kerajaan muna melakukan konfrontasi dengan penjajah di mulai dengan keterlibatan lakilaponto raja muna ke vii (1517-1520) menumpas armada bajak laut banggai labolontio yang selalu menggangu keamanan kerajaan-kerajaan tetangga disekitarnya.
selain itu, lakilaponto juga setelah bertahta di buton tahun (1520-1564) dan mememeluk islam yang dibawah oleh syeid abdul wahid dari mekah ( daulah turky utsmani), dia berperan aktif menghalau portugis di tenggara sulawesi, banggai, selayar, maluku, dan solor ntt, sehingga penjajahan portugis tidak terlihat di tenggara sulawesi .
pada masa raja wuna ke x la titakono (1600-625) kerajaan muna menolak campur tangan voc di buton karena dapat mengancam keutuhan dan persatuan kesultanan butuni darusalam setalah mengetahui gelagat voc di buton.
namun pada akhirnya sultan buton tetap melakukan perjanjian abadi tersebut pada tahun 1613 di bawah pimpinan sultan dayanu iksanudin alias laelangi.
dampak dari perjajian tersebut merenggangkan hubungan persaudaraan yang telah dibina oleh para pendahulu kedua kerajaan ini.
efek domino dari kerja sama tersebut menimbulkan peperangan antara muna dan buton di bawah pimpinan raja muna xii sangia kaendea (1626-1667).
mula-mula kerajaan muna memenangi peperanga tersebut, namun setelah buton mendapat bantuan dari voc maka pasukan kerajaan muna harus mundur.
selang beberapa waktu pasukan buton yang diperkuat oleh armada kapal voc berlabu di peraiaran pulau lima tepatnya di depan lohia.
pihak bunton dan voc mengirim utusan untuk menemui raja wuna dengan alasan perundingan perdamaian di antara kedua bela pihak.
mula-mula la ode ngakdiri/ sangia kaendea meragukan hal tersebut, namun karena terbujuk oleh alasan persaudaraan akhirnya iapun turut serta dalam melakukan perundingan itu.
sesampainya di pulau lima raja wuna tersebut tidak diajak untuk berunding seperti apa yang diberitahukan semula, dia ditangkap dengan tipu muslihat oleh buton dan voc dan diasingkan keternate, setelah beberapa lama kemudian raja wuna tersebut diselamtkan kembali oleh pihak kerajaan muna dan kembali menduduki tahta kerajaan muna.
perlawanan raja muna berikutnya dilakukan oleh la ode saete (1816-1630) yang melakukan peperangan dengan pihak belanda dan buton sehingga banyak menghancurakan kapal-kapal belanda dan buton di muna.
selain itu raja muna tersebut mengorganisir semua kekuatan tempur yang ada dan melakukan perang semesta melawan penjajah sehingga dia mampu mempertahankan kerajaan muna dari serangan musuh yang datang bertubi-tubi.
perjuangan kerajaan muna berikutnya dipelopori oleh la ode pulu (1914-1918), dia menentang keras perjanjian korte verklaring tahun 1906 antara buton dan belanda.
raja muna mengagap perjanjian tersebut adalah ilegal dan sepihak yang tidak sesui dengan peraturan adat di muna sehingga dia melakukan perlawanan rakyat secara gerilya dan banyak mematahkan serangan pasukan belanda.
walau demikian dia akhirnya tetap terbunuh dalam peperangan tersebut karena minimnya jumlah persenjataan dan logistik perang.
hal tersebut menandai awal runtuhnya kedaulatan kerajaan muna dan makin kuatnya cengkaraman belanda dan buton di muna.
walau demikian, para raja-raja wuna berikutnya tetap menolak isi perjanjian tersebut sehingga pergantian raja-raja muna berikutnya selalu tidak berlangsung lama.
perjuangan rakyat muna terus bergolak menentang penjajahan belanda hingga akhirnya membentuk banyak laskar-laskar rakyat dan beberapa batalion tempur diantaranya batalion sadar yang merupakan embrio berdirinya kodam wirabuana di makssar dan mendukung kesepakatan malino untuk bergabung dengan pemerintahan pusat di jakarta dalam negara kesatuan republik indonesia (nkri)