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In der Vorstudienphase von 2000 bis 2012 wurden verschiedene Varianten der Streckenführung untersucht, um das System der S-Bahn mit Durchmesserlinien zu optimieren. Gegenüber einer Ringlösung erwies sich dabei die sogenannte Variante Mitte als klarer Favorit: die direkte Tunnelverbindung zwischen dem Bahnhof Basel SBB, dem Badischen Bahnhof und dem Bahnhof St. Johann.
Der Synthesebericht 2017 konkretisiert die Analyse auf Basis der Variante Mitte. Als Grundlage dient das Angebotskonzept von trireno für den Regionalverkehr ohne Erweiterung bei den «nationalen» Verkehren (Fern- und Güterverkehr). Im Vordergrund steht die Einbindung des Herzstücks in die grossen Basler Bahnhöfe. Daraus geht die Variante «HOCH Y» als die beste hervor. Die Durchmesserstrecke wird oberirdisch an die beiden Bahnhöfe Basel SBB und Badischer Bahnhof angeschlossen und erschliesst mit den neuen Haltestellen Basel Mitte und Klybeck zwei Stadtgebiete mit hohen Nutzungspotenzialen. Der Synthesebericht wurde im April 2017 beim Bundesamt für Verkehr (BAV) eingereicht.
Mit dem Beschluss des Bundesparlamentes zum Bahn-Ausbauschritt 2035 (AS 2035) wurden auch Mittel für die Projektierung des Herzstücks im Umfang von 100 Millionen Franken gesprochen. Die Zuständigkeit für die Umsetzung des Ausbauprogramms liegt seit Inkrafttreten dieses Bundesbeschlusses per 1.1.2020 beim Bundesamt für Verkehr (BAV).
Die Partner des Bahnknotens Basel trafen im Juni 2021 den sogenannten Stossrichtungsentscheid. Dieser bezieht sich auf die langfristige Konzeption (Horizont «übermorgen») des Bahnsystems im Kernperimeter. Die strategischen Planungen des Bundes haben aufgezeigt, dass zur Umsetzung der Angebotskonzepte aller Bahnverkehre – Personenfernverkehr, Personen-Regionalverkehr und Güterverkehr – im Zustand «übermorgen» die Basler Bahninfrastruktur mit dem Herzstück in Y-Konfiguration, einer Haltestelle Basel Mitte und einem Tiefbahnhof Basel SBB ergänzt werden muss. Noch offen ist, ob die Verbindung von Basel Mitte zum Badischen Bahnhof über eine neue Haltestelle Klybeck geführt werden soll und ob die Anbindung des Herzstücks beim Badischen Bahnhof ebenerdig oder mit einem Tiefbahnhof erfolgen soll. Diese offenen Punkte sollen im Rahmen der von 2022 bis 2024 geplanten Vorstudie «Kapazitätsaubau Bahnknoten Basel» geklärt werden.