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Auch am offenen Herzen kann Vorhofflimmern chirurgisch behandelt werden („Cox-Maze Procedure"). Die Vorhöfe werden mittels Schnitten eröffnet und wieder verschlossen, wodurch die Entstehung als auch die Ausbreitung von Vorhofflimmern verhindert wird. Ein entsprechendes Narbenmuster kann heute auch mittels Ablationszange mit Radiofrequenzenergie oder Kälte angebracht werden. Die chirurgische Ablation wird vor allem bei Patienten mit Vorhofflimmern durchgeführt, welche sich einem herzchirurgischen Eingriffen unterziehen. Nach erfolglosen Katheterablationen kann über eine Mini-Thorakotomie ohne Eröffnung des Brustkorbs am offenen Vorhof auch ohne begleitende Operation ein solcher Eingriff durchgeführt werden. Kombiniert wird dieser Eingriff in der Regel mit dem Verschluss des linken Vorhofohrs zur Reduktion des Schlaganfallsrisikos. Der sorgsamen Auswahl der richtigen Patienten durch ein interdisziplinäres Heart Team kommt auch hier grosse Bedeutung zu.
Schematische Darstellung des Operationssitus bei „stand alone“ Vorhofflimmern Ablation.
Die Häufigkeit von Rhythmusstörungen der Kammer nimmt ebenfalls zu – besonders bei Patienten nach Herzinfarkt sowie schwer eingeschränkter Pumpfunktion. Beim Versagen einer medikamentösen Therapie kommt auch hier die Katheterablation zum Einsatz. Bei jungen Patienten ohne strukturelle Herzveränderung findet die Katheterablation zunehmend primär Verwendung. Die Katheterablation von Kammertachykardien wird vorwiegend on endovaskulär („von innen") durchgeführt, kann jedoch auch von epikardial notwendig sein. Hierbei wird der Herzbeutel von aussen unter dem Brustbein angestochen, und die Katheter im Herzbeutel navigiert.