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Eine einzige Schildkrötenart; die europäische Sumpfschildkröte (Emys orbicularis), zählt auch zur Schweizer Herpetofauna. Funde von Schildkrötenpanzern in Pfahlbausiedlungen an Schweizer Seen lassen vermuten, dass die Sumpfschildkröte in tiefen Lagen des Mittellands und im Tessin früher verbreitet war und auch als Nahrungsmittel diente. Die direkte Verfolgung der Schildkröten als Nahrungsquelle und die weiträumige Zerstörung ihrer Lebensräume führten dazu, dass sie fast vollständig aus der Schweiz verschwanden. Viele ausgesetzte oder entflohene Sumpfschildkröten machen es nicht einfacher, den Status tatsächlich autochthoner Schweizer Sumpfschildkröten bestätigen zu können. In verschiedenen Gegenden der Schweiz wird seit einiger Zeit versucht, durch Aussetzungen und Aufwertung geeigneter Lebensräume sich reproduzierende, überlebensfähige Schildkrötenpopulationen zu schaffen.
Weit häufiger als die europäische Sumpfschildkröte trifft man in unseren Gewässern exotische, meist aus Nordamerika stammende Schildkrötenarten an. Es handelt sich dabei vor allem um verschiedene Sumpf- und Schmuckschildkröten, die zum Teil einiges grösser werden als die einheimischen Sumpfschildkröten. Unter diesen Neozoen ist vor allem die Rotwangenschmuckschildkröte (Trachemys scripta elegans) weltweit sehr erfolgreich und verdrängt in vielen Gegenden die dort vorkommenden einheimischen Arten. Auch in tiefen Lagen der Schweiz scheint sich diese Art in den letzten Jahren erfolgreich fortpflanzen zu können (bislang vermutlich nur vereinzelte Bruterfolge). Auch Schnappschildkröten (Chelydra serpentina) und Weichschildkröten (Trionyx sp.) wurden schon verschiedentlich in mehreren Schweizer Gewässern gesichtet.