Học viện Hàng không Việt Nam
Tranh cãi > 2020–2023: Tuyển sinh trái luật, lạm thu học phí

Tuy đã có văn bản quy định trước đó của Bộ Giáo dục yêu cầu các trường đại học ngừng đào tạo hệ cao đẳng bắt đầu từ năm 2020, Học viện Hàng Không Việt Nam vẫn tiếp tục tuyển sinh trái luật. Bên cạnh đó, 2 trong số 13 thí sinh tuy chưa tốt nghiệp đại học nhưng vẫn được trường thông báo đủ điều kiện tham dự kỳ thi thạc sĩ quản trị kinh doanh cuối năm 2019, chỉ một ngày sau thời điểm kết thúc thi cao học, hai nhân vật này mới nhận được bằng đại học, và đến ngày tiếp theo thì nằm trong danh sách trúng tuyển. Phóng viên Tuổi Trẻ đã đề nghị làm việc trực tiếp với bà Hằng về những sự việc trên, tuy nhiên vị giám đốc truyền thông sẽ trao đổi vấn đề qua email. Khi email được gửi, người đứng đầu viện tiếp tục yêu cầu đưa công văn, và khi công văn đã trao, đại diện trường hẹn sẽ có văn bản trả lời. Tuy nhiên, phóng viên hoàn toàn không nhận được phản hồi sau đó và thông tin cũng không được cập nhật thêm kể từ đây.
Công tác bổ nhiệm nhân sự của Bộ Giao thông Vận tải dưới nhiệm kỳ Đinh La Thăng được cho là đã gây ra nhiều sự tranh cãi, cụ thể trường hợp của ông Trần Hoài An là một minh chứng, người đã rớt hai lần trong kỳ thi tuyển các chức vụ lãnh đạo của hai trường đại học. Tháng 5 năm 2015, An có mặt trong danh sách bảy người cạnh tranh chức vụ hiệu trưởng Trường Đại học Công nghệ Giao thông vận tải nhưng không đậu, một tháng sau, ông tiếp tục ghi danh vào vị trí giám đốc Học viện Hàng không Việt Nam, nhưng vừa bước qua tháng 7 thì Bộ Giao thông đã đột ngột bổ nhiệm An giữ chức Phó Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, trong khi kết quả kỳ thi hoàn toàn không được công bố thì đến tháng 11, bà Nguyễn Thị Hải Hằng được thông báo trở thành tân giám đốc của VAA. Giữa năm 2020, ông An tiếp tục nắm giữ cương vị Chủ tịch Hội đồng đầu tiên của học viện nhiệm kỳ 2020–2025. Cũng trong năm này, trường chính thức chuyển đổi mô hình hoạt động sang tự chủ tài chính.
Vị đương kim chủ tịch trên vừa đảm nhận chức vụ được ba năm thì đến ngày 11 tháng 7 năm 2023, Bộ Giao thông Vận tải ra thông báo kết luận điều tra đơn tố cáo đối với ông Trần Hoài An, trong đó khẳng định một phần nhân vật này đã "lạm quyền", "không chấp hành, làm trái quy định của pháp luật" khi để trường thu học phí sinh viên vượt ngưỡng cho phép liên tiếp hai niên khóa 2021–2023 với tổng số tiền lên đến 56 tỷ đồng (hơn 2.2 triệu Mỹ kim). Ngay chính trong giai đoạn Việt Nam chịu ảnh hưởng nặng nề bởi đại dịch COVID-19, và bất chấp cơ quan chủ quản đã có hai công văn truyền thông rõ ràng về mức học phí cùng thu chi trước đó, trường vẫn không tiến hành điều chỉnh. Trao đổi với Pháp luật Việt Nam, ông An thừa nhận khoản thu vượt quy định 10% trong năm học 2021–2022 đã chậm xử lý trả lại cho người học, tuy nhiên sang khóa tiếp theo, thời điểm Chính phủ Việt Nam ban hành quyết định mới yêu cầu các trường không được nâng chi phí giáo dục nhằm hỗ trợ sinh viên hậu COVID-19 thì viện đã hoàn tất quá trình tăng thu học phí theo nghị định cũ. Gần bốn tháng sau khi Bộ Giáo dục ra văn bản hướng dẫn giải quyết các trường hợp này, người học vẫn chưa nhận được tiền bất chấp học viện đã có thông báo trước đó về việc hoàn trả và khấu trừ học phí trên cổng thông tin điện tử của trường. Cho đến khi văn bản kết luận tố cáo được cơ quan chủ quản trực tiếp công bố cuối tháng 7 năm 2023, cơ sở đào tạo mới thông báo "đang" khẩn trương hoàn trả/khấu trừ khoản thu sai lệch trong thời gian suốt hai năm. Vấn đề tranh cãi đã vượt ra khỏi phạm vi nội bộ trường từ đây và khiến giới truyền thông Việt Nam phải chú ý, một loạt các cơ quan ngôn luận từ trung ương đến địa phương của quốc gia này bắt đầu lên tiếng, trong đó có Công Thương, Đại biểu Nhân dân, Chính phủ, Dân Việt, Sài Gòn Giải Phóng, Tuổi Trẻ, VnExpress. Trong khi Giao Thông, Dân Trí, Công An Nhân Dân, gọi sự việc là hành động "thu lố" thì Báo Công an Thành phố Hồ Chí Minh lại khẳng định không thể tiếp tục để đơn vị "chiếm dụng" khoảng lợi nhuận này, đồng thời tiết lộ chính sinh viên là người đã viết đơn tố cáo ông An và học viện. Ngoài ra Bộ Giao thông cũng cho biết trách nhiệm để xảy ra sự việc này thuộc về ông Trần Hoài An trên cương vị là Chủ tịch Hội đồng, tập thể lãnh đạo và giám đốc học viện, đồng thời yêu cầu trường phải có kế hoạch cụ thể xử lý các cá nhân, tổ chức có liên quan đến những hạn chế trên và gửi báo cáo kết quả thực hiện kết luận tố cáo về cơ quan này trước ngày 30 tháng 9 năm 2023, tuy nhiên đến cuối tháng 10 cùng năm, khi ký giả Thanh tra trao đổi với Bộ thì được biết học viện vẫn chưa nộp bất kỳ văn bản nào, riêng cá nhân ông An thì hoàn toàn không phản hồi khi phóng viên chủ động đặt lịch làm việc.