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La Réforme dans les bailliages communs - Dissensions religieuses - Pierre Viret et la discipline ecclésiastique - Berne s'oppose aux pasteurs - Main mise sur l'Eglise - Confession de foi helvétique - les Deux cents de Berne chef suprême de l'Eglise protestante. Emmanuel Philibert cherche a reconquérir le Pays de Vaud - Menace de guerre - Traité de Nyon en 1564 - Les Etats de Vaud convoqués à Payerne en 1570 - Impôt de trente mille écus d'or - Libertés et franchises - Pierre Quisard et le coutumier dit de Moudon
Quoique Berne et Fribourg alternassent pour nommer les baillis par période de cinq années, la paix était rare. On décida alors de faire voter le peuple et d’accepter l’un des deux cultes à la majorité des suffrages. C’est ce qu’on appela faire le "plus". Enfin en 1558, La Réforme fut définitivement établie à Orbe et à Grandson.
Dans ce bailliage, où les partisans du catholicisme étaient en majorité, Berne ne parvint pas à supprimer la messe et les deux cultes qui y vécurent côté à côté.
La vie religieuse, d’ailleurs, n’avait rien de très édifiant et les gens ne prenaient gère plaisir au culte imposé. Pierre Viret, pour remédier à l’indifférence songea à imposer la discipline ultra sévère que Calvin venait d’inaugurer à Genève et qui, sous le nom de Discipline ecclésiastique était devenue la loi suprême de la République. Mais Berne n’entendait pas que l’Eglise se substitua à son autorité; elle s’opposa au projet de Viret. Les ministres durent se soumettre ou partir dont Viret qui se retira à Genève puis à Lyon. Il mourut à l’âge de soixante ans (1571).
Berne venait ainsi d'affirmer sa volonté de régner en tout et sur tout. Dès lors, - sauf à l'occasion du Consensus - les ministres comprirent le rôle que leur imposait LL. EE. et ils obéirent aveuglément.
"Les Deux Cents de Berne devinrent ainsi le chef suprême de l'Eglise protestante, d'où son despotisme bannit le libre examen".
Dépourvu de ressources pécuniaires, sans armée, Emanuel-Philibert de la Maison de Savoie entrepris des négociations avec Berne et Fribourg pour traiter la restitution des terres du Pays de Vaud, du Chablais et de Gex et de tous le territoire en deçà et au-delà du lac. Les négociations durèrent de 1560 à 1564 sans résultat et le duc eut peur d’une guerre avec Berne. Il s’adressa au roi d’Espagne et avec l’aide de celui-ci, un traité fut signé le 30 octobre 1564. « Les seigneurs de Berne gardèrent toute la propriété du Pays de Vaud, la Seigneurie et le bailliage de Nyon, de même que Vevey, la Tour-de-Peilz, Villeneuve. » La France et l’Espagne garantirent ce traité.
La conquête était maintenant régularisée par la diplomatie et le Pays de Vaud se pouvait croire pour toujours sous la domination de Berne.
Berne ayant demandé au préalable communication de ces libertés et franchises, un juriconsulte vaudois, Pierre Quisard, seigneur de Crans, se mit à l'oeuvre. Ce projet fut accepté par huit villes du Pays qui envoyèrent leurs députés le présenter aux conseils de Berne. Les Deux Cents confirma ces Coutumes et Libertés. Elles furent promulguées le 12 mai 1577 sous le nom de Loi écrite.
Ce coutumier, dit de Moudon, statue sur l'assermentation des baillis, sur les réceptions de bourgeois, privilèges en faveur des bourgeois de la ville de Berne; compétences des communes pour l'établissement des fours, boucheries, et service militaire en cas de réquisition du souverain. Législation absolument bigarrée qui donna lieu à des milliers de procès et, par cela même, permit à Berne, sous prétexte d'y mettre un peu d'ordre, de s'imposer et d'imposer ses arrêtes sans souci des libertés et des franchises.