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Demnächst werden im Pfäffikersee die Leitungen und Diffusoren zurückgebaut, die seit 1992 für eine bessere Durchmischung des Seewassers und damit für mehr Sauerstoff in der Tiefe des Sees gesorgt haben. Der Rückbau ist möglich, da die Überdüngung des Pfäffikersees seit der Inbetriebnahme der Anlage stark abgenommen hat. Der Sauerstoffgehalt des Sees ist für die Fische nun auch in den kritischen Sommermonaten ausreichend. Bereits 2011 war die am Land stationierte Pumpe demontiert worden.
Durch die hohe Belastung des Pfäffikersees mit Phosphor wurde es in früheren Jahren während der warmen Sommermonate jeweils eng für die Fische. In den oberen Wasserschichten vermehrten sich die Algen stark und am Seegrund hat sich über die Jahrzehnte eine Schicht abgestorbener Algen abgelagert. Diese zehren beim Abbau durch Bakterien viel Sauerstoff auf, was in der Tiefe des Sees im Verlauf des Sommers zu Sauerstoffmangel führt. Die kaltwasserliebenden Fische wie Felchen und Seeforellen meiden im Hochsommer die warmen Wasserschichten an der Oberfläche, sofern in tieferen Schichten genügend Sauerstoff vorhanden ist. Im Pfäffikersee blieb ihnen dort lange Zeit nur eine sehr dünne Wasserschicht zum Überleben, wodurch im Spätsommer jeweils ein Fischsterben drohte.
Dank der vom Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) installierten Belüftungsanlage startete der See ab dem Frühjahr 1992 jeweils mit guten Sauerstoffverhältnissen in den Sommer. Die Anlage durchmischte die Wasserschichten während des Winters, womit sauerstoffreiches Wasser von der Oberfläche in tiefere Schichten gelangte und den Fischen im Sommer ausreichend Sauerstoff zur Verfügung stand.
Seither regelmässig vorgenommene Messungen zeigen, dass die Überdüngung des Pfäffikersees weiter abnimmt – dies dank einer weiteren Verbesserung der Abwasserreinigung sowie einem verringerten Nährstoffeintrag aus der Landwirtschaft. Der Nährstoffgehalt hat sich inzwischen soweit stabilisiert, dass der Rückbau der gesamten Anlage zu verantworten ist. Auch dieser Entscheid fiel in Absprache mit der Begleitgruppe. Die Arbeiten erfolgen ab Ende Oktober 2014 durch eine spezialisierte Firma unter Verwendung einer schwimmenden Arbeitsplattform auf dem See und sollten Mitte November 2014 abgeschlossen sein.