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Hugo Lorenz Obwegeser studierte an der Universität Innsbruck Medizin und spezialisierte sich an der Universität Graz in Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie. 1962 wurde er als Extraordinarius an die UZH berufen, 1970 erfolgte die Beförderung zum Ordinarius. Er wurde an der Universität Zürich (UZH) Direktor der Klinik für Kiefer- und Gesichtschirurgie und leitete sie 33 Jahre lang. In dieser Zeit veröffentlichte er mehr als 150 wissenschaftliche Arbeiten über die Oralchirurgie, von denen einige als Standardwerk gelten.
Seine Leistungen führten in den Vereinigten Staaten zur Gründung der European Association for Cranio-Maxillofacial Surgery (EACMFS). In Indien waren die Leistungen Obwegesers Wegbereiter für mehrere tausend erfolgreiche Behandlungen im Bereich der Lippen-Kiefer-Gaumenspalten und der kraniofazialen Fehlbildungen.
Obwegeser setzte sich über die Grenzen der Schweiz hinaus für sein Fachgebiet ein. So gründete er die European Association for Maxillofacial Surgery mit dem Ziel, in allen europäischen Ländern denselben hohen Standard zu erreichen wie in der Schweiz, auch amtete er als Präsident der Deutschen Gesellschaft für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie und der Schweizerischen Gesellschaft für Kiefer- und Gesichtschirurgie. Ihm ist auch die Schaffung des Spezialarzttitels «Kieferchirurgie FMH» zu verdanken.
Nach Obwegeser ist der «Hugo-Obwegeser-Preis», die höchste Auszeichnung der Schweizerischen Gesellschaft für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie (SGMKG), benannt. Obwegeser war Träger des Ehrenrings seiner Geburtsstadt Hohenems/Österreich.