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Outre les 14 espèces indigènes de reptiles, quelques autres espèces plus ou moins exotiques vivent également en Suisse. Parmi ces dernières, la Trachmyde à tempes rouges, communément appelée tortue de Floride (Trachemys scripta elegans) est très visible et répandue. Cette espèce de tortue aquatique nord-américaine a été importée en masse en Suisse pour servir d’animal de compagnie. Nombre de ceux-ci ont ensuite été relâchés illégalement dans les plans d’eau suisses, commençant à importuner les habitant(e)s de ces derniers. Cette espèce a été interdite à la vente en Suisse et en Europe et classé parmi la liste des 100 espèces les plus invasives selon l’UICN.
Malheureusement, d’autres espèces provenant d’Amérique du Nord et d’Asie sont trouvées dans les milieux de Suisse, comme la Trachemys scripta scripta, la Pseudemys concinna, la Chelydra serptentina la Mauremys sinensis. Actuellement, la reproduction dans la nature de plusieurs espèces de tortue d’Amérique du Nord est avérée dans plusieurs endroits (Tessin, Bâle, Berne, bord du lac de Constance, Suisse romande), et l'impact de cette espèce n'a pas encore été évalué. Un projet financé par l'OFEV est actuellement en train d'évaluer l'impact de cette espèce sur la faune indigène et recherche les méthodes les plus adéquates pour limiter l'impact de cette espèce.
Avec le transport de matériel ou de plantes en Suisse arrivent de temps en temps des lézards, avant tout depuis le sud de l’Europe. Auparavant, des individus isolés d’espèces ou de sous-espèces sud-européennes pouvaient être observés le long des voies de chemin de fer ou dans les alentours des gares. A Rapperswil (SG), il existe depuis plus de 30 ans une petite population de lézard des ruines (Podarcis siculus), qui est naturellement présent en Italie et le long de la côte dalmatienne. Des lézards des murailles avec le dos vert, de la sous-espèce d’Italie centrale Podarcis muralis nigriventris, sont établis en ville de Thoune (BE) et dans les jardins botaniques de Bâle, et il est probable qu’ils apparaissent à d’autres endroits. Parfois, des lézards des murailles « étrangers » ont été illégalement déplacés par certaines personnes pour « enrichir » leur propre jardin. Ces actions sont strictement à prohiber.
Dans de rares cas, il arrive que d’autres espèces européennes ou exotiques de reptiles soient observées. Il s’agit la plupart du temps de déplacements involontaires via le transport de matériaux de toute sorte. Dans les exemples récents, on peut mentionner la tarente (Tarentola mauritanica) et la coronelle girondine (Coronella girondica) qui ont toutes deux été transbahutées à plusieurs reprises de l’Italie ou du sud de la France vers la Suisse. Très récemment, il nous a été reporté la présence d'une population de tarente de Maurétanie, aini qu'une population d'Hemidactyle verruqueux (Hemidactylus turcicus), toutes deux au Tessin.
L’apparition d’animaux exotiques, échappés de captivité, n’est qu’anecdotique, mais souvent très médiatisée. Dans la plupart des cas, il s’agit de l’inoffensive couleuvre des blés (Panterophis guttatus), qui a son origine aux Etats-Unis et qui est très répandue comme serpent pour les terrariophiles débutants. Ce sont tout le temps des individus isolés et même lorsque ces animaux restent un certain temps dans la nature, il n’y a quasiment aucun danger qu’ils se reproduisent et qu’une population s’établisse.