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Die Entstehung von Resistenzen ist ein natürliches Phänomen, das es schon seit Urzeiten gibt. Resistenzen können durch Veränderung des bakteriellen Erbguts entstehen oder durch die Aufnahme von Resistenzgenen von andern Bakterien.
Im Vergleich zu nicht-resistenten Bakterien haben resistente Bakterien unter normalen Umständen eher Schwierigkeiten, sich durchzusetzen, da sie weniger lebenstauglich sind. Jedes Mal, wenn aber Antibiotika zum Einsatz kommen, erhalten resistente Bakterien einen Überlebensvorteil gegenüber nicht-resistenten Bakterien. Sie können überleben und sich vermehren. Der gestiegene Verbrauch von Antibiotika in der Human- und Tiermedizin hat die Verbreitung von Resistenzen beschleunigt.