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Die Desinfektion ist das einfachste und zugleich häufigste Aufbereitungsverfahren in der Wasserversorgung. Sie gewährleistet die Hygiene des Trinkwassers und hat zum Ziel Krankheiten zu vermeiden. Dazu müssen Krankheitserreger wie Protozoen, Bakterien und Viren abgetötet werden. Dies geschieht in kleineren Wasserversorgungen vorwiegend durch UV- Strahlung während in grösseren Anlagen auch chemische Oxidationsmittel wie Ozon und Chlordioxid weit verbreitet sind. Oft wird eine Desinfektionsanlage kombiniert mit einer Trübungsmessung betrieben. Dies dient als zusätzliche Sicherheit, wenn beispielsweise eine Quelle sehr schnell auf Witterungseinflüsse wie Starkregen reagiert.