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Nathan absolvierte seine fussballerische Ausbildung beim brasilianischen Erstligisten Palmeiras. In der Folge spielte der Innenverteidiger leihweise beim Criciúma Esporte Clube sowie beim brasilianischen Série-A-Club Chapecoense. Während der Saison 2017/2018 stand er beim Servette FC unter Vertrag, in der Spielzeit 2018/2019 war er an den Grasshopper Club ausgeliehen, ehe er im Juli 2019 zum FC Zürich wechselte. Für den FCZ absolvierte Nathan insgesamt 63 Pflichtspiele, wobei er drei Treffer und einen Assist erzielte.
Der 26-jährige Nathan verlässt den Stadtclub per sofort und wechselt in die amerikanische Major League Soccer zu den San José Earthquakes. Über die Ablösemodalitäten wurde Stillschweigen vereinbart.