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Conjointement avec les cantons, la Confédération commande les offres du transport régional de voyageurs (TRV) par rail, par route et, dans quelques cas, par bateau et par installation à câbles. Cette commande se fonde sur l’indemnisation des coûts non couverts planifiés des entreprises de transport. En 2018, les indemnisations communes de la Confédération et des cantons dans le domaine du TRV s’élevaient à environ 2 milliards de francs.
La loi sur le transport de voyageurs fait la distinction entre les types d'offre suivants :
- offres d'importance nationale (trafic des grandes lignes),
- offres du transport régional de voyageurs avec fonction de desserte,
- offres sans fonction de desserte,
- offres du trafic local.
La Confédération participe uniquement à l’indemnisation des offres du TRV avec fonction de desserte. Le TRV avec fonction de desserte compte les lignes de chemin de fer et de bus, mais aussi quelques installations de transport à câbles et quelques lignes de navigation ; au total, ce sont quelque 1425 lignes qui bénéficient d’une indemnisation de leurs coûts non couverts. Bien que la part de la Confédération varie d’un canton à l’autre, elle s’élève en moyenne à environ 50 % des indemnisations sur l’ensemble de la Suisse. En 2018, la Confédération a versé des indemnisations à hauteur d’un milliard de francs.
Les offres du trafic grandes lignes doivent être autofinancées, ce qui signifie que la Confédération ne verse pas d’indemnités. Les lignes du trafic local et, dans quelques cas, des lignes sans fonction de desserte sont indemnisées par les cantons et/ou les communes.