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Stade indifférencié
Au cours de la 3e semaine, la membrane cloacale est étendue et affleure à la base du cordon ombilical. Suite à la formation de la paroi abdominale sous-ombilicale et à la prolifération de mésenchyme en provenance d'origines diverses, la membrane cloacale est repoussée en direction caudale au cours de la 4e semaine.
A l'avant, la membrane cloacale est limitée par un tubercule mésenchymateux proéminent avec un revêtement épithélial: l'ébauche du tubercule génital.
A la fin de la 5e semaine, des renflements de chaque côté de la membrane cloacale se développent et forment les plis cloacaux. Ceux-ci s'unissent à leur extrémité antérieure et sont limités par le tubercule génital.
Au cours de la 7e semaine, le septum uro-rectal (stade 16) partage la membrane cloacale en une membrane urogénitale (ventrale) et une membrane anale (dorsale). A partir de ce moment, le pli cloacal situé face à la membrane urogénitale s'appelle le pli urogénital et la partie voisine de la membrane anale devient le pli anal.
Latéralement par rapport aux plis uro-génitaux apparaît une nouvelle paire de bourrelets, les bourrelets labio-scrotaux.
Comme nous l'avons vu, la membrane urogénitale se rompt dans le courant de la 7e semaine (stade 19) faisant ainsi communiquer le sinus urogénital avec le liquide amniotique.
Il est important de remarquer que l'aspect morphologique des organes génitaux externes est similaire dans les deux sexes jusqu'à la 9e semaine.