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Ein heisser Föhn habe in dieser Zeit für viel Ungeziefer gesorgt, schreibt der Wiler Chronist Karl J. Ehrat. Sie habe die Ausbreitung der Pest-Seuche begünstigt. Diese wurde vor allem durch schlechte hygienische Lebensbedingungen gefördert. Ratten und andere Säugetiere waren Träger des Bakteriums. Durch Flöhe wurden die Mikroben auf Menschen übertragen und über Tröpfchen weitergegeben.
Basel als Krankheitsherd
Ein Student aus Basel brachte ursprünglich die Erreger nach St. Gallen, von da gelangten sie durch einen Kupferschmiedgesellen nach Wil, wie Ehrat schreibt. Er erwähnt ein Wiler Ratsprotokoll, darin beschweren sich die Stadtoberhäupter, dass sich die Wilerinnen und Wiler zu wenig an die behördlich angeordneten sanitärischen Schutzmassnahmen hielten.
Die von der Krankheit befallenen Patienten hatten sich in Quarantäne zu begeben. Ihre Läden und ihre Werkstätten mussten sie schliessen. Vier Personen reinigten täglich ab fünf Uhr morgens die Gassen und spülten sie mit Wasser.
Dem örtlichen Totengräber wurde eine Lohnerhöhung gewährt. Die Gräber hatte er besonders tief auszuheben, die Grube musste bis an seine Schulter reichen. Er durfte weder eine Kirche noch eine Schankstube besuchen und sich auch nicht mit anderen Personen zu einem Umtrunk treffen.
Verstösse wurden hart geahndet
1628 war ein weiteres schwieriges Jahr, viele Krankheitsfälle wurden von einer Missernte und einer Hungersnot begleitet. Der damalige Fürstabt Bernhard Müller verbot den Wirten die Aufnahme von Gästen auf Seuchengebieten und ohne entsprechende Passierzeugnisse. Wenn sie sich nicht an diese Anordnung hielten, wurde sie für einige Zeit in ihren Häusern eingeschlossen. Trotz der Vorsichtsmassnahmen kam es 1634 bis 1636 zu einer weiteren Welle.
Schutzkapelle gegen die Seuche
Um die Massenkrankheit einzudämmen wurden Fürbitten an Jesus, Maria und an die Heiligen Sebastian und Rochus gerichtet, die als Schutzpatrone der Pestranken gelten. Von der Kirche wurden Bitt- und Bussprozessionen organisiert.
Die Geistliche und das Kirchenvolk zogen feierlich zur Kapelle Gärtensberg. An deren Fassade ist noch heute auf einer Inschrift zu lesen: «Zur Abwehr furchtbarer Seuchen ward diese Kapelle 1633 von unseren Vätern gebaut und 1634 St. Martin, Sebastian und Rochus gewidmet. Im gleich Vertrauen auf Gott und seinen heiligen starken Schutz haben wir, die Nachfahren, die das Kirchlein 1909 und 1954 erneuert.»
Diese Tradition der Bittprozessionen zur Kapelle Gärtensberg wurde in Wil lange nach dem Ende der Pestepidemie beibehalten.