李登輝
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在統獨立場上，在1980年代身為中華民國總統兼中國國民黨主席的李登輝，代表中華民國政府於公开场合多次表露要实现以三民主義統一中國的理想。1988年2月，他在繼任後的首次記者會上說：“只有一個中國而沒有兩個中國的政策。只有一個中國，我們必須以三民主義統一中國。”1990年10月，李登輝又表示：“中國只有一個，應當統一，也必須以三民主義統一中國，任何一個中國人都不能自外於「以三民主義統一中國」的責任，也不應自外於以三民主義統一中國的努力”。
1990年3月11日，李登輝應邀出席中華基督教國民大會團契的星期禮拜聚會，稱六年內有機會回大陸。並引述聖經傳道書中所說「凡事都有定期，天下萬物都有定時」；「各樣事物成就，都有時候和定理」，警示中共應當及早醒悟，放棄無神論，站在神的公義，為十一億中國人有個交代。否則亞述王西拿基立和羅馬尼亞的西奧塞古的下場，就是他們不久後的結局。
1990年代初期，在南懷瑾的安排下，李登輝派出蘇志誠與中國大陸國家主席楊尚昆派出的楊斯德秘密會談。楊斯德告訴蘇志誠：「中共中央對李登輝先生是肯定的，也希望在他任內解決國家統一問題，這次中央對台工作會議確定將以李先生為談判對手，他們從來沒說李登輝是『台獨』，而他們也在幫李先生工作，凡是有台灣朋友到北京，他們都會告知若一味對本省人排斥，是不會被接受的。」雙方有良好互動後，蘇志誠之後並與汪道涵會談，促成了1992年的辜汪會談。嗣後，蘇志誠還多次與中共中央總書記江澤民的密使中共中央辦公廳主任曾慶紅會晤，直到1995年4月因新黨郁慕明的揭發而曝光終止。
1991年，李登輝主持下的國家統一委員會通過了《國家統一綱領》（2006年2月分別被时任總統陳水扁下令以「終止運作、終止適用」的名義撤銷和廢除），在《國統綱領》中，寫有「台灣固爲中國一部分，大陸也是中國的一部分」這樣的說法，不過1991年，也漸漸從外交部開始承認中華人民共和國政府為一個政治實體。
1994年發生千島湖事件，李登輝於4月9日抨擊中共政權處理事件的行徑「像土匪一樣」，並指「任何政權都應深切體認『主權在民』的精義，否則必將被覺醒的人民唾棄」。
1995年的中華民國國慶，他這樣表示：「四十多年來我們之所以奮鬥不懈，就是要爲將來以三民主義統一中國立下可供遵循的典範」。此外，他也曾在接見美國聯邦眾議員湯姆·坎貝爾二世（Tom Campbell II）的時候，表示「『台獨』只會斷送國家的大好前途，犧牲社會的安定繁榮，這是不可能，也不應該的，我們應該以三民主義統一中國」。
然而他在某些場合的發言，亦開始隱約表達了台灣主體意識。1994年4月，他接受日本作家司馬遼太郎的訪問，當司馬講到「地方的痛楚」時，他說，出生在波士尼亞的人，實在是太不幸了。李登輝對司馬表示，他有不能為波士尼亞盡一份心力的痛楚，生為台灣人，也有過不能為台灣盡一份心力的悲哀。他進一步指出：
到目前為止，掌握台灣權力的，全都是外來政權。最近我能心平氣和地說就算是國民黨也是外來政權。只是來統治台灣人的一個黨，所以必須成為台灣人的國民黨。以往像我們七十幾歲的人在晚上都不能好好的睡覺，我不想讓子孫們受到同樣的待遇。——引自《中國第一個民主體系》
李登輝談到他對台灣人的感情時，則這樣表示：
我沒有槍，拳頭母也小粒，在國民黨中的我，能夠維持到今天的原因，是我心中的台灣人之聲。台灣人期待我，而我一定要做的這種想法。——引自《中國第一個民主體系》
1995年6月，李登辉访问母校美国康乃尔大学，成為中華民國及臺灣第一位訪問美國的在任國家元首，美國國會議員和康乃爾校方都稱呼他是台灣總統。同月9日，李總統在歐林講座向師生發表题为《民之所欲，长在我心》的歷史性演說，當中以流利英語提及「中華民國」達四次，且指出臺灣其實已實現「主权在民」的政治體系。
1996年，國民黨提名李登輝以及連戰搭檔競選正副總統，以54.0%的得票率，當選中華民國第九任總統，也是中華民國歷史上首位公民直選的國家元首，奠基東亞新興國家民主發展又一里程碑。若林正丈描述這次大選中「飛彈與選票對峙」的過程：
在總統大選的最後階段，「飛彈」（missiles）與「選票」（ballots）的對壘更形鮮明。配合總統選舉最後階段，中華人民共和國再次於台灣海峽舉行一連串稱為「海峽九六一」的軍事演習以恐嚇中華民國。美國為防範有事，自日本和關島兩地派遣兩艘航空母艦巡防臺灣海峽。選舉就在這樣一觸即發，稱為「第三次台灣海峽危機」的局勢下完成。——引自《蔣經國與李登輝》
| 1996年第9任總統暨副總統選舉> 號次 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 候選人 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 性別 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 推薦政黨 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 得票數 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 得票率 | 1996年第9任總統暨副總統選舉> 當選標記 |
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| 1 | 陳履安、王清峰 | 男、女 | 連署 | 1,074,044 | 9.98% |  |
| 2 | 李登輝、連戰 | 男、男 |  中國國民黨 | 5,813,699 | 54.00% |  |
| 3 | 彭明敏、謝長廷 | 男、男 |  民主進步黨 | 2,274,586 | 21.13% |  |
| 4 | 林洋港、郝柏村 | 男、男 | 連署 | 1,603,790 | 14.90% |  |
在當選中華民國首位民選總統後，面對1997年香港主權移交，加上中華人民共和國的持續軍事外交打壓威脅，同年底中華民國失去最後一個重要邦交國南非后，李登輝關於兩岸關係的言論逐漸表現出台灣獨立的傾向。1999年7月，他在接受德國之聲錄影專訪的時候，明確提到海峽兩岸的關係，是「特殊的國與國關係」，這也就是「兩國論」。他在受訪時這樣表示：
有別於國統綱領以及以三民主義統一中國等一廂情願式的國民黨政策宣示，實際上的歷史的事實是，1949年中華人民共和國共產黨政權成立以後，從未統治過中華民國所轄的台澎金馬。我國並在1991年的修憲，增修條文第十條（現在為第十一條）將憲法的地域效力限縮在台灣，並承認中華人民共和國在大陸統治權的合法性；增修條文第一、四條明定立法院與國民大會民意機關成員僅從台灣人民中選出 ……使所建構出來的國家機關只代表台灣人民，國家權力統治的正當性也只來自中華民國人民的授權，與中華人民共和國人民完全無關。1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的「一個中國」的內部關係。所以，戰爭既已結束，則中華人民共和國政府將中華民國視為「叛離的一省」，有昧於歷史與法律上的事實。
1999年，李登輝在卸任總統前一年出版《台灣的主張》一書，之後再發行日文和英文版。該書討論台美日關係頗多，對台灣海峽兩岸關係有兩大述說：一、定義台灣為中華民國在台灣；二、分割中國為七部分（台灣、華南、華北、西藏、新疆、蒙古、滿洲），各自競爭發展以維持安定。後者即引起軒然大波的「中國七塊論」。
李登輝卸任後曾表示：「台灣是一個主權獨立的國家，他的國號叫做中華民國」或「中華民國是一個主權國家，他的領土範圍在台澎金馬」。他在2000年選擇不競選連任並卸任後與日本學者中嶋嶺雄合著的《亞洲的智略》一書即表示「中華民國在台灣大致上可分為兩個時期，蔣介石、蔣經國統治是第一時期，因為，憲法都是在中國內戰時訂下的。現在，台灣的憲法不但經過大幅度修改，過去的立法院也已全面改選，老立委退職、國民大會虛級化、台灣省已經『凍省』了、總統由人民直選，台灣經歷了這些重大變革，憲法與政府結構也已經重組，這就是第二共和。」2015年，李登輝接受NHK BS1採訪時表示，其不贊成中國共產黨所主張的「台灣屬於中國」。