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La résistance aux antibiotiques est un phénomène naturel qui existe depuis des millions d’années. En effet, les bactéries et les champignons fabriquent eux-mêmes des antibiotiques pour se défendre ou attaquer. Les premiers antibiotiques utilisés en médecine, y compris la pénicilline, ont d’ailleurs été extraits de champignons microscopiques. En utilisant de grandes quantités d’antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire depuis le milieu des années 1940, l’Homme a fortement amplifié ce phénomène naturel : à chaque fois que des antibiotiques sont utilisés, les bactéries résistantes survivent et deviennent prépondérantes, car elles sont les seules capables de croître.
Lorsque les bactéries se multiplient — et la plupart d’entre elles le font plusieurs fois par heure — elles doivent recopier leur matériel génétique (ADN). En réalisant cette copie, elles commettent des erreurs (appelées mutations) dont certaines peuvent les aider à tolérer la présence d’antibiotiques. Elles peuvent aussi acquérir cette capacité de résistance en s’échangeant de petits morceaux d’ADN (plasmides), que ce soit entre bactéries d’une même espèce ou entre bactéries d’espèces différentes.