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An einigen Orten ist gut erkennbar, an welchen Stellen das Industrie- und Siedlungsabwasser eingeleitet wird. Das ist in Soubey der Fall, wo die Wasserqualität durch die Kläranlage, aber auch durch die Einleitung von Ammonium und Antibiotika aus der nahe gelegenen Fischzucht stark belastet ist.
Zusätzlich beeinträchtigen auch die in der Landwirtschaft eingesetzten Pestizide und Dünger die Gewässerqualität. Neben den Pyrethrinoiden wurden weitere Insektizide im Zusammenhang mit der Holznutzung entdeckt. Diese wurden insbesondere im Bief de Fuesse, einem Nebenfluss des Doubs nachgewiesen, wo die Invertebraten/Wirbellosen verschwunden sind.