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Depuis le 1er janvier 2006, le droit révisé de la CE en matière d'hygiène s'applique aussi bien aux Etats membres de l'UE qu'aux pays tiers souhaitant exporter des denrées alimentaires vers l'UE. En Suisse, les dispositions légales correspondantes sont entrées en vigueur le 1er janvier 2006. Cette révision constitue la base du commerce facilité entre la Suisse et l'UE dans le domaine des denrées alimentaires d'origine animale. Les contrôles à la frontière de l'UE sont supprimés par étapes. En contrepartie, les exigences de l'UE en matière d'enregistrement et de contrôle des entreprises doivent être respectées en Suisse. Les exigences relatives à la production d'aliments pour animaux et de denrées alimentaires non transformés (produits primaires) figurent dans l'ordonnance sur la production primaire et dans l'ordonnance du DFE concernant l'hygiène dans la production primaire. De nombreux éléments font déjà l'objet des contrôles effectués notamment dans le domaine des PER ou en matière vétérinaire. Des vérifications supplémentaires s'imposent cependant dans d'autres domaines tels que la traçabilité. L'adoption du droit CE sur l'hygiène et l'accès au marché communautaire sans contrôles d'hygiène au moment de l'exportation procure de nombreux avantages à l'agriculture.
L'ordonnance sur la coordination des contrôles dans les exploitations agricoles (Ordonnance sur la coordination des contrôles, OCCEA), issue de la révision totale de l'ordonnance sur la coordination des inspections (OCI), est entrée en vigueur le 1er janvier 2012. Cette ordonnance vise à garantir l'efficacité des contrôles de la production primaire réalisés dans les exploitations agricoles sur la base de la législation agricole, vétérinaire et alimentaire. Son principal objectif est que les différents services impliqués se coordonnent de manière à réaliser des contrôles basés sur le risque, à éviter les contrôles à double et à limiter le nombre de visites sur chaque exploitation.
Cette coordination passe notamment par l'harmonisation des fréquences minimales de contrôle prévues dans les divers textes légaux, permettant de combiner les contrôles lorsque le contrôleur dispose des compétences nécessaires dans plusieurs domaines, ainsi que par l'échange des informations et des données sur les contrôles.
Dans le cadre de l'amélioration continue du système suisse de contrôle de la filière alimentaire, qui est décrit dans le plan de contrôle national pluriannuel, un groupe de travail « Contrôles de processus basés sur les risques » (institué par les directeurs de l'OFSP, de l'OFAG et de l'OVF et composé de représentants de la Confédération et des cantons) avait été mis sur pied en vue de définir les fréquences minimales des contrôles de base tout au long de la chaîne alimentaire, en se basant sur une évaluation des risques des différentes catégories d'entreprises. Les fréquences proposées par ce groupe de travail ont été discutées et adaptées pour chaque secteur par les offices fédéraux et les services cantonaux concernés, en tenant compte d'autres facteurs, notamment d'ordre politique et économique (gestion des risques).
Les modifications apportées dans le cadre de la révision totale de l'ordonnance sur la coordination des inspections tiennent compte de ces résultats et concernent les points suivants :
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