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Die Kirschessigfliege befällt gesunde Früchte kurz vor der Ernte. Diese Eigenheit macht sie zu einem schwer zu bekämpfenden Insekt, da unmittelbar vor der Ernte kein Insektizid mehr eingesetzt werden kann; so sind nur direkte Hygienemaßnahmen möglich, wie das Entfernen und Vernichten aller Früchte aus der Anlage z. B. durch Vergraben (30 cm) im Boden. Zur Vernichtung ist Kompostieren nicht geeignet.
Der Befall an den Früchten zeigt sich durch kleine Beschädigungen und eingedrückte weiche Flecken an der Oberfläche. Der Schaden wird durch eine oder mehrere Maden (Larven) verursacht, die das Fruchtfleisch fressen. Befallene Früchte beginnen sehr schnell um die Frassstelle herum zu verfallen.