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Das BFE fördert die anwendungsorientierte Energieforschung. Es stellt den Zugang von Schweizer Forschenden zu den Forschungsprogrammen der Internationalen Energieagentur (IEA) und der EU sicher (Forschungsrahmenprogramme, Strategic Energy Technology Plan SET-Plan). Die Förderung richtet sich nach dem "Energieforschungskonzept des Bundes", welches von der Eidgenössischen Energieforschungskommission (CORE) alle vier Jahre überarbeitet wird. Dieses umfasst sowohl die wissenschaftliche Forschung als auch Pilot-, Demonstrations- und Leuchtturmprojekte (P+D+L-Programm). Mit diesem, sowie mit der Förderung des Wissens- und Technologietransfers (WTT), unterstützt das BFE die Innovationsprozesse an der Schnittstelle von Forschung, Industrie und Markt.
Beim BFE ist ausserdem das Koordinationsinstrument Cleantech angesiedelt. Dieses ist das Nachfolgeinstrument des Masterplans Cleantech 2011, der die Grundlage für die vom Bundesrat beschlossene Cleantech-Strategie bildete. Mit deren Umsetzung waren das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), sowie das Eidgenössische Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF) beauftragt. 2015 wurden die in den Jahren 2011–2014 durchgeführten Aktivitäten in einem Bericht des Bundesrats analysiert. Das Koordinationsinstrument Cleantech wird seit 2016 für die Gewährleistung guter Rahmenbedingungen im Bereich Ressourceneffizienz und erneuerbare Energien eingesetzt.