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Das St. Johannstor wurde nach 1356 erbaut. Es war einst Teil des dritten mittelalterlichen Befestigungsrings, der kurz nach dem grossen Erdbeben von 1356 um die ganze Stadt gezogen wurde. Nach seiner Vollendung im Jahre 1398 standen 7 grosse Stadttore, 40 Türme, 42 Wehrgänge und ca. l’200 Zinnen. Die bis dahin mit eigenen Mauern befestigte St. Johannsvorstadt und die Johanniterkomturei, die dem Quartier den Namen gab, wurden damit in das Stadtgebiet einbezogen. Der äussere Mauerring bot Platz für ca. 20’000 Einwohner und reichte 450 Jahre lang für die Basler Bevölkerung aus. Stadtmauer und Graben zogen sich vom St. Johannstor zum Rhein hinunter. Hier bildet der Thomasturm die Befestigung gegen den Fluss. Er ist nach einer Statue des hl. Thomas benannt, die einst an der äusseren Turmecke angebracht war.
1473 erhielt das St. Johannstor – ebenso wie die anderen Stadttore – ein Vorwerk, da mit kriegerischen Auseinandersetzungen gerechnet wurde (Burgunderkriege). Der plastische Schmuck des Vortors wie Erker, Wappentafel und mit Fratzen umrahmte Schiessscharten kam allerdings erst 1670 dazu. (Die heutigen Umrahmungen sind vereinfachte Kopien aus dem Jahr 1921; ebenfalls ersetzt wurde die Fratzenkonsole, die den Erker trägt und das Wappenrelief mit der Jahreszahl 1670. Die Originale befinden sich im Historischen Museum).
1577 schüttete man ein Bollwerk auf (Ausbau zur Schanze). 1583 wurde das Fallgatter durch von einander unabhängige Rammpfähle ersetzt – wie übrigens auch beim Spalen- und St. Albantor.
In die Zeit des Dreissigjährigen Krieges (1618–48) fällt die Errichtung einer Bastion vor dem Tor. Damalswurden die mittelalterlichen Zinnen der Stadtmauer abgetragen und die Mauer vom Thomasturm bis zum Petersplatz von einem Wall hinterfangen, der heute noch unter den Anlagen, die vom St. Johannstor zum Rhein führen, verborgen ist. 1669 fügte man stadtwärts einen schmalen torbogenartigen Bau an.
1859 erliess man das Gesetz über die Erweiterung der Stadt“, das den Abbruch der grossen Stadtmauer – bis auf wenige Reste – zur Folge hatte. Aber bereits damals setzten sich denkmalbewusste Bürger für die Erhaltung des St. Johannstors ein und erreichten seine Renovation im Jahre 1874. Zehn Jahre später wurde die St. Johannsschanze zu einer Parkanlage umgewandelt und 1888 erhielt der Thomasturm, der 1806 um die Hälfte abgetragen worden war, einen neuen Zinnenkranz.
Bei der Restaurierung von 1983–85 wurde das steile Turmdach des 19. Jahrhunderts durch ein stumpfes Pyramidendach ersetzt, eine barocke Dachform, die vor einigen Jahren bereits beim St. Albantor wiederhergestellt worden war. Von der Originalsubstanz wurde belassen, was noch zu halten war: das alte Holztor, im Innern die ursprünglichen Balkenlagen und der Unterlauf der alten einläufigen Blocktreppe, die die vier oberen Geschosse miteinander verbindet. Im ersten Stock wurden Fragmente der Vertäferung der Wächterstube von 1356 gefunden. Die übrige Ausstattung ist neuzeitlich. Das stadtwärts gelegene ehemalige Wachhaus (mit klassizistischer Säulenstellung) stammt von 1807. Es wurde vermutlich nach Plänen von Samuel Mäglin errichtet.