Document ID: /fineweb-2-swissfilter-quality_10-filterrobots/filtered/03623.jsonl.gz/325

Dem Projekt stehen die von der ASR sequenzierten 65 Schlüsselstiere (33 Braunvieh/ Brown Swiss/Original Braunvieh und 32 (Rote) Holstein/Swiss Fleckvieh/Simmental) in Form von Binary Alignment Mapping Dateien zur Verfügung. Als Partner im 1000 Bull Genomes Projekt hat die Qualitas AG auch Zugang zu allen sequenzierten Tieren im Projekt in Form von Variant Calling Dateien. Zur Zeit liegen Sequenzinformationen von 1‘577 Bos taurus Tieren aus etwa 33 Rassen vor. Anhand dieser Daten wurden für Braunvieh, Simmental und Holstein verschiedene Szenarios zur Imputation von HD Daten auf Sequenzdaten evaluiert.
Von den getesteten Programmen lieferte Minimac die besten Resultate. Wobei alle Programme Genauigkeiten um 90% und mehr aufwiesen. Rund 35’000 Tiere, für welche HD imputierte Genotypen vorlagen, wurden auf Sequenzebene imputiert. Anhand dieser Daten werden Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) durchgeführt. Für die genomische Zuchtwertschätzung basierend auf Sequenzdaten werden verschiedene SNP Dichten in Kombination mit Informationen aus den GWAS evaluiert.
Beitragsfoto: Qualitas AG