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Mykotoxine sind giftige, von Pilzen gebildete Stoffwechselprodukte. Sie können bei Menschen und Tieren bereits in tiefen Konzentrationen eine toxische Wirkung zeigen. Je nach Art der Substanz können Mykotoxine akut oder chronisch toxisch sein. Symptome von Vergiftungen sind Leber- und Nierenschädigungen, Beeinträchtigungen des Immunsystems, Haut- und Schleimhautschäden, oder hormonelle Wirkungen wie Fruchtbarkeitsstörungen. Manche Mykotoxine sind auch krebserregend und können Erbschäden hervorrufen. Einige toxigene Pilze befallen Pflanzen auf dem Feld, andere vermehren sich im Lagergut.
Die Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) schätzt, dass bis zu 25% der Weltproduktion von Nahrungsmitteln mit Mykotoxinen kontaminiert sind und pro Jahr etwa 1'000 Millionen Tonnen an Nahrungsmitteln auf Grund von Mykotoxinbelastungen verloren gehen. Forschende von Agroscope suchen nach Lösungen, um Mykotoxinbelastungen in pflanzlichen und tierischen landwirtschaftlichen Produkten zu vermeiden. Durch ein Monitoring und die Kontrolle von Mykotoxingehalten wird zudem die Sicherheit der Erntegüter überprüft.