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Aus den Inventaren der Trockenwiesen und -weiden, der Hoch- und Flachmoore sowie der Auen von nationaler Bedeutung wurden rund 800 Biotope ausgewählt. In diesen werden umfangreiche Vegetationserhebungen durchgeführt. Aus den Vegetationsdaten abgeleitete Indikatoren dienen der Interpretation der Entwicklung dieser Biotope.
Es wurde eine Zufallsstichprobe der Biotope von nationaler Bedeutung ausgewählt. Dabei wurden seltene Vegetationstypen höher gewichtet als häufige. Die Stichprobe umfasst etwa 400 Trockenwiesen und -weiden, 260 Hoch- und Flachmoore und 125 Auen von nationaler Bedeutung. In diesen Biotopen wurden rund 7000 kreisförmige, 10 m2 grosse Dauerflächen angelegt. In diesen Flächen werden im Abstand von sechs Jahren alle Gefässpflanzen erfasst. Darüber hinaus werden in Auen Sträucher und Bäume in einer 200 m2 grossen Fläche aufgenommen. In Hoch- und Flachmooren werden zudem auch bodenbewohnende Moose erfasst.
Die Daten erlauben es für die ganze Schweiz und ihren biogeografischen Regionen, Rückschlüsse auf ökologische Veränderungen und deren Ursachen zu ziehen (z.B. Nährstoffe, Intensivierung/Extensivierung der Nutzung, Verbrachung). Entsprechend zur WBS wird die Vegetation auch in weiteren Bundesprogrammen wie dem Biodiversitäts-Monitoring (BDM) und dem Monitoring Arten und Lebensräume Landwirtschaft (ALL-EMA) erhoben. Die drei Programme ergänzen sich. Während das BDM ein zufälliges Bild der „Normallandschaft“ wiedergibt und ALL-EMA das Landwirtschaftsgebiet abdeckt, spiegelt die WBS seltene Vegetationstypen in Schutzgebieten wider: von sehr trockenen Steppen in den inneralpinen Trockentälern zu Feuchtgebieten, Auenwäldern und Hoch- oder Flachmooren. Zusammen decken die drei Programme unterschiedliche Landnutzungsintensitäten in verschiedenen Lebensraumtypen der Schweiz ab. Dies ermöglicht Syntheseauswertungen von breitem gesellschaftlichen und politischen Interesse.
Die floristischen Daten der WBS werden den nationalen Datenzentren Info Flora und Swiss Bryophytes zur Verfügung gestellt und sind über diese zugänglich, so etwa für die Revision von Roten Listen. Darüber hinaus stehen Daten auf Anfrage für spezifische Fragen oder Forschungsprojekte zur Verfügung.