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Une colonie romaine est fondée par Jules César entre 50 et 44 avant notre ère près de la ville Allobroge de Genava (Genève). Cette colonie, destinée à accueillir des cavaliers vétérans, est attestée par l'archéologie depuis la fin du premier siècle avant notre ère. La superficie exacte de cette ville romaine n'est pas établie avec certitude mais il est certain qu'elle est moins étendue que les colonies d'Aventicum (Avenches, VD) et d'Augusta Raurica (Augst, BL). Le centre monumental, comprenant le forum, des thermes et un macellum (marché couvert) se développe entre la fin du premier siècle avant notre ère et le premier siècle de notre ère ; l'amphithéâtre est construit au début du deuxième siècle et un aqueduc alimente la ville en eau.
La partie nord de la basilique du forum est découverte en 1974, lors de la démolition d'une maison qui la recouvrait partiellement. D'autres travaux postérieurs, principalement en 1991, permettent de compléter le plan du bâtiment.
Les fouilles ont permis de découvrir en réalité deux basiliques qui se sont succédées au même emplacement. La première a été construite au tout début du premier siècle de notre ère. Elle était divisée en deux dans le sens de la longueur par une série de piliers, et ses dimensions extérieures sont environ 58 x 13 mètres. Cette basilique avait deux niveaux : un cryptoportique, et un niveau supérieure accessible par quelques marches depuis l'aire publique.
Vers le milieu du premier siècle, le premier forum avec la basilique sont démolis et un nouveau forum, plus grand et légèrement décalé est construit. La nouvelle basilique a comme dimensions extérieures 98 x 26,5 mètres. Son plan est différent de la première basilique : elle possède une nef centrale à absides semi-circulaires entourée d'un déambulatoire, et une annexe avec abside se trouve aux deux extrémités.
Depuis 1975, le musée romain a été installé à l'intérieur des fondations de la deuxième basilique, et en 1993, il a pu être agrandi suite aux travaux de 1991. On peut y voir une partie des objets de la ville romaine retrouvés au cours des fouilles ainsi que plusieurs peintures murales restaurées provenant de la villa rustica de Commugny (VD). Tous les deux ans, depuis 1999, le musée romain organise le Festival international du film d'archéologie.
Coordonnées nationales: 507'778, 137'360
Sur l'esplanade des Marronniers, trois colonnes avec leur entablement sont facilement accessibles. Ces colonnes, qui ne se trouvent pas à leur emplacement d'origine (elles ont été remontées sur ce lieu en 1958 pour les festivités des 2000 ans de la ville), proviennent de l'aire sacrée du forum. Elles faisaient partie du portique en U qui entourait l'aire sacrée sur trois côtés.
Coordonnées nationales: 507'685, 137'213
Découvert lors d'un chantier de construction en 1996, l'amphithéâtre de Nyon est le sixième connu en Suisse, après ceux d'Augst, Avenches, Berne (BE), Martigny (VS) et Windisch (AG). Lors des fouilles, seuls les murs de l'arène, dont les axes font 50 x 36 mètres, sont connus, mais aucun mur extérieur n'a encore été retrouvé. A part l'arène, quelques gradins en molasse ainsi que deux carceres (locaux pour les bêtes sauvages) et plusieurs canalisations ont pu être étudiés. Une inscription mentionnant l'empereur Trajan, découverte pendant les fouilles, permet de dater la construction de l'édifice au début du deuxième siècle de notre ère.
Bien que l'amphithéâtre ait été classé monument historique peu après sa découverte, la restauration proprement dite n'a pas encore commencé et le monument n'est actuellement pas ouvert au public. Il est uniquement possible de voir un panneau d'information ainsi que l'abri des vestiges depuis une parcelle voisine. Un projet de mise en valeur existe et les travaux devraient débuter ces prochains mois.
Coordonnées nationales: 507'889, 137'605
L'approvisionnement en eau de la ville romaine était en partie assuré par un aqueduc qui partait depuis les environs de la ville de Divonne (France). Le tracé est partiellement identifié grâce à la découverte de plusieurs tronçons souterrains, mais ni la source ni le point d'arrivée de l'aqueduc ne sont connus. Un tronçon est encore visitable dans le parc public de la Mangette à Nyon.
Coordonnées nationales: 506'959, 138'364
Pendant le moyen-âge, les monuments romains ont servis de carrières pour les nouvelles constructions, et plusieurs blocs d'architectures sont encore visibles à différents lieux de la ville médiévale. Dans la porte Sainte-Marie, à côté de l'esplanade des Marronniers, plusieurs blocs sculptés, dont le chapiteau d'une colonne, sont reconnaissables. Le buste d'une statue d'Attis se trouve au sommet de la tour César, côté lac, et un bloc avec une face sculptée est réemployé comme base de pilier à la place du Marché.
Coordonnées nationales: