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La SCNAT renforce la participation des sciences naturelles en Suisse dans des réseaux et programmes de recherche internationaux et contribue ainsi au renforcement de la place scientifique suisse.
La SCNAT défend les intérêts de la communauté suisse dans les sciences naturelles au sein de l'International Science Council (ISC), association comprenant plus de 130 organisations scientifiques nationales et régionales ainsi que plus de 40 unions scientifiques internationales. Pour ceci, elle délègue des scientifiques dans des organes scientifiques consultatifs pour les programmes de l’ISC; actuellement la Suisse est donc représentée dans l'organe scientifique du World Data System (WDS). La SCNAT soutient aussi l’adhésion des comités nationaux suisses aux unions scientifiques internationales par le biais de ses plates-formes Biologie, Chimie, Géosciences ainsi que Mathématiques, astronomie et physique.
La SCNAT coordonne les contributions scientifiques de la Suisse dans deux comités intergouvernementaux:
La SCNAT prend le rôle de plaque-tournante nationale pour la participation des sciences naturelles en Suisse au programme de recherche Future Earth sur les changements globaux dans l’environnement.