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Es handelt sich um Banken wie Samenbanken, Kryobanken oder mikrobiologische Laboratorien, die verschiedene entdeckte und genotypisierte Bakterienstämme nach und nach sammeln, aufbewahren und katalogisieren. Zu den bekanntesten Sammlungen gehören das American Type Culture Collection Center (ATCC) und die Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) am Pasteur Institut.
Ein Beispiel: Bifidobacterium breve B3 ATCC-SD5206, wobei Bifidobacterium die Gattung angibt, breve die Art, B3 den Stamm und ATCC-SD5206, dass der Stamm beim American Type Culture Collection Center unter dem Kodex SD5206 eingetragen ist.