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Holdinggesellschaften unterliegen in der Regel nicht der Mehrwertsteuer (MWST), da ihre Umsätze aus Beteiligungen stammen und somit nicht unter die MWST-pflichtigen „Entgelte“ fallen. Bei Holdinggesellschaften mit hohen Aktiven ist jedoch Vorsicht geboten, da die ESTV bei solchen Konstellationen der Auffassung ist, dass die Holdinggesellschaften MWST-pflichtige Leistungen erbringen.
Holdings erbringen vielfach Leistungen für die strategische Führung des Konzerns. Da diese Leistungen den Tochtergesellschaften zu Gute kommen („shareholder costs“), stellen diese Leistungen MWST-pflichten Umsatz bei der Holding dar.
Wenn die Holding nun diesen Umsatz nicht erfasst und demnach die MWST nicht abrechnet, wendet die ESTV unter Umständen eine Pauschalmethode an, um diese Umsätze zu ermitteln. Dabei wird der MWST-pflichtige Umsatz auf Basis der Aktiven berechnet (zwischen 2 und 3 Promille der Aktiven). Bei Aktiven von beispielsweise CHF 10 Mio. beträgt der Umsatz somit zwischen CHF 20‘000 und CHF 30‘000. Die MWST auf diesen Umsätzen beträgt somit CHF 1‘600 resp. CHF 2‘400 pro Jahr.
Falls keine Leistungen durch die Holdinggesellschaft verrechnet wurden, liegt die Beweislast bei der Holdinggesellschaft und nicht etwa bei der ESTV.
Das Bundesverwaltungsgericht hat diese Praxis der ESTV in zwei Entscheiden (A-1668/2015 und A-1679/2015) bestätigt. In einem dieser Fälle betrug die geschuldete MWST CHF 4 Mio. Beide Fälle wurden ans Bundesgericht weitergezogen, welche den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts gestützt hat.