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Haplogroupe A est la lignée du chromosome Y la plus fondamentale et diverse. Le groupe se retrouve presqu’exclusivement en Afrique avec une forte représentation au sein des sociétés de chasseurs-cueilleurs en Éthiopie et au Soudan.
Haplogroupe B est une ancienne lignée répartie sporadiquement dans tout le continent africain. Ce groupe se retrouve beaucoup chez les pygmées ainsi que les groupes de chasseurs- cueilleurs. Un peu plus de 2% des afro-américains appartiennent à cet haplogroupe.
Haplogroupe C trouve son origine peu de temps après la première migration des humains modernes hors d’Afrique. Aujourd’hui, le groupe est plus fréquent en Eurasie Orientale, en Asie de l’Est et du Sud-Est et peut également se retrouver chez les populations indigènes d’Amérique du Nord.
Haplogroupe D est apparu en Asie. Ses membres ont migrés le long des côtes du Sud de
l’Asie pour finalement s’installer en Asie Centrale et Orientale mais pas dans les Amériques. Cet haplogroupe se caractérise par sa différenciation géographique.
Haplogroupe E est l’une des branches les plus anciennes de l’arbre généalogique de l’être humain. Il est apparu il y a 55.000 ans en Afrique Orientale ou en Asie. A cette époque, les toutes premières migrations humaines hors d’Afrique venaient tout juste de se produire. Aujourd’hui, cet haplogroupe est très fréquent en Afrique, même si une sous-branche particulière peut se trouver en Europe.
Haplogroupe F est un haplogroupe ancien et très répandu qui comprend aujourd’hui plus de 90% de tous les hommes non-africains. L’haplogroupe F était l’un des premiers haplogroupes des hommes modernes à se développer hors d’Afrique.
Haplogroupe G est relativement récent mais largement répandu et fréquent chez les populations europeennes de l’Ancien Monde, au Moyen-Orient, en Afrique du Nord et en Asie Centrale, du Sud et du Sud-Est. Un sous-groupe, le G2c, est un marqueur génétique distinct des juifs ashkénazes.
Haplogroupe H est l’un des labels génétiques principaux d’Inde, et ses membres sont pensés être les responsables des premières grandes installations qu’il y a eu là-bas, il y a 30.000 ans. L’haplogroupe H est également important parmi la population roumaine ou les gitans.
Haplogroupe I se retrouve, aujourd’hui, chez 20% des hommes européens et comprend plusieurs sous-groupes associés à des régions géographiques particulières d’Europe.
Haplogroupe J est très commun au Moyen-Orient et dans la région méditerranéenne incluant
l’Afrique du Nord et l’Europe du Sud. La lignée est divisée en sous-groupes J1 et J2, le dernier étant associé aux sites archéologiques néolithiques.
Haplogroupe K s’étend de sa terre natale en Asie du Sud-Ouest à toute l’Eurasie. Aujourd’hui la lignée s’étend de l’Australie et l’Océanie vers l’Asie du Sud et, par conséquent, vers l’Asie du Sud-Ouest et l’Afrique du Nord.
Haplogroupe L est le plus répandu parmi certaines populations d’Inde et du Pakistan. La lignée se retrouve aussi à des fréquences plus faibles en Europe du Sud, en Afrique du Nord, au Moyen- Orient et en Asie Centrale.
Haplogroupe M descend de l’haplogroupe eurasien K. L’haplogroupe M est caractéristique des populations d’Asie du Sud-Est et certains l’ont associé au développement de la riziculture dans cette région.
Haplogroupe N est apparu en Asie du Sud-Est ou possiblement en Eurasie orientale. Cet haplogroupe est réparti assez sporadiquement de la Chine vers l’Europe du Nord-Est, atteignant ses concentrations les plus élevées dans certaines populations de Sibérie.
Haplogroupe O est spécifique à l’Asie de l’Est. Ses sous-groupes O1 et O3 sont typiques des populations chinoises, alors qu’O2 est réparti sporadiquement du Sud vers l’Est de l’Asie.
Haplogroupe P et ses principaux groupes descendants, Q et R, sont présents dans de nombreuses populations d’Europe de l’Ouest, d’Asie centrale et indigènes d’Amérique. . Aujourd’hui, les descendants de ces lignées liées les unes avec les autres se retrouvent dans toute l’Eurasie et les Amériques.
Haplogroupe Q est fréquent parmi les populations originaires de Sibérie. Il y a environ 15.000 ans, la lignée s’est développée dans le Nouveau Monde, devenant l’haplogroupe patrilinéaire le plus répandu chez les personnes natives d’Amérique du Nord et du Sud.
Haplogroupe R est un haplogroupe européen majeur. Le sous-groupe R1a s’est séparé il y a 15.000 ans, lors du pic de la période glaciaire. Il se retrouve à une forte fréquence et à une diversité élevée dans le Nord de l’Inde et en Europe de l’Est. R1b se retrouve dans toute l’Europe. La récente émigration européenne a transporté cet haplogroupe vers les Amériques ainsi qu’en Australie.
Haplogroupe S est caractéristique des hautes plaines de Papouasie Nouvelle Guinée et des chercheurs pensent qu’il y trouve son origine. Des généticiens ont, seulement récemment, fait la distinction entre l’Haplogroupe S de son ancêtre, l’haplogroupe K.
Haplogroupe T est un haplogroupe très rare qui se retrouve principalement en Afrique Orientale et en Asie Occidentale. Il se trouve aussi dans des régions méditerranéennes centrales et occidentales.