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Les causes de la diarrhée peuvent être provoqués par :
> Une infection intestinale (la cause la plus fréquente) comme une gastro-entérite (durée en général de 2 à 3 jours). Les gastro-entérites sont en général sans danger sauf pour les (petits) enfants qui risquent une déshydratation : il est dans ce cas conseillé de consulter immédiatement un médecin.
Dans des pays "pauvres" une diarrhée peut aussi être une infection plus grave causée par des bactéries comme le choléra, E. Coli,... ces infections peuvent alors durer plusieurs semaines avec une perte importante d'eau et de substances vitales (éléctrolytes,...), appelée déshydratation, l'ensemble de ces pathologies peut également être nommée diarrhée des voyageurs.
> La prise de médicaments, comme certains antibiotiques (parlez-en à votre pharmacien si vous avez une diarrhée après avoir pris des antibiotiques) peut provoquer une diarrhée. Il est aussi possible que certains excipients (produits entourant la molécule), comme l'acide lactique, en particulier présent dans certains médicaments génériques puissent favoriser la diarrhée.
> Un changement de régime alimentaire brutal. Par exemple dans certains clubs de vacances il arrive que des touristes (par exemple japonais) accusent les cuisiniers de leur donner des plats contaminés, alors que seuls ces touristes sont malades de diarrhées, leur régime végétarien-poisson passant à la viande-charcuterie provoque des diarrhées importantes sans causes infectieuses ni psychologiques. Se méfier donc lors de voyages à ne pas modifier trop brutalement ses habitudes alimentaires.