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Dans un premier temps, les détenteurs, voire les exploitants dans les cas évidents, sont chargés d'exécuter les mesures demandées par l'autorité.
Les règles concernant la prise en charge définitive des frais sont différentes. La loi fédérale reprend le principe du pollueur-payeur: celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué. Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
L'Etat devra prendre en charge les frais lorsqu'une investigation adéquate révélera qu'un site inscrit au cadastre n'est pas pollué et lors de défaillances (détenteurs ou pollueurs inconnus ou insolvables). Il devra également assumer les coûts d'investigation, de surveillance et d'assainissement pour les sites où il est perturbateur par comportement (exploitant) ou perturbateur par situation (propriétaire de la parcelle). L'Etat pourra en outre agir par substitution pour prévenir des dégâts à l'environnement.
Comme le prévoit la loi sur les sites pollués (LSites) adoptée par le Grand Conseil le 7 septembre 2011, un Fonds cantonal sera créé pour financer les mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement lorsque les responsables de la pollution ou les propriétaires des sites sont inconnus ou insolvables, les frais d'exécution par substitution ainsi que les frais engagés pour des sites qui s'avèrent non pollués. Des subventions cantonales sont également prévues pour les mesures liées aux anciennes décharges communales et aux stands de tir. Le Fonds est essentiellement alimenté par des taxes sur les déchets stockés définitivement dans les décharges contrôlées du canton. Si nécessaire, le Fonds est également alimenté par le budget de l'Etat.
La Confédération a mis en place un fonds appelé Ordonnance relative à la taxe pour l'assainissement des sites contaminés (OTAS) qui est alimenté par des taxes sur les déchets mis en décharge et qui permet notamment d'indemniser certains coûts liés à l'investigation, la surveillance et l'assainissement:
- des sites ayant servi en grande partie au stockage des déchets urbains sur lesquels plus aucun déchets n'a été déposé après le 1er février 1996;
- des stands de tir (prolongation de délai: 31 décembre 2012 pour installations situées dans une zone de protection des eaux, 31 décembre 2020 pour les autres sites).