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Stefan Sonderegger wurde 1961 zum ausserordentlichen, 1964 zum ordentlichen Professor für Germanische Philologie am Deutschen Seminar berufen und lehrte bis zu seiner 1994 erfolgten Emeritierung. 1980 –1982 wirkte er als Dekan der Philosophischen Fakultät I, 1973 –1984 als Forschungsrat des Schweizerischen Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung.
Die Forschungs- und Lehrtätigkeit Stefan Sondereggers, der in Zürich, Uppsala, Kiel und Leiden studiert hatte, war einem breiten Verständnis des Fachs verpflichtet, unter Einbeziehung der germanischen Nachbarsprachen. Im Zentrum seiner Forschungen lag aber stets die deutsche Sprachgeschichte.
Unter seinen Publikationen sind etliche Grundlagenwerke und Pionierarbeiten. Insbesondere zur Erforschung des Althochdeutschen hat Stefan Sonderegger durch seine zahlreichen Arbeiten über die Sprache Notkers Des Deutschen von St. Gallen Massgebliches und Grundlegendes beigetragen.
Bis zuletzt hat er an der Vorbereitung einer weiteren Publikation zu diesem von ihm hoch geschätzten Autor gearbeitet. Die Begeisterung für diese Forschung hat er in zahlreichen Vorträgen seinem Publikum vermittelt. Seine nicht selten auch in der Sprache Notkers gehaltenen Reden sind im Schüler- und Kollegenkreis unvergesslich.
Daneben galt Stefan Sondereggers besonderes Interesse seit seiner Dissertation der Erforschung der Orts- und Flurnamen des Landes Appenzell, die 2013 mit dem Erscheinen des dreibändigen Appenzeller Namenbuchs seinen Abschluss fand. Lange Jahre hat er auch die Erforschung der Ortsnamen des Kantons Zürich befördert. Von der internationalen Anerkennung, die Stefan Sonderegger zu teil wurde, zeugen der Brüder-Grimm-Preis der Universität Marburg, die Ehrendoktorwürde der Universitäten Dublin und Uppsala sowie die Ernennung zum Officier in de Orde van Oranje-Nassau durch die Königin der Niederlande.
Als begeisternder und fordernder akademischer Lehrer wurde er von den Studierenden sehr geschätzt.