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Die Therapie des Magenkrebses wird durch das Ausgangsstadium der Erkrankung festgelegt. Durch eine interdisziplinäre Zusammenarbeit zwischen Chirurgen, Gastroenterologen, und medizinischem Onkologen wird das beste, individuelle Therapiekonzept für den Magenkrebspatienten bestimmt. So kann die Operation im frühen Erkrankungsstadium (wenn der Tumor noch lokal begrenz ist) die alleinige Behandlung sein. Oft müssen aber der ganze Magen und die rundumliegenden Lymphknoten - unter Umständen sogar umliegende betroffene Organe - operativ entfernt werden. Bei Patienten mit hohem Risiko für einen Krebsrückfall werden vorsorgende Nachbehandlungen (adjuvante Therapie) wie Chemotherapie oder kombinierte Bestrahlungs- und Chemotherapie diskutiert. Falls bereits Metastasen in Bauchfell, Leber oder Lungen vorliegen, kann die Erkrankung nur noch palliativ durch Chemotherapie behandelt werden, falls dies der Allgemein- und Ernährungszustand des Patienten erlauben.
Die Prognose ist gut, wenn der Krebs auf die Magenschleimhaut beschränkt ist. Hat der Krebs aber schon in die Lymphknoten metastasiert, beträgt die Chance, die nächsten 5 Jahre zu überleben, lediglich noch 30%.