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Les contaminants sont introduits dans les milieux lacustres généralement par les affluents, les effluents de station d’épuration et les apports dus au ruissellement. Ces apports se situent dans les zones côtières. Le présent projet s’attache à comprendre les processus de transport des contaminants en milieu lacustre et nécessite, entre autre, la connaissance des courants lacustres. Aussi le projet a permis de développer d'une part un modèle simulant la structure thermique et les courants dans l'ensemble du Léman, et d'autre part un modèle détaillé de la baie de Vidy, au large de Lausanne.
Les vents sont le principal facteur responsable des courants, et initient au centre du Grand-lac des courants circulaires antihoraires. Dans le Petit-lac, l’association des vents et de la morphologie crée des courants de retour sur la côte est, qui peuvent ramener les eaux dans le Grand-lac.
Dans la baie de Vidy, le temps de résidence des eaux, et donc des polluants en solution, dépend du régime des vents qui soit créent des gyres gardent les eaux dans la Baie, soient évacuent rapidement les eaux dans le Grand-lac.
Les processus de transport des polluants issus de la zone côtière vers les zones au large sont tracés à l'aide de mesure d'éléments radioactifs naturels (210Pb, 234Th) ou artificiel (137Cs), ainsi que du mercure et ses formes organiques. Les contaminants associés aux particules, une fois déposés dans les sédiments, peuvent être remis en suspension lors d’événements ponctuels, et transportés dans les zones plus profondes.