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La conservabilité des produits au lait fermenté est déterminée par les microorganismes spécifiques au produit et par les contaminants. Le métabolisme des bactéries lactiques qui participent à la fermentation est fortement réduit par l’abaissement de la température à la fin de la fabrication. Il n’est cependant pas totalement stoppé, car les bactéries lactiques continuent l’acidification à une température d’entreposage de 4 à 5 °C. L’intensité de cette acidification secondaire pendant l’entreposage des yogourts dépend de la valeur pH initiale et de la température d’entreposage. Parallèlement à l’augmentation de la teneur en acide lactique pendant l’entreposage, la quantité d’acide lactique L(+)- et D(-) se modifie. Streptococcus thermophilus produit exclusivement de l’acide lactique L(+)- et Lactobacillus bulgaricus de l’acide lactique D(-). Etant donné que les streptocoques ne supportent que des concentrations d’acide lactique basses, l’acide lactique est largement produit par les lactobacilles pendant l’acidification secondaire. Cela signifie que l’acide lactique D(-) augmente pendant la fermentation secondaire.
Parallèlement à l’augmentation de l’acidité et à la modification qui y est liée de la flore des bactéries lactiques, des modifications du goût et de la viscosité ont lieu dans le yogourt qui sont générées par la protéolyse des lactobacilles. Les modifications de goût sont perceptibles surtout dans les yogourts nature. En vieillissant, le yogourt peut devenir légèrement amer.
La multiplication de germes étrangers pendant l’entreposage des produits au lait fermenté entraîne l’altération du produit. Il faut considérer come flore étrangère tous les germes relevés dans le produit laitier qui ne font pas partie des ferments inoculés. Ayant survécu à la pasteurisation, ils parviennent dans le produit ou par une recontamination ultérieure. Seuls les germes étrangers qui peuvent se multiplier dans le lait fermenté portent préjudice à la qualité du produit. Les contaminants les plus dangereux sont sans aucun doute les levures et les champignons. La contamination a lieu par l’air, les ingrédients ou le matériel d’emballage. Les levures et les champignons se multiplient rapidement, en particulier sous l’action de températures d’entreposage élevées. Les conséquences sont des emballages gonflés et des modifications indésirables de l’odeur, du goût et de l’apparence. L’altération par contamination ne peut être évitée que par une hygiène irréprochable dans la fabrication et dans l’entreprise, des substances auxiliaires et des ingrédients eux aussi irréprochables de même que des lignes de fabrication fermées et si possible aseptiques.