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Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt (SSA) übt die Aufsicht über die Seeschifffahrt unter Schweizer Flagge aus und hat Sitz in Basel. Es ist dem EDA angegliedert, da es bei der Seeschifffahrt vorwiegend um völkerrechtliche Beziehungen geht. Die Oberaufsicht hat der Bundesrat.
Kern der Aufgaben des Schifffahrtsamts bilden gesetzliche Aufsichts- und Vollzugsaufgaben im maritimen Bereich. Es führt auch eine Jachten- und Kleinbootabteilung. Es ist Registerbehörde für Jachten zur See (Hochseejachten) sowie Kleinboote, die auf ausländischen Flüssen und in Küstengewässern eingesetzt werden.
Weiter führt das Seeschifffahrtsamt das Sekretariat der Schweizer Delegation bei der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR).