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ω-3 Fettsäuren haben ihre erste Doppelbindung am 3. C-Atom vom Omega-Ende (CH3-Gruppe) her gezählt. Der menschliche Körper kann diese Doppelbindung an der ω-3 Position (gilt auch für ω-6 Position) nicht selber einbauen. Deshalb sind die ω-3 und ω-6 Fettsäuren essenziell und müssen mit der Nahrung aufgenommen werden. Die wichtigsten Vertreter der ω-3 Reihe sind die α-Linolensäure, die Eicosapentaensäure (EPA) und die Docosahexaensäure (DHA), wobei EPA und DHA in geringem Ausmass auch aus α-Linolensäure synthetisiert werden können (ansonsten sind sie nur in tierischem Fett zu finden).
Der regelmässige Konsum von ω-3 Fettsäuren wirkt prophylaktisch gegen Arteriosklerose, Herzinfarkt und Hirnschlag und wird als „herzgesund“ bezeichnet. ω-3 Fettsäuren gehören zu den Ausgangssubstanzen zur Herstellung von Gewebshormonen und beeinflussen die Blutfette positiv. Es wurde ausserdem gezeigt, dass ω-3 Fettsäuren sehr wichtig sind für die Entwicklung von Gehirn und Nervensystem. Aber auch im Erwachsenalter sind ω-3 Fettsäuren von Bedeutung für ein gesundes Nervensystem. Der Zusammenhang zwischen ω-3 Fettsäuren und Nerven, resp. Gehirn ist markant.
Wichtig ist nicht nur die absolute Menge der ω-3 Fettsäuren, sondern auch das Verhältnis von ω-6 zu ω-3 Fettsäuren, das ungefähr 5:1 betragen sollte. In unserer Ernährung kommen die ω-3 Fettsäuren jedoch meist zu kurz, da wenig fette Meeresfische (enthalten DHA, EPA) und viel Getreide und pflanzliche Öle mit hohem Gehalt an ω-6 Fettsäuren auf den Tisch kommen. Das Verhältnis in den Industriestaaten wird auf ca. 15-20:1 geschätzt. Milchfett hat mit ca. 2:1 ein sehr günstiges Verhältnis von ω-6 zu ω-3. Speziell Alpkäse wird oft als Functional Food bezeichnet: eine Portion Alpkäse-Fondue (ca. 200 g Käse) enthält umgerechnet etwa gleich viel ω-3 Fettsäuren wie eine Fischmahlzeit (Hauswirth C., TABULA 3, 2003).