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Während Jahrhunderten setzten die Kirchen und Klosteranlagen unübersehbare Akzente im Basler Stadtbild. Die Gotteshäuser Basels sind stets dort errichtet worden, wo sie im gesamten Stadtbild oder doch wenigstens in den benachbarten Stadtteilen am meisten in Erscheinung treten und auf diese Weise ihre symbolische Bedeutung für die städtische Gemeinschaft eindrücklich bekunden. In einer interessanten, bereits etwas älteren Studie über die Kirchtürme und die alte Stadtbaukunst in Basel hat Architekt F. Lodewig (1946) gezeigt, wie ziemlich gleichmässig überall in der Stadt aus allen Strassen und Gassen und von den Plätzen stets ein Kirchenbau das Blickfeld beherrschte. Selbst der erst im späten 14. Jahrhundert entstandene Wehrbau des St. Johann-Tores ist damals in dieses Schema einbezogen worden: wer stadteinwärts durch die Toröffnung blickt, erkennt noch heute im Hintergrund den Turm der Martinskirche.
Seit der Reformation (1529) war das Stadtgebiet in vier Kirchgemeinden unterteilt, die nach ihren Hauptkrichen benannt wurden. In Grossbasel waren dies das Münster, die Peters- sowie die Leonhardskirche und in Kleinbasel die Theodorskirche. In den alten Pfarrkirchen St. Martin, St. Ulrich und St. Alban wurde weiterhin Gottesdienst gehalten. Sie besassen aber kein eigenes Gemeindegebiet mehr, sondern waren der Münstergemeinde angegliedert. Jede Pfarrei verfügte über eigene Einkünfte, mit denen Lohn- und andere Kosten bestritten wurden. Innerhalb der Kirchgemeinden wachten die so genannten Kirchenbäume, ein aus Geistlichen und Ratsherren gebildetes Gremium, über die Erhaltung einer christlichen Lebensführung. Fehlbare Gemeindemitglieder wurden öffentlich von der Kanzel aus zur Rechenschaft gezogen.
Im späten Mittelalter gab es in Basel fünf Männer- und vier Frauenklöster. Neben den vor allem in den Städten tätigen Bettelorden (Dominikaner, Franziskaner und Augustiner Eremiten) waren auch die Kluniazenser und die Kartäuser vertreten. Dazu kamen die beiden Chorherrenstifte St. Leonhard und St. Peter sowie Niederlassungen von drei Ritterorden. Das Zentrum eines Klosters oder eines Chorherrenstiftes bildete stets die Kirche, an die meist im Süden ein Kreuzgang anschloss. Um diesen gruppierten sich die Wohn- und Gesellschaftsräume der Mönche bzw. der Nonnen. An der Nordseite der Kirche lagen in der Regel die Ökonomiegebäude, wie etwa die Scheunen, in denen die Naturaleinkünfte des Klosters gelagert wurden. Im Zuge der Reformation wurden die Klöster aufgehoben; ihr gesamter Besitz fiel der Stadt zu. Die Pfarrkirchen und einzelne Klosterkirchen dienten weiterhin als Gotteshäuser. Der Rat bestimmte nun die Pfarrer und die für das Kirchenwesen zuständigen Aufsichtsbehörden. Mit den Einkünften aus den Kirchengütern wurden Besoldungen, der Unterhalt der Kirchen und Pfarrhäuser sowie gemeinnützige Aufgaben bestritten. Die Klostergebäude und auch die Kapellen wurden umgenutzt (z.B. in Schaffneien, also Gutsverwaltungen), blieben aber mehrheitlich bis ins 19. Jahrhundert bestehen. Ungenutzte Räume blieben leer oder wurden vermietet. Ausnahmen bildeten das Barfüsserkloster, dessen Konventsgebäude wohltätige Einrichtungen aufnahmen, und das ehemalige Augustinerkloster, das ab 1538 der Universität als "Oberes Kollegium" diente. Ab dem 16. Jahrhundert wies der Rat nach und nach auch den anderen Klöstern neue Aufgaben zu. Die nicht mehr für Gottesdienste benutzten Kirchen fanden meist als Lagerhäuser Verwendung.