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Duggingen gehört wie Grellingen, Nenzlingen, Ettingen usw. zu den zahlreichen Ortschaften mit Insassennamen auf «ingen», die in frühalemannischer Zeit, d.h. im 6. Jahrhundert, als Sippensiedlungen gegründet worden sind.
Das Namenelement «ingen» ist ein erstarrter Dativ Plural von «ing». Es bezeichnet die Zugehörigkeit von Personen zu einem Familienoberhaupt, einem Dienstherrn oder einem Hofgründer. Im Falle von Dunggingen lautet der zugrundeliegende altdeutsche Personenname Tuco oder Tukko. Als Grundform ist Tukingun oder Tuggingun anzusetzen.
Duggingen bedeutet demzufolge: Bei den Leuten des Tuco, Tukko / am Ort der zur Sippe des Tuco, Tukko gehörenden Siedlern.
Archäologische Funde wie römische Münzen und Karrengeleise belegen, dass die Gegend bereits von den Römern besiedelt war.
Die ersten schriftlichen Erwähnungen von Duggingen finden sich in einem 1289/90 angelegten Jahrzeitenbuch des Klosters St. Peter in Basel. Duggingen gehörte zur Herrschaft von Pfeffingen und somit zum Bistum Basel. Die Zugehörigkeit der Herrschaft Pfeffingen zum Bistum Basel wird auf eine Schenkung Kaiser Heinrichs II. zu Beginn des 11. Jahrhunderts zurückgeführt.
Das Lehen hatten ab 1330 die Ritter Jakob und Johannes von Hofstetten. Zusätzlich wurden Lehnsherren des Bischofs eingesetzt: die Herren von Bärenfels, von Angenstein und von Thierstein sowie vorübergehend Heinrich von Ostheim, ein Diener von Graf Heinrich von Thierstein.
Bischof Christoph Blarer von Wartensee löste die Burgrechtsverträge und leitete 1582 die Gegenreformation ein.
Während des dreissigjährigen Kriegs 1637/38 befand sich das Hauptquartier des Oberbefehlshabers der schwedisch-französischen Armee im Schloss Angenstein. Auch die Franzosen brachten von 1793 bis 1815 der Gemeinde durch Plünderungen viel Not und Leid.
1815 wurde die Gemeinde durch Entscheid des Wiener Kongresses dem Kanton Bern zugeordnet.
1842 genehmigten die Kirchendirektionen von Bern und Baselland die Loslösung der Gemeinden Grellingen und Duggingen von der Pfarrei Pfeffingen. Am 3. Mai 1845 bewilligte der bernische Grosse Rat den Duggingern den Status einer Vikariatspfarrei von Laufen mit einem eigenen Vikar. Bereits 1835 wurde die heutige Pfarrkirche (Patron: Johannes der Täufer) anstelle der alten, 1735 erbauten St.-Jost-Kapelle, errichtet.
In Duggingen wurde stets Landwirtschaft und Rebbau betrieben. Das Dorf wies wegen der Wasserkraft der Birs jedoch bereits früh wichtige Industrieansiedlungen auf: Florettspinnerei Angenstein (1863-1932) und Wanduhrenfabrik (1899-1927).
1994 erfolgte im Rahmen des Laufentaler Vertrags der Wechsel vom Kanton Bern zum Kanton Basel-Landschaft .
Ab 1960 erlebte Duggingen eine rasche Entwicklung zur Wohngemeinde mit hohem Pendleranteil Richtung Basel.
Die Bevölkerung hat in den letzten Jahren, bedingt durch reichliches Baulandangebot, stark zugenommen. Die Gemeinde ist mit ihrer Infrastrukturer für eine Bevölkerungszahl von bis zu 1'600 Personen ausgelegt.