James E. McDonald
Nghiên cứu UFO > Tranh luận về Ủy ban Condon

Sau một loạt các vụ chứng kiến UFO hàng loạt được công bố rộng rãi ở miền nam Michigan vào năm 1966, McDonald đã trở thành một trong nhiều nhà khoa học kêu gọi các cơ quan khác nhau trong chính phủ liên bang và cộng đồng khoa học thực hiện một nghiên cứu chính thức về UFO. Áp lực dư luận, kết hợp với áp lực từ một số thành viên của Quốc hội (như Nghị sĩ Gerald Ford lúc bấy giờ), đã khiến chính phủ liên bang phải thành lập Ủy ban Condon vào cuối năm 1966. Có trụ sở tại Đại học Colorado ở Boulder, và được đặt theo tên của Chủ tịch Ủy ban Tiến sĩ Edward Condon, một nhà vật lý nổi tiếng, ủy ban đã được quảng bá là một cuộc điều tra không thiên vị, khách quan và kỹ lưỡng về hiện tượng UFO.
Ban đầu, McDonald chia sẻ sự nhiệt tình chung ban đầu đối với Ủy ban Condon, và đưa ra các thư ủy nhiệm khoa học và sự quan tâm đến UFO mà ông đề nghị phục vụ trong ủy ban. Khi bị từ chối một vị trí trong ủy ban, McDonald vẫn đồng ý hỗ trợ theo những cách khác với công việc của ủy ban. Tuy nhiên, McDonald và các nhà nghiên cứu UFO khác đã sớm vỡ mộng với ủy ban, và đặc biệt là với chủ tịch của nó, Tiến sĩ Condon, và trợ lý chính của ông, Tiến sĩ Robert Low. Những bình luận công khai của Condon đối với các phóng viên nhằm chế giễu các nhân chứng UFO và thái độ nói chung của ông đối với chủ đề này khiến nhiều nhà nghiên cứu UFO nghi ngờ liệu cuộc điều tra có trung lập và không thiên vị như tuyên bố hay không. McDonald đã thiết lập liên minh với những người trong Ủy ban Condon, những người không đồng ý với sự lãnh đạo của Condon và những người muốn thực hiện các nghiên cứu dài hạn về UFO.
McDonald đã đóng một vai trò lớn trong cuộc tranh cãi liên quan đến Ủy ban Condon khi một trong những nhà điều tra của ủy ban - người không đồng ý với thái độ của Condon - đã đưa cho ông một bản sao của cái gọi là "Trick Memo". Bản ghi nhớ, được viết bởi trợ lý trưởng của Condon, Tiến sĩ Robert Low, đã phác thảo làm thế nào Ủy ban có thể đưa ra kết luận được xác định trước rằng tất cả các trường hợp UFO đều có thể giải thích được bằng thuật ngữ trần tục, đồng thời xuất hiện trung lập trong quá trình điều tra thực tế. "Trick Memo" dường như đã xác nhận nỗi sợ hãi tồi tệ nhất của ông về sự thiên vị của Ủy ban Condon liên quan đến hiện tượng UFO. Sau khi McDonald cho công chúng xem bản "Trick Memo" nổi tiếng, Chủ tịch Dự án Edward Condon đã thất bại khi cố gắng gây sức ép hòng sa thải McDonald khỏi chức vụ giảng viên tại Đại học Arizona.
Khi Ủy ban Condon đưa ra báo cáo cuối cùng vào năm 1969, Tiến sĩ Condon đã viết trong lời tựa cho báo cáo rằng, dựa trên các cuộc điều tra của ủy ban, kết luận của ông là không có gì bất thường về các báo cáo về UFO; do đó nghiên cứu khoa học sâu hơn về hiện tượng UFO không có giá trị gì cả và không nên khuyến khích. Kết luận của Condon về UFO thường được hầu hết các nhà khoa học và giới truyền thông "chính thống" chấp nhận. Tuy nhiên, McDonald đã trở thành một trong số ít các nhà khoa học và nhà nghiên cứu viết những bài phê bình và phản bác chi tiết về kết luận của Condon liên quan đến UFO. McDonald đặc biệt lo lắng bởi thực tế là, trong khi Condon ngay từ chính lời nói đầu của ông đã tuyên bố rằng tất cả các báo cáo về UFO có thể được giải thích là trò lừa đảo hoặc lầm lẫn các vật thể hay hiện tượng tự nhiên, bản thân Báo cáo đã liệt kê hơn 30% các trường hợp được điều tra là "không giải thích được".