Bằng chứng về tổ tiên chung
Bằng chứng từ giải phẫu học so sánh > Cơ quan thoái hóa

Bằng chứng cho sự tồn tại của tổ tiên chung đến từ sự tồn tại của các cơ quan thoái hóa. Các cấu trúc thô sơ này thường tương đồng với các cấu trúc tương ứng trong các loài họ hàng hoặc tổ tiên. Một loạt các cấu trúc tồn tại như gen đột biến và không hoạt động, các bộ phận của hoa, cơ bắp, cơ quan và thậm chí cả hành vi. Sự đa dạng này có thể được tìm thấy trên nhiều nhóm loài khác nhau. Trong nhiều trường hợp chúng bị thoái hóa hoặc kém phát triển. Sự tồn tại của các cơ quan tiền đình có thể được giải thích dưới dạng những thay đổi trong môi trường hoặc phương thức sống của loài. Các cơ quan đó thường có chức năng trong các loài tổ tiên nhưng bây giờ hoặc là bán chức năng, không chức năng hoặc tái mục đích.
Tài liệu khoa học liên quan đến cơ quan thoái hóa (vestigial structures) rất nhiều. Một nghiên cứu đã đưa ra 64 ví dụ về cơ quan thoái hóa được tìm thấy trong tài liệu trên một loạt các ngành học trong thế kỷ 21. Danh sách không đầy đủ sau đây tóm tắt Senter et al. cùng với nhiều ví dụ khác:
Sự hiện diện của tàn dư ty thể (mitosome) đã mất khả năng tổng hợp ATP trong  Entamoeba histolytica, Trachipleistophora hominis Cryptosporidium parvum, Blastocystis hominis  và  [[Giardia intestinalis].
Tàn dư bào quan lục lạp (vô sắc lạp) trong các loài tảo không quang hợp (Plasmodium falciparum, Toxoplasma gondii, Aspasia longa, Anthophysa vegetans, Ciliophrys infusionum, Pteridomonas danica, Paraphysomonas, Spumella và Epifagus americana.
Thiếu nhị hoa (không mạch nhị lép) trên các loài hoa như Gilliesia và Gethyum.
Nhị không chức năng ở hoa cái và nhụy không chức năng ở hoa đực của các loài xương rồng như Consolea spinosissima.
Nhụy hoa còn sót lại trên hoa cái của Fragaria virginiana; tất cả các loài của chi Schiedea; và trên Penstemon centranthifolius, P. rostriflorus, P. ellipticus, và P. palmeri.
Vết tích bao phấn trên Nemophila menziesii.
Sư tiêu biến chi sau và xương chậu nhưng vẫn được gắn vào cơ của cá voi (xem hình 2b). Đôi khi, các gen mã hóa cho các chi dài hơn khiến một con cá voi hiện đại phát triển chân. Vào ngày 28 tháng 10 năm 2006, một con cá heo mũi nhọn bốn vây đã bị bắt và nghiên cứu do có thêm các chi sau. Những cái chân của bộ cá voi này cho thấy một ví dụ về sự lại tổ được dự đoán từ tổ tiên chung của chúng.
Cánh sau không chức năng ở Carabus solieri và những con bọ cánh cứng khác.
Mắt còn sót lại (và cấu trúc mắt) ở động vật bị mất thị lực như cá hang động mù (ví dụ: ‘’Astyanax mexicanus’’), chuột chũi, rắn, nhện, kỳ nhông, tôm, tôm càng và bọ cánh cứng.
Vết tích mắt ở phần sinh vật còn tồn tại như Rhineura floridana và vết tích xương sọ jugal ở sinh vật đã tuyệt chủng Rhineura hatchery (phân loại lại là Protorhineura hatcherii).
Đôi cánh không có chức năng ở những loài chim không biết bay như đà điểu, chim kiwi, đà điểu đầu mào và đà điểu châu Úc.
Sự hiện diện của nếp gấp nhỏ của hành kết mạc trên khóe mắt giữa (Plica semilunaris) trong mắt con người —một vết tích còn sót lại của động vật màng nictate (Nictitating membrane).
Tuyến Harderian ở linh trưởng.
Sự tiêu biến chân sau và cấu trúc xương chậu ở thằn lằn không chân, họ thằn lằn bóng, amphisbaenian, vài loài rắn khác.
Tiêu biến bộ máy khứu giác và biến mất ở cá voi dù vẫn còn sở hữu các bộ gen quy định thụ thể khứu giác.
Vết tích răng ở kỳ lân biển.
Ngón thô của Ateles geoffroyi, Colobus guereza, và Perodicticus potto.
Vết tích răng nguyên thủy trong mô hình răng phôi ở chuột.
Sự tiêu biến hoặc biến mất của cơ quan vomeronasal ở con người và họ khỉ cựu thế giới.
Sự hiện diện của cơ bắp xoang không chức năng ở người được sử dụng trong cử động râu ria.
Sự thoái hóa cơ palmaris longus ở con người.
Phân thứ lớp Cá xương thật, linh trưởng dạng người thuộc (Phân thứ bộ Khỉ dạng người), chuột lang nhà, vài loài dơi vài loài bộ sẻ đã mất khả năng tổng hợp vitamin C (ascorbic acid), nhưng vẫn sở hữu các gen liên quan. Sự bất lực này là do đột biến gen L-gulono-γ-lactone oxidase (GLO)—xuất hiện ở linh trưởng, cá xương thật và chuột lang là không đảo ngược được.
Phần bụng còn sót lại ở (hà).
Phôi động vật có xương sống không phải động vật có vú phụ thuộc vào các chất dinh dưỡng từ túi noãn hoàng. Hệ gen của con người và động vật có vú khác chứa các gen bị hỏng, không hoạt động, mã hóa cho việc sản xuất lòng đỏ, cùng với sự hiện diện của túi noãn hoàng với phôi.
Phôi cá heo có mầm chi.
Sự hình thành lá ở một số loài xương rồng.
Sự hiện diện của một vết tích nội cộng sinh Lepidodinium viride trong tảo đơn bào hai roi Gymnodinium chlorophorum.
Những loài Dolabrifera dolabrifera có một tuyến mực nhưng "không có khả năng sản xuất mực hoặc các protein chống kẻ săn mồi liên quan".