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Antiarythmiques
Dans certains cas, on prescrit des médicaments dans le but de diminuer le risque de récidive de flutter auriculaire et de stabiliser ainsi le rythme sinusal à son niveau normal (contrôle du rythme cardiaque). Toutefois, la plupart des patients reçoivent des médicaments qui réduisent les conséquences du flutter auriculaire en empêchant une transmission trop rapide aux ventricules et atténuent ainsi les troubles (contrôle de la fréquence cardiaque).
Cardioversion
Si le flutter auriculaire est une manifestation rare, mais persistante pendant plusieurs jours, une cardioversion électrique ("électrochoc") peut rétablir le rythme normal.
L'ablation par cathéter est souvent préférée à l'électrochoc car le flutter a tendance à récidiver après un choc électrique, et les traitements anti-arythmiques n'ont pas une bonne efficacité.