JR東日本209系電車
編成数が多いことから各編成の4・5・7号車の窓改造が優先的に行われ、それが完了した後は順次他の号車の窓改造を行った。ただし、6号車の6扉車は工事対象外であった。また、南武線用0番台と八高・川越線用3000・3100番台、および0番台と同様の車体・窓構造の常磐線用E501系についても全車両に施工された。中央・総武緩行線用500番台とE231系900番台(209系500番台と同様の窓構造となっていた)、常磐緩行・千代田線用1000番台は、E217系後期車と同様に先頭車の車体中央の窓のみ施工された。2005年末のウラ38編成(2両の片側のみ)から工事が始まり、2007年(平成19年)4月までに完了した。
営業運転中にホームの無い場所でドアが開く事故を防止するため、浦和電車区所属の全83編成を対象に、ホームの有無を超音波センサーで検知する、ホーム検知装置を取り付ける工事が行われた。この装置により、操作する車掌スイッチ側にホームが無い場合や、オーバーランで列車がホームから外れた場合、全てのドアが開かなくなった。ただ、従来どおり非常コックでの開操作は可能であり、緊急時にこの装置が妨げとなることはない。当初は試作車3編成も対象とされていたが、E233系1000番台への置き換えが発表され、それに先駆けて試作車が廃車になることから試作車は対象外とされ、後に三鷹車両センターから転入した500番台3本は試作車の代わりに対象として含まれた。
設置箇所は、両先頭車の前端両側で、高さはホーム高に揃えてある。外付けとなったため、センサーと信号線カバーが目立つ。運転室内には車掌スイッチの上にホーム検出を知らせる装置が取り付けられた。前後どちらかのセンサーでもホームが無いことを検知した場合、開操作を行っても扉が開かないうえ、警報が鳴る仕組みとなっている。全車が浦和電車区で施工され、2007年3月までに完了した。さらに2010年には中央・総武緩行線の500番台、2014年には常磐緩行線の1000番台にも同様の装置が取り付けられている。
京浜東北線用を含めて、設置された編成は他線区へ転属を行っているが、2000・2100・2200番台を除き、転属先でもこの装置は撤去されずに運用を続けている。
在来線用試験電車「MUE-Train」(ミュートレイン)は、在来線車両の技術革新試験用電車で、2008年10月に元ウラ2編成から7両が改造された。川越車両センターに配置され、10月より東北本線(宇都宮線)・高崎線などで各種試験を開始した。
形式のみ「ハ」→「ヤ」に変更されているものの、車両番号はすべて種車のままである。埼京線や川越線の車両と同じ向きになっているため、宇都宮線・高崎線などでの試験時は、他の編成の方向とは逆に、上野方先頭車が7号車となって運転されている。
当車両では高速データ通信「WiMAX」で使用するアンテナの形状や設置位置が試行され、「成田エクスプレス」用E259系や、2010年(平成22年)7月1日より営業運転を開始した京葉線E233系5000番台にも適用された。また、INTEROSと呼ばれる次世代の列車情報管理システムが当車両に導入され、試験結果をもとに山手線の新型車両であるE235系に導入された。
房総地区でのサイクリング客の需要を見込んで、2018年1月6日より千葉支社管内で運行を開始した観光列車。2017年に運用を終了した元南武線・中原電車区ナハ53編成(元ウラ24編成)を種車として再改造された。当該編成は2017年4月12日付で幕張車両センターに転属し、「J1」の編成名が与えられた。
「BOSO BICYCLE BASE(房総バイシクルベース、略称:「B.B.BASE」)とは、「「房総」の各地を、「自転車」で駆け巡るための「基地」」に由来する。
6両編成のうち、4号車はフリースペース、その他の車両にはボックスシートと自転車積載用サイクルラックが設置される。座席数とサイクルラックの数は同一(乗車定員99名、ラック99台分)となっている。
2021年(令和3年)3月から房総地区においてE131系が順次投入されたのに伴い、余剰となっていた本形式は廃車予定だったが、東急電鉄から購入した8000系の老朽化により、該当車両の置き換えに迫られていた伊豆急行の利害が一致し、2100番台のうち6両編成2本が4両化の上伊豆急行に譲渡された。
譲渡車は同社の3000系として、2022年(令和4年)4月30日から営業運転を開始した。余剰モハは部品確保車として活用される予定。
0番台および3000番台の一部電動車MM'ユニットを、廃車後、先頭車化して訓練機械に改造したもので、東京・大宮総合訓練センター(大宮総合車両センター東大宮センター構内)、八王子支社訓練センター(新秋津駅構内)、横浜支社訓練センター(久里浜駅構内)、長野支社訓練センター(長野総合車両センター構内)に各1本、合計4本が存在する。いずれも機械扱いで車籍はない。なお、類似のものとして福島県白河市のJR東日本総合研修センターの研修用機械(4両編成1本・車籍は有さない)があるが、こちらはE501系に準じた車体を新造したものである。
103系(東京・大宮総合訓練センター)・105系(八王子支社訓練センター・横浜支社総合訓練センター・こちらを参照)を改造した訓練機械を当時における最新型へと置換えるため、2008年に2両編成3本が投入された。いずれも京浜東北線用の209系0番台が種車であり、旧モハ209・モハ208-76は東京・大宮総合訓練センターに(帯は湘南色)、旧モハ209・モハ208-40は八王子支社訓練センターに(帯は朱色1号)、旧モハ209・モハ208-39(大船工場製)は横浜支社総合訓練センターに(帯はクリーム1号)それぞれ配置された。
先頭車化改造は極力種車の構造を生かしているが、先頭部台枠中央梁は棒連結器を密着連結器に交換するにあたり緩衝器が大型化するため、新たに製作したものを接合している。また、先頭車化改造後の車体長は19,925mm(全長20,425mm)で、0・3000番台先頭車より微かに長くなっている。
共通装備品として、運転台はクハ208形・クハ209形の廃車発生品を流用(FRPキセは新品を採用)し、ATS-Pを追加装備。運転室と客室の仕切りは、ドアのない開放型を採用。車端部は訓練教官が着席する指令室を設置。台車付近には、インカムマイクをつけた訓練教官や訓練生の声が聞こえるように、拡声器(スピーカー)を新設。制御機器の更新は行われず、GTO素子VVVF制御のままである。
各訓練センター向けの個別装備品として、訓練生の人数が多く訓練線の距離が長い大宮向け車両には、訓練中の様子を映し出すためのCCDカメラとモニター、D-ATCを模擬体験できる操作盤を設置。ATC路線のない八王子支社向け車両はATCを非搭載とした。
2018年から2019年にかけて、訓練機械2両1本が追加され、機器更新を兼ねて転配が行われた。
八高・川越線用の3000番台ハエ62編成の電動車ユニット(旧モハ209・モハ208-3002 208-3002)を先頭車化、訓練機械に改造し、機器更新を行ったうえで2018年12月に東京・大宮総合訓練センターに配置した。もともと配置されていた旧モハ209・モハ208-76は機器更新を行って八王子支社訓練センターの旧モハ209・モハ208-40を置き換え、旧モハ209・モハ208-40は機器更新ののち長野支社訓練センターに配属(帯は当地配置の211系同様の新長野色)、訓練車(車籍あり)として使用されていた115系N15編成を置き換えた。並行して、横浜支社訓練センターの旧モハ209・モハ208-39も機器更新を行っている。
クハ209-7(1両のみ)が2012年10月に開設された大宮総合車両センター内の社員用の検修施設「大宮グローアップスクエア」において、脱線復旧訓練所の訓練用車両として使用されている。
クハ208-7が2010年6月に開設されたJR東日本「Smart Station実験棟」において、利便性の高い駅を造るための研究に使用されている。なお、この車両にはドア用コンプレッサ・外部電源・無線LANの設置が行われている。
埼玉県さいたま市の鉄道博物館に0番台の京浜東北線・根岸線仕様車のモックアップがあり、運転シミュレータとして使用されていたが、2018年の新館オープンと共に車掌シミュレータとなった。また、0番台を模したミニ運転列車も存在していたが、2015年3月に役目を終えている。
簡素化された内・外装に加え、登場当初「13年後に廃車を検討する」が「10年程度で廃車する」または「メンテナンス不要の使い捨て電車」などと報道されたことで、レンズ付きフィルム「写ルンです」の商品名をもじった走ルンですという俗称が付けられた。
優先席付近のつり革は、浦和電車区配置の0番台を除き、2008年(平成20年)3月までにオレンジ色のE233系で設置されているつり革と同一仕様へと交換された。