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Oltre alle piante e agli animali, i funghi formano un proprio regno con una grande varietà di specie e forme. In tutto il mondo ci sono circa 100'000 specie descritte e numerose specie non ancora descritte. Anche in Svizzera i funghi appartengono ai gruppi più ricchi di specie, con oltre 9000 specie conosciute. I funghi sono presenti praticamente in tutti gli habitat e sono essenziali per il funzionamento dell'ecosistema. Essi svolgono un ruolo centrale, ad esempio, come decompositori di materiale vegetale per il ciclo del carbonio e dei nutrienti, come simbionti delle piante (micorrize) per il loro assorbimento più efficiente dei nutrienti e dell'acqua, come endofiti mutualistici dei tessuti vegetali interni (ad esempio per allontanare gli agenti patogeni), come base alimentare per vari mammiferi, insetti e orchidee, come responsabili della formazione di microhabitat come le cavità degli alberi e come parassiti vegetali paradossalmente per un ecosistema sano e diversificato. I funghi invasivi, i cosiddetti neomiceti, come il patogeno del deperimento del frassino Hymenoscyphus fraxineus, sono in grado di destabilizzare interi ecosistemi. Una situazione simile potrebbe verificarsi se i funghi micorrizici degli alberi dovessero decimarsi sensibilmente o se i funghi che decompongono il legno dovessero scomparire. I funghi hanno un uso diretto per l'uomo per scopi culinari e soprattutto anche per motivi medici. Gli ingredienti dei funghi offrono un potenziale quasi inesauribile per lo sviluppo di nuovi antibiotici e antimicotici (es. antibiotico Plectasina della Pseudoplectania nigrella).
Poiché i funghi hanno solitamente requisiti di habitat molto specifici, possono essere utilizzati nella conservazione della natura come importanti indicatori di cambiamenti auspicabili e indesiderati in un ecosistema. Ad esempio, gli alberelli indicano prati estesi e relativamente lunghi e indisturbati. Alcuni funghi saproxilici, invece, sono indicatori degli ultimi stadi di sviluppo forestale. Purtroppo, il potenziale dei funghi come indicatori è tutt'altro che esaurito. Allo stesso tempo, la diversità degli habitat e delle nicchie ecologiche occupate dai funghi suggerisce che l'attuale rete di riserve naturali non rende giustizia ai funghi.