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Benno M. Eller wurde 1936 in Gurtnellen, Kanton Uri, geboren. 1953 begann er mit seiner Berufslehre als Elektromonteur, die er 1957 abschloss. 1959 nahm er das Studium der Elektrotechnik an der ETH Zürich auf und erhielt 1964 das Diplom als Elektroingenieur. Im selben Jahr wechselte er an die Universität Zürich, wo er bis 1968 Botanik und Biologie studierte. Seine Dissertation schrieb er 1971 über «Energiebilanz und Blattemperatur»; 1978/79 habilitierte er sich mit der Arbeit «Die strahlungsökologische Bedeutung von Epidermisauflagen» für das Gebiet der Botanik mit besonderer Berücksichtigung der Ökophysiologie.
Schwerpunkt der wissenschaftlichen Arbeit von Benno M. Eller war die Ökophysiologie der Pflanzen unter Anwendung elektrischer Messtechnik. Anlässlich von Feldstudien in Südafrika untersuchte er unter anderem, was Sukkulenten gegen extreme Trockenheit resistent macht.
Benno M. Eller war ein begnadeter Dozent und wurde von Diplomanden und Doktoranden als Betreuer sehr geschätzt. Sein Lehrprogramm umfasste ökophysiologische Kurse und Praktika, Spezialvorlesungen in Ökophysiologie sowieso Vorlesungen und Praktika auf dem Gebiet der Ökologie der Pflanzen. Er galt nicht nur als Kapazität auf dem Gebiet der Ökophysiologie, sondern auch als Experte bei Fragen der Strahlungsbilanz. In Anerkennung seiner Verdienste wurde Benno M. Eller 1987 zum Titularprofessor ernannt.