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Die frühesten Besiedlungsspuren stammen aus der Mittelsteinzeit vor etwa 8000 Jahren. Später besiedelten Helvetier, Römer und Alamannen die Gegend. Allerdings gab es vorerst nur einige Einzelhöfe, eine dörfliche Siedlung existierte noch nicht. Die erste urkundliche Erwähnung von Nider-Lenz erfolgte im Jahr 1261. Der Name des Ortes leitet sich vom alteuropäischen Flussnamen Lentia ab, der «die Biegsame» oder «die Gekrümmte» bedeutet und den die Helvetier und Römer später übernahmen. Tatsächlich hiess der Aabach im Mittelalter Lenzbach.
Erst 1480 findet sich der erste Hinweis darauf, dass Niederlenz ein von Lenzburg getrenntes dörfliches Gemeinwesen war. Im Mittelalter war Niederlenz Teil der Pfarrei Staufberg auf dem gleichnamigen Hügel. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau. Niederlenz gehörte nun zum Untertanengebiet der Stadt Bern, dem sogenannten Berner Aargau, und bildete einen Teil des Gerichtsbezirks Rupperswil im Amt Lenzburg. 1528 führten die Berner die Reformation ein.
Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein, entmachteten die «Gnädigen Herren» von Bern und riefen die Helvetische Republik aus. Niederlenz gehört seither zum Kanton Aargau. Ihren Aufschwung verdankt die Gemeinde hauptsächlich der früh erfolgten Industrialisierung. Seit der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts nutzten zahlreiche Fabriken die Wasserkraft des Aabachs, darunter eine Gipsmühle, zwei Schnupftabakstampfen, eine Textilfabrik und eine grosse Mühle. Am 1. Oktober 1895 wurde der Abschnitt Lenzburg–Wildegg der Seetalbahn mit einem Bahnhof in Niederlenz eröffnet. Seit dem 2. Juni 1984 wird die Strecke allerdings nicht mehr befahren und dem Zerfall überlassen. Die Bevölkerungszahl von Niederlenz hat sich seit 1900 mehr als vervierfacht.
Die Blasonierung des Gemeindewappens lautet: «In Gelb über grünem Dreiberg grünes Lindenblatt.» Bereits auf den Gemeindesiegeln des 19. Jahrhunderts ist ein Lindenblatt über einem Dreiberg zu sehen. Allerdings war der Schildgrund damals noch blau, das Wappen entsprach somit nicht den heraldischen Farbregeln und wirkte etwas stumpf. 1953 erfolgte der Wechsel vom blauen zum gelben Schildgrund. Der alteuropäische Name des Aabachs, Lentia, hat den gleichen Wortstamm wie die Linde.