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Die funktionelle endoskopische Schluck-Untersuchung wird oftmals abgekürzt FEES genannt. Dabei wird ein dünnes, flexibles Endoskop durch die Nase eingeführt. Damit können Anteile des von aussen nicht sichtbaren Schluckvorganges beobachtet und gefilmt werden. Bei der Endoskopie können die Funktionen der am Schlucken beteiligten Strukturen wie Weichgaumen, Zungengrund, oder Kehlkopf isoliert beurteilt werden: Beispielsweise können das Öffnen und Schliessen der Stimmlippen oder der Verschluss des Nasenraumes überprüft werden.
In der Regel wird die Schluckprüfung zuerst mit Speichel und anschliessend mit verschiedenen Konsistenzen (flüssig, breiig, fest) und unterschiedlich grossen Schluckportionen durchgeführt. Damit Flüssigkeiten und Nahrungsmittel im Rachen besser erkennbar sind, werden sie meist mit Lebensmittelfarbe eingefärbt. Es wird beispielsweise beobachtet, ob der Schluckakt rechtzeitig ausgelöst wird, ob Bolusteile in den Kehlkopfeingang oder sogar in die Luftröhre gelangen. Eine Endoskopie kann auch bei bettlägerigen Patienten durchgeführt werden.
Folgende Ziele werden bei einer Endoskopie verfolgt:
Gemäss Leitline der Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften gilt: "Vor der Entscheidung zur oralen Nahrungs- bzw. Flüssigkeitszufuhr soll mittels Videofluoroskopie oder Endoskopie überprüft werden, bei welcher Konsistenz (z. B. dünn, dick, ultradick) bzw. Applikationsart (Tasse, Löffel) aspirationsfreies Schlucken möglich ist."