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Die Fischfauna eines Sees ist nicht einfach zu erfassen. Kenntnisse beruhten bislang auf die Fänge von Berufs- und Angelfischern. Da diese jedoch gezielt bestimmte Fischarten und Grössenklassen fischen, bilden sie nicht die tatsächliche Zusammensetzung der Fischarten ab. Im September 2018 wurde deshalb der Fischbestand des Alpnachersees im Auftrag der Kantone Nid- und Obwalden untersucht. Mit unterschiedlichen Netzen sowie mithilfe von Elektrofischerei erfolgte die Untersuchung in verschiedenen Tiefen. Die Ergebnisse der Studie „Projet Lac Alpnachersee“ bringen dabei Interessantes zum Vorschein: Insgesamt 23 Fischarten wurden gezählt, wobei das Egli, also der Flussbarsch, dominiert. Bemerkenswert ist, dass sich die Fischfauna im Alpnachersee stark von jener im Vierwaldstättersee unterscheidet.
Die meisten Fische wurden in Ufernähe zwischen Null und 12 Metern Tiefe festgestellt. Im maximal 35 Meter tiefen Alpnachersee wurden unter 25 Metern keine Fische gefangen. Grund dafür ist ein Sauerstoffdefizit im tiefen Wasser. Zudem sind die Seeufer teils stark verbaut – das schränkt den Lebensraum der Fische weiter ein. Insgesamt, so das Ergebnis der Untersuchung, kann die Fischartenzusammensetzung gegenüber dem Naturzustand zwar leicht beeinträchtigt, jedoch als relativ naturnah bezeichnet werden. Und: Für die Fischerei bietet der Alpnachersee gute Bedingungen.