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Die Apfelfruchtfliege Rhagoletis pomonella legt ihre Eier direkt unter die Fruchthaut von Früchten ab, anschliessend schädigen die geschlüpften Larven das Fruchtfleisch durch Frass. Befallene Früchte fallen frühzeitig von der Wirtspflanze, die Larven wandern danach in den Boden, wo sie als Puppen überwintern. Die adulten Fruchtfliegen schlüpfen im nächsten Frühjahr.
Die Verschleppung in europäische Anbaugebiete stellt ein grosses Risiko für die Apfelproduktion dar.
Die grösste Gefahr ist der Transport von kontaminierten Früchten dar. Die Entwicklung der Larven und Eier innerhalb einer Frucht im Frühstadium ist nur sehr schwer erkennbar. Zur Verhinderung der Einschleppung über den Handel von pflanzlichen Produkten in andere Länder, können Früchte aus Drittländern stichprobenartig visuellen Kontrollen unterzogen werden. Verdächtige Äpfel mit Symptomen sollten aufgeschnitten und auf Larven kontrolliert werden. In den USA werden Kältebehandlungen eingesetzt, um Larven in Äpfeln abzutöten. Ausserdem wird beim Handel mit Pflanzmaterial von Wirtspflanzen darauf geachtet, dass dieses frei von Erde ist, um eine Verschleppung von Puppen zu verhindern.
In der Schweiz ist die Apfelfruchtfliege als prioritärer Quarantäneorganismus geregelt und daher melde- und bekämpsfungspflichtig. Ein Befallsverdacht muss umgehend dem kantonalen Pflanzenschutzdienst (KPSD) gemeldet werden.
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