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Die grundlegenden Bestimmungen im Bereich Pflanzengesundheit sind in der «Verordnung über den Schutz von Pflanzen vor besonders gefährlichen Schadorganismen» (Pflanzengesundheitsverordnung, PGesV, SR 916.20) des Bundesrates verankert. Sie wurde gestützt auf das Landwirtschaftsgesetz und das Waldgesetz am 31. Oktober 2018 vom Bundesrat verabschiedet und ist am 1. Januar 2020 in Kraft getreten. Die Verordnung ersetzte die Pflanzenschutzverordnung vom 27. Oktober 2010 (PSV). Mit strengeren Anforderungen und verstärkten Präventionsmassnahmen soll sie den Schutz der Pflanzen vor besonders schädlichen Organismen stärken.
Die technischen Bestimmungen sowie die Listen mit den geregelten Schadorganismen und Waren sind in der interdepartementalen Verordnung des WBF und des UVEK zur Pflanzengesundheitsverordnung (PGesV-WBF-UVEK, SR 916.201) geregelt, die seit dem 1. Januar 2020 in Kraft ist.
Dringlichkeitsmassnahmen und vorübergehende phytosanitäre Bestimmungen sind in den zwei Amtsverordnungen des BLW (VpM-BLW, SR 916.202.1) und des BAFU (VpM-BAFU, SR 916.202.2) geregelt.
Die Verordnungen werden durch Richtlinien des BLW und des BAFU ergänzt, welche die rechtlichen Bestimmungen erläutern und präzisieren und somit als Vollzugshilfen dienen.
Im Rahmen des bilateralen Agrarabkommens zwischen der Schweiz und der Europäischen Union (EU) muss die Gleichwertigkeit der pflanzengesundheitlichen Bestimmungen beibehalten werden, da nur so der freie Warenverkehr mit der EU gewährleistet werden kann. Somit enthält das Schweizerische Pflanzengesundheitsrecht gleichwertige Bestimmungen wie das EU-Recht (siehe unten).
Die Pflanzengesundheit ist nicht nur auf einer nationalen, sondern auch auf einer internationalen Ebene geregelt. Weltweit haben mehr als 180 Länder das sogenannte Internationale Pflanzenschutzübereinkommen (International Plant Protection Convention, IPPC) unterzeichnet – darunter auch die Schweiz. Ein Hauptziel von diesem völkerrechtlichen Vertrag zum Schutz von Pflanzen gegen Schädlinge und Krankheitserreger ist, die Einfuhrvorschriften und Quarantänebestimmungen der verschiedenen Länder durch die Vorgabe von Standards zu vereinheitlichen (Internationale Standards für Pflanzenschutzmassnahmen, ISPM). Länder wie die Schweiz, die das IPPC unterzeichnet haben, sind verpflichtet, diesen Standards beim Erlass von nationalen Vorschriften und deren Umsetzung zu folgen.
Auf europäischer und mediterraner Ebene haben sich mehr als 50 Länder in der Pflanzenschutzorganisation für Europa und den Mittelmeerraum (European and Mediterranean Plant Protection Organization, EPPO) zusammengeschlossen. Auch die Schweiz ist Mitglied der EPPO. Die Mitgliedstaaten arbeiten zusammen, um internationale Strategien gegen die Einschleppung und Verbreitung von Pflanzenkrankheiten und -schädlingen zu entwickeln und um sichere und wirksame Bekämpfungsmethoden zu fördern. Diese internationale Organisation erarbeitet Standards in den Bereichen Pflanzenschutzmittel, phytosanitäre Massnahmen und Diagnostik. Die EPPO-Standards sind Empfehlungen, die an die nationalen Pflanzenschutzdienste der EPPO-Mitgliedsländer gerichtet sind.
Ende 2016 hat das Europäische Parlament und der Rat der EU die neue Pflanzengesundheitsverordnung (EU) 2016/2031 «über Massnahmen zum Schutz vor Pflanzenschädlingen» veröffentlicht, die seit dem 14. Dezember 2019 gilt. Sie ist das Ergebnis einer mehrjährigen Überarbeitung und Modernisierung des europäischen Pflanzengesundheitsrechts und ersetzte die Richtlinie 2000/29/EG. Die Europäische Pflanzengesundheitsverordnung wird durch zahlreiche delegierte Verordnungen und Durchführungsbeschlüsse der Europäischen Kommission ergänzt. Die Listen mit den geregelten Schadorganismen und Waren sind zum Beispiel in der Durchführungsverordnung (EU) 2019/2072 enthalten.