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Das Laboratorium für Virologie und Phytoplasmologie erstellt molekulare und serologische Diagnosen von viralen Krankheiten und Phytoplasmosen bei Pflanzen, die in der Schweiz angebaut werden (alle Kulturen), sowie von bakteriellen Krankheiten bei Ackerkulturen und Spezialkulturen (ohne Obst- und Gemüsebau) und überwacht die epidemiologische Entwicklung dieser Krankheiten. Das Labor stellt auch die Diagnostik bei zertifiziertem Pflanzmaterial sicher, das für die Ein- oder Ausfuhr vorgesehen ist. Viren, Phytoplasmen und Bakterien sind für bedeutende wirtschaftliche und qualitative Einbussen bei allen Kulturen verantwortlich. Bei einigen dieser Erreger handelt es sich auch um Quarantäneorganismen. Es gibt keine direkten Bekämpfungsmassnahmen, und für die Identifikation sind rationelle, schnelle und zuverlässige Methoden erforderlich.
Die Entwicklung und die Sicherstellung von spezifischen Antikörpern bleibt eine Priorität und ist Bestandteil einer öffentlich-privaten Zusammenarbeit zur Entwicklung von ELISA-Tests, die bei den meisten angebauten Pflanzen breit eingesetzt werden können. Die Erforschung und Entwicklung molekularbiologischer Methoden oder von Methoden zur Herstellung neuer Antikörper durch Phagen-Display sind Projekte, bei denen mit anderen Forschungsinstituten zusammengearbeitet wird. Für die indirekte Bekämpfung dieser Krankheiten muss gesundes Pflanzenmaterial vermehrt werden. Diese Tätigkeit fällt in den Bereich der Zertifizierung, für die jährlich Tausende von Analysen beim Basismaterial für Kartoffeln, Reben oder Obstbäume durchgeführt werden müssen.