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Die Bundesbehörden tragen die Kosten, die durch die Durchführung der Asylverfahren und die Unterbringung, Unterstützung und Betreuung der Asylsuchenden in den Empfangs- und Verfahrenszentren entstehen. Sie entrichten den Kantonen Beiträge an die Unterstützung, Unterbringung und Betreuung von Asylsuchenden, zeitlich befristet an vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, an die Integrations- und Nothilfekosten und an die administrativen Aufwendungen.
Neben den Aufwendungen für die kantonalen Zentren werden die Aufwendungen der Gemeinden für Asylsuchende und vorläufig Aufgenommene mittels Pauschalen oder nach Aufwand abgegolten. Zusätzlich zu den vom Bund unterstützten Aufwendungen erhalten die Gemeinden weitere Aufwendungen erstattet wie beispielsweise eine Schulkostenpauschale für schulpflichtige Kinder, die Aufwendungen für Massnahmen des Kindes- und Erwachsenenrechts (z.B. Kosten für Fremdplatzierungen), oder einen Beitrag an die Organisation von Bildungs- und Beschäftigungsprogrammen.
Die Kosten des Kantons und der Gemeinden werden bei der Abteilung Sozialhilfe und Asyl abgerechnet und den Bundesbeiträgen gegenüber gestellt. Die jährlichen Mehraufwendungen oder -erträge daraus werden zu 10 % durch den Kanton und zu 90 % durch die Gemeinden getragen.