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Die Hausratte ist die kleinere Verwandte der Wanderratte und stammt ursprünglich aus Süd- und Ostasien. Durch die Seefahrt wurde sie vermutlich schon in römischer Zeit nach Europa gebracht und später weltweit verbreitet. Als wärmeliebende Art bevorzugt sie im kühleren Mitteleuropa die Nähe menschlicher Behausungen wie z.B. trockene Wohn- und Vorratsgebäude. Die Hausratte ernährt sich von pflanzlicher Kost wie Getreide, Früchte und Samen. Getreidelager und Müllereien boten ihr früher ideale Lebensbedingungen, die durch die unhygienische Abfallsituation in den Gassen der Städte und Dörfer noch verbessert wurden.
Flöhe fallen vor allem durch ihre enorme Sprungkraft auf, die das 2 bis 3 mm kleine Insekt dank ihren kräftigen Hinterbeinen bis zu 30 cm hohen und 50 cm weiten Sprünge befähigt. Flöhe leben als parasitische Blutsauger auf ihren Wirtstieren. In menschlicher Umgebung treten verschiedene Floharten auf: Der Menschenfloh als Parasit des Menschen, der Hunde- und der Katzenfloh, die auf dem jeweiligen Haustier parasitieren, aber auch auf den Menschen überspringen können. Unter den verschiedenen Floharten, die auf Nagetieren leben, sei speziell der Indische Rattenfloh erwähnt, der an Haus- und Wanderratten zu finden ist.
Der Bazillus Yersinia pestis ist der dritte Organismus im Bunde, den es braucht, um die gefürchtete Pest auszulösen. Er ist der eigentliche Erreger der Seuche, die ursprünglich eine Krankheit von wildlebenden Nagetieren war. Als Überträger dient der Rattenfloh, der von Nagern auch auf den Menschen überspringt und bei seinem Stich den Bazillus überträgt. Von Mensch zu Mensch kann auch der Menschenfloh als Vektor dienen. Die Pest existiert in zwei Formen: die häufigere Beulenpest mit einer Sterblichkeit von 20 bis 75 Prozent und die meist tödliche Lungenpest. Die zweite kann auch ohne Flöhe als Tröpfcheninfektion übertragen werden.
Im späten Mittelalter und in der frühen Neuzeit (14. bis 17. Jh.) waren die Bedingungen für Pestepidemien ideal. In den Städten und Dörfern fand die Hausratte gute Lebensbedingungen: Nahrungsvorräte waren in den Getreidelagern gut zugänglich, Abfälle wurden um die Häuser liegen gelassen, offene Fliessgewässer dienten der Abfallentsorgung. Mensch und Ratte lebten nah aufeinander und mit ihnen die Flöhe. Auch die Flohlarven konnten sich auf den oft schmutzigen Hausböden gut entwickeln, ernähren sie sich doch von toten tierischen und pflanzlichen Überresten. Hunde, Katzen, Schweine und Hausgeflügel sowie die Grossviehhaltung auch in städtischen Verhältnissen trugen zu den paradiesischen Bedingungen für Ratte und Floh bei.
Die Pest trat in eigentlichen Seuchenzügen auf, die sich durch grosse Teile Europa zogen und dann wieder abklangen. Oft begannen die Pestepidemien in Hafenstädten und verbreiteten sich über die Handelsrouten ins Binnenland. Dabei spielte Basel als Handelsstadt am Rhein eine wichtige Rolle und fungierte als Einfallstor der Pest in die Schweiz. So gelangten infizierte Ratten und Menschen mit Schiffen nach Basel. Der Kornimport aus dem Elsass und aus Baden in die Schweiz lief über Basel. Die Basler Rheinbrücke war ein Knotenpunkt für Handelswaren und deren Händler. Von Basel aus besuchten Kaufleute die Märkte in der näheren Umgebung und brachten die Pest auch in die Kleinstädte der Region. Die Bedeutung Basels zeigt sich auch daran, dass zwischen 1563 und 1668 die Stadt von keinem der Pestzüge verschont blieb.
Erfolge in der Pestabwehr brachten erst politische Massnahmen wie die Schaffung von Sanitätsräten und Pestreglementen (Pesttraktate). Verkehrswege wurden gesperrt und Personen mussten beweisen, dass sie sich in den vergangenen Wochen nicht in Pestgebieten aufgehalten hatten. Über Pestorte wurde der «Bando» ausgesprochen, das heisst eine Grenzsperre errichtet. Wegweisend für diese Entwicklung waren norditalienische Städte wie Mailand und Venedig. Diese waren es auch, die die katholische Innerschweiz unter Druck setzten, diese Reglemente ebenfalls durchzusetzen. Während der letzten Pestwelle in der Schweiz von 1665–70 blieb die Innerschweiz dann auch pestfrei, während Basel als wichtige Handelsstadt weniger konsequent verfuhr und auch von dieser Epidemie nochmals heimgesucht wurde.
Pestzüge waren für die heimgesuchten Orte und Landstriche zweifellos dramatische Ereignisse, welche die Bevölkerung in Angst und Schrecken versetzten. Dem Pestzug von 1628/29 fielen beispielsweise in Rümlingen mehr als ein Drittel der Einwohner zum Opfer. Die Pest führte in den drei Pestjahrhunderten zu einer sägeblattartigen Bevölkerungsentwicklung. Trotzdem ist die demographische Bedeutung der Pest nicht ganz klar. Es zeigte sich nämlich, dass nach überstandenen Pestjahren die ursprüngliche Bevölkerungszahl in erstaunlich kurzer Zeit wieder erreicht wurde. Dies konnte durch Zuwanderung geschehen. Bedeutender war jedoch die erhöhte Zahl von Eheschliessungen und damit verbunden, eine höhere Geburtenrate. So reichten je nach Schwere des Pestzuges 5 bis 15 Jahre aus, um die ursprüngliche Bevölkerungszahl wieder zu erreichen.
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