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Dès le commencement du XIXe siècle, le terme « rat », employé seul, est encore associé au genre Mus, qui comportait à l'époque de nombreux rongeurs à présent classés ailleurs, mais il désigne surtout Mus rattus, ancien synonyme du Rat noir (Rattus rattus).Au XXe siècle, le dictionnaire français Larousse définit toujours le terme « rat » de façon scientifiquement indéterminée comme définissant « divers rongeurs Muridés et Cricétidés » mais précise qu'il s'applique plus particulièrement aux espèces du genre Rattus16; tandis que le Trésor de la langue française informatisé (TLFi) en donne une définition un peu plus complète qui minimise la classification (« Mammifère rongeur de la famille des Muridés ») tout en indiquant que cela représente tout de même « des centaines d'espèces dans le monde » présentant les spécificités physiques suivantes : « longue queue écailleuse, museau pointu, deux incisives tranchantes à chaque mâchoire », des usages communs : « omnivore, prolifique, vorace, commensal de l'homme » et qui sont des espèces « porteuses de bactéries et de virus »
En fait, le mot « rat » désigne le plus souvent le rat noir (Rattus rattus) et le rat brun (Rattus norvegicus) dans les ouvrages modernes. Cette dernière espèce est identiquement surnommée surmulot et rat d'égout. Le rat domestique est issu de l'élevage du rat brun. Cette souche de rat châtain est depuis longtemps maintenue en captivité où elle est d'abord devenue un animal de laboratoire puis un animal de compagnie, faisant partie de ce que l'on qualifie de nouveaux animaux de compagnie (NAC).
Le nom de « rats » peut également désigner de manière générale en zoologie le genre Rattus. La plupart des espèces de ce genre portent en français le patronyme de « rat », suivi d’un qualificatif. Par exemple le rat polynésien (Rattus exulans) qui est la troisième espèce de rat la plus populaire au monde après le rat bistre et le rat noir.
Pourtant de manière assez ordinaire, on baptise aussi « rats » d’autres rongeurs de la sous-famille des MurinaeNote 1 ou de la famille des MuridaeNote 2 qui n’appartiennent cependant pas au genre Rattus. Bien que plus rarement, on appelle même « rats » des animaux qui ne sont même pas de la famille des Muridés, à commencer par certains Cricetidae dont la classification fait encore débat et qui ont beaucoup été alignés parmi les Muridés