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Certains accords sur la coopération transfrontalière prévoient des commissions intergouvernementales conduites par des services d'État. Elles facilitent si nécessaire l’échange d'informations et formulent des recommandations à l’intention des autorités nationales.
La Commission intergouvernementale franco-germano-suisse pour la coopération transfrontalière dans la région du Rhin supérieur en constitue un bon exemple. Des représentants régionaux et nationaux se réunissent au sein de cette commission sous l’égide des ministères des affaires étrangères des trois pays. La commission intergouvernementale traite une vaste palette de questions de voisinage qui se posent dans une région frontalière. Elle peut formuler des recommandations à l’intention des gouvernements nationaux, mais elle est dépourvue de toute compétence décisionnelle. Au niveau régional, la commission intergouvernementale trouve son équivalent dans un comité transfrontalier, la Conférence du Rhin supérieur, au sein de laquelle les cantons concernés jouent un rôle essentiel côté suisse.
Liste des commissions transfrontalières