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Die Operation ist nicht die Therapie der Wahl. Wegen der problematischen Lage der Tumoren können Operationen das komplexe Schliessmuskelsystem beschädigen. Daraus würde möglicherweise eine Stuhlinkontinenz (ungewollter Stuhlabgang) resultieren.
Für kleine Tumoren wird die Operation deshalb durch eine alleinige Radiotherapie ersetzt. Grössere Tumoren werden in Form einer kombinierten Radio-Chemotherapie behandelt, bei der eine ca. 5-wöchige tägliche Bestrahlungstherapie mit der Verabreichung von Zellgiften (Zytostatika wie 5-FU, Mitomycin, Cisplatin) kombiniert wird.
Die Heilungschance ist bei diesem kombinierten radiochemotherapeutischen Vorgehen sehr hoch. Der volle Therapieeffekt mit Verschwinden des Tumors stellt sich meist zwei bis drei Monate nach der Therapie ein.
Ein radikaloperatives Verfahren (abdominoperineale Rektumamputation) wird nur bei erfolgloser Radiotherapie bzw. Radio-Chemotherapie angewandt.
Selten kommt es beim Analkarzinom zur Fernmetastasierung. In diesen Fällen muss je nach Alter und Gesundheitszustand des Patienten eine Palliativbehandlung mit Chemotherapie (z.B. mit 5-FU und Cisplatin) diskutiert werden.