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La perte de biodiversité a diverses causes. Le changement climatique et la propagation des espèces exotiques, ou néobiontes, contribuent au déclin de la biodiversité. Mais les principales causes sont la perte d'habitat et l'agriculture intensive.
L'habitat des animaux, des plantes, des champignons et des micro-organismes a considérablement diminué en Suisse en raison de l'augmentation des surfaces bâties. Les surfaces bâties ont progressé de près d'un tiers entre 1985 et 2018. Dans le même temps, l’imperméabilisation (du fait des bâtiments et des surfaces revêtues telles que les routes, les places, etc.) a augmenté de près de 40 %. La fragmentation des habitats et l’absence de couloirs posent également des problèmes à de nombreux animaux sauvages.