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Verschiedene archäologische Fund belegen eine frühe Besiedlung des heutigen Rafzer Gemeindegebiets. Der Ortsname «Rafsa», dessen Bedeutung leider unklar bleibt, taucht zum ersten Mal in einer im 10. Jahrhundert gefälschten, auf das Jahr 870 datierten Urkunde auf. Im Mittelalter besassen die Freiherren von Tengen und die Grafen von Sulz gerichtsherrliche Rechte auf dem Rafzerfeld. 1496 kaufte die Stadt Zürich die Herrschaft Eglisau und damit das Niedergericht auf dem Rafzerfeld; 1651 erwarb sie schliesslich die Landeshoheit mit dem Hochgericht. Damit wurde Rafz faktisch Teil des Stadtstaats, des späteren Kantons Zürich.
Kirchlich gehörte das Dorf zu Lottstetten. Nach der Reformation bildete Rafz mit Solgen und Langenriet eine eigene Kirchgemeinde, da Lottstetten beim alten Glauben blieb. Bereits im Spätmittelalter hatte in Rafz eine Kapelle namens St. Nikolaus gestanden. Da diese im Laufe des 16. Jahrhunderts zu klein wurde, baute man 1585 eine neue Kirche, die 1708 noch einmal vergrössert und 1910 mit einem neuen Kirchturm versehen wurde. Seit 1994 steht in der Gemeinde die katholische Kirche Maria Magdalena.
Wirtschaftlich war Rafz während Jahrhunderten ein ausgesprochener Getreide- und Weinbauort, der sich in der frühen Neuzeit aufgrund der günstigen Lage an den Landstrassen Schaffhausen-Baden und Schaffhausen-Zürich zu einem kleinen Gewerbezentrum mauserte. Erst gegen Ende des 19. Jahrhunderts gewann die Viehzucht eine gewisse Bedeutung. Der starken Zerstückelung des Bodenbesitzes begegnete man schon 1915–1922 mit einer ersten Güterzusammenlegung, der in den 1960er-Jahren eine zweite, das ganze Gemeindegebiet umfassende folgte. Im Rahmen des damit einhergehenden Baus einer Umfahrungsstrasse wurde der alte Weiler Solgen abgebrochen und durch neue Bauernhöfe ersetzt. Ab der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts entwickelten sich verschiedene, grössere Industriebetriebe: 1863 entstand die Grossziegelei, 1890 die Handelsgärtnerei Hauenstein, 1894 die Schuhfabrik Güttinger, 1918 das Holzwerk der Schweizerischen Industriegesellschaft.
1897 erhielt Rafz Anschluss an die Nordostbahnlinie von Eglisau nach Neuhausen. Gleichzeitig konnte die Gemeinde ihre neue Wasserversorgung einweihen. 1910 erfolgte der Anschluss an das Elektrizitätsnetz.
Die Grenzlage bedeutete für Rafz, insbesondere in Kriegszeiten, eine gewisse Unsicherheit. 1499 erlitt das Dorf im Schwabenkrieg einige Schäden. 1798 bis 1799 und 1813 bis 1814 belasteten die Einquartierungen französischer, österreichischer und russischer Truppen die Bevölkerung schwer. Ansonsten blieb das Rafzerfeld – im Gegensatz zu seinen nördlichen Nachbargemeinden im Klettgau – dank seiner Zugehörigkeit zur Eidgenossenschaft oft vor schlimmeren Auswirkungen verschont, sei es im Dreissigjährigen Krieg oder in den beiden Weltkriegen.
Die Bevölkerung wuchs insbesondere in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhundert (von ca. 400 auf 800 Einwohner), zwischen 1800 und 1850 (von 800 auf 1600) und dann wieder, in einem zuvor nie dagewesenen Ausmass, nach dem Zweiten Weltkrieg (1947: 1630 Einwohner; 2000: 3369 Einwohner). Einen regelrechten Bauboom erlebt das Dorf seit der Eröffnung der Zürcher S-Bahn im Jahr 1990.
Heute zählt Rafz rund 4700 Einwohner, die Infrastruktur wird laufend situationsgerecht angepasst.