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Eduard August Rübel (1876 1960) wurde von Carl Schröter (Professor für spezielle Botanik ETH Zürich) mit der Begeisterung für Botanik angesteckt. Von 1904 an betätigte er sich als freier Forscher und arbeitete 1917-1934 als Privatdozent an der ETH Zürich. 1918 gründete er die Stiftung „Geobotanisches Institut Rübel“ um seine wissenschaftliche Bibliothek, das Herbar und Instrumentensammlung der Wissenschaft zugänglich zu machen und zu erhalten. Das Ziel der Stiftung war die Förderung der geobotanischen Wissenschaft und den freien Meinungsaustausch unter botanischen Instituten. Um den Austausch zu fördern wurde das freie Geobotanische Kolloquium gegründet, die internationalen Pflanzengeographischen Exkursionen durchgeführt und Berichte über die Forschung des Instituts und institutsnahen Personen veröffentlicht. Dadurch wurde das Institut weltweit bekannt und konnte eine umfassende geobotanische Bibliothek aufbauen. Das freie Geobotanische Kolloquium wurde bis xx weiter geführt als das „frei Geobotanische Kolloquium beider Universitäten Zürich“ und fand 1998 das letzte Mal statt. Stattdessen sind heute Inputsreferate bei Geobotanischen Kolloquien angedacht. In Anlehnung an die internationalen Pflanzengeographischen Exkursionen werden heute die Institutsexkursionen durchgeführt. Die „Berichte des Geobotanischen Institutes der Eidg. Techn. Hochschule Stiftung Rübel“ wurden 1996 in „Bulletin of the Geobotanical Institute ETH” umgewandelt und erschien 2003 das letzte Mal. Die Schrift „Veröffentlichungen des Geobotanischen Institutes der Eidg. Tech. Hochschule, Stiftung Rübel, in Zürich“ wurde 2003 durch das zeitgemässere Journal „Perspective in Plant Ecology, Evolution and Systematics“ abgelöst. Das von der Stiftung aufgebaute Journal hat heute einen Impact factor von 3.6 (2015) und ist seit 2016 von der Stiftung losgelöst.
Als Institutsgebäude diente das von Cécile und Helen Rübel gestiftete Gebäude an der Zürichbergstrasse 38 welches 1966 mit Laboratorien und einem Gewächshaus ergänzt wurde und heute durch Vermietung zum Institutskapital beiträgt. 1958 übertrug Rübel sein Institut der ETH Zürich wodurch das Institut sich auch der Lehrtätigkeit zuwendete. Diese erhöhte sich 1980 mit der Angliederung der speziellen Botanik der ETH an das Institut und die Forschungsthemen beinhalteten fortan auch die Evolution. 2005 kam zur bisherigen Professur, Pflanzenökologie, eine zweite, ökologische Pflanzengenetik, hinzu. Durch den stetigen Zuwachs der Mitarbeiterzahlen arbeiten die verschiedenen Forschungsgruppen in unterschiedlichen Gebäuden. Im Sommer 2005 zogen alle Gruppen in das neurenovierte ehemalige Chemiegebäude (CHN) an der Universitätsstrasse 16-18. Dadurch vereinfachte sich die Zusammenarbeit, neue Laborräume und Klimakammern standen zur Verfügung und die Institutsbibliothek konnte mit der neuen „Grünen Bibliothek“ zusammengelegt werden. Seit Anfang 2006 sind die zwei Professuren des Geobotanischen Instituts nun Teil des neu gegründeten Instituts für Integrative Biologie innerhalb des Departements Umweltnaturwissenschaften der ETH Zürich.