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Im Rahmen des seit 1978 in Therwil laufenden Langzeit-Vergleichsversuchs DOK haben wir von 1997 bis 2005 den Krankheitsbefall von Winterweizen untersucht. Die Art der Bewirtschaftung, biologisch oder konventionell, hatte keinen signifikanten Einfluss auf den Krankheitsbefall, ausser auf den Befall mit Erregern von Blattfleckenkrankheiten, die in den konventionellen Anbausystemen durch den Fungizideinsatz reduziert wurden. Hingegen hatte die Jahreswitterung einen grossen Einfluss auf das Auftreten der Krankheiten. Die Düngung und die Vorfrucht beeinflussten den Fusarium- und den Microdochium nivale-Befall auf den Weizenkörnern teilweise signifikant. So unter anderem bei den biologischen Anbausystemen, wo die höhere Düngerstufe einen geringeren M. nivale-Befall bewirkte. Zudem konnten wir nachweisen, dass die Keimfähigkeit des Weizens mit zunehmendem M. nivale-Befall abnimmt. Im heissen und trockenen Sommer 2003 wurde auf den Weizenkörnern nach Silomais ein erhöhter Befall mit Fusarium poae festgestellt. Bei den Biosystemen, bei welchen der Input an rasch verfügbarem Stickstoff um 75 % geringer war, lagen die Körnererträge 15 % tiefer als bei den konventionellen Systemen. Das Hektolitergewicht blieb unbeeinflusst. In den Jahren 1999 und 2002, bewirkte eine teilweise Lagerung des Getreides, und 2003 hohe Trockenheit, tiefere Erträge und schlechtere Kornausbildung.
Herbizidresistenzen bei Unkräutern sind weltweit ein zunehmendes Problem. Das Herbizidresistenz-Monitoring in der Schweiz soll dazu beitragen, die Mechanismen, die zu diesen Resistenzen führen, besser zu verstehen und den Herbizideinsatz besser zu steuern.
Agroscope hat Pflanzenschutzstrategien im Apfelanbau verglichen. Durch die Reduktion von Pflanzenschutzmitteln verminderten sich die lokalen ökotoxikologischen Risiken, es ergaben sich aber andere Zielkonflikte bezüglich Umwelt und Wirtschaftlichkeit.
Bt-Mais ist durch Eiweisse des Bakteriums Bacillus thuringiensis vor Frass durch bestimmte Insekten geschützt. Eine neue, systematische Auswertung von weltweiten Felddaten bestätigt, dass Nichtzielorganismen in Bt-Mais weitgehend geschont werden.