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Der Vergleich von Luftbildern, die zu verschiedenen Zeitpunkten aufgenommen wurden, ist ein kostengünstiger Weg, um Landschaftsveränderungen zu erkennen. Im Modul Fernerkundung werden deshalb Veränderungen in allen rund 7000 Biotopen von nationaler Bedeutung anhand von Luftbildern untersucht. Ein Früherkennungssystem gibt Bund und Kantonen die Möglichkeit positive und negative Veränderungen zu erkennen und allenfalls Massnahmen einzuleiten.
Es werden Luftbilder aus der Zeit der Inventarisierung der Biotope von nationaler Bedeutung in den 1980er und 1990er Jahren (Schwarz-Weiss-Stereoluftbilder) mit heutigen (Farbinfrarot-Stereoluftbilder) verglichen.
Die Interpretation der Veränderungen erfolgt manuell am 3D-Bildschirm. Die Daten quantifizieren sowohl negative Prozesse wie Verbuschung durch Nutzungsaufgabe als auch positive Entwicklungen etwa nach erfolgten Naturschutzmassnahmen.
Um Veränderungen mittels Luftbildern räumlich genau auswerten zu können, wird bei Trockenwiesen- und weiden, Hoch- und Flachmooren, Amphibienlaichgebieten und den alpinen Auen ein Raster mit einer maschenweite von 50m x 50m über jedes Biotop gelegt. Innerhalb dieser Rasterzellen werden einfache Indikatoren wie die prozentuale Bedeckung von Gehölzen und das Vorkommen von Infrastrukturen wie Strassen und Gebäude visuell geschätzt. Bei Fluss- und Seeauen sowie Deltas von nationaler Bedeutung werden hingegen Formationen wie vegetationsfreie Kiesbänke oder unterschiedliche Auenwaldtypen erfasst. Die Untersuchungen werden alle sechs Jahre wiederholt.
Über das Virtuelle Datenzentrum (VDC) haben die kantonalen Stellen Zugriff auf die Daten der Luftbildinterpretation und auf das Früherkennungssystem.