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Der sehr schlichte Innenraum der Kirche besteht aus einem ungeteilten, rechteckigen Raum, der im östlichen Drittel (Chorbereich) um eine Stufe erhöht ist und von einer flachen Holzdecke überdacht wird. Es dominieren die Materialien Stein und Holz.
Die Rundbogenfenster sind in traditioneller Rundscheibenverglasung gehalten. 2010 wurde das Chorfenster vom Künstler Hans Anliker farbig gestaltet und verleiht dem schlichten Raum seither einen subtilen Farbekzent.
Der gotische Taufstein in Form eines schlichten achtteckigen Kelchs mit schräg gekantetem Schaft über viereckigem Fuss ist aus Mägenwiler Muschelkalk und stammt ursprünglich aus der Kirche Seengen. Diese wurde 1820 abgebrochen und durch einen Neubau ersetzt. In diesem Zusammenhang wurde der Taufstein in die Kirche Egliswil gebracht. Der bisherige Taufstein wurde im Kirchturm deponiert und erlebte 2012 ein glanzvolles Comeback, sodass die Kirche Egliswil nun – wohl als Unikum – über zwei Taufsteine verfügt.
Die Kanzel im Chorbereich wurde mit einer hölzernen Abdeckung versehen und ruht seit der Renovation von 2011/12 auf einem mit Rollen ausgestatteten Unterbau, der ein müheloses Verschieben ermöglicht.
Die schlichte Kanzel aus Holz, dahinter ist der untere Teil des farbigen Chorfensters zu sehen
Die von der Firma Metzler & Söhne in Dietikon hergestellte kleine Chororgel wurde 1964 eingeweiht. Sie ersetzte das bisherige Harmonium von 1916. Die einmanualige Orgel misst nur 1,5 Meter in der Breite und 60 cm in der Tiefe. Sie ist 2,75 Meter hoch; das Orgelgehäuse und die Ziergitter bestehen aus Eichenholz.
Die kleine Chororgel, unten der Spieltisch mit der Klaviatur, den Registerauszügen (links) und dem kunstvollen Notenpult
In der Südwand im Chorbereich finden sich zwei Maueröffnungen, je eine rechteckige und eine spitzbogige. Beide stammen aus vorreformatorischer Zeit. In der rechteckigen Öffnung war ursprünglich ein Kästchen eingebaut, das zur Aufbewahrung der Hostien diente, während die andere Maueröffnung wohl als Platz für eine Kerze oder ein Öllämpchen diente.
Die hölzerne Empore, zu der eine Holztreppe hochführt, wurde 1702 eingebaut. Drei Elemente der Brüstung tragen zwei Zimmermannszeichen, ein Wappen mit Dreiberg und Hauszeichen und die Initialen BW, VBW und HB der ausführenden Zimmerleute. Dabei könnte es sich um Ulrich Birrwyler (VBW) und Heinrich Bolliger (HB) handeln.
Bereits 1688 verfügte der Turm über eine Uhr; eine neue Mechanik wurde 1757 eingebaut. Das heutige Uhrwerk ist somit das dritte, das im Rahmen der Renovation von 1946 installiert wurde.
Im Dachstock der Kirche hausen seit einiger Zeit Fledermäuse («Braunes Langohr»)