Maria xứ Modena
Vương hậu (1685–1688)

Bất chấp mọi sự sôi nổi về Chủ nghĩa Loại trừ, James đã dễ dàng lên ngôi thay Charles sau cái chết của anh trai, xảy ra vào ngày 6 tháng 2 năm 1685 (lịch cũ), có thể do nguy cơ rằng sự kiện nói trên sẽ có thể gây ra một cuộc nội chiến khác. Maria thực lòng thương tiếc Charles, và sau này nhớ lại rằng "Ngài ấy luôn tử tế với ta." Lễ đăng quang trị giá 119.000 bảng Anh của Maria và James, diễn ra vào ngày 23 tháng 4 (lịch cũ), là ngày Lễ Thánh George đã được lên kế hoạch tỉ mỉ. Maria đã tạo ra một tiền lệ, vì lễ đăng quang đầy đủ của cả hai vợ chồng chưa từng diễn ra, kể từ lễ đăng quang của Vua Henry VIII và Vương hậu Catalina.
Sức khỏe của Vương hậu Maria vẫn chưa hồi phục sau cái chết của con gái Isabella. Thực tế, sức khỏe của Maria tệ đến mức sứ thần Toscana đã báo cáo với Firenze rằng "dư luận chung [cho người kế vị Maria] hướng đến Công nữ, con gái của Ngài Điện hạ". Nước Pháp cũng chuẩn bị cho sự ra đi sắp xảy ra của Maria bằng cách đề cử con gái của Công tước xứ Enghien làm ứng cử viên cho người vợ mới của James. Sau đó, Maria cố gắng ép buộc em trai là Công tước xứ Modena kết hôn với Anna Maria Luisa de' Medici.
Vào tháng 2 năm 1687, Maria, lúc đó tức giận vì mối quan hệ của James với Catherine Sedley, đã chuyển đến nơi ở mới tại Whitehall, nơi đã có một nhà nguyện Công giáo kể từ tháng 12 năm 1686. Căn hộ của Maria được thiết kế bởi Christopher Wren với chi phí 13.000 bảng Anh. Vì việc cải tạo cung điện vẫn chưa hoàn thành, nên James đã tiếp các đại sứ tại phòng của Maria, khiến bà rất phiền lòng. Năm tháng sau, ngay sau khi cuộc đàm phán kết hôn với Toscana thất bại, mẹ của Vương hậu là Công tước phu nhân Laura qua đời. Vì vậy, toàn thể triều đình Anh đều để tang. Công tước phu nhân Laura để lại cho Maria "một khoản tiền mặt đáng kể" và một số đồ trang sức. Willem III xứ Oranje, cháu trai và con rể của James, cảm nhận được sự bất mãn của người dân đối với chính phủ của James, nên đã lợi dụng cái chết của mẹ Maria làm cớ để cử anh họ là Bá tước xứ Zuylestein đến Anh, bề ngoài là để chia buồn với Vương hậu, nhưng thực chất là để làm gián điệp.
Sau khi đến thăm Bath với hy vọng nước ở đây sẽ hỗ trợ việc thụ thai, Maria đã mang thai vào cuối năm 1687. Khi thông tin về việc mang thai được công khai ngay trước lễ Giáng sinh, người Công giáo đã rất vui mừng. Trong khi đó, những người theo Tin lành, những người đã chấp nhận chính quyền Công giáo của James vì không có người thừa kế theo Công giáo, đã tỏ ra lo ngại. Sự vỡ mộng của phe Tin Lành lên đến đỉnh điểm sau khi biết được đứa bé là con trai, và nhiều người Tin Lành tin rằng đứa trẻ là giả mạo; nếu không, triều đại Công giáo của James II sẽ được duy trì. Ý kiến ​​phổ biến cho rằng đứa trẻ, được đặt tên là James Francis Edward, đã được lén đưa vào phòng sinh để thay thế cho đứa con thực sự nhưng đã chết lưu của Vương hậu. Tin đồn này được nhiều người theo Tin Lành chấp nhận là sự thật, cho dù vẫn có nhiều người chứng kiến ​​sự ra đời của vương tử. Phần lớn do sự quản lý yếu kém của James, những tin đồn này có một số lý do như vì thành kiến ​​cá nhân, James đã loại nhiều người khỏi buổi lễ mà lời khai của họ hẳn phải được coi là hợp lệ. Hầu hết các nhân chứng đều theo Công giáo hoặc là người ngoại quốc, và một số người, chẳng hạn như con gái James là Anne và các giáo sĩ Tin lành, hoặc họ hàng bên ngoại của các con gái ông, những người sẽ bị vương tử mới chào đời loại khỏi quyền kế vị trực tiếp, đã không có mặt.
Anne và chị gái Mary vẫn nghi ngờ rằng cha của họ đã đưa một đứa trẻ bị đánh tráo vào đất nước. Bá tước xứ Zuylestein, trở về Hà Lan ngay sau khi James Francis Edward sinh ra, đã đồng ý với những phát hiện của Anne.
Được đưa ra bởi bảy nhà quý tộc hàng đầu của đảng Whig, lời mời Willem xâm lược nước Anh báo hiệu sự khởi đầu của một cuộc cách mạng lên đến đỉnh điểm với việc phế truất James. Lời mời đảm bảo với Willem rằng "mười chín trong hai mươi người dân trên khắp vương quốc" mong muốn được can thiệp. Cuộc cách mạng, được gọi là Cách mạng Vinh quang, đã tước đi quyền kế vị ngai vàng nước Anh của James Francis Edward, với lý do vương tử không được coi là con trai thực sự của nhà vua, và sau đó là vì vương tử theo Công giáo. Khi nước Anh nằm trong tay đội quân 15.000 người của Willem xứ Oranje, James và Maria quyết định lưu vong sang Pháp. Vào ngày 9 tháng 12 năm 1688, Maria rời London, cải trang cùng với Thân vương xứ Wales còn nhỏ và đi cùng Victoria Davia-Montecuculi, theo sự sắp xếp của Antoine Nompar de Caumont. Sau khi đến Pháp qua Calais, James gia nhập cùng Maria vài tuần sau đó. Họ ở lại đây với sự hỗ trợ của em họ James là Louis XIV của Pháp, người ủng hộ phái Jacobite.