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Die Abteilung für Umwelt (AfU) überwacht regelmässig die Bäche und Flüsse des Kantons Aargau sowie den Hallwilersee und informiert die Öffentlichkeit über deren Zustand. Die Erkenntnisse aus diesen Untersuchungen helfen, Defizite zu erkennen, geeignete Massnahmen zum Schutze der Gewässerqualität zu ergreifen und deren Wirksamkeit zu überprüfen.
Die AfU untersucht die Wasserqualität und Belastungsquellen von Fliessgewässern mit chemischen und biologischen Indikatoren. Zudem ist sie für die Sanierung des Hallwilersees zuständig und untersucht dessen Zustand regelmässig. Das Umweltlabor der AfU unterstützt diese Untersuchungen mit Probennahmen und Analysen.