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Seine Karriere als Fussballspieler beginnt beim TSV Gilching-Argelsried. Danach spielt Markus Babbel erfolgreich in den Jugendteams des FC Bayern München und für die Jugendauswahl des DFB. Am 01.07.1991, im Alter von 18 Jahren, schafft er den Sprung in die 1. Mannschaft (Trainer zum damaligen Zeitpunkt war Jupp Heynckes). In der Bundesliga kam er als Abwehrspieler für die Bayern zunächst nur auf wenige Einsätze, wurde aber als Leihgabe 1992–1994 Stammspieler beim Hamburger SV unter Egon Coordes.
Nach Leihende (30.06.1994) kehrt Markus Babbel nach München zurück. Trainer bei den Bayern ist Franz Beckenbauer. Markus Babbel setzt sich auch bei den Bayern durch und gewann viermal die deutsche Meisterschaft, zweimal den DFB-Pokal und einmal den UEFA-Pokal. Er spielt beim FC Bayern München unter folgenden Trainern: Otto Rehhagel, Klaus Augenthaler, Giovanni Trapattoni und Ottmar Hitzfeld.
Am 01.07.2000 verlässt er die Bundesliga und wechselt ablösefrei nach England zum Erstligisten FC Liverpool (unter Trainer Gérard Houllier), mit welchem er 2001 ebenfalls den UEFA-Pokal gewann. Seine Karriere wurde zeitweilig von einer Nervenkrankheit, dem Guillain-Barré-Syndrom, unterbrochen. Der FC Liverpool unterstützt ihn und verlängert den Vertrag – ungeachtet der gesundheitlichen Probleme. Nach seiner Genesung wurde er von Liverpool 2003 an die Blackburn Rovers ausgeliehen, wo er unter Graeme Souness auf über 2‘035 Spielminuten gekommen ist.
Mit 31 Jahren (im Sommer 2004) wechselt er zurück in die Bundesliga zum VfB Stuttgart (unter Trainer Matthias Sammer). Am 01.07.2005 wird Giovanni Trapattoni als neuer Trainer vorgestellt, welcher aber bereits nach einem halben Jahr durch Armin Veh (Amtsantritt am 10.02.2006) ersetzt wurde. Zum Abschluss seiner aktiven Karriere gewann Markus Babbel mit dem VfB (im Sommer 2007) noch einmal die deutsche Meisterschaft. Mit 34 Jahren beendet er seine Karriere als Fussballspieler.
Markus Babbel bleibt dem Fussballspiel aber treu und wird Assistent (Co-Trainer) von Armin Veh. Nach der 4:1 Auswärtsniederlage gegen den VfL Wolfsburg (14. Spieltag), wird er als Nachfolger von Armin Veh vorgestellt. Als er das Team übernimmt, steht Stuttgart auf den 11. Tabellenrang. Am 34. Spieltag (23.05.2009) beendet das Team von Markus Babbel die Meisterschaft auf den 3. Rang hinter VfL Wolfsburg und dem FC Bayern München. In der kommenden Saison gelingt es dem Team nicht die letztjährige Leistung zu bestätigen. Am 06.12.2009 (15. Spieltag) befindet sich der VfB Stuttgart auf den 16. Tabellenrang (Abstiegsplatz). Die Vereinsleitung entscheidet sich ohne Markus Babbel weiter zu machen. Der Schweizer Christian Gross wird als sein Nachfolger vorgestellt.
Am 01.07.2010 übernimmt Markus Babbel den 2. Bundesligisten Hertha BSC, welcher aus der 1. Bundesliga abgestiegen ist und schafft mit Hertha den sofortigen Wiederaufstieg (6 Punkte Vorsprung auf den zweitplatzierten FC Augsburg). In der Saison 2010/2011 setzt Markus Babbel seine Philosophie fort und steht mit seinem Team am 17. Spieltag (18.12.2011) als Aufsteiger auf den 11. Tabellenrang. Als ein öffentlicher Streit mit dem Manager Michael Preetz eskalierte, trennte sich der Verein von Markus Babbel. Der Verlierer war dieses Mal aber der Verein. Die Mannschaft stieg erneut ab und verlor dadurch Millionen.
Nach einigen Monaten Pause, nimmt Markus Babbel am 10.02.2012 wieder eine neue Herausforderung beim TSG Hoffenheim an. Ende Saison positionieren sie sich im Mittelfeld auf den 11. Tabellenrang. Problematisch wird es, als Markus Babbel am 22.03.2012 neben dem Trainerjob auch noch ein Doppelmandat als „Sportlicher Leiter“ angenommen hat. Im September 2012 wird er beim TSG Hoffenheim entlassen.
Dieses Mal gönnt sich Markus Babbel aber eine längere Pause. Nach reiflicher Überlegung nimmt er die Offerte des FC Luzern an. Amtsantritt ist der 13.10.2014. Markus Babbel ist seit über 2½ Jahren Trainer des FC Luzern und somit der amtsälteste Trainer der Raiffeisen Super League. Er setzt auf Nachhaltigkeit und gibt jungen Talenten die Möglichkeit sich in der höchsten Schweizerliga zu zeigen. So stehen derzeit 10 (im eigenen Verein ausgebildete) Nachwuchsspieler in der 1. Mannschaft.