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Als Schulträger gilt das Gemeinwesen, das für die Einrichtung und die Führung der Schulen nach gesetzlichen Bestimmungen verantwortlich ist. Dafür hat Stein am Rhein eine Schulbehörde eingesetzt. Für den Kindergarten und die Primarschule werden ein Präsident oder eine Präsidentin sowie ein fünfköpfiges Kollegium vom Volk gewählt. Diese Behörde wird durch die Schulreferentin/den Schulreferenten, also ein Stadtratsmitglied, ergänzt. Diese Behörde ist nebst der lokalen Schulaufsicht für die Strategie der Schulen verantwortlich.
Die Gemeinden Buch, Hemishofen, Ramsen und Stein am Rhein haben sich zur Führung einer gemeinsamen Orientierungsschule zusammengeschlossen und dazu einen Schulkreis gebildet. Die Schulbehörde Kreis Stein besteht aus drei Mitgliedern aus Stein am Rhein, zwei aus Ramsen, eines aus Buch und eines aus Hemishofen. Dies sind alles ortsansässige, vom Volk gewählte Schulbehördenmitglieder, die als Delegierte ihrer Gemeinde die Oberstufen-Schulbehörde von Stein am Rhein bilden. Der Präsident/die Präsidentin ist immer der/diejenige der Standortgemeinde.
Stein am Rhein setzt dafür eine Gesamtschulleitung und ein Schulsekretariat ein. Die Schulbehörde delegiert die operative Führung ihrer Schulen weitgehend an die Schulleitung. Gemäss den Schaffhauser Rechtsgrundlagen verfügen beide Schulbehörden über keine Finanzkompetenzen, diese sind bei der Exekutive, also beim Stadtrat beziehungsweise beim Gemeinderat angesiedelt.