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In den Jahren 2006- 2016 wurden diverse Professuren und Spezialräume in verschiedenen Etappen erstellt. Für die ersten Bauetappen bis Mitte 2008 war die Syngenta AG Auftraggeberin mit der ETH D-BSSE als Mieterin. Nach dem Eigentümerwechsel trat die ETHZ als Auftraggeber auf. Das Büro WIRTH+WIRTH als Generalplaner betreute die Umbauetappen für die unterschiedlichen Forschungsgruppen und Professuren sowie die Anpassungen von technischen Infrastrukturen, welche alle bei laufendem Betrieb ausgeführt wurden.
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Allgemeine strukturelle Anpassungen: Auf eine einheitliche Neugestaltung im gesamten Gebäude wurde trotz der unterschiedlichen Etappen Wert gelegt. Das Augenmerk galt der Gestaltung der Kommunikations- und Erschliessungsräume. Im 7. und 8. Obergeschoss wurden bestehende Büroräume renoviert. Im 7. Obergeschoss wurde ein grosser, ehemals als Archiv genutzter Raum in eine Cafeteria, mit wichtiger kommunikativer Funktion für die Nutzer, umgestaltet.
Das bestehende 6. Obergeschoss, als Technik und Lagergeschoss genutzt, erfuhr nur kleinere Anpassungen. In den typischen Laborgeschossen, vom 1. bis ins 5. Obergeschoss, wurde eine Grundaustattung der Labore und sonstigen Arbeitsräume vorgesehen. Je nach Bedarf der einzelnen Forschungsgruppen und Professuren erfolgten die individuellen Ergänzungen und Anpassungen der Einrichtungen.
Im Erdgeschoss wurde ein neuer Eingang zur Mattenstrasse geschaffen, sowie Seminarräume und Sitzungszimmer eingebaut. Bestehende Labore im Erdgeschoss wurden saniert. Im 1. Untergeschoss wurden weitere Labore, Geräteräume, Mikroskopier-, Roboter-, Rein- und sonstige Infrastrukturräume für die Forschung eingebaut. In ehemaligen Lagerräumen des 2. Untergeschosses wurde ein hochtechnisiertes Mikroskopierzentrum CINA eingebaut.