Mary I của Scotland
Trốn thoát và bị cầm tù ở Anh > Âm mưu

Ngày 26 tháng 1 năm 1569, Mary bị dời đến Lâu đài Tutbury và bị đặt dưới sự giám sát của Bá tước Shrewsbury và người vợ đáng sợ của ông ta là Bess xứ Hardwick. Elizabeth coi tư cách kế vị ngai vàng Mary là một mối đe dọa nghiêm trọng và giới hạn bà trong sự giám sát của Shrewsbury, những nơi bà bị giam bao gồm Tutbury, Lâu đài Sheffield, Wingfield Manor và Chatsworth House, tất cả đều nằm sâu trong nội địa nước Anh, giữa Scotland và London, cách xa bờ biển. Mary được phép có người phục vụ, và không bao giờ ít hơn 16 người, và cần 30 cái xe chở đồ đạc của bà từ nơi ở này sang nơi ở khác. Phòng ngủ của bà được trang trí bằng những tấm thảm xinh xắn, đó là vải của nhà nước mà bà thêm lên đó câu tiếng Pháp En ma fin est mon commencement ("Kết thúc của tôi nằm trên khởi đầu của tôi"). Tấm lót giương của bà được thay đổi hàng ngày, và đầu bếp riêng của bà chuẩn bị bữa ăn gồm sự lựa chọn 32 món ăn đặt trên một tấm đĩa bạc. Bà thỉnh thoảng được phép đi ra ngoài nhưng bị giám sát nghiêm ngặt, bà dành 7 mùa hạ ở thị trấn có bãi tắm nước khoảng thuộc Buxton, và dành nhiều thời gian cho việc thêu thùa. Sức khỏe của bà ngày càng suy yếu, có lẽ bà đã mắc chứng porphyria hoặc thiếu tập thể dục, và đến những năm 1580, bà mắc bệnh thấp khớp ở chân, và bị què.
Tháng 5 năm 1569, Elizabeth cố gắng hòa giải bằng cách cho Mary phục vị nhưng phải đảm bảo sự tồn tại thế lực Kháng Cách ở Scotland, nhưng một quy ước diễn ra ở Perth từ chối thỏa thuận. Norfolk tiếp tục âm mưu kết hôn với Mary, và Elizabeth giam ông ta vào Tháp London trong thời gian từ tháng 10, 1567 đến tháng 8, 1570. Đầu năm sau, Moray bị ám sát. Cái chết của Moray trùng thời điểm với cuộc nổi dậy ở miền bắc nước Anh, lãnh đạo bởi các Bá tước theo Công giáo, càng khiến Elizabeth tin rằng Mary là một mối đe dọa. Quân đội Anh đã can thiệp vào cuộc nội chiến ở Scotland, hỗ trợ cho lực lượng phản đối Mary. Những bộ trưởng chính như Sir Francis Walsingham và William Cecil, Lãnh chúa Burghley, theo dõi Mary rất cẩn thận và bố trí tai mặt bên cạnh người nhà của bà.
Năm 1571, Cecil và Walsingham khám phá ra Âm mưu Ridolfi, một kế hoạch lật đổ Elizabeth và đưa Mary lên thay, được sự trợ giúp của người Tây Ban Nha và Công tước Norfolk. Norfolk bị hành quyết, và Nghị viện Anh thông qua dự luật loại bỏ Mary khỏi danh sách kế vị, điều mà Elizabeth từ chối chuẩn y. Để làm mất thể diện của Mary, những bức thư trong quan tài được phát tán khắp London. Những âm mưu tôn phù Mary cứ tiếp tục. Giáo hoàng Gregory XIII thừa nhận một kế hoạch vào cuối những năm 1570 nhằm tác hợp bà với Thống đốc của Vùng đất thấp và là anh trai khác mẹ với Felipe II của Tây Ban Nha, Don John của Áo, người được cho là đang chuẩn bị cho một cuộc tấn công vào Anh quốc, xuất phát từ Hà Lan thuộc Tây Ban Nha. Sau Âm mưu Throckmorton năm 1583, Walsingham công bố Cam kết hợp tác và Đạo luật về sự an toàn của Nữ vương, theo đó ủng hộ việc giết chết những ai dám chống lại Elizabeth và âm mưu ngăn cản người kế vị giả định nếu bà bị ám sát. Tháng 2 năm 1585, William Parry bị kết án là âm mưu ám sát, điều này Mary không hề hay biết, mặc dù thuộc hạ của bà Thomas Morgan cũng liên can đến vụ này. Vào tháng 4, Mary bị đặt dưới sự giám sát của Sir Amias Paulet, vào Giáng Sinh bà bị chuyển đến nơi giam cầm mới tại Chartley.