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Die Sitter ist einer der grössten und wichtigsten Flüsse in der Ostschweiz. Sie fliesst auf über 70 Kilometern durch vier Kantone. Ihr Einzugsgebiet hat eine Fläche von etwa 340 km² und ist damit doppelt so gross wie der Kanton Appenzell I.Rh. Die grössten Siedlungsgebiete entlang des Flusses sind die Dörfer Appenzell und Teufen, die westliche Hälfte der Stadt St. Gallen, Abtwil, Wittenbach und Bischofszell. Vor allem durch zahlreiche Kraftwerks- und Abwasserreinigungsanlagen wird sie streckenweise intensiv genutzt, dient aber gleichzeitig auch als wichtiger Natur-, Lebens- und Erholungsraum. Es ist daher wichtig, dass sowohl die Nutzungen als auch der Schutz über die Kantonsgrenzen hinaus aufeinander abgestimmt werden.
Die Sitterkommission wurde bereits im Jahr 1986 ins Leben gerufen, um die Anforderungen an die ARA über die Kantonsgrenzen hinaus aufeinander abzustimmen. Heute widmet sich die Kommission dem ganzheitlichen Schutz und der Koordination der Nutzungen. Mitglieder sind Vertreter von Gewässerschutz-, Fischerei-, Wasserbau-, Naturschutz- und Land- und Forstwirtschaftsfachstellen der kantonalen Behörden der vier Sitterkantone AI, AR, SG und TG, aber auch der Stadt St. Gallen und der SAK (St. Gallisch-Appenzellische Kraftwerke AG). Hauptaufgaben der Kommission sind die koordinierte Überwachung und Beurteilung des Zustands der Sitter, das Aufzeigen von Handlungsbedarf zur Erhaltung oder Verbesserung der Gewässerqualität sowie das Initiieren und die Erfolgskontrolle von Massnahmen.