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Apfel, Birne und Quitte sind drei Kernobstarten, die in der Region relativ häufig angebaut werden und wurden. Alle drei sind Rosengewächse, wie ein Vergleich mit den Blüten der erkennen lässt. Der Apfel ist sogar die wichtigste Obstart der gemässigten Klimazone, zu der auch Mitteleuropa gehört. Beim Kernobst werden bei der Fruchtbildung die fünf Balgfrüchte von dem fleischigen Blütenboden umwachsen und eingeschlossen. Mensch und Tier essen beim Kernobst demnach nicht die Frucht, sondern den fleischigen Fruchtstil, der sich um die Frucht bildet. Die Kerne, die Samen und das Kernhaus, die eigentlichen Früchte, werden ausgeschieden oder weggeworfen und somit verbreitet.
Neben den gutbekannten Kulturobstbäumen wachsen zwei Wildarten von Apfel und Birne in der Region. Zum einen der Holzapfel Malus sylvestris, der vereinzelt in Hartholzauen und an steinigen Waldhängen sowie in Weidengebüschen vorkommt. Im Gegensatz zum Kulturapfel hat er eine kahle, unbehaarte Blattunterseite zu unterscheiden. Zum andern die Wildbirne Pyrus pyraster, die sich in artenreichen Trockengebüschen findet, aber ziemlich selten ist. Beide Arten sind im Gebiet in den Flusstälern von Rhein und Birs, auf dem Gempenplateau und besonders auf den Magerweiden am Blauensüdhang heimisch.
Der Kulturapfelbaum Malus domestica stammt allerdings nicht vom einheimischen Holzapfel ab. Er ist auf Wildformen aus Zentralasien aus dem Tien-Shan-Gebirge im Grenzgebiet China, Kirgistan und Kasachstan zurückzuführen; es wurde zudem nachträglich immer wieder Erbmaterial von anderen Malus-Arten eingekreuzt. Mittelalterliche Klöster begannen mit der Sortenzüchtung. Einzelne Sorten lassen sich bis ins 13. Jh. zurückverfolgen (z.B. Goldparmäne). Bis ins 17. Jh. wurden Apfelbäume vorwiegend in Klostergärten, herrschaftlichen Gartenanlagen und in den Obstgärten rund um die Dörfer kultiviert. In jener Zeit war es auch Mode, Apfelbäume im barocken Stil als symmetrische und kunstvolle Spalierbäume zu ziehen. Im 19. Jh. hat der Obstbau derart an Bedeutung gewonnen, dass Apfelbäume zusammen mit Kirschbäumen das Landschaftsbild prägten und häufig im Kulturland auf Wiesen, Weiden oder gar Äckern anzutreffen waren.
Noch im 19. Jh. bemängelte Johannes Kettiger (Präsident des landwirtschaftlichen Vereins BL), dass der unveredelte Apfelsämling im Baselbiet noch in Unzahl anzutreffen sei. Er wollte den Anbau von veredelten Sorten wurde aber gefördernt, um so die Erträge und die Qualität zu heben. Kettiger nennt dann auch einige Sorten, die im Baselbiet zu finden waren. Die Lederäpfel, die durch ihre starke Berostung bräunlich wirkten und im 19.Jh. sehr verbreitet und beliebt waren. Der Kalvill, ein kugeliger Tafelapfel, der im 16. Jh. erstmals auftauchte und ein feinkörniges Fruchtfleisch aufwies. Schliesslich erwähnt Kettiger als Sorten die Reinetten, ein Begriff aus dem Französischen, der Prinzessin bedeutet und edel klingt. Im Baselbiet nannte man eine kleinfrüchtige, bescheidene Apfelsorte Basler Reinette, um sie dank dem klingenden Namen am Markt besser verkaufen zu können.
In der Region werden deutlich weniger Birnen Pyrus communis angebaut. Die Zahl der Bäume beläuft sich auf nur rund ein Fünftel der Apfelbäume. In den Gebieten des Tafeljuras sind die Böden oft flachgründig, in den Tälern bedrohen Spätfröste die Blüten der Birnbäume. Somit ist die Nordwestschweiz kein grosses Birnenanbaugebiet. Diese liegen in der Schweiz im Wallis und im Thurgau. Trotzdem sind Sorten bekannt, die in der Region seit alters her angebaut oder gar gezüchtet wurden, so die Pratteler Hasenbirne, eine robuste Sorte mit mittlerem Ertrag, die aber grosse Bäume bildet. Der Langstieler, eine deutsche Sorte, wurde früher in Süddeutschland und der Schweiz häufig angebaut und von Caspar Bauhin bereits 1598 erwähnt.
Die Quitte Cydonia oblonga ist noch seltener zu finden als die Birne. Sie wird meist nur in Haus- und Obstgärten kultiviert, aber kaum im Erwerbsanbau. Ihre goldenen Früchte tragen gerade im Spätsommer und Herbst im Garten alter Bauernhäuser zum schönen Dorfbild bei. Ihr Fruchtfleisch weist viele verholzte Steinzellen auf, die sich beim Verzehr körnig bemerkbar machen und sich zwischen den Zähnen einnisten. Die Quitte liefert heute gute Unterlagen, auf die Birnensorten aufgepfropft werden. Das bedeutet, dass die Stammbasis und die Wurzeln vieler Birnbäume eigentlich von der Quitte stammen.
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