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Les coûts exigés par la réalisation d'un dépôt de déchets faiblement et moyennement radioactifs s'élèvent à environ 2,8 milliards de francs, et à quelque 5,9 milliards de francs pour un dépôt de déchets hautement radioactifs (y compris le conditionnement des éléments de combustible usés et des déchets hautement radioactifs).
Les producteurs de déchets radioactifs ont l'obligation de prendre en charge les coûts engendrés par la gestion de ces déchets (principe de causalité). Les déchets provenant de l'exploitation de l'énergie nucléaire relèvent de la responsabilité des exploitants des centrales nucléaires, tandis que la Confédération répond des déchets issus de la médecine, de l'industrie et de la recherche.