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En effet, de nombreuses races d'animaux de rente et d'animaux de compagnie connaissent des problèmes de santé plus ou moins marqués qui peuvent avoir un lien avec la sélection de certains caractères héréditaires. Il est nécessaire de prendre des mesures lorsque des tares génétiques ou certaines maladies sont en recrudescence dans une population d'élevage ou lorsque les caractères recherchés spécifiquement chez une race sont associés à des effets négatifs sur le bien-être de l'animal. L'ordonnance sur la protection des animaux (OPAn) prescrit que l'élevage doit viser à obtenir des animaux en bonne santé et exempts de caractères qui portent atteinte à leur dignité. Elle contient en outre des dispositions relatives aux buts d'élevage admis ou interdits. Une ordonnance complémentaire sur la « protection des animaux lors de l'élevage » va préciser comment appliquer ces principes dans l'élevage.
L'objectif de cette ordonnance est de définir les critères permettant d'évaluer les contraintes induites par la sélection de certains caractères. Pour de nombreuses anomalies, il est possible d'épargner ces effets néfastes aux animaux grâce à des mesures zootechniques ciblées. L'ordonnance sur la « protection des animaux lors de l'élevage » contiendra en particulier des conditions-cadres à respecter pour pouvoir continuer d'utiliser des animaux présentant un phénotype invalidant, s'il est garanti que la contrainte chez les animaux des générations suivantes pourra être atténuée par des mesures zootechniques ciblées. Ces conditions-cadres devraient permettre de préserver les élevages qui causent de faibles contraintes aux animaux et d'interdire ceux qui provoquent des contraintes importantes aux animaux. Il est aussi prévu de lister les formes d'élevage interdites.
Pour élaborer cette ordonnance complémentaire, l'OVF a invité le 21 mars 2012 à Berne les fédérations d'élevage à une journée d'information sur les prescriptions d'élevage et d'échange de vues. La journée d'information a suscité un grand intérêt. Les représentants de diverses organisations d'élevage d'animaux de rente ou d'animaux de compagnie, mais aussi de sociétés de protection des animaux, de l'OFAG et des services vétérinaires ont pu donner leurs avis sur l'ordonnance en préparation. Ils ont saisi cette occasion pour poser des questions ou pour attirer l'attention sur certains problèmes. Ils ont apprécié que l'OVF mette l'accent sur la prévention et non sur les interdictions et qu'il les ait consultés avant l'élaboration de l'ordonnance. L'OVF a souligné que la nouvelle ordonnance s'appliquerait aussi aux fédérations d'élevage d'animaux de race, aux personnes pratiquant l'élevage à titre de loisir et aux éleveurs occasionnels.