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Sixième semaine (stade 15-17; env. 36-41 jours)
Au cours de la 6e semaine, trois paires de bourgeons auriculaires vont se mettre en place en regard des 1e et 2e arcs branchiaux, délimitant ainsi le conduit auditif externe.
La crête mésonéphrotique se dessine indiquant l'emplacement du futur système uro-génital.
Pendant la sixième semaine, une petite portion de l'intestin va former une anse dans le coelome extra-embryonnaire et dans le segment proximal du cordon ombilical, produisant ainsi une hernie ombilicale physiologique (stade 16). Il s'agit d'un phénomène normal lié à l'importante croissance de l'intestin dans une cavité abdominale momentanément trop exiguë.
Les cellules des crêtes neurales vont donner à ce stade naissance aux ganglions crâniaux et spinaux.
Les vésicules cérébrales se courbent vers l'avant et vers le bas et l'extrémité céphalique de l'embryon repose sur le renflement péricardique.
Le foie apparaît, sous la forme d'un renflement, entre la région péricardique et le cordon ombilical.
La différenciation des membres se poursuit rapidement et les sillons interdigitaux se dessinent. Les membres supérieurs se développent plus rapidement que les membres inférieurs.
La chondrification de nombreuses structures commence dans les blastèmes mésenchymateux.
Développement des arcs branchiaux (stade 15 -17)
Au cours de la 6e semaine le bord inférieur du 2e arc branchial recouvre sous la forme d'un opercule les 3e et 4e arcs, qui se déplacent en profondeur et se trouvent alors transitoirement au fond du sinus cervical qui se ferme.