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Swissmedic fait appel, pour les questions scientifiques, aux conseils d'organes d'experts appelés « Swissmedic Medicines Expert Committees » (SMEC). Les SMEC, ce sont d'une part, le « Human Medicines Expert Committee » (HMEC) pour les médicaments à usage humain et d'autre part, le « Veterinary Medicines Expert Committee » (VMEC) pour les médicaments à usage vétérinaire. Les membres des deux organes sont nommés par le Conseil de l'institut de Swissmedic.
Les SMEC soutiennent Swissmedic en lui fournissant des prestations d'examen et de conseil lors de l'analyse scientifique de documentations soumises dans le cadre des autorisations de mise sur le marché, de la surveillance et des autorisations de médicaments. Ces prestations prennent la forme de réponses à des questions techniques spécifiques qui se posent aussi bien pendant qu'indépendamment de procédures en cours.
Afin de garantir l’indépendance des activités des consultants concernés, chaque membre des « Swissmedic Medicines Expert Committees » déclare tous les ans ses intérêts. Avant toute attribution d’un mandat d’expertise ou de conseil, on vérifie de surcroît s’il existe un conflit d’intérêts, compte tenu des liens d’intérêts déclarés. Le Code des membres des Swissmedic Medicines Expert Committees définit la gestion des liens d’intérêts et la procédure en cas de conflits d’intérêts.