Tartu Ülikooli ajalugu

Tartu Ülikooli ajalugu sai alguse 1632. aastal ülikooli asutamisega.
Tartu Ülikool on varem kandnud järgmisi nimesid, mille järgi on ka sageli ülikooli ajalugu periodiseeritud:
Ülikooli eelkäijad.
Aastail 1583–1600 ja 1603–1625 tegutses Tartus katoliiklik jesuiitide gümnaasium ja Tartu jesuiitide seminar. Praegust Tartu Ülikooli sellega otseselt ei seostata, kuid kohati on gümnaasiumi peetud ülikooli üheks eelkäijaks.
1602. aastal lubas Södermanlandi hertsog Karl asutada Tartusse ülikooli ja annetada sellele Katariina kloostri varandused Jakobi ja Laia tänava nurgal. 
Ülikoolil on tihedamad seosed aastail 1630–1632 Tartus tegutsenud luterliku gümnaasiumiga, mille mõni õppejõud jätkas õpetamist ülikoolis.
Rootsi aeg Tartu Ülikoolis.
Academia Dorpatensis.
30. juunil 1632 kinnitas Rootsi kuningas Gustav II Adolf Academia Dorpatensise asutamisüriku. Esimesed üliõpilased immatrikuleeriti 20. ja 21. aprillil 1632. Esimene Tartu ülikooli üliõpilane ja alates 21. aprillist 1632 deposiitor oli Bengt Ekehielm. Academia Dorpatensise (Academia Gustaviana) pidulik avamine toimus 25. oktoobril (vkj 15. oktoobril) 1632. Ülikooli eellaseks oli 1630. aastal asutatud Tartu gümnaasium, mis kindralkuberner Johan Skytte ettevõtmisel muudeti ülikooliks.. 
1631. aastal avati Tallinna gümnaasium, Rootsi Soomes 1630–1640 tegutsenud Turu gümnaasiumist, asutati Turu Akadeemia (rootsi k. "Kungliga Akademien i Åbo") 1640. aastal ja 1668. aastal avati Lundi ülikool. Rootsi vanim ülikool oli 1477. aastal asutatud Uppsala Ülikool, seoses reformatsiooniga 1520. aastatel ülikooli tegevus vaibus, kuid alates 1593. aastast õppetöö taastati.
Academia Gustaviana.
Aktusel pidas Liivimaa kindralkuberner ja ülikooli kantsler Johan Skytte kõne, milles esitas oma seisukoha, et ülikoolis peavad saama õppida mitte üksnes aadlikud ja linnakodanikud, vaid ka vaesed talupojad. See oli kogu Euroopas erakordne nõue. Näiteks Göttingeni ülikoolis õppis veel aastail 1797–1837 ainult üks talupoeg: Gustav von Ewers, kellest hiljem sai Tartu ülikooli rektor. Ülikooli Rootsi perioodil oli immatrikuleeritud 1050 üliõpilast, neist Tartus 1004 ja Tallinnas 44. Neist oli Rootsist pärit 476, Soomest 115, Ingerist 11, baltisakslasi 303, sakslasi väljastpoolt Baltimaid 124, muid 7, 14 rahvus on teadmata. Academia Gustaviana ajal oli Tartus lingua franca ehk sildkeel kõigi rahvuste vahel ladina keel, kel erinev emakeel: rootslaste, soomlaste, sakslaste, poolakate, tšehhide ning teiste vahel.
Academia Gustavianal, nagu ka teistel tolleaegsetel Euroopa ülikoolidel ja eeskujuks olnud Uppsala ülikoolil, oli neli teaduskonda: filosoofia-, usu-, õigus- ja arstiteaduskond, kuid traditsiooniliselt kujunes ülikoolis juhtivaks fakulteediks usuteaduskond. Õppetegevuses: oli usuteaduskonnas kaks professorit, õigusteaduskonnas samuti kaks, arstiteaduskonnas üks ja filosoofiateaduskonnas 11 professorit. Ülikooli ülem hoolekanne ning valitsemine kuulus kantslerile ja prokantslerile, kuna tegelik juht oli Tartu ülikooli rektor, kes oli professorite hulgast määratud. Accidentia Gustaviana esimesed professorid kutsuti Põhja-Saksamaalt Mecklenburgist ja Pommerist
Tartu ülikooli esimene asukoht, hoone, kus Academia Gustaviana 1632. aastal alustas, oli praeguse Tartu Ülikooli peahoone tagant Toomemäele viiva jalgtee vasakpoolsel platsil, praeguse majandusmaja vastas. Academia Gustaviana sünnile eelnes gümnaasiumi asutamine Tartusse. Viimane avati 13. oktoobril 1630 majas, kus Poola ajal oli asunud jesuiitide kolleegium, kui gümnaasium ülikooliks muudeti, jäi selle kasutusse kolleegiumihoone. 1638. aastal ostetud maja Püha Jaani tänavas, kuhu seati sisse ülikooli trükikoda, arhiiv ja raamatukogu. 1642. aastast oli ülikooli kasutuses Academia Gustaviana hoone Jaani tänav 8. Pärast tulekahju 1667. aastal oli hoone varemeis, taastamist alustati 1688. aastal Paul von Esseni kava kohaselt. Hoone mõlemal korrusel oli kaks auditooriumi (sh suur loengusaal ülakorrusel) ja ülal paiknes ka raamatukogu. Academia Gustaviana töötas hoones aastatel 1690–1699. 
Kõik üliõpilased alustasid õpinguid filosoofiateaduskonnas, mis andis üldisema kõrghariduse ja oli baasiks mingile erialale. Selline üldine kõrgharidus, mis taotles, et üliõpilane oleks kõigeteadja, nõudis kuni kuus aastat kestvaid õpinguid. Igal juhul oli selleks vaja vähemalt kaks aastat. Pärast seda järgnes spetsialiseerumine ja veel kolm aastat õpinguid samas või mõnes muus teaduskonnas. Seega oli normaalne õpiaeg ülikoolis üheksa aastat, kuigi võis toime tulla ka lühema ajaga. 
Ülikooli töö Tartus katkes 1656–1658 aastate Vene-Rootsi sõja tõttu ja Vene vägede rünnakuga Rootsi Balti provintside vallutamiseks 1656. aastal. Selle käigus kapituleerus ka Tartu linn piiravatele Vene vägedele. Tartu Ülikooli professorid ja üliõpilased põgenesid sõja jalust Tallinna, kuid katse rajada ülikool Eestimaa pealinnas äpardus Tallinna rae vastuseisu tõttu. Professorid said kasutada Tallinna Gümnaasiumi ruume küll kuni 1665. aastani, kus akadeemiline tegevus soikus lõplikult 1665. aastal. Ülikooli tegevus katkes seejärel 25 aastaks.
1690. aastal sai Tartust jälle ülikoolilinn, ülikooli kantsleriks nimetati Liivimaa kindralkuberner Jakob Johann Hastfer, prokantsleriks Liivimaa kindralsuperintendent Johann Fischer. Rootsi-vastase koalitsiooni ja 1695.–1697. aasta suure näljahäda tõttu viidi ülikool Tartust Pärnusse.
Academia Gustavo-Carolina.
28. augustil 1699 Pärnus avatud Academia Gustavo-Carolina pääses Põhjasõja käigus 1708. aastal toimunud Tartu elanikkonna küüditamisest. Esimeseks Pärnu ülikooli rektoriks oli professor Michael Dau. Pärnusse kolinud ülikool sai seal tööd jätkata 1710. aastani, mil selle tegevus katkes seoses linna kapituleerumisega Põhjasõjas Vene vägedele 12. augustil 1710.
Juba enne ülikooli taasavamist 21. augustil 1690 oli arutlusel ülikooli üleviimine Pärnusse ja ka Riiga – plaan, mida pooldas Liivimaa kindralsuperintendent Johann Fischer, kes pidi saama ülikooli prokantsleriks. Karl XI pooldas aga Tartut, ning oma seletuses märkis kuningas „... et ülikool juba varem siin on olnud“, rõhutades seega eelnevat järjepidevust. Uuesti tuli ülikooli kolimine jutu alla 1693. aastal senati istungil. Probleemidena toodi esile nii korterite saadavust, nende kõrget hinda kui ka Venemaa piiri lähedust, probleem oli ka toiduainetega ja oma majade ehitamisega, nimelt nõue, et linnamüüridesse võib ehitada vaid kivimaju, mis olid kordades kallimad. Tõsisemalt sai kolimismõte alguse 1695. aasta kevadel, mil ülikooli delegatsioon, s.h kantsler Jakob Johann Hastfer ja prokantsler Johann Fischer Pärnut külastasid ja läbirääkimise pidasid, vaadates üle ka Pärnu ordulossi mis pidi antama ülikooli käsutusse. Kolimine aga viibis seoses J. J. Hastferi surmaga ja taaselustus alles Erik Dahlbergi ametisse määramisel 1. veebruaril 1696, kes sai sel ajal ka Liivimaa kindralkuberneriks. Kolimine viibis aga jälle, seekord 1696.–1697. aasta näljahäda tõttu. Teoks sai see alles 1699. aasta suvel, kuna ordulossi kordaseadmine ja remont viibis rahaliste võimaluste puudumise tõttu. 22. juulil 1699 pidas ülikooli senat viimase istungi Tartus ja 23. augustil 1699 peeti esimene istung Pärnus.
Esimene ja ainus doktoriväitekirja kaitsmine Academia Gustavo-Carolinas 1699. aasta 7. detsembril, kui kraadi sai usuteaduste professor Olaus Moberg.
Ülikooli pitsatit ja nime uuendati alles 1700. aasta juunis, ülikooli uueks nimeks sai Academia Pernaviensis. Kuni selle ajani oli ametlikult kasutusel veel nimi Academia Dorpatensis ja kõnekeelselt Academia Gustavo-Carolina.
Academia Pernaviensis.
Põhjasõjast saadi ülikoolis teada 1700. aasta veebruaris, kui saabusid teated Riia piiramisest. Järgnes ärev aeg: kavandati ülikool evakueerida ning pitsatid, skeptrid, raamatukogu ja arhiiv eeskätt ära viia, lõpuks pakiti raamatukogu küll ära, aga muu osas jäädi ootele. 1700. aasta mais pandi raamatukogu taas üles ja jätkati ülikooli tegevuse korraldamist Pärnus. Suvel tulid sõjapaanika ja puuduse mõjud aga taas esile ning õppetöö ja senati töö katkes 23. augustil, lisaks olid Rootsi pagenud professorid Daniel Eberhard, Lars Braun ja L. Molin. Õppetöö taastus aasta lõpul, pärast seda kui Karl XII oli võitnud Peeter I vägesid Narva all ning jäänud talvituma Laiusel. Ülikooli uueks rektoriks valiti Olaus Moberg. 1701. aasta kevadel sai ülikool kuninga määrusel uued õppejõud, pärast seda kui oli vallandanud Rootsi pakku põgenenud õppejõud, kes ei olnud tagasi tulnud, ja Rootsis pikemalt olnud matemaatikaprofessori Sven Dimbergi, uued professorid määrati küll ametisse alles 1701. aasta sügissemestriks.
Edasistel sõja-aastatel olid ülikoolil mured sõjaväega nii majutuse kui ka varustuse küsimuses, nimelt hoiti ülikooli saalides ja ruumides vahepeal küll sadulaid, püstoleid ja humalaid, ülikooli keldris aga oli pikka aega hoiul laskemoon ja püssirohi, kui trükikoda sealt välja koliti. Probleeme oli ka sõdurite majutamisega seoses. Ülikool ja selle teenistujad olid vabastatud kohustusest majutada enda juures sõdureid, aga sellest keelust astuti korduvalt üle ja oodati ülikoolilt paindlikkust, see vaidlus jõudis ka kuningani, kes astus ülikooli privileegide kaitseks välja. Teravaim probleem oli ehk Daniel Sarcoviusel, kelle korter oli tema ära olles kaptenile ja pärast korteri tagasisaamist hiljem uuesti ooberstleitnandile ära antud, kelle majutamisel koguni uks sisse löödi, et sisse saada ning professori asjad välja tõsteti. See konkreetne juhtum jõudis kuningani, kes nõudis juurdluse alustamist. Olukorra tegi pikantsemaks ja tähtsamaks D. Sarcoviuse valimine rektoriks 1703. aasta lõpul. Ülikool kaotas aga 1703. aastal ühe oma eestkostja ja võitleja seoses kantsler E. Dahlbergi surmaga, see tegi edasise arengu, juurdeehitused ja ülikooli korralikult sisseseadmise problemaatilisemaks, seda eriti sõjaolukorda arvesse võttes.
Ülikooli Pärnu elu ilmestasid krooniline rahapuudus ja sisseseadmise probleemid, professoritele ja üliõpilastele jäi ettenähtud palk ja stipendium esimestel sõja-aastatel maksmata. Lisaks oli probleeme ülikooli peahoone korrashoiuga, nimelt lekkis äsja remonditud ülikoolihoone katus – probleem, mis ajaga kasvas ja nõudis hiljem põhjalikumat remonti, mis hõlmanuks tuhandete katusekivide väljavahetamist. Alatised olid probleemid korteritega nii professorite kui ka üliõpilaste majutamisel, pakuti välja ka ühiselamu loomist ja ühistoitlustamist. Ülikoolil oli ka kindel soov luua oma botaanikaaed, mis Tartus ei olnud teoks saanud sobiva krundi puudumisel. See jäi aga raha ja muude probleemide tõttu tegemata. Omaette muret tekitas kolimise algusaastatel igapäevaelus ka matemaatika professori S. Dimbergi pikk eemalviibimine, kelle ekspertiisi oli vaja tähetorni kavandamisel ja vajalike mõõteriistade soetamiseks.
1709. aasta oktoobris algas uus sõjaärevuse aeg ülikoolis. Järgmise aasta suvel viidi ülikooli raamatukogu ja senat Stockholmi, kus see osaliselt asub tänini, senati protokollid on tagasi Tartus. 1710. aasta suvel oli linnas ka katk ning suur osa linna elanikkonnast k.a professorid surid, s.h loogika ja füüsika professor Michael Dau. Kuigi Peeter I lubas säilitada Pärnu ülikooli ja hoolitseda, et keegi ei kannataks puudust, ei olnud võimalik õppetööd Pärnus jätkata. Suur osa Pärnu elanikkonnast oli katku surnud ning üliõpilased ja professorid olid lahkunud või surnud, ülikooli vara oli Rootsi saadetud. Ka pärast Uusikaupunki rahu ei lubanud kohalikud olud Pärnus ülikooli taastada, nagu oli ette nähtud kapitulatsioonitingimustes, osaliselt akadeemilise kodanikkonna puudumise tõttu, aga ka Liivimaa rüütelkonna huvipuuduse tõttu.
Pärnus jätkus tava kirjutada eestikeelset luulet ladinakeelsete dissertatsioonide eessõnaks, andes sellega väikese, kuid siiski märgilise panuse Eesti kirjakeele arengusse. Lisaks jätkas ülikool ka loa taotlemist, et trükkida saaks lõunaeestikeelseid ja lätikeelseid tekste, sõjaolukorra tõttu sellele probleemile vastust ei leitud ja kuningas vastavale palvekirjale ei vastanud.
Rootsi aja iseloomustus.
Kuna kohalik õppejõudude kaader puudus, loodi see Tartusse kutsutud professoritega, kes säilitasid oma senised teaduskontaktid. Seetõttu kujunes ja arenes ka Tartu Ülikool oma õppetegevuses ühises Euroopa kultuuriruumis. Abi oli ka Lundi Ülikoolist. Õppeained filosoofiateaduskonnas jagunesid pärisfilosoofilisteks (loogika, dialektika, retoorika, eetika, poliitika) ja natuurfilosoofiaks, mis oli seotud loodusteadustega.
Õppetegevuse aluseks oli Petrus Ramuse (Pierre de la Ramée) õpetus, kes võitles selle eest, et teadus vabaneks teoloogia ja Aristotelese autoriteedist. Ajaloo käsitluses oli käsitlus jaotati neljaks üksteisele järgneva suurriigi ajastuks. Täppisteaduste alal on tähelepanuväärne, et Tartu Ülikooli matemaatikaprofessor ja rektor Sven Dimberg hakkas vähemalt 1693. aastast pidama loenguid Newtoni õpetusest – sellal polnud Newtoni gravitatsiooniteooria ka Inglismaal veel kõikjal omaks võetud. Njutoniaanliku füüsika õpetamine jäi siiski Dimbergi isiklikuks algatuseks ning pigem valitses toona samuti edumeelne, aristotellikule skolastikale vastanduv kartesiaanlus.
Olulist osa kultuuriloos etendas see, et paralleelselt organiseerimistöödega ülikooli rajamiseks toimusid ettevalmistused ülikooli trükikoja asutamiseks. Esimeseks Eestis trükitud raamatuks on peetud Henrik Boismanni disputatsiooni. Ülikooli trükikoja viimane trükis ilmus jaanuaris 1710. Üldse ilmus u 1500 üllitist. Academia Gustaviana trükikoja avamisega (avati ülikooli eelkäija Tartu gümnaasiumi juures) sai alguse raamatutrükkimine Eestis.
Eesti keel Tartu Ülikoolis.
Tartu ülikooli asutamise järel toimus õppe- ja teadustöö selles peaaegu täielikult ladina keeles. Sel ajal ei peetud veel vajalikuks ega võimalikuks anda akadeemilist haridust mõnes kohalikus provintsis kõneldavas muus keeles, näiteks ülemsaksa, alamsaksa või rootsi keeles, rääkimata lihtrahva (lõuna)eesti või läti keelest.
Mitmed kohalikud Rootsi võimuesindajad soodustasid siiski pastorite ja riigiametnike kohaliku keele õpet. Kuningavõimu korraldusel pidid Liivimaal riigiameteid taotlevad kandidaadid õppima vähemalt kaks aastat ülikoolis, et omandada elementaarne keeleoskus. (Korraldust jõustada siiski ei suudetud.) Kohaliku keele õppimine oli soodustav asjaolu õppestipendiumi saamisel. Eesti keele oskus oli õppejõududele vajalik, et olla suuteline otsustama, kas üliõpilase keeleoskus on nõutaval tasemel kirikuõpetaja või riigiametniku kohale asumiseks ning Tartu-perioodil ka suhtlemiseks Tõrvandi küla talupoegadega, sest selles külas oli jagatud professoritele maad nende sissetulekute suurendamiseks.
Tartu Ülikooli kasvandikest on eesti keele arendamisel silmapaistev roll: Johann Gutslaff tõlkis lõunaeesti keelde Piibli ja Andreas Virginius 1686. aastal Uue Testamendi. Koos pojaga tõlkis Virginius eesti keelde ka osa Vanast Testamendist ning osales suure katekismuse ja lauluraamatu tõlkimises. Tallinna Toomkiriku eesti koguduse õpetajat Martin Gillaäust (1610–1686) peetakse esimeseks, kes mõistis, milline on eesti keeles omastav kääne.
Vaheperiood 1710–1802.
Juba Liivimaa rüütelkonna kapitulatsiooniaktis, mis sõlmiti Riia alistumisel 4. juulil 1710, lubati pärast Pärnu alistumist ülikool säilitada ning varustada asjatundlike luterlike professorite ja harjutusmeistritega. Ülikooli renomee tõstmiseks kavatseti sinna saata õppima vene noormehi. Tingimuseks oli vaid, et Pärnu peab alistuma kokkuleppe alusel või sõjategevuses passiivseks jääma.
Lubadust säilitada Pärnus ülikool kordas Peeter I 12. oktoobril 1710, kui ta kinnitas Liivimaa kapitulatsioonipunktid. Ta koguni lisas täienduse: hoolitseda, et ülikoolis oleksid kohad täidetud ega tuleks kannatada puudust. Tingimuseks oli ainult, et võetakse ametisse professor, kes õpetab slaavi keelt.
1734. aastal määras keisrinna Anna Ivanovna asekantsler Heinrich Johann Friedrich Ostermanni uuesti asutatava Tartu ülikooli kuraatoriks ("kaitsjaks").
Aastail 1736–1800 oli eesti- ja liivimaalaste tähtsaim õpingukoht Saksamaa Jena ülikool, kus sel ajal asus õppima 507 eesti- ja liivimaalast. Teisel kohal oli Leipzigi ülikool (280), kolmandal kohal Halle ülikool (265), neljandal kohal Göttingeni ülikool (256), siis Königsbergi ülikooli (235) ja ülejäänud kõrgkoolid; Erlangen, Strasbourg, Helmstedt, Heidelberg.
Suure Prantsuse kodanliku revolutsiooniga ra­kendas keisrinna (1762–1796) Katariina II abinõusid, et tõkestada revolutsiooniideede levikut Venemaal. 
Venemaa keiser (1796–1801) Paul I ukaas 9. aprillist 1798, mille kohaselt Vene tsaaririigi alamad ei tohtinud võõrsile õppima minna ning juba välismaa ülikoolides õppivad noormehed kutsuti tagasi, katkestas ajutiselt Eesti- ja liivimaalaste siirdumise välismaale õppima kolmeks aastaks. Ukaasi tühistas 1801. aastal, uus troonile asunud keiser (1801–1825) Aleksander I. Aleksander I ajal asutati Venemaa keisririigis ka uusi ülikoole: Kaasanis (1804), Harkovis (1805) ning taasti Tartu ülikool (1802) ja Peterburi ülikool (1819).
Keiserlik Tartu Ülikool.
18. sajandi lõpul kattusid Vene keskvõimude hariduspoliitilised huvid kohaliku eliidi taotlustega. 21.–22. aprillil 1802 taasavati Tartu ülikool rüütelkondadest sõltuva Balti (provintsiaal)ülikoolina. 12. detsembril 1802, Venemaa keisri (1801–1825) Aleksander I kinnitatud asutamisaktiga sai ülikoolist saksakeelne Keiserlik Tartu Ülikool ("Kaiserliche Universität zu Dorpat"; "Императорский Дерптский университет", "Imperatorski Derptski Universitet").
Tartusse taasrajatud ülikool kujunes kogu saksa kultuuri mõju all olevate Venemaa keisririigi Balti provintside teaduselu keskuseks. Tartu ülikool kujunes vene ja saksa kultuuriruumi vaheliste teaduskontaktide sõlmpunktiks. Aastatel 1801–1805 immatrikuleeriti Keiserlikku Tartu Ülikooli 179 ja 1806–1810, 172 eesti- ja liivimaalast. Ajavahemikus 1802–1810 immatrikuleeriti Tartu ülikooli kokku 351 eesti- ja liivimaalast, kuid samal ajal jätkus ka ühest ülikoolist teise peregrineerimise traditsioon, ja välismaa asus ülikoolidesse õppima 118 üliõpilast.
Taasavamisel oli ülikoolis neli teaduskonda: filosoofia-, usu-, õigus- ja arstiteaduskond.
1803. aastat rajati üldise ajaloo, statistika ja geograafia ning Venemaa, eriti Eesti-, Liivi- ja Kura- ning Soomemaa ajaloo, statistika ja geograafia (s.o regionaalajaloo) professuur. Ajalugu ning statistika ja geograafia eraldati omaette professuuriks 1820. aastal. 
Pärast ülikooli taasavamist sai arstiteaduskonnas korraliseks patoloogia- ja teraapiaprofessoriks Daniel Georg Balk, kes avas 1. mail 1804 haigete ravimiseks ja üliõpilastele praktika andmiseks Riia mäel linnakodanik Dahlströmi majas 8–10 voodikohaga Clinicumi. Seda peetakse Tartu Ülikooli Kliinikumi alguseks.1804. aastal Tartu Ülikoolis veterinaaria kateedri sulgemise järel tekkinud Tartu Veterinaarkoolist arenes välja Tartu Veterinaaria Instituut (1848). Filosoofiateaduskonnas alustas 1806. põllumajandusloenguid Tartu Ülikooli põllumajanduse ja tsiviilarhitektuuri professor Johann Wilhelm Krause.
Johann Wilhelm Krause projekteeritud ülikooli klassitsistlikus stiilis peahoone on ehitatud 1804–1809, anatoomikum ehitati 1805, tähetorn 1810, raamatukogu Tartu toomkiriku varemetes 1806–1809, kliinikud 1808. 1820. aastail ehitati ülikooli tähetornile pööratav kuppel, anatoomiateater sai tiibhooned, 1821. aastal Jakobi tänav 5 Tartu Ülikooli maneeži kivihoone, laiendati botaanikaaeda ja kõiki ülikooli teaduskogusid. Tartu õpperingkonna kuraatori Georg von Bradke ajal, aastatel 1856–1859 rajati juurde ka Tartu Ülikooli peahoone tiibhooned ja Tartu ülikooli kirik. 
Aastatel 1828–1838 koolitati Tartu Ülikooli Professorite Instituudis tulevasi professoreid Venemaa ülikoolidele. 1850. aastal moodustati filosoofiateaduskonna baasil ajaloo-keeleteaduskond ja matemaatika-loodusteaduskond. 
Tartu ülikooli dünaamiline areng kestis aastatel 1820–1890, millest aastaid 1855–1880 on peetud akadeemilise enesekesksuse ajastuks, kuid vilistlaste silmis hoopis teiseks õitsenguajaks. Seal õppisid või õpetasid galvanoplastika leiutaja Moritz Hermann Jacobi, kaasaegse embrüoloogia üks rajajaid Karl Ernst von Baer, füüsikalise keemia üks rajajaid Wilhelm Ostwald, vere hüübimise fermentatiivse teooria ja vereülekande aluste väljatöötaja Alexander Schmidt jpt.
Tartu Ülikooli provintsiaalõiguse professor Friedrich Georg von Bunge koostas Balti provintsiaalseadustiku kolmanda jao (Balti Eraseaduse), mis hakkas kehtima 1865. aastal ning kehtis Lätis 1937. ja Eestis 1944. aastani. 
Pärast 1830–1831. ja 1863–1864. aasta ülestõusu Poolas hakati väga paljusid poolakaid, eriti just poola noort intelligentsi, oma kodumaal kahtlustama ja poliitiliselt jälitama. Tagakiusamise all kannatavad või ka koolidest väljaheidetudpoola noored said siis haridust jätkata Eesti ala koolides, kus paljud omandasid hariduse siinsetes gümnaasiumides ja õppisid seejärel edasi Tartu ülikoolis ning kelle poolt asutati 1828. aastal Konwent Polonia ning katoliiklastest üliõpilaste, professorite ja muude linnas ning ümbruses asuvate kiriku liikmete jaoks avati 1849. aastal Tartu ülikooli kabel ning 1899 katoliku kirik. A. Hasselblatt! ja G. Otto raamatu "Album Academicum der Kaiserlichen Universität Dorpat" (Tartu, 1889), andmetel oli ülikooli üliõpilaste loetelus aastaist 1802–1889 poolakaid, kelle arv ulatus tuhandeni.
Esimesed üliõpilasorganisatsioonid tekkisid maiskondlike korporatsioonidena. 1816. aastal palus rektor Friedrich Eberhard Rambach Tartu politseimeistrilt linna valvama ühte kasakapolku, et ära hoida sõda üliõpilaste vahel. 1824–1855 olid korporatsioonid ametlikult keelatud, 1862. aastal korporatiivne üliõpilasriik legaliseerus.
Eesti üliõpilaste koondumine algas 1870. aastal "Kalevipoja" ühislugemistelt. Kalevipoja-õhtutelt sai alguse Eesti Üliõpilaste Selts (1873–1881 tegutseti seltsi Vironia nime all). 1884. aastal pühitseti Eesti Üliõpilaste Seltsi lipp, sinimustvalge trikoloor.
Keiserlik Jurjevi Ülikool.
1889. aastal alanud venestuslaines muudeti Tartu ülikool tavaliseks Venemaa kõrgemaks õppeasutuseks Keiserlik Jurjevi Ülikool (Imperatorski Jurjevski Universitet, "Императорский Юрьевский университет"). 1895 kehtestati õppekeeleks vene keel. Venestusajal Tartu ülikoolis muudeti õppetöö 1893. aastaks täielikult venekeelseks, mitmed tunnustatud saksa ja baltisaksa õpetlased lahkusid Saksamaale. Hoolimata suurtest muudatustest üliõpilaskonnas ja professuuris jäi Tartu vene ülikool rahvusvaheliseks teaduskeskuseks. Tartu ülikooli erilisus Venemaa kontekstis seisnes selles, et ta haris impeeriumile kõigis teadusvaldkondades silmapaistvaid teadlasi ja kõrgemaid riigiametnikke, eriti õiguse ja diplomaatia valdkonnas.
1914. aastal tegutsesid Keiserlikus Jurjevi Ülikoolis üliõpilasorganisatsioonid: "Arminia", "Estonia" , "Fraternitas Academica", "Fraternitas Estica", "Fraternitas Vigoria", "Kuronia", "Letonia", "Livonia", "Neobaltica", "Polonia", "Rigensis", "Sakala", "Teutoonia", "Ugala".
Esimene maailmasõda ja Saksa okupatsioon.
17. augustil 1915 lubati naised nii Tartu Ülikoolis kui ka teistes Venemaa Keisririigi kõrgkoolides meestest täitmata õppekohtadele täieõiguslike üliõpilastena, kuigi matrikliraamatusse hakati neid kandma kaks aastat hiljem. Muudatus oli seotud esimese maailmasõjaga, mis viis paljud mehed rindele ja mille tõttu leiti olevat sobilik naiste õigusi laiendada täitamaks vabaks jäänud õppekohti. Õigus vabakuulajatena ülikooli õppetööst osa võtta oli naistel juba 1905. aastast. Tartu Ülikooli esimese naisüliõpilasena kanti nimekirja Jekaterina Sadovskaja, esimene eestlasest naisüliõpilane oli Alma Lüübek.
Maailmasõja keerises häiris 1915. aastast alates akadeemilist elu ülikooli varade ja isikkoosseisu evakueerimine. 1918. aasta veebruaris toimunud Eesti mandriosa okupeerimisele Saksa keisririigi vägede poolt järgnes venekeelse ülikoolihariduse keelamine okupatsioonivõimude poolt 20. märtsil ning ülikooli varade ja vene õppejõudude evakueerumine Voroneži. 
Saksa okupatsioonivõimude toel avati Tartus provintsiaalülikool (Landesuniversität Dorpat) 15. septembril 1918, kuid paar kuud hiljem oli Saksamaa alistumisega saabunud maailmasõja lõpu tõttu ka saksakeelne ülikool Tartus sunnitud oma tegevuse lõpetama. 1918. aastal oli Tartu Ülikooli (Landesuniversität Dorpat) Tartu Ülikooli rektor Saksa okupatsiooni ajal Karl Dehio, viimane sakslasest ülikooli rektor. Saksa võimude poolt määrati ülikooli kuraatoriks prof. dr. Theodor Schiemann. 27. novembril 1918 andis sõjaväekomando komandör Tartu ülikooli üle Eesti Ajutise Valitsuse moodustatud komisjonile.
Eesti aeg Tartu Ülikoolis.
1. detsembril 1919 alustas ülikool tööd eestikeelse Eesti Vabariigi Tartu Ülikoolina. Õppetööga tegi algust 347 üliõpilast, kellest 90% olid eestlased. Pärast Vabadussõja lõppu 1920. aastal hakkas üliõpilaste arv kiirelt kasvama ning sama õppeaasta lõpuks oli see juba enam kui kahekordistunud.
1919. aastal alustati õppetööd viie teaduskonnaga: õppida sai arstiteadust, filosoofiat, matemaatika- ja loodusteadusi, veterinaariat ja põllumajandust. Peatselt lisandusid usuteaduskond ja õigusteaduskond.
Esialgset õppejõudude nappust aitasid leevendada kutsutud teadlased ja õppejõud Soomest, Rootsist ja Saksamaalt, kes aga ei osanud eesti keelt.
Algul juhtis ülikooli kuraator Peeter Põld (EÜS). Alates 1920. aastal Tartu Ülikooli rektoriks nimetatud Henrik Koppelist kuni 1937. aasta lõpuni täitsid ülikooli rektori ametikohta katkematult Eesti Üliõpilaste Seltsi vilistlased. 
1926. aastal asus rahaminister Leo Sepp seisukohale, et tarvitusele tuleks võtta kõik võimalikud abinõud, et vähendada üliõpilaste arvu, kuna ülikooli ülalpidamise kulud on riigile üle jõu.
1936. aastal alustas Tartu Ülikoolis õpinguid esimene mustanahaline, Washingtonist pärit Rudolph William Whitfield, kes lõpetas arstiteaduskonnas õpingud 1938. aasta aprillis. 
1. jaanuaril 1938 jõustus ülikoolide seadus ja Eestis oli kaks samaõiguslikku ülikooli: Tartu Ülikool Tartus ja Tallinna Tehnikaülikool Tallinnas. Uue põhiseaduse alusel olid mõlema ülikooli rektorid Riiginõukogu liikmed.
Aastail 1919–1939 lõpetas Tartu Ülikooli usuteaduskonna 241, õigusteaduskonna 1618, majandusteaduskonna 816, arstiteaduskonna 798, arstiteaduskonna rohuteadusosakonna 336, arstiteaduskonna kehakasvatusosakonna 40, filosoofiateaduskonna 756, matemaatika-loodusteaduskonna 538, loomaarstiteaduskonna 219, põllumajandusteaduskonna 313 ja põllumajandusteaduskonna metsandusosakonna 76 isikut, kõik kokku 5751 vilistlast. Kuna alates 1. detsembrist 1919 kuni 1. detsembrini 1933 oli ülikooli vastu võetud 13 493 üliõpilast ja arvestades ülikooli kursuse läbivõtmiseks kuni kuus aastat oli ülikooli lõpetanud 42,6% immatrikuleerituist.
Tartu Riiklik Ülikool.
Esimesel nõukogulikul õppeaastal 1940/1941 suleti üliõpilasühendused ja akadeemilised seltsid ning katkesid senised teaduskontaktid Lääne-Euroopa teaduskeskuste ja ülikoolidega. Õppekavad ühtlustati Nõukogude Liidus kehtivatega. Mindi üle üleliidulisele õppekorraldusele: kehtestati kursuste süsteem, õppekavadesse lisati kohustuslikena uuest ideoloogiast marksismist-leninismist lähtunud õppeained, NSV Liidu ajalugu. Eesti presidendi dekreediga 06.08.1940 likvideeriti usuteaduskond. 09.10.1940 kinnitas Eesti NSV Rahvakomissaride Nõukogu Tartu Riikliku Ülikooli ajutise põhikirja. Eesti NSV RKN määrusega 09.10.1940 sai ülikooli ametlikuks nimeks Tartu Riiklik Ülikool (TRÜ). 28.09.1940 viidi Eesti NSV Ülemnõukogu Presiidiumi seadlusega majandusteaduskond Tallinna Tehnikaülikooli juurde. 1940–1941 allus ülikool Eesti NSV Hariduse Rahvakomissariaadile. Vastavalt 9. oktoobril 1940 kinnitatud Tartu Riikliku Ülikooli ajutisele põhikirjale oli TRÜ-s kuus teaduskonda: arsti-, ajaloo-keele-, matemaatika-loodus-, õigus-, põllumajandus- ja loomaarstiteaduskond.Tartu Riikliku Ülikooli parteialgorganisatsioon loodi 5. septembril 1940, 8. jaanuaril 1941 kuulus ülikooli, K. Mäe nimelise kunstikooli, "Vanemuise" teatri ja kirjastuse ühisesse organisatsiooni kokku 15 liiget ja 8 liikmekandidaati, büroo sekretär oli Ilmar Kruus. 
Saksa okupatsioonivõimude saksakeelne "Ostland-Universität in Dorpat" kavandati kogu Baltikumile. Kuid hetkevajadusi arvestades avati eestikeelsena Eesti Omavalitsuse Tartu Ülikool, mis tugines 1938. aasta ülikooliseadusele. Sõja tingimustes olid eelistatud arsti-, loomaarsti- ja põllumajandusteadused. Õppetööd ülikoolis alustati 31. jaanuaril 1942 ja õppetöö seiskus 1944. aasta kevadsemestril.
Teise maailmasõja sõjatules hävis mitu ülikooli hoonet, õppejõudude ja teenistujate eluasemeid ja raamatukogusid.
1944. aasta sügisel jätkati 1941. aasta suvel pooleli jäänud ümberkorraldusi. 25. novembril 1944 jätkas tegevust TRÜ parteialgorganisatsioon, kuhu kuulus viis liiget: sekretär Lydia Roots, Hans Kruus, Karl Taev, Kaarel Ird ja Leida Ird. Ülikool allutati Eesti NSV Hariduse Rahvakomissariaadile ja alates 1946. aastast NSV Liidu Kõrgema Hariduse Ministeeriumile. 1949. ja 1950. aasta alguse kataklüsmid ja repressioonid ei jätnud puudutamata ka ülikooli. 1944. aasta sügisel alustas Tartu Riiklik Ülikool tööd seitsme teaduskonnaga: ajaloo-keele-, arsti-, matemaatika-loodus-, õigus-, põllumajandus-, loomaarstiteaduskond ja kehalise kasvatuse instituut. 1946. aastal eraldus põllumajandusteaduskonna metsaosakond, omaette metsandusteaduskonnaks. Aastail 1947–1948 jagunes TRÜ matemaatika-loodusteaduskond ajutiselt füüsika-matemaatika ja bioloogia-geograafiateaduskonnaks.
1951. aastal loodi ülikooli veterinaariateaduskonna, põllumajandusteaduskonna ja metsandusteaduskonna baasil Eesti Põllumajanduse Akadeemia. Aastail 1955–1963 kuulus kehakultuuriteaduskond omaette osakonnana arstiteaduskonna koosseisu, 1963. aastal taastati kehakultuuriteaduskond. Vt. Ülikooli koosseis 1961, 1966, 1968, 1982. 1961. aastal jagunes matemaatika-loodusteaduskond kaheks: bioloogia-geograafia ja füüsika-matemaatikateaduskonnaks. 1967. aastal jagunes TRÜ füüsika-matemaatikateaduskond füüsika-keemia- ja matemaatikateaduskonnaks. 1968. aastal eraldus õigusteaduskonnast majandusteaduskond. 16. aprillil 1973 moodustati Tartu Riikliku Ülikooli ajaloo-keeleteaduskonna baasil kaks eraldi teaduskonda: ajalooteaduskond ja filoloogiateaduskond.
ENSV Kõrg- ja Keskerihariduse Ministeeriumi Tartu Riikliku Ülikooli rektoraadi moodustasid ülikooli rektor, neli prorektorit (teadus-, haldus- ja kaks õppeprorektorit) ning tähtsamate ühiskondlike organisatsioonide juhid eesotsas EKP TRÜ Komitee sekretäriga. Õppetegevuses jagunesid teaduskonnad osakondadeks ja osakonnad kateedriteks. Teaduskonna tööd juhtis dekanaat eesotsas dekaaniga, kelle kinnitas kolmeks aastaks ametisse rektor.
Peale teaduskondade koosseisus olevate erialakateedrite olid veel TRÜ üleülikoolilised kateedrid: marksismi-leninismi aluste (NLKP ajaloo kateeder), poliitilise ökonoomia kateeder ning dialektilise ja ajaloolise materialismi (Filosoofia kateeder), sõjanduse kateeder, pedagoogika ja metoodika kateeder ning 1964. aastast teadusliku kommunismi teadusliku kommunismi kateeder.
TRÜ NLKP ajaloo kateedri juhataja oli aastatel 1944–1961 Vilhelm Reiman, 1960–1968 Johannes Jakobson, 1976–1988 Johannes Kalits. Teadusliku kommunismi kateedri juhatajad: Aleksander Blumfeldt, Ivan Volkov.
Pool sajandit pärast eestikeelse ülikooli avamist oli üliõpilaste arv üle 4100 ja neist 81% olid eestlased. Teaduskondi oli kaheksa, üliõpilaste arvult oli suurim arstiteaduskond.
Ülikool taasiseseisvunud Eestis.
Aastail 1989–1992 muudeti Tartu ülikooli organisatsiooni ja akadeemilist sisu ning taastati akadeemilised traditsioonid.
1990. aastatel rajati mitu kolledžit:
Rajatud on ka uusi õppehooneid. Nende seas näiteks Biomeedikum (1999), matemaatika-informaatikateaduskonna õppehoone (2003), Chemicum (2009), Omicum (2011) ja Physicum (2014).
2003. aastast kuulub Tartu Ülikool Coimbra gruppi, kuhu kuulub veel 36 Euroopa ülikooli, ja Utrechti võrgustikku, kuhu kuulub veel 33 Euroopa ülikooli.
2005. aasta augustis ühines Tartu Ülikooliga Viljandi Kultuuriakadeemia.
2016. aastal jõustus reform, millega koondati struktuuriüksused nelja valdkonna alla. Otsus kinnitati vaatamata teaduskondade avalikule protestile, mida ajakirjanduses vedasid eest eelkõige õigus- ja usuteaduskond. Otsuse aluseks toodi administratiivsed põhjendused, mis ei pidavat mõjutama õppe- ja teadustööd.
Enne seda oli ülikoolil üheksa teaduskonda (arstiteaduskond, filosoofiateaduskond, kehakultuuriteaduskond, loodus- ja tehnoloogiateaduskond, majandusteaduskond, matemaatika-informaatikateaduskond, sotsiaal- ja haridusteaduskond, usuteaduskond ja õigusteaduskond) ja neli kolledžit. Pärast reformi on ülikoolis humanitaarteaduste ja kunstide valdkond, sotsiaalteaduste valdkond, meditsiiniteaduste valdkond ning loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Tartu Ülikooli vilistlased.
vt.