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Structure génomique des populations et variations génotype-phénotype de gènes ADME le long d’un transect latitudinal de l’Afrique à l’Europe
Description du projet
Les praticiens observent souvent au quotidien que leurs patients peuvent répondre de manière différente à un même traitement médicamenteux : chez certains, celui-ci se révèle inefficace alors que chez d’autres il provoque des effets secondaires, parfois graves. Ces différences relèvent de plusieurs facteurs, dont des variations moléculaires dans des gènes spécifiques, dits « ADME » parce qu’ils sont impliqués, lors de la prise d’une substance chimique, dans son Absorption dans le système circulatoire, dans sa Distribution vers certains tissus, dans sa Métabolisation par le foie, et/ou dans son Elimination de l’organisme. Ce projet s’intéresse aux mécanismes évolutifs responsables de la diversité de ces gènes dans les populations humaines. Grâce à des collaborations locales et internationales, le projet documentera, avec des outils bioinformatiques et biostatistiques, la variabilité de génotypes et phénotypes ADME dans des populations ciblées.
- Trouve-t-on les mêmes variants ADME dans différentes populations ? Et si c’est le cas, est-ce à des fréquences similaires?
- Trouve-t-on les mêmes associations génoytpe-phénotype dans toutes les populations?
Ces informations seront intégrées dans des analyses visant à mettre en évidence l’influence relative de l’histoire démographique, d’une part, et de la sélection naturelle, de l’autre, sur la structure génétique et génomique des populations dans les régions ADME.
- Est-ce que l’histoire des migrations humaines permet d’expliquer la diversité observée dans les gènes ADME?
- Doit-on, au contraire, invoquer un effet de l’environnement chimique, qui aurait exercé des pressions sélectives particulières selon les populations?
De par leur fonction à l’interface entre l’organisme et son environnement chimique, il est vraisemblable que les gènes ADME aient été la cible de pressions de sélection récentes, liées à des changements dans les environnements dans lesquels les humains évoluent, comme par exemple des changements de régime alimentaire. Nous couplerons une approche « top-down », pour identifier des régions génomiques ADME différentes entre populations, à une approche « bottom-up », pour détecter des associations « gène-réponse » communes à plusieurs populations, afin de déterminer quels gènes ou ensembles de gènes ADME ont pu subir des pressions sélectives récentes, et de quel type. Ce projet, qui relève de la recherche fondamentale, vise à mettre en évidence les mécanismes évolutifs qui ont façonné des régions génomiques fonctionnellement importantes du point de vue clinique et épidémiologique. Il nous permettra d’étendre à une région-clé de l’histoire du peuplement de notre espèce les connaissances sur la diversité moléculaire humaine et son évolution.
Projet de recherche financé par le Fonds national suisse de la recherche scientifique (fonds 320030_159669, requérant Dr Estella Poloni)
Collaborateurs internes
Collaborateurs externes
- Dr Jules Desmeules, co-requérant (HUG Geneva)
- Dr Youssef Daali, co-requérant (HUG Geneva)
- Dr Mylène Docquier (iGE3 Genomics platform)
- Dr Viktor Cerny (Charles University)
- Dr Getnet Yimer (Addis Ababa University)
- Dr Constantinos Deltas (University of Cyprus)
- Dr Said Al-Yahyaee (Sultan Qaboos University)
- Dr Sotiria Boukouvala (Democritus University of Thrace)