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Im 18. Jahrhundert formulierte der Arzt Samuel Hahnemann in Deutschland nach Selbstversuchen (zunächst mit Chinarinde) die beiden wichtigsten Leitsätze seiner neuen Heilmethode, nachdem er von der Medizin seiner Zeit enttäuscht worden war. Erstens: Ähnliches soll mit Ähnlichem geheilt werden (deshalb auch Homöopathie, von homoios (gleichartig) und pathos (Leid)). Dieses Prinzip gab es aber auch schon knapp zweittausend Jahre vorher zur Zeit von Galenos. Zweitens: Das Arzneimittel soll in potenzierter Form verabreicht werden (also verdünnt und geschüttelt), denn er stellte fest, dass eine nicht-stoffliche Dosis in ihrer Wirksamkeit einer hohen Dosis nicht unterlegen sein muss, aber garantiert weniger Schaden anrichten kann. Während die Homöopathen viele Syphilis-Erkrankte mit homöopathisch potenziertem Quecksilber heilen konnten, verloren ihre schulmedizinischen Kollegen derer viele durch Quecksilbervergiftung (eine Quecksilbervergiftung zeigt ähnliche Symptome wie eine Syphilis im Endstadium).
Im 19. Jahrhundert Verbreitung der Homöopathie in andere Länder wie Frankreich und England, aber vor allem in die USA, wo viele homöopathische Krankenhäuser und Universitäten gegründet wurden. Tatsächlich war es teilweise fast nur möglich, Medizin zu studieren, wenn man sich an einem homöopathischen College einschrieb. Ausbreitung auch nach Asien, wegen dem englischen Einfluss vor allem nach Indien. Blütezeit der Homöopathie.
Im 20. Jahrhundert wurde die Homöopathie zwar in vielen Ländern staatlich anerkannt, verlor aber gleichzeitig auch an Bedeutung: Die chirurgische und chemische Medizin übernahm spätestens mit der Entdeckung des Penicillins und der Narkose die Führung. Grosse Erfolge wurden erzielt, unzählige Leben wurden gerettet, aber auch grosse Schäden angerichtet. Es gab Bestrebungen der Nationalsozialisten in Deutschland, die Homöopathie als „Staatsmedizin“ zu etablieren, da es sich um eine deutsche Erfindung handelt, aber gerade in den wichtigsten Bereichen der Kriegsmedizin (Chemische Waffen, Doping der Soldaten durch Drogen und Verletzungen durch Bomben und Projektile) war die Homöopathie der chemischen und chirurgischen Medizin unterlegen.
In der zweiten Hälfte des Jahrhunderts etablierte sich die Pharmaindustrie immer mehr als die tonangebende graue Eminenz der Schulmedizin. Die billige Homöopathie geriet in Vergessenheit. Einzig in Grossbritannien, wo die Königsfamilie sich traditionell homöopathisch behandeln lässt, in Indien, wo die Homöopathie und die Schulmedizin gleichgestellt sind und es viele homöopathische Colleges und Krankenhäuser gibt und in Brasilien hat die Homöopathie als Staatsmedizin neben der Schulmedizin überlebt, in vielen weiteren Staaten ist sie zwar anerkannt und wird auch durch die Krankenkasse bezahlt, zählt aber trotzdem zu den alternativen Heilmethoden.
Im 21. Jahrhundert gibt es wieder eine vermehrte Tendenz hin zur Homöopathie und anderen weniger invasiven Heilmethoden. Es wurden zum Beispiel die „Homöopathen ohne Grenzen“ gegründet, die in Krisengebieten (von der Öffentlichkeit weitgehend unbeachtet) gute Erfolge erzielen. Es werden mehr und mehr homöopathische Praxen eröffnet und auch viele Schulmediziner schwenken auf Homöopathie um oder bieten diese komplementär zur Schulmedizin an. Ausserdem gibt es einen Trend dazu, dass mehr wissenschaftlich anerkannte Studien unter Einbezug von Homöopathie durchgeführt werden (dies, weil viele Schulmediziner mit universitärem Hintergrund zur Homöopathie gewechselt haben). Das Ziel dieser Studien ist es einerseits, den geheimnisvollen Wirkungsmechanismus der Homöopathie zu entdecken (was trotz interessanter Ansätze bis anhin nicht gelungen ist), aber vor allem auch die signifikante Wirksamkeit der Homöopathie gegenüber dem Placebo und dem schulmedizinischen Medikament zu beweisen (ein Ziel, das in den meisten modernen Studien erreicht wird).