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Im Verlaufe der sechsten Woche entwickeln sich bei den ersten zwei Schlundbögen je drei Aurikularhöcker 15. Sie grenzen den äusseren Gehörgang ab 17.
Die mesonephrogene Anlage 16 bildet sich und weist auf den Standort des zukünftigen Urogenitalsystems hin.
Während der sechsten Woche tritt eine kleine Schleife des Darmes in das extraembryonale Zölom und in den proximalen Abschnitt der Nabelschnur über, weil die Abdominalhöhle noch zu klein ist um ihn ganz aufzunehmen. Es kommt zum physiologischen Nabelbruch (Stadium 16). Es handelt sich um ein normales Phänomen, welches auf das schnelle Wachstum des Darms zurückzuführen ist.
Aus den Neuralleistenzellen 9 entstehen die kranialen 17 und spinalen Ganglien.
Die Hirnbläschen 14 beugen sich nach vorne unten. Die rostrale Pol des Embryos ruht auf dem Herzwulst.
Die Leber tritt zwischen Perikardregion und der Nabelschnur als Leberwulst in Erscheinung.