国鉄485系電車
しかし、天王寺 - 新宮の所要時間は振子式の381系と比べ1時間半ほど長く、従来の気動車急行列車と大差がなく苦情も多発したため381系による置換えが決定、翌1986年11月1日のダイヤ改正で運用を終了。一部のクハ481形はクロハ481形に、クハ480形はMG・CP搭載を施工しクハ481形へ改造の上で「北近畿」運用へ充当される福知山運転区転出車 と九州地区転出車に分けられた。
1984年2月のダイヤ改正で増発を行った際には短編成化による先頭車不足から、東北・上越新幹線開業による保留車をクハ481形に改造対応した。さらに本改正では、モハ485形→クモハ485形・サロ481形に運転台を取付けクロ480形にするなどの短編成化改造を多数施工し対応した。モハ485形→クモハ485形への改造は、定員数の問題からモハ484形200番台のユニットが充当されたために鹿児島運転所の初期車は南福岡車と交換が行われたほか、青森運転所からMM'ユニット9組18両が転入。また、東北地区にボンネット型クハを大量供出した見返りに非ボンネットクハ16両が南福岡電車区に転入した。
この後、先頭車化改造や半室グリーン車のクロハ481形への改造が頻繁に行われるようになり、短編成化はさらに推進された。1986年11月1日国鉄ダイヤ改正では、分社化後の車両運用や供給も考慮された車両転配が行われた。本系列に関しては、些細な転配を除くと以下の特徴がある。
「あさま」用として200番台車を中心にした489系電車27両が金沢運転所から長野第一運転区 に転出
日本海縦貫線に関係する特急車両配置基地の見直しを行い、新潟運転所上沼垂支所を上沼垂運転区として独立させ青森運転所・秋田運転区・勝田電車区・向日町運転所・金沢運転所からの転入車72両を配置。「雷鳥」「白鳥」「北越」の運用を担当。
1987年4月の分割民営化で、483系8両・485系1083両・489系136両がJR4社に承継された。
JR北海道・JR西日本・JR九州からは所属車両が既に全廃。JR東日本所属車は2022年4月1日現在で12両が車籍を有するが、定期運用は終了しており臨時運用のみに充当される。そして臨時運用も2022年12月11日で終了した。
1500番台の本州転出後、分割民営化直前に以下の車両が札幌運転所に転入しJR北海道に承継されたが、営業運転には投入されず他系列への改造種車もしくは廃車となった。
サシ481-50
1987年3月27日に青森運転所から転入。当初は車籍抹消後レストランに転用するという計画もあったが、「北斗星」1往復(3号・4号)を季節列車から定期格上げの際に食堂車組込が必要となり、1989年に苗穂工場でスシ24 508へ改造された。2008年3月のダイヤ改正まで運用され同年4月30日付で廃車となった。
サロ481-37・41・47・60・63・94
仙台から転入した94を除いた5両は、1986年3月31日に一旦廃車扱いとなり、国鉄分割民営化直前の1987年3月6日に車籍復活した元向日町運転所所属車。真偽不明だがジョイフルトレインの種車に使われるという計画もあったものの、1990年に全車廃車となった。
一方営業運転では、青函トンネル開業時にはそれまで青森発着とされていた東北新幹線連絡特急の一部を函館まで延長運転することになり、1987年12月6日から青森 - 函館間で1日1往復の試運転を開始。トンネルが開業した1988年3月13日から2002年11月30日までは「はつかり」で、それ以後は「白鳥」でJR東日本青森車両センター所属の津軽海峡線走行対応車が乗り入れたが、2016年3月26日の北海道新幹線新函館北斗開業によるダイヤ改正で「白鳥」が全廃されたことから本系列の運用は終了した。
当初は1000番台が投入されたが、後に3000番台のみで運転された。また、車両故障時には運用の都合から函館運輸所の789系電車での代走となったケースもある。
JR北海道と東日本の乗務員交代は原則として蟹田で行われたが、一部列車は青森で行われた。
JR中で最も多い461両が継承された。主に東北・上越新幹線との連絡特急列車や快速列車などのフィーダー輸送に充当されてきたが、一部はジョイフルトレインに改造された。新幹線の開業や後継車両の導入により数を減らし、2022年現在で車籍を有していた12両も年内に運行を終了しており、この引退を以て485系は全廃となる。最後まで残った12両は全てがジョイフルトレインであり、高崎車両センターの所属だった。
全般検査は秋田・新潟・長野配置車両を除き郡山総合車両センターが担当する。
なお、JR西日本所属車も以前は「白鳥」「雷鳥」「北越」「白山」などで乗り入れていたが、2010年3月13日のダイヤ改正で「能登」が不定期格下げになったことにより乗り入れは終了した。
「リゾートやまどり」「華」の6両編成2本計12両。かつては「宴」6両編成1本も配置されていた。
このうち、クロ485-2は昭和40年6月に落成した車輌を平成9年に改造したものであり、皇室専用車を除いたJR東日本の車籍を有する電車の中では最長寿となっている。華は2022年10月30日に、リゾートやまどりは2022年12月11日に運行終了。この引退により、58年間続いた485系電車(前身となる481系電車・483系電車を含む)の歴史は幕を下ろした。
「ジパング」4両編成1本。2021年10月10日のさよなら運転を以て営業運行を終了し、その後郡山へ回送、10月14日付で廃車された。
1972年6月に増発する東北特急に対し仙台運転所の運用を補完する形で12両編成×3本と予備車8両を新製し計44両 で配置が開始され、当初は「ひばり」3往復ならびに臨時「やまびこ」を担当。白新線・羽越本線電化開業に伴う10月2日のダイヤ改正による「L特急」設定に伴い運用が大幅に増加。最盛期の1978年から1980年にかけてには12両編成×22本と予備車5両の計269両で「はつかり」「やまびこ」「ひばり」「やまばと」「いなほ」「白鳥」などの東北特急へ同所の583系電車174両と共に広域運用を担当したが、東北新幹線の開業により運用を縮小。分割民営化時点では、6両モノクラス編成×11本・「たざわ」用5両編成×4本・3両編成×5本・増結用MM'ユニット5組10両とサハ481形2両・保留車サシ481形2両の計115両が配置されていた。
全般検査は当初盛岡工場が担当していたが、1985年に閉鎖廃止となったことから郡山工場(現在:郡山総合車両センター)へ移管された。また、入出場は原則自走による回送で行われていたが、2002年12月2日の東北新幹線八戸延伸開業後は、同センター所属の双頭型両用連結器を装備したEF81 134・136・139・141のいずれかに牽引され、青森 - (奥羽本線)- 秋田 - (羽越本線) - 新津 - (信越本線) - 宮内 - (上越線) - 高崎 - (高崎線) - 大宮 - (東北本線) - 田端信号場 - (田端貨物線) - 三河島 - (常磐線) - 馬橋 - (武蔵野貨物支線) - 南流山 - (武蔵野線) - 武蔵浦和 - (武蔵野貨物支線) - 与野 - (東北本線) - 郡山のルートで配給列車による無動力回送へ変更された。
これは青森 - 盛岡間を第三セクター化した青い森鉄道・IGRいわて銀河鉄道経由とすると自社線内のみの運転が必須となる配給列車は設定できず、仮に設定できた場合でも線路使用料が発生するほか、貨車による甲種車両輸送ではJR貨物に輸送費を支払う必要があることに起因する。このため倍以上の迂回となっても費用削減が可能であり、さらには同センター所属の本系列は波動対応のA10 - A12編成を除くと首都圏内を走行する際に必要なATS-Pを搭載しておらず、田端信号場を経由するのは方転・機回しの手間を省略する目的によるものである。
2018年10月1日の時点ではA1・A5・A6の6両編成3本とMM'ユニット2組4両の3000番台計22両配置となったが、2019年1月22日付で最後まで在籍したA6編成6両が廃車となり配置が終了した。
以下は前身の青森運転所→青森車両センター時代を含む1982年以降の主な運用推移である。
1982年11月15日:上越新幹線大宮暫定開業による変更
「白鳥」
「鳥海」(新設)
「はつかり」
「いなほ」(秋田運転区と共管)
大阪発着「白鳥」「鳥海」のみサロ481形・サシ481形組込12両編成×6本を充当するほか、福井発着「白鳥」「はつかり」「いなほ」は9両編成×11本を充当。他車両基地と転出入を行ったもののMM'ユニット9組18両とサシ481形16両が余剰となり保留車となった。
1985年3月14日:東北新幹線上野開業による変更
「はつかり」
「いなほ」
「つばさ」
「むつ」
全編成からサロ481形・サシ481形を外し6両モノクラス化するとともにMM'ユニットが全車1000番台化された。「白鳥」は向日町運転所へ、「鳥海」は秋田運転区へ移管。車両配置は6両編成×15本と保留車のサロ481形3両・サシ481形17両の計110両配置となった。
1986年11月1日:分割民営化直前国鉄最後のダイヤ改正による変更
「はつかり」
「いなほ」
「つばさ」(山形発着1往復)
「たざわ」(秋田運転区から移管)
「むつ」は廃止。秋田運転区から転入のクロハ481形組込3両・5両編成により「たざわ」「つばさ」に充当。
1988年3月13日:青函トンネル開業に伴うダイヤ改正による変更
「はつかり」
「いなほ」
津軽線普通列車:蟹田 - 青森
「たざわ」「つばさ」運用を秋田運転区へ再移管し充当用3両・5両編成ならびに連結用車は転出。編成をクロハ481形組込6両編成×12本へ変更し、うち6本は海峡線乗入対策を施工し函館発着の「はつかり」へ充当。このほか、1990年に勝田電車区からの転入車により訓練車4両編成を配置。
1992年7月1日:山形新幹線開業に伴うダイヤ改正による変更
「はつかり」
「いなほ」
津軽線普通列車:蟹田 - 青森
急行「津軽」
「津軽」への充当はこれ以前に運用されていた583系電車のリニューアル工事に伴うもので工事が完了する1993年9月30日までの期間限定とされ、南秋田運転所との間で以下の車両転配が行われた。
「いなほ」充当7往復中5往復の運用移管を含んだ車両交換の形で青函非対応となるA10 -A12の6両編成×3本が秋田運転区へ転出。
同改正で廃止された上野発着「つばさ」ならびに共通運用の「あいづ」に充当されていたATS-P搭載の9両編成×3本。転入と同時にA10 -A12の編成番号を付番し、「津軽」運用に充当したが、終了後にMM'ユニット1組とサロ481形をカットした上でクハ481形1000番台をクロハ481形への改造ならびに一部車両交換の上で他の6両編成と共通化。編成番号を継続させ「はつかり」4往復増と波動輸送に転用。
サロ481-1001・1005・1008は保留車となったが、MM'ユニットはその後増結用や他編成と数度の組換を実施し、モハ485・484-1021・1035・1057の3組6両が1996年3月12日付で南秋田運転所へ再転出した。
1996年3月30日:秋田新幹線の工事・開業準備に伴うダイヤ改正による変更
「いなほ」運用を新潟車両センターへ移管。以後は「はつかり」運用のみ担当。配置車両は6両のA1 - A12編成12本・4両の訓練車A13編成・サロ481形保留車3両の計79両となった。
本改正と前後して3000番台化改造工事が開始され、1996年3月29日に第一陣のA6編成が竣工、1996年4月21日の「はつかり14号」から運用を開始。また、2度の転配が行われ、3000番台増結用MM'ユニットの捻出補完としてモハ485・484-1021・1035・1057 が1997年3月27日付で南秋田運転所から再転入。6月には上沼垂運転区のクハ481-1005と本運転所所属のクハ481-342を車両交換する形の転出入が行われた。
1999年12月4日:海峡線運用を3000番台車のみへ変更に伴うダイヤ改正
2000年3月11日:E751系電車「スーパーはつかり」運転開始に伴うダイヤ改正
3000番台化改造工事は1999年10月までに海峡線乗入6両編成×5本・海峡線非対応6両編成×2本・増結用MM'ユニット3組6両の計48両へ施工。工事完了後の12月4日のダイヤ改正では定期運用を海峡線充当が3000番台車で4本、盛岡 - 青森間専従が在来車と3000番台で4本とする運用変更を実施した。
さらに2000年3月11日には盛岡 - 青森間の一部列車をE751系による「スーパーはつかり」へ置き換えたことから、盛岡 - 青森間限定運用も海峡線非対応の3000番台×2本での充当となった。
定期運用を失った在来車編成5本は、予備ならびに臨時列車などの波動輸送担当となったが、以下の2編成が転出した。
A12編成:2000年7月に上沼垂運転区へ転出(共通予備T18編成)
A7編成:2002年11月に仙台運転所へ転出(「あいづ」充当転用)
保留車のサロ481形は1001が2001年7月13日付で、1005・1008は同年8月23日付で廃車された。
2002年12月2日:東北新幹線八戸延伸開業に伴うダイヤ改正よる変更
以下の変更を実施。
盛岡発着の「はつかり」を全廃。運転区間を八戸・青森 - 函館間とし愛称を「白鳥」へ変更。
青森県内発着の「つがる」を新設。
上述列車には3000番台6両編成×7本と増結用MM'ユニット3組6両の計48両を充当し、以下の運用が組まれた。
海峡線対応編成運用4仕業(A1・A2・A4・A5・A6編成)
「白鳥」5往復 「つがる」1.5往復
津軽線普通列車:蟹田→青森1本
海峡線非対応編成運用1仕業(A8・A9編成)
「つがる」2往復
津軽線普通列車:蟹田 - 青森1往復
このほか、予定臨時「つがる」運用に2往復もしくは3往復に海峡線対応・非対応を問わず充当された。
3000番台を除いた在来車では、波動対応1000番台6両編成×3本・訓練車4両編成×1本が配置されており、3000番台と併せて計70両配置となったが、1000番台編成からA10・A11編成は2003年3月までに転出した。
A10編成:2003年1月に上沼垂運転区へ転出(「ムーンライトえちご」K1編成転用)
A11編成:2003年3月に上沼垂運転区へ転出(「ムーンライトえちご」K2編成転用)
1000番台6両編成は、実質的には転用未定のまま海峡線ならびに波動運用対応のほか臨時「つがる」充当用とした予備車を兼ねるA3編成1本のみの状態で、2006年3月に同編成は「あいづ」充当により仙台へ転出したほか、羽越本線脱線転覆事故による車両補充のため3000番台A9編成に組成されていたモハ485・484-3056・クハ481-3350・クロハ481-3020の計4両が新潟車両センターへ転出した。
2004年4月1日付で青森車両センターに組織変更ならびに改称時点では、A1・A2・A4・A5・A6・A8の3000番台6両編成×6本と増結用MM'ユニット4組8両ならびに訓練車のA13編成で計48両となったが、A13編成は2005年に廃車となった。
2010年12月4日:東北新幹線新青森開業による変更
JR北海道函館運輸所の789系とグリーン車連結位置を合せるために編成ごと方向転換を実施。また、「つがる」は秋田発着の「かもしか」を統合。さらに毎日運転の臨時列車扱いで大館発着を新設し4両編成化。以下の運用ならびに組成へ変更。
6両編成運用2仕業(A1・A5・A6編成)
新青森 - 函館間「白鳥」定期2往復1仕業 予定臨時2往復1仕業
4両編成運用3仕業(A2・A4・A8編成)
「つがる」6往復
青い森鉄道線青森 - 浅虫温泉間快速列車1往復(5552M・5553M)
増結用MM'ユニット7組14両
4両編成運用は2011年4月23日にE751系へ置換えたため余剰となったが、E751系は予備車がないためA8編成のみ残存。検修・故障時などに浅虫温泉快速1往復と大館発着「つがる」2往復に限定充当された。
大館発着「つがる」は2014年3月15日のダイヤ改正で廃止され間合いの浅虫温泉快速も充当終了。以後は秋田発着2往復運用 の予備車とされた。
余剰車のうちA4編成に組成されていたモハ485・484-3014は、ジョイフルトレイン『ジパング』へ再改造され盛岡車両センターへ転出。A4編成の制御車2両・A2編成・増結用MM'ユニット4組8両の計14両が廃車され、配置は増結用MM'ユニット2組4両・保留MM'ユニット1組2両を含み28両へ減少した。
組織変更により青森車両センターから盛岡車両センター青森派出所へなると同時に本系列を充当する唯一の定期特急「白鳥」が廃止。また、「つがる」も5往復→3往復による運用減とE751系を秋田車両センターへの転出と運用移管を実施し本系列の予備充当が終了となったことから、すべての運用が終了。ただし車両は検査期限が残っていたため引き続き配置されたが、以下のスケジュールで廃車となった。
A8編成と増結用MM'ユニットモハ485・484-3067の計6両。
A1編成からモハ485・484-3062、A5編成からモハ485・484-3047のMM'ユニット2組4両。
A5編成残り4両および増結用MM'ユニットモハ485・モハ484-3081。
A1編成残り4両および保留車のMM'ユニットモハ485・モハ484-3049。
A6編成6両。
1976年に奥羽本線全線電化による「つばさ」本系列置換えで1000番台の新製投入が予定されていたが、電化開業が1975年11月になった。一方で電化工事遅れから長崎本線・佐世保線用として南福岡に配置されたものの休車なっていた在来車50両の有効活用ならびに青森からクハ481形200番台10両の転入車と新製されたサロ481形6両の計66両で秋田運転区時代に配置を開始。翌1976年に在来車は引通線追加など1000番台対応改造を施工したサシ481形を除き南福岡電車区へ再転出、1000番台新製車に置換えられ12両編成×6本の72両が配置された。
当初は「つばさ」2往復のみを担当したが、1978年10月2日ダイヤ改正で1000番台対応改造済サシ481形を除き全車1000番台による12両編成×12本計144両で「つばさ」3往復・「やまばと」3往復・秋田発着「いなほ」1往復を担当。翌1979年7月1日ダイヤ改正では秋田発着「いなほ」が2往復担当となり、12両編成×14本と予備のクハ481形2両計170両配置となった。
1982年6月の東北新幹線大宮暫定開業に伴い、食堂車が編成から外され11両編成となりサシ481形は向日町ならびに金沢へ転出。11月の上越新幹線開業によるダイヤ改正ではサロ481形組込9両・モノクラス6両の短編成化を実施。編成増対応として青森からクハ481形が転入し新たに「たざわ」「はつかり」「あいづ」などに充当される広域運用が組まれたほか、1985年には青森運転所から臨時「鳥海」の運用を移管され専用のサロ481形組込7両編成も組成されたが、民営化後に勝田電車区と共管になり1988年に廃止。
1987年の民営化後は、6両編成用に一部のクハ481形→クロハ481形への改造、さらに青森からモハ485形→クモハ485形への改造施工車の転入により3両・5両編成が組成されたが、運用面では1992年7月の山形新幹線開業で「つばさ」「あいづ」への充当を終了。余剰となった9両編成×3本は青森運転所へ転出し急行「津軽」ならびに波動輸送対応に転用。新たに「こまくさ」に充当されるも秋田新幹線の開業により「たざわ」廃止ならびに「はつかり」運用を青森へ、「いなほ」運用を上沼垂運転区へ移管などで縮小。
1997年に国鉄色から秋田色もしくはかもしか色と呼ばれる専用色に変更、11月11日に「かもしか1号」でデビュー。1999年3月13日の山形新幹線新庄延伸開業によるダイヤ改正以降は「かもしか」のみの運用となり、配置車は廃車や他車両基地への転出により減少した。
2004年4月1日の南秋田運転所から秋田車両センターへ組織変更ならびに改称後は、保留車となっていたMcM'ユニット4組が廃車され3両編成×3本のみの配置となったが、2010年12月4日の東北新幹線新青森開業に伴うダイヤ改正により「かもしか」は「つがる」に吸収される発展的解消と同時に青森車両センターに運用移管となったため定期運用が消滅。その後は波動輸送対応で団体列車・臨時列車で運用 されたが、2011年10月に全車が廃車となり配置車両が消滅した。
なお、本センター配置車両は国鉄時代に1000番台対応改造工事を施工したサシ481-57 - 59・61 - 63・65 - 67・75・76・81 - 83の14両、民営化後に青森から転入したクハ481-346 - 349・351・352・1506・1508の8両、多客期増結用とされたサハ481-108・109 の2両を除きすべて1000番台車で構成されており、全般検査は後述する新潟車両センター所属車と同様に秋田総合車両センターで実施されていた。
1965年10月1日のダイヤ改正で「ひばり」2往復・「やまびこ」1往復用として483系44両で運用開始。1968年10月1日改正からは「やまばと」「あいづ」、1972年からは「ひたち」にも充当。1973年10月1日改正で「やまびこ」を青森運転所へ移管するものの以後は増発され続ける「ひばり」「ひたち」「やまばと」に対応し最盛期の1978年には12両編成×15本・9両編成×6本・予備車6両の計240両が配置された。1982年11月の東北新幹線開業に伴うダイヤ改正で「やまばと」「あいづ」は秋田運転区へ運用移管。「ひばり」は予定臨時1往復のみとなり以後は「ひたち」に12両編成×10本が定期運用となり、余剰車は483系MM'ユニットとサシ481形の初期車一部が廃車となったほかは、他の車両基地へ転出した。しかし残存した「ひたち」運用も1985年3月のダイヤ改正で勝田電車区へ移管となり、余剰となったサロ481形4両とサシ481形11両のみ残存となったものの1986年中にサロ481形は3両がサロ110形へ改造、1両が札幌運転所へ転出。サシ481形は全車廃車となり本系列の配置は一旦終了した。
民営化後の1993年に特急「ビバあいづ」用編成が所属となり配置が復活。以後は2回の編成入れ替えを実施し、2005年以降は「あいづデスティネーションキャンペーン」に対応した運用、2007年以降は以下の6両編成×2本計12両が磐越西線郡山 - 会津若松間の快速「あいづライナー」3往復の定期列車ならびに波動運用を担当した。
所属編成の詳細は#「あいづ」用改造も参照のこと。
A1・A2編成
元青森運転所A3編成で2006年夏の臨時特急「あいづ・仙台あいづ」用として転入する際に郡山総合車両センターで「あかべぇ」塗装への変更を含む改造を施工。青森運転所時代に津軽海峡線対応車改造工事を施工されたためCP床下移設ならびにモハ484形の第1パンタグラフはPS26B形はそのままとしたが、ATC-Lは撤去。
2007年2月 - 3月には、千葉県勝浦市で行われる「かつうらビッグひな祭り」に対応する高尾 - 安房鴨川間臨時特急「かつうらひなまつり」に充当。以降は「あいづライナー」のほか「この夏も会津へ2007キャンペーン」の一環として上野 - 喜多方の臨時特急「あいづ」に充当。以後2010年まで夏期に臨時特急「あいづ」に充当された。
2011年春に郡山総合車両センターに入場し国鉄特急色に塗装変更を実施。6月2日の「あいづライナー」より運用に復帰した。2012年2月25日以降は「あいづライナー」運用に後述のA3・A4編成を投入し、本編成は波動輸送を中心にA3・A4編成が充当できない際には「あいづライナー」代走運用に充当された。
2015年にA3・A4編成は廃車となったが、本編成は「ふくしまデスティネーションキャンペーン」が開催された2015年4月 - 6月の週末ならびにゴールデンウィークを中心に通常は719系電車4両編成による快速列車3往復を置換えた快速「あいづ」ならびに波動運用に充当されたが、老朽化のため2016年6月18日・6月19日に仙台支社が主催するラストランを最後に運用離脱。2015年8月4日付で廃車され配置が消滅した。
A3・A4編成
2002年の「あいづ」運行に際し転入した元青森運転所A7編成。2005年度「あいづデスティネーションキャンペーン」に合わせて改造され臨時特急「あいづ・アクセスあいづ」に充当された。
運行終了後に東武日光線直通特急「日光・きぬがわ」用に再改造され小山車両センターに転出しG55・G58編成となった。当初は2011年4月16日に「日光・きぬがわ」の253系1000番台導入に伴い、本センターへ小山からの転入が予定されていたが、前月に発生した東北地方太平洋沖地震の影響で列車そのものが運休となり置換えも2011年6月に延期。2012年2月12日付で本センターへ再転入し、2月25日以降「あいづライナー」運用に充当された。
2015年3月14日のダイヤ改正で「あいづライナー」が廃止されたため定期運用が終了。3月15日の団体臨時列車『さよなら「あいづライナー485系」』で運用を終了し、2015年7月3日付で廃車。
本センターは、1986年11月1日に新潟運転所上沼垂支所から上沼垂運転区へ組織変更ならびに改称したと同時に実施された国鉄最後のダイヤ改正で、分社化時のJR各社の車両運用や供給を考慮した車両転配ならびに日本海縦貫線に関係する特急車両配置基地の見直しを行った結果、青森運転所・秋田運転区・勝田電車区・向日町運転所・金沢運転所からの転入により72両が配置され、主に日本海縦貫線での広域運用を担当した。
かつてはATS-P搭載編成も配置され、首都圏ならびにJRグループ各社へ乗入れる波動運用も多かったが、老朽化・E653系電車への置換え・新幹線開業に伴う運用縮小が行われ、2015年3月14日に実施された北陸新幹線金沢延伸開業に伴うダイヤ改正以降の定期列車充当は新潟 - えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン糸魚川間に新設された快速列車1往復 のみで、2016年3月26日ダイヤ改正で「白鳥」が廃止されたため残存する本系列唯一の定期運用となった。2017年3月4日ダイヤ改正で当該列車が廃止され、改正前日の3月3日を最後に本系列すべての定期運用が終了、4月までに廃車となった。
その後はジョイフルトレイン「きらきらうえつ」のみの配置となったが、2020年3月に廃車となり本系列の配置車両が消滅した。
なお、本センター配置車両は全般検査を秋田総合車両センターで実施していたほか、以下の編成が組成されていた。
当初はサロ481形組込の9両編成×8本にT1 - T8の編成番号を付番。1988年から施工されたグレードアップ改造に併せて上沼垂色塗装へ変更した。
6両編成は「いなほ」運用のうち青森担当分が1996年に、南秋田担当分が1997年に本センターへ移管。さらに「ひたち」運用終了により勝田からも余剰車の一部が転入。1999年にはMM'ユニット1組カットした4両編成×3本のT21 - T23編成も組成され、6両編成はT11 - 20編成の10本となった。一方で9両編成はT1 - T5編成にまで減少し2001年の運用終了により消滅。4両・6両編成も含め老朽車の廃車ならびに後述する3000番台R編成への改造などが行われていたことから、1000番台を主とした組成変更を実施し以下の編成番号に整理された。
クロハ481形組込6両編成:T11 - T18
波動輸送対応用6両モノクラス編成:T19
「みのり」ならびに酒田発着「いなほ」2往復充当用4両モノクラス編成:T21・T22
2005年までにT19編成が勝田車両センターへ、クハ481-333・1507を除いたT21編成ならびにT22編成が長野総合車両センターへ転出したため以降はT11 - T18編成が後述のR編成と共通運用で充当された。
E653系電車への置換え余剰により2013年度はT11・14・17編成、2014年度は上期にT12・15・16編成が、下期にはT13編成が12月27日付で廃車となり上沼垂色塗装車は全廃となった。