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Pour la période 2013 - 2016, le Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI) mandate le FNS de mettre en place un des instruments de financement disponibles dans ces programmes – les Joint Research Projects (JRPs) – pour sept pays prioritaires, soit le Brésil, la Chine, l'Inde, le Japon, la Russie, l'Afrique du Sud et la Corée du Sud.
Les JRPs permettent à des chercheuses et de chercheurs de Suisse et à des chercheuses et de chercheurs venant du pays prioritaire défini d'examiner ensemble une question spécifique. Ces projets durent en général trois ans et couvrent, en Suisse, des coûts similaires à ceux des projets nationaux du FNS (équipement, fonds de recherche et salaires). Le FNS organise les mises au concours avec une ou deux institutions équivalentes dans le pays concerné. Pour les projets approuvés, chaque pays finance ses propres chercheuses et chercheurs. La plupart des mises au concours sont réservées à des thèmes de recherche relevant une importance particulière dans les deux pays concernés.
Tous les autres instruments de financement sont encore co-gérés par deux universités suisses – l'une faisant office de leading house (LH) et l'autre d'associated leading house (ALH).