2019冠状病毒病中国大陆疫情时间轴
散点爆发

6月中旬起，北京市开始出现一定规模的新增本地病例，感染者的活动轨迹涉及丰台区新发地批发市场，新发地批发市场从6月13日起暂时休市，进行全面的卫生整治和环境消杀，原在市场内交易的蔬菜和水果移到5个指定的区域进行。在6月14日公布的最新疫情数据显示，北京市6月13日新增本土病例36例
16日晚，北京市举行新型冠状病毒肺炎疫情防控工作第121场新闻发布会，并宣布将北京市突发公共卫生事件应急响应级别由三级上调至二级，并相应调整防控策略。
7月10日，海关总署进出口食品安全局局长毕克新在国务院联防联控机制新闻发布会上透露，大连海关、厦门海关从装载厄瓜多尔三家水产品工厂生产的冻南美白虾的集装箱内壁和外包装样本中检出新冠病毒核酸阳性。海关总署遂决定，自即日起暂停厄瓜多尔上述三家企业在华注册资格，暂停上述三家企业产品的进口，对暂扣的货物采取退货、销毁等处理措施。之后在7月14日，重慶沙坪壩區防疫工作領導小組發現由厄瓜多爾進口的凍南美白蝦外包裝存在新冠病毒，有關防疫工作已按既定程序作處理。
7月中旬起，新疆乌鲁木齐市出现一定规模的疫情，与一起聚集性活动关联，疫情发展较快，病例及无症状感染者主要集中在天山区。同月下旬，辽宁省大连市新增1例本土确诊病例，为大連凱洋世界海鮮股份有限公司員工。之后传播链扩大，截至7月28日共有52人确诊，另外辽宁、吉林、黑龙江、福建、北京也新增了与此次疫情有关的确诊患者及无症状感染者。
7月28日，中国大陆新增确诊病例101例，为逾3個半月以來首次破百，其中98例为本土病例。中國疾控中心流行病學前首席科學家曾光接受媒体採訪時表示，此情况的出现，意味著疫情出現局部反彈，又稱在這個區間內出現反彈是正常的。他又说，隨著疫情防控措施越來越成熟，疫情未來在中国大陆出現大流行的可能性不大。
8月5日，国务院召开政策例行吹风会。会上，国家卫生健康委医政医管局监察专员焦雅辉表示，乌鲁木齐和大连疫情快速发展的势头得到有效控制，病毒分离培养及核酸基因测序正在进行中。焦雅辉在会上说，两起疫情初期发展进展比较迅速，且感染者以青壮年为主。
8月11日，山東省煙台市通報，在對3家企業自大​​​​連口岸進口，同一外籍貨船的冷凍海鮮產品外包裝樣本進行檢測後發現，3份外包裝樣本均呈冠狀病毒陽性，这些产品除少量加工出口外，未流入市場。同日，安徽省蕪湖市疾控中心發現該地一家餐飲店進口的厄瓜多爾凍蝦外包裝驗出冠狀病毒，現時已全市封存該產品。截至当日，遼寧、江西、重慶、湖南、安徽等省市均有進口的厄瓜多爾凍蝦驗出冠狀病毒。
8月13日，深圳市疫情防控指揮部辦公室表示，深圳市龍崗區對進口食品檢測時發現1個從巴西進口的冰鮮雞翼表面樣本，對冠狀病毒檢測呈陽性。另外，西安市方欣海鮮市場一個批次的進口厄瓜多爾凍白蝦外包裝新冠病毒核酸檢測結果呈陽性。西安市疾控中心對方欣海鮮市場進口厄瓜多爾凍白蝦外包裝直接接觸的9名人員、20名8號冷庫相關工作人員進行核酸檢測，結果均為陰性，其后该市场停業整頓。
9月8日，全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会在北京人民大会堂举行，习近平为钟南山、张伯礼、张定宇、陈薇等人颁奖。由于2000多位表彰人员中未提及新冠疫情吹哨人李文亮医生，大批网友进入李文亮的微博留言悼念。9月9日，吴尊友称中国环境中已经没有新冠传播。
9月12日，云南省瑞丽市新冠肺炎疫情防控工作指挥部发布通告，称瑞丽市奥星世纪一期小区发现1例疑似病例需要排查，并决定对该小区一期、二期分别采取暂时封闭管理、暂时自行居家隔离管理措施。翌日当地有新增境外输入确诊病例报告。云南省省长阮成发随即宣布云南省边境地区进入战时状态，瑞丽市启动全员核酸检测，并自9月14日22时起实行严格的封控措施，無特殊情況不得進出瑞麗市城區，全市城區人員居家隔離。
9月18日，海关总署发布公告，由于从印尼进口的一批冻带鱼的一个外包装样本检出冠状病毒核酸阳性结果，全国海关自即日起暂停接受印尼PT Putri Indah水产品生产企业产品进口申报一周。
9月20日，吉林省扶餘市衞生健康局发布公告，指出長春市有進口魷魚包裝對冠状病毒呈陽性反應，其中一件10公斤貨物已流入市面。
10月11日，山东省青岛市通报3例无症状感染者。三人均与青岛市胸科医院有关联，而青岛市胸科医院正是青岛市定点收治境外输入感染者的医院。当天青岛市胸科医院宣布停诊，并进行进一步排查。
10月12日，青岛市卫健委通报，通过对密切接触者和市胸科医院相关人员的排查，发现9人冠状病毒核酸检测结果阳性，包括8名市胸科医院在院患者及陪护人员、1名患者家属。截至当日，青岛市共发现6例确诊病例（其中两例先前为无症状感染者），6例无症状感染者，后续将在青岛市内进行进一步大规模排查。国家卫健委工作组当日抵达青岛。中国大陆多地发出通告，对来自青岛的人员进行重点观察，并劝告当地居民非必要暂勿前往青岛。截至10月16日6:00，青岛市有关方面已采样超过1074万份开展病毒核酸检测，其中暂未发现新增阳性感染者。
10月14日，青岛市卫健委主任隋振华被停职，接受进一步调查；翌日，青岛市胸科医院院长邓凯被免职，接受进一步调查。
10月16日，在青岛市疫情防控新闻发布会上，本次青岛市胸科医院聚集疫情溯源调查结果被公布：10月爆发的病例标本与9月份青岛港疫情的感染者董某某、陈某某的标本病毒基因序列高度同源，故判定传染源来自上述两人。青岛港疫情两名感染者在市胸科医院隔离观察期间，离开封闭病区到CT室检查；但因防控消毒不规范，导致CT室被病毒感染，进而导致其他就诊者被感染。
10月17日，中国疾控中心对青岛疫情溯源调查过程中，从工人搬运的进口冷冻鳕鱼的外包装阳性样本中检测分离到活病毒。这是世界上首次在冷链食品外包装上分离到SARS-CoV-2活病毒，并证实接触病毒污染的外包装可导致感染。
10月24日下午，新疆喀什突然加强防控措施，喀什机场关闭（之后恢复开放，但须凭核酸检测阴性报告才能进入）、市区公交车全部停运，引发本地出现感染者的猜测；当晚消息得到证实：喀什地区疏附县站敏乡二村的一名17岁村民被确诊为无症状感染者。经过对其密切接触者、密切接触者的密切接触者进行核酸的检测，截至25日24时共筛查出137名无症状感染者，均与24日发现的无症状感染者的父母所在的一家工厂相关联。喀什地区已进入一级响应。
10月26日24时至27日17时，喀什新增确诊病例5例，新增无症状感染者19例。
11月7日，经天津市从境外进口的冷冻食品外包装标本新冠病毒核酸检测呈阳性。天津市立即启动应急预案，对位于中新生态城的海联冷库相关冷冻食品、冷库、运输车辆等进行核酸检测，对密切接触者及密切接触者的密切接触者进行核酸检测并集中隔离。其中，一名冷库装卸工人和一个冷库门把手核酸检测结果呈阳性。当日天津市还接到山西省太原市通报，当地某企业经天津口岸进口的冷冻食品外包装发现新冠病毒核酸检测阳性。天津市疾控部门随即对涉及的东丽区某冷库相关人员和冷库冷链食品、环境样本等进行紧急排查，相关核酸检测结果均为阴性。
11月8日，天津市疾控中心通报核酸检测结果为阳性的海联冷库装卸工人确诊为本地病例，分型为普通型。同日，天津市进入战时状态。11月13日和14日，山东济南、湖北武汉、福建泉州、甘肃兰州等多地在进口的冷冻食品及包装上检出COVID-19病毒阳性。
自11月上旬以来，天津市滨海新区、上海市浦东新区及內蒙古满洲里市再度出现本土病例。对此，中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友21日晚接受采访时分析称，进入冬季，随着全球疫情变得更加严峻，境外疫情输入压力也会越来越大，但由于中国大陆已经对病毒的传播特征有充分了解，也发展了一套及时发现、控制疫情的防控策略，因此不会出现大规模流行。
12月3日，國家衛健委疾控局副局長吳良有在新闻发布会上表示，境外新冠疫情加速蔓延，輸入中國的風險逐步加大，預計冬季疫情仍將處於零星散發狀態，甚至局部地區有可能發生聚集性疫情。另外，其他呼吸道傳染病即將進入流行季節，加上春節期間人員流動性加大，聚集性活動增多，將進一步增加疫情傳播的風險。中国民航局飛行標準司副司長韓光祖表示，将密切跟蹤研判疫情形勢，全面加強管理來華航班，繼續實施航班動態調整，及時消減輸入病例較多的高風險國家來華航班。他还表示，自6月8日實施熔斷措施以来，通過航空輸入的病例明顯減少。国家將繼續執行航班熔斷措施，確保疫情不通過航空途徑傳播。
12月2日至12月5日，浙江玉环、湖北荆门、山西侯马、安徽合肥、辽宁营口、黑龙江哈尔滨、山西临汾通报当地检测的冷链食品及其外包装新冠病毒核酸检测结果呈阳性。有內地專家表示，由于多國處於新冠疫情爆發期，各種物體的表面包括食品及其外包裝都有可能被新冠病毒污染，而新冠病毒在低溫下存活時間長，因此進口冷鏈食品及其外包裝就可能成為跨境遠距離運輸攜帶新冠病毒的載體。
12月7日，成都市郫都区新增1例新冠肺炎确诊病例，之后其丈夫亦被确诊。翌日传染链扩大，新增4例确诊病例和1例无症状感染者。当日上午，四川省委書記彭清華宣布全省進入戰時狀態，同時要求將疫情影響控制在最小範圍。
12月10日，黑龙江省牡丹江市东宁市、绥芬河市各新增1例本土确诊病例。随后，东宁市启动《新冠肺炎疫情控制应急预案》，东宁市各高速公路收费站实施交通管制措施，非必要不可外出。受此影响，哈爾濱市、綏化市、伊春市等多地將幼兒園、中小學寒假時間提前至2021年元旦前後。12月12日，东宁市按照市疫情防控預案进入戰時狀態，提升管控措施級別。
12月15日14時45分，安徽省來安縣疫情防控指揮部接市疫情防控應急指揮部轉協查函稱，從嘉吉蛋白營養科技（安徽）有限公司購進的三批次國產雞腿中有一批次外包裝核酸檢測顯示陽性。
12月19日，钟南山出席在广州举行的2020金域医学学术委员会专题研讨会上介绍了冠状病毒病疫情的最新趋势，提到了“环境传人”的新课题。
12月20日，大连出现疫情复发现象，进入疫情防控战时状态。
12月26日，北京市顺义区因近日出现的疫情复发现象进入战时状态。
12月30日，中國疾病預防控制中心發布的研究報告顯示，上海發現首宗英國變種病毒確診病例，為一名23歲女學生。中疾控的報告稱，流行病學調查顯示，女學生報稱在英國期間沒有接觸過確診患者，也沒有購買冷凍食品，但她在公園跑步時沒有戴口罩。此外，她在候機期間也曾摘下口罩進食。中疾控病毒病所所長許文波接受央视受訪時表示，呼籲民眾不必恐慌，但他強調要加強個人防護意識，也要加強針對有輸入病例的醫院或定點隔離酒店的醫護和從業人員的防護。
2021年1月2日，廣東省疾控中心发布消息称，近期在一名自英國輸入病例的咽拭子樣本中發現B.1.1.7突變株，與近期英國的變異病毒基因序列高度相似。
1月2日至1月3日，內蒙古呼和浩特、河北滄州、山東煙台、山東臨沂、山西晉城等地陸續通報稱，在涉疫汽車零部件排查中檢測出陽性。另外，雲南大理、陝西安康、江蘇連雲港、內蒙古呼倫貝爾等地發布通告稱，已對相關汽車公司的涉疫貨品排查處置。
1月3日，因2日河北省石家庄市藁城区报告新增本土确诊病例，石家庄市进入战时状态。
1月4日，山东省疾病预防控制中心对青岛报告的1例英国输入病例样本全基因测序分析，经比对与英国变异株序列高度同源。自此，山东省成为继上海、广东后，中国大陆第三个发现英国变异株的一级行政区。
1月5日，全河北省和河北省邢台市全市进入战时状态。
1月6日，石家庄市和邢台市全面开展全员核酸检测。当日晚上，邢台市公布1月3日确诊的3例病例的病毒进行基因序列检测，结果显示病毒传播与欧洲输入病毒高度同源。本日石家庄市全员核酸检测中，发现7例阳性样本。同日，廣東省疾控中心表示，已经从一名由新加坡入境的南非籍確診者咽拭子中，分離出南非變種病毒。
1月8日，国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，指示坚决遏制疫情扩散。同日，石家庄完成全民核酸检测，在485.67万份样本中检出289份阳性。
1月11日，黑龙江省绥化市召開記者會，称望奎縣人民醫院9日在門診就診患者「應檢盡檢」中發現王某鶴（女）核酸檢測呈陽性。在對密接者和次密接者進行全面排查後，有20人咽拭子採樣呈陽性，經專家組診斷均為無症狀感染者。随后，绥化市對望奎縣實行封城，所有小區村屯封閉管理，并對全市加強嚴管嚴控。截至当日20时，绥化市现有无症状感染者45例，确诊病例1例，系首例发现的无症状感染者王某鹤转为新冠肺炎确诊病例普通型。
1月12日，正在北京開會的黑龍江省委書記張慶偉專程請假返黑，連夜主持召开會議，宣布全省進入緊急狀態。
1月13日，中国大陆新增138宗確診病例，新增1宗死亡病例。这是自2020年5月17日以來，時隔242天，中国大陆再次出現死亡病例。据官方透露，该死亡病例在染病前就患有严重的心肌损伤等基础性疾病，9日确诊后转入河北省胸科医院治疗期间病情迅速恶化。
1月14日，天津市津南区疾控部门在对天津市大桥道食品有限公司送检的雪糕样本进行病毒核酸检测时，发现3份雪糕样本检测结果呈阳性。随后，疾控部门对该企业进行全面封控，禁止人员及货品进出，已对库存涉疫货品进行封存，对出库货品进行追踪。當天，国家卫生健康委党组书记、主任马晓伟在全国疫情防控工作电视电话会议上表示，2020年12月以来，北京、四川、辽宁、河北、黑龙江等地相继发生聚集性疫情。這些疫情均为境外入境人员或被污染的冷链进口物品引发。
1月中旬起，吉林省暴发大规模感染事件，一名来自哈尔滨市呼兰区的个体营销者林某（曾与望奎县籍无症状感染夫妻有接触）先后到公主岭市艾尚瀚邦养生会馆、通化市源升品质生活坊分别进行培训授课，参加培训的人员主要为中老年人。另外，参加通化市培训的中老年人还曾到金立元汗蒸养生馆汗蒸。截至1月20日，此次大规模感染共造成190人直接或间接感染。大规模感染事件发生后，通化市所有小区全部实行封闭管理，铁路、机场、长途客车、出租车全面停止运营，私家车不得进出城。
1月18日，天津市疾控中心在对入境新冠肺炎阳性人员鼻咽拭子样本进行基因测序监测中，发现1株病毒为英国发现的变异株，1月21日，经中国疾控中心复核，确认为英国发现的新冠病毒变异株，这是天津境外输入新冠肺炎确诊病例中，首次检出英国发现的新冠病毒变异株，且与近期国内其他省份本地病例的病毒无关联。
1月21日，哈尔滨市新增新冠肺炎确诊病例10例，均为黑龙江正大实业有限公司员工。疾控中心在1月19日、20日又连续两次对该企业食品厂采样1650份，其中屠宰车间脏区走廊、净区走廊和更衣室外环境、冷库外环境和食品外包装检出阳性。23日，哈尔滨市疾控中心对正大实业有限公司聚集性疫情部分病例标本进行了基因测序，结果显示与望奎病例同源。
1月24日，天津市防控指揮部指，寧河區在對轄區一家物流公司開展病毒核酸檢測時，發現一批美國進口啤酒整托外包裝樣本檢測結果呈陽性。該批貨物未流入市場，已按相關防疫措施進行處置，相關人員核酸檢測正在進行中，已出結果均為陰性。
1月31日，国务院联防联控机制就人民群众就地过年和春节期间疫情防控有关情况举行发布会。国家卫生健康委新闻发言人米锋表示，2021年1月以来，中国大陆累计新增本土确诊病例2016例，为2020年3月以来单月最多，疫情呈现零星散发和局部地区聚集性疫情交织叠加态势。但在1月最后一周的后半段，现有本土确诊病例和无症状感染者数量已经开始下降，前期发生聚集性疫情的地区防控效果开始显现，并强调全国疫情总体风险可控。
1月下旬，山東省棗莊市疫情防控指揮部通報，一批帶有冠状病毒的奶棗產品是由山東久旭生物科技有限公司利用從烏克蘭進口的乳清蛋白製成。截至1月31日，天津、重慶、山西、江西、浙江、貴州、安徽、黑龍江、河南及江蘇等外省區市均發現有關奶棗流入当地市场。