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Une étude a été menée récemment dans le Léman en utilisant cette méthode de marquage. Les captures d'omble chevalier et de truite de lac y étaient en baisse depuis plusieurs années alors que celles de corégones étaient en augmentation constante. La Commission internationale de la pêche dans le Léman souhaitait trouver une explication à ces tendances et déterminer l'origine des salmonidés capturés. Devait-on la majorité des captures aux repeuplements ou les truites, ombles et corégones capturés provenaient-ils plutôt du frai naturel ? Pour le savoir, tous les juvéniles d'omble et de truite d'une année (soit presque 1 million de chaque espèce) ont été marqués aux otolithes avant d'être déversés. Des marquages différents ont été effectués pour différentes pratiques de repeuplement et différents stades de développement des alevins. Les années suivantes, les têtes des poissons capturés ont été collectées auprès des pêcheurs professionnels et de loisir et l'origine de chacun d'eux a été déterminée par examen microscopique au laboratoire.
Léman : l'efficacité du repeuplement dépend des espèces
Les résultats ont montré que, dans le Léman, l'efficacité des alevinages variait très fortement d'une espèce à l'autre (Fig. 4). Seule une truite capturée sur cinq était marquée et provenait donc du repeuplement. De grandes différences ont été constatées au niveau des chances de survie selon l'âge et le lieu de déversement des poissons. La mise à l'eau de jeunes alevins (alevins démarrés lacustres) dans les petits affluents était alors la méthode la plus efficace. Ce genre d'information, spécifique à un milieu donné, est très utile à l'optimisation des pratiques de repeuplement.
L'alevinage était plus efficace pour les ombles chevaliers : plus des deux tiers des individus capturés en étaient issus. La plupart d'entre eux provenaient d'œufs collectés sur les omblières à partir de géniteurs sauvages et seule une minorité était issue d'un stock domestiqué (géniteurs maintenus en captivité). Ces faits confirment les résultats d'études précédentes : les descendants de géniteurs sauvages sont, de par leur patrimoine génétique, mieux armés pour affronter les conditions de vie dans le milieu d'origine de leurs parents que les descendants de poissons de pisciculture. Lors de la domestication, la diversité génétique s'amenuise de génération en génération, ce qui réduit la probabilité que les poissons de repeuplement puissent éventuellement s'adapter à des modifications de leur environnement comme par exemple un réchauffement de l'eau ou l'apparition de nouvelles maladies.
La situation était différente pour les corégones : les captures ont été si abondantes que la part de poissons issus de repeuplement ne constituait que de 1 à 4% du total. Cela montre clairement que le recrutement naturel est à nouveau très efficace dans le Léman et que les alevinages sont devenus inutiles à un quelconque soutien des effectifs. Selon les déclarations du conservateur de la pêche du canton de Vaud, Frédéric Hofmann, ils ne seront donc plus pratiqués qu'à très petite échelle, pour entretenir le savoir-faire et pour pouvoir réagir en cas de mortalité massive.
Manque de charriage et d'oxygène?
Alors que presque tous les corégones capturés étaient nés dans le lac, la majorité des ombles chevaliers étaient issus du repeuplement. Ce contraste s'explique probablement par des différences au niveau des habitats recherchés pour la reproduction. L'omble trouvait autrefois des conditions idéales au niveau des affluents qui apportaient suffisamment de matériaux solides pour que le fond du lac soit recouvert de graviers frais jusqu'à une grande profondeur. Aujourd'hui, la quantité de matériaux charriés a fortement diminué et le gravier nécessaire à la qualité des zones de reproduction s'est raréfié. Étant donné que l'omble fraie plutôt en profondeur, le degré d'oxygénation des eaux profondes pourrait également être un facteur limitant. Les corégones, quant à eux, peuvent se reproduire à moindre profondeur et semblent trouver davantage de milieux adéquats. Leur reproduction naturelle fonctionne apparemment sans encombre.
Mais l'alevinage accroît-il réellement le succès de la pêche ? Ne se pourrait-il pas que les millions de poissons mis à l'eau viennent tout simplement supplanter une partie des poissons sauvages par le jeu de la compétition ? Pour le savoir, la seule solution consisterait à stopper les repeuplements. Ce n'est qu'à cette condition qu'il serait possible de savoir si les alevinages sont vraiment nécessaires ou si le recrutement naturel permettrait à lui seul d'obtenir à long terme des captures équivalentes ou, pourquoi pas, supérieures à ce qu'elles sont aujourd'hui.