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Chaque branche d'activité génère des eaux résiduaires spécifiques. Celles-ci peuvent contenir divers éléments dont la présence ne permet pas le déversement sans autre dans une canalisation publique (hydrocarbures, métaux lourds, solvants halogénés, acides et bases, matières grasses, matières en suspension). Ces substances sont susceptibles d'endommager les ouvrages d'évacuation des eaux usées ou de perturber le bon fonctionnement des stations centrales d'épuration (STEP). Il est donc nécessaire de les retenir à la source en mettant en place des installations de prétraitement des eaux. Le type de traitement des eaux est souvent défini au cas par cas.
Par le biais d'analyses effectuées par des laboratoires privés, dont les frais sont à charge des entreprises, le Service de l'environnement s'assure que le rejet des eaux à la sortie de ces installations respecte les normes fédérales fixées par l'ordonnance sur la protection des eaux.
Les activités des entreprises sont généralement mal connues. Elles évoluent souvent sans que les installations de prétraitement soient adaptées, et les modifications sont rarement annoncées aux autorités. En outre, la quantité d'eaux industrielles que les STEP doivent traiter est souvent mal définie, en particulier pour les grands producteurs d'eaux usées. Afin de remédier à cet état de fait, le règlement sur les eaux (RCEaux) introduit les obligations suivantes:
- Un cadastre des eaux usées industrielles doit être réalisé et tenu à jour par les détenteurs des STEP.
- Le déversement d'eaux usées industrielles dans les égouts publics ou dans les eaux requiert l'obtention d'une autorisation en matière de protection des eaux délivrée par le Service de l'environnement.
- Le bénéficiaire de cette autorisation est responsable de l'entretien de ses installations. Il s'assure que le personnel chargé de l'exploitation dispose des connaissances techniques requises afin de garantir un parfait état de fonctionnement des installations de prétraitement. Par la suite, l'entreprises effectue des contrôles réguliers, au moyen d'analyses, et remet à l'autorité cantonale un rapport périodique d'autocontrôle.
- Une convention doit être conclue préalablement à la délivrance de l'autorisation de déversement entre les gros producteurs d'eaux usées (dès 300 équivalents-habitants) et les détenteurs des égouts publics et de la station centrale d'épuration à laquelle ils sont raccordés.
Le Service de l'environnement a élaboré ce document pour permettre aux communes, aux architectes et aux ingénieurs de gérer convenablement les concepts d'évacuation et d'épuration des eaux.