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Bereits 1919 bestanden konsularische Beziehungen zwischen den beiden Ländern. 1921 erfolgte die Anerkennung der Unabhängigkeit Estlands durch den Bundesrat. Mit dem Abschluss eines Handelsabkommens 1925 wurden die bilateralen Beziehungen weiter vertieft. Durch die sowjetische Annexion Estlands im Jahre 1940 wurden die bilateralen Beziehungen unterbrochen und erst nach der Wiedererlangung der Unabhängigkeit 1991 erneuert. Die Schweiz hatte die Annexion des Landes durch die Sowjetunion nie anerkannt.
In den 1990er-Jahren gewährte die Schweiz Estland im Rahmen der Ostzusammenarbeit Hilfe im Umfang von rund 22 Mio. CHF, wobei der Schwerpunkt auf Umweltschutzprojekten lag.
Für die Vertretung der Schweizer Interessen in Estland ist die Botschaft der Schweiz in Riga (Lettland) zuständig. Im Gegenzug ist die estnische Botschaft in Wien zuständig für die Schweiz.
Estland, Historisches Lexikon der Schweiz