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Die Rekrutierung für die Pilotphase der Schweizer Gesundheitsstudie startete im Februar 2020. Nach einem Corona-bedingten Unterbruch wurde die Studie im Oktober 2020 in den Studienzentren Lausanne und Bern wieder aufgenommen. Ende 2021 geht die Rekrutierung zu Ende. Danach werden verschiedene Analysen und Auswertungen gemacht (z.B. Analyse von Metallen, Glyphosat, PFAS und weiteren Biomarkern in menschlichen Proben, Auswertung der Gesundheitsuntersuchungen), die dann im Zeitraum 2022-2023 veröffentlicht werden sollen.
Gleichzeitig wird dem Bundesrat im Frühjahr 2022 ein Bericht vorgelegt, der eine Bilanz der Pilotphase zieht und die nächsten Schritte in Richtung einer nationalen Kohorte vorzeichnet. Zur Vorbereitung des Berichts werden bis Ende Jahr verschiedene stakeholder befragt: zum Beispiel finden Fokusgruppen mit deutschsprachigen Studienteilnehmern statt, und eine Konsultation der Projektbeteiligten im Dezember 2021.