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In seine Amtszeit fällt unter anderem die neue Agrarpolitik 2014-17. Kernelement dieser war die Weiterentwicklung des Direktzahlungssystems, das stärker auf Ziele ausgerichtet wurde. In der Landwirtschaft war die neue AP umstritten. Kritiker bemängelten unter anderem, dass die produzierende Landwirtschaft mit der Abschaffung der Tierbeiträge benachteiligt werde. Ein unter anderem von Uniterre lanciertes Referendum kam nicht zustande.
Nach dem Rückzug der Initiative für Ernährungssicherheit durch den Schweizer Bauernverband unterstützte auch Schneider-Ammann den Gegenentwurf, der 2017 mit überwältigender Mehrheit angenommen wurde. Damit verankerte die Schweiz als erstes Land der Welt die Ernährungssicherheit in der Verfassung. Aussenpolitisch konnte Schneider-Ammann insbesondere mit den Freihandelsabkommen mit China einen Erfolg verbuchen.
Nach der Veröffentlichung der Gesamtschau zur Zukunft der Agrarpolitik im Herbst 2017 geriet die Beziehung zum Schweizer Bauernverband an einen Tiefpunkt. Die in der Gesamtschau vorgestellten Freihandelspläne stiessen auf massive und breite Ablehnung. Der Bundesrat teilte nach der Zurückweisung des Berichts durch den Nationalrat schliesslich mit, künftig die Agrarpolitik und den Freihandel separat zu behandeln. Ebenso sind die Freihandels-Verhandlungen mit den lateinamerikanischen Mercosur-Staaten umstritten.
Auch die überstürzt angekündigten Konzentration der Agroscope-Standorte auf Posieux rief Kritiker auf den Plan. Diese fürchten eine Schwächung des Forschungs-Standorts Schweiz.
Stark auseinandergesetzt hat sich Schneider-Ammann mit der Digitalisierung der Landwirtschaft. Nachdem er in Paris zum Thema eine Landwirtschaftsmesse besucht hatte, beauftragte er das Bundesamt für Landwirtschaft damit, einen Workshop zum Thema durchzuführen. "Wir wollen eine Landwirtschaft ermöglichen, die von der Digitalisierung profitieren kann", so Schneider-Ammann damals gegenüber dem LID. Vergangenen Juli resultierte daraus die Charta zur Digitalisierung der Schweizer Land- und Ernährungswirtschaft.