Xung đột Afghanistan (1978–nay)
Nhà nước Hồi giáo và sự can thiệp của nước ngoài > Taliban nổi lên nắm quyền

Miền Nam Afghanistan không nằm dưới sự kiểm soát của các lực lượng dân quân do nước ngoài hậu thuẫn hay chính phủ ở Kabul, mà được cai trị bởi các nhà lãnh đạo địa phương như Gul Agha Sherzai và dân quân của họ. Năm 1994, Taliban (một phong trào bắt nguồn từ các trường tôn giáo Jamiat Ulema-e-Islam dành cho người tị nạn Afghanistan ở Pakistan) cũng phát triển ở Afghanistan như một lực lượng chính trị-tôn giáo, được cho là đối lập với sự chuyên chế của thống đốc địa phương. Mullah Omar bắt đầu phong trào này với ít hơn 50 sinh viên madrassah có vũ trang ở quê hương Kandahar của mình. Khi Taliban nắm quyền kiểm soát thành phố vào năm 1994, họ đã buộc hàng chục thủ lĩnh Pashtun địa phương đầu hàng, những người đang làm chủ một tình huống hoàn toàn vô pháp và tàn bạo. Năm 1994, Taliban lên nắm quyền ở một số tỉnh ở miền nam và miền trung Afghanistan.
Vào cuối năm 1994, hầu hết các phe phái dân quân (Hezb-i Islami, Junbish-i Milli và Hezb-i Wahdat) đã chiến đấu trong cuộc chiến giành quyền kiểm soát Kabul đã bị đánh bại về mặt quân sự bởi lực lượng của Bộ trưởng Quốc phòng Nhà nước Hồi giáo Ahmad Shah Đại chúng. Việc bắn phá thủ đô đã dừng lại. Massoud đã cố gắng khởi động một quá trình chính trị trên toàn quốc với mục tiêu củng cố quốc gia và bầu cử dân chủ, đồng thời mời Taliban tham gia vào quá trình này. Massoud đã thống nhất các nhân vật chính trị và văn hóa, thống đốc, chỉ huy, giáo sĩ và đại diện để đạt được một thỏa thuận lâu dài. Massoud, giống như hầu hết mọi người ở Afghanistan, coi hội nghị này là một hy vọng nhỏ cho nền dân chủ và cho các cuộc bầu cử tự do. Yêu thích của ông để ứng cử vào chức vụ tổng thống là Tiến sĩ Mohammad Yusuf, thủ tướng dân chủ đầu tiên dưới thời Zahir Shah, cựu vua. Trong cuộc họp đầu tiên, đại diện từ 15 tỉnh khác nhau của Afghanistan đã gặp nhau, trong cuộc họp thứ hai đã có 25 tỉnh tham gia. Massoud không mang vũ khí để nói chuyện với một số thủ lĩnh Taliban ở Maidan Shar, nhưng Taliban từ chối tham gia tiến trình chính trị này. Khi Massoud trở về an toàn, thủ lĩnh Taliban đã tiếp ông làm khách đã phải trả giá bằng mạng sống của mình: ông ta bị giết bởi thủ lĩnh Taliban cấp cao khác vì đã không giết Massoud trong khi có khả năng làm việc này.
Taliban bắt đầu pháo kích vào Kabul vào đầu năm 1995 nhưng đã bị đánh bại bởi lực lượng của chính phủ Nhà nước Hồi giáo dưới thời Ahmad Shah Massoud. Tổ chức Ân xá Quốc tế, đề cập đến cuộc tấn công của Taliban, đã viết trong một báo cáo năm 1995:
This is the first time in several months that Kabul civilians have become the targets of rocket attacks and shelling aimed at residential areas in the city.
Những chiến thắng ban đầu của Taliban vào năm 1994 sau đó là một loạt thất bại dẫn đến tổn thất nặng nề. Pakistan đã hỗ trợ mạnh mẽ cho Taliban. Nhiều nhà phân tích như Amin Saikal mô tả Taliban đang phát triển thành một lực lượng ủy nhiệm cho các lợi ích khu vực của Pakistan mà Taliban đã từ chối.
Vào ngày 26 tháng 9 năm 1996, khi Taliban, với sự hỗ trợ quân sự của Pakistan và sự hỗ trợ tài chính của Ả Rập Xê-út, chuẩn bị cho một cuộc tấn công lớn khác, Massoud đã ra lệnh rút lui hoàn toàn khỏi Kabul. Taliban chiếm Kabul vào ngày 27 tháng 9 năm 1996 và thành lập Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan.