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Le Muséum, son envergure et ses collections d’importance mondiale doivent leur existence aux savants et naturalistes genevois qui, au fil des siècles, se sont passionnés pour les sciences.
Le premier musée d’histoire naturelle à Genève, appelé alors Musée académique, est officiellement inaugurée le 9 mars 1820. Les collections ne cessant de croître, les responsables doivent trouver un emplacement adapté à ce développement. Le 10 octobre 1872, un nouveau musée, d’une surface de 5000 m2, est inauguré dans une des ailes de l'Université aux Bastions. En 1966, un nouveau bâtiment pour le Muséum, conçu par l’architecte Raymond Tschudin est ouvert sur son site actuel de Malagnou.
Le Musée d'histoire des sciences de Genève a été inauguré en 1964 à la suite de l'élan donné par un groupe de passionnés, l'Association du Musée et de la Revue d'histoire des sciences. La Villa Bartholoni abrite le musée et ses collections dans le magnifique Parc de la Perle du Lac. Rattaché dès sa création aux Musées d’Art et d’histoire, le Musée d’histoire des sciences devient une filiale du Muséum dès 2006 et est pleinement intégré dans son organisation depuis 2015.