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Darüber hinaus kann aber auch in verschiedenen Situationen die Abklärung eines Mangels an Mikronährstoffen sinnvoll sein.
Der Körper bedarf solcher für ein gesundes und reibungsloses Funktionieren aller Organe über vierzig solcher Mikronährstoffe. Die meisten davon, wie Vitamine, Mineralstoffe, Spurenelemente, Fette und Aminosäuren sind essenzielle Stoffe. Das bedeutet, dass der Körper diese Mikronährstoffe nicht selber produzieren kann, weshalb sie regelmässig über die Nahrung zugeführt werden müssen. Mikronährstoffe sind für zahlreiche Funktionen im Körper grundlegende Vorraussetzung, ausserdem beeinflussen sie wesentlich immunologische und anti-inflammatorische Prozesse. Ziel der orthomolekularen Medizin ist es, den Organismus mit körpereigenen, bioidentischen Substanzen in optimaler Dosierung zu versorgen.
Somit soll das Erkrankungsrisiko gemindert werden, die klassische Schulmedizin ist hingegen auf die Behandlung von bereits Erkrankten ausgerichtet. Dabei ersetzt die orthomolekulare Medizin sicherlich nicht die Schulmedizin, aber kann als sinnvolle Prävention eingesetzt werden, wie auch komplementärmedizinische Massnahme.