Thực vật hoa ẩn có mạch
Phân loại học > Phát sinh học

Trong số các Pteridophyte, dương xỉ chiếm gần 90% sự đa dạng hiện thời. Smith et al. (2006), phân loại về Pteridophytes bậc cao đầu tiên được công bố trong kỷ nguyên phát sinh chủng loại phân tử, coi dương xỉ là monilophytes, như sau:
Ngành Tracheophyta (tracheophytes) - thực vật có mạch
Phân ngành Euphyllophytina (euphyllophytes) – Thực vật có lá thật sự
Phân ngành Lycopodiophyta (lycophytes) – ít hơn 1% thực vật có mạch hiện thời – Ngành Thạch tùng
Thứ ngành Moniliformopses (monilophytes)
Thứ ngành Spermatophyta – thực vật có hạt, ~ 260.000 loài
trong đó thứ ngành monilophytes chứa khoảng 9.000 loài, bao gồm họ Dương xỉ đuôi ngựa (Equisetaceae), chi Quyết lá thông (Psilotaceae), và tất cả các loài dương xỉ eusporangiate và leptosporangiate. Trong lịch sử, cả ngành Thạch tùng và monilophytes đều được nhóm lại thành pteridophytes (dương xỉ và đồng minh dương xỉ) trên cơ sở chúng mang bào tử ("không hạt"). Trong nghiên cứu phát sinh chủng loại phân tử của Smith, dương xỉ được đặc trưng bởi nguồn gốc gốc rễ bên trong nội bì, thường là mô gỗ sơ cấp tỏa tâm trong chồi, giả nội bì, hợp bào và tế bào tinh trùng với 30-1000 lông roi. Thuật ngữ "moniliform" như trong Moniliformopses và monilophytes có nghĩa là "hình hạt" được giới thiệu bởi Kenrick và Crane (1997)  như là một thay thế khoa học cho "dương xỉ" (bao gồm Equisetaceae) được thành lập bởi Pryer et al. (2004). Christenhusz và Chase (2014) trong quá trình xem xét các sơ đồ phân loại đã đưa ra phê bình về cách sử dụng này, và họ không khuyến khích là không hợp lý. Trên thực tế, tên thay thế Filicopsida đã được sử dụng. So sánh "lycopod" hoặc lycophyte (thạch tùng) có nghĩa là cây sói. Thuật ngữ "đồng minh dương xỉ" bao gồm Pteridophyta thường dùng để chỉ các thực vật mang bào tử có mạch không phải là dương xỉ, bao gồm "lycopods" hoặc lycophyte , dương xỉ đuôi ngựa, quyết lá thông và dương xỉ nước (Marsileaceae, Salviniaceae, Ceratopteris). Đây không phải là một nhóm tự nhiên mà là một thuật ngữ thuận tiện để nói về loài không phải là dương xỉ, và cũng không được khuyến khích, cũng như loài dương xỉ eusporangiate cho dương xỉ không phải leptosporangiate.
Tuy nhiên, cả Thứ cấp và Moniliformopses cũng là những tên không hợp lệ theo Mã danh pháp quốc tế. Mặc dù dương xỉ có nhánh đơn ngành, nhưng chỉ về mặt hình thức được coi là bốn lớp(Psilotopsida; Equisetopsida; Marattiopsida; Polypodiopsida), 11 bộ và 37 họ, mà không ấn định bậc phân loại cao hơn.
Hơn nữa, trong Polypodiopsida, nhóm lớn nhất, một số nhánh không chính thức đã được công nhận, bao gồm leptosporangiates, core leptosporangiates, polypods (Polypodiales) và eupolypods (bao gồm cả Eupolypods I và Eupolypods II).
Vào năm 2014 Christenhusz và Chase, tổng kết những kiến ​​thức đã biết vào thời điểm đó, đã coi nhóm này là hai nhóm taxi không liên quan riêng biệt trong phân loại được đồng thuận;
Lycopodiophyta (lycepads) 1 phân lớp, 3 bộ, mỗi bộ có một họ, 5 chi, xấp xỉ. 1.300 loài
Polypodiophyta (dương xỉ) 4 phân lớp, 11 bộ, 21 họ, khoảng. 212 chi, xấp xỉ 10,535 loài
Phân lớp Equisetidae Warm.
Phân lớp Ophioglossidae Klinge
Phân lớp Marattiidae Klinge
Phân lớp Polypodiidae Cronquist, Takht. & Zimmerm.
Các phân lớp này tương ứng với bốn lớp của Smith, Ophioglossidae tương ứng với Psilotopsida.
Hai nhóm chính trước đây được bao gồm trong Pteridophyta có liên quan về mặt phát sinh loài như sau: