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La législation suisse stipule que la production de biocarburants doit respecter certaines exigences sociales et environnementales. Les biocarburants commercialisés en Suisse ne font pas concurrence à l'alimentation humaine et animale. Cela n'empêche pour autant pas que les biocarburants sont plus chers que les carburants fossiles.
Depuis l'entrée en vigueur de la modification de la loi sur l'imposition des huiles minérales du 1er juillet 2008, les biocarburants sont exemptés de la taxe sur les huiles minérales pour autant qu'ils répondent à certaines exigences écologiques et sociales. Tant les producteurs indigènes que les importateurs doivent démontrer que leurs carburants présentent un bilan écologique général positif et qu'ils ont été produits dans des conditions socialement acceptables.
Par exemple, de la culture des matières premières à leur consommation, les biocarburants doivent émettre 40% de gaz à effet de serre de moins que l'essence d'origine fossile. Tant sur le lieu de culture que celui de production, les conventions fondamentales de l'Organisation internationale du Travail (OIT) doivent au minimum être respectées.
La législation suisse est l'une des plus strictes au monde. Elle garantit que toute concurrence avec l'alimentation humaine et animale est évitée. L'ordonnance relative à la taxe sur les huiles minérales répertorie tous les biocarburants pouvant bénéficier d'un allégement fiscal. De fait, la Direction générale des douanes n'accorde d'allégement fiscal qu'aux biocarburants produits à partir de déchets et de matières résiduelles.
L'allégement fiscal est une condition de base au maintien sur le marché des biocarburants. Actuellement, leur production revient en effet beaucoup plus chère que l'achat de carburants fossiles. Mais outre l'allégement fiscal, ce sont surtout les contributions de la Fondation pour la protection du climat et la compensation de CO₂ KliK qui ont aidé à la percée des biocarburants.