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Neuzeit: 1500 n.Chr.-heute
Dem «mittleren Alter» schliesst sich die Neuzeit nahtlos an. Eine klare Trennung der beiden Epochen ist schwierig, so dass man sich meist an bestimmten Ereignissen orientiert: an der Entdeckung des Kontinentes Amerika (1492), oder an den Anfängen von Renaissance und Humanismus, oder an der Reformation. Spätestens mit dem 16. Jahrhundert endet in vielen europäischen Lebensbereichen das Mittelalter und beginnt diejenige Epoche, die man seit langem als die «Neue» bezeichnet, und darum ihre Anfänge für uns heute bereits wieder «alt» sind.
Auch die archäologischen Übergänge sind fliessend. Die gewaltigen Änderungen in der Mentalität (Reformation, Humanismus) haben sich im archäologischen Fundmaterial kaum niedergeschlagen. Einzig an modischen Gegenständen, zum Beispiel bei verzierten Ofenkacheln, lässt sich der neue Zeitgeist ablesen. Die Gebrauchsgegenstände, die «Kulturdenkmäler des Alltags» liessen sich von der europäischen Geistesgeschichte nicht beeinflussen. Hier ist das Mittelalter noch lange spürbar.
Der wirtschaftliche Aufschwung in der Neuzeit
Im 17. Jahrhundert haben auch in Basel eine kleine Zahl reicher Familien wichtige öffentliche Ämter bekleidet. Oberstleutnant Hans Jakob Zörnlin wohnte in bester Lage am Münsterplatz 16. Er verstarb 1659 an Syphilis. Grosse Teile seines Haushalts sind in der Hauslatrine entsorgt worden. Nebst Schüsseln und Gläsern fanden sich auch Apothekerfläschchen und Arzneibehälter. Die Schuhreste sind Dokumente der damaligen Mode, und Tabakpfeifen zeugen von neuen Genüssen.
Der Aufschwung von Produktion und Handel führte im 18. Jh. zu einem beachtlichen Wohlstand für die soziale Oberschicht, der sich unter anderem in einem grossbürgerlichen Lebensstil äusserte. Es entstanden repräsentative Bauten und Stadthäuser im Stil französischer Architektur (Ramsteinerhof 1730) und in Anlehnung an den Klassizismus (Kirschgarten 1775–1780). Deren Innenausstattung entsprach internationalem Standard.
Im Zeitalter der Industrialisierung entwickelten sich viele Handwerks- und Gewerbebetriebe zu grossen Fabriken, ausgerüstet mit neuen Technologien. Innerhalb der Textilindustrie nahm in Basel die Seidenbandfabrikation eine herausragende Rolle ein. Die Blütezeit der Seidenbandweberei im 18. und 19. Jh. verhalf der Stadt zu einer bedeutenden Stellung im internationalen Welthandel. Im 19. Jh. erlangte Basel durch die chemische Industrie und den Bankensektor erneut überregionale Bedeutung.
Die Industrialisierung
Seit dem ausgehenden 18. Jh. nahm die Bevölkerung in Basel und auch der Verkehr stark zu. Im 19. Jh. platzte die Stadt aus allen Nähten. Die Stadtmauern engten Bevölkerung und Verkehr zunehmend ein. In den Jahren 1858–1866 wurden die Stadtmauern und vier der sieben Tore abgetragen, die Stadtgräben zugeschüttet, Befestigungswerke durch Boulevards und Grünanlagen ersetzt. Es entstanden neue Wohnquartiere, Industriegebiete und Arbeitersiedlungen.
Über Menschen, die zur Zeit der Industrialisierung in Basel gelebt haben, berichten die Ausgrabungen auf dem St. Johann-Gottesacker, eines Spitalfriedhofs von 1842. Die Herkunft der Verstorbenen und deren Berufsbezeichnungen im Sterberegister widerspiegeln die Arbeitssituation in der Stadt um die Mitte des 19. Jh. (Fabrikarbeiterinnen und Mägde). Die häufigste Todesursache damals war die Tuberkulose, eine durch die ungünstigen Arbeits- und Lebensbedingungen im Zeitalter der Industrialisierung sich verbreitende Krankheit.
In der Stadt löste die letzte grosse Choleraepidemie von 1855 eine Hygiene-Revolution aus. Der als städtische Kloake bezeichnete Birsig wurde 1886 überdeckt. Grosse Teile der Innenstadt wurden saniert und für den neuen Verkehr erschlossen. Eine einzige Rheinbrücke (Mittlere Brücke) genügte nicht mehr. In den Jahren 1872–79 entstanden in rascher Folge die Eisenbahnbrücke, die Wettsteinbrücke und die Johanniterbrücke.