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Das Birstal kann unterhalb von Delémont in zwei unterschiedliche Abschnitte unterteilt werden: Im Laufental fliesst die Birs parallel zu den Jurafalten. Aufgrund des geringen Gefälles hat sich hier der heute noch sichtbare mäandrierende Lauf entwickelt, der früher viele sumpfige Bereiche aufwies. Unterhalb des Überfalls in Dornachbrugg verlief sie früher als verzweigter Flusslauf in Nord-Süd-Richtung, um schliesslich in den Rhein zu münden. Mit den Korrektionen im 19. und 20. Jh. wurde die verzweigte Birs mit ihrer Auenlandschaft auf einen nur 20 bis 25 Meter breiten Kanal reduziert. Aufgrund der dadurch ausgelösten Eintiefung des Gerinnes fielen die flussnahen Bereiche trocken.
Dank botanisch-historischen Untersuchungen in Herbarien konnte das Mosaik der Lebensräume in der Naturlandschaft im Birstal zwischen Aesch und Basel rekonstruiert werden. Grosse Bereiche waren dominiert von der dynamischen Schwemmebene, in der grosse Teile nach jedem grösseren Hochwasser umgelagert wurden. Es entstand ein kleinräumiges Nebeneinander von Pionierlebensräumen. Bei Kontakt mit dem Grundwasser entwickelten sich kleine Tümpel, bei grösserem Abstand auch trockene Pionierlebensräume. Einzelne Seitenarme der Birs wurden vom Hauptlauf abgeschnürt und entwickelten sich zu grösseren stehenden Gewässern mit Seerosengürtel und Röhrichtvegetation.
Auf Pionierstandorten kann eine Abfolge unterschiedlicher Lebensraumtypen beobachtet werden. Bleiben Störungen wie Hochwasser aus, entwickeln sich die Flächen über Rasenvegetation und Gebüschstadien schliesslich zu einem Wald als mehr oder weniger stabilem Endstadium. Diese Prozesse erzeugten in den Birsauen zwischen Aesch und Basel ein Nebeneinander der verschiedenen Entwicklungsstadien dieser Lebensräume. Wo lange Zeit kein Hochwassereinfluss spürbar war, hat sich Wald entwickelt. Auf Flächen, die bereits nach 10 Jahren wieder vom Fluss umgelagert wurden, verlief die Sukzession nur bis zu einem Stadium der lockere Rasen. Blieben Altarme mehrere Jahrzehnte vom Fluss abgetrennt, nahm deren Wasserfläche stetig ab. Das Gewässer verlandete. Das Mosaik dieser unterschiedlichen Entwicklungsstadien auf unterschiedlichen Standortsverhältnissen führte zu einer extrem hohen Lebensraumvielfalt auf kleiner Fläche.
Im Birstal sind nur wenige natürliche Lebensräume erhalten geblieben. Die Reinacherheide ist ein Rest der Trockenrasen auf durchlässigem Kies, die vor der Birskorrektion verbreitet waren. Ab 1997 wurden längere Strecken der Birs sowohl im Unterlauf als auch im Laufental revitalisiert. Viele der Wehre, die früher der Ableitung von Gewerbekanälen für die Textilindustrie dienten, wurden zudem durch fischgängige Blockrampen ersetzt. Mit diesen Massnahmen konnten einige Lebensräume, die nach der Korrektion der Birs verschwunden sind, wieder hergestellt und gefördert werden. Dies dient vor allem den Wanderfischen wie dem Lachs (Salmo salar) oder der Nase (Chondrostoma nasus), die wieder in ihre früheren Laichgebiete in den Seitengewässern des Rheins zurückkehren können. Um die ursprüngliche Vielfalt wieder auferstehen zu lassen, fehlen jedoch die Flächen.
DK