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On peut légitimement penser que MONTFAUCON est un des premiers villages du Plateau des Franches-Montagnes. Alors, possession du Chapitre des chanoines de Saint-Ursanne, lui-même possession de l’Evêché de Bâle, l’église de Montem falconis (Mont du Faucon) est évoquée dans une bulle solennelle du pape Innocent II, datant de 1139. Selon toute vraisemblance, le village préexistait à son église, sa fondation est donc antérieure au douzième siècle.
À l’est du Plateau, alors que la région est presque désert, Montfaucon érige une église, dédiée à Saint Jean Baptiste, qui rassemble tous les chrétiens venus des Bois, mais aussi des Breuleux et de la Chaux.. Une seconde chapelle est fondée à Saignelégier en 1494. Au milieu du siècle suivant les communautés de la montagne dotent suffisamment la chapelle afin de pouvoir à l’entretien d’un chapelain résident Ces démarches esquissent le démembrement progressif de l’unique paroisse de Montfaucon.
À défaut de structures communales établies, l’organisation paroissiale joue une rôle décisif dans l’aménagement du Haut Plateau. Durant les siècles suivants, les habitants interviennent auprès du prince évêque pour demander que leur localité soit reconnue comme paroisse ; cette communauté reflète une organisation sociale autant que la vitalité d’une communauté de foi.
La Charte de franchise d’Imier de Ramstein en1384, exonère les habitants de toutes tailles et impôts et octroie un arpent de terre à côté de sa maison à chaque citoyen. Cette mesure favorise l’installation de nouveaux colons-défricheurs. Elle accroît également la topographie particulière du Haut Plateau, parsemée de fermes isolées dans de vastes pâturages boisés, mais développe aussi l’esprit d’indépendance des populations.
L’histoire de Montfaucon, s’étant alors séparé de la Prévôté de St-Ursanne, tout en demeurant dans l’Evêché de Bâle, se fond ensuite dans les événements touchant à toutes les Franches-Montagnes, que la Paroisse rejoint officiellement à la fin du XIVe siècle.
La guerre de Trente ans (1618-1648) éprouve durement la région, qui est pillée et dévastée par les hordes françaises, cantonnées à St-Ursanne, qui, contre leur prétendue protection, extorquent de lourds impôts aux fermiers. En plus, durant cette guerre, la peste noire, vaste épidémie venue de Chine, achève de ruiner la population.
Durant la guerre livrée par Louis XIV à la Franche-Comté, les terres de Montfaucon sont réparties entre les familles. Les premiers patronymes du village émergent alors, tels que les Noirjean, Gogniat, Aubry, Sémon, Brahier, Girardin, Farine, Froidevaux, Jeannotat, Quenet, Cuenin, etc..
En 1740, de nombreux villageois rejoignent les troupes de Pierre Péquignat et prennent une part active aux manifestations paysannes.
La Révolution française éclate en 1789. L'évêché de Bâle figure, en 1792, parmi les premières conquêtes des armées républicaines françaises. Le prince évêque est alors contraint de quitter le château de Porrentruy.
Avec elle, s’achève sept siècles et demi de pouvoir épiscopal bâlois sur nos terres jurassiennes... Le 17 décembre 1792, quelques mois après la déclaration de la guerre, la "République libre et indépendante de la Rauracie" est proclamée. Elle comprend les régions de Porrentruy, Saint-Ursanne, Delémont, Laufon et les Franches-Montagnes. La République rauracienne prendra fin en mars 1793. Cette brève période d'indépendance est à l'origine de la dénomination "République" qui sera adjointe à celle de canton du Jura en 1978. Elle est alors annexée à la France sous forme d'un département, le Mont Terrible et Montfaucon se retrouve par là-même, commune d’un département français.
Durant toute la période de la Révolution française, le village est à nouveau pillé et occupé et se voit notamment dépossédé de ses cloches, qui rejoignent Strasbourg pour être converties en canon. Pendant l’occupation en 1793, les fermiers sont contraints à loger les troupes françaises. Plus de vingt jeunes villageois sont alors réquisitionnés pour rejoindre les armées napoléoniennes.
1815 marque la chute de Napoléon et la période, où la France retrouve ses frontières de 1792. Réunies à Vienne, en congrès, les puissances victorieuses décident d'attribuer le territoire de l'Ancien évêché de Bâle au canton de Berne, donc à la Confédération helvétique. Ainsi, Montfaucon se retrouve sous l'emprise de leurs Excellences de Berne. La Seigneurie des Franches-Montagnes constitue le district du même nom et Saignelégier en devient le chef-lieu.
Dans les années 1870, Le Kulturkampf affecte également Montfaucon, l’église est fermée et des messes secrètes sont célébrées dans des granges.
Le vingtième siècle apporte la diversification dans les activités des villageois, qui en plus de leurs tâches agricoles travaillent à l’établi comme boîtiers, De nombreuses fabriques horlogères sont créées, mais les années 1930, marquent une nouvelle crise, économique, cette fois. Durant la deuxième guerre mondiale, Montfaucon accueille les troupes frontières dans le village pendant six ans. Plus de 40'000 hommes y défilent.
La prise de conscience ethnique du peuple jurassien, liée au refus des autorités bernoises de partager la souveraineté cantonale avec ce peuple, verra naître, en 1947, la montée du séparatisme dans le Jura. Le plébiscite du 23 juin 1974 sanctionne la création du canton du Jura, qui entre en souveraineté en 1979, dont Montfaucon est une des 83 communes.
Événement marquant en 1955 ; la Confédération acquiert des domaines situés sur les communes de les Genevez, Lajoux et Montfaucon (GLM) en vue d’y implanter une place d’armes. Un mouvement d’opposition farouche, totalement hostile à cette implantation se développe dans la population. Ce mouvement est non seulement motivé par des convictions antimilitaristes, mais par un attachement à la terre et à la paysannerie traditionnelle, que le peuple franc-montagnard sent menacé par ce plan. Des affrontements violents ont lieu et enjoignent l’armée à renoncer à son projet. Les terres sont alors rachetées par les trois communes précitées, qui en gèrent toujours les cultures, les forêts et les exploitations agricoles, dans le cadre d’un syndicat intercommunal.
A partir du 1er janvier 2009, Montfaucon et Montfavergier ne forment plus qu'une seule commune qui porte le nom de "Montfaucon".
À ce jour, la commune reste agricole à quelque quarante pourcent. Diverses petites industries, des artisans et des commerçants offrent des emplois. La population active et la jeunesse trouvent souvent des emplois dans les villes alentours. Montfaucon par sa situation centrée, se distancie d’une demi-heure de route, des villes de La Chaux-de-Fonds, Bienne, Delémont, Porrentruy et à trois quart d’heure de Neuchâtel ou Bâle.