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Il est fréquent que l'établissement du diagnostic par examen physiologique soit immédiatement suivi d'une ablation par cathéter: en chauffant l'extrémité de l'un des cathéters avec un courant de haute fréquence, il est possible d'appliquer avec précision un traitement thermique pour cautériser et ainsi inactiver (ablation) une zone anormale de très petite taille. Ces zones perdent ainsi leur activité ou conductivité électrique et le cœur du patient peut reprendre un pouls normal.
Certaines arythmies cardiaques sont guéries immédiatement après l'ablation (p. ex. en cas de syndrome de WPW ou de flutter auriculaire). Dans d'autres arythmies (p. ex. la fibrillation auriculaire), la guérison peut prendre plusieurs semaines car les oreillettes ont besoin d'un certain temps pour se remettre d'une fibrillation. L'intervention est généralement pratiquée sous anesthésie locale (au niveau de l'aine), rarement sous sédation profonde ou sous anesthésie générale. Ce traitement est parfois ambulatoire, ou nécessite une courte hospitalisation de 2 à 3 jours.
Faible risque total
L'ablation par cathéter fait partie des interventions mini-invasives, le risque total associé à l'intervention est faible et la convalescence suivant l'intervention est en général de très courte durée. Des complications pendant l'intervention sont possibles, bien que rares: dans l'ensemble, le risque de complications sérieuses est faible et l'ablation par cathéter est considérée comme la première option de traitement pour la plupart des troubles du rythme cardiaque.