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1895 bestand Emilie Louise Frey das Staatsexamen und promovierte 1896 mit der Dissertation "Beitrag zur Aetiologie der Rachitis" zum Dr. med. Studienaufenthalte führten sie nach Dresden und Berlin, wo sie die erste deutsche Ärztin, Franziska Tiburtius, besuchte.
In ihrer Dissertation "Beitrag zur Aetiologie der Rachitis" geht sie sozialmedizinischen Fragen nach. Sie erstellt eine empirische Untersuchung über den Krankheitsverlauf von Rachitis. Sie verarbeitet Tausende von Krankengeschichten und besuchte auch einen grossen Teil der Krankheitsherde selbst. Sie geht den Fragen nach, ob
Emilie Louise Freys Untersuchungen ergeben, dass Rachitis in Basel vorwiegend in den alten, engen Gassen in Gross- und Kleinbasel auftritt. "Die Häuser dieser Gassen sind überfüllt, unreinlich und feucht, haben eine mangelhafte Ventilation und Belichtung sowie schlechte Aborte. In breiten, von gut situierten FAmilien bewohnten Strassen tritt Rachitis nur vereinzelt oder gar nicht auf," stellt sie fest.
Emilie Louise Frey belegt die auffallende räumliche und zeitliche Häufung der Rachitisfälle und kommt zum Schluss, dass hygienisch ungünstige Verhältnisse die Krankheit in hohem Masse begünstige.