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Natürliche Ufer mit dichtem Bewuchs, unterspülten Bereichen, Baumwurzeln oder Steinblöcken bieten dem scheuen Kleinsäuger überlebenswichtige Deckung vor seinen Feinden wie etwa der Schleiereule, dem Reiher, dem Wiesel oder dem Fuchs.
Die lautlose Gefahr stellen laut Pro Natura die Verbauung von Gewässern und Pestizide in Wasser dar, die aus der landwirtschaftlichen Produktion in die Bäche gelangen. Wegen dieser Bedrohung des Lebensraums hat die Naturschutzorganisation die Wasserspitzmaus zum «Tier des Jahres 2016» erklärt.
Mit echten Mäusen ist die Wasserspitzmaus trotz ihres Namens übrigens nicht näher verwandt. Während Mäuse zu den Nagetieren zählen und sich vorwiegend pflanzlich ernähren, stammen Spitzmäuse aus der Ordnung der Insektenfresser. Ihre nächsten Verwandten sind Maulwürfe und Igel.