超時空男臣
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各集出現之與史實不同處
第一集：
一隊佛山劇組正在影城拍攝明朝崇禎年間一眾「逆賊」殺入明宮皇極殿的情景，其將領指「我哋衝入去，攞走大明狗皇帝嘅首級，今日就係明朝嘅滅亡之時」，周邊掛着清國軍旗；然而清兵攻入北京前，明朝末代皇帝朱由檢早已於煤山自殺，清兵理應將目標指向闖王李自成而非明朝；另外，如劇中清兵所指的為「南明」，也與史實不符，因為清兵入京時，南明政權尚未建立。
劇中左光斗指要找「神宗皇帝」（即明神宗／萬曆帝），但神宗為萬曆帝死後的廟號，當時是萬曆二十九年（1601年），神宗尚未去世，左光斗不可能知道萬曆帝的廟號。
當時袁崇煥、左光斗尚未進士當官，而非劇中已經任官。
袁崇煥從未擔任過邊騎都尉，與劇中描述不同。
明朝末年，太和殿應稱為皇極殿，直至1645年（順治二年）才更名為太和殿。
劇中霞姐指「兩個國家（指明朝和後金／清朝）點解唔能夠和平共處呢？」，而三名主角也完全明白意思；但在萬曆二十九年（1601年）女真族尚未建國，並無「國家」之概念，且當時女真族甚至臣屬於明朝（至1616年，即萬曆四十四年，後金天命元年努爾哈赤才對明朝發動戰爭），兩族之間理應毫無軍事糾紛，完全無需談論有關所謂和平共處的問題。
霞姐訛稱自己是滿洲公主還珠格格，但滿洲一詞源於清太宗皇太極於1636年（即明崇禎九年、清崇德元年）把女真改為滿洲，三名主角應不知何謂滿洲；且女真族尚未建國，也未建立皇室，自然沒有「格格」。
第二集：
劇中提及三個男臣結拜要納投名狀，然而古人結義非以納投名狀，且此語出自《水滸》（《水滸傳》原作《水滸》），而《水滸》於明代被視為誨盜之作，劇中人物理應不會將當中被視為誨盜的情節付諸實行。
劇中提及左光斗、李進忠分別生於萬曆三年（26歲）及六年（23歲），但事實上應分別是萬曆三年（26歲）及隆慶二年（33歲），二人輩分剛好相反。
第五集：李進忠被要求烹煮宮保雞丁，最後順利完成，然而此菜式相傳創於清光緒年間（1875-1908）。而此菜式所用的辣椒也是明朝末年才傳入中國，當時只作藥用及觀賞用，要待清朝乾隆年間才開始入饌，但劇中李進忠完全沒有對辣椒在現代的食用用途感到奇怪。
第六集：
汪以珊提及滿洲，但滿洲一詞尚未出現（見上），所以來自1601年（萬曆二十九年）的三人應不知滿洲一名。
劇中方惠琪在網上找到袁崇煥畫像（該畫像於第二十二集再次出現），其外貌竟與真正的袁崇煥非常相似；但袁崇煥在生時並無任何畫像，現時所有袁崇煥畫像都由後人所繪，其樣貌在現代已經完全失傳。
第八集：
劇中袁崇煥指其與傳教士利瑪竇交流中西語文，袁崇煥教利瑪竇中文，但利瑪竇早在1581年（萬曆九年）已在澳門學會中文以及說粵語和北京話；且利瑪竇更教他英語，但根據歷史記載，利瑪竇雖懂得多國語言，但從未學過英語。
另外，利瑪竇來華期間（1581年至1610年，即萬曆九年至三十八年），袁崇煥尚未中進士當官（1619年，即明萬曆四十七年），與劇中所述不符。
第九集：劇情提及左光斗在郭倩被選拔為太子妃之時成功中進士，不過實際上郭倩於1601年（萬曆二十九年）被選拔為太子妃，而左光斗則於1607年（萬曆三十五年）中進士。
第十五集：袁崇煥憶述他在明朝時與高麗交戰的情景，然而在袁崇煥生活的明朝末年（十六世紀末至十七世紀初），高麗國（918-1392，即後梁貞明四年至明洪武二十五年）已滅亡接近三百年。高麗亦於明朝初期時已更換政權，改國號為朝鮮。
第十七集：
左光斗指清朝有十三個皇帝，然而清朝歷史上雖有十三個年號，但皇太極曾用兩個年號，而努爾哈赤亦未曾稱帝，所以清朝只有十一個皇帝；另一說指努爾哈赤也被後代追封為清帝，因此清朝有十二個皇帝。
第十八集：
汪以珊指袁崇煥曾鎮守居庸關，然而袁崇煥從未鎮守過居庸關。
汪以珊訛稱與左光斗發生了關係，左光斗隨即非常激動，指要對她「負責任」。然而，明朝女性地位極低，社會上根本沒有男方要為女方子女「負責任」的風氣。
第二十集：
左光斗指「太祖皇帝」（即明太祖/洪武帝）於「殿前」「立」牌匾，上刻「宦官不得干政」，然而史實應為明太祖於「宮門前」「懸掛」一牌匾，上刻「內臣（包括宦官）不得干預政事，預者斬。」
袁崇煥、左光斗、李進忠向温偉泰逼供，左光斗指要向他執行大明十大酷刑之一的「放天燈」，然而放天燈並不存在，更不是酷刑。真正的酷刑叫點天燈，為將犯人身上沾滿火油點燃的酷刑。
第二十二集：
一名《明史》專家指袁崇煥在二十五歲時（即1609年，即明萬曆三十七年）晉升為六品帶刀侍衛，然而當時袁崇煥尚未中進士當官，也從未擔任過六品帶刀侍衛。
該專家也指袁崇煥與時任太子朱常洛共同對抗司禮監張誠，然而袁崇煥未曾與朱常洛有過顯著聯繫，也未曾抵抗過張誠。
該專家另外指東林黨的建立全因為要對抗閹黨成員張誠，然而東林黨的建立並非刻意，而是源於顧憲成等人的講學所召集的一批知識分子，逐漸擴大以形成東林黨的；而東林黨在政壇上的主要目的是掃除宦官之禍，並非針對張誠一人。
根據劇中專家所述，野史曾記載袁崇煥、左光斗、李進忠三人於1601年（明萬曆二十九年）於「霧林」失蹤，而三年後又突然出現；第一，袁崇煥、左光斗乃明朝重臣，李進忠後來則成為大奸臣，若三人曾失蹤長達三年之久，正史上必有記載；第二，根據史實，此三人從未失蹤，劇中所指的失蹤只是為了合理化三人穿越到現代而虛構。
第二十三集：朱常洛因失去袁崇煥與左光斗之助力，開始沉迷酒色，使張誠更加囂張橫行，然而歷史上從未有過這樣的記載，加上其父萬曆帝不喜歡他，曾希望立其弟為太子，朱常洛實沒有這麼大的權柄。
第二十四集：
明宮中出現一位名為湯瑪士（Thomas）的傳教士，他更隸屬太醫院，然而沒有一個明代在華傳教士名為湯瑪士。
另外，該傳教士在眾大臣面前在太醫院為袁崇煥取出子彈，然而在古代，由於中國人的天朝世界觀，歐洲人在華的地位相當低，比中國百姓更低，紫禁城為平民禁地，洋人更加萬萬不可進入，更加不能為太醫院辦事，然而眾大臣不覺得有任何問題；而且，傳教士以傳教為畢生大業，雖然他們也會扶貧濟世，例如設立醫院或其他慈善機構，但絕不會在太醫院終身辦工。
劇中該傳教士所穿着的西裝十分現代，然而在十七世紀初，西裝款式與現時甚為不同，當時的西裝領口位置繡着花邊，而現代西裝於十九世紀末（即清朝同治至光緒年間）才出現。
劇中1603年（即萬曆三十一年）之時，張誠指翻查全國都找不到一個叫香港的城鎮，然而成書於1595年（萬曆二十三年）的《粵大記》已有關於香港的記載；雖然當時香港仍未發展，鮮為人知，但是劇中張誠指其派人翻查過全國各地大量資料，仍然未能找到。
劇中欽天監預測於萬曆三十一年正月初八（即1603年2月18日）發生「天狗食月」（即月蝕），但是歷史上未有過這樣的記載。
第二十五集：根據李進忠之母的家書，其母因欠下賭債，迫於隠姓埋名，將其子的魏姓改為李姓，並指李進忠本名是魏忠賢。然而，李進忠自小姓魏直至入宮時才由魏四改名李進忠，並非由其母所改，且魏忠賢一名於1620年（明泰昌元年）才出現。
第二十八集：張誠指先帝（指明穆宗／隆慶帝）曾失蹤半年，此事全為虛構。
普遍出現之與史實不同處
劇中袁崇煥指明朝毀於宦官魏忠賢手上，更誓言要重返明朝殺死魏忠賢，但在魏忠賢專政時期，袁崇煥也為由其所結的閹黨的成員，更曾為魏忠賢立生祠，對其甚為支持。
劇中多人（包括互聯網資料）皆指郭倩於1601年（萬曆二十九年）進宮途中被閹黨擒殺並失蹤，但事實上郭倩成為太子妃直至1613年（萬曆四十一年）才逝世。
劇中明朝諸人常稱太子之妾室為太子妃嬪，而太子朱常洛也曾稱呼自己一位妾室為麗妃。但事實上，太子妻妾中只有正室為妃（即太子妃），其餘妾室按序之位號應為才人、選侍、淑女。
劇中袁崇煥經常使出地獄門的絕世武功「大海無量」（詳見中華英雄）；加上劇中袁崇煥指其與利瑪竇是好友，明代歐洲處於文藝復興時期，歐洲人積極探索各地知識，如利瑪竇曾見識這種神奇武功必然會加以記載，然而這種記載在世界各地從未出現過。
劇中指左光斗和郭倩是青梅竹馬，然而左光斗家鄉是南直隸桐城縣（今安徽省桐城市及枞阳县），郭倩家鄉則位於順天（今北京市）。
劇中袁崇煥對宦官之禍甚為憤恨，更曾殺魏姓閹人四十八，然而歷史上袁崇煥對宦官深表支持，更曾為閹黨成員。
劇中左光斗於1601年（明萬曆二十九年）已為東林黨六君子之一，然而東林黨尚未創建（約1604年，即萬曆三十二年）。
劇中汪以珊雙腳正常，然而明代婦女除開國皇帝朱元璋之妻孝慈高皇后馬氏等極少數為天足（不需要纏足）之外，不論富貧，自幼便要纏足。
劇中多次提及萬曆年間的閹黨，但閹黨於天啟年間（1621-1627）才出現。
劇中所指的所謂古代輕功等武功全部為虛構。