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Am Rheinknie befinden sich die Landschaften Schwarzwald, Vogesen, Sundgauer Hügelland, Jura und Rheinebene. Diese bilden unterschiedliche Lebensraumtypen mit einer Vielzahl unterschiedlicher Tiergemeinschaften, die sich teilweise stark voneinander unterscheiden.
Im Folgenden werden die einzelnen Lebensraumtypen und ihre Bewohner kurz beschrieben.
Als im 19. Jahrhundert der Verlauf des Rheins korrigiert wurde, verschwanden die Auenwälder. Zudem führten wenig Regen und warme Temperaturen dazu, dass sich die trockenheits- und wärmeliebenden Arten verbreiten konnten.
Die Vorberge von Schwarzwald und Vogesen bestehen aus Kalk. Deshalb sind die Böden recht gut für den Weinanbau geeignet. Auf den benachbarten Trockenwiesen und den eher trockenen Wäldern findet sich eine artenreiche Fauna.
In der Region Basel treffen drei Mittelgebirge aufeinander: Der Schwarzwald, die Vogesen und der Jura. Diese bieten Lebensraum für viele Tierarten. In den höheren Bereichen der montanen Stufe können sich Hochmoore entwickeln.
Aufgrund der verschiedenen Lebensraumtypen treten auch die unterschiedlichsten Tiergemeinschaften in der Region Basel auf. Vor allem trockene Lebensräume sind in der Region Basel stark vertreten - entsprechend kommen auch verhältnismässig viele trockenheits- und wärmeliebende Arten vor.
Im Folgenden werden die in der Region Basel vorkommenden Arten vorgestellt.