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Die wichtigsten Quarantäneorganismen des Gemüsebaus, die den Produzenten durch Bekämpungsmassnahmen betreffen, sind die Bakterielle Toamtenwelke (Clavibacter michigannsis subsp. michiganensis, Cmm) und das Virus Pepino mosaic virus (PepMV). Beide Quarantäne-Krankheiten wurden in verschiedenen Tomatenproduktionsbetrieben in der Schweiz bereits beobachtet. Weitere Informationen in den Merkblättern.Tuta Absoluta, die Tomatenminiermotte ist im 2009 erstmals in der Schweiz beobachtet worden. Diese Minirmotte ist keine Quarantäneorganismus.
Die eidgenössische Pflanzenschutzverordnung enthält eine Liste von Organismen („Quarantäneorganismen"). Da sie in Europa noch nicht oder nur wenig verbreitet vorkommen, wurden offizielle Massnahmen vorgeschrieben, um die Ausbreitung zu verhindern. Ein wichtiges Element ist der Pflanzenpass. Er bescheinigt, dass das Baumschulmaterial offiziell auf Quarantäneorganismen kontrolliert wurde. Das andere ist die Meldepflicht. Bei dieser helfen Produzenten, ein Auftreten dieser Organismen bekannt zu machen. Der Quarantäne-Status ermöglicht den kantonalen Diensten, offizielle Massnahmen gegen Organismen anzuordnen, aber auch finanziell unterstützt zu werden und dem Produzenten Entschädigungen zu zahlen.Das heisst, für sämtliche Quarantäneorganismen besteht grundsätzlich eine Meldepflicht an den kantonalen Pflanzenschutzdienst oder die kantonale Fachstelle Gemüsebau.
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