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Plus ancienne institution neuchâteloise avec le Conseil d’État, étroitement liées à l’exercice du pouvoir, les Archives de l’État de Neuchâtel voient leur plus ancien document daté remonter à 1143 (fondation de l'abbaye de Fontaine-André), ce qui permet de documenter l’histoire régionale et sa continuité dès les prémices de la seigneurie de Neuchâtel.
Moyen-Âge et Ancien Régime
Les archives anciennes (XIIe-XVIIe siècles) ne comptent pas moins de 25’000 documents, dont une bonne moitié de parchemins médiévaux. Conservées à l'origine dans la Collégiale, elles sont déplacées au XVe siècle dans la partie nord du Château, dans une salle appelée "Grotte" ou "Gloriette" où elles demeureront jusqu'en 1912. Elles ont été inventoriées à plusieurs reprises au fil des siècles:
le premier inventaire connu date des dernières années du règne de la comtesse Isabelle, au début des années 1390;
en 1479, le Souabe Jean Beckinger remet de l’ordre dans les archives du comte;
en 1649 le chancelier Stenglin ordonne l’exécution de nouveaux aménagements dans l’ancien dépôt et procède à l’établissement d’un nouvel inventaire;
enfin, de 1790 à 1813, sous la direction du conseiller d’État Jean-François de Chambrier, le reclassement des fonds qui se trouvent alors dans le plus grand désordre est entrepris et un inventaire systématique est établi, qui est encore utilisé de nos jours.
Jusqu’en 1848, les « Archives du Prince », augmentées par l’adjonction de séries administratives produites sous l’Ancien Régime, sont placées sous la haute surveillance du commissaire-général, responsable des recettes de l’État. C’est d’ailleurs le commissaire-général qui annonce par voie de presse, en 1831 que les archives du prince seront ouvertes au public un jour par semaine.
Les Archives sous la République
Après la Révolution de 1848, la gestion des archives est confiée au notaire Louis Colomb qui est chargé par ailleurs de la liquidation des redevances féodales.
L’intérêt pour le côté historique des archives, apparu sporadiquement dans la première moitié du XIXe siècle, s’affirme clairement dès la fin des années 1860, lorsque les autorités songent pour la première fois à réunir les papiers anciens disséminés et à les abriter dans un édifice adéquat. Cette prise de conscience aboutit en 1898, lors du Cinquantenaire de la République, à la création d'un véritable service des Archives de l'État par un décret du Grand Conseil et à la nomination d'Arthur Piaget, philologue et historien réputé, comme archiviste de l'État.
Parallèlement à la création du service des Archives de l'État, de nouveaux dépôts sont aménagés dans l'aile sud du Château en 1887-1888, suivis par la construction du "Palais de cristal" de 1915 à 1922, quatre niveaux de dépôts en partie excavés sous le Château. Dès les années d'après-guerre, le Palais de cristal se révèle trop exigu et les dépôts externes vont dès lors se multiplier jusqu'à aujourd'hui.
Le service des archives de l’État, devenu en 2005 l’office des archives de l’État (OAEN), a connu différents rattachements administratifs au cours de son histoire : auprès de la Chancellerie, de la présidence du Conseil d’État, ou encore du Département de l’instruction publique. Il est actuellement rattaché au Département de l'économie, de la sécurité et de la culture et fait partie du service de la culture.