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Cours d'eau
Avec leur importante dynamique, les petits et les grands cours d’eau ont une grande importance dans l’aménagement paysager. De part la divagation des ruisseaux et des rivières, de nouveaux milieux sont constamment créés, lesquels sont immédiatement utilisés par les amphibiens et les reptiles. Ces habitats sont parmi les plus naturels pour les animaux, mais ils sont devenus rares aujourd’hui car la plupart des cours d’eaux sont canalisés et ne sont plus soumis à une dynamique naturelle suffisante. Espérons que ces habitats bénéficieront des actuelles et futures renaturations de rivières, mais également d’une protection contre les crues plus modernes, afin de retrouver toute leur importance.
Bien que les cours d’eaux ne soient pas l’un des habitats typique des amphibiens, on trouve toujours certaines espèces aux abords des cours d’eaux. La salamandre tachetée peut même être qualifiée d’espèce typique des petits ruisseaux, car elle y passe une grande partie de son stade larvaire. En Suisse, la grenouille de Lataste colonise principalement des petits ruisseaux lents et le crapaud accoucheur et le sonneur à ventre jaune se rencontrent aussi dans les cours d’eau. Au contraire, il est très rare d’observer la grenouille rieuse, espèce introduite, dans les rivières; de même, la grenouille rousse et le crapaud commun ne pondent leurs oeufs dans des cours d’eau qu’exceptionnellement.
On peut observer presque toutes les espèces de reptiles dans les zones alluviales des cours d’eau, car la végétation est clairsemée et on trouve beaucoup de zones pierreuses dans ce type de zone. Certaines couleuvres s’observent carrément dans l’eau, surtout la couleuvre vipérine et la couleuvre tessellée, lesquelles y trouvent leur principale nourriture : les poissons.
Les amphibiens peuvent également coloniser les petits ruisseaux : les larves de salamandres tachetées occupent des sources non stagnantes et de petits ruisseaux qui, parfois, ne sont pas plus large qu’une main et à peine profond de quelques centimètres. Les larves se tiennent dans des petites vasques, sans remous, où s’entassent les feuilles mortes qu’elles utilisent comme cachette. Les salamandres tachetées colonisent souvent les premiers tronçons de rivière qui sont riches en oxygène et qui sont dépourvus de truites. Le terme « ruisseau à salamandres » est utilisé pour ce type de cours d’eau. Le rempoissonnement des cours d’eau avec de jeunes truites a un impact négatif sur les populations de salamandre tachetée car, même petits, les poissons peuvent manger les pattes et les branchies des larves de salamandre. De nos jours, on trouve des larves de salamandre tachetée presque exclusivement dans les cours d’eau forestiers. Si la plupart des ruisseaux présents dans les prairies n’avaient pas été canalisés et enfouis on pourrait très bien en trouver dans ce type d’habitat. Avec un peu de chance, on peut même trouver des larves de salamandre tachetée et de crapaud accoucheur dans les mêmes vasques de petits ruisseaux dans le Massif jurassien.
La grenouille de Lataste est le seul anoure qui pond ces oeufs dans des rivières large de un à deux mètres. Afin que les pontes ne soient pas emportées par le courant, la femelle fixe les oeufs sur les racines apparentes dans l’eau.
Les petites rivières offrent également un habitat pour les amphibiens et les reptiles. Alors que certaines couleuvres vivent sur les rives et chassent surtout dans l’eau, les amphibiens tels que le sonneur à ventre jaune et le crapaud accoucheur se regroupent dans les bras latéraux et dans des vasques temporairement inondées. Au fur et à mesure que se forment les bras latéraux, les méandres de la rivière prennent de plus en plus place en divagant et en laissant des sédiments. Les inondations permettent alors la création de gouilles temporaires dans ces zones inondables.
Pour le crapaud accoucheur, les rivières adéquates possèdent des zones d’eau calme où le mâle pourra déposer ces oeufs. Les éboulis et le bois mort servent de cachettes aux têtards, alors qu’elles se cacheront sous de grosses pierres pendant les crues. Les zones d’eau calmes peuvent aussi être alimentées en eau fraiche, car les hautes températures d’eau ne jouent qu’un rôle secondaire pour le crapaud accoucheur. Les rives doivent également être constituées de berges pauvres en végétation ou avec des zones de glissements de terrain ; ces zones servent d’habitat aux adultes. Les rives naturelles côté extérieur des courbes d’une rivière (ou l’érosion est la plus forte) procurent généralement de telles structures paysagères.
Le sonneur à ventre jaune est observé principalement dans des gouilles rocheuses ou boueuses se trouvant à côté du cours principal, lesquelles sont inondées par les crues. Les têtards ont besoin de petites voire minuscules flaques d’eau dont la température élevée leur permet de se développer rapidement. De plus, la dynamique du cours d’eau permet la création continuelle de nouvelles flaques dépourvues de végétation et de prédateurs.
Par zone alluviale on entend une plaine inondable le long d’un ruisseau ou d’une rivière qui présente des niveaux d’eau variable. De part les crues et la dynamique des ruisseaux et des rivières, de nouveaux habitats sont constamment créés. Les zones de végétation ou de forêt sont recouvertes de sable, de gravier ou de débris, ce qui détruit complétement ou en partie seulement la végétation existante. Déplacé par les crues, le bois mort peut s’accumuler en grand tas. Ces sites sont d’une grande importance pour les reptiles. Ils offrent au fil des ans d’excellents habitats structurés, ensoleillés et appropriés pour la ponte des oeufs. Ces zones de débris et de sédiments deviennent particulièrement attractives après quelques années, lorsque de la végétation et quelques buissons s’y seront installés, procurant ainsi une couverture supplémentaire ; en effet, ces zones sont trop nues au début pour être totalement favorables. Au cours de leur évolution naturelle, ces milieux vont progressivement se reboiser et perdre ainsi leur attrait pour les reptiles. Mais de nouveaux habitats sont constamment produits par les crues. Les surfaces d’éboulis proches du lit de la rivière, lesquelles sont soumises à la dynamique de la rivière, ne sont colonisées que par des reptiles semi-aquatiques. Par exemple, dans les vallées fluviales du Tessin, on trouve l’ensemble des reptiles présents au sud des Alpes. En raison des nombreuses canalisations de cours d’eau en Suisse, ces milieux sont devenus rares, en particulier sur le Plateau, et ils ne sont alors plus soumis à la dynamique de l’eau. Mais certaines constructions plus en faveur de l’environnement au bord des cours d’eau peuvent être utiles à plusieurs espèces de reptiles, en particulier les couleuvres aquatiques et semi-aquatiques ; les murs en pierre sèche, les gabions et les constructions en bloc de pierre en sont d’excellents exemples.
Les zones alluviales offrent également de précieux habitats pour les amphibiens, car divers étangs et gouilles s’y forment. Dans le cours d’eau naturel du Tagliamento, au nord-ouest des Alpes italiennes, une étude a dénombré un étang par hectare. Les inondations récurrentes permettent de chasser les prédateurs potentiels de ces étangs. Si les flaques restantes sont relativement grosses et peu profondes, ces conditions sont souvent idéales pour le développement des différentes espèces d’amphibiens. Le bois mort induit des courants différents, favorisant ainsi la création de cuvettes et dépressions qui deviendront de futurs nouveaux points d’eaux.
Les zones alluviales qui ne sont plus régulièrement soumises à des crues sont caractérisées par des sols graveleux, sableux ou localement limoneux. Ces zones s’assèchent rapidement, alors que le niveau de la nappe phréatique varie de manières saisonnières, mais reste souvent élevé. Dans les forêts alluviales, on trouve des anciens bras du lit principal, d’anciens méandres qui se sont asséchés. Ces anciens bras ont des caractéristiques bien différentes que les gouilles et les étangs présents dans la partie active de la zone alluviale. Ils ne se trouvent plus dans la zone perturbée du lit principal et ne sont par conséquent plus inondés et décapés régulièrement. Ces milieux abritent une grande diversité de plantes. Dans les Alpes, et particulièrement dans les larges contrées alpines, les anciens bras au-dessus du niveau de la nappe phréatique sont encore fortement influencés par le niveau d’eau du bras principal. En hiver, les précipitations tombent sous forme de neige, ce qui induit un faible niveau d’eau dans les rivières et beaucoup de bras latéraux s’assèchent. En avril ou mai, la fonte des neiges alimente en premier lieu le cours d’eau principal, puis les bras latéraux se remplissent juste à temps pour la ponte des amphibiens. Les eaux en dehors des zones régulièrement inondées sont habituellement dépourvues de poissons. Ces zones offrent également un approvisionnement alimentaire très riche et la qualité de l’eau est supérieure à la moyenne. En conséquence, on trouve dans ces zones toutes les espèces indigènes d’amphibiens, et parfois avec de grands effectifs. En plus d’un habitat aquatique optimal, les zones alluviales offrent d’autres grandes qualités, tels que des habitats terrestres humides offrant une nourriture très abondante.
Le castor (Castor fiber), est de plus en plus présent localement en Suisse. Il abat des arbres, construit des barrages et obstrue des rivières. Il n’est pas rare qu’il construise des systèmes entiers de barrages, ce qui engendre des cascades et des zones d’eaux calmes. Malgré le grand nombre de poissons qui occupent ces milieux, ces étangs de castors sont colonisés en grand nombre par plusieurs espèces d’amphibiens. On pense que cette cohabitation est possible grâce aux grandes quantités de bois mort que le castor apporte dans l’eau. Ainsi, ces zones aquatiques sont riches en cachettes, ce qui permet aux larves d’amphibiens d’éviter d’être prédatées par les poissons.
Avec son travail de bûcheron, le castor assure un bon ensoleillement du plan d’eau et favorise le développement des strates herbacées sur les rives de la rivière. Il agit également en façonnant le paysage et crée ainsi différents habitats terrestres pour les amphibiens, mais également pour la couleuvre à collier et d’autres reptiles en agissant directement sur les plans d’eau. Grâce au travail des castors, il existe des vallées fluviales qui ont pu être colonisées par les amphibiens et les reptiles. Il n’est donc pas étonnant que le castor soit appelé « l’ingénieur des écosystèmes » par les environnementalistes.