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[80] CALIPHO - Protéines humaines: caractérisation fonctionnelle et banque de données
CALIPHO (Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin) est un groupe interdisciplinaire qui fait partie de l'Université de Genève et du SIB. Dirigé par Amos Bairoch et Lydie Lane, il a pour mission de combiner des méthodes bioinformatiques et expérimentales dans le but d'améliorer notre connaissance des protéines humaines.
CALIPHO développe neXtProt, une plateforme de connaissances sur les protéines humaines. neXtProt inclut les données sur les protéines humaines disponibles dans la base de données Swiss-Prot, dirigée par Amos Bairoch durant 23 ans, et intègre, en utilisant des critères de qualité très rigoureux, un grand nombre de données supplémentaires provenant d'expériences à haut débit (protéomique, transcriptomique, polymorphismes, immunohistochimie, etc.). neXtProt donne aussi accès à des outils informatiques qui facilitent le processus d'extraction de connaissances à partir de données brutes. Cet effort d'annotation des protéines humaines a permis de montrer que si 75% des 20'000 protéines humaines ont fait l'objet d'études de caractérisation plus ou moins détaillées, nous ne disposons que d'informations lacunaires pour les autres.
CALIPHO utilise différentes techniques expérimentales afin de valider des hypothèses issues d'analyses bioinformatiques concernant une sélection de protéines de fonctions inconnues. Ce travail a déjà abouti à la caractérisation de deux protéines et d'autres cibles sont actuellement à l'étude.