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Die Ministerialbibliothek und die Stadtbibliothek besitzen zusammen rund 160 mittelalterliche Handschriften. Unter den 120 Handschriften der Ministerialbibliothek nehmen die über 70 zwischen 1080 und 1150 im Skriptorium des Kloster Allerheiligen entstandenen Pergamentkodizes eine besondere Stellung ein. Die Abschriften der Bibel und der Kirchenväter zeugen von der geistigen Blüte des 1049 gegründeten Klosters, das sich 1080 der Hirsauer Reform anschloss. Alle Kodizes sind mit kunstvollen Rankeninitialen geschmückt, einige wenige illuminiert. Andere Handschriften der Ministerialbibliothek stammen aus dem Barfüsserkloster, aus dem rheinaufwärts gelegenen Kloster Paradies und aus der Sammlung von Johann Georg Müller. – Die 40 mittelalterlichen Handschriften der Stadtbibliothek stammen aus ganz Europa. Alle mittelalterlichen Handschriften wurden von 1989 bis 1998 von Rudolf Gamper und anderen in zwei umfangreichen, illustrierten Katalogen beschrieben, die auf der Website des Urs Graf Verlags online eingesehen und abgefragt werden können.
Rund 30 Handschriften sind digitalisiert im Internet auf der Plattform e-codices einsehbar, darunter die vor 713 im schottischen Kloster Iona abgeschriebene lateinische Vita Sancti Columbae, das reich illustrierte mittelhochdeutsche sog. Klosterneuburger Evangelienwerk von 1330, eine Auswahl von Kodizes aus der Blütezeit des Klosters Allerheiligen und das reizvolle zweibändige Brevier von 1459, das einer Klarisse aus dem Kloster Paradies gehörte.