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Das Interesse der Fachärzte für Gastroenterologie gilt den gleichen Organen wie in der Viszeralchirurgie (Speiseröhre, Magen, Darmtrakt, Leber, Gallenblase und Bauchspeicheldrüse). Im Gegensatz zur Chirurgie liegt in der Gastroenterologie der Schwerpunkt aber auf verschiedenen Untersuchungsmethoden. Speiseröhre, Magen und Darm lassen sich z.B. durch eine Endoskopie (Spiegelung) untersuchen. Dabei wird ein Schlauch z.B. durch die Speiseröhre in den Magen eingeführt, an dessen Ende sich eine kleine Kamera befindet. Die Aufnahmen werden dann auf einen Bildschirm übertragen. Der Facharzt für Gastroenterologie beurteilt diese Bilder und stellt eine entsprechende Diagnose. Das gleiche gilt für Bilder von der Leber, die z.B. mit Ultraschall gemacht werden können.
Zur Behandlung der Erkrankungen wählt der Gastroenterologe Medikamente oder eine Operation. Für chirurgische Eingriffe arbeitet er eng mit den Viszeralchirurgen zusammen. Er wird den Patienten auch beraten, z.B. wie er sich in Zukunft ernähren sollte.