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Les effets secondaires les plus courants des peuvent être des douleurs au point d’injection, de la fatigue, des maux de tête, des douleurs musculaires, de légers frissons, des douleurs articulaires, des nausées ou des vomissements et de la fièvre. Ils se produisent jusqu’à sept jours après la vaccination, les symptômes étant généralement plus graves après la deuxième dose de vaccin qu’après la première.
Des réactions allergiques dangereuses ne surviennent que très rarement. D’après un rapport du Center for Disease Control and Prevention (CDC) aux États-Unis, en moyenne, une personne sur 100'000 (vaccin Pfizer/Biontech) ou une personne sur 400'000 (vaccin Moderna) avait présenté une réaction allergique dangereuse.
Dans de très rares cas, des inflammations cardiaques sont survenues après une vaccination par ARNm. Une inflammation cardiaque a été observée chez 1 personne sur 200'000 à 6 personnes sur 100'000, selon les études. Les jeunes hommes étaient plus souvent touchés que la moyenne. La plupart de ces inflammations cardiaques ont été légères et ont pu être traitées efficacement. Toutefois, une petite partie des personnes touchées ont développé des maladies graves et, dans des cas isolés, sont décédées. Toutefois, les infections au Covid-19 peuvent également entraîner des inflammations cardiaques. Selon les , le risque de développer une inflammation cardiaque après une infection au Covid-19 est plus élevé qu'après une vaccination à ARNm.--