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Les différentes couleurs des chihuahuas se répartissent en plusieurs groupes ou séries de gènes.
Les principales sont les séries A, B, C, D, E, G, M et S.
La série A détermine la répartition de l’eumélanine et de la phaeomélanine sur le poil. Il regroupe les couleurs dominantes, comme la noire et la fauve charbonné ou sable charbonné.
La série B regroupe les robes noires ou marron. On ne voit donc que l’eumélanine. Les gènes du noir (B) et du chocolat (b) affectent la couleur de la peau aussi bien que celle du poil.
La série C détermine la coloration chez les chihuahuas à robe noire, marron ou fauve.
La série D regroupe les robes qu’on appelle diluées. Il s’agit de couleurs bleue, beige et sable qui s’obtiennent à partir des noire, marron et fauve.
La série E détermine toutes les robes qui vont du jaune au rouge: la robe dite fauve (pigments phaeomélaniques).
La série G ou gène du « grisonnement » détermine le mélange intime de poils blancs avec du noir, du marron ou du fauve.
La série M du gène qui détermine les robes bigarrées, celles que l’on appelle Merle.
La série S détermine le blanc sur le chihuahua.
La série T détermine les tâches sur le chihuahua. Le dalmatien est un exemple typique, des tâches noires sur le blanc.
En résumé nous avons des gènes codant:
la couleur de l’eumélanine (B, P, M)
la couleur de la phaeomélanine (C)
la répartition des pigments (A, E, F, G)
le blanc (S, T, R)