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Am 22. November 1049 weihte Papst Leo IX. den Bauplatz zwischen Stadt und Rhein samt einem Altar. 1064 war der Bau des nellenburgischen Eigenklosters Ita und Eberhard von Nellenburg unter der Leitung des Baumeisters und Hofkaplans Luitpald vollendet. Vorbild dieser ersten Abtei waren Sakralbauten aus dem cluniazensischen Burgund.
Im Investiturstreit, der zwischen 1075 und 1122 tobenden Auseinandersetzung zwischen Kirche und weltlicher Macht um das Recht der Amtseinsetzung von Geistlichen, verzichtete der papsttreue Graf Burkhard von Nellenburg, der Sohn und Erbe Eberhards, 1080 auf all seine Rechte. Das Kloster wurde direkt dem Papst unterstellt und erhielt den beträchtlichen Grundbesitz der Familie, die freie Abtwahl und das Markt- und Münzrecht der Stadt Schaffhausen. Die Äbte wurden damit zu den neuen Stadtherren Schaffhausens.
Über den bestehenden Fundamenten wurde ab 1090 das heutige Münster errichtet, das nur noch aus drei Schiffen und einem Querhaus bestand. Die Bauarbeiten begannen im Chor und waren 1095 abgeschlossen. Das Münster gilt heute als der grösste romanische Sakralbau der Schweiz.
Das Kloster zählte zusammen mit dem Kloster Hirsau und Kloster St. Blasien zu den grossen Reformklöstern der cluniazensischen Reform des Heiligen Römischen Reichs.
Um 1122 kam das Kloster durch eine Schenkung des kinderlos gebliebenen Ritters Arnold von Hiltensweiler und seiner Gemahlin Junzila zu Besitzungen in Oberschwaben, die es mit einer Zellengründung und der späteren Gründung des Klosters Langnau festigte. Allerdings führte dortige Misswirtschaft und Geldmangel im Jahr 1389 schliesslich dazu, dass die Anwesen über eine Zwischenstufe alsbald in den Händen der Pauliner landen sollten.
1524 wurde die Abtei in ein Chorherrenstift umgewandelt und das Münster zur zweiten städtischen Hauptkirche von Schaffhausen. 1529 setzte sich in Schaffhausen die Reformation durch und das Kloster wurde aufgelöst. Die Klosterbibliothek wurde Bestandteil der Stadtbibliothek Schaffhausen.
Bei der Bombardierung von Schaffhausen durch US-Bomber am 1. April 1944 wurden Teile des Klosters, darunter die neue Abtei, zerstört, aber später wieder aufgebaut. In den Jahren 1950 bis 1973 wurde das Münster zu Allerheiligen mit Unterstützung des Bundes innen und aussen umfassend renoviert und unter Schutz der Eidgenossenschaft gestellt.
Die Klosteranlage umfasst heute die folgenden Sakralbauten:
Johanneskapelle (1049–1064)
Münster (1090–1095)
Münsterkapelle (ehemalige Marienkapelle oder Annakapelle, 1090–1095)
Erhardskapelle (um 1250, mit Grab des Stifters)
Michaelskapelle (um 1250)
Oswaldskapelle (1524)
Quelle: Wikipedia