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Les Cours
Actuellement, le Tribunal pénal fédéral se compose de trois cours, une des affaires pénales, une des plaintes et une d'appel. Elles sont toutes trois constituées par la Cour plénière pour une période de deux ans. La Cour plénière élit les présidents des trois cours pour une période de fonction de même durée, renouvelable deux fois.
La Cour des affaires pénales statue en première instance sur les infractions énumérées aux art. 23 et 24 du Code de procédure pénale suisse (CPP). À cela s'ajoutent certaines compétences de droit pénal général ou administratif fondées sur d'autres lois fédérales.
La Cour des plaintes statue sur les recours déposés contre les décisions et les actes de procédure de la police et du Ministère public de la Confédération, de même que contre certaines décisions du tribunal des mesures de contrainte et de la Cour des affaires pénales. De plus, l'art. 37 al. 2 LOAP lui confère diverses autres compétences, en particulier dans les domaine de l’entraide judiciaire internationale en matière pénale et du droit pénal administratif.
La Cour d'appel, autorité judiciaire fédérale de deuxième instance en matière pénale, statue sur les appels formés contre les jugements rendus par la Cour des affaires pénales, qui ont clos tout ou partie de la procédure, ainsi que sur les demandes de révision.