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Secondo le esigenze di cui all'articolo 2 LPT relative all'obbligo di pianificare e coordinare, le autorità tengono conto, a tutti i livelli delle loro attività d'incidenza territoriale, delle concezioni e dei piani settoriali della Confederazione:
Il servizio federale competente agisce secondo le indicazioni delle concezioni o dei piani settoriali.
Gli altri servizi federali, i Cantoni e i Comuni tengono conto delle concezioni e dei piani settoriali nelle loro attività d'incidenza territoriale. Essi sono infatti obbligati a:
- garantire la compatibilità delle loro attività d'incidenza territoriale con le concezioni e i piani settoriali vigenti;
- tenere in considerazione, nella ponderazione degli interessi, le esigenze delle concezioni e dei piani settoriali;
- collaborare, se del caso, con i servizi federali competenti;
- motivare tutte le istanze d'adattamento delle concezioni e dei piani settoriali, tenendo conto nel miglior modo possibile degli interessi in gioco.
Ai sensi degli art. 6 cpv. 4 e art. 8 LPT, ai Cantoni spetta inoltre il compito di mostrare nei piani direttori come le attività d'incidenza territoriale di Cantoni e Comuni si conciliano con le esigenze della Confederazione.
Di conseguenza, le indicazioni formulate nelle concezioni e nei piani settoriali e quelle dei piani direttori cantonali si completano reciprocamente, presentandosi sotto un'ottica diversa. L'accordo tra le concezioni e i piani settoriali e i piani direttori cantonali presuppone una stretta collaborazione, senza alcuna contraddizione, tra i servizi federali competenti e i Cantoni.
Se nell'ambito della collaborazione i servizi della Confederazione e un Cantone non riescono a trovare un accordo, prima dell'adozione della concezione o del piano settoriale sono liberi di richiedere una procedura di conciliazione da parte del Consiglio federale (art. 7 cpv. 2 LPT).
La garanzia territoriale delle infrastrutture federali è un compito fondamentale che viene ripreso dai piani settoriali. L'ARE ha richiesto un parere giuridico all'Associazione svizzera per la pianificazione nazionale (VLP-ASPAN) al fine di chiarire l'efficacia dei piani settoriali in questo ambito. Il parere (disponibile solo in tedesco) conferma che i piani settoriali, nell'attuale contesto giuridico, rappresentano uno strumento idoneo per la garanzia territoriale.
Per quanto riguarda la garanzia territoriale dei depositi in strati geologici profondi del relativo Piano settoriale vi è una perizia specifica realizzata su mandato dell'Ufficio federale dell'energia (UFE).