熊本電気鉄道
交通センター - 林原 - 来民 - 山鹿(月 - 土曜のみ)
あんずの丘線(土日祝日のみ) 2008年10月休止(2009年3月廃止)
交通センター - 林原 - 七城役場前 - 水辺プラザ - あんずの丘
旭志線(2008年10月休止、事実上廃止)(2009年3月廃止)
※田島 - 岡 - 佐野 - 平江 - 孔子公園 - ※泗水 - ※高江 - 桜山 - 住吉 - 伊坂 - ※伊萩 - ※姫井 - ※小川
田島 - 孔子公園間は平日のみ運行であったが、2007年以前に廃止。
野々島線(2008年10月休止、2009年3月廃止)
辻久保 - 野々島 - 御代志(平日のみ運行)
一部ダイヤは、そのまま熊本北高校発着(上須屋・城北校前経由・スクールダイヤ)
三里木経由竹迫線(子10)(2008年10月休止、2009年3月廃止)
交通センター - 水道町 - 子飼橋 - 熊本大学前 - 竜田口駅前 - 二里木 - 三里木 - 鉄砲小路公民館(復乗) - 合志市役所 - 竹迫 - 中林 - 高江 - 泗水(孔子公園)
合志市役所発着(2008年10月休止、事実上廃止)
※交通センター - 水道町 - 藤崎宮前 - 三軒町 - 北熊本 - 堀川 - 新地団地(花立車庫) - 武蔵ヶ丘北口 - すずかけ台 - 泉ヶ丘団地 - 群 - 合志市役所
四方寄線(2008年10月休止、2009年3月廃止)
※3系統あり
※交通センター - 水道町 - 藤崎宮前 - 三軒町 - 北熊本 - 堀川 - 古閑 - 四方寄(北5)
※交通センター - (この間上記と同一経路) - 北熊本 - 堀川 - 葉山団地 - 四方寄(北5)
※交通センター - (この間上記と同一経路) - 北熊本 - 山室 - 化血研前 - 機能病院前 - 葉山団地 - 四方寄(北4)
杉水・津留線(平日のみ運行)(2009年3月廃止)
津留行き(楠団地発)
楠団地 - 武蔵塚駅 - 武蔵ヶ丘車庫 - 南ヶ丘小学校 - 永江団地 - 南群 - 群 - 合志市役所 - 竹迫 - 杉水 - 旭志小学校 - 津留
津留発(御代志行)
御代志 - 辻久保 - 原口 - 竹迫 - 杉水 - 津留
山鹿 - 菊池 - 大津線
2006年3月1日より運行開始。ジェイアール九州バス山鹿線を引継いだもので、産交バスと共同運行だった。2010年4月1日よりTO熊カードが利用できるようになったが、2011年9月30日で電鉄バスが撤退し、産交バスのみの運行となる。
武蔵塚駅 - すずかけ台 - 泉ヶ丘団地 - 黒石原 - 黒石団地 - 御代志 - 農業公園
国道・堀川・七城経由菊池線(北2)
交通センター  -  通町筋  -  藤崎宮  -  男女共同参画センター  -  堀川  -  野々島  -  田島  -  林原  -  七城総合支所  -  野間口  -  菊池プラザ
交通センター  -  通町筋  -  藤崎宮  -  男女共同参画センター  -  堀川  -  御代志  -  辻久保  -  泗水  -  林原  -  七城総合支所  -  野間口  -  菊池プラザ
高江 - 林原 - 山鹿バスセンター
※3系統あり
県33…菊池温泉から合志市(旧西合志町域)・国道3号線を経て県庁・県会議事堂に至る系統。
県34…合志市(旧合志町域)から新地団地・堀川・三軒町を経て県庁・県会議事堂に至る系統。
県35…合志市(旧合志町域)から楠団地・清水ヶ丘・三軒町を経て県庁・県会議事堂に至る系統。
これらは従来平日のみの運行としていた。のちにこれらは菊池・合志方面からの直通は廃止され、県33として藤崎宮駅前からの始発に短縮された。但し、県会議事堂から合志市方面への折り返し便(北5.北9)は引き続き平日のみの運行として存続している。
特急バス「きくち温泉Go!」(2013年3月廃止)
熊本駅前 - 交通センター - 通町筋 - 藤崎宮前 - 南小学校前 - 御代志 - 辻久保 - 泗水・孔子公園前 - 菊池プラザ - 菊池温泉
※表記停留所以外は停車しない
2011年3月12日に九州新幹線が全線開業するのを機に、菊池市へのアクセスの利便性向上ならびにさらなる観光客誘致を目的として同年2月11日より運行開始。1日4往復の運行で、熊本駅において新幹線との接続も考慮したダイヤにもなっていて、熊本 - 菊池間の所要時間は通常便に比べて20分ほど短縮。運賃は通常便と同額。一般観光タイプの大型ハイデッカー車両が使用され、車体には専用のラッピングが施されていた。2013年2月10日限りで廃止された。
九州産交バス・熊本バス・熊本都市バスとの共同運行バス路線。2009年9月1日より2010年3月31日までの熊本市との連携による実証走行を経て、翌4月1日より本格運行となった。2017年3月31日限りで当社は運行から撤退し、以後は残り3社により1日11往復平日のみの運行である(土日祝日は運行しない)。
北バイパス線(E1-3、4)
桜町BT - 子飼橋 - 熊本大学 - 北バイパス - 楠団地 - 武蔵ヶ丘車庫前(E1-3)
武蔵ヶ丘車庫前 → 武蔵塚駅前 → 北バイパス → 熊本大学 → 子飼橋 → 桜町BT(E1-4 平日朝のみ運行)
上記の北バイパス線が桜町BTまで運行していた際は、案内番号にE1が与えられていた。
高平団地線(B1-4)
高平南公園 → 津浦町 → 寺原横町 → 浄行寺(薬園町)
高平団地線の入出庫系統、2021年3月31日を以て廃止された。
1990年から神戸市・姫路市と熊本市を結ぶ夜行高速バス「ユウヅル号」を山陽電気鉄道(現:山陽バス)と共同運行していたが、1998年3月30日に廃止されている。その後、2007年4月1日から9月30日の期間限定で金・土・日曜日および祝日に福岡市と山鹿市・菊池市を結ぶ昼行高速路線を西日本鉄道・九州産交バスと共同運行していたが、これも運行期間満了により運行終了しており、2007年10月1日以降は高速バスに参入していない。
都心部循環バス(ゆうゆうバス) <熊本市>
2001年(平成13年)から2005年(平成17年)3月までにおいて熊本市交通局・九州産交バス・熊本バスと共同運行していた。その後、藤崎宮環状線(2011年3月より「まちめぐりん」)として当社単独にて運行していたが、こちらも2012年3月31日の運行を以って終了した。
合志市内循環バス <合志市>
2002年(平成14年)に旧西合志町内巡回バスとして運行開始し、2006年(平成18年)に合併によって合志市内循環バスに改称。5路線まで拡充されたが、その後合志市公共交通手段策定の一環として2010年(平成22年)に運行開始したレターバスと重複する箇所もある点などにより2011年(平成23年)に2路線に整理、さらに2020年(令和2年)の大幅再編に伴い残る2路線も廃止された。現在は5路線すべて乗合タクシーに移行している。専用車は他の路線と異なり、手動式の運賃箱が搭載され、自動放送装置・整理券発行機・運賃表示器・ICカード読取機が設置されていない車両が使われた。
2011年3月から2014年3月まで、熊本市の桜の馬場 城彩苑 - 熊本城(頬当御門)を結ぶシャトルバスの運行を、九州産交バスと共同で担当していた。
日本国内大型4メーカー全社の車両を使用している。かつて車体は西日本車体工業製が中心であった。近年はノンステップバスの導入が進む一方、中古車の購入も多くなっている。
塗装は一般路線車は白地に赤・青の帯であるが、2000年代導入のノンステップ車を中心に黄色地に熊をモチーフにした熊本電鉄のマスコットキャラクター「アイミーくん」のイラストを入れた塗装となっている車両もある。貸切車は白地に濃紺、赤色濃淡4色の帯である。
2016年には8年ぶりの新車となる三菱ふそうエアロスター (QKG-MP38FK) が導入された。この車両から新塗装となり、白をベースに3本の紺と1本の赤の帯が入るシンプルなデザインとなっている。また社名表記も、従来の漢字(熊本電鉄)と英字 (KUMADEN) から英字のみに変更された。
運賃表示器は交通電業社製のデジタル方式が導入されている。整理券発行機は小田原機器製を採用している(整理券発行機はSAN-V型、ただし一部車両には感熱方式のSAN-VT型を導入)。かつては運賃箱も小田原機器製のものが採用されていたが、2015年4月1日からの熊本地域振興ICカード(くまモンのICCARD)導入に伴い、電車同様レシップ製の新型運賃箱に置き換えられた。
かつては熊本 - 菊池間の路線で2階建てバスの日産ディーゼル・スペースドリームを運行していたが、1994年(平成6年)頃に廃車となった。一般路線への投入という点で日本国内では希少な例である。
京成バス→ちばシティバス
大阪市営バス(現・大阪シティバス)
美山町営バス(現･南丹市営バス)
不動産業、保険代理店、自動車整備事業などを行っている。
かつてはタクシー事業も行っていたが、子会社の熊本電鉄タクシーに移管され、2014年(平成26年)12月1日にはミハナタクシー傘下へ移管、社名も菊熊タクシーとなり、2021年(令和3年)4月1日に菊熊タクシーを含むミハナグループ3社と熊本県内全域においてタクシー事業を中心に営む肥後交通グループ7社の計10社が対等合併した事によって、現在は「TaKuRoo(タクルー)」となっている。
また、書店「あみゅ〜ず」の経営を行っていたが、市街中心部に大型書店の進出が相次いだため、2007年(平成19年)6月末をもって閉店した。その他、中華レストラン「一品香」や藤崎宮前駅前にある熊電プラザビル最上階に温泉施設「藤崎温泉 天望の湯」などの経営も手掛けていたが、いずれも閉店している。
菊池グランドホテル - 菊池温泉の大型旅館
デイサービスきくりん - 通所介護施設
熊本電鉄観光 - 損害保険代理業、広告業