Indonesia chiếm đóng Đông Timor
Xâm lược > Hành động tàn bạo của Indonesia

Từ khi bắt đầu cuộc xâm lược, lực lượng TNI đã tham gia vào cuộc tàn sát hàng loạt thường dân Timor. Khi bắt đầu chiếm đóng, đài phát thanh Fretilin đã gửi một bài phát thanh như sau: "Các lực lượng Indonesia đang giết người bừa bãi. Phụ nữ và trẻ em đang bị bắn trên đường phố. Tất cả chúng ta sẽ bị giết .... Đây là một lời kêu gọi để được quốc tế giúp đỡ. Hãy làm điều gì đó để ngăn chặn cuộc xâm lược này." Một người tị nạn ở Timor sau đó đã kể về "những vụ hãm hiếp [và] giết người vô nhân tính đối với phụ nữ và trẻ em và các chủ cửa hàng người Trung Quốc". Giám mục Dili vào thời điểm đó, Martinho da Costa Lopes, sau đó nói: "Những người lính đổ bộ bắt đầu giết tất cả những gì họ có thể tìm thấy. Có rất nhiều xác chết trên đường phố - tất cả những gì chúng tôi có thể thấy là những người lính đang giết, giết, giết." Trong một lần tình cờ, một nhóm năm mươi đàn ông, phụ nữ và trẻ em - bao gồm cả phóng viên tự do người Úc Roger East - đã xếp hàng trên một vách đá bên ngoài Dili và bị bắn, xác của họ rơi xuống biển. Nhiều cuộc thảm sát như vậy đã diễn ra ở Dili, nơi những người xem được lệnh phải quan sát và đếm to khi từng người bị hành quyết. Người ta ước tính rằng ít nhất 2,000 người Timore đã bị thảm sát chỉ trong hai ngày đầu tiên của cuộc xâm lược ở Dili. Ngoài những người ủng hộ Fretilin, những người di cư Trung Quốc cũng bị xử tử hình; 5,000 người đã bị giết chỉ trong ngày đầu tiên.
Các vụ giết người hàng loạt tiếp tục không suy giảm khi các lực lượng Indonesia tiến vào các vùng núi do Fretilin trấn giữ ở Đông Timor. Một hướng dẫn viên tiếng Timorese cho một sĩ quan Indonesia cấp cao nói với cựu lãnh sự Úc, người Bồ Đào Nha, Timor James Dunn rằng trong những tháng đầu của cuộc giao tranh, quân TNI đã "giết hầu hết người Timor mà họ gặp phải." Vào tháng 2 năm 1976 sau khi chiếm được làng Aileu - ở phía nam Dili - và tiêu diệt lực lượng Fretilin còn lại, quân đội Indonesia đã bắn súng máy vào phần lớn người dân thị trấn, bị cáo buộc bắn chết tất cả mọi người trên ba tuổi. Những đứa trẻ được tha đã được đưa trở lại Dili trên xe tải. Vào thời điểm Aileu rơi vào tay quân Indonesia, dân số khoảng 5,000 người; vào thời điểm các nhân viên cứu trợ Indonesia đến thăm ngôi làng vào tháng 9 năm 1976 chỉ còn lại 1,000 người. Vào tháng 6 năm 1976, quân đội TNI bị đánh bại bởi một cuộc tấn công của người Fretilin đã phải chịu quả báo chính xác đối với một trại tị nạn lớn có 5–6,000 người Timorese tại Lamaknan gần biên giới Tây Timor. Sau khi đốt cháy một số ngôi nhà, binh lính Indonesia đã tàn sát khoảng 2,000 đàn ông, phụ nữ và trẻ em.
Vào tháng 3 năm 1977, cựu lãnh sự Úc James Dunn đã công bố một báo cáo nêu chi tiết các cáo buộc rằng kể từ tháng 12 năm 1975, các lực lượng Indonesia đã giết hại từ 50,000 đến 100,000 thường dân ở Đông Timor. Điều này phù hợp với tuyên bố vào ngày 13 tháng 2 năm 1976 của lãnh đạo UDT Lopez da Cruz rằng 60,000 người Timore đã bị giết trong sáu tháng nội chiến trước đó, cho thấy số người chết ít nhất là 55,000 người trong hai tháng đầu tiên của cuộc xâm chiếm. Một phái đoàn gồm các nhân viên cứu trợ Indonesia đã đồng ý với thống kê này. Một báo cáo cuối năm 1976 của Giáo hội Công giáo cũng ước tính số người chết vào khoảng từ 60,000 đến 100,000. Những con số này cũng đã được chứng thực bởi chính những người trong chính phủ Indonesia. Trong một cuộc phỏng vấn vào ngày 5 tháng 4 năm 1977 với Sydney Morning Herald, Bộ trưởng Ngoại giao Indonesia Adam Malik cho biết số người chết là "50,000 người hoặc có lẽ là 80,000".
Chính phủ Indonesia trình bày việc sáp nhập Đông Timor là vấn đề đoàn kết chống thực dân. Một tập sách năm 1977 của Bộ Ngoại giao Indonesia, có tựa đề Phi thực dân hóa ở Đông Timor, bày tỏ sự tôn vinh đối với "quyền tự quyết thiêng liêng" và công nhận APODETI là đại diện thực sự của Đông Timor. Nó tuyên bố rằng sự phổ biến của Fretilin là kết quả của "chính sách đe dọa, tống tiền và khủng bố". Sau đó, Bộ trưởng Ngoại giao Indonesia Ali Alatas đã nhắc lại quan điểm này trong cuốn hồi ký năm 2006 của ông Viên sỏi trong giày: Cuộc đấu tranh ngoại giao cho Đông Timor. Indonesia cho rằng sự phân chia ban đầu của hòn đảo thành đông và tây, Indonesia cho rằng sau cuộc xâm lược, là "kết quả của sự áp bức thuộc địa" do các thế lực đế quốc Bồ Đào Nha và Hà Lan thực thi. Do đó, theo chính phủ Indonesia, việc sáp nhập tỉnh 27 chỉ là một bước nữa trong quá trình thống nhất quần đảo bắt đầu từ những năm 1940.