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Quellen sind Grundwasseraustritte und stellen den Übergangsbereich zwischen dem Grundwasser und dem Oberflächenwasser dar. Abgesehen davon, dass sie wichtig für unser Trinkwasser sind, bilden sie auch einen wertvollen Lebensraum für viele Pflanzen und Tiere. Dieser Lebensraum beinhaltet den Wasseraustritt, den Quellbach sowie dessen direkte Umgebung. Das Grundwasser ist nährstoffarm und zeichnet sich duch seine relativ konstanten Eigenschaften aus (zum Beispiel in Bezug auf die Temperatur), was auch für die Quellen gilt. Das Vorhandensein eines Quell-Lebensraums ohne Beeinträchtigungen ist für die hier lebenden Pflanzen- und Tiergemeinschaften wichtig. Zusätzlich spielt die Vielfalt an Substraten (Steine, Kiesel, Sand) eine wichtige Rolle. Zahlreiche Eintagsfliegen-, Steinfliegen- und Köcherfliegenarten sind auf diesen Lebensraum spezialisiert. Die Tiere bewohnen das Grundwasser, den Quellbach und die feuchten Gebiete um den Wasseraustritt. Trotz ihrer geringen Grösse stellen Quellen abwechslungsreiche Lebensräume für zahlreiche bedrohte Arten dar.
Die Morphologie, Besonnung und die physisch-chemischen Eigenschaften des Wasser sind Faktoren, die die Artenzusammensetzung in der Quelle und deren Umgebung bestimmen. Sturzquellen sind häufig artenreich, da die Quellbewohner hier auf Bachbewohner treffen. Sickerquellen werden von stark spezialisierten Arten bewohnt, denen ein Wasserfilm von einigen Millimetern ausreicht.
Durch ihren hohen Spezialisierungsgrad sind die in den Quellen lebenden Tiere sehr anfällig für Veränderungen in ihrem Umfeld und stellen daher gute Bioindikatoren dar. Von den Wirbeltieren hält sich nur der Feuersalamander (Salamandra salamandra) regelmässig in Quellen auf. Bei den Wirbellosen trifft man Larven der Gestreiften Quelljungfer (Cordulegaster bidentata, eine Libellenart) an, deren Entwicklung hauptsächlich in Quellen stattfinden und bis zu fünf Jahre dauern kann. Der Alpenstrudelwurm (Crenobia alpina) ist ein glaziales Relikt und in alpinen Quellen vorhanden. Er weist auf eine gute Wasserqualität hin und ist ein Jäger, der sich von anderen in der Quelle lebenden Tieren ernährt.
Abgesehen von diversen Kieselalgen, findet man verschiedene Pflanzengesellschaften in den feuchten Bereich beim Quellaustritt, je nach Lebensraumtyp und geologischer Situation. Kalkquellen sind häufig von Cyanobakterien und Moosen bewachsen, die das Kohlendioxid für die Photosynthese verwenden und so die Ausfällung von Kalk beschleunigen, so dass sie mithelfen, Kalkformationen zu schaffen. Mit der Zeit können diese Kalktuffformationen eindrückliche Kaskaden bilden. Da der Kalk nicht nur das Substrat, sondern auch die Tiere und Pflanzen bedeckt, braucht es wichtige Anpassungsfähigkeiten, um in einer Kalkquelle leben zu können.
Die aquatischen Arten der Quellen sind normalerweise an das kalte Wasser gebunden und verschwinden, wenn man sich vom Quellaustritt entfernt, da sich das Wasser erwärmt. Einige dieser Arten sind Überbleibsel der Eiszeit und sind in Europ nur in Skandinavien und in alpinen Quellen anzutreffen. Während der letzten Eiszeit lebten sie in einem offenen eisfreien Bereich, der mehrere Kilometer breit war und sich zwischen Nordeuropa und den Alpen befand. Als die Gletscher geschmolzen sind, haben sich diese Arten nach Skandinavien und in die Alpen zurückgezogen.
Im Umfeld der Quelle gibt es einen durchnässten Bereich, der von einer sehr dünnen Wasserlinse überzogen ist. Die Tiere, die diesen Lebensraum besiedeln, haben eine abgeflachte Form und trocknen nicht aus. Der Vorteil des Lebensraumes ist, dass er sauerstoffreich ist. Hingegen unterliegt er grossen Temperaturschwankungen. Im Wald wird er durch Zersetzer besiedelt, die sich von toten Blättern ernähren.
Die Quellen sind als Lebensraum stark bedroht, es verbleiben nur noch wenige Quellen in natürlichem Zustand. Die noch vorhandenen natürlichen Quellen sind anfällig für menschliche Aktivitäten (Landwirtschaft, Urbanisierung) und der Mangel an Daten macht es schwierig, sie zu schützen. Das Amt für Wald und Natur erstellt darum aktuell ein Inventar der natürlichen Quellen auf dem Kantonsgebiet. Ziel ist es, Daten über den aktuellen Zustand der nicht gefassten Quellen zu erhalten und sie mit der vom BAFU entwickelten Methode zu bewerten. Im 2018 wurden mehr als 600 bekannte Quellen aufgesucht und 200 natürliche Quellen wurden bewertet. Diese Daten werden in die Datenbank MIDAT-Sources integriert und das Inventar wird 2019 weitergeführt.