西沙群岛
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20世纪初，中国政府出現开始与法属印度支那主权争端。1909年，清朝广东水师提督李準率领“伏波”号、“琛航”号、“廣金”号军舰前往西沙群岛巡航，给15座岛屿逐一命名，以示西沙群岛属于大清国。其中以随行军舰“伏波号”命名“伏波岛”（后改称“晋卿岛”）。西沙群岛永乐群岛中的琛航岛、廣金島分別以“琛航”号、“廣金”号军舰命名。李準更於永興島上升旗鳴炮，以使主權。1910年，李準著《广东水师国防要塞图说》，并奏请朝廷。
1911年，辛亥革命後，廣東省政府宣布将西沙群岛划归海南崖县（今三亞市）管辖。1921年，南方軍政府重申此政令，法國未有抗議。1912年，中華民國广东省警察厅长陈景华令警厅组成警察队20人，备足弹药装备赴永兴岛守护，并约定由海军按期运送粮食淡水，这是中国警察首次驻守西沙。后补给船因台风延误，岛上警察除一人获救外，其余全部死亡。1920年9月15日，孙中山的好友、广东省香山县商人何瑞年从广东军政府内务部获得西沙群岛磷矿采掘的试掘许可证。後發現何瑞年将经营权转让给日本政府成立之「南兴实业公司」，即被广东省政府撤销其经营权。1921年3月11日，中華民国军政府将西沙群岛划归广东省崖县管辖，并由内政部咨行广东省政府遵照执行。孙中山被陈炯明赶走后，1922年11月中旬，陈炯明执政的广东省署注销了何瑞年承办“琼崖西沙群岛实业有限公司”原案。1928年5月，廣東省政府派遣國立中山大學农学院院长沈鹏飞、地質學教授朱庭祜等15人，乘海瑞号军舰前往西沙群島进行地質和資源调查，返航後寫成综合考察专著《调查西沙群岛报告书》。調查團隊更发现当地藏有豐富的由鸟粪组成的磷矿资源。朱庭祜便根據研究成果，编著《西沙群岛鸟粪》，建議開發磷矿资源。1929年至1931年，廣東省政府批准商人宋賜權、嚴景枝等人開發西沙群島鳥糞。1932年，西沙群島資源開發轉由中華國產肥田公司承辦。
1931年12月4日，法國趁中華民國与日本九一八事变之机，向中華民國驻法国公使馆发出照会，声称安南对西沙群岛拥有“先有权”，聲索这些岛屿，挑戰西沙群島的主權，並列舉越南史料，圖證安南一向擁有西沙群島主權，並以加強法屬印度支那的防衛為藉口，試圖實際佔有西沙群島。1932年4月29日，法国致中国外交部公函，对广东省议会对西沙群岛的鸟粪开采权进行投标表示关注，声称西沙群岛的主权属于安南。1932年5月，法舰反潜炮舰“阿美罗德”号（Alerte，警报号）巡视西沙群岛。1932年6月15日，驻越南法国总督通过“第156/SC号法令”把西沙群岛变成了承天省的一个行政单位。法国宣布占领西沙群岛的永兴岛。1932年7月27日，中華民國外交部指示駐法國巴黎大使向法國外交部提出抗議，拒絕法國對西沙群島的主權聲索。9月29日，中華民國外交部以国际公法先占与时效原则，對法方予以嚴重驳覆，提出以下理由
依1887年中法续议界务专条第三款之规定，中越交界海上各岛归属以两国边界红线为准向南划线，该线以东之西沙群岛应归中国。
依照国际法及惯例，以切实先占为取得领土主权之先决条件，中国海南渔民在西沙散居从事渔业有悠久的历史。
百年前安南仍是中国藩属国，占据宗主国领土並不合理。
民国以来，中国政府多次批商承垦西沙群岛，足以证明中国对之有效管辖。
1930年香港远东观象台会议上，安南及徐家汇法国观象台台长共同建议中国政府在西沙群岛建设观象台，证明法国官方对中國主权之认可。
1933年，日本亦覬覦西沙群島，對法國所聲稱擁有西沙的主權提出質疑，並否定法国有先占权。9月27日，法國回覆中國外交部於一年前發布的照會，指1887年中法续议界务专条並不適用於西沙群島，並指「1816年安南已經對西沙群島有聲索主權，比1909年李準巡視西沙群島還要早」。至於观象台会议一事，法國指該會議只涉及科學而不牽涉政治問題。1934年3月20日，中方再發聲明，指1887年中法续议界务专条確實適用於西沙群島，並且可於悠久的中國歷史文獻中尋找到對西沙群島的記載，而中國亦有效控制西沙群島多年。法方並無再回覆。12月，中華民國水陸地圖審查委員會專門審定了南海各島礁灘洲名稱共132座，包括東沙群島1座，西沙群島28座，中沙群島（當時稱為「南沙群島」）7座和南沙群島（當時稱為「團沙群島」）96座。1935年，中華民國政府的水陸地圖審查委員會編印《中國南海各島嶼圖》詳細標明包括西沙群島在內的南海諸島各島礁的具體名稱。1937年七七事变后，日本开始全面侵华。1938年7月3日，法國趁著中國抗日戰爭爆發，出兵佔領西沙群島。7月6日，日本對法國之舉動提出抗議，指英法兩國分別在1900和1921年宣布西沙群島屬於海南，故法國對西沙群島不擁有主權。1939年4月9日，日本入侵西沙群岛，并驱逐占领永兴岛的法国人员，西沙群岛完全被日军占领。日军侵占期间，大肆掠夺西沙群岛的鸟粪资源。1945年1月，美军飞机侦察永兴岛时，发现岛上飘扬着法国国旗。1945年2月3日，两名澳军突击队员乘美军潜艇“鲷鱼”号（USS Pargo，SS-264）登陆永兴岛侦察，发现岛上悬挂法国国旗，有日军和法国官员。突击队员撤回后，美军潜艇用76毫米甲板炮炮击永兴岛。1945年3月8日，美军航母舰载机猛烈轰炸永兴岛和珊瑚岛。1945年3月9日晚日本发动“明号作战”（法越称“三九政变”）强制解散印度支那的法国殖民政权。1945年7月2日，美军潜艇“九带鮨”号（USS Cabrilla，SS-288）侦察永兴岛，发现岛上仍悬挂着法国国旗，其上加挂一面白旗。1945年，中國在抗日戰爭取得勝利，中國國民政府光復西沙群島，由臺灣省行政長官公署管轄。1945年12月12日，台湾省行政长官公署派省气象局机帆船“成田”号到达永兴岛接收，此时岛上已经空无一人。
1946年12月9日，中華民國政府派出“太平”号、“永兴”号、“中业”号、“中建”号4艘军舰（指挥官林遵）前往西沙、南沙群岛执行进驻接收任务。其中“永兴”、“中建”两舰在舰队副指挥官姚汝钰率指挥下抵达西沙群岛，以“永兴”号、“中建”号命名了“永兴岛”、“中建岛”，在永兴岛码头处立“卫我南疆”石碑。海军司令部海事处上尉参谋张君然被任命为第一任海军西沙群岛管理处主任。1946年，中華民国海军陆战队驻防永兴岛。
1947年1月17日，法國軍艦「東京號」到西沙群島，意圖將中華民國海軍驅離永兴島；1月18日，中國駐法國大使錢泰發表聲明：西沙群島屬於中國。1月19日，法國軍艦在西沙群島登陸；外交部長王世約見法國駐華大使梅里靄，就法國軍艦「東京號」在西沙群島登陸一事，鄭重表示西沙群島之主權屬於中國。1月21日，國防部長白崇禧宣稱：「西沙群島主權屬於我國，不僅歷史、地理上有所根據，且教科書上亦早載明。去年敵人投退出該群島後，我政府即派兵收復。本月10日有法國偵察機一架飛臨偵察，18日復有法國軍艦一艘駛至群島中最主要一島，我守軍當即表示守土有責，不許其登陸，並責令其退走。」1月24日，法軍再度登陸西沙群島，中國政府對法國政府提出嚴重抗議，並派軍艦馳赴西沙群島巡視。1月26日，外交部情報司長何鳳山稱：西沙群島主權屬於中國，漢馬伏波曾到該群島，清宣統二年李準亦懸旗嗚炮，正式成為中國領土；根據1887年中法條約規定，紅線以東屬於中國，故無論在歷史上、地理上，西沙群島均為中國領土；法軍之登陸，無疑係屬非法。1月27日，西貢法國當局向報界發表關於西沙群島爭端之聲明，略謂：「法軍艦『東京號』載有少數軍隊，一部分奉命在波西島登陸，其餘在拔陶兒島登陸。上述兩島有1938年法軍所建軍隊營房、碼頭及氣象站，可見主權屬於法國。」1月28日，中國外交部照會法國駐華大使，抗議法軍入侵中國西沙群島珊瑚島。1月29日，中國外交部次長劉鍇在中國國民黨中央宣傳部記者招待會上鄭重否認法國政府外交部聲明中謂中國於1938年同意法國佔領西沙群島之說；稱中國於彼時僅重申其一向立場，中國對該島之主權，為無可爭議者。2月28日，國民政府完成接收西沙、中沙、南沙群島任務。4月29日，中國外交部與內政部、海軍總司令部會商確保南海島嶼對策。5月21日，「永興」、「中業」兩軍艦駛抵南沙群島之太平島，駐守南疆。12月1日，內政部核定公布南海各島名稱，這些島礁是中國固有領土，自經國防部會同各有關機關接收後，整頓竣事，由內政部命名：一、東沙群島，包括東沙島等三島；二、西沙群島，包括：（甲）永樂群島，其內有甘泉島、道乾群島等九處；（乙）宣德群島，其內有西沙洲、趙述島等21處；三、中沙群島，包括西門暗沙等29處；四、南沙群島，包括：（甲）危險地帶以西各島礁，其內有雙子礁等27處；（乙）危險地帶以西東各島礁，其內有海馬灘等4處；（丙）危險地帶以南各島礁，其中有保衛暗沙等16處；（丁）危險地帶以內各島礁，其內有曾母暗沙等40處。法國海军同時亦意识到他们在軍力上处于劣势，于是重新集结并在西沙群島的珊瑚島建立了他们的总部。1947年稍後時間，法國重建於1938年至1944年在岛上运行的气象站，并于1947年底开始运行，国际站代码为48860。但隨著法國在印度支那戰爭中敗走，南越海軍分别於1956年4月及7月佔領珊瑚島及甘泉島。
1949年第二次國共內戰失利後，中華民國政府退守台灣，但並未放棄對西沙群島的主權。雖然已失去對西沙的實際控制權，但中華民國政府仍把西沙群島劃入台灣高雄市的管核區。
1950年5月，中国人民解放军攻占海南岛，中華民國國軍在撤離海南島的同時，一併撤離永興島上的駐軍，5月13日，中国人民解放軍進駐西沙永興島(另一説法為，解放軍並沒有在1950年進駐永興島，而是於南越軍在1956年接替法國佔領珊瑚島後，解放軍才於1956年進駐中興島。另有學者認為中共是在1955年12月才進駐永興島)。1958年9月4日，中华人民共和国发表关于领海的声明。同年9月14日，越南民主共和國（北越）政府主席范文同在給中华人民共和国总理周恩来的照会中表示：“越南民主共和国承认和赞同中华人民共和国政府一九五八年九月四日关于规定中国领海的声明，越南民主共和国政府尊重这一决定”。（实际控制南沙群岛的南越方面没有承认中国对南沙及西沙的主权；北越统一越南后，也没有重申承认中国的主权。）
1974年，中华人民共和国与越南共和国之间爆发西沙海战，中国人民解放军取得胜利。从西沙海战至今，中国实际控制整个西沙群岛並行使主權。但西沙群岛的主權仍是中国与越南之间争議的话题。1979年7月31日，鄧小平在聽取葉飛、杜義德滙報西沙群島需要重點設防的問題時稱：這個地方一定要堅守！你們回去研究一下，如果由海軍來守，要給編制。
1996年，中华人民共和国国务院宣布的国家领海基线中，包含了实际控制的西沙群岛。
1430年《郑和航海图》中的万生石塘屿即西沙群岛。
中华人民共和国主张之领海基线
中國宣稱根据《聯合國海洋法公約》中规定的新的领海基线