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Au 19e jour, le processus notochordal (appelé aussi prolongement céphalique) est constitué par des cellules qui s'invaginent dans la région du noeud primitif et migrent sur la ligne médiane en direction céphalique. Il s'agit d'une invagination «en doigt de gant», visible en transparence sous l'ectoblaste.
Le processus notochordal s'allonge, à son extrémité céphalique, par prolifération des cellules du noeud primitif jusqu'à la plaque préchordale. Au même moment, on observera une régression de la ligne primitive dans sa région caudale.
Vers le 23e jour, alors qu'il est entièrement constitué, le processus notochordal constitué par du chordo-mésoblaste et par un canal axial central fusionne avec l'entoblaste sous-jacent, puis se résorbe ventralement en commençant par la dépression primitive. La cavité amniotique communique alors transitoirement (pendant environ une journée) avec la cavité vitelline au niveau du canal neurentérique. Le tissu chordal est à ce moment en continuité avec l'entoblaste et constitue dès lors la plaque chordale.
Vers les 25e jours, la plaque cordalee va se détacher de l'entoblaste (qui se reconstitue en dessous d'elle) et former un cordon plein, la notochorde. Celle-ci est située au sein du mésoblaste entre l'ectoblaste et l'entoblaste. Si la notochorde est vouée à disparaître elle joue toutefois un rôle primordial dans l'induction de l'ectoblaste sus-jacent qui se différencie en neuro-ectoblaste formant la plaque neurale, ainsi que dans l'induction de la formation des corps vertébraux. En outre, elle sera à l'origine du nucleus pulposus au centre des disques intervertébraux.
En résumé, la notochorde définit l'axe longitudinal primordial de l'embryon en indiquant l'emplacement des futurs corps vertébraux et joue le rôle d'inducteur de l'ectoblaste dans la différenciation de la plaque neurale.