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Vers l’an 2000, le programme d’études des sciences agronomiques a été révisé dans le cadre des processus de réforme de Bologne. Le programme d’études a été modifié, passant d’une formation d’ingénieur (avec le diplôme Dipl. Ing. Agr. EPF) en un seul domaine d’études avec deux filières consécutives. En octobre 2004, le premier programme de Bachelor de trois ans a été lancé, suivi deux ans plus tard par le premier programme de Master consécutif d’un an et demi.
Un stage de six mois, qui était considéré lors de la formation d’ingénieur comme le 4ème semestre d’études et qui était réalisé dans une ferme, a été supprimée. À cette fin, un stage obligatoire de sept semaines dans une exploitation agricole mixte (production végétale et animale) a été introduit et pouvait être effectué à tout moment pendant les vacances semestrielles et, si nécessaire, pouvait être divisé en deux parties durant le Bachelor.
Nouvelle organisation du programme d’études
La première année d’études était dès lors organisée de telle sorte que la plupart des cours devaient être suivis en commun avec les étudiants des trois autres sciences axées sur les sciences naturelles. Dans la suite du programme de Bachelor, les étudiants bénéficiaient d’une grande liberté de choix dans les cours. Cependant, au troisième semestre, ils devaient choisir une spécialisation en sciences naturelles ou en économie.
Compatible avec les pays étrangers
Les avantages de ce programme d’études conforme à Bologne par rapport au précédent résultent de son caractère modulaire. Il s’agissait de faciliter les échanges avec des programmes d’études étrangers dans les deux sens, tant pour les étudiants de l’EPF qui souhaitaient effectuer une partie de leurs études dans une autre université que pour les étudiants étrangers qui souhaitaient pouvoir effectuer un séjour à l’EPF. En outre, le choix des matières d’études principales individuelles devait être encouragé.