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L'origine de Lutry est attestée par quelques notes mentionnant l'existence d'un castrum et d'un village de pêcheurs: «Lustriacum». Cependant, la ville prit son essor au XIe siècle grâce à l'établissement d'un couvent bénédictin dont la maison-mère était à Savigny-en-Lyonnais.
Très modeste à l'origine, le couvent se limitait à un simple «claustrum» au Sud de l'église. Ses bâtiments se développèrent aux XIIIe et XIVe siècles pour former un vaste complexe monastique. L'église était divisée en deux parties, le choeur, propriété du cloître (St-Martin) et la nef, à disposition de la Paroisse (St-Clément).
Le nef et le choeur
Les bâtiments au Sud abritaient le cloître et ses galeries, la salle capitulaire, le réfectoire et le dortoir des moines, l'aumônerie, le four à pain, tandis qu'une galerie menait au lac (latrines).
A l'Est se situait la grande maison du prieur, la tour de Villette et l'hôpital du prieuré, logé dans une maison bourgeoise de la Grand-Rue. L'infirmerie, la communerie et la sacristanie se trouvaient dans l'îlot Nord-Est.
Les stalles (1454 - 1468)
En 1536, la Réforme supprima le prieuré et le cloître. Par la suite, d'importants travaux eurent lieu à l'église, notamment la construction d'un nouveau clocher en 1544, et la réfection complète de la façade Ouest avec son portail unique (1570-78). Le clocher des moines au Sud fut démoli en 1820.
Les façades de l'église, entièrement décrépies au début de ce siècle, ont bénéficié d'une restauration en 1986-88. Le recrépissage et le rétablissement des décors peints (encadrements et chaînes d'angles) lui ont rendu son apparence du XVIIIe siècle.
Orgue: Oeuvre du facteur d'orgue Jean Zimmer, cet instrument fut inauguré en 1791 et restauré en 1975 par Hans J. Fuglister. Pour un parfait fonctionnement, une révision complète de l'orgue du temple de Lutry doit être effectuée tous les dix ans.