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Le tensioni confessionali segnarono la Svizzera nel XVII secolo. Tuttavia, diversamente dalle Tre Leghe, i Cantoni confederati riuscirono a tenersi fuori dalla Guerra dei Trent’Anni
(1618-48). In seguito a questa esperienza, nella seconda metà del secolo si sviluppò la massima della politica estera della neutralità. Essa era parte di una nuova consapevolezza radicata nel pensiero sovrano che si diffuse gradualmente da quando l’imperatore e il Reich concessero alla Confederazione la cosiddetta «esenzione» (dalla Corte della Camera Imperiale) nel Trattato di Vestfalia del 1648. Dalla Francia e in seguito anche da altre potenze la concessione fu interpretata come sovranità di diritto internazionale.
La Svizzera non era però un rifugio di pace. A metà del XVII secolo le tensioni sociali e religiose sfociarono in conflitti armati. Durante la sanguinosa Guerra dei contadini del 1653, gli insorti delle campagne furono sopraffatti dalle autorità cittadine di Berna, Lucerna, Soletta e Basilea. Nella Prima Guerra di Villmergen del 1656 le truppe bernesi e zurighesi furono sconfitte dai cattolici della Svizzera centrale. Molti svizzeri provenienti soprattutto dalle regioni povere di montagna lasciarono la loro patria sovrappopolata per servire, in qualità di mercenari, la Francia e successivamente anche potenze protestanti, come l’Olanda, l’Inghilterra o la Prussia. Le città riformate benestanti rimasero una meta per i rifugiati per motivi religiosi, ad esempio gli Ugonotti scacciati dalla Francia nel 1685.