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Will Rodman (James Franco, bekannt aus «Flyboys - Helden der Lüfte») arbeitet als Wissenschaflter in einem hochmodernen Labor, zusammen mit seinem Arbeitskollegen Franklin (Tyler Labine, bekannt aus «Reaper»). Seit eh und je versuchen sie ein Heilmittel gegen Alzheimer zu finden und testen ihre Versuche entsprechend an Schimpansen.
Als Will eines Tages der Ansicht ist, dass sie das defintive Heilmittel fertig haben und er es zusammen mit seinem Chef Steve Jacobs (David Oyelowo) vor wichtigen Sponsoren und Firmenpartnern präsentieren möchte, bricht eine Schimpansendame in Panik aus, demoliert die Einrichtung und greift das Personal an. Die Affendame wird kurz darauf von internen Sicherheitsleuten erschossen und der Firma droht der Konkurs.
Jacobs gibt Franklin den Auftrag, alle Affen einzuschläfern und das Experimentieren einzustellen. Als Franklin allerdings entdeckt, dass die Affendame kurz zuvor ein junges Baby zur Welt gebracht hat und nur deshalb den Angriff startete - weil sie ihr Baby beschützen wollte - beschliessen Rodman und Franklin, das Baby zu behalten.
Will nimmt das Affenbaby zu sich nach Hause und zieht es jahrelang zusammen mit seiner Freundin und Tierärztin Caroline (Freida Pinto) auf. Er ahnt jedoch nicht, dass Caesar insich eine erblich bedingte Konsistenz des Alzheimer-Gegenmittels trägt, welche einst seine Mutter eingespritzt wurde.
Es vergehen fünf Jahre und Will arbeitet seither mehrheitlich von zu Hause aus, um sich besser um den Schimpansen zu kümmern. Erstaunlicherweise ist der Affe deutlich intelligenter geworden und entwickelt einen gewalttätigen Beschützerinstinkt, was auf das Alzheimer-Gegenmittel zurückzuführen ist. So greift er eines Tages den Nachbarn an, weil dieser Will`s Vater (John Lithgow) belästigt.
Dies ist ein fatalter Fehler, da das amtliche Gericht den Affen in ein Affengehege verweist und Will ihn nicht mehr zu Hause behalten darf. Das gefällt Caesar natürlich überhaupt nicht, sodass er nach und nach, zusammen mit seinen Artgenossen, den Ausbruch aus dem Gefängnis plant.
Dafür muss der kleine Caesar sich aber erst beweisen und die Affenmenge für sich gewinnen, um eine entsprechende Revolution zu starten. Wird es ihm gelingen?