pada awal tahun 1942, selain menutup sekolah pa hoa, tentara pendudukan jepang mengubah gedung sekolah menjadi kamp internir untuk tawanan perang.
pada bulan juli 1942, tentara pendudukan jepang memberi izin pembukaan kembali sekolah pa hoa bertempat di jalan mangga besar.
pada tahun 1943, dengan izin tentara pendudukan jepang, sekolah pa hoa mendapat pinjaman gedung bekas sekolah hollandsch chineesche school (hcs) di jalan pinangsia.
dua gedung sekolah, di jalan mangga besar dan di jalan pinangsia, ternyata tidak cukup untuk menampung siswa yang ingin belajar di sekolah pa hoa.
pada tahun 1943, sekolah pa hoa memperoleh tambahan gedung di gang petasan yang kemudian dipindahkan ke jalan ketapang.
dengan demikian, pada tahun 1943, sekolah pa hoa memiliki tiga gedung yakni gedung di jalan mangga besar, jalan pinangsia, dan jalan ketapang.pada tahun 1945, menjelang berakhirnya perang dunia kedua, tentara pendudukan jepang mengosongkan dan mengembalikan gedung sekolah pa hoa di jalan patekoan tetapi meminta kembali gedung di jalan pinangsia.
ketika jepang menyerah kepada sekutu pada tanggal 15 agustus 1945, karena alasan keamanan, untuk sementara waktu sekolah pa hoa berhenti beroperasi.
sekolah dibuka kembali pada tanggal 1 oktober 1945 dengan chao yuk chung sebagai kepala sekolah.
pada saat dibuka kembali, bahasa jepang dihapus dari daftar kurikulum dan diganti kembali dengan bahasa inggris.
pada bulan desember 1945, siswa sd mencapai 1.136 orang dan siswa taman kanak-kanak mencapai 147 orang.pada tahun 1946, pulau jawa berada di bawah pemerintah sementara sekutu.
sekolah pa hoa mengalami kesulitan keuangan sehingga, pada tanggal 18 februari 1946, terjadi pergolakan di sekolah.
dengan alasan itu, chao yuk chung mengundurkan diri dari jabatan kepala sekolah.
sementara itu, untuk tahun 1946-1947, perkumpulan thhk diketuai oleh tan eng hok.
pada tahun 1947, gedung sekolah pa hoa di jalan ketapang dikembalikan kepada pemiliknya, sehingga para siswanya dipindahkan ke gedung sekolah pa hoa di jalan patekoan dan di jalan mangga besar.
dan mulai tahun 1948, ketika ketertiban sosial mulai mantap, situasi ekonomi semakin stabil, maka rencana dan program baru dari pengurus sekolah mulai dijalankan secara bertahap.
pada bulan juli 1950, jumlah guru dan pegawai sekolah pa hoa mencapai 110 orang dan jumlah siswanya mencapai lebih dari 4.000 orang.
untuk menampung siswa sd sampai sma, sekolah pa hoa terpaksa membuka kelas pagi dan kelas petang.
dan pada bulan oktober 1950, pengurus sekolah mengangkat hsieh tso yu sebagai kepala sekolah pertama pada zaman setelah perang dunia kedua berakhir.setelah pengakuan kedaulatan republik indonesia oleh belanda, pemerintah indonesia mulai melakukan reformasi pendidikan nasional.
banyak mata pelajaran diajarkan dalam bahasa indonesia.
dalam upaya menyesuaikan diri dengan kondisi dan kebutuhan zaman kemerdekaan, sekolah pa hoa mulai mengundang guru-guru lulusan universitas ternama untuk mengajarkan mata pelajaran penting.
pelajaran dilakukan dalam bahasa indonesia agar para lulusan sekolah pa hoa dapat menempuh pendidikan tinggi di perguruan tinggi di dalam negeri.sejak tahun 1951 sampai tahun 1966, tidak sedikit lulusan sekolah pa hoa yang berhasil memasuki perguruan tinggi nasional yang ternama.
dari tahun ke tahun, persentase kelulusan dari lulusan sekolah pa hoa di perguruan tinggi nasional semakin meningkat.
mantan rektor universitas tarumanagara, prof.
dr ir dali santun naga (dahulu jo goan lie) dari angkatan 1954, mantan guru senior dan pakar ilmu sosial tjiong thiam siong dari angkatan 1954, serta dua orang alumni sekolah pa hoa angkatan 1958, ir soetjipto nagaria (dahulu liong sie tjin) dan ir suryono limputra (dahulu lim kim tjiang) yang semuanya terlibat dalam pembangunan kembali sekolah pa hoa, adalah beberapa contoh kecil dari siswa unggulan lulusan sekolah pa hoa pada periode itu.pada tahun 1957, di seluruh indonesia terdapat 1.875 sekolah tiong hoa dengan jumlah siswa mencapai 425.000 orang.
pada tahun 1957 itu pula, pada saat sekolah pa hoa sedang mencapai puncak kejayaannya dengan jumlah siswa lebih dari 5.000 orang, pemerintah menerbitkan peraturan pemerintah tentang pendidikan.
dengan peraturan itu, pemerintah menetapkan bahwa sekolah pa hoa dengan persentase siswa warga negara indonesia (wni) yang mencapai 80% diharuskan hanya menampung siswa wni saja.
untuk itu dibentuk sekolah jajasan pendidikan dan pengajaran (jpp) untuk menampung mereka.
sisa 20% siswa sekolah pa hoa yang warga negara asing (wna)tetap di sekolah pa hoa dan berlokasi di blandongan.
sejak itu sekolah pa hoa di blandongan hanya boleh menampung siswa wna.ketua pertama pengurus sekolah pa hoa di blandongan adalah oey goan tjiang dan kepala sekolah pertama untuk periode 1957-1958 adalah boen kim liong.
kepala sekolah periode 1960-1963 adalah song chung chuan yang meninggal karena sakit sehingga jabatan kepala sekolah digantikan oleh chao hsieh sien yang terus menjabat sampai sekolah ditutup pada tahun 1966.
soeseno boenarso (dahulu hsu seng boen) yang kini menjabat sebagai ketua umum perkumpulan pancaran hidup dan banyak terlibat dalam pembangunan kembali sekolah pa hoa adalah salah seorang alumni angkatan 1965 sekolah pa hoa di blandongan.
pada waktu itu, ketua jpp adalah dr sie boen lian dan kepala sekolah jpp adalah pang khin cheong.pada tahun 1966, di masa awal orde baru, sekolah pa hoa di blandongan dan sekolah jpp di jalan perniagaan dan di jalan mangga besar ditutup oleh pemerintah.
di gedung sekolah itu didirikan sma negeri 19, sma negeri mangga besar, sejumlah smp, dan sejumlah sd.