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Im Alpenraum findet man den Fischotter vor allem in den Fliessgewässern. Doch nicht jedes Fliessgewässer ist gutes Fischotterhabitat. So haben sich die Gewässer im Alpenbogen in den letzten 150 Jahren stark verändert: Dichte Strassen- und Eisenbahnnetze sowie Siedlungen sind nahe an Gewässern entstanden und eine intensive Landwirtschaft wird bis fast an die Gewässerufer betrieben. Uferverbauungen dominieren einen grossen Teil der Fliessgewässer und zahlreiche Stauwehre und Verbauungen im Gewässer hindern eine freie Fliessdynamik. Diese Veränderungen wirken sich negativ auf Wasserlebewesen aus – und damit auch auf den Fischotter und seine Rückkehr in die Schweiz.