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Se gli alimenti sono conservati al caldo in ambiente umido può svilupparsi muffa. I prodotti del metabolismo dei funghi che compongono le muffe possono essere molto velenosi per gli esseri umani. Alcune tossine (aflatossine) aumentano soprattutto il rischio di cancro del fegato.
Alimenti prodotti nei Paesi tropicali, come arachidi, erbe aromatiche, frutta secca e oleosa, ma anche cereali sono particolarmente sensibili all'aggressione delle muffe. Nei Paesi industrializzati vengono eseguiti continui controlli per togliere dal commercio le derrate alimentari contaminate.
Le tossine delle muffe non sono visibili a occhio nudo e possono diffondersi impercettibilmente negli alimenti. Perciò, se un prodotto alimentare presenta una zona ammuffita, non è sufficiente asportarla con ampio margine. Per sicurezza è meglio smaltire il prodotto nei rifiuti.
Diverse sostanze possono danneggiare le cellule e provocare tumori. Alcune di esse si formano durante la preparazione dei cibi, per esempio arrostendoli o cuocendoli in forno, altre quando i cibi sono conservati in modo errato, altre ancora sono aggiunte agli alimenti, per esempio come conservanti. L'assunzione di queste sostanze va ridotta al minimo.