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Le Petit Rhinolophe, version miniature de son grand cousin, est une espèce forestière qui a été décimée par le DDT (insecticide) utilisé pour le traitement des charpentes au milieu du siècle passé. Actuellement, il n’occupe principalement en Suisse plus que quelques vallées alpines reculées. Peu rapide, il rejoint ses terrains de chasse forestiers en suivant des repères paysagers particuliers comme les haies ou les lisières. Son vol agile lui permet de déloger les diptères qui se cachent dans les fourrés denses.
L’espèce gîte exclusivement en milieu bâti. Si une certaine tranquillité et une température suffisante peuvent être assurées, les combles, hangars ou granges sont utilisés.
Dans le canton, une colonie de mise-bas vient d’être redécouverte. La dernière avait été abandonnée dans les années 1990 où les deux derniers individus avaient été observés dans une ancienne usine hydroélectrique à St-Sulpice. De nombreuses traces ou récits, comme une observation de 45 individus en hibernation dans le château de Gorgier, prouvent que l’espèce était bien répandue dans les années 1950. Actuellement, l’espèce est retrouvée dans la vallée du Doubs où elle pourrait recoloniser le canton via les populations françaises.