臺南縣 (日治時期)
沿革 > 臺南縣時期 > 三縣三廳 (1898年6月)

明治卅一年（1898年）6月28日，六縣三廳整併回「三縣三廳」，嘉義縣（今嘉義縣市部分）與鳳山縣併回臺南縣；原台南縣的辨務署整併為臺南、大穆降、蕃薯藔等3處辨務署，原嘉義縣整併為蔴荳、店仔口、嘉義、打貓、鹽水港、樸仔腳等6處辨務署，原鳳山縣整併為鳳山、阿公店、阿猴、潮州庄、東港、恆春等6處辨務署，此時台南縣共有15處辨務署。1898年7月9日，臺南縣設立各辨務支署。
臺南辨務署
安平支署
外宮後街支署
大東門街支署
大目降辨務署
關帝廟支署
新市街支署
灣裡支署
蕃薯藔辨務署
蔴荳辨務署
蕭壠支署
林鳳營支署
藔仔廍支署
店仔口辨務署
上茄苳支署
嘉義辨務署
水堀頭支署
鹽水港辨務署
新營庄支署
打貓辨務署
新港支署
大莆林支署
樸仔腳辨務署
東石港支署
鳳山辨務署
打狗支署
阿公店辨務署
大湖支署
阿猴辨務署
潮州庄辨務署
東港辨務署
枋藔支署
恆春辨務署
1899年4月8日，嘉義辨務署增設「中埔、梅仔坑支署」，潮州庄辨務署增設「內埔、萬丹支署」，阿猴辨務署增設「阿里港支署」，蕃薯藔辨務署增設「噍吧哖支署」，蔴荳辨務署增設「六甲支署」，並裁撤林鳳營、藔仔廍支署；同年7月20日，店仔口辨務署增設「竹仔門、果毅後支署」，嘉義辨務署增設「竹頭崎街支署」，並裁撤中埔支署；同年11月5日，嘉義辨務署增設「竹頭崎庄支署」。
1900年4月1日，由於辨務署整併，被裁撤的打貓、樸仔腳、店仔口、阿公店、潮州庄辨務署改為支署，原打貓辨務署梅仔坑、新港支署改隸嘉義辨務署，原樸仔腳辨務署東石港支署改隸嘉義辨務署，原店仔口辨務署上茄苳、竹仔門、果毅後支署改隸鹽水港辨務署，原阿公店辨務署大湖支署改隸鳳山支署，原潮州庄辨務署內埔、萬丹支署改隸阿猴辨務署，噍吧哖支署改隸大目降辨務署，此時臺南廳共有10處辨務署；同年7月3日，由於竹崎頭庄地區治安趨穩，但其支署的地理位置不便，因此將竹頭崎庄支署遷至中埔庄，並改為「中埔支署」；同年9月26日，因為大東門街支署的行政中心位在該行政中心西端，導致行政運作不便，因此將支署遷至車路墘庄，並改為「車路墘支署」。
1901年4月5日，裁撤鳳山辨務署大湖支署、嘉義辨務署竹頭崎街支署、鹽水港辨務署竹仔門、果毅後、上茄苳支署，新設蕃薯藔辨務署山杉林支署、鹽水港支辨務署前大埔、北門嶼支署。明治卅四年（1901年）5月10日，恆春辨務署自臺南縣分出為恆春廳，全臺變成「三縣四廳」。1901年7月18日公告的臺南縣行政區劃如下：
嘉義辨務署
直轄：管轄嘉義東區、嘉義西區、嘉義南區、嘉義北區、山仔頂區、臺斗坑區、鹿蔴產區、竹頭崎區、部分柴頭港區
水堀頭支署：管轄水堀頭區、部分柴頭港區
中埔支署：管轄番仔路區、中埔區、白芒埔區、後大埔區
梅仔坑支署：管轄梅仔坑區、大坪區
打貓支署：管轄大崎腳區、崙仔頂區、打貓區、雙溪口區、牛稠山區
大莆林支署：管轄內林區、中林區、大莆林區
新港支署：管轄新港區、大潭區、月眉潭區
樸仔腳支署：管轄樸仔腳區、大槺榔區、灣內區、六腳佃區、鴨母藔區、布袋嘴區、港墘區、後潭區、鹿仔草區
東石港支署：管轄鰲鼓區、東石港區
鹽水港辨務署
直轄：管轄鹽水港區、舊營區、岸內區、安溪藔區、番仔藔區、海豐厝區、後菁藔區、南勢竹區、頂潭區、頭竹圍區、東後藔區
新營庄支署：管轄新營區、查畝營區、鐵線橋區、部分果毅後區
前大埔支署：管轄果毅後區（山豬陷庄、占山庄、望仔埔庄、、烏湖庄、二重溪庄、海豐厝庄）、前大埔區
店仔口支署：管轄番社區、糞箕湖區、店仔口區、番仔區、溪洲區
北門嶼支署：管轄學甲區、中洲區、北門嶼區、頂溪洲區
蔴荳辨務署
直轄：管轄蔴荳區、藔仔廍區、崁仔區、子良廟區、茅港尾東區、茅港尾西區、佳里興區
六甲支署：管轄六甲區、官佃區、石仔瀨區、口宵里區、九重橋區
蕭壠支署：管轄漚汪區、青鯤鯓區、蕭壠區、下營區、西港仔區、劉厝區、學甲藔區
大目降辨務署
直轄：管轄大目降區、廣儲區、新化里西區、新市區、新化東區、北外新化區、南外新化區
灣裡支署：管轄安定里東區、灣裡區、善化里東區
噍吧哖支署：管轄內噍吧哖區、外噍吧哖區、內新化區
關帝廟支署：管轄內新豐區、關帝廟區、歸仁區、保西區
臺南辨務署
直轄：管轄臺南第一區、臺南第二區、臺南第三區、臺南第四區、長興區、永康區
安平支署：管轄臺南第五區、新鯤區的新昌里
外宮後街支署：管轄安平區、新鯤區（新昌里以外地區）、永寧區、外武定區
車路墘支署：管轄仁和區、文依區、崇德區、仁德區
鳳山辨務署
直轄：管轄鳳山區、七老爺區、大林蒲區、空地仔區、赤崁區、頂林仔邊區、中芸區、中庄區、井仔腳區、姑婆藔區、斥山區
打狗支署：管轄苓雅藔區、打狗區、港仔墘區、後勁區、左營區、埤仔頭區
阿公店支署：管轄考潭區、楠梓坑區、保舍甲區、援巢中區、五甲尾區、阿嗹區、一甲區、圍仔內區、大湖區、竹仔港區、阿公店區、梓官區、彌陀港區、仕隆區
蕃薯藔辨務署
直轄：蕃薯藔區、溪州區、水蛙潭區、四塊厝區、古亭坑區、中埔區、龍肚區、瀰濃區
山杉林支署：管轄溝坪區、山杉林區、阿里關區、荖濃區、月眉區
阿猴辨務署
直轄：管轄阿猴區、鹽埔區、老埤區、麟洛區、公館區、社皮區
內埔支署：管轄新東勢區、新北勢區、內埔區、二崙區
萬丹支署：管轄鳳山厝區、新庄仔區、萬丹區
阿里港支署：管轄九塊厝區、阿里港區、土庫區、中坛區、東振區、加蚋埔區
東港辨務署
直轄：管轄東港區、七塊厝區、林仔邊區區、茄苳腳區、餉潭區、新園區、仙公廟區、琉球區
潮州庄支署：管轄崁頂區、潮州區、萬巒區、佳佐區
枋藔支署：管轄枋藔區、水底藔區
1901年11月11日，三縣四廳改制為「二十廳」，臺南縣被裁撤，嘉義辨務署改為嘉義廳，鹽水港、蔴荳辨務署合併為鹽水港廳，臺南、大目降辨務署合併為臺南廳，鳳山辨務署改為鳳山廳，蕃薯藔辨務署改為蕃薯藔廳，阿猴、東港辨務署合併為阿猴廳。
| 清治時期 | 清治時期 | 1895年5月 | 1895年5月 | 1896年5月 | 1896年5月 | 1897年6月 | 1898年6月 | 1901年11月 |
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| 臺灣府 | 雲林縣 | 臺中縣 | 雲林支廳 | 臺中縣 | 雲林支廳 | 嘉義縣 | 臺中縣 | 斗六廳 |
| 臺南府 | 嘉義縣 | 臺南縣 | 嘉義支廳 | 臺南縣 | 嘉義支廳 | 嘉義縣 | 臺南縣 | 嘉義廳 |
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