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Das Hubermoos (oder Dottenwilermoos) liegt nördlich des Schlosses Dottenwil in einer Senke. Das Moos befindet sich auf Gebiet der Gemeinde Berg SG, unmittelbar an der Grenze zur Gemeinde Wittenbach. Das Flachmoor ist seit 1998 ein Schutzobjekt von nationaler Bedeutung.
Das Biotop Oberer Gädmen liegt östlich der Trogenerbahn Haltestelle Rank an der Grenze der Stadt St.Gallen zu Ausserrhoden. Das rund 600 Quadratmeter grosse Gebiet hat der NVS 1994 von der Stadt in Pacht übernommen.
Der Altmannenweiher gehört zur Weiherlandschaft südlich über der Stadt St.Gallen. Er liegt heute in der grossen Schutzzone Notkersegg/Dreilinden.
Der Hüttenwiesweiher liegt an der Steinach unterhalb der Einfamilienhaus-Siedlung Hüttenwies. Der NVS betreut das Gebiet seit Ende der Siebzigerjahre.
Der Bergbachweiher liegt im Osten der Stadt St.Gallen unterhalb des Industrie- und Gewerbegebietes Lerchental. Entstanden ist der Weiher und sein Umfeld in den Achtzigerjahren als Ersatzbiotop im Zuge des Autobahnbaus (erster Pachtvertrag 1984).
Der Bildweiher liegt im Westen der Stadt im Siedlungsgebiet von Winkeln. Die wertvolle grüne Oase inmitten des überbauten und vom Verkehr umtosten Gebietes ist der letzte Rest eines Flachmoors.
Am Westdamm des Gübsensees wurde Ende der Achtzigerjahre in Zusammenhang mit einer Dammsanierung ein Ersatzbiotop für Amphibien angelegt, der sogenannte SAK-Weiher.
In Zusammenhang mit dem Neubau des städtischen Werkhofes Waldau wurde dem NVS von der Stadt Mitte der Achtzigerjahre das Recht eingeräumt, im nördlichen Teil dieses Areals an der Sömmerliwaldstrasse ein Biotop einzurichten und zu unterhalten.
Der Tobelweiher liegt im Perimeter des Schutzgebietes Sitterlandschaft, und zwar in der nördlichen Verlängerung des OpenAir-Geländes. Er wurde als Ersatzbiotop im Zuge des Autobahnbaus Anfang der Neunzigerjahre erstellt.
Der NVS hat die Pflege des ehemaligen Schulbiotops an der Wolfgangstrasse Ende der Neunzigerjahre übernommen. 2003 wurde der Weiher und sein Umfeld saniert und in diesem Zusammenhang ökologisch massiv aufgewertet.
Anfang der Neunzigerjahre wurden im Gebiet Breitfeld und Neuchlen/Anschwilen die Anlagen des Waffenplatzes Herisau/Gossau ausgebaut. Dabei sind vielfältige ökologische Aufwertungsmassnahmen durchgeführt worden.
Die NVS-Arbeitsgruppe Gaiserwald pflegt verschiedene Biotope auf Gebiet von Abtwil, Engelburg und Waldkirch. Die drei Gebiete weisen wichtige Laichgewässer für Amphibien auf.
Im Jahre 1974, der NVS war damals erst vier Jahre alt, wurde der Wenigerweiher "fast über Nacht" - und ohne jegliche Vorankündigung an den Naturschutzverein - geleert. Und dies unmittelbar vor der Laichzeit der Amphibien. Im NVS waren wir darüber schockiert und verärgert.
Bereits zwei Jahre nach seiner Vereinsgründung, im Jahre 1972, dokumentiert der Naturschutzverein der Stadt St.Gallen und Umgebung (NVS) sein Interesse an einem Schutz der Sitterlandschaft. Er richtet an den Regierungsrat des Kantons St.Gallen ein Schreiben und fordert darin einen Schutz des Sitterufers.