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Le Comité scientifique de la Fondation est composé de personnalités de tout premier plan. Ces experts sont les garants de l’excellence scientifique des travaux financés par la Fondation.
Le Comité scientifique compte vingt-trois membres au maximum, dont la majorité doit être de nationalité suisse et domiciliée en Suisse ou de nationalité française et domiciliée en France, ou de nationalité étrangère mais exerçant ses activités dans l’un de ces deux pays. Treize membres sont réglementairement désignés par de grands organismes de recherche suisses et européens. Le Conseil de fondation est représenté au Comité scientifique par les trois personnalités médicales et scientifiques membres du Conseil.
Le Comité scientifique se constitue chaque année en jury pour décider de l’attribution du Prix Louis-Jeantet de médecine. Ses membres peuvent également être désignés comme experts dans le cadre de la procédure de nomination des professeurs Louis-Jeantet de la Faculté de médecine de l’Université de Genève.