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La Pipistrelle de Nathusius est une chauve-souris migratrice. Au printemps, les femelles partent au nord de l’Europe pour mettre bas, alors que les mâles restent chez nous. Ceux-ci se regroupent parfois en petits groupes d’une dizaine d’individus. A la fin de l’été, les femelles reviennent dans notre région pour s’accoupler et hiberner. L’espèce chasse dans de nombreux milieux, avec une préférence pour les habitats lacustres.
Ses gîtes se situent principalement dans des bâtiments, souvent dans des caissons de stores, mais la Pipistrelle de Nathusius peut aussi très bien gîter dans des cavités d’arbres.
De nombreux gîtes nous sont connus, principalement dans les immeubles du littoral neuchâtelois. Quatre importants gîtes abritant régulièrement plus de 10 individus sont connus à Marin et Neuchâtel, notamment au collège du Mail. L’ancien collège de la Maladière, aussi fréquenté, a malheureusement dû être détruit pour faire place au nouveau bâtiment de l’EPFL « Microcity ». Ce dernier a néanmoins été équipé de nichoirs muraux en guise de compensation.