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Mark Kölliker wurde als Sohn eines Schweizer Vaters und einer brasilianischen Mutter in Glarus geboren und studierte Chorleitung und Schulmusik II sowie Klavier und Gesang bei Raphael Immoos an der Hochschule für Musik in Basel. Weiterführende Studien in Orchesterleitung absolvierte er in Mannheim bei Mario Venzago, Klaus Arp und Georg Grün.
Er assistierte Mario Venzago bei verschiedenen Produktionen des MDR-Rundfunkorchesters und -chors in Leipzig, des Sinfonieorchesters und -chors Malmö, der Heidelberger Philharmoniker und des Sinfonieorchesters Basel. Zudem war er Assistent bei John Nelson an der Zürcher Tonhalle.