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スイスには、何世紀にもわたりカトリックが定着している。宗教革命により国民のアイデンティティに重大な変化が起きた。今日もなお、カトリックとプロテスタントは、スイスの最も大きな宗派である。
キリスト教
スイスにおけるキリスト教は、4世紀からローマ帝国の侵攻によって広まった。多くの領地に司教区が誕生し、農業や政治の発展に影響を与えた。7世紀には、教育や文化の重要な拠点となる修道院が誕生した。教会の権力は、13世紀以降、特に宗教革命やその後の連邦憲法の施行により衰退していった。
現在、スイスは、古くからある2つのキリスト教宗派が支配している。：カトリックとプロテスタントである。19世紀、敬虔主義や福音主義の自由教会、20世紀には、正統主義の教会など多くの小さな宗派もそれに加わった。
1970年代までは、スイス国民の98％がキリスト教徒だった。カトリック教徒の割合は、南ヨーロッパからの移住者により安定しているが、プロテスタントは、大きく減少した。信仰を持たない人の数は、年々増加している。
現在のカトリック
カトリック教徒の割合は、全国民の1/3以上を占めており、スイスで最も大きな宗派である。ウーリ州、ヴァリス州、オプヴァルデン州、アッペンツェル・インナードーデン州は、カトリック教徒の割合が高い州である。司教区は、ゾロトゥルン、フリブール、シオン、クール、ザンクト・ガレン、ルガーノの6ヶ所にあり、司教は、ローマ法王の直属である。
プロテスタント
16世紀はじめ、都市部や田舎に暮らすスイス国民は、より多くの自治権や公的な決め事への参加を求めていた。チューリヒのフルドリッヒ・ツヴィングリとジュネーヴの・ジャン・カルヴァンは、当時の公職についている人たちがカトリック司教の支配から解放されることを手助けした。プロテスタントの宗教革命運動、とりわけカルヴァンの活動は、急速にヨーロッパへ広まっていった。スイスは、宗教革命にとって最も重要な国のひとつだった。
プロテスタンティズムは、合理主義と勤勉に大きく価値をおいている。すべての信者が聖書を理解しなければならないことから女性を含めたすべての人に読み書きが教えられ、それにより全体の教育レベルが上がった。プロテスタントの倫理は、スイスのアイデンティティに決定的な意味を与えた。プロテスタントによる宗教革命は、紛争や対立はあったものの、のちにスイスの地域間の関係を深めた。
プロテスタント教徒は、現在、スイス国民の4分の1を占める。プロテスタントが多い州は、ベルン、アッペンツェル・アウサーローデン、シャウハウゼンである。
プロテスタント改革派教会は、州によって運営され、プロテスタント教会会議と評議会が引率している。教会会議と評議会は、連盟に属さないいくつかの教会と共にスイスプロテスタント教会連盟（SEK）を組織している。