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Nous voulions documenter et quantifier l'étendue de cette contamination lors de fortes pluies. Un véritable défi, car ces événements sont relativement rares, et il faut se trouver sur place au moment où ils se produisent. Ainsi, même si ces événements se sont produits à Münchwilen durant 118 jours calendaires en 2019, la plupart n'ont pas duré longtemps. Lors de fortes pluies, de nombreuses autres sources potentielles de contamination par la résistance aux antibiotiques se répandent dans la rivière, ce qui complique encore nos recherches. Il s'agit notamment d’écoulements de surface qui transportent de la terre dans la rivière, par exemple à partir de champs et de prairies qui ont pu être fertilisés. Les sédiments présents dans le cours d’eau sont également remis en suspension par l'accélération du débit.
En utilisant des techniques modernes de séquençage permettant de distinguer les microbes de différentes sources, nous avons démêlé ces apports. Nos résultats montrent que le débordement des eaux usées, appelé «dérivation des eaux usées», était clairement la principale source de résistance aux antibiotiques dans la rivière. Dans de nombreuses stations d'épuration, dont celle de Münchwilen, le by-pass subit au moins un processus de sédimentation avant d'être déversé dans la rivière. Cependant, les niveaux de résistance aux antibiotiques après sédimentation restaient encore très élevés.