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Conformément à la loi fédérale sur les épidémies, l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) est tenu de prendre, conjointement avec les cantons, les mesures qui s'imposent pour lutter contre les maladies infectieuses. L'ordonnance sur la déclaration (RS 818.14.1, RO 1999) régit la déclaration des maladies transmissibles causées par les agents pathogènes pour l'homme. Dans l'ordonnance sur la déclaration de médecins et de laboratoires sont spécifiés les observations soumises à déclaration ainsi que les critères et les délais de déclaration. Il y est également précisé quand des déclarations complémentaires sont nécessaires.
Le médecin cantonal assume les tâches liées à la prévention et à la surveillance des maladies transmissibles (SIDA, hépatites, rougeole, etc.), à la déclaration obligatoire de certaines maladies, aux problèmes de vaccination, ainsi qu'à l'évolution de maladies tel que le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) ou la grippe aviaire. Dans notre canton, une partie de ces tâches ont été déléguées à l'Institut Central des Hôpitaux (ICH).