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Der Vergleich von Luftbildern, die zu verschiedenen Zeitpunkten aufgenommen wurden, ist ein schneller und kostengünstiger Weg, um Landschaftsveränderungen zu erkennen. Im Modul Fernerkundung werden deshalb Veränderungen in allen rund 7000 Biotopen von nationaler Bedeutung anhand von Luftbildvergleichen untersucht. Ein Frühwarnsystem gibt zudem Bund und Kantonen die Möglichkeit positive und negative Veränderungen zu erkennen und allenfalls Massnahmen einzuleiten.
Im Rahmen der Ersterhebung der WBS (2012–2017) wurden die Zustände zu den Zeitpunkten der Inventarisierung der Biotope von nationaler Bedeutung in den 1980er und 1990er Jahren (Schwarz-Weiss-Stereoluftbilder) mit dem Zustand 2010–2015 (Farbinfrarot-Stereoluftbilder) verglichen. Seit 2018 werden in der ersten Wiederholungsaufnahme die aktuellsten Stereo-Luftbilder verwendet.
Die Interpretation der Veränderungen erfolgt manuell mit Hilfe eines 3D-Bildschirms. Die Daten veranschaulichen und quantifizieren sowohl negative Prozesse wie Verbuschung durch Nutzungsaufgabe als auch positive Entwicklungen nach erfolgten Regenerationsmassnahmen oder angepassten Nutzungsregimen.
Um Zustände und Veränderungen mittels Luftbildern in Amphibienlaichgebieten, Flachmooren, Hochmooren und Trockenwiesen und -weiden reproduzierbar und räumlich differenziert auswerten zu können, wurde bei Trockenwiesen- und weiden, Hoch- und Flachmooren, Amphibienlaichgebieten und den alpinen Auen ein Raster mit einer maschenweite von 50m x 50m über jedes Biotop gelegt. Innerhalb dieser Rasterzellen werden einfache Indikatoren wie die prozentuale Bedeckung durch Offenboden, Wasser und Gehölze, sowie die Art der Gehölze (z. B. Einzelbaum, lineare Gehölzstrukturen, Baumgruppen) und das Vorkommen von Infrastrukturelementen visuell geschätzt. Bei Fluss- und Seeauen sowie Deltas von nationaler Bedeutung wird hingegen kein Raster interpretiert sondern Formationen wie vegetationsfreie Kiesbänke oder unterschiedliche Waldtypen erfasst.