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L'Accordo di Associazione a Schengen, ratificato dalla Svizzera nel marzo 2006 ed entrato in vigore il primo marzo 2008, prevede la partecipazione della Svizzera al sistema d'informazione (SIS). La sua applicazione è subordinata a una decisione del Consiglio dell'Unione europea che constata che la Svizzera adempie tutte le condizioni di le esigenze di attuazione, in particolare in materia di protezione dei dati. Questa decisione è stata presa all'unanimità dagli Stati associati allo spazio di Schengen al termine della valutazione della capacità della Svizzera di attuare l'accordo. Soltanto dopo il sistema SIS e tutta la cooperazione Schengen sono diventati operativi in Svizzera.
In questo contesto, la decisione presa dall'UE, nel corso del Consiglio «Giustizia a affari interni» (GAI) dei 5 e 6 giugno 2008, ha segnato un passo decisivo nell'avanzamento della collaborazione tra la Svizzera e l'UE. In effetti, l'UE a ritenuto che, globalmente, le esigenze in materia di protezione dei dati derivanti dall'Accordo d'Associazione a Schengen erano adempite.
La valutazione dell'UE ha fatto l'oggetto di un rapporto nel quale figuravano delle raccomandazioni. Queste riguardavano in particolare l'indipendenza delle autorità di protezione dei dati, la cooperazione fra queste ultime, le loro risorse, le loro attività di controllo, la sensibilizzazione degli utenti del SIS e l'informazione al pubblico.
Facendo seguito a queste raccomandazioni, le autorità svizzere che esercitano la sorveglianza dei trattamenti dei dati personali nell'ambito della cooperazione Schengen, cioè l'Incaricato federale della protezione dei dati e della trasparenza (IFPDT) e le autorità cantonali di protezione dei dati, hanno introdotto varie attività di controllo nell'ambito del trattamento dei dati, dell'informazione agli utenti del SIS e della sensibilizzazione dell'opinione pubblica.