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Als Mitglied im International Science Council (ISC), einer globalen Vereinigung mit mehr als 180 Mitgliedern (nationale wissenschaftliche Gremien, internationalen wissenschaftliche Berufsvereinigungen), bringt sich die SCNAT in Vertretung der naturwissenschaftlichen Community in der Schweiz in globale wissenschaftspolitische Entwicklungen ein. Zu diesem Zweck nominiert sie nach Möglichkeit Wissenschafter in ISC-Entscheidgremien. Ausserdem hat die SCNAT seit 2016 die Leitung und Geschäftsführung der europäischen ISC-Mitglieder inne. Der ISC entstand im Juli 2018 aus dem Zusammenschluss von International Council for Science (ICSU) und International Social Science Council (ISSC).