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Seit 2011 ist der Begriff des «Gewässerraumes» im Schweizerischen Gesetz verankert. Er regelt, wie gross der Freiraum entlang von Gewässern minimal sein soll. Bei Flüssen ist dieser Raum abhängig von ihrer Breite. Ein naturnaher und genügend grosser Gewässerraum ist von höchster Bedeutung für den Hochwasserschutz, die Wasserqualität, die Vernetzung der Lebensräume und damit für die Biodiversität. Der Gewässerraum bildet auch eine Pufferzone zu intensiv genutzten Flächen sowie einen Erholungsraum für die Bevölkerung. So muss die Landwirtschaft nahe an Seen oder Flüssen bestimmte Auflagen erfüllen, um Verschmutzungen der Gewässer durch Pflanzenschutz- oder Düngemittel zu vermeiden. Ohne Pufferstreifen können diese Schadstoffe sehr schnell auch in das Trinkwasser gelangen. Zudem darf nicht zu nah an Gewässern gebaut werden, um den Hochwasserschutz sicherzustellen. Die Hochwassergefahr könnte im Zuge der Klimaänderung zunehmen und die Bedeutung des Gewässerraumes noch weiter erhöhen.
Der aktuelle Entwurf der Revision der Gewässerschutzverordnung schlägt einen grösseren Spielraum in der Festlegung des Gewässerraumes vor. So soll bei «sehr kleinen» Gewässern auf die Ausscheidung dieses Raumes verzichtet werden können. Die Akademien der Wissenschaften lehnen diesen Vorschlag ab. Die sehr kleinen Gewässer gehören bereits jetzt zu den gefährdetsten Lebensräumen. Deshalb ist die Ausscheidung des Gewässerraumes zur Erhaltung ihrer Funktionen sehr wichtig. Zudem besteht schon aktuell ein grosser Handlungsspielraum in bereits bebauten Gebieten. Dieser darf nicht noch zusätzlich in weitere Gebiete ausgedehnt werden. Weiter kritisieren die Akademien die neue Formulierung für Ausnahmen. Diese sollten nur bei überwiegenden Interessen erfolgen dürfen. Die Akademien befürchten ansonsten grössere Störungen von aquatischen Ökosystemen wie Schilfbeständen an Seen. Stege oder weitere Anlagen sollen koordiniert geplant und gemeinsam genutzt werden.
Die Stellungnahme der Akademien der Wissenschaften Schweiz wurde durch eine Arbeitsgruppe bestehend aus ExpertInnen der Schweizerischen Hydrologischen Kommission, der Schweizerischen Gesellschaft für Hydrologie und Limnologie und des Forum Biodiversität der Akademie der Naturwissenschaften Schweiz erarbeitet.