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Le problème principal résidant dans le fait d’imposer la vaccination à ses employés est qu’un tel acte équivaut à une atteinte importante à l’intégrité physique, laquelle compose le droit constitutionnel qu’est la liberté personnelle (article 10 al.2 de la Constitution suisse). Un tel droit ne peut être restreint que difficilement dès lors qu’il se heurte au principe de proportionnalité figurant à l’art. 36 al.3 de la Constitution suisse. Etant donné que toute restriction à un droit fondamental doit être proportionnée au but visé, on peut retenir que la vaccination doit être la dernière mesure envisageable.
Ainsi, si la contamination peut être empêchée par une autre mesure telle que le port du masque, la distanciation voire la réaffectation à un autre poste, alors ces mesures doivent être mises en œuvre en priorité. Une obligation générale de vaccination ne serait dès lors pas envisageable puisque disproportionnée et donc inadmissible.
Une exception est toutefois possible dans certains domaines notamment dans le domaine médical.