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Die Geschichte von Schänis ist eng mit derjenigen des karolingischen Damenstiftes verknüpft; erste Besiedlungsspuren hingegen reichen bis ins fünfte Jahrhundert zurück.
Die Schreibweisen "Skennines", "Scandensis", "Scennies" haben ihren Ursprung wahrscheinlich im lateinischen "scamnum" (Sandbank), das unter allemannischem Einfluss mit einem Endungs-s versehen wurde (wie Näfels, Mollis).
Schänis liegt an einer alten, von den Römern ausgebauten Strasse, die gesichert war: Bei Maseltrangen durch eine Strassensperre (Letz) und auf dem Biberlikopf in Ziegelbrücke durch einen Wachtturm.
Historisches
Hunfried, Statthalter von Istrien und nach 806 Marktgraf von Rätien, unternahm 801 mit dem Reichenauer Abt Waldo eine Gesandtschaftsreise. Zuhanden Kaiser Karls des Grossen durfte er dabei ein edelsteinbesetztes Goldkreuz mit einem Kreuzpartikel und ein Onyxgefäss mit heiligem Blut Christi entgegennehmen. Als Belohnung für die überstandenen Strapazen der Gesandtschaftsreise erbat sich Hunfried von Karl die Reliquien, zu deren Verehrung er ein Kloster zu bauen gelobte. Nach dem Tode Karls des Grossen (814) löste er sein Gelübde ein und gründete zu Ehren des hl. Kreuzes und Blutes Christi ein Kloster (heutiges Kreuzstift) an einem Ort, der "Skennines" genannt wurde, dem späteren Schänis. 828 stand das Kloster.
Der Stifter hatte das Recht, erster Schirm- und Kastvogt von Schänis zu sein.
Die Erben Graf Hunfrieds, die "Edlen von Schänis" waren 883 bis 1018 in Schänis Kastvögte. Sie wohnten bis anfangs des 11. Jahrhunderts auf dem Chastli.
Von 1018 bis 1173 übernahmen die Grafen von Lenzburg die Kastvogtei. In dieser Zeit wurde die Gerichtsbarkeit direkt dem König unterstellt. Der Zusammenhang des Gasters mit der Grafschaft Churwalden hörte damit auf.
Die Edlen von Lenzburg schenkten dem Kloster in Schänis viele Ländereien im Gaster, im Aargau und sogar im Vorarlberg.
1172 bis 1624 regierten die Grafen von Kyburg, nachher bis 1438 die Habsburger. 1438 verpfändeten die Habsburger das ganze Gasterland an die eidgenössischen Orte Glarus und Schwyz. Diese beiden Stände hatten bis zur französischen Revolution 1798 praktisch die Schirmherrschaft über das Stift von Schänis und damit praktisch über das ganze Dorf.
1559 zerrten die Schänner Bilder und Altäre aus ihren Kirchen und verbrannten sie. Bereits nach zwei Jahren mussten sie aber unter dem Druck der eidgenössischen Orte wieder zum alten Glauben zurückkehren. Der grösste Teil der Bevölkerung wurde wieder katholisch.
Am 29. April 1610 fiel fast das ganze Dorf Schänis einer fürchterlichen Feuersbrunst zum Opfer.
1799 fiel bei Übergang der Franzosen über die Linth bei der St. Sebastianskapelle General Hotze.
Als Folge der im Glarnerland abgeholzten Wälder brachte die Linth grosse Mengen Schutt und Geschiebe und es entstand eine Sumpflandschaft. Die Leute erkrankten am Sumpffieber und viele starben. Auf Initiative von Konrad Escher konnte im Jahre 1816 der Linthkanal eröffnet werden, welcher die Bewohner der Region von der grossen Not befreite.
1811 wurde das Damenstift von Schänis durch Grossratsbeschluss aufgehoben.
Von 1838 bis 1859 wurde die Eisenbahn gebaut. Oberst Dominik Gmür spielte dabei eine wichtige Rolle. Während des zweiten Weltkrieges wurde mit der Melioration der Linthebene die Grundlage für die landwirtschaftlilche Nutzung der Ebenen geschaffen.