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Verschiedene psychische Funktionen wie z.B. die emotionale Regulation, kognitive und Denkprozesse werden im komplexen Zusammenspiel verschiedener Netzwerke des menschlichen Gehirns reguliert. Bei seelischen Erkrankungen kommt es zur Fehlregulation in diesen Regelkreisen. Mit Hilfe der rTMS können oberflächig gelegene Teile dieser neuronalen Netzwerke stimuliert werden, wodurch ihre normale Funktion wieder hergestellt wird. In einer Reihe wissenschaftlicher Untersuchungen konnte festgestellt werden, dass rTMS eine Linderung verschiedener Symptome psychiatrischer Erkrankungen bewirkt. Die Ergebnisse der aktuellen Studien sprechen auch dafür, dass rTMS bei Depression mehr als dreimal wirksamer ist als eine Schein-rTMS-Behandlung. Ihre antidepressive Wirksamkeit ist vergleichbar mit der eines «Standard-Antidepressivums» (Serotonin-Wiederaufnahme-Hemmer, SSRI). Wie jede Behandlungsform hat auch die rTMS ihre Grenzen, d.h. sie kann nicht jeder Patientin, jedem Patienten helfen. Derzeit wissen wir nicht, weshalb sie bei manchen Patienten gut bis sehr gut und bei anderen weniger wirksam ist. So zeigen die bisherigen Studien, dass rTMS bei schwerer und schwerster oder bei sehr chronifizierter Depression weniger effektiv ist und dass ihre Wirksamkeit insgesamt derjenigen der Elektrokonvulsionstherapie (EKT) unterlegen ist.
Der wesentliche Vorteil der rTMS gegenüber der EKT ist, dass bei dieser Therapie kein Krampfanfall ausgelöst wird, so das weder eine Narkose, noch eine Muskelrelaxierung oder eine intensive medizinische Überwachung benötigt wird. Zudem wird die rTMS-Behandlung in der Regel sehr gut vertragen. Gelegentlich kann es allerdings zu milden, gut behandelbaren Kopfschmerzen kommen. Weitere Nebenwirkungen sind sehr selten.