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Le contexte clinique définit plusieurs usages pour les méthodes de détection des IgE spécifiques. Dans le contexte de la médecine de premier recours, les analyses rapides, réalisables à proximité du patient ont une place comme alternative aux tests cutanés. Pour l'usage habituel du cabinet médical, les méthodes quantitatives de dépistage d'atopie (Phadiatop ou équivalent) sont préférables. Leur valeur prédictive négative est utile pour exclure l'atopie. De plus, la distinction entre une allergie saisonnière et perannuelle est aisée.
A l'usage du spécialiste, les résultats quantitatifs d'IgE spécifiques peuvent être liés à une probabilité de réaction clinique à un allergène. Des points de décision clinique ont été établis pour plusieurs allergènes alimentaires communs associés aux eczémas atopiques de l'enfant.