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Neben der Kleinen Hufeisennase kommt in der Schweiz auch die sehr seltene Grosse Hufeisennase vor. Sie gilt als vom Aussterben bedroht und mit weniger als 250 Tieren als eine der seltensten Säugetierarten in der Schweiz.
Die Grosse Hufeisennase war im 19. Jahrhundert noch weit verbreitet. Wie bei ihrer kleineren Verwandten, der Kleinen Hufeisennase, wurden auch ihre Bestände infolge Quartiermangel, Lebensraumverlust und dem Einsatz von Pestiziden sehr stark dezimiert. Heute gibt es schweizweit nur noch 5 Wochenstubenkolonien in denen die Grosse Hufeisennase ihr Jungen aufzieht. Im Kanton Graubünden befindet sich mit rund 180 Tieren die grösste davon.
Um die letzten Kolonien zu retten und zu fördern, wurde in den 2000er Jahren ein Nationales Schutz- und Monitoringprogramm (pdf) der Grossen Hufeisennase entwickelt.
Im Rahmen dieses Monitorings werden die einzelnen Kolonien jährlich kontrolliert und die maximale Anzahl adulter Tiere erfasst.
Trotz den jährlichen Populationsschwankungen können die Bestände der Grossen Hufeisennase in den 5 Wochenstubenkolonie als stabil bezeichnet werden.