Tađêô Lê Hữu Từ
Thời kỳ giám mục > Di cư và công việc mục vụ tại miền Nam

Sau chiến thắng của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ở trận Điện Biên Phủ khiến quân Pháp thất bại, giám mục Lê Hữu Từ cùng một số giám mục khác mất đi hy vọng duy trì khu tự vệ và quyết định di tản vào miền Nam.
Sau khi dự cuộc họp với chính quyền tại Hà Nội và nhận được tin chắc chắn về việc quân đội Việt–Pháp chắc chắn rút lui khỏi Phát Diệm, và Giám mục Lê Hữu Từ chỉ đạo giáo dân ngay lập tức rời Phát Diệm. Giáo dân và chủng sinh rời bến đò bằng canô, ra cửa biển để lên tàu lớn. Giám mục Lê Hữu Từ giơ tay về hướng di chuyển, đi cùng một quan chức Pháp di chuyển trên ca nô cuối cùng, do đi sát bờ, đã bị quân đội Việt Minh ném lựu đạn vào. Tuy không bị thương, máu của các người bị thương trên canô vấy trên áo giáo sĩ trắng của Giám mục Từ. Đoàn người sau đó [tiến ngược] ra Hải Phòng và các chủng sinh được cho tạm trú tại Đại chủng viện Hải Phòng. Ngày 30 tháng 6 năm 1954, Giám mục Từ cùng với 143 linh mục và 80.000 giáo dân Phát Diệm thực hiện cuộc di cư vào Nam. Theo số liệu từ sách Việt Nam Giáo sử, Giám mục Lê Hữu Từ di cư cùng 119 linh mục đang đảm trách 68 giáo xứ, 46 đại chủng sinh, 145 tiểu chủng sinh. Ở lại địa phận có linh mục Phaolô Bùi Chu Tạo, 29 linh mục (số linh mục quản xứ là 60), 1 dòng nam, 3 dòng nữ tu, 60 tiểu chủng sinh. Giám quản Địa phận là linh mục Phaolô Nguyễn Đắc Liêm. Sau khi di cư, Giám mục Lê Hữu Từ được cho là đã cố gắng đứng ngoài chính trị. Tiến sĩ Phạm Kim Long cho rằng Giám mục Lê Hữu Từ đã rơi vào tình trạng bị "thất sủng" sau đợt di cư này. Tuy ý định ban đầu là rời Phát Diệm đến Sài Gòn, giám mục Lê Hữu Từ từng có ý sắp xếp cho chủng sinh Phát Diệm tu học tại Hà Nội, tuy vậy cuối cùng lại quyết di cư vào miền Nam. Chủng viện đáp tàu di cư vào miền Nam ngày 14 tháng 7. Sau khi vào miền Nam, ông đã thương lượng với giáo xứ Phú Nhuận mua lại một khu đất giáo xứ không sử dụng đã lâu, và từ đó xây dựng Tiểu chủng viện Phát Diệm tại Phú Nhuận. Tiểu chủng viện hoàn thành và đưa vào sử dụng từ cuối năm 1954. Ngoài ra, ngay sau khi di cư, ông còn cho xây dựng cơ sở Dòng Mến Thánh Giá Phát Diệm tại Gò Vấp ngay sau khi di cư để tiếp tục các chương trình mục vụ.
Con số binh lính của khu tự trị Phát Diệm được Times ghi nhận và công bố vào tháng 10 năm 1954 là 10.000 người. Cuối tháng 6 năm 1954, làn sóng di cư từ Phát Diệm khởi sự. Giám mục Lê Hữu Từ cho tập trung giáo dân địa phận thành từng khối nhằm hỗ trợ lẫn nhau và cho họ định cư tại các vùng Bình Xuyên, Gia Kiệm, Phương Lâm, Bảo Lộc, Cần Thơ. Một bức điện thư đề ngày 13 tháng 12 năm 1954 của Đại diện Đặc biệt Hoa Kỳ tại Việt Nam J. Lawton Collins (1954-55), được gửi bởi Đại biện Hoa Kỳ tại Việt Nam Randolph Appleton Kidder thông tin về biến động chính trị tại Việt Nam Cộng hòa gửi đế Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ. Nội dung bức thư đề cập đến cuộc trao đổi của Collins với Giám mục Lê Hữu Từ vào ngày 11 tháng 12 cùng năm. Giám mục Từ được trích dẫn là đã cho rằng những hy vọng [của người dân] vào ông Ngô Đình Diệm từ khi ông này lên nắm quyền đã tiêu tan ít là một nửa, trong khi họ ngày càng bất mãn với ông Diệm. Giám mục Từ nhận định [ông] Diệm là người yêu nước lương thiện nhưng thiếu quyết đoán và bị bao vây bởi những cố vấn tồi, hầu hết đều là thành viên trong gia đình ông, là một người có tinh thần độc đoán và sẽ liên kết để chống lại những người có năng lực. Giám mục Từ đánh giá rằng khó có người có khả năng thay thế ông Diệm, tuy vậy ông này cần cải thiện công tác quản trị. Về phần cựu hoàng đế Bảo Đại, ý kiến của Giám mục Từ rằng nên để ông này tiếp tục cư trú tại Pháp và sử dụng ông này là một biểu tượng của sự đoàn kết, nhưng thực tế chỉ là một nhân vật bù nhìn. Giám mục cũng công bố rằng ông tin ông Ngô Đình Diệm đang bị em mình là Ngô Đình Nhu khuyến khích tìm cách phế truất Bảo Đại.
Tại Việt Nam Cộng hòa, nhiều lần Giám mục Lê Hữu Từ can dự vào các phe phái nhằm đem lại sự thống nhất của chính phủ. Năm 1955, ông gặp ông Trình Minh Thế và thuyết phục thành công ông này đưa Quân đội Quốc gia Liên minh của ông hợp tác với chính phủ. Giám mục Từ cũng liên kết với Đại tá Thái Hoàng Minh (tham mưu của Bảy Viễn để đưa đội quân Bình Xuyên về với chính quyền Việt Nam Cộng hòa, tuy vậy sự việc không thành. Năm 1958, Mười Hương bị bắt giam giữ tại Tòa Khâm (Huế) và có gặp Vũ Ngọc Nhạ cũng bị bắt giam. Mười Hương sau đó đã truyền đạt ý nhắn Nhạ theo gót giám mục Từ và linh mục Hoàng Quỳnh, trở thành cầu nối giữa gia đình Ngô Tổng thống và khối công giáo di cư Phát Diệm–Bùi Chu. Nhờ mối liên hệ với linh mục Hoàng Quỳnh, sĩ quan tình báo Vũ Ngọc Nhạ trở thành người giúp việc cho Giám mục Lê Hữu Từ, trở thành người đóng vai trò cầu nối giữa Ngô Đình Diệm và giới Công giáo di cư.
Giám mục Lê Hữu Từ và Giám mục Simon Hòa Nguyễn Văn Hiền là hai đồng Chủ tịch của Đại hội Thánh Mẫu Toàn quốc được diễn ra vào năm 1959.
Tháng 4 năm 1960, sau khi các giám mục miền Nam Việt Nam họp cùng Khâm sứ Tòa Thánh Mario Brini, các giáo sĩ thống nhất quyết định đặt các chủng viện di cư dưới sự quản lý của "bản quyền địa phương" (quản lý địa phận tại nơi chủng viện hình thành). Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn trở thành một trong hai Đại chủng viện Miền, phụ trách đào tạo linh mục các địa phận Sài Gòn, Vĩnh Long và Cần Thơ. Nhân dịp này, ngày 17 tháng 6 năm 1960, Giám mục Lê Hữu Từ cùng Giám mục Tông Tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Cần Thơ Phaolô Nguyễn Văn Bình đã quyết định đặt tên cho chủng viện này là Đại chủng viện Lê Bảo Tịnh. Hai giám mục cũng chọn linh mục Giuse Phạm Văn Thiên làm Giám đốc. Một nguồn tin khác cho rằng Chủng viện Lê Bảo Tịnh là cơ sở II của Đại chủng viện Sài Gòn.
Trong thập niên 1960, Giám mục Từ cho xây nhà hưu dưỡng Phát Diệm tại Gò Vấp và xây dựng cơ sở tại Roma nhằm tạo phương tiện tài chính để giúp đỡ địa phận Phát Diệm. Tuy cố gắng xa rời chính trị, Giám mục Lê Hữu Từ vẫn thường đến Phủ Tổng thống Việt Nam Cộng hòa để góp ý với ông Ngô Đình Diệm về những sai lầm của chính phủ.  Ông cho rằng sự tổ chức phòng thủ của Phát Diệm đã gợi ý nên chính sách ấp chiến lược của Việt Nam Cộng hòa. Giám mục Từ đau buồn trước vụ đảo chính giết chết ông Diệm năm 1963, và cho rằng Mỹ không thể dập tắt các cuộc nổi loạn tại Việt Nam. Ông xem xét đến việc sơ tán người Công giáo Việt Nam lần thứ hai, lần này là đến Australia.
Tại miền Nam Việt Nam, giám mục Lê Hữu Từ hỗ trợ giáo dân và linh mục tìm kiếm nơi định cư. Sau khi tình hình ổn định, ông cho mở lại các hoạt động sinh hoạt tôn giáo. Vài năm sau đó, giám mục Từ được Hội đồng Giám mục miền Nam cử giữ chức Giám đốc Trung tâm Công giáo Việt Nam mới thành lập và làm Tổng Tuyên úy Quân đội Việt Nam Cộng hòa. Ông còn đảm nhận vai trò Giám đốc tổ chức Bác ái Công giáo. Ông giữ các chức vụ này trong thời gian ngắn trước khi tham gia Công đồng Vatican II. Trong thời gian tham gia Công đồng, ông sinh sống tại trụ sở Phát Diệm tại Rôma, kiến thiết phát triển cơ sở mà sau này là Foyer Phát Diệm. Giám mục Lê Hữu Từ cũng đến Thụy Sĩ thăm các đan sĩ Dòng Xitô Việt Nam (L'Ordre de Cîteaux) và nhận tin mắc bệnh ung thư. Do sức khỏe suy yếu, ông hưu dưỡng tại tu viện Châu Sơn Đơn Dương, một chi nhánh của dòng Xitô Phước Sơn. Sau đó ông đến hưu dưỡng tại nhà An dưỡng Phát Diệm ở Gò Vấp.