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La CUS avait accordé au programme CUS «programmes doctoraux» 2013-2016 des contributions liées à des projets dans le sens de la loi sur l’aide aux universités LAU s’élevant à un total de CHF 23'456'000.—. Ce montant se répartit de manière suivante: CHF 22'767'063.— pour le financement de programmes doctoraux, CHF 588'937.— pour le programme doctoral suisse en didactiques disciplinaires et CHF 100'000.— pour la gestion du programme. Le Conseil des EPF met à disposition des moyens s’élevant à un total de CHF 3'000'000.—, dont CHF 2'975'000.— pour le financement de programmes doctoraux et CHF 25'000.— pour la gestion du programme CUS.
Les tranches annuelles des contributions liées à des projets selon la LAU ont été fixées par la Conférence universitaire suisse (CUS). La répartition des moyens du Conseil des EPF sur les quatre années de durée de la période suit la même logique que la répartition des moyens CUS pour le financement de programmes doctoraux.
Début 2015, swissuniversities a repris le pilotage du programme CUS de la Conférence des Recteurs des Universités Suisses (CRUS) et c'est donc elle qui s’occupe aujourd'hui de la répartition des moyens entre les universités. Ces dernières seront informées annuellement des contributions qui leur seront attribuées au cours du 4e trimestre de l’année précédente. Les contributions sont calculées en fonction d’une clé de répartition comprenant une partie fixe et une partie variable, elle-même dépendant du nombre de doctorant-e-s et de diplômes de doctorat (données de l’Office fédéral de la statistique). Les versements aux universités seront effectués en deux tranches, soit, selon toutes prévisions, au début du premier et du troisième trimestre de l’année comptable ; pour les deux EPF, les contributions seront versées en une seule tranche, au début du premier trimestre.