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Claus Buddeberg absolvierte in Zürich die Facharztausbildung in Psychiatrie und Psychotherapie. Am Max-Planck-Institut für Psychiatrie in München bildete er sich in Verhaltenstherapie weiter, zudem erwarb er sich profunde Kenntnisse der Psychoanalyse, der Paar- und Familientherapie, des autogenen Trainings, der Balint-Gruppen-Leitung sowie der Sexualtherapie. 1985 wurde er leitender Arzt an der Abteilung für Psychosoziale Medizin der Psychiatrischen Polyklinik des Universitätsspitals. Von 1989 an leitete er die Sexualmedizinische Sprechstunde – ein interdisziplinäres Beratungs- und Behandlungsangebot für Patienten aus der ganzen Deutschschweiz.
Als aussergewöhnlich vielseitiger Wissenschaftler und Therapeut pflegte Claus Buddeberg ein fachlich weitgestecktes Betätigungsfeld. Er befasste sich mit Psychoonkologie, Sexualmedizin, psychosomatischer Gynäkologie sowie mit der Paar- und Familientherapie. Neben medizinischem Fachwissen verfügte er über profunde Fachkenntnisse benachbarter Gebiete, etwa der Sozialwissenschaften. Er verstand es, in der Forschung und Lehre, aber auch in Beratung und Therapie mit den verschiedensten Instanzen und Institutionen über die Fachgrenzen hinweg zu kooperieren.
Claus Buddeberg erhielt international anerkannte Preise wie 1984 den Roemer-Preis für psychosomatische Medizin oder 1990 die Ehrenmedaille der Finnischen Gesellschaft für Psychiatrie. Mit der Gründung der Gesellschaft für Psychosoziale Medizin 1991 setzte er ein Zeichen für die Anerkennung seines Fachgebietes.