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Das Risikomanagement von swiss granum besteht aus drei Stufen. Die erste Stufe, präventive Empfehlungen, fokussiert auf die Produktion und die Getreideübernahme. Dazu weist swiss granum in den Listen der empfohlenen Sorten unter anderem auf die Sensibilität der Sorten gegenüber Fusariose hin. Ebenso veröffentlicht der Verband hilfreiche Informationen und Empfehlungen, um Mykotoxinen auf den Getreidekörnern vorzubeugen.
Die zweite Stufe des Risikomanagements umfasst eine Prognose vor der Ernte. Dazu publiziert swiss granum Situationsberichte. Diese bauen einerseits auf dem Prognosesystem Fusaprog von Agroscope auf. Andererseits fliessen die Beobachtungen der kantonalen Beratungs- und Pflanzenschutzstellen in die Einschätzung ein.
Die dritte Risikomanagementstufe bezieht sich auf das Monitoring nach der Ernte. Dazu veröffentlicht swiss granum in Absprache mit Agroscope die durchschnittlichen Analyseresultate. Sie gründen auf den Untersuchungen von Brotweizen- sowie Gerste-, Triticale- und Körnermaismustern.