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La CUS dispose de compétences décisionnelles contraignantes dans des domaines définis et est chargée des tâches suivantes:
- édicter des directives sur la durée normale des études et la reconnaissance des acquis et des qualifications qui lient toutes les parties à la convention;
- octroyer des contributions liées à des projets;
- évaluer périodiquement l'attribution des pôles de recherche nationaux dans l'optique de la répartition des tâches entre les universités sur le plan national;
- reconnaître des institutions ou des filières d'études;
- édicter des directives sur l'évaluation de l'enseignement et de la recherche;
- édicter des directives relatives à la valorisation des connaissances acquises par la recherche.
La CUS se compose des directeurs de l'instruction publique des cantons universitaires, de deux directeurs de l'instruction publique de cantons non universitaires, du secrétaire d'Etat à l'éducation et à la recherche et du président du Conseil des EPF. Le président de la Conférence des recteurs des universités suisses, la responsable du ressort "hautes écoles universitaires" au secrétariat d'Etat à l'éducation et à la recherche et la directrice de l’Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie participent aux séances avec voix consultative. Les affaires de la CUS sont gérées par un secrétariat général qui accompagne également les commissions de la CUS: la Conférence des chefs de service des affaires universitaires, le Bureau des constructions universitaires ainsi que les comités de pilotage Egalité des chances, Consortium des bibliothèques universitaires et Comptabilité analytique.
La CUS travaille en étroite collaboration avec la Conférence des recteurs des universités suisses qui est chargée du traitement des affaires de nature académique.