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En 1536, l'armée bernoise conquiert le Pays de Vaud dans sa marche pour porter secours à Genève.
Sans tarder, leurs Excellences de Berne invitent protestants et catholiques à mesurer les arguments de leur foi à la Cathédrale. C'est la Dispute de Lausanne à laquelle participent Guillaume Farel, Pierre Viret, Jean Calvin. Suite à ces débats, MM. de Berne proclament les Edits qui imposent la Réformation dans le Pays de Vaud. Ils s'arrogent les biens de l'Eglise, s'engagent en contrepartie à payer les pasteurs et à les former.
S'ensuit une longue histoire de proximité entre l'Etat et l'Eglise réformée. Le visage de l'Eglise réformée actuelle s'est dessiné, dans ses caractéristiques fondamentales, au 19ème siècle.
L'élément principal consiste en l'accession des laïcs aux responsabilités. En 1863, sont créés les conseils paroissiaux élus par les fidèles, les conseils d'arrondissement, le Synode, le Conseil synodal. Dans les assemblées, les laïcs sont deux fois plus nombreux que les ministres; le fonctionnement en est démocratique. En se dotant de conseils d'Anciens, l'Eglise libre, née d'une rupture avec l'Etat en 1847, avait ouvert le chemin à cet engagement des laïcs. L'Eglise libre et l'Eglise nationale fusionneront en 1966 pour donner naissance à l'Eglise évangélique réformée du canton de Vaud.
Depuis le début du 19ème siècle, la situation des catholiques vaudois a été en s'assouplissant, jusqu'à la Constitution d'avril 2003 qui place les deux Eglises sur pied d'égalité.