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Einzugsgebiet Seefläche Maximale Tiefe Seepegel Wasseraufenthaltszeit 61.9 km2 14.4 km2 87 m 505 15 Jahre
Der Sempachersee ist wohl einer der weltweit am besten untersuchten Seen. Drei Viertel seines Einzugsgebiets wird intensiv landwirtschaftlich genutzt. Die Wasseraufenthaltszeit ist zudem lang, was zu einer geringen Verdünnung der eingetragenen Stoffe führt.
Der seit 1965 festgestellte Anstieg der Phosphorkonzentration im See führt zu einem erheblichen Sauerstoffmangel im Tiefenwasser. Seit Mitte der 1980er Jahre wird deshalb im Winter mit Druckluft die natürliche Zirkulation des Sees unterstützt und im Sommer feinblasig Sauerstoff ins Tiefenwasser eingetragen (sog. Seesanierung). Damit sollten die Sauerstoffverhältnisse im Tiefenwasser verbessert werden (Ziel über 4 mg 02 pro Liter).
Mit seeexternen Massnahmen ( Phosphorprojekte ) wurde in den vergangenen Jahren der Nährstoffeintrag in den See verringert. Heute ist bezüglich Phosphor das Zwischenziel von 30 mg/Kubikmeter erreicht. Die natürlichen Sauerstoffverhältnisse im Tiefenwasser sind jedoch noch nicht wiederhergestellt, auch die damit verbundene Naturverlaichung der Felchen konnte noch nicht beobachtet werden.
Dank dem eher geringen Siedlungsdruck sind am Sempachersee noch einige Naturufer erhalten. Teilflächen des Sees und Ufer stehen unter Naturschutz. Der Verein ’Pro Sempachersee’ engagiert sich für die Anliegen des Naturschutzes und sorgt auch für die Einhaltung der Vorgaben der Schutzverordnung im Auftrag des Kantons.
Träger der laufenden Seesanierung ist der Gemeindeverband Sempachersee. Die Dienststelle lawa koordiniert die seeexternen Massnahmen, die Dienststelle uwe berät den Gemeindeverband und führt die Erfolgskontrolle der getroffenen Massnahmen durch.