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En l’an 1025, des moines s’installèrent au bord du lac, dans une région encore déserte, pour y fonder sur le trajet des pèlerins de Compostelle, un monastère et une église sur les ruines d’un édifice qui a complètement disparu. Cette première église était de style roman, avec des fenêtres en plein cintre et une abside carrée. Elle était probablement plus vaste que l’édifice actuel, puisqu’elle comprenait deux chapelles au sud dont il ne reste rien, sauf les arcs d’entrée murés, lesquels se voient encore sur la paroi sud. Les moines qui entreprirent la construction de cette église romane venaient de Savigny en France.
Leur prieuré, construit au nord de la place de l’église, devint l’un des plus importants du canton puisqu’
il essaima aussitôt à Cossonay, à Broc, à Saint-Paul en Savoie, à Vionnaz en Valais. Autour de lui un bourg commença à se développer, dont les occupations essentielles étaient la viticulture et la pêche. A ces nouveaux fidèles, il fallait un lieu de culte. Les moines allongèrent alors leur église vers l’Occident, donnant à cette annexe Saint-Clément comme patron, tandis que le chœur et le transept, consacrés à saint Martin, demeuraient à l’usage exclusif des moines. L’église de Lutry devenait ainsi « une église double sous un seul vaisseau ». Et pour bien marquer ces deux destinations distinctes, on construit une grille séparant l’église monacale de l’église paroissiale.
En 1344, un terrible incendie ravagea une grande partie du bourg, ainsi que cette église de style roman. Il n’était pas question de la reconstruire dans ce style qui était passé de mode depuis un siècle et demi, cédant la place au style gothique plus perfectionné avec ses voûtes d’ogives, ses arcs brisés, ses fenêtres hautes à la lumière abondante. On reconstruisit donc un chœur gothique en sept pans, tandis qu’auparavant il avait une forme ronde comme à Saint-Sulpice. La nef fut également érigée en ce style gothique, en lui ajoutant trois chapelles au sud et deux au nord (chapelle des Mayors et de la Trinité).
De l’ancienne église romane il ne resta guère qu’une porte (aujourd’hui démurée sous la galerie des orgues), la voûte du porche d’entrée, les étages inférieurs de la tour carrée et deux colonnes encastrées au nord de l’abside, lesquelles supportaient un arc en plein cintre construit sous un autre plus ancien, celui d’un probable transept nord. Il existe dans cette église double des chapiteaux sculptés (corbeille au haut des demi-colonnes). Les chapiteaux à personnages de la demi-église de Saint-Clément indiquent qu’on y a conservé les colonnes de l’ancienne église romane, tandis qu’on refaisait entièrement l’abside.
Vint la Réforme, qui ne s’implanta pas sans peine à Lutry. Le cloître fut démoli, excepté quelques colonnes encore visibles dans le prieuré. L’église elle-même fut l’objet de la sollicitude des nouveaux maîtres. Trois des chapelles méridionales qui menaçaient ruine furent démolies, mais les deux demi-églises furent réunies, la grille étant démolie, abolissant du même coup la séparation entre clergé et peuple de l’Eglise. Au lieu de cette grille, les responsables réformés placèrent au centre de la nef une chaire finement sculptée. Pendant ces transformations qui eurent lieu en 1569, les Bernois surélevèrent la tour carrée romane de l’angle nord-ouest de l’église. Ils y placèrent un gros bourdon qui accompagnait les cloches d’un autre clocher dressé à l’est de l’église près du chevet, lequel « clocher des moines » fut démoli en 1820. Un portail monumental fut ajouté entre 1570 et 1578.
La voûte peinte constitue une curiosité d’intérêt national, non seulement à cause de sa splendeur, mais aussi parce qu’elle présente une des rares exemples de peinture à la manière italienne de la Renaissance exécutées après la Réforme. Datant de 1577, elle est due au peintre Humbert Mareschet, originaire de France ou de Belgique. Conformément aux principes protestants, elle ne représente aucune figure religieuse, mais déroule au long des voûtes une décoration maniériste, avec des lacis de rinceaux fleuris, des cornes d’abondance, des dragons aux naseaux fumants, des cigognes au long bec, des boucs à barbe de sapeur, des lapins et des oiseaux divers, des angelots et des puttos aux masques grotesques…
Quant aux vitraux du chœur, ils sont inscrits dans des fenêtres à lancettes, semblables à celles de l’église de St-François à Lausanne. Cadeau de la famille Lavanchy, ils datent de 1896. Leurs motifs sont christocentriques, présentant le Christ dans diverses situations évangéliques, guérison de l’aveugle, crucifixion, au milieu des enfants et Christ en gloire.