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In antichi documenti, Canobbio è anche indicato con Canubio, Canubia, Canobio. Si vuol far derivare il nome Canobbio da “cannabis”, canapa, pianta che veniva largamente coltivata in paese fino all’inizio del Novecento.
La citazione più antica di Canobbio è del 712, epoca alla quale risale l’appartenenza del comprensorio al monastero di San Ambrogio di Milano. Nel 726 il “vico di Canobbio” venne donato dal re longobardo Liutprando all’abbazia di San Pietro in Ciel d’Oro a Pavia. È difficile dire cosa potesse significare Canobbio in epoca precedente, se ci fossero degli abitanti e quale fosse la loro consistenza: si sa comunque che le tombe qui trovate appartenevano ad agricoltori e cacciatori, non erano perciò state lasciate da popoli in transito ma da gente che vi risiedeva. È pure ipotizzabile che queste persone venissero sulla campagna nostra solo per coltivare e non vi avessero la loro residenza: questa è probabile che fosse più in alto verso Comano o Porza.
Dall’ottavo secolo e fino al 1100, e forse oltre, Canobbio fu sede di una cella monacale dell’ordine benedettino dipendente da San Zenone di Campione ed indirettamente dall’abate di San Ambrogio in Milano. “L’abbazia di San Ambrogio già teneva la chiesa di San Siro in Canobbio come sua chiesa propria ed aveva sulla terra e sui coloni giurisdizione ecclesiastica ordinaria, almeno fino dal secolo XII come appare da sentenza pontificia del 1187, contro le pretese del Vescovo di Como. La giurisdizione ecclesiastica dell’abbazia su Canobbio cessò almeno nel 1472” (A. CODAGHENGO, Storia religiosa del CT, 1942, II, pp. 219-220).
Nel 1484 la peste infierì in modo particolarmente violento. Ma le cronache ricordano la drammaticità delle conseguenze della peste bubbonica del 1630 che distrusse quasi tutta la popolazione. Si salvarono una ventina di persone delle famiglie dei Quadri, dei Marchi, dei Solari, e degli Azzalini. Reggeva la Parrocchia il primo parroco di Canobbio, don Azzalini, che fu vittima pure lui del morbo prestando assistenza ai suoi parrocchiani moribondi.
Canobbio fu interessato da vicino alle turbolenze politiche dell’Ottocento: la rivoluzione del 1839 allorquando il suo Parroco, don Giuseppe Fumagalli, era presidente del Gran Consiglio e vi venne coinvolto in persona, la presenza di diversi rifugiati politici italiani presso i Fumagalli della villa sita vicino alla chiesa ai tempi dei primi moti d’indipendenza italiani.
A Canobbio non esiste più patriziato dalla metà dell’Ottocento. Le famiglie prima indicate come patrizie erano quelle dei Solari, dei Galeazzi, dei Pedrolini, dei Quadri, dei Marchi, degli Azzalino, e dei Fumagalli. Non esistono più a Canobbio discendenti di queste famiglie patrizie.
Il vecchio nucleo degli abitanti di oggi è formato dai Ghielmini (che sono originari di Mendrisio), dai Gianinazzi (di Malvaglia), dai Bizzozero, dai Lurati, dai Pescia (della Valle Verzasca), dai Martinenghi, dai Bernasconi (di Lugano), dai Tettamanti ed altri che si stabilirono a Canobbio specialmente nel Settecento e nell’Ottocento chiamati a far da massaro ai Fumagalli, agli Amadio, ai Canevali, ai Bellasi o ai Pocobelli.