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Dal 2014. Isabel Günther è professoressa di economia dello sviluppo e direttrice del NADEL, Centro per lo sviluppo e la cooperazione del Politecnico federale di Zurigo (ETH).
Dal 2008 al 2014 è stata assistente universitaria in economia dello sviluppo presso l'ETH. In precedenza, per tre anni è stata ricercatrice presso la facoltà di economia dell'Università di Gottinga e per un anno presso la Harvard School of Public Health. I suoi studi si sono concentrati principalmente sulla microeconomia empirica, con particolare attenzione alla misurazione della povertà e della disuguaglianza, sull'economia delle popolazioni, sulle tecnologie e sulle politiche di riduzione della povertà, nonché sull'efficacia degli aiuti allo sviluppo. Isabel Günther ha condotto la maggior parte delle sue ricerche in Benin, Burkina Faso, Etiopia, Kenya, Uganda e Sudafrica.