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Die zentrale Aufgabe der Sektion Biologische Sicherheit besteht im Vollzug der Einschliessungsverordnung, die den Umgang mit pathogenen und gentechnisch veränderten Organismen im geschlossenen System regelt. Des weiteren nimmt sie die auf das BAG übertragenen Funktionen im Rahmen des Vollzugs der Freisetzungsverordnung sowie der Verordnung über klinische Versuche mit Heilmitteln wahr. Die Sektion unterstützt verschiedene Tätigkeiten zur Bewältigung von Ereignissen mit biologischen Agenzien und die Forschung zur Überwachung von Infektionserregern in der Umwelt sowie die Weiterbildung. Im Rahmen des Ausrottungsprogramms von Poliomyelitis der WHO führt sie das nationale Inventar von Laboratorien, die mit Polioviren arbeiten.