MS-DOS
テキストエディタは、過去のバージョンに標準添付されていたラインエディタ「EDLIN」に加えスクリーンエディタ「EDIT」が添付された。開発環境として、コマンドラインエディタに加え独自に拡張された構造化BASICコンパイラQuickBASICが標準添付されていた。
それまで未公開だったファンクションの多くがユーザに解放されたためカスタマイズやデバイスドライバ開発が更に容易になった。日本ではマイクロソフトがDOS/VのOEM供給を開始し、PC/AT互換機をベースに独自の拡張を行っていたAX陣営や東芝 (J-3100)もこの頃よりDOS/Vへのシフトを進めるようになった。また、世界のデファクトスタンダードであるPC/AT互換機のハードウェアでそのまま日本語版OSを使えるようになった為に日本国外のメーカーが積極的に日本市場へ参入し始め、NECの独擅場であった日本市場は大きく変貌することとなった。
MS-DOS 5.0(1991年6月)
IBM DOS 5.0(1991年6月) - 他マイナーバージョンアップやローカライズ版多数
ディスク最適化やディスク圧縮機能(後述)、コンピュータウイルス検出・除去など、CD-ROMアクセスに必要なMSCDEXの付属等付加機能の充実が主。MS-DOS単体としての最終版。
デジタルリサーチからMS-DOS互換の DR-DOS 6.0 が発売された。大きな特徴は補助ユーティリティの大幅な増強である。その為、IBMおよびマイクロソフトでも基本仕様はほとんど変えずに補助ユーティリティを追加する事でバージョン6を発売することになった。IBMは6.1、それに続くマイクロソフトは6.2と、先に出た競合相手よりバージョン番号はそれぞれ0.1だけ大きい。
起動時に特定のキーを押すとCONFIG.SYS・AUTOEXEC.BATの一部の行を実行したり、全てバイパスする機能があった。
マイクロソフト版は同時期に発売された Windows 3.1 の普及を促すという販売戦略からDOSシェルを廃止したと見られた。テキストエディタは日本語に対応して共通のEDITとなった(PC-98版はSEDITが付属)。
MS-DOS 6.0(1993年3月)
PC DOS 6.1(IBM DOSより改称)(1993年6月) - IBMの独自ビルド。初期のバージョンにはディスク圧縮ユーティリティは添付されておらず、後のPC DOS 6.1 with Compressionでアドスター社の「SuperStor/DS」が添付された(日本語版PC DOS J6.1/V は最初から圧縮ユーティリティ添付)。
MS-DOS 6.2(1993年11月) - ディスク圧縮ユーティリティ「DoubleSpace」のバグフィクス等。「DoubleSpace」は、ディスク容量を圧縮し、圧縮されたまま読み書きを可能にするもの。このユーティリティに用いられている技術の一部がスタック・エレクトロニクス社の特許を侵害しているものとして、訴訟を起こされた。 MS-DOS 6.0 のユーザはオンラインの無償アップデートパッケージを入手することで MS-DOS 6.2 にアップグレードできた。
MS-DOS 6.2/V(1993年12月) - 日本ではマイクロソフトが自社ブランドで発売した唯一の日本語版MS-DOS単体パッケージ。IBM DOS J5.0/VまたはMS-DOS 5.0/Vからのアップグレードのみ。5.0/Vと同様にOEMでも供給。
MS-DOS 6.21(1994年2月)- マイクロソフトによるスタック・エレクトロニクス社の特許侵害が一部認められた為、「DoubleSpace」を除去したもの。
PC DOS 6.3(1994年4月) - IBMの独自ビルド。MS-DOS 6.2 同様、オンラインの無償アップデートパッケージを入手してPC DOS 6.1 から 6.3 にアップグレードできた。
MS-DOS 6.22(1994年6月) - スタック・エレクトロニクス社の特許を侵害しない形で作成されたものが「DriveSpace」として改めて添付された(但し、日本語版には関係ない)。なお、DoubleSpaceとDriveSpaceの圧縮機能には互換性がなく、そのままでは互いに圧縮されたパーティションにアクセスすることができない。
Windows 95/98/98SE に含まれているバージョン。ファイルシステムでは長いファイル名がサポートされたのが最大の特徴。従来のMSDOS.SYSは名前こそ同じであるがプログラムではなく設定ファイルとなった。IO.SYSが実行する標準シェルはWindowsを起動するためのWIN.COMであるが、MSDOS.SYSを編集することでWindows 95/98ではWindowsを起動せずにMS-DOSモード(COMMAND.COM)で起動することができた。Windows 95初期(OSR1)までのバージョンは7.0だが、Windows 95のOSR2以降ではにも対応しているバージョン7.1である。
1995年リリース。IBM版のみ。開発環境として「REXX」を標準添付。ディスク圧縮ユーティリティは「SuperStor/DS」から「Stacker4.0」に変更された。MS-DOS 7(マイクロソフト版)とは異なりGUIとの融合はされなかったが、当時インターネットの普及が進んでいた中でPalm Top PC 110の人気を受けてPC DOS用ウェブブラウザ「WebBoy」が開発された。
PC DOS 7(1995年4月)
PC DOS 2000(1998年5月) - PC DOS 7 をベースに、ユーロ記号の表示や西暦2000年問題に対応したもの。VERコマンドではPC DOS Version 7.0 Revision 1と表示される。日本語版は製品名から「/V」が外れたが、「DOS/V」部分を含んでいる。これがPC DOS(IBM DOS)およびMS-DOS全体の事実上の最終バージョンとなる(互換OSは除く)。2001年にはサポートが終了した。
Windows Meに含まれているバージョン。IO.SYSにHIMEM.SYSおよびSMARTDRV(ディスクキャッシュ)の機能を統合した最終版であり、MS-DOSモードでの起動も廃止されWindowsのブートローダの機能のみとなった。Windows MeやWindows XP以降で起動ディスクを作成するとこのMS-DOSが書き込まれる。
PC-Engine(PC-88VA)
TownsOS(FM TOWNS)
またPC-9800シリーズ全盛期には、ゲームソフトの組み込み用として下位互換(INT21系のサブセットのみ互換)の「MEG-DOS」などがあった。アリスソフトの「ALICE-DOS」は、もともとゲームソフト本体はMS-DOSをインストールしたハードディスクドライブ上で動かすことを前提としあくまでもフロッピー単体でも起動するようサポート用に作られたものであったため、バッチファイルを動かす機能も有していた。
なお、互換性はあるがOSではないものにDOSBoxがある。
Human68k(ハドソン、シャープ) - X68000、ファイルシステムにFAT12/16のサブセットを採用、COMMAND.COMに酷似したコマンドラインインタプリタや、システムコールのファンクションにもINT21Hを真似た設計が見られる等、影響を(主に開発工期の短縮などの側面から)強く受け模倣していることは明らかではあるが、その他は全く別個の実装であり、CPU自体にも互換性は無い。
Carry日本語DOS(キャリーラボ) - PC-8800シリーズ/X1。通称CDOS-II。ファイルシステムのみFAT12に対応したOSで、CP/Mエミュレータが存在した。Z80を前提としたCP/Mのバリアント(変種)であり、MS-DOSの移植ではない。当然MS-DOS用のバイナリも動作しない。パソコン通信ソフトの一部としても使用され、PC-8800シリーズ版はJET-TERMに、X1シリーズ版はJETターボターミナル(SPS発売)に付属する。PC-8800シリーズ版はOSのみのフリー版がある。前身であるCarryDOS(CDOS)とはファイルシステム、システムコールともに互換性はない。
MSX-DOS (マイクロソフト、アスキー) - MSX、FAT12のサブセットに対応し、MS-DOSのCOMMAND.COMに酷似したコマンドインタプリタがある、CP/M互換OS。CDOS-IIと同様にCP/Mのバリアントであり、MS-DOS用のバイナリは動作しない。表計算アプリケーションMultiplanの一部として、PC-8800シリーズ、X1シリーズ、MZ-2500にもサブセット版がある。
IDOS(ソフトバンク) - PC-8800シリーズ、PC-8000シリーズ、ファイルシステムのみFAT12に対応した、CP/M互換OS。