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Le Conseil fédéral a été mandaté par le Parlement pour instaurer le vote électronique par étapes. Il a confié cette tâche à la Chancellerie fédérale, au sein de laquelle le projet est mené par la Section des droits politiques. Une équipe de quatre personnes en assure la direction technique et opérationnelle. La Chancellerie fédérale assume la responsabilité tant de la procédure d'agrément dans le cadre des scrutins fédéraux que de la coordination des projets cantonaux.
Pour accélérer la généralisation du vote électronique, le comité de pilotage Vote électronique (CP VE) a remplacé la « feuille de route » par un instrument de planification comprenant une déclaration d'intention, un plan directeur et un organigramme. La Chancellerie fédérale a mené une consultation auprès des cantons au deuxième semestre 2016. Les avis rendus ont été synthétisés dans un rapport.
L'instrument de planification a été adopté lors de l'assemblée de printemps de la Conférence suisse des chanceliers d'État des 20 et 21 avril 2017. Il prévoit, d'une part, l'exploitation généralisée du vote électronique, d'autre part, la création des bases légales nécessaires à sa dématérialisation complète.
Le comité de pilotage Vote électronique (CP VE) examine les propositions stratégiques de la Chancellerie fédérale avant qu'elle ne les soumette au Conseil fédéral ou au Parlement. Il surveille en outre la mise en œuvre de la déclaration d'intention (nouvel instrument de planification). Le CP VE se compose de neuf membres. Il est dirigé par le chancelier de la Confédération. Les représentants de la Confédération sont :
- le chancelier de la Confédération
- le délégué au pilotage informatique de la Confédération
- le directeur de l'Office fédéral de la justice
- le chef de la section des droits politiques
Les cinq autres sièges sont occupés par les cantons. Les membres de la Conférence suisse des chanceliers d'État désignent les représentants des cantons au sein du CP VE.
Le comité de projet Vote électronique (CPr VE) veille à la mise en œuvre du plan directeur. Il se compose des membres du projet Vote électronique et des représentants des cantons. Les cantons qui ont déjà introduit le vote électronique ou qui se sont dotés d'un calendrier contraignant pour son introduction peuvent siéger au sein du CPr VE.
Le groupe de travail Vote électronique (GT VE) est une plateforme d'échanges entre les cantons et la Chancellerie fédérale. Au cours des séances du GT VE, la direction de projet VE et d'autres unités intéressées de la Confédération présentent les développements pertinents pour le projet. La direction de projet VE dirige les séances du GT VE. Des sous-groupes de travail ad hoc peuvent être mis en place pour discuter de questions spécifiques.