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第41～50卷
| # | 漫畫章節 | 對應動畫 |
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| 41 | 414 媽媽是敵人!?（，Mama wa raibaru!?）  415 槍聲的疑惑（，Giwaku no jūsei）  416 暗黑男爵夫人登場!（，Naito baronisu tōjō!） | 相似的两位公主（续）（动画第333-334话） |
| 41 | 417 通往死亡陷阱的黑暗之門（，Kurayami wa desu turappo no tobira）  418 無聲黑暗中的殺人事件（，Kurayami no otonaki satsujin）  419 黑暗光影之謎（，Kuroi hikari no nazo）  | 东都现像所的秘密（动画第335-336话） |
| 41 | 420 迫近的包圍網（，Semaru hōimō）  421 危機四伏（，Soko ni aru kiki）  422 無路可逃的標靶（，Nogarerarenai tāgetto） | 4台保时捷（动画第338-339话） |
| 41 | 423 某位來訪者留下的謎（，Aru raihōsha no nokoshita nazo...）  424 藏在小密室裡的秘密（，Chīsana misshitsu ni nokosareta himitsu） | 隐藏在厕所的秘密（动画第340-341话） |
| 42 | 425 被隱匿的真相（，Kakusareteita shinjitsu） | 隐藏在厕所的秘密（动画第340-341话） |
| 42 | 426 good-bye茱蒂（，Gubbai Jodi）  427 小蘭的推理（，Ran no suiri）  428 難以置信的結局（，Shinjirarenai ketsumatsu） | 便利商店的陷阱（动画第343-344话） |
| 42 | 429 滿月之夜、闇黑宴會的陷阱（，Mangetsu no yoru to kuroi utage no wana）  430 染血的幽靈船（，Chinura re ta Yuurei Sen）  431 透明人!（，Tōmei ningen arawaru!）  432 工藤新一登場!?（，Kudō Shinichi tojō!?）  433 面具下的真相（，Kamen no shita no shinjitsu）  434 RED APPLE  | 与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别版）（动画第345话） |
| 42 | 435 雨中的刻印（，Uchū no kokuin） | 寻找屁股上的印记（动画第346-347话） |
| 43 | 436 尋找臀上的印記！（，Oshiri no māku o sagase!）  437 灰原哀的決心（，Haibara Ai no ketsui）  | 寻找屁股上的印记（动画第346-347话） |
| 43 | 438 被遺忘的手機（，Wasurerareta keitai denwa）  439 奇妙的電話簿（，Kimyō na memorī）  440 另一位名偵探（，Mō hitotsu no meitantei） | 被遗忘的手机（动画第350-351话） |
| 43 | 441 選邊站的推理秀!?（，Docchi no suiri shō!?）  442 六面體的留言（，Rokumentai no messeji）  443 解讀死前留言的另一面（，Daīngu messeji no ura o yome!）  444 捏造出來的留言（，Shikumareta messeji） | 谁才是推理王（动画第381-382话） |
| 43 | 445 53000之1的惡魔（，Goman-hassen-bun no ichi no akuma）  446 甲子園惡魔的挑釁（，Kōshien no mamono no chōhatsu） | 满席大甲子园 看不见的恶魔（2小时特别版）（动画第383话） |
| 44 | 447 破解三數字之謎！（，Mittsu no sūji no nazo o toke!）  448 没有提示!？（，Hinto ga nai!?）  449 比賽結束...!？（，Gēmu setto!?）  | 满席大甲子园 看不见的恶魔（2小时特别版）（动画第383话） |
| 44 | 450 從天國直落地獄!?（，Tengoku kara jigoku）  451 無動於衷!?（，Zenzen heiki!?）  452 毫不疑心嗎？（，Utaganai no!?）  | 本厅刑事恋爱物语6（动画第390-391话） |
| 44 | 453 奇蹟（，Kiseki）  454 驚愕（，Kyōgaku）  455 戰慄（，Senritsu）  456 逃脫（，Dasshutsu）  | 怪盗基德之奇异的空中步行（1小时特别版）（动画第356话）  基德vs柯南 奇蹟的空中步行（《魔術快斗1412》動畫第16話） |
| 44 | 457 學校奇譚（，Gakkō kitan） | 帝丹高中的学校怪谈（动画第361-362话） |
| 45 | 458 足跡在哪裡!？（，Ashiato wa doko ni!?）  459 課桌椅的真相（，Nokosareta tsukue no shinjitsu） | 帝丹高中的学校怪谈（动画第361-362话） |
| 45 | 460 海上的密室（，Umi no ue no hirakareta misshitsu）  461 釣餌有毒!?（，Tsuri ese wa doku!?）  462 親切的燙傷（，Ureshī yakedo）  | 显而易见的码头惨剧（动画第366-367话） |
| 45 | 463 秀吉的復仇（，Hideyoshi no ōgaeshi）  464 異樣的感覺（，Iwakan...）  465 從天空繞道（，Ōzora no uramichi）  | 沉默的航线（动画第371-372话） |
| 45 | 466 自星光悄悄的（，Hoshi yori hisoka ni）  467 想望天空（，Hoshi o mitakai）  468 星空之願（，Hoshi ni negai o） | 星星和香烟的暗号（动画第374-375话） |
| 46 | 469 星星知道一切（，Hoshi wa nandemo shitteiru） | 星星和香烟的暗号（动画第374-375话） |
| 46 | 470 前奏曲（，Pureryūdo）  471 狂想曲（，Kapuriccho）  472 安魂曲（，Rekuiemu）  473 即興曲（，Anpuronputyu）  474 幻想曲（，Fantajia）  | 斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音（动画第385-387话） |
| 46 | 475 封印（，Fūin）  476 機關（，Karakuri）  477 神器（，Jingi）  478 不朽的真理（，Fumetsu）  | 奇异屋宇的大冒险（动画第394-396话） |
| 46 | 479 疑惑的簡訊（，Giwaku no mēru） | 奇妙一家的委托（动画第398-399话） |
| 47 | 480 疑惑的推理（，Giwaku no suiri）  481 疑惑的不在場證明（，Giwaku no aribai）  482 疑惑的真相（，Giwaku no shinsō）  | 奇妙一家的委托（动画第398-399话） |
| 47 | 483 解開锁之後（，Rokku o hazushite...）  | 满腹疑惑的小兰（动画第400话） |
| 47 | 484 他送給她的東西（，Kareshi kara kanojo e）  485 從自殺變他殺（，Jisatsu kara tasatsu e）  486 從天空到地上（，Tenkū kara chijō e）  | 宝石抢劫犯（动画第401-402话） |
| 47 | 487 現形的魔術戲法（，Shūgen magikku）  488 機密檔案（，Kinjirareta fairu）  489 魔術師之家（，Majishan no yakata）  490 不配當魔術師（，Majishan shikkaku） | 柯南和平次的推理魔术（动画第406-408话） |
| 48 | 491 暑假的暗號（，Natsuyasumi no angō）  492 躺下来再洗把臉！（，Nekoronde kao o arae!）  493 完美解讀!!（，Pāfekuto kaidoku!!）  | 神社牌楼的惊人暗号（动画第411-412话） |
| 48 | 494 惡靈棲息的房屋（，Akuryō no sumu yashiki）  495 13年前的惡夢（，Jū-san-nen mae no akumu）  496 復甦的惡靈（，Yomigaeru akuryō）  497 遺漏的盲點（，Misugoshiteitamono）  498 第13年的衝擊（，Jū-san-nen-me no shōgeki）  | 出现在佛灭之日的恶灵（动画第415-417话） |
| 48 | 499 門铃怪客（，Pin pon dasshu）  500 新的黑衣組織成員（，Arata naru kuro no mono） | 黑色冲击!被组织的魔掌触碰的瞬间（2.5小时特别版）（动画第425话） |
| 49 | 501 快追上目標！（，Tāgetto o oe!）  502 新的指令（，Arata naru shirei）  503 黑衣組織v.s.FBI①（，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ichi）  504 黑衣組織v.s.FBI②（，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ni）  | 黑色冲击!被组织的魔掌触碰的瞬间（2.5小时特别版）（动画第425话） |
| 49 | 505 新老师（，Atarashī sensei）  506 秘密的上學路①（，Himitsu no tsūgakuro ichi）  507 秘密的上學路②（，Himitsu no tsūgakuro ni）  | 充满神秘的上学之路（动画第427-428话） |
| 49 | 508 不可能回到原點的兩人（，Modorenai futari）  509 密閉的車子（，Mippeisarete kuruma）  510 虚偽的愛情（，Itsuwari no aijō） | 无法回头的二人（动画第429-430话） |
| 50 | 511 氣氛緊張的聯誼（，Kinpaku no konpa）  512 秘密的家庭訪问（，Himitsu no kateihōmon）  513 無聊的比賽（，Tsuman'nai shiai）  514 大特獎！（，Ōatari）  | 總局刑警戀愛物語7（动画第431-432话） |
| 50 | 515 令人興奮的採訪（，Waku-waku shuzai）  516 真凶的留言（，Shin han'nin no dengon）  517 少年偵探團（，Ze shōnen tantei-dan）  | 以侦探团为焦点的取材（动画第435-436话） |
| 50 | 518 平次的回憶（，Heiji no omoide）  519 雪女之計（，Yuki onna no kei）  520 謎樣的纜車（，Nazo no rifuto）  521 雪女的銀衣傳說（，Yuki onna no gingoromo densetsu） | 服部平次vs工藤新一滑雪场的推理对决（未完）（1小时特别版）（动画第490话） |