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Basierend auf dem Kapselprotein VP6 werden Rotaviren in 9 Typen (A-I eingeteilt). Rotavirus Typ A (RVA) ist der häufigste Durchfallerreger sowohl bei Kindern als auch bei Neonaten verschiedenster Tierspezies. Es kommt zu einer Infektion mit einem speziesspezifischen RVA, bei Pferden dem equinen Rotavirus Typ A (ERVA). Zoonotische Übertargungen unter Übertragungen zwischen verschiedenen Spezies sind aber ebenfalls möglich. Das segmentierte Genom des Rotavirus erlaubt einen Austausch oder Neuanordnung der verschiedenen Elemente und so die Entstehung von neuen Varianten, die dann auf andere Spezies überspringen können. Auch Rotavirus Typ B (RVB), Typ C (RVC) und Typ H (RVH) können zu Durchfall bei verschiedenen Säugetierneonaten führen. Anders als Typ A kann Typ B neben Kindern auch bei Erwachsenen zu seuchenhaften Cholera-ähnlichen Durchfällen führen. Auch bei Wiederkäuern und Schweinen wurde RVB bereits in Einzelfällen und Ausbrüchen nachgewiesen. Beim Pferd ist sehr wenig über RVB bekannt.