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Ernst Thomke (* 21. April 1939 in Biel, Schweiz) ist ein Schweizer Industriemanager.
Thomke wurde als Sohn eines Arztes im Kanton Bern geboren. Er absolvierte eine Ausbildung zum Mechaniker beim 1856 gegründeten Uhrwerkhersteller ETA im solothurnischen Grenchen und studierte 1961–1967 Naturwissenschaften mit Hauptfach Chemie in Bern und Lausanne. Anschliessend durchlief er berufsbegleitend das Medizinstudium in Bern und promovierte dort 1975. Zuletzt folgten Lehrgänge in Management und Marketing am Europäischen Institut für Unternehmensführung (INSEAD) in Fontainebleau.