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En octobre 2004, le Conseil européen a signé le Traité établissant une Constitution pour l’Europe, afin de remplacer les nombreux traités existants et de donner aux fondements juridiques de l’UE des structures plus simples et plus claires. L’objectif était d’améliorer la capacité de décision de l’UE, de la rendre plus transparente, plus démocratique et plus proche des citoyens.
Mais le projet a été rejeté l’année suivante, lors de référendums en France et aux Pays-Bas (mai/juin 2005). En juin 2007, les chefs d’Etat et de gouvernement des Etats membres de l’UE ont convenu de remplacer le Traité constitutionnel prévu initialement par un nouveau Traité modificatif, tout en préservant les principales réformes institutionnelles du Traité constitutionnel afin de garantir la capacité de décision, l’efficacité du fonctionnement et la proximité des citoyens d’une UE de plus en plus étendue. Les Etats membres ont signé le «Traité de Lisbonne» le 13 décembre 2007 et tous les Etats de l’UE devaient le ratifier avant la fin de l’année 2009. Lors d’un premier référendum organisé en juin 2008, le peuple irlandais a toutefois rejeté ce texte. Ayant obtenu certaines concessions de la part du Conseil européen, le gouvernement irlandais a organisé un nouveau référendum, le 2 octobre 2009, qui a vu le oui l’emporter. Après les ratifications de la Pologne et de la République tchèque, le Traité est entré en vigueur le 1er décembre 2009.
Le Traité de Lisbonne n’a pas remplacé les accords conclus antérieurement, mais les a modifiés. Depuis son adoption, les nouvelles bases de l’UE sont le Traité sur l’Union européenne (TUE) et le Traité sur le fonctionnement de l’Union européenne (TFUE). Le Traité de Lisbonne a aboli la structure des trois piliers. L’Union européenne a ainsi remplacé la Communauté européenne. Grâce au Traité de Lisbonne, le poste de Président du Conseil européen (qui rassemble les chefs d’Etat et de gouvernement) a été créé. Les sommets de l’Union, qui ont lieu au minimum quatre fois par an, sont présidés par le président. Dans le domaine des affaires étrangères et de politique de sécurité commune, la Haute Représentante ou le Haut Représentant représente, avec le Président du Conseil européen, l’Union européenne vers l’extérieur. La Haute Représentante ou le Haut Représentant est également l’une des vice-présidentes ou l’un des vice-présidents de la Commission européenne. Tandis que le Conseil européen a un président élu ou une présidente élue pour une période de deux ans et demi (reconductible une seule fois), le Conseil de l’Union européenne (qui réunit les ministres spécialisés, de composition variable, aussi appelé «Conseil des Ministres») maintient le système de présidences tournantes tous les six mois. Seul le Conseil des «Affaires étrangères» est organisé de manière différente. Il est présidé par la Haute Représentante ou le Haut Représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité.