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Mais, malgré la force bernoise représentée par les baillis, le Pays de Vaud et surtout Lausanne comptait des familles nobles qui regrettaient la maison de Savoie et la religion catholique romaine. Les sentiments de ces nobles étaient connus en Savoie et le duc crut pouvoir les mettre à profit pour reconquérir le Pays de Vaud.
Emmanuel réunit huit mille hommes et une flotille à Ripaille pour se jeter sur la rive vaudoise. Ce projet avorta à cause d’une tempête sur le lac. Berne, assisté des cantons protestants de Glaris, Bâle et Schaffhouse, averti de ce projet d’invasion, leva des troupes et une armée de douze mille hommes attaquaient, en 1589, la Savoie et s’emparait des châteaux Baleison et d’Yvoire, mettant le siège devant Ripaille qui fut prise, rasée et sa flottille brûlée.
Le duc de Savoie, cependant, ne pouvait se résoudre à renoncer à Genève. Il fit dans la nuit du 11 au 12 décembre 1602 une nouvelle tentative connue sous le nom d’Escalade. Cette tentative avorta. Cinq cents vaudois accoururent au secours de la cité menacée. En 1603, grâce à l’intervention des cantons réformés et de la France, l’indépendance de Genève fut reconnue par le traité de Saint-Julien.