火焰之纹章 风花雪月
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某夜，主人公和父親傑拉爾特從盜賊手中救出艾黛爾賈特、帝彌托利、庫羅德這三名年輕貴族。戰鬥期間，主人公為救艾黛爾賈特而把她推開，在即將被盜賊砍中之際，自稱失憶的神秘少女蘇諦斯現身，並把時間停止及倒轉回去。賽羅司騎士團的援兵趕至，要求主人公和父親到賽羅司教總部——加爾克·馬克大修道院走一趟。傑拉爾特不情願地重新加入了聖教會的賽羅司騎士團，主人公則被任命為士官學校的教師。離開前，傑拉爾特警告主人公要小心大司教蕾雅。主人公可以選擇擔任黑鷲、青獅子或金鹿學級的導師，訓練學生並且代表騎士團帶他們參與戰鬥。期間，他們發現了有關「英雄遺產」和紋章本質的驚人事實，即沒有紋章的人使用遺產會變成魔物。修道院舉行女神再生儀式，炎帝和屬下死神騎士、西方教會、邪教組織「黑暗蠢動者」等各個勢力卻在此時紛紛混入，試圖推翻教會。主人公阻止了西方教會的人奪取英雄遺產「天帝之劍」，並在無意中把它喚醒。事後，蕾雅把劍暫時託付予主人公。學校的紋章學教授漢尼曼推斷主人公身懷「炎之紋章」，這也是他能使用天帝之劍的原因。
主人公和父親傑拉爾特帶隊清剿魔物並拯救受困學生，途中「黑暗蠢動者」成員科蘿妮艾假扮學生，並刺殺傑拉爾特。主人公嘗試透過時間倒回能力阻止對方，豈料另一名成員塔烈斯擋住其攻勢，傑拉爾特最終傷重身亡。在傑拉爾特的房間內，主人公找到他書寫的日記，記載了主人公誕生時的情況、以及蕾雅打算向主人公實施不為人知的計劃，傑拉爾特為保孩子因而逃離教會。後來，主人公追捕刺殺父親的科蘿妮艾，卻不幸被另一成員索龍以魔法拉入黑暗世界。為了脫離這片空間，蘇諦斯決定與主人公合而為一，她也在此時透露自己是神祖，而蕾雅當時的計劃便是在自己嬰兒時期把神祖紋章石植入心臟，好讓蘇諦斯在將來重生。離開黑暗世界並擊敗索龍後，主人公回到修道院，蕾雅把主人公帶到聖墓試圖喚醒其體內的蘇諦斯，但未能成功。此時，帝國軍前來阻止儀式進行，艾黛爾賈特同時揭示自己便是炎帝，與主人公一樣持有炎之紋章，她同時指責教會腐敗。如果主人公選擇保護艾黛爾賈特，眾人將會幫助她攻擊修道院；假若主人公站在蕾雅、帝彌托利、庫羅德等人一方，眾人便會協助保衛修道院。無論如何，蕾雅都會化為龍形保衛修道院，主人公最終不幸墜落懸崖。五年後，主人公蘇醒，發現帝國、王國、同盟、教會四方皆陷入戰爭，蘇諦斯亦在此時再度現身。故事會在此依照當初玩家的選擇而進入不同路線。
在翠風之章（金鹿學級路線）中，主人公與庫羅德重聚，並召集昔日的學生和教會的殘餘勢力對抗帝國。獲得足夠盟友的支持後，主人公與庫羅德反攻帝國，與皇帝艾黛爾賈特統領的大軍對峙。期間，國王帝彌托利指揮的王國軍隊也抵達戰場，引發了大規模交戰。戰爭最終以艾黛爾賈特撤退、帝彌托利陣亡而告一段落。接著，主人公與庫羅德等人向帝國戰略要塞推進，同時接受東方大國帕邁拉提供的援助。庫羅德承認他秘密與帕邁拉建立外交關係，並告知眾人他渴望向外界開放大陸邊界，藉此終結大陸長年採取的自我孤立主義。後來，主人公與庫羅德揮軍入侵帝國首都，擊敗了艾黛爾賈特。主人公與庫羅德同時瞭解到「黑暗蠢動者」是這場大戰甚至千年前戰爭的幕後黑手。雖然大戰已經結束，但「黑暗蠢動者」仍在各地活躍；為了將真正的和平握於掌中，一行人決定前往邪教徒的大本營——地下城市香巴拉。邪教徒領袖塔烈斯試圖用機甲兵對付他們，但不成功，接著又召來多枚導彈試圖同歸於盡，但均被化為龍形的蕾雅一一擋下。與此同時，涅梅希斯被邪教徒喚醒。蕾雅後來向主人公與庫羅德坦白，指自己的真正身份是創立教會的賽羅司，也是蘇諦斯造出來的眷屬，「黑暗蠢動者」則是遠古時妄圖挑戰神祖的人類後代。古時，涅梅希斯和他的十名同伴原本是群盜賊，他入侵了蘇諦斯的聖墓並奪走天帝之劍，同時得知眷屬遺骸能製造出強大的兵器，於是率領同伙屠殺了幾乎所有眷屬。所謂的紋章之力則來自龍族的血液。涅梅希斯率領亡者軍隊逼近修道院，同盟軍迎擊，最終擊殺涅梅希斯。歷時五年多的戰亂告終，主人公統一了整片大陸，庫羅德則如願開放邊界並與外國建立關係。
在蒼月之章（青獅子學級路線）中，主人公與帝彌托利再會，但他的國家早已經因為親帝國貴族發動的政變而名存實亡，他也被驅逐出王國。帝彌托利經常受到已故家人的幻象所困擾，變得充滿仇恨、不抱任何幻想，情緒極不穩定，一心只想不惜一切代價殺死艾黛爾賈特。雖然帝彌托利行為古怪，但主人公的學生和騎士團殘存勢力仍選擇與他結盟。帝國軍、王國軍、同盟軍在平原交戰，王國軍獲得最終勝利，但三方均損失慘重。帝彌托利的親信羅德利古為了保護他免遭刺殺而犧牲自己，此舉讓帝彌托利陷入深深自責。經主人公的開解，帝彌托利放棄了復仇的念頭，把目標改為平定王國的混亂並重奪王都。奪回王都後，帝彌托利等人從帝國軍隊手上救出庫羅德，後者宣佈解散同盟並把其土地讓給帝彌托利，然後離開大陸。接著，帝彌托利向眾人說明自己和艾黛爾賈特屬於同母異父的姊弟關係，並向帝國首都進軍。帝彌托利希望理解艾黛爾賈特的理念，於是邀請她展開和談，建議雙方聯合起來實現他們的目標，但被她拒絕。在最終決戰中，帝國軍大敗，艾黛爾賈特倒下。帝彌托利向艾黛爾賈特伸出了手，但她把匕首投向帝彌托利，最終死於帝彌托利槍下。歷時五年多的戰亂以帝國滅亡告終，王國統一了整片大陸，帝彌托利正式繼承王位，蕾雅辭去大司教一職，並由主人公接任。
在上半部分故事尾聲，若玩家選擇保護艾黛爾賈特，下半劇情將會進入紅花之章（黑鷲學級路線）。主人公與艾黛爾賈特和其他學生重逢，得知帝彌托利統治的王國與聖教會結盟，同盟則名義上保持中立。主人公和艾黛爾賈特揮軍北上並攻佔同盟首都，此時玩家可以選擇殺死或放逐庫羅德，以確保他不會參與未來的戰事。擊敗同盟後，艾黛爾賈特為了能確實攻下王國首都，決定突襲位於國境的要塞都市。「黑暗蠢動者」不滿艾黛爾賈特干涉他們的計劃，因而利用秘密武器摧毀整座要塞。艾黛爾賈特為了保守秘密，向眾人說明要塞被教會的禁術摧毀。艾黛爾賈特繼續率軍前往王國首都，帝彌托利親自帶軍迎擊，但最終戰敗，並被艾黛爾賈特親手處決。王國軍隊潰敗，蕾雅指示騎士團撤回王國首都。被執念沖昏頭腦的蕾雅指示部下放火燒城，自身則化作龍形，打算親手毀滅所有叛教者。最終，主人公和艾黛爾賈特攜手斬殺蕾雅。主人公幾乎死去，但嵌於心臟的神祖紋章石把其從死亡邊緣帶回來，然後消散，主人公則失去紋章之力而變成普通人。故事最後，王國和教會在歷史上消失，帝國自此統一整片大陸，著手改革以往貴族體制和紋章主宰的局面，並準備展開與「黑暗蠢動者」的戰爭。
在上半部分故事尾聲，如果玩家未有陪同艾黛爾賈特前往帝國加冕，或者陪同她前往加冕之後在帝國軍入侵期間選擇殺了她，下半劇情便會進入銀雪之章（教會路線）。主人公在修道院重遇艾黛爾賈特，短暫交鋒後艾黛爾賈特向主人公道別。劇情與翠風之章的設定未有太大分別，主人公會與教會殘餘勢力和其他黑鷲學級學生結盟對抗帝國。得知帝國、王國、同盟三方會戰損失慘重、艾黛爾賈特身受重傷的消息，主人公一行人決定突襲帝國首都，最終親手處決主動求死的艾黛爾賈特。主人公救出蕾雅後，從她口中得知全部真相。接著，一行人前往香巴拉擊潰「黑暗蠢動者」，蕾雅亦受了重傷。再次化為龍形的蕾雅變得失控，主人公被迫殺了她（此時如蕾雅支援度到達A級則可救回）。歷時五年多的戰亂結束，帝國、王國、同盟三大勢力全盤崩潰，教會主導統一和重建工作，主人公成為教會的新任領導者，同時也是芙朵拉的新王。
煤闇之章屬於追加下載內容，劇情發生在遊戲前半部分的女神再生儀式之後。主人公與艾黛爾賈特、帝彌托利、庫羅德等人一同追捕入侵修道院的可疑人物，卻意外發現建於修道院底下的地下城市阿比斯，以及自稱「灰狼學級」的四名學生。眾人從灰狼學級口中得知，教會認為阿比斯對修道院的繁榮實屬必要而默許其存在，雙方也協議井水不犯河水，但近來經常受到傭兵襲擊。為了保護阿比斯和其他居民，眾人決定幫助灰狼學級抵禦傭兵。後來，代表教會管理阿比斯的樞機卿阿爾法盧特趕到，又向主人公表示教會內部某些派系支持「淨化」阿比斯。他又推測傭兵的目標可能是傳說收藏在阿比斯內的「起源寶杯」，它是教會早期試圖施展「寶杯儀式」復活女神的關鍵物品。傭兵擄走阿爾法盧特，並指明要以寶杯作為贖金，蕾雅得知後認為傭兵不清楚儀式的施展法門，因此同意眾人的請求。灰狼學級四人向眾人承認，他們便是昔日協助施展寶杯儀式的四使徒後代，受教會命令隱瞞此事。眾人前往指定地點後，阿爾法盧特卻撕破臉皮，他抓住了灰狼學級，並準備使用寶杯來復活他暗戀多年但早已逝去的主人公母親希特莉。主人公雖然救出了灰狼學級，但無法阻止阿爾法盧特使用寶杯。阿爾法盧特在儀式影響下變成怪物，最終主人公解決了他。事後，教會決定解散灰狼學級，並允許他們離開修道院，四人各自走向新的人生。