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Die Durchflusszytometrie ermöglicht die Charakterisierung von Bakterien mit hohem und niedrigem Gehalt an Nukleinsäuren. Veränderungen in der absoluten und relativen Häufigkeit dieser Bakterienstämme können deshalb für Tests betreffend Mikrobiologie des Trinkwassers genutzt werden.
Vorläufige Daten der Eawag deuten darauf hin, dass mikrobielle Risikofaktoren wie die Antibiotikaresistenz stark mit Bakterien verknüpft sind, die einen hohen Anteil an Nukleinsäure haben. Eine solche Verbindung des Nukleinsäuregehalts der Bakterien mit spezifischen Risikofaktoren würde deshalb den Wert als diagnostisches Instrument für Trinkwasser erhöhen.