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Die neuen Führungsstrukturen waren nicht in Stein gemeisselt. Es lag auf der Hand, dass vieles noch erprobt werden musste, so etwa die Funktionalität der neu geschaffenen departementalen Gliederung. Das Universitätsgesetz machte zwar gewisse grundsätzliche Vorgaben, auf der Ebene des Statuts konnten jedoch durchaus Änderungen angestrebt werden, ohne erneut den Gesetzgebungsapparat zweier Kantone in Bewegung setzen zu müssen. Die Weiterentwicklung des Statuts geriet zeitweise zu einem eigentlichen Kräftemessen zwischen gegensätzlichen Interessen.
Zu wenig geklärt war die Stellung der von den Fakultäten und den universitären Gruppierungen getragenen Planungskommission: War sie ein Gremium mit einer gewissen Eigenständigkeit, getragen von der akademischen Selbstverwaltung, deren Interessen sie wahrnahm? Oder war sie ein dem Rektorat assistierendes Stabsinstrument? Die strategische und operationelle Führung von Rektorat und Universitätsrat neigten der zweiten Interpretation zu. Sie strebten eine klarere hierarchische Gliederung an. Aus einem Teil der Universität, namentlich aus der Philosophisch-Historischen Fakultät, schlug der Vielfalt an realen oder beabsichtigten Neuerungen zeitweise erheblicher Widerstand entgegen. Aus deren Sicht empfahl sich eher eine «Parlamentarisierung» der inneren Ordnung, mit einer verpflichtenden Anbindung des Rektorats an die Regenz, die den Rektor ja auch wählte, darüber hinaus aber vor allem beratende Funktionen besass. Eine solche Lösung hätte aus der Sicht des Rektorats die eben erst geschaffene effizientere Leitung in Frage gestellt. Der Universitätsrat mochte aber auch, angesichts des Widerstands, den Plänen einer wesentlich weiter gehenden Stärkung des Rektorats, wie von diesem selbst angestrebt, letztlich nicht zu folgen.
Bevor weithin akzeptable Kompromisse erreicht waren, spitzten sich die angedeuteten Gegensätze zeitweise beträchtlich zu. In den Jahren 2002 bis 2004 konvergierten eine Reihe von Konflikten und drangen auch in die weitere Öffentlichkeit. Dafür gab es mehrere Ursachen.
Finanzielle Probleme
Zu den angesprochenen Meinungsverschiedenheiten um die Leitungsstrukturen kam der anhaltende Finanzdruck hinzu: Die erwartete und erhoffte Ausweitung zur paritätischen Trägerschaft der Universität durch die beiden Basel, die der Universitätsvertrag von 1994 als mittelfristiges Ziel konkret benannte, liess auf sich warten. Damit rückte die von Basel-Stadt erhoffte weitere finanzielle Entlastung immer mehr ins Ungewisse. Die Stadt war nicht mehr bereit, finanzielle «Vorleistungen» zu erbringen; politisch entsprach es bereits einem Maximum, wenn angesichts allgemeiner Sparanstrengungen die Universitätsbeiträge wenigstens in der bisherigen Höhe erhalten werden konnten.
Schwieriger präsentierte sich die Lage für den Kanton Basel-Landschaft, der erhebliche zusätzliche Ausgaben auf sich zukommen sah. Dort setzte sich die Auffassung durch, dass die Universitätsfrage nicht losgelöst von den übrigen anstehenden Fragen der interkantonalen Partnerschaft zu betrachten sei. Weiter komplizierend kam hinzu der mehrfache Wechsel in der personellen Besetzung der ausschlaggebenden Direktionen beider Kantone. Für die Universität bedeutete dies, dass die vorliegenden Pläne zum Ausbau, die ihren Niederschlag in mehreren Strategiepapieren gefunden hatten, vorläufig kaum zu realisieren waren.
Der Beginn der «Bologna» Reformen
Hinzu kam, dass nach der Jahrtausendwende die auf europäischer Ebene beschlossene Umorganisation der Lehre nach dem Modell von «Bologna» anstand. Die Universität Basel war gut darauf vorbereitet, da schon seit 1996 zentrale Anstrengungen in die Erneuerung der Lehre geflossen waren. Das Rektorat nahm denn auch die neue Herausforderung unmittelbar an. Der Aufwand war allerdings erheblich und nicht überall herrschte Begeisterung. Nach anfänglichem Stillschweigen kumulierte vor allem in der Philosophisch-Historischen Fakultät die Kritik, die ab 2002 auch in die Presse drang. Sie verband sich rasch mit dem angesammelten Unmut über die angeblich autoritären Tendenzen in Rektorat und Universitätsrat. Die lokale Presse machte sich zeitweilig zum «Forum» der Opposition, was den Eindruck erweckte, dass an der Universität kaum mehr kontrollierbare Konflikte losgebrochen seien.
Kumulation der Konflikte: der Portfoliobeschluss
Heftiger noch wurden Tonlage und Intensität der Auseinandersetzung, als sich Rektorat und Universitätsrat unter dem anhaltenden Finanzdruck Anfang 2004 zu erheblichen Sparschnitten veranlasst sahen, dem so genannten Portfoliobeschluss. Um überhaupt noch einen Gestaltungsspielraum zu wahren, beschlossen sie, in mehreren Fächern einen gezielten Abbau einzuleiten, damit wenigstens in gewissen anderen Bereichen ein Ausbau möglich würde. Die Betroffenen wehrten sich begreiflicherweise, eine grosse Demonstration auf dem Basler Marktplatz machte den Protest weithin sichtbar. Rektorat und Universitätsrat sahen sich in einer bisher nicht da gewesenen Weise der Kritik ausgesetzt.
Der lautstarke Streit um das Portfolio hatte immerhin den – durchaus erhofften – Effekt, die zähen Verhandlungen zwischen den Kantonen zu beschleunigen. Nach dem lautstarken Eklat von Anfang 2004 beruhigten sich die Auseinandersetzungen sogar überraschend schnell. Zum einen erwies sich der in dieser Sache hauptverantwortliche Universitätsrat als kompromissbereit; die Einzelheiten der gewünschten Einsparungen übergab er der vor allem betroffenen Philosophisch-Historischen Fakultät zur eigenen Bearbeitung, die sich ihrerseits auf die bitteren Notwendigkeiten einstellte. So entstanden Kompromisslösungen. Zum anderen wandte man sich gemeinsam mit der Universitätsleitung mit vermehrtem Nachdruck an die Kantone, um diese an ihre Versprechungen zu erinnern. Als endlich im Herbst 2004 die Nachricht kam, dass sich die Kantone auf die Schaffung einer paritätischen Trägerschaft für die Universität auf Anfang 2007 geeinigt hatten, nahm dies viel Druck weg und entspannte die Situation.
Bis zur Unterzeichnung des Staatsvertrags im Jahr 2006 brauchte es noch zähe Verhandlungen zur Lösung der vielen Detailfragen. Als sich aber im März 2007 der Vertrag in der Volksabstimmung des Kantons Basel-Landschaft zu bewähren hatte, da sagte eine bemerkenswerte Mehrheit von nahezu 85 Prozent der Stimmenden Ja.
Dynamische Entwicklung
Erweckte der medial angeheizte öffentliche Streit zeitweise den Eindruck, als ob die Universität am Rande der Handlungsunfähigkeit stand, so traf dies keineswegs zu. Trotz finanzieller Nöte und zeitweise hart ausgefochtenen Kontroversen schlug die Universität in diesen Jahren eine ausgesprochen dynamische Entwicklung ein. Dieses Wachstum vollzieht sich im Rahmen verstärkter Konkurrenz unter den schweizerischen Hochschulen und einer erhöhten Bereitschaft der Eidgenossenschaft zum steuernden Eingriff.
Die Zahl der Studierenden stieg in Basel überdurchschnittlich stark an, darunter mehrheitlich Frauen. Die Fortschritte in Fragen der Gleichstellung, die neuen Fächer, das konsequent und früh eingeführte System nach Bologna trugen der Universität offensichtlich ein positives Renommee ein, das von den Studierenden honoriert wurde. Mit dem Staatsvertrag von 2006 gelang auch die verbesserte Integration von Forschung und Lehre an der Medizinischen Fakultät in die universitäre Gesamtorganisation. Ein beträchtlicher Teil des Forschungsaufwands an der Universität Basel fliesst in diesen Bereich, so dass der Lösung grosse Bedeutung zukommt.
Noch nicht realisiert, inzwischen aber in den Umrissen erkennbar, sind umfangreiche bauliche Vorhaben, die eine verstärkte räumliche Konzentration der Universität an gewissen städtischen Standorten einleiten werden. Die Neubauten werden nach der Erstellung ins Eigentum der Universität übergehen, die seit 2003 mit einem eigenen Immobilienfonds ausgestattet ist und so auch auf dieser Ebene einen vergrösserten Spielraum der autonomen Gestaltung gewinnt.