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Die frühmittelalterliche Pfarrkirche St. Martin und ihr Friedhof, welche um 1100 erbaut wurden, stehen auf den Überresten eines römischen Gutshofes oder Lagergebäudes aus dem 1. bis 4. Jahrhundert. Nur 200 Jahre später wurde dieses bis auf die Grundmauern abgetragen und auf den Fundamenten eine neue, spätromanische Kirche erbaut. Diese bildete den Kernbau für die nachfolgenden Umbauten der Kirche.
Die Kirchgemeinde Busskirch umfasste die die Stadt Rapperswil und Kempraten. 1253 trat Graf Rudolf III. von Rapperswil sein Patronatsrecht an das Kloster Pfäfers ab, um die Stadtkirche von Rapperswil freizubekommen, die zur Pfäferser Pfarrei von Busskirch gehörte. 1369 wurde die Kirche des Klosters Mariazell-Wurmsbach zum Gebiet der Pfarrkirche von Busskirch zugeschlagen. 1482–1483 wurde die Kirche durch den Anbau eines gotischen Chores und des Turms umgestaltet. Damit hatte das Gotteshaus seinen heute noch sichtbaren Baubestand erreicht.
1656 zerstörten die Zürcher während der Belagerung von Rapperswil die spätgotische Ausstattung der Kirche .1848 wurde das Kirchenschiff im klassizistischen Stil umgestaltet und im Westen um ein Fensterjoch erweitert. Das Beinhaus wurde 1850 abgebrochen. Die neugotische Altareinrichtung von 1905 stammt von den Gebrüdern Müller aus Wil SG.
Die unter der Kirche liegenden römischen Ausgrabungen können besichtigt werden.