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Introduction
De nombreuses personnes souffrent de troubles digestifs variés, tels que des ballonnements, éructations, flatulences, reflux d’acidité, douleurs abdominales, diarrhées, etc. Souvent ces troubles digestifs sont associés à d’autres plaintes mal définies comme une fatigue inexpliquée, des troubles cognitifs, des états anxio-dépressifs, des intolérances alimentaires, etc. Ces dernières décennies, la science s’est beaucoup focalisée sur le microbiote et sur l’importance des fibres ou des probiotiques afin de bien nourrir les bactéries amies. Toutefois, souvent, lorsque les personnes ont beaucoup de plaintes digestives, ces approches sont mal tolérées ou peu efficaces. Cela provient du fait que la plupart des troubles digestifs proviennent de notre intestin grêle. Le rôle principal de l’intestin grêle est d’absorber la majorité de nos nutriments et l’intestin grêle tolère mal l’excès de bactéries ou de levures micronutriments, contrairement au gros intestin qui est une usine de fermentation.
La plupart des troubles digestifs sont dus à un excès de bactéries dans l’intestin grêle provoquant des fermentations intestinales. On parle dans ce cas de SIBO. Ce terme signifie en anglais « small intestinal bacterial overgrowth » que l’on peut traduire en français par une pullulation bactérienne de l’intestin grêle. Depuis quelques années, la communauté médicale porte un intérêt grandissant pour le SIBO et les recherches dans ce domaine sont en forte augmentation. On découvre que le SIBO est à la base de nombreuses maladies actuelles. En effet, de nombreuses études médicales montrent que cette affection est associée à au moins une cinquantaine de maladies aussi diverses que la rosacée, une maladie dermatologique fréquente (1), la fibromyalgie (2), le diabète (3), la maladie de Parkinson (4), le syndrome des jambes sans repos (5) ou l’autisme (6) ainsi que de nombreuses autres maladies. Les maladies métaboliques comme l’obésité et le syndrome métabolique (7,8) sont clairement en relation avec la pullulation bactérienne de notre intestin grêle autant chez l’adulte (9) que chez l’enfant (10,11).
Les symptômes du SIBO
Les troubles digestifs
Les symptômes digestifs sont souvent au premier plan. Nous avons vu que lorsqu’il y a trop de bactéries dans l’intestin grêle, les bactéries en excès commencent à fermenter les résidus alimentaires non digérés, libérant fréquemment des gaz de fermentation, dont un des plus fréquents est l’hydrogène et parfois le méthane. Les symptômes dus à ces gaz sont souvent des ballonnements, des flatulences et même des douleurs abdominales. On retrouve également des épisodes de diarrhées ou de constipation, quelquefois en alternance. Les reflux d’acidité sont également fréquemment constatés dans le SIBO. Probablement cela est expliqué par la pression des gaz intestinaux réduisant la vidange gastrique vers l’intestin grêle et favorisant les remontées acides vers l’œsophage. Souvent en traitant un SIBO, on assiste à la disparition des reflux gastro-oesophagiens.
Symptômes divers liés à des carences micronutritionnelles et à la perméabilité intestinale
Si le SIBO ne se manifestait que par des troubles digestifs, le problème ne serait pas si important. Mais étant donné l’impact sur la muqueuse intestinale, le SIBO peut favoriser de nombreuses carences nutritionnelles délétères pour notre santé. Les problèmes de carences peuvent se manifester par des troubles d’absorptions des graisses en raison de la capacité des bactéries à bloquer l’activité des sels biliaires (déconjugaison). Cela peut entraîner des carences en vitamines liposolubles essentielles pour notre immunité telles que la vitamine A, D ou E ainsi qu’une mauvaise absorption des acides gras essentiels. La déficience en B12 est également un problème important avec le SIBO, car les bactéries consomment la vitamine B12 avant que le corps n’arrive à l’absorber. Le manque de B12 peut se manifester par de la fatigue, de la dépression, des troubles de la mémoire, des fourmillements ou une anémie (mégaloblastique). En fait, le SIBO, par sa capacité à enflammer la muqueuse de l’intestin, peut engendrer des difficultés d’absorption de nombreux micronutriments avec des carences multiples.
De plus, le SIBO en endommageant notre muqueuse intestinale, celle-ci devient plus perméable, des particules alimentaires non totalement digérées et des fragments bactériens peuvent pénétrer dans notre corps, obligeant le système immunitaire à réagir. C’est ainsi qu’un SIBO peut être accompagné d’intolérances alimentaires, de céphalées, de douleurs articulaires, d’un état de fatigue chronique, etc. Cette hyperperméabilité intestinale peut également être liée à divers troubles neurologiques (migraines, autisme) ou psychologiques (dépression, anxiété).
Le diagnostic de colon irritable, souvent un SIBO méconnu ?
Aujourd’hui, la médecine regroupe la plupart des plaintes digestives fonctionnelles sous le diagnostic du colon irritable. Ce syndrome toucherait presque 10 % de la population, soit plus de 6 millions de Français. Le syndrome du colon irritable est évoqué sur la base de critères cliniques, toutefois sans tenir compte des causes qui sont encore peu comprises. Depuis déjà une dizaine d’années, on évoque le lien étroit entre les fermentations de l’intestin grêle (SIBO) et le colon irritable (12). De nombreuses études confirment cette hypothèse bactérienne en montrant la relation entre le colon irritable et la présence d’une pullulation bactérienne aux tests respiratoires (13,14,15). De nombreux nutritionnistes anglo-saxons estiment que la plupart des personnes souffrant de colon irritable souffrent en réalité d’un SIBO. Il est de plus en plus reconnu que le SIBO représente une des causes principales du colon irritable (environ 60 % des cas de colon irritable). Dans tous les cas, on peut estimer que des millions de personnes en France présentent un SIBO, sans le savoir dont les conséquences sur la santé sont loin d’être négligeables. Malgré cela, ne soyez pas étonné si votre médecin ne connaît pas ce diagnostic, ni les protocoles de traitement qui le concerne. Le SIBO est étudié depuis une quinzaine d’années dans les pays anglo-saxons et commence seulement à être pris en compte chez nous depuis quelques années.
Relation entre le SIBO et le complexe moteur migrant
Par définition, le SIBO est une prolifération de bactéries anormalement nombreuses dans l’intestin grêle. En général, c’est dans le gros intestin que se trouve la majorité des bactéries intestinales. Quant à lui, l’intestin grêle est le lieu où s’effectue plus de 90 % de l’absorption de nos aliments et pour cela il ne faut que trop de bactéries perturbent les processus de digestion. Par la suite l’intestin grêle se débarrasse des aliments non digérés (fibres) et des bactéries inopportunes en les propulsant vers le gros intestin par un système qui s’appelle le Complexe Moteur Migrant (CMM). Il s’agit d’une activité cyclique de contractions intenses qui va pousser vers la sortie les déchets non digérés pour faire place au repas suivant. Le CMM commence à être activé 2h après le dernier repas. Il se déroule en 3 phases qui se succèdent et c’est lors de la dernière phase plus courte et intense que les restes alimentaires situés dans l’intestin grêle sont envoyés vers le colon. On note une phase 3 en moyenne toutes les 90 à 120 minutes et il faut au moins 2 phases pour bien nettoyer l’intestin grêle. Généralement, les fréquences les plus intenses de ces phases 3 se situent pendant le sommeil. Voilà pourquoi de nombreux nutritionnistes recommandent de laisser passer 4 à 5 h entre chaque repas et de ne pas manger la nuit. C’est donc le dysfonctionnement de ce système de nettoyage (CMM) qui va être en partie responsable du développement du SIBO et nous allons voir qu’elles sont les causes qui affectent le CMM.
Causes et facteurs aggravants du SIBO
Selon le Dr Mark Pimentel (professeur de médecine au Sinai-Cedars medical center) expert mondial du SIBO, un dysfonctionnement du complexe moteur migrant serait à l’origine de la majorité des fermentations intestinales (SIBO). On peut traiter momentanément quelqu’un qui souffre d’une pullulation microbienne de l’intestin grêle (SIBO). Toutefois, c’est uniquement lorsqu’on comprend les causes et les facteurs aggravants du SIBO que l’on peut réellement en venir à bout. Nous allons séparer les causes d’un SIBO en 3 groupes, selon les mécanismes d’action, puis parler des facteurs contribuant ou aggravant qui doivent être pris en charge.
· Les problèmes de motilité intestinale
Selon le professeur Pimentel, une des causes les plus fréquentes de SIBO est d’origine post-infectieuse. Ces recherches ont montré que lors d’une gastro-entérite ou d’un empoisonnement alimentaire, de nombreuses bactéries pathogènes ont la possibilité de sécréter une toxine appelée CDt. Cette toxine va altérer le complexe moteur migrant. De plus, notre système immunitaire, en s’attaquant à cette toxine, va par confusion (mimétisme moléculaire) générer des anticorps contre le CMM (anticorps anti-vinculine) (16). Cela va progressivement entraîner un ralentissement de la motilité intestinale et favoriser par conséquent une pullulation bactérienne. Il existe actuellement un test sanguin (IBScheck) qui permet de confirmer ce mécanisme de SIBO ou colon irritable post infectieux (17). Si ce test est positif, cela indique également que le CMM est abîmé de façon persistante et que les risques de récidives de SIBO sont plus fréquents.
Il existe d’autres diagnostics pouvant également créer des problèmes de motilité intestinale à savoir ; le diabète (vagal autonomic neurpathy), l’hypothyroïdie (18), la sclérodermie, la maladie de Lyme, le syndrome d’Ehler’s Danlos, etc. La prise en charge de la maladie de base est nécessaire si l’on veut améliorer les troubles digestifs.
· Les problèmes de digestion
Nous avons besoin, pour bien digérer nos aliments, d’un niveau correct d’acidité au niveau de l’estomac, ainsi que des niveaux corrects de bile, d’enzymes pancréatiques et d’enzymes au niveau intestinal. Par exemple, l’arrivée dans l’intestin grêle d’aliments mal digérés par la diminution de l’acidité gastrique (hypochlorhydrie) peut favoriser une pullulation bactérienne, ce qui peut être le cas lors de la prescription prolongée d’inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) ou d’un état de stress chronique. Une méta-analyse de 2017 publiée dans une revue de gastro-entérologie a confirmé le risque de SIBO en consommant régulièrement des IPP (19). D’autre part, bien que le gluten ne semble pas être une cause directe de SIBO, il semble exister une relation entre l’intolérance au gluten et le SIBO vraisemblablement consécutif à l’altération de la fonction enzymatique de la muqueuse de l’intestin. Ainsi, une étude de 2014 a montré que 2/3 des personnes souffrant de la persistance de troubles gastro-intestinaux après l’arrêt du gluten étaient testés positifs pour un SIBO (20).
· Les obstructions mécaniques sur l’intestin grêle
Des adhérences post-opératoires peuvent réduire la capacité de nettoyage de l’intestin grêle par obstruction mécanique. Toute chirurgie abdominale (césarienne, hystérectomie, cholécystectomie, procédure laparoscopique lors d’endométriose, etc.) peut être responsable d’adhérences et secondairement réduire mécaniquement le nettoyage intestinal. Des dysfonctionnements de la valve iléo-caecale peuvent également réduire l’élimination des déchets vers le colon.
· Les facteurs aggravants du SIBO, le stress en premier lieu
Les facteurs qui contribuent à la persistance d’un SIBO comprennent principalement nos mauvaises habitudes de vie telles qu’une alimentation déséquilibrée, un manque de mouvement, un manque de sommeil et surtout un état de stress chronique. Bien que le stress ne soit pas une cause directe de SIBO, il contribue de différentes manières à la persistance de la pullulation bactérienne. En effet, l’activation de l’axe hormonal du stress (HPA) altère défavorablement la qualité du microbiote intestinal et favorise le développement de bactéries opportunistes ceci en raison de l’impact du stress sur notre immunité globale et intestinale (IgA). De plus, le stress réduit la production d’acide gastrique réduisant la capacité de l’acidité gastrique de détruire les bactéries ingérées en augmentant leur passage vers l’intestin grêle. De nombreuses études ont montré que des émotions comme la peur ou l’anxiété perturbent le système nerveux s’accompagnant d’une réduction de la motilité gastro-intestinale et une réduction de la capacité de digérer. Nous savons maintenant que le stress peut inhiber le fonctionnement du CMM via la sécrétion de la CRF (corticotropin releasing factor), une hormone centrale de l’axe hormonal du stress (HPA). Cette hormone peut se lier à des récepteurs du cerveau, altérant la neurotransmission gouvernant le complexe moteur migrant.
Le test respiratoire : la méthode la plus fiable pour diagnostiquer un SIBO
Théoriquement, le test estimé de référence serait une analyse bactérienne du liquide de l’intestin grêle par aspiration. Cela sous-entend qu’il faut faire une endoscopie jusque dans l’intestin grêle pour faire un prélèvement. Ce test n’est pas considéré comme une bonne méthode pour diagnostiquer un SIBO, car il s’agit d’un test invasif, peu plaisant.
La méthode diagnostic la plus fiable pour évaluer un SIBO reste le test respiratoire. En effet, les bactéries de notre intestin se nourrissent de certains sucres complexes. En faisant cela, elles produisent divers métabolites gazeux, dont les plus étudiés sont l’hydrogène, le méthane et plus récemment l’hydrogène sulfureux. Ces gaz sont en partie absorbés par la paroi intestinale et après être passés dans notre sang et nos poumons, ils sont finalement exhalés dans notre souffle. C’est pour cela que la mesure de l’hydrogène ou du méthane dans notre souffle, après ingestion d’un sucre fermentescible, permet d’évaluer une fermentation de l’intestin grêle excessive (SIBO).
Ce test doit être logiquement ordonné par un médecin. L’examen est précédé par une diète pauvre en glucides fermentescibles 24 h avant. Le jour du test, dans un premier temps, à jeun, on enregistre les gaz expiratoires afin de mesurer les valeurs de base d’hydrogène et de méthane puis, après ces premières mesures, on donne 10 gr de lactulose et par la suite on enregistre la dynamique des gaz toutes les 20 minutes pendant 3 heures. Il est important de tester les deux gaz, car la plupart des bactéries qui se nourrissent de carbohydrates produisent de l’hydrogène, mais 8 à 27 % des gens souffrant de SIBO n’ont pas d’augmentation d’H2, mais à la place produisent du méthane en excès. Bien entendu, on peut voir dans un SIBO une augmentation des deux gaz.
Les 100 premières minutes d’enregistrement correspondent à l’activité de l’intestin grêle, entre 100 et 120 minutes. Il s’agit d’une zone de transition entre l’intestin grêle et le gros intestin. Après 2 h, l’augmentation des gaz correspond principalement à l’activité du colon. Si le test au lactulose est négatif malgré une clinique évocatrice, on complète par un test au glucose (ingestion de 75 gr), car pas toutes les bactéries fermentent au lactulose.
Concernant l’interprétation du test, le manque de standardisation des tests respiratoires a amené la mise en place de consensus au niveau international. Probablement, les critères les plus utilisés lors des tests respiratoires ont été décidés lors du consensus de Rome.
The Rome consensus Conference (21) :
Un test respiratoire au lactulose est considéré comme positif s’il y a lors des 120 premières minutes d’enregistrement ;
- Une augmentation de l’hydrogène de plus de 20 ppm
- Une augmentation du méthane de plus de 12 ppm
- Une augmentation combinée d’hydrogène et de méthane de plus de 15 ppm.
De plus, toute valeur de plus de 10 ppm de méthane doit être considérée comme positif, mais le diagnostic de SIBO est posé seulement si on observe une augmentation de plus de 12 ppm dans la fenêtre d’enregistrement (120min). Dans le cas contraire, en présence de méthane (> 10 ppm), sans augmentation significative durant le test (< 12 ppm), on retient le diagnostic de colon irritable avec méthane (IBS-C). Un traitement antibactérien n’est proposé qu’en cas de constipation.
The North American Consensus (22)
Un autre consensus a eu lieu en 2017, cette fois uniquement aux USA. Durant ces réunions, les experts ont de façon consensuelle redéfini les valeurs pathologiques pour un SIBO. Ainsi, pour retenir le diagnostic de SIBO, il faut que l’on observe dans les 90 minutes après ingestion de lactulose,
- Une augmentation de l’hydrogène de plus de 20 ppm pour retenir un SIBO positif pour l’hydrogène.
- La présence d’une valeur de méthane de >10 ppm permet de retenir un SIBO à méthane positif, ceci sans nécessité d’une augmentation du méthane significative durant l’enregistrement.
Toutefois, ce consensus est critiqué par certains, car la rapidité du transit est relativement fluctuante d’une personne à l’autre et l’appréciation uniquement sur 90 minutes peut manquer un certain nombre de SIBO plus tardif. De plus, le nombre de patients retenus positifs pour un SIBO avec méthane est nettement augmenté puisqu’on ne tient plus compte de la nécessité d’une augmentation du méthane durant le test.
Importance de différencier une fermentation à hydrogène ou à méthane.
Il est important de différencier une fermentation à hydrogène ou à méthane. Dans un intestin sain, les aliments sont digérés et absorbés par la paroi intestinale pour aller dans le sang. Dans le SIBO, les bactéries en excès se précipitent sur les hydrates de carbones pour les fermenter, produisant ainsi de l’hydrogène en excès. Toutefois l’intestin contient différents autres organismes, dont les archéa, qui se nourrissent d’hydrogène et qui produisent du méthane. Diverses études ont montré que ces flores qui produisent du méthane en excès ne sont pas si bonnes pour notre intestin. Le problème principal de l’excès de méthane est la constipation (23). De plus, ces flores méthanogènes augmentent l’absorption des acides gras volatils et sont reliées à une augmentation de la prise de poids et du risque d’obésité (24). On a pu également montrer, chez des personnes obèses avec un BMI de plus de 30, que celles qui avaient une flore méthanogène avaient en moyenne 25 kg de plus que ceux qui n’avaient pas de méthane. Différencier une fermentation à prédominance hydrogène ou méthane permet de mieux cibler le traitement. On sait que beaucoup d’archéa qui produisent du méthane sont résistantes à des plantes antimicrobiennes ainsi qu’à des antibiotiques classiques utilisés dans le SIBO et il faut dès lors utiliser d’autres stratégies thérapeutiques.
Le cas particulier de l’hydrogène sulfureux
L’hydrogène sulfureux (H2S) est produit en partie par des bactéries appelées SRB (sulfur reducing bacteria). Les bactéries SRB les plus fréquentes sont le désulfovibrio et le bilophilia. Ces bactéries ont la capacité de produire du sulfure et en présence d’une augmentation de l’hydrogène, elles peuvent produire de l’hydrogène sulfureux. La production d’hydrogène sulfureux ne dépend pas seulement des bactéries du microbiote, mais semble en relation avec une perturbation du métabolisme des sulfures pouvant être liée à des pesticides comme le glyphosate (Roundup). Les gens qui produisent de l’H2S peuvent éructer des gaz sentant l’œuf pourri. Elles souffrent plus fréquemment de douleurs articulaires, de fibromyalgie, d’irritation de la vessie (cystite interstitielle), car l’hydrogène sulfureux est toxique pour le muscle détrusor de la vessie.
Un dosage fiable du H2S n’est actuellement pas disponible et lors d’un test respiratoire, c’est la présence d’une courbe plate qui fait suspecter ce gaz. En effet la production de méthane et d’H2S est en balance. Si l’H2S est présent, alors les valeurs de méthane et d’hydrogène sont basses et les courbes d’H2 et de méthane restent plates. La Dresse Siebecker utilise un test particulier fait par le laboratoire RED labs. Ce test est appelé TH1/TH2 immune balance et donne une bonne appréciation de la présence d’hydrogène sulfureux.
Autres examens à considérer lors de troubles digestifs
Les tests respiratoires ne permettent que d’évaluer une fermentation bactérienne de l’intestin grêle (SIBO). Toutefois, ce test n’évalue pas d’autres pathogènes comme les champignons (candidose), les protozoaires ou encore les virus. De plus, le test respiratoire ne nous permet pas d’évaluer la présence d’une perméabilité intestinale, d’une inflammation intestinale ni la fonction digestive impliquant le pancréas, l’estomac ou la vésicule biliaire. Dès lors, pour avoir une idée plus complète des troubles digestifs, il est quelquefois nécessaire de considérer d’autres tests selon la clinique:
Le test des métabolites organiques urinaires (MOU) :
Le MOU peut nous renseigner sur la présence d’une candidose ou d’autres champignons ainsi que sur l’activité métabolique des clostridiums (impact sur les neurotransmetteurs).
Les examens sanguins
Les examens de sang classique peuvent donner des informations précieuses. Ainsi, une augmentation des leucocytes peut indiquer une infection bactérienne. Une lymphocytose évoque plus un problème viral ou une éosinophilie peut évoquer une allergie, une intolérance à l’histamine ou une parasitose. Une baisse des hormones thyroïdiennes peut expliquer un colon irritable avec constipation.
Les examens dans les selles :
Un examen de digestion des selles peut nous donner des indications sur la qualité de la digestion des graisses, de la cellulose ou des protéines animales. Le dosage de l’élastase fécale est un indicateur de la fonction pancréatique. Le dosage de la calprotectine nous donne une indication d’inflammation intestinale et le dosage des IgA est important pour évaluer l’immunité de la flore intestinale. En effet, les IgA sont réduits lors de stress, d’inflammation ou d’infection chronique. Le dosage de la zonuline est quant à lui un indicateur de la perméabilité intestinale
L’analyse du microbiote par séquençage génétique
Finalement, l’analyse du microbiome par PCR et séquençage génétique peut donner des indications utiles quant à l’état du microbiote autant concernant les bactéries pathogènes que la flore amie.
Ce type d’analyse reste encore très peu pratiqué et il existe peu de laboratoires compétents dans ce type d’analyse. L’analyse par séquençage génétique du microbiote représente vraisemblablement l’avenir. Alors que les spécialistes du SIBO se concentrent sur l’intestin grêle, des nutritionnistes ainsi que des spécialistes du microbiote suspectent le rôle néfaste de l’écosystème du gros intestin sur l’intestin grêle. Le SIBO pourrait être également la conséquence de transfert de bactéries opportunistes vers l’intestin grêle de différentes façons (valve iléo-caecale, translocation). C’est pourquoi la prise en charge d’un SIBO nécessite de restaurer un microbiote sain et protecteur. Dans le futur proche, l’analyse du microbiote nous permettra de mieux cibler les traitements agissant sur le microbiote.
Dr. A. D’oro
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