中華民國—美國關係史
兩國斷交後的雙邊關係（1979年—至今） > 陳水扁政府時期（2000年5月20日－2008年5月20日）

2000年5月20日，中華民國總統當選人陳水扁、副總統當選人呂秀蓮宣誓就職，美國慶賀團團長為前經濟顧問委員會主席、加州大學柏克萊分校哈斯商學院長泰森女士。5月21日，美國紐澤西州長惠特曼（英语：）、6月14日，運輸部長史雷特、8月26日，北卡羅萊納州長杭特（英语：）、9月28日，北達科他州長謝弗、11月19日，內布拉斯加州長約翰斯相繼抵台訪問。
2001年起，中華民國總統陳水扁實現「過境外交」，即訪問中南美洲的邦交國前後過境美國進行訪問。2001年5月，陳水扁訪問中南美洲五國，在過境紐約時，獲得美國高規格禮遇，創下中華民國外交史的先例。除在華爾道夫酒店會見聯邦參議院多數黨領袖等多位國會議員和僑界人士、參觀大都會藝術博物館，並接受紐約市長朱利安尼贈送市鑰。
2001年2月12日，美國北馬利安納群島總督田諾瑞（英语：）、7月14日，科羅拉多州眾議院議長狄恩、8月6日，聯邦參議院外交委員會主席拜登與銀行委員會主席薩辨思（英语：）、8月22日，聯邦眾議院外交委員會主席海德、9月25日，奧勒岡州長基茨哈伯相繼抵台訪問；6月24日，中華民國外交部長田弘茂、9月，行政院張俊雄（過境）與外交部長田弘茂相繼前往美國。
2001年9月11日，美國紐約等地發生恐怖攻擊事件，中華民國政府為致哀罹難者，宣布自15日起全國機關降半旗2日。11月3日，監察院長錢復代表政府前往紐約與華盛頓向美國朝野與罹難者家屬表達人道關懷之意。
2001年12月19日，美國聯邦眾議院通過支持臺灣以观察员身份參與世界卫生大会（WHA）的第二七三九號法案。2002年3月19日，聯邦參議院無異議通過眾議院的第二七三九號法案。4月4日，美國總統小布希簽署法案。
2002年5月25日，臺灣中華航空發生空難，美國總統小布希31日透過管道表示，他代表所有美國人民向陳總統與台灣人民為空難造成的生命損失表達最深沉的哀悼。
2002年6月10日，美國國務卿鮑爾於紐約「亞洲協會」演講中表示，美國對台灣的立場十分清楚且不會改變，美國將遵守其「一个中国」政策，並堅持以和平方式解決兩岸問題。和平解決是《美中三個聯合公報》的基礎，且美國對於其在《臺灣關係法》下的責任「非常非常認真」。另指出中國對臺灣部署飛彈，徒增兩岸緊張與猜疑，並將影響與鄰邦及與美國的關係，強調武力不能解決兩岸歧異。
2002年9月12日，美國最高法院大法官史格里亞抵台訪問；9月19日，中華民國總統夫人吳淑珍訪問美國紐約、華盛頓與洛杉磯，但在华盛顿杜勒斯国际机场搭機前往洛杉磯時，受到機場安全人員的檢查，由於不符合美國先前承諾的禮遇，中華民國政府表達嚴重關切與不滿。美國獲悉此事後，透過管道表達歉意與遺憾，並說明機場安檢作業是委由民間公司承包，絕非美國政府的本意，運輸部也已進行檢討。
2002年10月25日，中華人民共和國主席江泽民訪問美國，美國總統小布希在會談中表示不支持臺灣獨立，並強調美國的「一個中國」政策是以《美中三個聯合公報》以及《臺灣關係法》為基礎，也明白表示美國的「一個中國」政策就是台海問題必須以和平方式解決。
2003年2月1日，美國哥倫比亞號太空梭失事解體，7名太空人全數罹難。總統陳水扁與外交部長簡又新分別向美國總統小布希與國務卿鮑爾表達哀悼與關懷之意。
2003年4月18日，美國聯邦參議院多數黨領袖費利斯特、預算委員會主席尼克斯、政府事務委員會主席柯琳絲、9月13日，愛荷華州長威薩克、10月4日，阿拉斯加州長穆考斯基、10月12日，民主黨全國委員會主席麥考理夫、11月10日，共和黨全國委員會共同主席魏格納（英语：）相繼抵臺訪問。
2003年5月2日，美國聯邦參議院無異議通過支持臺灣參與WHO的第二四三號法案。5月14日，聯邦眾議院亦無異議通過參議院的第二四三號法案。
2003年9月17日，美國聯邦參議院成立「台灣連線」。
2003年10月24日，前中華民國總統蔣中正夫人宋美齡逝世，美国总统小布什透过白宫发表书面声明，表示“聆悉蒋夫人宋美龄女士逝世的不幸消息，劳拉和我深感悲恸。蒋夫人在她的一生中，尤其在上个世纪的艰难岁月裡，一直是美国的亲密朋友。世代美国人民将始终缅怀和敬重她的睿智与人格力量。我谨代表美国人民，向蒋夫人的家人及她在世界各地的仰慕者表示慰唁。”美国劳工部长趙小蘭與丈夫聯邦參議員麥康諾，以及美国国务院副发言人埃雷利（英语：）皆对宋美龄的逝世表示哀悼。《华盛顿邮报》亦刊登长篇文章叙述宋美龄的一生，文章寫道，宋美龄是20世纪30－40年代全世界最有权势、最知名而且具有争议性的女性之一，也是那段期间美国对华政策具有高度影响力的人物。
2003年10月31日，總統陳水扁前往巴拿馬參加建國100年慶典時，再次過境紐約。此行除代表中華民國政府與人民向已故的宋美齡致哀，並向家屬頒贈中華民國國旗和褒揚令，也會見紐約州議會議長蕭佛（英语：）、紐約市長彭博、紐約市議會議員等人，並參觀世界貿易中心遺址、在華爾道夫酒店出席國際人權聯盟晚宴，領取第35屆國際人權獎以及發表演說。還搭乘遊輪夜遊哈德遜河與東河，經過聯合國總部大樓時，陳水扁指著說，「總有一天臺灣可以進去的」。11月2日，陳水扁離開紐約，前往巴拿馬。
2003年12月8日，鉴于台湾宣布將在2004年3月举行总统大选时舉辦「防御性公投」，美国政府官员警告台湾不要举行有可能鼓动台独运动的公投，台湾方面表示理解美国不希望公投会影响台湾海峡的稳定，但公投将照常进行。
2004年3月13日，美國阿肯色州長哈克比、4月17日，蒙大拿州長麥裘麗（英语：）、9月30日，俄亥俄州長塔弗特（英语：）、11月28日，猶他州長沃克（英语：）相繼抵台訪問；5月，中華民國副總統呂秀蓮、8月，行政院長游錫堃相繼過境美國。
2004年3月20日，陳水扁連任中華民國總統。27日，美國白宮發表聲明祝賀陳水扁勝選。由於選舉投票前一日發生正副總統遭槍擊事件，白宮在聲明中特別表示「美方讚揚台灣人民擁護現有法律機制並拒絕以法律以外之方式解決歧見」、「美方拒絕危害民主原則之暴力主張，蓋民主原則係美國與台灣人民之承諾」。也因為槍擊事件造成的選舉爭議，美國延遲數日後才發表祝賀聲明。
2004年5月，美國在世界衛生大會（WHA）總務委員會中首度發言支持「邀請台灣以觀察員身分參與世界衛生大會」，主張世界衛生組織（WHO）不應涉及政治議題，應賦予台灣一個特殊身分。其後在全會中，對於「邀請台灣以觀察員身分參與世界衛生大會」的提案表決，首度投下贊成票；6月，美國總統小布希簽署法令推動台灣成為世界衛生大會的觀察員，並授權國務卿擬定計劃，支持並為台灣取得觀察員身分。
2004年5月20日，總統陳水扁與副總統呂秀蓮連任就職，美國慶賀團團長為聯邦眾議院國際關係委員會亞太小組主席李奇，慶賀團成員包括阿拉斯加州長穆考斯基、美國在台協會代理理事主席浦為廉等，李奇並轉交給陳水扁一封美國總統小布希的賀函。
2004年6月11日，監察院長錢復以特使身份出席美國前總統雷根的國葬（英语：）。
2004年12月，據民進黨立委林濁水所述，小布希一直對陳水扁為了選舉使兩岸衝突加據的言行相當憤怒，甚至曾在白宮幕僚前爆粗口。事情披露後，陳水扁政府向美方求證否認此事。
2005年2月27日，美國前總統柯林頓訪台，與中華民國總統陳水扁交換治國經驗。
2005年4月8日，總統陳水扁參加已故教宗若望·保祿二世的葬禮，與美國前總統老布希、柯林頓短暫交流。
2006年3月22日，台北市長馬英九在華盛頓的私人俱樂部與美國副國務卿佐利克、東亞暨太平洋事務助理國務卿希爾以及美國在台協會代理主席施藍琪（Barbara Schrage）等人會面。
2007年11月，美國航空母艦小鷹號通過台灣海峽。
美國政府對台灣執政的民主進步黨於2007年提出「以臺灣名義加入聯合國全國性公民投票案」的倡議表達反對立場，但同時肯定台灣對於深化及鞏固民主的努力。
2008年3月22日，中國國民黨候選人馬英九當選中華民國總統，美國總統小布希發布賀電，表示這次總統大選過程順利，深具民主自由意義，可喻為「台灣是亞洲、世界的民主燈塔」。
2008年5月，美國衛生部長萊維特致函WHO幹事長陳馮富珍，重申支持台灣成為WHA觀察員及實質參與WHO，並在其駐日內瓦代表團網站刊登美國立場的聲明。