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Der Pfäffikersee ist ein flacher, von Gletschern geformter See des Voralpengebietes. Seine maximale Tiefe beträgt ca. 35 Meter, die mittlere Tiefe rund 18,5 Meter. Die Uferzonen verlaufen meist flach. Der Pfäffikersee besitzt einen der dichtesten Schilfgürtel der Schweizer Seen. In seinen Buchten wachsen zum Teil Seerosen.
Das der Pfäffikersee schon seit Urzeiten ein fischreiches Gewässer ist, wurde mit den Ausgrabungen der jungsteinzeitlichen Pfahlbauten durch den berühmten Robenhausener Jakob Messikommer Mitte des 19. Jahrhunderts nur bestätigt. Er fand auch Reste von Fischschuppen im Torfmoor, woraus er auf den Fischbestand des Pfäffikersees zu Urzeiten schliessen konnte. Unter anderem fanden sich Schuppen von Lachsen, Bachsaiblingen, Trüschen, Karpfen, Döbel (Alet), Nasen, und Hechten. Exponate von Messikommers Grabungen lassen sich im Heimatmuseum in Pfäffikon besichtigen. Das Museum ist direkt am Pfäffiker Seequai gelegen.
Als Folge der Wasserverschmutzung, die in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts einsetzte, hat sich der ursprüngliche Fischbestand in der Art- und Individuenzahl stark verändert.
Der heutige Fischbestand setzt sich vor allem aus Karpfenartigen Fischen zusammen (Karpfen, Schleie, Brasse (Brachsmen), Rotauge, Rotfeder, Gründling). Die Felche ist der einzige forellenartige Fisch, der im Pfäffikersee weit verbreitet ist. Sehr verbreitet ist auch der Hecht. Fänge von Hechten über einem Meter sind keine Seltenheit. Der Hechtbestand wird durch gezielte Besatzmassnahmen des Fischervereins seit 1945 verbessert. Der Bestand an Flussbarschen (Egli) ist ebenfalls gut. Vereinzelt beherbergt der Pfäffikersee Aale, Welse (letzter Fang 2003) und Seeforellen (letzter Fang 2005). Daneben existieren auch eingesetzte Fischarten wie Goldfisch, Sonnenbarsch und Kaulbarsch sowie Bachforellen, die sich in den Mündungsgebieten der Zuflüsse aufhalten.
Die Fischerei wird vor allem von den Uferstegen aus auf Karpfenartige Fische ausgeübt sowie vom Boot aus auf Hechte und Felchen. Seit der Änderung der Fischereiverordnung im Januar 2005 kann mit dem Patent vom Ufer aus auch mit der Hegene auf Felchen gefischt werden.
Am Pfäffikersee gilt vom Ufer aus das Freiangelrecht. Näheres zu den Fischereivorschriften erfahren sie hier.