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Es wurde erstmals als Arowe erwähnt. Der älteste gesicherte Hinweis auf das Bestehen einer städtischen Siedlung stammt aus dem Jahr 1256. Das Städtchen wurde vom Turm Rore beherrscht, dem Sitz der kyburgischen Regierung. Bereits 1263 erlosch das Geschlecht der Kyburger. Als neue Landesherren folgten ihm die Habsburger. Diese verliehen Aarau am 4. März 1283 das Stadtrecht. Im Jahr 1415 eroberte Bern mit der Hilfe von Solothurn den unteren Aargau, der fortan zum bernischen Untertanengebiet gehörte.
Das Bevölkerungswachstum im 16. Jahrhundert führte zu einer Aufstockung der Häuser und zu einer verdichteten Bauweise. In Aarau entwickelten sich Frühformen der Industrie, hergestellt wurden vor allem Glocken, Waffen und Messer. Ab dem frühen 18. Jahrhundert etablierte sich die Textilindustrie. Deutsche Einwanderer führten die Baumwollweberei und die Seidenfabrikation ein und trugen erheblich zum Wohlstand der Stadt bei.
Mitte März 1798 besetzten französische Truppen unter dem Kommando von General Guillaume-Marie-Anne Brune das Städtchen Aarau. Am 22. März 1798 wurde es von den französischen Besatzern zur Hauptstadt der Helvetischen Republik und damit zur ersten Hauptstadt der Schweiz überhaupt erklärt (allerdings nur für wenige Monate). Aus jener Zeit stammt die Stadterweiterung an der Laurenzenvorstadt, ein einheitlicher Strassenzug in klassizistischem Stil, der Repräsentationszwecken dienen sollte.
1803 wurde der Kanton Aargau auf die heutigen Grenzen erweitert und Aarau definitiv als Kantonshauptstadt bestätigt. In der jungen Kantonshauptstadt legten weitsichtige Männer die Grundsteine für das kulturelle, politische und wirtschaftliche Wachstum. In Aarau wurden unter anderem die drei grossen gesamtschweizerischen Vereinigungen der Schützen, Turner und Sänger gegründet. Am 1. Januar 2010 fusionierte die Gemeinde Rohr mit Aarau. Aarau ist mit über 20'000 Einwohnern die bevölkerungsreichste Stadt im Kanton Aargau.