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Die mykologischen Kulturmethoden erfassen die Erreger von oberflächlichen und tiefen Mykosen. Bei entsprechender Reiseanamnese (oder bei einem verdächtigen histologischen Befund) muss ein Verdacht auf eine Systemmykose, z. B. durch Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, Paracoccidioides brasiliensis und Blastomyces dermatitidis, speziell vermerkt werden, damit die Kulturen länger als üblich (8 Wochen) beobachtet werden. Der kulturelle Nachweis von Malassezia sp. erfordert ein Spezialmedium und muss deshalb ausdrücklich angefordert werden.
Für den Nachweis von Galactomannan (Aspergillus-Antigen) siehe Kapitel 4.5
Das IMM bietet eine panfungale PCR zum Nachweis von Pilzinfektionen an. Das Verfahren ermöglicht einen raschen Pilznachweis und sollte in besonderen Situationen (z. B. Endophtalmitis, Organmykose) eingesetzt werden, um einen beschleunigten Pilznachweis aus primär sterilen Untersuchungsmaterialien zu ermöglichen ( siehe Kapitel 5).