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Die ersten bekannten Werke über Pflanzen in Europa stammen aus dem Altertum wie beispielsweise die Materia Medica des griechischen Arztes Dioskurides. Für die Region Basel sind bald nach der Gründung der Universität im Jahre 1460 die Anfänge einer Pflanzenkunde überliefert. Johann und Caspar Bauhin waren in Basel die ersten Botaniker. Die Beschäftigung mit Pflanzen war damals noch nicht eine eigene Wissenschaft, sondern die Aufgabe der Mediziner. Als Professoren haben der ältere Bruder Johann (Professor ab 1571) und Caspar Bauhin (Professor ab 1589) den Studenten der Medizin die Kenntnisse der Pflanzen beigebracht. Einerseits war es wichtig, die Pflanzen und ihre Heilwirkungen zu kennen, andererseits mussten die angehenden Ärzte auch wissen, wo man sie sammeln konnte. So entstand die erste Lokalflora der Region Basel, der «Catalogus plantarum circa Basileam sponta nascentium».
Zu diesem Zweck entstanden Sammlungen. Pflanzen wurden an der Universität Basel seit Caspar Bauhin nicht nur in Herbarien getrocknet und beschriftet, sondern auch als lebende Pflanzen in Botanischen Gärten gehegt und gepflegt. Gebildete Bewohner der Stadt, wie zum Beispiel der Stadtarzt Felix Platter, pflegten ebenfalls Pflanzensammlungen. Neben einem wissenschaftlichen Zweck beeindruckten die Sammlungen auch die staunenden Betrachter.
Mit den Arbeiten des schwedischen Naturforschers Carl von Linné (1707–1778) in der zweiten Hälfte des 18. Jh. rückte das Thema der Klassifikation der Pflanzen, also der Systematik, in den Vordergrund. Verwandt damit ist auch die Stammesgeschichte, nach deren Kriterien die systematische Klassifikation vorgenommen wurde. Ein anderer Vorreiter der binären Pflanzennamen, bestehend aus Gattungs- und Artnamen, war der Basler Caspar Bauhin.
Im 19. Jh. erhielt die Pflanzenkunde einen Aufschwung. Es bildeten sich einzelne Disziplinen heraus. Pflanzenanatomen erkannten, dass verschiedene Pflanzenorgane aus den gleichen zellulären Anlagen entstehen. Übergänge der Formen zwischen Laubblättern und Blütenblättern, eine sogenannte Metamorphose, machten zum Beispiel verständlich, wie eine Pflanze wächst und sich differenziert. Die Entdeckung der Generationszyklen und deren stammesgeschichtliche Entwicklung durch die Pflanzenembryologen konnte die Zweigeschlechtlichkeit der Blütenpflanzen erklären. Als Voraussetzung des Studiums der chemischen und physikalischen Prozesse in Pflanzen erkannten die Pflanzenphysiologen, dass verschiedene Organe der Pflanzen ihre spezifischen Aufgaben zu erfüllen haben. Manche dienen der Photosynthese, andere der Aufnahme von Nährstoffen.
Erst beschreibend durch Alexander von Humboldt (1769–1859) und später physiologisch begründet, beschrieben die Pflanzengeografen die Verschiedenartigkeit der Vegetation. Für die später gesuchten Erklärungen dieser Phänomene war die Kenntnis chemisch-physikalischer Prozesse notwendig: Photosynthese, Nährstoffaufnahme, Wasserhaushalt. Im Bezug auf die Landschaft interessant ist die Vegetationskunde, die auf der Basis der Pflanzengeografie und der Physiologie die Zusammensetzung des Pflanzenkleides detailliert zu beschreiben und zu erklären versucht. Mit Hilfe von in Mooren abgelagerten Blütenstaubkörnern, dem sogenannten Pollen, sowie Pflanzenresten konnte auch die Vegetationsgeschichte seit den letzten Eiszeiten beschrieben werden. In diesen Tätigkeitsfeldern arbeiteten die meisten in der Bildgalerie vorgestellten Botaniker der Region Basel seit etwa 1900.
Die Vegetationskunde ist heute noch die wichtigste Grundlage für die Ökologie und den Naturschutz. Am Ende des 20. und zu Beginn des 21. Jh. wurden die Beziehungen zwischen Pflanzen und ihrer natürlichen Umwelt vermehrt in Feldexperimenten erforscht. Dabei stehen einerseits die chemisch-physikalischen Bedingungen im Zentrum, andererseits auch die Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und anderen Organismen wie Pilzen oder Bakterien. Diesen Forschungen verdanken wir ein völlig neues Verständnis der Pflanzen als Organismen, die beispielsweise ein Abwehrsystem haben und mit anderen Pflanzen Informationen austauschen können.
DK