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Das Pharmazie-Historische Museum der Universität Basel war von Anfang an eng mit dem pharmazeutischen Institut verbunden. Seinen Ursprung hat es in der Privatsammlung des Apothekers und Lektors für praktische Pharmazie Josef Anton Häfliger. Dieser übergab 1925 seine Sammlung von alten Apothekergefässen, obsoleten Medikamenten, Rezepten, Holzschnitten und Büchern der Universität. Der Direktor der pharmazeutischen Anstalt Prof. Heinrich Zörnig stellte für die Sammlung diverse Räumlichkeiten zur Verfügung.
Anlässlich der Jahresversammlung des Schweizerischen Apotheker-Vereins 1927 in Basel hiess die Sammlung „Schweizerische Sammlung für historisches Apothekenwesen. Im selben Jahr konnte die ehemalige „Hauskapelle“ der Liegenschaft, welche vom Arbeitsnachweisbüro der Stadt Basel verwendet wurde, für die Ausstellung in ein „Alchemistenlabor“ umgebaut werden.
In den Jahren 1928/29 wuchs die Sammlung dank zahlreichen Schenkungen und Ankäufen stetig an. Einer der wichtigsten Käufe war die Übernahme der Sammlung des Apothekers und Präsidenten der Naturhistorischen Kommission Dr. Theodor Engelmann. Zu diesem Zweck wurde in der Schweizerischen Apothekerzeitung ein Aufruf gestartet, der von zahlreichen namhaften Personen unterstützt wurde. Um den „Vorzugspreis von 23'000.- Fr.“ zu bezahlen, stellte die Regierung 14'000 Fr. zur Verfügung. Der restliche Betrag wurde von Vertretern der Universität, der chemischen Industrie und Privatpersonen gestiftet.
Im Jahr 1929 wurde die Sammlung um einen Wert von 100’000 Fr. versichert. Mit dem Kauf der umfassenden Sammlung wurde der Raum für die Ausstellung immer knapper. Ab 1930 bemühte sich Häfliger gemeinsam mit Professor Zörnig um einen Ausbau der Räumlichkeiten. Noch im selben Jahr konnten die Räume übernommen werden, in denen sich bis dahin die Webschule befand. 1931 stellten sie einen Antrag, um weitere Räume der Liegenschaft zwischen dem Totengässlein und dem Nadelberg, die bis dahin vom Arbeitsamt für das Arbeits- und Wohnungsnachweisbüro verwendet wurden, an die Sammlung anzuschliessen. Ein rascher Auszug des Wohnungsnachweisbüros konnte unter anderem durch die Organisation eines internationalen Kongresses und der Hauptversammlung der internationalen Gesellschaft für Geschichte der Pharmazie erreicht werden. So „drängte“ der Vorsteher des Erziehungsdepartements Fritz Hauser am 8. November 1932 das Baudepartement auf einen raschen Umbau. Die Regierung bewilligte die Anträge unter dem Druck des Kongresses im Frühjahr 1933. Mit einer Erweiterung der Ausstellungsräume wurde die gesamte Sammlung neu geordnet. Der Kongress der Gesellschaft konnte mit Verspätung im Jahr 1934 durchgeführt werden und stellte den Höhepunkt der erst zehn Jahre alten Sammlung dar.
1937 trat der langjährige Vorsteher des pharmazeutischen Instituts Prof. Zörnig zurück und die Universität berief Tadeus Reichstein als Professor und Institutsvorsteher nach Basel. An die Berufung war die Bedingung geknüpft, dass chemische Laboratorien errichtet werden sollten. Daraufhin unterlag der Sammlungsbereich strukturellen Veränderungen und wurde nach und nach auf das ehemalige Gebäude des Arbeitsamtes beschränkt. Die Zusammenarbeit zwischen Häfliger und Reichstein war wohl problematisch, da beide für ihre jeweiligen Interessen Räumlichkeiten beanspruchten. Dies hatte zufolge, dass ab den 1940er Jahren Institut und Sammlung räumlich voneinander getrennt wurden.
Mit dem Tod Häfligers 1954 eröffnete sich eine Debatte um die Zukunft der Sammlung, wobei unter anderem eine Angliederung an das Historische Museum Basel vorgeschlagen worden ist. Die pharmaziehistorische Sammlung konnte aber ihre Selbständigkeit bewahren. Fortan leitete der Apotheker und Freund Häfligers Dr. Alfons Lutz die Sammlung unter der Aufsicht einer Museumskommission. . Ab Mitte der 1950er Jahren wurde offiziell von einem pharmaziehistorischen Museum gesprochen. Seit dieser Zeit erfuhr der Ausstellungsbereich der Sammlung keine besonderen Veränderungen mehr, höchstens der Einbau der alten Innsbrucker Hofapotheke im obersten Stockwerk 1956 kann als grösseren Eingriff betrachtet werden. Grundsätzlich lässt sich zwischen 1938 und 1956 eine vollständige Stagnation der Schausammlung feststellen.
1965 wurde Alfons Lutz zum Ehrendozenten ernannt, womit erstmals wieder seit Häfligers Tod pharmaziehistorische Vorlesungen an der Universität Basel stattfanden. Im selben Jahr begann die Kunsthistorikerin Lydia Metz mit der Katalogisierung und Beschriftung der Keramiken und der Museumsgegenstände. Dabei wurde die Struktur belassen und die Texte vor allem aus Häfligers Publikationen zu den Objekten übernommen. Ab 1972 übernahm Lydia Metz als erste Nichtapothekerin die Stelle als Konservatorin im Museum. 1979 folgt die Archäologin Laurentia Léon, die bis 1986 dem Museum vorstand. Im Anschluss ging die Leitung des Museums an den Pharmazeuten und Pharmaziehistoriker Michael Kessler über. 1999 kam es zum Auszug des pharmazeutischen Instituts, woraufhin zahlreiche Räumlichkeiten, die vorher als Laboratorien gedient hatten, dem Museum als Lagerräume zur Verfügung gestellt wurden. Der Ausstellungsbereich erfuhr aber durch den Umzug keine grossen Veränderungen. 2002 wurde die Sammlung aufgrund von Renovationsarbeiten geringfügig verändert, wobei grossen Wert darauf gelegt wurde, „die ursprüngliche“ Struktur zu erhalten.
Obwohl einzelne Vitrinen und Objektgruppen der Sammlung seit der Mitte des 20. Jahrhunderts verschoben wurden, blieben sie als Ensemble erhalten. Was die gegenwärtige Sammlungspolitik betrifft, so ist neben der Realisierung von Sonderausstellungen zu aktuellen Themen und publikumswirksamen Veranstaltungen wie mittelalterlichen Badewochen und pharmazeutischen Workshops ein Ziel des Museums die Erhaltung und Pflege der „wissenschaftlichen Schausammlung“ und ihrer – museologisch gesehen – veralteten Struktur. Hinter dieser antiquierten Form der Anordnung der Museumsobjekte als wissenschaftliche Schausammlung steht aber das moderne Konzept der Erhaltung der gesamten Sammlung und deren Ordnung. Heute existieren aufgrund der museologischen Neuorientierungen hin zu didaktischen Ausstellungen kaum noch wissenschaftliche Schausammlungen, wie sie durch das Pharmazie-Historische Museum der Universität Basel verkörpert werden. So können die Besucher heute im Pharmazie-Historischen Museum nicht nur pharmazeutische Artefakte sehen, sondern sich gewissermassen selbst in ein museales Objekt begeben, dessen Bedeutung und Wert nur dann erhalten werden kann, wenn es in seiner Gesamtheit für die Nachwelt erhalten bleibt.