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Neben Chlamydien und Gonokokken existieren zahlreiche Erreger, die eine Urethritis verursachen können. Gelegentlich können klinische Besonderheiten auf den verantwortlichen Keim hinweisen, wie beispielsweise eine ausgeprägte Schmerzhaftigkeit und Meatitis bei Adeno- und Herpesviren oder eine begleitende Balanoposthitis bei Mycoplasma genitalium. Die mikroskopische Diagnostik des Fluors erlaubt die Differenzierung einer Gonorrhö von einer NGU, ermöglicht eine sofortige Therapie und kann zusätzlich Hinweise für eine virale Urethritis geben. Insbesondere bei chronischen oder rezidivierenden Formen sollte eine breite Erregerabklärung unter Berücksichtigung von Mycoplasma genitalium und Trichomonas vaginalis erfolgen. Bei Therapieversagern auf die Standardtherapie (vor allem M. genitalium und U. urealyticum) sollte prolongiert Azithromycin verwendet werden.