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Zisterzienser aus dem Kloster St. Urban erwarben im 13. Jahrhundert unterhalb des St. Johannschwibbogens eine Liegenschaft, die sie durch den Ankauf von Nachbarhäusern vergrösserten. Auf diesem Grundstück gründeten sie in der Folge ein Tochterkloster. Die Patres verkauften 1569 das stattliche zweigeschossige Haus mit Treppenturm und das grosse, von einer hohen Mauer umgebene Eckhaus gegenüber dem St. Urbanbrunnen an Azimus Hertzog und dessen Frau Crischona Wentz für 1000 Gulden.
1787 musste Hieronymus de Larechal, letzter Besitzer des alten Segerhofs, das Haus der Stadt gegen eine ordentliche Entschädigung abtreten, damit der Blumenrain verbreitert werden konnte. Christoph Burckhardt sicherte sich das dem Abbruch geweihte Gebäude (samt der benachbarten Lämmlinschen Behausung, Nr. 15). In seinem Auftrag baute der bekannte Architekt Samuel Werenfels den Neubau; er hielt sich aber nicht an die grosszügige Bauweise der 20 Jahre zuvor von ihm erbauten Sarasinschen Häuser am Rheinsprung wie das Weisse oder Blaue Haus, sondern entschied sich für eine betont schlichte Fassade von neun Fenstern. Hinter diesen Fenstern allerdings liess der Bauherr dafür ein umso prächtigeres Interieur schaffen. Zum Richtfest wurden 25 Gesellen zu einem rauschenden Festmahl ins Schützenhaus eingeladen. Im Juni 1791 bezog Burckhardt mit seiner Familie - der schönen Dorothea (geb. Merian) und den fünf Söhnen - den neuen Segerhof, der im Obergeschoss mit unzähligen Kostbarkeiten, wertvollen Möbeln, Teppichen und Gemälden ausgestattet, bald den Ruhm eines reizenden Bijou baslerischer Bau- und Wohnkultur genoss.
Im Erdgeschoss des Segerhofs betrieb Christoph Burckhardt mit seinen Söhnen eine stark florierende Baumwoll- und Manufakturwarenhandlung, die durch gute persönliche Beziehungen in grossen Teilen Europas bekannt war. 1806 erliess Napoleon das berüchtigte Einfuhrverbot für englische Waren nach Frankreich. Um dieses Verdikt zu umgehen, schaffte die Firma Burckhardt ganze Wagenladungen englischer Baumwolle ins preussische Neuchâtel, das französisch werden sollte. Der Clou wurde jedoch durchschaut, und Burckhardt erhielt eine Gefängnisstrafe.
Der Durchmarsch der Alliierten brachte am 13. Januar 1814 dem Segerhof höchsten Besuch und Ruhm: Kaiser Alexander von Russland und seinen Bruder. Hinzu bezogen noch viele Gesandte, Beamte, Kuriere, Bedienstete und Köche bei Burckhardts Quartier. Der Hausherrin schenkte der Zar zum Abschied einen von Diamanten gefassten Topas.
Über 130 Jahre war der Segerhof im Besitz der Familie Burckhardt, dann fiel er 1923 in den Besitz des Kantons Basel-Stadt. Dem Wunsch der letzten Besitzerin entsprechend, wurde das in einfachen Formen gehaltene, ungewöhnlich reich möblierte Gebäude administrativ dem Historischen Museum angegliedert, das darin die Musikinstrumenten-Sammlung unterbrachte. Aber nur für kurze Zeit durfte der Segerhof seine Schätze der Öffentlichkeit zeigen, denn schon 1935 musste er der Korrektion des Blumenrains geopfert werden.