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Bestandesgeschichte
Die Fonds der 1964 eingerichteten Handschriftenabteilung gehen auf die Stadtbibliothek (1629) und die Kantonsbibliothek (1835) mit den Beständen des Chorherrenstifts Grossmünster zurück. 1863 übernahm die Kantonsbibliothek die Sammlungen des Benediktinerklosters Rheinau. 1917 wurden Stadt- und Kantonsbibliothek in der Zentralbibliothek Zürich zusammengefasst.
Kantonsbibliothek
Die älteste der Zürcher Bibliotheken ist jene des Chorherrenstifts St. Felix und Regula auf dem Grossmünster. Sie wird erstmals im Jahr 1259 durch Statuten belegt. Während der Reformation wurden viele ihrer geistlichen Werke zerstört, vor allem in einem systematischen Büchersturm am 14. September 1525. Sieben Jahre danach wurde die Bibliothek vom Humanisten Konrad Pellikan (1478-1556) wieder aufgebaut aus dem Bestand umliegender Klöster und in einem detaillierten Inventar verzeichnet. Später fanden die Nachlässe von Reformatoren wie Heinrich Bullinger (1504-1575) und Konrad Pellikan selber Eingang in die Sammlung, 1570 wurde der handschriftliche Nachlass des Orientalisten Theodor Bibliander (gest. 1564) angekauft.
1588 erhielt die Bibliothek die von der Obrigkeit beschlagnahmte, mit 1028 meist aquarellierten Federzeichnungen illustrierte Nachrichtensammlung des Chorherrn Johann Jakob Wick (1522-1588), einen mit 429 Einblattdrucken und etwa 500 Flugschriften durchsetzten Handschriftenbestand von 24 Bänden. 1732 ging die reformationsgeschichtliche Dokumentensammlung des Kirchenhistorikers und Orientalisten Johann Heinrich Hottinger (1620-1667) in den Besitz des Chorherrenstifts über. Diese beiden Bestände wurden bei der Auflösung des Chorherrenstifts 1835 von der Stadtbibliothek aufgekauft und dort in Ms. F eingefügt.
Die verbleibenden Handschriften bildeten daraufhin den Grundstock der Sammlung der 1835 neu gegründeten Kantonsbibliothek. Dieser Bestand erhielt später bei der Eingliederung in die Zentralbibliothek die Signatur Ms. Car., in Anlehnung an die Bezeichnung "Carolinum". Neben den theologischen und literarischen Pergamentcodices des Stifts fanden hier im 19. Jahrhundert auch die Nachlässe des Pfarrers Johann Rudolf Schinz (1745-1790), von dessen Sohn, dem Naturforscher Heinrich Rudolf Schinz (1777-1861), sowie des Komponisten und Musikverlegers Hans Georg Nägeli (1773-1836) Eingang.
Einen grossen Zuwachs bedeutete für die Kantonsbibliothek die Überführung der Bestände des Benediktinerklosters Rheinau 1863, nachdem das Kloster ein Jahr zuvor aufgelöst worden ist. Den Schwerpunkt der 215 Pergament- und 230 neuzeitlichen Papierhandschriften bilden Werke zur vor- und nachreformatorischen katholischen Theologie und Liturgie, sowie Geschichte.
Stadtbibliothek
Am 6. Februar 1629 legten vier junge Zürcher Kaufleute den Grund für eine private Gesellschaft mit dem Ziel, eine öffentliche Bibliothek zu gründen. Ende des Jahres 1633 wurde sie in der spätgotischen Wasserkirche an der Limmat eingerichtet. Dank einer grosszügigen Spendentätigkeit konnte schnell eine reichhaltige Sammlung aus verschiedenen Themengebieten zusammengetragen werden.
Für die Handschriften wurden bis 1795 die Bezeichnungen Ms. A bis Ms. E benutzt. Während in Ms. A die schweizerische und deutsche Chronistik des 15. und 16. Jahrhunderts dominiert, haben in Ms. C aus dem Grossmünsterstift stammende Pergamenthandschriften Eingang gefunden. Handschriften des Historikers und Genealogen Erhard Dürsteler (1678-1766) sind unter Ms. E eingereiht.
Später kamen als grössere Sammlungen der Nachlass von Johann Jakob Leu (1689-1768), der hauptsächlich aus Vorarbeiten zu seinem „Allgemeinen Helvetischen Lexikon“ besteht, in Ms. L, die reformationshistorischen Abschriften von Johann Jakob Simler (1716-1788) in Ms. S, sowie der Nachlass des Dichters und Künstlers Johann Martin Usteri (1763-1827) in Ms. U hinzu. Die Nachlässe von Obmann Johann Heinrich Füssli (1745-1832) und von Johann Jakob Scheuchzer (1672-1733) machen den Hauptteil von Ms. H aus.
Für die Nachlässe von Johann Jakob Bodmer und Johann Heinrich Pestalozzi wurden aufgrund ihres Umfangs als Signaturen nicht mehr Buchstaben sondern Ms. Bodmer und Ms. Pestal. eingeführt. Im gleichen Stil wurden die Nachlässe von Gottfried Keller und Conrad Ferdinand Meyer unter Ms. GK und Ms. CFM als eigenständige Sammlungen eingerichtet.
1898 erhielt die Stadtbibliothek als Vermächtnis des Hebraisten Moritz Heidenheim (1824-1898) dessen Bibliothek mit 208 Handschriften, die nun die Signatur Ms. Heid. besitzen. Diese Sammlung macht praktisch den gesamten Bestand an hebräischen Handschriften aus. Die weiteren 128 Handschriften aus dem Nahen und fernen Osten wurden unter der Signatur Ms. Or. zusammengestellt.
Nach einem Aufruf der Stadtbibliothek an die einflussreichsten Zürcher Familien um 1900 konnten bald darauf erste Familienarchive in die Bestände eingereiht werden. Fortan wurden sie separat gesammelt. Zusätzlich wurden bereits vorhandene Materialien aus den bisherigen Beständen zu den entsprechenden Familien dazu gestellt. So entstanden teilweise umfangreiche Sammlungen zu Familien wie unter anderem Bluntschli, Escher, Ganz, Hirzel, Meyer von Knonau, von Orelli oder von Wyss.
Zentralbibliothek
Mit dem Zusammenschluss von Stadt- und Kantonsbibliothek zur Zentralbibliothek 1917 wurden auch die handschriftlichen Bestände vereinigt, wobei die Signaturen weiterhin Aufschluss geben über den ursprünglichen Standort. Die in den folgenden Jahren von der Zentralbibliothek erworbenen Handschriften wurden nun separat unter Ms. Z thematisch geordnet. Die beigefügte römische Zahl verweist auf das Themengebiet wie Geschichte, Literatur, Medizin oder Jurisprudenz.
Auch Nachlässe wurden ursprünglich unter Ms. Z II eingereiht, bis sich das Vorgehen als doch nicht geeignet erwies und begonnen wurde, die folgenden Eingänge unter dem Namen der Person aufzustellen. Seither bilden Nachlässe, die der Zentralbibliothek geschenkt wurden, den grössten Zuwachszweig. Es konnten unter anderem Materialien von und über Albert Schweitzer, Walter Robert Corti, Heinrich Zangger, Oskar Kokoschka, Elias Canetti sowie Jeanne Hersch in Empfang genommen werden.
Ab 1968 wurden erstmals separate Arbeitsplätze für die vier Mitarbeiter der Handschriftenabteilung sowie ein kleiner Lesesaal für 8 Personen eingerichtet. Beim grossen Umbau der Zentralbibliothek von 1990 bis 1994 konnten Teile des alten Lesesaals übernommen werden. So entstand 1995 im Altbau im 2. Stock ein Lesesaal mit 16 Arbeitsplätzen, daran anschliessend ein separater Trakt für die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Die Bestände erhielten nun im Magazin und im Kulturgüterschutzraum ihren festen Platz zugeteilt.