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Arabistische und islamwissenschaftliche Tätigkeit reicht in Zürich bis in die Reformationszeit zurück. Theodor Bibliander (1505–1564), Nachfolger Zwinglis am Collegium Carolinum in Zürich publizierte 1543 eine umfangreiche Textsammlung zum Islam und den islamischen Ländern. Darin erschien zum ersten Mal eine lateinische Übersetzung des Korans im Druck. Das Arabischstudium wurde am Carolinum weitergeführt, und erreichte einen Höhepunkt durch Johann Heinrich Hottinger (1620–1667), der in seiner Historia orientalis (1650) eine Geschichte der islamischen Länder nach arabischen Quellen verfasste. Für den Druck der zweiten Auflage liess er eigens einen arabischen Typensatz anfertigen, um die Quellenzitate in arabischer Schrift drucken zu können. Kurz vor seinem Tod erhielt er einen Ruf auf den ersten Lehrstuhl für Arabistik in Leiden. In der Folgezeit ist wenig über arabistische Studien in Zürich bekannt. An der 1833 gegründeten Universität wurde zeitweise an der theologischen Fakultät auch Arabistik angeboten. So konnte sich der Zürcher Mathematiker Heinrich Suter (1848–1922) gründliche Kenntnisse des Arabischen aneignen. Seine Arbeiten zur arabischen Mathematik und Astronomie machten ihn international bekannt, und bis heute gilt er als einer der bedeutendsten Pioniere der islamischen Wissenschaftsgeschichte.
1918 wurde an der Universität Zürich ein Extraordinariat für "lebende orientalische Sprachen und islamitische Kulturen" geschaffen. Bis 1936 wirkte Jean-Jaques Hess (1866–1949) in dieser Funktion. Hess hatte längere Zeit in Ägypten gelebt und Feldstudien in Zentralarabien unternommen. 1919 wurde neben ihm Rudolph Tschudi (1884–1960) als ausserordentlicher Professor für "Islamkunde (islamitische Sprachen und Literaturen) unter besonderer Berücksichtigung der mittleren und neueren orientalischen Geschichte" berufen (bis 1922). 1932 habilitierte sich Ludwig Forrer für Islamkunde und unterrichtete neben seiner Tätigkeit als Direktor der Zentralbibliothek bis 1973 an der Universität Türkisch und osmanische Geschichte. 1942 wurde mit Rosa Klinke-Rosenberger (1891–1978) in Zürich die erste Islamwissenschafterin in der Schweiz promoviert. Ihre Dissertation über das Götzenbuch des Ibn al-Kalbī ist die bis heute gültige Standardedition dieses Textes. Um 1945 nahm der Romanist Arnald Steiger (1896–1963) seine spanisch-arabischen Lehrveranstaltungen auf.
1957 wurde César Emil Dubler (1915–1966) als Extraordinarius berufen, der 1959 die Gründung einer Orientalistischen Bibliothek anregte, aus der das Orientalische Seminar hervorging. Sein Haupwerk war der arabischen Überlieferung der griechischen Pharmazie gewidmet. Nach Dublers Tod wurde Benedikt Reinert (1930–2010) zunächst als Assistenzprofessor berufen (1969), dann zum Extraordinarius (1975) und schliesslich zum Ordinarius (1982) befördert. Seine wichtigsten Arbeitsgebiete waren persische Dichtung, klassische Sufik und arabische Musiktheorie.
Seit 1999 hat Ulrich Rudolph den Lehrstuhl für Islamwissenschaft inne. 2009 wurde Bettina Dennerlein auf den neu geschaffenen Lehrstuhl für Gender Studies und Islamwissenschaft am Orientalischen Seminar berufen. Zum 1.1. 2013 wurde das Orientalische Seminar zur Abteilung Islamwissenschaft und dem Fachbereich Gender Studies des neugegründeten Asien-Orient-Instituts der Universität Zürich.