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Séquencer mille bases d'ADN coûte un dollar aujourd'hui. Ce montant pourrait rapidement diminuer d'un facteur dix, grâce à une méthode présentée la semaine passée par une équipe de la Washington University à St-Louis et de la Harvard Medical School de Boston (Science, publication en ligne le 4 août 2005). Avec du matériel «communément disponible», les chercheurs ont créé une chaîne de séquençage particulièrement efficace, basée sur des techniques jusqu'ici expérimentales. Et pour démontrer l'efficacité de leur procédé, ils ont «reséquencé» le génome d'une souche de E. coli avec un taux d'erreur inférieur à une base sur un million.Les chercheurs s'affranchissent de la méthode classique, imaginée par Sanger en 1974. Ils utilisent des procédés proposés récemment pour traiter en parallèle un très grand nombre d'échantillons d'ADN avec les mêmes réactifs. Une méthode astucieuse permet par exemple de générer des millions d'échantillons d'ADN. Elle consiste à émulsifier, dans un liquide huileux, une solution contenant des courts fragments de l'ADN à séquencer. Les gouttelettes ainsi produites, dont un grand nombre ne contiennent qu'un seul fragment d'ADN, vont faire office d'éprouvettes microscopiques. L'ADN est amplifié par une technique de PCR en émulsion, de sorte que chaque gouttelette accumule de multiples copies de «son» fragment d'ADN.Le contenu des gouttelettes est ensuite transféré à la surface de microbilles ajoutées à l'émulsion, lesquelles sont déposées à la surface d'un support. Cette mosaïque microscopique de colonies d'ADN plus d'un million d'échantillons par cm 2 peut être marquée au moyen de fluorochromes, observée au microscope à fluorescence, et soumise à l'action d'enzymes. Une série de cycles de traitement enzymatique, marquage et observation permettent de reconstituer la séquence ADN fixée à chaque bille, lecture qui peut être aisément automatisée.Il semble évident que le procédé, s'il tient ses promesses, marque un progrès important, voire une révolution dans son domaine. La lecture de génomes entiers n'est déjà plus l'entreprise titanesque d'il y a dix ans. Les auteurs notent la tendance déjà sensible au «reséquençage» d'organismes déjà connus. Mais avec de nouvelles techniques, c'est l'individu qui pourrait devenir l'objet du séquençage complet si le «défi du génome humain à 1000 dollars» dont parlent les auteurs devait être relevé.