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Issue du lac français des Rousses, l'Orbe, la bien nommée, s'écoule de méandre en méandre, cernant les sagnes et les prés humides pour disparaître dans les lacs de Joux et de Brenet. Les eaux de ces lacs sans émissaire visible s'échappaient autrefois uniquement par des fissures de la roche calcaire, les "entonnoirs". Après un parcours souterrain de plusieurs kilomètres, elles réapparaissaient, près de Vallorbe, en une magnifique résurgence vauclusienne, la source de l'Orbe. Le niveau des lacs subissait alors d'importantes variations, et les inondations étaient redoutées.
Sur la rive méridionale du lac de Joux, le grèbe huppé niche dans les roselières, ceinturées de potamots.
Beaucoup plus abrupte, la rive nord héberge sur ses grèves caillouteuses des plantes rares dont le développement dépend des variations du niveau de l'eau.
Une flore aquatique intéressante peuple les eaux de ces lacs, tel que le Nénuphar jaune, le Trèfle d'eau ou la Massette à larges feuilles. L'Iris de Sibérie, à fleurs bleu violet, se rencontre le long de la côte orientale du lac de Joux oì il affectionne les lieux humides.
Les grands tétras, hôtes de marque de ces lieux, se rassemblent pour la "ballade nuptiale" en un site choisi et traditionnel.
Faute de pouvoir les gravir, c'est du sommet, ou mieux encore, de l'ouest, qu'il faut contempler les escarpements protégés de la Dent-de-Vaulion. Les joux noires, ancien nom des forêts jurassiennes, abritent des colonies de chamois.
Réintroduit depuis près de vingt ans, le lynx exerce pour sa part un rôle de régulateur sur le gibier en parcourant la forêt de la Vallée.
L'utilisation par l'homme des forêts et des pâturages du Haut-Jura est très ancienne, vers l'an mil, et perdure encore aujourd'hui à la Vallée de Joux. Il n'y a pas de forêt immobile car de grand flux sylvestres ont accompagné la lente mutation des climats.
De ces forêts préhistoriques, il ne reste plus que l'or terni des pollens dispersés autrefois sur les grand marécages, enfermés aujourd'hui dans l'épaisseur de tombes millénaires, mémoire de la terre, telles les "Sagnes" de la Vallée de Joux.