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Les centrales nucléaires produisent aussi des déchets de faible et de moyenne activité. Ils sont conditionnés sur place ou au dépôt intermédiaire, le Zwilag, à Würenlingen pour leur stockage en profondeur. Divers types de déchets faiblement radioactifs sont fondus dans le four à plasma du Zwilag, et solidifiés en une masse de scories.
Les déchets bruts provenant de la médecine, de l’industrie et de la recherche sont acheminés, sous une forme compatible avec le stockage profond, à l’Institut Paul Scherrer ou au Zwilag, et ensuite entreposés dans le dépôt intermédiaire de la Confédération à Würenlingen.
Le retraitement d’éléments combustibles usés génère aussi des déchets de faible et moyenne activité (p. ex. des parties de l’ossature des éléments combustibles).