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L’agriculture biologique est un mode de production respectueux de l’environnement et des animaux qui répond à des exigences et des directives bien définies. Elle est soutenue par des paiements directs spécifiques de la Confédération. En 2019, l’agriculture biologique représentait 16,3% des surfaces agricoles utiles du pays. Il existe de grandes disparités régionales, la part de l’agriculture biologique étant nettement plus importante en montagne qu’en plaine. En montagne, la conversion à l'agriculture biologique ou la création de surfaces de promotion de la biodiversité SPB de niveau de qualité I (anciennement surfaces de compensation écologique SCE) impliquent des changements moins importants que dans les régions de grandes cultures du Plateau. Les SPB sont des surfaces gérées de manière extensive (fauche tardive, peu ou pas d’engrais ni de produits phytosanitaires).
Depuis 1999, le versement des paiements directs a été subordonné à l'existence d'une part minimale de 7% (3.5% pour les cultures spéciales) de SPB (anciennement surfaces de compensation écologique SCE) dans la surface agricole utile. Cette mesure fait partie des prestations écologiques requises (PER) qui obligent les agriculteurs à remplir des conditions écologiques minimales.