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Les enseignements des professeurs et des collaborateurs de l'unité d'histoire moderne portent sur l'ensemble de l'histoire de l'Europe moderne, entre la Renaissance et la Restauration de 1815. Les perspectives développées concernent la société, les institutions, la culture, les pratiques sociales, les représentations et les idées politiques et religieuses.
La première partie des enseignements (assurée par l'IHR: Institut d'Histoire de la Réformation) s'inscrit dans le cadre d'une première modernité bouleversée par l'éclatement de l'unité chrétienne. L'émergence des confessions protestantes conduit à des ruptures fondamentales dans la culture européenne: conscience de l'homme, rôle central de l'imprimerie, exils et luttes, droit de résistance et contestation des autorités.
Ancrant le siècle de Voltaire dans la "crise de la conscience européenne", les enseignements concernant le temps des Lumières et des Révolutions illustrent la deuxième modernité politique, religieuse, sociale et culturelle de l'Ancien Régime. L'accent est mis sur les sociétés en voie de sécularisation, l'Etat moderne et la genèse de droits nés des conflits politiques.
Entre sources, recherches en archives, historiographie et croisement des disciplines et des approches, les étudiants sont ainsi familiarisés avec les principales périodes de l'Ancien Régime autour d'objets qui en montrent la spécificité par rapport à la période contemporaine: Etats, Eglises, cultures politiques et religieuses, guerres, débats d'idées, justice, censure, République des Lettres, encyclopédismes, sensibilités... Ces objets permettent aux étudiants de mesurer la présence de ce passé récent, à la fois singulier et familier, qui est à bien des égards au fondement du monde actuel. "