Biosemiootika

 
Biosemiootika on semiootika haru, mis tegeleb märgiprotsessidega elussüsteemides. Biosemiootika on ühtlasi interdistsiplinaarne valdkond, kus semiootikud, bioloogid ja filosoofid püüavad arendada semiootilist lähenemist ning rakendada semiootika mudeleid eluslooduse mõistmiseks. 
Ajalugu.
Eelkäijad.
Biosemiootika üheks rajajaks peetakse bioloog Jakob von Uexkülli, kelle tööd tähenduse mehhanismidest ("Bedeutungslehre", 1940) ja organismi kui subjekti ehitusest ja käitumisest ("Umwelt und Innenwelt der Tiere", 1909, 1921) panid aluse semiootilisele lähenemisele bioloogias ("Theoretische Biologie", 1920, 1928).
Teiste eelkäijate seas on Charles Peirce, Charles Morris, Heini Hediger, Giorgio Prodi ja Gregory Bateson.
Termini ajalugu.
Terminit "biosemiootika" kasutasid esimesena psühhiaater ja bioloog Friedrich S. Rothschild aastal 1962 ja semiootik Juri Stepanov aastal 1971, kuid laiemalt sai see tuntuks Thomas Sebeoki tööde kaudu alates 1970. aastate lõpust.
Biosemiootika kujunemine.
Biosemiootika kujunemisel semiootika oluliseks osaks on Thomas Sebeoki töödel suur roll. Tema ideid toetasid John Deely, Martin Krampen, Joseph Ransdell, Thure von Uexküll, Myrdene Anderson jt.
Biosemiootilise lähenemise kirjeldus.
Biosemiootika uurib elunähtusi kui märgisüsteeme ning märkide (sealhulgas molekulide) kasutamist elusate märkide poolt, mitte lihtsalt kui molekulide kogumit ja keemilisi reaktsioone. Ta püüab koondada bioloogia eri harude, sealhulgas evolutsioonibioloogia tulemused uueks, ühtsemaks vaateks kesksetele elunähtustele, sealhulgas funktsiooni ja tähistamise kujunemisele biosüsteemidest alates ribosoomist kuni ökosüsteemini ning alates biogeneesist kuni elu tähenduseni. 
Biosemiootika püüab uute mõistete, teooriate ja juhtumiuuringute abil valgust heita mõnele semiootika lahendamata küsimusele, näiteks küsimusele tähistamise päritolust universumis. 
Biosemiootika käsitab märgiprotsesse reaalsetena ning eeldab, et neil on seaduspärasused (harjumused, loomulikud reeglid), mida saab uurida ja seletada. Need on eluslooduse seesmised seaduspärasused, mis ei ole ligipääsetavad otseselt, küll aga kaudselt teiste märgiprotsesside (näiteks kvalitatiivsete eristusmeetodite) abil. Inimeste arusaamine neist protsessidest rajaneb teaduslikul märgisüsteemil, mis erineb organismide endi märgiprotsessidest. 
Biosüsteemidele on omane neis asetleidvate füüsikaliste ja keemiliste protsesside väga kõrge organiseerituse aste, mis osalt rajaneb informatsioonilistel ja molekulaarsetel omadustel, mis 1960. aastatel said tuntuks genoomi nime all. Ernst Mayr ja teised väljapaistvad bioloogid on näinud nendes informatsioonilistes aspektides üht eluprotsessi emergentset omadust, mis on elule eriomane. Erandiks võivad osutuda arvutid, ent erinevalt arvutiprogrammide informatsioonilisest teleoloogilisusest, mis on inimeste poolt konkreetsetel eesmärkidel kavandatud, on organismide teleoloogia informatsioonilised karakteristikud seesmised: nad on välja kujunenud loodusliku evolutsiooni käigus kohastumisprotsesside tulemusena. 
Traditsiooniline bioloogia ja bioloogiafilosoofia on neid protsesse käsitanud puhtfüüsikalistena ning mõistavad füüsikalisust reduktsionistliku ja mehhanitsistliku traditsiooni mõjul väga kitsalt, seostades seda ainult toimivpõhjustega. Biosemiootika on katse kasutada Charles Sanders Peirce'i vaimus inimestel ja mujal looduses esineva märkide dünaamilise aktiivsuse avara loogilise ja teadusliku uurimisena mõistetud semiootika mõisteid, et vastata küsimustele tähenduse, intentsionaalsuse ja psüühika bioloogilise emergentse ilmumise kohta. Neile küsimustele on mehhanitsistlikus ja füsikalistlikus raamistikus väga raske vastata. 
Biosemiootika vaatekohast on elu evolutsioon ja semiootiliste süsteemide evolutsioon ühe ja sama protsessi aspektid. Loodusteaduslik lähenemine elu päritolule ja evolutsioonile on osalt tänu molekulaarbioloogia edusammudele arusaamist selle protsessi välistest aspektidest tublisti rohkendanud, kuid on ignoreerinud märkide aktiivsuse sisemisi kvalitatiivseid aspekte, mistõttu arusaam põhjuslikkusest on jäänud ühekülgseks. Keerukates iseorganiseeruvates biosüsteemides on oma osa ka vormpõhjustel ja eesmärkpõhjustel: vormpõhjused esinevad nn laskuva põhjuslikkusena, mis on suunatud tervikstruktuurilt (näiteks organismilt) üksikutele molekulidele, kitsendades nende toimimist, kuid ühtlasi andes neile funktsionaalse tähenduse kogu metabolismi suhtes; eesmärkpõhjused esinevad kalduvusena omandada harjumusi ning kujundada praeguste märgiaktide tulevasi tõlgendeid. Siinkohal on biosemiootika lähedane süsteemiteooria, teoreetilise bioloogia ning keerukate iseorganiseeruvate süsteemide uurimise ideedele. 
Molekulaarbioloogia, kognitiivne etoloogia, tunnetusteadus, robootika, neurobioloogia jt teadusharud tegelevad erinevate tasandite informatsiooniprotsessidega, aidates stiihiliselt biosemioosi (biosüsteemides esineva märkide aktiivsuse) tundmaõppimisele. Biosemiootika ise aga ei ole veel konkreetne distsiplinaarne uurimisprogramm, vaid üldine arusaam vajadusest uurida märgi rolli eluprotsessides ja katsed tulemusi koondada, et rajada bioloogiale semiootiline alus. Ta võib aidata jagu saada vaimufilosoofias ikka veel kummitava Descartesi dualismi mõnest vormist. Kirjeldades keha ja vaimu vahelist järjepidevust, võib biosemiootika ka aidata mõista, kuidas inimese "vaim" võib naturalistlikus mõttes emergentselt ilmuda algelisematest loomse "teadmise" protsessides.
Programmilised artiklid.
Biosemiootilised küsimused.
Nagu igale bioloogiatraditsioonile, on ka biosemiootikale iseloomulik, milliseid küsimusi selles peetakse bioloogia alusküsimusteks. Biosemiootika lisab mittesemiootilistele küsimustele semiootilised küsimused, et mõlemat lähenemist kasutades elu täielikumalt mõista. Biosemiootilised küsimused eristavad semiootilist bioloogiat mittesemiootilisest (reduktsionistlikust ja füsikalistlikust) bioloogiast; ühtlasi on need küsimused, mida biosemiootik oma juhtumiuuringutes peaks esitama, ning küsimused, mis on biosemiootikas alles vastamata. 
Semiootiline ja mittesemiootiline eluteadus.
Semioos (tõeline märkide aktiivsus, märgiprotsessid) leiab aset iseorganiseerumise kaudu iseorganiseeruvates süsteemides. Märgiprotsessid ilmuvad emergentsete tähistamise ja tõlgendamise protsessidena, mis koordineerivad elussüsteemide bioloogilist iseorganiseerumist. Semioos on füüsikaliste komponentide bioloogilisteks subjektideks organiseerumise keskmes.
Kuidas saab humanitaarteaduste uurimine informeerida biosemiootika uurimist?
Sissejuhatus – Wendy Wheeler.
Biosemiootika sai alguse, kui humanitaarteaduste taipamised märkidest ja märgiloomest said kokku elu uurimisega. Algselt eraldi said semiootikud ja bioloogid aru, et elu on algusest peale seotud nähtuste lugemise ja tõlgendamisega. Nii nagu inimeste suhtlemisel on külgi, mis võivad tunduda mehaanilised, (näiteks sõna ja mõiste harjumuslikud assotsiatsioonid), on ka selliseid bioloogilisi reaktsioone. Aga info elu puhul ei saa olla mehaaniline. Olla elus tähendab hoolida ellujäämisest ja paljunemisest suuta muutustega (enamasti keskkonnasurvega) kohaneda. Hoolimine on eelkõige tunne, mida tuleb tahes-tahtmata tõlgendada. Aga tunded tekivad maailma sees olevas ihus. Et organismid saaksid ellu jääda ja õitseda, peab neil olema intentsionaalsed elamused ja eesmärgid ["purposes"]. Need on suhted objektidega, kuid mitte tingimata asjadega (John Deely, "Purely Objective Reality", "Objective reality and the physical world: relation as key to understanding semiosis"). See eesmärk ei pea olema teadlik (ka enamik inimese tunnetusest ei ole eneseteadlik). Eesmärkide omamine, ühtede tulemuste eelistamine teistele, tähendab, et organism peab omailmas esinevatele intentsionaalsetele nähtustele tähendust ["significance"] omistama. Organismid peavad suutma mõtestama uudiseid, mis nendeni keskkonna kohta jõuavad. Meie meelte maailm ei näita kogu maailma. Me aistime ainult seda, mida on tarvis olemisest hoolimise tõttu. Maailma uudised saabuvad paistvate ja sundivate märkidena, mis esindavad maailma ligipääsmatut täiusest. Maailm on olenditele läbipaistmatu, looritatud. Teadus saab alguse, kui hakatakse süstemaatiliselt püüdma loori taha vaadata. See tähendab inspiratsiooni, mis avaldub algul religioonis ja filosoofias, hiljem teoorias ning vaatluse ja kontrolli kollektiivses ranguses. Inimese märgikasutus ja tähendusevajadus peab olema evolutsiooni saadus. Inimese vaim on niisugune, nagu ta on, sellepärast, et ta on osa loodusest ning tal on loodusele omased evolutsioonilise kasvu mustrid ja harjumused. Inimesele omane märgiloome (antroposemioos) on väike osa kõikjal elus (käitumisest kuni otsustamiseni rakus) esinevast üldisemast semiootilisest võimest. Nagu väitis Charles Sanders Peirce, on kõigel elusal üks ühine muster. Humanitaarteadlased uurivad nende mustrite väljendumist ning nende kommunitseerimist ja tähendust mitmesugustes kujutamise vormides – inimestes, jumalates, luules, müüdis, vestluses inimeste ja mitteinimestega. Elusale ühine tähendusloomevõime seisneb mustrite äratundmises ning liiasuses, mis teeb võimalikuks informatsiooni. Maailm ei koosne diskreetsetest ühemõõtmelistest signaalidest, mis kutsuvad esile mehaanilisi reaktsioone. Maailm on täis vormi- ja kontekstimuutusi, potentsiaalseid tähendusi. Organismid peavad suutma neid lugeda. Selle kujutlemine võimaldab mõelda laiemate maailmade võimalustest, tähenduse loojatest ja loomisest nii meis kui ka väljaspool meid. Meie ontoloogia tuleb semiootiliste objektide vahelistest suhetest, mitte lihtsalt asjadest. Gregory Bateson ütleb, et informatsioon on erinevus, mis teeb erinevuse.
Teaduselu.
Biosemiootikud.
Juhtivate biosemiootikute seas on Jesper Hoffmeyer, Claus Emmeche, Kalevi Kull (Kopenhaageni–Tartu koolkond) ja Terrence Deacon.
Biosemiootikute hulka arvatakse teiste seas Luis Bruni, Aleksei Šarov, Søren Brier, Marcello Barbieri, Anton Markoš, Howard Pattee, Ya'ir Neuman, Timo Maran, Martin Krampen, Frederik Stjernfelt, Floyd Merrell, John Deely, Myrdene Anderson, Lucia Santaella, Marcel Danesi, Winfried Nöth, John Collier, Donald Favareau, Tommi Vehkavaara ja Günther Witzany.
Organisatsioonid.
Rahvusvaheline Biosemiootika Ühing ("International Society for Biosemiotic Studies") loodi 2005. Selle esimene president oli Jesper Hoffmeyer ning asepresident Donald Favareau (alates 2012. aastast Timo Maran). Aastast 2015 on president Kalevi Kull ning asepresident Donald Favareau.
Ajakirjad ja raamatusarjad.
Aastal 2005 andis Nova Science Publishers Marcello Barbieri, Claus Emmeche, Jesper Hoffmeyeri, Kalevi Kulli ja Anton Markoši toimetamisel välja kaks numbrit rahvusvahelist ajakirja Journal of Biosemiotics.
Aastast 2008 ilmub kirjastuse Springer väljaandel rahvusvaheline ajakiri Biosemiotics, mille toimetajad olid alates selle loomisest Marcello Barbieri, Claus Emmeche, Donald Favareau, Jesper Hoffmeyer, Kalevi Kull ja Anton Markoš. Alates 2013. aasta juulist on ajakirja peatoimetaja Aleksei Šarov, kaastoimetajad Morten Tønnessen ja Timo Maran.
Aastast 2007 ilmub kirjastuse Springer väljaandel raamatusari "Biosemiotics". Selle sarja toimetajateks on Kalevi Kull, Jesper Hoffmeyer ja Aleksei Šarov.
Konverentsid.
Biosemiootikud kogunevad alates 2001. aastast igal aastal konverentsile "Gatherings in Biosemiotics".
Biosemiootika õpetamine.
Tartu Ülikoolis loetakse biosemiootika kursust ning sel alal on kaitstud magistritöid (Timo Maran, Riin Magnus jt.) ja doktoritöid (Timo Maran, Riin Magnus, Davide Weible jt.).