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Um einen Vergleich der NABO-Bodenproben zu ermöglichen, werden das Raumgewicht der Feinerde und der Wassergehalt seit 2003 bei jeder Probenahme erfasst. Die physikalischen Begleitparameter helfen, aussergewöhnliche Bedingungen zu erkennen und systematische Fehler zu vermeiden. Der Zustand bei der Probennahme beeinflusst die Qualität der Bodenprobe: So ist der Boden ein dynamischer Körper, der abhängig vom Wassergehaltes quellen oder schrumpfen kann. Wie die Bodenfeuchte eine Bodenprobe beeinflussen kann, wird in der Abbildung an einem realen Beispiel erläutert.
An derselben Stelle wird eine Bodenprobe aus den obersten 20 cm des Bodens zu zwei verschiedenen Zeitpunkten entnommen; zuerst im trockenen, ein nächstes Mal im feuchten Zustand. Nimmt der Wassergehalt zu, dehnt sich das Bodenmaterial aus und die einzelnen Bodenhorizonte werden mächtiger. Bei einem fixen Tiefenbereich ab 0 bis 20 cm bedeutet dies, dass je nach Wassergehalt, unterschiedliche Anteile der verschiedenen Bodenhorizonte beprobt werden. Bei Bodenparametern mit ausgeprägten Tiefengradienten, wie zum Beispiel organischer Kohlenstoff oder Blei, werden abhängig von der Bodenfeuchte unterschiedliche Gehalte gemessen.