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|Rapperswil war bereits zur Römerzeit besiedelt. Vermutlich existierte hier seit dem 5. Jahrhundert eine christliche Kirche. Wahrscheinlich wurde die erste Kirche in Rapperswil auf den Fundamenten eines römischen Merkur-Tempels errichtet. Dieses Gotteshaus stand am Hang zwischen der jetzigen Kirche und dem „alten“ Pfarrhaus.

Mit der Reformation in Bern 1528 wurde auch die Kirchgemeinde Rapperswil reformiert. Als Massstab galten nun nicht mehr die altkirchlichen Glaubensgrundsätze und die Lehr-meinung der Kirchenführer, sondern die Bibel. Wichtigste Neuerungen waren die Ablehnung des Ablasshandels, die Abschaffung des Priesterstandes und die Ablösung der lateinischen Messe durch die Einführung eines Gottesdienstes in deutscher Sprache. Die Gläubigen sollten die biblische Botschaft selber kennen und verstehen lernen.
Diese Reformation konnte sich in Rapperswil nur mit Mühe durchsetzen. Der damalige Pfarrer, Gilg Murer, widersetzte sich dem neuen Glauben und hielt in Rapperswil noch an der Messe fest, als sie im übrigen Bernbiet längst abgeschafft und durch den Predigtdienst ersetzt worden war. Da er sich der neuen Ordnung nicht fügen wollte, verliess er schliesslich Rapperswil.
Im Anschluss an die Reformation wurde nebst Schule und kirchlicher Unterweisung das Chorgericht eingeführt. Es bestand aus dem Pfarrer und sechs der „fürnehmsten, gottes-fürchtigsten und ehrbarsten“ Personen. Ihr Amt übten sie am Sonntag nach dem Gottesdienst im Chor der Kirche aus. Dem Chorgericht oblag die Aufsicht über die Schule und die Sittenpflege innerhalb der Kirchgemeinde. Ein Bewohner von Moosaffoltern wurde beispielsweise mit 10 Schilling gebüsst, weil er am Auffahrts-Morgen Holz zu seinem Haus transportiert hatte. 1852 entstand aus dem Sittengericht der Kirchenvorstand als Vorgänger des heutigen Kirchgemein-derates.
Im Frühling 1860 wurde die alte Kirche, die sich unterdessen in einem sehr schlechten baulichen Zustand befand, abgerissen. Gleichzeitig baute man etwas weiter oben ein neues Gotteshaus in neugotischem Stil von beeindruckender Grösse. Aus bautechnischen Gründen wurde das Chor – entgegen der Tradition – gegen Westen orientiert. Somit kam der Turm auf das Ostende des Plateaus zu stehen und die Eingangsfassade war dem „Oberdorf“ und der Hauptstrasse Bern – Büren zugewendet.
Am 29. Juni 1862 konnte die neue Kirche feierlich eingeweiht werden. Rapperswil verfügte nun über ein „dörfliches Münster“ mit 400 Sitzplätzen. Zu dieser Zeit zählte die Gemeinde bereits um die 2000 Einwohnerinnen und Einwohner. Ende 2006 waren es nur knapp 150 Einwohnerinnen und Einwohner mehr.
Ebenfalls eingeweiht wurde die von Louis Kyburz aus Solothurn eingebaute Orgel mit 14 Registern und einem neugotischen Gehäuse. 1906 baute dann Goll aus Luzern eine neue Orgel mit 9 Registern nach dem Wittwer-System ins alte Gehäuse. Die heutige Orgel wurde 1962 von Felix und Kuno Wälti mit 28 Registern in ein neues Gehäuse mit Rückpositiv gebaut. Die reich – vor allem mit guten Zungenregistern – ausgestattete Orgel ist im In- und Ausland bekannt als her-vorragende Konzertorgel.
Im Jahre 1940 wurde die Kirchgemeinde Rapperswil um die Gemeinde Bangerten erweitert. Bangerten gehörte vorher zur Kirchgemeinde Messen. Aus verschiedenen Gründen entstand der Wunsch, sich der Kirchgemeinde des westlichen Nachbardorfs anzuschliessen. Nach schwierigen und jahrelangen Verhandlungen wurde Bangerten schliesslich am Sonntag, den 28. April 1940, in einem feierlichen Gottesdienst mit der Kirchgemeinde Rapperswil zusammengeschlossen.