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Le rhume des foins est déclenché par le pollen, par exemple celui des arbres, des graminées, des céréales ou encore des herbes. Ce n'est pas le pollen en lui-même qui est à redouter, mais les protéines qu'il contient. L'organisme de la personne allergique y est hypersensible; s'il entre en contact avec le pollen, il donne l'alerte. La formation d'anticorps se met en marche, ce qui libère l'histamine, le transmetteur qui déclenche le rhume allergique.
Chez l'enfant, le rhume des foins est souvent déclenché par quelques espèces végétales seulement: de janvier à avril, par le pollen des arbres comme le noisetier, l'aulne, le bouleau et le frêne; en juin et juillet, par le pollen des graminées et des céréales; et en août, par le pollen des herbes comme l'armoise et les chénopodes. Les mois de mai et de juin sont souvent la haute saison pour le vol de pollen. Pour s'y retrouver, les parents peuvent se référer à un calendrier pollinique indiquant quel pollen vole à quel moment.