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Ostansicht der Stiftskirche. Bleistiftzeichnung von Johan Rudolf Rahn, 1861.
Kirche St.Sebastian
Die heutige Pfarrkirche St.Sebastian ist dem Heiligen Sebastian geweiht, der von Gläubigen bei der Pest, dem Sumpffieber und anderen Seuchen um Hilfe gerufen wurde. Zudem ist er der Schutzpatron der Brunnen. Das Gotteshaus wurde vermutlich im 9. Jahrhundert als Stiftskirche gleichzeitig mit dem Kloster erstellt. Verantwortlich für den Bau war Ulrich von Lenzburg der Reiche.
In ihrer über 1000-jährigen Geschichte wurde die Pfarrkirche unzählige Male renoviert. Jede Epoche hat ihre baulichen Spuren hinterlassen. Der älteste noch erhaltene Teil der Kirche stammt aus dem 12. Jahrhundert. Dazu gehören der vordere Teil des Kirchenschiffs sowie die Krypta. In der Krypta sind zudem drei Flechtwerkplatten aus dem karolingischen Zeitalter (5. bis 11. Jahrhundert) ausgestellt. Der Turm und der spätgotische Chor stammen aus dem 15. Jahrhundert. Um das Jahr 1610 entsteht der prachtvolle Hochaltar der Kirche. Ein Bild zeigt den Heiligen Augustinus, der als Beschützer der Stifter und Stiftsdamen gilt. Das Hauptbild zeigt den gekreuzigten Christus und den Lanzenstich, mit dem sich römische Soldaten versicherten, dass Jesus tatsächlich gestorben ist. Es stammt von einem unbekannten Künstler und zählt zu den wertvollsten Altargemälden der Schweiz. Nach dem Brand im gleichen Jahr müssen viele Kirchenschätze erneuert und restauriert werden. Von 1782 bis 1785 wird die Kirche zusammen mit dem Stiftsgebäude im Rokoko-Stil erneuert.
Von der Auflösung des Klosters bis zur Fusion der beiden Kirchgemeinden
Im Jahr 1811 wird das Kloster per Grossratsbeschluss aufgelöst. Dabei wird das Stiftsgebäude versteigert und die Pfarrgemeinde Schänis übernimmt Kirche und Kapelle. In den Jahren 1910 und 1911 wird die Pfarrkirche erneut renoviert und das Kirchenschiff erweitert. Zudem wird eine neugotische Sakristei gebaut. Bei den Ausgrabungen, die mit der Renovation in Zusammenhang stehen, werden bedeutende karolingische Werkstücke gefunden, was auf einen stattlichen Ursprungsbau schliessen lässt. 1924 wird eine neue Kirchenorgel mit 28 Registern beschafft. 1946 fällt ein Teil des Dreikönigsgemäldes, das die Kirchendecke schmückt, herunter, worauf es restauriert werden muss. 2004 wird die Pfarrkirche St.Sebastian bis dato zum letzten Mal einer aufwändigen Innenrenovation unterzogen.
Zustand während der Renovation 1910.