Biểu tình Phật giáo tại Huế 1993
Bối cảnh > Đại hội Thống nhất Phật giáo Việt Nam

Xem thêm: Giáo hội Phật giáo Việt Nam
Vì nhận thấy không thể kiểm soát được GHPGVNTN, chính quyền đã tìm cách hạn chế dần hoạt động của GHPGVNTN và đi đến giải tán tổ chức. Theo Xuân Thủy – nguyên Bí thư Trung ương (TW) Đảng kiêm cựu Trưởng Ban Dân vận – lý do chính quyền muốn giải thể giáo hội là vì Đảng không thể lãnh đạo tổ chức này và thậm chí, tổ chức tạo ra "áp lực chính trị thường trực với Đảng và chính phủ Việt Nam". Ý tưởng trên bắt đầu nhen nhóm từ vài tháng sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, CHMNVN đã lập ra Ban liên lạc Phật giáo Yêu nước Thành phố Hồ Chí Minh (BLLPGYNTPHCM) để yêu cầu các nhà sư trong GHPGVNTN tham gia vào tổ chức nhưng gặp phải sự phản kháng mạnh mẽ. Thời gian này, Thích Đôn Hậu – lãnh đạo cấp cao của GHPGVNTN và là một thành viên trong MTTQVN – đã gửi bản đề án về việc thống nhất tôn giáo nước nhà tới tứ trụ ban lãnh đạo ĐCSVN, gồm Tổng Bí thư Lê Duẩn, Chủ tịch nước Tôn Đức Thắng, Chủ tịch Quốc hội Trường Chinh và Thủ tướng Phạm Văn Đồng. Bản đề án đã gặp phải sự từ chối từ chính quyền do cố gắng tách bạch quyền quyết định độc lập giữa GHPGVNTN với sự kiểm soát của chính phủ, và do đó Đảng gán cho ông có ý đồ xấu chống phá nhà nước.
Ngày 9 tháng 4 năm 1980, Ban Vận động Thống nhất Phật giáo Việt Nam (BVĐTNPGVN) thuộc Ban Dân vận TW ĐCSVN được thành lập. Ban vận động ra đời theo đề án Thống nhất Phật giáo do chính quyền soạn sẵn từ trước, nhằm thống nhất ba tổ chức Phật giáo lớn nhất ở Việt Nam – đương thời là Hội Phật giáo Thống nhất Việt Nam ở miền Bắc, GHPGVNTN và BLLPGYNTPHCM ở miền Nam – thành một giáo hội thống nhất nằm dưới quyền kiểm soát của MTTQVN. Ban Tôn giáo Chính phủ (BTGCP) ủy thác trực tiếp cho ông Đỗ Trung Hiếu (bí danh Mười Anh) – một đảng viên thâm niên hoạt động ở mảng tôn giáo – thực hiện. Phản ứng và hành động của ban lãnh đạo GHPGVNTN với cuộc vận động này đã có sự chia rẽ: Các hòa thượng Thích Đôn Hậu, Thích Huyền Quang và Thích Quảng Độ tỏ rõ thái độ phản đối đề án của chính quyền, trong khi Hòa thượng Thích Trí Thủ được thuyết phục đã đứng ra đảm nhận vai trò Trưởng ban BVĐTNPGVN. Tổng cộng, 6 lãnh đạo khối Ấn Quang có khuynh hướng chống đối đề án, đặc biệt là Thích Quảng Độ và Thích Huyền Quang, bị chính quyền bắt giam ngay trước những ngày diễn ra đại hội thống nhất. Từ ngày 4 đến 7 tháng 11 năm 1981, Đại hội Thống nhất Phật giáo Việt Nam được tổ chức ở chùa Quán Sứ, Hà Nội, đánh dấu sự ra đời chính thức của Giáo hội Phật giáo Việt Nam như là đại diện Phật giáo hợp pháp duy nhất trong nước, với phương châm hoạt động "Đạo pháp – Dân tộc – Chủ nghĩa xã hội". GHPGVN có cấu trúc hoạt động thấp hơn một hiệp hội và chỉ dành riêng cho tu sĩ nam nữ tham gia, không có sự tồn tại của cư sĩ cũng như các hoạt động xã hội, truyền giáo bị hạn chế tới tuyệt đối.
Kể từ khi thành lập GHPGVN, GHPGVNTN đã bị chính quyền Việt Nam phủ nhận sự tồn tại mà không có một văn bản công khai hay tuyên bố nhất quán nào. Theo Tổ chức Ân xá Quốc tế (AXQT), việc các nhà sư không tham gia vào tổ chức GHPGVN đều bị coi là "bất hợp pháp": họ bị chính quyền gây áp lực buộc phải gia nhập giáo hội hoặc bị cho vào trại cải tạo hay bắt tù giam. Bằng chứng là trong các năm 1984 đến 1986, hàng loạt vụ bắt giữ những nhà sư GHPGVNTN đã diễn ra trên nhiều tỉnh thành miền Nam, trong số đó nhằm vào những nhân vật lớn thuộc giáo hội như Thích Nguyên Giác, Thích Tuệ Sỹ, Thích nữ Trí Hải, Thích Trí Siêu, Thích Trí Thủ,... Trong năm 1982, Thích Quảng Độ, Thích Huyền Quang cùng bốn lãnh đạo giáo hội khác bị đày về quê nhà do phản đối việc thành lập GHPGVN và bị quản thúc tại gia trong nhiều năm. Đến ngày 7 tháng 7 cùng năm, chính quyền đã cưỡng chế chùa Ấn Quang, trụ sở GHPGVNTN; toàn bộ tư liệu và hồ sơ tại Viện Hóa Đạo bên trong chùa bị đốt sạch liên tục 5 ngày. Để duy trì hoạt động, nhiều ngôi chùa cũng bị gây áp lực phải bỏ cụm từ "Thống nhất" để trở thành "Giáo hội Phật giáo Việt Nam".
Những sự kiện trên xảy ra trong bối cảnh hàng loạt vụ bắt giữ của giới chóp bu trong Nam với những người có liên quan đến chế độ cũ. Các sinh hoạt tôn giáo cũng bị hạn chế nghiêm ngặt cho tới trước giai đoạn suy thoái và sụp đổ của chủ nghĩa cộng sản ở Đông Âu, cuối thập niên 1980 – đầu thập niên 1990.