A legitimidade processual do BES tem vindo a ser questionada ou enjeitada em processos judiciais em que este é parte, com base na alegada transferência para o Novo Banco das responsabilidades que se discutem naqueles processos, em que o BES era Réu a 3 de Agosto e que respeitem a factos anteriores à aplicação da medida de resolução ao BES e por efeito da aplicação desta.