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Des guerres civiles éclatèrent en 68-70, la Civitas Helvetiorum ou Helvétie entra en conflit avec la XXIe légion, stationnée à Vindonissa (Windisch), puisque, ignorant la mort de Galba dont ils étaient les partisans, ils refusaient de se rallier à Vitellius que soutenait l'armée du Rhin. A cette occasion, les Helvètes subirent une lourde défaite et la destruction d'Avenches fut évitée de justesse.
En 71 après. J.-C, Vespasien, qui conservait des liens tout particuliers avec Avenches où son père et son fils Titus avaient vécu, éleva la ville au rang de colonie latine, désormais nommée « Colonia Pia Flavia Constans Emerita Helvetiorum Foederata », favorisant ainsi la romanisation de l'élite dirigeante helvète. II y installa probablement aussi des vétérans, cherchant ainsi à combler les pertes humaines de la guerre civile. Sur le plan administratif, la Civitas Helvetiorum fut tout d'abord rattachée à la province de Gaule Lyonnaise, puis à celle de Gaule Belgique, enfin à celle de Germanie supérieure, créée en 85 apr. J.-C. Au Ier siècle, la bordure nord du Rhin est une zone frontalière stratégiquement importante de l'empire romain: elle est occupée militairement et garnie de camps militaires permanents qui sont démantelés lors de l'extension maximale de l'empire au IIIe siècle, qui correspond à une période de prospérité économique et de développement pour la région. À cette même époque, le christianisme se répand progressivement sur le territoire avec l'apparition des premières églises entre 350 et 400. Dès la fin du IIIe siècle, des incursions barbares des Alamans (ou Alémans) en Germanie puis sur le territoire suisse ramènent progressivement la frontière sur le Rhin, le long duquel les lignes défensives (forteresses et tours de guet) sont reconstruites. Progressivement, dès 401, les troupes romaines quittent le Rhin pour gagner le sud des Alpes, abandonnant ainsi définitivement le territoire de la Suisse aux Burgondes et aux Alamans ; deux peuples d’origine germanique.