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Einführung
Die Ordnungsstruktur des Älteren Hauptarchivs geht auf Staatsarchivar Rudolf Wackernagel (im Amt von 1877-1917) zurück, der alle älteren Archivstrukturen auflöste und die Bestände vollständig neu ordnete.
Aufbau und Gliederung Wackernagels
Bei der Neuordnung betrachtete Wackernagel das staatliche Schriftgut als Produkt einer einzigen, geschlossenen Verwaltungseinheit. Die aus ihrer Tätigkeit entstandenen Akten gliederte er nach sachsystematischen Gesichtspunkten unter einzelnen Schlagworten von A wie "Armenwesen" oder "Auswanderung" bis Z wie "Zins und Zehnten" oder "Zoll". Alle Aktenserien wurden unabhängig von ihrer Herkunft (Provenienz) aufgrund ihres Themas (Pertinenz) nach den von ihm definierten Sachgruppen in den Bestand eingeordnet. Dieser Ordnungsgrundsatz wird "Pertinenzprinzip" genannt, das Ältere Hauptarchiv dementsprechend Pertinenzbestand.
Der sachsystematischen Ordnung stellte Wackernagel die städtischen Urkunden und die aus den Akten ausgeschiedenen Staatsurkunden (ab 1801) sowie die Bestände der Ratsbücher, Protokolle und Missiven (= ausgehende Schreiben der Kanzlei) voran. Ferner die Bestände zur politischen Geschichte Basels "Politisches", "Trennung" und "Teilung", die Bestände zur Eidgenossenschaft und ihren Kantonen sowie die Bestände zu auswärtigen Partner von "Fürsten" und "Grafen" bis hin zu ausländischen Staaten wie "Russland" oder "Spanien".
Ausbau bis Anfang der 1960er Jahre
Unter Wackernagels Nachfolgern wurden alle neuen Unterlagen in seinen Archivplan integriert, obwohl dieser in keinster Weise der Struktur der wachsenden kantonalen Verwaltung und ihrer Aufgaben entsprach. Mit der Zeit schuf man daher neue Bestände wie "Aviatik" oder "Elektrizität", 1957 zwang die Entwicklung des Schulwesens und der Universität zu einer weitgehenden Neugliederung des Bestandes "Erziehung". In den Jahren 1961/62 wurden dann die Findmittel überarbeitet und ein neues Repertorium aufgebaut, das die oben beschriebene Gliederung Wackernagels in eine alphabetische Reihung überführte, in die auch die Älteren Nebenarchive eingeordnet wurden. Zudem schuf man die Bestände "Fremde Staaten" zur Einordnung der ausländischen Staaten. Aus all diesen Gründen sind das gedruckte Repertorium des Staatsarchivs zu Basel von 1904 und das heutige Repertorium des Pertinenzbestandes nicht identisch.
Besonderheiten
Beachtet werden muss auch, dass die städtischen Urkunden und Staatsurkunden nicht im Repertorium aufgeführt werden, sondern über Regesten erschlossen sind. Eine weitere Besonderheit ist, dass zwei Bestände (Staatsurkunden und Protokolle) bis ins Jahr 1997 bzw. 2004 fortgeführt wurden.