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Milan Vasak studierte am Institut für Analytische Chemie der Charles University in Prag Chemie. An der ETH Zürich promovierte er dann 1972 zum Doktor der Technischen Wissenschaften. Seine Postdoktorate absolvierte er bei Prof. J. Michl am Institut für Physikalische Chemie der Universität Utah und bei Prof. J. H. R. Kägi am Biochemischen Institut der Universität Zürich. Zwischen 1978 und 1981 wirkte er als Gastwissenschaftler an der Universität Oxford und am Birkbeck College in London. Einer mehrjährigen Zusammenarbeit mit Prof. K. Wüthrich an der ETH Zürich und einer Gastprofessur am der Universität Bologna folgte schliesslich die Ernennung zum Gastprofessor an der Harvard Medical School.
Milan Vasak arbeitete seit 1977 als Gruppenleiter und von 1996 bis zu seiner Emeritierung 2009 als Titularprofessor am Biochemischen Institut der UZH. Schwerpunkt seiner Forschung war die Aufklärung der Struktur und Funktion hirnspezifischer Metalloproteine. Am 15. Januar 2019, ein Tag vor seinem 75. Geburtstag, verstarb er an den Folgen einer Herzuntersuchung im Spital.