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L’octroi d’une autorisation de défrichement est de compétence fédérale, si la procédure décisive est de compétence fédérale, et cantonale, si la procédure décisive est de compétence cantonale. Dans le second cas, c’est le Service des forêts et de la nature qui évalue la demande de défrichement.
Au niveau fédéral, l’autorisation de défrichement est délivrée dans le cadre de la procédure décisive, soit par l’office fédéral compétent pour cette dernière. Celui-ci consulte l’Office fédéral de l’environnement (OFEV) et le canton concerné. Les objets de compétences fédérales sont par exemple les chemins de fer, les autoroutes, les lignes électriques, les téléskis et télésièges ou les constructions militaires.
Au niveau cantonal, les autorisations de défrichement sont délivrées par la Direction des institutions, de l’agriculture et des forêts (DIAF). La demande de défrichement est évaluée par le Service des forêts et de la nature. Celui-ci consulte l’OFEV lorsque la surface de défrichement excède 5000 m2 ou lorsque celle-ci est également située sur le territoire d’un autre canton. Les objets de compétence cantonale sont par exemple les plans d'affectation ou de détail, les permis de construire, les carrières, les installations de distribution de l'eau potable, les routes ou les installations de téléphonie mobile.