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Europa ist nach wie vor die wichtigste Exportdestination für pharmazeutische Produkte aus der Schweiz, gefolgt von den USA. Im Langzeitvergleich haben sich die Gewichte indes verschoben: Während 1990 noch über 62% aller Pharmaexporte in europäische Länder gingen, waren es 2018 noch rund 46%, wobei der im Vergleich zum Euro in den letzten Jahren überbewertete Franken dazu führte, dass in Europa weniger Erlöse erzielt wurden, obwohl nicht zwingend weniger Medikamente in die europäischen Länder geliefert wurden. Verdreifacht hat sich seit 1990 hingegen der Anteil der Exporte in die USA, die von 8% auf beinahe 24% zulegten. Umgekehrt hat sich der Anteil der Exporte nach Japan von gut 10% auf knapp 4% stark verringert. Einen immer grösseren Anteil an den gesamten Medikamentenausfuhren vereinen dagegen die BRIC-Staaten (Brasilien, Russland, Indien, China) auf sich. In den letzten gut 25 Jahren hat sich deren Anteil auf 8% mehr als verdreifacht.
Auch bei den Importen ist Europa nach wie vor der wichtigste Markt. Zwar hat der Anteil der Importe aus europäischen Ländern in den letzten Jahren leicht abgenommen, doch noch immer gehen im Import fast acht von zehn ausgegebenen Franken nach Europa. Der Anteil der USA hat sich seit 1990 von rund 6% auf 11% beinahe verdoppelt, während der Anteil der Einfuhren aus Japan und den BRIC-Staaten auf tiefem Niveau weitgehend stabil geblieben ist.