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Les bactéries décomposent les polluants présents dans le sol, facilitent la disponibilité des éléments nutritifs pour les plantes et les protègent des parasites. Pour la première fois, Agroscope a analysé la diversité des bactéries présentes dans les sols sur l’ensemble du territoire suisse.
Les chercheuses et chercheurs d'Agroscope ont étudié les questions importantes suivantes: Quelles bactéries sont présentes dans les sols suisses? Des communautés bactériennes similaires ont-elles aussi des préférences environnementales similaires? Quels sont les facteurs environnementaux qui ont le plus d'influence sur la présence des bactéries dans le sol? Afin d'évaluer l'«état actuel» des communautés bactériennes dans les sols suisses, des chercheuses et chercheurs ont étudié, au sein d'un consortium interdisciplinaire, ces questions en collaboration avec le Monitoring de la biodiversité en Suisse (MBD; www.biodiversitymonitoring.ch) et celui de l’observatoire national des sols (NABO; www.nabo.ch). Pour la première fois, il a été possible de recourir à des échantillons de sol qui sont régulièrement prélevés dans toute la Suisse grâce au réseau d'échantillonnage du MBD.
Le pH du sol détermine fortement les types de communautés bactériennes
Au total, 48 568 «espèces» bactériennes ont été détectées dans les 255 sols du réseau d’échantillonnage du MBD. Ces «espèces» ont pu être classées dans six types de communautés bactériennes différentes («bacteriel community types» BCT) présentant des caractéristiques similaires. Ces 6 BCT se trouvaient tout au long du gradient pH du sol, différaient dans leur schéma de distribution géographique et avaient des préférences différentes en matière d’éléments nutritifs. Outre le pH et la disponibilité des éléments nutritifs, la teneur en argile du sol et l'altitude ont également joué un rôle.
En outre, un examen détaillé des différentes espèces bactériennes a montré que 3998 «espèces» étaient associées à une ou plusieurs BCT et/ou facteur environnemental. Les résultats ont également montré clairement que nous n'avons pas encore répertorié tous les facteurs d'influence et qu'il existe encore de nombreuses espèces bactériennes dont nous ne savons pas les réactions face aux influences environnementales.
Les analyses des BCT et des différentes «espèces» bactériennes ont révélé des liens entre certaines bactéries et des facteurs environnementaux définis. Ces résultats fondamentaux ouvrent la voie à de futures études dans le but de comprendre et de prévoir les réactions des communautés bactériennes face aux changements environnementaux et les effets qui en découlent sur les fonctions des écosystèmes. Ce travail recherche fournit également une base importante pour définir les facteurs avec lesquels les communautés bactériennes dans le sol peuvent être à l’avenir influencées et stimulées de manière ciblée, par exemple pour soutenir une production agricole durable.