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Ökologische Ausgleichsflächen sollen in Ergänzung zu Naturschutzflächen Tieren und Pflanzen kleinräumige Nischen innerhalb der Kulturlandschaft bieten. Dies soll einerseits zur landschaftlichen Vielfalt beitragen und andererseits die natürliche Artenvielfalt fördern, Artenverluste vermeiden und bedrohten Arten eine Wiederausbreitung ermöglichen. Der ökologische Ausgleich trägt dazu bei, ökologisch wertvolle Lebensräume zu erhalten, die für die landwirtschaftliche Produktion nicht mehr rentabel sind. Dank der Direktzahlungen werden in der Bergregion auch wenig produktive, abgelegene Flächen bewirtschaftet, was der Verwaldung entgegen wirkt und die mosaikartige Landschaft erhält. In anderen Gebieten können derweil naturnahe und wertvolle Lebensräume wie zum Beispiel Hochstammobstgärten oder Streuwiesen erhalten werden. All diese Massnahmen tragen zu einer Erhaltung des historisch entstandenen Kulturlandes bei und verstärken das Erlebnis einer abwechslungsreichen Landschaft.
Zwischen 1993 und 2009 nahmen die ökologischen Ausgleichsflächen von zirka 70'500 auf rund 120'000 Hektaren zu. Sie umfassen heute, inklusive Hochstamm-Feldobstbäumen, rund 11 Prozent der gesamten landwirtschaftlichen Nutzfläche. Die Gesamtfläche für den ökologischen Ausgleich wird kaum weiter steigen, es sei denn, der Bund schaffe neue Anreize oder Vorgaben oder aber die Beiträge würden im Verhältnis zu den Produktpreisen attraktiver. Die ökologischen Ausgleichsflächen setzen sich zum grössten Teil aus Wiesen (70 Prozent) und Hochstamm-Feldobstbäumen (20 Prozent) zusammen. Bemerkenswert zugenommen hat die Fläche der Buntbrachen - von 77 Hektaren 1994 auf 2'429 Hektaren im Jahr 2004. Danach ging sie wieder zurück. Im Vergleich zu 2008 nahmen 2009 in 10 Kantonen die ökologischen Ausgleichsflächen zu, in 11 nahmen sie ab. In vier Kantonen blieben sie weitgehend unverändert. Am meisten neue ökologische Ausgleichsflächen wurden im Kanton Graubünden angemeldet - hier stieg die Fläche von 15'092 auf 15'286 Hektaren - während die grösste Abnahme, von 4'503 auf 4'297 Hektaren, im Wallis verzeichnet wurde.
Die Daten der landwirtschaftlichen Betriebe werden gemeinsam vom Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) und vom Bundesamt für Statistik (BFS) erhoben. Dabei werden auch die Angaben zum ökologischen Ausgleich erfasst. Diese Erfassung stützt sich auf standardisierte Fragebogen, die die Bewirtschafterinnen und Bewirtschafter ausfüllen müssen. Ihre Angaben, die sich auf den Stichtag Anfang Mai beziehen, werden von Bund und Kantonen überprüft und in der zentralen Datenbank des BLW verwaltet. Der Anteil ökologischer Ausgleichsflächen wird sowohl im Biodiversitäts-Monitoring Schweiz (BDM) als auch im Set der Strategischen Führungsindikatoren für die Politik erfasst.