Thời kỳ Minh Trị
Nhật hoàng và cuộc Minh Trị Duy tân

Bài chi tiết: Minh Trị Duy tân
Xem thêm: Phế phiên, lập huyện
Ngày 3 tháng 2 năm 1867, Thiên hoàng Hiếu Minh qua đời, hoàng tử Mutsuhito 16 tuổi lên thay, một thời kỳ mới bắt đầu - thời kỳ Minh Trị. Nhật hoàng khôi phục uy quyền năm 1868 chấm dứt 265 năm phong kiến dưới triều Mạc phủ Tokugawa.
Cải cách đầu tiên là việc tuyên cáo lời thề Ngũ cá điều chi Ngự thệ văn năm 1868, một lời tuyên bố chung về mục đích của triều đình Minh Trị để củng cố sĩ khí và giành được sự ủng hộ tài chính cho chính phủ mới. Những điều khoản của nó bao gồm:
Thành lập các hội đồng thảo luận lớn.
Mọi tầng lớp đều tham gia vào việc tiến hành các sự vụ quốc gia.
Bãi bỏ luật điều chỉnh chi tiêu và hạn chế tầng lớp trong việc thuê mướn.
Thay thế các phong tục xấu xa bằng các điều luật công bằng của tự nhiên
Một cuộc tìm kiếm tri thức quốc tế để củng cố nền tảng thống trị của Đế quốc.
Ẩn ý trong 5 lời tuyên thệ này là chấm dứt quyền thống trị chính trị độc quyền của Shogun và hướng đến sự tham dự dân chủ trong chính phủ. Để thực hiện 5 lời thề, bản Hiến pháp 11 điều được ban hành. Bên cạnh việc thành lập Hội đồng Quốc gia, các thực thế pháp lý, và hệ thống đẳng cấp quý tộc và viên chức, nó giới hạn nhiệm kỳ 4 năm, cho phép nhân dân bầu cử, ban hành hệ thống thuế mới, và quy định hệ thống hành chính địa phương mới.
Chính phủ Minh Trị đảm bảo với các cường quốc rằng họ sẽ thực hiện các điều ước cũ đã được Mạc phủ đàm phán và thông báo họ sẽ hành động phù hợp với luật pháp quốc tế. Mutsuhito, người mà Triều đại của ông sẽ kéo dài cho đến năm 1912, chọn một niên hiệu mới— Minh Trị (Meiji) — để đánh dấu sự khởi đầu của một kỷ nguyên mới trong lịch sử. Để nhấn mạnh hơn nữa trật tự mới, thủ đô được dời khỏi Kyoto, nơi đã đóng đô từ năm 794, đến Tokyo (Đông Kinh), tên mới của Edo. Trong một bước đi quan trọng cho việc củng cố triều đại mới, phần lớn các daimyo tự nguyện dâng nộp đất đai và số liệu về dân số cho Nhật hoàng trong cuộc giải thể hệ thống phiên, biểu tượng cho việc đất đai và dân số nay đã đặt dưới phạm vi quyền lực của Nhật hoàng. Được xác nhận vị trí cha truyền con nối của mình, các daimyo trở thành Thống đốc, và chính quyền trung ương thừa nhận các chi tiêu hành chính của họ và việc trả lương cho samurai. Các phiên được thay thế bằng tỉnh năm 1871, và quyền lực tiếp tục rơi về tay chính quyền trung ương. Các quan chức từ các phiên được ân sủng trước đó, ví dụ như Satsuma, Chōshū, Tosa, và Hizen, được chọn làm các Bộ trưởng mới. Các quý tộc trong triều vốn ít được ân sủng trước kia và các samurai cấp thấp nhưng từ gốc rễ thay thế những người được Mạc phủ bổ nhiệm, daimyo, và các quý tộc cũ trong triều, trở thành tầng lớp thống trị mới.
Minh Trị duy tân đã cố gắng đưa Nhật hoàng trở lại vị trí nổi trội, cố gắng đưa Thần đạo trở thành quốc giáo như 1.000 năm trước. Vì Thần đạo và Phật giáo đã hòa trộn thành một niềm tin tổng hợp trong gần 1.000 năm trước đó, một Quốc gia Thần đạo mới được xây dựng để phục vụ mục đích này. Cơ quan thờ phụng Thần đạo được thành lập, về mặt quan trọng thì còn hơn cả Hội đồng Quốc gia. Tư tưởng Quốc thể của trường Mito được nắm lấy, và nguồn gốc thần thánh của Hoàng gia Nhật Bản được nhấn mạnh. Chính quyền ủng hộ các giáo viên Shinto, một bước chuyển nhỏ nhưng quan trọng. Mặc dù Cơ quan thờ phụng Thần đạo bị hạ cấp năm 1872, và đến năm 1877, Nội vụ tỉnh kiểm soát tất cả các đến thờ Thần đạo và các giáo phái Thần đạo chủ yếu nhận được sự công nhân quốc gia. Thần đạo được giải thoát khỏi sự bó buộc của Phật giáo và những giá trị của nó được phục hồi. Mặc dù Phật giáo chịu nhiều thiệt hai do sự ủng hộ mang tính quốc gia cho Thần đạo, nó vẫn có sự hồi sinh của riêng mình. Thiên Chúa giáo cũng được hợp pháp hóa, và Nho giáo vẫn là một học thuyết đạo đức quan trọng. Tuy vậy, càng ngày các nhà tư tưởng Nhật Bản càng nhận biết được các phương pháp và tư tưởng phương Tây.