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Beide Arten sind gefährdet, die Grosse Hufeisennase ist gar vom Aussterben bedroht. Sie gilt mit weniger als 300 Tieren in den Wochenstuben als eine der seltensten Säugetierarten der Schweiz.
Wie bei vielen anderen Fledermausarten auch, sind die Bestände in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts stark eingebrochen.
Um die letzten Kolonien zu retten und zu fördern, wurde in den 2000er Jahren ein Nationales Schutz- und Monitoringprogramm (pdf) entwickelt.
Die Bestände der beiden Arten konnten sich dank dem Programm stabilisieren und entwickeln sich in verschiedenen Regionen erfreulicherweise positiv.