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Verschiedene Körperflüssigkeiten wie Blut, Urin, Gehirn- und Rückenmarkflüssigkeit (Liquor cerebrospinalis) werden auf ihre Zusammensetzung untersucht. Dabei wird das Cholesterin im Blut ebenso gemessen wie der Zucker im Urin. Insgesamt werden weit über 200 verschiedene Substanzen bestimmt.
In der klinischen Chemie versucht man Krankheiten durch Messung verschiedenster Substanzen (Metabolite, Enzyme, Hormone, Vitamine usw.) in geeigneten Untersuchungsmaterialien wie Blut, Urin, Liquor cerebrospinalis usw. nachzuweisen.
Störungen des Stoffwechsels sind eine Domäne der klinischen Chemie, da sie oft nur so nachweisbar sind. Aber auch andere Erkrankungen können zu einer veränderten Zusammensetzung von Körperflüssigkeiten führen.