中国国民党清党
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清党对中国国民党组织发展影響深遠。清黨期間，除了大肆捕殺共產黨員，國民黨內的左派党员和思想較激進的青年黨員亦被當作共產黨人，“与共产党同归于尽”，基层農工党员出於失望或恐懼而自行脱党，重創了國民黨的形象。1928年，国民党江苏省党部举办党员总登记时，“党员对党灰心，不来登记者占十之三四；存观望登记者十之四五；因受反宣传不登记者十之二三。”广东省長年作為國民黨的基地，申请登记的党员仅原有的35％；連國民政府最初所在的广州市，申请登记的党员也不到原有的10％。在长沙，清党前号称有19万党员，清党后“合格党员”僅1526人，其中“农工两界寥寥无几”。而在汉口，清党前原有3万多党员，登记时仅5000人。
清党前，中国国民党普通党员人数（不含军政和海外党员）约121万（一说65万），其中有中国国民党员身份的中国共产党员不超过5万。清党一年后的1928年5月，中国国民党在冊黨員只有23萬。1929年12月回升到27万，其中绝大多数党员还是军队或高级党政机关人员。这意味着清党行动使得中国国民党党务系统大換血。北伐前后各省建立的县、乡国民党基层组织，“清党后基本瓦解，恢复得十分缓慢”。到1933年，全国仅有17%的县建立有县党部，浙江省建立县党部的县份为69%。“只能在城市的上层可以看到，农村中是很难找到党的势力的微弱影响”；“不但在农民中很难找到国民党党员，并且在一切农民运动负责人员中，在地方自治工作人员中，在农村文化教育负责人员中，以及农村经济建设负责人员中，都不容易看到国民党党员的踪迹”。
普遍发生的投机、暴力、专断與誣陷等情形使清党严重扩大化、黑暗化，对国民党自身造成很大傷害。大批对國民革命抱持高度热情，或是熱衷於農工學运动的黨員，因為左傾而在清黨期間被当作共产党人慘遭清洗。例如浙江地方豪绅“藉清党之名，谬指各地之宣传主张减租者为共产党员，向各机关告发。各机关于接受告诉之后，大事搜捕，至无辜受累者难以数计。”與此同步的是來源複雜、參差不齊的新黨員暴增，黨員素質迅速惡化，“投机腐化恶化分子”取而代之。国民党江苏省党部在清党报告中称：“反革命之势稍杀，不革命之势代兴。土豪借名清党，实施报复而图复燃。共党要犯逸走，忠实遭污，清浊不分，是非颠倒。意志薄弱者视革命为畏途，感情热烈者，伤本党之无望，而投机腐化，纷至沓来，”致使“党德沦亡，党权日坠，党机毁灭，民众对党的信仰全失。”1929年，中国国民党第三次全国代表大会检讨清党得失时，认为清党“使本党起了一个很大的分化和损失”、“一般投机腐化恶化分子都纷纷混入本党”。1928年2月12日《中央日报》刊登的蒋中正《关于党务的提案》中称：“清党时期，倏逾半年，共产党之逆迹固已大暴国中，本党之精神亦日见湮没。”在成都，清党前原有3000多党员，清党后申请登记者達1万多人。四川省清党后登记党员超過10万，是清党前的数倍。国民党江苏省党部在清党工作报告中指出，各县“或党员甚多而登记极少，或党员极少而登记太多”，并且认为后者大半是“投机分子”。1929年北平《民国日报》报道：河北省“各县市指委中十分之九没入过党，有的是小土劣，有的当过税吏，有的曾做土匪，有的患神经病，其余确系不明白党义的盲从青年。……这次河北党员的数量，竟以不过六千同志的数目而拉到二万七千之多。”
清党的另一个后果是使国民党地方组织遭受極大破坏。第一次国共合作时期，国民党的省及其以下之地方党部有著不少共产党員擔任幹部。清党发生后，国民党地方组织隨即陷入瘫痪。1928年4月1日《中央日报》的《一周间的大事》报道：“几个月来，党务受了不少的摧折……各地的党务今日改弦，明日更张，停顿的停顿，攘夺的攘夺，完全沉入于阴晦悲观的景象中。”清党使各省、市党部内原本由共产党員担當的职位出现空缺，引发党内争夺，相互打击，地方党部從此陷入不断的改组、重整之中，地方黨務亦隨之荒廢。同時，國民黨內從原先的左、右派之爭，進一步惡化為山頭林立的派系之爭。1928年3月30日《中央日报》刊登署名“雪崖”的社评《省党部的地位问题》称：
在最近的这一年中，纠纷闹得最多和人员变换最频繁的，要算是这个省党部了。例如安徽一省，自去年三月到现在，为期不过一年，省党部已经变更五六次；浙江一省也变更三四次；此外如湖北、湖南、江西各省也常有变更省党部的事情；而且每更换一次人员，就发生一次纠纷。人选愈趋愈下，党的威信亦因此发生动摇。弊害最大的，就是因为省党部变更频繁，互相争夺，演成甲兴乙起，丙去丁来的局面，致使“党内无派”的理想不能实现。
清党对国民党县以下基层组织的冲击尤大。第一次国共合作时期，國民黨幹部多不願下鄉，故国民党基层组织大多由共产党员主持。清党后，国民党县以下組織除極少數仍由国民党左派和共产党员掌握外，大多数已被土豪劣绅控制。特别是湖南、湖北等在國民革命中曾开展过大规模农民运动的農村，土豪劣绅乘清党之機报复，聯合地痞流氓控制了国民党基层組織。這對日後的國民政府造成極其惡劣的影響，土地改革等政策無法推行，被既得利益者把持的基層組織陽奉陰違，只能以失敗告終。1928年3月15日《中央日报》发表何民魂《痛念与自惕》社论称：“清党达到我们目的了，但苏皖闽浙各地，土豪劣绅也乘时蠢起，捏词诬告本党青年忠实同志为C.P.，从事农工运动者为共党……忠实同志致遭残杀的到处皆是，信仰不坚被金钱软化堕落的更多。”
清党对国民党员的人数和組成亦产生了深远影响。第一次国共合作时期的1924年春到1927年春，国民党员總人数从不足20万增至100万人，其中普通党员约60万。清党後，據1928年3月統計，普通党员已减至22万人。至1929年10月，国民党员總人数为65万多人，普通党员不到27万。此后，国民党员中的军人增长迅猛，一般民眾卻增长遲緩。1929年10月到1937年1月，国民党军職党员从30万增至101万。北伐战争初期的1926年10月，军職党员仅占国民党党员总数4%，到1937年1月已上升至61%，即每3个党员里有2个是军人，幾乎成为一个軍人組織。1937年1月，普通党员增至52万多人，其中预备党员近16万，正式党员约36万，清黨過了近十年，普通黨員人数仍未恢复到1927年清黨前的规模。
1929年之前，国民党开展清黨及党员总登记期间，为防“反动分子”、“投机分子”混入党内，基本暫停吸收党员。1929年1月，中国国民党第三次全国代表大会决定实行预备党员制，该制度仿自全联盟共产党（布尔什维克），自1929年底开始在部分省、市实施，至1938年废止。1932年下半年起，国民党中央要求各地方党部大规模征求党员，将定期征求改为随时征求，又先后颁布《免除预备党员程序办法》、《特许入党办法》，以扩充党员，但效果不彰。地方组织涣散，党对民众缺少吸引力。到1933年，全国仅有不到40%的省份有正式的省党部，不到17%的县有正式的县党部。为数不多的党员集中在大城市，主要是知识分子、官吏和商人，党的影響力未能深入县以下的农村社会，基層的农民和工人党员极少。而1934年中国共产党的党员统计，农民占87%，工人占5.8%，党员組成与国民党對比鮮明。
清党之后，国民党的基层干部逐渐“光棍化”，基层组织逐渐衙门化，党和民众逐渐疏远。历史学家余英时在《中国知识分子的边缘化》一文中认为：“国民党内最初也容纳了不少知识分子。但自北伐成功以后，国民党实行一党专政，它便越来越和知识分子疏离了。北伐以后，社会上有‘党棍’的新名词流行，这是很值得玩味的。这个名词在无意中说明了国民党的基层干部或是出身‘光棍’或者已‘光棍化’。”余英时称，“光棍”是指缺乏知识的地痞流氓。這些基層幹部素質不高，成天關在辦公室裡，對於推展黨務、經營民眾的工作沒有絲毫熱情，只會利用黨職身分攫取好處。原国民党中央秘书长、组织部长朱家骅形容这批人为“第一，靠党过生活。第二，依党做护符。第三，藉党争权利。”曾养甫在考察湖南省、湖北省国民党党务时认为：“党员对党是消极，人民对党是失望，地方政府对党是责备。”
1926年时的蒋介石
中共领袖陈独秀
1928年的上海外滩
主张反共清黨的蔡元培