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Der Vierwaldstättersee ist von Natur aus nährstoffarm. Der Grund dazu liegt in der Struktur und Nutzung seines Einzugsgebietes, seiner speziellen Form sowie den Ufer- und Tiefenverhältnissen.
Während der meisten Zeit des Jahres ist der See geschichtet: Leichteres, wärmeres Wasser schwimmt an der Oberfläche auf schwererem, kälterem Tiefenwasser. Im Winter wird der See bei tiefen Wassertemperaturen um 4°C völlig durchmischt, wobei Wind das Wasser zum Zirkulieren bringt. Dadurch werden Tiefenwasser und Seegrund wieder mit Sauerstoff versorgt.
Durch den Föhn und den Reusszufluss sind die Tiefenbereiche im Urnersee besser belüftet und wärmer als im Gersauer Becken. Dieser Temperaturunterschied treibt die Wassermassen in riesigen Wasserfällen vom Gersauer ins Urner Becken. Ähnliche Tiefenwasserströmungen gibt es auch vom Alpnachersee über den Kreuztrichter und das Vitznauer Becken in das Gersauer Becken. Das Wasser fliesst dort in Grundnähe entgegengesetzt zur Oberflächenströmung.