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Im Prä-PCR-Bereich erstellt die Software des Geräts automatisch anhand der registrierten Primärproben und der angeforderten Untersuchungen eine Arbeitsliste und unterstützt den Anwender bei der manuellen Erstellung der PCR-Ansätze durch Angaben zum Pipettierlayout und den benötigten Reagenz- und Probenvolumina. Alternativ kann für einen höheren Automatisierungsgrad die Automated Workstation Pre-NAT II mit in den Workflow eingebunden werden. Sie übernimmt die Nukleinsäureextraktion und die Vorbereitung der PCR-Ansätze. In diesem Fall werden Laufinformationen und PCR-Layout von der Automated Workstation Pre-NAT II an den EUROArrayProcessor übertragen.
Der EUROArrayProcessor übernimmt im Post-PCR-Bereich sämtliche manuelle Arbeitsschritte: Das Verdünnen der PCR-Ansätze mit Hybridisierungspuffer, das Transferieren der Hybridisierungsansätze auf Reagenzträger, die Inkubation sowie das Waschen und Trocknen der EUROArray-Objektträger. Diese können schließlich mit dem EUROArrayScanner ausgelesen werden. Die Integrität der Daten ist durch die digitale Übertragung zwischen LIS, Automated Workstation Pre-NAT II, EUROArrayProcessor und EUROArrayScan-Software über den gesamten Prozess hinweg sichergestellt.