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Antiquité et Moyen-Age
Sur l’emplacement d’une première construction romaine – une villa datant du IIIe siècle après Jésus-Christ – est fondée au VIe siècle une chapelle dédiée à la Vierge et consacrée le 24 juin 587. Peu avant l’an mil, une vie religieuse se développe à Payerne avec le soutien de la famille royale de Bourgogne transjurane. Déjà peut-être sous l’impulsion de Berthe de Souabe – la fameuse reine Berthe que les légendes appellent la filandière – mais surtout grâce à sa fille Adélaïde, épouse de l’empereur Otton Ier, la communauté est rattachée au grand monastère bénédictin de Cluny, en France. Une première église monastique est érigée autour du Xe siècle, puis, dès le milieu du XIe siècle et sur le même emplacement, on construit la seconde église, celle qui est toujours visible aujourd’hui.
L’Abbatiale de Payerne reste à ce jour un témoin architectural important de la grande histoire clunisienne. D’ouest en est, le plan de l’église est formé successivement d’un grand massif occidental à deux étages sur le modèle des Galilées clunisiennes, d’un long vaisseau à trois nefs et à l’est, d’un transept ouvrant sur cinq chapelles échelonnées. De Payerne, on retiendra en particulier la beauté exceptionnelle de la lumière, peu caractéristique des constructions romanes. Si la voûte de la nef est déjà percée de jours, l’abside centrale du chœur illumine l’église par ses deux étages de fenêtres. De l'extérieur, le chevet roman offre une autre vue typique de l'Abbatiale: les cinq absides et le clocher carré reconstruit à l'époque gothique et la longue flèche qui surmonte le tout.
Durant le Moyen-Age, Payerne était un prieuré important du réseau clunisien, avec de nombreuses dépendances dans les environs immédiats et jusqu'en Alsace et au Pays de Gex. Autour du prieuré se développe peu à peu un véritable bourg médiéval. Dès le XIVe, les habitants du bourg acquièrent une autonomie qui va croissant, perceptible aujourd'hui encore dans les bâtiments du centre historique par la proximité de deux églises médiévales importantes. Situation courante pour les sites clunisiens, l'église paroissiale s'inscrit en effet dans le prolongement de l'église abbatiale, celle-ci étant destinée aux moines et celle-là aux habitants du bourg. En 1444, le monastère se détache définitivement de son appartenance clunisienne. Il est alors élevé au rang d’abbaye par Félix V (Amédée VIII de Savoie, "antipape" du concile de Bâle). Dès lors, l’église conservera ce titre d’Abbatiale par lequel elle est restée célèbre.
Réforme et temps modernes
En 1536, avec l’arrivée des Bernois en Pays de Vaud, Payerne passe officiellement à la Réforme protestante, prêchée en ville dès 1532. Le sort du monastère est âprement disputé avec les représentants des villes combourgeoises de Berne et Fribourg. Le monastère est finalement fermé, les biens répartis et les moines priés de quitter les lieux ou de se convertir. Les parties subsistantes des bâtiments monastiques, et en particulier l’église abbatiale, serviront dès le XVIIe siècle à divers usages séculiers: grenier à grain, fonderie de cloches, cantonnement militaire, prison, local des pompes etc. Les bâtiments de l’ancien cloître, quant à eux, tendront à disparaître au profit de constructions plus modernes, qui hébergeront tour à tour les baillis bernois, un institut de jeunes filles et les écoles de la ville. Les cultes sont désormais célébrés à l'église paroissiale, dont l'intérieur (stalles, chaire, orgue, vitraux) témoignent de la richesse artistique des derniers siècles.
Le 14 septembre 1892, le professeur d'histoire de l'art zurichois Johann-Rudolf Rahn tient à Payerne un discours qui sera déterminant pour l'avenir de l'église abbatiale. Il la qualifie de «monument voûté de style roman le plus grandiose de Suisse», s'insurge contre ses emplois séculiers peu respectueux de son histoire et appelle à sa restauration. Dès lors, le processus de sauvegarde, d'étude et de mise en valeur du bâtiment ne cesse de se développer. Dès 1920, des fouilles et des travaux de restauration vont être entrepris. Depuis 1963, l’Abbatiale de Payerne est ouverte au public et accueille des visiteurs venus de près et de loin pour la découvrir ou la faire découvrir. Les travaux actuels ne sont qu'une étape du processus qui permet de mieux rendre compte de l'importance du site au travers des siècles.
Dans le périmètre du centre historique de Payerne, la ville fait construire durant la seconde moitié du XVIe siècle un hôtel de ville qui subsiste aujourd'hui sous le nom de Tribunal. Ce bâtiment intéressant, orné de peintures et de boiseries, peut être visité lors de visites guidées, tout comme les deux églises médiévales qui l'encadrent.