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C'est à la fin du 18e siècle, à l'époque des Lumières que Hahnemann a vécu et pratiqué, C'était une époque de bouleversements et de réorientation. La compréhension du monde magique du Moyen Age a été remise en question par la raison libératrice des superstitions et des préjugés. L'humain se sentait de moins en moins comme partie d'un tout, intégré dans un système ordonné par Dieu, auquel il se soumettait sans se questionner. Il se vit de plus en plus comme un individu et tira les conclusions de cette compréhension pour en tenir compte dans ses actions. Lui et son environnement sont devenus alors objets de recherche.
Le siècle des Lumières fut une époque de grands développements de la science et de l'éducation. Dans la foulée, il y eut de profonds changements et évolutions dans la technologie, la culture et la politique. À cette époque régnait un grand désarroi dans le domaine médical. La médecine était surtout empirique, où en plus de la connaissance traditionnelle de l'effet des plantes médicinales, de nombreuses méthodes obscures étaient pratiquées, qui souvent présentaient plus d'inconvénients que d'avantages.
L'orientation principale de médecine, dont est issue la médecine conventionnelle moderne, a alors suivi le chemin des sciences naturelles dans le sens des Lumières. C'est à dire dans l'obéissance aux lois d'analyse des causalités, des relations de cause à effet. La cause d'une maladie est recherchée, puis combattue, les organes qui ne fonctionnent pas sont soutenus ou remplacés. Le développement de la physique, la chimie, la microbiologie, a mis des outils de recherche à disposition qui ont contribué à la compréhension de l'homme comme une machine biologique. De plus en plus de fonctions sont accessibles aux analyses, et la médecine parvient sur ce plan à des succès inimaginables jusque-là.
Hahnemannn qui ne disposait pas des instruments techniques disponibles actuellement, a amené de la science selon les méthodes à la médecine de l'époque: son approche était la surveillance étroite des symptômes du patient dans son environnement d'une part, et l'étude précise des effets des médicaments d'autre part. Il a introduit la systématisation des antécédents médicaux comme un instrument indispensable au suivi de l'évolution, et la base de la pathologie, ainsi que l'observation minutieuse de l'efficacité des médicaments dans la pratique médicale. Du point de vue actuel, ces deux éléments sont à la base de toute activité scientifique. Sa démarche scientifique, cependant était synthétique, et non pas une décomposition analytique. Dans sa vision du monde, il a vu les patients non pas comme une machine, mais comme un complexe d'interactions au sein d'eux-mêmes, interagissant avec un environnement, tout ceci ne pouvant être compris que comme un tout. Il a vu l'homme comme un individu, qui, bien que plus ou moins similaire à d'autres personnes, ne devait pas être considéré comme une pièce remplaçable d'un groupe similaire.
Hahnemann et ses étudiants, au fur et à mesure de la progression des recueils méticuleux de la maladie et des effets colligés des médicaments, correspond aujourd'hui aux critères précis d'un vrai sens de l'observation scientifique, sans préjugés. De même, la manière dont il a toujours évolué et modifié sa méthodologie homéopathique au cours de ses années d'activité professionnelle correspond à une approche scientifique.
S'il a lui-même trouvé la loi de similitude, laquelle est la base de l'utilisation du médicament chez le patient, ou s'il l'a reprise de sources médicales anciennes comme partie de la médecine Hippocratique, nous est inconnu, mais également sans intérêt. Nous devons à sa description détaillée de la procédure la méthode que nous appliquons dans la pratique depuis plus de 200 ans.
Le fait que l'homéopathie est en conflit avec la médecine conventionnelle, de ses débuts à nos jours, peut s'expliquer facilement par leurs paradigmes fondamentalement différents. Depuis que les sciences naturelles reconnaissent que la vie ne peut être comprise que partiellement avec les méthodes causales-analytique, un certain rapprochement apparaît, qui peut aussi contribuer à une meilleure compréhension du mode d'action de l'homéopathie. Une coopération intégrative des différentes méthodes thérapeutiques est le potentiel futur de la médecine. Pour cette raison, il est en outre important que l'homéopathie soit pratiquée par des médecins.