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Im europäischen Patenterteilungsverfahren besteht für jedermann die Möglichkeit, innerhalb von neun Monaten gegen eine Patenterteilung Einspruch zu erheben, wobei die zulässigen Einspruchsgründe in Art. 100 EPÜ spezifiziert sind. Das Einspruchsverfahren ist im Vergleich zu nationalen zivilrechtlichen Verfahren kostengünstig. Da zudem alle Parteien unabhängig vom Ausgang des Verfahrens ihre Kosten selber tragen müssen, beinhaltet das Einspruchsvefahren ein geringes finanzielles Risiko.
Nach Ablauf der Neunmonatsfrist ist ein zentraler Angriff auf das europäische Patent nicht mehr möglich. Einem Dritten verbleiben in einem solchen Fall nur noch die verschiedenen länderspezifischen Rechtsbehelfe, um gegen ein erteiltes Patent vorzugehen, wie z.B. ein Nichtigkeitsverfahren. Da solche Verfahren in den meisten Fällen jedoch sehr teuer und langwierig sind, ist es sehr wichtig, dass (potentiell) störende Patente wenn möglich mit dem zentralen und kostengünstigen Einspruchsverfahren angegriffen werden. Gegebenenfalls kann es sinnvoll sein, eine problematische europäische Patentanmeldung bereits im Erteilungsverfahren zu überwachen, um den Zeitpunkt der Erteilung und damit auch den Ablauf der Einspruchsfrist frühzeitig zu kennen.
Das schweizerische Recht kennt neu seit dem 1. Juli 2008 ein Einspruchsverfahren, in dem jedermann nach der Patenterteilung Einwände gegen die Patenterteilung erheben kann. Der Einspruch muss innerhalb von neun Monaten nach Eintragung der Erteilung im Register eingereicht werden. Der Einspruch kann jedoch nur darauf gestützt werden, dass der Gegenstand des Patents nach Art. 1a, 1b oder 2 PatG von der Patentierung ausgeschlossen ist. Dies betrifft beispielsweise Patente, die gegen die guten Sitten oder die öffentliche Ordnung verstossen, insbesondere Patente auf Bestandteile des menschlichen Körpers. Das Ziel des schweizerischen Einspruchsverfahrens ist demnach primär, ein vergleichsweise sehr kostengünstiges Verfahren zu bieten, in dem jedermann die Möglichkeit hat, gegen Patente vorzugehen, die gegen öffentliche Interessen verstossen.
Weiterhin kein Prüfungs- oder Einspruchsgrund ist die fehlende Neuheit und erfinderische Tätigkeit eines Patentes. Will sich deshalb jemand gegen ein ungültiges schweizerischen Patent zur Wehr setzen, so muss er weiterhin eine zivilrechtliche Patentnichtigkeitsklage vor dem Bundespatentgericht erheben.