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MUCOVIB - Cystic Fibrosis cohort, respiratory Viruses and Intracellular Bacteria
La mucoviscidose est une des maladies génétiques les plus mortelles affectant un enfant sur 2500 dans les populations caucasiennes. La principale cause de morbidité et de mortalité de la mucosvisidose est due aux dégradations progessives des poumons suite aux poussées aigues (PE).
Présentations et publications
IDWeek, October3-5th 2018, San Francisco
Poster: MUCOVIB project : Concordance between upper and lower airway microbiota in children with Cystic Fibrosis.
sginf2018.congress-imk.ch, September 13-14th 2018, Interlaken
But de l'étude
Le HRV Human rhinovirus (HRV), un agent du rhume commun, a été identifié comme agent prédominant des phases d'exacerbation de la mucoviscidose associées au virus. L'étude vise à mieux comprendre la sévérité des infections par HRV chez les enfants atteints de la mucoviscidose.
Les enfants atteints de mucoviscidose ont présenté un microbiote intra-individuel incohérent entre les niches respiratoires hautes et basses. Nous essayons de démontrer le lien entre la composition de la diversité bactérienne des 20 échantillons oropharyngés (OP) et celle des 20 expectorations correspondantes, collectés chez des enfants > 1 an atteints par la mucoviscidose.
Déroulement
Des échantillons oropharyngés et des expectorations ont été collectés chez les enfants de moins de 18 ans diagnostiqués avec la mucoviscidose en Suisse.
Ces échantillons donnent lieu à un séquençage et une analyse des données des amplicons de la région variable V3-V4 du gêne ARNr 16S. Les paires sont assemblées par le logiciel PANDAseq et regroupées en unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) en utilisant vsearch et assignées à des niveaux taxonimiques avec Qiime et EzBioCloud. L'échelonnage multidimensionnel non-métrique est réalisé avec ANOVA et PERMANOVA pour analyser la diversité bactérienne dans les niches respiratoires hautes et basses.
Résultats préliminaires
58 enfants sont recrutés, dont 29 ont fourni des expectorations. Parmi ces 29 patients, 10 ont fourni des échantillons oropharyngés et des expectorations concomittantes. Dans la plupart des cas, le groupage hiérarchique des échantillons basé sur l'absence/présence des OTU permet de distinguer une signature bactérienne dans la majorité de ces patients. Une même variance du microbiote bactérien est observée dans les niches respiratoires hautes et basses avec quelques différences dans la composition des espèces.
Les résultats montrent une concordance intra-individuelle significative du microbiote des niches respiratoires hautes et basses, permettant d'envisager les prélèvements oropharyngés pour mesurer la biodiversité bactérienne chez les enfants atteints de mucoviscidose qui ne peuvent produire des expectorations.
Prof. Klara Pósfay Barbe
Responsable de l'unité des maladies infectieuses pédiatriques
Service de Pédiatrie générale
Hôpital des Enfants; Hôpitaux Universitaires de Genève
6, rue Willy-Donzé
CH-1211 Genève 14
Tél: +41 22 372 5462
Fax: +41 22 372 5490
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