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Zur Erhaltung und Nutzung pflanzengenetischer Ressourcen und bestimmte zweitrangige Verwendungszwecke kann das Bundesamt für Landwirtschaft das Inverkehrbringen von sogenanntem Nischensortensaat- und -pflanzgut bewilligen, das von den Anforderungen der Sortenregistrierung und der amtlichen Anerkennung ausgenommen ist (Artikel 29 WBF-Vermehrungsmaterialverordnung Acker- und Futterpflanzen).
Nischensorten können Landsorten, alte - d.h. seit mindestens 2 Jahren aus dem Sortenkatalog ausgetragene Sorten, lokale Ökotypen von Futterpflanzen oder sonstige Sorten sein, an die die Anforderungen für die Aufnahme in den Sortenkatalog nicht gestellt werden. Im Saatgutmarkt nehmen sie eine Nischenstellung ein, die sich aus ihrem Nutzungspotenzial ergibt oder einer festgelegten Höchstmenge für das Inverkehrbringen ergibt. Bei Acker- und Futterpflanzenarten legt das BLW eine Höchstmenge fest, um sicherzustellen, dass die Nische 0,1 % der Anbaufläche der jeweiligen Kulturpflanzenart in der Schweiz nicht übersteigt. Gentechnisch veränderte Sorten sind von den Nischensorten grundsätzlich ausgenommen.
Seit dem 1. Juli 2010 versucht das BLW mit dieser Ausnahmeregelung die Sortenvielfalt der Kulturpflanzenarten zu fördern, indem es Landwirten spezielles Saat- und Pflanzgut ohne formale Anforderungen zugänglich macht. Die Anforderungen einer Sortenprüfung in Bezug auf Homogenität sowie Ertrags-, Qualität- und Krankheitsresistenzmerkmale wären für die traditionellen Landsorten und Ökotypen nicht erreichbar. Das BLW bewilligt das Inverkehrbringen von Saat- und Pflanzgut für Nischensorten einzig unter der Voraussetzung, dass hiervon keine Gefährdung für die Umwelt und die Lebensmittelsicherheit ausgeht.
In der Europäischen Union werden in ähnlicher Weise Sorten erhalten, die auf natürliche Weise an lokale und regionale Bedingungen angepasst und von genetischer Erosion bedroht sind. Die Vermehrung und Vermarktung ist jedoch auf definierte Ursprungsregionen eingegrenzt, in denen die Erhaltung erfolgt. Diese Sorten werden als "Erhaltungssorten" von Acker- und Futterpflanzenarten (Richtlinie 2008/62/EG) und von Gemüsearten (Richtlinie 2009/145/EG) bezeichnet. Bei Gemüsearten schliesst die Regelung auch Neuzüchtungen als "Sorten, die für besondere Anbaubedingungen gezüchtet wurden" ein. Weitere Ausnahmeregelungen bestehen für Saatgutmischungen von Futterpflanzenarten zur Erhaltung der genetischen Ressourcen in einer natürlichen Umgebung, sogenannte "Erhaltungsmischungen" (Richtlinie 2010/60/EU). Es besteht jedoch keine Äquivalenzvereinbarung zwischen diesen Ausnahmeregelungen in der Europäischen Union und der Nischensortenregelung in der Schweiz.