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Ancora oggi, la qualità insufficiente e l'inquinamento delle acque causano talvolta una mortalità dei pesci elevata.
Per mortalità dei pesci si intende l'improvvisa comparsa in un lago o in un corso d'acqua di un gran numero di pesci morti. Tra il 1999 e il 2004, sono stati riscontrati 1186 casi di morìa di pesci in tutta la Svizzera (cfr. grafico qui di seguito). Durante questo periodo, il numero di casi è rimasto stabile rispetto agli anni 1990 (circa 150 casi l'anno). L'unica eccezione è costituita dal 2003, che ha fatto riscontrare il numero più elevato di casi di morìa di pesci mai registrato prima (401). Questo picco è da ricondursi alle condizioni climatiche eccezionali di quell'anno: addirittura 162 casi sono infatti dovuti alla siccità e alla canicola.
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