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Das Alpinum ist in zwei Teile gegliedert, in das Alpinum "Säntisgebiet" und das Alpinum "Schweizeralpen".
Die Felspartien des "Säntisgebietes", wo vorab Arten der alpinen Stufe gedeihen, sind mit Kalksteinblöcken aus dem Alpstein aufgebaut. Ausserhalb der Felsabschnitte und rund um den Weiher wachsen hauptsächlich Arten der subalpinen Hochstaudenfluren.
Am Ufer des kleinen Alpinum-Weihers gedeihen zwei seltene niederwüchsige Birken-Arten, die höchstens zwei Meter hohe Strauch-Birke (Betula humilis) und die maximal ein Meter Höhe erreichende Zwerg-Birke (Betula nana).
Im Alpinum "Schweizeralpen" dominieren stattliche Exemplare von Gehölzen, die in den Alpen bis an die Waldgrenze und darüber hinaus vordringen, wie Arve (Pinus cembra), Berg-Föhre (Pinus mugo), Alpen-Erle (Alnus viridis). Teile der Abteilung mit niederwüchsigen Alpenpflanzen sind mit Verrucanogestein (roter Ackerstein) aufgebaut. Verrucano ist eines der ältesten Gesteine der Alpen und kommt vorwiegend im Glarnerland und im St.Galler Oberland vor. Im Gegensatz zum Kalkgestein reagiert Verrucano neutral bis leicht sauer.