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Aus allen Trockenwiesen und -weiden, Hoch- und Flachmooren sowie Auen von nationaler Bedeutung wurden rund 800 Biotope ausgewählt. In diesen werden in regelmässigen Abständen von sechs Jahren umfangreiche Vegetationserhebungen durchgeführt. Verschiedene, aus den Daten abgeleitete Indikatoren dienen der Interpretation von Zustand und Entwicklung dieser Biotope sowie der Lebensraumqualität.
Um eine gleichmässige Verteilung von Vegetationstypen on biogeografischen Regionen und entlang von Höhengradienten zu gewährleisten, wurde eine gewichtete Zufallsstichprobe von Biotopen von nationaler Bedeutung ausgewählt. Dabei wurden seltene Vegetationstypen höher gewichtet als häufige. Die Stichprobe umfasst etwa 400 Trockenwiesen- und weiden, 260 Hoch- und Flachmoore und 125 Auen von nationaler Bedeutung.
In diesen rund 800 Biotopen wurden im ersten Erhebungszeitraum von 2011 bis 2017 rund 7000 kreisförmige 10 m2 grosse Dauerflächen angelegt. In diesen Flächen werden im Abstand von sechs Jahren alle Gefässpflanzen erfasst. Darüber hinaus werden in Auen Sträucher und Bäume in einer zweiten 200 m2 grossen Fläche (konzentrisch zur 10 m2 Dauerfläche) aufgenommen. In Hoch- und Flachmooren werden zudem auch bodenbewohnende Moose erfasst. Während der ersten Erhebungsperiode (2011-2017) wurden etwa 500 Vegetationsaufnahmen der Inventarisierung der Trockenwiesen- und weiden (1005-2006; Details siehe Eggenberg et al. 2001) wiederholt (Boch et al. 2019a,b). Zudem wurden in Hoch- und Flachmooren von nationaler Bedeutung Vegetationsaufnahmen des Projekts „Wirkungskontrolle Moorbiotopschutz“ wiederholt (Klaus et al. 2007, Küchler et al. 2018).
Die floristischen Daten werden zudem den nationalen Daten- und Informationszentrum der Schweizer Flora (info flora) und dem Datenzentrum Moose Schweiz (Swiss Bryophytes) übertragen und für andere nationale Projekte, wie die Revision der Roten Listen verwendet. Darüber hinaus stehen Daten auf Anfrage für spezifische Forschungsprojekte zur Verfügung.
Die Verwendung der gleichen Methodik zur Erfassung der Vegetation in allen Biotopen von nationaler Bedeutung ermöglicht den vergleich zwischen Vegetationstypen. Die Daten erlauben es zudem für die ganze Schweiz und die biogeografischen Regionen, Rückschlüsse auf ökologische Veränderungen und deren Ursachen zu ziehen (z.B. Eutrophierung, Intensivierung/Extensivierung, Sukzession). Die in der WBS verwendete Methode entspricht ausserdem der Methodik weiterer Bundesprogramme wie dem Biodiversitätsmonitoring (BDM) und dem Agrarmonitoring (ALL-EMA). Die drei Programme ergänzen sich perfekt. Während das BDM ein zufälliges Bild der „Normallandschaft“ (inkl. Siedlungen) wiedergibt und ALL-EMA ein breites Spektrum an landwirtschaftlich genutzten Flächen mit unterschiedlichen Landnutzungsintensitäten abdeckt, spiegelt die WBS seltene Vegetationstypen mit unterschiedlichen ökologischen Bedingungen in Schutzgebieten wider: von sehr trockenen Steppen in den inneralpinen Trockentälern über trockene bis mesophile Vegetationstypen bis hin zu Feuchtgebieten, Auenwäldern, Hoch- und Flachmooren. dadurch werden breite ökologische Gradienten sowie unterschiedliche Landnutzungsintensitäten in verschiedenen Lebensraumtypen der Schweiz abgedeckt. Dies ermöglicht Syntheseauswertungen zu weitreichenden Fragestellungen von breitem Interesse.