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Au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, les connaissances scientifiques et techniques ont commencé à exercer une plus grande influence sur la production et la transformation agricoles, en particulier dans les domaines de la fumure, de l'alimentation animale et de la mécanisation ainsi que dans celui de la transformation croissante du lait en fromage et en lait condensé. Des analyses d'engrais et d'aliments pour animaux, des contrôles des semences et du lait ainsi que des recherches sur la fermentation fromagère devinrent nécessaires. La conversion de la production céréalière à la production laitière s'est faite parallèlement à l’essor de la production fromagère. La superficie des terres arables a été réduite de plus de la moitié et les exportations de fromage ont doublé entre 1871/1880 et 1913 à 36 millions de kg. Un quart de la production laitière était alors exportée. La bonne qualité du fromage devint déterminante pour le prix du lait et les revenus agricoles.
Les premières stations d'essais et de contrôle ont vu le jour dans les écoles cantonales d'agriculture nouvellement créées et presque toutes dotées de domaines agricoles: Kreuzlingen TG 1839-1869, Strickhof ZH 1853, Rütti BE 1860, Muri AG 1861-1873, Lausanne 1870, Sursee 1885 de même qu’auprès du département d’agronomie de l'EPF de Zurich qui ouvrit ses portes en 1871. Parmi les nombreuses initiatives privées, on peut citer la station d’essais laitiers de l'Association suisse d'économie alpestre de Thoune (Schweizer. Alpwirtschaftlicher Verein (1872), dirigée par R. Schatzmann, et la station de contrôle des semences de F. G. Stebler à Berne (1876) et celle de Lausanne ainsi que les analyses et les contrôles des engrais commerciaux réalisés par l'Association agricole suisse (Schweizer. Lanwirtschaftlicher Verein (1864).
Sur la base d'un rapport d'experts, le Conseil fédéral définit, dans son message du 12 mars 1896, les domaines de recherche prioritaires et les tâches des stations fédérales de recherche. Les principales lacunes furent identifiées dans l'industrie laitière (causes d'une mauvaise fermentation dans le fromage, influence de la qualité du lait, de l'alimentation, etc.) et la création d'une station de recherche laitière fut bientôt à l'ordre du jour.
La question du site était controversée. En raison des stations d’essais existantes, les sites suivants figuraient au premier plan: Zurich (lien avec l'EPF), Berne et Lausanne. En 1897, le canton de Berne acquit un domaine agricole approprié de 13,4 ha à Liebefeld-Köniz (à 5 km de Berne) et en fit don à la Confédération en vue de la création de la station d’essais prévue, ce qui régla la question de la localisation.
À Liebefeld, la Confédération fit construire une station de recherche avec une serre et une fromagerie expérimentale, qui ouvrit ses portes en 1901. Liebefeld devint ainsi le siège des 3 institutions suivantes:
1. La station de recherche en chimie agricole (Versuchsanstalt für Agrikulturchemie), qui est issue de la station de chimie agricole (Chemische Versuchsanstalt) de l'école d'agriculture de Rütti BE, créée en 1865, puis transférée en 1891 à l'Université de Berne et reprise par la Confédération en 1897.
2. L’Etablissement fédéral d’industrie laitière issu du «Laboratoire de bactériologie en économie laitière» de l'école de laiterie de Rütti (fondée en 1889) et du canton de Berne en 1899 par la Confédération.
3. Domaine agricole et administration centrale Lors de la décision prise par le Conseil fédéral le 30 octobre 1900, une administration dite centrale fut créée à Liebefeld avec pour tâche de superviser la comptabilité des autres institutions indépendantes de Zurich, Berne et Lausanne, d'effectuer des essais sur le domaine agricole et de les coordonner. Elle était aussi compétente pour délivrer les autorisations et distribuer les matières auxiliaires agricoles.
Avec le développement économique et le progrès technique de l'agriculture, les tâches des stations de recherche se sont également accrues. En outre, on assista à un accroissement des tâches de contrôle, de conseil et d'exécution dans les domaines des matières auxiliaires agricoles (semences, engrais, aliments pour animaux, etc.), de l'hygiène du lait, des fromageries, de la qualité et de la sécurité des denrées alimentaires, etc. Les stations de recherche ont donc toujours été étroitement liées à l'OFAG (autrefois département de l'agriculture) et jouissaient auprès de celui-ci d'une haute estime, deux directeurs étant même issus des stations de recherche: Josef Käppeli (1913-1942) et Jakob Landis (1946-1957).
Le 1er janvier 2014, toutes les stations de recherches se sont regroupées sous le nom d’Agroscope. Agroscope est devenu le centre de compétences de la Confédération pour la recherche agronomique et alimentaire, organisé en quatre instituts sous la direction d’un chef Agroscope (CEO). Un Conseil Agroscope chargé de définir l’orientation stratégique a également été mis en place.
En 2016 la réforme se poursuit et la structure d’Agroscope se simplifie. Le 1er janvier 2017, les quatre instituts et les 19 divisions de recherche ont été supprimés. Les prestations de recherche et les tâches légales d’Agroscope sont assurées par 10 unités nouvellement créées – trois domaines de compétences pour la technologie de recherche et le transfert de connaissances ainsi que de sept domaines stratégiques de recherche. Cela permet le rapprochement de la direction opérationnelle et des collaborateurs. L’objectif est d’atteindre une plus grande efficience et flexibilité dans l’accomplissement des tâches principales de l’établissement de recherche en économie agricole et agroalimentaire. Cela permet aussi la définition d’un portefeuille de prestations clair.
Liebefeld est devenu le site principal d’Agroscope-Centre et le siège d’Agroscope. Deux unités ont leur base à Liebefeld: Développement de méthodes et analytique, Systèmes microbiens des denrées alimentaires