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La chirurgie de l'endobrachysophage est évoquée dans deux situations différentes. La première situation est l'endobrachysophage sans dysplasie de haut grade, pour lequel il s'agit de traiter simplement le reflux gastro-sophagien. Dans ce cas, les données factuelles de la littérature montrent que la chirurgie ne prévient pas toujours la survenue d'un adénocarcinome et ne dispense pas d'une surveillance rigoureuse. La deuxième situation est l'endobrachysophage avec une dysplasie de haut grade pour laquelle le risque de survenue d'un adénocarcinome est élevé. La chirurgie consiste à faire une sophagectomie prophylactique qui ne doit être réalisée que chez des patients sélectionnés et dans des centres experts. Les résultats de cette chirurgie lourde n'ont cependant pas été comparés dans des études prospectives à ceux d'options thérapeutiques moins agressives (surveillance et sophagectomie à la demande, ou traitements endoscopiques).