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Die neue Verfassungsgrundlage war ein wichtiger Meilenstein hin zu einer nachhaltigen Landwirtschaft. Die konkrete Umsetzung der Neuausrichtung der Landwirtschaft verlangte von allen Beteiligten vieles ab und die ersten Arbeiten begannen schon lange vor 1996.
Bundesrat Jean-Pascal Delamuraz, Vorsteher des damaligen Volkswirtschaftsdepartements, erkannte früh, dass in der Agrarpolitik Veränderungen notwendig waren und setzte im Juli 1987 die Expertenkommission Popp ein. Sie hatte ein Konzept für die Trennung von Preis- und Einkommenspolitik zu prüfen. Im Mai 1990 legte die Kommission ihren Bericht „Direktzahlungen in der schweizerischen Agrarpolitik“ vor. Darin wurden einerseits ergänzende, anderseits ökologische Direktzahlungen vorgeschlagen. Erstere sollten den Abbau der produktgebundenen internen Stützung ermöglichen, die Zweiten Anreize für mehr Ökologie in der Landwirtschaft bieten.
Ein erster Schritt zur Reform der Agrarpolitik war getan. Es folgte eine kleine Verschnaufpause, insbesondere auch deshalb, weil die GATT-Verhandlungen nur schleppend vorankamen. Umso intensiver ging es dann aber weiter. Anfang 1992 veröffentlichte der Bundesrat den 7. Landwirtschaftsbericht und verabschiedete gleichzeitig eine Botschaft zur Einführung von ergänzenden und ökologischen Direktzahlungen. Im 7. Landwirtschaftsbericht war, noch sehr vorsichtig formuliert, die Abkehr von der Politik mit Preis- und Absatzgarantien sowie vom Paritätslohn angekündigt.
Ende 1992 setzte das Volkswirtschaftsdepartement drei Expertenkommissionen ein mit dem Auftrag, die notwendigen Anpassungen zu konkretisieren. Die Vorlage zur Einführung ergänzender und ökologischer Direktzahlungen wurde in weniger als neun Monaten in beiden Räten behandelt und am 9. Oktober 1992 verabschiedet. Ein für die weitere Entwicklung der Agrarpolitik entscheidendes Element war, dass mittelfristig die ökologischen Direktzahlungen die gleiche Grössenordnung erreichen sollten wie die ergänzenden Direktzahlungen. Wichtigstes Element der ökologischen Direktzahlungen war die Förderung der Integrierten Produktion, ein gesamtbetriebliches Konzept, welches Anforderungen wie sie heute im ökologischen Leistungsnachweis verlangt werden, vorsah. Das Mitmachen bei diesem Programm war freiwillig, deshalb konnten die bäuerlichen Kreise mit diesem Entscheid leben. Die Förderung der Integrierten Produktion war dann auch Teil des Gegenvorschlags für den Verfassungsartikel, der 1995 an der Urne scheiterte und schliesslich zum ökologischen Leistungsnachweis im heute gültigen Verfassungsartikel führte. Die Umwelt- und Konsumentenorganisationen hatten ihre Vorstellung einer Ökologisierung der Landwirtschaft durchgesetzt.