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Actuellement, les stations d'épuration (STEP) dégradent essentiellement les nutriments (carbone, phosphore et azote) présents dans les eaux usées. Elles n'éliminent que partiellement, voire pas du tout, nombre de substances. Une multitude de composés chimiques (médicaments, cosmétiques, biocides, additifs alimentaires et substances entrant dans la composition de détergents, de produits d'imprégnation, de peintures, etc.) sont donc déversés dans les eaux. Or, même en concentrations infimes, ces substances, réunies sous le terme de "micropolluants", peuvent avoir des effets néfastes sur les organismes aquatiques ou polluer nos ressources en eau potable.
Bien que les micropolluants proviennent d'apports diffus tels que l'utilisation de produits phytosanitaires dans le cadre des activités liées à l'agriculture, les métaux lourds issus du trafic routier, ou encore les déversements occasionnels des déversoirs d'orage, l'apport principal est lié aux STEP. Afin de réduire de moitié l'apport de ces substances dans les eaux, une centaine de STEP en Suisse vont devoir s'équiper d'un traitement supplémentaire à même d'éliminer 80% de la plupart des substances problématiques détectées par rapport aux eaux polluées brutes.
Des modifications de la loi sur la protection des eaux (LEaux) et de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2016. Celles-ci spécifient les critères (les grandes STEP ainsi que les moyennes ayant un grand impact sur les cours d'eaux et les réserves en eau potable) pour lesquels les STEP doivent prendre des mesures pendant la période allant de 2015 à 2035. Ces mesures seront subventionnées par la Confédération à hauteur de 75% grâce à une taxe prélevée depuis 2016 et jusqu'en 2040 au plus tard sur l'ensemble de la Suisse (maximum 9 francs par habitant raccordé et par an).
Différentes technologies existent afin d'éliminer les micropolluants, les principales étant l'adsorption sur charbon actif ou l'ozonation. L'adéquation du traitement doit être évaluée au cas par cas en fonction des eaux usées traitées.
Dans le canton de Fribourg, l'élaboration d'une planification en matière d'élimination des micropolluants a débuté dès 2010 par l'évaluation de l'état général des 25 stations d'épuration existantes, leurs potentiels de regroupement et leurs impacts sur les cours d'eau.
La planification cantonale élaborée par le SEn tient compte des projets de régionalisation des STEP actuellement en discussion, ainsi que de la gestion des eaux par bassin versant. Elle prévoit que, d'ici 2040:
- 8 STEP éliminent les micropolluants;
- 13 STEP soient raccordées à une STEP éliminant les micropolluants, sur territoire fribourgeois ou vaudois;
- 2 STEP n'effectuent pas de traitement et 1 STEP soit raccordée à une installation sans traitement;
- des études soient réalisées pour le raccordement d'une STEP sur une autre installation.
Après la réalisation des mesures, près de 90% de la population fribourgeoise devrait être raccordée à une STEP traitant les micropolluants.
Le coût indicatif des travaux est estimé à 89 millions de francs, dont 66 millions seront indemnisés par la Confédération. L'évaluation ne tient pas compte des éventuels renouvellements, adaptations ou agrandissements des installations existantes, ni des projets de régionalisation (regroupement des stations d'épuration).
La planification en matière d'élimination des micropolluants est provisoire et évolutive. Elle sera adaptée en fonction des remarques émises lors de la consultation sur le plan directeur cantonal dans lequel seront intégrés les projets de régionalisation de STEP.
Situation en 2040 illustrant les mesures prévues pour les STEP (raccordements, traitement des micropolluants), ainsi que la proportion d'eaux usées non épurées des composés traces organiques dans les cours d'eaux récepteurs des STEP (modèle).