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Un des grands problèmes que rencontre les plans d'eau est l'eutrophisation du milieu.
De quoi s'agit-il ?
L'eutrophisation est l'enrichissement d'une eau en matières organiques en raison de la prolifération et de la dégradation partielle de végétaux aquatiques. On remarque un appauvrissement en oxygène des eaux profondes. Ce phénomène est accéléré par l'apport des engrais agricoles, notamment des nitrates qui s'écoulent depuis les cultures dans les ruisseaux puis dans les étangs. Cet apport de substances nutritives va augmenter la production d'algues dans les plans d'eau. Cette brutale prolifération végétale conduit à une accumulation de matières organiques mortes, partiellement décomposées (vase) avec une diminution marquée de la teneur en oxygène au fond des étangs. Il s'en suit automatiquement une baisse de la biodiversité. Sur les côtés nord, est et sud-est, les étangs des Coeudres sont cernés par des champs cultivés. Lorsqu'il pleut beaucoup, des engrais et des sédiments fins sont emportés par les eaux de ruissellement et finissent dans les plans d'eau.
Cependant, en 2009, dans le cadre des travaux de restauration des étangs, la Fondation des marais de Damphreux a fait aménager un bassin filtrant (photographie ci-jointe) afin que les eaux chargées des ruisseaux pollués ne se déversent pas directement dans les étangs. L'image présente ce système d'épuration qui consiste à canaliser le ruisseau dans un bassin d'où l'eau déborde lentement dans des graviers. La plantation de roseaux n'a pas encore été réalisée. Les graviers retiennent les fines et, plus tard, les roseaux vont absorber une partie des nitrates. En aval, l'eau ainsi purifiée, poursuit son chemin dans les étangs.