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Neben ihrem direkten Einfluss auf die Wasserqualität haben Gewässerschutzmassnahmen auch indirekte Auswirkungen. So haben Anpassungen in der Anwendung von Pflanzenschutzmitteln und Düngemitteln einen Einfluss auf die Erträge in der einheimischen Produktion, und in der Folge auch deren Umweltwirkungen. Änderungen in der einheimischen Produktion beeinflusst wiederum die benötigten Importmengen, und in der Folge die Umweltwirkungen im Zusammenhang mit der Produktion von importierten Produkten.
Agroscope hat ermittelt, dass eine Verminderung der Umweltlast innerhalb der Schweiz häufig um den Preis einer Verlagerung der Umweltwirkungen ins Ausland erreicht wird. Ausserdem spielen im Zusammenhang mit Gewässerschutz Standortfaktoren eine wichtige Rolle; somit sind sowohl eine globale als auch eine regional kleinräumige Betrachtungsweise entscheidend, um die Umweltwirkungen des Schweizer Agrarsektors zu verringern. Massnahmen zur Reduktion der Gewässerbelastung müssen mit weiteren Veränderungen einhergehen, wie der Erhöhung der Ökoeffizienz im Inland oder einer Änderung des Ernährungsverhaltens.