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Chef-lieu du district de 1848 à 1878 et dont le territoire s’étend de la Suze au Seyon (en trois parties) est désigné comme “le pâté au milieu de la table” étant donné la position centrale du village et la fertilité de son sol.
Son histoire est très ancienne puisqu’elle abrite une ancienne villa romaine, cependant Fontaines apparaît pour la première fois sur les cartes en 1228 sous le nom de Fontanes (sources), en raison des nombreuses sources présentes sur le territoire communal.
Les premières données statistiques connues remontent à l’année 1531 qui font état d’une population de 205 personnes. Celle-ci resta relativement stable jusqu’au milieu de 19e siècle où elle augmenta alors rapidement jusqu’à 696 habitants en 1897. Ensuite, le village fut confronté à l’exode vers les centres industriels et aux crises horlogères et sa population diminua jusqu’à quelques 350 personnes à la fin de la seconde guerre mondiale.
Ce n’est que dans les années 1960 qu’une tendance inverse s’amorça et se poursuivit jusqu’à maintenant puisque nous dénombrons 788 habitants au 31décembre 1992.
L’évolution des dernières années ne résulte pas d’un agrandissement des anciennes familles mais plutôt de l’établissement, de nouvelles personnes, soit un comblement de l’exode qu’a connu notre village au début du 20e siècle. L’arrivée de nouveaux concitoyens a également pour conséquence un rajeunissement de la population.
Selon le recensement annuel de la population, Fontaines comptait 1 105 habitants fin 2013. Sa densité de population atteint 109 hab./km².
Le 1er janvier 2013, elle a fusionné avec les anciennes communes de Boudevilliers, Cernier, Chézard-St-Martin, Coffrane, Dombresson, Engollon, Fenin-Vilars-Saules, Fontainemelon, Les Geneveys-sur-Coffrane, Les Hauts-Geneveys, Montmollin, Le Pâquier, Savagnier et Villiers pour former la nouvelle commune de Val-de-Ruz.
Texte dactylographié par Nicolas, Axel