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Auf Beginn des Wintersemesters 1983/84 habilitierte Brigitte Woggon für das Gebiet der Klinischen Psychiatrie mit besonderer Berücksichtigung der Psychopharmakotherapie. Im Jahr 1990 wurde sie zur Titularprofessorin ernannt und sechs Jahre darauf zur nebenamtlichen Extraordinaria gewählt.
Ihr besonderes Forschungsinteresse galt der methodischen Untersuchung und sorgfältigen Beobachtung von erwünschten und uner wünschten Arzneimittelwirkungen am Menschen. Brigitte Woggon galt als anerkannte Expertin für Psychopharmakotherapie. Davon zeugen unter anderem ihre Mitgliedschaften in den renommiertesten nationalen und internationalen Fachgesellschaften.
Sie hat zudem die Psychiatrische Universitätsklinik, in der sie seit 1970 in verschiedenen Funktionen tätig war, aktiv geprägt und mitgestaltet.
In ihrer Funktion als Präsidentin der Gleichstellungskommission war sie massgeblich an der Erarbeitung und Einführung des Verhaltenskodex Gender Policy, des Reglementes zum Schutz vor sexueller Belästigung und der Kinderbetreuung am Hochschulplatz Zürich beteiligt. Brigitte Woggon hat mit ihrer warmherzigen und gleichzeitig direkten Art verstanden, auf vorhandene Ungerechtigkeiten und Defizite aufmerksam zu machen. Ihre Zivilcourage hat sie dabei mehrfach unter Beweis gestellt. Am 19. Januar 2009 wurde Brigitte Woggon emeritiert.