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Um von den makroskopisch verarbeiteten Gewebsproben 2-3 Tausendstelmillimeter dünne, am Mikroskop beurteilbare Schnittpräparate anfertigen zu können, muss das Wasser im Gewebe und in den Zellen durch Paraffin ersetzt werden. Dies wird erreicht durch aufeinanderfolgende Bäder der Gewebestücke in den Kapseln in 70-, 80-, 96- und 100-prozentigem Alkohol, anschliessend in Xylol und schlussendlich in heissem, dünnflüssigem Paraffin.
Dieser Prozess dauert mehrere Stunden und wird maschinell über Nacht durchgeführt. Ausschliesslich wenige Millimeter grosse Biopsien, z.B. aus dem Magen-Darm-Trakt, können ohne wesentliche Qualitätseinbusse in einem Schnellprogramm während des Tages entwässert werden.
Nach Abschluss des maschinellen Programms werden die Gewebsproben eingebettet.