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Les cartographies du Jura et du Salève, ainsi que les explorations géophysiques de l’industrie pétrolière indiquent quatre zones de cisaillement dominantes qui traversent le bassin genevois du nord-ouest vers le sud-est (Vuache (I), Cruseilles (II), Le Coin (III) et Arve (IV)). L’interprétation des données géophysiques montre que ces zones de faille traversent tout le bassin sédimentaire, et sont toujours en mouvement aujourd’hui. Il n’est pas possible de déduire des données si ces zones se prolongent dans le socle cristallin. Un autre système de faille dominant traverse le bassin genevois du sud-ouest au nord-est. Il est lié au charriage du mont Salève. Il semble que, parmi les systèmes de failles mentionnés, seule la faille de Vuache présente une activité sismique.
Le catalogue sismique de la Suisse (ECOS, 2009) liste cinq séismes établis d’intensité V ou supérieure (dommages légers) aux environs du bassin genevois. Les deux évènements les plus forts se sont produits au sud de Genève en dehors du bassin, et ont atteint une magnitude de 5.2 (1936, Mt Vuache) et 4.8 (1877, Faucigny/F). La localisation de ces tremblements de terre historiques est cependant très imprécise.
La sismicité enregistrée depuis 1975 se situe principalement en dehors du bassin genevois, sur la rive sud du lac Léman en territoire français, et dans la région du Chablais. En bordure sud-est du bassin genevois (environs du Salève et de la faille de Vuache), un petit nombre de séismes de magnitude égale ou supérieure à 2.5 se sont produits. Le plus important de ces séismes a eu lieu à faible profondeur (<2 km) le 29 mai 1975 avec une magnitude de 4.2. Une réplique de magnitude 2.9 a suivi 13 minutes plus tard. Un autre séisme s’est produit le 8 novembre 1982 et a atteint une magnitude de 3.8. Les foyers dans la région étudiée se situent, à de rares exceptions près, à des profondeurs inférieures à 10 km. Des séismes très superficiels ont également été documentés dans la région. On peut citer le tremblement de terre de magnitude 5.3 du 15 juillet 1996 près d’Epagny/F, qui s’est produit à l’extrémité sud de la faille de Vuache, à seulement 2 km de profondeur.