JR神戸線
震災の復旧作業の進捗によって、不通区間が徐々に短縮されていったが、不通区間の東西それぞれで封じ込められた車両で運用を行わなければならず、特に不通区間の東側では車両が不足していた。そのため、播但線を迂回ルートとして車両が回送されたが、播但線は非電化のため、パンタグラフなどの付属機器を網干電車区(現在の網干総合車両所)で一旦撤去し、ディーゼル機関車の牽引により福知山運転所(現在の福知山電車区)まで回送され、同所で取り外した機器類を取り付けて自力で宮原電車区(現在の宮原総合運転所)などに回送された。
しかし、この再配置だけでは車両不足が解消できず、岡山電車区・広島運転所から115系19両および森ノ宮電車区・日根野電車区の103系が運用されたほか、震災時に鷹取工場に入場していた奈良電車区の221系も運用された。また、車両の増結を行うなどし、201系は通常7両編成で運用されているが、このうち4本を4M4Tの8両編成と、8M4Tの12両編成に組み替え、201系では最長となる12両編成で運転された。
六甲道駅を含む住吉駅 - 灘駅間は、高架橋が崩落し最も大きな被害を受けたため、最後まで不通区間として残ることになったが、4月1日に74日ぶりに全線が開通した。これにより震災後、阪神間の鉄道が初めて復旧することになり、この日に行われたダイヤ改正で新快速を増発している。六甲道駅復旧の模様はNHKのテレビ番組『プロジェクトX〜挑戦者たち〜』で取り上げられたほか、これを題材として関西テレビ放送で『BRIDGE はじまりは1995.1.17神戸』が放送された。開通区間が延長されるたびに、開通直後から路盤固めまでの暫定ダイヤと、路盤が固まってから次に開通区間がのびるまでの暫定ダイヤの2種類がつくられ、震災発生から全通まで18回のダイヤ改正が行われた。
1月18日:大阪駅 - 塚口駅間・西明石駅 - 姫路駅間が開通。大阪 - 尼崎間は上下外側線で普通のみ運転し、JR宝塚線塚口駅で折り返し。
1月19日:大阪駅 - 甲子園口駅間の上下内側線が開通。普通のみ運転。
1月23日:須磨駅 - 西明石駅間が開通。上下電車線を使用して、快速・普通を運転。
1月25日:甲子園口駅 - 芦屋駅間の上下内側線が開通。普通は芦屋駅、新快速(大阪駅 - 甲子園口駅間は普通)は甲子園口駅折り返し。
1月30日:神戸駅 - 須磨駅間が開通。兵庫駅 - 須磨駅間は、上下列車線運転する新長田駅付近 - 鷹取駅付近間を除き、上下内側線・電車線運転。新長田駅は通過。
2月8日:芦屋駅 - 住吉駅間の上下内側線が開通。普通は住吉駅、新快速は芦屋駅折り返し。
2月14日:尼崎駅 - 芦屋駅間の上下外側線が開通。普通・新快速は住吉駅折り返し、快速は芦屋駅折り返し。
2月20日:灘駅 - 神戸駅間の下り内外線が運転。灘駅 - 住吉駅間はバスによる振替輸送。他社に先駆けて神戸市中心部まで乗り入れるようになった。
3月10日:兵庫駅 - 鷹取駅間電車線に復帰し、新長田駅営業再開。
3月26日:灘駅 - 神戸駅間の上り内側線が開通し、上り列車は上り内側線に復帰。
3月27日:灘駅 - 神戸駅間の下り列車が下り内側線に復帰。
4月1日:最後まで不通であった住吉駅 - 灘駅間が復旧し、全線開通する。
JR神戸線としての歴史を記述する。
1874年(明治7年)
5月11日:大阪駅 - 神戸駅間(20M27C56L≒32.74km)が旅客線として開業(三ノ宮駅 - 神戸駅間複線)。大阪駅・西ノ宮駅(現在の西宮駅)・三ノ宮駅・神戸駅が開業。
6月1日:神崎駅(現在の尼崎駅)・住吉駅が開業。
12月1日:大阪駅 - 神戸駅間で貨物営業が開始。
1888年(明治21年)
11月1日:山陽鉄道により兵庫駅 - 明石駅間 (10M68C11L≒17.46km)が開業。兵庫駅・須磨駅・垂水駅・明石駅が開業。
12月23日:明石駅 - 姫路駅間 (22M14C94L≒35.71km)が延伸開業。大久保駅・土山駅・加古川駅・阿弥陀駅(現在の曽根駅)・姫路駅が開業。
1889年(明治22年)
8月:垂水駅が舞子駅に改称。
9月1日:神戸駅 - 兵庫駅間 (1M11C25L≒1.84km)が複線で延伸開業。神戸駅で官営鉄道と接続。
1894年(明治27年)4月16日:西ノ宮駅 - 三ノ宮駅間が複線化。
1896年(明治29年)
3月11日:大阪駅 - 西ノ宮駅間が複線化。
7月1日:塩屋仮停車場(現在の塩屋駅)・舞子公園仮停車場(現在の舞子駅)が開業。
1899年(明治32年)
1月1日:兵庫駅 - 姫路駅間が複線化。
4月1日:舞子駅が垂水駅に、舞子公園仮停車場が舞子仮停車場に改称。
1900年(明治33年)
4月1日:鷹取駅が開業。
4月18日:御着駅が開業。
5月14日:宝殿駅が開業。
1906年(明治39年)12月1日:山陽鉄道が国有化。同時に和田岬線改マイル、0.2M(≒0.32km)延長。塩屋仮停車場・舞子仮停車場が駅に変更。
1908年(明治41年)
2月10日:西ノ宮駅 - 住吉駅間に戎仮乗降場(初代)が開業。神崎駅 - 西ノ宮駅間に武庫川仮信号所(初代)、西ノ宮駅 - 住吉駅間に芦屋仮信号所(初代)が開設。西宮神社祭典に伴う列車増発に対応するため。
2月12日:戎仮乗降場(初代)・武庫川仮信号所(初代)・芦屋仮信号所(初代)が廃止。
2月22日:岡本梅林公園への旅客輸送のため、西ノ宮駅 - 住吉駅間に岡本仮乗降場(初代)が開業。
3月16日:岡本仮乗降場(初代)が廃止。
11月16日:神崎駅 - 西ノ宮駅間に武庫川仮信号所(2代目)、西ノ宮駅 - 住吉駅間に芦屋仮信号所(2代目)が開設。神戸港で観艦式開催による列車増発に対応するため開設。
11月19日:武庫川仮信号所(2代目)・芦屋仮信号所(2代目)が廃止。
1909年(明治42年)
2月8日:岡本仮乗降場(2代目)が開業。
12月21日:西宮駅 - 住吉駅間に戎仮乗降場(2代目)が開業(初代と同目的)。神崎駅 - 西ノ宮駅間に武庫川仮信号所(3代目)、西ノ宮駅 - 住吉駅間に芦屋仮信号所(3代目)が開設(両者とも廃止日不詳)。
1910年(明治43年)
3月29日:神崎駅 - 西ノ宮駅間に水野信号所、西ノ宮駅 - 住吉駅間に打出信号所が開設。
10月1日:灘聯絡所が駅に変更され、貨物駅として灘駅(初代)が開業。
1913年(大正2年)8月1日:打出信号所が駅に変更され、芦屋駅が開業。
1915年(大正4年)2月24日:戎仮乗降場(2代目)・岡本仮乗降場(2代目)が廃止。
1917年(大正6年)
5月15日:明石駅 - 大久保駅間に小久保信号所が開設。
12月1日:灘駅(2代目)が開業。貨物駅の灘駅(初代)が東灘駅に改称。
1918年(大正7年)5月15日:大阪駅 - 神崎駅間に歌島仮信号所が開設。
1922年(大正11年)
4月1日:信号所が信号場に改称。
4月15日:大久保駅 - 土山駅間に魚住信号所、土山駅 - 加古川駅間に平岡信号場が開設。
1926年(大正15年)11月15日:歌島信号場 - 東灘駅間が複々線化。歌島信号場が廃止。
1930年(昭和5年)4月1日:営業距離の単位をマイルからメートルに変更。
1931年(昭和6年)10月10日:兵庫駅 - 鷹取駅間が3線化。神戸駅 - 鷹取駅間が高架化。
1934年(昭和9年)
5月25日:大阪駅 - 神崎駅間に歌島信号場が開設。
7月20日:大阪駅 - 須磨駅間が電化され、電車運転開始。塚本駅・立花駅・甲子園口駅・六甲道駅・元町駅が開業。歌島信号場が廃止。
9月20日:須磨駅 - 明石駅間が電化。
1936年(昭和11年)9月9日:魚住信号場・平岡信号場が廃止。
1937年(昭和12年)
5月23日:東灘駅 - 兵庫駅間が複々線化。
10月10日:大阪駅 - 塚本駅間複々線化。
1938年(昭和13年)9月22日:兵庫駅 - 鷹取駅間が5線化。
1944年(昭和19年)4月1日:明石操車場が駅に変更され、西明石駅が開業。明石駅 - 西明石駅間が電化。
1949年(昭和24年)1月1日:神崎駅が尼崎駅に改称。
1954年(昭和29年)4月1日:新長田駅が開業。
1958年(昭和33年)4月10日:西明石駅 - 姫路駅間が電化。
1961年(昭和36年)10月1日:魚住駅・東加古川駅が開業。
1965年(昭和40年)3月28日:鷹取駅 - 西明石駅間が複々線化。垂水駅付近が高架化。
1968年(昭和43年)6月20日:朝霧駅が開業。
1969年(昭和44年)10月1日:塚本駅付近が高架化。
1972年(昭和47年)10月1日:東灘駅が操車場に変更され、東灘操車場が開設。
1981年(昭和56年)4月1日:東灘操車場が信号場に変更され、東灘信号場が開設。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化。
1988年(昭和63年)3月13日:大阪駅 - 姫路駅間でJR神戸線の愛称が使用開始。
1994年(平成6年)3月21日:JR貨物の姫路貨物駅が開業。
1995年(平成7年)
1月17日:阪神・淡路大震災により、全線が不通になる。
1月18日:一部区間で運転再開(以後段階的に開通し、不通区間を解消)。
4月1日:最後まで不通であった住吉駅 - 灘駅間が復旧し全通。
1996年(平成8年)
3月8日:日中の快速が全列車221系化。
10月1日:甲南山手駅が開業。
10月:一部の駅で接近メロディを試験導入。
1997年(平成9年)
3月8日:ダイヤ改正により、日中の223系による新快速が30分間隔になり、すべての快速が221系での運転になる。すべての新快速・快速が尼崎駅に停車するようになる。また、各駅に接近メロディ「さざなみ」が導入(大阪駅と、当時は未開業であったさくら夙川駅、摩耶駅、須磨海浜公園駅、ひめじ別所駅、東姫路駅は除く)。
9月4日:大阪駅に接近メロディ導入。
2002年(平成14年)
7月29日:大阪駅 - 西明石駅間で「JR京都・神戸線運行管理システム」が導入。
11月6日:塚本駅 - 尼崎駅間で、別の人身事故で救助を行っていた救急隊員が死傷する人身事故(東海道線救急隊員死傷事故)が発生。
12月2日:女性専用車が導入される。
2003年(平成15年)
5月12日:加古川駅下り線が高架化。
5月26日:加古川駅上り線高架化され、山陽本線部分の高架化が完成。
10月1日:全駅のコンコースの喫煙コーナーが廃止。
11月1日:全区間で「ICOCA」の利用サービスが開始。
12月1日:JR貨物の鷹取駅が神戸貨物ターミナル駅に改称。
2005年(平成17年)3月1日:ひめじ別所駅が開業。
2006年(平成18年)
3月26日:姫路駅付近の山陽本線部分の高架化が完成。
10月1日:西明石駅 - 播州赤穂駅・上郡駅間で「JR京都・神戸線運行管理システム」が導入。
2007年(平成19年)3月18日:さくら夙川駅が開業。西ノ宮駅が西宮駅に改称。各駅で駅自動放送を更新。
2008年(平成20年)3月15日:須磨海浜公園駅が開業。
2009年(平成21年)7月1日:駅ホームが終日禁煙になる。
2011年(平成23年)4月18日:女性専用車が毎日、終日設定される。
2016年(平成28年)3月26日:摩耶駅、東姫路駅が開業。
2018年(平成30年)3月17日:各駅に駅ナンバーが導入され、使用を開始する。
2019年(平成31年)3月18日:平日限定で姫路駅 - 大阪駅間に特急「らくラクはりま」が運行開始。
2025年度(令和7年度):東加古川駅付近連続立体交差事業認可取得予定。
明石駅 - 西明石駅間に新駅を設置する計画があるが、計画は停滞している。また、大久保駅 - 魚住駅間にも新駅を設置する計画がある。かつては、加古川駅 - 東加古川駅間に新駅を設置する構想があった。