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Diese Spendenart wird in etwa 20 Prozent der Fälle angewendet. Die Entnahme der Blutstammzellen erfolgt in einem der drei Entnahmezentren Basel, Genf oder Zürich. Bei der Knochenmarkspende wird das Knochenmark mit einer Spritze in mehrfachen Punktionen aus dem Beckenkamm entnommen. Der Eingriff dauert in der Regel 1½ bis 2 Stunden und erfolgt unter Vollnarkose.
Der Spender kann am Folgetag das Spital wieder verlassen. Er sollte jedoch damit rechnen, noch etwa ein bis zwei Tage krankgeschrieben zu sein. Das Knochenmark regeneriert sich innerhalb von vier Wochen vollständig.
"Ich habe die Schmerzen nach der Spende wie Muskelkater in der Kreuzregion empfunden, so als ob man anlässlich eines Umzugs zu viele Kartons herumgeschleppt hätte.“ Titus Sprenger, Knochenmarkspender.