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À part les coûts médicaux directs occasionnés par les consultations médicales, les séjours hospitaliers et les médicaments, les maladies entraînent aussi des frais indirects, par exemple en raison de pertes de productivité au travail ou pour les soins dispensés par les proches. En 2011, d’après une étude mandatée par l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), ce sont les frais indirects qui ont représenté la majeure partie des coûts occasionnés par la plupart des sept principales maladies non transmissibles. Les douleurs dorsales et les rhumatismes, le cancer, la démence, le diabète et tout particulièrement les maladies psychiques ont ainsi occasionné moins de coûts médicaux directs que de frais indirects.
Pour les décisions politiques, il est important d’avoir à l’esprit une vue d’ensemble et pas seulement les coûts directs occasionnés dans le système de santé proprement dit. Des thérapies et traitements améliorés sont certes en général plus onéreux que les formes de traitement déjà connues, mais ils permettent aux patient-e-s de se rétablir plus vite et mieux. Les personnes concernées peuvent ainsi reprendre plus vite leur travail. Cela réduit non seulement la charge de morbidité individuelle, mais aussi les coûts entraînés par les maladies en dehors du système de santé. Cela signifie que de meilleurs traitements peuvent faire baisser les coûts indirects.