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Le chlorothalonil est un fongicide qui a été largement utilisé dans l'agriculture suisse depuis les années 1970. S'il n'est jamais directement retrouvé dans l'eau, ses produits de dégradation peuvent aujourd'hui être fréquemment détectés dans l'eau de boisson ainsi que dans les eaux superficielles et souterraines en Suisse et en Europe. En réaction à ces résultats, l'utilisation du chlorothalonil a été interdite en Suisse depuis le 1er janvier 2020 et une norme sévère à 0,1 µg/L dans l'eau potable a été fixée par la Confédération pour ses produits de dégradation. Cette valeur légale est basée sur le principe de précaution, car si le chlorothalonil est considéré comme probablement cancérigène, il n'y a aucune certitude scientifique que ses produits de dégradation le soient aussi.
Afin d’obtenir une vue d’ensemble sur l'éventuelle présence du chlorothalonil et ses produits de dégradation dans l’eau potable à Genève, des contrôles ont été réalisés par le service de la consommation et des affaires vétérinaires (SCAV) de la direction générale de la santé, autorité chargée de la sécurité alimentaire. En tout, 60 prélèvements d'eau potable ont été effectués sur l'ensemble du canton entre mai et juin 2020 et analysés par les laboratoires spécialisés du SCAV.
La qualité de l’eau potable à Genève est excellente, y compris en ce qui concerne le chlorothalonil et ses produits de dégradation contrairement à d'autres régions de Suisse. Tous les échantillons d'eau potable analysés respectent largement la valeur maximale autorisée fixée à 0,1 µg/L. La majorité des échantillons analysés ne contenait aucune trace de ces substances. Leur présence a pu être détectée en de rares endroits du canton dont l'approvisionnement en eau provient de la nappe du Genevois ou de celle de l'Allondon, avec une valeur maximale à 0,028 µg/L. La consommation d'eau du robinet à Genève ne présente donc aucun danger pour la santé et peut être bue sans modération.