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Farnern wird erstmals 1329 urkundlich mit dem Namen Varnerron erwähnt und noch heute richtigerweise mit der Farnpflanze in Verbindung gebracht.
Wie andere Gemeinden der Region gelangte Farnern im Mittelalter von den Froburgern an die Grafen von Neuenburg-Nidau und dann in den Besitz der Herren von Thierstein. 1406 wurde Farnern von Solothurn und Bern übernommen, bis Solothurn gegen eine Entschädigung von 500 Gulden auf seine Gebietsansprüche im Bipperamt verzichtete.
Nach dem Einmarsch der Franzosen im Jahr 1798 wurde Farnern dem Amtsbezirk Wangen zugeordnet.