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SwissFungi fornisce principalmente informazioni e mappe di distribuzione su funghi del suolo e neomiceti associati alle piante. Di seguito sono elencate importanti interfacce con (i) neomiceti patogeni per gli animali, (ii) neomiceti presenti esclusivamente in agricoltura su piante coltivate e (iii) neomiceti classificati come «organismi nocivi particolarmente pericolosi»:
I neomiceti patogeni per gli animali, come la causa della peste tumorale Aphanomyces astaci (classe Oomycetes, funghi finti) sono di competenza dell'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV). Il USAV fornisce informazioni su singole malattie e agenti patogeni e gestisce la banca dati pubblica InfoSM, nella quale è possibile accedere a diverse informazioni sulle epizoozie in Svizzera.
Il Servizio fitosanitario federale (SFF) è responsabile dei neomiceti, che si trovano esclusivamente in agricoltura su piante coltivate, o neomiceti, classificati come «organismi nocivi particolarmente pericolosi» ai sensi dell'ordinanza sulla protezione dei vegetali (OPV). Il SFF è gestito congiuntamente dall'Ufficio federale dell'agricoltura (UFAG) e dall'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM), Divisione Foreste.
Le neomiceti patogenetiche forestali che influiscono sulla salute del bosco sono anche di competenza dell SFF o di Protezione della foresta svizzera (WSS). La banca dati di distribuzione gestita da Protezione della foresta svizzera è sincronizzata a intervalli regolari con l'atlante di distribuzione SwissFungi.