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Avec l’archéologue cantonal, Michel Terrier, nous avons découvert avec beaucoup d’intérêt les dessous de l’Eglise de la Madeleine. Elle a été édifiée sur l’emplacement d’un quartier portuaire dont les origines remontent au dernier quart du IIe siècle. Une résidence sera construite sur cette zone à l’époque romaine.
A partir de César et la conquête des Gaules, Nyon devient capitale régionale et Genève, capitale commerciale. Vers le IIIe siècle, la surface de la cité sera réduite au sommet de la colline, avec la ville haute enceinte d’un mur fortifié. La ville basse est en contrebas. Ce quartier semble alors ruiné et une zone funéraire se développe sur ce secteur désormais hors les murs. Ce cimetière est entoure d’une clôture contre laquelle est adossé un petit oratoire abritant une tombe vénérée et de précieuses reliques. A la fin du VI siècle Genève explose, les Burgondes y installent leur capitale et Genève est à la tête d’un diocèses important. L’évêque est très puissant, la ville est enfermée dans ses murs autour de la cathédrale. Des églises, dont la Madeleine, s’installent autour, préfigurant les quartiers actuels.
Des tombes sont enfouies sous l’édifice, avec des sarcophages. L’église sera agrandie et devient une petit église paroissiale avec des fonts baptismaux, elle sera dotée du traditionnel choeur carré caractéristique de nos régions. C’est à ce moment que le vocable de la Madeleine apparaît.