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在许多个世纪里，天主教曾经决定了瑞士基督教的形态。而随着宗教改革的进行，居民的身份认同也经历了翻天覆地的变化。如今，天主教和新教仍是瑞士规模最大的两个宗教派别。
基督教
基督教从公元四世纪起沿着罗马帝国的路径在瑞士传播开来，各个主教教区应运而生。这些教区无不拥有大量的土地，深刻影响着农业发展和政治生活。公元七世纪出现了修道院，它们逐渐成为重要的学习和文化中心。从十三世纪开始，教会的权力日渐衰落，特别是宗教改革和后来问世的瑞士《联邦宪法》，都更进一步排挤了教会的权力。
如今，瑞士的基督教由两大历史悠久的大众教会主导，即罗马天主教会和福音派新教教会。十九世纪涌现了一大批规模较小的基督教派别，比如敬虔派和福音派的自由教会；二十世纪又出现了基督教东正教会。
1970年时，分属基督教各种派别的基督徒尚占瑞士总人口的98%。从1970年起，得益于南欧移民迁入瑞士，全国人口中罗马天主教信徒所占比例相对保持稳定，而福音派新教教徒的比例则大幅下滑。越来越多的人自认不属于某一特定宗教派别。
天主教现状
罗马天主教的信徒占瑞士总人口的三分之一以上，是全国最大的宗教派别。天主教徒占全州人口比例最高的几个州是乌里、瓦莱、上瓦尔登和内阿彭策尔。瑞士的罗马天主教会分为六个主教教区，其首府分别为索洛图恩、弗里堡、锡永、库尔、圣加仑和卢加诺。主教直接受教皇领导。
新教
十六世纪初，瑞士的城市和乡村居民都要求获得更多的自治权和对公共事务的参与权。苏黎世的乌尔里希·茨温利和日内瓦的让·加尔文这两位宗教改革家，帮助世俗官员摆脱天主教会主教的掌控。轰轰烈烈的宗教改革运动，特别是加尔文主义，在欧洲迅速传播开来。瑞士是当时最重要的宗教改革中心之一。
新教特别强调理性主义和勤劳。因为所有信徒都必须了解圣经的内容，因此实现了包括妇女在内的全民扫盲，从而全面提升了人民的受教育水平。新教的道德观对瑞士人的身份认同发挥了决定性影响。尽管在宗教改革过程中发生过冲突和紧张局势，但是，宗教改革运动最终还是进一步强化了瑞士各地区之间的关系。
新教信徒目前占瑞士总人口的四分之一。在伯尔尼、外阿彭策尔和沙夫豪森这几个州，新教教徒都占全州人口半数以上。
福音派新教教会以各州为组织单元，受教会代表大会和教会代表委员会的领导。福音派新教教会与一些自由教会一起，共同组建了瑞士新教教会联合会SEK。