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Sah man die Hinterlassenschaften der Armee bis ins 20. Jahrhundert hinein vor allem als Einkommensquelle, wuchs nach den Zweiten Weltkrieg das Bewusstsein dafür, dass die militärischen Aktivitäten auch negative Auswirkungen auf die Umwelt hatten. Der Druck von Bevölkerung und Naturschutzorganisationen führte dazu, dass der Bund immer mehr Massnahmen zum Schutz der Natur ergreifen musste. 1963 wurde zum letzten Mal Munition im Thunersee versenkt; bis zu diesem Zeitpunkt gelangten rund 4600 Tonnen in den See, sei es, weil nicht benutzte Munition versenkt wurde oder aufgrund von Schiessversuchen.44 Nach gründlichen Untersuchungen liess man die Munition auf dem Seegrund, da sie genügend mit Sedimenten bedeckt ist. Zudem würde ihre Bergung Risiken bergen, die sich mit dieser Entscheidung vermeiden liessen. Zur Reinigung der Abluft und der Abwässer aus der Konstruktionswerkstätte und der Munitionsfabrik baute der Bund in den 1970er-Jahren geeignete Anlagen. Bis 1998 wurden auf der Allmend giftige Pulver- und Sprengrückstände verbrannt. Eine Entsorgungsanlage in Altdorf löste auch dieses Problem.45
Die Ausbildung im Panzer-Simulator ermöglichte gleichzeitig sowohl eine Lärmreduktion als auch den Schutz der Natur. Die Ausbildung gewann an Effizienz, indem viel weniger Fahrten mit Panzern durchgeführt wurden. Fotografie von Alain Boillat, 5. April 1991.
Ein jahrzehntelang diskutiertes Thema war der Lärmschutz. Noch 1985 äusserte sich die Militärkommission dazu wie folgt: «Vor wenigen Jahren hätte niemand daran gedacht, für die Lärmbekämpfung auf einem Schiessplatz Geld auszugeben.»46 Das war übertrieben, wurde doch schon früher Wald als Lärmschutz angepflanzt, und die Truppe nahm seit Langem Rücksicht auf die Nachtruhe der Thunerinnen und Thuner. Das grösste Einzelprojekt war sicher der Bau des unterirdischen Schiesskanals Witaumatte, der 1993 eingeweiht werden konnte.47 Aber auch den Landschaftsschutz nahm die Armee ernst: Bereits 1973 hielt der Waffenplatzkommandant fest, die militärischen Aktivitäten sowie Natur- und Tierschutz müssten sich nicht ausschliessen. Er rief die Truppenkommandanten dazu auf, die Natur möglichst schonend zu behandeln.48 1980 wurden die Ufergebiete von Amsoldinger- und Uebeschisee unter Schutz gestellt. Seit 1999 existiert das «Nutzungs- und Pflegekonzept Natur, Landschaft, Armee» des Eidgenössischen Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS), das zum Ziel hat, die reiche Biodiversität des Waffenplatzes zu erhalten und zu fördern. Die Bemühungen des Bundes trugen im wahrsten Sinn des Wortes Früchte: 2004 erhielt der Waffenplatz zum ersten Mal das Zertifikat der Stiftung Natur & Wirtschaft als Naturpark.49