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À Damphreux, les sols des marais et ceux du bassin versant se sont constitués, le plus souvent, sur des dépôts quaternaires de sédiments fins de dépôts éoliens appelés "lehm-loess". En sous-sol, la roche-mère (horizon C) est constituée par des argiles généralement imperméables. L'eau, qui ne peut s'infiltrer, stagne en surface dans les dépressions. Depuis un ou plusieurs millénaires, les anciennes forêts humides ont été défrichées pour permettre une exploitation agricole extensive en prairies humides. Ces dernières, peu ou pas drainées sont devenu des bas-marais en milieu ouvert. En hiver 2008/2009, un sondage a été effectué, à la pelle mécanique, dans le bas-marais en amont de l'étang 6 des Coeudres. Le trou creusé permet d'observer le sol tourbeux en surface (horirons A et B) et les argiles imperméables sous-jacents (horizon C ou roche-mère). Les horizons superficiels (A et B) sont formés de fines particules facilement emportées par l'érosion lors du ruissellement en cas de fortes pluies.
Vu l'imperméabilité, dans les terrain en pente, l'eau de pluie ruisselle en surface et devient brune en emportant de fines particules de terre. Le sédiments fin se déposent dans les dépressions (marais, étang) ou sont emportés par les ruisseaux.
- Horizon A, sol tourbeux riche en matière organique.
- Horizon B avec plus de matières minérales que l'horizon A.
- Horizon C, argiles imperméables permettant d'expliquer la formation du marais.
Le 4 mai 2002, érosion dans les terres ouvertes sur le versant sud du bas-marais de Pratchie, en cas de fortes pluies, les eaux de ruissellement emportent la terre arable. Le même phénomène s'observe le 23 février 2003 au niveau des cultures côté est des étangs des Coeudres. Le 3 octobre 1999, l'eau chargée de particules fines de sol ("les fines") arrive dans l'étang 2 des Coeudres. ces matières en supsension vont se déposer et l'étang se comble trop rapidement. En 2006, lors de la vidange de l'étange 2, l'importante épaisseur de vase atteste de la décomposition partielle de la matière organique et des dépôts conséquents de fines au fonds du plan d'eau. Le 13 mai 1999, en Pratchie, les fines circulent avec les eaux de ruissellement depuis les terres ouvertes. Ces apports de sédiments et d'engrais enrichissent et comblent le bas-marais.
En Pratchie, une petite mare creusée en 2000 est déjà comblée après 3 ans d'érosion des terres ouvertes situées en amont. Les importants dépôts de terre arable érodée sont visibles lors de la sécheresse de l'été 2003. Le 18 mars 2005, dans les champs de céréales situés à l'est des étangs des Coeudre, l'érosion est marquée en cas de pluie avec des dépôts importants de sédiemnts en aval, contre et sur les prairies de la FMD et dans les plans d'eau. En application de la loi, ces observations justifient pleinement la mise en place de zones-tampon suffisantes d'un point de vue écologique décrétées le 27 novembre 2007 par la Chambre administrative du Canton du Jura, pour protéger deux bas-marais d'importance nationale. Malheureusement, en 2011, une partie des zones-tampon, au nord du bas-marais de Pratchie, ne sont tourjours pas appliquées en raison de l'aménagement prévu d'un chemin qui devraient traverser le marais. La FMD s'oppose à ce projet qui met en péril l'alimentation en eau de la zone humide. Depuis 1998, d'anciens pâturages ont été transformés en terres ouvertes, contrairement à ce qui avait été promis à la FMD dans le cadre des améliorations foncières. Chaque année, en cas de fortes pluies une érosion importante s'observe sur les champs de maïs ou de céréales. L'eau ne peut s'infiltrer dans les argiles imperméables et ruisselle en surface en emportant des particules fines de terre qui se déposent dans les prairies et le bas-marais en aval. De plus, ces eaux de ruissellement apportent quantité de produits phytosanitaires (engrais, désherbant) dans le marais.
Le chemin groisé (Gr 14) En Pratchie, devant la Voivre, illustre bien la problématique des perturbations hydriques causée par un aménagement de ce type en zone marécageuse. L'empierrement et la groise sont très tassés par le passage répété des machines agricoles. La pente des champs cultivés va du nord au sud. En cas de pluie, les eaux de ruissellement sont retenues par le chemin qui fait office de barrage puis de drain ou de canal. Elles s'écoulent alors en surface dans les ornières pour finalement se jeter en aval dans le ruisseau. Le bas-marais perd ainsi une bonne partie de son alimentation hydrique naturelle. En aval, le chemin, légèrement surélevé, fait un temps barrage puis l'eau s'écoule vers l'ouest dans les ornières du chemin pour se déverser directement dans le ruisseau. Les cultures "Devant la Voivre sont inondées", le bas-marais de Pratchie est privé d'eau. Les céréales ne peuvent pas se développer dans le sol inondé en bordure nord du chemin. Selon la loi, une zone-tampon suffisante aurait dû être mise en place dès la nouvelle répartition des terres en 1998. Malheureusement il a fallu une opposition de la FMD et un recours pour que finalement la Chambre administrative décrète, en novembre 2007, la nécessité légale des zones-tampon. Cependant, en 2011, vu que la problématique du chemin n'est toujours pas résolue, les zones-tampon suffisantes d'un point de vue écologique n'existe pas encore et le bas-marais continue d'être privé d'eau et de recevoir des sédiments et des engrais. Les dépôts dans le bas-marais, plus au sud, se remarquent moins directement. Cependant, la forte présence et la croisance de plantes nitrophiles comme le vulpin, en aval du chemin, démontre bien que les engrais suivent le même parcours que les "fines" et influencent négativement un bas-marais d'importance nationale.