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Der BGK unterstützt die Halter und Züchter von Schafen, Ziegen, Hirschen und Neuweltkameliden in der Schweiz und im Fürstentum Liechtenstein. Er ist ein wichtiges Bindeglied zwischen Züchtern und Haltern, Tierärzten und -spitälern, landwirtschaftlichen Beratungsdiensten, Forschungsanstalten, Zuchtorganisationen sowie Bund und den Kantonen.
Der BGK wird vom Bund, allen Kantonen der Schweiz und dem Fürstentum Liechtenstein finanziell unterstützt.
Die Geburtsstunde des BGK schlug am 1. Februar 1999 mit einer Verordnung des Bundesrats. Entstanden ist er aber keineswegs aus dem Nichts, sondern aus dem Ziegengesundheitsdienst ZGD. Der ZGD arbeitete zusammen mit dem Schweizerischen Schafzuchtverband (SSZV), der Schweizerischen Vereinigung der Hirschhalter (SVH) und der Schweizerischen Milchschafzuchtgenossenschaft (SMG) die Tätigkeiten und Programme des BGK aus.
Aus dem ZGD wurde die Sektion Ziegen des BGK, die Gesundheitsdienste der anderen Verbände traten als die Sektionen Schafe, Milchschafe und Hirsche bei. Etwas später wurde die Sektion Neuweltkameliden gegründet.