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Les infections nosocomiales sont un problème croissant dans tous les pays. Pour prévenir leur apparition, nous devons comprendre leur épidémiologie, notamment leur source et leur mode de transmission. Pour cela, l'utilisation de méthodes de typage moléculaire est nécessaire.
Notre laboratoire est impliqué dans le développement de nouvelles méthodes de typage, leur évaluation pour l'investigation épidémiologique et leur application à des thèmes spécifiques.
La présence généralisée de MRSA dans les hôpitaux est considérée comme un défi majeur. Le succès de la prévention dépend de programmes efficaces de lutte contre les infections, y compris la détection d'événements de transmission et de stratégies efficaces pour leur confinement et leur prévention. Une compréhension approfondie des processus sous-jacents à l'émergence locale et la propagation du MRSA peut aider à la conception de nouvelles stratégies pour contrer cette évolution. La connaissance de la propagation du MRSA dans un hôpital peut être grandement améliorée en déduisant les voies de transmission sur la base de la parenté génétique.
Les méthodes de typage moléculaire traditionnelles souffrent de niveaux de discrimination insuffisants pour l'épidémiologie locale, où de nombreux cas d'infections peuvent être causés par une seule souche épidémique. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet de détecter les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) sur l'ensemble du génome pour un grand nombre d'isolats de l'épidémie. La capacité d'identifier en détail les changements génétiques se produisant au sein d'une même souche sur des échelles de temps très courtes permet la reconstruction de la phylogénie d'une seule micro-épidémie et potentiellement d'identifier la source. En parallèle, les données de séquences peuvent également révéler potentiellement des phénotypes cliniquement pertinents de la souche, comme les propriétés de résistance et de virulence.
Dans ce projet, nous proposons de séquencer plus de 500 isolats de MRSA du clone ST-228 provenant de deux hôpitaux universitaires suisses (Lausanne et Genève) et d'autres pays où ce clone a été identifié. Ces données seront analysées dans un cadre épidémiologique et évolutif afin d'étudier la dynamique évolutive épidémiologique à court terme lors d'une épidémie locale. Les données de ces analyses nous permettront de répondre à des questions épidémiologiques pratiques concernant les sources et la dynamique de transmission du MRSA. Cette étude devrait permettre l'élaboration de nouvelles stratégies pour gérer la propagation des épidémies de MRSA et abordera simultanément des questions plus fondamentales concernant la dynamique de l'évolution à court terme du MRSA.