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Für die Krebsliga Aargau als initiale Ideenträgerin stellte sich die Frage, in welcher Organisationsform das Krebsregister am erfolgreichsten zu betreiben ist. Man entschloss sich zur Gründung einer von den aktuellen Strukturen des kantonalen Gesundheitswesens unabhängigen Stiftung. Dies wurde als vorteilhaft angesehen, da der Aargau im Gegensatz zu anderen Kantonen keine eigene Universität besitzt, dem das Krebsregister als epidemiologische Institution zugeordnet werden könnte. Zudem hätte eine einseitige Eingliederung in einem der Spitäler des Kantons eine flächendeckende Identifikation mit dem Register erschwert. Die Identifikation mit dem Krebsregister war in den ersten Jahren des Bestehens für eine erfolgreiche Datensammlung zentral wichtig, da noch keine gesetzliche kantonale oder nationale Verpflichtung bestand.
Ende 2008 begann die Krebsliga Aargau auf breiter Front auf das Fehlen eines Krebsregisters im Kanton Aargau aufmerksam zu machen. Zahlreiche Informations-Veranstaltungen wurden durchgeführt. Das Echo in medizinischen Kreisen fiel von Anfang an ausschliesslich positiv aus. Auch die politischen Gremien kamen rasch zur Überzeugung, dass die krebsbezogene Gesundheitsversorgung im Kanton nur mit umfassenden Kenntnissen über Krebshäufigkeit und Krankheitsverlauf fachlich und finanziell optimal gewährleistet werden kann.
Günstig beeinflusst wurden die Bemühungen der Krebsliga Aargau durch gleichgerichtete Bestrebungen in umliegenden Kantonen, durch Kantone mit bereits bestehendem Register und durch das Nationale Institut für Krebsepidemiologie und -registrierung (NICER).
Das Departement für Gesundheit und Soziales DGS des Kantons Aargau hat die Bemühungen um ein Krebsregister Aargau von Anfang an unterstützt und aktiv mitgetragen. Der Kantonsärztliche Dienst verfasste mit Datum vom 11. Mai 2010 einen ausführlichen Bericht zum Thema „Konzept und Grosskredit für den Aufbau und Betrieb eines kantonalen klinischen Krebsregisters“. Der Regierungsrat hiess den Bericht am 30. Juni 2010 gut und beauftragte das DGS mit der Durchführung eines Anhörungsverfahrens. Diese Vernehmlassung (7. Juli bis 31. August 2010) fand ein überwiegend positives Echo, sodass der entsprechende Antrag an den Grossen Rat gestellt wurde.
Am 14. Dezember 2010 bewilligte der Grosse Rat des Kantons Aargau einen Kredit von jährlich 685’000 Franken zum Aufbau und zur Führung eines Kantonalen Krebsregisters. Das Geschäft wurde vom Departement für Gesundheit und Soziales, von der Gesundheitspolitischen Kommission und von allen politischen Parteien unterstützt und im Rat mit 109 zu 13 Stimmen gutgeheissen.
Dieser positive kantonale Entscheid führte am 26. Mai 2011 zur Gründung der „Stiftung Krebsregister Aargau“ durch die Krebsliga Aargau als Stifterin. Nach einer Aufbauphase in den Jahren 2011 und 2012 nahm die Stiftung ab dem 1. Januar 2013 ihre operative Tätigkeit auf.