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Die Gewebsproben sind jetzt nicht mehr weich, sondern genauso hart wie das Paraffin, in welchem sie eingebettet sind. Das Gewebe wird damit schneidbar. Die Kunststoffkapsel mit dem darauf haftenden Paraffinblock wird in das Mikrotom ("Präzisionshobel") eingespannt und mit Hilfe hochpräziser Klingen werden 2-3 Tausendstelmillimeter dünne Schnittpräparate hergestellt (zum Vergleich: Ein menschliches Haar besitzt einen Durchmesser von 60 - 90 Tausendstelmillimeter).
Aufziehen auf Objektträger
Die dünnen Schnitte rollen sich gerne auf. Sie werden daher in einen Wasserbehälter gegeben, wo sie sich aufgrund der Oberflächenspannung des Wassers wieder flach ausbreiten. Jetzt können die Schnitte auf Glas (Objektträger) aufgezogen werden.
Trocknen
Zur Trocknung und damit der Schnitt gut auf dem Objektträger haftet, wird er auf eine Heizplatte gelegt. Das Paraffin wird weich und "klebt" am Objektträger. Damit ist das Schnittpräparat bereit, gefärbt zu werden.