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In der Schweiz kommen 57 einheimische Fischarten. Einst waren es 66, neun Arten sind mittlerweile ausgestorben. Von den 57 Arten gelten 35 (61%) als gefährdet. Der Gefährdungsstatus von 8 Arten wurde bis jetzt noch nicht bestimmt.
Die Schweiz ist in Sachen Gewässerschutz vorbildlich: 97% der Schweizer Wohnbevölkerung waren im Jahr 2005 an eine Kläranlage angeschlossen. Viele Gewässer sind so sauber, dass man daraus trinken könnte. Trotzdem sind 61% unserer Fisch- und Krebsarten gefährdet, die Bestände gehen jedes Jahr zurück. Die Berufsfischer sehen ihre Existenz bedroht und fordern nun, die Phosphatwerte in Seen zu erhöhen. Phosphat ist eine lebenswichtige Nahrungsquelle von Kleinstorganismen, diese wiederum dienen den Fischen als Nahrung. Auf politischer Ebene ist eine Motion eingereicht worden mit dem Ziel, dass die Kläranalgen weniger Phosphate zurückzuhalten. Solche Eingriffe sind jedoch sehr umstritten, sie kämen einer vom Menschen betriebenen „Düngung“ der Gewässer gleich.
Im Bezug auf hormonaktive Stoffe muss der Gewässerschutz verbessert werden. Unterhalb von Kläranlagen werden bei Wasserproben oft Hormone wie Östrogene und Xenoöstrogene in erhöhter Konzentration nachgewiesen. Diese Hormone führen bei Fischen zu einer „Verweiblichung“ und somit zu einer Störung der Fortpflanzungsfähigkeit. Wie gross der Einfluss dieser Hormone auf den Rückgang der Fischbestände ist, ist noch unklar.
"Dass der Rückgang diverser Fischpopulationen auf eine verminderte Fruchtbarkeit zurückzuführen ist, die von hormonaktiven Substanzen ausgelöst wird, kann man derzeit nicht ausschliessen."
Etienne Vermeirssen (Ökotoxzentrum)
Die Hauptursachen der Gefährdung der Fischbestände hierzulande sind jedoch der Verlust von geeigneten Laichplätzen und eine Beschränkung der Mobilität der Fische. Die in letzter Zeit vermehrt durchgeführten Renaturierungen von Gewässern sind ein Schritt in die richtige Richtung und müssen noch ausgeweitet werden. Zu viele Flüsse und Bäche wurden in der Vergangenheit begradigt und kanalisiert. Auf diese Weise sind besonders die ökologisch wichtigen Uferbereiche verlorengegangen. Künstliche Hindernisse wie Schleusen, Dämme und Flusskraftwerke beschneiden die Lebensräume vieler Fischarten und hindern sie am natürlichen Wanderverhalten. Häufig werden Fischtreppen installiert, doch längst nicht alle funktionieren auch wirklich. Viele Flüsse leiden zudem an chronischem Wassermangel, da sie zur Stromerzeugung gestaut werden und nur kleine Restwassermengen durchgelassen werden. Bei technischen Problemen der Speicherseen kommt es immer wieder zu grossen Fischsterben, wie dieses Jahr im Fluss Spöl, als zehntausende Fische verendeten.
Zudem bedrohen invasive Arten die hiesigen Fischbestände: Die Schwarzmeergrundeln konnten sich im Rhein in den letzten Jahren massiv vermehren. Sie fressen den Laich einheimischer Fische und bringen damit deren Fortpflanzung in Gefahr. Nur mit geeigneten Gegenmassnahmen kann eine weitere Ausbreitung der Schwarzmeergrundeln verhindert und der Schaden an unseren Ökosystemen minimiert werden.