臺北市立動物園
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1986年，加拿大運送二隻北極熊給臺北市立動物園。
1997年12月初，以三隻紅頸袋鼠等動物和壽山動物園交換三隻美洲野牛。
2001年10月19日，從美國俄亥俄州的Toledo動物園運送一隻網紋長頸鹿艾克（IKE）至園。
2002年12月10日，自行繁殖的兩對蜜熊－蜜蜜、熊熊、小乖、白尾，啟程到北京動物園進行動物交換。
2004年3月29日，紅毛猩猩小珍送往日本姬路市市立動物園，希望能在異鄉協助紅毛猩猩繁殖族群。這次交換案，臺北動物園用園內自行繁殖的紅毛猩猩和姬路市立動物園交換六隻環尾狐猴、六隻白頸狐猴和四隻黑腳企鵝。
2004年9月17日，經由查緝走私來到臺北市立動物園的美洲巨水鼠，有四隻已於夜行動物館亮相。
俄羅斯莫斯科動物園：
贈出菊池氏龜殼花3條、紅竹蛇1條及黑手長臂猿1雌。
日本多摩動物公園：
贈入小貓熊1對。
海軍總部：
贈出綠頭鴨3隻。
壽山動物園：
贈出紅額鬚猴1雌、灰袋鼠2隻、黑天鵝2隻及蘇卡達象龜5隻。
新竹市立動物園：
贈出臺灣長鬃山羊1對。
換出安氏林羚。
換入四不像。
德國法蘭克福動物園：
換出粗尾侏儒狐猴2隻。
韓國
換入斜紋藍舌蜥3隻。
波蘭
引入歐亞水獺一雌。
金門畜產試驗所
贈出梅花鹿二對。
六福村野生動物園：
換入林㹭一對。
換出松鼠猴8隻、豬10隻、羊4隻共3種22隻。
日本橫濱金澤動物園
贈入灰袋鼠2雄。
新竹市立動物園：
贈入中國鱷蜥一隻。
贈出斑哥羚羊一對。
壽山動物園：
贈出大角羊6隻、弓角羚羊、美洲野牛、 驢子各1隻、蒙古野馬3隻、黑天鵝2隻。
引進鳥類19種71隻、哺乳類10種24隻、兩棲爬蟲類14種24隻，重要成果如下：
韓國首爾動物園：
換出灰頸冠鶴1對、黑天鵝1對。
德國萊比錫動物園 （ 英语 ： ） ：
贈出穿山甲1雄。
壽山動物園：
互借殖台灣黑熊1公。
贈出黑天鵝1對。
新竹市立動物園：
贈出5隻山羌及6隻蘇卡達象龜。
贈入石虎1雄、鼬獾1隻。
六福村野生動物園：
換入非洲獅一公二母
換出1對灰長臂猿及6隻蘇卡達象龜。
引進鳥類1種2隻、哺乳類11種18隻，重要成果如下：
中國四川臥龍國家級自然保護區： 条目：兩岸互贈保育類動物
条目：兩岸互贈保育類動物
12月23日換入大貓熊「團團」及「圓圓」，後換出梅花鹿及長鬃山羊各1對2010年4月16日送抵山東省威海市劉公島國家森林公園。
德國法蘭克福動物園：
換入夜猴3隻。
兆豐農場：
換入長鼻浣熊1對、浣熊1雄、鴛鴦2雌。
換出斑馬2對。
新竹市立動物園：
贈出伊蘭羚羊1雄2雌、大紅鶴5隻、眼鏡凱門鱷3隻、鴯鶓4隻、黑手長臂猿1雄、褐狐猴3雄。
贈入石虎1雄、鼬獾1隻。
頑皮世界野生動物園：
換出豹紋瞼虎、大壁虎、馬達加斯加日守宮、蛙眼沙虎各2隻、雙脊冠蜥4隻、長頸鹿1雄。
換入長頸鹿1雌及雙峰駱駝1雌。
芝山文化生態綠園：
贈出柴棺龜、食蛇龜及斑龜各10隻。
壽山動物園：
贈出劍角羚羊1雄。
屏東科技大學技藝訓練中心：
贈出臺灣野豬7隻、山羌16隻、梅花鹿1雄3雌，計3種27隻。
引進鳥類3種3隻、哺乳類8種14隻，重要成果如下：
日本上野動物園：
換入黑掌蜘蛛猴1雌。
德國紐倫堡動物園 （ 英语 ： ） ：
輸入藍金剛鸚鵡1雄。
德國萊比錫動物園 （ 英语 ： ） ：
贈出穿山甲1雌。
壽山動物園：
贈出山羌4雌、臺灣長鬃山羊2雌、駱馬1雄、單峰駱駝1雌。
遠雄海洋公園：
輸入小爪水獺1雌。
新竹市立動物園：
贈出環尾狐猴3隻、白頸狐猴2雌、黑手長臂猿1雄、絨鼠1對、網紋蟒1隻。
新北市政府：
贈入虹彩吸蜜鸚鵡1隻、綠翼金剛鸚鵡1隻。
墾丁國家公園管理處：
贈入梅花鹿2雄3雌。
屏東科技大學技藝訓練中心：
贈出山羌4隻。
特有生物研究保育中心：
贈入食蟹獴1隻和鼬獾2雌。
國立故宮博物院張大千紀念館：
贈出灰鶴1雄和紅䴉6隻。
綠世界生態農場：
換出松鼠猴2雄。
換入紅頸袋鼠1雄和馬來豪豬2雄。
六福村野生動物園：
換入白犀牛1雄，
換出白頸狐猴3雄2雌、褐狐猴1對、環尾狐猴1對。
引進鳥類3種5隻、哺乳類11種25隻、爬蟲類3種4隻、兩棲類3種17隻，重要成果如下：
韓國首爾動物園：
換入花豹1雄。
日本多摩動物公園：
贈出黑面琵鷺1雄。
特有生物研究保育中心：
贈入大赤鼯鼠1雌、山羌3雌、紅尾蚺1雌。
桃園市政府：
贈入鼬1雌。
新北市政府動物保護防疫處：
贈入水鹿1雌。
新竹市立動物園：
贈出埃及聖䴉6隻、紅䴉6隻。
龍群鱷魚養殖場：
贈入馬來長吻鱷1雄1雌。
屏東科技大學保育類野生動物收容中心：
贈出截尾猴1隻、白手長臂猿1雄。
兆豐農場：
換入北美浣熊1雌、灰頸冠鶴1雌，
換出灰頸冠鶴1雄。
壽山動物園：
換入駱馬1雌
換出白手長臂猿1雄、臺灣長鬃山羊1雄、山羌1雌、查普曼斑馬3雄、伊蘭羚羊2雌、北美髯羊3雄。
引進鳥類4種13隻、哺乳類15種33隻、爬蟲類10種28隻，重要成果如下：
日本釧路動物園 （ ： ） ：
輸入丹頂鶴1對。
(丹頂鶴域外保育計畫,Red-Crowned Cranes Ex-Situ Conservation Programs)
中國劉公島國家森林公園： 条目：兩岸互贈保育類動物
条目：兩岸互贈保育類動物
輸出臺灣長鬃山羊和梅花鹿各1對。
（此為與大貓熊對等之動物交換案，2011年4月16日送抵山東省威海市劉公島國家森林公園。）
新加坡動物園：
換入犀牛鬣蜥1雄2雌、靴腳陸龜2雄2雌。
換出紅腿陸龜4隻、黃腿陸龜2隻及黃頭陸龜4隻。
俄羅斯莫斯科動物園：
換入灰狼1雄1雌。
換出黑手長臂猿1雄。
澳洲可伦宾野生动物育护园区：
借殖入無尾熊1雄3雌。
特有生物研究保育中心：
贈入大赤鼯鼠1雄、穿山甲1雌、臺灣山羌3雌、斜紋藍舌蜥1隻。
新竹市立動物園：
贈出白腹海鵰及白鳳頭鸚鵡各1隻。
六福村野生動物園：
借殖出大長臂猿1雌。
福斯影業：
贈入斑點鬣狗1雄1雌。
少年pi的奇幻漂流劇組於電影拍攝完成後捐贈。
引進鳥類7種10隻、哺乳類9種15隻、爬蟲類3種7隻，重要成果如下：
新加坡裕廊飛禽公園：
換出埃及聖䴉12隻。
韓國首爾動物園：
換出蒙古野馬1雄。
日本上野動物園：
換出穿山甲1對。
奧地利維也納動物園：
換出卡羅萊納箱龜1雄2雌
換入歐洲澤龜3隻。
臺北市動保處：
贈入絨鼠1雄、遊隼1隻、鴛鴦1對、鼬獾1雌。
鳳凰谷鳥園：
換出青鸞2雄，換入青鸞2雄。(更新血緣)
六福村野生動物園：
借殖出南非劍羚1雄。
特有生物研究保育中心：
贈入臺灣山羌1雄。
原生物種野放：
蓋斑鬥魚25隻。
引進鳥類17種57隻、哺乳類5種18隻、爬蟲類6種18隻。
引進鳥類10種36隻、哺乳類7種14隻、爬蟲類及兩棲類共5種51隻，重要成果如下：
日本多摩動物公園：
換入小貓熊1雄。
日本圓山動物園：
換入金色箭毒蛙20隻、黃帶箭毒蛙20隻及迷彩箭毒蛙8隻。
中國福州大貓熊研究中心：
換入小貓熊1雄2雌。
金門國家公園管理處：
移入歐亞水獺2雄1雌。
特有生物研究保育中心：
收容入赤翡翠鳥2隻、石虎1雌。
臺北賓館：
贈出藍孔雀1對。
引進鳥類6種10隻、哺乳類5種12隻、爬蟲類5種16隻，重要成果如下：
法國波格雷動物園 （ 英语 ： ） 法國蒙彼利埃動物園 （ 英语 ： ） 捷克拉貝河畔烏斯季動物園：
借殖入非洲野驢1雄2雌。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）,索馬利非洲野驢物種保育計畫Somali Wild Ass EEP）
日本圓山動物園：
換入揚子鱷3隻。
引進鳥類20種49隻、哺乳類14種36隻、 爬蟲類8種38隻、兩棲4種28隻、魚類1種27隻，重要成果如下：
波蘭奧波萊動物園：
借殖入金剛猩猩1雄。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）,大猩猩物種保育計畫 Gorilla EEP）
德國伍波塔動物園 （ 英语 ： ） ：
贈入雲豹1雌。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）)
荷蘭猴山靈長類公園：
黑冠松鼠猴7雄。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）)
德國龜類保護中心：
贈入安南葉龜21隻。
新竹市立動物園：
歸還出馬來熊1對、人猿1雌
引進鳥類4種12隻、哺乳類7種12隻、爬蟲類2種17隻、兩棲3種9隻，重要成果如下：
奧地利龜島：
換入安南葉龜16隻、杜氏鈍口螈 5隻。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）)
新竹市立動物園：
借殖展回人猿1雄。
屏東科技大學保育類野生動物收容中心​：
贈入亞洲黑熊1雌。
遠雄海洋公園：
移入小爪水獺1雌。
六福村野生動物園：
借殖出長頸鹿1雄。
引進鳥類8種27隻、哺乳類18種39隻、爬蟲類9種50隻、兩棲1種4隻，共計引入36種120隻，重要成果如下：
荷蘭猴山靈長類公園：
借殖出金剛猩猩1雄。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）,大猩猩物種保育計畫 Gorilla EEP）
捷克布拉格動物園：
贈入馬來貘1雄。
澳洲庫倫賓保護區：
借殖入無尾熊1雄。
德國法蘭克福動物園：
借殖入棕蜘蛛猴4雄
奧地利龜島保育中心：
換入羅地島蛇頸龜20隻、北印度稜背龜 6隻、黑頸烏龜10隻。
新加坡：
換入馬來潮龜2對、大食蟻獸1雌、小爪水獺1雄、紅猴2雄、棉頭絹猴2對。
頑皮世界野生動物園
借殖入：水豚2對，
借殖出：侏儒河馬1雌、伊蘭羚羊1雄2雌、小紅鶴3雄5雌。
引進鳥類6種15隻、哺乳類9種19隻、爬蟲類2種13隻、兩棲3種15隻，共計引入20種62隻，重要成果如下：
荷蘭猴山靈長類公園：
贈入金剛猩猩2雌。
(歐洲瀕危物種保育計畫（英语：）,大猩猩物種保育計畫 Gorilla EEP）
法國里爾動物園 （ 法语 ： ） ：
借殖入大長臂猿1雄。
日本上野動物園：
贈入指猴1雌、黑腳企鵝3雄。
日本多摩動物公園：
贈入黑面琵鷺2雄2雌。
瑞士巴賽爾動物園 （ 英语 ： ） ：
贈入黑冠松鼠猴1雄7雌。
特有生物研究保育中心：
收容入大冠鷲2隻、黑面琵鷺1隻。
兆豐農場
換入：二趾樹獺1雌、長鼻浣熊2雄1雌、帝雉2雄、非洲灰鸚鵡1對及黃腹藍金剛鸚鵡1隻；
換出：二趾樹獺1雄、臺灣野豬1對、絨鼠1雄及驢1對。
壽山動物園：
借殖出白犀牛1雄、狐獴7雄2雌。
贈出：臺灣野山羊2雄。
引進鳥類3種6隻、哺乳類8種30隻、爬蟲類1種4隻、兩棲1種5隻，共計引入13種45隻，重要成果如下：
日本天王寺動物園：
借殖入國王企鵝一對。
新加坡動物園：
贈入小爪水獺1雄。
贈出二趾樹獺1雌。
換出雙冠鬣蜥4隻、射紋陸龜1雌、食蛇龜1雌、緬甸星龜2雄、中國鱷蜥1對。
特有生物研究保育中心：
借殖入石虎1雄3雌。
臺北市動保處：
收容入小爪水獺2雄1雌、普通狨6雄6雌、巴里島白椋鳥1雄2雌、灰腹綠錦蛇1隻、北美浣熊3雌1雄、草原巨蜥1隻、穿山甲1雄。
壽山動物園：
借殖出北美浣熊1雄。
六福村野生動物園：
交換出黑天鵝3雄7雌、迷你馬2雄。
國立清華大學：
贈出鈷藍箭毒蛙10隻、迷彩箭毒蛙5隻。
民間：
收容入馬來熊2雌、葵花鳳頭鸚鵡1雄、黑手長臂猿1雌。
購入金曼蛙5隻、紅眼鷹蜥4隻。
4月7日，從萬態野生動物集團轄下新加坡動物園引入兩隻金頭獅狨 及三隻黑吼猴
3月29日，自新加坡動物園引入金曼蛙、黃帶箭毒蛙、棘皮瘤尾守宮。
11月19日，自新加坡動物園引入侏儒河馬。