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Wehrli wuchs in Frauenfeld auf, studierte in Zürich, Kiel, Genf und Basel Medizin und liess sich danach in Basel zum Augenarzt ausbilden. Zu Beginn seiner entomologischen Tätigkeit befasste er sich vorwiegend mit faunistischen Fragen, um sich danach den paläarktischen Geometriden zu widmen. Er unternahm ausgedehnte Sammelreisen in dem Mittelmeerraum. Seine eigene Sammlung konnte er durch bedeutende Teile der Sammlungen Boisduval, Guenée, Oberthür, Tancré ergänzen. Ferner erhielt er umfangreiches Sammelmaterial von Krüger, Pfeiffer, Osthelder, Predota sowie die Chinaausbeuten von Stoetzner und Höne. Er erkannte früh die Wichtigkeit der Genitaldetermination. Höhepunkt seiner publizistischen Tätigkeit ist der paläarktische Geometridenband von Seitz. Seine Sammlung befindet sich im Naturhistorischen Museum Basel (allgmeine Lepidopteren) sowie im Museum Alexander König, Bonn (Geometridae).