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Die Kinesiologie wurde in den 1960er Jahren von dem amerikanischen Chiropraktiker George Goodheart entwickelt. Ausgangspunkt der Theorieentwicklung war seine Beobachtung, dass bei einem Patienten mit Schulterschmerzen die Schultermuskulatur geschwächt war und in den Sehnenansätzen des Muskels knotige Verhärtungen bestanden. Nachdem durch Massage die Verhärtungen des Muskels aufgelöst werden konnten, nahmen auch die Schulterschmerzen ab. Gleichzeitig nahm die Muskelkraft zu. Aufgrund dieser Beobachtung setzte Goodheart strukturelle Veränderungen in Muskeln mit funktionalen in Zusammenhang.
In den folgenden Jahren verknüpfte Goodheart dieses strukturell-funktionale Konzept vorwiegend mit anderen diagnostischen und therapeutischen Lehren, die heute unter der Bezeichnung komplementäre und alternative Methoden zusammengefasst werden. So integrierte er Vorstellungen aus der Lehre der Lymphabflussstimulation von Frank Chapman, der Lehre der Durchblutungsstimulation von Terrence Bennett, der Meridianlehre der traditionellen chinesischen Medizin, Konzepte aus der orthomolekularen Medizin sowie Vorstellungen aus der Lehre der craniosakralen Osteopathie.
Die weitere Entwicklung der kinesiologischen Lehre wurde durch Schüler Goodhearts geprägt, die jeweils verschiedene Varianten der ursprünglichen Applied Kinesiology ausbildeten. Zu nennen sind hier „Touch for Health“ nach John Thie, „Behavioral Kinesiology“ nach John Diamond, „Edu Kinesthetics“ und „Brain-Gym“ nach Dennison und die „Psychokinesiologie“ nach Klinghardt. Während die ursprüngliche Form der Applied Kinesiology vorwiegend von Ärzten praktiziert wurde, wurden die neueren Varianten auch von medizinischen Laien verwendet und verbreitet. In der Folge kam es zu einer stärkeren Popularisierung der Kinesiologie.
Das International College of Applied Kinesiology (ICAK) und die Internationale Ärztegesellschaft für Applied Kinesiology (IÄAK) vertreten die Interessen der Kinesiologen. Sie wurden von Schülern Goodhearts gegründet. Die Bezeichnung „Angewandte Kinesiologie“ ist in Deutschland geschützt worden. Die Deutsche Ärztegesellschaft für Applied Kinesiology (DÄGAK) benutzt zur Bezeichnung ihrer Methode die englische Bezeichnung „Applied Kinesiology“.
Die Kinesiologie wird heute von Ärzten, Heilpraktikern und Weiterbildungs-Organisationen gelehrt, aber auch von Personen, die von kinesiologischen Ausbildern unterrichtet wurden.