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Schluchten sind enge, durch das Wasser eingeschnittene Täler. Sobald die Tiefenerosion die Seitenerosion übertrifft und es nicht zur Bildung einer flachen Talsohle kommt, entstehen Schluchten. Auch im Kettenjura haben sich Flüsse und Bäche eingegraben, wodurch Kerbtäler mit teilweise engen Schluchten entstanden. Im Tafeljura fallen die Fliessgewässer über die Tafelkante hinab und graben sich zu meist kleineren Schluchten ein. In diesen extrem steilen Schluchten stürzt das Wasser oft in Wasserfällen zu Tal.
Enge Schluchtwände und ein geschlossenes Baumkronendach sorgen für ein eigenes Klima in der Schlucht, ein so genanntes Mikroklima. Sonnenstrahlen erreichen den Schluchtboden nur spärlich, die Winde werden abgehalten und dringen nur abgeschwächt in die Schlucht ein. Die Temperatur ist vor allem im Sommer gemässigter und kann bis zu 10°C kühler sein als ausserhalb der Schlucht. Zudem sind die Temperaturschwankungen gering. Der Bach und die Baumkronen lassen die Luftfeuchtigkeit ansteigen, wodurch die Verdunstung eingeschränkt bleibt. Durch die Steilheit der Schluchtwände ist der Boden immer in Bewegung. Es sammelt sich wenig Feinerde an, und grössere Steinblöcke können talwärts stürzen.
Durch diese Standortfaktoren bilden sich spezielle Waldformationen, die sogenannten Schluchtwälder. Sie haben oft ein urwaldähnliches Aussehen, weil sich häufig abgestorbene Bäume, Baumstrünke mit Stockausschlägen und etwas krüppelige Baumfiguren darin finden. Bodenbewegungen und Steinschläge formen dieses Erscheinungsbild. Entsprechende Spuren sind an der Stammbasis der Bäume in Form von Verletzungen und Vernarbungen zu erkennen. Durch den Steinschlag entstehen am Hangfuss Ansammlungen von grossen Steinblöcken, sogenannte Blockschutthalden. Im Unterwuchs dominieren Farne und Moose, die die Steinblöcke mit einem satten Grün überziehen.
Diese Wälder haben einen geringen waldwirtschaftlichen Nutzen, da ihre Zugänglichkeit sehr eingeschränkt ist. Bis vor rund 50 Jahren waren sie Brennholzlieferanten. Schluchtwälder haben eine hohe Schutzfunktion: Sie mindern die Bodenerosion und halten den Steinschlag auf. In der Region sind diese Wälder sehr kleinräumig ausgebildet und beschränken sich auf die Topographie der natürlichen Schluchten. Ihre Vorkommen ist dank der Unzugänglichkeit nicht gefährdet. Einige gut erschlossene Schluchten sind allerdings dem Freizeitverhalten der Besucher ausgesetzt.
Besonders die instabilen Schutthänge bieten der Buche zu wenig Halt, die sonst als Baumart die Wälder der Region dominieren. Hier ist das Reich des Bergahorns, der den bewegten Boden dank seiner tiefgründigen und starken Bewurzelung gut verträgt. An den bewegten Schluchthängen und im wärmeren Oberbereich der Hänge wächst zudem die Sommerlinde. Sie reagiert auf Verletzungen und Brüche am Hauptstamm mit Stockausschlägen, indem sie mehrere Ersatzstämme bildet.Im bodenfeuchten Talgrund gesellt sich die Esche dazu, die feuchte und nährstoffreiche Böden mag. Weiter sind die Bergulme und als Strauchart der Schwarze Holunder regelmässig in Schluchten anzutreffen.
Im feuchten und kühlen Bodenbereich der Schluchttäler fällt die Hirschzunge auf, eine breitblättrige Farnpflanze, die im Unterwuchs dichte Bestände bildet. Aber auch andere Farnarten sind in Schluchtwäldern anzutreffen wie der Grünstielige Streifenfarn oder der Gelappte Schildfarn. Eine ausgeprägte Moosflora überzieht die Baumstämme und Gesteine polsterartig. An Blütenpflanzen ist das Märzenglöckchen und der Hohlknollige Lerchensporn zu erwähnen, die im Frühjahr zeitig blühen und Farbakzente setzen.
Im feuchten Klima der Schluchtwälder ist die Schneckenfauna besonders ausgeprägt und vielfältig. Im kühlen Wasser der Jurabäche finden sich wirbellose Tiere, die sonst nur in den Alpen vorkommen vorkommen (z.B. Eintagsfliegenarten und die Alpenplanarie). Einzig die Larven des Feuersalamanders, die auf sauerstoffreiches Wasser angewiesen sind, können sich als Wirbeltiere in den Fliessgewässern halten. In den Felsspalten und Höhlen der Schluchtwände finden Fledermäuse Unterschlupf.
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