日本書紀
『日本書紀』に記載されている暦日に基づいて当時の日本の暦法を再構築しようという試みが具体的に始まるのは江戸時代のことである。渋川春海(1639年生-1715年死)は『日本書紀』の暦についての推算を行い、日本初となる長暦(日本長暦)を作成した。春海は『日本書紀』の暦法は日本固有のものであり神武天皇以降推算されたもので途中2回改暦があったものと想定した。18世紀後半には本居宣長(1730年生-1801年死)が唐暦による推算であろうと述べ、伴信友(1775年生-1848年死)は百済の暦日を用いたものであるとした。
明治・大正期には暦日の研究は目立った進展を見せなかった。画期となったのは昭和初期の東京天文台の天文学者であった小川清彦による研究である。彼は第二次世界大戦前から戦時中にかけて、『日本書紀』に記載されている月朔について、中国から伝わった各種の暦法による推算値との比較を行い、『日本書紀』の暦法が元嘉暦、儀鳳暦であること、その暦日は当時のものではなく後世(8世紀)の偽作であることを明らかにした。小川の分析結果は当初ごく限られた人物の間に少数のコピーで配布されたのみであった。これは近代に入ると『日本書紀』は日本の国家史・国民史の根幹としての地位が与えられるようになり、昭和期に入った頃にはその内容、特に誤りについての批判を行うことには政治的危険を伴ったためである。戦後、小川の業績は広く知られるようになり、現在では定説となっている。
小川が作表した『日本書紀』の暦日と、元嘉暦、儀鳳暦の暦日を示す表を元に、暦法の切り替わりを示す箇所を抽出したものを以下に示す。
この表に示される通り、垂仁23年、履中5年、欽明31年4月の「閏」字が筆写時に脱落したものと仮定した場合、4世紀頃以前の月朔の干支は儀鳳暦に、5世紀頃以降のそれは元嘉暦に一致する。
当時既に『日本書紀』が指し示す紀年が古い時代において信用に足らないことは理解されていたが、儀鳳暦・元嘉暦を用いた小川の推算値と『日本書紀』記載の暦日は比較的高い一致を示した。年代が疑わしいものであるにもかかわらず、暦日の月朔がその疑わしい年代と良く合致することは、『日本書紀』の月朔が同時代史料の記載にあったものを写したのではなく、後世に設定された紀年に合わせて計算されたものであることを意味する。
なお、『古事記』は年次を持たないが分注の形で15人の天皇について崩御年干支と崩御月が記され、第10代崇神天皇と第18代反正天皇を除く13人は崩御日も記されている。崇神天皇、第13代成務天皇~第19代允恭天皇、第21代雄略天皇、第26代継体天皇、第30代敏達天皇の11人は『日本書紀』の崩御年の干支と一致しないが、
第27代 - 安閑天皇(乙卯、安閑天皇2年〈535年〉)
第31代 - 用明天皇(丁未、用明天皇2年〈587年〉)
第32代 - 崇峻天皇(壬子、崇峻天皇5年〈592年〉)
第33代 - 推古天皇(戊子、推古天皇36年〈628年〉)
は一致する。
『日本書紀』の紀年がどのように構成されているか明らかにしようとする試みが紀年論である。神代について語る『日本書紀』の巻1, 2は年数の経過や一日の概念を示す記事は有るが紀年は無く、巻3の神武天皇の東征開始から初めて紀年が記され絶対年代が明示され始める。『日本書紀』の紀年はその古い時代について江戸時代以来疑問が持たれてきた。倉西裕子のまとめによれば、『日本書紀』の紀年を巡る具体的な論点は次の3つである。
「巻9(神功紀)に見られる年代的不整合」
「国内外の諸史料と巻10の応神紀以降の歴代天皇の在位期間との不整合」
「歴代天皇の在位期間や宝算(享年)における非現実的数字」
歴代天皇の在位期間の問題は、初期の天皇の不自然な長寿についてである(神武天皇は崩御時127歳、崇神天皇は120歳、応神天皇は110歳)。そして彼らに関わる紀年を西暦に置き換えると到底史実とはみなし難い年代が得られる。例えば神武天皇即位前記の東征開始の年、「太歳甲寅」は西暦に換算すると紀元前667年となり、これは天孫降臨から179万2470年後のことであったという。現代ではこのような『日本書紀』の年代設定は架空のもので、推古朝の頃に中国の讖緯説(陰陽五行説にもとづく予言・占い)に基づいて、神武天皇の即位を紀元前660年に当たる辛酉(かのととり、しんゆう)の年に設定したと考えられている。神武天皇の即位年が讖緯説によって設定された作為によるものであるという見解は早くも江戸時代に伴信友などによって指摘され、明治時代に那珂通世によって現代の通説が打ち立てられた。
讖緯説は干支が一周する60年を一元、二十一元(1260年)を一蔀として特別な意味を持たせるもので、後漢代の学者鄭玄が『易緯』の注の中で述べているものである。那珂通世の結論は、推古天皇9年(601年)、辛酉の年を起点として、一蔀遡った前660年、辛酉の年が神武天皇元年として設定されたというものである。
また、初期の天皇の不自然に長い寿命を説明する説として春秋二倍暦説がある。これは古い時代には春夏を1年、秋冬を1年と数えていたが、『日本書紀』編纂時にはこれが忘れ去られていたため天皇の年齢が2倍になったという仮説である。この説は明治時代にデンマーク人ウィリアム・ブラムセンが初めて唱えたもので、戦後には幾人かの日本人学者が『三国志』のいわゆる「魏志倭人伝」の注釈に「其俗不知正歳四節但計春耕秋収為年紀(その俗、正歳四節を知らず、ただ春耕し秋収穫するを計って年紀と為す)」とあることを論拠にこの説を展開した。これとは別に、『日本書紀』には記事がない空白の年が多数あることから、記事がある年のみが実際の紀年であり、記事の空白期間を省くことで実際の年代を復元できるという説(復元紀年説)も存在する。これらの説は、その後の「倭の五王」の時代の編年との接続に問題を抱えており、広く受け入れられてはいない。
『日本書紀』は神功紀・応神紀にはいると飛躍的に外国の記述、特に朝鮮半島での出来事や倭国と朝鮮との関わりについての記述が増える。この時期の記述には朝鮮の史書である『三国史記』と対応する記述があり、また倭国から中国への遣使記録が中国各王朝の正史にあることから、『日本書紀』の年次と外国史書の年次を比較することができる。
巻9(神功紀)は39年条に「魏志倭人伝」に登場する倭の女王卑弥呼の遣使記事を載せ、神功皇后と卑弥呼を同一人物として描いている。この卑弥呼の遣使は魏の景初3年(239年)のことであるため、『日本書紀』は神功皇后39年を239年に設定していることがわかる。そして神功紀には同じく百済の王の崩御・即位記事があり、神功皇后55年に百済の肖古王(近肖古王(375年死亡)が死亡したこと、神功皇后56年に王子貴須(近仇首王、375年即位)が即位したこと、神功皇后64年に枕流王が即位したことなどが記されている。『三国史記』や『東国通鑑』の近肖古王の記述に基づくならば近肖古王の死は西暦375年ということになりこれが神功皇后55年に対応する。ここから逆算した場合、神功皇后39年は359年となり『三国志』から導き出せる紀年とはちょうど120年の差分が存在する。百済の出来事との他の年次の対応も同様である。干支による年次表記では60年ごとに同一の干支の年が現れるため、『日本書紀』巻9は神功皇后を卑弥呼と同一人物とする過程で干支二運(120年)年代を繰り上げていることが知られ、さらにこの120年の紀年の歪みは神功紀の中で調整されることがないため、外国史書と巻9の間で出来事を対照させていくと神功皇后元年は西暦201年であるのに対し、神功皇后69年(崩御時)は西暦389年という年代が得られる。
この干支二運繰り上げ説は本居宣長が江戸時代に『東国通鑑』との比較から導き出し、明治以来の議論を経て那珂通世によって概ね完成された。ただし、現在でも『日本書紀』の編年を重視して神功皇后を3世紀代に位置付ける説も存在する。また、神功皇后の実在性を巡っても議論が続いていることや、単純に神功紀の紀年を干支二運を繰り上げただけでは、神功皇后に続く応神紀の紀年と整合性を持たないことから、神功紀の紀年はまだ未解決の問題を抱えている。
応神紀以降の紀年においては、『三国史記』との対照と並んで中国史書に登場するいわゆる「倭の五王」の遣使記事との年代比較が重要となる。倭の五王は5世紀と6世紀初頭に中国へ遣使したことが記録されている倭国の王である。
上に見られるように、神功皇后と卑弥呼を同一視する『日本書紀』の編年に基づいて紀年を組み立てた場合、倭の五王の記録と『日本書紀』の歴代天皇の記録は全く合致しない。また、仁徳天皇が長大な在位期間を持つため、神功紀の紀年を120年繰り上げてもやはり全く整合しない。これらの問題についても江戸時代から新井白石によって指摘されていた。
倭の五王の紀年について注目されるのが古事記の崩御年干支である。上に述べた通り、『古事記』は年次を持たないが、現存最古の写本に分注の形で15人の天皇の崩御年干支と崩御月が記されている。この古事記の干支から那珂通世によって西暦換算の年代が割り出されているが、これは5世紀代において『日本書紀』とは合致しないものの、倭の五王の記録とは比較的無理のない整合性を示す。
しかし、この古事記の崩御年干支に基づく年代も『日本書紀』記事中の記録から修正して導き出せる年代とは合致しない。『日本書紀』の応神天皇3年条に百済の阿花王の即位記事があり、これは『三国史記』から392年のことであることがわかるため、阿花王即位を基準に応神天皇元年は390年と導き出せる。しかし、分註崩御年干支に基づく推計では応神41年が394年になる。
雄略天皇については雄略5年が西暦461年にあたることが研究者の間で一致を見ている。これは雄略5年条に百済の武寧王の誕生記事があり、その干支(辛丑)が武寧王陵出土の墓誌の崩御年である癸卯(523年)および年齢(62歳で死亡、辛丑の年から癸卯の年まで還暦を挟んで62年)と整合することによる。
このような問題のため、5世紀頃と推定される歴代天皇の在位期間および絶対年代は現在も完全には確定していない。
『日本書紀』の編纂は当時の天皇によって作成を命じられた国家の大事業であり、皇室や各氏族の歴史上での位置づけを行うという極めて政治的な色彩の濃厚なものである。編集方針の決定や原資料の選択は政治的に有力者が主導したものと推測されている。
『日本書紀』の文体・用語など文章上のさまざまな特徴を分類した研究・調査の結果によると、全三十巻のうち、巻第一・巻第二の神代紀と巻第二十八・二十九・三十の天武・持統紀の実録的な部分を除いた後の25巻は、大別してふたつにわけられるとされる。その一は、巻第三の神武紀から巻第十三の允恭・安康紀までであり、その二は、巻第十四の雄略紀から巻第二十一の用明・崇峻紀までである。残る巻第二十二・二十三の推古・舒明紀はその一に、巻第二十四の皇極紀から巻第二十七の天智紀まではその二に付加されるとされている。巻第十三と巻第十四の間、つまり、雄略紀の前後に古代史の画期があったと推測されている。
本文の後に注の形で「一書に曰く」として多くの異伝を書き留めている箇所が多く見られる。中国では清の時代まで本文中に異説を併記した歴史書はなく、当時としては東アジアにおいて画期的な歴史書だったといえる。あるいは、それゆえに、現存するものは作成年代が古事記などよりもずっと新しいものであるという論拠ともなっている。ただし、『釈日本紀』の開題部分には「一書一説」の引用を「裴松之三国志注の例なり」と記されており、晋の陳寿が著した『三国志』に対して宋(南朝)の裴松之が異説などを含めた注釈を付けた形式のものが日本に伝来され、『日本書紀』のモデルになった可能性はある。
なお、日本書紀欽明天皇2年3月条には、分注において、皇妃・皇子について本文と異なる異伝を記した後、『帝王本紀』について「古字が多くてわかりにくいためにさまざまな異伝が存在するのでどれが正しいのか判別しがたい場合には一つを選んで記し、それ以外の異伝についても記せ」と命じられた事を記している。この記述がどの程度事実を反映しているのかは不明であるが、正しいと判断した伝承を一つだけ選ぶのではなく本文と異なる異伝も併記するという編纂方針が、現在みられる『日本書紀』全般の状況とよく合っていることはしばしば注目されている。
『日本書紀』には訓読や書名をあげての文献引用など、本文とは別に分注(分註)と呼ばれる割注記事がみられる。かつては分注は後世の創作とする説も存在したが、今日では『日本書紀』成立当初から存在していたと考えられている。また、前述の「一書に曰く」も平安期の写本の断簡の中には分注と同じ体裁で書かれており、原本では分注の一部であった可能性がある。成立当初からの分注の存在は『日本書紀』独自の形式であるが、前述の『三国志』の裴松之による注のように中国の歴史書において後世の人物が本文に注を付けてさらに後々に伝えられる例は存在しており、『日本書紀』の編者がこうした注の付いた中国の歴史書の影響を受けた可能性がある。
続日本紀にある日本書紀の完成記事には「紀卅卷系圖一卷」とあり、成立時の日本書紀には現在伝えられている三十巻の他に系図一巻が存在したと考えられている。日本書紀の「紀卅卷」が現在までほぼ完全に伝わっているのに対して系図は全く伝わっていない。弘仁私記にはこの系図について、「図書寮にも民間にも見えない」としてすでに失われたかのような記述があるが、鎌倉時代に存在する書物を集めた記録では「舎人親王撰 帝王系図一巻」とあり、このころまでは存在したとも考えられる。
「新撰姓氏録」には「日本紀合」という記述が散見されるが、現存の「日本書紀」に該当する記述が存在しない。これは失われた系図部分と照合したものであると考えられている。この「系図一巻」の内容については様々に推測されている。例えば日本書紀では初出の人物の系譜を記すのが通例なのに、系譜の記されない人物が若干存在するが、これらについては系図に記載があるために省略されたと考えられている。また、記紀ともに現存の本文には見えない応神天皇から継体天皇に至る系譜についてもこの失われた「系図1巻」は書かれていた可能性を指摘する説がある。
また、前述のように系図を『日本書紀』とは別の書物とし、両書を合わせて『日本紀』と呼んだとする塚口義信の見解もある(書名を参照)。
天皇の名には、天皇在世中の名である諱(いみな)と、没後に奉られる諡(おくりな)とがある。現在普通に使用されるのは『続日本紀』に記述される奈良時代、天平宝字6年(762年)〜同8年(764年)、淡海三船により神武天皇から持統天皇までの41代(弘文天皇を除き神功皇后を含む)、及び元明天皇・元正天皇へ一括撰進された漢風諡号であるが、『日本書紀』の本来の原文には当然漢風諡号はなく、天皇の名は諱または和風諡号であらわされている。
15代応神天皇から26代継体天皇までの名は、おおむね諱、つまり在世中の名であると考えられている。その特徴は、ホムタ・ハツセなどの地名、サザキなどの動物名、シラカ・ミツハなどの人体に関する語、ワカ・タケなどの素朴な称、ワケ・スクネなどの古い尊称などを要素として単純な組み合わせから成っている。
『日本書紀』は成立以来、現代に至るまで継続的に写本が作られ、読み継がれてきた。この受容・読書史においては、『古事記』よりも『日本書紀』の方が遥かに長い蓄積を持つ。『日本書紀』が「どのように研究されてきたか、そして改変や註釈がどのように施されてきたのか、さらにはそれが各時代の政治・社会・思想・宗教とどのように関係してきたのか」といった『日本書紀』の受容・読書史もまた、現代の研究の対象となっている。いわば『日本書紀』にまつわる思想史でもあり、そこに反映された各時代の読者の思想を読み解く営みは、『日本書紀』を「過去の事実の記録」ではなく「編纂者が作成した物語」として読み解こうとする視角に通底する。
奈良・平安時代における『日本書紀』の受容状況について注目されるのは、『日本書紀』が完成した翌年の養老5年(721年)から開催されている朝廷主催の『日本書紀』の講義(日本紀講筵、書紀講筵)である。
講筵の内容については、甲乙丙丁の四種が残る講書の筆記記録の不完全な伝本(『日本書紀私記』)によって伝わる。そのうち甲乙丙の三種の内容は本文中の語句の訓読法に終始しており、丁は語句の疑義に対する問と博士の解答が集積されたものである。これらのことから、講筵では『日本書紀』の漢語の訓読が主要な論題であったことがわかり、『日本書紀』をいかに読む(訓む)かが学生と博士との間の問答を通じて聴衆に伝えられたものと見られる。代々の講筵の記録は聴講者の手によって開催された年次を冠する私記(年次私記)の形でまとめられた。
講筵はまた官人たちに日常において意識することのない大きな物語としての国史を想起させる儀式でもあり、概ね体制が整った元慶2年(878年)以降の形式について10世紀の儀式書『西宮記』に記録が残されている。その記録から、「天皇の命で開催が決定される公式な会であること」「博士以下学生に至る講読の実行主体の外側に監督者・見学者としての公卿層以下が配置される公開行事であること」「開催期間が複数年と長期間にわたること」が日本紀講筵の基本構造であったと考えられる。
以下に過去の講筵(年次は開講の時期)の概要を示す。
養老5年(721年)
博士は太安万侶。私記は現存しないが、現存『弘仁私記』および一部の書紀古写本に「養老説」として引用の形で見える。
弘仁4年(813年)
博士は多人長。唯一、成書の形で私記が現存する(いわゆる私記甲本)が、書紀古写本(乾元本神代紀)に「弘仁説」として引用されている『弘仁私記』(和訓が万葉仮名で表記され上代特殊仮名遣も正確)と比べると、現在の伝本(和訓の大半が片仮名表記)は書写の過程ではなはだしく劣化したものであり、原型をとどめていないと見られる。
承和6年(839年)
博士は菅野高平(滋野貞主とも)。私記は現存しない。
元慶2年(878年)
博士は善淵愛成。私記は現存しないが、卜部兼方の『釈日本紀』に「私記」として引用されているのはこれではないかと言われている。私記作者は矢田部名実か。
延喜4年(904年)
博士は藤原春海。私記作者は矢田部公望。私記は現存しないが、『和名類聚抄』に「日本紀私記」として、また卜部兼方の『釈日本紀』に「公望私記」として、それぞれ引用されている。
承平6年(936年)
博士は矢田部公望。現在断片として伝わっている私記丁本がその私記であると推測されている。
康保2年(965年)
博士は橘仲遠。私記は現存しない。
養老以降、100年近くにわたって開催されなかった日本紀講筵が9世紀に再開されたことは朝廷の修史事業と関係すると考えられる。『日本書紀』は日本初の正史として権威を持ち、その記述に基づいた「歴史」「記憶」が諸官人・氏族に徐々に定着していくと共に、また各氏族の起源を語る根本台帳としての機能を持つものとして受容されていった。そして8世紀後半に新たな正史『続日本紀』が『日本書紀』に代わる新たな歴史を示すものとしてではなく、『日本書紀』に続くものとして編纂されたことで建国神話を持つ『日本書紀』が正典化し、新たな受容形態が求められた。こうして9世紀に日本紀講筵が行われるようになり、六国史の編纂が継続した間、ほぼ定期的に儀式として繰り返されるようになったと見られる。11世紀に入り、官選の正史の編纂が実施されなくなると共に日本紀講筵の開催も途絶えた。このことは、正史の編纂と日本紀講筵が一体のものであったことを示唆する。
中世は『日本書紀』の読書史の中で1つのピークを成す。中世日本では『日本書紀』への「注釈」・「研究」を通じて原典から離れた解釈が成され、神話・神々の姿が改変され新たな創り出され、多種多様な新たな神話が創り出されていった。こうした動向はただ『日本書紀』の神話への注釈のみならず、「自社縁起・本地物・歌学書・説話文学・唱導文芸など様々な場面に見受けられる」(原)。中世神道説においては『日本書紀』は『古事記』『先代旧事本記』と並んで「神書三大部」とまでされるようになっていった。
このような中世の『日本書紀』にまつわる文芸活動・注釈への近現代の評価は伝統的に極めて低く、(『釈日本紀』という重大な例外はあるが)古伝を無視した空理空論を論じたものと認識され、中世の「日本紀注」は検討する価値のないものとして本格的な学術的研究対象として扱われていなかった。しかし、1972年に伊藤正義が中世に登場した神話言説を相対化・再評価する「中世日本紀」という研究概念を提唱し端緒を付けて以降、近代学問における注釈概念とは異なる中世独特の学問のあり方、原典の『日本書紀』から離れて注釈の形を取って展開される独自の「中世神話」の創造が研究の対象として盛んに論じられるようになった。
日本書紀は史料批判上の見地から信憑性に疑問符がつく記述をいくつか含んでいる、以下はその例を示す。
1967年12月に藤原京の北面外濠から発見された「己亥年十月上捄国阿波評松里□」(己亥年は西暦699年)と書かれた木簡により、『日本書紀』の大化の改新の詔の文書が奈良時代に書き替えられたものであることが判明している。
稲荷山古墳から出土した金錯銘鉄剣の発見により、5世紀中頃の雄略天皇の実在を認めた上で、その前後、特に仁徳天皇以降の国内伝承に一定の真実性を認めようとする意見も存在する。
発見された金錯銘鉄剣の銘文からは、5世紀中頃の地方豪族が8世代にもわたる系図を作成していたことがわかる。その銘文には「意富比垝(オホヒコ)」から「乎獲居臣(ヲワケの臣)」にいたる8人の系図が記されており、「意富比垝(オホヒコ)」を記紀の第八代孝元天皇の第一皇子「大彦命」(四道将軍の一人)と比定する説がある。また、川口勝康は「乎獲居(ヲワケ)」について、「意富比垝(オホヒコ)」の孫「弖已加利獲居(テヨカリワケ)」とし、豐韓別命は武渟川別の子と比定しているが、鉄剣銘文においては弖已加利獲居(テヨカリワケ)は多加利足尼の子であるとする。
聖徳太子による国史の成立以前にも各種系図は存在した。これらを基礎にして、継体天皇の系図を記した『上宮記』や、『古事記』、『日本書紀』が作られたとする説もある。仮に、推古朝の600年頃に『上宮記』が成立したとするなら、継体天皇(オホド王)が崩御した継体天皇25年(531年)は当時から70年前である。なお、記紀編纂の基本史料となった『帝紀』、『旧辞』は7世紀ごろの成立と考えられている。
『日本書紀』には、推古天皇28年(620年)に、「是歲 皇太子、島大臣共議之 錄天皇記及國記 臣 連 伴造 國造 百八十部并公民等本記」(皇太子は厩戸皇子(聖徳太子)、島大臣は蘇我馬子)という記録がある。当時のヤマト王権に史書編纂に資する正確かつ十分な文字記録があったと推定しうる根拠は乏しく、その編纂が事実あったとしても、口承伝承に多く頼らざるを得なかったと推定されている。なお、『日本書紀』によれば、このとき、聖徳太子らが作った歴史書『国記』・『天皇記』は、蘇我蝦夷・入鹿が滅ぼされたときに大部分焼失したが、焼け残ったものは天智天皇に献上されたという記述がある。
現代では、継体天皇以前の記述、特に、編年は正確さを保証できないと考えられている。それは、例えば、継体天皇の没年が記紀で三説があげられるなどの記述の複層性、また、『書紀』編者が、『百済本記』(百済三書の一つ)に基づき、531年説を本文に採用したことからも推察できる。
百済三書とは、『百済本記』・『百済記』・『百済新撰』の三書をいい、『日本書紀』に書名が確認されるが、現在には伝わっていない逸書である(『三国史記』の『百済本紀』とは異なる)。百済三書は、6世紀後半の威徳王の時代に、属国としての対倭国政策の必要から倭王に提出するために百済で編纂されたとみられ、日本書紀の編者が参照したとみられてきた。それゆえ、百済三書と日本書紀の記事の対照により、古代日朝関係の実像が客観的に復元できると信じられていた。三書の中で最も記録性に富むのは『百済本記』で、それに基づいた『継体紀』、『欽明紀』の記述には、「日本の天皇が朝鮮半島に広大な領土を有っていた」としなければ意味不通になる文章が非常に多く、また、任那日本府に関する記述(「百済本記に云はく、安羅を以て父とし、日本府を以て本とす」)もその中に表れている。
また、『神功紀』・『応神紀』の注釈に引用された『百済記』には、「新羅、貴国に奉らず。貴国、沙至比跪(さちひこ)を遣して討たしむ」など日本(倭国)を「貴国」と呼称する記述がある。山尾幸久は、これまでの日本史学ではこの「貴国」を二人称的称呼(あなたのおくに)と解釈してきたが、日本書紀本文では第三者相互の会話でも日本のことを「貴国」と呼んでいるため、貴国とは、「可畏(かしこき)天皇」「聖(ひじり)の王」が君臨する「貴(とうとき)国」「神(かみの)国」という意味で、「現神」が統治する「神国」という意識は、百済三書の原文にもある「日本」「天皇」号の出現と同期しており、それは天武の時代で、この神国意識は、6世紀後半はもちろん、「推古朝」にも存在しなかったとしている。
現在では、百済三書の記事の原形は百済王朝の史籍にさかのぼると推定され、7世紀末-8世紀初めに、滅亡後に移住した百済の王族貴族が、持ってきた本国の史書から再編纂して天皇の官府に進めたと考えられている。山尾幸久は、日本書紀の編纂者はこれを大幅に改変したとして、律令国家体制成立過程での編纂という時代の性質、編纂主体が置かれていた天皇の臣下という立場の性質(政治的な地位の保全への期待など)などの文脈を無視して百済三書との対応を考えることはできないとしている。このように日本書紀と百済記との対応については諸説ある。
神代上(かみのよのかみのまき)
第一段、天地開闢と神々 天地のはじめ及び神々の化成した話
第二段、世界起源神話の続き
第三段、男女の神が八柱、神世七代(かみのよななよ)
第四段、国産みの話
第五段、黄泉の国、国産みに次いで山川草木・月日などを産む話(神産み)
第六段、アマテラスとスサノオの誓約 イザナギが崩御し、スサノオは根の国に行く前にアマテラスに会いに行く。アマテラスはスサノオと誓約し、互いに相手の持ち物から五男三女神を産む。
第七段、天の岩戸 スサノオは乱暴をはたらき、アマテラスは天の岩戸に隠れてしまう。神々がいろいろな工夫の末アマテラスを引き出す。スサノオは罪を償った上で放たれる。(岩戸隠れ)
第八段、八岐大蛇 スサノオが出雲に降り、アシナヅチ・テナヅチに会う。スサノオがクシナダヒメを救うためヤマタノオロチを殺し、出てきた草薙剣(くさなぎのつるぎ)をアマテラスに献上する。姫と結婚し、オオナムチを産み、スサノオは根の国に行った。大己貴神(おおあなむちのみこと)と少彦名命(すくなひこなのみこと)
神代下(かみのよのしものまき)
第九段、葦原中国の平定、オオナムチ父子の国譲り、ニニギの降臨、サルタヒコの導き、ヒコホホデミらの誕生。(葦原中国平定・天孫降臨)
第十段、山幸彦と海幸彦の話
第十一段、神日本磐余彦尊(かむやまといはれびこのみこと)誕生
※卷第三より以降の漢風諡号は、『日本書紀』成立時にはなく、その後の人が付け加えたものと推定されている。
神日本磐余彦天皇(かむやまといはれびこのすめらみこと)神武天皇
兄猾(えうかし)、弟猾(おとうかし)
兄磯城(えしき)、弟磯城(おとしき)
長髄彦と金鵄(きんし)
神渟名川耳天皇(かむぬなかはみみのすめらみこと)綏靖天皇
磯城津彦玉手看天皇(しきつひこたまてみのすめらみこと)安寧天皇
大日本彦耜友天皇(おほやまとひこすきとものすめらみこと)懿徳天皇
観松彦香殖稲天皇(みまつひこかえしねのすめらみこと)孝昭天皇
日本足彦国押人天皇(やまとたらしひこくにおしひとのすめらみこと)孝安天皇
大日本根子彦太瓊天皇(おほやまとねこひこふとにのすめらみこと)孝霊天皇
大日本根子彦国牽天皇(おほやまとねこひこくにくるのすめらみこと)孝元天皇
稚日本根子彦大日日天皇(わかやまとねこひこおほひひのすめらみこと)開化天皇
御間城入彦五十塑殖天皇(みまきいりびこいにゑのすめらみこと)崇神天皇
活目入彦五十狭茅天皇(いくめいりびこいさちのすめらみこと)垂仁天皇
任那、新羅抗争の始まり
大足彦忍代別天皇(おほたらしひこおしろわけのすめらみこと)景行天皇
諸賊、土蜘蛛