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La coopération entre la Suisse et l’Union européenne en matière de recherche et d’innovation a une longue tradition. Les chercheurs actifs en Suisse participent depuis 1988 aux programmes-cadres de recherche européens, soit avec le statut de partenaires d’un pays tiers ou de partenaires associés. Dans la génération de programme Horizon 2020, la Suisse a eu le statut d’Etat partiellement associé jusqu’à la fin 2016. Un financement national était disponible pour les participations suisses dans les volets du programme Horizon 2020 auxquels la Suisse n’était pas associée. À partir de 2017, la Suisse participe à Horizon 2020 en tant qu’Etat intégralement associé.
Le premier programme-cadre de recherche (PCR) de l'UE remonte à 1984. La huitième génération de programme a été lancée en 2014 sous le nom «Horizon 2020». Un aperçu de la structure du programme Horizon 2020 et de ses différents volets se trouve sur le site du SEFRI et sur celui de la Commission européenne.
Des informations sur les appels à projets ouverts et sur les possibilités de financement sont disponibles sur le Portail des participants de l'UE. De plus, les chercheurs suisses qui s'intéressent à participer à Horizon 2020 peuvent trouver auprès d'Euresearch des services d'information sur les appels à projets ainsi qu'un soutien à la présentation de propositions de projets. Euresearch est financé par le SEFRI et agit en son nom.
Les institutions de recherche suisses ont participé aux PCR depuis 1988. De 1992 à 2003, les participations suisses étaient directement financées par la Confédération. Dès 2004, la Suisse a participé aux PCR en qualité d'Etat associé. Elle a contribué (en proportion de son PIB) au budget européen du PCR en cours, et les chercheurs suisses ont pu répondre à droits égaux avec leurs collègues des pays membres de l'UE aux appels à projets et bénéficier de financements européens.
La Suisse et Horizon 2020
Au terme du 7e PCR qui s'est achevé à la fin 2013, il était prévu que la Suisse soit associée au 8e PCR - soit le paquet Horizon 2020 incluant Euratom. En septembre 2013, les Chambres fédérales ont voté le crédit pour la participation de la Suisse au programme Horizon 2020. Mais suite au résultat de la votation du 9 février 2014 sur l'initiative contre l'immigration de masse et au fait que le Protocole III concernant la Croatie n'avait donc pas pu être signé, l'Union européenne s’est opposée à l'association complète de la Suisse à l'ensemble du «paquet Horizon 2020». Au lieu de quoi, la Suisse et l'UE se sont mises d'accord sur une association partielle qui a été provisoirement appliquée du 15 septembre 2014 à la fin 2016. Un accord (correspondant) a été signé par les deux parties le 5 décembre 2014.
Le 16 décembre 2016, le Parlement suisse a adopté la loi d’application de l’article 121a de la Constitution tout en respectant les accords bilatéraux conclus avec l’UE sous tous leurs aspects. Le jour même, le Conseil fédéral a ratifié le protocole relatif à l’extension de la libre circulation des personnes à la Croatie. Ce faisant, il a rempli la condition pour une association intégrale de la Suisse à Horizon 2020 dès 2017. Suite à cette ratification, la Suisse est intégralement associée à Horizon 2020 depuis le 1er janvier 2017.