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Dies ist/wird eine Anleitung für Eveline, wie die Alveolen in den Acini zu zählen sind.
Die Alveolen werden mit dem STEPanizer gezählt. Um die Alveolen zu zählen, muss die Beta-Version mit aktiviertem Disector verwendet werden (unterer “Start”-Link).
Die DICOM-Bilder, die aus MeVisLab exportiert wurden, werden mit dem Skript in JPG-Bilderstapel exportiert, die mit dem STEPanizer geladen werden können. Das Skript (DICOMReader) exportiert (bei Option Disector=1 auf Zeile 20) die Slices aus den Originaldaten mit definierbarer Disector-Dicke und Slice-Abstand.
Das Skript exportiert für jeden Aufruf alle einzelnen Acini in Unterordner im Originalverzeichnis der Probe, die im Ordnernamen die Details der Parameter enthalten, also z.B.
...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices\ ...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every6slice-DisectorThickness-7.40um-or5slices\ ...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices\
je nachdem, was für Parameter beim Aufruf eingegeben wurden.
Im Gespräch mit Stefan hat sich gezeigt, dass eine DisectorThickness von 3 Slices und eine SliceDistance von 10 Slices gut ist. Ich habe alle extrahierten Acini der Tiere von Tag 60 mit diesen Parametern auf das Laufwerk R geschrieben. Die einzelnen Links sind oben bei Proben-“Standorte” ersichtlich. In diesen Verzeichnissen hat's jeweils pro Acinus einen Unterordner “acinusX”, der nebst dem Verzeichnis voxelsize1.48-every6slice, welches für die Volumenbestimmung der Acini verwendet wurde, ein Verzeicznis voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices, welches die Daten enthält, welche mit den oben beschriebenen Parametern gespeichert wurden.
Im STEPanizer müssen die Bilder geladen werden, die Parameter eingestellt und überprüft werden, und anschliessend kann gezählt werden. Ich habe das immer ensprechend dem Bild rechts und dem Ablauf unten gemacht.
Nach dem auszählen mit dem STEPanzizer wird mit dem Export-Knopf eine .csv-Datei in das Verzeichnis des gerade gezählten Acinus geschrieben. Diese Datei kann einfach durch Doppelklick in Excel geöffnet werden, so dass die gezählten Brücken einfach in eine gesammelte Tabelle exportiert werden können.
Die Volumina der einzelnen Acini sind immer in den Dateinamen der DICOM-Bilder angegeben. So ist z.B. der erste Acinus der Probe 60B, der oben im STEPanizer-Fenster angegeben wurde, mit dem Filenamen
R:\SLS\2010c\R108C60B_B1_mrg\R108C60B_B1_mrg.2948.2948.1024.gvr.acinus1.volume0.30373824.pixelsize0.00148000009357929.dcm
auf der Festplatte gespeichert.
Das heisst,
Die Volumina habe ich in einer XLS-Tabelle zusammengetragen, die auch auf dem U: gespeichert (\\u:\Gruppe_Schittny\doc\David\AcinarVolumes.xls) und in meinem Laborbuch abgelegt ist. Dies Tabelle habe ich mit diesem MATLAB-File erstellt, welches die Filenamen ausliest und in einer Tabelle zusammenträgt, so muss das nicht mehr von Hand gemacht werden. Diese Tabelle enthält alle mit MeVisLab gemessenen Acinus-Volumina von Tag 60.
Mit der untenstehenden Formel wurde aus den Points, die innerhalb der segmentierten Acni gezählt wurden, das Volumen derselben bestimmt. Diese Daten wurden in einem XLS-File zusammengetragen, damit der vergleich zwischen MeVisLab und dem STEPanizer gemacht werden konnte. Dieses XLS-File ist noch auf meinem P-Laufwerk zu finden (AcinusGrössenVergleichSTEPanizer.xls), das es für diese Messung nicht relevant ist, habe ich es nicht aufs U-Laufwerk kopiert.