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Crottes de rats de New York. Excréments des parcs à chiens du Wisconsin. Déchets humains d'un hôpital du Missouri. Ce sont quelques-uns des documents qui nous préparent au prochain chapitre de la saga des coronavirus.
Plus de quatre ans après le début de la pandémie, le virus a perdu son emprise sur le corps et l’esprit de la plupart des gens . Mais un nouveau variant pourrait encore émerger, doté d’une plus grande capacité à échapper à nos défenses immunitaires et à faire dérailler le retour durement acquis à la normalité.
Les scientifiques de tout le pays sont attentifs aux éventuels premiers signes.
"Nous ne sommes plus dans la phase aiguë d'une pandémie, et je pense qu'il est compréhensible et probablement positif" que la plupart des gens, y compris les scientifiques, soient retournés à leur vie d'avant la pandémie, a déclaré Jesse Bloom, biologiste évolutionniste au Centre Fred. Hutchinson oncologue à Seattle.
« Cela dit, le virus continue d’évoluer et d’infecter un grand nombre de personnes », a-t-il ajouté. "Nous devons continuer à le surveiller."
Bloom et d’autres chercheurs tentent de comprendre comment le coronavirus se comporte et évolue à mesure que les populations développent leur immunité. D'autres équipes étudient la réponse de l'organisme à l'infection, notamment au syndrome complexe appelé Covid long.
De plus, certains scientifiques se sont lancés dans une tâche de plus en plus difficile : estimer l’efficacité des vaccins dans un environnement respiratoire encombré.
"Intellectuellement, ce virus, du moins pour moi, devient de plus en plus intéressant", a déclaré Sarah Cobey, biologiste évolutionniste à l'Université de Chicago.
"D'une certaine manière, le SRAS-CoV-2 a été un fabuleux rappel de certaines des questions les plus profondes dans ce domaine, et aussi du chemin que nous devons parcourir pour répondre à nombre d'entre elles."
Une analyse approfondie des nouvelles variantes apparaissant dans les eaux usées peut aider à prédire quelles autres formes pourraient apparaître, a déclaré Marc Johnson, virologue à l'Université du Missouri qui a recherché des itérations du coronavirus dans des échantillons de selles de rongeurs et d'humains.
"Ils nous aident à comprendre l'évolution de ce virus et ce qui est susceptible de se produire ensuite, et pourraient même nous aider à créer un meilleur vaccin", a déclaré Johnson.
L'événement « cygne noir »
La biologie évolutionniste était autrefois une activité ésotérique qui impliquait des heures monotones devant un écran d’ordinateur. Les implications de ces travaux sur la santé publique étaient souvent ténues.
La pandémie a changé cette situation. Les vaccins peuvent désormais être fabriqués plus facilement et plus rapidement qu’auparavant, donc « comprendre véritablement comment les virus évoluent devient de plus en plus utile en pratique », a déclaré Bloom.
De nombreux biologistes évolutionnistes qui étudient actuellement le coronavirus, dont Bloom, étaient des experts de la grippe, qui évolue vers une nouvelle variante sur des périodes de 2 à 8 ans par rapport à son prédécesseur le plus immédiat.
Les scientifiques s’attendaient à ce que le coronavirus se comporte de la même manière. Mais la variante omicron est arrivée avec des dizaines de nouvelles mutations, un « événement de cygne noir » choquant, a déclaré Bloom. Puis est arrivée la variante BA.2.86, un autre grand bond en avant dans l’évolution, signe que le virus restait imprévisible.
Les itérations d’un virus qui se propage dans une population présentent un certain avantage : la capacité d’échapper au système immunitaire, peut-être, ou une contagiosité extrême. Chez un individu, « il n’y a pas une telle pression évolutive », a déclaré Katia Koelle, biologiste évolutionniste à l’Université Emory.
Le résultat est qu’une infection chronique, généralement chez une personne immunodéprimée, offre au virus la possibilité d’expérimenter de nouveaux formats, lui permettant d’appuyer sur l’équivalent évolutif d’un bouton d’avance rapide. (On pense également que la persistance virale dans le corps joue un rôle dans les cas de Covid long.)
Les infections chroniques au coronavirus sont rares, même chez les personnes immunodéprimées . Mais la variante alpha de fin 2020, la variante omicron de fin 2021 et BA.2.86, détectées pour la première fois l’été dernier, seraient issues de personnes immunodéprimées.
Selon Koelle, certaines mutations acquises au fur et à mesure de l’évolution du virus pourraient n’apporter aucun bénéfice, voire l’entraver. Toutes les versions du virus ne constituent pas une menace généralisée pour la population ; par exemple, BA.2.86, en fin de compte, ne l’était pas.
Cependant, ces altérations génétiques pourraient présager de l’avenir.
Après l'apparition de BA.2.86, une analyse détaillée de son génome a révélé un point où le virus était encore sensible aux défenses immunitaires de l'organisme. Johnson a émis l’hypothèse que la prochaine étape pour le virus serait d’acquérir une mutation au même moment.
« Et bien sûr, cela s’est manifesté », a-t-il déclaré, faisant référence au JN.1, le variant qui représente désormais la grande majorité des infections.
"Plus nous voyons ces lignées comme BA.2.86, qui semblent provenir d'infections chroniques, plus nous avons un argument du genre : 'Hé, c'est quelque chose auquel nous devrions prêter attention'", a-t-il ajouté.
Après avoir analysé plus de 20 000 échantillons d’eaux usées provenant de tout le pays, Johnson a trouvé moins de 60 séquences génétiques virales provenant probablement de personnes immunodéprimées.
Ce type de séquences n'apparaît que lorsqu'un « super-propagateur », un individu qui excrète d'énormes quantités de virus dans ses excréments, vit dans une zone surveillée par les eaux usées. "Je suis sûr qu'il y en a beaucoup d'autres", a déclaré Johnson. "Je ne sais juste pas combien d'autres."
Surveillance irrégulière
Les scientifiques à la recherche de signes d’un nouveau danger sont limités par la mauvaise surveillance des variantes du coronavirus aux États-Unis et dans d’autres pays.
De nombreux pays, dont les États-Unis, ont intensifié leurs efforts de surveillance au plus fort de la pandémie. Mais ils ont diminué depuis, laissant les scientifiques deviner l’ampleur des infections par les virus respiratoires. Les eaux usées et les hospitalisations peuvent fournir des indices, mais aucune des deux ne constitue une mesure raisonnable.
"Nous n'avons jamais eu de surveillance particulièrement systématique des agents pathogènes respiratoires aux États-Unis, mais c'est encore moins systématique maintenant", a déclaré Cobey. « Notre compréhension du fardeau de ces agents pathogènes, sans parler de leur évolution, a été réellement compromise. »
Ne pas surveiller de près les virus a une autre conséquence : avec les multiples virus respiratoires qu’il faut combattre chaque année, il est désormais très difficile de jauger l’efficacité des vaccins.
Avant Covid, les scientifiques calculaient l’efficacité du vaccin contre la grippe en comparant le statut vaccinal de ceux qui avaient été testés positifs pour la grippe avec ceux qui ne l’étaient pas.
Mais maintenant, avec les vaccins contre le Covid et le virus respiratoire syncytial, les calculs ne sont plus simples. Les patients se présentent dans les cliniques et les hôpitaux avec des symptômes similaires, et chaque vaccin prévient ces symptômes à un degré différent.
"Cela devient un réseau de prévention beaucoup plus complexe", a déclaré Emily Martin, épidémiologiste à l'Université du Michigan. "Il fait des choses étranges avec les chiffres."
Une estimation précise de l'efficacité sera cruciale pour concevoir le vaccin de chaque saison et pour préparer les médecins et les patients à affronter une saison respiratoire difficile.
En 2021, par exemple, l’Université du Michigan a été victime d’une épidémie de grippe. Lorsque les chercheurs ont découvert que le vaccin saisonnier ne protégeait pas contre cette souche, ils ont pu avertir les autres campus universitaires de se préparer à des foyers de concentration dans leurs résidences et les hôpitaux de s'approvisionner en médicaments antiviraux.
Résoudre le problème peut en soi poser des complications, car différentes divisions des Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC) s'occupent de la grippe, du Covid et d'autres maladies respiratoires.
"Cela nécessite de résoudre ces problèmes à travers des frontières artificielles entre différents départements", a déclaré Martin.
Immunité et long covid
Au fur et à mesure que les variantes du coronavirus se matérialisaient, il est devenu clair que si les vaccins constituaient un puissant rempart contre les maladies graves et la mort, ils étaient beaucoup moins efficaces pour arrêter la propagation du virus.
Pour qu’un vaccin prévienne les infections, il doit induire des anticorps non seulement dans le sang, mais aussi dans les endroits où le virus envahit l’organisme.
"Idéalement, ils se trouveraient dans la muqueuse, c'est-à-dire dans le nez et les poumons", a expliqué Marion Pepper, immunologiste à l'Université de Washington à Seattle.
Les scientifiques ont découvert il y a une quinzaine d’années qu’une grande partie des défenses de l’organisme ne provenait pas uniquement des cellules et organes du système immunitaire, mais de ces autres tissus.
"L'une des choses sur lesquelles nous nous sommes vraiment concentrés est d'essayer de mieux comprendre les réponses immunitaires dans les tissus qu'auparavant", a expliqué Pepper.
Dans un petit groupe de personnes, le virus lui-même peut également persister dans diverses parties du corps et peut être l’une des causes d’un Covid long. La vaccination et les médicaments antiviraux soulagent certains symptômes, ce qui donne du crédit à cette idée.
À l'Université de Yale, Akiko Iwasaki et ses collègues testent si un traitement de 15 jours avec l'antiviral Paxlovid peut éliminer un réservoir de virus à réplication lente dans l'organisme.
"Nous espérons aller à la racine du problème, si c'est la cause de la maladie", a déclaré Iwasaki.
Iwasaki et ses collègues ont commencé à étudier les réponses immunitaires au coronavirus presque dès l’apparition du virus. À mesure que la pandémie progressait, les collaborations sont devenues plus larges et plus internationales.
Et il est devenu clair que, pour de nombreuses personnes, le coronavirus laisse un héritage durable de problèmes immunitaires .
Il y a deux ans, Iwasaki a proposé la création d'un nouveau centre pour étudier les innombrables questions qui se sont posées. Les infections par de nombreux autres virus, bactéries et parasites déclenchent également des complications à long terme, notamment l’auto-immunité.
Le nouvel institut virtuel, inauguré l'été dernier, se consacre à l'étude des syndromes post-infectieux et aux stratégies pour les prévenir et les traiter.
Avant la pandémie, Iwasaki était déjà occupé à étudier les infections virales avec un grand laboratoire et plusieurs projets. Mais cela ne peut même pas être comparé à sa vie actuelle, a-t-il déclaré.
« Les scientifiques ont tendance à être obsédés par les sujets sur lesquels ils travaillent, mais pas avec ce niveau d’urgence », dit-il. «Je travaille pratiquement toutes les heures où je suis éveillé.»
(c) Le New York Times