Bones (2. tuotantokausi)

Yhdysvaltalaisen televisiosarjan Bones toinen tuotantokausi alkoi Yhdysvalloissa ja sisälsi yhteensä 21 jaksoa. 
Jaksoluettelo.
Pois raiteilta "(The Titan on the Tracks)".
Erikoisagentti Seeley Boothin ajaessa tri Brennania rikospaikalle, he keskustelevat Brennanin lomasta ja hänen päätöksestään jatkaa isänsä etsimistä tämän varoituksesta huolimatta (jaksossa "Nainen menneisyydestä"). He saapuvat rikospaikalle, jossa juna oli törmännyt raiteille parkkeerattuun autoon. Senaattori tapettiin ja ex-koripalloilija näytti olleen auton ratissa. Booth esittelee Brennannin tämän uudelle pomolle, tri Camille Saroyanille, jonka tri Goodman palkkasi oikeustieteellisen osaston johtajaksi Jeffersonian instituuttiin.
Brennanin kollegat tri Jack Hodgins ja Angela Montenegro ajattelevat Brennanin ansainneen viran oikeustieteellisen osaston johdossa. Angela huomaa Boothin ja Camillen käyttäytyvän toistensa seurassa kuten he tuntisivat entuudestaan.
Tapauksen tutkinnoissa paljastuu, että auton kuski oli Warren Lynch, entinen koripalloilija. Pian paljastuu, että Lynch oli heroiiniaddikti ja, että hän kuoli useita tunteja ennen kuin auto pysäköitiin raiteille. Zackin rekonstruoinnissa kuitenkin paljastuu ja Angelan kasvojen rekonstraatio paljastaa, että kuljettaja ei ollut Warren Lynch. Booth ja Brennan löytävät Lynchin sairaalasta. Tutkiessaan enemmän selviää, että Warren ja tämän yksityisetsivä, Rick Turco olivat osallisina juonen alusta saakkaa ansaitakseen rahaa.
Samaan aikaan mielipuoli, joka tappoi oman perheensä tappaa Brennanin äidin murhanneen miehen vankilassa. Kun Brennan saa selville isänsä käskeneen hakata vaimonsa murhaajan, Brennan alkaa miettiä onko hänen isänsä sittenkään hyvä ihminen ja pitäisikö hänen lakata etsimästä isäänsä. Kun Brennan vihdoin suostuu Boothin ehdotukseen puhua äidilleen ja laskea kukkia tämän haudalle, hän saa selville isänsä vierailleen haudalla ja kaipaavan syvästi vaimoaan.
Äiti ja lapsi "(Mother and Child in the Bay)".
Booth ja Brennan tutkivat naisen ja sikiön jäänteitä, jotka löydettiin Delaware Baysta. Juuri naimisiin menneen raskaana olleen naiseen mysteerinen katoaminen vuotta aikaisemmin oli ollut suuri valtakunnallinen uutinen ja naisen mies oli ollut tapauksen pääepäilty. Boothin ja Brennanin mennessä kuulustelemaan miestä tämä on kadonnut, jonka vuoksi Booth lähettää partion tämän perään. Booth ei pidä siitä, että hänen ex-tyttöystävänsä antaa heidän poikansa viettää niin paljon aikaa tämän poikaystävän kanssa.
Poika paketissa "(The Boy in the Shroud)".
Jäteautosta löytyy nuoren miehen ruumis, joka on ollut kadoksissa lähes kolme viikkoa. Kun tutkimukset paljastavat nuoren kasvattivanhempien kasvattaman tytön olevan pääepäilty, Brennan ei pidä siitä kuinka muu tiimi panee kaiken vastuun kasvattiohjelman niskoille - jonka osana hän on itsekin ollut. Jännitteet kasvavat Camillen ja Brennanin välillä.
Paljon pelissä "(The Blonde in the Game)".
Kaivettuaan maasta nuoren tytön luurangon, Booth ja Brennan tajuavat etteivät käsittele tavallista tapausta. Laboratoriossa varmistetaan, että murhaaja on kuolemaan tuomittu mies, jonka he nappasivat edellisen tapauksen yhteydessä. Ruumiista löytyy johotlanka, joka johtaa toisen uhrin luo - joka on vain viikon vanha. Brennanin ja tiimin täytyy selvittää kryptisten johtolankojen merkitys löytääkseen sarjamurhaajan apulaisen. Asiat muutuvat pahemmiksi kun tiimi saa selville seuraavan uhrin olevan vielä hengissä. Kaikkien täytyy testata rajojaan kilpaillessaan kelloa vastaan ennen kuin nuoresta tytöstä tulee seuraava uhri.
Lipeästä löytyy totuus "(The Truth in the Lye)".
Mies löydetään kemikaaleilla täytetystä kylpyammeesta, joka johtaa tiimin miehen suojelemien salaisuuksien luo. Tapaus monimutkaistuu kun Booth ja Brennan saavat selville, että uhrilla oli kaksi vaimoa joilla oli lapsia sekä raskaana oleva tyttöystävä. Pian he saavat tietää, että tapaukselle on kaksi epäiltyä, joilla on sama motiivi.
Nainen sviitissä "(The Girl in Suite 2103)".
Booth ja Brenna tutkivat hotellissa tapahtuneen räjähdyksen aiheuttamaa kuolemaa. Asiat mutkistuvat kun tapauksen pääepäilty ilmenee olevan diplomaattisen immuniteetion suojelema.
Kultakutri "(The Girl with the Curl)".
Tiimi tutkii 9-vuotiaan lapsimissin kuolemaa. Tytön kanssa kilpailleiden tyttöjen vanhemmista ja sisaruksista tulee pian mahdollisia epäiltyjä. Brennan tekee suuren virheen kun hän ja Booth vierailevat steppauskurssilla, josta he luulevat löytävänsä tietoa tappajasta. Hodgins ja Angela menevät treffeille, jotka sujuvat melko hyvin, vaikka kaikki muut sitä epäilivätkin.
Viva Las Vegas "(The Woman in the Sand)".
Kun viisi vuotta aikaisemmin kadonneen liittovaltion syyttäjän luuranko löydetään aavikolta Las Vegasin läheltä, tiimin epäilykset kohdistuvat gangstereihin. Pian tiimi löytää naisen ruumiin vain muutaman jaardin päästä syyttäjän ruumiista, ja epäilevät saman henkilön murhanneen molemmat. Naisen vammat saavat Brennanin uskomaan, että nainen kärsi väkivallasta elinaikanaan. Kun uhrin mies kieltää satuttaneensa vaimoaan, tiimi johdetaan Vegasiin, jossa nimetön johtolanka vie heidät vedonlyönnin ja alamaailman taisteluklubin maailmaan, jossa Booth ja Brennan toimivat peitetehtävässään. Yrittäessään selvittää mysteerin Booth riskeeraa oman henkensä.
Haudankaivaja "(Aliens in a Spaceship)".
Viisi vuotta aikaisemmin kidnapattujen teini-ikäisten kaksospoikien ruumiiy löydetään. Booth ja Brennan seuraavat Haudankaivajan tunnetun kuuluisan sarjamurhaajan jättämiä johtolankoja. Hänen tyylinsä on kidnapata ja haudata uhrinsa, jonka jälkeen hn vaatii lunnaita. Jos lunnaita ei makseta, uhrit jätetään kuolemaan. Tutkimusten aikana Brennanista ja Hodginsista tulee sarjamurhaajan viimeisimmät uhrit ja heidän täytyy ratkaista oma kidnappaamisensa maanalaisesta haudasta käsin. 
Synkkä metsä "(The Headless Witch in the Woods)".
Tutkimusten johtaessa valokuvaajaopiskelijan kuolemaan, joka työskenteli 1700-luvulla metsissä vainonneen päättömän noidan legendasta kertovan dokumentin parissa, Brennanin ja uhrin veljen välille syntyy vahva side. Booth ja Brennan keskustelevat työn ja yksityiselämän sekoittamisesta.
Petturin palkka "(Judas on a Pole)".
Booth ja Brennan käsketään tutkimaan murhapaikkaa, josta löydettiin miehen ruumis jonka sisäelimet oli poistettu ja joka oli poltettu ja ripustettu liittovaltion rakennuksen katolle. Ruumiista lötdetyt todisteet johtavat 30 vuotta vanhaan tapaukseen ja Brennanin isään. Samaan aikaan Zack täydentää väitöskirjaansa ja pyytää apua kollegoiltaan.
Vankilapalo "(The Man in the Cell)".
Booth ja Brennan käsketään sarjamurhaaja Howard Eppsin selliin tunnistamaan sellistä löytynyt ruumis. Heidän yllätyksekseen hiiltyneet jäännökset eivät kuulu Eppsille. Pian selviää, että Epps on paennut ja on matkalla kostamaan. Kostoon liittyy muun muassa Boothin nuori poika, Parker. Tapauksen vaarallisuuden vuoksi Brennan saa FBI:n suojelun puolelleen. Cam hengittää myrkkykaasua suorittaessaan ruumiinavausta, jonka vuoksi hänen henkensä joutuu vaaran.
Alligaattorin välipala "(The Girl in the Gator)".
Brennanin täytyy toimia toisen FBI:n agentin kanssa - agentti Sullivanin - Boothin jouduttua terapiaan. He tutkivat college-opiskelijan kuolemaa, joka otti osaa "Hottie Student Body" videoon ja jonka ruumis löytyi alligaattorin sisältä. Sulliva pyytää Brennania ulos.
Kartanon herra "(The Man in the Mansion)".
Booth ja Brennan tutkivat kuolleena kotoaan löydetyn Terence Bacroftin, yhden Jeffersonian suurimman lahjoittajan kuolemaa. Hodgins vaarantaa laboratorion maineen poistaessaan johtolankoja, jotka saattaisivat yhdistää hänet Bancroftin perheeseen ja koko tapaukseen. Tämän vuoksi Brennanin täytyy tehdä tärkeä päätös tiimistään. Booth jatkaa terapiassa käyntiä, vaikka saikin tri Wyattilta luvan käyttää taas asettaan.
Kirjamurhat "(The Bodies in the Book)".
Kun Brennanin uudesta kirjasta tulee suuri hitti, murha osoittautuu kirjassa ensimmäisenä tapahtuvan murhan jäljitelmäksi. Kun kaksi muutakin ruumista osoittautuu kirjassa esiintyneiden tapojen mukaan murhatuiksi, Brennan uskoo kaikkien kolmen murhan olleen eri henkilöiden suorittamia.
Luuton morsian "(The Boneless Bride in the River)".
Tiimi tutkii aasialaisen naisen kuolemaa, joka löydettiin luuttomana joesta. Sully ehdottaa Brennanille jotain jota tämä ei odottanut.
Pappi hautausmaalla "(The Priest in the Churchyard)".
Vesijohto rikkoutuu keskellä hautausmaata, jonka vuoksi arkut nousevat maan pinnalle. Brennan kutsutaan tunnistamaan jäänteet, jotta ne voitaisiin uudelleen haudata. Tutkiessaan jäänteitä Brennan saa selville, että osa jäänteistä on ollut haudattuna vain viisi päivää, vaikka hänelle kerrottiin ettei hautausmaalle olla haudattu ketään 50 vuoteen. Samaan aikaan Booth päättää tuoda Brennanin terapiaan, jotta he voivat selvittää suhdettaan. Asiat Hodginsin ja Angelan välillä muuttuvat kiihkeiksi Hodginsin tehdessä rohkean teon.
Betonipalttoo "(The Killer in the Concrete)".
Booth ja Brennan tutkivat betonista löydettyä osittaista luurankoa. Booth arvelee syyllisen olevan rikollisperheen jäsen - Hugh Kennedy -, mutta kun hän kuulee, että Hugh poltettiin kuolleeksi autossa asiat monimutkaistuvat. Booth saa selville, että Hugh on itse asiassa elossa, mutta joutuu pian tämän kidnappaamaksi. Brennanin täytyy löytää Booth ennen kuin tämä loukkaantuu, mutta se osoittautuukin luultua vaikeammaksi ja lopulta Brennan tekee uskomattomia tekoja vain pelastaakseen Boothin.
Arvoitus avaruudesta "(Spaceman in a Crater)".
Salaperäinen kuollut mies löydetään kraatterista ruumis litistyneenä aivan kuin hän olisi tippunut taivaalta. Brennan ja Booth yrittävät saada selville kuka mies oli Hodginsin päätellessä kyseessä olevan avaruusolentoja sisältävä salaliitto. Booth ja Brennan saavat selville, että mies oli astronautti ja vaikeaselkoinen tapaus alkaa selvitä.
Hehkuva luuranko "(Glowing Bones in the Old Stone House)".
Vanhasta kivitalosta löydetään hohtavia luita jolloin Brennan ja Booth kutsutaan tutkimaan tapausta. He pitävät tapausta outona kun paljastuu, etteivät luut ole radioaktiivisia eikä heillä ole hohdolle muuta selitystä. Kun uhri tunnistetaan tiimi yrittää selvittää murhatavan.
Haaveilija lätäkössä "(Stargazer in the Puddle)".
Nuoren naisen mädäntynyt ruumis löydetään ostoskärryistä, mutta ikääntymissairauden vuoksi Angela rekonstruoi hänet 80-vuotiaaksi naiseksi. Booth ja Brennan tutkivat tapausta ja heidät johdetaan uhrin entisen huoltajan luokse, mutta johtolanka on hatara ja heillä on ongelmia saada selville kuka tappaisi nuoren viattoman naisen. Samaan aikaan Max Keenan, Brennanin isä näyttäytyy mukanaan tietoa menneisyydestä. Hodgins ja Angela kävelevät pitkin alttaria, mutta kaikki ei suju kuten piti.