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Im Rahmen der regionalen Fachdirektorenkonferenzen Ostschweiz erfolgt die fachbezogene Zusammenarbeit in den verschiedenen kantonalen Politikbereichen zwischen den Ostschweizer Kantonen.
Gesamtschweizerisch gibt es 14 Fachdirektorenkonferenzen und zusätzlich die Schweizerische Staatsschreiberkonferenz. Die Fachdirektorenkonferenzen sind traditionell ein bedeutendes Instrument der interkantonalen Koordination. Thematisch decken sie alle Bereiche kantonaler Kompetenzen ab. Sie verfügen über professionelle Sekretariate und eigene Budgets.
Die Fachdirektorenkonferenzen sind wichtige Ansprechpartnerinnen der Bundesbehörden bei der Gesetzgebung und beim Vollzug in den jeweiligen Sachbereichen. Innerhalb dieser Sachbereiche kommt ihnen auch die Aufgabe der Wahrung der kantonalen Interessen gegenüber den eidgenössischen Räten, dem Bundesrat und der Bundesverwaltung zu. Mitglieder der Fachdirektorenkonferenzen sind im Kanton St.Gallen die Vorsteherinnen und Vorsteher der für die jeweiligen Fachbereiche zuständigen Departemente.
Analog zu den Fachdirektorenkonferenzen auf gesamtschweizerischer Ebene bestehen entsprechende regionale Fachdirektorenkonferenzen der Ostschweizer Kantone. Einsitz nehmen wiederum die Vorsteherinnen und Vorsteher der für die jeweiligen Fachbereiche zuständigen Departemente. Zwischen der Ostschweizer Regierungskonferenz und den regionalen Fachdirektorenkonferenzen Ostschweiz besteht ein enger fachlicher Austausch.