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Im Januar 2006 beauftragte der Bundesrat das EVD und das EDA, die Machbarkeit eines Agrarfreihandelsabkommens mit der EU zu prüfen. Erste Ergebnisse zeigten, dass ein solches Abkommen volkswirtschaftlich vorteilhaft sein kann, wenn es sowohl die gesamte Produktionskette im Landwirtschafts- und Ernährungsbereich als auch tarifäre und alle nicht-tarifären Handelshemmnisse abdeckt. Die Annäherung an das EU-Preisniveau würde jedoch in der Landwirtschaft wie in den vor- und nachgelagerten Bereichen eine grosse Herausforderung darstellen.
Je nach Ausgestaltung der Übergangsphase wären befristete Begleitmassnahmen unabdingbar. Auf dieser Basis entschied der Bundesrat am 10. März 2006 das Projekt weiter zu vertiefen, die interessierten Kreise in der Schweiz zu konsultieren und informelle Kontakte mit der EU-Kommission zu knüpfen. Diesbezüglich fanden bis Ende Mai 2006 Sondierungsgespräche mit der EU-Kommission statt. Abzuklärende Themen waren neben dem Grundinteresse der EU insbesondere die Harmonisierung der Vorschriften im nicht-tarifären Bereich und bei den Zulassungen von Produktions- und Lebensmitteln, die regionale Erschöpfung der Patent- bzw. Sortenschutzrechte von Pflanzenschutzmitteln, Tiermedikamenten und Saatgut, die Anerkennung der Gleichwertigkeit im nicht-harmonisierten Bereich (Cassis de Dijon-Prinzip) und institutionelle Aspekte.
2010 hat der Bundesrat die verschiedenen europapolitischen Optionen vertieft evaluiert und entschieden, dass der bilaterale Weg gegenwärtig das richtige Instrument ist, um ein angemessenes Gleichgewicht der Interessen der Schweiz und der EU zu gewährleisten. Als Ziele formulierte er in seinem Bericht über die Evaluation der schweizerischen Europapolitik vom 17. September 2010 die Konsolidierung, Sicherung und Weiterentwicklung des bilateralen Weges. Am 26. Januar 2011 beschloss der Bundesrat, bei der Weiterführung und Weiterentwicklung des bilateralen Wegs einen gesamtheitlichen und koordinierten Ansatz zu verfolgen und vereinbarte in der Folge mit der EU, diesen Ansatz weiter zu vertiefen und zu präzisieren.
Im Rahmen der Konkretisierung dieses Ansatzes hat der Bundesrat am 1. Februar 2012 die nächsten Schritte für die Weiterführung der bilateralen Verhandlungen in einer Road Map festgelegt. In diesem Zusammenhang hat er am 15. Juni 2012 zuhanden der EU Vorschläge bezüglich der institutionellen Fragen verabschiedet. Diese Grundsätze beziehen sich auf die Einheitlichkeit (Homogenität) der Anwendung und Auslegung der Bestimmungen in den bilateralen Verträgen, die Rechtsentwicklungen, die Überwachung der Umsetzung der bilateralen Abkommen und die Streitbeilegung. Das Ziel ist, im Rahmen der Verhandlungen zum Stromabkommen Lösungen im institutionellen Bereich zu entwickeln. Diese könnten, falls für beide Seiten akzeptabel, als Modell für andere Verhandlungsdossiers dienen.