蓝菌目
下级分类

本目包括以下科：
Ammatoideaceae
束丝藻科 Aphanizomenonaceae
隐杆藻科 Aphanothecaceae
Borziaceae
Borzinemataceae
蒴链藻科 Capsosiraceae
管孢藻科 Chamaesiphonaceae
Chlorogloeopsidaceae Mitra and Pandey 1967
色球藻科 Chroococcaceae Rabenhorst 1863
Chroococcidiaceae Geitler 1933
拟色球藻科 Chroococcidiopsidaceae Geitler ex Büdel et al. 2012
拟色球藻属 Chroococcidiopsis Geitler 1933
Chroococcidiopsis bourrellyana Compère 1998
Chroococcidiopsis codiicola Beljakova 1989
古巴拟色球藻 Chroococcidiopsis cubana Komárek and Hindák 1975
Chroococcidiopsis cyanosphaera Komárek and Hindák 1975
Chroococcidiopsis edaphica Johansen and Flechtner 2008
Chroococcidiopsis fissurarum (Ercegović 1932) Komárek and Anagnostidis 1995
印度拟色球藻 Chroococcidiopsis indica Desikachary 1959
卡纳塔克拟色球藻 Chroococcidiopsis karnatakensis Kamat 1962
Chroococcidiopsis lichenoides Villanueva et al. 2018
Chroococcidiopsis muralis (Lagerheim 1893) Miscoe and Johansen 2016
Chroococcidiopsis mysorensis Tiwari 1972
Chroococcidiopsis supralittoralis Dor et al. 1991
Chroococcidiopsis thermalis Geitler 1933
Chroococcidiopsis umbratilis Dor et al. 1991
Chroococcidiopsis versatilis Dor et al. 1991
Clastidiaceae Drouet and Daily 1952，为Chamaesiphonaceae Borzì 1878的异名
束鞘藻科 Coleofasciculaceae
Cyanobacteriaceae
蓝藻属 Cyanothecaceae
Cyanothrichaceae
Dapisostemonaceae
Dermocarpellaceae
Desertifilaceae
石囊藻科 Entophysalidaceae
Fortiaceae
Fortieaceae
Geitlerinemaceae
Gloeocapsaceae
团毛黏菌科 Gloeotrichiaceae
Godleyaceae
Gomontiellaceae
Gomphosphaeriaceae
软管藻科 Hapalosiphonaceae
Homoeotrichaceae
Hydrococcaceae
Hyellaceae
微毛藻科 Microchaetaceae
微鞘藻科 Microcoleaceae
微囊藻科 Microcystaceae
Microcystidaceae
念珠藻科 Nostocaceae
Nostochopsidaceae
顫藻科 Oscillatoriaceae
Phormidiaceae
Pleurocapsaceae
Prochloraceae
Rhizonemataceae
膠鬚藻科 Rivulariaceae
Rubidibacteraceae
裂鬚藻科 Schizotrichaceae
Scytonemaceae
伪枝藻科 Scytonemataceae
螺旋藻科 Spirulinaceae
Stichosiphonaceae
真枝藻科 Stigonemataceae
胶聚线藻科 Symphyonemataceae
Tolypothrichaceae
Xenococcaceae
Zheleznayaceae
Allachjunica P.N.Kolosov, 1982
Asperatofilum T.N.Hermann, 1989
Balbariniella Oehler, 1978
Bisphaera M.S.Yakschin, 1991
Boruokia P.N.Kolosov, 1984
Botuobia V.G.Pjatiletov, 1979
Catenuata M.S.Yakschin, 1981
Cephalonyx A.F.Weiss, 1984
Cephalophytarian Schopf, 1968
Cholorogloeaopsis P.K.Maithy, 1975
Circumvaginalis V.N.Sergeev, 1993
Clavatrichoides N.S.Mikhailova, 1989
Contextuopsis T.N.Hermann, 1985
Croftalania M.Krings, H.Kerp, H.Hass, T.N.Taylor & N.Dotzler, 2007
Curviphycus M.S.Yakschin, 1991
Cyanocyta Hall & Claus
Cyanomargarita Shalygin, Shalygina & J.R.Johansen, 2017
Digitus V.V.Khomentovsky, 1980
Dzhandophyton P.N.Kolosov, 1975
Echaninia A.G.Vologdin & N.A.Drozdova, 1969
Eoentophysalis Hofmann, 1976
Eoentophysalis belcherensis Hofmann 1976
Eoentophysalis dismallakesensis Horodyski and Donaldson 1980
Eomerismopedia C.B.Foster, R.Wicander & G.Playford, 2002
Eosynechococcus Hofmann, 1976
Filiconstrictus Schopf & Blacic, 1971
Fusilabellum Awramik, 1989
Gleocapsomorpha M.D.Zalessky, 1920
Gurleyi
Huroniospora E.S.Barghoorn, 1965
Hyalocyrillium C.W.Allison, 1989
Hydrocorynites V.P.Maslov, 1960
Karamia P.N.Kolosov, 1984
Kirchneriellopsis H.Kufferath, 1954
Ljadovia O.S.Vjalov, 1983
Marpolia C.D.Walcott, 1919
Marssoniella
Myriasporella D.Z.Oehler, 1978
Odorella Shalygin, Zimba & Huang, 2019
Patomophyton P.N.Kolosov, 1975
Phacelogeminus Awramik, 1989
Pleurocapsites V.P.Maslov, 1960
Pomoria I.A.Siverzeva & T.V.Jankauskas, 1989
Portacus Rafinesque, 1819
Rectia T.V.Jankauskas, 1989
Rhyniococcus D.S.Edwards & A.G.Lyon, 1983
Shuntaria V.K.Golovenoc & M.J.Belova, 1985
Sigirjania P.N.Kolosov, 1984
Skujapelta W.T.Hall & G.Claus, 1967
Sphaeranasillos C.W.Allison, 1989
Sphaerophyus Schopf, 1968
Taenitrichoides O.S.Vjalov, 1983
Tindiromacula C.W.Allison, 1989
Tortiliphycus M.S.Yakschin, 1991
Tuberiphycus M.S.Yakschin, 1991
Udereica V.V.Khomentovsky, 1980
Zinkovioides T.N.Hermann, 1985