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Die Mission der Abteilung Übertragbare Krankheiten besteht in der Bekämpfung übertragbarer Krankheiten, die eine Gefährdung der öffentlichen Gesundheit in der Schweiz darstellen, in Zusammenarbeit mit den Kantonen, den internationalen Gesundheitsbehörden und weiteren Partnern.
Die Abteilung überwacht die Krankheiten und publiziert regelmässig Berichte zur epidemiologischen Situation. Sie legt die Präventions- und Kontrollstrategien fest, erlässt Weisungen, bereitet Verordnungen und Gesetze vor und erarbeitet Empfehlungen für die Ärzteschaft und die Bevölkerung.
Sie trifft Vorkehrungen, um die öffentliche Gesundheit vor natürlich auftretenden, versehentlich oder willentlich freigesetzten Krankheitserregern zu schützen, Risiken frühzeitig zu erkennen und die Auswirkungen von Ausbrüchen und Epidemien übertragbarer Krankheiten in der Schweiz einzudämmen.