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Dans sa séance du 21 février 2017, le Gouvernement a adopté un nouveau projet de loi concernant la prévoyance des membres du Gouvernement qu'il soumet au Parlement. Ce projet fait suite au refus du Parlement, en septembre 2015, d'entrer en matière sur le précédent projet de loi du Gouvernement. Il peut se résumer ainsi : les ministres seront affiliés à la Caisse de pensions comme tous les employés de l'Etat, ils recevront une indemnité salariale au terme de leur mandat, mais n'auront plus droit à des rentes viagères avant l'âge de la retraite. Le nouveau système de prévoyance implique une réduction des coûts à charge de l'Etat, mais également une diminution importante des prestations de retraite en faveur des ministres.
Concrètement, le projet de loi pose donc le principe de l'affiliation des ministres à la Caisse de pensions de la République et Canton du Jura. Cette affiliation implique qu'ils seront soumis à la loi sur la Caisse de pensions. Ainsi, ils verseront les mêmes cotisations et auront droit aux mêmes prestations que les magistrats et les employés de l'Etat, notamment ils ne toucheront plus de rentes viagères qu'à partir de l'âge de la retraite. L'Etat, en tant qu'employeur, versera également pour les ministres affiliés sa part de cotisations selon les taux applicables à tous les employés.
Conformément à la demande du Parlement et pour tenir compte des particularités de la fonction de ministre (soumise au scrutin populaire tous les cinq ans et limitée dans le temps par la loi), le Gouvernement a arrêté, dans son projet de loi, le principe d’une indemnité salariale correspondant à un montant par année de mandat et versée à la fin de la fonction ministérielle. Il n’en a toutefois pas fixé le montant. Estimant qu’il ne lui appartient pas de proposer une rémunération en faveur de ses membres en fonction, il laisse au Parlement le soin de trancher la question. En termes de bonne gouvernance et d’impartialité, il n’est pas souhaitable que les membres d’une autorité déterminent leur propre rémunération.
Le coût du nouveau régime de prévoyance dépendra du choix du Parlement quant au montant de l'indemnité salariale. Le coût nécessaire au financement de l'ancien régime, à savoir des prestations versées en application de l'ancien droit, est estimé par les experts à environ 41 millions de francs. Ce montant sera provisionné dans les comptes de l'Etat. Il sera comptablement imputé sur les fonds propres de l’Etat, sans péjorer le résultat financier. Ce choix comptable est lié au fait que le déficit du système était planifiable et n’a pas à être reporté sur des exercices ultérieurs. Le même mécanisme avait été retenu lors de la recapitalisation de la Caisse de pensions de la République et Canton du Jura en 2014.
Le projet de loi règle également la transition entre le système actuel et le nouveau régime de prévoyance. Ainsi, les anciens ministres qui ne sont plus en fonction au moment de l’entrée en vigueur de la présente loi resteront soumis au décret sur la Caisse de pensions des membres du Gouvernement. De même, la prévoyance d'un ministre en fonction avant le début de la législature en cours restera régie par ce décret. Enfin, un ministre en fonction seulement depuis la législature 2016-2020 sera soumis à la nouvelle loi dès son entrée en fonction. Ces solutions sont justifiées par la garantie des droits acquis.
Le fonds de réserve qui découle du décret précité et est géré par la Caisse de pensions sera supprimé et son solde sera acquis à l’Etat. Les cotisations (de l’Etat et des ministres) et les prestations versées en application du décret relèveront directement des comptes de l’Etat. En pratique toutefois, cela ne change rien. L'Etat est déjà tenu d’assumer financièrement les retraites des ministres, puisqu'un éventuel déficit de ce fonds est imputé aux comptes étatique.