Wilhelm II, Hoàng đế Đức
Chạy đua vũ trang hải quân với Anh

Quyết định theo đuổi chính sách xây dựng hải quân theo quy mô lớn của Wilhelm trong thời kỳ này đã có ảnh hưởng rất nhiều đến các trường quốc tế. Và một lực lượng hải quân hùng mạnh được xem là dự án trọng tâm nhất của ông. Wilhelm có một sự ngưỡng mộ lớn lao với Hải quân Hoàng gia Anh - được xem là lực lượng lớn nhất thế giới lúc bấy giờ. Ông từng tâm sự với chú của mình, Edward, Thân vương xứ Wales, rằng ước mơ của ông là một ngày nào đó sẽ có một "hạm đội của riêng mình". Sự thất vọng của ông trước sự thể hiện kém cỏi của hạm đội Đức trong buổi duyệt binh tại lễ kỷ niệm Kim cương của Nữ vương Victoria, kết hợp với việc ông không có khả năng gây ảnh hưởng của Đức ở Nam Phi sau khi gửi điện tín Kruger, dẫn đến việc Wilhelm thực hiện những bước dứt khoát trong việc xây dựng một hạm đội để sánh ngang với những người anh em họ người Anh của ông. Ông kêu gọi sự phục vụ của sĩ quan hải quân năng động, Ngài Alfred von Tirpitz, người được ông bổ nhiệm làm người đứng đầu của Văn phòng Hải quân Hoàng gia Đức vào năm 1897.
Tirpitz đã cho ra đời thứ được gọi là "Lý thuyết rủi ro" hay Kế hoạch Tirpitz, theo đó Đức có thể buộc Anh phải tuân theo các yêu cầu của Đức trên trường quốc tế thông qua mối đe dọa gây ra bởi một dàn chiến xa mạnh tập trung ở Biển Bắc. Tirpitz được sự ủng hộ hết mình trong việc ủng hộ các dự luật hải quân kế tiếp năm 1897 và 1900, theo đó hải quân Đức được xây dựng để cạnh tranh với Đế quốc Anh. Việc mở rộng hải quân theo các hành động của hạm đội cuối cùng đã dẫn đến những căng thẳng tài chính nghiêm trọng ở Đức vào năm 1914, vì vào năm 1906, Wilhelm đã cho hải quân của ông đóng loại thiết giáp hạm dreadnought lớn và đắt tiền. Đế quốc Anh rất phụ thuộc vào tự hào ưu thế hải quân của họ và phản ứng của nước này là biến Đức trở thành kẻ thù của mình.
Năm 1889, Wilhelm tổ chức lại quyền kiểm soát cấp cao nhất của hải quân bằng cách thành lập Nội các Hải quân (Marine-Kabinett) tương đương với Nội các Quân sự Đế quốc Đức trước đây hoạt động như nhau cho cả lục quân và hải quân. Người đứng đầu Nội các Hải quân chịu trách nhiệm về việc thăng chức, bổ nhiệm, điều hành và ra lệnh cho các lực lượng hải quân. Thuyền trưởng Gustav von Senden-Bibran được bổ nhiệm làm người đứng đầu đầu tiên và giữ nguyên như vậy cho đến năm 1906. Chế độ đô đốc hiện tại của Đế quốc bị bãi bỏ, và trách nhiệm của nó được phân chia giữa hai tổ chức. Một vị trí mới đã được tạo ra, tương đương với tư lệnh tối cao của quân đội: Tổng tư lệnh tối cao của Bộ Hải quân, hay Oberkommando der Marine, chịu trách nhiệm về việc triển khai tàu, chiến lược và chiến thuật. Phó đô đốc Max von der Goltz được bổ nhiệm vào năm 1889 và giữ chức vụ cho đến năm 1895. Việc xây dựng và bảo trì tàu cũng như tiếp tế là trách nhiệm của Quốc vụ khanh Văn phòng Hải quân Đế quốc (Reichsmarineamt), chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Đế quốc và cố vấn cho Reichstag về các vấn đề hải quân. Người được bổ nhiệm đầu tiên là Chuẩn Đô đốc Karl Eduard Heusner, ngay sau đó là Chuẩn Đô đốc Friedrich von Hollmann từ năm 1890 đến năm 1897. Mỗi người trong số ba người đứng đầu này đều báo cáo riêng cho Wilhelm. Và ngoài việc mở rộng hạm đội, Kênh đào Kiel được khai trương vào năm 1895, tạo điều kiện cho việc di chuyển giữa Biển Bắc và Biển Baltic đã diễn ra nhanh hơn.