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Les chauves-souris sont considérées comme l'origine la plus probable du coronavirus SARS-CoV-2, même si l'origine exacte n'a pas été identifiée. Des milliers de virus différents ont été recensés chez les chauves-souris. Certains peuvent infecter l'homme directement ou via un hôte intermédiaire. Ces virus dits zoonotiques comprennent non seulement divers coronavirus, mais aussi les virus de la rage, Marburg, Ebola, Nipah et Hendra.
L'équipe dirigée par Cornel Fraefel et Jackub Kubaki, de l'Institut de virologie de l'Université de Zurich, a recherché les virus dont les chauves-souris de Suisse sont porteuses. Leur travail s'est fait en collaboration avec la clinique pour animaux de zoo de Zurich, de l'Hôpital vétérinaire de Zurich et de la Fondation pour la protection des chauves-souris.
Les chercheurs ont mené des analyses génomiques sur les crottes et les peaux de 7291 chauves-souris (18 espèces). Ils ont pu détecter 39 familles de virus différentes. Le Grand Murin était particulièrement riche en virus, avec 33 familles. Les résultats deont été publiés dans la revue Plos One.
Un MERS inoffensif
Les chercheurs ont découvert dans une colonie de sérotines bicolores un coronavirus bêta qui ressemble à l'agent pathogène MERS. Il a déjà été détecté dans d'autres pays européens.
Prélèvement d'échantillons sur une chauve-souris pour l'examen de différents virus. Institut de virologique de l'Université de Zurich, le 16 juin 2021. [Ennio Leanza - Keystone]Le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) est apparu pour la première fois en Arabie saoudite en 2012, où le virus s'était vraisemblablement propagé des chauves-souris aux humains via les chameaux. Le taux de mortalité parmi les personnes infectées est d'environ 35%.
Cependant, ce virus de type MERS découvert en Suisse n'infecte pas les humains. En outre, aucun coronavirus n'est connu pour être passé des chauves-souris à l'homme sans passer par un hôte intermédiaire, indique Cornel Fraefel. "Il n'y a pas de risque du tout", conclut le virologue.
Théoriquement, il n'est pas impossible que le virus trouve un hôte intermédiaire, y mute, devienne plus virulent et finisse par passer à l'homme en tant qu'agent pathogène. "Les contacts entre les chauves-souris, les autres animaux sauvages et les animaux domestiques sont beaucoup plus faibles en Suisse qu'en Asie", nuance toutefois Cornel Fraefel.
Conditions naturelles
Les virologues souhaitent maintenant découvrir comment les mutations du génome du virus de type MERS se déroulent dans des conditions naturelles dans la colonie de sérotines bicolores.
Ils poursuivront parallèlement l'examen des échantillons de matières fécales et de tissus afin d'obtenir une image encore plus complète du virome, c'est-à-dire l'ensemble des génomes d'une population virale, des chauves-souris en Suisse. Les chercheurs s'attendaient à trouver des virus de l'herpès et de la rage. Ils sont supposés être présents chez les chauves-souris indigènes, selon une étude antérieure.
ats/sjaq