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Der erste Botanische Garten Basels wurde 1589 bei der damaligen Universität Basel am Rheinsprung als universitäre Einrichtung auf dem steilen Gelände der Rheinterrasse angelegt. Die botanische Anlage war die älteste der Schweiz und stand in der Tradition der noch älteren Privatgärten. Diese gehörten Basler Apothekern und Ärzten und lieferten Material zu Studienzwecken und zur Herstellung von Heilmitteln.
1692 wurde der Botanische Garten in den ehemaligen Klostergarten bei der Predigerkirche verlegt. Die medizinische Fakultät beklagte 1765 jedoch, der Garten «sei in einen sehr elenden und schlechten Zustand gerathen». Um 1838 wurde die Anlage vor das Aeschentor verlegt, genügte aber dort den gestiegenen Ansprüchen an die Zurschaustellung seltener Pflanzen nicht mehr. Mit dem Bau des Botanischen Instituts wurde der Garten 1897 neben das neu erstellte Gebäude verlegt. Erstmals baute die Universität ein Gärtnerhaus sowie Gewächshäuser.
Auf einer Fläche von drei Viertel Hektaren wachsen heute mitten in der Stadt neben dem Spalentor etwa 8 000 Pflanzenarten. Viele Arten sind durch den Samenaustausch mit rund 200 verschiedenen Botanischen Gärten aus aller Welt nach Basel gekommen. Der Garten dient der Universität für Lehre und Forschung. Eine weitere Aufgabe ist der Artenschutz. Der Garten ist bekannt für seine Sukkulenten- und Orchideensammlung sowie für das wieder erbaute Victoriahaus mit der Amazonas-Seerose.
Der zweite Botanische Garten von Basel liegt am südlichen Stadtrand in der Ebene von Brüglingen auf dem Gebiet des ehemaligen Hofguts von Christoph Merian. Seine Errichtung 1968 stand im Zusammenhang mit der Erweiterung der Universitätsbibliothek Mitte der 1960er-Jahre. Ein Teil des Botanischen Gartens beim Spalentor ging dadurch verloren. Heute ist der Merian Park mit 13,5 Hektaren der grösste seiner Art in der Schweiz und ein wichtiges Naherholungsgebiet der Region Basel.
2012 wurde der ursprüngliche botanische Garten und einstige Merian Park mit dem Brüglingerhof zusammengeführt und zu den Merian Gärten vereint. Grosszüge Bereiche mit Trocken- und Feuchtbiotopen, ein Englischer Garten, Nutzpflanzen- und Arzneigärten sowie botanische Sammlungen bilden darin ein vielfältiges Angebot. An die Merian Gärten ist ein Landwirtschaftsbetrieb angegeliedert, auf dem biologischer Landbau betrieben wird. Neu hat die Christoph Merian Stiftung auf dem Garten-Areal auch ein Umweltbildungszentrum gebaut – mit dem Hauptsitz der Stiftung ProSpecieRara.
MJ