釣魚臺列嶼主權問題
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日本政府認為在甲午戰爭開始後，即日本簽訂《馬關條約》三個月前（1895年1月），經過日本政府的多次实地考察，慎重确认该地不单是无人岛，而且也没有清朝统治所及的迹象后，才定義釣魚岛為無主地，並基於無主地先占的法理在1895年將其劃歸沖繩縣。因此在历史地理上，钓鱼岛群岛是构成日本南西诸岛的一部分，而不是包含在《马关条约》中得自于清朝割让的領土，所以钓鱼岛群岛不在日本根据《旧金山和约》必须放弃的领土之内，而是根据该和约第3条作为南西诸岛的一部分置于美国的行政管理之下。此外日本是依据国际法“先占”原则行事，并通过民间实现了有效统治。
就中國主張依沖繩海槽（中方謂「中琉界溝」、「黑水溝」）為中日两国界线的主張，日方觀點反駁：
在古典史料中，尖閣東側的黑水溝是琉球西界，如汪楫『使琉球雜錄』所言「中外之界」以琉球為中，尖閣為外，中外即内外，並不是「中國」之界。明國東界在臺灣海峽，清國東界在臺灣島東北端，東西中間的尖閣列島是無主地。至於海槽（中方稱海溝）在两国间的大陆边的延伸上仅是偶然的凹陷，日本200海里的大陆架权利不受影响，主张中间线原则，不予考虑冲绳海沟因素。
就兩岸政府指《馬關條約》在第二次世界大戰後被廢除，因此釣魚臺應該歸還中國的說法，日方觀點反駁：
釣魚嶼是「無主土地」，在清國領土外，自1461年《大明一統志》至1871年《重纂福建通志》，諸多史料記錄了釣魚嶼西側的國界線，清國當局無權割讓界外之地。且1920年中華民國駐日本領事在感謝狀裡更承認釣魚岛是「沖繩縣八重山郡尖閣列島」。
再者，釣魚嶼根據《舊金山和平條約》第三條交由美國管治；二戰後日本成為戰敗國，而中華民國為戰勝國，但兩岸1945年－1969年間不少官方刊物也記釣鱼岛為日本領地，所以即使如此也可視為領土轉讓，況且《馬關條約》中並未詳細名列釣魚岛。
而對兩岸政府指中國首先命名並自明朝開始對釣魚臺進行實際統治，日方觀點反駁：
「釣魚嶼」之名雖首先記載於中國古籍，但《使琉球錄》中陳侃多次向琉球船員詢問航路細節，此外琉球人亦自古活躍於該海域，故「釣魚嶼」之名有可能是由琉球人首先發現並命名，而僅由陳侃紀錄下來。
《順風相送》中提及的「長崎港」開埠於1570年，可知提及釣魚島部分的「下半東洋部分」成於1570年以後，並非成於1403年的「上半西洋部分」，因此下半部分末尾纔載及釣魚嶼航線應與1403年全不相干。此外《順風相送》中「釣魚嶼」記載在琉球人特有的偏北針路上，有分析指這證明了釣魚嶼屬於琉球文化圏。有學者則研究指出中方論點認為《使琉球錄》記載「過平嘉山、過釣魚嶼、過黃毛嶼、過赤尾嶼，目不暇接，一晝夜兼三日之程；夷舟帆小，不能及，相失在後。十一日夕，見古米山，乃屬琉球者。」因而推論經過釣魚嶼、黃毛嶼、赤尾嶼才算踏出明朝領域，但是這只能說明到了古米山才屬於琉球王國領土，並無法反推釣魚嶼、黃毛嶼、過赤嶼（赤尾嶼）屬於中國，而且書中尚提及平嘉山（彭佳嶼），但台灣在明朝以前不屬於中國版圖，因此該主張也不合理。
1461年，明朝的「大明一統志」中列明其領土為「（自福州府治）東至海岸一百九十里（即約100公里）」，表明領土至大陸海岸為止，釣魚島遠在界外。
1534年陳侃的冊封船，由入貢的琉球人作嚮導並操船，陳侃對此欣喜異常，是為「陳侃三喜」。該船最早記載到釣魚嶼，顯示琉球人比中國人更早發見並命名釣魚嶼，陳侃只是把琉球人所知的航路記錄在《使琉球錄》中，而琉球文獻較遲出現而已；此外陳侃編寫的《使琉球录》中提及“夷船帆小不能及，相失在后。十一日夕，见古米山，乃属琉球者。夷人鼓舞于舟，喜达于家”，顯示琉球人对島嶼也相当熟悉，因为琉球人的船仅仅是速度较慢，但和陈侃的船走的是同一航道，而“见古米山，乃属琉球者”表明到了古米山，才进入琉球国界，但并没有钓鱼列岛属于中国的字眼。
1561年，明朝使臣郭汝霖奏疏云：「嘉靖四十年夏五月二十八日始得開洋，行至閏五月三日，渉琉球境。界地名赤嶼。」。郭汝霖《重編使琉球録》則記載閏五月六日午刻尚未到達姑米山。那麼姑米山和赤嶼之間的中間線應在閏五月五日到達，而閏五月三日的「琉球境」既不是姑米山，也不是兩島的中間線，只能從赤嶼本身開始。汪楫《觀海集》等多種史料表明明清兩國東端至大陸海岸或馬祖列島為止，中間的釣魚嶼是無主地，因此以赤嶼為明朝領土東端的説法不通。
1566年鄭若曾「江南經略」卷八「洋山記」記錄到杭州灣外側嵊泗列島中的羊山是「限華夷」的。日本學者石井望指，這意指嵊泗列島西臨明國，東涉國外。同篇又曰「陳錢者、中國海山之盡處也」，陳錢位於嵊泗列島最東端，卽為明國最東端。「洋山記」又引見『武備志』卷209，篇中總述了東海的中國海防範圍最遠不超過沿岸島嶼。
1616年，《湘西紀行》、《東西洋考》、《盟鷗堂集》記載日本派往台湾的使者明石道友在福建沿岸的東湧島（今馬祖列島最東端東引島，距大陸40多公里）停泊時，對明朝的偵察員表示自己「不入大明境界也」。由於明石在出發前已收到長崎官員「國王嚴禁，不許輙犯天朝一草一粒」命令，學者分析當時日本方面認為東湧島以東的釣魚台航線並未受明朝統治，屬公海中的一個無主地。長崎純心大学石井教授根據《湘西紀行》、《東西洋考》和《盟鷗堂集》，製作了一幅1616年時的領海圖（页面存档备份，存于），當中他認為綠色部分屬明朝海防區域，白色屬琉球國擁有，而釣魚台列嶼則位於藍色部分，均屬公海中的無主之地。
1617年8月1日，明實錄云：「浙境乃天朝之首藩也。迄南而為臺山，為礵山，為東湧，為烏坵，為彭湖，為彭山，皆我閩門庭之内，豈容汝涉一跡。此外溟渤，華夷所共，窮兵芟薙，漢過不先。」其中臺山在福建極北，澎山在福建極南，六島形成福建沿岸海防線。日本學者石井望指，由於從東湧開始向東的釣魚嶼航線都在明朝海防之外，位於中國大陸330多公里外的釣魚島理所當然是無主地。
對於兩岸政府指釣魚臺是台灣附屬群島一部分，日方觀點反駁：
中方觀點引用1885年日本外務卿井上馨的信件，指當時井上得知中國有新聞指日本有意竊佔台灣附近島嶼，故建議內務卿山縣有朋推遲將釣魚台編入國土的計畫，以此推論日本密謀竊取台灣附近的釣魚台。日本學者石井望表示，翻查紀錄後發現該段中國新聞為1885年9月6日《申報》引述上海英文《文匯報》（英語：）的報導，稱「台灣東北邊」小島有日本人插國旗，但同年9月22日的《大阪朝日新聞》評論則曾提到該等「台灣東北邊小島」為宮古、石垣群島；相反如果該小島為釣魚台，則表示當時已有日本人登上釣魚台插國旗而清朝政府並未作出抗議。
1556年，鄭舜功《日本一鑑》云：「釣魚嶼，小東小嶼也。」日本學者石井望指，小東即小東洋，不過是以臺灣島為中心的寛廣海域。書中凡徑指臺灣島時，不作「小東」，而作「小東島」「小東之島」（尾崎重義氏新説）。且小東與大東為對，小為近，大為遠。大略上「大東」是日本附近，「小西（洋）」是印度附近，「大西（洋）」是歐洲附近，小琉球是臺灣島，大琉球是那覇島。據「大遠小近」的規則性，則小東不過是近東海域，非臺灣專名。中國官方「臺灣附屬島嶼」之説不通。琉球國「與那國島」也可以被認為是小東小嶼。
1561年《籌海圖編》將釣魚臺列入《沿海山沙圖》，但圖中的海防根據地，大部分重複列舉在同書<福建兵防官考>中，都不超過福建沿岸十數公里範圍内，釣魚列島明確屬於海防範圍外。且圖中亦包括臺灣鷄籠山，當時該地被倭寇頻繁利用，不為中國所控制。
在清政府第一任巡臺御史黄叔璥《台海使搓录—武备志》一篇中介绍了从北到南介绍台湾西岸各个地区的驻军情况之后，作者加上一句：“山后大洋北，有山名钓鱼台，可泊大船十余”，最新研究质疑钓鱼台并不是指尖閣，因为這條記載是孤立的，並不和黄尾嶼、赤尾嶼及琉球航線列在一起，且这句话并不出现在描述台湾辖境的“封域”部分出现，而是在“武备”的部分出现，句子也只是以说明一些历史记载的“附考”部分中记载，没有在正文之中出现，只能说明此岛曾经被認為是台湾府武备對象，附录的台湾地图中也没有钓鱼台。
1722年，《臺海使槎録》卷二<武備>云：「山後大洋，北有山，名釣魚臺，可泊大船十餘。崇爻之薛坡蘭，可進杉板」，為中方引用作為釣魚台屬於台灣之理據。對此八重山日報評論指，所謂釣魚臺者，臺灣鷄籠北方亦有之，有全魁《乘槎集》、周煌《海東集》、陳觀酉《含暉堂遺稿》、方濬頤《臺灣地勢番情紀略》為證；而《臺海使槎録》系統的「釣魚臺」僅記載其在「大洋之北」，時屬帆船時代，人們在臺灣東海岸所認識到的「大洋」當是東部沿岸海域，其北方正是臺灣北方三島(彭佳嶼、棉花嶼、花瓶嶼)。且尖閣魚釣島在明國清國史料中一向記載為東方，不是北方。因此《臺海使槎録》系統的「釣魚臺」當推測為北方三島。追本溯源，則明國《籌海圖編》已將釣魚嶼畫在花瓶嶼之西，可知其來有自。中國官方「尖閣為臺灣附屬島嶼」之説全靠《臺海使槎録》系統的史料而已，顯然全屬誤解。關於『臺海使槎錄』的釣魚臺所指何島，目前衆説紛紜。白壽彝認為是秀姑巒溪口；程大學認為是臺東；安倍明義認為臺東三仙臺古名釣魚臺，黎蝸藤據此推測『臺海使槎錄』的釣魚臺可能是三仙臺。平野聰贊同了黎蝸藤的見解。日本學者石井望又指，原書的上文還説兵船可巡哨之所只有臺灣西岸七大灣口而已，其餘西岸的衆多小灣口無法巡哨，只通杉板船及罟仔船(地曳網漁船)、小漁船 。須注意這是哨，亦即巡邏，竝不駐軍。臺灣的海防是福建的延伸，福建海防制度自上至下依次是寨、遊、汛。汛即哨，哨地沒有常駐軍，只是按季巡哨而已。連西岸七大灣口都只哨不駐，況其餘衆小灣口，並非哨地。而東岸海外的釣魚臺及薛坡蘭更附其下。釣魚臺邊十艘大船都可以停泊，該是個重要灣口，何以不言哨，亦不與可哨七灣竝列呢。顯然該島竝非清軍「哨」地，而是另有訊息來源，僅鈔附在末而已。且同條的崇爻及薛坡蘭，即今花蓮，在當時是清國界外，可知此條所載不全是清國領土。
1743年編纂的地理書《大清一統志》第335卷中，台灣府東北端是「鷄籠城」（現基隆市），在書中收錄的「台灣府圖」中，尖閣群島不是台灣附屬島嶼。同年，清國署理福建巡撫周學健奏疏記錄了同年五月琉球國官船出國後，明國邊防軍將之護送至馬祖列島（中國第一歷史档案館「中琉歷史關係档案」）。八重山日報評論指，這符合乾隆「清朝通典」卷六十及「大清會典」卷五十六將朝貢使「送出邊境」、「伴送出境」的規定，而釣魚嶼還在三百公里之遙。
1786年林子平所著的《三國通覽圖說》的附圖「琉球三省并三十六嶋之圖」釣魚島各島嶼和台灣不同顏色，釣魚列島為粉紅色，台灣為黃色，否定了中國政府「釣魚島為台灣附屬島嶼」的官方見解，而且台灣島中記載台灣縣、鳳山縣、諸羅縣，明確屬於清國福建省領土，卻繪上和中國大陸不同顏色，本身就是錯誤的。日本外務省回應中亦提到，地圖中臺灣的大小只有沖繩島的三分之一，可見此地圖缺乏正確的知識基礎。
1852年，清朝官方記述台灣地方的文書《噶瑪蘭廳志》的地圖裏不包含釣魚台，並將釣魚臺列為「蘭界外」。八重山日報評論指，這否定了中國政府「釣魚臺屬於臺灣宜蘭」的主張，而「蘭界外」條中所記載的「泖鼻山」亦在宜蘭界線上，甚至界外，「蘭界外」條中一個界内之地都不包含。
1871年，《重纂福建通志》卷八十六〈海防・各縣衝要・葛瑪蘭廳〉條云：「北界三貂，東沿大海。」三貂是臺灣本島的東北角，可知三貂以北、海岸以東的釣魚臺遙在界外。
在1899年台灣總督府民政部文書課發行的台灣總督府第一統計書已以彭佳屿（アギンコート，Agincourt）列为台湾极北，但钓鱼岛位置比彭佳屿更北，直至1944年台湾府出版的第四十六统计书，台湾极北仍然是彭佳屿。
1953年1月8日《人民日報》，在第四版刊載的「琉球群島人民反對美國占領的鬥爭」一文中寫有「琉球群島包括尖閣諸島」的字樣。
1958年11月，北京地图出版社出版的世界地圖集將島嶼命名為尖閣群島並列入日本版圖。
1959年，商務印書館出版，新華書店北京發行所發行之吳壯達著作《台灣地理》說明：「全區島嶼的分布，最東，是本島東北的棉花嶼，……最北，是本島東北的彭佳嶼，地距瑞芳鎮的鼻頭角約五十六公里，與琉球群島內側的尖閣諸島遙對。」
1960年中華民國內政部製作之《台灣省5市16縣詳圖》，列明台灣附屬島嶼共76座，分佈範圍從恆春七星岩到基隆彭佳嶼，但未記載釣魚台。
1970年1月，中華民國國立編譯館出版的初版教科書《國民中學地理科教科書》第4冊中將「尖閣群島」劃在琉球群島內。