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Après 450 ans de colonisation portugaise et une brève guerre civile, le Timor-Leste a été annexé par l'Indonésie en 1975, peu après la proclamation de son indépendance.
En 1999, au terme d'un conflit sanglant, le pays est passé sous l’autorité d’une mission d'administration intérimaire de l'ONU (UNTAET et UNMIT). La Suisse a fourni un large soutien aux victimes et a participé financièrement à la force de paix de l’ONU.
Les relations diplomatiques ont été formalisées en 2002 à l'occasion de la 57e Assemblée générale de l'ONU, avec la signature, par le Conseiller fédéral Joseph Deiss et le ministre des Affaires étrangères José Ramos Horta, d'un communiqué commun.
La Suisse a participé aux missions d'observation des élections mises sur pied par l'Union européenne en 2007 à l'occasion des présidentielles puis des législatives en envoyant à chaque fois deux observateurs. Elle a également dépêché un observateur lors des élections de 2012. Finalement, la Suisse a à nouveau participé en tant qu’observateur aux élections parlementaires de juillet 2017.