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Nel caso in cui il 28 febbraio 2016 l'iniziativa per l'attuazione venisse approvata, le conseguenze per la formazione e la ricerca svizzera sarebbero drammatiche. La Svizzera violerebbe obblighi riguardanti il diritto internazionale e contravverrebbe all'accordo di libera circolazione. Le già difficili trattative con l'UE riguardo agli accordi sulla ricerca sono già state influenzate negativamente in modo considerevole da questo. Nel peggiore dei casi, l'UE potrebbe sciogliere tutti gli accordi con la cosiddetta clausola ghigliottina, compreso l'accordo sulla collaborazione scientifica e tecnologica.
Se entro la fine del 2016 la Svizzera non trova un accordo con l'UE, sarà esclusa definitivamente dagli accordi europei sulla formazione e sulla ricerca. Le conseguenze economiche sarebbero radicali. Infatti, oggi vi sono più finanziamenti per la ricerca che dall'Europa passano alla Svizzera, che viceversa. Secondo le relazioni più recenti della Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione, tra il 2007 e il 2013 la Svizzera ha versato sul conto dell'UE un totale di 2’263 milioni di franchi. In cambio ha ricevuto dall'UE 2’482 milioni di franchi. Di questi, il 39% va ai politecnici federali, il 28% alle università, il 3% alle scuole universitarie professionali e il 22% alle aziende.
Nel loro manifesto "Per una Svizzera al centro del panorama europeo della formazione e della ricerca", le scuole universitarie esprimono le proprie preoccupazioni riguardo al futuro della posizione della Svizzera. Le condizioni della formazione e della ricerca in Svizzera devono essere salvaguardate urgentemente. Se la Svizzera vuole continuare ad eccellere tra i migliori, deve poter continuare a confrontarsi con i migliori al mondo anche nei campi della formazione e della ricerca.