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Die Stammzelltransplantation besteht aus zwei Abschnitten: die Konditionierung, die Phase, in der das Knochenmark für die neuen Blutstammzellen vorbereitet wird, und die tatsächliche Stammzelltransplantation. Zur Konditionierung erhielt Natalia eine Hochdosis-Chemotherapie, welche die Leukämiezellen und das blutbildende Knochenmark, das durch den Leukämiebefall erkrankt ist, zerstören soll. Die gesunden Spenderzellen sollen genug Raum haben, um sich im Knochenmark einzunisten und dort wieder neues Blut „fabrizieren“ zu können. Ausserdem wird das Immunsystem „lahmgelegt“. Im Normalfall wehrt unser Immunsystem ja „Fremdlinge“ ab, doch jetzt sollen die fremden Zellen gerade nicht abgestossen werden, sondern sich erfolgreich vermehren können. Bei Natalia bestand die Vorbereitung aus der Hochdosis-Chemotherapie sowie einer Ganzkörperbestrahlung (Radiotherapie).