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Der Inkwilersee ist ein kleiner See an der Grenze der Kantone Solothurn und Bern. Es ist ein äusserst flaches Gewässer und misst an der tiefsten Stelle nur fünf Meter. Der See liegt je etwa hälftig auf Solothurner und auf Berner Kantonsgebiet. Auf der Solothurner Seite ist der See und der Uferbereich als kantonales Naturschutzreservat ausgeschieden.
Seit knapp 200 Jahren verlandet der Inkwilersee 20 bis 30 mal schneller als dies unter natürlichen Bedingungen geschehen würde. Wird dieser Prozess nicht gebremst, werden innerhalb der nächsten 100 bis 150 Jahre einzigartige aquatische Lebensräume verloren gehen. Durch den 1961 abgesenkten Wasserspiegel hat sich das Seevolumen zusätzlich verkleinert. Der See befindet sich heute in der letzten Phase seiner Entwicklung vom offenen Gewässer zum Flachmoor.
Mit einem grossen Sanierungsprojekt will der Kanton die Verlandung teilweise rückgängig machen.
Der Inkwilersee ist ein natürlicherweise eutropher Kleinsee. Seit Mitte der 1950er Jahre weist er allerdings aufgrund hoher Nährstoffeinträge aus der Siedlungsentwässerung und der intensiven landwirtschaftlichen Nutzung des Einzugsgebiets eine schlechte Wasserqualität auf. Diese Einträge haben bis heute zwar deutlich abgenommen, zusammen mit dem in den Sedimenten gelagerten Phosphor wird aber das Algenwachstum nach wie vor zu stark gefördert. Solche Algenblüten zehren beim Absterben viel Sauerstoff, so dass häufig im Spätsommer ein akuter Sauerstoffmangel eintritt, der zu grossen Fischsterben führt, zuletzt 2009 und 2011.