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Beunruhigend für die Eawag ist dagegen die Ausbreitung von invasiven Tierarten. Das sind Fische, Frösche, Insekten und weitere Lebewesen, welche via Warentransporte (zum Beispiel Transportschiffe) nach Europa einwandern. Diese Arten haben oft keine natürlichen Feinde und vermehren sich deshalb überproportional oder verbreiten Krankheiten, gegen welche die einheimischen Arten nicht resistent sind. Beispiele hierfür sind die Wander- (auch Zebramuschel genannt) und Quagga-Muschel. Durch ihr massenhaftes Auftreten verdrängen sie einheimische Arten und verursachen hohe Unterhaltskosten, wenn sie zum Beispiel Kühlsysteme oder Trinkwasseraufbereitungsanlagen besiedeln. ewl beobachtet vor allem die Ausbreitung der Quagga-Muschel in der Schweiz, denn anders als die Wandermuschel, wächst sie auch in Wassertiefen, aus denen kühles Trinkwasser entnommen wird. Zum heutigen Zeitpunkt wurde die Quagga-Muschel im Basler Rheinhafen und im Bodensee gesichtet. Die Wandermuschel hingegen kommt bereits heute im Vierwaldstättersee vor. Für ewl bedeutet dies beispielsweise am Kleinwasserkraftwerk Mühlenplatz, dass die Anlagen regelmässig gereinigt und die Muscheln entfernt werden müssen.
Doch trotz diesen Herausforderungen steht Alfred Wüest dem Projekt See-Energie sehr positiv gegenüber:
Die Nutzung der See-Energie ist eine nachhaltige Form der Wärmegewinnung, die im Gegensatz zu klimatisch bedingten Veränderungen sehr gut kontrolliert werden kann. Sie trägt zudem dazu bei, dass lokale Energiequellen sinnvoll genutzt und fossile Energieträger substituiert werden.