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Le monastère se limitait originellement à un simple cloître au sud de l'église. Ses bâtiments se développèrent aux XIIIe et XIVe siècles pour former un vaste complexe. Le prieuré de Lutry devint l’un des plus importants du canton. L'église, agrandie vers l’Occident, fut divisée en deux parties. Le chœur, propriété du cloître, avait pour patron Saint-Martin. La nef, à disposition de la paroisse, était consacrée à Saint-Clément.
Le cloître et ses dépendances.
Les bâtiments au sud abritaient le cloître et ses galeries, la salle capitulaire, le réfectoire et le dortoir des moines, l'aumônerie, le four à pain, tandis qu'une galerie menait au lac (latrines). A l'est se situait la grande maison du prieur, la tour de Villette et l'hôpital du prieuré, logé dans une maison bourgeoise de la Grand-Rue. L'infirmerie, la communerie et la sacristanie se trouvaient dans l'îlot nord-est.
Une nouvelle construction de style gothique.
En 1344, un terrible incendie ravagea une grande partie du bourg ainsi que l’église. Elle sera reconstruite dans le style gothique de l’époque, avec un chœur en sept pans. Cinq chapelles seront ajoutées à sa nef. Quelques traces de l’église romane primitives restent visibles dans l’architecture actuelle, comme la porte située sous la galerie des orgues, la voûte du porche d’entrée, les étages inférieurs de la tour carrée et deux colonnes encastrées au nord de l’abside.
Une église à deux clochers.
En 1536, la Réforme protestante supprima le prieuré et le cloître. Sous domination bernoise, d'importants travaux eurent lieu, notamment la construction d'un deuxième clocher en 1544, au nord-ouest de l’église, et la réfection complète de la façade ouest avec son portail unique (1570-78). Le premier clocher, dit Clocher des Moines, situé au sud du sanctuaire, sera finalement détruit en 1820 jusqu’à la hauteur de la voûte pour être recouvert d’une toiture.
Une rénovation de trois ans.
Les façades de l'église, entièrement décrépies au début de ce siècle, ont bénéficié d'une restauration en 1986-88. Le recrépissage et le rétablissement des décors peints (encadrements et chaînes d'angles) lui ont rendu son apparence du XVIIIe siècle.
Des singes sur le portail.
Au-dessus du portail, une grande fenêtre est flanquée de deux petits singes de style renaissant (1571). Ils ont probablement été taillés par le maître principal de la reconstruction de l’église, Uli II Bodmer, qui faisait partie entre 1556 et 1562 de l'importante corporation bernoise des métiers de la pierre Zum Affen (littéralement Aux singes). Dès le 16e siècle, cet animal aussi malin que sympathique est devenu l’animal emblème de la ville.