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Reconnaissable à son nez en forme de fer à cheval, le Grand rhinolophe est une espèce très exigeante et sensible qui a besoin de milieux richement structurés pour trouver sa nourriture et se déplacer. On le rencontre principalement dans les vergers, les bocages et les ripisylves où il chasse à l’affût, suspendu à une branche basse.
Ayant besoin d’une grande tranquillité et d’une température élevée, il gîte dans les vastes combles d’anciennes fermes, les granges ou les hangars inoccupés.
Aucune colonie de mise-bas n’est connue dans le canton, bien que l’espèce hiberne régulièrement dans les grottes des Gorges de l’Areuse. Néanmoins, des indices laissent espérer une reproduction : en été, des mâles occupent le château de Gorgier et le hameau de Trois-Rods à Boudry, deux secteurs particulièrement favorables pour l’espèce ; deux femelles ont été observées en période automnale dans les Gorges de l’Areuse et plusieurs individus semblent avoir colonisé récemment le haut du Val-de-Travers.