Tuyển hầu xứ Sachsen
Chiến tranh Schmalkaldic

Trong khi đó, tại vùng đất của dòng Albertine, con trai của Công tước Albrecht và Thân vương George (1500–39), người sáng lập Liên đoàn Công giáo Dessau, là một người phản đối mạnh mẽ học thuyết Lutheran và đã nhiều lần tìm cách gây ảnh hưởng đến anh em họ thuộc dòng Ernestine của mình để ủng hộ Giáo hội Công giáo. Tuy nhiên, em trai và người kế vị của George là Công tước Henry IV của Sachsen (1539–41), cuối cùng đã theo Tin Lành vì ảnh hưởng từ vợ của mình là Catherine xứ Mecklenburg, và do đó giáo phận Công giáo Meissen bị bãi bỏ. Con trai và người kế vị của Henry, Công tước Moritz, là một trong những nhân vật gây tranh cãi nhất trong thời kỳ Cải cách. Mặc dù là một người theo đạo Tin Lành nhiệt thành, nhưng tham vọng và mong muốn gia tăng sự giàu có của mình đã khiến ông ấy đứng về phe Hoàng đế chống lại Liên minh Schmalkaldic, được thành lập bởi người anh em họ dòng Ernestine.
Sau khi Chiến tranh Schmalkaldic bùng nổ, Tuyển đế hầu Johann Friedrich bị đặt dưới lệnh cấm của Hoàng gia, cuối cùng bị Hoàng đế Karl V đánh bại và bắt giữ trong trận Mühlberg vào ngày 24 tháng 4 năm 1547. Việc chiếm đóng Wittenberg ngày 19 tháng 5 buộc ông phải nhượng lại Sachsen-Wittenberg với đặc quyền Tuyển đế hầu cho người anh em họ dòng Albertine của mình là Công tước Moritz, người đã đổi phe khi vận may đảo ngược. Sau khi nhánh Ernestine của Nhà Wettin chỉ giữ lại tài sản của mình ở Thuringia, do sự phân chia nhiều lần giữa những người thừa kế từ năm 1572 trở đi, lãnh thổ của nó nhanh chóng bị cắt thành các công quốc Ernestine nhỏ như Sachsen-Weimar, Sachsen-Coburg-Eisenach. Những nhà nước vẫn còn tồn tại vào thời điểm diễn ra Cách mạng Đức năm 1918 sau Thế chiến thứ nhất là Đại công quốc Sachsen-Weimar-Eisenach và các Công quốc Sachsen-Coburg và Gotha, Sachsen-Meiningen và Sachsen-Altenburg.
Sau cuộc chiếm đóng Wittenberg, Tuyển hầu quốc Sachsen bao gồm Sachsen-Wittenberg và Meissen trước đây hiện đã thống nhất và vẫn nằm dưới quyền cai trị của dòng Albertine thuộc Nhà Wettin. Tuyển đế hầu Moritz một lần nữa trở nên ghẻ lạnh với Hoàng đế Karl V của Thánh chế La Mã, một phần vì hoàng đế không trao cho ông những phần tài sản còn lại của dòng Ernestine, nhưng lý do lớn nhất khiến ông quay đầu là vì ông muốn nhìn thấy một nhà cai trị theo Tin Lành sẽ giữ ngôi hoàng đế của Thánh chế La Mã trong tương lai. Sau khi Hoàng đế ban hành Tuyên bố Augsburg, Tuyển đế hầu Moritz xứ Sachsen đã kết thúc liên minh với Vua Henry II của Pháp và thông qua Hiệp ước Chambord 1552, nhượng 3 Giáo phận, gồm có Metz, Toul và Verdun ở Lorraine cho Vương quốc Pháp. Moritz bí mật tham gia vào tất cả các âm mưu riêng chống lại Hoàng đế. Trong cùng năm, Hoàng đế Karl V bị ép phải ký vào Hòa ước Passau, buộc ông phải trao quyền tự do tôn giáo cho các nhà nước theo đạo Tin Lành.
Moritz, Tuyển hầu xứ Sachsen qua đời năm 1553 ở tuổi 32. Em trai và người kế vị của ông, Tuyển hầu tước August, đã chiếm giữ các giáo phận Công giáo Merseburg và Naumburg-Zeitz cho riêng mình. Giám mục cuối cùng của Merseburg là Michael Helding được gọi là Sidonius, qua đời tại Vienna vào năm 1561. Hoàng đế yêu cầu bầu một giám mục mới, nhưng August buộc phải bầu con trai Alexander, lúc đó tám tuổi, làm quản trị viên. Sau khi Alexander qua đời vào năm 1565, ông đã tự mình quản lý giáo phận. Tương tự, sau cái chết năm 1564 của Julius von Pflug, Giám mục Công giáo cuối cùng của Naumburg, Tuyển hầu tước đã tịch thu tòa giám mục và cấm cư dân ở nơi đây không theo đạo Công giáo. Những giáo sĩ nhà thờ vẫn theo đạo Công giáo chỉ được phép hành đạo trong mười năm nữa. Năm 1581, John IX xứ Haugwitz, Giám mục cuối cùng của Meissen, từ chức. Năm 1587, ông trở thành một tín đồ Tin Lành.
Trong thời trị vì của Tuyển hầu tước August (1553–86) và Christian (1586–91), một phong trào mang tên Crypto-Calvinism đã giành được sức ảnh hưởng mạnh. Khi Christian II (1591–1611) còn quá trẻ để cai trị, mẹ của ông, Sophie xứ Brandenburg trở thành nhiếp chính vào năm 1591 và là người phụ nữ duy nhất giữ vai trò "Tuyển đế hầu". Bà đã kịch liệt phản đối phong trào "mới". Ngay khi đứa con trai nhỏ của bà lên nắm quyền vào năm 1601, Thủ hiến Sachsen là Nikolaus Krell, người đã truyền bá học thuyết Tin Lành khác, đã bị lật đổ và bị chặt đầu vào năm 1601. Sự tuân thủ nghiêm ngặt hơn đối với thuyết Lutheranism đã được giới thiệu lại và cùng với nó là một lời thề tôn giáo.