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Geschäftsnummer: SB.2020.00011 Entscheidart und -datum: Endentscheid vom 29.09.2021 Spruchkörper: 2. Abteilung/2. Kammer Weiterzug: Dieser Entscheid ist rechtskräftig. Rechtsgebiet: Steuerrecht Betreff: Staats- und Gemeindesteuern, direkte Bundessteuer 01.01. - 30.09.2011 Verdeckte Gewinnausschüttung durch unterpreislichen Verkauf immaterieller Werte. [Die Aktien der Pflichtigen wurden im Juni 2011 von einem ausländischen Konzern übernommen. Gleichentags schloss die Pflichtige mit einer neu gegründeten Schweizer Schwestergesellschaft zwei Verträge ab, in denen sie sich zur Erbringung von allg. Dienstleistungen und Forschung und Entwicklung verpflichtete. Im September 2011 verkaufte die Pflichtige sämtliche "Intellectual Property Rights" und "Non-Viral Contracts" an eine ausländische Schwestergesellschaft. Schliesslich übertrug die Pflichtige im November 2011 rückwirkend das noch verbliebene Betriebsvermögen und die noch beschäftigten Mitarbeiter auf die Schweizer Schwestergesellschaft, wofür die Pflichtige eine Entschädigung leistete. Das kantonale Steueramt erachtete den Preis für die IPR und Kundenbeziehungen als nicht drittvergleichskonform und gelangte zum Schluss, es liege eine verdeckte Gewinnausschüttung vor. Die Gewinnaufrechnung erfolgte als Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen.] Vereinigung der Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011/12) und der Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014/15) (E. 1.2). Definition der verdeckten Gewinnausschüttung (E. 3). Dem im Zeitpunkt des Beteiligungskaufs vorhandenen Unternehmenswert steht ein massiv niedrigerer Wert für die immateriellen Vermögenswerte gegenüber, was dem kantonalen Steueramt berechtigterweise Anlass zu einer Buchprüfung gab (E. 4.3). Die grosse Diskrepanz der Werte gemäss der von der Pflichtigen eingereichten Transferpreisstudie zum Aktienkaufpreis und zum Ergebnis der Purchase Price Allocation (PPA) war geeignet, die Richtigkeit der Transferpreisstudie in Zweifel zu ziehen. Der Schluss der Vorinstanz, die Auflage sei nicht erfüllt worden und der Sachverhalt unklar geblieben, erweist sich als zutreffend (E. 4.5 f.). Ermessensveranlagungen können nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden (E. 5.1). Vorliegend wurden die versäumten Handlungen weder im Einsprache- noch im Rekursverfahren nachgeholt, sodass die Ermessensveranlagung weiterhin Bestand hat. Die steueramtliche Schätzung der immateriellen Vermögenswerte stützte sich zu Recht auf das PPA ab (E. 5.4). Verhältnismässigkeit der Auflage (E. 5.6). Bestätigung der Ermessensveranlagung auch betreffend Höhe der Schätzung (E. 5.9). Hinsichtlich der weiteren, aufgerechneten verdeckten Gewinnausschüttung bezüglich Funktionsverlagerung und –rückstufung kam die Vorinstanz zum Schluss, ein diesbezüglicher Entschädigungsanspruch sei erst dem nachfolgenden Geschäftsjahr zuzuordnen (E. 6.2 f.). Die Pflichtige verfügte im folgenden Geschäftsjahr jedoch weder über eine erkennbare operative Tätigkeit noch über personelle Substanz (E. 6.5). Die Vorinstanz hat in einem weiteren Rechtsgang die Zulässigkeit der Ermessensveranlagung im Bereich der Funktionsverlagerung und –rückstufung zu überprüfen (E. 6.8). Teilweise Gutheissung der Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011/12) und Rückweisung/Abweisung der Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014/15). Geschäftsnummer: SB.2020.00011 Entscheidart und -datum: Endentscheid vom 29.09.2021 Spruchkörper: 2. Abteilung/2. Kammer Weiterzug: Dieser Entscheid ist rechtskräftig. Rechtsgebiet: Steuerrecht Betreff: Staats- und Gemeindesteuern, direkte Bundessteuer 01.01. - 30.09.2011 Verdeckte Gewinnausschüttung durch unterpreislichen Verkauf immaterieller Werte. [Die Aktien der Pflichtigen wurden im Juni 2011 von einem ausländischen Konzern übernommen. Gleichentags schloss die Pflichtige mit einer neu gegründeten Schweizer Schwestergesellschaft zwei Verträge ab, in denen sie sich zur Erbringung von allg. Dienstleistungen und Forschung und Entwicklung verpflichtete. Im September 2011 verkaufte die Pflichtige sämtliche "Intellectual Property Rights" und "Non-Viral Contracts" an eine ausländische Schwestergesellschaft. Schliesslich übertrug die Pflichtige im November 2011 rückwirkend das noch verbliebene Betriebsvermögen und die noch beschäftigten Mitarbeiter auf die Schweizer Schwestergesellschaft, wofür die Pflichtige eine Entschädigung leistete. Das kantonale Steueramt erachtete den Preis für die IPR und Kundenbeziehungen als nicht drittvergleichskonform und gelangte zum Schluss, es liege eine verdeckte Gewinnausschüttung vor. Die Gewinnaufrechnung erfolgte als Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen.] Vereinigung der Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011/12) und der Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014/15) (E. 1.2). Definition der verdeckten Gewinnausschüttung (E. 3). Dem im Zeitpunkt des Beteiligungskaufs vorhandenen Unternehmenswert steht ein massiv niedrigerer Wert für die immateriellen Vermögenswerte gegenüber, was dem kantonalen Steueramt berechtigterweise Anlass zu einer Buchprüfung gab (E. 4.3). Die grosse Diskrepanz der Werte gemäss der von der Pflichtigen eingereichten Transferpreisstudie zum Aktienkaufpreis und zum Ergebnis der Purchase Price Allocation (PPA) war geeignet, die Richtigkeit der Transferpreisstudie in Zweifel zu ziehen. Der Schluss der Vorinstanz, die Auflage sei nicht erfüllt worden und der Sachverhalt unklar geblieben, erweist sich als zutreffend (E. 4.5 f.). Ermessensveranlagungen können nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden (E. 5.1). Vorliegend wurden die versäumten Handlungen weder im Einsprache- noch im Rekursverfahren nachgeholt, sodass die Ermessensveranlagung weiterhin Bestand hat. Die steueramtliche Schätzung der immateriellen Vermögenswerte stützte sich zu Recht auf das PPA ab (E. 5.4). Verhältnismässigkeit der Auflage (E. 5.6). Bestätigung der Ermessensveranlagung auch betreffend Höhe der Schätzung (E. 5.9). Hinsichtlich der weiteren, aufgerechneten verdeckten Gewinnausschüttung bezüglich Funktionsverlagerung und –rückstufung kam die Vorinstanz zum Schluss, ein diesbezüglicher Entschädigungsanspruch sei erst dem nachfolgenden Geschäftsjahr zuzuordnen (E. 6.2 f.). Die Pflichtige verfügte im folgenden Geschäftsjahr jedoch weder über eine erkennbare operative Tätigkeit noch über personelle Substanz (E. 6.5). Die Vorinstanz hat in einem weiteren Rechtsgang die Zulässigkeit der Ermessensveranlagung im Bereich der Funktionsverlagerung und –rückstufung zu überprüfen (E. 6.8). Teilweise Gutheissung der Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011/12) und Rückweisung/Abweisung der Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014/15). Stichworte: DEALING AT ARM'S LENGTH DEALING AT ARMS LENGTH DRITTVERGLEICH ERMESSENSEINSCHÄTZUNG ERMESSENSVERANLAGUNG GEISTIGES EIGENTUM GOODWILL INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS JURISTISCHE PERSON KONZERN KONZERNVERHÄLTNIS NAHESTEHENDE GESELLSCHAFT REINGEWINN SCHÄTZUNG SCHWESTERGESELLSCHAFT TRANSFERPREIS TRANSFERPREISSTUDIE ÜBERNAHME UNRICHTIGKEITSNACHWEIS VERDECKTE GEWINNAUSSCHÜTTUNG VERRECHNUNGSPREISE Rechtsnormen: Art. 58 Abs. I lit. b DBG Art. 132 Abs. III DBG § 64 Abs. I lit. e Ziff. II StG § 140 Abs. II StG Publikationen: - keine - Gewichtung: (1 von hoher / 5 von geringer Bedeutung) Gewichtung: 1 Stichworte: DEALING AT ARM'S LENGTH DEALING AT ARMS LENGTH DRITTVERGLEICH ERMESSENSEINSCHÄTZUNG ERMESSENSVERANLAGUNG GEISTIGES EIGENTUM GOODWILL INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS JURISTISCHE PERSON KONZERN KONZERNVERHÄLTNIS NAHESTEHENDE GESELLSCHAFT REINGEWINN SCHÄTZUNG SCHWESTERGESELLSCHAFT TRANSFERPREIS TRANSFERPREISSTUDIE ÜBERNAHME UNRICHTIGKEITSNACHWEIS VERDECKTE GEWINNAUSSCHÜTTUNG VERRECHNUNGSPREISE DEALING AT ARM'S LENGTH DEALING AT ARMS LENGTH DRITTVERGLEICH ERMESSENSEINSCHÄTZUNG ERMESSENSVERANLAGUNG GEISTIGES EIGENTUM GOODWILL INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS JURISTISCHE PERSON KONZERN KONZERNVERHÄLTNIS NAHESTEHENDE GESELLSCHAFT REINGEWINN SCHÄTZUNG SCHWESTERGESELLSCHAFT TRANSFERPREIS TRANSFERPREISSTUDIE ÜBERNAHME UNRICHTIGKEITSNACHWEIS VERDECKTE GEWINNAUSSCHÜTTUNG VERRECHNUNGSPREISE Rechtsnormen: Art. 58 Abs. I lit. b DBG Art. 132 Abs. III DBG § 64 Abs. I lit. e Ziff. II StG § 140 Abs. II StG Art. 58 Abs. I lit. b DBG Art. 132 Abs. III DBG § 64 Abs. I lit. e Ziff. II StG § 140 Abs. II StG Publikationen: - keine - Gewichtung: (1 von hoher / 5 von geringer Bedeutung) Gewichtung: 1 Verwaltungsgericht des Kantons Zürich 2. Abteilung Verwaltungsgericht

Verwaltungsgericht des Kantons Zürich

des Kantons Zürich 2. Abteilung

2. Abteilung SB.2020.00011/12 SB.2020.00014/15

Urteil

Urteil der 2. Kammer

der 2. Kammer vom 29. September 2021

Mitwirkend: Abteilungspräsident Andreas Frei (Vorsitz), Verwaltungsrichterin Viviane Sobotich, Ersatzrichter Marco Greter, Gerichtsschreiberin Jsabelle Mayer.

(Vorsitz) SB.2020.00011/12:

In Sachen

1. Staat Zürich,

1. Staat Zürich, 2. Schweizerische Eidgenossenschaft,

2. Schweizerische Eidgenossenschaft, beide vertreten durch das kantonale Steueramt,

beide vertreten durch das kantonale Steueramt, Beschwerdeführende,

Beschwerdeführende, gegen

A AG, vertreten durch RA B und/oder RA C,

A AG, vertreten durch RA B und/oder RA C, Beschwerdegegnerin,

Beschwerdegegnerin, betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011, Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011,

betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011, Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011, sowie

sowie SB.2020.00014/15:

SB.2020.00014/15: In Sachen

In Sachen A AG, vertreten durch RA B und/oder RA C,

A AG, vertreten durch RA B und/oder RA C, Beschwerdeführerin,

Beschwerdeführerin, gegen

1. Staat Zürich,

1. Staat Zürich, 2. Schweizerische Eidgenossenschaft,

2. Schweizerische Eidgenossenschaft, beide vertreten durch das kantonale Steueramt,

beide vertreten durch das kantonale Steueramt, Beschwerdegegnerschaft,

Beschwerdegegnerschaft, betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011,

betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011, Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011,

Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011, hat sich ergeben:

I.

Die im Jahr 2000 von Forschern der Hochschule D gegründete A AG (nachfolgend: die Pflichtige) bezweckt die Entwicklung und den Vertrieb von..., insbesondere in den Bereichen.... Sie hatte bis zur Sitzverlegung nach F/Kt. G im Jahr 2021 ihren Sitz in W/Kt. ZH.

Mit Vertrag vom 16. Juni 2011 wurde sie vom Konzern E, Land Q, bzw. einer von dieser zu diesem Zweck gegründeten Akquisitionsgesellschaft für einen Aktienkaufpreis von EUR … übernommen. Gleichentags schloss sie mit der sich in Gründung befindlichen (am 7. September 2011 ins Handelsregister eingetragenen) E-Schweiz AG zwei Verträge ab, in denen sie sich einerseits zur Erbringung von allgemeinen und administrativen Dienstleistungen und andererseits zu Forschung und Entwicklung verpflichtete. Per 30. September 2011 verkaufte die Pflichtige sämtliche ''Intellectual Property Rights'' (IPR) und ''Non-Viral Contracts'' an die E-Company, eine Gesellschaft in U mit steuerlichem Sitz auf der Insel V, zum Preis von EUR … für die IPR und EUR … für die ''Non-Viral Contracts''. Die Preise entsprachen einer von der Firma I erstellten (undatierten) Transferpreisstudie, die dem kantonalen Steueramt mit Schreiben vom 1. März 2013 eingereicht wurde.

Die Pflichtige verlegte nach der Übernahme ihren Bilanzstichtag auf den 30. September vor und wies in ihrer Steuererklärung für die verkürzte Steuerperiode vom 01.01.–30.09.2011 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. … aus (bei einem Verlust von Fr. …). Im Rahmen seiner Untersuchung stellte der steueramtliche Revisor der Pflichtigen u.a. mit E-Mail vom 28. Februar 2014 diverse Tabellen bezüglich einer Reihe von Konten zu, mit der Aufforderung, diese auszufüllen. Am 7. Juli 2014 wiederholte er diese Aufforderung in einer förmlichen Auflage und verlangte darin zusätzliche Unterlagen gemäss einer beigelegten Liste. Die Pflichtige reichte am 5. September 2014 auf zwei Memorysticks eine Reihe von Dokumenten ein.

Mit E-Mail vom 3. Dezember 2014 stellte der steueramtliche Revisor eine Aufrechnung von verdeckten Gewinnausschüttungen in Aussicht. Nach einer Besprechung mahnte der Revisor am 30. Januar 2015 die Erfüllung der Auflage vom 7. Juli 2014 und am 27. März 2015 versandte er Einschätzungsvorschläge für die Steuerperiode 01.01.–30.09.2011. Darin sah er u.a. die Aufrechnung einer verdeckten Gewinnausschüttung durch unterpreislichen Verkauf immaterieller Werte vor. Am 21. April 2015 widerrief er diese Vorschläge. Nach einer weiteren Besprechung und Korrespondenz setzte das kantonale Steueramt am 4. September 2015 für die Steuerperiode 01.01.–30.09.2011 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer sowie ein steuerbares Eigenkapital von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern fest. Der veranlagte steuerbare Reingewinn umfasste eine verdeckte Gewinnausschüttung in Höhe von Fr. … aus dem Verkauf der IPR und Kundenbeziehungen an die E-Company. Weil die Pflichtige die Auflage vom 7. Juli 2014 trotz Mahnung nicht erfüllt habe, erging die Gewinnaufrechnung als Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen.

Hiergegen liess die Pflichtige am 7. Oktober 2015 Einsprache erheben. Am 20. Mai 2016 versandte das kantonale Steueramt eine Auflage im Einspracheverfahren, deren Inhalt in einem Begleitbrief begründet wurde. Nach weiteren Korrespondenzen und einer erneuten Besprechung erliess der Steuerkommissär am 24. Februar 2017 eine weitere Auflage zur Einreichung von Unterlagen zwecks Bewertung, die er am 24. März 2017 durch eine überarbeitete Auflage ersetzte. Nach weiteren Eingaben der Pflichtigen und einer weiteren Besprechung mahnte das kantonale Steueramt am 18. Dezember 2017 seine Auflage, worauf die Pflichtige am 12. Januar 2018 reagierte. Am 24. September 2018 wies das kantonale Steueramt die Einsprachen ab und bestätigte die mit dem Einschätzungsentscheid bzw. der Veranlagungsverfügung festgesetzten Steuerfaktoren.

Hiergegen liess die Pflichtige am 7. Oktober 2015 Einsprache erheben. Am 20. Mai 2016 versandte das kantonale Steueramt eine Auflage im Einspracheverfahren, deren Inhalt in einem Begleitbrief begründet wurde. Nach weiteren Korrespondenzen und einer erneuten Besprechung erliess der Steuerkommissär am 24. Februar 2017 eine weitere Auflage zur Einreichung von Unterlagen zwecks Bewertung, die er am 24. März 2017 durch eine überarbeitete Auflage ersetzte. Nach weiteren Eingaben der Pflichtigen und einer weiteren Besprechung mahnte das kantonale Steueramt am 18. Dezember 2017 seine Auflage, worauf die Pflichtige am 12. Januar 2018 reagierte. Am 24. September 2018 wies das kantonale Steueramt die Einsprachen ab und bestätigte die mit dem Einschätzungsentscheid bzw. der Veranlagungsverfügung festgesetzten Steuerfaktoren. II.

II. Die gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel wurden vom Steuerrekursgericht am 20. Dezember 2019 teilweise gutgeheissen. Das Steuerrekursgericht unterschied bei der Beurteilung der verdeckten Gewinnausschüttung im Wesentlichen – entsprechend der Differenzierung in den Einspracheentscheiden – zwischen Übertragung identifizierbarer immaterieller Werte einerseits und Entnahmen infolge Funktionsrückstufung und -verlagerung. Die Rechtsmittel wurden hinsichtlich der Gewinnaufrechnung zufolge unterpreislicher Veräusserung von immateriellen Werten abgewiesen, betreffend Funktionsrückstufung und Funktionsverlagerung jedoch gutgeheissen. Die verdeckte Gewinnausschüttung reduzierte sich gemäss Steuerrekursgericht auf Fr. …, was nach Abzug der Verlustvorträge und einer entsprechenden zusätzlichen Steuerrückstellung einen steuerbaren Reingewinn von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern ergab.

Die gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel wurden vom Steuerrekursgericht am 20. Dezember 2019 teilweise gutgeheissen. Das Steuerrekursgericht unterschied bei der Beurteilung der verdeckten Gewinnausschüttung im Wesentlichen – entsprechend der Differenzierung in den Einspracheentscheiden – zwischen Übertragung identifizierbarer immaterieller Werte einerseits und Entnahmen infolge Funktionsrückstufung und -verlagerung. Die Rechtsmittel wurden hinsichtlich der Gewinnaufrechnung zufolge unterpreislicher Veräusserung von immateriellen Werten abgewiesen, betreffend Funktionsrückstufung und Funktionsverlagerung jedoch gutgeheissen. Die verdeckte Gewinnausschüttung reduzierte sich gemäss Steuerrekursgericht auf Fr. …, was nach Abzug der Verlustvorträge und einer entsprechenden zusätzlichen Steuerrückstellung einen steuerbaren Reingewinn von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. … für die Staats- und Gemeindesteuern ergab. III.

III. Mit Beschwerden an das Verwaltungsgericht vom 11. Februar 2020 (Verfahren SB.2020.00011 und SB.2020.00012) beantragte das kantonale Steueramt die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts unter Kostenfolge und Bestätigung der Einspracheentscheide vom 24. September 2018. Die Eidgenössische Steuerverwaltung nahm zu den Beschwerden des kantonalen Steueramts insoweit Stellung, als die direkte Bundessteuer betroffen war, und beantragte Gutheissung, während das Steuerrekursgericht auf Vernehmlassung verzichtete.

Mit Beschwerden an das Verwaltungsgericht vom 11. Februar 2020 (Verfahren SB.2020.00011 und SB.2020.00012) beantragte das kantonale Steueramt die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts unter Kostenfolge und Bestätigung der Einspracheentscheide vom 24. September 2018. Die Eidgenössische Steuerverwaltung nahm zu den Beschwerden des kantonalen Steueramts insoweit Stellung, als die direkte Bundessteuer betroffen war, und beantragte Gutheissung, während das Steuerrekursgericht auf Vernehmlassung verzichtete. Die Pflichtige liess ihrerseits am 14. Februar 2020 Beschwerden (Verfahren SB.2020.00014 und SB.2020.00015) erheben und die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts unter Kosten- und Entschädigungsfolge beantragen. Sie beantragte die Festsetzung eines steuerbaren Reingewinns von Fr. … bzw. eventualiter Rückweisung zum Neuentscheid im Sinn der Ausführungen an das kantonale Steueramt und subeventualiter Rückweisung an die Vorinstanz. Ferner beantragte sie die Einsetzung eines gerichtlichen Gutachters zur Ermittlung der strittigen Verrechnungspreise. Das kantonale Steueramt beantragte Abweisung der Beschwerden der Pflichtigen, während das Steuerrekursgericht auf Vernehmlassung verzichtete.

Die Pflichtige liess ihrerseits am 14. Februar 2020 Beschwerden (Verfahren SB.2020.00014 und SB.2020.00015) erheben und die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts unter Kosten- und Entschädigungsfolge beantragen. Sie beantragte die Festsetzung eines steuerbaren Reingewinns von Fr. … bzw. eventualiter Rückweisung zum Neuentscheid im Sinn der Ausführungen an das kantonale Steueramt und subeventualiter Rückweisung an die Vorinstanz. Ferner beantragte sie die Einsetzung eines gerichtlichen Gutachters zur Ermittlung der strittigen Verrechnungspreise. Mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2020 wurden die Verwaltungsgerichtsbeschwerden des kantonalen Steueramts betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (SB.2020.00011) und die direkte Bundessteuer (SB.2020.00012) für die Steuerperiode vom 01.01.–30.09.2011 vereinigt. Mit Präsidialverfügung vom 19. Februar 2020 wurden die entsprechenden Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014 und SB.2020.00015) für dieselbe Steuerperiode vereinigt.

Mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2020 wurden die Verwaltungsgerichtsbeschwerden des kantonalen Steueramts betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (SB.2020.00011) und die direkte Bundessteuer (SB.2020.00012) für die Steuerperiode vom 01.01.–30.09.2011 vereinigt. Mit Präsidialverfügung vom 19. Februar 2020 wurden die entsprechenden Beschwerden der Pflichtigen (SB.2020.00014 und SB.2020.00015) für dieselbe Steuerperiode vereinigt. Mit Beschwerdeantwort vom 17. März 2020 beantragte die Pflichtige Abweisung der Beschwerden des kantonalen Steueramts unter Kosten- und Entschädigungsfolge. Das kantonale Steueramt beantragte mit Beschwerdeantwort vom 19. März 2020 die Abweisung der Beschwerden der Pflichtigen sowie die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts und Bestätigung der Einspracheentscheide unter Kostenfolge zulasten der Pflichtigen. In prozessualer Hinsicht beantragte das kantonale Steueramt die Vereinigung der von der Pflichtigen eingeleiteten Beschwerdeverfahren mit denjenigen, die von den Steuerbehörden in derselben Angelegenheit eingeleitet wurden. Das Steuerrekursgericht verzichtete auf Vernehmlassung.

Mit Beschwerdeantwort vom 17. März 2020 beantragte die Pflichtige Abweisung der Beschwerden des kantonalen Steueramts unter Kosten- und Entschädigungsfolge. Das kantonale Steueramt beantragte mit Beschwerdeantwort vom 19. März 2020 die Abweisung der Beschwerden der Pflichtigen sowie die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts und Bestätigung der Einspracheentscheide unter Kostenfolge zulasten der Pflichtigen. In prozessualer Hinsicht beantragte das kantonale Steueramt die Vereinigung der von der Pflichtigen eingeleiteten Beschwerdeverfahren mit denjenigen, die von den Steuerbehörden in derselben Angelegenheit eingeleitet wurden. Das Steuerrekursgericht verzichtete auf Vernehmlassung. Die Pflichtige beantragte am 15. April 2020 Akteneinsicht, was ihr vom Verwaltungsgericht gewährt wurde. Die Pflichtige nahm innert erstreckter Frist am 16. Juni 2020 Stellung und reichte dazu am 31. Juli 2020 einen Nachtrag ein, in welchem sie ein in der Eingabe enthaltenes Versehen korrigierte. Das kantonale Steueramt nahm seinerseits am 27. April 2020 Stellung zur Beschwerdeantwort der Pflichtigen im eigenen Verfahren, worauf die Pflichtige am 31. Juli 2020 mit einer Duplik antwortete.

Die Pflichtige beantragte am 15. April 2020 Akteneinsicht, was ihr vom Verwaltungsgericht gewährt wurde. Die Pflichtige nahm innert erstreckter Frist am 16. Juni 2020 Stellung und reichte dazu am 31. Juli 2020 einen Nachtrag ein, in welchem sie ein in der Eingabe enthaltenes Versehen korrigierte. Das kantonale Steueramt nahm seinerseits am 27. April 2020 Stellung zur Beschwerdeantwort der Pflichtigen im eigenen Verfahren, worauf die Pflichtige am 31. Juli 2020 mit einer Duplik antwortete. Die Kammer erwägt:

Die Kammer erwägt: 1.

1.1 Die Beschwerden SB.2020.00011 (Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011) und SB.2020.00012 (Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011) des kantonalen Steueramts betreffen dieselbe Pflichtige, den gleichen Sachverhalt und dieselbe Rechtslage, weshalb sich die Vereinigung der Verfahren mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2020 rechtfertigte. Sinngemäss dasselbe gilt für die von der Pflichtigen erhobenen Beschwerden SB.2020.00014 (Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011) und SB.2020.00015 (Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011).

1.1 Die Beschwerden SB.2020.00011 (Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011) und SB.2020.00012 (Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011) des kantonalen Steueramts betreffen dieselbe Pflichtige, den gleichen Sachverhalt und dieselbe Rechtslage, weshalb sich die Vereinigung der Verfahren mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2020 rechtfertigte. Sinngemäss dasselbe gilt für die von der Pflichtigen erhobenen Beschwerden SB.2020.00014 (Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011) und SB.2020.00015 (Direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011). 1.2

1.2 1.2.1 Die vom kantonalen Steueramt erhobenen Beschwerden SB.2020.00011/ SB.2020.00012 und die Beschwerden der Pflichtigen SB.2020.00014/SB.2020.00015 betreffen denselben Entscheid des Steuerrekursgerichts und dieselben Parteien. Die vier Beschwerdeverfahren sind deshalb zu vereinigen.

1.2.1 1.2.2 Die Pflichtige vertritt mit Schreiben vom 15. Juni 2020 allerdings die Meinung, die Beschwerdeverfahren sollten angesichts unterschiedlicher Fragestellungen separat geführt bleiben. Dieser Auffassung kann nicht beigetreten werden. Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben (§ 83 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 [StG] bzw. Art. 79 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG]). Das kantonale Steueramt hat gemäss § 139 Abs. 1 StG bzw. Art. 131 Abs. 1 DBG die Steuerfaktoren und den Steuertarif für die streitbetroffene Steuerperiode festgesetzt. Das Steuerverfahrensrecht sieht für die Festsetzung der Steuerfaktoren keine Teilentscheide vor. Die gesonderte rechtskräftige Festsetzung einzelner Elemente der Steuerfaktoren ist auch deshalb nicht möglich, weil aus dem rechtskräftigen Veranlagungs- bzw. Rechtsmittelentscheid die Steuerforderung abgeleitet wird, welche stets die gesamten steuerbaren Faktoren (steuerbarer Reingewinn und Kapital für juristische Personen) für die betreffende Steuerperiode umfasst. Im Rechtsmittelverfahren ist deshalb in einem einzigen Urteil darüber zu entscheiden.

2.

2. 2.1 Mit der Steuerbeschwerde an das Verwaltungsgericht betreffend die Staats- und Gemeindesteuern können laut § 153 Abs. 3 StG alle Rechtsverletzungen, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden.

Das Verwaltungsgericht hat sich infolgedessen auf die reine Rechtskontrolle zu beschränken; dazu gehört auch die Prüfung, ob die Vorinstanzen den rechtserheblichen Sachverhalt gesetzmässig festgestellt haben. Dem Gericht ist es daher verwehrt, das vom Steuerrekursgericht in Übereinstimmung mit dem Gesetz ausgeübte Ermessen auf Angemessenheit hin zu überprüfen und so sein Ermessen anstelle desjenigen des Steuerrekursgerichts zu setzen. Die Prüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts erstreckt sich lediglich auf rechtsverletzende Ermessensfehler, d.h. auf Ermessenüberschreitung und auf Ermessensmissbrauch (RB 1999 Nr. 147).

2.2 Für die Beschwerde an das Verwaltungsgericht als weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz im Bereich der direkten Bundessteuer gelten laut Art. 145 Abs. 2 DBG die Vorschriften von Art. 140 bis 144 DBG über das Beschwerdeverfahren vor der kantonalen Rekurskommission "sinngemäss", was nach der Rechtsprechung dahingehend auszulegen ist, dass die Überprüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts gleich wie bei den Staats- und Gemeindesteuern auf die Rechtskontrolle beschränkt ist (BGE 131 II 548 E. 2.5; vgl. RB 1999 Nr. 147).

2.3

2.3.1 Im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht gilt für die Staats- und Gemeindesteuern wie für die direkte Bundessteuer das Novenverbot (BGE 131 II 548 E. 2.2.2). Für das Verwaltungsgericht ist somit die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Steuerrekursgericht. Tatsachen oder Beweismittel, die nicht spätestens im Verfahren vor Steuerrekursgericht behauptet bzw. vorgelegt oder angerufen worden sind, dürfen infolgedessen im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht grundsätzlich nicht nachgebracht werden (RB 1999 Nrn. 149 und 150, bestätigt in BGE 131 II 548 E. 2.3).

Im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht gilt für die Staats- und Gemeindesteuern wie für die direkte Bundessteuer das (BGE 131 II 548 E. 2.2.2). Für das Verwaltungsgericht ist somit die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Steuerrekursgericht. Tatsachen oder Beweismittel, die nicht spätestens im Verfahren vor Steuerrekursgericht behauptet bzw. vorgelegt oder angerufen worden sind, dürfen infolgedessen im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht grundsätzlich nicht nachgebracht werden (RB 1999 Nrn. 149 und 150, bestätigt in BGE 131 II 548 E. 2.3). 2.3.2 Vom Novenverbot ausgenommen sind dagegen echte Noven, namentlich neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel, die auf einem Revisions- oder Nachsteuergrund (§ 155 bzw. § 160 StG und Art. 147 bzw. Art. 151 DBG) beruhen oder der Stützung von geltend gemachten Rechtsverletzungen dienen, die ihrer Natur nach neuer tatsächlicher Vorbringen oder Beweismittel bedürfen. Neue, erstmals vor Verwaltungsgericht gestellte Rechtsbegehren sind schliesslich allgemein zulässig, sofern sie sich nicht auf Tatsachen und Beweismittel stützen, welche unter das Novenverbot fallen (RB 1999 Nr. 149).

2.3.2 Vom ausgenommen sind dagegen echte Noven, namentlich neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel, die auf einem Revisions- oder Nachsteuergrund (§ 155 bzw. § 160 StG und Art. 147 bzw. Art. 151 DBG) beruhen oder der Stützung von geltend gemachten Rechtsverletzungen dienen, die ihrer Natur nach neuer tatsächlicher Vorbringen oder Beweismittel bedürfen. Neue, erstmals vor Verwaltungsgericht gestellte Rechtsbegehren sind schliesslich allgemein zulässig, sofern sie sich nicht auf Tatsachen und Beweismittel stützen, welche unter das fallen (RB 1999 Nr. 149). 2.3.3 Die Pflichtige beantragt beschwerdeweise die Einsetzung eines gerichtlichen Gutachters zur Ermittlung der strittigen Verrechnungspreise. Derselbe Antrag wurde bereits im vorinstanzlichen Verfahren gestellt und vom Steuerrekursgericht abgewiesen, was im Rahmen der Rechtskontrolle beurteilt werden kann. Weil die Überprüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts auf die reine Rechtskontrolle beschränkt ist, ist im Beschwerdeverfahren die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Steuerrekursgericht. Neue Beweismittel fallen unter das Novenverbot. Die Einsetzung eines Gutachters in diesem Verfahren ist daher ausgeschlossen (siehe E. 5.4). Auf den Antrag ist nicht weiter einzugehen. die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Steuerrekursgericht 3.

Gegenstand des Verfahrens sind nach dem Aktionärswechsel durchgeführte Reorganisationsmassnahmen, die mit der Veräusserung von Vermögenswerten der Pflichtigen an andere Konzerngesellschaften und der Aufgabe von angestammten operativen Tätigkeiten verbunden waren. Der Streit dreht sich um die Frage, ob die Pflichtige zugunsten von nahestehenden Gesellschaften Leistungen zu Konditionen erbracht hat, die den steuerrechtlichen Grundsätzen über die Angemessenheit von Leistung und Gegenleistung unter verbundenen Personen nicht standhalten und ob sie aus diesem Grund der Gewinnsteuer unterliegende geldwerte Leistungen bzw. verdeckte Gewinnausschüttungen erbracht hat.

Gegenstand des Verfahrens sind nach dem Aktionärswechsel durchgeführte Reorganisationsmassnahmen, die mit der Veräusserung von Vermögenswerten der Pflichtigen an andere Konzerngesellschaften und der Aufgabe von angestammten operativen Tätigkeiten verbunden waren. Der Streit dreht sich um die Frage, ob die Pflichtige zugunsten von nahestehenden Gesellschaften Leistungen zu Konditionen erbracht hat, die den steuerrechtlichen Grundsätzen über die Angemessenheit von Leistung und Gegenleistung unter verbundenen Personen nicht standhalten und ob sie aus diesem Grund der Gewinnsteuer unterliegende geldwerte Leistungen bzw. verdeckte Gewinnausschüttungen erbracht hat. 3.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss § 64 Abs. 1 StG und Art. 58 Abs. 1 DBG unter anderem zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahrs (Ziff. 1 bzw. lit. a) sowie ''allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte'' (§ 64 Abs. 1 Ziff. 2 lit. e StG bzw. Art. 58 Abs. 1 lit. b 5. Lemma DBG).

3.2 Auf eine verdeckte Gewinnausschüttung ist zu schliessen, wenn eine juristische Person, sich entreichernd, ihren Gesellschaftern oder ihr sonst nahestehenden Personen bewusst Vorteile zuwendet, die sie unbeteiligten Dritten nicht einräumen würde (VGr, 16. Dezember 2015, SB.2015.00005, E. 3.2; RB 1985 Nr. 42 = StE 1985 B 72.13.22 Nr. 4, mit Hinweisen). Wie das Steuerrekursgericht zutreffend erwogen hat, fallen darunter auch geldwerte Leistungen in Form von Ertragsverzichten zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahestehenden Person. Diese – auch als Gewinnvorwegnahme bezeichnete – Form der geldwerten Leistung liegt vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise verzichtet und die entsprechenden Erträge direkt dem Aktionär oder diesem nahestehenden Personen zufliessen bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (BGr, 22. September 2011, 2C_180/2011 und 2C_181/2011, E. 3.2). Leistung und Gegenleistung müssen nach der Rechtsprechung einem sog. Dritt- bzw. Fremdvergleich standhalten. Die Gesellschaft, welche mit einem Aktionär oder einer diesem nahestehenden Person ein Rechtsgeschäft abschliesst, muss dies somit zu den Bedingungen tun, zu welchen sie es auch mit einem unabhängigen Dritten tun würde (BGr, 3. Mai 2021, 2C_548/2020 und 2C_551/2020, E. 2.2; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, Steuerverfahrensrecht, Beweislast, Drittvergleich, ''dealing at arm's length'', Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 58 DBG, ASA 77, S. 657 ff., S. 673 mit Hinweisen).

3.3 Was die Beweislastverteilung betrifft, so gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen und die steuerpflichtige Person für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen trägt (BGE 140 II 248 E. 3.5; BGE 121 II 257 E. 4c/aa). Bei geldwerten Leistungen ist es grundsätzlich an der Steuerbehörde, den Nachweis zu erbringen, dass einer Leistung der Gesellschaft keine oder keine angemessene Gegenleistung gegen­übersteht. Gelingt ihr dies nicht, so trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (vgl. [anstelle vieler] BGr, 1. September 2009, 2C_265/2009, E. 2.4; BGr, 23. Juli 2009, 2C_76/2009, E. 2.2 mit Hinweis). Dabei ist im Zusammenhang mit sogenannten verdeckten Gewinnausschüttungen (dazu E. 4.5) freilich immerhin zu beachten, dass bei genügend durch die Steuerbehörde vorgebrachten Indizien, welche auf eine Unangemessenheit bei der Gegenleistung schliessen lassen, es dem Steuerpflichtigen obliegt, den Nachweis für seine gegenteilige Behauptung zu erbringen (BGr, 27. September 2019, 2C_343/2019, E. 5.2; BGr, 23. April 2019, 2C_49/2018 und 2C_70/2018, E. 4.2.4).

4.

4.1 Nach den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts hatte die E-Gruppe, Land Q, mit Vertrag vom 16. Juni 2011 über eine Akquisitionsgesellschaft sämtliche Aktien der Pflichtigen zum Preis von EUR … (Fr. …) gekauft. In diesem Zeitpunkt beschäftigte die Pflichtige nach den vorinstanzlichen Feststellungen eigenes Personal mit 57,9 Vollzeitstellen. Sie hatte zudem rund 100 lokale Partner als... unter Vertrag. Weiter hielt sie eine deutsche Tochtergesellschaft mit Sitz in O und eine Zweigniederlassung in P, die Forschungs-, Entwicklungs- und Marketingdienstleistungen erbrachte und ihrerseits das Äquivalent von 46,4 Vollzeitarbeitskräften beschäftigte. Zudem hielt sie weitere Tochtergesellschaften in den Ländern Q, R, S und T, die für die Pflichtige Lizenzen verkauften. Der Kundenstamm umfasste namhafte Grossunternehmen wie K, L, M, N etc.

4.2 Unmittelbar nach der Übernahme schloss die Pflichtige gemäss den Feststellungen des Steuerrekursgerichts mit der (noch nicht gegründeten) E-Schweiz AG zwei Verträge ab. Überdies verkaufte sie per 30. September 2011 sämtliche ''Intellectual Property Rights'' und ''Non-Viral Contracts'' (nachfolgend: immaterielle Vermögenswerte) an eine ausländische Konzerngesellschaft. Ferner übertrug sie mit Vertrag vom 2. November 2011 das noch verbliebene Betriebsvermögen und die in diesem Zeitpunkt noch beschäftigten Mitarbeitenden rückwirkend per 1. Oktober 2011 auf die E-Schweiz AG. Die Pflichtige entrichtete letzterer dafür zusätzlich eine Entschädigung von Fr...., weil die Buchwerte der Passiven diejenigen der Aktiven überstiegen. Wie das Steuerrekursgericht unwidersprochen feststellte, verfügte die Pflichtige im auf die Beteiligungstransaktion folgenden Geschäftsjahr vom 01.10.2011–30.09.2012 weder über eine erkennbare operative Tätigkeit noch über personelle Substanz. Die Überführung des materiellen und immateriellen Betriebsvermögens und des Personals der Pflichtigen auf andere Gesellschaften des Konzerns E entsprach nach den Feststellungen des Steuerrekursgerichts einem Integrationsplan, der bereits vor dem Beteiligungserwerb in einem Entwurf einer Power-Point-Präsentation der E-Gruppe festgehalten war.

4.3 Die konzerninternen Reorganisationsmassnahmen erfolgten zum Teil gegen Entschädigung, deren Angemessenheit umstritten ist. Der im Zeitpunkt des Beteiligungskaufs vorhandene – vom Aktienkaufpreis abgeleitete – Unternehmenswert von Fr. … hatte infolge der konzerninternen Übertragungen von Vermögenswerten und Personal sowie den von den zuständigen Organen vorgegebenen Veränderungen im Aufgabenbereich der Pflichtigen massiv abgenommen. Die von der Pflichtigen in diesem Zusammenhang vereinnahmten Entschädigungen waren gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen wesentlich tiefer als der Wertverlust der Beteiligung. Die Feststellung des Steuerrekursgerichts, der Umstand, dass dem Aktienpreis nur gerade ein (angeblicher) Wert von Fr. … für die immateriellen Vermögenswerte gegenüberstand und der verbleibende Betrieb sogar nur gegen Leistung einer Entschädigung der Pflichtigen auf die Schwestergesellschaft übertragen wurde, rufe nach einer Erklärung, ist durchaus begründet. Hinzu kommt, dass aus den im Internet einsehbaren Unterlagen des Konzerns weitere Informationen zur Transaktion hervorgingen, die Zweifel am für die immateriellen Vermögenswerte vereinbarten Kaufpreis weckten. Dem steueramtlichen Revisor lag ein Jahresbericht des börsenkotierten Konzerns E vor, der bei der United States Securities and Exchange Commission eingereicht worden war. Diesem Dokument war u.a. unter dem Kapitel ''Acquisitions'' eine ''Purchase Price Allocation'' (kurz: PPA) zu entnehmen, welche den für die Pflichtige bezahlten Kaufpreis aus Konzernsicht aufgliederte. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen, worauf verwiesen werden kann, entfiel demnach ein Kaufpreisanteil von USD … auf ''customer relationships'' und USD … auf Goodwill. Wie das Steuerrekursgericht zutreffend feststellte, bestand vor diesem Hintergrund der begründete Anlass, eine Untersuchung darüber zu führen, ob ein Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung besteht. Die Anordnung einer steueramtlichen Buchprüfung war daher begründet und gesetzmässig.

4.4 Der steueramtliche Revisor verlangte von der damaligen Vertreterin der Pflichtigen zunächst in einer E-Mail und sodann mit förmlicher Auflage vom 7. Juli 2014 zahlreiche Unterlagen zu den Steuerperioden 2011 und 2012, u.a. über konzerninterne Verrechnungen, übertragene Vermögenswerte, stille Reserven und Bewertungsmodelle zu den immateriellen Anlagen. Gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen forderte er u.a. auch das Ausfüllen einer Tabelle bezüglich der immateriellen Anlagen, in Kategorien aufgegliedert, mit den einzelnen Bestandteilen und mit grösstmöglichem Detaillierungsgrad sowie unter Angabe der Bewertungsmodelle. Die daraufhin von der Pflichtigen digital auf einem Memorystick eingereichten Dokumente betrafen jedoch vor allem andere Auflagepunkte. Nach den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts unterliess es die Pflichtige, die verlangte Tabelle auszufüllen und waren die geforderten Angaben den übrigen Unterlagen nicht zu entnehmen. Am 30. Januar 2015 mahnte der Revisor erfolglos die Erfüllung der Auflage und verlangte zudem die Zustellung der Bewertungsmodelle, die bei der Erstellung des US-Konzernabschlusses bezüglich der immateriellen Anlagen verwendet worden waren. In der Antwort vom 27. Februar 2015 legte die Pflichtige lediglich die Bewertung gemäss den Transferpreisstudien der Firma I näher dar und äusserte sich zu den Gründen, weshalb die Bewertung gemäss PPA ihrer Ansicht nach für den Drittvergleich nicht massgebend sei. Sie reichte jedoch weder die (mehrfach) verlangte ausgefüllte Tabelle noch die Grundlagen und Einzelheiten der Bewertung gemäss PPA ein.

4.5 Gemäss den zutreffenden Feststellungen des Steuerrekursgerichts, auf die verwiesen werden kann, war die grosse Diskrepanz der Werte gemäss Transferpreisstudie der Firma I zum Aktienkaufpreis und zum Ergebnis der PPA geeignet, die Richtigkeit der Transferpreisstudie in Zweifel zu ziehen. Selbst wenn die Einwände gegen die Vergleichbarkeit mit der PPA zuträfen, liesse sich die (von der Pflichtigen zu Unrecht bestrittene) Relevanz der PPA ohne die bei der Erstellung verwendeten Daten nicht verifizieren. Der Aktienkaufpreis wurde unter unabhängigen Dritten vereinbart und entsprach deshalb dem Unternehmenswert im Zeitpunkt des Beteiligungserwerbs. Die Transferpreisstudie war gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen erst nachträglich im Jahr 2012 ausgefertigt worden und ist in verschiedener Hinsicht unvollständig, was von der Pflichtigen nicht widerlegt wurde. Das Steuerrekursgericht kam deshalb zum Schluss, die Auflage sei nicht erfüllt worden und der Sachverhalt sei unklar geblieben. Insbesondere habe nach Abschluss der Untersuchung eine Unklarheit über den tatsächlichen Wert der verkauften immateriellen Rechte bestanden. Die Behauptung des kantonalen Steueramts, der vereinbarte Kaufpreis für die immateriellen Rechte sei zu tief, sei nicht widerlegt worden und diese Behauptung erscheine zudem gestützt auf den Vergleich mit dem PPA sowie dem Aktienkaufpreis als sehr wahrscheinlich. Das kantonale Steueramt habe somit den ihm obliegenden Hauptbeweis erbracht. Weil das kantonale Steueramt aufgrund der fehlenden Daten keine eigene Bewertung habe vornehmen können, sei es zu Recht zu einer Schätzung geschritten. Die Ermessenseinschätzungen hinsichtlich des Gewinns aus dem Verkauf der immateriellen Vermögenswerte sind gemäss vorinstanzlichem Entscheid zu Recht ergangen.

4.6 Diese Feststellung des Steuerrekursgerichts erweist sich als zutreffend und gesetzmässig. Der steuerlich massgebende Sachverhalt war trotz Ausschöpfens der Untersuchungsmittel seitens des kantonalen Steueramts illiquid geblieben. Die Vornahme einer Ermessensveranlagung hinsichtlich der streitbetroffenen Gewinnaufrechnung war deshalb angebracht.

5.

5.1 Ermessensveranlagungen bzw. -einschätzungen können nach Art. 132 Abs. 3 Satz 1 DBG bzw. § 140 Abs. 2 Satz 1 StG nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden. Durch diese Besonderheit wird die Prüfungsbefugnis beschränkt (Martin Zweifel/Silvia Hunziker in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3. A., Basel 2017 [nachfolgend: Kommentar StHG], Art. 48 N. 42; Martin Zweifel/Silvia Hunziker in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 3. A., Basel 2017 [nachfolgend: Kommentar DBG], Art. 132 N. 33; Martin Zweifel et al., Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2. A., Zürich etc. 2018, § 20 Rz. 19; vgl. auch Felix Richner et al., Handkommentar zum DBG, 3. A., Zürich 2016, Art. 140 N. 51; Felix Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4. A., Zürich 2021, § 140 N. 73). Diese Prämisse gilt auch im Rekurs- und Beschwerdeverfahren (Zweifel/Hunziker, Kommentar StHG, Art. 48 N. 62; dieselben, Kommentar DBG, Art. 132 N. 55).

5.2 Der Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung wird im Übrigen dem Steuerpflichtigen überbunden, was nicht mit der "Umkehr der Beweislast" gleichzusetzen ist (zum Ganzen Zweifel/Hunziker, Kommentar StHG, Art. 48 N. 44; dieselben, Kommentar DBG, Art. 132 N. 37; Zweifel et al., Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, § 20 Rz. 22).

5.3 Der Steuerpflichtige kann die offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung grundsätzlich auf zwei Arten nachweisen: Er kann den wirklichen Sachverhalt dartun und beweisen, womit die Voraussetzungen einer Ermessensveranlagung entfallen, weil die Steuerfaktoren einwandfrei ermittelt werden können. Ist ihm dies nicht möglich, so bleibt es zwar bei einer Ermessenseinschätzung, doch steht ihm noch der Nachweis offen, dass die getroffene Schätzung offensichtlich zu hoch ausgefallen ist (Zweifel/Hunziker, Kommentar StHG, Art. 48 N. 46; dieselben, Kommentar DBG, Art. 132 N. 39). "Offensichtlich unrichtig" ist eine Schätzung, wenn sie sachlich nicht begründbar ist, insbesondere erkennbar pönal oder fiskalisch motiviert ist, sich auf sachwidrige Schätzungsgrundlagen, -methoden oder -hilfsmittel stützt oder sonst mit den aktenkundigen Verhältnissen des Einzelfalls aufgrund der Lebenserfahrung vernünftigerweise nicht vereinbart werden kann. Offensichtlich unrichtig ist demzufolge eine Schätzung, die auf missbräuchlicher Betätigung des Schätzungsermessens beruht, das heisst, willkürlich ist (Zweifel/Hunziker, Kommentar StHG, Art. 48 N. 59; dieselben, Kommentar DBG, Art. 132 N. 52).

5.4 Das Steuerrekursgericht hat mit zutreffender Begründung – auf welche verwiesen werden kann – festgestellt, dass die Pflichtige die versäumten Handlungen weder im Einsprache- noch im Rekursverfahren nachgeholt hatte, weshalb die Ermessenseinschätzung weiterhin Bestand habe. Weil im Rahmen einer Ermessenseinschätzung keine weiteren Untersuchungshandlungen erfolgen, lehnte das Steuerrekursgericht den Antrag auf Einholung eines Gutachtens zu Recht ab. Die steueramtliche Schätzung der immateriellen Vermögenswerte mit Fr. … stützte sich auf das PPA ab. Wie das Steuerrekursgericht zutreffend und ausführlich darlegt (worauf verwiesen werden kann), lässt sich die Bewertung der immateriellen Vermögenswerte aus den Zahlen im PPA und den Angaben der Pflichtigen ohne Weiteres herleiten und nachvollziehen. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, die daraus folgende steueramtliche Schätzung bzw. deren Ergebnis sei nicht willkürlich, ist deshalb begründet und zu bestätigen.

5.5 Die Pflichtige bestreitet in den Beschwerden die Rechtmässigkeit der Ermessensveranlagung. Sie begründet dies einerseits mit der Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips und anderseits damit, dass die Mahnung vom 30. Januar 2015 äusserst umfangreich, unstrukturiert und teilweise kaum verständlich oder nachvollziehbar gewesen sein soll. Der Umstand, dass die Mahnung umfangreich war, sagt jedoch nichts über ihre Zulässigkeit aus. Wie das Steuerrekursgericht zutreffend feststellte, wurde das – bereits mit der Auflage geforderte Ausfüllen einer vorbereiteten Tabelle – korrekt gemahnt. Weitere Auflagepunkte wurden in der Mahnung farblich als erfüllt markiert, mit dem Hinweis, dass die Mahnung lediglich die nicht markierten, bisher nicht oder nicht vollständig erfüllten Positionen betreffe. Daher liess sich die Unvollständigkeit der Auflageerfüllung sehr einfach erkennen. Die Pflichtige begründet des Weiteren nicht, inwieweit und aus welchen Gründen diese Mahnung kaum verständlich und nachvollziehbar gewesen sein soll, weshalb sich eine Auseinandersetzung damit erübrigt. Wie die Pflichtige selber darlegt, wurden vor der Zustellung der Mahnung diverse Korrespondenzen mit dem steueramtlichen Revisor ausgetauscht, Telefongespräche geführt und hatte zudem eine mündliche Verhandlung stattgefunden. Zudem hatte der steueramtliche Revisor der damaligen Vertreterin mit E-Mail vom 3. Dezember 2014 einen schriftlichen Vorschlag bezüglich Bewertung der nach U transferierten Vermögenswerte zukommen lassen, den er in nachvollziehbarer Weise aus den dem PPA entnommenen Werten herleitete und worin er eine Aufrechnung von USD … vorsah. Aufgrund der zahlreichen Korrespondenzen, Telefonate und mündlichen Verhandlungen sowie in Kenntnis des Bewertungsvorschlags des steueramtlichen Revisors musste der Pflichtigen ohne Weiteres klar gewesen sein, dass das kantonale Steueramt die Ergebnisse der eingereichten Transferpreisstudie nicht für zutreffend oder zumindest aufgrund der Gesamtumstände für äusserst zweifelhaft hielt und es mit der Auflage namentlich darum ging, die Widersprüche zur Bewertung gemäss PPA und die Gründe des raschen, erheblichen Wertverlusts des Unternehmens abzuklären. Aufgrund des Bewertungsvorschlags konnte die Pflichtige ohne Weiteres erkennen, inwiefern der Sachverhalt nach den Feststellungen des kantonalen Steueramts in hohem Masse unklar war und die Auflage und Mahnung zum Zweck hatten, eine Klärung herbeizuführen. Dass die Pflichtige im Auflageverfahren auf einem elektronischen Datenträger Unterlagen im Umfang von mehreren hundert Seiten eingereicht hatte, bedeutet keineswegs, dass damit die Auflage erfüllt worden war.

5.6 Was im Auflageverfahren verhältnismässig und zumutbar ist, hängt von den Umständen des Einzelfalls ab. Geht es wie hier um planmässig vorgenommene, komplexe konzerninterne Transaktionen im internationalen Kontext, in deren Folge die schweizerische Konzerngesellschaft einer kurzfristig eingetretenen Entwertung in zweistelliger Millionenhöhe unterliegt und bestehen ungeklärte, erhebliche Differenzen zwischen den vom Konzern im PPA veröffentlichten Angaben und einer von der Pflichtigen in Auftrag gegebenen Transferpreisstudie, ist auch eine umfangreiche Auflage, mit welcher das Ausfüllen von sachbezogenen Tabellen verlangt wird, verhältnismässig und zumutbar. Sinn und Zweck der Tabellen war, die für die Ermittlung des steuerrelevanten Sachverhalts relevanten Zahlen und Zusatzinformationen in einer übersichtlichen Art und Weise zusammenzufassen. Die Pflichtige hat darauf verzichtet und die diesbezüglich verlangten Informationen auch nicht in einer vergleichbaren eigenen Aufstellung eingereicht. Die Mitwirkungspflicht kann nicht mit der blossen Einreichung von mehreren hundert Seiten auf einem elektronischen Datenträger rechtsgenügend erfüllt werden, wenn es damit dem kantonalen Steueramt überlassen bleibt, die verlangten Informationen selber aus den umfangreichen Unterlagen herauszusuchen. Gemäss den nicht widerlegten Feststellungen des Steuerrekursgerichts waren die geforderten Angaben den Unterlagen ohnehin nicht zu entnehmen. Damit erweist sich die Auflage als gesetzmässig.

5.7 Die Pflichtige bezeichnet es zudem als rechtsmissbräuchlich, dass das kantonale Steueramt drei Tage nach der Verhandlung vom 27. Januar 2015 eine Mahnung versandt hatte. Es steht indessen fest, dass anlässlich der mündlichen Verhandlung weder der massgebende Sachverhalt einvernehmlich geklärt werden konnte noch eine Einigung über die Besteuerungsfolgen stattfand. Weil der Sachverhalt nach wie vor unklar war, verstiess der Versand der Mahnung weder gegen das Rechtsmissbrauchsverbot noch gegen das Gesetz. Somit konnte die Pflichtige keineswegs davon ausgehen, aufgrund eines nach Versand der Mahnung erfolgten Telefongesprächs der Firma I mit dem kantonalen Steueramt sei die Mahnung hinfällig geworden bzw. vom kantonalen Steueramt widerrufen worden. Auch der Umstand, dass das kantonale Steueramt in verschiedenen Besteuerungsvorschlägen unterschiedliche Gewinnaufrechnungen vorsah, ist nicht zu beanstanden. Es liegen keine Hinweise darauf vor, dass sich die Steuerbehörde aus sachwidrigen Gründen so verhalten hatte oder die Pflichtige damit gar hätte schikanieren wollen. Vielmehr bestätigen diese Versuche und das Bestreben, mit Schätzungen eine Lösung zu finden, dass der wirkliche Sachverhalt nach wie vor unklar geblieben war. Die Feststellung des Steuerrekursgerichts, die Steuerbehörde habe in verfahrensrechtlicher Hinsicht nicht gesetzwidrig gehandelt, ist somit zu bestätigen.

5.8 Weiter macht die Pflichtige eine aktenwidrige Tatsachenfeststellung geltend, insbesondere im Zusammenhang mit der vorinstanzlichen Feststellung, es sei keine verbesserte Studie eingereicht worden. Sie behauptet, dies mit der Einreichung der sog. Vergleichsofferte der H AG vom 17. November 2017 getan zu haben. Die beanstandete Feststellung des Steuerrekursgerichts steht allerdings – wie sich aus dem Begründungstext unmissverständlich ergibt – im unmittelbaren Zusammenhang mit der Feststellung, die Transferpreisstudie der Firma I sei mangelhaft und könne nicht als verlässliche Grundlage dienen. Die Pflichtige behauptet nicht, sie habe die als mangelhaft bezeichnete Transferpreisstudie in verbesserter Form eingereicht, weshalb keine Aktenwidrigkeit zu erkennen ist. Dass die sog. Vergleichsofferte der H AG im Einspracheverfahren eingereicht worden war, ist unbestritten. Das kantonale Steueramt war jedoch zum Schluss gekommen, die Pflichtige habe damit nicht nachgewiesen, dass die angefochtene Ermessensveranlagung offensichtlich unrichtig war. Das Steuerrekursgericht hat hierzu festgestellt, die Pflichtige sei im Einspracheverfahren verschiedenen steueramtlichen Auskunftsbegehren nicht nachgekommen, weshalb die Unklarheit im Sachverhalt mit der Einsprache nicht beseitigt worden sei. Im Schreiben der H AG vom 17. November 2017 wird zwar behauptet, der Unternehmenswert der Pflichtigen habe (offenbar im Zeitpunkt des Beteiligungserwerbs) lediglich Fr. … betragen. Es ist aufgrund der Zahlen jedoch offensichtlich, dass sich die dem Schreiben der H AG zugrundeliegende Bewertungsmethode signifikant von derjenigen der vom Konzern veröffentlichten PPA unterscheidet, denn letztere ging von einem viel höheren – unter Dritten festgelegten – Unternehmenswert aus, der dem Kaufpreis von Fr. … entspricht. Die steueramtlichen Auflagen und Mahnungen bezweckten eben – wie das Steuerrekursgericht zu Recht festhält –, die Gründe für diese massive Wertdifferenz festzustellen. Entgegen der Behauptung der Pflichtigen ist diese Frage durchaus relevant für die Beurteilung der Leistungsbeziehungen unter den verbundenen Unternehmen, denn die nachträglich erstellte Bewertung der H AG, die weniger als einen Viertel des in der Verkaufstransaktion unter Dritten bestätigten Unternehmenswerts ausweist, erscheint in der Tat als sehr ungewöhnlich und ist nicht geeignet, die steueramtliche Schätzung zu widerlegen. Eine gravierende Gehörsverletzung durch die Vorinstanz, welche die besagte Studie offensichtlich in keiner Weise zur Kenntnis genommen habe, liegt aus diesem Grund nicht vor. Unter diesen Umständen ist die vorinstanzliche Feststellung, mit den eingereichten Unterlagen sei der Unrichtigkeitsnachweis nicht erbracht worden, nicht zu beanstanden.

5.9 Die Feststellung des Steuerrekursgerichts, auch nach Abschluss der steueramtlichen Untersuchung habe eine Unklarheit über den Wert der verkauften immateriellen Vermögenswerte bestanden, weshalb der Betrag zu schätzen war und die Ermessenseinschätzungen zu Recht ergingen, ist demzufolge zu bestätigen. Weil der Unrichtigkeitsnachweis weder im Einsprache- noch im Beschwerdeverfahren gehörig angetreten wurde, ist auch der von der Vorinstanz festgestellte Fortbestand der Ermessenseinschätzung bzw. -veranlagung zu bestätigen. Die Höhe der Schätzung wurde vom Steuerrekursgericht geprüft und als nachvollziehbar, jedenfalls nicht als willkürlich bestätigt. Das Verwaltungsgericht prüft das Ergebnis einer Bewertung oder Schätzung nur zurückhaltend, das heisst auf offensichtliche Fehler und Irrtümer hin. Die Pflichtige bringt keine stichhaltigen Gründe vor, die auf eine sachwidrige, willkürlich zu hohe Schätzung hindeuten. Aufgrund des bezahlten Aktienpreises und unter Berücksichtigung der Angaben gemäss PPA liegt die steueramtliche Schätzung durchaus im Bereich des Möglichen. Das Steuerrekursgericht hat deshalb zu Recht auf weitere Untersuchungshandlungen verzichtet und die Höhe der steueramtlichen Schätzung der veräusserten immateriellen Vermögenswerte bestätigt. Die mit dem angefochtenen Entscheid aufgerechnete verdeckte Gewinnausschüttung in Höhe von Fr. … ist demzufolge zu bestätigen. Der Betrag der zum Abzug zugelassenen zusätzlichen Steuerrückstellung wurde nicht angefochten. Die Beschwerden der Pflichtigen sind somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang erübrigt sich eine weitere Auseinandersetzung mit den äusserst umfangreichen und – für ein Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht – zum Teil nicht zielführenden Ausführungen der Pflichtigen zum Sachverhalt. Ebenso unterbleiben kann die von der Pflichtigen beantragte Zeugeneinvernahme von J, …, zum besseren Verständnis der technischen Aspekte und des effektiven Nutzens der – hier nicht weiter relevanten – A AG-Technologie für den Konzern E.

6.

6.1 Gegenstand des Beschwerdeantrags des kantonalen Steueramts ist die teilweise Aufhebung der Einspracheentscheide durch das Steuerrekursgericht. Im Einschätzungs- bzw. Veranlagungsverfahren und Einspracheverfahren wurden – ebenfalls im Rahmen von Ermessenseinschätzungen bzw. -veranlagungen – weitere verdeckte Gewinnausschüttungen in Höhe von Fr. … aufgerechnet. Diese wurden mit fehlenden Entschädigungen für die Funktionsrückstufung der Pflichtigen zum Auftragsforscher und Verkaufsunterstützer sowie für Funktionsverlagerungen im Konzern (mit entsprechendem Personalabbau) begründet. Die von Forschern der Hochschule D gegründete Pflichtige war bis zum Aktienverkauf mit eigenem bzw. bei Tochtergesellschaften angestelltem qualifiziertem Personal u.a. in der Forschung tätig und entwickelte …, die sie auch selber vermarktete. Nach den Feststellungen des Steuerrekursgerichts wurden die betriebsnotwendigen Vermögenswerte und die wesentlichen Forschungs-, Entwicklungs- und Vermarktungstätigkeiten der Pflichtigen in den auf den Beteiligungskauf folgenden Monaten – entsprechend dem erwähnten, zuvor entwickelten Integrationsplan (vgl. vorne E. 4.2) – auf andere Konzerngesellschaften überführt. Die Reorganisation ging somit weit über die blosse Veräusserung von immateriellen Rechten hinaus und erscheint insgesamt als weitgehende Entnahme der angestammten operativen Tätigkeiten, verbunden mit der Veräusserung des wesentlichen Betriebsvermögens und einem praktisch vollständigen Personalabbau. Im auf die Übernahme folgenden Geschäftsjahr übte die Pflichtige nach den unbestrittenenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts keine operative Funktion mehr aus und verfügte über keine personelle Substanz mehr. Unter diesen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass sich die steuerliche Beurteilung des kantonalen Steueramts nicht auf die Überprüfung der Angemessenheit der Verrechnungspreise bei Einzeltransaktionen beschränkte, sondern untersucht wurde, ob insgesamt ein Missverhältnis von Leistung und Gegenleistung vorliegt, analog wie bei der Veräusserung eines Geschäftsbetriebs mit den betriebsnotwendigen materiellen und immateriellen Vermögenswerten und dem Personalbestand.

6.2 Das Steuerrekursgericht hat indessen die in den Einspracheentscheiden bezüglich der Funktionsverlagerung und -rückstufung aufgerechneten verdeckten Gewinnausschüttungen nicht überprüft, weil es zum Schluss kam, ein diesbezüglicher Entschädigungsanspruch sei erst dem nachfolgenden Geschäftsjahr ab 1. Oktober 2011 zuzuordnen. Das kantonale Steueramt hatte in den Einspracheverfahren versucht, die zeitliche Zuordnung der entsprechenden Entschädigung abzuklären und macht beschwerdeweise geltend, die Funktionsverlagerung und -rückstufung sei spätestens am 30. September 2011 erfolgt. Dies wird damit begründet, dass die Pflichtige per 30. September 2011 sämtliche immateriellen Rechte verkauft und mit den beiden am 16. Juni 2011 mit der Schwestergesellschaft abgeschlossenen Verträgen ein wesentlicher Abbau der bisherigen Geschäftstätigkeit bereits umgesetzt worden war. Weil sich die Pflichtige im Geschäftsjahr 2011 ihrer geschäftsnotwendigen Vermögenswerte entledigt habe, sei die steuerwesentliche Funktionsverlagerung und -rückstufung spätestens am 30. September 2011 vollzogen worden.

6.3 Das Steuerrekursgericht stützt seinen Schluss, die Funktionsverlagerung sei erst im Geschäftsjahr 2011/12 erfolgt, auf die Annahme, erst mit dem Asset Sale and Transfer Agreement vom 2. November 2011 sei der noch verbliebene Geschäftsbetrieb mit Arbeitsverträgen auf die Schwestergesellschaft (rückwirkend auf 1. Oktober 2011) übertragen worden. Eine – über diese Feststellung hinausgehende – Untersuchung zum steuerrechtlich massgeblichen Realisationszeitpunkt hatte es jedoch nicht durchgeführt. Demgegenüber hatte das kantonale Steueramt mit Auflage und Mahnung in den Einspracheverfahren abzuklären versucht, ob die mit den bisherigen Funktionen zusammenhängenden Goodwillkomponenten gleichzeitig mit dem Verkauf der immateriellen Rechte per 30. September 2011 übertragen wurden oder ob sie mit später zu erwartenden Vergütungen hätten abgegolten werden sollen. Weil die Auflage (gemäss den Angaben des kantonalen Steueramts) nicht gehörig erfüllt wurde, blieb unklar, ob überhaupt und wenn ja welche Goodwillkomponenten nach der Übertragung der immateriellen Rechte per 30. September 2011 noch bei der Pflichtigen verblieben waren. Die in diesem Zusammenhang getroffene Annahme des Steuerrekursgerichts, die beiden am 16. Juni 2011 mit der Schwestergesellschaft geschlossenen Verträge hätten lediglich der Regelung der kurzen Zwischenzeit bis zur definitiven Reorganisation im folgenden Geschäftsjahr gedient, ist aufgrund des Aktenstands nicht nachvollziehbar. Die Verträge wurden auf unbestimmte Zeit abgeschlossen und enthalten eine Kündigungsregelung. Die Entschädigungsregelung im Service Agreement wurde auf eine unbestimmte Anzahl von Geschäftsjahren vom 1. Oktober bis 30. September ausgerichtet (Section 2). Die Vereinbarungen enthalten weiter keine Hinweise darauf, dass sie bloss die kurze Zwischenzeit bis zu einer endgültigen Reorganisation hätten regeln sollen. Das Steuerrekursgericht hat weder untersucht noch festgestellt, ob die Vereinbarungen später aufgehoben oder ersetzt wurden. Vielmehr deuten die Vertragstexte und der tatsächliche Vollzug (soweit er sich aus den Akten ergibt) darauf hin, dass es sich bei den beiden Rechtsgeschäften um einen wesentlichen konzeptionellen Bestandteil der gesamten Reorganisation gehandelt hatte.

6.4 Übernimmt eine Gesellschaft von Aktionären oder nahestehenden Personen Vermögenswerte oder beabsichtigt sie solche Sachübernahmen, müssen die Statuten den Gegenstand, den Namen des Veräusserers und die Gegenleistung der Gesellschaft angeben (Art. 628 Abs. 2 des Obligationenrechts [OR]). Die neu gegründete E-Schweiz AG hatte im Jahr 2011 mit ihrer Schwestergesellschaft Vereinbarungen abgeschlossen, die u.a. auch die Übernahme von Vermögenswerten vorsahen, ohne dass die Statuten eine entsprechende Sachübernahmeklausel enthielten. Das kantonale Steueramt hat nicht geltend gemacht, eine solche Statutenbestimmung sei erforderlich gewesen und die unter den Schwestergesellschaften abgeschlossenen Verträge hätten an einem rechtlichen Mangel gelitten. In Anbetracht des Ausgangs des Verfahrens kann diese Frage hier ohnehin offengelassen werden.

6.5 Die Pflichtige verfügte im Geschäftsjahr 2011/12 weder über eine erkennbare operative Tätigkeit noch über personelle Substanz (vgl. vorne E. 4.2). Nach den vorinstanzlichen Feststellungen fand in der verkürzten Steuerperiode 2011 (bis 30.09.2011) – neben dem Vollzug der erwähnten Transaktionen – auch ein erheblicher Personalabbau statt, was durchaus dem Integrationskonzept der E-Gruppe entsprach (vgl. E. 4.2). Zudem ergibt sich aus dem Handelsregister, dass der Verwaltungsrat der Pflichtigen nach dem Beteiligungskauf durch die E-Gruppe neu bestellt wurde. Der Umstand, dass die beiden mit der in Gründung befindlichen Schwestergesellschaft am 16. Juni 2011 abgeschlossenen Verträge für beide Vertragsparteien von derselben Person unterzeichnet wurde, deutet auf eine unverzügliche Besetzung der Führungsfunktionen durch die neue Aktionärsschaft und eine rasche Ausrichtung der Pflichtigen auf übergeordnete Ziele hin. Dies lässt die Vermutung zu, dass die Entscheidungen der neuen Gesellschaftsorgane ab dem 16. Juni 2011 in erster Linie im Interesse des Konzerns E und nicht der Pflichtigen getroffen wurden. Insbesondere die konzerninterne Veräusserung der immateriellen Vermögenswerte bedeutete für die Pflichtige eine gravierende Veränderung bzw. die weitgehende Liquidation ihrer zuvor aufgebauten operativen Tätigkeiten im Bereich der selbstbestimmten Forschung und Entwicklung, und auch bezüglich Marken- und Patentbewirtschaftung, Know-how-Entwicklung und Lizenzverwertung. Der vom Steuerrekursgericht erwähnte Umstand, dass das Service Agreement kein ausdrückliches Verbot der künftigen Eigenforschung enthielt, ist dabei unerheblich. Die Pflichtige war nach dem Verkauf der immateriellen Vermögenswerte und der führungsmässigen Eingliederung in den Konzern mangels fachlicher und personeller Ressourcen weder zur Fortsetzung der bisherigen Forschungs- und Entwicklungstätigkeit in der Lage, noch liegen Hinweise darauf vor, dass ihre Organe den Aufbau einer eigenen Forschung in neuen Bereichen beabsichtigt hätten.

6.6 Gemäss dem im Einspracheverfahren eingereichten Schreiben der damaligen Vertreterin vom 13. Juli 2017 existierten keine mehrjährigen, detaillierten Finanzpläne der Pflichtigen und ihrer Schwestergesellschaft. Es lagen gemäss eigenen Angaben (von den eingereichten Vereinbarungen abgesehen) zudem keine Beschlüsse der Geschäftsleitung vor, welche die Übernahme, die Reorganisation und die zukünftige Strategie der Pflichtigen behandelten und für den Zeitraum nach der Reorganisation existieren keine ''Management- und Kontroll-/Verwaltungsprotokolle''. Es ist notorisch, dass die erwähnten Dokumente für die Führung eines Unternehmens wichtig sind und dass insbesondere bei einer Unternehmung, die sich – wie die Pflichtige – in einer tiefgreifenden Umbruchphase befindet, die Finanzplanung und Strategiefragen zentrale Aufgaben der Unternehmensführung darstellen. Das Fehlen diesbezüglicher Dokumente lässt sich wohl nur dadurch erklären, dass die wesentlichen unternehmerischen Entscheidungen nicht von der Pflichtigen, sondern auf Konzernebene getroffen wurden. Auch dies spricht für die Vermutung, dass die wesentlichen Entscheidungen in erster Linie im Interesse des Konzerns getroffen wurden und die Vermögensinteressen der Pflichtigen dabei wenig berücksichtigt wurden.

6.7 Eine unabhängige Unternehmung der...branche hätte kaum derart einschneidenden Beschränkungen ihrer operativen Tätigkeiten und dem damit zwangsläufig verbundenen massiven Abbau von qualifiziertem Personal zugestimmt, wenn sie nicht spätestens mit dem Abschluss der Vereinbarung über den Verkauf sämtlicher ''Intellectual Property Rights'' und ''Non-Viral Contracts'' eine angemessene Entschädigung erhalten oder zumindest verbindlich zugesagt bekommen hätte, welche auch die mit dem Verkauf zwangsläufig verbundene weitgehende Liquidation des bisherigen Geschäftsbetriebs abgegolten hätte. Unter unabhängigen Dritten wäre die Entschädigung wohl nicht erst nach dem Verkauf des wesentlichen Betriebsvermögens vereinbart worden, sondern bereits in einem früheren Zeitpunkt, als noch Handlungsfreiheit bestand und damit eine gute Verhandlungsposition eingenommen werden konnte.

6.8 Das Steuerrekursgericht führte darüber keine Untersuchung durch und die Parteien hatten keine Gelegenheit, sich dazu zu äussern. Demzufolge unterblieb auch die Prüfung, ob (auch) diesbezüglich die Voraussetzungen der Ermessensveranlagungen erfüllt waren und ob diese Bestand haben. Die Zulässigkeit der Ermessensveranlagung ist daher im Bereich der Funktionsverlagerung und -rückstufung von der Vorinstanz zu überprüfen. Die Sache ist deshalb im Sinn der Erwägungen und zum Neuentscheid an das Steuerrekursgericht zurückzuweisen.

6.9 Die Pflichtige übt in ihrer Replik vom 15. Juni 2020 Kritik an der Eingabe des kantonalen Steueramts vom 19. März 2020 mit Beilagen. Die betreffende steueramtliche Eingabe bildet jedoch gemäss den vorangegangenen Ausführungen nicht die Grundlage für die Rückweisung an die Vorinstanz. Es braucht deshalb in diesem Verfahren nicht geprüft zu werden, ob und inwieweit auf die vom kantonalen Steueramt eingereichten Unterlagen abzustellen ist. Die Kritik der Pflichtigen ist damit gegenstandslos.

7.

Eine Rückweisung mit offenem Ausgang gilt als Obsiegen des kantonalen Steueramts (BGr, 28. April 2014, 2C_845/2013, E. 3). Demnach sind die Gerichtskosten der Verfahren SB.2020.00011, SB.2020.00012, SB.2020.00014 und SB.2020.00015 der unterliegenden Pflichtigen aufzuerlegen (§ 151 Abs. 1 in Verbindung mit § 153 Abs. 4 StG sowie Art. 144 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 145 Abs. 2 DBG). Eine Parteientschädigung steht ihr aufgrund des Unterliegens nicht zu (§ 17 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 [VRG] in Verbindung mit § 152 und § 153 Abs. 4 StG bzw. Art. 64 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 [VwVG] in Verbindung mit Art. 144 Abs. 4 und Art. 145 Abs. 2 DBG).

Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im Verfahren vor Steuerrekursgericht hat die Vorinstanz im neuen Entscheid zu befinden.

Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im Verfahren vor Steuerrekursgericht hat die Vorinstanz im neuen Entscheid zu befinden. 8.

Letztinstanzliche kantonale Rückweisungsentscheide, die der unteren Instanz einen Entscheidungsspielraum belassen, sind grundsätzlich als Zwischenentscheide im Sinn von Art. 93 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (BGG) zu qualifizieren (BGE 134 II 124 E. 1.3). Zwischenentscheide sind vor Bundesgericht nur direkt anfechtbar, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Verbleibt der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr und dient die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, werden Rückweisungsentscheide nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als Endentscheide behandelt (BGE 134 II 124 E. 1.3).

Demgemäss erkennt die Kammer :

Demgemäss erkennt die Kammer : die Kammer 1. Die Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011 und SB.2020.00012) und der A AG (SB.2020.00014 und SB.2020.00015) werden vereinigt.

1. Die Beschwerden des kantonalen Steueramts (SB.2020.00011 und SB.2020.00012) und der A AG (SB.2020.00014 und SB.2020.00015) werden vereinigt. 2. Die Beschwerde des kantonalen Steueramts betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00011) wird teilweise gutgeheissen. Die Sache wird zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2. Die Beschwerde des kantonalen Steueramts betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00011) wird teilweise gutgeheissen. Die Sache wird zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. 3. Die Beschwerde des kantonalen Steueramts betreffend direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00012) wird teilweise gutgeheissen. Die Sache wird zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

3. Die Beschwerde des kantonalen Steueramts betreffend direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00012) wird teilweise gutgeheissen. Die Sache wird zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. 4. Die Beschwerde der A AG betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00014) wird abgewiesen.

4. Die Beschwerde der A AG betreffend Staats- und Gemeindesteuern 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00014) wird abgewiesen. 5. Die Beschwerde der A AG betreffend direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00015) wird abgewiesen.

5. Die Beschwerde der A AG betreffend direkte Bundessteuer 01.01.–30.09.2011 (SB.2020.00015) wird abgewiesen. 6. Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des Rekursverfahrens und des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahrens hat das Steuerrekursgericht im Neuentscheid zu befinden.

6. Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des Rekursverfahrens und des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahrens hat das Steuerrekursgericht im Neuentscheid zu befinden. 7. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00011 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 43.75 Zustellkosten, Fr. 25'043.75 Total der Kosten.

7. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00011 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 43.75 Zustellkosten, Fr. 25'043.75 Total der Kosten. 8. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00012 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 26.25 Zustellkosten, Fr. 25'026.25 Total der Kosten.

8. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00012 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 26.25 Zustellkosten, Fr. 25'026.25 Total der Kosten. 9. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00014 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 43.75 Zustellkosten, Fr. 25'043.75 Total der Kosten.

9. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00014 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 43.75 Zustellkosten, Fr. 25'043.75 Total der Kosten. 10. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00015 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 26.25 Zustellkosten, Fr. 25'026.25 Total der Kosten.

10. Die Gerichtsgebühr im Verfahren SB.2020.00015 wird festgesetzt auf Fr. 25'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 26.25 Zustellkosten, Fr. 25'026.25 Total der Kosten. 11. Sämtliche Gerichtskosten werden der A AG auferlegt.

11. Sämtliche Gerichtskosten werden der A AG auferlegt. 12. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.

12. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen. 13. Gegen dieses Urteil kann Beschwerde im Sinn der Erwägungen erhoben werden. Die Beschwerde ist innert 30 Tagen, von der Zustellung an gerechnet, beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, einzureichen.

13. Gegen dieses Urteil kann Beschwerde im Sinn der Erwägungen erhoben werden. Die Beschwerde ist innert 30 Tagen, von der Zustellung an gerechnet, beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, einzureichen. 14. Mitteilung an …

14. Mitteilung an …