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L’étymologie même des Clées est le bas-latin cleta, qui signifiait une claie, et que l’on retrouve dans le mot patois clédard ou porte de pâturage. La ville des Clées constituait bien une porte dans le Pays de Vaud
Situé au fond d’un profond ravin et entouré d’épaisses forêts restreignant à peu de chose l’étendue des terres cultivables, le bourg des Clées serait resté un hameau sans l’" industrie " des voyageurs et des marchandises en transit. Ce fut d’abord un fief bourguignon inféodé aux comtes de Genevois puis il passa à la Savoie, mais - et voilà qui montre l’importance qu’avait ce passage pour l’Europe - il ne fallut pas moins d’une concession impériale signée en 1297 par l’empereur d’Allemagne Adolphe de Nassau, pour valider cette attribution à Louis de Savoie, le baron de Vaud qui venait de fonder Morges.
Les maisons du Bourg-Vieux furent presque toutes détruites lors de l’attaque du château, en 1475, par les Suisses, d’abord par les défenseurs mêmes de la place, qui voulaient dégager celle-ci en empêchant les assaillants de s’y abriter, ensuite par les Suisses qui pillaient et incendiaient.
Les deux bourgs étaient entourés d’une muraille, dont certaines parties sont encore visibles dans les caves ou au rez-de-chaussée des maisons du Bourg-Neuf. Par les anciens plans, on connaît le tracé exact de cette enceinte qui était percée de trois portes extérieures, disparues aujourd’hui.
La première porte, sur la route de Bretonnières, -était appelée porta inferior ou porte " dessoulz de la ville ", elle défendait le pont sur l’Orbe.
De cette " Porta inferior ", des voyageurs ne pouvaient atteindre les Clées par la voie la plus directe qui est ouverte aujourd’hui, mais devaient suivre l’ancien chemin romain qui contourne par l’est le rocher dominé par le château. Le seigneur des Clées avait même fermé ce passage par l’ouest au moyen d’un haut mur, dont il reste un soubassement d’un mètre de haut dans un jardin.
Une seconde porte dite du Tabernacle, ou porta superior, fermait au-dessous du Bourg-Neuf la route de BaIlaigues. On en connaît l’aspect par un plan du secrétaire baillival daté de 1776 ; et surtout par une peinture à l’huile conservée au château de Vincy, et qui doit être un peu antérieure à 1832, puisque le château n’y a pas encore ses grandes fenêtres. Une troisième porte, celle d’Orbe, également disparue, donnait passage à la route de Lignerolle qui n’est plus aujourd’hui qu’un chemin vicinal, tandis que la route de Lignerolle part du haut du village., Ce chemin a longtemps porté le nom de chemin des Morts, parce qu’au moyen âge les morts des Clées étaient ensevelis à Lignerolle.
Les péages
Si les guerres de Bourgogne causèrent la ruine de la forteresse, la ville des Clées continua encore pendant des siècles à vivre du trafic, des péages et des taxes d’entrepôt. L’administratien bernoise avait d’emblée compris le profit qu’elle pouvait tirer de ces péages. On possède la liste des marchandises et des gens sujets aux péages des " tres redoubtez seigneurs ".
Les marchands, il faut bien le dire, appréciaient beaucoup ces entrepôts, dont la sécurité était garantie par la justice de Berne. Ces entrepôts, appelés " Soustes ".- étaient assez nombreux d’un pays, à l’autre, et le village de Susten, près de Loèche (ou Leuk), en Valais, doit son nom justement à l’un d’entre eux.
Le livre des péages des Clées donne en latin et en français la liste de toutes les marchandises et animaux sujets à une taxe de passage, avec le montant des droits à percevoir.
La décadence
Commencée déjà avant la destruction du château Par les Suisses en 1475, elle est due surtout au fait que les Marchands utilisèrent peu à peu d’autres passages plus commodes pour franchir le Jura. La population diminua de plus en plus. Le mur d’enceinte, effondré, ne fut pas reconstruit, les vieilles masures non plus. La construction de la route d’Orbe à Jougne et du chemin de fer de Vallorbe, au XIXe siècle. lui porta le dernier coup. L’ancienne ville prospère des Clées est devenue un petit village.