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Il Tribunale amministrativo federale (TAF), insediato a San Gallo, giudica la legalità delle decisioni di competenza dell'Amministrazione federale. La sua attività è disciplinata dalla legge sul Tribunale amministrativo federale (LTAF).
Le istanze inferiori sono principalmente i dipartimenti dell‘Amministrazione federale e gli uffici loro subordinati o sottoposti.
Il tribunale giudica inoltre i ricorsi interposti contro talune decisioni dei governi cantonali, ad esempio in materia di assicurazione malattie. Infine, in tre specifici settori il TAF giudica non su ricorso, bensì su azione in prima istanza, ad esempio nel caso di controversie derivanti da contratti di diritto pubblico.
In determinati ambiti giuridici, ad esempio in materia d'asilo o di assistenza amministrativa internazionale, il TAF decide quale ultima istanza di ricorso; ciò significa che la sentenza non può essere impugnata dinanzi al Tribunale federale (TF). In altri ambiti il TAF giudica invece quale autorità inferiore al TF: in questi casi le sue decisioni possono essere impugnate dinanzi all'Alta Corte mediante ricorso in materia di diritto pubblico o ricorso in materia civile. La Legge sul Tribunale federale (LTF) disciplina i casi in cui è possibile ricorrere al TF.