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En tant que membre de l’International Science Council (ISC), association globale avec plus de 180 membres (organismes scientifiques nationales, unions scientifiques internationales), la SCNA contribue aux développements globaux de la politique scientifique au nom de la communauté dans les sciences naturelles en Suisse. À cette fin, elle nomme dans la mesure du possible des scientifiques dans des comités décisionnels de l’ISC. De plus, la SCNAT a repris la direction et le secrétariat des membres européens de l’ISC depuis 2016. L'ISC a été créé en juillet 2018 par la fusion de l'International Council for Science (ICSU) et de l'International Social Science Council (ISSC).