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Les grottes se trouvent au pied d'une falaise dominant le restaurant de la Roche, à l'est de Saint-Brais. Toutes trois sont restées en dehors de l'extension maximale des glaciers alpins lors de la dernière glaciation.
La grotte de Saint-Brais I
A 3 m de l'entrée de la caverne, dans une tranchée longue d'une quinzaine de mètres, F.-E. Koby remarqua la présence de plusieurs foyers superposés qu'il data du Paléolithique, du Mésolithique, du Néolithique et de l'Age du Bronze. Il découvrit également des vestiges archéologiques se rapportant à ces différentes époques.
L'horizon moustérien livra 4 éclats et 2 racloirs, plus ou moins concassés, en silex, lydienne, chaille et quartzite. Une dizaine d'artefacts bien conservés (grattoirs, pointes, lames), en silex, sont attribuables à un horizon magdalénien. Le foyer néolithique livra quelques débris de céramique.
Orientée au sud, l'entrée de la grotte I de Saint-Brais est restée toujours bien accueillante.
Celui de l'Age du Bronze était accompagné de près de 900 tessons de poterie (dont certains décorés selon la technique de l'excision, typique de la fin du Bronze moyen ou du début du Bronze final), d'un fragment de meule, de quelques galets de quartzite ayant servi de percuteurs, d'une dalle calcaire rougie au feu et du seul fragment de métal retrouvé: un morceau de bracelet en bronze. La couche comprise entre ces deux derniers foyers, épaisse de 20 à 30 cm, comportait 2 artefacts lithiques, 2 poinçons en os et les fragments d'un crâne humain attribué à un individu de sexe masculin, âgé de 15 à 18 ans (peut-être les restes d'un corps incinéré).
La faune pléistocène est composée à plus de 90 % d'ours des cavernes (toutes les autres espèces n'étant représentées que par un petit nombre d'ossements). Cet animal est d'ailleurs l'auteur d'un lustrage des parois, provoqué par le frottement répété, appelé "poli d'ours". Cette faune comporte encore un ensemble d'espèces révélatrices d'un climat froid, telles que le lion des cavernes, le chamois, la marmotte, le bouquetin ou le campagnol des neiges. La faune holocène, à placer dans un contexte climatique plus clément, comprend entre autres: le cheval, le cerf, le sanglier, le chat ou le renard.
La grotte de Saint-Brais II
Vues de l'incisive supérieure gauche de Néandertalien découverte par F.-E. Koby en 1955 dans la grotte de Saint-Brais II.
Cette grotte a livré une série de 7 pièces, fortement concassées sur leurs bords minces, attribuables au Moustérien; elle se compose de 6 éclats (en silex, chaille et lydienne) et d'un racloir en silex. Le 4 septembre 1955, à 2,9 m de profondeur, dans une sorte de niche naturelle, F.-E. Koby découvrit une incisive supérieure gauche de Néandertalien. Il s'agit d'un des deux plus anciens vestiges humains en Suisse.
Des traces de foyer et quelques silex en bon état, dont une pointe, peuvent être datés de l'Azilien. Le mobilier de l'Age du Bronze est constitué par une vingtaine de tessons de céramique appartenant à 2 pots.
L'entré de la grotte de Saint-Brais II.
La faune, avec beaucoup moins d'espèces représentées qu'à Saint-Brais I, est également divisible en 2 groupes. Le premier indique un climat froid avec, par exemple, le lemming à collier, le putois des steppes, le chocard à bec jaune et l'ours des cavernes, ce dernier à plus de 90 %. La datation carbone 14, sur la base d'ossements d'ours des cavernes, situe à au moins 30'000 ans av. J.-C. l'âge du niveau à ours. Le second suppose un climat plus clément, illustré par le renard, le cerf, le chevreuil, le mouton, le loir ou le bœuf domestique.
La grotte de Saint-Brais III
Poteries en terre cuite de l'Age du Bronze final, vers 1200 av. J.-C.
Koby observa, en profondeur, les traces d'un foyer paléolithique.
Un foyer stérile et 124 tessons de céramique de l'Age du Bronze ont également été découverts. La couche pléistocène à ours des cavernes est absente de cette grotte.
Les trois grottes de Saint-Brais ont servi d'habitat, ou pour le moins de refuge, au début de l'Age du Bronze final, vers 1200 av. J.-C. comme en témoignent les nombreuses poteries en terre cuite découvertes.
Avril 2015, la grotte de Saint-Brais II victime de fouilles illicites
La grotte de Saint-Brais II, de renommée nationale depuis la découverte par Frédéric-Edouard Koby, en 1955, d'une incisive d'homme de Néandertal, a été victime de fouilles sauvages en avril 2015. Le portail en fonte cadenassé protégeant l'entrée de la grotte a en effet été retrouvé entrouvert lors du congé pascal, des seaux et des outils attestant de travaux ayant eu lieu récemment dans la cavité. La Section d'archéologie et paléontologie de l'Office de la culture a déposé plainte, après un constat opéré sur place par la police cantonale.
La grille protégeant l'entrée de la grotte de Saint-Brais II, retrouvée entrouverte.
La grotte de Saint-Brais II fait partie d'un ensemble de trois grottes situées en pied de falaise à l'est de Saint-Brais. Lors de la dernière glaciation, l'extension maximale des glaciers a épargné le territoire cantonal, ce qui a permis la conservation ponctuelle de vestiges d'occupations humaines antérieures à la fin de cet événement. La grotte de Saint-Brais II est le plus célèbre de ces sites jurassiens. C'est en effet à cet emplacement qu'une incisive supérieure gauche de Néandertalien, datée d'environ 40'000 ans av. J.-C., a été retrouvée lors de fouilles menées dans les années 1950 par F.-E. Koby, ophtalmologue jurassien féru de spéléologie et d'archéologie. Il s'agit d'un des deux plus anciens restes humains de Suisse, remontant au Paléolithique moyen, le second étant représenté par un maxillaire supérieur retrouvé dans la grotte de Cotencher (canton de Neuchâtel). Le niveau moustérien dans lequel la dent a été retrouvée contenait également des ossements d'ours des cavernes, de même qu'une industrie peu abondante en silex et quartzite. L'importance du site étant démontrée, décision fut prise il y a une trentaine d'années de protéger la grotte à l'aide d'une grille cadenassée, ceci afin d'éviter des déprédations et ainsi de préserver les sédiments encore en place en vue d'y mener ultérieurement de nouvelles recherches.
Suite à ce constat d'infraction, la grille a été à nouveau sécurisée afin de mettre un terme à ces fouilles sauvages. Entreprises sans supervision scientifique, ces dernières mettent non seulement en danger un patrimoine unique et inestimable, mais se déroulent en violation de la législation nationale et cantonale protégeant les sites archéologiques et paléontologiques. La grotte de Saint-Brais II n'est pas le seul site ayant subi de telles "visites" durant ces dernières décennies : force est de constater que d'autres grottes jurassiennes sensibles au niveau archéologique ou paléontologique ont également été sondées par des curieux peu respectueux du patrimoine commun.
La loi sur la protection du patrimoine archéologique et paléontologique, prévoit de clarifier davantage les mesures de protection des sites archéologiques et paléontologiques d'importance et revoit à la hausse les peines prévues à l'encontre des individus qui les pillent ou les détruisent volontairement.
Fiche technique du site
|Communes / Localités||Glovelier et Saint-Brais / Glovelier et Saint-Brais|
|Sites||Glovelier, grottes I et II

Saint-Brais, grotte III
|Datation et type de site

- principal
- secondaire

Du Paléolithique à l'Age du Bronze final, grottes
|Date(s) de la fouille||1935, 1967|
|Publication(s)||

KOBY, F.-E. Sur la présence, en Suisse aux temps préhistoriques, du grand Ours des cavernes,
|Responsables de la fouille||1935, F.-E. Koby, aidé d'A. Perrone et Ed. Guéniat

1967, P. Reusser (Saint-Brais II)