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Seul mammifère volant, la chauve-souris, passionne l'homme depuis des siècles. Probablement en raison d'un système immunitaire particulier, les chauves-souris représentent un réservoir important pour les maladies virales émergentes les plus récentes telles que le SARS-Coronavirus, la fièvre de Marburg, la fièvre Ebola et l'encéphalite à Nipah virus. Plus près de nous, elles peuvent également transmettre la rage et probablement d'autres maladies infectieuses non virales. Des modifications écologiques telles que la déforestation rapprochent les chauves-souris de l'homme et favorisent ainsi la transmission d'agents infectieux nouveaux à l'origine d'épidémies dramatiques.
De tout temps, les chauves-souris ont fasciné les hommes par leur capacité à voler. Léonard de Vinci en 1485 puis Clément Adler en 1930 s'en sont inspirés pour certains modèles d'avions rudimentaires, ou par leur air particulièrement redoutable lorsqu'elles déploient leurs ailes et qu'elles ouvrent leur gueule en signe de menace. Le célèbre personnage de Batman en est une caricature. Les chauves-souris sont moins célèbres pour leur système immunitaire particulier qui leur permet d'abriter de nombreux virus et de jouer un rôle non négligeable dans la transmission de maladies infectieuses aussi dangereuses que la rage ou la fièvre Ebola par exemple.
Seul mammifère volant, la chauve-souris appartient à l'ordre des chiroptères dont il existe environ 900 espèces dans le monde entier (exception faite de la zone arctique et de certaines îles océaniques), dont une trentaine en Europe. Leur taille varie de 1,7 m d'envergure pour celles de Malaisie à 3,3 cm en Thaïlande. Elles peuvent voler de façon soutenue et effectuer un vol battu, tout comme les oiseaux. Cependant, contrairement à la plupart des oiseaux, les chauves-souris sont capables de voler à des vitesses assez faibles, avec une extrême habileté. Le vol est pratiqué grâce à un repli de peau, tendu entre les membres antérieurs et les chevilles (patagium), et soutenu par les os très allongés du membre antérieur et les doigts. Cette aile est attachée le long de la ligne médiane du tronc et des membres et s'étend des membres supérieurs à la queue. Seul le pouce est libre, c'est le seul doigt muni d'une griffe. Le régime alimentaire des chauves-souris, dont l'activité se concentre surtout la nuit, varie beaucoup selon les espèces. La plupart sont insectivores, mais certaines mangent des fruits, des petits rongeurs, ou sucent le sang d'autres animaux à sang chaud. Dans ces cas, elles se nourrissent de sang aspiré à partir des petites blessures qu'elles infligent essentiellement aux animaux à sang chaud comme les volailles, les bovins, les chevaux et occasionnellement les humains.1 Elles utilisent des informations de type auditif pour se diriger et pour attraper leurs proies. Elles émettent des sons de haute fréquence par la bouche ou les narines, qui sont réfléchis par les obstacles (écholocation), ce qui leur permet de voler dans l'obscurité totale. Les grandes chauves-souris (mégachiroptères) se servent plutôt de la vue que de l'ouïe pour s'orienter. Les pattes sont également garnies de griffes, ce qui permet à la chauve-souris, bien peu agile au sol, de s'accrocher tête en bas à un support pour hiberner.
Pendant la journée, les chauves-souris se reposent la tête en bas, en groupes importants dans des lieux divers de perchage, tels que les grottes, les crevasses, les arbres creux, le feuillage et dans les bâtiments. Ces groupes sont habituellement composés d'un seul mâle et d'une dizaine de femelles assemblées comptant parfois plusieurs milliers d'individus (figure 1). Elles peuvent parcourir jusqu'à 40 km par jour entre les lieux de perchage et de nourriture et 600 km entre leurs quartiers d'hiver et d'été. Les chauves-souris hibernent habituellement de mi-novembre à mi-mars, durant cette période elles entrent dans un sommeil profond, leur température corporelle est maintenue au niveau de celle de l'air ambiant, leur rythme cardiaque passe de 600/min à 10/min et la respiration se ralentit, avec des interruptions pouvant atteindre ou dépasser une heure. L'accouplement peut avoir lieu avant l'hibernation, dans ce cas la femelle garde le sperme tout au long de l'hiver et la fécondation ne se produit que lorsque l'ovule est libéré par l'ovaire après le réveil printanier. Les chauves-souris femelles ne donnent naissance en moyenne qu'à un petit par an. Les jeunes naissent nus et aveugles. Ils sont souvent rassemblés en crèche, ce qui permet aux femelles de s'absenter plusieurs heures pour chasser.2 Une chauve-souris peut vivre jusqu'à vingt ans.
Plus de 60 virus peuvent atteindre les chauves-souris, dont la majorité sont capables de provoquer une infection chez l'homme (tableau 1). Des bactéries (mycobactéries, salmonelles, leptospires), des protozoaires (trypanosomes) et des champignons (histoplasmes) peuvent aussi être retrouvés chez les chauves-souris.3 Seules quelques infections virales sont présentées ci-après. En raison d'un système immunitaire particulièrement pauvre en lymphocytes B, et ainsi, d'une probable immunotolérance, il existe un rapport particulier entre certains virus et les chauves-souris. A l'exception de la rage, la plupart des virus ne sont pas pathogènes pour elles ce qui en fait un réservoir idéal. La déforestation de plus en plus importante sur tous les continents pousse les chauves-souris à chasser leurs proies la nuit aux alentours, ou même, dans les villes. En se rapprochant ainsi de l'homme, il n'est pas surprenant de voir réapparaître d'anciennes maladies virales devenues rares et de nouvelles au potentiel contagieux dramatique. En envahissant les vergers, elles peuvent transmettre par exemple la rage aux animaux domestiques ou même directement à l'homme.
Rage
Après inoculation, principalement par morsure, ce virus provoque une encéphalite mortelle contre laquelle aucun médicament ne s'est montré efficace à ce jour. En 2002, une passante ayant trouvé une chauve-souris très affaiblie sur le Quai Général-Guisan, à Genève, l'a transporté dans un sac au musée d'histoire naturelle. L'animal, manifestement malade a été euthanasié et envoyé au Centre suisse de la rage à Berne où un test d'immunofluorescence directe a révélé qu'il était atteint de la rage. Il s'agit du dernier cas de rage en Suisse4 et du troisième cas de rage connu chez une chauve-souris en Suisse. Un premier cas avait été retrouvé en 1992 au lac noir (FR) et un deuxième en 1993 à Versoix (GE).5 Le virus de la rage a été à l'origine d'un grand nombre de cas chez les chauves-souris à la fin des années 80 sur la côte de la mer du nord et est à ce jour régulièrement mis en évidence dans toute l'Europe. Les derniers cas de rage terrestre en Suisse avaient été décrits en 1996 chez un chien à Birsfelden (BL) et en 1997 chez un chiot importé d'Afrique du nord.6 Des cas de rage chez les chauves-souris peuvent toutefois survenir à tout moment. Il est vivement recommandé aux personnes s'occupant de chauves-souris de se faire vacciner.7 Le risque pour l'homme d'entrer en contact avec des chauves-souris enragées est très faible en Suisse, Les chauves-souris mortes ou manifestement malades sont régulièrement envoyées au Centre suisse de la rage pour les soumettre à un examen. La faible fréquence de cas (trois décrits ci-dessus) ne doit pas nous amener à relâcher notre vigilance. Il s'agit lors de tout contact physique avec une chauve-souris, de considérer l'éventualité d'une transmission de la rage et d'envisager une prophylaxie postexpositionnelle.
Fièvre hémorragique de Marburg (FHM)
Décrite pour la première fois en 1967, la FHM est rare mais terriblement meurtrière. Le virus responsable se transmet par contact muco-cutané et provoque une fièvre élevée puis une dysfonction hépatique et la mort par défaillance organique multiple et hémorragies. Une récente épidémie a été décrite chez des mineurs à Durba, au nord-est de la République Démocratique du Congo.8 D'octobre 1998 à septembre 2000, 154 cas de FHM ont été identifiés. La mortalité a été de 83%. Lorsqu'un mineur a été atteint de FHM, des cas secondaires de son entourage ont été rapportés mais ceux-ci ne représentaient que 27% de tous les cas de cette épidémie. L'étude génétique des virus a montré qu'il en a existé au moins neuf différents, laissant penser que le virus a été introduit à plusieurs reprises dans la communauté. Nonante-quatre pour cent des mineurs travaillaient dans une mine d'or largement contaminée par des excréments de chauves-souris. L'épidémie s'est arrêtée lorsque les chauves-souris ont été chassées et le sol de la mine nettoyé. Parmi les chauves-souris capturées, 13% étaient séropositives pour le virus de Marburg qui a également pu être mis en évidence par PCR.7 Cette épidémie laisse penser que la chauve-souris serait un hôte réservoir du virus de la FHM.
SARS-coronavirus
La récente épidémie de pneumonies sévères à coronavirus (SARS) en Chine et au Canada en 2003 est encore à l'esprit de tous. De récentes études épidémiologiques ont permis de montrer que de nombreuses chauves-souris chinoises étaient séropositives pour le SARS-coronavirus, laissant penser qu'elles pouvaient servir de réservoir pour ce virus et le transmettre à de petits rongeurs.9 Les civettes, autre réservoir possible du virus, sont des animaux nocturnes chassés par les chauves-souris. Des données séro-épidémiques d'Afrique du Sud montrent que 16% des chauves-souris qui se nourrissent de fruits sont probablement porteuses du virus10 ce qui laisse penser qu'une nouvelle épidémie de SARS sur le continent africain est une éventualité imaginable.
Fièvre Ebola
Très proche de la pathogenèse du virus de Marburg, le virus Ebola est à l'origine d'une mortalité entre 70% et 90% par défaillance organique multiple et hémorragies massives. Lors des principales épidémies, notamment celle de Kikwit en République Démocratique du Congo, ce sont principalement les médecins et les infirmières (77% des patients décédés) qui ont payé le plus lourd tribut. Le virus Ebola est transmis par les sécrétions muco-sanguinolantes du singe à l'homme, puis entre hommes. Comment les chauves-souris peuvent-elles transmettre le virus aux singes ? Une étude récente émet l'hypothèse que celles qui se nourrissent de fruits, laissent au sol les fruits trop mûrs contaminés par leur salive riche en virus Ebola. Les singes mangent ensuite ces fruits et se contaminent à leur tour.11 Cette séduisante hypothèse fait des chauves-souris l'hôte réservoir idéal de cette infection.
Encéphalites et autres infections virales
Finalement, des épidémies d'encéphalites à Nipah-virus au Bangladesh et en Malaisie12 et d'Hendra-virus en Australie13 ont été causées par des chauves-souris. On considère également qu'elles jouent un rôle important de réservoir pour le West-Nile virus, pathogène à l'origine de nombreuses encéphalites en Amérique du Nord.14 Plus près de chez nous, certains auteurs pensent que les chauves-souris arborent des virus aussi communs que ceux de l'Herpès ou des rétrovirus. Des séquences de ces virus ont été mises en évidence dans le génome de chauves-souris en Europe,15 mais la recherche du VIH (rétrovirus) n'a pas été effectuée à ma connaissance.