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De manière générale, on distingue une part innée et une part acquise du système immunitaire.
Les phagocytes par exemple opèrent de façon non-spécifique et attaquent tout ce qui leur paraît étranger. Cette part non-spécifique du système immunitaire est en majeure partie innée et protège donc le nourrisson dès la naissance et les premières semaines d'existence.
Toutefois, les phagocytes ne peuvent pas neutraliser tous les corps étrangers et/ou intrus. C'est pourquoi, des spécialistes sont nécessaires. Les cellules T par exemple réagissent de façon très ciblée au moment où elles détectent une structure étrangère définie. Certaines de ces cellules, les cellules T mémoire, restent dans l'organisme après le contact et peuvent ainsi se «souvenir» de certains antigènes. Une sorte d'«avis de recherche» de l'agent infectieux ou du corps étranger sera ainsi dressé. Lorsqu' un agent pathogène ou une structure étrangère vont à nouveau s'introduire dans l'organisme, celui-ci va pouvoir réagir bien plus rapidement et de façon plus ciblée. Cette capacité acquise du système immunitaire est appelée immunité.
La vaccination fonctionne de façon analogue. Par la vaccination, l'agent pathogène (son antigène inclus) va être confronté à l'organisme: exemple de la rougeole. Cependant, l'agent pathogène va être modifié de telle sorte qu'il ne va pas induire de maladie: il va être affaibli, détruit ou seules certaines structures isolées fonctionnant comme antigènes vont être utilisées. Après la vaccination, des cellules T mémoire s'attarderont dans l'organisme comme lors d'une infection: l'organisme sera donc prêt à soutenir une véritable attaque de l'agent pathogène. La vaccination ne se différencie de l'infection normale et naturelle que par le fait que des structures étrangères transformées sont confrontées au système immunitaire; leur caractère inoffensif ayant été auparavant testé.