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Aus den Inventaren der Trockenwiesen und -weiden, der Hoch- und Flachmoore sowie der Auen von nationaler Bedeutung wurden rund 800 Biotope ausgewählt. In diesen werden in regelmässigen Abständen von sechs Jahren umfangreiche Vegetationserhebungen durchgeführt. Aus den Vegetationsdaten abgeleitete Indikatoren dienen der Interpretation von Zustand und Entwicklung dieser Biotope.
Um eine gleichmässige Verteilung von Vegetationstypen in biogeografischen Regionen und entlang von Höhengradienten zu gewährleisten, wurde eine gewichtete Zufallsstichprobe von Biotopen von nationaler Bedeutung ausgewählt. Dabei wurden seltene Vegetationstypen höher gewichtet als häufige. Die Stichprobe umfasst etwa 400 Trockenwiesen und -weiden, 260 Hoch- und Flachmoore und 125 Auen von nationaler Bedeutung. In diesen Biotopen wurden im ersten Erhebungszeitraum von 2011 bis 2017 rund 7000 kreisförmige, 10 m2 grosse Dauerflächen angelegt. In diesen Flächen werden im Abstand von sechs Jahren alle Gefässpflanzen erfasst. Darüber hinaus werden in Auen Sträucher und Bäume in einer zweiten 200 m2 grossen Fläche (konzentrisch zur 10 m2 Dauerfläche) aufgenommen. In Hoch- und Flachmooren werden zudem auch bodenbewohnende Moose erfasst.
Die Daten erlauben es für die ganze Schweiz und ihren biogeografischen Regionen, Rückschlüsse auf ökologische Veränderungen und deren Ursachen zu ziehen (z.B. Eutrophierung, Intensivierung/Extensivierung, Sukzession). Entsprechend zur WBS wird die Vegetation auch in weiteren Bundesprogrammen wie dem Biodiversitäts-Monitoring (BDM) und dem Monitoring Arten und Lebensräume Landwirtschaft (ALL-EMA) erhoben. Die drei Programme ergänzen sich perfekt. Während das BDM ein zufälliges Bild der „Normallandschaft“ (inkl. Siedlungen) wiedergibt und ALL-EMA ein breites Spektrum an landwirtschaftlich genutzten Flächen mit unterschiedlichen Landnutzungsintensitäten abdeckt, spiegelt die WBS seltene Vegetationstypen mit unterschiedlichen ökologischen Bedingungen in Schutzgebieten wider: von sehr trockenen Steppen in den inneralpinen Trockentälern über trockene bis mesophile Vegetationstypen bis hin zu Feuchtgebieten, Auenwäldern, Hoch- und Flachmooren. Zusammen decken die drei Programme wichtige ökologische Gradienten sowie unterschiedliche Landnutzungsintensitäten in verschiedenen Lebensraumtypen der Schweiz ab. Dies ermöglicht Syntheseauswertungen zu weitreichenden Fragestellungen von breitem Interesse.
Die floristischen Daten der WBS werden den nationalen Datenzentren Info Flora (Nationales Daten- und Informationszentrum der Schweizer Flora) und Swissbryophytes (Datenzentrum Moose Schweiz) zur Verfügung gestellt und sind damit für andere nationale Projekte zugänglich, wie für die Revision der Roten Listen. Die Kantone haben über das Virtuelle Datenzentrum (VDC) Zugriff auf die Daten. Darüber hinaus stehen Daten auf Anfrage für spezifische Forschungsprojekte zur Verfügung.