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Bisherige Evaluationen der Direktzahlungen haben die Kosten für den Vollzug und die Kontrolle weitgehend vernachlässigt. Für die Ausgestaltung der Agrarpolitik stellt sich aber die Frage, inwieweit diese Transaktionskosten die Umsetzung und Effizienz der agrarpolitischen Massnahmen beeinflussen. Eine Schätzung der Transaktionskosten für die Kantone Graubünden und Zürich zeigt, dass die Kosten bei knapp 1’100 Fr. pro Betrieb liegen. Davon trägt die öffentliche Hand 36 % (Graubünden) resp. 38 % (Zürich). Gemessen an den totalen Direktzahlungen bewegen sich die Kosten zwischen 1,8 % und 2,8 %. Das heutige Direktzahlungssystem zeichnet sich damit durch eine relativ hohe Transfereffizienz aus. Mit der Verbindung der Direktzahlungen zu den multifunktionalen Leistungen der Landwirtschaft können die Vollzugs- und Kontrollkosten als Teilkosten für deren Qualitätssicherung interpretiert werden, was letztendlich zur Glaubwürdigkeit des Direktzahlungssystems und zur gesellschaftlichen Akzeptanz der eingesetzten Finanzmittel beiträgt.
Politische Massnahmen zur Verringerung der Treibhausgasemissionen aus der Landwirtschaft sind effektiver und effizienter, wenn sie auf regionaler anstatt einzelbetrieblicher Ebene festgelegt werden. Dies kann helfen, die Klimaziele kosteneffizienter zu erreichen.
Die weltweite Verfügbarkeit von Nahrungsmitteln dürfte mittelfristig stabil bleiben. Herausforderungen für die Ernährungssicherheit in der Schweiz sind die pro Kopf sinkende Agrarfläche, zunehmende Extremwetterereignisse und ein verstärkter Schaderregerdruck.
An der deutsch-französischen Sprachgrenze innerhalb der Schweiz werden Agrarumweltmassnahmen zur Förderung der Biodiversität unterschiedlich stark umgesetzt. Wirtschaftspolitische Anreize könnten diesen kulturbedingten Unterschied verringern.