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Zur Rückvergütung einer (gesetzlich nicht geschuldeten) hält das BGer im Entscheid fest:
(E. 2.2) Das Legalitätsprinzip beherrscht das Abgaberecht in einem umfassenden Sinn [Zitate]. Zu den Abgaben des Bundes hält Art. 164 Abs. 1 lit. d BV fest, dass die grundlegenden Bestimmungen über den Kreis der Abgabepflichtigen sowie den Gegenstand und die Bemessung von Abgaben in einem formellen Gesetz zu erlassen Zitate]. Entsprechend der Erhebung unterliegt auch die Nichterhebung der (gesetzlich geschuldeten) Steuer dem Vorbehalt des Gesetzes [Zitate].
(E. 2.3) Soweit es um die Rückvergütung einer (gesetzlich nicht geschuldeten) Steuer geht, findet sich in den Steuergesetzen regelmässig keine positivrechtliche Norm. Dessen ungeachtet muss eine Rückerstattung der zu Unrecht erbrachten Steuerzahlung zulässig sein. Ausgangspunkt bildet der allgemeine öffentlich-rechtliche Grundsatz der Rückvergütung einer rechtsgrundlos erbrachten Leistung [Zitate].
[…]. Danach ist die Rückvergütung bezahlter Mehrwertsteuern möglich, wenn:
(1.) die steuerpflichtige Person die Mehrwertsteuer aufgrund einer eigenen Abrechnung oder einer amtlichen Ergänzungsabrechnung, nicht jedoch aufgrund eines rechtkräftigen Steuerentscheids, entrichtet und dabei den ausdrücklichen Vorbehalt des Ausgangs des konkreten Steuerentscheidverfahrens oder der Vornahme einer allgemeinen Praxisänderung angebracht hat,
(2.) in der Folge das vorbehaltene Ereignis (Entscheid, Praxisänderung) eintritt und den Standpunkt der steuerpflichtigen Person bestätigt, womit die erbrachte Steuerzahlung rückblickend als Leistung einer Nichtschuld („rechtsgrundlos“) gilt, und (3.) die zurückzuerstattende Steuer noch nicht verjährt ist
[Zitate].
Die Zahlung unter Vorbehalt stellt sich damit als Leistung unter ausdrücklicher Bestreitung der Steuerpflicht dar [Zitate]. Sie dient dazu, den Lauf des Verzugszinses aufzuhalten [Zitate]. Aufgrund des Vorbehalts bleibt die durch die steuerpflichtige Person erstellte Abrechnung „hängig“. Sie verweilt in der Schwebe, bis die ESTV das zu eröffnende Entscheidverfahren abgeschlossen hat [Zitate], längstens aber bis zum Eintritt der Verjährung [Zitate].
Zur Zahlung der MWST unter Vorbehalt hält das fest:
2.4 Als Folge des Selbstveranlagungsprinzips hat die steuerpflichtige
Person in eigener Verantwortung darüber zu befinden, ob sie die von ihr
geschuldete Steuer vorbehaltlos, d. h. aufgrund der geltenden Praxis
entrichten will („paiement sans réserve“), oder ob sie, wenn sie mit dem
einen oder anderen Aspekt dieser Praxis nicht einverstanden ist, dies
nur unter Vorbehalt tun will („paiement sous réserve“). Sieht sie von
einem Vorbehalt ab, ist die steuerpflichtige Person nach dem
Mehrwertsteuerrecht von 1995 bzw. 2001 an ihre vorbehaltlose Abrechnung
gebunden. Mit der vorbehaltlosen Abrechnung bringt sie zum Ausdruck, sie
sei bereit, die Steuer zu entrichten [Zitate]. Bei vorbehaltloser Leistung gilt denn auch das Prinzip
der Nichtrückwirkung einer Praxisänderung [Zitate]. Tritt eine solche ein, wirkt
sie sich unter Herrschaft des Mehrwertsteuerrechts von 1995 und 2001 für
jedermann „ex nunc et pro futuro“ aus, für jene, die ihre Leistung
unter Vorbehalt erbracht hatten, überdies „ex tunc“ [Zitate].