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La principale complication de l'endobrachysophage (ou sophage de Barrett) est la transformation néoplasique aboutissant au développement d'un adénocarcinome, tumeur de mauvais pronostic dont la fréquence augmente. Cette transformation s'accompagne de modifications morphologiques successives, allant de la métaplasie au cancer par des stades croissants de dysplasie. La détection de la dysplasie sur des biopsies endoscopiques est à la base de la surveillance. Ce marqueur n'est cependant pas idéal, en particulier à cause de sa mauvaise reproductibilité diagnostique, et de son histoire naturelle très mal connue à l'échelon individuel. La compréhension des mécanismes moléculaires de transformation de la muqueuse de Barrett a fait tester de nouveaux marqueurs. Les plus prometteurs sont la détection d'anomalies de la prolifération et du contenu en ADN en cytométrie en flux, et la détection d'une expression anormale de la protéine p53, secondaire à une mutation du gène p53. L'intérêt clinique de ces marqueurs reste cependant à démontrer dans des séries prospectives incluant de nombreux malades.