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Période moderne
Les Bernois
Leurs Excellences de Berne conquièrent le Pays de Vaud et le dominent tout au long de la période moderne (du XVIe au XVIIIe siècle). Ils consolident leur pouvoir dans la région en installant leur administration au sein du château de Morges. Leur influence sur la ville se retrouve tant dans l'architecture du château, qui subit quelques modifications, que dans le développement des infrastructures urbaines.
Arrivée des Bernois à Morges
La fin du Moyen Âge est marquée par le retrait progressif de la maison de Savoie des bords du Léman. Celle-ci se concentre désormais sur ses territoires du sud et ne cherche pas à disputer les abords du Léman, que les Bernois conquièrent sans coup férir en 1536. Indice de cet abandon, les Bernois trouvent le Château de Morges dans un piteux état et décident de le rénover en apportant quelques modifications architecturales d’importance : les murs sont adaptés à l’artillerie et l’édifice est couvert d’un toit.
Parallèlement à cette réaffirmation de la fonction de forteresse, le bâtiment est adapté aux besoins de l’administration bernoise. Le château devient ainsi la résidence du bailli et accueille entre ses murs non seulement le gouvernement du bailliage, mais aussi le tribunal, le trésor et la prison. La ville de Morges devient ainsi un important centre administratif, ce dont témoigne aussi le développement de l'Hôtel de Ville.
A l'ombre du Château, Morges se développe
Dans un même mouvement, la ville améliore ses infrastructures marchandes. Les halles du marché, datant de la fin de la période médiévale, sont reconstruites en 1570 : plus grandes, elles permettent de mieux organiser le commerce qui croît rapidement. Le port, alors constitué de pontons de bois sous-dimensionnés, fait l'objet d'importants travaux que finance Berne à la fin du XVIIe siècle : un quai et des digues de pierre constituent le nouveau port de Morges, ce qui contribue activement à l'intensification de l'activité commerciale de la ville. Le nombre de foires qu'accueille Morges augmente rapidement, passant d'une par semestre à six par année, et témoigne ainsi de la bonne santé économique du bourg.
La présence du château remplit un rôle primordial dans le développement de ces infrastructures : celles-ci se situent à ses abords immédiats et bénéficient ainsi de sa protection. Fonctions administrative, commerciale et militaire, réunies dans un espace restreint, dynamisent la ville de Morges. Celle-ci profite de cette croissance pour se doter ou développer des institutions prestigieuses, comme l'attestent la constitution du collège de Couvaloup (1573), la fondation de l'hôpital (1643) ainsi que celle de la bibliothèque publique (1767).
A la fin de l'Ancien Régime, les bourgeois de la ville prennent conscience du poids du tissu urbain et du changement d'équilibre politique en Europe. Ils défendent désormais vigoureusement leurs droits face à Leurs Excellences de Berne et plusieurs morgiens participent à la Révolution vaudoise de 1798. Un vent nouveau souffle sur Morges et son château, que l’État de Vaud choisira de conserver et d'adapter à ses besoins.