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Die aus Kirche, Wohnhäusern und Ökonomiegebäuden bestehende Häusergruppe liegt ausserhalb des Dorfes am nordwestlichen Ende des Bruderholzes und am Eingang ins Leimental. Die beiden längsrechteckigen, in Breite und Länge unterschiedlichen Schiffe stossen in einem beinahe rechten Winkel aufeinander und lassen so einen sogenannten Winkelhakengrundriss entstehen. In der Schweiz gibt es nur noch eine zweite Kirche dieses Typus in Wintersingen. Beide entstanden unter der Leitung des Lohnherrn Jakob Meyer aus Basel nach dem Vorbild der Stadtkirche von Freudenstadt im Schwarzwald.
Da die beiden Schiffe mit den Gebäuden des ehemaligen Landgutes zusammengebaut sind, ist vom Äussern der Kirche wenig sichtbar. Nur der sechskantige Dachreiter und die Uhr lassen von Norden her die Kirche erkennen.
Die heutige Winkelhakenkirche entstand 1673 auf den Fundamenten einer kleineren Kirche, die zwischen dem 9. und 11. Jahrhundert entstanden sein muss. Es besteht die Vermutung, dass dieser Vorgängerbau als Eigenkirche errichtet wurde und zusammen mit der 1004 erfolgten Schenkung des Gebiets von Binningen an den Bischof überging. Aus dem Jahre 1393 ist eine Nieder-lassung von Klausnerinnen bezeugt. Durch die Einführung der Reformation in Basel ging die Kirche1529 als Propsteigut an die Kammerer auf Burg über, noch bevor die dem Bischof gehörende Gemeinde sich zum reformierten Glauben bekannte. In der Folge wurde die Kirche zeitweise aufgegeben,so dass die Gläubigen den Gottesdienst im damals reformierten Oberwil besuchen mussten. 1530 verkauften die Pfleger die Kirche. Nach der Rekatholisierung Oberwils im Jahre 1591 verlangten die Gemeindevertreter vom Rat der Stadt Basel den Rückkauf des Chores und eine Erweiterung der Kirche. Erst am 19. Juli 1671 fasste der Rat der Stadt Basel den Beschluss, die Kirche zu erweitern, und gab dem Lohnherrn Jakob Meyer den Auftrag, ein Projekt auszuarbeiten.
Der alte Bau wurde mit Ausnahme der Nordwestmauer bis auf die Fundamente abgetragen und wieder aufgerichtet. An den Umbau erinnert die über dem Haupteingang neben der Sakristei eingemauerte Deputatentafel. Das Nordschiff war ursprünglich für Frauen und später für die Gläubigen aus Bottmingen bestimmt und wurde deshalb Bottmingerschiff genannt. Im grösseren Südschiff sassen die Männer, später die Binninger.
Im Jahre 1908 wurde auf der Ostseite des Nordflügels ein Eingang ausgebrochen, und Glasmaler Kuhn aus Basel reparierte die Fenster. Grosse Veränderungen des Innern erfolgten durch die Renovation von 1962/63, dabei wurden die beiden zweiflügeligen Emporen in beiden Schiffen durch einfache ersetzt. Der einzige Schmuck der Kirche sind ein Kirchenstuhl der Familie von Salis, den ehemaligen Schlossbesitzern von Binningen, der 1708 gestiftet wurde, die Wappenscheiben der Zünfte und Familien sowie die Epitaphe des Niklaus von Diesbach, der 1722 gestorben ist, und des Pfarrers Leonhardt Bartenschlag, gestorben 1759 .