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Die Gründung des Klosters dürfte ca. 986 erfolgt sein. Das Gotteshaus wurde am See errichtet und Monasteriolum, später Münsterlingen genannt.
Kurze Zeit zuvor bei der Verlegung des Kranken- und Armenhospizes aus der Stadt Konstanz war ein Augustinerkloster in Kreuzlingen gegründet worden. Neben Ordensbrüdern arbeiteten dort auch Ordensschwestern, die eigens wegen der Krankenpflege eingestellt worden waren. In der Zeit von 986 bis 1000 wurden diese Schwestern ins Monasteriolum übersiedelt und blieben weiterhin der Augustinerregel unterstellt. Die wurde 1254 durch Papst Innozenz III. bestätigt.
Der 1803 geschaffene Kanton Thurgau musste bei knappen Finanzen sein Spitalwesen aus dem Nichts aufbauen. Nach der kantonalen Klosteraufhebung hat sich das Klostergebäude Münsterlingen als günstiger Spitalstandort angeboten. 1840 haben das Kantonsspital und die Psychiatrische Klinik ihren Betrieb aufgenommen. Die Tradition der Benediktinerinnen, erkrankte Pilger auf dem Jakobsweg zwischen Konstanz und Einsiedeln zu versorgen, wurde so weitergeführt.
In der Folgezeit kam es zu zahlreichen Um- und Anbauten sowie Modernisierungen im alten Klostertrakt infolge der rasanten medizinischen Entwicklung in Münsterlingen. 1963 nahm das Thurgauer Volk die Spitalvorlage zur Erweiterung der Spitalbauten an. Diese waren 1972 fertig gestellt. 1974 konnte der renovierten Klostertrakt bezogen werden. Patientenzimmer waren modernisiert und medizinische Anlagen erneuert worden. 1998 wurde der Innenhofausbau erweitert.
Auf 1. Januar 2000 sind vier, vormals unselbstständig öffentlich-rechtliche, Thurgauer Spitäler verselbstständigt worden. Zur daraus entstandenen Spital Thurgau AG gehören die Kantonsspitäler Frauenfeld und Münsterlingen, die Psychiatrischen Dienste Thurgau und die Klinik St. Katharinental.
Das Kantonsspital Münsterlingen (KSM) ist ein Spital mit erweiterter Grundversorgung und bewirtschaftet ca. 280 stationäre Betten sowie grosse ambulante Bereiche. Es ist ein Betrieb der Spital Thurgau AG und betreibt auf dem Spitalcampus auch ein eigenes Pathologisches Institut sowie ein Institut für Labormedizin. Das KSM arbeitet überdies eng mit den ebenfalls zur Spital Thurgau gehörenden Psychiatrischen Diensten, der Spitalpharmazie Thurgau AG und der Sportpraxis am See zusammen, welche dem Spitalcampus örtlich angegliedert sind. Zudem plant das Herz- und Neurozentrum seinen Neubau direkt neben dem KSM, wodurch sich wesentliche Vorteile für unsere Patientinnen und Patienten ergeben.
Spitalpharmazie seit 1951...
Bereits 1951 wurde im Kantonsspital Münsterlingen die erste Spitalapotheke im Kanton Thurgau als Vorläuferin der heutigen Spitalpharmazie Thurgau AG eingerichtet. Bis zur Gründung der Spital Thurgau AG im Jahr 200 war sie zugleich die Kantonsapotheke.
Die Spitalpharmazie Thurgau AG ist in die vier Bereiche Logistik für Spitäler, Produktion von im Handel nichterhältlichen Arzneimitteln, Herstellung von Chemotherapien für an Krebs erkrankte Patienten sowie die öffentliche Campus Apotheke in Spitalnähe.