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Die mikrobiellen Stämme, die Agroscope für Praxisversuche verwendet und die bei Erfolg anschliessend Bestandteil einer definierten Mischkultur werden, müssen eine hohe Sicherheit aufweisen. Aus der Agroscope Stammsammlung wurden 164 Stämme von Milchsäurebakterien auf ihre Sicherheit hinsichtlich übertragbarer Antibiotika-Resistenzen, der Bildung von biogenen Aminen und der Anwesenheit von Virulenzfaktoren überprüft. Nur sechs Stämme mussten ausgeschlossen werden, da sie eine oder mehrere übertragbare Antibiotika-Resistenzen aufwiesen. Diese Stämme wurden erst vor wenigen Jahren isoliert. Die meisten Stämme aus der Stammsammlung wurden hingegen vor mehreren Jahrzehnten isoliert, zu einer Zeit, als sich die Resistenzen noch nicht ausgebreitet hatten. Die Stammsammlung ist auch wegen der hohen Biodiversität und der grossen Anzahl von Stämmen von einem unschätzbaren Wert.
Pflanzenschutzmittel enthalten Wirkstoffe und sogenannte Beistoffe. Agroscope untersuchte erstmals die Rückstände von Beistoffen auf behandelten Pflanzen und liefert damit Grundlagen für die Beurteilung der Risiken für Konsumentinnen und Konsumenten.
Metschnikowia pulcherrima ist eine natürlich vorkommende Hefe mit Anwendungen in der Landwirtschaft, der Lebensmittelindustrie und der Biotechnologie. Agroscope untersucht diese Hefe insbesondere im Hinblick auf Biocontrol-Anwendungen im Pflanzenschutz.
Pflanzliche Getränke auf der Basis von Soja, Getreide, Samen oder Nüssen werden immer häufiger als Milchersatz konsumiert. Agroscope-Forschende haben Makro- sowie Mikronährstoffe dieser Getränke untersucht und grosse Unterschiede zwischen den Getränken und im Vergleich mit Milch festgestellt.