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Der Juni stellte einen starken Kontrast zu seinem verregneten und kühlen Vormonat dar. Mit einer mittleren Temperatur von 20.3°C war der Juni 2019 ganze drei Grad wärmer, als der Durchschnittsjuni von 1981 bis 2010. Dazu war es recht trocken: Mit 75 mm Niederschlag wurde nur rund drei Viertel des Solls erreicht.
Pünktlich auf den 1. Juni kletterte das Thermometer zum ersten Mal über die 25 Grad-Marke. Es folgte eine erste kurze Hitze, die rasch wieder von gemässigten Temperaturen abgelöst wurde. Der 12. Juni brachte kräftige Regenfälle mit knapp 40 mm in Mörschwil. Dies, zusammen mit starker Schneeschmelze in den Bergen, führte zu Hochwasser am Bodensee. Eine Gewitterfront mit Sturmböen zog am 15. Juni über die Ostschweiz. Vor nennenswerten Schäden blieb die Region aber verschont. Die letzte Juniwoche brachte eine intensive Hitzewelle mit einem Höchstwert von 34.6°C am 30. Juni. Die Hitze dauerte bis Anfang Juli und der Höchstwert wurde noch einmal übertroffen. Auf dem Säntis mass Meteoschweiz gar die höchste Temperatur seit Messbeginn vor über einem Jahrhundert!