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Bei normalen Wetterverhältnissen liegen die Wasserspiegel von Murten- und Neuenburgersee wenige Millimeter über demjenigen des Bielersees. Das Seewasser fliesst daher aus dem Murten- und dem Neuenburgersee in Richtung Bielersee.
Nach Starkregenfällen im Einzugsgebiet der drei Jurarandseen beginnen die Wasserspiegel in allen drei Seen zu steigen. Je nach Grösse der zusätzlich zufliessenden Wassermassen können die Pegelstände in den drei Seen unterschiedlich stark ansteigen. Die Regulierungsmassnahmen werden auf die jeweiligen Pegelstände in den drei Seen abgestimmt. Als zuätzliches Voraussagelement kommt an wenigen Tagen im Jahr die Prognoseregulierung zur Anwendung.
Der Zufluss der Emme in die Aare hat einen Einfluss auf die Regulierung der Jurarandseen durch das Wehr in Port. Führt die Emme Hochwasser, so wird der Aare-Abfluss aus dem Bielersee entsprechend reduziert.
Die Seeregulierung ermöglicht, Einfluss auf Seestand und Seeausfluss zu nehmen. Bei der Seeregulierung müssen verschiedene Bedürfnisse und Ansprüche von unterschiedlichen Gruppen berücksichtigt werden. Zu hohe oder zu niedrige Wasserstände zeigenunterschiedliche Auswirkungen entlang der Seeufer. Bei zu tiefem Wasserstand werden zum Beispiel grosse Flächen von Naturschutzgebieten entlang der Seeränder trocken gelegt. Die Schifffahrt und die Stromproduktion werden bei tiefem Seepegel u.a. beeinträchtigt. Bei zu hohen Wasserständen würden Infrastrukturanlagen für den Tourismus wie Campingplätze, Uferpromenaden, Schiffsanlegestellen usw. überflutet.
Für die drei Jurarandseen wurden in einem gesellschaftlichen und politischen Prozess Regulierungskoten ausgehandelt und festgelegt. Die Wasserpegel der drei Seen können bei Bedarf zwischen einer Niedrigwasserkote (Niedrigwassergrenze) und einer Hochwasserkote (Hochwassergrenze) reguliert werden.
Der maximale Regulierspielraum beträgt für den Bielersee 1,75 m, für den Neuenburgersee 1,80m und für den Murtensee 2,15 m. In den Sommermonaten, während welchen grosse Wasserzuflüsse als Folge von Starkregenereignissen (u.a. Gewitter) möglich sind, ist der Regulierspielraum rund 50-60% geringer als im Jahresdurchschnitt.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) führt u.a. auch für die drei Jurarandseen separate Gefahrenkarten-Koten. Mit diesen Angaben werden Naturgefahrenkarten erstellt, aus den ersichtlich ist, wie häufig ein Naturereignis statistisch gesehen in einem bestimmten Zeitabschnitt eintreten kann.
Wie für alle anderen Gewässer der Schweiz kommt eine Gefahrenstufenskala mit 5 Stufen für die Warnung der Bevölkerung zur Anwendung.
Die Pegelstände der drei Mittellandseen Bieler-, Murten- und Neuenburgersee liegen in der Regel alle auf etwa 429 m ü.M.
Wenige Zentimeter Pegelunterschied ergeben die Fliessrichtung der die drei Seen verbindenden Gewässer. Mit dem Wehr Port ist lediglich der Abfluss aus dem Bielersee und mit ihm der Wasserstand im Bielersee regulierbar. Die Wasserpegel in den übrigen zwei Seen werden indirekt gesteuert.
Hochwasser-Beispiel: Situation am 23. August 2005
Am 23. August 2005 wurde die Hochwassermarke des Bielersees (430.35 m ü.M.) um 44 cm übertroffen. Durch unverzüglich eingeleitete Regulierungmassnahmen wurde dem Neuenburgersee in den folgenden drei Tagen durch den Zihl-Kanal Wasser zugeführt. Am 26. August 2005 hatten sich die Seepegel der beiden Seen auf einem höheren Niveau als am 16. August 2005 wieder weitgehend angenähert.
Hochwasser-Beispiel: Situation am 9. August 2007
Für die Jurarandseen wurden im Rahmen der zweiten Juragewässerkorrektion die folgenden Hoch- und Niedrigwassergrenzen festgehalten:
Der Kanton Aargau hat dem Kanton Bern die Bewilligung erteilt, nach dem 10. August 2007 die vertraglich vereinbarte Wasserdurchlaufmenge (Murgenthalerbedingung) in Murgenthal AG um 50 m3/s auf 900 m3/s zu erhöhen. Mit dieser Massnahme versuchte man, den randvollen Bielersee vor den nächsten Regenfällen möglichst stark abzusenken.
Die Pegel der Jurarandseen und des Zürichsees werden vorderhand tief gehalten, damit sie das Wasser zurückhalten könnten, falls in den kommenden Wochen Schneeschmelze und gleichzeitig starke Regenfälle zusammentreffen. Diese vorsorgliche Massnahme haben das Bundesamt für Umwelt BAFU gemeinsam mit den betroffenen Kantonen getroffen.
Dieses Jahr liegen - ähnlich wie im Frühling 1999 oder 2009 - grosse Schneemengen am Alpennordhang. Für den Fall, dass in den kommenden Wochen zusätzlich zur Schneeschmelze starke Regenfälle auftreten, müssen die Jurarandseen (Neuenburger-, Bieler- und Murtensee) sowie auch der Zürichsee Speicherkapazitäten haben, um das Wasser aufnehmen zu können.
Auf Antrag der Kantone Bern und Zürich haben das Bundesamt für Umwelt BAFU gemeinsam mit den Kantonen Bern, Zürich, Aargau, Solothurn, Neuenburg, Freiburg und Waadt am 13. März 2012 entschieden, einer Abweichung von den Regulierreglementen zuzustimmen. Das bedeutet, dass man in den kommenden Wochen die Seepegel der Jurarandseen und des Zürichsees weniger rasch ansteigen lässt. Durch diese Massnahme werden auch die Pegelschwankungen in der gegenwärtig für den Fischlaich kritischen Zeit möglichst gering gehalten.
Viel Schnee allein führt nicht zu Hochwassern
Ein Frühlingshochwasser kann entstehen, wenn zu den grossen Schneemengen noch zwei weitere Faktoren dazukommen: längere Wärmeperioden mit einem gleichzeitig starken Anstieg der Nullgradgrenze in den Bergen sowie intensive, lang anhaltende Niederschläge mit hoher Schneefallgrenze. Erst diese Kombination kann zu Hochwasser führen, so wie das auch im Frühling 1999 der Fall war. Der Entscheid, von Regulierreglementen abzuweichen und damit Speicherkapazitäten in den Seen zu schaffen, trägt den Unsicherheiten der mittel- und langfristigen Entwicklung Rechnung. Eine ähnliche Massnahme war auch im April 2009 für die Jurarandseen und den Zürichsee getroffen worden.