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Rien qu'en Europe, des centaines de variantes différentes du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 circulent actuellement, se distinguant par des mutations de leurs génomes. Toutefois, seul un très petit nombre de ces variantes se sont propagées avec autant de succès et sont devenues aussi répandues que la variante nouvellement identifiée, appelée 20A.EU1.
Les chercheuses et chercheurs de l'Université de Bâle, du département de science et d'ingénierie des biosystèmes de l'ETH Zurich à Bâle et du consortium SeqCOVID-Spain ont analysé et comparé les séquences du génome du virus collectées chez des patient·es atteint·es de Covid-19 dans toute l'Europe afin de retracer l'évolution et la propagation de l'agent pathogène. Leur analyse suggère que la variante est apparue en Espagne pendant l'été. Les premières preuves de la nouvelle variante sont liées à une super propagation parmi les travailleurs agricoles dans le nord-est de l'Espagne. La variante s'est propagée dans la population locale, se développant rapidement dans tout le pays, et représente aujourd'hui près de 80 % des séquences provenant d'Espagne.
«Il est important de noter qu'il n'y a actuellement aucune preuve que la propagation de la nouvelle variante soit due à une mutation qui augmente la transmission ou qui a un impact sur les résultats cliniques», souligne Emma Hodcroft de l'Université de Bâle, auteure principale de l'étude. Les chercheuses et chercheurs pensent que l'expansion de la variante a été facilitée par l'assouplissement des restrictions de voyage et des mesures de distanciation sociale en été.
Même schéma qu'au printemps en Espagne
«Nous constatons un schéma similaire à celui du printemps avec cette variante en Espagne», conseille Iñaki Comas, professeur à l'Institut de biomédecine de Valence, co-auteur de l'étude et responsable du consortium SeqCOVID-Espagne. «Une variante, aidée par un premier événement de super-diffusion, peut rapidement se répandre dans tout le pays».
À partir de juillet, 20A.EU1 s'est déplacée avec les voyageuses et voyageurs au fur et à mesure de l'ouverture des frontières à travers l'Europe, et a maintenant été identifié dans douze pays européens. Elle a également été transmise de l'Europe à Hong Kong et à la Nouvelle-Zélande. Bien que les premières introductions de la variante aient probablement eu lieu directement depuis l'Espagne, il est possible que la variante ait ensuite continué à se propager à partir de pays secondaires.
Actuellement, 20A.EU1 représente 90 % des séquences provenant du Royaume-Uni, 60 % des séquences provenant d'Irlande et entre 30 et 40 % des séquences en Suisse et aux Pays-Bas. Cela fait de cette variante l'une des plus répandues en Europe. Elle a également été identifiée en France, en Belgique, en Allemagne, en Italie, en Lettonie, en Norvège et en Suède.
Les voyages ont facilité la diffusion
L'analyse génétique indique que la variante a voyagé au moins des dizaines et peut-être des centaines de fois entre les pays européens. «Nous pouvons voir que le virus a été introduit à plusieurs reprises dans plusieurs pays et que nombre de ces introductions se sont ensuite propagées dans la population», déclare la professeure Tanja Stadler de l'ETH Zurich, l'une des privcipales et principaux chercheuses et chercheurs de l'étude, «Il ne s'agit pas d'une introduction qui se fait par hasard.
Bien que l'augmentation de la prévalence de 20A.EU1 corresponde au nombre croissant de cas observés dans de nombreux pays européens cet automne, les auteur·es de l'étude mettent en garde contre l'interprétation de la nouvelle variante comme cause de l'augmentation des cas. «Ce n'est pas la seule variante qui a circulé ces dernières semaines et ces derniers mois», déclare Richard Neher, professeur à l'Université de Bâle. «En effet, dans certains pays qui connaissent une augmentation significative des cas de Covid-19, comme la Belgique et la France, d'autres variantes sont prévalentes».
L'analyse de la prévalence du SRAS-CoV-2 en été en Espagne et des données sur les voyages montrent que ces facteurs peuvent expliquer comment 20A.EU1 s'est répandue avec tant de succès. Le nombre relativement élevé de cas et la popularité de l'Espagne en tant que destination de vacances peuvent avoir permis de multiples possibilités d'introduction, dont certaines ont pu se transformer en épidémies plus importantes par des comportements à risque après le retour au pays.
Les auteur·es de l'étude soulignent l'importance d'évaluer la manière dont les contrôles aux frontières et les restrictions de voyage ont fonctionné pour contenir les transmissions du SRAS-CoV-2 pendant l'été, et le rôle que les voyages ont joué. «Les fermetures de frontières à long terme et les restrictions de voyage sévères ne sont ni faisables ni souhaitables», explique Emma Hodcroft, «mais d'après la propagation de 20A.EU1, il semble évident que les mesures en place n'ont souvent pas suffi à stopper la transmission des variantes introduites cet été. Lorsque les pays ont travaillé dur pour réduire le nombre de cas de SRAS-CoV-2, il est essentiel d'identifier de meilleurs moyens de s'«ouvrir» sans risquer une augmentation du nombre de cas».
Évaluer le phénotype de la nouvelle variante
La nouvelle variante a été identifiée pour la première fois par Emma Hodcroft lors d'une analyse de séquences suisses à l'aide de la plateforme Nextstrain, développée conjointement par l'Université de Bâle et le centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson de Seattle, Washington. 20A.EU1 se caractérise par des mutations qui modifient les acides aminés dans les protéines spike, nucleocapsid et ORF14 du virus.
Bien que l'état actuel des connaissances n'indique pas que la propagation de 20A.EU1 soit due à un changement de transmissibilité, les auteur·es travaillent actuellement avec les laboratoires de virologie pour examiner tout impact potentiel que la mutation en pointe, connue sous le nom de S:A222V, pourrait avoir sur le phénotype du virus SRAS-CoV-2. Ils et elles espèrent également avoir bientôt accès à des données qui leur permettraient d'évaluer toute implication clinique de la variante.
Les auteur·es de l'étude soulignent également l'importance de suivre de près l'apparition de nouvelles variantes comme 20A.EU1 : «Ce n'est que par le séquençage du génome viral que nous pouvons identifier les nouvelles variantes du virus SRAS-CoV-2 lorsqu'elles apparaissent et suivre leur propagation dans et entre les pays», ajoute Richard Neher, «Mais le nombre de séquences dont nous disposons varie considérablement d'un pays à l'autre, et nous pourrions être en mesure d'identifier plus tôt les variantes en augmentation grâce à des efforts de séquençage plus rapides et plus réguliers dans toute l'Europe».
Cet article est basé sur un communiqué de presse de l'Université de Bâle.