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Den Standortvorlieben der Farne wegen, legten die Gründer des Botanischen Gartens den Farngarten an einem schattigen Standort mit frischem Boden an. 2012 erfuhr er eine grundlegende Erneuerung. Seither sind auf der kleinen Fläche nach Kontinenten geordnet gesamthaft 40 europäische, amerikanische und asiatische Farn-Arten anzutreffen. Dazu kommen noch einige Naturhybriden und Mutationen. Weitere Farnarten gedeihen in den Gewächshäusern, den geografischen Abteilungen und zusammen mit verschiedenen Nacktsamern („Nadelgehölzen“) beim Eingang an der Stephanshornstrasse.
Den Abschluss zur Strasse bildet eine Gruppe hochgewachsener Urweltmammutbäume (Metasequoia glyptostroboides). Die Gattung Metasequoia wurde 1940 anhand von Versteinerungen beschrieben. Kurz darauf, im Jahr 1944, wurde der Baum in einem kleinen Areal an der Grenze der chinesischen Provinzen Sichuan und Hubei lebend entdeckt. Bereits 1950 gelangten Jungpflanzen davon in den Botanischen Garten St. Gallen.