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Au sein de ces organismes, créés dans le but d’organiser la coopération transfrontalière, la Suisse est généralement représentée par le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE), qui y siège en qualité d’observateur ou d’hôte permanent. Ces structures traitent avant tout de thèmes relevant de la compétence des cantons, comme les transports, la protection de l’environnement, les infrastructures et l’aide en cas de catastrophe.
Les régions métropolitaines transfrontalières de Bâle et de Genève
Tout au long des frontières de la Suisse, différentes régions entretiennent une coopération plus ou moins poussée dans le cadre d’organismes transfrontaliers. La coopération est ainsi fortement institutionnalisée depuis de nombreuses années dans les régions de Bâle, de Genève et du lac de Constance. Des organismes transfrontaliers existent également pour l’Arc jurassien, la région lémanique, la région du Mont-Blanc ainsi qu’entre le Tessin et le nord de l’Italie.
La coopération transfrontalière peut également revêtir d’autres formes comme les rencontres régulières ou les déclarations portant sur la coopération entre les gouvernements des cantons frontaliers et les gouvernements des régions limitrophes. Parallèlement aux formes de collaboration institutionnalisée, de nombreux contacts informels sont noués de part et d'autre de la frontière, par exemple, entre les chambres de commerce, les chambres d’agriculture, les associations patronales, les syndicats et d’autres organisations.
Les cantons suisses collaborent aussi avec les régions voisines dans le cadre de différents programmes Interreg.