国鉄485系電車
最後まで残存したT18編成は元青森運転所A12編成でATS-Pならびに車内減光装置を搭載。2000年転入後の2001年に上沼垂色塗装が施されたが、K1・K2編成と共通予備であることから2008年6月に国鉄色へ塗装変更。各支社間貸出や首都圏乗入のためデジタル無線機を搭載する。2015年3月のダイヤ改正で定期運用を、2015年5月30日に運行された「ありがとう485系国鉄色号」ですべての運用を終了。青森方先頭車に組成されていたクハ481-1508は2015年7月10日付で廃車され、7月12日にトレーラーで新潟市新津鉄道資料館へ搬入された。残りの5両は2015年8月10日にEF64(双頭連結器)・EF81牽引で秋田総合車両センターへ配給回送され、8月12日付で廃車された。
リニューアル改造の3000番台車による編成。1997年に「はくたか」用サロ481形組込9両編成×2本のR1・R2編成として落成後、2000年からは6両T編成や秋田・青森からの転入車も改造されこれらは6両のR21 - R25編成となった。
2005年3月1日改正でR1・R2編成は681系・683系に運用変更されたため2006年3月に6両編成化を行いR26・R27編成となった。
両編成ともATS-Pを搭載するが、R27編成は本センター所属車で唯一近畿圏乗入にも対応する。
サロ481-3106・3107は保留車となったが2008年10月に廃車。
2005年12月に発生した羽越本線脱線事故当該のR24編成の補完として青森車両センターから転入の4両にR1編成から外れたモハ485・484-3040でR28編成が組成された。
R24編成は捜査終了により2007年3月31日付で廃車。
残存した増結用のモハ485・484-3086は2014年5月30日付廃車。
2015年3月14日ダイヤ改正以降は大幅な運用縮小により余剰が発生。2017年3月4日で定期運用を、3月19日の団体臨時列車ですべての運用を終了。廃車は以下のスケジュールでR21・R25編成は秋田総合車両センターへ、R22・R23・R26 - R28編成は長野総合車両センターへ長岡車両センター所属。EF64の双頭連結器牽引による配給回送を行い実施された。
R21編成:2015年5月9日秋田へ自走回送 5月10日廃車
R22編成:2015年6月17日長野へ配給回送 2015年7月1日廃車
R27編成:2015年7月8日長野へ配給回送 7月10日廃車
R23編成:2015年9月8日長野へ配給回送 9月10日廃車
R25編成:2015年11月26日秋田へ自走回送 11月27日廃車
R26編成:2017年3月13日 - 3月14日長野へ配給回送 2017年4月3日廃車
R28編成:2017年4月4日長野へ配給回送 4月6日廃車
2003年4月に快速「ムーンライトえちご」「フェアーウェイ」運用に充当されていた165系の老朽化による置換え目的で転入した元青森運転所旧A10・A11編成である。ATS-Pならびに車内減光装置を搭載するほか、塗装は新製から独自色への変更がなく廃車まで国鉄色が維持された。
6号車がレディースカー(女性専用車両)のためデッキ部がピンク色、座席モケットはエンジ色に変更されているほか、首都圏主要駅のホーム高さにあわせるため乗降用ドアステップを装備する。また、2010年度に首都圏内で完全運用が開始されたデジタル列車無線機を搭載する。
予備編成がないために検査・故障などの際はT18編成が充当されたが、T18編成も充当できない場合はR26・R27編成が充当された。
2010年12月4日ダイヤ改正により「ムーンライトえちご」の臨時列車格下げによる運用移管ならびに「フェアーウェイ」廃止。さらには急行「能登」の臨時列車格下げによるJR西日本からの運用移管が行われたため臨時夜行列車を主としながら、T・R編成との共通運用にも充当された。
2014年6月10日付でK2編成が、2015年3月20日付でK1編成が廃車され全廃となった。
1996年に長野総合車両所より転入。2001年の「雷鳥」運用終了後もVIP仕様で防弾策を施工されていたことから、1051・1052の2両は保留車として配置されていたが、2010年10月に廃車となりJR東日本から489系が全廃となった。
NO.DO.KA
1990年にシルフィードとして落成した3両編成のジョイフルトレイン。2001年に改装され、それまでのグリーン車から普通車扱いとなりNO.DO.KAへ改称。2018年1月廃車。
2001年に落成した4両編成のジョイフルトレイン。2020年3月廃車。
同センター配置車両は、以下の運用・編成変更を実施した。
1986年 - 1996年
当初配置の72両により9両編成×8本が組成され大阪 - 青森間「白鳥」・大阪 - 新潟間「雷鳥」・「北越」・臨時「いなほ」で運用された。
1988年12月から1990年12月にかけてグレードアップ改造が施工され、車体色は後に本センター配置車両の標準色となる通称上沼垂色が塗装された。
工事内容の詳細については#上沼垂運転区所属グレードアップ改造車を参照のこと。
本改造に際し以下の変更点がある。
各編成で車両の入替を実施。指定席車両はサロ481形を除き200番台・1000番台・1500番台で統一し、クハ481形は大阪方は非ボンネット車、新潟方はT7編成の753を除きボンネットで組成し、前頭の自動連結器は後年に密着連結器へ交換を実施。
サロ481形は従来から配置されていた8両中6両が改造対象となり、残りの2両は長野・松本に配置されていたサロ183-1052・1053が転入。サロ481-98・112への復帰工事を併せて施工して組込んだ。38・104は予備車として編成から除外となり1994年に廃車となった。
工事期間中の予備車確保の観点から1989年4月に勝田より9両編成1本が転入。同年中にMM'ユニット2組とクハ481形2両は勝田へ再転出となったほか、1990年にMM'ユニット1組は廃車、サロ481形は1991年に勝田へ再転出。
1990年には3両編成のジョイフルトレイン「シルフィード」が配置されたほか、1995年からは大阪滞留編成の間合い運用で「びわこライナー」にも充当された。
1996年 - 2001年
1996年3月30日ダイヤ改正では以下の変更を実施。
青森運転所担当分「いなほ」運用を秋田新幹線工事・開業に関連して本区ならびに南秋田運転所へ移管。クロハ481形組込み6両編成2本が南秋田運転所から転入。
8月30日付で長野総合車両所からサロ489-1051・1052が転入。
1997年3月22日ダイヤ改正では以下の変更を実施。
南秋田運転所担当分「いなほ」運用を移管し定期8往復・臨時1往復ならびに「北越」「みのり」それぞれ1往復に充当。
編成本数は2本から10本に増加。増加うちわけは7本が南秋田からの転入、1本が後述する「白鳥」運用移管で余剰となった9両編成1本と転入車から組成。
「白鳥」運用をJR西日本へ移管し終了となるもの新たに北越急行ほくほく線経由の「はくたか」1往復を担当するとともに出入区を兼ねた「北越」ならびに「雷鳥」3往復に充当。
「はくたか」充当用として3000番台化改造工事を1編成へ施工しR1編成が落成し、検査時の予備としてT5編成はATS-P搭載ならびに全車グレードアップ車へ組成変更を実施。翌1998年には3000番台化改造工事を施工したR2編成が落成したことにより、9両T編成は5本まで減少。さらにT1・T2編成の新潟方クハ481形を除きグレードアップ車となった。このためトータルでは1本減の7編成となった。
南秋田からはMcM'ユニット2組4両が転入するもジョイフルトレイン改造前程で幕張電車区(現在:幕張車両センター)へ転出。また、長野から転入のサロ489形2両はいずれの編成にも組成されない予備車とされた。このほか、クハ481形では南秋田から転入した1005と青森所属の342が、クロハ481形では南秋田との間で1002と1023が車両交換する形で転出入が行われた。
1998年12月以降は通勤ライナー列車への充当など小変更を実施。1999年にはT17・T19・T20編成から新潟方MM'ユニット1組をカットした4両編成×3本のT21-T23編成が組成され「いなほ」「みのり」に充当されたほか、E653系に置換えられ余剰となった勝田電車区所属車両のうちMMユニット3組6両とクハ481形4両が転入。状態の悪い車両を置換える玉突き転配が実施された結果、2001年までにMM'ユニットは1000・3000番台に集約。クハ481形ボンネット車は全車廃車となった。
2000年7月にはATS-Pならびに車内減光装置を搭載する青森運転所A12編成が転入した。
2001年 - 2005年
2001年3月3日ダイヤ改正では、大阪 - 新潟間の「雷鳥」が金沢を境に「雷鳥」「北越」に系統分離された。このため「雷鳥」ならびに間合いの「びわこライナー」運用をJR西日本へ移管し終了。余剰となったT1 - T5編成はMM'ユニット1000番台の一部が「北越」増発用として6両編成へ転用、クハ481-349と保留車となっていた753ならびにMM'ユニット1078の4両が「きらきらうえつ」の改造種車とされたほか、以下のモノクラス編成に再組成された車両を除き廃車となった。
これらの結果クロハ481形6両編成はT11 -T18・R21 - R25編成の13本となった。
ジョイフルトレインは「シルフィード」に普通車格下げ改造を施工し「NO.DO.KA」へリニューアルしたほか、新たに4両編成の「きらきらうえつ」が配置された。
2002年12月にはT21・T22編成が充当される特急「みのり」を快速「くびき野」に格下げした上で運転区間を新井まで短縮したほか、波動用T19編成が勝田電車区へ転出。
2003年には青森運転所から「ムーンライトえちご」用165系電車置換え用として6両編成×2本が転入、K1・K2編成とした。
2004年10月23日に発生した新潟県中越地震の影響で上越新幹線越後湯沢 - 新潟間が不通になり、10月27日 - 11月28日に新潟から越後線・信越本線経由の北陸新幹線乗り継ぎ臨時快速列車に充当され「みのり」廃止以来長野まで運用された。
2005年:「はくたか」運用終了ならびに羽越本線脱線事故による変更
2005年3月1日ダイヤ改正では、「はくたか」運用を681系・683系に置換えたため9両のR1・R2編成は定期運用を終了。両編成は予備車扱いとなり、多客期の「いなほ」運用に充当された。また、12月25日に発生した羽越本線脱線事故により当該のR24編成が山形県警察から物的捜査資料として証拠物件の保全命令が出され長期使用不能となったことから車両不足が発生。このためR2編成からMM'ユニット1組+サロ481-3106をカットした6両編成とし「くびき野」運用に充当。
2006年3月に以下の変更を実施。
R1・R2編成を6両化しR26・R27編成に再組成。
R24編成の代替として青森運転所からA9編成に組成されていたクロハ481-3020・クハ481-3350とA8編成に組成されていたモハ485・484-3056の4両が転入。R1編成から外されたモハ485・484-3040とR28編成を組成。
余剰となったサロ481-3106・3107は休車、R2編成のモハ485・484-3086は連結用に転用。
2006年5月22日に「くびき野」運用の完全6両化を実施。4両のT21・T22編成は余剰となり、T21編成のクハ481-333・1507が廃車となったが残存の6両は長野総合車両センターに転出。2006年にジョイフルトレイン「彩(いろどり)」へ改造された。
このため定期運用充当車はすべてクロハ481形組込6両編成×15本に統一された。
東北新幹線八戸 - 新青森間延伸開業に伴い青森まで運転されていた「いなほ」の秋田以北を「つがる」に分離。これによりT・R編成は以下の定期運用を担当。
特急「いなほ」:新潟 - 酒田・秋田
特急「北越」:新潟 - 金沢
快速「くびき野」:新潟 - 新井
快速「らくらくトレイン信越」「おはよう信越」:新潟 - 直江津
普通列車:直江津 - 新井
K編成が充当されていた「ムーンライトえちご」の臨時列車格下げならびに「フェアーウェイ」廃止により、運用は首都圏配置の183系に移管 された。同編成は定期夜行急行「能登」の臨時列車格下げにより同運用をJR西日本金沢総合車両所から移管。共通運用を組む「ホームライナー鴻巣3号・古河3号」・「北越3号・8号(「能登」運転日のみ)」にも充当された。
K編成運用で以下の変更を実施。
「能登」:廃止
「ホームライナー鴻巣3号・古河3号」:大宮総合車両センター配置185系に運用移管
「ムーンライトえちご」:臨時列車のまま当センターに運用再移管
「ムーンライトえちご」は2014年4月4日 - 5月3日に「えちご春の夜空」として運転されたが、5月23日発表の夏期増発列車に関するプレスリリースでは運転が記載されておらず、同列車はこれ以降の運転設定がない状態となった。K編成は2015年3月までに全車廃車。
2013年9月28日より「いなほ」にE653系が順次投入され、本改正時点では酒田までの2往復に減少し、7月11日に置換えが完了した。同時に「らくらくトレイン信越」もE653系電車への置換えを実施し、羽越本線での定期運用が終了。
北陸新幹線金沢開業により上述運用はすべて終了。定期運用はR編成のみとなり以下の列車に充当となる。
快速:新潟 - 糸魚川
T編成は同年5月30日に運転された団体臨時列車「ありがとう485系国鉄色号」ですべての運用を終了。
改正前日の3月3日を最後に定期運用を終了。3月19日にR28編成を充当した団体臨時列車「ありがとう485系信越の旅!」でジョイフルトレインを除いたすべての運用が終了した。
1月7日に「NO.DO.KA」が運行を終了。1月10日付で自力走行による新宿経由で長野総合車両センターへ回送 ならびに廃車。
2019年9月 - 2020年3月
「きらきらうえつ」が、2019年10月にHB-E300系で新造した「海里(KAIRI)」への置換えによる運行開始予定に伴い、2019年9月29日で定期運行を終了。2019年12月15日に運転された旅行商品専用列車「きらきらうえつ美食旅」をもってすべての営業運転が終了。2020年3月1日付で廃車。
1986年11月に「あさま」「そよかぜ」充当用として金沢運転所から転入の489系9両編成×3本でN301 - N303編成を組成し配置。塗装はJR化後の1990年以降に国鉄色から189系グレードアップ改造車で採用されたあさま色への変更を実施した。また、定期運用では交流電化区間は存在しない。
このほか1987年3月11日に保留車としてサシ489-83が転入したが、1988年にスシ24 506へ改造され尾久客車区へ転出。1990年には勝田電車区からサロ481-1053・1052をサロ489-1051・1052へ改造した上での転入により最大29両が配置された。
1996年にサロ489-1051・1052は上沼垂運転区へ転出、N302編成が長野駅構内での事故により廃車。残存したN301・N303編成も1997年の北陸新幹線長野開業により定期運用を失い2000年までに全車廃車となった。
その後2006年に新潟車両センターより4両編成×2本が転入。クハ2両は廃車となったが、残りの6両を改造したジョイフルトレイン「彩(いろどり)」を配置。2015年7月に交直切替機能を使用停止し直流専用車とされたが、2017年10月20日付で廃車された。
なお、配置車両の全般検査は489系も含み前身の長野工場時代から本センターで実施していた。
勝田電車区時代の1985年に仙台運転所から「ひたち」の運用移管が行われ、青森運転所・仙台運転所・向日町運転所・南福岡電車区・鹿児島運転所からの転入車により11両編成×15本計165両が配置された。これらの車両はクハ481形がトップナンバーを含む九州地区から転入したボンネット車のみ30両・483系電車MM'ユニット4組8両・モハ485+484ユニットがトップナンバーを含む53組が初期車・サロ481形が改造車を含み全車AU13E形分散式冷房装置搭載という特徴があったが、民営化を見据えた1986年11月のダイヤ改正によりクハ481形300番台・サロ481形1000番台ならびに1050番台が転入し上野方MM'ユニット1組カットの9両編成×18本に組成変更。1988年3月までは秋田運転区と共管で臨時「鳥海」にも充当された。
民営化後はフリーストップ式リクライニングシートへの交換やATS-P搭載工事が実施されたほか、1989年3月11日ダイヤ改正の651系投入により一部列車を「スーパーひたち」として分離。編成組成を7両編成×8本へ変更。さらにはグリーン車の普通車化改造を実施。最終的には10本と予備車22両へ再組成し、余剰となった初期車が廃車され一部車両は他車両基地へ転出した。1990年には「リゾートエクスプレスゆう」6両編成1本(K30編成)が配置されたほか、1991年には4両の訓練車編成が落成。1992年7月1日から1993年11月30日までは「あいづ」運用が南秋田運転所から移管され、送り込みと帰区を兼ねた「ひたち」1往復に共通運用でサロ481形組込7両編成を充当2本・予備1本組成したためモノクラス7両編成は9本となった。
1991年には水戸駅から鹿島臨海鉄道大洗までディーゼル機関車牽引で乗り入れる夏季臨時特急「ビーチイン大洗ひたち」の運転が計画されたが、1991年5月14日に発生した信楽高原鐵道列車衝突事故から「不測の事態への対応がしにくい」等の理由により、数度の試運転を実施したのみで乗り入れは取り止められた。なお、この際にクハ481-315・1011は前面連結器が密着自動連結器へ交換された。
一方で「ひたち」では1992年から国鉄色からひたち色と呼ばれるグレーを基調にした専用色へ塗装変更。一部列車で慢性的混雑が発生していたことからクハ481形0番台に7両×2本連結対応の制御回路用KE70形ジャンパ連結器前面追設ならびに密着連結器への交換工事を施工し1993年1月から14両運転を開始。「あいづ」廃止後は「リゾートエクスプレスゆう」・訓練車編成・踏切監視ならびに波動輸送対応用4両編成×2本・保留車モハ485+484-2・サロ481-1007・1054・1056・1506を除き定期運用に対応する以下の7両編成×10本が組成された。
1994年にモハ485+484-2・サロ481-1054・1056が、1997年に4両編成×2本が廃車され、サロ481-1007・1506がジョイフルトレイン「ニューなのはな」改造を施工して幕張電車区へ転出。1997年にはE653系一次車7両編成×4本落成により、余剰車が発生。K1 - K7編成に組成変更を実施し、1994年7月には前後クハ481形がボンネット車・MM'ユニットが初期車で組成されたK7編成を国鉄色へ塗装変更。1994年12月にE653系二次車落成置換えにより定期運用が終了した。1999年までに一般型車両は訓練車編成を除いて10両が状態の悪い車両交換用として上沼垂運転区へ、10両がリゾートトレイン改造の種車として新前橋電車区へ転出した以外は廃車となった。
その後は波動輸送用として以下の編成が転入。
2002年 - K60編成(6両 上沼垂運転区T19編成)
2003年 - K40編成(4両 仙台運転所ビバあいづ編成からMM'ユニット1008をカット)
K60編成が2004年に、K40編成が2005年にオリジナル塗装に塗り替えられ、主に「ぶらり鎌倉号」「ぶらり高尾散策号」などの臨時急行・快速列車や団体列車で運用された。
2007年に訓練車のK26編成が廃車。2013年には2013年3月16日ダイヤ改正による「フレッシュひたち」運用終了で余剰となったE653系電車の転用で、2013年1月にK40編成・K60編成が相次いで郡山総合車両センターへ廃車回送された。
最後まで配置されていた「リゾートエクスプレスゆう」も2018年9月6日付で廃車。これにより本センターの485系電車配置は終了した。
本系列による大手私鉄東武日光線への直通運転となる新宿 - 東武日光・鬼怒川温泉間「日光」「きぬがわ」用6両編成のG55・G58編成が2005年12月に仙台運転所から転入。2006年3月から運用されていた。2011年6月4日より「日光」「きぬがわ」は253系1000番台へ置換えで、2012年2月10日付で仙台車両センターへ転出した。
「宴」(6両編成、G4・5編成)「華」(6両編成、G6・7編成)も配置されたが、2015年3月14日付で高崎車両センターに転出した。
「ニューなのはな」6両編成1本が配置されていたが、2016年9月26日付で廃車された。
国鉄時代から一貫して営業用交直流電車の配置はないが、481系落成と共に「しらさぎ」で名古屋への乗入れを開始。1965年 - 1972年には「つばめ」にも投入された。分割民営化以後は同社内に交流電化区間ならびに承継車両はないものの、定期運用はJR西日本所属車が「しらさぎ」と間合いの「ホームライナー大垣・関ヶ原」で2003年まで、臨時運用では日蓮正宗法華講連合会向け団体臨時列車で金沢・糸魚川方面←(北陸本線・東海道本線・身延線)→富士宮に充当されたが、どちらも他系列に置換えられた。
435両が継承され、108両が183系電車に改造。MM'ユニットの組換を頻繁に行ったのも同社の特徴である。1990年代後半からは681系・683系の登場により急速に数を減らし、2011年3月のダイヤ改正により同社所属車の定期運用が消滅。その後は順次廃車が進行し2014年10月現在では保留車としてクハ489-1のみが在籍していたが、上述のように2015年2月13日付で廃車。これにより同社在籍の本系列は183系への改造車も含めて全廃となった。他社所属の本系列はJR東日本新潟車両センター所属車が「北越」で2015年3月13日まで乗り入れていた。
また、創価学会が関係のあった日蓮正宗の総本山である大石寺に参詣するため身延線富士宮へ1991年まで運行されていた通称創価臨もしくは創臨、金光教祭典時に山陽本線金光へ運行される通称金光臨といった宗教団体向け臨時列車に金沢・京都所属の本系列が充当されるケースが多かったのも特徴である。
1973年の金沢運転所時代に向日町運転所から「白山」運用を移管され489系電車を配置。1975年からは485系電車も配置され、1987年の民営化時にはサロ481形・489形組込の9両編成×10本・7両編成×13本と増結用MM'ユニット2組で「しらさぎ」「加越」「北越」金沢発着の臨時「白鳥」ならびに「白山」と間合い運用でJR東日本上野口でホームライナーに充当された。1988年以降は「白山」充当編成の独立化ならびに各種グレードアップをはじめ分割併合可能をした「スーパー雷鳥」のほか「雷鳥」「かがやき」「きらめき」「はくたか」「能登」など列車ごとに組成された編成で改造およびMM'ユニットの組換を頻繁に行ったのも本所の特徴であり、首都圏・近畿圏ならびに北越急行乗入のため先頭車の一部はATS-Pを搭載した。681系電車・683系電車増備による置換えで年々配置車両が減少し、「能登」充当用H01 - H03編成も2010年3月13日ダイヤ改正で定期運用を終了。最後まで車籍のあったクハ489-1も京都鉄道博物館での展示保存のため2015年2月13日付で廃車となり本系列の配置が終了した。
なお、分割民営化後には以下のような形態の編成が在籍していた。
「白山」「能登」用(H編成) 9両編成 1985年 - 2012年
ベースは国鉄時代の1985年3月14日ダイヤ改正で組成された9両編成で分割民営化時には10本が組成されており、「白山」「北越」「ホームライナー大宮」臨時「あさま」に充当される489系電車限定4運用と検査・車両故障時には485系電車組込可の「しらさぎ」専従5運用に分けられていた。
1989年3月11日のダイヤ改正で横軽区間が介在する「白山」運用充当の4編成に車体色をオイスターホワイトをベースにバラ色・薄群青色・ライトコバルトブルーを配した白山色へリニューアルし、6号車に組成されるモハ489形をラウンジ&コンビニエンスカーに改装するのなどのアコモ改善を施工。当初はH1 - H4編成が組成された。
クハ489形は0番台・500番台組込が2編成 300番台・700番台組込が2編成。
当初はアコモ改善は施工するもののラウンジ&コンビニエンスカーは不連結かつ国鉄色のH5・H6編成も組成された。同編成はH1 - H4編成が予備車なしで運用されることから、車両故障もしくは検査等で充当できない場合に「白山」運用へ充当のほか、多客期の定期ならびに臨時「しらさぎ」や波動輸送に対応させた編成である。1991年9月のダイヤ改正で他編成の初期車廃車置換えなど組成変更されて消滅し、「しらさぎ」運用は後述のK編成に集約された。
後述する初代K編成と共通予備の国鉄色MM'ユニット3組6両も1991年以降は初代K編成に集約された。
1992年3月14日ダイヤ改正で「白山」1往復「ホームライナー大宮」1本への充当が終了したほか、上野口間合いで「あさま」1往復充当ならびに臨時「雷鳥」1往復に3本充当へ運用変更。1993年3月18日ダイヤ改正で「能登」への充当が開始された際にクハ489形300番台・700番台を他編成に組成変更し、ボンネット形の0番台・500番台によるH01 - H04編成となった。
運用1:金沢2232(602M 能登)0605上野
運用2:上野830(3051M 白山)1436金沢1512(1027M 北越7)1843新潟1937(1028M 北越8)2317金沢
運用3:金沢744(3052M 白山)1407上野1530(3025M あさま25)1814長野1853(3038M あさま38)2145上野2358(601M)655金沢
本改正で「能登」は季節列車扱いで福井発着を設定。1994年12月3日ダイヤ改正で正式に定期化されたほか、北陸新幹線工事のため多客期ならびに祝日を除き火曜日発は高崎 - 直江津間は客扱いをせず上越線経由での運転が設定された。
1997年には3月21日をもって「北越」への充当を終了。10月1日の北陸新幹線長野先行開業に伴うダイヤ改正では、「白山」ならびに在来線「あさま」廃止による運用減からH04編成は波動輸送対応用Z01編成に転用。上越線経由に変更された「能登」と間合いによる「ホームライナー鴻巣3号」「ホームライナー古河3号」が定期運用となった。
運用1:金沢(回送)福井2107(602M 能登)605上野
運用2:上野1835(3971M ホームライナー鴻巣3)1930鴻巣(回送)上野2124(3623M ホームライナー古河3)2223古河(回送)上野2354(601M 能登)750福井(回送)金沢
「ホームライナー」運用は平日運転土曜・休日運休
このほか、H編成は臨時「はくたか」や車両故障時などの緊急対応で本来投入されない「北越」「加越」「雷鳥」などにも充当された。2000年から2002年までに白山色から国鉄色に塗装変更したほか、デジタル列車無線機・夜行運用対応客室減光装置を搭載する工事を施工。このため通称舞浜臨と呼ばれる東京ディズニーリゾート向け京葉線直通団体列車など首都圏への波動運用やリバイバル列車にも投入された実績がある。また、2001年3月3日ダイヤ改正で「能登」は従来の金沢発着に変更となった。
2004年10月23日に発生した新潟県中越地震の影響により、2004年10月23日から2005年3月24日まで年末年始の多客期となる2004年12月30日 - 2005年1月3日を除き「能登」は運休。代替臨時列車として2005年2月11日 - 3月20日の金曜日・土曜日・3月20日発で北越急行ほくほく線を経由する「能登91号・92号」が設定されH編成を充当した。
この後、H01 - H03編成は数度の車両交換を行ったのち2010年3月13日ダイヤ改正で「能登」臨時列車化とJR東日本新潟車両センターへの運用移管により定期運用を終了。各編成は以下の状況になった。