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Die historische Abteilung umfasst die Ur- und Frühgeschichte, das Ringiermuseum, das Zofingiamuseum, das Monetarium, die Grabfunde aus Alemannengräbern und eine bedeutende Sammlung über das Wehrwesen. Eine bedeutende Filmsammlung (Scholl-Archiv) zeigt bewegte Bilder ab 1929. In der naturhistorischen Abteilung können verschiedene umfangreiche Naturaliensammlungen sowie die Sammlung von Hermann Fischer-Siegwart (1842-1925) bewundert werden.
Die Museen in der Schweiz und umringenden Regionen sind alphabetisch geordnet nach Standort.