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Le bouquetin est protégé par le droit fédéral. Au début du XXe siècle, le bouquetin avait disparu de notre territoire. Il a été réintroduit avec succès il y a une centaine d'années. Aujourd’hui, la Suisse recense le plus grand nombre de bouquetins depuis les premières réintroductions de l'espèce.
Après que les bouquetins eurent disparu de Suisse au début du XIXe siècle, les trois premiers animaux élevés en captivité furent importés de la réserve du Grand Paradis en 1906. Le roi d'Italie Vittorio Emanuele II ayant répondu par la négative à la Suisse qui lui demandait de livrer quelques bouquetins, ceux-ci furent introduits en fraude.
Dès 1911, les premiers lâchers furent effectués dans la région du Grau Horn dans le canton de Saint-Gall. Les colonies prospérèrent et connurent une telle expansion qu'à partir de 1977, certains individus furent soumis à une chasse sélective afin de préserver les forêts alpines de l'abroutissement.
Aujourd'hui, quelque 16'300 bouquetins peuplent nos Alpes. Ils sont protégés par le droit fédéral mais peuvent tout de même être chassés. Le tir de bouquetin est cependant soumis à une autorisation que les cantons doivent se procurer auprès de l'OFEV.
Bien que le repeuplement du territoire suisse par les bouquetins soit couronné de succès, la situation était encore bien différente au début du siècle. En effet, après des décennies de hausse et de stabilisation constantes, la population a, au tournant du siècle, enregistré un recul dans de nombreuses colonies.
Jusqu'à présent, les causes du recul des effectifs restent peu claires. Des facteurs tels que la cosanguinité, les modifications climatiques et les maladies pourraient avoir joué un rôle dans cette évolution. C'est pour cette raison qu'en 2004, l'Office fédéral de l'environnement a lancé un programme de recherche en collaboration avec les cantons et des instituts universitaires. Les conclusions du programme sont attendues pour 2010.
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