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Vor 100 Jahren war die Kleine Hufeisennase eine der häufigsten Fledermausarten in der Schweiz. Der Mangel an geeigneten Quartieren sowie der Lebensraumverlust und der Einsatz von Pestiziden haben dazu geführt, dass sie heute in der Schweiz zu den stark gefährdeten Arten zählt.
Um die Kleinen Hufeisennase und insbesondere die verbleibenden Wochenstubenkolonien nachhaltig zu schützen und zu fördern, wurde in den 2000er Jahre ein Nationales Schutz- und Monitoringprogramm (pdf) der Kleinen Hufeisennase entwickelt.
Im Rahmen dieses Monitoring werden jährlich rund 50 Wochenstubenkolonien in den Kantonen Graubünden, Obwalden, St. Gallen und Solothurn kontrolliert und der Bestand der erwachsenen Tiere erfasst.
Seit Beginn des Monitoringprogramm im Jahr 2001 haben sich die Bestände der Kleinen Hufeisennase positiv entwickelt.