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L'administration fiscale peut exonérer des impôts les fondations qui poursuivent des buts d'utilité publique, tels que l'assistance aux personnes handicapées ou le développement de l'énergie solaire, ou de service public, par exemple l'exploitation d'un téléphérique.
L'exonération porte le plus souvent sur l'exonération des impôts directs des personnes morales (impôt fédéral direct et impôt cantonal et communal). Les demandes d'exonération doivent être adressées à l'Afc, qui examine si les conditions sont remplies (but poursuivi, irrévocabilité de l'affectation des fonds, exercice effectif de l'activité, cercle des bénéficiaires, bénévolat des membres, etc.). Une exonération pour les droits d'enregistrement ou pour les droits de succession est également possible.
De plus, l'Afc accepte, à certaines conditions, que les donateurs déduisent de leur revenu (pour les personnes physiques) ou de leur bénéfice (pour les personnes morales) les dons faits en faveur de fondations reconnues d'utilité publique ou de service public. La déduction est limitée à 20% du revenu, respectivement du bénéfice imposable du donateur. Peu importe à cet égard que les bénéficiaires soient domiciliés dans le canton de Genève ou dans un autre canton.