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Con la laparoscopia diagnostica spesso può già essere combinato il trattamento chirurgico. I focolaio endometriosici riconoscibili vengono, se possibile, rimossi completamente. I tessuti sani e degli organi circostanti non interessati dalla malattia vengono così risparmiati. La laparoscopia è un metodo micro chirurgico preciso, nell'ambito del quale si ricorre spesso all'impiego di tecniche d'avanguardia. In certi casi, in presenza di disturbi gravi, tenendo conto della pianificazione familiare e dopo aver tentato tutte le altre possibilità, si deve prendere in considerazione l'asportazione chirurgica dell'utero, delle tube delle ovaie.