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Hallers handschriftlicher Nachlass ist ausserordentlich reich und vielseitig. Er umfasst rund 150 Bände Manuskripte, 17‘000 Briefe und zwei Herbarien. Die Briefe und der grössere Teil der Manuskripte befinden sich in der Burgerbibliothek Bern. Weitere Handschriftenbände sind in der Biblioteca Nazionale Braidense in Mailand, wo ebenfalls Hallers grosse Bibliothek von 23‘000 Titeln lagert. Das grosse, 60bändige Herbar wird im Muséum national d’Histoire Naturelle in Paris aufbewahrt, ein kleineres Herbar lagert im Albrecht-von-Haller-Institut für Pflanzenwissenschaften der Universität Göttingen.
Der Nachlass bietet sich als vorzügliches Studienmaterial für die neuere Wissenschafts- und Kulturgeschichte an, die sich für die Gewinnung und die Praktiken des Wissens interessiert. In Verbindung mit der ebenfalls sehr reichen und gut dokumentierten Bibliothek und den zahlreichen Publikationen Hallers, liesse sich hier auf sehr genaue Weise und im grossen Umfang der ganze Forschungsprozess vom Lesen, Rezensieren und Exzerpieren über das eigene Forschen und den Austausch mit anderen Wissenschaftlern bis hin zum Verfassen und Überarbeiten der gedruckten Werke nachzeichnen. Das reiche sowohl handschriftliche wie gedruckte Material ermöglicht exemplarische Studien über die Charakteristika experimenteller und gelehrter Forschung und über deren Interaktion. Bislang wurde vor allem die Korrespondenz ausführlicher untersucht.
Inventare/Beschreibungen: Boschung 1974a (Kurzinventar der Berner Handschriften), Margez/Aupic/Lamy 2005 (Pariser Herbar), Monti 1983-94 (Katalog von Hallers Bibliothek, Nachträge zu Pecorello Vergnano 1965), Pecorello Vergnano 1965 (Inventar der Mailänder Handschriften), Repertorium 2002 (Verzeichnis des Briefwechsels), Braun 2008 (Beschreibung des gesamten Nachlasses), Zoller 1958 (Herbar).
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