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Der Kormoran ist ein häufiger Bewohner der zahlreichen fliessenden und stehenden Gewässer im Aargau. Zum Schutz bedrohter Fischarten wird er nach einem Massnahmenplan bejagt, der zusammen mit den kantonalen Naturschutz- und Fischereiverbänden erarbeitet wurde.
Seit den 90er-Jahren ist der grosse schwarze Wasservogel ein häufiger Wintergast an unseren Gewässern. Die nächsten Brutkolonien liegen im Kanton Zürich. Damit der Kormoran erfolgreich unter Wasser Fische jagen kann, besitzt er im Gefieder keine wasserabstossenden Fettdrüsen. Deshalb muss er nach jedem Tauchgang sein Gefieder trocknen.
Im Aargau liegen national bedeutende Laichgebiete der bedrohten Fischarten Nase und . Sie laichen im Kiesbett der Flüsse, wo der Kormoran gerne seine Nahrung sucht. Als Artenschutzmassnahme sollen Kormorane speziell an diesen Laichplätzen erlegt werden.
Der kantonale Massnahmenplan Kormoran regelt die Details für die Bejagung der Kormorane. Zusätzlich zu den Wasser- und Zugvogelreservaten im Aargau ist der Kormoran am Hallwilersee und auf Schlafbäumen geschützt. Dies ermöglicht ihm Rückzugsgebiete. Dieses moderne Wildtiermanagement vereint Anliegen des Artenschutzes und der Jagd.