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Quelques 800 sites ont été sélectionnés parmi tous les objets recensés dans les inventaires des prairies et pâturages secs, des hauts- et bas-marais ainsi que des zones alluviales d'importance nationale. Des relevés de végétation minutieux y sont réalisés tous les six ans. Différents indicateurs calculés à partir des données récoltées permettent d'évaluer l'évolution de ces biotopes au cours du temps.
Dans chaque type de biotopes d'importance nationale, un certain nombre d’objets a été sélectionné. Les types de végétation rares ont reçu une plus grande probabilité de figurer dans l’échantillon que les plus fréquents (échantillon aléatoire pondéré). L'échantillon WBS contient aujourd'hui quelques 400 prairies et pâturages secs, 260 hauts- et bas-marais et 125 zones alluviales d'importance nationale.
Dans ces objets, on a placé aléatoirement plus de 7'000 placettes circulaires permanentes de 10 m2 où toutes les plantes vasculaires et leur recouvrement sont notées tous les six ans. Dans les zones alluviales, les arbres et arbustes sont par ailleurs relevés sur une surface supplémentaire de 200 m2. Dans les marais, les mousses poussant au sol sont également enregistrées.
Les données de végétation ainsi rassemblées permettent de tirer les conclusions les plus variées sur les changements écologiques et leur origine (comme l’eutrophisation, l’intensification/l'extensification de l'exploitation, l'embroussaillement) pour chaque biotope au niveau national et de chaque région biogéographique. Une méthode identique à celle du WBS est employée par d'autres programmes de la Confédération comme le monitoring de la biodiversité (MBD) et le monitoring Espèces et milieux agricoles (ALL-EMA). Les trois programmes se complètent. Alors que le MBD se penche sur "le paysage courant" et qu'ALL-EMA couvre les surfaces agricoles, le WBS se concentre sur les types de végétation rares des zones protégées: des steppes arides des vallées intra-alpines aux zones humides telles que les forêts alluviales ou les bas-marais et tourbières. Les trois programmes couvrent ensemble des intensités d'exploitation variées de différents types d'habitats de Suisse. Ceci permet des synthèses répondant à des questions larges et diverses, d'intérêt scientifique comme pratique, social comme politique.
Les données floristiques du WBS sont transférées à Info Flora et à Swiss Bryophytes. Elles sont ainsi à la disposition d'autres projets nationaux tels la révision des Listes Rouges. Pour des questions spécifiques ou des projets cantonaux, le WSL les transmet sur simple demande.