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Le nom du village apparaît pour la 1ère fois en 1160 sous la forme de "Baressicort" dans un acte de donation du moulin de la commune de la part du Comte de Ferrette à l'Eglise de Moutier-Grandval. Il s'agit d'un toponyme d'origine germano-romaine de l'époque mérovingienne désignant le domaine rural d'un germain, nommé peut-être Basso. Quant au hameau de Berlincourt, il fut mentionné pour la 1ère fois en 1303 sous la forme "Burlincourt". Il s'agit d'un toponyme signifiant la ferme de "Berilo", un nom propre germain, diminutif de "Bero" (ours). Les habitants de Bassecourt sont surnommés les "Patas" (outil en bois destiné à écraser la choucroute dans le tonneau). Le surnom des habitants de Berlincourt n'est autre que "Les Fourmis".
Le village, construit en bois, fut détruit en cendres durant la guerre de Trente Ans. On le rebâtit plus beau qu'avant. La Révolution française, 150 ans plus tard, au nom de la liberté, de l'égalité et de la fraternité fit occuper le pays et l'incorpora à la République une et indivisible, puis à l'Empire sous Napoléon. La Guerre ? Partout ! Les jeunes gens, les chevaux, les chariots, les vivres furent réquisitionnés et envoyés au front, en Allemagne ou en Russie. L'un des nôtres en revint manchot : Jean-Baptiste Hoffmeyer (1778-1853), qui fut bientôt promu colonel. Il repose aujourd'hui au cimetière de Bassecourt.
Le 21 juillet 1871, un violent orage provoqua un incendie qui détruisit partiellement le village.
La vieille cure. Elle est la plus vieille habitation des villages de la vallée de Delémont. Il s'agit d'une habitation rurale typique des vallées jurassiennes, dont la construction remonte vraisemblablement à 1594 ou 1635. Lors de sa rénovation en 1980, la porte en arc a été rétablie et la fenêtre à meneaux de la chambre principale reconstruite.
La chapelle St-Hubert, patron des chasseurs. Elle fut érigée sur un cimetière burgonde et fut mentionnée pour la 1ère fois au 15ème siècle. Elle fut reconstruite en 1696/1697 et rénovée en 1954 (extérieur) et 1978 (intérieur). Elle possède 3 magnifiques autels de style baroque ornés de sculptures : le maître autel date de 1713, les autels latéraux de 1697.
La Chapelle de l'Immaculée Conception de Berlincourt. Elle date de 1957. Elle est l'œuvre de l'architecte Jeanne Bueche; les vitraux sont de Maurice Estève.
Berlincourt est principalement formé de bâtiments datant du 19ème siècle. Seul un bâtiment date probablement du 18ème siècle. Le pont, au sud du hameau, fut construit en 1865. En 1893, il fut embelli d'un crucifix en fonte que l'on peut encore admirer. Le bâtiment de l'ancienne école datant de la fin du 19ème siècle est modeste mais typique avec son clocheton.