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Les causes de la diarrhée peuvent être provoqués par :
> Une infection intestinale (la cause la plus fréquente) comme une gastro-entérite (durée en général de 2 à 3 jours). Les gastro-entérites sont en général sans danger sauf pour les (petits) enfants qui risquent une déshydratation : il est dans ce cas conseillé de consulter immédiatement un médecin.
Dans certains pays (Afrique par ex.) une diarrhée peut être une infection plus grave causée par des bactéries comme le choléra, E. Coli, etc. Ces infections durent souvent plusieurs semaines avec une perte importante d'eau et de substances vitales (électrolytes).
On estime qu'environ 70% des cas de diarrhée d'origine infectieuse sont virale et environ 30% bactérienne. Un faible pourcentage peut venir de parasites. Remarquons qu'il existe des différences en fonction des pays et régions du monde.
> La prise de médicaments, comme des antibiotiques (parlez-en à votre pharmacien si vous avez une diarrhée après avoir pris des antibiotiques), peut provoquer une diarrhée. Il est aussi possible que certains excipients (produits entourant la molécule), comme l'acide lactique en particulier présent dans certains médicaments génériques, puissent favoriser la diarrhée.
> Un changement de régime alimentaire brutal. Par exemple dans certains clubs de vacances il arrive que des touristes (par exemple japonais) accusent les cuisiniers de leur donner des plats contaminés, alors que seuls ces touristes sont malades de diarrhées, leur régime végétarien-poisson passant à la viande-charcuterie provoque des diarrhées importantes sans causes infectieuses ni psychologiques. Lors de voyage il faut se méfier et ne pas modifier trop brutalement ses habitudes alimentaires.
> Certains édulcorants comme le sorbitol ou le mannitol.
> Certains aliments, notamment ceux très riches en fibres alimentaires.