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Christoph Moroni war Gastprofessor am Biozentrum in der Abteilung für Biochemie. Zwischen 1987 und 2008 war er Direktor des Instituts für Medizinische Mikrobiologie der Universität Basel, von 1987 bis 2008 Vorsteher des Departements für klinisch-biologische Wissenschaften. Darüber hinaus war Moroni Dekan der Medizinischen Fakultät, Mitglied des Forschungsrates des Schweizerischen Nationalfonds sowie des Universitätsrates der medizinischen Universität Graz. Er forschte über virale und zelluläre Krebsgene.