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Ein wesentlicher Teil des Chemielabors ist mit der Analyse von Trinkwasser betraut. Im Wasserlabor wird kontrolliert, ob die Anforderungen an ein einwandfreies Trinkwasser eingehalten werden. Die Analysen im Bereich der Lebensmittelanalytik werden im Chemielabor durch qualifiziertes Personal ausgeführt. Das Chemielabor ist nach ISO/CEI 17025 akkreditiert (Versuchslabor - Akkreditation Nr. STS 161).
Um in Lebensmitteln oder Gebrauchsgegenständen den Gehalt oder das Vorhandensein von Fremd-, Inhalt- und Zusatzstoffen untersuchen zu können, kommt im Chemielabor eine Vielzahl von unterschiedlichen Geräten und Analysemethoden zum Einsatz: UPLC, HPLC mit DAD, FLD und ELSD Detektoren in der Flüssigchromatographie, Leitfähigkeitsdetektoren in der Ionenchromatographie sowie Headspace-GC-MS und GC-FID in der Gaschromatographie. Typische im SAAV-KL angewandte Techniken sind ELISA, Flüssig-Flüssig (LLE) und Flüssig-Fest (SPE) Extraktionen.
Unter Anderem werden im LSVW Chemielabor folgende Substanzklassen analysiert: Mykotoxine, Tierarzneimittel, Vitamine, Spurenelemente, Enzyme, Zucker, Herbizide, Schwermetalle, flüchtige organische Verbindungen, Trihalogenmethane, Fettsäuren, Anionen, Kationen und zahlreiche weitere.