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Il colore degli occhi è determinato dai pigmenti dell'iride. Quando la quantità di pigmenti è molto ridotta, gli occhi appaiono di colore azzurro, se invece vi è un grosso deposito del pigmento melanina (o dei suoi sottotipi), gli occhi diventano di colore giallo, grigio, verde, marrone o nero.
Diversi geni partecipano alla trasmissione del colore degli occhi. Il colore degli occhi del bambino dipende dalla combinazione dei geni che vengono trasmessi dai genitori. Il gene interessato bey2 possiede alleli per gli occhi azzurri e gli occhi castani, il gene gey per quelli verdi e azzurri. L'allele marrone è però dominante su quello verde e quest'ultimo, a sua volta, è dominante su quello azzurro. Altri geni influenzano le diverse sfumature di colore.