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Per la conservazione e l’utilizzo delle risorse fitogenetiche nonché per determinati scopi d’utilizzo secondari, l’UFAG può autorizzare la commercializzazione di sementi e materiale vegetale di una cosiddetta varietà di nicchia in deroga ai requisiti per l’ammissione nel catalogo delle varietà e per il riconoscimento ufficiale (art. 29 dell'ordinanza del DEFR sul materiale di moltiplicazione di piante campicole e foraggere).
Le varietà di nicchia possono essere varietà locali, vecchie varietà, cioè stralciate dal catalogo delle varietà da almeno due anni, ecotipi locali di piante foraggere o altre varietà che non sono assoggettate alle prescrizioni d’ammissione nel catalogo delle varietà. Nel mercato delle sementi, occupano una posizione di nicchia derivante dal loro potenziale di utilizzo o da una quantità massima commerciabile. Nel caso delle specie di piante campicole e foraggere, l'UFAG fissa una quantità massima per garantire che la nicchia non superi lo 0,1 per cento della superficie coltivata delle rispettive specie in Svizzera. Le varietà geneticamente modificate sono escluse dalle varietà di nicchia.
Dal 1° luglio 2010, l'UFAG punta, attraverso questa deroga, a promuovere la diversità delle specie coltivate, mettendo a disposizione degli agricoltori, senza requisiti formali, sementi e materiale vegetale speciali. Le varietà locali e gli ecotipi tradizionali non sarebbero in grado di soddisfare i requisiti di un esame varietale in termini di omogeneità e caratteristiche di resa, qualità e resistenza alle malattie. L'UFAG autorizza la commercializzazione di sementi e materiale vegetale di varietà di nicchia solo a condizione che non comportino rischi per l'ambiente e la sicurezza alimentare.
Nell'Unione europea, le varietà naturalmente adattate alle condizioni locali e regionali e minacciate di erosione genetica sono conservate in modo simile. Tuttavia, la moltiplicazione e la commercializzazione sono limitate a regioni d'origine definite dove avviene la conservazione. Queste varietà sono dette «varietà da conservare» di specie campicole e foraggere (direttiva 2008/62/CE) e di specie di ortaggi (direttiva 2009/145/CE). Per le specie di ortaggi, la normativa include anche novità varietali come «varietà sviluppate per la coltivazione in condizioni particolari». Ulteriori deroghe si applicano per le miscele di sementi di specie di piante foraggere per la conservazione delle risorse genetiche in un ambiente naturale, le cosiddette «miscele di sementi per la preservazione» (direttiva 2010/60/UE). Tuttavia, non esiste un accordo di equivalenza tra queste deroghe vigenti nell'Unione europea e la regolamentazione delle varietà di nicchia in Svizzera.