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Di qui il bisogno epistemologico di analizzare con cura crescente il ruolo dell'osservatore, cioè del soggetto, dei suoi punti di vista preliminari e dell'influenza che essi possono esercitare sui risultati della ricerca. Attraverso quest'analisi epistemologica si cerca insomma di 'ponderare' l'elemento soggettivo e 'ricaricare' l'oggettività della sperimentazione per quanto possibile. Se poniamo la questione da un altro punto di vista esaminando i rapporti tra il pensiero scientifico e le culture umanistiche, emergono problemi relativi all'autonomia della scienza e alle finalità della ricerca. Le questioni che si pongono sono le seguenti:
Questo grappolo di questioni variamente intrecciate tra loro hanno più d'un secolo di storia alle spalle. L'inizio che mise in discussione la scienza dell'epoca di Newton risale infatti alla teoria della relatività formulata da Albert Einstein agli inizi del Novecento e, qualche tempo dopo, dalla fisica dei 'quanti' e dei 'fotoni'. La discussione sulla soggettività o sull'oggettività della ricerca raggiunse il suo culmine alla fine degli anni Venti del secolo scorso, quando Heisenberg formulò il principio dell'indeterminazione, constatando che è impossibile conoscere la posizione e la velocità dell'infinitamente piccolo, cioè dell'elettrone che ruota attorno al nucleo atomico. Posizione e velocità sono percepite dall'osservatore soltanto bombardando la particella infinitesima e sbalzandola dall'orbita. Significa rompere il giocattolo, il che preclude la conoscenza del giocattolo integro.