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Bäume, die am Rande von Gewässern stehen, fallen nach Stürmen oder nach ihrem Tod häufig ins Wasser. Dort tragen sie wesentlich zur Diversifizierung des aquatischen Biotops bei. Totes Holz im Wasser erhöht nicht nur die Artenvielfalt der wirbellosen Kleintiere im Gewässer, sondern nützt auch den Fischen. In Gewässerabschnitten mit viel Totholz gibt es meistens mehr Fischarten, die zwischen dem Geäst wertvollen "Wohnraum" finden.
Totholz hat weitere positive Effekte: Der sich rasch bildende Überzug aus Algen lockt verschiedene Kleintiere an, die wiederum den Fischen als Nahrung dienen. Ausserdem sorgt das Totholz für unterschiedliche Fliessgeschwindigkeiten im Gewässer. Gerade Jungfische brauchen strömungsberuhigte Bereiche, in denen sie insbesondere bei höheren Wasserständen nicht abgetrieben werden.
Auch andere Gruppen von Lebewesen brauchen das tote Holz im Wasser, wie Agnathus decoratus, ein Käfer, der unter der Rinde von überfluteten Erlen lebt oder Flusskrebse, die in Holzrückständen Unterschlupf suchen.
Verklausungsgefahr
Manchmal werden Bäume in Fliessgewässern aber auch zur Gefahr: wenn sich die Stämme querlegen und von oben kommendem Schwemmmaterial den Weg versperren, staut sich das Treibgut und es entsteht eine sogenannte "Verklausung". Bei Brückenpfeilern ist diese Gefahr besonders gross. Flüsse und Bäche können oberhalb solcher Verklausungen schnell über die Ufer treten. Häufig entsteht grosser Schaden, wenn Verklausungen durch steigenden Wasserdruck plötzlich aufgelöst werden und das Holz in einem Schwall mitsamt den angestauten Wassermassen flussabwärts getrieben wird.
Angesichts dieser Problematik ist es ratsam, den Wasserlauf streckenweise frei von Holz zu halten, um sowohl Umwelt- als auch Sicherheitszielen gerecht zu werden. Auch andere Massnahmen wie der Einbau von Auffangvorrichtungen sind möglich. Neuere Forschungen haben übrigens gezeigt, dass beim starken Hochwasser vom August 2005 nur ein kleiner Teil des Schwemmgutes Totholz war, der Grossteil hingegen frisches Holz.