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Fonctionnement
En raison du fédéralisme, l'autonomie accordée et la répartition des responsabilités entre les autorités politiques et les universités varient selon le canton.
L'organisation des Hautes écoles universitaires est complexe dans la mesure où ces Hautes écoles sont structurées en facultés, lesquelles sont subdivisées en unités de recherche et d'enseignement ainsi qu'en services administratifs. Des unités administratives sont également rattachées à la Direction/au Rectorat. S'y ajoutent des instances et des commissions diverses, dont certaines sont indépendantes.
La politique universitaire, la recherche et l'enseignement se définissent ainsi en différents lieux qui n'ont pas les mêmes compétences. De manière générale, les grandes orientations de la politique universitaire et le fonctionnement de l'université sont du ressort des organes centraux (rectorat / direction). L'organisation de l'enseignement et de la recherche dépend des facultés qui doivent toutefois respecter le cadre général fixé au niveau central. Certaines questions sont également débattues et décidées au niveau des unités de recherche.