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In der oberen Schicht des Freiwassers lebt und vermehrt sich das Plankton. Es bildet die Nahrungsgrundlage vieler Fische. Abgestorbenes Plankton sinkt in die Tiefe, wo es von Mikroorganismen abgebaut wird.
Die Bodenzone des Sees gliedert sich entlang der Grenzen von Oberflächen- und Tiefenwasser in die Uferzone (Litoral) und den Seegrund (Profundal).
- Das Ufer am Übergang zwischen Land und Wasser beherbergt die grösste Artenvielfalt eines Sees. 45 Prozent der Ufer des Vierwaldstättersees sind Steilufer und nur 55 Prozent Flachufer.
Flache Ufer sind besonders wertvoll. Vielfältig vernetzt leben und vermehren sich dort Pflanzen, Kleintiere, Fische, Amphibien und Reptilien, Vögel. Besonders attraktiv sind intakte Fluss- und Bachmündungen. Flachufer mit ausgedehnten Schilfröhrichtbeständen sind aber selten geworden. Viele wurden seit ca. 1930 bei der Landgewinnung für Siedlungen und Landwirtschaft zerstört. Heute sind grössere Schilfbestände nur noch in den Naturschutzgebieten zu finden.
Steilufer prägen vor allem den fjordähnlichen Urner See. Die steilen Felswände der umliegenden Berge setzen sich im See fort. Wo die Felswände nicht senkrecht abfallen, sind die Steilufer meistens bewaldet. Sie bilden die Mehrheit der noch natürlichen Ufer des Sees.
- Am Seegrund verhindert Finsternis jeden Pflanzenwuchs, nur noch wenige Arten von Wirbellosen leben dort. Andererseits pflanzen sich dort wichtige Fischarten wie die Felchen und der Seesaibling (Rötel) fort.
Der Vierwaldstättersee mit seinen unterschiedlichen Seebecken weist eine grosse Vielfalt an Lebensräumen auf. Diese werden grob in eine Freiwasser- und eine Bodenzone eingeteilt, vertikal spricht man von einer Oberflächen- bzw. Tiefenwasserzone.
Die Oberflächenwasserzone, bis in eine Wassertiefe von ungefähr 12 Metern, ist mit Licht durchströmt. Dort finden viele Tiere und Pflanzen ideale Lebensbedingungen.
In die Tiefenwasserzone dringt kaum oder kein Licht. Bei tiefen Temperaturen und teilweise eingeschränkter Sauerstoffversorgung leben dort nur wenige Organismen.