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Die MEBEKO nimmt als Beratungsorgan Stellung zu fachspezifischen und qualitätsbezogenen Aspekten der Aus- und der Weiterbildung. Sie erstattet dem Eidgenössischen Departement des Innern (EDI) und dem Schweizerischen Akkreditierungsrat regelmässig Bericht. Gestützt auf die Berichte kann das EDI seine Aufsichtsfunktion ausüben, der Schweizerischen Universitätskonferenz (SUK) dienen sie als Orientierungshilfe für spezifische Problemstellungen im Bereich der Ausbildung in den universitären Medizinalberufen. In diesem Sinne orientieren diese Berichte nicht nur über die Tätigkeit der MEBEKO . Sie weisen auch auf Probleme der Aus- und Weiterbildung hin und zeigen Massnahmen zur Erhöhung der Qualität der Aus- oder der Weiterbildung auf. Sie kann dem Akkreditierungsorgan, dem Bundesrat, dem EDI und dem Schweizerischen Akkreditierungsrat auch Vorschläge unterbreiten.
Die MEBEKO entscheidet über die Anerkennung ausländischer Diplome und Weiterbildungstitel, für welche eine staatsvertragliche Vereinbarung für die gegenseitige Anerkennung existiert. Des Weiteren entscheidet sie über die Bedingungen und die zusätzlichen Aus- und Weiterbildungen, die Inhaberinnen und Inhaber eines nicht anerkennbaren ausländischen Diploms oder Weiterbildungstitels erfüllen müssen, um ein eidgenössisches Diplom oder einen eidgenössischen Weiterbildungstitel zu erhalten. Die MEBEKO überwacht die eidgenössischen Prüfungen, die zum eidgenössischen Diplom in Human-, Zahn-, Veterinärmedizin oder Pharmazie und Chiropraktik führen.
Die MEBEKO nimmt weitgehend die Aufgaben wahr, die bisher vom Leitenden Ausschuss für die eidgenössischen Medizinalprüfungen und vom Weiterbildungsausschuss ausgeführt wurden.
Die Mitglieder werden durch den Bundesrat gewählt. Die MEBEKO muss sich aus Fachleuten sowie Vertreterinnen und Vertretern der betroffenen Kreise zusammensetzen, welche über die Kompetenz verfügen, die notwendig ist, um die Probleme der Aus- und der Weiterbildung zu beurteilen. Damit diese Kommission das Akkreditierungsorgan, den Bundesrat, das EDI und den Schweizerischen Akkreditierungsrat kompetent beraten kann, muss sie neben Fachleuten der betroffenen Berufskreise auch Personen umfassen, die die Kontroll- und Koordinationsaufgabe von Bund und Kantonen wahrnehmen können. Auch die für die Ausbildung verantwortlichen Universitäten und Fakultäten sowie die für die Weiterbildung zuständigen Berufsorganisationen müssen in der MEBEKO vertreten sein.
Angesichts der grossen Fülle der Aufgaben besteht die MEBEKO aus einer Geschäftsleitung sowie aus den beiden Ressorts Aus- und Weiterbildung. Beide Ressorts unterhalten eine Geschäftsstelle, die in der Sektion Vollzug Gesundheitsberufe des BAG angesiedelt sind.
Aufgaben und Kompetenzen der MEBEKO sind im Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die universitären Medizinalberufe (Medizinalberufegesetz, MedBG) und im Geschäftsreglement vom 19. April 2007 geregelt.
Voraussetzungen für eine erfolgreiche Tätigkeit der MEBEKO ist die gute Zusammenarbeit mit den verschiedenen Organen, die sich in den universitären Medizinalberufen um die Aus- und Weiterbildung kümmern. So können die Aufgaben und aktuellen Probleme konstruktiv bearbeitet und gelöst werden.