軟珊瑚目
科

根據世界海洋物種目錄，本目物種尚可細分為下列各科：
棘珊瑚科 Acanthoaxiidae van Ofwegen & McFadden, 2010
桶形珊瑚科 Acrophytidae McFadden & van Ofwegen, 2017
匍匐珊瑚科 Acrossotidae Bourne, 1914
軟珊瑚科 Alcyoniidae Lamouroux, 1812
花柳珊瑚科 Anthogorgiidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
水晶珊瑚科 Aquaumbridae Breedy, van Ofwegen & Vargas, 2012
八瓣珊瑚科 Arulidae McFadden & van Ofwegen, 2012
星柳珊瑚科 Astrogorgiidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
冠珊瑚科 Capnellidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
雪花珊瑚科 Carijoidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
Cerveridae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
芽軟珊瑚科 Cladiellidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
羽珊瑚科 Clavulariidae Hickson, 1894
異柳珊瑚科 Coelogorgiidae Bourne, 1900
白葵珊瑚科 Corymbophytidae McFadden & van Ofwegen, 2017
白盤軟珊瑚科 Discophytidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
Eunicellidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
Euplexauridae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
柳珊瑚科 Gorgoniidae Lamouroux, 1812
藤壺珊瑚科 Incrustatidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
竹節柳珊瑚科 Isididae Lamouroux, 1812
丁柳珊瑚科 Keroeididae Kinoshita, 1910
麥珊瑚科 Lemnaliadae Gray, 1869
橘孔珊瑚科 Leptophytidae McFadden & van Ofwegen, 2017
太陽軟珊瑚科 Malacacanthidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
扇珊瑚科 Melithaeidae Gray, 1870
穗軟珊瑚科 Nephtheidae Gray, 1862
穗柳珊瑚科 Nephthyigorgiidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
巢珊瑚科 Nidaliidae Gray, 1869
擬軟珊瑚科 Paralcyoniidae Gray, 1869
棘柳珊瑚科 Paramuriceidae Bayer, 1956
粗柳珊瑚科 Plexauridae Gray, 1859
長柳珊瑚科 Plexaurellidae Verrill, 1912
偽穗珊瑚科 Pseudonephtheidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
葉柳珊瑚科 Pterogorgiidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
節柳珊瑚科 Rosgorgiidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
硬曲珊瑚科 Sarcophytidae Gray, 1869
疣珊瑚科 Scleracidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
指形軟珊瑚科 Sinulariidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
管珊瑚科 Siphonogorgiidae Kölliker, 1874
平斗珊瑚科 Skamnariidae McFadden, van Ofwegen & Quattrini, 2022
軟柳珊瑚科 Subergorgiidae Gray, 1859
原軟珊瑚科 Taiaroidae Bayer & Muzik, 1976
笙珊瑚科 Tubiporidae Ehrenberg, 1828
紫柳珊瑚科 Victorgorgiidae Moore, Alderslade & Miller, 2017
傘軟珊瑚科 Xeniidae Ehrenberg, 1828
地位未定的屬:
阿拉斯加柳珊瑚屬 Alaskagorgia Sánchez & Cairns, 2004
仙人掌柳珊瑚屬 Calcigorgia Broch, 1935
羽柳珊瑚屬 Cryogorgia Williams, 2005
插枝珊瑚屬 Cyclomuricea Nutting, 1908
橘觸珊瑚屬 Elenanthus Sanamyan & Sanamyan, 2020
偽柳珊瑚屬 Pseudothelogorgia van Ofwegen, 1991
提修斯珊瑚屬 Thesea Duchassaing & Michelotti, 1860
過往的分類如下:
軟珊瑚亞目
桶形珊瑚科 McFadden & Ofwegen, 2017
軟珊瑚科 Lamouroux, 1812
藍晶軟珊瑚科 Breedy, van Ofwegen & Vargas, 2012
白葵珊瑚科 McFadden & Ofwegen, 2017
橘孔珊瑚科 McFadden & Ofwegen, 2017
穗珊瑚科 Gray, 1862
巢珊瑚科 Gray, 1869
擬軟珊瑚科 Gray, 1869
傘軟珊瑚科 Ehrenberg, 1828
Calcaxonia亞目
金柳珊瑚科 Verrill, 1883
鞭珊瑚科 Gray, 1859
礁棲柳珊瑚科 Bayer, 1955
竹節柳珊瑚科 Lamouroux, 1812
糙珊瑚科 Milne Edwards, 1857
Holaxonia亞目
棘柳珊瑚科 Gray, 1859
枝鰓珊瑚科 Brook, 1889
柳珊瑚科 Lamouroux, 1812
丁柳珊瑚科 Kinoshita, 1910
網柳珊瑚科 Gray, 1859
Protoalcyonaria亞目
原軟珊瑚科 Bayer & Muzik, 1976
Scleraxonia亞目
Anthothelidae(軟珊瑚科) Broch, 1916
皮軟珊瑚科 Gray, 1859
红珊瑚科 Lamouroux, 1812
扇珊瑚科 Gray, 1870
Paragorgiidae(红珊瑚科) (Kükenthal, 1916
絨珊瑚科 Aurivillius, 1931
Spongiodermidae科 Wright & Studer, 1889
軟柳珊瑚科 Gray, 1859
紫柳珊瑚科 Moore, Alderslade & Miller, 2017
Stolonifera亞目
匍匐珊瑚科 Bourne, 1914
雪片珊瑚科 McFadden & van Ofwegen, 2012
羽珊瑚科 Hickson, 1894
異軟珊瑚科 Bourne, 1900
錐管珊瑚科 Dana, 1846
Pseudogorgiidae科 (未分類) Utinomi & Harada, 1973
笙珊瑚科 Ehrenberg, 1828
棘珊瑚科 van Ofwegen & McFadden, 2010
Haimeidae科 (未分類) Wright, 1865
棘柳珊瑚科 Bayer, 1956
Parasphaerascleridae科 McFadden & van Ofwegen, 2013
Viguieriotidae (擬軟珊瑚科)