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Une coulée basaltique se solidifie vers 1000-1100°C. Une fois solide, elle va encore perdre plus de 1000°C, et donc se contracter ; en particulier, elle va perdre de la surface.
Elle se refroidit surtout au contact avec l'atmosphère et un peu par son contact avec le sol. Sur ces 2 plans de refroidissement vont donc naître des fissures de rétraction, qui seront statistiquement hexagonales. Pour la plupart des auteurs, les orgues se forment par rétraction de la lave en fin de refroidissement. Il y a alors diminution de volume liée à la solidification totale de la coulée. Ces fentes vont progresser vers le coeur de la coulée au fur et à mesure du refroidissement et de la rétraction. Ainsi naîtront les prismes qui souvent débitent les coulées en "orgues".
La prismation qui se forme s'effectue perpendiculairement aux surfaces de refroidissement. Il en résulte des orgues verticales pour une coulée horizontale.
Idéalement, on observe trois systèmes de prismations superposées :
* au sommet de la coulée : la "fausse colonnade
* au coeur de la coulée : l'entablement
* à la base de la coulée : la vraie colonnade
La présence et l'importance relative des divers systèmes varie considérablement d'une coulée à l'autre. Ainsi l'entablement peut manquer totalement ou se développer sur les deux tiers de l'épaisseur totale.
En général, plus le refroidissement est lent et plus les prismes seront réguliers.