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Habitatbäume sind lebende oder stehende tote Bäume, die Mikrohabitate für spezialisierte Arten anbieten, wie zum Beispiel Baumhöhlen mit Mulm für Käfer oder Risse im Holz für Fledermäuse. Habitatbäume sind auch als Biotopbäume bekannt.
Bäume mit Mikrohabitaten bieten wesentliche Substrate oder Lebensräume für Arten oder Artengemeinschaften während mindestens eines Teils ihres Lebenszyklus. Die Baummikrohabitate ihrerseits sind baummorphologische Eigenheiten. Sie entstehen aus aussergewöhnlichen biotischen oder abiotischen Ereignissen wie zum Beispiel eine Rindenverletzung durch Steinschlag, eine Rinne durch Blitzeinschlag oder eine Bruthöhle durch die Aktivität des Spechtes. Dazu gehören auch Elemente, die zwar physisch mit dem Baum verbunden sind, aber nicht zu ihm gehören, wie zum Beispiel ein Horst in der Krone oder epyphitischen Pflanzen wie Efeu.
Habitatbäume und ihre Mikrohabitate spielen für die Artenvielfalt im Wald eine herausragende Rolle, denn sie gewähren zahlreichen stark gefährdeten, spezialisierten Pflanzen- und Tierarten Unterschlupf oder Lebensgrundlage. Sie werden auf unterschiedlichste Weisen genutzt: als Schutz beispielsweise gegen Hitze, Kälte oder Trockenheit, als Überwinterungsstätte, als Ort zur Ernährung, als Fortpflanzungsstätte und schliesslich für den Ablauf des gesamten Lebenszyklus von gewissen Insekten, die den Habitatbaum ihr Leben lang gar nie verlassen.