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Die ökologische Anthropologie versteht Umwelt als eine von Menschen auf kulturspezifische Weise wahrgenommene, gedeutete und transformierte Mitwelt, die ihrerseits auf die Menschen einwirkt. Diese Forschungsrichtung wurde in den 1940er Jahren begründet ausgehend von der Beobachtung, dass vorindustrielle Gesellschaften in ähnlichen Umwelten tendenziell ähnliche Sozialstrukturen aufweisen. Sie erklärte diese Gemeinsamkeit damit, dass diese Gesellschaften ihre Subsistenzweisen optimal an ihre Umwelten anpassen würden. Gruppeninterne Arbeitsteilungen in der Ressourcenbewirtschaftung trügen dabei ebenso zur Sozialstruktur bei wie – oft kriegerische – Auseinandersetzungen um Ressourcen zwischen benachbarten Gruppen.
Heute untersucht die ökologische Anthropologie Themen im Zusammenhang mit der aktuellen Nachhaltigkeitsforschung (z.B. Tragedy of the Commons, Richtlinien und Programme im Kontext globaler Ressourcenverknappung, soziale Auswirkungen des Klimawandels). Sie geht dabei unter anderem der Frage nach, wie unterschiedliche Akteure – indigene, eingewanderte und zivilgesellschaftliche, sowie staatliche und privatwirtschaftliche Akteure – mit konkurrierenden Werte- und Rechtssystemen ihre Nutzungsansprüche auf Ressourcen wie Land, Wald und Wasser aushandeln. Dabei lässt sich feststellen, dass traditionelle Regelungen der Ressourcennutzungen von staatlichen Souveränitätsansprüchen und tendenziell globalen Marktkräften immer häufiger ignoriert oder ganz ausser Kraft gesetzt werden.
Die ökologische Anthropologie vertritt eine ganzheitliche Herangehensweise an Gesellschaft-Umweltbeziehungen und kann daher mit ökonomieanthropologischen, rechtsanthropologischen aber auch religionsanthropologischen Fragestellungen kombiniert werden und ist somit in allen drei Masterprogrammen vertreten.