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La transcription des 39 gènes architectes Hox suit l’ordre exact dans lequel ils sont placés, véritable horloge régulant le développement du corps de la première à la dernière vertèbre. C’est grâce à un mécanisme épigénétique, c’est-à-dire réversible et ne modifiant pas l’ADN, que ces gènes colinéaires restent éteints en attendant le moment de leur transcription, comme l’ont mis en évidence Natalia Soshnikova et Denis Duboule à l’Université de Genève (Science, édition en ligne du 5 juin 2009). Ils ont pu mesurer, chez la souris, une dynamique de méthylations et déméthylations directionnelles de la chromatine au cours de l’embryogenèse, associées à l’activation des gènes concernés. Ces modifications progressent de l’extrémité télomérique des clusters Hox vers leur extrémité centromérique. Pour Denis Duboule, «la linéarité de cette grande molécule d’ADN qui constitue nos chromosomes pourrait être utilisée, en quelque sorte, comme mesure du temps nécessaire au bon déroulement de notre programme génétique».