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Die Zauneidechse ist ein Tagtier und wird besonders in den späten Vormittagsstunden aktiv, so dass zu dieser Zeit die meisten Tiere einer Population beobachtet werden können. Sie sonnen sich mit Vorliebe auf Kahlstellen und in den Lücken der Grasschicht, wo sofortiges Untertauchen möglich ist. Ist die Vegetationsdecke zu hoch oder fehlen Lücken, dann werden darüber hinausragende Strukturen benutzt, etwa Schutt-, Kies- und Holzhaufen, Baumstrünke, liegende Stämme, grössere Steine und Sperrgut. An heissen Tagen verbringen die Echsen die meiste Zeit im Halbschatten. Man muss schon etwas genauer hinsehen, um sie in einem Strauch oder zwischen Grashalmen zu entdecken.
Die Nahrung der Zauneidechse besteht zum grössten Teil aus Insekten, besonders Schmetterlingen und Käfern. Andere Gliedertiere, Schnecken und Würmer werden weit seltener gefressen. Der Ernährungszustand der Individuen gibt Auskunft über die Qualität eines Habitats. Die Verarmung der Wirbellosenfauna hat mit Sicherheit zum Rückgang des Zauneidechsenbestandes beigetragen.
Die Aktivitätsperiode der Zauneidechse beginnt bei uns meist Ende März/Anfang April. Zuerst erscheinen meist die Jungtiere, nach ihnen die Männchen und diesen nach zwei bis drei Wochen folgend die Weibchen. Gegen Ende April beginnt die Paarungszeit. Die Männchen haben sich bereits gehäutet und tragen jetzt das leuchtendgrüne Hochzeitskleid. Treffen auf Partnersuche zwei von ihnen aufeinander, kommt es in der Regel zu unblutigen Kommentkämpfen, die mit der Flucht des Unterlegenen enden. Meist kopulieren die Männchen mit jedem paarungsbereiten Weibchen, doch kann es im Frühjahr auch zu Paarbildungen kommen.
Die Eiablage erfolgt im Mai oder Juni. Ein Gelege enthält im Mittel 9 bis 14 Eier von ca 15x10 mm Grösse. Sie werden als Klumpen in kleinen, selbstgegrabenen Erdlöchern oder an anderen genügend feuchten und wärmeexponierten Stellen abgelegt. Die Inkubationszeit ist stark temperaturabhängig und dauert 30 bis 60 Tage, ausnahmsweise gegen 100 Tage.
Kahle, direkt von der Sonne beschienene Flächen bieten in 4 bis 12 cm Tiefe den optimalen Temperaturbereich (um 27°C) zur Eientwicklung. Vor allem in ungünstigeren Klimazonen, bei uns etwa in höheren Lagen, dürfte das Vorhandensein geeigneter Eiablageplätze entscheidend für die längerfristige Existenz einer Population sein. Im Mittelland ist das Angebot an Eiablageplätzen wohl günstiger, Genaueres hierzu ist jedoch kaum bekannt.