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Um das reichhaltige paläontologische Kulturgut zu fördern, arbeitet Paléojura eng mit verschiedenen jurassischen Akteuren zusammen, die aktiv in der Forschung und am Erhalt der paläontologischen Funde mitarbeiten.
Das Jurassische Museum für Naturwissenschaften in Porrentruy ist insbesondere für die Erhaltung des natürlichen Kulturguts im Jura verantwortlich. Das MJSN ist dem kantonalen Amt für Kultur unterstellt und ist ausserdem für die Erhaltung und die Verwaltung der im Rahmen der Ausgrabungen entlang der A16 zu Tage geförderten paläontologischen Funde zuständig. Zahlreiche Aktivitäten von Paléojura werden in enger Zusammenarbeit mit dieser Institution angeboten.
Die Paläontologie A16 ist Teil der Abteilung Archäologie und Paläontologie des Amtes für Kultur und führt seit dem Jahr 2000 die paläontologischen Ausgrabungen und wissenschaftlichen Recherchen entlang der Autobahntrasse der A16. Ihr Ziel ist es, das paläontologische Kulturgut vor dem Bau der Autobahn zu sichern, analysieren und erforschen. Sie hat ausserdem die Entstehung eines nationalen und internationalen wissenschaftlichen Austauschs und die Entwicklung technischer paläontologischer Kompetenzen ermöglicht.
Die in Glovelier ansässige Fondation paléontologique jurassienne (FPJ), wurde im Jahre 2002 gegründet. Der Kanton Jura wird darin offiziell durch den Konservator des Jurassischen Museums für Naturwissenschaften vertreten. Die Stiftung hat eine bemerkenswerte Sammlung von über 40'000 Fossilien zusammengestellt und verfügt über fundierte Kenntnisse der jurassischen Geologie.