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Nextstrain
Dal mese di marzo sono stati compiuti numerosi sforzi per caratterizzare i genomi della SARS-CoV-2 in circolazione nella Confederazione. Questo ci permette di seguire l’evoluzione e l’epidemiologia della SARS-CoV-2. Qui di seguito mostriamo le cifre relative al monitoraggio delle frequenze delle varianti B.1.1.7 e 501Y.V2 in Svizzera. Inoltre riportiamo l’albero filogenetico che mostra l’evoluzione complessiva di questo virus da marzo.
Varianti di SARS-CoV-2 di rilevanza in Svizzera
Diversi laboratori in Svizzera sono impegnati nella caratterizzazione genomica di campioni di SARS-CoV-2 selezionati casualmente. Tutti i campioni provengono da reperti di persone che hanno contratto l’infezione. L’obiettivo è valutare la frequenza delle nuove varianti B.1.1.7 (identificata la prima volta in Gran Bretagna), B.1.351 (identificata la prima volta in Sud Africa), P.1 (identificata la prima volta in Brasile) e B.1.617 (identificata la prima volta in India). I laboratori effettuano i sequenziamenti dell’intero genoma e comunicano il numero di campioni per variante. Per valutare la frequenza delle varianti utilizziamo poi una ripartizione binomiale e intervalli di confidenza Wilson. Considerata la distanza temporale tra il momento dell’infezione e il prelievo del campione, le valutazioni della frequenza relative a una determinata settimana rispecchiano la situazione epidemica di una/due settimane prima. I dati grezzi sono disponibili su [GISAID]. Per la statistica aggregata, consultare [covSPECTRUM].
Albero filogenetico
Qui di seguito mostriamo l’albero filogenetico dei campioni svizzeri di SARS-CoV-2. Questo albero permette di ispezionare visivamente l’evoluzione e la diffusione epidemica del virus. Per esplorare ulteriormente le sequenze svizzere, si prega di andare su link.
L’albero filogenetico mostra le relazioni di parentela evolutiva dei virus della SARS-CoV-2, sequenziati in Svizzera e altrove nel corso della pandemia di COVID-19. L’obiettivo che ci prefiggiamo è includere il numero massimo di genomi della Svizzera. L’albero filogenetico presenta anche genomi di virus provenienti da altri paesi europei e dal resto del mondo, nell’intento di collocare i virus svizzeri in un contesto internazionale. Tale prospettiva è fondamentale, in quanto consente di comprendere i legami tra i diversi focolai della malattia. Tuttavia, è opportuno osservare che una relazione di parentela diretta all’interno dell’albero filogenetico non implica necessariamente un nesso epidemiologico diretto tra due casi. Il sequenziamento dei genomi del focolaio della malattia è estremamente incompleto ed eterogeneo, e inoltre si profilano mutazioni in media soltanto ogni due settimane. Non è quindi inusuale che trascorrano periodi più lunghi senza mutazioni e solo partendo dall’albero non è possibile presumere quali siano i legami diretti tra casi o la direzione di una trasmissione.
Per avere un quadro relativo all’epidemiologia genomica e per un’interpretazione degli alberi filogenetici è possibile consultare nextstrain.org.
Per facilitare la lettura e l’interpretazione abbiamo elaborato una spiegazione interattiva dei dati svizzeri. Se desiderate esplorare personalmente i dati forniti in modo dettagliato e interattivo potete visitare il sito nextstrain.org.
I dati della Svizzera provengono dai seguenti gruppi:
- Swiss Viollier Sequencing Consortium
- ospedale universitario di Basilea, virologia clinica e microbiologia clinica;
- laboratorio di virologia (ospedale universitario di Ginevra HUG). I campioni provengono da diversi cantoni e sono stati sequenziati con il sistema di sequenziamento HiSeq4000 sulla piattaforma genomica iGE3 dell’Università di Ginevra (diretta da M. Docquier) e analizzati dal laboratorio di virologia dello HUG (Florian Laubscher, Samuel Cordey e Laurent Kaiser);
- istituto per la virologia medica dell’Università di Zurigo. I campioni sono stati messi a disposizione dall’Ospedale universitario di Zurigo, dall’ospedale Triemli di Zurigo e dalla clinica Hirslanden di Zurigo, sequenziati con la tecnologia Illumina e analizzati con il pipeline VirMet specifico per la metagenomica virale (Stefan Schmutz, Maryam Zaheri, Verena Kufner, Gabriela Ziltener, Jürg Böni, Michael Huber, Alexandra Trkola).
Tutti i dati che utilizziamo (svizzeri e internazionali) provengono dalla banca dati GISAID. Ringraziamo i numerosi scienziati a livello mondiale che condividono i genomi del virus e i metadati tramite GISAID, perché senza il loro prezioso contributo il nostro lavoro non sarebbe possibile.