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Les recherches archéologiques en cours s'inscrivent dans la suite d'une fouille menée dans les années 80-90 à l'emplacement de l'actuelle entreprise Stormatic. Il y avait été découvert les ruines de deux églises, l'une orientale et l'autre occidentale, et des cimetières appartenant à un important complexe religieux fondé à partir de l'époque carolingienne. L'église orientale, qui date des 11e-12e siècles, deviendra par la suite l'église paroissiale de St-Mathieu de Vuillonnex.
Dans ces périodes, Vuillonnex est le chef-lieu d'un décanat administré par un doyen. Le diocèse de Genève est alors divisé en huit circonscriptions (décanats) qui correspondent chacune à un territoire bien défini. La fouille actuelle a permis de mettre au jour toute une série de tombes et de fosses. Il s'agit d'une part de la suite du cimetière qui s'installe à partir du 12e siècle autour de l'église orientale, la future église St-Mathieu, et d'autre part des restes d'un habitat comprenant plusieurs bâtiments.
Un grand nombre de structures en négatifs a pu être en effet distingué : des trous de poteaux liés à des architectures en bois, des fosses-silos, où l'on conservait le grain ainsi que le fond d'une cabane servant probablement à de l'artisanat. Cet habitat devait faire partie du complexe religieux comme l'indique un fossé qui le délimite ainsi que le cimetière.
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