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Nach dem Rückzug der grossen Inlandvereisungen und der Zunahme der Temperatur eroberte wieder die Vegetation die Flächen zurück. Allerdings waren viele Pflanzenarten ausgestorben oder eine Rückwanderung war durch den hohen Alpenriegel erschwert. Die Folge war eine viel artenärmere Flora als vor der Eiszeit. In die tundrenartige Flora wanderten zunächst sogenannte Pionierbaumarten, wie zum Beispiel Birken und Kiefern, ein. Dann kamen mit zunehmender Temperatur Haselstrauch und Eichen.
Von 5500 bis 2500 v. Chr. dehnten sich die Mischwälder aus Eichen, Linden, Ulmen und Eschen aus. Das dann folgende etwas kühlere und feuchtere Klima führte dazu, dass die Eichen sich auf die Ebenen zurückgezogen haben, während die Buchen heute ohne menschlichen Eingriff die am weitesten verbreiteten Bäume wären.
Seit dem Mittelalter verstärkte sich der Einfluss der Menschen auf das Ökosystem Wald. Von den mittelalterlichen Rodungen waren vor allem die fruchtbaren Laubwaldböden betroffen, so dass sich bereits damals der Nadelwaldanteil erhöhte. Holz diente bis zum Ende des vergangenen Jahrhunderts vor allem zum Heizen, Kochen und Bauen. Vor dem 14. Jahrhundert kannte man im mittel- und norddeutschen Raum keinen anderen Baustoff. Auch der Schiffsbau benötigte große Mengen Holz.
Vom 16. bis 19. Jahrhundert wurden für die großen Kolonial- und Handelsflotten „Holländertannen“ vom Schwarzwald auf dem Rhein bis nach Holland geflößt, so dass der Schiffsbau stark zum Niedergang der Wälder beigetragen hat. Zusätzlich große Holzmengen benötigten der Bergbau, die Glashütten und die Salinen zum Schmelzen und Sieden.
Den Bauern diente der Wald als Weidegrund für das Vieh und nach der Einführung der Stallhaltung wurden zusätzlich Blätter und Nadeln als Einstreu im Stall verwendet. Die Streunutzung war eine der waldschädlichsten Eingriffe in den Wald und trug zur Verarmung der Wälder und ihrer Böden wesentlich bei. Sie wurde erst im 20. Jahrhundert eingestellt.