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Per svolgere i suoi compiti, la Centrale nazionale d'allarme collabora con diversi uffici federali, le autorità cantonali, l'esercito e i partner della protezione della popolazione.
I partner più importanti a livello cantonale sono gli stati maggiori di condotta cantonali, le centrali d'intervento delle polizie cantonali e i laboratori cantonali.
I partner più importanti a livello federale sono gli organi specializzati in campo NBC e nel campo dei pericoli naturali:
Settore Radioattività
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Ispettorato federale della sicurezza nucleare (IFSN)
- Istituto Paul Scherrer (PSI)
- Institut de radiophysique (IRA) di Losanna
- Laboratorio Spiez
Settore Biologia
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria
Settore Chimica
- Ufficio federale dell'ambiente
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Laboratorio Spiez
- Centro svizzero d'informazione tossicologica (CSIT)
Settore Eventi naturali
- Ufficio federale dell'ambiente
- MeteoSvizzera
- Servizio Sismico Svizzero (SED)
- WSL, Istituto per lo studio della neve e delle valanghe SLF
La CENAL collabora inoltre con numerosi altri enti, ad esempio con l'Ufficio federale dell'energia, la Cancelleria federale, lo Stato maggiore di condotta dell'esercito, il Servizio delle attività informative della Confederazione e le Forze aeree. Sempre maggiore importanza assume la rete di partner nel settore privato, quali ad esempio i gestori di rete nel campo dell'energia, delle telecomunicazioni e dei trasporti, le emittenti radiofoniche e televisive soggette all'obbligo di diffusione o i gestori delle infrastrutture critiche (per es. impianti nucleari).
La CENAL è in stretto contatto con questi partner grazie a processi continui, accordi periodici tra partner ed esercitazioni congiunte. Con alcuni di essi intrattiene dei collegamenti sicuri. Lo scambio di informazioni avviene di regola per mezzo di sistemi ridondanti.