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Untersuchungen haben ergeben, dass die durchschnittlich gefundenen Keimzahlen im Regenwasser weit unter den Richtwerten für Badegewässer oder Lebensmittel (z.B. Salate) liegen. Bei der Verwendung von Regenwasser in der Toilettenspülung spielen Keime keine Rolle, da die Anzahl derer im Vergleich zu den Hauptkeimträgern der menschlichen Fäkalien zu vernachlässigen sind. Ebenso gilt dies beim Wäschewaschen. Die Keimzahlen von verschmutzter ungewaschener Wäsche sind deutlich höher als die Keimzahlen von Regenwasser.