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L'année 2006 enregistre moins de grands bouleversements que les précédentes en matière d'effets indésirables médicamenteux. Plusieurs données viennent cependant moduler le profil de sécurité de divers médicaments : événements cardiovasculaires sous érythropoïétine, œdèmes maculaires sous rosiglitazone, risques vasculaires et rénaux de l'aprotinine, inconvénients de l'utilisation au long cours du linézolide, hémorragies intracrâniennes sous tipranavir, anaphylaxie avec le pégaptanib, cardiototoxicité de l'imatinib, lymphomes avec l'infliximab, douleurs osseuses sous bisphosphonates, accidents cardiovasculaires liés au méthylphénidate, malformations congénitales attribuées à la paroxétine et à la lamotrigine, hypertension pulmonaire néonatale liée aux antidépresseurs sérotoninergiques, dépression respiratoire infantile sous prométhazine.