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Jean-Paul Schaer s’installa à Rabat en 1960 pour travailler au Service de la carte géologique du Maroc. De retour en 1964, il fut nommé professeur ordinaire à l’Université de Neuchâtel et directeur de l’Institut de géologie. Il reconnut alors l’importance des eaux souterraines et créa avec André Burger le Centre d'hydrogéologie en 1965. Ses recherches portèrent sur la formation des chaînes de montagnes, en particulier l’estimation des mouvements verticaux. Ses régions de prédilection étaient les Alpes, le Jura, et le Haut Atlas, mais il encadra aussi des travaux au Groenland et en Norvège.
Après avoir dirigé l’Institut de géologie jusqu’en 1975, il fut nommé doyen de la Faculté des sciences de 1978 à 1980. Il fut élu président de la Société géologique suisse de 1983 à 1985, siégea au comité central de l’Académie suisse des sciences naturelles jusqu’en 1988, puis à la Commission fédérale de géologie jusqu’en 1996. En 1992, il participa au Sommet de la Terre de Rio de Janeiro, conférence sur l’environnement et le développement (ONU). Il fut professeur invité à l’Université de Berkeley en Californie, et reçut en 2003 le prix de l’Institut neuchâtelois.
Professeur honoraire depuis 1993, infatigable vulgarisateur et historien talentueux, ce gentleman discret continuait à transmettre sa passion de la géologie sur le terrain ou par écrit. Il produisit ainsi plus d’une soixantaine de contributions dont Histoire de la connaissance géologique du Jura franco-suisse qui sera publié en 2021. Il fut également le biographe de tous les grands noms de la géologie neuchâteloise.
Son enthousiasme inaltérable a nourri son activité de recherche toute sa vie durant et il a été ainsi source d’inspiration pour de nombreuses générations d’étudiantes et étudiants et de collaboratrices et collaborateurs de l’Institut de géologie et du Centre d’hydrogéologie. Avec sa disparition, c’est une présence continue et une partie de la mémoire de notre institution que nous perdons et que nous regrettons.