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La diarrhée aiguë est l’une des causes les plus fréquentes de consultation en urgence, engendrant une augmentation de la morbidité et des coûts. Si dans les pays industrialisés, la mortalité liée à une diarrhée infectieuse est faible, dans les pays à bas revenus économiques, elle représente la deuxième cause de mortalité chez les enfants de moins de 5 ans.1
On entend par diarrhée une augmentation de la fréquence des selles à plus de 3 fois par 24 h et une consistance défaite ou liquide due à une augmentation en teneur d’eau. Si les symptômes durent moins de 14 jours on parle de diarrhée aiguë, entre 14 et 29 jours de diarrhée persistante, et de diarrhée chronique si sa durée dépasse les 30 jours.2,3 La présence de sang visible ou de mucus dans les selles, associée ou non à un état fébrile et à des douleurs abdominales, distingue une forme invasive (diarrhée inflammatoire, ou dysenterie en présence de sang dans les selles) d’une diarrhée aqueuse (diarrhée sécrétoire).2
La plupart des diarrhées aiguës sont d’origine infectieuse et sont transmises par voie féco-orale, soit par ingestion d’aliments contaminés, soit par le biais des mains contaminées. Les étiologies fréquentes comprennent des virus (dans plus de 70 % des cas chez les enfants, notamment norovirus, également responsables chez les adultes de 50 % d’épidémies et de 26 % de cas de consultations aux urgences aux Etats-Unis,3 rotavirus, adénovirus, astrovirus et sapovirus), sinon des bactéries (Campylobacter species, Salmonella spp, Shigella spp, Escherichia coli entérotoxigénique, Clostridium difficile, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Aeromonas, Listeria, Yersinia spp et autres) et des protozoaires (Cryptosporidium, Giardia, Cyclospora, Microsporidium, Entamoeba).1,4,5
Ces diarrhées sont généralement bénignes et se résolvent spontanément avec un traitement symptomatique. Pour le clinicien, il est donc important de reconnaître les situations pour lesquelles il faut effectuer des analyses de selles, comment interpréter les résultats, et finalement savoir dans quelle situation un traitement antibiotique doit être initié. L’algorithme représenté en figure 1 résume les démarches analytiques et thérapeutiques en fonction des éléments cliniques et anamnestiques.
Devant un patient avec une diarrhée aiguë, l’évaluation initiale doit comprendre :
une évaluation clinique détaillée des symptômes et de leur sévérité (durée, fréquence et caractéristique des selles, état fébrile, symptômes associés, signes de déshydratation et autres complications) (tableau 1A) ;
une saisie des comorbidités, associées à un risque accru de complications (tableau 1B) ;
une anamnèse d’exposition (tableau 1C).
Dans la majorité des cas, pour des patients sans maladie sévère, déterminer la cause précise d’une diarrhée aiguë est coûteux et inutile. La plupart des diarrhées aiguës étant d’origine virale, le rendement des cultures de selles est très faible, avec seulement 1 à 5 % d’échantillons positifs.3,5 L’analyse des selles est à réserver aux patients à haut risque de complications ou lors de signes de gravité, car l’identification du pathogène implique des conséquences thérapeutiques, en particulier :2,3,5
en présence de signes de sévérité, notamment lors de maladie sévère, température supérieure ou égale à 38,5° C, en présence de diarrhées aqueuses profuses, de déshydratation, ou de dysenterie, hypotension ou choc (tableau 1A) ;
en présence de comorbidités à risque de complications, en particulier lors d’immunosuppression, ou chez la personne âgée (tableau 1B) ;
si la durée des symptômes dépasse 7 jours ;
après exposition aux antibiotiques ;
lors d’investigations d’ordre de santé publique (par exemple en cas d’épidémie ou de symptômes chez le personnel travaillant en cuisine ou dans un établissement de soins).
Historiquement, la recherche de leucocytes fécaux ou la présence de lactoferrine dans les selles étaient effectuées dans le but de guider le clinicien pour effectuer d’autres analyses de selles, notamment la culture. Toutefois, ces paramètres se sont révélés trop imprécis et de fait ils ne sont plus recommandés.2,6
Les leucocytes fécaux se dégradent trop rapidement et leur présence dans les selles lors de diarrhée aiguë inflammatoire n’est qu’intermittente.7 La lactoferrine, bien que plus stable que les leucocytes fécaux, ainsi que la calprotectine, un marqueur d’inflammation intestinale, ne sont de leur côté pas assez spécifiques pour discriminer entre une origine bactérienne et virale.8,9
Cet examen permet d’identifier les pathogènes bactériens les plus communs, soit Shigella, Salmonella et Campylobacter. La recherche d’autres bactéries moins fréquentes et potentiellement pathogènes, par exemple Aeromonas, Plesiomonas (lors de diarrhée prolongée), Yersinia (lors de douleurs abdominales persistantes), Vibrio spp (lors de consommation de crustacés crus), Listeria (en cas de grossesse), Escherichia coli entérohémorragique (EHEC/STEC; diarrhée sanglante), C. difficile ou d’autres pathogènes comme les virus ou les parasites, doit être spécifiée au laboratoire, car ils requièrent des méthodes particulières qui ne sont pas utilisées de routine. L’obtention du résultat de la culture de selles nécessite 48 à 72 heures.9
De plus en plus de laboratoires remplacent les coprocultures par des PCR multiplex, qui permettent d’identifier le matériel génétique de différents pathogènes (bactéries, virus ou parasites) en fonction de la méthode utilisée.10 La PCR offre l’avantage d’un rendu des résultats plus rapide (quelques heures) et d’une meilleure sensibilité. De plus, la détection moléculaire est moins sujette que la culture à des problèmes préanalytiques (transport, stockage) et permet la détection de microorganismes même s’ils ne sont plus cultivables. Cependant, la PCR détecte tout matériel génétique et ne permet pas de juger du rôle pathogène des organismes détectés. L’interprétation des résultats nécessite de les corréler avec l’anamnèse et la clinique, car le patient peut être simplement porteur et il n’est pas rare d’avoir des résultats indiquant la présence de plusieurs pathogènes.3,11 Pour cette raison, un résultat décelant une bactérie pathogène devrait être confirmé par une culture qui en plus permet d’obtenir un antibiogramme. Tout résultat positif ne justifie pas forcément un traitement antibiotique en l’absence des critères de sévérité décrits auparavant.2,12
A la différence des parasites qui produisent des œufs par intermittence, les bactéries, les virus et les protozoaires sont excrétés de façon continue. Par conséquent, si l’on suspecte une cause bactérienne, virale ou protozoaire, l’analyse d’un seul échantillon de selles est suffisante.2,9 Il est important que l’échantillon parvienne rapidement au laboratoire pour l’examen direct à la recherche de parasites.3
La mesure la plus importante est le maintien d’une hydratation correcte.2,6 Les régulateurs du transit (lopéramide, 4 mg en dose initiale, puis 2 mg après chaque selle liquide ; dose maximale 16 mg par jour pour 2 jours au maximum) peuvent être utilisés chez les patients sans signes de diarrhée invasive (température en dessous de 38,5° C, absence de diarrhée sanglante, sauf si une antibiothérapie est indiquée) et sans colite à C. difficile (risque de mégacôlon toxique).4,6
Un traitement antibiotique n’est que rarement indiqué : bien que celui-ci puisse réduire la durée des symptômes, dans la plupart des cas ce bénéfice est à pondérer avec les effets secondaires, notamment l’élimination de la flore normale, la promotion de la résistance bactérienne, le risque d’infections à C. difficile et les coûts.2,12 Toutefois, la prescription d’une antibiothérapie empirique est recommandée chez les patients présentant des signes de sévérité ou de maladie invasive (tableau 1A) ou en présence de comorbidités à haut risque de complications (tableau 1B).
Le choix de l’antibiotique empirique dépend d’une part de la probabilité du pathogène (tableau 2), et d’autre part des données épidémiologiques d’antibiorésistance locale. En Suisse, les infections à Campylobacter spp sont quatre fois plus nombreuses que celles dues à Salmonella spp. En 2017, 83,3 cas de campylobactériose pour 100 000 habitants ont été signalés à l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), versus 17,4 cas de salmonellose pour 100 000 habitants. Parmi ces souches de Campylobacter spp, 58 % présentaient une résistance à la ciprofloxacine versus 2 % envers les macrolides (tableau 3). Des chiffres similaires sont également rapportés ailleurs en Europe.13 Dans une étude épidémiologique américaine, 60 % des souches de Campylobacter résistantes aux fluoroquinolones étaient associées à un voyage hors Etats-Unis (cette résistance atteignait 100 % pour les patients revenant d’Asie), alors que seulement 13 % des souches étaient acquises aux Etats-Unis.14 En Suisse, la résistance des salmonelles (non typhi) contre les quinolones est de 14 % (tableau 3). Elle varie en fonction du continent entre 5 % (Europe de l’Ouest) et 19 à 23 % (Europe de l’Est, Afrique, Asie).13 La ceftriaxone reste efficace (tableau 3).
Le tableau 4 résume les recommandations thérapeutiques actuelles, destinées aux patients ayant une infection sévère ou présentant des comorbidités à haut risque de complications. Des infections à salmonelles (hormis S. typhi et S. paratyphi) et Campylobacter évoluent favorablement sans traitement dans la majorité des cas et un résultat d’examen (culture ou PCR) positif n’est pas en soi une indication au traitement. Pour le traitement antibiotique empirique de la diarrhée aiguë acquise en Europe et en Suisse (prédominance de Campylobacter), il faudrait favoriser un traitement à base d’azithromycine.3,12 La ceftriaxone par voie intraveineuse représente une alternative pour les patients à haut risque d’infection par Shigella ou Salmonella, notamment si acquise en Europe de l’Est, Asie ou Afrique ; elle n’est par contre pas efficace contre la plupart des souches de Campylobacter.14
Le traitement des diarrhées aiguës vise essentiellement à maintenir ou rétablir l’hydratation. Le traitement antibiotique doit être réservé à des patients sélectionnés, notamment ceux atteints d’une maladie sévère ou les patients immunocompromis. La connaissance des taux d’antibiorésistance aide à réduire le nombre d’échecs thérapeutiques.
La PCR multiplex permet d’identifier rapidement le matériel génétique de plusieurs pathogènes dans les selles. Elle ne permet pas de déterminer leur rôle pathogène et il faut intégrer la corrélation avec la clinique dans l’évaluation. La décision de commencer une antibiothérapie empirique dépendra de la sévérité et de la persistance des symptômes ainsi que des comorbidités associés.
Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts en relation avec cet article.
▪ Des examens microbiologiques ne sont indiqués que dans les cas de diarrhée aiguë sévère ou persistante
▪ Tout résultat positif de PCR doit être corrélé avec la présentation clinique
▪ Le traitement par antibiotique de diarrhées aiguës n’est indiqué que dans un nombre limité de cas
▪ Si un traitement antibiotique empirique est jugé nécessaire, son choix doit tenir compte de l’épidémiologie et du taux local des résistances