變形金剛3
劇情

在久遠的賽柏坦星球，博派与狂派爆發大战時，搭載博派领袖御天至尊與其重要发明的飛船「方舟」在逃离賽博坦时被狂派击毁，漂流坠落到月球的背面。這件事情被美国航空航天局发现后，向总统约翰·肯尼迪汇报，肯尼迪認為蘇聯也同樣獲悉這件事情，所以他們為了要比蘇聯更快登上月球查探事實，為此美国开启载人登月的阿波罗计划——其名义上是探索和研究月球，而其实际真正的任务是要获取比人类文明先进的外星飞船与外星人的技术与奥秘（这个秘密只有少数几个人知道）。1969年7月20日，阿波罗11号首次实现人类登月，着陆的宇航员发现了「方舟」，时任总统是理查德·尼克松。阿波羅計畫的太空人在登陸月球的同時，也將「方舟」上的東西帶回地球。
時間拉回今日。山姆大學畢業後和新女友卡莉住在華盛頓特區，前女友把他給甩了。他拯救過世界兩次，卻找不到一份讓他滿意的工作，感到很不快意。
卡莉不了解山姆的苦悶，她為一個藝術品和汽車收藏家古爾德工作。與山姆和卡莉住在一起的還有小變形金剛甩輪和它的同類小機器人腦殘。與此同時，博派以及其領袖擎天柱正與兰诺斯上尉等美國軍人一起在世界各地與人類的威脅作戰。根據烏克蘭政府的情報，切尔诺贝利核電站遺址發現了很早以前在博派狂派大戰時離開賽博坦星的「方舟」母艦的零件，他們來此調查，此時遭遇了狂派的鑽動獸襲擊，最後擎天柱現身砍了鑽動獸拿零件的那部分，這時藏在鑽動獸身體裡的震盪波現身，震盪波叫了柯博文一聲後便和鑽動獸撤退了，狂派仍然留在地球上，其首領密卡登在上一次大戰後現在很虛弱，但他仍在計劃著什麼。
柯博文對人類向他隱瞞了「方舟」的情報很生氣，尤其是對美國國家情報總監夏洛特，夏洛特才坦诚多年前阿波羅11號登陸月球就發現了墜毀的「方舟」，但他們一直向世人和博派隱瞞。柯博文要求去月球一趟。在月球上，柯博文一行人找到了在待機狀態的御天至尊，他是博派的前任領袖，也是柯博文的導師。博派把御天至尊和他身邊的5個柱狀物帶回了地球。
此時的山姆正被他的卑微新工作和女朋友有錢又帥氣的老闆古爾德折磨的焦頭爛額，接著他被同公司職員傑瑞王認出是博派變形金剛的朋友，傑瑞王試圖告訴他狂派的陰謀，顯然他也被迫參與了那個計劃。但還當山姆還在為他給的那些資料犯迷糊的時候，激光鳥就殺害了傑瑞王。山姆趕緊跑去告訴博派和藍尼上尉，但被攔在秘密基地外面，儘管夏洛特很不情願，但架不住別人的堅持，只好讓山姆留下來旁觀事態進展。把御天至尊和5個柱狀物帶回地球後，柯博文用領導母體重啟了御天至尊。
御天至尊苏醒之後向眾人解釋，這些柱狀物是他相當重要的發明，是启动「太空橋」的能量棒，它的功能是可以自由傳送宇宙中的任何東西至能量棒所在的地方，除一個主機外應該共有上百個能量棒，現在卻不知因何消失不見。柯博文自願交出領導模块並將領導地位還給御天至尊，但是御天至尊卻推辭了。夏洛特開始趕山姆回家，山姆靠自己分析推導傑瑞給他的資料，得出狂派和某些投靠狂派的人類正在暗地里進行甚麼計畫，但沒人聽他的分析，於是他決定找退休探員西蒙斯幫他調查。卡莉很不高興，她抱怨山姆又想拯救世界了。兩人吵了一場，分手了。卡莉一人去了古爾德的聚會。
西蒙斯把過去的經歷寫成了一本暢銷書，現在過得很愜意，原本不想淌這渾水的西蒙斯，最後還是無法抗拒對外星事情的迷戀而答應了山姆的請求。兩人先去找當年蘇聯太空計劃的太空人，他們深信這些人一定知道內情，但都被政府下達了封嘴令。經過一番「溝通」後，苏联老太空员們向山姆他們展示了一些當年拍攝的月球背面照片，發現當時那裏的能量棒絕對有上百個。山姆立刻意識到狂派一直都知道「太空橋」的事情，突然狂派的曲軸箱、撬棍和短柄斧攻擊他們，最終他們都死在鐡皮、横炮手上。原來，他們是为了利用擎天柱使用領導母體讓御天敌復活的，因為御天敌是拼接「太空橋」的關鍵。御天敌這時候露出真面目，他殺死了鐵皮，並帶著5個能量棒跑了。
原來，御天至尊在很久以前就認為博派永遠不可能取勝，不如跟狂派合作才能避免種族的滅亡。所以他不惜背叛博派，而和威震天合伙，並早就安排好要在地球碰面。然而「方舟」墜毀在月球，而威震天被冰封在地球北極，所以最原始的計畫並沒有成功。現在他們要繼續執行當初未完成的工作，並喚醒了早就埋伏在月球上的秘密狂派軍隊，把他們通過太空橋傳送到地球，對地球展開全面侵略。柯博文追上御天至尊，怒問為何昔日追求自由和平的導師會變成如此，御天敌擊敗但沒有殺死擎天柱，只是說總有一天你會認同我的想法。
看到曾經身為博派的御天至尊的背叛以及狂派壓倒性的數量潛伏在地球各處，人類放棄了，要求博派立刻離開地球以避免激怒狂派。博派無奈之下，只好準備登上飛船「蒼耳號」離開地球。這時山姆前去古爾德家的聚會想與卡莉和好，誰知在幫助狂派的人類中，古爾德家族正是最大的反派。古爾德利用聲波綁架了卡莉，並逼山姆做間諜，提供博派的情報，看看他們是否在計劃反攻，他還让一個狂派機器人变成手表套在山姆手腕上，以記錄山姆及其周圍人的言行，如果山姆違抗卡莉會被殺。山姆去找了準備護送博派離開地球的夏洛特，並在卡拉維爾角與準備登上飛船的擎天柱和其他博派見面，問他有何反攻的打算，柯博文說他們沒有打算，对山姆告戒说人类要自信和团结才能自救，他們就這麼走了。飛船在飛行途中被红蜘蛛給擊毀，博派似乎已經全軍覆沒。
山姆只好向轉行到基地工作的前軍官愛普斯求助，求他幫自己追踪古爾德、救出卡莉。經過一番跟踪，他們發現古爾德他們在芝加哥，於是山姆還有愛普斯以及後者的軍中戰友一起也去了芝加哥。芝加哥此時已經被狂派全面佔領。正當愛普斯、山姆他們認為沒有希望的時候，博派突然出現！原來一切都是計劃好的，他們其實是躲在燃料艙裡爆炸前便脫離飛船，博派與人類軍隊開始向狂派反擊，在芝加哥展開了一場慘烈的大戰。這時的御天敌和威震天正計畫再次開啟「太空橋」，這次，他們要利用之前狂派早已藏好的上百個能量棒抴變成荒土的星傳送至地球旁邊，奪取地球上的資源和奴役人類來修復它。
山姆和大黃蜂駕駛狂派戰鬥機救出了卡莉。他們想從遠處发射火箭弹以摧毀能量棒主機，但是失敗了。震盪波命令鑽動獸讓有山姆等人在的芝加哥高樓倒塌，然而此刻威震天出言不遜激怒了御天至尊，隨後便被御天至尊推下高楼，連右邊的零件也被拔了。
這時柯博文趕到與鑽動獸對決，最後柯博文飛到大樓上方並且把大樓打出了一個洞之後在高速往下衝撞斷了在大樓下方鑽動獸的脖子，結果被震盪波看見，震盪波很生氣的立刻往柯博文轟了一砲，柯博文也因此受困於大樓中動彈不得，這時逃出大樓的山姆偏偏遇上了天王星，天王星便想去抓山姆想殺死他，山姆使用Q給他的鉤射槍射中了天王星的眼睛，然後又把一枚炸彈固定在天王星的另一隻眼睛，最後天王星被炸死了。其後音波捉拿了5个博派机器人，並用槍杀了Q，還用槍瞄準了大黃蜂。音波在準備開槍之際，突然数輛狂派戰鬥機掉了下來將声波和大黃蜂隔開了，之後大黃蜂大開殺戒狂攻輕易打倒了一名狂派金剛，但後來跟聲波戰鬥時節節敗退，之後還被聲波抓頭丟出去，聲波又開了一砲，但大黃蜂躲過了，之後聲波衝過來，大黃蜂往聲波右腳開一砲讓讓聲波右手的槍掉了，且還跌在大黃蜂右手的槍上。之後聲波的胸口便被轟了一砲，連聲波的頭都炸掉了。
這時震盪波帶領一眾狂派與人類開戰，但卻被其中一名NEST士兵的降落傘遮住眼睛，脖子更被安裝炸藥，脖子被炸之後又遭到愛普斯和他的戰友猛烈攻擊，連眼睛也被打的噴出來。後來只好逃到其他狂派身邊。但柯博文這時飛向主戰區左砍右轟把十幾個狂派全宰了之後衝向震盪波，由於之前震盪波已經被人類和其他博派金剛重創已經無力再戰柯博文，但還是舉起了右手的大砲轟向柯博文，但柯博文來一個後空翻躲過了，而震盪波反而又被一個人類用火箭砲偷襲，這時柯博文用左手打爆了震盪波半個身體之後又賞了震盪波一拳，之後把震盪波壓制在地之後抓起了震盪波連接眼睛的線隨後便把它扯斷而死去，之後柯博文用震盪波的激光武器摧毀了放置能量棒主機的塔頂。山姆這時也找到了古爾德，古爾德又重新啟動了能量棒主機，與他扭打在一起。最後古爾德被撞上能量棒主機遭电流直接電死。大黃蜂隨即趕到摧毀了能量棒主機，賽博坦星球因傳送失敗而毀滅。
博派全面向御天至尊以及狂派发起决战，美军也用戰斧巡弋飛彈摧毁了大部分狂派战机，御天至尊最後只得与柯博文进行單挑，但柯博文的左劍右斧攻勢無法破開御天至尊的超強護盾，並且被其毀滅之劍砍斷右臂而危在旦夕。危機時刻卡莉跑到奄奄一息的密卡登面前激怒密卡登，說即使是這個計劃成功了，這世界的領導只會是御天至尊，他永遠只是御天至尊的一枚棋子。密卡登大怒顧不得自己也危在旦夕，衝出去以雙管霰彈槍偷襲御天至尊得手，而柯博文则逃过被殺掉的命运。密卡登得意洋洋的對柯博文說，如果沒有他在的话，柯博文也就沒有了存在價值。柯博文臉一沉說「我們走著瞧」，集中全力單臂砍死了早就油盡燈枯的密卡登。氣息尚存的御天至尊向柯博文解釋說他只是為了故鄉，並不想讓博派成為地球人的奴隸，希望柯博文能明白他是在追求自由，請柯博文原諒他的背叛。柯博文說道「你根本就沒有背叛我，你只是背叛了你自己」，最後柯博文用密卡登的槍結束了御天至尊的生命。
在廢墟上，山姆和卡莉互相表白，一旁的大黃蜂做了墊片戒指非要讓山姆求婚。最终博派与军人汇合到一起，柯柏文說地球將永遠都是人類和他們的家園。
在任何戰爭、風暴之中總會有停息。也許有一天，我們會失去信心；也許有一天，我們的戰友會背叛我們……但我們永遠不會拋棄這個星球和它的人民。