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Die Haarlosigkeit unterliegt einem unvollkommen dominanten Erbgang. Das Gen für Haarlosigkeit ist dominant über die Ausbildung eines Haarkleides. Die Haarlosigkeit schlägt aber nicht voll durch und Nackthunde sind selten komplett haarlos. Meistens kommen ein mehr oder weniger ausgeprägter Schopf auf dem Kopf, eine Fahne an der Rute und eine Behaarung unterhalb des Hand- bzw. Fussgelenkes vor.
Lebensfähige Nackthunde sind immer heterozygot, sie besitzen also ein Haarlos-Gen und ein Haar-Gen. Bei Kreuzungen von haarlosen Hunden entstehen daher statistisch gesehen 25% homozygot haarlose Hunde, 50% heterozygot haarlose Hunde und 25% homozygot behaarte Hunde. Die homozygot haarlosen Embryonen (mit zwei Haarlos-Genen) können sich nicht entwickeln und werden bereits im ersten Drittel der Trächtigkeit von der Gebärmutter resorbiert. In einem Wurf von Nackthunden sind also statistisch zwei Drittel nackte und ein Drittel behaarte Welpen zu erwarten. Die behaarten Xolos wurden erst 2009 in den internationalen Rassestandard aufgenommen und zur Zucht zugelassen. Dadurch konnte der für eine seltene Rasse kleine Genpool stark erweitert werden.
Haare und Zähne haben die gleichen Strukturen und die embryonale Entwicklung ist eng miteinander verknüpft. Das Haarlos-Gen führt daher auch zu einer mehr oder weniger fehlenden Zähne. Beim Fressen behindert sie dies aber in keinster Weise und auch Kauartikel werden innert Kürze zerlegt. Hingegen haben behaarte Xolos in der Regel ein vollständiges Gebiss.In neuesten molekularbiologischen Untersuchungen konnte das Haarlos-Gen identifiziert und der einfache Erbgang bestätigt werden (Drögemüller, et al. 2008). Zudem zeigen weitere genetische Studien, dass der Xolo tatsächlich viele ursprüngliche Erbeigenschaften besitzt und die Hunderasse mindestens 3700 Jahre alt ist.