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Behe sieht, dass evolutionäre Erklärungen auch komplexer Strukturen durchaus möglich sind. Aber in seinen Augen besteht ein prinzipieller Unterschied zwischen dem Auge und der Bakteriengeißel. Während bei der Entwicklung des Auges schon die Vorgängerstrukturen die Funktion des Sehens (mehr oder weniger gut) erfüllen, kann dies bei der Bakteriengeißel nicht der Fall sein. Augen sind eben nicht irreduzibel komplex; auch wenn das eine oder andere Teil fehlt, wird die Funktion, wenn auch etwas schlechter, erfüllt. Bei der Bakteriengeißel gilt dagegen: Wenn auch nur ein Teil fehlt - etwa Filament, Stab oder Haken - kann die Struktur die Funktion nicht mehr erfüllen. Genau darin besteht ja die irreduzible Komplexität der Bakteriengeißel.
Behe übersieht hier offenbar zwei Dinge. Erstens hatten wir schon gesehen, dass im Genom von Lebewesen immer wieder nutzlose Kopien funktionstüchtiger Gene vorkommen. Schon beim Duplikationsprozess können schwerwiegende Fehler auftreten; häufig werden solche Kopien aber erst durch spätere Mutationen so verändert, dass sie selbst funktionslos werden. In beiden Fällen spricht man von „Pseudogenen". Entscheidend ist hier Folgendes: „Das duplizierte Gen ist [...] nicht demselben Selektionsdruck ausgesetzt wie das Original-Gen, da ein Nicht-Funktionieren des Duplikats nicht weiter tragisch ist, wenn das Original-Gen noch funktioniert" (ebd.). Damit ergibt sich die Möglichkeit des Entstehens neuer vorteilhafter Merkmale, so wie etwa die Grün-Opsin-Gene bei Säugetieren durch Gen-Duplikation aus den Rot-Opsin-Genen entstanden sind. An sich funktionslose Kopien von Genen können also im Laufe der Entwicklung durchaus eine neue Funktion gewinnen.
Zweitens, und das ist wohl noch wichtiger, können die Teile einer irreduzibel komplexen Struktur sehr wohl nacheinander entstehen, wenn sie, bevor alle Teile beisammen sind, anderen Zwecken dienen. So hat z.B. Kenneth Miller (2007) darauf hingewiesen, dass die Basisringe der Bakteriengeißel den Ringen des so genannten TypTII-Sekretionssystems sehr ähnlich sind, während die Nadel des Sekretionssystems dem Haken der Geißel ähnelt. Die Bakteriengeißel könnte also aus einem Typ-III-Sekretionssystem hervorgegangen sein, das deutlich weniger Teile umfasst als die Geißel selbst. Pallen und Matzke (Pallen & Matzke 2006, Matzke 2006) haben sogar versucht, im Detail ein Modell zu entwickeln, das verständlich macht, wie die Bakteriengeißel Schritt für Schritt in einem evolutionären Prozess entstanden sein könnte. Seriöserweise kann man daher im Augenblick nur sagen, dass die evolutionäre Entwicklung der Bakteriengeißel zwar noch nicht vollständig aufgeklärt ist - so wie es viele andere bisher ungelöste Probleme für die Darwinsche Theorie gibt -; aber nichts spricht dafür, dass eine evolutionäre Erklärung in diesem Fall prinzipiell unmöglich ist.
Ganz generell unterschätzt Behe die Fähigkeit der Evolution, aus schon Vorhandenem neue und zum Teil sogar irreduzibel komplexe Strukturen zu entwickeln. In seinem Buch Finding Darwin's God erläutert Kenneth Miller diese Fähigkeit am Beispiel von Hammer, Amboss und Steigbügel, den drei kleinsten Knochen, die die Schwingungen des Trommelfells auf das Innenohr übertragen. Dieses System aus fünf Teilen ist nach Behes Definition sicher irreduzibel komplex - wenn auch nur ein Teil fehlt, kann das System seine Funktion nicht erfüllen. Und dennoch kann man gut nachvollziehen, wie dieses System evolutionär entstanden ist, weil sich fast alle Stadien durch fossile Funde belegen lassen. Am Anfang der Entwicklung steht bei manchen Reptilien eine dreiteilige Struktur, in der die Funktion von Hammer, Amboss und Steigbügel von einem einzigen Knochen wahrgenommen wird. In der Folge werden zwei Knochen, die zunächst als Teile des hinteren Unterkiefers eine andere Funktion erfüllten, nach hinten verschoben, verkleinert und schließlich an diesen einen Knochen angefügt, wodurch das Gesamtsystem funktionstüchtiger wird. Es finden sich sogar Fossilien, bei denen diese beiden Knochen in einem Zwischenstadium noch beiden Funktionen dienen.
Erinnern wir uns an Behes Aussage „Wenn nämlich irgendeinem Vorgänger eines irreduzibel komplexen Systems ein Teil fehlt, führt dies definitionsgemäß zum Funktionsverlust." Nun, man kann es nicht anders sagen - diese Aussage ist falsch. Was die Evolution tut, ist, Teile hinzuzufügen, die lebende Systeme erweitern, verbessern und manchmal sogar vollständig umgestalten. Wenn die Erweiterung oder Umgestaltung abgeschlossen ist, kann es durchaus sein, dass jedes Teil des endgültigen Systems tatsächlich unverzichtbar ist - so wie bei Hammer, Amboss und Steigbügel. Diese ineinandergreifende Notwendigkeit bedeutet nicht, dass sich das System nicht aus einfacheren Versionen entwickeln konnte - und in diesem Fall wissen wir, dass genau dies passiert ist. (K. Miller 2000,139)
Damit spricht Miller eine weitere Überlegung an - dass die Teile einer Struktur, auch wenn sie am Ende unverzichtbar sind, in den Zwischenstadien der Entwicklung dieser Struktur keineswegs immer unverzichtbar gewesen sein müssen. Wenn man z. B. einen Wasserlauf überqueren will, kann man dies tun, indem man zu Beginn einige (sagen wir drei) große Steine in den Wasserlauf legt - mit überwindbaren Zwischenräumen, damit das Wasser weiter fließen kann. Um das Überqueren bequemer zu machen, kann man in einem zweiten Schritt ein Holzbrett oder eine andere Planke über die Steine legen. Zum Schluss kann man dann den zweiten Stein entfernen, so dass eine Brücke entsteht. Im dritten Stadium ist das Brett oder die Planke unverzichtbar; im zweiten Stadium war sie es offenbar noch nicht. Alle diese Überlegungen zeigen, dass es entgegen der zentralen These Behes offenbar viele Möglichkeiten gibt, wie auch irreduzibel komplexe Strukturen evolutionär entstehen können.