中華民國—菲律賓關係
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参见：中華民國駐菲律賓外交官列表和菲律賓駐中華民國外交官列表
1899年，清朝光绪二十五年，在美國菲律賓群島軍政府設立駐小呂宋總領事館。
1912年，中華民國成立，在美屬菲律賓繼續設立總領事館。1914年，更名為駐斐利濱總領事館。1932年，復更名為駐馬尼剌總領事館。
1946年7月4日，菲律賓獨立。7月24日，建立公使級外交關係，於首都馬尼拉設立中華民國駐菲律賓共和國公使館，並派駐公使，總領事館併入公使館。
1947年4月18日，簽署《中華民國菲律賓共和國友好條約》。
1948年，於首都南京設立菲律賓共和國駐中華民國公使館，並派駐公使。
1949年7月10日，中國國民黨總裁蔣中正應邀由臺灣扺菲律賓訪問，與菲律賓總統季里諾在碧瑤會談，並發表聯合聲明，號召東亞各國組織「太平洋聯盟」，以扼制共產主義之威脅。8月3日，公使館升格為中華民國駐菲律賓共和國大使館，並派駐大使。
1950年1月，當中華民國政府剛遷至台灣後，蔣中正在台灣「復行視事」行使總統職權前夕，以中國國民黨總裁的身份再度訪問菲律賓，和總統季里諾會晤。
1956年3月，在臺北的公使館升格為菲律賓共和國駐中華民國大使館，並派駐大使。
1960年5月2日，菲律賓總統賈西亞抵台訪問並與蔣中正晤談。
1961年1月17日，外交部長沈昌煥赴菲律賓，參加中華民國、菲律賓、大韓民國、越南共和國四國外長會議；1月18日，會議於馬尼拉舉行，協商團結，應付共黨。
1963年3月20日，副總統陳誠代表蔣中正訪問菲律賓，23日，發表聯合公報，加強經濟技術合作與文化交流。。
1966年3月25日，總統蔣中正與菲律賓總統馬可仕分別宣布：1966年為「中、菲友誼年」。8月7日，菲律賓外交部長羅慕斯（英语：）（Narciso Ramos）訪臺；8月9日返國前提出亞洲和平運動主要步驟三項。
1968年8月29日，駐菲律賓大使杭立武與菲外長羅慕斯為處理逾期華僑問題達成協議，並簽署聯合聲明。
1970年5月2日，菲律賓副總統羅培士（英语：）（Fernando Lopez）訪臺；5月6日，簽訂《中、菲農技協定協議備忘錄》。。
1971年7月29日，原由中華民國控制的中業島遭菲律賓併吞，菲方并將島嶼改名为“派格阿萨岛”（Pag-Asa）。 中华民国海军曾打算抵抗，但因當時接獲中華民国政府急电：「不挑战」，故並未作出抵抗。同年10月25日，菲律賓投票支持中華民國續留聯合國，即《聯合國大會2758號決議》。
1975年6月9日，兩國斷交。
獲准到美國就醫的菲律賓反對黨領袖班尼格諾·艾奎諾經長期協調抗爭後，在時任總統馬可仕保證其安全的情況下在1983年獲准回菲律賓參加國會選舉，並於8月21日經中正機場搭乘中華航空公司班機返回馬尼拉，抵達時步下飛機階梯時遭人開槍擊中頭部身亡，雖然機場警察隨即槍斃兇手，並拘捕了數名疑兇，但一般認為該謀殺為馬可仕政府暗中策劃。馬可仕政府立即中止與中華民國間的航約，約一個月後恢復。據臺灣學者羅福全指出，是臺北有人將艾奎諾的行程機密外洩致使。時任中華民國副總統李登輝曾指出，艾奎諾流亡美國波士頓時，臺灣人劉介宙的家族也住在那裡，艾奎諾與劉介宙要好。當艾奎諾想回菲律賓無法回去時，他來臺灣住在圓山飯店，去找劉介宙，劉介宙與郝柏村關係要好，遂請郝柏村協助他回國，沒想到艾奎諾一到菲律賓就被槍殺。
艾奎諾遺孀柯拉蓉·艾奎諾於1986年領導「人民力量革命」就任總統，推翻馬可仕政權。當艾奎諾夫人選舉時，李登輝請人給她經濟援助。李登輝指出由於艾奎諾夫人本姓許，獲得許多許姓臺灣人支持她，包括太子汽車的許勝發就幫助過她。
1987年10月13日，菲律賓最高法院首席大法官鄭建祥夫婦抵台訪問。期間會見司法院長林洋港、外交部長丁懋時及其他政府官員，並接受輔仁大學頒贈榮譽博士學位。
1993年6月，甫卸任總統的艾奎諾夫人抵台訪問，主持菲律賓駐台辦事處揭幕典禮，並與台北市長黃大洲和總統李登輝會晤。
1994年，中華民國總統李登輝以「度假外交」的方式訪問菲律賓，會晤菲律賓總統羅慕斯。1994、1995年，菲律賓連續兩屆在聯合國大會的總辯論中，提出「會籍普遍化原則」，間接呼應中華民國參與聯合國。在羅慕斯主政時代，兩國進行官方交往甚具彈性，可視為台菲關係最為友好密切的時期。羅慕斯亦曾於卸任總統後訪問中華民國。
1996年11月，亞太經濟合作會議領導人非正式會議在菲律賓蘇比克灣舉行，總統府資政、海峽交流基金會董事長辜振甫代表總統李登輝出席會議。
2003年5月，菲律賓參、眾議院無異議通過決議案，支持台灣參與世界衛生大會及成為世界衛生大會觀察員。2004年5月，菲律賓在世界衛生大會全會中，對於「邀請台灣以觀察員身分參與世界衛生大會」的提案表決，投下棄權票。
菲律賓衛生部長法蘭西斯科·杜克（英语：）原訂2006年12月3日抵台參加「全球衛生領袖論壇」，並見證簽署《臺菲衛生合作瞭解備忘錄》儀式。但中華人民共和國獲悉後全力向菲律賓總統府施壓成功，總統亞羅育令其取消訪台行程。
台灣與菲律賓對於巴士海峽的經濟海域劃分尚未協商，因此常發生菲律賓軍隊扣押甚至槍殺台灣漁民的事件，引發雙方外交上的衝突。2013年5月9日，台灣屏東縣琉球鄉籍漁船在巴士海峽上遭菲國公務船用機槍掃射，造成船長之父中彈喪命，引起雙邊關係緊張。總統馬英九召開國安高層會議，決議自15日起，終止菲律賓勞工入台申請、召回駐菲律賓代表、要求菲律賓駐台代表返菲等三項反制措施。民間也引發相當程度的反彈聲浪。
2016年5月，達沃市市長羅德里戈·杜特蒂於2016年菲律賓總統選舉中勝出，中華民國駐菲律賓代表林松煥立即祝賀，他表示台灣是第一個向他祝賀的國家。而先前杜特蒂也在2016年1月造訪台灣時，向於2016年中華民國總統選舉中勝出的民進黨主席蔡英文祝賀，並表示未來台菲兩國會在教育、農漁業、製造業方面有更進一步的交流合作。
2017年11月10日，總統府資政宋楚瑜代表總統蔡英文率團前往越南峴港參加亞太經濟合作會議領導人非正式會議，並與菲律賓總統杜特蒂握手寒暄。
2019年8月15日，菲律賓丹轆級船塢登陸艦南納卯號（英语：）開啟自動識別系統由北向南通過台灣海峽。中華民國國防部指出，此為自由航行，依規定監偵掌握並無異狀。
2020年2月11日，菲律賓民用航空委員會（英语：）對於2019冠状病毒病疫情在全球擴散，宣布除菲律賓公民及持有菲律賓永久居留權者，均禁止兩岸四地的旅客入境，同時禁止菲律賓民眾前往。在公文中提到，表示遵循「一个中国」政策，故將台灣也列入禁止入境的範圍。中華民國外交部發言人表示，政府已做好周全準備，有配套方案，不排除任何可能性。13日，菲律賓總統府發言人表示總統杜特蒂拒絕解除禁令，並表示杜特蒂首要關切的是菲律賓人的安全，這項決定與「一個中國」政策無關，強調決定是基於公共卫生而非政治因素。對於台灣可能取消免簽證作為報復時回答「每個國家都有權採取行動反制任何他們視為牴觸其利益的作為，我們能怎麼辦？」對於台灣的決定，將予以尊重。14日，菲律賓新興傳染病管理跨部會工作小組（英语：）（IATF-MEID）解除對台灣的旅行禁令。
2021年4月2日，臺灣太魯閣號列車發生事故，造成重大傷亡，菲律賓貿易暨工業部長羅培茲（英语：）表示哀悼。
2022年3月10日，菲律賓IATF-MEID決議接受與承認臺灣核發的「數位新冠病毒健康證明」與「國際預防接種證明書」（黃皮書）。中華民國外交部表示歡迎，並基於互惠原則，亦將承認菲律賓核發的數位疫苗證明與黃皮書。
2022年8月2日，美國聯邦眾議院議長裴洛西訪問台灣，菲律賓對於其事件發表回應。
2023年4月12日，菲律賓與美國在华盛顿舉行外交暨国防部长2+2對話，會後發表《聯合聲明》，重申維護台灣海峽和平穩定的重要性，是全球安全與繁榮不可或缺的要素。5月1日，菲律賓總統小馬可仕與美國總統拜登在白宮會面，會後發表《聯合聲明》，其中表示台海安全問題「是全球安全繁榮不可或缺的要素」。
2024年1月15日，菲律賓總統小馬可仕在社群平台X（原Twitter）上發文，代表菲律賓人民向當選下任台灣總統的賴清德表示祝賀。16日，菲律賓外交部聲明「總統小馬可仕祝賀（台灣）新總統的訊息，是感謝他們雇用我們的海外菲律賓勞工，並進行了成功的民主進程。然而，菲律賓重申其『一個中國』政策。」
2024年4月3日，臺灣東部發生大地震，小馬可仕在X發文表示「我們的心與臺灣人民同在，他們經歷了今天強震的災變。」「在這個艱難時期，我們隨時準備以任何可能的方式協助並支援在臺灣的菲律賓同胞。」
2024年4月11日，小馬可仕與美國總統拜登、日本首相岸田文雄舉行三方峰會，會後發表聲明強調台海和平與穩定至關重要，是全球安全與繁榮不可或缺的要素。
2024年5月24日，菲律賓國防部長鐵歐多洛（英语：）對於中國人民解放軍的「環台軍演」一事，表示「我不會對台灣海峽的任何事情發表評論，因為那是他們的內部事務。」