Indonesia chiếm đóng Đông Timor
Bối cảnh > Fretilin, UDT, và APODETI

Khi các đảng chính trị Đông Timor lần đầu tiên được hợp pháp hóa vào tháng 4 năm 1974, ba nhóm nổi lên như những người đóng vai trò quan trọng trong bối cảnh hậu thuộc địa. União Democrática Timorense (Liên minh Dân chủ Timorese, hay UDT), được thành lập vào tháng 5 bởi một nhóm các chủ đất giàu có. Ban đầu được thành lập để duy trì Đông Timor như một quốc gia bảo hộ thuộc Bồ Đào Nha, vào tháng 9, UDT tuyên bố ủng hộ nền độc lập. Một tuần sau, Frente Revolucionária de Timor-Leste Independente (Mặt trận Cách mạng vì một Đông Timor Độc lập, hay Fretilin) được thành lập. Ban đầu được tổ chức dưới tổ chức ASDT (Associacão Social Democrata Timorense, Hội Dân chủ Xã hội Timorese), nhóm tán thành "các học thuyết phổ biến của chủ nghĩa xã hội", cũng như "quyền độc lập". Tuy nhiên, khi tiến trình chính trị ngày càng căng thẳng, nhóm này đã đổi tên và tuyên bố là "đại diện hợp pháp duy nhất của nhân dân". Cuối tháng 5 chứng kiến ​​sự thành lập của đảng phái thứ ba, Associacão Popular Democa Timorense (Hội Dân chủ Nhân dân Timorese, hay APODETI). Ủng hộ sự hội nhập của Đông Timor với Indonesia và ban đầu có tên là Associacão Integraciacao de Timor Indonesia (Hội hợp nhất Timor vào Indonesia), APODETI bày tỏ lo ngại rằng một Đông Timor độc lập sau đó sẽ yếu kém về kinh tế và dễ bị tấn công.
Những người theo chủ nghĩa dân tộc và cứng rắn trong quân đội Indonesia, đặc biệt là lãnh đạo cơ quan tình báo Kopkamtib và đơn vị hoạt động đặc biệt, Kopassus, coi cuộc đảo chính của Bồ Đào Nha là cơ hội để Đông Timor sát nhập với Indonesia. Chính phủ trung ương và quân đội lo ngại rằng một Đông Timor do phe cánh tả cai trị có thể được sử dụng làm căn cứ cho các cuộc xâm lược bởi các cường quốc thù địch vào Indonesia, và một Đông Timor độc lập trong quần đảo có thể truyền cảm hứng cho những kẻ chủ trương ly khai trong các tỉnh của Indonesia. Nỗi sợ hãi về sự tan rã quốc gia đã xuất hiện khi các nhà lãnh đạo quân sự thân cận với Suharto và vẫn là một trong những biện minh mạnh mẽ nhất của Indonesia cho việc từ chối hoan nghênh viễn cảnh Đông Timor độc lập hoặc thậm chí tự trị cho đến cuối những năm 1990. Các tổ chức tình báo quân sự ban đầu tìm kiếm một chiến lược thôn tính phi quân sự, dự định sử dụng APODETI làm phương tiện tích hợp của nó.
Vào tháng 1 năm 1975, UDT và Fretilin thành lập một liên minh dự kiến ​​nhằm giành độc lập cho Đông Timor. Đồng thời, chính phủ Úc báo cáo rằng quân đội Indonesia đã tiến hành một cuộc tập trận "trước cuộc xâm lược" tại Lampung. Trong nhiều tháng, Bộ chỉ huy Hoạt động Đặc biệt của Indonesia, Kopassus, đã bí mật hỗ trợ APODETI thông qua Operasi Komodo (Chiến dịch Komodo, được đặt theo tên của loài thằn lằn). Bằng cách phát đi các cáo buộc về chủ nghĩa cộng sản giữa các nhà lãnh đạo Fretilin và gieo rắc mối bất hòa trong liên minh UDT, chính phủ Indonesia đã thúc đẩy sự bất ổn ở Đông Timor và, theo các nhà quan sát, tạo cớ để xâm lược. Đến tháng 5, căng thẳng giữa hai nhóm khiến UDT rút khỏi liên minh.
Trong nỗ lực đàm phán giải quyết tranh chấp về tương lai của Đông Timor, Ủy ban Phi thực dân hóa Bồ Đào Nha đã triệu tập một hội nghị vào tháng 6 năm 1975 tại Ma Cao. Fretilin tẩy chay cuộc họp để phản đối sự hiện diện của APODETI; đại diện của UDT và APODETI phàn nàn rằng đây là nỗ lực cản trở quá trình phi thực dân hóa. Trong cuốn hồi ký Funu: Saga chưa hoàn thành của Đông Timor năm 1987, nhà lãnh đạo Fretilin José Ramos-Horta nhớ lại "những cuộc phản đối kịch liệt" của ông đối với việc đảng của ông từ chối tham dự cuộc họp. "Điều này", ông viết, "là một trong những sai lầm chính trị chiến thuật của chúng tôi mà tôi không bao giờ có thể tìm ra lời giải thích thông minh."