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Un antibiotique est une substance naturelle ou synthétique qui détruit ou bloque la croissance des bactéries. Un grand nombre des antibiotiques existants sont constitués de molécules naturelles, fabriquées par des micro-organismes : des champignons ou d'autres bactéries. Ces dernières les produisent pour éliminer les bactéries concurrentes avec lesquelles elles sont en compétition dans leur biotope.
«Les antibiotiques, c’est pas automatique.»
L’introduction généralisée des antibiotiques après la Seconde Guerre mondiale a été l’un des progrès thérapeutiques les plus importants du XXe siècle. Les traitements antibiotiques ont fait progresser l’espérance de vie de plus de dix ans, soit plus qu’aucun autre traitement médical.
«Les antibios, quand il faut, comme il faut.»
Cependant, l’usage généralisé, voire abusif de certains antibiotiques, y compris en traitement préventif, curatif ou en complément alimentaire dans l’alimentation animale, dans les piscicultures, en médecine vétérinaire et humaine, ou encore comme pesticides pour le traitement des végétaux a introduit une pression de sélection qui a conduit au développement de populations de micro-organismes antibiorésistants et à une baisse générale de l’efficacité thérapeutique.
La sélection naturelle a doté les bactéries et virus de mécanismes de résistance ou d’adaptation face à certains stress comme les rayonnements UV, la chaleur ou le froid, et face à des molécules toxiques auxquelles elles sont confrontées dans leur environnement (métaux lourds, substances antibiotiques sécrétés par des animaux, plantes, bactéries ou champignons pour leur propre défense...).
«Utilisés à tort ils deviennent moins forts.»
L’utilisation massive d'antibiotiques dans le monde, depuis la seconde moitié du XXe siècle, a exposé un grand nombre de bactéries, pathogènes notamment, à des antibiotiques, en causant des maladies nosocomiales, partout dans le monde. Un phénomène d’augmentation du résistome (ensemble des gènes de résistance trouvés dans un organisme) est constaté. Il a plusieurs raisons démontrées, toutes liées à des modalités inappropriées d’utilisation des antibiotiques, qui influent fortement sur le nombre de souches d’organismes devenant résistants.
«Les antibiotiques c’est pas magique.»
On suppose que l’adaptation naît généralement de mutations génétiques aléatoires, ou fait suite à des échanges de gènes de résistance entre des bactéries. La résistance provient souvent d’une perméabilité cellulaire sélectivement renforcée pour l’antibiotique, d’une activité enzymatique détruisant la molécule biocide, ou encore de l’entrée dans une phase de sporulation du microorganisme. Certaines bactéries stressées échangent spontanément des gènes de résistances avec d’autres bactéries proches. L’acquisition de cette résistance apparaît en général une dizaine d’années après l’introduction de l’antibiotique.
«Ils sont précieux, utilisons-les mieux.»
Les bactéries peuvent s’adapter à la toxicité d’un antibiotique grâce à une grande batterie de mécanismes résultant soit de mutations ponctuelles soit d’un transfert horizontal de gènes. Par exemple, la résistance aux β-lactamines est due à une β-lactamase qui hydrolyse la pénicilline et la céphalosporine. La résistance à de nouveaux antibiotiques de type β-lactamine est principalement due à des mutations au sein des β-lactamases augmentant leur spectre de substrat. La résistance est également associée avec une amplification génique conférant la résistance aux antibiotiques.
Si l’émergence de mécanismes moléculaires de résistance est une étape cruciale, puisqu’elle constitue la naissance d’une nouvelle souche bactérienne résistante , son poids est faible si l’on s’intéresse à la dynamique d’épidémies de bactéries résistantes aux antibiotiques. En effet, le principal impact de l'exposition aux antibiotiques au niveau des microbiotes est d’accélérer la décolonisation naturelle des bactéries sensibles comparativement aux bactéries résistantes. Il en résulte une relative vacuité de la niche populationnelle occupée par les bactéries sensibles et une dissémination relativement plus importante des bactéries résistantes.
«Les antibios, n’en prends pas trop»
En 2018, comme pour la résistance aux pesticides, la pharmacorésistance augmente dans le monde et devient préoccupante, en dépit (ou à cause) d'un arsenal chimique croissant mal utilisé. De plus la croissance des échanges mondiaux et leur accélération accélèrent la diffusion d’espèces résistantes qui, hors de leurs régions d’origine, peuvent aussi devenir invasives. Une mauvaise utilisation des biocides chimiques peut accélérer ou aggraver ces résistances, avec d’importants dommages collatéraux généralisés aux systèmes naturels, sociaux et économiques.
«Trop d’abus et ils ne marchent plus»
Il faut une réglementation rigoureuse, cohérente et respectée des prescriptions et usages de biocides et d’antibiotiques, associée à des mesures d’hygiène, à des barrières physiques aux ravageurs des cultures, etc. Enfin, il est nécessaire d’aborder les questions de détoxication et bioremédiation des environnements pollués par les biocides, dont certains ne sont pas biodégradables et posent des problèmes en s'accumulant et en générant de nouvelles résistances.