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Selon l'état actuel des connaissances, le stockage dans des formations rocheuses souterraines constitue la solution la plus sûre. La loi sur l'énergie nucléaire prescrit ainsi le stockage des déchets dans des dépôts en couches géologiques profondes.
En Suisse, la gestion des déchets radioactifs incombe à ceux qui les produisent. Il s'agit concrètement des exploitants des centrales nucléaires, et, dans le cas des déchets provenant de la médecine, de l'industrie et de la recherche, de la Confédération. En 1972, exploitants et Confédération ont fondé la Société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs (Nagra), qui a pour mandat de planifier la gestion des déchets et de procéder aux investigations nécessaires.