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Die endoskopischen Verfahren nutzen als Zugangswege Harnröhre und Harnleiter. Steine im unteren und mittleren Teil des Harnleiters werden unter direkter Sicht mit Hilfe von elektrohydraulischen Sonden zerstört oder mit einem Körbchen eingefangen und entfernt. Für diesen Eingriff benötigt der Patient entweder eine Narkose oder eine Betäubung des Rückens. Die endoskopische Steinentfernung ist invasiver als die Steinzertrümmerung, hat aber im Idealfall den Vorteil, dass der Patient sogleich steinfrei ist. Die Nebenwirkungen der Endoskopie sind ebenfalls gering, der Patient bleibt meist nur kurz im Spital und ist schnell wieder arbeitsfähig. Um den Harnabfluss zu gewährleisten, wird häufig ein Kunststoffröhrchen eingelegt, das später ambulant in Lokalbetäubung mittels Blasenspiegelung wieder entfernt wird.