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Depuis l'interdiction des phosphates dans les lessives en 1986, les apports en phosphore dans les lacs ont considérablement régressé, en particulier pour celui de Morat. En revanche, sa teneur en oxygène ne respecte pas la norme requise de 4 mg/l tout au long de l'année. C'est en partie dû à une forte production primaire, notamment de phytoplancton, beaucoup plus importante que dans les autres lacs jurassiens.
L'EAWAG a mis en évidence le fait que même si la charge en phosphore inorganique dissout (PID) a nettement diminué ces dernières années (valeur actuelle estimée à 13 t/a), il convient de poursuivre les efforts externes destinés à réduire encore cette charge de quelques 2 tonnes par an afin de retrouver une situation acceptable au niveau de l'oxygène dissous.
Sur cette base, l'institut AGRIDEA a établi une liste des sources de phosphore pour l'ensemble du bassin versant du lac de Morat (cantons de Fribourg et de Vaud), dans le domaine de l'agriculture, de l'évacuation et de l'épuration des eaux.
L'observation de la qualité des lacs du Seeland, soit Neuchâtel, Bienne et Morat est réalisée en commun par les représentant des services compétents en matière de protection des eaux des cantons de Berne, Fribourg, Neuchâtel et Vaud. Un site internet est spécialement dédié à l'observation de ces lacs www.les3lacs.ch.
Température du lac de Morat
L’Office fédéral de l’environnement (OFEV) a installé une sonde au large de la commune de Mont-Vully pour mesurer la température du lac de Morat. Le but est de suivre les effets du changement climatique sur le milieu aquatique.