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Terminologie
ADN
Abréviation de l’acide désoxyribonucléique. Molécule filiforme à deux brins contenue dans le noyau des cellules. L’ADN abrite le code génétique.
Base
Un composant de l’ADN. L’ADN est composé de quatre sortes de bases différentes: adénine (A), cytosine (C), guanine (G) et thymine (T). Ensemble, les quatre bases constituent l’alphabète du code génétique.
Caractère qualitatif
Un caractère qui n’apparaît que sous peu de formes. Exemple: couleur (rouge/noire), cornes (oui/non).
Contrairement aux caractères quantitatifs, un caractère qualitatif est dirigé par un ou quelques gènes seulement et il n’est normalement pas influencé (ou alors que très peu) par le milieu.
Caractère quantitatif
Un caractère qui apparait sous forme de variation continue. Exemple: taille, poids. A l’inverse du caractère qualitatif, le caractère quantitatif est généralement influencé par plusieurs gènes et par le milieu.
Chromosome
Structure dans le noyau de la cellule, qui contient le matériel génétique. Sauf dans les cellules sexuelles, les chromosomes apparaissent par paires, la moitié provenant du père et l’autre moitié de la mère. Les bovins ont 2 x 29 chromosomes normaux, en plus des 2 chromosomes sexuels.
Gène
Segment d’ADN qui contient le code nécessaire pour constituer une protéine.
Génome
Ensemble de tout le matériel génétique (ADN) contenu dans le noyau.
Intervalle de confiance
Terme de statistique qui désigne un intervalle autour d’une valeur estimée, intervalle dans lequel se situe la vraie valeur inconnue. Plus l’intervalle de confiance est restreint, plus la valeur estimée est précise.
Le degré de confiance est en principe exprimé sous forme d’une probabilité. On indique généralement un intervalle de confiance à 95 % qui indique l’intervalle dans lequel se trouve la vraie valeur, dans 95 cas sur 100.
Imputing
Procédé statistique qui permet d'extrapoler un génotype d'une densité moins élevée à une densité plus élevée, par exemple de 6'000 SNP à 54'000 SNP. Le procédé repose sur le fait que les chromosomes sont transmis par portions des parents à leur descendants.
Marqueur
Dans la biologie moléculaire: petit segment sur la molécule d’ADN occupant une position connue et qui peut être déterminé précisément en laboratoire.
Paire de bases
Sur le double brin d’ADN, les quatre bases apparaissent toujours par paires: l’adénine (A) avec la thymine (T) et la cytosine (C) avec la guanine (G).
Puce SNP
Puce qui permet de déterminer en laboratoire, sur un échantillon, des milliers voire des dizaines de milliers de SNPs, avec une grande fiabilité et à un prix relativement avantageux. La puce standard utilisée actuellement chez les bovins s’appelle Illumina ® BovineSNP50 BeadChip; elle permet d’analyser douze différents échantillons en même temps et de déterminer plus de 54'000 SNPs pour chacun d’eux.
QTL
Abréviation du terme anglais Quantitative Trait Locus. Lieu sur le génome qui exerce une influence prouvée sur l’expression d’un caractère quantitatif. Souvent, l’endroit précis où il se trouve sur le génome n’est pas connu.
SNP
Abréviation du terme anglais Single Nucleotide Polymorphism, prononcée Snip. Il s’agit d’une variation d’une seule paire de bases à un endroit précis sur le brin d’ADN. Les SNPs sont relativement fréquents sur le génome (à plus d’un million d’endroits chez le bovin) et conviennent bien comme marqueurs étant donné qu’ils peuvent être déterminés en grands nombres en laboratoire, grâce aux puces SNP.
Valeur d’élevage génomique optimisée
Valeur d’élevage qui a été estimée sur la base des informations traditionnelles et des informations fournies par les marqueurs (=combinaison de la valeur d'élevage traditionnelle et de la valeur d'élevage génomique directe).
Valeur génomique directe
Valeur d’élevage qui a été estimée sur la seule base des informations des marqueurs (SNP).