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A des degrés divers, les minorités religieuses font davantage l’objet de controverses que les communautés majoritaires, reconnues. Concernant les controverses, il s’agit d’être très prudent. Elle peuvent relever de faits problématiques mais aussi de facteurs culturels. L’Armée du Salut, par exemple, jouit actuellement d’une reconnaissance sociale importante alors qu’elle a été particulièrement contestée au 19ème siècle quand elle s’est établie en Suisse.
En Suisse, on entend par minorités religieuses les communautés autres que catholiques et protestantes réformées. On les qualifie ainsi en raison de leur infériorité numérique mais aussi parce qu’elles occupent des positions non dominantes en terme de pouvoir, statut et reconnaissance. Ce sont par exemple les communautés évangéliques, chrétiennes-orthodoxes, musulmanes, juives, bouddhistes, hindoues, ésotériques ou néo-orientales. En Suisse, il y a près de 2800 communautés de ce type (Jörg Stolz et al, PNR58, 2008). D’un point de vue statistique, environ 12 % de la population appartient à une minorité religieuse (Office fédéral de la statistique, 2012). Et, selon une étude de l’European Social Survey de 2010, environ 1% de la population suisse se sent discriminé en raison de son appartenance religieuse.