Mikrobioota

Mikrobiootaks nimetatakse teatud piirkonna kõikide mikroorganismide kogumit. Välja saab tuua näiteks keskkonnas mulla mikrobioota või erinevate taimede mikrobioota.
Iga inimese keharaku kohta leidub inimeses 1,3 bakterirakku. Inimkeha koloniseerivad mikroobid moodustavad igale anatoomilisele piirkonnale eraldi mikrobioota (näiteks seedetrakti mikrobioota või tupe mikrobioota), milles leidub sellele piirkonnale iseloomulikke mikroorganisme (baktereid, seeni ja viiruseid). Inimese puhul on enim on uuritud seedetrakti naha, suu ja tupe mikrobiootasid.
Paljudes teadusartiklites tehakse vahet "mikrobioomil" ja "mikrobiootal/mikroflooral", et kirjeldada esimesel juhul ühes keskkonnanišis elutsevate mikroorganismide genoomide kogumikke ja teisel juhul mikroorganisme keskkonnas üksikult. Algselt olid mikrobioomi ja mikrobioota/mikrofloora tähendused üsna sarnased, kuna oli vähem tehnilisi võimalusi eristada mikroorganisme uuritavates kooslustes.
Inimese mikrobiootad.
Nahk.
Nahk on inimkeha suurim elund ja see kaitseb keha paljude väliskeskkonna tegurite eest. Naha mikrobioota hulka kuuluvad mikroorganismide kooslused, mis asuvad inimese nahal. See keeruline mikroorganismide kogum koosneb bakteritest, seentest, viirustest, mikroeukarüootidest (lestadest), arhedest ja faagidest. Inimese nahal on enim baktereid – umbes 1000 liiki baktereid üheksateistkümnest sugukonnast. Mikroorganismid tagavad naha korraliku toimimise.
Nahapinnalt eraldatud mikroorganismide keskmine arv on vahemikus 103–104 pmü (pesa moodustavat ühikut)/cm2. Kõige niiskemates kohtades, nagu kubemes, kaenlaalustes ja ninasõõrmetes, ületab see väärtus aga 106 pmü/cm2. Enamik (&gt; 90%) inimese naha mikrobioomi bakteritest liigitatakse nelja tüüpi: aktinobakterid (52%), firmikuudid (24%), proteobakterid (16%) ja bakteroidid (6%). Nende hulgas on koagulaasnegatiivsed stafülokokid, eriti "Staphylococcus epidermidis", anaeroobne "Cutibacterium acnes" (varem: "Propionibacterium acnes"), "Corynebacterium", "Micrococcus", "Streptococcus" ja "Acinetobacter".
Samuti moodustavad seened osa naha mikrobiootast. Domineeriv perekond on "Malassezia". Suurimat seente mitmekesisust on täheldatud jalgadel, mida koloniseerivad "Aspergillus", "Cryptococcus", "Rhodotoula" ja "Epicoccum". 
Suu.
Suuõõne mikrobioota moodustab inimese mikrobioomi olulise osa ja seal leidub mitu sada kuni mitu tuhat liiki. See on suuõõne normaalne osa ja sellel on oluline funktsioon kaitsta väliste bakterite koloniseerumise eest, mis võib mõjutada inimese tervist. Suuõõne mikrobiootal on ka teine pool, mis on seotud mitmesuguste haigustega. Levinumaid suuhaigusi (nagu kaaries, igemepõletik ja parodontiit) tekitavad mikroorganismid. Viimasel ajal on üha rohkem tõendeid, et suuõõne mikrobioota on tihedalt seotud ka inimeste füüsilise seisundiga, nagu diabeet, rasvumine ja vähk.
Eri riikide tervetel inimestel on sarnane suuõõne mikrobioota koostis. Suus leidub arvukalt mikroorganisme, sealhulgas baktereid, seeni ja viirusi. Bakterid on suu mikrobioota peamised asustajad. Peamised bakteri perekonnad suus on "Firmicutes", "Bacillus", "Proteobacteria" ja "Actinomycetes". Inimese suust võib leida 85 liiki seeni. Nendest seentest on kõige olulisem perekond "Candida". Normaalse suu mikrobioota korral on "Candida" neutraalne, kuid kui suuõõne mikrobioota tasakaal on rikutud, siis võib "Candida" muutuda patogeenseks ja tekitada terviseprobleeme. Viirused, peamiselt faagid, on samuti osa suuõõne mikrobiootast.
Seedetrakt.
Soolestik on inimese mikrobioomi peamine asukoht. Seedetrakti mikrobiootasse kuuluvad mikroorganismid, sealhulgas bakterid, arhed, seened ja viirused, mis elavad inimese seedetraktis. Seedetraktis elavate mikroorganismide arv on hinnanguliselt üle 1014. Soolestiku mikrobioota pakub organismile kaitset patogeenide eest, reguleerib peremeesorganismi immuunsust ning osaleb seedimisel. Samuti on soolestiku mikrobioota ülioluline vitamiinide sünteesiks, mida peremeesorganism ei ole võimeline ise tootma.Piimhappebakterid toodavas B12-vitamiini, mida ei suuda sünteesida ei loomad, taimed ega seened. Bifidobakterid on peamised folaadi tootjad. Folaat on vitamiin, mis osaleb peremeesorganismi elutähtsates ainevahetusprotsessides, sealhulgas DNA sünteesis ja parandamises. Lisaks sünteesivad soolestiku mikroobid K-vitamiini, riboflaviini, biotiini, nikotiinhapet, pantoteenhapet, püridoksiini ja tiamiini.
Enamik seedetraktis elavaid mikroobe kuulub perekondadesse "Bacteroides", "Clostridium", "Faecalibacterium", "Eubacterium", "Ruminococcus", "Peptococcus", "Peptostreptococcus" ja "Bifidobacterium". Teisi perekondi, nagu "Escherichia" ja "Lactobacillus", esineb vähemal määral. Ainuüksi perekonna "Bacteroides" liigid moodustavad umbes 30% kõigist soolestikus leiduvatest bakteritest, mis viitab sellele, et see perekond on peremeesorganismi talitluses eriti oluline. Seeneperekonnad, mis on tuvastatud soolestikus, on "Candida", "Saccharomyces", "Aspergillus", "Penicillium", "Rhodotorula", "Trametes", "Pleospora", "Sclerotinia", "Bullera" ja "Galactomyces". 
Tupp.
Vaginaalsel mikrobiootal on suur tähtsus tupe tervise säilitamisel ja kaitsmisel haiguste eest. Terve naise tupe mikrobioomi peamised kolonisaatorid kuuluvad perekonda "Lactobacillus" (90–95%), millest levinumad on "Lactobacillus crispatus, Lactobacillus iners, Lactobacillus jensenii ja Lactobacillus gasseri." Vaginaalsed laktobatsillid pakuvad kaitset korduvate kuseteede infektsioonide, bakteriaalse vaginoosi ja tupe kandidoosi eest. On näidatud, et laktobatsillid pärsivad patogeensete mikroorganismide (näiteks "Bacteroides fragilis, Escherichia coli, Gardnerella vaginalis, Mobiluncus spp., Neisseria gonorrhoeae, Peptostreptococcus anaerobius, Prevotella bivia" ja "Staphylococcus aureus)" koloniseerimist tupes. "Lactobacillus"'e liikide vähesus tupes võib põhjustada bakteriaalset vaginoosi, mis on seisund, mille puhul tupe laktobatsillid kaovad või nende hulk väheneb ja anaeroobsete bakterite hulk samaaegselt suureneb. Terve tupe mikrobioota aitab ära hoida nii bakteriaalset vaginoosi, pärmseente infektsioone kui ka muid võimalikke tupe tervisega seotud probleeme (näiteks aeroobne vaginiit). Tupe normaalne pH on &lt;4,5, mis on ebasoodne tavaliste patogeenide kasvuks. 
On leitud, et mikroobide kooslused tupes on dünaamilised ja võimelised kiiresti muutuma, kuigi paljudel naistel on vaginaalne mikrobioota üsna stabiilne. Erinevused tupe mikrobioota koostises on põhjustatud naise omaduste, keskkonna ja käitumise keerulisest koostoimest, mida ei mõisteta täielikult. Siiski on näidatud, et mitmed muudetavad ja mittemodifitseeritavad tegurid mõjutavad tupe mikrobioomi. Tupe mikrobioomi võivad mõjutada suitsetamine, toitumine, seksuaalpartnerid, stress, rass, hügieen ja geneetika.