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Beim Plasmaätzen kann praktisch jedes organische Material bearbeitet werden. Dabei beruht die Ätzwirkung auf der gleichen, chemischen Reaktion wie das Reinigen. Nur die verschiedenen Parameter wie z. B. Zeit und Leistung werden den Erfordernissen angepasst.
Zusätzlich zum Sauerstoff können weitere Gase zugesetzt werden, die die Ätzrate deutlich steigern können. Meist werden fluorierte Gase wie CF4 benutzt. Die dabei erzeugten Fluorradikale sind erheblich reaktiver als das Sauerstoff-Plasma. Jedoch müssen die Reaktionsprodukte durch geeignete Filter zurückgehalten werden.