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Les stations palafitiques néolithiques ("Lacustres") de La Belotte sont les premières traces des habitants de Cologne.
Le pays de Genève a été conquis par les Romains au IIe siècle. L'occupation romaine, qui a duré près de deux siècles, a permis le développement et la prospérité de notre région. Les Romains construisent la route qui relie le Bourg-de-Four à Corsier et qui traverse Fronto (Frontenex) et Bonvard.
Au Moyen Âge, le territoire de Cologne appartenait aux comtes de Genève. Il appartenait alors au diocèse, avant que son sort ne soit définitivement lié à celui de la République de Genève par le traité de franchises du 23 mai 1538.
À la fin du XVIe et au début du XVIIe siècle, certains imprimeurs genevois utilisaient le nom de Cologne (ou Colonia Allobrogum) comme lieu de publication pour contourner l'interdiction de vente de leurs livres en France.
En 1754, à la fin du traité de Turin, la région de Ruth est annexée au territoire de Genève. C'est ici que la municipalité de Cologne a trouvé ses limites définitives, sous réserve de deux changements survenus au cours du XXe siècle. Le plus récent, datant de 1982, est le résultat d'un échange de terrain avec la ville de Genève. L'autre date de 1939 et concerne le transfert par la ville de Genève de l'enclave de 15 m2 où se situe le monument commémoratif du débarquement suisse dans le Port Noir.