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Eine Magnetstimulationssitzung dauert zwischen 20 und 45 Minuten und besteht aus zwei wesentlichen Schritten:
1Die Bestimmung der motorischen Schwelle: Der Arzt bestimmt die Intensität der notwendigen Stimulation. Er prüft dafür die Erregbarkeit des Gehirns. Die Stärke der Erregbarkeit kann von Tag zu Tag und während des Tages schwanken, hingegen muss die motorische Schwelle nicht bei jeder Sitzung neu bestimmt werden. Zur Bestimmung stimuliert der Arzt den motorischen Kortex (oben auf dem Kopf und auf der Seite). Die Kontraktion des Muskels wird auf der Gegenseite an der Hand gemessen. Sobald die Stimulationsintensität bestimmt ist, platziert der Arzt die Spule mit dem ermittelten Stimulationsstärke (z.B.: der präfrontale Kortex bei Depressionen, der motorische Kortex bei chronischen Schmerzen, der visuelle Kortex bei Migräne) am Kopf des Patienten.
2Die repetitive Stimulation des Gehirns mit dem Ziel einer therapeutischen Wirkung wird gestartet. Je nach Patient dauert eine Sitzung zwischen 1 und 37 Minuten. Während der Sitzung sitzt der Patient bequem in einem Stuhl. Er wird angeleitet sich zu entspannen und den Kopf nicht zu bewegen.
rTMS ist eine Behandlung, die keinen Spitalaufenthalt oder Anästhesie erfordert. Die Nebenwirkungen sind sehr gering, wenn die Behandlung nach den Empfehlungen der International Federation of Clinical Neurophysiologie durchgeführt wird.