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Das Institut für Virologie wurde 1967 durch Prof. Robert Wyler (1924 - 2013) gegründet. Zuerst war das Institut provisorisch in den Räumen des Instituts für Medizinische Mikrobiologie an der Gloriastrasse untergebracht. Im Jahr 1973 konnte in den Fertigelementarbau, der ebenfalls als Provisorium gedacht war, an die Winterthurerstrasse 266a umgezogen werden. Unter der Leitung von Prof. Wyler entwickelte sich das Institut zu einer modernen Forschungsanstalt, welche sich mit verschiedenen veterinärmedizinisch und humanmedizinisch relevanten Viren beschäftigte. Im Jahr 1990 wurde Prof. Wyler pensioniert.
Im gleichen Jahr wurde Prof. Mathias Ackermann zum Ordinarius für Virologie an die Universität Zürich berufen und zum Direktor des Instituts gewählt. Die Namensänderung von "Institut für Virologie" zu "Virologisches Institut" wurde im Jahr 1992 durchgeführt um Verwechslungen mit dem Institut für Medizinische Virologie zu vermeiden. Im Jahr 1993 erfolgte die Erweiterung und Renovierung des damals 20-jährigen Gebäudeprovisoriums. Unter der Leitung von Prof. Ackermann wurden die 3 Forschungsgebiete Veterinärvirologie, Experimentelle Virologie und Immunologie aufgebaut.
Nach der Emeritierung von Prof. Ackermann im Januar 2017, hat die Universität Zürich Prof. Cornel Fraefel zum Nachfolger gewählt. Unter seiner Leitung erfolgte eine Teilneuausrichtung des Instituts: neben der Experimentellen Virologie und Veterinärvirologie wurde die Umweltvirologie als dritte Forschungsgruppe etabliert und die Gruppe Immunologie aus dem Virologischen Institut herausgelöst.
Das Virologische Institut soll Studierenden und Wissenschaftlern eine stimulierende Lern- und Forschungsumgebung bieten, um den Erkenntnisgewinn in der Virologie und in anderen biomedizinischen Disziplinen zu fördern.