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Die Hypophyse befindet sich ebenfalls im Gehirn, in der Nähe des Hypothalamus. Sie ist so gross wie ein Kirschkern und besteht aus einem Hypophysenvorderlappen (HVL) und einem Hypophysenhinterlappen (HHL). Im HVL findet die Produktion von Hormonen statt, die vor allem die Funktion anderer untergeordneter Organe und Drüsen refulieren. Somit kontrolliert die Hypophyse z.B. den Schlaf, das Wachstum, die Körpertemperatur, die Harnproduktion, die Funktion der Schilddrüse, die Geschlechtsorgane, den weiblichen Zyklus, die Milchproduktion in der Schwangerschaft, den Wasser- und Salzhaushalt im Körper und den Zucker- und Fettstoffwechsel. Im HHL werden keine Hormone produziert. Er dient als Lager für die Hormone Oxytocin und Adiuretin aus dem Hypothalamus. Bei Bedarf werden sie von der Hypophyse ans Blut abgegeben.