Isaacus Rothovius

Isaacus Birgeri (Isak Birgerinpoika) Rothovius (1. marraskuuta 1572 Angelstad, Småland – 10. helmikuuta 1652) toimi Turun piispana vuosina 1627–1652.
Rothovius pani Suomen kirkossa toimeen ankaran kirkkokurin ja järjesti seurakunnallisia oloja muun muassa aloittamalla kirkonkirjojen käytön. Hän oli myös Turun akatemian ensimmäinen sijaiskansleri ja toimi opetuksen parantamiseksi Suomessa. Hänen aloitteestaan asetettiin myös raamatunsuomennoskomissio. Suomessa ollessaan hän katsoi olleensa "skorpionien ja barbaarien keskellä".
Rothoviuksen aikana hallintoa tehostettiin itsenäistämällä lukuisia kappeliseurakuntia itsenäisiksi kirkkoherran johtamiksi seurakunniksi, joihin Suomen paikallishallinto perustui maaseudulla vuoteen 1865 saakka, jolloin kunnallishallinto erotettiin evankelis-luterilaisten seurakuntien hallinnosta. Rothoviuksen seurakunnallinen järjestelytyö on vertaansa hakeva Suomen kirkon hallinnon historiassa.
Poliittisesti katsoen Rothoviuksen ura palveli valtakunnan voimavarojen kokoamista uskonsodan luonteen saaneen kolmikymmenvuotisen sodan onnistumiseksi. Kirkon ja uskonnon merkitys suurvallan luomisessa oli suuri ja juuri Rothoviuksen aikana valtio alkoi käyttää pappien palveluksia omien päämääriensä ajamiseen. Kirkko alkoi paljolti maallisen esivallan vaatimuksesta saarnata sanomaa, jonka keskeisinä viesteinä olivat kuuliaisuus esivaltaa kohtaan sekä synnin vahingollisuuden korostaminen: uhkaamalla kansaa synnin tuomalla kollektiivisella seuraamuksella se pystyttiin pitämään entistä paremmin kurissa. Kirkko oli kruunulle korvaamaton apuri, sillä pappi sai tiedottaa hallituksen tärkeäksi katsomia asioita rahvaalle ja pappi sai täten toimia myös propagandistina. Näin toimi myös Rothovius, joka kaikin keinoin korosti kirkon ja kruunun yhteenkuuluvuutta ja maallisen esivallan toimien oikeutusta.
Elämäkerta.
Smålandin Angelstadissa 1. marraskuuta 1572 syntynyt Isaacus Birgeri (Isak Birgerinpoika, Isaac Birgersson) Rothovius oli syntyään talonpoikaissäätyä. Hänen isänsä oli Birger "Börje" Larsson Roth (Birger Laurenzson Roth), jonka isä oli Saksasta Ruotsiin muuttanut, Ruotsin sotaväessä toiminut kapteeniluutnantti Capt. Laurentz Rothof (Roth). 
Opiskeltuaan ensin Växjön koulussa Rothovius aloitti opinnot Uppsalan yliopistossa vuonna 1595. Opiskeltuaan Uppsalassa kaksi vuotta Rothovius matkusti Wittenbergiin opiskelemaan sen yliopistossa. Vuonna 1602 Rothovius valmistui maisteriksi ja palasi Ruotsiin.
Ennen Rothoviuksen paluuta Ruotsiin Kaarle-herttua korotettiin Jönköpingin valtiopäivillä 1599 hallitsevaksi perintöruhtinaaksi. Palattuaan kotimaahansa Rothoviuksesta tuli ensin hallitsevan herttuan hovisaarnaaja ja myöhemmin Nyköpingin kirkkoherra 23 vuoden ajaksi. 
Vuonna 1627 Turun piispaksi valittu Rothovius oli kansleri Axel Oxenstiernan entinen opettaja ja luottomies. Rothovius oli seurannut häntä ja tämän kahta veljeä Wittenbergiin ja säilynyt laaja kirjeenvaihto antaa hyvän kuvan siitä, kuinka opettajan ja oppilaan välit pysyivät läheisinä vielä Rothoviuksen muutettua Suomeen.
Rothovius säilytti työkykynsä melko hyvänä elämänsä loppuun saakka. Hänen kuolemastaan antoi Turun hovioikeuden sihteeri Johan Wassenius kirjeessään Brahelle 12.2.1652 seuraavan kuvauksen:
Rothovius on haudattu Turun Tuomiokirkkoon.
Rothovius Nyköpingin kirkkoherrana.
Nyköping oli Södermanlannin hallintokaupunki, jonne Kaarle-herttua keskitti oman hallintonsa. Rothovius otti läntisen Nyköpingin seurakunnan kirkkoherran viran vastaan vuonna 1604 ja tehtävä oli sikäli huomattava, että siihen liittyi rovastin arvo ja sen tuomat hallintotehtävät kahdessa rovastikunnassa. Rothoviuksesta käytettiin nimitystä ’’pastor primarius’’.
Nyköpingin aikanaan Rothovius laski pitäneensä 3183 saarnaa, mutta painettuina niistä tunnetaan vain muutama. Saarnoissaan hän saattoi antaa ohjeita kunniallisten kutsujen järjestämistä varten ja teroittaa hyvää käytöstä juhlavieraiden mieliin. Ruokatarjoilun tuli olla kohtuullista ja yksinkertaista ja erityisesti kirkkoherra moitti naisväen ylellisyyttä monien ruokalajien valmistuksessa.
Oikeaoppiselle Rothoviukselle muut kristilliset oppisuunnat olivat kauhistus. Kun Ruotsin vuoriteollisuuden vuoksi maahan muuttaneille reformoiduille taattiin oikeus yksityiseen hartaudenpitoon, Rothovius valitti tästä Oxenstiernalle. Kuningas kuitenkin katsoi itse ensisijaisesti edustavansa Ruotsin evankelista kirkkoa ja piti siirtolaisten oikeudet ennallaan. 
Osallistuminen pappiskokouksiin.
Rothovius sai puolustaa Strängnäsin pappiskokouksessa vuonna 1607 laatimiaan jumaluusopillisia aiheita, joissa hän eritteli Augsburgin uskontunnustuksen toisen artiklan. Väitökset osoittivat oppineisuutta ja teologisten kysymysten hallintaa, ja tekstistä myös paistaa hänen persoonansa: Rothovius oli kykenevä jyrkkiin kannanottoihin ja tarvittaessa valmis pilkkaamaan toisin ajattelevia. Katolilaisia hän ei kuitenkaan arvostellut niin paljon kuin reformoituja.
Samana vuonna Petrus Jonae kuoli ja Laurentius Petrus Gothus nimitettiin Strängnäsin piispaksi. Hänen aikanaan pappeinkokoukset tulivat säännöllisiksi ja niitä pidettiin Nyköpingissä Rothoviuksen aikana yhdeksän kertaa, eli noin joka toinen vuosi. Rothoviuksen oma osallistuminen pappeinkokouksiin ei ollut kuitenkaan tarpeeksi ahkeraa ja vuonna 1613 hänet tuomittiin kolmen taalerin sakkoihin poissaolojen vuoksi. Tästä huolimatta hän sai saarnata vuosien 1614 ja 1618 kokouksissa ja toimia jopa viimeksi mainitun puheenjohtajana. Väitösten aiheina oli saattaa koulujen ja seurakuntien käyttöön uskonartikkeleita, joissa erotettiin oikea oppi väärästä.
Rothoviuksen esiintymiset vuosien 1607 ja varsinkin 1618 kokouksissa tekivät hänestä yleisessä tietoisuudessa huomattavan teologin, josta jo varhain käytettiin nimitystä ’’suuri jumaluusoppinut’’. 
Rothovius ja Nyköpingin koulu.
Rothovius kiinnitti aina erityistä huomiota kouluasioihin ja hän rinnastikin Nyköpingin koulussa 23 vuoden aikana tekemänsä työn muuhun seurakuntatyöhön. Ehkäpä hän puuttui liiaksikin koulun asioihin, sillä vuonna 1618 koulun rehtori Andreas Erici kirjoitti: ”Huolehtikoon tuo seurakunnastaan ja minä koulustani, tai tuo ottaa koulun ja minä seurakunnan”.
Piispantarkastukset.
Rothovius otti osaa Gothuksen suorittamiin piispantarkastuksiin vuosina 1612, 1618 ja 1625. Tällöin hän perehtyi yksityiskohtaisesti piispantarkastusten pitämiseen ja hankki täten arvokasta kokemusta tulevia tehtäviään varten. Rothovius mainittiin tarkastusten yhteydessä Strängnäsin parhaana kirkkoherrana ja hänelle ehdotettiin siirtoa vaativampiin tehtäviin. Nimitys Tukholmaan oli esillä, mutta lopulta hän luopui suunnitelmasta ja jäi Nyköpingiin.
Nyköping valtiollisten ja uskonnollisten tapahtumien keskipisteenä.
Kaarle IX kuoli vuonna 1611 ja hänen poikansa Kustaa II Adolf antoi hallitsijavakuutuksensa tuskin 17-vuotiaana Nyköpingissä vuoden viimeisenä päivänä. Nyköpingin valtiopäivillä myös uskonnolliset asiat olivat esillä ja annetut ohjeet katekismuksen oppimisesta, paastomääräyksistä, kirkkokurista tai vaikkapa pappien pukeutumisesta siirtyivät melko muuttumattomina Rothoviuksen Turun aikaisiin constitutiones-laitoksiin. Valtiopäivillä kiinnitettiin erityistä huomiota ankaraan kirkkokuriin ja vastoin uskonpuhdistuksen kantaa katsottiin esivaltakin velvolliseksi tukemaan kirkkokurin noudattamista. Myös tämä periaate tuli myöhemmin jatkuvasti esiin Rothoviuksen virkakaudella Turussa.
Axel Oxenstierna oleskeli myös Nyköpingissä ja 6.1.1612 kuningas nimitti hänet valtakunnan kansleriksi. Rothovius oli jatkuvassa yhteydessä opiskeluvuosiensa ystävään ja kaikkiaan Nyköpingin kaudelta on säilynyt 11 Rothoviuksen valtakunnankanslerille kirjoittamaa kirjettä. Usein hän näiden kirjeiden avulla ajoi asioitaan ohi kirkollisen virkatien.
Rothoviuksen ystäväpiiri.
Rothovius solmi Nyköpingin vuosinaan suhteet kuninkaan hovisaarnaajaan Johannes Bothvidiin sekä myöhempään Tallinnan piispaan Joachim Iheringiukseen. Valtakunnankanslerin kautta hän tutustui tämän äitiin Barbro Bjelkeen, jonka hautajaisissa 1625 hän piti ruumissaarnan. Lisäksi hänellä oli läheiset yhteydet Gyllenhorn-sukuun ja hän siunasi 1623 kuolleen Karl Gyllenhhornin. Myös tuleva Viipurin piispa Olaus Elimaeus opiskeli Wittenbergissä yhtä aikaa.
Suurvalta-Ruotsin kirkollinen yhdistyminen.
Vuonna 1617 Ruotsi varmisti itärajansa solmimallaan Stolbovan rauhalla. Itämerestä muodostui ruotsalaisten sisämeri, jonka rantojen hallinta asetti uusia haasteita. Kirkko oli kehittymässä suurvaltakirkoksi ja erityistä huomiota vaati Vaasa-suvun valtataistelussa kovia kokenut Suomi, varsinkin sen itäiset osat. Kirkollisen uudistuksen sekä opetuslaitoksen yhtenäistämisen toimeenpanijaksi tuli nyt valtakunnan johdon erityistä luottamusta nauttiva Isaacus Rothovius, joka oli tehtäväänsä varten saanut tarvittavaa kokemusta Nyköpingin vuosiensa aikana.
Rothoviuksen kirkollinen toiminta Suomessa.
Rothovius lähetettiin Suomeen hälventämään Sigismundin puoluelaisten vaikutusvaltaa sekä saattamaan kirkollisia oloja samanlaisiksi kuin Ruotsissa oli. Hänen työmääränsä ja tarmonsa oli huikaisevan suuri, ja tuskin on löydettävissä kirkollista asiaa, johon hän ei olisi puuttunut. Lisäksi hän ryhtyi vaatimaan nimittämiltään papeilta papinvalaa, jossa uskonnollisten vakuutusten lisäksi viranhakija sai vannoa uskollisuutta kuninkaalle ja hallitukselle, mikä hyvin ilmensi kirkon ja valtion yhteenkuuluvuutta. Rothoviuksen suhtautumista Suomeen kuvastaa hänen näkemyksensä, jonka mukaan hän oli maassa "skorpionien ja barbaarien keskellä".
Turun piispanvaaliin vaikuttaneet syyt.
Piispa Sorolaisen kuoltua 1625 piispat esittivät seuraajaehdokkaiksi kahta suomalaista ja kahta ruotsalaista; viimeksi mainituista toinen oli piispojen mielestä sopiva myös suomenkielentaitonsa perusteella. Kuningas Kustaa II Adolfin ja etenkin valtakunnankansleri Axel Oxenstiernan ehdokas oli kuitenkin asetettujen ehdokkaiden ulkopuolinen Nyköpingin kirkkoherra Rothovius, jonka taakse myös valtiopäiväpapisto vuonna 1627 asettui. Valinta osoitti selvästi sen, ettei suomen kielen taito painanut mitään sen rinnalla, että Turun piispaksi saatiin maallisten viranomaisten kanssa yhteistyöhön halukas mies, joka järjestäisi hiippakunnan asiat ruotsalaisen mallin mukaisesti.
Suomen papisto ja Sorolainen kahden tulen välissä.
Juhana III:n ja Kaarle-herttuan taistellessa vallasta piispa Sorolainen oli asettautunut ensin kuninkaan ja myöhemmin kruununperijä Sigismundin puolelle. Kun Juhana III oli 1592 kuollut, Kaarle-herttua kutsui koolle kirkolliskokouksen Upsalaan 1593 pohtimaan sitä, miten ehkäistä katolisuuden uhkaa Ruotsissa. Pelko ei ollut aiheeton, sillä vastauskonpuhdistus oli jo osoittanut voimansa.
Vaikka kokous nimellisesti oli kirkolliskokous, sillä oli kuitenkin myös valtiollinen luonne, sillä mukana oli Kaarle-herttuan lisäksi yhdeksän valtaneuvoston jäsentä. Kokouksen puheenjohtajana toimi aiemmin Juhanan vangitsema ja vastaavasti sittemmin Kaarle-herttuan palkitsema Nicolaus Botniensis. Myös kiivaimpiin Juhanan liturgian vastustajiin kuulunut Petrus Jonae sai keskeisen sijan katolisuuden vastaisen taistelun linjausten teossa. Suomea edustanut Sorolainen, joka aiemmin oli kannattanut Juhanan liturgiaa, sanoutui siitä irti ja selitti siihen suostuneensa, koska Paikalla olleiden noin kolmensadan papin ja neljän piispan lisäksi myöhemmin yksin Suomessa kokouksen julkilausuman allekirjoitti myöhemmin Turun pappiskokouksen yhteydessä 1593 liki kaksisataa pappia. Aatelisista vain 33 allekirjoitti päätöksen, ennen muuta johtavan ylimyksen Klaus Flemingin puuttuminen tuosta joukosta oli merkittävää.
Vaikka Sorolainen olikin Ruotsissa tuominnut Juhanan liturgian, ei tilanne Suomessa ollut piispalle helppo, sillä Suomen käskynhaltija Klaus Fleming ja muu maan vaikutusvaltaisin aateli oli Sigismundin politiikan vankkumattomia kannattaja. Valtapoliittisten erimielisyyksien lisäksi piispa joutui liturgisissa asioissa erimielisyyksiin Flemingin kanssa, joka suosi rikasmuotoista jumalanpalvelusjärjestystä ja joka myös osasi taitavasti hyödyntää kansan keskuudessa vanhojen seremonioiden yhä saamaa kannatusta. Sorolaisen ja Flemingin riita koski myös kirkon itsenäisyyttä. Tilanne kiristyi entisestään 1595 pidettyjen Söderköpingin valtiopäivien jälkeen. Valtiopäivillä päätettiin ottaa käyttöön yksinkertaisemmat kirkkomenot, ja puolustaessaan näitä päätöksiä Turussa 1596 Sorolainen ärsytti yhä enemmän Flemingiä. Vuosina 1596–1597 käydyn nuijasodan aikana joutui papisto entistä vaikeampaan asemaan Kaarle-herttuan yllyttämien talonpoikien ja Flemingin välillä. Nuijamiesten tärkeimmällä alueella Etelä-Pohjanmaalla monet papit asettautuivat talonpoikien puolelle, mutta piispa ei itse asiassa missään vaiheessa luopunut aiemmasta Sigismundille uskollisesta kannastaan. Kun sitten valtataistelu kääntyi lopulta Kaarle-herttuan voitoksi, Sorolainen tunnusti tämän lailliseksi vallanpitäjäksi.
Piispa Sorolaisen tuki ensin Juhana III:lle, sitten Upsalan kokouksessa Kaarle-herttualle, sen jälkeen Juhanan pojalle Sigismundille ja lopulta jälleen Kaarle-herttualle aiheutti sen, että Kaarle-herttua tunsi syvää epäluottamusta Suomen papistoa ja erityisesti Sorolaista kohtaan.Valtaan tultuaan Kaarle-herttua ei suopunut helposti suomalaisiin ja Linköpingin valtiopäivillä piispa sekä kaikki Suomen kirkkoherrat oli haastettu syytettyjen penkille. Herttuan viha Suomen papistoa kohtaan lauhtui hitaasti ja lopulta vaatimukset raskaista rangaistuksista lievenivät ja papit pääsivät pääasiassa sakoilla, mutta piispa joutui joksikin ajaksi vankeuteen.
Upsalan arkkipiispalle lähettämässään kirjeessä herttua kehotti tätä hankkimaan 50–60 ruotsalaista pappia Suomeen lähetettäväksi, koska "tämän maankolkan" papit olivat "paavillisen hapatuksen vallassa" ja harjoittivat yhä "taikauskoisia kirkonmenoja".
Kustaa II Adolfin epäluulo.
Upsalan kokouksen 1593 jälkeiset valtataistelut antoivat Suomelle tulevia vuosia varten huonot eväät sikäli, että epäluulot suomalaisia kohtaan itivät vielä Kustaa II Adolfin hallituskaudella. Hallinnon yhtenäistämistä ja yksinkertaistamista kannattanut kuningas perusti 1623 Turun hovioikeuden. Suomi oli erikseen muistettu myös siinä kirkollisen keskusviraston perustamissuunnitelmassa, jonka mukaan perustettavaan virastoon consistorium generaleen eli ylikonsistoriin piti tulla jäseniä sekä maallikoista että papeista ja jonka puheenjohtajana vuorotellen olisi toiminut arkkipiispa ja oikeudenkäytön ylin valvoja drotsi. Suunnitelman kahdeksantena kohtana oli Finlandiae Reformatio; Suomi leimattiin erityisvalvontaa vaativaksi alueeksi, missä oli tavallista suurempia epäkohtia, koska seurakuntien hoito oli laiminlyöty. Viraston perustaminen kaatui piispojen vastustukseen, mutta "kirkon valvonta Suomessa" säilyi hallituksen ohjelmassa, kuten näkyi valtakunnankansleri Axel Oxenstiernan muistiosta 1624.
Tuomiokapituli.
1600-luvun alussa pappeinkokous toimi tuomioasioissa kapitulin yläpuolella, ja piispa Sorolainen toi kapitulille kuuluvia asioita pappeinkokousten ratkaistavaksi. Kun Kustaa II Adolf suhtautui edeltäjäänsä suopeammin kapituleihin, saivat piispat tilaisuuden vahvistaa niitä. Kun samanaikaisesti piispankaupunkeihin perustettiin lukioita, tuli näiden lehtoreista kapitulin jäseniä. Näin tapahtui myös Turussa 1630, jolloin sinne perustettiin lukio; tuomiokapitulin jäsenten määrä nousi entisestä kahdesta seitsemään. Näistä seitsemästä vain yksi ei ollut lukion opettaja.
Rothovius kirjoitti ruotsalaisten esikuvien mukaisesti kapitulisäännön, jossa määriteltiin kapitulin asema kirkkokurin ylläpitäjänä, jäsenten nimitys ja tehtävät sekä sitoutuminen Augsburgin uskontunnustukseen. Augsburgin uskontunnustuksen teksti oli liitetty aiemmin mainitun Upsalan kokouksen päätösasiakirjaan 1593.
Rothoviuksen piispaksi tultua ruotsalaisvyöry tuntui lukiossa ja sitä kautta myös tuomiokapitulissa. Lukion alkuaikoina opettajia oli kaksitoista, ja näistä kahdeksan Ruotsista tulleita. Vastaavasti kapitulin seitsemästä jäsenestä vain yksi oli suomalainen. P. Laasonen katsoo suomalaisten joutuneen suorasukaisen syrjimisen kohteeksi.
Hiippakuntasäännöt.
Upsalan kokouksessa 1593 oli hyväksytty kirkkolaki, johon kuitenkin 1600-luvun alussa oli tarve tehdä muutoksia. Kun yhtenäistä uutta ohjeistusta ei syntynyt, ryhtyivät piispat julkaisemaan paikallisia omaa hiippakuntaa varten laadittuja sääntöjä, jotka kulkivat nimellä constitutiones.
Hiippakunnallisia ohjeistoja julkaisi valtakunnan piispoista ahkerimmin Rothovius, mikä sopi hyvin hänen toimenkuvaansa sellaisen hiippakunnan esipaimenena, jonka hunningolle joutunutta tilaa hän oli lähtenyt korjaamaan valtakunnan yhtenäistämispolitiikan mukaisesti. 
Ensimmäiset sääntönsä Rothovius julkaisi pian Turkuun saavuttuaan, ja sen allekirjoitti poikkeuksellisesti myös kenraalikuvernööri Bjelke; kirkollisten ja maallisten viranomaisten yhteistyö ilmeni siis tässäkin. Sisäinen kirkkohallinto kuului papeille ja ulkonainen kirkkohallinto maalliselle esivallalle. Rothoviuksen aikana kirkko ei joutunut alistettuun asemaan, vaan asiain hoito tapahtui hyvässä yhteisymmärryksessä. 
Piispa antoi ohjeistuksiaan pappeinkokouksissa, jolloin ne oli tarkoitettu lähinnä papiston ojennukseksi, tai piispantarkastuksissa ja kiertokirjeissä, jolloin ne sisälsivät ohjeita myös maallikoille, kuten vaikka kirkkokuriasiaa. Tässä Rothovius poikkesi selvästi edeltäjästään Sorolaisesta, joka oli yrittänyt hoitaa seurakuntaa vain sanan voimalla ja jättänyt muun järjestyksenpidon esivallalle. Kirkkokurin palauttaminen merkitsi itse asiassa paluuta katolisen ajan käytäntöön, jolloin kirkko ja kruunu vastasivat yhdessä järjestyksen säilymisestä maassa.
Papiston kurinpalautus ja katolilaisuuden kitkeminen.
Kaarle-herttua tunsi syvää epäluuloa Suomen papistoa kohtaan ja pelkäsi sen salaisesti kannattavan Sigismundia. Sama asenne määritti Kustaa II Adolfin kannanottoja. Itse asiassa tukeutuminen puolalaiseen Sigismundiin oli ollut realistinen vaihtoehto, sillä toisaalta Sigismund oli kiistatta laillinen hallitsija ja toisaalta läheisestä liitosta Puolan kanssa katsottiin olevan hyötyä itärajan rauhoittamiseksi. Tämän hyvin ymmärtäen, ja koska uskonnolla oli aikanaan suunnaton merkitys kansan ajattelun kanavana, Ruotsin hallitsijat epäilivät myös suomalaisten liturgisten linjausten vievän Suomea kohti katolista vaikutuspiiriä. Papiston ja kansan kaitsemisessa pois katolisista kirkonmenoista oli siis paitsi uskonnollinen, myös valtapoliittinen näkökohtansa.
Sorolainen oli myös johdonmukaisesti noudattanut Lutherin ja Agricolan edustamaa käsitystä kirkon tehtävästä, jonka mukaan kirkon tuli vain saarnaamalla ja opettamalla vaikuttaa omiintuntoihin eikä puuttua ”kenenkään ihmisen elämään, ruumiiseen, taloon tai omaisuuteen, mikä kuului esivallalle”. Kuninkaan epäsuosioon joutuneen piispan sanoista eivät aatelismiehet eivätkä aina papitkaan paljoa välittäneet ja pitkän ja raskaan murroskauden aikana maan kirkollinen ja henkinen elämä oli päässyt pahasti rappiolle.
Ensimmäisenä tehtävänään Rothovius ryhtyi parantamaan papiston tasoa ja aloitti estämällä vääränlaisen aineksen pääsyn papeiksi. Piispan käsitys Suomen papistosta ei ollut varsin korkea: kirjeessään valtakunnankansleri Oxenstiernalle hän kirjoittaa "nimenomaan eräiden pappien keskuudessa" havaitusta vallattomuudesta ja pyysi apua, etteivät "väärät sananpalvelijat" saisi tilaisuutta hankkia virkoja piispansa valvonnan välttäen. Eräs kiertotie, jota Rothovius ryhtyi salpaamaan, kulki sotilaspappien kautta. Piispa vaati myös näitä virkoja valvontaansa. Virattomat ja kuljeksivat papit, joiden opinnotkin olivat jääneet puutteellisiksi, saivat määräyksen palata kouluun. Kuritoimia vastaan niskoittelevat papit piispa pani kuriin erityisen ankarin ottein.
Papiston privilegiossa 1650 otettiin myös kantaa siihen, kuinka pappisvirat tulee täyttää. Tämä virkatie sitoi niin virkaa haluavaa pappia kuin viran täyttäjääkin 
Jumalanpalvelusseremonioissa oli säilynyt monia vanhoja piirteitä. Turkuun tultuaan Rothovius moitti siellä yhä käytössä olevaa ylenmääräistä latinankielistä laulua. Hän kielsi myös epistolan lukemisen alttarin eteläpäästä ja evankeliumin lukemisen pohjoispäästä, sillä nämä tavat muistuttivat yhä pelätystä katolisesta traditiosta. Samasta syystä Herran siunausta ei saanut enää lukea kuorikaiteen aukosta, vaan alttarin edestä. Piispa kiinnitti myös huomionsa liturgiseen pukeutumiseen, mikä muuttuikin karummaksi.
Antaessaan säädöksiä jumalanpalveluksesta Rothovius myös tarkasti ohjeisti kansaa käyttäytymisessä ja painotti erityisesti säännöllisen kirkossakäynnin merkitystä. 
Kun ehtoollisvieraat oli ripitetty ja mahdolliset aamuun kertyneet kirkolliset toimitukset suoritettu, piti polvistua rukoukseen. Monet rangaistusuhkauksin säestetyt määräykset koskivat hyvää käyttäytymistä kirkossa. Myös kaupat ja krouvit määrättiin kiinni pidettäviksi jumalanpalveluksen aikana. Korostaakseen kirkkorakennuksen merkitystä ja keskittääkseen kaikki toimitukset sinne, koko seurakunnan silmien eteen, Rothovius myös määräsi, että 
Katolisena aikana kastemalja oli sijainnut kirkon ovensuussa, nyt se siirrettiin kuoriin. Muutoksella oli periaatteellinen merkitys, sillä opetuksen noustessa seurakuntaelämässä keskeiseksi kaste piti toimittaa kaikkien nähden. Tämän vuoksi piti myös luopua vanhasta tavasta kastaa lapsi kotona ja "ristiä" hänet sitten myöhemmin kirkossa samalla kun äiti otettiin kirkkoon. Synnyttäneiden naisten kirkkoonotto eli kirkottelu kuului myös toimittaa kirkossa. Aiemmin tämä oli tapahtunut kirkon ovella, sillä vanhatestamentillinen käsitys (3. Moos. 12) puhdistusmenojen tarpeellisuudesta eli sitkeästi kansan uskomuksiin kytkettynä. Synnytykseen ajateltiin liittyvän epäpuhtaus, joka esti äidin kirkkoon tulemisen. Tätä maagista uskomusta vastustaakseen Rothovius antoi siirtää kirkottelun kirkon ovelta keskikäytävälle -aviottomat äidit saivat kuitenkin edelleen antaa papille kättä, kuten kansa kirkottelusta sanoi, oven suussa.
Rothoviuksen aikana sai peruspiirteensä luterilainen jumalanpalvelus, joka sitten vähin muunnoksin säilytti muotonsa satoja vuosia eteenpäin. Sille oli tunnusomaista järjestys ja saarnan hallitseva asema.
Piispa Rothovius pyrki edeltäjänsä tavoin karsimaan turhia katolisia pyhimystenjuhlia, joiden yhteydessä oli samalla markkinat. Niissä tapauksissa, joissa markkinat jäivät elämään, ne irtaantuivat kirkollisesta yhteydestään ja maallistuivat, ja vanhasta alkuperästä jäi muistuttamaan lähinnä markkinoiden nimitys.
Ohjesääntö seurakunnan vanhimpia varten.
Rothovius perusti Turkuun kuusijäsenisen vanhinten raadin tutkimaan ja paljastamaan kaupungissa vallitseva epäjärjestys ja häpeälliset teot. Neuvoston tuli huolehtia sunnuntain pyhityksestä, kirkkojen korjauksesta ja kolehdin keruusta. Lisäksi neuvoston tuli epäjärjestystä havaitessaan raportoida pormestarille, papistolle ja jopa käskynhaltijalle ja maaherralle. Näin jälleen kerran vedottiin maallisiin viranomaisiin. 
Papiston yhtenäistäminen pappeinkokouksilla.
Upsalan kokouksessa vahvistettiin, että pappeinkokouksia oli pidettävä kerran vuodessa. Sorolaisen aikana kokouksessa käsiteltiin ajankohtaisia asioita, kuten liturgiakysymyksiä sekä tuomioasioita. Tärkeintä kuitenkin näissä tilaisuuksissa oli papiston kasvatus, kirkollinen jatkokoulutus. Tavaksi vakiintui valmistaa synodiväitöksiä, joita kirjoitti joko piispa tai joku varttuneempi kirkonmies. Etukäteen valittu opponentti viritti keskustelua väitöskirjan teeseistä, jotka useimmiten koskivat Augsburgin tunnustusta. Myöhemmin 1600-luvulla nämä väitöskirjat painettiin ja lähetettiin myös kotiin jääneiden tutkittavaksi. Mukana olleet taas saattoivat mielikseen silmäillä omia nimiään, jotka painettiin vihkosen loppuun.
Tavallisesti kokoukset pidettiin Turussa, mutta Rothovius ryhtyi pitämään niitä myös Kokkolassa, Vaasassa ja Oulussa, jottei pohjoisen papiston matkojen hankaluus muodostuisi osallistumisen esteeksi. Rothovius piti 1628 Kokkolan kokouksessa synodialipuheen eli oraton aiheesta "De ministerio ecclesiastico" eli "pappisvirasta". Tässä puheessaan piispa halusi selvittää, mitkä olivat Jumalan salaisuuksien hoitajien tehtävät. Ulkopoliittiset selkkaukset Rothovius esitti uskonnollisessa valossa: Samoin piispa sivusi mm. sitä, millainen juhliminen ja ilonpito on papistolle soveliasta.
Pappiskokousten kielenä oli latina, jonka lisäksi kokouksen kolmessa tavanomaisessa saarnatilaisuudessa käytettiin ruotsia. Kuitenkin Rothovius oli esimerkiksi 1628 kokouksessa määrännyt kolmen ruotsinkielisen saarnan lisäksi pidettäväksi kolme suomenkielistä saarnaa.
Saarnataidon opetus.
Reformaation periaatteiden mukaisesti kansa oli saatava ymmärtämään evankeliumin sisältö, joten opetus ja varsinkin saarna oli seurakunnassa erityisen tärkeä. Mainitussa Kokkolan oratiossaan samoin kuin papistolle malliksi painetuissa saarnoissaan Rothovius opasti hyvän saarnan tekemiseen. Tunnusomaista oli tiukka kristillisen moraalin opetus, prameuden hylkäys sekä saarnan tiivistäminen siten, ettei se kestä yli tuntia. 
Rothoviuksen papistolle malliksi jättämissään saarnoissa hallitsee Vanha testamentti raamatullista ainesta. Suurvalta-ajan saarnaajille ominainen esivaltateologia löysi aineksensa parhaiten sieltä; samoin kansa sai kosketuksen sota-aikojen mielialoihin.
Teoksessaan Constitutiones Rothovius vielä opastaa 
Raamatun kääntäminen suomeksi.
Kaarle-herttua oli asettanut 1602 piispa Sorolaisen johtaman komitean kääntämään Raamatun suomeksi. Kun kuitenkin komitean keskeinen jäsen, Turun koulun rehtori Marcus Henrici Hesingius kuoli jo 1609 ja kun yleinen poliittinen ilmapiiri ajoi piispa Sorolaisen vaikeuksiin, jäi työ keskeneräiseksi.
Rothovius jakoi heti Turkuun tultuaan Raamatun kirjoja eri papeille käännettäväksi. Käännöstyön kiirehtiminen on ymmärrettävää, sillä toisaalta oli saatava jumalan sana kansankielellä luottavaksi ja toisaalta Kustaa II Adolfin ruotsinkielinen kirkkoraamattu oli ilmestynyt 1618. Piispa saattoi ilmoittaa kuninkaalle 1630, että ensimmäinen suomenkielinen kokoraamattu oli valmis ja odotti painatustaan. 
Painotyö lykkääntyi ilmeisesti Saksan sodan vuoksi, eikä käännöksen laatuunkaan oltu täysin tyytyväisiä. Nimenomaisesti Rothoviuksen ansiosta hanke ei päässyt unohduksiin ja vuoden 1636 valtiopäivillä asia oli uudelleen esillä. Samoin 1638, jolloin piispa uudisti pyyntönsä ja hallitus asetti suomennoskomitean, puheenjohtajana Turun kirkkoherra Eskil Petraeus. Komitean saamissa ohjeissa vaadittiin paitsi puhdasta suomea, “jota kaikkialla Suomessa pystytään hyvin ymmärtämään”, myös nimenomaan alkukielen mukaista käännöstä, jonka kuitenkin tuli vastata Lutherin tekemän käännöksen tulkintoja. Komitean työ ilmeisesti pohjasi suurelta osalta aiempaan käännökseen, sillä jo syksyllä 1640 tukholmalainen kirjanpainaja Henrik Keyser aloitti painatuksen. Käännöstyön tehneille neljälle kirkonmiehelle annettiin palkaksi koko manttaalin talo elinikäiseksi läänitykseksi ja yhdet kirkonkymmenykset. Koko Raamattu valmistui 1642.
Raamattua painettiin 1 200 kappaletta, joista 750 tuli Suomeen. Kun komea-asuinen kirja oli valmis, tajuttiin Suomessa tapahtuman merkitys jatämän johdosta 31.7.1642 jokaisessa kirkossa pidettiin kiitosjumalanpalvelus. Piispa Rothovius velvoitti papistoa hankkimaan Raamatun jokaiselle suomenkieliselle seurakunnalle kymmenen riikintaalerin sakon uhalla. 
Seurakuntahallinto.
Piispaksi tultuaan Rothovius ryhtyi selkiyttämään seurakuntahallintoa. Kun aiemmin kirkonisännät olivat ensisijaisesti seurakunnan taloudenhoitajia, palautti piispa heidät rovastien ja piispan valvontavaltaan. Kirkonisäntien piti hankkia kunnolliset tilikirjat, joihin tehdyt merkinnät tarkistettiin piispan- ja rovastintarkastuksissa. Taloudellisen vastuunsa lisäksi kirkonisännät olivat seurakunnan maallikkojohtajia ja edustivat pitäjänkirkkoa erilaisissa neuvottelu- ja kiistatilanteissa ja toimivat todistajina. Näin kirkonisännistä tuli vastapaino vahvistuneelle virkamiehistölle.
Kuudennusmiehet osallistuivat koko seurakuntaa koskevien tehtävien hoitoon. Rothovius velvoitti heidät valvomaan siveellistä elämää kylissä sekä seurakuntalaisten velvollisuuksien täyttämistä.
Kirkonkokous käytti seurakunnan itsehallinnon valtaa ja toimi myös tuomioistuimena. Rothoviuksen aikana sen toiminta alkoi painottua päätösvallan puolelle, kun taas toimeenpanovalta oli kirkkoneuvostoilla. Kirkkoneuvostoja perustettiin ensin professoreiden palkkapitäjiin ja muutamat valtiomiehet moittivatkin piispaa liian mahtavan neuvosto-sanan käytöstä. Maaseudulla kirkkokokous oli samalla pitäjänkokous, mutta kaupungeissa sen valtaa käytettiin yleensä maistraatissa tai raastuvankokouksessa.
Seurakuntaverkoston uudistaminen.
Valittaessaan Suomen seurakuntien epäkohtia Rothovius katsoi syyn olevan liian suurissa pastoraaleissa eli kirkkopitäjissä. Piispa ryhtyi perustamaan uusia pastoraatteja tai kappeleita, joita hänen ensimmäisenä kymmenvuotiskautenaan syntyi pari kymmentä. Määrä ei kuitenkaan ollut valtiovallan mielestä riittävä, ja 1638 tekemänsä tarkastusmatkan jälkeen Brahe antoi maan tilasta ankean arvion maan hallitukselle, joka puolestaan tiukkasanaisesti kehotti Rothoviusta ajamaan tarmokkaammin pastoraattien jakoasioita. Esivallan epäsuosion uhalla säikytetty Rothovius erotti Pohjanmaan omaksi superintendenttikunnakseen ja pirstoi Turun hiippakuntaverkoston tavalla, joka on ainutlaatuinen Suomen kirkon historiassa. Uusia kappeleita tai saarnahuoneita perustettiin hänen aikanaan 45, jolloin niiden määrä kasvoi yli kaksinkertaisesti, pastoraattien määrä nousi neljänneksellä eli 26:lla. 
Uudet kirkot rakennettiin puusta. Kalliisti huollettavien kivikirkkojen kunnostustyö alkoi Rothoviuksen aikana edistyä. Tähän vaikutti seurakuntien vaurastuminen, mutta myös aatelin yleistyvä tapa lahjoittaa kirkkoihin hopeisia ehtoolliskalustoja, messuvaatteita, kynttiläkruunuja ja muuta kalustoa. Seurakunnan varoilla kustannettujen hankintojen taustalla oli seurakuntahallinnon itsenäistyminen; sen mukana häipyi vähitellen pelko kruunun uusista riistotoimenpiteistä.
Rothovius määräsi, että “kaikkiin kirkkoihin on Ruotsin tavoin rakennettava uudet, kunnolliset penkit”. Penkkien ilmaantuminen Suomen kirkkoihin oli tärkeimpiä muutoksia kirkkojen sisustuksessa. Sen jälkeen alettiin laatia penkkijärjestystä, jossa kullekin säädylle määriteltiin oma paikkansa siten, että arvokkaimmiksi katsotut istuivat lähinnä alttaria. Tämä järjestys palveli aikakauden ajatusta sääty-yhteiskunnasta, mutta myös samalla helpotti seurakuntalaisten ja kirkkokurin valvontaa. Penkit olivat myös tarpeellisia sen vuoksi, että saarnasta muodostui keskeinen osa jumalanpalvelusta, jolloin toimituksista myös muodostui pitkiä. Samanaikaisesti otettiin käyttöön saarnastuolit. 
Rothovius edellytti myös jokaisen seurakunnan rakentavan köyhiä varten tuvan ja pitävän köyhistä huolta, 
Turun tuomiokirkon korjaus.
Rothoviuksen mielestä Turku oli saatava näyttäväksi ja esikuvalliseksi kirkolliseksi keskukseksi ja hän kiinnitti erityistä huomiota tuomiokirkon kuntoon. Vuonna 1601 riehuneen tulipalon jäljiltä tuomiokirkko oli huonossa kunnossa ja vuosihuollot olivat suorittamatta. Erityisesti kirkon katto kaipasi kunnostamista ja piispa kirjoitti rahavarainhoitaja Skyttelle asiasta 1629. Kesällä 1630 suurin osa kattoa uusittiin hollantilaisilla tiilillä, vaikka vielä 1638 osa katosta oli puuta.
Vuonna 1632 korjaustöissä oli 60 henkilöä, joskin Turun porvaristo osoitti vastahankaisuutta vetäytymällä pois päivätöistä. Kirkontornien kunnostamisen jälkeen oli aika hankkia uudet kirkonkellot. Valantatyö tehtiin piispan valvonnassa 1633 ja kustannukset olivat niin korkeat, että kirkon hopeat piti pantata 1000 taalerista. Vuonna 1630 oli aloitettu urkujen rakentaminen ja 1644 kirkkoon rakennettiin uudet urut. Kunnolliset istuimet kirkkoon saatiin 1630-luvulla ja vuonna 1637 piispa julkaisi yksityiskohtaisen kristillisen penkkijärjestyksen tuomiokirkkoa varten. Lisäksi kirkko sai uuden arvokkaan saarnastuolin, joka otettiin käyttöön 1650. 
Tuomiokirkon sivukappeleita muutettiin maallisten merkkihenkilöiden hautakappeleiksi. 29.6.1640 sotamarski Åke Tott siunattiin Pyhän Laurentiuksen kappelin paikalle ja 3.8.1645 Torsten Stålhandske haudattiin omaan kappeliinsa.
Piispan- ja rovastintarkastukset.
Piispantarkastuksia eli piispankäräjät perustuivat keskiaikaiseen käytäntöön, mutta myös vuoden 1571 kirkkojärjestys määräsi, että piispan oli mukanaan yksi tai kaksi taitavaa pappia kerran vuodessa sopivana ajankohtana vierailtava hiippakunnassa. Piispan ja hänen seurueensa tuli saada pappiloista tavanomainen ylläpito. Esteen sattuessa piispa saattoi lähettää puolestaan sijaisen tai rovastin tarkastusmatkalle. 
Rothovius aloitti tarkastustoimintansa Turun tuomiokirkosta lokakuussa 1627. Seuraavan vuoden alussa hän suuntasi matkansa Naantaliin ja kesällä 1628 Hämeenkyröön ja Vehkalahdelle. Samana vuonna hän matkasi myös keväällä Pohjois-Suomessa, Satakunnassa ja Hämeessä, elokuussa Pohjanmaalla ja syksyllä Etelä-Suomessa. Käytännöksi muodostui, että rovasti teki oman tarkastusmatkansa piispan jälkeen ja valvoi Rothoviuksen antamien ohjeiden noudattamista.
Pohjanmaa sai kaukaisuutensa ja laajuutensa vuoksi osakseen erityishuomiota. Piispa palasi alueelle kahdesti, 1639 ja 1643; jälkimmäinen matka kesti kaksi kuukautta. Tarkastusmatkojen harvalukuisuus vaivasi piispaa ja hän suunnittelikin Pohjanmaan erottamista omaksi superintendentiksi tarkastustoimien tehostamiseksi. 
Martti Parvion arvion mukaan hiippakunnallinen tarkastusjärjestelmä -piispan- ja rovastintarkastukset – toimi tehokkaasti pyrkiessään kytkemään yksityiset seurakunnat syrjäseutujen asukkaita myöten kirkollisen kurin ja kristillisen kasvatuksen piiriin. 
Kristinuskon opetus.
Jo piispa Sorolainen oli valittanut, että Turkuun tultuaan Rothovius arvioi jokseenkin samoin ja aloitti kristinuskon opetuksen Suomen kirkossa tarmolla, jolle ei varhaisemmista ajoista ole vertaa. kirkko ja jumalanpalvelus tuli opetuksen keskuksiksi. Saarnassa papin piti käyttää puolet katekismuksen opetukseen, ja aluksi hänen oli luettava Lutherin Vähästä katekismuksesta aamurukous. 
Koska tavoitteena oli katekismuksen oppiminen ulkoa, pappi ei saanut lukea kappaleita muistinvaraisesti, vaan kirjasta, aina samassa muodossa. Opetustyö kuului erityisesti kappalaiselle, mutta Rothovius esitti lukutaitoisen lukkarin palkkaamista ja velvoittamista opetustoimeen.
Opetuksen perustavoite oli ensin Vähäkatekismuksen kuuden pääkappaleen (aamu-, ilta- ja ruokarukous, synnintunnustus) osaaminen ulkoa. Näiden jälkeen olivat vuorossa Lutherin selitykset. Ulkoa oppimista valvottiin kuulusteluissa. Nämä kuulustelut tapahtuivat kertaamalla ennen saarnaa joitakin katekismuksen kohtia, myös saarnan jälkeen papin piti laskeutua saarnastuolistaan käytävälle kyselemään siitä, mitä hän juuri oli opettanut. Rothoviuksen sanoi 
Käytännössä näihin ankariin ehtoihin tehtiin myönnytyksiä niille, jotka ilmeisistä yrityksistä huolimatta oppineet. Rothovius itse lievensi määräystään liittämällä ohjeisiin listan niistä, jotka "eivät tahdo oppia".
Rothoviuksen kannan mukaan kansan oli kokoonnuttava pääsiäispaaston aikana kylittäin kirkkoon kuulusteltavaksi. Näin myös opetus- ja kuulusteluluonne korostui. Syrjäisimpien kylien kohdalla piispa joutui tekemään nähin sääntöihin myönnytyksiä.
Professori Pentti Laasosen mukaan Rothoviuksen rakentama opetusjärjestelmä kokonaisuudessaan pysyi kristinuskon opetuksen runkona satoja vuosia eteenpäin.
Taikauskon kitkeminen.
Vuonna 1641 ilmestyi Rothoviuksen painettu saarna, jossa hän maalaili värisyttäviä kuvia kansan taikauskoisuudesta: 
Rothovius vastusti taikauskoa sen katolisen perinteen, moraalisen arveluttavuuden ja kristillisen uskon kieltämisen vuoksi.
Noitavainot.
Turun akatemian vihkiäisissä 1640 pitämässään saarnassa Rothovius lausui, että akatemian perustaminen oli maailman luomisen jälkeen suuri hyvätyö, mitä Suomelle oli tehty. Samalla hän muistutti papistoa taikuuden kitkemisestä. 
Vaikka Rothovius oli Ruotsissa ollessaan vuonna 1616 tuominnut jyrkästi loitsimisen ja noituuden, suhtautui hän varsin epäillen varsinaisiin noituussyytöksiin. 
Täysin eivät kuitenkaan noitavainot puuttuneet Rothoviuksen ajan Suomesta. Vuonna 1637 käsiteltiin teini Johannes Arvidin tapausta ja 1646 Eerik-kirjurin juttua. Kumpikin syytetyistä selvisi varsin lievällä rangaistuksella. Vuonna 1644 piispan vävy Sven Vigelius aiheutti noitaoikeudenkäynnin, jossa akatemian professori Martin Stodius joutui syytettyjen penkille. Konsistori hylkäsi syytteet ja Rothovius hyväksyi päätöksen: oikeudenkäynti kuitenkin pilasi professorin maineen ja vuonna 1653 hän joutui uudelleen syytetyksi nimettömän ilmiantokirjeen perusteella.
Sorolaisen tavoin Rothovius yhdisti taikuuden harjoituksen ensisijaisesti pakanuuden ja katolisuuden ajoilta periytyvään epäjumalan palvontaan. Taikuus oli osa vanhaa perinnettä, jonka kitkemisessä Rothovius korosti sanan merkitystä ja jota hän ensisijaisesti piti kenraalikuvernööti Brahen tavoin harhaoppina.
Koululaitos.
Turun lukio.
Suurvalta-ajalla koululaitoksen tuli vastata kirkon tarpeisiin eli pappiskoulutukseen ja uskonnonopetukseen, mutta yhä enenevässä määrin myös maallinen valta tarvitsi kyvykkäitä, koulutettuja virkamiehiä. Pappiskasvatukseen painottunut latinaan ja teologiaan nojaava koululaitos ei siis riittänyt, vaan tilaa oli raivattava myös reaaliaineille. Vuoden 1649 koulujärjestys yhdenmukaisti opetussuunnitelmat ja samalla lukiot muuttuivat yliopiston valmistaviksi kouluiksi aiemman kilpailuasenteen sijaan.
Turun katedraalikoulu oli toiminut Turun hiippakunnan pappien valmistuslaitoksena. Ajan haasteiden mukaisesti Rothovius alkoi ajaa sen tilalle lukion perustamista ja samalla vyöryttää koulun entistä johtoa ja suomalaisia opettajia ruotsalaisten tieltä. Hänen koulu-uudistuksensa liittyi samaan yhtenäistämispyrkimykseen, mikä koski tuomiokapitulia ja Suomen kirkkoa yleensä. Piispa sai tässä niin kuin muissakin uudistuksissaan kenraalikuvernööri Nils Bielken tuen. Yhdessä he savustivat ulos koulun rehtorin Gabriel Merlartopaeuksen, joka oli Rothoviuksen mielestä liian vanha ja sairas – todellisuudessa Melartopaeus oli piispaa muutaman vuoden nuorempi. Todellinen syy erottamiseen oli, että rehtori puolusti katedraalikoulun traditiota ruotsalaista yhtenäistämispainetta vastaan. 
Katedraalikoulu lakkautettiin samalla kun 28. tammikuuta 1630 perustettiin Turun lukio "Collegium aboense". Kouluun tuli kuusi lehtoraattia, joista kaksi varattiin teologialle. Muut neljä opetettavaa ainetta olivat fysiikka, matematiikka, kaunopuheisuus ja logiikka, jotka kukin saivat yhden lehtoraatin. Piispa piti virkojen jaossa ruotsalaisten puolia, ja lukion kahdestatoista virasta seitsemän täytettiin ruotsalaisilla. Yksi Ruotsista värvätyistä oli piispan vävy.
Rothovius julkaisi lukiota varten ohjesäännön, jonka malli oli otettu Ruotsista. Perustana oli ramismi, joka oli yliopistomaailmassa väistymässä uusaristotelismin tieltä.
Turun lukio oli varsin suuri, sillä muutama vuosi ennen yliopiston perustamista oppilaita oli noin 600. Rehtorin virka ei ollut enää pysyvä, vaan tehtävään valittiin vuosittain. Tämä tietysti kasvatti koulun valvojana toimineen piispan valtaa.
Turun akatemia.
Vuonna 1636 valtakunnankansleri Axel Oxenstierna alusti valtaneuvoston kokouksessa keskustelua Tarton yliopiston siirtämisestä Turkuun. Kanslerin ajatusten takana on arveltu olleen piispa Rothoviuksen. Asia jäi kesken, eikä siirtoon ryhdytty. Seuraavana vuonna vasta kenraalikuvernöörin virkaan nimitetty Brahe palasi asiaan ja kirjoitti yliopiston perustamisen puolesta joulukuussa 1637 hallitukselle.
Turun akatemiaa eli yliopistoa perustettaessa hankkeen puuhamiehiä olivat Rothovius ja Brahe, molemmat kirkollisen täysortodoksian kannattajia. Sovintokaavan mukainen teologia sai siten lujan aseman, varsinkin kun Brahesta tuli yliopiston kansleri ja Rothoviuksesta varakansleri. Turun yliopiston varsinaisen perustamiskirjan hallitus allekirjoitti vasta 26. maaliskuuta 1640.
Yliopiston tieltä lakkautettiin lukio. Opettajakunta muuttui yhä ruotsalaisemmaksi ja vain kaksi suomalaista pääsi professorinvirkaan. Samalla akatemiassa oli vallalla suosikkijärjestelmä, joka varsinkin Rorhoviuksen sukulaisten ja suosikkien suhteen sai nepotismin piirteitä. Tiedekuntia oli neljä. Kaikkiaan professuureja oli filosofiassa kuusi, lainopissa ja lääketieteessä kummassakin yksi sekä teologiassa kolme. Yliopistossa opiskelu tuli pappisvalmistuksen pohjaksi, mikä johti merkittävään papiston sivistystason nousuun.
Rothoviusta itseään ei koskaan promovoitu teologian tohtoriksi ja näin hän oli yhdessä Jakob Hartmanin kanssa ainoa Turun piispaksi noussut tohtorintutkinnon suorittamaton kirkonmies.
Rothoviuksen kirjallinen tuotanto.
Disputationes De Peccato (Stockholmiae 1608)
Concio De Corneliis …in anniversaaria Synado Strengnensi (Rostock, 1616)
Disputatio de Novi (1617)
Lijkpredican Elin Pedersdotter (1623)
Predikan Joh. 2 (Strengnäs 1623)
Predican Joh. 6 (1623)
Lijkpredican Barbro Bielke (Stockholm)
Predikan (Carl) Gyldenhorn (Strengnäs 1624)
Constitutiones ecclesiasticae dioceseos aboënsis (1628)
Oratio Synodalis (Upsaliae 1629)
De Necessitate consistorij (n. 1630)
Äropredikan Gustaf Adolph (Stockholm 1633)
Predican 20.5.1633 (Stockholm 1633)
Predikan 129 Ps(almi) (Stockholm 1634)
LijkPredining Mertha Oxenstierna (1634)
Yxi Christillinen Saarna (nytt Suomexi cäätty a Jacobo Henrici Pastore Alastaroensi.) (Stockholmis 1634)
Tacksäijelse Predikan (Upsala 1641)
Boot Predikningar (Åbo 1643)
Predican 7.11.1645 (Åbo 1645)
Läran on Boot och Bättring (Åbo 1645)
Lijkpredican Torsten Stålhandske (Åbo 1646)
De cavenda idolatriae (Abo 1646)
Lijkpredican Sophia de la Gardie (Åbo 1648)
Rothovius ja Kustaa II Adolf.
Hallitsijoista erityisesti Kustaa II Adolf näyttää tehneen Rothoviukseen suuren vaikutuksen. Kuninkaan taistelussa katolilaisuutta vastaan piispa näki Jumalan kunnian toteuttamista. Rothovius oli paikalla kuninkaan puhuessa valtakunnan säädyille ennen lähtöä Saksaan vuonna 1630 ja kertoi puheen aiheuttamasta syvästä liikutuksesta. 
Kuninkaan kuoltua Rothovius osallistui tämän hautajaisiin. Kuninkaan kuoleman jälkeen joulukuussa 1632 Rothovius sai hallitukselta kirjeen, jossa kehotettiin ponnistelemaan sisäisen yhtenäisyyden puolesta ja vahvistamaan kuulijoiden uskoa isänmaan häiriintymättömään tilaan. Samalla määrättiin 14 kestävä surusoitto soitettavaksi kaikissa valtakunnan kirkoissa.
Piispan valtiollinen vastuu 30-vuotisen sodan vuosina.
Piispan valtiollinen vastuu oli suuri ja häntä pidettiin eräänlaisena hengellisenä tarkastajana. Rothovius järjesti sotaväenottoa ja valoi seurakuntalaisiinsa varmuutta käytävän uskonsodan merkittävyydestä. Hän maalaili synkein sävyin katolisten pyrkimyksiä ja perusteli näin raskaiden verojen tarpeellisuutta.
Lisäksi Rothovius levitti hallituksen propagandaa, esimerkiksi vuonna 1643 alkaneen Tanskan sodan syistä. Menestyksellisen sodan jälkeen Rothovius piti kiitossaarnan, mutta tappion hetkillähän vetosi syntiseen elämään, mikä aiheutti sotia ja kurjuutta. Rauhan tultua piispassa levisi pelko, että kansa antautui väärään varmuuteen ja tälle pelolleen hän myös löysi päivittäisiä todisteita.
Rothoviuksen oikeusjutut turkulaisten kanssa.
Jumalanpalvelun järjestelyiden ja loukkaavien sanojensa vuoksi Rothovius joutui pitkällisiin opikeusriitoihin Turun porvareiden kanssa. Vuonna 1634 häntä syytettiin Turun raastuvanoikeudessa mm. siitä, ettei ollut järjestänyt messua kiirastorstaina, pitkänäperjantaina eikä pääsiäislauantaina, vaikka porvarit olivat vanhastaan tottuneet käymään kaikkina kolmena päivänä ehtoollisella. Sama syytös toistettiin myöhemmin seitsemän muun kohdan kanssa maan hallitukselle. Piispa vastasi 1635 käräjillä, ettei "mitään messua voida pitää tukeille ja kiville, kun kukaan ei silloin tullut ripille". Piispan värikkäät puheet saivat porvarissa pahennusta ja hän sai selittää vuoden 1635 raastuvanoikeudessa erityisesti "saarna vellipadoista", jossa piispa oli todennut suomalaisten mielien olevan enemmän kiinni vellipadoissa ja heidän käyvän vain tavan mukaan kirkossa.
Loukkaavien puheiden lisäksi piispaa syytettiin tuomiokirkolle tarkoitettujen tiilien ottamisesta omaan käyttöön. Kun valitukset lähetettiin suoraan Ruotsiin, raastuvanoikeus katsoi 4.4.1635 oikean virkatien ohitetuksi ja määräsi kullekin piispaa vastaan häpeällisiä syytöksiä esittäneelle 6 markan sakon. Lisäksi erityisesti piispalle osoitetun tottelemattomuuden vuoksi jokaiselle asianosaiselle määrättiin 40 markan sakko.
Piispan toisella vaimolla Catharinalla oli Turun raastuvanoikeudessa kaikkiaan viisi oikeudenkäyntiä. Ensimmäinen niistä oli porvari Kornelius Pellavankutojaa vastaan vuosina 1633–1635 kankaan valmistamisesta, toinen räätälimestari Olavi Börgellinpoikaa vastaan vuosina 1638–1642, kolmas Kristian Kedinhiä vastaan vuosina 1642–1645 ja vuonna 1646 rouvalla oli kaksi käräjäjuttua luutnantti Johan Sporaa ja Johan Sahaajan leskeä vastaan.
Arvioita Rothoviuksesta henkilönä.
Aarno Malisen mukaan Rothovius oli "Ruotsin Bobrikov", kuninkaan ja kanslerin luottomies, jonka tehtävä oli ohjata Suomen kirkko samoille raiteille emämaan kanssa.
J. Krohn kuvailee piispaa seuraavasti 
Turkulainen porvari lausui piispasta 
Rothoviuksen säilyneet kirjeet, saarnat sekä oikeusrettelöt antavat kuvan äkkipikaisesta miehestä, jolle siirtyminen Suomeen merkitsi joutumista valtakunnan syrjäseudulle, jonka outoa “slavonian kieltä” hän ei hallinnut. Tullessaan valituksi Turun piispaksi Rothovius oli toiminut Nyköpingissä 23 vuoden ajan ja tunsi seurakuntansa itselleen läheiseksi. Tunnettu on hänen kommenttinsa uudesta kotimaasta 
Huomionosoituksia.
Lähes 300 vuotta Rothoviuksen piispankauden alkamisesta esitettiin Tuomiokirkon ja Akatemiantalon välissä olevan osan entisen Nikolaintorin nimeämistä Rothoviuksenkaduksi. Esitystä perusteltiin varsin kaunopuheisesti
Avioliitot ja lapset.
Rothoviuksen ote akatemian hallintoon oli voimakas ja hänen ympärilleen muodostunut perhedynastia tuki piispan pyrkimyksiä pitää jäntevästi akatemian johtoa käsissään.
Rothoviuksen ensimmäinen vaimo oli Anna Erikintytär, jonka kanssa avioliitto solmittiin 29.10.1604 Nyköpingissä. Vaimon isä oli Nyköpingin pormestari Erik Larsson ja äiti Brita oli Strängnäsin piispan ja samalla myös Rothoviuksen esimiehen Petrus Jonaen tytär. Heidän lapsistaan tunnetaan nimeltä neljä:
Vaimonsa kuoltua keväällä 1612 Rothovius solmi ilmeisesti 1613 uuden avioliiton Östra Husbyn kirkkoherran Andersi Nikolain tyttären Catharinan kanssa. Catarina oli arka kunniastaan, ja hänellä oli tavaton käräjöimisen halu turkulaisia vastaan. Heidän lapsistaan nimeltä tunnetaan :
Rothoviuksen toinen puoliso Catharina kuoli 3. joulukuuta 1646 ja seuraavana päivänä piispa kirjoitti Axel Oxenstiernalle: