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La nouvelle organisation de la Suisse, imposée par la France, différait entièrement de celle de la Confédération des treize cantons ; elle était une copie de l'organisation française. Le 12 avril 1798, les nouvelles autorités de La République Helvétique se réunissent à Aarau. Ce premier gouvernement central était à Aarau, puis à Lucerne et plus tard à Berne. Elle était composée d'un Directoire et de deux chambres : le Grand Conseil et le Sénat. Le pouvoir exécutif était aux mains du Directoire, formé de cinq membres; il avait sous ses ordres six ministres qui dirigeaient l'administration. Toute la Suisse était placée sous l'autorité du Directoire. La République helvétique ne formait qu'un seul Etat; ainsi était-elle appelée
République helvétique une et indivisible.
Les cantons n'étaient plus que de simples divisions administratives, des préfectures; ils étaient gouvernés par des préfets nommés par le Directoire. Le nombre des cantons varia pendant la durée de la République helvétique. Il n'y avait plus de pays sujets ; les habitants des pays de de Vaud, d'Argovie, de Thurgovie, de Saint-Gall, du Tessin avaient les mêmes droits que les anciens Confédérés. En 1801, la République helvétique était forme de la Suisse actuelle moins Genève, Neuchâtel et le Jura bernois.
De nombreux progrès lors de la République helvétique ; elle proclama l'égalité des droits des citoyens, la liberté religieuse, la liberté de la presse, la liberté de commerce et de l'industrie. Elle fit disparaître les droits féodaux et abolit la torture. Fonder un nouvel Etat, où tout était à créer ou à renouveler, était une tâche écrasante.
La France y exerçait sa tutelle et occupation par des troupes françaises
Son représentant, le commissaire Rapinat, traitait la Suisse en pays conquis et agissait en maître, avec une rapacité sans égale, il cherchait à tirer des cantons le plus d'argent possible, pour l'envoyer au gouvernement français qui en manquait. Aussi les nouvelles autorités helvétiques ne rencontraient-elles pas partout de la sympathie. Le mécontentement était surtout dans la Suisse centrale. Les montagnards s'indignaient que la France prétendait leur apporter la liberté, alors qu'ils en jouissaient depuis des siècles. Ils prirent les armes sous la conduite de Aloïs Reding. Un combat s'engage à Rotenturm (2 mai 1798) contre des troupes françaises, supérieures en nombre, mais sous le feu meurtrier des Schwytzois, qui les attaquent et les mettent en fuite. Les Nidwaldiens prirent également les armes, ces derniers luttèrent en véritables héros, mais furent massacrés. Deux autres batailles eurent lieu à Zurich en 1799 où le général français Masséna fut battu par l'archiduc Charles qui commandait l'armée autrichienne. Les guerres dont la Suisse fut le théâtre en 1798 et 1799 avait épuisé le pays; la disette régnait. Les adversaires du Directoire le renversèrent et le remplacèrent par une Commission de sept membres. Toutefois, l'agitation continua ; les unitaires, partisans du maintien de la République une et indivisible et les fédéralistes qui voulaient rétablir l'ancienne Confédération. La période de 1800 à 1802 est remplie de dissensions. Bonaparte, devenu Premier consul de la République française, favorisait tantôt les uns, tantôt les autres.
En 1801, les fédéralistes l'emportent. Leur chef Aloïs Reding fut nommé Premier landammann de la Suisse. Reding émit la prétention de replacer le Pays de Vaud sous la domination bernoise, mais Bonaparte s'y opposa avec vivacité. En 1802, Reding fut renversé et les unitaires prirent le pouvoir. Bonaparte ayant retiré ses troupes de la Suisse, la guerre civile éclata. Les fédéralistes prirent les armes contre le gouvernement helvétique, qui dut se retirer de Berne à Lausanne. Les insurgés victorieux avaient déjà envahi le pays de Vaud lorsque arriva un message de Bonaparte, qui ordonnait de cesser les hostilités et imposait aux Suisses sa Médiation. Une armée française entra en Suisse et s'empara de Berne. C'était la fin de la République helvétique.