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Neben den strategischen Projekten und Leistungen unterstützt E-Government Schweiz im Rahmen des Schwerpunktplans auch Innovationen. Jährlich wird so die Umsetzung von Projekten gefördert, die eine Optimierung der strategischen Projekte und Leistungen ermöglicht oder der Förderung von lokalen Projekten und innovativen Ansätzen dient.
Um kurzfristige Impulse auf die E-Government-Entwicklung in der Schweiz ausüben zu können, kann der Planungsausschuss einen Teil des Schwerpunktplanbudgets zur Unterstützung innovativer Projekte vergeben.
Innovationen sind Projekte, die beispielsweise neue Technologien einsetzen oder regionale Kooperationen fördern. Es gibt zwei strategische Varianten von Innovationen:
Für die Unterstützung von Innovationen stehen 5% des jährlichen Schwerpunktplanbudgets, d.h. CHF 200'000, zur Verfügung. Der Planungsausschuss bestimmt die Projekte, die im Rahmen der «Innovationen» unterstützt werden. Er legt die Höhe der zugeteilten Mittel fest.