1, 3 RJIES determina de forma inequívoca que «face à respectiva entidade instituidora e face ao Estado, os estabelecimentos de ensino superior privados gozam de autonomia pedagógica, científica e cultural», o que, como bem sustentado no Parecer n. 40/2009 do Conselho Consultivo da Procuradoria-Geral da República, homologado Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, impõe « uma separação muito clara entre a entidade instituidora do estabelecimento universitário ... e o estabelecimento universitário propriamente dito», o que implica «um corte» com os «eventuais sócios, associados, ou outros promotores daquela entidade, assegurando-se por esta via a afectação .