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Le Soudan est un des pays africain avec une riche histoire ses premiers habitants sont des peuples africains qui vivaient dans les environs de Khartoum à l'époque mésolithique (âge de la pierre moyen ; 30 000 à 20 000 avant notre ère). Il s'agissait de chasseurs et de cueilleurs qui fabriquaient des poteries et (plus tard) des objets en grès moulu. Vers la fin de la période néolithique (nouvel âge de la pierre ; 10 000-3 000 avant notre ère), ils avaient domestiqué des animaux.
La Nubie s'étend sur près de 1 300 kilomètres, entre Khartoum, la capitale du Soudan, et Assouan en Égypte. Kerma est située à mi-chemin, un peu au sud de la troisième cataracte. La capitale du royaume nubien de Kouch est fondée autour de 2 500 av. J.-C. La vile est conquise vers 1 450 av. J.-C. par les pharaons égyptiens de la 18e dynastie. Mais les populations parviennent, dans un premier temps, à chasser l'envahisseur. Puis, en faisant appel à des guerriers venant d'autres royaumes d'Afrique noire, du Kordofan, du Darfour, du pays de Pount, elles partent à la conquête de l'Égypte au VIIIe siècle avant notre ère. Ce sont les fameux pharaons noirs, qui vont dominer pendant quelques dizaines d'années à la fois la Nubie et l'Égypte.
Malgré la présence égyptienne en Haute-Nubie, la culture indigène de la région continua à s'épanouir. Cette culture était profondément influencée par les peuples africains du sud et n'a guère été modifiée par la proximité des garnisons égyptiennes ou l'importation d'articles de luxe par les commerçants égyptiens. En fait, l'égyptianisation de la Nubie semble avoir été renforcée lors du déclin du contrôle politique de l'Égypte sur la Nubie au cours de la deuxième période intermédiaire (vers 1630-1540 avant J.-C.), lorsque les Nubiens furent employés en grand nombre comme mercenaires contre les Hyksos asiatiques qui envahissaient l'Égypte. Cette expérience a davantage contribué à l'introduction de la culture égyptienne, que les mercenaires ont absorbée en combattant dans les armées égyptiennes, que les siècles précédents d'occupation militaire égyptienne. Inversement, la présence de ces mercenaires en Égypte a contribué à l'influence croissante de l'Afrique dans la culture égyptienne.
Au sixième siècle après J.-C., Méroé s'est divisée en trois royaumes appelés collectivement la Nubie. Les habitants de la Nubie ont adopté le christianisme et ont été largement servis par le clergé égyptien. Les royaumes ont atteint leur apogée aux IXe et Xe siècles. Avant l'arrivée de l'Islam, le peuple avait des contacts avec les Arabes, principalement sous forme de commerce. Après la conquête musulmane de la région, en 1276, les souverains mamelouks d'Égypte ont donné la Nubie à un suzerain musulman.
Après la Première Guerre mondiale, le nationalisme soudanais, qui prône soit l'indépendance soit l'union avec l'Égypte, bénéficie d'un soutien populaire. Reconnaissant l'inévitable, la Grande-Bretagne a signé un accord d'autodétermination avec le Soudan en 1952, suivi de l'accord anglo-égyptien en 1953 qui établissait une période de transition de trois ans vers l'autonomie. Le Soudan a proclamé son indépendance le 1er janvier 1956.
Les ruines de l'ancien royaume de Kush se trouvent à Gebel Barkal et sur des sites associés dans la vallée du Nil ; ils ont été collectivement désignés site du patrimoine mondial de l'UNESCO en 2003. Les sites archéologiques de Méroé, une ancienne ville koushite, ont été collectivement désignés site du patrimoine mondial en 2011.