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Die SUK hat für die Finanzierung des Programms «Doktoratsprogramme» 2013-2016 projektgebundene Beiträge in der Höhe von CHF 23'456'000 bewilligt. Davon fliessen CHF 22’767'063 in die Finanzierung von Doktoratsprogrammen, CHF 588'937 stehen für das Schweizerische Doktoratsprogramm in Fachdidaktik bereit und CHF 100'000 für die Verwaltung des Programms. Der ETH-Rat stellt seinerseits Mittel in der Höhe von insgesamt CHF 3'000'000 bereit, davon CHF 2'975'000 für die Finanzierung von Doktoratsprogrammen und CHF 25'000 für die Verwaltung des Programms.
Die Höhe der einzelnen Jahrestranchen der projektgebundenen Beiträge wurde durch die Schweizerische Universitätskonferenz SUK festgelegt. Die Ausgestaltung der Jahrestranchen des ETH-Rates erfolgt analog (d.h. mit derselben Progression) zur von der SUK festgelegten Verteilung der Mittel für die Finanzierung von Doktoratsprogrammen.
swissuniversities hat im 2015 die Steuerung des Programms von der Rektorenkonferenz der Schweizer Universitäten (CRUS) übernommen und zeichnet für die Verteilung der Mittel an die Universitäten verantwortlich. Diese werden jeweils im 4. Quartal über die für das Folgejahr zugesprochenen Mittel informiert. Die Höhe der Beiträge an die einzelnen Universitäten bemisst sich aus einem Verteilschlüssel, der neben einem Fixanteil pro Universität einen variablen Anteil beinhaltet, der auf der Anzahl Doktorierenden und der Anzahl Doktorate (Angaben des Bundesamts für Statistik) beruht. Die Auszahlungen erfolgen für die Universitäten in zwei Tranchen, zu Beginn des ersten und des dritten Quartals des entsprechenden Rechnungsjahres, für die beiden ETH in einer Tranche, zu Beginn des ersten Quartals.