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Heinrich Emil Bächler (*1868 in Frauenfeld, † 1950 in St. Gallen) absolvierte zunächst auf Anraten eines Verwandten eine kaufmännische Lehre. Eigentlich wollte er aber Lehrer werden. So besuchte er nach der Lehre das Lehrerseminar in Kreuzlingen und studierte anschliessend von 1894 bis 1896 Literatur und Geschichte an der Universität Neuenburg, sowie Botanik, Zoologie und Geologie an der Universität Zürich.
1897 wurde er Assistent am St. Gallischen Naturhistorischen Museum. Ein Jahr lang wollte er bleiben, um nachher wieder zu studieren. Doch sein Vorgesetzter überredete ihn zu bleiben und vermittelte ihm als zusätzliches Einkommen eine Hilfslehrerstelle für Kalligrafie, Geografie und Naturkunde an der Kantonsschule St. Gallen.
1902 wurde Emil Bächler zum Leiter des St. Gallischen Naturhistorischen Museums ernannt und wirkte dort bis 1949. In dieser Funktion initiierte er auch die Grabungen im Wildkirchli von 1903 bis 1908.
Um die Finanzen des Museums nicht zu sehr in Anspruch zu nehmen, bezahlte Emil Bächler die Kosten der ersten Grabung von seinen eigenen Ersparnissen.
1904 entdeckten Emil Bächler und Otto Köberle im Wildkirchli Menschenspuren aus der der letzten Eiszeit. Der Fund war eine Sensation. Erstmals war bewiesen, dass sich vor über 30 000 Jahren Menschen in dieser Höhe in den Voralpen aufhielten.
Emil Bächler tauschte sich laufend mit Experten über die Funde und seine Rückschlüsse und Interpretationen aus. Trotzdem begegneten ihm Kritik und Neid. Besonders für seine Theorie zu einem steinzeitlichen Bärenkult wurde er stark kritisiert.
1917 ernannte ihn die Universität Zürich zum Ehrendoktor.