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Le parlement ou le Conseil fédéral proposent un contre-projet quand ils souhaitent proposer une alternative à une initiative.
Il existe deux types de contre-projet :
En réponse à l’initiative, le parlement propose un autre article constitutionnel. Si le comité d’initiative ne retire pas son initiative, le contre-projet est soumis à la votation en même temps que l’initiative populaire en question.
En réponse à l’initiative, le Parlement propose non pas une modification de la Constitution, mais une modification de la loi, voire une nouvelle loi. Le contre-projet indirect permet aux autorités de proposer une alternative sans modifier directement la Constitution. Si le comité d’initiative ne retire pas son initiative, le contre-projet indirect entre en vigueur si l’initiative est refusée.