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Les objectifs du PNR 49 sont d'établir des stratégies scientifiques et de nouvelles méthodologies pouvant être appliquées à un système prospectif de surveillance de la résistance et d'obtenir une vision représentative de la résistance actuelle en Suisse dans tous les secteurs concernés (populations humaines et animales, élevage, denrées alimentaires, environnement, etc.). Le but est de déterminer l'étendue de la mobilité des bactéries résistantes ou des gènes de résistance et d'estimer le risque pour la thérapie médicale. Les conséquences sociales, légales, éthiques et économiques de la résistance aux antibiotiques et celles dérivant d'un éventuel changement de la réglementation de leur utilisation devront également faire l'objet d'études.
Pour pouvoir accomplir ce programme pluridisciplinaire, un montant de 12 millions de francs pour une période de 5 ans est à disposition.