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第21～30卷
| # | 漫畫章節 | 對應動畫 |
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| 21 | 201 然後又（，Soshite mata...）  202 倒數計時（，Kauntodaun）  203 象牙之塔（，Sōge no tō）  | 蓝色古堡探索事件（續）（动画第136-137话） |
| 21 | 204 最初的招呼（，Saisho no aisatsu）  205 空中密室（，Ōzora no misshitsu）  206 最後的王牌（，Saigo no kirifuda）  207 埋藏在内心深處（，Mune ni himete...）  | 飞天密室 工藤新一最初的事件（1小时特别版）（动画第162话） |
| 21 | 208 櫻田門之變（，Sakurada-mon no hen!?）  209 警官的推理（，Keibu no suiri）  210 意外的情敵（，Igai na teki）  | 总局刑警恋爱物语（动画第146-147话） |
| 21 | 211 東京風和日麗（，Tōkyō biyori） | 结婚前夕的密室事件（动画第141-142话） |
| 22 | 212 剛好一對（，Osoroiya）  213 證據（，Shōko wa...）  214 獵物上鉤了！（，Kakatta emono）  | 结婚前夕的密室事件（动画第141-142话） |
| 22 | 215 北斗星（，Hokutosei）  216 露出馬腳?（，Bakyaku o arawasu!?）  217 to be continued   218 終點站（，Shūchakueki）  | 上野出发的北斗星三号（动画第144-145话） |
| 22 | 219 加油！園子！（，Sore yuke Sonoko）  220 睡美人（，Nemuri hime）  221 衝撞王子（，Shūgeki no kikōshi） | 园子的危险夏日物语（动画第153-154话） |
| 23 | 222 最後一場電影（，Chine Citta）  223 鏡中的真實（，Kagami no naka no shinjitsu）  224 作夢的地方（，Yume no basho）  | 最终播映杀人事件（动画第138-139话） |
| 23 | 225 影子計畫師（，Kage no keikakushi）  226 殺機正濃（，Satsui wa moete...）  227 意外的標的（，Igai na hyōteki）  228 消失於波濤之中（，Hatō ni kiyu...）  229 這就是真相（，Kore ga shinjitsu）  230 證人生還了（，Shōnin seikan）  | 二十年的杀意 交响乐号连续杀人事件（2小时特别版）（动画第174话） |
| 23 | 231 開始調查！（，Sōsa kaishi!!） | 总局刑警恋爱物语2（动画第156-157话） |
| 24 | 232 現場採證（，Genba kenshō）  233 倒數計時（，Kauntodaun）  | 总局刑警恋爱物语2（动画第156-157话） |
| 24 | 234 還有半年（，Ato hantoshi...）  235 黑暗之中（，Yami no naka...）  236 難以置信的切點（，Shinjirarenu setten）  237 心之所向（，Saigo no kokoro）  | 黑暗中的死角（动画第170-171话） |
| 24 | 238 背叛的街角（，Uragiri no machikado）  239 漆黑的喪葬行列（，Shikkoku no sōretsu）  240 不告而別（，Totsuzen no wakare）  241 來自過去的子彈（，Kako kara no jūdan）  242 白色世界（，Shiro no sekai） | 与黑衣组织的再会（动画第176-178话） |
| 25 | 243 不合群？（，Nakama hazure!?）  244 死人不會說話（，Shisha wa katarazu）  245 不明的暗號（，Tesaguri no kotoba）  | 复活的死亡讯息（动画第172-173话） |
| 25 | 246 蜘蛛公館（，Kumo yashiki）  247 恐怖降臨（，Kyōfu o mita）  248 平次的叫喊（，Heiji no sakebi）  249 平次的忿怒（，Heiji no ikari）  250 說不出口（，Kotoba ni dekinai）  | 古怪的鸟取蜘蛛之家（动画第166-168话） |
| 25 | 251 負傷的偵探團（，Teoi no tantei-dan）  252 堅強的名偵探們（，Kokoro-zuyoki meitantei-tachi）  253 確信（，Hitotsu no kakushin）  | 生死一瞬间 洞窟中的侦探团＆名侦探负伤记（动画第188-189话） |
| 26 | 254 迷惘的心（，Mayoeru kokoro）  255 不速之客（，Totsuzen no shin'nyūsha）  256 被遮蔽的事實（，Ōwareta shinjitsu）  257 冒死復活（，Inochigake no fukkatsu）  | 生死一瞬间 第三个选择＆黑衣骑士（动画第190-191话） |
| 26 | 258 休息片刻（，Tsuka no ma no kyūsoku）  259 平靜的時光（，Odayaka na jikan）  260 懷念的地方（，Omoide no basho）  | 生死一瞬间 新一回来了…＆约会的地点（动画第192-193话） |
| 26 | 261 變調的音樂盒!?（，Kinsen ni fureta!?）  262 消失的聲音（，Kieta oto）  263 春天來吧？（，Haru yo koi?） | 饶富意味的音乐盒（动画第194-195话） |
| 27 | 264 自作自受（，Mi kara deta sabi）  265 重要證人（，Jūyō sankōnin）  266 下定決心（，Omoikitte...）  | 毛利小五郎涉嫌记（动画第199-200话） |
| 27 | 267 18年前的證人（，Jū-hachi-nen mae no otoko）  268 被囚禁的刑警（，Torawareta keiji）  269 時效已過（，Taimu rimitto）  | 总局刑警恋爱物语3（动画第205-206话） |
| 27 | 270 比赛開始（，Gēmu sutāto）  271 TTX   272 比賽結束（，Gēmu ōbā）  | 战斗游戏的陷阱（动画第226-227话） |
| 27 | 273 吴越同舟（，Goetsu dōshū） | 蘑菇、山熊与侦探队（动画第212-213话） |
| 28 | 274 小小標的（，Chīsana hyōteki）  275 殺意的真相（，Satsui no shin'i）  | 蘑菇、山熊与侦探队（动画第212-213话） |
| 28 | 276 說謊的人（，Itsuwari no hito）  277 小小的證據（，Hitonigiri no shōko）  278 恐怖的女人（，Kyōfu no onna）  | 满口谎言的委托人（动画第220-221话） |
| 28 | 279 人魚的詛咒?（，Ningyo no noroi?）  280 命樣的預言（，Mikoto-sama no yogen）  281 惡魔之箭（，Akuma no ya）  282 最後一箭（，Saigo no hito ya）  283 未獲匯報的心（，Mukuwarenu kokoro）  | 人鱼失踪记（动画第222-224话） |
| 28 | 284 塵封的秘密（，Tozasareta himitsu"） | 目暮警官尘封在内心里的秘密（动画第217-218话） |
| 29 | 285 些許的不對勁（，Chīsana iwakan）  286 意想不到的原因（，Igai na riyū）  | 目暮警官尘封在内心里的秘密（动画第217-218话） |
| 29 | 287 看不見的恐怖（，Mienai kyōfu）  288 危險訊號（，Kiken shingō）  289 光天化日下的埋伏（，Hakujitsu no moto no senpuku）  | 神秘乘客（动画第230-231话） |
| 29 | 290 愛狗一族（，Aikenka-tachi）  291 些許的腳印（，Wazuka na ashiato）  292 無法消滅的證據（，Kienakatta shōko）  | 无法消失的证据（动画第233-234话） |
| 29 | 293 K3（，Kē surī）  294 最後的可能性（，Saigo no kanōsei）  295 舉紅牌（，Reddo kādo） | 大阪3K事件（动画第238-239话） |
| 30 | 296 直球定輸贏（，Chokkyū shōbu）  297 開放的密室（，Hirakareta misshitsu）  298 時間的圈套（，Jikansa no wana）  | 新干线护送事件（动画第240-241话） |
| 30 | 299 聚集（，Kyūgō）  300 悲劇（，Torajidi）  301 秘密謀殺（，Missatsu）  302 騙局（，Sutingu）  | 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德（2小时特别版）（动画第219话） |
| 30 | 303 元太的災難（，Genta no sainan）  304 元太的圈套（，Genta no wana）  | 元太的灾难（动画第242话） |
| 30 | 305 那個地方（，Soko ni wa...）  306 線索包圍網（，Tegakari hōimō）  | 暗藏杀机的陶艺教室（未完）（动画第228-229话） |