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Verschiedene Abkommen zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit sehen eine Regierungskommission vor, um Informationen auszutauschen und Empfehlungen für die nationalen Behörden zu erarbeiten. Zudem führt das EDA seit 2005 mit den Aussenministerien Frankreichs und Italiens jährliche politische Dialoge über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit.
Grenzüberschreitende Regierungskommissionen und Dialoge
Um regionale und nachbarschaftliche Fragen in den Grenzregionen zu regeln, sind in manchen Abkommen zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit durch staatliche Stellen geführte Regierungskommissionen vorgesehen. Sie sollen bei Bedarf den Informationsaustausch erleichtern und Empfehlungen an die Landesregierungen formulieren.
Ein Beispiel diesbezüglich ist die Deutsch-französisch-schweizerische Regierungskommission zur Förderung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit am Oberrhein. In dieser Regierungskommission treffen sich unter Leitung der jeweiligen Aussenministerien regionale und nationale Vertreter. Die Regierungskommission befasst sich mit vielfältigen regionalen und nachbarschaftlichen Fragen der Grenzregion. Sie kann Empfehlungen zuhanden der Landesregierungen abgeben, hat aber keine Entscheidungskompetenzen. Auf regionaler Ebene entspricht der Regierungskommission ein grenzüberschreitendes Gremium, die Oberrheinkonferenz, in welchem seitens der Schweiz die involvierten Kantone die tragende Rolle spielen.
Grenzüberschreitende Dialoge
Seit 2005 bestehen mit den Aussenministerien Frankreichs und Italiens Dialoge über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit. Diese finden einmal jährlich alternierend in der Schweiz oder Frankreich, beziehungsweise Italien statt. Anfänglich als rein bilaterale Dialoge konzipiert, wurden wegen der Kompetenzverteilung in der Schweiz nach und nach auch die betroffenen Kantone und die Nachbarregionen einbezogen. Die Dialoge werden seitens der Schweiz vom EDA organisiert. Die Botschafterin oder der Botschafter für die grenzüberschreitende Zusammenarbeit leitet die schweizerische Delegation, welche Vertreterinnen und Vertreter der betroffenen Kantone und der für die verschiedenen Fragen zuständigen Departemente umfasst.