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Tutti i rettili sono protetti dalla legislazione federale. Lo stesso vale per i loro habitat. A differenza degli anfibi, per i quali è stato redatto un inventario dei siti di riproduzione degli anfibi di importanza nazionale (ISAN), attualmente non esiste un inventario giuridicamente vincolante degli habitat dei rettili di importanza nazionale. Nel 1999, il Centro di Coordinamento per la Protezione degli Anfibi e dei Rettili in Svizzera (karch) ha proposto all'UFAM una serie di criteri per la definizione e la delimitazione spaziale degli habitat rilevanti. L'UFAM ha approvato questi criteri di valutazione.
Nel 2012, il karch ha redatto un elenco di siti prioritari per i rettili (BRIN), principalmente per i cantoni che non disponevano ancora di inventari e quindi nemmeno di geodati digitali compatibili con il GIS sulla posizione e l'estensione dei principali habitat dei rettili nel territorio cantonale. Queste aree sono state selezionate e delimitate sulla base dei criteri summenzionati, dei dati puntuali disponibili e dell'interpretazione di mappe e fotografie aeree. Non sono stati effettuati ulteriori lavori sul campo.
I biotopi di rettili di importanza nazionale (BRIN) non sono stati definiti per tutti i Cantoni. Non sono giuridicamente vincolanti, ma sono puramente informativi e servono come base di lavoro per i vari uffici cantonali per la conservazione della natura. Alcuni Cantoni, per i quali i siti prioritari sono stati identificati nel 2012, sono stati in grado di realizzare inventari di rettili e quindi di disporre di banche dati più aggiornate e complete. È il caso, ad esempio, dei cantoni di Svitto, Glarona, Nidvaldo e Obvaldo.
Occorre distinguere due categorie di biotopi
A. Siti molto importanti che non richiedono misure di gestione speciali
Si tratta principalmente di biotopi di alta quota con alte densità di rettili, che dovrebbero essere conservati così come sono; questa categoria comprende anche vasti biotopi di pianura, la maggior parte dei quali è già oggetto di protezione nell'ambito di altri inventari (ad esempio, la sponda meridionale del lago di Neuchâtel); questi biotopi sono serbatoi essenziali per rettili minacciati come le vipere e le due specie di Natrici dal collare.
B. Siti importanti e prioritari che richiedono interventi o misure di gestione
Questa categoria comprende principalmente biotopi di pianura che tendono a deteriorarsi in termini di protezione dei rettili. Richiedono misure di gestione adeguate per migliorarli e garantire il loro valore naturale a lungo termine. Questi biotopi comprendono zone alluvionali con una dinamica naturale insufficiente, ambienti aperti che tendono a chiudersi (ghiaioni forestali), zone agricole estensive (vigneti, siepi basse, margini a gradoni), vecchie cave e cave di ghiaia.
Nel caso dei perimetri di categoria A, la loro designazione come biotopo di grande valore per i rettili dovrebbe consentire di evitare cambiamenti nella gestione o nell'uso che vanno contro la protezione di questi animali. Ciò può riguardare un uso inappropriato della silvicoltura o dell'agricoltura, ma anche la costruzione di infrastrutture turistiche o militari, o persino di strutture di protezione contro i rischi naturali. Recentemente, anche gli impianti solari su larga scala sono diventati all'ordine del giorno in questi habitat. La qualità e l'estensione dei perimetri dei siti di categoria A devono essere mantenute e la loro frammentazione deve essere evitata. Soprattutto, richiedono una certa attenzione da parte delle autorità cantonali di conservazione della natura, senza dover sostenere spese particolari. In linea di principio, si tratta di protezione e gestione del paesaggio. Per i rettili, gli habitat primari devono essere conservati così come sono e non frammentati.
Il numero di biotopi di categoria B sarà limitato e dipenderà dalle dimensioni del cantone e dalla sua importanza per i rettili (circa 5-10 per cantone). Per questi biotopi sono necessarie misure concrete e rapide di rivitalizzazione o di gestione. Ai cantoni verrà proposto un catalogo generale di misure. Per i rettili, spesso si tratta di interventi forestali (riqualificazione di siti particolari nella foresta, sviluppo e manutenzione di margini a gradoni) o di decespugliamento, nonché di sviluppo e manutenzione di piccole strutture adatte ai rettili in luoghi appropriati.