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Sexe masculin: stade différencié
Sous l'effet des androgènes, la différenciation et le développement des organes génitaux masculins devient manifeste à partir du 3e mois.
Le tubercule génital s'allonge pour former le pénis et entraîne avec lui les replis uro-génitaux. Entre ces replis, le sinus urogénital définitif s'étend pour former la gouttière urétrale tapissée par l'entoblaste. Au fond de cette gouttière une prolifération épithéliale produit une plaque endoblastique, la lame urétrale, qui va combler temporairement la gouttière urétrale.
Plus tard, elle se recreusera pour donner l'urètre pénien. Les replis uro-génitaux qui circonscrivent la gouttière urogénitale fusionnent sur le bord ventral (inférieur) du pénis d'arrière en avant et isolent l'urètre pénien définitif, qui se termine à ce stade en cul de sac un peu avant l'extrémité du pénis.
La partie postérieure des bourrelets labio-scrotaux se transforme en bourrelets scrotaux.
L'urètre pénien s'entoure d'une masse de tissu mésenchymateux érectile, le corps spongieux qui se prolonge dans l'extrémité du pénis (gland). Au-dessus du corps spongieux, les deux corps caverneux complètent le tissu érectile du pénis.
Les deux bourrelets scrotaux fusionnent à leur tour sur la ligne médiane et forment le scrotum. La ligne de soudure du scrotum et du pénis est appelée le raphé médian.
Au cours du 4e mois, deux invaginations ectodermiques vont se développer à l'extrémité du gland.
La première va produire un cordon épithélial plein, la lame épithéliale balanique, qui va se creuser pour former l'urètre balanique s'ouvrant au niveau du méat urinaire. L'urètre balanique rejoint ainsi l'urètre pénien au niveau de la fossette naviculaire.
La deuxième invagination est circulaire. C'est la lame épithéliale préputiale, son clivage avant la naissance séparera le gland du prépuce. A la naissance, le prépuce reste encore collé au gland. Il se décollera durant la petite enfance.