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Leider sind die Bestände der Waldameisen trotz Schutzbestimmungen vielerorts bedroht. Experten beobachteten in den letzten Jahrzehnten einen Rückgang der Waldameisenvorkommen. Der Rückgang der Populationen kann lokal stark ausgeprägt sein, wie es vor allem im Mittelland der Fall ist. Die Gründe für den Rückgang sind nicht genau bekannt. Von den Experten wird die Fragmentierung der Wälder als mögliche Ursache genannt. Hinzu kommt die Wald- und Landwirtschaft, die negative Einflüsse auf die Waldameisenbauten haben kann.
In der Schweiz steht die Waldameise seit 1966 durch das Natur- und Heimatschutzgesetz unter Schutz. Das heisst, die Tiere dürfen nicht ohne offizielle Genehmigung gesammelt und Ameisenhügel dürfen nicht zerstört werden. Dieser Beschluss beruhte seiner Zeit auf der Absicht, die Waldameisen als Hilfe der Förster im Kampf gegen Schadinsekten zu benutzen. Heute stehen gewisse Arten der Waldameisen auf der roten Liste der gefährdeten und bedrohten Tierarten.