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Forschungsprojekte
Entzündungen / Immunologie
Die Erkennung von Glykolipiden durch Natürliche Killer T Zellen
Gruppe Freigang Natural Killer T (NKT) Zellen sind CD1d-restringierte T Zellen mit starken immun-regulatorischen Funktionen, welche körpereigene und mikrobielle Glykolipide erkennen. Obwohl die Wirksamkeit von NKT-Zellagonisten derzeit in der Immuntherapie von Infektionskrankheiten und Krebs untersucht wird, sind die Mechanismen, welche die CD1d-Antigenpräsentation und die Aktivierung der NKT Zellen in vivo regulieren, nur unvollständig verstanden. Dieses Projekt charakterisiert Mechanismen, über die die CD1d-Antigenpräsentation mit dem Lipidstoffwechsel verknüpft sind, und untersucht essentielle Effektorfunktionen der NKT-Zellen im Rahmen von mikrobiellen Infektionen.
Molekulare Mechanismen der lipid-induzierten Entzündungsreaktion
Gruppe Freigang Herz-Kreislauf-Erkrankungen, insbesondere Arteriosklerose-bedingte Erkrankungen, sind nach wie vor die häufigste Todesursache weltweit. Während erste klinische Studien die positiven Auswirkungen entzündungshemmender Therapien bei CVD-Patienten aufzeigten, ist ein besseres Verständnis der molekularen Mechanismen der vaskulären Entzündung entscheidend für die Entwicklung effektiverer Behandlungsstrategien. Jüngste Fortschritte auf dem Gebiet des Immunometabolismus haben großes Interesse an der Identifizierung von Stoffwechselwegen geweckt, die die Makrophagenfunktion in der Atherosklerose beeinflussen. In diesem Projekt untersuchen wir Mechanismen der IL-1-vermittelten Gefäßentzündung, welche mit metabolischen Perturbationen bzw. einer mitochondrialen Dysfunktion verbunden sind.
Präparate der Mausaorta. Die durch eine Fettdiät verursachten arteriosklerotischen Läsionen wurden mittels Ölrot O-Färbung sichtbar gemacht
Immunregulierung durch oxidierte Lipide
Gruppe Freigang Bei der Wechselwirkung von biologischen Membranen mit reaktiven Sauerstoffspezies entsteht ein breites Spektrum von verschiedenen oxidierten Phospholipid (OxPL)-Spezies, welche zelluläre Signalprozesse und Immunantworten beeinflussen können. Wir haben in früheren Studien cyclopentenon-haltige OxPLs und ihre Isoprostane als entzündungshemmende Lipidmediatoren identifiziert. Dieses Projekt untersucht die Wirkung von OxPL in myeloiden Zellen bei der Atherogenese und bei mikrobiellen Infektionen mit funktionalisierten Lipid-Varianten und einem Oxidativen-Stress-Reporter.
Oxidierte Phospholipide mit einer Cyclopentenon-Gruppe inhibieren die Ausschüttung von pro-inflammatorischen Zytokinen in Makrohagen
Veränderungen in lokalen Immunzellen während verschiedenen Phasen einer chronischen Kolitis
Gruppe Müller Das von uns beschriebene Modell einer reversiblen Kolitis (Brasseit et al., Mucosal Immunol. 2016) erlaubt die Analyse der molekularen und zellulären Vorgänge, die nicht nur bei der Entstehung einer chronischen Darmentzündung, sondern auch während der Remission und einem späteren Krankheitsschub differentiell reguliert werden. Der Fokus unserer Forschung liegt dabei auf den Auswirkungen der veränderten intestinalen Bakterienflora (und deren Metaboliten) auf die Spezifität und Funktionen der Immunzellen im Darm und im Blut in den verschiedenen Phasen einer chronisch - entzündlichen Darmerkrankung. Dadurch sollen neue Ansätze zur Verlängerung der Remission, bzw. zur Verhinderung des Wiederauftretens eines Krankheitsschubes, identifiziert werden.
Im Dickdarm sind die zahlreichen Darm-Bakterien (rot) durch eine Mukus-Schicht (grün) vom Epithel (blau) mit den Mukus-sezernierenden Becherzellen (grün) getrennt
Funktionelle Vielfalt der “Tissue-resident memory” T Zellen (TRM) in der Darm-Mukosa
Gruppe Müller Untersuchungen zum Einfluss der Umgebungsfaktoren in der Darmschleimhaut auf die Differenzierung der lokalen T Zell- Subopulationen im Epithel und in der Lamina propria bilden einen Schwerpunkt unserer Forschung. Aktuell befassen wir uns prioritär mit den regulatorischen Mechanismen, die für die lokale Differenzierung und die längerfristige lokale Persistenz von "Tissue resident memory" T Zellen (TRM Zellen) in der Darmschleimhaut wichtig sind. Weiter interessiert uns, wie diese funktionellen Eigenschaften zum Schutz vor Reinfektionen mit Pathogenen (z.B. Listeria monocytogenes), aber auch zur Entwicklung von immunpathologischen Reaktionen beitragen und wie diese Funktionen gezielt positiv beeinflusst werden können.
Die Genexpressionsmuster von residenten T Zellen im Darm, und den entsprechenden T Zellen in Zirkulation weisen auf funktionell bedeutende Unterschiede hin
Funktion von TREM-1 in der Immunüberwachung und bei chronisch-entzündlichen Erkrankungen
Gruppe Müller TREM-1 ist ein aktivierender Rezeptor auf neutrophilen Granulozyten und Monozyten / Makrophagen. Untersuchungen bei Patienten mit chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen und in entsprechenden Mausmodellen haben uns erlaubt, eine entscheidende Rolle von TREM-1 nicht nur bei einer akuten Entzündung, sondern auch bei diesen chronischen Erkrankungen nachzuweisen (Schenk et al., 2005, 2007) aber auch bei Atherosklerose (Zysset et al., Nat Comms 2016) und bei Tumoren (Saurer, Zysset et al., Sci Rep 2018). Aktuell untersuchen wir die Relevanz von TREM-1 in der Abwehr von intrazellulären pathogenen Erregern, sowie bei der Entstehung neurologischer Erkrankungen, wie Schlaganfällen (Liu et al., Nat Immunol 2019) und neurodegenerativen Erkrankungen.
TREM-1-Stimulation führt zur vermehrten Aufnahme von Lipiden in Monozyten und deren Differenzierung zu Schaumzellen, die im Zellinnern Lipidtröpfchen (mit ORO Färbung rot dargestellt) speichern
Die Rolle von Zytokinen für die Tumorentwicklung
Gruppe Krebs Entzündung trägt massgeblich zur Krebsentstehung bei. Wir konnten zeigen, dass IL-33-Signalwege für die Entwicklung von myeloproliferativen Neoplasmen (MPN), einer Art von Blutkrebs, wichtig sind und auch Dickdarmkrebs fördern (Mager, J Clin Invest, 2015; Mertz, OncoImmunology, 2015; Pastille, Mucosal Immunol, 2019). Derzeit untersuchen wir den Beitrag von IL-33 zur MPN Progression, sowie die zellulären und molekularen Mechanismen, die zum IL-33 abhängigen Dickdarmkrebs führen. Für diese Studien verwenden wir Patientengewebe und Mausmodelle.
Erhöhte Expression von IL-33 im Knochenmark von MPN Patienten. IL-33: braun; CD34 (Endothelzellen): rot
mRNA-Spleissen und epitheliale Integrität
Gruppe Krebs Bei Darmerkrankungen wird die Darmbarriere oft gestört, was zu einer Durchlässigkeit des Darms oder der Darmwand führt. Wir haben kürzlich gezeigt, dass das Protein ESRP1, ein Regulator des mRNA-Spleissens in Epithelzellen, eine kritische Funktion zur Aufrechterhaltung der Integrität der Darmbarriere aufweist (Mager et al., eLife, 2017). In diesem Projekt untersuchen wir weiter, wie der Verlust oder die Reduktion von ESRP1 zur Darmpathogenese, einschliesslich Darmkrebs, führt.
Bakterien (weisse Pfeile) durchdringen die undichte Darmbarriere von Esrp1-Mutantenmäusen. Massstabsbalken: 100 μm (aus Mager et al., eLife, 2017)
Signalaustausch zwischen dem angeborenen und erworbenen Immunsystem
Gruppe Krebs Unser Immunsystem besteht zum einen aus der angeborenen Immunität, welche eine erste Verteidigungslinie darstellt und zum anderen aus der erworbenen Immunität, die zu einem späteren Zeitpunkt aktiviert wird und für das immunologische Gedächtnis verantwortlich ist. In diesem Projekt verwenden wir verschiedene Mausmodelle um besser zu verstehen, wie die angeborene Immunität die erworbene Immunität beeinflussen kann, vor allem in Abhängigkeit von entzündlichen Prozessen, ausgelöst durch Infektionen (z.B. durch Pathogene; Cardoso Alves, EMBO Reports, 2019) oder durch sterile Entzündung (z.B. Tumorkontrolle).
TRAIL programmiert NK-Zellen, indem es die Produktion von Entzündungsbotenstoffen (IFNγ) blockiert, aber die Bildung von Zellgiften (GZMB) fördert. NK-Zellen ohne TRAIL produzieren mehr IFNγ, aber weniger GZMB, was zu einer verbesserten antiviralen CD8+ T-Zellantwort bei infizierten Mäusen führt
Tumor
Entstehung von DAXX/ATRX negativen endokrinen Pankreastumoren
Gruppe Perren Fast die Hälfte der pankreatischen neuroendokrinen Tumoren (pNET) zeigen einen Verlust von DAXX oder ATRX. Wir konnten zeigen, dass dieser Verlust mit erhöhtem Metastase-Risiko einhergeht. DAXX/ATRX negative pNET zeigen eine charakteristische chromosomale Instabilität und einen Telomerase-unabhängigen Mechanismus der Telomerverlängerung (ALT).
Wir untersuchen die darunterliegenden Mechanismen dieses neuen Weges der Krebs-Entstehung in-vivo an Maus-Modellen, in-vitro an Zellkulturen und ex-vivo an humanen Tumorproben. Wir fokussieren auf die Rolle der epigenetischen Modifikation.
Stark vergrösserte Telomere in Kollokalisation mit PML sind ein wichtiger Nachweis des ALT Phänotyps.
Präzisionsmedizin für die Behandlung von PanNET
Gruppe Perren Bisher ist es nicht möglich Therapien für PanNET basierend auf einem molekularen Profil auszuwählen. Kürzlich haben wir die Organoidkultur von PanNET entwickelt, welche die Tumormerkmale des Herkunftsgewebe wiederspiegelt sowie zum Testen von Behandlungen eingesetzt werden kann. Zurzeit testen wir die Anwendung von PanNET Organoiden für die Prognose des Therapieansprechens von Patienten, sowie für die Identifikation von neuen epigenetischen Behandlungen. Zudem verfolgen wir das Ziel, spezifische molekulare Profile durch high throughput DNA Sequenzierung, DNA Methylierungs- und Genexpressionsanalyse zu identifizieren, welche das Therapieansprechen in vitro und im Patient vorhersagen.
3D Primärzellkultur von PanNET (Mitte und rechts) behalten Eigenschaften des Tumors
Funktion der «chaperone-mediated» Autophagie in der Behandlung von myeloischen Leukämien
Gruppe Tschan Während die Klassifizierung des heterogenen Blutkrebses Akute Myeloische Leukämie (AML) erheblich verbessert werden konnte, hinkt der Fortschritt in dessen Behandlung hinterher. Die Anzahl Rückfälle und gescheiterter Therapien bleiben aufgrund chemotherapie-resistenter Leukämiezellen (CRLC) relativ hoch. Unsere präliminären Daten zeigen einen Zusammenhang zwischen erhöhter "chaperone-mediated" Autophagie (CMA) und Resistenzen zu Differenzierungstherapien sowohl als auch zum unreifen Differenzierungs-Phänotyp der AML Patienten Blastzellen. Deshalb zielen unsere aktuellen Studien darauf ab die Rolle der CMA in der AML und in CRLC besser zu verstehen. Desweiteren wird die Funktion der Mikroumgebung in der CMA Regulierung untersucht.
"Chaperone-mediated" Autophagie (CMA) (A) CMA Signalweg. (B) LAMP2A und HSC70 Kolokalisation in NB4 AML Zellen
Die Rolle der Autophagie in der Retinsäure-Therapie von Brustkrebs
Gruppe Tschan Die epitheliale-mesenchymale-Transition (EMT) spielt eine Schlüsselrolle in der Tumorprogression und Metastasen Bildung. Wir untersuchen, ob wir den EMT-Phänotyp von Brustkrebszellen mit Hilfe der Retinsäure (ATRA) Differenzierungstherapie umkehren können. Zelluläre Differenzierung ist oft mit einer Aktivierung der Autophagie assoziiert. Die Autophagie ist ein lysosomales Abbau- und Recyclingsystem und kann die Differenzierung unterstützen, indem sie überflüssige Organellen abbaut, das Energieniveau beibehält oder Protein von Signalwegen abbaut. Wir untersuchen daher die Funktion der Autophagie während der Therapie-induzierten epithelialen Differenzierung und wie die Modulation der Autophagie diesen Prozess unterstützen kann. Wir untersuchen ebenfalls wie tumorassoziierte Fibroblasten die Autophagie der Krebszellen und die Therapieffizeinz beeinflussen.
Krebsassoziierte Fibroblasten co-kultiviert mit SKBR3 Brustkrebszellen (grün). Färbung: Autophagiemarker LC3B (rot)
Identifizierung und Untersuchung von PU.1-reguliertem Zelltod
Gruppe Tschan Der Transkriptionsfaktor PU.1 ist ein wichtiger Organisator der Hämatopoiese v.a. der terminalen Differenzierung von Makrophagen und Neutrophilen. Tiefe PU.1 Expression in myeloischen Vorläuferzellen kann dazu führen, dass sich diese zu Akuten Myeloischen Leukämie (AML) Blastzellen transformieren. Wir haben kürzlich eine neue Tumorsuppressor-Funktion von PU.1 gefunden. PU.1 kann in AML Zellen die "TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL)"-induzierte Apoptose unterstützen. Aktuell untersuchen wir wie PU.1 das alternative RNA Spleissen von anti-apoptotischen Genen reguliert und wie dies die Therapieantwort in AML beeinflusst.
PU.1 in TRAIL-induzierter Apoptose (A) PU.1 inhibiert NF-κB. (B) PU.1 beeinflusst Expression oder Alternatives Spleissen von anti-apoptotischen Genen
Mechanismen des Ansprechens von Ösophaguskarzinomen auf Chemo-und zielgerichtete Therapie
Gruppe Langer Ösophaguskarzinome zeigen eine hohe Rate von Resistenz gegenüber Chemotherapie, aber auch teilweise gegen zielgerichtete Therapien (wie z.B. gegen Her2 oder EGFR), trotz prinzipiell passendem molekularem Profil. Wir untersuchen molekulare Charakteristika, die das Ansprechen auf derartige Therapien vorhersagen können, oder die Mechanismen darstellen, die diese Resistenz erklären können. Zum einen fokussieren wir uns auf den zellulären Mechanismus der Autophagie, der bei normalen aber auch entarteten Zellen das Überleben unter Stress sichern kann. Zum anderen führen wir umfassende molekulare Analysen an Tumorgewebe aus Fallkollektionen durch, da intrinsischen molekulare Aberrationen ebenfalls mit dem Ansprechen auf bestimmte Therapieformen assoziiert sein können.
Ösophaguskarzinom nach neoadjuvanter Therapie mit regressiven Veränderungen
Die Rolle der krebsassoziierten Fibroblasten bei der Therapeutische Reaktion
Gruppe Langer Mehrere Studien zeigen, dass Krebsassoziierten Fibroblasten (KAF) die Krebsprogression und Chemoresistenz durch mehrere Wachstumsfaktoren und Signalwege fördern, die potenzielle Angriffspunkte für Krebstherapien sind. Ziel dieses Projektes ist es, die Rolle von KAF bei Ösophagusadenokarzinomen und Plattenepithel-Karzinomen mit besonderem Fokus auf das Therapieansprechen und die Tumorregression nach neoadjuvanter Chemo- oder Radiochemotherapie zu untersuchen. Die Visualisierung von KAF erfolgt durch den immunhistochemischen Nachweis von Proteinen wie COL11A1, CD90 und SPARC. Die Ergebnisse werden bei primär resezierten Tumoren im Vergleich zu Tumoren nach neoadjuvanter Behandlung ermittelt. Unsere Ergebnisse können auch als Grundlage für die Entwicklung zukünftiger Therapieansätze für diese hochaggressiven Tumore dienen.
COL11A1-Expression bei Ösophagus-Adenokarzinomen (A) und Plattenepithelkarzinomen (B)
Herstellung von Kreuz-präsentierenden Dendritischen Zellen zur Tumor Immuntherapie
Gruppe Schenk Nur eine spezifische Subpopulation von DC ist in der Lage, Tumorantigene via Kreuzpräsentation an CD8+ T Lymphozyten zu präsentieren. Wir wollen erforschen, wie dieser Prozess im Melanom manipuliert werden kann. Dafür etablieren wir Modelle mit ex vivo generierten DC (human und murin) welche wir in vitro maturieren und auf ihre Fähigkeit zur Kreuzpräsentation testen. Das Wissen aus den in vitro Daten sollte es uns erlauben, diesen Prozess auch in vivo zu manipulieren. Maturierte DC werden dabei als prophylaktische und therapeutische Behandlung für etablierte Melanome getestet. Unsere Erkenntnisse sollen dazu beitragen, die Anzahl kreuzpräsentierender DC zu erhöhen und dadurch die anti-tumor Reaktion im Melanom zu verstärken.
Kreuzpräsentation durch Dendritische Zellen: Verschiedene Wege der Antigenverarbeitung und des Transports, die zur Präsentation von exogenem Antigen auf MHC Klasse I zu CD8+ T Zellen führen
Dendritische Zellen und deren co- stimulatorische Fähigkeiten für zytotoxische T Lymphozyten im Melanom
Gruppe Schenk Die Induktion einer effektiven, adaptiven antitumor Antwort beruht hauptsächlich auf der Präsentation von Tumorantigenen und der Stimulation von CTL durch DC. Trotz umfangreicher Forschungsarbeiten sind der Phänotyp und die Funktion Tumor-infiltrierender DC, sowie der Mechanismus der Kreuzpräsentation von Tumorantigenen unklar. Wir untersuchen deshalb Tumor-infiltrierende DC und versuchen diese in vitro und in vivo neu zu programmieren, sodass sie Tumor-Antigene präsentieren und eine CTL-vermittelte adaptive Immunantwort gegen Melanome induzieren können.
Chemoresistenzmechanismen in Glioblastome
Gruppe Vassella Das Glioblastom ist der häufigste primäre Hirntumor im Erwachsenenalter, der auf Grund seines infiltrativen Wachstums und seiner intrinsischen Resistenz gegenüber Radiochemotherapie zu den aggressivsten Neoplasien gehört. DNA-Reparaturmechanismen spielen eine wichtige Rolle in der Resistenzentwicklung; die molekularen Mechanismen der Regulation dieser zellulären Prozesse sind jedoch weitgehend unbekannt. Wir verfolgen einen translationalen Ansatz zur Identifizierung von Sekundärmutationen bzw. Alterationen in der Genexpression und klinisch-pathologische Charakteristika in Rezidivglioblastome mit Therapieresistenz, mit dem Fernziel der Ermöglichung einer personalisierten Medizin. Dieses Projekt wird vom Schweizerischen Nationalfonds unterstützt.
Gewebestanze zur Sequenzierung des Tumor-Exoms
Screens von MikroRNAs in Glioblastoma Zelllinien, welche Temozolomid-Resistenz vermitteln
Gruppe Vassella Glioblastoma gehören zu den häufigsten und aggressivsten primären malignen Hirntumoren. Wir verfolgen ein ungerichtetes Verfahren zum Nachweis von MikroRNAs, die möglichst effizient Resistenzen gegenüber alkylierenden Agentien in Glioblastoma Zelllinien auslösen. Zu diesem Zweck wurden Zellen mit einer lentiviralen MikroRNA Expressionsbank transformiert und mit Hilfe von Temozolomid selektioniert. Resistente Klone wurden mittels "Next-Generation-Sequencing" identifiziert. Wir untersuchen zur Zeit die molekularen Mechanismen, die durch solche MikroRNAs reguliert werden und die zu einer Temozolomid-Resistenz führen.
Screens von MikroRNAs in Glioblastoma Zelllinien, welche Proliferation induzieren oder Temozolomid-Resistenz vermitteln
Tumor Budding beim Kolorektalen Karzinom
Gruppe Lugli Zlobec Tumor Buds stehen in Korrelation mit aggressivem Tumorverhalten und schlechteren Prognosen für Patienten. Um die diagnostische Berichterstattung für Tumor Buds zu normen, veranstalteten wir 2016 den ersten Konsensus-Kongress für Tumor Buds (International Tumor Budding Consensus Congress - ITBCC). In diesem Kongress konnte erfolgreich eine Einigung der empfohlenen Berichterstattung von Tumor Buds erreicht werden, welche 2017 in der Fachzeitschrift "Modern Pathology" publiziert wurde und international als Basis für Protokolle und Richtlinien für die Berichterstattung von Tumor Budding benutzt werden. Unsere Forschungsgruppe arbeitet aktuell an der Validierung der ITBCC Resultate und ist Forschungsmitglied des International Budding Consortium (IBC). Zusätzlich fokussiert sich unsere Forschung auf die Charakterisierung von Tumor Buds und deren Mikroumgebung mit dem Bestreben, Zielmoleküle ausfindig zu machen, welche für die Zerstörung solcher Zellen genutzt werden können.
Tumor buds beim Kolorektalen Karzinom (H&E Färbung, 40x)
Die epigenetische Landschaft von CDX2
Gruppe Lugli Zlobec Circa 20% aller kolorektale Karzinome zeigen stark reduziert Expression vom CDX2 Protein. Der Verlust von CDX2 ist assoziiert mit Mikrosatelliten-Instabilität (MSI), hohem CpG Methylierungsgrad und BRAF Mutation. Unsere funktionellen Studien zeigen, dass eine Hypermethylierung des CDX2 Promoters ein Hauptgrund für den Verlust der Expression des CDX2 Proteins darstellt, und dass diese Expression durch Behandlung mit DNA Methyltransferase-Inhibitoren wiederhergestellt werden kann. Zusammen mit der Forschungsgruppe von Prof. Dr. Mario Tschan untersuchen wir die genetischen und epigenetischen Modifikationen von CDX2 mit Hilfe der CRISPR/Cas9 Technologie.
A) Positive Expression von CDX2 Proteine in Dickdarm Krebs. B) Der Verlust von CDX2 hat einen signifikanten negativen Einfluss auf das Patientenergebnis (Kaplan-Meier Kurve, Log-Rank-Test)
Tumorimmunologie der Adenokarzinome des Magens
Gruppe Langer Die Behandlung mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren stellt eine vielversprechende Therapieoption bei lokal fortgeschrittenen und metastasierten Magenkarzinomen dar. Da nicht alle Magenkarzinome gleich auf eine Immuntherapie ansprechen, müssen diejenigen Patienten selektioniert werden, deren Tumoren mit hoher Wahrscheinlichkeit ein Therapieansprechen zeigen werden. Wir untersuchen das Immunprofil und dessen Dynamik während der Tumorentstehung und der Tumor-progression, um mögliche prädiktive Tumormerkmale zu identifizieren. Ein Fokus liegt auf der Analyse der PD-L1 Expression und des Immunzell-infiltrats in Primärtumoren, sowie Lymphknoten- und Fernmetastasen. Dabei werden konventionelle histomorphologische und immunhisto-chemische Techniken, sowie digitale Bildanalysen verwendet. Neben der Suche nach prädiktiven Merkmalen erwarten wir ein besseres Verständnis über die Relevanz des Immunsystems während der Tumor-progression zu erlangen.
PD-L1 Expression in einem EBV assoziierten Magenkarzinom (A) PD-L1 (B) EBER Färbung
Autophagie in Lungenkarzinomen
Gruppe Berezowska Lungenkrebs ist weltweit der am häufigsten zum Tod führende Tumor. Eine Modulation der Autophagie – eines zellulären Stress- und Homeostase-Mechanismus – könnte einen Weg darstellen, die Resistenzentwicklung durch Adaptation der Tumorzellen zu durchbrechen. Daher erforschen wir die Rolle der Autophagie – eines medikamentös modulierbaren Mechanismus – in Lungenkrebszellen und Lungengewebe.
Punktförmige LC3B Expression in Zellkultur (oberes Bild) und Lungengewebe (unteres Bild) repräsentiert Autophagosomen
Immunonkologische Marker in Lungenkarzinomen
Gruppe Berezowska Lungenkarzinome sprechen auf eine immuntherapeutische Blockade des PD1/PD-L1 Komplexes an, und einige PD1/PD-L1-Inhibitoren haben bereits Eingang in den klinischen Alltag erhalten, oder befinden sich in fortgeschrittener Entwicklung. Die PD-L1-Expression in Tumoren und das Immuninfiltrat werden als prädiktive Biomarker angesehen. Meist werden die Primärtumoren untersucht, wir sind aktuell an den ZNS-Metastasen und post-therapeutischen Veränderungen interessiert.
Membranäre PD-L1 Expression im Primarius der Lunge und der Hirnmetastase
Digitale Pathologie
Entwicklung von ngTMA "Pipelines"
Gruppe Lugli Zlobec Wir untersuchen die Rolle des Machine Learning und Deep Learning bei der Behandlung klinisch relevanter Forschungsfragen, vor allem bei gynäkologischen und kolorektalen Karzinomen. Zusammen mit PD Dr. med Tilman Rau und unterstützt von der TRU und digitale Pathologie Team, Pipelines zur Verarbeitung von Daten der next-generation Tissue Microarrays (ngTMA®), zur Bewertung der Immunfärbung und zur Integration von Scores mit klinischen, histopathologischen und anderen Forschungsdaten für statistische Analysen werden von der Gruppe durchgeführt. Wir erstellen und implementieren Werkzeuge zur Qualitätskontrolle und Optimierung digitaler Workflows und setzen diese als Basis für unsere klinisch orientierten Biomarker-Studien ein.
Beispiel für p53 bei einem Endometriumkarzinom im Rahmen eines ngTMA-Experiments