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Double Locus Sequence Typing (DLST) pour le typage moléculaire de S.aureus

Bon d'examen
CHUV: LTM_TR_OO1
Externe: prendre contact avec le laboratoire avant toute demande de typage moléculaire pour préciser les modalités spécifiques.
Prélèvements
Souches bactériennes.
Acheminement
Directement au laboratoire. Les envois par poste doivent respecter les consignes de sécurité pour du matériel "biohazard".
Méthodes d'analyse
La méthode utilisée a été développée dans notre laboratoire. Elle se base sur le séquençage d'environ 500 paires de bases de deux gènes hypervariables de S.aureus (clfB et spa).
Résultats
Le DLST permet de donner un numéro à chaque nouvelle séquence observée pour les deux gènes analysés. Ainsi, la composition des deux séquences (ou allèles) pour une souche donnée défini le génotype ou le "double locus sequence type". Les résultats seront exprimés de la façon suivante: "la souche X appartient au DLST 2-36", ce qui signifie qu'on a trouvé l'allèle 2 du gène clfB et l'allèle 36 du gène spa.
Nous avons évalué cette méthode et l'avons comparée au PFGE. Son pouvoir discriminant est identique au PFGE et la stabilité des séquences analysées est d'environ 3-4 ans chez des porteurs de MRSA à long terme. (Journal of Clin. Microbiol. 2007, 45:54-62).
De ce fait, pour des investigations épidémiologiques au niveau local (hôpital région, sur une période de 2-3 ans), la transmission d'une souche d'un patient à l'autre n'est certainement pas possible si le DLST des deux patients est différent. (Pour plus de renseignement sur la méthode, voir la copie de poster en annexe).
Un autre avantage de cette méthode est qu'elle est plus rapide que le PFGE. En travaillant en batch de 96 souches, nous sommes capables de faire le typage d'un batch en une semaine. La rapidité à laquelle les souches sont récoltées dans notre laboratoire nous permettra de faire un batch au moins tous les 1-2mois. Donc, les résultats seront disponible dans un délai de deux mois, ce qui vous permettra de les utiliser à meilleur escient pour gérer votre situation locale en temps presque réel.
Délai d'exécution: env. 2 mois.
Acheminement des résultats
Un rapport d'analyse est envoyé par courrier au demandeur.
Dernière modification le
11.04.2007