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Die Regelungen des GATT, respektive der WTO, die Arbeiten der drei Expertenkommissionen zum Pflanzenbau, zur Viehwirtschaft und zum Einkommensvergleich sowie ein BLW-intern erarbeiteter Vorschlag für eine neue Milchmarktordnung bildeten zusammen mit dem 1996 verabschiedete Verfassungsartikel die Grundlagen für den grossen Schritt in der Reform der Agrarpolitik, die Agrarpolitik 2002.
Nur zweieinhalb Wochen nach der Abstimmung über den Verfassungsartikel am 9. Juni 1996 leitete der Bundesrat die Botschaft an das Parlament weiter. Die Vorschläge des Bundesrates waren weitreichend. Preis- und Absatzgarantien sollten in kurzer Frist weitgehend vollständig abgebaut werden, der Bezug von Direktzahlungen an einen ökologischen Leistungsnachweis gebunden sein. Wie umfangreich und weitreichend die Änderungen waren, zeigte sich auch darin, dass die gesetzlichen Bestimmungen vollständig überarbeitet werden mussten. 13 vorher eigenständige Erlasse wurden abgeschafft und die noch notwendigen Bestimmungen in einem neuen Landwirtschaftsgesetz zusammengenommen. Setzte sich der Rahmen für die Landwirtschaft vorher aus über 400 Artikeln zusammen, waren es im neuen Landwirtschaftsgesetz noch 188.
Das Parlament spielte zunächst auf Verzögerung, verlangte Zusatzberichte und führte Hearings durch. Das Zögern hatte einen Grund. Die Vereinigung der kleinen und mittleren Bauern hatte im Juni 1994 eine weitere Volksinitiative mit dem Titel „für preisgünstige Nahrungsmittel und ökologische Bauernhöfe“ eingereicht. Die Initiative verlangte einerseits einen radikalen Abbau der Marktstützungsmassnahmen, anderseits eine Beschränkung der Direktzahlungen auf maximal 50‘000 Franken pro Betrieb. Direktzahlungen sollten nur Betriebe erhalten, die strenge ökologische Anforderungen erfüllen, z.B. Biobetriebe. Der Bundesrat lehnte die Initiative ab, das Parlament folgte ihm.
Die Initiative blieb während der Debatte zur AP 2002 als Druckmittel im Raum stehen. Ein Zurück hinter die Vorschläge des Bundesrates bei der Behandlung der AP 2002 war damit praktisch ausgeschlossen. Das Resultat der umstrittenen Diskussionen im Parlament überzeugte jedoch letztlich die Bevölkerung. Die zweite Kleinbauerninitiative hatte in der Volksabstimmung keine Chance. Das neue Landwirtschaftsgesetz wurde am 1. Januar 1999 in Kraft gesetzt.