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Hans-Jürgen Pfeiffer (1943) absolvierte das Studium der Physik an der Technischen Universität München (TUM) mit dem Hauptfach Kernphysik. Er promovierte dort auf dem Gebiet der Teilchenphysik im Rahmen eines zweijährigen Aufenthalts am Europäischen Kernforschungszentrum in Genf (CERN).
Ab 1974 war er als Gastforscher der TUM am Schweizerischen Institut für Nuklearforschung (SIN) in Villigen tätig. Dann trat er in das Labor für Hochenergiephysik der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich (ETHZ) am SIN über und war Oberassistent von Professor J. P. Blaser an der ETHZ.
1978 trat er in die Hauptabteilung für die Sicherheit der Kernanlagen (HSK) – dem heutigen ENSI – ein, wo er sich den Aufgabengebieten Strahlenschutz des Personals und der Umgebung widmete. Von 1990 bis 2000 führte er die Schule für Strahlenschutz am Paul Scherrer Institut (PSI) in Würenlingen. Ab Januar 2000 leitete er die Abteilung Strahlenschutz, Notfallplanung und Organisation (SANO) der HSK, wo er ab 2002 erster Stellvertreter des Direktors der HSK war.
Er vertrat die Schweiz im Strahlenschutzkomitee (RASSC) der IAEA in Wien von 2000 bis zu seiner Pensionierung 2007. Seit 1978 ist er im Bereich Strahlenschutz tätig und gilt als Experte auf diesem Feld. In diesem Rahmen war er Mitglied des Direktoriums des Fachverbandes für Strahlenschutz von Deutschland und der Schweiz sowie Mitglied der Eidgenössischen Kommission für ABC-Schutz (KomABC).
Seit 2008 ist er Mitglied des ENSI-Rats.