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Rhagoletis pomonella gehört zur Familie der Bohr- und Fruchtfliegen (Tephritidae) und stellt in ihrem Ursprungsgebiet Nordamerika ein ökonomisch wichtiger Schädling von Apfel dar. Das Verbreitungsgebiet der Apfelfruchtfliege in Nordamerika erstreckt sich von Kanada bis Mexiko. Ausserhalb von Nordamerika wurde R. pomonella bisher nicht nachgewiesen. Allerdings stellt eine Verschleppung in weitere Apfelanbaugebiete ein grosses Risiko dar.
Unter den Kulturpflanzen ist der Apfel die Hauptwirtspflanze von R. pomonella. Zu den Nebenwirtspflanzen zählen unter anderem Aprikose, Birne, Kirschen, sowie Zwetschge. Als wilde Wirtspflanzen gelten zudem Weissdorn, sowie weitere Pflanzenarten aus der Familie der Rosengewächse (Rosaceae).
R. pomonella legt ihre Eier direkt unter die Fruchthaut von Früchten ab, anschliessend schädigen die geschlüpften Larven das Fruchtfleisch durch Frass. Befallene Früchte fallen frühzeitig von der Wirtspflanze, die Larven wandern danach in den Boden, wo sie als Puppen überwintern. Die adulten Fruchtfliegen schlüpfen im nächsten Frühjahr.
Der Transport von befallenen Früchten sowie die Verschiebung von Erdmaterial mit verpuppten Larven gelten als Hauptursache für die Verschleppung von R. pomonella über grosse Distanzen. Lokal breitet sich die Fruchtfliege hauptsächlich durch den Flug der adulten Fliegen aus, dabei wurden Flugdistanzen von bis zu 2.3 km pro Jahr gemessen.
R. pomonella ist in der Schweiz und der EU als Quarantäneorganismus geregelt und daher melde- und bekämpfungspflichtig.