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En janvier 2006, le Conseil fédéral a chargé le DFE et le DFAE d'examiner la faisabilité d'un accord de libre-échange agricole avec l'UE. Les premiers résultats de cet examen ont montré qu'un tel accord serait avantageux du point de vue macroéconomique et sur le plan de la politique agricole, à condition de porter sur l'ensemble de la chaîne de production dans le domaine agroalimentaire, mais aussi sur toutes les entraves au commerce, tarifaires et non tarifaires. Le rapprochement au niveau des prix de l'UE représenterait toutefois un défi de taille pour l'agriculture et les échelons situés en amont et en aval. Selon les modalités de transition, des mesures d'accompagnement de durée limitée seraient indispensables. Sur cette base, le Conseil fédéral a décidé, le 10 mars 2006, de poursuivre le projet, de consulter les milieux intéressés en Suisse et de prendre contact avec la Commission européenne.
Des pourparlers exploratoires ont eu lieu avec la Commission européenne à fin mai 2006. Il s'agissait de s'assurer de l'intérêt de l'UE à un accord et d'examiner notamment les thèmes suivants: harmonisation des prescriptions dans le domaine non tarifaire et en matière d'homologation de moyens de production et de denrées alimentaires, l'épuisement régional des brevets de produits phytosanitaires et de médicaments vétérinaires, ainsi que les droits de protection des variétés, la reconnaissance de l'équivalence dans le domaine non encore harmonisé (principe du Cassis de Dijon) et des aspects institutionnels.
En 2010, le Conseil fédéral a examiné de manière approfondie les diverses options en matière de politique européenne est arrivé à la conclusion que la voie bilatérale demeure actuellement l'instrument le plus approprié pour garantir l'équilibre adapté entre les intérêts de la Suisse et de l'Union européenne. La consolidation, la sécurisation et le développement de la voie bilatérale constituent les objectifs fixés par le Conseil fédéral dans son rapport sur l'évaluation de la politique européenne de la Suisse du 17 septembre 2010. Le 26 janvier 2011, le Conseil fédéral a décidé que la poursuite et le développement de la voie bilatérale se feraient selon une approche d'ensemble coordonnée. Il a convenu avec l'UE d'approfondir et de préciser cette démarche.
Dans le cadre de la concrétisation de cette approche d'ensemble coordonnée, le Conseil fédéral a établi, le 1er février 2012, une feuille de route pour les prochaines étapes de la poursuite des négociations bilatérales. Dans ce contexte, le 15 juin 2012, il a adopté à l'attention de l'UE des propositions relatives aux questions institutionnelles. Ces principes ont notamment trait à l'uniformité (homogénéité) de l'application et de l'interprétation des dispositions ancrées dans les accords bilatéraux, aux développements du droit, à la surveillance de l'application des accords bilatéraux et au règlement des différends. L'objectif est de dégager des solutions à cet égard dans le cadre des négociations en matière d'électricité. Si cela est jugé acceptable par les deux parties, ces solutions pourraient servir de modèle pour d'autres dossiers de négociation.