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Die extrem rasche Rotation führt zu starken Strömungen innerhalb der Jupiteratmosphäre, die in einem ausgeprägten, grossräumigen Wolkenmuster sichtbar werden. Diese äquatorparallelen Bänder und Zonen lassen sich bereits mit einem kleinen Amateurfernrohr beobachten und in ihrer langfristigen Entwicklung verfolgen. Nahaufnahmen von Raumsonden haben mittlerweile gezeigt, dass es sich dabei um Hoch- und Tiefdruckgebiete in der Jupiteratmosphäre handelt, die aufgrund der extremen Rotation zu planetenumspannenden Gürteln „verzerrt“ werden. Im Bereich der hellen Zonen steigt warme Luft aus tieferen Atmosphäreschichten auf und kühlt dabei ab, so dass Ammoniak auskondensieren und Wolken bilden kann; die strömen dann zu den dunklen Bändern, wo die dichtere Luft wieder nach unten absinkt und der Temperaturanstieg zu Farbreaktionen des ebenfalls vorhandenen Schwefels und kohlenstoffhaltiger Molekülverbindungen führt.
Bis 1891 waren nur die vier bereits von Galilei entdeckten Jupitermonde bekannt, doch dann stieg die Zahl innerhalb von 60 Jahren auf zwölf, und 1974 wurde noch ein 13. Trabant gefunden; bis auf einen (Amalthea) bewegten sich alle noch jenseits der galileischen Monde um den Planeten. Auf den Bildern der Voyager-Sonden, die 1979 am Jupiter vorbeizogen, entdeckten die Wissenschaftler dann noch drei weitere Jupitermonde, die ihre Bahnen ganz nahe um den Planeten ziehen, zwei von ihnen sogar noch innerhalb der ebenfalls von den Voyager-Sonden entdeckten Jupiterringe; sie alle sind aber so lichtschwach (und teilweise so nah am Jupiter), dass sie selbst in grösseren Amateurfernrohren unsichtbar bleiben.
Wer Jupiter im Fernrohr beobachtet, wird auf dem Planeten selbst die Bänder und Zonen erkennen und im Laufe von Tagen, Monaten oder auch Jahren Veränderungen bemerken: Da entstehen „Brücken“ zwischen den Bändern oder Einbuchtungen am Rand, da tauchen mitunter helle Flecken auf und drängen ein schmales Band ab oder decken es vorübergehend ganz zu.
Aber schon im Verlaufe einer Beobachtungsnacht erweist Jupiter sich als abwechslungsreiches Objekt, vor allem, wenn er im nördlichsten Teil der Ekliptik steht und dann über mehr als eine Rotationsdaür kontinuierlich beobachtet werden kann; mit etwas Uebung kann man innerhalb von nur einer Nacht die Rotationsperiode des Jupiter bestimmen. Genau genommen muss man zwischen zwei Rotationsperioden unterscheiden, denn im Äquatorbereich (System I) täuschen ostwärts gerichtete Windströmungen eine kürzere Rotationsdaür vor: Hier ziehen erkennbare Formationen im Mittel nach 9h50m30s wieder durch den Zentralmeridian, weiter nördlich und südlich (System II) dagegen erst nach 9h55m40s.
Mit Sicherheit wird man im Verlaufe einer Beobachtungsnacht aber auch irgendein „Jupitermond-Ereignis“ verfolgen können, sei es, dass einer der vier grossen Jupitermonde in den Schatten des Planeten eintaucht oder aus ihm hervortritt (Jupitermondfinsternis), hinter dem Planeten verschwindet oder auf der anderen Seite wieder auftaucht (Bedeckung), sei es, dass der Schatten eines Mondes über den Jupiter hinwegstreift (Schattendurchgang) oder der Mond selbst vor Jupiter herzieht (Jupitermond-durchgang). Etwa alle sechs Jahre, wenn wir auf die Kante der Jupitermondbahnen blicken, kommt es über mehrere Monate hinweg auch zu gegenseitigen Bedeckungen oder Verfinsterungen, die dann ganz besonders reizvoll zu beobachten sind.
Wer nur die Bewegung der Jupitermonde verfolgen will, kommt mit einem Fernglas als Beobachtungsinstrument aus. Rein theoretisch wären die vier galileischen Monde sogar mit blossem Auge zu erkennen, da sie der 5. Grössenklasse angehören, Ganymed sogar der 4.; leider werden sie jedoch vom nahen Jupiter überstrahlt, so dass man den Abstand mit einem Fernglas gleichsam künstlich vergrössern muss.