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Die wissenschaftliche Seite ist neben der ästhetischen und touristischen eine der spannendsten und aussagekräftigsten des Alpengartens.
Seit 1932 steht im Wohn- und Studiengebäude ein Unterrichtsraum als ideale Basis für wissenschaftliche Untersuchungen zur Verfügung. Bisher wurden darin auch über 120 Kurse für Studenten der Universität Bern und für die Lehrerfortbildung durchgeführt. Verschiedene Seminar-, Diplom- und Doktorarbeiten wurden im Umfeld des Alpengartens ausgeführt.
Gleich nach der Gründung des Alpengartens wurden in diesem selbst und in der «Versuchsweide» von Dr. Werner Lüdi wissenschaftliche Versuche angestellt.
1929 legte W. Lüdi im Garten 46 Dauerflächen in fünf Pflanzengesellschaften an. Er notierte die in diesen Flächen vorhandenen Arten. Bei 24 unternahm er einen experimentellen Eingriff (Mähen, Düngen, Stampfen als Imitation des Weidetrittes, Ansäen, Ausjäten). Nach 5 und 10 Jahren wiederholte er die Aufnahme der Arten, publizierte die Resultate 1936 und 1940 und schloss den Versuch ab. Diese Flächen sind heute leider nicht mehr markiert. Die meisten sind in der recht homogenen Vegetation noch einigermassen zu lokalisieren und zeigen zum Teil sehr klare und erstaunlich grosse, in anderer Vegetation aber auch erstaunlich geringe Veränderungen.