アイルトン・セナ
数周に渡り同様の狙いを見せた後、47周目のシケイン進入でついにセナがプロストのインに飛び込んだ結果、レース前からセナに対して｢もう扉を開けない｣と宣言していた通り、ラインを譲らずに走行したプロストに追突。2台のマシンは並んで停止。プロストは即座にマシンを降りたが、逆転王座に賭けるセナはマーシャルに押し掛けを指示、シケインをショートカットする形でレースに復帰した。ノーズ交換のためにピットインをする間にナニーニが先行するが、セナはこれをパスし、ひとまずトップでチェッカーを受けた。
しかしレース終了後、シケインのショートカットと言う理由が後に押し掛けをしたという理由に変更される不可解な裁定ではあったが、失格処分を受ける。この結果プロストのタイトル獲得が決定した。セナは控訴していたが後に棄却された。「一歩も引く気はなかった。ただ右側へ向かっただけで、自然なことだ。でも塞がれてしまった。あまり意味のないレースだったかもしれないね。このことは忘れない」と語った。
予選ではタイムが伸びずに4番グリッド、決勝でもスタートに失敗し6位まで転落する。更にはパンクにより想定外のタイヤ交換を余儀なくされ、22周目にピットアウトした際には、11位まで順位を下げていた。ここから追い上げを見せ、最終的には優勝したブーツェンと0.288秒差の2位でフィニッシュした。しかし追い上げの過程の中で、64周目のシケインで2位のナニーニを弾き飛ばし、リタイヤに追い込んでいた。レース後、ナニーニは直接セナを批判するコメントをしなかったが、「今日のことは忘れない」と語った。
このGPでは、チームメイトのベルガーも、同じシケインでマンセルを弾き飛ばす場面があり、マクラーレン勢の行為が揃って物議を醸すこととなった。
プロストがノーポイントであれば、セナのタイトル獲得が決まるという、前年とは逆の立場でこのレースを迎えた。セナは予選でPPを獲得しプロストが2位と、同じドライバーが同じ順で3年連続フロントローに並んだ。過去2年、スタートを失敗しているセナは、このレースでもスタートで出遅れプロストが先行、1コーナー進入時にはプロストのフェラーリがアウト、セナがインの状態だった。先行したプロストがレコードラインを守りインに切れ込む中、セナは前年に引き続きまたも後方から接触。左側のグラベルに弾き出され、双方共にリタイア。レース開始から9秒で、セナのタイトル獲得が決定した。
セナの行為は、当時は故意か否かで紛糾したが、翌年の鈴鹿でセナ自ら故意の追突であったことを告白。前年のプロストとの接触を、故意によるものと判断したセナの報復行為に非難が浴びせられた。「レーサー同士の戦いはリスクがつきものだ。わずかな隙を逃さずに挑まなければ、レーサーとは言えない。僕たちは常に勝つために競争をしている。それが勝利へのモチベーションなんだ」と語った。
予選では2位グリッドを獲得するも、スタートで順位を落としたこともあり、レースの大半をプロストとの4位争いに費やす。終始セナが先行し、プロストが肉薄する展開であったが、プロストは38周目に第2シケインでセナに仕掛けた。セナはそのまま譲らず、プロストは押し出されるかたちで直進、パイロンを倒しながらエスケープゾーンに入り、そのままマシンを止めた。セナはその後も4位を走るが最終周にガス欠でストップし、ノーポイントに終わった。
プロストはセナの行為を危険だと激しく非難したが、続くハンガリーGPで2人の話し合いが行われ、一時的に和解することとなった。
予選から、僚友のゲルハルト・ベルガーと共に当時のレコードラップを更新しあう走りを見せ、2番手グリッドを獲得。決勝前にベルガーと「最初に1コーナーに入った者が優勝する」という紳士協定を密かに結びレースに挑む。決勝はベルガーが先行し、セナは、優勝しかチャンピオンへの道がない3番手のマンセルを抑え、ベルガーを逃がす作戦に出る。
しかし、マンセルが10周目の2コーナーでコースアウトしてリタイアした瞬間にセナのチャンピオンが確定したことで、作戦を変更しベルガーを追撃する。ベルガーは序盤でエキゾーストパイプが破損、エンジン出力が低下したことでラップタイムが落ち、追撃してきたセナにあっさり抜かれてしまう。紳士協定違反に当惑するベルガーを尻目に、セナは磐石の走りでトップを快走。このまま終わると思われた最終ラップの最終コーナー、セナはベルガーに合図を送りながらイン側を明け渡し、ベルガーがセナを抜き優勝した。
この行為は、｢チャンピオン獲得に協力してくれたベルガーへのセナからのプレゼント｣と好意的な評価をする声があった一方、｢セナが自身の速さを充分見せつけて真の勝者を印象付けた後で紳士協定に基づき仕方なく優勝を譲った｣恣意的な行動と非難する声も多くあがった。レース後、ことのいきさつについて当事者とロン・デニスの3人が激論を交わし、特にベルガーはその露骨な譲り方に怒りを抱いていたことが明らかになっている。後にベルガーはフジテレビのインタビューに対して、「セナがスローダウンしたからエンジンがトラブりやがったな、ざまあみろ、と思って前に出たら違った。もし意図がわかっていたら抜かなかった」との旨を語っている。
ニューマシン・MP4/7Aを投入するも、予選ではウィリアムズ勢にタイムで大きく離された3位となった。決勝でもペースが上がらずウィリアムズ勢に大きく引き離され、後方には4位のシューマッハ以下が数珠繋ぎに続く状態であった。シューマッハが何度も仕掛けようと試みる中、セナは加減速を繰り返すという手段で抑え込んだ。しかし17周目に1コーナーでシューマッハの先行を許すと、アレジやブランドルにも次々と抜かれた後、電気系トラブルによりリタイアとなった。
セナを憧れとしていたシューマッハだが、このブロックの件で「チャンピオンのとる行動ではない」と批判した。一方のセナは、加減速を繰り返した理由について「既にエンジンにトラブルがあった為(意図的ではない)」と主張。以後両者の間で何度もトラブルが起こる発端となった。
前戦モナコGPでの優勝の勢いもあり、予選でシーズン初(結果的に唯一)のPPを獲得し、決勝でもスタートからトップを走るが、ペースがあがらず、セナを先頭に5秒以内に8台がひしめき合う状態となった。15周目、2位のマンセルが最終コーナーで仕掛けるが、曲がり切れずにクラッシュし、そのままリタイヤとなった。一方のセナは、マンセルのリタイヤ後もトップを守っていたがギアボックストラブルにより中盤にリタイヤ、連勝はならなかった。
マンセルは自身のクラッシュをセナの危険走行が原因と判断、リタイヤ後もマシンの中に留まり1周後に戻ってきたセナに拳を上げ抗議するまで、マシンから降りようとしなかった。それでも怒りは収まらず、マクラーレンピットへ向かい、今度はロン・デニスに抗議を行った。レーシングスーツから着替えた後は、ウィリアムズのメカニックを引き連れてコントロール・タワーへ向かい、「セナの危険な行為ではじき出された」と主張、前戦モナコGPで健闘を称え合ったのとは対照的な場面となった。一方のセナはレース後に、クラッシュの原因は「曲がり切れないようなスピードでコーナーに入っていったマンセルにある」と主張した。
セナはホンダエンジンで戦う最後のレース、マンセルはF1からの引退レースと、互いに想いを抱える状況の中、予選ではマンセルがシーズン14回目のPPを獲得、セナも2位でフロントローを獲得した。決勝ではセナが1周目に一旦トップに立つが、すぐにマンセルに抜き返され、そのまま膠着状態でレースが進んだ。このシーズンで初めて、マンセルを追い詰める展開となったセナだが、19周目に両者は接触しそのままリタイヤとなった。
接触直後、セナはマンセルの元へ向かい握手の為に手を差し出したが、マンセルは拒否。更にはコントロールタワーへ向かい「セナがオーバースピードで突っ込んだ」と主張するも、認められなかった。一方、セナは「マンセルが突然減速し避けきれなかった」と語り、両者共に後味の悪い形で節目のレースを終えた。
予選2位からスタートを決めトップでレースを進めるが、序盤から油圧系トラブルを抱えペースが上がらず、後方にはプロストとシューマッハが肉薄する。22周目のS字でプロストに抜かれると、続けざまにシューマッハにも抜かれてセナは一気に3位に転落する。しかしその周のうちにシューマッハと同じタイミングでタイヤ交換に入り、メカニックの迅速な作業により再度シューマッハの前に出た。その後もシューマッハに攻め立てられるが、40周目のコンチネンタル・カーブで両者は軽く接触、セナが何事もなく走行を続けたのに対し、シューマッハはスピンを喫しリタイアとなった。
シューマッハは、接触の原因をセナの過度なブロック走行によるものと捉え激怒。しかしFIAの裁定は「不可抗力」とされ、セナには一切のペナルティが下ることは無く、そのまま2位でフィニッシュした。
予選での速さで知られ、1988年と1989年には、2年連続して16戦中13回のPPを記録し、これはそれまでの9回の記録を大幅に更新する、当時の年間最多獲得記録であった。また、1988年第14戦スペインGPから1989年第5戦アメリカGPにかけて、8戦連続でPPを獲得しており、これを破ったドライバーは未だいない。またPP65回は、2006年にシューマッハが破るまで最多記録だった(2021年10月現在はルイス・ハミルトンのPP101回が最多記録)。獲得率は40.1%で歴代4位の記録である。これはレースの年間開催数が増え、個人の参戦数が増え始めた1970年代以降のドライバーの中では群を抜いており、PP最多記録保持者のルイス・ハミルトンで35.7%、セナのPP最多記録を更新したシューマッハで25.3%に留まっている。
予選でのセナは、最後の最後に最速ラップを出すケースが多かった。最後の最後にポールを奪うことから、メカニックなどピットクルーからは、セナが「ポケットの中のコンマ1秒を出した」とジョーク交じりに言われていた。
決勝レースではPPから首位を保持し、レース序盤で2位以下に大差をつけ、その差を維持するというスタイルで勝利を掴むことが多かった。このようなスタイルは、PPからスタートするドライバーの戦略として有効で、序盤で敵の戦意を削ぐことを意図しており、レース後半の展開を楽にできる(セナ以前に最多PPを保持していたジム・クラークもこのスタイルであった)。セナの現役時代の大半は再給油が禁止されており、ファステストラップはマシンが軽くなるレース終盤に記録されることが多かった。この時代背景と、先述の戦略スタイルから、ファステストラップ獲得数19回(2019年シーズン終了時・歴代15位タイ)は、勝利数41回(歴代5位)、PP数65回(歴代3位)と比較すると少ない。
セナのテクニックでよく知られるものに、コーナーでアクセルを小刻みに煽るドライビングがある。日本では『セナ足』と言われるそのテクニックは、進入時の安定性を向上させるとともに、コーナー脱出時の早いエンジンの吹け上がりをもたらしていた。小刻みで独特な回転数コントロールは、元々ターボのタービンの回転を高く保ち、いわゆるターボラグの発生を抑えるためとされる。しかし、セナ足はカート時代に編み出されたテクニックであり、それ以降の下位フォーミュラ、F1でのターボ、NA関係なく見られた。それらのことから、上記の説には異論もある。セナは、「セナ足」をターボに限らず、コーナーの立ち上がりで可能な限り早く加速するための技術として完成させた。
セナ以前にもケケ・ロズベルグが「ケケ足」として類似したテクニックを使っていたが、ロズベルグのそれは、まさにアクセルを「小刻みに煽る」のであり、セナのそれは一秒の間に6回ともいうアクセルコントロールによる開閉の繰り返しであり、煽るというより痙攣に近い頻度のものであることが、テレメトリーデータから分かる。それらから、ロズベルグなどの「ケケ足」とは全く異なるテクニックであるとされる。ホンダのエンジニアがエンジンの動弁系にドライブ・バイ・ワイヤを採用する際、信号のノイズを除去するためのフィルターを設けていた。しかし、セナ足によるアクセルワークがノイズとして識別されるほど微細で敏速であったため、セナのアクセルワーク自体が無視されてしまうという「セナだけに発生するトラブル」が起こり、ホンダはこの問題を解決するのに苦労した。
セナ足については、その理論的・実践的根拠を求めて日本国内のF3000級(当時)のプロドライバーたちが検証したことがあり、その結論は「分からない」となった。中谷明彦は「常人の理解を超えた領域でのテクニックだろう」と述べ、限界点の抽出、荷重のコントロール、人間トラクションコントロールなど、一般に思いつく単純な理屈だけでは説明が付かないとも言われる。チームメイトだったプロスト、ベルガーもセナ足を試みたが、いずれも再現できないとの結論に達している。
このテクニックにより多少燃費は悪くなるものの、その後のストレートのスピードで大きく差がつく。1988年には、同僚のプロストにテレメトリーのデータでは常に100 - 300回転ほどの差を付けており、プロストが「ホンダはセナにいいエンジンを与えている」と疑っていた。後藤治によると、ホンダの調査ではプロストはシフトアップをセナより早いタイミングで行うため、高回転域を使い切れていないことが原因としている。1989年第12戦イタリアGPのモンツァ・サーキットでは予選時に高速レズモ・コーナーにおいて、ホンダV10エンジンをプロストより1000回転高い領域で使用していたという。
後にRacing Onでセナ没後10年企画が行われた際、「車はアンダー気味にセッティングをしておいて、セナ足で細かくパワーオーバーを出すことで打ち消し、ニュートラルに近い挙動を生み出していたのではないか」と解説されていた。
日本のサックス奏者本田雅人がセナを追悼するために1994年に制作(発表は1998年)した楽曲「Condolence」にはセナ足を連想させるフレーズが存在している。
「レインマスター」「雨のセナ」と呼ばれるなど、雨のレースを非常に得意としていた。しかし当初から得意だったわけではなく、「カートを始めたばかりの頃、ウェットレースで他のドライバーたちからあらゆる箇所で簡単に抜かれ、その悔しさからの鍛錬による」と本人が語っている。セナは、上記の出来事の後、サーキットに練習に行ってはコース上に水をまいて水浸しにし、ウェットで速く走れる術を研究したという。
得意とすることとは裏腹に、本人はあまり雨のレースが好きではないと発言している。これは同じくウェットレースが得意なことから「雨のナカジマ」と呼ばれた中嶋悟も同様である。
雨と同時に、ストリート(市街地)コースを得意とすることでも知られ、F1での全41勝中18勝をストリートコースで挙げた。走行した6ストリートコースのうち、デビュー年のみの開催だったダラスは未勝利に終わったが、他の5コースではいずれも2勝以上を記録した。モンテカルロでは5連勝を含む6勝(1987, 1989 - 1993年)、スパ(2/3が公道)では4連勝を含む5勝(1985, 1988 - 1991年)、デトロイトでは3連勝(1986 - 1988年)をマークしている。特に1991年シーズンは、ストリートコースで開催された4GP(フェニックス、モンテカルロ、スパ、アデレード)をすべて制した。
パーマネントコースにおいても、埃が多く滑りやすいなど、ドライバーの技術を問われる悪条件を得意とした。ハンガロリンクでは、3勝(1988, 1990, 1991年)・2位4回を記録している。F1唯一の予選落ちかつ最期の地という負の面のあるイモラも、3勝(1988, 1989, 1991年)・8PPとキャリアを通しては得意コースとなり、特にPPの獲得回数は自身最多となる。
逆に鬼門とされていたのはモンツァ、エストリル、地元ブラジルGPの舞台となったジャカレパグア、インテルラゴスなどである。モンツァでは最終的に2勝を挙げたものの、1987年から1989年まで3年連続目前で勝利を逃し、1990年の初勝利までに6年を要した。初のポールポジションを獲得したエストリルでは1勝しか挙げられなかった。ジャカレパグアは6年間で未勝利となり、表彰台すら1986年の2位1度のみだった。インテルラゴスも5年間で2勝を挙げたものの、1990年の中嶋悟との接触、1994年のシューマッハ追走中の単独スピンなどが発生している。
また、ライバル・プロストの母国であるフランスGPにおいては、10年間でついに1勝も挙げることは出来なかった(最高位は1988年の2位1回)。プロストは地元GPにおいても、セナの母国ブラジルGPにおいても高い勝率を記録しており、この面では対照的な結果が残ることとなった。
その速さや技術の高さは評価されている一方で、危険な走行に対する批判もある。3度の世界チャンピオンで自他共に認める良識派だったジャッキー・スチュワートはその点を憂慮し、セナへのインタビューで直接苦言を呈したことがある。これに対しセナは「(ジャッキーに対し)あなたのような経験豊かなチャンピオンドライバーの発言内容として驚きだ」「僕たちF1ドライバーは2位や3位になるためにレースをしているのではない」「優勝をするために全力でレースを闘っている」「レーシングドライバーならば、僅かな隙を突くべきだ」「私には私の思ったことしかできない」と反論した。同じく3度の世界チャンピオンであるジャック・ブラバムは、1990年日本GPの1コーナーでプロストと接触した件について、自分たちの時代には集団の先頭であのような事故は起きなかったと述べ、マシンの安全性向上によってドライバーのモラルが低下したと嘆いた。後述するトップ・ギアのセナ特集でマーティン・ブランドルは「セナは道を譲るか、リタイヤするかの二択を迫ってくる」と語っている。
セナは神経質で内向的な性格と言われていた。ただ、ロータスでチームメイトだったエリオ・デ・アンジェリス、マクラーレンでコンビを組んだゲルハルト・ベルガー、ウィリアムズでチームメイトだったデイモン・ヒル、トレーニング・ジムで知り合ったティエリー・ブーツェン、同じポルトガル語圏出身でロータスの後輩であるペドロ・ラミー、同胞で後輩のマウリシオ・グージェルミン、ルーベンス・バリチェロらとは良好な関係を築いていた。バリチェロが94年のイモラにおいて事故を起こした際には、その入院先に家族よりも先に訪れ、意識を取り戻すまで付き添っていた。バリチェロは目覚めた時にセナが傍らに居て驚いたというエピソードを後に語っている。
ロータスでチームメイトとなった中嶋悟は、「彼は、レースの闘い方やコースのこと、(マシン)セッティングのこと、そして、政治的なことまで包み隠さずアドバイスしてくれた」「彼ほど性格が生真面目なドライバーを見たことがない」とセナの人間的な面を語っている。
2度の選手権王者となった1990年頃には、若手ドライバーへのアドバイスをしたり、レース中に無線で冗談まで言うようになっていた。1993年日本GPではセナが周回遅れにしようとしていたエディ・アーバインがセナに進路を譲らなかった一件で、レース後にアーバインに殴りかかる事件も起こった。アーバインは殴られたと公言しているが、これは1987年第3戦ベルギーGPでマンセルと殴りあったのとは違い、周囲の制止で思いとどまっている(詳細はエディ・アーバインを参照)。この一件では6か月の執行猶予付きで2戦出場停止処分を受けた。
ドライバーではないが、セナの現役時代にFIA会長を務めていたジャン=マリー・バレストルは、同じフランス人のプロストに露骨に肩入れした一方で、89年鈴鹿のシケインでの事件による失格裁定や、1990年のPPの位置を巡る争いなど、セナとは犬猿の仲で知られた。これらの構図は、慢性的にF1界を取り巻いてきた欧州封建の側面と対峙するかのようなセナの姿勢を印象付け、特に欧州圏外での熱狂的なファン獲得に繋がった要因とも言われている。
ネルソン・ピケ
3度のF1ワールドチャンピオンに輝いたネルソン・ピケとは、母国の先輩・後輩でありながら犬猿の仲だったことが知られ、生涯友好的な関係ではなかった。ピケからの発言として、「奴の乗ったマシンに乗るときは念入りに消毒する必要がある」「サンパウロのタクシードライバー」「女に興味のないラジコン狂」など、マスメディアによって伝えられた悪口も数多い。しかし、1992年にピケがインディ500予選時に両足複雑骨折の重傷を負った際には、見舞い電報を送っており、ピケ本人は「読んで涙が流れた」と語っている。ピケはセナの葬儀に出席していないが、セナ死去時の追悼コメントでは、「暫くは出てこない存在」などセナを評価する言葉を残している。
ナイジェル・マンセル
マンセルとは、殴り合いの喧嘩なども含めていざこざが多数あるものの、遺恨を残すまでには至らなかった。1991年にセナがチャンピオンを獲得した際には、タイトル争いの相手であったマンセルは、ピットで迎え祝福。逆に1992年にマンセルが初タイトルを獲得した際には、セナがピットまで赴き祝福の言葉を述べている。また、1992年のモナコGPではお互いを讃えあうなど、よきライバル関係を築いていた。セナが他界した後、日本のテレビ番組に出演した際にも「お互いに凄い奴だと認め合っていた」と、その関係について語っている。当時のF1の救急医療班の代表であり、セナとは家族ぐるみの交流があったシド・ワトキンスも、マンセルとセナは友好的な関係だった、と語っている。
アラン・プロスト
プロストとは、前述のように様々な因縁があった。しかし、後述のプロストのコメントにもあるとおり、プロストがF1を休養していた1992年には2人は個人的に連絡を取り合っていたという。今宮純と川井一仁もその共著の中で「2人はカメラが回っていないところでは、話もよくしている」と記述している。また、後にプロスト自身はセナとの関係について「問題を抱えていた時期もあったことは確かだが、マスコミによって多くの人物にライバル以上の敵対関係として捉えられることとなった」と語っている。2人が最も険悪だったとされる1989年でも、ウィリアムズでのピケとマンセルの様に一切情報共有が無いということはなく、ミーティングなどではチームのプラスとなるためにプロフェッショナルな関係を保っていたという。1994年のサンマリノGPの最中である4月29日、フリー走行中のセナは地元のテレビ局による中継の解説を務めていたプロストに対し、無線で「親愛なるアラン元気かい? 君がいなくなって淋しいよ」と伝えている。セナの事故死はその2日後だった。これらのことから、2人の関係が悪かったと一概には言えない。プロストはセナの死後、セナのファンクラブのフランス支部名誉会長も務めている。
また、フジテレビ主催のセナ追悼イベントのインタビューの中では次のように語っている。
事故から3か月たった今でも、ほとんど毎日セナのことを考えています。彼がいなくなったことで、僕のF1での大切な思い出が消えてしまいました。セナはレースでやる気を起こすためにはライバルが必要だという事に気付きました。セナには僕が必要だったのです。“僕"を倒すために彼は燃えたのです。でも、我々の間にはお互い尊敬の気持ちがありました。一年間レースをやめていた時でも、セナとはよく電話で話をしました。セナは、僕がいないとやる気が起きないと言っていました。「今年のセナはもうレースへの情熱を持っていない」と感じました。
彼は、いつまでも挑戦者でいたかった。しかし、守る立場に立たされてしまったのです。若いレーサーを相手にトップの座を守らなければならない……それは非常に難しいことだったでしょう。
セナが僕を一番魅了させたのは "レースで100%集中していたこと" 。簡単に100%と言うけれど、実際に100%集中するのはとんでもないことです。僕には家庭もあるし、休暇もある。ゴルフや自転車、スキーにも夢中になります。ですから、僕の場合、95%……いや98%くらいレースに捧げていると思っています。しかし、セナの場合、大切なものはレースだけなのです。また僕の乗るマシンに何らかのトラブルが生じた時、僕ならすぐにピットに入ると思います。でも、セナは違いました。彼は本能で走ろうとするのです。今となっては、セナと共に走ったこと、それが僕にとって一番大切な思い出です。
ミハエル・シューマッハ
デビュー当時のシューマッハはベテラン相手に物怖じせず、セナとの間に何度かトラブルが生じた。1992年第3戦ブラジルGPではセナに対して、シューマッハが「チャンピオンのする行為ではない」と批判。第8戦フランスGPでは、スタート直後に追突してきたシューマッハを、再スタート前のグリッド上でセナが厳しく諭す一幕があった。両者はその後ドイツ・ホッケンハイムリンクにおいて、テスト走行中のトラブルで乱闘寸前になった。また、1993年開幕戦南アフリカGPではセナがコーナーでインをついたシューマッハにマシンを被せて妨害しスピンさせる行為もあったこの一件ではセナには特にペナルティが出ず、この出来事が1994年最終戦オーストラリアGPでシューマッハがコーナーでインをついたヒルに対して同様の行為をした遠因であるとも言われている。しかし1994年には互いに認め合い、安全面について話し合うこともあった。
1994年サンマリノGPの悲劇を眼前で目撃したシューマッハは、レース後モーターホームに閉じこもり、婚約者のコリーナと泣き続けたと後に語っている。2000年イタリアGPではセナに並ぶ通算41勝目を挙げた際、表彰台後の記者会見で「勝ち星(41勝)がセナと並びましたね。今日の勝利はあなたにとって大きな意味を持つものですか」と尋ねられると「そうだね。この勝利は僕にとってすごく大きな意味を持つものなんだ。ごめん…」と語った後、突然号泣して口を閉ざした。その後再び同じ質問が出されると「そんなの言わなくたってわかるだろ」と答えた。
1987年、ホンダがロータスにエンジンを供給し、セナとホンダとの蜜月関係が始まる。これは、1988年にセナがマクラーレンに移籍した後も続き、結局1992年まで6年間ホンダエンジンをドライブし続けることになる。本田宗一郎と会った際に「お前のために最高のエンジンを作ってやるよ」と言われ、「本田さんは日本での父」と感涙した。
また、1987年までホンダF1総監督だった桜井淑敏とは、桜井がホンダを退社した後もセナが何かと相談を持ちかけるほどの深い友人関係にあった。
開幕戦ブラジルGPでは、エンジンに異常を感じてリタイアしたが、実際にはエンジンは壊れてはいないとされた。しかし、ホンダのエンジニアがエンジンを分解してみたところ、パーツが壊れてエンジンブローする寸前だったという。この一件でホンダのエンジニアによるセナへの評価や信頼が上昇することとなった。
1988年の鈴鹿でのレース後に、セナはアラン・プロストと共に、本田から食事に招待され、本田から「うちのクルマで勝ってくれてありがとう」と言われた。セナは、礼を言われるとは思ってもいなかったので、感激しほとんど料理を食べることができず、ただ涙を流していたという。
レース以外でもホンダとは関係を持ち、1989年にホンダのフラグシップ・スポーツカー、NSXの開発テストに参加。これはセナが生涯の中で唯一手掛けた市販乗用車であった。同車のテストにおいて、剛性不足を指摘されたホンダが、剛性を確保するために取り付けたバーは、通称『セナバー』とも呼ばれる。また、「セナさんの休日」のキャッチコピーで、同社のVT250スパーダ(2輪)の紙面広告に出演。その後、同社のプレリュード(4代目)のCMにも出演した。キャッチコピーは「Just move it」。
また、マクラーレンで担当エンジニアだった木内健雄と最後に会った時に、「俺は若いから、まだ何年でも待っていられるから、もう一回ホンダに乗るから」と、F1の舞台での再会を誓っていた。
2013年、ホンダは1989年日本GPにおけるセナの予選最速ラップを最新技術で再現する「Ayrton Senna 1989プロジェクト」を発表。エンジン音や走行ラインを3DCGで再現するウェブコンテンツ「3D-View」などを公開した。