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Les enjeux actuels de la gestion des cours d'eau sont la protection durable des milieux aquatiques, la limitation des atteintes, le rétablissement d'une dynamique plus proche de l'état naturel, ainsi que la protection contre les crues (voir page « Dangers naturels »).
Le réseau des cours d'eau du canton du Jura est remarquable par sa richesse et sa diversité. Il est formé d’environ 800 kilomètres de ruisseaux et rivières appartenant pour les uns au bassin versant du Rhône et pour les autres à celui du Rhin.
La morphologie et le régime hydraulique des cours d’eau ont été gravement perturbés par de nombreuses interventions humaines. Aujourd’hui, de nombreux ruisseaux et rivières du canton ne remplissent plus leurs fonctions écologiques. L’imperméabilisation des sols, les drainages agricoles et les prélèvements d’eau contribuent à accentuer les étiages et à augmenter la fréquence et l’intensité des crues.
Redonner aux cours d'eau jurassiens un état aussi naturel que possible en rétablissant les fonctions écologiques et en respectant les exigences de la protection contre les crues, tels sont les enjeux principaux de la gestion des eaux de surface dans le canton.