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Omicron laisse les chercheurs perplexes. Le patrimoine génétique du nouveau variant du virus s'est tellement modifié qu'un grand trou apparaît dans l'arbre généalogique du coronavirus: malgré les près de six millions de génomes du Sars-Cov-2 désormais disponibles, il n'existe pas de stade intermédiaire menant au variant Omicron.
Trois hypothèses sont discutées:
Concernant le dernier cas de figure, cela signifierait que le Sars-Cov-2, qui provient probablement de chauves-souris à l'origine, se serait adapté à son nouvel hôte animal pour ensuite revenir chez l'homme.
En avril 2020, on apprenait que des visons avaient été infectés par des humains aux Pays-Bas. De tels cas ont également été signalés au Danemark, en Suède, en Italie, en Espagne et aux Etats-Unis. Par la suite, il a été prouvé que le virus était revenu chez l'homme: de nouvelles mutations du Sars-Cov-2 se sont développées chez les visons. C'est ce qu'explique la virologue Marion Koopsman de l'Erasmus MC de Rotterdam:
Le virus pourrait donc se modifier parallèlement chez l'homme et chez l'animal. Des souches complètement nouvelles pourraient compromettre l'efficacité des vaccins. Pour éviter ce risque, près de trois millions de visons ont été abattus rien qu'aux Pays-Bas.
Mais d'autres animaux ont également été infectés: l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) a documenté des transmissions chez 14 espèces jusqu'à fin octobre 2021. Parmi elles, des chats, des chiens, des hamsters, des lapins et de nombreux animaux de zoo, principalement des grands félins et des grands singes. Au Lincoln Children's Zoo dans le Nebraska, trois léopards des neiges rares sont morts du Covid-19 début novembre. Plus récemment deux hippopotames sont tombés malades à Anvers. Le gardien du zoo avait remarqué un écoulement nasal épais.
Si certains animaux peuvent se transmettre le virus entre eux, le nombre de retransmissions à l'homme est inconnu. «La seule retransmission confirmée est celle du vison à l'homme», explique la biologiste évolutionniste Sarah Otto de l'Université de Colombie-Britannique à Vancouver:
Mais il est clair que le Sars-Cov-2 peut facilement franchir les barrières entre les espèces. Selon une étude récente, un peu plus de quatre pour cent des chats domestiques ont été infectés par le virus en 2020. Les chats tombent rarement malades, mais ils peuvent excréter le virus. Selon les auteurs, rien n'indique, toutefois, que les chats contribuent à la propagation.
Certains zoos américains ont commencé à vacciner leurs animaux contre le Covid-19. Zoetis, une filiale de Pfizer, a développé un vaccin spécialement conçu pour les animaux.
Mais si le virus se propage dans de grandes populations animales vivant ensemble de manière dense, la situation est différente. Le virus a alors des hôtes chez lesquels il peut se multiplier en masse, ce qui augmente le risque de variantes du virus.
Aux Etats-Unis des chercheurs ont démontré que le Sars-Cov-2 s'est propagé chez les cerfs de Virginie. 40% des animaux échantillonnés ont été infectés, rapportent les scientifiques sur la plateforme de l'Académie américaine des sciences PNAS. Le méchanisme d’infection chez les animaux n’est pas encore connu. Les scientifiques supposent qu'ils ont été infectés par l'intermédiaire de l'homme. Les cerfs de Virginie sont assez confiants et se tiennent volontiers à proximité des habitations humaines. C'est délicat, car le virus peut se propager de manière incontrôlée parmi les animaux sauvages. Il n'existe pas de mesures telles que la vaccination ou l'abattage.
Certains experts recommandent donc de surveiller les hôtes potentiels. Du moins ceux qui sont présents en grand nombre et qui aiment se regrouper. Les résultats d'une étude récente publiée dans la revue spécialisée Proceedings of the Royal Society pourraient aider: Des chercheurs du Cary Institute of Ecosystem Studies, à New York, ont étudié quelles espèces animales étaient particulièrement sensibles à une infection par le Sars-Cov-2. Ils se sont concentrés sur le récepteur ACE2. Le virus l'utilise comme porte d'entrée dans la cellule. Ce récepteur est probablement présent chez tous les mammifères (plus de 6000 espèces). Il possède une fonction essentielle à la régulation de la pression artérielle et de l'équilibre hydrique.
Selon le modèle de chercheurs, 500 espèces de mammifères possèdent un récepteur ACE2 qui pourrait être sensible au Sras-CoV. Une forte correspondance a été détectée chez les primates, les visons et les chiens viverrins, qui sont élevés en Chine pour leur fourrure. C’est également le cas pour les cerfs de Virginie. Le modèle s'est, toutefois, trompé pour les porcs: ils n'ont pas été infectés par le Sars-CoV-2.
De nombreux experts souhaitent que davantage de recherches soient menées. Ceci afin de mieux comprendre quand et dans quelles circonstances les virus se transmettent d’une espèce à une autre. Dans ce contexte, il n'est pas certain que l'origine du variant Omicron puisse un jour être décelée. Pour le prouver de manière irréfutable, il faudrait trouver la population animale correspondante, ce qui nécessite de la chance.
Traduit de l'allemand par Julie Rotzetter
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