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L'école primaire, qui va de la 1P à la 8P est consacrée à l'acquisition des outils fondamentaux au savoir. Les huit années sont articulées en deux cycles de quatre années et des demi-cycles de deux ans. L'enseignement y est dispensé par des maîtres généralistes qui suivent leurs élèves sur un cycle complet.
L'école secondaire propose une offre d'instruction et d'éducation qui entend répondre autant que possible « aux aptitudes, intérêts et projets de formation » des élèves, dans le cadre d'une orientation continue. Ces élèves sont répartis dans des classes hétérogènes, qui se retrouvent pour un certain nombre de cours communs.
Dans le courant de leur carrière scolaire, certains élèves rencontrent des difficultés importantes et durables. Il faut éviter que ces difficultés se convertissent en échec irrémédiable. La lutte contre l'échec scolaire est une des tâches prioritaires de l'école jurassienne. Le collège fait donc appel parfois à la pédagogie spécialisée et dispose aussi d'une structure de classes de soutien et d'une classe atelier.
Les élèves des classes de soutien et de la classe atelier fonctionnent selon le principe « un enseignant, une classe, un lieu d’enseignement uniques » ; les autres élèves se déplacent après chaque leçon de 45 minutes, se regroupent par classe, par niveau ou par option ; ils disposent d’un casier personnel dans les couloirs de l’école.
La possibilité d'accomplir une 12e année de scolarité est ouverte aux élèves qui, ayant redoublé une année de programme dans leur parcours scolaire, souhaitent achever le programme complet de la scolarité obligatoire.