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Die Sitter hat ihren Ursprung im Alpstein und fliesst danach durch die Kantone Appenzell Innerrhoden, Appenzell Ausserrhoden, St. Gallen und Thurgau. Bei Bischofszell mündet sie in die Thur. Auf ihrer Länge von mehr als 70 Kilometern bietet die Sitter Lebensräume für eine Vielzahl von Pflanzen und Tieren. Sie wird aber auch streckenweise intensiv und auf unterschiedliche Arten genutzt: Die Sitter dient als Naherholungsgebiet, der Gewinnung von Wasserkraft, der Fischerei, der Trinkwassergewinnung, als Vorfluter für gereinigtes Abwasser aus Kläranlagen und der Kiesentnahme. Die gesetzlichen Anforderungen an den Schutz aber auch die Nutzung dieses wertvollen Fliessgewässers sind divers. Ein koordiniertes Vorgehen zur Überwachung der Gewässerqualität und des Lebensraumes ist naheliegend und so wurde 1986 die Sitterkommission, bestehend aus Fachleuten der Anrainerkantone, ins Leben gerufen. Hauptaufgaben der Kommission sind die Überwachung und Beurteilung des Zustands der Sitter, das Aufzeigen von Handlungsbedarf zur Erhaltung oder Verbesserung der Gewässerqualität, das Initiieren von Massnahmen und deren Erfolgskontrolle sowie die Öffentlichkeit darüber zu informieren.