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L'éradication de l'endobrachysophage (EBO), et particulièrement de la métaplasie intestinale, est l'objectif idéal pour prévenir la dysplasie et le cancer ; cet objectif est actuellement réalisable en associant à la destruction de l'EBO un traitement optimum du reflux gastro-sophagien. Après destruction de la métaplasie intestinale, on doit obtenir une repousse d'une muqueuse malpighienne normale ; cependant, une récidive limitée de l'EBO est constatée chez près d'un quart des patients. Bien que ce type de traitement puisse prévenir l'apparition de l'adénocarcinome, compte tenu de la faible incidence du cancer sur EBO et de l'âge souvent tardif lors de sa survenue, l'éradication systématique de tous les EBO n'est pas justifiée. Ce traitement doit être réservé aux patients ayant des facteurs de risque de cancer, notamment une dysplasie. En cas de dysplasie de haut grade ou d'adénocarcinome intramuqueux, la résection par mucosectomie complétée par la destruction de l'EBO résiduel est actuellement une alternative à la résection chirurgicale jusque-là recommandée.