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Après plusieurs années de collaboration informelle, les sections des sciences de la Terre de l'Université de Genève et de l'Université de Lausanne, conscientes de la nécessité d'un rapprochement entre les deux institutions, se sont associées en 1999.
Ainsi est née l'Ecole Lémanique des Sciences de la Terre et de l'Environnement : l'ELSTE. La première Convention, signée pour la première fois le 7 juillet 1999, a été renouvelée en 2014. Puis en 2009, l'Ecole lémanique des sciences de la Terre et de l'environnement est devenue l'Ecole Lémanique des Sciences de la Terre.
L'ELSTE a permis le développement de la collaboration au niveau de l'enseignement: depuis 2004, l'UNIGE et l'UNIL délivrent conjointement le Master ès Sciences en géologie.
L'ELSTE, c'est aussi une planification commune des grandes orientations de recherche et d'enseignements : elle coordonne les nominations professorales, l’acquisition des grands équipements scientifiques et l’installation de laboratoires sur les deux sites.
Actuellement l'ELSTE regroupe plus d'une centaine de professeurs, enseignants et collaborateurs scientifiques et forme 90 doctorants, 50 étudiants en Master et 110 étudiants en Bachelor. L'ELSTE participe également à plusieurs écoles doctorales.