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Der Morbus Crohn betrifft meist das letzte Stück des Dünndarms (das sogenannte terminale Ileum) und das erste Stück des Dickdarms (das Coecum), es kann jedoch jeder Bereich des Gastrointestinaltraktes (vom Mund bis Darmausgang) befallen sein. Bei einigen Betroffenen werden deswegen auch sogenannte Fisteln beim Darmausgang beobachtet.
Typische Symptome vom Morbus Crohn sind andauernde Bauchschmerzen, Durchfall und allgemeine Beschwerden wie Appetitlosigkeit, Müdigkeit und Erschöpfungsgefühl.
Unerklärte Gewichtsabnahme oder Blutarmut können gelegentlich indirekte Hinweise für einen Morbus Crohn geben. Ausserhalb vom Darm können die Haut, die Augen, Gelenke und auch die Leber betroffen sein.