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On trouve pour la première le nom de Bardonnex (sous la forme Bardonay) dans une bulle du Pape Eugène III, datée du 1er mars 1153.
On y apprend que l’église de Bardonnex appartient au Prieuré de Saint-Jean-hors-les-murs (à Genève), lui-même dépendant de l’abbaye d’Ainay (près de Lyon).
Bardonnex perdit son église lors de l’occupation bernoise (1536-1567) et les Bardonnésiens dépendirent alors de la Paroisse de Compesières.
Le 16 mars 1816, date de la signature du second traité de Turin, Compesières fit partie des communes cédées par les Royaumes de Sardaigne et de France à la République de Genève, afin de lui permettre de désenclaver son territoire pour entrer dans la Confédération helvétique.
Ces communes savoyardes et gessiennes sont connues sous le nom de Communes réunies.
A cette occasion, Compesières perd le hameau de Lathoy, mais obtient ceux de Perly, Certoux et Evordes, ainsi qu’un terrain à Croix-de-Rozon. Elle possède aussi les hameaux d’Arare, Bardonnex, Charrot, Drize, Landecy, Plan-les-Ouates et Saconnex-d’Arve.
Perly et Certoux se séparèrent de Compesières en 1820 pour former la commune actuelle de Perly-Certoux.
A la suite de dissensions concernant les fonds communaux, la commune de Compesières fut divisée le 16 juin 1851, en commune de Bardonnex et commune de Plan-les-Ouates.
Les hameaux d’Arare et de Saconnex-d’Arve sont alors rattachés à Plan-les-Ouates. Les limites communales datent donc de 1852.
Cette division ne fut effective que le 16 juin 1852, tant les discussions furent longues quant au partage des biens communs.
Après arbitrage du Conseil d’Etat, le premier étage de la Commanderie, où loge le curé de la paroisse, est laissé en indivision ainsi que l’église, le cimetière et l’allée des marronniers. Les deux autres étages et l’école attenante sont attribuées en pleine propriété à Bardonnex, moyennant le paiement à Plan-les-Ouates d’une indemnité de 2’500 francs, portant intérêt à 4% et payable par acomptes annuels et successifs d’au moins 300 francs.
En 1995, Plan-les-Ouates céda à Bardonnex les droits qu’elle possédait encore à Compesières.
17 maires, dont seulement deux femmes !