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L'impiego di prodotti fitosanitari sulle colture può comportare la presenza di residui negli alimenti da esse ottenuti.
Oggi i consumatori e gli agricoltori sono molto più sensibili a questa problematica rispetto ad alcuni anni fa. Inoltre, le procedure di analisi sono diventate molto più precise di prima consentendo di rilevare la minima traccia. L'ordinanza del DFI concernente i livelli massimi per i residui di antiparassitari nei o sui prodotti di origine vegetale e animale (OAOVA) fissa i livelli massimi di residui di prodotti fitosanitari negli alimenti affinché questi possano essere consumati in assoluta sicurezza dal punto di vista della salute.
Gli alimenti prodotti in Svizzera e all'estero destinati alla vendita sono regolarmente controllati da diverse istituzioni. La Confederazione è preposta al controllo degli alimenti importati alla frontiera e i Cantoni al controllo ufficiale sul territorio. A ciò si aggiunge l'attività di diverse organizzazioni di categoria che effettuano controlli sugli alimenti prodotti dai loro membri applicando esigenze più severe di quelle previste dalla legge. Ad esempio non soltanto vengono considerati i tenori massimi consentiti ma anche il numero di residui rilevati contemporaneamente in un alimento (p.es. SwissGAP).
Ogni anno nei controlli ufficiali viene contestato soltanto l'1-2 per cento dei campioni di origine svizzera contro l'8-10 per cento dei prodotti importati. Gli alimenti contestati sono ritirati dal commercio.