Pseudomonas putida

Pseudomonas putida on gramnegatiivne bakter, kelle tüüpiline elukoht on mullas ja kes toitub saprotroofselt. "P." "putida" varieteedid võivad lagundada toksilisi orgaanilisi aineid nagu tolueen ning neid rakendatakse biotervendusel, et lagundada naftat. "P. putida" eelis teiste "Pseudomonas" perekonna liikide ees on selle suhteline ohutus laboritöös ("P. aeruginosa" on laialt uuritud inimpatogeen). Sellel on palju polaarseid vibureid, millega see liigub, ning kui keskkonnas on nn kemoatraktante, saab see oma liikumist viburite abil korrigeerida, et jõuda muuhulgas ka selliste taimede seemneteni, mis on bakteriraku toitainete allikad.
Genoom.
"P. putida" täisgenoom sekveneeriti 2002. aastal Saksamaa ja USA teadlaste koostöös. Analüüsi tulemusel selgus, et täisgenoomi pikkus on umbes 6,2 miljonit aluspaari. DNA esineb "P. putida"'s rõngasgenoomina, milles on vähemalt 80 oksüdatiivse reduktaasi geeni (ensüüm), mis on olulised keskkonnas leiduvate ainete lagundamisel. Lisaks on leitud, et suurem osa kogu genoomist keskendub väliskeskkonnast tulevate signaalide vastuvõtmisele, et tagada kemikaali leidmisel selle võimalikult kiire lagundamine.
Kasutusvaldkonnad.
Biotervendus.
"P. putida"'l on mitmekesine metabolism, mida saab ära kasutada biotervendusel. Laboritingimustes on ühe selle funktsioonina tõestatud mulla viljakuse tõstmine naftaleeni lagundamise kaudu. Suurem osa naftaleenist muutub looduses gaasiliseks, kuid osa võib säilida pinnases. Seda lagundavad lisaks bakteritele ka seened ja päikesekiirgus ning naftaleeni poolestusaeg looduses võib varieeruda ühest päevast õhus kuni 80 päevani mullas. Maailma Terviseorganisatsioon on naftaleeni nimetanud võimalikuks vähi tekitajaks inimestes. Lisaks on alfa-naftooli (naftaleeni laguprodukt inimeses) seotudhemolüütilise aneemia väljakujunemisega.
Lisaks suudab "P. putida" stüreeni PHA-ks lagundada, mistõttu saab teda kasutada polüstüreeni taaskäitlemisel, mis muudel juhtudel ei ole biolagundatav. Polüstüreen on üks levinumaid plastikuid, mida toodetakse mitu miljonit tonni aastas. Peamiselt kasutatakse seda kilepakendite, karpide, pudelite ja ühekordsete nõude tootmisel.
Biotõrje.
"P. putida" potentsiaal biotõrjes seisneb selle võimekuses hoida eemal haigustekitajaid perekondadest "Pythium" ja "Fusarium."
Perekonna "Pythium" bakterid nakatavad tavaliselt taime juurestikku ja vilja, põhjustades taimejuurte mädanemist, kuid äärmuslikematel juhtudel ulatub nakkus ka soonkudedesse, põhjustades taimevarre pruunistumist, takistades vee transporti lehtedesse ja tappes taime. Kuid mitte kõik taimed ei pruugi juuremädaniku tagajärjel surra. Kiire juurekasvu ja tugevalt arenenud juurestikuga taimedele ei pruugi nakatumine tähendada enamat kui kasvu ajutist peatumist.
Seente perekond "Fusarium" on oluline sojaoa patogeen, mis kahjustab ka teisi taimekultuure. Nakatunud taimed känguvad ning lehed võivad tõmbuda kollaseks, jättes lehesooned lühikeseks ajaks roheliseks. Lõpuks kaotavad lehed täielikult rohelise värvuse ja surevad.
Kuna "Pseudomonas putida" on geneetilistele mutatsioonidele vastuvõtlik, on bakterit kasutatud ka farmaatsiatööstuses ja põllumajanduses, et toota mitmesuguseid orgaanilisi ühendeid.
Kofeiinist elav "P. putida".
CBB5 on mullas leiduv "P. putida" metsiktüüpi tüvi, kes jääb ellu puhta kofeiini dieedil, lagundades seda süsihappegaasiks ja ammooniumiks. Arvatakse, et kofeiini lagundavad ensüümid võivad leida kasutust südame arütmia ja astma ravil või vereringe parandamisel.
Esimene patenteeritud elusorganism.
Aastal 1972 esitas General Electricus töötav geneetik Ananda Mohan Chakrabarty taotluse patenteerimaks geneetiliselt modifitseeritud "P. putida" tüve, mis oli võimeline toornaftat lagundama ning millega loodeti õlilekete vastu võidelda. Taotlus lükati esimesel eksamineerimisel tagasi, sest tollal Ameerika Ühendriikides kehtiv patendiseadus nägi ette, et elusorganismid ei ole patenteeritavad. Peatselt jõudis küsimus ka CCPA (U.S. Court of Customs and Patent Appeals) huviorbiiti ning juhtum vaidlustati Chakrabarty kasuks, tuues välja, et patendiseaduse kontekstis ei ole tähtis, et mikroorganismid on elus.
Aastal 1981 andis Ameerika Ühendriikide Ülemkohus Ananda Chakrabarty patendile heakskiidu.
Toksiini-antitoksiini süsteem.
Bakterites esinevad toksiini-antitoksiini (TA) süsteemid, mis koosnevad toksiini ja antitoksiini kompleksist, mis tavatingimustes on neutraalses seisundis. Stressiolukorras käivituvad bakterirakus mehhanismid, mis viivad antitoksiini lagundamiseni ja seeläbi TA süsteemi aktiveerumiseni. "P. putida" puhul on leitud, et selle toksiini-antitoksiini süsteem erineb teistest bakteritest tänu antitoksiini GraA endoproteolüütilisele lagundamisele kaheks eri suurusega DNA fragmendiks. Tavaliselt toimub antitoksiini lagundamine bakteris eksoproteolüütiliselt Lon ja Clp perekonna raku proteaaside vahendusel.
Teadustöö Eestis.
"P. putida'"t on Eestis Tartu Ülikoolis uuritud juba 1980. aastatest. Esimene "P. putida"'t käsitlev artikkel avaldati aastal 1986 ning selle autorid on Ann Kilk ja Ain Heinaru. Tänapäeval on Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis geneetika õppetool, mille juht on professor Ain Heinaru. Seal uuritakse bakterite toksiini-antitoksiini süsteeme ja globaalse regulaatori Fis funktsiooni "P. putida" näitel.