビア人とともにアインザッツグルッペ・A、ドイツ国防軍およびリエパーヤの場合は海兵隊によってその殺人が行われた。アライス・コマンドーのみで約2万6千人のユダヤ人を殺害した。1941年末までにユダヤ人全体のほとんどが殺されるか絶滅収容所に収容されている。その上、約2万5千人のユダヤ人がドイツ、オーストリアおよび現代のチェコ共和国から連れてこられ、その内の約2万人が殺された。ラトビアではホロコーストが約8万5千の人命を奪っている。
ホロコーストの前には、リトアニアには16万人のユダヤ人が住み、ヴィルナのガオン (Gaon of Vilna) の時代からユダヤ人の神学、哲学および学問の最大の中心地の1つであった。1941年までに、その大部分がポーランドからだった難民が国内のユダヤ人の人口を25万人に増加させていた。
1941年6月のバルバロッサ作戦の開始により、1940年に結成されたリトアニア地下政府は後にソ連で見せしめ裁判後に処刑されるその主要メンバーが前日にソビエトに逮捕されたにも関わらず、ドイツのソ連に対する宣戦布告と同時の反乱の中でリトアニアの独立を一時的に回復させている。ナチによるリトアニアの占領が成ると間もなくその政府の解散が強制された。
6月下旬、フランツ・ヴァルター・シュターレッカー指揮下のドイツのアインザッツグルッペ・Aの分遣隊がリトアニア領内について活動を開始した。いくつかの場所でシュターレッカーの要員はユダヤ人全体に対するポグロム(いわゆるSelbstreinigungsaktionen)を奨励しようとした。シュターレッカーの1941年10月15日のまとめられた報告には、このことに対して予想しなかった困難をどのように最初体験したかという記述に失意が表れている。それでも自発的なリトアニア人 (Ypatingasis būrys) の助けと共にドイツはユダヤ人の大規模な銃殺の開始が可能だった。ドイツの文書によると1941年6月25日から26日の間、「約1,500人のユダヤ人はリトアニア人の協力者によって抹殺されている。多くのユダヤ人教会は火を放たれ、続いて夜にはさらに2,300人が殺された。」1941年11月までパネリアイのような場所で多くのユダヤ人が殺害されている(パネリアイの虐殺)。生き残っていた4万人のユダヤ人はヴィリニュス、カウナス、シャウレイ、およびシュヴェンチョニースのゲットーと強制収容所に集められ、そこで飢餓あるいは病気で多くの人々が死んでいる。1943年、ゲットーはドイツによって取り壊されるか、強制収容所に変えられ、5,000人のユダヤ人は絶滅収容所に移された。
1941年から1942年までにあった最初に殺害が集中した期間、ロマ、共産主義活動家と疑われたもの、および精神障害者も対象とされている。さらにドイツ当局による意図的な放置のため、ドイツの監禁の中でソビエトの捕虜の多数が死んだ。
戦後、リトアニアのユダヤ人の10%から15%が生き残ったが、その多くは1941年のドイツの侵攻の期間にソ連側に脱出したことによる。リトアニアにおけるユダヤ人の大量虐殺率は、95%から97%とヨーロッパで最も高かった。これには顕著な例外はほとんどなく、リトアニア社会の全ての階層でリトアニア人の広範囲にわたって占領者ドイツに行われた協力が主な原因である。
ユダヤ人は以前のソ連体制を支援したと広く信じられていた。反ユダヤの姿勢は、リトアニアの民族主義の中で反ソビエト感情として強められ、既存の伝統的な反ユダヤ主義を際立たせた。