軒轅劍參外傳 天之痕
遊戲劇情

（本遊戲编剧由鲍弘修首次换成了吴欣叡）
故事發生於軒轅劍參的一百三十三年前..
公元601年，北朝名君隋文帝在派兵將南朝陳國消滅後，結束了中國南北朝這幾百年長期以來的分裂局面，陳國遺民因祖國滅亡而感到憤怒，於是集結了數萬兵馬，興兵起義，意圖復興陳朝。隋文帝立即下令派遣軍隊平亂，但讓人訝異的是朝廷的平亂部隊竟然只有不到二十騎的兵馬，為首之人竟也是一位年僅十歲的少年，這位身披著斗篷的神秘少年楊拓以一把神秘的黃金之劍「軒轅劍」，僅僅用了一擊便將數萬軍馬的陳朝軍隊一瞬間消滅殆盡，自此令所有意圖反抗者聞之色變，再也沒人敢起兵反叛朝廷。
十六年後，隋朝的第二任君主隋煬帝治國無方，貴為陳朝後裔的主角陳靖仇隨師傅陳輔至伏魔山尋找崑崙鏡，以收集五件神器列出九五之陣推翻隋朝的統治，兩人皆看見天狗蝕日及妖星劃破天際的景象，陳輔認為這是隋朝覆亡之先兆。兩人於伏魔山的山洞找到崑崙鏡時不慎放出上古魔獸「饕餮」，陳輔自知兩人皆不是饕餮之對手，而將自己與其一同冰封於洞中，命靖仇到雷夏澤尋找其師兄公山鐵師伯前來搭救。在經過月河村時，遇上月河村一年一度的河神祭不予任何人過河，靖仇只好投宿於村內的客棧以等待河神祭結束，因而認識了客棧老闆的養女，一頭白髮的女孩于小雪。靖仇得知每逢河神祭的時候需獻上一名年輕女孩作為祭品，而今年輪到藥店大夫的女兒當祭品，小雪為了讓大夫盡力醫治弟弟的腳患而自願替代當祭品。靖仇出於正義，並且認為河神祭的活人獻祭做法實在太過份，故此跳下河神洞穴救下小雪，並揭發所謂的河神只是一隻鮫精，憤怒的鮫精因而跑到村子內大開殺戒。儘管鮫精被靖仇二人擊殺，但村內死傷枕藉，連客棧老闆一家也慘遭毒手，村中的倖存者們憤而將兩人趕離出村，無家可歸的小雪只好加入靖仇一同展開旅程。
靖仇找到公山鐵師伯時得知其已被隋朝太師宇文拓打成重傷並臥病在床，於是靖仇聽從師伯的建議尋找上古神器神農鼎煉製神藥醫治師伯，因而往北方供奉神農鼎的鮮卑族拓拔部落尋鼎。兩人行經黑山鎮時救下了被妖魔官兵擊倒的拓拔玉兒，但玉兒卻認爲兩人與隋軍乃是一夥。此時張烈出現，並款待兩人以示報答。原來張烈為拓拔部落首領，而玉兒為其妻子之妹妹，而貴為部落聖物的神農鼎被隋朝的太師宇文拓搶奪了，所以張烈邀請兩人來到部落暫時駐紮之地大雁嶺等候神農鼎消息。張烈的部下們查出神農鼎已運上位於大梁的龍船上準備運往京城，然而玉兒早已偷聽到這些情報，故此擅自行動前往龍船搶回神農鼎。眾人潛入龍舟上，發現船上的神農鼎其實是贋品（因真正的神農鼎被強盜搶走了）並發現玉兒易容為隨船宮女試圖刺殺隋煬帝，然而宇文拓出現護駕，玉兒趁亂被靖仇等人救下跳海逃生。
眾人逃出生天後張烈憤怒地表示要帶玉兒返回北方，但在靖仇及小雪的求情下，張烈讓玉兒與靖仇等人同行多作磨練，而自己則返回北方打理部落。靖仇三人來到豆子坑，得知附近的一座山寨魔王砦的首領「混世魔王」帶同神農鼎返回大寨，這時官兵也來到豆子坑打探神農鼎下落，並借機欺壓百姓。就在靖仇三人出手之時有另外兩個大漢都同時出手教訓官兵，該兩名大漢分別為程咬金及秦叔寶，五人互通姓名後各自散去以免遇上官兵的增援，而靖仇三人得到村民的協助下來到魔王砦，然而三人來到後發現稱呼為「混世魔王」的首領竟是程咬金，因此得到程咬金熱情招待，但得知三人的目的是神農鼎後斧拒絕歸還，更糟糕的是宇文拓突然出現並讓手下的兩名副將將神農鼎帶走，氣得程咬金以為靖仇等人為宇文拓同伴而大打出手。慶幸的是秦叔寶及時制止眾人，並指出宇文拓等人之對話內容有古怪之處，故此玉兒提出於十五日內把神農鼎帶回魔王砦以示清白，三人為了調查鼎的下落而到了泰山，此時宇文拓的副將之一楊碩在山頂發動「萬靈血陣」，將有六萬人口的東萊完全摧毀並煉製成「萬靈血珠」，三人擊敗了楊碩後發現一幅地圖，發現宇文拓將要在六處不同的城市皆聚集六萬人發動同樣的萬靈血陣煉製血珠，而且宇文拓等人早已在雁門發動了第一次的萬靈血陣而令雁門被摧毀。後來三人在河邊遇見隋朝郡主獨孤寧珂的船，寧珂郡主告知神農鼎就在她的船上準備運回龍船隊伍，並表示對宇文拓的做法十分不齒，故此無條件的將神農鼎歸還予玉兒並將自己的船借予靖仇等人使用（此時靖仇將神器煉妖壺介紹給寧珂，之後用於幫助宇文拓）。當靖仇三人回到魔王砦時，得知程咬金接受秦叔寶的上司張須陀的招降，因此神農鼎亦理所當然的歸玉兒所有。
靖仇雖煉好了藥，但三人回到雷夏澤後得知公山鐵師伯已病故，師伯娘亦移居至大梁，三人從師伯娘手中拿到師伯的遺書，師伯建議靖仇等人前往海上嘗試求仙，故此靖仇等人委託匠人把獨孤寧珂的船改造完成後出發往東海。正當船隻於海上航行時，突然被受驚的鯨魚神獸「巨海」吞入，誤闖了「氐人族」領地，在氐人族女王的夾道歡迎下靖仇等人得知氐人族長生不老的秘密，並告知三人黑龍王一直吞食族人以便長生不老，三人同意幫忙討伐黑龍王，但拓跋玉兒卻中了黑龍王的計謀，取下龍宮中的崆峒印，破壞了氐人族青春不老的結界。玉兒為了向憤怒的氐人族女王謝罪而在極度愧疚下揮刀毀容，不但影響視力，生命亦備受威脅，於是氐人族女王帶三人前往仙山島作為謝罪。在仙山島山路中，拓跋玉兒因傷勢反覆而突發高燒，即使服用了神農鼎煉化的藥也未見起色，小雪為救夥伴毅然割臂獻肉終於令玉兒退燒。好不容易在對弈亭找到對弈中的兩位仙人古月及然翁，但兩人卻於兩天兩夜的對弈結束後才著靖仇等人來到天外村的府邸然翁居再詳談，古月仙人卻表示不願治療玉兒，反而只告訴靖仇控制傷勢的方法。只是當晚入夜之時玉兒傷勢再次惡化，小雪來到對弈亭向古月仙人苦苦求情，這時然翁帶著昏迷的靖仇出現，原來靖仇摸黑來到東皇巔採摘藥草煉藥，但不慎掉落山崖，幸好當時然翁在場並救起了他，仙人終被三人的友誼所感動，終於同意治療玉兒。隔日古月仙人命靖仇與小雪去西母峰取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃時，守護仙桃的刑天突然出現並打倒兩人，刑天說必斬下一人手臂作為代價，兩人爭著砍自己手臂，故此刑天決定成全兩人，就在兩人的手快被砍到時御劍老仙人突然出現，原來這是西王母娘娘一個給摘桃者設下的考驗，然翁表示如果兩人互相推諉的話兩人的手臂可就真的不保了，故此兩人可算通過考驗取得仙桃。回到然翁居後，靖仇以煉妖壺取出神農鼎，令兩位仙人不禁懷念他們年輕時的冒險時光，而古月仙人利用神農鼎把血露蟠桃煉成赤玉晶讓玉兒服用，並在古月仙人驅動內力的情況下玉兒總算完全治癒了。古月仙人亦同意救援陳輔，故此向盤古神借用其神斧，並由然翁御劍飛行帶著眾人回到伏魔山，利用盤古斧把饕餮送去某個地方並救出了陳輔及得到了崑崙鏡。回到然翁居安頓好陳輔後然翁問起了玉兒毀容的來龍去脈，從而表示自己就是七百年前為氐人族設置的青春不老結界的人，因此要求三人告知氐人族女王把崆峒印準備好後他就可以立即修補結界，三人來到氐人族領地將好消息告訴女王，卻得知崆峒印已被宇文拓奪走，故此靖仇等人決定把手上的神器交予然翁保管後開始找尋崆峒印下落，這時已康復但同時失去功力的陳輔起來並抗議靖仇的建議，甚至因種族偏見而與玉兒吵個不歡而散，靖仇因而聽從師父意思自己繼續管有神器，並借用盤古斧的力量經大禹傳送點返回人界的江都郊外。
眾人來到江都時得知這段時間附近的會稽亦遭遇與東萊一樣的命運被摧毀，並在白鹿精指示下來到長沙，眾人於長沙再度遇到寧珂郡主，得知宇文拓把崆峒印交予副將們看守後自己去到南寧石窟尋找女媧石，故此靖仇等人與寧珂郡主裡應外合下打敗了斛律安，並把上官震遠殺害了，因此成功奪回崆峒印。寧珂郡主帶眾人回到位於京城大興城內的郡主府休息整頓，靖仇原本要把崆峒印歸還給氐人族卻被陳輔拒絕，並毅然決定支援三人阻止宇文拓。靖仇等人於太師府前遇見一名來自涪陵的災民，得知涪陵已被宇文拓摧毀，並得到一張於泰山時看過的地圖以及一封密函，這次他們發現六個城市可以於神州大地上連成一個六芒星圖案，而之前長沙一戰更阻撓了宇文拓原本於長沙發動的第四次萬靈血陣儀式，故此先派出另一副將韓騰前往涪陵完成萬靈血陣儀式，而自己重回長沙重新發動萬靈血陣。靖仇等人來到長沙軍營時還是來不及挽救長沙，陳輔發現宇文拓就是當年單人匹馬以一把軒轅劍把陳國軍隊全殲的楊拓，靖仇等人完全不敵宇文拓，陳輔為保護靖仇而中了宇文拓的法術而昏迷，結果陳輔被宇文拓當作人質要脅靖仇三日內所有神器（只要求神農鼎和崆峒印）交出，靖仇等人商量後同意交出所有神器以換取陳輔。
靖仇從寧珂郡主口中得知南寧石窟的女媧石實為假貨，並推算出真正的女媧石在巴蜀古王墓中，然而靖仇等人發現斛律安已帶著手下捷足先登來到古王墓找尋女媧石，雙方經過激烈的爭奪及戰鬥後，被玉兒刺殺的斛律安臨死前成功把女媧石傳送給宇文拓。當宇文拓收到斛律安臨終前傳送的女媧石時，憤怒的表示又是假貨，更甚的是這次再折損了重要副手，故此決定代替韓騰獨自去敦煌拿伏羲琴而將鼎、印、石三樣神器放到皇家寶庫。眾人在與寧珂郡主裡應外合下潛入寶庫將神器全部盜出，於此同時小雪也因連日的劇烈頭疼而病倒。某日，小雪竟盜走神器投奔宇文拓而去，留下假女媧石並壓著一束白髮，但是靖仇不明白這表達什麼，本想來到太師府找小雪問過究竟的靖仇意外得知靈武郡面臨滅城危機，故此靖仇及玉兒決定阻止靈武的最後一次的萬靈血陣，當靖仇及玉兒來到靈武軍營時與負責最後一次萬靈血的韓騰激戰，就在韓騰落於下風時，小雪拿著軒轅劍制止了靖仇及玉兒，導致萬靈血陣已成，靈武亦遭摧毀收場，靖仇拿起崑崙鏡用於神器抵抗，卻沒想到崑崙鏡被軒轅劍一刺擊碎（代表崑崙鏡是假貨）。面臨小雪的背叛，靖仇也變得心灰意冷想放棄對抗宇文拓，到了晚上，玉兒在寧珂郡主的鼓勵及幫助下，潛入太師府，向小雪詢問實情。原來小雪其實是女媧石轉世，在經過饕餮一戰後古月仙人替她覺醒了神器力量，因而感應到實為崑崙鏡轉世的宇文拓，並得知神州將會發生災難，赤貫星劃破神州的天空，妖魔隨裂縫降臨人間，神州將成妖魔鬼怪之地，因此宇文拓收集所有神器以布下「失卻之陣」修補裂縫，從而阻止災難降臨。玉兒得知一切真相準備回郡主府告訴靖仇等人實情時，寧珂竟殺死了玉兒並回郡主府把靖仇帶來，小雪聽見戶外的動靜並出外查看時發現玉兒瀕死而利用自己女媧石力量嘗試治療玉兒，但這時靖仇及寧珂來到現場，寧珂成功將玉兒之死嫁禍給小雪，令靖仇跟小雪兩人決裂。
靖仇帶著玉兒的屍體來到仙界，不料仙人外出，玉兒還是死去，晚了一步的古月仙人為玉兒製造了水晶棺存放其屍首。古月仙人告訴了靖仇宇文拓已收集齊了布下「失卻之陣」之五樣神器，並告訴靖仇如果找到另外五樣神器的話則可布下「虛空之陣」來到天上界尋找傳說中的伏羲宮殿復活玉兒，然而其中一項神器「東皇鐘」已同樣轉世為人並且失蹤了，意味如果要到天上界的話已絕不可能。靖仇回到郡主府向陳輔交代當中來龍去脈，陳輔亦反思自己一直以來把靖仇逼得太緊，深知靖仇已盡全力也挽回不了局面，故此兩人拜別寧珂後前往北方拓拔部落把玉兒的屍首送回。靖仇於這次行程中意外認識了山西太原的太守之子李世民，兩人一見如故，李世民邀請靖仇及陳輔來到太原的太守府作客，意外的是除了靖仇以外，張烈也是客人之一，靖仇把玉兒慘死一事告知張烈並向他謝罪，張烈不但沒責怪靖仇保護玉兒不力，而且他離隊期間來到雷夏澤拜公山鐵為師修習靖仇的鬼谷道術，雖然當時公山鐵已仙逝，但張烈反而遇到公山鐵的另一師兄弟，同時身為宇文拓的養父楊義臣，故此張烈改拜楊義臣為師，楊義臣不但傳授了專門剋制宇文拓的法術予張烈，更告知可到雲崗石窟找尋有助提升實力的寶物，故此靖仇等人出發到雲崗石窟提升實力，並使用汰玉如來製造了一條天梯通往洛陽。張烈於洛陽處理好他剩下的事務後與靖仇來到通天塔，這時通天塔下已聚集了來自五湖四海的各路人馬討伐宇文拓，張烈及靖仇更擊倒了鎮守中部樓層的韓騰，韓騰以自爆元神的方式殉職，陳輔遭自爆的爆炸影響下而傷及腿部，故此著靖仇先到塔頂制止宇文拓。靖仇來到通天塔頂，雖然仍不敵宇文拓，但寧珂脅持住小雪逼宇文拓就範，靖仇趁機將其右臂砍下，寧珂亦趁機發出血繭封住宇文拓，這時天空再次出現天狗蝕日，赤貫星真的在天空上劃出一條裂縫，西方魔界終於降臨，小雪趁一片混亂之際利用軒轅劍把靖仇及張烈救走了，並躲到洛陽附近的小山洞內，眾人終於得知一切的真實來龍去脈：原來寧珂郡主是撒旦手下的女魔將奉命侵略神州，為一切陰謀背後的真正主導人，並把所有人耍得團團轉，令宇文拓封印裂縫的計劃失敗，神州亦成為妖魔鬼怪之地。靖仇終於明白自己錯怪了小雪，而小雪亦得知玉兒死訊而痛哭，兩人冰釋前嫌，並決定返回仙山島尋求古月仙人幫助。
靖仇等人回到然翁居，然翁仙人向靖仇講述千年前的一段歷史：千年前的上古時代神州與魔界發生過神魔大戰，當時神州的諸神為防止魔界入侵，故此在兩次天狗食月期間趁白貫星劃過天空之時建立了無型的「神州九天結界」保護神州不再受魔界侵擾，然而魔界的人如果想進入神州大地進行侵略的話則需要轉世為凡人從西方慢慢走到神州或者附身於死者上借屍還魂，由於轉世的話會有喪失記憶之風險，故此推斷女魔將選擇附身於寧珂郡主身上以便進行任務，而且因結界的原因，令寧珂的戰鬥力大減，只能使出低等的小型法術。古月仙人提出了唯二解法，其一為趁魔界未完全入侵前來到通天塔頂把六顆血珠全數毀滅，另一解法為借用宇文拓的穿梭時空能力回到過去並借用小雪的修補結界能力把赤貫造成的裂縫修補。靖仇回到魔界中原，並在兩座不同的高塔上分別擊倒了寧珂的兩名妖魔婢女，奪回了神農鼎及崆峒印，來到通天塔時更與倖存的程咬金及秦叔寶重逢，然而擋住通天塔的妖火竟解不開，故此靖仇請古月仙人來到通天塔為眾人解開妖火，同樣倖存的李世民以援軍身份加入支援程咬金，古月仙人向眾人宣佈兵分三路：程咬金、秦叔寶及李世民負責找伏羲琴，靖仇、張烈及小雪負責救出宇文拓，而自己則到塔頂準備布置失卻之陣。靖仇一路在救出宇文拓後得知寧珂慫恿他布下「巴別之路」替代「虛空之陣」來到天上界，布陣方式為除了原本的軒轅劍外分別以大地六芒星替代東皇鐘，天狗蝕日替代盤古斧，六顆血珠替代煉妖壺，通天塔替代昊天塔，起初宇文拓不願作出此等傷天害理之事，但他最後決定背負一切惡名接受寧珂的辦法，靖仇等人終於明白宇文拓的用心良苦，這時寧珂以女魔將的身分出現，靖仇等人擊倒寧珂之後，寧珂打算服食「撒旦之果」成為真正的惡魔，卻被宇文拓出面威脅之下寧珂下不了手，最後宇文拓擊殺了寧珂。眾人不負所託完成了各自的任務於塔頂會師，古月仙人在發動失卻之陣前表示沒有化為人型的三件神器需要有人擔任守護者以確保陣法運行成功，唯代價為永遠失去心中最念掛的事，眾人都一致願意作出此等犧牲，故此古月仙人請程咬金、秦叔寶及李世民的三人擔任神器守護者並以宇文拓作為核心啟動陣法回到過去…
宇文拓因體力虛弱的關係勉強的把靖仇等人回到天空被赤貫星劃破之前的通天塔頂，古月仙人借巴別之路準備傳送到天上界，這時本來於該時間點上受傷的陳輔來到塔頂，發現靖仇已「倒戈相向」而試圖把靖仇拉出來，但這時天狗食日再現，靖仇等人已傳送到天上界，留下傷心欲絕的陳輔在塔頂。靖仇等人在天上界的虛空之門經過無數扭曲的時空地點後意外來到傳說中的「伏羲宮殿」，而宮殿正中央就是當年伏羲及女媧為復活愛女白玉而設計的「天女白玉輪」（這時會依照小雪和玉兒的好感度決定是否復活玉兒），靖仇等人再走前時就已經到達赤貫星核心，這時通天塔頂上寧珂從陳輔口中得知宇文拓快成功阻止她的計劃，故此寧珂把「撒旦之果」送給陳輔並一同前往天上界阻止宇文拓。靖仇等人在核心開始啟動第二次的失卻之陣，這次由靖仇、張烈及古月仙人擔任守護者，寧珂趕來嘗試阻撓宇文拓等人，結果再一次敗在靖仇等人手上，寧珂死前希望下世可以轉世為人，故此在古月仙人幫助下把她的靈魂封在伏羲琴中接受99年的淨化以便未來她轉世後不會再受魔界力量影響。就在結界快要修補成功時赤貫星的支柱遭服食了「撒旦之果」的陳輔破壞，其後他更化成妖魔繼續破壞支柱，靖仇只好忍痛將其消滅。
最後，裂縫修補成功了，眾人回到人間時已是十年之后的唐初盛世…