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Unter den nachgewiesenen 25 Libellen- und 11 Heuschreckenarten befinden sich nur vereinzelt seltene Arten. Von den festgestellten 22 Schmetterlingsarten sind der Kleine und Grosse Schillerfalter (Apatura iris) sowie der Südliche Kurzschwänzige Bläuling (Cupido alcetas) gefährdet.
55 Fischarten sind in der Schweiz heimisch, zahlreiche davon sind gefährdet oder gar vom Aussterben bedroht. In der Alten Aare konnten 20 Fischarten nachgewiesen werden. Darunter befinden sich die gefährdete Nase (Chondrostoma nasus), der Bitterling (Rhodeus sericeus) oder das Bachneunauge (Lampetra planeri).
Etwas weniger erfreulich präsentiert sich die Situation bei den Amphibien, bei welchen ein Artenrückgang festgestellt wurde. Mit dem Kammmolch (Triturus cristatus) und dem Teichmolch (Lissotriton vulgaris) sind aktuell noch zwei stark gefährdete Arten bestätigt.
Die gefährdete Ringelnatter (Natrix natrix) hingegen und die Zauneidechse (Lacerta agilis) finden entlang der Alten Aare einen optimalen Lebensraum.
Etliche auentypische Vogelarten sind an den Gewässern (Eisvogel, Teichhuhn, Teichrohrsänger) oder in den angrenzenden Wäldern (Pirol, Waldohreule, Kleinspecht, Baumfalke, Nachtigall) zu beobachten oder zu hören.
Der Biber hat sich in den letzten Jahren entlang der Alten Aare gut etabliert. Auch der gefährdete Iltis, die scheue Haselmaus und mehrere Fledermausarten finden hier einen guten Lebensraum.