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Dopo aver deciso di realizzare la Nuova ferrovia transalpina (1992), di procedere a tappe (1996) e aver definito le modalità di finanziamento di Alptransit (1998), nel 1999 il Consiglio federale apporta importanti adeguamenti alla politica regionale e dei trasporti, che passano però inosservati agli occhi dell'opinione pubblica. Il Consiglio federale anticipa alcuni progetti, ad esempio la realizzazione della galleria a binario doppio di Zurigo-Thalwil o dei tratti tra San Gallo e Arth-Goldau. L'elemento trainante di questo processo è la riforma delle ferrovie 1, che prevede un maggiore coinvolgimento dei Cantoni quali committenti e finanziatori dei servizi ferroviari. Importanti sono altresì le sinergie tra Ferrovia 2000 e Alptransit, due progetti in parte collegati dalle rampe d'accesso.
« La decisione su un'eventuale priorità della galleria del Ceneri è rinviata in attesa che vengano chiarite le questioni del sistema di tunnel e del finanziamento da parte di terzi. »Consiglio federale, Decisione sull'inizio dei lavori di costruzione della seconda fase, 14.06.1999