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Jonathan Wagner studierte von 2012 - 2015 an der Universität Basel und schloss sein Studium mit einem Bachelor (BSc) of Sport, Exercise and Health Sciences ab. Sein Masterstudium (MSc) in Exercise Physiology absolvierte er in England an der Loughborough University. Er arbeitet nun als Doktorand und wissenschaftlicher Assistent in der Abteilung für rehabilitative und regenerative Sportmedizin.
Während der Zeit in Basel und Loughborough war Jonathan sowohl als Schwimmassistent am DSBG, Unisport Leiter Schwimmen, Trainer in Schwimmvereinen (Sempachersee, Emmen) als auch als Volunteer Coach bei British Swimming an der Loughborough University tätig.
Jonathan ist begeisterter Volleyballspieler und hat für den VBC Sursee und für die Loughborough University gespielt.