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Die Liniennummer 39 führten die Basler Verkehrs-Betriebe (BVB) 1958 für die ab der Haltestelle Im Wasenboden zur Schifflände fahrenden Kurse der Linie 36 ein. Als absehbar war, dass die Linie 36 nie zur Ringlinie zusammengeschlossen werden konnte, verzichtete man ab 1968 auf diese Linienbezeichnung.
Ab Herbst 1992 ersetzte eine neue Linie 39 die bisherige Ergänzungslinie 32A in Bettingen. Zu Spitzenzeiten wendeten die Kurse des 39ers jedoch nicht in Bettingen Dorf, sondern verkehrten via Rudolf Wackernagel-Strasse–Bäumlihofstrasse–Fasanenstrasse weiter zur Ciba. Mit dieser neuen Direktverbindung halbierte sich die Reisezeit von Bettingen zu den Arbeitsplatzzentren im rechtsrheinischen Norden Basels. Dennoch blieb die von Taxi-Zentrale AG (ab 2002 Margarethen Bus AG) mit Klein- oder Midibussen betriebene Linie erfolglos. Verschiedene Optimierungen führten nicht zum Erfolg, so dass die Linie 2003 bis auf ein Schülerkurspaar eingestellt bzw. durch die Linie 34E ersetzt wurde.