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出于公共部门和私营部门在历史上沿袭下来的任务分工，基础研究主要由各个综合性大学和联邦理工大学（又译“联邦理工学院”）开展；而面向应用的研发活动，以及将科研成果转化为能为市场接受的创新成果，则主要是私营经济界和应用科学大学的任务。
瑞士的科研工作是如何组织的
瑞士在科研和创新领域拥有极高的竞争力。另一方面，瑞士也是研发开支占国内生产总值（GDP）比例最高的国家之一，接近百分之三，即160多亿瑞士法郎。其中，私营经济界投入的研发开支占瑞士研发总开支的三分之二以上。公共部门在使用研发资金时，特别注重科研人员的自发积极性、竞争原则和国际合作。
联邦负责提供资金，促进以下领域的科研和创新活动：
- 分别位于苏黎世和洛桑的两座联邦理工大学（又译为“联邦理工学院”）以其在自然科学领域的杰出成就而享誉全球。另外还有四座研究所，也属于“联邦理工大学及研究所联合体”的范畴。其中一座研究所就是在欧洲名列前茅的保罗·谢尔研究所。很多国家的科学家都慕名前来，以便利用这里的设备进行科学研究，如“瑞士同步辐射光源”和“散裂中子源”；
- 瑞士国家基金会（SNF）支持在所有科学领域的基础研究活动，从历史、医学直至工程技术科学。它每年为超过3,400个项目提供支持，参与这些项目的科研人员总计大约14,000人；
- 技术与创新委员会（KTI）支持开展面向应用的科研活动，鼓励企业家精神，促进建立新创企业，推进知识和技术的转让；
- 联邦还资助“瑞士高校联盟”以及不属于高校的将近30个研究机构。
此外，瑞士也高度重视国际科研合作。一方面，瑞士参与不计其数的各种国际科研组织和科研计划，比如欧洲粒子物理实验室CERN；另一方面，瑞士还与精选出来的一些重点国家开展双边科研合作。在国外，不仅有驻外使馆中负责教育、科研和创新事务的参赞代表瑞士官方，瑞士还在国外开设了瑞士科技文化中心swissnex，它是科技领域的外交代表机构网络。
在联邦层面，科技领域的工作主要由教育、科研和创新国务秘书局负责。该局负责联邦理工大学的领导和融资工作，也负责规范应用科学大学并提供部分资助，此外还为各个州立大学提供支持。另外，它还制订瑞士的国际科研战略。
各州对科研活动的投入，体现在分属各州的州立大学和应用科学大学上。联邦为它们提供资金支持。