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Hallo
Falls die Nutzung der Liegenschaft überwiegend geschäftlich ist, dann muss sie ins Geschäftsvermögen übertragen werden (Präponderanzmethode). D.h. es besteht in diesem Falle gar kein Wahlrecht. Buchhalterisch erfolgt dies als Privateinlage. Damit gehört meiner Meinung nach auch die Hypothek ins Geschäft.
Die Überführung vom Privat- ins Geschäftsvermögen löst keine Einkommenssteuer aus. Aber falls die Liegenschaft in einem Kanton mit dualistischem System liegt, dann unterliegt der Übertrag der Grundstückgewinnsteuer. Falls die Liegenschaft in einem Kanton mit monistischem System liegt, dann unterliegt dieser Vorgang nicht der Grundstückgewinnsteuer.
Da die Liegenschaft erst vor kurzem (im Jahre 2016) gekauft wurden, kann wohl davon ausgegangen werden (falls ein marktkonformerer Preis bezahlt wurde), dass der Verkehrswert per 01.05.2017 immer noch in etwa dem Kaufpreis entsprechen sollte, womit kein (oder kein grosser) Grundstückgewinn resultierten sollte (bezüglich Grundstückgewinnsteuer in dualistischen Kantonen).
Da es sich bei Liegenschaften immer um wesentliche Beträge handelt, empfehle ich dir auf jeden Fall, vorgängig das geplante Vorgehen (inklusive Bestimmung des Buchwertes) mit der Steuerbehörde abzuklären, um später allfällige Diskussionen zu vermeiden.
Zur Info: Bei einer allenfalls späteren Überführung vom Geschäfts- ins Privatvermögen gelten dann wieder andere Steuertatbestände.
Gruss
Salvatore