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1798
24 janvier: indépendance vaudoise. Les Bernois quittent définitivement le Pays de Vaud.
1766
Le célèbre Dr. Auguste Tissot est nommé professeur en médecine à l'Académie, mais ne donnera pas d'enseignement régulier. Il joue néanmoins un rôle important pour l'institution, entretenant avec le curateur de l'Académie, Albrecht von Haller, une correspondance suivie et nourrie.
1758
L'enseignement des sciences exactes est détaché (provisoirement) de la chaire de philosophie. Nomination de Louis de Treytorrens comme professeur extraordinaire de mathématiques et de physique expérimentale.
1757
Nouveau règlement de l'Académie à la suite de l'inspection du curateur Albrecht von Haller, le grand naturaliste et médecin bernois.
1741
"Leurs Excellences" suppriment les cours publics donnés en français à l'Hôtel de Ville qui avaient été inaugurés par Barbeyrac au début du siècle. On supprime également l'enseignement de l'histoire, ne conservant à la chaire de droit que l'enseignement du droit naturel et du droit civil. A cette époque, sept chaires constituent l'Académie:
deux chaires de théologie (dogmatique et polémique)
une chaire d'hébreu et de catéchèse
une chaire de grec et de morale
une chaire de philosophie, incluant les mathématiques et la physique
une chaire d'éloquence et de belles-lettres
une chaire de droit.
1729
Fondation du Séminaire français par Antoine Court et Benjamin Duplan, école de pasteurs pour l'Eglise réformée de France, qui vivra en marge de l'Académie jusqu'en 1812.
1711
Jean Barbeyrac, abandonnant le latin traditionnellement de mise, donne sa leçon inaugurale en français.
1708
Création d'une chaire de droit et d'histoire. Pour la première fois, le Conseil de la Ville participe à la vie académique en prenant à sa charge une part du traitement du professeur de droit.
1700
Règlement académique du 26 janvier qui renforce les précédents et prévoit en outre la nomination de quatre "curateurs", choisis à Berne parmi les membres du Conseil, instance de protection et de surveillance.