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Man mano che la popolazione ibrida si diffondeva, alcune sue parti iniziarono a specializzarsi. Queste sottopopolazioni si riprodussero sempre più isolatamente l'una dall'altra, grazie a modelli comportamentali diversi. La differenziazione ecologica e la relativa selezione di materiale genetico diverso in nicchie ecologiche diverse ha portato rapidamente alla formazione di specie diverse che potevano avanzare successivamente in nicchie ecologiche sempre nuove e ancora più estreme.
"Le nuove specie di ciclidi hanno attinto all'intera rete alimentare", spiega Joana Meier, autrice principale dello studio su "Science". "Questo ha portato alla nascita di diversi generi specializzati in alghe o insetti molto specifici, lettiere o parti di piante, mentre altri hanno rintracciato le uova di pesce, filtrato il plancton dall'acqua o sviluppato speciali tecniche di cattura per i piccoli, i giovani e i ciclidi adulti".
A causa della stretta relazione, sono state possibili anche nuove ibridazioni, che hanno reso ancora più stretta la rete alimentare con nuove combinazioni genetiche. Nei siti comuni di deposizione delle uova dei grandi cacciatori e dei piccoli filtratori di plancton, ad esempio, si sono sviluppate diverse specie di cacciatori nani: l'ecotipo, che esiste solo nel lago Vittoria, combina le caratteristiche anatomiche della testa dei grandi cacciatori con le dimensioni e la forma del corpo dei filtratori di plancton, che hanno permesso di attingere a nuove risorse.
Condizioni di partenza uguali per tutti
"Il successo dei ciclidi non è dovuto al fatto che essi si trovassero nel nuovo lago Vittoria prima degli altri pesci e monopolizzassero le risorse per sé", ha osservato Nare Ngoepe dai fossili dei pesci. "Al contrario, i pesci simili alle carpe hanno dominato per i primi mille anni circa dopo la ricolonizzazione".
Ma quando l'acqua si è alzata e si è sviluppato un lago profondo, le specie specializzate in acque poco profonde e piccoli corsi d'acqua sono rimaste legate alle aree vicine alla riva e alle paludi. "I fossili di ciclidi, invece, sono comuni anche nei sedimenti di questi nuovi habitat", spiega Ngoepe. Ovviamente, i ciclidi si sono immediatamente precipitati nelle acque aperte o nelle profondità del lago.