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User:Sbprm2020 3
Des analyses complémentaires ont été effectuée à partir des données d'ARN-sequencing, de l'article "Single-cell RNA sequencing reveals intrinsic and extrinsic regulatory heterogeneity in yeast responding to stress" (Gasch A.P. et al.), afin d'investiguer si le taux d'erreur de transcription chez les levures pourrait être utilisé pour différencier les cellules soumise à un stress et les autres. Les analyses ont montrés que les erreurs de transcription ne sont pas un bon moyen pour discriminer les cellules de levures Charomyces Cerevisiae sous stress induit par du sel par rapport à des cellules n’ayant pas subi de stress. En effet, suite à une analyse d’ARNseq de 160 Charomyces Cerevisiae BY4741, un alignement au génome de référence a été effectué à l’aide de l’application STAR. Une différence significative de la qualité d’alignement (uniquely mapped reads) entre le groupe de cellules stressées et le groupe de cellules non-stressées a été observé (test de Mann-whitney, p-value = 0.0047). Les cellules stressées ont eu un alignement de meilleur qualité (80% d’alignement au génome de référence) par rapport aux cellules non-stressées (78% d’alignement). Ensuite, une analyse des indels d’un nucléotide retrouvé dans l’ensemble des reads de toutes les cellules de chaque groupe a été utilisé pour voir si un des deux groupes possède significativement plus ou moins d’indels que l’autre groupe. Plus d’indels sont retrouvé chez les cellules stressées (test de Mann-whitney, délétion : p-value = 0.022 ; insertion : p-value = 0.0064). Cette première observation peut s’expliquer par un taux plus élevé d’erreurs de transcription ou de mutations pour ce groupe de cellule. Des tests ont alors été effectué pour vérifier les deux hypothèses. Pour ce faire, une mesure de la fraction de reads, donnée par le nombre de reads ayant un indels d’un nucléotide à une position spécifique divisé par le nombre de reads totaux, a permis de différencier les indels survenu suite à des erreurs de transcription ou des mutations, différences par rapport au génome de référence. Une fraction de 5% et 95% ont été utilisés pour prendre en compte respectivement uniquement les erreurs de transcription ou uniquement les mutations. Les cellules stressées ont un taux d’insertion causé par des erreurs de transcription significativement plus élevé par rapport aux cellules non-stressées (test Mann-whitney, p-value = 0.0126). Cependant, le taux de délétion suite à des erreurs de transcription n’est pas significativement différent entre les deux groupes (test Mann-whitney, p-value = 0.113). Pour le taux de 95% représentant les mutations, le résultat est inversé. En effet, le taux de délétion des cellules non-stressées est significativement plus élevé (test Mann-whitney, p-value = 0.0175). Tandis que le taux d’insertion ne montre pas de différence significative (test Mann-whitney, p-value = 0.0676).