妙应寺
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由于历史原因，白塔寺东、西配殿及其南北两侧厢房还有塔院东西两侧的耳房，全部为居民占用，寺内只剩四座大殿及白塔，寺院区域和被居民占用的区域间筑有围墙隔开。1949年中华人民共和国成立后，白塔寺东西配殿、厢房等由西城区房管局管理，中轴线上殿堂由北京市民政局民族事务科喇嘛事务管理组管理。
1953年，白塔寺成为中国佛教协会直属寺院。1961年3月4日，妙应寺白塔被列为第一批全国重点文物保护单位。1962年，国家为白塔装避雷针。1964年国家修理白塔塔身。1962年2月，北京市文物工作队派调查小组调查白塔寺，撰写《白塔寺“四有”调查工作报告》。自中华人民共和国成立后，白塔寺成为中尼两国传统友谊的象征，尼泊尔政要及有关人士来北京时多来该寺参观，这一传统延续至今。1961年至1965年，寺内碑刻、佛像有所损毁。1964年至1965年，北京市民政局将中路殿堂移交中国佛教协会管理。
1965年5月，在极“左”路线干扰和破坏下，中国佛教协会无力继续管理白塔寺，经办公会议研究决定，将白塔寺移交北京市文化局“保管”。白塔寺从此中止了喇嘛住寺的历史。1965年7月，白塔寺完成移交给北京市文化局文物工作队代管，西城区文教局掌握实际使用权，用作校外儿童活动站。1965年至1966年，白塔寺内佛像经校外儿童活动站上报批准，被拆毁，部分法物移交给雍和宫。文化大革命初期，1966年至1969年，校外儿童活动站停止活动，天王殿、意珠心境殿、七佛宝殿被西城区查抄办公室用作仓库，塔院成为丰盛绝缘材料厂堆放器材的场地。
1969年，西城区副食管理处为兴建白塔寺副食商场，拆除了山门及钟鼓楼，从此白塔寺只能从天王殿东北、白塔寺东夹道西侧的一个很小的侧门进入。据说此后文革期间，中华人民共和国国务院总理周恩来陪同尼泊尔客人参观白塔寺时，竟找不到入口。1972年3月28日，周恩来总理在中华人民共和国外交部、国务院宗教事务局的一份请示报告（3月26日韩念龙、刘友法上报，3月27日李先念批示“送总理批示”）上批示：“同意修复广济寺，重修尼泊尔工程师为我建筑的西城白塔寺，不作庙宇，只作古迹看待，专供游览。”1975年，周恩来又提出修白塔寺一事，后因周恩来病重而未能实现。1976年唐山大地震震坏白塔顶部。1978年8月，国家拨专款对白塔寺四座大殿和白塔进行大规模修缮，10月1日打开铜塔刹时发现乾隆塔藏。1980年3月18日，成立了“北京市白塔寺文物保管所”，隶属北京市文物局。1980年9月1日，白塔寺正式对外开放。1987年，白塔寺文物保管所改归首都博物馆直接管理。1990年6月1日国际儿童节，举办首届白塔寺六一儿童庙会。
自1980年对外开放后，白塔寺先后举办了《白塔寺文物展》（意珠心境殿，1980年6月开展）、《密宗百尊佛像展》（七佛宝殿，1982年9月开展）、《北京春节风俗展》、《中国古塔图片展》（1983年开展）、《元大都历史陈列》（1987年11月开展）、《佛教文物展》（1991年4月开展）、《纪念抗日战争60周年白塔寺出土文物特展》（1997年7月7日开展）等展览，白塔寺文物保管所的研究人员也发表和出版了大量学术研究成果。先后接待尼泊尔国王比兰德拉、首相柯伊拉腊等尼泊尔政要参观访问。
北京市领导白介夫（1980年7月）、封明为等都曾批示恢复山门。1995年，北京市人民政府批准《北京市文物事业发展五年规划》，其中对白塔寺提出了保护要求。1997年，西城区人民政府同北京市文物局合作，“打开山门，亮出白塔”工程启动，拆除了山门及钟鼓楼原址上的白塔寺副食商场，搬迁了占据白塔寺东厢的居民39户。1997年12月2日，举行西城区人民政府向白塔寺“移交白塔寺已腾退建筑和用地的交接仪式”。1997年12月8日，复建山门工程动工。12月12日，复建山门工程全面开工。其间，北京市文物研究所对山门、钟鼓楼遗址进行考古发掘，发现了地下的原山门、钟鼓楼地基及台阶、石刻等遗址，经多次勘测和召开现场论证会，为山门、钟鼓楼的修复工程提供了依据。1998年初，北京市人民政府将白塔寺山门复建工程列为向市民承诺的60件实事之一。中共北京市委副书记李志坚、北京市市长贾庆林亲临山门施工现场指导工作。1998年10月，山门复建完工。此后，白塔寺复建钟鼓楼、配殿、厢房的工程逐步完工，寺院占地面积恢复到8300平方米。1998年10月25日，白塔寺举行山门复建工程竣工典礼，白塔寺重新对社会开放。1999年2月18日（农历正月初三），白塔寺举行建寺720周年庆典，中国藏语系高级佛学院副院长那仓·向巴昂翁·丹曲成来活佛参加庆典并表示祝贺，同时参观了白塔寺珍藏文物展。
1998年重新开放后，白塔寺先后举办《白塔寺珍藏文物展》、《藏传万佛造像艺术展》（意珠心境殿，办至2013年）、《白塔寺与元大都展》、《佛典瑰宝展》（天王殿，2000年9月25日开展）等展览，并多次举办讲座。2009年举办《阿尼哥画传展》。
2001年11月中旬，北京市文物局投资3000多万元完成了白塔寺西路大觉能仁殿、前殿、转角楼等配殿的133户居民的搬迁工作。同时，北京市人民政府责成2002年完成占据白塔寺西路后半部分的原西城区豆制品厂的搬迁及西路旧貌恢复工作。2002年6月，西路修缮工程开工。2003年9月底全部竣工。西路修缮工程包括西配殿、西配房、方丈院、大觉能仁殿、转角楼、僧舍房等。开放白塔寺西路被列为北京市人民政府2003年向市民承诺的60件实事中的第25件。2003年9月29日，白塔寺西路修缮竣工暨《白塔寺历史文化展》开幕仪式举行。
2000年代初，白塔寺与青海文都大寺结成友好联系。文都大寺等方面向白塔寺捐赠、捐建了佛教造像，包括天王殿内的布袋和尚、四大天王、韦驮像，七佛宝殿内三世佛背后的叶衣佛母像。2004年起，白塔寺管理处与应福田艺术品交流中心合作，交流中心对外销售纪念品和主办文化活动，白塔寺管理处则解决了文物保护的资金缺口。应福田艺术品交流中心捐建了塔院内四个角亭的藏传佛教护法像。2000年代中期，白塔寺作为非宗教活动场所，还曾违法请来喇嘛住寺，在塔院内四个角亭招徕游客牟利，后被北京市佛教界举报而不得不停止非法宗教活动。2000年代，白塔寺管理处与北京今风古韵餐饮有限公司签订租赁合同，在白塔寺西路开设旅游餐厅“今风古韵·白塔寺公馆”，另外还和北京玉润天河文化传播有限公司签订了经营旅游商品的租赁合同，在白塔寺东厢房出售旅游商品，两个合同期限均为20年。2011年，北京市文物局紧急发文，对博物馆出租场地开展“接待性服务”进行规范。此后不久，今风古韵、玉润天河两家公司的合同均提前解除。
2009年11月8日，“出塔文物展览开幕式暨青海文都大寺银塔捐赠仪式”在意珠心境殿前举行。为纪念白塔建成730周年，北京市白塔寺管理处举办该仪式。展览以白塔出塔文物为主题。同时接收由青海文都大寺噶尔哇·阿旺桑波活佛捐赠的一座银质舍利宝塔和忽必烈、八思巴、亦怜真、阿尼哥四尊木质人物塑像。该银塔由军凯房地产公司董事长王国仙捐资制作，其上镶嵌的宝石由另一位企业家捐赠。
中共十一届三中全会以后，中央确定落实宗教房产政策，但北京市一直拒绝将白塔寺交还中国佛教协会。2005年全国两会期间，中国佛教协会在政协第十届全国委员会第三次会议上提交了“要求将北京白塔寺归还佛教作为活动场所”的提案（即《政协第十届全国委员会第2663号提案》）。北京市文物局收到该提案后，在《答复》意见中引用1972年周恩来对白塔寺“只作古迹看待，专供旅游”的批示作为拒不落实宗教政策、继续占用白塔寺的理由。
2013年二季度，北京市文物局拆除妙应寺西路违法建筑，完成妙应寺西路腾退、移交中国佛教协会的前期准备工作。2013年至2014年，北京市文物局向中国佛教协会移交白塔寺西路房屋86间，移交建筑面积500余平米、占地面积3870平米。中国佛教协会随后对移交房屋加以修整，辟为“中国佛教协会白塔寺办公区”。
2015年12月6日（农历十月二十五日，白塔竣工736周年纪念日），白塔寺在经历2年7个月维修期后首度开放。中华人民共和国成立以来至2010年前后，白塔进行过大小8次修缮。2010年，白塔寺管理处编制了白塔修缮方案，2013年6月开始施工，2015年11月完工，历时2年7个月。这是继1978年修缮之后的又一次大规模修缮。此次重新开放后，白塔寺管理处保留了《白塔寺历史文化展》（意珠心境殿西配殿及其北的西厢房）、《藏传佛教艺术展》（意珠心境殿）等展览，并新举办《元三都城市文化展》（七佛宝殿）、《唐卡臻品艺术展》（意珠心境殿东配殿及其北的东厢房）等展览。
2015年起，西城区城管部门拆除了白塔寺周边15条胡同内的大量违法建筑，以打通白塔寺两边胡同的消防通道，消除安全隐患。