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Nombreuses pathologies peuvent avoir comme conséquence une dysphagie. Une maladie neurologique en est la cause la plus fréquente. Une dysphagie peut apparaître tant par suite d'une apoplexie que d'un traumatisme cranio-cérébral. D’autres maladies neurologiques comme la maladie de Parkinson, la sclérose en plaques, la sclérose latérale amyotrophique (SLA) ou tumeurs du cerveau entraînent le début insidieux d'un trouble de la déglutition. Une myasthénie grave, une méningite ou certaines maladies musculaires comme la polymyosite ou les dystrophies musculaires peuvent aussi mener à une dysphagie.
Mises à part les causes neurologiques, une intervention chirurgicale, spécialement au niveau du cou et de la vertèbre cervicale ou une tumeur dans le domaine de la bouche, du cou ou de la tête peuvent entraîner une dysphagie. Des changements au niveau de la colonne vertébrale ou de l'œsophage peuvent également déclencher un trouble de la déglutition.