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Botanik
Der bedeutendste Sammlungsteil im Sammlungsbereich der Botanik ist die so genannte «Flora Thurgau». In ihr fliessen die Angaben zu den Gefässpflanzen (Blüten- und Farnpflanzen), die als Belege im Herbarium vorhanden sind mit den schriftlichen Hinweisen (Literatur, Fundmeldungen) zusammen. Aktuell sind gesamthaft um 1'700 Blüten- und Farnpflanzenarten mit rund 20'000 Fundangaben digital erfasst und hier abrufbar.
Zum Sammlungsbereich der Botanik gehören ferner die Moossammlung mit gut 4'000 digital erfassten Belegen (vorwiegend aus dem Thurgau), die Flechtensammlung (ca. 1'200 Belege), eine kleine Algensammlung (ca. 150 Belege) sowie eine Pilzsammlung, welche sowohl getrocknete Exemplare (ca. 400 Belege) als auch ein Pilzherbar (ca. 150 Belege) enthält. Bekanntlich gehören Flechten, Pilze und Algen (ausser Grünalgen) nicht zu den Pflanzen. Sie werden aber vorläufig noch zum Bereich Botanik gezählt, da sie innerhalb der Sammlungsgeschichte daraus erwachsen sind und die Botanik, historisch gesehen, alle Organismen umfasst, die nicht als Tiere betrachtet werden.
Weiter enthält die botanische Sammlung kleinere Sammlungsreihen von Koniferen, Holzarten, Samen- und Pflanzenfrüchten sowie diversen Pflanzenteilen. Neben den Herbarbelegen, die der «Flora Thurgau» angehören, enthält die botanische Sammlung eine Anzahl selbstständiger Herbarien, darunter die Konvolute von Jonas Friedrich Brunner (1821-1898) und Heinrich Wegelin (1853-1940), denen für die «Flora Thurgau» die Thurgauer Belege entnommen wurden und die den Grundstock dieser Flora bilden. Eine Besonderheit unter den selbständigen Herbarien ist die gut 200-jährige Holzbibliothek von Candid Huber. In 135 Holzbänden enthält sie ein Forstherbarium, welches um 1800 entstanden und in bemerkenswerter Qualität erhalten ist. Die selbständigen Herbarien umfassen zusammen schätzungsweise um die 10'000 Belege aus der übrigen Schweiz, Deutschland und der ganzen Welt. Sie sind hauptsächlich von historischem Wert, da die Belege zum Teil mangelhaft dokumentiert sind, die Konvolute aber einen Eindruck in die botanische Sammelpraxis in der Vergangenheit geben. Ein Spezialfall innerhalb der botanischen Sammlung stellt die Saatgutsammlung dar, eine Lebendsammlung keimfähiger Pflanzensamen, die im Zusammenhang mit dem Archäobotanischen Museumsgarten gepflegt wird.