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L'article 28, alinéa 1, de la loi sur la TVA mentionne les impôts préalables que l'assujetti peut déduire dans le cadre de son activité entrepreneuriale (l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse qui lui a été facturé, l'impôt qu'il a déclaré sur ses acquisitions, etc.).
Il résulte également de l'article 28, alinéa 1, de la loi sur la TVA que l'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des subventions et autres contributions de droit public qu'il a reçues. (L'article 28, alinéa 1, se réfère à l'article 33, lequel se réfère à l'article 18, alinéa 2).
Cette réglementation a pour conséquence pratique de priver l'assujetti d'une partie de la subvention publique qui lui a été accordée au profit du fisc fédéral. En d'autres termes, comme l'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable au seul motif qu'il a reçu une subvention, celle-ci est, de fait, partiellement amputée par le fisc fédéral.
Cette réglementation est très discutable. Les pouvoirs publics accordent des subventions aux fins d'assurer ou de promouvoir la réalisation de tâches particulières, et non pas pour alimenter le fisc fédéral. Or, en privant un assujetti du droit de déduire la totalité de l'impôt préalable au seul motif qu'il a reçu une subvention, la Confédération réduit, de fait, l'impact financier d'une telle subvention. A l'extrême, on peut même considérer que la réglementation fiscale actuelle détourne partiellement la subvention accordée à un assujetti de son but.
Au vu de ce qui précède, le Conseil fédéral ne devrait-il pas envisager de modifier la réglementation fiscale actuelle de manière à ce que l'encaissement d'une subvention cesse d'influer sur le montant de la déduction de l'impôt préalable?