東京大学
3月 懐徳館庭園が国の名勝に指定される。
10月 東京大学ビジョン2020を公表。
2016年(平成28年)
4月 大学院公共政策学教育部(公共政策大学院)に国際公共政策学専攻(博士課程)を新設。
10月 高大接続研究開発センターを設置。
2017年(平成29年)
4月 生産技術研究所附属千葉実験所が柏キャンパスに移転した。
6月 指定国立大学法人に指定される。
10月10日 国際高等研究所ニューロインテリジェンス国際研究機構 (RCN) が発足。
2018年(平成30年)
2月 国際沿岸海洋研究センターに研究実験棟と宿泊棟が竣工。
4月 分子細胞生物学研究所を定量生命科学研究所に改組・改称。
2019年(平成31年)
2月 国際高等研究所東京カレッジを設置。
4月 政策ビジョン研究センターとサステイナビリティ学連携研究機構が統合し未来ビジョン研究センターが発足。健康と医学の博物館が東大病院・南研究棟1階に移転。
2020年(令和2年)
2月 低温センターを改組し、低温科学研究センターを設置。
4月 新型コロナウイルスの感染拡大の影響を受けて、入学式を中止入学式の中止は、安田講堂事件などで1969年~1974年に中止して以来のこと。。
8月 総合図書館の改修工事が終了(11月26日グランドオープン)。
10月16日 日本で初の大学債となる国立大学法人東京大学債券(ソーシャルボンド、愛称「東京大学FSI債」)を発行。
2021年(令和3年)
4月 新型コロナウイルスの感染拡大防止のため取り止めていた入学式を2年ぶりに挙行。
7月8日 政府の新型コロナウイルス感染症対策に沿って、新型コロナウイルスワクチンの  の実施に踏み切る。
9月 UTokyo Compassを公表。
2022年(令和4年)7月 - 弥生キャンパス内の東大球場が日本野球聖地・名所150選に選定された。
本郷キャンパス(東京都文京区本郷、東京都文京区弥生、35)
駒場キャンパス(東京都目黒区駒場、35)
柏キャンパス(千葉県柏市柏の葉、35)
白金キャンパス(東京都港区白金台、35)
中野キャンパス(東京都中野区南台、35)
検見川キャンパス(千葉県千葉市花見川区)
小石川キャンパス(東京都文京区)
東海村キャンパス(茨城県那珂郡東海村)
田無キャンパス(東京都西東京市)
西千葉キャンパス(千葉県千葉市稲毛区)- 閉鎖
六本木キャンパス(東京都港区)- 閉鎖
その他、創立以来日本全国各地に研究施設、実習施設、課外活動施設を設けている。
東京大学のスクールカラーは  淡青(ライトブルー)である。これは東京大学ボート部が1920年9月24日、京都大学と初めてボート競技を行った際、乗るボートをくじ引きで決めたところ、東京大学は淡青、京都大学は濃青、となったことに由来する。
また、各学部ごとのカレッジカラーも存在する。
法学部 - green 緑色
医学部 - red 赤色
工学部 - white 白色
教育学部 -  橙色
理学部 -  樺色
農学部 -  紫色
経済学部 - blue 青色
教養学部文科 - black 黒色
教養学部理科 - yellow 黄色
薬学部 -  臙脂色
東京大学のシンボルマークは黄色と淡青の2枚の銀杏の葉を組み合わせたもので、国立大学法人化に際して制定された。商標としても登録(登録商標日本第4871651号)されている。このシンボルマークは「東大マーク」と呼称されるが、商標は図案のみの登録で「東大マーク」という名称は商標登録されていない。
なお、東京大学にはそれ以前から様々なところで使用されてきた銀杏のマークがあり、そちらは現在「東大マーク(旧)」と呼ばれている。2枚の銀杏の葉に「大學」の文字を重ねた図の「東大マーク(旧)」は、1948年に第二工学部教授(当時)の星野昌一が「銀杏バッジ」として制作したもので(ただし正式な校章ではない)、現行の「東大マーク」は、「東大マーク(旧)」の銀杏の葉の配置を引き継いでいる。「東大マーク(旧)」についても商標登録(第4868079号、図案のみ)されている。
「東大マーク」および「東大マーク(旧)」の図柄は公式サイト内のに掲載されている。
なお、駒場Iキャンパスでよく見られる3枚のカシワの葉を組み合わせたマークは、旧制第一高等学校のシンボルであり、現在は大学院総合文化研究科・教養学部のシンボルマークである。
東京大学には校歌が存在しないが、応援歌『ただ一つ』と運動会歌『大空と』が「東京大学の歌」として公認されている。また、学生歌として『足音を高めよ』が存在する。各種学校/専門学校から帝國大學令を廃止して旧制の新「大学令」により1920年以降に旧制大学に昇格した歴史は東京大学には無く、最初から大学として存在するため、校歌というよりもむしろ、「学生歌」だけの存在で代替できるとの見解もある。2004年6月に東京大学の校歌についての検討会が設置され、『大空と』を暫定的に校歌とする提案がなされた。しかし、『ただ一つ』の方が親しみがあるという意見が多く寄せられたため、『ただ一つ』と『大空と』を校歌ではなく「東京大学の歌」と位置付けた。
これに加え新しい「東京大学の歌」の歌詞を公募したが、入選作品はなく、今後の対応は2005年4月時点で検討中である。
東京大学で現在も歌われている歌には以下がある。
応援歌『ただ一つ』
校歌に代わって、式典での斉唱や運動部の試合でのエール交換に使用されている。曲名の表記は、大学当局は『ただ一つ』、応援部などの運動部は『ただひとつ』とすることが多い。
運動会歌『大空と』
北原白秋作詞、山田耕筰作曲。1932年に誕生。制作当時は学歌としての制定を意図していたが、手続上の混乱で学歌とはならなかった経緯がある。北原は格下げともいえるこの処遇に不満を抱いていたという。
学生歌『足音を高めよ』
平井富夫作詞、末広恭雄作曲。上の2曲と並んで東京大学の関係者には有名。
応援歌『闘魂は』
第一応援歌に相当する。
第一高等学校寮歌『嗚呼玉杯に花うけて(第十二回紀念祭東寮寮歌)』
「少年倶楽部」に連載された佐藤紅緑の少年小説「あゝ玉杯に花うけて」で広く知られるようになった。
各曲の楽譜・歌詞・音源は、公式サイト内のに掲載されている。また、これらの歌が収録された CD も東大生協で販売されている。
東京大学内の大学生協や購買部などでは、商標登録された図形商標および The University of Tokyo 名を入れた商品なども販売している。報道各社では東大ブランドと使うときには、こちらの商品以外のものにも使われる場合がある。大学公認の商品の場合には、図形商標および The University of Tokyo 名が入った商品が大学公認のものである。なお、校章の入ったものは、学生証、本部出版物などに限られている。
学部卒業者数の累計は、新制大学発足前の卒業者91,453人を含む295,562人(2022年3月31日時点)である。
大学院修了者数(新制発足以降)の累計は、修士課程110,493人、専門職学位課程6,000人、博士課程39,598人(2022年3月31日現在)である。論文博士の取得者数は、旧制大学院で授与された11,182人を含む29,944人(2022年3月31日時点)である。
職員数は11,509人(2022年5月1日時点)である。
東京大学では、学部入学者全員が教養学部へ一旦所属し、2年間の教養学部前期課程を経て、進学選択により各学部学科へ進学する制度を採用している。なお、教養学部においては、学部専門教育組織としての後期課程、そして大学院研究科として総合文化研究科もある。
東京大学の学部入学者は全員が6つの科類(文科一類、二類、三類、理科一類、二類、三類)に分かれて教養学部に所属し、2年間の前期課程を履修する。その後、教養学部も含めた10学部に分かれて2年間(ただし医学部医学科、農学部獣医学課程、薬学部薬学科は4年間)の後期課程を履修する。前期課程から後期課程への進学時に行われる進学選択については東京大学の進学選択を参照。
なお、後期課程(3年次)への編入学、学士入学を行っている学部もある。
法学部東京大学大学院法学政治学研究科・法学部
第1類(法学総合コース)(旧第2類公法コース)
第2類(法律プロフェッションコース)(旧第1類私法コース)
第3類(政治コース)
医学部東京大学大学院医学系研究科・医学部
医学科(6年制)
工学部東京大学大学院工学系研究科・工学部
文学部東京大学大学院人文社会系研究科・文学部
2016年4月に思想文化、歴史文化、言語文化、行動文化の4学科を改組
理学部東京大学大学院理学系研究科・理学部
農学部東京大学大学院農学生命科学研究科・農学部
獣医学課程(6年制)
経済学部東京大学大学院経済学研究科・経済学部
教養学部東京大学大学院総合文化研究科・教養学部
前期課程(文科一類・二類・三類、理科一類・二類・三類)
教育学部東京大学大学院教育学研究科・教育学部
薬学部東京大学大学院薬学系研究科・薬学部
薬学科(6年制)
特記している以外の専攻には修士課程および博士後期課程が設置されている。
人文社会系研究科東京大学大学院人文社会系研究科・文学部
教育学研究科東京大学大学院教育学研究科・教育学部
法学政治学研究科東京大学大学院法学政治学研究科・法学部
法曹養成専攻(法科大学院)(専門職学位課程)
経済学研究科東京大学大学院経済学研究科・経済学部
総合文化研究科東京大学大学院総合文化研究科・教養学部
理学系研究科東京大学大学院理学系研究科・理学部
工学系研究科東京大学大学院工学系研究科・工学部
先端学際工学専攻(博士後期課程)
原子力専攻(専門職学位課程)
農学生命科学研究科東京大学大学院農学生命科学研究科・農学部
生産・環境生物学専攻
農業・資源経済学専攻
生物・環境工学専攻
獣医学専攻(4年制博士課程)
医学系研究科東京大学大学院医学系研究科・医学部
分子細胞生物学専攻(4年制博士課程)
機能生物学専攻(4年制博士課程)
病因・病理学専攻(4年制博士課程)
生体物理医学専攻(4年制博士課程)
脳神経医学専攻(4年制博士課程)
社会医学専攻(4年制博士課程)
内科学専攻(4年制博士課程)
生殖・発達・加齢医学専攻(4年制博士課程)
外科学専攻(4年制博士課程)
健康科学・看護学専攻
医科学専攻(修士課程)
公共健康医学専攻(公衆衛生大学院)(専門職学位課程)
薬学系研究科東京大学大学院薬学系研究科・薬学部
薬学専攻(4年制博士課程)
情報学環・学際情報学府東京大学大学院情報学環・学際情報学府
公共政策学連携研究部・公共政策学教育部 (GraSPP)東京大学大学院公共政策学連携研究部・公共政策学教育部
公共政策学専攻(公共政策大学院)(専門職学位課程)
各学部、大学院各研究科が運営・管理している組織。各組織は教育および研究課題別に組織されており、学部附属が教育組織・実習組織、センターが大学院研究科毎の研究室に相当する組織。研究課題や共同研究によっては、学外からの利用も可能。
病院(東大病院)
教養教育高度化機構 (KOMEX)
死生学・応用倫理センター
学校教育高度化・効果検証センター
ビジネスロー・比較法政研究センター
日本経済国際共同研究センター (CIRJE)
金融教育研究センター (CARF)
経営教育研究センター (MERC)
グローバル地域研究機構 (IAGS)
共生のための国際哲学研究センター (UTCP)
東アジアリベラルアーツイニシアティブ (EALAI)
天文学教育研究センター (IoA)
原子核科学研究センター (CNS)
ビッグバン宇宙国際研究センター (RESCEU)
超高速強光子場科学研究センター (CUILS)
水環境制御研究センター (RECWET)
量子相エレクトロニクス研究センター (QPEC)
総合研究機構 (IEI)
エネルギー・資源フロンティアセンター (FRCER)
光量子科学研究センター (UT-PSC)
国際工学教育推進機構 (IIIEE)
医療福祉工学開発評価研究センター (MDRRC)
生態調和農学機構 (ISAS)
千葉演習林 (2,226ha)
北海道演習林 (22,715ha)
秩父演習林 (5,812ha)
田無演習林 (9ha)
生態水文学研究所 (1,922ha)
富士癒しの森研究所 (41ha)
樹芸研究所 (247ha)
牧場(通称:高等動物教育研究センター)
動物医療センター(ベテリナリーメディカルセンター)
水産実験所(通称:水圏生物教育研究センター)
疾患生命工学センター (CDBIM)
医学教育国際研究センター (IRCME)
数理科学連携基盤センター (ICMS)
ファンクショナルプロテオミクスセンター (FPXC)
革新複合材学術研究センター (TJCC)
社会情報研究資料センター (MSSA)
総合防災情報研究センター (CIDIR)
現代韓国研究センター (CCKS)
専門研究、大学院教育を行う。研究課題によっては、学外からも利用可能。
医科学研究所 (IMSUT)
福澤諭吉などが北里柴三郎のために私財を投じて1892年に設立した伝染病研究所を源流とし、1967年に現在の名称・組織となる。感染・免疫、癌・細胞増殖、基礎医科学の3部門および以下の附属施設からなる。
ヒトゲノム解析センター (HGC)
地震研究所 (ERI)
1925年設立。数理系、地球計測系、物質科学系、災害科学系の4研究部門および以下の附属施設からなる。
火山噴火予知研究センター (VRC)
海半球観測研究センター (OHRC)
高エネルギー素粒子地球物理学研究センター (CHEER)
地震火山情報センター (EIC)
1941年設立。汎アジア、東アジア第一、東アジア第二、南アジア、西アジア、新世代アジアの6研究部門および以下の附属施設からなる。
東洋学研究情報センター (RICAS)
社会科学研究所 (ISS)
1946年設立。比較現代法、比較現代政治、比較現代経済、比較現代社会、国際日本社会の5部門および以下の附属施設からなる。
社会調査・データアーカイブ研究センター (SSJDA)
生産技術研究所 (IIS)
第二工学部を前身とし1949年設立。当初は第二工学部以来の千葉市稲毛区(現・西千葉地区)であったが、1962年に六本木に移転し、2001年に駒場キャンパスに移転した。基礎系、機械・生体系、情報・エレクトロニクス系、物質・環境系、人間・社会系の5研究部門と1客員部門、3寄付研究部門、7社会連携研究部門および以下の附属施設からなる。
千葉実験所 〒277-8574 千葉県柏市柏の葉5-1-5
次世代モビリティ研究センター (ITS Center)
統合バイオメディカルシステム国際研究センター (CIBiS)
マイクロナノ学際研究センター (CIRMM)
持続型エネルギー・材料統合研究センター (IRCSEM)
都市基盤安全工学国際研究センター (ICUS)
光物質ナノ科学研究センター (NPEM)
ソシオグローバル情報工学研究センター (CSGI)
革新的シミュレーション研究センター (CISS)
1950年に文学部から独立して東京大学附置研究所となった。古代史料、中世史料、近世史料、古文書古記録、特殊史料の5つの部および以下の附属施設からなる。
定量生命科学研究所 (IQB)
1953年応用微生物研究所として設置され、1993年に分子細胞生物学研究所に改称・改組、2018年に現名称・組織となる。2研究部門(先端定量生命科学、応用定量生命科学)と2研究センター(生命動態研究センター、高度細胞多様性研究センター)からなる。
宇宙線研究所 (ICRR)
1953年に東京大学宇宙線観測所が設置され、1976年に現名称に改称された。2000年に柏キャンパスに移転した。東京大学宇宙線観測所は日本初の全国共同利用研究機関である。宇宙ニュートリノ、高エネルギー宇宙線、宇宙基礎物理の3研究部門および以下の附属施設からなる。
神岡宇宙素粒子研究施設(スーパーカミオカンデ)
宇宙ニュートリノ観測情報融合センター (RCCN)
物性研究所 (ISSP)
1957年に六本木に設置され、2000年に柏キャンパスに移転した。ナノスケール物性、物性理論、凝縮系物性、社会連携、データ統合型材料物性の5研究部門および以下の附属施設からなる。
大気海洋研究所 (AORI)
2010年に海洋研究所(1962年設置)と気候システム研究センター(1991年設置)を統合して設置された。気候システム研究系(気候モデリング研究部門、気候変動現象研究部門)、海洋地球システム研究系(海洋物理学部門、海洋化学部門、海洋底科学部門)、海洋生命システム研究系(海洋生態系動態部門、海洋生命科学部門、海洋生物資源部門)の3研究系8研究部門および以下の附属施設からなる。
先端科学技術研究センター (RCAST)
1987年5月21日学内共同利用施設として設立。東京帝国大学航空研究所(1918年4月1日に設立)を源流とする。2004年に附置研究所となる。材料、環境・エネルギー、社会科学、情報、生物医化学、バリアフリーの6カテゴリーに42の専門分野、2寄付研究部門からなる。大学院工学系研究科先端学際工学専攻の教育も担当している。
1878年に理学部に設置された観象台がその前身である。1888年に理科大学附属東京天文台となり、1921年には東京帝国大学の附置研究所となった。1988年に名古屋大学空電研究所(現:太陽地球環境研究所)の一部などと改組統合し、大学共同利用機関国立天文台となった。国立天文台
1921年に東京帝国大学に設置された航空研究所が前身である。1946年に理工学研究所、1958年に航空研究所となり、1964年に全国共同利用研究所として宇宙航空研究所が駒場IIキャンパスに設置された。1981年に文部省所管の宇宙科学研究所および工学部附属境界領域研究施設(1988年廃止)に改組された。
新聞研究所東京大学大学院情報学環・学際情報学府#社会情報研究所
1947年5月31日設置、1992年3月31日廃止。
社会情報研究所東京大学大学院情報学環・学際情報学府#社会情報研究所
1992年4月1日設置、2004年3月31日廃止。
1944年設置の南方自然科学研究所を改組して1946年に設置された。1952年に廃止された。
1945年に設置され、1950年に廃止された。
1955年に全国共同利用研究所として東京都田無市に設置された。1997年に高エネルギー加速器研究機構に改組された。
東京大学教員、学生全てに開放されている。学生証のIDおよび教員のIDで利用可能。大学共同利用の場合にも開放している。総合研究博物館は学外にも開放されており、企画展なども開催されている。
総合研究博物館 (UMUT)
環境安全研究センター (ESC)
人工物工学研究センター (RACE)
生物生産工学研究センター (BRC)
アジア生物資源環境研究センター (ANESC)
空間情報科学研究センター (CSIS)
情報基盤センター (ITC)
素粒子物理国際研究センター (ICEPP)
大規模集積システム設計教育研究センター (VDEC)
未来ビジョン研究センター (IFI)
政策ビジョン研究センター (PARI) とサステイナビリティ学連携研究機構 (IR3S) が統合し2019年4月1日に発足。
バーチャルリアリティ教育研究センター(VRセンター)
東京大学附属図書館は本郷キャンパスの総合図書館、駒場キャンパスの駒場図書館、柏キャンパスの柏図書館と、学部・研究科・研究所等に設置されている部局図書館の27館・室から構成されている。蔵書数は全館合計で約983万冊、国内の大学機関で最も多い。卒業生でも利用カード、あるいは東京大学卒業生カードを作れば利用が可能である。
工学・情報理工学図書館
法学政治学研究科・法学部研究室図書室
法学政治学研究科附属近代日本法政史料センター(明治新聞雑誌文庫)
人文社会系研究科・文学部図書室
教育学研究科・教育学部図書室
情報学環・学際情報学府図書室
東京大学全体の学術の卓越性の向上および国際化を強力に推進するため、全学組織である「東京大学国際高等研究所」(UTIAS) を2011年(平成23年)1月1日に設置した。世界最高水準の研究と、国際発信力を強化し総合研究大学としての国際的プレゼンスを高めることなどを達成目標としている。
カブリ数物連携宇宙研究機構 (Kavli IPMU)
ニューロインテリジェンス国際研究機構 (IRCN)
(Tokyo College)
東京大学総長室直属の研究機構。最大の目的は、研究分野毎の研究科連携を進める学際横断型研究機構および専門研究機構からなる。総括プロジェクト機構が大学本部内機構。事務部門の効率化を進め、各研究分野毎の公平性を保つことを目的にしている。
地球観測データ統融合連携研究機構 (EDITORIA)
創薬機構 (DDI)
ナノ量子情報エレクトロニクス研究機構 (Nano Quine)
トランスレーショナル・リサーチ・イニシアティブ (TRI)
高齢社会総合研究機構 (IOG)
フューチャーセンター推進機構 (UTFC)
海洋基礎生物学研究推進センター (CMB)
マイクロ・ナノ多機能デバイス研究ネットワーク
日本・アジアに関する教育研究ネットワーク (ASNET)
こころの多様性と適応の統合的研究機構 (UTIDAHM)
分子ライフイノベーション機構 (MLI)
スポーツ先端科学研究拠点 (UTSSI)
東京大学総長を会長とする財団法人。正確には附属機関ではなく独立採算制を執る独立した機関であるが、東京大学本郷キャンパス内に事務所があることや東京大学関係者の書籍を発行することを目的としているため、本節にまとめた。主に学術書や大学の講義で使う教科書などを出している。
以下の附属学校がある。本学への優先的入学制度はない。
東京大学医学部附属看護学校(2002年閉校)
東京大学医学部附属助産婦学校(2002年閉校)
日本語教育センター(国際本部)
国際センター(国際本部)
本郷オフィス(国際センター相談室)
柏オフィス(柏インターナショナルオフィス)(柏IO)
保健・健康推進本部(保健センター)
2020年度に、新型コロナウイルス感染症拡大への対応から、オンライン授業を導入しており、対面授業と併用しながらオンライン授業の活用へ授業様式は変化している。
東京大学の教養教育は、カリキュラムこそ現代に合わせて変化しているものの、実質的に旧制高等学校時代で重視されていた教養教育の流れを汲んでいる。大手予備校などの教育関係者やマスメディアの間では、旧制高等学校からの教養教育体系がそのまま維持されている大学は、現在の日本では東京大学以外存在していないという評価がある。これは現在の日本では実学が重視されており、多くの大学で教養教育を大幅に縮小するというカリキュラム改変が実施されているためである。
文部科学省の国公私立大学を通じた大学教育改革の支援プログラムに採択されたプログラム名を以下に掲げる。
ICTを活用した新たな教養教育の実現 -アクティブラーニングの深化による国際標準の授業モデル構築-
国際標準の学部初年次教育実現のモデル構築 -留学生も視野に入れた先進的研修プログラムの試行-
国際連携による初年次教養教育のモデル実現 -職員・学生の参画をとおした「学び」のエンパワーメント-
世界公共政策ネットワーク推進計画(ダブル・ディグリーの導入とグローバル化に対応する教育基盤の構築)
トランスナショナル・ロー・プログラムズ
国際化・実践化手法による政策形成能力試行
PISA対応の討議力養成プログラムの開発 -日本における国際先端の教養教育の実現-
学生の家計について、所得評価額が基準値以下の場合に授業料の半額〜全額を免除、また総所得が218万円以下(給与所得のみの場合は400万円以下)の場合は原則として授業料全額が免除される制度がある。これにより、入学試験合格者のうち年収450万円以下の家庭の占める割合は18%となった。
ただし、私費外国人留学生については、外国人留学生奨学金(150,000円/月)受給時に、授業料減免申請の取下げ手続きを行うこととする。
2010年に、創立史上初の学位の取り消しが行われた。
2003年3月28日に、博士(工学)の学位を授与された、トルコ国籍の大学院工学系研究科博士課程学生(その後、大学院工学系研究科建築学専攻助教となっていた)について、不正な方法で学位を受けた事実が判明したため、学位を取り消すこととなった。
1995年度に、当時の文部省(現:文部科学省)令により中核的研究拠点形成促進プログラムが始まる。日本学術会議および科学技術・学術政策局の科学技術・学術審議会答申に基づき、研究課題毎の中核拠点形成の活動が始まる。中核的研究拠点は、大学共同利用研究所に相当する機関を形成することを目的とする。
2001年度に新たに法制度化された、競争的研究資金獲得制度に基づく研究プログラムを「21世紀COEプログラム」(略して21世紀COE)と呼ぶ。21世紀COE制度は、研究者個人ではなく、研究課題毎に採択されるため、大学内審査を経て、第三者評価により採択される。なお、全てのプログラムは数値管理に基づく評価法によって評価される。詳しくは、大学評価および競争的研究資金については書籍「研究評価 研究者・研究機関・大学におけるガイドライン」(根岸正光・山崎茂明 編著)、丸善、2001を参考にされたい。
2006年度に21世紀COEプログラム実施後の第三者評価を行い、いくつかの問題点が指摘されたため、それに基づきグローバルCOEプログラムへ制度変更が行われる。21世紀COEではばらまきの批判があったため、研究課題を精査し産業界への展開や応用研究に絞ることになる。産業界への展開を目的としたため、採択においては研究テーマ課題毎に採択することにした。この事業には日本学術会議、科学技術振興機構、日本学術振興会なども参加している。
2007年度に、グローバルCOEプログラム開始と同時に、世界トップレベル国際研究拠点形成促進プログラムが始まる。文部科学省の外郭団体である日本学術振興会の事業で、基礎研究分野の大幅な強化を目的とし、基礎研究分野への大幅な予算を投入することで、大学間連携や専門研究者育成、研究拠点となる研究所の設立および強化が始まる。
28件のプロジェクトが採択された。
「個」を理解するための基盤生命学の推進
化学・材料科学
情報・電気・電子
生命の文化・価値をめぐる「死生学」の構築
学際・複合・新領域
環境・遺伝素因相互作用に起因する疾患研究
数学・物理学・地球科学
機械・土木・建築・その他工学
機械システム・イノベーション
先進国における《政策システム》の創出
学際・複合・新領域
生物多様性・生態系再生研究拠点
心とことば — 進化認知科学的展開
言語から読み解くゲノムと生命システム(次世代バイオインフォマティクス拠点の創成)
17件のプロジェクトが採択されている。
化学・材料科学
電気・電子・情報
セキュアライフ・エレクトロニクス
共生のための国際哲学教育研究センター (UTCP)
学際・複合・新領域
数学・物理学・地球科学
機械・土木・建築・その他工学
機械システム・イノベーション国際拠点
ものづくり経営研究センター アジア・ハブ
学際・複合・新領域
次世代型生命・医療倫理の教育研究拠点創成
学際・複合・新領域
注:21世紀COEプログラム、グローバルCOEプログラム以外にも通常の研究教育活動や、特に科学研究費(略:科研費)による研究は行われている。なお、科研費以外にも研究テーマによって、特別研究費・企業委託研究費・採択研究費(特定領域など)の研究費があり、これらが研究活動の源泉となっている。例として、GRAPEプロジェクトは、採択研究費と企業委託研究費(委託研究員も受け入れている)からなる。また、寄附講座によって運営される研究室もあり、この場合には教職員は企業からの派遣によって成り立っている(研究費は企業からの持ち出しであり、税額控除対象となっているようである)。