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Das Doktoratsstudium im PMA unterteilt sich in eine Kurs- und Forschungsphase, die sich je individuell ausgestalten lässt.
Das Ziel der Kursphase besteht darin, sowohl methodologische Fähigkeiten zu vertiefen als auch fachspezifisches Wissen zu vermitteln. Dementsprechend müssen zwei theoriegeleitete Pflichtkurse – davon mindestens einer aus der eigenen Vertiefung – und zwei Fach-/Methodenkurse abgelegt werden. Fach-/Methodenkursen können sowohl aus dem Kurscurriculum des PMA als auch dem der Global School in Empirical Research Methods (GSERM) gewählt werden. Doktorierende schließen die Kursphase mit der Ausarbeitung der Vorstudie ab, die sie ihrem Dissertationskomitee vorlegen und anschliessend mündlich verteidigen müssen.
Die Forschungsphase konzentriert sich auf das Verfassen der Dissertation und wird von zwei Seminaren begleitet, um den eigenen Forschungsfortschritt zu diskutieren und neue Erkenntnisse von Mitdoktorierenden, anderen Fakultätsmitgliedern und internen wie externen Experten zu gewinnen. Die Forschungsphase wird mit der Einreichung der Dissertation und ihrer Verteidigung in einer mündlichen, öffentlichen Prüfung abgeschlossen.
Phasenunabhängig muss wahlweise ein weiteres Seminar oder ein zusätzlicher Fach-/Methodenkurs belegt werden. Darüber hinaus können sich Doktorierende auf Antrag bei der PMA Programmkommission bis zu zwei externe Leistungen (Fach-/Methodenkurse oder dissertationsbegleitende Seminare auf Ph.D. Level) im Rahmen ihres PMA-Curriculums anrechnen lassen.