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Die Pflanzen dieses Gartens stammen, wie der Name schon sagt, aus Madagaskar. Es handelt sich nicht wie im Zoo Zürich um Pflanzen des Tropischen Regenwaldes, sondern um endemische (nur dort beheimatet) Pflanzen der trockenen und kargen Bergvegetation. Es gibt weltweit nur sehr wenige Gärten, in welchen solche Pflanzen gedeihen. Deshalb reisten schon Pflanzen-Kundige aus der ganzen Welt an, um diese Exemplare zu begutachten.
Die Pflanzen weisen einen gleichen Lebens-Zyklus auf wie unsere heimischen Arten. Sie blühen im Frühjahr, im Herbst verlieren sie die Blätter und im Winter haben sie ihre Ruhezeit. Um den Pflanzen das Blühen noch besser zu ermöglichen, wurden 2009 neue Lampen eingebaut, welche zusätzlich noch weniger Energie verbrauchen. Die Lampen benötigen ca. 34'000 kWh pro Jahr, dies entspricht der doppelten Energiemenge, die die Photovoltaikanlage auf dem HCI pro Jahr produziert.
Der Madagaskargarten befindet sich im Physikgebäude HPH und enthält 16 Pflanzenfamilien und ca. 75 verschiedene Arten. Um möglichst ähnliche Bedingungen wie in Madagaskar zu schaffen, wurde 20 Tonnen Schrattenkalk aus Seelisberg OW in den Hönggerberg transportiert.