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Der Grosse Rat hat die Oberaufsicht über die gesamte Staatsverwaltung. Regierungsrat, Gerichte, Ombudsstelle und die selbstständigen Verwaltungsbetriebe (z.B. Universität, Spitäler, BVB) haben dem Grossen Rat jährlich Rechenschaftsberichte zu unterbreiten, die dieser genehmigen muss.
Oberaufsichtskommissionen
Der Grosse Rat hat mit der Geschäftsprüfungskommission (GPK) und der Finanzkommission (FKom) zwei ständige Oberaufsichtskommissionen. Sie durchleuchten die Staatsverwaltung bzw. Budget, Staatsrechnung sowie wichtige Finanzgeschäfte und erstatten dem Grossen Rat jährlich umfangreichen Bericht.
Für wichtige Institutionen mit interkantonalen Trägerschaften können die Parlamente eine gemeinsame Oberaufsicht einsetzen.
Parlamentarische Untersuchungskommission
Seit 1992 kann der Grosse Rat zur Abklärung spezieller Vorkommnisse von grosser Tragweite eine Parlamentarische Untersuchungskommission (PUK) einsetzen. Diese kann Auskünfte von Regierungsräten, Verwaltung und Gerichten einholen, Sachverständige herbeiziehen sowie die Herausgabe von Akten verlangen. Die Einsetzung einer PUK ist das schärfste Kontrollinstrument des Parlaments.
Der Grosse Rat hat erst einmal (2003) eine PUK eingesetzt, zur stark defizitären Pensionskasse des Staatspersonals. Dabei wurde die Finanzkommission mit den Befugnissen einer PUK ausgestattet.