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La médecine vétérinaire est née en même temps que l'élevage d'animaux domestiques de rente, voici environ 15’000 ans. Comme la médecine, elle fut au début une médecine populaire et empirique, transmise oralement. Les plus anciennes sources écrites en Suisse sont des copies du XIVe siècle de l'Ars veterinaria de Pelagonius (Bas-Empire) et de la Mulomedicina Chironis (vers 400). Le traité d'hippiatrie en langue allemande de Maître Albrant (XIIIe s.), très répandu au Moyen Age, fut également utilisé en Suisse, comme le démontrent les copies imprimées qui en furent réalisées (Ein bewärdt Neuw Rossartznybuoch, av. 1547).
Jusqu'au XIXe siècle, la médecine vétérinaire fut pratiquée épisodiquement par les paysans, bouchers, maréchaux-ferrants et équarrisseurs. La lutte contre les épizooties relevait avant tout des instances médicales et officielles, notamment des conseils de santé. C'est l'arrivée en Europe d'épizooties à caractère pandémique ainsi que le besoin croissant en chevaux dans les armées du XVIIIe siècle qui imposeront la médecine vétérinaire comme science et comme matière d'enseignement. La formation resta toutefois longtemps hors de l'université. En Suisse, les premières écoles naquirent en 1805 à Berne et en 1820 à Zurich. Le médecin zougois Franz Karl Stadlin fonda en 1813 la Société des Vétérinaires Suisses (SVS), qui publie depuis 1816 les Archives Suisses de la Médecine Vétérinaire. Dans le dernier quart du XIXe siècle, les écoles de Berne et Zurich, en collaboration avec la SVS, s'efforcèrent d'unifier la formation et de hisser leur discipline au même niveau que la médecine humaine. Les hôpitaux vétérinaires de Berne et Zurich furent rattachés aux universités de ces deux villes, respectivement en 1900 et en 1901, et devinrent les deux premières facultés de médecine vétérinaire au monde. Jusqu'à la Deuxième Guerre mondiale, la profession fut essentiellement masculine, puis la part des femmes augmenta constamment; en 2001, elle s'élevait à 31% des membres de la SSV et à plus de 70% des étudiants.
Avec ses nombreux officiers vétérinaires et son vétérinaire en chef, l'armée joua un rôle important. L'intérêt s'est toutefois peu à peu déplacé de la médecine chevaline aux questions de sécurité alimentaire (contrôle de la viande). Dans le civil, suite à la loi fédérale sur les mesures à prendre pour combattre les épizooties de 1917, l'activité s'organisa dans les districts, les cantons et à la frontière; dans ces deux derniers cas, le vétérinaire exerça de plus en plus à plein temps. Un office fédéral fut créé en 1914. Celui-ci géra de 1942 à 1992 un institut vaccinal, à Bâle; il dispose depuis lors d'un Institut de virologie et d'immunoprophylaxie, à Mittelhäusern (comm. Köniz).
La médecine vétérinaire est, au début du XXIe siècle, une médecine prophylactique de type collectif au service de l'agriculture et de la santé publique. La médecine curative individuelle a cependant fortement augmenté pour les animaux de compagnie, de plus en plus nombreux. Comme en médecine humaine, les vétérinaires se spécialisent (par exemple en sécurité alimentaire), se regroupent selon leur activité (par exemple Association suisse pour la médecine des petits animaux). S'il existe une Association Suisse pour l'Histoire de la Médecine Vétérinaire, la discipline ne fait cependant toujours pas l'objet d'un enseignement universitaire.