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Le murin de Brandt est une chauve-souris à caractère plus forestier que son proche cousin le murin à moustaches. Il est aussi plus exigeant quant à la qualité de son habitat. On le rencontre presque toujours dans les forêts de montagne fraîches ou les forêts riveraines, humides et riches en vieux bois.
Ses gîtes se situent principalement dans les cavités ou fissures d’arbre. Il peut aussi s’abriter dans les bâtiments, notamment derrière les volets.
Aucune colonie de mise-bas n’est connue dans le canton. Les plus importants gîtes connus n’abritent que 3 et 4 individus, dans la région des Vieux-Prés. L’un d’eux était tout de même occupé par des femelles post-allaitantes, suggérant une reproduction. Deux autres preuves de reproduction (capture de femelles gestantes) existent pour le Bois de l’Hôpital et la région d’Enges. L’espèce est donc rare sur le canton de Neuchâtel.