No decurso da acção e de acordo com o descrito anteriormente, foram apuradas várias situações susceptíveis de conduzir à aplicação de métodos indirectos conforme estipulado no art88 da LGT: "A impossibilidade de comprovação e quantificação directa e exacta da matéria tributável para efeitos de tributação de métodos indirectos, referida na alínea do art87, pode resultar das seguintes anomalias e incorrecções, quando inviabilizem o apuramento da matéria tributável: a) Inexistência ou insuficiência de elementos de contabilidade,...,falta ou atraso de escrituração dos livros e registos ou irregularidades na sua organização ou execução, quando não supridas no prazo legal, mesmo quando a ausência desses elementos se deva a razões acidentais;  ) Existência de manifesta discrepância entre o valor declarado e o valor de mercado de bens ou serviços, bem como de factos concretamente identificados através dos quais seja patenteada uma capacidade contributiva significativamente maior do que a declarada."