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La pandémie de grippe à virus H5N1 n’a beau rester qu’une menace, ce virus continue à faire des victimes, en Asie principalement, et les épidémies saisonnières de grippe tuent toujours des milliers de personnes dans le monde. Deux nouvelles voies viennent de s’ouvrir pour améliorer les traitements contre la grippe. La première est de bloquer les mécanismes précoces d’entrée du virus dans les cellules humaines, en dirigeant des anticorps vers une cible déjà classique : l’hémagglutinine. La seconde vise quant à elle les virus ayant déjà pénétré à l’intérieur des cellules, en les empêchant de détourner la machinerie de la cellule-hôte pour se multiplier. Ces nouvelles pistes apparaissent au moment où les Centres américains pour la surveillance et le contrôle des maladies annoncent que sur les 325 virus H1N1 testés provenant de la saison de grippe 2008-2009 aux Etats-Unis, 321 (98,8%) étaient résistants à l’oseltamivir (Tamiflu).1
La difficulté de mettre au point un vaccin durablement efficace contre la grippe est liée à la variabilité des hémagglutinines présentes à la surface des virus. Ces protéines sont nécessaires à la reconnaissance des cellules et à l’endocytose du génome viral dans le cytoplasme cellulaire grâce à la fusion des membranes virale et cellulaire. Des chercheurs américains dirigés par Wayne Marasco, du Département de médecine de la Harvard Medical School, ont isolé à partir de dizaines de millions d’anticorps monoclonaux humains une petite famille de protéines capables de contrer les quatre souches majeures de H5N1 et tous les virus de la grippe de type A, dont celui de la grippe espagnole et des grippes saisonnières (H1N1).2 Ils ont ensuite déterminé la structure atomique de la zone où se fixent les anticorps: il s’agit d’une poche située à la base des hémagglutinines au niveau du peptide de fusion, dont la séquence est très conservée entre les virus. Lorsque les anticorps se fixent à cette poche, les virus ne peuvent changer de forme, une étape requise pour la fusion membranaire qui est alors inhibée. In vivo, des souris infectées par des doses létales de virus ont survécu grâce à l’injection de ces anticorps. Ces découvertes pourraient ainsi permettre de rediriger la réponse immunitaire des vaccins, qui ciblent jusqu’à présent la tête des hémagglutinines en constante mutation, pour obtenir une immunité définitive.
Le mécanisme par lequel le virus de la grippe se réplique à l’intérieur des cellules est bien connu : la polymérase du virus de la grippe, composée de trois chaînes PA, PB1 et PB2, réplique dans le cytoplasme de la cellule hôte les huit fragments d’ARN qui composent le génome du virus. C’est également elle qui initie la traduction de l’ARN viral en protéines : elle coupe les coiffes des ARN messagers de la cellule hôte, un mécanisme littéralement appelé « cap-snat-ching » ou « vol de coiffe », et en revêt les ARN viraux. Leurrée, la machinerie cellulaire reconnaît les coiffes et synthétise les protéines virales.
Si l’on sait que c’est la sous-unité PB2 qui reconnaît la coiffe à subtiliser et s’y fixe, on supposait que soit PB1, soit PB2 permettait de la cliver. C’est en fait la sous-unité PA qui joue ce rôle endonucléasique, comme l’ont notamment démontré des études biochimiques menées au sein du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) de Grenoble.3 L’obtention de la structure tridimensionnelle de cette sous-unité a permis de repérer le site actif de cette sous-unité, qui est conservé chez les trois souches virales utilisées, dont deux humaines (Victoria et Johannesburg) et une aviaire. « PA est une cible thérapeutique antivirale prometteuse. L’inhibition du clivage de la coiffe est un moyen efficace d’enrayer l’infection car dans ce cas, le virus n’est plus en mesure de se multiplier. Nous savons désormais où concentrer nos efforts en matière de développement de médicaments », précise Stephen Cusack, responsable de l’EMBL et qui a participé à l’une des études.