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La Commission des professions médicales (MEBEKO), en sa qualité d'organe consultatif, prend position sur des questions techniques et des aspects liés à la qualité des formations universitaires et postgrades. Elle fait régulièrement rapport (et pas uniquement sur son activité) au Département fédéral de l'intérieur (DFI) et au Conseil suisse d'accréditation. Sur cette base, le DFI peut exercer son activité de surveillance et la Conférence universitaire suisse (CUS) traiter de façon plus ciblée des questions spécifiques de la formation pour les professions médicales universitaires. La MEBEKO se penche également sur les problèmes touchant les formations universitaires et postgrades et présente des mesures visant à améliorer leur qualité. Elle peut aussi émettre des propositions à l'intention de l'organe d'accréditation, du Conseil fédéral, du DFI et du Conseil suisse d'accréditation.
La MEBEKO statue sur la reconnaissance des diplômes universitaires et postgrades étrangers pour lesquels une convention de reconnaissance interétatique existe. De plus, elle se prononce sur les conditions que les détenteurs de diplômes et/ou de titres postgrades étrangers non reconnus doivent remplir ainsi que sur les formations qu'ils doivent suivre pour obtenir un diplôme ou un titre postgrade fédéral. Elle surveille les examens fédéraux permettant d'obtenir un diplôme fédéral en médecine humaine, dentaire, vétérinaire ainsi qu'en pharmacie ou en chiropratique.
La MEBEKO assume en grande partie les tâches qui relevaient jusqu'alors du Comité directeur pour les examens fédéraux de médecine et du Comité de la formation postgrade.
Ses membres sont nommés par le Conseil fédéral. La Commission doit être composée de spécialistes ainsi que de représentants des milieux concernés disposant des compétences nécessaires pour évaluer les problèmes concernant les formations universitaires et postgrades. Afin de renseigner l'organe d'accréditation, le Conseil fédéral, le DFI et le Conseil suisse d'accréditation de manière compétente, la MEBEKO doit en outre compter dans ses rangs des personnes qui connaissent les tâches de contrôle et de coordination incombant à la Confédération et aux cantons. Enfin, les universités et les facultés ainsi que les organisations professionnelles, chargées des différents types de formation, doivent également y être représentées.
En raison de l'important volume de ses tâches, la MEBEKO est formée d'une direction et des deux sections formation universitaire et formation postgrade. Chacune d'elles a son secrétairat, rattaché à la section Exécution professions de la santé de l'OFSP.
Les tâches et les compétences de la MEBEKO sont fixées dans la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les professions médicales universitaires (loi sur les professions médicales, LPMéd) et dans le règlement du 19 avril 2007.
Pour être en mesure de mener à bien ses activités et de résoudre les problèmes de façon constructive, la MEBEKO est tributaire d'une bonne collaboration avec les divers organes s'occupant de la formation universitaire et postgrade dans les professions médicales universitaires.