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La découverte de tombes du haut Moyen âge recoupant les murs déjà ruinés des deux hémicycles confirme qu’ils étaient abandonnés depuis un certain temps – ce qui n’empêche pas que d’autres secteurs de la villa, les thermes en particulier, aient continué d’être occupés.
Neuf tombes en coffrage datées de cette période ont été identifiées dans l’ancien secteur thermal, dans les pièces absidiales. Une memoria, à savoir une chapelle funéraire aménagée autour d’une tombe privilégiée, est établie dans l’abside sud, qu’occupait anciennement le bassin du caldarium (C11 ci-dessus). Une possible seconde memoria existait peut-être dans l’abside (C24), au-dessus d’une autre sépulture privilégiée. Il est cependant impossible de dire si les deux chapelles ont fonctionné de façon simultanée.
Le reste de la population était enterré dans la nécropole des Désertes, environ 200 mètres au sud-ouest de la colline du Prieuré.