4° fichamento
Autor: giuliaregis20 | Publicado: 2011-06-06T16:18:00-07:00

Delineamento de experimentos em genética genômica
Guilherme Jordão de Magalhães Rosa
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&amp;pid=S1516-35982007001000019&amp;lng=en&amp;nrm=iso
“Genética genômica é um termo utilizado para representar o estudo de processos genéticos controladores de caracteres fenotípicos de herança complexa, a partir da análise conjunta de informação relativa a fenótipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressão gênica”
“Genética genômica e genômica quantitativa são termos utilizados para representar o estudo de processos genéticos controladores de caracteres fenotípicos de herança complexa, a partir da análise conjunta de informação relativa a fenótipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressão gênica (Jansen &amp; Nap, 2001; Darvasi, 2003; Pomp et al., 2004).”
“Como estudos de genética genômica envolvem técnicas laboratoriais caras e trabalhosas, como por exemplo a genotipagem de grande número de marcadores moleculares como polimorfismos de base única (SNP, do inglês Single Nucleotide Polimorphisms) e experimentos de expressão gênica utilizando-se a tecnologia de microarrays ou a técnica da transcrição reversa quantitativa acoplada com a reação de polimerase em cadeia (qRT-PCR, do inglês quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction),”
“A escolha da tecnologia de microarray a ser utilizada é muitas vezes limitada pela disponibilidade de alternativas para a espécie animal a ser estudada. Por exemplo, microarrays com sondas de cDNA podem ser construídos somente para espécies das quais etiquetas de seqüências expressas (EST, na sigla em inglês para Expressed Sequence Tags) já foram obtidas de bibliotecas de cDNA.”
“Até alguns anos atrás o custo de genotipagem era um fator limitante em estudos de mapeamento. Eram utilizadas então estratégias experimentais tais como a genotipagem seletiva (Lebowitz et al., 1987; Lander &amp; Botstein, 1989;”
“Jin et al. (2004) utilizaram um estudo de simulação para comparar a eficiência de detecção de QTL desta estratégia de fenotipagem seletiva relativamente à uma amostragem aleatória do grupo de indivíduos disponíveis.”
“A medida de similaridade genética considerada por Jin et al. (2004) tende a selecionar indivíduos que são predominantemente homozigotos para alelos distintos nos marcadores moleculares considerados.”
“Por exemplo, Piepho (2005) propôs um critério alternativo de fenotipagem seletiva, favorecendo a proporção 1:2:1 para os genótipos A:H:B na sub-amostra, a qual maximiza a eficiência na estimação de efeitos de dominância.”
“Um outro objetivo experimental também considerado em estudos de genética genômica refere-se à estimação de componentes de variância e herdabilidade associados a expressão gênica (Gibson et al., 2004; Monks et al., 2004). Nestas circunstâncias, um critério eficiente para fenotipagem seletiva deve considerar o parentesco entre os indivíduos disponíveis, como discutido por Bueno et al. (2006)”
“pós a seleção dos indivíduos a serem utilizados nos experimentos com microarrays, outro importante passo no delineamento experimental se faz necessário, especialmente se for utilizada a tecnologia de hibridizações competitivas. Nestes casos, tem-se ainda que se decidir como as diferentes amostras serão pareadas e marcadas para cada hibridização (Wit et al., 2005; Bueno et al., 2006; Rosa et al., 2007).”
“Estes autores demonstraram que as amostras devem ser pareadas e marcadas de maneira a favorecer hibridizações referentes a comparações mais informativas em termos dos parâmetros genéticos de interesse.”
“Nesta apresentação são discutidas estratégias de delineamento para experimentos com microarray em estudos de genética genômica com diferentes objetivos experimentais, tais como a comparação dos padrões de expressão gênica de diferentes grupos genotípicos, o mapeamento de eQTL, ou a estimação de herdabilidades dos padrões de expressão.”