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Bei einem Schlaganfall (CVA) wird ein mehr oder weniger grosser Teil des Gehirns nicht mehr mit Sauerstoff versorgt und ganze Populationen von Neuronen sterben ab. Für Menschen, die einen Schlaganfall überleben sind gestörte Funktionen ein echtes Handicap. Die Rehabilitation ist oft sehr schwierig und die Patienten erholen sich nur teilweise. Je nach Lage und Ausdehnung des Schlaganfalls kann ein Patient die Fähigkeit zur Bewegung seiner Extremitäten teilweise oder ganz verloren haben (Plegie oder Spastik), zusätzlich können Sprachausfälle (Aphasie), Wahrnehmungsstörungen in Bezug auf seine Umwelt oder seinen Körper (Neglekt).
Das Gehirn hat eine wichtige Eigenschaft nämlich seine Plastizität, welche die Grundlage von Lernprozessen ist: Plastizität ist die Fähigkeit von Neuronen, neue Verbindungen herzustellen, wenn sie durch eine wiederkehrende Aufgabe gefordert werden, sowie deren Implementierung in einem funktionellen Netzwerk. Diese Eigenschaft wird in der Rehabilitation eingesetzt. Durch das Wiederholen einer Aufgabe werden die beteiligten neuronalen Verbindungen verstärkt. So können verlorenen Funktionen wenigstens teilweise kompensiert werden.
Dieser Prozess findet in Bereichen statt, die neben den durch den Ausfall betroffenen Bereichen liegen. Es ist zu bedenken dass im Gehirn zwei Hälften existieren (Hemisphären), die zusammenarbeiten müssen. Nach einem Schlaganfall ist dieses Gleichgewicht gestört und die gesunde Hemisphäre dämpft tendenziell die betroffene Hemisphäre, was deren Plastizität beschränken kann und letztlich die Rehabilitation gefährdet.
Magnetische Stimulation kann die funktionelle Erholung beschleunigen, indem sie die Aktivität direkt an der verletzten Hemisphäre verbessert oder indem sie die oben erwähne „Bremse“ erzeugt durch die gesunde Hemisphäre deaktiviert. Einige Studien haben gezeigt, dass es besonders nützlich ist, wenn die Förderung des motorischen Kortex vor allem in der akuten Phase erfolgt. Die Praxis hat aber gezeigt, dass dies nicht ungefährlich ist, weil es ein erhöhtes Risiko für epileptische Anfälle gibt durch die Förderung einer noch instabilen Region und dass so auch die Hemmung durch die gesunde Hemisphäre noch länger aufrechterhalten wird.
In der Schweiz haben die Arbeiten im Inselspital in Bern sehr gute Ergebnisse bei der Rehabilitation von Patienten mit Neglekt gezeigt. Mit einem neuartigen Stimulationsprotokoll haben die Forscher im Durchschnitt 37% der Symptome ihrer Patienten verbessert, mit Effekten, welche eine Dauer von bis zu drei Wochen nach dem Ende der Stimulation aufwiesen.
Eine neue verbesserte Post-Schlaganfall-Rehabilitation könnte erreicht werden durch die Kombination von rTMS mit einer peripheren Magnetstimulation. Einige deutsche Zentren verwenden diesen Ansatz und erzielen gute Ergebnisse.