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Der Vierwaldstättersee wird auch als Trinkwasserreservoir genutzt. Rund um den Vierwaldstättersee gibt es 6 Seewasserfassungen und 3 seenahe Trinkwasserpumpwerke. Die Überwachung der Trinkwasserqualität ist daher besonders wichtig.
Die Wasserqualität im See ist heute gut. In den letzten zehn Jahren hat sie sich nicht sichtbar verändert.
Durch den Ausbau der Abwasserreinigungsanlagen ist die Phosphorkonzentration im See zurückgegangen. Mit einer Konzentration von 3 bis 5 Milligramm Phosphor pro Kubikmeter entspricht sie heute den natürlichen, nährstoffarmen Verhältnissen eines Voralpensees.
Die Abwasserreinigungsanlagen halten aber Stickstoffverbindungen nur ungenügend zurück und auch die Zufuhr aus der Landwirtschaft und der Luft hat zugenommen.
Seit der ersten Hälfte der 1960er Jahre stieg die Nitratkonzentration in allen Seebecken an. Im Kreuztrichter hat sie Mitte der 1990er Jahre ein Maximum erreicht und blieb seither bei etwa 600 Milligramm Stickstoff pro Kubikmeter. Am höchsten ist sie im Alpnachersee, wo der Eintrag aus der Landwirtschaft und den Kläranlagen im Einzugsgebiet besonders hoch ist.
Mikroverunreinigungen oder organische Spurenstoffe sind z.B. Inhaltsstoffe von Medikamenten, Körperpflegeprodukten und Reinigungsmitteln, aber auch von Pflanzenschutzmitteln. Sie kommen in Konzentrationen von wenigen Nanogramm bis Mikrogramm pro Liter vor und können biochemische Prozessabläufe in der Natur beeinflussen.
Eine bedeutende Quelle für den kontinuierlichen Eintrag dieser Substanzen in die Gewässer sind die kommunalen Abwasserreinigungsanlagen. Mit der heutigen Abwasserreinigungstechnik werden die Substanzen nicht oder nur unvollständig abgebaut.