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Structure des cours d'eau
De nombreux cours d’eau ont été corrigés et endigués dans le passé pour permettre une utilisation des zones inondables afin d’y construire des agglomérations et des infrastructures et d’y développer l’agriculture. Le but était également de les exploiter pour produire de l’électricité. Les cours d’eau ne peuvent plus remplir toutes leurs fonctions naturelles et les écosystèmes aquatiques et environnants pour la faune et la flore s’appauvrissent. Le paysage devient plus monotone. Les obstacles comme les seuils, les centrales au fil de l’eau, les barrages et les autres ouvrages transversaux empêchent les organismes aquatiques de se déplacer d’amont en aval et inversement, ce qui nuit considérablement à leur reproduction ainsi qu’à l’extension de leur habitat et au mélange des populations.
Les cours d’eau suisses sont entravés par les travaux de correction et l’exploitation intensive sur de longs tronçons : 24 % de la longueur totale des cours d’eau sont artificiels, ont subi de grandes atteintes ou sont endigués. Ce sont surtout les cours d'eau à basse altitude dans des régions avec une exploitation intensive qui sont très atteints. En effet, à une altitude inférieure à 600 m, 46 % des cours d'eau possèdent une variété structurelle insuffisante, alors que cette proportion est inférieure à 1 % au dessus de 2000 m. Quant aux obstacles, qui entravent la migration des poissons, on les trouve surtout dans les cours d'eau moyens entre 600 et 1200 m. Voir carte.
Afin de renverser cette longue évolution négative, de nombreux efforts de revitalisation des eaux ont été entrepris, par exemple en élargissant l'espace réservé aux eaux, en supprimant les digues et les obstacles au passage des poissons. Depuis 2011, la revitalisation des eaux est inscrite dans l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux). L'objectif est de revitaliser 4000 km de cours d'eau dans les 80 prochaines années. Ainsi, on peut supposer que le développement va dans une direction positive, même si l'on ne dispose pour l'instant que d'une valeur initiale.
Les données ne sont qu’en partie comparables. La méthode suisse repose sur une échelle d’appréciation à quatre niveaux, contre cinq dans de nombreux pays de l’UE, voire sept pour certains. Les paramètres relevés, qui constituent la base de l’appréciation, diffèrent eux aussi légèrement. Si une comparaison internationale est difficile pour l’instant, c’est aussi parce que les autres pays ne disposent pas des données correspondantes. La Suisse a pris de l’avance dans la collecte des données de base écomorphologiques, alors que nombre de pays n’ont pas encore effectué de relevés sur l’ensemble de leur territoire.
L’état écomorphologique des cours d’eau a été relevé par les cantons (avec le soutien financier de l’OFEV) dans le cadre du système modulaire gradué « Écomorphologie – niveau R » (région). À cette fin, durant la période de 1998 à 2006, quelque 30 000 km de cours d’eau ont été cartographiés dans 24 cantons. Pour procéder au relevé de l’état morphologique des eaux, le degré de naturalité des eaux, les tronçons endigués ainsi que les obstacles ont été pris en compte.
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