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Im Jahr 1254 wird Müllheim zum ersten Mal in einer Urkunde erwähnt.1275 besass das Dorf sicher schon eine Kirche. Am 5. September 1445 brannten die eidgenössischen Truppen im Rahmen des alten Zürichkrieges das ganze Dorf Müllheim nieder. Nach dem Wiederaufbau der Häuser wurde unsere jetzige Kirche erbaut.
Huldrich Zwingli begann am 1. Januar 1519 in Zürich mit der Auslegung des Matthäusevangeliums. Damit löste er die Reformation aus. Die Bibel wurde als Wort Gottes wieder entdeckt und jeder sollte selber die Bibel lesen können. Die ganze Gemeinde Müllheim schloss sich 1530 der neuen Richtung an und entfernte alle Altäre und Bilder aus der Kirche.
Allmählich liessen sich wieder römisch-katholische Familien in Müllheim nieder. So wurde ab 1607 in Müllheim wieder eine römisch-katholische Messe gefeiert. Von da an diente die Kirche beiden Konfessionen. Sie war paritätisch. 1968 wurde die römisch-katholische Kirche in Müllheim gebaut und das paritätische Verhältnis aufgelöst. Seither gehört die alte Kirche uns Evangelischen allein.
Der berühmteste Pfarrer von Müllheim war » Thomas Bornhauser
. Er war 1851-1856 in Müllheim Pfarrer. Als bekannter Schriftsteller trug er massgeblich zur Befreiung des Thurgaus bei. Sein Grabstein ist an der Südmauer unserer Kirche angebracht.