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Jusqu’à la fin des années 50, la Chimie bâloise éliminait ses déchets directement dans le Rhin dont la couleur variait au gré des substances déversées. Lorsque la Chimie bâloise prit conscience que ces pratiques finiraient par empoisonner les cours d’eau, elle se mit à la recherche de sites d’entreposage.
Si à la fin des années 50 la Chimie bâloise jette son dévolu sur Bonfol, c’est en raison de la proximité avec Bâle d’une part et de la nature du sous-sol de la région d’autre part. L'argile de Bonfol est réputée imperméable et permet, croit-on à l’époque, un entreposage sûr et durable des déchets chimiques. Les arrivages de déchets débutent en 1961 et se terminent en 1976.
Mais les ennuis débuteront assez rapidement. Si la cuvette argileuse de la décharge offre en effet une bonne imperméabilité, ce n’est pas le cas du couvercle et les infiltrations d’eau finiront par la faire déborder. C’est le premier problème que la Chimie bâloise s’emploiera à résoudre tout au long des années 80 avec notamment l’aménagement d’un système de drainage et la mise en service d’une station d’épuration des eaux.
Par la suite, le doute s’instaure quant à l’imperméabilité de la décharge si bien que finalement son assainissement total et définitif s’impose. S’appuyant sur le renforcement de la législation environnementale, le Canton du Jura ordonne donc à la Chimie bâloise en janvier 2000 d’assainir sa décharge.