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Die bilaterale Zusammenarbeit mit Partnerbehörden kann auf unterschiedlichen Grundlagen basieren. Einerseits hat der Bundeserat auf der Basis von Art. 64, Abs. 5 des Heilmittelgesetzes die Möglichkeit, internationale Abkommen über die Bekanntgabe von vertraulichen Daten an ausländische Behörden abzuschliessen, sofern diese für den Vollzug des Gesetztes erforderlich sind. Andererseits sind insbesondere Medizinprodukte, die Zertifizierung der Einhaltung der Guten Herstellungspraxis (GMP) für Arzneimittel sowie die gegenseitige Anerkennung der Anforderungen an die Gute Laborpraxis (GLP) Gegenstand von Abkommen über die gegenseitige Anerkennung von Konformitätsbewertungen, also sogenannten Mutual Recognition Agreements (MRA). Diese umfassenden und handelspolitisch bedeutsamen Instrumente dienen der Beseitigung von technischen Handelshemmnissen in staatlich regulierten Bereichen. Sie beinhalten eine Vielzahl an Mechanismen, welche die Zusammenarbeit regeln und vereinfachen.