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Herkömmliche Lichtmikroskope können nur flache – zweidimensionale – Objekte abbilden. Biologische Objekte haben aber meist eine räumliche – dreidimensionale – Ausdehnung, und das Verständnis der räumlichen Struktur ist oft essentiell für die wissenschaftliche Arbeit an biologischen Objekten. Konfokal-Mikroskope können dieses Problem lösen: ein fokussierter Laserstrahl rastert das Objekt ab, und erlaubt das Sammeln von Bildinformation von einzelnen Bildpunkten. Am Computer wird dann die Information aller Bildpunkte zusammengefasst, und zu dreidimensionalen Objekten zusammengefügt.
Unterstützt durch einen R’Equip-Grant vom SNF haben mehrere Forschungsgruppen an der Eawag ein Konfokal-Mikroskope gekauft. Das Mikroskop erlaubt den beteiligten Forschungsgruppen, an einer Reihe von neuen wissenschaftlichen Fragen im Rahmen der Forschung an aquatischen Systemen zu arbeiten, zum Beispiel: i) Bakteriengemeinschaften in der Kläranlage entfernen Stickstoff aus dem Abwasser; wie interagieren diese Bakterien miteinander? ii) viele Bakterien in natürlichen Systemen leben in dichten Aggregaten; wie sind verschiedene Bakterienarten mit verschiedenen Stoffwecheleigenschaften in diesen Matten räumlich angeordnet? iii) Spuren von chemischen Verunreinigungen in natürlichen Gewässern können Fische und andere Tiere negativ beeinflussen; wie wirken solche Verunreinigungen auf dem Nivea der einzelnen Körperzellen – und können wir den Einfluss auf das Tier extrapolieren aus der Wirkung auf die Körperzellen?