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Les statistiques financières des trois types de hautes écoles (hautes écoles universitaires HEU, hautes écoles spécialisées HES et hautes écoles pédagogiques HEP) proviennent de quatre relevés distincts. La statistique financière des HEU se base sur deux relevés gérés par l'OFS: d'un côté celui des charges par nature comptable et source de financement, conduit annuellement depuis 1996, de l'autre celui des coûts par type de prestation basé sur le modèle de comptabilité analytique (MCA) de la Conférence universitaire suisse (CUS) et disponible depuis 2007. La statistique financière des hautes écoles spécialisées se fonde sur la comptabilité analytique régie par le manuel de calcul des coûts dans les HES du Secrétariat d'Etat à la formation, l'innovation et la technologie SEFRI ; ce dernier s'occupe depuis 2000 de la récolte et du contrôle de ces données transmises par la suite en version consolidée à l'OFS en vue de leur publication. Enfin, les finances des HEP sont elles relevées, vérifiées et consolidées par l'OFS depuis 2008 et se basent sur le nouveau manuel pratique de comptabilité analytique de la COHEP fortement inspiré de celui du SEFRI.