Afganistanin historia

Afganistanin aluetta ovat historian aikana pitäneet vallassaan useat alueen ulkopuoliset valloittajat. Afganistanin vuoristoissa elävät heimot ovat vuosisatojen ajan taistelleet vieraita valloittajia, maan keskushallintoa ja toisiaan vastaan. Varsinaisen Afganistanin syntynä pidetään Ahmad Šah Dorranin perustamaa Dorrani-valtakuntaa, joka muodostui vuonna 1747, kun paštuheimot yhdistyivät yhden hallitsijan alaisuuteen. Ahmad Šah Dorranin perustama monarkia oli vallassa 1970-luvulle asti.
Brittiläiseen imperiumiin kuuluneen Intian ja Venäjän keisarikunnan välissä Afganistan joutui sijaintinsa vuoksi suurvaltojen pelinappulaksi. Britit liittivät alueen omaan vaikutuspiirinsä puskurivyöhykkeeksi Venäjän laajenemista vastaan. Kolmannen afgaanisodan jälkeen Afganistan itsenäistyi vuonna 1919. Afganistanin kuninkaaksi nostettiin Aman Allah Khan. Hänen johdollaan toteutettiin monia nykyaikaistamiseen tähtääviä uudistuksia, jotka eivät olleet konservatiivisten uskonoppineiden mieleen, ja lopulta vuonna 1929 Aman Allah syrjäytettiin vallasta. 1930-luvulla merkittäviksi poliittisiksi tekijöiksi nousivat Mosaheban-veljekset, joiden jälkeläiset hallitsivat maata 1970-luvulle asti. He nostivat maan kuninkaaksi Muhammad Zahir Šahin. Hänen hallitsijakautenaan maan nykyaikaistamista jatkettiin.
Kuningas Zahir Šah syrjäytettiin Muhammad Daudin johtamassa vallankaappauksessa 1973, ja Afganistanista muodostui Daudin hallitsema diktatuuri. Vallassa pysyäkseen Daud joutui kääntymään Neuvostoliiton puoleen, ja kommunismi sai maassa jalansijaa. Maan kommunistipuolue PDPA:n keskinäinen valtataistelu johti lopulta siihen, että Neuvostoliitto miehitti maan. Miehitystä nousivat vastustamaan islamilaiset mujahideen-taistelijat. Neuvostoliitto vetäytyi vuonna 1989, mutta rauha ei palannut maan ajauduttua eri sissiliikkeiden väliseen valtataisteluun. Vallan otti käsiinsä vuonna 1996 ääri-islamilainen Taleban-järjestö, joka syrjäytettiin vallasta vuonna 2001. Kaksi vuosikymmentä kestäneiden sotien jälkeen maa oli valtaisan jälleenrakennusurakan edessä, ja Afganistan joutui aloittamaan valtion rakennuksen jälleen alusta.
Varhaishistoria.
Esihistoria.
Nykyisen Afganistanin alueella oletetaan olleen paleoliittista asutusta jo 100 000 vuotta sitten. Varhaisimmat löydetyt kivityökalut on ajoitettu 50 000 vuoden taakse, ja ne viittaavat siihen, että alueella on elänyt neandertalinihmisiä jo ennen nykyihmistä. Varhaiset asukkaat olivat metsästäjä-keräilijöitä, jotka hyödynsivät riistaeläimiä, kuten tasankojen hevosia ja nautoja sekä vuoriston villilampaita ja vuohia. Balkhin luolista on löydetty neoliittiselle kaudelle noin vuosiin 9000–6000 eaa. ajoitettuja löydöksiä, joissa on havaittu todisteita kotieläinten pidosta sekä varhaisesta maanviljelyksestä.
Sijaintinsa vuoksi Afganistan on jo muinaisista ajoista lähtien ollut eri suunnilta vaeltaneiden kansojen vaellusreitillä, minkä vuoksi se on saanut kulttuurivaikutteita useasta suunnasta. Etelästä on tullut vaikutteita vuosina 3000–1500 eaa. kukoistaneelta Indus-kulttuurilta, jonka kanssa käytiin varhaista kauppaa. Arkeologiset tutkimukset ovat löytäneet todisteita pronssikautisesta vaihdantataloudesta myös mesopotamialaisten ja muinaisten egyptiläisten kanssa.
Toisella vuosituhannella eaa. Afganistanin alueelle alkoi muuttaa indoiranilaisia heimoja, ja aikaisemmat asukkaat joko väistyivät heidän tieltään tai sulautuivat heihin. Heidän levittäytymisensä selittyy korkeammalla teknisellä tasolla, sillä he hallitsivat sotavaunujen käytön. Indoiranilaiset muodostivat indoeurooppalaisten kansojen reuna-alueen. Varhaisista kansoista indoarjalaiset ovat jättäneet jälkeensä merkittävimmän kulttuuriperinnön, kun he levittäytyivät vuosina 1600–1300 eaa. Afganistanista nykyiseen Intiaan. Heidän perintöään ovat hindulaisuuden pyhiin teksteihin kuuluvat veda-kirjat.
Akhaimedinit.
Merkittävimmät kulttuurivaikutteensa Afganistanin alue on saanut lännestä. Niitä tuli jo protoelamilaiselta sivilisaatiolta, joka vaikutti 3000-luvulla eaa. nykyisessä Iranissa. 600-luvulla eaa. Afganistan saattoi olla Iranin Hamadanin kaupungin paikalla keskuspaikkaansa pitäneen Meedian hallinnassa. 500-luvulla eaa. persialainen akhaimedinien hallitsija Kyyros II Suuri perusti alueelle oman valtakuntansa. Akhaimedinien valta oli laajimmillaan Dareios I:n kaudella, noin vuosina 522-485 eaa. Hän liitti Akhaimedinien imperiumiin Afganistanin ja Indusjoen laakson. Imperiumi ei ollut kuitenkaan yhtenäinen, vaan se koostui useista satraappikunnista, jotka maksoivat veroa ja antoivat alamaisuutta osoittavia lahjoja Akhaimedinien dynastialle. Akhaimedinivaltakunnalla ei ollut tarkasti määriteltyjä rajoja, ja sen reunamilla akhaimedinien valta saatettiin tunnustaa, mutta veroja ei maksettu. Akhaimedinien mukana Afganistaniin levisi heidän uskontonsa zarathustralaisuus, joka oli yli vuosituhannen ajan alueen valtauskonto.
Hellenismin aika.
Akhaimedinien imperiumi hallitsi 200 vuotta osia Egyptistä, Lähi-idästä ja Keski-Aasiasta, mutta luhistui lopulta vain muutamassa vuodessa, vuosina 334–331 eaa., Makedonian kuninkaan Aleksanteri Suuren valloitettua suuren osan Akhaimedinien valtakunnasta. Akhaimedinien kuningas Dareios III pakeni itään, missä Baktrian satraappi murhautti hänet. Aleksanteri Suuri saapui nykyiseen Afganistaniin vuonna 330 eaa. ja suuntasi sen jälkeen kohti Baktriaa, joka oli viimeinen Akhaimedinien valloittamaton alue. Baktrian valloituksen jälkeen Aleksanteri Suuren joukot jatkoivat Aasian valloitusta ja etenivät nykyisen Tadžikistanin, Pakistanin ja Intian alueelle. Aleksanterin joukot kukistivat vuonna 326 eaa. Hydaspesjoen taistelussa intialaisen kuninkaan Poroksen joukot, mutta pian Aleksanterin sotajoukot kyllästyivät jatkuvaan sotimiseen ja vetäytyivät Intiasta. Paluumatkalla Aleksanteri Suuri kuoli vain 32-vuotiaana. Hänen sotaretkensä Aasiaan oli lyhyt. Aleksanterin jälkeisten vuosisatojen aikaa kutsutaan hellenistiseksi kaudeksi, sillä valloitusretkensä aikana hän jätti kreikkalaisia veteraaneja perustamiinsa kaupunkeihin, joista tuli valtakeskuksia. Näin kreikkalainen kulttuuri ulottui Välimereltä Pohjois-Intiaan ja Keski-Aasiaan.
Aleksanteri Suuren kuoleman jälkeen hänen sotapäälliköidensä välille kehittyi valtataistelu. Aleksanterin valtakunta ei koskaan vakiinnuttanut valtaansa Aasiassa. Itäiset satraapit yhdistyivät pian Seleukidien hallitsijasuvun valtaan voimakkaan sotapäällikön Seleukos I:n otettua alueet hallintaansa 323 eaa. Laajimmillaan seleukidit hallitsivat lähes Akhaimedinien valtakunnan kokoista aluetta.
Seleukidien ohella Aleksanterin kuoleman jälkeen Intiassa järjestäytyi voimakas Maurya-valtakunta. Ennen vuotta 300 eaa. se oli valloittanut hallintaansa kreikkalaisvallan jäänteet Indusjokilaakson itäpuolella. Nykyisen Afganistanin alueella kreikkalaisvaikutus oli voimakasta. Seleukidien jälkeen sinne syntyi Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta, kun Baktrian satraappi Diodotos I käytti hyväkseen seleukidien epäonnea läntisissä sodissa. Hän julisti noin vuonna 250 eaa. Afganistanin tasangon itsenäiseksi. Baktrialaiset kykenivät torjumaan myös seleukidien yritykset alueen valtaamiseksi takaisin. Kreikkalais-baktrialaisten ohella, ja mahdollisesti liittoutuneena heidän kanssaan, myös Parthian satraappi Kaspianmeren kaakkoispuolella nousi kapinaan seleukideja vastaan ja irtautui seleukidivallasta.
Kreikkalais-baktrialaisen hallinnon aikana alueella oli hyvin vahva kulttuurinen yhteys Välimerelle. Kreikkalaiskulttuuri oli kuitenkin vain yläluokan kulttuuri, ja tavallinen kansa pysyi edelleen uskollisena alkuperäisille tavoilleen. Maurya-vallan laajetessa nykyisen Afganistanin alueelle levisi myös intialaisen kulttuurin piirteitä sekä buddhalaisuus. Maurya-valtakunta alkoi kuitenkin hajota kuningas Ašokan kuoltua vuonna 232 eaa, mikä jätti Pohjois-Intiaan valtatyhjiön, jonka täyttivät kreikkalais-baktrialaiset. Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta hyökkäsi Pohjois-Intiaan ja alisti sen valtaansa. Intian pohjoisosiin muodostui näin useita pieniä hellenistisiä valtakeskuksia. Aikaa kutsutaan Intian historiassa indokreikkalaiseksi ajanjaksoksi. Buddhalaisuuden leviämistä kreikkalaisvalta ei pysäyttänyt, vaan helleenikuninkaat saattoivat itsekin omaksua buddhalaisuuden.
Paimentolaisheimojen valtakausi.
Parthialaiset.
Kreikkalais-baktrialaisen kuningaskunnan länsipuolella sijainnut Parthia aloitti kuningas Mithridateen valtakaudella noin 160-luvulla eaa. laajenemisen ja valloitti suuren osan kreikkalais-baktrialaisen kuningaskunnan länsiosista, mikä heikensi merkittävästi helleenien kykyä puolustautua paimentolaisilta. Kuningaskunta alkoi vuoden 125 eaa. tienoilla kärsiä yuezhi-paimentolaisheimon hyökkäyksistä, mikä koitui lopulta valtakunnan tuhoksi. Viimeinen kuningas Heliokles I vetäytyi Kabulin laaksoon, joka oli helpommin puolustettavissa. Yuezhit pystyivät tuhoamaan suojaamattomaksi jääneen Ai-Khanoumin hellenistisen kaupungin, eivätkä sotilaallisesti heikot indokreikkalaiset pystyneet enää säilyttämään asemaansa.
Kušana-valtakunta.
Yuezhit ajoivat muitakin paimentolaiskansoja pois alueiltaan, ja heidän edellään nykyiseen Afganistaniin saapuivat skyytit eli sakat. Heitä oli kuitenkin vastassa indokreikkalaisten vastarinta, ja skyytit asettuivat aloilleen Hindukušvuoriston lounaispuolelle, Afganistaniin ja Pakistaniin. Aluetta kutsuttiin heidän mukaansa nimellä Sakastan, ja siitä juontuu alueen nykyinen nimi Sistan. Indoskyytit pitäytyivät heimokantaisessa paimentolaiselämässä, mutta vaiheittain he laajensivat elinalueitaan indokreikkalaisten kuninkaiden maille. Ajanlaskun alun tienoilla kreikkalaiskulttuuri alkoi hiipua Etelä-Aasiassa.
Parthialaiset hallitsivat Afganistanin länsiosia parin sadan vuoden ajan. Valtakunnan itäkolkka oli suhteellisen rauhallista seutua, sillä parthialaiset kävivät merkittävimmät sotansa Rooman valtakuntaa vastaan lännessä. Roomalaisten sotaretket eivät koskaan yltäneet Mesopotamiaa idemmäs. Valtakunnan itäosat pääsivät irtautumaan, sillä parthialaisten sotajoukot oli sidottu länteen. Parthia oli ottanut skyyttien elinalueen omaan hallintaansa, ja alueen satraapin irtauduttua Parthian valtakunnasta muodostui Indoparthialainen kuningaskunta, joka kesti kuitenkin vain muutamien sukupolvien ajan. Parin vuosisadan ajan aloillaan olleet yuezhit alkoivat jälleen liikehtiä ensimmäisellä vuosisadalla jaa. He valloittivat sekä indoskyyttien että indokreikkalaisten valtakuntien rippeet ja perustivat Kušana-valtakunnan.
Kušana-valtakunnan hallussa oli laajimmillaan Hindukuš, Baktria, Pohjois-Intia ja Keski-Aasiassa sijaitseva Ferganan laakso, joka oli strategisesti tärkeä, sillä se oli keskeinen Keski-Aasian ja Kiinan välinen kulkureitti. Kušanat pystyivät näin kontrolloimaan idän ja lännen välistä silkkitietä. Laajimmillaan Kušana-valtakunta oli kuningas Kaniškan valtakaudella, noin vuosina 78–144. Kušanien kausi oli suhteellisen rauhallinen, mikä auttoi kaupan kukoistukseen ja toi nykyisen Afganistanin alueelle huomattavaa vaurautta. Ainoa merkittävä uhka oli aluksi indoparthialaiset, mutta heidätkin torjuttiin. Pohjois-Intia taas oli poliittisesti hajanainen, eikä Keski-Aasiasta tullut uusia paimentolaisheimojen vaellusaaltoja. Rauhan aikana myös kulttuuri kukoisti ja kušanahallitsijat omaksuivat alueen valtauskonnon buddhalaisuuden.
Kušana-valtakunta alkoi 200-luvulla hajota voimakkaiden kuninkaiden puutteessa, ja ulkoapäin sitä uhkasi Persiaan muodostunut uusi supervalta Sassanidi-dynastia, joka valloitti Baktrian, nykyisen Afganistanin länsiosat ja osan Pohjois-Intiaa. Osan Pohjois-Intiasta kušanat menettivät Intiassa voimistuneelle Gupta-valtakunnalle. Kušana-hallitsijat joutuivat vetäytymään helpommin puolustettavalle Afganistanin vuoristoalueelle, joka jäi heidän valtakuntansa viimeiseksi linnakkeeksi. Lopullisesti Kušana-valtakunnan rippeet kukistivat 400-luvulla Keski-Aasiasta vaeltaneet paimentolaiset, hefthaliitit.
Hefthaliitit.
Hefthaliitteja oli muuttanut Afganistaniin jo 300-luvulta lähtien. He asettuivat Amudarjajoen varrelle ja uhkasivat sieltä sassanideja. Seuraavia vuosisatoja leimasi hefthaliittien ja sassanidien jatkuva sodankäynti sassanidivaltakunnan raja-alueella. Sassanidiarmeijasta suurin osa oli sidottu valtakunnan länsiosaan torjumaan Rooman muodostama uhka. Sassanidien kuningas Šahanšah Šapur II joutui tyytymään diplomatiaan hefthaliittien suhteen ja luopumaan Baktriasta. Vastineeksi hefthaliitit lähettivät sotilaita sassanidien tueksi Roomaa vastaan. Sassanidit eivät pystyneet enää torjumaan 400-luvulla alkanutta uutta hefthaliittien muuttoaaltoa. Sassanidien sotiessa lännessä hefthaliitit ryöstelivät valtakunnan itäosia. Ainoastaan säännöllisesti maksetut lahjukset pitivät hefthaliitit rauhallisina.
Hefthaliittien huippukausi oli 500-luvun ensimmäisella puoliskolla, jolloin he hyökkäsivät Intian Gupta-valtakuntaan ja saivat haltuunsa suuren osan Pohjois-Intiaa. Hefthaliittien valtakunta oli kuitenkin käytännössä eri päällikkökuntien muodostama löyhä liitto, jossa paikallishallitsijat ajoivat lähinnä omaa etuansa. Tämänkaltainen hallintorakenne ei ollut pitkän päälle kestävä. Intialaiset ajoivat hefthaliitit pois Intiasta jo 500-luvun puolivälissä, ja turkkilaisheimot valloittivat 500-luvulla Baktrian. Sassanidit käyttivät hefthaliittien heikentymistä hyväkseen ja pystyivät marssittamaan armeijansa itään kuningas Khusrau I:n solmittua sodan jälkeen rauhan itäroomalaisten kanssa. Sassanidit löivät heftahaliitit ja palasivat valtaan nykyisen Afganistanin alueelle vuonna 565.
Historiankirjoitus kuvaa hefthaliitit usein barbaareina, mutta arkeologiset löydöt todistavat, että he jatkoivat Kušana-aikakauden perinteitä ja omaksuivat buddhalaisuuden. Paimentolaisheimojen aikakauden ja buddhalaisen kulttuurin kukoistuksen merkittävimpiä saavutuksia ovat 300–400-luvuilta peräisin olevat Bamiyanin laakson buddhapatsaat, jotka tuhottiin vuonna 2001.
Vuosisatoja kestäneet roomalaisten ja persialaisten väliset sodat periytyivät Välimeren rannikkoa hallinneelta Rooman valtakunnalta Bysantille ja Persiaa hallinneilta parthialaisilta sassanideille. Roomalaisten ja persialaisten valtapiirit pysyivät suunnilleen samana satojen vuosien ajan. Tämän poliittisen tilanteen muuttuminen oli lopulta osasyynä uuden uskonnon, islamin leviämiselle.
Sekä Bysantin että Sassanidien valtakunnissa oli usein tapana vallanperimyskiistoissa turvautua vihollismaan apuun. Tähän usein myönnyttiin, jotta naapurimaan valtaan saataisiin suotuisa hallitsija. Vuonna 590 sassanidien hallitsijaksi nousi Bysantin hallitsijan Maurikioksen tuella Khosrau II. Maurikios teloitettiin, kun sisäisen kapinan jälkeen Bysantin hallitsijaksi tuli Fokas. Khosrau II aloitti tämän seurauksena sodan kostaakseen liittolaisensa kuoleman. Bysantin sisäisen hajaannuksen vuoksi persialaiset menestyivät aluksi ja etenivät aina Syyriaan, Anatoliaan ja Egyptiin asti. Eteneminen oli yhtenä syynä uusille valtataisteluille Bysantissa, ja vuonna 610 vallan kaappasi Herakleios, joka teloitutti Fokasin. Herakleios ei edes yrittänyt vallata takaisin menetettyjä alueita, vaan hän hyökkäsi Kaukasuksen kautta suoraan Persian ytimeen, ja 620-luvulla persialaiset lyötiin useissa taisteluissa. Persialaiset joutuivat aloittamaan vetäytymisen takaisin itään. Sassanidien kuningas Khosrau II kuitenkin kieltäytyi ryhtymästä rauhantunnusteluihin Bysantin kanssa. Niinpä persialaisylimystö nousi kapinaan ja nosti vuonna 628 valtaistuimelle tämän pojan, joka murhautti Khosrau II:n. Molemmat osapuolet kärsivät raskaita tappioita sodassa, jonka rauha solmittiin vuonna 629.
Islamin saapuminen.
Arabien valloitusretket.
Bysantin ja sassanidien heikennyttyä merkittävästi eri syistä molempiin alkoi kohdistua uusi uhka. Arabit olivat vuosisatoja olleet hajanaisia ja poliittisesti järjestäytymättömiä. Heidät kuitenkin yhdisti 660-luvulle tultaessa arabihallitsija Muawija keskuksenaan Syyrian Damaskos. Yleisen näkemyksen mukaan arabivaltakunnan synty lähti liikkeelle Medinan keitaalta profeetta Muhammedin johdolla. Toisen teorian mukaan se syntyi vanhan järjestelmän romahduksesta ja sitä seuranneesta arabiheimojen sisällissodasta. Arabit valloittivat Bysantilta Syyrian ja Palestiinan ja sassanideilta Mesopotamian. Bysantin hallitsija Herakleios kykeni järjestämään armeijansa uudelleen ja torjumaan arabien pääsyn valtakunnan sydänalueille. Sassanidit eivät kyenneet samaan, sillä valtakunta oli ajautunut Khosrau II:n jälkeen kaaokseen ja heikompien hallitsijoiden aikakauteen. Islamilainen perimätieto kertoo, että arabiarmeija kukisti sassanidit vuonna 636 Qadisiyyan taistelussa ja vuonna 642 Nahavandin taistelussa. Viimeinen sassanidikuningas Yazdegerd III joutui pakenemaan itään, ja hänet murhattiin Mervissä vuonna 651. Toisten näkemysten mukaan näitä suurtaisteluita ei koskaan ollut, ja todelliset tapahtumat ovat jääneet historian hämäriin. 
Arabien valloitusretkien tarkoitus oli ryöstösaaliin hankinta eikä suinkaan alueiden liittäminen omaan valtakuntaansa. Valloitusretket etenivät hyvin pitkälti arabeille itselleen tuttuja maastoja, aavikoita ja tasankoja pitkin. He välttelivät vuoristojen suojaamia alueita, kuten Kabulin laaksoa, missä maasto oli hankalakulkuista eikä ryöstettäviä kaupunkeja ollut juurikaan. Kun arabien armeijat lähestyivät nykyistä Afganistania, se oli paikallisten dynastioiden hallinnassa. Afganistanin lounaisosassa oli merkittävin valtakeskus, jossa Zunbil-dynastia esti yli sadan vuoden ajan arabeja tunkeutumasta Hindukušin vuoristoon. Zunbilien oletetaan polveutuvat hefthaliiteista tai vielä heitäkin vanhemmista kansoista. Afganistanin pohjoisrajalla arabeja taas oli vastassa turkkilaiset paimentolaisheimot, eivätkä arabit lähteneet epävarmoille sotaretkille helposti puolustettaviin vuoristosoliin. Afganistanin alueen hallitsijat tunnustivat myös Kiinan Tang-dynastian ylivallan, eivätkä arabit ottaneet riskiä joutumisesta konfliktiin kiinalaisten kanssa. Afganistanin vuoristolaaksot jäivät arabeilta pysyvästi valloittamatta. Sen sijaan he etenivät Hindukušin eteläpuolelta Sindhiin, nykyiseen Pakistaniin, ja ulottivat islamilaisen kalifaatin vaikutuksen Indusjoen laaksoon asti.
Persialaisten dynastioiden kausi.
Islamilainen maailma kärsi 700-luvun puolivälissä sisäisestä hajaannuksesta, jonka seurauksena Bagdadissa valtaa pitäneet abbasidit syrjäyttivät vallankumouksen jälkeen umaijadit arabimaailman johdosta. Arabien sotaretkiin kaukana idässä ei sisäisillä kiistoilla ja vallanvaihdoksella ollut juuri vaikutusta, sillä sotapäälliköt toimivat melko itsenäisesti ja pystyivät silti laajentamaan kalifaatin aluetta. 800-luvulla Bagdadin abbasidi-dynastian kalifin arvovalta alkoi kuitenkin hiipua. Hänen muodollinen kunnioituksensa säilyi, mutta valtakunnan sisään alkoi syntyä käytännössä itsenäisesti toimineita dynastioita.
Abbasidikalifaatin reuna-alueilla Sistanissa, nykyisen Iranin ja Afganistanin rajaseuduilla, keskushallinnon ote oli heikko. Alue ajautui eri ryhmien väliseen sisällissotaan, josta merkittävimmäksi sotapäälliköksi nousi persialainen Ja’qub ibn al-Laith al-Saffar. Hän kukisti kilpailijansa ja perusti vuonna 861 saffaridien dynastian, jonka pääkaupunki oli Zaranj. Saffaridien dynastian alkuaikoina sen suurin uhkaaja oli Zunbil-valtakunta, joka myös liittoutui ibn al-Laithin vastustajien kanssa. Tämä päätti ratkaista asian hyökkäämällä Zunbil-valtakuntaan vuonna 865. Zunbilien armeija tuhottiin lähellä nykyistä Kandaharia käydyssä taistelussa, ja heidän hallitsijansa surmattiin. Zunbilien kukistuttua Saffaridit jatkoivat valloituksiaan pohjoiseen, ja nykyinen Afganistan joutui ensimmäisen kerran osaksi islamilaista valtakuntaa.
Saffarididynastian perustaja Ja’qub ibn al-Laith al-Saffar oli alkujaan alhaissyntyinen sotaherra, eikä hänellä ollut Bagdadin abbasidikalifin mandaattia toimilleen. Suhteet kalifiin katkesivat, ja saffaridit ja abbasidit ajautuivat vuonna 876 keskinäiseen taisteluun, jossa abbasidit estivät saffaridivallan leviämisen Bagdadiin. Ibn al-Laith kuoli kolme vuotta myöhemmin. Hänen seuraajakseen nousi hänen veljensä Amr ibn al-Laith al-Saffar.
Amr omaksui hieman toisenlaisen politiikan ja onnistui parantamaan suhteita abbasidikalifiin. Hänen kohtalokseen koitui kuitenkin suuruusharha. Hänen veljensä kuoleman jälkeen monet heidän alaisuudessaan olleet paikallishallitsijat alkoivat kapinoida. Amr kukisti kapinat Khorasmiassa, joka sijaitsi nykyisen Afganistanin pohjoisosassa. Tämän jälkeen hän halusi liittää saffaridien hallintaan myös Transoksianan, joka sijaitsi nykyisen Afganistanin pohjoispuolella. Transoksaniaa hallitsivat samanidit, jotka olivat olleet huomattavasti uskollisempia Bagdadin kalifille. Saffaridiarmeijan sotaretki Transoksianaan epäonnistui kohtalokkaasti. Samanidien sotajoukot olivat huomattavasti ennakoitua vahvemmat, ja saffaridiarmeija kärsi tappion vuonna 900 Balkhin lähellä käydyssä taistelussa. Amr vangittiin, ja samanidihallitsija Ismai’l ibn Ahmad lähetti hänet Bagdadiin, missä kalifi sai päättää hänen tuomiostaan. Abbasidikalifi Al-Mu’tadid oli tyytyväinen päästessään viimein eroon saffarideista, ja Amr teloitettiin. Amrin jälkeen saffaridivaltakunta rapistui nopeasti, ja samanidit kohosivat islamilaisen maailman itäosien voimakkaimmaksi dynastiaksi.
Samanidit poikkesivat saffarideista siinä, että he olivat taustaltaan persialaista ylimystöä, joka osasi toimia diplomaattisemmin. He ymmärsivät myös kalifin arvon islamilaisen maailman ideologisena keulakuvana. Kalifi oli teoriassa ylin auktoriteetti, eivätkä samanidihallitsijat käyttäneet itsestään emiiriä korkeampaa arvonimeä. Todellisuudessa kalifi ei samanidien itäisen valtakunnan asioihin juuri puuttunut. Samanidiaikana persialainen kulttuuri alkoi elpyä ja arabialaisen kulttuurin vaikutus hiipua. Islam oli kasvanut jo maailmanuskonnoksi, jonka harjoittaminen ei enää ollut arabien yksinoikeus.
Turkkilaiset dynastiat.
Samanidit.
Persialaisen kulttuurin elpymisestä huolimatta turkkilaisheimot alkoivat ensimmäisen vuosituhannen jälkipuoliskolla syrjäyttää persialaiskulttuuria Keski-Aasiassa. Turkkilaisheimot olivat jo omaksuneet islamin, ja Hindukušvuorten pohjoispuoliset tasangot alkoivat vakiintua heidän asuinalueekseen. Aluetta alettiin kutsua heidän mukaansa Turkestaniksi. 800-luvulta lähtien islamilaisissa dynastioissa alkoi yleistyä tapa hankkia nuoria sotilasorjia, jotka olivat yleensä juuri turkkilaisheimojen jäseniä. Sotilasorjista monet kohosivat maan armeijassa johtavaan asemaan ja etenivät hallinnollisiin virkoihin. 900-luvun lopulla muodostunut Ghaznavidien valtakunta on pohjimmiltaan sotilasorjien perustama.
Vuosina 954-961 samanidien valtakuntaa hallitsi heikko emiiri Abd al-Malik, jonka kaudella todellista valtaa piti hänen henkivartiostonsa komentaja, turkkilaistaustainen Alp Tegin. Emiirin kuoltua Alp Tegin ei halunnut luopua asemastaan ja yritti nostaa valtaistuimelle oman suosikkinsa, jota hän kykenisi ohjailemaan. Suunnitelma kuitenkin epäonnistui, ja hän joutui pakenemaan Transoksianasta Kabulin laaksoon, jossa intialainen hindukulttuuri vaikutti yhä vahvemmin kuin islamilaistunut persialainen kulttuuri. Alp Teginin onnistui syrjäyttää Ghaznia hallinneen paikallisen dynastian, mutta Ghaznin valta alkoi kasvaa vasta Alp Teginin kuoltua 977. Hänen seuraajansa oli Sebük Tegin, joka oli Alp Teginin sotapäällikkö ja alkujaan tämän turkkilaistaustainen sotilasorja. Sebük Teginin johdolla Ghaznin valta alkoi kasvaa itään hindulaisten hallitsijoiden kustannuksella. Muodollisesti Sebük Tegin oli kuitenkin edelleen samanidien kuvernööri.
Samanidivaltakuntaa uhkasi 900-luvun lopulta alkaen Keski-Aasian suunnasta karakhanidien eli ilek-kaanien muodostama turkkilainen heimoliitto, joka pyrki laajentumaan Syrdarjajoen eteläpuolelle. Samaan aikaan samanidineja vastassa oli lännessä bujidien dynastia. Samadiniemiirien ote turkkilaisiin sotapäälliköihin oli myös löystynyt näiden ajaessa vain omia etujaan. Emiiri joutui kääntymään Sebük Teginin puoleen, joka vastineeksi vaati hallintaansa suurempia alueita. Samanidien kohtaloksi koitui karakhanidien invaasio vuonna 996, jolloin myös Sebük Tegin katsoi parhaaksi katkaista suhteensa muodolliseen vasalliherraansa ja solmia sopimuksen karakhanidien kaanin kanssa. Samanidien pääkaupunki Buhara antautui karakhanideille vuonna 999, ja Karakhanidit ja Ghaznavidit jakoivat entiset samanidien alueet. Valtakuntien rajaksi muodostui Amudarjajoki.
Ghaznavidit.
Sebük Tegin kuoli vuonna 997, ja hänen seuraajansa Ghaznavidien johdossa oli hänen poikansa Mahmud Ghaznilainen, joka laajensi valtakunnan käsittämään Kaspianmereltä Indusjoelle ulottuvan alueen. Mahmudin aikana ghaznavidit tekivät sotaretkiä Intian niemimaalle, jossa pienet ja hajanaiset ruhtinaskunnat eivät kyenneet muodostamaan yhteistä rintamaa Mahmudia vastaan. Mahmud osoitti kunnioitusta Bagdadin abbasidikalifille, vaikka käytännössä ghaznavidit toimivat täysin itsenäisesti. Mahmud Ghaznilainen on jäänyt historiaan sunnalaisuuden esitaistelijana, vaikka hänen motiivinsa eivät olleet puhtaasti uskonnollisia vaan pikemminkin sotasaaliiden ryöstäminen.
Ghaznavidien vallan laajenemista Mahmudin aikana edesauttoi se, ettei hänellä ollut Persiassa vertaisiaan vastustajia. Hänen seuraajiensa aikana tilanne alkoi muuttua, sillä 1000-luvun alussa turkkilaiskansoihin kuuluneiden seldžukien vaikutuspiiri alkoi 1000-luvun alussa kasvaa Keski-Aasiassa. Mahmudin poika Mas’ud I pyrki vuosina 1030–1040 kukistamaan nämä paimentolaiset, mutta suuremmasta armeijastaan huolimatta ghaznavidit sotanorsuineen eivät menestyneet taistelussa nopeammin liikkuvia ratsastavia jousimiehiä vastaan. Ghaznavidit menettivät valtakuntansa länsiosat Seldžukkien valtakuntaan, jonka vasalleiksi ghaznavidit vähitellen ajautuivat. Ghaznavidit kukistuivat lopullisesti, kun heidän entinen vasallinsa, Ghurin maakuntaa hallinnut hallitsijasuku, nousi kapinaan. Ghurideina tunnettu dynastia pystyi vuonna 1150 tai 1151 kukistamaan ghaznavidit ja valloittamaan heidän pääkaupunkinsa Ghaznin. Ghuridit hallitsivat tämän jälkeen suurinta osaa nykyisestä Afganistanista, Pakistanista ja Iranin itäosista. He laajensivat valtaansa myös pohjoiseen, sillä seldžukit kukistuivat vuonna 1157 ghuzz-turkkilaisen paimentolaisheimon kyettyä kukistamaan seldžukkiarmeijan. Tapahtuneen seurauksena entiset seldžukkivasallit huomasivat tilaisuutensa tulleen ja koettivat täyttää syntyneen valtatyhjiön. Parhaiten tässä onnistui ghurididynastia.
Ghuridit.
Ghuridien valtakunta oli laajimmillaan 1190-luvulla, jolloin maata hallitsi sulttaani Mu’izz ad-Din Muhammad. Ghuridit kuluttivat kuitenkin voimavaransa pian loppuun sotiessaan sekä Pohjois-Intiassa että Iranin ylängöllä. Dynastiaa alkoi myös uhata yhä vahvemmin Amudarjan alajuoksulla sijaitseva Khorasmia, joka oli myös laajentunut seldžukkien kukistuttua. Khorasmian šaahin Ala ad-Din Muhammadin joukot löivät ghuridiarmeijan nykyisessä Pohjois-Afganistanissä käydyssä taistelussa. Tappio horjutti ghurididynastiaa niin pahasti, että valtakunta hajosi kymmenessä vuodessa.
Ghuridien kautta kesti vain viisikymmentä vuotta, mutta sillä oli suuri merkitys nykyisen Afganistanin ja myös Intian alueelle. Kun ghuridit valloittivat Delhin vuonna 1192, sulttaani Muhammad jätti paikallishallitsijaksi orjasotilas Qutb al-Din Aibakin, joka ghuridien kukistuttua huomasi olevansa käytännössä muista riippumaton johtaja. Hän perusti vuonna 1206 Delhin sulttaanikunnan, joka hallitsi Pohjois-Intiaa seuraavien vuosisatojen ajan.
Mongolikausi.
Mongolien invaasio.
Khorasmian kukistettua ghuridit ja seldžukkien valtakunnan rippeet Khorasmian šaahit kohosivat 1200-luvun alussa nykyisen Afganistanin ja sen lähialueiden valtiaiksi. Samoihin aikoihin syvemmällä Keski-Aasiassa muodostui Tšingis-kaanin johtamien mongolien heimoliitto, joka kehittyi mongolivaltakunnaksi 1200-luvun alussa. Mongolit onnistuivat 1210-luvulla alistamaan kitaanien Karakitain valtakunnan, jonka läntiset osat Khorasmian šaahi liitti omiin alueisiinsa. Mongolivaltakunta ja Khorasmia laajenivat näin toistensa rajanaapureiksi, eikä yhteiselosta tullut rauhanomaista. 
Tšingis-kaani lähetti vuonna 1218 lähetystön šaahi Ala ad-Din Muhammadin hoviin, mutta šaahi mestautti suurlähettilään. Seuraavana vuonna Tšingis-kaani ryhtyi kostotoimiin, ja mongolit hyökkäsivät Khorasmiaan ja kukistivat šaahin armeijan. Šaahi Ala ad-Din Muhammad pakeni itse pienelle Kaspianmeren saarelle, missä hän pian kuoli. Ala ad-Din Muhammadin poika Džalal al-Din asettui Ghazniin, mistä käsin hän muodosti liittouman, joka voitti mongolit Kabulin pohjoispuolella Parvanin taistelussa. Taistelu oli mongolien ainoa merkittävä tappio Khorasmian sotaretken aikana. Džalal al-Dinin muodostama liittouma kuitenkin hajosi pian keskinäisiin kiistoihin, eikä se enää kyennyt torjumaan vuonna 1221 Tšingis-kaanin johtamaa uutta sotaretkeä, jossa Ghazni tuhottiin maan tasalle ja asukkaat surmattiin. Džalal al-Din pakeni Delhin sulttaanikuntaan.
Khorasmian lopullisen kukistumisen jälkeen mongoleille oli tie auki islamilaisen maailman hävitykselle. Mongoliarmeija vyöryi halki Keski-Aasian Lähi-itään, missä oli koettu yhtä mittava mullistus arabien invaasion yhteydessä kuusisataa vuotta aiemmin. Tuhot olivat mongolivalloituksen yhteydessä kuitenkin suuremmat. Mongolit loivat valtakunnan, joka ulottui Kiinasta Kaspianmerelle, mutta islamin voima Keski-Aasiassa säilyi.
Il-kaanit.
Tšingis-kaani kuoli vuonna 1227, minkä jälkeen valtava imperiumi jaettiin hänen jälkeläistensä kesken. Suurin osa nykyisen Afganistanin alueesta jäi Tšingis-kaanin pojanpojan Hülegün perustaman Il-kaanien valtakunnan osaksi. Siihen kuului Iranin ylänkö Afganistanista Anatoliaan saakka. Il-kaanien valtakunta rajautui kahteen muuhun mongolivaltakuntaan, pohjoisessa Kultaiseen ordaan ja idässä Tšagataihin, joka hallitsi Kabulin laaksoa. Vaikka hallitsijat olivat sukulaisia keskenään, Il-kaanien valtakunnan suhde naapureihinsa oli vihamielinen.
Il-kaanit pyrkivät säilyttämään oman identiteettinsä alamaisiinsa nähden, mutta ajan myötä he persialaistuivat ja omaksuivat islamilaisen kulttuurin. Mongolit olivat harvalukuinen eliitti, jonka alaisina toimineet paikalliset dynastiat ja virkamiehet hoitivat käytännön asioita. Merkittävän käännekohdan muodosti vuosina 1295–1304 hallinneen kaani Ghazanin kääntyminen islamiin. Hän teki sunnalaisuudesta valtionuskonnon.
Il-kaanit hallitsivat melkein vuosisadan ajan, mutta heidän asemansa alkoi murtua vuosina 1316–1335 hallinneen kaani Abu Sa’idin jälkeen, jolloin vahvan johtajan puutteessa paikalliset mahtisuvut kasvattivat vaikutustansa. Tämän seurauksena Persia hajosi useaan pieneen valtakeskukseen. Merkittävimpiä niistä olivat Mesopotamian dzelajiridit, Persian keskiosien muzaffaridit ja Khorasanin alueen kartit, jotka vaikuttivat nykyisessä Afganistanissa. Kartit hallitsivat Heratin aluetta mongolien aiheuttaman hävityksen jälkeen 1200-luvun puolivälistä lähtien 150 vuotta. He olivat olleet mongolien vasalleja, mutta he pysyivät valta-asemassa pidempään kuin mongolit. Il-kaanien vallan rapistuttua Kart-hallitsijat laajensivat alueitaan muiden vasallihallitsijoiden kustannuksella.
Afganistanin itärajalle asti Kart-hallitsijoiden valta ei yltänyt. Afganistanin nykyinen pääkaupunki Kabul lähiympäristöineen kuului Tšagatai-kaaneille. Hindukušin vuoristo oli muodostanut puskurivyöhykkeen toisilleen vihamielisten Il-kaanien ja Tšagatai-kaanien väliin, eikä kumpikaan pyrkinyt aktiivisesti kehittämään hyökkäyksille altista aluetta ja raunioitunutta Ghaznia. Monet merkittävät kaupungit olivat tuhoutuneet, jolloin Kabulista alkoi kehittyä alueen merkittävin keskus. Islamilaisen korkeakulttuurin keskus siirtyi kuitenkin mongolikaudella Delhin sulttaanikuntaan, vaikka väestön enemmistö nykyisen Pohjois-Intian alueella ei ollutkaan islamilaista.
Timuridit.
Mongolit jäivät pysyvästi Keski-Aasiaan, toisin kuin Kiinassa, missä Yuan-dynastia kukistui vuonna 1368. Keski-Aasiassa mongolihallitsijat omaksuivat islamilaisen kulttuurin, ja mongoliperintö alkoi hiipua hallitsevan mongolieliitin sulautuessa persialaiseen yläluokkaan. Samalla hiipui heidän poliittinen auktoriteettinsa. 1300-luvun puolivälissä Tšagatain kaanikunta oli jakaantunut poliittisesti kahtia hallitsevan dynastian eri haarojen kesken. Sisäisiä kiistoja hyödynsi sotapäällikkö Timur Lenk, joka sai huomattavaa poliittista valtaa maan länsiosassa. 1370-luvulla hän oli jo maan tosiasiallinen hallitsija, joka piti valtaistuimella nukkehallitsijaa. Kaanin kuoltua 1400-luvun alussa Timur ei enää vaivautunut nimittämään tilalle seuraajaa, ja hän ryhtyi laajentumistarkoituksessa tekemään sotaretkiä ympäröiviin valtakuntiin. Hän perusti pääkaupungin Samarkandiin. Timurin armeijat sotivat yhtäjaksoisesti 35 vuotta, ja ryöstelevät joukot etenivät lännessä aina Syyriaan ja Anatoliaan asti, etelässä Delhiin ja pohjoisessa Kultaisen ordan alueelle.
Nykyisen Afganistanin alueella kart-dynastian hallitsemat alueet joutuivat osaksi timuridien valtaa. Timur Lenk kuoli vuonna 1405. Ennen kuolemaansa hän oli valloittanut suuren imperiumin, mutta se ei ollut kestävä. Timuridit eivät järjestäneet alistettujen alueiden hallintoa, vaan vanhat dynastiat säilyttivät asemansa. Vain voimakkaimmat keskukset, kuten kart-hallitsijoiden valtakeskus Khorasanissa, tuhottiin. Timurin kuoltua alistetut dynastiat eivät enää tunnustaneet Timurin jälkeläisten heikompaa auktoriteettia. Timuridi-prinssit ryhtyivät myös sotimaan keskenään. Voimakkaimmaksi heistä nousi Šahrokh, joka hallitsi 42 vuoden ajan. Vanhan pääkaupungin Samarkandin sijasta hän piti pääkaupunkina Heratia nykyisessä Afganistanissa. Heratista muodostui näin Keski-Aasian voimakkaimman valtakunnan pääkaupunki, jolloin se koki historiansa loistokkaimman ajanjakson. Timuridit hallitsivat Keski-Aasiaa koko 1400-luvun. Keskeisimpänä syynä tähän oli heidän sodankäyntitaitonsa, mutta myös se, ettei todellista uhkaajaa ollut. Keski-Aasiasta ei saapunut enää uusia voimakkaita paimentolaisheimoja, lisäksi Persia oli hajaannuksen tilassa. Timuridit heikkenivät sisäisesti, kun dynastian eri sukuhaarat alkoivat kilpailla keskenään. Hajanaisinakin he kuitenkin onnistuivat säilyttämään valta-asemansa Keski-Aasiassa vuosisadan loppuun asti.
Kohti nykyistä Afganistania.
Safavidit.
1400-luvun jälkipuoliskolla Keski-Aasiassa turkkilais-mongolilaiset paimentolaisheimot, joita kutsuttiin nimellä uzbekit, ryhmittyivät šaibanidien dynastian taakse. He alkoivat levittää elinpiiriään etelään Amudarjajoen jokilaaksoa kohti. Vuosisadan loppuun mennessä uzbekkien emiirit olivat Keski-Aasiassa syrjäyttäneet keskenään kiistelevät timuridit.
Samaan aikaan Afganistanin hallitsevaksi kansanryhmäksi nousivat paštut eli afgaanit, jotka olivat aiemmin asuttaneet lähinnä Sulaimanvuoristoa. Heidän muuttoliikkeestään ei ole tarkkaa kuvaa, mutta on arveltu, että timuridien vallan rapistuminen mahdollisti vuoristoheimojen siirtymisen uusille asuinalueille. Paštut olivat sotilaallisesti heikkoja, mutta laajentaessaan elinpiiriään he sulauttivat itseensä muita kansoja, mikä nosti heidät poliittisesti ja sotilaallisesti merkittävään asemaan. Paštut asuttivat alueita keskeisellä Keski-Aasian kauppareitillä, ja he pystyivät valvomaan keskeisimpiä solia ja nousivat siksi merkittäväksi voimatekijäksi. Paštujen poliittinen valta ulottui aina Delhin sulttaanikuntaan asti, kun paštutaustainen Bahlul Lodi nousi valtaistuimelle 1451 ja perusti lodi-dynastian.
Il-kaanien kauden loppupuolella oli nykyisessä Azerbaidžanissa saanut alkunsa myös uusi safavidien dynastia. Alueella vaikutti tuolloin vuosina 1252–1334 elänyt mystikko Šaikh Safa al-Din al-Ardabili. Safavidien tausta poikkeaa muista dynastioista, sillä he eivät olleet alkujaan heimoylimyksiä eivätkä paikallisia hallitsijoita vaan uskonnollisia johtajia. Safavidien nimi juontuu islamin mystisestä suuntauksesta suufilaisuudesta. Suufilaisuuden tulkinta oli avointa, joten se oli helppo sovittaa toisten kansojen uskonnollisiin käsityksiin. Suufilaisuuden kautta uudet kansat omaksuivat islamilaisen kulttuurin, ja safavidit vahvistuivat heidän ideologiansa saadessa uusia kannattajia. Oppi oli aluksi hyvin epäpoliittinen ja rauhanomainen, mutta 1400-luvulla safalaisuus alkoi erota suufilaisuuden muista suunnista. Se militarisoitui ja sai šiialaisia piirteitä. Safalaiset nousivat Azerbaidžanissa hallinnutta šervanšah-dynastiaa ja Lähi-idän Ak Koyunlu -ruhtinaita vastaan, mikä oli vähällä koitua safavidien kohtaloksi. Ak Koyunlu surmasi safavidien johtajan Sultan Alin vuonna 1494, minkä jälkeen liikkeen johto siirtyi hänen alaikäiselle veljelleen Isma’ilille, joka johti safavidiarmeijan kostoretkeä vuonna 1499. Safavidit valloittivat Persian luoteisosat, ja Isma’il julistautui šaahiksi.
Safavidien valtapiirin laajeneminen toi Isma’ilin törmäyskurssille uzbekkien Šaibanien kanssa näiden saatua hallintaansa viimeisetkin timuridivaltakunnan rippeet Khorasanin viimeisen timuridihallitsijan kuoltua 1506. Safavidien ja šaibanidien välillä käytiin vuonna 1510 taistelu lähellä Merviä, missä uzbekit lyötiin ja heidän johtajansa Muhammad Šaibani sai surmansa. Taistelun jälkeen safavidit hallitsivat koko Iranin ylänköä. Lännessä osmanit pysäyttivät safavidien vallan laajenemisen nykyisen Turkin ja Iranin rajan lähistölle vuonna 1514 käydyssä taistelussa.
Safavidien aikakaudella oli kauaskantoisia seurauksia Keski-Aasian uskonnolliseen jakoon. Isma’il oli alkujaan uskonnollisen ääriliikkeen johtaja, mutta hänen oli sovitettava uskontonsa yhteen alamaisten enemmistön uskonnon kanssa. 1500-luvun alussa Iranin ylänkö oli enimmäkseen sunnalaista, joten šiialaisen ääriliikkeen johtajan oli hankala oikeuttaa valtaansa. Siksi Isma’il päätti käännyttää persialaiset kaksitoistašiialaisuuteen, joka oli lähempänä islamilaisten enemmistön tulkintaa kuin safavidien oma lahko. Uusi uskonto vakiintui hitaasti, mutta Persia šiialaistui, mikä erotti sen sunnalaisista naapureistaan osmaneista, uzbekeista ja paštuista. Afganistanissa jakolinja on periytynyt nykyhetkeen saakka. Maan länsiosat olivat hallinnollisesti persialaisia ja šiialaisia, kun taas idässä valtaosa väestöstä tunnustaa sunnalaisuutta.
Mogulivaltakunta.
Timuridiruhtinat joutuivat väistymään, kun uzbekit tunkeutuivat heidän alueilleen. Paremmin nimellä Babur tunnettu Ferganan timuridihallitsija Muhammad Zahir al-Din joutui vuonna 1501 pakenemaan sotajoukkoineen Ferganasta Muhammad Šaibanin uzbekkiarmeijaa. Babur tukijoineen vetäytyi Kabulin laaksoon, joka oli viimeisiä uzbekeilta suojassa olevia alueita. Kabulissa Baburia vastaan nousi kuitenkin paikallinen arghunidien dynastia, joka oli ennen toiminut timuridien alaisuudessa ja joka oli timuridien kauden jälkeen kasvattanut oman valtakuntansa nykyisen Etelä-Afganistanin ja Länsi-Pakistanin alueelle pääkaupunkinaan Kandahar. Babur onnistui kuitenkin ajamaan arghunidit pois Kabulista vuonna 1504, mutta Kandahar kukistui vasta vuonna 1522.
Babur ryhtyi laajentamaan valtakuntaansa edelleen Intian suuntaan, missä Delhin sulttaanikuntaa hallinnut paštutaustainen lodi-dynastia oli menettämässä otettansa. Lodi-dynastiaa vastustanut ylimystö kääntyi Baburin puoleen lodien syrjäyttämiseksi. Baburin paljon lodi-armeijaa pienempi armeija kukisti vastustajansa vuonna 1526 Panipatin taistelussa. Lodien sotanorsut olivat kenttätaistelussa alakynnessä Baburin musketein ja tykein varustautunutta armeijaa vastaan. Panipatin taistelun myötä Delhin sulttaanikunnan 300-vuotinen historia päättyi ja Intiassa alkoi Baburin perustama Suurmogulien valtakunnan aikakausi. Babur itse kuoli 1530, ja hänen seuraajakseen nousi hänen poikansa Humayun.
Humayun joutui kuitenkin pakenemaan Intiasta Persiaan, kun paštukuvernööri Sher Shah Surin joukot asettuivat häntä vastaan. Vallatakseen Intian takaisin Humayun liittoutui Persiassa safavidien kanssa. Hän organisoi hyökkäyksiä Intiaan esi-isiensä mailta nykyisen Afganistanin alueelta. Sher Shah Suri kuoli kuitenkin vuonna 1545 ollessaan piirittämässä rajputien hallitsemaa Kalinjarin linnaketta. Hänen seuraajansa Islam Shah Surin kuoltua vuonna 1554 ilman vahvaa johtajaa jäänyt sur-dynastia hajosi nopeasti. Humayun armeijoineen saattoi valloittaa valtakuntansa takaisin ilman suurta vastarintaa vuonna 1555. Humayun kuoli seuraavana vuonna. Mogulivaltakunta hallitsi Intiaa aina 1800-luvulle saakka.
Seuraavina vuosisatoina nykyisen Afganistanin alue joutui osaksi mogulien ja safavidien välistä valtataistelua, jossa merkittävimpänä kysymyksenä oli Kandaharin hallinta. Safavideille tärkeintä oli osmanien torjunta lännessä, jolloin idässä sijaitseva Kandahar tarjoaisi hyvän etuvartioaseman Hindukušin suunnalta tulevia hyökkäyksiä vastaan. Safavidit onnistuivat vuonna 1648 vakiinnuttamaan asemansa Kandaharissa. Safavidien ja mogulien lisäksi nykyisen Afganistanin alueita havittelivat pohjoisen uzbekit. Uzbekit hyödynsivät 1500-luvun puolivälissä mogulien ja safavidien sisäisen sekaannuksen aiheuttamaa tilapäistä heikkoutta ja valloittivat laajoja alueita Afganistanista. Safavidien šaahi Abbas onnistui vuonna 1598 palauttamaan persialaisten vallan Khorasanissa. Mogulit kukistivat uzbekit vuonna 1646 ja valloittivat Balkhin ja Termezin. He eivät kuitenkaan saaneet sieltä pysyvää jalansijaa, sillä heidän tukialueensa Pohjois-Intiassa olivat aivan liian kaukana.
Myös paštut käyttivät hyväkseen mogulien ja safavidien välistä taistelua, ja he saivat molemmilta osapuolilta erilaisia myönnytyksiä. Sekä mogulien että safavidien sotavoimissa toimi merkittävässä määrin paštuja. Paštuheimojen elinympäristö laajeni voimakkaasti 1600-luvulla, eikä heitä voinut pitää puhtaasti vuoristokansana. Samalla nykyinen Länsi-Afganistan alkoi muuttua paštuenemmistöiseksi. Paštut eivät muodostaneet yhtenäistä kansakuntaa, vaan he koostuivat hajanaisista heimoista. Merkittävimmiksi nousivat Kandahariin asettuneet ghelzait ja pohjoisen abdalit Paštuyläheimojen välisestä kamppailusta muodostui Afganistaniin vakava sisäisten konfliktien lähde.
Paštuvalta.
Sekä Safavidien valtakunta että Mogulivaltakunta alkoivat heikentyä 1600-luvulla. Mogulivallan kohtaloksi koitui uskonnollinen suvaitsemattomuus. Suurmoguli Aurangzebin aikana valtakuntaa alettiin islamilaistaa, mitä maan hinduenemmistö ei voinut hyväksyä. Mogulit alkoivat menettää kannatustaan ja sen entiset vasallikuninkaat irtautua mogulien otteesta. Pohjois-Intiassa entisistä vasalleista voimakkaimmiksi osoittautuivat Marathivaltakunta ja Sikhivaltio. Myös safavidit heikkenivät sisältä päin. Maan voimakas hallitsija Abbas oli syrjäyttänyt oman isänsä ja varmistaakseen, ettei hänelle itselleen kävisi samoin, piti safavidiprinssien kasvaa haaremissa ulkomaailmasta eristettyinä siihen saakka, kunnes heidän oli aika astua valtaistuimelle. Kruununperillisillä ei ollut näin minkäänlaista kokemusta politiikasta, eivätkä he olleet voineet rakentaa omaa valtapohjaansa. He olivat siksi neuvonantajiensa ohjailtavissa, minkä seurauksena todellinen valta alkoi luisua paikallisille ylimystöille. Safavidien dynastia kuitenkin säilyi 1700-luvulle saakka, mihin vaikutti se, ettei sillä ollut vahvoja ulkoisia vihollisia; osmanit ja uzbekit eivät yrittäneet tunkeutua Iranin ylängölle.
Safavidien vallan hiipuessa paštut pysyivät kuitenkin uskollisina šaahille. Paštut tukivat šiialaisia safavideja sunnalaisia moguleja vastaan, mutta myös safavidit alkoivat sortua uskonnolliseen suvaitsemattomuuteen. Safavidi-šaahi yritti saada paštuja kääntymään viralliseen valtionuskontoon, mikä käänsi paštujen mielipiteen safavidivastaiseksi. Safavidien ja paštujen suhteen lopullinen hajoaminen tapahtui vuonna 1706, kun ghelzai-paštuihin kuuluneen hutak-klaanin päällikkö Mirwais Amir Khan surmasi taistelussa Kandaharin safavidikuvernöörin. Hutakit tunnustivat mogulien yliherruuden, mutta todellisuudessa Kandahariin oli syntynyt riippumaton Hutak-dynastia. Safavidit yrittivät valloittaa Kandaharin takaisin Abdali-paštujen tuella, mutta valtausyritykset epäonnistuivat. Huomatessaan safavidien heikkouden myös Heratissa valtakeskustaan pitävä abdalien johtaja Abd Allah Khan Saduzai sanoutui irti safavidien vallasta. Safavidit eivät onnistuneet valtaamaan myöskään Heratia enää takaisin, ja Keski-Aasiaan oli näin syntynyt kaksi riippumatonta paštuvaltakuntaa.
Paštuvaltakunnat olivat vihamielisissä väleissä keskenään ja kärsivät myös sisäisistä kiistoista. Vuonna 1722 Mirwaisin seuraaja Mir Mahmud marssi armeijoineen Persiaan ja valloitti Safavidien pääkaupungin Esfahanin ja vangitsi safavidien šaahin. Mir Mahmud pyrki nostamaan itsensä šaahiksi, mutta luhistumaisillaan olevan safavidivaltakunnan ylimystö ei suostunut tunnustamaan häntä. Šaahin asemasta kilpaili myös safavidiprinssi Tahmasp II, joka julistautui šaahiksi Qazvinissa. Länsirajalla tilanteeseen sekaantuivat sekä osmanit että Pietari Suuren johtama Venäjän imperiumi, jotka havittelivat safavidivaltakunnan rippeitä.
Mir Mahmud murhattiin vuonna 1725, minkä jälkeen Hutak-dynastia hajosi kahtia: Mir Mahmudin tilalle nimitettiin hutak-ylimys Ašraf Khan, mutta Kandaharissa valtaa pitänyt Mir Mahmudin veli ei tunnustanut tätä.
Nadir Šah.
Persialaisen väestön enemmistön mielessä safavidit olivat edelleen Persian ainoita laillisia hallitsijoita. Sekava poliittinen tilanne aiheutti maan hovissa valtataistelun, jossa ylimystö koitti hyötyä tilanteesta asettumalla nimellisesti šaahi Tahmasp II:n tueksi. Verisen kilpailun voittajaksi selviytyi afšarideja edustanut Nadir Khan, joka tunnettiin myöhemmin Nadir Šahina.
Nadir ryhtyi yhdistämään pirstoutunutta valtakuntaa. Hän hyökkäsi ensin abdalien kimppuun nykyisen Afganistanin länsiosissa, minkä jälkeen hän suuntasi kohti hutakien hallitsemaa Esfahania. Nadirin armeija kukisti hutakit, ja Ašraf Khan joutui pakenemaan Kandahariin, missä hänet surmattiin. Esfahanin valloituksen jälkeen Nadir hyökkäsi ghelzaiden viimeiseen linnakkeeseen Kandahariin, joka kukistui vuonna 1738 lähes vuoden kestäneen piirityksen jälkeen. Kandahar hävitettiin ja ghelzaiden valta tuhottiin täydellisesti. Tahmasp II nostettiin vanhan safavidipääkaupungin Esfahanin hallitsijaksi, mutta pian vahvistunut Nadir syrjäytti viimeisen safavidihallitsijan ja julistautui šaahiksi. Nadirin sotaretket olivat menestyksekkäitä myös lännessä, missä hän valtasi osmaneilta takaisin entiset safavidialueet. Pohjoisrajalla persialaisten valta levisi uzbekkien alueille, kun Nadir valloitti Buharan ja Khivan.
Nadir Šahille ei riittänyt Persian rajojen palautus ja poliittisen yhtenäisyyden saavuttaminen. Hänen armeijansa jatkoi valloitussotiaan mogulien alueille ja löi heidät vuonna 1739 Karnalin taistelussa. Persialaisjoukot marssivat Delhiin, joka hävitettiin. Mogulihallitsija Muhammad Šah sai pitää kuitenkin kruununsa, ja Nadir liitti valtakuntaansa ainoastaan Indusjoen länsipuoliset alueet. Tärkeintä Nadirille ei ollut uusien maiden valloittaminen vaan ryöstösaaliin saaminen. Valtavat määrät Intian aarteita ryöstettiin Persiaan, mukaan lukien riikinkukkovaltaistuin ja Koh-i-Noor-timantti, joka myöhemmin päätyi briteille.
Nadir Šahin valloitusten myötä Persia saavutti suurimman laajuutensa puoleentoista vuosituhanteen. Sen valta ulottui Kaukasukselta Indusjoelle asti. Valtakunnan rakenne ei kuitenkaan ollut kestävä, sillä valloitettujen alueiden hallintoon ei juuri panostettu. Lisäksi Nadir tuli yhä vainoharhaisemmaksi ja alkoi nähdä vihollisia joka puolella. Hänen lähimmät upseerinsa surmasivat hänet vuonna 1747, ennen kuin arvaamaton šaahi ehtisi tehdä saman heille. Afsaridien valtakunta alkoi tämän jälkeen hajota Nadir Šahia edeltäneeseen hajaannuksen aikaan. Afsaridit pystyivät pitämään vain Nadir Šahin vanhan pääkaupungin Mašhadin. 1700-luvun lopulla voimakkaimmaksi persialaiseksi dynastiaksi nousseet qadžarit ottivat viimeisetkin Nadir Šahin valtakunnan jäänteet hallintaansa. Nadir Šahin jälkeen alkoi nykyisen Afganistanin alue hahmottua, kun Dorrani-valtakunta alkoi muodostua Kandaharin ympärille.
Dorrani-valtakunta.
Nadir Šahin kuoltua valtakunnan itäosat alkoivat välittömästi irtaantua afsaridien otteesta. Merkittävimmäksi hallitsijaksi nousi Nadirin luottoupseereihin kuulunut Saduzai-klaanin abdali-ylimys Ahmad Khan, joka myöhemmin tunnettiin paremmin nimellä Ahmad Šah Dorrani. Nadir Šahin kuoltua Ahmad Khan palasi komentamansa neljäntuhannen miehen abdali-ratsuväkijoukon kanssa Kandahariin, missä abdali-ylimysten neuvosto valitsi hänet uudeksi kuninkaaksi vuonna 1747. Abdalien nousuun vaikutti erityisesti se, että ghelzait oli murskattu Nadir Šahin valloitusretkillä perusteellisesti.
Ahmad Šah Dorrani alkoi rakentaa uutta valtakuntaa Kandaharin ympärille, mikä onnistui aluksi hyvin, sillä Nadir Šah oli jo kukistanut vahvimmat kilpailijat, ghelzait ja uzbekit, eikä heikentynyt mogulivalta enää kyennyt uhkaamaan Dorrani-valtakuntaa. Ahmad Šah pystyi alistamaan Hindukušin tadžikit, turkmeenit ja hazarat.
Ahmad Šah yritti valloittaa myös Iranin ylängön alueet, jotka kuuluivat Nadir Šahin afsaridivaltakunnan. Ahmad Šahin hyökkäykset torjuttiin lännessä, joten hän kohdisti katseensa itään. Ahmad Šah teki useita sotaretkiä Intiaan, missä rappeutuva Mogulivaltakunta ei kyennyt estämään paštujen hyökkäyksiä. Delhi ryöstettiin jälleen, ja Kashmir, Punjab ja Sindh liitettiin Dorrani-valtakuntaan, mutta paštujen valta ei kuitenkaan vakiintunut. Paštujen sotaretkien vuoksi Mogulivaltakunnan menetti Pohjois-Intian lopullisesti. Sen rippeille syntynyt Marathivaltakunta pystyi kuitenkin edelleen vastustamaan paštuja.
Marathit olivat laajentaneet merkittävästi valtakuntaansa Pohjois-Intiassa luhistuvalta Mogulivaltakunnalta, mikä johti väistämättä laajenevien Dorrani-valtakunnan ja Marathivaltakunnan väliseen yhteenottoon. Marathit saivat aluksi yliotteen ja työnsivät paštut takaisin lähtöalueilleen. Asetelma alkoi kuitenkin kääntyä Ahmad Šahin joukkojen eduksi. Hindulaisilla maratheilla oli ylivoimainen tykistö paštuihin nähden, mutta heidän uskonnollinen ehdottomuutensa karkotti liittolaiset. Sen sijaan Ahmad Šah sai houkutelluksi tuekseen islamilaisia liittolaisia. Viimeinen taistelu käytiin vuonna 1761 samalla taistelukentällä, jolla Baburin ja Ibrahim Lodin joukot olivat kohdanneet kaksisataa vuotta aiemmin. Panipatin kolmannessa taistelussa marathit murskattiin, ja jäljelle jääneet joukot joutuivat perääntymään takaisin etelään. Tappion myötä Marathivaltakunta ei enää kyennyt nousemaan merkittäväksi voimatekijäksi Pohjois-Intiassa. Sen sijaan sikhit vastustivat edelleen paštuja ja valloittivat ajoittain Lahoren kaupungin hallintaansa. Paštut puolestaan ryöstivät sikhien pyhän kaupungin Amritsarin, mutta kumpikaan osapuoli ei saavuttanut ratkaisevaa voittoa.
Dorrani-valtakunnan pohjoisrajalla taistelut eivät olleet yhtä kiivaita. Uzbekkien Buharan kaanikunta pyrki valtaamaan takaisin alueitaan nykyisessä Pohjois-Afganistanissa, mutta uzbekkiemiirin kanssa päädyttiin sopimukseen, jolla valtakuntien rajaksi tuli Amudarjajoki. Ahmad Šah Dorrani kuoli 1773. Hän yhdisti paštuheimot, ja siksi afganistanilainen historiankirjoitus pitää häntä valtakunnan perustajana. Puolueeton historiantulkinta pitää kuitenkin todennäköisempänä, että tämänkaltaista kansallista suunnitelmallisuutta ei ollut, vaan hän koetti valloittaa takaisin Nadir Šahin rakentaman imperiumin rajat. Valtakunnan perustaminen ja sotamenestys perustuivat pitkälti paštujen vahvaan sotilasvoimaan. Afganistanin kuivilla ja vuoristoisilla seuduilla on vain vähän laidun- ja viljelysmaata, ja koska kaikille ei ole maata viljeltäväksi, on sotaväkeen liittyminen tarjonnut elinkeinon. Satojen vuosien ajan sekä Delhin sulttaanit että mogulikeisarit olivat värvänneet armeijoihinsa paštuja. Ahmad Šah käytti tätä perinteistä yhteiskuntarakennetta Dorrani-valtakunnan hyväksi. Hän kuitenkin myös ymmärsi paštujoukkojen aiheuttaman sisäisen uhan, mikäli vuoristoheimot eivät saisi vastinetta keskusvallan hyväksi lähettämilleen sotilaille.
Ahmad Šahin kuoltua valtaan nousi hänen poikansa Timur Šah. Hänellä ei ollut paštuylimysten keskuudessa samaa auktoriteettia kuin isällään, ja paštuheimojen alkoivat kääntyä toisiaan vastaan. Dorranien epätasapainoa käyttivät hyväkseen pohjoisessa Buharaa hallinneet manghitit ja idässä sikhit, jotka molemmat laajensivat alueitaan. Lännessä taas Persian qadžar-dynastia valloitti Nadir Šahin aikaisen pääkaupungin Mašhadin. Dorranien onneksi persialaisten huomio kiinnittyi venäläisten uhan torjumiseen näiden hyökättyä Luoteis-Persiaan. Timur Šah kuoli vuonna 1793, ja hänen jälkeensä Dorrani-valtakunta ajautui hänen poikiensa välienselvittelyyn. Vuosina 1793–1823 maata hallitsi viisi Timur Šahin poikaa, eikä yksikään poistunut valtaistuimelta luonnollisen kuoleman kautta. Epävakaan tilanteen vuoksi keskushallinto pystyi pitämään hallussaan vain tukialueidensa lähiympäristöä. Timur Šahia on pidetty afganistanilaisessa historiankirjoituksessa taitamattomana hallitsijana, joka romutti isänsä rakentaman imperiumin. Todellisuudessa valtakunnan rakenne oli hatara, käytännössä paštuheimojen löyhä liitto. Se saattoikin menestyä niin kauan kuin lähialueilla oli ryöstettävää, mitä edesauttoi seuduilla ollut valtatyhjiö, joka oli syntynyt mogulien ja safavidien romahtaessa. Tyhjiötä alkoivat 1700-luvulla täyttää aivan uudenlaiset viholliset, britit ja venäläiset.
Suuren pelin aikakausi.
Barakzai-emiraatti.
Dorrani-valtakunta ei vielä 1700-luvulla joutunut tekemisiin Itä-Intian kauppakomppanian kanssa, sillä sikhit toimivat maiden välissä puskurina. Dorrani-valtakunta ajautui kuitenkin osaksi siirtomaapolitiikkaa. Kun Persian qadžar-dynastia solmi vuonna 1807 liittosopimuksen Napoleonin Ranskan kanssa, britit huolestuivat Intian puolustuksesta. 1700-luvun seitsenvuotinen sota ja suuri siirtomaasota muuttivat brittien tavoitteita Intian niemimaalla, ja se sai britit ja ranskalaiset kilpailemaan Intian kauppaherruudesta. Mountstuart Elphinstonen johtama brittilähetystö saapui vuonna 1809 Peshawariin solmimaan dorranihallitsija Šudža' Šah Dorranin kanssa puolustussopimusta Persian vastaan, mutta pian Dorrani-hovi ajautui jälleen valtataisteluihin.
Šudža’ Šah oli itse noussut valtaistuimelle syrjäyttämällä vuonna 1803 veljensä Mahmud Šahin. Hän oli hyödyntänyt Mahmudin sotavoimien poissaoloa Kabulista ja lähettänyt veljensä vangiksi Bala Hisarin linnoitukseen, mistä tämän kuitenkin onnistui paeta ja koota sotaväkensä uudelleen. Šudža’an ja Mahmudin joukkojen yhteenotossa taistelu kääntyi Mahmudin voitoksi. Šudža Šah joutui pakenemaan brittien suojelukseen, missä oli jo hänen veljensä ja entinen hallitsija, vuosina 1790–1800 hallinnut Zaman Šah, jonka Mahmud oli syrjäyttänyt ja sokaissut vuonna 1800. Vallankaappauksen vuoksi brittien solmima sopimus Dorrani-hovin kanssa valui hukkaan. Brittien tilannetta kuitenkin helpotti se, että myös Persian ja Ranskan sopimus jäi lyhytaikaiseksi ja Napoleonin sodat päättyivät. Muuttuneen tilanteen vuoksi brittien kiinnostus nykyisen Afganistanin alueeseen lopahti, sillä Intian koilliskolkan puolustus muita siirtomaavaltoja vastaan ei ollut enää polttava kysymys.
Mahmud Šahin ulkopoliittisiin ongelmiin kuului 1800-luvun alussa myös Randžit Singhin johtama, Punjabissa sijainnut Sikhivaltio. Sikhit voittivat paštujen armeijan ja valloittivat Kashmirin ja Peshawarin Dorraneilta. Dorrani-hallitsija Mahmud Šah onnistui lisäksi suututtamaan saduzai-dynastian merkittävimmän tukijan, voimakkaan Barakzai-klaanin, joka oli tukenut häntä valtaannousussa ja Šudža’ Šahin syrjäyttämisessä. Mahmud surmasi merkittävän Barakzai-klaanin jäsenen, mutta on epävarmaa, olivatko Mahmudin motiivit henkilökohtaiset vai katsoiko hän Barakzai-klaanin kasvaneen liian voimakkaaksi. Murha oli kuitenkin virhearvio, sillä valtakunta lipesi Mahmudin otteesta ja Barakzait valtasivat Kabulin. Mahmud pakeni Heratiin, missä hän hallitsi kuolemaansa asti, vuoteen 1829. Barakzait asettivat uudeksi kuninkaaksi Timurin kaksi muuta poikaa, jotka olivat käytännössä klaanin nukkehallitsijoita. Vuosina 1818–1819 valtakunnan nimellinen hallitsija oli Sultan Ali Šah ja tämän jälkeen vuoteen 1823 asti Aijub Šah.
Barakzai-klaanin merkittävän klaanijohtajan kuolemisen jälkeen syntyneen valtataistelun voitti kuolleen johtajan nuorin poika Dust Muhammad. Barakzai-veljeksillä oli sama isä, mutta Dust Muhammad oli äitinsä puolelta sukua voimakkaammalle heimoryhmälle, joiden tuella hän sai Kabulin haltuunsa ja nousi valtaistuimelle.
Dust Muhammad ei kuitenkaan käytännössä hallinnut Dorrani-valtakuntaa vaan Barakzai-emiraattia. Hän omaksui arvonimen šah sijaan alemman emiirin arvon. Emiraatti oli pirstoutunut useisiin pieniin osiin, joita hallitsi nimellisesti paštupäällikkö. Niistä itäisimmät olivat alistuneet sikhien vasalleiksi. Hajanaisuus alkoi huolestuttaa myös Intian brittejä, jotka kutsuivat aluetta nimellä Afganistan. Britit pelkäsivät, että keskenään kilpailevista ryhmistä jotkut saattavat liittoutua Venäjän kanssa.
Britit liittoutuivat sikhien kanssa Kabulin valloittamiseksi ja Šudža’ Šahin asettamiseksi uudelleen valtaistuimelle. Brittiläiset halusivat, että Afganistanin hallitsija oli heille myötämieleinen. Dust Muhammad ei hyväksynyt sitä, että Peshawar jäisi sikhien hallintaan, eivätkä britit halunneet palauttaa kaupungin hallintaa paštuille, sillä sikhit olivat briteille tärkeä liittolainen.
Venäläisten tukemana Persian hallitsija Muhammad Šah piiritti vuonna 1837 Afganistanin länsiosissa sijaitsevan Heratin, jota hallitsi Saduzai-dynastian Mahmud Šahin poika. Britit pelkäsivät Heratin menetyksen avaavan mahdollisen tien Intiaan. Dust Muhammad puolestaan tiesi tarvitsevansa brittien tuen Peshawarin takaisin saamiseksi, eikä hän voinut suututtaa venäläisiä, joiden persialaiset liittolaiset olivat jo asemissa Heratin ympärillä. Hänen neuvottelunsa sekä brittien että venäläisten kanssa päättyivät tuloksettomina. Heratin piiritys laukesi, kun persialaiset joutuivat vetäytymään brittilaivaston lähdettyä valtaamaan Persianlahden saaria. Vetäytyminen Heratista ei kuitenkaan riittänyt briteille, jotka päättivät turvautua voimatoimiin Dust Mohammadin syrjäyttämiseksi ja Šudža’ Šahin nostamiseksi Afganistaniin kuninkaaksi.
Ensimmäinen afgaanisota.
Britit ryhtyivät vuonna 1839 liittolaistensa sikhien kanssa suunnittelemaan iskua Afganistaniin. Dust Muhammedin ei katsottu aiheuttavan uhkaa Intialle, joten sotaretkestä ei ollut brittien keskuudessa yksimielisyyttä. Epäillen suhtauduttiin myös sikhien liittolaisuuteen ja Sudža Šahin kykyyn toimia kuninkaana. Ensimmäinen afgaanisota alkoi kuitenkin keväällä 1839. Briteille sodasta tuli katastrofi, vaikka Sudža Šahin nostaminen uudelleen valtaan onnistui.
Suurin osa brittien armeijasta koostui intialaisista sepoy-sotilaista, joita brittiupseerit johtivat. Afganistanin valloitus sujui helposti, sillä osa paikallisista ylimyksistä lahjottiin ja paikallisväestöstä suurin osa ei vastustanut brittejä. Kandahar vallattiin ilman taistelua huhtikuussa 1839, ja elokuussa brittiarmeija valtasi Kabulin, missä Sudža Šah asetettiin valtaistuimelle. Dust Muhammad pakeni uzbekkialueelle pohjoiseen, mutta myöhemmin hän antautui briteille, jotka lähettivät hänet Intiaan.
Sotatoimien päätyttyä osa brittijoukoista palasi Intiaan. Varsin pian kuitenkin ilmeni, ettei Šudža’ Šah nauttinut alamaistensa luottamusta eikä hänellä ollut voimavaroja Afganistanin hallitsemiseksi. Hänen hallintonsa toimi vain silloin, kun brittiarmeija oli tukena.
Afganistaniin jätettyjen brittiläis-intialaisten joukkojen läsnäolo ei saanut tuekseen väestön hyväksyntää. Kun loppuvuodesta 1841 huoltoreitit Intiaan katkesivat lumen tukkiessa solat, alkoivat kaukaisimmat varuskunnat kärsiä hyökkäyksistä. Tilanteen lipeämisen brittien käsistä huomasi myös Dust Muhammadin poika Muhammad Akbar Khan, joka alkoi koota brittejä vastustavaa kansanjoukkoa. Tilanne alkoi muuttua tukalaksi myös Kabulissa, missä Intian hallinnon pääsihteeri William Hay Macnaghten surmattiin hänen ollessaan yrittämässä neuvotteluja kapinallisten kanssa. Tapauksen jälkeen kenraaliluutnantti William Elphinstone teki päätöksen koko Kabulin 16 500-henkisen varuskunnan evakuoimisesta Jalalabadiin keskellä talvea, tammikuussa 1842, ilman asianmukaisia varusteita. Suurin osa marssireitistä oli ghelzaiden hallussa, ja brittikolonna joutui joka suunnasta tulevien hyökkäyksien kohteeksi. Perille Jalalabadiin selviytyi vain yksi britti ja muutama sepoy; kaikki muut olivat kuolleet joko taisteluissa tai kylmyyteen. Brittiläisten suojelijoiden lähdettyä myös Sudža’ Šah murhattiin muutaman kuukauden kuluttua.
Akbar Khan sai kunnian brittien ajamisessa pois maasta. Brittejä ei kuitenkaan lyöty sotilaallisesti. Kabulin varuskunta tuhoutui, mutta muut varuskunnat pysyivät brittien hallussa. Kun lumet olivat keväällä sulaneet, britit tekivät kostoiskun Kabuliin, missä kapinaan osalliseksi epäiltyjä surmattiin. Lisäksi armeija ryösti kaupungin ja poltti basaarin. Kostoretken jälkeen britit päättivät vetäytyä, sillä voimavaroja ei enää uskallettu sitoa epävakaaseen Afganistaniin. Lisäksi briteille oli tullut muita huolia, sillä tilanne ei ollut vakaa edes heidän omilla alueillaan Pohjois-Intiassa, ja Randžit Singhin kuoltua myös Sikhivaltio oli ajautunut kaoottiseen tilanteeseen. Britit päättivät vapauttaa Dust Muhammadin ja toivoivat, että hän rauhoittaisi tilanteen Afganistanissa. Brittien vetäytyminen osoittautui tulevina vuosina hyväksi päätökseksi, sillä he ajautuivat kahteen sikhisotaan 1840-luvulla ja sepoykapinaan 1857. Nämä sodat muodostivat briteille todellisen uhan, toisin kuin taloudellisesti merkityksetön Afganistan, jolla oli merkitystä vain puskurivyöhykkeenä Venäjän imperiumia vastaan.
Afganistan muotoutuu.
Dust Muhammadin toisen kauden alussa yksi hänen kohtaamistaan ongelmista oli hänen poikansa Muhammad Akbar Khanin nauttima suuri kansansuosio. Akbar Khan tahtoi jatkaa taistelua brittejä vastaan, kun taas Dust Muhammad näki tilanteen realistisemmin ja halusi lähestyä brittihallintoa. Tilanne ratkesi, kun Akbar Khan yllättäen kuoli sairauteen vuonna 1847. Dust Muhammad saattoi myrkyttää poikansa, joka oli hänen poliittinen vastustajansa.
Dust Muhammadin aikana hahmottuivat Afganistanin rajat suurin piirtein nykyiseen muotoonsa. Hän palautti pirstoutuneen valtion Kabulin keskusvallan hallintaan. Hänen alaisuuteensa alistuivat jälleen uzbekkien ja tadžikkien asuttamat pohjoiset alueet ja etelässä ghelzaiden alueet ja Kandahar. Dust Muhammad joutui kuitenkin luopumaan vaatimuksistaan Peshawariin, mikä toi myös britit hänen puolelleen. Kun vuonna 1856 Persian šaahi Nasir al-Dinin armeija valtasi Heratin, britit ajoivat hyökkääjän nopeasti pois. Se oli myös brittien oma etu, sillä Persiaa pidettiin venäläisten liittolaisena, jota vastaan tarvittiin vahva puskurivyöhyke. Kun Intiassa puhkesi brittivastainen sepoykapina vuonna 1857, Kabulilla olisi saattanut olla mahdollisuus kiristää briteiltä myönnytykseksi takaisin Peshawar ja Indusjokilaakson paštualueet. Dust Muhammad ei kuitenkaan päättänyt toimia näin, mikä vahvisti brittien luottamusta häneen.
Peshawar ja Induksen paštualueet siirtyivät 1840-luvulla sikhien hallinnasta brittien etupiiriin, ja aikanaan alueista muodostettiin Pakistan. Dust Muhammadin ajan merkittävin menetys saattoi olla dorranivallan tunnustaneen Belutšistanin alueen jääminen briteille, minkä seurauksena Afganistan jäi ilman yhteyttä Intian valtamerelle.
Toinen afgaanisota.
Venäjän etupiiri laajeni ensimmäistä afgaanisotaa seuranneina vuosikymmeninä kovaa vauhtia kohti etelää. Venäjän raja oli vuonna 1842 Araljärven pohjoispuolella, mutta 1860-luvun loppuun mennessä tsaarin valtaan oli jo alistettu uzbekkien Buharan kaanikunta sekä Taškent ja Samarkand. Uzbekkialueiden jouduttua venäläisten etupiiriin briteille tuli kiire määritellä Afganistanin pohjoisraja. Suurvallat sopivat vuonna 1873, että raja kulkee Amudarjajokea pitkin.
Britit olivat lujittaneet otettaan Intiasta sepoykapinan jälkeen; Intiasta oli muodostettu Brittiläinen Intia ja sen hallinta oli otettu kauppakomppanialta suoraan kruunun alaisuuteen. Se tarkoitti myös Britannian ja Venäjän välisen suuren pelin kiihtymistä, ja siten Afganistanin merkitys puskurivyökykkeenä imperiumien välissä kasvoi. 
Dust Muhammad kuoli 1863. Hän oli jakanut maan provinssien hallinnon poikiensa kesken, jotka komensivat myös omia sotavoimiaan. Hallintotapa oli yleinen Keski-Aasiassa, mutta hallitsijan kuoleman jälkeen se johti monesti sisällissotaan. Näin kävi myös Dust Muhammadin jälkeen, ja maa ajautui kuusi vuotta kestäneeseen veljesten väliseen sotaan. Dust Muhammad oli nimennyt perijäkseen Šir ’Ali Khanin, sillä hänen äitinsä kuului merkittävään Dorrani-klaaniin ja hän oli kukistanut useita ghelzaiden kapinoita. Šir ’Alin nimitystä eivät hänen vanhemmat veljensä hyväksyneet, ja hänet syrjäytettiin vuonna 1866. Hänellä oli kuitenkin brittien taloudellinen tuki, ja hän palasi valtaan vuonna 1869.
Šir ’Alin saama tuki briteiltä ei ollut omiaan nostamaan hänen suosiotaan kansan keskuudessa, sillä ensimmäinen afgaanisota ja sen aiheuttama brittiläisvastaisuus olivat tuoreessa muistissa. Šir ’Alin oli pakko myötäillä brittivastaisia asenteita maansa sisäpolitiikassa, mutta samalla hän pyrki tiiviiseen liittoumaan, joka takaisi brittien avun, jos Venäjä hyökkäisi maahan. Venäjän eteneminen Keski-Aasiassa jatkui 1870-luvulla, ja se alisti valtaansa Hivan ja Kokandin kaanikunnat. Sen jälkeen oli ilmeistä, että seuraavaksi tsaarin armeijat suuntaisivat turkmeeneja vastaan Kaspianmeren länsipuolella. Se toisi heidät jo iskuetäisyydelle Afganistanista, mikä sai britit painostamaan Šir ’Alia aggressiivisemmin, jotta tämä hyväksyisi brittiläisten asiamiesten sijoittamisen Heratiin ja Kabuliin. Siihen ei Šir ’Ali suostunut, sillä hän tiesi, että britit pyrkisivät vaikuttamaan myös Afganistanin politiikkaan, mikä oli sisäpoliittisesti hyvin räjähdysaltis asia.
Brittien ja venäläisten välit kiristyivät entisestään Venäjän ja Osmanien välisen sodan jälkeen, jolloin venäläisten valta uhkasi kasvaa Välimerellä, mitä britit eivät voineet hyväksyä. Vuonna 1878 jännitteiden ollessa kireimmillään venäläinen lähetystö lähestyi Šir ’Alia, mikä sai britit vaatimaan entistä äänekkäämmin emiiriä päästämään brittiedustajat Afganistaniin. Vastauksen viipyessä britit sijoittivat tuhannen miehen vahvuisen sotilasosaston Afganistanin rajalle. Šir ’Ali ei liittoutunut venäläisten kanssa, mutta silti brittiarmeija marssi Afganistaniin 1878 ja aloitti toisen afgaanisodan.
Afganistanin valloitus onnistui jälleen helposti, ja Kabul vallattiin tammikuussa 1879. Šir ’Ali pakeni pohjoiseen, missä hän pian kuoli. Uudeksi emiiriksi nimitettiin Šir ’Alin poika Muhammad Ja’qub Khan. Hänen kanssaan britit solmivat sopimuksen, jonka perusteella britit sijoittivat delegaationsa Kabuliin. Afganistan luopui samalla oikeudestaan harjoittaa itsenäistä ulkopolitiikkaa ja antoi Brittiläisen Intian rajan vastaisia alueita brittien hallittaviksi. Vastineeksi britit tarjosivat taloudellista ja sotilaallista apua ulkomaista hyökkääjää vastaan. Tilanne ei kuitenkaan kestänyt kuin muutaman kuukauden. Kabulissa puhkesi saman vuoden syksyllä brittivastaisia levottomuuksia, ja brittineuvonantaja ja tämän 75-henkinen seurue surmattiin. Myös emiiri Ja’qub Khan erosi, sillä hän ei halunnut olla pelkkä nukkehallitsija eikä hän myöskään halunnut kokea Sudža Šahin osaksi ensimmäisen afgaanisodan jälkeen koitunutta kohtaloa.
Brittikenraali Frederick Robertsin johtama armeija marssi Kabuliin pidättämään lähetystön surmaan osalliset, mitä seurasi joukkopidätyksiä ja teloituksia. Roberts hoiti käytännössä itse emiirin tehtäviä Kabulissa, mutta muu Afganistan luisui brittien otteesta. Paštuheimot maan vuoristoseuduilla alkoivat järjestää sotajoukkojaan, ja kun huoltoyhteydet Intiaan talven tullen katkesivat, Kabulin brittiarmeija oli piiritetty. Muistaen ensimmäisen afgaanisodan tapahtumat Roberts ei suostunut tarttumaan piirittäjien tarjoamaan tarjoukseen esteettömästä vetäytymisestä takaisin Intiaan. Brittiläis-intialaiset joukot pitivät Kabulissa puolensa piirittäjiä vastaan. Piirittäjien liittouma kärsi suuria tappioita hyvin varustettuja brittiarmeijaa vastaan, ja pian heidän liittoumansa alkoi hajota sisäisiin erimielisyyksiin. Ainoan merkittävän tappion britit kärsivät Maiwandin taistelussa, jossa Muhammad ’Aijub Khanin johtamat paštut löivät brittien joukko-osaston ja pakottivat rippeet linnoittautumaan Kandahariin. Sotilaallinen voitto oli kuitenkin sodan kokonaiskulun kannalta merkityksetön, sillä pian Roberts marssitti 10 000 miehen vahvuisen armeijan Kabulista ja Aijub Khanin joukot lyötiin.
Sotilaallisesti emiraatin joukot eivät kyenneet vastustamaan brittejä, jotka joutuivat kuitenkin jälleen toteamaan, että Afganistanin hallitseminen suoraan tulisi kalliiksi ja edellyttäisi suuren armeijan sijoittamista maahan. Resursseja kaivattiin muuallakin, eikä köyhä Afganistan tarjoaisi sijoituksille juurikaan vastinetta. Niinpä brittihallinto päätti hallita Afganistania epäsuorasti, mihin tarvittiin itsenäisesti toimiva mutta brittimielinen hallitsija. Brittien etsimäksi henkilöksi osoittautui Abd al-Rahman Khan. Hän kuului Barakzai-klaaniin ja oli Šir Ali Khanin veljenpoika, joka oli joutunut pakenemaan tätä Transoksianaan. Abd al-Rahman Khanin valtaannousua helpottivat britit, jotka kukistivat hänen puolestaan mahdolliset kilpailijat. Britit vetäytyivät maasta vuonna 1881 ja luovuttivat vallan Abd al-Rahman Khanille.
Rautaemiirin aikakausi.
Vuonna 1880 Abd al-Rahman Khanin valtakauden alussa Afganistan oli kaoottisessa tilanteessa. Kaupankäynti oli pysähdyksissä, vähäisetkin nykyaikaistamiseen tähtäävät uudistukset olivat toisen afgaanisodan jäljiltä pyyhkiytyneet pois, eikä Kabulin keskusvaltaa kaikkialla tunnustettu. Maata hallitsivat useat klaanipäälliköt ja paikalliset mahtimiehet. Abd al-Rahman Khanin tukena oli kuitenkin brittien taloudellinen tuki, minkä turvin hän kykeni alistamaan kapinoivat heimot valtaansa käyttämällä tarvittaessa raakojakin otteita, mistä hän sai briteiltä lempinimen Rautaemiiri.
Abd al-Rahman Khania ja Kabulin keskusvaltaa vastustivat useat itsenäisesti toimineet heimot, jotka eivät nähneet syytä maksaa veroja eivätkä luovuttaa miehiä keskushallinnon armeijaan, sillä vastineeksi ei ollut tarjolla juuri mitään. Sellaisissa pienyhteisöissä eli suurin osa maan väestöstä, joko tiettömien taipaleiden takana tai viettäen paimentolaiselämää. Heimot kykenivät järjestäytymään myös sotilaallisesti, ja ne vastustivat ankarasti Abd al-Rahmanin suunnitelmia maan valtarakenteen muuttamiseksi. Abd al-Rahmanin tavoite oli perustaa suoraan hallitsijalle uskolliset asevoimat ja hänen alaisuudessaan oleva hallintorakenne. Abd al-Rahman Khan käytti hyväkseen heimojen kyvyttömyyttä muodostaa yhteinen rintama. Brittien aseistamat Afganistanin hallituksen joukot kukistivat kapinoivat heimot yksi kerrallaan. Kaikkiaan hän teki valtakautensa aikana oman valtakuntansa sisällä eri kansanryhmiä vastaan nelisenkymmentä sotaretkeä. Kapinat kukistettiin verisesti. Abd al-Rahmanin oman arvion mukaan näissä sai surmansa 120 000 henkeä. Kukistettujen heimojen alueista luotiin maakunnat, joiden rajat olivat erilaiset kuin heimojen hallitsemien alueiden rajat. Maakuntien johtoon asetettiin hallinnon alaisuudessa toimineet virkamiehet. Heikentääkseen vahvimpien väestöryhmien, kuten maan eteläosissa asuneiden ghelzaiden, asemaa heitä pakkosiirrettiin pohjoiseen heihin vihamielisesti suhtautuvien tadžikkien ja uzbekkien asuinalueille. Näin ehkäistiin mahdollisten kapinoiden syntyminen.
Abd al-Rahman ymmärsi, että pelkästään kovat otteet eivät pidä valtakuntaa koossa loputtomiin, vaan keskushallinnon oikeuttamiseksi tarvitaan yhteinen valtionideologia. Nationalismin kaltainen aate ei ollut vielä ulottunut syrjäiseen Afganistaniin, joten Abd al-Rahman haki yhdistävää tekijää islamilaisesta poliittisesta teoriasta, joka korostaa muslimien yhtenäisyyttä. Valtionideologiaksi nostettu sunnalainen islam liittyi myös Abd al-Rahmanin harjoittamaan maan sisäiseen imperialismiin, ja šiialaiset hazarat joutuivat väkivaltaisuuksien kohteeksi. Heidän asuinalueensa Hazaradžat sijaitsee maan keskiosissa, mutta paštuhallitsijoiden ote alueesta oli jo vuosisatojen ajan ollut heikko. Abd al-Rahman lupasi sotaretkelle osallistuville paštuheimoille hazarojen parhaat laidunalueet, jolloin keskushallinnon ja heimojen yhteinen armeija kukisti hazarat raaoin ottein ja ajoi tuhansia hazaroja pakolaisiksi Afganistanin ulkopuolelle.
Abd al-Rahmanin menestyksekkäiden toimien takana oli pitkälti brittien tuki, minkä ansiosta hänen ei tarvinnut pelätä ulkopuolista hyökkääjää. Vastineeksi hän kuitenkin joutui luopumaan itsenäisestä ulkopolitiikasta. Valtakunnan sisällä Abd al-Rahmanin piti kuitenkin esiintyä avoimen brittivastaisena, ja hän myös vastusti useasti brittejä, mutta usein hän joutui vastahakoisesti taipumaan. Yksi merkittävä myönnytys oli Afganistanin itärajaa koskevat kysymykset. Abd al-Rahman joutui taipumaan Brittiläisen Intian ulkoministerin Henry Mortimer Durandin vetämään Durand-linjaan, joka muodosti Brittiläisen Intian ja Afganistanin välisen rajan. Durand-linja ei noudattanut poliittisia eikä etnisiä rajoja, vaan se vedettiin paštualueiden halki välittämättä klaanien asuinalueista ja paimentolaisten vaellusreiteistä ja laidunalueista. Ongelmallinen rajalinja aiheutti heti toistuvia levottomuuksia. Erityisesti Brittiläisen Intian puolelle jäänyt alue oli hyvin levotonta aluetta, mutta britit eivät edes pyrkineet järjestämään alueen hallintoa, vaan se jätettiin tarkoituksellisesti puskurivyöhykkeeksi ja heimot saivat pitää autonomiansa. Toinen Afganistanin itärajaa koskeva ongelma liittyi brittien ja venäläisten etupiirijakoon. Venäläiset valtasivat turkmeenien asuinalueet 1880-luvulla, ja heidän imperiuminsa laajeni jo aivan Afganistanin naapuriin, iskuetäisyydelle Heratin kaupungista. Tilannetta seurannut Pandjehin kriisi ratkaistiin kuitenkin diplomatialla, eikä pelättyä venäläisten hyökkäystä tullut. Venäläiset pitivät nykyisen Turkmenistanin alueella sijainneen Pandjehin, mutta Herat jäi Afganistaniin. Britit ja venäläiset solmivat vuonna 1895 keskenään sopimuksen, jolla Afganistanin rajat vakiinnutettiin. Sopimuksen mukaan Afganistanin alueeseen liitettiin Pamirvuoristosta Wakhanin käytävän alue, ja siten Kiinasta tuli Afganistanin rajanaapuri. Alueen ainoa tarkoitus oli estää Britannian ja Venäjän imperiumien yhteisen rajan muodostuminen. Abd al-Rahman ei itse pitänyt alueen liittämisestä Afganistaniin, sillä se oli lähes asumatonta ja siellä asuneita harvalukuisia kirgiisejä oli vaikea hallita.
Abd al-Rahman Khan kuoli 1901. Elinaikanaan hän onnistui luomaan Afganistanin valtion perustan, jonka rajat oli määritetty ja sisäinen hallinto suhteellisen yhtenäinen. Itsenäistä ulkopolitiikkaa Afganistanilla ei kuitenkaan ollut oikeutta harjoittaa, joten sitä ei vielä voitu pitää täysivaltaisena valtiona maailman valtioiden joukossa. Epäkohdan korjaamista Abd al-Rahman valmisteli jo viimeisinä vuosinaan, mutta brittihallitus ei siihen vielä taipunut.
Liberalisoinnin aika.
Abd al-Rahman Khanin jälkeen emiiriksi julistettiin hänen poikansa Habib Allah Khan. Habib Allah peri isältään maan, jossa tunnettiin syvää katkeruutta keskushallintoa kohtaan. Habib Allah uskoi olevansa tarpeeksi vahvassa asemassa ja ryhtyi lieventämään maan ankaraa hallintojärjestelmää. Maata alettiin myös nykyaikaistaa. Infrastruktuuria parannettiin, ja ensimmäinen puhelinlinja rakennettiin Jalalabadin ja Kabulin välille. Maahan rakennettiin kouluja ja nykyaikainen sairaala. Koulutusjärjestelmän kehitys antoi alkusysäyksen myös koulutetun keskiluokan synnylle. Nykyaikaistamisen myötä maan harvalukuinen uskonnollinen oppineisto joutui sen kysymyksen eteen, miten sovittaa länsimainen teknologia ja kulttuuri islamin oppeihin. Pohdintojen tuloksena muslimiälymystö jakautui kolmeen suuntaukseen. Konservatiivisimmat kannattivat entisiä käsityksiä ja noudattavat edelleen uskonnollisia tulkintoja. Modernistit ajoivat nykyaikaisen tieteen ja teknologian sulauttamista islamilaiseen kulttuuriin. Kolmannen ryhmän muodostivat eurooppalaistyylisen yhteiskunnan kannattajat, jotka halusivat omaksua eurooppalaisen kulttuurin ja yhteiskuntarakenteen sellaisenaan ja tehdä uskonnosta länsimaalaiseen tapaan yksityisasian. Yksi merkittävimmistä uudistushaluisista poliittisen eliitin edustajista oli Mahmud Tarzi, joka suhtautui kriittisesti Afganistanin uskonnolliseen oppineistoon ja maan takapajuisuuteen.
Ulkopoliittisesti Abd al-Rahmanin Afganistan oli edelleen osa Britannian ja Venäjän suurta peliä, jossa Afganistanin hallitsija ei ollut osallisena. Suuri peli ja suurvaltojen laatima sopimus takasivat kuitenkin Afganistanille puolueettomuuden, josta Habib Allah tahtoi pitää kiinni. Brittiläisen Intian varakuningas George Curzon piti kuitenkin brittien ja Abd al-Rahman Khanin välistä sopimusta liian myötämielisenä Afganistanille, ja hän yritti painostaa emiiriä myöntymään brittien vaikutusvallan lisäämiseen. Siihen Habib Allah ei kuitenkaan taipunut.
Ensimmäisen maailmansodan puhjettua vuonna 1914 brittijoukot olivat sidottuja Euroopan rintamalle. Tällöin myös sisäpoliittinen paine Habib Allahia kohtaan kasvoi, kun vaatimukset Durand-linjan takaisten paštualueiden valtaamiseksi voimistuivat. Myös keskusvallat lähestyivät Habib Allahia Saksan johdolla ja tarjosivat aseapua ja taloudellista tukea, mikäli tämä julistaisi sodan Britannialle. Habib Allah torjui tarjouksen, sillä sotaan ryhtymisen riskit olivat hyvin suuret. Afganistanin kannalta päätös olisi myös ollut huono, sillä maa olisi ollut vihollismaiden Britannian ja Venäjän ympäröimä ja liittolaiset olisivat olleet kaukana. Luvatusta aseavusta ei myöskään ollut minkäänlaisia takeita. Habib Allah toivoi, että pysymällä liittoutumattomana ja uskollisena briteille britit myöntäisivät Afganistanille lopullisen itsenäisyyden. Habib Allahin päätöksellä pysytellä erossa ensimmäisestä maailmansodasta oli kuitenkin vastustajansa Afganistanissa. Muun muassa paštuheimot, joiden elinalueen Durand-linja halkaisi, kannattivat sotatoimiin ryhtymistä. Radikaaleimmat eivät ajatelleet sotaan ryhtymisen riskejä, vaan he halusivat ainoastaan korjata historialliset vääryydet. Heitä yllytti lisäksi Venäjällä sodan jälkeen puhjennut lokakuun vallankumous, mikä tarkoitti että Venäjän invaasiota ei enää tarvinnut pelätä. Habib Allah onnistui pitämään Afganistanin sodan ulkopuolella, ja hän oli siten hyvissä neuvotteluasemissa lopullisen itsenäisyyden saavuttamiseksi. Hänet kuitenkin surmattiin helmikuussa vuonna 1919. Surmatyön tekijät ja tarkat motiivit eivät ole selvinneet.
Afganistanin kuningaskunta (1926–1973).
Afganistanin kuningaskunta oli vuosina 1926–1973 olemassa ollut perustuslaillinen monarkia, joka perustettiin toisen Afganistanin emiraatin (1842–1926) seuraajavaltiona. Sen julisti perustetuksi ensimmäinen kuningas Aman Allah Khan seitsemän vuotta valtaantulonsa jälkeen. Sitä ennen hän hallitsi emiirinä onnistuttuaan isänsä kuoleman jälkeen nousemaan valtaistuimelle. 
Kuningas poisti naisilta pakon käyttää burkaa ja avasi koulujen ovet myös tytöille. Uudistukset johtivat sisällissotaan, missä kuningas ajettiin maanpakoon. Seuraaja Nadir Shah peruutti uudistukset, mutta murhattiin neljä vuotta valtaannousun jälkeen. Hänen poikansa Zahir Shah oli vallassa 40 vuotta, joiden kuluessa kuningas vakautti ja uudisti maata. Vuoden 1964 perustuslain nojalla Afganistanista tuli moderni demokratia, jossa myös naisilla oli tasa-arvoinen asema. Ulkopolitiikassa kuningas tasapainoili Neuvostoliiton ja USA:n välillä. Vuonna 1973 kuninkaan serkku Mohammed Daud Khan kaappasi vallan kuninkaan ollessa ulkomailla. Siitä alkoi Afganistanissa sekasorto, joka on jatkunut 2000-luvun puolelle.
Muhammad Daudin tasavalta (1973–1978).
Maa oli vallankaappauksen jälkeen nimellisesti tasavalta, mutta todellisuudessa Daud keskitti vallan itselleen. Ainoa taho, joka oli otettava mukaan päätöksentekoon, oli vallankumouksessa avustanut kommunistinen Parcham. Ulkopolitiikassa Daud otti jälleen asiakseen Paštunestan-kysymyksen. Daudin hallinto tuki Pakistanin puolella Belutšistanissa ja paštualueilla toimivia separatisteja. Pakistanin johtoon noussut Zulfiqar Ali Bhutto onnistui kuitenkin saamaan Neuvostoliiton asettumaan Pakistanin kannalle muistuttamalla Leonid Brežneviä siitä, että Pakistanin hajoaminen saattaisi johtaa nationalistiseen kaaokseen koko Keski-Aasiassa, mikä ei ollut Neuvostoliiton etujen mukaista. Neuvostoliiton vetäessä tukensa Afganistanilta Pastuneštan-kysymyksessä oli Daudin sopeuduttava siihen, ettei hän kykene horjuttamaan Pakistanin hallintoa vastoin Neuvostoliiton ja Yhdysvaltojen tahtoa.
Sisäpolitiikassa Daud jatkoi maan nykyaikaistamista. Hän toteutti maauudistuksen, niin että viljelyalueita jaettiin suurmaanomistajilta talonpojille ja maaomistukselle määritettiin katto. Hän ymmärsi kuitenkin olla suututtamatta vaikutusvaltaisia suurmaanomistajia, joten heidän menetyksensä hyvitettiin valtion varoista. Uudistuspyrkimyksistä huolimatta maan talousrakenteen ongelmia ei ollut mahdollista korjata hetkessä. Vuoteen 1978 mennessä Daudin hallinnon saavutukset olivat edelleen hyvin vähäiset. Vaikka 1950-luvulta lähtien oli saavutettu huomattavaa edistystä koulutetun väestön määrässä, suurin osa lapsista oli edelleen vailla peruskoulutusta. Maaseudun tytöistä peruskoulutuksen sai vain hyvin pieni osa. Kansalaisten elintaso ei ollut parantunut Daudin aikana, maaseudulla oltiin edelleen ilman sähköä ja vailla mahdollisuutta perusterveydenhuoltoon.
Viidessä vuodessa Daud oli vieraantunut useimmista poliittisista ryhmistä keskittämällä kaiken vallan itselleen ja kieltäytymällä hyväksymästä poliittista oppositiota. Daud pyrki varmistamaan hallintonsa murskaamalla armeijan tuella maan sisäisen opposition. Maan hallinnosta puhdistettiin kaikki Zahir Šahin hallinnon avainhenkilöt, kuten entinen pääministeri Mohammad Hashim Maiwandwal, joka vangittiin ja kuoli myöhemmin vankilassa hämärissä olosuhteissa. Pian valtaannousunsa jälkeen Daud aloitti iskut islamisteja vastaan. Monet islamistijohtajat, kuten Gulbuddin Hikmatyar ja Burhanuddin Rabbani, pakenivat Pakistanin puolelle, mistä he Pakistanin hallinnon hiljaisella hyväksynnällä jatkoivat aseellista vastarintaa Daudin hallintoa vastaan. Islamisteista ei kuitenkaan ollut vastusta Afganistanin hallituksen joukoille. Islamistien ollessa vankiloissa tai maanpaossa Daud käänsi katseensa voimakkaimpaan oppositioryhmään eli kommunisteihin.
Saur-vallankumous (1978).
Muhammad Daud oli noussut valtaan kommunistisen Parchamin tuella, mutta hän pyrki heti asettamaan omat tukijansa tärkeimpiin virkoihin, kun taas kommunistiedustajat lähetettiin maakuntien vähämerkityksisimpiin virkoihin. Kommunisteilla oli kuitenkin Neuvostoliiton tuki takanaan, joten heidän syrjäyttämisensä ei ollut enää pelkästään maan sisäinen asia. Daud oli itse solminut Neuvostoliiton kanssa yhteistyösopimuksen kaksi vuosikymmentä aiemmin, mutta Neuvostoliiton ote Afganistanista oli Daudin näkökulmasta liian tiukka, sillä marxilaisuudella oli Afganistanissa jo paljon kannatusta ja maa oli hyvin riippuvainen Neuvostoliiton talousavusta.
Daudin ja Parchamin välirikko oli jo ilmiselvä, kun presidentin vuonna 1977 koolle kutsumaan džergaan ei sallittu osanottajia Parchamista. Tässä Daud pyrki houkuttelemaan kommunisteja omiin tukijoukkoihinsa toteuttamalla osan näiden asialistasta kansallistamalla tuotantolaitokset ja pankit. Korjaavat liikkeet olivat kuitenkin jo auttamatta myöhässä. Neuvostoliitossa katsottiin, että Afganistan on luisumassa lännen leiriin, ja Moskovassa painostettiin Parcham- ja Khalq-ryhmittymiä unohtamaan erimielisyytensä ja liittoutumaan presidenttiä vastaan. Se katsottiin myös kommunistien leirissä parhaaksi vaihtoehdoksi, sillä he olivat itse olleet toteuttamassa puhdistuksia, jotka kohdistuivat rojalisteihin ja islamisteihin, joten he tiesivät, mikä heitä saattaisi odottaa. PDPA yhdistyi heinäkuussa 1977, mutta todellisuudessa kyseessä oli vain aselepo eikä PDPA:n todellinen yhdistyminen.
Tilanne vain kiristyi, ja kommunistien leirissä suunniteltiin vallankumousta. Lopulta tapahtumat laukesivat, kun Parchamin merkittävä ideologi Mir Akbar Khaibar surmattiin helmikuussa 1978. Surmaaja ei selvinnyt, mutta PDPA syytti teosta presidentti Daudia. Khaibarin hautajaiset muuttuivat Daudin vastaiseksi mielenosoitukseksi, jossa oli koolla 10 000–30 000 henkeä kuulemassa kommunistijohtajien Nur Muhammad Tarakin ja Babrak Karmalin puheita. Daud päätti, että oli tullut aika kukistaa PDPA, ja määräsi sen johtajat pidätettäviksi. Daud reagoi kuitenkin liian hitaasti. Taraki vangittiin, mutta Khalq-johtaja Hafiz Allah Amin asetettiin vain kotiarestiin, mikä oli kohtalokas virhe. Amin kykeni edelleen olemaan yhteydessä liittolaisiinsa ja johtamaan vallankumoustoimintaa.
Saur-vallankumous käynnistyi 27. huhtikuuta 1978. Nimityksensä se on saanut persialaisen kalenterin mukaan, sillä tuolloin elettiin saur-kuuta. Vallankumous oli lyhyt ja verinen, ja sen johdossa olivat samat henkilöt, jotka olivat auttaneet Daudin valtaan viisi vuotta aiemmin. Vallankumoukselliset joukot hyökkäsivät presidentin palatsiin, mutta Daudin henkikaarti teki ankaraa vastarintaa ja kukistui vasta, kun kapinalliset kutsuivat ilmavoimat apuun. Tulitaistelussa Muhammad Daud perheineen ja lähimpine miehineen saivat surmansa. Vallan otti kahtia jakaantunut PDPA, ja maan johtoon nostettiin Khalq-johtaja Nur Muhammad Taraki.
Afganistanin demokraattinen tasavalta (1978–1992).
Kommunistien valtaannousu.
Kommunismin ideologia oli suurimmalle osalle maan väestöstä täysin vierasta, mutta PDPA:lla oli tukenaan maan armeija ja kommunismilla oli kannatusta kaupunkien koulutetun eliitin keskuudessa. Suuri osa maan väestöstä piti vallankaappausta maan hallitsevan eliitin keskinäisenä välienselvittelynä, joka ei juuri vaikuttanut tavallisiin kansalaisiin. Etenkin maaseudulla elämä jatkui entisenlaisena, eivätkä Kabulin tapahtumat näkyneet millään tavalla.
Heti vallankumouksen jälkeen jatkuivat PDPA:n sisällä Parchamin ja Khalqin keskinäiset välienselvittelyt. Khalqin Nur Muhammad Taraki otti Daudin tavoin itselleen sekä pääministerin että presidentin virat. Varsin pian Parchamin jäseniä alettiin siirtää vähemmän merkityksellisiin virkoihin. Merkittävät Parcham-poliitikot nimitettiin suurlähettiläiksi, Mohammad Najibullah Iraniin ja Babrak Karmal Prahaan. Taraki alkoi luoda ympärilleen henkilökulttia, ja hallinto alkoi muuttua yhä stalinistisemmaksi. Tarakiin viitattiin suurena johtajana, mutta todellista valtaa Tarakin takana käytti toinen Khalq-johtaja, Hafiz Allah Amin. Amin ja Taraki puhdistivat PDPA:n tehokkaasti Parchamin jäsenistä, joista useimpien kohtalona oli vankeus tai teloitus. Karmal ja Najibullah eivät käskyistä huolimatta palanneet Afganistaniin vaan katsoivat viisaimmaksi pysytellä ulkomailla.
Kun PDPA oli puhdistettu Parchamin jäsenistä, alkoi Tarakin ja Aminin välinen valtataistelu. Heidän valtansa kasvoi Parchamin jäsenten eliminoinnin myötä, mutta kansansuosio rapistui, sillä merkittävien vähemmistöjen edustajat olivat useimmiten Parchamin tukijoita, kuten tadžikkeja tai šiioja, kun taas Khalqin tukijat olivat enimmäkseen sunnalaisia paštuja. Kannatuspohjan koventuessa otettiin yhä useammin käyttöön voimakeinot, jotta poliittiset vastustajat saatiin vaiennettua.
Tie neuvostomiehitykseen.
Kommunistisen ideologian mukaan Afganistanista pyyhittiin pois kaikki viralliset viittaukset islamiin ja sukupuolet määritettiin tasa-arvoisiksi. Nämä määritteet eivät olleet omiaan nostamaan kommunistihallinnon suosiota vanhoillisten uskonoppineiden keskuudessa. Suosion lisäämiseksi talonpoikaisväestön keskuudessa toteutettiin maauudistus, jolla maattomalle väestönosalle jaettiin maata ja lainojen vakuuksina olleiden maiden kiinnitykset mitätöitiin. Näin pyrittiin saamaan väestö ymmärtämään kommunismin ideologia. Kommunismin periaatteita oli tarkoitus opettaa väestölle myös lukutaitokampanjan avulla, jolla väestö pyrittiin saamaan lukutaitoiseksi vuoden sisällä. Hanke oli täysin epärealistinen, ja se epäonnistui surkeasti, sillä vallanpitäjillä ei juuri ollut käsitystä maaseudun oloista. Maaseudun asukkaat eivät kauan suostuneet istumaan kaupunkilaisopiskelijoiden opetettavana, ja tilannetta pahensi myös naisten ja vieraiden miesten istuminen yhdessä. Vastoin odotuksia maauudistus ei nostanut hallinnon suosiota. Suurmaanomistajat eivät suostuneet luopumaan maistaan, ja myös talonpoikaisväestö piti maan takavarikointia epäoikeudenmukaisena. Köyhät talonpojat eivät myöskään enää kyenneet hankkimaan siemenviljaa, koska maata ei enää voinut kiinnittää. Sen seurauksena maatalouden tuottavuus laski jyrkästi, mistä kärsivät eniten vähäosaiset.
Muidenkin Khalqin tekemien uudistusten vaikutus oli enimmäkseen kielteinen. Tilanne pysyi rauhallisena pitkään, sillä Khalq oli paštujen hallinnassa. Ensimmäisenä Khalqin valtaa vastaan ryhtyivät kapinoimaan vaikeakulkuiset Nurestan ja Hazaradžat, jotka olivat pian maan keskushallinnon ulottumattomissa. Lisäksi Iranin islamilainen vallankumous aiheutti levottomuutta Iraniin rajautuvissa maakunnissa. Maaliskuussa 1979 Heratissa alkoi laaja kapina, johon osallistui Iranista palanneita työläisiä. Kapinaan liittyi myös Heratin varuskunta, ja kapinan yhteydessä surmattiin Khalq-hallinnon virkamiehiä. Keskushallinto kukisti kapinan verisesti ja kovensi otteitaan vastaavien levottomuuksien välttämiseksi.
Vuoden 1979 edetessä Khalqin hallinnon tilanne alkoi muuttua yhä tukalammaksi. Tilanteen rauhoittamista tärkeämmäksi tuli kuitenkin Khalq-johtajien Nur Muhammad Tarakin ja Hafiz Allah Aminin keskinäinen välienselvittely. Khalq oli jakautunut kahteen leiriin, ja sen johtohahmojen välit olivat jo avoimen vihamieliset. Syyskuussa 1979 kansalaisille kerrottiin, että Taraki oli vakavasti sairas, ja muutaman viikon päästä tiedotettiin hänen kuolemastaan. Lopullista selvyyttä hänen viimeisten viikkojensa tapahtumiin ei ole saatu, mutta epäilemättä hänet tapettiin. Tarakin kuoltua Hafiz Allah Amin oli Afganistanin yksinvaltias, mutta kommunistihallinnon tilanne oli jo muuttunut peruuttamattoman tukalaksi. Suurin osa maasta oli jo irtautunut Kabulin komennosta, ja kaikkialla oli sotilaskapinoita ja kansannousuja. Myös Pakistanin puolelle paenneet islamistit huomasivat tilaisuutensa tulleen ja liittyivät taisteluun. Amin pyrki rauhoittamaan tilanteen syyttämällä Tarakia ja perumalla joitakin uudistuksia, kuten maauudistuksen, ja hän turvautui korostetun islamilaiseen retoriikkaan. Afganistanin kansa ymmärsi kuitenkin, että äkillinen linjanmuutos johtui hallinnon tilanteen toivottomuudesta.
Neuvostomiehitys.
Neuvostoliitossa tilanteen kehitystä seurattiin huolestuneena. Saur-vallankumouksen jälkeen valtaan noussut Afganistanin kommunistihallinto osoittautui yhteistyökyvyttömäksi muiden kommunistihallitusten kanssa. Neuvostoliitto pelkäsi, että Iranin islamilainen vallankumous saattaisi toteutua myös Afganistanissa, mikä voisi aiheuttaa ketjureaktion, joka leviäisi Keski-Aasian sosialistisiin neuvostotasavaltoihin. Iranin vallankumouksen vuoksi Yhdysvallat menetti tärkeimmän liittolaisensa alueella, ja Moskovassa pelättiin Afganistanin luisumista lännen leiriin. Viimeinen pisara neuvostohallinnolle oli, kun marraskuussa 1979 Amin vaati Neuvostoliittoa kutsumaan suurlähettiläänsä kotiin Kabulista.
Puna-armeijan joukot alkoivat 27. joulukuuta 1979 siirtyä Uzbekistanin neuvostotasavallan Termezistä rajan yli Afganistanin puolelle. Vielä samana päivänä Neuvostoliiton erikoisjoukot tunkeutuivat presidentin päämajaan ja tulitaistelun jälkeen surmasivat Hafiz Allah Aminin. Neuvostoliiton tarkoituksena oli asettaa Afganistaniin itselleen myötämielinen hallitus ja vetäytyä sen jälkeen mahdollisimman nopeasti maasta. Uudeksi presidentiksi nimitettiin Babrak Karmal, joka palasi Afganistaniin Neuvostoliiton miehitysjoukkojen mukana. Karmal pyrki retoriikallaan oikeuttamaan vallankaappauksen ja esiintyi Aminin hirmuvallan vastakohtana. Hän pyrki myös korostamaan maan perinteisiä uskonnollisia arvoja ja häivyttämään näin hallinnon kommunistisen ideologian taustalle. Poliittiset vangit määrättiin vapautettavaksi, mutta todellisuudessa he olivat Khalq-hallinnon aikana vangittuja Parchamin jäseniä. Pian heidän tilalleen vankiloihin joutuivat Parchamin hallinnon vastustajat.
Kansan silmissä Karmal oli kuitenkin Neuvostoliiton valtaan nostama nukkehallitsija. Neuvostoliiton väliintulolla olikin täysin päinvastainen vaikutus kuin Kremlissä oli laskelmoitu. Varsin pian kasvoi Neuvostoliittoon ja Karmaliin kohdistunut poliittinen vastustus, joka levisi nopeasti.
Neuvostomiehityksen ja sitä seuranneiden levottomuuksien vuoksi Afganistanista alkoi vyöryä pakolaisia Durand-linjan yli Pakistaniin. Vuonna 1988 afganistanilaisia oli paennut Pakistaniin jo yli kolme miljoonaa. Pakistanissa sotilasvallankaappauksella maan johtoon noussut Muhammad Zia ul-Haq näki Afganistanin sekavan tilanteen myös mahdollisuutena vahvistaa omaa asemaansa. Hän sai tilaisuuden esiintyä kommunismin vastaisena islamin puolustajana ja lännen liittolaisena. Zian hallinto otti afganistanilaiset pakolaiset vastaan, ja Pakistanin puolella heille tarjottiin aseita ja sotilaskoulutusta, minkä jälkeen heidät lähetettiin takaisin Afganistaniin taistelemaan Neuvostoliiton ja Afganistanin hallituksen joukkoja vastaan. Myös Yhdysvallat antoi tukensa afganistanilaisille sissisotilaille. Operaatio syklonina tunnettu salainen operaatio takasi kapinallisille Yhdysvaltojen taloudellisen tuen ja aseistuksen. Virallisesti Yhdysvallat kielsi avustavansa afgaanisissejä, ja heille toimitettiin vain neuvostomallista aseistusta. Kommunismin vastaisen taistelun hengessä Pakistanista tuli alueella Yhdysvaltojen tärkein liittolainen, ja Zian hallinnon ihmisoikeusrikkomukset ja demokratiakysymykset sivuutettiin. Pian afganistanilaisia sissejä alkoi tukea myös Saudi-Arabia, joka pelkäsi, että neuvostovalta saattaisi levitä myös vallankumouksesta toipuvaan Iraniin. Tällöin kommunistisen suurvallan vaikutus ulottuisi jo Persianlahden vastarannalle. Pakistanissa maan sotilastiedustelupalvelu (Inter-Services Intelligence, ISI) otti ulkomaiset aseet ja käteisavustukset vastaan ja jakoi ne edelleen paikallisille sissiryhmien johtajille. Pakistanin oli tärkeä pitää sissiryhmien avustusten koordinointi omissa käsissään, sillä aseistetut paštutaistelijat olivat potentiaalinen uhka myös Pakistanille.
Ulkovaltojen tukemat sissiryhmät, joille Pakistan kanavoi aseavun ja taloudellisen avun, alettiin pian tuntea yhteisnimityksellä mujahideenit. Todellisuudessa he eivät muodostaneet missään vaiheessa yhtenäistä ryhmää. Heitä yhdisti ainoastaan islamilainen retoriikka, ja he uskoivat taistelevansa islamin puolesta, mutta käsitykset erosivat hyvin paljon siitä, minkälaisen islamin. Sissiryhmien hajaannus oli myös ISI:n politiikan tulos, sillä Pakistanin rajojen sisäpuolelle ei haluttu paštunationalistisen aatteen leviämistä, joten tuki kanavoitiin islamistisille liikkeille. Pakistan tunnusti seitsemän järjestöä Afganistanin edustajiksi, mikä sai sissijoukot taistelemaan myös keskenään. Mujahideenit rekrytoivat suuren joukon Pakistanin pakolaisleireillä asuvia nuoria afgaaneja, mutta myös arabimaista saapui tuhansia vapaaehtoisia. Arabien taloudellisen tuen ja arabivapaaehtoisten avulla Afganistaniin syntyi radikaali islamismi. Näiden vapaaehtoisten mukana Afganistaniin saapui myös Osama bin Laden.
Pakistanin tukemat sissijoukot olivat vahvimmillaan lähellä Pakistanin rajaa, mutta Afganistanin länsi- ja pohjoisosiin ei ulkovaltojen tuki yltänyt. Yksi tehokkaimmista neuvostovaltaa vastustaneista oli Ahmad Shah Massoudin johtama vastarintaliike, joka toimi käytännössä Kabulin vallan ulottumattomissa. Massoud kykeni ylläpitämään armeijaa, jonka turvin itsenäisen hallintorakenteen ylläpito oli mahdollista. Hänen hallinnoimallaan alueella elinkeinoelämä, terveydenhuolto ja koululaitos pysyivät toiminnassa. Massoud toimi kuitenkin ISI:n näkökulmasta katsoen liian itsenäisesti, eikä hänelle annettu läheskään yhtä suurta apua kuin sai hänen puoluetoverinsa Gulbuddin Hikmatyar, joka lisäksi yritti katkaista huoltoreitit Massoudin hallitsemille alueille.
Heratin maakuntaan taas muodostui Mohammad Ismail Khanin johtama valtakeskus, joka toimi myös riippumattomana Kabulin keskushallinnon vallasta. Hänen tukialueensa sijaitsi Iranin vastaisella rajalla, joten hän oli ulkomaisen avun saavuttamattomissa. Oma lukunsa kommunistihallintoa vastustavista kapinallisista olivat šiialaiset ryhmät, joille ei annettu ISI:n kanavoimia avustuksia. Hazaradžat kääntyi šiialaisena alueena Iranin puoleen, josta tuli sen tärkein tukija. Hazaradžat kärsi kuitenkin sisäisistä kiistoista, ja siellä puhkesi eri heimojen ja poliittisten ryhmien välinen sisäinen konflikti. Hazaradžat oli ainoa Afganistanin alue, joka kärsi enemmän tuhoja sisällissodan vuoksi kuin taisteluista neuvostomiehittäjää vastaan.
Koko Afganistanin sodan anatomia oli hyvin sekalainen, eikä tilanne ollut Kabulin kommunistihallinnon käsissä. PDPA:n sisällä Khalq ja Parcham eivät edelleenkään kyenneet yhteistyöhön. Parchamin Karmal oli maan johdossa, mutta maan armeija ja poliisivoimat antoivat tukensa Khalqille. Karmal ei voinut syrjäyttää vaikutusvaltaisia jäseniä armeijan ja poliisin johdosta, jolloin sotilastiedustelun sai hoidettavakseen Parchamille uskollinen uusi valtion tiedustelupalvelu KhAD, jonka johtoon asetettiin Mohammad Najibullah. KhADista tuli maan hallinnon tärkein kontrollin välikappale, joka soluttautui kapinallissoluihin ja yllytti näitä kääntymään toisiaan vastaan, teki sabotaaseja Pakistanin puolella ja lahjoi heimoja kääntymään maan hallituksen puolelle. KhADilla oli myös omat taistelujoukkonsa, ja siksi Khalq ryhtyi vahvistamaan myös omia rivejään kehittämällä poliisivoimista puolisotilaallisen organisaation, joka alettiin tuntea nimellä Sarandoi. KhAD ja Sarandoi joutuivat keskenään useasti yhteenottoihin, mikä heikensi hallinnon mahdollisuuksia tukahduttaa kapinallisten vastarintaa. Afganistanin varsinainen armeija taas oli konfliktin aikana pitkään lähes hyödytön, sillä maan hallinnon ristiriidat näkyivät myös upseerikunnan keskuudessa. Lisäksi armeijaa heikensi värvättävien puute. Kommunistihallinto piti hallussaan vain kaupunkeja, kun maaseutu oli eri sissiryhmien hallinnassa. Lisäksi suuri osa maan väestöstä oli paennut Pakistaniin ja Iraniin, missä kapinalliset saattoivat harjoittaa omaa värväystoimintaansa.
Sodan pitkittyessä Neuvostoliitto alkoi kyllästyä Babrak Karmaliin ja Afganistanin hallituksen kyvyttömyyteen toimia. Karmalin suurin ongelma oli, että hän oli noussut valtaan puna-armeijan tukemana, ja hänet nähtiin Neuvostoliiton nukkehallitsijana. Neuvostoliitto halusi Afganistanin johtoon hallitsijan, joka kykenisi selviytymään ilman puna-armeijan tukea, jolloin Neuvostoliitto voisi vetäytyä Afganistanista. Vuonna 1986 Karmal kutsuttiin Moskovaan, ja hänen poissa ollessaan maan johtoon asetettiin Mohammad Najibullah.
Neuvostoliiton vetäytyminen.
Neuvostoliitolle Afganistanin sota tuli kalliiksi. Vastarintaan oli Moskovassa varauduttu, mutta sen kukistamisen piti jäädä pääosin Afganistanin oman hallituksen vastuulle. Vastarinnan laajuus kuitenkin yllätti neuvostoliittolaiset, eikä puna-armeija myöskään ollut tottunut sissisotaan, jota Afganistanin sota luonteeltaan oli. Neuvostoliitto ei myöskään ollut ottanut huomioon ulkovaltojen sekaantumista konfliktiin. Puna-armeija yritti tehdä laajoista alueista elinkelvottomia tuhoamalla sadot, tappamalla karjan ja miinoittamalla pellot, mutta se ei pysäyttänyt sissijoukkoja vaan sen seurauksena kuoli siviilejä ja kyliä autioitui. Mujahideen-sissit pystyivät vetäytymään Iranin tai Pakistanin puolelle huollattamaan itseään, missä he olivat puna-armeijan ulottumattomissa. Sota jumiutui pattitilanteeseen, sillä mujahideeneilla ei juuri ollut keinoja valloittaa neuvostotukikohtia. Sissijoukot taas palasivat aina, kun neuvostojoukot vetäytyivät tilapäisesti valloittamiltaan alueilta. Uudistusmielisen Mihail Gorbatšovin noustua Neuvostoliiton johtoon vuonna 1985 neuvostohallinto päätti, että Afganistanista vetäydytään, oli sen poliittinen hinta mikä hyvänsä.
Rauhanneuvottelut olivat käynnistyneet jo ennen Gorbatšovin aikaa, mutta niissä ei ollut tapahtunut edistystä. Neuvostoliitto vaati, että Najibullahin hallinto saisi pysyä vallassa ja että muut osapuolet lopettavat tukensa kapinallisjoukoille. Yhdysvallat ja Pakistan eivät suostuneet Neuvostoliiton vaatimuksiin. Sissijoukoilla ei neuvotteluissa ollut edustusta. Vasta Gorbatšovin tulo mukaan neuvotteluihin toi edistystä tilanteeseen. Hän suostui riskeeraamaan Afganistanin kommunistihallinnon tulevaisuuden kompromissiratkaisulla, jossa kaikki osapuolet jatkoivat omien suojattiensa tukemista. Osapuolten välinen rauhansopimus solmittiin huhtikuussa 1988. Kysymys vallansiirrosta jäi ratkaisematta, mikä piti Afganistanin tilanteen kaoottisena vielä seuraavankin vuosikymmenen ajan. Neuvostoliitto sitoutui vetämään kaikki joukkonsa pois yhdeksässä kuukaudessa, ja viimeisetkin puna-armeijan joukot poistuivat Afganistanista helmikuussa 1989. Virallisten tietojen mukaan Neuvostoliitto menetti Afganistanin sodassa 15 000 sotilasta, mutta todellinen luku on huomattavasti suurempi. Afganistanilaisia siviilejä sodassa arvellaan kuolleen ainakin miljoona. Lisäksi maa jäi ennennäkemättömään kaaokseen ja Afganistan vain ajautui toiseen sisällissotaan.
Kommunistihallinnon kukistuminen.
Neuvostoliiton vetäydyttyä Najibullah menetti tärkeimmän tukijansa. Hän onnistui lähentämään Parchamin ja Khalqin välisiä suhteita PDPA:n sisällä ja alkoi esiintyä kommunistihallinnon sijasta ensisijaisesti muslimien edustajana. Hän teki myös sovittelevia tarjouksia vastarintaliikkeille, jotka kuitenkin hylkäsivät kaikki tarjoukset rauhanneuvotteluista.
Najibullah onnistui kuitenkin saamaan tukea Afganistanin vähemmistöryhmiltä. Šiialaiset antoivat tukensa hallinnolle, sillä kommunistihallinnon vallassa pysyminen oli heille pienempi paha kuin maan ajautuminen Gulbuddin Hikmatyarin johtamien äärisunnalaisten valtaan. Myös pohjoisen uzbekit järjestäytyivät hallinnon tueksi. Heitä johti Abdul Rashid Dostum, joka loi Pohjois-Afganistaniin käytännössä itsenäisen valtakunnan, mutta toisin kuin neuvostomiehityksen aikaiset itsenäisesti toimineet alueet, Dostum oli Afganistanin kommunistihallinnon liittolainen.
Najibullah kykeni myös vahvistamaan Afganistanin armeijaa neuvostoliittolaisten jättämällä kalustolla. Najibullah tiesi, etteivät maan hallinnon joukot kykene ottamaan haltuunsa sissien hallitsemaa maaseutua, mutta toisaalta sissien on vaikea kukistaa hallituksen valvomia kaupunkeja. Kapinallisjoukkojen johtajat eivät edelleenkään kyenneet yhteistyöhön, vaan etenkin vahvimmat mujahideen-johtajat Gulbuddin Hikmatyar ja Ahmad Shah Massoud taistelivat vallasta keskenään. ISI:n antamasta sotilaskoulutuksesta huolimatta mujahideenit eivät osanneet toimia yhtenäisenä armeijana, eivätkä he kyenneet valloittamaan kaupunkeja hallituksen joukoilta. Pattitilanne osapuolten välillä jatkui seuraavien vuosien ajan.
Neuvostojoukkojen vetäydyttyä mujahidin kokosi joukkonsa ja järjestäytyi tavanomaiseen sodankäyntiin tavoitteenaan vallata ja pitää alueita. Operaation Peshawarin Seitsemän maalis-kesäkuussa 1989 suunnitteli Pakistanin ISI. Se kokosi Gulbudin Hektmatyarin, Burhanudin Rabbannin, Ahmad Shah Massoudin, Mohammed Nabi Mohammedin, Younis Khalisin, Abdul Rasoul Sayyafin ja Pir Gailanin joukot yhteiseen operaatioon, jonka tavoitteena oli vallata Jalalabad 160 km itään Kabulista. Kaupunkia puolusti armeijan 11. divisioona, jonka vahvuus oli 15 000 miestä. Mujahidin saivat koottua 5 000–7 000 soturia. Hyökkäys päättyi armeijan ratkaisevaan voittoon ja mujahidinin ja ISIn nöyryytykseen, kun hyökkääjät menettivät 3 000 miestä kuolleina ja vielä lisää haavoittuneina.
Käänne sodassa tapahtui joulukuussa 1991. Neuvostoliiton hajoamisen myötä Najibullahin hallinto jäi paitsi Neuvostoliiton toimittamia rahoja ja aseita. Pian myös ruoka ja polttoaine lakkasivat virtaamasta Kabuliin. Neuvostoliiton romahdettua myös Afganistanin kommunistihallinnon olemassaolon edellytys katosi. Myös aiemmin maan hallituksen kanssa liittoutuneet sotilasjohtajat päättivät jättää uppoavan laivan, ja he liittoutuivat Massoudin kanssa. Pian muutkin hallituksen armeijan varuskunnat alkoivat liittyä eri kapinallisryhmiin. Najibullah yritti paeta maasta huhtikuussa 1992, mutta kapinallisjoukkojen suljettua tien lentokentälle hän hakeutui turvaan YK:n rakennukseen, missä hän vietti seuraavat vuodet.
Talibanin valtakausi.
Taistelu Kabulista.
PDPA:n kukistuttua katosi myös vastarintaliikkeitä yhdistänyt yhteinen vihollinen. Vastarintaliikkeillä ei ollut vallansiirrolle mitään yhteistä suunnitelmaa, eivätkä ne olleet halukkaita jakamaan valtaa kilpailevien ryhmittymien kanssa, joten edessä oli väistämättä uusi sisällissota.
Etulyöntiasemassa oli Ahmad Shah Massoudin johtama liike, sillä sen tukialue sijaitsi lähellä pääkaupunki Kabulia ja Massoudin tadžikkijoukot kaappasivat suuremman osan edellisen hallinnon raskaista aseista. Tukea Massoud sai Dostumin uzbekkijoukoilta, joiden avulla he löivät Gulbuddin Hikmatyarin sotajoukot taistelussa Kabulin hallinnasta.
Massoud oli hyvin tietoinen siitä, että tadžikkina hänen asemaansa Afganistanin johdossa ei hyväksyttäisi, sillä Dorrani-valtakunnan syntymisen jälkeen maan hallitsija oli aina ollut paštu. Hän esiintyi vain väliaikaishallinnon edustajana ja laati huhtikuussa 1992 useimpien kapinallisryhmien kanssa sopimuksen, jonka mukaan maan johtoon asetetaan kahden kuukauden siirtymäkaudeksi Sibghatullah Mojadedi ja sen jälkeen neljäksi kuukaudeksi Burhanuddin Rabbani, joka oli etninen tadžikki. Hikmatyar ei sopimusta suostunut allekirjoittamaan, ja sota alkoi saada etnisempää sävyä, sillä Kabulia hallitsivat tadžikit, uzbekit ja šiialaiset, kun taas etniset paštut oli karkotettu Kabulista. Kommunismin kukistumisen jälkeen puoliaan hakivat myös PDPA:n ryhmittymät, joista paštutaustaiset Khalqin jäsenet ja Sarandoi-joukot asettuivat Hikmatyarin taakse, kun taas Parchamin yksiköt liittyivät Massoudin joukkoihin.
Kabul oli selviytynyt vähäisin vaurioin neuvostomiehityksen ajasta, mutta se raunioitui pahoin uudessa sisällissodassa. Hikmatyarin joukkojen raketti-iskut aiheuttivat suuria tuhoja, ja kaupunki tuli riippuvaiseksi kansainvälisten avustusjärjestöjen elintarvikeavusta. Ulkovallat pyrkivät turhaan tarjoutumaan välittäjiksi kiistassa, mutta aselevotkin olivat vain hetkellisiä. Myöskään Dostumin yllättävä puolenvaihto Hikmatyarin tukijaksi ei ratkaissut tilannetta, vaan Massoudin joukot onnistuivat ajamaan takinkääntäjät ulos kaupungista. Dostumin joukkojen valtakeskus sijaitsi Mazar-i-Sharifissa lähellä vasta itsenäistyneen Uzbekistanin rajaa. Kabuliin verrattuna maan pohjoisosissa tilanne oli rauhallinen, ja kauppaa käytiin rajan yli Uzbekistanin puolelle. Myös maan länsiosissa Herat oli käytännössä Ismail Khanin johtama pienoisvaltakunta, jota ylläpiti tiiviit yhteydet Iranin puolelle. Verrattain rauhallisina alueina Khanin ja Dostumin hallitsemat alueet houkuttelivat pakolaisia rauhattomammilta alueilta.
Afganistanin paštuenemmistöiset alueet idässä ja etelässä olivat huomattavasti rauhattomampia. Kaikki hallintorakenteet olivat tuhoutuneet neuvostomiehityksen aikana tai sitä seuranneen sodan aikana. Naapurimaista ei tullut rajan yli hyödykkeitä kuten pohjoisessa ja lännessä, eivätkä valtion ulkopuoliset voimat ottaneet tilannetta hallintaansa, kuten Dostumin ja Khanin hallitsemilla alueilla. Ainoastaan Hikmatyarin johtama Hezb-e-Islami olisi saattanut saada tilanteen hallintaansa, mutta tämä oli keskittynyt Kabulin pommittamiseen eikä luonut hallintorakenteita Afganistanin etelä- ja itäosiin. Sekasortoa hämmensi lisäksi ISI:n manipulointi ja maan heimojen ja klaanien valtapiirirajat. Aluetta hallitsivat paikalliset sotaherrat, joista osa oli taantunut pelkiksi rosvopäälliköiksi, jotka taistelivat keskenään ja terrorisoivat alueen väestöä. Tilanne huolestutti myös Yhdysvaltoja, missä George H. W. Bushin hallinto pelkäsi, että Afganistan muuttuu terroristien turvapaikaksi, mutta kaoottisessa tilanteessa se pystyi vain yrittämään haalia maahan toimitettuja aseita takaisin ennen niiden päätymistä terroristien käsiin. Aseapua oli saanut myös Hikmatyarin johtama järjestö, johon Yhdysvallat otti etäisyyttä liikkeen radikalisoituessa. Persianlahden sodan sytyttyä Hikmatyar antoi tukensa Saddam Husseinille, mikä sai Yhdysvallat painostamaan Pakistania Hikmatyarin poistamiseksi Afganistanin poliittiselta kentältä. Pakistan ei vastustellut, sillä sen Hikmatyarille antaman tuen tarkoitus oli saada tämä muodostamaan Afganistaniin Pakistanille myötämielinen hallinto, mutta Hikmatyarin uskottavuus vakaan hallinnon muodostajana oli jo mennyt, joten Pakistan tarvitsi hänen tilalleen uuden liittolaisen.
Talibanin nousu.
Afganistanin levottomimmilla alueilla vallinnut sotaherrojen mielivaltainen hallinto tekaistuine veroineen ja tietulleineen sekä jatkuvat väkivallanteot ja ryöstöt saivat maan väestön epätoivon tilaan. Sekasortoisessa tilanteessa näyttämölle astui entinen mujahideen-sotilas Mullah Omar. Hän oli elantonsa saadakseen siirtynyt koraanikoulun opettajaksi, mutta kyllästyttyään sotaherrojen mielivaltaan hän kokosi oppilaistaan joukon mielivaltaisen ryöstelyn lopettamiseksi. Omarin joukko kukisti ja surmasi pienen sotaherrojen joukkion, ja kun viesti sankariteosta eteni, pieni ryhmä sai useita tukijoita ja se alkoi kasvaa suureksi liikkeeksi. Omar itse alkoi kutsua joukkoaan nimellä Taliban, joka tarkoittaa paštuksi opiskelijaa.
Talibanin kansansuosio kasvoi voimakkaasti, sillä kansa uskoi sen olevan vastavoima vallitsevalle anarkialle. Pian alkujaan pelkkä koraanikoulujen opiskelijoiden liike sai seuraajia myös entisistä kommunistien liittolaisista ja mujahideen-loikkareista, joista osa toi mukanaan Saudi-Arabian hallituksen tuen. Alkuvuonna 1995 Taliban oli vielä täysin tuntematon liike, mutta kolmessa kuukaudessa se otti hallintaansa tuolloisista 31 maakunnasta kaksitoista, ja enimmäkseen valloitus tapahtui ilman taistelua.
Talibanin menestyksessä merkittäväksi tekijäksi muodostui Pakistanin tuki. Pakistanille oli tärkeää luoda maitse kauppayhteys Neuvostoliitosta itsenäistyneisiin Keski-Aasian maihin, mutta levottoman Afganistanin vuoksi Pakistan oli logistisesti eristyksissä. Pakistanin pääministeri Benazir Bhutto neuvotteli oikeudet läpikulkuun Dostumin ja Ismail Khanin kanssa näiden hallitsemilla alueilla, mutta muilla alueilla valtaa pitäneiden sotaherrojen mielivaltaiset tiemaksut tekivät kauttakulun mahdottomaksi. Talibanin tiedettiin vuonna 1994 vapauttaneen pakistanilaisen autosaattueen, jonka paikallinen sotaherra oli pysäyttänyt. Pakistanin tiedustelupalvelu ISI lähestyi siten Talibania ja ryhtyi tukemaan Mullah Omarin joukkoja. Todennäköisesti Pakistanin tarkoitus oli tukea talibaneja vain paikallisina miliisijoukkoina, jotka turvaisivat kulkuväyliä, eivätkä he osanneet aavistaa liikkeen tulevaa voittokulkua.
Talibanjoukot valtasivat Kandaharin marraskuussa 1994, ja vain muutaman kuukauden kuluttua joukot olivat jo Kabulin lähettyvillä. Kabulia piirittänyt Gulbuddin Hikmatyar huomasi olevansa kahden tulen välissä, ja hänen joukkonsa joutuivat perääntymään Jalalabadiin. Hikmatyar oli menettänyt paštujen keskuudessa suosiotaan Talibanille, eikä hän enää palannut Afganistanin sisällissodassa merkittäväksi voimatekijäksi. Taliban ei hyväksynyt tadžikkivetoista hallitusta ja vaati presidentti Burhanuddin Rabbania luopumaan vallasta ja Ahmad Shah Massoudia laskemaan aseensa, mutta he eivät suostuneet vaatimuksiin. Taliban ei myöskään aluksi kyennyt kukistamaan Massoudin joukkoja, vaan Taliban lyötiin Kabulin valloitusyrityksessä alkuvuonna 1995. Talibanin laajentumisvaihe oli saanut uuden piirteen, sillä paštualueiden ulkopuolella sitä ei enää pidetty tervetulleena vaan ulkoisena valloittajana. Taliban sai liittolaisen Dostumista.
Talibanin eduksi kääntyi lopulta sen vihollisten hajanaisuus. Vähemmistöjen toisiaan kohtaan tuntema epäluulo oli yhtä suurta kuin Talibaniakin kohtaan, jolloin Taliban onnistui saamaan liittolaisia vihollisalueiden sisältä. Kabulin tappion jälkeen ISI ja Saudi-Arabia lisäsivät tukeaan Talibanille, ja lisäksi he saivat liittolaisen Dostumista. Niiden avulla Taliban valloitti Heratin elokuussa 1995. Ismail Khan pakeni talibaneja Iraniin. Seuraavana vuonna Taliban valloitti Kabulin ja oli saanut tuekseen myös suurimman osan hazaroista. Syyskuussa 1996 Massoud vetäytyi Kabulista kohti pohjoista ja jätti Kabulin talibanien käsiin. Ensi töikseen he tunkeutuivat YK:n rakennukseen ja teloittivat siellä piileskelleen entisen presidentin Najibullahin ja ripustivat hänen ruumiinsa näytteille. 
Talibanin Afganistan.
Taliban mielsi oman ideologiansa puhdasoppiseksi islamilaisuudeksi. Lopputuloksena oli Andrei Sergejeffin mukaan äärikonservatiivinen islamin tulkinta, jossa jäykästi tulkitut islamilaiset opit ja käytännöt yhdistyivät paikallisiin tapoihin. Sergejeff toteaa, että yhdessä liikkeen brutaalien otteiden kanssa tämä nosti kritiikkiä oppineempien muslimien parissa sekä Afganistanissa että maailmalla. Taliban pani hallitsemillaan alueilla toimeen ankaran omaan islamin tulkintaansa perustuvan yhteiskuntajärjestyksen. Tytöiltä kiellettiin koulunkäynti, naisten oli pukeuduttava burkhaan, ja miesten piti käyttää turbaania ja kasvattaa pitkä parta. Kaikki toiminta, jota pidettiin epäislamilaisena, kiellettiin, kuten television katselu ja musiikin kuuntelu. Monet uskonoppineet arvostelivat Talibanin islamintulkintaa, mutta Mullah Omarin järjestö oli omassa tulkinnassaan ehdoton. Taliban ei myöskään kunnioittanut perinteistä paštujen heimorakenteen muodostamaa yhteiskuntajärjestystä. Tämä selittyy sillä, että suurin osa järjestön rivisotilaista oli värvätty Pakistanin pakolaisleireiltä, missä he olivat eläneet koko ikänsä. Monet heistä olivat myös orpoja. Niissä oloissa heille ei ollut kehittynyt käsitystä perinteisestä paštuyhteiskunnasta, vaan he olivat helposti värvättävissä Talibanin riveihin.
Talibanin varsinainen hallinto oli hyvin pieni. Se valvoi erilaisten kieltojen ja määräysten noudattamista, mutta varsinaiset valtion tehtävät jäivät hoitamatta, eikä niiden hoitoon ollut kykyjäkään. Taliban ei kyennyt organisoimaan minkäänlaista koulutusta eikä terveydenhuoltoa, eikä infrastruktuuria korjattu sotien jäljiltä. Huonosta hallinnosta huolimatta Taliban oli kahteen vuosikymmeneen ensimmäinen voima, joka hallitsi suurinta osaa Afganistanista.
Talibanin valtaa vastaan noustiin ensin alueilla, joissa paštut olivat vähemmistönä. Persialaisenemmistöisellä alueella Heratissa väestö oli tottunut liberaaliin uskontulkintaan. Naisten koulunkäynti ja työssäkäynti oli tavallista, ja nyt heidän käskettiin verhoutua burkhaan, eivätkä he saaneet edes poistua kotoaan ilman miespuolista lähisukulaista. Kun tiedot Talibanin määräyksistä levisivät ulkomaailmaan, haihtuivat järjestön positiiviset saavutukset ja järjestöön alettiin suhtautua kielteisesti.
Taliban yritti edelleen valloittaa vielä valloittamattomat Afganistanin alueet, mutta siihen kohdistui yhä suurempaa vastarintaa. Dostum liittoutui jälleen Massoudin kanssa Talibania vastaan, jolloin syntyi talibanvaltaa vastustanut Pohjoinen liitto. Liittoon liittyivät myös hazarat ja šiiamuslimit. Myös Iran, Venäjä ja Keski-Aasian valtiot alkoivat tukea Pohjoista liittoa, sillä ne eivät halunneet äärisunnalaisuuden leviävän omille alueilleen. Taliban onnistui Pohjoisen liiton sisäisen kapinan vuoksi vielä valloittamaan Mazar-i-Sharifin, jota Dostum hallitsi. Pohjois-Afganistanissa uskontulkinta oli myös hyvin avointa ja alkoholia oli vapaasti saatavilla. Väestön oli mahdotonta alkaa noudattaa Talibanin mielivaltaisia uskontulkintoja.
Talibanin tuho.
Sodan taistelujen jatkuessa Taliban oli Afganistanin vähemmistöjen keskuudessa vihattu järjestö, mutta sen suosio alkoi laskea myös paštujen keskuudessa. Taliban ei ollut kyennyt muodostamaan mainostamaansa islamilaista ihanneyhteiskuntaa, vaan Mullah Omarin hallinnon aikana asiat olivat vain huonontuneet. Maa oli riippuvainen ulkomaisista avustusjärjestöistä, mutta Taliban ei suostunut yhteistyöhön niiden kanssa. Viimeisenä epätoivoisena voimannäyttönään Talibanin tuhosi vuonna 2001 Bamiyanin laakson buddhapatsaat epäislamilaisina. Patsaat olivat seisseet paikallaan hefthaliittien ajoista saakka.
Taliban alkoi 1990-luvun lopulla olla yhä ahtaammalla. Sillä oli kuitenkin edelleen takanaan Pakistanin tuki. Talibanin tukijoukkoihin liittyi myös Osama bin Ladenin johtama al-Qaida terrorijärjestö. Bin Laden perusti järjestön tukikohdan sekasortoiseen Afganistaniin, ja Talibanin suhteet al-Qaidaan alkoivat lähentyä. Taliban hyödynsi myös al-Qaidan teknistä kykyä poliittisten vastustajiensa salamurhien tekemisessä. Vuonna 1999 Taliban salamurhasi merkittävän klaanin päämiehen Abdul Ahad Karzain, tulevan presidentti Hamid Karzain isän. Syyskuussa vuonna 2001 Taliban onnistui salamurhaamaan Ahmad Shah Massoudin tämän tukikohtaan soluttautuneiden terroristien avulla. Massoudin murha oli Pohjoiselle liitolle valtava menetys, mutta Pohjoinen liitto oli pian saamassa vahvan liittolaisen. Massoudin kuolinpäivänä kaksi lentokonetta iskeytyi New Yorkin World Trade Centerin kaksoistorneihin.
Terrori-iskun jäljet johtivat al-Qaidaan ja Afganistanissa piileksivään bin Ladeniin. Yhdysvaltojen presidentti George W. Bush vaati Talibania luovuttamaan Osama bin Ladenin Yhdysvaltoihin tuomittavaksi, mutta Mullah Omar ei suostunut. Bin Ladenin ja Mullah Omarin keskinäisistä suhteista ei ole varmaa tietoa, mutta Mullah Omar ei varmasti halunnut saada Yhdysvalloista Talibanin vihollista, kun taas bin Laden haki avointa konfliktia sen kanssa. Bushin hallinto julisti terrorismin vastaisen sodan alkaneeksi ja teki ulkovalloille selväksi, että kukin oli joko heidän puolellaan tai heitä vastaan. Mullah Omarin osoittauduttua yhteistyökyvyttömäksi Yhdysvallat käänsi katseensa Pakistanin suuntaan ja kehotti presidentti Pervez Musharrafia lopettamaan tukensa Talibanille. Pakistanille tilanne ei ollut yhtä yksinkertainen, sillä Taliban oli sen aluepoliittinen liittolainen Intiaa vastaan ja se piti myös paštunestan-kysymyksen pois asialistalta. Pakistan yritti taivuttaa Mullah Omaria luovuttamaan bin Laden yhdysvaltalaisille, mutta sen epäonnistuttua Pakistanin ainoaksi vaihtoehdoksi jäi liittyminen Yhdysvaltojen johtamaan liittoutumaan. Monet ISI:n jäsenet jatkoivat silti edelleen yhteistyötä Talibanin kanssa.
Afganistanissa Yhdysvaltojen rinnalle Talibania vastaan liittyivät Pohjoinen liitto ja paštujen oppositiovoimat. Lokakuussa 2001 Afganistanissa käynnistyi jälleen uusi sota, kun Yhdysvallat ja Iso-Britannia aloittivat ilmahyökkäykset Talibania vastaan tuhotakseen näiden puolustusasemat ja tehdäkseen tietä Pohjoisen liiton maajoukoille. Liittouman hämmästykseksi Taliban kukistui jo muutamassa viikossa. Joulukuussa talibanjoukot vetäytyivät viimeisestä tukikohdastaan Kandaharista. Mullah Omar pakeni useiden muiden Talibanin johtohenkilöiden tavoin Pakistanin puolelle.
Talibanin jälkeinen Afganistan.
Joulukuussa 2001 ulkovaltojen edustajat ja heidän afganistanilaiset liittolaisensa kokoontuivat Bonnissa ja laativat sopimuksen olojen vakauttamiseksi. Virkaa tekeväksi presidentiksi nimitettiin Hamid Karzai, ja puolen vuoden kuluttua oli määrä kutsua kokoon džerga nimittämään siirtymäkauden hallitus. Vuonna 2004 oli määrä järjestää presidentinvaalit.
Hamid Karzai nostettiin nimellisesti maan valtionpäämieheksi, mutta todellisuudessa hänellä ei ollut valtiota mitä hallita, sillä valtiorakennetta ei kahdenkymmenen sotaisan vuoden jälkeen enää ollut. Maan infrastruktuuri oli myös pahoin vaurioitunut, eikä pääkaupungista Kabulista ollut mitään yhteyksiä suureen osaan maata. Alueilla, joilla edelleen oli toiminnassa jonkinasteinen hallinto, eivät paikalliset vallanpitäjät olleet halukkaita jakamaan valtaansa Karzain hallinnon kanssa. Valtio piti näin ollen luoda tyhjästä, mutta varoja siihen ei ollut. Verotulojen kerääminen oli hankalaa hallintorakenteiden puuttumisen vuoksi. Maatalous oli kärsinyt pahoin sodasta, eikä sen tuotanto riittänyt koko väestön ruokkimiseen. Elinkeinoelämän tilanne oli yhtä lohduton. Maan taloudelliseksi valtakeskukseksi nousi Herat, jossa Ismail Khan kykeni verottamaan Iranista Keski-Afganistaniin ja Keski-Aasiaan kulkevia kauppareittejä. Myös Dostum keräsi verotuloja kauttakulkuliikenteestä Pohjois-Afganistaniin. Kabul sen sijaan oli riippuvainen kansainvälisestä avusta. Vielä ulkomaista apuakin suuremmaksi tulonlähteeksi muodostui kuitenkin huumetalouden osuus, sillä oopiumiunikko oli maassa perinteinen viljelykasvi. Viljelysalan supistuessa helposti viljeltävä oopiumiunikko oli köyhille talonpojille monesti helpoin tapa parhaan tuoton saamiseksi.
Maan talous oli niin huonossa tilassa, että ainoa suunta oli ylöspäin. 2000-luvulla maahan synnytettiin uudestaan koulu- ja terveydenhuoltojärjestelmät, jotka olivat Talibanin aikana taantuneet olemattomiin. Myös tytöt päästettiin jälleen kouluun, ja kaikki inhimillistä elämää rajoittaneet esteet poistettiin. Maan hallintomuoto määritettiin vuonna 2004 tasavallaksi, ja samana vuonna pidetyt presidentinvaalit voitti virkaatekevä presidentti Hamid Karzai. Edistysaskeleet olivat selkeitä, mutta Karzain keskushallinnon valta ei ulottunut huonojen viesti- ja kulkuyhteyksien takaisille alueille, joten hallinto oli hyvin tehotonta.
Talibanin kukistuttua Yhdysvaltojen mielenkiinto kohdistui Irakin sotaan, eikä Afganistaniin enää haluttu sitoa sotilaallisia ja taloudellisia resursseja. Talibania ja al-Qaidaa ei kuitenkaan ollut vielä lyöty, vaan niiden Durand-linjan taakse Pakistaniin vetäytyneet johtohenkilöt pystyivät järjestäytymään uudelleen. Virallisesti Pakistanin armeija ja ISI ovat kiistäneet tietävänsä järjestöjen jäsenten oleskelun alueellaan. Pakistanilla olisi ollut Yhdysvaltojen liittolaisena velvollisuus vangita Karzain hallinnon aseelliset vastustajat, mutta sen intressit olivat muualla, sillä Intialla oli hyvät suhteet Karzain hallintoon, mikä oli Pakistanille suurempi huolenaihe kuin maassa lymyilevät muslimimilitantit. Yhdysvallat vähensi joukkojaan Irakin sodan vuoksi, ja Naton ISAF-joukot korvasivat ne vuonna 2006 sotilasoperaation johtajina Afganistanin itä- ja eteläosissa. Taistelut Afganistanissa jatkuivat edelleen, ja myös Yhdysvallat lisäsi joukkojaan vuonna 2009. Afganistanin omien turvallisuusjoukkojen koulutusta kiihdytettiin, jotta Afganistanin omat joukot kykenisivät tulevaisuudessa takaamaan maan turvallisuuden ja vakauden.
Nato-vetoiset joukot vetäytyivät Afganistanista vuonna 2014, ja samalla päävastuu sodasta luovutettiin Afganistanin omille turvallisuusjoukoille. Sota ei kuitenkaan päättynyt vielä tähän, sillä Taliban kiihdytti pian iskujaan, ja Yhdysvallat teki Afganistanissa edelleen sotilasoperaatioita. Länsimaissa tiedotusvälineet eivät ole Afganistanin tapahtumista aina ajan tasalla, ja kaikki Afganistanin keskushallintoa vastustavat mielletään yleisesti talibaneiksi, vaikka kapinallisten rivit ovat hyvin hajanaiset. Presidentiksi vuonna 2014 nousseen Ashraf Ghanin hallinto yritti saavuttaa keskusteluyhteyden kapinallisiin, ja toiseksi suurimman sotilaallisen ryhmän Hezb-e-Islamin kanssa päästiin sopuun vuonna 2016. Tämän toivottiin tasoittavan tietä sovulle Talibanin kanssa, ja myös Yhdysvallat on avannut Talibaniin keskusteluyhteyden, mutta sopua ei ole vielä vuonna 2019 saatu aikaan.
Talibanin uusi nousu.
Yhdysvallat alkoi vetää joukkojaan Afganistanista toukokuussa 2021. Taliban valtasi maaseudulla nopeasti alueellisia keskuksia. Yhdysvallat veti joukkonsa Afganistanista lähes kokonaan 6. heinäkuuta 2021 mennessä. Ilman amerikkalaisten tukea Afganistanin armeijan moraali luhistui. Taliban valvoi heinäkuussa 2021 suurinta osaa Afganistanista, vaikka hallitus piti suurimpia kaupunkeja käsissään. Elokuun alussa Taliban hyökkäsi maakuntien pääkaupunkeja vastaan vallaten niitä nopeasti. Elokuun 15. päivään mennessä Taliban oli jo Kabulissa ja presidentti Ashraf Khani pakeni maasta. Tämän jälkeen taisteluja käytiin vielä Panjshirin laaksossa, jonka Taliban valloitti syyskuun alussa.
Taliban julisti perustaneensa Afganistanin islamilaisen emiraatin. Syyskuussa 2021 Taliban tiedotti nimittäneensä Afganistanin virkaatekevän hallituksen: pääministeri Mohammad Hassan Akhund ja muut keskeiset ministerit olivat kaikki Talibanin vanhaa johtokaartia. Liikkeen ylin johtaja Haibatullah Akhundzada jättäytyi hallituksen ulkopuolelle. Julkisuudessa Taliban osoitti halukkuutta saada valta-asemalleen afganistanilaisten tuen ja kansainvälisen tunnustuksen, mikä herätti toiveita aiempaa maltillisemmasta ja sovittelevammasta hallinnosta. Käytännössä hallitukseen nimitettiin kuitenkin kovan linjan konservatiiveja, raa’at rangaistukset otettiin jälleen käyttöön ja tyttöjen syrjintä jatkui.