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L’influence copernicienne apparaît dans la précession des équinoxes, le changement graduel de l’axe de rotation. Mercator applique la nouvelle vision de Nicolas Copernic dans le calcul des positions stellaires qui, d’après la théorie copernicienne, se réfèrent à l’année 1550.
Le calcul correctif de la précession des équinoxes est le plus gros problème astronomique à résoudre pour un utilisateur des positions stellaires ptoléméennes. Un catalogue d’étoiles, qui détermine les coordonnées selon un système de référence en lente évolution, donne toujours les positions pour un moment donné, appelé époque. Pour calculer les positions des étoiles à des époques ultérieures sur la base des catalogues existants, on augmente les longitudes écliptiques des étoiles d’une valeur constante. Celle-ci était déterminée à l’aide de la théorie courante de la précession.
Au XVIe siècle, plusieurs théories précessionnelles coexistent ; les valeurs de correction de la précession, c’est-à-dire l’augmentation de la longitude par rapport à celle de l’époque de Ptolémée pouvaient varier énormément.
Dans ce domaine, Mercator s’écarte à nouveau de son maître Gemma Frisius. En comparant les deux globes, on constate, par exemple, une différence dans la longitude de l’étoile Regulus. La correction précessionnelle du globe de Frisius (1537) s’avère de 19°40’, alors que celle de Mercator (1551) est de 20°55’. Selon les normes modernes, une différence de 1°15’ signifierait une différence d’époque de presque 90 ans. Cela contraste avec les 14 ans qui séparent réellement les deux globes. Car, il faut noter que les concepteurs de globes célestes choisissent toujours pour leur réalisation une époque proche de leur date de fabrication.