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Die Eawag ist ein Forschungsinstitut im ETH-Bereich. Dieser umfasst die Eidgenössischen Technischen Hochschulen ETH Zürich und und EPF Lausanne sowie die vier Forschungs-Institutionen PSI, WSL, Empa und Eawag. Der ETH-Bereich wird vom ETH-Rat geführt und ist dem Eidgenössisches Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung WBF zugeordnet.
Die Eawag hat 12 Forschungsabteilungen. Sie werden von den Supportabteilungen unterstützt.