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Austern sind zweigeschlechtlich (Hermaphroditen), wobei sich verschiedene Austernarten in der Ausformung ihrer Zweigeschlechtlichkeit unterscheiden.
Die Pazifische Auster bildet in ihrem ersten Lebensjahr männliche Geschlechtsorgane. Ab dem zweiten Jahr wandelt sich ein Teil der Population in Weibchen. Ausschlaggebend für die Anzahl der Weibchen ist unter anderem der Nahrungsreichtum im Wasser, je planktonreicher das Wasser umso mehr weibliche Tiere bilden sich. Theoretisch könnte die Pazifische Auster ihr Geschlecht nach jeder Laichsaison ändern, sie tut das aber nur selten.
Im Gegensatz dazu machen die flachen Austern von dieser Möglichkeit Gebrauch. Sie sind im ersten Jahr vorwiegend männlich und ändern dann immer wieder ihr Geschlecht.
Auslöser für den Beginn des Fortpflanzungsprozesses bei Austern ist die Wassertemperatur. Ab einer Temperatur von etwa 18 Grad beginnt die Fortpflanzung bei der pazifischen Auster, bei der flachen Auster ist dies schon ab etwa 15 Grad der Fall.
Dann stossen männliche Austern ihren Samen aus und -bei pazifischen Austern- die weiblichen ihre Eier. die Befruchtung findet dann im Meer statt. Diesen Prozess können sie mehrmals pro Laichsaison wiederholen, wobei bei jedem Durchgang zwischen zwanzig und hundert Millionen Eier produziert werden.
Bei der flachen Auster findet die Befruchtung der Eier in der Auster statt, die weibliche Auster behält die Eier in der Schale und nimmt den Samen der männlichen Auster über das Wasser auf welches sie durch ihre Kiemen filtert. Erst nach einigen Tagen stösst sie die befruchteten Eier, jetzt schon im Larvenzustand aus. Sie produziert deutlich weniger Eier als die pazifische Auster, aber auch sie kann den Vorgang mehrmals pro Saison wiederholen und kann dabei ihr Geschlecht zwischen jedem Laichvorgang anpassen.
Die Austernlarven schweben dann als Plankton während zwei bis drei Wochen mit der Meeresströmung bis sie einen "Fuss" gebildet haben und sich an einer geeigneten Stelle auf einem Felsen oder an einer Muschelschale festsetzen.
Damit beginnt die Metamorphose von der Larve zur Muschel. Die Auster bildet eine Schale aus und wächst, bis sie im darauffolgenden Sommer bei entsprechender Wassertemperatur erstmals Geschlechtsreif wird und sich reproduziert.
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Saataustern für die Zuchtbetriebe können zum einen auf natürliche Weise im Meer gewonnen werden, wobei während der Laichsaison im Sommer sogenannte Kollektoren ausgebracht werden um die etwa zwei bis drei Wochen alten Austernlarven aufzufangen (Captage). in diesem Alter lassen sich die Austern auf einem festen Untergrund nieder und verwandeln sich von der Larve zur Muschel.
Immer häufiger jedoch findet die Produktion von Saataustern unter kontrollierten Bedingungen in grossen Wasserbecken von spezialisierten Betrieben statt, sogenannten Écloseries (Brutanlagen). In diesen Becken kann die Wassertemperatur soweit erhöht werden dass der Laichvorgang einsetzt, dann werden die Larven ebenfalls mit Kollektoren aufgefangen.
Bei einer Grösse von zwei bis vier Zentimetern werden die Austernsetzlinge (Naissain genannt) von den Kollektoren getrennt und an die Aufzuchtbetriebe verkauft wo sie dann in die Austernparks gebracht werden.