alur cerita ini dimulai dari sebuah kisah 26 tahun yang lalu 1972, ada seseorang bernama misaki yomiyama yang bersekolah di sekolah yomiyama north middle school.
dia telah populer semenjak kelas 7.
dia pintar dan memiliki pribadi yang menarik.
ketika dia naik kelas 9, misaki meninggal karena sebuah kecelakaan.
semua orang terkejut.
tapi tiba-tiba ada salah seorang murid yang menunjuk meja misaki dan mengatakan “misaki ada disana.
dia tidak mati.”
hingga pada akhirnya seluruh kelas 9 percaya bahwa misaki masih hidup.
hal itu berlanjut sampai mereka wisuda.
bahkan kepala sekolah tersebut, menyediakan kursi kosong untuk upacara kelulusan misaki.
kemudian alur cerita berlanjut ketahun selanjutnya, tahun 1988, musim semi.
sakakibara koichi 15 tahun pindah dari kota tokyo ke yomiyama.
ia tinggal disana bersama kakek dan neneknya beserta bibinya reiko, sementara ayahnya berada di india.
sakakibara merupakan murid transferan, ia kini disekolahkan di sekolah yomiyama north middle school.
tapi ia tidak kesekolah pada hari pertama beberapa minggu karena sakit.
ketika dirumah sakit ia dikunjungi oleh ketiga teman sekelasnya yang bernama izumi akazawa yang merangkap sebagai ..., yukari sakuragi dan tomohiko kazami.
ketika sakakibara keluar dari ruangannya hendak menuju lift, ia tak sengaja bertemu seorang gadis, sebelah matanya tertutup, dan ditangannya ada sebuah boneka, tak lupa gadis itu memakai seragam yang sama dengan seragam sekolahnya.
gadis itu bernama mei misaki.
ketika sakikibara sembuh dari sakitnya, ia datang kesekolah.
bibinya reiko mikami yang merangkap sebagai wakil wali kelas 9-3, kelas sakakibara, memberikannya beberapa petunjuk.
hingga akhirnya ia bertemu lagi dengan gadis yang bersama dengannya di lift rumah sakit.
semua siswa kelas 9-3 merasa tak mengenalnya ketika sakakibara menanyakan perihal tentang seorang gadis bernama mei misaki.
hanya ia satu-satunya murid yang tak tahu apa-apa tentang sebuah rahasia yang tersimpan didalam kelas 9-3.
mungkin karena sakaki awal mulanya bicara dengan mei, hal itulah yang membuat semua teman sekelas sakaki sulit untuk menceritakannya.
sakakibara terus saja mendekati mei, walaupun ada beberapa siswa yang ingin menghalangi sakaki.
mei pernah mengatakan bahwa ia sebenarnya diperlakukan sebagai seseorang yang ‘tak pernah ada’.
hal ini untuk menghindari dari kematian, walaupun tidak beberapa persen terhindar.
tak lama kemudian sakakibara juga diperlakukan sama dengan mei, dianggap tak pernah ada.
hingga akhirnya mei menceritakan kejadian sesungguhnya pada 26 tahun yang lalu, yang mengakibatkan seluruh warga kelas 9-3 semakin dekat dengan kematian.
hal ini bermula setelah angkatan murid misaki lulus.
begitu hal itu terjadi maka akan dimulai ada yang mati setiap bulan entah itu murid ataupun keluarga mereka.
ia juga mengatakan, pada tahun berikutnya, kelas 9-3 selalu memiliki siswa tambahan.
siswa tambahan itu merupakan orang yang telah mati, dan juga susah untuk dibedakan dengan yang lainnya, karena ia juga memiliki jasad.
dan juga setiap semester ajaran baru, bangku dikelas 9-3 selalu kurang satu.
biarpun sudah disiapkan cukup untuk penghuni kelas.
korban satu demi satu berjatuhan, karena tak tahan lagi sakaki cs ingin menemukan petunjuk yang ditinggalkan oleh siswa yang telah lulus tahun lalu.
siswa itu berhasil menghentikan malapetaka tersebut