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Des échanges scientifiques existent depuis très longtemps entre la Suisse et la Lituanie. Au 19e et au début du 20e siècle déjà, de nombreux Lituaniens étudiaient dans les universités suisses, dont le philosophe et futur recteur de l’Université de Kaunas, Stays Salkauskis. Le Conseil fédéral a reconnu la première République de Lituanie en août 1921. Un consulat fut ouvert à Kaunas, qui était alors la capitale du pays. La mission diplomatique lituanienne établie à Berne depuis 1918 dépendait de l’ambassade à Berlin. Les relations, interrompues en 1940 par l’annexion soviétique, furent rétablies immédiatement après le putsch manqué de Moscou en août 1991. La Suisse n’a jamais reconnu l’annexion du pays par l’Union soviétique.
Dans les années 1990, la Suisse a soutenu la Lituanie à travers la coopération avec l’Europe de l’Est pour un montant d’environ 26 millions CHF dans les domaines de la santé, de la cartographie et de la géodésie, de la protection de l’environnement et du système bancaire.
L’ambassade de Suisse à Riga (Lettonie) est chargée de représenter les intérêts suisses en Lituanie.
Lituanie, Dictionnaire historique de la Suisse