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In den Jahren 2008/2009 war die SAMW damit beauftragt, eine nationale Koordinationsstelle für die Vernetzung der klinischen Studienzentren an Universitäts- und Kantonsspitälern aufzubauen. Schliesslich wurde im Juni 2009 die Swiss Clinical Trial Organisation (SCTO) als Dachorganisation für klinische Forschung in der Schweiz gegründet.
Jahrelang wurde in der Schweiz die ungenügende «Studienkultur» in der klinischen Forschung beklagt. Einzelne Fachgebiete bauten zwar nationale Infrastrukturen für klinische Studien in ihren Bereichen auf, doch kamen die in diesen Organisationen gewonnenen Erfahrungen und Fähigkeiten anderen Fachrichtungen kaum zugute. Darüber hinaus entstanden viele kleinere, meist fachbezogene Studienzentren an den Universitäts- und Kantonsspitälern, mit mangelnder Vernetzung bzw. Koordination untereinander. Daraus resultierten oft klinische Studien mit zu kleinen Patientenzahlen, parallele Studien mit zu ähnlichen Fragestellungen, uneinheitliche Verfahrensvorschriften und ein eingeschränktes Aus- und Weiterbildungsangebot für das Studienpersonal.
Vor diesem Hintergrund hat der SNF die Förderung der klinischen Forschung im Mehrjahresprogramm 2004-2007 als vordringlich erklärt. In einem ersten Schritt hat er an sechs Schweizer Spitälern die Gründung von multidisziplinär ausgerichteten Studienzentren (Clinical Trial Units – CTUs) mit professionellen Infrastrukturen gefördert.
In einem zweiten Schritt hat der SNF Ende 2007 die SAMW beauftragt, eine nationale Koordinationsstelle für die Vernetzung der CTUs aufzubauen, welche im August 2008 die Arbeit aufgenommen hat. Um dieses Netzwerk strategisch optimal einzubetten, wurde im Juni 2009 die Swiss Clinical Trial Organisation (SCTO) als Dachorganisation für klinische Forschung in der Schweiz gegründet, und die Koordinationsstelle der CTUs zur Geschäftsstelle der SCTO erweitert.