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La gelée cardiaque apparaît dans la région des bourrelets endocardiques à l'instar d'une épaisse membrane basale qui fait protrusion dans la lumière assurant ainsi une fonction primitive proche des valvules.
Dans cette région des cellules de l'endocarde, induites par des molécules provenant du myocarde sous-jacent, abandonnent le tissu épithélial pour adopter une forme mésenchymateuse et migrer dans la gelée cardiaque. L'expérimentation a montré, que seules les cellules de la région auriculo-ventriculaire et de la région de la voie efférente, pouvaient répondre de cette manière à l'induction du myocarde.