O segundo acórdão arbitral avalia as noções de caso julgado e de autoridade de caso julgado e começando por definir os termos em que podem ou não ter lugar as alterações pretendidas ao decidido no primeiro acórdão arbitral, entendeu que "factos posteriores à decisão podem justificar a modificação do caso julgado, com base na regra rebus sic standibus” e que houve alteração das circunstâncias com a declaração de nulidade do loteamento e da permuta determinada pelo Acórdão do Tribunal Central Administrativo Sul, que inviabilizou a promoção imobiliária dos terrenos da Feira Popular, alterações que assumem relevância e permitem modificar o julgado na parte relativa à cláusula penal anteriormente fixada.