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Zwergflusspferde werden zwischen vier und fünf Jahren geschlechtsreif. Nach ca. 200 Tagen bringt das Weibchen während der Trockenzeit (November und Dezember) ein Jungtier zur Welt, ganz selten gibt es Zwillinge. Es gebärt stehend an Land. Die Jungen säugen sechs bis acht Monate.
Seit 1975 führt der Zoo Basel das internationale Zuchtbuch der Zwergflusspferde und seit 1992 koordiniert er das Europäische Erhaltungszuchtprogramm (EEP). Ein EEP funktioniert wie eine Partnervermittlung für Zootiere, nur geben nicht persönliche Vorlieben, sondern die genetischen Voraussetzungen den Ausschlag für eine Partnerschaft. Um Erbkrankheiten vorzubeugen, werden Paare gebildet, die nicht miteinander verwandt sind. Die Verwandtschaftsbeziehungen werden im Zuchtbuch festgehalten.