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Im Wilchinger Boden finden sich Spuren von fast jeder Epoche der Urgeschichte. Durch den Talboden führte die römische Militärstrasse von Tenedo (Zurzach) über Juliomagus (Schleitheim) zum Limes, dem starken Schutzwall gegen die Germanen.
Nach der Landnahme durch die Alemannen verflossen Jahrhunderte, bis der Name Wilchingen, die Siedlung des Willico und seiner Sippe, zum erstenmal in einer schriftlichen Urkunde auftaucht. Dies geschah im Zusammenhang mit dem Kloster Rheinau, das im Klettgau Grundbesitz und Vogteirechte besass.
Die Ersterwähnung in der Schenkungsurkunde König Ludwigs des Deutschen vom 20. März 870 an das Kloster Rheinau hat sich als eine Fälschung erwiesen, wie sie damals oft vorkam, doch muss man sich bewusst sein, dass die Siedlungen der Alemannen längst bestanden, ehe ihr Name in einem schriftlichen Zeugnis auftritt. Kaiser Heinrich III. hat den Besitz des Klosters Rheinau in Wilechinga am 11. Juli 1049 bestätigt.
Für lange Zeit sind die weiteren Geschicke der Ortschaft in fast völliges Dunkel gehüllt. Wir erfahren aus Urkunden, dass es einen Dorfadel gab, dessen Sitz unbekannt ist.
Die ersten bekannten Inhaber der Gerichtsrechte waren als Klostervögte von Rheinau die Freiherren von Krenkingen, ein aufstrebendes Adelsgeschlecht, das eine Burg (Weissenburg) unterhalb Weissweil besass. Von ihnen gingen die Befugnisse an die Randenburger über, die bereits in der Stadt Schaffhausen wohnten und dort das Schultheissenamt ausübten. In Wilchingen taucht ein Kelhof auf, dessen Inhaber die Steuern einzog. Der Zehnten blieb beim Kloster Rheinau, das unten im Dorf ein stattliches Ökonomiegebäude errichten liess, auf dem das Wappen heute noch sichtbar ist.
Die entscheidenden Daten in der Wilchinger Dorfgeschichte sind die Jahre 1371/73, als die Vogteirechte durch Kauf ans Spital in Schaffhausen übergingen, an jenes Institut, das wie ein Kloster auf der Landschaft Grundeigentum und Gerichtsbefugnisse besass. Als Richter erschien im Dorf der Spitalpfleger, ein Mitglied des Kleinen Rates. Wilchingen wurde zum Grenzdorf des Kantons Schaffhausen, nicht zu einer deutschen Ortschaft wie die Nachbardörfer Erzingen, Weissweil, Jestetten. Mit der Reformation und wachsendem Staatsbewusstsein zog die Stadt Schaffhausen die Gerichtsrechte direkt an sich. Im Jahre 1656 erwarb Schaffhausen auch die Hohe Gerichtsbarkeit von den Landgrafen im Klettgau und befand sich nun im Besitz der eigentlichen Landeshoheit.
Kirchlich gehört das Dorf zur Pfarrei Erzingen. Das Ziel der Wilchinger und Trasadinger zur Errichtung einer eigenen Pfarrei wurde nach leidenschaftlichen Auseinandersetzungen und Prozessen im Jahre 1515 erreicht.
Der blühende Weinbau mit Exporten in den nahen Schwarzwald und die Erzausbeutung machten die Gemeinde wohlhabend. Da erfolgte der schwere Rückschlag im Wilchinger Handel (1717-1729), als die Wilchinger gegen die Einrichtung einer zweiten, vom Kleinen Rat bewilligten Taverne, durch welche sie an ihrer eigenen geschädigt worden wären, hartnäckigen Widerstand leisteten. Kein Wunder, dass sie in der Revolutionszeit an der Spitze jener standen, welche die Stadtherrschaft beseitigen wollten.
1816 wurde das Schulhaus beim grossen Gewölbe (heute Heimatmuseum) erstellt, um 1845 das neue Schulhaus errichtet. 1863 erfolgte die Einweihung der badischen Eisenbahn. 1893 wurde die moderne Wasserversorgung gemacht. 1843 wurde die der Gerichtsherrschaft Haslach in den Gemeindebann einverleibt, 1868 der Kauf des Schlosses. Es wurde zum Armenhaus umgebaut und brannte am 19. April 1904 ab.
Im 20. Jahrhundert stärkten Meliorationen und Güterzusammenlegungen die wirtschaftlichen Grundlagen, so dass die Gemeinde Wilchingen mit ihrer guten Mischung einer aufgeschlossenen Landwirtschaft mit einem leistungsfähigen Gewerbe zuversichtlich in die Zukunft blicken darf.