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La collaboration bilatérale avec les autorités partenaires s'appuie sur différentes bases. D'une part, le Conseil fédéral peut, en vertu de l'art. 64, al. 5 de la loi sur les produits thérapeutiques, conclure des accords internationaux sur la communication des données confidentielles à des autorités étrangères pour autant que l'exécution de la loi en question l'exige. D'autre part, les dispositifs médicaux, la certification du respect des Bonnes pratiques de fabrication (BPF) pour les médicaments, et la reconnaissance mutuelle des normes des Bonnes pratiques de laboratoire (BPL) en particulier font l'objet d'accords portant sur la reconnaissance mutuelle des évaluations de la conformité (Mutual Recognition Agreements ou MRA en anglais – ARM en français). Ces instruments commerciaux importants et de large portée visent à lever les obstacles techniques au commerce dans des secteurs réglementés par l'État. Ils englobent une multitude de mécanismes qui règlent et simplifient la coopération.