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Dann programmier dir einen eigenen Timer, der nur zwischen der Start und Stop Periode aktiv ist, Das lässt sich über einen der drei Hardwaretimer des Atmega Controllers realisieren. Idealerweise nicht timer0, weil der wird vom Arduinoframework für millis() und delay() genutzt.
Der Hardwaretimer muss jede Millisekunde einen Interrupt ausführen. In der Interruptroutine wird ein unsigned long Wert inkrementiert.
Dann hast du einen eigenen Millis-Timer, der bei jedem Stopvorgang auf Null gesetzt wird.
Es wäre schön wenn eine Frage von Anfang an exakt formuliert wird und nicht im Nachhinein, nachdem schon geantwortet wurde, um für eine korrekte Antwort relevante Informationen ergänzt wird.
Du kannst natürlich auch ein RTC Modul verwenden.