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Natürliche oder naturnahe Bäche und Flüsse bereichern die Landschaft und bilden wertvolle Lebens- und Vernetzungsräume für Tiere und Pflanzen.
Viele der Fliessgewässer im Einzugsgebiet des Vierwaldstättersees leiden aber unter Gewässerverbauungen, Laufbegradigungen und Wasserkraftnutzungen. Nach Kraftwerken zur Stromproduktion fliesst oft nur noch wenig Restwasser, der Abfluss wird künstlich und unnatürlich reguliert (Schwall und Sunk).
Das Beispiel Seeforelle zeigt die Bedeutung der Verbindung zwischen See und Fliessgwässern. Zum Ablaichen steigt die Seeforelle in die Zuflüsse hinauf. Um sich fortzupflanzen, ist sie auf hindernisfreie und naturnahe Fliessgewässer angewiesen. Ähnliches gilt für eine Vielzahl weiterer Tier- und Pflanzenarten: Sie bedürfen natürlicher und vernetzter Gewässer mit extensiven, strukturreichen Ufern. Deshalb fördern Revitalisierungen von Fliessgewässern die Biodiversität. Insbesondere die Mündungsgebiete, die den See mit den Hauptzuflüsse verbinden, bergen ein riesiges ökologisches und landschaftliches Aufwertungspotenzial.
An Fluss- und Bachmündungen tragen die Fliessgewässer Geschiebe und Nährstoffe ein und gestalten vielfältige Lebensräume. In den Mündungsbereichen der wichtigsten Zuflüsse entfalten sich die grössten Flachwassergebiete und Flachufer des Vierwaldstättersees (siehe auch Schutzgebiete):
Mit Inkrafttreten des revidierten Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer am 1.1.2011 sind die Kantone verpflichtet, Gewässerrevitalisierungen konzeptionell zu planen und umzusetzen. Diese Planung ist mit weiteren Gewässersanierungen (Schwall-Sunk, Geschiebehaushalt, Fischdurchgängigkeit) abzustimmen und in der Richt- und Nutzungsplanung zu verankern.