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Les autorités, dans le cadre de la mission qui leur est attribuée, se doivent de disposer d'informations objectives sur l'état et l'évolution de l'aire forestière. Il en est de même des propriétaires forestiers, avec pour eux une orientation plus marquée sur l'état de la ressource et les aspects économiques.
Jusque dans les années 1990, des inventaires forestiers étaient réalisés par propriétaire, en lien avec le plan de gestion et en mettant l'accent sur le volume de bois présent. Depuis 1985, les autorités fédérales (puis cantonales) réalisent des inventaires forestiers globaux, valables pour l'ensemble des forêts. Ceux-ci intègrent des informations allant bien au-delà d'une analyse de la seule ressource "bois". Ces inventaires décrivent les principales caractéristiques de la forêt et du pâturage boisé sur la base de calculs statistiques.
Trois inventaires fédéraux IFN (1985, 1995 et 2005) et un inventaire cantonal IFJU (2005) ont été réalisés. Pour des questions méthodologiques, de précisions de l'échantillonnage ou encore en raison des caractéristiques de la forêt (surface en évolution, intégration particulière du pâturage boisé, zones inaccessibles pas toujours prises en compte, intégration du bois mort…), les résultats fournis sont parfois difficiles à comparer, voire peuvent même paraître légèrement contradictoires. Tendanciellement et après analyse interne au canton, il apparaît que l'IFN surévalue sans doute la proportion et l'importance actuelle du résineux (calculé à 55% du volume sur pied). Les résultats de l'IFJU paraissent plus proches des constatations faites dans le terrain, avec un volume de résineux en baisse (49%) explicable par la forte exploitation et les chablis liés à Lothar et aux sécheresses dans le résineux. Les 2 inventaires sont très proches en ce qui concerne les volumes de feuillus.
En surface, la forêt jurassienne couvre aujourd'hui près de 37'000 ha (33'400 ha selon IFN !). Omniprésente voici près de 1'000 ans, la surface forestière a connu une diminution marquée en raison de défrichements et d'une utilisation intensive jusqu'à la fin du 19ème siècle. Depuis lors, elle a continuellement regagné du terrain en raison de l'abandon de zones agricoles marginales (parfois avec reboisements artificiels). Aujourd'hui, la surface est plutôt stable. Le pâturage boisé connaît quant à lui une évolution néfaste, marquée d'une part par un vieillissement et une disparition du boisement dans certains secteurs et une disparition des pelouses dans des secteurs trop densément boisés d'autre part.
La composition de la forêt jurassienne est marquée par l'omniprésence de l'épicéa, du sapin blanc et du hêtre. Le volume sur pied est très élevé en comparaison suisse et européenne (356 m3/ha selon IFJU, 401 m3/ha selon IFN). L'accroissement moyen est conséquent et s'établit à 9,7 m3/ha et par an. Il est en outre constaté que l'exploitation reste inférieure à l'accroissement. La part de bois mort en forêt, bien qu'en augmentation, reste insuffisante pour garantir la biodiversité.
Confédération et canton récoltent également différentes autres données nécessaires à la conduite de la politique forestière. Il s'agit ici notamment de données économiques ou liées à la production et transformation de bois. Ces données sont fournies par les communes et les propriétaires de forêts (statistique forestière suisse).