16. sajand Eestis

16. sajand Eestis oli periood Eesti ajaloos, osa Eesti keskajast.
Alade poliitiline jaotus.
Eesti ala kuulus kuni 16. sajandini koos Lätiga Vana-Liivimaa koosseisu. Vana-Liivimaal olid tihedad seosed ka Saksa-Rooma riigiga: 1521. aastal said riigivürstideks (keisri vasalli tiitel) ka Tallinna ja Kuramaa piiskop ning 1526. aastal ka Liivi ordu maameister, mille järel võis kogu Liivimaad Saksa-Rooma riiki või vähemalt keisri ilmaliku ülemvõimu alla kuuluvaks lugeda. Riigivürstideks olid juba 13. sajandist, 1225. aastast Riia ja Tartu piiskop, 1228. aastast Saare-Lääne piiskop.
Lõplikult omandas Liivi ordu Põhja-Eesti 1525. aastal, kuid ka kuni selle ajani teostas reaalset valitsusvõimu seal Liivi ordumeister.
Alates 1420. aastatest olid kohalikud riigid koondunud veidi tihedamalt tänu Liivimaa maapäevadele; seetõttu on keskaja lõpu Liivimaad alates 19. sajandist nimetatud ka Liivimaa konföderatsiooniks, ehkki viimased uurimused on näidanud selle anakronistlikkust, sest Liivimaa territooriumid olid omavahel liialt lõdvalt seotud, et seda saaks pidada poliitiliste üksuste (riikide) liiduks.
Liivi ordu valdused jagunesid komtuur- ja foogtkondadeks. Liivi ordu oli korporatiivne organisatsioon ja lisaks ordumeistrile oli valitsemises suur roll ka käsknikel ehk komtuuridel ja foogtidel. Olulisimad Liivi ordu käsknikud Eesti alal olid Viljandi komtuur, Tallinna komtuur, Järva foogt, Pärnu komtuur ja Narva foogt. 16. sajandil oli osa Eesti aladest, endine Karksi foogtkond, ka ordumeistri otsealluvuses.
Piiskopkondi juhtisid piiskopid koos toomkapiitli ja alates 15. sajandi teisest poolest ka rüütelkondadega (vasallide korporatsioonidega). Olulisimad vaimulikud võimumehed olid toompraost ja toomdekaan, kes aitasid piiskoppi enamasti kiriklikes asjades, ja stiftifoogt, kes administreeris piiskopi ilmalikku valdust. Tavaliselt oli piiskopkondades vaid üks stiftifoogt, Saare-Lääne piiskopkond jagunes aga Saare- ja Läänemaa stiftiks ning seega oli seal ka kaks Saare- ja Läänemaa stiftifoogti (samuti oli kaks stiftifoogti Läti alal olevas Riia peapiiskopkonnas). Selline haldusjaotus kehtis kuni Liivi sõjani (1558–1583).
Maaisandate kõrval oli oluline roll ka suurtel Liivimaa linnadel, mida oli kolm: Tallinn, Tartu ja Riia. Eesti alal oli lisaks kahele esimesele veel seitse väiksemat linna: Viljandi, Paide, Haapsalu, Vana-Pärnu, Uus-Pärnu, Narva ja Rakvere. Omavalitsuslik staatus oli ka Toompeal, mida üldiselt siiski eraldiseisvaks linnaks ei peeta. Kuressaare ja Valga olid samuti linnalised asulad, kuid said linnaõigused alles 1563. ja 1584. aastal. Teised kaubaalevid olid veel Keila, Viru-Nigula, Helme, Otepää, Põltsamaa, Vastseliina, Koluvere, Kirumpää, Pirita, Laiuse, Vana-Kastre ja Uus-Kastre. Eesti ala üheksast keskaegsest linnast seitse kuulusid ka Hansa Liitu, Narva ei saanud selle liikmeks Tallinna vastuseisu tõttu ja Vana-Pärnu ilmselt tänu Uus-Pärnu soodsamale positsioonile kaubateel.
Oluliseks võimuteguriks olid keskaegses Eestis ka vasallid, seda eriti Põhja-Eestis, kus neile juba 14. sajandil kuulus enamik maast. Eestimaa rüütelkonna eelkäijaks olevat Harju-Viru vasallide korporatsiooni ehk rüütelkonda kui vasallide omavalitsuslikku organit on mainitud juba 1284. aastal, see võib tagasi ulatuda aga ka 1253. aastasse või veelgi kaugemale. Saare-Lääne ja Tartu piiskopkondades muutusid vasallid oluliseks poliitiliseks teguriks 15. sajandi jooksul, väljaspool Põhja-Eestit olevatel ordu aladel ei kujunenud rüütelkonda kui poliitilist tegurit aga kuni keskaja lõpuni välja.
Talupojad ei mänginud Liivimaa poliitikas rolli, sest nad ei saanud osaleda poliitiliste seisuste kogunemistel ning suurem osa neist oli allutatud kas vasallile või maaisanda mõisavalitsejale. Samas oli Eestis siiski ka vabatalupoegi, kõige rohkem oli neid Järvamaal. Talupoegade olukord halvenes keskaja lõpu poole, kui kujunes välja sunnismaisus.
Liivimaa-Moskva sõda.
15. ja 16. sajandil pidasid Vana-Liivimaa naaberriigid Moskva suurvürstiriik ja Leedu suurvürstiriik omavahelisi sõdu slaavlastega asustatud alade pärast (tänapäeva Venemaa ja Valgevene territooriumil) (Vt. Moskva-Leedu sõjad)
Aastatel 1500–1503 toimunud Moskva-Leedu sõjas sõlmisid ordumeister ja Leedu suurvürst Aleksandras sõjalise liiduleppe, millega nad kavatsesid ühiselt Moskva vastu astuda. 21. juunil 1501 astus Leedu poolel sõtta Vana-Liivimaa. 27. augustil lõid Liivimaa väed Wolter von Plettenbergi juhtimisel Vene vägesid Seritsa lahingus ja 8. septembril võtsid Ostrovi. Siiski pidid nad alanud epideemia tõttu taganema.
1502. aasta sügisel läksid Vene väed pealetungile nii Liivimaal kui ka Leedus, saavutades rea võite. Vürst Daniil Štšenja rüüstas Liivimaa kirdeosa ja märkimisväärset osa Eestist, Vene väed võitsid orduvägesid Helme linnuse juures. Suurhordi vägede rünnak sundis Ivan III paiskama sinna Vene vägesid põhjast. Vene vägede ja Krimmi khaaniriigi liitlasvägede ühendatud jõududega löödi rünnak tagasi.
1502. aasta jooksul proovis Liivimaa rüütlivägi edutult vallutada Pihkvat (kaks korda), Krasnõi Gorodokki, Irboskat. 25. märtsil 1503 sõlmiti Leedu vahendusel Liivimaa ja Moskva vahel kuueks aastaks vaherahu, millega põhimõtteliselt kinnitati asjade sõjaeelset seisu. Rahu pikendati enam-vähem samadel alustel ka 1509., 1521., 1531. ja 1551. aastal.
Kultuur ja usuelu.
16. sajandi alguses kerkis Liivimaal üles kohaliku kõrgema kooli idee, mida toetasid eriti Saare-Lääne piiskopid, 1540. aastatel ka Liivi ordu. Finantsvahendite ja huvipuuduse tõttu ei saanud ideest siiski asja ja ka reformatsiooni järel ei osutunud see võimalikuks. Mitmed Liivimaalt pärit vaimulikud, nende seas ka üksikud eesti päritolu inimesed, õppisid aga Lääne-Euroopa ülikoolides, seda juba 13. sajandi teisest poolest. Esimene teadaolev eesti päritolu ülikooliharidusega kõrgem vaimulik oli Saare-Lääne toomhärrra Johann Pulck.
1525. aastal ilmusid Lübeckis esimesed eestikeelsed trükised protestantlike jutlustega, kuid need hävitati katoliikliku Lübecki rae käsul. 1535. aastast on aga osaliselt säilinud samuti protestantlik eestikeelne teos, Wanradti ja Koelli katekismus. Kümmekond aastat hilisemast ajast on teada Hans Susi eestikeelseid jutlusi ja kirjatöid, need pole aga säilinud.
Reformatsioon.
Reformatsioon jõudis Liivimaale 1520. aastate alguses. Tallinnas alustasid protestantlikud jutlustajad aktiivsemat tegevust 1524. aastal ja juba järgmisel aastal asus linna raad otsustavalt nende poolele. Sama toimus ka Tartus, kus tekkis konflikt katoliiklust ägedalt toetava piiskopi Johann Blankenfeldiga. Mõlemas linnas toimus pildirüüste, mille käigus said kannatada nii katoliku kirikud kui ka kloostrid. 1525. aastal toimus väiksemaid intsidente Narvas, veidi hiljem ka teistes Eesti linnades. 1520. aastate lõpuks olid enamik Eesti linnadest reformatsiooni omaks võtnud, vaid Viljandi, Haapsalu ja Vana-Pärnu, kus katoliku vaimulike ja maaisandate mõjuvõim olid suuremad, jäid pigem katoliiklust toetavatele positsioonidele, samas on andmed usuliste eelistuste kohta paljudes väikelinnades ebaselged. Liivi sõja alguseks olid aga arvatavasti kõik linnad luterlikud.
Linnadest erinevalt võttis vasallide ja teiste maaelanike, eriti talupoegade protestantluse poole kaldumine tunduvalt rohkem aega. Ka maaisandad jäid esialgu kindlaks katoliiklusele, kuigi alates 1530. aastatest hakkasid ka nende seas protestantlikud meeleolud vaikselt kanda kinnitama. Kuni Vana-Liivimaa lõpuni jäid kõik valitsejad vähemalt ametlikult siiski katoliiklasteks, kuigi mitmed neist (sealhulgas ka viimane Riia peapiiskop ja viimased ordumeistrid) pooldasid uut usku. Vasallide seas levisid protestantlikud meeleolud tunduvalt laiemalt, kuid siiski oli osa neist veel Liivi sõja alguseski katoliiklased.
Eesti talupojad jäid üldiselt usupuhastusest puutumata, kuigi reformaatorid püüdsid ka nendele kohati tähelepanu pöörata. Kuni Vana-Liivimaa lõpuni toimivat protestantlikku maakoguduste võrku ei kujunenud, küll aga sai kannatada senine katoliiklik, mistõttu maa-asulates segunesid kohati katoliiklus ja protestantlus ning levis mõlemast konfessioonist tugevalt erinev rahvalik usk. Linnaeestlased läksid koos teiste linlastega aga õige pea üle uue usu poolele.
Saare-Lääne vaenus.
, "Saare-Lääne piiskopkond"
1530. aasta oktoobris suri ootamatult senine Saare-Lääne ja Tallinna piiskop Georg von Tiesenhausen ning Saare-Lääne toomkapiitel ja rüütelkond valisid uueks piiskopiks kohaliku aadelkonna seast pärineva Reinhold von Buxhoevedeni. Kuid juba tema valimise ajal avaldasid mitmed Läänemaa aadlikud eesotsas mõjuvõimsa rüütelkonna liidri Georg von Ungerniga valitud piiskopi ehk elekti vastu meelt.
Koadjuutorivaenus.
Aastatel 1556–1557 toimus viimane suurem sisekonflikt Vana-Liivimaal, Riia peapiiskopi ja Liivi ordu vahel. Selle põhjusteks olid lisaks sisepingetele aga ka välismaiste valitsejate, eestkätt Preisimaa hertsogi Albrechti, Mecklenburgi hertsogi Johann Albrecht I ja Poola kuninga Zygmunt II Augusti huvid, Christoph von Mecklenburgi Riia peapiiskopi koadjuutoriks määramisel.
1557. aastal jõuti Poola kuninga Zygmunt II sõjalaagris Posvolis (tänapäeva Pasvalys) nii kaugele, et Saksa-Rooma riigi saadikute vahendusel esitati liivimaalastele kaks rahulepingut: esimene taastas peapiiskopi ja Christophi positsioonid ja varad, kuigi keelas neil maad sekulariseerimast, teisega sõlmiti aga Zygmunt II ja Liivimaa vahel rahuleping, lahendades nende pikaajalise piiritüli ja kaubandusvastuolud. 14. septembril, kui ordumeister Fürstenberg lepinguid kinnitama tuli, sõlmiti kuninga ja tema vahel ka kolmas, salajane leping, liit Venemaa vastu. See ei rakendunud aga enne ellu kui mõlema rahuleping Venemaaga oli lõppenud, seega sai see realiseeruda mitte varem kui alles viie aasta pärast. Seega oli liidu tähendus suhteliselt tühine, ent see aitas Liivimaad tihedamalt siduda Zygmunt II poliitikaga. Hoolimata kõigest ei saanud Liivimaast Posvoli lepingute järel Zygmunt II sõltlast. 7. oktoobril, kui hertsog Christoph pidulikult koadjuutoriks valiti, oli ka koadjuutorivaenus lõplikult läbi.
Traditsioonilise arusaama järgi näitas koadjuutorivaenus naaberriikidele selgelt, et Vana-Liivimaa sisekorraldus on nõrk ning selle osariigid ei suuda enam kuidagi vastu seista välissurvele. On ka arvatud, et see kiirendas Ivan IV otsust alustada Vene-Liivi sõda.
Liivimaa sõda.
, "1558–1583"
, "1558–1561"
Pärast 1557. aasta lõpul toimunud nurjunud rahuläbirääkimisi Vene tsaari Ivan IV ja Vana-Liivimaa saadikute vahel tungisid Vene väed endise Kaasani khaani Šig-Alei juhtimisel 1558. aasta jaanuaris Liivimaale. Maad rüüstati kuni veebruarini, seejärel sõlmiti vaherahu ja liivimaalased püüdsid tsaariga uuesti rahuläbirääkimistesse astuda. Kuid aprillis alustas tsaar taas Liivimaa-vastaseid rünnakuid ja vallutas mais Narva, juunis Vastseliina ja juulis Tartu. Sama aasta sügisel korraldas Liivi ordu vasturünnaku, kuid enamat Rõngu linnuse vallutamisest ei suudetud korda saata.
1559. aasta alguses laastasid venelased taas maad, kuid aprillis sõlmiti pooleaastane vaherahu. Nähes, et oma jõududega Venemaa vastu ei saa, andsid Liivimaa valitsejad end võõrvõimude kaitse alla: Saare-Lääne ja Kuramaa piiskop müüs oma valdused Taani kuningale, kes andis need oma vennale hertsog Magnusele, Riia peapiiskop ja Liivimaa meister tunnustasid aga Poola ülemvõimu. Tartu piiskopkond oli selleks ajaks juba venelaste poolt vallutatud ja viimane piiskop Venemaale küüditatud. 1559. aasta lõpus toimunud orduvägede viimane rünnak ei toonud sõjategevusse pööret.
1560. aasta alguses alustasid venelased uut pealetungi ja vallutasid Aluliina. Seejärel tungisid nad üha sügavamale Liivimaale, augustis võitsid nad Liivi ordut Härgmäe lahingus ja mõned nädalad hiljem langes nende kätte ka tugevaim ordulinnus Viljandi. Paidet ei õnnestunud venelastel aga vallutada.
1561. aasta suvel andsid Tallinn ja Põhja-Eesti (Harju-Viru vasallid) end Rootsi kaitse alla, samas kui aasta lõpus alistusid Riia peapiiskop ja ordu lõplikult Poolale.
1562. aasta märtsis likvideeriti lõplikult nii Liivi orduharu kui ka peapiiskopkond. Viimasest ordumeistrist Gotthard Kettlerist sai esimene Kuramaa hertsog. Riia peapiiskop Wilhelm säilitas kuni oma surmani 1563. aastal küll tiitli, ent mitte ilmaliku võimu. 1564. aastal läks viimane Liivi ordu valdus, Maasilinna foogtkond Saare- ja Hiiumaal, ametlikult Taani võimu alla.
Nii keskaja lõpuks Eestis kui ka Vana-Liivimaa lõpuks on mõnikord peetud 2. augustil 1560 hilisemate Omuli ja Holdre mõisate vahelises metsas toimunud Härgmäe lahingut, mille käigus Vene väed purustasid Liivimaa ordu väliväed ning ordu lakkas sõjalise jõuna eksisteerimast. Juriidiliselt võttes on sobivamaks tärminiks peetud siiski 1561. või 1562. aastat, kuna selleks ajaks oli Põhja-Eesti alistunud Rootsile ja Liivi ordu Poolale, samas kui Põhja-Eesti oli läinud Rootsi ja Lääne-Eesti Taani võimu alla ning Ida-Eestit okupeerisid Vene väed.
1561–1564.
1561. aasta sügisel vallutasid Rootsi väed ordule kuulunud Padise kloostri ja 1562. aasta Pärnu ja Paide linna.
1561. aastal püüdis Moskva tsaar Ivan IV lahendada kujunenud poliitilist ja sõjalist olukorda diplomaatilisel teel püüdes abielluda järglasteta Jagelloonide dünastia pealiinis viimase meessoost liikme Poola kuninga Zygmunt II Augusti õega. Läbirääkimised lõppesid tulemusteta 1561. aasta sügisel ja Liivimaal algas uuesti sõjategevus. 1561. aasta septembris vallutasid Poola väed Mikołaj Radziwiłłi juhtimisel pärast viiepäevast piiramist Tarvastu ordulinnuse, vastupealetungil Poola vägedele purustasid vürstid Vassili Glinski ja Pjotr Serebrjanõi aga Radziwilli väed Pärnu lähedal ning purustasid lõplikult Tarvastu ordulinnuse. 1562. aastal toimus sõjategevus Pihkva- ja Valgevenemaal: leedulased Opotška lähedal ja Moskva väed Leedu suurvürstiriigis, Vitebski, Orša juures.
1561. aastal sõlmisid Rootsi kuningas ja Moskva tsaar vaherahu 2 aastaks, mida 1563. aastal pikendati veel 7 aastaks.
1562. aastal abiellus Rootsi kuninga Erik XIV vend Soome hertsog Johan III, Poola kuninga Zygmunt I Vana tütre Katarina Jagellonicaga. Poola kuningas Zygmunt II August kinkis õele kaasavaraks hertsog Johanile, Liivimaal asuvad lossid: Paide (mis oli juba selle ajal rootslaste valduses), Helme, Karski, Ruhja, Trikata ja Härgmäe ordulinnused.
Erikule Johani iseseisvus ei meeldinud ja ta kutsus Johani Stockholmi. Johan III, kes valitses Soomet, ei täitnud Rootsi kuninga korraldust asuda tema poolel sõtta Poolaga ning anda valdus Liivimaal asuvate lossidega üle Rootsi kuninga vägedele, et vältida nende sattumist Liivimaal toimunud Liivi sõja käigus Vene vägede kätte. Johan keeldus ja seejärel käskis Erik XIV-a saadikud Johans vangistada ja nõudis Soome aadlikelt usaldusvannet talle isiklikult. Pärast Turu piiramist Rootsi vägede poolt, Johan III koos oma naisega Katarzyna Jagiellonkaga vahistati ja toimetati Stockholmi. 1563. aastal andis kuningas Erik XIV korralduse hõivata Johani linnused Eestimaal ning Rootsi väed hõivasid Karksi ordulinnuse.
Eestimaa uued valitsejad.
Rootsi kuningriik.
1560. aasta lõpuks oli selge, et kohalikud Liivimaa riigid enam iseseisvalt püsima ei jää. Et end Vene ohu käest päästa, hakati nüüd selgelt otsima uusi maaisandaid. Ordumeister Kettler pooldas Poola suunda, ent palju oli ka Taani-meelseid, kes oleks end meelsasti Magnuse võimu alla andnud. Põhja-Eestis kasvas aga toetus Rootsile, kellelt loodeti efektiivsemat toetust Vene vägede vastu. Esialgu käisid läbirääkimised Soome hertsogi Johaniga, ent kuni Rootsi troonil oli Gustav I Vasa, polnud Rootsile alistumine mõeldav. Olukord muutus täielikult Gustav I Vasa surma järel, Erik XIV troonile tõustes, kes soovis Rootsi võimu Läänemere-ruumis tunduvalt kasvatada.
Nüüd algasid Põhja-Eesti üha tihedamad kontaktid Rootsiga, 1561. aasta suvel andsid Tallinn ja Põhja-Eesti (Harju-Viru vasallid) end Rootsi kuningas Erik XIV kaitse alla. 
1581. aastal, pärast Paide vallutamist läks kogu Põhja-Eesti ja Hiiumaa Rootsile.
Leedu ja Poola.
1562. aasta märtsis likvideeriti lõplikult nii Liivi orduharu kui ka peapiiskopkond. Viimasest ordumeistrist Gotthard Kettlerist sai esimene Kuramaa hertsog. Riia peapiiskop Wilhelm säilitas kuni oma surmani 1563. aastal küll tiitli, ent mitte ilmaliku võimu. 1561. aasta Vilno lepinguga moodustati Liivi sõja ajal endise Vana-Liivimaa Liivimaa konföderatsiooni maadest: Kuramaal viimase Liivi ordu maameister Gotthard Kettleri valitsetav ilmalik, Rzeczpospolita vasallriigina Kuramaa hertsogiriik ja Lõuna-Eesti ning Lätimaa (Vidzeme, Latgale) territooriumist Liivimaa hertsogkond, mille valitsejaks oli Poola kuningriigi ja Leedu, Vene ja Žemaitija suurvürstiriigi valitseja Zygmunt II August. 1569. aastal moodustasid need seni personaaluniooni alusel valitsevat riiki Lublini uniooniga Rzeczpospolita riigi ning Liivimaa hertsogkond kuulus seejärel Poola kroonimaade hulka. 1570. aastal sõlmiti Moskva tsaaririigi ja Rzeczpospolita vahel kolmeks aastaks vaherahu.
, "Liivimaa hertsogkond"
Taani kuningriik.
1564. aastal läks viimane Liivi ordu valdus, Saare-Lääne piiskopkonna Maasilinna foogtkond Saare- ja Hiiumaal, ametlikult Taani võimu alla, mille valitsejaks nimetati Taani kuninga Christian III poolt poeg hertsog Magnus. Magnus oli küll protestant, kuid Saare-Lääne piiskopkond eksisteeris ametlikult siiski veel üle kümne aasta. Alles 1573. aastast lakkas see olemast, pärast seda, kui selle valdused võeti Magnuselt ära ja liideti Taani kuninga omadega.
Moskva tsaaririik.
Moskva tsaaririigi valduses olid 1561. aastaks, Vene-Liivi sõjas vägede poolt 1558. aastal vallutatud Tartu linn, Tartu piiskopilinnus ja Tartu piiskopkond ning osa endise Liivi ordu territooriumist: Narva ordulinnus (1558–1581) ja Pärnu (1575–1582), Haapsalu (1576–1581), Karksi ordulinnus (1579–1582), Kirumpää piiskopilinnus (1558–1579), Laiuse ordulinnus (1558–1582), Lihula linnus (1576–1581), Koluvere loss (1576–1581), Vasknarva ordulinnus (1558–1582), Padise klooster (1576–1580), Tarvastu ordulinnus (1570–1582) ja Toolse ordulinnus (1558–1581) ja ümberkaudsed alad, mille Rootsi väed vallutasid tagasi 1581. aastaks Kahekümneviieaastane sõja käigus.
Liivimaa kuningriik.
 "1570–1577"
Liivimaa kuningriik koosnes Liivimaa kuninga Magnuse valdustest Põltsamaa ja Karksi ümbruses. Ambitsioonikas Magnus lootis, et kui Põhja-Eesti vallutatakse, liidetakse ka need alad tema võimu alla, kuid Põhja-Eesti vallutamine ebaõnnestus, sest Magnuse formaalsel juhtimisel toimunud ligi pool aastat kestnud Tallinna piiramine (1570–1571) lõppes edutult. Tema valdused Saaremaal ja Kuramaal (endine Kuramaa piiskopkond) kuningriigi valduste hulka ei loetud. Kuningriigi keskuseks oli Põltsamaa. Kuningriigi territoorium piirnes põhjas Rootsi kroonile allunud territooriumitega, kagus aga 1561. aastaks Vene tsaaririigi vägede poolt vallutatud Tartu linn (1558), Tartu piiskopkonna ja osa Liivi ordu territoorium. 
Põhjamaade seitsmeaastane sõda.
1563. aasta alanud Taani-Norra ja Rootsi vahelises sõjas, Taani kuninga poolt sõjakuulutamise järel, 28. juulil asusid Rootsi väed piirama hertsog Magnusele kuulunud Haapsalu linnust, mille vallutasid pärast kümnepäevast piiramist ja rüüstasid ka Läänemaad. 1563. aasta septembris piirasid Rootsi väed ka nädala jooksul Koluvere piiskopilinnust, kuid Poola vägede lähenemisel põgenesid Koluvere juurest Tallinna, jättes maha suurtükke.
Rootsi vägede Koluvere piiramise ajal tegid Poola kuninga vasalli, Kuramaa hertsogi Kettleri väed üllatusrünnaku Haapsalu piiskopilossile ning hõivasid selle. Kettleri kutsel tulid hertsog Magnuse põgenenud vasallid Saaremaalt tagasi Haapsallu. Rootsi väed kogusid ennast ja vallutasid uuesti Haapsalu. Haapsallu kogunenud ülikud vangistati ja saadeti Stockholmi vangistusse.
1563. aasta septembris tegid Rootsiga sõjas olevad Lübecki vabalinna kaupmehed kaubareisi Narva, kuid tagasiteel peeti osa neist Suursaare juures Rootsi sõjalaevade poolt kinni ja konfiskeeriti.
1564. aastal määrati Rootsi vägede juhatajaks Henrik Klasson Horn, kes 1564. aasta talvel piiras taas Koluvere linnust ja vallutas selle.
Vene-Poola sõda, 1562–1582.
1562. aasta kevadel suundusid Moskva tsaaririigi peajõud sõjaretkele Smolenskisse, suvel 1562 tegi vürst Andrei Kurbski rüüsteretke Viciebski piirkonda. Vana-Liivimaal vallutasid Moskva väed Tarvastu ja Põltsamaa. Leedu vägede vastusõjakäikudes, sügisel 1562 vallutas Leedu suurhetman Mikołaj Radziwiłł Must tagasi Tarvastu ordulinnuse ning võttis vangi hulga Moskva vojevoode ja seejärel tegi ka sõjakäigu Pihkvamaale.
Moskva väed vallutasid kahenädalase piiramise järel 15. veebruaril 1563 strateegiliselt tähtsa Polotski, pärast seda algasid läbirääkimised Moskva ja Leedu vahel. Läbirääkimise ebaõnnestumise järel alustas Moskva tsaaririik sõjavägede kogumist ja sõjakäiku Leedu vastu, kuid Pjotr Šuiski juhitud väed kaotasid 1564. aasta alguses Tšašniki lahingu Orša all, Mikołaj Radziwiłł Musta vägedele. Lahingu kaotuse tulemusena taganesid Moskva väed Smolenski taha. Sõjategevus lõppes pärast 1569. aastat, kui ühinesid Poola kuningriik ja Leedu suurvürstiriik Lublini uniooniga Rzeczpospolitaks. 1570. aastal sõlmiti Moskva tsaaririigi ja Rzeczpospolita vahel kolmeks aastaks vaherahu.
1575. aastal valiti uueks Poola kuningaks Stefan Batory, kes abiellus Poola kuninga Zygmunt I Vana teise tütre Annaga. 1575 tegutses Rzeczpospolita Rootsiga sõjas Moskva tsaaririigi vastu. Rootsi kuningas Johan III, kes oli abielus Poola kuninga Zygmunt I Vana teise tütre Katarzyna Jagiellonkaga.
1577 vallutas Ivan IV kogu Rzeczpospolita käes olnud Vana-Liivimaa ala. Rzeczpospolita-Rootsi jõud osutusid lõpuks siiski Moskva tsaaririigist tugevamaks, 1578. aastal toimus sõjategevuses pööre.
Kahekümneviieaastane sõda.
1570. aastal puhkes sõda Rootsi ja Moskva tsaaririigi vahel, pärast seda kui Ivan IV oli lasknud Rootsi troonile tõusnud Johan III saadikud vangistada. 1575. aastal alustas sõjategevust Moskva tsaaririigi vastu ka Rzeczpospolita, kus troonile oli tõusnud kuningas Stefan Bátory.
1577. aastal toimus suur Moskva tsaaririigi ja Liivimaa kuninga Magnuse vägede poolt Tallinna piiramine ja samal ajal vallutas Ivan IV kogu Rzeczpospolita käes olnud ala ning pööras tülli Liivimaa kuningaga, kes oli sunnitud põgenema enda Kuramaa piiskopkonda. Rzeczpospolita-Rootsi ühendatud jõud osutusid siiski Moskva tsaaririigist tugevamaks, 1578. aastal toimus sõjategevuses pööre, 1580. aastal purustati Moskva tsaaririigi vägi Võnnu lähedal. Samal aastal vallutasid Rzeczpospolita väed Pihkva ning Rootsi väed Pontus De la Gardie juhtimisel Paide, Rakvere ja Narva. 
Poola aeg Lõuna-Eestis.
1582. aastal sõlmis Moskva tsaaririik Rzeczpospolitaga Jam-Zapolski vaherahu ja 10. augustil 1583 Rootsiga Pljussa vaherahu. Põhja- ja Lääne-Eesti läksid Rootsi kuninga võimu alla, Lõuna-Eesti ja Liivimaa (endised Liivi ordu ja Riia peapiiskopkonna ja Tartu piiskopkonna alad) jäid Rzeczpospolitale. 
Rootsi ja Poola valdusi märkiv piir pandi paika 1582. aastal, sellest jaotusest kujuneski välja Eestimaa jaotus Eesti- ja Liivimaaks, mis likvideeriti alles 1917. aastal ühise Eestimaa kubermangu moodustamisega.
1589. aastal koostatud Matthias Strubyczi Eesti alade kaardil oli Eesti linnadest tähistatud Tallinn (Reuel), Narva (Narua), Pärnu (Pernaw), Tartu (Derpt) ja Viljandi (Fellin). Lossidest ja mõisatest on kaardil kujutatud Hiiumaal Dachden. Kas selle nimetuse all peitub Suuremõisa mõis või Hiiumaa on teadmata. Saaremaal esinevad asulatest Kuressaare (Arensburg) ja Maasilinn (Sonneburg). Mandril asuvatest mõisatest, lossidest ja kloostritest on kaardil tähistatud järgmised: Padise (Pades), Haapsalu (Haspel), Lihula (Leal), Velise (Tolk), Kiviloo (Fegwevr), Pärnu (Pernaw), Virtsu (Werder), Kolga (Kolk), Pirita (Birgita), Porkuni (Borch), Paide (Weissen), Puurmanni (Talkef), Kavilda (Canelicht), Rõngu (Ringen), Helme (Helmet), Vasknarva (Neuschlos), Kiltsi (Assa), Laiuse (Lais), Toolse (Tolsburg), Kastre (Werbeck), Otepää (Oben Pel), Vastseliina (Nuhaus), Sõmerpalu (Samerpal), Vaabina (Olsen) ja Koiküla (Adzel). Seega oli Eestis kujutatud 31 linna või väiksemat asulat.
Täyssinä rahuleping.
Kahekümneviieaastase sõja ja 1590–1595. aastate Vene-Rootsi sõja lõpetanud Täyssinä rahulepinguga loovutas Rootsi Moskva tsaaririigile Ingerimaa koos sealsete linnuste ja linnadega (Jaanilinn, Jam, Koporje, Schlüsselburg) ning Käkisalmi lääni, mis olid kõik saadud Pljussa vaherahuga, kuid Moskva tsaar loovutas Rootsile Eestimaa hertsogkonna koos kõigi linnustega: Narva, Tallinna, Paide, Rakvere, Padise, Toolse, Vasknarva, Porkuni, Haapsalu, Koluvere, Lihula ja Vigalaga.
Rahulepinguga avati Viiburi ja Tallinn kaubanduseks vene kaupmeestele, aga Narva rootsi kaupmeestele, kuid mitte välismaalastele. Kauplemine võis toimuda ainult Narva poolel, kuid mitte Jaanilinna poolel. Vene kaupmeestele avati kauplemiseks Rootsi, Soome ja Eestimaa linnad, aga kõikidele välismaa kaupmeestele ja laevadele pidi olema Narva suletud. Rootsi alamad said õiguse omada ladusid ja kinnisvara (majad, faktooriumid) Moskvas, Novgorodis, Pihkvas ja teistes kohtades, ja vene kaupmehed vastavalt Viiburis, Tallinnas, Turus ja teistes linnades, jpm.
Sõda Sigismundiga.
1595, kui Södermanlandi hertsog Karl alustas avalikku mässu, katoliiklasest Poola-Rootsi kuninga Sigismundi vastu, otsustas Soome ja Eestimaa asevalitseja Klas Eriksson Fleming kuningas Sigismund III-le truuks jääda ning nii jagunes Rootsi riik sisuliselt kaheks: Rootsi emamaa oli Karli kontrolli all, Soome ja muud idavaldused allusid aga Flemingile ja Sigismundile. Aastatel 1598–1599 toimus sõda Rootsi trooni pärast luterliku hertsog Karli ning 1587. aastal Poola kuningaks ja 1592. aastal ka Rootsi kuningaks valitud katoliku usktunnistusega Zygmunt III Waza vahel.
Aastal 1598 püüdis Zygmunt III Waza lahendada küsimust sõjaliselt, kuid sõjaretk tema päritoluriik sai Linköpingi lahingus lüüa; Zygmunt võeti vangi ja pidi nõustuma karmide tingimustega. Pärast tema Poolasse naasmist aastal 1599 kukutas seisuste riigipäev ta Rootsis ja Karl viis Rootsi väed Eestisse. Zygmunt kuulutas aastal 1600 välja Eesti liidendamise liitriiki, mis oli samaväärne Rootsile sõjakuulutusega.
Jürgen Fahrensbach, kellele oli antud liitriigi vägede juhtimine, sai lüüa Karli poolt piirkonnas kogutud palju suuremalt armeelt, kelle kiire pealetung andis 1600. aastal tulemuseks enamuse Liivimaast ülevõtmise kuni Daugava jõeni, välja arvatud Riia. Enamus kohalikust rahvastikust tervitas rootslaste tulekut, olles selleks ajaks Poola-Leedu võimu suhtes üha rahulolematum. Aastal 1601 saavutas Krzysztof Radziwiłł edu Kokenhauseni lahingus, kuid Rootsi edu ümberpööramine kuni Tallinnani toimus alles pärast seda, kui Jan Zamoyski tõi juurde olulise jõu. Enamus sellest armeest, olles jäänud tasustamata, läks Poolasse tagasi. Puhastustegevust jätkas Jan Karol Chodkiewicz, kes oma väikese väekontingendiga võitis Rootsi sissetungijaid aastal 1604. aasta Paide lahingus Paide all.
Aastal 1605 käivitas Karl, nüüd Rootsi kuningas Karl IX, uue pealetungi, kuid tema jõupingutusi ületasid Chodkiewiczi võidud Kircholmi lahingus ja mujal ning Poola edu merel, kuigi sõda jätkus ilma otsustavat tulemust saavutamata. 1611. aasta vaherahuga suutis liitriik säilitada enamuse vaidlusalustest aladest, kui mitmesugused sisemised ja välismaised raskused, sealhulgas suutmatus tasuda palgasõduritele ja uniooni uus osalemine Venemaal välistasid kõikehõlmava võidu.