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Das Gebiet der heutigen Kirchgemeinde Rein war bereits in der Jungsteinzeit besiedelt. Auch die Römer hinterliessen Siedlungsspuren in dieser Region. Römisch waren auch die ersten Christen in der Umgebung von Rein. Bereits im 2. und 3. Jahrhundert waren sie in der Region. Sie hatten ihr Zentrum in Vindonissa, dem späteren Windisch. Die dort erbaute Kirche war bis ins frühe Mittelalter eine Bischofskirche. Da Vindonissa nach dem Abzug des römischen Heeres zum Dorf verkam, verschob der Bischof seinen Sitz nach Basel, das zur bedeutenden Stadt aufgestiegen war.
Die heutige Zusammensetzung der Kirchgemeinde Rein wurde zur Zeit der fränkischen Herrschaft begründet. Die fränkischen Könige entwickelten das mittelalterliche Feudalsystem und statteten verschiedene Grundherren (darunter auch Klöster) mit Landbesitz zur Nutzung und Verwaltung aus. Das im Jahr 727 gegründete Kloster Murbach im Elsass erhielt den «Hof Rein» als Lehen. Dazu gehörten die Dörfer Rein, Villigen, Remigen, Stilli, Lauffohr, Freudenau (heute: Ruine auf der Ostseite der Aare) und die Brugger Vorstadt (bis 1526). In den Lehensrechten waren Nutzungs- und Herrschaftsrechte über Grund, Boden und Leute, aber auch über die Kirche enthalten. Das hiess, dass das Kloster Murbach Steuern von den Bewohnern dieses Gebietes einziehen durfte und daraus unter anderem einen Pfarrer finanzieren und ein kirchliches Leben ermöglichen musste. Zum Bau einer Kirche am heutigen Standort in Rein kam es um das Jahr 750. Sie wurde dem Heiligen Leodegar, dem Schutzpatron von Murbach, geweiht. Das Kloster setzte den Pfarrer ein und war für den Unterhalt der Kirche verantwortlich. Dies änderte sich im Jahr 1291, als die Habsburger die Grundherrschaft mit allen Rechten über den «Hof Rein» kauften. Nun waren sie eine kurze Zeit die Kirchenherren von Rein. Bereits im Jahr 1345 schenkte jedoch Königin Agnes von Habsburg die Kirchenherrschaft dem Kloster Wittichen im Kinzigtal (Schwarzwald). Die weltliche Grundherrschaft blieb bei den Habsburgern. Diese Separation von weltlichen und kirchlichen Rechten sollte bis ins 19. Jahrhundert hinein Folgen haben. Die damalige Kirche war in romanischem Stil gebaut und hatte einen Käsbissenturm. In der Zeit von 1377 bis 1498 wurde sie um einen gotischen Chor im Osten erweitert. Genaue Datierungen sind angesichts der mangelhaften Quellenlage schwierig.
Im Jahr 1415 eroberten die Eidgenossen das Gebiet des heutigen Aargaus (ohne das Fricktal). Die Kirchgemeinde Rein wurde mit Ausnahme des inzwischen verlassenen Gebietes Freudenau unter bernische Herrschaft gestellt. Die Kirchenrechte blieben jedoch beim Kloster Wittichen. Dies wurde zum Problem, als sich ab 1519 die Reformation in der Schweiz ausbreitete. Ausgehend vom Zürcher Reformator Huldrych Zwingli vertrat diese religiöse Bewegung eine am in der Bibel bezeugten Wort Gottes orientierte Theologie. Das ganze Leben sollte Jesus Christus zum Zentrum haben, in dessen Tod und Auferstehung Gott den Menschen gerechtfertigt und geheiligt hat. Alle Schuld des Menschen ist vergeben. Beichte und Absolution sind deshalb unnötig. In Jesus Christus ist Gott selbst Mensch geworden und hat sich den Menschen endgültig und auf einzigartige Weise offenbart. Die Verehrung von Heiligen und Kultbildern ist vor diesem Hintergrund sinnlos. Die Bibel als Zeugnis dieser Offenbarung ist nun die Quelle der Theologie. Das darin bezeugte Wort Gottes steht allem menschlichen Denken und Handeln gegenüber. Alle Menschen sind der Belehrung über das Wort Gottes gleich bedürftig. Ein kirchliches Lehramt und eine Priesterhierarchie werden deshalb abgelehnt und durch das Priestertum aller Gläubigen ersetzt. Die Reformatoren lehnten zudem das Zölibat, das in Rein bereits vor der Reformation nicht mehr eingehalten worden war, als unbiblisch ab. Die Stadt Bern führte 1528 die Reformation in allen ihren Gebieten ein – teilweise gegen den Willen ihrer Untertanen. In Rein wurde die Reformation von einigen begrüsst, denn die Reformatoren betonten sehr stark die Freiheit des Menschen vor Gott. Einige Bauern erhofften sich davon eine Befreiung von Zehnten und Abgaben. Diese Hoffnung wurde allerdings zerschlagen, denn die kirchlichen Abgaben wurden verstaatlicht und kamen nun Bern zu. Das katholische Kloster Wittichen blieb nach wie vor im Besitz der Kirchenrechte. Zwar hatte Bern alle Klöster auf seinem Gebiet aufgehoben (denn das Klosterleben erschien im Licht der reformatorischen Lehre als unnötige Institution), doch das Eigentum auswärtiger Grundherren wurde geachtet. Das Kloster Wittichen musste aber einen reformierten Pfarrer einsetzen. Dass dies nicht immer für alle positiv verlief, zeigt die Tatsache, dass Bern 1536 in Rein einschreiten musste, weil der Pfarrer und einige seiner Vorgänger tätlich angegriffen worden waren. Die konfessionell verwirrende Situation, dass ein katholisches Kloster einen reformierten Pfarrer einsetzen musste, wurde bald durch die politische Grosswetterlage geändert.
Das Kloster Wittichen war mit der Kirche Rein belehnt, war jedoch selbst ins Feudalsystem eingebunden und hatte einen Lehensherrn. Im Jahr 1540 gelangte es durch einen Erbgang in den Besitz des Grafen Wilhelm zu Freudenberg, der selbst der evangelischen Kirche angehörte, den katholischen Glauben des Kinzigtals jedoch respektierte. Im Jahr 1544 geriet Freudenberg in französische Kriegsgefangenschaft. Wie damals üblich wurde ein hohes Lösegeld erpresst. Zur Finanzierung wurden verschiedene Teile seines Besitzes verkauft, darunter auch das Kloster Wittichen. Graf Hartmann von Hallwyl nutzte die Gelegenheit, um sich die Kirchenherrschaft über Rein zu sichern. Nach seinem Tod wurde diese zu gleichen Teilen unter seinen drei Söhnen aufgeteilt. Diese veräusserten ihren Anteil nach und nach an die Städte Brugg und Bern, und zwar so, dass Brugg zwei Drittel und Bern einen Drittel der Kirchenherrschaft erhielt. Die Einsetzung von Pfarrern geschah in den folgenden Jahrhunderten durch ein gemeinsames Verfahren zwischen den Städten Brugg und Bern mit einem Vorteil für Brugg. Diese Stadt unterhielt eine Lateinschule, welche auf das Theologiestudium vorbereitete. Brugg galt deshalb als «Prophetenstadt», musste für seine Theologen aber auch Stellen finden. Da kam das Kirchenrecht über Rein gerade recht. So kamen in der Zeit von 1602 bis 1817 alle elf Pfarrer in Rein aus Brugg. Die beiden Städte waren aber auch für den Chor der Kirche und den Pfarrhof zuständig. In diesem Rahmen liessen sie in den Jahren 1789 bis 1791 einen neuen Pfarrhof mit dem heutigen Pfarrhaus, einem Wirtschaftsgebäude (dem heutigen «Konfihaus») und einem Waschhaus bauen.
Die Kirche selbst wurde einige Male renoviert (unter anderem in den Jahren 1678 und 1685/86). Im Jahr 1715 wurde das Kirchenschiff um 5,50 Meter nach Westen verlängert, da die Bevölkerung der Kirchgemeinde rasant gewachsen war. Im Jahr 1723 überlegte man sich bereits einen Neubau der Kirche, es wurden jedoch nur Renovationsarbeiten realisiert.
Das kirchliche Leben umfasste damals nicht nur den Gottesdienst. Bis um 1770 war die Kirchgemeinde auch für das Schulwesen verantwortlich. Hinzukamen Armenfürsorge und das Chorgericht. Diese Institution mit dem Pfarrer als Protokollant ahndete sittliche Verfehlungen wie Ehebruch oder Trunksucht sowie leichtere Vergehen wie Diebstahl oder Ruhestörung. Die Kirche übernahm unter bernischer Herrschaft Aufgaben des Staates und wurde mehr und mehr in das Herrschaftssystem integriert.
Die bernische Herrschaft endete 1798 mit dem Einmarsch der Franzosen. Nach der Gründung des Kantons Aargau im Jahr 1803 gingen die Anteile Berns an der Kirchenherrschaft an den neuen Kanton über. Dieser übernahm 1810 auch die Anteile der Stadt Brugg, sodass es nun die aargauische Regierung war, die in Rein die Pfarrer einsetzte.
In der Mitte des 19. Jahrhunderts war die alte Kirche baufällig geworden. Die Wände waren schief und rissig, der Holzboden brüchig, sodass hin und wieder jemand einbrach, und die hölzerne Decke und Kanzel so morsch, dass gelegentlich Stücke abbrachen. Schnell kam man zur Einsicht, dass die Kirche nicht mehr brauchbar und durch eine neue zu ersetzen sei. Am 20. Dezember 1858 beschloss die Kirchgemeindeversammlung den Bau einer neuen Kirche. Darauf brach ein grosser und langer Streit um die Finanzierung und die genaue Ausgestaltung des Projektes los, was fast zur Abspaltung der Gemeinde Villigen geführt hätte. Mit dem Entscheid des Grossen Rates vom 26. Juni 1862, das Neubauprojekt mit 16 000 Franken zu unterstützen, konnte der Streit beigelegt und das Projekt ausgeschrieben werden. Der Baumeister Heinrich Baumann aus Villigen konnte 1863 mit dem Abriss der alten und dem Bau der heutigen Kirche beginnen, die schliesslich am Auffahrtstag 1864 eingeweiht wurde. Die neue Kirche wurde in neugotischem Stil gebaut und enthielt einige Dekorationsmalereien. Im Gegensatz zur alten Kirche hat sie den Chor nicht mehr im Osten, sondern im Südwesten und den Turm im Nordosten. So fällt dieser im Kontext der Landschaft weitherum auf und dient bis heute als Wahrzeichen der Region.
Ab 1864 gab der Kanton Aargau den Kirchgemeinden zuerst teilweise und ab 1868 vollständige Autonomie in der Pfarrwahl. Ab 1885 wurden die Kirchgemeinden als juristische Personen des öffentlichen Rechts anerkannt. Im Jahr 1907 kam die grosse Entflechtung von Kirche und Staat im Kanton Aargau. Das Kirchengut schied aus dem Staatsgut aus und wurde den Kirchgemeinden zur Verwaltung übergeben. In der Folgezeit wurden immer wieder bauliche Massnahmen an der Kirche und den umliegenden Gebäuden vorgenommen. Im Jahr 1909 erfolgte eine Innenrenovation in der Kirche und insbesondere an den Dekorationsmalereien. Im Jahr 1912 wurde das Wirtschaftsgebäude neben dem Pfarrhaus zum Unterrichtslokal umgebaut. Im Jahr 1926 wurden die Tennen zu Garagen umfunktioniert und 1927 eine Heizung in die Kirche eingebaut. 1937/38 erfolgte eine Aussenrenovation, wobei einige Modernisierungsmassnahmen vorgenommen wurden.
Ab der Mitte des 20. Jahrhunderts vergrösserte sich die Kirchgemeinde flächenmässig und personell. Da seit dem Jahr 1900 zunehmend reformierte Zementfabrikarbeiter nach Station Siggenthal und Würenlingen geholt wurden, mussten diese einer Kirchgemeinde zugeteilt werden. Da die Kirche Rein am nächsten lag, wurden sie vom Grossen Rat in Jahr 1940 dieser Gemeinde zugeteilt. Seit dem Untergang von Freudenau um 1400 erstreckte sich das Gebiet der Kirchgemeinde erstmals wieder auf das Ostufer der Aare. Die Stadtflucht in der folgenden Zeit führte zu einem grossen Mitgliederwachstum. Deshalb wurde 1969 eine zweite Pfarrstelle und 1980 eine Diakonatsstelle geschaffen. Bei der Fusion der politischen Gemeinde Lauffohr mit der Stadt Brugg in Jahr 1972 wurde entschieden, dass die Lauffohrer weiterhin zur Kirchgemeinde Rein gehören sollten, deshalb erstreckt sich das Gebiet der Kirchgemeinde heute auch auf die politische Gemeinde Brugg. Die Entwicklungen von Modernisierung und Wachstum hinterliessen auch Spuren am Bau der Kirche. Bereits 1960/61 wurde der hintere Drittel des Kirchenschiffes durch eine verschiebbare Holzwand abgetrennt und mit einer Zwischendecke versehen, über der ein Kirchgemeindesaal eingerichtet wurde. Das Erdgeschoss wurde zu einem freien Begegnungsraum umgestaltet. Gegen die Mahnungen der Denkmalpflege wurde zur Verbesserung der Akustik eine neue Decke 1,50 Meter unter der alten eingehängt. Damit wurden jedoch die meisten Dekorationsmalereien verdeckt. Weitere Teile des neugotischen Schmucks wurden entfernt. Die meisten Einrichtungsstücke wie die Kanzel, die Bänke, die Empore und die Orgel wurden durch neue Versionen ersetzt. Einzig beim Taufstein verlief die Entwicklung in die andere Richtung. Der Taufstein von 1864 wurde zum Friedhofsbrunnen umfunktioniert, während der Taufstein von 1500, der seit 1863 als Blumenvase gedient hatte, wieder in die Kirche gestellt und seinem ursprünglichen Zweck zugeführt wurde. In den Jahren 1969/70 wurde das Äussere der Kirche renoviert. Dabei wurde auch hier ein grosser Teil des neugotischen Schmucks, wie zum Beispiel die Fialen am Kirchenschiff entfernt. Im Jahr 1981 wurden die neuen Chorfenster mit Glasmalereien von Werner Sommer eingesetzt und eine Läutautomatik installiert.
Die letzte Renovation erfolgte in den Jahren 1998/99. Neben Reparaturen wurde ein rollstuhlgängiger Lift eingebaut, ein direkter Durchgang vom Saal zur Empore erstellt und eine neue Küche eingerichtet. Die Trennwand zwischen Kirchenschiff und Vorraum wurde ebenfalls erneuert. Die Fenster von 1961 wurden durch neue ersetzt, welche besser zu den Chorfenstern passen. So erhielt die Kirche ihre heutige Atmosphäre, die durch helles, klares Licht erzeugt und durch die warmen Farben des Interieurs verfeinert wird.