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Um das Jahr 2000 herum wurde das Studienprogramm der Agrarwissenschaften im Zuge der Bologna-Reformprozesse revidiert. Der Studiengang wurde von einem Ingenieurs-Studium (mit dem Abschluss Dipl. Ing.-Agr. ETH) zu einer Studienrichtung mit zwei konsekutiven Studiengängen umgestaltet. Im Oktober 2004 startete der erste dreijährige Bachelor-Studiengang, zwei Jahre später der zunächst 1,5-jährige konsekutive Master-Studiengang.
Das halbjährige Praktikum, das zu Zeiten des Ingenieur-Studienganges als 4. Studiensemester auf einem landwirtschaftlichen Betrieb absolviert werden musste, wurde gestrichen. Ersetzt wurde es durch ein siebenwöchiges Praktikum auf einem gemischtwirtschaftlichen Betrieb (Pflanzen- und Tierproduktion). Dieses musste während der Semesterferien zu einem beliebigen Zeitpunkt und falls erforderlich auch aufgeteilt auf zwei Abschnitte im Verlauf des Bachelor-Studiums absolviert werden.
Neue Organisation des Studiengangs
Das erste Studienjahr wurde so organisiert, dass die meisten Lehrveranstaltungen gemeinsam mit den Studierenden der übrigen drei systemorientierten Naturwissenschaften zu belegen waren. Im weiteren Verlauf des Bachelor-Studiums erhielten die Studierenden grosse Wahlfreiheit bei der Belegung von Lehrveranstaltungen. Sie hatten jedoch im dritten Semester die Entscheidung für einen Schwerpunkt entweder in den naturwissenschaftlichen oder in den ökonomischen Fächern zu treffen.
Kompatibel mit dem Ausland
Ein Vorteil dieses Bologna-konformen Studienprogramms gegenüber dem vorgängigen war dessen modularer Charakter. Dieser sollte den Austausch mit ausländischen Studienprogrammen in beide Richtungen erleichtern, sowohl für Studierende der ETH, die an einer anderen Universität einen Teil ihres Studiums absolvieren wollten, als auch für ausländische Studierende, die einen Gastaufenthalt an der ETH vereinfacht durchführen können sollten. Zudem sollte die Wahl von individuellen Schwerpunkten im Studium gefördert werden.