Lịch sử Bayern
Bayern từ thời Kháng cách cho tới cuộc chiến tranh 30 năm

Tại Altbayern các nhà công tước đã ngăn chận việc lan rộng của phong trào Kháng cách. Wilhelm IV từ 1524 qua sự thỏa thuận với giáo hoàng về quyền lực trên các giám mục ở Bayern cũng như về các thâu nhập của các cơ sở nhà thờ, đồng ý tranh đấu cho Công giáo La Mã chống lại phe Kháng cách, bằng cách không cho họ phát triển ở đất mình. Họ cũng tham dự cùng với hoàng đế Karl V trong cuộc chiến tranh chống lại liên minh Schmalkald (một liên minh các công tước và thành phố Kháng cách).
Tuy nhiên ở Bayern cũng có một số nhà quý tộc như bá tước Ortenburg và Haag và công tước Pfalz-Neuburg theo đạo Luther. Để cho nó khỏi lan ra ở Altbayern, công tước Albrecht V 1564 đã lập nên một vụ án chống lại cái gọi là âm mưu của một số quý tộc của Bayern. Ở Franken phong trào Kháng cách đã lan tràn mạnh, và cả ở Ostschwaben nhất là tại các thành phố lớn như Augsburg nó cũng có nhiều người theo. Ngoài ra phong trào Kháng cách cũng phát triển ở Oberpfalz, mà thuộc quyền cai trị của công tước Tin lành Pfalz.
1571 Theo lệnh của công tước Albrecht V tật cả những người theo đạo Luther bị đuổi khỏi lãnh thổ Bayern. Ngay từ 1542 Dòng Chúa Giêsu đã cải tổ đại học công quốc Ingolstadt, được thành lập 1472, bên cạnh Dillingen thành một trung tâm Phản Cải cách. Các giám mục của Würzburg và Bamberg đã thực hiện phong trào Phản Cải cách với những biện pháp nghiêm ngặt. Wilhelm V đã tham dự thành công trong Chiến tranh Köln chống lại tổng giám mục Köln, mà đã bỏ theo đạo Tin lành. Từ đó cho tới gần 200 năm sau các công tước Bayern đã chỉ định vị tuyển hầu của Köln. Từ 1577 đại diện các tầng lớp xã hội, mà chịu trách nhiệm cho việc đồng ý trả thuế cho công tước Bayern, đã không còn được kêu họp thường nữa. Điều này đã dẫn công quốc Bayern tới tình trạng kinh tế nguy ngập và đưa tới việc công tước Wilhelm V phải từ bỏ chức vị.
Con trai của Wilhelm Maximilian I đã tước quyền của những nhà đại diện này, bằng cách lập ra một bộ phận công chức để thay thế, lo việc hành chính và tài chính. Đồng thời trong khuôn khổ chương trình Phản Kháng cách, ông lập ra một đội cảnh sát nhà thờ. 1607 vị công tước này đã chiếm cứ thành phố đế quốc độc lập Donauwörth sau khi một đám rước lễ của Công giáo bị phá đám bởi những người Tin lành và sáp nhập nó vào lãnh thổ của mình. Đó là lý do mà các công tước và thành phố Tin lành đã lập một liên minh Tin lành dưới sự lãnh đạo của tuyển hầu Wittelsbach mà theo đạo Calvin Friedrich von der Pfalz. Để chống cự những phe Công giáo đã tụ họp lại thành một liên minh Công giáo dưới sự lãnh đạo của công tước Bayern Maximilian I.
1619 Maximilian I liên kết với hoàng đế Ferdinand II chống lại những người Tin lành ở Bohemia và người được họ bầu lên làm vua, tuyển hầu của Pfalz Friedrich V. Trong trận dánh tại Weiße Berge gần Praha quân đội của phe Công giáo dưới sự lãnh đạo của thống tướng Bayern Tilly 1620 đã đánh bại phe Tin lành. Tiếp theo Tilly cho chiếm đóng công quốc Pfalz. Để tạ ơn Maximilian I 1623 được ban tước tuyển hầu của Pfalz và 1628 lãnh thổ Oberpfalz mà ông ta chiếm đóng như là để bồi thường chiến tranh. Tuy nhiên sau đó khi cuộc Chiến tranh Ba mươi năm tiếp diễn, Bayern 1632/34 và 1648 bị quân đội thù nghịch chiếm đóng và tàn phá. Ostschwaben từ đó mất đi vị thế chính trị quan trọng vì đã bị tàn phá hầu như hoàn toàn.
Trong Hòa ước Westfalen 1648 Bayern vẫn được giữ chức vị tuyển hầu cũng như các lãnh thổ đã đoạt được.