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È stata costituita nel 1999, rispettivamente nel 2000, su mandato del Consiglio di Stato, che ha incaricato il Conservatorio della Svizzera italiana d’istituire 4 corsi di laurea, a livello di Scuola universitaria, a sostituzione dei vecchi corsi di studio riconosciuti dal Canton Ticino già nel 1988, a ridosso del loro riconoscimento da parte della Conferenza dei Direttori dei Conservatori svizzeri.
Il riconoscimento dei corsi di laurea da parte della Conferenza dei direttori della pubblica educazione CDPE è avvenuto nel 2005, l'accreditamento dei Master, questa volta da parte della Confederazione, sei anni più tardi. Pertanto, i titoli della Scuola universitaria di Musica sono riconosciuti a livello sia nazionale sia internazionale.
L'affiliazione alla SUPSI, avvenuta nel 2006, prevede l'integrazione a livello universitario, ma garantisce contemporaneamente l'autonomia a livello amministrativo e gestionale.