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An der Küste Togos herrschen Sümpfe und Mangrovenwälder vor, der Südwesten ist von tropischen Regenwäldern geprägt, im Landesinneren finden sich vor allem Savannen.
Das rasche Bevölkerungswachstum führt vermehrt zur Abholzung der Wälder, wodurch viele Tierarten vom Aussterben bedroht sind. Als Gegenmassnahme wurden mehrere Nationalparks geschaffen, der Forêt de Fazao ist der größte Nationalpark des Landes, weiter im Norden liegt der Parc National de la Kéran, nahe der Stadt Kara.
Zu den am häufigsten vorkommenden Tieren zählen Giraffen, Wasserbüffel, Nashörner, Hyänen, Warzenschweine, Paviane, selten geworden sind mittlerweile Elefanten und Löwen. Die häufigsten Vogelarten sind Störche, Kraniche und Marabus.