中國時報
争议

2001年6月1日，中國時報高雄及台中兩個編輯部的員工照例到辦公室上班，卻發現沒有工作可做，當晚台北總社派出高階主管到高雄及台中兩地宣達裁員指示，一百多名員工錯愕驚惶，半年前報社總經理才信誓旦旦保證「在位一天，絕不裁員」，此時員工才知受騙上當，於是開始組織自救會，結合中國時報產業工會，爭取恢復在地工作權。《那一天，我丟了飯碗》的導演廖德明也是突然失業其中的一員。本來就愛電影，上過全景在中部開的紀錄片拍攝課程，可沒想到端起攝影機的理由卻是要拍自己被迫失業實況。
2005年10月22日，中國時報體育中心主任吳清和於A20體育天地版發表特稿〈都曾淪為敗戰罪人，利吉的痛，艾克斯里很了〉，並在其Blog上發布〈美職棒終結者的痛，誰最知道？〉一文，文中指出Brad Lidge已經心理崩潰，並聲稱此消息乃引用ESPN特約專欄作家Sean McAdam的文章「Eckersley understands Lidge's pain」。但經過網路使用者向McAdam本人查證後，證實一切均為吳清和捏造，McAdam並未寫過那樣的內容。但吳清和將網友的質疑與批評視為「吐槽」，並刪除blog上的網友質疑，引發網友反彈。網友乃串連發起「拒看中國時報」活動，並將整起事件命名為「中時黑報事件」。事件在2005年11月16日中國時報於同版刊登「更正啟事」後告一段落，但吳清和並未因此遭到懲處。
2005年2月，國立台灣大學BBS站批踢踢Hate（黑特）板上出現一篇男生因女友移情別戀的恨文，造成網友極大的迴響，甚至有網友找出了謠傳中的劈腿男女主角照片，並將之公開。但未幾，原發文者便坦承：劈腿事件是自己捏造的。由於該文發表日期為2月28日，也因此被報導的記者謔稱為「新二二八事件」。這個事件在《中國時報》教育線記者陳洛薇的大幅報導後，成為3月2日的該報的頭版頭條。此事引發許多爭議，網路隱私權、記者疏於查證的心態和煽情的報導手法，都一再的引起討論。但尤其引發批評的是，將非公眾人物的情感問題置於頭版頭條，違背了符合該報所宣稱的新聞價值（英语：）。
2006年臺北市長馬英九訪問日本時，《中國時報》記者蕭旭岑與何博文報導「馬英九獲得內閣官房長官安倍晉三以及外相麻生太郎有力的支持」、「安倍發言表示將來會出現『馬英九效應』，期待發揮一定程度的作用」等。隔月，日本《產經新聞》報導《中國時報》對安倍與麻生支持馬英九的報導並無事實根據，並已造成二人困擾。時任總編輯王健壯則表示：「沒意見。」
曾獲選台北市模範勞工的《中國時報》前新聞校對陳文賢因不滿資方以「裁撤校對部門」為由無預警資遣，向台北市政府就業歧視評議委員會申訴：《中時》因其工會幹部身分歧視他，對他採取不利待遇。台北市政府勞工局裁罰《中國時報》新台幣三十萬元。這是臺灣首宗裁定工會幹部就業歧視成立的個案。台北市政府勞工局表示，《中國時報》以重大虧損與業務縮減為由資遣，不理會當事人轉任印刷部門的意願、相當年資及學經歷，也未給予職缺訊息或協助；反而招募新人，不給他機會去嘗試印刷部門工作，顯然是因其工會職務而歧視他。中時報系總管理處強調資遣作業一切合法，不回應此案。
2010年5月，中國時報引用《甘肅日報》的文章，指控南韓首爾大學歷史系教授金秉德考證「名詩人李白為韓國人的後代」。此消息傳發轉載於各媒體後，引起大批華人不滿和譏諷。次日，駐臺北韓國代表部即親向首爾大學歷史系查證，結果是查無金秉德此人。
2010年12月12日，資深記者黃哲斌為了抗議媒體置入性行銷情況嚴重，決定辭職以示抗議。辭呈上寫著「台灣報紙業配新聞領先國際潮流，自認觀念落伍，告老還鄉」。在自己的部落格《【圖解】第一次買新聞就上手》寫著：「離開的原因很單純，不是跳槽、不是資遣，不是優離優退，而是『我再也無法說服自己，這是個值得託付的行業』。」等感想。
2012年8月，被掛名影射黃國昌是走路工幕後黑手的主稿裡，之後還被要求寫特稿，雖多次跟社內長官溝通，質疑「只有三分證據，卻硬寫十分的話」的正當性，但均石沉大海。因為旺中集團報導黃國昌走路工事件違反新聞專業，決定辭職的記者游婉琪在部落格公布了七月廿五日走路工事件發生當日，到八月九日決定離職之間寫的十篇日記。日記描述離職的原因是無法接受報社處理黃國昌走路工相關報導、長官擅自將她的特稿從原本三段加到六段，偏離她的文意，特稿代表記者觀點，被一百八十度扭曲，是她決定辭職的最後一根稻草，她決定離開中時。14日，中時處理旺中案黃國昌走路工事件嚴重影響內部士氣，繼副總編輯何榮幸請辭後，國際新聞中心主任閻紀宇、調查採訪室資深記者高有智，年輕記者黃奕瀠等三人，也因不滿旺中案離職。
2013年4月20日，中國時報A6版報導法務部在4月19日晚間槍決6名死囚的新聞時，將死囚陳東榮照片誤植成民進黨前立委陳東榮的照片，當日（20）日晚上中時發布道歉啟事。
2013年9月12日，中國時報針對日本宮崎駿拒絕支持東京申辦2020年夏季奧運會計劃，原因是對於日本政府解決福島核災政策的不滿，但吉卜力工作室澄清這項報導完全子虛烏有。但經由中國時報後續求證，吉卜力工作室透過台灣迪士尼公司發表正式聲明書，表示該篇報導「《中國時報》新聞內容並無不實或造假。」真正錯誤報導的是日本網路媒體Record China。
2014年3月，中國時報、聯合報的一則民眾投書被人指出兩篇文章的投書人不同，但內容卻一致，質疑一稿兩投。隨後，中時電子報網站撤除該篇文章，重申禁止一稿多投立場，該篇文章亦不予稿費。
2014年，由無國界記者組織所作出的新聞自由指數統計報告中，在亞太部份中國大陸對其鄰近國家／地區的新聞自由有著因經濟而來的影響，而台灣的新聞自由也因中國時報被親中国大陆的旺旺集團收購受到了威脅。
2017年，前中國時報記者陳志東表示中國時報允許置入性行銷，出賣新聞倫理與公信力。
持不同政见者、评论作家曹长青于2017年6月7日声称，《中国时报》系的报刊盗用他人的名义在不到一周之內连续发表八篇攻击他的文章。他认为，《中时》的总编辑在讨好和国台办关系不错的《中时》老板蔡衍明，这比《人民日报》和《环球时报》更疯狂，沦落到赶超文化大革命时期打手的地步。
2019年6月，因為9日刊登一篇回顧六四30周年的文章，中時電子報被中國大陸的網路防火長城封鎖。11日，中時電子報透過人工審核刪除網站內所有提及「六四天安門事件」的新聞、輿論、評論文章、書評。12日，中央社報導，以關鍵字查詢，已經查無六四文章，詢問中國時報與中時電子報等單位都未回應。
2019年6月21日，中時記者廖肇祥在個人臉書宣布辭職消息，理由是因為他很怕變成「連自己都討厭的人」，他說自己認同媒體各有立場一事，但也難過身處媒體為了立場，惡意扭曲偏頗作假自我審查，甚至唱衰、傷害台灣這塊我們共同生活的土地，這違反了他做人的良知，並提及「像徐宗懋這樣用生命安危鮮血換來的新聞、圖像與歷史，你們竟然照樣也能自我審查，說不要就不要，說撤掉就撤掉。」
2019年6月25日，中國時報刊登姐妹報《旺報》未經查證報導假小三通通航儀式的新聞「旗津洞頭小三通今首航，高雄溫州發大財」。27日，該報導已經于中時電子報下架。
2019年7月9日，中國時報記者報導「住得近才用心？花媽住官邸 氣爆後3小時才到現場」，但此說法早在2014年已由高雄地檢署公布的監視器畫面澄清為25分鐘。
2019年7月16日，金融時報報道國台辦對包括中國時報在內旺中集團媒體編輯部門下達編採指示。旺中集團為此控告《金融時報》、翻譯引述報導的《中央社》和羅文嘉。2021年初，遞狀撤告。
2019年7月17日，中國時報在報紙頭版刊登「李遠哲力拱陳建仁 問鼎中研院」。對此，中華民國總統府已出面駁斥，強調是子虛烏有的假消息，隨後副總統陳建仁也在Facebook發文澄清，呼籲「千萬不要相信假新聞」。
2020年12月11日，司改會昨天前往總統府召開記者會要求蔡英文總統特赦邱和順，其中有名男子扮演邱和順並戴上手銬腳鐐矇著雙眼。記者會結束後，有位自稱攝影師，以補畫面為由，請扮演邱和順的男子，舉高銬上手銬的雙手，並站在總統府前。然而，這張照片成為中國時報的頭版照片，但新聞內文和邱和順案一點關係也沒有，也引發司改會譴責 （页面存档备份，存于），此為中國時報不當使用救援團體畫面事件 （页面存档备份，存于）