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Nach der 450-jährigen Kolonialherrschaft durch Portugal und einem kurzen Bürgerkrieg wurde Timor-Leste 1975 nach der Unabhängigkeitserklärung von Indonesien annektiert.
1999 kam das Land nach blutigen Auseinandersetzungen unter eine Übergangsverwaltung der UNO (UNTAET und UNMIT). Die Schweiz leistete umfangreiche Unterstützung für die Opfer und beteiligte sich finanziell an der Friedenstruppe der UNO.
Die diplomatischen Beziehungen wurden 2002 anlässlich der 57. UNO-Generalversammlung in New York formalisiert, als Bundesrat Joseph Deiss und der damalige Aussenminister José Ramos Horta eine gemeinsame Erklärung unterzeichneten.
Die Schweiz beteiligte sich mit jeweils einer zweiköpfigen Delegation an den Wahlbeobachtungsmissionen, welche die Europäische Union anlässlich der Präsidentschafts- und der Parlamentswahlen im Jahr 2007 durchführte. Auch bei den Wahlen 2012 entsandte sie einen Beobachter. Schliesslich beteiligte sich die Schweiz an der Wahlbeobachtung anlässlich der Parlamentswahlen im Jahr 2017.