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Conférence ICAAC, San Diego, septembre 2002Le métapneumovirus humain : un nouveau venu parmi les virus responsables d'infections des voies respiratoiresL'étiologie précise des infections des voies respiratoires hautes ou basses reste souvent indéterminée, ceci même lorsque des investigations extensives sont effectuées. Une explication vient du fait que la plupart des techniques visant à détecter les virus respiratoires (culture virale, recherche d'antigènes viraux, sérologie) ont une sensibilité limitée. La recherche d'acide nucléique directement dans les prélèvements respiratoires soit par PCR (ou RT-PCR pour les virus ARN) permet d'augmenter nettement les performances diagnostiques mais il persiste toujours un «trou» diagnostique. Une explication pourrait être qu'il existe des agents infectieux que nous méconnaissons. Un candidat récent a été identifié, il s'agit du métapneumovirus humain découvert et caractérisé en 2001. Ce virus fait partie de la famille des paramyxovirus dans laquelle se trouve le virus respiratoire syncytial (VRS) et un certain nombre de virus connus sous le nom de métapneumovirus aviaires qui infectent uniquement les oiseaux. L'analyse des séquences de ce nouveau virus et ses caractéristiques structurelles a permis de le rapprocher des métapneumovirus, il s'agit donc du premier métapneumovirus pouvant infecter l'homme.L'étude originale, effectuée en Hollande, suggérait que la plupart des enfants en bas âge avaient les traces sérologiques d'une infection préalable avec le métapneumovirus humain. Des études plus récentes effectuées en Angleterre suggèrent que ce virus serait responsable d'environ 2% des maladies grippales observées pendant la saison de grippe.Dans une étude similaire effectuée au Nord du Canada durant la dernière saison d'hiver, cette proportion était dix fois plus importante, environ 20% des patients testés étaient positifs pour le métapneumovirus humain. Dans un groupe de 200 enfants hospitalisés également au Canada durant la même saison, l'incidence était de près de 6% comparés à 50% pour VRS et 30% pour para-influenza. Il existe également des rapports de cas chez des patients immunosupprimés et de petites séries chez des enfants hospitalisés pour des infections pulmonaires d'origine indéterminée.En résumé, le métapneumovirus humain est un nouveau virus qui a des similitudes avec le VRS et qui probablement circule depuis plusieurs années. Comme VRS, il est une cause d'infections des voies respiratoires supérieures et semble responsable des infections sévères des voies respiratoires inférieures. L'incidence de cette infection reste encore à préciser, les chiffres actuels varient entre 2 et 20% des épisodes des voies respiratoires supérieures mais des études additionnelles sont indispensables. Il est probable que de grandes variations peuvent être observées en fonction des saisons, du groupe d'âge et des conditions épidémiologiques.Adénovirus : une cause de pneumonie qui fait son retourDans les années 60, l'adénovirus était une cause de pneumonie aiguë sévère évoluant sous forme d'épidémies chez les militaires américains. Un vaccin vivant atténué était systématiquement administré aux recrues et avait permis de contrôler les épidémies qui avaient lieu principalement dans les camps où se trouvaient les jeunes recrues en entraînement intensif. A la fin des années 90, la production du vaccin a été stoppée et celui-ci était indisponible dès 1999. Les études de surveillance faites depuis dans les différents camps ont montré une recrudescence d'épidémies de maladies respiratoires avec de nombreuses pneumonies. Lors d'une large surveillance chez plus de 7000 sujets avec un épisode respiratoire l'adénovirus a été isolé dans environ 60% des cas, ce qui semble incroyablement élevé. Lors de la dernière saison, des épisodes de maladies respiratoires ont été observés chez des dizaines de milliers de recrues pendant plusieurs semaines, chose qui était totalement inhabituelle lorsque le vaccin était disponible. Ceci nous rappelle que certains sérotypes d'adénovirus, en particulier le 4 et le 7 sont à même de créer des pneumonies chez les personnes immunocompétentes et d'évoluer sous forme d'épidémie. Au vu de toutes ces données, la mise au point d'un nouveau vaccin est en cours.La face cachée de la vaccination anti-pneumococciqueAfin d'améliorer la couverture vaccinale chez les enfants il a été développé, ces dernières années, des vaccins dit conjugués, qui permettent une meilleure réponse immune chez les jeunes enfants comparés aux vaccins classiques dit polysaccharidiques. Le vaccin disponible actuellement est 7-valent, c'est-à-dire qu'il couvre sept différents types de pneumocoques, le polysaccharidique en couvre vingt-trois. Ce vaccin couvrant un nombre limité de sérotypes, il est envisageable que, s'il est utilisé largement dans une population, celle-ci devienne colonisée par d'autres sérotypes non couverts par la réponse immune. Un scénario encore moins désirable pourrait être l'expansion de sérotypes non inclus dans le vaccin et résistants à la pénicilline. Afin d'évaluer ce phénomène potentiel, des investigateurs israéliens ont analysé des liquides d'oreilles moyennes de plus de 2500 enfants avec une otite moyenne aiguë à Streptococcus pneumoniae. Environ 20% des isolats étaient non couverts par un vaccin 7-valent conjugué et environ un tiers d'entre eux appartenaient à quatre sérotypes bien déterminés. Des analyses détaillées de ces souches ont mis en évidence que la majorité de ces quatre sous-types étaient résistants à la pénicilline et appartenaient aux mêmes clones.Pour résumer, environ une souche sur cinq causant des otites moyennes dans cette population n'était pas couverte par un vaccin conjugué 7-valent. Un nombre substantiel d'entre elles appartenaient à des clones résistants qui auraient la possibilité de remplacer les souches couvertes par le vaccin. En quelque sorte, les ennemis sont en embuscade. Ceci nous rappelle que les interventions vaccinales ne sont pas innocentes et peuvent conduire à des effets indésirables. Mais ceci supporte surtout très fortement l'idée que les vaccins doivent être adaptés aux souches de pneumocoques circulantes dans la population, un peu comme ce qui se fait avec l'influenza.Résistance du Streptocoque pneumoniae aux antibiotiques : tendance globale versus particularités localesUne des tâches principales du microbiologiste est de surveiller l'émergence de germes résistants et pour le cas particulier du pneumocoque, l'émergence de résistance à la pénicilline, aux macrolides et aux quinolones. Il existe à travers le monde plusieurs réseaux effectuant ce travail qui ont observé ces dernières années une augmentation progressive de la résistance à la pénicilline. Cette résistance est de deux types : intermédiaire et de haut degré. En cas de résistance intermédiaire il y a une diminution de la sensibilité à la pénicilline, mais habituellement les traitements restent efficaces. Une petite proportion des souches présente une résistance majeure pour laquelle une adaptation des traitements est nécessaire. Un phénomène important aussi est la résistance aux macrolides qui en général va de pair avec la résistance à la pénicilline. La proportion de germes résistant à la pénicilline varie énormément d'un pays à l'autre, d'une région à l'autre, mais en général est en augmentation.Ces dernières années, un phénomène nouveau est lié à l'utilisation des quinolones pour le traitement des infections respiratoires. Après un usage de plus en plus important de cette classe d'antibiotiques, sont apparus des pneumocoques résistants aux quilonones dites respiratoires. Pour l'Europe, ce phénomène est très important dans le Sud mais très rare au Nord, par exemple en Finlande. De très grandes divergences peuvent aussi être observées d'une localité à une autre et d'une institution à une autre. Par exemple, pour les Etats-Unis, dans les larges études de surveillance collectant des souches de tous les Etats, la prévalence globale est en général inférieure à 2% mais elle peut être de 0% dans certains Etats et jusqu'à 6% dans d'autres. Dans certaines villes, la prévalence de la résistance augmente jusqu'à 22%. Ce phénomène illustre très clairement que nos connaissances sur les résistances doivent être envisagées sous l'il de l'épidémiologie locale, puis régionale, puis à plus large échelle. Cette différenciation est importante pour éviter l'usage inutile d'antibiotiques à large spectre. Elle est également importante pour éviter d'utiliser les nouvelles générations d'antibiotiques systématiquement quand ceci est inutile, car l'histoire se répétera. Par exemple, il existe une nouvelle classe d'antibiotiques appelés kétolides qui sont des dérivés des macrolides et dont l'efficacité est supérieure en particulier contre les germes résistants. Au vu du taux de résistance aux quinolones, certains experts préconisent d'utiliser ces nouveaux kétolides en première intention. On doit se rappeler que le même raisonnement avait eu lieu il y a moins de trois ans avec les quinolones dites respiratoires.