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Zwar können einzelne Bergmolchmännchen im Gewässer überwintern, die meisten Tiere treffen jedoch etwa gleichzeitig wie die Erdkröte im Laufe des März im Gewässer ein, die Männchen einige Tage vor den Weibchen. Erstaunlich leicht werden dabei auch neuentstandene Gewässer (etwa Gartenweiher) besiedelt; offenbar riechen die Tiere den neu sich übers Gelände ausbreitenden Algenduft, der sich in jedem Gewässer in charakteristischer Weise entfaltet, und lassen sich von ihm zum Wasser locken. Ebenso riechen sie auch ihre angestammten Wasserstellen.
In diesen Gewässern setzt die Balz ein: Das paarungsbereite Männchen stösst mit seiner Schnauze gegen die Flanke oder die Schnauze des Weibchens, stellt sich dann quer vor sie hin, biegt seinen Schwanz gegen vorne um und fächelt in eher langsamem Rhythmus einen Wasserstrom auf den Kopf des Weibchens zu. Hat er ihre Aufmerksamkeit erregt, dreht er sich um 90° und schreitet vor ihr her. Sie berührt mit der Schnauze seinen S-förmig gebogenen Schwanz, worauf er ein Samenpaket (Spermatophore) auf den Gewässerboden absetzt. Beim Darüberschreiten öffnet sich die Kloake des Weibchens, und das Samenpaket wird in einen speziellen Beutel im Körperinnern des Weibchens aufgenommen.
Ein Weibchen kann mehrere Samenpakete vom gleichen oder von verschiedenen Männchen aufnehmen, und zwar innerhalb weniger Tage, oder aber erneut nach wenigen Wochen, wodurch die Eiablage neu angeregt wird. Knapp eine Woche nach der ersten Aufnahme der Spermien beginnt das Weibchen, einzelne Eier in Blätter von Unterwasserpflanzen einzuwickeln und mit dem Blatt zu verkleben.
Auf diese Weise werden über mehrere Wochen bis zu 150–200 Eier abgelegt. Molche verbleiben deshalb bis in den Sommer hinein im Wasser und nehmen hier auch Nahrung auf, dies im Gegensatz zur kurzen Wasserpräsenz etwa von Grasfrosch und Erdkröte. Mit Vorliebe werden Eier aus den Grasfroschlaichballen heraus verzehrt; viele Bergmolche in einem Kleingewässer können das Aufkommen der Grasfrösche völlig verhindern. Kröteneier und -larven dagegen werden als offenbar ungeniessbar verschmäht. Beliebt sind im weiteren Zuckmückenlarven, kleine Libellenlarven, Molcheier, Kleinkrebse, an Land Käfer, Fliegen und Regenwürmer, alles was eben kreucht und fleucht. Interessanterweise verlassen einzelne Tiere auch während der Laichzeit das Gewässer für Stunden oder Tage. Im Hochgebirge verschiebt sich die Fortpflanzungszeit in die Monate Juni bis August.
Im Laufe des Juni, in kühleren Gewässern des Unterlandes auch erst im August gehen die ausgewachsenen Bergmolche zum Landleben über: Die Haut wird rauher und wasserabstossend und verliert ihre irisierenden Farben, Schwanzsaum und Rückenkamm der Männchen bilden sich zurück, kurz: Die Tiere wirken jetzt unscheinbar in stumpfen braunbläulichen Tönen. Über das Landleben und die Überwinterung ist wenig bekannt. Meist zufällig findet man einzelne Tiere unter Totholz, Brettern, Steinplatten, wo sie bis im Spätherbst weiter Nahrung aufnehmen. Die Tiere überwintern meist in der Nähe des Gewässers, unter anderem in Steinhaufen, Falllaub, Totholz oder Unterschlüpfen an Gebäuden.
Die Embryonalentwicklungszeit bis zum Schlupf ist stark von der Wassertemperatur abhängig und beträgt bei 13 °C ca. 30 Tage, bei 16 °C 17 Tage und bei 19 °C noch 13 Tage. Beim Schlupf sind die Larven ca. 11 mm lang, Schwanzsaum und Extremitäten sind noch kaum entwickelt. Nach einigen Tagen beginnen die Larven Plankton zu fressen und die Vorderbeine wachsen aus, später gefolgt von den Hinterbeinen. In diesen ersten Wochen sind die Larven noch kaum pigmentiert, teilweise durchsichtig und am Gewässergrund schwer auszumachen. Gegen den Sommer zu wird vor allem die hintere Schwanzhälfte gleichmässig dunkel pigmentiert, woran man Bergmolchlarven von andern Molchlarven unterscheiden kann.
Die Larvenentwicklungszeit bis zur Metamorphose ist extrem variabel, und zwar auch bei Nachkommen ein und desselben Weibchens. Deshalb und wegen des unterschiedlichen Eiablagezeitpunkts finden wir den ganzen Sommer über Larven in unterschiedlichsten Stadien im Wasser; eine massenweise Abwanderung metamorphosierter Jungtiere wie etwa bei Fröschen und Kröten gibt es nicht. Nach wenigstens 2 1/2 Monaten verlassen die ersten Jungmolche mit einer Länge von ca. 45 mm das Gewässer, weitere folgen verstreut bis in den Herbst.
An Gebirgstümpeln beobachtet man mitunter Hunderte von Larven, die im Wasser eingewintert werden. Kaum eine Larve überlebt jedoch die harten Bedingungen im bis zu 8 Monate zugefrorenen Tümpel. Viel eher finden sich erfolgreich überwinternde Larven in tiefen, kaum zufrierenden Gewässern des Unterlandes, etwa vom Typ Feuerlöschteich. Diese Tiere verlassen das Gewässer im darauffolgenden Mai/Juni mit 5–6 cm Körpergrösse.
Einzelne Larven verbleiben sogar bis zur Geschlechtsreife im Wasser. Man nennt diese Erscheinung Neotenie; sie ist oft mit einem Pigmentdefekt verbunden: Die Tiere erscheinen gelblich mit wenigen oder keinen schwarzen Flecken, jedoch einem normal pigmentierten Auge. Bei keiner andern Molchart treten solche Formen derart häufig auf wie beim Bergmolch.