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L'équipe de bio-ingénierie de l'EPFL remporte le concours iGEM
L'équipe d’étudiants de bio-ingénierie de l'EPFL a remporté le Grand Prix du concours International Genetically Engineered Machine (iGEM) 2019, ainsi que le prix du meilleur projet environnemental. Leur projet gagnant, ViTEST, est un test de diagnostic pour les maladies de la vigne.
L'International Genetically Engineered Machine (iGEM) est un concours international de biologie synthétique, auquel participent des centaines d'équipes d'étudiants, venant de lycées et d'universités du monde entier. Les étudiants présentent des projets originaux de biologie synthétique, qu'ils ont développés dans leurs propres institutions. Chaque année, la compétition se termine par le "Giant Jamboree" à Boston, où les équipes montrent leur travail à un panel de près de 120 juges.
Cette année, l'équipe iGEM de l'EPFL s'est classée première dans la division "overgraduate" du concours (un ou plusieurs membres de l’équipe âgé de plus de 23 ans), remportant le Grand Prix du Jamboree.
L'équipe iGEM a également remporté deux autres prix : Meilleur projet environnemental et meilleures pratiques humaines intégrées. Ils ont aussi été nominés dans les catégories Best Part Collection, Best Presentation et Best Wiki.
Encadrée par le professeur Sebastian Maerkl et deux étudiants diplômés Shiyu Cheng et Chun-Jie Cai, l'équipe se compose de neuf étudiants :
- Luc Gabel : Bachelor en Ingénierie des sciences du vivant
- Leonard Karsunky : Bachelor en Ingénierie des sciences du vivant
- Stefania Konstantinidi : Master en robotique orientée vers la médecine
- Laura Kvedarauskaite : Bachelor en Ingénierie des sciences du vivant
- Dana Mozaffari : Master en génie chimique
- Theo Nass : Bachelor en Ingénierie des sciences du vivant
- Junyan Qian : Bachelor en microtechnique
- Konstantinos Ragios : Master en Ingénierie des sciences du vivant
- Hana Samet : Master en microtechnique
Présentation de ViTEST
Le projet lauréat s'appelle ViTEST. Il s’agit d’un test pour détecter deux maladies de la vigne qui affectent actuellement les viticulteurs européens : flavescence dorée et bois noir. Ces deux maladies sont causées par différents parasites Phytoplasma, un type de bactéries dévastatrices qui causent des dommages irréparables aux plantes du monde entier. Actuellement, il n’existe pas de méthode abordable et rapide pour faire des tests de diagnostic sur le terrain.
ViTEST propose une solution sous la forme d’une preuve de concept : un test rapide et facile à utiliser qui peut être réalisé en moins de deux heures sur le terrain, et sans matériel de laboratoire ni formation particulière. Avec ViTest, les agriculteurs peuvent détecter plus facilement les maladies mortelles des plantes et prévenir les pertes de récoltes, tout en réduisant les pesticides et en assurant un avenir durable.
ViTEST est dans la première phase de son développement, mais les premiers résultats de tests sont prometteurs, ce qui indique qu’un test de diagnostic fonctionnel pourrait être développé dans le futur.
ViTEST combine de la biologie synthétique sans cellule et des "toehold switches", des dispositifs qui sont en train de devenir des outils prometteurs pour le diagnostic moléculaire. Les toehold switches sont des bouts d'ARNm qui peuvent activer ou désactiver un gène. Cela signifie que des toehold switches peuvent être utilisés pour contrôler l'expression d'une protéine donnée, ce qui en fait des détecteurs biologiques puissants.
L'équipe iGEM de l'EPFL a extrait et amplifié l'ADN des bactéries Phytoplasma causant flavescence dorée et bois noir, ainsi que celui des génomes de vigne. L’ADN amplifié peut ensuite être transcrit en ARN, ce qui déclenche le toehold, puis mène à l’expression d’un enzyme rapporteur, pour émettre un signal lisible.