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L'Institut Neuchâtelois s'inscrit dans la tradition républicaine des Instituts nationaux, inaugurée par la création, en 1795, de l'Institut de France, voulu par la Constitution de l'an III qui prévoit la mise en place d'un Institut national chargé de recueillir les découvertes et de perfectionner les sciences et les arts. Depuis cette date, l'Institut de France constitue l'organe faîtier regroupant les cinq grandes institutions savantes du pays: l'Académie française, l'Académie des inscriptions et belles-lettres, l'Académie des sciences, l'Académie des Beaux-Arts et l'Académie des sciences morales et politiques. Un demi-siècle plus tard, s'inspirant partiellement du modèle français, les autorités cantonales genevoises, emmenées par James Fazy, créent en 1853 l'Institut national genevois.
Dans le même esprit, des personnalités neuchâteloises soucieuses de la mise en valeur du patrimoine culturel et scientifique de leur canton, fondent l'Institut neuchâtelois au cours d'une assemblée constitutive, tenue à Neuchâtel le 19 octobre 1938. Une séance inaugurale se tient le 11 janvier 1939 à l'Université en présence du président de la Confédération, Philippe Etter. Douze ans plus tard apparaît l'Institut jurassien, des sciences, des lettres et des arts, fondé en 1950 à La Neuveville sous l'impulsion de Marcel Joray et Pierre-Olivier Walzer. Ces trois Instituts, tous implantés dans des républiques et cantons, constituent actuellement - à notre connaissance – les seules associations de ce type en Suisse.