序列組裝
序列組裝程式

最早的序列組裝程式大約在1980至1990年代初期被發明。其雛形是序列比对分析的程式。隨著定序技術的進步以及被定序生物複雜度的增加（從小的病毒在质體至细菌和最後真核生物），序列組裝程式所採用的演算法也越趨複雜。基本上，組裝程式都至少要能應付下面三大問題：
大量的原始數據：一次的高通量測序可能產出數百至上千GB 的測序資料。為了分析如此大量的資料，組裝程式通常都需要在超級電腦或電腦叢集上運作。
重複片段：完全相同的或非常類似的序列會造成組裝過程中的困難。我們難以判斷重複的次數，重複片段的切確位置，甚至可能將兩個原本不相連卻都帶有同樣重複片段的序列誤組在一起（mis-assembled）。
測序錯誤（英语：）：測序錯誤可能產生自機器和技術本身的限制，而這樣的錯誤增加了序列比對的難度。
基因組組裝程式Celera 和Arachne 在2000年被研發出來——當時科學家試著組裝第一個較大型真核生物的基因組（果蝇），緊接著是隔年的人类基因组計畫。這兩個程式能处理約100至300亿个鹼基對的基因組。隨後，更大更複雜的組裝程式也被發明，例如阿莫斯組裝程式（AMOS, A Modular Open-source Assembler） 等。
下表列出了部分能夠進行 de-novo 組裝的程式。
| 程式名稱 | 應用 | 適用測序技術 | 作者 | 發表年份 | 使用權限* | 連結 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| ABySS | （大型）基因組 | Solexa, SOLiD, Illumina | Simpson, J. et al. | 2008 | NC-A | link |
| ALLPATHS-LG | （大型）基因組 | Solexa, SOLiD | Gnerre, S. et al. | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| AMOS | 基因組 | Sanger, 454 | Salzberg, S. et al. | 2002? | OS | link |
| Arapan-M | （中型）基因組 （例. 大腸桿菌） | 均適用 | Sahli, M. & Shibuya, T. | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Arapan-S | （小型）基因組（例. 病毒） | 均適用 | Sahli, M. & Shibuya, T. | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Celera WGA Assembler / CABOG | （大型）基因組 | Sanger, 454, Solexa | Myers, G. et al.; Miller G. et al. | 2004 | OS | link |
| CLC Genomics Workbench & CLC Assembly Cell | 基因組 | Sanger, 454, Solexa, SOLiD, Illumina | CLC bio | 2008 | C | link Archive.is的存檔，存档日期2013-08-21 |
| Cortex | 基因組 | Solexa, SOLiD | Iqbal, Z. et al. | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| DBG2OLC | （大型）基因組 | Illumina, PacBio, Oxford Nanopore | Ye, C. et al | 2014 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| DNA Baser Assembler | （小型）基因組 | Sanger, 454 | Heracle BioSoft SRL | 2017 | C | www.DnaBaser.com |
| DNA Dragon | 基因組 | Illumina, SOLiD, Complete Genomics, 454, Sanger | SequentiX | 2011 | C | link |
| DNAnexus | 基因組 | Illumina, SOLiD, Complete Genomics | DNAnexus | 2011 | C | link （页面存档备份，存于） |
| DNASTAR Lasergene Genomics Suite | （大型）基因組, 外顯子組（exome）, 轉錄組（Transcriptome）, 元基因組（metagenome）, 表現序列標籤（ESTs） | Illumina, ABI SOLiD, Roche 454, Ion Torrent, Solexa, Sanger | DNASTAR | 2007 | C | link （页面存档备份，存于） |
| Edena | 基因組 | Illumina | D. Hernandez, P. François, L. Farinelli, M. Osteras, and J. Schrenzel. | 2008 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Euler | 基因組 | Sanger, 454 （,Solexa ?） | Pevzner, P. et al. | 2001 | （C / NC-A?） | link |
| Euler-sr | 基因組 | 454, Solexa | Chaisson, MJ. et al. | 2008 | NC-A | link |
| Fermi | （大型）基因組 | Illumina | Li, H. | 2012 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Forge | （大型）基因組, 表現序列標籤（ESTs）, 元基因組（metagenome） | 454, Solexa, SOLID, Sanger | Platt, DM, Evers, D. | 2010 | OS | link |
| Geneious | 基因組 | Sanger, 454, Solexa, Ion Torrent, Complete Genomics, PacBio, Oxford Nanopore, Illumina | Biomatters Ltd | 2009 | C | link （页面存档备份，存于） |
| Graph Constructor | （大型）基因組 | Sanger, 454, Solexa, SOLiD | Convey Computer Corporation | 2011 | C | link |
| HINGE | 基因組 | PacBio/Oxford Nanopore | Kamath, Shomorony, Xia et. al. | 2016 | OS | Software （页面存档备份，存于）, Paper （页面存档备份，存于）, Analyses |
| IDBA （Iterative De Bruijn graph short read Assembler） | （大型）基因組 | Sanger,454,Solexa | Yu Peng, Henry C. M. Leung, Siu-Ming Yiu, Francis Y. L. Chin | 2010 | （C / NC-A?） | link[] |
| LIGR Assembler （derived from TIGR Assembler） | 基因組 | Sanger | - | 2009 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| MaSuRCA （Maryland Super Read - Celera Assembler） | （大型）基因組 | Sanger, Illumina, 454 | Aleksey Zimin, Guillaume Marçais, Daniela Puiu, Michael Roberts, Steven L. Salzberg, James A. Yorke | 2012 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| MIRA （Mimicking Intelligent Read Assembly） | 基因組, 表現序列標籤（ESTs） | Sanger, 454, Solexa | Chevreux, B. | 1998 | OS | link |
| NextGENe | （小型）基因組  | 454, Solexa, SOLiD | Softgenetics | 2008 | C | link |
| Newbler | 基因組, 表現序列標籤（ESTs） | 454, Sanger | 454/Roche | 2004 | C | link |
| PADENA | 基因組 | 454, Sanger | 454/Roche | 2010 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| PASHA | （大型）基因組 | Illumina | Liu, Schmidt, Maskell | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Phrap | 基因組 | Sanger, 454, Solexa | Green, P. | 1994 | C / NC-A | link （页面存档备份，存于） |
| TIGR Assembler | 基因組 | Sanger | - | 1995 | OS | link[永久] |
| Trinity | 轉錄組（Transcriptome） | Illumina, 454, Solid,... | Grabher, MG et al. | 2011 | OS | https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki （页面存档备份，存于） |
| Ray | 基因組 | Illumina, mix of Illumina and 454, paired or not | Sébastien Boisvert, François Laviolette & Jacques Corbeil. | 2010 | OS [GNU General Public License] | link Portuguese Web Archive的存檔，存档日期2016-05-23 |
| Sequencher | 基因組 | traditional and next generation sequence data | Gene Codes Corporation | 1991 | C | link （页面存档备份，存于） |
| SGA | （大型）基因組 | Illumina, Sanger （Roche 454?, Ion Torrent?） | Simpson, J.T. et al. | 2011 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| SHARCGS | （大型）基因組 | Solexa | Dohm et al. | 2007 | OS | link 美國國會圖書館的存檔，存档日期2011-05-12 |
| SOPRA | 基因組 | Illumina, SOLiD, Sanger, 454 | Dayarian, A. et al. | 2010 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| SparseAssembler | （大型）基因組 | Illumina, 454, Ion torrent | Ye, C. et al. | 2012 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| SSAKE | （小型）基因組 | Solexa （SOLiD? Helicos?） | Warren, R. et al. | 2007 | OS | link |
| SOAPdenovo | 基因組 | Solexa, Illumina | Luo, R. et al. | 2009 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| SPAdes | （小型）基因組, 單細胞測序（single-cell sequencing） | Illumina, Solexa, Sanger, 454, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore | Bankevich, A et al. | 2012 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Staden gap4 package | 細菌人工染色體定序（BACs） | Sanger | Staden et al. | 1991 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Taipan | （小型）基因組 | Illumina | Schmidt, B. et al. | 2009 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| VCAKE | （小型）基因組 | Solexa （SOLiD?, Helicos?） | Jeck, W. et al. | 2007 | OS | link （页面存档备份，存于） |
| Phusion assembler | （大型）基因組 | Sanger | Mullikin JC, et al. | 2003 | OS | link |
| Quality Value Guided SRA （QSRA） | 基因組 | Sanger, Solexa | Bryant DW, et al. | 2009 | OS | link |
| Velvet | （小型）基因組 | Sanger, 454, Solexa, SOLiD | Zerbino, D. et al. | 2007 | OS | link （页面存档备份，存于） |
使用許可*：OS = 開放原始碼（免費）; C = 商業（付費）; C / NC-A = 商業使用需付費，但非商業使用與學術研究用免費; 括弧 = 不明但可能是 C / NC-A
圖一．OLC法示意圖
圖二．DBG法示意圖