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In un terreno sano, le componenti vegetali vengono decomposte da batteri, funghi e lombrichi, dando così vita a nuovo materiale organico: l'humus. Un importante criterio per valutare la qualità del suolo è il tenore di humus. Il problema dell'agricoltura è che lavorando il terreno l'humus nel suolo si decompone e si consuma.
L'obiettivo primario dell'agricoltura convenzionale è la massima resa. Questo tipo di coltivazione priva il terreno di molte sostanze nutritive, in contrasto con la salvaguardia della fertilità naturale del terreno. Il depauperamento del terreno viene compensato con fertilizzanti di produzione industriale.
Nell'agricoltura biologica, per contro, la concimazione avviene in maniera organica, soprattutto con letame, liquame e compost. Inoltre, i residui del raccolto e la paglia contenuta nei fertilizzanti biologici permettono la nascita di nuovo humus nel terreno. Altrettanto importante nell'agricoltura bio è il rispetto della rotazione delle colture prescritta. Con l'alternarsi di specie vegetali, la composizione del terreno – a differenza della monocultura – si mantiene a lungo termine in un equilibrio naturale. Lombrichi e altri organismi dissodano il suolo contribuendo così all'irrigazione degli strati più profondi – un ulteriore fattore che favorisce la creazione di nuovo humus. In questo modo, l'agricoltura bio mantiene vivo il suolo.
Studi del FiBL hanno dimostrato che l'agricoltura bio migliora la qualità del suolo del 20-50 percento. Il motivo è il maggior tenore di humus a la maggiore quantità di organismi del suolo che gli permette di rigenerarsi autonomamente.