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Der Bundesrat und das Bundesgericht einigen sich in der Regel nach einem Meinungsaustausch, so dass die Vereinigte Bundesversammlung bisher kaum in einem Zuständigkeitskonflikt entscheiden musste. Seit 1985 wurde denn auch lediglich in drei Fällen von einem Zuständigkeitskonflikt gesprochen.
Jura-Plebiszite
Im November 1985 ersuchte die Regierung des Kantons Jura den Bundesrat, die Ergebnisse gewisser Plebiszite, die zur Gründung des Kantons Jura geführt hatten, zu annullieren und neue Plebiszite anzuordnen. Der Bundesrat bestritt seine Zuständigkeit und überwies die Eingabe dem seines Erachtens dafür zuständigen Bundesgericht. Die jurassische Regierung unterbreitete dem Bundesrat daraufhin ein Wiedererwägungsgesuch, das dieser jedoch abwies. Schliesslich gelangte die jurassische Regierung mit einer Aufsichtseingabe an die Bundesversammlung und ersuchte diese, den Bundesrat zu beauftragen, die Eingabe vom November 1985 materiell zu behandeln. Die Bundesversammlung beschloss, der Aufsichtseingabe keine Folge zu geben, da sie keinen Kompetenzkonflikt zwischen dem Bundesgericht und dem Bundesrat sah. Das Bundesgericht nahm das auf Gesuch der Regierung des Kantons Jura sistierte Verfahren anschliessend wieder auf.
Kruzifix-Fall
1988 wurde bei der Bundesversammlung gemäss dem damals geltenden Art. 79 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren eine Beschwerde gegen den Entscheid des Bundesrates vom 29. Juni 1988 im Zusammenhang mit dem Anbringen von Kruzifixen in Schulzimmern der Gemeinde Cadro eingereicht. Obwohl weder ein positiver noch ein negativer Zuständigkeitskonflikt zwischen Bundesgericht und Bundesrat vorlag, hob die Bundesversammlung den Entscheid des Bundesrates auf und überwies den Fall an das Bundesgericht.
Unternehmenssteuerreform II
Das Unternehmenssteuerreformgesetz II wurde von den Schweizer Stimmberechtigten am 24. Februar 2008 bei einer Stimmbeteiligung von 38,62 % mit 938 744 Ja zu 918 990 Nein-Stimmen angenommen. Anfang März 2011 wurde bekannt, dass zahlreiche Unternehmen von den Möglichkeiten des Gesetzes Gebrauch machen, wodurch unerwartet hohe Steuerausfälle befürchtet wurden. In der Folge erhoben Nationalrätin Margret Kiener Nellen beim Regierungsrat des Kantons Bern und Nationalrat Daniel Jositsch beim Regierungsrat des Kantons Zürich je eine Abstimmungsbeschwerde. Begründet wurden diese Beschwerden insbesondere damit, dass die Botschaft des Bundesrates und die Abstimmungserläuterungen unvollständig bzw. irreführend gewesen seien.
Mit Entscheiden vom 30. März 2011 bzw. 6. April 2011 traten die Regierungsräte der beiden Kantone auf die Beschwerden nicht ein und überwiesen die Eingaben dem Bundesrat zur Behandlung als Gesuche um Wiedererwägung des bundesrätlichen Erwahrungsbeschlusses vom 10. April 2008. Der Rechtsmittelbelehrung folgend reichten Nationalrätin Margret Kiener Nellen am 11. April 2011 und Nationalrat Daniel Jositsch am 15. April 2011 beim Bundesgericht je eine Abstimmungsbeschwerde ein. Am 12. Mai 2011 lud das Bundesgericht den Bundesrat ein, zu den Beschwerden Stellung zu nehmen.
In seiner Stellungnahme vom 10. Juni 2011 beantragte der Bundesrat dem Bundesgericht, auf die Beschwerden nicht einzutreten, weil die Zuständigkeit des Bundesgerichts zur Überprüfung des bundesrätlichen Erwahrungsbeschlusses oder eines diesbezüglichen Revisionsentscheids durch Artikel 189 Absatz 4 der Bundesverfassung und Artikel 88 Absatz 1 Buchstabe b des Bundesgerichtsgesetzes ausgeschlossen sei. Mit Schreiben vom 22. Juli 2011 teilte das Bundesgericht dem Bundesrat mit, dass es die Beschwerden in formeller und allenfalls materieller Hinsicht weiter prüfen wird. Mit Entscheid vom 29. Juni 2011 trat der Bundesrat auf das ihm von der Berner Kantonsregierung überwiesene Ersuchen von Margret Kiener Nellen nicht ein. Er hielt fest, dass die Voraussetzungen für eine Revision oder Wiedererwägung des Erwahrungsbeschlusses fehlten. In seiner ergänzenden Stellungnahme an das Bundesgericht vom 24. August 2011 hielt der Bundesrat an seiner Stellungnahme vom 10. Juni 2011 fest: Er erachte das Bundesgericht für die nachträgliche Beurteilung von Akten der Bundesversammlung und des Bundesrates als nicht zuständig. Für den Fall, dass das Bundesgericht anderer Ansicht sein sollte, beantrage er, den Zuständigkeitskonflikt der Bundesversammlung zum Entscheid zu unterbreiten. Das Bundesgericht bestritt, dass ein Zuständigkeitskonflikt vorliegt, trat auf die Beschwerden ein und wies sie aus Gründen der Rechtssicherheit und des Vertrauensschutzes ab.