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En 1991, la Yougoslavie éclate. La Croatie, la Slovénie puis la Bosnie-Herzégovine proclament leur indépendance. Un conflit s'ensuit qui durera 10 ans au cours desquels d’innombrables exactions sont commises dont un « nettoyage ethnique » qui révolte l’opinion publique mondiale.
Le 22 février 1993, le Conseil de sécurité adopte une résolution par laquelle il qualifie la situation en ex-Yougoslavie de menace à la paix et à la sécurité internationale. Il décide mettre en place un tribunal international pour mettre fin à ces crimes et poursuivre les personnes qui en sont responsables. Le statut du tribunal est adopté le 25 mai 1993.
Le Tribunal, installé à La Haye, est compétent pour juger les responsables d’infractions graves aux Conventions de Genève de 1949, de violations des lois ou coutumes de la guerre, de crime de génocide, et de crimes contre l'humanité. Le TPIY est compétent pour juger des crimes commis sur le territoire de l’ex-Yougoslavie à partir du 1er janvier 2001.
Depuis sa création, 161 personnes ont été mises en accusation, provenant de toutes les parties impliquées dans le conflit. En mars 2012, le TPIY avait prononcé 64 condamnations, 13 acquittements et 13 renvois vers une juridiction nationale. 36 personnes ont vu leur acte d’accusation être retiré ou sont décédées avant la fin de la procédure, dont l’ancien président de la Serbie, Slobodan Milosevic.
L’activité du TPIY qui devait cesser en 2010 a été prolongée jusqu’en 2014 dès lors que plusieurs personnes recherchées n’avaient pas encore été arrêtées, dont le General serbe Ratko Mladic, qui a joué un rôle central dans le massacre de plusieurs milliers de personnes à Srebrenica en 1995. Il a finalement été appréhendé et transféré à la Haye en 2011.
Le Conseil de sécurité a mis en place en 2010 un mécanisme chargé d’exercer les fonctions résiduelles du TPIY. Ce mécanisme sera chargé de terminer les procédures encore pendantes au moment de la fermeture du Tribunal.