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Als einer der Vorläufer der späteren Universitätsbibliothek kann der Münstersaal im Bischofshof bezeichnet werden, der 1458 in einen Bibliothekssaal umgewandelt wurde, dessen Regalflächen noch heute erkennbar sind.
Im Fensterrahmen finden wir einen Schriftzug: «ccc und xx bücher sind in der ...». Leider ist er nicht mehr vollständig zu entziffern. Er nennt den Bücherbestand, der zu jener Zeit im Münstersaal vorhanden war.
Erster Ort in der neuen Universität für die «libraria universitatis Basiliensis» war das Brabeuterium im Unteren Kollegium. Am Anfang bestand die Bibliothek aus einer kleinen Sammlung von Handschriften und einigen Drucken. Zutritt zur Universitätsbibliothek hatten laut den Universitätsstatuten von 1477 in erster Linie die Doktoren und Magister der vier Fakultäten. Als sie 1559 ausgelagert wurde, hatte sie einen Bestand von 240 Büchern. Die Bibliothek wuchs vor allem infolge der Zusammenlegung mit anderen Bibliotheken wie der des Predigerklosters, der Kleinbasler Kartause, des St. Leonhardsstifts und der Domstiftsbibliothek und 1661 des Amerbach'schen Kabinetts, eine Sammlung bestehend aus einer Bibliothek, Antiquitäten und Gemälden.
1671 wird das leer stehende Tuchhaus «zur Mücke» am oberen Schlüsselberg zur neuen Heimat der UB. Die Öffnungszeiten der Bibliothek betragen damals lediglich 2 Stunden pro Woche, was der kleinen Zahl von Studenten jedoch genügte.
Gegen 1800 können 15 000 Druckwerke und Handschriften durch private Gönner in die Hand der Bibliothek gelangen. An der Wende zum 19. Jahrhundert gelingt der Ankauf vor allem von naturwissenschaftlichen und medizinischen Werken aus Basler Gelehrtennachlässen.
Wegen erneutem Platzmangel wird das Gebäude der ehemaligen Lesegesellschaft in unmittelbarer Nähe der «Mücke» eingerichtet. Da der Platzmangel jedoch nicht beseitigt werden kann, zieht die Universitätsbibliothek 1849 in das neue Museum an der Augustinergasse.