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Le fonctionnement de la CTI est efficace et se fonde sur le « système de milice », courant en Suisse:
Le président dirige la CTI, six vice-présidents gèrent les domaines d'encouragement, lesquels constituent l'épine dorsale de la CTI.
72 membres de commissions évaluent et accompagnent les projets d'innovation. Ils sont issus des milieux de l'économie et de la recherche et élus par le Conseil fédéral.
75 coaches encadrent sur mandat les jeunes entreprises sélectionnées par la CTI. En tant que créateurs d'entreprises expérimentés, ils soutiennent les entreprises par le biais de formations et d'activités d'accompagnement (coaching).
10 conseillers en innovation appuient et conseillent les PME. Leur expérience professionnelle fait qu'ils interagissent avec succès avec les milieux de la recherche et des entreprises.
Le secrétariat de la CTI compte 25 collaborateurs et se charge de la préparation des travaux de la commission et de la présidence. Il gère les dossiers, préparent des bases de décision à l'intention de la présidence et remplit l'ensemble des tâches d'organisation. Il est dirigé par la directrice de la CTI.
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