第一代纳尔逊子爵霍雷肖·纳尔逊
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条目：哥本哈根戰役
這時英國因為派艦對法國海岸進行封鎖，阻止法國與其他國家進行貿易，結果引來維持中立的俄羅斯、普魯士、丹麥及瑞典相當不滿。他們為此組成武裝中立聯盟，企圖打破英國封鎖，威脅停止向皇家海軍供應建造戰艦所需的木材。為瓦解中立聯盟，帕克與納爾遜奉命在3月12日率艦隊前往波羅的海，而在形勢不明朗的情況下，詳細的謀劃對艦隊行動相當重要，可是帕克出發前未有與納爾遜商討戰略，也沒有諮詢過隨隊的波羅的海專家。另一方面，艦隊向波羅的海出發時，英政府尚未對聯盟國宣戰，各方仍在談判當中，所以一旦開戰，帕克要立即決定向哪國進攻，以及選定進攻的方法。納爾遜起初建議艦隊無需理會實力有限的丹麥海軍，而應趁俄軍部份艦隊困於冰封的喀琅施塔得時，直搗俄國位於日瓦爾（今塔林）的主力艦隊。這個方案雖然比較大膽，卻被認為是最安全的策略，能夠一舉擊破中立聯盟的核心軍力。但帕克認為納爾遜的建議過於冒進，經過一番考慮後，帕克以丹麥和瑞典為目標，且率軍駛入兩國之間的厄勒海峽。英艦隊駛至時，丹麥守軍只有微弱反抗，對英艦毫無殺傷力，而瑞典更是一砲不發，任由英艦駛至，到3月30日，英艦群到達丹麥哥本哈根，在哥本哈根對開海域下錨駐紮。
由於英艦隊當初的出征日期受到延誤，故此英艦到抵哥本哈根時，丹麥已做好佈防工作，令英艦進攻時更易暴露於敵方守軍砲火射程以內；但幸好英艦群駛進哥本哈根時像尼羅河戰役一樣，沒有橫列前進，從而避免整支艦隊同時受敵方守軍砲火襲擊的風險。除此之外，哥本哈根海岸由北至南對出是一條長形的中部沙洲（Middle Ground），沙洲與哥本哈根之間的海港叫國王海（King's Deep），而隔著沙洲另一邊則是一條叫荷蘭海（Holland's Deep）的海港；納爾遜視察當地佈防時，發現哥本哈根在國王海的港口一帶佈防最嚴密，由北至南排列大量戰艦，至於國王海口岸最北端的另一敵軍要塞三冠堡（Tre Kroner Fort）是國王海及荷蘭海的交匯點，而南端交匯點守備則較弱。他於是得出結論，推測由南方進攻哥本哈根較為可取，因此建議艦隊可由北經荷蘭海至南方的交匯點，然後沿中部沙洲自南方折回國王海北上。這樣英艦便可避過國王海的敵方主力，同時又讓英艦自南口按步逐隻殲滅自北至南整齊排列的敵艦，然後再派砲艦補上，使哥本哈根市中心落入砲艦射程之內，從而迫使丹麥議和。
在4月1日，帕克派出艦隊內12艘較細小的戰列艦予納爾遜展開行動，而自己則留下較大的戰列艦在離岸海域作遠距離觀察；納爾遜一行在當晚抵達中部沙洲南端駐紮，到第二天清晨，正好南風盛行，納爾遜隨即下令發動攻擊。然而，沒多久英方才發現國王海的水深比預計中淺，而其中一艘戰列艦尚未開戰，便在駛近哥本哈根海岸附近時觸及淺灘擱淺，另外還有兩艘戰列艦在開戰時駛得太接近中部沙洲，結果同告擱淺。為免餘下九艘戰列艦也遭遇擱淺下場，他們唯有在丹麥艦群對開240碼的水道上列隊由南至北緩行，射程的拉遠使到英艦的攻擊力減弱，但戰後英方的堪探工作卻發現，英艦其實可以作更近距離的航行，甚至像尼羅河戰役一樣與敵艦靠攏，也是不會觸礁的。此外，英方還低估了丹麥守軍的攻擊力，起先英艦群從遠處觀察時，只見得哥本哈根沿岸排列著戰列艦群，而沒有留意每艘戰列艦之間其實佈滿細小的木艇，艇上裝配砲組，具一定的殺傷力。儘管英艦群被迫沉著應戰，其中數艘戰列艦又受砲火重創，但是英艦群始終憑藉更勝一籌的火砲裝備，漸漸在戰事中取得上風；再加上英艦群由南口進攻，而敵方在三冠堡及附近佈置的武器及戰艦大多射程有限，又沒有南下增援，以致未能發揮作用。
帕克的八艘戰列艦原本負責駛去三冠堡擾亂敵方，阻止敵艦南下增援，但帕克指揮緩滯，結果那八艘戰艦無所作為。雖然如此，這時的納爾遜已在戰事中掌握優勢，及至下午一時三十分，英艦已基本攻破哥本哈根海岸以南的敵方佈防，當中敵方准將奧弗特·費雪（Commodore Olfert Fischer）放棄焚燬的旗艦逃生，另有12艘敵方戰列艦局部或完全失靈，讓英方砲艦有機會前進。就在哥本哈根市中心即將要落入英方砲艦射程範圍之時，尚在四英里以外的帕克竟發旗號，下令英艦撤軍，身在前線的納爾遜認為帕克的號令愚不可及，而且大為憤慨，向他的旗艦艦長佛利說到：
| 0 | 1 | 2 |
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|  | 你知道吧，佛利，我只有一隻眼 － 有時失明是我的權利。 |  |
納爾遜說罷，即用他失明的右眼看望遠鏡，聲稱自己「真的沒有看到旗號」。幸好納爾遜沒有發出跟帕克一樣的旗號，所以其他在前線的艦長都沒有聽從總司令的號令撤軍。但為免被指違抗軍命，納爾遜的副貳海軍少將托馬斯·格雷夫斯（Rear-Admiral Thomas Graves，後為爵士）唯有在戰艦上一個甚為隱閉的地方懸掛撤軍旗號，不過就同時在船頭桅頂醒目地掛上「徹底戰鬥」的旗號。有意見認為，假如當初納爾遜等人真的聽從帕克的命令撤軍，可能會招致英方慘敗。原因是英方如果往北撤退，將無可避免地經過北岸絲毫未損的敵軍佈防，很有機會受到敵方猛擊，而事實上在戰後英艦往北離開國王海時，有數艘戰艦觸及淺灘擱淺，動彈不能，假如這種情況在戰時發生，將對英方構成嚴重損失。
與此同時，哥本哈根海岸以南的敵艦多已失靈，部份甚至起火焚燒，但雙方繼續互有攻擊。這時納爾遜派出一名會丹麥語的軍官前往敵方，提議雙方停火。有英方軍官認為納爾遜此舉未必出於英方已必勝無疑，而是擔心再持續下去可能會生變數；後世也有丹麥歷史學家認為，如果丹麥沒有接受停火，納爾遜便有戰敗的可能。不過無論如何，丹麥方面接受了停火，避免雙方有更進一步的傷亡，而哥本哈根落入英方砲艦射程範圍之內，標誌著英國在戰事中的決定性勝利。雙方停戰後，納爾遜在未有理會帕克的情況下，逕自與丹麥的費雪准將展開談判，稍後他又與丹麥實際掌權人王儲腓特烈展開斡旋。雖然納爾遜不會外語，不過王儲與他的海軍副官都會英語，所以兩人溝通未有問題。在談判中，雙方未有談及丹麥的內政事務，而丹麥的立場很明顯，就是丹麥一方面不希望因退出中立聯盟而得罪俄國，但另一方面也擔心英國強迫丹麥退出中立聯盟。納爾遜遂提出雙方停火16星期，讓英艦有時間前往波羅的海對付俄國艦隊，最終丹麥給予了為期14星期的停火期。此外，這時丹麥方面已收到俄國沙皇保羅一世遇弒身亡的情報，從而預計俄國政策可能即將改變。
哥本哈根戰役之後，帕克只顧安插自己的親信填補陣亡將士的遺缺，令他更失軍心。至於身心俱疲的納爾遜認為與俄國開戰的機會不大，於是準備請病假返英格蘭休養。但意想不到的是，英軍的戰況報導傳回英國後，英政府不單止對納爾遜恢復信心，而且還認為當務之急是先撤換帕克。結果在5月5日，帕克收到命令，不得不將海峽艦隊總司令之位交給納爾遜，由此退下火線。升任總司令的消息為納爾遜帶來很大鼓舞，且隨即打消返國休息的念頭。納爾遜在5月6日正式出任總司令後，隨即在翌日率艦出發往日瓦爾，在抵達後他們得悉新的俄國政府願意妥協，無需開戰，最終在7月1日以凱旋姿態返到雅茅斯軍港。納爾遜在哥本哈根的表現深得英廷肯定，他在1801年5月22日獲英廷封為世襲子爵，是為諾福克郡伯納姆村及尼羅河的納爾遜子爵（）；到同年8月18日，他再獲多封一個世襲男爵爵位，是為諾福克郡希爾伯勒及尼羅河的納爾遜男爵（），這個男爵爵位與眾不同的地方是，它可以由納爾遜父親或姊妹的兒子繼承，這樣納爾遜即使膝下沒有男丁，家族中仍可有後人繼承爵位。
納爾遜在哥本哈根的表現，為他一掃早前與漢彌爾頓爵士夫人的緋聞而招來的流言蜚語。但海軍部的聖文生等人擔心納爾遜再度過份沉迷於她，唯有急忙安排他任務出海。在7月27日，納爾遜獲委派率領一支地方的反入侵艦隊前往英倫海峽執行任務，其艦隊在8月15日晚向停泊於法國布洛涅港口的法國艦隻發動攻擊，但敵方事前已取得情報，故行動沒有取得成功。不過其時英、法兩國已在和談當中，並在10月1日初步簽訂停火協議，至翌年3月《亞眠條約》簽署後，兩國重現和平局面。