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Das ursprünglich von grossflächigen Mooren dominierte Einzugsgebiet entwässerte noch anfangs des letzten Jahrhunderts durch viele Gräben und Bäche in den See. In den 1940er-Jahren wurden Teile des Einzugsgebietes entwässert, in Kulturland umgewandelt und der Seespiegel abgesenkt. Ein grosses Moorgebiet und eine intakte Verlandungszone wurden so zerstört und der See selber nachhaltig beeinflusst. Veränderungen führten zu einer Überdüngung des Sees. Die völlig ungenügenden Sauerstoffverhältnisse haben 1977 die Kantone Solothurn und Bern veranlasst, eine Tiefenwasserableitung im Bürgäschisee zu installieren. Die Bilanz nach 30 Jahren fällt durchzogen aus. Um den Seezustand langfristig zu verbessern oder zumindest nicht zu verschlechtern, wird aber die Tiefenwasserableitung weiter betrieben. Gleichzeitig müssen Massnahmen im Einzugsgebiert getroffen oder weitergeführt werden, welche den Nährstoffeintrag reduzieren.