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Suivi des variants BA.4 et BA.5 par PCR « S-gene dropout »
Les sous-lignées BA.4 et BA.5 d'Omicron contiennent une délétion qui entraîne un échec de l'amplification de la cible du gène S dans un test PCR (TaqPath RT-PCR), appelé « S-gene dropout ». Cette délétion n'est pas retrouvée dans le variant BA.2, majoritaire autour de mars 2022 dans la région genevoise. Par conséquent, cette PCR a été utilisée comme proxy pour suivre le remplacement de BA.2 par les lignées BA.4 et BA.5. Comme on le voit ci-dessous (graphiques sous +INFOS), le pourcentage de tests PCR avec « S-gene dropout » a rapidement augmenté à partir du mois de mai jusqu’à remplacer le BA.2.
Au vu de ces résultats, depuis la semaine 26 de l'année 2022, le laboratoire de virologie ne fait plus systématiquement de PCR additionnelle à la recherche du S-gene DropOut. Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2.
Suivi de la mutation 346T
La mutation R:346T a été décrite comme mutation d’échappement à l’anticorps monoclonal cilgavimab, qui est donné en concomitance avec le tixagevimab et connu sous le nom d’Evusheld®. Elle entraine une diminution voire absence de neutralisation in vitro par le cilgavimab. Il s’agit d’une mutation sur la protéine spike au niveau de l’acide aminée 346 : L’arginine (R) est remplacée par l’acide aminée thréonine (T). Le tixagevimab présentant déjà une diminution voire absence de neutralisation contre les variants circulants, cette mutation signe une diminution voire perte d’efficacité de l’Evusheld® contre les variants circulant actuellement.
Jusqu’en janvier 2023, une PCR (TIB Molbiol) était réalisée une fois par semaine pour estimer la prévalence de cette mutation. Cette mutation est désormais présente sur presque l’ensemble des variants circulants actuellement.