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Kleinseen und Weiher
Für den Erhalt der biologischen Vielfalt sind Kleinseen und Weiher von herausragender Bedeutung. Deren Wasserqualität ist für den Arten- und Biotopschutz, für die Fischerei und die Erholung eine wesentliche Grundlage. Ziel der Gewässeruntersuchungen ist es, die Wasserqualität der Kleinseen und Weiher im Thurgau zu beurteilen und wo nötig zu verbessern und sie nachhaltig zu sichern.
Die zunehmende Eutrophierung der Gewässer (Zunahme des Nährstoffgehalts) in den 60er und 70er Jahren des 20. Jahrhunderts hat auch vor den Weihern und Seen im Thurgau nicht Halt gemacht. Das Nährstoffproblem vieler Kleinseen und Weiher konnte inzwischen mit verschiedenen Massnahmen bedeutend entschärft werden, ein weiteres Monitoring ist aber dennoch von Nöten. Ein Beispiel solcher Massnahmen ist die Tiefenwasserableitung am Hüttwilersee.
Der Bodensee wird in einem eigenen Kapitel behandelt.