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Genetische "linkage maps" sind essential für komparative Genomik. In dieser Studie haben wir Marker via "restriction-site associated DNA (RAD) sequencing" identifiziert und genotypisiert und so eine genetische "linkage map" erstellt, die auf 1,597 SNP Marker einer interspezifischen F2 Kreuzung zweier nah verwandten Lake Victoria Cichliden (Pundamilia pundamilia und P. sp. ‘red head’) basiert.
Diese hoch-aufgelöste "linkage map" wurde dazu benutzt, die "Gerüste" (scaffolds) des Pundamilia Genoms zu verankern und Rekombinationsraten entlang des Genoms zu schätzen. Via QTL mapping haben wir einen grossen Locus für Geschlechtsbestimmung in einer ~1.9 Mb grossen Region auf der Pun-LG10 identifiziert, welche homolog zu jener von Oreochromis niloticus LG 23 (Ore-LG23) ist und welche ein Gen (amh) enthält, das bei verschiedenen Wirbeltier-Arten bekannten für die Geschlechtsbestimmung verantwortlich ist.