雷電V
關卡

一共有八個關卡，每關的BOSS機體由紅色水晶生命體來操控（但只有部分頭目顯示出來），前七關在地球戰場（但第七關後半部分戰鬥以及頭目戰則在太空進行），最後一關在外太空紅色水晶生命體發源地。
第一關（城市）
美軍的最新研發巨型飛行艦普蘭頓號於紐約曼哈頓地區試航時發生了被水晶污染的事故，不但對城市造成嚴重破壞，軍方亦傷亡慘重，故此向「對水晶殲滅部隊」的理查·麥斯威爾長官下達要求雷電戰機增援之請求，以協助軍方殘存者能安然撤退並將污染兵器摧毀…


該關的BOSS為一台試航中的新型巨型飛行艦「普蘭頓號（Platon）」，一上來會放出兩架小飛機，小飛機兩側的小槍管每隔一段時間發射自機狙，移動一定距離時，對準自機位置，朝自機位置發射直線固定彈，兩架小飛機被摧毀後，就要面對大型飛行基地了，機頭的左右兩邊的槍管發射自機狙，再往旁邊一點的話下方槍管發射的是自機狙，上方的三個槍管發射直線固定彈，兩邊槍管發射固定抵消彈，三發槍管右邊有兩個槍管，是用來發射自機狙的，機翼上方的槍管發射自機狙，先是右側，然後是左側，以此循環。
第二關（沙漠及礦洞）
美軍於中東的駐軍向「對水晶殲滅部隊」報告沙漠地區偵測到強烈的水晶反應，而且強烈程度直逼第一關時美軍巨型飛行艦被污染時的反應強度，故此麥斯威爾長官下令雷電戰隊飛往現場進行調查及清敵，並發現了一座位於廢墟洞窟內的水晶礦場，得知該礦場正在利用污染兵器採集水晶…


BOSS為礦場挖掘機艦「巨大角（Great Horn）」，第一形態的兩個雙管砲每隔一段時間發射自機狙，然後旋轉砲朝4個方向發射環繞彈+固定彈，然後BOSS鑽頭移動，旋轉一定角度期間發射鑽頭，發射完畢後對準中間，然後鑽頭突然撞向紅水晶，將撞碎的紅水晶引到自機處，但是撞碎的紅水晶也會對自機造成傷害，方向是左-右-左-右，然後依次循環，在此期間會有一些雜魚出現。
第一形態被打敗後，BOSS就會變形，隨後進入第二形態。第二形態的4個槍管每隔一段時間發射自機狙，同時鑽頭召喚雜魚這個時候雜魚無法被摧毀，發射用來封鎖走位的固定彈，發射完畢後，BOSS突然沖向螢幕底部，震下石頭砸向自機，震下的石頭位置是不固定的，然後鑽頭髮射直線反方向45度的固定彈如果玩家在中間，走位被封鎖了，過了一段時間後中間槍管發射固定彈。
第三關（港口）
經歷兩場的戰鬥以及於水晶礦場的調查後麥斯威爾長官對作為雷電戰機檢修總部的雲茨港下達撤退命令，並要求雷電戰機趕往當地迎敵。結果不安的事件發生了，不只雲茨港被污染兵器攻擊了，連雲茨港附近作為水晶回收點的蜜雪兒港亦遭到同樣的攻擊，從而證實水晶實為外星生命體…


BOSS為潛浮型水陸兩用戰機「克拉肯（Kraken）」，首先玩家要面臨的是BOSS第一形態，第一形態手臂上的三個小槍管發射固定彈，同時中間連接部分的槍管發射自機狙+偶數彈和自機狙+奇數彈的循環，然後後方砲管發射水雷，水雷會每隔一段時間自爆發射環繞彈+自機狙，然後伸開手臂，上方發射封鎖走位的固定彈，手臂裡面的槍管每隔一定角度發射固定彈，然後一直循環。
第一形態被擊破後，BOSS進入第二形態，此時BOSS的手臂靠後，每個手臂的槍管發射環繞彈+自機狙，然後潛入水底發射飛彈，然後伸開手臂，手臂兩側的槍管發射自機狙+奇數彈，同時邊邊的砲管發射彈速特別快的自機狙，然後一直循環，在這個形態中，會出現雜魚。
第二形態被擊破後，BOSS進入第三形態，此刻BOSS進入步行階段。旋轉器的三個方向的砲管發射固定抵消彈，同時四條機械腿的槍管發射自機狙，主砲發射固定彈，然後旋轉器邊旋轉邊發射環繞彈，然後旋轉器旋轉45度，主砲下方的砲管發射自機狙+奇數彈，同時底座中間的砲管發射速度特別快的環繞彈+自機狙，然後一直循環。
第四關（LHC設施）
麥斯威爾長官認為下一個攻擊地點會是位於法國的LHC設施，故此下令雷電戰機前往當地迎擊敵人力保LHC。雖然最後LHC設施保住了，但領頭羊號發生了失竊事件…


BOSS為附設兩部戰車的空戰機「火辣飛鳥（Spice Birds）」，第一形態主體部分的中間兩個槍管每隔一段時間發射自機狙，同時BOSS在移動一定距離時上方兩個槍管發射9次自機狙+奇數彈，然後兩翼部分充能發射自機狙，然後BOSS會根據自機所在方向旋轉45度，兩翼部分槍管發射斷續的固定彈，同時兩翼部分的紅色槍管發射隨機彈，然後一直循環，直到主體部分被摧毀，然後面對第二形態(也就是兩翼部分，這時兩翼會變成戰車衝入LHC)，兩翼部分的中間槍管發射自機狙，後方槍管發射環繞彈+自機狙，長槍管發射固定彈，然後長槍管對面的砲管發射自機狙。
第五關（海盜船）
領頭羊號上有水晶被偷竊，「巴巴羅薩海盜團」團長巴巴羅薩·霍克艾特意聯絡麥斯威爾長官承認竊匪身份並駕駛著她的海盜船往北冰洋方向逃走，故此雷電戰機立即進行追捕以奪回水晶，就在巴巴羅薩決定動用海盜船上的終極王牌兵器時她偷竊的水晶被激活並於眾人面前將兵器污染了，故此雷電戰機只好把事故擺平後邀請巴巴羅薩上領頭羊號交代她偷竊的背後真相…


BOSS由海盜船上意外發生污染的激光炮機組「黃蜂神炮（Blow of Hornet）」，第一形態BOSS左下角和右下角的槍管後方發射一段時間固定彈後發射環繞彈，同時中間的飛彈發射器每隔一段時間發射2枚飛彈(飛彈落地位置堆積)，然後左右兩邊的砲台各有3個，左右兩邊3個砲台發射順序是下-中-上，發射2次，發射的都是自機狙+奇數彈，然後左下角和右下角的槍管中間部分在對準自機後發射雷射，在第一階段期間，會有一些雜魚。
第一形態被擊破後，BOSS進入第二形態。第二形態左右兩邊主砲發射固定彈，同時中間上方機關槍發射自機狙+直線彈，然後BOSS通過紅水晶召喚雜魚，同時主砲上方的槍管發射自機狙+奇數彈，然後中間飛彈發射器在隨機位置發射多枚飛彈。第三階段左右兩邊主砲發射自機狙，巨大砲塔兩邊槍管發射環繞彈+固定彈，巨大砲塔在充能一段時間後發射雷射，然後一直循環。
第六關（SHIFT秘密基地）
巴巴羅薩被請上領頭羊號後供出幕後黑手為一個名叫「SHIFT」的組織，並且得知該組織以兵器開發部廢棄掉的一個研究設施作為秘密基地，故此派雷電戰機將該基地搗毀。而身為「SHIFT」的創立人坎貝爾上尉與麥斯威爾長官兩人針鋒相對互相爭論有關水晶強化兵器計劃的事，在基地被搗毀並開始撤離時坎貝爾上尉終於出動水晶強化兵器計劃的成功品挑戰雷電戰機…


BOSS為三部於貨運路軌上行駛的軌道坦克「梅西亞（Messiah）」，一開始BOSS以軌道坦克登場，BOSS前方的小槍管發射自機狙，然後上方的槍管和下方的槍管發射固定彈，同時上方槍管每隔一段時間發射自機狙，然後中間的砲台發射環繞彈，然後下方槍管的兩邊槍管發射自機狙，然後依次循環。
第一形態被擊破後，BOSS進入第二形態。第二形態的組裝機器有三種顏色，分別是紅色、黃色和綠色。相同攻擊是上方主砲發射不同大小的大玉+隨機彈，小槍管發射自機狙。不同的是紅色機器的三管砲發射環繞彈+固定彈，中間的槍管發射隨機彈。黃色機器中間兩邊槍管發射固定彈+自機狙，中間槍管發射自機狙+奇數彈，飛彈發射器發射飛彈(會有飛彈落地提示)，綠色中間槍管發射藍色火焰，中間槍管的小砲台發射彈速特別快的環繞彈。第二形態被擊破後進入第三形態，第三形態三種顏色全部出來，但是攻擊方式跟第二形態幾乎一模一樣。
第七關（森林太空站及大氣層外）
「SHIFT」的秘密基地終於被搗毀，坎貝爾上尉亦逃不過評議會的審訊。評議會議長赫爾加·林德沃姆亦根據「對水晶殲滅部隊」、「巴巴羅薩海盜團」以及「SHIFT」三方陣營對水晶有關的情報作出分析後對「對水晶殲滅部隊」全隊下令前往埃斯雷吉宇航中心前往位於太空的水晶生命體發源星球以消滅襲擊地球的水晶源頭。當雷電戰機升空到大氣層外時發現有大量太空垃圾，從而證實水晶生命體的污染事故原來早於多年前悄悄的於大氣層外發生了，並慢慢的蔓延至地球…


BOSS為宇宙垃圾拆解回收裝置「恩格爾（Angel）」，當六支腳全數摧毀後會以中間的核心部分進行反擊，再加以摧毀後會以頂部作為最後攻擊手段。
第八關（水晶生命體發源星球）
「對水晶殲滅部隊」全隊終於來到水晶生命體發源星球，麥斯威爾長官等人分析了此星球的所有情報後終於明白水晶襲擊地球的真相以及所有水晶被覺醒時的嚴重後果（即世界末日），故此賭上全隊戰力以及地球的未來與水晶生命體的源頭決一死戰…


BOSS為球狀戰鬥機械人，分3階段變形，但並非真正大BOSS。真正大BOSS為可令地球上所有水晶激活以毀滅地球的審判機，如果挑戰它的話則必須把所有武器升級至最強，擊倒後的最終結局為好結局，否則不但不能挑戰真正大BOSS，而且通關後會以壞結局（世界末日）收場。