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Der Eisbär gilt als der nächste Verwandte des Braunbären und hat sich erst vor relativ kurzer Zeit, vermutlich im mittleren Pleistozän (ca. 1Mio. Jahre), aus ihm entwickelt. Jüngere Untersuchungen haben sogar gezeigt, dass manche Braunbärpopulationen genetisch näher mit dem Eisbären verwandt sind als mit anderen Braunbären. Nach kladistischen Gesichtspunkten ist der Braunbär somit eine paraphyletische Art und wird als Musterbeispiel verwendet, um das gängige Artkonzept in Frage zu stellen. In traditioneller Sichtweise werden die beiden allerdings als getrennte Arten geführt.
Untermauert wird diese Sichtweise damit, dass Braun- und Eisbären kreuzbar sind und sogar fertile Nachkommen produzieren können. Bis vor kurzem fehlten entsprechende Berichte aus der Natur, im April 2006 erlegte jedoch ein Sportjäger auf der Banksinsel Nordwest-Territorien, Kanada einen vermeintlichen Eisbären. Dessen Fell war nicht richtig weiß oder gelblich, sondern zeigte eher ein sehr helles Braun. Eine DNA-Analyse durch Experten des Umweltministeriums der Nordwest-Territorien ergab, dass es sich bei dem erlegten Tier überraschenderweise um einen Hybriden aus Eisbär und Grizzlybär handelte.
In menschlicher Obhut sind auch Hybride zwischen Braun- und Amerikanischem Schwarzbär gezüchtet worden, die Jungtiere starben jedoch innerhalb weniger Wochen.