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La désinfection est le traitement le plus simple et le plus courant dans le secteur de la distribution d'eau. Elle garantit l'hygiène de l'eau potable tout en prévenant les maladies. Cela suppose l'élimination des organismes pathogènes comme les protozoaires, les bactéries et les virus. Les petits distributeurs d'eau procèdent pour cela à une irradiation par rayonnement UV, tandis que les installations plus importantes ont également recours à des substances chimiques oxydantes courantes comme l'ozone et le dioxyde de chlore. Afin de renforcer la sécurité, une installation de désinfection effectue souvent une mesure de turbidité lorsque, par exemple, une source réagit très rapidement à des intempéries comme des fortes pluies.