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Stephan Thomas wurde 1962 in Chur geboren, wo er auch aufgewachsen ist und die Schulen besucht hat, unterbrochen von einem kurzen Abstecher nach Genf (1972/73).
An der Bündner Kantonsschule absolvierte er die Matura und studierte anschliessend am Konservatorium Zürich die Fächer Orgel (Janine Lehmann, Rudolf Scheidegger), Klavier (Rita Kägi), Klavierpädagogik (Erna Ronca), Chorleitung (Klaus Knall) und Musiktheorie (Hans Ulrich Lehmann).
Nach bestandenem Lehrdiplom für Orgel begann er ein Phil I-Studium an der Zürcher Universität mit den Fächern Geschichte und Musikwissenschaft; gleichzeitig bereitete er sich auf die Konzertreifeprüfung Orgel und das Theorielehrerdiplom vor. Nach seiner Wahl zum Organisten der Churer Stadtkirche St.Martin änderte er seine Berufsziele; er gab die Idee einer Laufbahn als Historiker auf und beschloss, sich hauptberuflich der Musik zu widmen.
In der Folge schloss er die beiden noch laufenden Studien an der Musikhochschule (Theorie und Konzertfach Orgel) mit den Diplomen ab. Er änderte die Fächerkonstellation seines Universitätsstudiums und lizenzierte später in Musikwissenschaft, Kunstgeschichte und Geschichte der Neuzeit.
Neben seiner Erwerbstätigkeit nahm er mehrere Jahre regelmässig weiterbildenden Unterricht bei Pierre Cogen, dem Titularorganisten der Basilique Ste-Clotilde in Paris. Zudem besuchte er eine Kulturmanagement-Ausbildung am Stapferhaus auf Schloss Lenzburg.
Frühere Stationen auf pädagogischem Gebiet waren das Bündner Lehrerseminar in Chur, das Konservatorium Schaffhausen und die Berufsabteilung Klassik der Musikakademie St.Gallen.