Trần Thánh Tông
Trị vì > Đối nội

Về hành chính, tháng 2 âm lịch năm 1262, vua Thánh Tông thăng cấp hương Tức Mặc (đất phát tích của Hoàng triều) thành phủ Thiên Trường. Ông cho lập các cung Trùng Quang, Trùng Hoa và chùa Phổ Minh ở hướng tây cung Trùng Quang. Trùng Quang cung được chọn làm tẩm điện của Thượng hoàng, còn cung Trùng Hoa là nơi Hoàng đế trú khi về thăm Thượng hoàng. Vua Thánh Tông còn đặt ra chức quan lưu thủ cai quản phủ Thiên Trường. Tháng 3 âm lịch năm 1265, Trần Thánh Tông đổi tên Ty Bình bạc (cơ quan quản lý hành chính ở kinh đô Thăng Long) thành Đại An phủ sứ. Nhà vua tuyển chọn quan Đại An phủ sứ theo một quy trình nghiêm ngặt, được Đại Việt Sử ký Toàn thư thuật lại như sau: "Theo chế độ trước, An phủ sứ qua trị nhậm các lộ, đủ lệ khảo duyệt thì vào làm An phủ sứ phủ Thiên Trường, lại đủ lệ khảo duyệt nữa thì bổ làm việc ở Thẩm hình viện, rồi mới được làm An phủ sứ Kinh sư".
Tháng 3 âm lịch năm 1267, Trần Thánh Tông ban hành hệ thống "kim chi ngọc diệp" quy định việc phong ấm cho con cháu vương hầu, công chúa: theo đó, cháu 3 đời của vương hầu, công chúa sẽ được nhận tước hầu hoặc quận vương, cháu 4 đời tước minh tự, cháu 5 đời tước thượng phẩm, chi tiết tước phong tùy thuộc vào hạng trong "ngũ phục", tức 5 hạng tang phục dựa trên quan hệ huyết thống. Theo sử gia Mỹ Keith Weller Taylor, hệ thống này giới hạn rõ ràng rằng chỉ những con cháu nhà vua trong phạm vi 5 thế hệ mới đủ tiêu chuẩn nhận tước hiệu quý tộc, đặc biệt chỉ các con và cháu 3 đời của nhà vua mới đủ khả năng để được phong những tước hiệu quan trọng, có thể thân cận với Hoàng đế. Dĩ nhiên nhà vua có quyền ban tước cho bất cứ ai mà ông ấy muốn, và thăng giáng tước phong của vương hầu nếu thấy cần thiết. Không phải cứ người nào là con cháu trong vòng 5 đời của nhà vua cũng tự động sở hữu tước phong, chỉ là họ có đủ điều kiện mà thôi. Những thứ dân có năng lực đặc biệt xuất sắc vẫn có hội được nhà vua nhận nuôi và ban tước hiệu như một vương hầu, nhưng con cháu họ thì không được thừa kế ân sủng ấy. Những luật lệ này cộng với lệ hôn nhân cận huyết của các vua Trần đầu tiên như Thánh Tông và Nhân Tông đã ngăn chặn bất kỳ một mối đe dọa nào từ việc ngoại tộc len lỏi vào thao túng hoàng thất.
Tháng 4 âm lịch năm 1267, vua Thánh Tông lập ra các chức Hàn lâm viện Học sĩ (chức quan giám sát việc biên soạn các văn bản chiếu lệnh, sắc dụ của vua) và Trung thư sảnh Trung thư lệnh (cố vấn cho Hoàng đế về triều chính). Ông chọn hai văn thần Nho học là Đặng Kế làm Hàn lâm viện Học sĩ, Đỗ Quốc Tá làm Trung thư sảnh Trung thư lệnh. Theo sĩ phu đời Nguyễn Phan Huy Chú trong bộ Lịch triều hiến chương loại chí, buổi đầu thời Trần, triều đình chỉ dùng các hoạn quan như Phạm Ứng Mộng, Lê Tông Giáo... làm chức hành khiển, chứ không hề dùng Nho sĩ. Cho nên việc vua Thánh Tông dùng Đỗ Quốc Tá là dấu hiệu giới Nho gia bắt đầu có ảnh hưởng mạnh vào bộ máy nhà nước. Cũng trong năm 1267, Trần Thánh Tông chia cơ quan Hành khiển làm hai ty (đều đặt tại kinh sư), gồm Hành khiển tả hữu ty trong cung Thánh Từ (cung riêng của Thượng hoàng) và Hành khiển ty trong cung Quan Triều (nơi ở riêng của Hoàng đế). Cả hai ty được gọi chung là Nội mật viện. Tháng 11 âm lịch năm 1273, vua Thánh Tông lại đặt chức Nhập nội phán đại tông chính phủ đại tông chính (chuyên lo việc tôn thất), giao cho Nhân Túc vương Toản nắm chức này. Cuối năm 1274, nhà vua đặt thêm các chức Trừ cung giáo thụ (chức quan dạy học cho Thái tử) và Nhập thị học sĩ.
Trần Thánh Tông còn chú trọng đến giáo dục và khoa cử. Đại Việt Sử ký Toàn thư ghi nhận rằng vào tháng 10 âm lịch năm 1272, nhà vua đã "xuống chiếu tìm người tài giỏi, đạo đức, thông hiểu kinh sách làm Tư nghiệp Quốc tử giám" (tức Hiệu trưởng trường Quốc tử giám). Ngoài ra, Trần Thánh Tông khuyến khích em là Chiêu Quốc vương Ích Tắc (một người nổi tiếng học giỏi, biết nhiều) mở trường dạy học văn sĩ. Theo sử cũ, trường này đã đào tạo được nhiều nhân tài cho đất nước, tiêu biểu là Mạc Đĩnh Chi – Trạng nguyên khoa thi năm 1304 đời Trần Anh Tông. Vua Thánh Tông đã hai lần mở khoa thi thái học sinh để chọn người tài giúp nước. Khoa thi thứ nhất (tháng 3 âm lịch năm 1266) lấy được 51 người trúng tuyển, gồm Trần Cố đậu Kinh Trạng nguyên (người ở các vùng từ Ninh Bình trở ra), Bạch Liêu đậu Trại Trạng nguyên (Trạng nguyên ở hai châu Hoan, Ái), một người họ Nghiêm không rõ tên đậu Bảng nhãn, Hạ Nghi đậu Thám hoa lang và 47 Thái học sinh. Đến khoa thi thứ hai (tháng 3 âm lịch năm 1275), các chức danh Kinh và Trại Trạng nguyên đã được hợp lại làm một. Kỳ thi này lấy được 3 người đỗ Tam khôi (Trạng nguyên Đào Tiêu, Thám hoa lang Quách Nhẫn, những bộ sử hiện có không nêu được tên Bảng nhãn) và 27 Thái học sinh xuất thân từ nhiều tầng lớp khác nhau. Thánh Tông cũng tổ chức thi Lại Viên vào năm 1261 với hai môn toán và viết để tuyển dụng thư Lại, bổ dụng làm duyện lại ở Nội lệnh sử. Riêng hai Ty Thái y và Thái chúc thì thi tuyển theo chuyên môn và tùy theo chuyên môn để bổ dụng.
Trần Thánh Tông cũng cho Hàn lâm viện Học sĩ kiêm Quốc sử viện Giám tu Lê Văn Hưu tiếp tục biên soạn sách Đại Việt sử ký. Lê Văn Hưu đã làm được bộ sử sách gồm 30 quyển, chép từ đời Triệu Vũ vương đến Lý Chiêu Hoàng. Việc biên tập bộ sử này được khởi đầu từ đời vua Thái Tông, đến năm Nhâm Thân (1272) đời Thánh Tông mới xong. Sách Đại Việt sử ký ra đời trong bối cảnh hoàng đế nhà Nguyên là Hốt Tất Liệt đã xây dựng một đế quốc lớn và từng bước nuốt chửng Nam Tống. Do vậy, bằng việc đặt dấu mốc đầu tiên của quốc thống từ thời Triệu Vũ Đế (vị vua sáng lập nước Nam Việt ở thế kỷ thứ 2 trước Công Nguyên, tự xưng Hoàng đế để đối kháng với nhà Hán), Lê Văn Hưu đã khẳng định lập trường của Trần Thánh Tông về sự độc lập tự cường của các hoàng đế Đại Việt, phủ nhận thái độ độc chiếm thiên hạ của nhà Nguyên.
Về kinh tế, Trần Thánh Tông tiếp tục chủ trương trọng nông. Trong các thập niên 1230 và 1240, vua Trần Thái Tông đã tăng cường duyệt định sổ hộ tịch nhằm nắm bắt tình trạng dân số và sở hữu ruộng đất trong nước. Theo K. W. Talor, biện pháp này mang tới hiệu quả cho nhà nước trong việc thu thuế và huy động nhân lực thời chiến, nhưng cũng góp phần hình thành của một lớp người lang bạc, không có đất đai, nhà cửa hay bất cứ kế sinh nhai nào. Trong số này, có người kháng cự lại thủ tục duyệt hộ khẩu, họ không muốn được quan lại biết tới; điều này có lẽ là do những sai phạm trong quá khứ, hoặc do có mối liên hệ thân tộc với cựu triều nhà Lý, hoặc do có đời sống phạm pháp hay bất cứ lối sống nào ít được xã hội coi trọng. Số khác thì có thể đã không đăng ký được quyền sở hữu ruộng đất, vì bị lấn chiếm bởi những người dễ hòa nhập hơn với nền thống trị của tân triều Trần. Và cũng có người chỉ đơn thuần là lười lao động, thích sống nay đây mai đó cho an nhàn. Năm 1254, Trần Thái Tông xuống chiếu cho phép dân được mua ruộng công và biến thành ruộng tư, đưa đến sự thất nghiệp đối với những người trước đây chỉ biết sống dựa vào đất công. Để giải quyết tình trạng này, tháng 10 âm lịch năm 1266, vua Trần Thánh Tông hạ lệnh cho vương hầu, cung phi, phò mã nhận lớp người vô gia cư này làm gia nô, dùng sức họ để khai mở đất hoang, nhằm mở rộng diện tích canh tác. Kể từ đây, vương hầu bắt đầu sở hữu điền trang. Những thái ấp của vương hầu được duy trì bằng sức lao động của nông nô đã trở thành một dấu ấn không thể thiếu trong cơ chế nông nghiệp dưới thời Trần. Mặc dù sự áp bức của vương hầu sẽ đưa đến nhiều cuộc khởi nghĩa nông dân vào nửa sau thế kỷ 14, chính sách nông nghiệp của Trần Thánh Tông đã thành công trong việc duy trì sự ổn định cho đời sống nông thôn trong vòng vài thập kỷ tới.
Nhà vua cũng quan tâm đến vấn đề nâng cao thực lực quốc phòng của Đại Việt. Đại Việt Sử ký Toàn thư thuật lại rằng đầu năm 1261, Thánh Tông vừa lên ngôi đã ra lệnh "chọn đinh tráng các lộ làm lính, còn thì sung làm sắc dịch các sảnh, viện, cục và đội tuyển phong các phủ, lộ, huyện". Đến tháng 3 âm lịch năm 1262, ông xuống chiếu dụ quan quân chế tạo khí giới và đúc chiến thuyền; đồng thời, ông tổ chức tập trận cho lục quân và thủy quân tại chín bãi phù sa dọc theo sông Bạch Hạc (nay thuộc Việt Trì, Phú Thọ). Sau đó, tháng 8 âm lịch năm 1267, Trần Thánh Tông chia quân đội làm nhiều "quân", mỗi quân được hợp thành từ 30 "đô" (một đô gồm 80 lính). Ông còn chọn những tướng lĩnh tài ba như Lê Phụ Trần làm Thủy quân Đại tướng quân (1259) và người em trai là Chiêu Minh Đại vương Trần Quang Khải làm Thái úy (1262), rồi Tướng quốc Thái úy (1271). Ngoài ra, vào tháng 9 âm lịch năm 1262, nhà vua truyền lệnh xem xét tình trạng của tù nhân. Phần lớn tội phạm đều được ân xá, riêng những người đã đầu hàng quân Mông Cổ trong cuộc chiến tranh năm 1258 thì bị trừng trị thẳng tay. Mùa xuân năm 1277, người Man, Lào nổi dậy ở động Nẫm Bà La (phủ Bố Chính – nay là Quảng Bình). Vua Thánh Tông cùng Thái úy Trần Quang Khải thân chinh đánh dẹp, bắt sống được 1000 từ binh về kinh sư.