Document ID: /fineweb-2-swissfilter-quality_10-filterrobots/filtered/03212.jsonl.gz/1083

Das graphisch relationale Format (grf) ist das Format des aocr Werkzeuges. Der Übersetzer pdb2grf erlaubt Ihnen, das aocr Werkzeuge mit Ihren Molekeln in pdb Format zu benutzen.
Die Liste der Argumente besteht aus den Dateien mit den (organischen) Verbindungen in pdb Format. Das Programm schreibt auf stdout Daten in grf Format, welche die Verbindungen in den Dateien enthalten. Mit dem Umleitungssymbol > können die Daten in eine Datei gespeichert werden.
Die erhaltene Datei ist bereit, mit dem graphischen Formeleditor des aocr Werkzeuges angezeigt und verarbeitet sowie als Anfangs- oder Zielverbindungen für das Berechungsprogramm verwendet zu werden.
Der Übersetzer verteilt die Formeln der Verbindungen aus der
Liste der Argumente in ein Gitter:
# So viele Zeilen # mit # beginnend # wie erwünscht. Keine leere Zeilen. Vertical border: 100 Horizontal origin: 200 Vertical origin: 200 Horizontal distance: 400 Vertical distance: 200 Multiplicator: 50
Sollte .grf nicht existieren oder die Parameter nicht lesbar sein, dann werden die folgende default Werte gebraucht:
Wenn die Datei mit dem Graphischen Formeleditor geöffnet wird, kann die redraw Eigenschaft verwendet werden, um eine bessere graphische Darstellung der Formeln zu erhalten. Einige manuelle Änderungen könnten ebenfalls notwendig sein.
Diese Version des Übersetzers ignoriert die Ladungen und die Radikalen in den pdb Dateien. Sie müssen von Hand hinzugefügt werden, wenn die Datei editiert wird.
Das für dieses Programm geeignete pdb Format ist unter pdbguide 2.2 in der rscb web Seite beschrieben. Die "CONECT" Zeilen sind für die Erhaltung der Bindungen notwendig.