蝙蝠俠
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弗兰克·米勒1986年的短篇連載漫畫《蝙蝠侠：黑暗骑士归来》（1986年2月至6月）让这个角色从基调上回归了他的黑暗起源。故事講述在可能發生的未來裡，已年入50的蝙蝠俠復出再披戰袍的故事。这个故事重新激发了人们对这个角色的兴趣。《黑暗騎士歸來》是一次商業上的成功並從此成為漫畫歷史上最重要的作品之一。此系列故事带来了蝙蝠俠人氣的重大回升。《黑暗骑士归来》并非正史，只是一个可能发生的未来，但它的影响力超越了任何正史作品。之前的作者大都将布鲁斯塑造成乐善好施的慈善家，将蝙蝠侠描绘成冷酷偏执的复仇者，米勒把两个人格真正统一，他将蝙蝠侠的黑暗发挥到极致，也将蝙蝠侠的伟大演绎到极致，后者则是无数的跟风作者都没能做到的关键。米勒笔下的蝙蝠侠充满了瓦格纳式的壮志豪情，如同一道照亮黑夜的闪电，引起了读者的强烈共鸣。黑暗时代的伟大之处并非作品的黑暗程度，而是那无边的黑暗中巍然不动、照亮周围的一丝光明。正因如此，这让米勒很不高兴，他抱怨“人们用‘黑暗’来描述任何不是绝对乐观的东西”。
《黑暗骑士归来》上市后被一抢而空，合订本每年都会印刷一批新货，对于任何一位想要了解美国漫画的读者而言，这都是一本必看的经典。此前，大多数人多年来对蝙蝠侠的印象还停留在60年代的搞笑电视剧上，《黑暗骑士归来》的面世让他们重新认识了这一角色。《纽约时报》《迈阿密邮报》《滚石》等主流媒体都对本作进行了详细的文学分析，并给予极高评价，它真正改变了“超级英雄是少儿读物”这一偏见，并形成一股庞大的社会现象。
《黑暗骑士归来》的很多设定影响了蝙蝠侠的正史，杰森·托德在三年后死于小丑之手，女罗宾嘉蕾·凯利也最终被引入正史。在本作出版之前，超人与蝙蝠侠是无话不谈的好友，正因如此，读者才会被二人的决战所震惊。严格意义上讲，本作中的超蝙依然是朋友，二人都没打算致对方于死地，他们的战斗是一场展示给外人看的理念之战。
同年，DC推出《钢铁之躯》，成为黑暗时代超人的起源。其中第三期讲述超蝙二人在重启后正史的首次相遇：超人听说哥谭的蝙蝠侠作风诡异，前去调查，蝙蝠侠早有准备，宣称自己装备了特殊力场，一旦超人过于靠近，炸弹就会自动引爆，伤及无辜人士。最终超人发现，这个“无辜人士”就是蝙蝠侠自己，超人被这一作风震撼，虽然他不认同蝙蝠侠的手段，但也不再反对蝙蝠侠在哥谭的巡逻。在此后的连载中，二人依然保持着友谊，然而那种亲密无间的知心好友一般的关系已经一去不复返，虽然蝙蝠侠和超人依然并肩作战，但在很多关键性问题上，二者拥有不同的立场。蝙蝠侠总是抱着最坏的打算，甚至随身佩带氪石用于遏制超人，超人与蝙蝠侠的观点不尽相同，然而他对蝙蝠侠抱着宽容的态度。超人是一个单纯的角色，这种单纯很容易被利用，所以他才会对蝙蝠侠给予信任。
同年中丹尼斯·歐尼爾接任蝙蝠俠漫畫的編輯一職，他負責設計了在《無限地球危機》後蝙蝠俠的基本描繪藍本。歐尼爾以自己是受僱重整蝙蝠俠這個角色為前提來擔任編輯一職的，因此試圖為蝙蝠俠各漫畫注入前所未見的新風格。此一新方向的成果之一是在蝙蝠俠404到407期連載的“第一年”故事線，在此故事中法蘭克·米勒與畫家大衛·馬索伽利合作為蝙蝠俠這個人物的起源作重新的設定。《黑暗骑士归来》获得了空前成功，但这毕竟不是正史，DC希望连载一部重新讲述正史蝙蝠侠起源的漫画。这一次，米勒只负责剧本，他将作画的职责交给了老搭档大卫·马祖凯利。《蝙蝠侠：第一年》将故事拉回到布鲁斯刚刚出道的时期，同时给了戈登局长和猫女一个新的起源与形象。这是一个很坚实的故事，每一页所包含的信息量相当大，但是读起来并没有吃力的感觉。画风上并无花巧，同故事的现实主题倒是满相配的。相较超级英雄漫画，本作更接近于《教父》等黑帮文学，蝙蝠侠此时的敌人不是阿卡姆疯人院的那些疯子，而是科曼·法康尼等意大利黑手党，作品的风格极为现实。
丹尼·奥尼尔为秘密起源系列创作的《坠落之人》概括了布鲁斯成长的故事并探讨了蝙蝠侠的自毁倾向，他补充了第一年之前的故事：布鲁斯从14岁离开哥谭进行修炼，20岁时加入FBI，但发现在体制只能让他堕落至尸位素餐和循规蹈矩。他周游世界拜师学技，逐渐克服心理创伤，故事以《第一年》中他返回哥谭并决定化身为蝙蝠的片段告终。《坠落之人》被认为是电影《蝙蝠侠：侠影之谜》前半段剧本的重要参考之一。
由于当时英国漫画市场大环境不好，创作者的待遇很差，当1981年DC来英国挖人的时候，布莱恩·勃兰德、阿兰·摩尔、尼尔·盖曼、格兰特·莫里森纷纷前往美国，由此开始了美国漫画的“不列颠入侵”。米勒的《黑暗骑士归来》与之后阿兰·摩尔的《守望者》被视为摩登时代的开端。摩尔声名鹊起，DC委托他创作蝙蝠侠故事，于是便有了1988年的《蝙蝠侠：致命玩笑》。比尔·芬格在黄金时代就撰写过小丑的起源：小丑曾是一名工人，带着红头罩在工厂盗窃时遭遇蝙蝠侠，为了脱身跳入化学废料池，从此毁容并发疯，开始向蝙蝠侠展开报复。阿兰·摩尔保留这个大纲不变，增加了更多细节。在此故事中小丑為了逼瘋高登局長，將他的女兒芭芭拉·高登雙腳弄殘，綁架了高登本人，並折磨他的精神與肉體。這些故事與其他同類型的作品主題晦暗且風格成熟，幫助提升漫畫書的形象讓漫畫不再僅是兒童的娛樂。严格意义上讲，《致命玩笑》并非小丑的绝对起源，因为故事缺乏证据，唯一的证明是小丑的言辞，但小丑也表示自己的思维混乱不可信。原则上，为了保持神秘感，DC不想为小丑设定一个绝对的官方起源，但《致命玩笑》深入人心，从此成为了大部分读者公认的起源故事。
《阿卡姆疯人院：严肃之地上的严肃之屋》是戴夫·麦克基恩绘制、格兰特·莫里森编剧的作品：以小丑为首的罪犯占领了疯人院，为蝙蝠侠设下重重考验。随着剧情的深入，疯人院的历史也逐渐被揭开，这座魔窟似乎有吞噬理智的能力，连它的创建者兼第一任院长阿玛德斯·阿卡姆都因发狂死在了里面。黑暗时代的蝙蝠侠漫画一向以疯狂著称，《阿卡姆疯人院》则堪称最疯狂的一部作品，抽象扭曲的画面和对白相当诡异，带给读者极大的冲击力，Rocksteady工作室的同名游戏便是以这本漫画为基础拓展而成的作品。
1985年的无限地球危机重启为二代罗宾杰森·托德的新面貌提供了机会，在《蝙蝠侠》第408期，加入了一个“新冒险”的头标并以此开始重写杰森的起源。重启前的他是迪克·格雷森的翻版，重启后的杰森变为失去父母沦为小偷的不良少年，因偷走蝙蝠车的轮胎与布鲁斯相识，成了新的养子和罗宾，但他的性格倔强叛逆，不像迪克那样容易相处，但读者对于杰森的新设定依然不买账。
1988年，当时的蝙蝠系主编丹尼斯·奥尼尔决定推出电话投票，让读者决定杰森的生死。最终的投票结果是5271比5343，以72票的微弱差距决定了杰森的死。据奥尼尔所说，后来DC发现有320票是同一个号码在8个小时内打过来的，他们听说加州有一位律师用电脑程序拨号刷了大量的票，改变了结果。
之前小丑在《致命玩笑》中让芭芭拉瘫痪，引起一片哗然，到了《家中亡故》更是让小丑直接干掉了杰森，议论声此起彼伏。就连弗兰克·米勒都站出来表示反对，虽然他在《黑暗骑士归来》中率先写死了杰森，但毕竟那只是回忆，而非《家中亡故》这种残酷直接的场面。杰森之死的影响超越了DC的预计，证明人们对漫画角色生死的关注不亚于对现实人物的关注。
杰森的死成为蝙蝠侠心中永远的痛，并使蝙蝠侠再次陷入孤僻与偏执，随后《孤独死亡之所》引出第三代罗宾蒂姆·德雷克。蒂姆出众的推理和策划能力使他在没有布鲁斯情况下也能独立完成任务，他使罗宾不再单纯的是蝙蝠侠的跟班。蒂姆在连载中担任罗宾长达20年，马夫·沃夫曼创造的这名角色完全摆脱了迪克和杰森的影子，走出一条属于自己的新路线，获得读者肯定。
1989年上映的“蝙蝠俠”電影讓蝙蝠俠更受矚目；除了該片電影數百萬美元的獲利與周邊商品的營收外，近五十年來第一部全新以蝙蝠俠為主角的漫畫系列《黑暗騎士傳奇》創刊號亦賣出近一百萬冊。
1989年，《煤气灯下的哥谭城》出版，这部由布瑞恩·奥古斯丁编剧，迈克·米格诺拉绘制的漫画讲述维多利亚时代的蝙蝠侠追捕来到哥谭城的开膛手杰克，它的成功使DC决定推广异世界系列，并被认定为异世界系列的开山之作。第一部在封面上使用异世界星形标志的漫画是《蝙蝠侠：神圣恐怖》，这部作品中奥利弗·克伦威尔比真实历史多活了十年，引发的蝴蝶效应就是美国变成了一个政教合一的腐败国家。此后DC出版了大量的异世界系列漫画，在异世界中英雄人物通常的设定被颠覆，他们出现在奇异的时间和地点——其中有的可能真的存在，有的则不能、不会、不该成真。这样的故事使得那些无比熟悉的人物变得充满新鲜感。这些故事可大致分为三类：逆转类，突破传统寻找乐趣，如布鲁斯成为绿灯侠的《至暗之夜》、以吸血鬼为主题的《血雨》三部曲、将布鲁斯变为阿卡姆院长的《阿卡姆蝙蝠侠》、猫女父母双亡打击犯罪，蝙蝠侠沦为疯癫反派的《猫女：哥谭守护者》、蝙蝠侠演员因头部受伤导致思维混乱，坚信自己是超级英雄的《好莱坞骑士》、地狱魔王崛起，城市百鬼夜行的《闹鬼哥谭》、以韦恩家族和不死之人汪达尔·萨维奇的千年纠葛为主题，从13世纪一路战斗到25世纪的《黑暗骑士王朝》；跨界类，跨公司合作，如《蝙蝠侠与美国队长》《蝙蝠侠与超胆侠》和《蝙蝠侠与泰山》；改编类，剧情改编自名著，如《黑暗圆桌骑士》《诺斯菲拉图》《魅影之惑》《公民韦恩》和《疤面煞蝙》……异界漫画让蝙蝠侠这一角色突破正传束缚，展现出近乎无穷的可能性和张力。
毁灭日干掉超人后不久，1993年1月，DC出版了《贝恩的复仇》，让蝙蝠侠的强敌隆重登场，作为序章引出后来的正篇《骑士陨落》。贝恩將蝙蝠俠重傷成癱瘓，贝恩更像是一个在监狱中成长的蝙蝠侠，虽然出场时看上去像是一个力量型反派，但他更多的时候是在用脑子战斗。而名為死亡天使的尚·保羅·范雷在布魯斯·韋恩復健期間受託穿上蝙蝠裝代替成為新的蝙蝠俠，但他嗜血暴力，行动时对无辜群众的安全漠不关心。通过这个故事，丹尼·奥尼尔和查克·迪克森告诉读者，力量并非一切，不是每个武术高手都可以成为蝙蝠侠，强大的精神才是布鲁斯的傲人之处，缺乏克制力的人无法胜任蝙蝠侠的工作，只会变成为所欲为的暴徒。作为同类题材，《骑士陨落》比《超人之死》的故事更经得起推敲。布鲁斯通过他人的超能力治好了腰伤，但他依然要通过一番严峻的修炼，才能将自己恢复到最佳状态，布鲁斯、贝恩、瓦雷三人间螳螂捕蝉式的轮番对决也成了经典。
《骑士陨落》的销量虽然不如《超人之死》，但它为蝙蝠系漫画带来更长远的人气。作为跨刊物联动事件，《骑士陨落》提升了周边角色的人气，罗宾（蒂姆）、夜翼、猫女和死亡天使从此有了长期独立连载，蝙蝠系刊物真正形成了一个家族，枝繁叶茂。作为90年代的高产编剧，查克·迪克森长期执笔《侦探漫画》《罗宾》和《夜翼》，同时将芭芭拉·戈登进一步推上前台。迪克森创造了猛禽小队，一只由神谕和黑金丝雀组成的女性战队，后来加入了女猎手与黑鹰女士，除了这四名核心人物，大芭达、猫女、鹰女、武士刀等女性角色都曾加入过这支队伍。
阿兰·摩尔最初创作《致命玩笑》时以为这只是个异世界作品，没想到这部短篇会算入主世界并对芭芭拉的命运产生如此之大的影响。在《致命玩笑》之后，DC越发极端的走向黑暗：蝙蝠侠残了、绿灯侠疯了、罗宾、超人、绿箭先后死亡……资深编剧马克·怀德对这种趋势感到不满，为了找回英雄的初衷，他联手画家阿历克斯·罗斯于1996年推出异界故事《天国降临》。罗斯的画风高度写实宛如油画，超越了传统漫画范畴，怀德则是一名熟读DC全部历史的活百科，在他的精心安排之下，《天国降临》可说是无一人一物无出典。《天国降临》并非正史，但它的影响力同样深远，红罗宾等设定最终被引入正史，英雄因破掉杀戒成为暴君的剧情也在日后的各类平行世界中反复出现。《天国降临》的成功让那些厌倦了黑暗时代的读者怀念起白银时代英雄那种英勇无畏的风格。阿历克斯·罗斯多年后又绘制了长篇名作《正义》，并与编剧保罗·蒂尼合作，推出了《蝙蝠侠：罪恶之战》，剧情简洁，其内涵却值得反复回味。
1996年，DC开始连载由杰夫·勒布创作的前传性质的蝙蝠侠故事《漫长的万圣节》，勒布在漫画序言中谈到，DC编辑阿奇古德温邀请他们创作一部具有黑色电影气质的蝙蝠侠漫画，剧情承接自弗兰克米勒《蝙蝠侠：元年》，描述哥谭那些黑帮的后续生活。故事时间设定在《第一年》之后，超级反派逐一浮上水面，但传统黑帮依旧兴盛的微妙节点。你可以在其中看到黑帮的衰落、超级反派们的崛起、正义一方的堕落以及蝙蝠侠这位义警的迷茫和孤独。
勒布与他的合作者蒂姆·赛尔通过这一部作品声名鹊起。勒布对角色的内心活动的准确把握成就了作品，他喜欢让各类反派如同走马灯一般接连亮相，照顾入门级读者，也保证了销量。蒂姆·赛尔是一名色盲，只能画黑白稿，但线条充满特色，成为名家。凭借《漫长的万圣节》重塑双面人后，勒布与赛尔推出了续作《黑暗胜利》和《猫女在罗马》，依然是黑帮题材，以家庭为主题，讲述迪克和猫女的过去。
以1998年的联动事件“大灾变”为序章，1999年开始了一個長達一年橫跨所有蝙蝠俠相關漫畫期刊的故事線——《无主之地》，講述受地震襲擊後的高譚市的故事。然而，在DC漫畫能摧毀哥谭市之前，他們首先得有個哥谭市來讓他們摧毀。這時藝術家兼插畫家爱略特·R·布朗出現了，充当了哥谭的地圖製作者。他回憶道：
“DC漫畫的編輯明確表示，Gotham市是理想化版本的曼哈頓。和大多漫畫中的構築一樣，它得滿足多種功能。它需要有高端和陰暗的兩面。商業區，高檔住宅區；娛樂區，肉類加工區，時裝區，碼頭和碼頭交易。總之是把曼哈頓和布魯克林好好揉進一份設計里。”
这场名为《无主之地》的漫长大事件在诸多蝙蝠系刊物上连载了一年之久。《无主之地》还为蝙蝠家族新增一位黑发女孩卡珊德拉·该隐，她拥有一流的格斗技巧，但不会说话，只能通过肢体和面部动作读取别人的情绪和想法。卡珊德拉成为新一任蝙蝠女孩，并获得个人刊连载。在“无主之地”故事結束後，歐尼爾卸下主編一職由包柏·謝瑞克繼任。
1999年的单期作品《蝙蝠侠：哈莉·奎恩》将哈莉·奎恩引入漫画主世界，DC随即为哈莉开辟了一本走喜剧风格的个人连载。
2000年，马克·怀德成为《JLA》的编剧，首部故事为著名的《巴别塔》。蝙蝠侠担心联盟的成员叛变，他仔细分析联盟众人的弱点，为每个人量身定做了一套作战计划，以便不备之需，这些方案却被塔利亚偷走，让拉斯奥古险些全灭了联盟。巴别塔事件又是一个关于“谁来监视监视者”的故事，联盟成员都拥有莫大的力量，一旦变为反派或遭遇控制，会给世界带来严重威胁，蝙蝠侠的未雨绸缪的确具有一定道理，但从感情上讲，这样的事情却让联盟众人无法接受。在盛怒之下，众人投票将蝙蝠侠开除。后来布鲁斯向联盟公开了身份，才赢回信任，重返联盟。
格雷格·卢卡和艾德·布鲁贝克于1999和2000年先后接手蝙蝠侠与侦探漫画连载。卢卡与布鲁贝克联手推出大事件《布鲁斯·韦恩：逃犯》。
弗兰克·米勒在90年代为跨界漫画《再生侠与蝙蝠侠》担任编剧。进入新世纪，米勒推出了《黑暗骑士归来》的续作《黑暗骑士再临》，又被称为《黑暗骑士II》。米勒的剧情和画面无比混乱，媒体差评如潮，但前作多年积累的名气依然让《黑暗骑士II》登上年度漫画销量榜首。
随着正义联盟动画的热播，部分动画设定也开始逆输出到漫画领域，如神奇女侠和蝙蝠侠的互动。格雷格·卢卡撰写了以“神奇女侠对蝙蝠侠”为卖点的短篇《海克提亚誓约》，获得好评，此后他成为神奇女侠与蝙蝠侠的双料编剧。
2002年末，編劇與畫家吉姆·李合作為期12期的“缄默”故事線；此故事成為自蝙蝠俠第500期後首次登上鑽石漫畫發行公司銷售冠軍的蝙蝠俠漫畫。吉姆·李的线条扎实，配合宏大的场景和精美的电脑上色，画面效果极致奢华。杰夫·勒布第一次脱离前传背景，担任蝙蝠侠主线编剧，但剧本留下一堆没有解释的问题，直到2008年保罗·蒂尼编剧的《缄默之心》出版后，才把这些问题解决。
2002年末的另一部瞩目作品是格雷格·卢卡和艾德·布鲁贝克合作的《哥谭重案组》。《哥谭重案组》目光聚焦到哥谭的普通警员身上，罪犯从普通人到超级罪犯都有，案件的真相也并非全部轰轰烈烈，相比于一部超级英雄背景下的故事不如说是在哥谭上演的经典硬汉罪案故事。本作基调写实，但其内容依然是DC宇宙的一部分，时间线与其他蝙蝠系连载基本同步，蝙蝠侠和各类超级反派也在漫画中亮相，并对蝙蝠信号灯这些特色设定给出详细解释，但并没有喧宾夺主，核心还是重案组。这部漫画为卢卡和布鲁贝克赢得了有着“漫画界奥斯卡”之称的埃斯纳奖和哈维奖，销量却不尽人意，连载40期后宣布停刊。
2003年，DC开启了新连载《超人/蝙蝠侠》，因为标题带一个“/”，故被读者称为“斜线漫”。这也是在《世界最佳搭档》自1986年的重启停刊后，DC时隔20年之后再次推出的超蝙合作长期连载。前两个故事的编剧由杰夫·勒布担任，此后的连载编剧由各路名家客串，在时间线上也不再受到主线连载束缚。
2004年，蒂姆·德雷克担任罗宾的事情被父亲杰克发现，杰克担心儿子的安危严禁蒂姆继续进行义警行动，并威胁公布蝙蝠家族的秘密身份，蒂姆只得答应卸任。搅局者史蒂芬妮·布朗自愿成为新的罗宾，但蝙蝠侠觉得她的能力不足又不服从命令，很快开掉了她。为了得到蝙蝠侠的认可，斯蒂芬妮悄悄地偷了蝙蝠侠对付哥谭市黑帮的计划，但是由于处理不当，导致整个哥谭市黑帮火并，引出大事件《战争游戏》。史蒂芬妮被黑面具抓住，残忍虐杀。读者对漫画角色的死亡和复活早已成为习以为常，但作为又一场“罗宾之死”，读者对《战争游戏》的结局并不买账。史蒂芬妮多年来作为《罗宾》和《蝙蝠女孩》的常驻角色，积累了一定的人气。她担任罗宾时，并没有遭到大量读者的反对。就算她的失误让城市陷入战争，也罪不致死，况且布鲁斯草率接受了史蒂芬妮成为罗宾，没有和她分享秘密，又迅速开掉了她，显得极不负责。面对批评，DC后来在漫画中补充说明，称史蒂芬妮只是诈死，并没有去世。
在《警官倒下》故事中戈登遭遇枪击后退休，新的局长下令追捕蝙蝠侠，黑面具趁机上位。早已死去的二代罗宾杰森·托德在《头罩之下》中归来，他无法忍受蝙蝠侠没有为自己报仇的事实，向蝙蝠侠发动攻击。杰森使用哥谭过去的著名帮派首领红头罩作为新的身份，他不再恪守杀戒，拿起了枪械，通过胁迫和控制等手段打击犯罪，对不予服从的黑面具发动猛攻。严格意义上讲，杰森并不算真正的反派，更像是反英雄，但他的作风和手段无法得到蝙蝠侠的认同，二者的关系直到新52时代才有所转变。
吉姆·李與弗兰克·米勒合作推出《全明星蝙蝠俠與羅賓》創刊號,成為2005年的漫畫銷售冠軍，且打破2003年以來漫畫業中的最高銷售量。因连载不断跳票，三年只出了10本，米勒的剧情如同《黑暗骑士II》一般不知所云，好在李的加盟至少保障了画面。媒体对这部作品给予差评，米勒彻底走下神坛，然而两位名人的联手依然让漫画冲到了年度销量榜首位。
蝙蝠俠在DC漫畫2005年的大事件《身份危機》與2006年的《無限危機》中都擔任了舉足輕重的角色。《无限危机》是DC的第三次重启，主要目的在于恢复多元宇宙。重启后算上作为主世界的新地球，一共有52个地球。《无限危机》后主线故事则直接跳跃到一年后，以《面对面》为起点，布鲁斯结束游历回归哥谭，戈登也回到哥谭警局重新担任局长。
《无限危机》事件结束后，DC用连载周刊《52》补充说明《无限危机》后三巨头隐居的一年内发生的故事，这部周刊连载带来了新一任的蝙蝠女侠凯特·凯恩，她是火鸟贝蒂·凯恩的表姐，也是布鲁斯·韦恩的表姐，但她行事独立和蝙蝠家族的连系并不紧密。
编剧布莱恩·阿扎瑞罗和画家李·贝尔梅霍在2005年推出《卢瑟：钢铁之躯》，以全新的视角审视这位超人的宿敌。2008年，二人推出短篇《小丑》，以帮派混混的视角解读这位哥谭最著名的精神病。二人笔下的小丑风格写实，基本褪去了喜剧元素，恐怖感倍增。这部作品中小丑外形与希斯·莱杰版本的极其相似，惹来了不少争议。贝尔梅霍表示，虽然这部短篇于2008年出版，但他和阿扎瑞罗对此已构思多年，其中小丑的造型早在05年的《卢瑟：钢铁之躯》第三册中便以墙上海报的形式出现过，而此时诺兰的《蝙蝠侠：起源》正在上映，片尾也已经暗示了下一部作品中小丑将会出现。于是这两部作品中的小丑形象究竟谁先谁后，恐怕是再也难以说清了。
从2006年的《蝙蝠侠》第655期开始，格兰特·莫里森接手蝙蝠侠连载，拉开蝙蝠侠史诗的帷幕，保罗·蒂尼作为侦探漫画支线编剧辅助莫里森。之前的异世界作品《恶魔之子》中曾出现蝙蝠侠与塔利亚的儿子，莫里森将他引入正史，创作出达米安·韦恩。在莫里森最初的计划中，达米安只是一位登场后迅速死亡的短命角色，但随着连载不断推进，牵出了更多的剧情，让他逐渐成为常驻角色。
2007年的大事件《拉斯奥古复活》将焦点转回刺客联盟。拉斯奥古的儿子“白幽灵”杜桑试图将其复活，但需要新的身体，带血缘关系的人为最佳。杜桑以达米安为目标，塔利亚表示反对，达米安来到哥谭求助。
《蝙蝠侠安息》是格兰特·莫里森从2006年初接手连载时就开始构思的故事，相关元素的铺垫花了两年时间。首先登场的是2006年的《蝙蝠侠与三个幽灵》，在蝙蝠侠早年的时候，他同意政府对他进行一系列试验好能造出一批替代品，这些替代品最终变成了他的敌人。2007年的《黑手套》讲述约翰·梅修邀请蝙蝠侠与“国际英雄俱乐部”在孤岛聚会，落入神秘组织“黑手套”布置的一个扭曲的正邪游戏。这一切的幕后黑手赫特博士在2008年的《蝙蝠侠安息》中决定对布鲁斯发动总攻。此前他利用蝙蝠侠同意政府对他进行试验时化名成西蒙·赫特博士，为蝙蝠侠做了一系列迷幻药测试，并在他的内心植入了一个催眠触发器。利用这一点打败蝙蝠侠后赫特占领蝙蝠洞，自称托马斯·韦恩，但最终败给了蝙蝠侠。
2008年DC大事件《最终危机》结局布鲁斯带着屠神子弹，破戒举枪射向达克赛德，自己也被达克赛德发射的欧米茄光线击中，待超人赶到现场，只看到了王座上垂死的达克赛德和蝙蝠侠的焦尸。然而，《最终危机》的结局出现了布鲁斯在山洞中绘制蝙蝠壁画的镜头，他并未死去，而是穿越到过去的时空，超人找到的焦尸只是一具克隆而成的躯体。DC在漫画中为他举行了一次虚构的葬礼，这部名为《披风斗士的命运》的短篇由擅长魔幻风格的尼尔·盖曼负责，蝙蝠侠的盟友和敌人尽数出席，各自诉说黑暗骑士的最终结局。短篇的风格多变，同一页漫画浓缩了多个时代的形象，也成为了蝙蝠侠系列的名篇。
《披风争夺战》交代了布鲁斯消失后蝙蝠家族的动向。托尼·丹尼尔作为画家与格兰特·莫里森合作多年，《披风争夺战》的主线故事是丹尼尔第一次担任编剧，他把原本亦正亦邪的反英雄杰森·托德写成了一个真正的反派，引起争议。《披风争夺战》的混乱结束后，迪克·格雷森和达米安·韦恩成为新任蝙蝠侠与罗宾；蒂姆·德雷克变为红罗宾；卡珊德拉·凯恩将蝙蝠女孩一职传给好友史蒂芬妮·布朗；《蝙蝠侠与三个幽灵》中的恶魔蝙蝠迈克尔·莱恩改邪归正，成为新一代死亡天使。
《披风争夺战》结束后，DC打出《蝙蝠侠重生》的旗号，为连载带来新气象。作为蝙蝠系的总舵手，格兰特·莫里森的新刊《蝙蝠侠与罗宾》自然成为焦点。迪克与达米安，一个是开朗的蝙蝠侠，另一个是冷酷的罗宾，颠覆传统的新组合颇为有趣。这本连载虽然信息量大，但风格明快，雅俗共赏，各类读者都表示满意。
莫里森为《蝙蝠侠》主刊700期推出纪念刊《时间与蝙蝠侠》，四个不同时间段的蝙蝠侠在不同时空先后登场共同侦破一个案件，分别为：布鲁斯·韦恩、迪克·格雷森、达米安·韦恩和特瑞·马金尼斯。特瑞源自动画《未来蝙蝠侠》，属于彩蛋性质。
保罗·蒂尼的新刊《哥谭街头》卖点在于“用蝙蝠侠之外的视角观察蝙蝠侠”，这个视角可能是反派，可能是戈登局长，也可能是其它刊中无足轻重的配角，让读者从街头巷尾而非蝙蝠侠的角度，重新审视哥谭，剧情对其他刊物起到补充作用。蒂尼的另一本新刊《哥谭魅影》以哈莉·奎恩、猫女和毒藤为主角。因为三人角色的亦正亦邪，故事也设定的合情合理，连载的成功提升了三人日后的地位。
在格兰特·莫里森的带领下，布鲁斯的失踪非但没有让蝙蝠家族一蹶不振，反而焕发出新的生机与活力。莫里森希望尽量延后布鲁斯归来的时间，让迪克的蝙蝠侠成为常态，这样一来，今后的读者提到迪克，想到的不仅仅是罗宾和夜翼，还有蝙蝠侠这一身份，成为真正的继任者，就像当年《无限地球危机》后接替巴里·艾伦的新一代闪电侠沃利·韦斯特那样。读者很快接受了作为蝙蝠侠的迪克，然而，DC高层丹·迪迪欧却否决了这一计划，他先是修改《最终危机》的结尾，从一开始就向读者表示布鲁斯的结局是穿越而非死亡，又在短短一年后要求莫里森将布鲁斯带回来。穿越时空的经历让布鲁斯意识到未来存在更大的危机，他决定改变过去的孤僻性格，团结更强的力量。《布鲁斯·韦恩归途》交代他暗中考察蝙蝠家族，分析众人在自己缺席的情况下表现如何，对每一位成员给出详细的评价报告，结果令他满意。对哥谭放心的布鲁斯为了对抗跨国恐怖组织“利维坦”，决定在全球扩大蝙蝠侠的队伍。他想出一箭双雕之计，对外宣布自己是蝙蝠侠的资助者，并以韦恩集团的名义建立跨国战队《蝙蝠侠群英会》。格兰特·莫里森对《群英会》的灵感最早源于1955年《侦探漫画》中的“全球蝙蝠侠”，此前在《黑手套》故事中出现的“国际英雄俱乐部”便借鉴了这一概念。《群英会》和“国际英雄俱乐部”的很多角色都源自1955年的“全球蝙蝠侠”。
莫里森不希望布鲁斯的回归影响迪克的故事线，他选择了一条折中路线。《蝙蝠侠》主刊和《侦探漫画》依然是迪克的主场，《群英会》和《暗夜骑士》则以布鲁斯为主角。因为两个蝙蝠侠同时存在，为避免混淆，莫里森找到画师大卫·芬奇，给布鲁斯设计一套带有黄底黑印复古蝙蝠标志的战衣。芬奇还接下了新连载《暗夜骑士》，自编自画的讲述布鲁斯在哥谭的故事，画面收到好评，剧情却反响平平。
斯科特·斯奈德于2011年接手《侦探漫画》。他撰写的《黑镜》成为《侦探漫画》在新52重启前的最后一段故事，分为迪克和戈登局长两条线，每条线都引入了一个供后人继续使用的精彩角色：索尼娅·祖科和小詹姆斯·戈登。斯奈德擅长描写黑历史和惊悚细节，《黑镜子》作为他的第一篇蝙蝠侠故事，已经把这两点充分展现出来。独立短篇《哥谭大门》在19世纪末和21世纪初之间双线叙事，讲述哥谭发展壮大的历史和名门望族的恩怨，斯奈德通过这篇故事，将黑历史描写重心从单一的角色转向哥谭这个舞台本身。