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La commune et le village de Botterens étaient déjà mentionnés en 1227. Au Moyen Âge, les villages de Botterens et Villarbeney appartenaient aux seigneuries de Corbières et, dès 1553, devinrent terre fribourgeoise, faisant ainsi partie de l'ancien baillage de Corbières.
Le 12 mars 1779, un incendie détruit une grande partie du village.
Réunis administrativement en 1887, les villages de Botterens et Villarbeney durent reprendre leur indépendance en 1982, suite à l'entrée en vigueur de la nouvelle loi sur les communes.
Depuis le 1er janvier 2006, les deux communes sont fusionnées sous le nom de la commune de Botterens.