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Le ministère public est constitué d'un procureur général, d'un procureur général suppléant, de neuf procureurs à plein temps, de six procureures assistantes (pour l'équivalent de quatre postes et demi) et d'un analyste financier. Il a son siège à La Chaux-de-Fonds depuis le mois de mai 2020. Les trois parquets qui le composaient jusque-là (parquet général, parquets régionaux de Neuchâtel et de La Chaux-de-Fonds) ont fusionné et n'en constituent plus qu'un.
Le procureur général dirige le ministère public. Il édicte les règlements et les directives nécessaires et définit la politique criminelle du canton. Il peut attribuer une procédure particulière à un procureur ou l'en décharger au profit d'un autre et donner des directives sur la conduite d'une procédure particulière. Son suppléant le seconde et le remplace dans la mesure nécessaire.
La direction du ministère public est composée du procureur général, de son suppléant, d'une représentante des procureures assistantes et du greffier. Il s'agit d'un organe consultatif dont la fonction essentielle est d'harmoniser les pratiques, de conseiller le procureur général et de l'aider à veiller au bon fonctionnement du ministère public.
Les dossiers sont répartis également entre tous les procureurs, le procureur général étant en principe chargé, outre de ses tâches organisationnelles, des affaires particulièrement sensibles, notamment lorsqu'elles mettent en cause des membres des autorités constituées.
Les compétences du ministère public lui sont attribuées par le code de procédure pénale et par d'autres lois fédérales ou cantonales. Chaque procureur dirige les investigations de la police, conduit l'instruction à charge et à décharge avant de décider :
- de rendre une ordonnance de classement, lorsqu'aucune infraction ne peut être établie, ou, dans le cas contraire,
- de rendre une ordonnance pénale, si les faits sont clairement établis et la sanction encourue ne
dépasse pas six mois de peine privative de liberté (ou 180 jours-amende),
- de renvoyer la cause devant un tribunal de police si la sanction encourue ne dépasse deux ans
- de renvoyer la cause devant le tribunal criminel dans les cas les plus graves.
Lorsqu'il requiert une peine privative de liberté de plus d'une année, il doit soutenir l'accusation en personne ; dans les autres cas, il prend en principe ses conclusions par écrit.
A tour de rôle, les procureurs assument un service de permanence vingt-quatre heures sur vingt-quatre et sept jours par semaine pour toutes les affaires graves ou urgentes.
Les affaires dites "de masse" (Massendelikte) qui ont trait à des infractions de moindre gravité, sont en principe traitées directement par les procureures assistantes qui ont la faculté de prononcer des peines pécuniaires ou privatives de liberté jusqu'à 120 jours. Les domaines d'activité les plus fréquents dans ce cadre sont les suivants :
- infractions patrimoniales de peu d'importance
- police des habitants
- législation scolaire
- protection de l'environnement
- violations d'une obligation d'entretien (art. 217 CP)
- loi sur les étrangers et l'intégration
- législation sur les armes
- circulation routière et navigation
- loi sur le transport des voyageurs
- loi sur les stupéfiants (cas de peu de gravité)
- protection civile
- chasse et pêche
- protection des animaux
- législation sur les chiens
- oppositions aux ordonnances pénales préparées par le service de la justice
- infractions aux règlements communaux
- détournements de retenues sur les salaires (art. 159 CP) et de biens saisis (art. 169 CP)
- loi sur l'assurance vieillesse et invalidité (détournement de cotisations, non remise de documents à la CCNC, etc.)
- loi sur le chômage et autres affaires relatives aux assurances sociales
- autres infractions dans le domaine du travail
- autres infractions administratives
- entraide judiciaire
- fixation du for intercantonal
La répression des contraventions les plus fréquentes (notamment de circulation routière) fait l'objet d'une directive du procureur général publiée au recueil systématique de la législation neuchâteloise (RSN 322.00).
Outre cette directive, qui fixe le tarif des amendes encourues pour les contravention qu'elle énumère, le procureur général édicte un barème des peines que chaque procureur est chargé d'adapter en fonction des situations concrètes mais dont le but est de fixer la sanction moyenne des infractions les plus fréquentes.
Les ordonnances pénales peuvent faire l'objet d'une opposition ; les autres décisions du ministère public peuvent, sauf exception prévue par la loi, faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal cantonal (Autorité de recours en matière pénale). Les principales mesures de contrainte qu'il ordonne (mise en détention, contrôles de la correspondance postale ou téléphonique) sont soumises à l'approbation du tribunal des mesures de contrainte, qui est une des sections des tribunaux régionaux.