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Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes erfolgte 1295 unter dem Namen Etzelkoven. Später erschienen die Bezeichnungen Ezenchoven (1302), Ezzelkoven (1325) und Ezzenkoven (1327). Der Ortsname geht auf den althochdeutschen Personennamen Azzilo oder Ezzilo zurück. Mit der Namensendung -kofen, die typisch für im 7. und 8. Jahrhundert gegründete alemannische Siedlungen ist, bedeutet er so viel wie bei den Höfen der Leute des Azzilo/Ezzilo, wobei so genannte Aussiedlerhöfe gemeint sind.
Seit dem Mittelalter gehörte Etzelkofen zur Herrschaft Messen, die durch eine Schenkung 1278 an das Sankt-Ursen-Stift in Solothurn gelangte. Seit dem 14. Jahrhundert hatte auch das Kloster Fraubrunnen reichen Grundbesitz auf dem Gemeindegebiet und beanspruchte 1373 erfolglos Twing und Bannrechte über das Dorf. Die Oberhoheit und die hohe Gerichtsbarkeit über Etzelkofen oblagen bis 1406 den Kyburgern, danach Bern und dem Landgericht Zollikofen. Da aber Messen die niedere Gerichtsbarkeit innehatte und 1410 unter die direkte Herrschaft von Solothurn gelangte, gehörte Etzelkofen danach zur solothurnischen Landvogtei Bucheggberg.
Erst nach Abschluss des Wyniger Vertrages (1665) kam Etzelkofen an Bern und wurde der Landvogtei Fraubrunnen zugeordnet. Nach dem Zusammenbruch des Ancien Régime (1798) gehörte das Dorf während der Helvetik zum Distrikt Zollikofen und ab 1803 zum Oberamt Fraubrunnen, das mit der neuen Kantonsverfassung von 1831 den Status eines Amtsbezirks erhielt.
Seit dem 1. Januar 2014 ist Etzelkofen keine selbständige Gemeinde mehr. Mit grossem Mehr haben sich die Gemeindebürger am 25. November 2012 an der Urne entschieden der neuen Gemeinde Fraubrunnen als Rechtsnachfolgerin der bisherigen acht Gemeinden Büren zum Hof; Etzelkofen; Fraubrunnen; Grafenried; Limpach; Mülchi; Schalunen und Zauggenried beizutreten.
Die einzelnen Dörfer behalten jedoch ihre Namen. Der Charakter und die Identität der Dörfer soll auch in Zukunft erhalten bleiben.