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Das Monitoring der Arten und Lebensräume umfasst mehr als die Entwicklung von Artenzahlen. Wichtig ist auch, wo welche Qualität von Lebensräumen besteht und wie sie sich entwickelt. Als Mass für die Zielerreichung des Zustandes und der Veränderung von Arten und Lebensräumen wurden fünf Gruppen von Indikatoren entwickelt: die Vielfalt von Lebensräumen und Strukturen, deren biologische Qualität, die Artenvielfalt, qualitätszeigende Arten sowie Qualität von Biodiversitätsförderflächen.
Bei der Interpretation der Indikatoren wird eine räumliche Auflösung nach landwirtschaftlichen Erschwerniszonen und den Hauptregionen der Umweltziele Landwirtschaft angestrebt, welche auch in der UZL-Operationalisierung der Umweltziele Landwirtschaft unterschieden werden.