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La Grèce et Rome tiennent une grande place dans la collection, dont les témoins remarquables sont des objets et des sculptures, des papyrus, des manuscrits médiévaux et des incunables. La poésie épique passe d’Homère à Virgile, le Moyen Âge s’attache successivement aux trois grands maîtres de la poésie latine, Horace, Virgile, Ovide.
L’âge de l’imprimerie distingue en tout premier lieu Cicéron, Florence et Venise (Alde Manuce) impriment les éditions premières d’Homère, d’Aristote et d’Euripide. Platon et Aristote sont les deux pôles de la philosophie, le premier porté au pinacle à l’époque du Quattrocento, le second, transmis par les arabes, marquant de l’empreinte de la raison la scolastique médiévale. L’histoire est présente, d’Hérodote à Thucydide, de Tite-Live au Romuleon. La fable encore, avec Esope et la médecine avec les traités hippocratiques.
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Fils d’un affranchi et protégé de Mécène, Horace est avec Virgile, son contemporain et ami, le plus célèbre des poètes latins. Son recueil de poèmes, les Odes, chef d’œuvre de la lyrique romaine, est considéré comme le modèle des vertus classiques d’équilibre et de mesure ; Horace lui-même le comparait aux pyramides d’Egypte. L’harmonie de l’architecture d’ensemble sert en effet une subtilité métrique et une virtuosité verbale qui traduit amours et politique, mythologie et actualité, tradition grecque et monde latin. La célèbre formule « Carpe diem », si souvent détournée, est tirée du premier des poèmes (I, 11).
Copié au Xe ou au XIe siècle, sans doute dans un scriptorium français, le Codex Bodmer 88 se distingue par ses gloses interlinéaires et marginales.