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Aerobe Ammoniumoxidierer und Anammoxbakterien (anaerobe Ammoniumoxidierer) sind für die partielle Nitritation notwendig. Bei der Behandlung von Urin sind ebenfalls heterotrophe Bakterien und − unter nicht-idealen Betriebsbedingungen − Nitritoxidierer von Bedeutung. Molekularbiologische Methoden (z.B. PCR und DGGE) werden verwendet, um die Diversität der mikrobiellen Population zu bestimmen, Bakterien zu identifizieren und die wichtigsten Organismen und deren Enzymaktivität zu quantifizieren. Prozessstörungen verringern nicht nur die Abbauleistung, sie können auch dazu führen, dass schädliche Zwischenprodukte, wie z.B. das für Bakterien toxische Stickstoffmonooxid (NO) oder der Atmosphärenschadstoff Lachgas (N2O) freigesetzt wird.
In den bisherigen in Versuchen mit einem SBR (sequencing batch reactor) wurden Stickstoffabbauraten von 430 mgN/L/d bei 92% Stickstoffelimination erreicht. In der nächsten Projektphase wird ein Tauchtropfkörper in Betrieb genommen, um die Prozessstabilität und Abbauleistung der beiden Reaktortypen vergleichen zu können.