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Bien que près de 3 ans se soient écoulés depuis que le SRAS-CoV-2 est devenu une pandémie, il existe encore des aspects inconnus du virus. C'est pourquoi, périodiquement, les scientifiques trouvent de nouvelles informations à ce sujet. Maintenant, une enquête récente menée par une équipe internationale et dirigée par des experts de l'Université de Boston (UB) a identifié "les mutations qui aident Ómicron à échapper à l'immunité précédente et à montrer une protéine virale jusque-là inconnue ", qui, selon ce qu'ils ont souligné, En plus de provoquer une plus grande transmissibilité, en revanche, "cela pourrait avoir un impact positif important, aidant potentiellement à fournir une nouvelle cible pour les vaccins et les thérapies ".
Le travail, qui a été publié dans la revue Nature , a identifié la protéine virale NSP6 , qui "pourrait être un facteur essentiel dans le potentiel de maladie plus faible de la variante, ou sa pathogénicité", ont déclaré les experts dans un communiqué.
Selon l'auteur principal de l'étude, le virologue BU Mohsan Saeed, "Il s'agit d'un travail important montrant que la protéine de pointe n'apporte qu'une contribution minime à la faible pathogénicité d'Omicron, et que les mutations dans une autre protéine, NSP6, jouent un rôle essentiel." En ce sens, le professeur également assistant à la BU Chobanian & Avedisian School of Medicine en biochimie a ajouté : « Cela nous donne un nouveau concept passionnant pour les futurs vaccins et thérapies : si nous savons comment affaiblir le virus, nous pouvons mieux le combattre. "
« Les parties non-spikes du génome viral ont été mal étudiées . Des études comme celle-ci nous aident à comprendre quelles parties du génome viral affectent la pathogenèse, ce que nous ne savons pas encore », a déclaré Jonathan Li, professeur agrégé de médecine au Brigham and Women's Hospital (BWH) et à la Harvard Medical School (HMS). Tout en soulignant, comme indiqué dans la déclaration, que "bien que de nombreuses recherches se soient concentrées sur la protéine de pointe du SRAS-CoV-2, on sait peu de choses sur le reste de son génome".
De plus, selon le scientifique dans la déclaration, "par exemple, on ne sait pas pourquoi la sous-variante Omicron BA.5 a facilement surpassé BA.4, malgré le fait que les deux variantes partagent les mêmes séquences de pointes". « Les recherches du Dr Saeed nous montrent l'impact relatif de différents segments du gène SARS-CoV-2 sur la gravité de la maladie. Ce type de recherche a le potentiel non seulement de prédire quelles variantes pourraient conduire à de nouvelles vagues d'infection, mais aussi d'identifier des cibles pour de nouvelles thérapies contre le COVID-19 », a ajouté Li.
Depuis le début de la pandémie, les scientifiques du laboratoire de Saeed étudient le SRAS-CoV-2. Dans un premier temps, selon ce qui s'est exprimé de la maison des hautes études, les experts se sont concentrés sur la souche ancestrale ou sauvage (celle originaire de Wuhan) qui avait été isolée d'un cas à Washington. Cependant, avec l'émergence d'Omicron, ils ont décidé de se concentrer sur cette variante, qui augmentait sa présence sur la planète à un rythme accéléré et avec des peintures plus "faibles ou atténuées". La question était basique : pourquoi ?
Selon les mots de Saeed, la question était "Qu'y a-t-il de si spécial à propos d'Omicron pour qu'il inflige une maladie plus bénigne?" "C'est comme ça que ce projet a commencé : nous voulions enquêter sur cette question", a souligné l'expert. Afin de déterminer cela, l'étape suivante que les chercheurs ont franchie a été d'effectuer les tests dans un laboratoire sécurisé des Laboratoires nationaux des maladies infectieuses émergentes (NEIDL) de BU .
La première étape consistait à examiner la protéine de pointe du virus, "une molécule qui aide le SRAS-CoV-2 à envahir une cellule et à déclencher son infection, et qui a également été choisie par la plupart des vaccins", puisque "les scientifiques avaient déterminé qu'il était le principal différenciateur entre Omicron et le virus original : la plupart des mutations étaient concentrées dans cette protéine.
"La première expérience que nous avons faite a été de prendre le pic d'Omicron et de le mettre dans le virus de type sauvage", a déclaré Saeed, qui est également chercheur au NEIDL. Le résultat était "un virus recombinant chimérique, un virus modifié qui contient des fragments génétiques de différents virus, qu'ils ont appelé Omi-S, une version de l'original bosselé avec une protéine Omicron".
À ce stade, les experts ont averti que "le processus de réflexion était que si le pic était à l'origine de l'atténuation d'Omicron, alors les virus Omi-S et Omicron devraient provoquer une maladie bénigne similaire", a déclaré Saeed. "D'une manière ou d'une autre - a-t-il poursuivi - la nature nous dit déjà comment atténuer le virus, comment le virus peut être affaibli. Nous pouvons apprendre de la nature. Si nous pouvons démêler ou décoder le chemin de la nature, cela peut nous aider à fabriquer des vaccins."
« La tradition dans le domaine est que si vous générez un virus chimérique, vous devez le comparer avec le virus principal . Dans notre cas, c'était l'isolat de Washington. Pensez-y de cette façon : sur environ 30 protéines, une provient d'Ómicron, tout le reste de l'isolat de Washington", a déclaré l'expert, qui a également noté qu'en comparant Ómicron, Washington et Omi-S dans des cellules en culture, ils ont averti "que le virus chimérique était plus faible que le virus de type sauvage » même s'il n'était pas aussi faible qu'Omicron. "Nous avons montré que la protéine S avait une contribution minimale à la capacité pathogène d'Ómicron", a-t-il ajouté.
La prochaine étape, ont déclaré les scientifiques, consistait à effectuer des tests sur des modèles animaux, tels que des souris bio-conçues pour être plus sensibles aux maladies, et ils ont vu les mêmes schémas émerger.
"Le virus d'origine a tué 100% des souris infectées, Omi-S avait un taux de mortalité de 80% et toutes les souris ont survécu à leur contact avec Ómicron", ont-ils déclaré dans le document. "Il y a une grande différence dans la présentation de la maladie et les résultats entre ces souris et les humains créés artificiellement", a expliqué Saeed dans le communiqué.
De plus, selon le document publié par la maison des hautes études, "ayant établi que la protéine de pointe n'était pas la seule cause de la dilution de la puissance d'Ómicron, Saeed et l'équipe de recherche ont entrepris de découvrir ce qui pourrait être la cause . Ils ont finalement atterri sur une protéine différente : la protéine non structurale 6, ou NSP6. »
« En plus de la protéine de pointe, le SRAS-CoV-2 est composé de nombreuses autres molécules qui l'aident à faire son sale boulot . Au moins quatre, dont la pointe, sont des protéines structurelles qui composent la particule virale lorsqu'elle quitte une cellule infectée. Seize autres sont non structurelles : elles aident le virus à se répliquer, créant l'environnement dont il a besoin dans une cellule infectée pour se reproduire. L'une de ces protéines non structurelles est NSP6", ont-ils expliqué.
Selon Saeed, le rôle de cette protéine est de "contribuer à la formation de certaines vésicules membranaires dans les cellules infectées, qui servent d'usines à l'amplification du génome viral". Compte tenu de ces découvertes, les scientifiques ont répété leurs expériences, mais ont utilisé un virus chimérique qui a ajouté la protéine NSP6 d'Omicron à Omi-S.
"Nous avons observé une forte diminution de la réplication virale, avec une cinétique d'infection qui imitait celle d'Ómicron en culture cellulaire", prévient l'article publié dans Nature . « Le domaine s'est concentré pendant des mois sur l'impact du pic sur la conduction de l'atténuation d'Omicron. Cette étude est unique car elle identifie pour la première fois une autre protéine du SRAS-CoV-2, NSP6, qui contribue à l'atténuation d'Omicron en plus du pic », a déclaré Florian Douam, co-auteur de l'étude et professeur assistant de microbiologie à la BU Chobanian. & École de médecine Avedisian.
Il a poursuivi: "Bien que le pic soit toujours important pour définir l'atténuation d'Omicron, il se passe beaucoup de choses dans d'autres protéines SARS-CoV-2 moins étudiées, et cette étude est la première à le souligner." Alors que Saeed a déclaré: «Lorsque les gens sont infectés par le SRAS-CoV-2, il y a une inflammation dans les poumons, ce qui entraîne une pneumonie et un syndrome de détresse respiratoire aiguë et NSP6 semble jouer un rôle à cet égard. Je pense que notre étude donnera vraiment une impulsion pour étudier NSP6 et voir quels autres rôles il joue dans la réplication du virus et les maladies pulmonaires qui en découlent ; Ce n'est pas l'une des protéines bien étudiées."
Da-Yuan Chen, chercheur postdoctoral dans le laboratoire de Saeed et auteur principal de l'article, a expliqué : « Dans le sens de l'évolution, en particulier dans le rythme ultra-rapide de la réplication virale, chaque mutation génomique signifie quelque chose et peut être un indice pour en révéler une autre. phénomène important dans le développement des infections et des maladies. Petit à petit, plus nous comprenons le virus, plus nous obtiendrons des informations correctes. Ensuite, il y aura plus de points d'entrée, de médicaments et de stratégies que nous pourrons considérer comme des outils de traitement des maladies et de lutte contre la pandémie.
Il convient de noter que des chercheurs de BU et du Cleveland Clinic Florida Research and Innovation Center, de l'Université Loyola, du Brigham and Women's Hospital (BWH), de la Harvard Medical School (HMS), de l'Université du Wisconsin-Madison et de la Friedrich-Alexander-Universität Erlangen- Nürnberg étaient co-auteurs et Johannes Gutenberg-Universität Mainz, tous deux en Allemagne.
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