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Une exploitation ciblée vise à réduire le lessivage des nitrates dans l'aire d'alimentation (Zu) des captages d'eau souterraine de sorte que la teneur en nitrates dans l'eau souterraine ne dépasse plus la valeur limite de 25 mg NO3-/l, fixée dans la LEaux.
Si, dans le cas des eaux souterraines très chargées, cet objectif ne peut pas être atteint en une étape, un assainissement échelonné est envisageable (comprenant p. ex. une première étape dont l'objectif est de 35 à 40 mg/l).
La Confédération recommande les priorités suivantes dans le cas d'un assainissement d'eaux souterraines chargées:
1ère priorité: aires d'alimentation de captages d'eau souterraine à teneur en nitrates dépassant 40 mg NO3-/l;
2ème priorité: aires d'alimentation d'importants captages d'eau souterraine à teneur en nitrates dépassant ou tendant à dépasser la teneur exigée pour l'eau souterraine utilisée comme eau de boisson (> 25 mg NO3-/l);
3ème priorité: aires d'alimentation des autres captages d'eau souterraine à teneur en nitrates ne répondant pas aux exigences posées à l'eau souterraine utilisée comme eau de boisson (> 25 mg NO3-/l).
L'exploitation ciblée à respecter dans l'aire d'alimentation ou dans la zone de projet (ZP) doit en premier lieu être obtenue des exploitations concernées sur la base de conventions de gré à gré.
Les conventions règlent les mesures à mettre en oeuvre et le montant des indemnités auxquelles elles donnent droit.Si la participation des exploitants obtenue sur une base volontaire ne suffit pas, le type d'exploitation que nécessite la réduction de la charge en nitrates doit faire l'objet d'une décision (qui prévoit aussi une indemnisation des coûts imputables).