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Auch der Johanniterorden war nicht vor Streitereien und Intrigen gefeit. 1528 gelingt es der Zürcher Obrigkeit, durch eine vorsätzlich unrechtmässige Verhaftung in der Kommende Bubikon den neuen Glauben einzuführen.
Im Zuge der Gegenreformation gewannen Reliquien wieder an Bedeutung. In Frauenklöstern verzierten Ordensschwestern in stundenlanger Handarbeit die Gebeine von Heiligen, um sie – ganz im Stil des Barocks – in Klosterkirchen den Gläubigen zu präsentieren.
Im 18. Jahrhundert befanden sich einige Landgebiete um die Stadt Genf unter doppelter Herrschaft des protestantischen Genfs und des katholischen Savoyens. Der unermüdliche Landadlige Pierre de La Grave machte sich die unklaren Verantwortlichkeiten zunutze, um seine Nachbarn zu terrorisieren.
Nikolaus Kopernikus gilt als Mitbegründer der modernen Astronomie. Sein heliozentrisches Planetenmodell löste in den Kreisen der Reformation einen Aufschrei der Empörung aus, allem voran in der Schweiz.
Am 9. Juni 1712 verlor Christoph Lieber seinen Kopf. Der katholische Klostervogt war mit ein Grund, warum der Konflikt zwischen den eidgenössischen Konfessionen Anfang des 18. Jahrhunderts wieder ausbrach.