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In die SPHN-Projektorganisation sind Vertretungen aller relevanten Partner einbezogen; auf nationaler, technischer und institutioneller Ebene. Die Schweizerische Akademie der Medizinischen Wissenschaften (SAMW) trägt die organisatorische, finanzielle und rechtliche Verantwortung für das Projekt.
Die Organisation des SPHN besteht aus einem strategischen Gremium (National Steering Board), einem beratenden wissenschaftlichen Gremium (Scientific Expert Board), einem beratenden Gremium für ethische, sozialen und legale Aspekte der Initiative (ELSI Advisory Group) sowie einem internationalen Beirat (IAB). Auf technischer Ebene wird das SPHN durch das Data Coordination Centers (DCC) unterstützt, welches dem SIB Swiss Institute for Bioinformatics angegliedert ist.
Das Management Office (MO) wird von der SAMW betrieben und koordiniert sämtliche Arbeiten.
SPHN startet mit öffentlichen Institutionen (z. B. Universitätsspitäler, Universitäten, ETHs) und wird später für private Spitäler und Industriepartner erweitert.
Swiss Personalized Health Network
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