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Die Farbe der Kalkschale des Hühnereis ist genetisch bedingt. Reinrassige Hühner mit weißen Ohrscheiben legen meist weiße Eier, solche mit roten Ohrlappen dagegen meist braunschalige. Eine Besonderheit stellen Araukaner-Hühner dar, die Ohrlappen in verschiedenen Farben haben, aber stets grünlich-bläuliche Eier legen. Zwischen der Farbe des Gefieders und der der Eier besteht kaum eine Korrelation. Bei nicht reinrassigen Hühnern lässt die Ohrlappen- und -scheibenfarbe keine Rückschlüsse auf die Eifarbe zu. Alle Kombinationsmöglichkeiten treten auf.
In der Erwerbsfreilandhaltung sind weiße Hennen bei Landwirten weniger beliebt: Der Zuchtrichtung wird nachgesagt, sie sei weniger robust, einem stärkeren Krankheitsdruck (Salmonellen, Atypische Geflügelpest = Newcastle Disease, u. a.) ausgesetzt und werde häufiger Beute von Greifvögeln.
In diesem Zusammenhang ist es auch zu sehen, dass mit der Zunahme der Freilandhaltung seit den 1980er Jahren der Marktanteil von braunen Eiern auf über 60% gestiegen ist. Eine Ursache ist die weit verbreitete Assoziation des Verbrauchers von braunen Eiern mit ökologischer Landwirtschaft. Es sei angemerkt, dass in der Erwerbszucht die Gefiederfarbe der Tiere oder die Eifarbe keine Rolle spielt, eher ist es genetisch schwerer, die weiße Eifarbe zu halten, wenn das Hauptziel die Eizahl und die Futterverwertung sind.
Andererseits haben etwa 15% der braunen Eier Gerinnsel wie Blut- oder Fleischflecken gegenüber weniger als einem Prozent bei weißen Eiern. Weiße Eier dieser Art lassen sich durch eine Durchleuchtung problemlos aussortieren.
Die Farbe des Dotters wird dagegen weitgehend durch das Futter bestimmt. Mais und Grünfutter führen eher zu einem hellgelben Dotter, Paprika und Krustentiere ergeben einen rötlicheren. Der Rotton kann aber auch durch Zusatz von deutlich billigeren synthetischen Farbstoffen erzielt werden. Ökologisch geführte Betriebe produzieren aus Preisgründen überwiegend rein gelbe Dotter. Während in Europa rötliche Dotter von den Verbrauchern als Zeichen von gesunden Eiern interpretiert werden, verlangen in den USA aus gleichen Gründen die Verbraucher blasse oder hellgelbe Dotter.
Zwei Dinge sind unendlich: das Universum und die menschliche Dummheit; aber bei dem Universum bin ich mir noch nicht ganz sicher.
Albert Einstein (1879-1955),