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Das NFP hat den Auftrag, Methoden und Strategien für ein kontinuierliches Überwachungssystem zu entwickeln und eine Übersicht über die gegenwärtige Situation der Antibiotikaresistenz in der Schweiz bei Bakterien, die von Mensch und Tier, aus der Landwirtschaft, aus Lebensmitteln und aus der Umwelt herstammen, zu erstellen. Die Mobilität von resistenten Bakterien und Resistenzgenen und die daraus resultierende Gefahr für zukünftige Therapien soll evaluiert werden. Die sozialen, rechtlichen, ethischen und wirtschaftlichen Konsequenzen der Bildung von Resistenzen auf Antibiotika und einer allfälligen Neureglementierung des Antibiotikaeinsatzes sollen abgeschätzt werden.
Für die Durchführung dieses multidisziplinären Programms steht ein Betrag von 12 Millionen Franken für die Dauer von 5 Jahren zur Verfügung.