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Les recherches d’André de Muralt ont porté d’abord sur la pensée moderne et contemporaine (La conscience transcendantale dans le criticisme kantien, Essai sur l’unité d’aperception, 1958 ; L'idée de la phénoménologie, L'exemplarisme husserlien, 1958). L’étude de Kant et de Husserl le rendit attentif à la notion fondamentale de la critique de la connaissance : l’unité, ou du moins la relation du sujet et de l’objet dans l’acte de connaître humain, sous la double forme, kantienne, de l’identité du sujet transcendantal et de l’objet transcendantal, husserlienne, de l’intentionnalité de la conscience. Le caractère insatisfaisant de ces deux doctrines lui apparut avec évidence dans l’impossibilité d’une connaissance de la chose en elle-même, au profit d’une part de la science des phénomènes et de la croyance pratique à la nécessité des noumènes (Kant), d’autre part d’une dialectique d’approximation à l’infini à la chose même, idéalisée en une logique eidétique et transcendantale (Husserl). Ce qui l’amena à rechercher la source de ces doctrines.
Ici s’ouvrit le vaste champ de la pensée médiévale, considérée principalement chez Thomas d’Aquin et Jean Duns Scot. Un premier essai d’analyse parut dans l’appendice, Escolastica et fenomenologia, à la traduction espagnole de l’ouvrage consacré à l’intentionnalité husserlienne (La idea de la fenomenologia, El ejemplarismo husserliano, 1963). Mais le rapprochement de l’intentionnalité husserlienne et de l’intentionnalité thomasienne, malgré la tentative très intéressante d’Édith Stein, est trompeur. En réalité, la source de la notion husserlienne d’intentionnalité se trouve dans les thèses épistémologiques de Jean Duns Scot et dans les suites que leur donna Guillaume d’Occam. L’acte de connaissance selon Scot en effet constitue la réalité connue en un être spécifique, dit objectif (esse objectivum), car il est celui de la chose en tant que connue, et intentionnel (esse intentionale), car il est celui du représentant qui, dans la conscience, vise la chose en tant que réellement existante, comme une ressemblance vise le terme de la relation de similitude. Ce qui engendre la possibilité de dissocier absolument, de potentia absoluta dei, le connaître de l’objet d’avec l’être de la chose, comme d’ailleurs l’acte de volonté d’avec sa fin réelle, et de concevoir par conséquent une connaissance sans objet absolument (Epoché - Malin Génie - Théologie de la toute-puissance divine, Le concept sans objet, Recherche d'une structure de pensée, 1966) et une action morale de la volonté absolument non finalisée, et en ce sens psychologiquement libre. Conceptions déroutantes dont les paradoxes qui les résument dans la pensée de Guillaume d’Occam (notitia intuitiva rei non existentis, odium dei) illustrent bien le caractère extrême.
C’est pourtant là le point de départ de la « modernité » philosophique, et en particulier la porte ouverte aux développements de la philosophie moderne dont l’énergie créative tentera d’assurer métaphysiquement, sinon théologiquement, la portée objective du connaître et la finalisation réelle du vouloir, indépendamment de toute relation déterminante à l'objet dans sa réalité : par la garantie divine de la connaissance et l’imposition arbitraire de la loi morale par Dieu (Descartes), par le parallélisme des modes de la pensée et des modes de l’étendue dans l’unité de la substance divine (Spinoza), par l’harmonie préétablie dans l’ordre des substances (Leibniz), par l’équiparance formelle des concepts objectifs, ou des noms dans les propositions du langage, aux divers aspects formellement distincts que recèle la chose dans son unité concrète (Grégoire de Rimini, la philosophie analytique chez Wittgenstein), par les deux critiques de la raison pure, théorique et pratique, de Kant. Toutes perspectives étudiées dans L'Enjeu de la philosophie médiévale, Etudes thomistes, scotistes, occamiennes et grégoriennes, 1991, 2e éd., 1993 ; Kant, le dernier occamien, Une nouvelle définition de la philosophie moderne, 1975, cf. aussi La notion d'acte fondé dans les rapports de la raison et de la volonté selon les Logische Untersuchungen de Husserl, Les véritables sources scolastiques de l'intentionnalité, 1977).
Il apparaît ainsi que le véritable tournant, la véritable révolution dans la philosophie occidentale, est celle qu’opère Duns Scot, nullement Descartes, dont l’œuvre se présente, sous un semblant quasi augustinien, comme un ensemble composite de thèses épistémologiques scotistes (même le cogito fait jouer la distinction de l’esse objectivum et de la réalité de la chose) et de thèses morales occamiennes, poussées à leur extrême conséquence, tout en étant l’une des multiples tentatives modernes de parer aux difficultés de cette scolastique tardive (Kant, le dernier occamien…). Voir par conséquent en Descartes l’ancêtre et le fondateur de la philosophie moderne relève pour le moins de l’ignorance, ignorance tenace il est vrai, puisqu’aujourd’hui encore l’« esprit cartésien » passe pour le modèle d'une rationalité libérée de tout « dogmatisme théologique scolastique ».
Or, si la pensée scotiste s’exprime dans un langage aristotélicien, sa structure formelle et donc le paradigme doctrinal qu’elle propose, sont en tous points opposés à ceux de l’aristotélisme. Elle repose sur l’affirmation radicale de l’actualité par soi de la puissance (Kant, le dernier occamien…). Laquelle suppose la fameuse distinction formelle, c’est-à-dire la non-distinction métaphysique de la quiddité et de l’exercice, et donc la non moins fameuse doctrine de l’univocité de l’être. Elle incite à concevoir les parties comme actuelles dans le tout, et, dans le concours causal, le jeu exclusif de causes partielles dont la causalité est actuelle par soi (ce qui retentira fâcheusement sur les débats du 16e siècle sur le concours de la toute-puissance divine et de la liberté humaine). Il fallait donc, pour comprendre cette situation, examiner l’aristotélisme, celui d’Aristote de Stagire, par delà celui de Jean de Saint Thomas, par delà celui de Thomas d’Aquin, dont la structure de pensée est pourtant strictement aristotélicienne, en dépit de certaines thèses de l’historiographie contemporaine.
À vrai dire, cette direction de recherche oriente dès l’origine le travail d’André de Muralt (cf. articles de 1958, 1963, 1966, 1975). Mais elle se précise progressivement, pour prendre toute son ampleur dans L’enjeu de la philosophie médiévale par exemple, et surtout dans le livre consacré aux Métaphysiques d’Aristote (2010). Cet ouvrage présente, au gré d’une traduction analytique des livres Gamma, Zêta, Thêta, Iôta et Lambda, abondamment introduite et commentée, les grandes doctrines originales de la métaphysique aristotélicienne, en les opposant aux doctrines correspondantes de ses adversaires ou du moins de ses disciples dissidents. Ayant posé la notion de l’être (ce qui est en tant qu’il est) dans sa multiplicité et sa distinction première selon la quiddité et l’exercice, il dégage la structure des métaphysiques génériquement différentes de la substance et des accidents, de l’acte et de la puissance, de l’un et du multiple, selon l’ordre causal qui les régit en elles-mêmes et l’une par rapport à l’autre, et il termine en montrant comment ces métaphysiques élaborent les structures de pensée métaphysique nécessaires à cette science particulière, la théologie métaphysique, qui induit la nécessité d’un Dieu intelligé sous les raisons de mouvant non mû et d’acte substantiel. Il montre ainsi comment Aristote met en œuvre la doctrine des causes, dont un épistémologue contemporain, Mario Bunge, regrette que la philosophie moderne ait abandonné la multiplicité au profit de la seule cause efficiente (La causalité divine et le primat de l'efficience chez Guillaume d'Occam, 1991), et comment il permet d’expliciter, par delà la définition formelle de leur quiddité, les modes d’exercice, réciproque et subordonné, de la matière et de la forme, de l’agent et de la fin, de la forme et de la fin.
Ces relations causales diverses, formulées du point de vue métaphysique, trouve à s’appliquer à tout ce qui est, aussi bien au mouvement de la substance naturelle, physique ou vivante, par rapport à son principe divin (ce qui permet des développements éclairants pour le débat contemporain à propos de la finalité dans la nature ou des rapports de la création et de l’évolution, cf. L’enjeu…6e étude ; cf. les articles parus de 1977 à 1978 dans Fonction et finalité, et Créationnisme et évolutionnisme, un faux dilemme, 2006), qu’au rapport du peuple et du ‘prince’ dans les diverses conceptions de l’État (L’unité de la philosophie politique de Duns Scot, Occam et Suarez au libéralisme contemporain, 2002), ou encore aux actes de l’intellect et de la volonté humaine dans leurs rapports à leurs objets propres, d’où la réfutation des positions de Duns Scot et d’Occam, par l’explicitation des modes de causalité qu’exercent le sujet et l’objet l’un par rapport à l’autre, c’est-à-dire de la condition de possibilité d’une connaissance vraie de l’intellect par son ordre à la chose réelle et d’un acte moral de la volonté par son ordre au bien véritable.
C’est au sein de ces divers modes de la causalité, et en particulier de la subordination d’une cause seconde à une cause première, que s’inscrit la notion aristotélicienne de la participation. La cause supérieure en effet cause la causalité de la cause inférieure. L’exemple, imparfait, que donne Aristote de cette situation est celui de la subordination de l’instrument à l’art de l’artisan ; l’exemple, explicite et pertinent du point de vue de la structure de la pensée, mais non évidemment de la vérité, en est celui de la subordination du soleil à la sphère des fixes dans la production du mouvement de l’univers. Cet exemple permet de préciser que, en causant la causalité propre de la cause inférieure, la cause supérieure assure l’autonomie de son exercice selon sa quiddité de cause nécessaire (dans le cas d’une cause naturelle) ou libre (dans le cas d’une cause volontaire, dans son rapport par exemple avec la toute-puissance-divine, c’est l’enjeu des disputes théologiques du 16e siècle). Étant ainsi mue à exercer sa causalité, la cause inférieure participe de la causalité de la cause supérieure qui la meut. Mais c’est là une participation principiellement différente de la platonicienne, car elle est une participation selon l’exercice, et elle affirme l’altérité générique du participé et du participant (point que Platon pourtant semble pressentir, L’enjeu..., Les métaphysiques d'Aristote, cf. Dialectique de l’idée et analogie de l'être, Comparaison structurelle du Sophiste de Platon et des Métaphysiques d'Aristote, 1975). Aussi bien Aristote peut-il dire que la matière participe à la forme (le connaître et le vouloir à leur objet propre), l’agent à la fin (le mouvement physique et vivant à l’éternité du divin), et d’une manière générale l’imparfait au parfait, le mode second au mode premier d’une même notion analogique (par exemple, l’amour de jouissance et l’amitié d’utilité à l’amitié véritable dont ils sont la « similitude », ou, plus saisissant encore, la matière au bien).
Or, dans une pensée univoque qui méconnaît la distinction de ce qui est en quiddité et exercice, la subordination d’une cause à une autre ne peut plus manifestement impliquer la notion d’une cause première causant l’exercice causal d’une cause seconde, et par conséquent la notion aristotélicienne de participation perd toute raison d’être (L'univocité de l'être, Fondement critique de la négation chez G. d’Occam de l’exemplarité divine, 1991 ; La toute-puissance divine et la participation dans la théologie occamienne de la grâce, 1997), pour devenir une simple équiparance formelle univoque de l’idée divine au concept objectif, et de celui-ci à l’entité réelle formellement distincte dans la chose (Scot, Grégoire de Rimini, cf. L’enjeu…), sorte de transfert d’idéalités objectives, pour parler avec Husserl, incapable d’inspirer aucun étonnement philosophique ni le moindre élan spirituel.
Il y a dans l’élucidation de la notion aristotélicienne de participation, parallèlement à celle de la causalité, l’un des aspects les plus importants des Métaphysiques. Elle permet de comprendre les raisons de l’apparente négation par Aristote de toute forme de participation. En réalité, il ne rejette que la participation univoque qui permet à un modèle et à la copie qui l’imite de communiquer dans la même identité spécifique absolue. Car la participation aristotélicienne suppose l’altérité générique des modes seconds d’une même notion analogique, les uns par rapport aux autres et à l’égard de son mode premier. Du coup, l’analogie conçue comme forme logique d’universalité permettant de penser l’unité relative d’entités ou de notions génériquement autres apparaît comme l’instrument logique nécessaire pour élaborer la science de « ce qui est dit multiplement », non seulement la science de l’être (il n’y a aucune raison de privilégier la seule analogia entis, comme le laisse entendre un usage scolastique contemporain trop fréquent), mais la science de tout qui ce qui est pensé de manière non univoque, c’est-à-dire la presque totalité des entités ou notions étudiées par le Stagirite dans son œuvre. Aucun risque ici de « platoniser » la pensée d’Aristote, mais au contraire la possibilité de comprendre correctement l’une par rapport l’autre les métaphysiques de Platon et d’Aristote, ces deux colonnes de la pensée philosophique occidentale, et de développer les potentialités que recèle le corpus aristotélicien et qui ne sont pas encore, et de loin, complètement explicitées, en particulier dans les domaines, physique, des notions d'espace, de temps et d'infini, psychologique, de la sensibilité profonde ou première, moral, des passions et des vertus, des relations de l'homme et de la femme.
Après cette esquisse du trajet de recherche d’André de Muralt, il ne reste plus qu’à attendre l’étude d’ensemble sur l’œuvre d’Aristote à laquelle il travaille.