Apollo 7
Điểm nhấn sứ mệnh > Mâu thuẫn và đáp xuống biển

Schirra đã tức giận khi các nhà quản lý NASA cho phép tiến hành phi vụ phóng bất chấp gió, ông nói rằng "Sứ mệnh đã đẩy chúng tôi vào chân tường về mặt rủi ro". Jones cho biết, bất đồng này chỉ là khúc dạo đầu cho một cuộc giằng co về các quyết định chỉ huy đối với phần còn lại của nhiệm vụ. Thiếu ngủ và chứng cảm lạnh của Schirra có lẽ đã góp phần khiến xung đột giữa các phi hành gia và Trung tâm Kiểm soát Sứ mệnh thỉnh thoảng lại nổi lên trong suốt chuyến bay.
Một nhân tố dẫn đến bất đồng giữa phi hành đoàn và Houston chính là việc thử nghiệm truyền phát. Sau khi Kiểm soát Sứ mệnh yêu cầu họ bật nguồn camera trước lịch trình nhằm mục đích kiểm tra, Schirra đã tức giận và tuyên bố rằng "tôi có thể cho các anh biết vào thời điểm này, buổi truyền hình sẽ bị trì hoãn mà không có bất kỳ thảo luận nào thêm cho đến sau cuộc hẹn". Schirra sau đó viết, "chúng tôi sẽ chống lại bất cứ điều gì cản trở mục tiêu nhiệm vụ chính. Vào buổi sáng ngày thứ Bảy này, một chương trình truyền hình rõ ràng đã làm cản trở [sứ mệnh]". Quyết định này cũng nhận được sự đồng tình từ Eisele; ông bày tỏ trong hồi ký của mình rằng phi hành đoàn đang bận rộn chuẩn bị cho cuộc diễn tập và "không muốn chuyển hướng sự chú ý của mình sang những điều có vẻ tầm thường vào thời điểm ấy". Theo French và Burgess, "Khi xem xét quan điểm này một cách khách quan – rằng trong một nhiệm vụ tập trung vào giai đoạn đầu (front-load), cuộc hẹn, việc căn chỉnh và kiểm tra động cơ nên được thực hiện trước khi phát sóng – thật khó để tranh luận với ông ta [Schirra]". Mặc dù Slayton đã nhượng bộ Schirra nhưng thái độ của vị chỉ huy vẫn khiến những người điều khiển chuyến bay ngạc nhiên.
Vào Ngày thứ 8, sau khi được yêu cầu làm theo một quy trình mới gửi lên từ mặt đất khiến cho máy tính bị treo, Eisele nói qua radio: "Chúng tôi đã không đạt được kết quả mà các người mong đợi. Chúng tôi không đạt được cái quái gì cả, trên thực tế ... dám cá là ... theo như chúng tôi lo ngại, gã nào đó ở dưới đấy đã phạm sai lầm lớn khi hắn cung cấp thứ ấy cho chúng tôi". Schirra sau đó bày tỏ niềm tin của mình rằng đây là dịp quan trọng duy nhất mà Eisele làm Houston thất vọng. Ngày kế tiếp thậm chí còn xuất hiện ​​nhiều xung đột hơn, Schirra đã nói với Kiểm soát Sứ mệnh sau khi phải thực hiện nhiều lần khởi động hệ thống RCS để giữ cho tàu vũ trụ ổn định trong quá trình thử nghiệm rằng, "Tôi ước gì các người có thể tìm ra tên của gã ngốc đã nghĩ ra cuộc thử nghiệm này. Tôi muốn tìm ra và nói chuyện riêng với hắn khi quay về". Eisele cũng tham gia theo, "Trong khi các anh đang làm việc ấy, hãy tìm xem ai đã nghĩ ra 'thử nghiệm đường chân trời P22'; thứ đó cũng khá hay đấy".
Một nguồn căng thẳng nữa giữa Trung tâm Kiểm soát Sứ mệnh và phi hành đoàn là do Schirra liên tục bày tỏ quan điểm rằng việc tái thâm nhập nên được tiến hành khi cởi mũ bảo hiểm. Ông nhận thấy nguy cơ màng nhĩ của họ có thể vỡ do áp lực xoang từ chứng cảm lạnh; họ muốn được bịt mũi và thổi để cân bằng áp suất khi nó tăng lên trong quá trình tái thâm nhập. Điều này không thể thực hiện khi đội mũ. Trong nhiều ngày, Schirra từ chối lời khuyên nên đội mũ bảo hiểm từ phía mặt đất và cho rằng đó là đặc quyền đưa ra quyết định của mình với tư cách chỉ huy, mặc dù Slayton đã cảnh báo ông sẽ phải chịu trách nhiệm cho chuyện này sau chuyến bay. Schirra tuyên bố vào năm 1994, "Trong trường hợp này, tôi bị cảm lạnh và đã thảo luận đủ với mặt đất. Tôi không còn nhiều thời gian để nói về việc sẽ đội hay cởi mũ bảo hiểm. Về cơ bản, tôi đã nói, tôi đang ở trên tàu, tôi đang chỉ huy. Họ có thể đeo tất cả những chiếc băng tay màu đen mà họ muốn nếu tôi qua đời hoặc mất thính giác. Nhưng tôi có trách nhiệm phải hoàn thành nhiệm vụ". Phi hành đoàn đã không đội mũ bảo hiểm khi tái thâm nhập. Giám đốc Điều hành Chuyến bay Christopher C. Kraft yêu cầu lời giải thích về điều mà ông cho là sự không tuân lệnh với CAPCOM Stafford của Schirra. Kraft sau đó nói, "Schirra đang dùng quyền chỉ huy của mình để đưa ra quyết định cuối cùng, chỉ vậy thôi".
Apollo 7 lao xuống biển mà không xảy ra sự cố nào lúc 11:11:48 UTC ngày 22 tháng 10 năm 1968, cách Bermuda 200 hải lý (230 mi; 370 km) về hướng nam tây nam và 7 hải lý (8 mi; 13 km) về phía bắc tàu thu hồi USS Essex. Thời lượng nhiệm vụ là 10 ngày, 20 giờ, 9 phút và 3 giây.