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1587
En avril, cinquante ans après les débuts de la Schola Lausannensis, on inaugure l'édifice de l'Académie, qui se présente alors tel qu'on peut le voir sur le Plan Buttet (1638), première représentation précise de la Ville de Lausanne.
1570
Le gouvernement de Berne remplace rapidement les professeurs démissionnaires qui ont fondé la Schola Genevensis par des enseignants bernois et français.
1559
La Haute Ecole subit sa première crise grave. Pour des raisons à la fois théologiques et politiques, Pierre Viret, l'un des pasteurs de Lausanne, qui est la cheville-ouvrière de l'institution, et ses collègues s'opposent au gouvernement de Berne. Viret est destitué, ses collègues quittent Lausanne.
1558
Le nombre d'étudiants atteint environ 700. Théodore de Bèze donne sa démission et se retire à Genève auprès de Calvin. Les théologiens de Lausanne, proches de la doctrine calviniste, entrent en conflit avec les souverains bernois, adeptes de Zwingli.
1552
Théodore de Bèze est nommé recteur. La Haute Ecole de Lausanne jouit d'une immense notoriété à cette époque, étant par ailleurs la seule école de théologie protestante de langue française.
1547
Leges Scholae Lausannensis: premier règlement de la Haute Ecole qui codifie les ordonnances partielles ou provisoires données jusque-là. En plus des 7 classes progressives du collège latin, 4 chaires constituent la Haute Ecole: théologie, arts libéraux, philologie grecque et philologie hébraïque.
1537
L'Université de Lausanne est issue de la Schola Lausannensis fondée par les autorités bernoises au lendemain de la conquête du Pays de Vaud. Composée d'un collège de six classes et d'une chaire de théologie, elle avait pour but la formation de pasteurs du pays et l'instruction de la jeunesse.