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Actuellement, le Tribunal pénal fédéral se compose de deux cours, l'une des affaires pénales et l'autre des plaintes. Elles sont toutes deux constituées par la Cour plénière pour une période de deux ans. La Cour plénière élit les présidents des deux cours pour une période de fonction de même durée, renouvelable deux fois.
La Cour des affaires pénales statue en première instance sur les infractions énumérées aux art. 23 et 24 du Code de procédure pénale suisse (CPP). À cela s'ajoutent certaines compétences de droit pénal général ou administratif fondées sur d'autres lois fédérales.
La Cour des plaintes statue sur les recours déposés contre les décisions et les actes de procédure de la police et du Ministère public de la Confédération, de même que contre certaines décisions du tribunal des mesures de contrainte et de la Cour des affaires pénales. De plus, l'art. 37 al. 2 LOAP lui confère diverses autres compétences, en particulier dans les domaine de l’entraide judiciaire internationale en matière pénale et du droit pénal administratif.