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Dans un sol sain, les débris végétaux, décomposés par les bactéries, les champignons et les lombrics, sont transformés en matière organique: l'humus. La qualité des sols se mesure notamment à leur teneur en humus. Or la pratique de l'agriculture détruit et use la couche d'humus.
Productiviste avant tout, l'agriculture conventionnelle soutire aux sols une grande quantité de nutriments, empêchant ainsi la préservation de leur fertilité naturelle. Pour compenser, elle épand des engrais industriels.
L'agriculture bio a, quant à elle, recours à des engrais organiques, principalement constitués de fumier, de lisier et de compost. Avec les résidus de récolte et la paille contenue dans les engrais bio, elle favorise ainsi le renouvellement de l'humus. Ensuite, l'agriculture bio s'appuie sur un autre pilier: la rotation culturale, qui, contrairement aux monocultures, permet de préserver l'équilibre naturel des sols dans le temps. Les lombrics et autres organismes vivant dans le sol, enfin, aèrent la terre et favorisent l'infiltration de l'eau en profondeur, contribuant ainsi à la formation d'humus. Voilà pourquoi, en agriculture bio, les sols restent vivants.
D'après les études du FiBL, la qualité des sols en agriculture bio est supérieure de 20 à 50 % à celle constatée en agriculture conventionnelle, grâce à une teneur plus élevée en humus et à la présence plus nombreuse d'organismes lui permettant de se renouveler.