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«J'ai peur que ces résistances aux antibiotiques annihilent les progrès de la médecine depuis 1945», dit le professeur Patrice Nordmann, professeur ordinaire de médecine (microbiologie) à l'Université de Fribourg, directeur du Centre national de référence pour la détection précoce et la surveillance de nouvelles résistances aux antibiotiques (NARA). Il est donc au front de cette bataille qui oppose, depuis la nuit des temps, l'homme à son plus vieil ennemi, la bactérie. Un combat que, bien naïvement, nous avons cru gagné.
Les bactéries sont de plus en plus résistantes aux antibiotiques: cela veut-il dire que la pénicilline, le premier antibiotique découvert en 1928, n'a plus aucune efficacité?
Patrice Nordmann: Non, pas du tout. La pénicilline G, telle qu'elle fut découverte par Flemming à la fin des années 1920, marche sur le pneumocoque quasiment aussi bien qu'en 1940. A l'inverse, un dérivé de la pénicilline, l'ampicilline, a perdu beaucoup de son efficacité contre les colibacilles responsables des infections urinaires. Quand on parle de la résistance aux antibiotiques, il faut penser en termes de couple: une bactérie, un antibiotique. Le pneumocoque, qui est une bactérie strictement humaine, qui se transmet d'homme à homme, n'a pas beaucoup évolué au fil des décennies, tandis que le colibacille, qui se trouve dans l'environnement, qui circule beaucoup, n'a cessé d'évoluer et d'acquérir de nouveaux déterminants de résistance. Voilà pourquoi l'infection urinaire, causée essentiellement par ces colibacilles, qui touche une femme sur sept chaque année en Suisse, nécessite des antibiotiques de plus en plus actifs.
De manière générale, la résistance aux antibiotiques augmente dans tous les pays, dans les pays en voie de développement comme dans les pays occidentaux…
La réalité, c'est que globalement, cette résistance des bactéries aux antibiotiques augmente dans le monde entier, y compris en Suisse, quel que soit le système de prescription des antibiotiques et quel que soit le niveau d'hygiène. Le phénomène est particulièrement marqué dans des pays comme l'Inde, le Pakistan, le Brésil, dans certains pays d'Afrique, mais aussi dans des pays plus proches de nous, comme la Turquie, la Grèce, l'Italie… Depuis les années 2000, tout le monde médical a constaté que les antibiotiques les plus fréquemment utilisés perdent de leur efficacité. Je vais vous donner un exemple: les entérobactéries que l'on trouve naturellement dans l'intestin peuvent devenir résistantes aux carbapénèmes qui sont les pénicillines les plus actives. En Suisse, en 2009, une quarantaine de ces bactéries résistantes avaient été identifiées; en 2015, nous en sommes à plus de 400!
La Suisse, malgré la qualité de son système médical, n'est pas épargnée…
Non, la Suisse suit la tendance générale, parce qu'elle n'est pas fermée au monde. Quand un patient voyage en Inde et qu'il est transféré en Suisse, il importe ses bactéries. A propos des colibacilles, responsables d'infections urinaires, un touriste qui se promène pendant 20 jours en Inde a 75% de risques de ramener un colibacille très résistant dans son tube digestif, rien qu'en mangeant! Ce qui ne veut pas dire que ce touriste aura fait une infection: il peut être un porteur sain de cette bactérie. Mais si une infection se déclare, si ce touriste est hospitalisé en Inde, il aura toutes les chances de développer une maladie avec une bactérie très résistante aux antibiotiques.
Existe-t-il déjà des situations où la médecine est désemparée?
En Suisse, à ce jour, la résistance à tous les antibiotiques est exceptionnelle, même s'il y a des cas où personne ne peut garantir le succès de l'antibiothérapie. Les bactéries qui nous posent le plus de problèmes sont au nombre de trois, et elles se rencontrent le plus souvent en milieu hospitalier: les entérobactéries (parmi lesquelles les colibacilles), Acinebacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, ces deux dernières espèces étant responsables d'infections pulmonaires, de septicémies, et d'infections de plaies ou de brûlures… Elles peuvent être toutes les trois résistantes aux carbapénèmes, des antibiotiques développés dans les années 80. Ces trois espèces bactériennes ont été classées en priorité 1, soit en situation «critique», par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), le 27 février 2017.
Pensez-vous que nous allons vivre, dans un futur assez proche, le retour des grandes maladies infectieuses ou pensez-vous que cette question relève du catastrophisme?
Il me paraît fort probable d'assister à l'augmentation inéluctable des bactéries très résistantes aux antibiotiques dans les hôpitaux. C'est déjà ce qui se passe en Inde où les taux de résistance sont formidablement élevés. Ailleurs, en ville, je pense que la résistance aux antibiotiques augmentera, mais plus lentement. On peut s'inquiéter plus particulièrement pour les patients gravement malades, pour ceux qui seront en réanimation ou ceux qui subiront une chirurgie lourde. Dans la chirurgie lourde, il y a, par exemple, la greffe de rein: typiquement, pour une greffe de rein, on met des antibiotiques de couverture dans les premiers temps de l'hospitalisation. Si cet antibiotique ne marche plus, que fait-on? Envisage-t-on alors une greffe? Parlons de la réanimation: si vous passez quinze jours dans un service de réanimation, le risque est grand de contracter Pseudomonas aeruginosa. Or, cette bactérie est classée en priorité 1 par l'OMS. Et dans les services de réanimation, on trouve surtout des patients âgés et immunodéprimés… J'ai peur que cette résistance aux antibiotiques annihile les progrès de la médecine depuis 1945. I
La recherche s'en désintéresse
Est-il vrai que l'industrie pharmaceutique délaisse la recherche sur de nouveaux antibiotiques?
Patrice Nordmann: Oui, c'est la réalité. Développer un nouveau médicament, ça coûte aujourd'hui plusieurs centaines de millions de francs… Aux Etats-Unis, au Japon, en Europe, là où sont les grands marchés des pharmas, les résistances aux antibiotiques sont encore assez rares: pourquoi dépenser une somme faramineuse pour un bénéfice qui s'annonce finalement assez modeste? Les grandes entreprises préfèrent attendre que de petites unités, des biotechs, développent leur propre ligne de recherche pour, si elles mettent au point un nouvel antibiotique, les racheter plus tard, même très cher. En plus, les antibiotiques posent un problème particulier: ils servent à combattre un adversaire dont la génétique change en permanence (une division cellulaire toutes les 30 minutes) contrairement à celle des hommes qui est stable (génération de 30 ans). Les entreprises vont passer de dix à quinze ans pour développer un antibiotique, qui sera dépassé dans quelques années par simple adaptation génétique des bactéries. Dans dix ans, aurons-nous un nouvel antibiotique capable de lutter contre les maladies infectieuses? Nous ne le savons pas. JA
De l'animal à l'homme?
En décembre 2015, le professeur Nordmann et son équipe, de l'Université de Fribourg, avait démontré qu'une souche d'entérobactéries était devenu résistante à la colistine et aux carbapénèmes, deux antibiotiques utilisés en dernier recours chez l'homme. «C'est l'exemple d'une interrelation entre médecine animale et humaine, dit Patrice Nordmann. La colistine n'est que rarement donnée dans le monde humain, mais largement donnée dans le monde animal (veaux, cochons). On sélectionne ainsi des colibacilles du monde animal, qui se déversent en petites quantités chez l'homme. Mais ce n'est qu'une partie du problème: les 90% du problème de la résistance aux antibiotiques viennent de l'homme.» JA