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Je natürlicher ein Flusslauf gestaltet ist, desto mehr Lebewesen können in und an ihm leben, da eine Vielzahl verschiedener Lebensräume vorhanden ist. Die Bewertung der Gewässerstruktur (Ökomorphologie) beurteilt die Natürlichkeit eines Fliessgewässers in vier Zustandsklassen (natürlich / naturnah, wenig beeinträchtigt, stark beeinträchtigt und naturfremd / künstlich). Je weiter sich die Kategorie vom natürlichen Referenzzustand entfernt, desto schlechter ist der ökomorphologische Zustand eines Flusses.
Insgesamt ist die Gewässerstruktur der Sitter über weite Strecken naturnah oder sogar natürlich. Nur sehr lokal treten in Siedlungsbereichen Beeinträchtigungen auf. Bestehende Defizite werden unter anderem auch aus Hochwasserschutzgründen durch Revitalisierungen behoben, die dem Fluss bei hohen Abflüssen Raum zur Verfügung stellen.
Neben der Gewässerstruktur ist auch die freie Durchgängigkeit entlang eines Fliessgewässernetzes von grosser Bedeutung für viele aquatischen Organismen. Künstliche Bauwerke wie Hochwasserschwellen im Bereich Appenzell Dorf oder Stauwehre im Raum Bischofszell führen zu abgetrennten Abschnitten, die für Fische flussaufwärts nicht erreichbar sind. Während der Laichzeit oder in heissen Sommern ist eine freie Durchwanderbarkeit für Fische für den Erhalt einer gesunden Population besonders wichtig.