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Doctorant-e-s FNS
Contrairement aux assistant-e-s, les doctorant-e-s financé-e-s par le Fonds national suisse (FNS) peuvent en principe consacrer l'entier de leur taux d'activité à leur thèse.
Toutefois, les barèmes salariaux du FNS qui déterminent leur rémunération sont nettement plus bas que ceux des assistant-e-s engagé-e-s sur les fonds propres des universités. La durée d'engagement peut également être plus courte.
Les universités disposent d'une marge de manoeuvre et chacune a sa propre gestion des engagements et des salaires des doctorant-e-s engagé-e-s sur des fonds du FNS. Ainsi, dans certains cas, des postes de doctorant-e FNS sont complétés par des postes d'assistant-e d'Etat, dans d'autres une indemnité de compensation est attribuée contre une charge d'enseignement et de recherche, etc.
Sauf mention explicite dans les règlements et directives des universités d'engagement, c'est le Code des obligations (CO) qui règle le contrat de travail des doctorant-e-s FNS. Le CO est moins avantageux, notamment en termes d'assurances sociales et de congés (vacances, maternité, parental, etc.), que les réglementations cantonales et des universités auxquelles sont soumises les assistant-e-s.