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L’autorité fédérale responsable adresse à la CFSB pour avis les demandes d’autorisation portant sur la mise en circulation d’organismes génétiquement modifiés, d’organismes pathogènes ou de petits invertébrés. Les prises de position de la CFSB peuvent être publiées lorsque l’autorité compétente pour accorder l’autorisation a rendu sa décision et si elle consent à cette publication.
La CFSB prend position principalement sur trois catégories de demandes d’autorisation de mise en circulation: d’organismes génétiquement modifiés, de produits phytosanitaires et de produits biocides.