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Omicron est la variante du coronavirus, qui cause le COVID, qui a réussi à se propager dans le monde entier et à devenir la prédominante tout au long de l'année 2022. Après le BA.1 original, plusieurs sous-lignées ont émergé. Depuis octobre de cette année, deux sous-variantes de BA.5, nommées BQ.1 et BQ.1.1, se sont propagées rapidement à travers la planète. Cependant, l' origine d'Omicron a toujours été une question en suspens pour les chercheurs scientifiques.
Une étude récente publiée dans la revue Science a proposé que les ancêtres de la variante Omicron aient circulé sans être détectés en Afrique pendant des mois, avant que l'alarme "se déclenche" en novembre 2021. Mais cette hypothèse a déclenché un débat intense dans la communauté scientifique. Les travaux ont été dirigés par Felix Drexler, virologue et professeur à la prestigieuse clinique universitaire de la Charité à Berlin, en Allemagne.
Dans le travail, les scientifiques ont déclaré avoir identifié des séquences provenant des prédécesseurs de cette variante. De plus, ils ont soutenu qu'ils se sont propagés à partir d'août 2021, environ trois mois avant que des chercheurs d'Afrique du Sud et du Botswana n'observent l'arrivée de la variante, qui a été identifiée en novembre de l'année dernière.
Cependant, d'autres chercheurs - qui n'ont pas participé à l'étude - pensent que les séquences rapportées par l'étude dans Science sont probablement le résultat d'une contamination en laboratoire. "Je suis quelque peu sceptique quant à cet article", a déclaré Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan, à Saskatoon, au Canada, en dialogue avec le magazine. Nature .
Rasmussen n'est pas convaincu que l'analyse exclut la contamination lors de la préparation et du séquençage des échantillons, un problème courant pour les chercheurs dans ce domaine. C'est que l'apparition d'Omicron avait laissé perplexe les chercheurs. La variante contient un certain nombre de mutations inhabituelles qui n'ont jamais été vues auparavant. Actuellement, il existe trois hypothèses sur les conditions qui auraient pu donner lieu à cette variante actuellement prédominante.
Une hypothèse est qu'Omicron a progressivement évolué dans une partie du monde où les tests génomiques et le séquençage sont limités. Une autre est qu'il s'est propagé sans être détecté chez les animaux. La troisième est que les mutations se sont accumulées chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli, qui ont été infectées pendant de longues périodes.
Les recherches de l'année dernière ont soutenu la troisième théorie, mais les dernières analyses suggèrent qu'Omicron aurait pu évoluer sans être détecté en Afrique de l'Ouest, où le séquençage est rare.
Dans le cadre de l'étude, des laboratoires de 22 pays africains ont analysé plus de 13 000 échantillons de virus prélevés sur des personnes atteintes de COVID-19 entre la mi-2021 et le début de 2022. Ces échantillons n'avaient pas été séquencés au moment de la collecte.
L'équipe a développé un test rapide et spécifique pour identifier la sous-variante Omicron BA.1 et la variante Delta. "C'est une façon vraiment cool de faire une surveillance spécifique aux variantes", a déclaré Joshua Levy, mathématicien appliqué chez Scripps Research à La Jolla, en Californie.
Les chercheurs ont découvert qu'à la fin décembre 2021, Omicron avait remplacé Delta comme variante dominante à travers l'Afrique. Il a commencé dans le sud et s'est déplacé vers l'ouest et l'est, avant de prendre le relais en Afrique du Nord.
Ils ont également séquencé cinq échantillons de virus du Bénin, en Afrique de l'Ouest, collectés entre le 22 août et le 27 octobre 2021, des mois à des semaines avant la première détection d'Omicron. L'analyse génomique de la relation évolutive entre ces premières séquences et Omicron suggère qu'elles pourraient être leurs proches ancêtres.
Les premières séquences contenaient certaines des mutations qui rendent BA.1 si transmissible, a déclaré le Dr Drexler. Ce sont des "instantanés de ce à quoi ressemblait le virus lorsqu'il est arrivé à Omicron". Le scientifique a déclaré que cette variante a probablement évolué progressivement en se propageant d'une personne à l'autre, dont beaucoup ont peut-être déjà développé une certaine immunité contre le virus.
Mais les chercheurs qui ont examiné l'étude et les séquences du virus béninois, qui ont été publiées dans un référentiel public, disent qu'il s'agit probablement de faux positifs.
Le schéma d'évolution observé dans les échantillons viraux ne suit pas un ordre séquentiel, ce qui serait attendu si le virus évoluait progressivement au fil du temps, a noté Joel Wertheim, épidémiologiste moléculaire à l'Université de Californie à San Diego. "Cela ne semble pas être une évolution du coronavirus SARS-CoV-2, mais plutôt une contamination du SARS-CoV-2", a-t-il précisé.
Un autre drapeau rouge est que de nombreuses séquences du Bénin semblent porter diverses modifications spécifiques au delta, selon Levy. "Il est hautement improbable que ces mutations soient apparues dans un échantillon non-Delta", a-t-il commenté.
Pour expliquer certaines de ces observations, les chercheurs disent que soit le virus a dû subir une recombinaison extensive - dans laquelle les agents pathogènes échangent des morceaux d'ARN entre eux - soit les séquences sont le résultat d'une contamination en laboratoire. Richard Neher, biologiste informatique à l'Université de Bâle en Suisse, a estimé que la recombinaison est peu probable et ne correspond pas à ce qui a été observé jusqu'à présent dans l'évolution du SARS-CoV-2.
Une autre explication qui nécessite une enquête plus approfondie est que des échantillons contenant de très petites quantités de la variante Delta ont été contaminés par Omicron, a déclaré Darren Martin, biologiste informatique à l'Université de Cape Town en Afrique du Sud. "Je pense que c'est l'explication la plus probable", a déclaré Neher. En raison de la rapidité avec laquelle Omicron s'est propagé une fois entré dans la population générale, il est peu probable qu'il ait circulé sans être détecté pendant plusieurs mois en Afrique, a-t-il déclaré.
Drexler a souligné que lui et son équipe avaient utilisé plusieurs techniques pour s'assurer que leur séquençage était aussi robuste que possible. Maintenant, ils revérifient soigneusement leurs données. "En cas d'erreur, malgré toutes nos précautions, nous traiterons de manière appropriée, bien sûr", a-t-il reconnu.
Plusieurs enquêteurs ont demandé aux auteurs de l'article des données de séquençage détaillées, et beaucoup réservent leur jugement jusqu'à ce qu'ils aient examiné les données brutes. Drexler a déclaré qu'ils se préparaient à télécharger ces données dans un référentiel public.
En définitive, l'étude souligne l'importance du séquençage génomique pour la surveillance des maladies infectieuses. Selon Tulio de Oliveira, un bioinformaticien d'origine brésilienne au Centre pour la réponse épidémique et l'innovation de l'Université de Stellenbosch, les chercheurs sud-africains ont détecté Ómicron tôt et cet article met en évidence la force de leur surveillance génomique. Le scientifique a dirigé l'étude qui a tiré la sonnette d'alarme sur cette variante, qui a été signalée à l'OMS en novembre 2021.
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