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Dans les lacs d'eau douce, une grande partie du méthane, gaz à effet de serre très puissant, est dégradé par des bactéries avant qu'il n'ait pu se dégager dans l'atmosphère. Une étude réalisée dans le Rotsee et le lac de Zoug montre maintenant que la majeure partie de cette dégradation n'est pas assurée par les méthanotrophes connus mais par des bactéries filamenteuses unique-ment rencontrées, jusqu'à présent, dans le domaine de l'eau potable.
La dégradation de la matière organique déposée au fond des lacs ou des mers s'accompagne de la formation de méthane. Une partie de ce gaz remonte à la surface et se dégage dans l'atmosphère où il contribue à l'effet de serre. Une autre partie est dégradée par des bactéries dans la colonne d'eau. Une équipe internationale de recherche a maintenant découvert que cette dégradation du méthane n'était pas uniquement le fait de méthanotrophes classiques mais également de bactéries filamenteuses du genre Crenothrix, encore très peu connues dans l'environnement. L'étude vient d'être publiée dans la revue de la société internationale de microbiologie environnementale (ISME).
Une découverte faite par hasard
C'est par hasard que les scientifiques ont détecté les bactéries du genre Crenothrix. Ils étudiaient les processus de dégradation du méthane dans le lac du Rotsee, à Lucerne, et le lac de Zoug en utilisant une technique qui consiste à marquer du méthane au 13C puis à identifier les bactéries qui l'on consommé par une combinaison de microscopie et de spectrométrie de masse. «Habituellement, les bactéries détectées apparaissent toujours sous la forme de petites cellules arrondies», indique Jana Milucka de l'Institut Max Planck de Brême qui a participé à l'étude. Or, cette fois-ci, les petites bactéries ovoïdes n'étaient pas les seules à avoir accumulé du 13C mais étaient accompagnées d'organismes bactériens filamenteux (photo). «Cette observation nous a grandement surpris, révèle la chercheuse. Nous ignorions jusqu'alors que ces bactéries filamenteuses étaient si fréquentes dans la nature. À partir de ce constat, nous avons commencé à étudier le rôle qu'elles jouent dans l'élimination naturelle du méthane.»
Kirsten Oswald, Jon S Graf et al.: Crenothrix are major methane consumers in stratified lakes; ISME Journal (2017) 00, 1–17. http://dx.doi.org/10.1038/ismej.2017.77