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Eawag et EPFL
L'Eawag et l'EPFL accueillent le Centre Ecotox en lui fournissant les bureaux et les laboratoires nécessaires, et contribuent au businessplan. L'Eawag, auquel le Centre Ecotox est administrativement affilié, soutient la gestion des finances et du personnel, ainsi que les domaines techniques et informatiques.
Le Centre Ecotox n'est pas une entité juridique, mais il est intégré administrativement à l'Eawag, son budget restant distinct de celui de l'Eawag. Au sein de l'Eawag, le Centre Ecotox a le statut de département, et son personnel est employé à l'Eawag avec les droits et devoirs correspondants. Les postes permanents doivent être approuvés par la direction de l'Eawag. Le Centre Ecotox rend compte à la direction de l'Eawag et au délégué de l'EPFL, et l'Eawag inclut le Centre Ecotox dans ses rapports au Conseil des EPF.