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Stefan Wiemer a obtenu un diplôme de géophysique en 1992 à la Ruhr Universität Bochum (DE). Après avoir obtenu son doctorat à l’University of Alaska Fairbanks (USA) et travaillé comme collaborateur scientifique dans le cadre d’un post-doctorat à Tsukuba (JP), il entre au SED en 1999. Il y a développé deux groupes de recherche qu’il a également dirigés. En mai 2013, la direction de l’ETH Zurich a nommé Stefan Wiemer professeur ordinaire de sismologie et directeur du Service Sismologique Suisse, qu'il dirigeait d’ores et déjà par intérim depuis janvier 2012. Il prend la succession du professeur Domenico Giardini.
Stefan Wiemer étudie les répercussions des tremblements de terre et recherche quels processus dans la croûte terrestre déclenchent des tremblements de terre. Par ailleurs, il traite les aléas sismiques en fonction du temps et étudie la possibilité d’émettre des prévisions plus précises sur la base de données microsismiques. Ces dix dernières années, il a développé avec son équipe de nouvelles méthodes et solutions logicielles afin d’analyser la qualité des catalogues de données qui incluent tous les tremblements de terre enregistrés dans un pays. Depuis que le projet de géothermie à Bâle en 2006 a déclenché des tremblements de terre nettement ressentis, Stefan Wiemer se penche sur les secousses produites par l’homme.
En qualité d’expert en aléas sismiques reconnu mondialement, Stefan Wiemer siège dans de nombreux comités et rédige des expertises, notamment dans le cadre des études PEGASOS sur l’analyse des aléas sismiques des centrales nucléaires suisses. Il s’est également chargé du calcul de la carte des aléas sismiques en Suisse en 2004. A l’ETH Zurich, il suit de nombreux travaux de master et de doctorat et donne des cours magistraux en sismologie et sciences de la terre.