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Forschungsbereich: Kolorektalkarzinome und Lebermetastasen (Lugli Zlobec)
Unsere Forschung fokussiert sich auf die histopathologischen, translationalen und molekularen Aspekte von Kolorektalkarzinomen. Dabei sind wir speziell an den diagnostischen und biologischen Aspekten von Tumor Buds und deren Mikroumgebung interessiert. In diesem Zusammenhang arbeiten wir unter anderem an der molekularen Klassifikation von Kolorektalkarzinomen, der Identifikation und Validierung von Biomarkern und deren Implementierung in den klinischen Alltag.
Aktuelle Forschungsprojekte Lugli Zlobec
Die epigenetische Landschaft von CDX2
Gruppe Lugli Zlobec Circa 20% aller kolorektale Karzinome zeigen stark reduziert Expression vom CDX2 Protein. Der Verlust von CDX2 ist assoziiert mit Mikrosatelliten-Instabilität (MSI), hohem CpG Methylierungsgrad und BRAF Mutation. Unsere funktionellen Studien zeigen, dass eine Hypermethylierung des CDX2 Promoters ein Hauptgrund für den Verlust der Expression des CDX2 Proteins darstellt, und dass diese Expression durch Behandlung mit DNA Methyltransferase-Inhibitoren wiederhergestellt werden kann. Zusammen mit der Forschungsgruppe von Prof. Dr. Mario Tschan untersuchen wir die genetischen und epigenetischen Modifikationen von CDX2 mit Hilfe der CRISPR/Cas9 Technologie.
A) Positive Expression von CDX2 Proteine in Dickdarm Krebs. B) Der Verlust von CDX2 hat einen signifikanten negativen Einfluss auf das Patientenergebnis (Kaplan-Meier Kurve, Log-Rank-Test)
Tumor Budding beim Kolorektalen Karzinom
Gruppe Lugli Zlobec Tumor Buds stehen in Korrelation mit aggressivem Tumorverhalten und schlechteren Prognosen für Patienten. Um die diagnostische Berichterstattung für Tumor Buds zu normen, veranstalteten wir 2016 den ersten Konsensus-Kongress für Tumor Buds (International Tumor Budding Consensus Congress - ITBCC). In diesem Kongress konnte erfolgreich eine Einigung der empfohlenen Berichterstattung von Tumor Buds erreicht werden, welche 2017 in der Fachzeitschrift "Modern Pathology" publiziert wurde und international als Basis für Protokolle und Richtlinien für die Berichterstattung von Tumor Budding benutzt werden. Unsere Forschungsgruppe arbeitet aktuell an der Validierung der ITBCC Resultate und ist Forschungsmitglied des International Budding Consortium (IBC). Zusätzlich fokussiert sich unsere Forschung auf die Charakterisierung von Tumor Buds und deren Mikroumgebung mit dem Bestreben, Zielmoleküle ausfindig zu machen, welche für die Zerstörung solcher Zellen genutzt werden können.
Tumor buds beim Kolorektalen Karzinom (H&E Färbung, 40x)
Entwicklung von ngTMA "Pipelines"
Gruppe Lugli Zlobec Wir untersuchen die Rolle des Machine Learning und Deep Learning bei der Behandlung klinisch relevanter Forschungsfragen, vor allem bei gynäkologischen und kolorektalen Karzinomen. Zusammen mit PD Dr. med Tilman Rau und unterstützt von der TRU und digitale Pathologie Team, Pipelines zur Verarbeitung von Daten der next-generation Tissue Microarrays (ngTMA®), zur Bewertung der Immunfärbung und zur Integration von Scores mit klinischen, histopathologischen und anderen Forschungsdaten für statistische Analysen werden von der Gruppe durchgeführt. Wir erstellen und implementieren Werkzeuge zur Qualitätskontrolle und Optimierung digitaler Workflows und setzen diese als Basis für unsere klinisch orientierten Biomarker-Studien ein.
Beispiel für p53 bei einem Endometriumkarzinom im Rahmen eines ngTMA-Experiments