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La génomique ne remet pas seulement en cause quelques liens phylogéniques mineurs. L'origine même des cellules eucaryotes est aujourd'hui remise en question, comme l'illustre une revue signée de chercheurs suédois et néo-zélandais (Science 2006;312:1011-4). Les auteurs observent que la génomique et la protéomique ne confirment pas l'hypothèse selon laquelle les cellules eucaryotes seraient apparues à partir de formes ancestrales procaryotes.Ils proposent un autre modèle, inspiré par les récentes comparaisons entre les protéines cellulaires de différents règnes. Les procaryotes, archea et eucaryotes actuels seraient issus d'un ancêtre commun compartimenté. Les bactéries et archea auraient évolué par simplification et délétion génétique, afin de s'adapter à des niches écologiques exigeant, par exemple, une multiplication rapide. Les eucaryotes, eux, se seraient séparés évolutivement des procaryotes non pas par la compartimentation, mais en inventant la phagocytose. La prédation serait leur faculté fondatrice et première.A supposer qu'il ait existé, à quoi ressemblait l'ancêtre eucaryote ? Selon un portrait robot esquissé par les auteurs, le phagocyte originel possédait des compartiments cellulaires, ainsi que des gènes à introns, avec toute la machinerie enzymatique que cela implique. Une complexité imprévue, pour un unicellulaire contemporain des ancêtres bactériens. L'origine endosymbiotique de la mitochondrie et du chloroplaste n'est pas remise en cause.Les auteurs imaginent encore la révolution qu'a pu être l'irruption du premier prédateur dans un «jardin d'Eden» cellulaire dominé jusque-là par la seule compétition trophique. A moins que la prédation ne soit apparue au tout début de la vie cellulaire.