东突厥斯坦独立运动
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参见：蘇聯入侵新疆、伊宁事变、東突厥斯坦共和國和三区革命
在新疆北部、受蘇聯、中共、外蒙古支持未获国际承认的東突厥斯坦共和國 (1944–1946)、三区革命(1944–1949)和國旗
1937年5月，中國工农紅軍約400人在盛世才的允許下進入烏魯木齊，是中共最早在新疆的活动。為了抵禦英國和日本的勢力向新疆滲透，蘇聯政府與盛世才商定，在新疆建立一個專門偵察境外敵情的機構，新疆邊防督辦公署邊務處開始組建，即為“先鋒社”。1939年，中共選派數十人到蘇聯學習情報工作，學習結束後劉慶南、楊文先、王振坤、楊天雲、張明敬和譚政文等人又被共產國際先後派到新疆邊務處工作，受蘇聯顧問領導，從事對美英的情報工作。
1939年底，新疆省政府成立清槍委員會、阿山視察委員會要求牧民繳交槍支引發第一次柯克托海暴動（1940年2月，或稱第一次可可托海暴動）。1941年6月，蘇聯礦業勘查團在阿山區富蘊縣侵擾當地人民引起第二次武裝暴動，新疆省政府以武力鎮壓相關暴亂並逮捕哈特貝子等人，反中國武裝勢力則在烏斯曼領導下逃往外蒙古邊境，外蒙古與烏斯曼協商取得共識後蘇聯開始軍援其武裝勢力在青河、富蘊山區的活動事業，外蒙古並派駐顧問協助組建反政府軍。
1943年1月，國民政府中央勢力介入新疆，導致大量中共所謂「愛國進步人士」（國府稱疆獨反政府勢力）遭逮捕入獄（毛澤民、陳潭秋）。1943年12月，蘇聯開始協助烏斯滿組織反盛反中國的「阿勒泰哈薩克復興委員會」以期望建立「新回教國」。
1944年3月，烏斯滿·巴圖爾宣佈起義，與蘇聯空軍、外蒙古聯合發動對新疆青河、烏河的聯合軍事行動（阿山事變）。艾力汗·吐烈在拜都拉大清真寺成立「雙泛主義」的反漢中心，主張穆斯林團結起來透過「聖戰」把非突厥系民族的漢人趕出東突厥斯坦。1944年9月，蘇聯駐伊寧領事公開支持肯定「伊寧解放組織」，隨後該組織在迪化、阿山、塔城、阿克蘇等地建立分支機構，為之後的三區革命創造了有利的基礎。三区革命主要訴求是「永遠消滅漢人統治，建立真正的獨立共和國」。9月2日，盛世才任命預備第7師杜德孚指揮權。
1944年8月，法提哈·穆蘇里莫夫（塔塔爾族）、埃克巴爾與賽義提兄弟（Akbar、Sayit，哈薩克族）等人由蘇聯取得武器成立約800人的「鞏哈游擊隊」，9月初，鞏哈縣法提哈·穆蘇里莫夫私運槍械30枝、機槍兩挺、七九機槍子彈2428粒、黃色炸藥4袋遭國府邊境保安隊查獲，法提哈·穆蘇里莫夫趁機逃往烏拉斯台。9月21日，暴動開始。在法提哈·穆蘇里莫夫帶領下先切斷鞏哈至馬扎的電纜，炸毀五座大橋，殺害當地警察局局長、副局長、醫院院長，於10月6日攻佔伊犁鞏哈。10月12日，國軍預備第7師19團彭俊業增援反攻。11月初國府收復鞏哈。10月，阿勒泰革命臨時政府成立，阿勒泰區反政府吉木乃武裝部隊併入。
11月初，蘇聯派遣阿列克山德洛夫（後成為東突厥斯坦共和國總司令）率領紅軍與新疆伊寧解放組織會合。11月7日，東突解放組織特別選在蘇聯十月革命紀念日發動大暴動「伊寧起義」。11月8日，穿著哈薩克共和國軍服的士兵乘坐十多輛馬車，車上架有機槍封鎖伊寧城北司令部橋頭，阻止國軍增援。11月12日，暴動者在封鎖伊寧市區後，開始針對漢族屠殺。11月12日， 爆发伊宁事变（中共譽之為三区革命，中華民國稱為「叛亂」），在伊犁、塔城、阿尔泰三个地区建立東突厥斯坦共和國，臨時政府主席伊力汗·吐烈（乌兹别克人）說：
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|  | 醒來吧！醒來的時代到了。真主是我們的信仰，穆罕默德是我們的聖人，伊斯蘭是我們的宗教，東突厥斯坦是我們的祖國。⋯⋯按真主‘給暴虐以懲罰’的意志，我們相信真主無疑的諾言。我們伊犁人民團結起來，用棍棒鐵鎚起來反對橫暴的政權而起義了，短時間內把漢人政權推翻後建立我們的伊斯蘭政府。漢族血腥壓迫的旗幟將被我們踏在腳下成灰燼。我們舉起祖先留下來具有宗教意義的月芽、星星標誌⋯⋯所謂‘新疆是中國領土不可分割的一部份’謬論，製造假歷史的騙子們，應該聽清楚，永遠記住以下事實：他們不要忘了，東突厥斯坦英雄的兒女們曾用棍棒攻擊他們，漢族忍受不了這種打擊。中國的官吏和帝王為了自己的土地和政權，建築了三千五百公里萬里長城，像害怕鷹的兔子一樣跑到長城裡面。這些事實雖然被漢族政府歷史學家所隱瞞，但全世界歷史可以證明這一事實。太陽是不能被衣襟遮蓋住的。…… |  |
1944年11月13日，國軍預備第7師參謀長自伊寧向外發電報求援，國軍支援往伊寧方向進攻到達二台，國府專案公署劉秉德遭殺害。15日，抗日戰爭第八戰區司令朱紹良任命李禹祥率第7預備師、新編第45師，展開進攻果子溝的戰役。國軍殘留在伊寧最後據點艾林巴克飛機場、鬼王廟、北大營遭受蘇聯動用大炮猛轟兩三個月，守軍發生餓死的情況。11月22日，國軍杜德孚趕往伊寧，並調集精河一帶部隊增援。12月朱紹良向伊犁河谷增援第二十九集團軍李鐵軍、第45師謝義鋒均遭敵軍合圍全軍覆沒。11月下旬，蘇聯派出雅可夫列維奇·頗里諾夫擔任新疆三區游擊隊指揮官，並成立「一號房子」（蘇聯紅軍弗拉基米爾·柯茲洛夫領導）、「二號房子」（KGB弗拉基米爾·斯特潘諾維奇領導），另在阿拉木圖派遣貝利亞為蘇聯軍對中國新疆的督戰。
1945年，國軍在伊寧守軍受到暴民猛攻，單1月1日早晨即遭到四千發砲彈、萬餘枚12公分迫擊炮攻擊。1月5日，“东突厥斯坦共和国”宣布脱离中華民國而独立，共和国臨時政府主席艾力汗·吐烈，副主席阿奇木伯克·霍加，總司令阿列克山德洛夫。1月31日，伊寧艾林巴克國軍殘部與漢族居民約四千人企圖突圍，在路途中遭全數消滅（艾林巴克殲滅戰，杜德孚自戕），东突厥斯坦共和国佔領伊犁全境。4月，曹達諾夫·扎義爾成為“东突厥斯坦共和国”民族軍政治部部長，在事後肯定蘇聯動員部隊參與伊寧起義的貢獻。7月，东突厥斯坦共和国進入全面反攻階段，勢如破竹佔領托里縣、額敏縣、塔城縣。8月15日，中苏簽定《中蘇友好同盟條約》以苏联承认国民政府对东北和新疆的主权，不支持中國共产党與新疆內部事務交換承认外蒙古独立。斯大林表面上同意此条件，将東突厥斯坦的领导人，从苏联潜回的艾力汗·吐列秘密解回苏联，但是对東突厥斯坦獨立運動和中國共产党的援助依然源源不断。8、9月，在蘇聯協助下攻佔哈巴河縣、布爾津縣、承化縣、拜城、阿克蘇舊城、庫爾干均納入东突厥斯坦共和国版圖。共擊潰國軍12個團2個營，俘虜前線最高指揮官郭岐、師長宛凌云在內的國軍6,000多名政府官兵，確立伊犁、塔城、阿山全境為統治區。9月，國軍新編第46師徐汝誠到達迪化前線，第八戰區副司令郭寄嶠進入新疆。9月13日，國府吳忠信、朱紹良、郭寄嶠分析情勢：「三區叛亂軍已推進到瑪納斯河，距迪化僅兩日路程，目前屯兵瑪納斯西，有向迪化進攻之勢。現守迪化之軍隊僅六營，援軍由青海或蘭州最快八到十日才能到達。」國民政府与苏联交涉，双方同意派代表进行谈判。南京國民政府派出了张治中，三区派出了热黑木江（团长）、阿不都哈依尔·吐烈、阿合买提江三人代表团。苏联派出一位代表，於1945年10月17日開始談判，前後大小談判三十多次。1946年1月2日，簽定了《十一条和平条款》，取消了“东突厥斯坦共和国”的名称，十一條和平條約附文二件直到6月15日才簽訂。新疆分離主義勢力之軍隊得到保留並實質控制該地，國號取消，隨後蘇聯將伊寧分離主義政權交由中共運作。3月，國民黨六屆二中全會通過《邊疆問題決議案》，企圖以地方自治與平等參政收回新疆，遭中共堅決反對。6月27日，“东突厥斯坦共和国临时政府”改组为伊犁专区参议会，“东突厥斯坦共和国”宣告终结。。7月1日，成立新疆省聯合政府。11月，阿合买提江等新疆代表33人，到南京出席国民大会，阿合买提江当选为主席团成员。大会期间，阿合买提江为首三区7名代表，向大会提交《请在中华民国内将新疆改为“东突厥斯坦共和国”给予高度自治》的提案。国民政府邵力子等人和阿合买提江等人就此事长谈多次，蒋介石多次召见，就新疆问题及其前途进行专门谈话。在疏解劝导下，阿合买提江撤回了提案。
1947年，2月25日迪化225事件爆發，引起維、漢、回各族大遊行。同時蘇聯、共產黨成立了「東突厥斯坦青年黨」（據阿合買提江統計新疆全境約30萬人）在喀什圍攻、批鬥張治中，要求國軍撤出新疆。與此同時，根據和平條約的「軍隊改編」蘇聯不僅不遵守改編反而擴軍，由十團殘部兵力變成十三個精銳團，甚至不惜代價送往霍爾果斯訓練。伊寧革命日報對此表達肯定：「條約是沒有用處的，靠條約維繫如同做奴隸牛馬，大炮一響條約完全失去效用。所以我們（東突）要盡量擴軍」。5月，麥斯武德出任新疆省主席。6月，北塔山事件。7月1日，新疆迪化的共產黨幹部發動革命，吐魯番副縣長柯文章遭暴動群眾毆打至昏迷，暴徒並佔領西大橋與南樑一帶據點，宋希濂下令鎮壓，警備司令部調集憲警驅散群眾。7月8日，托克遜的共產黨聚集約500人，攻擊連木沁警局，殺害警員搶奪全數槍枝，接著圍攻汗墩警所。7月12日，三区方面發動天山南路的“三縣暴亂”（吐魯番、鄯善、托克遜三縣），由阿不都熱合滿·穆義提指揮6000人的「東突厥斯坦革命青年軍」，托克遜海米提領導約千人的「革命東突厥斯坦游擊隊」，哈生領導的「東突厥斯坦自衛隊」。7月17日，國軍部隊增援，雙方展開激戰。8月15，宋希濂大致平定了三縣暴亂。
暴動期間中國的《新華日報》《解放日報》《東北日報》《邊疆服務》等報刊則對國民政府壓迫新疆少數民族、殘酷剝削政策進行報導，並聯合中共中央共同聲援三區革命的民族起義。新疆暴亂的革命者（如阿合買提江·哈斯木、伊斯哈克拜克·木農阿吉）自稱「東突厥斯坦共和國政府」、「民族軍」或「11月革命」。中共1950年以前稱新疆暴動者為「伊犁當局」、「伊塔阿三區」，在伊寧事變領導者「空難死亡」後改稱為「中國新民主主義革命的一部份-三區革命」