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Der Leiter der AKF, Hanspeter Marti, leistete in der Erforschung frühneuzeitlicher Universitätsschriften, insbesondere der lateinischen Dissertationen, in den vergangenen 40 Jahren Pionierarbeit, indem er diese Gattung nicht nur in der Schweiz, sondern auch international zu einem festen Bestandteil der Forschungen zur frühen Neuzeit machte.
Die AKF wurde im Jahr 1996 als Stiftung von Karin und Hanspeter Marti-Weissenbach gegründet. Aber bereits Hanspeter Martis Dissertation Philosophische Dissertationen deutscher Universitäten 1660‒1750, in Zusammenarbeit mit Karin Marti[-Weissenbach] 1982 zum Druck gebracht, behandelte ein zentrales wissenschafts- und universitätsgeschichtliches Thema. In der folgenden Zeit wurde die bibliographische Erschliessung der Dissertationen fortgeführt und verschiedene Arbeiten zum frühneuzeitlichen Disputationswesen sowie zu dessen bildungs- und sozialgeschichtlichen Aspekten wurden publiziert. Wie sich zeigte, vermittelten diese Arbeiten international wichtige Impulse zur interdisziplinären Behandlung der frühneuzeitlichen Hochschulgeschichte.
Die AKF ist heute das einzige private Forschungsinstitut im deutschen Sprachbereich, das sich auf frühneuzeitliche Hochschulgeschichte spezialisiert hat. Deren wichtigste Quellengattung stellen die wissenschaftlichen Arbeiten der Dozierenden und der Studenten dar, vor allem die Dissertationen oder Disputationsschriften. Daher ist es die primäre Aufgabe der Forschung, die oft von Professoren verfassten und in der Regel von Studenten in einem öffentlichen Rahmen verteidigten Dissertationen vollständig zu erschliessen und, wenigstens in Auswahl, eingehend zu interpretieren. Es ist dem Leiter der AKF, Hanspeter Marti, gelungen, die Dissertations- und Disputationsforschung als eigentliches Forschungsneuland zu definieren und auch in der Historiographie zur Frühen Neuzeit zu etablieren.
Zwischen 2001 und 2016 organisierte und finanzierte die AKF, mit der Unterstützung des Amts für Kultur des Landes Glarus (Lotteriefonds), Tagungen zur Geschichte Hoher Schulen des deutschsprachigen Raums und ihres Unterrichts. In der Folge gab sie die einschlägigen Tagungsbände heraus und finanzierte diese vollumfänglich.