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Wie in der gesamten Schweiz, so treten auch im Grossraum St. Gallen natürliche Erdbeben auf. Die Seismizität in der Region ist im Vergleich zur restlichen Schweiz jedoch eher niedrig (siehe auch Erdbebengefährdung in der Schweiz). Einzig das St. Galler Rheintal, das im Osten angrenzt, zeigt eine erhöhte Erdbebentätigkeit.
In einem Umkreis von 20 km um den Standort das Geothermieprojektes wurden im Zeitraum von 1975 bis 2008 93 Erdbeben mit Magnituden zwischen Mw=1.2 und Mw=3.7 vom SED aufgezeichnet. Die Erdbeben traten in Tiefen von bis zu 30 km auf, in der Mehrheit lagen die Erdbebenherde jedoch in Tiefen von 0 km bis 10 km.
Das stärkste der Erdbeben hatte eine Magnitude von Mw=3.7 und ereignete sich am 24. August 1996 in einer Tiefe von ungefähr 30 km unter Kirchberg. Typisch für die Erdbebentätigkeit der Schweiz ist auch das auftreten von Erdbebenschwärmen. Im Jahre 1990 wurde südlich von Oberuzwil eine solche räumliche und zeitlichen Anhäufung von Erdbeben ähnlicher Stärke aufgezeichnet.
Das stärkste historische Beben im Grossraum St. Gallen ereignete sich am 11. August 1771 in der Nähe von Niedersommeri nördlich von Amriswil. Da für dieses Beben noch keine instrumentelle Aufzeichnung zur Verfügung stand, kann seine Magnitude von Mw=5.1 nur über Berichte aus historischen Quellen abgeschätzt werden. Die folgenden Eintragungen finden sich beispielsweise im Tagebuch von Fürstabt Beda Angehrn (Stiftsarchiv St. Gallen, Band 282, 1767-1773):
11. August 1771: Circa mediam nonam matutinam factus est terrae motus com valde magna concussione sine tamen ullo damno. Deo sint laudes. (Ungefähr um halb neun Uhr morgens geschah ein Erdbeben mit einer sehr grossen Erschütterung, aber ohne jeglichen Schaden. Gott sei gelobt.)
12. August 1771: Langten da und dorther Bericht ein von dem gestrigen Erdbeben, welches auch zu Wyl sehr starckh verspühret worden, also dass einige Camin eingestürzet und im Forteilen aus der Kirch ville beschädiget worden. Die Kuppel der Kirche zu Kirchberg selle ein und anderen Sprung bekommen haben. Deus alteriora mala benigne avertere velit (Gott möge weiteres Übel gütig [von uns] abwenden).