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L'ordre des Chiroptères comprend deux sous-ordres : les Mégachiroptères - à caractère essentiellement frugivore - des régions tropicales et subtropicales de l’Ancien Monde, et les Microchiroptères - insectivores entre autres - qui colonisent l'Ancien et le Nouveau Monde.Sur les 900 espèces connues sur la planète, 160 appartiennent aux Mégachiroptères, le reste aux Microchiroptères.
Les Chiroptères sont donc les seuls Mammifères capables de voler activement. On ignore encore tout de leurs origines, car les fossiles les plus anciens, de l’Éocène moyen, montrent qu'à cette époque, les Chiroptères étaient déjà très évolués. Toutefois, leur anatomie montre qu'ils dérivent d'une souche insectivore.
La plus grande des chauves-souris est un Mégachiroptère, appelée Roussette (ou Renard volant), tandis que le plus petit mammifère du monde, aussi une chauve-souris, appelée Craseonycteris thonglongyai (de Thaïlande), découverte en 1973, pèse seulement 2 gr et mesure de 29 à 33 mm ! Cette petite espèce est aussi appelée Chauve-souris bourdon.
Bien rare sont ceux qui connaissent vraiment ces étranges animaux capables de voler (c'est le seul mammifère capable de voler activement, voir Chauves-souris : un vol au poil) silencieusement avec leurs mains, de voir par les oreilles, et de s'accrocher pour se reposer par leurs orteils. Il faut signaler que le folklore en a fait un animal mal aimé et rejeté par le peuple. Heureusement, les particularités de la biologie des Chiroptères ont intéressés certaines personnes, tentant de réhabiliter cette chose volante à notre civilisation. Cette tentative commence aujourd'hui àporter ses fruits.
L'ordre des Chiroptères vient en second pour le nombre de ses représentants; il réunit en effet près de 900 espèces de chauves-souris réparties dans le monde entier à l'exception des contrées les plus froides. Les chauves-souris sont les seuls Mammifères capables de voler activement, et elles se déplacent ainsi au crépuscule depuis au moins cinquante millions d'années, car on connaît un fossile de Chiroptère datant de l’Éocène supérieur. Elles descendent presque certainement d'une souche assez voisine des insectivores, mais la fragilité de leur squelette s'est opposée à la fossilisation, si bien que l'on ne possède presque pas de documents paléontologiques. Le seul fossile bien conservé, celui d'Icaronycteris index, des couches de Green River (Wyoming, États-Unis), nous permet cependant d'espérer qu'un jour on trouvera d'autres restes. Le trait le plus frappant de ce fossile, que l'on rattache aux Microchiroptères,est la présence d'une griffe non seulement sur le pouce, mais aussi sur le deuxième doigt. D'autres chauves-souris fossiles ont été rattachées à des familles vivantes.
Bien que l'aspect général des chauves-souris soit si caractéristique qu'il interdise toute confusion avec d'autres Mammifères, les détails de leur anatomie et leurs mœurs sont très variés, comme il fallait s'yattendre dans un groupe aussi important. Les plus grandes ont la taille d'un lapin et leur envergure dépasse 1.20 mètres; à l'autre bout de l'échelle se trouvent des bestioles plus petites qu'une souris, dont l'envergure n'atteint pas 15 centimètres. Les représentant de nombreuses familles ont la face couverte d'excroissances cutanées siétranges qu'à nos yeux ils comptent au nombre des Mammifères les plus laids. Chez certains Microchiroptères,la peau qui entoure les narines fait des replis très complexes, indépendants de la face et que l'on appelle feuille nasale. Chez d'autres, ces formations tégumentaires n'existent pas, mais les glandes sébacées du museau, dites pararhinales, sont si volumineuses qu'elles produisent des bourrelets caractéristiques. La plupart des femelles ainsi que les mâles de certaines espèces ont une symphyse pubienne incomplète, si bien que l'arceau antérieur du bassin est réduit à unligament qui relie les deux pubis. On pourrait croire que cettedisposition facilite la parturition, mais chez les espèces où celle-cia été observée elle s'accompagne de violents efforts musculaires, tout comme chez les autres Mammifères où les deux pubis sont unis plus solidement. Weber pense que cette structure est en relation avec les capacités voilières et la fixation du patagium. Cependant, cette explication ne tient pas compte du fait que les mâles de certaines espèces ont une symphyse pubienne complète; en outre, elle ne cadre pas avec l'absence de symphyse chez les taupes ou d'autres insectivores.Malgré tout, l'existence d'une symphyse incomplète a peut-être quelquerapport avec la concentration de l'effort musculaire dans les membres antérieurs chez les chauves-souris et les taupes, mais on ne sait toujours pas pourquoi les femelles de Rhinolophidae et les mâles d'autres espèces ont les deux pubis soudés.
On divise les Chiroptères en 2 sous-ordres, les Mégachiroptères, ou chauves-souris frugivores, dont les plus grands représentants sont appelés Renards volants ou Roussettes; et les Microchiroptères, ou chauves-souris insectivores, qui ne mangent pas toutes des Insectes. C'est parmi les Mégachiroptères que l'on trouve les géants de l'ordre, mais certains sont plus petits que les plus grands des Mégachiroptères.
Récemment, sur des bases moléculaires, l’ordre a été redécoupé en deux nouveaux sous-ordres pour rompre la paraphylie des Microchiroptères : les Yinpterochiroptera et les Yangochiroptera (Teeling et al. 2002, Teeling et al. 2005).