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La Confédération collabore avec les cantons pour commander, auprès des entreprises de transport concessionnaires, les prestations de trafic régional de voyageurs (TRV) afin d’assurer un service public efficace dans tout le pays. Par ailleurs, la Confédération encourage les entreprises de transport de marchandises en leur versant des contributions d’investissement et des indemnités dans le but de transférer le fret transalpin de la route au rail et de développer le trafic ferroviaire de marchandises.
Financement du transport de voyageurs
Le trafic régional de voyageurs (TRV) a une fonction cruciale dans les transports publics suisses : il est le trait d'union entre le trafic grandes lignes et le trafic urbain. Il relie les localités entre elles et dessert ainsi tout le territoire. Or le produit de la vente des titres de transport et les autres recettes générées en TRV ne suffisent pas à couvrir ses coûts. Les entreprises de transport concessionnaires sont dès lors tributaires de l'aide financière de la Confédération et des cantons afin de compenser le déficit. Ainsi la Confédération commande et indemnise, conjointement avec les cantons, les prestations du TRV à fonction de desserte, et ce, sur le rail et sur la route, plus rarement aussi sur l'eau et dans l'air. En 2015, la part fédérale des fonds versés au titre du TRV s'est chiffrée à 920 millions de francs, ce qui correspondait à peu près à la moitié des indemnités.
Les prestations du trafic régional de voyageurs sans fonction de desserte (localités de moins de 100 habitants) ainsi que le trafic local (transports urbains) peuvent être financées par les cantons seuls ou avec le concours des communes. Le trafic purement local est parfois financé uniquement par les communes.
En sus de quelque 1400 lignes qu'elle finance dans le domaine des chemins de fer, des bus, des téléphériques et de la navigation, la Confédération compense les coûts non couverts du transport de véhicules moteurs accompagnés à travers le tunnel de la Furka et par le col de l'Oberalp.
L'offre nationale des CFF en trafic voyageurs, appelée trafic grandes lignes, ne fait l'objet ni d'une commande ni d'un financement par la Confédération. Ce trafic doit être intégralement autofinancé.
Financement du transport de marchandises
En acceptant l'initiative des Alpes en 1994, le peuple suisse a dit oui à la politique de transfert. Depuis lors, conformément au mandat inscrit dans la Constitution, il faut transférer le fret transalpin de la route au rail. Chaque année, plus d'un million de camions passent par les Alpes suisses. Si le nombre de ces courses transalpines a diminué considérablement depuis l'année de référence (2000), des efforts doivent encore être consentis pour atteindre l'objectif de 650 000 courses par année.
Afin d'accélérer le processus de transfert, la Confédération encourage le transport combiné non accompagné au moyen d'indemnisations. Par transport combiné, on entend l'acheminement par le rail de conteneurs, de caisses mobiles, de semi-remorques ou de camions entiers. Les indemnités versées à ce titre se chiffrent à 170 millions de francs par année, quoique cette somme diminue peu à peu. Par ailleurs, la Confédération verse aussi des indemnisations au titre du transport de marchandises ne traversant pas les Alpes et des chemins de fer à voie étroite.
La Confédération participe également au financement de voies de raccordement en soutenant les entreprises qui acheminent par le rail leurs cargaisons aussi près que possible des lieux de finition des produits. Cette démarche assure et consolide à long terme le fret ferroviaire.
De plus, la Confédération peut encourager des projets de terminaux en versant des aides à l'investissement.