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Milcheiweissallergie und Lactoseintoleranz werden häufig verwechselt. Bei einer Lactoseintoleranz ist allerdings, anders als bei der Allergie, das Immunsystem nicht beteiligt. Milch sowie Milchprodukte wie Rahm oder Joghurt enthalten Milchzucker, die Lactose. Dieser wird im Darm vom Verdauungsenzym Lactase aufgespalten. Anschliessend geht der aufgespaltene Milchzucker im Dünndarm ins Blut über. Bei einer Intoleranz produziert der Körper zu wenig Lactase. Die Folge: Der Milchzucker wird nicht verdaut, sondern gelangt ungespalten in den Dickdarm. Dort wird er von den angesiedelten Bakterien verstoffwechselt. Daraus entstehen Gase, die Übelkeit, unspezifische Bauchschmerzen, Blähungen oder Durchfall hervorrufen können.
Auch die Muttermilch enthält Lactose. Babys produzieren normalerweise genug Lactase, um die Muttermilch zu verarbeiten. Eine Lactoseintoleranz bei Babys ist daher selten. Haben Säuglinge und Kleinkinder Probleme mit Kuhmilch, steckt meistens eine Milcheiweissallergie dahinter. Allerdings ist eine vorübergehende Lactoseunverträglichkeit möglich, zum Beispiel infolge einer Magen-Darm-Erkrankung oder einer Antibiotikatherapie.
Mit der Zeit sinkt bei vielen Menschen die Lactaseproduktion und sie entwickeln eine Lactoseunverträglichkeit. Das ist von der Natur so vorgesehen, schliesslich benötigen wir das Enzym nicht mehr, wenn wir keine Muttermilch mehr trinken. In einigen Kulturen, zum Beispiel im asiatischen Raum, ist die Lactoseintoleranz der «Normalzustand» bei Erwachsenen. Dass dies in unseren Breitengraden anders ist, liegt vermutlich an einer Genmutation, aufgrund der viele Menschen auch im Erwachsenenalter Lactase produzieren.