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L’actualité fait référence à l’épidémie par le virus Zika qui s’étend rapidement sur le continent Américain, remontant du Brésil aux Etats-Unis, couvrant au passage l’Amérique centrale. Laissons de côté, pour l’instant, la description du virus lui-même et les dommages qu’il pourrait occasionner, pour évoquer le phénomène plus général de l’émergence d’un nouveau virus…..
On parle d’un virus émergent lorsqu’un virus se répand dans une niche géographique où il n’avait pas été identifié auparavant. On parle également d’émergence lorsque une épidémie éclate dans une espèce d’hôtes dans laquelle ce virus n’avait pas été identifié auparavant.
Dans le premier cas, le virus était connu pour faire des infections ailleurs. Comme exemple récent, on peut citer le virus du Nil occidental (West Nile Virus, WNV, un virus de la même famille que Zika). WNV, était connu depuis les années 1930 pour développer des épidémies en Afrique de l’est, au Moyen Orient et en Europe de l’est. En 1999, il fait son apparition sur la côte est des États-Unis et se répand en quelques années sur tout le continent nord américain. Pour le deuxième cas, on peut citer, l’émergence d’un virus de la grippe aviaire H5N1 en 1997 sur les marchés de Hong-Kong. Les poulets se trouvent être les hôtes nouveaux d’un virus qui circulait précédemment chez les oies sauvages. De façon intéressante, H5N1 est venu à notre connaissance par sa virulence extrême chez les poulets, alors qu’il passait inaperçu chez les oies. Incidemment, il a également infecté, accidentellement, des humains provoquant une mortalité de près de 60%. Depuis son apparition à Hong-Kong, H5N1 a fait son chemin vers l’ouest et il a été détecté au Moyen Orient et en Afrique du nord.
Contrairement aux deux cas cités ci-dessus, il arrive que le virus émergent soit un virus « nouveau« , au sens où il n’a pas été identifié ailleurs, ni dans un autre type d’hôte. Émergence prend ici un sens particulier, le virus semble avoir été « créé » de toute pièce. En fait, l’émergence dans ce cas est lié à un saut évolutif d’un virus précédent, dont le plan d’existence a été chamboulé. C’est le cas du virus du SIDA (HIV, human immunodeficiency virus ) pour lequel on a identifié un ancêtre chez le singe (SIV, simian immunodeficiency virus). Le changement d’espèce d’hôte (singe à homme) a résulté d’une adaptation de SIV qui, dans l’opération, a perdu son identité et a donné naissance à HIV. Le cas plus récent du virus de la grippe pandémique (épidémique à l’échelle mondiale) H1N1 de 2009 est peut-être plus marquant. On a dit qu’il s’agissait d’un virus d’origine porcine, sauf qu’il n’y a pas de trace de ce virus chez la gent porcine avant la pandémie, ni dans aucune autre espèce. Ce que l’on sait c’est que ce virus est une combinaison de virus porcin, humain et aviaire, et que c’est qu’une fois que la triple combinaison a eu lieu (dans quel hôte ?) que le virus a émergé dans la population humaine.
Quelles sont les conditions qui permettent ou favorisent l’émergence d’un virus. Une des premières conditions est intrinsèque aux virus, c’est leur formidable pouvoir d’adaptation (cf. Les virus ont une capacité d’adaptation formidable). Une autre tient aux conditions météorologiques changeantes. Les virus transmis par des vecteurs, comme des mouches ou des moustiques, vont dépendre de la possibilité pour ces vecteurs d’entrer dans une nouvelle niche. Le réchauffement climatique voit actuellement ces vecteurs remonter plus au Nord, permettant potentiellement l’émergence de virus précédemment confinés aux régions plus chaudes du sud. C’est vraisemblablement cette condition qui est à l’origine de l’émergence de WNV en Amérique du nord, WNV étant en effet transmis par un moustique. Une autre condition tient à la mobilité des individus de toute espèce sur une planète où le commerce en tout genre favorise le transfert de marchandises, d’animaux et d’humains avec rapidité et sur de longues distances. Finalement, et non moins importante, la densité croissante des populations, que ce soit les grandes mégapoles, pour les humains ou les élevages industriels d’animaux, qui représentent des incubateurs où les virus trouvent des conditions grandement facilitées de transmission d’individu à individu, gage de leur capacité à se multiplier en grand nombre. A l’énoncé de ces conditions, il apparaît que les virus risquent de trouver de plus en plus l’occasion de mettre à profit leur pouvoir d’adaptation pour occuper de nouveaux terrains, géographiques et biologiques.
Pour finir, une note importante. Le changement d’espèce d’hôte représente pour le virus une pression sélective nouvelle qui permet potentiellement l’émergence de virus avec des propriétés nouvelles. C’est comme si le virus explorait un nouveau champ des possibles. De ce fait, sa virulence est difficile à prévoir. En général, on peut, par précaution, raisonner que le passage du virus d’un hôte où il est bien adapté vers un nouvel hôte s’accompagne de virulence augmentée. Ceci sur le fait qu’une bonne adaptation à l’hôte tend vers un minimum de dommages (le virus en est dépendant pour sa survie). Par exemple, l’hôte naturel du virus Ebola n’a pas encore été identifié avec certitude. Ce serait une espèce de chauve-souris chez laquelle Ebola est inoffensif. Transmis à des chimpanzés, des gorilles, des antilopes, des porc-épis ou des humains, la mortalité peut grimper jusqu’à 90%.