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La storia di Muzzano è conosciuta a partire dal 1189. Tuttavia per tutto il basso medioevo l'odierna frazione di Agnuzzo ("Annancium"), era assai più importante dell'attuale capoluogo comunale.
Nel 819, infatti, l'imperatore carolingio Lodovico il Pio donò a tutto il clero di Como una corte regia il cui centro era il villaggio di Agnuzzo. Essa si estendeva da Cadro a Ponte Tresa. La concessione venne riconfermata in seguito da diversi diplomi imperiali e nel corso del tempo, il suo centro e i numerosi poderi nelle immediate vicinanze passarono in mano al monastero di S. Abbondio.
L'abbazia detenne beni stabili e diritti prediali nel territorio di Agnuzzo e Muzzano fino al 1579. Quell'anno, l'abate commendatario cardinale Tolomeo Galli ne cedette una parte al Comune, ricavandone una somma di 6'120 lire imperiali, mentre l'altra fu venduta a privati, tali Casagrande, ricavandone una somma di 202 lire. Secondo Paul Schäffer, l'unione tra i due Comuni avvenne probabilmente attorno al XIII secolo e fu nel corso dell'età comunale che si costituì la vicinia di Muzzano, organo che continuò ad espletare la sua funzione fino all'avvento della Repubblica elvetica.
A partire dal 1512, anno in cui ebbe inizio la dominazione dei XII cantoni, pur mantenendo una certa autonomia, Muzzano (come l'intera Comunità di Lugano) entrò a far parte del baliaggio di Lugano. Per ciò che concerne quest'epoca, si può almeno accennare a un contrasto sorto nel 1639 tra il borgo di Lugano e il comune di Muzzano circa alcuni diritti di pascolo nel piano di Agno. La dominazione svizzera ebbe termine nel 1798, anno della proclamazione della Repubblica elvetica, "una e indivisibile" e il Comune passò pertanto sotto il controllo amministrativo del Cantone di Lugano.
Il punto focale della sua storia più recente ha origine nel 1803, con la costituzione del comune politico, quando l'Assemblea dei vicini venne sostituita dal Consiglio comunale. In realtà, tale cambiamento fu più di tipo terminologico più che di sostanza. Il patriziato per anni continuò ad espletare attività che in realtà spettavano al comune, arrivando a creare una sorta di apparato politico-amministrativo duale. Ciò dipese dalla difficoltà con la quale il comune politico riuscì ad affermarsi a causa delle resistenze incontrate nella popolazione. Fu solo con la nuova legge prima del 1835 poi del 1857, che le competenze furono definitivamente separate e che il comune patriziale perse le prerogative politiche che aveva continuato ad espletare. Quest'ultimo, però ebbe un ruolo importante nell'assistenza e nell'amministrazione dei beni comuni (boschi, terreni,ecc.) di proprietà dei cittadini residenti nel comune da tempi remoti (i patrizi, per l'appunto).
Nella nuova struttura comunale tutti gli abitanti erano considerati cittadini; insieme alla vicinia, furono soppresse anche circoscrizioni amministrative quali le pievi e le loro assemblee; i consoli furono sostituiti da sindaci, mentre l'assemblea comunale (organo la cui costituzione risale all'Alto Medioevo), fu sostituita dal Consiglio comunale. A Muzzano, i primi documenti concernenti l'organizzazione comunale risalgono alla metà dell'Ottocento, pertanto non si è riusciti a stabilire quali siano stati i suoi primi passi.
La storia più recente di Muzzano ricalca quella della regione del luganese, passando attraverso la modernizzazione avvenuta tra fine Ottocento e inizio Novecento, ravvisabile nell'elettrificazione, nell'opera di bonifica e correzione del fiume Vedeggio, nella costruzione di strade, all'avvento della ferrovia e alla realizzazione di molteplici infrastrutture. Sul suo comprensorio, infatti, passa il tragitto della ferrovia Lugano-Ponte Tresa (fermata Cappella Agnuzzo) e a ridosso dei suoi confini, sorse nel 1938 il campo di aviazione di Agno. Ma anche l'organizzazione del sistema igienico-sanitario ebbe enorme importanza in termini di progresso. Nel 1909 da un'inchiesta svolta dal Cantone a proposito del servizio dell'acqua potabile nei vari comuni per Muzzano risultò che "con Agnuzzo e Mulini di Biogno ed Agra [ne] sono ancora sprovvisti. Gli abitanti di questi paesi, e frazioni, si alimentano con acqua di pozzo. La frazione di Mulini da acque scorrenti a cielo aperto.
La ragione che ostacola Muzzano ad una razionale canalizzazione è la mancanza di sorgenti, la questione economica ad Agra". Seguirono poi gli anni difficili della crisi economica degli anni Venti, l'incertezza e i timori scatenati dal secondo conflitto mondiale, che furono maggiormente visibili dalla popolazione muzzanese, dato che vedeva transitare sul suo comprensorio centinaia di rifugiati internati nel campo che sorgeva ad Agnuzzo. I cattivi ricordi della guerra furono cancellati dal boom economico degli anni Cinquanta, che portò benessere e prosperità alla regione del luganese, dei cui benefici ha potuto godere anche Muzzano. L'acqua potabile nelle case, le nuove infrastrutture, il passaggio dall'economia prettamente agricola all'industrializzazione caratterizzarono quel periodo.
Nei decenni successivi arrivarono l'autostrada e l'aeroporto di Lugano-Agno e l'affermazione di Lugano quale piazza finanziaria, dando nuovo impulso alla regione e producendo ricadute positive su tutti i comuni della Piana del Vedeggio, compreso Muzzano.
Dr. Fabrizio Panzera