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En raison des grandes différences d’altitudes, de sa diversité géologique et de l’utilisation variée des terres cultivées, la Suisse abrite une multitude d'espèces et d'habitats. Cependant, l'état actuel de la biodiversité dans les différentes régions de Suisse est très déséquilibré. La biodiversité a atteint un niveau alarmant, surtout dans les zones agricoles du Plateau central et dans les grandes vallées alpines. Durant le siècle dernier, de nombreux habitats ont vu leur surface réduire de façon drastique. Par exemple, la superficie des zones à haute biodiversité, telles que les prairies sèches ou humides, a diminué de plus de 90%. Dans les Alpes, la biodiversité est encore élevée, mais même là, elle est soumise à une pression croissante, venant de divers facteurs. Étonnamment, la biodiversité peut atteindre un niveau important dans certaines zones urbaines.
De nombreuses espèces qui étaient autrefois communes et répandues en Suisse ont subi de sévères diminutions de leur aire de distribution et de la taille de leurs populations. Ainsi, la population de certaines espèces indigènes a été réduite jusqu’à atteindre l’effectif de seulement quelques individus. Parmi les espèces évaluées par les listes rouges, plus de 250 d'entre elles sont considérées comme éteintes en Suisse.
Les causes actuelles de cette importante diminution de la biodiversité sont diverses. Les principales sont la perte et la dégradation de la qualité des habitats, autant au niveau mondial qu’en Suisse. Le changement climatique, la propagation d’espèces exotiques envahissantes, le tourisme et l’utilisation croissant des ressources affectent aussi la biodiversité, le plus souvent de façon négative. De plus, la fragmentation de l'habitat contribue à la perte de biodiversité. L'expansion des zones de constructions, l'intensification de l'agriculture, la pollution et la surexploitation des ressources en sont responsables.
Depuis les années 1990, la diminution des populations et des surfaces d'habitats ont ralenti pour de nombreuses espèces. Dans certains cas, une évolution positive s’est produite. Ces tendances réjouissantes sont en partie dues aux mesures prises pour préserver et améliorer la biodiversité. Mais ils sont aussi une conséquence du mauvais état de la biodiversité – là où il y a peu, il y a aussi peu à perdre.
L'état de la biodiversité en Suisse est suivi régulièrement à différents niveaux et dans divers habitats. Grâce aux études de monitoring régionales et nationales sur plusieurs années, l’évolution de la biodiversité en Suisse peut ainsi être évaluée.