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X. AG mit Sitz in Zürich verkaufte im November 2006 eine Liegenschaft im Kt. ZH mit Gewinn. Den Gewinn deklarierte X. AG in der Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer und verrechnete diesen vollumfänglich mit dem Verlustvortrag aus dem Geschäftsabschluss per 31. Dezember 2005.
Das Verwaltungsgericht ZH hat die Verrechnung nicht zugelassen, da § 221 StG/ZH eine Verrechnung des Grundstückgewinns mit dem Geschäftsverlust nicht vorsehe. Die zürcherische Gesetzesregelung benachteilige zwar innerkantonale Unternehmen (d.h. Sitz und veräussertes Grundstück im Kt. ZH) und somit sei die die zürcherische Regelung verfassungswidrig, da sie das Gebot der Rechtsgleichheit gemäss Art. 8 Abs. 1 BV verletze. Indessen sei es Aufgabe des Gesetzgebers und nicht der Gerichte, die verfassungsmässig gebotene rechtsgleiche Behandlung von inner- und ausserkantonalen Unternehmungen herbeizuführen.
Die von X. AG dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Bundesgericht abgewiesen.
In seiner neueren Rechtsprechung zum Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung hat das Bundesgericht Praxis zu den Ausscheidungsverlusten geändert und in mehreren Urteilen stufenweise die Kantone mit Liegenschaften verpflichtet, solche Verluste anzurechnen.
5.4 [...] Diese Rechtsprechung bezieht sich aber nur auf die Besteuerung im interkantonalen Verhältnis. Es kann daraus nicht abgeleitet werden, dass die Verlustverrechnung im monistischen System von Bundesrechts wegen zugelassen werden muss. Der Kanton ist zwar frei, in Weiterentwicklung seines Steuerrechts mit Blick auf die interkantonal geltenden Grundsätze in sein monistisches System die Möglichkeit der Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten einzuführen (s. auch BGE 131 I 249 E. 6.4); verpflichtet ist er dazu jedoch nicht.Die zürcherische Grundstückgewinnsteuer sei eine Objektsteuer mit der Folge, dass es auf die Person des Steuerpflichtigen nicht ankommt. Eine Verrechnung des Geschäftsverlusts sei im Steuergesetz ZH nicht vorgesehen, und Art. 12 Abs. 4 StHG belasse den Kantonen in dieser Hinsicht einen Freiraum.
6.2 Werden somit die Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung durch das Bundesrecht nicht verpflichtet, auf die übrige wirtschaftliche Situation der steuerpflichtigen Unternehmung Rücksicht zu nehmen oder Geschäftsverluste anzurechnen, ist die kantonale zürcherische Regelung in diesem Punkt nicht zu beanstanden. [...] Die Frage der Beseitigung einer Verfassungswidrigkeit stellt sich nicht. Daran vermögen trotz allfälliger Stichhaltigkeit auch die Rügen der Beschwerdeführerin nichts zu ändern.