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Degenau liegt am alten Pilgerweg von Konstanz nach St. Gallen unterhalb des Schlosses Blidegg an einer Furt der Sitter (Fähre).
Der Hof Degenau (Tegerunouva) wird 898 als Besitz der St. Galler Kirche St. Mangen bestätigt. Man geht davon aus, dass von dort wohl um die Mitte des 12. Jahrhunderts die Gründung der Kapelle veranlasst wurde. Ab 1388 ist die Kapelle Degenau als deren Filiale belegt.
Da die Kapelle auch den teils katholischen, teils reformierten Herren von Schloss Blidegg als Hauskapelle diente, prägten diese die Geschichte der Kapelle Degenau mit. So untersagte 1568 der neue Herr von Blidegg, Walter von Hallwyl, das Abhalten von katholischen Messen. Bis 1614 fanden daher reformierte Gottesdienst statt. Nachdem das Schloss Blidegg jedoch wieder durch einen katholischen Hallwyler übernommen wurde, kam es zur Rekatholisierung.
Im Spätmittelalter waren die Einwohner nach Bernhardzell kirchgenössig. Um 1530 traten sie zur Reformation über und gehörten fortan zum reformierten Sitterdorf. Mit der Rekatholisierung war die Kapelle dann wieder im Besitz von Bernhardzell, bevor der Kapellfonds 1833 schliesslich an die katholische Pfarrei Sitterdorf abgetreten wurde.
Ursprünglich war die Kapelle nur dem Hl. Nikolaus, dem Schutzpatron der Reisenden und Schiffsleute, geweiht. Das Magdalena-Patrozinium kam erst im 16. Jahrhundert dazu und geht wohl auf das Büstenreliquiar der Heiligen zurück, das entweder damals gestiftet wurde oder als Fluchtbild aus einem reformierten Gotteshaus hierher kam.