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Die Verteilung der Mikrobiota im Verdauungstrakt ist stark abhängig von der Haftfähigkeit der Bakterien an den Wänden des Darmepithels. Hochhaftfähige Bakterien besitzen eine Membran, die fast völlig aus gesättigten Fettsäuren besteht, mit einem signifikanten Anteil an Myristinsäure. Diese Fettsäure bindet Enzymproteine (Kinasen), die sich an der Oberfläche der Membran der Enterozyten (Zellen des Darmepithels) befinden, und begünstigt wie ein fester Händedruck die Verbindung zwischen Zelle und Bakterie.
Auch bei den Milchsäurebakterien – einschliesslich den in den Nahrungsergänzungsmitteln enthaltenen - ist es das Fettsäurebild jedes Mikroorganismus, das seine Beständigkeit im Darm fördert oder vermindert.
Die Verteilung der Mikrobiota im Darm folgt teilweise der Verteilung der Haftpunkte.
Obwohl sich der Magen für Lebewesen wenig eignet, ist er keineswegs steril: In der submukosalen Schicht des Pförtners leben und gedeihen zahlreiche Bakterien wie Streptococcus, Veillonella, Helicobacter pylori oder verschiedene Laktobazillen, wie der Lactobacillus acidophilus. Oft konkurrieren sie auch um die (wenigen) Ressourcen und sorgen im Zustand der Eubiose für einen gesunden Magenraum. Hier beträgt die Bakterienkonzentration in einem Gramm des Gewebes rund 102.
Zwölffingerdarm, Leerdarm und Krummdarm sind reicher aber nicht übermässig stark besiedelte Bereiche. Dieser Trakt hat sehr wichtige organisatorische Funktionen, denn hier werden Hormone wie Colecystokinin, Sekretin und Motilin produziert. Im Dünndarm leben und gedeihen Bazillen, Streptococcus, Bacteroides, Clostridia und Bifidobakterien. Die Bifidobakterien besetzen die Zellverbindungen im Inneren der Lieberkühn-Krypten, die zur Regulierung der Darmdurchlässigkeit beitragen. In diesem Trakt erhöht sich die Bakterienkonzentration pro Gramm von 104 auf 107.
Im Dickdarm besteht die hauptsächliche tägliche Aktivität der Mikrobiota in der Eindämmung von unerwünschten Bakterien sowie in der Erzeugung von Vitaminen, Enzymen und SCFA oder kurzkettigen Fettsäuren (siehe Erhaltung der Eubiose). Zwischen Blinddarm und Dickdarm ist das Herz der älteren und anfälligeren Mikrobiota konserviert: dort lebt eine grosse Anzahl SCFA-produzierender Bakterien, wie Roseburia, Faecalibacterium, Fusobacteria, Eubacterium. Hier erreicht die Bakterienkonzentration pro Gramm bis zu 1012
Schliesslich zeigen die Mikroorganismen der Mikrobiota ausser der longitudinalen Verteilung - nämlich entlang der Hauptachse des Magen-Darm-Traktes - auch eine axiale Anordnung vom Lumen zur Oberfläche der Schleimhautauskleidung. Die Verteilung ist oft abhängig vom Sauerstoffgefälle: In sauerstoffärmeren Bereichen, wie den Krypten, leben anaerobe Bakterien, wie Bifidobakterien, während in oxygenreicheren, wie den Zottenkämmen, fakultative anaerobe Bakterien, wie die Laktobazillen, sich besser anpassen.
Jeder Bakterienart der Mikrobiota belegt somit ihre eigene «ökologische Nische». Ebenso besitzen die verschiedenen Milchsäurebakterien der Bromatech Formulierungen unterschiedliche mikrobiologische Eigenschaften und finden ihr ideales Habitat jeweils in verschiedenen Bereichen des menschlichen Organismus: vom Mund über den Magen-Darm-Trakt bis zum Urogenitalapparat.