名偵探柯南：往天國的倒數計時
劇情簡介

柯南與阿笠博士带少年侦探团前往位於西多摩市的某座山上開始露营。當晚，元太親眼目睹灰原正在使用公用電話來打電話。於此同時，黑衣組織的成員琴酒與伏特加掌握住某座位於西多摩市的大樓的訊息，似乎在策劃某起重大事件。隔天，柯南一行人在露營回去的途中參觀西多摩市新建的日本最高大樓「雙塔摩天大樓」。他們為了打發時間玩默數30秒的遊戲（只有步美贏得此遊戲），當元太詢問灰原她昨晚跟誰打電話時，灰原立即根本否認她打過電話。柯南一行人到達大樓的門口不久看到小五郎、小蘭和園子。雙塔摩天大樓是由常磐集團出資興建，而常磐集團的董事長美緒是小五郎的大學學妹，因而小五郎在下周開幕前被特邀來到這裡觀訪。
柯南和少年偵探團在常磐美緒的秘書澤口知奈美和常務董事原佳明前來迎接帶領參觀大樓，享受常磐集團最近開發出最新的遊戲。隨後俯瞰著浩瀚的富士山，迎眾人在美緒的秘書知奈美的帶領下參觀這座極為摩登的雙塔摩天大樓期間見到多位與此建築物有關的人士（雙塔摩天大樓的建築師風間英彥也是森谷帝二的弟子、美緒的日本畫導師如月峰水、常磐集團的董事兼程式設計師原佳明和西多摩市市議員大木岩松）。正當每個人都在欣賞建築物的景色時，原邀請少年偵探團發表他們對新遊戲的感想與提案，這時有兩名因為搭乘貴賓專用的觀景電梯而遭到美緒的斥責的工作人員談起大樓門口有一台黑色保時捷 356A停在入口處時，柯南在詢問下得知那台黑色的保時捷是黑衣組織的成員琴酒的車子。柯南在前往入口試圖確認未果後，他對黑暗組織為何突然出現在雙塔摩天大樓的目的完全不知曉。
隔天晚上，市議員大木在大樓67樓的一間套房裡被刺殺身亡。而且他手持著一個破碎的小酒杯，柯南認為小酒杯聯想到灰原曾過去效力、以酒名為綽號的黑暗組織，但是灰原不認為黑衣組織會留下如此明顯的證物。最初步美、光彥與元太因為擔心柯南的勸阻開始私下調查市議員大木的案，但柯南發現時並不去計較他們的做法跟著他們到朝日野車站分別訪問風間與如月來調查案件。風間的公寓離朝日車站很近、如月的住處就位於朝日野附近的丘陵。於是柯南一行人去風間的公寓再去如月的住處。另一方面，灰原沒在一家電應院觀看一部一位背叛某個組織的男子被槍殺的情節時若有所思。最初風間招待柯南一型人也同意接受步美、光彥與元太的採訪，少年侦探团詢問風間與市議員大木的關係；風間提到自己晚上給他因分居而無法時常碰面的兒子打電話，讓柯南聯想到此前灰原打電話的事。後來在如月的工作室，少年侦探团想要問市議員大木的案件，但是如月斥責他們去模仿警察的做法卻仍然送給每個人一張簽繪畫像。當晚，阿笠博士也看到灰原在半夜打電話便將此事告知柯南。雖然阿笠博士信任灰原，但他不能否認灰原因出於恐懼而叛逃到黑衣組織的可能性較高，因令柯南感到案情恐怕並不單純。第二天，柯南一行人來到原的公寓想要拜訪原，但是他們發現房門是開著而且原被發現時已經遇害多時。由於現場還發現破碎的小酒杯，警方將事件作為連續殺人案進行調查。他們推測原正要吃巧克力蛋糕時遭到兇手的攻擊，他手裡還拿著切蛋糕的的小刀疑似要跟兇手打鬥。警方在發現原地電腦裡的資料全被刪除可能跟兇手的動機有關，他們推測原遇害的時間是如月與少年偵探團見面的期間，所以如月的不在場證據成立。警方認為常磐財閥與這起事件有很大關係因此說服美緒延後開幕宴會的時間。然而，美緒完全不顧警方的勸說依然照常舉行開幕宴會，她還邀請毛利一行人去參加宴會。
同時在半夜，琴酒和伏特加從某一座公寓的房間中（灰原已故的姐姐宮野明美的藏身處）聽聞有人在半夜打電話，但是電話答錄機並沒有留下紀錄的怪事，於是他們用黑衣組織近期開發出來的逆追蹤的程式來找出聯絡人的下落。恰巧灰原在阿笠博士睡著時偷偷到樓下的房間打電話卻不知道組織正在在追蹤她，所幸柯南立即拔掉電話線防止組織查到灰原的下落。他斷定灰原是跟她已故的姐姐明美打電話並且猜測她打給她姐姐生前瞞著組織偷偷租的藏身處的電話。儘管柯南說服灰原她這種舉動會引來危險，但是灰原向柯南表示他根本無法理解自己失去重要之人的痛苦便轉身跑開，雖然事後灰原立即刪除她向她姐姐報告自己近況的錄音，但是琴酒與伏特加早已知道他們追查的背叛者雪莉（灰原）將會參與雙塔摩天大樓的開幕典禮並做好他們的行動。隔天早上在學校，灰原向柯南表達歉意並表示她已經消去留言，即使她知曉她打電話給她姐姐的舉動隨時會引起組織的注意，卻無法撫平自己的寂寞也知道在世上根本沒有她的歸宿與容身之地。每當自己害怕與孤單時會拿起電話桶聆她聽不到10秒的姐姐的聲音，但是步美、光彥與元太向灰原展示出他們的位置後，柯南告訴灰原說「你並不是孤單一人」的話帶給她不少的安慰。雙塔摩天大樓的開幕典禮前晚，一群黑影人在夜晚潛入此大樓用催眠瓦斯讓保安都睡著後在建築內各處安裝某個東西便迅速離開現場。
開幕典禮的當天，毛利一行人等待要跟著他們一起行動的園子時，柯南向灰原討論分別遇害的原與市議員大木是否為黑衣組織的成員與猜測兇手跟組織的關係可能性很大的問題，後來園子以捲髮出現。柯南注意到園子的新髮型與原本的灰原（雪莉）很相似。宴會上，作為主辦人的美緒表示作為聚會上的餘興節目也為了慶祝常盤集團30週年，她為紀念亡父金成及常磐集團成立30周年，而決定請賓客玩猜30秒遊戲，要求參與者認定他們默數到30秒就舉起旗子。第一名的獎品是一輛展出的福特野馬跑車，第二名是越野車，在參加遊戲的來賓中只有柯南、灰原與如月沒有參與，後來小五郎因為一名婦女在安撫一位哭鬧的嬰兒便舉起旗子而贏得遊戲。接下來要介紹如月的富士山畫因而關燈光。當燈光重新亮起時，美緒被發現掛在畫前而被吊在上方。儘管小五郎催促澤口秘書把美緒放下並把布幕放下卻無法挽救美緒的性命，他們發現現場也放置一個小酒杯，但這次它沒有被打破。警方趕到會場後，小五郎表示美緒的珍珠項鍊上有一個鉤子，犯人刻意將鋼琴線掛在位於項鍊的鉤子上，刻意使畫作下降時將項鍊掛在相反的方向。促使美緒在項鍊被鉤子隨著畫作升起時被項鍊給勒斃，而如月與風間描述案發當時他們站在的位置，澤口秘書表示她操作舞台的升降機，她表示珍珠項鏈是有人送給美緒，但是對方是誰就不知曉，小五郎提及美緒經常收買如月的畫並以高價轉手，但是如月堅稱他並沒有為了這種理由要殺害美緒還提到自己在原的案件中有不在場證明。當風間提到有人跑到美緒的位置跟她說話時聞到香水味，小五郎立刻指出澤口秘書就是殺害美緒、原與市議員大木的兇手，便表示澤口秘書的犯案動機是她疑似因為不滿美緒與原賄賂市議員大木竄改建築修訂法案的理由便繼承她亡父的遺志去手刃他們便表示小酒杯聯想到澤口秘書的生肖為豬。但是柯南不認為澤口秘書正是犯人，當他分別注意到一顆珍珠和酒吧檯的酒瓶時就知道這三起案件的真正犯人到底是誰。
正要柯南要用小五郎向警方以推理出真正的犯人是誰時，大樓的地下電氣室、發電機房以及地上40樓電腦室突然爆炸。雖然電源被毀，只有貴賓專用的觀景電梯仍採用獨立電源運作，但一次只能坐九個人。於是目暮警官讓婦女、兒童和老人乘坐電梯到60樓的聯絡橋上，其他人則是走樓梯下到60樓從聯絡橋逃難到B棟。但如月拒絕搭電梯還表示自己可以走樓梯下去。當少年偵探團與灰原搭乘電梯下去時，剛好一位抱著嬰兒的婦女想搭電梯逃難，少年偵探團好心讓婦女離開跟著灰原到60樓的聯絡橋上。柯南一直陪著小蘭和園子直到最後，但在他電梯下樓的路上猜測大樓的爆炸跟黑衣組織脫離不了關係也不知道他們的用意，當柯南注意到園子的髮型時，他這才明白組織的目的還注意到琴酒把園子誤認為雪莉想要狙擊她。幸虧柯南反應敏捷提醒園子好讓她躲過子彈的攻擊，而當琴酒看到陷入慌亂而不知所措的園子時，他才意識到自己已經認錯目標。電梯停下來後，柯南、小蘭、園子以及其他的賓客們從45樓有一座橋的電梯逃出來試圖疏散到B樓，誰知道伏特加聯繫琴酒在疏散人員中找不到雪莉的緣故，讓琴酒認為雪莉還在樓上便要伏特加炸毀兩座連接橋。結果聯絡橋被炸毀的瞬間讓小蘭與柯南在混亂中困在A樓，只有園子勉強跟著其他貴賓逃到B樓，後來小蘭和柯南使用消防水龍帶從建築物外部懸掛下來，最初小蘭不敢從45樓跳下求生的決心，但在柯南的鼓勵下讓小蘭堅定新一一定正在等她，因此小蘭抱著柯南透過火源下方地板上的窗戶重新進入下方的樓層得以逃脫。當阿笠博士告訴柯南他要跟監的目標不在人群中，以及步美、光彥與元太聯繫柯南表示他們困於60樓的聯絡橋前，柯南預測到犯人就在A樓的頂樓上，於是他踩著有渦輪引擎的滑板從B樓跳過連接橋。儘管滑板掉落下來，柯南還是成功與步美、灰原、光彥與元太會合。
柯南向警方請求一架救援直升機到達屋頂，他讓步美、光彥與元太走樓梯到屋頂然後與灰原一起返回聚會場地。當灰原後發現有人在會場時，柯南指認出殺害美緒與市議員大木的兇手就是如月，他推理出美緒的珍珠項鍊是如月送的，並猜測如月事先將容易散掉的珍珠項鍊送給美緒，便在案發前拿出事先準備好的項鍊將展台幕布連接的鋼琴線給勾住；他弄散美緒的項鍊後將勾住鋼琴線的項鍊戴在她的脖子上，因而斷定美緒之所以會在幕布降下後被鋼琴線給吊上去是因為她一開始就已經戴上早已掛上鋼琴線的項鍊，由於燈光太暗的緣故，所以美緒並沒有注意到她戴的項鍊早已掛上鋼琴線。柯南說明他拿到的珍珠正是美緒最初戴的項鍊，他推測舞台的小酒杯是刻意偽造出連續殺人事件所安排的部分。灰原提醒柯南如月在第二起的案件中有不在場證明時，柯南解釋殺害原的犯人另有他人。當時在如月為了殺原來到原的住所，但是原早就已被殺害多時，所以如月仿造第一起的案件將帶來的小酒杯給打碎。由於小酒杯的碎片掉落在凝固的血跡，也就可以解釋警方的證物袋的碎片根本沒有檢驗出血跡反應，加上在連續殺人的案件只要有一件案件中有不在場證明時就不會被注意與懷疑。而且第一起的案件中，市議員大木遇害的現場照片上只有衣櫥的下半部分有飛濺的血跡，柯南推理出如月刻意以送字畫為由讓市議員大木放下戒備心，他還解釋如月是兇手的關鍵證據就是他的枴杖中藏匿著美緒最初戴的珍珠項鍊，他可以斷定如月的枴杖聲在美緒遇害的前後有所不同。
當灰原問如月的殺人動機是否跟美緒收買其畫作有關時，但是柯南認為如月殺害美緒與市議員大木、意圖殺原的動機應該是跟雙塔摩天大樓有所關聯，他猜測如月畫富士山的圖從某一幅開始突然就全變成同一個角度與構圖，他可以猜測如月是在停一個地方繪圖的關係。如月解釋他十幾年前作為一名富士山畫家經常在西多摩市附近郊外的小山丘上畫富士山，由於年紀大的緣故要爬山很吃力，於是他在三年前購買整座山丘並建造一座房子，同時也是他的工作場所。從常年訪問的山上看到富士山的雄姿景色對如月來說是一覽無餘。但是美緒是雙塔摩天大樓的所有者和建設主導者卻沒有經過他的同意就私下跟原賄賂市議員大木，使原先無法建設的大樓得以建成，間接導致自己想要觀賞的富士山因為被雙塔摩天大樓擋住變得一分為二，面對雙塔摩天大樓將富士山的美景一分為二，讓如月為此相當憤怒並以打破的小酒杯來表達他對雙塔摩天大樓的憤怒與不滿，而美緒的情況下只放置小酒杯足以表明這是偽造出這是連環殺人事件而放置的，由於富士山的圖像被美緒的遺體擋住，所以根本沒有意圖要將小酒杯給弄碎。罪行被揭露的如月試圖服毒自盡卻被柯南用麻醉槍給射昏。灰原問柯南是怎麼知道如月的動機跟富士山有關，柯南說明最初他們造訪如月時就很在意，當初他們到達朝日野車站時，光彥的背後就是被被雙塔摩天大樓擋住變得一分為二的富士山，而如月的住處就在大樓的正對面，而柯南發現如月的工作室的窗簾是關著就是不讓任何人看到富士山被剖成一半的情景，讓他認定如月的嫌疑很高。當灰原問殺害原的犯人是誰時，柯南他推測殺害原的犯人應該是黑衣組織的成員琴酒，因為原被殺害時手著握著銀刀，而銀在羅馬字為「GIN」，若將「GIN」給翻成英文就是琴酒的酒名，柯南猜測原應該是組織的外圍成員，他認為原生前可能背對著組織盜取組織的機密情報並存放於自家公寓和常磐集團的電腦中。因此琴酒在射殺原的同時消除將他電腦裡的資料並刻意在雙塔摩天大樓安裝炸彈來摧毀常磐集團的主電腦不讓組織的相關情報給外露出去。
當柯南要求灰原待在會場看好如月，而自己到屋頂請求直升機的駕駛人員搬運如月。灰原從吧檯的桌上發現吧檯與宴場安裝在宴會廳里全都放置定時炸彈就預料到情況不妙，正當警用直升機試圖降落在屋頂上時，伏特加按下炸彈開關引爆A塔樓頂的炸彈引起火災讓直升機無法降落，促使步美、光彥與元太不得不跟著柯南逃回宴會場地，起初柯南和少年偵探團原本打算等待火被撲滅，但是灰原告知柯南宴會廳里被安裝炸彈並且即將引爆的壞消息。由於火還來不及撲滅，而且消防員使用的噴水槍無法溝到A棟高樓著火的位置，因此柯南想到他們可以用展示出的跑車飛躍到比A樓矮的B樓屋頂上有可伸縮圓頂的水池裡的辦法，但是灰原計算出雙塔摩天大樓兩棟大樓的高低與會場的距離以及掉落速度的計算方式算出想要讓跑車飛到B樓的屋頂的正確時速，柯南表示即使跑車無法在聚會場地加速到足夠的速度，但他冒險嘗試利用爆炸的力量來彌補跑車飛到B塔的樓頂。灰原解釋成功與否的關鍵就在時機的準確率，況且他們就只有一次的機會，因為只要炸彈還沒有在跑車衝出窗外的瞬間的同時引爆的話，到時他們就會跟著車子失速墜落時一併摔落下去的危險。當柯南無法在車上看計時器、他的手錶沒電的情景下計算時間時，光彥建議讓準確猜出時間的步美進行測量。元太擔心步美根本無法做到，但步美說只要柯南在她身邊就可以做到。灰原提議說她在計時器讀出秒數直到30秒再將讀秒數讓給步美的同時迅速坐進車子。柯南聯繫目暮警官表示會場被裝滿炸彈並告知風間打開B樓樓頂的天花板，然後將越野車的頭盔戴在步美的頭上，而光彥與元太將仍因麻醉而昏睡的睡的如月帶上車。柯南一行人等灰原讀到30秒再讓步美開始計時，但是到30秒後時灰原卻在步美開始計數時輔助她。柯南預料到灰原打算要犧牲她自己想要讓他們能夠得以逃生，元太迅速將灰原給強行帶出來扔上車，柯南也在駕駛跑車並在炸彈爆炸的一瞬間衝出大樓使跑車適時地從車窗衝出來，結果爆炸的威力太大到使灰原灰原因重力和慣性飛出車外，光彥緊抓住灰原的手防止她摔下去，柯南踢出頭盔擊碎泳池旁的柱子保護灰原，跑車順利地落到B塔樓頂游泳池中。
後來琴酒和伏特加得知雪莉並沒有出席會場，但是他們還是處決背叛組織而盜取組織的情報的原、銷毀藏於情報的常磐集團的主電腦，他們認為他們以後會再找到雪莉的下落並離開大樓。警方將如月帶走之後，阿笠博士、柯南與灰原商量警方的搜查只能就告辭段落，不會繼續追查到黑衣組織炸毀雙塔摩天大樓的案件與琴酒殺害原的經過。灰原感謝光彥和元太救她，步美告訴眾人她能夠精確地數30秒是因為柯南在身邊時自己會緊張的緣故。這時小五郎看到自己贏的跑車泡水而掉入水池引起眾人的大笑。