Assassin's Creed II
Cốt truyện

Assassin Creed II bắt đầu sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên năm 2007; Desmond Miles vẫn còn bị mắc kẹt trong Tập đoàn Abstergo Industries (phiên bản hiện đại của các Templar - Hiệp sĩ dòng Đền) sau khi bị buộc phải sử dụng cỗ máy Animus để hồi tưởng lại ký ức của sát thủ Altair Ibn-La'Ahad, và đã phát hiện ra lời tiên tri cảnh báo từ Subject 16 mô tả sự kết thúc của thế giới. Anh sớm được giải cứu bởi Lucy Stillman, một gián điệp của Assassins trong Abstergo, và gặp hai thành viên Assassins khác, sử gia Shaun Hastings và chuyên gia máy tính Rebecca Crane. Họ yêu cầu Desmond sử dụng phiên bản Animus của riêng họ, mệnh danh là Animus 2.0, hồi tưởng những ký ức của một Assassin, Ezio Auditore da Firenze nhằm đào tạo Desmond thành một Assassins qua "Bleeding Effect" (Tạm dịch: Hiệu ứng Huyết lưu; có thể hiểu là những kĩ năng sát thủ của Ezio có thể truyền sang cho Desmond) của Animus. Ký ức bắt đầu với sự ra đời của Ezio.
Ezio Auditore da Firenze là con trai thứ của một gia đình Auditore có bốn người con, cha là Giovanni Auditore da Firenze, mẹ là Maria Auditore da Firenze, bác là Mario Auditore, anh trai là Federico Auditore da Firenze, em gái là Claudia Auditore da Firenze và em trai út là Petruccio Auditore da Firenze. Gia đình anh vốn là con cháu bên ngoại của Altaïr ibn La-Ahad (do mẹ Altaïr là người Ý). Bề ngoài là một quý tộc nhưng cha Ezio lại là một sát thủ xuất sắc của Assassin Order với nhiệm vụ chống lại sự tàn bạo của Giáo hoàng, vì bị Uberto Alberti phản bội, một nửa gia đình nhà Auditore gồm Giovani, Federico và Petruccio đã bị xử án treo cổ. Ezio cùng với mẹ và em gái Claudia buộc phải chạy trốn khỏi thành phố Florence và đến lánh nạn tại biệt thự của người bác Mario tại Monteriggioni. Tại đây, Mario đã giúp đỡ Ezio điều tra những người đứng sau âm mưu giết hại cha anh. Việc tìm kiếm manh mối dẫn Ezio từ Florence đến San Gimignano, Forlì, Venice và cuối cùng là Rome. Cùng với việc ám sát nhân vật chính trị ngày càng nhiều, Ezio cũng có thêm một vài đồng minh, bao gồm Niccolò Machiavelli  và Leonardo da Vinci. Cuối cùng, Ezio xác định được kẻ chủ mưu là một người Tây Ban Nha tên Rodrigo Borgia, hắn đã lập mưu hạ bệ gia đình Medici ở Florence với sự giúp đỡ của gia đình Pazzi và gia đình Barbarigo ở Venice. Ezio phát hiện được Borgia đang có ý định thu hồi Apple - một Piece of Eden giống mảnh của Altair lấy được hàng thế kỷ trước, và Borgia tin rằng mình là "Nhà tiên tri" sẽ dẫn Templar đến một "Mái vòm" (Vault) bí ẩn nằm đâu đó trên thế giới. Ezio đối đầu với Borgia cùng với sự giúp đỡ của các đồng minh và lấy được Apple, nhưng Borgia bỏ trốn trước khi bị giết. Đồng minh của Ezio tiết lộ họ đều là người của Assassins và coi Ezio như "Nhà tiên tri" của họ, đồng thời cho phép anh tham gia hàng ngũ của mình. Trở về Monteriggioni, Ezio ghép 30 mảnh Codex lại, và dùng Eagle Vision phát hiện ra rằng chúng chính là bản đồ chỉ dẫn vị trí của "Mái vòm": ở bên trong thành Vantican.
Trong thời gian hồi tưởng, Desmond phát hiện ra một ký ức khó hiểu về mối quan hệ của Altair với một cựu Templar tên là Maria Thorpe, cô ta sinh được một đứa trẻ tên là Darim. Desmond còn tìm thấy nhiều ký tự glyphs để lại bởi Subject 16 trong Animus, mà khi giải mã và lắp ráp tạo thành một đoạn video ngắn về một người đàn ông và phụ nữ, "Adam" và "Eva", đang chạy qua một khung cảnh tương lai được gọi là "Eden" (Địa đàng) với một Piece of Eden trong tay. Video kết thúc với các mã ASCII (trong hệ nhị phân) của từ "EDEN" (01.000.101 01.000.100 01.000.101 01.001.110). Video ngụ ý rằng thực ra Adam và Eve không bị đuổi khỏi Vườn Địa Đàng mà là họ đã lấy trộm một Piece of Eden (được dùng để kiểm soát nhân loại) rồi chạy trốn.
Các thành viên Assassins phát hiện ra Animus không thể truy cập vào được một số năm ký ức của Ezio (sau này có thể chơi được thông qua các DLC). Desmond chỉ có thể truy cập lại bắt đầu từ năm 1499, lúc Ezio và các Assassins lên kế hoạch tấn công Rodrigo Borgia (nay là Giáo hoàng Alexander VI) tại thành Vatican. Ezio đột nhập và hạ gục được Borgia, nhưng không giết hắn, vì anh biết rằng làm thế cũng không thể đem gia đình mình trở lại. Ezio sử dụng Apple và cây gậy Mục tử của Giáo hoàng (cũng là một Piece of Eden có tên gọi là Staff), và phát hiện ra lối vào "Mái vòm". Bên trong, Ezio kinh ngạc khi một hình ảnh ba chiều, tự xưng là Minerva xuất hiện. Nói chuyện trực tiếp với chính Desmond và cộng sự đang theo dõi anh ở thế giới hiện đại, cô ta giải thích mình là một phần của một nền văn minh tiên tiến đã tồn tại cùng với con người trên Trái Đất từ rất sớm cho đến khi hai bên nổ ra một cuộc chiến tranh. Một thảm họa toàn cầu xảy ra khiến cho cả hai gần như bị xóa sổ; những người sống sót đã gia nhập với nhau và cùng xây dựng một "ngôi đền" trên Trái đất cho phép con người ngăn chặn một thảm họa tương tự trong tương lai. Trước khi ảnh ba chiều biến mất, cô cảnh báo đích danh Desmond: "phần còn lại tùy thuộc vào anh". Cả Desmond lẫn Ezio đều bối rối và bị sốc trước lời nói và sự xuất hiện của Minerva.
Sau khi tỉnh dậy, Desmond và cộng sự phải đem theo Animus 2.0 chạy trốn khi bị quân của Abstergo tấn công. Trong lúc di chuyển đến một nơi ẩn náu khác, Lucy giải thích rằng có những điểm yếu mới được phát hiện trong từ trường của Trái Đất; một cơn bùng nổ mặt trời tấn công vào các điểm yếu này sẽ gây nên một sự hủy diệt toàn cầu giống như mô tả của Minerva. Desmond quyết tâm giúp các Assassins tìm thấy ngôi đền, và chuẩn bị khởi động lại cỗ máy Animus, vì họ biết rằng Ezio sẽ có câu trả lời cho các khúc mắc của mình.
Hậu bản của nó, Assassin Creed: Brotherhood bắt đầu ngay lập tức sau các sự kiện của Assassin Creed II.