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In der Denitrifikation wandeln Bakterien Nitrat(NO3-) zu Stickstoff (N2) um, welches problemlos in die Atmosphäre abgegeben werden kann.
Die Filterzellen sind mit einer strukturierten Packung gefüllt, welche eine grosse spezifische Oberfläche aufweist. Die für den biologischen Abbau verantwortlichen Bakterien sitzen auf diesem Trägermaterial. Es ist für den Prozess wichtig, dass kein Sauerstoff (anoxisch), dafür aber organisches Material vorhanden ist. Die Filterzellen werden regelmässig mit Luft und gereinigtem Abwasser gespült.