Document ID: /fineweb-2-swissfilter-quality_10-filterrobots/filtered/03549.jsonl.gz/1071

Die Genotypisierung zur Identifikation von Sorten unter Einsatz von Mikrosatelliten ist heute bei Kulturpflanzen weit verbreitet und hat sich sehr gut bewährt. Dabei kommen viele verschiedene Methoden zum Einsatz, die sich in Bezug auf Arbeitsaufwand und Effizienz teilweise stark unterscheiden. Wir haben eine robuste und effiziente Methode entwickelt, die wir seit mehreren Jahren erfolgreich einsetzen. In diesem Projekt ging es darum, wie gut diese Methode in einem externen Labor einsetzbar ist und wie sich die Resultate von denjenigen unseres Labors unterscheiden. Wir konnten zeigen, dass die Methode ohne grossen Aufwand in externen Labors eingeführt werden kann und Resultate mit hoch signifikanter Korrelation (R2 = 0.9993) zwischen den eingesetzten Analyse-Systemen liefert. Wie erwartet wurden kleine Abweichungen in den Laufdistanzen einzelner Genfragmente (Allele) beobachtet. Diese Abweichungen sind allerdings nur dann ein Problem, wenn bei der Analyse keine Standardsorte für den direkten Vergleich mit der Testsorte bekannt ist. Wir haben ein einfaches Verfahren entwickelt, um dieses Problem lösen zu können. Bei diesem Verfahren wird die Gesamtabweichung aller Allele von denjenigen von bekannten Sorten verglichen. Sofern die Standardsorte in der Vergleichsdatenbank vorhanden ist, wird sie die geringste Abweichung von der Testsorte aufweisen. In einem direkten Vergleich wird dann die Testsorte mit der so identifizierten Standardsorte analysiert. Damit ermöglicht dieses Verfahren eine eindeutige Identifikation auch bei grösseren systematischen Abweichungen zwischen unterschiedlichen Analysesystemen.
Zufferey V., Delabays N., Verdenal T., Reynard J.- S., Dienes A., Belcher S., Lorenzini F., Bieri S., Blackford M., Bourdin G., Spangenberg J.-E., Carlen C., Spring J.-L.
Reynard J.- S., Spring J.-L., Verdenal T., Zufferey V., Bourdin G., Bieri S., Carlen C., Crettenand F., Favre G.