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Le RUN était l'un des 24 projets-modèles bénéficiant du soutien de la Confédération. Il a directement débouché sur le projet d'agglomération neuchâtelois. Les deux axes principaux des projets d'agglomération sont l'aménagement du territoire et la mobilité.
Le canton de Neuchâtel a déposé son projet d'agglomération 1 en novembre 2007, le deuxième en juin 2012 et la troisième génération est actuellement en cours de travail. Ces rapports partent des constats que la tendance à l'étalement urbain existe et que les transports individuels motorisés sont en croissance par rapport aux transports publics alors même que ces premiers présentent des nuisances supérieures. Les projets d'agglomération visent à contrer ces tendances ainsi qu'à renforcer l'attractivité urbaine. Cela doit passer par l'augmentation la capacité d'accueil d'habitants et d'emplois au sein de l'agglomération et l'amélioration des liaisons ferroviaires, routières et aériennes permettant d'insérer le canton de Neuchâtel au sein du tissu économique suisse et européen. L'agglomération neuchâteloise comprend les trois villes du canton, ainsi que leurs couronnes et s'étend jusqu'aux communes françaises de Villers-le-Lac et Morteau.
200 mesures ont été imaginées et prévues à l'horizon 2023 parmi lesquelles le TransRUN. L'ensemble des mesures est consultable sous le site du projet d'agglomération. Ce dernier étant également été réalisé par le RUN.