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Bei einer Unverträglichkeit bestimmter Nahrungsmittel (Nahrungsmittelintoleranz) stehen Beschwerden im Verdauungstrakt im Vordergrund. Stunden nach dem Genuss bestimmter Ernährungsbestandteile bekommt das Kind Bauchschmerzen, Durchfall oder Blähungen. Eine Diagnose ist mit einem Atemtest möglich. Allerdings muss das Kind alt genug sein, um richtig pusten zu können. Eine Nahrungsmittelunverträglichkeit ist nicht zu verwechseln mit einer Nahrungsmittelallergie.
Bei der Laktose-Intoleranz wird der Milchzucker (Laktose) nicht ausreichend im Dünndarm aufgenommen und gelangt in den Dickdarm. Weil Laktose dort Wasser anzieht, kommt es zu Durchfall, weil die Dickdarmbakterien vermehrt beim Abbau arbeiten müssen, zu Blähungen und Bauchweh. Besserung gibt es nur, wenn auf normale Milchprodukte verzichtet wird und stattdessen laktosefreie Milchprodukte verzehrt werden.
Eine noch häufigere Ursache für Leibschmerzen bei Kindern ist die Fruktose-Malabsorption, typischerweise nach einer Magen-Darm-Grippe. Dann sollten sämtliche Obstsorten und Honig, aber auch normaler Haushaltszucker (Saccharose) möglichst stark reduziert werden, weil dieser ebenfalls Fruktose enthält. Wenn die Dünndarmschleimhaut sich wieder erholt hat, meist nach wenigen Monaten, kann das Kind wieder unbeschwert Obst essen oder Obstsäfte trinken.
Bei der Zöliakie, einer Unverträglichkeit des Getreidebestandteils Gluten, sind alle Getreideprodukte aus Weizen, Dinkel, Roggen, Gerste und Hafer zu meiden. Problematisch ist hier, dass der Darm durch die ständige Entzündungsreaktion wichtige Nähstoffe wie Eiweiss und Eisen nicht mehr ausreichend aufnehmen kann und als Folge eine Mangelernährung entsteht. Die Diagnose wird mittels Antikörpern im Blut und einer Schleimhautprobe aus dem Dünndarm gestellt.