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Beim Magenbypass wird der Magen wenige Zentimeter unterhalb des Mageneingangs abgetrennt. Es verbleibt ein künstlich miniaturisierter Restmagen, der „Magenpouch" , der ca. 15 ml gross ist und als Bremse für die zugeführte Nahrung dient. Dazu wird der Dünndarm durchtrennt. Das eine Ende des Darmes wird an den kleinen Restmagen angeschlossen (anastomosiert) und das andere so umgeleitet, dass die Nahrung und Verdauungssäfte erst im mittleren Dünndarm sich vermischen. Somit kann erst hier die Verdauung beginnen. Die Folge ist, dass nur ein Teil der Nahrungsbestandteile aufgenommen („resorbiert″) werden. Der Magenbypass hat somit zwei Effekte: einerseits eine Restriktion durch die Limitierung der Nahrungsmenge und anderseits eine Malabsorption durch die herabgesetzte Aufnahme der Nährstoffe aus dem Darm.
Der Spitalaufenthalt dauert 3-5 Tage.