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La faune et la flore de nos forêts sont généralement moins menacées que les espèces d'autres milieux naturels. Il n'en existe pas moins des déficits écologiques dans les forêts: manque de lumière, dynamique naturelle et bois mort, perte autrefois de types de forêts des zones humides, manque de lisières de grande valeur sur le plan écologique, manque de liaisons entre les milieux naturels.
Les forêts particulièrement riches en espèces des zones humides ont été les victimes des grands défrichements et des améliorations foncières dans les vallées il y a déjà plusieurs siècles. On n'en trouve plus que quelques maigres restes, p. ex. les forêts alluviales et marécageuses.
Au Moyen-âge, l'exploitation intensive des forêts (régime du taillis et du taillis sous futaie) créait une dynamique qui profitait à de nombreuses espèces. Aujourd'hui, une bonne partie des forêts n'est plus que faiblement exploitée, devenant plus dense et plus sombre, entraînant la disparition de nombreuses espèces tributaires de lumière et de chaleur. Les phases riches en espèces des pionniers et des vieux peuplements sont sous-représentées et, dans de nombreuses forêts exploitées, le manque de vieux bois et de bois mort représente une menace pour un cinquième des espèces.
Principalement sur le Plateau, les forêts ont été morcelées en de nombreux îlots souvent trop petits. Ces îlots sont insuffisamment liés entre eux et avec les écosystèmes des zones non boisées, ce qui rend plus difficiles les échanges génétiques et les échanges entre espèces. Seul un tiers des lisières de forêts sont étagées et riches en arbustes et donc précieuses sur le plan biologique.
Sur de nombreuses stations de feuillus du Plateau, on trouve des épicéas et d'autres conifères non indigènes. Les effets sur la biodiversité sont surtout négatifs.
Lorsque la faune sauvage des forêts n'est pas bien adaptée à son habitat, elle broute les jeunes pousses des arbres. La diversité génétique et la diversité des essences en sont réduites. Dans les forêts de montagne, cela concerne surtout le sapin, l'if et le sorbier.
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