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Die Aufgaben des Gewässerschutzes haben sich im Laufe der Jahrzehnte stark gewandelt und erweitert. Neben dem Schutz der Gewässer vor Verschmutzung ist heute v.a. auch die Qualität des Gewässers als Lebensraum mit all seinen natürlichen Einflussfaktoren zu erhalten resp. zu verbessern.
Aktuelle Schwerpunkte des Gewässerschutzvollzugs sind der verbesserte Schutz des Grundwassers, die Renaturierung von Fliessgewässern, die Reduktion der Belastungen aus der Landwirtschaft und die Trennung von verschmutztem und nicht verschmutztem Abwasser. Auch sind Unterhalt und Erneuerung der Siedlungsentwässerung durch eine geeignete, verursachergerechte Finanzierung langfristig sicher zu stellen.
Neue Herausforderungen stellen u.a. die Ausscheidung/Wiederherstellung des Gewässerraums, der Schutz vor Mikroverunreinigungen und die Auswirkungen klimatischer Veränderungen dar.