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Christophe Valmaggia studierte an den Universitäten Lausanne und Zürich, wo er 1990 sein Staatsexamen ablegte. Anschliessend arbeitete er als Assistenzarzt in Grabs, Zürich und St. Gallen. Am Kantonsspital St.Gallen war er in verschiedenen Kaderpositionen tätig. 1996 erwarb er den Facharzttitel für Ophthalmologie und im Jahr 2000 den Schwerpunkt Ophthalmochirurgie.
Während eines Auslandaufenthalts in Amsterdam erweiterte er seine Kenntnisse in der Chirurgie von Netzhauterkrankungen. 2007 erlangte er den Titel Executive MBA an der Universität St. Gallen (HSG). Seit 2011 leitet er die Augenklinik am Kantonsspital St. Gallen. 2014 wurde er zum Titularprofessor an der Universität Basel ernannt.