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Mit dem Inkrafttreten der neuen Pflanzengesundheitsverordnung (PGesV) werden besonders gefährliche Schadorganismen (bgSO) ab dem 1. Januar 2020 nach objektiven Kriterien in drei verschiedene Hauptkategorien eingeteilt:
Bei Quarantäneorganismen handelt es sich um bgSO mit potentieller wirtschaftlicher Bedeutung, welche in der Schweiz nicht oder nur lokal auftreten. Für sie gilt in der Schweiz eine allgemeine Melde- und Bekämpfungspflicht. Beispielsweise das Feuerbakterium (Xylella fastidiosa) und der Japankäfer (Popillia japonica) sind dieser Kategorie zugeordnet.
Diese Kategorie beinhaltet bgSO, welche in der Schweiz bereits verbreitet sind, in bestimmten Gebieten jedoch noch nicht auftreten und dort grosse Schäden verursachen könnten. Die Schutzgebiet-Quarantäneorganismen besitzen nur in den für sie ausgeschiedenen Schutzgebieten den Status eines Quarantäneorganismus, nicht aber in der restlichen Schweiz. Zurzeit ist in der Schweiz nur der Feuerbrand (Erwinia amylovora) als Schutzgebiet-Quarantäneorganismus geregelt, dabei besitzt der Schadorganismus nur im Wallis den Quarantänestatus.
Bei geregelten Nicht-Quarantäneorganismen handelt es sich um bgSO, welche in der Schweiz weitverbreitet sind und hauptsächlich über spezifische, zum Anpflanzen bestimmte Wirtspflanzen verbreitet werden. Durch ihre Weitverbreitung erfüllen sie die Kriterien für einen Quarantäneorganismus nicht (mehr). Da ihr Auftreten im Pflanzgut allerdings ein hohes Schadpotenzial aufweist, werden phytosanitäre Massnahmen bezüglich der Inverkehrbringung von gesundem Vermehrungsmaterial ergriffen. Beispielsweise das Sharka Virus (Plum Pox Virus) oder der Erreger der Apfeltriebsucht (Candidatus Phytoplasma mali) gelten als geregelte Nicht-Quarantäneorganismen.