魚類分類表
有颌下门 Gnathostomata > 硬骨鱼总纲 Osteichthyes

旗鱼目 Istiophoriformes
剑旗鱼科 Xiphiidae
旗鱼科 Istiophoridae
†海明威鱼科 Hemingwayidae
†古喙鱼科 Palaeorhynchidae
†波氏鱼科 Blochiidae
鲽形目 Pleuronectiformes
鳒亚目 Psettodoidei
鳒科 Psettodidae
鲽亚目 Pleuronectoidei
棘鲆总科 Citharoidea
棘鲆科 Citharidae
鲽总科 Pleuronectoidea
菱鲆科 Scophthalmidae
牙鲆科 Paralichthyidae
鲽科 Pleuronectidae
鲆科 Bothidae
鳎总科 Soleoidea
牙鲽科 Pleuronectidae
瓦鲽科 Poecilopsettidae
菱鲽科 Rhombosoleidae
无臂鲆科 Achiropsettidae
冠鲽科 Samaridae
无臂鳎科 Achiridae
鳎科 Soleidae
舌鳎科 Cynoglossidae
地位未定 incertae sedis
金梭鱼科 Sphyraenidae
锯盖鱼科 Centropomidae
乳香鱼科 Lactariidae
滨鲑科 Leptobramidae
眼眶鱼科 Menidae
马鲅科 Polynemidae
射水鱼科 Toxotidae
卵附亚系 Ovalentaria
银汉鱼总目 Atherinomorphae
银汉鱼目 Atheriniformes
银汉鱼科 Atherinidae
拟银汉鱼科 Atherinopsidae
皮杜银汉鱼科 Bedotiidae
牙银汉鱼科 Dentatherinidae
虹银汉鱼科 Melanotaeniidae
浪花鱼科 Notocheiridae
精器鱼科 Phallostethidae
似鲻银汉鱼科 Pseudomugilidae
沼银汉鱼科 Telmatherinidae
鳉形目 Cyprinodontiformes
单唇鳉亚目 Aplocheiloidei
單唇鱂科 Aplocheilidae（包含假鰓鱂科 Nothobranchiidae、溪鱂科 Rivulidae）
鲤齿亚目 Cyprinodontoidei
底鳉总科 Funduloidea
深鳉科 Profundulidae
谷鳉科 Goodeidae
底鳉科 Fundulidae
瓦伦鳉总科 Valencioidea
瓦伦鳉科 Valenciidae
鲤齿鳉总科 Cyprinodontoidea
鲤齿鳉科 Cyprinodontidae
花鳉总科 Poecilioidea
四眼鱼科 Anablepidae。
花鳉科 Poeciliidae
鹤鱵目 Beloniformes
异鳉亚目 Adrianichthyoidei
异鳉科 Adrianichthyidae
鹤鱵亚目 Belonoidei
秋刀鱼总科 Scomberesocoidea
鹤鱵科 Belonidae
秋刀鱼科 Scomberesocidae
飞鱼总科 Exocoetoidea
飞鱼科 Exocoetidae
鱵科 Hemiramphidae
异鳞鱵科 Zenarchopteridae
鲻形总目 Mugilomorphae
鲻形目 Mugiliformes
鲻科 Mugilidae
慈鲷总目 Cichlomorphae
慈鲷目 Cichliformes
慈鲷科 Cichlidae
裸鳗鳚科 Pholidichthyidae
鳚形总目 Blenniimorphae
鳚形目 Blenniiformes
鳚科 Blenniidae
旗鳚科 Chaenopsidae
矶鳚科 Clinidae
柄眼鱼科 Dactyloscopidae
新矶鳚科 Labrisomidae
三鳍鳚科 Tripterygiidae
喉盘鱼目 Gobiesociformes
喉盘鱼科 Gobiesocidae
地位未定 incertae sedis
双边鱼科 Ambassidae
鳗鲷科 Congrogadidae
海鲫科 Embiotocidae
蓝纹鲈科 Grammatidae
后颌鱼科 Opistognathidae
鮗科 Plesiopidae
叶鲈科 Polycentridae
雀鲷科 Pomacentridae
拟雀鲷科 Pseudochromidae
真鲈形系 Eupercaria
银鲈目 Gerreiformes
银鲈科 Gerreidae
䲢形目 Uranoscopiformes
玉筋鱼科 Ammodytidae
冬鱚科 Cheimarrhichthyidae
虎鱚科 Pinguipedidae
䲢科 Uranoscopidae
隆头鱼目 Labriformes
隆头鱼科 Labridae
狼鲈目 Moroniformes
白鲳目 Ephippiformes
帘鲷科 Drepaneidae
白鲳科 Ephippidae
蝴蝶鱼目 Chaetodontiformes
蝴蝶鱼科 Chaetodontidae
鲾科 Leiognathidae
刺尾鲷目 Acanthuriformes
刺尾鲷科 Acanthuridae
鲯鲭科 Luvaridae
镰鱼科 Zanclidae
笛鲷目 Lutjaniformes
石鲈科 Haemulidae
笛鲷科 Lutjanidae（包含乌尾鮗科 Caesionidae）
松鲷目 Lobotiformes
拟松鲷科 Datnioididae
髭鲷科 Hapalogenyidae
松鲷科 Lobotidae
鲷形目 Spariformes
龙占鱼科 Lethrinidae
金线鱼科 Nemipteridae
鲷科 Sparidae（包含长身鲷科 Centracanthidae）
金钱鱼目 Scatophagiformes
金钱鱼科 Scatophagidae
大眼鲷目 Priacanthiformes
大眼鲷科 Priacanthidae
赤刀鱼科 Cepolidae
菱鲷目 Caproiformes
菱鲷科 Caproidae
鮟鱇目 Lophiiformes
鮟鱇亚目 Lophioidei
鮟鱇科 Lophiidae
躄鱼亚目 Antennarioidei
躄鱼科 Antennariidae
四臂躄鱼科 Tetrabrachiidae
鱇躄鱼科 Lophichthyidae
臂钩躄鱼科 Brachionichthyidae
单棘躄鱼亚目 Chaunacoidei
单棘躄鱼科 Chaunacidae
棘茄鱼亚目 Ogcocephalioidei
棘茄鱼科 Ogcocephalidae
角鮟鱇亚目 Ceratioidei
刺鮟鱇科 Centrophrynidae
角鮟鱇科 Ceratiidae
鞭冠鮟鱇科 Himantolophidae
双角鮟鱇科 Diceratiidae
黑角鮟鱇科 Melanocetidae
奇鮟鱇科 Thaumatichthyidae
梦角鮟鱇科 Oneirodidae
新角鮟鱇科 Neoceratiidae
长鳍鮟鱇科 Caulophrynidae
巨棘角鮟鱇科 Gigantactinidae
须角鮟鱇科 Linophrynidae
魨形目 Tetraodontiformes
†刺箱魨亞目 （ 英语 ： ） Plectocretacicoidei
†白堊三刺魨科（英语：） Cretatriacanthidae
†刺箱魨科（英语：） Plectocretacicidae
†原三刺魨科（英语：） Protriacanthidae
三齒魨亞目 Triodontoidei
三齒魨科 Triodontidae
三棘魨亞目 Triacanthoidei
擬三棘魨科 Triacanthodidae
三棘魨科 Triacanthidae
箱魨亞目 Ostracioidea
†棘刺魨科（英语：） Spinacanthidae
六稜箱魨科 Aracanidae
箱魨科 Ostraciidae
鱗魨亞目 Balistoidei
†波卡鱗魨科（英语：） Bolcabalistidae
†Moclaybalistidae（英语：）科
鱗魨科 Balistidae
單棘魨科 Monacanthidae
四齒魨亞目 Tetraodontoidei
†Avitoplectidae（英语：）科
†Balkariidae（英语：）科
†始辮魨科（英语：） Eoplectidae
翻車魨科 Molidae
四齒魨科 Tetraodontidae
二齒魨科 Diodontidae
†略魨科（英语：） Zignoichthyidae
拟金眼鲷目 Pempheriformes
发光鲷科 Acropomatidae
扁棘鲷科 Banjosidae
深海鲱科 Bathyclupeidae
鳄齿鱚科 Champsodontidae
沙鱚科 Creediidae
深海天竺鲷科 Epigonidae
叶鲷科 Glaucosomatidae
尖棘鲷科 Howellidae
花鲈科 Lateolabracidae
巨棘鲈科 Ostracoberycidae
拟金眼鲷科 Pempheridae
五棘鲷科 Pentacerotidae
鸭嘴鱚科 Percophidae〔此科为多系群，原模式属鲈䲢属（Perchophis）现被归入鲈形目的南极鱼亚目，还有许多属被归入双犁鱼科（属于鲀形目）及鲬状鱼科（属于鲈形目），其余的属也将继续归入新的科。〕
多锯鲈科 Polyprionidae
愈齿鲷科 Symphysanodontidae
双犁鱼科 Hemerocoetidae
狭视鱼科 Leptoscopidae
日鲈目 Centrarchiformes
日鲈亚目 Centrarchoidei
太阳鱼科 Centrarchidae
倭太阳鱼科 Elassomatidae
姥鲈科 Enoplosidae
鳜科 Sinipercidae
䱵亞目 Cirrhitoidei（=䱵總科 Cirrhitoidea）
單指䱵科 Aplodactylidae
唇指䱵科 Cheilodactylidae
絲鰭䱵科 Chironemidae
䱵科 Cirrhitidae
婢䱵科 Latridae
真鲈亚目 Percichthyoidei
真鲈科 Percichthyidae
九斑鲈亚目 Percalatoidei
九斑鲈科 Percalatidae
亚目 Terapontoidei
双帆鱼科 Dichistiidae
鱾科 Girellidae
汤鲤科 Kuhliidae
舵鱼科 Kyphosidae
石鲷科 Oplegnathidae
鯻科 Terapontidae
蝎鱼科 Scorpididae
真鲈形目 Perciformes
鲬状鱼亚目 Bembropoidei
鲬状鱼科 Bembropidae
杜父鱼亚目 Cottoidei
裸盖鱼下目 Anoplopomatales
裸盖鱼科 Anoplopomatidae
杜父鱼下目 Cottales
八角鱼科 Agonidae
杜父魚科 Cottidae
圆鳍鱼科 Cyclopteridae
乔氏杜父鱼科 Jordaniidae
狮子鱼科 Liparidae
隐棘杜父鱼科 Psychrolutidae
钩吻杜父鱼科 Rhamphocottidae（包含旋杜父鱼科 Ereuniidae）
鲉杜父鱼科 Scorpaenichthyidae
毛齿鱼科 Trichodontidae
棘背鱼下目 Gasterosteales
管吻鱼科 Aulorhynchidae
棘背鱼科 Gasterosteidae
裸玉筋鱼科 Hypoptychidae
六线鱼下目 Hexagrammales
六线鱼科 Hexagrammidae
栉鳍鱼下目 Zaniolepidoales
栉鳍鱼科 Zaniolepididae
绵鳚下目 Zoarcales
狼鳚科 Anarhichadidae
深海鳚科 Bathymasteridae
隐棘鳚科 Cryptacanthodidae
锦鳚科 Pholidae
线鳚科 Stichaeidae
船首鳚科 Zaproridae
绵鳚科 Zoarcidae
美冠鳚科 Eulophiidae
翎鳚科 Ptilichthyidae
蝮鳚科 Scytalinidae
诺曼鱼亚目 Normanichthyoidei
诺曼鱼科 Normanichthyidae
鲈亚目 Percoidei
东洋鲈科 Niphonidae
河鲈科 Percidae
鳄鱚科 Trachinidae
牛尾鱼亚目 Platycephaloidei（=鲬亚目 Bembroidei）
赤鲬科 Bembridae
针鲬科 Hoplichthyidae
短鯒科 Parabembridae
牛尾鱼科 Platycephalidae
平头鲉科 Plectrogeniidae
鲉亚目 Scorpaenoidei
须蓑鲉科 Apistidae
绒皮鲉科 Aploactinidae
前鳍鲉科 Congiopodidae
埃氏绒鲉科 Eschmeyeridae
红绒鲉科 Gnathanacanthidae
新平鲉科 Neosebastidae
奇矮鲉科 Pataecidae
大吻前鳍鲉科 Perryenidae
鲉科 Scorpaenidae
平鲉科 Sebastidae
囊头鲉科 Setarchidae
毒鲉科 Synanceiidae
真裸皮鲉科 Tetrarogidae
镰吻鲉科 Zanclorhynchidae
鮨亞目 Serranoidei
鮨科 Serranidae
南極魚亞目 Notothenioidei
阿氏龙䲢科 Artedidraconidae
龙䲢科 Bathydraconidae
牛鱼科 Bovichtidae
鳄冰鱼科 Channichthyidae
油南极鱼科 Eleginopsidae
棘劫鱼科 Harpagiferidae
南极鱼科 Nototheniidae
拟牛鱼科 Pseudaphritidae
鲈䲢科 Percophidae
魴亞目 Triglioidei
黃魴鮄科 Peristediidae
魴鮄科 Triglidae
地位未定 incertae sedis
丽花鮨科 Callanthiidae
拟鲉鲈科 Centrogenyidae
谐鱼科 Emmelichthyidae
弱棘鱼科 Malacanthidae
银鳞鲳科 Monodactylidae
狼鲈科 Moronidae
盖刺鱼科 Pomacanthidae
金钱鱼科 Scatophagidae
石首鱼科 Sciaenidae
蓝子鱼科 Siganidae
鱚科 Sillaginidae
长鳍天竺鲷科 Dinolestidae
洞鲈科 Dinopercidae
拟鱲科 Parascorpididae
肉鳍鱼纲 Sarcopterygii
†鬼鱼属 Guiyu
†爪齿鱼目 Onychodontiformes
†爪齿鱼科 Onychodontidae
腔棘鱼亚纲 Actinistia
†米瓜夏鱼科 Miguashaiidae
†重尾鱼科 Diplocercidae
†科 Hadronectoridae
†科 Rhabdodermatidae
†前鳍鱼科 Laugiidae
腔棘鱼目 Coelacanthiformes
†蝶柱鱼属 Styloichthys
†怀特鱼科 Whiteiidae
†叛逆腔棘鱼科 Rebellatricidae
†腔棘鱼科 Coelacanthidae
矛尾鱼亚目 Latimerioidei
†馬索尼亞魚科 Mawsoniidae
矛尾鱼科 Latimeriidae
扇鳍类 Rhipidistia
肺鱼形类 Dipnomorpha
†孔鳞鱼目 Porolepiformes
†孔鳞鱼科 Porolepidae
†全褶鱼科 Holoptychiidae
肺鱼亚纲 Dipnoi
†恶魔鱼科 Diabolichthyidae
†总科 Uranolophina
†科 Uranolophidae
†科 Speonesydrionidae
†喙肺鱼科 Dipnorhynchidae
†科 Stomiahykidae
†科 Chirodipteridae
†全齿鱼科 Holodontidae
†双翼鱼科 Dipteridae
†科 Fleurantiidae
†科 Rhynchodipteridae
†科 Phaneropleuridae
†栉齿鱼科 Ctenodontidae
†科 Sagenodontidae
†科 Gnathorhizidae
角齿鱼目 Ceratodiformes
†亚洲角齿鱼科 Asiatoceratodontidae
†褶角齿鱼科 Ptychoceratodontidae
澳洲肺鱼科 Neoceratodontidae
美洲肺鱼目 Lepidosireniformes
美洲肺鱼科 Lepidosirenidae
非洲肺鱼科 Protopteridae
四足形類 Tetrapodomorpha
†肯氏鱼属 Kenichthys
†根齿鱼目 Rhizodontidae
†蜥翼鱼科 Sauripteridae
†根齿鱼科 Rhizodontidae
骨鳞鱼总目 Osteolepidida
†卡南德拉鱼科 Canowindridae
†骨鳞鱼目 Osteolepiformes（或 巨鱼目 Megalichthyiformes）
†格格纳瑟斯鱼属 Gogonasus
†属 Gyroptychius
†骨鳞鱼科 Osteolepidae
†属 Medoevia
†巨鱼科 Megalichthyidae
始四足类 Eotetrapodiformes
†三列鳍鱼科 Tristichopteridae
†提尼拉鱼属 Tinirau
†扁头鱼属 Platycephalichthys
希望螈类 Elpistostegalia
†潘氏鱼属 Panderichthys
坚头类 Stegocephalia
†提塔利克鱼属 Tiktaalik
†希望螈科 Elpistostegidae
†散步鱼属 Elginerpeton
†孔螈属 Ventastega
†棘石螈属 Acanthostega
†鱼石螈属 Ichthyostega
†海纳螈属 Hynerpeton
†瓦切螈科 Whatcheeriidae
†圆螈科 Colosteidae
†厚蛙螈属 Crassigyrinus
†斜眼螈总科 Baphetoidea
四足類 Tetrapoda