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Philippe M. Hauser et Marco Pagni (groupe Vital-IT, Institut suisse de bioinformatique) sont les leaders du projet de séquençage du génome de Pneumocystis jirovecii soutenu par le Fonds national suisse de la recherche scientifique. P. jirovecii est un champignon qui provoque une pneumonie sévère chez les patients immunocompromis. L'absence d'une méthode de culture in vitro a entravé les progrès dans la compréhension de la biologie de ce champignon. Le séquençage du génome de P. jirovecii est compliqué par le fait que son ADN peut être isolé uniquement à partir de prélèvements de lavage broncho-alvéolaire ou de poumons chez des patients atteints de pneumonie à Pneumocystis. Cela implique de petites quantités d'ADN et la contamination avec d'autres ADN, y compris de l'hôte. L'amplification aléatoire d'ADN suivie d'un séquençage à haut débit permet maintenant de séquencer le génome de P. jirovecii. En vue d'une analyse génomique comparative, nous séquençons également le génome de Taphrina deformans, un parent proche infectant les plantes (P. jirovecii: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/68827; T. deformans: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/74523).
La séquence du génome de P. jirovecii est maintenant publiée et a été commentée par la Société américaine de microbiologie.