2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議
其他爭議

2020年1月7日，公民黨立法會議員郭家麒認為，香港政府將「嚴重新型傳染性病原體呼吸系統病」列入法定須呈報傳染病，其中「嚴重」、「新型」無定義、無法執行，給予衛生署過大的權力，可隨意拘留任何他們認為有嚴重新型傳染病者，公共衛生亦需平衡人權，食衛局應盡力要求內地交代武漢肺炎是什麼，才將指定病毒加入法例，即使有人拒送院，也不能立法限制全港700萬人權利。
1月22日，香港大學感染及傳染病中心總監何柏良建議政府審時度勢，引用《緊急情況規例條例》對武漢發出黑色旅遊警示，保安局回覆外遊警示制度不包括中國内地、澳門及台灣。
1月24日，有市民在清晨拍攝到香港國際機場入境大堂體溫檢測的員工竟在睡覺。衞生防護中心傳染病處主任張竹君表示會提示前線員工做好體溫檢測工作。
2月1日，藝人鄭敬基揭發民建聯向市民派發的口罩不符規格，他開封發現該批口罩的風琴位向上，跟正常的不一樣。向曾任護士長的友人請教後，發現該批口罩屬次貨，事關風琴位向上，會儲了細菌在摺位，不宜使用。
2月5日，親中建制派工商界團體全港各區工商聯將15萬個口罩捐贈給湖北紅十字會，但湖北紅十字會本身已有透明度低、分配不均的劣評，而且當時香港口罩亦十分匱乏，賣口罩的地方都出現長長人龍，所以此舉遭到香港民眾非議。
2月7日，有網絡傳聞稱，一盒順豐貨物的紙盒上，寫有「香港警察捐贈口罩520個，520（我愛你）」，而下款為「海港sir」，票據上亦寫明「香港警察捐贈」，收件地址為武漢市江夏區第一人民醫院。有網民質疑是否有警員以警方名義贈送口罩到武漢，並懷疑是由懲教署工業組生產、主要供應政府部門的CSI口罩。後經確認是警員陳凱港（「海港sir」）所為，至於捐贈原因，他表示「疫情期間大家都缺口罩，但首先要保護勇敢逆行的醫護人員，只有保護了他們才能保護更多的人，因為能夠救治病患、控制疫情蔓延、研發對症藥品的人是他們」。警方對此表示，口罩是一名警員以個人身份購入的，而捐贈屬私人意願，警方已訓示該名警員，未經許可不得以警隊名義作出任何捐贈行為。
3月3日，中国大陆连锁培训机构学而思香港分校在脸书账号上发布一道带有“武汉肺炎”字样的数学题，随即引发争议。对此，香港学而思当天下午在官网首页发布致歉信，表示该题目“未规范引用病毒名称，且表达不够严肃”，校方第一时间下架相关内容。学而思北京总部同日决定辞退发表不当言论的香港分校员工，该校校长也被处以降级处分。
2020年7月設立國安公署時香港正爆發第三波2019冠狀病毒病疫情。日本共同社引述中國消息人士指，中央政府計劃派遣武警部隊以「觀察員」身份常駐香港，人數約200至300人。《立場新聞》引述時任民協副主席、深水埗區議會區議員何啟明的言論，他聲稱第三波疫情源頭來自從中國內地到港的國安人員及武警，「國安人員及武警是從疫情嚴峻的地方來港」，并要求國安人員來港先進行14日隔離檢疫。同時質疑衛生署是否掌握該批國安人員的健康狀況，例如體溫及病毒檢疫測試結果。不過，6-8月間中國大陸疫情一直趨於穩定，同期統計病例遠低於香港。但基於第599C章 《若干到港人士強制檢疫規例》，若來港的國安人員及武警，被认为屬於《規例》中「對政府事務運作屬必要」，因此可豁免14日隔离。
7月28日，行政會議成員葉國謙在香港電台節目《視點31》【疫情當前，選舉讓路?】討論環節中表示，7月1日市民遊行和民主派在7月15日及16日的初選是引爆香港第三波疫情的主因。同場的浸大政治及國際關係學系副教授陳家洛就批評葉的說法不夠科學、數據和責任，無視已有30多個碓診個案的中華輝煌會慶回歸群組及工聯會舉辦的大型飲食宴會。同日較早時間，食物及衞生局局長陳肇始於香港電台節目《千禧年代》改口稱，就疫情源頭或來自獲豁免檢疫者，專家已做了基因排序，已有「專家的實證」，定會嚴肅跟進。
10月15日，一名25歲印度領事館助理由印度新德里抵港，16日确诊。根據《外國地區到港人士強制檢疫規例》（第599E章），外國政府領事等人員可豁免檢疫；而根據衛生署規定，印度被列為高風險地區，所有从印度入境香港的人士都要在酒店檢疫14日。惟衞生署資料卻顯示他居於薄扶林花園6座，即代表他並未在酒店完成兩周檢疫。对此立法会議員葛珮帆就此事批评，认为政府應大力收緊或取消免檢疫措施，避免疫情再度惡化。10月19日，衛生防護中心證實該男子為駐港總領事館人員，惟並非屬於可獲豁免強制檢疫的級別。衛生署就檢疫安排有誤致歉，稱已提醒相關人員應謹慎處理豁免強制檢疫安排，避免同類情況再次出現。
11月9日，香港行政長官林鄭月娥下午前往澳門，出席翌日舉行的博鰲亞洲論壇國際科技與創新論壇首屆大會開幕式並致辭。有不少網民隨即在澳門日報貼文留言，質疑澳門政府曾稱無論任何人都不會豁免醫學觀察，就連大賽車車手來澳比賽都需要隔離，並稱商家弄VIP day 促銷活動，政府就要譴責市民，有官員來澳就不用隔離14天，使防疫制度形同虛設，網民紛紛要求林鄭月娥請先隔離14天。同時，林鄭月娥 回港後，亦沒有接受14天隔離。
2021年1月3日傍晚，衞生署及醫院管理局以減低病毒病傳播的風險為由，在1月4日開始，改為以視像會議軟件在網上舉行疫情記者會，記者只能以文字訊息提問，而如有重複問題，會以綜合回應的方式處理。多個傳媒工會及組織對政府突然改為視像簡報，並不設即場提問表示極度關注。包括香港記者協會、眾新聞工會、獨立評論人協會、明報職工協會、香港電台節目製作人員工會。他們擔心政府會篩選記者問題，不回答敏感的內容，同時扼殺記者追問對權利，更會影響公眾知情權，要求維持現行記者會安排。惟不足一天，衛生署宣布繼續舉辦實體記者會，改為政府總部地下演講廳舉行。食物及衛生局長陳肇始表示是衛生署及政府新聞處共同決定。而衛生署長陳漢儀承認自己有份決定，其後因外界意見而變回實體記者會。
2021年3月27日，全國政協副主席、前香港特首梁振英從北京乘飛機回港后在Facebook发文，称与他同機的一對北京夫婦問他“為什麼從廣東省以外的全國任何地方去香港都要隔離？”「香港不知道北京已經沒有疫情嗎？」梁振英沒提及他如何回覆，只寫道「我無言」。此前香港特区政府推出的“回港易”計劃，仅适用于回港前近14天在广东省和澳门停留的香港居民，透过“回港易”計劃回港的居民可豁免隔离检疫。如近14天有在中国内地广东省外其他地区停留的，仍要隔离检疫14天。直至2021年4月29日，“回港易”计划由广东省及澳门扩展至内地其他省市。
2021年5月22日，因广东省廣州市荔灣區近日出現當地個案，香港特區政府曾表示會將廣東省納入中風險地區，自23日起身處廣東省的香港居民不能透過「回港易」計劃返港。当晚7點15分，衞生署出稿確認張竹君說法；但到晚上10點29分，港府以「政府發言人」名義出稿，推翻衞生署的說法。政府发言人表示，目前广州市荔湾区龙津街锦龙汇鑫阁被调整为“中风险地区”，广东全省并未被列为“中风险地区”，“回港易”计划的安排会暂时维持不变。而梁振英在Facebook上回應事件，並提出「三不解」質疑港府做法，直言港府「用這個尺度，香港和內地通關無望」。5月24日，食物及卫生局副局长徐德义在立法会上，就港府短时间内改变广东省“回港易”安排造成的混乱，表示“不好意思”。
2021年8月12日，影星乘搭私人飞机由澳大利亚抵达香港进行拍摄工作。而她抵港后，没有入住指定检疫酒店，抵港两日后还被拍到在服装店购物，当地传媒质疑其可能违反香港检疫令。按照香港特区政府的检疫规定，澳大利亚被划为低风险区，如果已经接种两针疫苗，核酸检测呈阴性，则需在指定酒店集中隔离7天，未接种疫苗者则需要隔离14天。有专家担忧其行为可能造成防疫漏洞，多名立法会议员则质疑开“坏先例”造成不公。其后香港商务及经济发展局回复媒体查询时称，妮可·基德曼根据《外国地区到港人士强制检疫规例》（第599E章）获批准到港进行与指定专业工作相关的活动并享受检疫豁免；同时必须遵守指定防疫措施及其他条件。而官方回复并未平息民众愤怒，商务及经济发展局局长邱腾华回应称，涉及的电视剧在港取景，属大制作，豁免五名人员的检疫符合相关规定，但强调她们仍要符合多项防疫条件，不代表可以“周街走”，未发现他们有违反规定。
2022年9月末，香港逐渐放宽入境检疫要求，入境者仅需居家隔离三天。此后香港「人肉」市场复苏，有不少中国内地和泰国的性工作者受黑帮安排来香港卖淫。