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Die Hauptaufgabe des/r Pathologen/in besteht in der Formulierung einer präzisen Diagnose welche die Grundlage für die weitere Therapie stellt. Voraussetzung dafür ist zunächst eine fundierte morphologische Beurteilung von bioptisch gewonnenen Zellen und Geweben sowie von Operationspräparaten, unterstützt durch die Anwendung diverser moderner Zusatzmethoden.
Gegenstand bioptischer Untersuchungen des Gastrointestinal Trakts und assoziierter Organe durch den Pathologen sind vor allem Entzündungen unterschiedlicher Ursachen und Tumoren.
Entzündungen können allgemein Ausdruck einer Infektion durch einen Erreger, durch chemische Reize wie Säuren oder Medikamente und Autoimmunerkrankungen sein. Entzündungen treten in der Speiseröhre gehäuft bei Reflux und seltener bei Pilz- oder Virusinfektion auf. Im Magen werden sie durch Helicobacter pylori-Infektion, Gallensaft-Reflux oder durch Schleimhaut-reizende Medikamente oder Nahrungsmittel, sowie durch autoimmune Vorgänge verursacht. Lamblien-Infektionen und autoimmune Reaktionen bei Zöliakie können im Zwölffingerdarm nachgewiesen werden. Entzündungen im Dünndarm und Dickdarm werden bei viraler oder bakterieller Infektion, bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen (Morbus Crohn oder Colitis ulcerosa), bei Divertikel-Leiden oder bei verminderter Blutversorgung des Darms beobachtet.
Leberentzündungen werden insbesondere durch Viren, Medikamente oder übermässigen Alkoholkonsum verursacht.
Entzündungen der Bauchspeicheldrüse werden nur im Ausnahmefall mit einer Gewebeprobe diagnostiziert, dagegen kann sie an wenigen Zellen nach Feinnadelpunktion diagnostiziert werden.
Tumoren können im gesamten Magen-Darm-Trakt, in der Leber, Gallenblase und im Pankreas entstehen und anhand von kleinen Zell- und Gewebeproben bestätigt und klassifiziert werden. Ergänzende molekularpathologische Untersuchungen am Gewebe sind wegweisend in der Therapiewahl, denn sie stellen Indikatoren dar auf welche Therapie individuelle Tumoren ansprechen. Zusatzuntersuchungen am Tumorgewebe können indirekte Hinweise auf eine mögliche familiäre Belastung geben, sodass Familienmitglieder gezielt und vorsorglich untersucht werden können. An grösseren Operationen, zur Entfernung des gesamten Tumors, wie des kolorektalen Karzinoms, bestimmt der Pathologe standardisierte prognostische Paramater wie die Tumor-Ausdehnung innerhalb des Darms und die Anzahl befallener regionärer Lymphknoten (TNM-Stadium).
Der Pathologie-Befund beinhaltet somit Informationen über das biologische Verhalten eines Tumors und klassiert ihn nach weltweit geltenden Kriterien. Damit liefert der Pathologie-Befund eine wichtige Grundlage für eine optimale, der Erkrankung und den individuellen Verhältnissen angepasste Behandlung. Auf diesem Weg spielt der enge Dialog zwischen Pathologie und Klinik wie er im Rahmen von interdisziplinären Tumorkonferenzen zwischen Pathologe, Gastroenterologe, Chirurg, Onkologe und Strahlentherapeut gepflegt wird, eine wichtige Rolle.