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Les marais de Damphreux sont situés au nord-ouest de la Suisse, en Ajoie, dans la vallée de la Coeuvatte, au nord-est de Porrentruy, dans la République et canton du Jura. En 1968, sur un site marécageux, avec sources et ruisseaux, qui était exploité en prés extensifs et à litière, un industriel de Damphreux a fait aménager les 6 étangs des Coeudres. Ils étaient destinés alors à l'élevage et la production de carpes (carpières). La création de ces étangs a été favorable à la flore et à la faune (Amphibiens, Oiseaux d'eau). Ces plans d'eau, situés dans un milieu ouvert, ont attiré de nombreux oiseaux migrateurs, devenant un des meilleurs sites d’escale pour les Limicoles du Canton du Jura. En effet, Damphreux se trouve sur une route migratoire importante. À 425 mètre d'altitude, ces étangs de plaine sont situés au niveau de la partie sud de la "trouée de Belfort", dans le prolongement sud-ouest du fossé Rhénan, grande dépression nord-sud, entre le massif des Vosges et celui de la Forêt-Noire. En été et en automne, les migrateurs postnuptiaux viennent du nord par cette voie privilégiée, stationnent quelques temps près des étangs puis continuent leurs déplacements vers le sud ou le sud-ouest en buttant contre les premiers contreforts de la chaîne jurassienne (Mont Terri). Un déplacement inverse, mais un peu moins important, s'observe au printemps.
En 2007, déjà propriétaire d'un quinzaine d'hectares de terrains situés autour des étangs des Coeudres, la Fondation des Marais de Damphreux acquiert ces derniers. Elle s’engage, dans la foulée, à les revitaliser. Trois menaces sérieuses mettaient en péril la pérennité des plans d'eau : l'atterrissement, un embroussaillement progressif des berges et des queues d’étang et la perforation des digues par les Rats musqués, Ondotra zibethicus. Dans un premier temps, des mesures drastiques ont été prises pour ouvrir à nouveau les berges des plans d'eau. En compensation, des haies sont plantées dans les prairies adjacentes. Puis les digues situées en aval des six étangs sont, une à une, renforcées et prolongées. Des murets en béton maigre sont coulés à l’intérieur de celles-ci pour éviter qu’elle ne soient à nouveau percées par les Rats musqués, toujours bien présents sur le site. Les travaux se terminent en hiver 2010/2011. Leur avancement a été fortement influencé par les conditions climatiques et le rythme des saisons. En principe, les travaux ne peuvent être réalisés qu’en automne et en hiver, lorsque l’activité biologique décroît, soit en dehors des périodes de nidification des Oiseaux et de reproduction des Amphibiens.
L’intention prioritaire de la Fondation des marais de Damphreux est d’améliorer la richesse de la flore et de la faune des étangs et des zones humides qui les entourent. L’option initiale de la pisciculture est abandonnée au profit de la création d’une mosaïque de milieux aquatiques qui permettront une forte augmentation de la diversité biologique.
Les eaux permanentes permettent d’accueillir de nombreux canards, des sarcelles, des grèbes ou des foulques par exemple.
Pour faire varier les écosystèmes, une gestion appropriée permet encore d'augmenter la dynamique. Dès juillet, en diminuant le niveau de certains plans d'eau, notamment pour le grand étang central, des vases exondées permettent, en été et en automne, le développement de nombreuses plantes rares comme les bidents ou les éléocharis. Ces milieux vaseux, très riche en invertébrés, fournissent aux Limicoles migrateurs (vanneaux, gravelots, bécassine, courlis, chevaliers) une nourriture abondante qui leur permet de reconstituer leurs forces avant de reprendre les déplacements. Les roselières abritent rousserolles et Bruants des roseaux. Les cariçaies et les touradons accueillent la Marouette ponctuée ainsi que la très rare Rat des moissons. Ci-dessus, l'étang 2, en mars 2009, juste au moment de la remise en eau après le réaménagement de la digue.
Ci-joint, le grand étang des Coeudres (étang 2) en 2011, après les travaux de revitalisation.
Les prairies humides retiennent des Vanneaux huppés et des bécassines. Les cordons boisés, maintenus à plusieurs endroits et les milliers d’arbustes plantés donnent un abri aux passereaux, comme les Bruants jaunes, les rares Rossignols philomènes et les Pies-grièches écorcheurs.
En 2011, les observations montrent que les travaux de restauration des étangs portent leurs fruits. Au printemps les Rainettes vertes ont colonisé tous les plans d'eau avec un concert assourdissant de coassements.
Au printemps, de nombreuses Rainettes vertes adultes occupent le site des Coeudres revitalisé.
Le 30 juillet 2011, une Rainette verte juvénile est restée à proximité d'un étang.
Les autres espèces de Batraciens se sont également bien reproduites. Les insectes liés aux zones humides pullulent : punaises et coléoptères aquatiques, libellules, papillons (Cuivré des marais).
Les libellules comme le Sympétrum à côté strié, Sympetrum stiolatum, apprécient beaucoup les nouveaux plans d'eau.