科羅拉多河
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第一批來到科羅拉多河流域的人類可能是屬於古印第安人族群的克洛維斯人及福爾瑟姆人（英语：），他們大約在距今12000年前首次抵達科羅拉多高原；然而直到距今8千至2千年前的沙漠古文化（Desert Archaic Culture）興起前，科羅拉多河流域內幾乎沒有什麼人類活動。這些史前居民佔該地區人口一大部分，過著普遍的游牧生活方式，以採集植物與獵殺小動物維生（在更新世結束前，一些較早來到的獵人以獵殺在北美尚未滅絕的大型哺乳動物維生）。 另一批遷移過來的群體是福瑞蒙特人（英语：），該群體在距今2000到700年前居住在科羅拉多高原。福瑞蒙特人很可能是流域內最早種植農作物及建造磚石屋的民族。他們還留下大量的岩畫和岩刻，有許多仍留存至今。
從公元初幾個世紀開始，定居在流域的人們開始建立以農業為基礎的大型社會文化，其中一些持續數百年之久，甚至還發展出由數萬居民組織且很有條理的文明。 例如分布在四角落的阿那萨吉人（又稱為Anasazi或Hisatsinom）是沙漠古文化的後裔。普韋布洛人則是在新墨西哥州西北部查科峽谷開發出複雜的水利分配系統，抽取水源供應飲用水及農業灌溉。
普韋布洛人統治著聖胡安河流域，在查科峽谷發展出文明中心，峽谷及周圍地區共有150多個城鎮或是被稱為「大房子（英语：）」的古普韋布洛式建築，其中最大的博尼托鎮（英语：）由600多間住宅單位組成。霍霍坎人從西元1年左右遷移至現今的希拉河中游。西元600到700年之間，霍霍坎人開始在希拉河中游一帶建立大規模灌溉農業，收穫量上比流域內其他任何土著群體還要豐饒。後來他們在希拉河及索尔特河（英语：）上建造一座廣泛的灌溉渠道系統，總長度從 290至480（180至300英里）不等，能夠灌溉10,000至101,000公頃（25,000至250,000英畝）的土地。這2個文明在鼎盛時期人口數量都非常多，普韋布洛人估計在6,000到15,000人之間，而霍霍坎人約3到20萬人左右。
這些長久定居的民族大規模開發周圍環境，包括發展農業、伐木、採集資源等；然而原住民興建的灌溉渠道可能導致科羅拉多河部分河道的形態發生重大變化。在人類抵達之前，希拉河、索尔特河、查科河（英语：）等河流皆為較淺的常流河，有著低矮植被的河岸及廣闊的洪泛平原。隨著時間推移，暴洪導致灌溉渠道嚴重向下侵蝕，反過來使原本的嵌入河流變成旱谷（英语：），讓當地農業發展變得更加困難。人們採用建造大型水壩等許多方法來解決問題，但是當西元14世紀的大旱襲擊該地區時，這些古文明被突如其來的天災侵襲而崩潰了。一部分普韋布洛人遷移到新墨西哥州中部格蘭河河谷（英语：）及科羅拉多州中南部，逐漸成為新墨西哥州西部霍皮人、祖尼人、拉古納人（英语：）、阿科馬人（英语：）的前身。當歐洲人抵達科羅拉多河流域時，居住在流域內的部落民族有許多是普韋布洛人與霍霍坎人的倖存者後裔，也有其他非普韋布洛人與霍霍坎人種族已經定居於此很長一段時間，或是才從邊境地區遷移過來。
納瓦霍人屬於阿薩巴斯卡語支群體之一，他們在西元1025年左右從北方遷移到科羅拉多河流域。他們來到後，很快地建立起當地美洲原住民部落主導地位，其領域延伸到今日的亞利桑那州、新墨西哥州、猶他州、以及科羅拉多州部分地區，這些地方原本都是普韋布洛人的原始家園。事實上，在14世紀普韋布洛文明崩潰前，納瓦霍人已從普韋布洛人習得農耕技術。另外，有許多其他種族部落沿著科羅拉多河定居。自西元1200年以來，莫哈維人（英语：）一直生活在科羅拉多河布萊克峽谷（英语：）下游的肥沃窪地處，他們主要以捕魚與耕作維生。莫哈維人的捕魚方式是乘坐在蘆葦製的草筏在河中捕捉希拉鱒及尖頭葉唇魚，耕作方面則是依靠每年洪水過後才再河畔邊種植，而不是以灌溉的方式來耕作農作物。猶他人定居在科羅拉多河流域北部，活動範圍主要在今日的科羅拉多州、懷俄明州、猶他州一帶，他們的歷史至少有2000年以上，但直到西元1500年時才遷移至四角落。另外，包括阿帕契族、科科帕族（英语：）、哈爾奇多馬族（英语：）、哈瓦蘇佩族（英语：）、瓦拉派族（英语：）、馬里科帕族（英语：）、皮馬族（英语：）、奎查恩族等族群皆定居在科羅拉多河流域內，或是部落領地與科羅拉多河流域相接壤著。
自17世紀開始，歐洲人抵達科羅拉多河流域並開始接觸當地美洲原住民，為這些原住民們生活方式帶來重大改變。歐洲傳教士試圖讓原住民皈依基督教，在他們的努力下有些許斬獲，例如尤西比奧·基諾神父（英语：）於1694年對定居在希拉河谷（英语：）的皮馬族傳教，而他們也順從基諾神父，欣然地接受並皈依基督教。從1694年到1702年期間，基諾向希拉河及科羅拉多河一帶進行探險，來探索加利福尼亞是一座島嶼還是半島。西班牙人將綿羊與山羊引介給納瓦霍人，使納瓦霍人在生活習慣上開始嚴重依賴羊群來穫取肉、奶及羊毛。到16世紀中葉，猶他人從西班牙人獲得馬匹，並將牠們引入科羅拉多河流域。利用馬匹在各個部落間進行貿易的方式接下來很快地流傳到整個流域，極大地促進原住民的狩獵、聯絡、旅行、戰爭等型態。如猶他人與納瓦霍人等較具侵略性的部落，經常利用馬匹來襲擊那些還尚未熟悉使用馬匹的高休特人（英语：）與南派尤特人（英语：）等部落。
歐洲及美國的探險家、尋寶者、拓荒者接下來逐漸遷移至本地，最終與美洲原住民發生衝突，迫使許多原住民離開他們的傳統土地。在1846年的美墨戰爭中，美國從墨西哥手中成功奪取科羅拉多河流域，接著美國人為了開拓西部，派遣由基特·卡森指揮的美國軍隊來與納瓦霍族談判，然而在一系列限縮納瓦霍族領土的嘗試失敗後，美軍以武力逼迫8千多名納瓦霍族男女老幼離開家園，其中有許多原住民集結並激烈抵抗，但都以失敗收場。在今日被稱為納瓦霍遠征（英语：）中，這些俘虜從亞利桑那州長途跋涉至新墨西哥州薩姆納堡（英语：），有許多人在沿途就死去。4年後，納瓦霍人簽署一項條約，同意將他們移至四角落地區，而此處後來轉變為現今的纳瓦霍族保留地。此保留地是美國最大的印第安保留地，佔地70,000平方（27,000平方英里），截至2000年此處人口超過18萬人。
莫哈維人在發起一系列小規模衝突及襲擊篷車隊（英语：）後，於1850年代後期被驅逐出他們的領土，讓美國軍隊於1859年得以結束對莫哈維族的戰爭（英语：）。1870年，莫哈維人遷移至莫哈維堡印第安保留地（英语：），該保留地橫跨亞利桑那州、加利福尼亞州和內華達州州界。一部分莫哈維人轉移到亞利桑那州及加利福尼亞州州界上佔地1,120平方（432平方英里）的科羅拉多河印第安保留地（Colorado River Indian Reservation ），此處最初由莫哈維人與切梅惠維人（英语：）於1865年建立。一部分的霍皮族與納瓦霍族人在1940年代也搬遷到此處；這4個部落現在組成一個地緣政治機構，其名為科羅拉多河印第安保留地（英语：）。
美洲原住民的科羅拉多河水權於19世紀到20世紀間，在流域上進行大規模水資源開發時有很大程度被忽視了，大壩的建設經常對部落產生負面影響，例如帕克壩（英语：）於1938年建成後，切梅惠維人在河畔邊的土地被蓄水淹沒。時至今日，流域上有10個美洲原住民部落已擁有，或仍繼續要求科羅拉多河用水權。美國政府已採取一些措施來協助開發及量化原住民保留地的水資源；第一個由聯邦政府資助的灌溉項目是1867年在科羅拉多河印第安保留地建造的灌溉渠道。其它開發的水利項目包括納瓦霍印第安灌溉項目（英语：），該項目於1962年獲得授權，用於灌溉新墨西哥州中北部納瓦霍部落的部分土地。由於保留地供水困難，大約40%的居民必須用卡車從取水點將水運到幾英里遠的住家，所以納瓦霍人至今仍繼續尋求方法來擴大他們的水權。21世紀時，納瓦霍人為了要求增加水權而向亞利桑那州、新墨西哥州與猶他州政府提出法律訴訟；其中有一些判決有利於納瓦霍人，例如2004年時他們在新墨西哥州的一個定居點因判決而獲得402,000公升（326,000英畝·英尺）配給水量。