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Man findet sie im Boden deshalb im Wasserfilm um die Bodenpartikel oder in wassergefüllten Bodenporen, hauptsächlich in den obersten 10-20cm des Bodens.
Zu den Protisten zählen alle mikroskopisch kleinen Lebewesen, die aus einer oder nur wenigen Zellen bestehen und – anders als Bakterien – einen echten Zellkern besitzen. Diese kommen im Boden super häufig vor: So können beispielsweise in einem Quadratmeter Boden weit über 1'000 Milliarden Protisten leben. Wie die Nematoden spielen sie eine essentielle Rolle in den Nährstoffkreisläufen und bei der Herstellung von einem gesunden mikrobiellen Gleichgewicht im Boden.
Bekanntere Protisten sind die Amöben (haben "Scheinfüsschen"), Geisseltierchen (bewegen sich mit einer oder mehreren Geisseln fort) und Wimperntierchen (haben Flimmerhärchen auf der gesamten Zelloberfläche).