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La première mention documentaire du village, sous le nom de Fontaines date de 1011.
Le nom du village s'applique, sur de nombreuses sources, au territoire même de la commune. En 1011 Fontaines-sur-Grandson fut donnée par le Royaume de Haute-Bourgogne au monastère de Romainmôtier.
Par la suite, le prieuré bénédictin de Saint-Jean-Baptiste à Fontaines-sur-Grandson en acquit la propriété. La suzeraineté temporelle appartenait aux seigneurs de Grandson.
Après 1476 Grandson devint un bailliage sous la suzeraineté conjointe de Berne et de Fribourg.
Ce n'est qu'en 1730 que le village, qui dépendait jusque là de la commune de Fiez, devint commune autonome.
Après l'effondrement de l'Ancien Régime, Fontaines-sur-Grandson appartint de 1798 à 1803 (époque de la République Helvétique) au canton du Léman qui, après l'entrée en vigueur de l'Acte de médiation, fut intégré au canton de Vaud.
Document le plus ancien conservé par les Archives communales
Date : début 1495
Intitulé : Litiges entre Fiez et Fontaines à propos du pâturage des Prêles (En Prela).
Note(s) : 30 mai et 13 août