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De nombreux facteurs génétiques influencent la susceptibilité au LED et le développement de la maladie. Parmi ceux-ci, les polymorphismes mis en évidence au niveau des gènes de diverses cytokines semblent jouer un rôle. Les données actuellement disponibles suggèrent des corrélations faibles mais significatives entre polymorphismes associés aux gènes TNFa, IL-10, IL-1Ra et LED. Ces associations sont observées soit avec l'incidence de la maladie, soit avec une évolution ou des manifestations cliniques particulières. Toutefois, ces études portent encore sur des groupes de patients trop restreints pour permettre de clairement distinguer les effets d'autres gènes en déséquilibre de liaison, en particulier ceux du complexe majeur d'histocompatibilité(TNF, C4 et HLA).