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Au cours de la 6e semaine trois paires de bourgeons auriculaires 15 vont se mettre en place en regard des 1e et 2e arcs branchiaux , délimitant le conduit auditif externe 17.
La crête mésonéphrotique 16 se dessine indiquant l'emplacement du futur système uro-génital.
Pendant la sixième semaine, une petite portion de l'intestin va former une anse dans le coelome extra-embryonnaire et dans le segment proximal du cordon ombilical, produisant l'hernie ombilicale physiologique (stade 16). Il s'agit d'un phénomène normal lié à l'importante croissance de l'intestin dans une cavité abdominale momentanément trop exiguë.
Les cellules des crêtes neurales 9 vont donner à ce stade naissance aux ganglions crâniaux 17 et spinaux.
Les vésicules cérébrales 14 se courbent vers l'avant et vers le bas et l'extrémité céphalique de l'embryon repose sur le renflement péricardique.
Le foie produit une saillie entre la région péricardique et le cordon ombilical.
La différenciation des membres se poursuit rapidement et les sillons interdigitaux se dessinent, en commençant par les membres supérieurs 17
La chondrification de nombreuses structures commence dans les os mésenchymateux.