甲型流感病毒H7N9亞型
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3月22日，时任上海市公共衛生臨床中心副主任、中心感染科主任卢洪洲發現患者可能感染H7N9病毒，之後把標本送至中國疾控中心。
3月29日下午，分離出3株H7N9禽流感病毒。
3月30日，中国国家卫生和计划生育委员会首度確診人感染H7N9禽流感病例。
3月31日中午，中国衛計委與世界衛生組織公布，確診上海和安徽總共三人感染H7N9禽流感，其中兩人死亡，一人病情危重，是全球首次發現人類感染H7N9禽流感病毒。其中上海一名87岁男子和27岁男子分别在2月19日和27日发病，抢救无效于3月4日和10日死亡，27岁男性死者生前曾贩卖猪肉。安徽的患者曾经在农贸市场买过鸡。
4月1日，香港食物及衞生局局長高永文表示，擔心病毒是否已出現變種、在家禽動物之間有疫症流行，甚至會否出現人傳人。
4月2日晚，江苏省卫生厅通报新确诊四例病例，均為病危。
4月2日，香港文汇报报道，上海方面疑似漏报5宗重症肺炎病例。两名死者所在的医院为上海市第五人民医院（简称「市五院」），与市五院同处闵行区的另一间大型医院內呼吸科感染科室一位医生表示，3月中旬以来，该院收治了5名「不明原因重症肺炎」患者，他們目前采用碳青霉烯类抗生素并用激素治疗后，病情暂时稳定。
4月3日，浙江杭州市确诊两例病例，其中一例患者死亡。同日傍晚新浪微博网民爆料萧山某医院接触患者洪某的医务人员中有两人发热，正在隔离中，翌日傳染病診治國家重點實驗室主任李蘭娟稱「患者沒有把病毒傳染給其他人，如親屬和接診的醫務人員」。
4月4日，上海市衛生及計劃生育委員會在傍晚7點與11時通報，上海市新确诊4例（其中1名为4歲儿童），而上海新确诊的患者有两人已死亡；另同日浙江省衛生廳通報：浙江省湖州市新确诊1例人感染H7N9禽流感病例，（同日晚上患者病情加重並搶救無效，在浙江大學醫學院附屬第一醫院死亡，從省疾控中心確診到其去世，不到24小時）。
4月5日傍晚6時，江蘇省衛生廳通報，新確診2例人感染H7N9禽流感病例；兩例均為南京市秦淮區人，並在該市救治中。
4月6日晚上，上海市衛計委通報，截至當天18:30，上海新增兩例人感染H7N9禽流感确诊病例，分别为74岁和66岁。
4月7日傍晚5點，上海市衛計委通報新增兩例人感染H7N9禽流感确诊病例，分別為59岁與67岁；同日晚上10點，安徽省衛生廳通報新確診一例，57歲男性患者現於亳州市治療。
4月8日傍晚5點，上海市衛計委通報新增一例人感染H7N9确诊病例，這位64岁男性退休人士於4月1日上午發病，4月3日到瑞金醫院診斷為肺炎，4天後復診為重症肺炎，於4月7日傍晚死亡，當晚樣本檢測對H7N9病毒呈陽性反應，同時江蘇省衛生廳通報兩例確診病例，為85岁男生與25歲女性，目前病性均危重。
4月9日傍晚5時，江蘇省衛生廳通報在4月2日被確診並通報的蘇州市83歲男性患者，已於同日下午死亡，上海市衛計委於同日傍晚6時通報確診兩例新病例，兩名男性患者為62歲與77歲，目前病情穩定，浙江省卫生厅同日通报新增两例确诊病例。分別为51岁女性（重症）與79岁男性（危重）。
4月10日下午2時，江蘇省衛生廳通報兩例新確診病例，均為男性，分別為70歲（居於無錫市）與74歲（居於江陰市），病情較重與危重；同時浙江省衛生廳亦通報新增一例確診病例，65歲男性患者現於杭州救治，情況穩定，傍晚5時上海市衛生廳通報新增兩例確診病例，分別為76歲女性與81歲女性，情況均穩定。
上海在4月4日主動發現並確診之一例病例（4歲男童）於兒科醫院診治，在4月8日症狀消退康復，經兩天監察後於4月10日下午出院，成為首人感染H7N9首例康復病例。
4月11日下午4時，江蘇省衛生廳通報新增兩例確診病例，分別在揚州市的31歲男性與蘇州市的56歲男性，病情均危重，傍晚6時半上海市衛計委通報新增三例確診病例，其中74歲男性一例於3月31日發病，到普陀區中心醫院就診，4月9日診斷為重症肺炎，翌日晚上確診為H7N9，隔天下午不治；另兩例（83歲女性與68歲男性）病情皆穩定。
4月12日晚上7時半，上海市衛計委通報新增兩例確診病例，分別為53歲男性與86歲男性，前者現為重症肺炎、後者情況穩定，另在4月6日確診之74歲男性已於同月11日晚上死亡，浙江省衛生廳在晚上9時通報新增三例確診病例，分別為66歲男性、74歲男性（均居於杭州）與54歲女性（居於湖州），病情均尚穩定。
4月13日凌晨1:30，北京市衛生局發布消息：經北京市疾控中心實驗室檢測，該市發現首例人感染H7N9禽流感疑似病例，為地壇醫院收治的一名7歲女童，現病情穩定，於同日凌晨被中國疾控中心確診，早上9:30由北京市新聞辦公佈，這是北京市首例確診病例，同日下午2時，江蘇省衛生廳通報新增兩例確診病例，分別為77歲女性（南京市）與72歲男性（常熟市）；下午4點半上海市衛計委通報新增一例確診病例，為56歲顧姓男性，現情況其妻52歲于姓正是在4月3日不治、4月4日被確診的病例，4月12日晚上經國家與上海衛計委雙方判斷為：目前掌握資料不足判定是由妻子傳給丈夫；同日晚上6點，浙江省衛生廳通報新增兩例確診病例，分別為65歲與38歲，均為男生與居於杭州，病情皆危重。
4月14日早上九時，河南省衛生廳首次通報確診病例，分別為兩位男性患者（34歲居於開封市與65歲居於周口市），前者病情危重後者穩定，同日下午3时-5時半，江蘇浙江上海三地衛生部門分別公佈共9例確診病例，浙江兩男兩女病例在64至79歲之間，江蘇兩例分別為50歲與26歲均為男性，上海市三例為73歲、54歲與78歲均為男性，另該市4月4日確診的67歲女性與4月9日確診的77歲男性分別已不治。
4月15日凌晨，北京市衛生局通報，市疾控中心對北京市首例感染病例家庭販賣家禽相關人群（朝陽區崔各莊鄉奶東村之禽類養殖戶共24人）的主動篩查監測，發現一名4歲男童對H7N9呈陽性，但並無臨床症狀，判定其為H7N9帶菌者，同日下午5時江蘇浙江安徽衛生廳各通報新增一例確診，共三例，60歲男性患者（居於昆山）與60歲男性（居於天長市）情況均危重，68歲女性（居於湖州）則病重；另江蘇省在4月13日確診的一位77歲女性已不治。
4月16日下午，江蘇通報新增三例確診，分別為21歲女性（居於昆山）、56歲男性（居於南京）與72歲男性（居於蘇州），病情為較重至危重，同日傍晚浙江通報新增五例確診，三男兩女在（56-72歲）均居於杭州，病重。同日，在上海市截止17時的通報中，新增一例47歲男性確診病例；另有5例回顧性確診，包括在3月下旬上交的上海市五院病例樣本（兩人死亡、兩人康復）與一位3月16-19日曾到過長沙市的，居於上海的兩歲小孩在當地被取樣並確診，3月22日康復，湖南省衛生廳於4月17日早上通報該例詳情，當媒體問及為何今日才發布消息時，湖南省衛生廳疾控處處長陳焱表示：這是根據國家衛計委要求統一發布。
4月17日下午四時，北京市首例確診之7歲女童康復出院；同日下午5時半，上海市通報新增一例確診，患者為89歲男性，病情穩定，晚上九時，浙江省通報新增四例確診，三男一女患者由37至86歲，情況大多病重，其中41歲張姓男子是街道幹部，曾參與4月8日凌晨撲殺浙北農副產品交易中心的活禽工作，六天後微燒，與醫生見面時曾要求作H7N9檢測被拒，第二天下午直接到湖州市疾控中心要求檢測，晚上報告呈陽性，但除發燒外無其他徵狀；另江蘇省新增1名死亡病例。
4月18日中午，在4月6日確診之男性患者（65歲楊先生）出院，成為上海首例成人確診並出院者，下午江蘇通報新增一例確診，為居於南京之26歲女性，另一名居於蘇州的60歲男性於4月16日晚上不治，其中南京市衛生局副局長許民生介紹該病例輕症患者時說：她確實出現發熱伴流感症狀，一開始掛門診，當作普通的感冒看，只服感冒藥。雖省疾控中心實驗室及後檢測為陽性，但現已痊愈，病毒幾乎「不攻自破」原因還沒查明。同日河南省與上海各通報新增一例確診，共兩例，為居於鄭州市的38歲男性（病情較重）與上海之80歲女性（病情穩定），另浙江省新增兩例確診，患者為54歲女性（嘉興人）與69歲男性（杭州人），情況均病重。
4月19日下午，江蘇通報新增一例確診，患者為南京市54歲男性，病情危重，浙江通報新增三例，兩男一女病重，均在杭州醫治；另浙江4月9日確診一例女患者，在同日上午從浙江大學醫學院附屬第一醫院出院，成為浙江首例重症康復出院病例，另安徽亳州4月7日通報的一例確診亦於同日康復出院。
4月20日下午，上海與江蘇南京各新增一例確診，浙江杭州新增三例確診，合共五例，另4月18日杭州確診之一例（69歲男性）於19日晚不治。
4月21日上午，上海三例確診康復出院（分別在4月7、10、13日確診），晚上7時浙江省通報確診五例，三女兩男由58-81歲不等，其中一例（76歲男性，嘉興人）已在通報當天不治，另一例14日確診之62歲女性已於20日晚不治同日晚上近十時上海通報一例確診，患者為68歲男性，在江蘇溧阳市住院，4月19日送至上海肺科醫院救治，屬江蘇省新增病例。
4月22日上午8時許，浙江湖州市疑因撲殺禽鳥而染病一例（4月17日確診）在浙江大學醫學院附屬第一醫院出院，下午浙江通報兩例新確診，分別為一男（32歲），一女（54歲），另上海市4月12日通報確診之86歲男性已於21日晚不治。
4月22日晚上6時，山東省衛生廳通報枣庄市立醫院在一名36歲男性患者病例樣本檢測，初步為確認為H7N9疑似病例，翌日下午由國家衛計委確診，患者從事建材批發工作，未曾接觸過活禽，但在該患者住所附近百米左右，為一綜合性市場，內有活禽販賣攤位。
4月23日下午浙江杭州與安徽天長市新增確診共三例，而山東省棗庄市新增首例確診病例（36歲男性），目前病重。另在4月17日確診之杭州一例（86歲男性）在同日上午不治，河南周口市在4月14日確診之65歲男性於當天康復出院。
4月24日，新增確診病例-無，江蘇省新增1例死亡病例，此為先前確診病例。
4月25日早上9時許，河南通報新增一例確診，56歲男性患者（居於鄭州）病情危重，另同日江西省通報發現在南昌市第三醫院收治一名69歲男性疑似病例，同日晚上11時宣佈確診；同日下午浙江通報確診兩例，上海方面，在4月14日確診之一例73歲男性當天出院。
4月26日傍晚，福建龙岩市永定县、浙江湖州與江西南昌各新增一例確診，其中福建為該省首例，另江蘇通報新增三例確診，另無錫確診一例（4月2日確診，32歲女性）於4月24日不治，鹽城一例（26歲男性）於同日下午出院。
4月27日上午，浙大一院有六名確診病例出院，上海亦有兩名患者出院，傍晚湖南省衛生廳通報確診首例（64歲邵陽之女性），另收治一例54歲男子（在江西銅鼓縣診治為肺炎，4月22日轉至瀏陽市人民醫院，後被確診）。
4月28日上午，江西通報南昌市新增兩例確診，男性(80歲)及女性(31歲)，杭州、福建福清市與山東枣庄市各新增一例，其中山東確診一例為該省首例（36歲男性）之4歲兒子，但該省衛生廳在通報中認為尚未發現人傳染人的證據。
4月29日下午上海通報在4月17日確診一例在當天上午不治，另同日河南鄭州首例康復出院。
4月30日上午，福建通報福州仓山区新增一例確診，5月1日上午，湖南通報武冈市新增一例確診。
5月1日，新增確診病例1例，湖南省邵陽市農民，男性病例（69歲），當日病危。另江蘇省新增1例死亡病例，為先前確診之病例。及江西省新增1例死亡病例，為4月27日之確診男性病例（54歲），於5月1日搶救無效死亡。
5月2日，湖南通報在江西銅鼓收治一例患者已於5月1日早上因多器官功能衰竭不治，5月3日上午，杭州浙大附屬第一醫院有十位患者康復出院，同日上海一例（4月9日確診）病例康復出院。
5月4日晚上，福建通報福清市新增一例確診。
5月6日，福建通報福州市倉山區新增一例確診，並已痊癒出院，另江蘇省、浙江省、安徽省計新增死亡病例4例，均屬先前之確診病例。；同日，山東省第二例病例康復出院。
5月7日，江西省通報新增一例確診；同日，河南省開封病例康復出院。
5月8日，江西首例病例出院。
5月9日，新增確診病例-無，河南省鄭州市新增1例死亡病例，為4月25日之確診男性病例（56歲，本身具高血壓、心臟病、腦梗塞等病史），於5月9日搶救無效死亡。
5月10日，新增確診病例-無，上海市新增1例死亡病例，為4月10日之確診女性病例（83歲），於5月10日搶救無效死亡。
5月14日，新增確診病例-無，湖南省新增1例死亡病例，為4月27日之確診女性病例（64歲），於5月14日搶救無效死亡。
5月16日，江苏昆山1例H7N9病例康复出院。
5月28日，北京确诊该市第二例H7N9禽流感感染病例，为一名6岁男童。患儿经初步治疗后，基本保持体温正常。
12月16日，廣東省陽江市确诊该市的一名六十五歲女感染H7N9禽流感，目前情況危重。病人的樣本經廣東省有關衞生當局化驗，證實對H7N9病毒呈陽性反應，並於12月16日確診。