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Von seinen Anfangserfolgen bestärkt, gründete Dr. Joos eine eigene Firma, welche im Mai 1936 unter dem Namen Cilag Chemisches Industrielles Laboratorium AG, im schweizerischen Handelsregister eingetragen wurde.
Der bekannte Zürcher Universitätsprofessor Dr. Carl Naegeli wurde zum ersten Präsidenten des Verwaltungsrates gewählt. Leider erlebte er die fabrikmässige Herstellung der durch ihn angeregten Versuche nicht mehr, da ein unerwartetes Leiden ihn im Jahre 1942 von seinem Wirken abberief. Dr. Bernhard Joos übernahm nun selbst die oberste Leitung als Präsident des Verwaltungsrates bis zu seinem Ausscheiden aus der Firma im Jahre 1949.
Bereits wenige Jahre nach der Firmengründung hatte das Forscherteam der jungen Cilag nicht weniger als sechs neue pharmazeutische Präparate bis zur Marktreife entwickelt. Nach dem Kriegsende im Mai 1945 begann man, die bisher erfolgreich in der Schweiz verkauften Präparate auch ins Ausland zu exportieren. Damit begann die internationale Expansion der Cilag So erfolgte 1949 die Gründung der Cilag GmbH in Wien, 1952 die Eröffnung einer Niederlassung in der Bundesrepublik Deutschland und 1961 die Gründung der Cilag SA in Mailand.