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Le médecin cantonal est chargé de toutes les questions médicales concernant la santé publique, selon l'article 10 de la loi de santé, notamment:
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du soutien et du conseil aux institutions de santé dans le domaine du contrôle de l'infection;
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de la surveillance de l'activité de la médecine scolaire et du service dentaire scolaire;
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de la surveillance de l'état sanitaire des institutions de santé de même que des établissements de détention;
de la surveillance relative à la procréation médicalement assistée;
Il est également l'autorité compétente pour:
recevoir l'avis de toute interruption de grossesse au sens de l'article 119, alinéa 5, CP;
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recevoir le signalement des autorités administratives ou judiciaires selon l'article 39;
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autoriser les traitements à base de stupéfiants dont la méthadone
(LStup).
Il accomplit les autres tâches qui lui sont confiées par les législations fédérales, notamment celles de diriger les mesures à prendre contre les maladies transmissibles sur la base de la loi sur les épidémies.
Le médecin cantonal est rattaché au service de la santé publique et collabore étroitement avec le pharmacien, le vétérinaire et le chimiste cantonal.
Les médecins cantonaux suisses sont regroupés au sein d'une association (Association des médecins cantonaux de Suisse), dont le site internet donne une idée plus complète de cette fonction représentée dans tous les cantons.