O conflito tem origem nos objetivos destas leis e despachos sobre a criação do FAI suscitando à Comissão Certificadora várias dúvidas sobre o enquadramento do tipo de projetos apoiados pelo FAI no âmbito do SIFIDE, podendo o Estado ficar lesado ao atribuir este incentivo, pois reduziria significativamente a contrapartida que definiu no concurso.