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Mikroskopisch kleine, im Freiwasser schwebende Lebewesen werden unter dem Begriff Plankton (das Schwebende) zusammengefasst.
Das Phytoplankton besteht hauptsächlich aus Grünalgen, Blaualgen und Kieselalgen. Es produziert den grössten Teil der lebenden Materie im Wasser und spielt deshalb im Ökosystem See eine zentrale Rolle. Die Produktivität eines Sees hängt von der Wassertemperatur, der Trübung und dem Gehalt des Nährstoffs Phosphor ab. Der nährstoffarme Vierwaldstättersee ist daher weniger produktiv als die Mittellandseen.
Zum Zooplankton gehören einzelligen Amöben (Rhizopoden), Wimpertierchen (Ciliaten), Geisseltierchen (Flagellaten), mehrzellige Rädertierchen (Rotatorien) und Kleinkrebse (Crustaceen). Die Kleinkrebse werden unterteilt in Blattfusskrebse (Phyllopoden) und Ruderfusskrebse (Copepoden). Die Zooplankter ernähren sich vom Phytoplankton oder anderen Arten des Zooplanktons. Sie sind auch Nahrungsgrundlage zahlreicher Fischarten.
Wenn sich Temperatur, Sauerstoffgehalt und Strömungen im See verändern, ändert sich auch die Menge und Zusammensetzung des Planktons. Im Winter vermindern wenig Licht, kalte Temperaturen und die Durchmischung des Sees die Phytoplankton-Konzentration. Im Frühling, wenn Temperatur und Licht zunehmen, vermehrt sich das Phytoplankton wieder. Im nährstoffreichen Seen kam es dann zur Frühjahrsblüte und zeitverzögert zu einem durch das Zooplankton verursachten Frassloch, dem Klarwasserstadium.
Heute ist der See wieder nährstoffarm und deshalb auch wieder planktonärmer und klarer. Die Dynamik der Planktonentwicklung hat sich ebenfalls abgeflacht und die Wechselwirkung zwischen Zoo- und Phytoplankton ist schwächer geworden. Die Frühjahrsblüten sind weniger ausgeprägt und darauf folgende Klarwasserstadien nicht mehr sichtbar.
Heute häufige Planktonarten sind typisch für einen nährstoffarmen Voralpensee. Cyanobakterien, die auch Toxine produzieren können und füher häufiger waren, sind sehr selten geworden.