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Dans l'agroforesterie dynamique, le cacao est cultivé dans un environnement semblable à la forêt tropicale, son milieu d'origine. Les producteurs cultivent leur cacao en association avec d'autres plantes utiles (p. ex. bananes, mangues, manioc) et de très grandes essences d'arbres précieuses (p. ex. l'acajou). Les différentes cultures interagissent entre elles: les plantes hautes qui recherchent la lumière protègent celles qui aiment l'ombre; certaines plantes fournissent à leurs voisines les nutriments indispensables à leur croissance. Dans cette culture mixte équilibrée, le cacaoyer pousse dans des sous-bois ombragés et humides. Grâce à cet environnement bénéfique, il fournit davantage de fruits et se montre plus résistant aux maladies, aux parasites et aux phénomènes climatiques extrêmes.
L'agroforesterie dynamique implique l'émondage permanent des différentes plantes. Cela génère de grandes quantités de matières organiques qui, à l'inverse de ce qui se passe en monoculture, ne sont ni jetées ni brûlées, mais laissées sur place comme paillis. Ainsi, le sous-sol ne se dessèche pas et les éléments nutritifs retournent dans le sol. Un cycle fermé qui ne nécessite donc ni engrais chimiques ni pesticides.
Le projet Madagascar est mené par Chocolats Halba et Coop en collaboration avec l'ONG américaine Wildlife Conservation Society (WCS) et le zoo de Zurich.