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Die Schaffung der philosophisch-naturwissenschaftlichen Fakultät durch das Unviersitätgesetz von 1937 führte auch zur Einführung eines neuen eigenen Siegels. Während die klassischen Fakultäten historische Siegel führten, die Symbole christlichen Ursprungs in Gestaltungen des 15. und 16. Jahrhunderts zeigten, erhielt die Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät 1938 ein nach Entwürfen von Otto Plattner (1886-1951) von Hans Frei (1868-1947) geschnittenes und geprägtes emblematisches Zeichen aus dem 17./18. Jahrhundert, das auf einem Siegel verewigt wurde, das wesentlich grösser war als diejenigen der alten Fakultäten.
Der Basler Mathematiker Jacob I. Bernoulli (1654/55-1705) hatte für sein Epitaph eine logarithmische Spirale gewünscht, die dann allerdings als archimedische Spirale auf dem Epitaph im Kreuzgang des Münsters eingemeisselt wurde, wo sie noch heute zu sehen ist. Das Emblem wird dort von der Inschrift «Eadem mutata resurgo» umgeben. Bernoulli gab dafür in seinen eigenen Schriften mehrere Deutungsvorschläge, die auf eine synkretistisch-spekulative Naturauffassung des Barockgelehrten verwiesen und die alle von der Selbstähnlichkeit der Spirale ausgingen. Die Verwendung auf einem Epitaph für einen nach reformiertem Ritus bestatteten Christen legt zwar durch diesen Kontext die Bedeutung ‹Auferstehung› nahe, schliesst aber andere Deutungen nicht aus.
Die Fakultät wählte damit für sich nach eingehender Vorarbeit und Diskussion ein Emblem, das ganz offensichtlich durch seine Vieldeutigkeit darauf hinweisen konnte, dass es ‹hinter› den Naturerscheinungen eine oder mehrere ‹tiefere Bedeutungen› gebe, seien diese nun in einem traditionell-konfessionellen Sinne christlich oder in einem weiteren Sinne spirituell. Da die Spirale schon 1874 beim Bau des Bernoullianums verwendet worden war, war sie zudem klar als traditionsbildendes Element zu lesen: Es war das Emblem Bernoullis und damit eines ‹Grossen›, der für die wissenschaftliche Arbeit auf einem Feld, das die neue Fakultät abdeckte, verpflichtende Massstäbe gesetzt hatte.
Offiziell wollte die Fakultät ihr neues Siegel als Hinweis auf den Gegensatz zwischen der ungezähmten Natur (Basilisk als Schildhalter) und der geistig durchdrungenen, geordneten Natur (Spirale) verstanden wissen.