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Les entreprises de transport répondent d’une utilisation correcte et conforme à la loi des subventions. Elles sont assistées par des sociétés de révision :
- Les entreprises de transport dont les indemnités et les prêts perçus au titre du TRV ainsi que de l’exploitation et du maintien de la qualité des infrastructures ferroviaires totalisent plus d’un million de francs par an doivent chaque année faire effectuer un audit spécial par une société de révision, conformément à la directive de l’OFT.
- Les entreprises de transport qui perçoivent plus de dix millions de francs d’indemnités au titre du TRV et de l’infrastructure doivent soumettre leurs comptes annuels à une révision ordinaire effectuée par une société de révision.
- Les entreprises de transport doivent appliquer des normes comptables reconnues, désignées par l’OFT.
- Elles doivent fournir une déclaration confirmant qu’elles respectent les principes du droit des subventions.
L’OFT procède à un controlling dans les secteurs (co)financés par la Confédération. Ce controlling a pour but de piloter les subventions globalement et de vérifier leur utilisation correcte. Il porte notamment sur les comptes prévisionnels (« offres ») et les comptes annuels des entreprises de transport.
La section Révision de l’OFT ainsi que le contrôle fédéral et les contrôles cantonaux des finances effectuent de plus des vérifications approfondies, par sondage et en fonction des risques auprès des entreprises de transport.