Na verdade, antes de se passar à fase seguinte utilização efectiva de métodos indiciários ou presunções na determinação do lucro tributável) há que atentar ainda no n. 2 do artigo 3 que determina que a aplicação de métodos indiciários em consequência de anomalias e incorrecções da contabilidade ou dos livros de registo só poderá verificar-se quando não seja possível a comprovação e a quantificação directa e exacta dos elementos indispensáveis à determinação do lucro tributável.