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Das Geld für die NEAT stammt aus speziellen Fonds:
1998 war zur Finanzierung der NEAT und von drei weiteren Eisenbahn-Grossprojekten der FinöV-Fonds geschaffen worden. Dieser wurde aus der Leistungsabhängigen Schwerverkehrsabgabe (LSVA), der Mehrwertsteuer, und der Mineralölsteuer gespeist. Nach langem politischem Ringen um die Finanzierung der NEAT brachte der FinöV-Fonds den Durchbruch und die nötige finanzielle Stabilität. Er begünstigte die NEAT und weitere Eisenbahn-Grossprojekte in zweierlei Weise:
Er stellte schon vor Baubeginn die Finanzierung des Gesamtwerks sicher. Anders als bei Ausbauprojekten im Ausland gab es damit keine Unsicherheiten über die Freigabe von weiteren Kredittranchen.
Die LSVA stellte nicht nur die Hauptfinanzierungsquelle für die NEAT dar. Sie führte auch zu faireren Rahmenbedingungen zwischen Schiene und Strasse, indem sie die ungedeckten Kosten des Strassengüterverkehrs erfasste und Kostenwahrheit herstellte.
Auf Anfang 2016 wurde der befristete FinöV-Fonds durch den unbefristeten Bahninfrastrukturfonds abgelöst. Dieser verfügt über zusätzliche Finanzquellen (Beiträge von Bund und Kantonen, Plafonierung des Pendlerabzugs in der Bundessteuer) und wird durch die Erhöhung der Trassenpreise entlastet. Der Bahninfrastrukturfonds finanziert nicht nur Grossprojekte wie die NEAT, sondern die gesamte Bahninfrastruktur (inkl. Betrieb und Substanzerhalt).