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Als häufigste Nebenwirkungen der können Schmerzen an der Einstichstelle, Müdigkeit, Kopf- und Muskelschmerzen, leichter Schüttelfrost, Gelenkschmerzen, Übelkeit oder Erbrechen und Fieber auftreten. Diese Beschwerden äussern sich bis sieben Tage nach der Impfung vor, wobei die Symptome nach der zweiten Impfdosis meist stärker sind als nach der ersten.
Gefährliche allergische Reaktionen wurden äusserst selten beobachtet. Ein Bericht des Center for Disease Control and Prevention (CDC) in den USA hat gezeigt, dass bis jetzt eine Person aus 100'000 nach der Pfizer/Biontech-Impfung eine unerwünschte allergische Reaktion gezeigt hatte.