维特尔斯巴赫王朝
神圣罗马帝国境内的维特尔斯巴赫家族 > 长支（普法尔茨支）

除1805-1815年因拿破仑战争短暂中断外，长支持续统治普法尔茨并从1777年起统治巴伐利亚直到1918年。1329年的帕维亚条约（英语：）规定选帝候席位应当在维特尔斯巴赫家族的长幼两支间轮替，然而1356年由在纽伦堡和梅斯召开的帝国议会发布的金玺诏书则故意无视这一规定，确定普法尔茨伯爵为七大选帝候之一，而无视巴伐利亚公爵的选帝候资格。这是因为来自卢森堡家族的时任神圣罗马帝国皇帝查理四世要报复前任皇帝同时也是竞争对手的幼支创始人路易四世，因此1373年幼支的巴伐利亚公爵奧托五世将勃兰登堡（七大选侯国之一）让给查理四世后，幼支长期没有选帝候席位直到1623年。此外，长支成员长期占据美因茨大主教和特里尔大主教职位（同为七大选帝候之一）。
1410年，来自长支的维特尔斯巴赫家族唯一一位德意志国王鲁普雷希特去世后，其子嗣分家导致长支进一步分裂成各个旁支，包括普法尔茨-诺伊马克特（英语：）、普法尔茨-西梅尔恩（英语：）、普法尔茨-茨魏布吕肯、普法尔茨-比肯费尔德（英语：）、普法尔茨-诺伊堡、普法尔茨-苏茨巴赫。1553年，由于普法尔茨选帝候腓特烈二世未生育后代，且他唯一仍然在世的弟弟诺伊马克特的普法尔茨伯爵沃尔夫冈（英语：）未婚，为防止统治巴伐利亚的家族幼支提出继承权声索，长支各旁支代表聚集海德堡讨论继承问题并于1553年11月签订了《海德堡继承协议（德语：）》，协议确认了1541和1546年普法尔茨-西梅尔恩（英语：）和普法尔茨-茨魏布吕肯这两支间达成的“一支绝后由另一支继承”的共识，并进一步确认若占据选帝候之位的这支绝后，将由跟这支血缘最近的旁支的最年长男性成员继承选帝候之位。
根据这一协议，选帝候之位于1559年传到了普法尔茨-西梅尔恩支的腓特烈三世手中。作为一名虔诚的加尔文宗教徒，弗里德里希三世把普法尔茨打造成了加尔文宗在欧洲的中心，并积极支持尼德兰和法国的加尔文宗教徒反抗天主教的斗争。他的儿子腓特烈四世更是于1608年创立了新教诸侯联盟并一向以其领袖自居，且积极与普法尔茨-茨魏布吕肯伯爵国和勃兰登堡侯国等信奉新教的诸侯联姻。他强烈的宗教观也影响了他的儿子和继承人，普法尔茨选帝侯腓特烈五世。
腓特烈四世1610年去世时，腓特烈五世只有14岁，根据1356年金玺诏书中的相关规定，未成年的选帝候必须由其血缘最近的男性长辈监护并摄政直到成年。然而，腓特烈五世的血缘最近的男性长辈是不久前刚刚皈依天主教的诺伊堡的普法尔茨伯爵沃夫岡·威廉，因此腓特烈四世在临死前另外指定信奉新教的茨魏布吕肯的普法尔茨公爵約翰二世担任其子的监护人兼摄政王。腓特烈四世去世后，腓特烈五世敞开大门欢迎约翰二世而将沃尔夫冈-威廉拒之门外。这种不符合体例的做法引发了德意志诸王公间的激烈争吵。最终，神圣罗马帝国皇帝马蒂亚斯于1613年干预此事，破例允许腓特烈五世在未成年的情况下独立执政。
1614年，腓特烈五世年满18岁，此事遂告一段落，但它在维特尔斯巴赫家族长支各旁支间引发了以不同宗教信仰为基础的矛盾，埋下了相互仇恨的种子。腓特烈五世还遵循父亲希望其娶一位信奉新教的配偶的愿望，于1613年情人节在伦敦白厅迎娶了同为信奉新教的斯图亚特王朝的英王詹姆士一世的长女伊丽莎白·斯图亚特（英国内战中被斩首的英王查理一世的姐姐），从而将英格兰、普法尔茨、丹麦和奥兰治-拿骚家族统治下的荷兰等各新教国家有效地联合起来。
詹姆士一世起先曾考虑把长女嫁给法王路易十三，但因法国是天主教国家只能作罢；还有其他一些欧洲其他国家的王公有意娶伊丽莎白·斯图亚特为妻，其中包括当时还是瑞典王子的古斯塔夫二世·阿道夫。最后，腓特烈五世被选中，因为普法尔茨选侯国是德意志新教诸侯的首领，而且尽管伊丽莎白·斯图亚特的生母安妮王后反对这门婚事，认为一国公主不该屈尊下嫁一个选帝候，但腓特烈五世得到了伊丽莎白·斯图亚特本人及其长兄威尔士亲王亨利的认可。为迎接新婚妻子，同时也作为婚姻协议的一部分，腓特烈五世立即着手扩建选帝候宅邸海德堡城堡（新建了动物园、伊丽莎白拱门、在城堡的西南侧新建了一个剧院，在那里莎士比亚的戏剧首次在德国境内上演）并新建了由曾任伊丽莎白·斯图亚特私人教师的法国建筑师、胡格诺教徒所罗门·德·高斯（英语：）设计的，当时在英国流行的，巴洛克式意大利文艺复兴风格的海德堡城堡花园（英语：）（拉丁文：Hortus Palatinus），使之成为阿尔卑斯山以北最重要的文艺复兴建筑之一。整个工程一直持续到1619年，因三十年战争爆发而未能完工。
1614年起，普法尔茨-诺伊堡支统治于利希和贝尔格两公国。这一变化的起因是患有精神病的于利希-克莱沃-贝格联合公国末代公爵约翰-威廉于1609年死后无嗣，于是爆发了于利希繼承戰爭（1609-10年；1614年）。由于这个面积为14万平方公里的公国扼守西班牙军队从陆路进入西属尼德兰所必经的西班牙之路，战略位置极为重要，且因八十年战争引发的难民大量涌入所带来的经济繁荣而被各方势力所垂涎，因而引发了1608-09年形成的两大政治军事阵营：新教诸侯联盟和天主教诸侯同盟之间的第一次正面冲突。因此这场短促的战争被众多史学家视为三十年战争的前哨战。
哈布斯堡家族的时任神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世对该领地有合法声索权，因为约翰-威廉的外公和鲁道夫二世的爷爷都是神圣罗马帝国皇帝斐迪南一世。但是作为皇帝，鲁道夫二世在政治上需要保持中立，因此无法公开要求其声索权。尽管除鲁道夫二世外还有六位声索者，但其中最有机会的是约翰-威廉大姐的女儿普魯士的安娜（她丈夫是勃兰登堡选帝候约翰-西吉斯蒙德）和约翰-威廉二姐的儿子诺伊堡的普法尔茨伯爵沃夫岡·威廉。当时这两个声索者都是新教徒。约翰-威廉死后不久，其妻洛林的安托瓦内特（法语：）和一干枢密院成员与皇帝的钦差等人组成了摄政机构，鲁道夫二世则随后宣布帝國法院（德文：Reichshofrat）将在四周内对最终归属权作出裁决。这被两位新教徒声索者看作是鲁道夫二世所代表的天主教势力企图吞并该公国的举动，于是勃兰登堡候国和普法尔茨-诺伊堡伯爵国于1609年6月在多特蒙德缔结盟约，宣布不承认除两人外的所有其他声索者，并组成联合政府。
两国联军则公然无视皇帝权威，开入该公国境内。火上浇油的是，哈布斯堡家族的死敌、波旁王朝的法王亨利四世和荷兰共和国次年初分别派出两万多人的军队支援新教联军，以期彻底切断西班牙军道。不料亨利四世于当年5月14日遇刺身亡，而天主教各诸侯也害怕战争由小规模冲突升级为大规模宗教战争而拒绝参战，才避免战争进一步扩大。皇帝把公国完整地封给萨克森公爵克里斯蒂安二世的决定在1610年5月在布拉格召开的会议上被否决，而联军虽然军事占领了公国，但财力耗尽且得不到各方势力的承认。1612年6月鲁道夫二世之弟、新任神圣罗马帝国皇帝马蒂亚斯即位后确认了把公国封给萨克森的决定，导致形式再次紧张，但由于西吉斯蒙德改信加尔文宗而沃尔夫冈-威廉皈依天主教，勃兰登堡候国和普法尔茨-诺伊堡伯爵国在1614年初时已经断绝了官方往来。因此，当年5月战端重开的时候，前者与其大金主荷兰共和国并肩作战，后者则协助人称“伟大将领”（西班牙文：El Gran Capitán）的热那亚人安布罗西奥·斯皮诺拉侯爵麾下的西班牙军队。同年10月交战双方在英法调停下开始和谈并于次月签订克桑滕条约，条约规定普法尔茨-诺伊堡伯爵国获得于利希和贝尔格两公国，以及位于今荷兰南部的拉文施泰因；克莱沃公国和拉文斯贝格伯国则归勃兰登堡候国所有。西班牙通过这一领土分割协议获得了62个城镇和三个莱茵河渡口，使得西班牙军道附近的军事态势有利于西班牙而不利于荷兰共和国。
1618年5月22日，信奉新教的波希米亚发生了反叛一年前刚任国王的斐迪南二世的第二次掷出窗外事件，原因是波希米亚贵族们担心狂热信奉天主教的斐迪南二世会取消波希米亚享有的宗教自由，事实上他也确实是这么打算的。波希米亚贵族们希望萨克森选帝候约翰·格奥尔格一世担任波希米亚国王，但被婉拒。这样一来，腓特烈五世就成了唯一的选择，因为他是萨克森选帝候之后最有实力的新教诸侯而且没有其他新教诸侯愿意冒与皇帝冲突的风险。8月26日，波希米亚选举腓特烈五世为新任国王。两天后，斐迪南二世在法兰克福当选为新任神圣罗马帝国皇帝，七大选帝候只有腓特烈五世投了反对票。
1619年11月4日，时年23岁、意气风发但缺乏政治经验，尤其是军事经验为零的普法尔茨选帝侯腓特烈五世在缺乏新教诸侯政治和军事支持的情况下接受波希米亚贵族的邀请，在布拉格圣维特主教座堂加冕为波希米亚国王，从而打破了天主教同盟和新教联盟之间的微妙力量平衡（七大选帝候席位独占其二，天主教诸侯与新教诸侯间票数比从4:3变成3:4，意味着今后皇帝之位将不再由信奉天主教的哈布斯堡家族垄断），成为引发三十年战争的导火索。腓特烈五世和他的宫廷顾问们对接受波希米亚王位所可能产生的政治和军事后果明显估计不足，不仅高估了自身力量也高估了新教诸侯联盟能够给予的支持。首先，普法尔茨选侯国的军事实力远不及哈布斯堡家族，相比较其余诸侯国，普法尔茨选侯国的领土显得松散，以海德堡为中心的下普法尔茨（又称莱茵-普法尔茨）和以安贝格为中心的上普法尔茨这两大块主要领地间彼此不想连。下普法尔茨的经济支柱是农业，上普法尔茨是欧洲当时重要的采矿区之一。其次，尽管腓特烈五世的父亲1608年创立了新教诸侯联盟，但新教诸侯中最强大的萨克森公国并未参加，而且联盟内部信奉路德宗的诸侯跟信奉加尔文宗的诸侯间也存在着矛盾。事实上，腓特烈五世继承波希米亚王位后还不到一年，1620年7月3日，新教诸侯联盟就与天主教诸侯同盟在乌尔姆签订协议，宣布在腓特烈五世与斐迪南二世之间的冲突中严守中立，造成前者的外交孤立。
斐迪南二世成为新任神圣罗马帝国皇帝后，一方面在外交上孤立腓特烈五世，另一方面联合巴伐利亚公爵马克西米利安一世领导的天主教诸侯同盟军事讨伐腓特烈五世（于是出现同一家族的长幼两支互相残杀的局面），并在1620年11月8日在布拉格附近的白山战役中消灭了腓特烈五世的军队。腓特烈五世及其家人被迫逃亡（战后先逃往西里西亚首府布列斯劳，次年逃往荷兰海牙），遭世人嘲讽为“在位仅一个冬天的国王”。从西属尼德兰首府布鲁塞尔出发的安布罗西奥·斯皮诺拉侯爵统帅的西班牙军队早在1620年8月就攻入波希米亚，次月转换目标攻入下普法尔茨；蒂利伯爵麾下的天主教同盟军队也紧随其后。
1621年1月21日，斐迪南二世宣布没收腓特烈五世在神圣罗马帝国境内的贵族头衔和世袭领地，同年5月，在皇帝的要求下，新教诸侯联盟宣告解散。1622年5-6月间，腓特烈五世的军队接连失利；7月23日，帝国和西班牙联军开始围困海德堡，9月16日城市陷落，三天后海德堡城堡被占领，曼海姆也于同年11月5日失守。海德堡的新教教堂和海德堡大学都被迫关停，举世闻名的普法尔茨图书馆（拉丁文：Bibliotheca Palatina）连同馆藏的3500本珍贵手抄典籍则被运往罗马送给教宗额我略十五世以回报其资助天主教诸侯62万吉尔德金币（一说100万达克特金币）的军费。1623年2月23日，斐迪南二世将腓特烈五世被褫夺的选帝候资格授予巴伐利亚公爵马克西米利安一世。1623年8月6日，腓特烈五世仅剩的盟友布伦瑞克-吕讷堡公爵克里斯蒂安率领的军队在施塔特洛恩战役（英语：）中被蒂利伯爵统帅的帝国军队摧毁。
三天后，腓特烈五世被迫与斐迪南二世签订停战协定，三十年战争的普法尔茨阶段结束了。腓特烈五世丧失了全部的领地：上普法尔茨被巴伐利亚永久占领，莱茵-普法尔茨则被马克西米利安一世和诺伊堡的普法尔茨伯爵沃尔夫冈-威廉（属长支的普法尔茨-诺伊堡支，但在于利希爵位继承战争期间已皈依天主教）所瓜分，直到1648年结束三十年战争的威斯特伐利亚条约签订后才归还给腓特烈五世的次子卡爾一世·路德維希，普法尔茨的选帝候席位也得到恢复（巴伐利亚在战争中获得的席位保留，七大选帝候变为八大，长幼两支均占一席，直到1777年长支回到巴伐利亚统治，莱茵-普法尔茨的选帝候席位并入巴伐利亚为止）。腓特烈五世与伊丽莎白·斯图亚特的小女儿索菲1658年嫁给了后来成为首任汉诺威选帝候的布伦瑞克-吕讷堡公爵厄内斯特-奥古斯都。他们的长子乔治-路易作为英王詹姆士一世曾外孙于1714年斯图亚特王朝末代君主安妮女王死后继承英国王位，建立了汉诺威王朝。
1685年，卡尔一世路易的独子，普法尔茨选帝候卡尔二世死后无嗣，普法尔茨-西梅尔恩支宣告终结，取而代之的是信奉天主教的普法尔茨-诺伊堡支：在于利希爵位继承战争中获得于利希和贝尔格两公国的沃尔夫冈-威廉诺伊堡的普法尔茨伯爵的儿子、诺伊堡的普法尔茨伯爵和于利希-贝尔格公爵菲利普-威廉成为新的普法尔茨选帝候。然而这一安排遭到法王路易十四的反对。
1670年6月30日凌晨两点，路易十四的弟弟、奥尔良公爵菲利普一世的首任妻子、英王查理一世的小女儿英格兰的亨莉雅妲公主在喝完一杯冰镇的菊苣水后腹部剧痛而暴卒，时年26岁（当时盛传是遭其丈夫的“基友”洛林骑士菲利普下毒）。次年，菲利普一世续弦，娶普法尔茨选帝候卡尔一世路易长女伊丽莎白-夏洛特为第二任妻子。因此普法尔茨选帝候卡尔二世死后，路易十四提出应该由卡尔二世之妹、奥尔良公爵夫人伊丽莎白-夏洛特继承普法尔茨选帝候之位。事实上，由于选帝候之位历来是传男不传女，路易十四的行为只是为法国吞并莱茵-普法尔茨寻找借口。遭拒绝后法军不宣而战于1688年9月开入莱茵-普法尔茨，以法国为一方，1686年7月成立的由奥地利、西班牙、葡萄牙、巴伐利亚、勃兰登堡、萨克森、莱茵-普法尔茨、荷兰共和国、英格兰、苏格兰、爱尔兰、萨伏伊公国、瑞典（1691年后改为中立）等欧洲各列强所组成并得到教宗依诺增爵十一世秘密支持的反法联盟奥格斯堡同盟为另一方的大同盟战争（亦称九年战争，1688-97年）爆发。
10月24日，法军进占海德堡。由于莱茵-普法尔茨是法军开往德意志各战场的必经之路，且为了防止正集结军队的北德各诸侯（勃兰登堡、萨克森、汉诺威、黑森-卡塞尔）和正从与奥斯曼帝国作战的巴尔干前线回师的南德各诸侯（巴伐利亚、士瓦本地区各侯国和弗兰肯地区各侯国）以此为跳板进攻法国本土，法军决定系统性地破坏莱茵-普法尔茨境内所有的军事要塞，并誓言将此地化為一片废墟（法文：Brûlez le Palatinat!（法语：））。路易十四的战争大臣（相当于今天的国防部长）卢福瓦侯爵在1688年12月20日前就拟定了一份详细的清单，里面列明了要摧毁的城市，城镇、村庄、城堡、教堂、桥梁等。法军还破坏庄稼、偷走或屠宰牲口、赶走居民，彻底实行焦土政策。1689年2月16日，法军开始破坏海德堡城堡；3月2日法军撤离之际，用火药炸毁城堡的防御塔并纵火焚烧城堡，部分城区也被烧毁。六天后曼海姆被夷为平地，沃尔姆斯和施派尔也分别于5月31日6月1日蒙难。虽然菲利普-威廉的儿子普法尔茨选帝候约翰-威廉于1690年继位后修复了被毁坏的防御塔和围墙，但法军于1693年5月22日再次攻占海德堡并于次日进入城堡，这次他们有备而来，用地雷将城堡的防御设施悉数炸毁，城区也遭受大面积毁坏。遭同样厄运的还有莱茵-普法尔茨相邻的巴登侯国和符腾堡公国。
由于海德堡尤其是海德堡城堡在战争中遭受严重破坏，菲利普-威廉的儿子普法尔茨选帝候约翰-威廉决定将选帝候国的都城从海德堡转移至贝尔格公国的杜塞尔多夫，约翰-威廉之弟普法尔茨选帝候卡尔三世菲利普继位后于1718年将都城迁回海德堡但两年后又迁往曼海姆。这两兄弟的大姐，诺伊堡的艾琳娜·玛格达莱娜是神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世的第三任和最后一任妻子，育有哈布斯堡王朝的最后两位神圣罗马帝国皇帝约瑟夫一世和查理六世，也是哈布斯堡王朝末代君主和唯一一位女性君主玛丽亚·特蕾西亚的祖母。
为了加强维特尔斯巴赫家族各旁支之间的团结，卡尔三世菲利普于1742年1月17日举行了一场婚礼，将其长外孙女和二外孙女分别嫁给了普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔和巴伐利亚选帝候马克西米利安二世埃玛纽埃尔之孙巴伐利亚的克莱蒙特-弗朗西斯公爵（英语：），而在数天之后的皇帝选举中，卡尔三世菲利普更是把手里的选票投给了巴伐利亚选帝侯卡尔·阿尔布雷希特，助其当选为神圣罗马帝国皇帝查理七世。1742年卡尔三世菲利普死后无男嗣，普法尔茨-诺伊堡支宣告终结，继承选帝候之位的是其长外孙女婿、普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔。随着1777年巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫死后无嗣，维特尔斯巴赫家族幼支绝后，普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔作为长支的族长继承了巴伐利亚选帝候之位，维特尔斯巴赫家族这两块分离了四个半世纪的领地再次合到了一起。
然而，由于卡尔·泰奥多尔已经是莱茵-普法尔茨选帝候，因此根据1648年威斯特伐利亚条约的规定，他在继承巴伐利亚前必须把莱茵-普法尔茨传给自己的继承人。事实上，尽管巴伐利亚无论从面积还是国力上都超过莱茵-普法尔茨，但由于卡尔·泰奥多尔素来对政治不感兴趣，而把时间精力都花在建造剧院、博物馆，收集艺术品，打猎和与其众多情妇（大多是法国女演员）幽会上，他更喜欢呆在气候更加温和的莱茵-普法尔茨首府曼海姆，而对迁往慕尼黑热情不高。苏格兰著名哲学家和历史学家托马斯·卡莱尔曾给予他这样的评价：“一个整天无所事事的可怜虫，自大、浮夸、浅薄而喜欢炫耀，沉迷于戏剧和繁育私生子而不能自拔。”尽管卡尔·泰奥多尔有很多情妇和私生子却没有合法的子嗣（他曾有过一个儿子，但出生第二天就死了），因此他自己的后代无法继承莱茵-普法尔茨和巴伐利亚，他需要得到一些他的私生子女们能够继承的领地，以便让他们从平民变成贵族。与此同时，巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫的妹夫、神圣罗马帝国皇帝约瑟夫二世则对巴伐利亚觊觎已久。
1778年1月3日，卡尔·泰奥多尔与约瑟夫二世达成密约，以将下巴伐利亚割让给奥地利为代价换取皇帝支持其保留莱茵-普法尔茨的同时继承巴伐利亚剩余地区。同时，卡尔·泰奥多尔希望从皇帝那里获得奥属尼德兰和前奥地利的部分土地以便死后传给他的私生子们，但这一条并没有写入条文中。这一损害巴伐利亚领土完整的计划立即遭到了巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫的遗孀萨克森的玛利亚·安娜·索菲亚和卡尔·泰奥多尔的第一顺位继承人、长支普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支（英语：）的茨魏布吕肯公爵卡爾二世·奧古斯特的反对。普鲁士（唯一有实力和意愿与奥地利对抗的德意志诸侯）、萨克森（萨克森选帝候弗里德里希·奥古斯特三世 跟卡尔二世奥古斯都娶了对方的妹妹为妻）和大多数其他德意志诸侯也反对这一领土交换，就连1756年以来改与哈布斯堡家族结盟的法国都不支持，因为法国当时正集中精力于美国独立战争，不希望在欧洲爆发大规模战事。在短暂的巴伐利亚王位继承战争（1778-79年）后，巴伐利亚将因河西南岸与上奥地利接壤的因河地區割让给奥地利，却没能在奥属尼德兰和前奥地利得到任何有价值的土地，领土交换计划无果而终。虽然1784-85年卡尔·泰奥多尔又尝试了一次，试图以巴伐利亚交换奥属尼德兰并从皇帝那里获得勃艮第国王的头衔，但因普鲁士的干预终未能如愿。
1789年7月法国大革命爆发后，法军在第一次反法同盟战争期间于1792年攻入莱茵-普法尔茨，1795年让·维克多·莫罗率领的法军莱茵-摩泽尔军团更是攻入巴伐利亚境内，占领慕尼黑并围困英戈尔施塔特，卡尔·泰奥多尔在留下一个看守政府后匆忙逃亡萨克森。1796年9月，看守政府被迫与让·维克多·莫罗签订停战协议，并向法军提供巨额军费。第二次反法同盟战争期间，奥地利军队为与法军开战做准备于1799年初占领巴伐利亚。1799年2月卡尔·泰奥多尔逝世后，长支的普法尔茨-苏尔茨巴赫支亦宣告终结，入替的是茨魏布吕肯公爵卡爾二世·奧古斯特之弟茨魏布吕肯公爵马克西米利安-约瑟夫。当时维特尔斯巴赫家族长支只剩下普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支（由马克西米利安-约瑟夫领导）和普法尔茨-比肯费尔德-格尔恩豪森支（英语：）（由比肯费尔德-格尔恩豪森的普法尔茨伯爵威尔汉姆（英语：）领导）。马克西米利安-约瑟夫继承了卡尔·泰奥多尔的巴伐利亚选帝候之位，史称马克西米利安四世约瑟夫。作为补偿，威尔汉姆得到了“巴伐利亚里的公爵”头衔。之所以使用巴伐利亚里的公爵而非巴伐利亚公爵是因为兰茨胡特爵位继承战（英语：）结束后，巴伐利亚公爵阿尔布雷希特四世吸取历史教训，为防止他死后出现几个儿子分家而致领地四分五裂的局面而于1506年确立了长子继承制，因此在任何时候都只能有且仅有一位巴伐利亚公爵。威尔汉姆于是成为首任巴伐利亚里的公爵，他也是大名鼎鼎的茜茜公主的曾祖父。
尽管马克西米利安四世约瑟夫同情法国大革命，但巴伐利亚的军事和财政状况让他根本无法摆脱奥地利的控制。1800年12月，法军在霍恩林登戰役中击败奥地利-巴伐利亚联军后，让·维克多·莫罗率领的法军再次占领慕尼黑。1801年2月9日，法国与神圣罗马帝国签订《吕内维尔条约》，巴伐利亚失去了莱茵-普法尔茨、茨魏布吕肯公国（英语：）和于利希公国（虽然条约第七款中提到要给予巴伐利亚领土补偿）。奥地利这种完全不把巴伐利亚的利益放在眼里的行为促使巴伐利亚于同年8月跟法国秘密签订了和平同盟条约，转而与法国结盟，而当时担任第一执政的拿破仑则承诺用于补偿巴伐利亚的领土将从神圣罗马帝国获取。
1803年巴伐利亚在德国政治地图重组过程中获得了维尔茨堡（英语：）、班贝格、奥格斯堡（英语：）和弗赖辛（英语：）等主教国和帕绍主教国的一部分，以及12个修道院、17座城市和村庄的零散土地。这些土地加起来足够补偿之前失去的莱茵河西岸的土地。1805年第三次反法同盟中，巴伐利亚军队首次与法军并肩作战，同年12月奥斯特里兹战役后，神圣罗马帝国被迫与法国签订普雷斯堡和约并出让大片领土：1801年《吕内维尔条约》规定，神圣罗马帝国皇帝弗朗茨二世之弟托斯卡纳大公费迪南三世将自己的领地让给法国，但获得萨尔茨堡选侯国（含萨尔茨堡大主教国、贝希特斯加登（英语：）以及部分艾希斯特主教国（英语：）和帕绍主教国的领土）作为补偿。普雷斯堡和约则规定，肢解萨尔茨堡选侯国，萨尔茨堡大主教国和贝希特斯加登（英语：）归奥地利，其余部分归巴伐利亚。
巴伐利亚则将1803年获得的维尔茨堡选侯国（次年8月神圣罗马帝国解散后被升格为维尔茨堡大公国）让给费迪南三世作为补偿。此外，巴伐利亚还从奥地利获得了蒂罗尔、福拉尔贝格、布尔高侯国、霍恩埃姆斯和柯尼赛格-罗腾菲尔斯伯爵国、阿根、泰特南和林道等领土。条约还规定神圣罗马帝国须承认巴伐利亚和符腾堡为王国并尊重其主权。1806年1月1日，巴伐利亚选帝候马克西米利安四世约瑟夫即位为首任巴伐利亚国王（史称马克西米利安一世约瑟夫）。作为政治交换，他不太情愿地把女儿奥古斯塔公主许配给拿破仑第一任妻子约瑟芬皇后与前夫所生的独子欧仁·德·博阿尔内。此外，长支的另一个旁支普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支-克里伯格支在继承瑞典王位的同时统治不莱梅-费尔登公国（英语：）（1654-1719年）。