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Qu’est-ce que la sélection génomique?
La sélection génomique (GS) est un moyen d’estimer le potentiel héréditaire d’un animal (soit ses valeurs d’élevage, VE), grâce à la prise en compte de milliers de marquers répartis sur l’ensemble du patrimoine héréditaire. Dans ce cas, un marqueur est un SNP (abréviation du terme anglais Single Nucleotide Polymorphism, prononcée Snip; traduction française (peu utilisée): polymorphisme lié à un seul nucléotide). Les SNPs peuvent être déterminés en laboratoire, à un prix relativement avantageux et ce, aujourd'hui, pour les embryons déjà.
Une fois que les relations entre les SNPs et les caractères qui nous intéressent sont établies, les informations tirées des SNPs en laboratoire permettent de calculer des valeurs d’élevage (valeur d'élevage génomique directe, VEGD). Pour améliorer la sécurité des "valeurs d’élevage déterminées en laboratoire", les sources d’informations traditionnelles (VE des parents) et - si disponibles - les indications sur les propres performances ainsi que les informations sur la descendance sont également prises en compte et rassemblées en une valeur d’élevage combinée, appelée valeur d'élevage génomique optimisée (VEGO). Lorsqu’elles sont correctement estimées et pour les jeunes animaux notamment, les valeurs d’élevage génomiques sont plus sûres que les valeurs d’élevage traditionnelles (voir Sécurité des valeurs d'élevage). De nouvelles perspectives en élevage se dessinent ainsi à l’horizon.
Quelques bases génétiques
Le patrimoine héréditaire (génome) des êtres vivants est contenu dans les noyaux des cellules et répartis sur différents chromosomes. Une cellule de l’espèce bovine - à l’exception des cellules sexuelles - contient en tout 2 x 30 chromosomes, dont la moitié provient du père et l’autre moitié de la mère. Les chromosomes sont constitués d’ADN, une longue molécule filiforme composée de différentes bases (quatre bases différentes: A, C, G et T). Sur le double brin d’ADN, les bases respectivement A ou C et G ou T forment une paire (paire de bases, voir graphique). L’ordre des bases sur le double brin d’ADN (par exemple TCGGATA…) forme un code génétique.
L’ensemble du génome bovin compte 3 milliards de paires de bases. Une section du brin d’ADN, qui renferme la «recette» (code) pour la formation d’une protéine donnée, est appelée gène. En moyenne, un gène est constitué de 4'000 paires de bases. On admet que le génome bovin compte en moyenne 30'000 gènes. Les gènes ne représentent que le 5 % de l’ensemble du génome. La fonction des 95 % de paires de bases restantes dans le génome demeure en partie inconnue.
Une variation du génome concernant une seule paire de bases (par exemple AAGGTTA et ATGGTTA) est appelée Single Nucleotide Polymorphism (SNP, prononcée Snip). Les SNPs sont relativement fréquents sur le génome (à plus d’un million d’endroits), mais n’ont généralement pas d’influence sur un caractère. Les SNPs sont relativement faciles à déterminer en laboratoire (voir Comment les SNPs sont-ils déterminés en laboratoire?) et sont de ce fait des marqueurs intéressants.