2019冠状病毒病中国大陆地方政府疫情应对相关争议
隔离方式与隔离设施问题

1月24日，中國中央電視台報道武漢協和醫院資深專家組副組長張勁農感染後在家隔離治療康復，張建議輕症患者居家自我隔離，防止去醫院出現交叉感染，呼籲居民委員會及社區醫生參與；1月26日，《南方周末》報道中國國家傳染病咨詢專家委員會成員蔣榮猛認同張勁農看法，建議輕症病人居家隔離，且認為這不是醫療資源不夠的權宜之計，但就需要專業措施跟進。
2月2日，武漢市要求對四類人員集中收治及隔離：確診患者集中收治，疑似患者集中隔離，未排除肺炎的發熱患者集中隔離觀察，密切接觸者集中隔離觀察。其中提出確診或疑似重症患者必須入院治療，床位不夠的輕症患者必須徵用其他醫院及酒店集中收治或隔離，不准居家隔離。
2月4日，香港有線新聞《有線中國組》訪問到至少5個懷疑或已確診個案仍未找到床位收治，因武漢市出台「四類人員」集中收治及隔離政策，其中一位肺部花了但未確診的人收到社區電話去隔離，但得知隔離區是普通酒店，無輸液或治療服務，由於醫生告知停止輸液很危險，故仍然選擇居家隔離，每日去醫院排隊十多個小時輸液，他妻子慨嘆新聞報道與患者感受是兩回事。
2月6日，中國中央電視台播出探訪報道，武漢一社區黨委書記說正在勸導懷疑個案至酒店等集中隔離點隔離，以切斷社區感染源，又指若隔離個案需要就醫，會有工作人員陪同前往，「比在家好很多」。
2月8日，武漢軟件工程職業學院在官網宣布有學生宿舍被臨時徵用作疫情防控工作用途。《環球時報》及《新京報》報道，2月9日，一段懷疑宿舍改造片段顯示工作人員隨意丟棄學生物品，網絡上亦曝光學生私人物品被隨意棄置及堆積，令學生不滿及網民質疑學校侵犯學生私有財產。翌日，學校發聲明致歉，指宿舍改造過程中通宵加班，保證宿舍按時交付，惟「確實出現個別人員為趕進度，整理不細緻、處理不當」，承諾開學後將「在核實的基礎上予以賠償（補償）」。《人民日報》「俠客島」事後形容事件中，學校處理學生物品是「形同處理垃圾」。
2月12日，《經濟觀察報》報道，武漢礄口區有70多歲的懷疑嚴重特殊傳染性肺炎患者2月10日跳樓身亡。患者同時有重度尿毒症，1周必須透析3次，而由於早前發現懷疑感染嚴重特殊傳染性肺炎，醫院要求他必須先確診肺炎再透析，向社區求助獲回應疑似病例只能居家隔離，直至去世已有8日未透析。社區一度通知已安排肺炎的核酸檢測，但兩次都未能實現，小區物業告訴記者醫院床位緊張及不願接收令患者尋短見。《香港01》報道事件時提及儘管武漢曾宣示要在11日清零疑似病患，但發稿時微博的求助話題內仍有大批網民說未能檢測或入院治療，形容是「走投無路」。
3月7日，发生2020年泉州欣佳酒店倒塌事故，疫情期間來自疫區旅居史的人士，根據規定被地方政府安排到一些指定旅館居住，以便於集中觀察，然而同時在此酒店卻正在進行裝修工程，意外中隔離人員被部分壓死、多人受傷。
3月19日，网络上流传“留学生回杭州硬闯小区”的消息。有传闻称，一16岁美国女留学生回杭州，未隔离检测直接回小区，女孩子父亲说已沟通过可以不用集中隔离，直接带回小区回家隔离。保安坚持原则不让进入，双方发生争执冲突。后经调查，该女留学生在留下栖泊酒店（西湖区集中隔离点）进行统一检查和体温测量。由于女留学生为未成年人，符合《杭州市新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作领导小组关于印发八大机制的通知》（杭防组〔2020〕7号）的规定，属于不适宜集中隔离的人员，安排其进行居家隔离。
3月23日，在美国进修的演员徐娇回国后接受居家隔离遭到网民质疑，认为违反浙江省疫情防控工作领导小组发布的集中隔离规定，更质疑其有“特權”。翌日，徐娇在微博發文解釋，澄清自己是嚴格遵從社區安排，並不是擁有特權。
4月，广州市當局對居住在廣州的黑人進行集中清理，大批未確診嚴重特殊傳染性肺炎的非裔人士被趕出家門、強制檢疫和沒收護照而流離失所，引起非洲聯盟及多個非洲國家譴責。4月13日，中华人民共和国外交部发言人赵立坚表示，称中方“高度重视保障外国在华人员的生命健康安全，对所有外国在华人员一视同仁，反对任何针对特定人群的差异性做法”，并强调“中非一直是好朋友、好伙伴、好兄弟”，“中国对非友好的政策没有任何改变，非洲国家和人民对华友好的感情也不会有任何动摇。我们不会对非洲兄弟搞歧视”。他最后表示，针对近期非方反映的非洲国家在粤公民的关切，广东方面已进行梳理排查，并采取系列新的举措。4月14日，中国驻尼日利亚大使周平剑在与尼日利亚外交部长奥尼亚马会见后举行联合记者会。奥尼亚马表示，近期一些尼日利亚人近期抵达广州后被确诊，当地政府查明此点后，要求封闭相关场所，隔离密切接触者，被强制隔离的人自然不被允许返回酒店、原住所等。尼日利亚民众仅根据社交媒体流传的视频作出错误解读，误以为尼日利亚人和非洲人在防疫中被“挑选出来”，有针对性地被加以区别对待，表示不能理解。
5月11日，据《健康时报》报道，深圳游客林峰（化名）于5月6日抵达山西大同游玩，翌日被工作人员告知要求自费集中隔离14天。而在出发前，林峰查询了大同当地的隔离政策，并无对深圳地区人员的隔离要求。据工作人员表示，他们在5月6日下午5点左右接到了临时通知，要求对来自黑龙江、内蒙古、广东和湖北四个省份的所有来同人员全部实行14天集中隔离，两次核酸检测全部阴性后方可解除隔离。其后林峰多次与有关人员和部门沟通，但是均被告知要严格执行最新政策，不会取消他的14天隔离。而产生这一临时性政策的原因，则是因为5月2日太原新增了1例从湖北输入的嚴重特殊傳染性肺炎确诊病例，山西各地加强了疫情防控措施。根据山西省新冠肺炎疫情防控工作领导小组办公室于5月2日下发的《关于做好重点地区入晋人员核酸检测和防控管理工作的通知》，明确指出“对来自国内中、高风险地区的入晋人员，均需采取集中隔离措施，24小时内完成首次核酸检测，隔离满14天后完成再次核酸检测，结果为阴性方可解除隔离”；而截至5月10日18时，林峰的客源地深圳市宝安区为低风险地区，因此可以安全出行。《健康时报》记者多次查询山西省、大同市人民政府和卫生健康委网站及其他公开平台，并未发现有公开文件或通知等明确规定了对黑龙江、广东等四省份人员入晋的相关要求。而大同市疫情防控办公室表示“并不是所有的政府文件都会在网上公开发布”。亦有网友告诉林峰最开始咨询云冈区疫情防控办时，工作人员告知只需绿码就可以，结果十几分钟后对方又给他回电称“刚刚说错了”。而大同12345市民热线、山西省卫健委公布的入晋人员管理的监督电话均表示入晋人员只需有健康码绿码即可入晋。
2021年1月14日，肇州县应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作指挥部发布公告，提到中国大陆各地区，无论是否为中高风险地区来返肇州的，均执行“21天集中隔离+7天居家隔离”（至少3次核酸检测）管控措施，隔离费用均自理。对此，《新华每日电讯》刊载题为《“加码隔离”既不科学也不精准》的评论，认为无差别地“21天集中隔离+7天居家隔离”，不合情理也不合法理。评论还指出，肇州几乎成了一个“既不让进，也不让出”的封闭之地。
2021年1月底，针对黑龙江省鸡西市鸡冠区有群众反映的“对低风险地区抵返人员贴封条管控”情况，当地有关部门调查确认，鸡冠区西鸡西街道幸福里社区对疫情防控政策落实不当，存在将社区健康监测人员住所贴封条问题，要求街道社区马上纠正，解除封条，向当事人道歉。另外，在1月31日召开的国务院联防联控机制新闻发布会上，国家卫健委新闻发言人米锋表示，对于北京市以外的省份要做到“六个不”，认为层层加码和“一刀切”既是一种懒政，也是对宝贵防疫资源的浪费。
2021年4月29日，福建省宣布放寬台湾民众入境福建检疫的政策。自5月10日起，到福建從事商務、交流等活動，通過廈門機場口岸到閩的台灣民眾，仅需集中隔離2天，之後19天為住宿地與工作單位封閉往返的「閉環管理」；金馬居民居住滿28天者，可憑檢疫證明免除入境隔離。此新规受到众多网友质疑。《环球时报》总编辑胡锡进表示，福建省推出这一政策完全是“出于加强该省经济活动的需要”。他分析称，台湾的病例比香港少得多，而且零星发生的基本都是输入性病例和相关的密接感染。通过便捷通道进入福建的台胞在一段时间内将处于闭环管理中，不能在社会上游走，所以福建认为风险较小，决定一试。5月8日，福建省应对新冠肺炎疫情工作领导小组（指挥部）综合协调组发布消息，因应台湾地区新增10多例本土确诊病例，决定延期实施台湾民众来闽检疫“便捷通道”政策。