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Erst als ein fremder Herrscher die Schweiz besetzte, wurden Religionsfreiheit und gemischtkonfessionelle Ehen möglich.
1798 marschierte Napoleon mit seinen Truppen in der Schweiz ein. Die französische Besetzung legte die Grundlagen für einen modernen Staat und durch die Übergabe der Schulen von der Kirche an den Staat auch für ein modernes Bildungssystem.
Die ersten Entwicklungen hin zu einer säkularisierten Schweiz nahmen aber schon viel früher ihren Anfang. Nämlich als direkte Folge der ersten Kriege zwischen den Konfessionen. Im zweiten Kappeler Landfrieden von 1531 erhielten die souveränen Kantone (unter ihnen auch Schaffhausen) erstmals das Recht, ihre Konfession zu wählen. Eine Wahl, die für alle EinwohnerInnen verbindlich war. Katholische und reformierte Kantone stritten jedoch weiter um ihren Einfluss in den gemeinsam eroberten Gebieten.
Erst nach weiteren kriegerischen Auseinandersetzungen wurde 1712 die Gleichberechtigung beider Konfessionen festgelegt. Mitte des Jahrhunderts ermöglichten aufklärerische Tendenzen genug Toleranz, um den Kantonen die Entwicklung eines Zusammengehörigkeitsgefühls zu erlauben. Das war auch ein Grund, weshalb die Schaffung der Helvetischen Republik und die Reformen Napoleons nicht nur auf Ablehnung stiessen.
Mit dem Ende des französischen Einflusses machte die herrschende Adelsklasse der Schweiz 1815 diese Neuerungen vorübergehend wieder rückgängig. Doch schon zu viele BürgerInnen hatten den Geruch der Freiheit geschnuppert. Der Erfolg der freisinnig-liberalen Bewegung beendete um 1830 die Adelsherrschaft und nachdem die Freisinnigen auch gegen die katholisch-konservativen Gebiete gesiegt hatten, gründeten sie 1848 die Schweiz. Damit galten die fortschrittlichen Regelungen wieder für alle Kantone.
In der Folge wurde bei den ersten Verfassungsrevisionen 1866 auch die rechtliche Gleichstellung der Juden geregelt (ohne ihnen das Wahlrecht zu geben) und 1874, nach einem Streit um die Unfehlbarkeit des Papstes, die volle Glaubens- und Kultusfreiheit eingeführt.
Obwohl die freisinnig-liberale Bewegung des 19. Jahrhunderts einen säkularen oder sogar einen laizistischen Staat forderte, fand keine solche Formulierung Eingang in die Verfassung. Der 1848 gegründete Bundesstaat war weitgehend säkular, ohne sich ausdrücklich darauf zu verpflichten. Die Religionsfreiheit verhindert zwar die Sanktionierung einzelner Glaubensgruppen durch Verbote, doch der Staat kann bis heute bestimmten Religionen Privilegien einräumen.
Die Religion ist Sache der Kantone geblieben und so haben auch viele der Verflechtungen zwischen staatlichen und kirchlichen Strukturen die Zeit überdauert. Nachdem die Freisinnig-Liberalen in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts ihre Hauptziele erreicht hatten und zunehmend konservativer wurden, nahm die neu entstandene Arbeiterbewegung das Thema auf.
Während des ersten Viertels des 20. Jahrhunderts hatte die SP die Forderung nach der Trennung von Kirche und Staat im Parteiprogramm stehen. Seither ist es ruhig um das Thema geworden. 1976 kam dann eine eidgenössische Volksinitiative zustande, welche die vollständige Trennung von Kirche und Staat forderte. Sie erlitt 1980 jedoch Schiffbruch mit knapp 79 Prozent Nein-Stimmen-Anteil.
Während der Anteil Konfessionsloser an der Wohnbevölkerung von 1990 bis 2000 immerhin von 7.4 Prozent auf 11.1 Prozent angestiegen ist, ist noch immer die Mehrheit der Bevölkerung Mitglied in einer der drei Landeskirchen.