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Un calcul biliaire ayant migré de la vésicule biliaire dans les voies biliaires peut soit disparaître spontanément, soit devoir être retiré par endoscopie (voir CPRE). Cependant, certains calculs dans les voies biliaires sont si gros qu'ils doivent être fragmentés avant d'être extraits. À l'aide d'un cholangioscope, les calculs peuvent être visualisés dans les voies biliaires et fragmentés par de courtes ondes sonores pulsées. Cette méthode, utilisée depuis des années pour fragmenter les calculs rénaux, est très contrôlée et douce pour les tissus.
Comme décrit précédemment pour les calculs biliaires, il existe également des calculs dans le canal pancréatique, qui peuvent provenir par exemple d'une inflammation chronique. S'ils obstruent complètement le canal de drainage du pancréas, ils peuvent causer des douleurs par l'accumulation de liquide et maintenir l'inflammation chronique. Ici aussi, les calculs peuvent être visualisés directement dans le canal à l’aide du Spyscope et fracturés par des ondes sonores, auquel cas nous insérons toujours de petits tubes en plastique afin de faciliter le passage spontané.