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Eine Forschungsgruppe um Prof. Tosso Leeb in Bern konnte 2008 das mutierte Nacktgen identifizieren (Drögemüller et al., Sience 2008). Es handelt sich dabei um das Gen FOXI3, welches in der embryonalen Entwicklung eine bislang noch unbekannte Rolle spielt. Die Mutation besteht darin, dass ein kurzes Stück von 7 Basenpaaren hintereinander doppelt vorkommt. Dadurch kann das vorgesehene Protein nicht mehr produziert werden. Dies hat Auswirkungen auf die Entwicklung der Haare und Zähne, die nur noch teilweise entstehen können. Nackthunde sind aber nicht komplett haarlos, da sie immer auch das normale Fellgen tragen. Kopf, Schwanz und Pfoten sind mehr oder weniger behaart, und auch die zum Kauen wichtigen Backenzähne sind meist komplett vorhanden.
Zudem konnten die Forscher nachweisen, dass die Mutation des FOXI3 vor über 3'500 Jahren stattfand und in allen drei von der FCI anerkannten Nackthunderassen vorkommt. Dadurch wurde ein gemeinsamer Ursprung von Xoloitzcuintle, Perro sin pelo del Perú und Chinese Crested in der Region von Mexico bewiesen. Dies stützt auch die historischen und archäologischen Befunde, dass vor der Reise Columbus ausserhalb Amerikas keine Nackthunderassen vorkamen.
Das mutierte Nacktgen (N) ist dominant über das Haargen (H), daher ist die Mehrheit der Welpen nackt (NH) und nur ein Drittel trägt ein Fell (HH). Hingegen können sich Embryonen mit doppeltem Nacktgen (NN) nicht weiter entwickeln und es kommt zu einem frühembryonalen Absterben der Frucht und deren Resorption in der Gebärmutter. Daher ist immer wieder faszinierend, dass fast in jedem Wurf nackte und behaarte Geschwister vorkommen.