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Dans Bayatyan vs Arménie (2011), La Cour a statué en faveur de Vahan Bayatyan, qui a été condamné à une peine d'emprisonnement après avoir refusé d'effectuer son service militaire pour des motifs de conscience. Une série d'arrêts contre la Turquie ont suivi, y compris Erçep vs Turquie (2011). Malgré l'exigence de la Cour concernant la reconnaissance du droit à l'objection de conscience, les responsables gouvernementaux turcs ont déclaré qu'ils n'appliqueraient pas la décision. Selon les déclarations du gouvernement, le droit à l'objection de conscience ne sera reconnu que lorsque la Turquie aura créé une armée professionnelle et mis un terme au système actuel de conscription. La Turquie n'a pas appliqué l'arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme rendu en 2006 (Ülke vs Turquie), qui impose aux autorités de modifier la loi pour empêcher les poursuites répétées et l'emprisonnement des objecteurs de conscience.
De son côté, Azerbaïdjan n'a pas honoré son engagement de libérer les objecteurs de conscience emprisonnés dans les deux ans suivant son adhésion au Conseil de l'Europe, en 2000. Bien que la Constitution de l'Azerbaïdjan prévoit un service de remplacement, aucune législation appropriée n'a été adoptée pour assurer l'application du droit à l'objection de conscience. Les autorités azerbaïdjanaises cherchent à justifier le retard dans l'adoption d'une loi sur le service alternatif en invoquant le conflit non résolu du Haut-Karabakh, avec l'Arménie.
Ce même argument est utilisé par l'Arménie, où de jeunes pratiquants continuent d'être emprisonnés, toujours en plus grand nombre et plus longtemps, parce que leurs convictions leur interdisent d'accomplir un quelconque service militaire. En tant que membre du Conseil de l'Europe, l'Arménie a également pris l'engagement de fournir une alternative civile au service militaire obligatoire. Toutefois, le service de remplacement de l'Arménie est toujours sous le contrôle de l'armée, ce qui le rend incompatible avec les principes de plusieurs groupes, notamment les témoins de Jehova.
Amnesty International appelle les gouvernements de la Turquie, de l'Azerbaïdjan et de l'Arménie à honorer leurs engagements régionaux. Ils doivent également veiller à ce que toute alternative au service militaire soit véritablement civile, et que sa durée ne présente pas un caractère punitif. Toutes les personnes emprisonnées en raison de leur refus d'accomplir le service militaire pour des raisons de conscience ou de conviction profonde doivent être libérées immédiatement.