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La grotte de Saint-Brais II, de renommée nationale depuis la découverte par Frédéric-Edouard Koby, en 1955, d'une incisive d'homme de Néandertal, a été victime de fouilles sauvages. Le portail en fonte cadenassé protégeant l'entrée de la grotte a en effet été retrouvé entrouvert lors du congé pascal, des seaux et des outils attestant de travaux ayant eu lieu récemment dans la cavité. La Section d'archéologie et paléontologie de l'Office de la culture a déposé plainte, après un constat opéré sur place par la police cantonale.
La grotte de Saint-Brais II fait partie d'un ensemble de trois grottes situées en pied de falaise à l'est de Saint-Brais. Lors de la dernière glaciation, l'extension maximale des glaciers a épargné le territoire cantonal, ce qui a permis la conservation ponctuelle de vestiges d'occupations humaines antérieures à la fin de cet événement. La grotte de Saint-Brais II est le plus célèbre de ces sites jurassiens. C'est en effet à cet emplacement qu'une incisive supérieure gauche de Néandertalien, datée d'environ 40'000 ans av. J.-C., a été retrouvée lors de fouilles menées dans les années 1950 par F.-E. Koby, ophtalmologue jurassien féru de spéléologie et d'archéologie. Il s'agit d'un des deux plus anciens restes humains de Suisse, remontant au Paléolithique moyen, le second étant représenté par un maxillaire supérieur retrouvé dans la grotte de Cotencher (canton de Neuchâtel). Le niveau moustérien dans lequel la dent a été retrouvée contenait également des ossements d'ours des cavernes, de même qu'une industrie peu abondante en silex et quartzite. L'importance du site étant démontrée, décision fut prise il y a une trentaine d'années de protéger la grotte à l'aide d'une grille cadenassée, ceci afin d'éviter des déprédations et ainsi de préserver les sédiments encore en place en vue d'y mener ultérieurement de nouvelles recherches.
Suite à ce constat d'infraction, la grille a été à nouveau sécurisée afin de mettre un terme à ces fouilles sauvages. Entreprises sans supervision scientifique, ces dernières mettent non seulement en danger un patrimoine unique et inestimable, mais se déroulent en violation de la législation nationale et cantonale protégeant les sites archéologiques et paléontologiques. La grotte de Saint-Brais II n'est pas le seul site ayant subi de telles "visites" durant ces dernières décennies : force est de constater que d'autres grottes jurassiennes sensibles au niveau archéologique ou paléontologique ont également été sondées par des curieux peu respectueux du patrimoine commun.
Le projet de loi sur la protection du patrimoine archéologique et paléontologique, qui sera discuté par le Parlement lors de sa prochaine séance du 29 avril, prévoit de clarifier davantage les mesures de protection des sites archéologiques et paléontologiques d'importance et de revoir à la hausse les peines prévues à l'encontre des individus qui les pillent ou les détruisent volontairement.