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Die Tierwelt Masoalas ist einzigartig. Auf der Halbinsel leben mindestens zehn verschiedene Lemurenarten, darunter der Rote Vari, der Mausmaki und das Fingertier (Aye-Aye). Weitere, häufig zu beobachtende Säugetiere sind verschiedene Arten von Igeltanreks und der Madagaskar-Flughund. Unter den zahlreichen Vogelarten sind der auffällige Helmvanga, der eigenartige Seidenkuckuck und der äusserst seltene Madagaskar-Schlangenhabicht erwähnenswert.
Weisskopfmaki.
Streifentanrek.
Helmvanga.
Madagaskar-Paradiesschnäper.
Madagaskar, insbesondere die Region Masoala, ist reich an Reptilienarten wie Plattschwanz- und Taggeckos sowie Chamäleons in vielen verschiedenen Arten. Der Tomatenfrosch fühlt sich in Bächen und Tümpeln rund um Maroantsetra sehr wohl. Daneben gibt es eine schier unendliche Vielfalt an weiteren Froscharten zu entdecken. Die Flüsse und Bäche sind reich an teilweise sehr seltenen endemischen Fischarten, an Tieren also, die nur in diesen Gewässern vorkommen und sonst nirgends auf der Welt.
Pantherchamäleon.
Tomatenfrosch.
Plattschwanzgecko.
In den drei Meeresschutzgebieten lebt eine grosse Zahl von verschiedenen Korallenarten und Meeresfischen. In der Bucht von Antongil treffen sich von Juli bis August Hunderte von Buckelwalen, um hier ihre Jungen zu gebären. Whale Watching ist zu dieser Jahreszeit von garantiertem Erfolg gekrönt.
In den Meeresreservaten des Masoala Nationalparks können Buckelwale beobachtet werden.