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Benedikt Habermeyer studierte und promovierte an der RWTH Aachen. Dort liess er sich zunächst zum Neurologen weiterbilden. Ab 2005 war er dann an den Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) tätig und wurde dort 2009 zum Oberarzt der Privatklinik ernannt.
Nach seinem Wechsel an die Psychiatrische Universitätsklinik Zürich (PUK) war er von 2011 bis 2013 als Oberarzt in der Akutpsychiatrie der PUK tätig und absolvierte parallel dazu eine Weiterbildung als CBASP-Therapeut. Anschliessend arbeitete er ab 2013 als Oberarzt an der Tagesklinik Militärstrasse des Zentrums für Soziale Psychiatrie der PUK. Im Rahmen dieser Tätigkeit implementierte er erfolgreich verschiedene störungsspezifische Psychotherapieverfahren im tagesklinischen Setting. Während seiner langjährigen Tätigkeit an den UPK Basel und der PUK Zürich konnte er umfangreiche Erfahrungen in der stationären und ambulanten Behandlung von psychiatrischen Störungen sammeln.
Seit 2014 und bis zu seinem Wechsel zu den Psychiatrischen Diensten Aargau AG (PDAG) 2017 hatte Benedikt Habermeyer die stellvertretende Leitung des Zentrums für Soziale Psychiatrie der Klinik für Psychiatrie, Psychotherapie und Psychosomatik an der PUK inne. Von 2016 bis 2017 leitete er zudem die Gutachtenstelle der PUK für zivilrechtliche Fragestellungen.
2017 übernahm Benedikt Habermeyer die Leitung des Zentrums für Abhängigkeitserkrankungen (ZAE) der PDAG. Im Dezember 2018 wurde ihm dann die Leitung des Zentrums für Psychiatrie und Psychotherapie ambulant (ZPPA) übertragen.