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Mentionné dans les récits de voyage dès 1820, le site de Kerma a fait l'objet de premières fouilles entre 1913 et 1916, avant que la mission archéologique suisse débute son programme de recherches en 1977.
Le site archéologique de Kerma doit sa réputation à deux monuments en briques crues, signalés par les premiers voyageurs européens dès 1820. Les descriptions et les dessins de ces explorateurs, notamment F. Cailliaud, L. M. Linant de Bellefonds et K. R. Lepsius, constituent toujours des documents de premier ordre. A cette époque déjà, ces massifs énigmatiques sont appelés d’un terme nubien, Deffufa, utilisé pour définir un ouvrage d’une certaine hauteur bâti en briques crues. Mais le site ne devient véritablement célèbre qu’à la suite des fouilles effectuées entre 1913 et 1916 par George Andrew Reisner (1867-1942). Il y identifie une culture originale à laquelle il donne le nom de la ville moderne située à proximité.
Arrivé en Haute Nubie afin d’explorer une région encore méconnue archéologiquement, l’égyptologue Reisner découvre les vestiges de maisons en brique crue sur la rive est du Nil, ainsi que les ruines des deux Deffufa. Il pense avoir trouvé une ancienne place égyptienne de commerce en Nubie, la Deffufa occidental représentant la résidence fortifiée du "gouverneur général" égyptien. Quant à la seconde Deffufa , située dans la nécropole orientale, elle est interprétée comme une chapelle funéraire servant aux cultes de personnages importants, enterrés dans les plus grands tumulus. Les biais égyptocentriques et les préjugés culturels du XIXe induisent Reisner en erreur. Fasciné par la richesse du site, il ne pouvait l'imaginer être l'oeuvre d'une civilisation indigène nubienne. Kerma était alors considéré comme un poste de commerce éloigné, dirigé par des Egpytiens qui avaient su stimuler le développement de la région. Son interprétation, contestée avant même la publication finale de ses travaux en 1923, notamment par l’Allemand Hermann Junker, resta néanmoins dominante durant plusieurs décennies.
Après de nouvelles découvertes concernant la culture Kerma dans les années 1970, la Mission de l’Université de Genève, sous la direction de Charles Bonnet, décide de mener ses propres recherches. Elle débute ses premières prospections sur le site entre 1973 et 1976. Bonnet est convaincu que le site n’a pas livré tous ses secrets. L’homme a l’expérience du Soudan, puisqu’il a déjà travaillé sur le site de Tabo (1965-1974), avec la Mission archéologique de la Fondation Henry M. Blackmer de New York et le Centre d’études orientales de l’Université de Genève. En 1977, il obtient la réouverture des fouilles, 61 ans après Reisner. Depuis, les investigations sur le terrain n’ont pas cessé, grâce au soutien du Fonds national suisse de la recherche scientifique, du Musée d’art et d’Histoire de Genève, ainsi que de divers fonds privés ou de subsides ponctuels. Ce nouveau projet a permis de mettre au jour la trame urbaine de la cité antique sur une trentaine d’hectares. Ces travaux sur la ville (fouillée entre 1977 et 2002) se développent en relation avec ceux sur la nécropole orientale contemporaine. Il est aujourd’hui admis que le site archéologique de Kerma est la capitale du royaume de Kouch dont les textes égyptiens mentionnent bien souvent l’existence. Cette civilisation représente un point de contact essentiel pour comprendre les relations entre l’Egypte et l’Afrique centrale, et c'est notamment une des raisons qui ont conduit Charles Bonnet a poursuivre ses recherches sur le site de Doukki Gel, lieu de la découverte des pharaons noirs.
Depuis 2002, la mission est dirigée par Matthieu Honegger, professeur à l'Université de Neuchâtel. Il ouvre de nouvelles perspectives de recherches dans la région. Le projet, soutenu par l'Université et par le Fonds national suisse de la recherche, s'étend alors à des zones jusque là inexplorées, surtout dans le désert à l'est de la vallée du Nil. Les prospections vont conduire à l'identification de sites majeurs pour la préhistoire de Haute Nubie. Chaque année, des fouilles sont engagées sur plusieurs sites, Pré-Kerma, El-Barga, Wadi El-Arab ou encore Boucharia, chacun contribuant à la compréhension du peuplement humain de cette région et des processus conduisant à une complexité sociale marquée finalement par l'émergence du royaume de Kerma.