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Bei der Cisgenetik werden Gene aus derselben oder einer nah verwandten, kreuzungskompatiblen Art übertragen (im Gegensatz zur Transgenetik, bei der artfremde Gene in die Zielpflanze eingeführt werden, wie zum Beispiel das Bt-Gen aus einem Bakterium). Auch die dazugehörenden Introns und regulatorischen Einheiten werden unverändert übertragen. Grundsätzlich könnten dieselben Gene also auch durch Kreuzungen in die Zielpflanze eingebracht werden. Deshalb dürften solche Pflanzen bei den Konsumenten auf höhere Akzeptanz stossen.
Bei der Intragenetik werden ebenfalls nur DNA-Abschnitte aus derselben oder einer kreuzungskompatiblen Art übertragen. Die DNA-Abschnitte können aber neu zusammengesetzt werden. Solche Pflanze lassen sich deshalb nicht mit konventioneller Züchtung erzeugen.
Anwendungen
Da sich die Cisgenetik auf Gene von kreuzungskompatiblen Arten beschränkt, sind grundsätzlich nur Veränderungen möglich, die auch mit Kreuzung realisierbar wären. Die Intragenetik geht einen Schritt weiter und ermöglicht mit der Neuanordnung der DNA Veränderungen der Expression der übertragenen Gene (z. B. vermehrte Produktion eines Proteins oder selektive Expression in Pflanzenteilen). Beide Techniken ermöglichen eine wesentlich schnellere und präzisere Züchtung, da die Rekombination und der dadurch notwendige langwierige Rückkreuzungsprozess vermieden werden. Eine wichtige Anwendung ist beispielsweise das Einbringen von Eigenschaften aus wilden Verwandten in moderne Sorten.
Entwicklungsstand
Freilandversuche mit cisgenen Pflanzen finden bereits statt (z. B. mit cisgenen Äpfeln), Produkte könnten bereits in wenigen Jahren auf den Markt kommen. In Europa ist dies jedoch davon abhängig, ob sie unter das Gentechnikgesetz fallen oder nicht.