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In den letzten Jahren haben wir mehrere neuartige Viren beobachtet die aus einen Reservoir in Tieren auf den Menschen übergesprungen sind. Diese zoologischen Viren verursachten häufig schwere, nicht-behandelbare, und of auch tödliche Krankheiten im Menschen. Darunter befinden sich Flavi-, Corona-, und Arenaviren, die als RNA Viren für eine hohe Mutationsrate und demzufolge eine hohe Diversität bekannt sind. Tatsächlich entsteht bei jeder Infektion ein Schwarm von Viren der eine Vielzahl von genetischen Varianten enthält und der als "Quasispezies" bezeichnet wird. Die virale Quasispezies ermöglicht eine rasche Anpassung an veränderte Lebensbedingungen und ermöglicht Viren neue Gewebe und Wirte zu infizieren, und der angeborenen Immunantwort des Wirtes zu entkommen.
In diesem Projekt werden wir mithilfe von "next-generation" Sequenziertechniken eine real-time Aufnahme der Quasispezies-Dynamik erstellen und die Bedeutung der Quasispezies im Kontext von zoologischen Infektionen und Interaktionen mit der angeborenen Immunität untersuchen. Unsere Studien beinhalten pathogene Coronaviren (Thiel), neurotrope Flaviviren (Leib, Gäumann) und hämorrhagische Arenaviren (Kunz). Durch die Verwendung von natürlichen Zielzellen, die wesentliche Eigenschaften der entsprechenden Gewebe in vivo haben, versuchen wir die temporale Dynamik von genetischen Veränderungen innerhalb der viralen Quasispezies als Funktion von Virus-Wirt Interaktionen und Adaptation an eine veränderte Umgebung darzustellen.