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Julien Schaller besucht 1813–1820 die Klosterschule Rheinau, die von einem seiner Onkel, Pater Januar, geleitet wird. Da er dort misshandelt wird und sein ältester Bruder in Rheinau stirbt, entwickelt sich bei Julien eine starke antiklerikale Haltung. Nach dem Schulabschluss im Kollegium St. Michael studiert er Rechtswissenschaften an den Universitäten Freiburg im Breisgau und Heidelberg. Er interessiert sich vermehrt für Forstwissenschaften, die er in München, Interlaken, Villingen (Schwarzwald) und Aarau studiert, wo er bei der Familie Zschokke wohnt. 1830 legt er in Freiburg die Prüfung als Forstingenieur ab und wird Oberforstinspektor des Kantons. Aufgrund seiner forstwissenschaftlichen Kenntnisse verfasst er später in einem anderen Kontext die freiburgische Forstordnung (1850). Julien Schaller ist von schwacher Gesundheit und leidet an einer Entzündung, die ihn beim Gehen behindert. Daher macht er häufig Badekuren.
Julien Schaller ist Gemeinderat der Stadt Freiburg (1843–1847) und radikaler Grossrat. Als heftiger Gegner des Sonderbunds nimmt er im Januar 1847 am radikalen Aufstandsversuch teil und wird festgenommen. Es gelingt ihm, in den Kanton Waadt zu fliehen, wo ihn sein Freund, Staatsrat Henri Druey, aufnimmt und beschützt. Im November 1847 kehrt er mit den Bundestruppen nach Freiburg zurück und wird Mitglied der siebenköpfigen provisorischen Regierung, die von November 1847 bis März 1848 die Macht ausübt und von ihm präsidiert wird. 1848 wird Julien Schaller in den Staatsrat gewählt (54 von 62 Stimmen). 1855 wird er bestätigt (45 von 72 Stimmen), tritt jedoch zurück, als die Konservativen 1857 wieder an die Macht gelangen. 1848 und 1855 präsidiert er die Regierung. Mehrere weitere Wahlen an die Spitze der Exekutive lehnt er ab. Von 1848 bis 1866 ist er Grossrat.
Im Staatsrat leitet Schaller zunächst die Erziehungs- und Kultusdirektion (1848–1850), dann die Erziehungsdirektion (1850–1855). Er verfasst mehrere Gesetze und Reglemente über das gesamte Schulwesen, das er in einem radikalen und zentralisierenden Sinn reorganisiert (Erziehungsgesetz 1848, organisches Reglement über die Mädchenschulen 1849, Reglement für die Primarschulen 1850, Reglement für die Kindergärten und Gesetz über den landwirtschaftlichen Unterricht 1850, Reglement über den Schulhausbau 1854, Beschluss über Handarbeiten in den Schulen 1855). Er ist der Urheber des Gesetzes vom 1. Juni 1850 über die zivile Verwaltung der Kirchengüter. In der Folge leitet Schaller die Finanzdirektion (1856–1857) zu dem Zeitpunkt, da der Kanton Finanzmittel finden muss, um eine Eisenbahngesellschaft zum Bau der Strecke Bern–Freiburg–Lausanne zu gründen. Schaller und Bielmann handeln mit den französischen Financiers Rothschild das Abkommen aus, das den Beginn der Bauarbeiten ermöglicht (8. April 1856). Schaller ist Nationalrat (1851–1852) und – vom Grossen Rat gewählter – Ständerat (1850–1851 und 1855–1858). Er verteidigt erfolgreich die freiburgischen Eisenbahninteressen, indem er sich insbesondere auf General Dufour stützt. Aufgrund seiner Verdienste bestätigt ihn der liberalkonservativ gewordene Grosse Rat in seinem Amt als Ständerat (1857–1858).
Julien Schaller ist ein gebieterischer Charakter eigen. Er ist der Wortführer der unversöhnlichen und antiklerikalen Radikalen, die den Staatsrat von 1848 bis 1851 beherrschen. Sein Einfluss schwindet nach 1851 und ausgehend vom Erstarken der Gruppe der gemässigteren Radikalen, an deren Spitze Léon Pittet steht. Schaller ist gleichsam die Seele des Regimes, wird jedoch von Liberalen und Konservativen verabscheut, die in ihm einen Jakobiner sehen. Solange sein Werk nicht allzu sehr von ideologischem Fanatismus bestimmt wird, trägt es dazu bei, den Kanton, seine Schulen und seine Wirtschaft zu modernisieren. Mit Hubert Charles und Louis Weck-Reynold ist Schaller eine der bedeutenden Freiburger Persönlichkeiten der Jahre 1848–1880.
Er beschliesst seine Karriere als Direktor der Eisenbahngesellschaft Bern–Freiburg–Lausanne (1857) und – im Dienst des Kantons Bern – als Direktor der Bernischen Staatsbahn (1857–1871). 1871 stirbt er im Alter von 64 Jahren in Freiburg.