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Me Ariane Ayer a obtenu son brevet d'avocat en 2003, après un stage auprès de l'étude de Me Gabus, Rey et Mathey à Genève.
En 2001, elle a obtenu le titre de Dr en droit, sur la base d'une thèse en droit international intitulée « Droit international de l'environnement : responsabilité de l'Etat pour inactivité législative », rédigée sous la direction du Professeur Nicolas Michel à l'Université de Fribourg.
De 2002 à 2006, elle est Vice-Présidente de la Commission fédérale de recours pour la formation de base et la formation postgrade des professions médicales.
Depuis 2001, elle exerce la fonction de Vice-Présidente de la Commission fribourgeoise de surveillance des professions médicales et des droits des patients et patientes.
De 1999 à 2001 elle a été active en tant que collaboratrice scientifique auprès de l'Institut de droit de la santé de l'Université de Neuchâtel (Prof. Olivier Guillod, directeur), où elle a eu l'occasion de rédiger de nombreux avis de droit et rapports de recherche dans le domaine de la santé. Elle a également enseigné ces matières dans le cadre de cours de formation continue en droit de la santé.
De 1994 à 1999, elle a été assistante du Prof. Jean-Baptiste Zufferey à l'Université de Fribourg. Dans ce cadre, elle a participé aux travaux d'enseignement et de recherche du Séminaire de droit administratif et de l'Institut de droit de la construction.