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Auenwälder begleiten Flussläufe und sind vom Lauf des Flusses mit seinen periodischen Wasserstandschwankungen geprägt. Die ständigen Schwankungen und die dazugehörige Dynamik sind die Voraussetzungen für die Entstehung von Auenwäldern. Feuchtigkeitsliebende Baumarten wie Weiden und Erlen bilden den Baumbestand, die Buche fehlt völlig. Das Unterholz ist üppig ausgebildet, hohe Gräser, Kletter- und Schlingpflanzen sind augenfällig und geben dem Auenwald sein dschungelähnliches Aussehen. Überschwemmungen modellieren die Bodenoberfläche. In den Senken bilden sich Tümpel und Weiher. Durch Hochwasser aufgerissene Waldpartien sorgen für eine Verjüngung des Waldbestandes und wechseln sich ab mit älteren, versumpften Waldteilen mit viel Totholz. Das Totholz wird von holzfressenden Insekten besiedelt; die zahlreichen Löcher im Altholz werden von höhlenbrütenden Vögeln bewohnt. Die Böden sind feucht und nährstoffreich, was schnellwüchsige Baumarten fördert. Dank den feuchten Bedingungen wachsen Moose an der Stammbasis vieler Bäume.
Ein Auenwald hat kein gleichmässiges Artengefüge, dieses ändert sich mit zunehmender Entfernung vom Flussufer landeinwärts. Unmittelbar am Ufer befindet sich der Spülsaum, wo sich durch den Wellenschlag nur kurzfristig Pionierarten ansiedeln können. Dahinter und auf Kiesinseln stocken niedrige Weidengebüsche, die den mechanischen Belastungen der regelmässigen Hochwasser standhalten können. Danach beginnt der eigentliche Auenwald, der in dieser Zone als Weichholzaue ausgebildet ist. Sie ist optisch an der Vorherrschaft des weisslich silbrigen Glanzes der Blätter erkennbar, der von Baumarten wie Silberweide und Silberpappel stammt. Daneben sind Schwarzpappeln und andere Weidenarten zu finden, die ein weiches Holz aufweisen und dieser Pflanzengesellschaft den Namen geben haben. Da der Fluss viele Nährstoffe ablagert, gedeihen hohe Gräser und nährstoffliebende Kräuter, die einen dichten Unterwuchs bilden. Der Weichholz-Auenwald wird regelmässig durch Hochwasser überschwemmt und kann bis zu 5 Monate im Jahr überflutet sein.
An die Weichholzaue anschliessend beginnt die Hartholzaue, die durch eine schmale Übergangszone mit Grauerlen eingeleitet wird. Der Hartholz-Auenwald wird nur noch selten überschwemmt und zeichnet sich durch Baumarten mit hartem Holz aus. Stieleiche, Ulmen und die Esche bilden den Waldbestand, Silberpappel und Traubenkirsche gesellen sich dazu. Lianen (verholzte Kletterpflanzen) werden durch Waldrebe, Efeu und Wilde Rebe vertreten und geben diesem Waldtypen ein dschungelartiges Aussehen. In dieser abwechslungsreichen Vegetationsstruktur erreicht die Vogelwelt ihre grösste Artenvielfalt. Am Rand der Flussebene, die durch eine Niederterrasse abgeschlossen wird, entstehen durch einfliessendes Hangwasser und anstehendes Grundwasser klare, nährstoffarme Quelltümpel (Giessen). Diese Zone steht permanent unter Wasser, was einen Bruchwald entstehen lässt. Die Schwarzerle ist hier die dominierende Baumart.
Die Dezimierung der Auenwälder begann nicht erst mit dem Jahrhundertprojekt der Rheinkorrektion, sondern bereits im frühen Mittelalter zwischen 800 und 1200. Die mittelalterlichen Siedlungen hatten bereits Bedarf an Bau- und Brennholz aber auch an Weideflächen, was zu einer ausgedehnten Rodung vor allem der trockeneren Hartholzauen führte. So verschob sich das Flächenverhältnis mehr und mehr von Wald zu Feld und ergab bereits um 1800 ein künstliches Mosaik aus Flussauen, Grasland und Wasserflächen. Allerdings beherrschte der Fluss bei Hochwasser immer noch die ganze Flussebene.
Das 19. Jh. war die Zeit der grossen Flusskorrektionen. Der Schutz vor Hochwasser wurde zu einem dringenden Anliegen und ging einher mit der Gewinnung von Agrarland. Sämtliche grösseren Flüsse wie Birs, Ergolz und Wiese wurden bis ins 20. Jh. hinein verbaut und begradigt. Die ganz grosse Korrektion fand allerdings nördlich von Basel am Oberrhein statt. Diese Tulla-Korrektion, benannt nach dem deutschen Ingenieur Johann Gottfried Tulla, endete um 1876 und hatte tiefgreifende ökologische Konsequenzen für die Auen. Der Grundwasserspiegel sank, die Kiesinseln wurden ausgeräumt, die Altarme begannen zu versanden und verschlicken und die Auenwälder wurden auf die Bereiche innerhalb der Dämme beschränkt. Die Land- und Forstwirtschaft übernahmen das Regime auf den ehemaligen Auenflächen.
In der ersten Hälfte des 20. Jh. stand neben der Landgewinnung und dem Hochwasserschutz auch die ganzjährige Schifffahrt und die Energiegewinnung im Zentrum. Dies wurde duch den Bau des Rheinseitenkanals erreicht, der als ausgebaute Schifffahrtsrinne fungiert. 1932 begann Frankreich mit dem Bau der Staustufe bei Kembs und nutzte das Gefälle zur Stromproduktion. Verstärkte Uferbefestigungen und weitere Einengungen des Rheins führten abermals zu einer Trennung von Fluss und Aue und besiegelte deren Schicksal. Erst die Errichtung des Schutzgebietes Petite Camargue Alsacienne im Jahr 1982, die Ausbaggerung einzelner Altarme in diesem Gebiet sowie die Umgestaltungen am Altrhein durch das Integrierte Rheinprogramm in jüngster Zeit lassen einzelnen Auenwaldresten in der Region Basel eine Überlebenschance.
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