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Zweite Zürcher Periode
Nach anfänglichem Zögern richtete sich Wolfgang Pauli auf Dauer in Zürich ein. Er nahm im Sommersemester 1946 seine Lehr- und Forschungstätigkeit wieder auf und bezog mit seiner Frau im Oktober erneut das Haus in Zollikon. 1949 kamen endlich auch die Bemühungen um die Einbürgerung zu einem erfolgreichen Abschluss. Wolfgang Pauli beschäftigte schon nach kurzer Zeit eine Gruppe von ungefähr zehn Theoretikern. Er wirkte nach wie vor wie ein Magnet auf Physiker aus aller Welt und trug seinen Teil zur Raumnot am Physikalischen Institut der ETH bei. Bis 1952 konnte dann das alte Physikgebäude erweitert und ein Neubau geschaffen werden, der die unter Paul Scherrers Leitung von namhaften Schweizer Firmen erbaute Zyklotronanlage beherbergte. Die Entwicklung zu immer grösseren Forschungsanlagen führte schliesslich zur Gründung des Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire (CERN) in Genf. An den vorbereitenden Sitzungen beteiligte sich auch Wolfgang Pauli, doch die treibende Kraft auf Schweizer Seite war Paul Scherrer.
Wolfgang Pauli – das "Gewissen der Physik"
In der wissenschaftlichen Gemeinschaft festigte sich Paulis Ruf als "Gewissen der Physik". In theoretischen Streitfragen galt er als oberste Instanz. Seine unbestechliche Kritik war bei seinen Kollegen geschätzt und zugleich gefürchtet. Die häufigen internationalen Verpflichtungen bedeuteten, dass Wolfgang Pauli mehrmals auch während des Semesters Urlaub nahm. So weilte er 1954, 1956 und 1958 als "Visiting Professor" in Princeton und 1952 in Indien. Die Assistenten mussten die Stellvertretung in den Vorlesungen übernehmen, und ihnen oblag auch die Betreuung der immer zahlreicheren Diplomanden.
Engagement am Physikalischen Institut der ETH Zürich
Pauli engagierte sich im Vergleich zur ersten Amtsperiode nun stärker innerhalb des Instituts und bekleidete 1950 für zwei Jahre das Amt des Abteilungsvorstands. Auf seine Anregung hin richtete die ETH Zürich ein Extraordinariat für theoretische Physik ein, das 1955 mit dem von Pauli favorisierten ehemaligen Assistenten Res Jost besetzt werden konnte. Ende der 50er Jahre erfuhr die Physik an der ETH Zürich einen massiven Ausbau, indem drei zusätzliche Ordinariate für Physik inklusive Kernphysik geschaffen wurden. Wolfgang Pauli nahm an diesen Veränderungen aktiven Anteil.