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Brachycephalie kann zu Problemen der oberen Atemwege führen (brachycephales Syndrom). Als charakteristische Befunde gelten verengte Nasenlöcher und Nasenhöhlen, ein verlängertes und verdicktes Gaumensegel sowie Veränderungen am Kehlkopf. Darüber hinaus können die Rachenmandeln in den Innenraum der Atemwege gezogen werden, wenn der Unterdruck beim Einatmen zu gross wird. Dies kann zu Atemproblemen, Erstickungsanfällen, Ohnmacht, zumindest aber röchelnden Atemgeräuschen und Schnarchgeräuschen führen.
Zudem sind hervorstehende, teils auch vergrösserte Augen zu beobachten, was zu häufigen Verletzungen der Hornhaut führt.
Ebenso sind Hunde brachycephaler Rassen häufiger von Geburtsstörungen betroffen.