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Die Anfänge des Instituts für Mikrobiologie reichen gut 100 Jahre zurück. 1897 wurde an der ETH Zürich das Lehrfach „Landwirtschaftliche Bakteriologie“ eingeführt. Dieses Fach wurde von 1897 – 1907 von Prof. Dr. Robert Burri (1867 – 1952) betreut (Tabelle 1). 1899 konnte er in einem Wohnhaus an der Clausiusstrasse 2 ein eigenes bakteriologisches Laboratorium einrichten. Dieses Datum kann somit als Anfang der Mikrobiologie an der ETH betrachtet werden. 1907 hat Burri die ETH verlassen, um die Leitung der Eidgenössischen Milchwirtschaftlichen und Bakteriologischen Anstalt Liebefeld-Bern zu übernehmen.
Das Land- und Forstwissenschaftliche Gebäude West. Im nordöstlichen Bereich des ersten Stockwerks war von 1915 – 1985 das Institut für Mikrobiologie untergebracht.
Nachfolger von Burri war Prof. Dr. Max Düggeli (1878
– 1946), der bis 1946 gelehrt hat und im Amt verstorben ist. Unter Düggeli ist
das Gebiet der landwirtschaftlichen Bakteriologie 1914 zu einem Ordinariat
ausgebaut worden, und das landwirtschaftlich-bakteriologische Laboratorium
konnte 1915 Räumlichkeiten im
Land- und Forstwissenschaftlichen Gebäude beziehen. Die Forschung in Mikrobiologie unter Burri und Düggeli umfasste vor allem Untersuchungen über die Zusammensetzung der Mikroflora des Bodens und der Milch sowie hydrobiologische Untersuchungen. Die Arbeiten waren ausschliesslich beschreibender Natur und darauf ausgerichtet, mittels Keimzahlbestimmungen Zusammenhänge zwischen der Bodenmikroflora und der Bodenfruchtbarkeit aufzudecken. Weitergehende Information über die Frühzeit des Instituts für Mikrobiologie und über Burri und Düggeli ist in einer Veröffentlichung von L. Ettlinger zu finden (L. Ettlinger, Die Geschichte des Mikrobiologischen Instituts; Bulletin der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich, Nr. 191, Februar 1985).
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