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Verfahren
Die Evaluation der Projekte erfolgt in einem zweistufigen Verfahren. Als erstes reichen Bewerber ein kurzes Pre-Proposal ein. Diese Skizzen werden vom wissenschaftlichen Ausschuss nach den üblichen Kriterien für Forschungsprojekte begutachtet. Die erfolgreichen Bewerber werden aufgefordert, ihr Projekt zu einem Full-Proposal auszuarbeiten. Die Full-Proposals werden wiederum vom Ausschuss beurteilt. Bei Bedarf werden externe Gutachter beigezogen. Die Gesuchsteller der bewilligten Projekte erhalten einen Vertrag. Rekurse gegen Entscheide des wissenschaftlichen Ausschusses können innert Monatsfrist an den Stiftungsrats-Präsidenten adressiert werden.
Die Gelder der FSM werden vollständig unabhängig von den Geldgebern der Stiftung allein nach wissenschaftlichen Kriterien vergeben. Weder Sponsoren noch Träger der FSM sind im Wissenschaftlichen Ausschuss vertreten oder haben Einsicht in dessen Arbeit. Sie können die Entscheide auch nicht anfechten.
Forschungsskizzen können normalerweise jährlich auf den 1. September eingereicht werden. Entscheide über die eingereichten Skizzen (Pre-Proposals) werden bis Mitte Oktober mitgeteilt. Full-Proposals müssen bis Ende November eingereicht werden. Die definitiven Entscheide über Projektunterstützungen fallen bis Mitte Dezember. Abweichungen von diesen Terminen werden kommuniziert.
Die FSM übernimmt in der Regel Personalkosten und ausserordentliche Auslagen für Felduntersuchungen (Equipment, Verbrauchsmaterial, Spesen, etc.). Standardequipment (Büroeinrichtungen, Laborapparate) und Kongressreisen werden nicht finanziert. Doktorandensaläre müssen zu institutsüblichen Ansätzen budgetiert werden. Alle zur Durchführung der Forschungsarbeiten notwendigen Bewilligungen (z.B. von Ethikkommissionen) sind von den Projektstellern einzuholen. Das durchschnittliche Förderungsvolumen eines Projektes beträgt CHF 100'000 - 200'000. Die Projekte sind von der MWST befreit. Es empfiehlt sich - insbesondere bei Projektvorschlägen, welche die durchschnittliche Förderungssumme deutlich übersteigen - eine Teilfinanzierung einzubringen.

Seit Beginn der Forschungsförderungsaktivitäten im Jahre 2000 gingen über 200 Projektanträge ein. Davon wurden bis jetzt 50 Projekte im Umfang von über CHF 5 Mio. gefördert.