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Wärmepumpen könne auch mit Wasser aus Seen oder Flüssen betreiben werden. Seen sind jedoch zur Nutzung von Wärme besser geeignet, da es dort in der Tiefe konstante Temperaturen gibt. Fliessgewässer sind in der Regel im Winter kühl, weil sie Temperaturen im Bereich der Lufttemperatur aufweisen. Daher kommt eine Nutzung von Fliessgewässer zu Heizzwecken oft aus technischer Sicht nicht in Frage.
Seen eigenen sich zur Nutzung mit einer Wärmepumpe. Die Nutzung setzt aber voraus, dass die Temperaturverhältnisse im See nicht beeinträchtigt werden, da viele Seen im Sommer und im Winter eine stabile, charakteristische Temperaturschichtung aufweisen. Diese Schichtung kann durch die Entnahme oder Einleitung von Wasser gestört werden.
In der Regel ist für das Bewilligungsverfahren ein Bericht über die Auswirkungen der Wärmenutzung auf den See erforderlich.