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Le risque d’émergence d’arboviroses, ces maladies virales transmises par des arthropodes (par exemple : moustiques, tiques), a été analysé par Jones KE et coll.1 Il apparaît que si aucune zone de la planète n’est totalement à l’abri de tels risques, en revanche, certaines régions du monde constituent clairement des points plus « chauds », en particulier la zone intertropicale (figure 1). Smolinski et coll. ont formalisé le concept d’un « modèle de convergence » des facteurs d’émergence épidémique.2 L’émergence épidémique ne serait le plus souvent pas causée par un seul déterminant, mais plutôt par la convergence de multiples facteurs : physiques et environnementaux, génétiques et biologiques, écologiques, sociaux, politiques et économiques. Ces facteurs agissent, bien sûr, sur l’homme et l’agent microbien. Dans leur sagesse et leur prudence, les concepteurs du modèle de convergence ont prévu de laisser une zone d’ombre, représentant les facteurs non expliqués en l’état des connaissances, et qui échapperaient aux catégories sus-citées (il s’agit de la case noire centrale de la figure 2). Smolinski et coll. ont ainsi recensé treize facteurs (tableau 1) contribuant à l’émergence d’une épidémie de maladies infectieuses. Notre article évalue ici les rôles respectifs qu’ont pu jouer ces facteurs sur l’émergence épidémique du Chikungunya dans l’océan Indien en 2006-2007.
Le Chikungunya est une arbovirose identifiée en 1952, en Tanzanie. L’alphavirus responsable, de la famille des Togaviridae, ne connaît qu’un seul sérotype, mais trois lignées (celle de l’Afrique de l’Ouest, d’Afrique de l’Est-Centre-Sud, et d’Asie). L’épidémie survenue dans l’océan Indien en 2005-2007 avait émergé à partir d’une souche de la lignée d’Afrique de l’Est-Centre-Sud, tracée par épidémiologie moléculaire à partir des régions côtières du Kenya (Lamu, Mombasa) dès les mois d’avril-mai 2004.3 Une première vague épidémique dans l’océan Indien, de faible amplitude a été observée en 2005, puis une seconde vague plus importante en 2006, et sur certaines îles de la région (île Maurice, Seychelles, Madagascar) une troisième et dernière vague en 2007.4 L’épidémie liée à cette souche de lignée africaine s’est propagée à partir de 2006 en Inde et sur le continent asiatique provoquant plus d’un million et demi de cas. De nombreux cas ont été rapportés à la suite d’infections de voyageurs dans de nombreux pays européens, mais aussi nord-américains. Un foyer autochtone en 2007 a même été observé à Ravenne, en Italie, causant plus de 260 cas. Les taux d’attaque rapportés dans l’océan Indien étaient de 40 à 75 %, avec un faible taux d’infections asymptomatiques (moins de 10 %). Le taux de reproduction de base a été estimé entre 3 et 4 (voir encadré en fin d’article), l’incubation entre 3 et 7 jours, laissant place à une symptomatologie associant une fièvre modérée, des arthralgies à prédominance distale et une guérison le plus souvent complète en une semaine. Des séquelles douloureuses et de rares complications pouvant évoluer vers le décès ont été rapportées. Aucun réservoir animal n’a pu être identifié malgré les recherches intenses conduites dans l’océan Indien, mais la plupart des vertébrés qui ont pu être testés se sont avérés des hôtes amplificateurs, comme l’homme. Le macaque de l’île Maurice en particulier s’est révélé être un excellent modèle animal, reproduisant fidèlement les signes et les symptômes de la maladie chez l’homme (il a été utilisé par la suite pour des expérimentations en animalerie sécurisée pour des essais sur la chloroquine et sur un candidat vaccin, issu des recherches de l’armée américaine). Les deux vecteurs compétents pour le virus du Chikungunya sont Aedes aegypti et Aedes albopictus (qui n’était pas connu pour être compétent jusqu’à cette épidémie). Sur l’île de La Réunion, c’est d’ailleurs Aedes albopictus qui était le vecteur prédominant.4 A la suite de cette épidémie, une nouvelle émergence épidémique a concerné, à partir de 2013, les continents d’Amérique du Sud et du Nord ainsi que de nombreuses îles de l’océan Pacifique, causant plusieurs millions de cas, de transmission autochtone dans 90 % des cas. Mais il s’agissait d’une souche de la lignée asiatique sans rapport donc avec la diffusion de celle de l’océan Indien.5
Au cours de l’épidémie de Chikungunya, une équipe de l’Institut Pasteur a mené un travail dans l’océan Indien6 au cours duquel elle a séquencé 92 virus obtenus auprès de 89 patients, entre mars 2005 et mars 2006. Il est apparu que, sur la plupart des échantillons prélevés durant la seconde vague épidémique, lors de l’été austral (c’est-à-dire entre septembre 2005 et mars 2006), les virus avaient une mutation du codon A226 (présents sur les isolats prélevés durant la première vague, entre mars et juin 2005) en V226. Il semble donc bien qu’il y ait eu une adaptation microbienne du virus, soit vis-à-vis de l’homme, ou plus vraisemblablement vis-à-vis du moustique Aedes albopictus qui n’était pas le vecteur prédominant au Kenya ou aux Comores d’où l’épidémie est venue. Des études épidémiologiques ont pu montrer ultérieurement7 que la force de contagion épidémique, que l’on peut mesurer par l’estimation du taux de reproduction de base, R0, était de même ordre (entre 3 et 4) durant la première vague et la seconde, sur l’île de La Réunion. La mutation du virus Chikungunya ne l’aurait donc pas rendu plus virulent, ni même plus contagieux, mais seulement mieux adapté à son nouveau vecteur.
Le taux d’attaque, de l’ordre de 40 % à l’île de La Réunion (jusqu’à 75 % au Kenya), montre la grande susceptibilité de la population qui n’avait pas de trace sérologique d’infections passées au virus Chikungunya. Il a fallu que le système sanitaire français ait à faire face à cette épidémie de Chikungunya pour qu’on découvre des transmissions néonatales avec des formes graves (par exemple, des toxidermies bulleuses néonatales), des formes sévères chez l’adulte âgé ou fragile (avec 2 à 4 % de l’ensemble des cas hospitalisés, dont une partie en services de soins intensifs), des séquelles douloureuses articulaires pendant plusieurs semaines, voire mois, et enfin quelques décès (255 rapportés sur 266 000 cas rapportés à La Réunion par la veille sanitaire) ; une surmortalité en excès de 30 % (de toutes causes) a été mesurée pendant la période du pic épidémique (février 2006) à La Réunion.4
Si l’on a pu montrer récemment que l’épisode El Nino avait été l’un des facteurs déclenchants de l’émergence épidémique du Zika au Nord-Est du Brésil en 2015,8 des chercheurs de la NASA3 ont pu, dès l’épidémie de Chikungunya dans l’océan Indien en 2004-2007, identifier également des facteurs climatiques et écosystémiques très voisins de ceux décrits au Brésil, en sachant que dans les deux cas, il s’agit d’arboviroses transmises par les mêmes vecteurs (Aedes aegypti au Kenya et au Brésil). En 2004, un épisode La Niña pouvait être mesuré dans l’océan Pacifique Sud. Les changements de température de la plus grande masse d’eau de la planète ont des répercussions sur de très nombreuses régions du monde, la Corne d’Afrique y étant particulièrement sensible, malgré son éloignement de l’origine du phénomène. Ainsi, l’épisode La Niña de 2004 a eu pour conséquences un épisode de fortes sécheresses et canicules sur les villes de Lamu et Mombasa vers les mois d’avril et surtout de mai 2004, au moment même où l’épidémie de Chikungunya allait démarrer dans ces deux villes. Issus de pays à faibles niveaux de revenus, les habitats de ces villes côtières n’ont souvent pas d’eau courante, ce qui nécessite de se rendre aux puits. En période de sécheresse, les populations gèrent l’eau avec parcimonie, et ont tendance à la stocker plusieurs jours, à l’abri du soleil près des cases qu’elles habitent, offrant involontairement de très nombreux gîtes larvaires à des moustiques urbanisés comme Aedes aegypti dont le rayon d’action est faible et les lieux de ponte proches des hommes et de leurs habitations. Il aura suffi, dans ce contexte, de quelques individus porteurs du virus Chikungunya séjournant dans ces deux villes kenyanes pour que flambe une intense épidémie qui allait infecter 75 % de la population et s’exporter sur l’ensemble des archipels de l’océan Indien et sur le continent asiatique. La Réunion est une île subtropicale. Certes, les températures « hivernales » (période allant de juin à septembre dans l’hémisphère austral) n’y descendent pas beaucoup au-dessous de 20 degrés Celsius, et n’empêchent donc pas totalement les cycles de reproduction du moustique Aedes albopictus, mais en limitent beaucoup la pullulation par rapport à la période « estivale ». Ainsi lorsque le virus Chikungunya s’est propagé de Mayotte à La Réunion ou à l’île Maurice, en mars 2005, assez rapidement l’hiver austral est venu casser la dynamique épidémique, sans pour autant en éliminer totalement la circulation. La veille sanitaire a enregistré durant tout l’hiver austral une cinquantaine à une centaine de cas hebdomadaires. Cette circulation résiduelle a été à l’origine de la flambée épidémique majeure (plus de 45 000 cas par semaine au moment du pic épidémique) observée dès le mois de décembre 2005 et dont le pic devait se produire en février 2006 (figure 3).
Le moustique qui transmet le virus Chikungunya est quasiment « domestiqué » par la population, puisque la femelle choisit ses gîtes larvaires pour pondre à proximité des habitations. Aedes aegypti et Aedes albopictus sont très adaptés à l’environnement urbain, même si Aedes albopictus garde une excellente adaptabilité aux environnements ruraux, en particulier lorsqu’il est chassé des milieux urbains par les services de démoustication. Plusieurs expériences dans le passé ont montré (à Cuba ou à Singapour) qu’une forte mobilisation citoyenne pouvait permettre un certain contrôle de la pullulation des moustiques Aedes dans les villes, et par là-même contribuer au contrôle épidémique. Des actions de mobilisation citoyenne ont été entreprises à plusieurs reprises tant à La Réunion qu’à Mayotte (appelées en créole « Opérations Kass Mustik »). Pour penser ces actions, il fut important de bénéficier de la collaboration de sociologues pour mieux comprendre la perception, mais aussi les croyances et les attitudes de la population vis-à-vis du risque. L’équipe de Michel Setbon (CNRS, Aix-en-Provence) a conduit une étude sur un échantillon représentatif de 1000 personnes, résidentes de l’île de La Réunion, au moment même du pic épidémique de février 2006, alors que la couverture médiatique locale (et nationale) du sujet était maximale.9 Il a identifié d’assez larges segments de la population (plus de 20 %) qui ne croyaient pas que le moustique était le vecteur du virus Chikungunya, mais qui pensaient que la transmission du virus avait lieu par contacts interhumains ou par aérosols. Ces croyances étaient particulièrement fréquentes auprès des couches les plus défavorisées de la population de l’île, tant sur les plans social, économique que de niveau d’éducation. Une intervention a alors visé à mobiliser davantage les communautés locales pour lutter contre le moustique vecteur du Chikungunya. Les opérations « Kass-Mustik », réitérées après la fin de l’hiver austral (dès octobre 2006), puis durant les mois suivants, ont pu être évaluées par les entomologistes. L’indice de Breteau, qui mesurait ici le pourcentage de foyers infestés par des larves du moustique Aedes albopictus, était estimé à plus de 80 %, le 29 octobre 2006, la veille de l’opération Kass-Mustik, dans la ville de Saint-Benoît (La Réunion), il est retombé quasiment à zéro durant la semaine qui a suivi l’opération, et s’est maintenu à des valeurs inférieures à 20 % jusqu’au mois de décembre 2006.4 Même si le lien de causalité est difficile à affirmer, l’absence de retour de l’épidémie durant les mois qui ont suivi, tant à La Réunion qu’à Mayotte où les mêmes efforts ont été déployés, alors que la circulation du virus Chikungunya restait intense dans les îles voisines, est possiblement attribuable, au moins en partie, à l’efficacité des opérations de mobilisation citoyenne, menées à cette époque dans les départements français d’outre-mer.
Le niveau de développement économique peut être un facteur d’émergence épidémique. Jusqu’au début du vingtième siècle, la Grèce a connu de très fortes épidémies de dengue (plus d’un million de cas rapportés en 1920), mais ces épidémies de grande ampleur ont disparu des régions du sud de l’Europe lorsque l’eau courante a été installée progressivement dans les foyers. C’est aussi l’habitat précaire qui a contribué à l’émergence de l’épidémie de Chikungunya au Kenya, à Lamu et Mombasa, à partir d’avril-mai 2004, en conjonction avec la vague de sécheresse et de chaleur décrite plus haut. Ce sont les mêmes facteurs qui ont été retrouvés au nord-est du Brésil, en 2015, pour l’épidémie de Zika. Une fois le processus enclenché et l’épidémie démarrée, le front épidémique progresse vers des pays au niveau de développement très élevé, comme ce fut le cas à La Réunion où toutes les habitations bénéficient d’eau courante et d’installations sanitaires aux standards européens. Cause, mais aussi conséquence, les économies des pays qui sont victimes des épidémies en sont fortement impactées. L’épidémie d’Ebola en Guinée, Sierra Leone et au Liberia a prélevé plusieurs points de leurs PIB respectifs. Le coût des épidémies est significatif sur les économies des pays développés également. La figure 4 montre ainsi les coûts en excès pour l’assurance-maladie sur la population de l’île de La Réunion entre 2004 et 2006 : il s’agit presque d’une courbe épidémique ! 10
La globalisation impacte tant les vecteurs que les agents microbiens.11 Aedes albopictus, comme Aedes aegypti ont connu une expansion géographique majeure au cours des dernières décennies. Les entomologistes font l’hypothèse que le commerce des pneus usagés et rechapés entre les pays développés et les pays à faible et moyen niveaux de revenus, serait à l’origine de la diffusion d’Aedes albopictus dans le monde. Ces pneus sont en effet transportés par cargos, et représentent par leur forme (en particulier leurs chambres) d’excellents gîtes larvaires. Désormais, le moustique est présent sur les cinq continents, et s’est même adapté aux régions septentrionales et tempérées du globe (il a été identifié à Chicago, en Belgique et dans le Tessin). Toutes les conditions étaient ainsi réunies, lorsqu’en avril-mai 2004 explosait cette forte épidémie de Chikungunya sur les régions côtières du Kenya. Les Kwassa-kwassa, embarcations de fortune qu’utilisent quotidiennement les commerçants du Canal du Mozambique entre les différentes îles et la côte africaine, ont transporté des personnes porteuses du virus Chikungunya. Ces personnes en débarquant aux Comores, à Mayotte ou à Madagascar ont alors rencontré un écosystème favorable à la diffusion du virus. Les voyages internationaux qui relient Mayotte, La Réunion et la métropole française, mais aussi l’île Maurice, Madagascar, les Seychelles aux principales villes d’Europe, d’Inde, des Amériques et d’Océanie allaient permettre au virus d’être identifié au retour de voyageurs de nombreuses villes de ces régions du monde. Une forte épidémie allait survenir en Inde, dont l’analyse moléculaire du virus signerait l’origine de la même souche de la lignée Centre-Est-Sud africaine du virus Chikungunya. C’est d’ailleurs au retour d’un voyage en Inde, qu’un Italien infecté par le virus allait provoquer un foyer épidémique à Ravenne, durant l’été 2007, avec plus de 260 cas recensés. C’est cependant une souche d’une autre lignée (asiatique) qui allait provoquer la plus grande épidémie de Chikungunya à partir de 2013 en Océanie et dans les Amériques, avec la survenue de plusieurs millions de cas.12
Les crises sanitaires représentent une opportunité pour stimuler la recherche et le développement de nouvelles technologies, tant pour aider la prévention (par exemple, développement de nouveaux insecticides, ou de nouveaux moyens de lutte contre le vecteur, recherche de vaccins), le diagnostic (tests rapides, PCR, sérologie, plateaux techniques), les traitements (antiviraux, infrastructures sanitaires). Les maladies dites « tropicales », dont on a vu qu’elles ne le restaient plus très longtemps désormais, sont pour la plupart des maladies négligées. Elles sont largement méconnues des cliniciens : le Chikungunya, jusqu’en 2006, était considéré comme « une maladie bénigne sans complications ni séquelles », et le Zika avant 2015 également. Elles ne bénéficient pas de tests diagnostiques abordables et disponibles à large échelle. Il n’y a ni vaccin ni antiviraux contre elles, alors qu’elles ont été identifiées souvent depuis longtemps, car il n’y a ni marché, ni incitation, ni pilotage de la recherche et développement pour ce type de traitements. Les crises sanitaires, notamment lorsqu’elles surviennent ou menacent des pays à haut niveau de revenus, permettent alors de financer des recherches dans ces domaines. Les industriels peuvent espérer à ce moment seulement, et donc souvent tardivement, des retours d’investissements incitatifs. Dans le cas du Chikungunya, les épidémies de l’océan Indien et des Amériques-Pacifique ont généré d’intenses recherches qui n’ont pas encore abouti à la mise sur le marché de vaccins ou de traitements, même si plusieurs candidats vaccins sont actuellement en cours de développement. Les temps de la recherche ne sont habituellement pas ceux de la gestion des crises sanitaires, et il faut souvent attendre de nombreuses années avant de disposer des outils diagnostiques et thérapeutiques permettant de contrôler efficacement ces virus jusque-là négligés.
Nous avons vu ci-dessus à quel point le niveau de développement économique pouvait jouer un rôle déterminant dans l’émergence épidémique. De même le niveau d’éducation et de revenus, les inégalités de santé jouent un rôle majeur. Facteurs d’émergence, mais aussi conséquences, même dans des régions très développées du globe, comme à La Réunion, ce sont les segments les moins favorisés de la population qui ont été les plus atteints par le virus Chikungunya. Les enquêtes de séroprévalence13 conduites au décours de l’épidémie ont montré de fortes disparités des taux d’attaque du virus Chikungunya en fonction du gradient social.
L’instabilité politique, la défaillance des systèmes de santé sont régulièrement pointées du doigt comme étant des facteurs d’émergence épidémique. Le cas d’Ebola en Guinée, Sierra Leone et Liberia en est une récente illustration.
Lorsque les économies dépendent beaucoup du tourisme, la volonté politique peut manquer pour rapporter à l’OMS une menace épidémique mal contrôlée. L’île Maurice en a fait l’amère expérience, lorsqu’elle a prétendu en février 2006 que la crise était « surjouée », avec le soutien à l’époque du Directeur général de l’OMS dépêché sur place (figure 5). L’île, dont l’économie était fortement dépendante du tourisme, a connu des taux d’attaque supérieurs à 60 %, alors que La Réunion voisine a pu les maîtriser à moins de 40 % de la population. Dans le cas du MERS (Middle-East Respiratory Syndrome : syndrome respiratoire du Moyen-Orient), le Royaume d’Arabie Saoudite avait déclaré à l’OMS avec beaucoup de retard l’émergence du coronavirus responsable.14 De même, en 2003, la Chine avait-elle occulté l’émergence du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère).15 Le plus souvent, les conséquences de ces manquements aux exigences du Règlement Sanitaire International sont fortement coûteuses pour l’ensemble de la communauté internationale, en tout premier lieu pour les populations locales, mais aussi pour les économies des pays concernés.
La malveillance, les actes bioterroristes peuvent être des facteurs d’émergence épidémique. Les Etats-Unis ont connu en 2001 des attaques à l’anthrax d’origine malveillante qui sont restées des cas isolés. Depuis, le risque bioterroriste a été pris très au sérieux par les Etats, suscitant de lourds investissements pour les prévenir, les détecter et les combattre. Ce risque, s’il est redouté par certains (par exemple, Bill Gates, dans son discours à la Conférence sur la Sécurité de Munich, le 18 février 2017),16 reste jusqu’à présent plus théorique que réel. Il faut ajouter dans ce chapitre les négligences, fuites de laboratoires, défaillances des structures de confinement qui ont possiblement été à l’origine d’une pandémie grippale due au virus H1N1 en 1977, au départ de Sibérie, à l’époque où l’Union Soviétique étudiait le virus Influenza comme possible arme biologique.17
Nous retiendrons de tout cela la multiplicité et la convergence des facteurs à l’origine de l’émergence épidémique. Les facteurs d’émergence sont de nature très différente, locale ou globale, sociale, ou médicale, politique ou économique, environnementale ou animale. Cette complexité justifie une approche systémique des crises sanitaires de ce type. Elle justifie aussi une approche transdisciplinaire, associant diverses disciplines académiques pertinentes pour se pencher sur ces problèmes et contribuer à la recherche de solutions : épidémiologistes, cliniciens, virologues, entomologistes, vétérinaires, ingénieurs, sociologues, économistes, juristes. Mais aussi, elle demande de mobiliser des acteurs de la société civile et du secteur privé, et des décideurs du secteur public.
« Le taux de reproduction de base (appelé R0) est le nombre de cas secondaires générés par un cas index au début d’un processus épidémique infectieux. Lorsque la valeur de R0 dépasse 1, alors il y a un risque épidémique. Ce paramètre R0 est utile pour calibrer les modèles mathématiques. R0 est un peu l’échelle de Richter des épidémiologistes. Pour la grippe, par exemple, il est de l’ordre de 1,5 à 2, pour la rougeole de 15 à 20 (en moyenne). On obtient des estimations du R0 en ajustant la phase initiale de la courbe épidémique à un modèle mathématique d’allure exponentielle. Dans le cas des maladies à transmission vectorielle, le R0 correspond au nombre de cas secondaires générés par un cas index, par l’intermédiaire du vecteur (pour le Chikungunya, le moustique Aedes). »
L’auteur n’a déclaré aucun conflit d’intérêts en relation avec cet article.
▪ Les facteurs d’émergence épidémique sont multiples et souvent complexes
▪ La prévention et la gestion des émergences épidémiques des arboviroses devraient donc dépasser les frontières disciplinaires habituelles (épidémiologie, virologie, entomologie) et aller au-delà du seul secteur de la santé humaine
▪ Il reste une part d’inconnues dans l’émergence épidémique qui doit rendre très prudents dans les prévisions qui peuvent être faites