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1986 entstanden neue Fabrikationsräume. Als ökologische Verpackungsvariante kam die schon fast vergessene Retourflasche wieder zu Ehren. Seither hat sich das Unternehmen kontinuierlich weiter entwickelt. Neue Ideen wurden umgesetzt und die Produktepalette beeindruckend erweitert. 1989 wurde ein Meilenstein gesetzt. Biedermann erwarb die Lizenz zur Verarbeitung von Bio Milch in der Schweiz. In den folgenden Jahren stieg die Nachfrage nach Bio Produkten ständig. Weitere Produzenten und die Vergrösserung der Verarbeitungskapazität waren nötig.
Ab 1989 arbeitete die neue Schlauchbeutel-Abfüllanlage, denn Grossverteilung Coop war mit seinem Naturaplan-Programm in den Bio Handel eingestiegen. Im Herbst 2000 begann der grosse Ausbau der Molkerei Biedermann mit grundlegender Modernisierung der Produktion und der Betriebsstrukturen. Zu diesem Ausbau gehörten neue «Tetra-Top»-Verpackungsanlagen sowie die Umstellung auf eine umweltfreundliche Holzschnitzel-Heizung.
Zu Beginn des Jahres 2002 wurde die Einzelfirma in eine Aktiengesellschaft umgewandelt. Im Frühling 2005 beteiligte sich die Emmi-Gruppe mittels Kapitalerhöhung an der Molkerei Biedermann AG. Pius Biedermann zog sich per 1. Januar 2011 aus seinem Unternehmen zurück. Seit 2011 gehört die Molkerei Biedermann AG vollständig zu Emmi.
Die Molkerei Biedermann ist heute zur vollständigen Molkerei ausgebaut und betreibt Verarbeitungslinien für Trinkmilch und Rahm in Weichpackungen und Flaschen für die Jogurt- und Quarkherstellung, sowie eine Butterproduktion. Sie beliefert fast alle Retailer in der Schweiz, eine namhafte Anzahl wichtiger Industriekunden, sowie den Bio Fachhandel im EU-Raum mit Bio Spezialitäten.