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Im Antrag vom Dezember 1850, die Universität aufzuheben, bündelten sich verschiedene Motive: Zum einen bestand die Absicht, eine Gewerbeschule zu errichten, und damit verbunden die Meinung, man könnte die Universitätsgelder besser dafür verwenden. Zum anderen waren die stets bestehenden Aversionen gegen die Universität damals besonders stark, weil man deren Nutzen nicht sah und über politische Randerscheinungen erbost war. Hinzu kam das willkommene Projekt einer gesamtschweizerischen Hochschule, was eine Basler Universität als überflüssig erscheinen liess. Der Antrag wurde am 3. Februar 1851 jedoch mit überwältigendem Mehr von 81 gegen 11 Stimmen abgelehnt.
Gemäss Edgar Bonjour hat es seit der Gründung von 1460 stets Stadtbürger gegeben, welche die von anderen als «Kleinod» gepflegte Universität für Luxus und darum die damit verbundenen Universitätsausgaben für überflüssig hielten. Diese Vorbehalte verschärften sich stets, wenn die Öffentliche Hand knapp bei Kasse war, und sie verschärften sich im Laufe des 19. Jahrhunderts, als universitätsferne Schichten politisches Gewicht bekamen. In Basel kam hinzu, dass die Universität von den erstarkenden Radikalen als Herd und Hort konservativer Kräfte eingestuft wurde. Eine weitere Bedrohung zeigte sich aus dem erneut und jetzt ernsthafter verfolgten Projekt, eine gesamtschweizerische Universität zu schaffen. Die Kritik an den zu hohen Kosten für die Universität war u. a. auch darum fragwürdig, weil bei dem äusserst komplizierten Rechnungswesen gar nicht klar war, wieviel die Universität den Kanton überhaupt kostete.
Es war vielleicht das erste, aber sicher nicht das letzte Mal, dass in Diskussionen um Ausbildungskosten zwei Ausgabenkategorien gegeneinander ausgespielt wurden: der für einen angeblich kleinen Kreis von Interessierten betriebene Universitätsaufwand und die legitimen Schulbedürfnisse breiterer Bevölkerungsschichten. Diese «Schmarotzerpflanze» ziehe der Volksschule viele Mittel ab, sie könne mit den neuen Universitäten von Zürich und Bern nicht mithalten, hätte im günstigen Moment der Kantonstrennung von 1833 aufgehoben werden müssen, verschlinge mit ihren nur 70 Studenten und immerhin halb so vielen Professoren zu viele Mittel, mit den Kosten eines Studenten liessen sich 25 Volksschüler unterrichten. Sprecher der Universität mussten darlegen, dass «ihr» Betrieb für die gesamte Gesellschaft von Nutzen sei. Der Angriff auf die Universität, an dem sich die bekannten Radikalen Karl Brenner und Wilhelm Klein beteiligten, bewirkte schliesslich das Gegenteil. Wortgewaltige Verteidiger der hohen Schule waren insbesonders der Jurist Johannes Schnell, damaliger Rektor, und der angesehene Chemiker Christian Friedrich Schönbein, beides zugezogene Deutsche. Aber auch Ratsherr Adolf Christ warf sich in die publizistische Schlacht. Am 3. Februar 1851 wurde in einer fünfstündigen Debatte über die Frage in einem bemerkenswert eindeutigen Votum zu Gunsten der Universität entschieden. Für die Schaffung einer Gewerbeschule wurde ins Feld geführt, dass der Wegfall der zünftischen Monopole eine Verbesserung der handwerklichen Ausbildung dringend nötig mache. Später bekam Basel dann trotzdem noch eine Gewerbeschule und 1893 am Eingang der Spalenvorstadt ein Prachtgebäude, das jetzt von der Universität mitbenutzt wird.