スーパーヒーロー作戦
『ウルトラマン』に登場した怪獣で本作ではサイコラーが使役する。隕石に擬態した姿で科学特捜隊基地に落下し、運び込まれる形で潜入。時空を歪める能力を用いて基地機能を麻痺させた。
救援に駆けつけたガイアセイバーズとシャリバンの活躍で基地の制圧には失敗。最期は撤退するフーマの殿として怪獣の正体を現すも撃破される。
帝王ゴッドネロス / 桐原鋼造
演 - 藤堂新二
世界的有名な大企業「桐原コンツェルン」を隠れ蓑にして暗躍する悪の組織「ネロス帝国」の帝王。元々は剣流星の生みの親である古賀博士の助手をしていたため、ロボット工学の知識を活かして「ネロス帝国」を結成した。普段は桐原コンツェルンの会長の「桐原剛造」として陰ながら悪事を働いている。後半でTDFを占領している。最終決戦でメタルダーに追い詰められ、メタルダーのレーザーアームを浴びせられる直前、最後の力を振り切ってメタルダーと相打ちとなり、消滅した。
ネロス帝国の軍団長といえる「ヨロイ軍団」の軍団長。その強さは確かであり、一度メタルダーを倒している。TDF基地を占領した際に、桐原剛造の影武者であることが判明した。
ネロス帝国に仕える「戦闘ロボット軍団」の軍団長。正々堂々とした一対一の戦いを好む古風で誇り高き戦士。後半、ドモンと戦いを通して友情が芽生え、TDF基地の救出に向かったガイアセイバーズのライとも拳を交えている。ゴーストバンクでの決戦でメタルダーと戦い敗れるも、「ドモンたちと戦えて良かった」と台詞を残し倒れる。
プロフェッサー・ギル
「死の商人」と呼ばれる組織「ダーク」を率いる悪のロボット工学者。杖に内蔵した笛を吹き、ロボット達を凶暴化する冷酷な心の持ち主。ダーク基地へ突入してきたガイアセイバーズと戦い死亡するが脳死には至らず、ミラクラー達に救われ「ギルハカイダー」として復活した。
ダークロボット第1号。時速600㎞の走力を持つサイ型アンドロイド。バラージ砂漠で科学特捜隊を強襲するがキカイダーの助太刀により撤退を余儀なくされる。
続いて日本でダイナマイト強奪を目論み工事現場を襲撃するが、ガイアセイバーズに粉砕された。
原作における赤地雷ガマとの兼ね役。闇討ちでキカイダーの完全破壊に成功するものの、逆上したハカイダーに血祭りにあげられてしまう。
演 - 真山譲次(サブロー) / 声 - 飯塚昭三(ハカイダー)
キカイダー打倒のためにダークが光明寺博士をマインドコントロールして造った改造人間で、キカイダーのライバル。原作とTV版の設定が混合されており、キカイダーを目の敵として悪意に満ちているが、卑怯な手段を非常に嫌っており同じダークの一員であるヒトデムラサキが人質を取った際には人質を勝手に解放するなど、味方の思惑などを無視してまで自身の行動を突き通す面も見られる。キカイダーの破壊のみが彼の目的であったために、カイメングリーンがキカイダーを粉々にしたことから後にカイメングリーンを倒してダークを裏切り、一匹狼と化す。その後、改心したトップガンダーと一騎討ちをして敗北。死んだと思われていたが、光明寺博士の脳はトップガンダーによって博士の元へ返されたが、肉体はギルに占領され、ギルハカイダーとなってしまう。
ギルに支配された後にシルバー、レッド、ブルーを引き連れたハカイダー四人衆となって、自身は破壊ロボット軍団凱聖としてネロス帝国に仕えるようになったが、人造人間チームによって四人全て倒される。
声 - 渡部猛
侍型の人造人間。本来は『キカイダー01』でビッグシャドウが雇ったロボット。本作ではネロス帝国・暗殺ロボット軍団凱聖として登場。
バルスキーと同じく、正々堂々とした勝負を望み、卑怯な手段を嫌う。善悪を判断することが出来ず、犬は善悪を判別するものと見て苦手であり、スプリンガーを怖がった。ビジンダーに恋心を抱き、ラブレターを送ったことも。ゴーストバンクで01と一対一の勝負を挑み、敗北。死ぬ間際、自身が悪として生まれたことを悔やみつつ倒れる。
ドモンの兄。父・ライゾウのアルティメットガンダム開発に関わっていた技術者であり、父親の補佐をしていた。しかし、ウルベとミカムラ博士の陰謀によって母・ミキノは射殺され、父は永久冷凍刑となり、最終手段として自身は彼らの犠牲を乗り越えDGに搭乗。キョウジとしての自我を失い、暴走を始めることとなった。
「混乱の時代」に姿を現した際は機動兵器とは思えぬ異形に加え、凄まじい戦闘能力・生物のように成長・増殖するという能力から「イン石怪獣D」と称され、最強の怪獣として善悪双方の組織が巡り、争いがさらに激化することになってしまう。
終盤でシュバルツの出現によってキョウジとしての意識を取り戻し、DGと共に自身を消すようドモンに命じて死亡。
声 - 秋元羊介
拳と布のみでモビルファイターを撃破するといわれる「流派東方不敗」を完成させた拳法の達人で、ドモンの師匠。デビルガンダムと遭遇するもののDG細胞を跳ね除け、地球環境の回復に協力したのだが、環境汚染の原因は人間と見てドモン達に敵として立ち塞がる。しかしその後もドモンを陰ながら支え、究極奥義「石破天驚拳」を伝授する。終盤、ランタオ島にてドモンと最後の勝負を挑み、真のキング・オブ・ハートとなったドモンに敗れ、赤く燃えているような朝陽の中でドモンに看取られて息を引き取る。
ウルベ・イシカワ / マスターガンダム(DG細胞)
声 - 飛田展男
ネオジャパン軍の軍人。善人を装った野心家で、カッシュ博士に嫉妬心を抱いていたミカムラ博士を利用して、デビルガンダムによる世界征服を目論む。その後、全ての悪事を知ったドモンによって倒される。
ウルトラマンが捕らえていた宇宙犯罪者。護送中に脱走し、主人公の駆るアールガンとウルトラマンに討伐される。
バラージ国の砂漠でTDFを襲撃する。連続航空機墜落事件の犯人である蟻地獄怪獣で、光明寺博士の護送機を撃墜したことで彼がダークの囚われの身になってしまう。ウルトラマンとアールガンに倒された。
怪獣無法地帯と言われる多々良島にて、観測隊を襲った凶暴な怪獣。ダークが捕獲し、サイボーグ兵器化して戦力にしようと試みるが失敗、TDFの観測基地を襲う。途中で観測隊を助け出したカトルのガンダムサンドロックを怪力で追い詰め、自爆一歩手前まで苦しめるが、駆け付けたガイアセイバーズの手で倒された。
ジョンスン島にてTDFが生態調査のために捕獲した怪獣。輸送中にデビルガンダムを運搬していると勘違いしたドモンに襲撃され、暴走して大阪を襲う。
ウルトラマンによって倒されるが、その後も雑魚敵として度々登場する。
ペガッサ星の宇宙人で、ETFとは無関係に巨大都市型宇宙船ペガッサシティで漂流していたが、ETFに策略の道具として利用された。他の宇宙人の情報に疎いのか、知的な宇宙人は皆、移動自在な人工惑星に住んでいると思っていた。
故郷であるペガッサシティの爆発を阻止できなかった地球を目の敵として見て、地球爆発を目論んだ。地球爆発の基本ルートはセブンによって阻止される(原作とは違い、セブンに襲いかかる)のだが、時間が間に合わなかった場合、早川によって阻止される。
声 - 置鮎龍太郎
TDF特殊部隊OZの創設者兼最高指揮官。指令のみならず、MS、剣術も優れた天才者。バルジでの決戦にて五飛と対峙。五飛の実力を悟り、敢えて隙を見せて自らの否を認め自爆する。
ユーゼス・ゴッツォ
オリジナルキャラクター。バード星人と地球人の混血人で、銀河連邦警察の捜査員。地球で発生する怪奇現象と大気汚染の捜査、地球の環境再生、そして銀河連邦警察の間で最も謎と見られている光の巨人の捜査のためにギャバンと共に地球へ訪れる。青く美しい地球を愛する反面、地球人を蔑視する傾向が見られ、自身の理解者であろうとしたイデ隊員にも心を開けずにいた。
序盤で地球の大気汚染が深刻な状態になっていることに焦りを感じ、イデ隊員の静止も振り切り大気浄化弾を独断で使用するが実験は失敗。特殊な電磁霧が地球を覆ってしまい地球防衛レーダー網が使用不可能になり、その責任を取らされ独房行きとなる(後にこの電磁霧はザラブ星人によって除去される)。中盤でETFの史上最大の侵略作戦によりTDF基地が壊滅した際、顔と身体の大部分を失う瀕死の重傷を負った所を、かつて面識のあったザラブ星人によって救われたが、与えられた顔を忌み嫌い、仮面で偽りの素顔を隠すようになった。最終決戦で巨人の力と甦らせたデビルガンダムを融合させ、自身を核にして生み出した戦士ゼストと化し、ガイアセイバーズに最終決戦を挑む。結果、圧倒的な再生能力を阻むためにといったウルトラ兄弟たちの犠牲により、光の巨人としての力を無効化され、再生出来ず苦戦しているところで主人公とSRXチームの合体攻撃「天上天下一撃必殺砲」によって肉体は消滅。素顔を露にしてしまい、その顔は男主人公と全く同じであること(女主人公の場合は「顔が似ている」という台詞になる)が判明。主人公は彼の良心がクローンとして成り立っていたと悟る。また、ガイアセイバーズ達がいた世界はユーゼスが「CPS(クロスゲート・パラダイム・システム)によって新たな世界を創造し、そこで全能なる調停者となる」目的を達成すべく創り出された異なる時間と空間が混在した世界であったことが判明。ユーゼスは地球人を苦しませていたようで実際は善と悪の間で己と戦った自身が最も苦しみ続けていたのであった。彼が死んだことによって世界は崩壊、ヒーロー達は本来の時空へ戻りエンドを締めることとなる。
スーパーロボット大戦シリーズでの詳細はゼ・バルマリィ帝国#ユーゼス・ゴッツォを参照。
Mr.カーダー
カード集めが趣味の青年。アイテムとして所々に落ちているヒーローのカードを決められた分だけ集めて彼に話しかけるとカードの集まった画面を見ることが出来る。池袋市で彼にジャンケンで勝つことでカードが手に入ることも。過去の時代にも未来の時代にも登場するが同一人物ではなく、未来のMr.カーダーは2代目で、過去で出会ったMr.カーダーは彼の父親らしい。
ハヤタが所属する特殊部隊科学特捜隊のキャップ(隊長)。ハヤタがウルトラ警備隊へ転任してからもガイアセイバーズを支える。
キリヤマ・カオル
ウルトラ警備隊の隊長。厳しいダンの上司であるが、部下思いの心優しい一面も併せ持つ。その人間性から部下からの信頼は厚い。中盤よりエスカレートしていく戦いに立ち向かうため、ハヤタを隊長として多くのメンバーを揃えた独立遊撃部隊ガイアセイバーズを結成した。
友里 アンヌ
ウルトラ警備隊の女隊員で、ダンの恋人。ガッツ星人との戦いから疲れ果てていたダンの身を心配していた。改造パンドンとの戦いで自身の正体を打ち明けたダンを優しく受け入れた。その後、TDF基地がバディムに占領された際、囚われの身になるが、ガイアセイバーズによって救出され、ダンと再会を果たす。
宇宙警備隊隊長であり、ウルトラ兄弟たちの長男。最終決戦の際に復活を果たそうとしていたヤプールを阻止するために登場。
セブンと瓜二つのM78星人。度重なる戦闘で肉体的に疲れ果てていたセブンの身を案じ、ウルトラの星へ帰ることを勧めた。
岸田 文夫
MATの隊員。バルタン星人軍団の地球襲来の際に郷と共に出撃する。
ギャバンたちが所属するバード星の銀河連邦警察の長官。声のみの登場。ペガッサ星の爆発を阻止できなかった事で多くの星からの信頼を失った事に対し非情な決断を下すが、ギャバンのために地球は守り続けるように命ずるなど、気の利く一面を見せる。
ギャバンの付き添いで地球へ来たコム長官の娘。ペガッサ星の爆発を阻止できなかったために多くの星からの信頼を失ったことから父親であるコム長官の命令によりバード星へ帰ることとなる。
シャイダーの付き添いで地球へ来た女宇宙刑事。シャイダーに助言を与える以外、大した場面はない。
古賀 竜一郎
ロボット工学に優れた科学者で、メタルダーの生みの親。第2次世界大戦時から自身の隠し基地シルバーカークスにメタルダーを保存していた。現代に至って、メタルダーを目覚めさせることが必要だと悟り起動させたが、剣流星は「戦う」という意味をまだ知らなかったために、自身を犠牲にしてアンドロボット軍団の攻撃を受けて死亡したが、その直後、流星は超人機メタルダーに瞬転した。
メタルダー=流星のサポートメカとして開発された人間の言語を話すことが出来る犬型ロボット。TDF基地に入って早速、テレビゲームにはまり熱中。途中で今後ソフト化されることとなる『α』の宣伝をした。SRXチームのリュウセイ・ダテとゲーム友達となる。後半、相棒である流星と共にガイアセイバーズに復帰した際、事前にリュウセイに頼まれていた『スーパーロボット大戦F』のデータを残し忘れたため、リュウセイをガッカリさせた。最終決戦でメタルダーの死と共に彼も消滅する。
ロボット工学の世界的権威で、イチローとジローの生みの親。ダークによって囚われの身となるが、最終的にトップガンダーによって救われており、一家揃ってスイスへ旅立って行った。
光明寺 ミツコ
光明寺博士の娘。ダークによって囚われの身であったが、早川によって救われ、ジローたちガイアセイバーズに介抱される。父の影響からジローの修理をするなどある程度の技術を取得している。
ライゾウ・カッシュ
ネオジャパンの科学者で、ドモンの父親。アルティメットガンダムを造り上げた開発・責任者。ウルベの策謀により永久冷凍刑にされるが、ウルベの仕業と知られてからはガイアセイバーズに救われた。
ネオジャパンの科学者で、レインの父親。才能でライゾウに劣る事から嫉妬心を持っており、その嫉妬心をウルベに利用され、彼の悪事に加担してしまう。終盤でウルベがアルティメットガンダムを暴走させた黒幕であると打ち明けるが、その直後にウルベの怒りを買い、射殺される。
派手な格好にサングラスが特徴であるバーニア開発の専門家。自機が撃墜され、宇宙をさまよっていた主人公を匿った。その後は主人公をピースクラフトの一員と見なし、アルティメットガンダム破壊の任務に就かせたが、それが本ストーリー全ての始まりとなった。
ドーリアン外務次官の一人娘として育った少女。正体は完全平和主義を唱えるサンクキングダムの王女リリーナ・ピースクラフトであり、ゼクス(ミリアルド)の実の妹でもある。終盤でバルジとの決戦のために自身の権力を活かしてガイアセイバーズに貢献する。
ブルックリン・ラックフィールド
リョウト・ヒカワ
クスハ・ミズハ
レオナ・ガーシュタイン
本作でのTDF基地やバビロスでセーブ要員を担当するオリジナルキャラクター。主人公の性別によるが、セーブした回数次第で恋人候補となり、エンディングで主人公のアシスタントとして登場する。
なお、彼らは後に『α』の主人公となる。また、ブルックリンはスーパーロボット大戦シリーズでは「ブリット」という愛称で呼ばれているが、本作では本名で呼ばれている。
ラオデキヤ・ジュデッカ・ゴッツォ
『新スーパーロボット大戦』で登場したジュデッカ=ゴッツォと姿形は同じだが別人である。本作では主人公が記憶を取り戻した際の回想シーンで登場し、ユーゼスに時空間を超える方法を教えた。
自身を別の宇宙でユーゼスに創り出された者であり、この宇宙でユーゼスを創り出した者と名乗り、『α』で前者の存在として登場する。
竜ヶ森の湖を背景に新しいヒーローを考えていた際、ハヤタの助言によってウルトラマンを考え付いた。以降もウルトラマンのレパートリーは増え続け、後半においてはウルトラの父やウルトラの母を創り上げた。
オープニングテーマ(1)「輝け!!スーパーヒーロー」
作詞 なかの★陽
作曲・ブラスアレンジ 渡辺宙明
編曲 信田かずお
歌手 堀江美都子、水木一郎
オープニングテーマ(2)「スーパーヒーロー作戦!」
作詞 なかの★陽
作曲 渡辺宙明
編曲 信田かずお
歌手 水木一郎、堀江美都子
コーラス FUSE
エンディングテーマ「星に願いを」
作詞 田村多津男
作曲 菊池俊輔
編曲 菊池俊輔
歌手 堀江美都子
スーパーヒーロー作戦 完全攻略ガイド ISBN 9784073108412
スーパーヒーロー作戦 特捜ファイル ISBN 9784575161526
スーパーヒーロー作戦 パーフェクトガイド ISBN 9784797308563
スーパーヒーロー作戦 勝利の書 ISBN 9784063431476
プレイステーション必勝法スペシャル スーパーヒーロー作戦 ISBN 9784766931549
スーパーヒーロー作戦読本 ISBN 9784766931228
スーパーヒーロー作戦 キャラクター大百科 ISBN 9784766931372
スーパーヒーロー作戦 ギャグウェポン ISBN 9784056020731
スーパーヒーロー作戦 オリジナル・サウンドトラック
スーパーヒーロー作戦 ボーカルコレクション