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Um die biologisch hochwertigen Flächen für den Arten- und Biotopschutz zu sichern, wurden die Naturschutzgebiete von kantonaler Bedeutung im Richtplan festgesetzt. Diese wertvollen Lebensräume bedecken etwa 1,5 Prozent der Kantonsfläche und weisen die grösste Artenvielfalt und den grössten Anteil an bedrohten und seltenen Arten auf.
Im Aargau liegen 375 Naturschutzgebiete von kantonaler Bedeutung. Diese werden im Richtplan mit einer Gesamtfläche von 2'214 Hektar in 149 Gemeinden ausgewiesen. Rund 350 Gebiete liegen ausserhalb des Waldes und bedecken weniger als 1 Prozent der Kantonsfläche oder nur 1'181 Hektaren. Das entspricht etwa der Fläche der Gemeinde Lenzburg. Die mittlere Grösse eines Gebiets beträgt 5,9 Hektarn (das grösste Gebiet misst 109 ha und das kleinste 0,14 ha).
Alle Naturschutzgebiete von nationaler Bedeutung sind gleichzeitig auch kantonal geschützt.