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Anlässlich der Jahresversammlung der Schweizerischen Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften trat Prof. Dr. Heinz Gutscher als Präsident zurück. Mit Aubert übernimmt nun wieder ein französischsprachiger Präsident die Leitung der Akademie. Er war bisheriger Vizepräsident
An der Jahresversammlung der SAGW wurden weiter drei neue Vorstandsmitglieder und ein Ehrenmitglied gewählt. Neu in den Vorstand gewählt wurden Prof. Dr. Susanne Bickel (Ägyptologie, Universität Basel), Prof. Dr. Cristina Urchueguía (Musikwissenschaft, Universität Bern) und Prof. Dr. Michael Stauffacher (Umweltsystemwissenschaften, ETH Zürich). Als Ehrenmitglied gewählt wurde der bisherige Präsident Prof. Dr. Heinz Gutscher (Sozialpsychologie, Universität Zürich).
Jean-Jacques Aubert schloss 1981 sein Studium in Griechisch, Latein, mittelalterlichem Französisch und Römischem Recht an der Universität Neuenburg ab. Er setzte seine Ausbildung an der New York University fort. Von 1984 bis 1991 besuchte er die Graduate School an der Columbia University (New York), wo er die Abschlüsse M.A., M. Phil und Ph.D erwarb. Zeitgleich war er exchange scholar, von 1987 bis 1989 an der Harvard University und 1990 an der Stanford University. Nach seiner Rückkehr nach Europa wurde Jean-Jacques Aubert zum Mitglied des Schweizerischen Instituts in Rom ernannt. Von 1992 bis 1993 war er zunächst Lehrbeauftrager der Universität Neuenburg, dann der Universität Fribourg (1993–1996) und der Universität Lausanne (1993–1994). Zwischen 1992 und 1996 lehrte er als Titularprofessor Französisch und Englisch an der Bieler Ingenieurschule. Seit 1996 ist er ordentlicher Professor für klassische Philologie und Alte Geschichte an der Universität Neuenburg. Zwischen 2005 und 2007 war er zunächst Vizedekan, dann Dekan der Philosophisch-Historischen Fakultät derselben Universität. Seit Januar 2014 und noch bis Juli 2016 ist er Vize-Rektor Lehre der Universität Neuenburg.
Neben seinem akademischen Engagement nahm Jean-Jacques Aubert verschiedene politische Ämter wahr, so als Generalrat und Gemeinderat von Rochefort (NE). Derzeit ist er im Grossrat in Neuenburg Abgeordneter für die Grünen.