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1975 verfügte der Bund für drei Jahre einen absoluten Personalstopp und Nullwachstum für die finanziellen Mittel der ETH. Es erstaunt daher nicht, dass die Schulleitung das vergleichsweise umfangreiche Projekt „Schweizerisches Zentrum für Technische Mikrobiologie“ nicht ohne weiteres gut heissen konnte. Neben finanziellen, personellen und räumlichen Gründen wurden von Präsident Ursprung in seinem Schreiben vom 5. Februar 1975 aber auch akademische Gründe für die Zurückhaltung der Schulleitung gegenüber den Plänen des Instituts angeführt. Anscheinend erweckte das Projekt bei den Gutachtern den nicht ganz unberechtigten Eindruck, dass es sich bei der geplanten Umstellung der Arbeitsgruppen „Physiologie-Biochemie“, „Mikrobengenetik“ und „Biologische Regulation“ auf anwendungsorientierte Themen vorderhand um blosse Absichtserklärungen handelte. So äusserte der Präsident in seinem Schreiben die Ansicht „dass die Förderung der verfahrenstechnischen Aspekte der Biotechnologie (also der Gruppe Fiechter) auch ohne gleichzeitige Förderung der übrigen Gruppen erreicht werden könnte“. Rückblickend kann gesagt werden, dass dieses eingeschränkte Szenario nicht verwirklicht wurde. Beide Teile, Biotechnologie und Mikrobiologie, erfuhren im kommenden Jahrzehnt grosszügige Förderung. Meilensteine in der Entwicklung des Instituts für Mikrobiologie und des nachmaligen Instituts für Biotechnologie waren: Ab 1976 Beginn der Planung der Baubotschaft LFV mit Ralf Hütter als Betriebsprojektleiter; 1978 Zustimmung der Eidgenössischen Räte zum Botschaftsprojekt LFV und schliesslich der Entscheid der Schulleitung, die Arbeitsgruppe Fiechter aus dem Institut für Mikrobiologie auszugliedern und per 1. September 1978 als selbständige Professur für Technische Biologie zu etablieren.
Im Bauprojekt LFV war, dank dem Einsatz von Ralf Hütter, eine grosszügige Raumdotation für das durch die Abtrennung der Technischen Mikrobiologie vorübergehend geschrumpfte Institut für Mikrobiologie vorgesehen. Das Projekt sah die räumliche Wiedervereinigung der Mikrobiologie in einer neu zu erstellenden, 3½-geschossigen Aufstockung des Versuchshauses für Botanik vor. Es war ursprünglich geplant, auch die selbständige Professur für Technische Biologie im LFV-Gebäude unterzubringen. Die dort eingerichtete 2-geschossige Verfahrenshalle zeugt noch heute von dieser Planungsphase. Da die Professur für Technische Biologie 1980 auf den Hönggerberg verlegt wurde, wo ihr mehr Raum als im LFV-Bereich zur Verfügung stand, kam dann die geplante räumliche Nachbarschaft von Technischer Mikrobiologie (ab 1982 Institut für Biotechnologie) und Mikrobiologie nicht zu Stande.
1980, zwei Jahre nach der Sezession der Arbeitsgruppe Fiechter, wurde die Gruppe Mykologie in das Institut für Mikrobiologie integriert. Anlass zu dieser wichtigen Erweiterung der Arbeitsgebiete am Institut war die Umstrukturierung bzw. Auflösung des traditionsreichen Instituts für Spezielle Botanik der ETHZ. Hier war Emil Müller (geboren 1920, emeritiert 1987) seit 1970 Professor für Mykologie. Er hatte bei Gäumann doktoriert und sich 1966 habilitiert. Seine Arbeitsgebiete waren Systematik und Ökologie von verschiedenen Pilzgruppen, vor allem Ascomyceten sowie die Erforschung von endophytischen Pilzen. Emil Müller und seine Mitarbeiter blieben vorläufig in den Räumlichkeiten des ehemaligen Instituts für spezielle Botanik im LFW-Gebäude. Da die Arbeitsgruppe Leisinger 1981 in die ehemaligen Räume der Professur für Technische Biologie an der Weinbergstrasse (WEA) und die Arbeitsgruppe mikrobiologische Schädlingsbekämpfung unter PD Dr. Peter Lüthy in ein Provisorium am Haldeneggsteig 5 ziehen konnten, stieg die Raumdotation des Instituts auf etwa 1800 m2 an. Die Zahl der Mitarbeiter erhöhte sich zwischen 1975 und 1984 lediglich von 52 auf 60, so dass die unmittelbare Raumnot dank der verschiedenen Provisorien vorerst behoben war.
Auch wenn der Ausbau des Instituts zu einem Zentrum für Technische Biologie nicht verwirklicht wurde, fand in der Dekade 1975 - 1984 doch die Umsetzung gewisser Elemente des entworfenen Konzepts statt. Dies waren die vermehrte Zusammenarbeit zwischen den Arbeitsgruppen des Instituts und die Aufnahme neuer, in Richtung langfristige Anwendung ausgelegter Projekte. Ohne an dieser Stelle auf die einzelnen Forschungsprojekte einzugehen (vergl. Tabelle 7) sei das von Ralf Hütter begonnene und ab 1975 von Ettlinger, Hütter und Leisinger eine zeitlang gemeinsam geführte Projekt „Biochemische Genetik von Streptomyceten“ erwähnt. Ein weiteres, ab 1981 vorerst von Hütter und Leisinger gemeinsam betriebenes Projekt war „Mikrobieller Abbau von Azofarbstoffen“. In häufigen, den Terminkalender oft stark strapazierenden Zusammenkünften wurde der Fortgang der Arbeiten in den gemeinsamen Projekten diskutiert und der Informationsaustausch zwischen den Mitarbeitern gefördert. Nach der Übersiedlung der Gruppe Leisinger an die Weinbergstrasse und der Emeritierung von Leopold Ettlinger wurde die gemeinsame Führung von Projekten wieder aufgegeben. Neu aufgenommen wurden, in Zusammenarbeit mit der chemisch-pharmazeutischen Industrie, Projekte zum Thema „Biodegradation“. So 1975 Arbeiten zum Thema „Mikrobieller Abbau von s-Triazin-Herbiziden und ihren Derivaten“, 1978 das Projekt „Abbau von chlorierten C1- und C2-Kohlenwasserstoffen durch Mikroorganismen“ und 1981 das bereits erwähnte Projekt „Mikrobieller Abbau von Azofarbstoffen“. Schliesslich ist zu erwähnen, dass über die am Institut verstärkt oder neu geförderten Forschungsthemen „Genetik industrieller Mikroorganismen“ und „Mikrobieller Abbau von Schadstoffen“ von Dozenten des Instituts je ein FEMS Symposium veranstaltet wurde. 1978 fand in Basel das Symposium „Antibiotics and other secondary metabolites. Biosynthesis and production” statt, 1980 an der ETH Zürich das Symposium “Microbial degradation of xenobiotics and recalcitrant compounds”.
Mit der Emeritierung von Prof. L. Ettlinger auf den 30. März 1982 ging eine Ära zu Ende. Das Institut hatte sich unter seiner Leitung aus einem vorwiegend mit der Lehre befassten Kleinbetrieb zu einem vielfältigen, in Lehre und Forschung aktiven Organismus entwickelt. Als sein Nachfolger wurde auf den 1. April 1983 Hauke Hennecke (geboren 1947) als Professor für Mikrobiologie gewählt. Er studierte Biologie und Chemie an der Universität München und promovierte bei A. Böck an der Universität Regensburg. Nach einem zweijährigen Postdoktorat an der University of California in Davis, habilitierte er sich 1981 an der Universität München im Fach Mikrobiologie und wurde dort zum C2-Professor ernannt. Hauke Hennecke kam mit einer Arbeitsgruppe von vier Doktoranden und einer Postdoktorandin nach Zürich und nahm am Institut innert kürzester Zeit einen wichtigen Platz in Lehre und Forschung ein. Seine Forschung war zur Zeit seiner Berufung vornehmlich auf das Studium der biologischen Stickstoffixierung mittels molekularer Methoden ausgerichtet. Diese Ausrichtung entsprach sowohl dem Wunsch des Instituts nach einem Schwerpunkt im Bereich „Mikrobieller Stoffwechsel“ als auch dem Ruf von Vertretern der Abteilungen für Landwirtschaft und Forstwirtschaft nach stärkerer Gewichtung der Boden-Mikrobiologie.
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