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Le groupe «ferments et maladies des abeilles» soutient scientifiquement les groupes de recherches «qualité du fromage suisse», «cultures pour les produits laitiers» et «apiculture».Il développe, adapte et applique différentes méthodes moléculaires et culturales pour détecter, identifier, compter et typer les principaux micro-organismes présents dans le fromage.
Il développe notamment les méthodes de détection des cultures pour l'attestation d'origine. Ainsi le groupe participe selon les besoins aux essais fromagers mais tente également de répondre aux questions soulevées par la pratique. En outre, il est responsable de la collection de souches d'ALP, de l'entretien des souches et de leur distribution. Finalement le groupe est également actif dans la recherche apicole par le développement de méthodes de détection des maladies du couvain telles que la loque européenne et la loque américaine, ainsi que des levures dans le miel.