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Die Inkubationszeit, d.h. die Zeit vom Stich der Mücke bis zum Ausbruch der Erkrankung, beträgt zwischen 5 und 15 Tagen.
Zwischen 1 von 300 und 1 von 1'000 JE-Infektionen führen zu einer klinischen Erkrankung.
Das Krankheitsbild reicht von einfachem Fieber bis zu extrem starken Kopfschmerzen und schwerwiegenden Gehirn- und Gehirnhaut-entzündungen.
In den allermeisten Fällen verläuft die Infektion harmlos, aber insbesondere bei Kleinkindern und älteren Menschen kann es zu schweren Krankheitsverläufen kommen, etwa 10 bis 25% der Erkrankten versterben. Schätzungsweise 35 - 50 % der Erkrankten, die eine Infektion überleben, weisen ein breites Spektrum von neurologische und psychiatrischen Folgeschäden unterschiedlichster Schwere auf.
Die Erkrankung ist - wie die meisten Viruserkrankung - nicht ursächlich behandelbar. Es können nur die Symptome gelindert werden.