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Dal 2009, nel Doubs franco-svizzero e nella Loue (Francia) si osservano episodi ricorrenti di mortalità eccessiva di pesci, principalmente trote e temoli. Nel 2011, lo stesso fenomeno si è riscontrato nella Sorne, un fiume svizzero appartenente al bacino versante del Reno, senza connessioni con il Doubs. I pesci colpiti muoiono a causa di una forte infestazione da parte di un agente patogeno appartenente al gruppo Saprolegnia parasitica. Finora sono stati identificate tre specie di pesci sensibili: trote, temoli e cobiti. Nel 2011 l'UFAM ha incaricato il Laboratorio di biologia dell'Università di Neuchâtel di analizzare il ceppo virulento e di individuarne l'origine.
Mediante tecniche di biologia molecolare, i ricercatori hanno evidenziato due popolazioni distinte di Saprolegnia. La prima sembra essere poco virulenta e la sua variabilità genetica lascia pensare che si tratti di una popolazione residente stabilitasi da tempo nell'habitat. La seconda corrisponde alla Saprolegnia parasitica, un ceppo altamente virulento. Nei tre fiumi esaminati, tutti i pesci malati sono risultati infettati dallo stesso ceppo di Saprolegnia parasitica. Si può quindi ritenere che l'agente patogeno costituisca una popolazione clonale, vale a dire che proviene da un solo e unico clone. Un simile risultato avvalora l'ipotesi di un'introduzione recente di detto ceppo nell'habitat.
L'origine della contaminazione è difficile da stabilire. I vettori potenziali sono numerosi. L'agente patogeno potrebbe essere stato introdotto nell'habitat attraverso gli stivali di un pescatore o di un passeggiatore, una canoa o essere giunto nelle acque attraverso altre attività antropiche come ad esempio l'utilizzo di pesci da esca vivi, l'introduzione di specie esotiche o lo sfruttamento agricolo. Lassaâd Belbahri, esperto di questo tipo di organismi nonché direttore dello studio, non esclude l'ipotesi secondo cui l'agente patogeno approfitterebbe per attaccare pesci già deboli o stressati: «Il genere Saprolegnia comprende sia agenti patogeni opportunisti, solitamente poco virulenti ma che possono diventarlo se i pesci sono deboli, sia specie molto virulente». A seguito di modifiche dell'habitat o per altri motivi sconosciuti, il Saprolegnia che si sviluppa nel Doubs, nella Loue e nella Sorne avrebbe anche potuto trasformarsi in una forma aggressiva.
Dal 2012, sono stati segnalati pesci che presentano sintomi identici a quelli che vivono nel Doubs anche in altri fiumi svizzeri (Areuse, Birse) e francesi (Ain, Bienne), senza che la presenza di Saprolegnia parasitica sia finora stata confermata. Per evitare propagazioni dell'agente patogeno, le autorità competenti nel settore della pesca raccomandano di disinfettare il materiale da pesca o altri strumenti nel caso in cui sia entrato in contatto con le acque contaminate. Dal canto suo, la Commissione internazionale per la pesca nel Doubs franco-svizzero ha posto una moratoria relativa alla pesca del temolo per il periodo 2012-2013, che è stata estesa al settore giurassiano dello stesso fiume. Queste misure si prefiggono di consentire alla popolazione di temoli, fortemente colpita dal Saprolegnia, di ricostituirsi.
I risultati delle ricerche condotte dall'Università di Neuchâtel verranno integrati ai lavori e alle riflessioni del gruppo binazionale «Qualità delle acque» del Doubs, che opera in stretta collaborazione con la Commissione internazionale per la pesca nel Doubs franco-svizzero.