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Le diagnostic d'urétrite s'étaye par la recherche de leucocytes et une PCR pour C. trachomatis et N. gonorrhoeae dans le premier jet mictionnel. La culture du frottis urétral est également sensible pour N. gonorrhoeae et permet un antibiogramme. D'autres agents sont parfois associés à une urétrite (par exemple : M. genitalium, T. vaginalis, H. simplex). Ils seront recherchés en cas de premières investigations négatives ou de non-réponse à un traitement empirique. Au vu de l'apparition de résistances aux quinolones, la combinaison d'azithromycine 1 g et de céfixime 400 mg en une dose orale constitue un bon choix qui assure la compliance. L'enquête épidémiologique, le dépistage d'autres infections sexuellement transmissibles et l'évaluation du comportement sexuel seront systématiquement effectués pour prévenir toute transmission ultérieure.