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Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahre 794. Die Urkunde wurde damals in der schon bestehenden Kirche von Melina verfasst. Das Dorf ist also wesentlich älter und auf Grund geschichtlicher Ausgrabungen darf angenommen werden, dass bereits vor mindestens rund 2500 Jahren Menschen hier gewohnt haben.
Zur Römerzeit waren hier Gutshöfe und verschiedene Befestigungen anzutreffen, die zum nahen Augusta Raurica Verbindung hatten.
Im Mittelalter herrschten zuerst die Burgunderfürsten in dieser Gegend und später die Habsburger. Bis 1803 gehörte die Gemeinde mit dem übrigen Fricktal zu Vorderösterreich, seither zum Kanton Aargau und zur Schweiz. Im vorgeschobenen Grenzgebiet Österreichs hatte das Dorf nicht selten unter Kriegswirren schwer gelitten.
Früher bestand die Gemeinde aus 8 Weilern. Von den alten Ortsteilen behielt Ryburg am längsten eine gewisse Selbständigkeit. Später wurde die Besiedlung entlang des Baches konzentriert, weshalb das Dorf seine charakteristische Länge erhalten hat. Es reicht vom Sonnenberg bis an das Ufer des Rheines und grenzt an die Nachbarsgemeinden Rheinfelden, Magden, Maisprach BL, Zeiningen, Wallbach und Schwörstadt D.
Möhlin gilt als das Dorf der drei Kirchen. Dies deshalb, weil alle drei Landeskirchen (Christkatholiken, Reformierte und Römischkatholiken) hier friedlich neben- und miteinander wirken und alle ein eigenes Gotteshaus haben.
Bekannteste Persönlichkeit in der Geschicht der Gemeinde war wohl der Salinengründer Johann Urban Kym, der auch bei der Modernisierung des Dorfes und beim Bahnbau durch das Fricktal eine wichtige Rolle spielte.