日本経済新聞
2005年12月、ある映像機器開発企業についての特集を5段抜きで組んだものの、記事を担当した若年の女性記者が勉強不足であったため内容がデタラメで、その会社は取引先に対する訂正業務に追われクライアントも激怒した。しかし、日本経済新聞社に抗議したところ、訂正を拒否したと言う。
2006年には、日本航空の社長退任を巡る騒動に、日本経済新聞社の記者が深く関与したことなどが、週刊文春によって報道されている。
2007年に発覚した、大阪府枚方市発注の第二清掃工場の一般競争入札に絡む官製談合事件について、日経新聞が2007年7月6日付朝刊で、同市の当時の市長の中司宏がゼネコンから接待を頻繁に受けていたとする内容の記事を掲載したが、中司は「この記事は虚偽である」として、2010年に大阪地方裁判所に訴訟を提起。2012年6月15日に同地裁は、「取材内容は粗末だ」などとして名誉棄損を認め、中司に対し600万円を支払うよう日本経済新聞社に命じた。本件の訴訟において、日経は取材源の秘匿ルールを破り、取材源であった当時の大阪地方検察庁幹部2名の実名を証拠として提出した。この行為について大谷昭宏や田原総一朗に批判を受けた。
2008年10月29日、朝刊社会面にて株式トレーダー若林史江による日経QUICKニュース記事の盗用事件を報じた。株式トレーダー若林史江による盗用事実が発覚したのは2008年6月のこと。記事盗用は2006年12月から2008年6月までの期間に及ぶ。この間、若林史江は自身の公式HPの無料閲覧ページ、および有料会員制メールマガジンに、日経QUICKが著作権を持つ株式関連ニュースを無断盗用し、その数は1700本に上った。発覚当初、日本経済新聞社の関係者は「まれに見る悪質な盗作事件」とし、刑事告訴も検討したが、日経グループ自身が過去に若林史江を「カリスマ美人トレーダー」などともてはやし、日経グループ主催のセミナーなどに起用していた経緯があることから、刑事告訴を見送り、若林に対して記事利用額相当を後払いさせることによる決着とした。
2010年1月25日の夕刊で、民主党幹事長・小沢一郎の政治資金管理団体陸山会による政治資金収支報告書に関する虚偽・不記載疑惑に関連し、「東京地検特捜部が押収した(元事務担当の)石川議員の手帳には、水谷建設の元幹部らが5000万円を渡したとする04年10月15日の欄に、授受の場所とされるホテル名が記されていた」という記事を掲載した。しかし、実際に手帳に書かれていた数字は「04年」ではなく「05年」であり、ホテル名が記載されていた時期も4月だった。日経新聞は26日朝刊に訂正記事を掲載し、記事と見出しの当該部分を取り消した。
2011年頃から、日本経済新聞はNTTドコモがiPhoneやiPadを出す、といった飛ばし記事を数回ほど報じているが、報じるたびにNTTドコモにプレスリリースで全否定されている。
2012年2月20日、任天堂についての記事で、任天堂の岩田聡社長から不正確な報道があったとTwitterからのコメントで指摘される。岩田は「文脈を無視して恣意的に言葉を抜き出したり、事実と憶測を混ぜて書いたり、まるでゴシップ誌のような手法を採られている」と語り、何度も繰り返されていると指摘している。
2012年5月10日付の朝刊で大阪市のテーマパーク「ユニバーサル・スタジオ・ジャパン(USJ)」が巨大プロジェクトとして、人気映画「ハリー・ポッター」シリーズをテーマにしたエリアを新設すると報じたが、これは元々USJが一般招待客向けにサプライズ演出になるよう、同日14時まで報道を控えるようにマスコミ各社に要請していたものだった。しかし、発表前日の夜に日経新聞から同プロジェクトに関する記事を朝刊に掲載する旨の連絡が来たため、USJはやむを得ず、読売新聞と朝日新聞のそれぞれの朝刊にも記事の掲載を許可。その結果、サプライズ効果は半減し、「日経の対応は信義に反し、招待客や海外からのゲストにも失礼な行為だ」として、関係者から批判を受けた。
2012年6月5日、日本経済新聞は「任天堂、スマホに対抗」と題して、任天堂が開発している次世代機「Wii U」に、カーナビゲーションや電子書籍などのスマートフォンと同様の機能を搭載するという飛ばし記事を書いた。しかし、任天堂は同日のプレスリリースで「当社が発表あるいは事実確認したものではなく、数多くの間違いが含まれた、日本経済新聞社の全くの憶測記事」と、この記事を完全に否定した。
2013年2月7日付の記事で、民主党政権時代にも中国人民解放軍海軍の艦船から、海上自衛隊の艦船に向けて射撃管制装置が照射されたが、当時の野田首相や岡田副総理らが、日中関係を悪化させたくないとの判断で、事実公表を避けたと報じるも、2月8日の衆議院予算委員会及び2月27日の参議院予算委員会において、防衛大臣の小野寺五典がこれを否定。この報道に対し、民主党の岡田克也と細野豪志からは抗議文が出され、野田佳彦も事実無根とコメントを発表した。
2013年、日本経済新聞はNTTドコモが音声通話定額制の導入を検討している、と飛ばし記事を乗せたが、iPhoneの報道同様に、NTTドコモから全否定のプレスリリースを発表されている。
2015年8月29日付の朝刊と電子版で、三菱地所が東京駅日本橋口近くに400m級の超高層ビルを建設するという記事を掲載したが、これは公平でかつ正確な情報を開示する事を理由として、三菱地所のプレスリリースが終わるまで、報道や取材を控えるようにマスコミ各社に要請していた中での報道だったとして、三菱地所が「遺憾に感じております」と批判した。後に三菱地所は390mの超高層ビルの建設(常盤橋再開発事業。後のTOKYO TORCH)を正式発表したが、その記者会見場に日本経済新聞社の入場を拒否する貼り紙が掲示される事態となった。
2020年5月22日の0時過ぎ、日経電子版で「フジロックも中止 フェスなき夏、音楽ビジネスの修正不可避」という題名で、2020年8月に新潟県で開催予定の「フジロックフェスティバル」が新型コロナウイルスによる感染拡大防止対策で中止になったと配信したが、実際は主催者から中止の発表はされておらず、誤掲載だったとして後に謝罪した。フェス中止の発表日時が「●日」となっており、日本経済新聞社は「まだ未完成であった原稿を、誤って電子版に掲載してしまった」とお詫び文を掲載している。同年6月5日、主催者は同フェスの開催を、2021年に延期することを正式発表した。
2022年7月12日の18時過ぎ、日経電子版において、ニコンが一眼レフカメラの開発から撤退することをスクープ記事扱いで配信したが、ニコンは「(この報道は)憶測によるもので、当社が発表したものではない」とのプレスリリースを同日発表した。
2022年9月7日から同月21日の間、ロシアによるウクライナ侵攻に伴い、ロシア産の石油をギリシャ沖で別の船に積み替えた上で欧州などに輸出していると報じたが、後に外部からの指摘で該当する石油がロシア産の可能性が低いことが判明したとして、同月28日付けの朝刊で謝罪した。
2023年3月、台湾将校の90%にのぼる退役将校が中国に情報を流出した疑いがあると報道した。これに対し台湾政府は総統府や外交部が「深い遺憾」を表明した他、国防部は「事実無根」と強く反発し、証拠提示や謝罪を要求した。日経新聞台北支局の前に台湾国民が不審な液体を撒いて抗議した。
一カ月分(東京本社発行最終版)の全紙面をA4サイズに縮小し、一冊の書籍にまとめた新聞縮刷版が毎月下旬に発行されている。
日経ヴェリタス(週1回日曜のみ発刊の投資金融情報専門紙。2008年1月で休刊した日経金融新聞の実質的な後継紙)
日経MJ(旧「日経流通新聞」)
地方紙(これらは現地印刷での提携委託を結んでいる新聞社。印刷部門の関連会社・子会社への委託を含む)
1956年3月1日から、各界における著名人の自叙伝である『私の履歴書』を連載中。
漫画では、1995年まで『ドーモ君』(福地泡介)が連載されていたが、作者の急死により終了。その後、漫画の連載は行われていない。
大機小機: 主に社外の人間による匿名記事。
2020年8月10日、香港の蘋果日報本社が捜索され、同日、日本経済新聞の香港オフィスも香港警察に捜索されている。