COVID-19-näytteenotto

COVID-19-näytteenoton ja tutkimuksen tavoitteena on selvittää onko henkilöllä SARS-CoV-2:n aiheuttama COVID-19-hengitystieinfektio. Testeillä voidaan havaita joko virus tai tartunnan puolustamiseksi syntyneet vasta-aineet.
Vasta-aineiden löytämistä, jota kutsutaan serologiaksi, voidaan käyttää sekä kliinisiin tarkoituksiin, että väestön seurantaan. Maaliskuusta 2020 alkaen useimmat maat rajoittivat virusnäytteiden oton haavoittuviin riskiryhmiin, mikä aiheuttaa sen, että viruksen leviämistä koko väestöön on vaikea arvioida. 
Testin valinta.
COVID-19-testejä on kolmea päätyyppiä, jotka ovat nukleiinihappotestit (NAT), antigeenitestit ja vasta-ainetestit eli serologiset testit. Testin valintaan vaikuttavat testaustarve, tuloksen saamisen nopeus ja testin luotettavuus. Eri testityyppien ja eri valmistajien samantyyppisten testien välillä voi olla huomattavia eroja esimerkiksi luotettavuudessa.
Nukleiinihappotestit ja ”pikatesteiksi” kutsutut antigeenitestit ovat viruksen havaitsevia diagnostisia testejä, joita käytetään aktiivisen infektion havaitsemiseen. Nukleiinihappomonistustestit (NAAT) perustuvat viruksen geneettisen materiaalin monistamiseen ja antigeenitesteissä näytteestä etsitään viruksen proteiineja. Polymeraasiketjureaktiota (PCR) käyttävät NAAT-testit eli PCR-testit olivat ensimmäisiä kehitettyjä COVID-19-testejä ja lokakuussa 2021 edelleen kaikkein yleisimpiä.
Vasta-ainetesteillä havaitaan elimistössä virusta vastaan muodostuneet vasta-aineet. Vasta-aineet näkyvät näytteestä yleensä vasta yli viikon kuluttua tartunnasta, joten testiä käytetään pääasiassa virukselle altistumisen ja vastustuskyvyn muodostumisen seurantaan yksilö- ja väestötasolla. Testillä havitaan huonosti etenkin alkuvaiheen tartuntoja.
Näytteenotto.
Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) mukaan pelkästään oireiden perusteella ei voi päätellä, onko hengitystietulehduksen aiheuttaja SARS-CoV-2 vai joku muu virus tai bakteeri.
Maailman terveysjärjestö (WHO) suosittaa keräämään viruksen toteamiseen käytetyn näytteen vähintään ylä- tai alahengitysteiden eritteistä, kuten syljestä tai ysköksistä. Sylkinäyte voidaan kerätä esimerkiksi vanutuppoon pyyhkimällä suun sisäpintaa tupolla. 
Joissakin maissa on perustettu näytteenottoa varten drive-through -asemia, joissa terveydenhuollon ammattilaiset voivat ottaa näytteitä henkilöiltä suoraan heidän autoistaan.
Näytteen tutkiminen.
PCR-testit.
Virus todetaan useimmiten reaaliaikaisella käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktiolla (RT-qPCR) näytteistä, jotka saadaan esimerkiksi nenästä tai yskösnäytteestä. RT-qPCR on yhdistelmä qPCR- ja RT-PCR-menetelmiä, joista jälkimmäistä oli käytetty virusperäisten hengitystieinfektioiden havaitsemiseen jo vuosia ennen koronaviruspandemian alkua. RT-qPCR:llä voidaan testata suuri määrä näytteitä, testaus on nopeaa ja mahdollista automatisoida, mikä mahdollistaa väestön tehokkaan seulonnan viruksen varalta myös kriisitilanteissa. Lisäksi RT-qPCR:ään perustuvat testit ovat riittävän herkkiä ja valikoivia, jotta SARS-CoV-2 voidaan erottaa muista koronaviruksista.
Testauksessä käytetään SARS-CoV-2-virukselle spesifisiä alukkeita ja koettimia, jotka kehitettiin viruksen perimän pohjalta. RT-qPCR-määrityksessä voidaan etsiä näytteestä esimerkiksi viruksen "RdRp"-, "ORF1b"- tai "N"-geenejä monistamalla kyseisiä geenialueita.
Muun muassa viruksen mutaatiot RT-PCR-tunnistukseen käytettyjen alueiden kohdalta, näytteen huono laatu tai liian varhaisessa vaiheessa otettu näyte voivat antaa väärän tuloksen, jonka mukaan virusta oikeasti kantavalla henkilöllä ei ole virusta. RT-PCR vie yleensä muutaman tunnin, mutta kaikkein uusimmissa RT-PCR-testeissä tuloksen saaminen voi viedä vain muutamia minuutteja. Antigeenitesteihin ja PCR-pikatesteihin verrattuna PCR-testit ovat hitaampia ja kalliimpia. PCR-testien tarkkuus on kuitenkin yleensä parempi, jolloin muiden testien tuloksia voidaan joutua varmistamaan PCR-testeillä. Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin mukaan PCR-testit havaitsevat 60–80 prosenttia tartunnoista.
Tautiin sairastuneista A ja AB Rh+ veriryhmät saivat testistä muita todennäköisemmin positiivisen tuloksen, kun taas O-veriryhmä sai vähemmän todennäköisemmin positiivisen tuloksen testistä. Veriryhmä ei kuitenkaan vaikuta itse sairauteen tai sairastamisen vakavuuteen.
Pikatestit.
Virus voidaan myös tunnistaa pikatestein, joissa hengitysteistä kerätyistä näytteistä tunnistetaan viruksen ominaisia proteiineja. Nämä kiinnittyvät antigeeneinä näyteliuskan vasta-aineisiin. Jos sitoutuminen tapahtuu, se tuottaa liuskassa jonkin silmin havaittavissa olevan merkin tyypillisesti alle 30 minuutissa. Testit ovat vähemmän herkkiä kuin RT-PCR:ään pohjautuvat menetelmät, eikä WHO suosittele niiden käyttöä. Pikatestit voivat myös todentaa viruksen henkilöllä, jolla sitä ei oikeasti ole.
Kehitteillä olevat menetelmät.
Verikokeita, joilla voidaan todeta kehon infektion seurauksena muodostamia vasta-aineita on kehitteillä. Rintakompressoitu tomografia voi joskus auttaa tunnistamaan ja määrittämään keuhkojen patologian, mutta sen avulla on saatu toistaiseksi vielä epäselviä tuloksia COVID-19-tartunnan yhteydessä.