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Die Preisträgerin/der Preisträger des Otto Naegeli-Preises wird durch den Preisrat bestimmt; die Auswahl erfolgt in einem mehrstufigen Verfahren. Der Preisrat besteht aus den früheren Preisträgerinnen und Preisträgern und dem Stiftungsratspräsidenten. Der Preisrat erarbeitet Vorschläge zur weiteren Evaluation und trifft dann unter Einholung von externen Gutachten die Entscheidung. Niemand kann sich selbst bewerben.
Die Hauptkriterien bei der Auswahl sind:
• internationale und nationale Reputation
• Originalität in der Forschung
• erbrachte wissenschaftliche Leistung und zukünftiges Potential
• zusätzliche Leistungen im Dienste der medizinischen Wissenschaft (z.B. Nachwuchs, Mitwirkung in Gremien und der Gesellschaft, good citizenship)