YS-11
大韓航空が310型を4機、オーストラル航空が309を3機、トランスエアが306を2機、エアアフリクが302・314を1機ずつ、ガボン政府が318を1機、日本国内航空が307を1機、航空自衛隊が305を1機、海上自衛隊が1機(320→625として納入)採用、その他リース機として生産された。多くは600型に、その後にカーゴへ改造された。
後ろから乗るYSとして、YSのマイナーチェンジタイプとしては最も異彩を放った存在であった。
生産機体番号 - 2124、125、150、151、160-162、174
YS-11Aの貨物専用機である。航空自衛隊に7機(402型)と海上自衛隊に1機(404型)が納入されたが、民間からの受注はなかった。胴体後部左に横3.05m・縦1.83mのスライド式カーゴドアを設置、床は全面補強を行い、44席のパッセンジャーシート、3人がけのトループシート14基(42席)を設置可能、担架は24台を輸送できる。航空自衛隊では小型物資投下ドアも設置されている。
生産機体番号 - 2122、153、156、179
改造機体番号 - 2050 - 57、61、62、64、65、69、75、77 - 79、81、91、92、94 - 99、109、111 - 114、117 - 122、126、127、131、141、142、147、149、152 - 154、156、157、163、165、166、176、178
YS-11A-200のエンジンを542-10Kに換装し、ペイロードを500kg増加した機体。最大離陸重量も増加したため、運用能力が向上した。ピードモントが1機(205/500)、オリンピックが2機(220/500)、フィリピン航空が1機(523)採用した。また、200のうち54機が改造された。最後まで残った日本エアコミューターの4機はこのタイプである。日本ではJA8766(製造番号2142)・JA8768(製造番号2147)の機体が最後の最後まで使用され、ファイナルにはJA8766が使用されていた。このシリーズには後にオートパイロットやTCASなどの追加装備を施したものも存在している。
生産機体番号 - 2104、140、169 - 173、180、181
改造機体番号 - 2070、71、72、73、89、106、128、182
YS-11A-300のエンジンを542-10Kに換装し、ペイロードを500kg増加した機体。最大離陸重量も増加したため、運用能力が向上した。海上自衛隊がT-Aとして2機(320/624)、ペリタ・エアサービスが2機(320/623)、リーブ・アリューシャン航空が2機(320/623)、ソシエテ・ジェネラル・アリマンタシオンが1機(321/627)、ガボン政府が1機(321/621)、ポーラック・インドネシアが1機を採用した。また、300のうち8機が改造された。
このタイプも-300同様、搭乗の際は後ろ側から乗り込む形となり、全日空のラストフライト機にはこのタイプが使用された。
改造機体番号 - 2101、102、103、108、115、116、133、146
YS-11A-200のエンジンにMk543を搭載、高気温・高地運用時の片発上昇性能が向上したことで、離陸重量制限が緩和された。開発段階ではYS-11Rであり、1972年(昭和47年)7月に型式証明を取得した。全日空の213のうち、8機が改造の対象となった。
改造機体番号 - 2050 - 53、56、62、70-73、75、77、86-88、104-106、113、114、117、120、129、139、140、154、169、170、171、173
YS-11Aの第3次カスタマーが運航している、YS-11の最終形態と言える機体である。その名の通り全室貨物機であり、200/300/500/600のうち、最後まで残った機体の中から30機が改造された。
赤字が問題になっていた日航製だったが、通産省の主導で1967年(昭和42年)頃より、YS-11の後継機種(YX)の構想を練っていた。1970年(昭和45年)には二つの派生型まで用意していた。しかし翌年末の1971年(昭和46年)に政府決定によりYS-11が生産中止となったため、計画も放棄された。
YS-11J
YS-11のリージョナルジェット タイプ
全長29.5m、全幅32m、全高8.5m。
主翼の上にロールス・ロイス/スネクマ(SNECMA) M45Hターボファンエンジンを搭載、後退尾翼に改造し、最高高度7,620m(2万5千フィート)航続距離2,100km、巡航速度650km/hを目指した。設計図や当時の詳細パンフレットなども残っており、ジェット機は通常翼の下部分にエンジンがあるが、この機体の  ではエンジンを翼上に搭載したタイプである。
YS-11S
YSX YS-11の短距離離着陸 (STOL) タイプ
全長28.8m、全幅29m、全高7.3m。
エンジンを4基搭載、尾翼を大幅に改造して、航続距離900km、600m級の滑走路で離着陸が可能とされた。1970年(昭和45年)にアメリカン航空が、短距離の都市近郊路線へのSTOL機導入のため、1974年(昭和49年)に国際競争入札すると発表したことから計画した。入札内容は47席以上のコミューター機、開発費のかからないもの、20機から300機を購入するとしていた。候補に選ばれたのは日航製のほか、ホーカー・シドレー、コンベア、デ・ハビランド・カナダ、マクドネル・ダグラス。
YS-33
1967年(昭和42年)に通産省がYS-11の後継機種(YX)として研究を開始した。1968年(昭和43年)に90席前後のターボジェット機として構想され、市場調査と基礎設計を開始した。1969年(昭和44年)に「YS-33」と呼ばれるようになり、1300mの滑走路で離着陸性能を持つ90席前後の機体で、3発ジェットエンジンのDC-10に似た  となった。1970年(昭和45年)に構想は更に大型化して、180席クラスのロールスロイス・ターボファンエンジン換装の機体にまで拡大した。ロールスロイス社がエンジンの開発を中止したことや、開発予算が膨らんだことに加え、日航製の赤字問題で1971年(昭和46年)に開発が中止された。
この研究は後に締結されるボーイング社との国際共同開発の基礎となった。
合計182機(国内民間機75機、官庁34機、輸出13カ国76機など)が製造され、日本をはじめとする各国の航空会社や政府で使用された。一方で日本国内だけで4件の事故(うち墜落3件)を起こした。
日本国内ではローンチ・カスタマーとなった全日空で1970年代30機の保有がピークとなり、1980年頃より順次退役し、1991年(平成3年)8月31日の新潟 - 仙台間・ANA720便が最後の運航となった。一方、1971年(昭和46年)に日本国内航空(JDA)と東亜航空(TAW)が合併した東亜国内航空(TDA)では、1980年代には42機を保有する最大のオペレーターとなっていた。既に機体は生産中止となっていたことから、日本国外の中古機を買い戻して逆輸入し調達していた。これはTDAが抱える低需要のローカル線を中心とした多くの路線が、騒音問題や空港施設の関係などから、YS-11に依存しなければならなかったことが理由である。
しかし、経年と共に整備費用(維持費)が上昇したことで、YS-11の経済効率の悪さが顕著になって行き、搭乗率が高くとも運航経費の上昇で赤字となる路線が多かった。1975年(昭和50年)の整備費の指数を100とすると、1977年(昭和52年)には193.7、1978年(昭和53年)に228、1979年(昭和54年)には249.1となり、加えて、燃料費の高騰、公租公課の上昇と、経済性は下がる一方となり、YS-11の就航路線で黒字を計上する例は僅かとなり、ほとんどが赤字路線へと転落、1994年(平成6年)3月8日の南紀白浜 - 東京便を最後に同社(JAS)から引退し、日本の大手航空会社からは姿を消した。
日本国内の民間航空機としては引退したが、その頑丈なつくりのため自衛隊では現役にあり続けるものも少なくなく、2000年代になってもタイやフィリピンなどの発展途上国ではまとまった数の機体が各航空会社で活躍していた。また、ギリシャでは、海運王アリストテレス・オナシス率いるオリンピック航空への輸出機が転籍を経て、現在もギリシャ空軍機として使用されている。政府専用機として国家元首の移動に使用された機体もある。また、大韓航空にリースされた1機はハイジャックされ北朝鮮に抑留状態となり、その後中華人民共和国の整備工場にて修理が行われているものの、用途や以降の消息は不明である(大韓航空機YS-11ハイジャック事件参照)。
日本国内の官庁向けでは、10機が海上自衛隊、13機が航空自衛隊、5機が海上保安庁、6機が国土交通省(旧運輸省)航空局に納入され、通常の輸送任務のほか練習機や各種任務機として配備運用されている。航空自衛隊ではC-1輸送機導入までのつなぎとして導入したのが始まりだが、後にエンジンをより強力なゼネラルエレクトリック(GE)製のT64に換装して性能を向上したYS-11EA/EBが登場した。これらは俗に「スーパーYS-11」と呼ばれる。1990年(平成2年)海上保安庁のYS-11「おじろ」は樺太(サハリン)から全身火傷のコンスタンティン・スコロプイシュヌイを搬送する作業に使用された。
日本国内の民間航空会社においては、日本の航空法が設置を義務付ける空中衝突防止装置(TCAS)が搭載されていないため、機体寿命より早く引退した。特例期間として2003年(平成15年)9月30日まではTCASの装備なしでも飛行可能であったが、当時運航していた2社の内、エアーニッポン機材は同年8月31日をもって全機退役させることになり(最終フライトはJA8772で女満別から新千歳)、日本エアコミューターはTCASの簡易版である空中衝突警報装置(TCAD)の装備により、法律上は2006年(平成18年)12月31日まで運航可能の特例が認められた。上記によって2004年(平成16年)には、日本国内において就航させていた航空会社は日本エアコミューターのみとなり、2006年(平成18年)9月30日に法律上の期間を満了することなく全路線から撤退した。
また、TCAS設置が義務付けられていない自衛隊においては、航空自衛隊にて現役で使用されているほか、日本航空学園では地上訓練用の教材として現役を続けている機体が存在する。
日本の主要航空会社の他、アジア、南北アメリカ、ヨーロッパ、アフリカの航空会社に新造機として導入された他、ギリシア政府やフィリピン政府専用機および空軍機としても運航されていた。その後転売を重ねられた機体も多く、2020年1月現在、各国の航空会社で運航されている機体は1-3機程度とみられ、その他に同数程度の機体が動態保存されているとみられる。
日本国内航空・東亜航空→東亜国内航空→日本エアシステム(現日本航空):後に日本エアコミューターへ転籍した機体がある。
日本航空(ウェットリース)
全日本空輸(ローンチカスタマー):後にエアーニッポンへ転籍した機体がある。
南西航空(現日本トランスオーシャン航空)
中日本航空(試作2号機を運用:旅客定期便ではなく資源調査のための空中磁気探査に使用された)
大韓航空(大韓民国、新造機導入)
中華航空(中華民国、新造機導入)
フィリピナス・オリエント航空(フィリピン、新造機導入)
エアー・フィリピン(フィリピン、新造機導入)
フィリピン航空(フィリピン)
アボイティス航空(フィリピン)
アジアン・スピリット航空(フィリピン)
フィルアジアエアウェイズ(フィリピン)
サウス・フェニックス航空(フィリピン)
プーケット航空(タイ王国)
エア・フェニックス(タイ王国)
ブーラク航空(インドネシア、新造機導入)
マンダラ航空(インドネシア、新造機導入)
メルパチ・ヌサンタラ航空(インドネシア、新造機導入)
ペリタ・エアサービス(インドネシア、新造機導入)
オリンピック航空(ギリシア、新造機導入)
Mey-Air(ノルウェー)
VASP航空(ブラジル、新造機導入)
クルゼイロ航空(ブラジル、新造機導入)
ヴァリグ・ブラジル航空(ブラジル)
アルゼンチン航空(アルゼンチン、新造機導入)
アラ航空(アルゼンチン、新造機導入)
アウストラル航空(アルゼンチン)
LANSA航空(ペルー、新造機導入)
アエロダン(メキシコ)
アエロシエラ・デ・デュランゴ(メキシコ)
エア・カリビアン(トリニダード・トバゴ)
アルバ航空(オランダ領アルバ)
ピードモント航空(アメリカ、新造機導入)
ハワイアン航空(アメリカ)
リーブ・アリューシャン航空(アメリカ、新造機導入)
ミッドパシフィックエア(アメリカ)
エアボーン・エクスプレス航空(アメリカ)
パシフィック・サウスウェスト航空(アメリカ)
プロビンスタウン-ボストン航空(アメリカ、新造機導入)
コンチネンタル・エクスプレス(アメリカ、運航はプロビンスタウン-ボストン航空)
シモンズ航空(アメリカ)
アメリカン・イーグル航空(アメリカ、運航はシモンズ航空)
トランス・セントラル航空(アメリカ)
フォートワース・エア(アメリカ)
カナダトランス航空(カナダ、新造機)
エール・アフリック航空(コートジボワール、セネガルなど、新造機導入)
ソシエテ・ジェネラル・アリマンタシオン航空(ガボン、新造機導入)
ガンビア航空(ガンビア)
自衛隊では1965年(昭和40年)から1973年(昭和46年)までにYS-11を23機導入した。内訳は航空自衛隊13機、海上自衛隊10機であった。この採用には、世界への信頼誇示のため、防衛庁に進んで採用してほしいとの強い要望が通産省から寄せられたという話もある。空自の一部の機体はゼネラル・エレクトリック社製 T64-IHI-10J を搭載し、プロペラを3枚に変更した「スーパーYS-11」となっている。航空法改正により日本の航空機は空中衝突防止装置の装備が義務付けられたが、自衛隊機は対象外であり追加装備費を要さず、かつ民間機より飛行時間が短いことから傷みも少ないため、民間YS-11が引退した後も運用されている。
航空自衛隊ではC-46の老朽化が進んでいたことから、次期輸送機導入までのつなぎとして、1965年(昭和40年)から1971年(昭和46年)にかけて、人員輸送機YS-11Pを4機、人員・貨物輸送機YS-11PCを1機、貨物輸送機YS-11Cを7機、飛行点検機(フライトチェッカー)YS-11FCを1機、それぞれ購入した。後に大型のC-130H輸送機が導入されたことから、余剰となったYS-11Cを他用途に改造した。2機が電子戦訓練機YS-11Eに、1機が航法訓練機YS-11NTに、2機が電子測定機(電子偵察機)YS-11ELに、2機がエンジンとプロペラを換装した「スーパーYS」電子測定機YS-11EBに、それぞれ改造された。EBの1機はPCからCとなったものを再改造した。YS-11ELの2機も後に「スーパーYS」化されて、YS-11EBに統合された。YS-11Eは「スーパーYS」に改造され、YS-11EAとなった。YS-11Pも2機がYS-11FCに改造された。
部品不足により、2015年6月22日に最初の1機が用途廃止となった。2016年(平成28年)12月、防衛省は残存するYS-11のうち飛行点検隊(入間基地)に所属する2機のYS-11FCの後継としてサイテーション680Aを選定したことを発表した。同年4月にU-125御岳墜落事故で喪失したU-125 1機の分とあわせ3機を導入した。
また防衛省航空幕僚監部では4機のYS-11EBの後継として、C-2かC-130輸送機の改造型を検討していたがC-2が選定された。2018年現在、平成31年度にC-2ベースの次期電波情報収集機RC-2を入間基地に配備する予定であった。RC-2の配備式典が2020年10月1日に行われている。
YS-11P
YS-11-100の航空自衛隊の人員輸送機。Pは旅客を意味する英語のPassengerの頭文字。全国の航空自衛隊基地を定期・不定期で結んでいる。主翼内インテグラルタンクとバグタンクによって燃料搭載量を7,270Lとし、航続距離を延長した。キャビンとコックピットは全日空機と同様。客席は最前列だけを後ろ向きにしてボックスとし、座席ピッチは91cmで43席とゆったりしている。また、客室は軽貨物輸送パレットか患者輸送寝台に転換可能である。4機採用がされた。
平成29年5月29日に1152号機の退役を以って、同型の全てが用途廃止となった。なお、同機退役までの52年間における総飛行時間は2万3872時間。
YS-11Pの1151号機と1152号機は要人や幹部の移送のため、VIP仕様として導入された。後方にラウンジとして左右内向きの3人がけソファーを設け、右前方の荷物室に航法士席とキャビン窓を増設、男子専用トイレも追加した。1151号は後に飛行点検機に改造され、1153号機がVIP仕様に改造された。また、キャビンが近代的に改修され、前方がVIP席としてテーブルを挟んで4人掛けのシートが左右1組ずつ、中ほどに横向きソファのラウンジ、後方が客室(28席)となった。
YS-11PC
航空自衛隊の人員・貨物輸送機。PCは Passenger Cargoの略。P型に続いて採用した機体で、貨客混載のYS-11-300をベースとした。後にP型に統合。
YS-11C
YS-11A-400を航空自衛隊が輸送機として採用したもの。Cは貨物機を意味するCargo(カーゴ)の略。胴体後部左側に横3.05m・縦1.83mのカーゴドアを設置した全貨物機で、床が強化された。室内は客席にも転換可能で、パッセンジャーシート44席か3人掛けトループシート14脚42席、担架は24床を設置できる。7機を採用したが、C-130H導入によって余剰となり、全て他用途に改造された。
YS-11E
YS-11Cから改造された航空自衛隊の電子戦訓練機。EはECMの略。日本の領空を監視するレーダー網及び、その他レーダーによる防空部隊の機能を確認するため、妨害電波をかけ、その対応を訓練するための機体。胴体上面に大小のレドーム、胴体下面に2個の大型レドーム、胴体後部両側に冷却装置を設置した。これらの改造は日本飛行機が主体となって行われた。2機が改造された後、YS-11EAとなった。官民問わず日常的に使用される電波をも妨害する可能性があるため、運用は慎重かつ厳密に定められている。
YS-11EL
YS-11Cを改造した航空自衛隊の電子情報収集(ELINT)任務に使用される機体。ELはELINTの略。中高度で長時間飛行を行い、周辺国から発せられる電波や信号などの電子情報を収集、分析する機体。2機改造されたが、後にYS-11EBに改造された。
航空自衛隊の注文により、日本飛行機が川崎重工業と石川島播磨重工業の協力を受けて開発した機体。重量増加で飛行能力が下がったC型とE型のエンジンをP-2Jで使用していたGEのT64-IHI-10Eを-10Jに改修後、換装(再利用)、プロペラをハミルトン・スタンダードの3枚ブレードに交換した機体の俗称。上昇限界高度は9,000mに向上し、航続距離も延長された。他のYSと飛行騒音が決定的に違うために現存するYSでもかなりの異彩を放っている機である。
YS-11EA
YS-11Eを「スーパーYS」化改造した電子戦訓練機。E型で上下7箇所あったレドームを廃し、ブレードアンテナのみとなった。また、冷却機材収容部は右側のみに、機内のECM機材もJ/ALQ-7など能力向上型に改められた。2機。
YS-11EB
YS-11Cを2機「スーパーYS」化改造した電子測定機(電子情報収集機)。後にEL型2機も同型に改造して計4機。機体上下に二つずつのドームを付けているのが外見上の特徴(冷却機材収容部もEA同様右側のみ)2006年の北朝鮮テポドン・ノドン・スカッドミサイル発射事件の直前にはこの機体が米空軍のRC-135B電子偵察機とともに監視活動を行った。
YS-11FC
航空自衛隊の飛行試験機。FCは飛行点検機を意味する Flight Checkerの略。胴体にはVHF及びTACANアンテナを増設し、機内に航空通信設備、航空交通管制施設を検査する自動点検装置、計器着陸装置、通信装置、グラフィックレコーダー、機上録音機、信号観測用オシロスコープなどなどの無線機材が詰め込まれ、補助電力装置 (APU) を搭載して電源としている。新造1機、YS-11Pの改造2機の計3機。後継機としてサイテーション680Aが導入された。2021年3月17日に1151号機の退役を以って、同型の全てが用途廃止となった。これにより日本国内から、「ダートエンジン」として親しまれたオリジナルエンジンで4枚プロペラの現用機が姿を消すことになった。
YS-11NT
YS-11Cを改造した航空自衛隊の航法訓練機。NTは航法訓練機を意味する Navigation Trainerの略。自衛隊の航法士を育成する機体で、航法/通信アンテナや六分儀が設置されている。1機。
YS-11EA:入間基地 航空戦術教導団-電子作戦群
YS-11EB:入間基地 航空戦術教導団-電子作戦群
YS-11FC:入間基地 飛行点検隊(2021年3月まで)
YS-11NT:美保基地 第3輸送航空隊 第403飛行隊(2017年5月まで)
YS-11P:美保基地 第3輸送航空隊-第403飛行隊(2017年5月まで)
海上自衛隊は1967年(昭和42年)から1973年(昭和48年)にかけて前部が人員(40席)、後部が貨物の混載輸送機YS-11Mを導入した。1・2号機はYS-11-100をベースにした機体だが、3・4号機はYS-11A-300・400をベースにしており、最大離陸重量が増加した。この2機はYS-11M-Aとして区別される 。また、1970年(昭和45年)から機上作業練習機YS-11T-Aを6機導入した。2009年(平成21年)9月、4機のうち1機が事故により用途廃止になるのを皮切りに順次引退が開始され、2014年(平成26年)12月26日、アメリカ海軍から中古のC-130R(アメリカ海軍が保管している中古のKC-130R空中給油機をアメリカ国内で動作可能状態に再生して、空中給油機能を取り外した機体)6機を後継機とし、最後まで残っていた2機の退役を持って全機用途廃止となった。整備マニュアルは独自に作成した物を利用していたという。一時期、後継機としてATR 72、DHC-8 Q400、C-130J等が挙げられたが、その後白紙になっていた。
YS-11の退役に伴い、海上自衛隊の職域から機上通信員が無くなった。
YS-11M
YS-11-100の海上自衛隊輸送機。海上自衛隊唯一の輸送機で、全国の海自航空基地を定期・不定期で結んでおり、硫黄島や南鳥島へ物資を輸送する『小笠原定期』に向かう際は座席半分を取り払って貨物スペースを拡大する。
改造点は、貨物輸送のため床を強化、室内運搬装置の設置、胴体後部に大型カーゴドアを増設した。機内は60m3か最大容積8m3までの貨物を搭載できる。2機。
YS-11M-A
YS-11A-400と300/600の海上自衛隊輸送機。-400は内装では特にMとの違いはないが、YS-11Aであることから基本性能が異なる。300/600は前方が貨物室、後方が客室である。-400 1機、300/600 1機の計2機。
YS-11T-A
海上自衛隊の機上作業訓練機。対潜哨戒機に搭乗する乗務員を養成する機体で、胴体下部に巨大レドームを設置し、低高度任務が多いことから与圧室を廃し、空調は機器の冷却に使用されている。このため夏場は蒸し風呂となり、気圧差で耳が慣れるのに時間がかかるなど特有の問題を抱える。補助電力装置 (APU) を搭載して電源としている。
当初はP-2JやPS-1の乗員を育成するため、哨戒機器もP-2Jの物を用意した。2011年(平成23年)5月31日、全機用途廃止となった。これにより同年6月1日、第205教育航空隊は解隊した。
YS-11M/M-A:厚木航空基地 第61航空隊(2014年12月まで)
YS-11T-A:下総航空基地 下総教育航空群-第205教育航空隊(2011年5月まで)
海上保安庁では、1965年(昭和40年)のマリアナ海域漁船集団遭難事件により、多数の船員を救助できなかった痛手を教訓とし、「行動半径700海里において2.5時間の低空捜索能力を有する」長距離捜索救難機を導入することになった採用されたYS-11Aは洋上での長距離飛行に備え、航法通信設備、六分儀、偏流計などの装備を追加、また、胴体後部には直径800mmの球形見張り窓(バブルウィンドウ)と横向き見張り窓、胴体下面にはシーマーカーなど標識投下装置2本、救命いかだなど物資投下口も設置された。翼内バグタンクのほかに815L入り胴体タンクを3個追加し、1,300kmの空域を低空で2時間半捜索できるようになった。LA701は尾部に磁気観測ヘッドを納めた強化プラスチック製の磁気探査装置ブームが装備されており、水路の地磁気と真方位、磁方位を定期観測していた。
1969年(昭和44年)3月20日、羽田航空基地にLA701号機が導入され、同年には根室沖で発生した船舶火災事件で15名の救出に成功するなど、早くも航空救難に活躍した。1971年(昭和46年)11月にはLA702号機が就役し、2機体制となった。その後、新海洋秩序による排他的経済水域の設定に伴う業務拡大で、1977年(昭和57年)度に全日空の中古リース機を3機購入し直し、羽田・千歳・那覇に5機が配備され、日本の領海をカバーする体制が完備された。千歳と那覇の4機には1991年(平成3年)5月に「おじろ」「しゅれい」の名が付けられたものの、羽田のLA701だけは名称がなかったが、1995年(平成7年)5月に「ブルーイレブン」と名づけられた。2000年(平成12年)からは「JAPAN COAST GUARD」のロゴ、次いでマスコットの「うみまる」シールも貼られた。
海上保安庁のYS-11Aは、救難や航路監視、領海警備、海底火山の観測などのほかにも、羽田所属機は特殊救難隊の空輸や南鳥島・硫黄島ロランC局の職員の送迎や物資運搬に、千歳所属機は冬季の流氷観測にも運用された。特に千歳所属機は、1990年(平成2年)にサハリンで大火傷を負った少年コンスタンティン・スコロプイシュヌイの北海道への救急搬送に用いられたほか、2度にわたるロシアへの緊急支援物資輸送に用いられた。「ブルーイレブン」はヨット捜索救助と中国密航船発見の功から、2度の長官表彰を受けた。
老朽化により2009年(平成21年)2月から解役が始まり、09年12月には「おじろ2号」が解役。最後まで残った「ブルーイレブン」も、42年間の総飛行時間は2万3,000時間以上に達していた上に、航空法の改正で改造が必要なことから、2011年(平成23年)1月13日に解役。退役した機体は、部品取り用に航空自衛隊に提供された。後継機には、2006年(平成18年)11月に、ボンバルディアのDHC-8 Q300海保仕様機を3機発注した。2009年(平成21年)から導入が始まり2011年(平成23年)1月にはYS-11を全機退役させた。
運輸省(現国土交通省)航空局では飛行検査機として採用され、管制保安部に配属となった。前方右側の貨物扉を廃止、機体上面に短波・高周波アンテナ、2本のUHFアンテナ、後方下面にTACANアンテナ、2個のマーカーアンテナ、補助動力装置 (APU) の吸排気口増設などの改造が行われ、キャビンは前方に各種無線機器、自動操縦装置関係機器、オーディオ機器が置かれた作業室、後方を8名が搭乗できる客室とした。最初は機首部分と垂直尾翼、主翼先端が蛍光オレンジ色に塗られていたが、後に全身モノトーンホワイトと細帯に変更された。元東亜の2084(JA8709)は、後に飛行検査情報システム(AFIS)と空中衝突防止装置(TCAS)を搭載していたが、老朽化のために2006年(平成18年)12月22日に全機引退した。