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La pneumonie à Pneumocystis jirovecii est une infection opportuniste qui touche les patients immunosupprimés. Son diagnostic repose sur la mise en évidence, par examen direct, du pathogène dans des sécrétions pulmonaires. La sensibilité de cet examen reste insuffisante, en particulier chez les patients non VIH. L’examen par immunofluorescence n’améliore pas significativement la sensibilité.
La sensibilité de la PCR est excellente mais ne permet pas de distinguer la colonisation de l’infection. Elle peut donc se révéler faussement positive chez un patient porteur et souffrant d’une pneumonie due à un autre pathogène.
L’utilisation de la PCR quantitative et du β-D-glucan sérique peut s’avérer utile pour le diagnostic de pneumonie chez les patients immunosupprimés.
Cet article passe en revue les différents moyens pour le diagnostic de cette infection.
Le Pneumocystis est un pathogène opportuniste, non cultivable, classé d’abord parmi les protozoaires puis, à la lumière de ses composants génétiques et cellulaires dans les champignons. Il a été mis en évidence chez différents animaux puis chez l’homme avec une spécificité pour chaque espèce. C’est pour cette raison que son nom a changé. Appelé d’abord P. carinii, en mémoire de A. Carini qui l’a décrit chez le rat, il a été rebaptisé, en 1999 P. jirovecii en hommage au pathologiste P. Jirovec qui l’a mis en évidence en premier chez l’homme.
Chez l’homme, P. jirovecii est responsable de pneumonie dans un contexte d’immunosuppression grave. Les premiers cas ont été décrits, peu avant et après la Seconde Guerre mondiale, chez des enfants prématurés ou dénutris. Avant 1981, cette infection opportuniste (IO) était rare et survenait essentiellement chez des patients traités pour des hémopathies malignes. Son incidence a explosé avec l’épidémie de l’infection VIH. Ce fut d’ailleurs cette IO qui permit la description du syndrome d’immunodéficience acquise (sida), avant que le VIH ne soit connu. Grâce à la prophylaxie primaire et à l’efficacité des traitements antirétroviraux, la pneumonie à Pneumocystis jirovecii (PPJ) est devenue exceptionnelle chez les patients VIH. Son incidence a par contre augmenté dans d’autres formes d’immunosuppression, avec une présentation clinique différente, un diagnostic plus difficile et un pronostic plus sombre.
Ces différents points sont passés en revue dans cet article.
La PPJ chez le patient VIH est devenue exceptionnelle chez nous et se rencontre le plus souvent comme première manifestation d’une infection VIH non connue ou alors chez des patients refusant le traitement antirétroviral et la prophylaxie. Les différents traitements immunosuppresseurs de longue durée ou irréversibles, utilisés chez un nombre de patients toujours plus importants, non seulement en oncologie mais également pour des maladies immunologiques ou en médecine de transplantation, constituent le facteur de risque le plus élevé pour cette IO.
Les facteurs de risque principaux figurent dans le tableau 1.
Le malade souffrant d’une PPJ se plaint classiquement de fièvre, d’une toux sèche et de dyspnée, d’abord à l’effort puis au repos. Alors que chez le patient VIH l’évolution est subaiguë, parfois sur plusieurs semaines, dans les autres formes d’immunosuppression la PPJ est d’apparition aiguë, parfois rapidement défavorable. L’examen physique est non spécifique et l’auscultation pulmonaire le plus souvent normale. Rarement (2-4%), la PPJ peut se présenter par une dyspnée aiguë et une douleur thoracique respiro-dépendante traduisant un pneumothorax. Cette présentation se voit surtout chez les patients sous prophylaxie par aérosol de pentamidine. Dans ce contexte, l’infection se développe plutôt en périphérie, en particulier aux sommets pulmonaires, avec formation de kystes qui peuvent se rompre vers la plèvre.
La mortalité est beaucoup plus élevée chez les patients non VIH positifs (6,5% vs 50%).
On comprend dès lors l’importance d’un diagnostic microbiologique précoce afin d’instaurer un traitement spécifique le plus rapidement possible.
La radiographie du thorax montre typiquement un infiltrat réticulaire ou nodulaire, bilatéral, prédominant dans la région périhilaire. Néanmoins, elle peut être normale dans 39% des cas.1 Le CT-scanner, avec coupes fines est beaucoup plus sensible. En plus de l’infiltrat en verre dépoli, périhilaire, on retrouve souvent des formations kystiques multiples, bilatérales et, plus rarement, des adénopathies et un épanchement pleural.1 Les formes atypiques, en particulier chez les patients avec prophylaxie par aérosol, ne sont pas rares.
C’est donc le contexte clinique qui doit faire rechercher activement ce pathogène.
Le diagnostic microbiologique de PPJ repose sur la mise en évidence du microorganisme dans les expectorations induites (EI) ou le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA). Elle peut se faire directement par des colorations spéciales ou après amplification du génome (PCR). La biopsie transbronchique, largement utilisée au début de l’épidémie de sida a été rapidement abandonnée car elle n’augmente que peu la sensibilité par rapport au LBA et est grevée d’un risque de pneumothorax élevé avec des difficultés de réexpansion pulmonaire lors de PPJ (tableaux 2 et 3).
Différentes colorations sont utilisées pour mettre en évidence les Pneumocystis. La spécificité est excellente (100%). Par contre, la sensibilité varie de 35 à 78% pour les expectorations induites (EI) et de 60 à 92% pour le LBA.2,3
La recherche directe peut également se faire en immunofluorescence (IF) en utilisant des anticorps spécifiques. Cette technique a facilité le diagnostic surtout depuis que cette infection est devenue beaucoup plus rare. Sa sensibilité (43 à 78%) reste cependant insuffisante en tout cas pour les patients non VIH.2,3
Ces résultats ont été obtenus, chez des patients VIH, pendant l’épidémie de sida, soit à une période où la prévalence de cette IO était élevée. Les évaluations plus récentes dans la population non VIH ont montré des sensibilités inférieures (38-53%) des examens directs tant pour les EI que pour le LBA.4-6
Cette différence s’explique peut-être par une charge en microorganismes plus faible chez les patients non VIH. La très faible prévalence de cette infection diminue peut-être aussi la sensibilité du diagnostic au laboratoire. Pour ces raisons, chez les patients non VIH la bronchoscopie avec LBA est souvent la procédure de choix avec une sensibilité de 89 à 98% avec les colorations directes ou l’immunofluorescence. Dans les formes atypiques, en particulier granulomateuses, le LBA est souvent négatif et l’étiologie de la pneumopathie ne peut se faire que par biopsie. C’est la biopsie chirurgicale qui doit être privilégiée.
Il est important de rappeler que l’obtention d’EI est opérateur dépendant, qu’elle exige la participation du patient et qu’elle doit être réalisée si possible avant le traitement.4 Durant l’épidémie de sida, il a souvent été difficile de reproduire les résultats des études, lorsque la technique passait en routine, ne serait-ce que pour obtenir des expectorations.
Les techniques de PCR conventionnelle ont été développées pour améliorer le diagnostic de la PPJ. Sa sensibilité s’est avérée supérieure aux examens directs (EI et LBA) que ce soit chez le patient VIH ou non.2,3,5,7,8 La spécificité est cependant insuffisante avec une valeur prédictive positive (VPP) de l’ordre de 50%.4 Cela est dû au fait qu’un pourcentage élevé de la population (8,9 à 27%) est porteur de P. jirovecii (porteurs sains).9-13 Cette technique, qui ne permet pas de distinguer la colonisation de l’infection, n’a donc qu’une utilité clinique très limitée. Ceci d’autant plus que le lien entre colonisation et risque de développer une PPJ n’est pas établi. Son intérêt principal réside surtout dans sa haute valeur prédictive négative (VPN) permettant, si l’examen est négatif, d’exclure ce diagnostic.
La PCR quantitative, en permettant peut-être de définir un seuil (nombre de copies du génome/unité de volume) pour distinguer la colonisation de l’infection, semble plus intéressante.
Une étude publiée en 2004,5 portant sur le LBA de 150 patients immunosupprimés (dont 19 en relation avec une infection VIH), présentant une pneumopathie, a pu démontrer que tous les patients dont le LBA contenait 104 copies/capillaires ou plus avaient une PPJ. Des valeurs égales ou inférieures à 103 copies/capillaires correspondaient à une colonisation. Des valeurs entre 103 et 104 copies/capillaires ont été retrouvées chez des patients avec ou sans PPJ (zone grise). Ces résultats ont cependant été obtenus avec des méthodes «maison» et demandent donc à être confirmés et validés.
Le rôle de la PCR dans le diagnostic de la PPJ n’est donc pas encore bien défini. Certains auteurs la considèrent comme expérimentale et limitent son utilisation à la recherche clinique.14
L’intérêt de différents marqueurs sériques ou du LBA, comme aide au diagnostic de PPJ, a été évalué.15-18
Il a été démontré que la LDH (lactate déshydrogénase) et le KL-6, une glycoprotéine de la paroi des pneumocytes de type II et des macrophages alvéolaires, étaient élevés dans le sang de patients avec PPJ prouvée. Ces anomalies témoignent cependant de lésions pulmonaires aspécifiques et ne sont d’aucune aide pour le diagnostic étiologique.
Le β-D-glucan, un composant de la paroi de certains champignons, dont le P. jirovecii, a été retrouvé dans le sang de la très grande majorité des patients avec PPJ (100% chez les patients VIH et 88% chez les autres). Ce marqueur n’est cependant pas spécifique du P. jirovecii. Il se retrouve également dans les infections invasives à Aspergillus et à Candida18 qui peuvent survenir chez les patients avec le même type d’immunosuppression. Il constitue donc une aide au diagnostic mais nécessite une confirmation microbiologique par la mise en évidence du germe dans un prélèvement respiratoire.
La prophylaxie puis surtout l’efficacité des nouvelles thérapies antirétrovirales ont rendu, dans des pays comme le nôtre, la PPJ exceptionnelle chez les patients VIH positifs. Par contre, elle reste une infection opportuniste grave chez un nombre toujours plus important de patients immunosupprimés, pour d’autres raisons.
Chez ces patients présentant une symptomatologie respiratoire, même discrète, le diagnostic de PPJ doit être évoqué et activement recherché même si la radiographie du thorax est normale.
La présentation clinique est différente de celle, plutôt subaiguë, sur plusieurs semaines, observée chez le patient VIH. Elle est souvent d’évolution aiguë, pouvant être rapidement défavorable avec une mortalité élevée.
Un diagnostic microbiologique est indispensable mais également plus difficile que chez les patients VIH. Il repose sur la mise en évidence du Pneumocystis sur des prélèvements respiratoires. La sensibilité des examens directs est moindre que chez les patients VIH, en particulier sur les EI. Une bronchoscopie est souvent nécessaire mais elle permet de rechercher d’autres pathogènes si la PPJ a pu être exclue.
Le rôle de la PCR reste à définir, car, en tout cas pour les méthodes non quantitatives, elle ne permet pas de distinguer l’infection de la colonisation qui peut se retrouver chez près d’un patient sur quatre. Son intérêt principal réside dans sa haute VPN, un test négatif permettant d’exclure cette étiologie et d’arrêter le traitement spécifique.
Enfin, dans de rares cas, le diagnostic étiologique ne peut se faire que par la biopsie chirurgicale. ■
> La pneumonie à Pneumocystis reste une infection opportuniste grave pouvant survenir chez tous les patients immunosupprimés
> Dans l’immunosuppression non liée à l’infection VIH, la pneumonie à Pneumocystis est une infection opportuniste aiguë d’évolution souvent défavorable avec une mortalité élevée (50%)
> Un diagnostic microbiologique, rapide, par la mise en évidence du Pneumocystis dans des prélèvements respiratoires est indispensable
> Le diagnostic microbiologique requiert souvent une bronchoscopie avec un lavage broncho-alvéolaire
> La PCR a une très bonne sensibilité mais manque de spécificité. Elle est utile par sa haute valeur prédictive négative