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L'épuration des eaux usées produites par les activités humaines est indispensable pour préserver la qualité de nos cours d'eau et des eaux souterraines.
La construction des stations d'épuration (STEP) a débuté dans les années 60 et est en grande partie achevée. Actuellement, 33 STEP sont en service et épurent les eaux usées d'environ 98% de la population jurassienne. Le canton procède à la haute surveillance du fonctionnement de ces STEP.
Le développement des agglomérations et des voies de communication au cours du siècle dernier a conduit à l’imperméabilisation de vastes surfaces. Durant cette urbanisation, les exigences sanitaires avaient pour priorités d’évacuer rapidement les eaux usées de manière sûre et hygiénique, concrétisées selon la politique du «tout à l’égout». Cette conception de l’évacuation des eaux a engendré de nombreux dysfonctionnements. Les plans généraux d’évacuation des eaux (PGEE), actuellement en cours d'élaboration, permettront d'optimiser la résolution de ces problèmes en garantissant une gestion globale des systèmes d’évacuation des eaux. Par exemple, ce n’est que récemment que l’infiltration des eaux non polluées ou la mise en place de systèmes séparatifs ont été systématiquement imposés lors de l’aménagement de nouveaux quartiers.
Un des objectifs des PGEE étant l'inventaire du système d'évacuation des eaux, le canton s'est doté d'un outil informatique (Canaview) permettant la saisie uniforme des données du cadastre des canalisations.
Dans certains cas, les eaux usées industrielles et artisanales doivent être prétraitées avant leur déversement dans une canalisation publique, conformément aux critères définis dans l'Ordonnance fédérale sur la protection des eaux. Les entreprises procèdent à l'autocontrôle de leurs systèmes d'élimination des eaux.
Selon leur degré de pollution, les eaux pluviales des surfaces de routes doivent être soit prétraitées (par rétention ou filtration), soit simplement infiltrées ou conduites dans un cours d'eau si elles sont considérées comme non polluées.