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L'histoire de la Guinée équatoriale avant la colonisation est mal connue. L'existence d'entités politiques, comme le royaume d'Oyo et les villes-États des clans Fang sur la partie continentale, le royaume Benga sur l'île de Corisco, et le royaume Bubi sur l'île de Bioko, est cependant attestée.
Période portugaise
Les navigateurs portugais sont les premiers Européens à explorer le golfe de Guinée, en 1471. C'est à cette date que Fernando Póo relève l'emplacement de l'île de Bioko, pendant qu'il recherche la route des Indes. Vers 1493, Jean II le Parfait, roi de Portugal, s'autoproclame Seigneur de Guinée et Seigneur de Corisco. Les Portugais commencent à coloniser les îles de Bioko (alors appelée Fernando Póo, du nom de son découvreur), de Pagalu (alors appelée Annobón) et de Corisco ; elles servent de comptoirs pour le trafic d'esclaves.
En 1641, la Compagnie néerlandaise des Indes orientales s'installe sans l'accord du Portugal sur l'île de Bioko, et en fait le centre du