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Vermutlich siedelten erstmals Kelten an dieser Stelle des Rio Mondego. Die Römer gründeten in der frühen Kaiserzeit die Stadt Aeminium und legten ein Aquädukt an. Als 468 das nahegelegene Zentrum Conimbriga von den Sueben zerstört wurde, übernahm bald Aeminium dessen Bischofssitz und sogar den Namen. 711 wurde Coimbra von den Mauren erobert. 878 drangen Truppen von König Alfons III. von Asturien ein und vertrieben alle muslimischen Bewohner der Stadt. Die Mauren eroberten die Stadt 987 zurück und zerstörten sie teilweise. Truppen unter Fernando de Castilla y Léon entrissen 1064 Coimbra der Mauren-Herrschaft. Bald nach der Gründung des Königreichs Portugals 1139 wurde Coimbra zur Hauptstadt, bevor 1256 Lissabon diese Stellung übernahm. König Dom Dinis gründete 1290 die Universität Coimbra, eine der ältesten in ganz Europa. Ein Erdbeben verursachte 1755 grosse Schäden an der Bausubstanz. Während der Napoleonischen Kriege kämpften nordöstlich von Coimbra englische Truppen gegen französische Verbände, bis 1811 die Franzosen abzogen. In der Mitte des 19. Jahrhunderts erlebte die Stadt Coimbra einen Wachstumsschub, neue Wohnviertel wurden angelegt und 1864 der Bahnhof eröffnet. In den 1940er-Jahren wurde das Universitätsgelände umfassend erneuert. Seit 2013 steht die Universität auf der Liste des UNESCO-Welterbes.