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Le système de contrôle Intrastat a été conçu parce que les taux de TVA appliqués dans les différents États membres sont différents et qu’il n’est pas possible d’appliquer le même mécanisme de TVA aux biens en libre pratique échangés entre les États membres de l’Union européenne.
Par exemple, pour les biens achetés en France et destinés à l’Italie, il y aurait l’anomalie que la TVA appliquée par le vendeur est française et non égale à celle que l’acheteur italien paierait si les biens étaient achetés en Italie.
Les échanges de biens en libre pratique entre États membres sont définis comme des acquisitions intracommunautaires lorsqu’ils entrent sur le territoire de l’un des États membres de l’UE ou des ventes intracommunautaires s’ils quittent le territoire de l’un des États membres pour se rendre dans un autre État membre. Avec ce système, le vendeur français émet une facture de vente sans appliquer la TVA (comme s’il exportait en dehors de l’Union européenne). Le vendeur et le destinataire enregistreront la transaction dans les listes Intrastat qui doivent être déposées à la douane (mensuellement, trimestriellement ou annuellement selon le chiffre d’affaires).
Ces listes sont croisées par un centre de contrôle européen pour vérifier que le vendeur n’effectue pas une fausse vente en dehors de son propre pays et que le destinataire ne met pas les biens à la consommation dans son pays sans que la TVA ne soit collectée. Intrastat permet à chaque pays d’appliquer ses propres réglementations et taux de TVA.