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L’exemple de la Saison I a illustré le potentiel d’adaptation d’un virus émergeant dans une population d’hôtes (émergence pilotée dans ce cas, mais émergence quand même) qui voit un variant mieux adapté à sa propagation dans l’espèce hôte remplacer le virus original. En l’occurrence cette adaptation a conduit à la sélection d’un virus moins virulent. Est-ce à dire qu’un virus émergeant dans l’espèce humaine ne devrait pas inquiéter. Loin s’en faut. D’abord dans l’exemple cité, la diminution de virulence a passé par l’élimination initiale de 95% des lapins. Une hécatombe qui pourrait être fatale à une espèce moins prolifique, mais tout aussi dense, du moins dans les mégapoles. Ensuite parce que la mise en place d’une situation d’équilibre entre le virus et son nouvel hôte passe par l’exploration d’un nouveau champ des possibles et qu’une virulence augmentée par rapport à celle affichée dans l’espèce d’origine fait partie des possibilités.
Pourquoi ? Comment ? L’infection virale implique i) la reconnaissance d’un récepteur sur la cellule à infecter, ii) l’appropriation de fonctions cellulaires au profit du virus et iii) l’inhibition ou le contournement par le virus des défenses cellulaires, dont la plus précoce (défense innée) aboutit au déclenchement d’une réaction inflammatoire provoquant le suicide de la cellule infectée (destruction de l’usine à virus) et la mise en place plus tardive d’un système de défense dit adaptatif, avec production d’anticorps et de cellules destructrices de cellules infectées. Dans un système à l’équilibre, on peut imaginer que les relations virus-hôte se déroulent de manière à ce que les deux partenaires ressortent indemnes de la confrontation : le virus se multiplie suffisamment pour pouvoir se transmettre et l’hôte ne subit pas de dommages tels que sa survie en soit menacée, ce qui ne serait pas dans l’intérêt de l’intrus. Cet équilibre décrit la relation de bien des virus de la grippe aviaire avec leur hôte naturel (une espèce particulière d’oies sauvages par exemple), du virus Ebola avec une (voire plusieurs) espèce de chauve-souris, des virus SIV (à l’origine du HIV) avec les espèces de primates dans leur habitat naturel, ou encore celle des virus herpétiques humains avec l’homme. Dans ces situations, l’infection virale ne conduit pas à la destruction étendue et irrémédiable des tissus infectés, ni l’hôte infecté ne combat le virus au point où ce dernier ne peut pas s’y multiplier suffisamment pour se transmettre. Il est important de dire, à ce point, que les destructions des tissus infectés sont souvent le fait des réponses de défense de l’hôte induites par le virus. Ces mêmes réponses peuvent également être excessives. Un « orage inflammatoire » peut excéder l’inflammation nécessaire à la lutte anti-virale et participer à la destruction des voies respiratoires, comme l’on suspecte que cela ait pu être le cas dans les nombreuses pneumonies virales causées par le virus de la grippe de 1918.
Un virus émergeant dans une nouvelle espèce est toujours une situation de rupture d’équilibre. La virulence du virus peut être haute ou faible en fonction de caractéristiques sélectionnées dans l’espèce d’origine, mais ce qui a prévalu dans l’espèce d’origine ne correspond pas forcément à ce qui va prévaloir dans la nouvelle espèce. Difficile à prévoir au départ, la virulence va ensuite évoluer selon des voies tout aussi imprévisibles. On dit que le virus « explore de nouveaux champs du possible ». Alors que dans une situation à l’équilibre, le virus peut échapper aux défenses de l’hôte juste le temps qu’il faut pour se multiplier suffisamment pour se transmettre, la sélection de variants dans la période d’adaptation peut passer par une phase où le virus échappe à ces défenses de façon telle qu’un multiplication virale effrénée en découle conduisant à une destruction massive des tissus infectés. De la même manière, le virus peut déclencher une réponse de défenses excessive qui aurait les mêmes effets néfastes sur l’hôte infecté. Si ces défenses excessives avaient comme résultat de compromettre la transmission virale, un variant pourrait être sélectionné qui viendrait tempérer la réaction de défense. Il faut toujours garder en tête que la population virale est faite d’une espèce majoritaire (cf. La Quasi-espèce) dont découle les effets de l’infection et d’une multitude de variants en quantité minime (1 sur 10’000-100’000), qui représentent une réserve de virus pouvant être sélectionnés si les conditions leur sont favorables.
En conclusion, l’émergence d’un virus est toujours une source d’incertitude. Quand elle touche directement la population humaine, elle provoque particulièrement un grand chambardement. Entre réaction excessive par précaution ou tempérance attentiste, les avis sont partagés, mais les décisions à prendre ne sont jamais simples. Pas aussi simples que les critiques faites après-coup, lorsque le danger est écarté et que l’alerte n’a été, fort heureusement, qu’un feu de paille, comme la pandémie de grippe de 2009.