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Johannes Gartmann beschäftigte sich in seiner Forschung vorwiegend mit therapeutischen und diagnostischen Problemen der Lungenkrankheiten.
Johannes Gartmann absolvierte sein Medizinstudium an den Universitäten Bern, Lausanne und Montpellier und schloss 1951 mit dem Staatsexamen ab. Er promovierte 1954 mit einer medizingeschichtlichen Arbeit über «Dr. J.G. Amstein, ein gelehrter Bündner Arzt und Naturforscher des 18. Jahrhunderts». Seinen besonderen Interessen für Pneumologie folgend vervollständigte er seine Postgraduate-Ausbildung in Bochum, Wien und London. Auf das Wintersemester 1972 habilitierte sich Johannes Gartmann mit einer Arbeit zum Thema «Erkrankung der Pleura» für das Gebiet der inneren Medizin, speziell Atmungskrankheiten an der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich, wurde zum Privatdozenten ernannt und erhielt die Venia legendi. Seine Antrittsvorlesung an der UZH hielt er im Juni 1973 zum Thema «Atmung und Umwelt». 1978 wurde er zum Titularprofessor ernannt.
In seiner Forschung beschäftigte sich Johannes Gartmann vorwiegend mit therapeutischen und diagnostischen Problemen der Lungenkrankheiten. 1975 publizierte er einen viel beachteten Beitrag über Tuberkulose in der Antibiotika-Fibel. Zudem setzte er sich in der Grundlagenforschung mit Fragen der Antibiotika-Konzentration im Gewebe der Lunge und im Bronchialsekret auseinander. Johannes Gartmann galt als didaktisch begabter Kliniker und hielt an der UZH unter anderem Vorlesungen über die Pharmakotherapie der Tuberkulose sowie der obstruktiven Lungenerkrankungen. 1993 trat er zurück.