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Langsam fliessende und tiefe Bereiche der Sitter werden im Sommer gerne als Badegewässer genutzt. Das Wasser der Sitter kann jedoch mit Keimen belastet sein. Untersuchungen an verschiedenen Badestellen ergaben oft eine beeinträchtigte Badewasserqualität. Eine Erkrankung ist vor allem dann möglich, wenn das Flusswasser geschluckt wird, während der blosse Kontakt mit dem Wasser nicht gesundheitsgefährdend ist. Die Ursachen sind vorwiegend auf die Einleitung von gereinigtem Abwasser aus Kläranlagen zurückzuführen. Eine Rolle spielen auch Entlastungen aus der Mischwasserkanalisation bei Starkregenereignissen und Gülleabschwemmungen. Die Situation an der Sitter ist die gleiche wie an zahlreichen anderen Flüssen in der Schweiz mit vergleichbarer Nutzung.
Für die Überprüfung der Badewasserqualität werden die Keimzahlen an E. Coli und an intestinalen Enterokokken gemessen. Beides sind Anzeiger für Fäkalbakterien von Menschen und anderen Warmblütern.
Nach der Gewässerschutzverordnung müssen die hygienischen Voraussetzungen für das Baden nur dort gewährleistet sein, wo das Baden ausdrücklich gestattet ist oder wo üblicherweise eine grosse Anzahl von Personen badet und die Behörde nicht vom Baden abrät. An beliebten Badeplätzen muss daher ein entsprechender Hinweis angebracht werden. Wichtige Informationen liefern auch die kantonalen Medienmitteilungen.
Die Kläranlagen werden trotz umfangreicher Ausbauarbeiten auch künftig kein hygienisch einwandfreies Abwasser in die Sitter oder ihre Zuflüsse einleiten. Eine gesetzliche Grundlage zur Durchsetzung von Hygienisierungsmassnahmen bei der Behandlung des gereinigten Abwassers besteht nicht.