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Le prix public d’un médicament pris en charge par les caisses est réglementé par l’État. Il se compose des coûts de distribution, du prix de fabrique, de la redevance de vente et de la TVA. Le prix de fabrique résulte de la comparaison thérapeutique (CT), d’une éventuelle prime à l’innovation et d’une comparaison de prix avec l’étranger (CPE). La CT se fait avec les coûts de médicaments déjà autorisés pour le traitement de la même maladie. Pour la CPE, on tient compte des prix dans les pays suivants: Allemagne, Autriche, Belgique, Danemark, Finlande, France, Grande-Bretagne, Pays-Bas, Suède.
L’Institut suisse des produits thérapeutiques (Swissmedic) prélève une redevance de vente. Celle-ci est prélevée sur chaque emballage vendu, dépend du prix de fabrique et est à la charge du fabricant. Elle est de cinq francs par emballage au maximum et contribue pour près de 50% aux recettes de Swissmedic.
Les marges de distribution des médicaments soumis à ordonnance sont également réglées par l’État: pour les médicaments dont le prix est inférieur à 880 francs, le taux est de 12%, pour ceux dont le prix est supérieur ou égal à 880 francs, il est de 7%.
Pour les médicaments en vente libre, la marge de distribution est un supplément lié au prix qui se monte à 80%, sans autre prime fixe par emballage.