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Gewisse Mikroorganismen sind erwünscht, z.B. bei der Herstellung von Joghurt oder Wein. Andere sind aber schädlich, weil sie zum Verderb von Lebensmittel oder zu Krankheiten führen.
Die im Zusammenhang it Lebensmitteln übertragenen Infektionen mit Mikrorganismen oder Vergiftungen mit Stoffwechselprodukten werden oft verallgemeinernd "Lebens-mittelvergiftungen" genannt. Gemäss amtlichen Statistiken werden am häufigsten Zwischenfälle mit Salmonellen oder mit Campylobacter registriert.
Hygienezwischenfälle ereignen sich insbesondere noch mit rohen, unverarbeiteten tierischen oder pflanzlichen Lebensmitteln.