Lê Thế Tông
Giai đoạn Quang Hưng (1578-1599) > Đối phó dư đảng họ Mạc

Trịnh Tùng cho sửa sang cung điện trong kinh thành, một tháng thì hoàn thành; bèn sai người đến Tây Đô đón xa giá về kinh. Mùa hạ năm đó, Thế Tông đến kinh đô. Ngày 16 tháng 5, ngự ở tòa chính điện, nhận lễ mừng của bách quan, đại xá thiên hạ, gia phong cho những ai có công. Nhà Lê kể từ khi mất ngôi năm 1527 đến đây mới được trở về chốn xưa nhưng vị thế đã không còn được như trước nữa.
Mùa hạ năm 1593, Nguyễn Hoàng vào chầu vua Lê, dâng nộp sổ sách hai xứ Thuận, Quảng; được phong làm Trung quân Đô đốc phủ Tả đô đốc Chương phủ sứ Thái úy Đoan quốc công, lĩnh quân dẹp giặc cướp ở Sơn Nam, Hải Dương. Cũng năm đó, tướng Mạc Ngọc Liễn lập con của Mạc Kính Điển là Đôn Hậu vương Mạc Kính Cung lên làm vua, cải nguyên Càn Thống. Dư đảng họ Mạc lục tục kéo về hưởng ứng, thế lực nhà Mạc lại mạnh lên, kiểm soát bờ bắc sông Nhị. Ngày 24 tháng 4, Trịnh Tùng đích thân dẫn quân chia quân đánh dẹp, đảng họ Mạc tan chạy. Hải Dương, Sơn Nam cũng dẹp yên dần. Trịnh Tùng sai các tướng đem quân chia giữ các phủ Thượng Hồng, Hạ Hồng, Khoái Châu, Thuận An, Từ Sơn. Lại ra lệnh cho dân xiêu tán ở các huyện trở về nguyên quán yên nghiệp.
Năm 1594, Mạc Ngọc Liễn đưa Mạc Kính Cung chạy ra huyện An Bắc; Trịnh Tùng sai Hoàng Đình Ái tới đánh; Ngọc Liễn chạy sang Tư Minh xin xưng thần với nhà Minh. Hoàng Đình Ái đánh dẹp các vùng phía bắc sông Nhị, giết được nhiều tông thất nhà Mạc. Trong khi đó vào tháng 6, người xã Vũ Lăng, huyện Tiên Minh là Vũ Đăng dấy binh chiếm giữ huyện Siêu Loại, tụ tập bè đảng, tự xưng là La Bình hoàng đế; nhưng nhanh chóng bị bắt giết. Lúc đó Mạc Ngọc Liễn bệnh chết, có thư khuyên Mạc Kính Cung đừng nên mời người Tàu sang hại dân hại nước. Làm theo lời Mạc Ngọc Liễn, khi thấy triều Lê mạnh, Kính Cung giấu binh ở các vùng, hết sức tránh đụng độ. Ông sai Phúc vương mang gia quyến chạy trước sang Long Châu tránh rồi bản thân thoát sang sau. Năm 1596, Phan Ngạn đánh dẹp được Mạc Kính Chương, con cháu nhà Mạc lại tâu với vua Minh rằng chính quyền trong nước không phải con cháu họ Lê, vua Minh sai người sang điều tra và gây sức ép buộc nhà Lê phải trả Cao Bằng cho họ Mạc. Mùa xuân năm 1597, Thế Tông phải cùng các tướng đến ải Nam Quan theo đòi hỏi của vua Minh. Tuy vậy chiến tranh giữa hai bên vẫn thường xuyên xảy ra. Quân Lê-Trịnh nhiều lần tiến đánh phía bắc, bắt được Mạc Kính Dụng đem giết đi, tuy nhiên thế lực họ Mạc vẫn còn rất mạnh.
Ngày 7 tháng 4 năm 1599, Thế Tông hạ chiếu phong Trịnh Tùng làm Đô nguyên suý tổng quốc chính thượng phụ Bình An vương, là chức quan cao nhất trong triều, chỉ đứng sau vua. Ông lại cho xây phủ chúa ở ngay bên cạnh triều đình vua Lê; và từ đó phủ chúa trở thành nơi bàn định công việc của đất nước; triều đình chỉ còn là hư danh, vua Lê chỉ có 5000 lính túc vệ; thu thuế 1000 xã để chi dụng. Còn những việc đặt quan, thu thuế, bắt lính, trị dân, đều thuộc về quyền họ Trịnh cả. Chỉ có khi nào thiết triều hay là tiếp sứ thì mới cần đến vua mà thôi. Uy quyền họ Trịnh bấy giờ rất lớn nhưng vẫn không dám cướp ngôi vua, là vì ở phía Bắc sợ có nhà Minh sinh sự, lại có họ Mạc còn giữ đất Cao Bằng, nếu tiếm ngôi thì e quân nghịch nổi lên lấy phù Lê thảo Trịnh làm cớ.Từ đó sự nghiệp của chúa Trịnh ở Đàng Ngoài chính thức bắt đầu.