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Mikroverunreinigungen (z. B. Pharmazeutika) werden zunehmend in Gewässern gemessen; sie werden nur teilweise in Kläranlagen entfernt. In der Regel besteht grosse Unsicherheit darüber, ob solche Stoffe negative Auswirkungen auf aquatische Ökosysteme haben. Es gibt aber auch Ausnahmen, man weiss zum Beispiel, dass Östrogene (weibliche Hormone) in die Fortpflanzung von Fischen eingreifen können. In solch komplexen Entscheidungssituationen mit hoher Unsicherheit und vielen Beteiligten können Entscheidungen nicht alleine durch die Wissenschaft gefällt werden; es braucht dazu partizipative und transdisziplinäre Ansätze. Beispielsweise sind Technologien, welche Pharmazeutika auf den Kläranlagen entfernen könnten teuer, und letztendlich muss die Gesellschaft entscheiden, ob allfällige Risiken die hohen Kosten rechtfertigen.
Mikroverunreinigungen können entfernt werden indem man neue Technologien auf Kläranlagen einbaut oder aber indem man Massnahmen an der Quelle einführt. Spitäler können eine relevante Punktquelle sein und eine Möglichkeit ist, dort Massnahmen zur Entfernung von Medikamentenresten im Abwasser einzuführen. Als Option kommt die Behandlung des gesamten Spitalabwassers in Frage, aber auch die Behandlung nur eines Teilstromes (z.B. Onkologiestation, um Zytostatika (Krebsmedikamente) zu entfernen). Weiter könnte nur der Urin abgetrennt und behandelt werden, da Urin etwa 60–70% der durch den menschlichen Körper ausgeschiedenen Medikamente enthält. Urinseparierung wurde im Projekt Novaquatis intensiv erforscht. Auf Europäischer Ebene wurde die Entfernung von Medikamentenresten aus Abwasser im Projekt PILLS und noPILLS erforscht.
Dieses Projekt konzentrierte sich auf eine klar definierte Entscheidungssituation: Als Fallstudie wurden ein Kantonsspital (Krankenhaus) und eine kantonale psychiatrische Klinik betrachtet. Eine Multikriterielle Entscheidungsanalyse (MCDA) wurde dazu benutzt, um Expertenwissen (z. B. Kosten, Massenflussanalysen von Pharmazeutika, ökotoxikologisches Risiko, Entfernung von Pathogenen) mit den subjektiven Präferenzen von 26 Akteuren zu kombinieren. Das Beispiel diente auch dazu, generelle Forschungsfragen im Zusammenhang mit der praktischen Anwendung von MCDA bei Umweltproblemen anzugehen.