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Les endocardites à hémocultures négatives (EHN) représentent environ 5% de toutes les endocardites. Leur diagnostic et le début du traitement peuvent être retardés, avec des conséquences néfastes sur le pronostic. La cause principale d'EHN est l'antibiothérapie introduite avant le prélèvement des hémocultures. Les autres causes fréquentes comprennent les germes fastidieux, à croissance lente, et les micro-organismes non cultivables. L'identification d'un agent étiologique est cruciale dans la prise en charge des EHN ; les techniques moléculaires développées récemment, telles que l'amplification par PCR à large spectre du gène de l'ARNr 16S suivi du séquençage direct, ainsi que la PCR spécifique à un pathogène semblent prometteuses. Certains auteurs ont proposé d'inclure ces techniques parmi les critères majeurs de Duke pour le diagnostic de l'endocardite infectieuse.