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Le transfert de gènes peut s'effectuer entre organismes de la même espèce, mais il s'agit le plus souvent d'un transfert entre espèces différentes.
Bien qu'un organisme puisse être modifié génétiquement de façon naturelle ou par intervention de l'humain, les termes organisme transgénique et organisme génétiquement modifié, de même que l'abréviation de ce dernier (OGM) font plus spécifiquement référence aux organismes modifiés en laboratoire.
Outre organisme génétiquement modifié et organisme transgénique, plusieurs autres termes ont pendant un certain temps été utilisés de façon concurrente pour désigner la notion, parmi lesquels organisme issu de manipulations génétiques, organisme obtenu par génie génétique, organisme génétiquement manipulé et organisme transformé génétiquement. Ce sont finalement les deux premiers termes qui se sont imposés.
L'adjectif transgénique désignant la modification d'un organisme par l'introduction d'un gène provenant d'un autre organisme, on pourrait penser que tout organisme ainsi modifié peut être qualifié de transgénique. Cependant, cet adjectif sert principalement dans le cas des animaux (exemple : souris transgénique) et n'est pas employé pour parler des levures ni des bactéries. Pour ce qui est des plantes, on trouve aussi bien plante transgénique que plante modifiée (ou transformée) génétiquement.
Les OGM n'ont pas encore séduit la viticulture d'appellation et, à plus forte raison, celle des grands crus. L'INAO refuse pour l'instant les OGM (12/2001) en relevant six bonnes raisons: les OGM ne respectent pas les usages loyaux et constants, principes des AOC françaises. Ils entraînent un changement dans la composition des plantes. Ils présentent des risques allergènes. Ils modifient la microflore des sols, peuvent être disséminés à plus de 500 mètres et, enfin, 83% des Français demandent un moratoire.