応仁の乱
西軍が消滅したとはいえ、それは単に京都での戦闘が終結したということに過ぎなかった。畠山義就は京都での退去後にも幕府の命令に従わず、河内国を占拠して政長方を駆逐し、続いて大和国に侵攻した。さらに義就は政長が守護を務めていた山城国に侵攻した。文明14年(1482年)末から文明15年(1483年)にかけては義就が宇治以南の南山城を占拠し、幕府の命令が届かない状態となった。将軍義尚や富子は政長を見限って義就を赦免しようとしたが、義政の反対で中止された。ついに文明16年(1484年)には政長の守護職を解き、幕府の直轄(御料国)としたが、戦乱はなおも続いた。
文明17年(1485年)7月、義就方の斎藤彦次郎が政長方に寝返ったことにより、義就方と政長方の大軍が対峙することになった。しかし山城国の国人が団結し、撤退しなければ攻撃すると両軍に通達し、義就・政長らは山城国より撤退した。以降、国人たちは山城国一揆を組織し、一種の自治的な政権をつくることとなる。一方で義就は山城国より撤退したことが評価され、文明18年(1486年)3月に義政と義尚から正式に赦免され、応仁の乱の戦後処理はここに完了した。
応仁の乱は幕府権力が崩壊した戦国時代の始まりであるとの古くからの説が一般的であるが、近年では幕府の権威は明応の政変頃まで一応保たれていたという見解もあり、明応の政変以降を戦国時代の始まりととらえる説もある。とはいえ、応仁の乱以降身分や社会の流動化が加速されたことは間違いない。
東洋史学者内藤湖南は講演『応仁の乱に就て』において、応仁の乱前後を「最も肝腎な時代」であると指摘し、「大体今日の日本を知る爲に日本の歴史を研究するには、古代の歴史を研究する必要は殆どありませぬ、応仁の乱以後の歴史を知つて居つたらそれで沢山です」と発言し、古代史学者との間に論争を巻き起こした。
応仁の乱により、多賀高忠、浦上則宗、斎藤妙椿、尼子清定など、守護家に迫る勢力を有する国人が台頭した。また、東西両軍は味方を得るために、それまでの家格を無視した叙任を行った。西軍は一介の国人であった越智家栄を大和守護に任命し、東軍は西軍の有力武将だったが守護代でもなかった朝倉孝景を越前守護につけた。
文明7年、能登守護畠山義統と越後守護上杉房定が政長の分国越中を侵略した際には、足利義政が「諸国の御沙汰は毎事力法量(諸国の沙汰は力次第である)」と述べ、守護が他国を侵略することも是認された。このため室町幕府の家格秩序は崩壊し、身分秩序が流動化することになった。また長期にわたる京都での軍事活動により、守護の財政は逼迫した。権威と財政を失った守護は、国人や家臣団に対する支配力を著しく低下させた。国人や家臣は守護の影響を排除して自らの地盤を固め、領主化していった。
それまで在京が原則であった守護は自らの領国を守るため下国し、守護代に任せていた領国経営を自らの権威により行おうとした。これにより守護は幕府の統制を離れ、幕府は段銭などの徴収がままならなくなった。いくつかの守護は領主化を強化することで戦国大名へと成長することが出来たが、既に乱の最中に守護代や家臣に権力を奪われた者もおり、没落した守護も多かった。この従来の家格秩序を破る風潮は下克上と呼ばれ、戦国時代を象徴する言葉となる。
また、守護在京制の崩壊により、文明18年(1486年)には京都に残る守護が摂津・丹波を基盤とする細川氏一門のみとなった。守護の協力を得られなくなった幕府は、将軍近臣の奉公衆や奉行衆による運営を余儀なくされ、畿内政権としての道を歩み始めた。その一方で、細川勝元が幕府を西軍方に占拠されていた時に始めた、細川京兆家当主としての軍勢催促状などの軍事決裁行為が管領復帰後も継続され、勝元没後に管領となった畠山政長も義就との戦いのためにほとんど在京しなかったために、勝元の子政元が細川政国の後見を受けて同様の措置をもって幕府の軍事行動を指揮したため、細川京兆家が本来管領が有していた幕府の軍事的権限を行使するようになった。やがて細川氏と幕府の利害が対立し、明応の政変とその後の京兆専制を招くことになる。
領主化を推進する守護や国人によって一円知行化が進められ、公家や寺社の荘園は横領された。さらに幕府の権威低下により、遠国など幕府の権力が届かない地域の荘園・国衙領支配は絶望的になり、荘園制度の崩壊が加速した。収入を断たれた公家は没落し、朝廷行事や官位昇進への興味も失った。甘露寺親長は日記に「高官無益なり」と書き記し、文明5年には顕官である近衛大将の希望者が現れないという事態が発生している。前関白一条教房のように京都を去る公家や、町広光のように家を意図的に断絶させる公家まで現れた。また、西軍について失脚した西川房任の子孫が細川高国に仕えて薬師寺国長の寄子に付けられるなど、生活が立ち行かなくなって公家身分を棄てる例もあった。
更に朝廷収入も激減し、即位礼や大喪の礼などの儀式を行うことも困難となった。このため戦国期には献金による売官が行われるようになった。これは京都文化が地方に伝播する一因ともなった。
文明2年頃には戦火で京都の寺社や公家・武家邸の大半が消失し、罹災を免れたのは土御門内裏などわずかであった。このため、歴史的資料の多くが失われた。また京都七口関は両軍の争奪戦となり、物資の流入も停滞した。さらに足軽の放火・略奪が追い打ちをかけ、京都の大半の人々は大いに困窮した。また文明5年には疫病が流行し、宗全や勝元も命を落とした。
しかし、義政はこれを顧みず日夜酒宴に明け暮れ(ただし、これは将軍御所に退避した天皇に対する饗応の意味もある)、小河邸や東山山荘を造営した。また富子は困窮した東西軍の守護に金銭を貸し付けるほか、米の投機を行って大いに利益を上げた『大乗院寺社雑事記』内の『尋尊大僧正記』文明9年7月には富子が「畠山左衛門佐」に一千貫を貸し付けているという記録がある。永原慶二はこれを西軍の主将畠山義就(右衛門佐)と解釈している。しかし、西軍に参加している守護大名の畠山義統(左衛門佐)という研究者も存在する。
呉座勇一は尋尊が東軍の畠山政長(左衛門督)をしばしば「左衛門佐」と誤記していることを指摘し、富子が東西両軍に金を貸しているという批判は誤りであるとしている。。
寺社、公家、武家屋敷があった上京が焼け、商工業者が居住していた下京が焼け残ったことは、その後の京都の商業勃興をもたらした。
応仁の乱によって京都を追われた公家や民衆は京都周辺の山科や宇治、大津、奈良、堺といった周辺都市や地方の所領などに疎開していった。応仁の乱後の文明11年(1479年)に室町殿や内裏の造営が開始されたものの都市の荒廃による環境悪化によって疫病や火災、盗賊、一揆などの発生が頻発したこと、加えて在京していた守護大名やその家臣達(都市消費者として一定の役割を果たしていた)が領国の政情不安のために帰国したまま帰ってこなかったこともあり、京都の再建は順調とは言えなかった。また、こうした災害を理由とした改元(長享・延徳・明応)が相次いだ。
将軍義政は、義教の死後中断していた勘合貿易を宝徳3年(1451年)に復活させた。勘合貿易の復活や側近の守護大名及び幕府官僚の財政再建によって、応仁の乱前の幕府財政は比較的安定してはいた。だが、義政は幕府財政を幕府の権威回復や民衆の救済にではなく、趣味の建築や庭園に費やした。結果、応仁の乱後の京都の復興は大幅に遅れることとなった。
一方で、町衆主導によって行われたと評価されてきた明応9年(1500年)の祇園祭の再興も本来祇園祭が疫病平癒の祭りであったことを考えると、逆に当時の社会不安の反映が祇園祭再興を促したという側面も考えられるまた室町幕府も明応9年をはじめ、以後の祇園祭に度々介入して主導権の回復を図り実際に戦国時代初頭には幕府の命令による祇園祭の延期や年2度開催が度々行われた。本当の意味での町衆による祇園祭開催が可能になったのは、天文2年(1533年)の幕府の延期命令に対する町衆の反対運動以後と考えられている。。
また、当時町衆における法華宗受容も社会不安からくる信仰心の高まりと関連づけられる。
それでも明応7年(1498年)頃より京都の住民に対する地子銭徴収が次第に増加していったこと、永正5年(1508年)以後の酒屋役徴収の強化命令が幕府から出されている事からこの時期に京都の人口回復が軌道に乗り出したと考えられ、明応9年の祇園祭の前後数年間が京都の本格的な復興期と考えられている。
応仁の乱の戦いで特徴的とされるものは正規の武士身分ではない足軽の活躍である。それまでは正規の武士が少数の従卒による小グループを率いて騎射を主体に戦っていたが、兵力不足に悩んだ両軍は足軽を大量に雇い入れ、戦力に加えた。主力武器も個人戦に適した薙刀から、足軽による集団戦に適した槍へと移行した。
東軍の足軽大将骨皮道賢や西軍の御厨子某は後方攪乱として足軽によるゲリラ戦を行って名を上げるなど、散兵も活用された。
足軽は盗賊などの無法者を多く含んでおり、高い自立性を持っていた。彼らは異形の装いをし、市街の放火や略奪を頻繁に行った。このため一条兼良は『樵談治要』において「洛中洛外の諸社諸寺五山十刹公家門跡の滅亡は彼らが所行なり」と非難している。一方で東寺などの権門寺社も自衛のために足軽を雇用することもあった。
乱のきっかけは畠山義就を山名宗全が支援したことであるが、何故ここまで乱の規模が拡大し、長期間継続したのかという問題には様々な解釈が建てられている。
多くの大名には陣営を積極的に選ぶ理由はほとんど無かった。富子は義視が西軍に逃亡した後も土御門内裏が炎上しないように西軍の大内政弘と連絡を取り合っているなど、将軍継嗣の問題だけでは説明がつかないという見方もある。永原慶二は幕政の中心人物である勝元と宗全が争ったため、結果的に幕政に関与していた諸大名は戦わざるを得なくなったとしており、戦い自体にはさしたる必然性もなく、戦意がない合戦が生み出されたとしている。
当時の人々も理解できなかったらしく、尋尊は「いくら頭をひねっても応仁・文明の大乱が起こった原因がわからない」と「尋尊大僧正記」に記している。
応仁の乱が描かれた代表的な軍記物としては、『応仁記』『後太平記』『瓦林正頼記』などがある。特に、著名な軍記物語である『応仁記』は、細かい描写がなされて乱の研究に欠かせない史料であるが、儒教的色彩が濃く、幾つかの誤りが指摘されるようになった。実子・足利義尚の将軍職擁立を切望する日野富子が山名宗全に依頼し、足利義視の将軍職就任を阻止しようと暗躍したという説は誤りであるとされ、富子が乱の元凶であったとする説を現在にまで流布させる要因となった。
摂津・河内・和泉(摂河泉と呼ばれる)3ヶ国のうち摂津・和泉は細川氏が、河内は畠山氏が守護を務めていた。しかし、畠山氏がお家騒動で混乱し、応仁の乱で大内政弘が西上して京都の戦闘が各地に及ぶと、近郊の摂河泉は東西両軍の衝突地域となっていった。また、山城国は畠山氏の領国であるが、細川勝元が畠山持国への対抗から山城国人を被官に加え、畠山持国の弱体化を目論みお家騒動を煽った影響で山城国は義就と政長どちらに付くかで分裂した。
畠山義就は乱直前の足利幕府への工作で守護職を取り戻し、御霊合戦で畠山政長を破り立場を固めた。ところが、政長を援助していた細川勝元が諸国の軍勢を動員すると、幕府から守護職を取り上げられ政長に替えられ、再び地位を失うと義就は実力行使で領国奪取に動いた。一方、大内軍は上洛して西軍の主力として京都で東軍と戦っていたが、文明元年4月に義就が山城国西岡を攻めて陣取っていた西軍を丹波国へ追い落とし(西岡の戦い)、山城勝竜寺城へ入って摂津・丹波付近を伺うようになると、大内軍も7月に摂津国へ侵攻して諸城を落とし、摂津の殆どを制圧した。しかし、池田城だけは城主の抵抗で持ちこたえ、10月に山名宗全の次男の山名是豊と赤松政則が東軍の援軍として大内軍を撃破して兵庫を奪還したため、大内政弘は池田城の包囲を解いて東軍迎撃に向かった。これに対し、是豊は摂津神呪寺に着陣して大内軍と戦い、その後は東進して摂津と山城の国境の山崎に布陣した。
文明2年1月から4月にかけて山崎の是豊と勝竜寺城の義就が交戦したが決着は着かず、5月に東軍の裏工作で摂津国に留まっていた大内政弘の家臣仁保弘有が寝返り、直後に茨木城と椋橋城が東軍に奪回され反撃の契機となった。一方、大内政弘は南山城の木津川流域を攻撃目標として7月に八幡へ進出して木津を除く南山城を制圧した。だが、木津に拠点を構える東軍の抵抗は激しく、大内軍は木津を奪えないまま下狛(精華町)に待機して一進一退の状況を続けていった。義就は8月に山城国から大和国を経て河内国へ侵攻、若江城と誉田城を包囲したが落とせず撤退、山名是豊は領国の備後で西軍が蜂起したため12月に下向していった。山城国は山名是豊が東幕府から守護に任じられていたが、大内軍による南山城の占拠や是豊が備後国への撤退後は義就が実力で山城を支配することになり、守護でないにもかかわらず義就は山城国を実質上占領下に置いた。
文明3年6月、大内軍と畠山軍が合流して摂津・和泉に侵入したが、敵の反撃で失敗、以後畿内で大きな戦闘はほとんど行われず、文明4年10月に木津から出陣した東軍は大内軍の反撃で退散、文明7年4月に大内軍が木津へ攻撃して失敗したことが挙げられる程度であった。文明8年に政長は家臣の遊佐長直を河内国に下向させて若江城に赴任させたが、義就は翌文明9年9月に河内へ向かい、9月から10月にかけて若江城を始めとする河内の諸城を陥落させ長直を追放、河内を制圧した(若江城の戦い)。大内軍も呼応して木津を落としたが、大内政弘は幕府と和睦して11月に帰国したため、木津と摂津は東軍の手に戻された。以後、南山城は政長を始めとする幕府が領有したが、河内は守護ではない義就が占拠した状態が続いていくことになる。
大和国も畠山持国の影響力が強かったため、大和国人もお家騒動で互いに敵対していった。義就に就いた国人は越智家栄・古市胤栄で、政長には筒井順永・成身院光宣・十市遠清・箸尾為国らが味方した。光宣は乱勃発直後から政長に仕え、御霊合戦後に政長を勝元の屋敷へ手引きして、文明元年に亡くなるまで東軍に属していた。古市胤栄は義就に手助けすべく応仁元年6月に上洛したが、他の国人衆は表立って活動は行わなかった。
事態が動いたのは文明2年に大内軍が摂津国から南山城へ南下した時で、山城国と大和国を結ぶ重要拠点の木津を大内軍が攻めてきたため、筒井順永は木津防衛に向かい大内軍の進出を阻止した。一方、越智家栄は義就の河内侵攻に参加、古市胤栄は下狛の大内軍陣地に合流して順永と交戦、文明3年になると十市遠清も東軍方として動き、1月に近江の東軍を助けて西軍の六角高頼軍を撃破、6月に順永・遠清・箸尾為国が畠山軍の河内侵攻を阻止するなど大和国人の殆どが乱に参戦するようになった。
文明4年10月に順永は下狛の大内軍に夜襲を仕掛けたが逆襲に遭い敗走、文明5年の和睦でも戦乱は止まず、文明6年になると大和国人衆の紛争が続出して戦乱は大和に拡大していった。文明7年4月に大内軍の木津攻撃を順永が撃退、5月に大和春日社頭で順永・遠清・為国ら東軍と家栄・胤栄ら西軍が衝突して東軍が勝利、古市胤栄は敗北の責任を取り隠居、弟の澄胤に家督を譲った。また、文明8年に筒井順永が亡くなり嫡男の順尊が後を継いだ。
文明9年に義就が河内国に侵攻・制圧すると大内軍も木津を攻撃し、木津を守る順尊ら政長派は木津を放棄、本拠地も失い没落したため、戦乱の末に大和国は越智家栄・古市澄胤ら義就派が勝利して大和は義就の手に入った。大和国は興福寺が支配していたが、大乱に伴う分裂で国人衆の台頭を抑えられず権威が下降した。興福寺別当の尋尊は日記で戦闘を詳細に書き記す一方で、混乱を収められない無力さを嘆いている。以後、没落した政長派は潜伏して遊撃兵として義就派への抵抗を続け、大和は義就派と政長派が抗争を繰り返していった。
近江国は京極氏と六角氏それぞれが治めていたが、六角氏も幕府の介入でお家騒動が悪化・分裂したため京極持清が東幕府の支援を得て近江の六角高頼を攻撃、高頼は美濃国の斎藤妙椿の後ろ盾で対抗していった。京極持清・勝秀父子は高頼の従兄の六角政堯と共に高頼の居城である近江観音寺城に度々攻め入り、高頼も応戦した。美濃国では守護の土岐成頼は西軍に加わるため上洛、守護代の斎藤利藤は幼いため叔父の斎藤妙椿が後見役として実質的に美濃を治めていたが、西美濃の国人長江氏・富島氏は京極氏と組んで妙椿に反乱を起こした。
美濃国の内乱は応仁2年までに妙椿に鎮圧されたが、近江国は決着が着かず一進一退、観音寺城が東軍に奪われては西軍に奪回されることが繰り返されていった。しかし、応仁2年に勝秀が死去、続いて文明2年に持清も亡くなり京極氏はお家騒動で2つに割れて弱体化(京極騒乱)、勝秀の弟政光と家臣の多賀清直・宗直父子は勝秀の遺児乙童子丸を擁立して西軍に寝返り、政光の弟政経と多賀高忠は乙童子丸の弟孫童子丸を擁立して争った。文明3年に政堯が高頼に討ち取られると戦況は西軍に傾き、文明3年と4年に妙椿が高頼に援軍を派遣して東軍を圧迫する。文明5年3月に宗全が亡くなると、妙椿は上洛して宗全に代わる西軍の指導者に成り上がった。
追い詰められた東軍は、信濃国の小笠原家長・木曾家豊に美濃の背後を突くよう要請、合わせて富島氏の再起を促し挟撃を図った。妙椿は直ちに反乱を押さえ伊勢国に出陣して東軍を牽制し、11月に出陣した小笠原家長らに東美濃を占拠されるという痛手を被ったが、文明7年1月に妙椿は信濃勢に勝利してそれ以上の侵略を阻止した。一方、京極氏は文明3年に孫童子丸が、4年に政光が没して政経が当主となったが、乙童子丸・清直父子が北近江、高頼が南近江を確保していたため東軍は劣勢となった。
そして、文明7年10月に近江国で決戦となり、妙椿の援軍と合流した高頼が勝利を収め、近江における戦乱は終結した。幕府も乙童子丸・清直父子と高頼及び成頼・妙椿らと文明10年(1478年)に和睦してそれぞれの支配を認めた。しかし、京極騒乱は収まらず政経は抵抗を続け、幕府も後に態度を翻して近江出兵を強行したり(長享・延徳の乱)、乙童子丸から家督を取り上げ政経に与えたりしていた。美濃国でも妙椿没後に実権を握った甥の妙純と利藤が争ったり(文明美濃の乱)、成頼の後継者を巡り内乱が発生したため(船田合戦)、近江と美濃の戦乱はなおも続いていくことになる。
越前・尾張・遠江3ヶ国は斯波氏領国であるが、畠山氏と同じくお家騒動と家臣団の内乱で戦争状態となっていた。義敏は乱直前に3ヶ国守護に復権したが、文正の政変で守護職を失い義廉が守護に戻った状態で乱が勃発、義敏は越前国に入り義廉派と交戦、義廉は京都で家臣の朝倉孝景・甲斐敏光らと共に東軍と戦っていた。特に朝倉孝景の活躍は目覚しく、御霊合戦では義就に加勢して政長軍を破り、一条大宮の戦いでも戦果を挙げて東軍から討伐対象に挙げられていた程であった。
しかし、朝倉孝景に対して東軍が応仁2年から内応工作を始めると、孝景は閏10月に義敏征伐を口実に越前国に下る一方で東軍と裏交渉を行い、文明3年5月21日に孝景の越前守護職任命を記した足利義政と細川勝元の書状が届き、孝景は公然と東軍に寝返った。これにより朝倉孝景は斯波義敏と同陣営に属することになるが、両者はかつて長禄合戦で敵対していたため、共同戦線を張れないことを察した足利義政は義敏に中立を命じたため、義敏の家臣が孝景に味方しても義敏本人は合戦に参加しなかった。また、応仁2年に斯波義廉は関東との秘密交渉の発覚で足利義政から管領と守護職を取り上げられ(西幕府では存続)、細川勝元と義敏の息子松王丸がそれぞれ管領と守護職に就任した。甲斐敏光は義廉の陣営に留まっていたが、孝景の寝返りを知ると越前へ下向した。
越前では朝倉孝景と甲斐敏光が中心となり合戦を繰り広げていったが、東幕府の支持を得た孝景が有利であり、文明4年8月に甲斐敏光の本拠地である府中(越前市)を落として甲斐敏光を加賀へ追い落とし、残党も翌文明5年8月の合戦で討ち取った。甲斐敏光は挽回を図り文明6年閏5月に富樫幸千代の援助で再度越前に攻め入るが、朝倉軍に連敗を続けた末に斎藤妙椿の斡旋で孝景と和睦、越前奪還を諦めた。
朝倉孝景の越前統一は間近に迫ったが、文明7年4月に孝景の急成長に危機感を抱いた義敏が大野郡土橋城に籠城して国人二宮氏と結託、孝景は義政から義敏の保護を命じられていたため迂闊に土橋城を攻撃出来ず、大野郡の占拠は長期間に亘った。7月に孝景は二宮氏を土橋城外に誘き出して討ち取り、11月に土橋城の攻撃を開始したため、義敏は観念して12月に降伏、孝景の処置で京都に送り返され越前は孝景に平定された。
甲斐敏光は文明7年2月に松王丸(元服して義良と改名)と共に上洛して足利義政から遠江守護代に命じられ下向、朝倉孝景に続いて甲斐敏光にも見捨てられた斯波義廉は11月に残された領国・尾張に向かったが、尾張でも内乱が発生、文明10年に幕府から反逆者と指名されたのを最後に消息を絶った。遠江では駿河守護今川義忠が東軍の命令を受けて文明5年から遠江へ侵攻していたが、文明7年に甲斐敏光が東軍から守護代に任命されると大義名分を失い、文明8年に今川義忠が戦死すると今川氏は後継者に嫡男龍王丸(後の今川氏親)と従弟の小鹿範満が擁立されお家騒動が発生、遠江侵攻は中断された。
斯波義良は応仁の乱終結後は越前の奪還を図り、文明11年(1479年)に甲斐敏光と二宮氏などを連れて越前に攻め入った。文明13年(1481年)に孝景は亡くなったが、後を継いだ息子氏景は斯波軍を越前から追い出し完全平定を果たした。義良も越前奪回を諦め文明15年(1483年)に尾張へ下向、甲斐敏光も朝倉氏景と和睦して越前は朝倉氏、遠江は甲斐氏、尾張は織田氏がそれぞれ守護代として受け持つことを取り決めた。かくして越前は朝倉氏が実質的に領有を果たし、斯波氏と甲斐氏は尾張・遠江を拠点としたが、やがて今川氏親と織田氏の勢いに押されていった。
播磨・備前・美作は元は赤松氏領だった所を山名宗全・山名教之・山名政清ら山名一族が嘉吉の乱で奪い取った経緯があり、再興を目指す赤松の遺臣達にとって山名氏との衝突は避けられなかった。長禄の変で赤松郎党が手柄を立てたことにより、赤松政則は細川勝元の支援で加賀半国守護に就任して復権の足掛かりを築き、赤松政則は家臣の浦上則宗と共に義政の警固や屋敷建造、土一揆鎮圧などに努め義政の側近として重用された。宗全からは敵視され文正の政変で失脚したが程無く復帰、応仁の乱では在京して則宗と共に西軍と戦った。
播磨3ヶ国では宗全を始めとする山名一族は軍勢を引き連れて上洛したため、好機と捉えた宇野政秀ら赤松氏家臣団は3ヶ国の奪還に動き出した。乱勃発直後の応仁元年5月に宇野政秀は播磨に下向して赤松氏遺臣の蜂起を促し、播磨を手に入れると備前・美作にも侵攻し備前も奪回したが、美作は守護代の抵抗が強く一度敗退、完全平定まで3年後の文明2年までかかった。この間、宇野政秀は文明元年に摂津で山名是豊と合流して池田城の救援に赴き大内軍を撃破、兵庫を奪還している。また、乱における活躍で赤松政則は東軍から3ヶ国の守護に任じられ、赤松氏の再興に大きく前進した。
文明6年に細川氏と山名氏は単独で和睦を結び戦争から離脱した。赤松政則は和睦に反対したが、文明9年の終戦で3ヶ国守護と侍所頭人の地位を保証され赤松氏の再興を果たし、側近の浦上則宗も侍所所司代として赤松氏の重臣に成り上がった。しかし、山名氏は和睦で失った3ヶ国の奪還を狙い、宗全の後を継いだ山名政豊は播磨を伺い、赤松政則も山名氏領国の不満分子を嗾けて反乱を起こさせたため、両者は終結後も3ヶ国を巡り争奪戦を繰り広げていった。
備後は宗全の次男山名是豊が治めていたが、宗全と不仲であった所を勝元に籠絡され、山名氏の大半が西軍に属したのと異なり唯一東軍に与した。安芸国は大内氏と武田氏の対立の場となっていて、安芸国人の殆どを勢力下に収める大内氏に対し、武田氏は大内氏に危機感を抱く細川氏の支援で対抗した。文安4年に安芸国で最初の衝突が発生、これ以後は大内氏が度々安芸に侵攻しては勝元が武田氏と反大内の国人を支援して侵略を阻止していった。伊予国で大内氏が河野氏を支援したことも勝元が大内氏と対立する原因となった。
乱勃発で大内政弘は宗全の要請で領国周防から出陣、応仁元年7月20日に兵庫に上陸して8月23日に上洛、西軍と合流して東軍の脅威となった。対する武田信賢・国信兄弟と毛利豊元・吉川経基・小早川煕平ら反大内の安芸国人は東軍に加わり、是豊も上洛して東軍と合流した。上洛せず安芸・備後に留まった国人勢力も二分されそれぞれ争ったが、備後は宗全の影響力が健在だったため東軍が不利で、応仁2年11月に是豊が一時帰国しなければならない程であった。文明元年に是豊は再び上洛、その途上で摂津の大内軍を破り山崎に布陣して翌文明2年西軍と交戦、備後が西軍の加勢でまたもや劣勢になったため12月に帰国した。一方の武田信賢らは京都に留まり西軍と戦った。
文明3年になると信賢と国信の弟で安芸の留守を守っていた武田元綱が西軍の工作で反乱を起こし、毛利豊元も大内氏に誘われて安芸に帰国すると西軍に寝返り、安芸・備後は西軍有利に傾いた。東軍は国人衆に忠誠を誓わせ寝返り防止に努め、山名是豊も備後で転戦して形勢を立て直そうとしたが、文明5年から文明7年の2年間西軍の小早川弘景ら安芸・備後国人衆が東軍方の小早川敬平が籠城する高山城を包囲したにもかかわらず救援に来なかったことから人望を失い、備後から追放され消息を絶った。文明7年4月23日に安芸・備後の東西両軍は和睦を結び、中国地方の戦乱は終息に向かった。
戦後備後は山名是豊の甥(弟とも)に当たる山名政豊が領有することになり、残党は政豊に討伐された。安芸は武田氏を始め国人が割拠する状態に置かれ、武田元綱は文明13年に信賢の後を継いだ武田国信と和睦、安芸の国人領主として兄から独立し大内氏と友好関係を結んだ。他の国人衆も大内氏との対立を解消し安芸は平穏になったが、戦乱を通して大内氏の影響力は増大、備後で山名政豊と国人が対立して支配が揺らいだため、大内氏と新たに台頭した尼子経久が国人衆を巻き込み衝突していった。