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Courchavon occupe peu de place dans l’histoire. Il en est fait mention pour la première fois en 1279 dans un acte de vente en faveur de l’abbaye de Bellelay. Courchavon était dominé par un château appelé « Châtel-Vouhay », dont il ne reste plus aujourd’hui qu’un amoncellement de ruines. Le résidant du château, représentant du Prince-Evêque était avoué au gouverneur d’Ajoie. Son blason est encore aujourd’hui les armoiries de la commune.
La guerre de « Trente Ans » fit d’énormes ravages dans les deux villages. Églises et maisons pillées et incendiées, habitants massacrés. La moitié de la population disparut. En 1676, la peste noire décima à nouveau la population.
En 1780, le prince Frédéric de Wangen renonce à tous ses droits sur Courchavon et cède également une partie de la forêt du « Fahy de Roune » d’une contenance de 20 journaux. En compensation, Courchavon cède la forêt des « Rougeules » d’une contenance de 36 journaux.
Jusqu’en 1793, Courchavon-Mormont dépendait de la mairie de Courtedoux. Au spirituel, Courchavon-Mormont était administré par la paroisse de Porrentruy jusqu’en 1781, puis par l’évêché de Bâle.
La base de l’ancienne tour qui domine le village de Courchavon date du milieu du 13ème siècle. L’église actuelle a été construite en 1844. La chapelle de Mormont, construite en grande partie par les compagnons bâtisseurs, a été consacrée en 1976. Elle est dédiée à St Nicolas de Flue et compte une centaine de Claustras d’André Brêchet.