2020年東京オリンピック
無観客開催になったことから、東京五輪の開会式当日のボランティアら向けの弁当のうち、全体の4割にあたる約4000食が余り、多くが破棄されたことが7月24日にTBSテレビで放送された『報道特集』の取材で明らかになり、国会などでも問題視された。運営側は「発注量の多さと、発注に対する当日のシフトの実需との差がかみ合わずに食品ロスが大きくなった」「夏の時期ということもあり、衛生上、原則廃棄せざるをえなかったと聞いている」と釈明している。また、8月7日に放送された同番組において、競技会場42か所のうち20か所において、7月3日からの1か月間で13万食が廃棄されていたことが続報として報じられ、大会組織委員会も多くの食品ロスが生じたことを認め謝罪している。一部では「事前に自治体、NPOと連携をとって、生活困窮者のために(弁当を)使っていただけるように」との声もある。
大会組織委員会は一部の会場において、医務室で余ったサージカルマスクや消毒液など500万円相当を廃棄していたことを大会終了後の8月31日に発表した。大会運営局長は「会場を撤収する時に、未使用の消耗品を保管する場所がなかった。余ることは分かっていたのに、廃棄する事態を招いてしまい、大変申し訳ない」とコメントし、謝罪した。
韓国選手団を率いる大韓体育会は、選手村の食事に福島県産食材が用いられることを懸念し、千葉県内のホテルを借りて韓国選手団の弁当を用意する給食センターを設置した。韓国ではかねてから東京電力福島第一原子力発電所事故の影響による放射能汚染への懸念を理由に、日本の一部の県からの食品の輸入を禁止し、なおかつ一部の市民にもこれらを忌避する動きがある。この動きに対し福島県の内堀雅雄知事は、「科学的データなどの事実をきちんと把握していない」と批判し、「正しい情報を認識してもらうことが風評払拭の本質だ」と不快感を示し、国内世論を始め、韓国の料理専門家からも大韓体育会による過剰な対応と見做して批判する声がある。なお、韓国側は「希望する選手に対してのみ、食事を提供する」としており、実際に韓国選手が選手村で食事した画像がSNSにアップされている。
その反面、野球競技の会場となった福島県営あづま球場では福島県産の桃が選手に差し入れとして振舞われ、地元の新聞の報道によれば、各国選手から概ね好評を得ている。
MPCにおいて、イスラム教の戒律に従ったハラール料理が見当たらなかったり、礼拝室の用意がされていないとして、主にムスリム(イスラム教徒)系のジャーナリストから批判を受ける事になった。
東京オリンピックでは史上最多となる182名のLGBTQやトランスジェンダーを公言しているアスリートが参加し、国別ランキングでは7位に相当する11個もの金メダルを獲得した。しかし、IOCの姿勢に選手や識者から批判が発生した。
トランスジェンダー選手の参加を巡り、「1つの競技に男女それぞれが参加しているオリンピックにおいて不公平」という批判が現役選手や前アメリカ合衆国大統領のドナルド・トランプなどからあがっている。
東京五輪では重量挙げ競技でニュージーランド代表ローレル・ハバードがトランスジェンダー選手として史上初の出場となった。ハバードは2013年に性別適合手術を受けるまで男子の重量挙げに出場していた選手だが、東京五輪では女子87キロ超級で出場。しかし、トランスジェンダーの選手が女性と競うことの公平性を疑問視する声も多数あり、科学的には男性として成長し思春期を経た人の、骨格や筋肉の量や密度などの生物学的な優位性を指摘する科学者ら専門家の声もある。当事者である一部の女子アスリートはハバードの五輪参加に反対するなど、論争や大きな影響を与えた
選手村に滞在する参加選手の性的指向に関する情報を、本人の合意を得ずに無断でSNS上で暴露した動画が問題となり、LGBTQのアスリートを支援する団体である「プライドハウス東京」が2021年8月1日に緊急声明を出した。大会に参加する国の中には、性的マイノリティに死刑を課す国も存在するため、アウティングがアスリートの命にも関わる危険な行為と強く非難した。
近代五種競技の馬術において、ドイツ代表のアニカ・シュロイが障害の飛越を拒否する貸与馬セイントボーイ(水口乗馬クラブ)に対して、泣きながら鞭を打ったり、コーチ兼トレーナーのキム・ライスナーが拳で馬を叩き、シュロイにも「本当に殴りなさい」と言ったりする様子がテレビ放送され、世界中から批判が殺到した。これを受けて、国際近代五種連合(UIPM)はライスナーの東京オリンピック参加資格剥奪を発表し、男子競技には参加できなくなった。
国際動物愛護団体の動物の倫理的扱いを求める人々の会(PETA)は「五輪は人間のアスリートを紹介するものであって、出場する選択をしていないのに時には命を懸けて仕事をする馬を脅したりケガをさせるものではない」との声明を発表し、更にIOC会長のトーマス・バッハに対し、今後の大会から馬術競技を廃止するよう求める書簡を出したことを8月13日に明らかにした。
これらを受けてUIPMは近代五種から馬術を除外し、代替種目を検討すると2021年11月に発表した。当初は2024年のパリオリンピックから新種目を採用し、2028年のロサンゼルスオリンピックにて正式種目化することを予定していたが、馬術の代替種目導入が難航していることから、パリオリンピック終了後に馬術を除外することが2022年5月に発表された。
ベラルーシの女子陸上代表であったクリスツィナ・ツィマノウスカヤが、競技のエントリーを巡るトラブルから自身のInstagramで指導陣やベラルーシのスポーツ当局を批判したことが契機となり、同国の陸上チームは開催中の8月1日にツィマノウスカヤに帰国を命じた。しかし、ツィマノウスカヤは同日夜に搭乗前の羽田空港で帰国を拒否し、警察官に保護を求める騒ぎとなった。その後、ツィマノウスカヤは関係当局により身柄が一時保護され、翌2日に都内のポーランド大使館を訪問して亡命を申請。同国から「人道的理由」からビザが発給され、4日に成田空港から離日し、亡命先のポーランドへ到着した。クリスツィナ・ツィマノウスカヤ#2020東京オリンピック
ツィマノウスカヤのポーランド亡命の背景として、ベラルーシで強権独裁政治を続けるアレクサンドル・ルカシェンコ大統領からの報復による弾圧を恐れたものとみられている。この騒動を受けて、IOCは同月5日付でツィマノウスカヤに帰国を強制したとしてベラルーシの陸上チーム監督ら2名から大会参加に必要なIDを剥奪した。
また、開催直前にはウガンダの男子重量挙げ選手が、事前合宿先の大阪府泉佐野市から一時失踪し三重県内で保護される騒動が起きている。当該選手は「ウガンダの生活は厳しいので、ウガンダには帰らない。日本で働きたい」とメモを残しており、後日の取材で「(名古屋へ向かったのは)トヨタがあると聞き、仕事があるのではないかと思った」と語っている。当該選手は大会には出場せず帰国したが、一時本国の警察に拘束され、捜査当局により(五輪)出場をめぐる共謀容疑で訴追されている。
本大会開催に合わせて東京都などが新設した恒久施設について、コンサートなどイベントでの利用が見込まれる有明アリーナを除く6施設において、利用低迷などにより、年間収支で赤字になる見込みであることが2022年7月に日本放送協会(NHK)から報じられた。この点について、元オリンピック選手の為末大は「『何のためにオリンピック・パラリンピックをやって、大会後の日本社会にどんなレガシーを残すのか』ということが明確じゃなかった点が大きいと思う」と批判したほか、東京都主催の競技会場後利用に関する会議で委員を務めた早稲田大学教授の間野義之も「オーバースペックで造り込みすぎてしまったという感じは否めないと思う。行政だけでなく民間企業や学術団体なども含めて、みんなでもう一度この『後利用』について、再検討する必要があると思う」とコメントしている。