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Das Institut für Virologie wurde 1967 durch Prof. Robert Wyler (1924 - 2013) gegründet. Zuerst war das Institut provisorisch in den Räumen des Instituts für Medizinische Mikrobiologie an der Gloriastrasse untergebracht. Im Jahr 1973 konnte in den Fertigelementarbau, der ebenfalls als Provisorium gedacht war, an die Winterthurerstrasse 266a umgezogen werden. Unter der Leitung von Prof. Wyler entwickelte sich das Institut zu einer modernen Forschungsanstalt, welche sich mit verschiedenen veterinärmedizinisch und humanmedizinisch relevanten Viren beschäftigte. Im Jahr 1990 wurde Prof. Wyler pensioniert.
Im gleichen Jahr wurde Prof. Mathias Ackermann zum Ordinarius für Virologie an die Universität Zürich berufen und zum Direktor des Instituts gewählt. Die Namensänderung von "Institut für Virologie" zu "Virologisches Institut" wurde im Jahr 1992 durchgeführt um Verwechslungen mit dem Institut für Medizinische Virologie zu vermeiden. Im Jahr 1993 erfolgte die Erweiterung und Renovierung des damals 20-jährigen Provisoriums. Unter der Leitung von Prof. Ackermann wurden die 3 Forschungsgebiete Veterinärvirologie, Experimentelle Virologie und Immunologie aufgebaut und schliesslich mit der Schaffung von je einer Professur für Expermimentelle Virologie (Prof. Cornel Fraefel, 2006) und einer Professur für Immunologie (Prof. Salome Leibundgut, 2017) fest etabliert. Prof. Ackermann wurde im Januar 2017 pensioniert, seine Forschungsarbeiten am Institut verfolgt er aber weiterhin mit grossem Engagement.
2017 hat die Universität Zürich Prof. Cornel Fraefel zum Nachfolger von Prof. Ackermann gewählt. Das Virologische Institut soll Studierenden und Wissenschaftlern weiterhin eine stimulierende Lern- und Forschungsumgebung bieten, um den Erkenntnisgewinn in der Veterinärmedizin und in anderen biomedizinischen Disziplinen zu fördern.