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Après six années de travail c’est fait : un consortium international (300 chercheurs de 25 pays) conduit par le Centre de séquençage du Baylor College of Medicine de Houston (Texas) vient de publier dans les colonnes de Science1 la première analyse détaillée de la séquence du génome bovin (Bos taurus). «Ce travail apporte des informations considérables sur la biologie de cette espèce et sur l’évolution et l’analyse comparées des mammifères, souligne-t-on auprès de l’Institut national français de la recherche agronomique (Inra) qui a participé à ce gigantesque travail. Il aura des applications nombreuses pour les filières bovines, en élargissant les outils et les critères pour la sélection des animaux.»
Après le poulet et le chien, la vache est le troisième animal domestique dont le génome est entièrement séquencé. Le séquençage du génome d’une vache femelle de race Hereford a été prolongé par diverses analyses des populations bovines (dans le cadre du projet «HapMap bovin») visant à produire une cartographie de la diversité génétique dans les différentes populations, entre grands rameaux taurins et zébus, et ce jusque dans les différentes races bovines.2
On sait désormais que le génome bovin est beaucoup plus proche de celui de l’homme que ceux de la souris ou du rat. «Il comprend au moins 22000 gènes, dont la plupart se retrouvent chez l’homme, explique-t-on auprès de l’Inra. La majorité des chromosomes bovins correspondent à de grands fragments de chromosomes humains, parfois des chromosomes entiers.» Comment comprendre cette grande conservation du génome entre ces deux espèces ? En postulant l’existence d’un ancêtre commun à l’homme et au bovin remontant à environ 95 millions d’années. Les réarrangements survenus ultérieurement sont principalement localisés dans les gènes impliqués dans l’immunité, le métabolisme et la digestion. Sans grande surprise, les auteurs de ce travail estiment que ces changements pourraient expliquer l’efficacité des ruminants à convertir des fourrages énergétiquement pauvres en viande et lait.3
Le projet «HapMap bovin» a quant à lui dessiné une cartographie de la diversité génétique dans les différentes populations bovines. L’analyse de près de cinq cents animaux de dix-sept populations (y compris la race française Limousine), montre que les bovins constituaient initialement une population génétiquement très diverse qui s’est structurée sous l’effet de la domestication, la formation des races via la sélection. Depuis la domestication (il y a entre 8000 et 10 000 ans), les observations et les choix des éleveurs ont conduit à la stabilisation de plus de huit cents races aux aptitudes très variées.
Les auteurs de ces recherches ne se sont pas bornés à publier de manière brute et sèche leurs résultats. Adoptant une politique de plus en plus suivie, ils en ont vanté les mérites et développé les nouvelles perspectives qu’ils ouvrent. «Les connaissances acquises par ce séquençage ont des implications considérables pour les filières bovines tant pour le lait que pour la viande mais aussi en matière de reproduction ou d’adaptation des espèces (robustesse, bien-être), de techniques d’élevage et d’impacts environnementaux, assure-t-on auprès de l’Inra. La sélection génomique des meilleures populations pratiquée par les éleveurs sera ainsi optimisée.»
En d’autres termes, on devrait aller plus vite et plus loin dans une pratique qui consiste à sélectionner des reproducteurs sur la base de leur valeur génétique prédite à partir de marqueurs génétiques répartis dans l’ensemble du génome. En pratique, cette approche est rendue possible par la fameuse technique des puces à ADN. «Les données issues du séquençage permettent le développement d’un très grand nombre de marqueurs génétiques et d’outils de génotypage à haut débit, renouvelant complètement les méthodes de gestion des populations pour une sélection de nouveaux caractères, dit l’Inra. Ainsi, les méthodes d’élevage pourront être plus justement adaptées à la physiologie des animaux et de fait plus durables. La connaissance du génome va aussi faciliter l’identification des mutations responsables de pathologies chez les bovins.»
Pour plusieurs médias, la publication de Science a donné lieu à diverses interprétations. «Des chercheurs sont parvenus à séquencer le génome de la vache, ce qui devrait permettre de lever le voile sur les secrets génétiques de la bonne viande et du bon fromage et faire avancer la compréhension des maladies bovines et humaines» s’est enthousiasmé l’Agence France-Presse. Un enthousiasme il est vrai très largement partagé. «Le séquençage du génome bovin va permettre aux chercheurs de comprendre les causes génétiques des maladies affectant le cheptel, de produire de la viande et du lait plus sains tout en réduisant pour les éleveurs la dépendance des antibiotiques utilisés pour préserver la santé des animaux, a ainsi déclaré Tom Vilsack, ministre américain de l’Agriculture dont le ministère a financé une partie du projet. L’élevage est très important pour le secteur agricole aux Etats-Unis avec un cheptel bovin de 94 millions de têtes estimé à 49 milliards de dollars.»
Et encore, selon le Dr Raynard Kington, directeur par intérim des Instituts nationaux américains de la santé qui ont piloté et cofinancé cette recherche : «Le séquençage du génome bovin ouvre aussi une autre fenêtre sur notre propre génome car en comparant le génome humain à ceux de nombreuses autres espèces animales, nous pouvons mieux comprendre le mécanisme génétique des maladies.» Pour Shirley Ellis (Institut britannique pour la santé animale), «cette recherche pourrait aboutir à une augmentation de la production de lait dans le monde, à une amélioration de la qualité de la viande et à un cheptel résistant mieux aux maladies». Et pour Richard Gibbs, du Baylor College de Houston et premier investigateur, «il faut espérer que ces informations génétiques seront exploitées pour réduire l’impact environnemental de l’élevage».
Certains ne manqueront pas de voir là une forme de scientisme.