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Die Wassertemperatur eines Gewässers ist ein zentraler Faktor für Lebewesen und bestimmt beispielsweise die Verbreitung von Fischarten. Durch Wasserkraftnutzung, andere direkte menschliche Einflüsse, aber auch durch den Klimawandel kann der natürliche Temperaturverlauf eines Gewässers stark verändert werden.
Um die räumlichen und zeitlichen Unterschiede der Temperaturen im Einzugsgebiet der Sitter, den Einfluss der Kraftwerke und der Abwasserreinigungsanlagen und eine allfällige Erwärmung durch Regenwassers aufzuzeichnen, hat das Amt für Umwelt und Energie ein Monitoring der Wassertemperatur aufgebaut. Über fünf Jahre lang wurde zusätzlich zu den 3 bestehenden Messstationen an 12 Messstellen entlang der Sitter von Appenzell bis Bischofszell die Wassertemperatur gemessen.
Den grössten Einfluss auf die Wassertemperaturen hat die direkte Sonneneinstrahlung und der Austausch mit der Luft. Regenereignisse im Sommer führen direkt zu einer Abkühlung der Sitter, insbesondere bei Niederschlägen über 10mm. Eine Erwärmung der Sitter durch Regen auf erwärmte versiegelte Flächen der Stadt ist nicht ersichtlich. Hierzu wäre eine sehr detaillierte Messung der Wassertemperaturen im Kanalnetz und an den Einleitpunkten in die Sitter notwendig.
Temperaturen von 22°C werden als kurzfristige Maximalwerte an allen Standorten gemessen, ab St.Gallen, Au sogar Temperaturspitzen von über 25°C. Nur in Bischofszell wurde mehrere Tagesmittelwerte über 25°C registriert. In Wittenbach und an der Rotenbrücke wurde dieser Schwellenwert einmalig registriert. Der Mittelwert der Sitter über die 5 Jahre schwankt zwischen 7.8°C in Appenzell (AI) und 11°C in Bischofszell (TG).
Grossen Einfluss hat das Kraftwerk Kubel. Im Sommer kühlt das relativ kältere Wasser des Gübsensees die kontinuierliche Erwärmung der Sitter, da der Auslauf beim Kraftwerk bis zu 2.5°C kühler ist als die Wassertemperatur der Sitter. Im Winter erhöht das turbinierte Wasser aus dem Gübsensee die Wassertemperaturen der Sitter und sorgt dafür, dass die Sitter unterhalb St. Gallen weniger schnell zufriert.
Auch das Kraftwerk Schützengarten beeinflusst die Wassertemperatur der Sitter. Durch das wenige Wasser in der Restwasserstrecke erwärmt es sich im Sommer schneller und kühlt im Winter bei niedrigen Lufttemperaturen stärker aus. Neben dem Stress durch Schwall/Sunk müssen aquatische Lebewesen auf diesem Gewässerabschnitt dir grössten Temperaturamplituden ertragen. An der Rotenbrücke in Häggenschwil sind keinerlei Auswirkungen der Kraftwerke mehr auf die Wassertemperatur messbar. Der Einfluss der Abwasserreinigungsanlage St.Gallen-Au ist nur sehr lokal messbar. Die Abwassermenge ist im Vergleich zum Abfluss der Sitter zu klein für eine Beeinflussung.
Im Auftrag der Sitterkommission erstellte das Amt für Wasser und Energie einen Detailbericht für die Messdaten von 2012 bis 2017. Die Wassertemperatur wurde auch im trockenen Jahr 2018 an den 15 Messstellen entlang der Sitter erfasst und ausgewertet. Im Jahr 2019 wurde das Messnetz auf 7 Messstellen reduziert.