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Fabricius studierte 1762 bis 1764 in Uppsala bei Carl von Linné. Er führte die Arbeiten seines Lehrers in der Entomologie fort und begründete ein System der Insekten unter besonderer Beachtung der Morphologie der Mundwerkzeuge. Nach der Rückkehr nach Kopenhagen widmete er sich zunehmend den Wirtschaftswissenschaften und erhielt 1768 eine Professur für Ökonomie. 1776 folgte er dem Ruf der Universität Kiel als Professor der Ökonomie und der Natur- und Kameralwissenschaften. Seine Frau Cäcilie (geb. Ambrosius) hatte er 1771 geheiratet. Er unternahm mehrere wissenschaftliche Reisen nach Frankreich, England und Norwegen, um seine Kenntnisse, vor allem der Insektenkunde, zu erweitern. So kam er im Jahre 1767 erstmals nach London, wo er die Sammlungen von William Hunter für Erstbeschreibungen vieler Insekten nutzen konnte, die er in seinem Werk 'Systema entomologiae' veröffentlichte. Dadurch enthält die Huntersche Insektensammlung rund 400 Holotypen, von denen der Grossteil von Fabricius beschrieben wurde. Einige Arten wurden durch seinem Freund, dem französischen Insektenforscher Guillaume Antoine Olivier (1756-1814) beschrieben, der im Jahre 1789 London besuchte und auf Empfehlung von Fabricius ebenfalls die Sammlungen Hunters untersuchte.