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Normaler Urin ist steril und normaler Harn enthält Flüssigkeit, Salze und Abbauprodukte, ist aber in der Regel frei von Bakterien, Viren und Pilzen. Zu einer Infektion kommt es erst, wenn Mikroorganismen, meistens Bakterien vom Enddarm, sich am Scheideneingang vermehren und entlang der Harnröhre in die Blase wandern. Ein Grossteil der Infektionen wird verursacht durch das Bakterium Escherichia coli. In ihrem angestammten Umfeld sind diese Bakterien völlig harmlos, doch in der Blase können diese Erreger entzündliche Veränderungen an der Schleimhaut verursachen.
Meistens beginnt die Vermehrung der Bakterien in der Harnröhre. Eine Entzündung, die auf die Harnröhre begrenzt ist, wird Urethritis genannt. Von der Harnröhre kann sie sich gegen die Blase ausbreiten, dort verursachen die Bakterien eine Blasenentzündung (Zystitis). Wenn die Entzündung nicht behandelt wird, dann können sich die Bakterien entlang der Harnleiter bis zu den Nieren ausbreiten und eine Nieren (becken) - Entzündung verursachen, dann spricht man von einer Nierenbeckenentzündung (Pyelonephritis).
Auch Geschlechtskrankheiten können Symptome einer Blasenentzündung verursachen, die Erreger, welche dafür verantwotlich sein können sind: Chlamydien, Gonokokken oder Trichomonaden. In diesen Fällen ist auch eine Partnerbehandlung nötig.