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Der Geistliche Karl Steiger (1870-1943) hat anhand alter Akten verschiedene historische Ereignisse der Äbtestadt erforscht und darüber publiziert. So hat er sich auch mit den Stürmen der Reformation und ihren Auswirkungen auf das Kloster in Fischingen beschäftigt.
Im Laufe der Jahrhunderte traten verschiedene Wiler als Mönche ins Hinterthurgauer Kloster ein, auch Künstler aus Wil waren in ihm aktiv. Der Chronist Karl Ehrat erwähnt den Glaskünstler Niklaus Wirt, der um 1570 Glasbilder für das Kloster gestaltete. Der 1759 gestorbene Kunstmaler Gallus Müller schuf seinerseits Bilder für die sakrale Liegenschaft.
Onkel von Zwingli
Das Kloster Fischingen wurde gemäss dem Historischen Lexikon der Schweiz 1138 vom Konstanzer Bischof als Doppelkloster für Frauen und Männer gegründet. Der weibliche Teil des Gotteshauses hatte allerdings zeitlich nur sehr beschränkten Bestand.
Insbesondere bedingt durch verwandtschaftlicher Beziehungen wurde das Kloster in die Umtriebe der um die reformatorische Glaubensspaltung hineingezogen. Der Klostervorsteher Johann V. Menle war verwandtschaftlich mit dem Reformator Huldrych Zwingli verwandt. Dieser besuchte öfters seinen Onkel in Fischingen.
Während die beiden anfänglich theologische Diskurse führten, radikalisierte sich Zwingli immer mehr. Er drohte seinem Onkel, er werde ihm die Mönchkutte schon noch ausziehen. Die Entwicklung seines Neffen bereitete Abt Johann dermassen viel Kummer, dass er schliesslich starb.
Ehemalige Nonne
Zu seinem Nachfolger wurde 1523 der aus Zürich gebürtige Heinrich Stoll als Abt Heinrich V. gewählt. Seine vier Brüder besuchten ihn immer wieder und versuchten ihn für den reformierten Glauben zu gewinnen.
Da er sich nicht überzeugen liess, brachten sie 1526 eine ehemalige Nonne aus dem Kloster Töss mit. Die ehemalige Dominikanerin hatte unter dem Einfluss der reformatorischen Glaubenspropaganda ihr Ordensgewand abgelegt.
Die Pläne der Stoll-Brüder gingen auf: aus dem Abt und der ehemaligen Nonne wurde schliesslich ein Ehepaar. Gemeinsam lebten sie im Kloster.
Die letzten verbliebenen Mönche wurden zu Predigern des neuen Glaubens in der Region, einzelne von ihnen verheirateten sich ebenfalls und lebten mit ihren Frauen im Kloster. Dieses wurde in seiner angestammten Weise aufgehoben.
Die Kultgegenstände wurden verkauft und die sakralen Statuten und Bildnisse zerstört.
Wende in Glaubenskonflikten
Als Folge des zweiten Kappelerkrieges wurde 1531 ein Landfriede geschlossen, durch den die vormaligen Glaubensverhältnisse in einzelnen Gebieten wieder hergestellt wurden. In der Folge wurde der verheiratete Abt Heinrich aus dem Kloster gewiesen.
Ein Verwalter übernahm vorübergehend die Führung der Klosterangelegenheiten, allerdings erfüllte er seine Aufgabe nicht zur allseitigen Zufriedenheit.
Schliesslich wurde 1540 Markus Schenkli - gelegentlich auch Marx Schenkli genannt - als neuer Abt ernannt. Zuvor wirkte er als fürstäbtischer Statthalter im Hof zu Wil. Die Schenklis waren ein altes Wiler Geschlecht, aus dem verschiedene gewichtige Amtsträger hervorgingen.
Neues Leben in Kloster
Abt Markus verwandelte die leergeräumte Kirche in Fischingen mit viel Anstrengung wieder in ein würdevolles Gotteshaus.
Er stellte zwei Priester ein. Und Mönchsnovizen entschieden sich für das Leben in den Klostermauern. Sie füllten die sakralen Räume mit ihrem liturgischen Chorgesang.
In den Wirren der Reformation war auch das um 1249 gegründete Frauenkloster Tänikon aufgelöst worden. Durch Schenklis Vermittlung wechselten einige Nonnen aus dem Kloster Magdenau nach Tänikon und reaktivierten das dortige Klosterleben.
Als der Abt nach dreizehnjährigem Wirken verstarb, wurde sein Tod wegen seiner grossen Verdienste um das Kloster in der Region gross betrauert.