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En général, mais pas exclusivement, les virus évoluent dans une espèce particulière d’hôte, espèce qui peut être prise au sens plus ou moins strict. On parle ainsi de virus humain (strict), canin (strict), aviaire (large), petits ruminants (large) etc. Rappelons qu’un virus est dit d’une espèce particulière s’il a, au minimum, la capacité de se transmettre d’individus à individus dans cette espèce. De manière plus stricte pourtant, l’espèce d’un virus est celle qui constitue son réservoir naturel. Dans son espèce, le virus a évolué, ou évolue, pour s’y multiplier efficacement avec le minimum d’effets néfastes. On connait ainsi nombre de virus qui vivent avec « leur » espèce en si bon entendement, qu’il est très difficile de les détecter sur la base d’un effet perçu de leur multiplication. Les différentes espèces de chauves-souris constituent des réservoirs de virus qui paraissent inépuisables, virus que l’on ne découvre que lorsqu’ils infectent « accidentellement » une autre espèce, comme le cheval (virus Hendra) ou le porc (virus Nipa), avec des conséquences visibles (et généralement graves) pour ces nouveaux hôtes. On comprend cette évolution en raisonnant a contrario : un virus qui évoluerait vers la destruction systématique de son hôte, n’aurait que la probabilité de disparaître avec le dernier représentant de l’espèce.
L’évolution vers une multiplication virale adéquate qui préserve néanmoins la meilleure capacité de survie de l’hôte progresse vers l’équilibre par sélection constante dans la quasi espèce virale de la sous-espèce la mieux adaptée à son hôte. L’exemple emblématique d’une telle évolution est représentée par l’histoire du virus de la myxomatose et des lapins australiens. Les 12 couples de lapins importés d’Europe en Australie en 1859 ont trouvé un environnement si adéquat, de plus dépourvu de tout prédateur, qu’ils se sont multipliés pour atteindre 600 millions au début du 20ème siècle. Cette prolifération extraordinaire a contribué à la désertification des deux tiers du continent, mettant en péril marsupiaux et autres espèces locales, et causant une crise agricole majeure. Après plusieurs tentatives, infructueuses, le virus de la myxomatose du lapin a été introduit dans les années 1950. Ce virus, mortel en quelques jours, se répand au début comme une trainée de poudre et aboutit à la disparition de 95 % des lapins. Cinq ans plus tard, la population des lapins se remet à augmenter : on a dit que les lapins étaient devenus résistants. En fait c’est un virus moins virulent qui a été sélectionné. On le sait en comparant le virus introduit en 1950 et celui retrouvé chez les lapins dans les années 1990. Selon quel mécanisme évolutif ? Vraisemblablement, la densité des lapins en 1950, au moment de l’introduction du virus, était telle que les virus produits par les lapins mourants avaient la possibilité de contaminer leurs congénères provoquant l’hécatombe observé. Petit à petit, la densité des lapins diminuant fortement, ce virus n’a plus pu être transmis et a disparu. Seuls les lapins infectés avec un virus minoritaire de la quasi espèce, moins virulent et de ce fait permettant la survie des lapins suffisamment longtemps pour qu’il puisse être transmis, ont participé à la propagation du virus. De cette manière, le virus moins virulent a été sélectionné et a remplacé le virus très virulent du début. Aujourd’hui, les lapins se multiplient toujours comme des lapins et le problème n’a toujours pas de solution.