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XIXe siècle
L'arsenal
Après le départ des Bernois, l’État de Vaud décide de garder le château de Morges pour les besoins de l'administration. Celui-ci, perdant son utilité défensive, est transformé en arsenal en 1803. En 1871, les réserves de poudre du Château explosent accidentellement, entraînant la mort de 26 personnes.
La Révolution vaudoise
Le début de la période contemporaine est marquée par la Révolution française qui entraîne, entre autres, la Révolution helvétique de 1798. A l'issue de cette dernière, les bases politiques de la Suisse moderne sont constituées, notamment l'indépendance des cantons : la tutelle bernoise est ainsi balayée et le canton de Vaud voit le jour en 1803. A ce titre, l'importance des Vaudois dans le renversement de la domination bernoise ne doit pas être exagérée : c'est avant tout l'entrée des troupes françaises sur le territoire, fin janvier 1798, qui précipite les évènements et conduit à l'adoption de la Constitution helvétique, proposées et rédigées par les généraux français.
Si les élites vaudoises embrassent rapidement le nouveau régime politique, et avec eux plusieurs éminents notables morgiens, la ville de Morges connaît une phase de résistance en 1800. Cette résistance rapidement réprimée, la ville s'adapte au nouveau régime et le château accueille, à ce titre, le tribunal du district jusqu'en 1803. A cette date, l'édifice connaîtra une nouvelle transformation pour devenir l'arsenal cantonal vaudois.
L'arsenal vaudois
La création de l'arsenal cantonal vaudois répond à la nécessité d'entreposer le matériel militaire issu du partage entre Berne et ses anciens territoires. Cette nouvelle fonction occupe une grande partie du bâtiment, qui perd alors la plupart de ses autres rôles et fait l'objet de transformations architecturales mineures. En outre, le château continue à faire office de prison jusqu'en 1844, mais seulement pour un nombre restreint de condamnés. La fonction défensive du château est alors révolue et les fortifications médiévales, soit le mur d'enceinte, les portes et le fossé, sont détruites.
L'explosion de 1871
Après la défaite des troupes françaises de Napoléon III face à la Prusse, près de 90'000 soldats français cherchent refuge en Suisse ; 780 sont hébergés à Morges. Alors qu'une partie de cette troupe est occupée à désamorcer et à ranger des munitions dans le château de Morges, un des français fait accidentellement exploser une cartouche, ce qui entraîne l'explosion des réserves contenues dans l'arsenal. 26 personnes, principalement des soldats français, trouvent la mort dans le terrible accident, qui détruit en partie le château et souffle jusqu'aux fenêtres de la ville de Thonon.