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Lungo il tortuoso e paesaggisticamente spettacolare corso inferiore della Breggia fra Morbio Superiore e Morbio Inferiore, si susseguono numerose formazioni geologiche.
Il grigiastro Calcare di Moltrasio (noto anche con il nome di Calcare selcifero lombardo) che costituisce il blocco del Monte Generoso, é la formazione più antica di quest'area. Seguono varie rocce di colore rosso-bruno quali ad esempio i Calcari a Cefalopodi e l'Ammonitico rosso che, come dice il nome, contengono resti fossili di ammoniti.
Più a valle appaiono strati di roccia intensamente e caoticamente deformati e, più sotto ancora, le Radiolariti, cioè rocce formate esclusivamente da un numero infinito di minuscoli scheletri di microrganismi vissuti 100 milioni di anni fa.
Il colore rosso-violaceo di questa roccia si stacca nettamente dagli strati bianchi del cosiddetto Biancone o Maiolica, una roccia scavata fino a pochi anni fa, dapprima a cielo aperto e poi in galleria per la produzione del cemento SACEBA. Gli scavi interessarono pure gli strati della Scaglia (roccia sovrapposta al Biancone) suddivisi sulla base del loro colore in Scaglia variegata, bianca e rossa. Dopo la Scaglia, l'ultimo atto del periodo Cretaceo é rappresentato dai sedimenti del Flysch, nei quali appaiono i primi segni della formazione delle Alpi iniziata circa 100 milioni di anni fa.
All'uscita delle Gole, in zona Mulini e sotto il quartiere di Guiccio, le rocce sin qui descritte sono coperte di sedimenti più recenti di origine terziaria (antichi di "soli" 6-7 milioni di anni) come il cosiddetto Conglomerato di Pontegana che forma la ripida ed instabile parete sulla quale poggia il nucleo dell'abitato di Morbio Inferiore.