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Poiché di regola Consiglio federale e Tribunale federale trovano un accordo consultandosi direttamente, finora l’Assemblea federale plenaria non ha mai dovuto decidere in merito a un conflitto di competenza. Dal 1985 la questione è stata sollevata soltanto in tre occasioni, anche se non vi è unanimità nel ritenere che si trattasse effettivamente di conflitti di competenza.
Plebisciti del Cantone del Giura
Nel novembre 1985 il Governo del Cantone del Giura chiese di annullare i risultati di taluni plebisciti che avevano portato alla nascita del Cantone del Giura e di disporre nuove votazioni. Il Consiglio federale ritenne che tale decisione non fosse di sua competenza e trasmise la domanda al Tribunale federale. Il Consiglio federale confermò tale decisione anche successivamente a una domanda di riconsiderazione presentatagli dal Governo giurassiano. Il Cantone adì quindi l’Assemblea federale affinché questa obbligasse il Consiglio federale a entrare nel merito della sua richiesta o prendesse essa stessa le misure necessarie. L’Assemblea federale decise di non dare seguito al reclamo poiché, fra l’altro, non vi era conflitto di competenza tra il Tribunale federale e il Consiglio federale. Infine il Tribunale federale diede seguito al procedimento che aveva precedentemente sospeso.
Il caso dei crocifissi nelle aule scolastiche
Nel 1988 è stato presentato all’Assemblea federale, conformemente all’articolo 79 della legge federale sulla procedura amministrativa, un ricorso contro la decisione del Consiglio federale del 29 giugno 1988 relativa all’esposizione del crocifisso nelle aule scolastiche del Comune di Cadro. Sebbene tra Tribunale federale e Consiglio federale non vi fosse conflitto di competenza né positivo né negativo, l’Assemblea federale annullò la decisione del Consiglio federale e affidò il caso al Tribunale federale.
Riforma II dell’imposizione delle imprese
La riforma II dell’imposizione delle imprese è stata accolta in votazione popolare il 24 febbraio 2008 con 938'744 voti favorevoli e 918'990 contrari (con una partecipazione del 38,62 per cento). A inizio marzo 2011 fu manifesto che numerose ditte e imprese avrebbero fatto uso delle possibilità previste dalla riforma e che questo avrebbe generato notevoli perdite fiscali impreviste. Di conseguenza i consiglieri nazionali Margret Kiener Nellen e Daniel Jositsch presentarono ricorso sulla votazione ai Consigli di Stato dei Cantoni rispettivamente di Berna e di Zurigo. I ricorrenti motivarono la loro decisione soprattutto con il fatto che, secondo loro, il messaggio del Consiglio federale e le spiegazioni di voto erano incompleti o fuorvianti.
Con decisione del 30 marzo 2011 e del 6 aprile 2011 i Consigli di Stato dei Cantoni di Berna e di Zurigo non entrarono nel merito. Essi trasmisero i ricorsi al Consiglio federale per un riesame del decreto d’accertamento del Consiglio federale del 10 aprile 2008. In seguito all’indicazione dei rimedi giuridici, rispettivamente l’11 e il 15 aprile 2011, Margret Kiener Nellen e Daniel Jositsch inoltrarono ricorso sulla votazione al Tribunale federale. Il 12 maggio 2011 quest’ultimo invitò il Consiglio federale presentare le proprie osservazioni in merito.
Nelle sue osservazioni espresse il 10 giugno 2011 il Consiglio federale invitò il Tribunale federale a non entrare nel merito dei ricorsi. La competenza del Tribunale federale per il riesame del decreto d’accertamento del Consiglio federale o di una decisione di revisione al riguardo è infatti esclusa in virtù degli articoli 189 capoverso 4 Cost. e 88 capoverso 1 lettera b della legge sul Tribunale federale. Con lettera del 22 giugno 2011 il Tribunale federale comunicò al Consiglio federale che avrebbe esaminato i ricorsi dal profilo formale e se del caso materiale. Con decisione del 29 giugno 2011 il Consiglio federale non entrò nel merito del ricorso di Margret Kiener Nellen trasmessogli dal Governo cantonale bernese: mancavano infatti i presupposti per una revisione o un riesame della decisione popolare. Nelle sue osservazioni aggiuntive del 24 agosto 2011 al Tribunale federale, il Consiglio federale confermò quanto espresso il 10 giugno 2011: non spettava al Tribunale federale valutare a posteriori atti dell’Assemblea federale e del Consiglio federale. Qualora il Tribunale federale non fosse stato dello stesso avviso, il Consiglio federale esortava a sottoporre il conflitto di competenze all’Assemblea federale. Il Tribunale federale escluse tuttavia il conflitto di competenze, entrò nel merito dei ricorsi e li respinse per motivi legati alla certezza del diritto e alla tutela della fiducia.