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L’épidémie du virus Ebola qui a sévi dès 2013 en Afrique de l’ouest a donné lieu à plus de 28’500 cas répertoriés. Avec une mortalité de 40-70%, cette épidémie a généré plus de 10’000 survivants. Le suivi de ces survivants montre qu’un nombre significatif souffre à moyen terme (plusieurs semaines à plusieurs mois) de diverses pathologies (problèmes oculaires, rhumatologiques, neurologiques, dermatologiques) qui pourraient être en lien avec une persistance du virus dans certains compartiments corporels au-delà de la phase aigüe initiale. De fait, le virus, ou le génome viral, a été retrouvé dans le sperme, dans l’humeur aqueuse de l’œil, dans le liquide céphalo-rachidien, voire dans le système nerveux central, dans le placenta ou le fœtus, dans le lait maternel dans des délais qui dépassent de loin celui auquel on le retrouve lors d’une infection aigüe (~ deux semaines).*
En plus des problèmes soulevés par la prise en charge de ces patients et de la possibilité qu’ils pourraient être la source d’une nouvelle épidémie, la question se pose de savoir par quel mécanisme le virus Ebola, armé pour faire une infection rapide dont l’issue est soit la mort de l’individu, soit sa survie quand le système de défense peut contenir sa multiplication et l’éliminer, par quel mécanisme donc il réussit à persister dans l’organisme pendant des mois.
On connait bien sûr des virus, dont la voie naturelle d’infection comprend la possibilité de persister dans l’organisme infecté. Pour certains virus, il s’agit même d’une stratégie qui participe du mode naturel d’existence. HIV, le virus de l’immunodéficience acquise, voit son génome intégré dans le génome de la cellule infectée et n’en ressort, lorsque cette cellule arrive en bout de vie, que pour infecter une nouvelle cellule, assurant ainsi la persistance virale durant tout la vie de l’individu infecté. Les virus herpétiques font de même en déposant leur génome dans le noyau de cellules nerveuses qui, elles, ont une durée de vie qui correspond à celle de l’individu. Contrairement à HIV ou aux virus herpétiques, le virus Ebola, comme les virus de la grippe, comme le virus de la rougeole, ont évolué pour assurer leur existence en infectant en permanence de nouveaux individus susceptibles. L’infection devient le moment où le virus est multiplié suffisamment pour promouvoir sa propagation d’individus à individus. Une fois la transmission effectuée, le virus peut bien être éliminé définitivement de l’organisme infecté: pas de persistance.
Pourtant, à des fréquences extrêmement faibles, le virus de la rougeole peut provoquer, en moyenne 7 ans après l’infection initiale, la panencéphalite sclérosante subaigüe (PESS), une maladie qui voit la destruction du système nerveux central entraînant la mort. Sept ans pendant lesquels le virus persiste dans le cerveau. C’est donc qu’il existe une stratégie alternative.
En laboratoire, on a pu recréer les conditions qui voient un virus passer d’un infection dite lytique, c’est à dire une infection qui mène rapidement à la mort de toutes les cellules (correspondant à l’infection aigüe dans la vraie vie), à une infection où les cellules, non seulement ne meurent pas, mais continuent leur vie de cellule en arborant, en plus, la vie du virus. Ces cellules sont maintenant infectées de manière persistante. On a découvert que ce tour de passe passe est très facile à réaliser si la préparation de virus contient, en plus des particules infectieuses, des particules « défectives interférentes ». Ces particules se distinguent des virus infectieux par ce qu’elles contiennent des génomes auxquels il manque une partie de l’information génétique, d’où le terme « défectif ». Elles sont interférentes, parce que le génome tronqué a acquis la capacité à se multiplier plus efficacement que le génome normal. Sa multiplication se fait au détriment de celle du génome complet avec laquelle elle « interfère ». Bien que la compréhension du mode d’action de ces particules interférentes ne soit pas complètement élucidée, leur présence est clairement nécessaire à l’établissement de la persistance. Et de fait, des génomes défectifs du virus de la rougeole ont été clairement détectés dans le cerveau des individus morts de la PESS. Pour revenir au virus Ebola, il serait intéressant de savoir si la persistance du virus Ebola procède du même mécanisme. De nos jours, la technologie pour mettre en évidence des génomes défectifs a été grandement simplifiée et rendue très efficace. Les échantillons à analyser sont probablement déjà à disposition. Ne reste que la volonté de développer un projet de recherche fondamentale, qui, s’il doit se manifester en parallèle avec des questions à l’évidence plus urgentes à traiter, n’en recèle pas moins son lot d’intérêt, si la persistance représente un fardeau thérapeutique et une menace de nouvelles épidémies.
*Informations tirées de la publication de Vetter et col. The Lancet Infectious Diseases. Vol 6, Issue 16, June 2016, Pages e82-e91.