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Le choix des examens microbiologiques n'est pas toujours aisé. Quels germes rechercher ? Faut-il faire une microscopie, une culture, une recherche d'antigènes, d'anticorps, de gènes, de toxines ? Comment prélever et transporter le spécimen ? Cet article apporte des réponses aux questions courantes que se pose le médecin au moment de prescrire les examens microbiologiques des selles, des voies respiratoires inférieures, du sang (hémocultures) et des plaies. En choisissant judicieusement ces examens et en respectant les recommandations pour le prélèvement et le transport des spécimens, le médecin apporte une contribution importante à la qualité des résultats.