將軍澳綫
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| 星期一至五（公眾假期除外） | 05 | 57 | 星期六 | 05 | 57 | 星期日及公眾假期 | 05 | 57 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 06 | 06、18、30、41、53 | 星期六 | 06 | 06、18、30、41、53 | 星期日及公眾假期 | 06 | 06、18、30、41、53 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 07 | 05、18、25、32、39、46、53 | 星期六 | 07 | 05、18、25、32、39、46、53 | 星期日及公眾假期 | 07 | 06、18、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 08 | 00、07、14、21、28、35、42、49、56 | 星期六 | 08 | 00、07、14、21、28、35、42、49、56 | 星期日及公眾假期 | 08 | 06、18、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 09 | 03、10、17、24、31、38、45、52 | 星期六 | 09 | 03、10、17、24、31、38、45、52 | 星期日及公眾假期 | 09 | 06、19、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 10 | 02、15、28、40、52 | 星期六 | 10 | 02、15、28、40、52 | 星期日及公眾假期 | 10 | 06、19、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 11 | 05、17、29、41、54 | 星期六 | 11 | 05、17、29、41、54 | 星期日及公眾假期 | 11 | 06、19、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 12 | 06、18、30、43、55 | 星期六 | 12 | 06、18、30、43、55 | 星期日及公眾假期 | 12 | 06、19、30、41、54 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 13 | 07、19、32、44、56 | 星期六 | 13 | 07、19、32、44、56 | 星期日及公眾假期 | 13 | 05、18、32、44、56 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 14 | 08、21、33、45、57 | 星期六 | 14 | 08、21、33、45、57 | 星期日及公眾假期 | 14 | 08、21、33、45、57 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 15 | 10、22、34、46、59 | 星期六 | 15 | 10、22、34、46、59 | 星期日及公眾假期 | 15 | 10、22、34、46、59 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 16 | 11、23、35、48 | 星期六 | 16 | 11、23、35、48 | 星期日及公眾假期 | 16 | 11、23、35、48 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 17 | 00、07、14、21、28、35、42、49、56 | 星期六 | 17 | 00、12、24、37、49 | 星期日及公眾假期 | 17 | 00、12、24、37、49 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 18 | 03、10、17、24、31、38、45、52、59 | 星期六 | 18 | 01、13、26、38、50 | 星期日及公眾假期 | 18 | 01、13、26、38、50 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 19 | 06、13、19、25、32、39、46、53 | 星期六 | 19 | 02、15、27、39、51 | 星期日及公眾假期 | 19 | 02、15、27、39、51 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 20 | 00、12、25、38、49 | 星期六 | 20 | 04、14、25、38、49 | 星期日及公眾假期 | 20 | 04、16、25、38、49 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 21 | 03、14、25、38、50 | 星期六 | 21 | 03、14、25、38、50 | 星期日及公眾假期 | 21 | 03、14、25、38、50 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 22 | 03、15、28、40、53 | 星期六 | 22 | 03、15、28、40、53 | 星期日及公眾假期 | 22 | 03、15、28、40、53 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 23 | 04、17、29、40、53 | 星期六 | 23 | 04、17、29、39、53 | 星期日及公眾假期 | 23 | 04、17、29、39、53 |
| 星期一至五（公眾假期除外） | 00 | 05、18、27、35、48 | 星期六 | 00 | 05、18、27、38、48 | 星期日及公眾假期 | 00 | 05、18、27、38、48 |
列車以北角為終點站 列車以調景嶺為終點站
將軍澳綫上行設有兩個終點站，分別為寶琳站與康城站。由於設有兩個終站，不同列車將會前往不同的終點站。
2009年7月26日至2014年12月7日的繁忙時間將軍澳綫採用3+1制度，所有列車以（北角）為下行終點站，每三班列車有一班以康城為上行終點站，其餘則以寶琳為上行終點站。即四班列車採用以下編排：
北角站往寶琳站
北角站往寶琳站
北角站往寶琳站
北角站往康城站
每約10分鐘重複以上班次編排。因此，每小時約有18班列車往寶琳站，另有6班列車往康城站。往寶琳站的列車班次為2.5分鐘-2.5分鐘-(往康城站列車)-5分鐘一班，往康城站的列車班次為10分鐘一班。
由2014年12月8日起，星期一至五及星期六早上（公眾假期除外）繁忙時間將軍澳綫採用2+1制度，所有列車以（北角）為下行終點站，每2班列車有一班以康城為上行終點站，其餘則以寶琳為上行終點站。即3班列車採用以下編排：
北角站往寶琳站
北角站往寶琳站
北角站往康城站
此外，由2012年8月27日起，星期一至五早上約8時30分，港鐵安排一班由列車將軍澳站起接載乘客往北角站，以舒緩將軍澳站月台擠逼情況。由2012年11月12日起，增加一班由康城站往北角站列車，於7時12分開出。惟2020年1月23日起將上述班次均併入常規班次當中。
受2019新型冠狀病毒疫情影響，各項防疫及抗疫措施令市民減少出行，乘客量大幅減少，因此自2020年2月28日起削減非繁忙時間3+1制度中1班往返寶琳站的班次至今並使到將軍澳綫全日均採用2+1制度。港鐵曾在2020年2月29日至10月18日期間，安排星期六早上所有由北角站開出列車以寶琳站為終點站，而康城站開出列車則以調景嶺站為終點站。於2022年5月起第五波疫情已過及乘客量逐步回復，相比疫情前的班次安排，往寶琳的繁忙時間班次均一化至3-4分鐘一班，同時將前往康城的班次全日統一至前往寶琳班次間隔的雙倍（7分、10分、12分或18分一班）。
非繁忙時間則北角站至寶琳站班次為約4.1至6分鐘一班，康城站開出之列車全部則以調景嶺站為終點站，約每8.2至12分鐘一班。列車抵達調景嶺站時，所有乘客必須下車，之後列車會沿往油塘方向駛至五桂山隧道的五桂山側線掉頭，轉入往寶琳/康城方向軌道返回調景嶺站上客。
受制於寶琳站單側式月台的設計，除非增加往康城的列車班次，否則將軍澳綫已經沒有加密班次空間。路綫當年設計為最密每3分30秒一班往寶琳或康城（採用「1+1」模式），將軍澳站至北角站聯合班次為1分45秒。惟現時聯合班次最密只有2/3分。
乘客可以透過iOS或Android應用程式「MTR Mobile」或使用經「data.gov.hk」授權的應用程式查閱將軍澳綫未來四班抵站列車的到達時間，亦可以在港鐵網站查閱詳細時間表。