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Sotto l'effetto degli ormoni femminili, i focolai della mucosa uterina che sono giunti nella cavità addominale crescono e possono infiltrare altri organi, nei quali possono in seguito formare focolai endometriosici. I sanguinamenti mensili dei focolai endometriosici favoriscono la diffusione della malattia.
Nelle ovaie si possono formare delle cisti dove si raccoglie il sangue mestruale. Quando tali cisti vengono incise nel corso di intervento chirurgico, questo sangue appare come una massa viscosa di colore brunastro. Per questo motivo le cisti in oggetto sono chiamate anche cisti "cioccolato". I sanguinamenti ciclici del focolai endometriosici comportano una continua irritazione del peritoneo con conseguente formazione di cicatrici (aderenze). I focolari endometriosici penetrano in altri tessuti confinanti, come le fibre dei legamenti di sostegno, o in organi come intestino, vescica e uretere.