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En 1993, des biologistes, des passionnés d’ornithologie, des défenseurs des zones humides, se regroupent et créent la Fondation des Marais de Damphreux (FMD). La Société des Sciences Naturelles du Pays de Porrentruy (SSNPP), Nos Oiseaux, Pro Natura Jura, la Station Ornithologique de Sempach, la Fondation pour la protection et l’aménagement du paysage, la Société ornithologique de Zurich, la commune de Damphreux et le Canton du Jura sont les membres fondateurs de la Fondation des Marais de Damphreux. Cette dernière a pu réaliser ses achats et ses travaux de revitalisation grâce notamment au soutien de la Confédération, du Canton du Jura, de Fondations diverses, de la Loterie Romande et de privés. Son objectif principal est de protéger et de réhabiliter les zones humides dans cette commune mais également dans les villages voisins (Bonfol et Coeuve). Dans ce but, elle acquiert des terrains pour les échanger contre les parcelles les plus humides. Elle mobilise aussi des fonds pour revitaliser les marais. Aujourd'hui, les terrains acquis redeviennent progressivement une mosaïque d’habitats marécageux pour une flore et une faune très diversifiées.
En 1998, avec la nouvelle répartition des terres dans le cadre des améliorations foncières, la Fondation des Marais de Damphreux est devenue propriétaire de terrains marécageux sur trois sites de la commune de Damphreux: les "Métchîles", les "Coeudres" et "En Pratchie". En 2005, elle a pu acquérir le pâturage et la source de la "Chèvre Morte" qui domine les étangs des Coeudres. Ces derniers ont été achetés en 2007. Actuellement, la FMD possède environ 30 ha de terrains sur la commune de Damphreux. Toujours dans le but de protéger les zones humides, d'autres parcelles ont été achetées à Bonfol (étangs des "Queues de Chats"), à Coeuve (prairies humides "Les Méchières"), ainsi qu'à Lugnez et à Miécourt.