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Der Name Mülligen kommt nicht etwa von der Mühle wie man annehmen könnte, sondern von der Familie von Mülinen, deren Nachkommen heute am Genfersee wohnen.
Das Dorf wurde 1273 erstmals urkundlich erwähnt, unter dem Namen „Mulinon“. Es gehörte zum Eigenamt der Habsburger und nach 1308 dem Kloster Königsfelden. Erst nach der Selbstaufhebung des Klosters, im Zusammenhang mit der Reformation 1528, zog Bern alle seine GĂĽter und Rechte an sich und machte aus dem Eigenamt eine eigene Vogtei.
1688 fielen in Mülligen 29 Menschen der Pest zum Opfer, etwa ein Drittel der damaligen Einwohnerschaft! Auch vor zahlreichen Bränden blieb Mülligen nicht verschont: Der grösste Brand zerstörte im Jahre 1885 in einem Tag 13 Häuser. (Quelle: Auszug aus Gemeindeporträt)
Kurzporträt: