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Vers la fin du 19ème siècle, l’Eglise Copte subit des phases de développement nouveau. En 1853, le Pape Cyril IV, institua la 1ère école copte moderne qui comprenait la 1ère école égyptienne pour les filles. Il fonda aussi une imprimerie de presse qui était la 2ème presse nationale du pays, la 1ère étant instituée par le gouvernement. Ce pape entretenait des relations amicales avec les autres églises, au point que lorsque le patriarche grec d’Egypte dû s’absenter hors du pays, il confia les rênes de son Eglise au patriarche copte.
Le séminaire théologique fut institué en 1893, il débuta avec 5 étudiants dont l’un deviendra plus tard son doyen. Aujourd’hui, le séminaire comprend des universités au Caire, à Alexandrie, à Assiut, dans divers diocèses à travers l’Egypte, en Allemagne, en Australie, et aux Etats-Unis.
Le Saint Synode de l’Eglise Copte comprend plus de 125 métropolites et évêques, avec à leur tête Sa Sainteté le Pape Chénouda III. L’Eglise Copte est un membre actif du Conseil mondial des églises, du Conseil des églises du Moyen-Orient, de la Conférence Africaine des églises et de nombreux autres corps. Elle fut le membre fondateur du Conseil des églises du Moyen-Orient en 1974.
Aujourd’hui l’Eglise Copte Orthodoxe est la plus grande Eglise du Moyen-Orient, avec plus de 15 millions de fidèles en Egypte. Un nombre croissant de monastères et de couvents s’élèvent dans les déserts d’Egypte. Dans ce même esprit, l’Eglise Copte s’est engagée dans des dialogues officiels avec la plupart des dénominations chrétiennes, continuant son travail pour l’unité et la réunification de l’Eglise Universelle et Sainte.
Depuis quelques décennies, l’Eglise connaît un essor spirituel dans le service, face à l’augmentation du peuple, de plus en plus d’églises se construisent, et de plus en plus de prêtres sont ordonnés. Chaque église essaie de développer un maximum de services tels que des hôpitaux, des crèches, des écoles, des maisons de retraite etc…
Il existe également un concours énorme qui regroupe toutes les églises de la prédication, «Mahragan el Keraza » (littéralement " Concours de la prédication"); ce concours connaît une réussite remarquable et plus de 120000 jeunes y participent chaque année.
Parallèlement, l’Eglise fait également face à un fanatisme religieux qui se développe de plus en plus. En effet, plusieurs églises sont la cible d’attaque de la part d’extrémistes, notons la dernière en date, l’attentat de l’église d’Alexandrie, la nuit de la saint Sylvestre en 2011, coûtant la vie à 24 personnes.
A côté de cela, les coptes se sentent souvent marginalisés au sein de leur propre pays, ne pouvant pas accéder à certaines fonctions de l’Etat, faisant face presque quotidiennement à des souffrances morales et quelques fois physiques. Le gouvernement Egyptien reste démuni face à la recrudescence des discriminations qui touchent les Coptes. Néanmoins, l’Eglise Copte raffermit sa foi tous les jours, se remémorant l’époque des martyrs et les promesses du Sauveur : « Celui qui persévère jusqu'à la fin sera sauvé » Matthieu 24, 13