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Die Kirchengeschichte hat als wissenschaftliche Disziplin Zeugnisse aus der Vergangenheit zum Gegenstand, die mit der Entstehung, dem Werden und Sich-Wandeln des Christentums im Zusammenhang stehen. Sie erschliesst diese Zeugnisse, indem sie sie einzeln kritisch untersucht, kontextuell verortet und auf etwaige, zwischen ihnen bestehende Zusammenhänge hin prüft. Ihr Ziel stellt das Verstehen der Vergangenheit dar: Sie möchte dazu beitragen, auf den Quellen fundierte, zusammenhängende und plausible Bilder der Geschichte des Christentums in all seinen Facetten zu entwerfen. Dabei erfolgt kirchengeschichtliches Arbeiten immer vor dem Hintergrund der allgemeinen gesellschaftlichen Entwicklung. Somit muss die Kirchengeschichte als Teil der allgemeinen Geschichte aufgefasst werden. Daraus folgt die grosse Bedeutung des interdisziplinären Austausches zwischen der Kirchengeschichte und anderen historischen und philologischen Fächern.
Forschungsschwerpunkte des Lehrstuhls für Kirchen- und Theologiegeschichte von der Alten Kirche bis zur Reformation sind die Erforschung des antiken Christentums und seines Kontextes, besonders im syrischen Raum, sowie die Rezeption der antiken christlichen Literatur in der Frühen Neuzeit.
Forschungsschwerpunkte am Lehrstuhl für Kirchen- und Dogmengeschichte von der Reformationszeit bis zur Gegenwart und am Institut für Schweizerische Reformationsgeschichte sind die Geschichte des Christentums von der Frühen Neuzeit bis zur Gegenwart sowie insbesondere die Geschichte der Schweizer Reformation und ihrer Ausstrahlung.