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L’application de l’Inventaire fédéral des sites construits d’importance nationale à protéger en Suisse (ISOS) dans le cadre de tâches fédérales est réglée dans l’art. 6 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Pendant des décennies, la question de savoir si l’ISOS devait également être pris en considération hors de l’accomplissement des tâches fédérales est restée controversée, mais le Tribunal fédéral a pris une décision de principe en 2009 dans un arrêt sur le cas Rüti (ZH) (ATF 135 II 209). Il a considéré que l’ISOS ne devait pas seulement être pris en compte dans l’accomplissement des tâches fédérales, mais également dans l’accomplissement des tâches cantonales et communales. Il a fait valoir que, de par sa nature, l’ISOS peut être assimilé aux conceptions et plans sectoriels au sens de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire (LAT) et que les principes valant pour ces instruments de planification doivent par conséquent être appliqués par analogie. Les cantons doivent donc prendre en compte l’ISOS dans leurs plans directeurs. Les plans directeurs étant contraignants pour les autorités, les objectifs de protection de l’ISOS doivent également être considérés dans les plans d’affectation.
Depuis la décision du Tribunal fédéral, l’obligation pour les cantons et les communes de prendre en compte l’ISOS a été abondamment discutée et commentée. Elle s’est désormais imposée dans la pratique et a été confirmée par la jurisprudence. L’arrêt du Tribunal fédéral est intégré dans l’art. 11 de l’ordonnance sur l’ISOS (OISOS).