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Ausserhalb der Uferzonen ist der Seegrund (das Benthos) mit feinem Sediment oder Schlick bedeckt. Darin leben Würmer, Insektenlarven und Muscheln, welche als Indikatoren für die Qualität des Seebodens beigezogen werden können. Das Vorkommen oder Fehlen dieser Makrobenthos-Arten und ihre Häufigkeit geben Auskunft über die biologische Qualität des Lebensraums am Seegrund. Die wirbellosen Tiefe (oder Makroinvertebraten) sind in der Lage, auf die im Laufe der Zeit stattfindenden biologischen und chemisch-physikalischen Veränderungen im See zu reagieren und geben damit einen Hinweis auf den generellen Seezustand.
Seit 1985 wird die ökologische Qualität der Sedimente vom Neuenburgersee und Murtensee alle 5 bis 6 Jahre untersucht. Dabei werden Sedimentproben mit einem Greifer oder Rohr an die Oberfläche geholt.
Im Labor werden die Makroinvertebraten ausgesiebt und unter dem Mikroskop indentifiziert. Für jede einzelne Art wird die Anzahl der gefundenen Individuen festgehalten. Da die verschiedenen Arten unterschiedliche Ansprüche an ihren Lebensraum stellen, geben ihr Vorkommen und ihre Häufigkeit Auskunft über die Qualität des Sedimentes.
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