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Dans le cadre de la consultation du Département fédéral des finances sur le troisième rapport d’efficacité de la péréquation financière pour les années 2016 à 2019, le Conseil d'Etat s'est prononcé en faveur du changement de modèle proposé par les cantons.
Ce modèle a plusieurs avantages pour Genève: la diminution de la dotation de la péréquation des ressources, une meilleure prise en compte de l'évolution des disparités entre cantons grâce à l'adaptation annuelle de la dotation à la péréquation des ressources et une meilleure compensation des charges socio-démographiques. Le Conseil d'Etat salue également la dépolitisation de ce nouveau modèle dont le mécanisme sera inscrit dans la loi.
Le compromis adopté par les cantons implique toutefois des concessions. La surdotation du système péréquatif ne sera réduite que partiellement et graduellement, au terme d’une période transitoire de trois ans, et la dotation minimale augmente de 85% à 86,5%.
Genève soutient le modèle de la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC), à condition que l'intégralité des mesures du modèle soit retenue et se réserve le droit de revoir sa position si des changements étaient opérés, notamment concernant l’utilisation d’une partie des fonds fédéraux libérés en faveur de la compensation des charges socio-démographiques. Le Conseil d'Etat demande par conséquent que le Conseil fédéral se prononce au plus tard dans le cadre du message sur l'utilisation des fonds fédéraux libérés.
Le canton de Genève est actuellement le troisième contributeur net à la péréquation financière après Zurich et Bâle. Cette année, il est prévu qu'il verse 399 millions de francs au titre de la péréquation des ressources (394 millions pour la péréquation des ressources et 6 millions pour la compensation des cas de rigueur) et qu'il reçoive 102 millions pour la compensation des charges dues à des facteurs socio-démographiques. En 2018, la péréquation financière totale représente ainsi une charge nette pour Genève de 297 millions, soit 631 francs par habitant.