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L'USAV è il centro di competenza della Confederazione per la sicurezza alimentare, l'alimentazione, la salute animale, la protezione degli animali e la conservazione delle specie nel commercio internazionale.
Salute e benessere degli animali, derrate alimentari e oggetti d'uso sicuri e una sana alimentazione rientrano nei compiti principali dell'USAV. In veste di autorità esecutiva della Convenzione internazionale sulla conservazione delle specie (CITES), l'USAV sorveglia anche il traffico e il commercio transfrontalieri di animali e piante di specie protette. Inoltre, controlla l'importazione di animali e prodotti animali.
La Costituzione federale, le leggi, le ordinanze e i trattati internazionali rappresentano il fondamento su cui poggia il lavoro dell'USAV a favore dell'uomo e degli animali. L'Ufficio federale ha il compito di preparare queste basi legali, mentre l'esecuzione della legislazione, in molti casi, spetta ai Cantoni. Tramite una comunicazione attiva, l'informazione, la formazione e il perfezionamento, l'USAV supporta le autorità competenti e promuove un'esecuzione omogenea nei vari Cantoni.
Per l'USAV è importante prepararsi adeguatamente ad affrontare nuovi compiti e minacce. Per questo assume il ruolo di partner di altre autorità e organizzazioni nazionali e internazionali con compiti e orientamenti analoghi o affini. Inoltre, l'USAV favorisce, nell'interesse della popolazione, una comunicazione aperta ed esaustiva, basata su fatti scientifici. L'Ufficio gestisce pertanto la ricerca applicata sostenendo progetti di ricerca nel suo campo di attività.
All'USAV fa capo l'Istituto di virologia e di immunologia (IVI), che funge da organo di omologazione dei vaccini e dei sieri per gli animali e da laboratorio svizzero di riferimento per la diagnosi, la sorveglianza e il controllo delle epizoozie altamente contagiose.