日本史前哺乳動物列表
新生代

| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †加津佐鹿 C. (Nipponicervus) kazusensis | 島原鹿 Cervus (Deperetia) shimabarensis Otsuka, 1967 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †琉球侏儒鹿 C. astylodon'  | 琉球侏儒麂 Muntiacus astylodon Matsumoto, 1926 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †琉球侏儒鹿 C. astylodon'  | 琉球侏儒澤鹿 Cervus (Rucervus) riukiuensis Matsumoto, 1926 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †加藤清正格氏鹿 C. greyi katokiyomasai | Cervus (Rucervus) katokiyomasai Shikama & Hasegawa, 1965 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †加藤清正格氏鹿 C. greyi katokiyomasai | Cervus (Sika) natsumei Matsumoto, 1938 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †加藤清正格氏鹿 C. greyi katokiyomasai | 古蝦夷鹿 Cervus (Sika) paleoezoensis Otsuka & Shikama, 1977 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †九州鹿 C. kyushuensis | 九州水鹿 Cervus (Rusa) kyushuensis Otsuka, 1966 |  | 更新世早期 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 鹿屬 Cervus | †秋吉鹿 C. akiyoshiensis | 秋吉日本鹿 Cervus (Nipponicervus) akiyoshiensis Otsuka, 1977 |  | 更新世晚期 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | †中華大角鹿屬 Sinomegaceros | †矢部中華大角鹿 S. yabei | 矢部鹿 Cervus (Sinomegaceros) yabei Shikama, 1938 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | †中華大角鹿屬 Sinomegaceros | †矢部中華大角鹿 S. yabei | 金流大角鹿 Megaceros kinryuensis Matsumoto & Mori, 1956 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | †中華大角鹿屬 Sinomegaceros | †矢部中華大角鹿 S. yabei | 小河套大角鹿 Megaceros (Sinomegaceros) ordosianus minor Kamei, 1958 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | †中華大角鹿屬 Sinomegaceros | †矢部中華大角鹿 S. yabei | 日本長頸鹿 Giraffa (Orasius?) nipponica Matsumoto, 1926 |  | 更新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 鹿科 | 狍屬 Capreolus | †德永氏狍 C. tokunagai Otuka, 1941 | 宮古狍 Capreolus miyakoensis Hasegawa, Otsuka & Nohara, 1973 |  | 更新世–全新世 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 牛科 | 水牛屬 Bubalus | 水牛屬未定種 Bubalus sp. |  |  | 更新世中期 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 牛科 | 野牛属 Bison | †花泉野牛（日语：） B. hanaizumiensis | 花泉細野牛 Leptobison hanaizumiensis Matsumoto & Mori, 1956 |  | 更新世晚期 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 牛科 | 野牛属 Bison | †西伯利亞野牛 B. priscus |  |  | 更新世晚期 |
| 偶蹄目 | 反芻亞目 | 牛科 | 長鬃山羊屬 Capricornis | †C. (?) nikitini | Naemorhedus nikitini Shikama, 1949 |  | 更新世 |
| 奇蹄目 |  | †豕齒獸科（英语：） | †豬齒獸屬 Hyopsodus | †豬齒獸未定種 Hyopsodus sp. |  |  | 始新世早期-始新世中期 |
| 奇蹄目 | 馬形亞目 | †雷獸科 |  | †雷獸科未定種 Brontotheriidae sp. |  |  | 始新世早期-始新世中期 |
| 奇蹄目 | 馬形亞目 | 馬科 | †安琪馬屬（英语：） Anchitherium | †戈壁安琪馬近緣種Anchitherium aff. A. gobiense | 下偽馬安琪馬 Anchitherium hypohippoides Matsumoto, 1921 |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | †爪獸亞目 | †等外脊貘科 | †等外脊貘屬（英语：） Isectolophus | †等外脊貘未定種 Isectolophus sp. |  |  | 始新世早期-始新世中期 |
| 奇蹄目 | †爪獸亞目 | †爪獸科 |  | †裂爪獸亞科未定種 Schizotheriinae sp. |  |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 貘總科（英语：） | †沼貘科 | †Plesiocolopirus（英语：） | †谷氏貘 P. grangeri | Desmatotherium（英语：） grangeri Tokunaga, 1933 |  | 始新世中期 |
| 奇蹄目 | 貘總科（英语：） | †沼貘科 | †Plesiocolopirus（英语：） | †釧路貘（日语：） P. kushiroensis | Colodon（英语：） kushiroensis Tomida, 1983 |  | 始新世中期–漸新世早期 |
| 奇蹄目 | 貘總科（英语：） | 貘科 | †近貘屬（英语：） Plesiotapirus | †八木氏近貘 P. yagii | 八木氏古貘 Palaeotapirus（英语：） yagii Matsumoto, 1921 |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | †貘犀科 | †貘犀屬 Hyrachyus | 貘犀屬未定種相似種 cf. †Hyrachyus sp. |  |  | 始新世早期–始新世中期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | †兩棲犀科（英语：） | †宰桑兩棲犀屬（英语：） Zaisanamynodon | †Zaisanamynodon cf. Z. protheroi |  |  | 始新世中期-始新世晚期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | †兩棲犀科（英语：） | †宰桑兩棲犀屬（英语：） Zaisanamynodon | cf. †Z. borisovi |  |  | 始新世晚期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | †兩棲犀科（英语：） | †兩棲犀屬（英语：） Amynodon | †渡邊氏兩棲犀 A. watanabei | †渡邊氏兩棲犀？ Amynodon (?) watanabei Tokunaga, 1926 |  | 始新世中期-始新世晚期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †矮脚犀屬 Brachypotherium | †戰士矮腳犀 B. pugnator | 戰士遠角犀 Teleoceras (Brachypotherium) pugnator Matsumoto, 1921 |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †矮脚犀屬 Brachypotherium | †戰士矮腳犀 B. pugnator | 戰士大唇犀 Chilotherium pugnator |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †矮脚犀屬 Brachypotherium | †戰士矮腳犀 B. pugnator | 可兒遠角犀 Teleoceras (?) kaniensis Tokunaga, 1926 |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †矮脚犀屬 Brachypotherium | †戰士矮腳犀 B. pugnator | 東京遠角犀 Teleoceras (?) tokiensis Tokunaga, 1926 |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †近無角犀屬（英语：） Plesiaceratherium | †近無角犀未定種 Plesiaceratherium sp. |  |  | 中新世早期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †斯迪凡犀屬 Stephanorhinus | †基什貝爾格犀 S. kirchbergensis | 日本犀 Dicerorhinus nipponicus  Shikama, 1967 |  | 更新世中期 |
| 奇蹄目 | 犀總科 | 犀科 | †斯迪凡犀屬 Stephanorhinus | †基什貝爾格犀 S. kirchbergensis | 新土居犀 Rhinoceros shindoi Tokunaga, 1931 |  | 更新世中期 |
| 食肉目 |  | †細齒獸科 |  | †細齒獸科未定種 Miacidae sp. |  |  | 始新世早期–始新世中期 |
| 食肉目 | 貓型亞目 | 貓科 | 豹屬 Panthera | †楊氏虎 P. youngi | Felis youngi |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 貓型亞目 | 貓科 | 貓屬 Felis | †小野貓 F. microtus |  |  | 更新世 |
| 食肉目 | †犬熊總科 | †犬熊科 | †伊森格林狼屬（英语：） Ysengrinia | †伊森格林狼未定種 Ysengrinia sp. |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 犬總科（英语：） | 犬科 | 犬屬 Canis | †法氏犬 C. falconeri |  |  | 更新世早期 |
| 食肉目 | 犬總科（英语：） | 犬科 | 豺屬Cuon | 豺屬未定種 Cuon sp. |  |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 犬總科（英语：） | 犬科 | 貉屬 Nyctereutes | †日本日本貉（日语：） N. viverrinus nipponicus Shikama, 1949 |  |  | 更新世早期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 小熊猫科 | †副小貓熊屬（英语：） Parailurus | †副小貓熊屬未定種 Parailurus sp. |  |  | 上新世早期–上新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | 狗獾属 Meles | †古日本獾 M. mukasianakuma Shikama, 1949 |  |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | 狗獾属 Meles | †葛生獾 M. leucurus kuzuuensis Shikama, 1949 |  |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | 貂屬 Martes | †貂貂 M. ten Shikama, 1949 |  |  | 更新世 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | †海獺貂屬（英语：） Enhydrictis | †日本海獺貂 E. (Oriensictis) nipponica | 日本水獺 Lutra nipponica Naora, 1968 |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | †海獺貂屬（英语：） Enhydrictis | †日本海獺貂 E. (Oriensictis) nipponica | 日本東方鼬 Oriensictis nipponica |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | 鼬屬 Mustela | †M. constricta |  |  | 更新世中期 |
| 食肉目 | 鼬總科 | 鼬科 | 鼬屬 Mustela | †葛生鼬 M. kuzuuensis | Putorius kuzuuensis Shikama, 1949 |  | 更新世晚期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †浦幌異海虎 A. uraiporensis Tonomori et al., 2018 |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †直良氏異海虎 A. naorai Kohno, 1996 |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †信濃異海虎 A. sinanoensis | 信濃北海獅 Eumetopias sinanoensis Nagao, 1941 |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †信濃異海虎 A. sinanoensis | 信濃巨釘獸 Megagomphos sinanoensis |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †信濃異海虎 A. sinanoensis | Allodesmus megallos Hirota, 1995 |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †信濃異海虎 A. sinanoensis | 佐渡異海虎 Allodesmus sadoensis Hirota, 1995 |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | †海虎科 | †异海虎属 Allodesmus | †異海虎屬未定種 Allodesmus sp. |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海獅科 | †溟海狮属 Thalassoleon | †井上氏溟海獅 T. inouei Kohno, 1992 |  |  | 上新世 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海獅科 | †东海狮属 Oriensarctos | †渡瀨氏東海獅 O. watasei Matsumoto, 1925 | 渡瀨氏北海獅 Eumetopias watasei Matsumoto, 1925 |  | 更新世早期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海獅科 | 北海狗屬 Callorhinus | †吉氏北海狗 C. gilmorei |  |  | 上新世 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海獅科 |  | 海獅科未定種 Otariidae sp. | 小千谷北海獅 Eumetopias ojiyaensis Horikawa, 1981 |  | 更新世晚期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | †原狮海象属 Prototaria | †扁頭原獅海象 P. planicephala Kohno, 1994 |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | †原狮海象属 Prototaria | †始祖原獅海象 P. primigena Takeyama & Ozawa, 1984 |  |  | 中新世中期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | †伪狮海象属 Pseudotaria | †村本氏偽獅海象 P. muramotoi Kohno, 2006 |  |  | 中新世 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | †古海象属 Archaeodobenus | †赤松氏古海象 A. akamatsui Tanaka & Kohno, 2015 |  |  | 中新世晚期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | †原海象属 Protodobenus | †日本原海象 Protodobenus japonicus Horikawa, 1995 |  |  | 上新世早期 |
| 食肉目 | 鰭足類 | 海象科 | 海象屬 Odobenus | †萬田野海象 Odobenus mandanoensis Tomida, 1989 |  |  | 更新世中期 |