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Un siècle d'or
Le XVIIIe est un siècle d'or pour Genève. Le péril aux frontières disparaît. La ville s'agrandit, on construit de nombreuses et belles demeures (notamment la maison Mallet sur l'emplacement du cloître de Saint-Pierre qui est démoli), les anciens réfugiés ont prospéré, nombre d'entre eux sont devenus de riches banquiers qui financent même le roi de France!
En 1735 on célèbre le bicentenaire de la Réforme. La doctrine de Calvin a été quelque peu assouplie, même si l'esprit demeure, ainsi que la fidélité aux Saintes Ecritures et l'attachement à la Réforme. Mais si la foi reste très vive et demeure un facteur d'union, l'émergence de «nouveaux riches» crée des divisions. L'usure du pouvoir «aristocrate» au profit des nouveaux bourgeois s'affirme. Les classes moyennes ont entamé leur conquête du pouvoir, à travers le rôle réaffirmé du Conseil général qui est devenu leur fief. Mais ces développements réveillent aussi les milieux populaires qui vont à leur tour réclamer une influence correspondant à leur poids numérique.
La Révolution
En 1792, l'ancien régime agonise à Genève. L'organisation sociale traditionnelle, son système de valeurs et même jusqu'à la religion, tout s'effrite. Les catholiques sont de plus en plus nombreux, et le suffrage universel ou presque est devenu réalité. Les réunions du Conseil général, devenu Assemblée souveraine, se tiennent toujours à Saint-Pierre mais il ne s'y passe plus grand chose, le vrai pouvoir est dans les clubs politiques à la place Bel-Air. En 1794, le gouvernement «révolutionnaire» relativement modéré de 1792 est renversé à son tour par les plus exaltés qui, comme en France, nomment un tribunal révolutionnaire, lequel condamne un certain nombre d'«aristocrates» à mort, dont onze seront exécutés. On diminue le nombre de lieux de culte et de services, les clubs révolutionnaires exigent qu'on y affiche la «Déclaration des droits et des devoirs de l'homme social», signe de l'influence notoire de Jean-Jacques Rousseau. A Saint-Pierre le tombeau du Duc de Rohan est démonté; la cathédrale devient principalement un lieu de cérémonies laïques et un local pour les votations; on parle de la rebaptiser Temple des Loix lors d'une cérémonie devant célébrer l'attachement entre Genève, la France révolutionnaire et les Etats-Unis d'Amérique.
Rattachement de Genève à la France
Les esprits sont de plus en plus troublés par des bruits d'un prochain rattachement de Genève à la France, ce qui arrive en effet en avril 1798, où Genève est investie par surprise par 1600 hommes de troupe. Elle devient chef lieu du département français du Léman, pendant quinze ans. Le Conseil général ne survit pas à ces développements. Pendant cette période, Saint-Pierre sert de lieu de manifestations en l'honneur de la France. C'est en son sein que les préfets prêtent serment. Même la fête des Promotions a un goût amer pour les Genevois puisqu'elle est présidée par le préfet. En 1801, le Concordat rétablit la paix entre la France et l'Eglise de Rome (mise à mal lors de la Révolution) et garantit aussi les droits des minorités religieuses. Ces nouvelles bonnes relations entre pouvoirs civil et religieux rendent Saint-Pierre au culte, après huit ans de privation. La cathédrale redevient un centre de rassemblement et d'union des Genevois autour de leurs pasteurs. Par ailleurs, cette période d'annexion affirme le droit de cité acquis par le catholicisme, à qui l'on concède le Temple de Saint-Germain. En 1810, les protestants genevois ont vent de démarches tentées auprès du préfet pour que Saint-Pierre soit rendue au culte catholique. On transfère alors la Faculté de théologie dans la chapelle du Portugal, équipée d'un fourneau pour l'hiver, afin de mieux occuper les lieux.
Genève entre dans la Confédération suisse
Au moment de la défaite de l'armée napoléonienne, Genève est libérée le 30 décembre 1813 par les troupes autrichiennes et, le lendemain, après le retrait définitif du préfet, un gouvernement provisoire dirigé par l'ancien syndic Ami Lullin proclame la Restauration de la République de Genève, et parvient à faire adopter aux Genevois une constitution supprimant le Conseil général, arguant que les Confédérés l'exigent pour admettre Genève en leur sein. Le 1er juin 1814, les troupes suisses (des contingents fribourgeois et soleurois) débarquent au Port Noir à Genève, puis, en juillet, commencent les négociations pour l'entrée de Genève dans la Confédération. Malgré la crainte des catholiques suisses face à la «Rome protestante» et aux troubles qu'elle a connus au XVIIIe siècle, le rattachement de Genève à la Suisse est effectif le 19 mai 1815. Les territoires accordés à Genève pour son désenclavement vont amener une population catholique importante, habitants des territoires ruraux voisins jusqu'alors français ou sardes. La nouvelle Constitution accorde les mêmes droits aux catholiques qu'aux protestants. Cependant les tensions se maintiennent entre les deux confessions. On en trouve même à l'intérieur de la confession protestante où certains, jugeant que l'on s'est par trop éloigné de la doctrine de Calvin, créent l'église du Réveil.
La Constitution de 1847
La nouvelle construction politique de Genève est fragile, et va vite être attaquée de manière démocratique par James Fazy et le parti radical naissant. La Constitution de 1847, dictée par Fazy et qui remplace celle toute fraîche de 1842, rétablit le Conseil général, ensemble des électeurs genevois, qu'il charge de nommer les magistrats, et ce au Temple de Saint-Pierre. En mai 1847, il fait partie des Conseillers d'Etat élus de cette façon. Mais cette renaissance ne peut durer, les formes ont changé, il faut tenir compte de la mixité confessionnelle et du suffrage universel. Par ailleurs les autorités de l'église protestante s'offusquent de voir le temple utilisé sans respect dans le cadre des élections, qui plus est ont lieu le dimanche, ce qui perturbe complètement la vocation première des lieux. Le Conseil d'Etat et le Conseil administratif de la Ville sont convaincus de la nécessité de construire un bâtiment pour accueillir le Conseil général. Un emprunt public est lancé et bien accueilli notamment par les milieux protestants genevois. En novembre 1855 le nouveau Bâtiment électoral est inauguré. Mais les membres élus de l'exécutif continueront jusqu'à aujourd'hui à prêter serment en la cathédrale le jour de leur entrée en fonction.
Réorganisation de l'Eglise réformée
En 1842, lors de la révision de la Constitution, l'Eglise réformée prend le nom d'Eglise nationale protestante. Elle doit désormais être organisée démocratiquement, selon les idées qui prévalent en ce temps de James Fazy et du gouvernement radical. La Constitution de 1847 va accentuer encore cette alignement de l'Eglise sur les institutions politiques : la direction de l'église passe des Pasteurs à un Consistoire, sorte de Parlement de l'Eglise, nommé par les électeurs et formé en majorité de laïques. L'Eglise-clergé de Calvin devient Eglise-peuple. Certains traditionnalistes regrettent ce changement et fondent en 1849 l'Eglise évangélique libre. Les catholiques sont toujours plus nombreux, représentant plus de la moitié de la population genevoise à la fin du XIXe siècle.
Séparation de l'Eglise et de l'Etat
Le gouvernement fazyste combat l'influence des églises et cherche à laïciser progressivement les grandes manifestations, notamment les Promotions. Dès 1856, celles-ci ne seront ainsi plus célébrées à Saint-Pierre mais dans le tout nouveau bâtiment électoral. Laïcisation, séparation du temporel et du spirituel, c'est le combat des adversaires de l'église mais aussi de certains réformés fervents pour qui l'Eglise ne doit pas se compromettre avec l'Etat. Après plusieurs tentatives avortées, la suppression du budget des cultes est votée le 30 juin 1907 par la population genevoise à une faible majorité. Saint-Pierre est alors cédée par la Ville à L'Eglise nationale protestante, avec la seule réserve que «l'Etat et la Ville de Genève continueront comme par le passé à pouvoir disposer du temple de Saint-Pierre pour les cérémonies nationales». Dans les faits ne demeurera quasiment que, à chaque nouvelle législature, l'installation du Conseil d'Etat qui, ce jour-là, prête serment sur la Bible dans la cathédrale où, lors des siècles précédents, tous les actes importants de la vie civique avaient lieu.