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Geschichte
Die erste Besiedlung der Gegend von Wünnewil geht auf die Römerzeit zurück. Im 11. Jahrhundert gehörte das Gemeindegebiet dann zum Einflussbereich der Zähringer, wovon Reste ehemaliger Befestigungen beim Altschloss in Wünnewil und in Dietisberg zeugen.
Auch die Gründung der Pfarrei Wünnewil geht auf die Zeit der Zähringer zurück. Erstmals erwähnt wurde die Kirche 1128. Sie war der heiligen Margaretha geweiht. Die Pfarrei umfasste damals das Dorf Wünnewil und die Weiler Dietisberg und Elswil.
Die Gegend von Flamatt war lange Zeit unbedeutend, wurde aber mit der Grenzregelung von 1467 freiburgisch und in der Folge der Pfarrei Wünnewil zugeteilt. In dieser Zeit war Sensebrück ein wichtiger freiburgischer Zollposten. Dieser erlangte auch Bedeutung durch die "sensischen Tagsatzungen" welche sich im Zollhaus trafen. Dabei wurden Fragen von gemeinsamem Interesse diskutiert und Lösungen zu Meinungsverschiedenheiten gesucht. 1529 kam es zu ernsthaften Auseinandersetzungen, weil Bern die Reformation einführte und Freiburg den alten Glauben verteidigte.
1848 wurden die Aufgaben und Güter zwischen den Pfarreien und den politischen Gemeinden entflochten, dabei übernahm die politische Gemeinde Wünnewil das Gebiet der alten Pfarrei. Bis zur Grenzbereinigung am 1. Januar 1977 war sie durch das Gemeindegebiet von Bösingen in zwei Teile getrennt. Bei dieser Bereinigung war das Hauptziel, einheitliche Grenzen für Gemeinde, Pfarrei und Schulkreise zu schaffen. 1972 wurde der Gemeindeteil Flamatt in den Namen der politischen Gemeinde integriert, seither heisst die Gemeinde Wünnewil-Flamatt.
Gemeindename
Die Herkunft des Namens Wünnewil ist nicht klar. Er wurde lateinisch ‚vilar winum' geschrieben, was übersetzt Weinwil heisst.
Wahrscheinlicher ist jedoch, dass der alte Name Wunnenwil auf einen Allemannen namens Wuno zurück geht.
Flamatt ist auf den Namen Plamatten zurück zu führen, was ebene, flache Matte heisst.