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Qu'en est-il des risques? Cette question nous entraîne dans une autre thématique de la nanomédecine. Pour qu'un traitement soit autorisé par les autorités compétentes, celui-ci doit démontrer une grande sécurité d'action. Comme la nanomédecine est basée sur des éléments constitutifs inédits avec lesquels les chercheurs n'ont partiellement que peu d'expérience, les standards relatifs à la sécurité doivent être nouvellement définis. Elle soulève des questions d'un nouvel ordre: lorsqu'un principe actif connu et autorisé, l'insuline par exemple, se trouve rattaché à une nanoparticule, quelle est la sécurité de ce principe actif nouvellement défini? Que se passe-t-il exactement avec les nanoparticules dans l'organisme? S'entreposent-elles dans un organe ou sont-elles éliminées? Provoqueront-elles des préjudices qui n'apparaîtront que dans quelques années?
Les chercheurs ont entre-temps recueilli quelques informations concernant les risques des nanoparticules. Le fait est que de nombreux individus sont quotidiennement exposés aux nanoparticules. Les gaz d'échappement des moteurs à diesel contiennent de nombreuses nanoparticules qui, entre-temps, sont connues pour être source de cancer; poussières, fumée de feux de cheminée ou encore cigarettes, toutes contiennent des nanoparticules. Lorsque ces particules sont inhalées, elles pénètrent jusque dans le noyau cellulaire où elles pourraient avoir des interactions avec le patrimoine génétique. Par contre, il n'est pas encore certain que cela se produise ainsi. D'où l'importance de faire des recherches très approfondies sur les médicaments basés sur la nanotechnologie. Il en est de même pour tous les principes actifs avant qu'ils ne soient autorisés à être mis sur le marché.