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Als Anatom wurde Wolfgang Zenker insbesondere durch den Nachweis des juxtaoralen Organs beim erwachsenen Menschen bekannt.
Wolfgang Zenker war Sohn eines Zahnarztes und besuchte das humanistische Gymnasium in Brünn, wo er 1944 das Abitur machte. Danach studierte er ein Semester Medizin in Prag, bevor er zum Wehrdienst eingezogen wurde und kurz vor Kriegsende in englische Kriegsgefangenschaft geriet. Nach seiner Entlassung nahm er 1946 an der Universität Wien sein Medizinstudium wieder auf und wurde 1951 promoviert. 1958 habilitierte er sich und erhielt die Venia legendi für das Fach Anatomie. 1965 wurde er als ordentlicher Professor für Anatomie an die damals neu gegründete Ruhr-Universität Bochum berufen. 1969 wechselte er an die Universität Wien. 1977 wurde er dann zum Ordinarius für Anatomie und zum Direktor des Anatomischen Instituts an der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich ernannt. Seine Antrittsvorlesung an der UZH hielt er im April 1978 zum Thema «Zwischenbilanz eines Anatomen». 1992 wurde Wolfgang Zenker emeritiert.
Wissenschaftlich ist Wolfgang Zenker durch bedeutende Publikationen hervorgetreten. Einen Namen hat er sich insbesondere mit seiner Forschung zur Aufklärung der Struktur und der Bedeutung des juxtaoralen Organs gemacht. Zenker hat dieses 1953 als beim erwachsenen Menschen regelmässig vorkommendes Organ nachgewiesen. Da es neben der Mundhöhle liegt, erhielt es den Namen juxtaorales Organ. Diese Bezeichnung wurde in die offizielle anatomische Nomenklatur übernommen. Daneben hat sich Wolfgang Zenker in seiner Forschung auch mit morphologischen und funktionellen Problemen des Kieferapparats und des Kehlkopfs beschäftigt.