真蕨類
演化和分類

依據链束植物的化石記錄，其首先出現的時期是泥盆紀早期。而到了三疊紀時，和一些現今的科有關的蕨類首次地出現了。「蕨類尖峰」則是出現在白堊紀晚期，當時有許多链束植物現今的科首先出現。
链束植物傳統上是被歸類在植物界的一門－蕨类植物門（Pteridophyta）裡的，但因为蕨类植物是一个并系群而被現代的分類法拆分，并将链束植物单列为一个单系群。
傳統上，有三個植物類群被認為是蕨類：兩個厚囊蕨類－瓶爾小草科Ophioglossaceae（瓶爾小草屬、陰地蕨屬和蕨萁屬）和合囊蕨科Marattiaceae，以及薄囊蕨類。合囊蕨科是赤道蕨類的主要類群，有著肥大的地下莖，且被認為是蕨類主要類群－薄囊蕨類的近親。而還有其他一些的植物類群被認為是「擬蕨」：石松門裡的石松、卷柏、水韭、松葉蕨科裡的松葉蕨和木賊科裡的木賊。但是，較現代的基因研究卻顯示，石松門和任何其他的維管植物之間都只是遠遠地關連著，是由維管植物分支的基底演化伸展出去的。而松葉蕨與木賊則和瓶爾小草跟合囊蕨一樣是「真正的」蕨類。事實上，松葉蕨和瓶爾小草毫無疑問地是一個分支，而木賊跟合囊蕨則可以認為是另一個分支。
處理此一情形的一種可能方法是只將薄囊蕨類視為「真正的」蕨類，而將其他三個類群視為「擬蕨」。而在實際上，也已有數個分類法在規劃著，並已有了少許的共識。2006年，Smith等人基於基因系統學研究提出了新的分類方法。2016年，廣義蕨類植物系統發育組（英语：）發表了PPG I的分類法，此一分類法將真蕨類視為綱級分類元，下轄4個亞綱：
木賊植物亞綱 Equisetidae Warm.
瓶爾小草亞綱 Ophioglossidae Klinge
合囊蕨亞綱（英语：） Marattiidae Klinge
真蕨亞綱 Polypodiidae Cronquist, Takht. & W.Zimm.
真蕨亞綱包含著大多數主要被視為蕨類的植物。現今的研究支持以前基於形態學，將紫萁科認為是由薄囊蕨類演化史早期分支出來的一科；在某種意義上，這一科是介於厚囊蕨類和薄囊蕨類的中間位置上。下列的分類樹參考自2016年PPG I的論文：
本纲包括以下目：
Cyatheales
Equisetales
Gleicheniales
Hymenophyllales
Marattiales
Ophioglossales
Osmundales
Polypodiales
Psilotales
Salviniales
Schizaeales
Botryopteridiaceae
Cladoxylaceae
Eviostachyaceae
Hamatophytaceae
Hyeniaceae
Iridopteridaceae
Kaplanopteridaceae
Psalixochlaenaceae
Pseudoborniaceae
Rhacophytaceae
Salvinaceae
Sermayaceae
Skaaripteridaceae
Sorocaulaceae
Sphenophyllaceae
Stauropteridaceae
Tedeleaceae
Zygopteridaceae
Acrangiophyllum Mamay, 1955
Acrocarpus Schenk, 1867
Actinostelopteris B.D.Sharma & D.R.Bohra, 1976
Aculea J.G.Douglas, 1973
Adelocladoxis T.Durieux, M.A.Lopez, A.W.Bronson & A.M.F.Tomescu, 2021
Adiantophyllum M.Langeron, 1899
Agasopteris Zalessky, 1937
Alamatus J.G.Douglas, 1973
Alsophilina Dormitzer, 1853
Amanda J.G.Douglas, 1973
Amdrupiopsis H.C.Sze & H.H.Lee, 1952
Anapaulia C.M.Berry & D.Edwards, 1996
Anastomopteris R.H.Wagner, 1958
Andriania C.F.W.Braun, 1843
Angariella V.A.Chachlov, 1939
Aphlebia K.B.Presl, 1838
Aphlebiocarpus Stur, 1877
Aphlebiopteris Gothan & Zimmermann, 1932
Aphyllostachys Göppert, 1865
Arctopodium Unger, 1856
Arthrodendromyelon O.Lignier, 1910
Aspidostachys W.Remy, 1955
Asterocalamitopsis W.Gothan, 1949
Astralocaulis F.M.Hueber, 1971
Aulacopteris Grand'Eury, 1877
Baqueroties R.Herbst, 1967
Bardia M.D.Zalessky, 1933
Barsasopteris S.A.Stepanov, 1967
Beinertia Göppert, 1836
Berendtiopteris E.-M.Sadowski, L.J.Seyfullah & A.R.Schmidt, 2019
Biarmella Zalessky, 1939
Bifariusotheca X.H.Zhao ex A.B.Doweld, 2019
Blechnoxylon Etheridge, 1899
Bockschia Göppert, 1836
Boiophyton J.Obrhel, 1959
Bonaventurea Debey & Ettingshausen, 1859
Borovuchkia M.D.Parfenova, 1965
Boweria Kidston, 1911
Calamariophyllum M.Hirmer, 1927
Calamodendrostachys B.Renault, 1890
Calamophyllite F.C.Grand'Eury ex A.T.Brongniart, 1872
Calamorrhiza Grand'Eury, 1877
Callipteridium C.E.Weiss, 1870
Carolopteris Debey & Ettingshausen, 1859
Ceratophyllites Unger, 1845
Chacassopteris G.P.Radczenko, 1960
Chansitheca Regè, 1921
Cheilanthites H.R.Göppert, 1836
Cheiloleptites G.Saporta, 1861
Chelepteris Corda, 1845
Chlamidostachys White, 1937
Chrysodiopteris Saporta
Climaciophyton G.Steinmann, 1929
Copiapaea H.Graf zu Solms-Laubach, 1899
Crucistachys T.Nakai, 1943
Cryptogrammites G.Andreánszky, 1951
Cuyenopteris E.I.Vera, 2010
Cymoglossa W.P.Schimper, 1869
Cyphopteris K.B.Presl, 1838
Dactylopteris Göppert, 1852
Dalejophyton J.Obrhel, 1957
Delgadoa O.Heer, 1881
Dendraena Nemejc, 1934
Denglongia J.-H.Xue & S.-G.Hao, 2008
Dichoneuron G.Saporta, 1878
Dichopteris Zigno, 1864
Dicropteris Pomel, 1849
Dictyocalamites E.A.N.Arber, 1912
Dictyodendron Landsborough, 1844
Diplasterotheca Hirmer, 1927
Diplazites H.R.Göppert, 1836
Diplodictyum C.F.W.Braun, 1843
Diplophacelus Corda, 1845
Dipteriphyllum F.Krasser, 1896
Discosoropteris J.Pšenicka et al., 2022
Doleropteris Grand'Eury, 1877
Duisbergia R.Kräusel & H.Weyland, 1929
Dyotheca W.Hartung, 1938
Echinosporangites J.Pšenicka & J.Bek, 2009
Ellesmeris S.A.Hill, S.E.Scheckler & J.F.Basinger, 1997
Endocalamites Grand'Eury, 1877
Endoxylon D.H.Scott, 1924
Enigmophyton O.A.Høeg, 1942
Eospermatopteris Goldring, 1924
Equisetina Zalessky, 1939
Eupalaeostachya T.A.Istchenko, 1965
Eusphenopteris R.Kidston, 1882
Filicosorus O.P.Suthar, D.R.Bohra & B.D.Sharma, 1995
Flicheia F.Pelourde, 1908
Foozia P.Gerrienne, 1992
Fortisia Visiani, 1858
Fortopteris M.Boersma, 1969
Fremouwa M.A.Millay & T.N.Taylor, 1990
Fuellingia H.-J.Schweitzer, 2002
Furcillopteris I.M.Miller & L.J.Hickey, 2008
Gagariostrobus N.K.Mogutcheva, 1987
Gellera Hollick, 1931
Ginkgophyllum Saporta, 1875
Glossochlamys Ettingshausen & Gardner, 1879
Gondwanophyton P.K.Maithy, 1974
Goniopterites A.T.Brongniart, 1849
Gordonopteris J.H.A.van Konijnenburg-van Cittert, E.Kustatscher & M.Wachtler, 2006
Graminites H.B.Geinitz, 1865
Grammatocaulis W.D.Tidwell & A.C.Rozefelds, 1990
Grandeurya R.Zeiller, 1883
Guptiorachis B.D.Sharma, 1971
Gyrophyllites Glocker, 1841
Gyropteris A.J.Corda, 1845
Hapalopteris D.R.J.Stur, 1883
Haplotheca W.Gothan & W.Hartung ex W.Gothan, 1949
Hawlea Corda, 1845
Heterofilicites E.W.Berry, 1905
Hierogramma Unger, 1856
Hippurites Lindley & W.Hutton, 1834
Hissaropteris Y.M.Kuzichkina & T.A.Sixtel, 1960
Honseleria H.Mustafa, 1978
Hymenophyllea C.E.Weiss, 1869
Hyphopteris W.P.Schimper, 1869
Jacutopteris N.D.Vasilevskaja, 1960
Kaloxylon Williamson, 1875
Kamatheca A.B.Doweld, 2019
Kenderlykia A.I.Turutanova-Ketova, 1962
Keraphyton A.Champreux, B.Meyer-Berthaud & A.-L.Decombeix, 2020
Kirchneria C.F.W.Braun, 1854
Koinostachys W.Remy, 1955
Korallipteris E.I.Vera & M.G.Passalia, 2012
Korallipteris alineae
Kryshtofovichia P.A.Nikitin, 1934
Langoxylon F.Stockmans, 1968
Laskovskia Zalessky, 1939
Lenlogia V.A.Krassilov & T.V.Zakharova, 1995
Lepidocalamus G.F.Matthew, 1906
Lescuropteris W.P.Schimper, 1869
Liknopetalon S.J.Smithies, 1985
Litostrobus Mamay, 1954
Lontzenia Stockmans & Willière, 1952
Lorophyton M.Fairon-Demaret & C.S.Li, 1993
Loxopteris Pomel, 1846
Macrostachya W.P.Schimper, 1869
Manebachia R.Remy & W.Remy, 1958
Maokheopteris I.N.Srebrodol'skaja, 1969
Marattites Marion & Laurent, 1898
Marginopteris W.Gothan, 1941
Mattenoxylon A.L.Jurina, 1988
Medwellia N.S.Nagalingum & S.McLoughlin, 2002
Megalorhachis Unger, 1856
Merianopteris O.Heer, 1877
Mesocrossotheca S.V.Naugolnykh & N.K.Mogutcheva, 2001
Mesoneuraster F.Sandberger, 1867
Microzygia Read, 1936
Mikasapteris H.Nishida, R.A.Stockey, Y.Takebe, J.Legrand & T.Yamada, 2022
Mittagia O.Lignier, 1913
Mointina M.A.Senkevitsch, 1961
Mokrawia G.Knopp, 1933
Monheimia Debey & Ettingshausen, 1859
Monoscalitheca M.L.Abbott, 1961
Multifurcatus Y.Wang, 2003
Nephropteris A.T.Brongniart, 1849
Neriopteris Newberry, 1873
Noeopteris Janssen, 1940
Nymbotheca W.B.K.Holmes, 2000
Ochotopteris E.L.Lebedev, 1974
Oligosporangiopteris J.Votocková Frojdová, J.Wang, J.Pšenicka, J.Bek, S.Opluštil & M.Libertín, 2021
Osmundophyllum Velenovský, 1889
Otidophyton D.White, 1905
Ovopteridium F.Behrend, 1909
Pachwarophyllum B.Prasad & P.K.Maithy, 1990
Padgettia S.H.Mamay, 1962
Palmatopteris H.Potonié, 1893
Panxia Y.Wang & C.M.Berry, 2006
Parapecopteris Grand'Eury, 1890
Parasphenophyllum K.Asama, 1970
Paratrizygia K.Asama, 1970
Peltastrobus Baxter, 1950
Peremopteris Zalessky, 1937
Phialopteris K.B.Presl, 1838
Phillipopteris J.J.Hamer & G.W.Rothwell, 1983
Pietzschia Gothan, 1927
Plumatopteris Kidston, 1894
Polypetalophyton B.Geng, 2003
Polypodites H.R.Göppert, 1836
Polytheca H.Potonié, 1900
Polyxylon C.B.Read & Campbell, 1939
Prosseria C.B.Read, 1953
Protocalamites J.P.Lotsy, 1909
Protopteridophyton C.-S.Li & J.Hsü, 1987
Protopteris Sternberg ex K.B.Presl, 1838
Prynadaia T.A.Sixtel, 1956
Psammopteris C.E.I.von Eichwald, 1862
Pseudomariopteris P.Danzé-Corsin, 1953
Pseudophyllotheca A.I.Turutanova-Ketova, 1968
Pteridites Tuzson, 1913
Pteridoleimma Debey & Ettingshausen, 1859
Pteridorachis Nathorst, 1902
Pteridotheca D.H.Scott, 1907
Pterisorus G.W.Rothwell & R.A.Stockey, 2006
Pterygopteris Johansson, 1922
Ptilorhachis Corda, 1845
Rachiopteris W.C.Williamson ex A.C.Seward, 1894
Raphaelia Debey & Ettingshausen, 1859
Resilitheca D.Edwards, U.Fanning, K.L.Davies, L.Axe & J.B.Richardson, 1995
Rhipidophyton C.M.Berry & Y.Wang, 2006
Rhizomopsis W.Gothan & H.C.Sze, 1933
Rhymokalon S.E.Scheckler, 1975
Rienitsia A.B.Walkom, 1932
Rotafolia D.-M.Wang, S.-G.Hao & Q.Wang, 2005
Rotoxylon J.Cordi & W.E.Stein, 2005
Saarotheca W.Remy, 1953
Saccopteris D.R.J.Stur, 1883
Sacheria Ettingshausen, 1852
Sachyogyrus Zalessky, 1939
Santhalea P.K.Maithy, 1977
Sarcopteris B.Renault, 1883
Sarituma M.A.Senkevitsch, 1963
Saropteris E.F.Tschirkova, 1937
Scaphidopteris B.Renault, 1883
Schizopteris A.T.Brongniart, 1828
Sciadipteris Sternberg ex K.B.Presl, 1838
Sectilopteris I.M.Miller & L.J.Hickey, 2008
Selenopteris Corda, 1845
Semigleicheniidites Nagy, 1968
Sentistrobus S.D.Riggs & G.W.Rothwell, 1985
Shirakia S.Kawasaki, 1934
Silesiopteris O.Posthumus, 1924
Solenostelopteris Kershaw, 1910
Sorotheca D.R.J.Stur, 1883
Sphaciinodum J.M.Osborn & T.N.Taylor, 1989
Sphalmopteris Corda, 1845
Sphegopteris Zalessky, 1939
Sphenasterophyllites J.T.Sterzel, 1907
Sphenostrobus E.D.Levittan & E.S.Barghoorn, 1948
Sphondylophyton R.E.Schultes & E.Dorf, 1938
Sphyropteris D.R.J.Stur, 1883
Staphylopteris K.B.Presl, 1838
Steffensia Göppert, 1836
Stephanida F.J.A.N.Unger, 1856
Stephanofilix Post & O.Kuntze, 1903
Stephanophyllites J.H.Millan & E.Dolianiti, 1980
Stichopteris H.B.Geinitz, 1858
Stockmansia B.Bohlin, 1976
Straelenipteris Stockmans, 1936
Stramineopteris S.A.Little, R.A.Stockey & G.W.Rothwell, 2006
Sturia Nemejc, 1934
Sulcocladus F.Stockmans, 1968
Surangea S.D.Chitaley & M.T.Sheikh, 1972
Suvundukia M.D.Zalessky, 1948
Sylvopteris Zalessky, 1937
Syncardia Unger, 1856
Szecalamitina A.B.Doweld, 2012
Taenitites P.H.Fritel, 1909
Taphrocanna C.E.I.von Eichwald, 1852
Teilhardia Seward, 1913
Tetrameridium W.Gothan, 1913
Tetraptilon Frenguelli, 1950
Tetratmema P.Corsin, 1951
Thainguyenopteris I.N.Srebrodol'skaja, 1969
Tomiella V.A.Chachlov, 1939
Tortkophyton A.L.Jurina, 1969
Trochophyllum H.C.Wood, 1861
Tumniella A.G.Lebedeva, 1940
Vachramelia L.B.Golovneva & V.A.Krassilov, 2001
Voelkelia Solms-Laubach, 1896
Wattieza F.Stockmans, 1968
Woodwardites H.R.Göppert, 1836
Zalesskyella E.F.Tschirkova ex M.D.Zalessky, 1939
Zonopteris Debey & Ettingshausen, 1859