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Seit dem Verbot von Phosphaten in Waschmitteln im Jahr 1986 ist die Phosphorbelastung der Seen deutlich zurückgegangen, besonders im Murtensee. Hingegen liegt der Sauerstoffgehalt ganzjährig unter dem Mindestwert von 4 mg/l. Dies ist zum Teil auf die starke Primärproduktion zurückzuführen – insbesondere beim Phytoplankton –, die deutlich höher ist als in den übrigen Juraseen.
Obwohl die Belastung durch gelösten anorganischen Phosphor (dissolved inorganic phosphorus, DIP) in den letzten Jahren deutlich zurückgegangen ist und derzeit auf 13 t/Jahr geschätzt wird, sind laut EAWAG die Bemühungen im Hinblick auf eine weitere Reduktion um zwei Tonnen pro Jahr fortzusetzen, damit in Bezug auf den gelösten Sauerstoff eine befriedigende Situation erzielt werden kann.
Auf dieser Grundlage hat das Institut AGRIDEA eine Liste mit den Phosphorquellen des gesamten Einzugsgebiets des Murtensees (Kantone Freiburg und Waadt) in den Bereichen Landwirtschaft, Entwässerung und Abwasserreinigung erstellt.
Die Wasserqualität der drei Seeländer Seen – Neuenburger-, Bieler- und Murtensee – wird von den zuständigen Fachstellen auf dem Gebiet des Gewässerschutzes der Kantone Bern, Freiburg, Neuenburg und Waadt gemeinsam überwacht. Eine Website widmet sich speziell der Beobachtung dieser drei Seen: www.die3seen.ch.
Temperatur des Murtensees
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat in der Nähe der Gemeinde Mont-Vully eine Sonde angebracht, um die Temperatur des Murtensees zu messen. Ziel ist es, die Auswirkungen des Klimawandels auf die aquatischen Lebensräume abzusehen.