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[81] Caractérisation génétique et biochimique du complexe Ccr4-Not conservé.
Le groupe de Martine Collart travaille sur la caractérisation fonctionnelle d'un complexe protéique multi-sous-unités, conservé et essentiel chez les eucaryotes, appelé Ccr4-Not. Ce complexe est un régulateur central du métabolisme des ARNm chez tous les eucaryotes. Il possède deux activités enzymatiques connues, l'ubiquitination fournie par la ligase Not4 E3 avec un motif RING et la déadénylation fournie par les sous-unités Caf1 et Ccr4. Il est construit sur une protéine d'échafaudage Not1 sur laquelle les autres sous-unités s'arriment en représentent des modules fonctionnels. Il est surtout connu pour son rôle dans la répression de l'expression des gènes lorsqu'il est recruté sur les molécules d’ARNm par des attaches, telles que les protéines de liaison à l'ARN ou la machinerie microARN.
Des preuves récentes dans le laboratoire Collart ont démontré que les protéines Not, y compris l'échafaudage Not1, sont importantes pour la dynamique d'élongation de la traduction et les processus co-traductionnels. Ils forment des condensats, des granules nommés « assemblysomes », dans lesquels les ribosomes en pause sont protégés des mécanismes de contrôle de la qualité des ribosomes (RQC), permettant les processus co-traductionnels tels que les interactions protéiques ou le repliement induit par les chaperones, et peuvent poursuivre la traduction. Il a été montré que la formation de ces granules dans les cellules humaines était initiée par le co-ancrage de plusieurs ARNm par la protéine Not1, indépendamment de l'élongation de la traduction. Récemment, le laboratoire Collart a montré chez la levure bourgeonnante que les condensats sont dynamiques et excluent le facteur de traduction eIF5A. Ils ont proposé que cela contribue à réguler la dynamique d'élongation de la traduction.
Les projets du laboratoire Collart sont actuellement orientés vers la caractérisation des condensats Not et comment ils modulent la dynamique d'élongation de la traduction selon la pause ribosomale ou l'optimalité des codons. Ils utilisent des approches multi-omiques incluant RNA-Seq, Ribo-Seq, 5'P-Seq, SILAC, ou métabolomique, combinant analyses en laboratoire avec bioinformatique, ainsi que des approches classiques de biologie moléculaire, génétique et biochimie. Ils font leurs études chez la levure bourgeonnante comme organisme modèle, idéalement adaptée pour déchiffrer la fonction d'un régulateur aussi complexe que Ccr4-Not.
Récemment, le laboratoire Collart a étendu ses études de régulation de la traduction aux cellules cancéreuses pulmonaires humaines, après avoir découvert en collaboration avec le groupe Coppari qu'une peptidyl-prolyl-cis-trans isomérase, FKBP10, contribue à la prolifération cancéreuse et régule l'élongation de la traduction, pour promouvoir en particulier la production de protéines du ribosome.