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Dans certaines pathologies pédiatriques non (ou pré) cancéreuses, une greffe de moelle allogénique peut également être proposée dans un but curatif. Dans ces conditions, un conditionnement est utilisé dont l’intensité et les modalités dépendent de la pathologie primaire, mais qui peut également compromettre la fertilité (alkylants). Là encore, la question de la préservation de la fertilité doit être abordée dès qu’une greffe est envisagée et effectuée avant le conditionnement. La question de la transmission génétique de mutations germinales à la descendance doit être aussi être discutée en fonction du diagnostic.
Dans certaines situations, comme dans le syndrome de Turner, il existe une diminution importante de la réserve ovarienne et ceci dès l’enfance. Une cryopréservation du tissu ovarien peut être proposé afin de préserver une fertilité future. D’autres pathologies pourraient également bénéficier de cette approche.