西日本ジェイアールバス
園福線:園部駅 - {丹波公園センター}  -  市ノ谷  -福知山駅:2015年12月11日、「PiTaPa」を導入し、ICOCAをはじめとする「交通系ICカード全国相互利用サービス」(ICOCAのほか、Kitaca・Suica・PASMO・TOICA・manaca・SUGOCA・nimoca・はやかけんも利用可能)にも対応した。
西日本ジェイアールバスは2022年12月22日付で「路線維持に最大限努めてきたが、利用者数の低迷が変わらないこと・運転士確保も厳しい状況の為、京都府生活交通対策地域協議会に対して、このまま園福線の運行を維持することは困難であることを申し出た」旨を公式サイトで発表した。12月27日、西日本JRバスと京都府・沿線自治体は今後についての協議会を開いている。
名金線:(金沢 - )不動寺 - 古屋谷 - 川合田温泉 - 福光
2019年11月18日から、富山県内のバス事業者(富山地方鉄道、加越能バスなど)とともにスマートフォンなどで位置情報を提供するバスロケーションシステム「とやまロケーションシステム」の運用を開始した。また、これをベースに2020年8月26日からYahoo! JAPANのスマートフォン用アプリ「Yahoo!乗換案内」でも位置情報を提供していた。いずれも名金線の富山県内の区間に限り提供され石川県内は提供対象外だったため、富山県内の区間を廃止した2022年6月30日をもって終了した。
2022年7月1日:不動寺 - 福光間を廃止。
牧線:(金沢 - 山王口) - 小二又
2022年7月1日:山王口 - 小二又間を廃止し、残存区間は東長江線に改称。
中尾線:(金沢 - 堅田町 - )<深谷元湯 - 加賀朝日 / 鳴瀬 - 小池> - 中尾(残存区間は深谷温泉線に改称)
2022年7月1日:不動寺 - 鳴瀬 - 小池 - 中尾間および深谷元湯 - 加賀朝日 - 千谷口間を廃止し、残存区間は深谷温泉線に改称。
医王山線:(金沢 - 橋場町・ひがし茶屋街 - 森本駅 - 堅田町 - )不動寺 - 古屋谷 - 加賀二俣 - 田の島
2022年7月1日:廃止。
奥能登線:穴水駅 - 宇出津駅 - 珠洲駅 - 木ノ浦
太美山線:福光駅 - 西太美 - 太美山 - 越中吉見 - 立野脇
若江線:小浜駅 - 小浜新港、小浜駅 - 湯岡橋 - 上中 - 大鳥羽駅前 - 田烏(たがらす)
名田庄線:小浜駅 - 湯岡橋 - 須縄 - 上中井 - 谷口 - 名田庄中学前 - 井上(いがみ) - 納田終(のたおい)、小浜駅( - 湯岡 - 谷田部 - 上中井) - 湯岡橋 - 須縄 - 上中井 - 谷口 - 中名田小学校前 - 小屋
池河内線:小浜駅 - 湯岡橋 - 東市場 - 池河内(いけのこうち)
西津線:小浜駅 - 西津公民館前 - 甲ヶ崎口転向場 - 内外海学校前( - 泊口 ) - 矢代
琵琶湖線・柳ヶ瀬線:近江今津駅 - 木ノ本駅 - 中ノ郷 - 柳ヶ瀬 - ( 杉箸 - )刀根 - 疋田 - 鳩原 - 敦賀駅
杉津線:敦賀駅 - 気比中前 - 獺河内(うそごうち) - 新保
杉野線:木ノ本駅 - 杉本 - 金居原
亀草線:草津駅 - 三雲駅 - 水口新町 - 新水口 - 岩上遊園地 - 近江山内 - 鈴鹿峠 - 伊勢坂下 - 関 - 朝明山 - 亀山駅、三雲駅 - 水口新町 - 新水口 - 岩上遊園地 - 近江山内 - 大河原
八幡線:近江八幡駅・近江八幡南口 - 名神竜王口 - 山之上 - 竜王ダイハツ前 - 近江下田 - にごり池 - 東陶前 - 三雲駅
近城線:奈良駅 - 木津駅 - 加茂駅 - 近城岡崎 - 清水橋 - 石倉橋 - 信楽駅 - 紫香楽宮跡前 - 貴生川駅 - 水口新町、加茂駅 - 近城岡崎 - 清水橋 - 小杉、石山駅 - 南郷洗堰 - 石倉橋 - 信楽駅
当尾線:加茂駅 - 南加茂台1丁目 - 西畑口 - 岩船寺前 - 浄瑠璃寺前 - 西小(にしお) - 南加茂台1丁目 - 加茂駅
京鶴線:周山 - 下中 - 丹波上川 - 安掛(あがけ) -( 宮脇 - ) 静原 - 鶴ヶ岡 - 丹波福居、周山 - 下中 - ゼミナールハウス - 鳥谷、京都駅 - 栂ノ尾 - 杉阪口 - 杉阪
山国線:周山 - 山国 - 井戸( - 小塩 ) - 上黒田 - 灰屋
平城山線(青山住宅系統、左京朱雀循環系統)
五新線:新宮駅 - 請川 - 熊野本宮 - 本宮大社前 - 七色 - 十津川温泉 - 折立
熊野線:紀伊田辺駅 - 鮎川新橋 - 栗栖川 - 湯の峰温泉 - 熊野本宮
阪本線:五条駅 - 城戸
園福線:路線を廃止に合わせて、京都交通が路線を引受けも模索だが、高速バスではない一般路線バスを亀岡直通が認可になれば引受けを濃厚になる。
園部駅 - 桧山 - 三和 - 長田野 - 福知山駅の路線と、支線の桧山 - 丹波梅田 - 鎌谷奥は廃止を模索
(支線の桧山 - 丹波梅田 - 鎌谷奥の路線、桧山 - 丹波長野 - 下山駅の路線は既に廃止)
神戸三田プレミアム・アウトレット京都号 : 2019年3月31日の運行をもって廃止。
USJ直通バス(尼崎線、奈良線)
新大阪駅 - 京阪守口市駅(新幹線シャトル守口号) ※2001年3月20日~同年9月30日の運行
新神戸・三宮 - 高知駅(高知エクスプレス神戸号) ※2005年3月25日のダイヤ改正で高知エクスプレス(大阪)に統合
堺駅- 筑前前原駅(サザンクロス博多号)
堺駅 - 松山駅(どっきん松山号)
ドリームなんば・堺号 ※2008年7月1日から南海バスの単独運行となる
京都駅・大阪駅 - 新宮駅(ルナメール号)
大阪駅桜橋口・桃山台駅・京都深草 - 浜松北・静岡IC・静岡駅(京阪神昼特急静岡号)※2011年10月1日よりJR東海バス単独運行で復活。西日本JRバスは大阪側の予約・発券・運行支援業務のみ。
大阪駅 - 三ノ宮駅 - 岡場駅 - 宝塚インター - 大阪駅
大阪駅 - 宝塚インター - 岡場駅 - 三ノ宮駅 - 大阪駅
大阪駅 - 南海堺駅 - 南海堺東駅 - JR堺市駅
大阪駅 - 名神高槻 - 京都駅
伊吹山号(季節運行)
新神戸駅・三宮バスターミナル(兵庫県神戸市中央区)と田辺駅前・アドベンチャーワールド(和歌山県西牟婁郡白浜町)との間を結んでいた昼行高速バス。明光バスと共同運行。先行して運行を開始した白浜・大阪間の高速バスが好調であり、利用者側からの要望もあったことから、この路線が設定されたが、2009年9月30日の運行をもって廃止。
阿南エクスプレス号:2009年10月1日よりJR四国バス単独運行、2010年6月30日の運行をもって廃止。
鳴門・淡路エクスプレス号:2010年1月21日の運行をもって廃止。
大阪・なんば・新神戸・三宮・高速舞子 - 淡路島内神戸淡路鳴門自動車道上各BS(本四安乎・志知を除く)・陸の港西淡・福良(うずしおドーム前)・鳴門駅・大塚国際美術館・鳴門観光汽船前
ETC大幅割引の影響もあり、2010年1月21日の運行をもって廃止された。運行期間は5年1ヶ月余りで京阪神 - 徳島間を結ぶ高速バスでは初の廃止路線となった。運行回数は本四海峡バス、西日本JRバス5往復づつ。
2004年12月17日 - 「鳴門・淡路エクスプレス大阪号」運行開始。
2005年7月15日 - 「鳴門・淡路エクスプレス神戸号」運行開始。
2007年3月16日 - 「鳴門・淡路エクスプレス号」として運行開始。
2010年1月21日 - この日の運行をもって廃止。大塚国際美術館は2021年3月2日より、前述の阿波エクスプレス大阪号・神戸号の一部便停車で対応。
ユニバーサルシティ駅・USJ - 大阪国際空港:2010年6月30日限りで撤退。
山陽道昼特急博多号:2011年3月31日の運行をもって休止。
観音寺エクスプレス大阪号:2011年5月31日をもって撤退。ジェイアール四国バスの単独運行となり、神戸線と統合された。
ユニバーサルシティ駅・USJ - 関西国際空港:2011年9月30日限りで撤退。
神戸 - 津山線:2013年7月13日に運行開始したが、2015年3月31日限りで運行休止。
新神戸駅 - 神戸三田プレミアム・アウトレット間および吉川インター - 津山駅間のみの利用はできなかった。
京都びわこドリーム号:2019年11月11日運行便より「ドリームさいたま号」と路線統合され廃止。
ドリームさいたま号:2020年11月30日出発便をもって運行休止。(新型コロナウイルス感染拡大の影響により、同年4月11日から運休していたため、同年4月10日が事実上の最終運行日となった。)
浜松エクスプレス大阪号:2020年11月30日の運行をもって休止し撤退。遠州鉄道の単独運行となる。
有馬エクスプレス京都号:2020年11月30日の運行をもって休止。
神戸 - USJ線 :2020年11月30日の運行をもって休止。
三宮BT - ユニバーサル・スタジオ・ジャパン
津山エクスプレス京都号:2020年11月30日の運行をもって休止。
〜海の京都〜舞鶴赤れんがエクスプレス号 ※2020年12月1日から京都交通の単独運行となる。
鳥取エクスプレス京都号 ※2020年12月1日から日本交通の単独運行となる。
米子エクスプレス京都号 ※2020年12月1日から京阪バスと日本交通の共同運行となる。
京都駅ー米子駅・米子営業所
出雲エクスプレス京都号・出雲縁結びドリーム京都号 出雲縁結びドリーム京都号は2020年11月30日の出発便をもって運行休止。出雲エクスプレス京都号は同年12月1日から中国ジェイアールバスの単独運行となる。
自社運行ではないが、近鉄バスの大阪定期観光バス『OSAKA SKY VISTA』は大阪駅JR高速BTを発着地としており、西日本JRバスが予約・発券業務を行っている(高速バスネットにも収容。また、折り返しの際の待機場所として大阪北営業所が使われている)。
営業エリアは大阪府、京都府、石川県であり、貸切車数は16両(平成29年3月現在)である。営業窓口は金沢営業所、京都営業所、大阪高速管理所、大阪北営業所となっている。
公益社団法人日本バス協会の「貸切バス事業者安全性評価認定制度」において、2015年9月15日に最高ランクの｢三ツ星｣に認定されている。
ダブルデッカー車やグランドリーム仕様車の貸切も対応している。
2018年には「なにわのカリスマ添乗員」として有名な平田進也(日本旅行)を貸切営業部長として招聘、新ブランド「めぐりしあ」を立ち上げた。
子会社の西日本JRバスサービスでも貸切バス事業を行っている。
国鉄バス時代は、近畿地方自動車部エリアは三菱・いすゞ、中部地方自動車部エリアは日野・日産ディーゼル(当時、現「UDトラックス」)車が多く、このため民営化後の車両導入も三菱・いすゞ車が多い。エアロキングの生産終了以降はふそう車の導入が途絶え、暫くはいすゞ車で統一されていたが、2018年のエアロエース導入を機に現在は導入が再開されている。
1993年には「ドリーム号」用として、日本で初めてヨンケーレ車を導入したのをきっかけに日産ディーゼル車の導入が続き、ヨンケーレ・モナコは製造終了まで継続的に導入した。1997年には日産ディーゼル・フィリピンのユーロツアーも導入している。また、ドリーム号向けには初の日本国外メーカー製の車両としてボルボ・アステローペも導入している。2006年からはJRバス関東からのリースにより、ネオプラン・メガライナーを「青春メガドリーム号」専用車として導入している(同型車の火災事故の影響で2009年3月に廃車)。2019年(令和元年)からは、久しぶりの輸入車として、スカニア・J-InterCityDDが導入された。
一般路線車では新車導入だけでなく、中古車の導入も行われていた(ただし、現在は路線削減等により全車引退している)。
JRバスの中で唯一、国鉄バス時代からのトレードマークであるツバメを消した会社であった(同じJR西日本グループに所属する中国ジェイアールバスではそのまま継承した)が、高速バスについては2004年3月よりシンボルマークとして復活させている(同時に、ダブルデッカーについては一部デザインも変更されている)。ただし、国鉄バス末期のものをそのまま踏襲したJRバス他社とは異なるオリジナルデザインである(色も黒ではなく青色のいわゆる「ブルーツバメ」。国鉄デザインを採用しているジェイアールバス関東から移籍したエアロキングもオリジナルデザインのものに貼り替え)。なお発足当初、動輪に翼を組み合わせたマークが車両正面に取り付けられていたことがある(阪本線の画像を参照)が、後年青いJRマークに変更されている(ただし、制帽のマークについては現在も動輪&翼のマークを継承している)。
当初は全ての車種で同一の塗装パターンとなっていたが、現在では貸切・高速車は新デザインへの移行が進んでおり、ほとんどの塗装パターンにおいて、国鉄バスのブルーに加えてウエンズ(JR西日本の旅行商品名)ピンクと呼ばれるピンクがシンボルカラーとして用いられている。一時期、ダブルデッカーには専用デザインを採用したが、これは天球儀をイメージしたデザインに、ウエンズピンクのチューブ状文字で「Dream Liner」と表記するという、かなり派手なものであった。これ以後も、プレミアムドリーム号・青春メガドリーム号専用車ではロゴが大きく入っている。
2014年のグランドリーム号の運行開始以降は他路線で使用されている通常の3列シート車両についてもグランドリーム車両で代替される傾向にある。
一般路線車では2015年導入の車両から「ブルーツバメ」を入れた新デザインが採用されている。
高速車には「JRハイウェイバス」の文字が入っているが、その「JRハイウェイバス」は西日本ジェイアールバスの登録商標(第3062137号)である。
一部を除き、基本的には国鉄バスの車両称号をそのまま使用している。ボルボ・ネオプラン等の輸入車に付いては、未使用だった「9」を使用している。
1…車体幅2300mm以下かつ全長7000mm未満(マイクロバス)
2…車体幅2300mm以下かつ全長7000mm以上8400mm未満(中型バス)
3…車体幅2300mm以下かつ全長8400mm以上9000mm未満(中型バス)
4…車体幅2300mm超かつ全長9000mm以上10000mm未満(大型ショート系)
5…全長10000mm以上(大型バス)
6…観光・高速
7…高速(ダブルデッカー)
1…横向き座席
2…混合(半分以上が前向き)
3…前向き座席
4…リクライニングシート
1…いすゞ
4…三菱ふそう
7…日野
8…日産ディーゼル(当時、現「UDトラックス」)
9…輸入車
長らく西暦の下1桁を表記していたが、2015年度導入分から関東・東海などと同様に下2桁を表記するようになった。なお、既存車両の改番はなされていない。
4…冷房・板ばね
9…冷房・空気ばね
01~49と71~99は主に路線車・51~69は貸切車
上記の法則により、「749-20936」は、「高速路線向け リクライニングシート装備車両でスカニア製 2020年式で冷房付 エアサス車」における36号車ということになる。
にしばくん。
2018年3月1日の会社発足30周年を記念して公式マスコットキャラクター「にしばくん。」がデビューした。両耳と鼻にある3つのハートがある可愛らしい柴犬のキャラクター。グッズなども発売されている。