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La naissance du microbiote
Il est important de se rappeler que le microbiote du nourrisson commence à se développer depuis la naissance par la colonisation des bactéries vaginales de la mère lors d’un accouchement par voie basse mais également lors du contact peau à peau avec la mère (1). La plupart des souches bactériennes colonisant l’intestin du nourrisson proviennent de l’intestin de la mère et ces souches semblent persister durablement dans l’intestin de l’enfant. De plus, les microbes dans le lait maternel aident à ensemencer le microbiome du nourrisson permettant le développement de bactéries amies comme les bifidobactéries, les lactobacilles et certains streptocoques (2).
La colonisation du microbiote du nourrisson s’effectue principalement durant les 4 premiers mois. La première semaine, le microbiome est surtout composé de Protéobactéries et de bactéries anaérobes puis après la première semaine, s’installe les bifidobactéries et les bacteroides soutenues par l’allaitement, cette transition va continuer jusqu’à l’introduction des aliments solides.
La qualité du microbiote et sa maturation va dépendre de différents facteurs comme le mode d’accouchement, la qualité de l’allaitement puis plus tard par le type d’alimentation de l’enfant (3). La prescription d’antibiotiques surtout dans la première année de vie va réduire fortement les bonnes bactéries comme les bifidobactéries et augmenter la présence de bactéries opportunistes (protéobactéries).
Pour la santé de l’intestin, Il est préférable que le nourrisson développe un rapport plus élevé de Bifidobactéries par rapport aux Bactéroides, la production d’acides gras à chaines courtes par fermentation du lait maternel va permettre de réduire les bactéries pathogènes comme les Protéobactéries et éviter l’excès de bacteroides. La colonisation par les bifidobactéries va permettre de renforcer la barrière intestinale, murir le système immunitaire et avoir une action anti-inflammatoire. Une bonne flore dès le départ va permettre plus tard une meilleure tolérance aux aliments et va jouer un rôle important sur le métabolisme de l’individu réduisant les risques d’allergies et de surpoids.
Les facteurs influençant le microbiote
Le microbiome peut être altéré très tôt chez le nourrisson par divers facteurs comme un accouchement par césarienne, l’absence d’allaitement, ainsi que le stress maternel sans oublier l’utilisation d’antibiotiques dans les deux premières années ou pire dans les 6 premiers mois (4). Même s’il a reçu des antibiotiques très tôt dans sa vie, l’allaitement exclusif peut aider le nourrisson à retrouver de bonnes bactéries intestinales.
A contrario, les nourrissons nourris avec des laits commerciaux ont tendance à avoir moins de bifidobactéries et plus de bactéroides. Les formules enrichies en prébiotiques (GOS,FOS) améliorent un peu la situation en soutenant la croissance des bifidobactéries.
L’introduction des aliments solides va encourager la diversité du microbiote avec des bactéries de la famille des Firmicutes s’associant aux bifidobactéries et bacteroides.
Après 3 ans, le microbiome va être surtout influencé par le type d’alimentation, l’enfant qui se nourri d’une alimentation occidental, riche en protéines animales et graisses) va favoriser le développement des bacteroides par rapport aux firmicutes et bifidobactéries alors que dans des diètes traditionnelles riches en légumes et fibres (moins de viande) on va promouvoir plus les bifidobactéries et les prevotellas qui permettent une meilleure santé du microbiote.
Quelles stratégies pour favoriser un microbiote sain chez son futur enfant ?
Prendre soin du microbiote maternel durant la grossesse
La future mère doit en premier lieu s’occuper de protéger et améliorer son microbiote durant la grossesse :
- Éviter les antibiotiques même ceux naturels, les IPP et les diètes restrictives
- Gérer son stress
- Encourager la prise de prébiotiques dans son alimentation soit par des aliments prébiotiques soit par des suppléments (GOS, fibre d’acacias etc.).§
- Prendre des probiotiques un peu avant son accouchement. Il est conseillé de prendre des probiotiques hautement dosés avec combinaison de bifidobactéries et lactobacilles au moins 1 mois avant la date supposée de l’accouchement.
Stratégies après la naissance de l’enfant
- Il est important d’encourager un allaitement le plus exclusif durant les 6 premiers mois
- Il est conseillé de ne pas introduire d’aliments solides avant 6 mois si possible. Idéalement attendre les signes que le nourrisson est prêt à manger, par exemple, lors de l’apparition de la première dent, ou lorsque le nourrisson se tient assis seul etc.
- En cas de césarienne, permettre un contact immédiat avec la peau de la maman, encourager l’allaitement et retarder le premier bain jusqu’à une semaine. Une étude récente a confirmé que l’introduction immédiate de probiotiques lors d’un accouchement par césarienne augmente le nombre de bactéries amies dans l’intestin du nourrisson et améliore l’état de la muqueuse intestinale (11).
- Des probiotiques peuvent être rajoutés dès les premières semaines, les plus validés dans les études sont le Lactobacillus reuteri (Biogaia protectis), le Lactobacillus Rhamnosus GG (Culturelle digestive health) et le Bifidobacterium infantis (Align).
- L’administration de prébiotiques est importante pour permettre une bonne transition vers un microbiote sain, on conseille d’adjoindre des prébiotiques type FOS ou GOS dans le biberon. Personnellement, je conseille souvent la fibre d’acacias (Prebiosoft) qui est bien tolérée chez les nourrissons même lors de colique. Certains nutritionnistes conseillent chez les enfants non allaités le fucosyllactose (par exemple Prebiolife Enfant chez Nutrixeal.fr) qui est un oligosaccharide majoritaire du lait maternel et qui joue un grand rôle dans la mise en place d’une flore intestinale saine.
Les coliques du nourrisson
Il s’agit de troubles digestifs bénins souvent limités dans le temps, responsables de cris et d’agitation. Ces coliques peuvent toucher environ 20% des nourrissons, elles débutent entre 2 à 6 semaines et se résolvent dans les 3 mois dans la majorité des cas. Les critères diagnostics de Rome IV incluent ; moins de 5 mois d’âge, épisodes de cris récurrents et prolongés avec agitation et irritabilité sans raisons claires, non calmées par la présence et la nourriture, sans fièvre ou maladie associée (5).
Avant de retenir le diagnostic de colique du nourrisson, il ne faut pas passer à côté d’une maladie digestive comme une intolérance au lactose, une allergie alimentaire, une constipation, un volvulus intestinal, un RGO, une hernie inguinale etc.. L’avis d’un pédiatre reste indispensable pour clarifier le diagnostic.
La médecine classique ne reconnait pas d’explications claires aux coliques du nourrisson, diverses hypothèses sont émises comme une immaturité fonctionnelle du système digestif ou du système nerveux entérique, une augmentation de la sérotonine intestinale ou du péristaltisme. Une autre hypothèse plus intéressante évoque un microbiote déséquilibré avec des entérobactéries produisant trop de gaz, voir même une inflammation intestinale, responsable d’une hypersensibilité viscérale. Cela semble démontré par des études qui montrent chez les enfants souffrant de coliques, une diminution des bactéries amies comme les bifidobactéries et les lactobacillus et une augmentation des bactéries pathogènes de la famille des Protéobactéries (Escherichia, Klebsiella, Yersinia et Pseudomonas) (6). Certains facteurs de risques ont été suggéré comme le tabac chez la mère ainsi que des états d’anxiété, de stress ou de dépression chez les parents.
La prise en charge des coliques du nourrisson peut comprendre :
- Rassurer les parents sur le caractère bénin et la durée limitée dans le temps (3 à 6 mois), favoriser les contacts rassurants.
- Encourager la poursuite de l’allaitement en proposant à la mère de modifier sa diète (par exemple en arrêtant sur une courte période les aliments allergisants comme les produits laitiers, les œufs, le blé, soja, les œufs, les noix, poisson.
- Envisager l’introduction du probiotique Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (Biogaia protectis) (7).
- En cas de formules commerciales, changer vers une formule partiellement hydrolysée avec pré et probiotiques
Approches de type naturopathique :
- Utilisation des plantes calmantes comme la camomille, le fenouil, la menthe en tisanes ou extraits végétaux glycérinés.
- L’Iberogast est sûre pour le nouveau-né et surtout efficace : 3 à 6 gouttes selon besoin en dessous de 3 mois et 5 à 8 gtts en dessus de 3 mois.
- L’homéopathie peut également aider, les produits les plus utilisées sont Nux vomica, Pulsatilla, Chamomilia, Colocynthis etc. Il est préférable de demander à une personne formée dans ce domaine.
En cas d’échec, il faut envisager un traitement contre les levures comme le Candida. En effet, les candidoses sont assez fréquemment observées chez les nourrissons. On peut observer un anus vraiment rouge, des flatulences sous forme de bulles, des rougeurs dans les plis. Les prélèvements et examens sont difficiles et inconsistants mais on peut essayer de rechercher des levures dans un prélèvement de selles. Comme traitement, il est préférable d’éviter des plantes ou huiles essentielles anti-fongiques comme la berberine, l’huile essentielle d’Origan, l’ail etc. On va préferer donner du Saccharomyces boulardii et/ou de l’huile MCT, et en cas d’échec on peut envisager un traitement médicamenteux à base de nystatine.
Régurgitations et reflux gastro-oesophagien (RGO) chez le nourrisson
Le RGO chez le nourrisson peut être parfaitement normal, physiologique chez les nourrissons et peut survenir plusieurs fois par jour après le repas. Souvent ce reflux reste asymptomatique sans impact négatif chez le bébé. Le RGO arrive souvent à son acmé vers 4 mois et se résoud vers 6 mois, quelques fois il peut durer jusqu’à un an (8). Les facteurs qui peuvent expliquer ces reflux sont multiples pouvant comprendre une fonction immature du sphincter gastro-oesophagien, une augmentation de la pression intra-abdominale (ingurgitation d’air en avalant son lait favorisant une distension du ventre), trop de liquide ingéré, une position trop fréquente sur le dos etc.
Le RGO peut être pathologique lorsque le nourrisson exprime une détresse ou des pleurs pendant ou entre les repas, qu’il évite ou refuse de manger ou de prendre le biberon et qu’il existe une perte de poids ou l’absence de prise de poids selon l’âge. Il existe des signes inquiétants si les reflux persistent après 6 mois, qu’on observe des saignements, des douleurs abdominales associées, des régurgitations de bile ou une pneumonie récurrente.
Pour faire le diagnostic de RGO, les signes cliniques et les symptômes sont souvent suffisants, il est rare de nécessiter un examen par endoscopie. Si cet examen est nécessaire, on peut le coupler avec une ph-métrie pour différencier une régurgitation acide ou non acide. Dans l’ensemble des cas, les symptômes se résolvent sur une période de 6 à 12 mois d’âge.
La prise en charge des reflux gastro-oesophagiens chez le nourrisson (sans IPP)
- Ajuster la fréquence et les volumes de nourriture
- Modifier la position du nourrisson lors du biberon ou l’allaitement (position anti-reflux)
- Epaissir le lait maternel ou les préparations avec des épaississants. Il existe également des formules de lait dit « anti-régurgitations ».
- Eliminer les formules à base de lait de vache
- Pour la femme qui allaite, enlever de sa diète les produits laitiers
Approches complémentaires naturelles
- Les probiotiques sont conseillés dans le reflux. Le Lactobacillus Reuteri DSM 17398 (Biogaia protectis) est un des probiotiques le mieux évalué dans la colique et le reflux. On peut mettre quelques gouttes ou de la poudre de probiotiques sur le sein de la mère pendant l’allaitement ou l’adjoindre dans le biberon (12)
- Si l’enfant mange des aliments solides, exclure les produits laitiers, surtout ceux de la vache.
- L’Iberogast est sûre pour le nouveau-né et surtout efficace : 3 à 6 gouttes selon besoin en dessous de 3 mois et 5 à 8 gtts en dessus de 3 mois.
- L’homéopathie a également sa place dans les régurgitations du nourrisson
- En cas de persistance, envisager la possibilité d’une candidose, les levures sont fréquemment présentes dans le tube digestif et peuvent souvent poser problème chez le nourrisson. Les croissances de levures peuvent être favorisées par un lait maternel qui produit plus de sucres que de gras. Comme traitement, il est préférable d’éviter des traitements agressifs comme des plantes ou des huiles essentielles anti-fongiques comme la berberine, l’huile essentielle d’Origan etc.. On peut donner du Saccharomyces boulardii et de l’huile MCT et en cas d’échec on peut envisager un traitement médicamenteux à base de nystatine.
Les inhibiteurs de la pompe à proton, ennemi du microbiote ?
Les inhibiteurs de la pompe à proton sont assez fréquemment utilisés par les pédiatres lors de reflux persistants surtout avec des signes d’érosion de l’œsophage. Classiquement il est déconseillé de les utiliser avant l’âge d’un an.
Les IPP sont toutefois des grands perturbateurs du microbiote, favorisant un déséquilibre du microbiote et une augmentation de bactéries pathogènes de la famille des Protéobactéries. S’ils sont usés avant 6 mois, la dysbiose peut contribuer à la survenue de problèmes de santé comme l’obésité, l’asthme, les allergies ou des réactions alimentaires (9). Les effets secondaires possibles de la prise d’IPP comprennent des diarrhées, des allergies alimentaires, une carence en B12 et en fer, un risque de pneumonie ainsi que des effets rebond d’acidité à l’arrêt du traitement. D’autre part, une étude a également montré une association entre la prise d’IPP et des infections à Clostridium difficile chez le nourrisson en dessous d’un an (10).
Dr Antonello D’oro
Références :
- CHU DM « Maturation of the infant microbiome community structure and function across multiple body sites and in relation to mode of delivery” Nat. Med. 2017;23(3):314-326
- Feretti “Mother to infant transmission from different body sites shapes the developing infant gut microbiome” Cell Host and Microbiome 2018 24(1):133-145
- Tanaka M “ Development of the gut microbiota in infancy and its impact on health in later life” Allergology International 66(4):515-522
- Mitre E “ Association between use of acid-supressive medication and antibiotics during infancy and allergic diseases in early childhood” JAMA Pediatrics 2018, juin 4;172
- Valerie Sung “Infantile Colic” Aust. Presc. 2018 Aug 41(4)
- De Weerth C “Intestinal microbiota of infants with colic: development and specific signatures” Pediatrics 2013;131
- Pedro Gutierrez “Efficacy of Lactobacillus reuteri DSM 17938 for infantile colic” Medecine 2017 Dec;96(51)
- Rosen R “Pediatric gastroeosophageal Reflux Clinical Guidelines…” J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2018;66(3):516-554
- Edward Mitre “ Association between use of acid-supressive medications and antibiotics during infancy and allergic disease in early childhood” JAMA pediatr. 2018 jun;172(6)
- Freedberg “Use of acid suppression medication is associated with risk for C. difficile infection in infants and children” Clin Infect Dis 2015 Sep 15;61(6):912-7
- Joanna Hurkala “Effect of a Short-Time Probiotic Supplementation on the Abundance of the Main Constituents of the Gut Microbiota of Term Newborns Delivered by Cesarean Section—A Randomized, Prospective, Controlled Clinical Trial” Nutrients 2020 Oct;12(10):3128
- Indrio F “Prophylactic use of a probiotic in the prevention of colic, regurgitation and fonctionnal constipation; a randomized clinical trial” JAMA Pediatr. 2014;168(3):228-233
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