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Das ursprünglich kleine Fischerdorf Nagasaki ist heute Sitz der Präfekturverwaltung. Nach der Ankunft der Portugiesen in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts entwickelte sich Nagasaki zu einer bedeutenden Hafenstadt. Während der Meiji-Restauration (1868) begann in dieser Stadt aber auch im ganzen Land eine umfassende Modernisierung. Nagasaki erlangte schnell wirtschaftliche Dominanz, vor allem auf dem Gebiet des Schiffbaus. Bis zum 2. Weltkrieg wuchs die Bedeutung der örtlichen Industrie stetig auch weil es sich um das Werft-Zentrum der kaiserliche Kriegsmarine handelte.
Durch die wichtige Schiffbauindustrie in Nagasaki gelangte die Stadt in den Fokus und schliesslich zu Ziel der Amerikaner im WWII. Am 9. August 1945 wurde aus dem Bug eines amerikanischen B-29 Bombers die "Fat Man" genannte Kernwaffe über der Mitsubishi-Waffenfabrik abgeworfen. Obwohl die Bombe ihren geplanten Zielpunkt um mehr als 2 km verfehlte, ebnete sie fast die Hälfte der Stadt ein und tötete etwa 36.000 Einwohner. Die "Fat Man" war nach der über Hiroshima abgeworfenen „Little Boy“ die zweite Atombombe, die über Japan explodierte.
Nach dem Krieg wurde die zerstörte Stadt wieder aufgebaut. Neue Tempel und Kirchen wurden gebaut. Nagasaki hat bis heute den höchsten christlichen Bevölkerungsanteil von allen japanischen Grossstädten. Einige Trümmer wurden als Mahnmal stehengelassen, wie beispielsweise das einbeinige Torii und ein Steinbogen nahe dem Bodennullpunkt (Ground Zero).