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Molti organismi ausiliari predatori sono in grado, in caso di mancanza di prede, di ricorrere anche a fonti di nutrimento alternative. Assicurandosi in questo modo il proprio sviluppo e la propria diffusione, ottengono un vantaggio concorrenziale rispetto ad altre specie. Le specie esotiche, immigrate o liberate, possono così soppiantare le specie autoctone.
Gli organismi ausiliari, come i predatori e le vespe parassitoidi, utilizzati per la lotta biologica contro i parassiti, possono anche recare danno agli organismi non bersaglio. Al fine di poter valutare i rischi per l'ambiente prima di liberare simili organismi ausiliari, è importante conoscere i fattori legati alla fisiologia e al comportamento che determinano la gamma degli ospiti e delle prede.
Nuove specie nell'ecosistema possono avere un impatto sulle specie native, direttamente tramite la concorrenza oppure indirettamente tramite l'alterazione delle risorse di nutrimento. Inoltre, possono anche influenzare l'equilibrio tra le specie native e i loro antagonisti naturali.
I macrorganismi rappresentano un mezzo comune per contrastare i parassiti nella protezione dei vegetali. Le direttive internazionali stabiliscono come vanno impiegati. Agroscope ne controlla l'impiego in Svizzera.