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In ihrem Inspektionsbericht über das Staatsschutzinformationssystem ISIS96 vom 21. Juni 2010 war die GPDel zum Schluss gekommen, dass die Qualitätssicherung der im System enthaltenen Daten nicht den rechtlichen Vorgaben entsprochen hatte. Insbesondere waren die vorgeschriebenen periodischen Qualitätskontrollen während Jahren ausgesetzt worden. Diese Entwicklung war letztlich auch eine Folge der nicht antizipierten Schwierigkeiten, die mit der Umstellung auf ein neues Informatiksystem Ende 2004 aufgetaucht waren.
Auf Empfehlung der GPDel holte der NDB mit Unterstützung eines externen Datenschutzbeauftragten bis Ende 2012 die ausstehenden Kontrollen nach. Als Folge der Überprüfungen verringerte sich die Zahl der in ISIS registrierten Personen und Drittpersonen um vier Fünftel. Mitte 2013 waren in ISIS noch rund 36,000 Personen und 5,000 Drittpersonen registriert. Dieser Bestand veränderte sich bis Ende 2013 nur unwesentlich.
Die Zahl der Institutionen, sank im Jahr 2013 unter die Schwelle von 10 000. Diese Zahl, welche auch Drittinstitutionen enthält, hatte Ende 2010 noch rund 16 000 betragen.
Im Jahr 2009 hatte das BVGer die Registrierung von Medien (z.B. Zeitungen) als eigenständige ISIS-Objekte kritisiert Eine solche Praxis sei nur dann mit Artikel 3 BWIS zu vereinbaren, wenn «die publizistische Tätigkeit als Vorwand benutzt werde, um terroristische, nachrichtendienstliche oder gewalttätig extremistische Tätigkeiten vorzubereiten oder durchzuführen». In der Folge verpflichtete sich der DAP (Dienst für Analyse und Prävention), der später Teil des NDB wurde, diese Auflage des BVGer zu erfüllen.
Im Rahmen ihrer Nachkontrolle zur SIS-Inspektion stellte die GPDel fest, dass sich im Gegensatz zu den anderen Einträgen in ISIS die Zahl der Medien bis Ende 2011 kaum verändert hatte. Erst im Jahr 2012 sank diese Zahl um die Hälfte auf rund 100, gefolgt von einer weiteren Reduktion um einen Viertel bis Mitte 2013. Nach einem erneuten Anstieg im Herbst sank die Zahl Ende 2013 wieder auf rund 60 Einträge.
Um zu prüfen, ob der NDB in den letzten Jahren effektiv das Notwendige unternommen hatte, um den Auflagen des BVGer zu genügen, forderte die GPDel vom NDB die Namen der Ende 2013 noch in ISIS registrierten Medien ein. Der Oberaufsicht konnte es nicht darum gehen, die Staatsschutzrelevanz dieser - mehrheitlich ausländischen - Medien abschliessend zu beurteilen. Die GPDel stiess aber auf einzelne Fälle, die nach den Kriterien, die das BVGer im Jahr 2009 aufgestellt hatte, offensichtlich nicht in ISIS registriert sein dürfen. Daraus schliesst die GPDel, dass der NDB die vom BVGer verlangte Überprüfung der in ISIS registrierten Medien noch nicht abschliessend vorgenommen hat.