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Die überwiegende Mehrheit der FSME-Erkrankungen tritt in bekannten Endemiegebeten auf. Der grösste Teil der Erkrankten wohnt auch in diesen Regionen und hat sich meistens auch dort infiziert. Neue Endemiegebiete konnten zwar in der Vergangenheit von Zeit zu Zeit beobachtet werden, die Ausbreitung erfolgte jedoch langsam und nicht etwa explosionsartig.
Allgemeine Prophylaxe: gut abschliessende Kleidung, Repellentien, Meiden des Unterholzes, nach Exposition Absuchen von Kleidung und Körper nach Zecken, Zecken möglichst schnell entfernen, Desinfektion.
Die FSME-Impfung wird allen Erwachsenen und Kindern (im Allgemeinen ab 6 Jahren), die in einem Endemiegebiet wohnen oder sich zeitweise dort aufhalten, empfohlen.
Bei Kindern unter sechs Jahren ist eine Impfung im Allgemeinen nicht notwendig, da schwere Erkrankungen in dieser Altersgruppe selten sind. Eine Impfung erübrigt sich für Personen, welche kein Expositionsrisiko haben.
Die Impfung benötigt 3 Impfdosen. Nachimpfungen sollen nur alle 10 Jahre gemacht werden.