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On entend par événements dommageables de nature biologique (événements B) notamment les pandémies, les épizooties et tout événement impliquant des organismes vivants (virus inclus) et mettant en danger ou affectant la population, les animaux et l'environnement. Ces événements peuvent aussi avoir des effets indirects, par exemple si le personnel des organisations d'intervention ou des infrastructures critiques est touché.
Au niveau de la Confédération, les mesures à prendre en cas d'événement B sont coordonnées par l'Etat-major fédéral ABCN. Elles relèvent suivant les cas de l'Office fédéral de la santé publique (s'il y a présence d'agents pathogènes pour l'être humain), de l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (agents pathogènes pour les animaux), de l'Office fédéral de l'agriculture (agents pathogènes pour les végétaux) ou de l'Office fédéral de l'environnement (autres organismes).
Elément central de l'EMF ABCN, la CENAL collabore aux planifications préventives dans le domaine B. En 2014, la cellule spéciale de pandémie a été dissoute et ses tâches ont été reprises par l'EMF ABCN, qui élabore en ce moment une stratégie initiale dans l'éventualité d'une pandémie de grippe. Ce document doit assurer de la part de tous les organes impliqués une compréhension commune de la lutte contre un tel événement. Il définit notamment les objectifs et les priorités de l'EMF ABCN. Les premières décisions du gouvernement fédéral se prendront sur cette base, permettant à toutes les organisations concernées d'agir de manière coordonnée et conforme aux objectifs. La stratégie générale de gestion de l'événement se fondera sur cette stratégie initiale.