A autonomia do Ministério Público, a sua titularidade da ação penal e os seus poderes de direção do inquérito significam que o Ministério Público é livre de exercer a sua competência e os seus poderes durante a fase processual do inquérito, estando o inquérito na sua disponibilidade, e não permitindo que outras entidades regulem, em sede de oportunidade, a escolha das diligências que devem ser efetuadas na fase de inquérito.