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Die ehemalige Klosterkirche von Rathausen blickt auf eine bewegte Geschichte zurück: Erbaut wurde sie im 13. Jahrhundert, im 16. und 18. Jahrhundert erfolgten tiefgreifende Umbauten. Nach der Aufhebung des Klosters 1848 wurde der vormalige Nonnenchor umgenutzt und umgebaut – das Gotteshaus schrumpfte damit auf die Hälfte seiner ursprünglichen Fläche. Der Brand des mittlerweile als Kinderheim genutzten Klosters 1903 legte auch die Kirche in Schutt und Asche. Beim Wiederaufbau erhielt sie ihr heutiges, neobarockes Gesicht.
Nun werden die Kirche und die angrenzende Sakristei renoviert. Dazu waren im Oktober 2020 im Kirchenschiff lokale Bodeneingriffe nötig, welche durch die Kantonsarchäologie ausgeführt wurden. Im archäologischen Befund manifestiert sich, wie radikal die Eingriffe von 1903/04 waren: Der historische Bestand wurde damals weitestgehend ausgeräumt. Im Baubestand des Wiederaufbaus fanden sich jedoch zahlreiche Fragmente von Grabplatten: Pragmatisch waren diese zerschlagen und für den Unterbau des heute bestehenden Plattenbodens verwendet worden.
Im Januar / Februar 2021 untersuchte die Kantonsarchäologie zudem die Fläche der aus dem 17. und 18. Jahrhundert stammenden Sakristei sowie einen kleinen, angrenzenden Raum, der im Bereich des einstigen Nonnenchors liegt. In letzterem kam das Grab einer Nonne aus dem 18. Jahrhundert zum Vorschein; die Lage ihres Grabes im Nonnenchor deutet darauf hin, dass es sich um eine Äbtissin des Klosters gehandelt haben könnte. Sie war in einem einfachen Gewand bestattet worden, der Schleier mit drei Nadeln im Haar festgesteckt. Beim Skelett fanden sich eine Schabmadonna, einfache Kreuzanhänger und ein schlichter Ring. Das Skelett zeigt, dass die Frau einen Rundrücken – also einen Buckel – hatte. Die Grabstätte scheint nur wenige Jahre bestanden zu haben, bevor in den 1760er-Jahren die Kirche neu gestaltet worden ist: Es wird durch das Fundament der neuen, 1764-66 erbauten barocken Trennmauer zwischen Nonnenchor und Kirchenschiff durchschlagen.