Doãn Khuê
Thân thế và sự nghiệp > Làm Đốc học kiêm Thương biện hải phòng và Doanh điền sứ

Năm 1863, vua Tự Đức bổ nhiệm ông làm Chánh sứ Hải phòng sứ (tức là Tư lệnh Biên phòng vùng duyên hải Bắc bộ) kiêm Đốc học Định An (tỉnh Nam Định và Hưng Yên) thay Phạm Văn Nghị. Nhưng giữa năm 1864, các học trò yêu nước ở Nam Định, không đồng ý với việc ký hòa ước 1862 với Pháp của triều đình , đã tiến hành phá trường thi, xóa niêm yết, kéo vào biểu tình đòi bãi bỏ hòa ước bán nước này. Đại Nam thực lục ghi lại sự kiện này như sau: "Các sĩ tử thi Hương ở 2 trường thi Hà Nội và Nam Định làm huyên náo cả trường, đại để cho việc nghị hòa là không phải, hoặc làm huyên náo, hoặc làm ngăn trở, hoặc dán niêm yết, không chịu vào trường, hoặc xin hoãn kỳ thi. Khi ấy quan trường hiểu bảo rồi sĩ tử trường Nam xin đúng kỳ thi; còn trường thi Hà Nội hoãn đến hôm sau mới vào thi.".
Ở Nam Định, Doãn Khuê khen ngợi lòng yêu nước của học trò và khuyến khích đấu tranh phản đối hòa ước, nhưng ông không đồng tình với cách thức hành động của học trò. Ông phê phán việc phá trường thi, buộc phải bắt giữ thủ phạm, nhưng cũng khuyên răn rằng: việc đấu tranh nên có trật tự và có tấu sớ với lý lẽ thuyết phục, có chữ ký liên doanh của tất cả các phủ, huyện. Vua Tự Đức cùng đa số các đại thần trong triều, chủ trương hòa hoãn với Pháp vì lo rằng nước Nam không đủ thực lực để chống lại được người Pháp. Do đó, triều đình Tự Đức cho là ông dung túng cho học trò tỉnh nhà chống lại chủ trương của triều đình, đã bãi chức Hải phòng sứ của ông và giáng ông xuống bốn cấp. Viết về sự kiện này nhà nghiên cứu Trần Xuân An trong cuốn Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường có viết: "... phong trào sĩ tử ở trường thi hương Thừa Thiên, đồng loạt chống nghị "hoà" với Pháp, bằng cách dán bích chương phản đối, làm sôi động khắp nơi trong nước. Phong trào này còn truyền lửa đến tháng mười trong sĩ tử hai trường thi Hà Nội, Nam Định. Các quan tỉnh đạo Nam Định, Hà Nội như Doãn Khuê, Cát Văn Tụy, cũng bị cách, giáng, lưu nhiệm!" . Còn Đại Nam thực lục cũng viết: "Vua cho là sĩ tử ở ba trường thi thuộc Thừa Thiên, Hà Nội, Nam Định bàn luận xằng bậy (cửa và tường trường Thừa Thiên cũng có lời niêm yết bậy) làm huyên náo, chuẩn cho từ Tế tửu, Tư nghiệp đến Đốc học, Giáo huấn ở các tỉnh: Quảng Trị, Quảng Bình, Quảng Ngãi, Bình Định, Hà Nội, Bắc Ninh, Sơn Tây và Hưng Yên đều cách chức được lưu lại; tỉnh đạo thần giáng 1 cấp lưu chức. Đốc học Nam Định là Doãn Khuê, Đốc học Hải Dương là Cát Văn Tụy, bắt được kẻ can phạm và hiểu dụ các sĩ tử lại được yên tĩnh, được giáng 4 cấp lưu lại..." . Tuy bị giáng chức nhưng ông vẫn bình thản tổ chức tốt kỳ thi nho học năm đó và hoàn thành nhiệm vụ của một viên quan Đốc học. Cho đến tháng 11 âm lịch năm 1866, ông vào kinh yết kiến vua và cáo bệnh từ quan. Để thay mình làm quan Đốc học, ông tiến cử học trò của mình là Nguyễn Quang Bích, Nguyễn Huy Quỳnh, lúc này mới đỗ Cử nhân. Thấy vậy, vua Tự Đức khen ông kiêm nhường nhưng không cho nghỉ, mà yêu cầu ông tiếp tục làm Đốc học tỉnh Nam Định và bắt tiến cử thêm người tài. Cùng năm 1866, tháng 3 âm lịch, xét thấy ông có nhiều công lao trong công việc phòng vệ bờ biển Nam Định và làm Đốc học Sơn Tây lập nhiều chiến công tiễu phỉ, Tự Đức thăng ông hàm Quang lộc tự khanh và tặng thẻ bài "Hiếu nghĩa" . 
Đầu năm 1867, ông cùng Phạm Văn Nghị tiến cử thêm Nguyễn Mậu Kiến, người đồng hương, nổi tiếng tinh thông binh pháp và tài trí. Vua điều Ngô Quang Bích lên Tây bắc làm Chánh sứ Sơn phòng Hưng Hóa (Phú Thọ ngày nay). Còn Nguyễn Mậu Kiến làm Bang biện quân thứ Nam Định, Hải Dương, rồi sau làm Án sát Lạng Sơn. Tác giả Trần Việt Phương, Sở Văn hóa Thái Bình viết: "... Đến năm Đinh Mão (1867) lại có chiếu chỉ của nhà vua cho các quan trong tỉnh xem có người nào học thức rộng, có tài tổ chức thì tiến cử vào triều. Các vị danh thần trong tỉnh bấy giờ là hoàng giáp Phạm Văn Nghị, tiến sĩ Doãn Khuê, hai ông cùng làm sớ tâu về kinh: "Nguyễn Mậu Kiến là người có học thức rộng, am hiểu binh pháp" (học thức tri binh). Tự Đức liền giao cho bộ Lại, bộ Binh và Nội các, ba cơ quan hội đồng sát hạch Mậu Kiến. Quyển dâng lên vua, Tự Đức duyệt và phê khen bốn chữ: "Học thuật khả quảng" (học thuật khá sâu rộng) và cho Mậu Kiến hàm Lại bộ lang trung, xung chức Bang biện hai tỉnh Nam Định, Hải Dương. ..." .
Tháng 10 năm 1867, Tổng đốc Hà Ninh (Hà Nội, Ninh Bình) là Đào Trí được đổi kiêm Thống đốc Hải phòng sứ ven biển các tỉnh Nam Định, Hải Dương, Ninh Bình (Chánh sứ Hải phòng sứ), đã tâu với vua xin cho Doãn Khuê, Đỗ Phát về làm Thương biện Hải phòng tỉnh Nam Định (tức là Đô đốc hải quân), giúp việc cho mình . Năm 1868 Doãn Khuê được thăng hàm Trung nghị đại phu - Quang lộc tự khanh (tòng tam phẩm).