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À partir de la fin du XIXe siècle, au moment où toutes les sciences connaissent un essor fabuleux, la médecine découvre et intègre une foule d’approches empiriques allant de l’homéopathie à l’hypnose, en passant par les pharmacopées de diverses cultures. Aux États-Unis, le mouvement de la médecine éclectique a recours à de nombreuses approches médicales venues de la vieille Europe, d’Asie et des peuples amérindiens. Une panoplie de préparations d’herboristerie sont également fort populaires auprès des médecins de l’époque.
C’est dans cette mouvance que l’Allemand Benedict Lust (1870-1945), qui était médecin, ostéopathe et chiropraticien, fonde officiellement la naturopathie après avoir émigré aux États-Unis. En 1902, il inaugure, à New York, la première école de naturopathie : on y enseigne l’hydrothérapie, l’herboristerie, la nutrition, la physiothérapie, la physiologie, la psychologie et une foule d’autres techniques thérapeutiques.
C’est ainsi que, dans le premier quart du XXe siècle, s’ouvriront aux États-Unis quelques douzaines d’écoles de médecine naturopathique offrant des cours d’une durée variant de deux à quatre ans. Ces formations étaient souvent associées à des cours avancés en homéopathie ou en chiropratique, des techniques médicales qui connaissaient également à ce moment un essor important.
Parallèlement à ce foisonnement, se développait une médecine davantage axée sur les interventions chirurgicales dites « lourdes » et sur les médicaments de synthèse issus de l’industrie pharmaceutique naissante. Cette approche, perçue comme étant davantage « scientifique », finit par gagner la faveur des facultés de médecine des grandes universités de l’Occident. C’est cette direction que prend la médecine au cours des décennies qui suivent. Seuls les médecins formés dans les facultés de médecine sont alors autorisés à diagnostiquer et à traiter les maladies. Résultat : la majorité des écoles naturopathiques ferment leurs portes.
Cependant, à partir des années 1970, la naturopathie connaît un regain de popularité auprès du public. Quelques universités américaines commencent même à offrir une solide formation de quatre ans. C’est l’arrivée d’une nouvelle génération de naturopathes.
La naturopathie obtient une certaine reconnaissance au fil des ans. En 1983, l’Organisation mondiale de la Santé recommandait aux autorités médicales de tous les pays d’intégrer la naturopathie aux services de santé publics. En 1994, le gouvernement des États-Unis accordait, pour la recherche scientifique contre le sida, un budget à la Bastyr University, l’une des grandes écoles de naturopathie en Amérique du Nord.