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Untersuchungen im Hochrhein zeigen, dass sich als Folge der Ausbreitung invasiver gebietsfremder Arten (Neozoen) die Besiedlung der Hochrheinsohle mit Makroinvertebraten in den letzten Jahren erneut deutlich verändert hat. In den naturnahen Abschnitten oberhalb der Aaremündung konnten sich die einheimischen, angestammten Arten gegenüber der neuen Konkurrenz deutlich besser behaupten als in den stärker vom Mensch beeinflussten Abschnitten unterhalb der Aaremündung.
Im Herbst 2006 und Frühjahr 2007 wurde bereits zum vierten Mal seit 1990 das Zoobenthos des Hochrheins untersucht. Die Aufnahmen für das Monitoring fanden an neun Flussquerschnitten zwischen Bodensee und Basel statt. Diese repräsentieren den Bodenseeabfluss (Abschnitt A), den naturnahen Hochrhein oberhalb der Aaremündung (B), den ausgebauten und staubeeinflussten Hochrhein unterhalb der Aaremündung (C) und den durch Grossschiffahrt geprägten Hochrhein von Rheinfelden bis Basel (D).
Im Längsverlauf des Hochrheins wurden erneut deutliche Unterschiede in der Besiedlung der Flusssohle festgestellt: In den naturnahen Abschnitten oberhalb der Aaremündung (A und B) dominierten wie bisher die Wasserinsekten. In den Abschnitten unterhalb der Aaremündung (C und D) waren es Mollusken (Muscheln und Schnecken) und Crustaceen (Krebstiere).