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Bakterielle Weich- oder Nassfäule
Verursacht durch Erwinia carotovora und andere Erwinia-Arten. Praktisch jede Gemüseart kann befallen werden, insbesondere in wasserdampfgesättigter Atmosphäre in Plastikbeuteln auch im Kühllager. Am stärksten werden davon Befallen: Karotten, Sellerie, Kartoffeln, Kohl. Die Bakterien sind bei der Ernte bereits in grossen Mengen vorhanden. Im Lager ernähren sie sich zunächst von Zellsaft auf der Oberfläche. Dann produzieren sie sehr aktive Protopektinasen, die die Mittellamellen zwischen den Zellen des Substrates auflösen. Es resultiert ein rascher Zellzerfall. Das Gewebe zerfällt breiartig-schmierig mit üblem Verderbsgeruch. Infolge der raschen Bakterienvermehrung kommen Pilze kaum zur Entwicklung. Nach dem Gewebszerfall können sich weitere Bakterienarten wie Pseudomonas-, Enterobacter- und Lactobacillus-Arten vermehren und die zerfallenen Zellen weiter zersetzen.
Pilzliche Graufäule
Graufäule wird durch Botrytis cinerea bei warmen Temperaturen und hoher Luftfeuchtigkeit hervorgerufen. Es entsteht ein grauer Pilzbelag. Auch viele Früchte werden unter diesen Bedingungen befallen. Der Pilz kann durch enzymatischen Pektinabbau (pektinolytisch) ins gesunde Gewebe eindringen.
Rhizopus-Nassfäule
Rhizopus-Nassfäule wird durch Rhizopus stolonifer und andere Rhizopus-Arten verursacht. Ein weisses, wollig-wattiges Mycel überzieht mit kleinen schwarzen Punkten darin (Sporangien) das breiig-nassfaul erweichte Gemüse. Der Pilz ist stark pektinolytisch, dringt aber hauptsächlich durch Verletzungen ins Gewebe. Der Pilz wird oft durch Fliegen verbreitet (Drosophila: Fruchtfliege). Die mit Pilzsporen infizierten Eier werden auf der Oberfläche abgelegt und kontaminieren damit das Gemüse.
Sklerotinia-Fäule (Braun- oder Weissfäule)
Die Fäulnis wird durch Sclerotinia sclerotiorum hervorgerufen. Es handelt sich um eine weitverbreitete Lagerkrankheit bei Möhren, Rüben und Sellerie. Die befallenen Pflanzenteile erweichen und sind ebenfalls mit weissem, baumwollartigem Pilzmycel bedeckt. Das Mycel scheidet silbrig glänzende, kleine tauartige Wassertröpfchen aus und ist dichter als bei Rhizopus. Später erscheinen harte schwarze Mycelkörper verschiedener Grösse und Form (Sklerotien). Daraus können sich langgestielte Fruchtkörper mit blassroten Scheiben von 4 bis 6 mm Durchmesser bilden. Das Mycel kann auch in Holzwänden von Lagern wachsen und so das neue Lagergut ständig neu infizieren.
Brennflecken-Krankheit (Anthraknose)
Sie wird durch Colletotichum lindemthianium hervorgerufen und tritt bei Tomaten, Bohnen und Erbsen in feuchten, warmen Jahren häufig auf. Es ergeben sich grosse Verluste. Auf den Hülsen und Samen entstehen rundliche, bis 1 cm Durchmesser grosse, eingesunkene braune bis rotbraune Flecken, die mit einem schwarzen bis rötlichen Rand umgeben sind.
Alternaria- oder Schwarzfäule
Dieser Fäulnistyp wird durch verschiedene Alternaria-Arten hervorgerufen. Betroffen sind besonders Tomaten, Paprika, Karotten und Sellerie. Daneben können auch Zwiebeln befallen werden. Das Gemüse wird mit einem schmutzig-grauen, später schwarzen Mycel überzogen.
Weitere von Pilzen verursachte Fäulnisschäden bei der Lagerung von Gemüse sind die Phytophora-Fäule, die Blaufäule, die Rosa-Fäule, die Fusarium-Fäule und die Grün-Fäule.