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Lors du lancement du programme de renaturation des cours d’eau en 1998, l'Aire est l'une des rivières les plus dégradées du canton. Canalisée sur près de la moitié de son tracé genevois, elle est même enterrée sur la fin de son parcours et déconnectée biologiquement de l'Arve dans laquelle elle se jette.
Pour des raisons sanitaires, la pêche et la baignade
y sont interdites depuis 1982. Certains étés, le secteur amont du cours d'eau est complètement asséché. Une grande partie de la faune et de la flore ont disparu. De plus, des enjeux liés à la gestion des crues subsistent, notamment dans le village du Lully où des insuffisances du système d’évacuation des eaux de pluies augmentent les risques d'inondations.
Ces déficits ont d'ailleurs été mis en évidence dans la nuit du 15 novembre 2002 lorsqu'une partie des habitations de Lully a été soudainement inondée.
Avec la Seymaz, la renaturation de l'Aire constitue le projet phare du programme de renaturation des cours d'eau cantonal. Divisée en quatre étapes, elle prévoit une réorganisation territoriale et paysagère de toute la plaine de l'Aire. Il s'agit de 4,5 km de rivière revitalisée intégrant des objectifs liés à la protection contre les inondations, à l'environnement, au paysage, à l'agriculture, aux loisirs et à la détente. Cette renaturation est suivie depuis 2002 par une structure de coordination et de concertation, appelée Charte Aire qui réunit tous les milieux concernés, soit les associations d’habitants riverains, de protection de la nature, représentants du monde agricole et principales administrations cantonales et communales.