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Le plus petit des bergers français est originaire des Pyrénées françaises. On le confond souvent avec le grand chien blanc dit chien de montagne des Pyrénées. Ce sont deux races distinctes qui ont des tâches différentes et complémentaires. Agile et bondissant, le petit berger est l'auxiliaire indispensable du pâtre, il conduit et dirige les moutons. Le puissant montagne est le défenseur du troupeau, qui veille surtout la nuit et repousse les agresseurs. Cette répartition des tâches est bien connue. Ainsi, on la retrouve sur le versant sud des Pyrénées avec le Gos d'Atura Catalan, le berger, et le Mâtin des Pyrénées, le gardien.
Le chien de protection de troupeau existe depuis la nuit des temps, probablement depuis que le mouton est domestiqué. Ce n'est que bien plus tard qu'est apparu le besoin de disposer d'un chien plus léger, plus docile, qui conduit les troupeaux entre les champs cultivés et fonctionne comme une barrière vivante. La majorité des races modernes de bergers est apparue aux 17e et 18e siècles, lorsque l'exploitation des terrains s'est intensifiée. Mais il est possible que le berger des Pyrénées se soit rencontré plus tôt, étant donné que l'activité pastorale en montagne pose d'autres exigences que la garde des bêtes en plaine.
En Suisse aussi se développent dans les montagnes des races de chiens bouviers de gabarit moyen, vifs et souples (Appenzellois et Entlebuch), alors que les chiens plus lourds, destinés à la garde et à l'attelage, se concentraient en plaine (Bouvier bernois et Grand bouvier suisse).
A en croire la tradition orale, il y a toujours eu dans les Pyrénées des chiens conducteurs et des chiens protecteurs de troupeaux. La première description assez fidèle date de la seconde moitié du siècle dernier, les chiens de l'époque ressemblaient à s'y méprendre à ceux d'aujourd'hui. Rien d'étonnant, donc, à ce que les premiers standards n'aient guère changé depuis.
Il y a encore aujourd'hui de nombreux bergers plus ou moins typés qui font leur travail dans les Pyrénées. On sélectionne de temps en temps parmi eux des reproducteurs très précieux qui apportent de nouvelles impulsions à la race. Cette possibilité de retrempe avec des chiens du terroir représente une exception dans l'état actuel de l'élevage des chiens, en tout cas en ce qui concerne les races européennes.
La race a surtout été découverte pendant la Première Guerre mondiale. Ces petits chiens rapides, endurants, furent utilisés comme chiens de liaison ou comme chiens sanitaires et trouvèrent la mort par milliers. La race a survécu à ce désastre et fut reconnue officiellement dans les années 20.