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Allo stato attuale delle conoscenze, lo stoccaggio in formazioni rocciose sotterranee costituisce la soluzione più sicura. La legge sull'energia nucleare prescrive quindi lo stoccaggi delle scorie in depositi in strati geologici profondi.
In Svizzera la gestione delle scorie radioattive è di competenza di coloro che le producono. Concretamente, si tratta degli esercenti delle centrali nucleari e, per quanto riguarda le scorie provenienti dalle applicazioni mediche, dall'industria e dalla ricerca, della Confederazione. Nel 1972, gli esercenti e la Confederazione hanno fondato la Società cooperativa nazionale per l'immagazzinamento di scorie radioattive (Nagra), che ha il mandato di pianificare la gestione delle scorie e di procedere alle necessarie indagini.