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Aus Weidling und Flösse wurden schrittweise von Schleppkähnen, Dampfschiffen und Diesel-Frachtschiffen (Penichen) abgelöst. Der Erfolg der Rheinschifffahrt hat zum Bau von Hafenanlagen geführt, wodurch natürliche Uferlebensräume verloren gingen. Heute gehören Häfen zu den letzten Flächen mit trockenwarmen Lebensräumen. Diese wiederum sind vom Ausbau der Häfen für den Containerumschlag bedroht.
Boote für Waren- und Personentransport
Boote und kleinere Schiffe dienten schon lange der Fortbewegung der Fischer und Schifferleute auf dem Rhein. Das typische Fischerboot, der , hat seinen Namen erhalten, weil die Fischer mit ihm auf die «Fischwaid» fuhren, also ihre Netze auswarfen und ihre Reusen leerten. Heute prägen diese traditionellen Boote der Wasserfahrer das sommerliche Bild am Rhein. Die kleinen Boote dienten seit dem Spätmittelalter auch zum Personen- und Warentransport. Kanäle und kanalisierte Strecken von Flüssen ermöglichten einen Warentransport auf dem Wasser. Pferde zogen die beladenen Kähne über die teilweise sehr langen Wasserstrassen.
Aufstieg der Schifffahrt
Mit der Korrektion des Oberrheins und dem ersten Dampfschiff, das Basel um 1832 erreichte, wuchs der Warenverkehr auf dem Rhein stetig an. Als wichtiger Grundstein zur Rheinschifffahrt hob die Mannheimer Akte von 1868 das Zollwesen am Rhein auf und machte den Rhein bis Rheinfelden zum internationalen Gewässer. Gleichzeitig wurde der Warenimport für die Industrie und den Handel in der Region immer wichtiger. Nachdem um 1902 der erste Schleppzug Kohle nach Basel transportiert hatte, dauerte es weitere 20 Jahre bis das erste gebaut wurde. Zum Weitertransport der Waren auf der Schiene wurden um 1926 auch die Geleise der Hafenbahn verlegt und es siedelten sich Reedereien und Transportfirmen an. In den Jahren 1939 und 1940 wurden das Hafenbecken 2 in Kleinhüningen sowie der Birsfelder Hafen und der Auhafen in Muttenz in Betrieb genommen und danach stetig ausgebaut. Verschiedene Anläufe zur Schiffbarmachung des Rheins oberhalb von Rheinfelden verliefen hingegen aufgrund der hohen Kosten und der stagnierenden Importzahlen im Sand.
Verlust von Uferlebensräumen
Mit dem Hafenbau in Basel und der damit verbundenen Infrastruktur wurden das Fischerdorf Kleinhüningen und die ausgedehnten Gemüsegärten am Rhein in ein Industriequartier von Basel verwandelt. Der gleichzeitige Bau des hat zudem den Fliesscharakter des Rheins verändert. Der Rheinaufstau verhinderte starke die Wasserstandschwankungen und ermöglichte einen gleichbleibenden Wasserstand im Kleinhüninger Hafen. Gleichzeitig blieben periodische Überflutungen durch Hochwasser im Uferbereich aus. Als Folge davon sind Nasslebensräume der früheren Auen verschwunden wie zum Beispiel die Altarme auf der ehemaligen Schusterinsel. Mit ihnen verschwanden und Grossseggenbestände sowie die Tiergemeinschaften stehender Gewässer. Der Aufstau des Rheins hat zu einer Veränderung der Fischartenzusammensetzung geführt, indem Stillwasserarten gefördert wurden.
Platz für Trockenrasen
Mit dem Bau der Hafenbahn und Hafenbecken entstanden auf dem Areal Pionierböden aus Geleiseschotter, Kies oder Sand. Das periodische Befahren, die periodische Nutzung als Lagerfläche und das aktive Freihalten der Flächen hat das Aufkommen von Gehölzen verhindert. In der Folge konnten sich Trockenrasen entwickeln, wie sie sonst nur noch in der Oberrheinebene nördlich von Basel existieren. Zu den typischen und verbreiteten Arten im Hafengebiet gehören zum Beispiel die Dachtrespe (Festuca tectorum), das Knollige Rispengras (Poa bulbosa) oder die seltene weisse Form der (Ophrys apifera) im Birsfelder Hafen. Typische Arten bei den Heuschrecken sind die Sandschrecke (Sphingonotus caerulans) oder die (Oedipoda coerulescens).
Das Tor zur Schweiz
Mit dem Wachstum des Warentransports wurden die Rheinhäfen als das «Tor zur Schweiz» bezeichnet. Das Transportgewerbe und die Logistik haben sich seit 1950 stark diversifiziert und modernisiert. Die Verteilernetze auf dem Wasser, auf der Schiene und auf der Strasse sind zusammengewachsen und effizienter geworden. In den drei Rheinhäfen der Kantone Basel-Stadt und Basel-Land werden mengenmässig zehn bis zwölf Prozent des gesamten Aussenhandels umgeschlagen. Rund drei Millionen Tonnen Mineralölprodukte (Benzin, Flugpetrol, Diesel- und Heizöl) werden hauptsächlich über den Auhafen Muttenz importiert. Über 1,5 Millionen Tonnen Eisen- und Stahlprodukte sowie weitere Flüssig- und Trockengüter werden in den Rheinhäfen Kleinhüningen und Birsfelden «gelöscht». Seit den 1990er-Jahren nimmt der Transport in Containern stark zu.
Entwicklungsgebiete und bessere Vernetzung
Früher lagen die Frachtschiffe mehrere Tage im Hafen bis sie gelöscht (entladen) waren. Heute ist die Liegezeit der Schiffe in den Häfen stark zurückgegangen. Die meisten Trockengüter werden heute in Containern verschifft. Dadurch hat der Flächenbedarf der Reedereien und Handelsfirmen abgenommen. Gleichzeitig hat die Stadt Basel nur wenige Möglichkeiten zur Stadtentwicklung. In einem Teil des Basler Hafenareals direkt am Rheinufer soll deshalb ein neues Wohn- und Arbeitsquartier entstehen. Gleichzeitig möchten Naturschutzkreise aber auch die wertvollen Trockenrasen erhalten.
Optimierung der Hafenstandorte
Der Rheinhafen in Kleinhüningen möchte sich vom Rheinufer weg in Richtung Bahnlinie nach Osten ausdehnen. In einer ersten Etappe soll vorerst ein grosser Containerterminal für den Umschlag Bahn-Lastwagen entstehen. In einer späteren Etappe ist ein drittes Hafenbecken geplant. Auf dem Rhein soll die Erreichbarkeit des Birsfelder Hafens und des Auhafens verbessert werden, indem die Zulassung längerer Schiffe geprüft und die Schifffahrtsrinne in Basel ausgetieft wird. Zudem werden diese südlichen Hafenanlagen durch optimale Anlegestellen optimiert, besser mit dem Industriegebiet Schweizerhalle verknüpft und durch neue Geleise der Hafenbahn besser erschlossen. Der Birsfelder Hafen soll im Rahmen einer Arealentwicklung auch mit weiteren Betreiben, zum Beispiel aus dem Dienstleistungsbereich ergänzt werden.
DK