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Le Tribunal pénal fédéral est un tribunal fédéral qui siège à Bellinzone depuis sa fondation le 1er avril 2004. Il est aujourd'hui composé de deux cours.
La Cour des affaires pénales, tribunal pénal ordinaire de la Confédération, juge en première instance les affaires dont la compétence ressort expressément à la justice fédérale selon les art. 23 et 24 du Code de procédure pénale suisse; ces affaires pénales fédérales dérogent à la compétence primaire des cantons en matière de poursuite pénale. Elles consistent notamment en des crimes et délits contre des intérêts fédéraux (qui sont commis par ou contre des employés fédéraux, des institutions fédérales ou des personnes protégées par le droit international public, ou qui relèvent de la corruption, etc.), en des infractions en relation avec des substances explosives et en des cas de criminalité économique, de crime organisé et de blanchiment d'argent de portée internationale ou intercantonale.
De surcroît, la Cour des affaires pénales connaît des infractions contre diverses lois fédérales telles que la loi fédérale sur l'aviation, la loi sur l'énergie atomique, la loi sur les marchés financiers et la loi sur le matériel de guerre. Ainsi en va-t-il par exemple de la transmission à l'étranger de biens immatériels ou de savoir-faire en matière de matériel de guerre.
La Cour des plaintes statue, dans les affaires pénales fédérales, sur les recours contre les décisions et les actes de procédure de la police et du Ministère public de la Confédération ainsi que contre les décisions des tribunaux des mesures de contrainte. Ces derniers ordonnent notamment le placement en détention. La Cour des plaintes connaît aussi des recours contre les décisions et ordonnances de la Cour des affaires pénales qui ne revêtent pas le caractère de jugements. De plus, elle traite des recours et des plaintes qui lui sont déférés selon le droit pénal administratif, ainsi que des conflits de compétence entre les cantons et entre la Confédération et les cantons. Enfin, elle est autorité de recours de l'entraide judiciaire internationale en matière pénale; les décisions dont elle connaît ont comme objets principaux l'extradition d'individus poursuivis ou condamnés, l'entraide accordée dans le cadre de procédures pénales étrangères, la délégation de procédures pénales ou de l'exécution de jugements ainsi que l'exécution de jugements étrangers.