Tartu ajalugu

Tartu ajalugu on ülevaade Lõuna-Eesti ja Põhja-Liivimaa suurima linna Tartu ajaloost.
Muinasaeg.
Kiviaeg.
Vanimad inimasustuse jäljed Tartus pärinevad umbes aastast 8000 eKr. Sellest ajast on leitud Kunda kultuuri Uus-Ihaste asulakoht.
Rauaaeg.
Linnuse ja asula tekkimine.
Tartu asub kohas, kus koolmekohad võimaldasid hõlpsasti ületada omaaegset olulist veeteed Emajõge. Koht oli sobiv nii majanduslikus kui ka sõjanduslikus mõttes: Emajõgi oli piirkonna olulisim transpordimagistraal, mille kaudu sai liikuda nii Pihkvasse kui Võrtsjärvele (võib-olla isegi Viljandi ja Pärnu jõe kaudu Läänemerele), koolmekohta ületas Põhja-Eestist Pihkvasse suunduv kaubatee ning jõekäärus asuv looduslik küngas (Toomemägi) oli sobiv kaitseehitise rajamiseks.
Eelviikingiajal paiknes Toomemäel arvatavasti mäepealne asula. Umbes 700. aasta paiku rajati hilisema Tartu Tähetorni kohale muinaslinnus ja selle kõrvale asula. Asustuse algperioodist pärinevaid leide on avastatud vähe, mis osutab linnuse suhtelisele marginaalsusele. Rohkem leide on 10. sajandist, mil Tartu tähtsus ilmselt kasvas.
Jurjevi periood (u 1030–1061).
Vana-Vene leetopisside järgi võitis Kiievi suurvürst Jaroslav Tark 1030. aasta paiku tšuude ja rajas vana linnuse kohale uue, mis nimetati Jaroslavi kaitsepühaku püha Jüri (Georgi) järgi Jurjeviks (Gjurgev, "Гюргев"). Kuna leetopissid linnuse piiramist ei maini ja Tartu-sarnaste viikingiaegsete keskuste tolleaegne mahajätmine oli tavaline, on võimalik, et linnus polnud sel ajal enam kasutusel. Harrastusajaloolane Enn Haabsaar on arvanud, et tegelikult ei ole kroonikates mainitud Jurjev mitte Tartu, vaid Kiievist 80 km kaugusel asuv ja tänapäeval Bila Tserkva nime kandev linn. Akadeemiline ajalookirjutus on selle seisukoha väheveenvaks arvanud, sest sündmuste üldine loogika ja Tartu järgneva perioodi arheoloogiline leiumaterjal, mis eristub selgelt varasemast perioodist ja sisaldab rohkelt Vana-Vene-päraseid leide, viitavad üpris kindlalt Tartule kui Jaroslav Targa rajatud Jurjevile.
Jaroslav Targa sõjaretke ja linnuse rajamise tagamaade kohta on avaldatud erinevaid arvamusi, mis ajaloolase Andres Tvauri hinnangul aga enamasti ei tulene sündmuse uurimisest, vaid kajastavad autorite maailmavaadet, rahvuslikku kuuluvust või ühiskondlikku tellimust. Näiteks Nõukogude Liidus esitas Janis Zutis seoses Eesti okupeerimisega 1940. aastal väite, et kogu Eesti ala kuulus Vene riiki juba alates selle rajamisest 862. aastal ja Jaroslavi sõjakäik kujutas endast katset vahepeal maksu maksmata jätnud eestlased taas andamit tasuma panna. Eelkõige varasemas Vene ajalookirjanduses on levinud seisukoht, et uute alade vallutamine oli tingitud vajadusest kaitsta end sõjakate naabrite eest. Andres Tvauri ise ei pea algallikate puudumise tõttu võimalikuks tagantjärele Jaroslavi motiive küllaldase kindlusega tuvastada. Eesti arheoloogid Vilma Trummal ja Mauri Kiudsoo on arvanud, et sõjakäigu üks eesmärk oli soov kaubateid (Trummali variandis Pärnu-Tartu-Pihkva veeteed) kindlustada. Andres Tvauri väitel on selle seletuse nõrk koht tõendite puudumine taolise veetee kasutamise kohta. Laiemas plaanis oli Kiudsoo meelest tegu episoodiga võimuvõitluses Kiievi suurvürsti tiitli pärast.
Toonaseid liiklusolusid arvestades on arvatud, et Jurjevi asutamine sai toimuda alles pärast Pihkva ja Pihkvamaa oma kontrollile allutamist. On oletatud, et samal aastal Jurjevi rajamisega hävitas Jaroslav Pihkva ja kõrvaldas seal võimult oma venna Sudislavi. Kuna leetopissid dateerivad Sudislavi vangistamise ja nõnda Jaroslavi ainuvalitseja positsiooni kindlustamise aastasse 1036, ning kindlamate teadete järgi tegutses Jaroslav 1030. aastal 1000 km lõuna pool, siis näeb Tvauri Jurjevi rajamise ajana 1036. aastat tõenäolisemana kui 1030. aastat.
Tartu liideti Kiievi suurvürstiriigiga arvatavasti Jaroslavi isikliku valdusena. Pihkvapärase kederkeraamika järgi võib oletada Tartu tihedat seotust Pihkvaga ja vähemalt osa selle elanike pärinemist Pihkvast. Mauri Kiudsoo hinnangul näitab nii muistse Tartu esemeline leiumaterjal kui hilisemad kirjalikud allikad, et peamine liiklustee Jurjevi ja Pihkva vahel oli Emajõe vee- ja talitee. Kiievi võimu all kasvasid Tartu linnust ümbritsevad asulad oma aja kohta suhteliselt suureks, jäädes näiteks vaid veidi alla Pihkvale, ja ka linnuse muinasaegsest kultuurikihist enamus pärineb just Jurjevi-perioodist. Mõnede luuleidude põhjal on arvatud, et otse linnamäe jalamil paiknenud asula kaguserva oli rajatud kristlik kalmistu, mis hiljem hävines. Pärimuse järgi ehitati Jurjevisse kaks kirikut. Mauri Kiudsoo meelest võib Jurjevi rajamine (ja maksustamine?) olla üks, ehkki mitte ammendav seletus, miks Eesti alal puuduvad 1020.–1050. aastatest pärinevad hõbemüntide leiud.
1061–1224.
1061. aastal ründasid Tartut sossolid ja põletasid linnuse maha. Arheoloogilisest materjalist nähtub, et linnus ise ehitati küll uuesti üles, kuid Kiievi võimuaeg oli sellega lõppenud. Samuti polnud selle kõrval kuni 13. sajandi alguseni enam asulat. Vene leetopissides on mainitud Tartu linnust taas seoses selle vallutamisega Novgorodi vürsti Vsevolod Mstislavitši poolt 1134. aasta 9. veebruaril ning põletamisega vürst Jaroslav Vladimirovitši poolt 1191/1192. aasta talvel. Tegu oli ilmselt saagiretkedega, millega püsivamat ülemvõimu ei taotletud.
Järgmisena nimetatakse Tartu linnust Henriku Liivimaa kroonikas, mis kirjeldab seda ühe Ugandi peamise keskusena Otepää kõrval ja 1212. aastal mahajäetuna. Lisaks mainib kroonika, et latgalid olid juba millalgi varem linnuse maha põletanud. Kroonikas kasutatud nimekujud "Tharbete", "Tharbata" ja "Darbete" (eestistatult Tarbatu) on ilmselt seotud toona Eestis elutsenud ürgveise tarvaga. Sel ajal oli Tartu arvatavasti Ugandi põhjaosas paiknenud muinaskihelkonna keskus.
1215. aastal tunnistasid ugalased nende vastu suunatud sõjakäikude mõjul Riia piiskopi ülemvõimu. ja arvatavasti 1220. aastal asusid Tartu linnusesse koos kohalikega elama ja seda kindlustama Mõõgavendade ordu liikmed. 1223. aastal ühinesid kohalikud ugalased Viljandi sakalaste ärgitusel mõõgavendade vastase ülestõusuga, tappes või vangistades orduvennad. Seejärel anti end Vene vürstide võimu alla, kes algul saatsid linnuse tugevdamiseks abivägesid, 1223. aasta lõpul läkitati aga Novgorodist sinna vürst Vjatško koos 200-mehelise kaaskonnaga, kes võtsid Tartu oma otsese valitsemise alla. 1224. aasta alguses piirasid orduväed viis päeva edu saavutamata linnust. Augustis toimus uus piiramine ja seekord linnus vallutati ning kõik seda kaitsnud mehed tapeti, peale ühe venelase, kes saadeti Novgorodi toimunust sõna viima. Tartust sai Tartu piiskopkonna keskus ja Toomemäele rajati piiskopilinnus, mida on esmamainitud 1234. aastal.
Keskaeg ja Liivi sõda.
Tartut on ürikutes esmamainitud linnana 13. sajandi keskel, linnaks sai ta hiljemalt 1262. aastal, kuid tõenäoliselt tunduvalt varem. 13. sajandi lõpul sai Tartust Hansa Liidu liige; oletatavasti pärast Riiat ja enne teisi Eesti linnu (sh Tallinna). Tartust kujunes tolle aja kohta tüüpiline ja edukas saksa kaubalinn. Linna jõukusest annavad tunnistust muuhulgas ka arheoloogilised leiud. 13./14. sajandi vahetusest on Tartust leitud näiteks väga haruldasi, Süürias või Veneetsias valmistatud peekrite kilde. Tartu oli Riia ja Tallinna järel suuruselt kolmas linn Vana-Liivimaal.
Tartu Jaani kirikut ("Der S. Johannis Kirche zu Dorpat") puudutav ürikuline teave on napp. Ürikutest on teada, et 1323. aastal määras paavst Johannes XXII Tartu Jaani kiriku plebaaniks Tartu toomkiriku kanooniku. Arheoloogilised andmed on kiriku algajaloo osas kõnekamad ning nendest võib järeldada, et ilmselt on kirik rajatud varem hoonestatud alale. Radiosüsiniku meetodil dateerimise kohaselt pärinevad leitud puitdetailid 12. sajandi teisest poolest või 13. sajandi algusest. Samas viitavad hilisemad kalibreeritud dateeringud asjaolule, et leitud jäänused pärinevad pigem saksa vallutusele järgnenud perioodist, s.t puitkirik on rajatud pärast 1224. aastat.
Tartu piiskopilinnus püstitati 13. sajandi keskel, pärast Tartu muinaslinnuse vallutamist ristisõdijate poolt 1224. aastal, millega lõppes Mandri-Eestis muistne vabadusvõitlus. Tõenäoliselt alustati ehitustöid juba 1224–25, ehitis valmis 1230. aastaiks. Tartu piiskopilinnus, nagu enamik keskaegseid Euroopa linnuseid, koosnes kahest osast: piiskopi residentsina rajatud pealinnusest ning sõjaväge ja teenijaid majutavast eeslinnusest. Pealinnus asetses Toomemäe idaservas eestlaste muinaslinnuse koha peal, selle idatornis elas tõenäoliselt piiskop ise. Ülejäänud Toomemäest, kus olid toomkirik ja toomhärrade majad, eraldas seda mägedevahelises looduslikus vagumuses, sillaga vallikraav.
Tartu toomkiriku ehitamist alustati tõenäoliselt 13. sajandi kolmandal veerandil, selle täiendamist jätkati aga kuni 16. sajandi alguseni. Toomkirik oli Tartu piiskopkonna peakirik ja piiskopi kirik – Toomemäe teises servas seisis ka piiskopi residents, Tartu piiskopilinnus. 16. sajandil oli toomkirik Ida-Euroopa suurim kirikuhoone ja tellisehitis.
Tartu keskajal.
Linnuse ümber kujunenud linna nimeks sai Tartu või saksapäraselt "Dorpat". Linnast sai juba 1224. aastal Tartu piiskopkonna (kuni 1233. aastani ametlikult Lihula piiskopkonna) keskus. Järgnevatel aastakümnetel toimus Tartus kiire ehitustöö. Senise puitlinnuse asemele rajati piiskopi kivilinnus; Toomemäe teisele küljele ehitati Peeter-Pauli katedraal ehk toomkirik. Seejärel hakati välja ehitama all-linna: rajati Püha Maarja kirik (praeguse ülikooli peahoone kohal), Jaani kirik, Püha Jakobi kirik ning Püha Maarja-Magdaleena kirik koos dominiiklaste kloostriga (praeguse Tartu Uspenski kiriku kohal). Samuti valmis ka Püha Vaimu hospidal koos samanimelise kirikuga. 
, "Tartu piiskopilinnus", "Tartu toomkirik", "Tartu Jaani kirik", "Püha Maarja kirik"
Tartu Riia linnaõiguste saamise aeg on täpselt teadmata, kuid 1. detsembril 1225 sai Lihula piiskop Saksa keisrilt õiguse rajada linn Tartusse või ka muudesse kohtadesse, kus see on tarvilik. Seega on ülimalt vähetõenäoline, et Tartu linnaõigus võinuks olla varasem, allikates nimetatakse Tartut linnana aastal 1262. Keskaegset linnavalitsusorganit Tartu raadi on esimest korda mainitud 1262. aastal.
Tartu all-linna ja jõe vahele rajati linnamüür koos tornidega; ümber Toomemäe vallikraav, mis oli ühenduses Emajõega. Suuremad ehitustööd lõppesid 14. sajandi alguseks. Tartu keskaegsetest linnakindlustustest on vähe teada, vanim säilinud linnaplaan on pärit alles 1638. aastast. Tartu linnamüüri kogupikkus oli kaks kilomeetrit. Võimsa maakividest ja tellistest, vähemalt üheksa meetri kõrguse ringmüüri paksus ulatus aga kuni kahe meetrini. Linnamüüri tornide ja väravate arvu kohta on allikates erinevaid andmeid, valdavalt pakutakse tornide arvuks 27, neist kuni üheksa olid väravaga. Karjavärava kõrval olid suuremad veel Vene värav, Jakobi värav, Toomevärav ja Riia värav. Koos Toomega oli keskaegse Tartu pindala üle 27 hektari. Linna tähtsamad väravad olid vastu jõge asunud Saksa värav ja Vene värav ning vastu Tähtveret jääv Jakobi värav. Toomemäele jäid toomkirik ja Tähetorni kohal asunud piiskopiloss. Keskaegsetes linnades reeglitepärane kaitsemüür, mis eraldas maa- ehk lossihärra ja all-linna valdusi, Tartus puudus. Keskaegsed Tartu linnakindlustused ja ka hiljem Rootsi ajal ehitatud Tartu kindluse jäljed hävitati Põhjasõjas 1708. aastal, Moskva tsaar Peeter I korraldusel.
Kindlustustööd olid vajalikud eelkõige Vene vägede tõrjumiseks: Tartut ja selle ümbrust ründasid ja rüüstasid Vene väed 1234. ja 1262. aastal. Esimesel korral vallutasid nad Tartu asula, kuid mitte piiskopilinnuse, teiseks korraks olid Tartu kivimüürid aga juba valmis ja venelased ei suutnud linna vallutada.
15. sajandi alguses oli Tartus üheksa kirikut, rohkesti aedu ning linna ilu kiitsid oma reisikirjades paljud rännumehed. Tartus elas keskaja lõpul kuni 6 000 inimest, linnas tegutsesid keskaegsed gildid ja tsunftid. 15. sajandi lõpuveerandil püstitati Peeter-Pauli katedraali lääneküljele 67 meetri kõrgused tornid, kõrgemad kui kuskil mujal tolleaegses Ida-Euroopas.
Tartu piiskopkonna suhted Pihkva ja Novgorodiga olid läbi sajandite kahetised: ühelt poolt sõltus piiskopkonna ja linna heaolu suures osas kaubandusest venelastega, samas oli pidevalt piirikonflikte ja sõdugi. Kuni 15. sajandi lõpuni olid suhted tavaliselt siiski normaalsed, Tartus oli kaks õigeusu kirikut ja ka "Vene ots" ehk kaubahoov. Seoses Moskva Suurvürstiriigi esilekerkimise ja Novgorodi ning Pihkva minekuga selle võimu alla halvenesid Tartu ja kogu Vana-Liivimaa suhted idanaabritega aga tunduvalt.
1480/1481. aasta talvel käisid Moskva väed Liivimaa-Pihkva sõja käigus Liivimaad, sealhulgas ka Tartu ümbruskonda rüüstamas. 1494. aastal suleti Hansa kaubakontor Novgorodis. Vastuseks sellele lõhuti Tartus novgorodlaste kirik. 1501. aastal, enne Liivimaa-Moskva sõja algust, vangistati Tartus mitukümmend Vene kaupmeest, süüdistades neid Toomkiriku aarete röövimises. Sama aasta lõpus toimus venelaste uus rüüsteretk, mille käigus Tartu ümbrus taas rängalt kannatada sai. 1502. aastal järgnes sellele aga liivimaalaste edukas vasturünnak, misjärel sõlmiti Moskva ja Pihkvaga rahu, mida pikendati korduvalt kuni 1554. aastani.
Reformatsioon.
Esimesed märgid reformatsiooniliikumisest olid Riias, juba 1521. aastal saabus sinna esimene protestantlik jutlustaja, kes saavutas peagi rae toetuse. 1524. aastaks oli Riia ametlikult protestantliku (ehk uue) usutunnistuse omaks võtnud. Samal ajal võitis reformatsioon kiiresti pinda ka teistes suuremates Liivimaa linnades: Tallinnas, Tartus, Pärnus ja Narvas. Liivimaal teostus reformatsiooni alguses linnareformatsioon (linna raad), mis tõi kaasa linnade iseseisvumise ja kiriku võimu alt vabanemise.
Tartus toimusid pildirüüsted 1525. aasta 7. jaanuaril, pärast Melchior Hofmanni jutlust, kui rahvahulk liikus Tartu Maarja kirikusse, kus viskasid välja kirikus teenistust pidava preestri ja lauljad ning purustasid roomakatoliku idolaatriaga seotud esemed. Tartu vana Maarja kiriku järel suundusid linlased ja noored Tartu Jaani kirikusse, kiskusid maha altarid, purustasid pühapildid ja oreli. Tartu Jaani kirikust suunduti dominiiklaste Püha Maarja-Magdaleena kloostrisse, kust aeti Maarja Magdaleena kloostri dominikaani mungad, samuti kui Jakobi kloostri minoriidi ordu mungad, kes lahkusid linnast ainult kiriklikke raamatuid kaasa võttes. Lisaks roomakatoliku kirikutele rüüstati ka vene õigeusu Nikolai kirik. 10. jaanuaril tekkis Tartus vana- ja evangeeliumi-usuliste vahel uus kokkupõrge, kui mitmesaja pealine relvastatud linnakodanike, mustapealiste ja linnaeestlaste hulk kogunes Tartu piiskopilossi juurde Toomemäel ja nõudis toomhärrade linnast lahkumist. Piiskopi foogt Stackelberg astus neile vastu väheste sõduritega ja tal õnnestus rahvahulka mäelt tagasi ajada, mässu käigus hukkus kaks sakslast ja kaks eestlast ning 20 inimest sai vigastada. 200-pealine rahvahulk rüüstas taas Tartu toomkirikut. Verevalamise ja häirekellade kutsel kokkutulnud rahvahulgad tulid tagasi relvastatult lossi ette. Foogtil ei jäänud muud üle kui alistuda. Järgnes pildirüüstamine ka Toomkirikus, tungiti toomhärrade majadesse. Lõpuks suunati vallutatud kahurite suud piiskopilossile, mis samuti võitluseta alistus. Mõni päev hiljem palus Tartu raad oma kirjaga ordumeistrit vahendajaks tulla nende tülis piiskopiga. Et linnas tekkinud ärevust vaigistada, kutsuti Riiast evangeelse usu õpetaja Silvester Tegetmeyer Tartu, kes kogu veebruarikuu kaks korda päevas jutlustas ja pühakirja seletas. Tema kõrval jätkas Melchior Hofmann endiselt jutlustamist. Tartlaste vallutatud piiskopiloss tuli hiljem piiskopile tagasi anda ja naasnud toomhärrad pidasid Toomkirikus jälle missasid. Nii töötasid uus ja vana kirik mõne aja üksteise kõrval.
Liivimaa sõda.
, "Vene-Liivi sõda", "Liivimaa sõda, Tartumaa#Liivimaa sõda"
Liivimaa ordumeister ja Tartu piiskop koondasid väed 1558. aasta mais Kirumpääle, ajaloolise Tartu–Pihkva kauba- ja sõjatee äärde, kus viimane ületas Võhandu jõe kui olulisima loodusliku veetõkke.
1558. aasta jaanuaris algas Moskva suurvürstiriigi vägede rüüsteretkega peamiselt üks osa Narva ja teine osa Pihkva suunalt, Tartu piiskopkonda Vene-Liivimaa sõda. 1558. aasta suvel järgnes maa sihipärane vallutamine, mil Pihkva suunast tungisid Vene väed Pihkva vojevoodi Pjotr Šuiski juhtimisel Tartu piiskopkonda ja venelaste kätte langes nii Vastseliina piiskopilinnus ja Tartu. Moskva suurvürsti Ivan IV väed vallutasid pärast piiskopkonna piirilinnuse Vastseliina piiskopilinnuse 1. juulil ja Emajõel olevate Vana- ja Uus-Kastre allutamist sama aasta juulis ka Tartu. Linn alistus pärast mõnepäevast piiramist, sest viimane piiskop Hermann II Wesel pidas olukorda lootusetuks, ehkki linna oleks võidud veel nädalaid kaitsta. 
Vene valitsusaeg.
1558. aasta augustiks olid Vene väed vallutanud ka Vastseliina ja Laiuse. Tartumaa piirkond jäigi järgnevaks sõjategevuse ajaks Moskva tsaaririigi võimu alla ligi 25 aastaks. Vene-Liivi sõja tulemusel jäid Venemaa tsaaririigi valdusse: Narva, Tartu ja Alutaguse, mõningad Järvamaa ja Virumaa maakonnad ning Venemaaga piirnevad alad. Pjotr Šuiski oli pärast Tartu piiskopkonna vallutamist ka sealne asevalitseja (namestnik)., hiljem oli asevalitseja, vürst Andrei Rostovski.
Tartu piiskopkonna 1558. aastal vallutamise järel otsustas viimane Tartu stiftifoogt Elert Kruse koos oma kaaslase Johann Taubega (Johann Tuwe) Ivan IV poolele üle minna. Oletatavasti just nende eestkostel lubati 1558. aastal Venemaale küüditatud Tartu saksa elanikkonnal 1559. aastal koju naasta..
1563. aastal sai vürst Andrei Kurbskist Tartu vojevood ja Liivimaa asevalitseja, ent 1564. aastal läks ta tsaar Ivan IV-ga tülli ning siirdus Poola Kuningriigi ja kuninga Zygmunt II Augusti teenistusse. 1564. aasta septembris sõlmiti Vene tsaaririigi ja Rootsi vahel 7 aastaks Tartus vaherahuleping, millega Vene tsaaririik tunnistas Tallinna, Pärnu, Paide ja teiste Eestimaal asuvate alade ja linnuste Rootsi võimu alla minekut.
Pärast 1571. aastat, aga kui venelaste Tallinna piiramine ebaõnnestus, püüdis Liivimaa kunngas Magnus ajada oma süüd tsaari silmis Kruse ja Taube kaela. Nood omakorda otsustasid minna üle Poola kuninga poolele. Vandenõulased võtsid ühendust Poola kuninga Sigismund Augustiga, kellelt nõutasid sõjalist abi ja Moskva tsaari poolt lubatud aujärje ning valduste säilitamisel anda Tartu linna, Poola kuninga võimu alla. Nõusolek kuningalt ja lubadus sõjalise abi andmiseks linna hõivamisel, Liivimaal asuvate Leedu vägede juhi, Vilniuse kastellaani Hieronim Chodkiewiczi poolt ka anti. Kruse ja Taube poolt värvati ka linnast väljaspool asuvate, venelaste teenistuses olevate mõisameeste lipkonna ülem, rittmeister Reinhold von Rosen. Linnahõivamise plaani kohaselt saavutati Tartu vojevoodilt nõusolek, linnas majutatud vene vägede saatmine majutusele väljapoole linna ning mõisameeste lipkonna toimetamise teisele poole Emajõge. 1571. aasta 12. oktoobril, pühapäevasel päeval kell 12, kui venelased harjumise kohaselt lõunastasid, üritasid Kruse ja Taube linnas võimu võtta. Johann Taube, kelle elamu asus Toomevärava juures ning Elert Kruse, kelle elamu asus Laial tänaval Tartu linnamüüri Vene värava juures, pidid Reinhold von Roseni märguande järel tapma väravaid valvavad vene vahimehed ning kindlustama vajadusel, et linna saaks siseneda mõisamehed, kes toetavad linnahõivajaid, ent katse kukkus läbi. Rosen kaaslastega suutis tappa väravavahid ning seejärel Kruse ning ka Taube tungisid kallale väravavahtidele ning vallutasid väravad, mille järel kogunesid nad turul ning vabastasid vanglast kinnipeetud. Linnas asunud vene garnison aga relvastus ning osutas vastupanu ning nendega liitusid ka linnaväravatest sisse tunginud, eeslinnas asunud vene streletsid ja kaupmehed. Rosen kaitses end 2 tundi, kuid langes tänavalahingus kaaslastega, teised põgenesid linnast läbi Toomevärava.
Kaks peasüüdlast, kes olid enne linnast välja saatnud oma omaksed ja vara, põgenesid Poola. Krusele anti lääniks Turaida linnus, Taubele aga Cesvaine, Üksküla ja Salaspilsi linnuse. Vene väed maksid tartlastele kätte kolmepäevaste tapatalgutega. Alustuseks tapeti Maarja kirikus kõik kirikulised eesotsas õpetajaga, hiljem küüditati ellujäänud Moskvasse, kus neile eraldati Narva ja Tartu slobodaa (eeslinn). Tapmisest ja küüditamisest pääsesid vaid eeslinnade, peamiselt Ülejõe venelastest asukad.
Tartu jaoks lõpetas Liivimaa sõja Jam-Zapolski vaherahuleping, kuid Liivi sõja lõpuks 1583. aastal oli Tartu suures osas varemetes ja elanikke oli küllaltki vähe. Vene võimu ajal oli Tartu siiski nende kohaliku võimu tugipunkt ning seal tegutsesid edasi nii vene kui ka saksa kaupmehed.
Poola valitsusaeg.
1582. aastal Liivimaa sõja Moskva tsaaririigi ja Rzeczpospolita vahelise sõjategevuse lõpetanud Jam-Zapolski vaherahuga saavutatud aladega moodustati neist 1598. aasta Liivimaa ordinatsiooniga presidentkonnad: Võnnu, Tartu, Pärnu, kõigi etteotsa määrati eluaegsete volitustega president. 1582. aastal nimetati ka Tartu staarostkonna staarost Albert Ręczaiski. Presidentkonnad nimetati 1598. aastal ümber vojevoodkondadeks ja presidendid vojevoodideks. Rzeczpospolita valdustes olevatel Liivimaal moodustati halduspiirkondadena veel 20 staarostkonda, millest Lõuna-Eesti alale jäi 9.
, "Tartu vojevoodkond (1598–1620), Tartu staarostkond"
Järgnes 42-aastane Poola valitsemisaeg, mida katkestas vaid Tartu vallutamine Rootsi vägede poolt ja ülemvõim aastatel 1600–1603. Võnnus (Cēsises) oli rajatud katoliku kiriku Liivimaa piiskopitool ning Poola ajal oli Võnnu Liivimaa hertsogkonna Võnnu vojevoodkonna ja Rzeczpospolita rooma-katoliku kiriku Võnnu piiskopkonna keskus (1583–1626). Tartu oli aga üks Poola vastureformatsiooni keskusi, Tartus tegutses 1583. asutatud Tartu jesuiitide gümnaasiumiga koos Tartus jesuiitide seminariga, mida on peetud ka Tartu Ülikooli eelkäijaks. Jesuiitidel oli eesti talurahva seas katoliikluse levitamisel edu.
, "Jesuiidid#Jesuiidid Eestis"
Poolakad taastasid suure osa linnast, kuid 1600. ja 1603. ning järgnevatelgi aastatel sai linn Poola-Rootsi sõja käigus uusi purustusi. 1600–1611 Rootsi-Poola sõjas vallutasid Rootsi väed Pärnu, Viljandi, Põltsamaa, Laiuse linnuse, Karksi, Helme ning Härgmäe linnuse ning talve saabudes asusid rootslased ette valmistama Tartu ründamist. Muuhulgas püüti mõjutada Tartu aadlikke, et need Södermanlandi hertsog Karli poole üle tuleks. Detsembris otsustas Karl Tartut rünnata. Linnakindlustused pidasid hästi vastu, kui aga Tartu komandant Heinrich Ramel sai kuulist jalga haavata, tema kohusetäitja Hermann Wrangell, keda tema naisevend Reinhold Anrep oli rootslaste poole meelitanud, otsustas 27. detsembril kapituleeruda. 
, "Poola-Rootsi sõda"
1603. aasta detsembri keskel asus Jan Karol Chodkiewicz 4000 mehega Tartut piirama. 5. märtsil 1603 lõid poolakad Rakvere lähedal Tartut piiramisrõngast vabastama tulnud Rootsi väesalka ning Tartu alistus 13. aprillil.
Rootsi valitsusaeg.
1625. aastal võtsid Rootsi väed Tartu oma kontrolli alla. 1625. aastal lammutati hüljatud ja lagunenud Jakobi kirik ja järgneval Rootsi ajal taastati suurem osa linnast. 1630. aastal asutati Tartus kuningas Gustav II Adolfi käsul Tartu õuekohus, 1632. aastal avati kuningas Gustav II Adolfi korraldusel Tartu ülikool (Academia Gustaviana), millest sai esimene kõrgem õppeasutus Eesti alal (ning teine Rootsi kuningriigis), 1633. aastal Liivimaa Evangeeliumi Luteriusu Konsistoorium.
Tartus asus Rootsi asehaldur Tartus: 1601, Wilhelm Stal Räpinast; 1602, Andrew Stuart; 1601–1602, Johann von Derfelden vanem; 1625 Erik Andersson Trana; 1626, Nils Stiernsköld (1583–1627); 1627–1631, Ernst Creutz (1584–1635); 1632, Jobst Taube;1636–1640, Fabian von Wrangell (maetud 1642).
1640/1642 avati Saksamaalt tulnud Justus Phaleri poolt Tähtvere mäeks kutsutud kohal Tartu esimene apteek, teine apteek avati 1783. aastal Tartus Kaalu uulitsal ("Wage Str."), majas nr. 66 ja 1794. aastal lubas meditsinaalkolleegium Jacob Daniel Thörneril avada juba 3. apteegi Kaalu (Rüütli) uul. ja turuplatsi (Suureturu) nurgal olevas majas.
1656–1658 aastate Vene-Rootsi sõja ajal okupeerisid Moskva tsaaririigi väed Tartu uuesti viieks aastaks 1656–1661. 
, "Tartu piiramine (1657)", "Vene-Rootsi sõda (1656–1658)"
Juulis-augustis 1657 piirasid ja proovisid Rootsi väed Magnus Gabriel de la Gardie juhtimisel ebaõnnestunult vallutada Tartut.
1658. aasta lõpus sõlmitud Rootsi ja Moskva tsaaririigi vahel Narva lähedal Vallisaare mõisas Vallisaare vaherahuga, millega lepiti kokku kolmeaastases vaherahus. Vallisaare vaherahulepinguga jäid Moskva tsaaririigi valdusse sõja käigus vallutatud alad ja linnad-kindlused: Koknese, Tartu, Alūksne, Vasknarva, Jama, Rēzekne, Daugavpils. Tartut ja Tartumaad (vene k. "Юрьевъ Ливонской") valitsesid Moskva tsaaririigi vojevoodid: bojaar vürst Aleksei Nikititš Trubetskoi (1656 novembrini), stolnik Lev Tomofejevitš Izmailov (1656 novembrist), bojaar vürst Ivan Andrejevitš Hilkov (1656 detsembrist kuni 1658 jaanuarini) ja stolnik Lev Timofejevitš Izmailov ja Bogdan Ivanovitš Ordin-Naštšokin (1660. aasta augustini).
1661. aastal sõlmitud Kärde rahu tühistas Vallisaare vaherahu ja taastas selle eelse Stolbovo rahuga määratletud piiri Rootsi kuningriigi ja Moskva suurvürstiriigi vahel.
1684. aastal asutati linna lähedale Ropka mõisa Bengt Gottfried Forseliuse eestvõttel kooliõpetajaid ettevalmistav õpetajate seminar.
1697. aastal koliti ülikool Pärnusse, kus see tegutses 1710. aastani, seda perioodi tuntakse tänapäeval Academia Gustavo-Carolina nime all.
Tartu majanduslik tähtsus kaubanduslinnana vähenes, kuna peamiseks transiidilinnaks kujunes Narva. Elanike arv oli Rootsi võimu ajal umbes 2000. 
Tartu kindlus.
17. sajandi lõpus alustas Rootsi riik uute kaitseehitiste püstitamist piirivööndis Moskva tsaaririigiga, fortifikatsioonide direktor ja hilisema Liivimaa kindralkuberneri Erik Dahlberg jooniste järgi parandati ning täiustati mitmeid Rootsi impeeriumi kindlusi, sealhulgas ka Tallinnas, Narvas, Tartus ja Riias. Üks olulisemaid allikaid Põhjasõja ajal hävitatud Tartu kaitserajatiste kohta on krahv Erik Dahlbergi Tartu kindluse mudel, mille kohaselt ümbritsesid Tartut linnamüür ja tornid.
Põhjasõda.
Põhjasõja ajal piirati Tartu linn 9. juunil 1704 sisse, 3. juulil (vkj) saabus piiramisele Narva piiramiselt Vene tsaar Peeter I. Tiheda pommitamise tulemusena langes linnamüür Vene ja Jakobi värava vahel kohati kokku. Et vältida venelaste vägivalda linnakodanike vastu linna langemisel, otsustas Tartu komandant Carl Gustaf Skytte kapituleeruda ja 24. juulil (14. juulil vkj) alistus Tartu vene piiramisväele. Vallutatud Tartu ülemkomandandiks määrati Pihkva vojevood Kirill Narõškin (), kes oli selles ametis kuni 1710. aastani, mil ta määrati Peterburi esimeseks komandandiks.
, "Põhjasõda Eesti alal"
1708. aastal aga hävitati suur osa linnast: losse, kirikuid ja Tartu linnamüüre lasti õhku, mistõttu on tänased Tartu südalinna hooned peaaegu kõik 18. sajandi teisest poolest ja veelgi hilisemast ajast, säilinud on vaid Jaani kirik ja Toomkirik Toomemäel. Keskaegsest Tartu linnamüürist on alles üksnes jupikesed. 1708. aasta juulis viidi linnast viidi minema relvastus ja püssirohi ning kõik väärtuslik, isegi Tartu raekoja ja Tartu Jaani kiriku katuse- ja torniplekk, kirikukellad, kroonlühtrid ning paremad hauakivid. Linna hävitamine algas 12. juulil, linnamüür ja tornid lasti õhku, muldkindlustustest jäid püsima bastionid ning siis pandi tuli otsa linnamajadele ja kirikutele. Tulekahjud jätkusid mitu päeva ja 17. juulil 1708 lahkusid Vene väed veel põlevast Tartust. Suurem osa linnaelanikke küüditati. Nendest sündmustest jutustab eestikeelne "Käsu Hansu nutulaul", mis algab sõnadega: "Oh, ma vaene Tartu linn...". 
1714. aastal lubati Venemaale Vologdasse küüditatud Tartu sakslastest linnakodanikel Tartusse tagasi pöörduda, kellest naasid vaid pooled küüditatutest.
18. sajandi viimasel veerandil oli Tartu elanike arv umbes 3000. Majanduselu hakkas tasapisi kosuma. Tartus toimus igal aastal neli laata, millistest suurim oli kolm nädalat kestev jaanilaat. Sinna tuli ka väliskaupmehi Hollandist, Riiast, Innsbruckist ja mujalt.
Venemaa keisririigi aeg.
25. juunil 1775 valla pääsenud tulekahjus hävis suurem osa Tartu kesklinnast. Puusildu pidi pääses tuli ka ülejõele ning hävitas sealsed eeslinnad. Terveks jäi vaid Laia tänava piirkond. Paljuski tsaarivõimu abiga ehitati linn uuesti üles. Mõjule pääsesid nüüd hilisbarokk ning klassitsism. Aastal 1753 valminud algne Tartu Uspenski kirik, mis hävis suurtulekahjus ehitati uuesti aastal 1783. Muu hulgas kinkis keisrinna Katariina II Tartule kivisilla (valmis 1784), mida on peetud üheks ilusamaks sillaks kogu Liivimaal.
1802. aastal avati kohalike aadlike eestvedamisel ja ärgitusel keiser Aleksander I korraldusega Tartus taas ülikool. Ülikooli avamisega kaasnes ka suurem ehitustegevus, muu hulgas valmis 1809 Maarja kiriku varemete kohal ülikooli peahoone (arhitekt Johann Wilhelm Krause); varemetes Toomkiriku kooriossa rajati ülikooli raamatukogu, piiskopilinnuse kunagisele asukohale kerkis Tartu Tähetorn, ülikoolile rajati ka mitmeid abihooneid. Tartu kujunes arhitektuuriliselt klassitsistlikuks linnaks.
1805. aastal loodi Tartu politseivalitsus. Selle koosseisu kuulusid algselt: politseimeister, rajooniülevaatajad ja nende abid, sealhulgas ka kardavoi ehk linnapolitseinik. Politseivalitsus koosnes seitsmest täidesaatvast ametnikust. 1806. aastal kehtestati Liivimaa kubermanguvalitsuse eeskirjaga politseile kohustusteks ehitiste järelevalve ja kruntide kättenäitamine ehituste otstarbeks; järelevalve toiduainete hindade üle; hoolekanne; kontroll tsiviil- ja kriminaalkohtute otsuste täitmise üle; tuleohutuse järelevalve; sildade ja teede korrashoiu järelevalve; läbimarssivate sõjaväelaste majutamine ja väiksemate kriminaal- ja tsiviilkohtuasjade arutamine ning kurjategijate vahistamine.
19. sajandil esimesel poolel hakkas Tartus toimuma eestlaste rahvuslik ärkamine, mis ilmnes ka nende majandustegevuses. Varem olid eestlased Tartus peamiselt teenijaskonna hulgas, kuid siis hakkasid saksa käsitööliste, kaupmeeste ja teiste ettevõtjate kõrvale tekkima ka eestlaste ettevõtted. Tartu Ülikoolis õppisid ka mitmed eesti soost mehed, nagu Kristjan Jaak Peterson, Friedrich Robert Faehlmann, Friedrich Reinhold Kreutzwald ja mitmed teised.
1869. aastal toimus Tartus esimene üldlaulupidu, mis sai eestlaste ärkamisaja tähtsündmuseks. 
Lisaks eestlastele oli üliõpilaste hulgas 19. sajandi teisel poolel arvukalt ka lätlastest üliõpilasi, sest Tartu kuulus tollal Liivimaa kubermangu koosseisu, mille ainus ülikool oligi Tartus. Tartul ja Tartu ülikoolil oli tollal oluline roll lätlaste rahvusliku ärkamisaegse liikumise – noorlätlaste – tegevusel.
1880. aastal alustas aadressil Aleksandri 42 tööd Tartu Gaasivabrik, mis võimaldas viia ka tänavavalgustuse üle gaasile. Esimesed gaasituled süüdati uue kalendri järgi 14. novembril 1880. Samuti hakkasid gaasi kasutama tööstused, kauplused (sh vaateakende soojendamiseks) ja kodumajapidamised.
Venestusajal, 1889. aastal, likvideeriti lõplikult Tartu raad ja 1893. aastal nimetati Tartu ametlikult ümber Jurjeviks ("Jurjew"), ka ülikoolis muudeti õppetöö venekeelseks. Siiski jäi Tartu endiselt eestlaste rahvusliku liikumise keskuseks. 20. sajandi alguses toimus Tartus nn Tartu renessanss, mille eestvedajaks oli Jaan Tõnisson.
1907. aastal asutati Tartus, Eesti esimene naisorganisatsioon Tartu Naisselts, et «naesterahvaid varaliselt, vaimselt ja kõlbeliselt edendada».
Esimese maailmasõja käigus vallutasid Tartu 25. veebruaril 1918 Saksa väed. Enne seda olid eestlased jõudnud seal aga juba Eesti Vabariigi välja kuulutada. Vabadussõja alguses hõivasid Nõukogude Vene väed Tartu taas mõneks kuuks, detsembrist 1918 kuni jaanuarini 1919. Suuremaid purustusi need sündmused endaga siiski kaasa ei toonud, kuid kommunistid hukkasid mitmeid silmapaistvaid ühiskonnategelasi, sealhulgas Eesti õigeusu piiskopi Platoni.
Uusim aeg.
Tartu 1920–1940.
1920. aasta 2. veebruaril sõlmiti Tartus rahu Eesti Vabariigi ja Nõukogude Venemaa vahel.
Koos Eesti Vabariigi rajamisega läks Tartu linna valitsemine esimest korda eestlaste kätte. Tartu Ülikoolis hakkas õppetöö toimuma eesti keeles.
Sõdadevahelisel ajal oli Tartu üks Eesti Vabariigi kultuurielu tähtsamaid keskusi. Siin asus neli kõrgkooli ja mitmeid keskseid teadusasutusi, ajalehtede ja ajakirjade toimetusi ning kirjastusi; Tartus toimusid olulised kontserdid, näitused jpm kultuuriüritused.
1. mail 1938 sai Tartu Eesti ainsaks esimese astme linnaks. Tartu jagunes politseijaoskondade tegevuspiirkondade järgi kolmeks linnajaoks. 
Enne Teist maailmasõda tegutsesid Tartus A. Le Coq'i õllevabrik, AS A. Silvere &amp; Ко õlletehas ja suuremad Tartu tööstusettevõtted: Tartu Telefonivabrik, G. ja H. Lellepi masinavabrik (ehitustarvete, põllutööriistade ja lukkude valmistamine, aga toodeti ka ahjuuksi, labidaid, triikraudu, ehitustarbeid jm), kammivabrik Estico, "Astra" saapavabrik, A. Hoppe ja Ко vilditööstus, E. Vengerfeldti jalanõudevabrik, G. Peetsi masinavabrik, AS Usvansky ja Pojad nahatööstus, Nahavabrik „Kalev", villavabrik "Estonia", OÜ Meltsi villavabrik, August Kuusik’u villavabrik, A. M. Univeri puidutööstus, C. Kaplani lauavabrik, Kahni puidutööstus, Tartu mehhaaniline puutööstus, Ferdinand Sassi puutööstus, Postimehe ja Ilutrüki, OÜ Matieseni, „Mareti", Noor-Eesti Kirjastuse, Eesti Kirjanduse Seltsi, M. Hermanni, J. Mällo, G. Rohti, R. Selmanovitci, „Trükk ja Kirjastuse" trükikojad, Põllutööriistade ja Masinavabrik J. Ratnik, põllutööriistade ja masinavabrik AS Tegur, AS "Seton" ehitustööstus, A. Klein’i ehitustööstus, Säre ja Ко Metall ja Kunstsarvest Tarvete tööstus, David Pasternak ja Ко Nööbitööstus "Ent“, veevärgi ja keskkütte sisseseadmise firma A. Tõnisson Tartu osakond, Raamatuköitekoda Hogo Kivisaar, R. Mällo mööblitööstus, Aleksander Sesterkini Mehaaniline puutööstus "Kalev“, Tartu stannioli- ja tuubivabrik, A. Hofrichteri vase- ja masinavabrik, R. Trikka &amp; H. Prüüsi elektritarvete vabrik, V. Tiido kuld- ja hõbeasjade tööstus, Udo Silvere mööblitööstus, J. Raudsepp ja Ко Tartu Spordiriistade Vabrik, proviisor Lille rohukauba suurlaod ja laboratoorium, A. Frederkingi seebivabrik, M. A. Kamenovsky ja Pojad karusnahatööstus, K. Tomasson ja Poeg villa- ja värvimistööstus, „Ekstra" villatööstus ja Haubneri metallitööstus.
1940. aasta 17. juunil algas Nõukogude okupatsioon. 1941. aasta 14. juunil küüditati Tartust tuhandeid elanikke.
Okupatsioonide aeg.
1940. aasta konstitutsiooniga lahutati neli linna (Tallinn, Tartu, Narva ja Pärnu) maakondadest ja moodustati vabariikliku alluvusega linnad ehk vabariiklikud linnad.
Nõukogude okupatsioon 1940-1941.
Sõjategevuses Eestis 1941. aastal jõudnud Pärnu-Emajõe joonele, peatasid sakslased pealetungi, et oodata järele Peipsi järvest ida pool liikuvaid väeosi. Taganev Punaarmee jättis Lõuna-Eesti maha ilma tõsisema vastupanuta, sakslaste edasitung peatati alles Emajõe – Matsalu lahe joonel ja juulis 1941 oli Tartu kaks nädalat rindelinn. 2. juulil pommitas Saksa lennuvägi esimest korda Raadi lennuvälja. Enne Saksa vägede pealetungi teostati kindlustustöid ja 3. juulil alustati tankitõrjekraavi ehk Jalaka liini rajamist Riia maantee ääres Räni aleviku lähedal, 4 kilomeetri kaugusel Tartust. 
Teise maailmasõja ajal rüüstasid Tartut taganevate Nõukogude vägede hävituspataljonid, Tartu vanglas tapeti 193 inimest, laibad visati kaevu.
7. juulil jõudsid Tartusse taanduvad Punaarmee väeosad, läbisid Tartu ja asusid kaitsele Emajõe põhjapoolsel kaldal. 9. juulil õhiti Tartu Kivisild, Ropka mõisas relva- ja laskemoonalaod, Riia tänava raudteesild ja Jänese raudteesild. Linnas algasid 10. juulil kokkupõrked partisanide ja miilitsate vahel, eestlased vabastasid Tartu lõunaosa ja Punaarmee 11. laskurkorpuse üksused jäid positsioonidele Emajõe põhjakaldal. Sõjategevuse käigus sai Tartu linn süütepommide ja tulekahjude läbi suuri purustusi. 10. juulil jõudis Võrust Tartusse sakslaste luuresalk, kes aga lahkus linnast sama päeva õhtul. 10. juulil õhiti Punaarmee poolt ka kahte linna jõekallast ühendanud Vabadussild ning õhtul avasid Punaarmee suurtükipatareid Tartu lõunapoolsele osale süüte- ja kildmürskudega tule ja linnas puhkesid esimesed tulekahjud. Punaarmee suurtükitule all ning puhkenud tulekahjus hävis kolmandik linnast, sh paljud arhitektuuriväärtused, nagu Maarja kirik, Tartu kaubahoov, klassitsistlikke eluhooneid, põlesid Ülikooli ja Lossi tänaval kümmekond hoonet, nende hulgas kohvik Ateen, kino Central. jne. 
11. juulil süttis Riia tänava alguses, Kaluri ja Riia tänava nurgal villavabrik Estonia. Ülikooli ja Vallikraavi tänava nurgal põles kaks sõjaväeringkonna hoonet. Üheks Punaarmee patareide märklauaks oli ka Eksporttapamaja. ja süütemürskudest puhkes tulekahju A. Le Coq-i õllevabrikus Tähtvere tänaval, tuleroaks langes ka õllevabriku limonaaditehas. 12. juulil süttis süütemürskudest kalurikontor Emajõe ääres ja põles maani maha. Mürsud tabasid ka Aia tänav 46 Ülikooli instituutide hoone õuel paiknenud maja, Mellini erahaiglat Aia 36 (Aia ja Pepleri tänava nurgal), Kaitseliidu Tartu maleva maja ja selle kõrvalhooneid ning süütemürsk tabas Tartu Maarja kirikut.
Puhkes tulekahju Tähe tänaval ja tuli levis sealt kiiresti edasi Tähe, Lootuse, Pargi, Koidu ja Päeva tänava majadele. Süütemürsud tabasid ka Eesti Lihaekspordi Eksporttapamaja. Tiigi tänava 43 juures tabas süütemürsk Whishawi linavabriku hooneid, tuli levis edasi Tartu vaksali ja Tartu Maarja kiriku poole ning peagi põlesid Kindral Põdra, Tiigi, J. Kuperjanovi, Veski ja Kastani tänava majad. Kokku põles Tartus korraga mitusada hoonet, mõned tänavad hävisid täielikult. Esimesed Saksa Wehrmachti rindeüksused jõudsid linna 12. juuli hommikul. 13. juulil jätkus Tartu lõunaosa pommitamine: Pandimaja, Eksporttapamaja, Tartu lauatehas, südalinnas tekkisid tulekahjud Ülikooli ja Kauba tänava nurgal, Õnne tänaval, Kalevi tänaval ja õhtul sai tabamuse Tartu Ülikooli võimla. 14. juulil kanti suurtükituli üle Toomemäele, ülikooli kliinikute piirkonda. Saksa suurtükitulest vastutulest tekkisid põlengud Tartu Pärmivabriku taga Pärna tänaval. 15. juulil tabas süütemürsk Tartu Turuhoonet, pärast tulekahju jäid hoonest järele vaid seinad, põles Aedviljaühisuse veinitehas Puu tänaval ja tulekahjud tekkisid 3. linnajaos Ülejõel. Kõigepealt süttisid Majanduse Ühisuse laod Holmi tänaval, sealt kandus tuli edasi Põllutööriistade ja masinavabriku A-S. „Tegur" hoonetele. Põles kogu Holmi, Raekoja, Narva ja Kalaturu vaheline kvartal ning edasi kandus tuli Raekoja, Kalda ja Narva tänava vahelisele alale. 16. juulil tekkis tulekahju Soola ja Kaluri tänava ümbruses ning hävines Tartu linna elektrijaam Emajõe sadamas. 17. juulil jätkusid tulekahjud sadama piirkonnas ja maha põlesid Peipsi Jõelaevanduse hoone, Riigi metsatööstuse puuhoovi kontor jt. 18. juulil pommitati Tartu kesklinna, süütemürsust algas tulekahju Kauba tänaval majast nr 9, kust tuli levis sealt edasi Turu ja Aleksandri tänava poole. Suurtükitulest süttisid mitmed majad Uueturu tänaval ning tules oli kogu Turu, Uueturu, Aleksandri ja Riia tänava vaheline ala, samuti Uueturu, Kauba ja Aleksandri tänava vaheline ala. 20. juulil jätkusid linnas eelmisel õhtul alanud tulekahjud: süttis mürskudest Tartu Kaubahoov ja hoone põles täielikult maha. Põleng kandus Võidu tänavalt edasi Jaani ja Kitsa tänava piirkonda, põles Aia ja Kitsa tänava vaheline ala ning tuli kandus ka üle Aleksandri tänava, maha põlesid Tartu Maavalitsuse hoone ja Brunhofi apteek. Samuti süttis Suurturg 12 asunud a/s Kauba Pank maja. 25. juuli keskööst algas Punaarmee aktiivne suurtükituli Tartule, see kestis kuni koiduni, pärast mida Punaarmee väeosad taandusid rindejoonelt ning Saksa üksused ületasid mitmes kohas Emajõe.
Nõukogude väed vallutasid Tartu taas 25. augustil 1944. Enne seda olid nad linna korduvalt pommitanud, mistõttu hukkus palju elanikke ja hävis hooneid. Lahingutegevuse tagajärjel purunes või põles samuti maha suur osa hoonetest, sealhulgas Vanemuise teatrihoone, Eesti Rahva Muuseumi hooned Raadil, Kaubahoov, Jaani kirik, Pauluse kirik jpm. Enamik purustatud hooneid lõhuti hiljem maatasa ning kaeti mullaga. Siiski säilis enamik Tartu vanalinnast.
1949. aasta märtsis toimus uus küüditamine.
Nõukogude okupatsiooni ajal likvideeriti Tartus mitmeid kultuuri- ja haridusasutusi, teiste seas Kõrgem Kunstikool Pallas, Tartu Kõrgem Muusikakool ja Tartu Õpetajate Seminar. Samas loodi ka uusi, näiteks sai Tartu Ülikooli põllumajandusteaduskonnast iseseisev kõrgkool, Eesti Põllumajanduse Akadeemia (nüüdne Eesti Maaülikool). Tartu piirile rajati Raadi sõjaväelennuväli ja linn muutus kinniseks.
Tartu tänapäeval.
1988. aastal toimusid Tartus muinsuskaitsepäevad, mille käigus toodi välja Eesti lipu värvid.
Eesti Vabariigi aastapäeval, 24. veebruaril kogunevad tartlased kell 10 hommikul tähetorni juurde Eesti lippu tervitama. Tähetornis lehvib sinimustvalge lipp 23. juunist 1988 ööpäev läbi, seda ei langetata päikeseloojangul ega heisata päikesetõusul. 
Tartus asub Riigikohus ning alates 2001. aastast Haridusministeerium (praegu Haridus- ja Teadusministeerium).
Suur osa 1944. aastal purustatud Tartu kesklinna kvartalitest oli kuni viimase ajani hoonestamata ning haljastatud, sest Tartu legendaarne peaarhitekt Arnold Matteus ei soovinud sinna püstitada kahtlase väärtusega ehitisi. Viimastel aastakümnetel on Tartu kesklinna siiski rajatud suurehitisi, mille arhitektuuriline ja mahuline sobilikkus on tekitanud poleemikat (nt Tartu uus kaubamaja, mida halvustavalt on kutsutud "Tallinna Ülikooliks", samuti Tasku keskus).