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Das Programm kann auch von Kommandozeile (Eingabeaufforderung) her aufgerufen werden, zB. für die Verwendung in Batchfiles. Beispiel:

|C:>"Atlas Subtitler.exe" YourFileOrFolder ger,eng
Die kommagetrennte Liste der gewünschten Sprachen (ger,eng) ist optional. Hier könnte man auch mehr als 4 Sprachen angeben, anders als in der interaktiven Oberfläche. Die Dreibuchstaben-ISO-Codes können in den Sprachvoreinstellungen nachgeschaut werden.
Seit Version 2 gibt es auch noch "/ShellOpen Xxxx", "/Shift Xxxx" und "/Prepare Xxxx".
Ab Version 3.5 gibt es die Option "/BiggestVideoInFolder". Diese kann man dann gebrauchen, wenn Subtitler mit einer Untertiteldatei oder anderen Begleitdatei des Videos als Argument aufgerufen wird. Subtitler erkennt dann, dass keine Videodatei angegeben wurde und durchsucht das Verzeichnis nach Videodateien (ohne Unterordner) und nimmt statt der angegebenen Datei dann die grösste Videodatei als Argument.
Alle anderen Einstellungen sind dieselben wie beim letztmaligen interaktiven Durchlauf.
Jegwelche Fehler bringen die Applikation sofort zum Stoppen und es wird ERRORLEVEL 1 gesetzt.