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Du fait des changements climatiques, la température de nombreux lacs et cours d’eau a fortement augmenté au cours des dernières décennies. Depuis les années 1980, la qualité de l’eau des lacs suisses s’est considérablement améliorée. La teneur en phosphore en particulier a nettement baissé. Certains lacs souffrent pourtant toujours d’eutrophisation et d’un manque d’oxygène. Dans l’ensemble, la qualité des eaux de baignade est bonne. Néanmoins, les associations animales et végétales présentes dans les lacs de Suisse sont fortement caractérisées par des influences humaines. De nombreuses zones riveraines importantes sur le plan écologique sont également dégradées.