Nhà Nguyễn
Thời kỳ độc lập > Tổ chức bộ máy > Phân chia hành chính

Bài chi tiết: Hành chính Việt Nam thời Nguyễn
Năm 1802, trong khi đã quyết định Phú Xuân là quốc đô, Nguyễn Ánh vẫn tạm đặt 11 trấn phía Bắc (tương đương khu vực Bắc Bộ ngày nay) thành một Tổng trấn với tên cũ Bắc Thành, do một Tổng trấn đứng đầu.
Đến thời Minh Mạng, để nhất thể hóa các đơn vị hành chính trong cả nước, năm 1831–1832, nhà vua thực hiện một cuộc cải cách hành chính lớn, theo đó bỏ các tổng trấn, đổi các dinh, trấn thành tỉnh. Đây là lần đầu tiên, đơn vị hành chính tỉnh xuất hiện ở Việt Nam. Năm 1831, Minh Mạng đổi các trấn từ Quảng Trị trở ra thành 18 tỉnh, và vùng còn lại ở phía Nam được chia làm 12 tỉnh. Thừa Thiên, nơi tọa lạc của kinh đô Phú Xuân, là phủ trực thuộc Trung ương. Cả nước được chia làm 30 tỉnh và phủ Thừa Thiên.
Đứng đầu tỉnh là Tổng đốc (mỗi người phụ trách 2–3 tỉnh và chuyên trách 1 tỉnh) và Tuần phủ (dưới Tổng đốc, phụ trách chỉ 1 tỉnh). Giúp việc có Bố chánh sứ ti lo về thuế khóa, hộ khẩu, hành chính; Án sát sứ ti lo về an ninh, luật pháp. Phụ trách về quân sự có chức lãnh binh. Các quan chức đứng đầu tỉnh đều do chính quyền trung ương trực tiếp bổ nhiệm, và thường là võ quan cao cấp, về sau mới bổ dụng thêm các quan văn. Hệ thống chính quyền được phân biệt rõ rệt giữa Trung ương và địa phương, và trong hệ thống này nhà vua, người đứng đầu đất nước, nắm nhiều quyền lực hơn hẳn so với các thời kỳ trước.
Dưới tỉnh là phủ, huyện, châu, tổng và xã. Quan chức của triều đình chỉ phân ra tới phủ huyện, từ tổng trở xuống do người dân tự lựa chọn cử ra quản trị. Tổng gồm có vài làng hay xã, có một cai tổng và một phó tổng do Hội đồng Kỳ dịch của các làng cử ra quản lý thuế khóa, đê điều và trị an trong tổng. Nhìn chung, cơ cấu hành chính của các tổng, xã được tổ chức khá chặt chẽ để triều đình dễ dàng quản lý và phản ứng mau lẹ khi có sự biến xảy ra.
Đối với vùng thượng du và với các khu vực sinh sống của các dân tộc thiểu số, Minh Mạng thực hiện nhất thể hóa về mặt hành chính cùng với các vùng miền xuôi. Năm 1829, ông bãi bỏ chế độ thế tập của các Thổ ti (các tù trưởng của dân tộc thiểu số) mà cho quan lại lựa chọn những thổ hào ở địa phương làm Thổ tri các châu huyện. Sau đó, Minh Mạng còn đặt thêm một chức lưu quan do người Kinh nắm giữ để khống chế các vùng này tốt hơn và tiến hành thu thuế như ở miền xuôi. Tuy nhiên, do phản ứng của người dân địa phương, vua Tự Đức sau đó đã bãi bỏ chế độ lưu quan. Tính đến cuối thế kỷ 19, Việt Nam có 98 phủ bao gồm 342 huyện và châu.
Đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, vua Gia Long từ năm 1816 đã chính thức ra lệnh tiếp thu Hoàng Sa, cắm cờ trên đảo và đo thủy trình. Sang triều Minh Mạng, nhà Nguyễn cho xây đền, đặt bia đá, đóng cọc và trồng cây. Đội Hoàng Sa và Đội Bắc Hải được trao nhiều nhiệm vụ hơn: khai thác, tuần tiễu, thu thuế dân trên đảo và nhiệm vụ biên phòng bảo vệ hai quần đảo. Hai đội này tiếp tục hoạt động cho đến khi người Pháp vào Đông Dương. Từ thập niên 1890, chính quyền Bảo hộ nhân danh triều đình Huế của nhà Nguyễn cũng có dự định dựng ngọn hải đăng để khẳng định chủ quyền của Pháp trên quần đảo Hoàng Sa nhưng đồ án không thực hiện được và mãi đến năm 1938 mới có lực lượng chính thức chiếm đóng quần đảo này. Dù vậy, khi nhà Thanh gửi thuyền xâm phạm quần đảo Hoàng Sa vào những năm đầu thế kỷ 20 thì Bộ Ngoại giao Pháp đã có công văn phản đối. Cuộc tranh chấp này kéo dài cho đến khi người Pháp mất chủ quyền ở Đông Dương và vẫn chưa kết thúc.