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Viktor Emil Frankl entstammte einer jüdischen Beamtenfamilie. Nach der Matura studierte er Medizin, wobei sich Depressionen und Suizid zu seinen Schwerpunktthemen entwickelten. Er hatte persönlich Kontakt zu Sigmund Freud und Alfred Adler, den Begründern der ersten und zweiten „Wiener Schule der Psychotherapie“.
Für Viktor Frankl stand die Sinnfrage immer im Zentrum. Selber hatte ihn die Frage nach dem Sinn seines Lebens schon in jungen Teenagerjahren umgetrieben. Schon früh hatte er im Menschen das sinnsuchende Wesen erkannt.
Als Obmann der Sozialistischen Mittelschüler Österreichs gründete er Jugendberatungsstellen in Wien. 1930 organisierte er eine Sonderaktion zur Zeit der Zeugnisausgabe, woraufhin in Wien keine einzige Selbsttötung von Schülern zu verzeichnen war.
Doch dann kam Hitler an die Macht und 1938 wurde Frankl aufgrund seiner jüdischen Herkunft untersagt, arische Patienten zu behandeln. 1940 übernahm er die Leitung der neurologischen Abteilung des Rothschild-Spitals, des einzigen Krankenhauses, in dem in Wien noch jüdische Patienten behandelt wurden. Einige seiner Gutachten aus dieser Zeit sollten Patienten davor bewahren, dem nationalsozialistischen Euthanasieprogramm zum Opfer zu fallen.
Immer wollte er nach Amerika – doch nie erhielt er ein Visum. 1940 erhielt er dann aber die Aufforderung, zur Ausstellung des beantragten Visums im US-Konsulat in Wien zu erscheinen. Er geriet in grosse Gewissenszweifel, denn als Arzt konnte er, wenn auch nur begrenzt, so doch noch für seine Familie sorgen. Er machte einen Spaziergang und als er zurückkam, zeigte ihm sein Vater ein Stück der zerstörten Synagoge von Wien, das er aus den Trümmern nach dem Progrom der Reichskristallnacht geborgen hatte. Es war ein Stück der Tafel der 10 Gebote, die im Eingang der Synagoge gehangen hatte. Das gerettete Stück enthielt das Gebot: Ehre Vater und Mutter. Für Frankl war somit klar: Er zog es vor, seine Eltern nicht allein zu lassen und verzichtete auf das Visum – im vollen Wissen, dass dies sein Tod bedeuten könnte.
Viktor Frankl, seine Frau und seine Eltern wurden am 25. September 1942 ins Ghetto Theresienstadt deportiert. Sein Vater starb dort, seine Mutter wurde in der Gaskammer von Auschwitz ermordet, ebenso sein Bruder Walter. Seine Frau starb im KZ Bergen-Belsen. All dies erfuhr Frankl aber erst nach seiner Befreiung. Frankl wurde im Oktober 1944 von Theresienstadt nach Auschwitz gebracht und einige Tage später in das KZ-Kommando Kaufering III und am 5. März 1945 in das Lager Türkheim, einem Außenlager des KZ Dachau, transportiert. Am 27. April 1945 wurde er in Türkheim von der US-Armee befreit.
1947 heiratete er in zweiter Ehe die Katholikin Eleonor Katharina Schwindt. Sie war nicht nur seine Ehefrau, sie unterstützte ihn auch in seinen wissenschaftlichen Arbeiten. Ihnen wurde die Tochter Gabriele geschenkt.
Viktor Frankl starb am 2. September 1997 in einem Wiener Spital. Er wurde auf dem Wiener Zentralfriedhof in der "alten Israelischen Abteilung" begraben.