克隆战争
經過

與此同時，在得知摩爾仍然倖存的歐比-萬為了完成自己當年未竟的事業而展開行動。不過由於被薩瓦奇伏擊，歐比-萬不幸被俘。而感知到薩瓦奇而尋求復仇的文崔斯也趕到此處，及時拯救了歐比-萬這個老相好。兩人擊退了摩爾兄弟，成功逃離了兩人的圈套。雖然自己的複仇並沒有完成，不過摩爾表示一切才剛剛開始……
伏擊失敗的摩爾認識到個人的力量太過渺小，只有組建一支強大的勢力才能阻擋絕地源源不斷的追殺。為此兩人收買了杭多手下的太空海盜以求侵占他們的地盤組建自己的勢力。就在摩爾的計劃即將得逞之際，歐比-萬及時趕到並且協助杭多擊破了摩爾的計劃，致使兩兄弟不得不繼續他們的流亡之旅……
勉強保住性命的摩爾兄弟被流竄的死神衛發現。由於尋求著相同的目標雙方暫時聯手，利用死神衛的兵力，摩爾聯合銀河黑道，並且瓦解了新曼達洛人莎廷女公爵的統治。然而此時死神衛的領袖維茲拉突然翻臉將摩爾兄弟打入大牢，不過這樣讓摩爾認識了因為腐敗而被關押的曼達洛前首相阿爾梅克。在認定可以讓阿爾梅克擔當傀儡領導人之後，摩爾越獄了。他以驚人之勢擊敗了維茲拉，獲得了曼達洛的統治權。終於摩爾以曼達洛為掩護，開始準備著手建立不輸於共和國和分離勢力的黑道帝國……
由於老相好莎廷被抓，歐比-萬再次擔當護花使者，隻身前往摩爾控制的曼達洛星系，不過這一切恰恰是摩爾給他安排的圈套。捉住了歐比-萬之後，摩爾以勝利者的姿態在歐比-萬面前殘忍地殺害了莎廷。心灰意冷的歐比-萬被投入大牢，卻被莎廷之妹博卡坦所救。臨行前，博卡坦讓歐比-萬回到共和國並請求他們支援，因為她只有一個目的，那就是讓摩爾的統治覆滅！
另一方面，一直按兵不動，靜待事情發展的西迪厄斯突然親自出馬，清理師門，以絕對的優勢擊敗了摩爾兄弟，薩瓦奇不幸被殺，而摩爾則被西迪厄斯抓住，等待他的將會是何種命運呢？
13、聖殿爆炸案
聖殿發生恐怖襲擊！絕地聖殿在遭遇惡性恐怖襲擊後陷入混亂，阿納金·天行者和阿索卡·塔諾著手探查，以查明誰是這場可怕災難的幕後真兇。經過調查他們發現了真正的破壞者——萊塔·特蒙德，經過一番努力兩人終於將她繩之以法。
本以為將萊塔移交給軍方之後一切都已經結束，阿索卡卻接到在獄中的萊塔要求單獨見面的請求。阿索卡為了弄清萊塔的動機於是同意赴約。在獄中萊塔透露了一個驚天的秘密——那就是她是受人驅使才犯下此等罪行的，幕後黑手竟是一名絕地！
就在萊塔準備進一步透露真相的時候，突然被隔空鎖喉殺死，而與其獨處一室的阿索卡卻被栽贓成了殺人兇手。為了查清真相洗脫罪名，阿索卡逃離重重追捕，以罪犯隻身進入科洛桑的地下世界尋求真相……
逃入科洛桑下層的阿索卡不得不躲避保安力量的抓捕。與此同時她也不忘與好友巴麗斯偷偷聯絡，後者承諾幫助她調查隱藏在爆炸案之後的陰謀。就在阿索卡以為躲開了所有追兵的時候，卻又被成為賞金獵人的文崔斯盯上。
阿索卡說服了文崔斯協助自己，兩人開始一起逃亡，期間阿索卡再次與巴麗斯通信。經過巴麗斯調查，一間倉庫似乎和爆炸案有關，於是阿索卡動身前去調查。而由於協議已經完成，文崔斯與阿索卡分手，卻在路上被一名神秘人偷襲。神秘人穿上文崔斯的行頭與阿索卡交戰，將阿索卡逼到存有納米機器人的倉庫後，神秘人突然消失。而隨後趕到就是負責抓捕阿索卡的阿納金等人。面對種種不利證據還未申辯的阿索卡就被沃爾夫指揮官擊暈。等待她的又會是何種命運呢……
面對種種不利的證據，阿索卡被判定為聖殿爆炸案的幕後真兇。絕地委員會迫於政治壓力將阿索卡逐出了絕地武士團，並將其移交給共和國的司法機關。為此，阿納金決定找到文崔斯，查出幕後的真相。
文崔斯將自己被襲擊的事情告訴了阿納金，同時也告訴了他阿索卡與巴麗斯聯絡過這件事。另一方面共和國對於阿索卡的審判也已經開始。面對塔金咄咄逼人的態度，形勢對於阿索卡來說越發的不利…..
拼圖的最後一片也已經找到，毫無疑問巴麗斯就是幕後真兇。為了證明阿索卡的清白，阿納金找上了巴麗斯，抓住了她的馬腳。狗急跳牆的巴麗斯拼死反撲最終仍然不敵阿納金，被逮捕歸案。就在阿索卡即將被宣判有罪的時候，阿納金及時將巴麗斯押解至現場。
被捕的巴麗斯則在法庭上控訴，控訴絕地由於戰爭過於墮落。她認為絕地才是應該為戰爭負責的人，而她所策劃的一切都是為了批判絕地現在的做法。無論她的觀點是否正確，其行事作風已經偏離了絕地之道。最終巴麗斯被關押，而阿索卡則無罪釋放。
面對之前一系列的無解，絕地委員會的委員們向阿索卡致以最真誠的歉意，並且懇求阿索卡回歸絕地這個大家庭。而阿納金也希望阿索卡留下了繼續做他的學徒。這些歉意都無法磨平之前的創傷，悲痛欲絕的阿索卡拒絕了武士資格的升遷以及阿納金的挽留。
在科洛桑落日的餘暉之中，一個人，緩緩地離開了這個她曾經稱之為“家”的聖殿……
14、66號協議之謎
共和國與分離勢力在林戈溫達展開死戰，雙方為了爭奪環繞行星的巨大空間站派遣了大量部隊。就在阿納金·天行者將軍與絕地大師孿生姐妹蒂普利和蒂普拉即將獲得勝利的時候，克隆人“鎚頭”突然射殺了蒂普拉大師。由於這意外的兵變，共和國的攻勢被打亂，被迫撤退。他似乎不知道自己究竟做了什麼，而且其健康迅速惡化。擔心這種疾病可能是分離勢力的陰謀有關，阿納金·天行者派遣雷克斯上尉以及ARC士兵“五號”將鎚頭押解至卡米諾的克隆人培養中心，進行細緻的診斷……
由於正常檢測無法查明真相，莎克·蒂大師與負責檢測的娜拉·塞對於“鎚頭”接下來的診斷方式各執一詞，卡米諾人為了保護當初跟神秘的泰拉納斯尊主所定下的秘密條款66號協議，執意要殺死“鎚頭”。而絕望的“五號”在醫療機器人AZi-3的幫助下試圖拯救他朋友的生命時，在“鎚頭”的大腦中找到並提取出了一顆腫瘤。在這之後“鎚頭”卻死亡了，而五號也被逮捕了。那顆腫瘤切片成了揭開這個謎題的唯一途徑……
在好友“鎚頭”神秘死去之後，ARC士兵“五號”進行了調查，並發現了一枚隱藏的生物芯片被放置在克隆人體內——自他們還處於幼年就已如此。而卡米諾醫療專家娜拉·塞聲稱芯片完全無害，只是為了製約克隆人防止他們不可預料的暴力行為。五號對此有不同意見，他說服了絕地大師莎克·蒂，允許他向最高議長帕爾帕廷直陳意見，為自己辯護……
本應於議長獨處並且陳述事實的“五號”卻試圖刺殺議長！刺殺未遂的“五號”四處逃竄，最終他在克隆人酒吧遇見了501軍團的同僚“傑西”。 “五號”告訴“傑西”自己是被誣陷的，並通過他，將阿納金與雷克斯單獨約了出來。就在“五號”試圖告訴他們真相的時候，科洛桑衛隊突然趕到。驚慌失措的“五號”拿起了放在一旁的爆能槍，卻被神狐指揮官一槍斃命。在彌留之際，“五號”表示自己只想將一個士兵的職責進行到底……真相就這樣被掩蓋了，而“五號”與鎚頭也就這樣白白的犧牲了，似乎誰都沒法阻止西斯勝利的腳步……
就在士兵暴走事件沉寂下去之後，絕地委員會突然收到一個求救信號。經過查實這個信號正是來自訂購了克隆人大軍的已故絕地大師賽福-迪亞斯。為了弄清事件的謎團，普洛·孔大師前去調查，卻只找到迪亞斯大師的光劍……
尤達大師從前議長瓦洛倫那裡得知賽福-迪亞斯大師死前正好在進行對派克海盜的調停工作，與之同行的還有瓦洛倫議長的助手以及一位神秘的不知名絕地。於是絕地委員會派遣阿納金與歐比-萬前去費盧西亞的派克海盜處尋找事件的真相……
在得知絕地正在調查賽福-迪亞斯的事情之後，達斯·西迪厄斯為了確保陰謀繼續執行，命令杜庫伯爵，即西斯尊主達斯·泰拉納斯，前去派克海盜彌補自己的過失。原來當初雖然賽福-迪亞斯大師身亡，然而瓦洛倫議長的助手卻僥倖存活。派克海盜將他秘密的收押起來，以防命令他們暗算賽福-迪亞斯的泰拉納斯中途變卦。就在瓦洛倫議長的助手西爾曼即將向阿納金和歐比-萬透露出幕後黑手的時候，西爾曼被前來清理線索的杜庫伯爵擊殺……
三人再次交手，派克海盜趕來幫助兩人，歐比-萬從派克海盜口中得知原來杜庫就是神秘的泰拉納斯尊主，然而在交手中兩人非但沒有抓住杜庫，而且連重要的證人派克海盜的領袖也被杜庫所殺。不過事情的迷霧已經開始散去，絕地已經得知原來克隆人大軍是西斯計劃的關鍵一環，不過現在局勢所迫，絕地也只能按照西斯譜寫的劇本繼續走下去……
15、不朽之道
為了解決西斯所布下的迷局，尤達大師陷入冥想以其從原力中得到答案。結果卻聽到了一個意想不到的聲音——那就是本應該已經死去歸於原力的奎-岡·金！絕地委員會的其他成員對此表示懷疑，芒迪大師堅持認為這是西斯的陰謀，為了安全起見尤達被限制了自由。
為了尋求追隨奎-岡的指引，尤達悄悄地溜出了聖殿。他跟隨奎-岡的指引來到了達戈巴，在這裡他見到了未來的影像以及那個神秘西斯尊主達斯·西迪厄斯。奎-岡告訴他只有學會了不朽之道才能挽救絕地，於是尤達根據原力的指引再次踏上旅程……
尤達來到了生命的發源地，在這裡他遇見了五位聖靈。他們並不完全認定尤達有資格學習這門偉大的技藝，為此尤達必須通過他們的考驗。尤達先後擊敗了自己的黑暗面，面對了自己的絕望以及抵抗了內心的誘惑。為了最後一項考驗他必須前往西斯的發源地莫里班直面自己的恐懼……
到達莫里班的尤達，雖然擊敗了赫赫有名的西斯尊主達斯·貝恩的幻象，但其他古老的西斯陰魂將尤達在莫里班的事情告知了西斯尊主達斯·西迪厄斯。為了藉此時機擊垮尤達大師，西迪厄斯招來杜庫伯爵，通過他與尤達大師之間的聯繫入侵到了尤達大師所見的幻象之中。最終，西斯的邪惡計劃還是失敗了，不過戰爭仍在繼續而距離光與暗最終對決的那一天也越來越近了……
後來獨立聯邦機械人統帥格里弗斯将军進攻共和国的首都所在科羅森星，並綁架共和国議長白卜庭。複製人軍團與絕地武士努力營救下，也是失敗，白卜庭被捉上一艘屬於独立联邦的巡洋艦。最後由欧比王與安纳金上船救走。