No que se refere à autonomia estatuária das instituições do ensino superior privadas, regem os transcritos artigos 14 e 14 do RJIES, que remetem a definição da estrutura orgânica, bem assim como "as regras a que obedecem as relações entre a entidade instituidora e o estabelecimento de ensino, bem como os demais aspectos fundamentais da organização e funcionamento deste, designadamente a forma de designação e a duração do mandato dos titulares dos seus órgãos.”, para os estatutos do estabelecimento de ensino.