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1: Die Galaktische Föderation - nun ein Feind von Samus?
Wie bereits erwähnt beauftragte die Galaktische Föderation die Biologic Space Laboratories in Metroid Fusion mit geheimen Forschungen zu den vermeintlich ausgestorbenen Metroid. Im Rahmen der Handlung von Metroid Fusion wird heftig angedeutet, dass die intergalaktische Regierungsorganisation, oder zumindest einige ihrer Elemente, die gefährlichen Kreaturen nicht nur zu friedlichen Zwecken untersuchen möchte. Entgegen der Anweisungen der Föderation vernichtet Samus das Geheimlabor, indem sie die Forschungsstation auf den Planeten SR388 stürzen lässt. Nun hat Samus möglicherweise nicht nur die Konsequenzen für ihrer Entscheidung zu fürchten. Es könnte durchaus sein, dass sie nun in den Fokus der Forschung rückt, da Metroid-DNS in ihrem Körper schlummert.