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Die Fotografie ermöglichte es, Dinge zu sehen, die ohne sie nicht oder schwerer erkennbar sind. Sie fixiert auch Ergebnisse und machte sie publizierbar. Mikroskopische Fotografien und Röntgenbilder sind hier eine der Medizin eigene und wirkungsmächtige Technologie. Im AfM befindet sich eine grosse Anzahl an Röntgenfotografien. Die grösste Anwendung fand die Technologie in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts in der Chirurgie und der Lungenheilkunde. Ein grosser Bestand zum Thema Chirurgie im AfM ist der Nachlass von Otto Maurice Schürch (1896–1951), Chirurg in Winterthur und Basel. Er war ein Pionier auf dem Gebiet der Nagelung von Brüchen. Als Lehrstuhlinhaber für Chirurgie in Basel forschte er auch über Krebs, Knochenchirurgie und Blutransfusionen und dokumentierte dies in einer umfangreichen Sammlung. Laborfotos dokumentierten Versuchsanordnungen und Ergebnisse von Experimenten. Aus dem physiologischen Institut der Universität Zürich stammt der umfangreiche Forschungsnachlass des Nobelpreisträgers Walter Rudolf Hess (1881–1973). Für seine Hirnforschung führte Hess Tierversuche durch, die er akribisch dokumentierte. Ausgewählte Fotografien fanden Eingang in seine Publikationen.