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Mauereidechsen werden durchschnittlich 4 bis 6 Jahre, maximal 10 Jahre alt. Ihre zierliche flache Gestalt ist ganz dem Leben an senkrechten Flächen und in engen Spalten angepasst. Die Tiere verbringen viel Zeit mit Sonnenbaden, vorzugsweise von einem erhöhten Punkt aus oder an einer Stelle, von wo aus die nähere Umgebung überblickt werden kann. Fühlen sie sich bedroht, so flüchten sie blitzschnell in die nächstgelegene Spalte, um kurze Zeit darauf wieder ihren Sonnenplatz einzunehmen. Bezüglich der Nahrung ist die Mauereidechse nicht wählerisch: Alle überwältigbaren Insekten, Spinnen und Würmer gehören auf den Speisezettel. Selbst vor den eigenen Jungtieren macht sie nicht Halt.
Die Aktivitätsperiode der Mauereidechse beginnt nördlich der Alpen normalerweise im März oder Anfang April, wobei die Männchen etwa 2 Wochen vor den Weibchen erscheinen. Bei genügend hohen Bodentemperaturen und an überdurchschnittlich warmen Wintertagen lässt sie sich in manchen Jahren auch in den kalten Monaten blicken. Einige Wochen nach Beenden der Winterruhe beginnt die Paarungszeit mit heftigen Kämpfen und wilden Verfolgungsjagden zwischen den männlichen Rivalen.
In der Regel findet die Eiablage einen Monat nach der Befruchtung statt. Pro Jahr werden 2-3 Gelege produziert, welche je nach Alter der Weibchen zwischen 2 und 10 Eier umfassen. Die mattweissen, pergamentschaligen Eier werden in kleinen Höhlen am Ende eines 10-20 cm langen, vom Weibchen gegrabenen Ganges ins lockere Erdreich gelegt, manchmal auch in Mauerwerkspalten oder unter Steine am Boden. Die Inkubationszeit ist temperatur-abhängig und beträgt 6-11 Wochen. Die meisten Jungtiere schlüpfen im Zeitraum zwischen Ende Juli bis Mitte August und werden im zweiten Lebensjahr geschlechtsreif. Die Aktivitätsperiode endet je nach Witterung im Oktober oder November mit dem Beginn der Winterruhe.
Die tageszeitliche Aktivität der Mauereidechse ist in hohem Masse von Saison und Wetter abhängig. Während sie im Frühling und Herbst ganztägig aktiv ist, sucht man sie an heissen Sommertagen vom späten Vormittag bis in den Nachmittag hinein oft vergebens. Messungen an freilandaktiven Tieren lassen den Schluss zu, dass die von ihr bevorzugte Körpertemperatur um 33 °C liegt. Steigt die Temperatur in bodennahen Zonen beträchtlich über diesen Wert, so sucht die Echse kühlere Orte auf. Tiefere Umgebungstemperaturen versucht sie mit häufigem Sonnenbaden zu kompensieren. Fällt die Temperatur unter 15 °C, so sucht sie Schutz in ihrem Versteck.
Als Feinde der Mauereidechse gelten neben dem Menschen die Hauskatze sowie verschiedene Schlangen- und Vogelarten. Als Aussenparasit wurden vielfach Zecken beobachtet.