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Des chercheurs de l'Institut Pasteur de Paris sont parvenus à retracer l'origine et l'évolution du virus chikungunya, et ce grâce au séquençage total du génome de six souches virales isolées chez des malades des îles de La Réunion et de Madagascar, ainsi qu'au séquençage partiel de la protéine E1 du virus chez 127 patients de La Réunion et des îles voisines (PLoS Medicine, 23 mai 2006, doi 10.1371/journal.pmed.0030263).Ce travail a été engagé pour mieux comprendre l'origine et l'évolution de l'épidémie majeure qui sévit dans l'océan Indien et qui a causé depuis mars 2005 environ 255 000 cas sur l'île de La Réunion, et depuis janvier 2006, plus de 6000 cas à Mayotte, 9000 aux Seychelles, 6000 à l'île Maurice, huit aux Comores et deux à Madagascar.Pour la première fois, des séquences génomiques complètes du virus ont pu être caractérisées à partir d'isolats viraux obtenus après un faible nombre de passages en culture cellulaire, alors que les génomes caractérisés jusqu'alors concernaient des souches de laboratoire.L'étude démontre que les souches virales de l'océan Indien sont apparentées aux souches africaines isolées entre 1952 et 2000 : les virus ayant émergé dans les îles de l'océan Indien ont donc vraisemblablement été importés depuis l'Afrique. Ce scénario est compatible avec les échanges de populations entre l'Afrique de l'Est et les Comores, où l'épidémie a commencé début 2005.Le séquençage du génome complet d'une souche virale d'un patient réunionnais atteint de méningo-encéphalite a mis en évidence plusieurs mutations propres à cet isolat clinique. Des études sont en cours pour déterminer si ces substitutions sont associées à la neurovirulence du virus ou à une multiplication plus efficace.Par ailleurs, une variante de la protéine d'enveloppe E1 du virus, qu'on ne trouvait pas au début de l'épidémie, est devenue prédominante à partir de septembre 2005, peu avant l'explosion épidémique. Les auteurs suggèrent qu'elle serait à l'origine d'une adaptation au moustique Aedes albopictus, qui n'était pas connu jusque-là pour être un vecteur du virus.Une douzaine d'équipes à l'Institut Pasteur travaillent sur ce thème. La présente étude aidera à développer des outils pour combattre cette maladie négligée, y compris sur le territoire français.