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Le Secrétariat général (SG) est l'état-major du département. Il coordonne les activités des offices, ce qui revêt une importance cruciale en raison des ramifications thématiques de nombreux dossiers. Le SG-DETEC prépare en outre les affaires du Conseil fédéral, accompagne la planification politique, sert d'interface au Parlement et garantit une communication cohérente à l'interne et vis-à-vis de l'extérieur. Le SG est responsable de la gestion des ressources du département. Par ailleurs, il assume son rôle de propriétaire vis-à-vis de la Poste, des CFF, de Swisscom et de Skyguide et veille à la réalisation des objectifs stratégiques qui leur sont assignés par le Conseil fédéral.
Par ailleurs, un certain nombre d'organes sont rattachés administrativement au SG-DETEC: l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision, la Commission fédérale de la communication, le Service suisse d'enquête de sécurité, l'Autorité de régulation postale, la Commission fédérale de l'électricité, l'Inspection fédérale de la sécurité nucléaire, l'Inspection fédérale des installations à courant fort, l'Inspection fédérale des pipelines et la Commission d'arbitrage dans le domaine des chemins de fer.