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Mehr als die Hälfte davon brüten am Neuenburgersee. Hinzu kommen tausende Wintergäste und Durchzügler. Der Fisch fressende Vogel wurde vom Mensch jahrhundertelang rigoros verfolgt. Im mitteleuropäischen Binnenland war die Art zeitweise fast ausgerottet. Seit die Brutkolonien in Nordeuropa geschützt werden, hat auch der Bestand in der Schweiz wieder stark zugenommen.
Dies zum Leidwesen vieler Fischer, die den schwarz gefiederten, gänsegrossen Vogel mit dem kräftigen, hakenförmigen Schnabel für einen Nahrungskonkurrenten halten und ihn für den Rückgang von Fischbeständen verantwortlich machen. Für Ärger sorgt der Kormoran zudem, weil er die Netze der Berufsfischer beschädigt, wenn er aus diesen Fische klaubt.
Bund, Kantone, Fischerei- und Naturschutzorganisationen erarbeiteten 1995 einen Massnahmenplan, der 2005 revidiert wurde. Er basiert auf dem Prinzip, die Kormorane zum Schutz der Äsche an den Flüssen zu vergrämen, an den Seen hingegen nicht einzugreifen.
Als nicht geschützte Tierart ist der Kormoran in der Schweiz ausserhalb der Schonzeit jagdbar. Zwischen 2010 und 2017 wurden gemäss eidgenössischer Jagdstatistik pro Jahr durchschnittlich 1485 Kormorane erlegt (Spezialabschüsse eingerechnet).
Der Wasservogel hat nur wenige natürliche Feinde wie Marder, Füchse, Habicht, Uhu oder Möwen, die deren Eier fressen. Der Name Kormoran stammt vermutlich vom altfranzösichen «corp mareng» ab, was soviel wie Meerrabe bedeutet.