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Nell'ambito delle convenzioni sulle prestazioni per l'esercizio e il mantenimento della qualità dell'infrastruttura ferroviaria, l'Ufficio federale dei trasporti incarica le imprese ferroviarie di conservare e promuovere la biodiversità su e lungo le tratte e aree ferroviarie. La base a questo riguardo è costituita dalla Strategia Biodiversità Svizzera e dal relativo Piano d'azione. L'obiettivo è rendere le tratte ferroviarie più permeabili alla fauna indigena e valorizzare le scarpate ferroviarie sotto il profilo ecologico.
Una sfida particolare è rappresentata dai neofiti invasivi, che si propagano lungo le infrastrutture di trasporto. Il contenimento della diffusione di queste specie vegetali alloctone contribuisce anche alla conservazione e allo sviluppo della flora indigena. La sicurezza del personale e dell'esercizio rimane però la priorità.