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Sur le Plateau, où se trouvent des cours d'eau d'une grande valeur écologique du point de vue de la reconstitution des eaux souterraines, de l'approvisionnement en eau potable, de la diversité naturelle et de l'aménagement des paysages, environ 40% des cours d'eau sont rectifiés ou fortement aménagés. Cette situation a des effets négatifs sur la sécurité contre les crues car l'espace nécessaire au cours d'eau fait défaut. De plus, la diversité naturelle à l'intérieur et le long des cours d'eau est fortement réduite. La migration des poissons est souvent interrompue et les paysages sont appauvris du fait des déficits structurels dont souffrent les cours d'eau, ce qui réduit leur valeur récréative pour la population. Par ailleurs, le pouvoir d'auto-épuration des eaux est diminué.
Les prélèvements d'eau dans les eaux de surface, tels que ceux pour l'irrigation ou la production d'électricité, influencent le régime hydrologique naturel des cours d'eau. A l'aval de ces prélèvements, il s'écoule une quantité d'eau réduite qui est appelée "débit résiduel". Cette quantité d'eau doit être suffisante afin de préserver les fonctions naturelles du cours d'eau (ex: habitat pour la faune et flore, structuration du paysage, auto-épuration). La loi fédérale sur la protection des eaux de 1991 (LEaux) fixe des débits résiduels devant être respectés selon l'importance des cours d'eau.
Les prélèvements d'eau dont la concession a été accordée avant l'entrée en vigueur de la LEaux doivent être assainis, afin de rétablir un débit résiduel qui satisfasse les besoins environnementaux, ainsi que le besoin de production énergétique.
L'exploitation de la force hydraulique a encore d'autres effets négatifs sur les écosystèmes fluviaux. En aval d'environ un quart des moyennes à grandes centrales hydroélectriques suisses, les débits de cours d'eau subissent des variations brusques (éclusées). Lors de ces brèves variations, le débit maximal peut être 10 à 40 fois plus élevé que le débit minimal, ce qui a des effets nuisibles notamment sur les animaux aquatiques qui sont emportés, puis s'échouent.
Le régime de charriage est souvent fortement altéré par les aménagements de cours d'eau, les dépotoirs à alluvions et les centrales hydroélectriques. Le charriage naturel se trouve aujourd'hui fortement réduit dans plus de 40% des cours d'eau étudiés sur l'ensemble de la Suisse. Ces interventions peuvent nuire à la faune et à la flore indigènes et entraver l'alimentation des nappes souterraines ainsi que la protection contre les crues.