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Suivi des variants par PCR « S-gene dropout »
Depuis le début de la pandémie, une délétion qui entraîne l'incapacité d'amplifier la cible du gène S, appelée « S-gene dropout », dans un test PCR (TaqPath RT-PCR), a été utile pour suivre la propagation de différents variantes. Cette suppression n'est actuellement pas trouvée dans les variantes XBB actuellement dominantes, mais se trouve dans la variante BA.2.86. En conséquence, ce PCR a été utilisé comme proxy pour surveiller la prévalence de BA.2.86 par rapport aux variantes XBB. De même, l'« S-gene dropout » a été utile pour suivre le remplacement de BA.2 par BA.5 comme on peut le voir ci-dessous (graphiques sous +INFOS), le pourcentage de tests PCR avec « S-gene dropout » a augmenté rapidement à partir de mai 2022 à partir de là, jusqu'à ce qu'il remplace BA.2.
Compte tenu de l'apparition du BA.2.86, le laboratoire de virologie ne fait plus systématiquement de PCR additionnelle à la recherche du S-gene DropOut. Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2.
Suivi de la mutation 346T
La mutation R:346T a été décrite comme mutation d’échappement à l’anticorps monoclonal cilgavimab, qui est donné en concomitance avec le tixagevimab et connu sous le nom d’Evusheld®. Elle entraine une diminution voire absence de neutralisation in vitro par le cilgavimab. Il s’agit d’une mutation sur la protéine spike au niveau de l’acide aminée 346 : L’arginine (R) est remplacée par l’acide aminée thréonine (T). Le tixagevimab présentant déjà une diminution voire absence de neutralisation contre les variants circulants, cette mutation signe une diminution voire perte d’efficacité de l’Evusheld® contre les variants circulant actuellement.
Jusqu’en janvier 2023, une PCR (TIB Molbiol) était réalisée une fois par semaine pour estimer la prévalence de cette mutation. Cette mutation est désormais présente sur presque l’ensemble des variants circulants actuellement.