Bộ Dân ủy Nội vụ Liên Xô
Hoạt động > Đàn áp trong nước

Xem thêm: Đàn áp chính trị ở Liên Xô
Khi Liên Xô thực hiện chính sách trong nước  đối với những phần tử được coi là kẻ thù của nhà nước Xô Viết ("Kẻ thù của nhân dân"), vô số người đã bị đưa đến các trại GULAG và hàng trăm nghìn người đã bị hành quyết bởi NKVD. Về mặt hình thức, hầu hết những người này đều bị kết tội bởi NKVD troika ("bộ ba")– tòa án quân sự đặc biệt. Dấu hiệu chứng cứ rất thấp: việc một người cung cấp thông tin ẩn danh đưa ra được coi là đủ cơ sở để bắt giữ. Sử dụng "biện pháp thuyết phục vật chất" (tra tấn) đã được phê chuẩn bởi một nghị quyết đặc biệt của nhà nước, mở đầu cho nhiều vụ xét xử thiếu công bằng, được lưu lại trong ký ức của các nạn nhân và các thành viên của chính NKVD. Hàng trăm ngôi mộ tập thể kết quả từ các hành động kết tội vội vã, sau đó đã được phát hiện trên khắp đất nước. Có bằng chứng tài liệu cho thấy NKVD đã thực hiện hàng loạt các vụ hành quyết phi pháp, được hướng dẫn bởi các "kế hoạch" bí mật. Những kế hoạch đó đã thiết lập số lượng và tỷ lệ nạn nhân (chính thức là "kẻ thù công khai") trong một khu vực nhất định (ví dụ như hạn ngạch cho giáo sĩ, quý tộc trước đây, v.v., bất kể danh tính). Gia đình của những người bị đàn áp, bao gồm cả trẻ em, cũng tự động bị đàn áp theo Nghị định NKVD số 00486.
Các cuộc thanh trừng được tổ chức thành nhiều đợt theo quyết định của Bộ Chính trị Đảng Cộng sản. Một số ví dụ là các chiến dịch bao quanh các kỹ sư (Tòa án Shakhty), đảng và nhóm âm mưu quân sự (Đại thanh trừng với Nghị định 00447), và nhân viên y tế ("Âm mưu bác sĩ"). Xe hơi ngạt đã được sử dụng ở Liên Xô trong cuộc Đại thanh trừng ở các thành phố Moscow, Ivanovo và Omsk.
Một số chiến dịch tập trung của NKVD liên quan đến việc truy tố toàn bộ các sắc tộc. Ví dụ, Chiến dịch NKVD ở Ba Lan năm 1937–1938 dẫn đến việc hành quyết 111,091 người Ba Lan. Toàn bộ dân số của một số sắc tộc nhất định đã bị cưỡng chế tái định cư. Những người nước ngoài sống ở Liên Xô được chú ý đặc biệt. Khi những công dân Mỹ sống ở Liên Xô vỡ mộng kéo đến cổng đại sứ quán Mỹ ở Moscow để cầu xin hộ chiếu mới của Mỹ rời khỏi Liên Xô (hộ chiếu Mỹ ban đầu của họ đã được sử dụng cho mục đích 'đăng ký' nhiều năm trước đó), không có hộ chiếu nào được cấp. Thay vào đó, NKVD đã nhanh chóng bắt giữ tất cả những người Mỹ, đưa đến nhà tù Lubyankavà sau đó bắn. Các công nhân tại nhà máy Ford GAZ của Liên Xô, nhà máy người Mỹ, bị Stalin nghi ngờ bị 'đầu độc' bởi tư tưởng của phương Tây, đã bị NKVD đưa đến Lubyanka bằng chính chiếc xe Ford Model A mà họ đã chế tạo, tại đây họ bị tra tấn; gần như tất cả đều bị hành quyết hoặc chết trong các trại lao động. Nhiều người trong số những người Mỹ bị giết đã được chôn trong ngôi mộ tập thể tại quận Yuzhnoye Butovo, Moscow. Mặc dù vậy, người dân các nước Cộng hòa Liên Xô vẫn là phần lớn nạn nhân của NKVD.
NKVD cũng từng là cánh tay của chính quyền Cộng sản Nga Xô trong cuộc đàn áp và gây ra cái chết với các dân tộc thiểu số và tín ngưỡng tôn giáo, chẳng hạn như Giáo hội Chính thống giáo Nga, Giáo hội Chính thống giáo Ukraine[cần định hướng], Giáo hội Công giáo Rôma, Công giáo Đông phương, Hồi giáo, Do Thái giáo và các tổ chức tôn giáo khác, chiến dịch do Yevgeny Tuchkov đứng đầu.