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Pour la conservation et l'utilisation des ressources phytogénétiques et pour certaines utilisations secondaires, l'Office fédéral de l'agriculture peut autoriser la mise en circulation de semences et de plants de variétés dites de niche qui sont exemptées des exigences de l'enregistrement des variétés et de la certification officielle (article 29 de l'Ordonnance du DEFR sur le matériel de multiplication des grandes cultures et cultures fourragères).
Les variétés de niche peuvent être des variétés de pays, des variétés anciennes - c'est-à-dire des variétés retirées du catalogue depuis au moins deux ans -, des écotypes locaux de plantes fourragères ou d'autres variétés qui ne sont pas soumises aux exigences d'inscription au catalogue des variétés. Sur le marché des semences, elles occupent une position de niche qui résulte de leur potentiel d'utilisation ou d'une quantité maximale fixée pour leur mise sur le marché. Pour les espèces de grandes cultures et les espèces fourragères, l'OFAG fixe une quantité maximale afin de garantir que la niche ne dépasse pas 0,1 % de la surface cultivée de l'espèce de culture concernée en Suisse. Les variétés génétiquement modifiées sont en principe exclues des variétés de niche.
Depuis le 1er juillet 2010, l'OFAG tente, par cette dérogation, de promouvoir la diversité variétale des espèces de plantes cultivées en rendant les semences et plants spéciaux accessibles aux agriculteurs sans exigences formelles. Les exigences d'un examen variétal en termes d'homogénéité et de caractéristiques de rendement, de qualité et de résistance aux maladies ne seraient pas atteignables pour les variétés de pays et écotypes traditionnels. L'OFAG autorise la mise en circulation de semences et de plants de variétés de niche à la seule condition qu'elles ne présentent aucun risque pour l'environnement et la sécurité alimentaire.
Dans l'Union européenne, les variétés naturellement adaptées aux conditions locales et régionales et menacées d'érosion génétique sont maintenues de la même manière. La multiplication et la commercialisation sont toutefois limitées à des régions d'origine définies, dans lesquelles la conservation est assurée. Ces variétés sont appelées "variétés de conservation" pour les espèces de plantes agricoles et fourragères (directive 2008/62/CE) et pour les espèces de légumes (directive 2009/145/CE). Dans le cas des espèces de légumes, la réglementation inclut également les nouvelles sélections en tant que "variétés créées pour répondre à des conditions de culture particulières". D'autres dérogations existent pour les mélanges de semences d'espèces fourragères destinés à la conservation des ressources génétiques dans un environnement naturel, appelés "mélanges pour la préservation" (directive 2010/60/UE). Il n'existe cependant pas d'accord d'équivalence entre ces dérogations dans l'Union européenne et le régime des variétés de niche en Suisse.