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1769 kam vom nahen Bernbiet die rote Ruhr nach Solothurn, eine damals gefährliche Epidemie mit blutigem Durchfall. Ein Viertel der Klostergemeinschaft und eine alte Magd starben daran, 10 Todesfälle in einem halben Jahr. Die Kranken wurden von erfahrenen Schwestern um die Vierzig gepflegt. Die Toten wurden von den jüngsten Schwestern zur Beisetzung in der Kirche sauber bekleidet. Darum gab es unter diesen die meisten Todesfälle. In dieser argen Zeit wurden vermutlich zur Desinfektion die Gräber mit besonders viel ungelöschtem Kalk aufgefüllt.
Auch ausserhalb des Namen-Jesu-Klosters starben in Stadt und Umgebung viele an der roten Ruhr. Durch die zahlreichen Halb- und Vollwaisen entstanden für die Regierung belastende Sozialaufgaben.