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Das Interesse an der Basler Archäologie geht bis ins frühe 16. Jahrhundert zurück. Während den ersten wissenschaftlichen Untersuchungen (1582–1585) an einem Ruinenkomplex in Augst (heute Kanton Basel Landschaft) erkannte Basilius Amerbach, dass es sich um ein römisches Theater handelte. Daniel Bruckner veröffentlichte 1763 in seinem Buch "Versuch einer Beschreibung historischer und natürlicher Merkwürdigkeiten der Landschaft Basels" alle bis anhin gemachten Entdeckungen und Funde aus Augst. Einen Teil dieser Funde beherbergt das Historische Museum Basel noch heute in den sogenannten "Alten Sammlungen".
Parallel zu den Forschungen in Augst suchten Basler Gelehrte (zum Beispiel Wilhelm Vischer, Theophil Burckhardt Biedermann, Karl Stehlin) im 19. Jahrhundert in der Stadt Basel nach deren Anfängen. 1898 wurde von der Historischen und Antiquarischen Gesellschaft zu Basel und dem Verein für das Historische Museum die "Delegation für das alte Basel" geschaffen; eine Institution, die sich um die Beobachtung und Bergung von Funden "archäologischer Natur irgendeiner Art" annahm.
Im Jahre 1961 schuf Basel Stadt als erster Kanton der Schweiz die Stelle eines vollamtlichen Kantonsarchäologen. Während sich heute die Archäologische Bodenforschung in Basel um die laufenden Ausgrabungen und deren wissenschaftliche Auswertung kümmert, liegt die Betreuung und Vermittlung des Fundgutes beim Historischen Museums Basel.