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Parallèlement à la production, la valorisation du lait bio connaît aussi une augmentation. En 2019, la quantité de lait bio transformée comme tel a progressé de 5.7 % et a atteint 230'000 tonnes. La valorisation du lait bio est toujours un peu inférieure à la production. La raison est qu’une partie du lait bio est déclassée, par exemple quand une fromagerie d’alpage le transforme en produits laitiers conventionnels. Au cours des 15 dernières années, cette différence s’est atténuée et a passé de 26 % à seulement 11 %.
Les grandes quantités supplémentaires en 2019 ont provoqué un déséquilibre momentané avec pour conséquence des stocks de beurre bio au plus haut durant les mois d’été (510 t lors de la semaine 33, + 86 % par rapport à 2018). Une grande partie de ce beurre a été commercialisée en conventionnel aux frais des producteurs bio. Les stocks de beurre surgelé sont restés vides jusqu’à la fin février. A fin septembre (semaine 39) le stock était déjà épuisé, ce qui correspondait à une diminution de 100 % ou 421 tonnes par rapport à la même semaine de l'année précédente.
Le lait bio est principalement transformé en lait de consommation, en fromage et en beurre. Les grandes quantités de 2019 ont surtout été transformées en beurre. C’est pourquoi le beurre présente une croissance de près de 20 % par rapport à l’année d’avant. La valorisation en fromage bio a également bien progressé ces dernières années.