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Die Gesichtsregion entwickelt sich ventral des rostralen Neuralrohrs aus Teilen der Notochorda, und dem Pharynx, der beidseits von einer Serie von Aortenbögen umgeben ist. Zwischen diesen Strukturen und dem Ektoderm hat es eine grosse Zahl von Neuralleistenzellen (neurektodermaler Herkunft) und Mesenchymzellen, die vom Mesoderm abstammen. Sie haben eine Tendenz zu segmentaler Anordnung und bilden die verschiedenen Abschnitte der Gesichtswülste und die Pharyngealbögen. Das Gesicht und der Kiefer stammen aus einem unpaaren Stirnnasenwulst (Processus fronto-nasalis) und beidseits einem Processus maxillaris und mandibularis ab, die vom ersten Pharyngealbogen stammen. Durch unterschiedliches Wachstum der einzelnen Fortsätze bildet der Prozessus fronto-nasalis die obere Hälfte des Gesichtes (Prozessus frontalis) und die Nase bzw. den mittleren Teil von Oberkiefer und lippe (Prozessus nasalis medialis und lateralis). Der Prozessus maxillaris vereinigt sich mit dem Prozessus nasalis medialis und bildet den lateralen Teil des Operkiefers und der Oberlippe. Der Prozessus mandibularis bildet den Unterkiefer und das Kinn. Zwischen dem Prozessus nasalis lateralis und dem Prozessus maxillaris entsteht der Ductus nasolacrimalis, der die Orbita mit der Cavitas nasalis verbindet.
Der Gaumen entsteht durch die Fusion des unpaaren Prozessus palatinus medialis (primären Gaumen) mit den beiden Prozessus palatini laterales (sekundärer Gaumen).
Die Nase entsteht aus den beiden Nasenplakode im Stirnnasenwulst. Sie sinken ein und bilden zwei Nasensäcke, die beidseits aussen durch den Prozesses nasalis lateralis (später Nasenflügel) und medialis (später Nasenseptum) begrenzt sind. Die Nasensäcke (primäre Nasenhöhlen) öffnen sich durch die Choanen in die Mundhöhle. Erst etwas später erweitern sich diese beiden Nasenhöhle nach hinten. Sie bleiben in der Mitte durch das Nasenseptum voneinander getrennt Der sekundären Gaumens trennt sie von der primären Mundhöhle.
Die Zähne bilden sich durch die Interaktion zwischen einer ektodermalen Leiste im Ober- bzw. Unterkiefer und Neuralleistengewebe. Zuerst sind sie kappenförmig und später glockenförmig. Der ektodermale Anteil bildet das Schmelzorgan (Ameloblasten), welche die harte Zahnschmelzschicht bilden. Im Innern bilden sich aus dem Neuralleistengewebe die Odontoblasten, welche für die Dentinproduktion verantwortlich sind. Auch die Speicheldrüsen stammen von Aussprossungen des Ektoderms ab.
Die Zunge entsteht aus verschiedenen Wülsten im Bereich des Pharynxbodens. Dadurch erklärt sich das komplizierte Innervationsmuster der Zunge. Die Muskulatur der Zunge stammt von den okzipitalen Somiten ab, die mit dem Nervus hypoglossus (Hirnnerv XII) in die Zunge (Zungenstrang) einwandern.
Alle Pharyngealbögen werden im Innern durch die Schlundtaschen (Sacci pharyngeales) und auf der Aussenseite durch die Schlundfurchen (Sulci pharyngeales) begrenzt. Sie bilden viele verschiedene Strukturen im Halsbereich. Aus dem 1. Pharyngealbogen entsteht der Ober- und Unterkiefer. Die 1. Schlundfurche bzw. Schlundtasche bildet mit dem sie umgebenden Mesenchym des 1. und 2. Pharyngealbogens die zahlreichen kleinen Anteile des Mittelohrs und den Meatus externus. Die 2., 3. und 4. Schlundfurche obliterieren und bilden die Oberfläche des Halses. Komponenten des 2. bis 4. Pharyngealbogens bilden die Skelett-, Muskel- und Bindegewebsanteile des Halses. Schliesslich entstehen aus der 3. und 4. Schlundtaschen beidseits Anteile des Thymus, der Parathyroidea und das Corpus ultimopharyngeale (nur aus 4. Schlundtasche). Die Thyroidea entsteht als unpaare ventrale Aussprossung aus dem oberen Pharynxbereich (Foramen caecum).
Der Darm entsteht aus einem Rohr, welches sich aus dem Endoderm bildet. Kranial endet dieses Rohr an der Membrana oropharyngealis und kaudal an der Membrana cloacalis. Er wird unterteilt in einen Vorder-, Mittel- und Hinterdarm. Der Mitteldarm steht in Verbindung mit der Vesicula umbilicalis. Die unterschiedliche Entwicklung der verschiedenen Darmabschnitte beruht auf lokalen Interaktionen mit dem umgebenden Mesenchym (epithelio-mesenchymale Interaktion). So bilden sich als ventrale Aussprossungen neben der Thyroidea im obersten Abschnitt die Primordia des Respirationssystems, des Pankreas und der Leber bzw. Gallenblase.
Der Oesophagus bleibt als Rohr bestehen, obliteriert aber im Laufe der embryonalen Entwicklung und erfährt erst in der Fetalzeit eine Rekanalisation. Er verlängert sich, wie fast alle Darmabschnitte, beträchtlich mit dem Wachstum des Embryos. Der Magen erscheint schon früh als spindelförmige Erweiterung. Er ist an einem dorsalen und ventralen Mesogastrium aufgehängt und gelangt durch Rotation in seine adulte Lage. Der Mitteldarm bildet wegen der grossen Längenzunahme eine Schlaufe in das Nabelzölom (physiologische Nabelhernie). Durch die Aufrichtung des Embryos in der späten Embryonalzeit können sich die Darmschlaufen wieder in die Bauchhöhle zurückverlagern, erfahren aber eine Drehung (270 Grad) um die eigene Achse. Dies führt zur charakteristischen Anordnung des Colons um die Schlaufen des Dünndarmes. Auch verwachsen später Teile des Mesenteriums mit der hinteren Bauchwand. Dadurch liegen das Colon ascendens und descendens sekundär retroperitoneal. Wie beim Oesophagus obliteriert auch das Lumen des Dünndarms während einer gewissen Zeit in der frühen Fetalzeit, um nachher wieder rekanalisiert zu werden.
Pankreas und Leber bzw. Galle bilden sich als Aussprossungen aus dem Darm. Das Primordium der Leber entsteht auf Höhe des Septum transversum. Durch die enorme Grössenzunahme dehnt sie sich aber in die Bauchhöhle aus und bleibt nur noch durch die Area nuda mit dem Septum transversum (Zwerchfell) verbunden. Sie bildet mit den Vasa omphalomesenterica zusammen das komplizierte System der Sinusoide der Leber. Das Pankreas entsteht aus zwei Anteilen, dem Pankreas ventrale und dorsale. Durch Verlagerung des ventralen Anteils um das Duodenum vereinigen sich die beiden und bilden im Mesogastrium dorsale das definitive Pankreas, welches sich aber etwas später an die hintere Bauchwand legt . Durch die Verwachsung der Mesenterien in diesem Bereich liegt auch das Pankreas schliesslich sekundär retroperitoneal.
Im ganzen Intestinaltrakt können viele verschiedene Missbildungen entstehen. Sie reichen von Stenosen, Atresien, Duplikationen, Fisteln, Divertikel bis zu abnormalen Rotationen. Auch können genetische Störungen für Malformationen in diesem Bereich verantwortlich sein.