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In der oberen Schicht des Freiwassers lebt und vermehrt sich das Plankton. Es bildet die Nahrungsgrundlage vieler Fische. Abgestorbenes Plankton sinkt in die Tiefe, wo es von Mikroorganismen abgebaut wird.
Die Bodenzone des Sees gliedert sich entlang der Grenzen von Oberflächen- und Tiefenwasser in die Uferzone (Litoral) und den Seegrund (Profundal).
Der Vierwaldstättersee mit seinen unterschiedlichen Seebecken weist eine grosse Vielfalt an Lebensräumen auf. Diese werden grob in eine Freiwasser- und eine Bodenzone eingeteilt, vertikal spricht man von einer Oberflächen- bzw. Tiefenwasserzone.
Die Oberflächenwasserzone, bis in eine Wassertiefe von ungefähr 12 Metern, ist mit Licht durchströmt. Dort finden viele Tiere und Pflanzen ideale Lebensbedingungen.
In die Tiefenwasserzone dringt kaum oder kein Licht. Bei tiefen Temperaturen und teilweise eingeschränkter Sauerstoffversorgung leben dort nur wenige Organismen.