I en skrivelse den 1 juni 2007 framförde Asylgruppen i Malmö m.fl. klagomål mot Migrationsverkets handläggning av ärenden om uppehållstillstånd för ensamkommande barn. I skrivelsen anfördes bl.a. följande. Ensamkommande barn ska enligt gällande riktlinjer inte behöva vänta längre än tre månader på ett beslut i ärenden om uppehållstillstånd. Det var uppenbart att Migrationsverket inte klarade av att leva upp till detta. I många fall hade ensamkommande barn väntat mer än sex månader på beslut. Migrationsverket dröjde också flera månader med att tilldela barn offentliga biträden samt utse handläggare i ärendena. De långa handläggningstiderna leder till en oerhörd psykisk påfrestning för barn, som i många fall redan är svårt traumatiserade och saknar familjer. Handläggningstiderna påverkar också deras ärenden om uppehållstillstånd negativt. Ensamkommande barn som inte har någon familj eller vars familjer inte går att återfinna kan i praktiken inte avvisas. När de har fyllt 18 år betraktas de dock inte längre som barn, och beslut om avvisning kan då verkställas. Det finns utrymme för handläggare på Migrationsverket att förhala handläggningen så att barnen hinner fylla 18 år. Handläggningstiderna kan också ha påverkats av det förhållandet att det inte finns någon plan för hur barn som beviljas uppehållstillstånd ska tas om hand.
Efter remiss anförde Migrationsverket, generaldirektören AA, i ett yttrande den 24 september 2007 följande.
Sammanfattning
I anmälan påstås att Migrationsverket förhalar utredningar av asylansökningar från ensamkommande flyktingbarn. Skälet är enligt anmälaren att barnen då hinner fylla 18 och lättare kan skickas tillbaka till sina hemländer. Påståendet faller på sin egen orimlighet. Migrationsverkets tjänstemän, med uppdrag att värna asylrätten, har inget intresse av att påverka ärendens utgång i den ena eller andra riktningen. Alla som har skyddsbehov ska oavsett ålder beredas en fristad i Sverige, och ärendena ska enligt 
förvaltningslagen
 handläggas så snabbt som möjligt.
När det gäller asylsökande barn som kommer till Sverige utan vårdnadshavare, har Migrationsverket ett särskilt uppdrag att fatta beslut inom tre månader. Det målet
De problem som uppstår till följd av att alltför få kommuner tar emot ensamkommande barn är allvarliga. Det fanns i augusti ca 270 ensamkommande barn som väntade på att någon kommun ska ta emot dem. Sedan kommunerna tog över ansvaret för mottagandet från Migrationsverket den 1 juli 2006, har det varit svårt att få fram tillräckligt antal platser. Problemen med mottagandet av de ensamkommande barnen påverkar negativt också handläggningstiden av deras asylärenden.
Här nedan kommenterar Migrationsverket närmare det som anförs i anmälan. Den beskrivning som följer avser asylärenden där barn är sökande.
Asylprocessen i barnärenden
Den stora ökningen av antalet ensamkommande barn sedan förra sommaren från ca 30 barn till ca 100 barn per månad har inneburit en stor belastning på de resurser som fanns till förfogande för prövning av ärenden avseende ensamkommande barn. Den genomsnittliga handläggningstiden understiger ändå sex månader, som i tidigare regleringsbrev angetts som målsättning.
Av de 594 ensamkommande barn som ansökt om asyl under tiden den1 januari–den 30 juni i år var 400 barn mellan 16 och 17 år, dvs. 67 procent. Av statistiken över andel barn i olika åldersgrupper som handläggs inom tre respektive sex månader kan man se att de allra yngsta barnen (0–7 år) prioriteras främst. Därnäst har de äldsta barnen (16–17 år), som också är den antalsmässigt helt dominerande gruppen, getts prioritet.
I 108 ärenden hann barnet uppnå 18 års ålder under handläggningstiden. Denna grupp barn hade dock kortare genomsnittlig handläggningstid än samtliga övriga åldersgrupper. Att så pass många barn ändå uppnådde 18-årsgränsen under handläggningstiden beror på den stora ärendeinströmningen avseende ensamkommande barn och att just åldersgruppen 16–17 år är så dominerande.
Åtgärder innan handläggningen påbörjas
Alla ärenden ska genast fördelas på handläggare. Den 1 juni 2007 var samtliga ärenden avseende ensamma barn registrerade på handläggare.
Ärenden rörande ensamkommande barn innehåller flera handläggningsmoment innan den egentliga utredningen och prövningen av asylärendet kan påbörjas. Inledningsvis måste en utredning göras för att klargöra om den unge är ensamkommande, dvs. saknar vårdnadshavare eller motsvarande här i Sverige och är underårig. Endast ett fåtal av de unga personer som säger sig vara ensamkommande barn kan styrka sin identitet inklusive ålder. Är det tveksamt om den unge är under 18 år görs en åldersutredning.
Ensamkommande barn har inte rättshandlingsförmåga att själva ansöka om asyl. God man eller, om sådan inte finns förordnad, offentligt biträde ska enligt 
18 kap. 4 § utlänningslagen (2005:716)
 ansöka om uppehållstillstånd för barnet, om det inte är uppenbart obehövligt. Enligt lagen (
2005:429
) om god man för ensamkommande barn ska överförmyndaren förordna om en god man som i vårdnadshavares och förmyndares ställe ska ansvara för barnets personliga förhållanden och sköta barnets angelägenheter. Offentligt biträde är enligt 
18 kap. 3 § utlänningslagen
 utan särskilt förordnande barnets ställföreträdare i det mål eller ärende som förordnandet gäller om god man inte finns förordnad. Barnets asylansökan kan inte handläggas förrän barnet har en ställföreträdare. Vill barnet ansöka om asyl registreras en asylansökan,
Förordnande av biträde i barnärenden
I dagsläget förordnas biträde inom några dagar i samtliga ärenden. Under våren var tiden fram till dess att biträde förordnades alltför lång. Detta berodde på två orsaker. För det första ville Migrationsverket att biträdet skulle finnas i närheten av barnet och avvaktade därför med att förordna biträde till dess barnen hade lämnat ankomstkommunen och placerats i en kommun med överenskommelse att ta emot ensamkommande barn. För det andra ville verket att god man skulle utses först och därmed kunna påverka valet av biträde. Många barn blev, på grund av att inte tillräckligt många kommuner överenskommit med Migrationsverket att ta emot barn, kvar i ankomstkommuner under lång tid utan att vare sig god man eller biträde förordnades. Även om det i och för sig fanns goda skäl för den ovan beskrivna ordningen, så bedömde verket att situationen inte var acceptabel. Nya riktlinjer, som innebär att biträde ska förordnas inom fem dagar och att byte av biträde normalt sett godtas – togs därför fram under juni månad 2007.
Åtgärder för att korta handläggningstiderna ytterligare i barnärenden, m.m.
Under året har nyrekrytering av handläggare till barnärendeprövningen genomförts. Vidare har rutiner tagits fram för att effektivisera förfarandet i vissa ärendetyper, såsom t.ex. den ovan beskrivna ändrade ordningen för biträdesförordnanden. Resurserna är tillräckliga för att klara tremånadersmålet för inkommande ärenden. Den tidigare uppkomna balansen av ärenden har överförts till tre nyinrättade asylenheter med uppdrag att handlägga dessa ärenden med högsta prioritet. Under hösten 2007 beräknas balansen vara helt avarbetad.
När det gäller omhändertagandet av barn sedan uppehållstillstånd har beviljats vill Migrationsverket anföra följande.
Verket anvisar asylsökande barn huvudsakligen till kommuner med vilka verket har överenskommelser om mottagande av ensamkommande barn. Dessa kommuner är medvetna om att, för det fall barnet beviljas uppehållstillstånd, kommunen har det fortsatta ansvaret för barnet. Trögheten när det gäller kommunernas mottagande av asylsökande ensamma barn får återverkningar både när det gäller handläggningstiden i asylärendet och utflyttningen efter beviljat uppehållstillstånd. Det fanns i augusti ca 270 ensamkommande barn med uppehållstillstånd som väntade på att någon kommun ska ta emot dem.
Med vetskap om att Migrationsverket fr.o.m. den 1 juli 2007 skulle få ansvaret för Integrationsverkets tidigare arbete med utflyttning av de ensamkommande barnen, bildade verket en arbetsgrupp. Gruppen inledde under våren ett samarbete med berörda departement, Socialstyrelsen, Integrationsverket och Sveriges Kommuner och Landsting i syfte att kunna bistå kommunerna med att ordna ett fungerande system för omhändertagandet av barn med uppehållstillstånd. Denna del av integrationsarbetet omfattas inte av länsstyrelsernas uppdrag utan åvilar Migrationsverket. Gruppen har tagit fram förslag till överenskommelser avseende mottagande av barn med uppehållstillstånd. Möten med berörda kommuner hålls på flera platser i landet, vid vilka överenskommelserna presenteras samt lösningar och dimensionering för kommunerna diskuteras. Regeringen har utlovat höjd statlig ersättning till de kommuner som tar emot ensamkommande barn.
Sammanfattningsvis kan konstateras att situationen för de ensamkommande barnen har förbättrats avsevärt.
Anmälarna, genom Asylgruppen i Malmö, lämnades tillfälle att kommentera remissvaret men hördes inte av.
I ett beslut den 10 april 2008 anförde 
JO Axberger
 följande.
Ensamkommande flyktingbarn befinner sig i en svår och utsatt situation. Självfallet måste det ställas höga krav på Migrationsverkets handläggning av deras ansökningar om uppehållstillstånd, bl.a. att ärendena ges en hög prioritet. I anmälan har framförts uppgifter om att det funnits brister av olika slag i verkets handläggning av ärenden rörande ensamkommande barn. Uppgifterna är allmänt hållna och rör inte några särskilt utpekade ärenden. I vissa avseenden framstår den kritik som framförs som mycket allvarlig.
Det bör nämnas att Wells i ett beslut den 6 november 2007 (JO:s dnr 4647-2006) har behandlat en anmälan rörande påstådda brister i Migrationsverkets mottagande av ensamkommande barn. Ärendet rörde främst huruvida verket hade vidtagit tillräckliga åtgärder för att ordna platser i mer permanent boende för de ensamkommande flyktingbarnen. JO:s beslut i ärendet innehåller en beskrivning av bakgrunden till de lagändringar som trädde i kraft den 1 juli 2006 och som syftade till att förbättra mottagandet av ensamkommande barn. JO uttalade i beslutet att utredningen i ärendet fick anses visa att denna reform inte kunnat genomföras på det sätt som avsetts och att det huvudsakliga skälet till detta uppenbarligen var det ökande antalet ensamkommande barn i förening med svårigheterna att få kommunerna att medverka genom avtal med Migrationsverket. Utredningen i ärendet gav enligt JO:s mening inte utrymme för slutsatsen att Migrationsverket ställt inför dessa problem fullföljt sina uppgifter på ett klandervärt sätt.
Vad angår de nu föreliggande klagomålen mot Migrationsverket vill jag inledningsvis framhålla att JO:s verksamhet inte i första hand är avsedd för utredande av mer allmänna uppgifter om missförhållanden. Jag noterar dock att regeringen har satt upp som mål att beslut i ärenden om uppehållstillstånd avseende ensamkommande barn ska fattas inom tre månader (se bl.a. 
prop. 2005/06:46 s. 9
 och regleringsbrevet för Migrationsverket budgetåret 2007, dnr Ju2007/7006/SIM) samt att det av Migrationsverkets remissyttrande framgår att detta mål inte kunnat nås och att den genomsnittliga handläggningstiden vid tiden för yttrandet var fem månader.
En betydelsefull omständighet i sammanhanget är att barnet under handläggningen kan hinna fylla 18 år och därmed inte längre vara att betrakta som ett barn vid prövningen i ärendet. I anslutning härtill konstaterar jag att Migrationsverket i remissyttrandet kraftfullt har tillbakavisat anmälarnas antydanden om att myndigheten medvetet skulle förhala handläggningen av ärendena. Anmälarna har inte kommenterat svaret och det saknas i ärendet belägg för att det skulle förhålla sig så som det antyds i anmälan.
Migrationsverket har i remissyttrandet upplyst att alla ärenden avseende ensamkommande barn genast ska fördelas på handläggare. Enligt verket var den 1
juni 2007 samtliga sådana ärenden fördelade på handläggare. Verket har också påtalat att ärenden angående ensamkommande barn innehåller flera särskilda handläggningsmoment som måste utföras innan den egentliga handläggningen och prövningen kan påbörjas. Beträffande frågan om förordnande av offentligt biträde har Migrationsverket anfört att väntetiden fram till dess att biträde förordnades var alltför lång under våren 2007. Verket har lämnat en redogörelse angående orsakerna till detta. Vidare framgår av yttrandet att verket ansett att situationen inte var acceptabel och att myndigheten därför utarbetat nya riktlinjer. Dessa innebär bl.a. att biträde ska förordnas inom fem dagar. Vid tiden för yttrandet förordnades biträde inom några dagar i samtliga ärenden. Migrationsverket har i ärendet också hänvisat till den stora ökningen av antalet ensamkommande barn och till problemet med att alltför få kommuner tar emot barnen.
Det kan sålunda konstateras att det har förelegat flera särskilda förhållanden som försvårat handläggningen av ärenden om uppehållstillstånd avseende ensamkommande barn. Det är självfallet angeläget att det vidtas åtgärder för att ytterligare förkorta handläggningstiderna. Av Migrationsverkets yttrande framgår att detta även är verkets mening och ambition. Från JO:s sida är och förblir detta ett viktigt tillsynsområde, men de allmänna iakttagelser som här kunnat tas upp till belysning kan inte läggas till grund för någon kritik mot Migrationsverket.