願榮光歸香港
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在加拿大中文電台AM1470主持節目的李婉華因播放该歌曲而遭到當地華人投訴，更傳出被封咪。之後，李婉華強調自己未有被封咪，但拒絕評論此事件。
2019年9月15日，據《蘋果日報》援引香港電台內部消息指，9月12日有員工收到上級通知，稱因願榮光歸香港與「港獨」有關，除電台新聞或烽煙節目因應「新聞報道需要」，可以播出該曲外，其他節目「最好不要」播放該歌曲。如果有節目曾經播放過，便要在資料庫將相關片段刪除。9月13日，港台管理層與處長梁家榮開會後，改稱「願榮光歸香港與『港獨』無關，但認為歌曲爭議大，不建議播放」。對此，港台機構傳訊總監伍曼儀回覆記者稱，港台管理層沒有禁播願榮光歸香港，沒有從資料庫剪走此曲，又稱據她所知，「沒有不建議播此歌」。港台制作的电视节目《躁動時代》也于9月13日播出的节目中播放此歌曲部分片段，而香港電台第二台于9月18日於凌晨播出的《C Hing祠堂》中有播出此歌，亦沒有從重溫中刪去。9月20日，《頭條新聞》新一季度首集即播放願榮光歸香港，而其網上重溫亦未見有刪改。「香港資深傳媒人員聯誼會」355位傳媒界人士聯署，致函商務及經濟發展局局長邱騰華，批評香港電台制作的節目成為「反中亂港」平台，投訴港台第二台於10月12日播出的《騷動音樂》直播節目中，主持人梁德輝播出「港獨歌曲」願榮光歸香港。
2019年9月15日，中國大陸維權人士賴日福被廣州警方以涉嫌「尋釁滋事」的罪名逮捕。賴日福曾於9月13日在家鄉附近河山拍攝一段影片，以願榮光歸香港為配樂，並配文「這是我的祖國，我要讓她自由！」而上載至微信及Facebook。2019年9月18日，公民黨立法會議員郭家麒、民陣召集人岑子、社民連主席吳文遠等一行十多人，遊行至中聯辦，在門外高唱願榮光歸香港以示抗議聲援。賴日福於10月18日取保获释。
2019年9月14日，有香港天主教堂在提前主日彌撒中以願榮光歸香港取代慣用的聖歌作「禮成詠」。9月16日，香港教區主教公署秘書長辦公處發佈通告，表示不認同社運歌曲適用於聖祭禮儀，認為此舉偏離禮儀原則，但鼓勵和支持堂區及信徒繼續為香港福祉代禱。
2019年9月26日，Apple Music將願榮光歸香港下架，蘋果公司則指未曾進行相關動作，只是上傳者將其「自行下架」。有連登（LIHKG）網民要求蘋果公司於10月1日前將歌曲重新上架，否則會杯葛蘋果公司。在蘋果重新上架《願榮光》后，《人民日报》批评蘋果的舉動「莫名其妙」，令人不得不遐想其行事的「內在邏輯」。
2019年10月16日举行的施政報告記者會上，有記者向香港特首林鄭月娥提問願榮光歸香港有否「危害香港主權或涉及港獨」，林鄭月娥未有回應。
2019年11月2日（即同日示威之前），有一名保時捷車主在銅鑼灣京士頓街疑似響號，而車上當時正播放願榮光歸香港。旁邊有防暴警察不滿，並將車上司機拉下車且無理拘捕，更把他按倒在馬路上。防暴警察向司機呼叫「現在控告你阻差辦公，趴在地！」根據運輸署紀錄，該車主名字與執業律師周富俊的姓名相同。涉事保時捷仍停於京士頓街。
香港學界辯論聯會舉行的第一屆全港中學學界辯論比賽中，包含「甲方：願榮光歸香港比《海闊天空》更適合成為香港民主自由的代表之歌；乙方：海闊天空比願榮光歸香港更適合成為香港民主自由的代表之歌」的辯題，教聯會稱題目具政治爭議，認為辯論比賽將校園政治化的目的「昭然若揭」，促辯論聯會立即抽起上述議題。辯論聯會表示，大部分辯題均為各參賽學校提出，只要辯題沒有重複、語意含混和存在「技術問題」，便不會改動辯題庫中的辯題。參賽的協恩中學中文辯論隊負責教師何冠霖認為，有關願榮光歸香港的辯題並非不合適，只是學生需從百多字的歌詞中辯論，辯論空間「較窄」。
2020年1月7日，葵青區議會舉行會議期間，一眾泛民主派的區議會議員高唱此曲，以表達港人持續逾半年反修例運動中的遭遇。被建制派議員投訴，民主黨葵青區議會主席單仲偕無理會。區內建制派的郭芙蓉等議員批評做法不當，認為此先例一開，以後在會議期間跳舞、打麻將也可，並離場抗議。經民聯立法會議員梁美芬指近期香港區議會開會期間有區議員高唱此歌，批評做法不恰當，認為唱歌的區議員有機會違反擁護《基本法》及效忠香港特區的聲明。梁希望同類型事件不會在其他區議會發生。公民黨葵青區議員譚家浚表示，統計5位建制派議員的在席時間只有10分鐘，批評建制派「民生不做，政治又不表達」。民主黨葵青區議員尹兆堅則指此曲是「反送中」運動的代表歌曲、是大部份市民的心聲，看不到歌詞與一國兩制有抵觸之處，就算「光復香港，時代革命」等字眼亦經過選舉主任的參選資格判定，不明梁美芬「憑甚麼越俎代庖，不尊重主流民意」。
2020年5月5日，香港眾志秘書長黃之鋒稱，有被捕者因在獄中唱願榮光歸香港，被懲教助理掌摑，又要求他們掌摑自己。懲教署則回避問題，並稱若有人就其服刑期間的待遇有所不滿，可向懲教署投訴調查組投訴。
2020年6月11日，教育局局長楊潤雄接受商台節目訪問時，稱反修例歌曲願榮光歸香港明顯是政治宣傳的歌曲，不能在校內出現。認為「學校唔應該有政治宣傳活動，唔適合就係唔適合。」（學校不應該有政治宣傳活動，不適合就是不適合。）
兩日後，社交網站流傳帖文，指香島中學有教師因在音樂考試時未有阻止學生於音樂考試中演奏願榮光歸香港，遭校方和校董會認為其政治立場與校方不一致，而拒絕續約。6月12日下午，聖母玫瑰本土關注組、香島中學本土關注組及九龍塘中學本土關注組發起人鏈活動，過百名學生在香島中學外組成人鏈聲援。部分人手持標語，高叫口號。當學生接近又一城門外時，突然30名警員到場，指在場人士違反限聚令，要求立刻離開，在場學生立刻四散。校方發出聲明，稱該校是「傳統愛國學校」，強調校董會按既定程序處理教師續約。而涉事學生並無受處分。中华人民共和国政府媒体《环球时报》则評論称願榮光歸香港是「政治上很恶毒的歌曲」，「在香岛中学供职，所有教师当然要与该校的理念保持一致，这是天经地义的」，「支持、纵容这样的歌曲，就不要在香岛中学工作」。
2020年6月30日《中華人民共和國香港特別行政區維護國家安全法》實施後，有網民恐怕願榮光歸香港變成禁語，故在同年7月3日以類似「0243」的粵語填詞方法，以粵語數字讀音寄調歌曲。其中使用了「5201314」來寄調「盼自由歸於這裡」和主題「願榮光歸香港」，而在中華人民共和國普遍認知「5201314」是普通話諧音的「我愛你一生一世」。改編受到一眾網民支持。
2020年7月8日，教育局局長楊潤雄於書面回覆立法會議員質詢時表示，願榮光歸香港「帶有強烈政治信息」，絕對不應讓學生在校內奏唱與撥放；楊並表示學生應為自己行為負責，於校內則懲處或輔導，在校外則按法例承擔責任。
2021年5月22日晚上，港菲混血街頭歌手馬賦馳（）在中環街頭唱英文版願榮光歸香港時，被三名軍裝警員警告。警方其後將他的咪箱關掉，並以「公眾妨擾罪」拘捕。他表示自己的表演工具遭沒收，之後獲准以500元保釋，6月中上庭。
2022年9月19日，因應英女伊利沙伯二世逝世並進行國葬，不少市民前往英國駐港總領事館獻花及弔唁。惟於晚上8時左右，有市民站在馬路中間石壆並使用口琴吹奏英國國歌和願榮光歸香港等歌曲，引起在場市民的注意，及高呼「God Save the Queen 」和「香港人加油」等口號。警方隨即派員到場戒備，用水淋熄在領事館外行人路欄杆上的燭光並截查吹口琴的市民，亦有警員一度踏進領事館範圍，被職員阻止，最終警員把負責吹口琴的市民帶走調查。
2023年1月，英治香港最後一任總督彭定康透過「香港監察」在以「願榮光歸香港」配樂的影片用香港粵語向全球香港人拜年，他表示中共大舉打壓香港自由，親北京者協助統戰是幫凶，在香港作惡多端。他和許多人一樣堅信獨裁政權及其所做之事總有後果，遲早會消失在歷史中。香港所代表的價值會比任何地方的任何獨裁政權更長久，包括中共。
2023年10月，曾因以二胡演奏《願榮光》被票控無牌演奏，最終獲裁無罪的六旬翁，被指於 2021 至 2022 年期間，在大圍、旺角及中環無牌演奏及籌款，共被票控 7 罪。他否認傳票控罪受審，之後被裁定罪成，判處監禁30日，獲准保釋候上訴。署理主任裁判官陳慧敏指，接納警方專家指《願榮光》一曲「與非法集結、暴動及港獨等有高度聯繫」。就被告聲稱不知籌款須事先申請，官指對法律無知非有效的抗辯理由，又指「自由並非絕對」，不能為所欲為、妄顧法律責任。