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La collaboration entre Genève et les autres cantons de Suisse prend différentes formes et intervient notamment dans le cadre des nombreuses conférences intercantonales auxquelles le canton de Genève participe activement, qu'elles soient de niveau national ou régional.
Outre les nombreuses conférences intercantonales thématiques, le Conseil d'Etat genevois collabore pleinement aux conférences gouvernementales, que cela soit la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC), la Conférence des gouvernements cantonaux de Suisse occidentale (CGSO). Le fédéralisme, les relations entre la Suisse et l'Union européenne, la péréquation financière, la répartition des tâches entre Confédération et cantons ou la politique du numérique sont autant d'exemples de thématiques centrales pour notre canton, traitées au sein de ces instances gouvernementales.
Par ailleurs, le canton de Genève s'engage de pair avec le canton de Vaud au sein de la Métropole lémanique, qui forme un territoire de vie et une communauté d'intérêts marqués par d'intenses flux de pendulaires et de fortes interactions économiques.
Le Service des affaires européennes, régionales et fédérales (SAEF) est chargé de la coordination du positionnement du canton de Genève et veille à la cohérence de la position cantonale au sein des différents organismes.