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De 1994 à 2003, trois méthodes de calcul du bilan des éléments fertilisants ont été comparées dans l´exploitation laitière de La Frêtaz où plus aucun engrais du commerce n´est appliqué sur les prairies permanentes depuis 1994. La comparaison des importations et des exportations au niveau de l´exploitation met en évidence un solde nul à positif pour l´azote (N), le phosphore (P), le potassium et le magnésium. Les deux méthodes comparant les besoins des plantes aux apports d´éléments fertilisants, estimés ou mesurés, indiquent au contraire un léger déficit pour N et P. L´appréciation de l´équilibre de la fumure (AEF), bilan officiel jusqu´en 2002, est la méthode qui affiche les déficits les plus importants: -19 kg N/ha/an et -7 kg P2O5/ha/an. Le bilan du potassium est positif quelle que soit la méthode d´appréciation. L´excédent beaucoup plus élevé obtenu avec la méthode AEF qu´avec celle des apports effectifs d´engrais indique que la norme de déjection du potassium est trop élevée pour l´exploitation de La Frêtaz. Globalement, bien que les bilans diffèrent selon la méthode et l´élément fertilisant, les risques d´atteintes à l´environnement sont faibles.
La réduction des risques environnementaux liés aux produits phytosanitaires doit être contrôlée par la Confédération à l'aide d'un indicateur de risque. Celui-ci prend également en compte le degré de mise en œuvre des mesures de réduction des risques dans la pratique. Ce degré de mise en œuvre a été évalué au moyen d'une étude.
Les champignons mycorhiziens arbusculaires sont importants pour des sols sains et de bonnes récoltes. Une étude menée à l'échelle européenne montre que les produits phytosanitaires nuisent à ces champignons. Cela réduit leur capacité à alimenter les plantes en phosphore par les racines.
Une comparaison de différentes méthodes de fertilisation azotée du blé d'automne a montré que la fertilisation azotée variable et spécifique au site permettait de réduire considérablement les excédents d'azote.