日本淡水魚類列表
鯉形目 Cypriniformes

鯉科 Cyprinidae
Nipponocypris sieboldii (ヌマムツ，沼鯥) ※固有種
縱紋鱲 - Nipponocypris temminckii (，川鯥)
寬鰭鱲 - Zacco platypus (，追河)
真馬口魚 - Opsariichthys uncirostris uncirostris (ハス，鰣) ※固有種
錦波魚 - Hemigrammocypris rasborella  (カワバタモロコ，川端諸子) ※固有種
中華細鯽 - Aphyocypris chinensis  (ヒナモロコ)
閃電斑馬魚 - Danio albolineatus (パールダニオ)　※移入種
印度斑馬魚 - Danio rerio (ゼブラダニオ)　※移入種
箱根三齒雅羅魚 - Tribolodon hakonensis (，石斑魚、鯎)
雜食三齒雅羅魚- Tribolodon brandti  (マルタ，丸太)
Tribolodon nakamurai  (ウケクチウグイ) ※固有種
玫瑰三齒雅羅魚 - Tribolodon ezoe (エゾウグイ，蝦夷石斑魚)
長尾鱥 - Phoxinus lagowskii
P. l. steindachneri (，油鮠)
P. l. yamamotis (ヤマナカハヤ) ※固有亜種
焦氏尖頭鱥 - Phoxinus oxycephalus jouyi (タカハヤ，高鮠) ※固有亜種
薩哈林湖鱥 - Phoxinus percnurus sachalinensis (ヤチウグイ)
丁鱥 - Tinca tinca (テンチ) ※移入種
Ctenopharhyngodon idellus (ソウギョ) ※移入種
青魚 - Ctenopharhynodon piceus (アオウオ) ※移入種
石川魚 - Ischikauia steenackeri  (ワタカ，腸香、黄魚) ※固有種
鱅 (花鰱) - Aristichtys nobilis (コクレン) ※移入種
鰱 (白鰱) - Hypophthalmichthys molitrix (ハクレン) ※移入種
暗色頜鬚鮈 - Gnathopogon caerulescens (，本諸子) ※固有種
長頜鬚鮈 - Gnathopogon elongatus ※固有種
長頜鬚鮈 - G. e. elongatus (タモロコ，田諸子)
諏訪湖亜種 (短尾長頜鬚鮈) - G. e. suwae (スワモロコ) ※固有亜種 / 絶滅
扁吻鮈 - Pungtungia herzi (，麦突)
麥穗魚 - Pseudorasbora parva (，持子)
北方麥穗魚- Pseudorasbora pumila ※固有種
北方麥穗魚 - P. p. pumila  (シナイモツゴ)
P. p. subsp.  (ウシモツゴ)
琵琶湖鰁 - Sarcocheilichthys biwaensis  (アブラヒガイ，油鰉) ※固有種
雜色鰁 - Sarcocheilichthys variegatus ※固有種
雜色鰁 - S. v. variegatus (カワヒガイ，河鰉)
小眼鰁 - S. v. microoculus (ビワヒガイ，琵琶鰉)
長吻似鮈 - Pseudogobio esocinus esocinus (，鎌柄)
棒花魚 - Abbottina rivularis (ツチフキ，土吹)
琵琶湖鮈 - Biwia zezera (ゼゼラ) ※固有種
興凱銀鮈 - Squalidus chankaensis
琵琶湖銀鮈 - S. c. biwae  (スゴモロコ) ※固有種
朝鮮興凱銀鮈 - S. c. tsuchigae (コウライモロコ，高麗諸子)
日本銀鮈 - Squalidus japonicus japonicus (デメモロコ，出目諸子) ※固有亜種
細銀鮈 - Squalidus gracilis gracilis (イトモロコ，糸諸子) ※固有亜種
長吻 - Hemibarbus longirostris (ズナガニゴイ，頭長似鯉)
日本  - Hemibarbus barbus (，似鯉) ※固有種
唇  - Hemibarbus labeo (コウライニゴイ，高麗似鯉)
鯉 - Cyprinus carpio (，鯉)
日本白鯽 - Carassius cuvieri (，源五郎鮒) ※固有種
鯽 - Carassius auratus
C. a. subsp. (キンブナ，金鮒) ※固有亜種
布氏鯽 - C. a. buergeri (オオキンブナ，大金鮒)
大眼鯽 - C. a. grandoculis (，似五郎鮒) ※固有亜種
C. a. subsp. (ナガブナ，長鮒) ※固有亜種
蘭氏鯽 - C. a. langsdorfii  (，銀鮒)
鯽 (金魚) - C. a. auratus (キンギョ，金魚)　※移入種
銀鯽 - C. a. gibelio (ギベリオブナ)　※移入種
矛形田中鰟鮍 - Tanakia lanceolata (，槍鱮)
黃褐田中鰟鮍 - Tanakia limbata ()
關東田中鰟鮍 - Tanakia tanago  (，都鱮) ※固有種 / 国指定の天然記念物
高體鰟 - Rhodeus ocellatus
高體鰟鮍 - R. o. ocellatus  (タイリクバラタナゴ)　※移入種
日本鰟鮍 - R. o. kurumeus  (ニッポンバラタナゴ) ※固有亜種
暗色鰟鮍 - Rhodeus atremius
九州亜種 (暗色鰟鲏) - R. a. atremius (カゼトゲタナゴ) ※固有亜種
山陽亜種 (粗紋暗色鰟鲏) - R. a. suigensis (スイゲンゼニタナゴ)
細鱗鱊 - Acheilognathus typus (，銭鱮) ※固有種
斜方鱊 - Acheilognathus rhombeus (，金平)
長鰭鱊 - Acheilognathus longipinnis (イタセンパラ) ※固有種 / 国指定の天然記念物
黑腹鱊 - Acheilognathus melanogaster (，鱮) ※固有種
縱帶鱊 - Acheilognathus cyanostigma (イチモンジタナゴ) ※固有種
巨口鱊 - Acheilognathus tabira ※固有種
琵琶湖亜種 - A. t. tabira (シロヒレタビラ，白鰭田平)
山陰亜種 - A. t. subsp.  (アカヒレタビラ，赤鰭田平)
九州亜種 - A. t. nakamurae  (セボシタビラ)
大鰭鱊 - Acheilognathus macropterus (オオタナゴ)　※移入種
鰍科 Cobitidae
短薄鰍 - Leptobotia curta (，鮎擬) ※固有種 / 国指定の天然記念物
泥鰍 - Misgurnus anguillicaudatus (ドジョウ，泥鰌)
大鱗泥鰍 - Misgurnus mizolepis (カラドジョウ)　※移入種
松原鰍 - Cobitis matsubarae (ヤマトシマドジョウ，大和縞泥鰌) ※固有種
條紋鰍 - Cobitis taenia striata (スジシマドジョウ，筋縞泥鰌) ※固有種
琵琶湖鰍 - Cobitis biwae (シマドジョウ，縞泥鰌) ※固有種
高鰍 - Cobitis takatsuensis (イシドジョウ，石泥鰌) ※固有種
Cobitis shikokuensis (ヒナイシドジョウ)
後鰭花鰍 - Niwaella delicata  (アジメドジョウ，味女泥鰌) ※固有種
斑北鰍 - Lefua echigonia (ホトケドジョウ，仏泥鰌) ※固有種
Lefua sp.  (ナガレホトケドジョウ) ※固有種
短體北鰍 - Lefua nikkonis (エゾホトケドジョウ，蝦夷仏泥鰌) ※固有種
北鰍 - Lefua costata (ヒメドジョウ)　※移入種
Noemacheilus barbatulus toni  (フクドジョウ)