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Die wissenschaftlichen Beziehungen zwischen der Schweiz und Litauen reichen weit zurück. Bereits im 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts studierten zahlreiche Litauerinnen und Litauer an Schweizer Universitäten, darunter auch der Philosoph und spätere Rektor der Universität Kaunas, Stays Salkauskis. Der Bundesrat anerkannte die erste Republik Litauen im August 1921. In Kaunas, der damaligen Hauptstadt des Landes, wurde ein Konsulat eröffnet. Die bereits1918 in Bern eingerichtete diplomatische Mission Litauens war der Botschaft in Berlin unterstellt. Die durch die sowjetische Annexion Litauens 1940 unterbrochenen bilateralen Beziehungen wurden unmittelbar nach dem misslungenen Putsch in Moskau im August 1991 wieder aufgenommen. Die Schweiz hatte die Annexion des Landes durch die Sowjetunion nie anerkannt.
Im Rahmen der Ostzusammenarbeit gewährte die Schweiz Litauen in den 1990er-Jahren Hilfe im Umfang von rund 26 Millionen CHF in den Bereichen Gesundheit, Kartografie und Vermessungswesen, Umweltschutz und im Bankenwesen.
Für die Vertretung der Schweizer Interessen in Litauen ist die Botschaft der Schweiz in Riga (Lettland) zuständig.
Litauen, Historisches Lexikon der Schweiz