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Le financement de la NLFA provient de fonds spéciaux :
En 1998, un fonds destiné spécialement à la NLFA et à trois autres grands projets ferroviaires a été créé : le fonds FTP. Celui-ci était alimenté par la redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (RPLP), la TVA et l’impôt sur les huiles minérales utilisées comme carburant. Après une âpre lutte pour le financement de la NLFA, le fonds FTP a apporté la solution et la stabilité nécessaires. Il a favorisé la NLFA et d’autres grands projets ferroviaires de deux façons :
Il assurait le financement complet de l’ouvrage avant même le début des travaux. A l’inverse de projets d’aménagement à l’étranger, il n’y avait donc pas d’incertitudes quant à la libération des tranches de crédit.
La RPLP constituait non seulement la principale source de financement de la NLFA, mais elle a aussi généré des conditions-cadre plus équitables entre le rail et la route en absorbant les coûts non couverts du fret routier et en établissant la vérité des coûts.
Au début de 2016, le fonds FTP, qui avait une durée déterminée, est devenu le fonds d’infrastructure ferroviaire (FIF), de durée indéterminée. Celui-ci dispose de sources supplémentaires de financement (contributions fédérales et cantonales, plafonnement de la déduction des pendulaires dans l’impôt fédéral direct) et il est délesté par une augmentation des prix du sillon. Le FIF finance non seulement les grands projets tels que la NLFA, mais aussi l’infrastructure ferroviaire toute entière (y c. exploitation et maintien de la qualité des infrastructures).