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An der Einstichstelle gibt es bei einer von 10 Personen eine lokale Reaktion (Rötung, Schmerz, Schwellung).
Seltener sind Kopfschmerzen, Müdigkeit oder Fieber Folge der Impfung. Nach 1–3 Tagen verschwinden diese Reaktionen wieder.
Eine schwere allergische Reaktion auf einen Inhaltsstoff der Impfung ist extrem selten (1–2 Fälle pro Million Impfdosen).
Manchmal werden innert Tagen oder Wochen nach einer Impfung gesundheitliche Probleme signalisiert, die Befürchtungen aufkommen lassen, die Impfung sei für diese verantwortlich.
Nachdem solche Befürchtungen beispielsweise in Frankreich aufgetreten waren, wurden zwischen 1996 und 2004 zahlreiche Studien durchgeführt. Diese Studien haben jedoch keinerlei Zusammenhang zwischen Hepatitis-B-Impfung und Autoimmunerkrankungen (z.B. Multiple Sklerose) gezeigt.
Die Hepatitis-B-Impfung wird daher weltweit empfohlen. Mehr als 550 Millionen Menschen wurden weltweit ohne Komplikationen geimpft.