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Sowohl die Jahres- als auch die Tagesaktivitäten der Würfelnatter werden durch die Aussentemperaturen bestimmt. Einige Tage nach dem Verlassen der Winterverstecke, etwa ab März beginnt die Paarungsperiode, bei der sich oft mehrere Tiere – bis über ein Dutzend – zusammenfinden. Nach der Paarung suchen die Weibchen gut besonnte, geschützte und ungestörte Sonnplätze auf. Hier harren sie wochenlang aus, um ihre Eier heranreifen zu lassen, welche sie dann im Hochsommer an besonderen Stellen ablegen. In der Regel sind es ein bis zwei Dutzend, selten mehr als 30 an der Zahl.
Als Ablagestellen dienen allerlei verrottende Haufen aus pflanzlichem Material. Besonders angezogen fühlen sie sich von Pferdemiststöcken und alten Komposthaufen. Die Eiablage findet aber auch häufig in Uferbefestigungen statt. Hier werden die Eier vermutlich in die engen Spalten und Zwischenräume gelegt. Etwa Ende August bis September schlüpfen die Jungen, welche vom ersten Tag an auf sich alleine gestellt sind. In der oft kurzen Periode vor der Winterruhe müssen sie sich, wie ihre Mütter auch, möglichst grosse Fettreserven anfressen.
Auf dem Speisezettel stehen fast ausschliesslich Fische, denen die Würfelnatter unter Wasser geschickt nachstellt. Zu einem sehr geringen Teil werden auch andere Tiere, unter anderem Amphibien, gefressen. Würfelnattern können recht lange tauchen. Man sieht sie oft auf dem Grund zwischen Steinen verankert auf ihre Beute lauern. Grössere Beutetiere werden ans Land geschleppt und dort verschlungen. Danach folgt ausgiebiges Sonnbaden, um die nötige Körpertemperatur zur Verdauung zu erreichen. Bei zu heissem Wetter ziehen sie sich jedoch unter schützende Vegetation oder in ihre Schlupflöcher zurück, in denen sie auch Schlechtwetterperioden überdauern.
Würfelnattern wissen sich auf unterschiedliche Art und Weise zu Wehr zu setzen: Sie blähen sich auf, zischen laut oder schnellen mit geschlossenem Maul vorwärts (Scheinbisse). Oft flachen sie dabei – ähnlich wie die Kobra – die Halsregion ab. Werden sie ergriffen, so entleeren sie ihre Stinkdrüsen oder beschmieren sich selbst mit Kot. Damit werden sie für die meisten Feinde ungeniessbar. Nimmt die Belästigung kein Ende, so stellen sie sich bisweilen tot, indem sie sich auf den Rücken wenden, das Maul öffnen und die Zunge heraushängen lassen. Einige Exemplare lassen sogar feine Kapillaren im Mund platzen. Das hervortretende Blut ahmt in perfekter Weise eine schwere Verletzung nach. Zum Beissen lassen sie sich nicht bewegen, obwohl in äusserst seltenen Fällen davon berichtet wurde.