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Marcel Koller stiess kurz nach Beginn der Saison 2018/2019 zum FC Basel 1893. Während damals international in den Playoffs zur UEFA Europa League Endstation war, schaffte es Koller, den FCB national zu stabilisieren und belegte am Ende der Spielzeit hinter dem BSC Young Boys den zweiten Meisterschafts-Rang. Einen Titel gab es dennoch zu feiern: Unter Marcel Koller gewann der FCB den Cupfinal 2019 gegen den FC Thun und sicherte sich diese Trophäe damit zum 13. Mal.
In der darauffolgenden Saison 2019/2020 gelang dem Trainerteam und der Mannschaft mit dem beachtlichen Gruppensieg und dem Erfolg über Eintracht Frankfurt im Achtelfinal eine hervorragende Europa-League-Kampagne. National belegte der FCB in der Anfang August 2020 zu Ende gegangenen Saison den dritten Liga-Schlussrang hinter YB und dem FC St. Gallen 1879. Im Schweizer Cup besteht nach wie vor die Chance, den letztjährigen Titel zu verteidigen – am kommenden Dienstag empfängt der FCB den FC Winterthur zum Halbfinal.
Nach diesem letzten laufenden Wettbewerb 2019/2020 gehen der FC Basel 1893 und sein Trainerteam nun getrennte Wege, um dem Club eine Neuausrichtung des sportlichen Bereichs zu ermöglichen. Der Club bedankt sich bei Marcel Koller sowie bei Thomas Janeschitz und Carlos Bernegger herzlich für ihre geleisteten Dienste und wünscht ihnen für die private und berufliche Zukunft alles Gute. Marcel Koller und seine Assistenten bedanken sich ebenfalls beim FC Basel 1893 und wünschen dem Club sowie der Mannschaft nur das Beste.