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Einerseits will der Zoo Zürich mit dem Erlebnis und der Faszination, die von Tieren ausgeht, seine Besucher für die Erhaltung der Biodiversität sensibilisieren. Andererseits engagiert sich der Zoo aber auch direkt in sieben Schwerpunktregionen im In- und Ausland für den Naturschutz.
Der vom Zoo Zürich angelegte Naturschutzfonds, über den die ausgeschütteten Gelder fliessen, wird gespiesen durch zwei Prozent des Umsatzes der Zoorestaurants und -shops und durch Mittel, die von Einzelpersonen, Organisationen und Stiftungen für die Naturschutzprojekte eingeworben werden. Der Zoo Zürich versteht sich als Naturschutzzentrum und folgt den Grundsätzen der Naturschutzstrategie des Weltverbandes der Zoos und Aquarien WAZA.
Im Hinblick auf die Eröffnung der neuen Australienanlage am 29. März 2018 engagiert sich der Zoo Zürich neu in einem achten Naturschutzprojekt in Australien. Im Projekt geht es um den Schutz von sechs vom Aussterben bedrohten Beuteltieren, insbesondere des Beutelteufels, der auch Tasmanischer Teufel genannt wird. Das Projekt beinhaltet eine Zusammenarbeit mit dem Australian Reptile Park im Norden von Sydney.
Eng ist die Zusammenarbeit auch mit der Stiftung Paneco zum Schutz der Orang-Utans in Sumatra. In diesem Projekt werden illegal gefangene oder als Haustiere gehaltene Orang-Utans in einer Auffangstation medizinisch versorgt, bevor sie in einer Auswilderungsstation auf ihr Leben in der Wildnis vorbereitet werden. 2017 haben zwei wiederausgewilderte Tiere erstmals Junge geboren.
Der Antartic Research Trust ART konnte mit der Unterstützung des Zoo Zürich auf einer von ihm gekauften, 300 Hektar grossen Falkland-Insel ein Haus für Forschungsarbeiten errichten. Der ART erforscht die Pinguine in der Antarktis und setzt sich für den Schutz ihrer Lebensräume ein.
In der im Cali Zoo in Kolumbien unterstützten Zuchtstation für Amphibien werden gesunde Bestände gefährdeter Arten aufgebaut. Sie sind in der Wildnis durch einen tödlichen Hautpilz bedroht, den sogenannten Chytridpilz. Hier konnten 2017 weitere gefährdete Arten zur Zucht aufgenommen werden.
Die weiteren Naturschutzprojekte, die im Jahr 2017 unterstützt wurden, sind der Masoala Nationalpark in Madagaskar, das Lewa Wildlife Conservancy in Kenia, Projekte im Umfeld des Kaeng Krachan Nationalparks in Thailand sowie die Stiftung Fledermausschutz in der Schweiz.
Es fliessen keine Gelder aus dem Betriebsbudget des Zoo Zürich in den Naturschutzfonds. Dank der grossartigen Unterstützung von Einzelpersonen, Organisationen und Stiftungen konnte der Zoo im letzten Jahr über 1.6 Millionen Franken in seine Naturschutzprojekte investieren.