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En tant que reptiles terrestres, les tortues sauvages déposent simplement leurs excréments au hasard sur le sol. Les liquides se dessèchent rapidement au soleil et les bactéries intestinales sont tuées par les rayons UV intenses. Les insectes, les vers et les micro-organismes du sol décomposent complètement les excréments. Même avec une forte densité de population dans une région, il est très peu probable que les tortues marchent sur les mêmes sites contaminés à plusieurs reprises et donc que ces excréments contaminent des spécimens.
En captivité, cependant, nous avons une hygiène différente en raison de l’espace limité. En particulier dans les enclos intérieurs, les tortues marchent à plusieurs reprises dans les zones contaminées par des matières fécales et de l’urine et répandent ainsi les matières fécales dans tout l’enclos. En relativement peu de temps, un tapis invisible de bactéries intestinales et d’autres micro-organismes se forme. Les couches de substrat ont une certaine capacité d’absorption, mais si celle-ci est saturée, les bactéries nocives peuvent aussi s'y multiplier défavorablement. En cas de densité et de manque d’hygiène, cette charge bactérienne est potentialisée et contamine les tortues encore et encore de part leurs propres bactéries, mais aussi avec celles des congénères. Cette chaîne de contamination excessive et répétitive affaiblit le système immunitaire d’Astrochelys radiata et peut conduire à des infections externes et internes dangereuses.