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La participation est au cœur de l'étape 2: les régions d'implantation ont la possibilité de contribuer à la concrétisation des projets de dépôts et aux études portant sur les conséquences socio-économiques et les incidences sur l'aménagement du territoire. De plus, les sites sont comparés selon des critères relevant de la sécurité technique avant que la Société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs (Nagra) n'en propose au moins deux par catégorie de déchets.
2e étape: Sélection d'au moins 2 sites
D'entente avec les régions d'implantation, la Nagra élabore des propositions pour la disposition et l'équipement des installations de surface, organise les parties souterraines du dépôt et sélectionne au moins un site par région d'implantation. Elle procède à des analyses préliminaires de sécurité et à une comparaison relevant de la sécurité technique dans les sites potentiels avant de proposer au moins deux sites d'implantation pour chaque type de dépôt (l'un pour les déchets hautement radioactifs et l'autre pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs).