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La plus ancienne trace écrite de la paroisse de Lajoux remonte à 1441. A cette époque, les habitants de Lajoux et des Genevez étaient réunis dans une entité paroissiale nommée la Magdalena - la Madeleine - ou haute paroisse. Leur église commune était située près des Genevez, à La Noz, mais les fidèles de La Joux - Mertenat (ainsi nommait-on jadis Lajoux) pouvaient aussi fréquenter l’abbatiale de Bellelay. En 1619, la nécessité de rénover l’église paroissiale sise à la Fin de la Madeleine incita les paroissiens de Lajoux à solliciter l’autorisation de construire une chapelle près de leur village ; en vain : c’est aux Genevez qu’on éleva le sanctuaire. Dès 1713, de nouvelles démarches furent entreprises, mais les tractations avec l’abbé de Bellelay (détenteur de la collature de la haute paroisse) et le prince-évêque de Bâle, durèrent jusqu’en... 1793, années où les travaux de construction de la Chapelle de La Joux débutèrent. Ce modeste sanctuaire sera remplacé au début de XIXe siècle par l’église actuelle.
1809 - une date importante : les paroissiens de Lajoux obtiennent la création de leur paroisse et - première manifestation d’indépendance... - décident de construire une église à la place de leur petite chapelle. L’administrateur de La Madeleine était alors un ancien moine de l’abbaye de Bellelay (emportée par la tourment révolutionnaire en 1797), le Père Grégoire Voirol : aussi est-ce tout naturellement que les nouvelles autorités paroissiales de Lajoux firent appel à un ancien condisciple de ce religieux, au Père Etienne Rebetez, lui aussi natif de Genevez, pour diriger les travaux de construction de ce sanctuaire tant désiré.
Cette vue de l’intérieur de l’église (publiée en 1938 par le chanoine A. Membrez dans son étude "Eglises et chapelles du Jura bernois") permet d’apprécier les changements apportés à ce sanctuaire lors de la rénovation décidée en 1969.
Durant tout l’année suivante et jusqu’au 4 décembre 1971, jour de la bénédiction de l’église par Mgr Antoine Hänggi, il fut procédé à une transformation fondamentale du sanctuaire. Le curé de l’époque, M. l’abbé Antoine Cuenat, et les autorités paroissiales souhaitaient modifier leur église de manière à enrichir les cérémonies liturgiques : un déplacement de la chorale du fond de l’église au choeur devant favoriser le dialogue entre le célébrant et les chantres., on décida de l’agrandir considérablement.
L’un des architectes pressentis, Jeanne Bueche, proposait de construire un nouvel édifice formé de trois grandes coques de toiture disjointes qui faisaient la part belle à la lumière, mais les Djoulais étaient trop attachés à leur église pour la voir disparaître. Aussi, le projet de Silvio Casagrande fut-il préféré à bien d’autres parce qu’il assurait un renouveau architectural propre à favoriser la liturgie nouvelle tout en permettant la sauvegarde d’éléments hérités du passé. D’où la mise en valeur d’une admirable charpente, et notamment d’une poutre faîtière taillée en une seule pièce. A ce lien tracé entre le passé et l’avenir, on ajouta un symbole de l’attachement des paroissiens pour la terre jurassienne à travers l’autel taillé dans un monolithe découvert dans les pâturages avoisinants. Certes, il remplaça un bel autel provenant de l’abbaye de Bellelay mais, dans l’église transformée, on peut encore voir des objets de culte, également hérités de ce monastère cher aux habitants de La Courtine : deux statues dues au moine convers Antoine Monnot et - œuvre magistrale : une Adoration des Mages peinte vers 1500 (école de Schongauer).
Pour la décoration contemporaine, on fit appel à l’artiste bâlois devenu fils des Franches-Montagnes, Ernest Stocker, alias Coghuf (1905-1976), qui dessina le tabernacle et l’ambon ; le maréchal-ferrant de Lajoux, Jean-Louis Crevoisier, fut chargé de réaliser ces objets de culte. Mais, de Coghuf, ce maître aimé des Djoulais - tout autant pour ses talents artistiques que parce qu’il était aussi un ardent défenseur de la liberté : les paroissiens de Lajoux souhaitèrent disposer d’une œuvre marquante, et ils lui demandèrent d’orner leur église de vitraux ; réalisé en 1971 avec le concours des verriers de l’atelier Kübele, à St-Gall, ce chef d’œuvre évoque la vie du Christ et da la Vierge, à laquelle l’église de Lajoux est consacrée.
Remarque : une notice historique [1810-1960] sur l'église de Lajoux a été publiée en 1961 par la paroisse. Ce document aujourd'hui épuisé pourra être prochainement disponible sur ces pages pour autant qu'un intérêt nous soit annoncé. À cet effet, envoyez simplement un courriel à l'administration communale qui transmettra à qui de droit.