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Il faut relever que des agents de maladies, connus ou encore inconnus, peuvent se transmettre à l’homme lors de greffes d’organes d’animaux sur des humains. On cite en exemple des virus de singes ou de porcs qui peuvent provoquer chez l’homme des infections à issue fatale.
Les animaux destinés aux transplantations sont détenus dans un environnement sans microbes pathogènes (SPF) ; ces conditions de détention rendent impossible la vie normale et naturelle pour ces animaux. De plus, les manipulations génétiques auxquelles sont soumis ces animaux engendrent chez eux des modifications qui provoquent des douleurs souvent non mesurables. Un grand nombre d’animaux, chez lesquels les manipulations génétiques n’ont pas réussi sont éliminés comme animaux de rebut.
La xénotransplantation est, comparativement à une transplantation courante (allogreffe), liée à des problèmes et des risques particulièrement élevés. Ainsi, la réaction de rejet est souvent très violente, et il existe un risque d'infections pouvant conduire à l'apparition de maladies d'un nouveau genre. Les chances de réussite de la xénotransplantation doivent conduire à la seule issue raisonnable : la Protection des animaux estime que la demande d’organes pour les transplantations doivent s’adresser aux humains et non aux animaux.