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Ein Monitoring liefert zentrale Informationen für den Schutz gefährdeter Fisch-, Krebs- und Muschelarten. Nur bei ausreichenden Kenntnissen über die Verbreitung und Populationsentwicklung einzelner Arten können wirksame Schutzmassnahmen geplant und umgesetzt werden. Bei Arten, die nicht regelmässig befischt werden, fehlen jegliche Angaben zum Zustand des Bestandes. Für vom Aussterben bedrohte Fischarten wie der Nase wären ohne gezieltes Monitoring keine Angaben vorhanden. Die gewonnen Erkenntnisse aus den verschiedenen Monitoringprogrammen fliessen bei Renaturierungsprojekten ein, sind eine Grundlage für Besatzmassnahmen oder werden in der Beurteilung von Gewässereingriffen beigezogen.