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Der Egelsee ist ein Moränensee natürlichen Ursprungs. Er ist nicht als ganzer Naturraum unter Naturschutz gestellt. Er ist ein verletzlicher Kleinsee: 1991 führte ein zu hoher Nährstoffgehalt zu einem grossen Fischsterben. Danach wurde der See saniert und baulich so gestaltet, dass ein Gleichgewicht zwischen den Interessen der Menschen an einer Naturoase und der schützenswerten Pflanzen- und Tierwelt mitten in der Stadt Bern möglich ist.
Kleinseen wie der Egelsee haben eine aussergewöhnlich wichtige Bedeutung für Flora und Fauna. Sie tragen aber auch zum Klimaschutz bei, indem sie Kohlendioxid abbauen (vgl. www.myss.de/science/oekologie/oekosee.html). Der Ufersaum des Egelsees ist bundesrechtlich geschützt. Am Ufersaum des Areals wächst die Gelbe Schwertlilie (Iris pseudacorus L.). Sie steht auf der Liste der durch den Bund geschützter Pflanzen. Namentlich ist ihr Schutz unter Art. 26 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz (NHG) zu subsumieren, unter Art. 44 Abs. 1 des Umweltschutzgesetzes (USG) sowie unter das Übereinkommens vom 19. September 1979 über die Erhaltung der europäischen wildlebenden Pflanzen und Tiere und ihrer natürlichen Lebensräume und in der Verordnung über den Natur- und Heimatschutz (NHV). Zudem sind im und am Gewässer Fische und zahlreiche andere (teils gefährdete /bedrohte) Tierarten heimisch wie: Libellen (bundesrechtlich geschützt), Schwanzmeisen, Gartenrotschwanz (bedroht), Baumläufer, Spechte, Eichhörnchen, Fledermäuse, Ringelnattern, Igel, Kröten, Frösche (bundesrechtlich geschützt) und Wintergäste wie Gänsesäger.
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