科倫拜校園事件
1999年4月20日：血腥的一小時 > 圖書館大屠殺

在二樓的圖書館裡，槍手們即將展開整場事件中最血腥的屠殺。帕蒂·尼爾森打了通電話向緊急部門求救，依據錄音的紀錄，這通電話是在早上11:25:05與緊急部門接線生接通，在這通電話被回覆後的4分又10秒鐘，兩名槍手便進入了圖書館。在進入之前，他們經由南方走廊的樓梯向自助餐廳扔擲了兩枚土製炸彈，兩枚都成功爆炸了（其中一枚爆炸的影像還被監視器捕捉到）。接著他們又扔擲另一枚至圖書館的走廊，也成功爆炸並炸毀一些雜物櫃。在上午11:29分，兩名槍手越過厚重的大門進入圖書館裡，這時圖書館裡55名學生、三名圖書館員工和尼爾森老師都各自躲在桌子的底下或圖書館的子房間裡。
在槍手們進入圖書館後，哈里斯首先射擊管理櫃檯旁的展示櫃，使得躲在展示櫃後的埃文·托德被桌子爆裂時的碎片刺傷。哈里斯接著大喊命令所有人「站起來！」，聲音之大連 9-1-1裡的錄音都能聽到 （页面存档备份，存于）（在11:29:18）。躲在圖書館子房間裡的學生和員工還稱他們聽到槍手說「戴著白帽或棒球帽的人，都站起來！」和「所有運動員站起來！我們會抓到那些戴著白帽子的人！」（在科倫拜中學的習慣裡，運動隊伍的成員都會戴著白帽子）。但沒有任何人站起來，接著有人聽到槍手說：「很好，那我會開始射人了！」兩人接著走向圖書館另一頭的兩排電腦，埃文·托德趁著這時躲進管理櫃檯下。凱爾·維拉斯貴玆正坐在北邊一排電腦的其中一台；他沒有趴在電腦桌下，克萊博爾德首先對他開火，擊中他的頭部和背部，殺害了他。接著兩人將他們裝滿彈藥的行李袋放在南邊一排電腦桌上，並開始重新裝填彈藥。接下來他們走向窗戶，正對著外面他們不久前才經過的西邊樓梯間。他們注意到外面的警方正在疏散學生，於是透過窗戶對警方開火；警方也開火反擊，但都沒有擊中對方。
幾秒鐘後，克萊博爾德離開窗戶旁，以霰彈槍朝旁邊的桌子射擊，擊傷了派翠克·愛爾蘭、丹尼爾·斯蒂普尔顿和馬凱·霍爾，接著他脫下了軍用外衣。哈里斯拿起他的霰彈槍並走向南邊一排的電腦桌，也沒檢查桌下是否有人，直接將他的槍扔在桌下。接著他射殺了躲在桌下的史蒂文·柯诺，並射擊旁邊的電腦桌，擊傷凯茜·鲁格塞格。
哈里斯接下來走向電腦桌南方的桌子，與他相識的一名女同學凯茜·伯纳尔正躲在那裡。依據官方的調查報告，哈里斯揪住伯纳尔，打了她兩個巴掌，還說道：「玩躲貓貓啊？」，接著便以霰彈槍直接射擊她的頭部，由於距離實在太近，霰彈的碎片還反彈擊傷了哈里斯的鼻子。但另一個廣為宣傳的版本是：兩名槍手其中一人問她「妳相信上帝嗎？」，伯纳尔回答「我相信。」於是便被殺害了。官方的調查則認為這段對話是由另一名生還的學生瓦琳·施努爾所說的。三名目擊伯纳尔被槍殺的學生，包括和伯纳尔一同躲在桌下的學生，也證實這段對話並沒有發生過。不過，其他在圖書館裡的一些人則證實這段對話的存在，雖然當中都沒有人親眼目睹到。他們聽到的對話或許正是後來克萊博爾德與瓦琳·施努爾的對話，而被媒體誤解為是伯纳尔所說的。這段對話引起了許多關於官方調查準確性的爭議。
哈里斯轉向另一個桌子，布麗·帕斯奎萊正趴在桌子旁（因為桌子下空間過小，她沒有辦法躲進去），哈里斯問她是否想死，帕斯奎萊則懇求哈里斯饒她一命。目擊者指稱這時哈里斯似乎顯得意識不清，或許是因為剛才鼻子的創傷，目擊者還指稱哈里斯的鼻子不斷地流血。在哈里斯辱罵帕斯奎萊的同時，派翠克·愛爾蘭開始對他身邊兩名受傷學生的其中一名施行急救，克萊博爾德瞧見後便對他射擊，兩發子彈擊中他的頭部、一發子彈擊中足部，擊中足部的子彈力道還打飛了他的鞋子。愛爾蘭被擊中後便昏迷不醒，但後來仍活了下來。
克萊博爾德繼續走向另一個桌子，發現了躲藏在桌下的以赛亚·休爾斯、馬修·凯克特和克雷格·斯科特（三人都是在學校裡相當受歡迎的運動員，克雷格·斯科特是第一名遇難者蕾切尔·斯科特的弟弟）。他試著將以赛亚·休爾斯拉起來，但沒有成功。於是他向哈里斯呼喊，哈里斯聽到後便離開了布麗·帕斯奎萊前來與他會合，兩人一起辱罵了休爾斯幾秒鐘；目擊者稱克萊博爾德還以有關種族的意見辱罵休爾斯。哈里斯接著跪下來在近距離射擊休爾斯的胸部，殺害了他。克萊博爾德也跪下來開火，殺害了馬修·凯克特。克雷格·斯科特迅速倒在其他兩人的血泊中裝死，而得以毫髮無傷逃過一劫。哈里斯接著轉向朝愛爾蘭、斯蒂普尔顿和霍爾的桌子扔了一枚二氧化碳炸彈，霍爾又將炸彈扔至更南邊的地方（與槍手相反的方向），炸彈在那裡爆炸。
接下來哈里斯走到了位於圖書館靠近窗戶的書桌區域與中央的書桌區域之間的一排書架，他跳了上去並不斷地搖晃書架，並對著兩排書架間的空隙射擊（但無法確定他在射擊什麼，因為沒有人能目擊到）。這時克萊博爾德走回到入口區域管理櫃檯的前方，射擊入口旁的展示櫃，哈里斯也走回那裡與他會合。克萊博爾德射擊了展示櫃一會兒後，轉而射擊旁邊的一張桌子，擊傷了马克·金特珍。接著他走到靠近東邊牆壁的一張桌子（他的左手邊），以一發子彈同時擊傷莉萨·克罗伊茨和瓦琳·施努爾。然後他又走近桌子射擊了好幾次，殺害了勞倫·湯森。
同時哈里斯走到了更南邊的一張桌子（也是在靠近東邊牆壁的書桌區域），兩名女生正躲在那裡，哈里斯彎下腰來看著她們，啐了一句：「可憐。」兩槍手接著走到另一張無人的桌子開始重新裝填彈藥。這時受傷嚴重的瓦琳·施努爾忍不住開始哭泣道：「噢，上帝快來救我啊！」克萊博爾德聽見了便走向她，問她是否相信上帝，她緊張得語無倫次，一下子說相信一下子又說不相信，努力想做出適當的答案。最後克萊博爾德問她為什麼這樣回答；她回覆說因為那是她家人的信仰，接著克萊博爾德嘲笑她一番後叫她滾開。這段對話後來牽扯上凯茜·伯纳尔的對話爭議，一些人認為那些宣稱聽到伯纳尔對話的人可能只是聽到了施努爾/克萊博爾德間的對話，因為兩人相似的音調與長相而誤會為伯纳尔所說的。
接著哈里斯走到最南邊的一張桌子，朝桌子下射擊了兩次，擊傷妮科尔·諾倫和約翰·湯姆林。當受傷的湯姆林試著爬出來時，克萊博爾德走過來用腳踹他，哈里斯嘲笑他竟然想要逃跑，然後克萊博爾德連續向他射擊數次，殺害了他。接下來哈里斯走回勞倫·湯森倒下的那張桌子，繞到靠牆壁的一邊，凯莉·弗莱明正趴在那裡，哈里斯以步槍朝她射擊，擊中她的背部，立刻殺害了她。然後他繼續朝桌子射擊，再次擊中勞倫·湯森和莉萨·克罗伊茨，並擊中珍娜·帕克（法醫驗屍報告指出湯森在之前第一次射擊時就死亡了）。
上午11:37，槍手們來到圖書館的中央區域，哈里斯走回西北邊的電腦桌區域取回裝置了額外彈藥的藍色背包，然後兩人在中央的一張桌子重新裝填彈藥。這時克萊博爾德注意到一名學生躲在旁邊，命令他說出自己身份。這名學生是約翰·薩維奇，他是與克萊博爾德相識的同學。薩維奇問克萊博爾德他們在做什麼，克萊博爾德回答道：「噢，只是殺殺人而已。」薩維奇又問他們是否會殺掉他，克萊博爾德猶豫了一番後，叫他離開圖書館。於是薩維奇迅速地逃走，經過主要的入口安全逃離圖書館。
在薩維奇離開後，哈里斯向北邊的一張桌子射擊，在近距離擊中丹尼爾·毛瑟的臉部，殺害了他。兩名槍手接著一起走向南邊，隨意地向另一個桌子射擊，重傷珍妮佛·道爾和奥斯汀·尤班克斯，殺害了科里·德普特。德普特成為整場屠殺中最後一名遇難者。
這時，幾個人聽到哈里斯和克萊博爾德開始抱怨射人不再讓他們感覺興奮了，還有人聽到哈里斯說：「或許我們應該改用刀子捅他們，這可能會更有趣啊。」兩名槍手接著離開書桌區域，走向圖書館北邊的管理櫃檯。哈里斯朝西南方的書桌區域扔擲了一個莫諾托夫雞尾酒，但沒有爆炸。接著哈里斯從東邊、克萊博爾德則從西邊繞至管理櫃檯的後方集合，也就是埃文·托德躲藏的地方。兩人開始嘲笑埃文·托德，並討論要不要殺掉他，但最後兩人走開了。接著克萊博爾德朝旁邊的圖書館工作人員休息室射擊，打爆了一個小型電視。哈里斯拿起一把椅子摔在管理櫃檯的電腦上，也就是帕蒂·尼爾森躲藏處的正上方。兩人在上午11:42離開圖書館，結束了這場血腥的屠殺。
兩名槍手離開圖書館之後，10名受傷和34名未受傷的學生立刻經由北邊房間的通道逃離，外面便是不久前槍擊開始的西邊大門人行道。昏迷的派翠克·愛爾蘭和莉萨·克罗伊茨仍然留在建築物裡。帕蒂·尼爾森跑進管理櫃檯後方的工作人員休息室，也就是剛才克萊博爾德射擊的子房間，與躲在裡面的布赖恩·安德森和其他三名圖書館工作人員一起將門鎖上，一直到3:30才被特警隊救出。