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Grâce à leur dynamique de crues, les cours d'eau exercent une grande influence sur l'aménagement du paysage. Les inondations, l'érosion et la sédimentation créent sans cesse de nouveaux habitats pour les amphibiens à proximité des ruisseaux et des rivières. Ces habitats sont parmi les plus primordiaux et sauvages pour ces animaux, mais ils sont aujourd'hui devenus rares, car la plupart de nos cours d'eau sont aménagés et ne sont plus soumis à une dynamique suffisante. On peut espérer que de tels habitats gagneront à nouveau en importance grâce aux revitalisations de cours d'eau déjà réalisées et prévues pour l'avenir, notamment dans le cadre d'une protection moderne contre les crues.
Sources, ruisselets et ruisseaux
Les petits cours d'eau et sources sont les sites de reproduction préférés de la salamandre tachetée
La salamandre tachetée est une espèce d'amphibiens qui se reproduit de préférence directement dans les cours d'eau. Elle dépose ses larves dans des sources non captées et dans de petits ruisseaux, parfois larges comme la main et profonds de quelques centimètres seulement. Les larves se tiennent dans de petits affleurements à faible courant dans lesquels s'accumulent des feuilles mortes qui servent de cachettes. Les larves de salamandre tachetée colonisent souvent les parties supérieures des ruisseaux, riches en oxygène, où l'on ne trouve pas encore de poissons.
L'introduction d'alevins et d'estivaux de truite de rivière dans ces tronçons de cours d'eau peut avoir un effet négatif sur la population de salamandres tachetées, car même les petits poissons mangent les pattes et les branchies des larves de salamandres. Aujourd'hui, on trouve les larves de salamandre tachetée presque exclusivement dans les ruisseaux forestiers. Si de nombreux petits ruisseaux de prairie n'avaient pas été mis sous terre, on pourrait tout à fait les y rencontrer.
Autres espèces dans les ruisseaux
La grenouille de Lataste est la seule grenouille de la région à pondre directement dans des ruisseaux d'un à deux mètres de large. Pour que les petits amas de ponte ne soient pas emportées par les eaux, la femelle les fixe sur des racines qui dépassent dans l'eau.
En outre, le crapaud accoucheur dépose souvent ses larves dans de petits cours d'eau, surtout dans les baies où l'eau s'écoule lentement. Dans le Jura notamment, il est possible, avec un peu de chance, de trouver des larves de salamandre tachetée et de crapaud accoucheur dans les mêmes affouillements.
Rivières
Dans le lit d'une rivière naturelle et dynamique, les variations du niveau d’eau et les inondations fréquentes créent constamment de nouvelles zones d'eau calme, des chenaux secondaires et des affouillements temporairement inondés. Les inondations éliminent également de nombreux prédateurs potentiels de ces plans d'eau. Même si des poissons sont introduits par la rivière dans certaines de ces mares, cela ne pose pas de problème global en raison du grand nombre de mares disponibles. Les plans d'eau restants sont souvent relativement grands, peu profonds et bien ensoleillés. Les conditions sont donc idéales pour le développement rapide des larves d'amphibiens. Le bois mort rejeté favorise la diversité des courants et donc la création de nouveaux petits plans d'eau dans les cuvettes et les arrière-cours.
Des cours d'eau pour le crapaud accoucheur
Les rivières adaptées au crapaud accoucheur présentent des zones d'eau calme où ses têtards peuvent rester. Les gros débris et le bois mort servent de cachettes et, en cas de crue, les larves se réfugient sous de grosses pierres. Les zones d'eau calme peuvent tout à fait être légèrement traversées par le courant, puisqu’une température élevée de l'eau ne joue qu'un rôle secondaire pour le crapaud accoucheur.
En outre, la zone riveraine doit comporter des talus ou des glissements pauvres en végétation, qui servent d'habitat terrestre aux adultes. Les rives concaves naturelles offrent typiquement des structures appropriées.
La dynamique de crues crée des sites de ponte temporaires
Les sonneurs à ventre jaune se trouvent surtout dans les mares de crue rocheuses ou boueuses à côté du chenal principal. Leurs larves ont besoin de petites mares à température élevée pour pouvoir se développer rapidement. La dynamique des cours d'eau crée sans cesse de nouvelles mares sans végétation et sans prédateurs.
La dynamique de crues crée également des habitats terrestres très variés et riches en structures. Les surfaces de gravier et de sable fraîchement déposés sont généralement encore trop pauvres pour les amphibiens. Mais en peu de temps, une végétation éparse et diversifiée se développe avec de nombreux espaces ouverts, des structures de bois flottant et quelques buissons de saules. Ces surfaces rudérales sont par exemple volontiers utilisées comme terrain de chasse par le crapaud calamite.
Au cours de la succession végétale, les sites pionniers nouvellement créés sont de plus en plus envahis par la végétation et se transforment en forêt alluviale. Cependant, si à un moment donné ils ne sont plus attrayants en tant qu'habitats pionniers, les inondations qui ont suivi ont généralement déjà créé de nouveaux sites de ce type.
Les cours d'eau naturels et soumis à la dynamique de crues sont devenus rares
En raison des nombreux aménagements de cours d'eau en Suisse, de tels habitats pionniers sont devenus rares en de nombreux endroits, notamment sur le Plateau, et ne sont plus soumis à la dynamique de crues nécessaires. De plus, une grande partie du charriage est stoppé par des barrages, des lacs, etc. Ainsi, la rivière ne peut pas déposer de nouveaux sédiments et s'enfonce toujours plus profondément dans son propre lit. Cela entrave à son tour la dynamique de crues, car le fleuve est toujours plus bas par rapport aux zones environnantes.
Zones alluviales
Par zone alluviale, on entend la zone d'influence plus large d'un fleuve, c'est-à-dire la zone qui est régulièrement (ou du moins parfois) inondée par des crues. Cela ne comprend pas seulement les sites pionniers décrits ci-dessus, mais aussi la forêt alluviale environnante.
Dans les forêts alluviales qui ne sont plus régulièrement inondées par les crues, on trouve des bras morts du cours d'eau, d'anciens méandres. Ces anciens bras ont un caractère très différent des étangs et des mares de crue de la plaine alluviale active. Ils ne se trouvent plus dans la zone de déplacement du lit principal et ne sont donc plus nettoyés régulièrement. De tels plans d'eau présentent une végétation riche en espèces.
Fluctuations du niveau d'eau
Dans les Alpes surtout, mais aussi plus largement dans les Préalpes, les anciens bras sont encore fortement influencés par les fluctuations naturelles du niveau d'eau du chenal principal via le niveau de la nappe phréatique : en hiver, les précipitations sont retenues sous forme de neige dans les montagnes, le niveau des rivières est bas et de nombreux anciens bras s'assèchent. En avril ou en mai, les rivières en fonte se gonflent et les anciens bras se remplissent d'eau à temps pour la période de reproduction des amphibiens.
En raison de cette dynamique des niveaux d'eau, les plans d'eau situés en dehors de la zone d'inondation régulière sont généralement naturellement dépourvus de poissons. Ils offrent en outre une nourriture abondante et la qualité de leur eau est supérieure à la moyenne. La rainette et le triton crêté, en particulier, sont fortement liés à ces zones, mais presque toutes les autres espèces d'amphibiens indigènes peuvent y être trouvées, parfois en grand nombre. Outre des eaux appropriées, les zones alluviales présentent des habitats terrestres humides de grande qualité avec une offre alimentaire abondante.
Le castor - un ami des amphibiens
Le castor (Castor fiber), à nouveau présent en Suisse depuis peu, abat des arbres, construit des barrages et retient les cours d'eau. Il n'est pas rare que des systèmes de barrages entiers soient érigés et que de véritables cascades d’étangs se forment. De tels étangs de castors sont colonisés par de nombreuses espèces d'amphibiens, parfois en grand nombre, malgré les nombreux poissons présents dans de tels complexes aquatiques.
On suppose que la clé de cette coexistence réussie est le bois mort dans l'eau, que le castor apporte activement en grande quantité. Ces cours d'eau deviennent ainsi si riches en cachettes qu'une grande partie des larves d'amphibiens échappent à un destin dans l'estomac des poissons.
Le castor, un ingénieur écosystémique
Par son activité de bûcheronnage, le castor veille également à ce que les cours d'eau retenus soient bien ensoleillés et qu'une végétation herbacée des rives se développe. Il agit donc en façonnant le paysage et crée également sur terre des conditions favorables pour différentes espèces d'amphibiens. Il existe des vallées de ruisseaux qui ne sont devenues colonisables par les amphibiens que grâce au travail du castor. Il n'est donc pas étonnant que le castor soit qualifié d'ingénieur écosystémique dans le jargon technique.
Favoriser les amphibiens dans les projets d'aménagement hydraulique et de revitalisation