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A pesar de que las tensiones confesionales caracterizaran a la Confederación en el siglo XVII, los cantones confederados lograron, a diferencia de las Tres Ligas, mantenerse al margen de la Guerra de los Treinta Años (1618-1648). Fruto de esa experiencia se desarrolló en la segunda mitad del siglo la neutralidad como máxima de la política exterior. La misma formaba parte de una nueva autoconcepción basada en la idea de la soberanía que se extendió paulatinamente después de que el emperador y el Imperio concedieran a la Confederación en la Paz de Westfalia de 1648 la denominada exención (del Tribunal de la Cámara Imperial), que Francia y más tarde también otras potencias interpretaron como expresión de la soberanía internacional de Suiza.
Sin embargo, Suiza no fue un refugio de paz. A mediados del siglo XVII las tensiones sociales y religiosas desembocaron en conflictos armados. En la sangrienta Guerra campesina de 1653 los campesinos sublevados derrotaron a las autoridades urbanas de Berna, Lucerna, Soleura y Basilea, y en la primera Guerra de Villmergen de 1656 los confederados católicos de la Suiza central vencieron a las tropas berneses y zuriquenses. Muchos suizos, sobre todo los de las pobres regiones montañosas, abandonaron su patria superpoblada para entrar como mercenarios al servicio de Francia primero y luego cada vez más de estados protestantes como los Países Bajos, Inglaterra o Prusia. Las acomodadas ciudades reformadas siguieron siendo el destino de refugiados religiosos, como en 1685 para los hugonotes franceses.