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Das Entlebuch ist seit 2001 neben dem Schweizer Nationalpark das zweite UNESCO-Biosphärenreservat der Schweiz, jedoch das einzige nach den Sevilla-Kriterien der UNESCO von 1995. Es ist das erste Biosphärenreservat weltweit, das durch eine Volksabstimmung und unter partizipativer und kooperativer Mitwirkung der lokalen Bevölkerung begründet wurde. Seit 2008 ist die UBE zusätzlich Regionaler Naturpark von nationaler Bedeutung gemäss Pärkeverordnung der Schweiz.
Herausragende naturräumliche Charakteristiken des Entlebuchs sind die ausgiebigen Moore sowie die Karstlandschaft Schrattenflueh. Mehr als 20 % aller intakten Hochmoore der Schweiz befinden sich im Perimeter der UBE, häufig sind sie in kurzer Distanz zu trockenen Lebensräumen, was zu einer ausgesprochen vielfältigen Flora und Fauna auf kleinstem Raum führt. Insgesamt sind 135 Flach- und Hochmoore sowie vier Moorlandschaften von nationaler Bedeutung im Biosphärenreservat verzeichnet. Dazu kommen vier Auenlandschaften, einige Amphibienlaichgebiete und Trockenwiesen sowie drei Landschaften von nationaler Bedeutung. Insgesamt sind mehr als 50 % der gesamten Fläche der UBE unter Schutz gestellt. Neben einigen Bergföhren- und Fichten-Hochmoorwäldern dominieren im Entlebuch Buchen-Tannen-, Tannen-Fichten- und Fichtenwälder.