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Les Micro-organismes efficaces EM suivent un principe de base, qui, selon la description du Prof. Higa, favorise les activités concurrentielles et contre-attaquants, bref le principe de la dominance. La communauté de tous les micro-organismes se réparti en trois grandes catégories :
- les microorganismes constructifs
- les microorganismes de décomposition et de dégénérescence
- les microorganismes neutres (majorité) qui sont des opportunistes
Selon le Prof. Higa il n’existe que peu de souches de micro-organismes qui décident si dans un certain milieu (terre, épiderme, intestin, etc.) les processus seront constructives (rétablissement, régénération) ou négatives (maladie, décomposition, dégénération). La majorité des micro-organismes sont des opportunistes ce qui signifie qui vont suivre le groupe qui représente déjà le plus grand nombre.
Dans un milieu faible ou malade les micro-organismes de dégénérescence vont attirer les opportunistes de leur côté et le système bascule. Les processus négatifs vont avoir lieu.
L’idée est de rompre ce cercle vicieux et d’empêcher que les micro-organismes négatifs aient gain de cause. En ajoutant les micro-organismes EM on renforce les micro-organismes constructifs et ils vont attirer les micro-organismes neutres de leur côté. Il se produit alors une stabilisation et la microflore sera constructive.
Utilisant la technologie de l'EM, rien n'est combattu ou empêché. Au lieu de cela, l'environnement existant est affecté afin que les processus constructifs et régénérateurs soient possibles.