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De manière générale, lorsqu’un « corps » étranger (bactérie, virus, parasite..) s’introduit ou est introduit dans l’organisme d’un individu, rapidement se met en route un mécanisme de reconnaissance qui détermine que ce corps est bien étranger. Il s’ensuit alors un processus complexe qui vise à neutraliser et éliminer ce corps étranger. …Contre les virus, une première ligne de défense se met en place dans les heures qui suivent l’infection c’est la réponse dite innée qui arrête la plupart des infections (>99%). Au cas où la réponse innée n’est pas suffisante à maîtriser l’infection, il y a apparition de symptômes (maladie), et, dans un délai d’une semaine à 10 jours, la mise en place de la réponse immune dite adaptative qui conduit, entre autres, à la production de protéines particulières, les anticorps. Les anticorps se lient spécifiquement à des protéines virales qui sont vues par la réponse immune comme la « signature » du virus , sa carte d’identité. Cette liaison neutralise le pouvoir infectieux du virus conduisant à sa disparition. De manière intéressante, cette réponse immune contre la première infection est « mise en mémoire », si bien que si une dizaine de jours sont nécessaires pour qu’ils soient produits la première fois, les anticorps spécifiques sont produits rapidement (< 2 jours) et à un taux plus élevé à la deuxième infection par le même virus. Cette réaction rapide est suffisante, en général, pour maîtriser l’infection avant qu’elle ne provoque la maladie.
La vaccination est fondée sur les propriétés de spécificité (reconnaissance de la signature du virus) et de rapidité de la réponse immune adaptative de « deuxième fois ». Il s’agit de présenter une première fois à l’organisme le virus sous une forme « diminuée » (vaccin) qui ne déclenche pas la maladie mais qui néanmoins permet la reconnaissance de la signature virale par la réponse immune adaptative et sa mise en mémoire. L’organisme infecté ensuite par le « vrai » virus (virus sauvage) va réagir rapidement et neutraliser l’infection.
On distingue très schématiquement deux types de vaccins, les vaccins inactivés et les vaccins atténués. Les vaccins inactivés contiennent une préparation virale qui a été traitée de manière à ôter au virus toutes ses fonctionnalités, le virus est biologiquement mort, incapable de faire une infection. Ses protéines toutefois sont encore en état d’être reconnues par la réponse immune, c’est à dire comme protéines d’un virus à la signature particulière. Les vaccins atténués sont composés de virus « diminués ». Toujours capables de se multiplier, ils le font de manière atténuée, à bas bruit, sans développer de symptômes et donc sans provoquer de maladie. Historiquement, l’atténuation des virus a été réalisée en se fondant sur leur capacité d’adaptation formidable. Le virus sauvage a été cultivé des centaines de fois dans des conditions qui ne correspondent pas aux conditions d’infection naturelle (culture de cellules, par exemple, cf. Un virus,ça se multiplie comment?). Ce faisant, le virus a été désadapté à son hôte naturel au point de se multiplier à bas bruit lorsqu’il est administré comme vaccin. Dans ce cas également, l’atténuation du virus ne doit pas avoir changé sa signature.