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La papillectomie peut être indiquée dans diverses modifications pathologiques de la papille. Cependant, elle est pratiquée principalement en cas d'adénomes ou de carcinomes à un stade précoce.
Les tumeurs papillaires adénomateuses apparaissent rarement sporadiquement, mais elles sont plus fréquentes chez les patients atteints de polypose adénomateuse familiale (PAF). La transformation maligne des adénomes bénins en carcinomes papillaires est possible et suit la séquence adénome-carcinome. En particulier chez les patients atteints de PAF, il est nécessaire de mettre en place une stratégie de surveillance endoscopique avec résection endoscopique au bon moment de tout adénome papillaire éventuellement découvert. Même chez les patients à haut risque atteints de carcinome papillaire sans signes d'infiltration tumorale profonde, la papillectomie endoscopique peut être une option de traitement raisonnable avec un risque faible et une probabilité élevée de non-récidive tumorale. Il est ainsi possible d'éviter une chirurgie majeure avec une mortalité importante.
Chez tous les patients, des biopsies sont d'abord prélevées sur la papille pour assurer le diagnostic et une échographie endoscopique est réalisée pour exclure le carcinome papillaire invasif. Dans un deuxième temps, une CPRE avec sphinctérotomie prophylactique et insertion de stent sera réalisée afin de réaliser ensuite une résection à l'anse complète de la tumeur papillaire.