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L’infection urinaire (IU) est une cause fréquente de consultation, aboutissant généralement à un traitement antibiotique, le plus souvent à base de quinolones. L’émergence de résistances à ces antibiotiques, précieux de par leurs efficacité et biodisponibilité, a justifié de nouvelles recommandations pour la prise en charge des IU non compliquées, basées sur l’utilisation de furanes et de fosfomycine en premières lignes. Cet article revoit l’épidémiologie, la pathogenèse et la prise en charge diagnostique et thérapeutique des infections urinaires de l’adulte.
L’infection urinaire basse (cystite) se définit par la présence d’une symptomatologie clinique telle que besoin impérieux, pollakiurie, dysurie, voire même hématurie. L’infection urinaire haute (pyélonéphrite) peut être associée à ces symptômes ou se présenter uniquement par un état fébrile avec douleurs à l’ébranlement de la loge rénale. La présence d’une leucocyturie et d’une culture d’urine positive (> 10E3 cfu/ml, respectivement > 10E5 cfu/ml),1 permet de confirmer ces diagnostics.
On distingue les infections urinaires simples des infections urinaires compliquées. Est définie comme infection urinaire simple, l’atteinte de la femme en bonne santé (cystite ou pyélonéphrite), en dehors de la grossesse. Toute autre infection urinaire est d’emblée considérée comme «compliquée».2 C’est le cas par exemple lorsque l’infection survient dans un contexte d’immunosuppression, de malformation des voies urinaires, de présence de corps étranger ou de calcul. L’urosepsis est défini par la présence d’une bactériémie d’origine urinaire en association avec des signes de sepsis.
En 2006 aux Etats-Unis, les infections du tractus urinaire ont été à l’origine de onze millions de visites médicales et 500 000 hospitalisations, et d’un coût de 3,5 milliards de dollars.2
Plus de 30% des femmes et environ 10% des hommes souffrent au moins une fois dans leur vie d’une infection urinaire.3 Vu la fréquence de cette infection et les possibilités de «surdiagnostic»,1 il y a un risque important d’utilisation excessive d’antibiotiques. Tout traitement antibiotique, même bref, peut être grevé d’effets secondaires plus ou moins sérieux et d’une modification délétère de la flore endogène génitale ou intestinale4. L’utilisation d’un antibiotique peut se compliquer par une sélection de bactéries résistant à l’agent en question, voire par une résistance à plusieurs classes d’antibiotiques.1 Par ailleurs, même si une cystite peut sembler être une infection simple, elle récidive fréquemment (environ 27 à 40% dans l’année suivant la première cystite5,6) nécessitant plusieurs traitements antibiotiques. Afin d’éviter des antibiothérapies inutiles, le diagnostic de l’infection urinaire ne devrait pas être purement clinique, mais comporter au moins un stix ou un sédiment urinaire, voire une culture. En effet, en cas de diagnostic purement clinique, on risque de surtraiter près de la moitié des cas et de manquer de traiter une infection réelle dans environ 20% des cas.7 La surutilisation antibiotique dans près de 50% des cystites diagnostiquées uniquement cliniquement est un promoteur potentiel de résistances aux antibiotiques.8 Dans certaines populations, comme par exemple les personnes âgées, c’est la fréquence d’une leucocyturie et d’une bactériurie asymptomatique qui est potentiellement responsable de traitements inappropriés si des examens d’urine sont demandés en l’absence de symptômes.9
En raison d’une augmentation régulière des résistances aux antibiotiques lors d’infections urinaires, de nombreuses études ont tenté de déterminer le traitement le plus adéquat en termes de molécule et de durée de traitement pour la cystite simple. Une revue récente de la Cochrane3 n’a pas montré de différences significatives entre quinolones, Co-trimoxazole (TMP-SMX), β-lactames ou furanes. Certaines études10,11 ont même comparé l’effet d’un placebo, ou d’AINS, à celui d’une antibiothérapie lors de cystite simple. C’est le cas d’une étude allemande qui a comparé chez 80 patientes la ciprofloxacine à l’ibuprofène,12 en montrant la non-infériorité de cet AINS dans le traitement symptomatique lors de cystite simple chez la femme non gravidique. Bien entendu, cela ne représente en aucun cas une évidence suffisante pour préconiser une attitude expectative sans antibiothérapie lors de cystite. Toutefois, cela montre que des régimes d’épargne des quinolones peuvent être tentés.
Ainsi les récentes recommandations conjointes de l’Infectious Diseases Society of America (IDSA) et de l’European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) sur la prise en charge de la cystite chez la femme non gravide,13 proposent en premières lignes des régimes d’épargne des quinolones, tels que furanes et fosfomycine. De même la France, le Royaume-Uni et la Hollande ont adopté des recommandations nationales d’épargne des quinolones pour les infections urinaires basses non compliquées.
A Genève, on note, ces dernières années, une augmentation régulière de la résistance des entérobactéries aux quinolones, ainsi que l’émergence progressive d’infections urinaires aux nouvelles bêtalactamases à spectre étendu (BLSE). Afin de tenter d’épargner les quinolones pour des infections plus sérieuses, et de limiter au maximum la pression de sélection, le Service du médecin cantonal de Genève a émis, en 2010, en collaboration avec le Service de contrôle et de prévention des infections (SPCI) des HUG, des recommandations pour la prise en charge des cystites simples chez la femme non gravide (tableau 1).
L’essentiel de l’information décrite dans ce paragraphe est issu d’une excellente publication publiée dans Nature Reviews Urology.2 En général, l’infection urinaire fait suite à une colonisation de l’urètre par la flore rectale ou vaginale. Le risque d’infection est augmenté lors de relations sexuelles, d’utilisation de spermicide, de ménopause, de diabète, d’immunosuppression, de procédures invasives et de toute stagnation urinaire. Escherichia coli est de loin le germe le plus fréquemment retrouvé, surtout lors de cystite simple. Dans les cas d’infections urinaires compliquées, on peut également retrouver Proteus spp, Klebsiella spp, Morganella spp, Enterococcus spp, d’autres entérobactéries, de même que parfois Pseudomonas aeruginosa.
Classiquement, la bactérie possède des facteurs de virulence, tels que des fimbriae pour l’adhérence, des flagelles pour se déplacer, et divers mécanismes pour échapper aux défenses de l’hôte. Certaines souches d’E. coli colonisent les voies urinaires sans produire d’infection urinaire, et auraient ainsi même un rôle protecteur sous forme «d’effet de niche».14
Au contraire, les facteurs de virulence d’autres souches de E. coli incluent la capacité de former des communautés bactériennes intracellulaires (protection contre les neutrophiles et les antibiotiques),15 et la production de salmocheline, une entérobactine glycosylée permettant l’acquisition de fer par la bactérie. Normalement, une protéine produite par les neutrophiles de l’hôte, la lipocaline 2, lie et séquestre l’entérobactine, empêchant ainsi l’utilisation de fer indispensable à la survie de la bactérie. La glycosylation de la salmocheline permet à cette dernière d’échapper à la lipocaline 2.16
Les défenses de l’hôte sont mécaniques, telles que la miction régulière et le renouvellement cellulaire de l’épithélium urétral. L’immunité innée comprend la production de peptides antimicrobiens qui se lient à la paroi des bactéries et les détruisent (par exemple : β-défensine, cathelicidine), d’uromoduline (glycoprotéine présente dans l’urine humaine qui lie un type de fimbriae empêchant ainsi l’adhérence) et de cytokines (surtout IL-8) qui attirent les neutrophiles au site d’infection.2 L’immunité adaptative est moins bien comprise. Il semble cependant que les patients qui ont plus d’infections urinaires, ont également plus de récepteurs pour les fimbriae sur leurs cellules épithéliales. De même, il semblerait qu’il puisse exister une prédisposition génétique de certaines familles à souffrir d’infections urinaires récidivantes. Le déficit en CXCR-1 (récepteur spécifique de l’IL-8) favorise les infections plus sérieuses en empêchant l’attraction des neutrophiles, alors que des taux bas de TLR4 sont associés à des bactériuries asymptomatiques.2
• Il s’agit d’une atteinte isolée de la muqueuse vésicale et urétrale, sans répercussion systémique ni état fébrile, chez une femme en bonne santé non gravide.
• Diagnostic : premier épisode diagnostiqué cliniquement + stix urinaire pour augmenter la sensibilité et la spécificité, sans que la culture soit absolument requise.17,18 Lors d’épisodes successifs ou d’échec de traitement, un sédiment et une culture d’urine sont nécessaires.
• Traitement : un à cinq jours d’antibiothérapie en épargnant les quinolones dans la mesure du possible. Recommandations genevoises : première ligne : furadantine 100 mg 3 x/j pendant cinq jours. Deuxième ligne : fosfomycine 3 g dose unique (tableau 1).
• Il s’agit d’une ou plusieurs récidives de cystite, sans que l’on soit en présence d’un échec de traitement (nouveau germe, pas de résistance à l’antibiotique donné au préalable).
• Diagnostic : sédiment et culture d’urine dans tous les cas. Des investigations urologiques d’emblée ne sont pas forcément requises. Toutefois, en cas de facteurs de risque spécifiques (Proteus spp, plus de deux épisodes par année), un US voies urinaires ou un uro-CT peuvent être indiqués.
• Traitement : antibiothérapie de cinq jours adaptée aux cultures et traitements précédents.
• Selon les recommandations de l’IDSA,19 la bactériurie asymptomatique est définie comme la présence à deux reprises d’une bactériurie à plus de 10E5 cfu/ml lors de prélèvement d’urine de mi-jet en l’absence de symptômes d’infection urinaire. Toutefois, dans la pratique courante, ainsi que dans la littérature, une seule culture positive peut également être prise en compte.20 La présence d’une bactériurie, même en culture pure et en l’absence d’une sonde urinaire, n’est en général pas une indication à un traitement antibiotique. Cette règle est valable dans tous les cas, même en cas de diabète sucré ou chez l’homme, sauf chez la femme enceinte21 ou lorsqu’une procédure urologique est effectuée.19 Chez l’homme toutefois, la question d’une éventuelle prostatite chronique devrait être évoquée. Chez le patient greffé rénal, la bactériurie asymptomatique survenant dans les trois premiers mois postgreffe doit toujours être prise au sérieux et traitée. Par contre, en dehors de cette période, une attitude expectative, avec des contrôles rapprochés au lieu de la prescription antibiotique d’emblée, peut se justifier.22 C’est pour cette raison qu’une culture d’urine ne devrait être faite qu’en présence d’une symptomatologie, de contrôles de grossesse, de présence d’un greffon, ou en prévision d’une intervention urologique élective.
• Traitement : si un traitement semble justifié, on peut envisager chez la femme enceinte selon l’antibiogramme, soit la fosfomycine 3 g dose unique, soit le céfuroxime-axétil 250 mg 2 x/j pendant cinq jours.23
• La pyélonéphrite est définie comme une infection urinaire avec état fébrile et douleur à la percussion de la loge rénale. Elle peut ou non être précédée d’une cystite. Elle est considérée comme simple lorsqu’elle est unilatérale, sans obstruction et sans hypotension, chez une patiente en bonne santé.
• Traitement : la pyélonéphrite simple peut être traitée en ambulatoire par ciprofloxacine per os (en l’absence de vomissements),24 après sédiment, culture d’urine et bilan sanguin (fonction rénale, éventuellement hémocultures). La présence de Proteus spp. dans la culture d’urine pourrait être un argument pour rechercher un calcul par imagerie. Un suivi des cultures et de la clinique (au moins par téléphone) devrait être prévu à 48 heures. Fréquemment, on administre une dose d’antibiotiques IV (ceftriaxone) avant de débuter le traitement de quinolone PO.13 La durée de traitement de la pyélonéphrite aiguë simple est de sept à quatorze jours selon le type d’antibiotique utilisé et le degré d’atteinte clinique.17 Une durée réduite à sept jours devrait être réservée aux traitements par quinolone des pyélonéphrites simples débutantes ou modérées.25 L’utilisation de TMP-SMX PO devrait être uniquement en deuxième ligne, sur la base d’un antibiogramme sensible. L’utilisation de β-lactames PO devrait rester exceptionnelle en raison de leur faible biodisponibilité et durer de dix à quatorze jours.
• Une pyélonéphrite compliquée est une infection bilatérale, ou associée à un obstacle sur les voies urinaires (calcul ou malformation), ou en présence d’abcès, ou emphysémateuse (présence d’air lors d’imagerie), ou chez un patient immunosupprimé. Elle requiert dans tous les cas un bilan sanguin avec hémocultures, culture urinaire et bilan radiologique26 (échographie ou uro-CT natif puis injecté). A noter que l’échographie est moins sensible pour la détection des calculs, ainsi que pour l’estimation de leur taille, ce qui peut avoir un impact sur la prise en charge.27 Un traitement intraveineux avec une couverture large incluant Gram-négatifs et entérocoques (amoxicilline-clavulanate + gentamicine, pipéracilline-tazobactam, imipénem), ainsi qu’une attitude «agressive» pour lever l’obstacle en cas de dilatation pyélocalicielle, sont généralement indiqués. A noter que l’utilisation d’un autre carbapénème (ertapénem ou méropénem) ne permettra pas une couverture empirique touchant également l’entérocoque.
• La prostatite aiguë est définie par la présence d’une dysurie, pollakiurie, avec douleurs pelviennes et état fébrile chez l’homme, sans signe de pyélonéphrite.28 Les facteurs de risque principaux sont les sondages urinaires,28 l’hyperplasie bénigne de la prostate, l’éjaculation rétrograde, le phimosis et des antécédents de maladies sexuellement transmissibles (MST), ainsi que les biopsies transrectales.29 L’examen clinique met habituellement en évidence une douleur à la palpation de la prostate, bien que cette dernière devrait être évitée en cas d’infection sévère pour éviter une bactériémie.29 Un sédiment urinaire, une culture d’urine, et éventuellement des hémocultures devraient être effectués. Selon la sévérité clinique et la réponse au traitement, la recherche d’un abcès prostatique par voie transrectale peut être indiquée même en cas de prostatite aiguë. Le rôle du PSA dans le diagnostic de la prostatite reste débattu et semble utile surtout pour sa valeur prédictive négative.30 La prostatite aiguë est une infection sérieuse, accompagnée de répercussions systémiques et qui nécessite toujours un traitement antibiotique.
• Traitement : ce dernier doit tenir compte de la mauvaise pénétration intraprostatique de la plupart des antibiotiques.31 Le traitement de la prostatite aiguë hospitalisée est intraveineux, par une quinolone ou une association pénicilline-aminoglycoside ou céphalosporine troisième génération-aminoglycoside. Le relais per os est fait si possible avec une quinolone, voire avec le TMP-SMX, avec une durée totale de traitement d’un mois.29 Le traitement ambulatoire d’une prostatite aiguë par quinolone ou TMP-SMX devrait durer deux à quatre semaines.32
• Il s’agit d’une entité difficile à diagnostiquer. Elle doit être suspectée en cas de syndrome douloureux chronique sus-pubien ou d’infections urinaires récurrentes avec le même germe. En cas de risque anamnestique de MST, on recherchera Trichomonas vaginalis, Chlamydia et gonocoque (ce dernier étant plutôt responsable de prostatite aiguë), ainsi que Ureaplasma et Mycoplasma. Une évaluation du risque de transmission de VIH/VHB/syphilis/herpès, et une recherche d’abcès prostatique par échographie transvésicale ou endorectale sont également indiquées. La prise en charge de la prostatite chronique et de ses diagnostics différentiels a été décrite de manière détaillée dans un excellent article, publié en 2006.33