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L'introduction des thérapies antirétrovirales plus efficaces chez les patients VIH positifs a diminué d'une manière remarquable la mortalité ainsi que la morbidité associées à des infections opportunistes. Les associations antirétrovirales permettent d'obtenir une rémission de longue durée lors de nombreuses infections opportunistes, grâce à la restauration partielle du système immunitaire. La plupart des manifestations gastro-intestinales sont actuellement causées par le traitement antirétroviral. La candidose sophagienne est la maladie opportuniste la plus fréquente du tractus digestif. Chez les patients VIH positifs souffrant de diarrhées d'origine indéterminée, l'iléocoloscopie permet de poser un diagnostic définitif chez deux tiers des patients. Le traitement antibiotique des infections opportunistes implique une bonne connaissance des effets secondaires et des interactions médicamenteuses.