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La sorveglianza delle varianti del SARS-CoV-2 e il monitoraggio della prevalenza della malattia nella popolazione sono due elementi importanti nella lotta al nuovo coronavirus. Permettono, in particolare, di seguire l’evoluzione delle diverse varianti e di valutare il rischio di comparsa di ceppi in grado di eludere l’immunità conferita dai diversi vaccini o da un’infezione pregressa. L’Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) ha inoltre approvato l’attuazione di un programma nazionale di sorveglianza genomica del SARS-CoV-2, in collaborazione con il Centro nazionale di riferimento per le infezioni virali emergenti (CRIVE) degli ospedali universitari di Ginevra, i politecnici federali, i laboratori universitari e privati, la piattaforma NextStrain e la COVID-19 Science Task Force.
Il monitoraggio genetico del SARS-CoV-2 è una componente fondamentale per la sorveglianza dell’epidemia di COVID-19. Se la maggior parte delle mutazioni non ha un impatto epidemiologico o clinico, alcune di queste aumentano la contagiosità o la patogenicità del virus, o ne riducono la sensibilità all’immunità indotta dai vaccini o da un’infezione pregressa. Il sequenziamento genomico del virus permette una classificazione accurata delle mutazioni emergenti nel corso del tempo, consentendo di rintracciare le catene di trasmissione e, se necessario, di adeguare i provvedimenti in modo dinamico.
All’inizio di marzo, l’UFSP ha rafforzato il suo pacchetto di provvedimenti con il lancio di un programma nazionale di sequenziamento genomico sistematico. Ogni settimana sono analizzati circa 2000 campioni positivi al SARS-CoV-2, un numero destinato a evolversi in base alla situazione epidemiologica. Lo scopo è di identificare rapidamente le varianti preoccupanti del virus, la loro possibile importazione da parte di viaggiatori e la loro distribuzione all’interno del Paese. La strategia, basata sulle raccomandazioni dell’OMS, è finanziata dall’UFSP e coordinata dal CRIVE.
Il programma è stato messo in atto gradualmente dall’inizio dell’anno, fino a raggiungere oggi il suo completo sviluppo. È previsto per il periodo compreso tra il 1° marzo 2021 e il 31 marzo 2022. La campionatura è effettuata in modo da ottenere, tra l’altro, un quadro rappresentativo della Svizzera che copra tutte le sue regioni geografiche e tutte le fasce d’età. Al programma partecipano una decina di laboratori, tra cui cinque centri ospedalieri universitari e una rete di laboratori privati. Altri laboratori potrebbero aderirvi prossimamente. I campioni sono sequenziati sul posto o trasportati a uno dei tre poli specializzati in sequenziamento ad alto rendimento: l’Health 2030 Genome Center di Ginevra, il Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE), una struttura del PF di Zurigo con sede a Basilea, e il Functional Genomics Center del PF di Zurigo.
Le sequenze virali sono centralizzate sulla Swiss Pathogen Surveillance Platform e sono accessibili anche sulla piattaforma internazionale GISAID. L’UFSP assicura la loro valutazione e la pubblicazione ufficiale dei dati su www.covid19.admin.ch. Il conteggio delle varianti preoccupanti e l’individuazione di nuove varianti sono garantiti da Nextstrain (https://nextstrain.org).
Infine, il programma di sorveglianza prevede anche la sorveglianza delle acque reflue e una caratterizzazione immunologica delle varianti preoccupanti per determinare se queste ultime possano eludere l’immunità conferita dai vaccini o da un’infezione pregressa.