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Le vicende che hanno caratterizzato la formazione delle rocce delle Gole della Breggia iniziano già nel tardo Triassico (~200 milioni di anni or sono). La zolla del continente africano era allora separata da quella eurasiatica da un oceano chiamato Tetide. A causa del progressivo allontanamento dei due blocchi continentali, la Tetide andò allargandosi. Il fondo oceanico, soggetto a enormi tensioni, si fratturò in più punti e contemporaneamente sprofondò sotto il peso dei sedimenti che si andavano man mano accumulando, dando origine al bacino di sedimentazione della geosinclinale alpina.
Le sequenze sedimentarie depositatesi sulle microzolle che fanno parte del bordo settentrionale della placca africana sono state fortemente influenzate dalle vicende avvenute all'interno del più ampio oceano della geosinclinale alpina. Infatti, una tettonica di dilatazione molto intensa come pure l'accentuata subsidenza in relazione all'apertura di microoceani all'interno della Tetide formarono la cosiddetta "Soglia di Lugano" a ovest dell'area di sedimentazione del Mendrisiotto e, verso Est, il "Bacino del Generoso". La sedimentazione di tutta l'area è stata influenzata soprattutto da un complicato sistema di blocchi inclinati, separati da faglie subverticali e in diretta relazione con una intensa tettonica dilatativa.
Al limite fra Triassico e Giurassico esistevano, in corrispondenza della "Soglia di Lugano" e nella parte immediatamente adiacente verso la fossa, condizioni di vita marina e di sedimentazione tipiche per un ambiente di acque poco profonde. Queste acque relativamente temperate ospitavano una ricca fauna. Il bordo della soglia, che costituiva la scarpata verso il più profondo bacino, era formato da un complesso sistema di faglie sinsedimentarie. Testimonianze di queste vicende avvenute 180 milioni di anni or sono vengono ottimamente rappresentate nelle rocce e nei fossili della regione di Arzo-Tremona-Besazio.
Verso Est, a pochissimi chilometri di distanza, le condizioni di vita e di sedimentazione erano completamente diverse. L'estrema instabilità del fondo marino ebbe come diretta conseguenza lo sviluppo dei diversi sistemi di fratture già citati; inoltre la ripidità della scarpata e l'accumulo di sedimenti in condizioni precarie comportò il distacco, dalla soglia verso il bacino, di grandi masse detritiche. I sedimenti accumulatisi in questo profondo bacino sono oggi rappresentati dalle rocce del Monte Generoso e delle Gole della Breggia. La conferma dell'ipotesi, ventilata dai geologi negli anni '60 che gran parte delle rocce dei Monte Generoso e della Breggia sarebbero state sedimentate in ambiente oceanico, venne in seguito fornita dalle trivellazioni eseguite sul fondale marino al largo della Florida e della costa nordfricana. Infattii, in queste trivellazioni furono rinvenute strutture e materiali analoghi.
Le numerose strutture sinsedimentarie (contemporanee alla sedimentazione) sono la testimonianza diretta di questi fenomeni tettonici. Fra le principali strutture sinsedimentarie possono essere citati ad esempio i resti di importanti scivolamenti gravitativi subacquei, dove interi pacchetti di sedimenti di consistenza plastica sono slittati deformandosi in maniera caotica.
Bellissimo esempio di slumping (frana sottomarina) nei calcari e marne a lamellibranchi pelagici.
Un secondo esempio è costituito dalle rocce a sedimentazione gradata (componenti più grossolane alla base del sedimento, componenti più fini nella parte superiore) presenti un po' ovunque nelle Gole della Breggia, che testimoniano la presenza durante ere geologiche passate di grandiose frane.