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2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議
口罩不足引起的爭議

有傳媒詢問林鄭月娥如何確保香港的口罩供應充足，以及會否實施口罩限購。林鄭月娥表示已致致函國務院（中央人民政府），會向有關單位提供口罩，她亦拒絕推出限購令，令市民更難購得口罩。《蘋果日報》指香港政府存有逾億個口罩存貨，沒有向國務院求助的需要。政府回應指政府存有的口罩是供應予各政府部門作日常及應變計劃之用。
1月25日（年初一）旺角有藥房更將N95口罩標價1400元一盒。1月26日，香港網上商店的口罩已被搶購一空，顯示「缺貨」。此外自香港反修例風波的示威活動後，大概在2019年7月淘寶已對香港買家訂立限制，在香港登入「淘寶」或「天貓」網站都無法購買口罩，系統只顯示「沒有找到相關寶貝」或「根據相關地區法律法規及淘寶網政策，該商品無法運送至您所在的國家或地區」。
同時，市面出現了劣質的「黑心口罩」，例如，有網民發現一款名為「救救Mask」（）口罩，口罩質地較薄，亦未有標明出產地。日本在2019年有報道指該款口罩為冒牌貨，由中國内地製造。台灣媒體更揭發生產口罩的工場環境十分惡劣，不但沒有消毒，而且使用回收物料製成。部份藥房不但趁着口罩搶購潮而坐地起價，更有藥房竟出售來歷不明的劣質口罩，以膠袋盛載數十個不明來歷的口罩出售，訛稱廠商因製作時太趕急而未有入盒。
除了劣質的「黑心口罩」，香港亦出現令人嘔心的「二手口罩」。沙田、粉嶺、元朗等地區懷疑有藥房將用過的「二手口罩」拾回再包裝出售。從網民提供的口罩照片所見，口罩帶有污跡，風琴摺疑似向上。有人目擊一婦人在天水圍天逸邨逸湖樓外喉管晾曬疑似已水洗過的二手口罩。亦有人在大埔廣福村發現有老婦以筲箕晾曬口罩。
1月29日，「About Thai生活百貨」為醫護及前線人員（衛生署、入境處、海關等）優先售賣口罩，全港分店大排長龍。部份分店有近千人排隊，有市民要由早上7時排隊至下午1時才買到一盒口罩，相對澳門政府讓居民以成本價8元買得10個口罩，香港政府被指不單完全沒有為市民解決口罩的問題，更拒絕多位專家提出的「全面封關」建議，有市民直斥香港政府無能，內容包括不滿政府沒有封鎖所有關合。而教協旺角總部外早上一度有人排隊，但該店根本沒有存貨可供出售。區議員亦代為組織團購，於2月中至3月初到貨。
1月29日，民建聯立法會議員蔣麗芸於個人facebook專頁貼了一條來自廣州廣播電視台《G4出動》的片段，提議市民可以「蒸口罩」消毒，重覆使用口罩，蔣麗芸指這是「沒辦法中的辦法」。其後港大感染及傳染病中心總監何栢良炮轟影片內容大錯特錯兼害死人。何舉例指在2003年SARS期間，就有醫護人員因為重覆使用口罩而受到感染。中文大學呼吸系統科講座教授許樹昌亦表示蒸口罩或紫外光消毒的方式並不可行，強調外科口罩用過數小時後就要棄置，高溫消毒反而會破壞口罩的三層結構。
1月30日，連鎖藥房「屈臣氏」預告每間分店大約會有20盒口罩供應，市民凌晨排隊，有人表示清晨5時半到場已經拿不到籌。天水圍T Town有市民因為買不到口罩，以粗口指罵職員，並拍打及用腳踢店舖的閘門，引致職員報警，10多名警員到場呼籲市民冷靜。在旺角弼街屈臣氏分店的市民批評政府局部封關無作用，市民只能自求多福。同日，醫學會傳染病顧問委員會主席梁子超指，超過六千名私家醫生口罩存貨量不足，因此有部分診所未能開門應診。新民黨主席葉劉淑儀建議政府在香港生產口罩，滿足市民需求，而非單靠外地進口。政务司司长张建宗表示，香港未来将会有最少3200万个口罩供港，首批会供应800万个，还有约2400万在安排中，但未有实际应市时间表。
1月31日至2月1日，多區都有商店預告有口罩出售，有大批市民排隊輪候購買。有凌晨3時半排隊的市民批評口罩供應數量嚴重不足，而政府有能力及責任負責購買或派發口罩，不應將責任推卸零售商。而大埔區議員為當區居民團購口罩，但他們早在晚上11時許開始排隊。
另一方面，有市民關注由懲教署工場生產、主要供政府內部使用的綠色「CSi口罩」，在市面有不少人佩戴。有人表示是由公務員朋友提供；也有人表示是購買得來，但後改口稱是家人提供。當記者查詢口罩來源，有部分人便急步離開。市民認為政府的做法不公平，應負起責任主動派口罩給有需要人士。而2月1日網上流傳屯門公園的跳舞大媽配戴着CSI口罩，也引起爭議。網民認為政府人員私下取用或販賣公用口罩。而政府發稿澄清，懲教署在疫情發生前已經向一些非政府機構供應口罩。
2月4日，一間位於九龍灣臨興街的公司宣佈於2月5日出售6,000盒醫護用三層口罩，有超過8,000名市民為了購買口罩，通宵睡在街上排隊。
2月5日，行政長官林鄭月娥公開承認採購口罩失敗，而十八區區議會雖然委託民政處公開招標採購口罩，但大部分區截標後都未有接獲標書。區議員認為政府制度官僚，不能彈性處理招標。而委託非政府機構訂購也面對限制出口問題。而行政會議成員、新民黨主席葉劉淑儀批評政府以「價低者得」方式招標採購口罩的做法非常愚蠢，應該特事特辦。
2月6日，《壹週刊》報導，政府懲教署工場生產的「CSi口罩」有流出市面現象，部分在屯門公園唱歌跳舞的大陸大媽和叔伯亦戴上印有「CSi」字樣口罩，隨即引起大批街坊不滿，事後網絡上亦熱烈討論，質疑大媽如何得到政府生產的口罩。本身是醫生的立法會議員郭家麒，就認為政府做法不合理，他認為懲教署生產的口罩應首要分配給醫管局及醫療機構，其次是專責基層市民及弱勢社群的非政府機構，又指政府的手段低劣，分配口罩予親政府組織的做法不堪。
2月8日，行政長官林鄭月娥公開表示，在国务院港澳事务办公室大力协调下，过去一个月已从中国大陆获得1700万片口罩。這一席話再度挑起中國網友对「反對逃犯條例修訂草案運動」长久累积的不满情绪，痛批港澳辦向香港人「跪舔」，《環球時報》總編輯胡錫進更是揚言「那些最恶毒攻击国家的人有骨气地喊出来不要戴中國口罩」。
而普通市民每日只能從不同藥妝店，超市，醫院小賣部和網上搶購口罩。同時也出現多宗網上買口罩騙案舉報。警方在2月13日表示共接獲301宗舉報，涉及金額約110萬元，涉款介乎100元至25萬元不等，暫時拘捕10男2女。
2月16日，盾牌凌晨在官方面書宣布，將在上午9時在粉嶺開倉發售口罩，並以排隊派籌形式派出一萬張籌，每人最多以每盒150元售價購買2盒口罩。凌晨開始有市民冒雨通宵排隊，早上10時半，排隊人龍已經從粉嶺延伸至上水，盾牌表示籌號6538預計晚上8時才可以購買到口罩。
檢疫中心的爭議

由於市民認為檢疫中心（隔離營）對周邊社區造成衛生威脅，而且過程未有得到事先徵詢地區人士和居民引起不滿，自1月25日以來發生多次警民衝突，多人被捕。其中較大規模有2月9日的反對設立指定診所和隔離營遊行。市民在西貢、火炭、大埔和荃灣遊行和集會反對。到2021年，有疫廈居民居住檢疫中心後，批評職員安排失當，衛生和設備欠佳。食物更形容為劣食，更出現集體食物中毒事件。有隔離21日的居民形容檢疫中心如煉獄，如監禁一樣。
到5月7日，政府宣佈放寬隔離檢疫措施，日後相關確診大廈若只錄得一宗個案，只須封區檢測和21日內檢測四次，無需送往檢疫中心。有居民得知消息後感到十分興奮。
檢疫中心的爭議 > 粉嶺暉明邨

条目：暉明邨衝突
1月25日下午，政府突然宣佈將已完成預派並有少部分居民入伙的粉嶺暉明邨暫時徵用作隔離營，由於隔離營對鄰近社區造成衛生威脅，加上會令準租戶入伙日期押後，部分獲派該邨的準租戶，以及附近居民對此表示強烈不滿，多名北區區議員聯署反對。翌日，除了聯署行動外，下午更有部分居民以水馬堵塞屋邨入口，阻止車輛運送隔離營物資。北區區議會主席羅庭德早上曾聯絡民政事務專員但未獲得正面回覆。之後有人在暉明邨兩座的大堂縱火，無人受傷。1月28日政府宣布放棄粉嶺暉明邨作檢疫設施。
檢疫中心的爭議 > 荔枝角翠雅山房

条目：翠雅山房用作隔離營風波
2月1日下午，一批區議員和美孚新邨居民到饒宗頤文化館外抗議。區議員表示不足3 小時內已經收到共5000人聯署反對計劃。晚上10時，再發生警民對峙。政府晚上公佈「翠雅山房」將用作針對2019冠狀病毒病疫情的檢疫中心，認為該處位處山上，較遠離民居，強調安排入住者為沒有任何病徵的人。凌晨後防暴警衝入美孚新邨住宅平台，至少5人被制服和拘捕（包括深水埗區議會副主席伍月蘭），被警方帶走。翌日，由於政府不答應有關訴求，居民在下午再舉行集會，入夜後亦演變為警民衝突。有人以雜物堵塞巴士站出入口時，多名便衣警員隨即手持伸縮警棍制服至少4人，一名市民的頭部被打至頭破血流，而現場留下大灘血跡。百多名防暴警員多次闖入美孚新邨屋苑範圍截查和逮捕街坊，並舉起藍旗。
檢疫中心的爭議 > 西貢戶外康樂中心

2月4日晚上9時許，近100名西貢居民發起遊行，反對在未有諮詢區議會及居民的情況下，將西貢戶外康樂中心改設為隔離營。遊行人士由西貢市中心遊行到對面海村附近的戶外康樂中心。到晚上10時許，防暴警察突然到場展示藍旗，指散去民眾和現場途經市民為非法集結。其後防暴一度追捕及截查數十人，無人被捕。當區區議員梁衍析及西貢鄉郊區議員何偉航批評警方手法極不洽當，意圖濫捕。而隔離營距離民居海泰樓和海昌樓不足100米。
2月9日下午1時，約300名市民發起遊行。遊行人士在西貢天后廟廣場聚集，當遊行在1時半準備開始時，在場戒備的軍裝警員舉起黃旗，警告在場人士正在參與非法集結。一名外籍人士上前與警員理論，指在場人士只是進行和平集會。其後遊行人士沿西貢海傍廣場圍繞市中心遊行，沿途高叫口號。到下午2時30分，當遊行人士到翠塘路時，大批防暴到場，並舉起藍旗。之後防暴警突然從翠塘花園閘口跑入追捕，以警棍制服一名57歲男子，他的頭部被爆頭，流血倒地，之後疑陷入昏迷。而在場警員以口罩為該男子「止血」，拖延兩分鐘後才容許急救員施救。急救員表示該男子頭部少量骨裂，事後地上留下大量血跡。
隨後至少30名防暴警察進入翠塘花園搜捕，截查市民，在場採訪的傳媒及區議員。有人不滿警員進入私人屋苑制服市民。有拍攝警員的市民也被拘捕。警方也在於翠塘路截查大批在場人士，事件中有7人被捕，年齡介乎26至57歲，涉嫌「阻礙警務人員執行職務」或「遊蕩」。案件交由黃大仙警區重案組及刑事調查隊跟進，所有被捕人士正被扣留調查。
下午1時，遊行人士在西貢天后廟廣場聚集
下午2時30分，當遊行人士到翠塘路時，大批防暴到場，並舉起藍旗
防暴警要求在翠塘花園內的市民離開
有翠塘花園拍攝警員的市民被警告，其後被拘捕
防暴警察在翠塘花園內截查多名市民，在場採訪的傳媒及區議員
檢疫中心的爭議 > 火炭駿洋邨

条目：駿洋邨用作隔離營風波
2020年2月初，網上流傳原在2月入伙，位於火炭駿洋邨將成檢疫設施，而警方在2月7日深夜起在該邨附近駐守及設置水馬，到2月8日更有大量警員在火炭一帶嚴密佈防，防暴警在多處截查多人。沙田區議會主席程張迎和沙田鄉事委員會主席莫錦貴批評政府今次沒事先徵詢區議會及鄉委會。而駿洋邨準入伙住戶表示已經輪候6至7年才可上樓，也有人已付千多元訂金購買家俬及電器，甚至特意轉職。他們表示認為政府沒有顧及他們的感受及聲音，深感不滿和公平。傍晚，多名沙田區議員到沙田鄉事委員會門外抗議，對政府官員未有知會區議會及討論該處將成為隔離營，只限與鄉委會傾討表示不滿，防暴警察護送食物及衞生局副局長徐德義坐駕離開，而區議會請願信掉在地上。
公屋聯會對政府徵用駿洋邨為緊急檢疫中心表示強烈不滿，批評政策朝令夕改和違反承諾，嚴重影響申請人銜接住屋的安排。
而行政長官林鄭月娥在2月8日改口稱因疫情發展不能預見，籲當區人士諒解在駿洋邨作檢疫中心的安排。有關言論推翻她1月28日表示「放棄未入伙公屋作為檢疫中心」的說法。
2月9日下午4時，百多名居民及區議員在火炭山尾街遊樂場出席居民大會。集會在傍晚近6時結束後，居民及區議員前往駿洋邨抗議，但被防暴警員舉藍旗及黃旗警告他們參與非法集結。其後警方在一段山尾街及穗禾街設立封鎖線，並截查多人，有1名女子在驅散時被捕。
2月10日下午，沙田區議會舉行特別會議，討論該處作檢疫中心的安排食物及衞生局副局長徐德義亦有出席會議。在會前，區議員和數十名駿洋邨準居民在沙田政府合署地下正門外示威。到傍晚6時，區議員希望徐到門外與駿洋邨準居民會面，因而堵塞會議室出口。而大批防暴警察在會議室外通道守候。徐德義及民政事務專員在大批防暴警察護送下離開，期間沒有回應記者提問，也無到場接區議員聯署信。
2月11日，有駿洋邨駿時樓單位的居民收到房屋署發出的短訊通知，表示入伙會受影響，但未有交代任何替代安排。而當區區議員麥梓健收到消息，指駿逸樓有269個單位將會首批被徵用作隔離中心。單位內已經擺放桌椅、木櫃、風扇、熱水煲等日用品。同時收到逾50個受影響住戶求助，計劃向警方申請不反對通知書，周日發起遊行。
2月12日中午，一批市民在火炭工業區舉行「和你LUNCH」遊行，手持印有「不求賠償 只求安樂窩」的標語，反對政府將該處用作檢疫中心。防暴警員在場戒備，當遊行人士到黃竹洋街華聯工業中心對開時，警員一度舉起藍旗和黃旗警告。其後沿坳背灣街遊行至火炭站及銀禧花園，之後人群散去。
2月22日，由日本坐政府包機回港的「鑽石公主號」豪華郵輪乘客楊和生及妻子入住火炭駿洋邨中層單位接受隔離，他投訴在駿洋邨生活的質素和待遇欠佳，遠不及豪華郵輪。例如有時外賣送來的飯盒不夠熱，亦有一次因不夠飯派及食肆關門，晚餐只能吃杯麵。而且民安隊人員派送膳食時的態度與郵輪的服務質素大相逕庭。還有，在駿洋邨的娛樂設施不足，不及在豪華郵輪上有大量電影供打發時間。
區議員在火炭山尾街遊樂場主持居民大會
傍晚近6時結束後，居民及區議員前往駿洋邨抗議，但被防暴警員警告
防暴警員舉藍旗及黃旗警告居民及區議員參與非法集結
區議員向防暴警察表達不滿
警方在一段山尾街及穗禾街設立封鎖線，並截查多人
檢疫中心的爭議 > 衛生和設備欠佳

2021年1月，有入住鯉魚門公園度假村檢疫中心的市民表示，房間內的床單有疑似血漬，向中心職員投訴後數小時，才獲提供新床單。而房間設備十分簡陋，只提供一個熱水煲及衣櫃，但沒有衣架。而洗手間內的電熱水爐亦沒有足夠熱水洗澡。同年5月，有住戶送往檢疫中心後發現單位內需要24小時開冷氣，否則天花板出現倒汗水。洗手盆亦佈滿污垢，難以清洗。而洗手盆的水開始時是泥黃色，要等待3至5分鐘後才變清水。有家長表示消毒奶樽後仍有異味，擔心會對小朋友的健康造成影響，改用蒸餾水沖奶。認為營內設施對擁有幼嬰的家庭非常不友善。
而元朗八鄉少年警訊中心亦被指環境衛生情況欠佳，床上有死曱甴。有夫婦在2020年5月18日入稟高等法院申請司法覆核，認為政策違反《人權法》和《基本法》保障市民人身自由的條文，要求法庭撤銷《外國地區到港人士強制檢疫規例》中，針對到港者實行強制檢疫的規定，以及讓他們以家居檢疫取代入住檢疫中心。
在竹篙灣隔離檢疫的人士表示該處沒有提供無線上網服務，需要自行購買數據卡，形容營內生活非常沉悶。而房間亦有很多蟲。
檢疫中心的爭議 > 營內膳食差劣

2021年5月，在竹篙灣隔離檢疫的人士在網上發布圖片，指出隔離營內由丹尼食品有限公司負責的膳食非常差劣，早餐的麥皮如嘔吐物，午餐的意粉有膠味，乾身無汁。肉類亦「霉霉地」。而居民亦在街坊群組表示吃完出現胃痛。竹篙灣檢疫中心在5月7日更出現16人進食後腹瀉的事件，他們為荃威花園R座居民。當晚隔離檢疫的人士改為杯麵做晚餐。 其後衞生署撤換膳食承辦商丹尼食品，改為美味王餐飲。與此同時，經食環署巡查後，亦發現丹尼食品食物室不潔及保存食物溫度不當。到同年5月16日，曾三次提供隔離營膳食的國泰航空飲食服務公司表示收到提供竹篙灣隔離營餐飲服務的邀請，並已遞交報價資料。
不過膳食差劣的情況到2022年仍然未有改善。隔離人士批評食物又乾又硬，難以入口，其中一餐因為難以接受而直接扔掉。而皇后山邨有隔離人士指到凌晨12時才派發晚飯，亦有隔離人士只收到杯麵當晚餐，認為政府沒有為確診並出現病徵的人士著想。
指定診所的爭議 > 西營盤賽馬會普通科門診診所

2月7日中西區區議會會議，通過反對西營盤賽馬會普通科門診診所成為指定處理2019冠狀病毒病的專門診所的動議。不過衞生署未有派員出席會議，引起多名區議員不滿。區議員黃健菁表示有5000名堅尼地城居民聯署反對西營盤賽馬會分科診所作為指定診所。到晚上，逾200名街坊在西區遊行抗議，由港鐵堅尼地城站出發，向西環方向步行。一名沒有戴口罩的中年男子與在場的遊行人士發生口角，中年男子隨後被警察帶走。而晚上9時半有約60名防暴警察到場，驅趕人群離開。有市民與警員理論時即被噴胡椒噴霧。
指定診所的爭議 > 九龍灣健康中心

1月23日，醫管局表示計劃將九龍灣健康中心用作「指定診所」，接收新型冠狀病毒的相關病人。而普通科門診會有另一條通道分隔。
2月2日晚上7時，區議員畢東尼、尹家謙、麗晶花園業主委員會及麗晶居民權益關注會在羽毛球場舉行居民大會，有200人參加。畢東尼表示至年初四已收到共3,000個簽名。而鄰近九龍灣健康中心的佛教慈敬學校校長也表明反對，認為選址不適合。
2月7日和2月8日晚上，數百人圍繞麗晶花園一帶遊行，期間手持標語及高叫「反對肺炎指定診所」、「自己家園自己救」等口號，反對將九龍灣健康中心設為指定診所。
指定診所的爭議 > 大埔賽馬會普通科門診診所

2月9日下午，大埔有逾200人參與遊行，反對汀角路大埔賽馬會普通科門診診所將設為指定診所，其後有人在廣福道堵路，交通一度受阻。到下午4時許遊行結束後，警員在抵達大埔賽馬會診所和廣福道清理雜物。
2月15日早上，保安員發現大門鐵閘熏黑，地下有玻璃碎片和毛巾，懷疑有人曾投擲汽油彈而報警處理。同日下午，逾50人由診所出發遊行至大埔中心發起遊行，一批防暴警員在大埔中心巴士站一度舉起黃旗警告，稱遊行未有事先通知警方。
指定診所的爭議 > 大埔賽馬會普通科門診診所 > 3月8日遊行多人被捕

3月8日下午2時，有市民發起在風水廣埸遊行至大埔賽馬會診所。大量防暴警察在周邊戒備並截查附近的市民。到下午3時，多名防暴警察跑到海寶花園旁，數十名年輕人站在一邊被要求出示身份證，警員一度向住宅平台舉胡椒球彈槍，期間近百名市民在附近逗留，對警方的行動表示不滿。而指揮官以「路過、要返屋企盡快離開，否則可能觸犯刑事罪行。」回應，並先後舉黃旗及藍旗。一名女士被警員三度警告「挑動現場人士情緒」後被拘捕，區議員文念志也被胡椒噴霧射中，需要義務急救員協助。
到下午4時，遊行人士開始沿安慈路出發，而警方於大埔中心總站橋上舉藍旗；遊行人士繼續高呼口號和遊行。遊行人士隨後走出安祥路的行車路設路障，一度佔據一條行車線。大批防暴警察隨即到場和多次向多名記者噴胡椒噴霧，而昌運中心對開有至少3人被制服地上，當中包括一名中年漢及一名女子，反手綁上索帶拘捕。《蘋果日報》拍攝到一名防暴警察的胡椒彈槍近距離對向被捕人頭部。
到4時半左右，防暴警向市民快速推進，多名身穿黑衣的便衣警在安祥路及安慈路交界圍捕示威者，至少5人被帶走。警員追捕期間，向一名表示剛用膳的市民報復式噴射胡椒噴霧，其後不適。而昌運中心外也截查至少兩名市民，有警員用長槍指向花園平台聚集的居民。而市民用手機拍攝警員時，被警員用強光電筒照射，並舉起胡椒噴霧作恐嚇。到5時半後氣氛回復平靜，未有街坊聚集。
入夜後，多名便衣警員在大埔超級城內制服市民，而不少街坊舉起手機直播時被警員遮擋及截查搜身。其後大埔區議員周炫瑋在facebook專頁表示，同區區議員文念志和連桷璋也被警方拘捕及截查。
警方表示下午拘捕共10人，其中5男4女涉嫌非法集結、阻礙警務人員執行職務及藏有工具可作非法用途。另外一名男子因被檢獲一張懷疑屬於他人的八達通卡，涉嫌盜竊被捕。而晚上稱有人在大埔安邦路及太和路一帶聚集，拘捕11男2女，年齡介乎15至36歲，涉嫌非法集結。
下午3時，多名防暴警察跑到海寶花園旁，數十名年輕人站在一邊被要求出示身份證
防暴警察要求逗留市民離開
下午4時，遊行人士開始沿安慈路出發
防暴警察向多名記者噴胡椒噴霧
有市民被警員噴射胡椒噴水不適，需要救護員協助
指定診所的爭議 > 筲箕灣賽馬會診所

2月9日下午3時，筲箕灣有50人遊行，途徑筲箕灣道、東大街、筲箕灣街市、西灣河文娛中心等，反對筲箕灣賽馬會診所設立2019冠狀病毒病指定診所。而東區區議員郭志聰表示一週已經收集逾2000居民簽名反對。
指定診所的爭議 > 東九龍普通科門診診所

2020年2月12日晚上8時，有網民發起黃大仙「斧山一日遊」行動，反對東九龍普通科門診診所作指定診所。近百人之後沿斧山道前往診所期間被警員攔截，並舉起藍旗，警告遊行人士參與未經通知的遊行。之後有人用磚頭、垃圾桶、木板等雜物堵塞蒲崗村道，警員到場清理。到晚上10時許，大批防暴警員進入富山邨平台以及進入富仁樓、富信樓住所範圍內搜查多名市民。事件至少5名男子被拘捕，包括黃大仙區議員尤漢邦。警方行動期間也多次阻礙現場記者拍攝，並出手遮擋《立場新聞》記者鏡頭。其後有便衣警員揶揄記者是「20蚊記者」、「未讀完書」。
指定診所的爭議 > 天水圍（天業路）社區健康中心

2月15日，元朗區區議員發起遊行反對天水圍（天業路）社區健康中心作指定診所，遊行由宏逸廣場出發，終點是慧景軒對出行人路，遊行有五百多人參加。遊行在下午3時50分結束後，天秀站拍卡機一度遭縱火，另外，有示威者把雜物擲向輕鐵路軌。防暴警在附近公園和天秀站月台向人群施放胡椒噴霧，多名街坊及記者被射中。有32人在天秀路公園被警方圍捕，之後被要求一字排開蹲下及除下口罩截查，事後全部被捕，年齡介乎14至52歲，分別涉嫌非法集結、藏有攻擊性武器、違反電訊條例及公眾地方行為不檢。現場有市民指罵防暴警拘捕年輕人，一名婦女因被指挑動市民情緒而被捕。
到傍晚仍有人聚集在天秀路公園一帶，有人在天富苑對出的天秀路用發泡膠箱等堵路，警員到場清理。
指定診所的爭議 > 南葵涌賽馬會普通科門診診所

2月15日早上11時，約300名市民沿葵聯路、葵盛圍到南葵涌賽馬會普通科門診診所（南葵涌診所）遊行抗議，反對該處作指定診所。尹兆堅表示該診所相距葵聯邨只有20多米，影響區內10萬人口，建議於已荒廢多年和較偏遠的葵涌公園興建臨時指定診所。而葵青區議員吳劍昇建議政府考慮於已荒廢的葵涌公立學校設指定診所。
指定診所的爭議 > 伍若瑜夫人健康院

2月8日和2月13日，被列為應對2019冠狀病毒病指定診所之一的葵涌伍若瑜夫人健康院遭人投擲汽油彈，擊中低層頂部一台製冷機，兩扇葉燒毀，警方接報到場調查，列縱火案處理。事件中無人受傷。
指定診所的爭議 > 仁愛分科診所

2月23日早上，屯門區議員在區內發起遊行，反對仁愛分科診所作指定診所，逾300名人士參與。大批防暴及大批警員診所和周邊戒備。而多名便衣更手持長鏡，在遊行沿路及診所天台拍攝市民和記者容貌。
遊行前，屯門區議員發表講話
警員在周邊戒備
有警員沒有戴上口罩
防暴警察在診所外戒備
警員在仁愛分科診所天台拍攝
隔離營的爭議

2021年4月29日，東涌映灣園悅濤軒第11座的居民被安排在竹篙灣檢疫中心接受21天的強制隔離，有居民反映政府資訊透明度不足，隔離營的膳食安排不當，有信奉伊斯蘭教的印尼傭工，連續三日收到含有豬肉的食物。
而2022年2月由中央援建、位於青衣的方艙醫院，被發現內籠布置非常簡陋，內部只有一張木板床，並沒有廁所及浴室。入住患者要共用廁所。不少網民直言「感覺似監倉多啲」，認為會有交叉感染的風險。其後更有人發現房間內採用中國制式插座，引起網民擔心是否符合香港規格和安全問題。而保安局指每名人士入伙前會獲配備一個轉插，房間內亦有拖板。有入住的患者亦批評食物只提供炸物，對喉嚨痛的患者不舒服，女洗手間設置洗手間男尿兜，坐廁亦不乾淨，洗手盤亦沒有提供洗手液，廁所亦出現長期漏水。患者亦指職員態度很差，形容自己被差劣對待。亦有患者拍攝到淋浴間喉管出現漏水事故，擔心沐浴後的污水會引發播毒風險。
到3月8日，負責管理的保安局表示會提供四款含蔬菜和肉類膳食，洗手間內已添置消毒洗手液和加強清潔，形容會“以小區及人性化管理，主動了解入住人士需求”。
不過方艙醫院對難以自理的長者而言，卻是難以適應。前黃大仙區議員張茂清在社交媒體上公開分享一名患糖尿病的婆婆坐在房門外一人痛哭，她說自己一個人甚麼都不懂，包括快速測試，而電話也沒有拍照功能。該名街坊其後走出房外安慰婆婆。而她表示自己居住的大廈被圍封強檢後，因自己檢測結果呈陽性，而被送往方艙醫院。不過期間一直不知自己會被帶到哪兒，也不能自行選擇地點。最後她呈陰性後，再等多一天才能回家，希望可以照顧同樣染疫，並智力有障礙的兒子。
亦有網民分享海外例子，其中韓國的隔離設施有豪華大雙人床，並享有大海景景觀。而一日三餐的膳食亦非常豐富，賣相精緻。網民大嘆香港的待遇難以比下去。
違反檢疫令事件

3月19日起，港府宣布外地回港人士需接受強制家居檢疫14天，但不少市民發現在各區都出現疑似違反檢疫令的人士。3月23日晚上10時許，有一名戴有藍色電子手帶的13歲女子與一名男子於到沙田石門吉豚屋餐廳用膳，女子離開時更沒有戴口罩，鄰座食客發現有人戴手帶，立即報警並舉機拍攝。警方隨後在香港沙田萬怡酒店尋回該名女子，這名違反檢疫令的女子被送往火炭駿洋邨的檢疫中心檢疫。吉豚屋事發後將二人曾使用的餐具及餐牌全數丟棄，並暫停營業一天，進行全面消毒清潔。
政府官員反應遲緩

香港政府在處理疫情比澳門遲緩，亦比中國内地遲緩。中國内地則有傳媒稱香港初期的行動十分遲緩。
1月21日，香港政府規定由武漢抵港的飛機航班乘客今日起必須填寫健康申報表，但廣深港高鐵抵港乘客不需健康申報，署理行政長官張建宗以如果所有人都要檢測會造成人多聚集，空氣不清新，人多就更容易感染為由，因此不安排高鐵乘客填寫健康申報溫。衞生署署長陳漢儀解釋是考慮到陸路口岸的操作情況，而高鐵口岸已增加手提儀器探測體溫。惟當晚即有一名高鐵乘客抵港後高度懷疑感染新型冠狀病毒。23日張建宗改口稱乘搭高鐵抵港的旅客須填寫健康申報表。醫學界立法會議員陳沛然批評香港政府朝令夕改，張建宗拒絕讓高鐵旅客填寫健康申報表後隨即改變做法，導致訊息混亂。
政府官員反應遲緩 > 疫情受控爭議論

2020年2月19日，政務司司長張建宗在立法會特別會議指「疫情已受到控制，希望市民包容政府」。有關言論被傳染病專家批評。香港大學感染及傳染病中心總監何栢良在一個電台節目表示至少要連續14天零感染個案出現，才勉強稱疫情「穩定」。到一日後，張建宗透過辦公室出稿解釋目前疫情「受嚴密監控」，政府會因時制宜推出措施。
政府官員反應遲緩 > 林鄭借疫情為建制助選

2020年2月22日，行政長官林鄭月娥公開一份給中央政府的抗疫工作報告。報告指「自己失敗了」，連建制派也沒有和她站在同一陣線。報告明言，現在是2020年香港立法會選舉前「難得可扭轉形勢的契機」，希望藉「處理疫情」贏取市民認同，為建制派造」。林鄭月娥指自己「死不悔改」，仍然奢望借疫情來翻本，是「食人血饅頭」。一名未具名的建制派議員批評林鄭「無得救」。報告公開後，行政長官辦公室一直未有回應。直到10日後，林鄭月娥才指「跟中央政府有文書來往」，並承認此報告的存在。前特首辦新聞統籌專員何安達指，這份報告真確，特首辦會很快回應。而這類文件屬高度機密，流出的機會性很低。時事評論員王慧麟指，此報告反映港府眼中，抗疫要和政治高度結合。但其政治研判水平，比中學生KOL還要差。
政府官員反應遲緩 > 待檢疫女子家中離世 政府：做了很多工作回應

2020年12月19日，一名在大圍美林邨居住的62歲女子在家中單獨等候送往檢疫中心期間離世，死者女兒批評是政府行政失當，當局一直沒有聯絡她們和讓媽媽自行去醫院檢測下，最終導致媽媽死亡。她的妹妹也指當局沒有向家屬交代事件經過。而食物及衞生局局長陳肇始到黃大仙彩雲邨視察流動採樣站後，被記者問及政府有否行政失當和是否會道歉，她表示衞生署已經做了很多工作，之後無再回應。
政府官員反應遲緩 > 抗疫工作失敗導致新冠疫情惡化震動中央

2022年2月開始，香港的新冠疫情急劇惡化，在2月14日更錄得單日確診超過2000宗。2月15日，中共總書記習近平下令特區政府要負起主體責任，把穩控疫情作為壓倒一切的任務，又委託主管港澳事務的中共政治局常委韓正向行政長官林鄭月娥轉達高度關注。
防護裝備不公平爭議

2020年2月11日，政府決定青衣長康邨康美樓因有住戶出現病徵而緊急疏散。而網民從新聞直播片段發現，到場警員換上高規格的全套PPE防護裝備，反而運送懷疑或確診個案病人的救護員，只配備較低規格的藍色保護衣。醫管局早前也表示醫院防護物資不足，欠缺PPE裝備。而醫院內的醫護人員更出現限用口罩的情況。網民質疑警察得到的裝備比多數醫護人員更高規格，相當浪費。
政府官方社交平台「添馬台」表示警方是「一直持續全力支援醫護衛生部門」，不應單憑一兩張相便質疑警方。
此外，有房屋署的外判員工透露，當進入康美樓檢查時，署方只提供貌似雨衣的透明「保護衣」和非防水、非密封的鞋套，認為裝備不合規格。而房署表示已經跟從食環署指引，為員工提供足夠裝備。
2020年3月，有中學文憑試准考生反映從考評局領取一批來自俄羅斯的口罩很薄，擔心規格有問題。教協理事張銳輝表示教育局有責任保證口罩合乎規格和安全。有校長更拒絕交給文憑試准考生，並要求教育局和物流署公布更多採購口罩資料。教育局稱無收到學校對口罩的投訴。
資訊發佈爭議

2月27日晚上，網上流傳涉及近6,000幢大廈地址的「正在接受強制家居檢疫人士所居住的大廈名單」。在媒體關注後，衛生防護中心到2月28日才正式公布。而食衞局局長陳肇始在同日的記者會拒評名單真偽，解釋官方未有公布，要需時整理。而衞生防護中心傳染病處主任張竹君表示每位市民都應做好個人衞生，「唔應該靠政府」；再被記者問是否認為「市民不需要這份名單」時，她回應「個人覺得係囉」。
要求童軍總會協助

2020年2月8日，香港童軍總會管理層早上向部分童軍領袖發信息，表示民政事務局緊急要求童軍人員協助防疫工作。有童軍領袖表示屬自願性質，但沒有接受過高級別的防護訓練，加上防護裝備不足，意外保險保障也不足夠。估計是政府無法在公務員體系找到足夠人手，才向童軍招手。民政事務局證實事件，希望能「本著共同目標，齊心抗疫。」
佩戴口罩爭議

2020年1月23日，當衞生署署長陳漢儀被記者問及她在公眾場合有咳嗽而不戴口罩時，陳漢儀指在普通社交場合是不需要戴口罩。有傳媒質疑陳漢儀的說法與《禁止蒙面規例》的司法覆核案件有關，林鄭月娥否認有關說法。
1月25日，港大公共衛生醫學講座教授梁卓偉回應為何他及其他官員不戴口罩出席記者會表示，因為「戴著口罩便無法說話」。由於言論涉及公共衛生的基本常識，引起廣泛爭議，梁卓偉其後在院方社交網站專頁致歉。
2月4日早上，行政長官林鄭月娥在行政會議前會見傳媒，表示已向政府內部發出指引。除患病、在前線或人多聚集地方工作外，所有官員均不准佩戴口罩，以減少口罩用量，更希望傳媒也跟隨這個標準。有關言論惹起多名前線、文職公務員不滿。而行政長官辦公室在同日下午出稿澄清，政府沒有要求同事不可配戴口罩。
不合作運動

2020年1月25日，立法會議員鄭松泰表示收到醫護人員控訴，指遭到病人襲擊，該病人更扯掉護士的口罩，威脅傳染病菌並嘗試逃離隔離病房。威爾斯醫院澄清指該病人並非2019冠狀病毒病患者，而是於深切治療病房因出現譫妄症而企圖爬離病床。
2020年1月27日，一名來自廣東開平有發燒徵狀的男病人，因拒絕轉換病房，大鬧瑪嘉烈醫院，更一度除下口罩躺在的走廊。
1月27日晚上，8名湖北人因不滿在香港機場被拒入境，大鬧機場，當中有人情緒十分激動，不斷揮動雙手，又喊「太欺負人了！」
1月30日，衛生署衛生防護中心傳染病處主任張竹君指出，由於兩名在1月29日確診的武漢夫婦（第9及第10名確診患者）並不合作，因此未能得知他們在港期間，確實到過甚麼地方。
同日，第12名確診的患者（75歲男子），涉嫌隱瞞曾於2019年12月30日至2020年1月7日到訪廣東順德並在當地一間診所求醫，他被安排住在瑪嘉烈醫院普通內科病房7日，令同房的醫護及病人承受染病風險。
1月30日下午，一名居住於調景嶺都會駅的79歲香港男子，到將軍澳醫院急症室求醫，由於他發燒及報稱近期曾到訪湖南，遂安排他到負壓病房隔離及接受進一步檢查，但他在等候照X光期間擅自離開。院方已向衞生防護中心通報及報警求助。
2020年2月4日，第16名確診患者的兒子涉嫌隱瞞曾到訪深圳，因此患者被安排入伊利沙伯醫院普通病房接受治療，令至少6名醫護人員曾與患者接觸出現相關病徵。
2月8日，強制檢疫生效，所有從內地抵港人士必須強制檢疫14天，期間不可離開居所，但截至2月17日，共有4名受強制檢疫的香港居民企圖經港珠澳大橋及深圳灣口岸離港而被入境事務處截獲，之後被衞生署送到檢疫營，衞生署對其中2名人士向法庭申請傳票。
2月17日，香港警務處處長鄧炳強及警方高層有自拍片段流出，警方領導層在2019冠狀病毒病疫情期間忽視衛生署及衛生防護中心發布要注意個人衛生及避免聚餐等呼籲，香港警察領導層仍然與演藝界人士在酒樓的包房聚餐，期間與演藝界人士搭膊頭、蹺手和擁抱等接觸，而且沒有戴口罩，更有人違法在食肆室內吸煙。鄧炳強在台上攬著曾志偉稱自己不懂得做警察，他是學成龍的，又稱自己願意為在場的演藝界人士赴湯蹈火。議員及社會人士均批評警方領導層帶頭立壞榜樣，縱容違法在室內吸煙，而且學成龍做警察，及自稱會為藝員赴湯蹈火，是警方自我損害公正執法的形象。
2020年2月20日，一名68歲的鑽石公主號郵輪男乘客，從日本乘坐政府包機由日本回港。2月21日他自行量度體溫時已發現有發燒達攝氏38.2度，並曾服退燒藥，但他未有跟指引向醫護通報。他最後於2月23日確診2019冠狀病毒病，成為香港第71名確診患者，亦是首名從鑽石公主號返港後確診的港人。
2月25日，深水埗黃金電腦商場47B「火器純味電子煙」店舖一職員，因涉嫌違反《預防及控制疾病條例》被被警方及衛生署人員帶走扣押。他於2月24日從內地回港，未有留家隔離14天，於2月25日返回店舖。
2月27日，有一名在香港留院隔離病房的患者在內地的「小紅書」網站以簡體中文發文，抱怨指摘醫生只將男友送來的流動電池放在緩衝區，沒有直接送入病房給她，她致電護士總機又按護士鈴，最後逼使醫生「黑着臉」將物品拿入病房給她。醫護指將病人物品放於「緩衝區」是慣常做法，讓醫護集齊派餐、探熱等工作才一次過進入病房，以減少與病人接觸時間及節省裝備。事主做法使人質疑她為了充電而浪費防護衣物。
3月26日，一名隸屬深水埗警區軍裝巡邏小隊的22歲鄭姓女警（#428個案）確診感染新冠肺炎，醫管局公布她在明愛醫院求診時已有咳嗽，但在醫護多番勸喻下仍不肯戴口罩，致兩名抽血員要接受14日隔離檢疫，其後接受病毒測試呈陰性，需要入住檢疫中心。醫管局稱女警的行為增加醫護及其他病人染病風險。護協批評該女警缺德，身為執法者應「知什麼是紀律」。該女警居於荔枝角道19號，在14天潛伏期內，她曾到過11個地方，包括牡丹大廈、青衣城、始創中心、文遜大廈、奧海城二期、荃新天地一期、荷李活商業中心、瓊華中心、深水埗警署、All Night Long酒吧及警察新界南總區總部。
3月28日晚上，媒體拍攝到食環署人員和大批警員尖沙嘴諾士佛臺一帶酒吧巡查期間，酒吧職員在入口為巡查人員逐一檢查體溫後，才可進入酒吧，不過輪到警員時，職員未有為他們量度體溫，直接讓他們內進。
2020年12月18日，伊利沙伯醫院一名63歲男子李運強（第7379宗确诊個案）擅自離開醫院，至今仍未尋回，他逃離前一日曾離開過病室，经医护劝导后返回。他在住院期间曾有多次不合作情况，包括在常规检查时，需要医护人员多次劝说解释才配合。香港医管局称，病室及病房都有自动双门连锁装置，并设有中央监视装置，李运强或因“动作太快冲了出去”逃离医院。19日晚，警方发文表示正協助追尋，並已通緝該男病人。醫管局负责人还稱，他離開時有戴口罩，公眾或醫護亦有戴口罩或合適防護裝備，相信感染風險不高，但不清楚他經過什麼地方。警方及後於20日晚上11時許在旺角尋回李運強，凌晨12時許將他送回伊利沙伯醫院。據了解，李運強的案件交由警方借調到衛生署的人員跟進，人員已初步查問，然而他拒絕合作，拒交代過去3日曾逗留地點及接觸何人。有消息称，李運強將在伊利沙伯醫院留醫至1月18日，警方將在他出院時正式進行拘捕，並在徵詢法律意見後，決定是否落案起訴。12月24日，李運強被解至九龍城裁判法院，控以「任何人不得使他人蒙受感染的危險」罪，獲准保釋至2021年2月5日再訊。他被捕後表示，他因為害怕打針和接受診治而逃走。
有關醫院管理的爭議

1月25日，醫管局承認一名曾在屯門醫院求醫的確診患者曾4個小時停留在非負壓病房，指安排不當，有機會對醫院內人士造成影響，向公眾致歉。最少12人需要因此接受醫學觀察。
1月26日，有學護於社交網站投訴需要「抽生死籤」到高危的隔離病房工作。醫管局發言人回應指學護已接受相關的培訓，亦不會於高風險的病區工作。
1月31日，將軍澳醫院及靈實醫院行政總監劉業添在靈實醫院員工座談會上，向前線醫護表示「人終歸都係一樣(死)，只係遲早，只要記住初心……」向醫護作鼓勵，引起全場嘩然，認為總監說話薄涼，輕視醫護人員的生命安危。
2月3日，醫學院內科及藥物治療學系心臟科副教授兼威爾斯醫院心臟超聲波實驗室主管李沛威回應醫護界就控制疫情要求政府封關罷工行動，在Facebook上載圖片，呼籲參與罷工的人「記得戴上白絲帶，好讓我記住你的名字和所作的事」（Remember to wear your white ribbon so I can remember your name and what you did），言論疑似在恐嚇參與罷工的醫護人員。醫管局員工陣線發言人其後回應，這是公然打壓，不應該出自任何一個醫管局的管理層或有下屬的上司。
2月13日，屯門富泰區議員何國豪接獲屯門醫院護士投訴，表示宿舍環境惡劣，多年來沒有人打理。如地面有大量污迹、牀褥，枱面和地墊佈滿灰塵和黑色污迹，而水龍頭更充滿鏽屑，開出來的都是鏽水。有護士表示「坐監都無咁差」。屯門醫院發言人回覆稱，對臨時員工宿舍的狀況欠佳深感抱歉，安排了未完成大清潔的房間予員工使用，表示已經聯絡相關同事更換房間。
3月21日，瑪麗醫院化驗室測試7個來自亞洲國際博覽館的入境人士樣本，其後在凌晨覆檢有關樣本後，才發現4名入境人士的樣本覆檢結果，與昨晚的初步報告不一致。醫管局承認樣本在化驗過程中被錯誤對調。表示已即時通報衞生防護中心, 安排兩人送院接受隔離治療。
高危確診者缺乏支援不治

2022年初第五波染疫死亡人數連日攀升，事主女婿控訴政府只顧花資源「動態清零」，對高危確診者缺乏支援，認為外母並非死於新型冠狀病毒，而是求醫無門。他質疑有多少人因入院無期致死，促請政府公布死亡個案詳情。九龍區醫護稱，目前醫院缺乏人手，無法照顧病人飲水。有人入病房後因缺水而導致急性腎衰竭，血糖血壓全部超級差。更試過無醫護及時發現病人而心臟病發，量度血壓時才知悉病人已經離世。
到2022年3月16日，有4名來自安老院舍的長者送往亞洲國際博覽館後，先後被發現昏迷，送院後證實不治。有亞博職員揭露館內每日都有大量患者需要緊急送院，有陷入昏迷，呼吸、心跳停頓的病人更需要等候超過30分鐘才能有救護車接送，形容每天都有無助情況出現，如「人間地獄」。加上亞博分館由醫管局及社署管理，有部分場館只有床位，並沒有醫療設備，以及欠缺護理員下，結果沒有自理能力的長者並無設備和人手支援。而病人家屬表示親人入住後全無音訊。
要求內地醫護協助

2020年7月中起，多個建制派政黨及親建制傳媒，提出向中央政府尋求協助抗疫。
2020年7月10日，工聯會建議內地可派醫療隊伍到香港進行檢測工作。
2020年7月23日，醫學會會長蔡堅表示，公立醫院醫生一直以英文書寫病歷、認為大陸醫護寫簡體字和說普通話，會難以合作。同日香港護士協會亦發聲明，指國內醫護人員來港不符合本港法例和專業守則。
2020年7月24日，醫學會傳染病顧問委員會主席梁子超接受香港親中報章《文匯報》時表示，若本港醫療系統「爆煲」，內地醫護人員可暫時來港協助，包括將部分病人送往深圳進行隔離和治療，不應該該將「內地醫護」拒於千里之外。有關言論引起不少爭議，香港醫學會發出聲明，指相關報道的言論與內容，純屬個人言論，並未經過會董討論，不代表醫學會立場。到7月25日中午，民建聯及工聯會約見中聯辦副主任何靖，要求中央支援香港，包括興建方艙醫院、協助本港私營醫療機構與內地檢測機構合作、儘快落實健康碼等。麥美娟表示大陸醫護來港不會違法，而中國曾派出醫療隊協助到海外抗疫，指市民應放下政治偏見和行業保護主義。
其後，《香港商報》引述消息稱，特首林鄭月娥已向中央求助，若香港疫情惡化，緊急調動內地醫務來港協助，更指上海等地方的醫務人員已經接到指令。7月26日，林鄭月娥撰文批評「一些別有用心的人又藉此散播謠言，說什麼有內地醫療團隊到香港的公營醫院提供診治服務，或把港人的基因樣本送回內地等」，認為是抹黑中央和破壞特區和中央的關係。7月27日，中聯辦發言人指，將隨時應特區政府請求，提供一切必要支持。同時批評少數人不顧及市民安危，提出「毫無底線造謠」及對內地醫護充滿偏見。
2020年7月31日，港澳辦發表聲明，中央政府應港府的請求，派遣內地檢測人員赴香港協助開展大規模核酸檢測篩查，幫助香港加快建設臨時隔離及治療中心，以盡快控制疫情。
2020年8月1日，行政長官林鄭月娥和政務司司長張建宗指臨時醫院由內地政府有份派員協助興建，更把中國常用的名稱「方艙醫院」用作稱呼此臨時治療設施。其中《中國日報》海外版宣稱該設施是「中央政府負責參與設計及營運」。而彭博通訊社，以「中國幫助香港建臨時醫院（China to Help Hong Kong Build Mobile Hospital）」作為標題，引起不少網民在Bloomberg Asia的Facebook專頁留言表達不滿，批評報道誤導。其後醫院管理局發布新聞稿澄清，位於亞博館的社區治療設施，是由醫管局負責籌劃建設，所需物資均由各公立醫院調配或採購；亞博館負責提供場地及搭建設施配套，在雙方團隊努力下，數天內完成安裝。黃埔區區議員鄺葆賢呼籲市民不應將該處名為「方艙醫院」，而是「社區治療設施」。
2020年8月2日下午，6男1女的內地核酸檢測先遣隊隊員抵港，到達九龍維景酒店入住，協助開展實驗室工作。其後多次到大埔的華大基因化驗所進行考察，但沒有回應工作進展。
8月6日，「內地核酸檢測支援隊」隊長、廣東衛健委的余德文到港，而民主派區議員到九龍維景酒店外抗議，不滿政府委託中資公司為市民檢測。認為是借病毒檢測為由，背後是收集港人基因監測。醫委會病人組織業外委員林志釉就批評政府至今沒有公開支援隊的行程和隊員資歷，引起市民懷疑。
8月7日，政府交代「普及檢測」計劃，委任三間中國國家檢測機構提供檢測服務，記者會背景圖片顯示「中央全力支持　特區同心抗疫」。而特首林鄭月娥稱這是「中央給予我們的支援」，同時指市民不應該經常用陰謀論看待，作出故意詆毀、抹黑和製造矛盾的行為，更不應該破壞中央和特區關係。在問答環節時，更用了3分鐘花闡述中央對香港的支持、認為港人應該感受到中央的關愛，來回應中央廣播電視台的記者問題。
2022年3月，政府向中央請求將北大嶼山醫院感染控制中心和亞洲國際博覽館派出內地醫療團隊支援。
沒有招標下 委託受爭議的化驗所作病毒檢測

2020年7月中，政府在沒有招標的情況下，向「中龍檢驗認證」、「華昇診斷中心」及「Prenetics」提供檢測合約。不過「中龍檢驗認證」被人揭發，該公司未有列入政府認可提供檢測的醫療機構列表，在醫務化驗師管理委員會網頁中，2019年「經營從事醫務化驗師專業業務的公司名單」公司名單上也沒有中龍或中國檢驗。另一化驗所「華昇診斷中心」的母公司「華大基因」，因其機構「新疆絲路華大基因科技」被指在新疆強取當地人基因，遭美國商務部列入黑名單。與此同時，華昇董事華壽恩曾任DR實驗室總監，曾在2012年DR醫學美容集團誤殺案中作供，案發時他是DR集團旗下實驗室總監。事件引起公眾關注。香港電台以每個樣本檢測收費300多元起推算，為高風險群組約50萬人進行病毒檢測，3間化驗所至少可收取1.5億元。
其中「中龍檢驗認證」已經在慈雲山推行全民檢測。到8月6日擴大到黃大仙、觀塘、屯門及油尖旺46座樓宇，約8.6萬名居民，透過派發咽拭子採樣套裝進行檢測。
8月4日中午，十多名於大埔太平工業園工作的人士和到場聲援的大埔區議員，反對華大基因在該大廈興建火眼實驗室。有員工因其身份證放在辦公室內，當他們請求警察准許，希望能返回辦公室取回身份證時，卻被拒絕，督察以「唔洗拗喇，總之你哋全部票控」回應。警察將他們帶走上警車送往大埔警署；區議員則被票控限聚令。區議員事後表示，警方曾表示不會阻撓和平示威，但最後警員封鎖現場。
民政事務署表示，為政府提供檢測的化驗所須符合本地法例，但沒有回應為何政府仍選擇「中龍檢驗認證」提供檢測服務。而多名區議員均對計劃表示憂慮，指決策完全沒有諮詢區議會，質疑當中涉及利益輸送，無法令市民安心。屯門區議員何國豪認為政府採用華大，惹來「DNA 送中」的憂慮。觀塘區議會主席蔡澤鴻指，政府應該交代會如何處理市民資料。同時質疑為何要委派國內機構負責，不選用香港本地機構。
中國華大基因檢測接連出錯

中國華大基因是香港2019冠狀病毒檢測服務的主要承辦商，但檢測接連出現問題，包括出現假陽性或假陰性結果，造成假陽性者無辜入院，其密切接觸者亦被送往檢疫中心。對此，行政長官林鄭月娥表示特區政府會嚴肅處理，但她以擔心削弱香港整體抗疫能力為由，拒絕更換承辦商。
全民檢測爭議

政府為推行普及社區檢測計劃，在全港設置141個社區檢測中心。不過香港電台發現，超過一半檢測中心地點，與過去兩次立法會和區議會選舉的投票站位置相同。公民黨立法會議員郭家麒斥政府抹黑選舉是高風險活動，反問為何出席政府簡介會就沒有問題，認為政府「搬龍門」和「只許州官放火」。公務員事務局聶德權沒有回應，其後發言人在晚上近11時發聲明強調，檢測計劃不能與和選舉相提並論。而地區人士認為部分社區檢測中心位置不理想。如政府徵作九龍灣國際展貿中心展覽廳「匯星Star Hall」作檢測中心。有商戶表示從未收到商場方面通知，擔心會影響生意，也不滿政府及商場從未諮詢及通知商戶。而顧客表示商場是人流多的地方，加上也有辦公室，並不適合作檢測中心。麥花臣匯的居民也批評檢測中心位於基座麥花臣場館，指廁所的排氣抽氣通道和地庫垃圾房是與場館相連共用，擔心會傳染病毒。業主考慮根據大廈公契申請禁制令。
另外，政府於8月29日在11份中英文報章的頭版及內頁刊登「為己為人 參與檢測」廣告，涉及開支約258萬元。
為了推行全民檢測爭議，政府向醫管局借用呼吸器型的口罩（Nano Mask），公務員事務局長聶德權回應，因全民檢測計劃在短時間內要為醫護人員提供N95口罩，於是醫管局向政府借出N95口罩，政府會歸還。
全民強制檢測爭議

2022年2月22日，香港第5波新冠病毒疫情確診人數居高不下，過去一星期有5日錄得超過6千宗確診，累計確診超過41,000宗。特首林鄭月娥星期二傍晚公佈，將會在3月推行疫情持續超過兩年來，首次全民強制病毒檢測，當局將會按全香港市民的出生年份及身份證號碼，分批每人做3次強制病毒檢測。林鄭月娥強調，這次全民強檢有法律效力，不接受檢測會被罰款之類，她又表示，在中國支援下，將會大幅增加隔離檢疫設施，所有確診及初步確診者都要盡早隔離。有學者分析，很多香港市民質疑全民強制檢測的成效，強硬推行可能會引發社會不滿。
學者指全民強檢或引發社會不滿。
對於林鄭月娥宣佈推行全民強制檢測，香港民意研究所副行政總裁鍾劍華接受美國之音訪問表示，全民強檢在操作上有很多困難，加上很多香港市民質疑全民強制檢測的成效，強硬推行可能會引發社會不滿。
鍾劍華說：「我相信無論怎樣操作(全民強檢)，第一操作上都會好困難，第二你亦都要看到其實很多人對究竟這個檢測能夠產生甚麼效果，都是有很大疑問的，即是純粹全民檢測就沒有治療的效果的，你找到一些(受感染)的人出來，是不是全部送入禁閉設施呢﹖到時有多少禁閉設施可以用到﹖再加上現在慢慢香港人都清楚知道這個病、(Omicron)這個病毒本身很多人都可以其實透過喝多點水、在家裡休息幾日就會康復，用到這種手法(全民強檢)會令到香港市民更加反感，而且那個 "作秀"意味實在太重了，我覺得，很多人未必配合，甚至會有些抵觸，我覺得到時只會令到政府在執行上更加困難。」他表示，過去兩日香港已經錄得接近14,000宗確診個案，實行全民強檢的時候，可能10日內已經發現幾萬個感染者，新興建的隔離設施可能立即爆滿，他質疑根本不可能有足夠的隔離設施配合全民強檢。
保險中介籲內地人來港

1月26日，保誠保險一名理財顧問（微信名稱為「任煒書 Winson 保誠(香港)」）呼籲湖北人來港躲藏及跟他買保險，引起關注，保誠即日終止這名理財顧問的代理合約。因为这名理財顧問此舉涉嫌違反保監局對跨境銷售的相關規定，嚴重者可被停牌。
1月27日醫管局質素及安全總監鍾健禮宣佈非香港居民若染上2019冠狀病毒病，隔離醫療費用全免，之後，網上多名香港保險公司中介在內地網上平台發文，呼籲內地居民「不要擔心醫療費，有不舒服盡快(來港)就醫」，討論引起市民憤怒，炮轟該些中介為做生意失去良心。
強制外傭檢測及接種疫苗爭議

参见：香港外籍家庭傭工
2021年4月30日，因應有兩名外籍家庭傭工確診變種新冠病毒，政府宣布全港37萬名外傭需要在5月9日之前接受病毒檢測，但如果外傭已注射兩劑疫苗，至今已相隔最少14日，就可獲豁免。政府又表示將會要求外傭續約前需先注射認可疫苗。香港亞洲家務工工會聯會批評強制外傭檢測是歧視政策，又認為並非所有外傭適合接種疫苗。菲律賓外長洛欽表示支持總領事的言論，質疑港府強制外傭接種疫苗有歧視成份。
2021年5月9日，平等機會委員會主席朱敏健在Now新聞節目《大鳴大放》表示，外傭或因健康理由等而無法打針，政府需提供接種疫苗以外的替代方案，否則措施容易受司法挑戰。
2021年5月11日，行政長官林鄭月娥宣布不會強制外傭簽新約或續約時強制接種疫苗，但全港近34萬未注射疫苗的外傭需再做新一輪強制檢測。
警方執法爭議

2020年2月4日晚上，天水圍天瑞邨有人群聚集，抗議港府未有封閉較接近天水圍的深圳灣口岸，但結果演變成警民衝突。當晚約10時，一眾防暴警員於天瑞邨集結，向街坊、記者作出搜身甚至拘捕，當中大量前線警員不斷主動衝向人群，施放胡椒噴霧，又以催淚彈、橡膠子彈等公然在住宅範圍對市民施放。多名議員及急救員協助途人離開時，一名警員捉住元朗區議員伍健偉並對其眼部噴射胡椒噴霧，其後身體亦多處受傷，需要送院治理。明報記者一度被警員截查及以胡椒噴霧指向。
2020年2月27日傍晚，有一批樂富居民自發在樂富站出口派發酒精搓手液和消毒噴霧，要先打一眾高官小人。不過開檔不足10分鐘已經有警員到場，其中一名軍裝警員更帶同警犬到場，大聲呼喝在場市民「再嘈就咬你哋！」。有警員截查年輕人，其後獲得放行。而「香城公民媒體」記者正直播採訪期間，突然被防暴警員截查，並搶去記者電話。之後以「你揮手襲擊警察點算呀」和「唔好講咁多」等說話對待記者。
2020年3月31日晚上，警方在旺角、太子拘捕54名市民，事後旺角東區議員林兆彬發現，有被捕人士進入警署後，警員聲稱作為證物為由，將他們佩戴的外科口罩沒收，其後派發極薄的口罩供他們使用，防疫效果成疑。有被捕人士的家屬批評警方無準則，連基本人權都沒有。林兆彬已經提交動議到油尖旺區議會，要求警方解釋為何沒收被捕人士口罩，交代警方為被捕人士提供的口罩規格和公開承諾為被捕人士提供合規格口罩。警方其後在facebook發帖文，表示過往曾發生被羈留人士利用口罩內的鐵線作自殘行為，故採用兩層結構及沒有鐵線的口罩。稱日後會為被羈留者提供由懲教工業生產的口罩。
2020年9月5日傍晚，有市民目擊一名男子在油麻地砵蘭街文明里休憩處用膳期間，被3名警員上前勸喻。男子不斷詢問警員「公園吃飯是不可以嗎?」隨後警員以「係呀！而家我係話唔食得嘢！」回應。而女警要求該男子戴口罩，否則票控。警員更一度威脅以「醉酒鬧事」罪名拘捕該男子，最後截查隨身物品及抄低身份證後便放行。
2022年3月8日一名53歲牙醫涉在西九龍法院外送囚車時被警方票控「限聚令」。她否認一項「參與受禁羣組聚集」，案件在2023年8月底經聆訊後，暫委裁判官郭子丰指雖然有一致行為（奔跑追車、高舉手機燈等），但不能推論有共同目的，指情況有如 4 人各自在馬路前等紅綠燈，待轉燈時前行，分別與各自的朋友會合。而沒有跡象顯示「追車」人士認識對方，不能排除屬偶遇，裁定傳票控罪罪名不成立。
2023年2月初，47人初選案開審，社民連主席陳寶瑩、外務副主席周嘉發及成員曾健成，當日在西九龍裁判法院外拉橫額示威，周被指使用咪高峰時，拉下口罩約5秒而被票控違反口罩令。周否認傳票控罪，到同年10月20日，裁判官余俊翔裁定他罪成，罰款一萬元，兼付 500 元堂費。裁判官指，本案議題並非拉下口罩的時間長短，周案發時身處公眾地方，按規例須一直戴口罩。而他陳詞稱咪高峰未能正常運作，故拉下口罩令更多人聽見發言，但本案沒相關證供支持，其解釋不構成合理辯解。周對裁決結果感到無奈，原本罰款只需 5,000 元，但因上庭抗辯而另外被罰 5,000 元，合共一萬元，將再與法律團隊研究判詞，決定會否上訴。他亦批評，本案反映政府執法雙重標準，相當滑稽，形容自己因拉下口罩 5 秒被罰一萬元，相當於每秒罰 2,000 元，但事發前特首李家超等官員，在七人欖球賽期間到場「載歌載舞」，與市民合照，均沒有戴口罩。
限聚令爭議 > 限聚令人數無科學基礎

特區行政長官林鄭月娥在2020年3月27日公佈，3月28日清晨將香港法例第599G章《預防及控制疾病（禁止羣組聚集）規例》刊憲（有關《規例》亦被稱為「限聚令」），其中包括禁止4人以上的聚集，但在記者會上被問到為何限制4人以上而非其他人數，卻指「事實上係無咩科學基礎（事實上是沒什麽科學基礎）」。