Todavia, a fraqueza do VIES neste combate reside na sua própria estrutura: por um lado as normas nacionais de registo de não residentes não estão harmonizadas ao nível da União Europeia, o que faz com que existam empresas que estão registadas em vários Estados-Membros, nos quais não têm actividade económica ou têm actividade reduzida, o que facilita a existência de empresas fraudulentas; por outro lado os modelos de IVA são preenchidos no fim do mês seguinte ao qual a transmissão intracomunitária de bens ocorreu.