熊本県の歴史
佐々成政切腹の翌日、秀吉は肥後を二分し、加藤清正と小西行長に与えた。清正は隈本城に拠り、肥後北部19万5千石の領内に森本一久らを配置し、与力に参じた国人、佐々の旧臣、領内や遠国の浪人などを召抱えた。一方の行長は宇土城を拠点に、肥後南部と天草14万5千石を領有し直臣を要地に置いた。人吉の相良氏は秀吉進攻時に島津氏に付いたが、家臣深水宗方の懸命な交渉が功を奏し、八代や葦北を失いこそしたが、人吉の本領は安堵されていた。しかし一揆の際、秀吉の命を受けて一揆鎮圧に出陣した島津義弘、伊集院忠棟の軍勢を佐敷で足止めするという失態を犯す。これは佐々成政が、島津軍が自身を討伐する為に出陣したものと勘違いし、その足止めを相良家に依頼した事による行為であった。忠棟は石田三成、細川藤孝に対し「相良の軍勢差し止めは一揆行動である為、相良頼房が大坂に上がった際には糾弾すべきである」と訴えている。三成、藤孝も相良家の行為を逆心と捕え、義弘上洛の折りにはその際の事情を秀吉の耳に入れる心算であると述べている。秀吉も当然ながらこれに激怒したが、深水宗方が大坂へ出向き陳謝した事で許され、相良は領地を安堵された。
国人一揆の際佐々方に加わった 天草五人衆は、天正17年(1589年)に小西行長が命じた宇土城普請への資本供出に反乱を起こした。最初に志岐麟泉が異議を唱えて立ち上がり、天草種元・上津浦種直・大矢野種基・栖本親高も同調して一揆を起こした。行長は3000人の兵を差し向けたが、連合した天草五人衆は5600の兵を揃え袋浦(富岡)でこれを迎え撃破した。行長は、加藤清正や肥前の有馬・大村氏からの応援を受け包囲網を形成し攻めに転じた。この戦いで清正は最も活躍し、行長は同じキリシタンの情が働き裏で投降を勧めた。しかし一揆方は本渡城に篭って徹底抗戦の態度を崩さず、多くが戦死した。志岐麟泉は薩摩に逃れ、他の四氏は最終的に降伏し、行長の家臣団に組み込まれた。
秀吉の命により清正・行長・相良氏ら九州の各大名が朝鮮へ出兵した隙を突き、天正20年(1592年)島津の家臣梅北国兼と田尻但馬らはいわゆる梅北一揆を起こした。彼らは肥後の佐敷城(芦北町)に篭って周辺にも決起を促し、さらに八代にも兵を差し向けた。だが、土地の有力者たちは容易には同調せず、相良氏ら鎮圧方の優勢をみきわめて反一揆側に加わり、梅北らは破れた。名護屋で一揆の報に触れた秀吉は、浅野長政・幸長を派遣し、一揆鎮圧と地方の諸城監視を強化させた。さらに一揆終結後には、島津歳久や阿蘇惟光が背後で糸を引いたとして断罪し、大名勢力の強化と潜在的な反乱分子押さえ込みという果実を一挙に手中にした。
慶長5年(1600年)9月、全国を二分する天下分け目の戦いは、九州の大名も東西に分けた。徳川方(東軍)には加藤清正のほか黒田(中津)・鍋島(肥前)・細川(小倉)らが、石田方(西軍)には小西行長のほか島津・大友・立花(柳川)がついた。相良氏は当初西軍に属したが、岐阜城の戦い以後東軍に鞍替えした。肥後では有馬・大村氏の支援を受けた清正が、島津氏らに応援された宇土隼人(小西行景)が守る宇土城を攻めた。攻防戦は長引き10月まで続いたが、石田方敗北と小西行長処刑の知らせがもたらされ、隼人は開城して自決した。
戦後の論功行賞で、加藤清正は人吉・天草を除く肥後一国を与えられ、熊本藩が成立した。その石高は、以前からの19万5千石と小西氏旧領14万5千石の他に、豊後の一部や旧豊臣家の直轄領が加わり、54万石となった。一気に大大名の仲間入りを果たした清正は家臣団の拡張を迫られ、小西・立花の旧家臣らを召抱え対応した。そして、慶長年間には修復を重ねて 用いていた隈本城を含む茶臼山一帯に、大規模な近代城を築く工事に着手し、土木治水の才が遺憾無く降り注がれた熊本城が慶長12年(1607年)に完成を見た。この際、清正は旧来の「隈本」を「熊本」に改めているが、これは「隈」の字が「阜(おか)に畏(おそ)れる」とも読めるため大名の居城としてふさわしくないと考えたことによるとも言われる。この築城の様子を詠った狂歌「熊本に 石引きまはす茶臼山 敵にかとうの城の主かな」が流行し、清正は喜んだとも言う。
治水事業やそのカリスマ性から領民からも慕われ、南蛮貿易にも熱心だった加藤清正は慶長16年(1611年)、二条城で徳川家康・豊臣秀頼会見に同席した後、肥後への帰路にあった船上で死去した。嫡男・忠広は当時10歳であった。江戸幕府は藤堂高虎を監国として肥後に派遣し、藩政は5家老を定めて合議制とした。翌年には忠広の相続が認められたが、この時にも幕府は水俣・宇土・矢部の三城破却を指示し、また5家老の異動を命じた。この命令では筆頭家老の加藤美作が格下げ、加藤右馬允が筆頭兼八代城代に就き、ここに因縁が生まれた。元和4年(1618年)、加藤右馬允派(馬方)は、加藤美作一派(牛方)を謀反の恐れありと訴え、美作らはただちに反論を上奏した。これは将軍・徳川秀忠の裁量事項となり、大坂夏の陣で牛方が豊臣方に内通した疑いや、徳川方に関するあらぬ噂を流布させたと断罪され、美作一派はことごとく刑に処された。この背景には、急激に家臣団を膨張させた清正が亡くなり、元々多方面からの寄せ集まりだった集団の結束にほころびが生じた結果だともされる。この事件は「牛方馬方騒動」と呼ばれる。
幼少ゆえ牛方馬方騒動の処罰が及ばなかった加藤忠広は、しかし将軍家の跡目争いに巻き込まれる。寛永9年(1632年)徳川秀忠死去の際、忠長を奉った家光暗殺計画の怪文書が江戸表各大名家に届いた。江戸にあった忠広嫡子・光広はこれを幕府に届けず、元から忠長と親しい間柄にあった加藤氏は処罰の対象となった。肥後国は没収され忠広は改易、光広は配流に処された。肥後へは細川氏が転封された。
旧小西領のうち天草は熊本藩に含まれず、 寺沢広高の肥前唐津領飛び地とされた。これには、一度は熊本藩領とされたが、熱心な法華信者だった加藤清正がキリシタンが根付く当地を嫌い、豊後鶴崎との交換を申し出て慶長8年(1603年)に認められたとも言われる が、後の研究で少なくとも慶長6年の段階で熊本藩領には天草が無く鶴崎がある事、肥前唐津藩の天草支配を示す証拠が見つかっていることから、疑問も呈されている。
天正15年(1587年)発布されたバテレン追放令以降も、小西行長配下となった天草衆によるキリスト教保護は続き、天草諸島はキリシタンの本拠地となってゆく。大友氏の衰退に伴い、豊後にあったノビシャド(修練院)やコレジオ(大神学校)が天草に移り、河内浦にノビシャド・天草コレジオが建てられ、イエズス会の司祭や修道士たちが滞在して布教に当たる傍ら、活版印刷機を導入し『イソップ物語』や『平家物語』また辞典などの出版活動も行われた。文禄元年(1592年)には天草4箇所にレジデンシア(司祭館)が、慶長4年(1599年)には長崎から移されてセミナリヨ(小神学校)が志岐に、そして翌年には天主堂が7箇所に建設された。天草諸島住民の過半はキリスト教に帰依していた。
一度は洗礼を受けイエズス会に協力的だった寺沢広高だが、慶長9年(1604年)に転じて弾圧側に廻った。この態度は、純粋な宗教的動機ではなく政治的な思惑によるとされる。慶長18年(1613年)幕府が宣教師追放令を出すと、寺沢氏は宣教師を外国に追放し、レジデンシアの取り壊しに乗り出した。キリシタンの指導者たちは転宗するまで拷問を受け、一般の信者たちも代官から改宗を迫られた。その一方で寺沢氏は天草に対し強圧的な支配を下していた。肥前唐津藩による検地の結果、天草の石高は米の取れ高で3万7千石(この他、商品作物や漁業・塩業など5千石があり、天草総石高は4万2千石)とされたが、これは実力が伴わない過大なものであり、背景には寺沢氏が自藩を大きく見せかけたい見栄によるものと考えられる。しかし領民にはあくまで石高相当の租税が課され、ほぼ同じ状況下にあった島原領民ともども搾取に苦しめられた。
島原の乱は寛永14年(1637年)10月、島原の代官家襲撃に始まるが、ほぼ同じ時期に大矢野でも農民が立ち上がった。彼らは、小西行長の旧臣・益田好次の子天草四郎を「ママコス上人(マルコス・フェレイラ神父)が預言した天童」と奉じて蜂起した。連絡を受けた唐津藩は1500の軍を送ったが一揆方はこれを破り、本渡に進んだ。さらに天草支配の本拠・富岡城を取り囲んだ。しかしなかなか落とせず、やがて熊本藩からの討伐軍が来るという噂が流れたため、一行は島原に渡った。その後、篭った原城址で九州諸藩軍の総攻撃に曝され、ただ一人の内通者を除きすべて討死した。四郎時貞を討ち取ったのは熊本藩の陳佐左衛門だった。
乱の後、島原の松倉氏は改易、天草は寺沢氏から備中国成羽藩の山崎家治領地に鞍替えされた。この際、成和藩による調査では米の石高38,732石のうち6,732石が失われ3,302石が荒らされたとある。家治は富岡城修築などに乗り出したが、寛永18年(1641年)讃岐国丸亀藩に転封となった。以後天草は天領となり、代官鈴木重成が着任した。
秀吉の九州統一の際に相良家存続に奔走した深水宗方は、自身の後継の奉行としての犬童頼安の嫡子である犬童頼兄を指名したが一族の反対に遭い、頼兄と甥である深水頼蔵の二人を後継とした。当主の相良頼房も朝鮮出兵の際に深水頼蔵を軍師(あるいは参謀)、犬童頼兄をその補佐としたが、両者は大変不仲であり、その影響もあってか朝鮮出兵の留守を狙い深水一族は騒動を起こしたり、加藤清正を頼り佐敷に逃散するなどしたがことごとく失敗し、頼蔵は清正に就き従い蔚山の戦いで死去、頼兄は相良家に於ける地位を高めていった。威風を確たるものにした犬童頼兄は関ヶ原の戦いでも徳川方との密通で活躍し、相良家安泰に貢献したが、後に専横のふるまいが目立つようになった。頼房は遺言に頼兄征伐を残し、継いだ頼寛は断罪を幕府に申し出た。寛永17年(1640年)頼兄らは江戸に呼び出され、稲葉正利預かりとされる。人吉に残った一族は屋敷に立て篭もり反抗したが、これも鎮圧された。頼兄は最終的に津軽へ流刑となり、その地で没した。
人吉藩相良家は、江戸時代の諸藩の中では島津氏とともに最古から続く家系となった。石高は2万2千石とされた。近世人吉城建築は文禄年間から始まっていたが、本格的には慶長12年(1607年)からとされる。人吉藩では兵農分離は行われず、各村には郷侍が居住していた。
寛永9年(1632年)、肥後国に細川忠利が入った。一行は先頭に加藤清正の零牌を掲げ、熊本城に入場すると先ず清正公廟に遥拝したという。隠居していた先代・忠興は八代城に入った。
戦国時代、主君の死に臨み家臣が追い腹を切る風習があり、これは江戸時代初頭まで続いた。細川家では寛永18年(1641年)3月に藩主細川忠利が、正保2年(1645年)閏5月には弟・立孝、同年12月には前藩主・忠興が、慶安2年(1649年)には藩主光尚が没した。このそれぞれの際、何人もの殉死者が現れた。この時の出来事を元に森鷗外は『阿部一族』『興津弥五右衛門の遺書』を著した。この作中、殉死した阿部弥一右衛門子孫の悲劇を物語っているが、現在ではこれは史実に則していないとされる。
一方、細川光尚が没した際、嫡子・細川綱利はまだ6歳であり、後継問題が生じた。幕府は熊本藩に薩摩の抑えを役割づけていたため、幼少藩主では心許ないと考え、国替もしくは宇土の細川行孝と熊本藩を二分する案も提示された。しかし、家臣が過去の功労を挙げ、また光尚の忠節溢れた遺言が好を奏し、細川家は分裂の危機を逃れた。綱利は成長後の寛文6年(1666年)、弟・利重を分家させて肥後新田藩(江戸鉄砲洲に屋敷を持ったが、後に肥後高瀬に移したことから高瀬藩とも称する)を創設し、支藩としての役割を持たせた。
熊本藩は寛永12年(1635年)、領内全域に「手永」(てなが)という地方行政区域を設定し、それぞれを管轄する惣庄屋を置いた。この手永とは郡と村の中間に当たる区分で、細川氏が豊前小倉藩時代から行っていた制度を適用したものである。惣庄屋には多く大庄屋や旧菊池・阿蘇氏家臣などが任命され、それぞれの手永には会所と呼ばれる役所が置かれた。そこで惣庄屋は年貢の請負や民政の運営に当たった。
当初手永は領内に100箇所以上設定されたが、統廃合を繰り返して承応2年(1653年)には59へ、そして後には51まで減らされ固定化した。江戸時代中期になると手永は地方行政の基本単位としての性格を強め、郡単位であった代官を手永単位に置き換え、さらには代官を惣庄屋の兼任職とするなどの改訂が行われた。また、世襲制だった惣庄屋もやがて任命制へと変わり、転勤なども実施されるようになり官僚的性質を帯びた。
熊本城下町は、清正の時代に基本構成が出来上がった。築城に先立ち、白川と合流していた井芹川を分離し有明海に注ぐように付け替えた。また、坪井川も白川とから井芹川へ流れ込む様に変え、それぞれが熊本城の堀として機能するようにした。城の周辺には武家屋敷を置いたが、普請のために古町・新町や坪井、そして京町の一部に町人街が形成された。長六橋は、この頃初めて造られた城下で唯一白川に架かる橋であった。細川氏入部後も町は発展し、整備が続いた。寛永13年(1634年)には細川忠利によって水前寺が建立され、これは木山方向への街道に沿った茶屋として発達し、細川綱利時代には桃山文化風の回遊式庭園・成趣園が完成した。享和3年(1803年)には成趣園横に藩営の製蝋所が建設され、この蝋運搬には加勢川から江津湖を経て川尻まで水運された。
中世の阿蘇は、神亀3年(726年)縁起とされる西巌殿寺を中心に僧侶修行や山伏修験の地でもあった。しかし戦国時代に衰退し、秀吉の九州統一の際に焼き払われた。これは清正の時代に、黒川村(現:阿蘇市黒川町)に再興された。江戸時代には大峰修行の傍ら「阿蘇講」と呼ばれる観光案内も行われた。宝暦年間(1751年 - 1763年)頃からは温泉地としても知られるようになり、文化・文政期(1804年 - 1829年)には杖立温泉に「湯亭」という温泉業者が現れ、造り酒屋なども建てられた。
保元2年(1157年)に宇野親春が発見したという説が残る山鹿温泉は、既に『和名類聚抄』に山鹿郡温泉郷として記述されている。肥後国人一揆の舞台ともなった山鹿は、江戸時代には豊前街道の宿場町として、また温泉町として発達した。細川忠利は寛永17年(1640年)に山鹿御茶屋を設け、ここに尾家義辰と宮本武蔵を招いている。古い由緒があるという当地の民芸品山鹿灯籠は、和紙生産の好地であった当時の山鹿を背景に発達し、寛永9年(1632年)将軍に献上された。また、山鹿灯籠まつりも江戸時代に盛んになったとされる。
小西氏改易の後宇土城は廃城となったが、細川氏時代には宇土支藩が置かれ、細川行孝が初代藩主となった。ただし城は建設されず、陣屋を拠点とした。彼は、轟水源の湧水を陣屋まで引き込む轟泉水道を建設しているが、この費用は祖父・細川忠興の茶入れや掛け軸などを本藩に売却して得た。
八代城(松江城)は一国一城令の例外として残された。これは薩摩の抑え、そして外国船来航に備えるためとされる。細川氏は正保3年(1646年)、家老職の松井家を城代として入れた。この細川氏入部に従って上野焼のいくつかの窯元も肥後へ移った。このうち、忠興とともに八代入った上野喜蔵一族は奈良木で窯を開き、万治元年(1658年)には平山に場所を移した。これは八代焼、または在所の高田手永から取って高田焼と呼ばれた。李氏朝鮮の粉青沙器の流れを組む象嵌陶器を製作し、藩の御用窯として保護を受けた。また、八代の特産物としては高田蜜柑が以前から知られており、天正2年(1574年)紀州有田の伊藤孫右衛門が八代から苗木を持ち帰り蜜柑栽培を導入したという説もある。高田蜜柑は九州遠征時の秀吉への、加藤氏時代から幕府への献上品にされた。
人吉の城下町は、青井阿蘇神社の門前町が中心だったが、近世人吉城が建設されてから市域が東側へ拡大して形成された。これは慶長12年(1607年)から寛永16年(1639年)頃に出来上がったものとされる。人吉藩では「小成物」と呼ばれる特徴的な納税制度があり、米以外に綿・茶・漆・楮、または薪や木材・果物など多様な品物が納められた。特に五木地方の茶と木材は質の高さで知られた。これらは商品性が高く藩外へ供給されたが、その商取引や運輸を扱う川船問屋など商人が発達したのも人吉の特徴であった。
代官・鈴木重成は天草の郡村行政体制を整備し、復興のために近隣藩からの協力を得て移農を進めた。しかし、寺沢氏が一度幕府に届け出た4万2千石という数字に付きまとう徴税は如何ともしがたく、重成は繰り返し幕閣に表高の半減を働きかけた。だが先例主義の幕府はなかなか承諾せず、ついに重成は江戸に出府して願書を提出し、自刃した。この重成の死は幕府を動かし、万治2年(1659年)の再検地によって天草の石高は2万1千石に改められた。石高の減少は間違いないが、自刃については、病死説もある。鈴木重成その後寛文4年(1664年)、天草は三河国の戸田忠昌の所領とされたが、6年後に移封される際忠昌は民衆の労苦を思い、天草を天領とすべしとの建議を提出し認められた。戸田氏は富岡城の本丸・二の丸を破却し、これは「戸田の破城」と呼ばれる。
平地が少ない天草地方は、干拓で得たわずかな田畑のほかにサツマイモが食生活を支える重要な農産物であった。天草では「カライモ」「カンチョ」「カンボ」などと呼ばれるサツマイモは、記録上では『天草年表事録』の享保10年(1725年)にある記述が初出だが、これは江戸・小石川に導入された時期よりも古い。また海産物も重要な食材であった。下島最南端の牛深で盛んなイワシ漁は天正11年(1583年)に紀伊国から移り住んだ岩崎六兵衛が伝えたと言われる。イワシは食用のほか、カツオ漁の餌や干鰯として商品化され、地域の経済を支えた。
肥後54万石という石高は、天正16年(1588年)に行われた太閤検地で明らかになった数字である。入部した加藤清正は領内の治水や新田開発を積極的に進め、各河川の改修や井手(用水路)・堰の建設などを行った。白川流域の瀬田上井手・馬場楠井手、緑川の鵜の瀬堰、球磨川下流の遙拝堰 などが清正治水の例に挙げられる。これらによって慶長13年(1608年)の検地では、肥後石高は75万石にまで上がった。このような大規模な開発は国人割拠の時代には不可能であり、恩恵を受ける民衆は過去を顧みることはなくなり、清正人気をさらに高めた。細川氏時代になっても有明海干拓などによる新田開発は続いた。
江戸時代後期、農村の疲弊が問題になると惣庄屋層が救済を目的に行う灌漑工事が増えた。その代表例になる通潤橋は、矢部手永の惣庄屋・布田保之助が立案計画し、種山石工らが架橋して完成を見た。この橋によって水に乏しい白糸台地40町への通水が可能となった。布田はこの他にも13の石橋を建設、溜池や用水路設置、道路整備などを進めた。この通潤橋建設の手本となった雄亀滝橋は、計画・惣庄屋三隅丈八、施工・岩永三五郎によって架橋された。後、三隅丈八は明治政府に招かれて東京日本橋や皇居の二重橋建設にも関与するなど、肥後の石工技術の高さを示した。
人吉盆地球磨川上流には、支流まで加えると総延長数十kmに及ぶ農業用水路・百太郎溝がある。この建設は16世紀末に始まるとされ、球磨川に設けられた百太郎堰から多良木村までが作られた。以後工事が続けられて支流の原田川まで繋がった水路は流域の田畑を潤した。何を由来に名づけられたか判らない水路は、 多くの百姓が労力をかけて建設されたものである。元禄期からは藩士・高橋政重が主導し、幸野溝が設けられた。これらの灌漑溝は、新たに1万石以上の新田開発を可能にし、また木材の運搬にも用いられた。
古代から豊かな農産地として知られ、藩による治水灌漑が盛んに行われた肥後も、江戸時代に起こった飢饉の影響を免れることはできなかった。寛永11年(1634年)の凶作、翌年の大風雨がもたらした田畑や家屋への被害に始まった寛永の大飢饉は高齢者や病人など弱者を中心に多くの餓死者を生んだ。これは、島原・天草の乱を引き起こした一因ともされる。寛永18年(1641年)は最悪な状況となり、害虫の発生による田畑への被害は種籾の確保にも支障をきたす程で、幕府や藩は対応に追われた。
享保の大飢饉では、既に享保14年(1729年)頃から旱魃や大風などによる収穫減は始まっており、また厄介な螟虫が発生し充分な駆除が出来ないままに享保17年の長雨と冷夏を迎えてしまった。収穫は平年の11%程にしかならず、御救米の拠出などの支出が重なり、熊本藩の財政は悪化した。そのため藩札発行許可を幕府から得たが、現銀の準備が無いままに発行された銀札は信用に劣り、割引率の高さや取り付け騒動などが起こり、早々に停止された。
細川宗孝の時代、寛保二年江戸洪水があり、西国大名の手伝い普請のために、藩の財政は悪化した。
享保年間以降、肥後は断続的な飢饉に見舞われ続けた。天明の大飢饉の頃には村々の囲米が底をつき、農村から都市部へ出て乞食をして食いつなごうとする者も多かった。天明3年(1783年)に肥後を旅行した古川小松軒は、棄農者が熊本へ向かう道中で餓死した様などを伝え、耳にしていた熊本藩の仁政も虚像だったのだと記録した。この時期、幕府は浅間山噴火の被害を受けた信濃川などの修復普請を熊本藩に命じており、自藩の状況に関わらず出費を強いられていた。
寛永3年(1791年)4月朔日、2度の大地震によって島原・眉山が崩落、大量の土石流が海に注いで津波を起こし、有明海沿岸に大きな被害をもたらした。熊本藩では死者5520人、家屋流出2252棟、田畑約2252町が損害を受けた。天草天領では死者343人、田畑の損害は約65町に上った。
熊本藩は一揆が少なく、それは強固な地方支配の傍証とまでされていた。しかし近年、実際には約90件の一揆が領内で勃発し、人吉や天草を含む近世の肥後国では100件を越えていたことが明らかになっている。これは、西日本では伊予国と並んで最頻の部類に当たる。熊本藩で起こった一揆の特徴は、先ず規模の小ささがあり、300人以下の一揆が多かった。またその理由についても、租税など賦役の減免を求めるものと並び、藩札の信用不安に基づく都市騒動、庄屋や村役人の罷免要求も多かった。ただし惣庄屋排斥を掲げた一揆の記録は無く、逆に寛政元年(1789年)には惣庄屋転出に反対し矢部の農民が熊本城に押しかけるという例もあった。延喜4年(1747年)には7000〜8000人が参加した熊本藩最大の一揆が葦北郡で起きているが、これも堤防工事で尽力し 農民に理解を示していた郡代・稲津弥右衛門の罷免取り消しを求めた強訴だった。
寛政年間の頃には、凶作や御普請御手伝などの原因から人吉藩は財政が貧窮していた。武士の家禄返上など倹約策が続く中、文政4年(1821年)家老職に就いた田代政典による改革を断行し、殖産興業策として苧・楮・椎茸などの栽培と座による専売を実施した。この計画のため椎茸を栽培する山への立ち入りが禁じられ、折からの凶作による飢えを山菜などで凌いでいた農民の反発を買った。天保12年(1841年)2月2日に始まった一揆は椎茸山を打ち壊し、9日には総勢15000人の一揆方が町中で特権階級業者の屋敷などを襲った。これは「茸山騒動」と呼ばれる。一揆側には門葉(相良一族、小衆議派と呼ばれる)の相良左仲頼直がつき、農民の要求を藩に受け入れさせることで一揆は収束した。田代政典は自ら自害に及び、相良左仲は一揆先導の嫌疑にて切腹の命に服した。
天領天草では、銀主(ぎんし)と呼ばれる有力者による実効支配が進んだ。商工業や貸金などで蓄財し、田地の買占めを行った銀主は農民の小作・貧農家を促進した。現在の五和町にあった石本家は薩摩の調所広郷と協力して琉球貿易を行ったり、幕府への貢納が評価され帯刀を許されるなどの権勢を誇った。飢饉や大庄屋の不正(明和8年(1771年)の「出米騒動」など)によって鬱積した農民の不満はやがて銀主に向けられ、打ちこわしや松平定信への農民駕籠訴などが生じた。これらを受け、寛政5年(1793年)と8年(1796年)には「天草郡百姓相続方仕法」(あまくさぐんひゃくしょうあいつづけかたしほう)が発令された。特に後者は「天下無双の徳政」とまで言われた、農民側に立った画期的政策だった。だが、文政9年(1826年)に仕法運用期間が切れ3年後に大凶作が襲うと、銀主と仕法復活を望む農民の間で対立が激化し、天保14年(1843年)と弘化2年(1845年)には大一揆が勃発した。天保大一揆では25000人、弘化大一揆では最大15000人が加わった。弘化年間の一揆では幕府は強硬策に出て、長崎代官や島原藩からの出兵により鎮圧。146人の逮捕と首謀者の獄門で対処した。農民に対しては、不充分ながら施行された仕法が幕末まで断続的に行われ、多少なりとも不満を慰撫した。
江戸中期の熊本藩財政は厳しい状態にあった。その頃に当たる延喜4年(1747年)、第5代藩主細川宗孝が江戸表で遠江国相良藩の旗本・板倉勝該に殺傷された。人違いの末の事件だったが、宗孝には子が無かったため弟の細川重賢が跡目を継いだ。重賢は長い江戸藩邸での部屋住み時代に、学問に打ち込むかたわら、自藩の貧窮状態を実感していた。彼は肥後入国以後次々と宝暦の改革と呼ばれる政策を打ち出して藩の建て直しを行い、熊本藩中興の祖と、また「肥後の鳳凰」と賞賛された。重賢は入国とほぼ同時に「申聞置条々」を示し、まず綱紀粛正を打ち出した。次いで、財政再建や行政・刑法改革、殖産興業や藩校時習館創立など、また検地を実施し領内年貢課の不公平を是正するなど、次々と手を打った。この一連の改革において重賢の右腕となったのは、御用人から抜擢を受けて大奉行となった堀勝名であった。
宝暦の改革の中で特筆すべき一つは、日本最初の刑法典とされる『刑法叢書』の編纂がある。従来の追放刑を廃止して鞭打ち・懲役刑を追加し、受刑者には藩の公的作業を通して技能習得をさせるなど生活支援も行った。殖産興業ではハゼノキや八代の干拓地で栽培されたイグサの育成、藩直営で行われた木蝋製造がある。養蚕も奨励されたが、その結実は寛政期以降になってもたらされた。
宝暦4年(1754年)(宝暦5年-1755年ともされる)重賢によって設立された藩校時習館(総教は長岡忠英)は、藩政刷新を担う藩士育成にあった。寛文年間(1661年 – 1673年)熊本で最も盛んな学問は陽明学だったが、幕府の方針に倣い朱子学中心へと移行していた。4代藩主細川宣紀は昌平黌出身の秋山玉山を重宝し、玉山は宗孝にも仕え、そのまま重賢の時習館で初代教授職に就任した。ここは、藩士のみならず、足軽や陪臣、果ては庶民の子弟でも承認を受ければ入館できた。ここには武芸所も併設され、生徒は文部両道の教育を受けた。
時習館とほぼ同じ宝暦6年(1756年)、すでに私塾を持ち、重賢を治療した医師・村井見朴は細川重賢の命で医学校である再春館 (学校)を宮寺村(現・二本木)に創設した。これは薬園・蕃滋園 を持ち、医学とともに薬学も研究された。ここでは殖産興業の一環として朝鮮人参の栽培研究も行われた。
文化2年(1805年)、天草で大量の隠れキリシタンが発覚する事件(天草崩れ)が起きた。その2年前、今富村(現:河浦町)で牛が殺される事件があったが、これは祝日に牛を神に捧げるキリシタンの行為ではとみなされ、極秘に調査が行われていた。この探索には国照寺住職の大成と今富村庄屋の上田友三郎が当たっていた。その結果、4つの村に総勢5200人の信者がいることが判明した。この処遇について報告を受けた幕府は、稀に見る寛大な措置を取った。既に取り調べの段階で転宗を説得し、キリスト像の破却や踏絵または改宗を誓う文書の提出などが行われていたこともあって、最終的には「先祖伝来の風習を盲目的に受け継いでいた」だけとして誰一人処罰されなかった。