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Der Bund ist in den grenzüberschreitenden Gremien, die zur Organisation der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit gegründet wurden, meist als Beobachter oder ständiger Gast durch das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) vertreten. Behandelt werden in erster Linie Themen aus den Zuständigkeitsbereichen der Kantone wie Verkehr, Umweltschutz, Infrastruktur und Katastrophenhilfe.
Basel und Genf: Grenzüberschreitende Metropolregionen
Rund um die Schweiz lassen sich verschiedene Regionen identifizieren, in denen eine unterschiedlich ausgeprägte Zusammenarbeit in grenzüberschreitenden Gremien besteht. Eine langjährige und besonders stark institutionalisierte Zusammenarbeit findet im Raum Basel, Genf und am Bodensee statt. Weiter bestehen grenzüberschreitende Gremien unter anderem für den Jurabogen, die Genferseeregion und die Region des Mont-Blanc sowie zwischen dem Tessin und Norditalien.
Es bestehen aber auch zahlreiche andere Formen der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit wie regelmässige Treffen oder Zusammenarbeitserklärungen von Kantonsregierungen der Grenzkantone mit den Regierungen der benachbarten Regionen. Ausserdem existieren informelle Kontakte, zum Beispiel zwischen Handelskammern beidseits der Grenze sowie zwischen Landwirtschaftskammern, Arbeitgeberverbänden, Gewerkschaften und anderen Organisationen.
Auch die Schweizer Kantone arbeiten im Rahmen von verschiedenen Programmen von Interreg mit Gebieten jenseits der Grenzen zusammen.