尼古拉·哥白尼
争议

哥白尼的书一问世并未引发论战（无言辞激烈的布道训诫）。特利腾大公会议上既未讨论哥白尼的理论，也未讨论历法改革（历法改革后来使用由哥白尼计算推导得出的表格）。
第一个反对哥白尼学说的名人是天主教的巴托洛米奥·斯皮纳（Bartolomeo Spina），他出任圣使徒宫主管（和天主教聖座法院首席监察官），他“强烈表示要镇压哥白尼学说”。但随着斯皮纳在1546年去世，他的朋友吉奥凡尼·玛丽亚·托洛桑尼接替了他未完成的任务。吉奥凡尼·玛丽亚·托洛桑尼是一位著名的神学家及天文学家，是道明會在佛罗伦萨的圣马可修道院的會士。托洛桑尼撰写了一本专门研究历法改革（其中天文学起到重要作用）的专著。此外，他还参加了第五届拉特兰会议，参与了历法改革的讨论。在1544年，他取得了哥白尼《天体运行论》的副本。他公开抨击哥白尼学说的文字见于他所著的《论圣经之真谛》（On the Truth of Sacred Scripture）一书的附录中。
托洛桑尼模仿托马斯·阿奎那的理性主义风格，借用哲学论据反驳哥白尼学说，但实际上他仍引用基督教《圣经》及其传统。他力求证明哥白尼学说是荒谬的，他分三点说明哥白尼学说没有经过验证且没有任何基础。第一，哥白尼假设地球的运动，但却未提供任何推导出此运动的物理理论。（没有人意识到对哥白尼学说的研究将引起对整个物理界的重新思考）。第二，托洛桑尼称，哥白尼的思维过程是落后的。他说，哥白尼先是提出日心说这一理论，然后再找各种支撑此想法的现象，而不是先观察现象，然后再思考推理得出引起此现象的理论。在这一点上，托洛桑尼将哥白尼的数学等式将毕达哥拉斯实算联系了起来。毕达哥拉斯曾与亚里士多德争论过，后来托马斯·阿奎那又继续进行了这一争论。他们争论说，数字只是人智力的产物，不需要任何物理现实的支撑，因此“数字在研究本质的时候不能提供物理原因”。
当时，一些天体说（例如本轮和椭圆形轨道）仅仅被视为调整天体位置数据的数学方法，而不是解释天体运动的原因。（哥白尼主要根据的是本轮，因他仍坚持完美球面轨道的说法）。这一“拯救现象”的观点证明，天文学和学术不能作为决定物理原因的一种正确方式。托洛桑尼借用此观点，在对哥白尼最后的判定中引用说，哥白尼最大的错误是，他从开始借用科学中较“低级”领域来解释较“高级”领域。哥白尼用数学及天文学来假定物理学和宇宙学的现象，而不是从一开始用物理学和宇宙学的公认原则来评定天文学和数学方面的知识。这样一说，在当时，哥白尼似乎正在破坏整个哲学系统。托洛桑尼称，哥白尼犯了哲学错误，因为他根本不精通物理学和逻辑学-没有物理学和逻辑学知识的人是无法成为一名优秀的天文学家，更不能分清正确与错误。因为哥白尼学说不符合托马斯·阿奎那提出的科学真相，因此被托洛桑尼视为无根据的未经证明的理论。
托洛桑尼意识到哥白尼所著书的序言并非哥白尼本人所写。序言的论点称，天文学整体不能得出真理。这一论点遭到了托洛桑尼反对（尽管他认为哥白尼试图解释物理现实这一做法是错误的）。托洛桑尼发现哥白尼所著书中的序言无比荒唐（不知道哥白尼并未授权此序言）。托洛桑尼写道，“从序言的文字中，这本书的愚蠢性受到指责。因为哥白尼妄想重新证明薄弱的毕达哥拉斯观点（宇宙的中心是火的元素）。这一观点在很久之前就被摧毁，它清楚地违反人类理性及《圣经》。在这样一种情况下，天主教《圣经》解释者与那些执着坚持此错误观点的人之间很容易产生分歧。我们写这个小作品就是为了避免产生这种丑闻”。托洛桑尼宣称，“尼古拉·哥白尼从未读过和理解过哲学家亚里士多德与天文学家托勒密的论证”。他写道，哥白尼“缺乏物理学和逻辑学两大科学知识。其次，哥白尼在《圣经》解释方面也很不熟练，因为他违反了《圣经》中的几大原则，这一行为威胁到他对自己的忠实以及对他的读者的忠实……他的论证没有任何力量，很容易就能被拆分开。因为反驳一个已经被大众广为接受的有强大理由支撑的观点是一种愚蠢的做法，除非反驳者使用更加有力的及不能解释的论证，全面摧毁对立的观点。但是他根本就没有这样做”。他宣称，他写这本书反对哥白尼“是为了坚持真相，维护神圣教會的利益”。尽管托洛桑尼花费了大量精力著作他的书，但此书仍未出版，它很可能被搁置在佛罗伦萨的圣马尔谷修道院的图书馆中中，直到後來獲得了日後其他起诉者的应用（据称，1613年，道明會會士托玛索卡奇尼在进行一场反对伽利略的布道之前，阅读过此书）。
为何在哥白尼的《天体运行论》出版后60年，天主教會才进行公开反对此书这一问题引起了广泛争论，就算是托洛桑尼的反对也是被忽视的。造成这一现象可能的原因包括伽利略·伽利莱的性格和证据的可获得性，例如望远镜观测。
哥白尼之前的理论在神学界纠缠复杂，这可从约翰加尔文著作的一个样本中看到。在其《〈创世记〉注释》（Commentary on Genesis）一书中，他说道，“我们并不是不知天堂的环道是确定的，地球正如一个小球体位于中心”。在评论《圣经》中《约伯记》26:7时，加尔文写道“约伯确实具体提到‘北部，’但他说的是整个天堂。因为天空绕着其极转动。正如一个战车的车轮在中心都会有一个车轴，轮子借助中心的洞绕着这一车轴转动，天空也是如此的。这很容易能看见；也就是说，那些熟悉天空运行的人可以天空如此转动”。加尔文对于诗篇的评论时，展现了他对于前哥白尼理论的依赖性；因为在诗篇93:1“天堂每天都在旋转，因为其构造无比巨大，旋转速度快到难以置信，因此我们并未感受到震荡或冲击-不会打扰它们的和谐的运动。尽管太阳每个昼间旋转都改变其轨道，但每年都会回到同一点。众多卫星在其旋转时都能保持自己的位置。地球怎能悬置在空中不动呢，难道上帝之手并未举起它？上空的天堂都在不断地运动，地球是怎么保持不动呢，难道神圣的制造者未修理它建立它呢”。在评论诗篇19:4时，加尔文说“天空在旋转时，所有固定的行星也在旋转。没有证据证明加尔文知道哥白尼，并且有关加尔文引用完诗篇93:1继续说“谁敢置哥白尼的权威于圣灵之上”这一说法也缺乏可信度，证实这一说法源于1885年弗雷德里克·威廉·法勒班普顿的演讲。与加尔文不同，许多神学家已经认识到哥白尼理论变得越来越有争议。
哥白尼理论与《圣经》最尖锐的冲突之点是有关《约书亚记》中基遍战争的故事。在此故事中，希伯来人取得了胜利，但一旦夜晚降临他们的对手就可能逃逸。约书亚的祈禱使得太阳和月亮静止不动阻止了這個結果。马丁·路德曾评价过哥白尼，虽然未提及其姓名。据安东尼·劳特巴赫称，在1539年6月4日他与马丁·路德共同吃饭时，大家聊起了哥白尼的话题。在1539年，当地大学格奥尔格·约阿希姆·雷蒂库斯教授被获准访问马丁·路德。据称，路德说道，“所以现在是这样一个情况。谁想要聪明就得反对大众认为的事情。他必须有自己的东西。这正是那个家伙所做的事情，他想把整个宇宙颠倒过来。尽管在这些陷入混乱的事情中，我依然相信《圣经》，因为约书亚命令太阳静止不动，而不是地球”。他的这一番评论发表于《天体运行论》一书出版的四年前，雷蒂库斯《概论》一书出版的一年前。在约翰·奥利法白有关该谈话的记述中，路德称哥白尼为“那个傻子”而不是“那个家伙”。这一版本被历史学家视为缺少史实论证。
路德的合作者菲利普·梅兰希通也对哥白尼学说有所争论。在看过雷蒂库斯《概论》（Narratio Prima）一书的前几页后，梅兰希通于1541年10月16日写信给在奥地利费尔德基希的物理学家及数学家伯卡德·麦瑟宾斯（Burkard Mithob），谴责哥白尼的理论，呼吁政府镇压此理论，他写道“有些人相信这一理论属于奇迹般的成就，歌颂这么疯狂的理论，似波兰天文学家使得地球转动，太阳停止一样荒唐。 英明的政府应该抑制头脑上的错误”。雷蒂库斯曾以为梅兰希通会理解这一理论，并且接受它。因为梅兰希通曾教授过托勒密天文学，并且在雷蒂库斯与哥白尼共同学习归来后，推荐其应聘维滕堡大学文理学院的院长职位。
在《天体运行论》一书出版六年后，菲利普·梅兰希通出版了他的《物理最初教义》（Initia Doctrinae Physicae），雷蒂库斯的希望完全破灭。梅兰希通在书中从三个方面抨击了哥白尼主义，分别是“感官的证据，科学家千年以来的一致意见和《圣经》的权威”。为了攻击新理论，梅兰希通写道“出于对创新的热爱或为了展现他们的聪明，一些人争论地球转动。他们认为第八天体和太阳都不转动，却说其他的天体在运动，并且将地球也列入其他天体内。这个玩笑并不是最近才发明的。至今仍保留着阿基米德《数沙器》（The sand-reckoner）一书；在书中阿基米德讲到，阿里斯塔克斯曾就提出悖论说，太阳静止不动，地球绕着太阳转。尽管一些名不见经传的专家曾为了证明他们的创新性，进行了诸多调查，但将荒缪的观点公之于众有诸多不好影响，树立了一个有害的例子。梅兰希通继续引用《圣经》中的篇章，然后宣称 “在这一神圣证据的支撑下，让我们珍视真相，不要因为一些人的诡计而远离真相，这些人自以为将疑惑带入艺术中是项学术荣誉。”在《物理最初教义》一书的第一版中，梅兰希通甚至怀疑了哥白尼的人格，他称哥白尼创作这一理论“要么出于对于创新的热爱，要么出于想要显示自己很聪明”，类似于这样的个人人身攻击在第二版中被大量删除。
另外一个对哥白尼学说有争论的新教神学家是约翰·欧文，他称“最近说太阳位于世界中心的假设建立在不可靠的现象之上，由一些违反《圣经》中清楚的证词的任意假设支持”。
在罗马天主教内，天主耶穌会会士尼哥拉·赛若瑞斯是其中一名撰书反对哥白尼理论这一异端邪说的教士，在1609–1610年间的一本著作中和在1612年间出版的一本作品中，援引《约书亚记》中篇章。
保罗·安东尼奥·弗斯卡利尼在1615年4月12日给一位天主教哥白尼维护者的来信中，他谴责了哥白尼理论，写道“……不仅是圣父，就是在现代关于创世纪、诗篇、传道书,和约书亚书的注释中，都能发现这些文字同意太阳在天空中，高速绕着地球转，地球距离天堂很远，静止位于世界的中心……没有人说这不是一个信仰问题，因为如果这不是‘有关主题’的信仰，那就是‘有关说话者’的信仰：所以说亚伯拉罕没有两个孩子，雅各布没有十二个孩子还有基督并非处女所生都属于异端学说，因为这些都是圣灵通过预言家及使徒的嘴所说的。
在1616年三月，在伽利略事件影响下，罗马天主教將《天体运行论》一书加入了禁書目錄中，直到该书被“改正”。禁止理由是这一想象的地球运动而太阳不转的毕达哥拉斯教条是“错误的，违反了《圣经》”。相同的教条还禁止任何维护地球运动论或太阳静止论的著作，或是任何试图调和这些论述与《圣经》的著作。
可能哥白尼理论最强大的反对者应是弗朗西斯科·英哥利（Francesco Ingoli），一名天主教神父。英哥利在1616年一月撰写一篇散文，谴责哥白尼学说在“哲学上站不住脚，神学上属于异端学说”。尽管不确定但弗朗西斯科·英哥利极有可能是受到宗教法庭的委派，就此争议发表一个专业意见”；在1616年3月5号，审定院有关哥白尼学说的教义后，英哥利被正式任命为顾问。英哥利有关哥白尼理论的两点争议为“公众的天主教信仰不能直接追溯到《圣经》：地狱位于地球中心，离天堂最远的教义；另一个比较明显的断言是週二的赞美诗中提及過地球是静止的，該部分的詩文作为日课经文中时辰礼仪的一環，被神父们定期頌禱”。英哥利也引用《圣经》中创世纪1:14，耶和华用“天堂中的光将白天和黑夜分开”。跟之前的评论者一样，英哥利指出有关基遍战役的篇章，驳回了这些篇章应被作为隐喻理解的争论，说道“那些称《圣经》根据我们的理解模式讲话的回答是不令人满意的：因为首先在解释神圣文字时，应尽可能遵守保持字面意思的规则，其次教會教父们一致认为该篇章意思是太阳在运动，只是应约书亚的请求停止了。一项与众教父一致认可意见相反的解释在特利腾大公会议上受到了谴责，具体在会议第四部分有关该版教义以及圣书的使用方面。其次，经过会议上讲到有关信仰以及道德的问题，但不可否认的是圣父们看到一个违反他们一致认为的《圣经》解释时肯定会不高兴的”。
在教宗保祿五世的命令下，罗伯·白敏樞機提前通知伽利略将颁布该一法案，藉此警告他“不能再支持或维护”哥白尼学说。四年后的1620《天体运行论》被或省略或改动了九個條文後重新发行。
在1633年，伽利略·伽利莱因追随“哥白尼学说”被指控有异端邪说的严重嫌疑，哥白尼学说与真相及《圣经》权威相反，最终伽利略被判终身软禁。
天主教在1758年從《禁書目錄》中去掉了对于日心说相關著作的禁令，但仍明令禁止未经审查版的《天体运行论》以及伽利略的《关于两种世界体系的对话》。这些禁令最终在1835版的目錄中取消。