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Nachdem sie 1992 als erste gewählte Professorin in den Agrarwissenschaften an die ETH kam, wurde Silvia Dorn 2002 auch erste Vorsteherin des Departements Agrar- und Lebensmittelwissenschaften. In ihrer Amtszeit führte sie einige nachhaltige Änderungen ein.
2002 wurde Silvia Dorn einstimmig zur ersten Vorsteherin des Departements Agrar- und Lebensmittelwissenschaften (D-AGRL) gewählt. Gleich zu Beginn galt es drei ausserordentliche Herausforderungen zu bewältigen: Erstens die Sparübung nach einer markanten ETH-weiten Budgetkürzung, zweitens die Autonomisierung, bei der die Finanzverantwortung von der Schulleitung hinunter ans Departement delegiert wurde, und drittens die periodische externe Evaluation, die erstmals parallel zum benachbarten Departement Umweltnaturwissenschaften durchzuführen war. In der gleichen Amtsperiode bis 2004 galt es zudem die Bologna-Reform zu implementieren, was eine tiefgreifende Überarbeitung der Studienpläne in Agrarwissenschaften und in Lebensmittelwissenschaften bedingte.
Als Departementsvorsteherin wurde Silvia Dorn traditionsgemäss auch zur Studiendirektorin für beide Studiengänge gewählt. Alle Vorhaben brachte sie zu einem guten Abschluss, stets wurden einvernehmliche Lösungen gefunden, die revidierten Studienpläne hatten Bestand, und so festigte sich der Ruf des Departements.
Ohne grosses Aufheben gestaltete die Vorsteherin auch ein paar alte Gepflogenheiten um: So endeten die Professoren- und Departementskonferenzen nun genügend früh am Abend, um den Teilnehmenden zu ermöglichen, zuhause auch ihre jüngeren Kinder noch wach anzutreffen. Anstelle der früher dreitägigen Klausurtagungen in einem teuren Hotel traten nun zwei gründlich vorbereitete Nachmittagsklausuren im schönsten Sitzungsraum der ETH.
Einmal jedoch führte dieser nüchtern-pragmatische Stil zu einer Erschütterung: Am ersten Tag der parallel durchgeführten externen Evaluation verteilte das benachbarte Departement den Experten stolz eine Hochglanzbroschüre mit den Porträts all ihrer Professoren, das D-AGRL dagegen händigte bloss die Pflichtdokumente aus. Nach kurzer Zeit formte sich jedoch eine Welle der Empörung: Jene Broschüre zeigte nämlich ausschliesslich Fotos männlicher Professoren. In den Agrarwissenschaften dagegen hatte sich die Anzahl der Professorinnen kurz zuvor verdoppelt, von einer auf zwei, was dann dem D-AGRL verhaltenes Lob eintrug.
Als der akademische Fachverband im Agro-Food Netzwerk (SVIAL) Silvia Dorn 2006 mit der Ehrenmitgliedschaft auszeichnete, hielt er anerkennend fest, sie habe das traditionelle Departement in einer Zeit des Umbruchs hervorragend auf die Zukunft ausgerichtet.