香港2019冠狀病毒病疫苗接種計劃
歷史

2020年12月11日，行政長官林鄭月娥在記者會表示，已經採購德國藥廠BioNTech與美國輝瑞共同研發的疫苗（BNT162b2），但在當日深夜，食物及衞生局發出新聞稿稱，政府是與復星醫藥達成協議，採購由復星與德國藥廠BioNTech合作研發的疫苗，而輝瑞則為BioNTech在中國大陸及港澳台地區以外區域的合作夥伴。12月12日早上，食物及衞生局局長陳肇始在電台節目上解釋，這款BioNTech疫苗，由復星、BioNTech、輝瑞合作以mRNA核糖核酸技術研發，該款疫苗需要冷藏技術儲存，將會作為日後展開中央接種之用，陳強調疫苗是在歐洲製造，復星主要擔當接洽的角色，陳又稱這疫苗「有同輝瑞一齊合作研發」，已預購750萬劑，首批100萬劑疫苗在明年第一季交付。
2020年12月23日，政府刊宪订立香港法例第599K章附屬法例《预防及控制疾病(使用疫苗)规例》，指會在公共卫生紧急状态下提供法律框架，引入符合安全、效能及质素要求的2019冠状病毒病疫苗作紧急使用，《規例》的生效期至2021年12月23日。，疫苗接種預約系統由香港創新及科技局負責開發，亦指已於2021年1月準備就緒。
2021年1月25日，香港食物及衞生局局長對復星醫藥「開發」的德國BioNTech復必泰（BNT162b2）疫苗批出認可，可在香港緊急使用。德國BioNTech在1月26日表示供應香港的首批共100萬劑疫苗已經完成生產程序，現正等待香港方面落實運送時間。
2021年2月5日，香港特區政府在晚上發出新聞稿，宣布豁免中國科興生物就其開發的克爾來福疫苗在主要學術期刊刊登第三期臨床試驗數據的審批要求，以達致第一批運到香港使用的新型冠狀病毒疫苗是中國科興疫苗，而不是早於1月中已取得香港緊急使用授權及德國廠方早已完成供港首批次生產的BioNTech疫苗。
2021年2月17日，在特區政府免除科興在學術期刊刊登第三期臨床試驗報告的要求後，疫苗顧問專家委員會一致通過，建議政府緊急使用科興生物克爾來福疫苗，食衞局亦指，會繼續爭取疫苗早日供港，正積極籌備。行政會議成員林健鋒希望政府快速拍板，據他了解，首批供港的科興疫苗已經準備就緒。如果完成一切程序，首批科興疫苗最快2月19日抵港，BioNTech復必泰疫苗預料下週抵港。
2021年2月18日，食物及衞生局局長陳肇始宣布已經動用50億港元向藥廠購買兩款疫苗。因為特區政府已購買及即將運送首批到香港的疫苗分別是中國科興克爾來福疫苗及由復星醫藥代理的BioNTech疫苗，各有750萬劑，即特區政府耗資50億港元購買1500萬劑疫苗，當媒體問及特區政府以50億港元向中國科興及復星醫藥兩公司支付每劑疫苗的價格及交易金額時，特區政府回應稱因為保密協議，不能透露交易價格。
2021年2月19日，首批100萬劑科興疫苗由北京空運抵港，并计划于同月23日启动疫苗接種預約登记工作。据报道，香港将提供4個疫苗接種途徑，包括於18區設立29間社區疫苗接種中心、1200多間私家診所、醫管局旗下18間門診以及殘疾人士院舍等。而首5間負責接種科興疫苗的社區疫苗接種中心于同月26日起運作。
2021年2月27日，首批供應香港及澳門的復必泰（BNT162b2）疫苗，於當日早上由生產地德國的法蘭克福機場運扺香港國際機場，當中58萬5千劑轉運到香港境內的儲存倉庫，其餘的10萬劑轉口到澳門。
2021年3月10日，香港正式開始復必泰疫苗的接種工作，首星期將率先開放由醫院管理局負責營運的接種中心，其後亦將於外判接種中心提供。
2021年3月24日，復必泰疫苗接種中心在早上8時開放前，BioNTech復必泰疫苗的香港代理商復星醫藥通知香港特區政府，其代理的復必泰疫苗出現包裝質量問題而需要停止使用，各疫苗接種中心於開放1小時後陸續收到停止接種復必泰疫苗的通知，政府新聞處卻遲至10時才發出暫停接種復必泰疫苗的新聞稿，各接種中心最少有過百名市民已接種復必泰疫苗。香港特區政府其後稱，因為收到BioNTech疫苗的香港代理商復星醫藥的書面通知，其代理的復必泰疫苗在批號為210102的產品中，藥劑瓶的封蓋存有瑕疵，而另一批批號為210104的疫苗亦需要封存暫停使用，今日起將停止運送疫苗到各接種中心，復星醫藥又稱未有證據表明疫苗包裝的瑕疵會構成安全風險，暫停配送只是預防性措施，並已通報生產商BioNTech進行調查，供應香港疫苗的後續安排可能會受到影響。衛生署表示將會與代理商復星醫藥舉行緊急會議，以便跟進事態發展。今早已經預約接種疫苗的市民在接種中心外輪候，部分市民向記者表示昨天還收到政府發出手機短訊提醒要準時打針，當到場後得知突然要停止接種疫苗時，有市民表達不滿，怒斥政府荒謬及浪費市民時間，斥責特首林鄭月娥及食物及衛生局長陳肇始無能。有市民批評政府及代理商無理由在這批疫苗被接種到現在，才突然稱這批次的疫苗有問題，並表明即使未能接種BioNTech疫苗，也不會接受任何來自中國的疫苗。衞生署署長陳漢儀在下午舉行的記者會稱，瓶蓋有瑕疵的批次210102（有效期至2021年6月）有58.5萬劑，至今已注射150,200劑。由於特區政府延誤發出暫停通告達兩小時，在24日上午共有1,080人在接種中心接獲暫停使用復必泰疫苗通知前已經打針，負責統籌疫苗接種工作的公務員事務局局長聶德權稱因為涉及兩個批次的疫苗，承認溝通混亂，期望市民諒解。
2021年3月26日，衞生防護中心疫苗可預防疾病科學委員會成員、香港大學公共衞生學院教授高本恩接受訪問時表示，科興疫苗保護率只有六成多，即使多人接種也未必能達到群體免疫，高本恩指出要達到群體免疫，除了要達到佔香港人口七成的整體接種率，疫苗本身的保護率也是關鍵。科興疫苗有效率較低，病毒在社區繼續傳播的機會便較高，對不能接種或不接種疫苗的人並不理想，因此社會應有不同疫苗，一些人選用復必泰，一些人用科興，或日後抵港的阿斯利康疫苗。高本恩希望只是短時間暫停接種復必泰疫苗，留意是否個別批次的問題，否則可於下週恢復接種工作，並追回接種疫苗的進度。
2021年4月1日，衞生署署長陳漢儀在記者會稱，BioNTech在中期調查報告懷疑其德國工廠在封裝疫苗時，壓接工序出現偏差，使鋁質金屬環無法完全緊箍疫苗瓶頂，影響疫苗瓶的密封性，在攝氏-71度的低溫下有空氣滲入，當疫苗瓶移到攝氏2至8度時，因為塑料瓶塞恢復彈性及氣密性，使之前滲入的空氣無法排除，令瓶內氣壓增加，可能會導致疫苗瓶出現滲漏，或者稀釋時會有液體噴出，抽檢另一批由同一工廠包裝但尚未使用的批次210104亦發現有類似情況，不過陳強調藥劑師在稀釋疫苗時若發現疫苗瓶有不良狀況，便不會供市民注射。負責統籌疫苗接種工作的公務員事務局局長聶德權稱，由BioNTech安排另一藥廠百特國際（Baxter）協助生產的新一批30萬劑復必泰疫苗將於4月2日運抵，可於4月5日重啟接種復必泰疫苗。香港醫院藥劑師學會會長崔俊明表示因包裝問題而要封存的兩個批次合共有130萬劑，梁稱既然是藥廠處理疫苗疏忽便應負起責任，收回這兩個批次，並以新批次替換，認為政府及代理商應該跟進。4月29日，BioNTech通知香港特區政府，涉及瓶蓋壓接瑕疵的批號為「210102」及「210104」的兩批疫苗應退回德國，並會安排其他批次替換。
2021年4月2日，由百特國際在德國北萊茵-西發利亞的廠房生產的30萬劑復必泰疫苗運抵香港，於4月3日恢復接受預約。在3月24日至4月4日期間因為復必泰疫苗包裝發生問題，而被政府通知取消預約的18萬3千名市民，將會陸續收到手機短訊通知由政府安排的新接種時間，至於已預約4月5日或以後接種疫苗的市民則可以按原定時間到接種中心接受注射。
2021年4月9日，食物及衛生局局長陳肇始在立法會上回應議員有關防疫政策的提問時，指出由於現有的疫苗供應充足，加上牛津-阿斯利康疫苗或可引發罕見血栓，因此政府將押後這款疫苗的抵港時間至不早於2022年初；此外，政府亦準備研究購入下一代COVID-19疫苗。
2021年4月15日，香港特區政府宣布將接種年齡由30歲下調至16歲起，16至29歲人口約108萬人，計劃涵蓋人口增至650萬，佔香港人口88%，公務員事務局局長聶德權又稱，復必泰疫苗只能存放3至4個月，預料在9月底關閉復必泰疫苗接種中心，故市民若想接種復必泰疫苗，必須在8月底前完成接種第一劑，惟暗示之後只有科興疫苗可打的說法遭到醫學界批評。港大感染及傳染病中心總監何栢良指出政府訂購750萬劑復必泰疫苗，至今約有193萬劑到港，接種復必泰疫苗超過一個月只用了41.4萬劑，按目前接種進度推算在9月底關閉接種中心時，將會因為無人接種而浪費375萬劑復必泰疫苗。呼吸系統專科醫生梁子超及香港醫院藥劑師學會會長崔俊明認為，政府可以與藥廠協商調節疫苗的交貨時間，而原定在今年年中交貨的阿斯利康疫苗，政府之前已要求藥廠押後到明年付運，許樹昌還認為政府是想透過預設接種復必泰疫苗的限期來催促市民打針。公共醫療醫生協會會長馬仲儀指政府稱最遲在8月要接種第一劑復必泰疫苗的說法令人反感，難以理解政府不再增購復必泰疫苗，反而聲稱9月後不再提供，質疑政府做法是否為公共衞生着想。
2021年6月，香港大學追踪1000名已經完成接種兩劑德國BioNTech疫苗或中國科興疫苗的研究發現，接種BioNTech的人群體內抗體水平遠高於接種中國科興疫苗的人群。這項研究由香港特區政府委託香港大學進行，參與這項研究的流行病學家考林表示，雖然疫苗引發的抗體水平不能直接反映保護能力，但體內有較高水平的抗體通常可提供較強的免疫力，接種科興疫苗的人抗體水平較低，這意味著接種科興疫苗的人群有需要接受第三劑注射。
2021年6月29日，養和醫院發表研究報告，指出今年2月至4月期間該院招募醫護人員進行抗體研究，有220人打中國科興克爾來福疫苗，237人打BioNTech復必泰疫苗。研究團隊於醫護人員接種第一針及第二針後，以3種技術為接種人群進行抗體測試，發現接種首針復必泰疫苗後，3種測試均顯示抗體陽性比率高達九成，接種第二針後更全部達100%；而接種中國科興疫苗首劑後抗體轉陽率介乎19.3%至75.8%，接種第二劑後亦只介乎94.4%至99.5%，均低於接種復必泰疫苗。該抗體研究反映中國科興疫苗的預防感染能力不如BioNTech復必泰疫苗，而研究報告已刊登於供同行評審的《香港醫學雜誌》。
2021年7月11日，有已完成接種兩劑科興克爾來福疫苗的現任立法會議員透露，有數名立法會議員的抗體水平數值只有「數十至一百多」，但是接種BioNTech疫苗的朋友卻驗出抗體數值達到「一千多」，並形容現時的情况「害死人」，若然明年需要追加注射疫苗，一定會轉打BioNTech疫苗。
2021年7月15日，特區政府根據疫苗專家委員會對多宗科興疫苗的不良反應個案的分析，將「貝爾氏麻痹症」列為中國科興克爾來福疫苗的副作用之一，但特區政府沒有就此重要更新發出新聞公布，疫苗顧問專家委員會於7月14日召開會議後發出的新聞稿亦沒有提及，只是修訂相關網頁低調發放科興疫苗可能會引起面癱的資訊。
香港大學公共衛生學院於2021年7月15日在同行評審醫學雜誌《柳葉刀（微生物）》發表研究報告，大學在一項中國科興克爾來福疫苗與BioNTech BNT162b2疫苗的對比研究中，招募1442名醫護人員，初步完成了對當中施打BioNTech疫苗的63人及施打科興疫苗的30人的抗體分析，他們年齡介乎26歲至65歲，就完成接種兩劑相同的疫苗而言，接種BNT162b2的抗體水平較接種科興疫苗者高約9倍，即使只打一劑BioNTech疫苗，其產生抗體的平均水平，亦高過接種兩劑科興疫苗者超過8成。衛生防護中心轄下疫苗可預防疾病科學委員會及中大呼吸系統科講座教授許樹昌都表示會展開研究，為完成接種兩劑中國科興克爾來福疫苗，但產生中和抗體偏低的人士接種第三針加強劑的部署進行前期研究。
2021年8月3日，由政府疫苗專家顧問委員會成員之一的許樹昌領導的研究發表研究報告，香港中文大學醫學院為750名參與疫苗抗體研究的市民，在完成接種兩劑中國科興疫苗或德國BioNTech疫苗後進行抗體分析，發現BioNTech疫苗產生抗體的水平較高，所以接種BioNTech疫苗的市民暫時沒有接種第三劑疫苗的必要，而完成接種兩劑中國科興疫苗後的一個月，體內的中和抗體水平則相對較低，其中80人屬於偏低水平，由於接種疫苗後中和抗體水平偏低的人仍然容易受到感染，所以研究團隊將會考慮為完成接種科興疫苗的研究參加者接種第三針的加強劑。
2021年8月22日，香港大學公佈先打一劑BioNTech疫苗，再打一劑科興疫苗的「溝針」研究報告顯示效果不理想，港大於2021年4月招募135人，分為兩針BioNTech組、兩針科興組及BioNTech及科興各一針的「溝針」組，每組約45人，年齡介乎18至55歲，可是研究結果顯示「溝針」組的中和抗體水平沒有如預期般提高，相比起兩劑都接種BioNTech疫苗者，混打BioNTech及科興疫苗的受試者對變種病毒的抗體水平較低，推算是第二劑改為接種科興疫苗後並未能刺激更強免疫反應。
2021年9月，多名在2月率先接種科興克爾來福疫苗的多名行政會議議員、立法會議員及全國政協委員表示，他們在完成接種兩劑科興疫苗後，其體內抗體水平在不足7個月間已下跌至無法檢出，所以決定到養和東區醫療中心接種多一劑BioNTech疫苗，並參與兩劑科興疫苗混打一針BioNTech疫苗的臨床研究。
世衛組織疫苗顧問小組於2021年10月11日表示即使完成接種兩劑中國科興或中國國藥疫苗，60歲或以上、中度至嚴重免疫功能低下的族群仍有很高的受感染及演變為重症風險，首次建議為這類族群追加第三劑疫苗。特首林鄭月娥於10月12日出席行政會議前表示，短期內會邀請4名政府專家、衞生署轄下的科學委員會開會，探討何時為特定群組注射第三劑疫苗。疫苗顧問專家委員會成員孔繁毅表示，由於科興克爾來福及中國國藥眾愛可維兩種滅活疫苗都是採用中國武漢原始病毒株開發製成，與現時流行的變種病毒不吻合便會大大削弱保護力，因此如要追加第三劑，建議改打BioNTech疫苗。
2021年10月27日，衛生防護中心轄下的聯合科學委員會昨聯同疫苗專家顧問團召開會議商討接種第三劑疫苗，計劃為三類人群接種第三針加強劑，包括完成接種兩劑科興克爾來福疫苗的60歲或以上長者及醫護人員，以及接種兩劑BioNTech疫苗後仍有較高受感染風險的人群，專家委員建議如接種第三劑，應選用保護效果較高的BioNTech疫苗。政府表示選擇接種那一款疫苗屬個人意願，市民可按自身的情況作出個人選擇，有需要時可諮詢醫生的意見。
2021年11月4日，特首林鄭月娥接受有線電視新聞訪問時宣稱科興疫苗要接種第三針的話，她仍會選擇科興疫苗，林鄭月娥又稱「抗體唔係話數字愈高就愈巴閉」（抗體不是越高就越厲害），科興疫苗完全無副作用，她當然會繼續打科興疫苗。政府專家顧問團成員之一的香港大學感染及傳染病中心總監何栢良在11月8日接受商業電台《在晴朗的一天出發》訪問時表示，他不會回應林鄭月娥對疫苗的意見，因為「除咗佢自己，其他人唔會明。」（除了林鄭月娥自己，其他人是不會明白的。）何栢良又補充稱抗體多少與預防感染及預防重症有一定關係，中國及海外都量度抗體水平作為評估疫苗成效的關鍵指標，如果接種疫苗後所產生的抗體水平已經不高，再過一段時間抗體水平就會大幅下降，因此「抗體梗係愈高愈好，冇理由愈低愈好」（抗體水平當然是越高越好，無理由是越低越好），中和抗體的水平要達到六成以上才算足夠，香港本地的研究顯示完成注射兩針科興疫苗後再溝針打BioNTech疫苗對變種病毒的中和抗體水平全部達標，而繼續打科興疫苗則大比例不達標，所以政府專家委員會已明確表示如開打第三針便應選擇BioNTech疫苗。
政府宣布由11月11日起，以下組別獲優先安排接種第三劑疫苗，包括：
免疫力較弱人士（例如癌症病人、器官移植病人、晚期愛滋病患者、需服藥壓制免疫系統的人士等）。他們的第三劑疫苗應在接種第二劑後最少四星期才接種。
已接種兩劑科興疫苗並有較高感染風險的人士，包括60歲或以上長者、醫護人員、長期病患者，以及工作環境有較高暴露風險和較易傳播新冠病毒的員工（例如參與抗疫工作、提供跨境運輸或於管制站和港口工作的人員）。這些人士應在接種第二劑後最少六個月才接種。
林鄭月娥於2021年11月11日到北角渣華道體育館接種科興疫苗第三針加強劑，同行的食物及衞生局長及公務員事務局局長聶德權，也一同注射第三劑科興克爾來福疫苗，聶德權稱繼續打科興疫苗是因為他較喜歡滅活疫苗。港大微生物學系講座教授袁國勇、港大感染及傳染病中心總監何栢良、中大呼吸系統科講座教授許樹昌均表示第三劑應接種BioNTech疫苗，因為抗體是越高越好，接種科興疫苗可能每6至8個月便要繼續補打加強劑。
港大學微生物學系講座教授袁國勇在11月11日表示，由於科興克爾來福疫苗剩餘貨量多，所以他會在第三針接種科興疫苗作為自我試驗，而政府疫苗專家委員會則於11月15日建議可把科興疫苗優先注射於3至17歲兒童及青少年，香港醫院藥劑師學會會長崔俊明表示科興疫苗預防感染效能較低，導致兒童也要注射成年人的劑量才有效，港大內科學系傳染病科主任孔繁毅也指出BioNTech疫苗的兒童劑量只需成年人的三分之一及效能更高，呼籲特區政府應同時考慮把德國BioNTech疫苗的適用年齡降至5歲。
2021年12月7日，特區政府專家顧問、中大呼吸系統科講座教授許樹昌與研究團隊發表研究報告，完成接種兩針科興克爾來福疫苗的人群在1個月後，僅有91.8%的接種人員產生的抗體保護力達到世衞標準的50%下限，在六個月後接種科興疫苗的人群更暴跌至只有16%仍可維持50%的保護力下限，而對比BioNTech疫苗則在接種兩劑的6個月後仍有79.6%的接種者抗體達合格水平，研究亦發現接種BioNTech疫苗兩劑的人士在1個月後的中和抗體水平為251.6，而接種科興疫苗的人員在1個月僅錄得69.45，反映科興疫苗所產生的抗體水平低BioNTech疫苗2.6倍。
2021年12月14日，香港大學在醫學期刊《臨床傳染病》發表研究報告指出，完成接種兩針科興克爾來福疫苗對近期流行的變種病毒Omicron無法產生中和抗體，在血清研究中科興疫苗對該變種病毒的抗體讀數是零，顯示科興疫苗對變種病毒Omicron基本上無效，至於打三針科興疫苗的效用則待定，不過港大微生物學系講座教授袁國勇直言現在第三針仍在打科興疫苗的人，就要準備再打第四針。
2021年12月23日，香港大學醫學院及香港中文大學醫學院發表聯合研究報告，注射三劑BioNTech疫苗產生的中和抗體平均達到160個單位，超過抵禦變種病毒Omicron的最低門檻26個單位水平；至於先注射兩劑科興疫苗，再追加一劑BioNTech疫苗的測試者血清樣本中和抗體較低為60個單位，但仍達到最低門檻的26個單位；而三劑都科興疫苗的人士，其血清分析的中和抗體平均不足10個單位，全部都不達到最基本的保護門檻，因此從科學角度不建議把科興疫苗作為第三劑或以後的加強劑。
2022年2月24日《傳真社》報導根據香港大學的疫情模型研究推算，由於科興克爾來福疫苗產生的抗體保護水平低下，而且抗體下降的時間較快，市民如果三針都是打科興疫苗，打第三針科興疫苗第14天的預防Omicron變種病毒感染有效率只有36%，6個月後跌至8%，導致香港截至2月20日預防感染的保護率僅為16.5%，即是全香港只有16.5%的人口獲疫苗保護不受Omicron變種病毒感染，防重症方面於2月20日為48.31%。香港大學的研究顯示全香港包括兒童的總人口有95%接種完成三劑疫苗，如果三劑都接種BioNTech疫苗（復必泰），預防Omicron變種病毒感染的水平可達77.4%，如果容許第一及第二劑提供效能較低的科興疫苗，但規定第三針只提供BioNTech疫苗，預防Omicron變種病毒感染的水平被拉低至61.87%，可是香港在第三劑疫苗仍然大量使用科興疫苗，按目前兩種疫苗的接種比例推算，即使全香港包括兒童的總人口有95%接種完成三劑疫苗，整體保護率也只得52.83%，同時反映第三劑也接種科興疫苗的市民，遇到變種病毒時很大機會得不到足夠的疫苗抗體保護，而且保護率還會隨時間而逐漸下降。負責香港大學模型研究的港大醫學院院長梁卓偉在發表研究的記者會表示，現時疫苗對防止感染及傳播Omicron的效用有限，但接種BioNTech疫苗後的抗體水平的起點明顯比科興疫苗高，維持時間也較長，面對Omicron變種病毒的預防感染及重症的表現都較優勝。身兼世衛傳染病流行病學及控制合作中心聯合總監的香港大學流行病和生物統計學分部主任高本恩教授表示，香港的防疫及疫苗專家之前已強烈建議第三劑應採用保護力較佳的BioNTech疫苗作為加強劑，但目前仍有4成接種者的第三針是科興疫苗，最多只能減低重症，但不能預防感染，無助於抑制疫情，科興疫苗只是比完全不接種疫苗稍好的第二選擇，如從公共防疫角度出發則應在第三劑全部接種BioNTech疫苗。
雖然政府專家顧問及疫苗科學委員會表示科興疫苗對預防感染Omicron變種病毒的保護力不足，如果第三針繼續注射科興疫苗，香港人口的整體疫苗保護率會被拉低，難以通過全香港市民接種疫苗達致群體免疫，因此「強烈建議」市民選擇保護效能較佳的德國BioNTech疫苗（復必泰）作為第三針的疫苗。可是香港特區政府近期只是呼籲市民打第三劑疫苗，卻沒有根據疫苗專家委員會的建議呼籲市民盡量選用BioNTech疫苗（復必泰）以提升對抗變種病毒的保護力，缺乏提升BioNTech疫苗（復必泰）接種率的宣稱，不但特區政府推廣疫苗接種的電視廣告沒有提及，就算是政府疫苗計劃的預約網站，也只在不容易找到的「常見問題」中提及，網頁不但沒有交代專家委員會強烈建議選用BioNTech疫苗（復必泰）的原因，還緊接加入「然而，專家亦尊重市民對疫苗選擇的個人意願，這些人士也可以第三劑接種克爾來福疫苗。」的語句，把專家委員會的「強烈建議」淡化。截至2月20日，第三針選擇BioNTech疫苗（復必泰）的比例，與首兩劑幾乎是相同的約為62％，拉低了社會整體預防病毒感染的保護力。由於科興疫苗是中國的產品，導致香港疫苗接種計劃被政治正確干擾，如特區政府官員高調地帶頭打科興疫苗，當科興疫苗的保護力受到包括醫學界的專業團體質疑時，特區政府便立即加以維護，甚至出稿譴責質疑科興疫苗是「抹黑疫苗」、「誤導市民」及「將個人政治利益凌駕於公共衞生」等等，就連衞生署署長林文健在2022年2月8日在記者會被記者問及兩種疫苗的保護效能優劣時，不但沒有正面回應，還為科興疫苗的效用辯護，雖然記者之後繼續向衛生署查詢，包括有否需要提升社會整體保護率以達至「動態清零」、會否根據專家委員會的建議加強宣傳市民應選擇接種BioNTech疫苗（復必泰）、會否要求接種三劑都打科興疫苗的人士補打多一劑BioNTech疫苗（復必泰），惟特區政府的相關部門沒有回覆。
根據醫院管理局提供的數據顯示，已接種疫苗的染疫死亡個案，有1292人（87%）打科興克爾來福疫苗，184人（12%）打BioNTech復必泰疫苗，港大專家何栢良引述醫學期刊表示，基於醫學實證，強烈建議為所有長者接種BioNTech復必泰疫苗。何栢良又表示長者即使只接種一劑BioNTech復必泰疫苗已可降低死亡率達到5成，科興克爾來福疫苗則要打3針，最少要三個月後才能降低死亡率，而且科興疫苗的抗體下降得太快，需要持續補針，所以應盡量安排長者接種BioNTech復必泰疫苗。