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Jean Ruegg a suivi une double formation en géographie (Université de Genève) et en urbanisme (Université de Toronto). Ses centres d'intérêts concernent principalement les processus de production des territoires. Dans ce contexte, il s'est spécialisé dans l'analyse et la compréhension de la forme urbaine contemporaine, des modalités de la régulation des territoires et de leur gouvernance. Il a d'abord travaillé pour la Communauté d'études pour l'aménagement du territoire (CEAT) à Lausanne. Il y mène des mandats de recherche et d'expertises (mise en valeur des terrains de gare, utilisation des terrains situés en zones à bâtir, révision de plans d'aménagement) et organise des opérations de formation destinées tant aux chercheurs qu'aux praticiens (négociation, partenariat public-privé et management territorial dans les champs de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement). En 1997, il soutient, sous la direction du prof. Laurent Bridel, une thèse en sciences sociales consacrée à l'origine et aux enjeux du zonage. Cette recherche traite plus particulièrement des interactions et des enjeux entre propriété privée du sol et politique de l'aménagement du territoire. Il poursuit ses travaux à l’Université de Fribourg entre 1999 et 2005 où il est nommé professeur de géographie humaine. Depuis septembre 2005, il rejoint l'Université de Lausanne d’abord au sein de l'Institut de politiques territoriales et d'environnement humain puis, dès l’été 2012 et suite à la restructuration de la faculté, à l’Institut de géographie et durabilité. En août 2009, il devient doyen de la Faculté des géosciences et de l'environnement. Il termine son mandat au début 2013.
Par ailleurs, Jean Ruegg représente l'Université de Lausanne au sein du Conseil de la CEAT et du Conseil de fondation de l’IUKB, dont il est également membre du Bureau. Il préside la commission scientifique en aménagement du territoire de la CUSO. Il est également membre de l'Association «Métropole Suisse» et de la Société suisse pour l'organisation de l'espace et la politique régionale (ROREP/OEPR). Enfin, en été 2013, il a été nommé président de la Commission d’examen pour l’inscription au registre des aménagistes, registre qui est tenu par la Fondation REG.