宇昌案
議題發展過程

2011年4月27日，蔡英文成為民主進步黨候選人，參與總統選戰。
11月26日，國民黨副總統參選人吳敦義質疑，蔡英文在副閣揆任內批准行政院「國發基金」投資宇昌生技，她在卸任後卻自己去擔任該公司董事長。認為操作手法，與聲名狼藉的「鐽震案」十分類似。《聯合報》刊出社論呼應此事。11月28日，邱毅質疑蔡英文曾經擔任宇昌生技公司的董事長，跳過審查會，違法申請國發基金，而蔡英文從行政院副院長卸任後，馬上轉任宇昌公司的董事長，涉嫌自肥。不過綠委澄清，絕無此事。。12月1日，民進黨發言人陳其邁表示，當年行政院也依據民國85年銓敘部函通案解釋過卸任副院長擔任生技公司董事長沒有違反旋轉門條款。
12月7日，前經建會主委劉憶如聲稱，應行政院閣揆、當時副總統參選人吳敦義口頭指示，對宇昌案啟動行政調查。但吳敦義表示是由劉憶如主動簽報，依照立法院決議要解密宇昌案，才進行調查，否認曾經口頭下令。劉憶如由日本行程週三趕回台北，把國發基金投資宇昌的兩大箱檔案資料找出來整理。
12月9日，立法院臨時安排經建會專案報告，藍營立委輪番開砲，質疑蔡英文違反旋轉門條款，騙取國發基金的錢。國民黨立法委員邱毅指出，蔡英文在出任民進黨主席後，將其手中持有股份，以每股11.5元的價格，全數賣給潤泰集團，若以每股面值十元計算，蔡英文至少獲利三百萬元。邱毅懷疑蔡英文家族根本沒有出資一毛錢，騙取國發基金數千萬元，將向特偵組告發。蔡英文表示，家族所得獲利一千萬，利潤僅2%，僅稍微優於定存。她與家族從頭至尾都不曾獲取暴利，反而為人民與政府獲利十億元以上。
12月12日，宇昌投資案當時的行政院法規會主委陳美伶表示，前行政院副院長蔡英文卸任後轉任宇昌董事長一案，當時法規會研究後明確回覆沒有違反旋轉門條款。理由之一是「旋轉門條款」的規定是指「直接監督業務」，該公司的目的事業主管機關是經濟部。其次，包括前財政部長與行政院副院長邱正雄卸任後擔任大華證券董事長等都有前例可循，加上配合當時新通過之《生技新藥產業發展條例》明文規定，該法目的事業主管機關是經濟部。蔡英文是卸任的副院長，屬於「行政院」的層級。陳美伶表示宇昌案只是一般公務機密，係指公務員承辦業務，當政策未確定前或者案子只給某些首長看時會列為密等，等到事情確定，只要經過程序核定後就可以公開，沒有所謂依據國家機密保護法解密或註銷的問題。宇昌案只是希望事情未確定前不要對外曝光，才會加註密等，事情確定後，行政院依據職權早就可以公開，這是行政權的範疇，不需要立法權。
此外，宇昌案極機密文件解密，首度出現「TaiMed」名稱，引發藍營質疑這就是蔡英文家族所有的「台懋」公司介入投資案的證據，且宇昌公司前後中文名稱不斷改變，但英文名字依舊是TaiMed，令人不解。對此，蔡英文委任律師連元龍駁斥說，TaiMed的意思是「台灣醫藥科技」，與台懋一點關聯也沒有。
民進黨於官方網站提出說明。中央研究院院長翁啟惠為蔡抱屈，當初宇昌的發起人楊育民（現為羅氏藥廠全球技術營運總裁）及陳良博（現為中研院院士）等生技大老，也發表聯合聲明，指出宇昌投資讓政府至今只有獲利、沒有損失，沒想到選舉期間卻被定位為「科技型犯罪」。
國民黨副總統候選人吳敦義夫人蔡令怡12月11日在澎湖造勢時，砲轟蔡英文「把國家11億，挪移到他們家公司」，民進黨發言人康裕成與律師廖虹羚十四日召開記者會，蔡令怡散佈顯然為捏造不實的訊息，抹黑打擊蔡英文，意圖使人不當選，將對蔡令怡提告。吳敦義則為妻辯解，「蔡令怡有正義感、很善良，一向不會亂講話，一定是有所本才提出」。但蔡令怡事後卻坦承講錯了，對於抹黑蔡定調僅是「口誤」，如果「這個數字有點不對，我應該是道歉的」。隔日吳敦義表示蔡令怡說11億實在太客氣了，應該是14億。
12月12日，經建會主委劉憶如公布兩份已解密的宇昌案極機密公文，顯示蔡英文擔任行政院副院長時，曾批示宇昌公司前身TaiMed公司投資案的極機密公文；劉憶如並透露，在2007年3月31日另一份TaiMed募資的英文說明書上，蔡英文就已列名「主要負責人」。國民黨立委林益世等痛批，「蔡英文竟自己決掉（公文）了！蘇貞昌被蔡英文矇了。」
民進黨政策會執行長陳其邁出示原始文件，指控劉憶如涉偽造文書，拿8月文件充當3月文件，限劉憶如在下午3時以前公開道歉，否則提告。段宜康也提出，劉憶如與林益世公布的文件上，「附件三」的字眼遭塗改，要求公布塗改公文的原因，以及出示原始公文。
劉憶如坦言，經建會提供給立委的所謂「TaiMed投資說明會資料」，確有「時間錯置」。對於造成誤會，她願意道歉，她指控是因為民進黨時期留下的文件太複雜，才會誤植時間林益世表示，「我是根據行政部門提供的資料，不會的，我有什麼好道歉的呢？」。吳敦義則說，不管3月或8月，都是事實，如果是3月份，那就說明是蔡英文在副院長的任內就參與宇昌籌募，如果是8月，那也坐實2月份的副院長蔡英文，批給8月的宇昌籌募人蔡英文，這個事實就是擺在那裡，有就是有，沒有就是沒有，3月跟8月沒有大差別。
12月14日，康裕成以律師身份出面赴台北地檢署告發劉憶如、國民黨立委邱毅、林益世、謝國樑、及行政院長吳敦義夫人蔡令怡等5人涉及偽造文書或違反選罷法。國民黨立院黨團表示，要成立跨黨派國發基金投資宇昌案調閱小組。立法院長王金平14日表示，由於提案到院會決議的程序已過，目前唯一的方法就是透過黨團協商送院會決議，不過民進黨團對此已經表示反對。劉憶如指出，蔡英文家族百分之百投資的「台懋生技創投」，有五大疑點需要當事人出面說清楚。
12月16日，邱毅表示，他向葉耀鵬舉發蔡英文、何美玥、何俊輝，涉嫌瀆職、濫權、自肥、圖利等違反公務人員守則的犯罪行為。他認為，南華案和宇昌案生產同一種藥品，南華案送經建會，也曾獲何美玥肯定，但在審議兩年過程中，民進黨發現此案有利可圖，將之剽竊，再聯合科技業敗類，一起將南華案封殺，以商業間諜手段，硬竊取南華投資案模式。指責翁啟惠、何大一、陳良博是科技業「敗類」。宇昌生技澄清，何大一的技術股，是由大股東潤泰集團給與的，經股東會同意，與蔡英文無關。
同日針對蔡英文召開宇昌案記者會後，劉憶如也開記者會回應說，對蔡英文沒有針對宇昌案的疑問提出任何說明，並再度抹黑、指控行政部門變造文件感到遺憾。她並強調，從來沒有說過宇昌或台懋創投是弊案，也沒有說是違法，只是本於職責，請蔡英文儘速面對問題，澄清大家疑惑，並呼籲蔡英文及民進黨停止對她的抹黑與不實指控。
2011年12月17日在第二次的總統候選人電視辯論會上,國民黨候選人馬英九在申論一開始就講宇昌案，在交互拮問時，又再針對宇昌案，質疑民進黨總統候選人蔡英文。
劉憶如質疑蔡英文家族投資宇昌僅佔20%股份，不如國發基金的40%，何以能擔任董事長？民進黨立院黨團幹事長蔡煌瑯於12月22日反問：台北市政府持有富邦金控14.17%的股份，為何由持股9.08%的蔡明忠當董事長？國發基金投資台積電6.38%，怎由持股0.48%的張忠謀當董事長？國發基金投資國光生技19.36%，怎由持股僅0.79%的詹啟賢當董事長？國發基金投資健亞生技31.46%，又怎由持股14.11%的梁榮將當董事長？鴻海的郭台銘持股只有12.02%，為何可以當董事長？宏達電的王雪紅和陳文琦合計持股宏達電5.76%，為何王雪紅可以當董事長？劉憶如這種質疑是「不識字兼沒衛生！為了戀棧職位，語無倫次，打宇昌打到瘋狂了嗎？」。蔡煌瑯表示，國發基金是創投基金，是扮演投資的角色，不是來當經營者，「沒有知識，也要有常識！」如果劉憶如不懂，可以向專家、金管會副主委李紀珠請益，「李紀珠會把創投的精神告訴妳！」民進黨黨團書記長翁金珠則指出《公司法》（第二百零八條）的規範很清楚，公司設有常務董事的，以選舉方式互選出董事長，否則就由董事互選出董事長，跟持股多寡沒有關係，劉憶如怎會提出這麼缺乏常識的質疑？
2011年12月23日，劉憶如公布當時董事長和董事選舉紀錄，以宇昌成立時，國發基金依40%的股份被規劃應有3董事1監事，但董事長選舉時只有1董1監，分別是翁啟惠和何美玥，並要求當事人說明為何國發基金的權益被放棄。12月29日，劉憶如再度以國發基金主管單位的身份，公布四項文件，對宇昌案的程序異常提出質疑，包括：
由政務委員報簽行政院（應該要由國發基金報簽，而非經建會主委兼政務委員何美玥）
投資本身未見規劃或評估
以「專簽」變更之前國發基金投資新公司的前提（在台量產改委外，投資額由30%改40%）
國發基金先撥款，才簽投資協議
蔡副院長簽核，蔡董事長接手
就劉憶如的指控，民進黨發言人指出這些質疑他們早已回應過，不需要再多做說明。
2011年12月28日，經建會主委劉憶如在經建會年終記者會中指出，宇昌案之所以特殊，在於宇昌的專案核准，是只依據一份3人簽署的公文，這份公文由何美玥用「政務委員」身分，以「極機密」公文在96年2月9日簽呈行政院副院長蔡英文、院長蘇貞昌，而這份公文是當宇昌案投資及撥款作業流程的依據，這種僅靠一份2頁的公文，作為投資依據的流程，也是國發基金到目前為止唯一的一個特殊案例。
2011年12月30日，蔡英文於2012年第二次總統候選人政見發表會上主動提及宇昌案，她表示2007年卸任行政院副院長後，受推動本案的科學家邀請參與籌設宇昌，但為避免瓜田李下，當時就曾連絡行政院，確認擔任宇昌公司董事長不違背法令規定，並承諾民間資金到位就撤資，「我不想做無所謂的口水戰，只想把真相訴諸社會公評。」 蔡英文強調，宇昌案給她很深的感觸，也是很重要的試煉，如果時間可以倒流，她還是會做出相同的選擇。
前中研院長李遠哲及學術界人士連署聲明，宇昌案給科學工作者很深感觸，生技本無色，但選舉政治正踐踏生技幼苗，宇昌案是很好的生技成功典範，卻難逃政治抹黑。為民進黨總統候選人蔡英文的人格及宇昌案背書。