film dimulai dengan sagittarius aiolos (toshiyuki morikawa) dikejar-kejar oleh dua gold saints, capricorn shura (shinji kawada) dan gemini saga (kōichi yamadera).
mereka dikirim oleh paus dari sanctuary untuk membunuhnya karena pengkhianatan.
aiolos itu dihempaskan, namun saga meninggal selama perjuangan.
sementara itu, di pegunungan himalaya, mitsumasa kido dan butler nya tatsumi menjelajahi gua es.
saat ia berjalan di depan, mitsumasa menemukan seorang bayi perempuan dan aiolos, nyaris menempel hidup.
dengan cosmo terakhirnya, aiolos menunjukkan mitsumasa bahwa paus ditandai aiolos pengkhianat dan ia melarikan diri dengan bayi untuk menyelamatkannya.
bayi adalah reinkarnasi dari dewi athena.
dia juga menjelaskan bahwa dalam enam belas tahun, pemuda pemberani yang dikenal sebagai orang suci akan timbul untuk melindunginya.
aiolos meninggal, meninggalkan sagittarius cloth belakang.
enam belas tahun kemudian, saori kido (ayaka sasaki), seorang gadis muda terganggu oleh kekuatan misterius, yang didorong oleh tatsumi.
dia menjelaskan bahwa mitsumasa, akhir kakek angkatnya saori, tetap aman nya bertahun-tahun dan belajar dia adalah reinkarnasi dari dewi athena dan keberadaan suci.
namun, mereka tiba-tiba diserang oleh saints.
saori diselamatkan oleh pegasus seiya (kaito ishikawa) dari seorang pembunuh yang dikirim untuk membunuhnya.
teman seiya dan rekan bronze saints cygnus hyoga (kensho ono), dragon shiryu (kenji akabane), andromeda shun (nobuhiko okamoto), juga tiba untuk menyelamatkan dia sebagai pelindung nya.
malam itu di kido mansion, gold saint, leo aiolia (go inoue), tiba untuk mengambil sagittarius cloth dan membunuh athena palsu, saori.
setelah bronze saints dikalahkan, tatsumi menyerahkan sagittarius cloth, tetapi tidak sebelum saori menampilkan cosmo nya.
dengan ragu baru ditemukan, aiolia pergi, meminta saori untuk datang ke sanctuary untuk membuktikan dia adalah athena.
setelah belajar dari takdirnya, dia kepala ke sanctuary dan berperang melawan nya paus.
seiya, bersama teman-temannya dan phoenix ikki (kenji nojima) harus melewati dua belas kuil zodiak di athena sanctuary di dua belas jam, untuk menyelamatkan mereka dewi athena dari kematian dekat.
mereka harus menghadapi setiap dua belas emas suci yang menjaga setiap kuil untuk mencapai kesembuhan yang akan menyelamatkan athena, yang ia dipukul dengan sebelumnya dalam film.
setelah menembus dua kuil pertama dari zodiak, para orang suci menemukan bahwa dua yang pertama gold saints, aries mu (mitsuru miyamoto) dan taurus aldebaran (rikiya koyama) adalah sekutu mereka.
setelah seiya mengalahkan alderaban, baik dia dan mu setuju untuk mengawasi athena sementara yang lain pergi melalui sisa kuil-kuil.
di kuil cancer, cancer deathmask (hiroaki hirata) teleport hyoga dan shiryu untuk pintu masuk ke underworld, tapi hyoga diselamatkan oleh tuannya, aquarius camus (daisuke namikawa), dan berakhir di kuil aquarius.
hyoga pertempuran tuannya dan menang, dengan kata-kata akhir camus menjadi "melindungi athena".
sementara itu, seiya dan shun tiba di kuil leo mana aiolia menyerang mereka tanpa ampun.
di pintu masuk ke underworld, deathmask gold cloth meninggalkan dia setelah menemukan sifat jahatnya.
shiryu menghilangkan cloth sendiri dan membunuh deathmask.
dia kemudian teleport kembali ke kuil cancer bersama hyoga.
sebagai seiya dan shun perjuangan melawan aiolia, gold saints virgo shaka (mitsuaki madono) datang untuk menyelamatkan mereka, menghentikan aiolia, memungkinkan suci perunggu untuk melanjutkan.
setelah di kuil scorpio, seiya dan shun diserang oleh scorpio milo (masumi asano), dengan pertempuran meningkat sepanjang jalan ke kuil sagitarius, dengan capricorn shura (shinji kawada) menunggu mereka.
kembali di kuil cancer, saori tiba dengan mu dan aldebaran dan menghidupkan kembali shiryu sadar dan hyoga, meskipun dia melemah.
sementara seiya dan shun perjuangan dengan milo dan shura, masing-masing, ikki datang ke penyelamatan shun, tetapi ketiga bronze saints yang diturunkan.
milo kemudian menemukan bukti aiolos, mempercayakan bronze saints dengan kehidupan athena.
yang masih hidup gold saints, bersama hyoga, shiryu, dan saori tiba.
shaka mengungkapkan bahwa paus menempatkan aiolia di bawah ilusi, menjelaskan mengapa ia menyerang seiya dan shun.
shaka juga mengungkapkan bahwa paus adalah pengkhianat nyata dalam sanctuary.
saori, shiryu, hyoga, dan shun bergabung cosmo mereka untuk menghidupkan kembali seiya.
pisces aphrodite (takuya kirimoto) berbicara kepada paus tentang situasi saat ini, tapi ia dipukuli oleh paus.
sanctuary kemudian diserang oleh paus yang menyatakan dirinya sebagai gemini saga, yang memalsukan kematiannya enam belas tahun yang lalu.
dia mengungkapkan kepada para orang suci bahwa ia mencoba untuk membunuh athena bertahun-tahun lalu tapi dihentikan oleh aiolos.
sekarang ia berencana untuk mengambil kendali dari alam semesta.
dia membawa sebuah patung raksasa untuk hidup dan para orang suci emas bergabung untuk menghancurkannya, sementara seiya menghadapi saga sendiri.
seiya membakar cosmo untuk mencapai mitos ketujuh rasa dan keuntungan di atas angin, tapi saga menggabungkan dirinya dengan patung raksasa lain dan mempersiapkan untuk menghancurkan athena dan semua orang di sanctuary.
tiba-tiba, sagittarius cloth mencakup seiya dan dia mampu menyelamatkan saori.
dengan saori dalam pelukannya, seiya menghadapkan saga terakhir kalinya dan menyelamatkan dia dari kutukan saga.
dia menembak panah kuat untuk menghancurkan saga, tabungan sanctuary dan dunia.
saori, sekarang mengendalikan sanctuary, alamat semua suci, berterima kasih seiya dan teman-temannya untuk menyelamatkan dia.