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Beim typischen Vorhofflattern entsteht im rechten Vorhof eine sehr stabile Kreisbahn um die Trikuspidalklappe, die immer eine bestimmte Engstelle im rechten Vorhof passiert. Dieser so genannte Isthmus befindet sich zwischen der Einmündung der unteren Hohlvene und dem Ansatz der Trikuspidalklappe. Bei der Isthmusablation wird dort eine Isolationslinie platziert. Ist diese komplett, wird so dem Vorhofflattern der Weg abgeschnitten. Das Vorhofflatterrn kann so in fast allen Fällen dauerhaft beseitigt werden. Die Dauer der Untersuchung liegt bei etwa einer Stunde.