Trần Thánh Tông
Thái thượng hoàng > Những năm cuối

Tháng 4 âm lịch năm 1289, Thượng hoàng Trần Thánh Tông, Hoàng đế Trần Nhân Tông xét công lao các tướng lĩnh trong chiến tranh Nguyên Mông-Đại Việt. Hưng Đạo vương Quốc Tuấn được thăng lên Đại vương, Hưng Vũ vương Quốc Nghiễn được phong Khai quốc công, Hưng Nhượng vương Quốc Tảng nhận chức Tiết độ sứ; Nguyễn Khoái được phong tước Liệt hầu và được cấp hẳn một hương làm thực ấp. Hai vua cũng phong quan tước cho các tù trưởng người dân tộc có công như Lương Uất và Hà Tất Năng. Sau cuộc phong thưởng này, khi có người tỏ ra chưa thỏa mãn, Thượng hoàng đã khuyên bảo rằng phần thưởng là để khuyến khích thiên hạ. Nếu sau này giặc Mông xâm lược lần nữa thì sẽ phong thưởng tiếp cho những người lập công.
Khi quân Nguyên tháo chạy, bỏ lại một tráp công văn. Quân Đại Việt bắt được và phát hiện nhiều giấy tờ của vương hầu, quan lại tư thông với quân Nguyên. Đình thần muốn mang đối chiếu để trị tội, nhưng Thượng hoàng Thánh Tông làm theo gương Hán Quang Vũ Đế, cho rằng trị tội kẻ tiểu nhân cũng vô ích nên sai người đốt hết đi. Tuy nhiên, những người thật sự đã đầu hàng Nhà Nguyên đều bị nghiêm trị. Quan lại thì bị xử tử, tịch thu tài sản hoặc bắt đi đày, còn quân dân thì được tha chết nhưng phải chịu các loại hình phạt khổ sai như "chở gỗ đá, xây cung điện để chuộc tội", hoặc phải làm lính hầu, nô tỳ cho vương hầu và tể tướng. Hai vua cũng bắt các vương hầu, tôn thất đã theo quân Nguyên phải bỏ họ Trần, đổi sang họ Mai. Trần Kiện tuy đã bị tướng Nguyễn Địa Lô bắn chết (1285) nhưng vẫn bị các văn kiện thời đó chép là Mai Kiện. Trần Ích Tắc cũng bị loại khỏi tôn thất, nhưng hai vua coi là "chỗ tình thân cốt nhục" nên "không nỡ đổi họ xóa tên, chỉ gọi là Ả Trần, có ý chê hắn hèn nhát như đàn bà vậy".
Theo Thánh đăng ngữ lục, Thượng hoàng về cuối đời đã đi tu tại chùa Tư Phúc, dưới sự hướng dẫn của Quốc sư Trúc Lâm Đại Đăng. Ông lấy đạo hiệu Vô Nhị Thượng Nhân (無二上人). Thượng hoàng đã dành nhiều thời gian cho việc viết sách và đàm đạo với các nhà Thiền học. Một trong những thiền sư được Thượng hoàng kính trọng là Tuệ Trung Thượng Sĩ, tức Hưng Ninh vương Trần Quốc Tung – anh Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn. Sách Tuệ Trung Thượng Sĩ ngữ lục do Trần Nhân Tông biên soạn đã kể Thượng hoàng gọi Tuệ Trung Thượng Sĩ là "đạo huynh" và thuật lại một cuộc đàm đạo giữa hai người. Khi hoàng hậu Nguyên Thánh Thiên Cảm qua đời năm 1287, Thượng hoàng làm lễ cầu siêu, thỉnh nhiều vị danh tăng vào cung cấm để vấn đáp giáo lý. Nhân dịp này, Thượng Sĩ viết một bài kệ ngắn, ý nói kiến giải Phật Học của các nhà sư này chỉ là kiến thức cục bộ, không có lợi ích cho sự giác ngộ bản chất của thực tại. Trần Thánh Tông cũng làm kệ đáp lại, đại khái là người sáng suốt tự tại vẫn có thể sử dụng các kiến giải, họ chỉ không dính mắc vào kiến giải mà thôi. Theo Trần Nhân Tông, Tuệ Trung Thượng Sĩ "rất khâm phục bài kệ ấy".
Ngày 25 tháng 5 năm Trùng Hưng thứ 6 (tức 3 tháng 7 năm 1290), Thượng hoàng Thánh Tông qua đời tại cung Nhân Thọ, hưởng dương 50 tuổi. Thánh đăng ngữ lục có chép một số chi tiết về những ngày cuối cùng trong cuộc đời Trần Thánh Tông; những lời nói và thi kệ của Thượng hoàng trong thời gian này cho thấy ông nắm rõ giáo lý của Đạo Phật về lẽ vô thường và do vậy ông luôn tỉnh táo khi đối diện với bệnh tật và cái chết ("Sanh như mặc áo,/Chết tợ cởi trần,/Từ xưa đến nay,/Không đường nào khác..."). Vua Nhân Tông an táng Thượng hoàng ở Dụ Lăng – phủ Long Hưng (nay là Tiến Đức, Hưng Hà, Thái Bình). Triều đình dâng ông miếu hiệu là Thánh Tông (聖宗) và thụy hiệu là Huyền Công Thịnh Đức Nhân Minh Văn Vũ Tuyên Hiếu Hoàng đế (玄功盛德仁明文武宣孝皇帝). Ngày nay ở trung tâm thành phố Hà Nội có phố mang tên Trần Thánh Tông.