西藏独立运动
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条目：元清非中國論
传统西藏史料视元朝为蒙古而视清朝为中国，将清朝皇帝称为中国皇帝（亦称文殊皇帝）。例如1856年廓藏戰爭后签订的《藏尼条约》的序言中即写明藏人和尼泊尔人“按歷來所載，禮敬中國皇帝，如前無異”
。20世纪以来的甘丹頗章政權聲稱清朝雍正帝和乾隆帝否定自己是中國人，又聲稱他們分別說過「朕乃夷狄之君，非中國之人」和「朕以外國之君，主中國之事」，並以此為理據否認中國在歷史上曾經對西藏實行管治。然而雍正帝在其親自編纂的《大義覺迷錄》中表示：「徒謂本朝以滿洲之君，入為中國之主，妄生此疆彼界之私，遂故為訕謗詆譏之說耳。不知本朝之為滿洲，猶中國之有籍貫。舜為東夷之人，文王為西夷之人，曾何損於聖德乎？」，書中批駁華夷之辨思想，指出滿洲人就是中國人，不應有華夷之分，而乾隆帝則明令「夫對遠人頌述朝廷，或稱天朝，或稱中國，乃一定之理」。康熙時期被現代學者稱之為「中國第一次與歐洲國家按照國際法原則、以對等方式談判達成」的平等條約《尼布楚條約》是最早明確使用“中國”一詞來指代大清帝国的國際法文件。另外，條約滿文本中沒有使用大清國（Daicing gurun）這個詞，而是使用漢語“中央之國”（Dulimbai gurun）的直譯。
晚清光绪二十九年（1903年）由商務印書館发行的《中国通览》一书的“中国的位置与称号”和“全国之面积及人口”节中明确表示“中国位于亚细亚东部，为世界一大帝国”、“中国土地广袤，人口众多”，并将西藏视为中国域内的属部之一，称为“西藏属部”，与“蒙古属部”等并列。晚清官員、學者屠寄所著并于清宣统二年（1910年）经清朝学部审定发行的《中国地理教科书》的“中国总论”一节中将清朝中国总分为五大区：内地（京畿及十八省）、关东（三省）、西域（新疆省）、北藩（内外蒙古）、西藩（青海西藏），同时表示当时整个亚洲的独立君主国只有中国、暹罗、波斯、日本等国（其它地区则为各列强的领地或保护国等），并称“夫以世界三分之一亚细亚大洲，其中能保独立之国体者，虽有中国日本暹罗波斯等，而实有独立精神者，日本之外惟一中国耳”。
孫中山在《民族主義第二講》認為，中國曾經兩次「完全亡國」，一次是元朝，一次是清朝；然而在《民族主義第四講》認為：「至於我們中國的情形又是怎麼樣呢？中國本部形式上向來本分作十八省，另外加入東三省及新疆，一共是二十二省；此外還有熱河、綏遠、青海許多特別區域，及蒙古、西藏各屬地。這些地方，在清朝二百六十多年之中，都是統屬於清朝政府之下。推到明朝時候，各省也很統一。再推到元朝時候，不但是統一中國的版圖，且幾幾乎統一歐、亞兩洲……中國最強盛的時代，領土是很大的。北至黑龍江以北，南至喜馬拉雅以南，東至東海以東，西至葱岭以西，都是中國的領土」。
威斯康辛大學藏學博士Kohn Richard認為：「中國聲稱元朝征服西藏，而中國自然擁有西藏主權，這就好比德國曾征服了南斯拉夫及波蘭，波蘭卻因此聲稱南斯拉夫為其所屬領土一般荒謬。」
王力雄認為「中國」（僅指南宋）和西藏都是蒙古征服的對象，蒙古至今還有自己的國家，蒙古民族居住在亞洲廣大區域，與中國是兩個完全不同的概念。以此主張中國對西藏擁有主權是一種“阿Q”式的邏輯。他将元朝和清朝分开看待，认为中国控制西藏的起始时间只能从18世纪的清朝算起，而不是13世纪的元朝时期。
旅美華人學者徐明旭指出蒙古民族（民族）與中國（國家）是完全不同的兩個概念，一個民族分居幾國，一國內有許多民族，都是普遍現象。蒙古民族固然不等於中國，但也不等於元朝，認為把國家與民族混為一談的觀點「十分荒謬」。他亦表示元朝是蒙古人聯合西藏人「壓迫」漢人而建立的國家，而外蒙古只有蒙古人，基本上沒有藏人和漢人，當今中國境內的蒙古人有五百多萬，佔當今蒙古民族的絕大半數，認為近代獨立的外蒙古不僅沒有資格當元朝的繼承國，也沒有資格代表蒙古民族。元朝的大部分人民（包括大部分蒙古人）和大部分領土既然都在中國，只有中國才有資格充當元朝的繼承國，對此中國古人包括推翻元朝的明朝皇帝也是這樣認為。
哈佛大學漢學家及亞洲歷史教授歐立德表示，清朝乾隆帝的其中一個成就是奠定了現代中國的版圖。
「中國」一詞是在清代才首次擁有了現代主權國家的含義以及成為一個主權國家的名稱。中國的第一部成文國籍法《大清國籍條例》採用「血統主義」來確立國籍法的原則：「獨采折衷主義中注重血脈系之辦法」，「凡左列人等不論是否生於中國地方均屬中國國籍︰①生而父為中國人者；②生於父死後而父死時為中國人者；③母為中國人而父無可考或無國籍者。」，當中的「血脈」包括中國各個民族如滿、漢、回、蒙等民族。1910年经清朝学部审定发行的教科书《中國歷史教科書（原名本朝史講義）》一开篇即表示：“本朝史者，中國史之一部，即全史中之最近世史。中國之建邦，遠在五千年以前，有世界最長之歷史。又有其文化為古來東洋諸國之冠。其疆域奄有東方亞細亞之什九，其興衰隆替足以牽動亞細亞列國之大勢。故中國史之範圍，實佔東洋史全體之太半”。
史伯嶺教授表示，中國在清朝以前被外國視為帝國，中華人民共和國主張的歷史觀，是中國一向是多民族國家，而從來不是帝國，稱中國周遭被征服與融合的民族為中國的少數民族，這意味著這些民族不可避免的命運是成為中國整體的一部分，而不能獨立建國，這與中國過去「外國應該臣服於天朝」的歷史觀相似。他認為在這種史觀下，《西藏百題問答》才提出基於「征服中國的蒙古人自認為中國人」以及「蒙古帝國是中華帝國」這些「站不住腳」的命題，主張西藏在元朝屬於中國（《西藏百題問答》的原文為「忽必烈统一了全中国，建立了统一的中央政权」，「中国是一个统一的多民族国家，共有56个民族。各民族在长期的历史发展过程中共同缔造了自己的祖国（中國）」。）
有學者指出有一些西方學者往往站在單一民族國家的視角來研究中國歷史，出現“中國乃漢族國家”的論調。孫中山曾經主張中國的民族中，「外來的（指少數民族）」是四億人中的少數，認為四億中國人「可以說完全是漢人」，「有相同的血統、文字，宗教信仰與風俗習慣」，後來又主張應該把中國所有各民族融成一個中華民族。徐明旭表示把國家與民族混為一談的觀點不見於國際法上，指出“蒙古民族”與“中國”是兩個概念，根據國際公法，民族與國家是完全不同的兩個概念，又引用比喻駁斥相關論調：「假如有人在美國聲稱：美國的愛爾蘭、猶太人等都不是美國人，只有盎格魯---撒克遜裔才是美國人，他一定會遇到麻煩，甚至被斥為種族主義者。中國像美國一樣，也是個多民族國家，有五十六個民族，為什麼漢族以外的民族就不算中國人呢？」。
近代有外蒙古獨立支持者強調蒙古民族意識，主張蒙古土地、蒙古人民未曾屬於中國，與滿清只是臣屬關係，內蒙當時也有支持者醞釀響應，希望聯合外蒙建立自己的國家國族，外蒙古加入聯合國之後，更指責中共為「帝國主義」、「大漢沙文主義」、「種族擴張主義」，外蒙古認為中亞游牧民族本是獨立於中國之外，指責中共對歷史真相的「錯誤認識」。
內蒙古反分裂勢力如烏蘭察布盟和伊克昭盟則批評外蒙古獨立支持者和俄羅斯分裂中國：「蒙古疆域與中國腹地唇齒相依，數百年來漢蒙久成一家……。我蒙同係中華民族，自宜一體出力，維持民國，與時推移」；「我蒙二百年來即為中華領土，環球各國共見共聞，此次俄人承認保護，是否通知各國得其同意」。
元朝皇帝忽必烈宣稱元朝為歷代中原王朝的繼承政權，各元朝統治者亦以歷代中原王朝的繼承者以及「中國」和「華夏」自居：「至元二年有日本僧告其國遣人刺探國事者。鐵木兒塔識曰：『刺探在敵國固有之，今六合一家，何以刺探為。設果有之，正可令覩中國（大元）之盛，歸告其主，使知嚮化』」，「仰惟祖宗應天撫運, 肇啟疆宇， 華夏一統」，而“中國”正統王朝的認同還需要得到其他王朝或民族承認才能名副其實，而分別記載宋、遼、金、元歷史的《宋史》、《遼史》、《金史》（元修史書）、《元史》（明修史書）被納入中國歷史的“正史”系列，應該是這些王朝對“中國”認同得到承認的證據。除了元朝和明朝統治者外，元朝的統治及其合法性亦被當時的各族民眾及元朝遺民所承認。蒙元史學家姚大力指出：「正像元末明興這樣一個『華夏重光』的歷史時代，卻沒有結束『異族統治』，歌頌『民族大義』的頌歌，反而卻有底層的漢人為蒙元『異族』殉節，元遺民的事蹟提醒我們，今日人們揮之不去的民族主義意念，不是歷史上一向就存在的東西。」。晚清经官方审定发行的《中国历史教科书》的“元之兴亡”一节将元朝或蒙古帝国称为“中华帝国”，表示“按史称太祖深沉大略，用兵如神...世祖继之，混一区宇...建数千年未有之勋，开东半球最新之局...群焉仰吾黄色人种之贵，悚然慑吾中华帝国之威，吁其盛矣...”。
不过与此同时，元朝的蒙古语国号除「大元國」（中古蒙古語：「ᠳᠠᠢ
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 ᠤᠯᠤᠰ」）外，常常会将原本的“大蒙古国”（中古蒙古語：ᠶᠡᠬᠡ
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ᠦᠯᠦᠰ）之名与汉文国号“大元”的音譯并称，形成「大元大蒙古國」（中古蒙古語：ᠳᠠᠢ
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 ᠤᠯᠤᠰ）或「被稱為大元的大蒙古國」（中古蒙古語：ᠳᠠᠢ ᠦᠨ
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 ᠤᠯᠤᠰ）的国号，或者如《兴元阁碑》等中那样直接称为「大蒙古国」。而且蒙古文中继续将元朝统治者称为蒙古大汗，视为原大蒙古国的延续，与汉文中的“皇帝”之称并存，对汉人称皇帝而对蒙古人称大汗。与其后的清朝统治者在满、汉语言中均以“中国”（满语：，转写：Dulimbai Gurun）称其整个帝国不同，并没有资料显示元朝统治者在蒙古文以“中国”（蒙古语：，鲍培转写：，当时还没有ᠳᠤᠮᠳᠠᠳᠤ
ᠤᠯᠤᠰ即Dumdadu ulus一词）称其全部统治区域，而是将其仅指汉地中国。