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Naturellement, les niveaux d'eau des rivières et des ruisseaux sont variables et fluctuent entre les périodes plus sèches et plus humides. La fonte des neiges au printemps ainsi que le moment et la localisation des précipitations sont souvent à l'origine de ces fluctuations, en particulier dans les zones alpines. Les sédiments et les nutriments adsorbés sont mobilisés par les eaux courantes et transportés dans les vallées fluviales. Ces éléments contribuent à leur tour à façonner la rivière, ses bassins et ses radiers, ainsi que sa connexion avec la plaine d'inondation. Les systèmes de cours d'eau naturels possèdent une végétation riveraine saine et des sources de matière organique qui font partie de la chaîne alimentaire, assurant la subsistance des insectes aquatiques, des poissons et d'autres organismes. L'hydrologie, la géomorphologie et l'écologie des rivières naturelles sont en harmonie.
Les barrages changent tout cela par modifier radicalement le débit naturel d'un cours d'eau, notamment sa variabilité ainsi que la taille et le moment des crues. C'est ce qu'on appelle la «régulation des cours d'eau». Les réservoirs formés derrière les barrages retiennent la plupart des sédiments entrants, affamant la rivière et ses écosystèmes en aval. Les canaux des rivières peuvent se rétrécir ou se creuser davantage. Ces changements affectent la végétation riveraine, dégradent l'habitat aquatique et peuvent conduire à l'effondrement de chaînes alimentaires entières, voire d'écosystèmes.
De nos jours, la gestion adaptative des barrages peut utiliser des crues artificielles pour réintroduire certains éléments de la variabilité naturelle du débit dans ces bassins versants dégradés. On sait peu de choses sur les avantages écologiques de ces inondations, car dans de nombreux endroits elles ne sont pas utilisées régulièrement. Dans une étude récente, des chercheurs de l’Eawag ont utilisés le bassin versant de la rivière Spöl comme cas d’étude pour comparer les réponses aux inondations artificielles en amont et en aval d'un affluent à écoulement libre.
Le principal message de leur recherche est que les crues artificielles sont essentielles pour améliorer les rivières endiguées en restaurant la variabilité du débit et les perturbations physiques. Les affluents non régulés contribuent à réduire les impacts de la régulation des rivières et à renforcer les avantages des inondations artificielles. Dans un tel contexte, les inondations artificielles sont importantes pour mobiliser les sédiments fournis par l'affluent, qui autrement s'accumuleraient à la confluence.