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Bonne qualité
La qualité de ces eaux est dans l'ensemble bonne. Chimiquement, il y a peu de problèmes par rapport à ce qui est observé sur le Plateau suisse. L’origine principalement karstique des eaux neuchâteloises implique que sa qualité bactériologique est souvent insuffisante. Ainsi toutes les eaux distribuées dans le canton, exception faite des eaux du puits de Treytel à Bevaix, sont désinfectées. La qualité chimique des eaux est surveillée par le service de l'énergie et de l'environnement depuis plus d'un quart de siècle.
Eau de boisson
Les Gorges de l'Areuse sont le château d'eau neuchâtelois. Les captages pourraient, en temps de crise, alimenter près de 80% de la population cantonale. Les villes de Neuchâtel et de La Chaux-de-Fonds soutirent la presque totalité de leur eau de boisson dans les captages des aquifères karstiques et dans la nappe alluviale qui borde l’Areuse.
Surveillance continue
Le service prélève 2 à 4 fois par an l’eau brute (avant traitement) dans une trentaine de captages ainsi que les eaux des principales sources karstiques du canton soit: la Serrière, la Noiraigue, le Seyon et l'Areuse.
De plus, il collecte l'eau de 17 points supplémentaires faisant partie du réseau national de surveillance (Naqua).
Activité de conseil
Le service a suivi et conseillé les communes dans la délimitation de leur zone de protection
autour des captages d'eau exploitée ou de réserve. Ce long travail visant à prévenir une pollution ou la dégradation des installations d'alimentation, est maintenant terminé pour une grande partie d'entre elles.