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Von 2000 bis 2016 hat der Bundesrat den ETH-Bereich mit vierjährigen Leistungsaufträgen, die jeweils von der Bundesversammlung genehmigt wurden, geführt. Ab der Finanzierungsperiode 2017-2020 führt der Bundesrat den ETH-Bereich entsprechend den Grundsätzen zur Steuerung verselbständigter Einheiten des Bundes über strategische Ziele.
Das Parlament hat mit der Änderung des ETH-Gesetzes vom 30. September 2016 die entsprechende gesetzliche Grundlage geschaffen. In diesem Steuerungsmodell nimmt das Parlament die Oberaufsicht wahr und überwacht den Bundesrat bei der Wahrnehmung der Interessen des Bundes. Es kann dem Bundesrat auch Aufträge erteilen, spezifische Ziele aufzunehmen oder zu ändern.
Der Bundesrat legt die strategischen Ziele für den ETH-Bereich für jeweils vier Jahre fest. Sie sind zeitlich und inhaltlich auf den Zahlungsrahmen des Bundes abgestimmt. Für die Periode 2017-2020 wurde der Zahlungsrahmen von den eidgenössischen Räten auf knapp 10,4 Milliarden Franken festgesetzt. Der Bundesrat hört vor der Festlegung der strategischen Ziele den ETH-Rat an.
Die strategischen Ziele sind übergeordneter Natur und lassen dem ETH-Bereich bei der Umsetzung einen eher noch grösseren operativen Spielraum als die vormaligen Leistungsaufträge. Die gesetzlich verankerte Autonomie des ETH-Bereichs und seiner Institutionen ist durch die Änderung in der Steuerung nicht tangiert.
Zielvorgaben 2017-2020
Zentrale Zielvorgaben des Bundesrates für die Finanzierungsperiode 2017-2020 sind die Wahrung der internationalen Spitzenposition in der Forschung und das Angebot einer auf der Forschung basierenden erstklassigen und für die Studierenden attraktiven Lehre. Verschiedene weitere Ziele sind von der zentralen Rolle abgeleitet, die der ETH-Bereich im schweizerischen Bildungs-, Forschungs- und Innovationssystem spielt. So soll er Forschungsinfrastrukturen betreiben und weiterentwickeln und sie der gesamten Forschungsgemeinschaft zur Verfügung stellen. Er soll auch die Zusammenarbeit mit den kantonalen Universitäten, den Fachhochschulen und privaten Forschungspartnern verstärken und das unternehmerische Handeln seiner Angehörigen fördern. International soll der ETH-Bereich die Zusammenarbeit und die Vernetzung mit den besten Institutionen der Welt weiter ausbauen und seine Attraktivität für die besten Studierenden und Forschenden erhalten. Neben den Zielen, die sich auf die Kernaufgaben des ETH-Bereichs beziehen, macht der Bundesrat auch in den Bereichen Finanzen und Immobilien sowie Personal- und Vorsorgepolitik Vorgaben.
Die Verantwortung für die Umsetzung der strategischen Ziele trägt der ETH-Rat, der mit den beiden ETH und den vier Forschungsanstalten Zielvereinbarungen abschliesst und die Bundesmittel zuteilt.
Der Bundesrat informiert jährlich das Parlament und die Öffentlichkeit über die Erreichung der strategischen Ziele durch den ETH-Bereich.