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Contrée francophone des Eglises réformées Berne-Jura-Soleure (refbejuso), l’arrondissement jurassien comprend le canton du Jura, le jura bernois et le secteur francophone de la ville de Bienne. Représentant 7-8% des membres de refbejuso, il réunit la minuscule Eglise réformée du canton du Jura (6 postes pastoraux) et l’Eglise réformée bernoise, la plus grande de Suisse. Gérant les questions financières par canton, les deux Eglises sont réunies sur le plan ecclésial.
Dans le canton du Jura, les structures de l’Eglise et de l’Etat ne sont pas aussi enchevêtrées que dans le canton de Berne. Cette indépendance a été renforcée lors de la création du nouveau canton en 1978. Dans le canton de Berne, l’Etat finance quasiment la totalité des salaires des ministres par l’impôt obligatoire, alors qu’une moitié de ces salaires est assumée par l’Etat jurassien, le solde provenant de l’impôt ecclésiastique.
A partir de 2013, des députés au Grand Conseil bernois ont revendiqué une séparation plus nette des Eglises et de l’Etat. Après une vaste consultation, le Grand Conseil a décidé en septembre 2015 que les pasteurs ne seraient plus employés par l’Etat mais par l’Eglise. Ce transfert d’employeur ne délie pas l’Etat de son obligation de financer les salaires des ministres, laquelle remonte à son annexion des biens ecclésiastiques suite au passage de Napoléon. Toutefois, le processus de désimbrication n’est sans doute pas terminé et suscite comme ailleurs la crainte d’une marginalisation croissante de l’Eglise.