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Ökologisch gesehen können Wasserkraftwerke jedoch eine Belastung für die jeweiligen Ökosysteme darstellen. Wenn beispielsweise (vor allem bei älteren Modellen) Fischtreppen fehlen, stellt ein Wasserkraftwerk für die Flussbewohner ein unüberwindbares Hindernis dar.
Nun hat eine Studie, die im Rahmen einer Dissertation an der Eawag durchgeführt wurde, ein weiteres Problem, welches spezifisch in Stauseen auftritt, publik gemacht.
Stauseen setzen – vor allem in den Sommermonaten – riesige Mengen an Methan (25x „treibhausfördernder" als CO2) frei. Der Effekt wird durch organisches Material hervorgerufen, welches sich am Stauseegrund ablagert und bei seiner Verrottung Methan freisetzt. Wenn der Fluss normal weiterfliessen würde, fände diese Ablagerung nicht oder nur sehr bedingt statt.
In der Studie wurde der Wohlensee bei Bern untersucht. Dieser setzt pro Jahr eine Methanmenge frei, welche umgerechnet dem Ausstoss von 2'000 Kühen in einem Jahr oder 25 Millionen gefahrenen Autokilometern entspricht.
Die Klimafreundlichkeit der (Stau-)Wasserkraft wird also korrigiert werden müssen, wobei ein Kohlekraftwerk (bei gleicher Stromproduktion) immer noch 40x mehr Kohlendioxid ausstösst.