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Die bereits 1817 gegründete Naturforschende Gesellschaft Basel wie die 1836 gegründete Historische und Antiquarische Gesellschaft Basel hatten zum Hauptzweck, den bürgerlichen Bildungsbedürfnissen zu dienen. Sekundär unterstützten sie aber auch, nach Wissensbereichen aufgeteilt, die Universität. Diese Unterstützung kam insbesondere den Universitätssammlungen zu Gute - und in den 1840er Jahren dem grossen Museumsbau, der auf seine Art auch ein Universitätsbau war.
Aus der Erfahrung der Gefährdung, der das Universitätsgut in Folge der Kantonstrennung von 1833 ausgesetzt war, sowie aus der allgemeineren Wertschätzung des Museumswesens entstand im Basler Bürgertum in engster Verbindung mit der Universität eine breite Bewegung, die zur Gründung 1841 eines «Museumsvereins» für den Bau eines neuen Museums und 1850 eines «Freiwilligen Museumsvereins» führte, dessen Doppelzweck darin bestand, einerseits den weiteren Museumsbetrieb vor allem durch Ankäufe zu unterstützen und anderseits bei den Bürgern den Sinn für Wissenschaft und Kunst zu beleben. Die Initiative war von drei Persönlichkeiten ausgegangen: vom Universitätskanzler Peter Merian, vom Chemieprofessor Christian Friedrich Schönbein und vom Architekten Melchior Berri. 50 Personen waren bei der konstituierenden Versammlung zugegen, Schönbein wurde zum ersten Präsidenten gewählt und hatte dieses Amt bis 1869 inne. Später kamen weitere Gesellschaften hinzu, etwa die 1907 gegründete Basler Chemische Gesellschaft oder die 1923 entstandene Geographisch-Ethnologische Gesellschaft Base.