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La plus ancienne présence de vie humaine à Pully remonte à l’époque néolithique, avec « l’homme de Chamblandes ». En effet, c’est sur la terrasse de Chamblandes qu’une centaine de sépultures datant de 3700 ans avant J.-C. ont été découvertes. Il s'agit de l'une des plus considérables nécropoles mise à jour en Suisse.
Pully devrait son nom à Paulacius (ou Paulius), propriétaire d’une somptueuse Villa romaine, noyau historique de la Commune. La Villa romaine était située sur une hauteur proche des rives du Léman, ce qui lui permit, dès le XIIIe siècle, de servir d’intermédiaire dans les communications Nord-Sud en raison de son port.
Au XIVe siècle, l’Evêque de Lausanne et la famille du Comte de Genève se partagèrent la souveraineté sur le village et son territoire.
Les plus anciens documents reconnaissant la Communauté de Pully comme personne juridique, ayant ses droits propres et ayant obtenu la faculté de les faire reconnaître, datent de 1331.
Il s’agit de parchemins médiévaux indiquant l'acquisition, par la communauté du village de Pully, d’un terrain appelé « Rovéréaz » et situé le long du vallon de la Chandelar.
Durant les guerres de Bourgogne, entre 1475 et 1477, le Canton de Vaud fut envahi par les Confédérés. L’Evêque de Lausanne resta cependant l’allié de Charles le Téméraire.
Puis en 1536, le Canton fut conquis par Berne et Fribourg.
Cette conquête mena à la reforme. Le gouvernement de Berne s’emparât alors du Prieuré à Pully.
Un siècle plus tard, entre 1629 et 1638, la peste, qui sévissait et ravageait le monde entier, emporta plusieurs centaines de Pulliérans.