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Le Musée d’Yverdon et région compte parmi les plus anciens du canton de Vaud. Son origine remonte à la seconde moitié du 18e siècle, temps fort de la cité qui rayonne au sein des Lumières européennes
Le Musée d’Yverdon et région est un héritage des premières bibliothèques publiques, dans la tradition des Académies protestantes qui se développent aussi bien à Berne, Lausanne que Genève. En 1764, le pasteur et naturaliste yverdonnois Elie Bertrand (1713-1797), l’une des figures intellectuelles vaudoises les plus illustres du 18e siècle, remet ainsi à la Société économique d’Yverdon quelques spécimens de minéraux et de fossiles dans le but de contribuer à l’édification de ses concitoyens. A sa mort, la totalité de son cabinet d’histoire naturelle revient à la Société, rebaptisée Société littéraire et ouverte au publique dès 1767.
Au cours du 19e siècle, ce noyau de collections s’enrichit de centaines de pièces d’histoire naturelle, d’archéologie, d’histoire régionale, d’ethnographie ou de beaux-arts, dans une perspective encyclopédique. Lors des dernières décennies du 19esiècle, les collections sont surtout nourries par le produit des investigations archéologiques menées à Yverdon et dans les environs par Louis Rochat (1824-1882), alors conservateur du musée.
Suite aux importantes découvertes réalisées en 1903 sur le site du castrum romain sous la direction de l’archéologue cantonal Albert Naef (1862-1936), le musée se voit confié à une société indépendante de celle de la Bibliothèque publique (ancienne Société littéraire). La Société du Musée d’Yverdon est créée en 1904, et devient en 1923 la Société du Vieil Yverdon. L’institution acquiert en 1953 le statut de « Musée reconnu » par l’Etat de Vaud, que confirment les dispositions légales de la LPMNS (1964) et LPMI (2015). A ce titre, le Musée est depuis lors dépositaire du matériel archéologique cantonal de l’ancien district d’Yverdon pour ce qui concerne l’époque romaine, et d’Yverdon et de Cheseaux-Noréaz pour toutes les autres périodes.
En 1998, le musée se spécialise dans les champs de l’archéologie et de l’histoire régionale pour résoudre le développement tentaculaire des collections. Les collections de sciences naturelles sont ainsi déposées dans les musées cantonaux (géologie, zoologie). Depuis 2001, le Musée est régi par la Fondation du Musée d’Yverdon-les-Bains, tandis que l’Association des Amis du Musée d’Yverdon (AMY) a pour mission de soutenir ses activités.