Indonesia chiếm đóng Đông Timor
Indonesia nằm quyền > Các chiến dịch của Indonesia chống lại cuộc kháng chiến

Các nhà lãnh đạo của tình báo Indonesia có ảnh hưởng với Suharto ban đầu đã dự tính rằng cuộc xâm lược, khuất phục sự phản kháng của người Fretilin và sát nhập với Indonesia sẽ nhanh chóng và tương đối không ảnh hưởng. Các chiến dịch tiếp theo của Indonesia kéo dài đến năm 1976 đã gây tàn phá cho Đông Timor, một nơi tiêu hao tài nguyên khổng lồ của Indonesia, gây tổn hại nghiêm trọng cho Indonesia trên trường quốc tế, và cuối cùng là một thất bại. Các vụ giết người bừa bãi, tàn sát của TNI gần các vùng ven biển trong những tháng đầu của cuộc xâm lược đã khiến một phần lớn dân số và hầu hết những người Falintil còn lại vào các vùng trung tâm. Điều này tỏ ra phản tác dụng khi khiến quân đội Indonesia phải chiến đấu chống lại kẻ thù được trang bị tốt và có khả năng tiếp cận các nguồn tài nguyên nông nghiệp và dân số. Người dân thường coi Falintil như một vùng đệm chống lại sự thái quá của các lực lượng Indonesia, dẫn đến sự ủng hộ ngày càng cao cho cuộc kháng chiến. Từ năm 1975 đến 1977, Fretilin đã bảo vệ ít nhất 40% dân số đã rời khỏi các vùng ven biển, trong điều kiện khắc nghiệt, với sự hỗ trợ tích cực của các cộng đồng tập hợp. Schwarz gợi ý rằng thực tế là cơ sở quyền lực của quân đội Indonesia hầu như không bị móp méo do các tính toán sai lầm của tình báo vào giữa những năm 1970 và những thất bại liên tục là thước đo cho sự thống trị của quân đội đối với các vấn đề của Indonesia.
Vào cuối năm 1976, một thế trận bế tắc tồn tại giữa Falintil và quân đội Indonesia. Không thể vượt qua sự kháng cự lớn và cạn kiệt tài nguyên của mình, TNI bắt đầu tái vũ trang. Hải quân Indonesia đã đặt hàng các tàu tuần tra bắn tên lửa từ Hoa Kỳ, Úc, Hà Lan, Hàn Quốc và Đài Loan, cũng như các tàu ngầm từ Tây Đức. Vào tháng 2 năm 1977, Indonesia cũng nhận được mười ba máy bay OV-10 Bronco từ Rockwell International Corporation với sự hỗ trợ từ một khoản tín dụng bán hàng viện trợ quân sự nước ngoài chính thức của chính phủ Hoa Kỳ. Bronco là lý tưởng cho cuộc xâm lược Đông Timor, vì nó được thiết kế đặc biệt cho các hoạt động chống nổi dậy ở địa hình dốc. Đến đầu tháng 2 năm 1977, ít nhất 6 trong số 13 chiếc Broncos đã hoạt động ở Đông Timor và giúp quân đội Indonesia xác định chính xác các vị trí của Fretilin. OV-10 Broncos đã giáng một đòn nặng nề vào Falintil khi máy bay tấn công lực lượng của họ bằng vũ khí thông thường và Napalm do Liên Xô cung cấp được gọi là 'Opalm'. Cùng với vũ khí mới, thêm 10,000 quân đã được gửi đến để bắt đầu các chiến dịch mới được gọi là 'giải pháp cuối cùng'.
Các chiến lược gia TNI đã thực hiện chiến lược tiêu diệt Falintil bắt đầu từ tháng 9 năm 1977. Điều này được thực hiện bằng cách khiến các khu vực trung tâm của Đông Timor không thể duy trì sự sống của con người thông qua các cuộc tấn công bom napalm, chiến tranh hóa học và tàn phá mùa màng. Điều này được thực hiện để buộc người dân đầu hàng trước sự quản thúc của lực lượng Indonesia và tước đoạt thực phẩm và dân số của Falintil. Các quan chức Công giáo ở Đông Timor gọi chiến lược này là một chiến dịch "bao vây và tiêu diệt". 35,000 quân ABRI bao vây các khu vực Fretilin hỗ trợ và giết hại đàn ông, phụ nữ và trẻ em. Các cuộc oanh tạc của không quân và hải quân được theo sau bởi quân bộ binh, những người đã phá hủy các làng mạc và cơ sở hạ tầng nông nghiệp. Hàng ngàn người có thể đã bị giết trong thời kỳ này. Đầu năm 1978, toàn bộ dân thường của làng Arsaibai, gần biên giới Indonesia, đã thiệt mạng vì ủng hộ Fretilin sau khi bị bắn phá và chết đói. Thành công của chiến dịch 'bao vây và tiêu diệt' đã dẫn đến 'chiến dịch thanh lọc cuối cùng', trong đó trẻ em và nam giới sẽ bị buộc phải nắm tay nhau và diễu hành trước các đơn vị Indonesia đang tìm kiếm các thành viên của Fretilin. Khi các thành viên của Fretilin được tìm thấy, các thành viên sẽ buộc phải đầu hàng hoặc tự nổ súng vào người của mình.
Trong thời kỳ này, các cáo buộc về việc người Indonesia sử dụng vũ khí hóa học đã xuất hiện, khi dân làng báo cáo rằng giòi xuất hiện trên cây trồng sau các vụ đánh bom. Đài phát thanh Fretilin cho rằng máy bay Indonesia đã thả chất độc hóa học, và một số quan sát viên - bao gồm cả Giáo mục Dili - báo cáo đã nhìn thấy bom napalm được thả xuống vùng nông thôn. Ủy ban Tiếp nhận, Sự thật và Hòa giải của Liên Hiệp Quốc ở Đông Timor, dựa trên các cuộc phỏng vấn với hơn 8,000 nhân chứng, cũng như các giấy tờ quân sự và thông tin tình báo của Indonesia từ các nguồn quốc tế, xác nhận rằng người Indonesia đã sử dụng vũ khí hóa học và bom napalm để đầu độc thực phẩm và nước tiếp tế tại các khu vực do Fretilin kiểm soát trong chiến dịch "bao vây và tiêu diệt".
Mặc dù tàn bạo nhưng chiến dịch 'bao vây và tiêu diệt' của người Indonesia năm 1977-1978 đã có hiệu quả ở chỗ nó đã phá vỡ sự hậu thuẫn của chính lực lượng dân quân Fretilin. Tổng thống Timorese đầy năng lực và chỉ huy quân sự, Nicolau Lobato, đã bị bắn chết bởi quân đội Indonesia bằng máy bay trực thăng vào ngày 31 tháng 12 năm 1978.