Turku 1500-luvulla

1500-luvun alussa, unioniriitojen yhteydessä tanskalaiset hävittivät kaupunkia kahdesti, vuonna 1509 Otto Rudin johdolla ja 1522 amiraali Sören Norbyn johdolla.
Kalmarin unioniin liittynyt tanskalaisten valta päättyi ja Kustaa Vaasan valta alkoi Turussa syksyllä 1523, kun Eerik Flemingin johtamat joukot löivät tanskalaiset Kupittaalla ja kaupungin keskustassa käydyissä taisteluissa sekä myöhemmin Kuusiston linnassa.
Kustaa Vaasan matkat Turkuun.
Rauhan alettua Kustaa Vaasa tutustui perusteellisesti valtakuntansa eri osiin. Kesällä 1530 oli vuorossa Suomi, joka oli sotien jälkeen pysynyt uskollisena Kustaalle. Kuninkaan ensimmäisen Suomen vierailun keskipisteenä oli Turun linna, jossa hän asui käyntinsä ajan elokuusta syyskuun toiselle viikolle. Kustaalle linnasta näyttää jääneen varsin synkkä kuva, mikä ilmenee hänen myöhemmistä kirjeistään. Turun linna oli 1500-luvun alussa hyvin vanhanaikainen, sen viimeiset laajat korjaukset oli tehty lähes sata vuotta aikaisemmin. Vanhanaikaisuutta lisäsi Kustaan mielestä myös se, että ruotsalaisia linnoja oli jo tuossa vaiheessa uudistettu renessanssin rakennusihanteita vastaaviksi. 
Vuonna 1546 Turussa syttyi tuhoisa tulipalo, jonka jälkeen Kustaa Vaasa alkoi etsiä Suomen etelärannikolta paikkaa uudelle paremmalle kaupungille. Hän totesi, ettei Turku ollut miellyttänyt häntä kauppapaikkana. Vuonna 1550 hän perusti Helsingin kilpailevaksi kaupungiksi Tallinnalle. 
Uskonpuhdistus.
Uusi kuningas toi mukanaan myös uskonpuhdistuksen. Ensimmäinen uutta oppia saarnannut oli Pietari Särkilahti, ja hänen oppilaansa Mikael Agricola jatkoi uskonpuhdistusta ensin katedraalikoulun rehtorina ja sittemmin piispana. Reformaation myötä katosivat kirkkojen ylellisyys ja munkit. Samalla sairaiden ja köyhien hoito kuitenkin heikkeni kirkon menettäessä omaisuuttaan ja tulojaan. 
Kaupan saralla suuri muutos oli saksalaisten vaikutusvallan väheneminen, johon Kustaa Vaasa aktiivisesti vaikutti. Alun ongelmien jälkeen ulkomaankauppa alkoi kuitenkin kasvaa voimakkaasti. Vuosina 1549–1563 kauppa kaksinkertaistui, mikä näkyi parantuneena elintasona ja ylellisyystavaroita tuottavien käsityöläisten määrän lisääntymisenä.
Herttuakunnan synty.
4. kesäkuuta 1556 Juhana-herttua sai käskyn isältään Kustaa Vaasalta "että hän kiiruusti lähtee Kuninkaallisen Majesteetin luo", joka tällöin oli vierailulla Turussa. Jo saman kuun lopulla, 27. kesäkuuta, muutamaa päivää ennen paluutaan Tukholmaan, Kustaa antoi Turun linnassa läänityskirjan, jonka mukaan Juhana sai hallittavakseen Suomen herttuakunnan joka sisälsi nykyiset Varsinais-Suomen, Satakunnan ja Ahvenanmaan alueet. Uutta Suomen herttuakuntaa alkoi johtamaan nyt Suomen herttuana vain 18-vuotias Juhana. Nuori Juhana oli Turun linnassa ajoittain yksinäinen ja turhautunut. Ruotsalainen hovineiti Kaarina Hannuntytär oli nuoren Juhanan vihkimätön vaimo ja synnytti hänelle neljä lasta. 
Vuonna 1562 Juhana avioitui Puolan kuninkaan sisaren, Katariina Jagellonican kanssa ja Turun linnassa alkoi loistelias renessanssielämä. Herttuan ja herttuattaren kautta Turkuun tulivat renessanssin ajan uudet ruokailutottumukset, taideharrastukset ja muoti. Turkulaiset saivat nähdä välähdyksiä keskieurooppalaisesta loistosta. Turun linnan salit koristeltiin kuvakudoksilla ja taide-esineillä, ja juhlat seurasivat toisiaan. Juhana-hettua johti Suomea melko itsenäisin ottein, vaikka kyseessä olikin Ruotsin kuninkaan alaisuudessa ollut alue.
Veljessodat.
Linnan loistokaudesta ei tullut pitkäaikaista. Kustaa Vaasan kuoleman jälkeen vuonna 1560 valtaistuimelle nousseen Juhanan veljen Eerik XIV:n ja Juhanan välille syntyi erimielisyyksiä Juhanan itsenäisen ulkopolitiikan ja Eerikin epäluuloisuuden vuoksi. Kuningas antoi valloittaa Turun linnan kesällä 1563, ja vain yhdeksän kuukautta Katariina Jagellonican saapumisen jälkeen herttuapari vietiin vangittuna Ruotsiin. Samalla tyhjennettiin Turun linna kalustosta ja sisustuksesta. 
Osat vaihtuivat myöhemmin, kun Eerik joutui luopumaan kruunustaan vuonna 1568. Hänet siirrettiin pari vuotta myöhemmin vangiksi Turun linnaan. Kun Eerik kuoli vuonna 1577, hänen puolisolleen ja lapsilleen lahjoitettiin Kangasalan Liuksialan kartano, jossa Kaarina Maununtytär vietti elämänsä loppuvuodet.