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Die Überwachung und Bekämpfung von ansteckenden Krankheiten, die vom Menschen auf das Tier oder umgekehrt übertragen werden können sind besonders wichtig. Dabei können auch Tiere betroffen sein, die nicht zu den landwirtschaftlichen Nutztieren gehören, wie Papageien, Tauben, Kleinwiederkäuer oder Hunde und Katzen sowie Lebensmittel tierischer Herkunft wie Fleisch, Milch, Eier und Honig.
Zur Verhinderung von hochansteckenden Seuchen wie Maul- und Klauenseuche sowie Schweinepest - die besonders schwerwiegende wirtschaftliche Folgen haben und den internationalen Handel stark beeinträchtigen können - wird grosses Gewicht auf die Überwachung des Imports von Tieren und von Waren tierischer Herkunft sowie die Kontrolle der Verwertung und Entsorgung tierischer Abfälle gelegt.