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Einige Flechtenarten haben in den letzten Jahrzehnten Populationsveränderungen erlebt. Oft sind es Arten mit einem sehr schmalen ökologischen Spektrum (Spezialisten), deren Populationen zurückgehen, während Arten, die mit einer grossen Spanne an Lebensbedingungen zurechtkommen (Generalisten), zunehmen. Dies führt zu einer Trivialisierung der Flechtenvegetation und gleichzeitig zu einer geographischen Gleichschaltung der Artzusammensetzung. Beispielsweise fördert die in vielen Gebieten hohe Stickstoff-Einfuhr Populationen von nährstoffliebenden Arten, während solche Arten abnehmen, die an naturbelassene Wälder mit einem hohen Anteil alter Bäume und Totholz gebunden sind. Faktoren wie Landschaftsnutzung, und damit einhergehende Lebensraumzerstörung, und Luftverschmutzung gehören zu den bedeutendsten in der Gefährdung von vielen Flechtenarten.
Die Rote Liste der gefährdeten Flechtenarten der Schweiz gibt Auskunft über den Gefährdungsstatus der baum- und erdbewohnenden Flechten in der Schweiz.