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La biodiversité ne se restreint pas à un nombre d’espèces. Il est également important de savoir quelles espèces et quels milieux sont présents dans quelle région. ALL-EMA utilise cinq groupes d’indicateurs: la diversité des milieux et des structures, la qualité biologique des milieux et des structures, la diversité des espèces, la qualité des espèces et la qualité des surfaces de promotion de la biodiversité.
Lors de l'interprétation des indicateurs, on vise à une résolution spatiale tenant compte des zones aux conditions agricoles difficiles et des régions principales définies dans les objectifs environnementaux pour l'agriculture, lesquelles sont aussi différenciées dans l'opérationnalisation des objectifs environnementaux pour l'agriculture.