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Lorsque le Ministère public reçoit une plainte pénale ou qu’il a des soupçons quant à la commission d’une infraction, la procédure préliminaire débute. À l’issue de celle-ci, le Ministère public, disposant d’un large pouvoir d’appréciation, a la compétence de rendre soit une ordonnance de classement, soit une ordonnance pénale ou encore de renvoyer le prévenu en accusation. Si un doute subsiste à ce stade de l’enquête, il doit alors se demander si une condamnation apparaît comme plus vraisemblable qu’un acquittement. Lorsqu’il considère qu’il y a autant de chances qu’une condamnation ou qu’un acquittement soit prononcé, le principe in dubio pro duriore impose au Ministère public de renvoyer le prévenu en accusation afin que le juge matériellement compétent puisse se prononcer. En d’autres termes, le principe in dubio pro duriore exige que, lorsqu’un doute subsiste, le Ministère public renvoie en accusation le prévenu.
Lorsque l’instruction est terminée, ce principe in dubio pro duriore cède sa place au principe in dubio pro reo, lequel prévoit alors que le doute profite à l’accusé. Le principe in dubio pro reo s’applique donc uniquement devant l’autorité de jugement, soit le tribunal.