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Le CERN est l’Organisation européenne pour la recherche nucléaire. À l’origine, l'acronyme correspondait à « Conseil européen pour la recherche nucléaire », un organe provisoire institué en 1952, qui avait pour mandat de créer en Europe une organisation de rang mondial pour la recherche en physique fondamentale. À l’époque, la recherche en physique fondamentale avait pour principal objectif la compréhension de l’intérieur de l’atome, c’est-à-dire du noyau, d’où l’emploi du qualificatif « nucléaire ».
Lorsque l’Organisation vit officiellement le jour, en 1954, le Conseil provisoire fut dissous et la nouvelle organisation fut baptisée Organisation européenne pour la recherche nucléaire. L'acronyme CERN, qui était déjà largement utilisé, fut conservé.