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Dans la NEM1, l'hyperparathyroïdisme (HPT) se manifeste précocement et est presque constant. A l'inverse, dans la NEM2, il est plus rare et retrouvé dans 17 à 40% des cas seulement. Dans la NEM1, l'HPT peut être sévère et stimule la sécrétion des gastrinomes associés. Les lésions sont presque constamment multiglandulaires et en cas de parathyroïdectomie moins que subtotale, le taux de récidives varie entre 20 et 40%. En conséquence, l'HPT est le premier souci du chirurgien dans le cadre des NEM1 et le dernier dans le cadre des NEM2 où il importe plutôt d'éviter l'hypoparathyroïdisme après curage extensif pour cancer médullaire de la thyroïde. En cas de NEM 1, la tactique opératoire est d'examiner toutes les glandes parathyroïdes et de réaliser une parathyroïdectomie subtotale quel que soit l'aspect macroscopique des glandes, tandis que dans la NEM2, seules les glandes augmentées de volume doivent être réséquées. Une thymectomie transcervicale bilatérale est toujours nécessaire.