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Politische Entscheidungsfindung (bis 1989)
Mitte der 80er Jahre konkretisierte sich die Idee für ein "Nationales Entsorgungszentrum" in der Nähe des früheren Eidgenössischen Instituts für Reaktorforschung (EIR) in Würenlingen. Während der Bund gewisse Einrichtungen im Bereich der Entsorgung privatisieren wollte, brachten die Kernkraftwerke das Thema eines "Zentralen Zwischenlagers" zur Sprache. Die Standortgemeinde begrüsste eine privatwirtschaftliche Trägerschaft in der Form einer Aktiengesellschaft, da daraus auch Einnahmen für die Gemeinde resultieren würden.
Die Stimmbürgerinnen und Stimmbürger von Würenlingen stimmten 1989 an einer Gemeindeversammlung für den Bau eines Zwischenlagers für radioaktive Abfälle auf dem Gemeindegebiet von Würenlingen (mit 214 zu 174 Stimmen). Dies war eine beispielhafte demokratische Entscheidung, die durch starke Persönlichkeiten aus Politik und Wirtschaft vorangetrieben wurde.
Trotz des deutlichen Ergebnisses der Gemeindeversammlung ergriffen die Projektgegner im Anschluss das Referendum, welches zu einer Urnenabstimmung führte. Hier wurde durch die Würenlinger Stimmbürgerinnen und Stimmbürger der Vertrag mit 707 Ja gegen 662 Nein endgültig genehmigt.
Es gab anschliessend noch jahrelange emotionale Diskussionen über den Standort. Die gegenseitige Wertschätzung wurde trotz unterschiedlichen Ansichten immer gewahrt und ist bis heute geblieben.
Gründung der Gesellschaft (1990)
Die Zwilag Zwischenlager Würenlingen AG wurde am 18. Januar 1990 gegründet und am 1.2.1990 in das Handelsregister eingetragen. Der Zweck der Gesellschaft ist der Betrieb von Entsorgungsanlagen und die Bereitstellung von Zwischenlagerkapazitäten für alle Kategorien von radioaktiven Abfällen. Die Aktiengesellschaft wurde von den damaligen Schweizer Kernkraftwerk-Betreibergesellschaften (BKW FMB Beteiligungen AG, Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG, Kernkraftwerk Leibstadt AG und Nordostschweizerische Kraftwerke AG) gegründet.
Bewilligungsverfahren (1990 bis 1996)
Nach einem sieben Jahre dauernden Bewilligungsverfahren stimmte der Bundesrat am 21. August 1996 dem Bau des Zentralen Zwischenlagers in Würenlingen und dem Betrieb der Lagerhallen zu. Im Laufe des Verfahrens wurden von verschiedenen Stellen zahlreiche Gesuchsunterlagen, Vernehmlassungen und Gutachten bearbeitet. Da die Öffentlichkeit an diesem Verfahren bereits dannzumal ein Mitwirkungsrecht genoss, trafen erwartungsgemäss auch viele Einsprachen ein; nicht zuletzt auch aus dem Ausland. Bundesrat und Parlament unterstrichen mit der sorgfältigen Behandlung der Gesuche, dass die Zwischenlagerung als Bindeglied zwischen der Abfallentstehung und der geologischen Tiefenlagerung ein wichtiger Schritt in der nuklearen Entsorgungskette ist. Die Nuklearen Bau- und Betriebsbewilligung ermöglichte die Aufnahme der Arbeiten für ein anspruchsvolles Bauobjekt, welches rund 538 Millionen Franken kosten sollte.
Bau und Inbetriebnahme des Zentralen Zwischenlagers (1996-2000/2003)
Die Arbeiten waren sehr umfangreich und konnten kaum von einzelnen Firmen in der Region ausgeführt werden. Es bildeten sich Arbeitsgemeinschaften, welche zum Teil bis heute noch bestehen. Dadurch konnten viele Arbeiten an lokale Unternehmungen vergeben und Arbeitsplätze in der Region gesichert werden.
Am 27. April 2000 fand die offizielle Einweihung statt, zu der Vertreter aus der Politik, aus der Wirtschaft und Energiebranche geladen waren. In einem feierlichen Anlass wurden die Anlagen dem Betrieb übergeben.
Die Lagerhalle für schwach- und mittelaktive Abfälle wurde in einer zweiten Bauetappe bis Ende 2003 errichtet. Sie dient vorerst als Lagergebäude für Ersatzteile und Betriebsmittel.