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Les objets sont examinés successivement par chaque conseil. Les présidents des conseils assignent les priorités pour l’examen (d’abord le Conseil national, puis le Conseil des États, ou l’inverse, le premier à examiner l’objet étant désigné « conseil prioritaire »). Ensuite, la commission chargée de l’examen préalable délibère. Si cette commission est celle du Conseil national, elle désigne deux de ses membres en tant que rapporteurs, l’un de langue française et l’autre de langue allemande. Au Conseil des États, par contre, il n’y a qu’un seul rapporteur.
Le président du conseil commence par ouvrir une discussion générale consacrée à l’entrée en matière. Une fois achevée, elle est suivie par une discussion par article. Les amendements proposés par la commission sont implicitement considérés comme acceptés s’ils ne sont pas combattus. Tout député a la possibilité de proposer d’autres amendements. Lorsque tous les articles ont été approuvés, avec ou sans modifications, le conseil procède encore à un vote sur l’ensemble.
Il arrive que certaines divergences opposent les deux conseils : c’est alors qu’intervient la procédure d’élimination des divergences. Si des divergences subsistent après trois délibérations dans chaque conseil, une conférence de conciliation est désignée, qui doit trouver une solution de compromis.
Lorsque les décisions des deux conseils concordent, et s’il s’agit d’une modification constitutionnelle, d’une loi ou d’un arrêté fédéral soumis au référendum facultatif ou obligatoire, ou d’une ordonnance de l’Assemblée fédérale, le texte est soumis à un vote final lors de la dernière séance de la session et dans les deux conseils.
Si l’un des conseils refuse à deux reprises d’entrer en matière sur un projet, ce dernier est rayé de la liste des objets à traiter par l’Assemblée fédérale.
Il faut enfin distinguer entre, d’une part, refus d’entrer en matière et, d’autre part, renvoi du projet en tout ou en partie au Conseil fédéral ou à la commission, pour réexamen ou pour modification.