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Les effets secondaires les plus courants des peuvent être des douleurs au point d’injection, de la fatigue, des maux de tête, des douleurs musculaires, de légers frissons, des douleurs articulaires, des nausées ou des vomissements et de la fièvre. Ils se produisent jusqu’à sept jours après la vaccination, les symptômes étant généralement plus graves après la deuxième dose de vaccin qu’après la première.
Des réactions allergiques dangereuses ne surviennent que très rarement. D’après un rapport du Center for Disease Control and Prevention (CDC) aux États-Unis, en moyenne, une personne sur 100'000 (vaccin Pfizer/Biontech) ou une personne sur 400'000 (vaccin Moderna) avait présenté une réaction allergique dangereuse.