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Die Hypophyse steht über den Hypophysenstiel mit dem Hypothalamus in Verbindung. Es handelt sich dabei um eine unpaarige neuroendokrine Drüse, die - ähnlich wie andere endokrine Drüsen (Thyroidea, Epiphyse, Nebenniere) - aus zwei Anteilen mit je eigener embryonaler Herkunft besteht. Die Hypophyse setzt sich aus einer Ausstülpung des Hypothalamus (Neurohypophyse) und aus der angelagerten Adenohypophyse zusammen. Im Laufe der embryonalen Entwicklung kommt die Adenohypophyse vor die Neurohypophyse zu liegen.
Die Anlage der Adenohypophyse wird ab dem Stadium 10 als lokale epitheliale Verdickung im Dach der Mundbucht (Stomodaeum) erkennbar (ca. 28 Tage). Da diese Verdickung vor der Membrana oropharyngea liegt, handelt es sich um ein ektodermales Gebilde. Diese Anlage liegt am Rostralende des Kopffortsatzes und damit in unmittelbarer Nachbarschaft des Bodens des Diencephalons. Die ursprünglich flache Anlage stülpt sich im Stadium 13 (ca. 32 Tage) in das Mesenchym ein und bildet so ein Divertikel, die Rathke' Tasche. Diese streckt sich im Stadium 20 (ca. 49 Tage) in die Länge und bleibt nur noch über den schlanken Canalis craniopharyngeus mit dem Stomodaeum verbunden.
Dieser zieht durch die knorpelige Anlage des Os sphenoidale und fällt ab dem Stadium 21 (ca. 51 Tage) der Rückbildung anheim. Aus der Rathke' Tasche entstehen ab dem 3. Monat durch Zellproliferation der Hypophysenvorderlappen (Pars distalis) und dessen Fortsatz entlang dem Hypophysenstiel (Pars tuberalis). Ein Hypophysenzwischenlappen (Pars intermedia) fehlt beim Mensch. Sie wird durch die basophile Invasion in der Neurohypophyse ersetzt.
Die Anlage der Neurohypophyse oder Hypophysenhinterlappen entsteht als Ausstülpung des neuroepithelialen Bodens des Diencephalons. Diese Trichter, der als Infundibulum bezeichnet wird, dringt in das darunterliegende Mesenchym ein und trifft dort auf die Rathke' Tasche. Das Infundibulum bildet ein Divertikel, welches sich im Stadium 16 (ca. 38 Tage) zum Hypophysenhinterlappen (Neurohypophyse) verdickt und mit der Rückseite der Rathke' Tasche verklebt. Die Neurohypophyse bleibt über den Hypophysenstiel zeitlebens mit dem Diencephalon verbunden. Zu Beginn der Fetalperiode sprossen Axone aus dem Hypothalamus in die Neurohypophyse ein, womit die neuroendokrine Hypothalamus-Hypophysen-Achse angelegt ist.