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Kleintiere sind meist unscheinbar, spielen aber in der Natur eine wichtige Rolle. Als Gesundheitspolizisten und natürliche Abwasserreiniger bauen sie organische Abfälle ab.
Primäre Wasserinsekten sind eng an Gewässer gebunden, ihre Larven leben im Wasser und atmen meist mit Tracheenkiemen: Eintagsfliegen, Libellen, Steinfliegen, Schlammfliegen, Köcherfliegen. Bei den sekundäre Wasserinsekten sind nur wenige Arten eng an Gewässer gebunden. Die im Wasser lebenden Entwicklungsstadien atmen in der Regel Luft mit Hilfe von Tracheen: Wanzen, Schmetterlinge, Netzflügler, Zweiflügler, Käfer.
Im Vierwaldstättersee kommen 25 Wasserschnecken und 17 Muscheln vor. Sie leben nur in Ufernähe, vor allem in Buchten mit flachem Ufer. Am häufigsten ist die eingeschleppte, dreieckförmige Wandermuschel. Häufige Schnecken sind die Federkiemen- und die eiförmige Schlammschnecke.
In und auf dem Seeboden leben bis in grösste Tiefen zahlreiche Würmer. Die Wurmarten des Vierwaldstättersees gehören zu den Platt-, Rund- und Ringelwürmer. Sie verarbeiten organische Abfallstoffe und dienen als wichtige Nahrung für Wasserinsekten und Fische.
Süsswasserschwämme unterscheiden sich optisch von Meeresschwämmen.
Die meisten Arten bilden eine schleimartige Schicht auf Steinen, Pflanzen und
Pfählen.
Süsswasserpolypen sind in der Regel nur wenige Millimeter lang und brauchen klares Wasser mit einem guten Wasserpflanzenbestand.
Die Wasserspinne lebt unter Wasser, hält sich allerdings in einem mit Luft gefüllten Glockennetz auf und holt mit ihrem Hinterleib an der Wasseroberfläche Luft. Zu den Spinnentieren gehören auch die kleinen Wassermilben, die sich von organischen Abfallstoffen ernähren.