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La comparaison de photos aériennes prises à différentes époques permet la détection rapide et peu coûteuse des changements du paysage. Le module "télédétection" étudie par comparaison de prises aériennes stéréoscopiques les changements survenus dans l'ensemble des quelques 7'000 biotopes d'importance nationale. Un sytème de détection précoce informe de plus les administrations fédérales et cantonales sur les évolutions positives comme negatives de certains objets et leur permet, si besoin, de prendre des mesures appropriées.
Dans la première phase du projet WBS (2012-2017), l’état des biotopes à l’époque de la mise en place des inventaires nationaux (dans les années 1980 et 1990, sur photos aériennes stéréoscopiques noir et blanc) a été comparé à leur état pendant la période 2010-2015 (sur photos aériennes stéréoscopiques infrarouge). En 2018 a débuté la 1ère phase de répétition de l'interprétation sur la base des photos aériennes stéréoscopiques les plus récentes.
L’interprétation se fait manuellement sur écran 3D. Les données collectées par comparaison illustrent et quantifient aussi bien des processus peu souhaitables comme l'embroussaillement ou l'abandon d'exploitation que des évolutions positives après la mise en place de mesures de restauration ou un ajustement du régime d'exploitation.
L‘interprétation doit être reproductible et les changements à l’intérieur des objets doivent pouvoir être localisés. Dans ce but, un réseau à mailles de 50m x 50m a été placé sur les objets des inventaires des prairies et pâturages secs, des hauts- et bas-marais, des sites de reproduction de batraciens et des zones alluviales alpines. Dans chaque maille, des indicateurs simples sont interprétés visuellement tels que le degré de recouvrement en pourcent d'eau libre, de sol ouvert, du boisement (avec une différentiation entre arbre isolé, structure boisée rectiligne, groupe d'arbres, forêt...) ainsi que la présence d'infractures. L'interprétation des zones alluviales fluviales et lacustres ainsi que des deltas ne se fait pas par quadrillage mais sous forme de formations avec pour catégories p. ex. les bancs de graviers sans végétation, la forêt à bois tendre, la forêt à bois dur et d'autres formations forestières.