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Während der maximalen Vergletscherung vor 24'000 Jahren war die Region Basel zwar eisfrei, aber nicht bewaldet. Es herrschte ein trocken-kaltes Klima mit einer Steppenvegetation ähnlich jener, die sich heute in Kasachstan findet.
Vogesen und Schwarzwald waren ab etwa 800 m Höhe vergletschert, der Jura ab etwa 1'000 m. Die nächstliegende Gletscherzunge befand sich 25 km von Basel entfernt bei Zell im Wiesental und reichte dort bis auf etwa 450 m hinunter. Der nächste Juragletscher (Mt. Raimeux) war 30 km entfernt, die Vogesengletscher 50 km.
Der Rhein und seine Zuflüsse bildeten grosse Schwemmebenen mit zahlreichen Mäandern und Flussteilungen. Grosse Teile dieser Flussläufe wurden im frühen 19. Jh. begradigt, um Landwirtschaftsland zu gewinnen, Überschwemmungen einzudämmen und Schifffahrt zu ermöglichen. Von den grossen struktur- und artenreichen Auenlandschaften an Rhein, Birs und Wiese sind nur noch winzige Relikte übriggeblieben.
Die nacheiszeitliche Klimaerwärmung begann vor etwa 12'000 Jahren mit dem Abschmelzen der Gletscher sowie der Rückwanderung der Waldpflanzen aus ihren südlichen Refugien. In einem langsamen Prozess über mehrere Tausend Jahre wandelte sich die Landschaft von einem offenen Steppengebiet zu einer geschlossenen Laubwaldregion (±12'000–5'000 vor heute).
Schon die offene Landschaft wurde von nomadisierenden Altsteinzeitmenschen durchquert (Jäger und Sammler), deren Auswirkung auf die Pflanzenwelt aber geringfügig war. Das änderte sich erst mit den ersten Siedlern (Bauern), die nicht mehr ausschliesslich von vorliegenden Ressourcen lebten. Diese sesshaften Bauern brachten nicht nur Kulturpflanzen mit, sondern unbeabsichtigt auch zahlreiche Begleitpflanzen (Archäophyten), die von den neu geschaffenen Lebensräumen profitierten (Weiden, Äcker, Gärten, Haus und Hof).
Da die älteste dörfliche Siedlung in Basel rund 3'000 Jahre alt ist, datiert sie aus der Zeit, als die Region längst wieder bewaldet war. Mit den Siedlungsgründungen begannen lokale Rodungen, wobei sowohl die Kelten wie die Römer erst einen geringen Teil der Landschaft nutzten und grosse Teile unangetastet liessen. Ein zusammenhängendes Siedlungsnetz mit grossflächigen Rodungen entstand erst im frühen Mittelalter. In dieser Zeit wurde die heute noch weitgehend gültige Verteilung der Ortskerne, des Offenlandes und der Waldflächen geschaffen.
Mit Kolumbus und den nachfolgenden Überseefahrten setzt ein Strom an eingeführten Arten ein, die nicht aus Europa stammen. Diese Neophyten bereichern einerseits die Flora, andererseits sind manche von ihnen Problemunkräuter, welche einheimische Arten verdrängen.
Die einheimische Flora setzt sich somit aus (1) einheimischen Arten, (2) Archäophyten und (3) Neophyten zusammen.
Abgesehen von einigen exponierten Stellen im Gipfelbereich der drei Mittelgebirge Vogesen, Schwarzwald und Jura existiert in der weiteren Umgebung von Basel keine natürliche Waldgrenze. Nur drei Lebensräume tragen baumfreie Offenvegetation: Felswände, Verlandungszonen an Stillgewässern (z.B. Altarmen) und kurzlebige Inseln grösserer Flusssysteme (Alluvionen).
Überall, wo heute ein Haus steht, eine Strasse verläuft oder Wiesen, Weiden oder Äcker liegen, wäre von Natur aus Wald - in den Tieflagen bis etwa 350 m ein Laubmischwald mit Eichen und Hagebuchen, der weiter oben allmählich in Buchenwald übergeht. Die Buche dominiert bis etwa 700 m, danach wird ihre Dominanz allmählich durch Beimischung von Tanne und Fichte gebrochen.
Im 18. und 19. Jh. führten Brennholzbedarf und Waldweide zu einem Maximum an Waldausbeutung mit Bodenzerstörung und strauchigem Wuchs an Stelle grosser Bäume. Seit 1876 sind Rodungen in der Schweiz nur noch bei gleichzeitiger Aufforstung gestattet. Seither hat sich der Wald qualitativ und quantitativ wieder erholt. Die Waldfläche der Schweiz beträgt heute 32%.
Pflanzengeographisch gesehen gehört Basel zur Region der sommergrünen Laubwälder, die sich über 4'800 km von Nordspanien bis an den Ural erstreckt. Diese Region wird im Norden durch boreale Nadelwälder (Taiga) abgelöst und im Süden durch Mittelmeervegetation, Gebirge oder Steppen.
Das bedeutet, dass sich mit einem Bestimmungsbuch der Basler Flora in Nordspanien oder im Südural immer noch zahlreiche Arten und die allermeisten Gattungen bestimmen lassen, während man in den Hochalpen oder im unteren Rhonetal nur noch ausnahmsweise dieselben Pflanzen antrifft. Auch der Landschaftscharakter insgesamt ist innerhalb der roten Fläche ähnlich, bedingt durch die Laubwälder, die im Sommer grün und im Winter kahl sind. Wer also in den Ferien einen deutlichen botanischen Kulissenwechsel möchte, sollte die rote Zone verlassen.
Botanischer Garten der Universität Basel, Spalengraben 8, 4051 Basel, Schweiz