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La principale utilisation, autre que l'approvisionnement en eau potable, est la production d’électricité par des centrales au fil de l’eau. L'utilisation des eaux pour la production de chaleur ou de froid demeure limitée.
La plupart de ces centrales hydroélectriques ont été mises en service à la fin du XIXe et au début du XXe siècle, principalement sur le Doubs, la Birse, la Sorne et la Scheulte, et ont contribué à l’essor industriel de la région. On en recense une vingtaine, mais l'utilisation d’un certain nombre d’entre-elles a été abandonnée pour des raisons de rentabilité, lors de la mise en activité des centrales nucléaires au début des années 70.
L’engouement pour ce type d'énergie n'a cessé de s’amplifier au cours des dix dernières années. Cela s’est traduit par la modernisation des centrales hydrauliques encore en activité, ou la remise en état et en service de centrales désaffectées.
Le Canton du Jura ne compte qu’une seule centrale de grande taille. Il s'agit de l’usine de la Goule sur le Doubs. Elle couvre les besoins en électricité de 9000 à 10 000 ménages. D’importants travaux ont été entrepris ces dernières années pour moderniser la centrale.
Avec une production d’électricité de près de 45 millions de kWh d’origine hydraulique, près des 10 % des besoins en électricité du canton sont couverts par une énergie indigène et renouvelable.
Les sites les plus propices sont pour la plupart déjà exploités. Les nombreuses exigences d’ordres législatif et environnemental ne permettent guère d’envisager de nouvelles installations. Néanmoins, quelques sites désaffectés, tel celui de Belle-Fontaine, d’Ocourt et du Theusseret sur le Doubs présentent un potentiel intéressant qui pourrait être mis en valeur.