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Jonas Boruta est né le 11 octobre 1944 à Kaunas. Après avoir terminé ses études secondaires en 1962, il a voulu entrer au séminaire de Kaunas, mais les autorités soviétiques l'en ont empêché. Il a donc commencé par étudier la physique et les mathématiques à l'université de Vilnius et, après avoir obtenu son diplôme en 1970, il a travaillé à l'Institut de physique de l'Académie des sciences de Lituanie. Bien qu'il ait terminé son doctorat en 1982, celui-ci n'a jamais été reconnu. Ce n'est qu'en 1992 que le Conseil scientifique lituanien a confirmé le titre de docteur.
En 1975, il débute ses études de théologie en séminaire clandestin. En 1981, il a rejoint la province jésuite lituanienne et entre secrètement au noviciat. En 1982, il est ordonné, toujours secrètement, prêtre à Skaistgiris. Après l'arrestation du premier rédacteur de la "Chronique de l'Église catholique en Lituanie", le Père Sigitas Tamkevičius sj, le Père Boruta est devenu rédacteur en chef de cette publication de 1983 à 1989. De 1989 à 1998, il a été provincial de la province jésuite de Lituanie.
En 1997, le pape Jean-Paul II le nommé évêque auxiliaire de Vilnius. Le 5 janvier 2002, il est nommé évêque de Telšiai. En 2017, le pape accepte sa mise à la retraite.
En automne 2022, Mgr Boruta déménage de la maison des jésuites de Kaunas à la maison de soins de Marijampolė.