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Die Flora und somit auch die Vegetation wird hauptsächlich geprägt durch die Höhenlage, den geologischen Untergrund, die Topografie, die klimatischen Bedingungen und die menschliche Nutzung. Ein Grossteil des Gebietes liegt zwischen etwa 1500 und 1800 m ü. M., also in der Nadelwaldstufe mit kühl-feuchten Bedingungen und wasserstauenden Böden aus Flysch. Der Flysch ist muldenförmig eingebettet zwischen den Kalkketten Niederhorn-Hohgant und Harder-Augstmatthorn.
Weite offene Hänge mit artenreichen Davall-Seggenriedern und sauren Braunmoos-Seggensümpfen wechseln sich ab mit Fichtenwäldern, Bergföhrenhochmooren, Zwergstrauchheiden und Magerrasen.
Über der Waldgrenze wachsen vor allem Kalkfelsschuttvegetation und alpine Rasen. Bemerkenswert ist die Vegetation auf dem Hohgantsandstein, einem sauren Gestein mit Arten wie etwa der Krummsegge. Speziell ist auch die Vegetation auf Karst. Hier wachsen fast nur Kalkarten, es sei denn, zwischen dem Kalkfelsen und der Oberfläche bildete sich eine Rohhumusauflage. Dann finden sich kalkstete Arten wie die Silberwurz, und Kalkflieher wie die Besenheide nebeneinander. Den eigentlichen Schatz der Lombachalp bilden die Hochmoore. Sie sind hier in einer Qualität vorhanden, die schweizweit selten ist. Hier wachsen Pflanzen wie der Sonnentau, die im Konkurrenzkampf mit anderen Pflanzen an andern Standorten keine Chance haben.