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Das Eidg. Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) hat entschieden, die Munition, welche die Schweizer Armee bis in die 1960er-Jahre im Thuner-, Brienzer und Vierwaldstättersee versenkt hatte, nicht zu bergen. Die Abklärungen haben keinen Hinweis darauf ergeben, dass die Seen durch die Munitionsablagerungen belastet werden, schreibt das VBS. Der grösste Teil der Objekte befindet sich bereits heute über 25 cm bis zu zwei Meter unter dem Seegrund. Eine Bergung der Munition würde deshalb zu einer erheblichen Störung des Seegrunds und damit über lange Zeit zu einer Störung des Wasserökosystems führen. Während eine selbstständige Detonation praktisch ausgeschlossen werden kann, bestünde beim Heben und Entsorgen der Munition Explosionsgefahr. Diese Tatsache würde auf den Seen und in deren Uferbereichen über Jahre hinweg praktisch kaum umsetzbare Sicherheitsmassnahmen erfordern.
Umfangreiche historische Abklärungen im Zusammenhang mit dem Vollzug der Altlastenverordnung hatten 2004 aufgezeigt, dass die Schweizer Armee im Laufe des letzten Jahrhunderts insgesamt über 8000 Tonnen Munition und Munitionsrückstände im Thuner- und im Brienzersee sowie im Urnersee und im Gersauerbecken des Vierwaldstättersees versenkt hatte. Die letzten Versenkungen fanden im Thunersee 1963, im Urnersee 1967 statt.
Die Menge des Materials, Forderungen, dieses zu bergen, und Beobachtungen auffälliger Organveränderungen bei Felchen im Thunersee, bewogen das VBS, die Gefährdung durch diese Abfälle vertieft abklären zu lassen. Unter Einbezug der kantonalen Umweltfachstellen befasste sich zwischen 2006 und 2010 ein vom VBS geleitetes Spezialistenteam mit den offenen Fragen rund um die versenkte Munition, allfällige Auswirkungen auf Mensch und Umwelt und Möglichkeiten einer Bergung. Parallel zu den Abklärungen des VBS veranlasste das Fischereiinspektorat des Kantons Bern Untersuchungen, um den Ursachen für die Organveränderungen bei den Felchen im Thunersee auf die Spur zu kommen. Dabei wurde laut VBS keine Belastung des Seewassers festgestellt. Zudem lassen die Untersuchungen zu den Organveränderungen der Fische im Thunersee keinen Zusammenhang mit den Munitionsdeponien erkennen.