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Obwohl gut 80 % des Trinkwassers aus dem Grundwasser entnommen wird (siehe Wassernutzung und –verbrauch), ist über die Erneuerung dieser Ressource wenig bekannt. Ein unbekannter Teil des Abflusses aus der Wasserbilanz speist die Grundwasservorkommen, eine gleiche Menge Grundwasser speist die Fliessgewässer wieder (das totale Grundwasservorkommen ändert sich nicht). Es wird davon ausgegangen (Sinreich et al. 2012), dass nur rund 10 % des theoretisch nutzbaren Grundwassers im Schweizer Untergrund nachhaltig verwendet werden kann (entspricht einem Drittel des Jahresniederschlags bzw. 18 km3). Die natürliche Neubildung des Grundwassers hängt vom Grundwasserleitertyp ab (siehe Glossar). Das Wasser kann unterschiedlich lang in einem Grundwasservorkommen verweilen. Diese Zeit geht einher mit der Geologie des Untergrundes (wie gut kann das (Regen-)Wasser versickern?), mit der Grösse des Grundwasservorkommens und mit der Anwesenheit von Fliessgewässern. Die Verweilzeit im Grundwasser kann zwischen einigen Monaten (entlang Flüssen wie im Aaretal) bis über 10 Jahre (Kalkgebiete: Teile der Alpen und Juragebirge) erreichen. Bei starkem Niederschlag in den Karstgebieten reagieren die Flüsse trotzdem überdurchschnittlich schnell, obwohl der grösste Teil unterirdisch abfliesst bevor er an einer Quelle austritt. Dies lässt sich dadurch erklären, dass nicht das ganze Grundwasservorkommen durchgemischt wird. Man kann sich einen nassen Schwamm vorstellen: Kommt zusätzlich Wasser dazu, führt der Druck dazu, dass ein Teil des im Schwamm vorhandenen Wassers hinausgepresst wird.