末代御醫
與歷史記載不同之處

第一集，劇中光緒帝於1908年11月13日(清光緒三十四年十月二十)駕崩，而歷史上的光緒帝崩於同年11月14日(十月廿一)。(不過，很多史學家皆懷疑清政府刻意推遲光緒帝的駕崩日期，所以劇中情況極有可能出現，而且劇中清朝政府人員也一直隠瞞光緒帝駕崩事件，直至11月14日(十月廿一)才對外公報事件，與歷史相符)
第二集，慈禧贈送光緒帝一瓶聲稱由英國公使送的維生素，雖然維生素早在唐朝已投人使用但當時醫學界並不清楚是甚麼物質對病人起了治療作用，而維生素於1912年（民國元年）才被正式確立並命名，清代時醫學界並不知道維生素的存在，因而絕無提煉出來的維生素。
第三集，成親王福晉因產後服用太多補品而導致舌頭無法收回入口腔。但成親王一爵只有乾隆帝十一子永瑆擔任過，其後代之爵位亦由郡王一輩一輩遞降至奉恩輔國公等，而成親王妃富察氏則已於1812年(清嘉慶十七年)逝世。
第七集，劇中御醫任鍚庚指出「日前」(即最少超過一天前)義和團殺死德國公使克林德，歷史上此事件發生時間為1900年6月20日(清光緒二十六年五月廿四)，而八國聯軍之役則於一天後，即同年6月21日(五月廿五)爆發，但劇中任鍚庚說出事件時八國聯軍之役尚未爆發，更延至第十集才爆發。
歷史上克林德乃被中國官員恩海伏擊而死，而非被義和團燒死。
劇中載灃指日本國曾臣服大清，但日本自1633年（日寬永十年，明崇禎六年，清天聰七年）起實行鎖國政策，只保留與荷蘭的外交關係，根本不可能成為中國的藩屬國。劇組可能將自西漢臣服於中國的朝鮮與日本混淆。
及後，德、日等四國公使與慈禧進行談判時，以「國王」稱呼光緒帝，但中國君主應被稱為「皇帝」。
第十集，劇中可見1900年（清光緒二十六年）八國聯軍入侵中國，一名英國軍人以「Chinese King」(中國國王)稱呼光緒帝，但理應稱其為「Chinese emperor」(中國皇帝)
中國軍隊仍然使用傳統、簡單設計的軍旗，只有一「清」字，而1900年中國已使用方形黃龍旗作國旗，以貼近近代外交的需求。
第十二集，劇情提及清政府將載漪放逐至南疆(新疆天山以南)，顯示當時應為1902年(清光緒二十八年)；但及至第十四集，劇集提及載灃替光緒帝以自己的名義向慈禧太后提交新政建議書，開啟清末新政(1901-1911年(清光緒二十七年至宣統三年))，該集的時空竟倒退回1901年(清光緒二十七年)
歷史上清末新政是由慈禧太后，而非載灃所提出
歷史上清末新政是由慈禧太后作主導，而非劇中所指慈禧太后委任載灃帶領清末新政。
第十六集，劇中杜仲於集初指當時是「壬寅年」(即1902年(清光緒二十八年))，但至該集中段幼蘭已懷孕(歷史上發生於約1905年(清光緒三十一年))，而其中並無指出已過了三年。
第十七集，該集初溥儀出生，指出當時是1905年(清光緒三十一年)，不久畫面出現「三年後」字樣，即其後為1908年(清光緒三十四年)，到該集後段清政府才計劃派遺官員到英、美等國考察，歷史上應發生於1906年(清光緒三十二年)
葛根指裕德齡於1905年(清光緒三十年)出宮後遊歷西方，並於「花旗國」(指美國)認識一名差使(指美國駐上海領事館副領事迪厄斯·懷特)，但裕德齡理應是離宮後前往上海並認識進駐上海的懷特，及至1915年(民國四年)才前往美國生活
光緒帝只是喊了兩次「落橋」，瀛台守衛便即時容許光緒帝離開瀛台，但當時慈禧太后不論權力及威嚴都在光緒帝之上，守衛不可能輕易因為光緒帝的命令而背棄慈禧太后的旨意。
第十七至十八集，劇情提及清朝的君主立憲運動，劇中光緒帝竟多次離開瀛台且多次與官吏開會商討立憲事宜，但君主立憲為清末新政的一部分，理應由慈禧太后主持。
第十八集，史學家對光緒帝死因未有定論，主流觀點是遭人毒殺，而劇中設定光緒帝死因是服毒自盡。不過，劇中場面無法解釋為何光緒帝的頭髮和及衣領會沾有砒霜(2008年「清光緒帝死因 」研究結果)。
劇集提及有關革命黨刺殺光緒帝以擾亂清政府內部的計劃，該集的時空為1908年(清光緒三十四年)，當時全中國的革命組織已統一為中國同盟會，而同盟會並無有關刺殺光緒帝的革命活動。
第十九集，載灃指帝制在中國實行3000年，帝制可能指君主制(約始於公元前2070年，實行約3978年)或君主專制(始於公元前221年(秦始皇帝二十六年)，實行2129年)，但兩者皆不符合。
第二十集，劇中指慈禧太后專政時期經歷四代清帝(即道光帝至光緒帝)，但慈禧是咸豐帝的妻妾，專政大約始於1860年代初期，基本上只專政於同治、光緒兩朝，道光年間慈禧尚未入宮，不可能專政
宣統皇帝漙儀的登基大典上，整個太和殿上竟然只有載灃和溥儀二人
另外，歷史上溥儀登基時哭喪著說「我不要在這裏，我要回家！」，但劇中溥儀並無哭泣（雖然劇中出現類似語句「阿瑪，我唔想喺到呀，我想去玩」（阿瑪，我不想在這裏，我想去玩））
歷史上載灃安慰溥儀所說的著名語句「乖，快完了，玩完我們就回家」也並無描述
旁白指溥儀於慈禧逝世即日登基，但歷史上慈禧太后逝於1908年11月15日(清光緒三十四年十月廿二)，而溥儀於1908年12月2日(清光緒三十四年十一月初九)才正式登基
劇情提給宣統年間，旁白完成述說有關溥儀登基的事件後，說：「兩年後，辛亥革命爆發……」，但溥儀於1908年(清光緒三十四年)登基，而辛亥革命於1911年（宣統三年）爆發，應相隔三年
後來，載灃指清帝退位後袁世凱將成為大總統，但當時中華民國臨時政府所開出的條件應為袁世凱擔任「臨時大總統」
劇情提及载沣簽署宣統帝退位詔書，而事實上，隆裕太后頒布宣統帝退位詔書的時候，載灃實際上並沒有簽署
袁世凱於1916年(民國五年)稱帝，但劇中1915年(民國四年)冬天街上竟有人派發報道袁世凱稱帝的報紙，雖然當時袁世凱稱帝已獲國會、輿論等支持，但全街也沒人採取行動也絕不可能
及後，該名派報工人在一所醫館裡與眾人閑聊，指着一面青天白日旗，說「啱啱先換左新旗」(剛剛才換了新旗，指辛亥革命(1911年(清宣統三年))後將清朝的方形黃龍旗換為中華民國南京臨時政府的五色旗)，但當時青天白日旗是中華民國海軍艦隻的艦首旗，而非中華民國國旗，一面軍旗放在醫館裡並不恰當。
根據「清朝宗室退位優待條件」，滿清皇族理應繼續於紫禁城生活直至1924年(民國十三年)馮玉祥發動政變「首都革命」逐出滿清王室為止，但1915年(民國四年)冬天清朝皇室涴佳格格(虛構角色)竟然已經離開皇宮，還成為民間的戰地護士。但劇中並沒有提及涴佳格格的姓氏及家庭背景，有可能和幼蘭一樣，僅為侍候慈禧太后的貴族之女(也稱為格格，不一定擁有皇室血緣)。可能在慈禧太后逝世後，請辭離宮，皇室對紫禁城外的前清皇族、貴族掌控權不大。歷史上不乏出身滿清貴族或皇族的格格、世家之女在民國時代及二戰後選擇以平民身份融入社會，甚至改姓氏為漢性。當中包括末代皇帝溥儀的幼妹(即醇親王載灃的么女)。
其他：
劇中從未出現「中國同盟會」、「中華民國」等字眼。
劇中醇親王載灃心計重重，而根據清室後裔所描述，歷史上的載灃性格忠厚怕事，不如劇中大膽妄為，爭權奪位。另外，劇中珍妃思想傳統簡單，而歷史上的珍妃思想前衛，更常頂撞慈禧，但劇中並無相關描述。
歷史上醇親王載灃與幼蘭的婚姻是一場由慈禧太后威迫的政治婚姻，而非劇中所述幼蘭一直心儀載灃。
劇中時空從1898年(清光緒二十四年)至1911年(清宣統三年)，醇親王載灃應為15至28歲，但劇中飾演者張頴康於拍攝時已33歲，與現實相差甚遠。
沈可欣所飾演的慧貴妃，於同治帝駕崩時被慈禧即時由慧妃晉至皇貴妃，從未處於貴妃之位。故事初時之時空分別為光緒三十四年的一幕和轉眼的十年前亦即光緒二十四年，當時應為敦宜榮慶皇貴妃。
同為咸豐帝遺孀的祺貴妃佟佳氏、吉妃王氏；及同為末代四大太妃的同治帝遺孀珣貴妃阿魯特氏、瑨貴妃西林覺羅氏於劇中從未出現。
劇中曾多次提及隆裕皇后，但孝定景皇后隆裕之稱為其為皇太后時之徽號。
劇中曾有義和團團民指輪椅是「洋鬼子的玩意」，但輪椅早在南北朝時期的中國已經出現，西方輪椅及至16世紀才出現，因此輪椅這種中國傳統產物絕不是所謂「洋鬼子的玩意」。
劇中御醫可隨意與後宮妃子溝通，然而帝制政府為維護妃子貞操，對御醫後後宮之間的交往有嚴密監管。
此劇以清朝末年為背景，但此劇呈現的科技水平未免過分落後，例如劇中從未出現過電燈，包括皇宮及革命基地，革命基地甚至清晰可見竟使用蠟燭照明；另外，劇中除了大結局民國時期的畫面外，從未提過汽車，即使是皇族或重臣都只使用落後的轎，街道上也沒有任何汽車；也沒提過電報、電話、電線等，而整個北京城沒有任何現代化建築。