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Les pressions exercées sur les écosystèmes aquatiques sont en constante augmentation en raison de la densité et de la croissance de la population, de l'agriculture intensive et de l'utilisation de l'énergie hydraulique. En Suisse aussi, le «château d'eau» de l'Europe, seuls 4% de la superficie totale du pays sont occupés par des lacs, des rivières et des marais. Ces zones abritent une grande variété d'espèces et cette biodiversité est menacée. Le taux d'extinction dans les habitats d'eau douce est significativement plus élevé que le taux sur terre ou dans les océans, non seulement en termes relatifs en raison de la petite surface, mais aussi en chiffres absolus. En Suisse, 15 des 86 espèces indigènes de poissons originaux ont disparu, et plus de 60% de toutes les espèces de plantes aquatiques sont considérées comme en voie de disparition. La recherche de l'Eawag examine les causes de la perte de biodiversité et tente de prendre des mesures qui permettront aux écosystèmes et à leurs fonctions d’être préservés à long terme.