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Nach dem Zusammenbruch der alten Eidgenossenschaft 1798 bildete sich 1803 der Kanton Aargau (zusammengesetzt aus dem ehemaligen Berner Unteraargau, dem Freiamt, der Grafschaft Baden und dem bis dahin österreichischen Fricktal). Die reformierte Kirche war in diesem neuen Staatsgebilde zunächst ganz dem Staat unterstellt.
Der Regierungsrat machte sich selbst zur obersten Kirchenbehörde. Er setzte die Pfarrer in den Gemeinden ein. Sie waren Beamte des Staates und mussten der Regierung gehorchen. 1799 setzte der Aargauer Regierungsrat zunächst eine deliberierende Kommission ein, den ersten «provisorischen Kirchenrat».
Seit der Berner Zeit bestanden im sogenannten Unteraargau die beiden Pfarrkapitel von Aarau-Zofingen und Brugg-Lenzburg. 1821 fasste die Regierung die beiden Kapitel zu einem Generalkapitel zusammen, das im Juni 1821 zum ersten Mal im Grossratssaal in Aarau tagte. 40 Jahre später bekamen die Kirchgemeinden und Pfarrer mehr Unabhängigkeit. Ab 1864 konnten sie ihre Pfarrer selber wählen. Im Oktober 1866 wurden die ersten Wahlen in die Synode durch den Regierungsrat und die zivilen Behörden durchgeführt. Stimm- und wahlberechtigt waren alle reformierten Kantonsbürger vom 22. Lebensjahr an, die auch das politische Stimmrecht besassen. Am 18. Dezember 1866 trat die Synode als oberstes Organ der reformierten Kirche im Aargau zu ihrer ersten Sitzung zusammen. Die Synode wählte auch auch den ersten vom Staat unabhängigen Kirchenrat als ihr ausführendes Organ, die Exekutive der Landeskirche.
Selbstständigkeit als Kirche durch die Verfassung 1885
In der Verfassung des Kantons Aargau vom 23. April 1885 anerkannte der Staat die drei christlichen Religionsgemeinschaften, die Römisch-Katholische, die Reformierte und die Christkatholische Landeskirche als öffentlich-rechtliche Körperschaften, die sich nach demokratischen Grundsätzen als Landeskirchen organisierten. Damit wurde eine klare Entflechtung zwischen Kirche und Staat vorgenommen.