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Das Internationale Seeleutebund Nautilus International hat in einer gemeinsamen Erklärung mit dem nationalen Reederverband die Schweizer Regierung aufgefordert, das Ruder herumzuwerfen. Derzeit fahren noch vierzehn Schiffe unter der Flagge des vollständig von Land umgebenen Bundesstaates, acht weniger als im Jahr 2020. Das Land beherbergt jedoch die weltweit größte Containerreederei, MSC. Diese fährt jedoch nicht unter der Flagge von Helvetia.
Diese vierzehn Seeschiffe unterliegen allesamt einer Garantieregelung, die in den kommenden Jahren ausläuft. Nach Ablauf dieser Regelung werden die Schiffe laut Nautilus in den nächsten zwei bis fünf Jahren das Schweizer Register verlassen, was „das Ende der Schweizer Flagge besiegeln wird“. Nach Ansicht des Verbands wäre dies ein großer Verlust, da die Flotte gute Arbeitsbedingungen bietet und die Gesetzgebung in Bereichen wie Arbeitsbedingungen, Piraterie und Kriminalität auf einem hohen Niveau steht.
Dennoch ist die Schweizer Flagge nach Ansicht von Nautilus schon lange „nicht attraktiv“ für Reedereien, und auch die letzten Schiffseigner weichen auf Offshore-Flaggen mit niedriger Steuerlast aus. Der Verband betrachtet es daher als verpasste Chance, dass die internationale Schifffahrtslobby eine Befreiung von der OECD-Vereinbarung zur Einführung einer Mindestgewinnsteuer von 15% für international tätige Unternehmen erwirkt hat.
Die Schweizer Regierung arbeitet derzeit an einem Plan zur Einführung einer Tonnagesteuer für die Schifffahrt. Schiffseigner sind von der Gewinnbesteuerung befreit und zahlen stattdessen eine feste Abgabe pro Tonne Laderaum. Viele europäische Länder, darunter die Niederlande, haben ein solches System bereits vor Jahren eingeführt, als Reaktion auf maritime Steuerparadiese wie Panama, Liberia und Bermuda. Der Verband lehnt den derzeitigen Vorschlag ab, da die vorgeschlagene Regelung „Reedereien keine Verpflichtung auferlegt, unter der Schweizer Flagge zu fahren“.
In der gemeinsamen Erklärung mit dem Schweizerischen Reedereiverband erklärt Nautilus jedoch unter bestimmten Bedingungen ihre Bereitschaft zur Einführung einer Tonnagesteuer. Dazu gehört die Sicherung der Rechte der rund 2000 Arbeitnehmer, die Entwicklung eines Plans zur Wiederbelebung der Flotte und die Stärkung des Einflusses der Schweiz in internationalen Foren wie der IMO.