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1918 gründete Eduard August Rübel (1876-1960) eine Stiftung mit dem Namen Geobotanisches Institut Rübel. Rübel studierte ursprünglich Chemie, wurde später begeisterter Botaniker und hielt auch Vorlesungen an der ETH. Er wollte mit der Stiftungsgründung die damals noch sehr junge geobotanische Forschung fördern und seine geobotanischen Instrumente, Bibliothek und Herbarsammlungen der Allgemeinheit erhalten.
928 wurde das von seinen beiden Schwestern Helene und Cecile Rübel gestiftete Institutsgebäude an der Zürichbergstrasse 38 errichtet und gleichzeitig ein Direktor (Heinrich Brockmann-Jerosch, 1879-1939) ernannt. Rübel behielt aber bis zur Schenkung an die ETH die Oberleitung des Instituts. Brockmann wurde 1931 durch Werner Lüdi (1888-1968) abgelöst. Als Assistenten wirkten u.a. Josias Braun-Blanquet bis 1926, Balthasar Stüssi von 1936 bis 1944 und Heinrich Zoller von 1945 bis 1954.
1958 schenkte E. Rübel das Institut der ETH als Stiftung Rübel. Die Stiftung hatte zum Ziel, die geobotanische Wissenschaft zu fördern und den freien Meinungsaustausch ziwschen den botanischen Instituten der beiden Zürcher Hochschulen und zwischen verschiedenen geobotanischen Schulen in Europa und weltweit zu ermöglichen.
Heinz Ellenberg (1913-1997) wurde erster Professor für Geobotanik an der ETH und Leiter des Instituts. 1966 wechselte er nach Göttingen. Sein Nachfolger wurde Elias Landolt. Seit 1993 ist Peter J. Edwards Leiter des Geobotanischen Instituts.
1966 wurde das Gebäude an der Zürichbergstrasse um einen Labortrakt mit Gewächshaus erweitert.
1980 wurde die ehemalige spezielle Botanik der ETH an das Geobotanische Institut angegliedert. Die beiden „Systematik“-Gruppen (Pilze und Phanerogamen) waren zunächst in Räumen des alten Land- und Forstwirtschaftlichen Gebäudes (LFW) untergebracht, ab 1990 an der Zollikerstrasse 118 auf dem Areal des Botanischen Gartens der Universität Zürich. Mit der weiterhin wachsenden Anzahl an Mitarbeitenden wurde das alte Gebäude an der Zürichbergstrasse zunehmend zu klein, und 1993 wurde eine ehemalige Wohnung in einem Gebäude an der Gladbachstrasse zum Sitz der Arbeitsgruppe Naturschutz.
2005 wurde mit der Berufung von Prof. Dr. Alex Widmer als Professor für ökologische Pflanzengenetik eine zweite Professur innerhalb des Geobotanischen Instituts geschaffen. Die Institutsressourcen wurden weitgehend zwischen den zwei Professuren (Pflanzenökologie und ökologische Pflanzengenetik) aufgeteilt, wenngleich weiterhin eine enge Zusammenarbeit bestehen wird und einige Ressourcen weiterhin gemeinsam genutzt werden. Die Forschungsgruppe "Systemökologie" unter der Leitung von Dr. Andreas Fischlin wurde Teil des Geobotanischen Instituts als Mitglied der Professur für Pflanzenökologie.
Seit Sommer 2005 befinden sich alle Gruppen gemeinsam im neurenovierten ehemaligen Chemiegebäude CHN an der Universitätsstrasse 16-18, was den Austausch und die Zusammenarbeit vereinfacht. Neue Laborräume, Klimakammern, und Unterrichtsräume stellen eine deutliche Verbesserung der Infrastruktur dar. Ein neues Gewächshaus und eine eingezäunte Gartenfläche für Experimente stehen auf dem Hönggerberg zur Verfügung, ein kleines Gewächshaus und Frühbeete auch auf der Terrasse des CHN-Gebäudes.
Im Zusammenhang mit dem Umzug wurden die bisherigen Institutsbibliotheken mit anderen Bibiliotheken der ETH in der neuen "Grünen Bibiliothek" zusammengelegt.
Seit Anfang 2006 existiert das Geobotanische Institut Stiftung innerhalb einer neuen Struktur: Die zwei Professuren für Pflanzenökologie und für Pflanzenökologische Genetik wurden Teil des neu gegründeten Instituts für Integrative Biologie innerhalb des Departements Umweltnaturwissenschaften der ETH Zürich.
Update folgt!