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Un des principaux défis de la politique agricole est de produire autant d’aliments, de paysages cultivés et de biodiversité que possible tout en mobilisant le moins de ressources naturelles (sol, eau, air) que possible et en générant le moins d’émissions que possible.
C'est pourquoi la Confédération soutient au travers de paiements directs des mesures visant à améliorer l'efficience des ressources. Plusieurs programmes en faveur d'une réduction des risques liés aux produits phytosanitaires sont proposés, en lien avec le plan d'action national sur la réduction des risques des produits phytosanitaires. D'autres programmes pour réduire les émissions d'ammoniac ou préserver le sol sont aussi proposés.