日本航空航點
日本國內航線

| 都道府縣 | 地点 | 机场 | IATA | ICAO | 備註／航班号（仅显示東京出发日航实际执飞航班） |
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| 千葉 | 成田 | 成田国际机场（枢纽） | NRT | RJAA | 總部所在地 |
| 東京 | 羽田 | 東京國際機場（枢纽） | HND | RJTT | 總部所在地 |
| 大阪 | 泉佐野 | 关西国际机场（枢纽） | KIX | RJBB | JL173、JL177、JL189、JL3019 |
| 大阪 | 豐中、池田 | 大阪國際機場（枢纽） | ITM | RJOO | JL101、JL103、JL105、JL107、JL111、JL113、JL115、JL117、JL119、JL121、JL125、JL127、JL131、JL133、JL137、JL139、JL3005、JL3007 |
| 愛知 | 名古屋 | 中部國際機場（重点） | NGO | RJGG | JL3083、JL3085、JL3087 |
| 福岡 | 福岡 | 福岡機場（重点） | FUK | RJFF | JL301、JL303、JL305、JL307、JL309、JL311、JL313、JL315、JL317、JL319、JL321、JL323、JL325、JL329、JL331、JL333、JL335、JL3051、JL3053、JL3057 |
| 北海道 | 札幌 | 新千歲機場（重点） | CTS | RJCC | JL501、JL503、JL505、JL507、JL3933、JL509、JL511、JL513、JL515、JL517、JL519、JL521、JL523、JL525、JL527、JL529、JL531、JL3041、JL3045、JL3049 |
| 廣島 | 廣島 | 廣島機场（重点） | HIJ | RJOA | JL1601、JL1603、JL1605、JL1607、JL1609、JL1611、JL1613、JL1615 |
| 沖繩 | 那霸 | 那霸機場（重点） | OKA | ROAH | JL3941、JL901、JL903、JL905、JL907、JL909、JL3947、JL913、JL917、JL919、JL921、JL923、JL925、JL927、JL3095 |
| 北海道 | 旭川 | 旭川機場 | AKJ | RJEC | JL1103、JL1107、JL1113、JL1115 |
| 北海道 | 女滿別 | 女滿別機場 | MMB | RJCM | JL1183、JL1189、JL1191 |
| 北海道 | 釧路 | 釧路機場 | KUH | RJCK | JL1145、JL1147、JL1149 |
| 北海道 | 帶廣 | 帶廣機場 | OBO | RJCB | JL1151、JL1153、JL1155、JL1157 |
| 北海道 | 函館 | 函館機場 | HKD | RJCH | JL1161、JL1165、JL1167 |
| 青森 | 青森 | 青森機場 | AOJ | RJSA | JL1201、JL1203、JL1205、JL1207、JL1209、JL1211 |
| 青森 | 三澤 | 三澤飛行場 | MSJ | RJSM | JL1225、JL1227、JL1229 |
| 秋田 | 秋田 | 秋田機場 | AXT | RJSK | JL1261、JL1263、JL1265、JL1267 |
| 山形 | 東根 | 山形機場 | GAJ | RJSC | JL1259 |
| 宮城 | 仙台 | 仙台機場 | SDJ | RJSS |  |
| 靜岡 | 靜岡 | 靜岡機場 | FSZ | RJNS |  |
| 新潟 | 新潟 | 新潟機場 | KIJ | RJSN |  |
| 石川 | 小松 | 小松飛行場 | KMQ | RJNK | JL1273、JL1275、JL1279、JL1281、JL1283、JL1285 |
| 和歌山 | 西牟婁 | 南紀白濱機場 | SHM | RJBD | JL1381、JL1383、JL1385 |
| 兵庫 | 豐岡市 | 但馬飛行場 | TJH | RJBT |  |
| 岡山 | 岡山 | 岡山機場 | OKJ | RJOB | JL1681、JL1683、JL1685、JL1687、JL1689 |
| 山口 | 宇部 | 山口宇部機场 | UBJ | RJDC | JL1643、JL1645、JL1647、JL1649 |
| 島根 | 出雲 | 出雲機場 | IZO | RJOC | JL1663、JL1665、JL1667、JL1669、JL1671 |
| 香川 | 高松 | 高松機場 | TAK | RJOT | JL1403、JL1405、JL1407、JL1409、JL1411、JL1415 |
| 德島 | 德島 | 德島飛行場 | TKS | RJOS | JL1431、JL1433、JL1435、JL1437、JL1439、JL1443 |
| 愛媛 | 松山 | 松山機場 | MYJ | RJOM |  |
| 高知 | 高知 | 高知龍馬機場 | KCZ | RJOK | JL1483、JL1487、JL1489、JL1491、JL1493 |
| 福岡 | 北九州 | 北九州機場 | KKJ | RJFR | JL371、JL375、JL377、JL379 |
| 大分 | 國東市 | 大分機場 | OIT | RJFO | JL1783、JL1785、JL1787、JL1789、JL1791、JL1795 |
| 熊本 | 益城町 | 熊本機場 | KMJ | RJFT | JL1801、JL1803、JL1807、JL1809、JL1811、JL1813、JL1815 |
| 長崎 | 長崎 | 長崎機場 | NGS | RJFU | JL1841、JL1843、JL1845、JL1847、JL1849、JL1857 |
| 長崎 | 壹岐 | 壹岐機場 | IKI | RJDB |  |
| 長崎 | 對馬 | 對馬機場 | TSJ | RJDT |  |
| 長崎 | 五島 | 福江機場 | FUJ | RJFE |  |
| 宮崎 | 宮崎 | 宮崎機場 | KMI | RJFM | JL1883、JL1885、JL1887、JL1889、JL1891、JL1893 |
| 鹿兒島 | 霧島市 | 鹿兒島機場 | KOJ | RJFK | JL1861、JL1863、JL1865、JL1867、JL1871、JL1873、JL1875、JL1879 |
| 鹿兒島 | 屋久島 | 屋久島機場 | KUM | RJFC |  |
| 鹿兒島 | 喜界島 | 喜界機場 | KKX | RJKI |  |
| 鹿兒島 | 奄美大島 | 奄美機場 | ASJ | RJKA |  |
| 鹿兒島 | 沖永良部島 | 沖永良部機場 | OKE | RJKB |  |
| 鹿兒島 | 種子島 | 種子島機場 | TNE | RJFG |  |
| 鹿兒島 | 德之島 | 德之島機場 | TKN | RJKN |  |
| 鹿兒島 | 與論島 | 與論機場 | RNJ | RORY |  |
| 沖繩 | 北大東島 | 北大東機場 | KTD | RORK |  |
| 沖繩 | 南大東島 | 南大東機場 | MND | RORD |  |
| 沖繩 | 久米島 | 久米島機場 | UEO | ROKJ |  |
| 沖繩 | 宮古島 | 宮古機場 | MMY | ROMY | JL021 |
| 沖繩 | 多良間島 | 多良間機場 | TRA | RORT |  |
| 沖繩 | 石垣 | 石垣機場 | ISG | ROIG | JL071、JL073 |
| 沖繩 | 與那國島 | 與那國機場 | OGN | ROYN |  |