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QTL et marqueurs
Certaines caractéristiques des animaux, par exemple le fait d’avoir des cornes ou non, ainsi que de nombreuses tares héréditaires, sont dirigées par un seul endroit du génome. D’autres caractères, tels que la performance, la taille ou la longévité, dépendent de différents endroits du génome, en plus des influences du milieu. De tels caractères sont appelés caractères quantitatifs. L’illustration ci-dessous montre l’influence des différentes régions du chromosome sur la fécondité des vaches (VanRaden et al, 2008). Plus la déviation est grande, plus l’influence est grande.
On peut reconnaitre aisément que
- tous les chromosomes influencent la fécondité;
- certains endroits du génome jouent un rôle beaucoup plus important que d’autres.
Un endroit du génome qui est étroitement associé à un caractère quantitatif est appelé QTL (abréviation anglaise de Quantitative Trait Locus, appelé Locus de caractère quantitatif en français). L’endroit exact des QTLs sur le génome n’est souvent pas connu. Par contre, on connaît de plus en plus souvent desdits marqueurs, qui se situent à proximité des QTLs et qui sont relativement simples à déterminer.
Un marqueur n’est toutefois utile que si, dans la population, il
- existe sous différentes variantes (par exemple M et m) et
- qu’une des variantes apparaît plus souvent en combinaison avec la variante (+) du QTL.
Plus le marqueur est proche du QTL, plus il y a de chance qu’il puisse représenter le QTL. La relation entre marqueur et QTL peut être rompue d’une génération à la suivante et dépend généralement de la race.
De bons marqueurs sont des SNPs qui sont souvent présents dans le génome et pour lesquels la détermination en laboratoire peut être automatisée.