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Kälteliebende Tierarten benötigen auch im Sommer kühles, sauerstoffreiches Wasser zum Überleben. So führen Wassertemperaturen von über 26 °C bei Bachforellen und Äschen meist zum Tod. Bestandsrückgänge einiger Fischarten im Unter- und Mittellauf der Sitter werden in Zusammenhang mit den steigenden Wassertemperaturen im Sommer gebracht. An heissen Sommertagen wurden in der Sitter tagsüber schon Werte von bis zu 28 °C gemessen. Diese kritischen Temperaturen können durch beschattete Abschnitte gemildert werden, in denen das Wasser dann bis zu 3 °C kühler ist. Einen wesentlichen Einfluss haben hierbei auch die Fliessgeschwindigkeit und die Tiefe des Wasserkörpers. Flache und langsam strömende Gewässer erwärmen sich im Sommer bedeutend schneller. Daraus lässt sich ableiten, dass menschliche Einwirkungen (Wasserkraftnutzung, Verbauungen, Nutzung als Kühlwasser, Entfernung der Ufervegetation u.a.) einen wesentlichen Einfluss auf die Wassertemperatur haben können, jedoch nicht immer eine Erwärmung bewirken. Die Ausleitung von Tiefenwasser aus Speicherseen kann beispielsweise eine Kühlung des Flusswassers von mehreren Grad Celsius auslösen (Seealpsee, Gübsensee). Dies führt dazu, dass generelle Muster, wie beispielsweise, dass sich die Wassertemperaturen von der Quelle bis zur Mündung allmählich erhöhen, an Gültigkeit verlieren. Aber auch durch Uferverbauungen, Flussbegradigungen und Rodungen kann das natürliche Klima eines Fliessgewässers beeinflusst werden. Hinzu kommt, dass sich diese Auswirkungen vom Oberlauf bis zur Mündung kumulieren.