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Le cellule del nostro corpo possono accumulare alterazioni. Alcune alterazioni modificano il loro corretto comportamento, per esempio facendole replicare in modo incontrollato. Quando una cellula accumula queste alterazioni “maligne” diventa una cellula tumorale. Ogni tumore è il risultato di molteplici alterazioni che continua ad accumulare nel suo sviluppo.
Identificare alterazioni maligne in un tumore è di grande importanza per lo sviluppo e applicazione di cure disegnate per colpire queste alterazioni. Tuttavia, lo studio di alterazioni tumorali è spesso 1) limitato ad alterazioni che colpiscono geni, nonostante essi rappresentino il 2% dell’intero DNA, 2) non tiene in considerazione l’effetto combinato di più alterazioni nello stesso tumore, e 3) le conseguenze della maggior parte delle predette alterazioni maligne non sono note.
La nostra ricerca si focalizza su alterazioni maligne osservate in molti tipi di tumori. In particolare, negli scorsi anni abbiamo dimostrato che alterazioni osservate all’interno di un singolo tumore non sono accoppiate a caso. Al contrario, simili agli ingredienti di una ricetta, alcune alterazioni si combinano bene assieme, mentre altre non vengono mai trovate nello stesso tumore. Queste relazioni tra alterazioni ci aiutano a capire come si sviluppa un tumore e a predire come risponderà alla terapia.
In questo progetto, studieremo relazioni tra alterazioni che colpiscono geni ed alterazioni colpiscono il restante 98% del DNA, l’effetto delle quali è per la maggior parte sconosciuto. Inoltre, svilupperemo modelli statistici per combinare i nostri risultati con risultati provenienti da esperimenti fatti su centinaia di linee cellulari tumorali usate in laboratorio. La combinazione di approcci informatici e sperimentali ci permetterà di studiare l’effetto di inibire alterazioni maligne attraverso l’uso di farmaci.
Questo progetto ci permetterà di comprendere attraverso quali combinazioni di alterazioni un tumore si può sviluppare e come queste combinazioni modifichino la risposta alla terapia.