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L’IFSN est structurée en différents domaines, eux-mêmes subdivisés en sections.
Le domaine de surveillance K (centrales nucléaires) s’occupe de la surveillance des centrales nucléaires, tandis que le domaine de surveillance E (gestion des déchets radioactifs) s’occupe du plan sectoriel « Dépôt en couches géologiques profondes », des autres installations nucléaires, des procédures de mise à l’arrêt définitif et de désaffectation, ainsi que des transports. La tâche des domaines spécialisés A (analyses de sécurité) et S (radioprotection) se concentre sur les analyses de sécurité probabiliste et déterministe, les mesures et les surveillances dans le secteur de la radioprotection, de la sûreté et des facteurs d’ordre humains et d’organisation. Le domaine DS (état-major de direction) assiste le directeur et assure le rôle de centre de coordination pour l’IFSN, son directeur, la direction, le Conseil de l’IFSN et les différentes autorités. Le domaine R (Ressources) assure la gestion de l’infrastructure pour tous les domaines. La gestion des ressources humaines et la gestion financière relèvent aussi du domaine R.