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La Pipistrelle commune est une espèce omniprésente sur l’ensemble du canton. Etant une espèce très opportuniste, elle chasse de petits insectes autant sous les lampadaires au centre des villages que dans le milieu forestier, lacustre ou en montagne.
Ses gîtes se situent principalement dans des bâtiments, avec une préférence pour l’entretoit, juste sous les tuiles. On la retrouve cependant aussi fréquemment dans les caissons de stores ou derrière des volets.
On estime à une centaine le nombre de colonies de mise-bas présentes dans le canton de Neuchâtel, avec certainement un minimum d’une par village. Les trois plus importantes colonies connues actuellement se situent dans le Val-de-Travers et regroupent jusqu’à 250 individus ! Une vingtaine d’autres colonies comptant au moins une centaine d’individus sont réparties dans presque toutes les régions.