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Dans le cycle menstruel, une légère élévation des taux de FSH, le signal FSH intercycle, initie la première phase de la croissance folliculaire ou recrutement. Dans la stimulation ovarienne pour FIV, un apport en FSH exogène vise à augmenter ce signal FSH en maintenant des taux élevés pour déjouer le processus naturel de sélection folliculaire.
La synchronisation consiste à maintenir des taux de FSH bas de façon à ce que tous les follicules ovariens stimulables (cohorte folliculaire) soient au repos et donc d'une taille la plus homogène possible. Pratiquement, la synchronisation folliculaire permet d'optimiser les efforts cliniques, de réduire des doses de GnRH-a utilisées et au final d'améliorer des résultats de la FIV.