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Im November 2009 hatte das Stimmvolk einer Änderung der Bundesverfassung zugestimmt und damit die Grundlage geschaffen, dass ein Teil der Gelder, die der Bund durch die Kerosinbesteuerung einnimmt, für Belange der Luftfahrt eingesetzt werden kann. Heute fliessen die Erträge aus der Besteuerung von Flugtreibstoffen einerseits in die allgemeine Bundeskasse (50 Prozent des Reinertrages) und anderseits in den Strassenverkehr (50 Prozent des Reinertrages und 100 Prozent des Steuerzuschlags). Die vom Volk genehmigte Verfassungsänderung sieht vor, dass jener Teil der Steuererträge, die der Strasse zugutekommt, künftig in die Luftfahrt zurückfliesst. Der Steuerpflicht unterstehen Flüge im Inland und solche zu privaten Zwecken. Kommerzielle Flüge mit einer Verbindung zum Ausland sind gestützt auf eine UNO-Konvention von der Steuer befreit.
Mit einer Revision des Gesetzes über die Verwendung der Mineralölsteuererträge legte das Parlament in groben Zügen fest, wofür diese Gelder eingesetzt werden: die eine Hälfte für Massnahmen zugunsten der technischen Sicherheit, die andere Hälfte zu je gleichen Teilen für Vorkehrungen zum Schutz gegen Attentate und zugunsten von Umweltmassnahmen. Die Einnahmen aus der Kerosinbesteuerung belaufen sich nach Abzug des Anteils für die Bundeskasse pro Jahr auf 40 bis 50 Millionen Franken.
Der Bundesrat hat nun in zwei Verordnungen die Details zur Verwendung dieser Erträge festgelegt. Darin wird insbesondere geregelt, unter welchen Voraussetzungen die Verwaltung vom oben erwähnten Verteilschlüssel abweichen kann. Dies soll insbesondere möglich sein, um innovative Projekte oder dringliche Massnahmen in den Bereichen Sicherheit und Umweltschutz realisieren zu können. Die Schwerpunkte für die Verwendung der Steuererträge werden alle vier Jahre in einem Mehrjahresprogramm festgelegt. Die Genehmigung dieses Mehrjahresprogramms erfolgt durch das UVEK, für die Verteilung der Gelder ist das BAZL zuständig.
Die zur Förderung der technischen Sicherheit vorgesehenen Gelder kommen weit gehend der Flugsicherung auf den Regionalflugplätzen zugute. Heute werden diese Dienste mit Erträgen aus der Flugsicherung auf den Landesflughäfen und aus dem Überflug über die Schweiz quersubventioniert. Internationale Bestimmungen lassen diese Praxis künftig so nicht mehr zu, so dass eine Deckungslücke bei der Flugsicherung auf den Regionalflugplätzen droht. Mit den Mitteln aus der Kerosinbesteuerung soll diese zumindest teilweise geschlossen werden. Gleichzeitig wird bei der Flugsicherung ein Systemwechsel vorgenommen. Während heute auf allen Flugplätzen die gleichen Tarife für die Flugsicherung gelten, werden künftig auf den Landesflughäfen und den Regionalflugplätzen verschiedene Ansätze zur Anwendung kommen. Dadurch wird dem Prinzip der Kostenwahrheit besser entsprochen.
Zudem gleicht der Bund der Flugsicherung Skyguide während maximal neun Jahren die Erträge aus, die ihr fehlen, weil die umliegenden Staaten mit Ausnahme Frankreichs sie für erbrachte Flugsicherungsdienste nur teilweise entschädigen.