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Die Kollatur ist das Recht, eine geistliche Stelle zu besetzen sowie eine Pfründe oder ein Stipendium zu vergeben.
Es ging es in der paritätischen Kirchgemeinde Müllheim nicht ohne Zank ab, aber die Streitereien wurden hauptsächlich in den Amtsstuben und schriftlich ausgetragen. Es sammelten sich in den Jahren nach der Wiedereinführung der katholischen Messe ganze Aktenbündel an. Zwischen dem Bischof mit seinem Amtmann auf der einen und Müllheim mit Hilfe Zürichs auf der anderen Seite gab es immer wieder Anlass zu Meinungsverschiedenheiten.
Dies war ganz besonders dann der Fall, wenn es darum ging, die Stelle des evangelischen Prädikanten neu zu besetzten. Regelmässig reichte Zürich einen Dreiervorschlag beim Bischof ein, der sich genau so regelmässig gegen diese Einmischung in sein Kollaturrecht verwahrte. Nach einigen Schreibereien ging er aber bei den ersten Wechseln des Prädikanten doch auf die Vorschläge ein.
In den Jahren 1713 bis 1726 kam es zu einem langwierigen Kollaturstreit. Zunächst gab der Bischof den Zürchern zu bedenken, „er könne nicht begreifen, aus welchen Gründen die Herren Nachbarn ihm drei Subjekte benamsen sollen.“ Er ernannte dann aber doch den vorgeschlagenen Hans Fäsi.
Ihm zur Seite stellte Zürich einen Vikar, Heinrich Scheuchzer. Einige Jahre später wurde Fäsi von Zürich an eine andere Stelle abberufen.
Nun ernannte der Bischof von sich aus den Glarner Bartholome Weiss als neuen Prädikanten. Dieser reiste nach Müllheim, wurde dort aber schlecht empfangen. Die Bürger Müllheims wollten ihren Vikar behalten, Zürich unterstützte sie dabei. Der eidgenössische Landvogt kam ins Dorf und erklärte, „dass Vikar Scheuchzer allein der rechtmässige Seelsorger sei. Den Weiss überredete er in freundlichem Sinn, vom Gedanken ans Predigen abzustehen und sich des Pfarrhauses zu entmüssigen“. Dabei stützte er sich auf einen unter den Eidgenossen geschlossenen Landfrieden, nach dem die Ernennung von Prädikanten allein den reformierten Ständen zukam. Der Bischof aber erklärte, er habe nichts mit diesem Abkommen zu tun, die Kollatur in Müllheim stehe ihm allein zu. Der Streit zog sich immer mehr in die Länge, der Bischof und sein Amtmann wehrten sich mit allen Mitteln, Zürich hielt genauso beharrlich dagegen. Schliesslich gab Weiss im Jahre 1726, nachdem er über 6 Jahre aus Kirche und Pfarrhaus ausgeschlossen war, den Kampf auf und verzichtete „zuhanden von Zürich auf die Pfrund Mülheim.“ Nun bestätigte auch der Bischof von Konstanz die Erwählung des Prädikanten Scheuchzer.