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Die ACP wurde im Jahre 2001 neu gegründet und ging aus der ehemaligen Kommission für Klima und Atmosphärenforschung (CCA) hervor. Aus der CCA war das Forum ProClim hervorgegangen, das die Anliegen der Klimaforschung betreute, so dass dieser ehemalige Arbeitsbereich der CCA durch die Aufwertung der Thematik in einem SCNAT-Forum an Bedeutung verlor. Es wurde deshalb innerhalb der CCA beschlossen, dass keine Parallelstrukturen zu ProClim nötig sind innerhalb der Akademie der Naturwissenschaften, und deshalb eine neu zu gründende Kommission die atmosphärischen Aspekte ausserhalb der Klimaforschung stärker betreuen sollte.
Diese Aspekte beinhalten vor allem lufthygienische Themen, Spurengasaustausch zwischen Biosphäre und Atmosphäre, Aerosole, Feinstaub, Ozon, Ammoniak, NOx, NO2 usw., sowie atmosphären-physikalische Themen, die nicht in den engeren Bereich der Klimaforschung fallen (meteorologische Forschung und Entwicklung, Grundlagenforschung im atmosphärischen Bereich).