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Il y a certainement des curieux qui se sentent frustrés lorsqu’ils rencontrent au hasard d’une lecture passionnante la mention d’un virus de la grippe évoqué par son acronyme H1N1, ou H3N2 ou H5N8 etc.. Pourquoi cette formulation ? Que signifie-t-elle ? D’où vient-elle ? Prenons d’abord les lettres H et N. H est le raccourci de HA qui est dérivé de hémagglutinine, et N vient de NA pour neuraminidase. Hémagglutinine et neuraminidase sont deux activités biologiques exprimées par deux protéines distinctes qui se trouvent ancrées en nombre sur la surface des virus de la grippe.
L’hémagglutinine décrit l’activité des virus à se fixer sur la cellule, un attachement à un composant cellulaire nommé « récepteur »qui déclenche le processus d’infection (cf. Un virus ça se multiplie comment). On a nommé cette activité d’attachement « hémagglutinine » en référence à un test de laboratoire qui consiste à ajouter des globules rouges à une solution contenant des particules virales. En s’attachant à plusieurs globules rouges en même temps, les virus finissent par les agglutiner. Les globules rouges vont former un agrégat qui va se déposer en une fine couche sur le fond de la cupule concave dans laquelle le test est fait. Sans hémagglutination, les globules rouges vont en revanche former un bouton rouge dense sur le fond. C’est le « test d’hémagglutination ». Voilà pour H.
La neuraminidase est une activité enzymatique (les enzymes sont des facilitateurs de réactions biochimiques) qui intervient à la fin du cycle de multiplication virale où des milliers de virus sont produits par la cellule infectée. Ces virus bourgeonnent à la surface des cellules où ils retrouvent les récepteurs qui ont permis l’infection et s’y fixent. Pour les virus produits, c’est tourner en rond. Les virus doivent plutôt se répandre dans l’organisme, se multiplier autant qu’il est permis, pour augmenter la probabilité de pouvoir être transmis. C’est là qu’intervient la neuraminidase, elle découpe le récepteur et permet la libération des virus produits et sa dissémination. Pourquoi « neuraminidase » ? Parce que le récepteur se nomme acide N-acétyl-neuraminique. Voilà pour N.
Ainsi, toutes les particules virales de la grippe ont des H et des N sur leur surface. Ces H et N représentent pour l’organisme infecté la carte d’identité du virus et c’est contre ces H et ces N que des anticorps spécifiques vont être produits au cours de l’infection (cf. La vaccination). Gardons cela en tête pour la suite.
Voyons maintenant les chiffres. Il existe trois types de virus de la grippe, les type A, B et C (cf. Les virus de la grippe..). Parmi ces types, seul le type A comprend des virus qui infectent d’autres espèces que l’homme. De fait, le réservoir des virus de type A se retrouve principalement dans les espèces d’oiseaux aquatiques, on parle ici de virus aviaires, et accessoirement chez les chauves-souris. On a commencé à isoler des virus de différentes espèces aviaires et on a entrepris d’établir leur carte d’identité. Pour ce faire, des furets (très sensibles à tous les virus de la grippe) ont été infectés et les anticorps produits par ces infections ont été récoltés. On avait donc un virus 1, un virus 2, un virus 3 etc.. et des anticorps anti-H et anti-N produits par chacune de ces infections. Si les virus 1, 2, 3 .. avaient la même identité, les anticorps produits par le virus 1 auraient reconnu les virus 2 et 3 également, et réciproquement. Ce que l’on a observé en fait c’est que le virus 1 suscitaient des anticorps anti-H1 et -N1 qui ne reconnaissaient pas forcément les H et N du virus 2, qui produisait des anticorps anti-H2 et -N2 qui ne reconnaissaient pas les H et N du virus 3, qui produisait également ses propres anticorps. En comparant au cours du temps, une grand quantité de virus de provenance différente, on a à ce jour dénombré 18 H, dont 16 dans le règne aviaire(H1-H16), plus 2 chez les chauves-souris (H17,H18), ainsi que 10 N différentes. Ces différentes H et N peuvent se combiner et ainsi donner 180 identités différentes (18 x 10), H1N1, H1N2…H1N9, puis H2N1, H2N2…H2N9 etc. etc. Toutes les 180 combinaisons n’ont pas été identifiées pour l’instant, soit qu’elles n’existent pas toutes, soit qu’il faut encore chercher. Pour les virus humains, seules H1, H2 et H3, et N1 et N2 (et vraisemblablement N8) ont été décrites pour l’instant en combinaisons H1N1, H2N2 et H3N2 (et vraisemblablement H3N8)*. Comme on peut le constater, il y encore bien de sujets de frustration pour le curieux passionné.
Il faut ajouter qu’avec les techniques actuelles de séquençage, il est devenu plus rapide et plus efficace d’établir la carte d’identité des virus en comparant les séquences des gènes produisant les protéines H et N. Cette comparaison a bien sûr reproduit la classification première, avec toutefois la possibilité de faire un classement plus fin. Elle s’exprime en parlant de groupes chiffrés en accompagnement de la classification traditionnelle [par ex. H5N8, clade (groupe) <ip-pii>)].
Pour terminer, il est important de mentionner que la carte d’identité des virus de la grippe n’est ici basée que sur les deux protéines présentes à la surface du virus, car ce sont ces deux protéines qui suscitent la production d’anticorps qui « neutralisent » les virus. Ces deux protéines sont produites par deux des huit gènes que comprend le génome des virus la grippe de type A. Huit gènes qui peuvent également être réassortis pour augmenter la diversité des virus. Mais ceci est une autre histoire (en savoir plus sur le réassortiment).
Pour les virus de types B et C, on ne connaissait qu’un seul H et N. Récemment pourtant, on a trouvé que le H du type B a évolué pour donner actuellement deux H qui se distinguent par les anticorps qui les neutralisent, avec comme conséquences la nécessité d’introduire dans le vaccin deux souches de types (cf. C’est le moment …)
*H3N8 serait le virus qui a provoqué la pandémie de 1889-1890.
Mis à jour le 21 décembre 2018