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Ein Lead Agency-Gesuch kann von Forschenden in der Schweiz gemeinsam Forschenden eines Landes, mit welchem der SNF ein Abkommen abgeschlossen hat, gestellt werden. Das Gesuch wird bei einer der beiden nationalen Forschungsförderungsorganisationen eingereicht. Das Einreicheverfahren richtet sich nach den ortsüblichen Bestimmungen.
Es können nur Gesuche im Lead Agency-Verfahren eingereicht werden, die auf einer gemein-samen Fragestellung und einem gemeinsamen Forschungsplan basieren. Das Lead Agency-Projekt muss so angelegt sein, dass die Projektteile in den einzelnen Ländern keine eigenständigen Projekte darstellen und deshalb nicht getrennt voneinander durchgeführt werden könnten. Für die Kalkulation der Kosten gelten die jeweiligen nationalen Richtlinien.
Das Lead Agency-Verfahren ist kein eigenes Förderinstrument, sondern Teil der Projektförderung des SNF. Es steht daher kein zusätzliches Budget zur Verfügung, und es gelten die gleichen Bestimmungen wie für die Projektförderung. So können Gesuchstellende nur dann ein Lead Agency-Gesuch einreichen, wenn dieses keine thematischen Überlappungen mit einem beim SNF eingereichten Gesuch oder einem bereits laufenden Projekt aufweist.
Beim SNF können keine trilateralen Gesuche mit Deutschland und Österreich eingereicht werden. Es ist jedoch möglich, Forschende aus weiteren Ländern als Projektpartner ins Projekt einzubinden, unabhängig davon, ob der SNF mit diesen Ländern ein Abkommen abgeschlossen hat oder nicht. Der maximale Betrag für Projektpartner beträgt 20% des Schweizer Budgets. Für die Projektpartner können keine Saläre und kein Personal verlangt werden.