John Churchill, Công tước thứ 1 xứ Marlborough
Những năm khủng hoảng (1678-1700) > Tướng của William

Bài chi tiết: Chiến tranh Chín năm
Khi William và Mary lên ngôi đồng cai trị, họ ban thưởng cho một loạt những người ủng hộ mình, trong đó có Churchill được phong tước Bá tước Marlborough ngày 9 tháng 4 năm 1689, đồng thời được bổ sung vào Hội đồng Cơ mật. Việc thăng chức này dẫn tới những lời đồn cáo buộc Marlborough đã phản bội một cách nhục nhã vị vua cũ của mình để cầu danh vị. Những người biện hộ cho Marlborough, chẳng hạn hậu duệ của ông là Winston Churchill đã cố công đi tìm động lực ái quốc, tôn giáo và đạo đức cho hành động của ông; tuy nhiên theo cách nói của Chandler, khó mà gỡ cho Marlborough khỏi tội nhẫn tâm, bội ơn, mưu mô và phản nghịch chống lại một người mà ông ta nợ hầu như mọi thứ trong cuộc đời và sự nghiệp tính đến thời điểm đó.
Hành động chính thức đầu tiên của Marlborough là hỗ trợ việc tổ chức lại quân đội-thẩm quyền xác nhận lòng trung thành hay thanh lọc các sĩ quan đem lại cho vị bá tước cơ hội xây dựng một mạng lưới quyền lực hữu ích trong hơn hai chục năm sau đó. Nhiệm vụ này được tiến hành khẩn trương, bởi chỉ sáu tháng sau khi James II ra đi, nước Anh tham gia vào cuộc chiến chống lại nước Pháp trong một liên minh nhằm ngăn chặn tham vọng bá chủ của Louis XIV. Marlborough được cử làm tư lệnh 8 nghìn quân gửi sang Hà Lan vào mùa xuân năm 1689, tuy nhiên trong suốt Chiến tranh Chín năm (1688-1697) ông chỉ có 3 năm phục vụ ở chiến trường và phần lớn ở dưới sự chỉ huy của người khác. Tuy nhiên, trong trận Walcourt ngày 25 tháng 8 năm 1689, Marlborough nhận được lời ca ngợi từ tư lệnh quân Liên minh, Hoàng thân Waldeck do năng lực cầm quân và lòng dũng cảm, và William ban cho ông chức chỉ huy nhiều bổng lộc ở Trung đoàn số 7 Bộ binh bảo vệ Luân Đôn.
Tuy nhiên danh tiếng của Marlborough trong triều đình ngày càng suy giảm, do sự thân cận của vợ chồng ông với vương nữ  Anne, người xét theo tính chính thống xứng đáng lên ngôi hơn William và Mary. Mary cảm thấy rất khó chịu với Sara, người lên tiếng bênh vực Anne trong một loạt tranh cãi triều đình và nỗi căm ghét lây sang cả bá tước. Tuy nhiên trong một thời gian những tranh cãi nóng nảy này chìm xuống bởi các sự kiện ở Ireland nơi James đổ bộ tháng 3 năm 1689 để tìm cách lấy lại ngai vàng. Khi William đem đại quân tới Ireland tháng 6 năm 1690 Marlborough được chỉ định làm tư lệnh tất cả quân đội và dân quân ở xứ Anh, và tham gia vào Hội đồng Chín người cố vấn cho Nữ hoàng Mary về các vấn đề quân sự trong lúc nhà vua vắng mặt, tuy nhiên Mary không thèm che giấu sự căm ghét với Marlborough.
Chiến thắng của William III trong trận Boyne ngày 1 tháng 7 năm 1690 buộc James II phải bỏ rơi đội quân của mình và chạy trốn trở về nước Pháp. Tháng 8 Marlborough đi tới Ireland, lần đầu tiên được cầm quân độc lập trong một chiến dịch kết hợp thủy-bộ vào các cảng miền nam Cork và Kinsale. Đó là một chiến dịch táo bạo, sáng tạo nhắm vào các tuyến đường vận chuyển quân lương của phe Jacobite mà vị bá tước đề xuất và tiến hành xuất sắc. Thành Cork thất thủ ngày 27 tháng 9, Kinsale nối tiếp vào giữa tháng 10. Dù không dẫn tới kết thúc chiến tranh như Marlborough kỳ vọng, chiến dịch đã dạy cho Marlborough bài học về tầm quan trọng của hậu cần và phối hợp tác chiến. Phải 10 năm sau đó Marlborough mới có dịp trở lại cầm quân.