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En raison du temps de séjour plus long de l'eau dans les étangs créés par les castors, divers processus chimiques et biologiques se déroulent et conduisent au stockage du carbone. Cependant, ces étangs émettent, entre autres, du méthane, un composé du carbone et un gaz à effet de serre très efficace. Afin de comprendre si l’activité d’endiguement des castors conduit réellement à une augmentation du stockage du carbone (puits de carbone), il est nécessaire d’établir un bilan de tous les flux de cet élément. Dans presque toutes les études publiées au niveau international, seule une partie du cycle du carbone est prise en compte et ce uniquement sur une certaine période. Il est donc nécessaire d'effectuer des enquêtes complémentaires et complètes sur une période de 12 mois (comprenant ainsi les quatre saisons). Sur la base de ces informations et du module Modélisation des zones alluviales en Suisse, une évaluation des flux de carbone modifiés par les activités des castors peut alors être effectuée au niveau du paysage.