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Vom "Naturalienkabinett" zum modernen wissenschaftlichen Museum
Das Naturhistorische Museum der Burgergemeinde Bern hat seine Wurzeln in einem Naturalienkabinett, welches Johann Rudolf Zeender (1650-1730), Mitglied des Grossen Rats und der Bibliothekskommission, im Jahr 1694 in der Stadtbibliothek eingerichtet hatte. Zu den ersten Mineralien, Gesteinen, Münzen und weiteren Kuriositäten kamen im 18. und frühen 19. Jahrhundert weitere Kollektionen hinzu - Gesteine und Petrefakten (Fossilien), vom Staat im Jahr 1721 beschlagnahmte Bergkristalle (heute die ältesten Objekte im Museum), Herbarien, Conchylien (Weichtier-Schalen) sowie die grosse Vogelsammlung des Pfarrers Daniel Sprüngli, von der leider nur noch der Katalog existiert. Diese Sammlungen waren damals in der Obhut der Bibliothekskommission.
Offizielle Gründung 1832
Seine Selbständigkeit erhielt das Museum erst 1832 mit der Schaffung einer eigenen Museumskommission; dieses Jahr gilt deshalb als offizielles Gründungsjahr. Bis zu dieser Zeit waren die naturkundlichen Objekte vereint mit der historischen und der ethnographischen Sammlung; diese "otaheitische Sammlung" enthielt u. a. die Gegenstände, welche der Maler Johann Wäber von Cook's dritter Weltumsegelung zurückgebracht hatte.
Prägende Entscheidung 1852
1852 wurden durch einen Ausscheidungsvertrag zwischen Kanton, Einwohnergemeinde und Burgergemeinde Bern die Besitztümer des alten Bernischen Stadtstaates aufgeteilt. Dabei kamen die Museumssammlungen ins alleinige Eigentum der Burgergemeinde (Trägerschaft). Dieser Entscheid sollte die Zukunft des naturhistorischen Museums entscheidend prägen und - 140 Jahre später - dessen Erweiterung überhaupt ermöglichen. Die Zuweisung im Vertrag lautet: "5. Die burgerliche Stadtbibliothek mit zugehörender Münzsammlung, den sogenannten Bibliotheksekel, das antiquarische, ethnographische und naturhistorische Museum mit betreffenden Gebäuden und dem anstossenden alten botanischen Garten; alles im damaligen Bestande". Die Herbarien wurden 1856 abgetrennt und im neuen Botanischen Garten untergebracht. Die historischen und völkerkundlichen Sammlungsbestände gingen später an das Bernische Historische Museum über.
Heutige Struktur seit 1960
Dem Naturhistorischen Museum blieben somit nur noch die erdwissenschaftlichen und die zoologischen Sammlungsteile. Im Rahmen der Museumserweiterung 1992 - 1999 wurde vorübergehend eine zumindest räumliche Wiedervereinigung mit der Botanik erwogen, nämlich durch Unterbringung der Herbarien im Erweiterungsbau. Aus logistischen und forschungspolitischen Überlegungen entschied sich aber das Botanische Institut, die Herbarien am bisherigen Standort zu behalten. Die heutige Struktur des Museums mit drei wissenschaftlichen Abteilungen - Erdwissenschaften (Geologie), Wirbellose Tiere und Wirbeltiere - sowie der Direktion mit den ihr unterstellten gestalterischen und betrieblichen Ressorts entwickelte sich in den frühen 1960er-Jahren. 1968 kam durch eine vertragliche Abmachung die Einrichtung und Betreuung eines Jagdmuseums - heute Schweizer Museum für Wild und Jagd - im Schloss Landshut bei Utzenstorf hinzu.