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À l'époque romaine, un certain Quartinius, ou Quartiniacus, aurait laissé son nom au village. Cependant, la première mention de Cartigny n'apparaît qu'en 1220 dans un document par lequel les comtes de Genève donnaient au prieur de Saint-Victor le pouvoir de défendre la Champagne contre les troupes savoyennes.
Au XVIIIe siècle, le duc de Savoie reconnaît la pleine souveraineté de Genève sur Cartigny et certains villages voisins. En même temps que Genève, Cartigny est devenue une communauté suisse en 1815.
Cartigny est encore très façonnée par son passé aujourd'hui, même si les habitants continuent les activités du passé, à savoir l'agriculture et l'artisanat. Mais le village a réussi à garder son caractère. Plusieurs de ses maisons, rénovées avec goût, ont conservé leur caractère d'origine.