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In Anerkennung seiner Dienste für Forschung und Lehre wurde Jürg Willi 1983 zum Extraordinarius für Psychosoziale Medizin ernannt. 1989 erfolgte schliesslich seine Berufung zum Ordinarius für Poliklinische Psychiatrie, Psychotherapie und psychosomatische Krankheiten an der Medizinischen Fakultät und seine Wahl zum Direktor der Psychiatrischen Poliklinik am Universitätsspital Zürich. Nach seiner Emeritierung im Jahr 1999 war er Mitbegründer und Leiter des Instituts für Ökologisch-systemische Therapie in Zürich.
Jürg Willis Forschungs- und klinische Schwerpunkte waren die Psychologie und Psychotherapie von Partnerbeziehungen. Zu diesen Themen veröffentlichte er bedeutende wissenschaftliche Publikationen sowie mehrere überaus beliebte Bücher wie «Was hält Paare zusammen» und «Die Psychologie der Liebe», die zu internationalen Bestsellern wurden. Des Weiteren war er Mitglied in mehreren Fachgesellschaften, gern gesehener Gast und Referent an verschiedenen wissenschaftlichen Tagungen und auch geschätzter Experte für die Medien bei Fragen zur Liebe und Partnerschaft.
Jürg Willi wurde vielfach ausgezeichnet, zum Beispiel mit dem Ehrendoktortitel der Universität Freiburg im Jahr 1999 sowie dem internationalen Otto-Mainzer-Preis für die Wissenschaft der Liebe im Jahr 2002.