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En 1444, dans la liste authentique des curés du diocèse de Bâle, on constate qu’il y avait un curé et vicaire à Bourrignon. « Rector in Burgis et vicarius ibidem ». Divers autres noms, tels que Burgundis, Burrengis en 1223, Burius en 1368, Borgognon au 15e siècle, rappellent le souvenir des Burgondes, ou l’existence d’un vieux castel (petit château). L’abbé A. Daucourt signale qu’on a retrouvé dans cette localité quelques débris de murs antiques, un fragment de statue en pierre, des monnaies et autres objets romains, ce qui fait croire que le nom de ce village peut venir d’un bourg ou castel des Romains, auxquels ont succédé les Burgondes. On a trouvé en effet à Bourrignon des monnaies des empereurs romains Nerva, Valérien, Constantin I, Constance II. Les actes du XIIe siècle appellent ce lieu Burgis, Borenguns, et le fort ou castel romain devait se trouver près d’une petite source.
La carrière de Bourrignon était très célèbre, en raison de sa pierre calcaire bleutée; le pavage du choeur de l'église de Lucelle avait été fait de cette pierre. De même, dans la région, on retrouve beaucoup de bâtiments qui ont été édifiés avec cette pierre, telles les églises de Bourrignon, de Pleigne et plusieurs maisons.
En 1600, il y avait près de Bourrignon une source merveilleuse où la croyance populaire voulait qu'il y eût des miracles. Sa renommée était telle qu'on y voyait accourir 300 personnes par jour. On y venait de France, d'Alsace et de Souabe. Dans un manuscrit daté de 1593, la Sainte-Vierge serait apparue à une femme de Rebeuvelier et à un grand nombre de personnes. De nos jours, ce lieu de pèlerinage a disparu par suite des guerres et des misères des temps.
Ancien lieu de passage important, Bourrignon a gardé l’aspect d’un village agricole homogène, grâce à ses nombreux bâtiments bien conservés, dont certains des XVIIe et XVIIIe siècles. Les fermes, de types variés, aux proportions basses caractéristiques des régions jurassiennes situées en altitude, sont réparties harmonieusement de part et d’autre de la Rue Principale.