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Der Hallwilersee ist der einzige grössere See im Aargau und gilt als Visitenkarte des Kantons. Die weitgehend unverbauten Ufer und die naturnahe Landschaft haben einen hohen Erholungswert. Die Felchen des Sees – die Hallwilersee-Ballen – gelten als Delikatesse.
Seit Jahrzehnten wird der Hallwilersee mit zu vielen Nährstoffen, insbesondere Phosphor, belastet. Dies führte zu einem übermässigen Algenwachstum im See und verursachte Sauerstoffmangel im Tiefenwasser. Der Kanton Aargau bemüht sich daher seit langem um die Gesundung des Hallwilersees. Dazu setzt er auf seeinterne und seeexterne Massnahmen.
Grosse Fortschritte bei der Sanierung des Hallwilersees wurden in den letzten 35 Jahren durch die Abwassersanierung und den verbesserten Zustand des nahe liegenden Baldeggersees erreicht. Seit 1986 unterstützt eine Seebelüftung den Gesundungsprozess. Gezielte Massnahmen der Landwirtschaft, die eine Abschwemmung und Auswaschung von Nährstoffen verhindern, werden finanziell unterstützt. Mit vergleichbaren Massnahmen bemüht sich der Kanton Luzern um die Gesundung des Baldeggersees und des Luzerner Einzugsgebietes des Hallwilersees.
Filmdokumentation über die Sanierung des Hallwilersees, 2006: