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«[…] in Anerkennung seiner grundlegenden Arbeiten zur bioorganischen Stereochemie, die er in ihrer Entwicklung entscheidend mitgeprägt hat.»
Die bioorganische Stereochemie, als deren Pionier Arigoni gilt, untersucht u.a. das unterschiedliche Verhalten von Spiegelbildern chiraler Moleküle (Enantiomere). Arigoni interessierte sich speziell für die Stereochemie von enzymatischen Reaktionen, also für die Mechanismen, mit denen Enzyme den Aufbau komplizierter Moleküle steuern. Im Urteil der Gutachter war die Aufklärung der Biosynthese des Pilzmetaboliten Pleuromutilin mittels Isotopenmarkierung eine erste überragende Leistung Arigonis, die ihm bereits Ende der 60er-Jahre gelang. Daneben widmete er sich der Abklärung des Verlaufs enzymatischer Reaktionen an Methylgruppen. Da eine Methylgruppe mit ihren drei gleichwertigen Wasserstoffatomen symmetrisch (achiral) ist, war vorerst ein ‘Trick’ notwendig, um sie überhaupt auf chirales Verhalten hin untersuchen zu können. Arigoni ersetzte zwei der drei Wasserstoffatome gleichzeitig durch Deuterium und Tritium (überschweren Wasserstoff), wodurch die Methylgruppe asymmetrisch (chiral) wurde. Mit dem Meisterstück der Synthese und Analyse der chiralen Essigsäure (gleichzeitig mit Cornforth), die als Markierungsmolekül verwendet werden konnte, sei der Einblick in die Dynamik enzymatischer Abläufe wesentlich erweitert worden. Im weiteren lieferte Arigoni namhafte Beiträge zur Aufklärung von Biosynthese und Wirkungsweise des Vitamins B12.