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Les drainages - si nécessaires à l'exploitation agricole pour éviter la stagnation d'eau ou pour récupérer les eaux de ruissellement de surface - sont une nuisance pour l'équilibre naturel lorsqu'ils se déversent dans les zones humides ou des étangs. Ces rejets, en effet, aggravent l'eutrophisation du site en amenant des excès d'engrais.
L'eutrophisation est un phénomène indésirable car dangereux pour la biodiversité. Il favorise quelques espèces à croissance rapide et souvent envahissantes au détriment d'espèces plus vulnérables. Cette évolution peut être source de phénomènes épisodiques ou chroniques, qui se manifestent par un manque d'oxygène et par conséquent d'étouffement, puis de mort, de nombreuses espèces. Dans l'eau, en effet, ces nutriments dopent la production de phytoplancton et de quelques végétaux aquatiques en augmentant la turbidité et la sédimentation, ce qui prive le fond et la réserve d'eau de lumière.
En 2015, de nouveaux drainages ont été établis dans un champ voisin de la réserve communale du Bomelet et, par erreur, l'un des tuyaux aboutissait à l'étang n° 1. Cependant, grâce à une bonne concertation et à la précieuse collaboration de la commune et de l'agriculteur exploitant, un arrangement a été rapidement trouvé pour détourner ces drainages jusqu'en aval de la zone protégée.
La commune a même établi à cette occasion une tranchée de captage des eaux de ruissellement du champ, afin d'éviter que la plus grande partie de ces eaux riches en nutriments agricoles n'aboutisse dans la réserve.