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Quelques 800 sites ont été sélectionnés parmi tous les objets recensés dans les inventaires des prairies et pâturages secs, des hauts- et bas-marais ainsi que des zones alluviales d'importance nationale. Des relevés de végétation minutieux y sont réalisés tous les six ans. Différents indicateurs calculés à partir des données récoltées permettent d'évaluer l'état et l'évolution de ces biotopes.
Dans chaque type de biotopes d'importance nationale, un certain nombre d’objets a été sélectionné de sorte que les types de végétation soient uniformément représentés dans chaque région biogéographique et à toutes les classes d'altitude. Les types de végétation rares ont reçu une plus grande probabilité de figurer dans l’échantillon que les plus fréquents (échantillon aléatoire pondéré). L'échantillon WBS contient aujourd'hui quelques 400 prairies et pâturages secs, 260 hauts- et bas-marais et 125 zones alluviales d'importance nationale.
Pendant la première période de relevés (2011-2017), environ 7'000 placettes circulaires permanentes de 10 m2 ont été placées dans ces objets. Tous les six ans, toutes les plantes vasculaires et leur recouvrement y sont notées. Dans les zones alluviales, les arbres et arbustes sont par ailleurs indiqués sur une surface supplémentaire de 200 m2, concentrique à la placette de 10 m2. Dans les marais, les mousses du sol sont également relevées.
Les données de végétation ainsi rassemblées permettent de tirer les conclusions les plus variées sur les changements écologiques et leur origine (comme l’eutrophisation, l’intensification/l'extensification, les successions) pour chaque biotope au niveau national et de chaque région biogéographique. Une méthode identique à celle du WBS est employée par d'autres programmes de la Confédération comme le monitoring de la biodiversité (MBD) et le monitoring Espèces et milieux agricoles (ALL-EMA). Les trois programmes se complètent parfaitement. Alors que le MBD se penche sur "le paysage courant" (y compris les zones d'habitation) et qu'ALL-EMA couvre un vaste spectre de surfaces agricoles avec des exploitations variées, le WBS se concentre sur les types de végétation rares des zones protégées ayant des conditions écologiques variables: des steppes arides des vallées intra-alpines aux zones humides telles que les forêts alluviales ou les bas-marais et tourbières, en passant par les types de végétation sèche à mésophile. Les trois programmes couvrent ensemble d'importants gradients écologiques et étudient des intensités d'exploitation variées de différents types d'habitats de Suisse. Ceci permet des synthèses répondant à des questions larges et diverses, d'intérêt scientifique comme pratique.
Les données floristiques du WBS sont transférées à Info Flora (Centre national de données et d‘informations sur la flore de Suisse) et à Swissbryophytes (Centre national de données et d‘informations sur les bryophytes de Suisse). Elles sont ainsi à la disposition d'autres projets nationaux tels la révision des Listes Rouges. Les cantons ont accès aux données WBS via le centre virtuel de données VDC. Pour des projets scientifiques concrets, le WSL les transmet également sur simple demande.