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En principe, les infrastructures des marchés financiers sont soumises à la surveillance de la FINMA. La loi sur l’infrastructure des marchés financiers (LIMF) prévoit toutefois que les infrastructures des marchés financiers d’importance systémique soient également soumises à la surveillance de la Banque nationale suisse (BNS). Afin d’éviter un chevauchement des activités de surveillance, la FINMA et la BNS ont défini leurs responsabilités respectives. D’une part, les deux autorités procèdent à des échanges d’informations; d’autre part, les principaux documents de la société d’audit (analyse des risques, stratégie d’audit et établissement des rapports) doivent être remis en même temps à la BNS et à la FINMA. Les deux autorités disposent ainsi d’informations équivalentes afin de garantir une surveillance appropriée.
Une stratégie d'audit standard s’applique aux assujettis appartenant aux catégories de surveillance 3 à 5 de la FINMA. Le risque net prescrit, dans les champs d'audit, quelle périodicité d’audit et quelle étendue d'audit doivent être appliquées. Pour les assujettis des catégories de surveillance 1 et 2, en revanche, la FINMA influence plus fortement les champs d'audit à couvrir, la stratégie d’audit faisant étant définie dans le cadre d'un dialogue avec la société d’audit.
Pour les infrastructures des marchés financiers d’importance systémique, la FINMA et la BNS travaillent de concert à élaborer l’analyse des risques et la stratégie d’audit.
Dans le rapport standardisé sur l’audit prudentiel pour les infrastructures des marchés financiers, les sociétés d'audit communiquent les constatations de leurs audits à la FINMA et, s’il s’agit d’infrastructures des marchés financiers d’importance systémique, également à la BNS. Le rapport contient d’une part des informations sur le déroulement de l’audit, une déclaration d’indépendance de la société d'audit et d'autres informations sur le développement de l'activité et sur l’organisation de l'établissement concerné. Il comprend aussi des prises de position de la société d’audit sur toutes les irrégularités constatées ou sur les recommandations d’amélioration.
Dans certaines circonstances, la FINMA peut faire appel à un chargé d’audit. Les chargés d'audit peuvent être des sociétés d'audit agréées ou des tiers indépendants possédant l'expérience et les connaissances spécialisées requises.