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Au cours de ses 57 ans d’existence, le CSS a connu trois changements de nom et de nombreuses modifications législatives. Son identité a été largement façonnée par l’interaction avec le système FRI en développement.
Dans la période de l’après-guerre, les pays occidentaux, dont la Suisse, ont poursuivi une politique internationale de la science et de la recherche dans le but d’augmenter la somme mondiale des connaissances et d’améliorer le bien commun de tous. De nombreuses universités, centres de recherches et organes ont été créés en Suisse dans cet objectif à vocation sociale. C’est dans ce contexte que le Conseil fédéral a également créé le CSS en 1965, ce qui a façonné non seulement ses tâches légales, mais également sa perception de lui-même. Le Conseil estimait en 1967 que l’une de ses fonctions principales était de «rassembler et de coordonner des idées et des forces productives à tous les niveaux de notre société». Il se voyait alors comme un «petit organe de milice» avec des obligations uniques et un engagement pour le bien commun.
Un peu plus de dix ans après sa création, le Conseil s’est posé d’autres questions existentielles: était-il un «pur organe de réflexion ou devait-il préparer des décisions politiques»? Ses tâches devaient-elles être réparties de manière sectorielle ou horizontale? Était-il généraliste ou spécialiste? En collaboration avec des acteurs importants du paysage FRI, le Conseil est arrivé à la conclusion que le point de départ de sa mission était l’obligation d’avoir une «vision globale et prospective sur l’ensemble des problématiques». Le Conseil considérait donc que sa fonction principale était de pouvoir «créer des cadres de réflexion» et «susciter des activités politiques», sans pour autant les déterminer.
La question de savoir comment il devait agir à l’intérieur de ce cadre a été explicitement soulevée en 1987. Avec sa responsabilité croissante dans la préparation de la détection précoce et des objectifs en matière de politique de la recherche au cours des années 1980, le Conseil s’est demandé s’il était plutôt un «conseil d’experts» ou un «conseil de négociation». D’une part, il était tenu de soumettre à ses groupes d’intérêts «de nouvelles propositions concernant les contenus et les structures souhaitables dans le domaine de l’enseignement supérieur et de la recherche» et, d’autre part, il devait «présenter des solutions de compromis aux problèmes existants» pour les autorités compétentes. Le Conseil a ainsi expérimenté des modèles qui tentaient de combiner les avantages des deux afin de remplir ses multiples fonctions.
Avec l’extension de ses tâches dans les années 1990, qui englobaient désormais la politique scientifique, la politique universitaire, la détection précoce en matière de recherche, la politique technologique et l’évaluation des choix technologiques, le Conseil se voyait au tournant du millénaire comme le «porte-parole de la science». La politique et l’administration évoluent cependant dans une direction opposée. L’idéal d’une planification à long terme, qui avait prévalu depuis l’après-guerre et qui constituait alors toujours la perspective principale du Conseil, a cédé la place au principe de «governance» situationnelle. Ses recommandations ont été moins prises en compte dans les années qui ont suivi, et le problème de leur nature juridiquement non contraignante s’est fait manifeste. Dans les années 2000, le Conseil a perdu certaines de ses responsabilités, et donc également des moyens. Au cours de ces dernières années, le CSS a renforcé sa position au sein du paysage FRI et s’est exprimé avec détermination sur des thèmes pressants, par exemple sur la question de la mobilité sociale ou la numérisation.
En raison de la pandémie de Covid-19 et des relations difficiles entre la Suisse et l’Union européenne, une grande incertitude règne actuellement dans le système FRI, ce qui entraîne à la fois des défis et des opportunités. Le CSS se penche activement sur ces deux thèmes et, comme si souvent dans son histoire, est influencé dans le même temps par ces derniers. Suite à la pandémie, le Conseil a repensé son rôle et son positionnement au sein du paysage FRI en établissant une carte du conseil politique. ll a discuté de sa vision (cf. Retraite du Conseil), défini ses principes et participé avec différents partenaires FRI à plusieurs ateliers sur la gestion de crises futures, et ce, afin d’améliorer cette dernière ainsi que la communication au sein du triangle «science, politique et public».