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17世纪的联邦，充满了宗教信仰上的冲突纷争。尽管如此，除了三个不完全等同于成员邦的“联合区”之外，联邦的那些成员邦还是成功地避开了三十年战争（1618-1648年）的战火。17世纪下半叶，联邦从这种成功做法中吸取经验，奉行中立至上的外交政策。这一理念也纳入了瑞士对自身的新认识之中。而这种新的自我认识则植根于国家主权的思维。德意志帝国和皇帝在1648年的《威斯特法伦和平条约》中授予瑞士联邦（不受德意志帝国枢密法院管辖的）“豁免权”，法国和其它国家将这种“豁免权”理解为国际法意义上的国家主权。从此开始，瑞士这种新的自我认识便逐渐生根发芽。
然而，瑞士并非一方和平的净土。17世纪中叶，社会和宗教上的冲突演变为一场场硝烟弥漫的战争。在血流成河的1653年农民战争中，农民起义军被伯尔尼、卢塞恩、索洛图恩和巴塞尔这几座城市打败；在1656年的第一次维梅尔根战争中，伯尔尼和苏黎世的军队被信仰天主教的瑞士中部地区的部队击溃。不计其数的瑞士人，其中大部分来自贫困的山区，为了糊口而离开他们人口过剩的家乡，成为法国军队的雇佣兵。后来他们也越来越多地为信仰新教的国家服役，比如荷兰、英国和普鲁士等。在瑞士，信仰新教的那些富裕城市，则吸纳了许多宗教难民，也包括1685年被法国驱逐的胡格诺派教徒在内。