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Die Kirche Windisch wurde vermutlich zwischen Mitte des 14. und Anfang 15. Jahrhundert neu erbaut, wohl unter Nutzung der bestehenden Langhausmauern des Vorgängerbaus, einer frühchristlichen Bischofskirche, die schon um 400 n. Chr. bezeugt ist. 1334/35 war die Kirchenherrschaft von Bischof Nikolaus von Frauenfeld auf das Kloster Königsfelden übertragen worden. Möglichereweise war der Neubau ein Auftrag der habsburgischen Königin Agnes, nach der Vollendung der Klosterkirche Königsfelden, die sie, als Tochter von Herzog Albrecht I., der 1308 in Königsfelden ermordet worden war, zu seinem Gedächtnis hatte errichten lassen. Somit fällt die Entstehungszeit der Kirche in die Blütezeit des nahe gelegenen Doppelklosters Königsfelden.
Stilistisch spricht für diese Bauzeit auch eine Ähnlichkeit in der Gestaltung des Chors mit Kreuzrippen und Schlussstein: Sie erinnern an den Chor an den 1347 geweihten Chor vom Verenamünster in Zurzach, das 1347 geweiht wurde.
Geweiht war die Kirche möglicherweise ursprünglich dem hl. Martin; so findet sich auch eine Darstellung dieses Heiligen in einem Wandfresko im Chor. Im Spätmittelalter war sie der Muttergottes geweiht.
Gegen Ende des 15. Jahrhunderts wurde eine Sakristei angebaut und eine spätgotische Holzdecke mit Flachschnitzereien im Schiff installiert.
Im Zuge der Reformation wurden die Fresken im Chor übertüncht.
1642 wurde der Turm – wie in anderen Kirchen, so etwa in Aarau und Zofingen – sowohl erhöht als auch barockisiert. Spannendes über diesen Turmumbau ist auf der Seite «Legenden» zu lesen. Etwa zur gleichen Zeit wurden breite Spitzbogenlichter in dern gleichzeitig aufgestockten Wänden des Kirchenschiffs ausgebrochen, die Fensterschlitze vermauert und das Kircheninnere barockisiert.
Im 18. Jahrhundert erhielt die Kirche eine flache Gipsdecke; 1772 wurde der Turm renoviert. 1804 und 1897 erfolgten umfassende Renovationen. Während der letzteren wurden nicht nur die Fresken im Chor wieder freigelegt, sondern auch die barocke Inneneinrichtung entfernt.
1949 wurde eine Aussenrenovation vorgenommen.
1964–66 kam es erneut zu einer Gesamtrestaurierung der Kirche, die auch archäologische Untersuchungen beinhaltete. Während dieser Renovation wurden die ursprünglichen Fenster wieder geöffnet bzw. rekonstruiert, die Fresken im Chor restauriert, die Bestuhlung erneuert, und eine neue Orgel mit Orgelprospekt nun an der Nordseite des Schiffes installiert. Im Chor gestaltete der bekannte Aarauer Künstler Felix Hoffmann (1911–1975) das zentrale Chorfenster mit Glasmalereien, die eine Auferstehung zeigen.