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Organe des Zentrums sind das Direktorium, die Vollversammlung sowie die Geschäftsstelle. Das Direktorium besteht aus jeweils zwei Direktorinnen oder Direktoren der Universität Zürich und der ETH Zürich. Die ordentlichen Mitglieder des Kompetenzzentrums (Leiterinnen und Leiter von Forschungsgruppen an UZH und ETH) sowie assoziierte Mitglieder (Leiterinnen und Leiter von Forschungsgruppen anderer Hochschulen) bilden die Vollversammlung, die einmal jährlich tagt. Die Geschäftsstelle unterstützt das Direktorium und bildet die zentrale Anlaufstelle des Zentrums.