ゾイドフルメタルクラッシュ
ゼロ同様、格闘EXでストライクレーザークローを発動出来るが、ゼロの物と比べ多少タイムラグがある。
Aタメのストライクレーザークローも踏み込みからの発生なので、少し距離を置いて発動させなければ返り討ちに遭い撃墜される恐れもある。
ストーリーモードで、ある条件をクリアすると使用可能となる。
ライガーゼロシュナイダー(X:グレー Y:ブラック&ゴールド)
格闘EX:バスタースラッシュ 射撃EX:AZ208mm2連装ショックキャノン 追加武装EX:セブンブレードアタック(レーザーブレード装備時)
ライガーゼロの接近戦に特化した装備。ラッシングブレードを固定装備、それに加えレーザーブレードを追加装備している。レーザーブレードは、命中時の反応がブレードライガーのそれとは異なる。
格闘EXではバスタースラッシュ、追加武装EXはセブンブレードアタックとアニメ版で使用された全必殺技を再現可能である。バスタースラッシュは、同じ突進技を有するレッドホーンのそれよりも速度が速いが、ジャンプ等で回避することが可能である。セブンブレードアタックは、一見ブレードアタックに酷似しているものの発動時間が異なる。ブレードアタックと同様、発動中は火器を無効化できるがカスタマイズの過程でレーザーブレードを外すと使用できなくなる。また、両者共ジャンプ中に発動すると技のパターンが変わる。
ストーリーモードで、ある条件をクリアすると使用可能となる。
ライガーゼロパンツァー(X:ホワイト Y:ジェネシスカラー)
格闘EX:ストライクレーザークロー 射撃EX:バーニングビッグバン 追加武装EX:ハイブリッドキャノン(ハイブリッドキャノン装備時)
全身に火器を満載した機体。ライガー系列のゾイドでは珍しい遠距離戦を得意とする機体である。ギガやエレファンダーの様な重量級扱いで、多少の攻撃では怯まない。それ為モーションは他の換装形態と異なり非常に重々しい。
EXバーニングビッグバンは、搭載されたミサイルを一斉に発射する技で、前方のみならずあらゆる方向から飛んでくるため回避は困難である。EXハイブリッドキャノンは、ハイブリッドキャノン発射と同時にミサイルを一定方向のみに発射する技。
ハイブリッドキャノンは発射時間割りに隙が大きく、前ステップで無効化されてしまうので、使いどころを間違えると確実に反撃に合う上ゲージを全て使い切ってしまう。
この機体も、ストーリーモードでの条件をクリアすると使用可能になる。
ジェノザウラー(X:サイコジェノザウラー Y:ホワイト)
格闘EX:連続攻撃 射撃EX:荷電粒子砲 追加武装EX:パルスレーザーライフル
格闘攻撃はジェノブレイカーとほぼ共通であるが、レーザーチャージングブレードが飛びかかり攻撃に変更されており、ロケットアームは片腕のみ発射が可能。
平均的なステータスであり、特に偏った強さはないが、射撃においてはブレイカーより使い勝手が良い。ただし荷電粒子砲は一発撃つとゲージが回復するまで発射出来なくなる。
今作品では両足に8連装ミサイルポッドを標準装備している。
ムラサメライガー(X:ブラック&ゴールド Y:レッド)
格闘EX:ダブルバンカー 射撃EX:3連キャノン 追加武装EX:ムラサメブレード
アクションは基本的にゼロと共通するものがある。タメ格闘が二段構えになっている。
ムラサメブレードは振りが大きく隙が生じやすいが威力が高い。ゲージ回復も早めで、格闘攻撃と折り合わせることで大ダメージを与えられる。
装備EXでは相手を串刺しの様にする技。防御が不可能であるため、技の発生を見切り回避するしか防ぐ手だてはない。格闘EXはジャンプ中に行うとタイムラグが減る。
エレファンダー・エレファンダーコマンダータイプ(X:エレファンダー遊撃隊仕様 Y:共和国仕様)
格闘EX:プレスラッシュ 射撃EX:AZ144mmレールガン 追加武装EX:ESCSユニット(コマンダータイプ)
重量級のゾイドで、並の攻撃では吹っ飛ぶことはない。追加武装に専用武装を豊富に持つ。コマンダータイプヘッドを装備すると、ギガの様に全身に展開するEシールドが使える。ESCSユニットを付けるとブレードライガーの様なシールドも使用できる。ただし、こちらは一定時間しか張ることが出来ない(ブレードライガーはAボタンを押している間、格闘ゲージの限りシールドを張ることが出来た)。
なおコンボリストの一番目に装備しないとシールドを張ることは出来ないので、2種類のシールドを一度に使うことは出来ない。
EXプレスラッシュは、最初に地面に衝撃を与え付近の相手をダウンさせ、立て続けに踏みつける技である。発動時間が非常に長いが、最初の一撃をジャンプ等で回避すれば比較的容易に対処できる。
通常のファイタータイプの他に、バリエーションとしてコマンダータイプがあるが、追加武装が本来の限度を超えている(同じことがジェノブレイカーにも言える)。また、鼻先のパーツは無いものの、耳と背中のパーツをスカウタータイプにすることも出来る。スカウタータイプが映像化されたのは今作が初めて。
Yボタンで選択した場合、共和国仕様になる(形式番号が共和国ゾイド共通のRZナンバーとなっている)。
デッドリーコング(X:アイアンコングカラー Y:レッド)
格闘EX:封印の左手 射撃EX:ヘッドバルカン 追加武装EX:デッドリーハンマー
アイアンコングと同系の機体でモーションも似通っているが、こちらは格闘のみに特化しており、火器は頭部のバルカン砲のみで、肩のショルダーショックキャノンは使用不可。
専用武器の背中のボックスは副腕を使った攻撃ではなく、それ自体をハンマーとして使用する。封印の左手は、わずか一撃で容易にガードを破ることが出来るため、アニメ版同様厄介な技である。
巨体に反してジャンプ力が高い。
デススティンガー(X:KFD Y:ZS仕様)
格闘EX:スティング 射撃EX:荷電粒子砲
デスザウラー並に強力な機体。荷電粒子砲を装備しているが、デスザウラーではあったタイムラグが無く、強力な格闘攻撃を連続で使用出来るため、使い方によってはデスザウラー以上に強力なゾイドと成りうる。
格闘の威力が高い+ゲージの回復も速い。初心者でも上級者と互角以上に戦える性能を誇る。
機動力が高く設定されているが、その分防御力は大分低めに設定されており他のゲームの様な耐久力は無い。
追加武装無しでも多数の火器を使える。設定上装備されているが、Eシールドやブースターは再現されていない。
ムラサメライガーシノビカスタム(X:レッド Y:ムラサメライガーカラー)
格闘EX:連続攻撃 射撃EX:3連キャノン 追加武装EX:ブレイドホーク
本作オリジナルゾイド。ステルス能力を有し、俊敏な動きで戦うさまはさながら忍者のようである。カスタマイズ不可。
追加武装の手裏剣は射撃以外にも、Yボタンを押し続けることによってブレードの様に攻撃したり、一応シールドとしても使うことが出来るので荷電粒子砲を防ぐことも出来る。
タメ格闘は姿を消して移動でき、その間相手のロックオン速度を下げることが出来る。ただし透明なだけで攻撃は当たる。
追加武装EXは、無数に分身したブレイドホークによる連続攻撃。凱龍輝の飛燕と類似しているが、相手の動きを封じることに特化した飛燕と違い、動きを封じると同時にダメージを与えることも出来る。ムラサメライガーとしては扱われていないので特定のキャラによる専用ボイスは無い。
本来ショップで、ビームガトリング(以下BG)を購入すると出現するダークホーンとダークホーンWBが、購入未購入問わずストーリーモードのクリアで出現することがあるバグが存在する。
この時、BGの購入フラグ(否入手フラグ)が同時に発生してしまい、ショップで購入済状態にあるにもかかわらず、ゾイドに装備させることが出来ないという現象が発生する。1度このバグが発生してしまうと、そのセーブデータではBGを絶対に使用することができない。このバグを回避するには、ストーリーモードを遊ぶ前にBGを購入し正規手段でダークホーンを出現させる必要がある。BGをショップに入荷させるには ZiファイターズモードのFinal Roundにランダムで出現するリノンを倒し、使用可能にすれば良い。