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Analog zu ihrer Aufgabe, die wissenschaftliche Politikberatung in der Schweiz zu fördern, unterstützt die SCNAT entsprechende Bestrebungen in Europa.
Im Namen der Akademien der Wissenschaften Schweiz bringt sich die SCNAT im European Academies Science Advisory Council (EASAC) ein, dessen Hauptaufgabe die wissenschaftliche Beratung politischer Instanzen der EU ist. Zentraler Beitrag der SCNAT ist die Delegation von Forschenden aus der Schweiz in EASAC-Arbeitsgruppen zur Erarbeitung wissenschaftlicher Berichte mit Politikempfehlungen. Auf Ebene Strategie vertritt die SCNAT die Schweiz im EASAC-Präsidium mit Thierry Courvoisier (SCNAT-Präsident 2012-15) als dessen Präsident (2017-19).
Die Akademien der Wissenschaften Schweiz sind über ihre Mitgliedschaften in ALLEA (All European Academies) und EASAC Teil des Konsortiums Science Advice for Policy by European Academies (SAPEA). Finanziert durch Horizon 2020 stellen die Akademien Europas mit SAPEA der EU-Politik via den Scientific Advice Mechanism (SAM) zeitgerechte, unabhängige und transdisziplinäre wissenschaftliche Erkenntnisse zur Verfügung. Das SAPEA-Konsortium vereint über 100 Akademien in über 40 Ländern Europas und über alle wissenschaftlichen Disziplinen hinweg. Die SCNAT unterstützt via den Schweizer Akademienverbund SAPEA/SAM mittels wissenschaftlicher Expertise.