民主進步黨歷史
第一次執政時期 > 2004年－2008年

条目：2004年中華民國總統選舉、三一九槍擊事件、2006年中華民國總統罷免案和百萬人民倒扁運動
2004年中華民國總統大選期間，泛藍的國民黨主席連戰、親民黨主席宋楚瑜整合成功，形成2000年無法出現的「連宋配」，而民進黨依舊以「水蓮配」尋求連任。民進黨的策略在很大程度上十分成功，再加上陳水扁2003年10月過境美國出席多個公開場合，宣揚其在外交上的成就，使陳呂與連宋的民調差距從2003年3月最高時的15%左右縮小到3%的統計誤差範圍內，總統府秘書長邱義仁形容這次選舉將會是「割喉戰」。也有人評論，民調拉近的原因主要不是由於民進黨的支持度上昇（泛綠的支持度始終維持在30%到40%之間），而是由於泛藍的支持度不斷下滑，很多選民從原先的支持泛藍改為不表態。此次選戰空前激烈，泛綠與泛藍支持者立場鮮明，泛綠政營在2004年2月28日發動228牽手護台灣，民調支持度來到最高點，但在最後投票之前一周，由通緝潛逃海外的前東帝士集團董事長陳由豪爆出政治獻金與「大老說」，牽扯出立委沈富雄。在投票最後倒數的48小時中，沈富雄召開記者會以「三個可能」和「四個可能」試圖化解危機。在2006年5月29日，沈富雄終於公開承認陳由豪確實曾去見過陳水扁之妻吳淑珍。在距投票時間不到20小時的2004年3月19日下午，戲劇性地發生了319槍擊案，因疑點重重，造成社會普遍不滿。2004年3月20日開票後，由民進黨的「水蓮配」以近三萬票的0.228%的些微差距超過「連宋配」而連任成功。由於槍擊事件的爭議，激發連宋支持者的質疑和不滿，造成社會動盪並持續上月。2004年底的立法委員選舉中，陳水扁挾著2004年總統大選期間過半的選票實力及對泛藍抗爭的不滿民意，欲一舉奪得國會過半數，讓民進黨與台聯在不少選區高額提名。陳水扁在選戰過程中並一連拋出制定「台灣新憲法」、「軍購案」、「國營事業、外館正名」等議題。最後雖然在立法院席次由87席變為89席，增加兩席，卻使台聯席次減少一席而未達成目標。陳水扁承認敗選而請辭民進黨主席職務，由立法院總召柯建銘暫時代理，2005年1月27日由辭去原任總統府秘書長官職的蘇貞昌順利當選出任。在2004年，民進黨支持修憲改變立委選舉制度，沈富雄、林濁水皆撰文批判。他們所持的理據為立委減半以後，至少有十數席勢將由國民黨奪得，例如花東和離島等國民黨佔優勢的選區，民進黨未選就將輸掉十數席，在起跑點上便已落後。加上國民黨強大的派系動員能力，在不少的小選區中會較民進黨有優勢。
立委敗選後，總統府與民進黨中央開始考慮政治和解的可能性，2005年2月高雄市市長謝長廷，被陳水扁總統特任為行政院院長，並提出“和解共生”的訴求。2005年2月24日，陳水扁總統與親民黨主席宋楚瑜的「扁宋會」，於台北賓館登場，經過近兩小時會談後，就「兩岸和平、國防安全、族群和諧」確立十點共識並發表聯合聲明，強調將以「中華民國為最大公約數」。2005年5月14日，首次舉行也是末代的「任務型國代選舉」，投票率低落，但民進黨得票率創新高，成為短暫過半的「任務型國大」第一大黨，並與中國國民黨在陽明山中山樓聯手主導憲法條文修正。2005年7月，爆發高雄捷運泰勞暴動事件，導致勞委會主委陳菊、高雄市代理市長陳其邁自動請辭下台，之後陸續意外牽扯出高雄捷運外勞弊案，涉及總統府副秘書長陳哲男涉嫌官商勾結弊端。在陳哲男的官商關係進一步被揭發後，民進黨要求開除陳哲男的聲浪愈來愈大，儘管陳哲男宣布退黨，但民進黨仍然開除他的黨籍。2005年年底的三合一選舉，民進黨在全台執政版圖萎縮至南部六縣市，長年執政的台北縣、宜蘭縣也失守，國民黨為首的泛藍陣營在17個縣市獲勝，蘇貞昌辭去民進黨黨主席。2005年12月7日，民進黨中常會未遵循由立法院總召暫代黨主席的慣例，改推舉副總統呂秀蓮代理黨主席，但呂秀蓮以「任代主席只是在替總統看守黨中央」來揶揄總統陳水扁，引起陳水扁不滿，指呂秀蓮「吃人夠夠」（台灣俚語；即得寸進尺），2005年12月12日，她宣布請辭民進黨代理主席，但12月14日又接受黨的挽留，答應留任至2006年1月的黨主席選舉。
2006年1月15日，游錫堃當選黨主席並於1月26日就職，1月24日前主席林義雄退出民進黨。由於高雄市接連發生弊案及選舉失敗陰霾下，訴求“和解共生”的謝長廷以“堅持理念，分擔責任”請辭行政院長，1月25日由蘇貞昌接任行政院長。2006年年中後，總統陳水扁週遭人士陸續傳出多起弊案，主要有總統女婿趙建銘涉及台開案、總統夫人吳淑珍被控收受Sogo百貨公司禮券並介入該公司經營權之爭、炒作股票、總統府的國務機要費案等，讓陳水扁的聲望不斷下跌。2006年5月31日，陳水扁宣示「三個決定」（自清、革新、權力下放）與「一個決心」（說到做到、堅持到底），交出黨政權力，尊重行政院職權。但在當時，司法機構尚未確認陳水扁直接牽涉任何一件弊案，因此陳水扁在阿扁總統電子報上表示尊重司法、支持司法、相信司法。2006年6月，國民黨立委丁守中與親民黨立委呂學樟等人，以「財政崩盤」、「毀憲亂法」為由，分別提出「對陳水扁總統提出罷免案」，並獲得中國國民黨與親民黨全部黨籍立法委員連署，超過提案門檻，交付立法院表決。於6月27日表決時，民進黨動員黨籍立委不進場投票，台聯則動員集體投廢票，因此雖然中國國民黨、親民黨及無黨籍立委皆投贊成票，但仍未超過三分之二立法委員同意之法定門檻，該總統罷免案不成立，因此依法無法再舉行罷免總統之公民投票。已退出民進黨的前主席施明德在8月7日，寫了一封《給總統陳水扁的信函》，並於8月10日起發動「百萬人民倒扁運動」、要求陳水扁總統能主動辭職下臺。在「百萬人民倒扁運動」愈來愈激烈的時候，民進黨主席游錫堃大力支持陳水扁，推動公投「討國民黨不當黨產」以期達到圍魏救趙的效果。在此時，民進黨的形象逐漸轉向深綠，游錫堃亦成為深綠的代表。此時，關於2007年12月（後來延後至2008年1月）的下屆立法委員選舉，民進黨黨內初選方法的爭論浮上檯面。以蔡同榮為首的中常委以2004年沈富雄的落選顯示，泛綠形象再好、也只能獲得少數泛藍票，於是他們提出排藍民調的方案，獲得民進黨多數成員認同及支持。但是對於要排除多少泛藍民意有所爭執；部分深綠人士支持高度排藍、陳水扁及新潮流則傾向低度排藍。經過黨內的爭論以後，決定在總統選舉採用低度排藍（有利形象中性的謝長廷及蘇貞昌），在立委選舉中採用高度排藍。
2007年2月，隨著國民黨主席馬英九因特別費案被起訴，第十二屆總統候選人黨內初選提早開始，副總統呂秀蓮、行政院長蘇貞昌、黨主席游錫堃與前行政院長謝長廷分別投入黨內初選。5月6日，民進黨舉行黨員投票，謝長廷得票第一，當日蘇貞昌和游錫堃宣佈退出初選，呂秀蓮翌日也退出，最後由謝長廷出線。5月12日，行政院長蘇貞昌表示辭去行政院長職務。5月14日，陳水扁總統宣布張俊雄再次回任行政院長一職。8月15日，謝長廷宣布與蘇貞昌達成正副手共識，角逐2008年中華民國總統大選。在民進黨黨內不分區立委排名初選，被黨內視為十一寇的淺綠參選者全軍覆沒，排在安全名單之外。在此時，一些民進黨較具優勢的選區已有人被提名，在較艱難的選區則改採徵召策略。十一寇中的段宜康、羅文嘉等被徵召到台北市參選。2007年9月26日游錫堃辭去黨主席，因其所推出原經陳總統同意的「正常國家決議文」內容中的「國號正名為台灣」與「宣告台灣為主權獨立的國家」等文字於當日中午，被陳總統以所召集的呂秀蓮、謝長廷、蘇貞昌、葉菊蘭、張俊雄、柯建銘等八人反對而刪除，遂辭去黨主席一職。由總統陳水扁再次接任黨主席，帶領民進黨參與立委選戰。修改過的「正常國家決議文」於9月30日全國代表大會通過。
在2008年中華民國立法委員選舉中，民進黨遭遇創黨以來的最嚴重挫敗，113席立法院席次只取得27席，造成「朝極大野極小」的情況。泛藍則取得超過四分之三席次，於25個縣市、直轄市當中，取得15個縣市、直轄市的所有席次。由於立委選舉慘敗，陳水扁辭去黨主席一職，由總統候選人謝長廷任代主席。3月22日的2008年中華民國總統選舉，長昌配以二百二十一萬票的差距落敗，民進黨於5月20日後下野。謝長廷於中常會請辭黨主席，但黨部慰留謝長廷，謝最後留任至五月黨主席改選為止。4月18日，黨主席改選登記結束，由蔡同榮、辜寬敏及蔡英文競選。4月24日，民主進步黨黨部正式廢除排藍民調。5月13日，蔡同榮宣佈退出黨主席改選，並宣佈支持辜寬敏。5月18日，蔡英文於民進黨主席選舉中一共獲得73865票，擊敗了對手辜寬敏（48882票），以及宣佈退選的蔡同榮（6530票），成為民進黨第12屆黨主席，並且是民進黨史上第一位黨員直選選出的女性黨主席。