始祖鳥屬
發現歷史

經過多年，1個可能屬於牠的羽毛標本及12個始祖鳥的骨骼化石標本曾被發現。所有化石都是來自德國索倫霍芬石灰岩礦床，这里經過了几个世紀的挖掘。最初發現的一個羽毛標本(HMN.Ab.100) 是於1860年出土，並於1年後由汪邁爾（Christian Erich Hermann von Meyer）所發表。这块标本的正模现在存放于慕尼黑市科学研究院博物馆，负模現時存放在柏林的洪堡博物馆（Humboldt Museum für Naturkunde）內。它一般被認為是屬於始祖鳥，且是牠的正模標本，但究竟事實上是屬於哪一種生物則不得而知。有一些資料顯示它並非是由同一骨骼的動物（即模式種的印石板始祖鳥）而來。
及後，首個骨骼标本，稱為倫敦標本（BMNH 37001; London specimen）於1861年在德國的朗恩艾特罕出土，並送給了當地的醫生作為醫療費。醫生後來賣給了並保存在倫敦的自然歷史博物館。这个标本保存了沒有頭及頸部的大部份骨骼，它於1863年由理察·奧雲（Richard Owen）所發表並命名為大尾始祖鳥（Archaeopteryx macrura），因他相信它不是屬於該羽毛的同一物種。達爾文在其後修改他的《物種起源》時，亦指奧雲的發現是爬蟲類與鳥類之間的連接。
汪邁爾本身似乎並不清楚古希臘文「πτερυξ」的意思。在原先的描述中，汪邁爾指該羽毛就像現今鳥類的飛羽，但當他看了倫敦標本的略圖後，就稱為「長有羽毛動物的骨骼」。在德文，這個含混得以充分的解決，因為德文的「Schwinge」的意思正好是「πτερυξ」的意思。而德文的「Urschwinge」就是始祖鳥在19世紀德國學者中最常用的翻譯；而在英文，「ancient pinion」就是最佳的近似翻譯。
自此以後有11個標本先後被發現：
柏林標本（HMN MB. 1880/81; Berlin specimen; 2nd）：於1876年或1877年在德國近愛希施泰特的布魯門柏格被發現，是第二个被发现的标本。發現者將它交換了一頭牛。這個標本於1881年被拍賣，買家當中包括了奧塞內爾·查利斯·馬什，最後由洪堡博物馆成功收購並展覽至今。這次交易由西門子公司創始人維爾納·馮·西門子（Ernst Werner von Siemens）所資助。威廉·達姆斯於1884年正式發表，是首個有整個頭顱骨的標本。1897年，達姆斯指這個標本是一個新的物種，稱為「A. siemensii」，最近的評估支持這一個說法。
馬克斯柏格標本（Maxberg specimen; 3rd，S5）：於1956年或1958年在近朗恩艾特罕被發現，是第三个标本，並於1959年被發表。它是一個支离破碎的軀體，它曾在馬克斯柏格博物館內展覽，但現已遺失。它本屬於歐畢屈（Eduard Opitsch）並借予博物館展覽，當他於1991年死亡後，該標本亦被發現失蹤，可能是遭盜竊或被賣出。這個標本沒有頭及尾巴，而其他骨骼則大部份完好。
哈勒姆標本（又稱泰勒斯標本）(TM 6928/29; Haarlem specimen; Teyler specimen; 4th)：於1855年在德國近Riedenburg被發現，於1875年由汪邁爾命名為翼手龍（Pterodactylus crassipes），是第四件标本。於1970年由約翰·奧斯特倫姆重新分類，並存放於荷蘭哈勒姆的泰勒斯博物館。雖然分類錯誤，它卻是最先發現的標本。包含有大部份的肢骨、獨立的頸部脊骨及肋骨。
愛希施泰特標本（JM SoS 2257; Eichstatt specimen; 5th）：於1951年或1955年於德國近沃克斯卓被發現，最初被认为是美颌龙，这是第五件标本，並於1974年由彼得·沃爾赫費爾（Peter Wellnhofer）所發表。這個標本現時存放在愛希施泰特的侏儸博物館內。它是最細小的標本，而頭部是第二完整的。牠可能是另一個屬的反曲侏鳥（Jurapteryx recurva）或另一個種的反曲始祖鳥（A. recurva）。
索倫霍芬標本（Solnhofen specimen; 6th，S6）：於1960年代在近愛希施泰特被發現，是第六件标本，由沃爾赫費爾於1988年所描述。它1987年起存放在索倫霍芬的市長穆樂博物館內，原先被分類為美頜龍。它是已知最大型的標本，可能屬於另一個屬及種，稱為烏禾爾龍的Wellnhoferia grandis。它只缺少了部份的頸部、尾巴、脊骨及頭部。
慕尼黑標本（前称索倫霍芬AV標本）（BSP 1999 I 50; Munich specimen; Solnhofen-Aktien-Verein specimen; 7th）：於1991年在近朗恩艾特罕被發現，是第七件标本，並於1993年由沃爾赫費爾所發表。它現時存放於慕尼黑的慕尼黑古生物博物館。這個標本中原先被認為是胸骨的東西，卻發現原來是鳥喙骨的部份，但軟骨的胸骨亦可能存在。只有它的面貌是失去的。牠可能是另一個新種，稱為巴伐利亞始祖鳥（A. bavarica）。
德廷標本(Daiting specimen; 8th) ：第8個碎片標本，於1990年在德廷较年轻的沉积物中被發現，从1996年以来被称为德廷標本。这个标本完整度不高，仅保存了头部的一部分和一些前肢骨，一部分还是隐藏的，因此被称为“幻影（Phantom）”。2009年最初由古生物学家Raimund Albertsdörfer购买，2009年10月在慕尼黑矿产展与其它6个始祖鸟标本首次展出，有人表示这个标本可能代表一个新的始祖鸟物种，发现这个标本的石灰岩地层比其它的年轻了几十万年。
鸡翅標本(Bürgermeister-Müller Museum coll.; chicken wing; 9th)：一個碎片化石於2000年在索倫霍芬与朗恩艾特罕之间的一个采石场被發現，这是第九件标本，这块化石是私人拥有的。自2004年在穆勒市长博物馆(Bürgermeister Müller Museum)展出，它属于索伦霍芬的奥特曼与斯太尔家族（Exemplar of the families Ottman & Steil, Solnhofen）。化石保存很差，只有一个前肢可以辨认，因此被称为“鸡翅標本”。
瑟馬普利斯標本(WDC-CSG-100; Thermopolis specimen; 10th)：是一個長期私人的收藏，在德國被發現及於2005年被發表，是第十件标本。這個標本有著最完好保存的頭部及腳掌，但大部份的頸部及下顎骨經已失去，已被捐贈予美國懷俄明州瑟馬普利斯的懷俄明恐龍中心。這個標本於2005年被發表，指出始祖鳥缺乏反向的腳趾（一般鳥類的特徵），限制了牠們在樹上棲息的能力，意味著牠們可能是居於陸地上。這些被解釋成為獸腳亞目祖先的證據。這個標本中有著可高度延伸的第二趾，這一直被認為是恐爪龍下目的特徵。這個最近期的標本於2007年被分類為A. siemensii。這個標本現被借予德國法蘭克福的森肯堡自然博物館。
第11件標本：2011年在德国的新慕尼黑国际会展中心展出了第11只始祖鸟化石標本，这件标本是私人拥有，目前还未被命名，它发现于德国巴伐利亚州阿尔特米尔山谷(Altmühl Valley)。它是保存完整且保存良好的标本之一。这件标本与瑟馬普利斯標本较为相似，缺失了前肢与头骨，整体看上去有点乱，但能沿着尾椎找到臀部以及后肢。2014年路德维希-马克西米利安大学(Ludwig-Maximilians-Universität LMU)的古生物学家发表了研究报告，研究认为正羽的演化最初是可能用于展示功能，飞行功能是次生演化，或者可能是趋同的适应演变。
第12件標本：在德国巴伐利亚州Schamhaupten区阿尔特曼施泰因(Altmannstein)采石场发现，现在由业余收藏家收藏，2014年2月公布了这个发现。目前还没有正式的描述和命名。
芝加哥標本(Chicago specimen)：2024年，美国芝加哥菲尔德博物馆宣布了第十三个标本的存在。该标本是欧洲以外机构发现的两个标本之一，最初是在瑞士的一个私人收藏中发现的，并于1990年被收藏家收购，当时德国尚未于2015年禁止出口始祖鸟标本。该标本于2022年被菲尔德博物馆收购，经过两年的准备，于2024年公开展出。著名美国华裔古鸟类学家鄒晶梅将对该标本进行研究。
第14件標本(SMNK-PAL 10000 a-c）：于2025年1月被研究发表，该标本来自德國默恩斯海姆组（Mörnsheim Formation）。是右前肢、肩部和其他肢体的化石碎片，肩部和前肢的各种特征比默恩斯海姆组中的任何其他的标本都更像始祖鸟。由于该标本的过于破碎，无法将其归属于始祖鸟中的特定物种。