Lưu Tống Minh Đế
Chiến thắng Lưu Tử Huân

Minh Đế truy thụy cho Thẩm mĩ nhân là Tuyên Hoàng thái hậu, song do ông được mẹ của Hiếu Vũ Đế là Lỗ Thái hoàng thái hậu nuôi dưỡng, ông vẫn tiếp tục tôn bà làm thái hậu. Ông cũng cố gắng tiến hành bình định đế chế bằng cách thăng chức cho các bá quan, huynh đệ và một số cháu trai. (Tuy nhiên, ông đã buộc em trai Tiền Phế Đế là Dự Chương vương Lưu Tử Thượng (劉子尚), và Hội Kê Trưởng công chúa Lưu Sở Ngọc phải tự sát.) Minh Đế lập vương phi Vương Trinh Phong làm hoàng hậu.
Một trong số các cháu trai mà ông đã đề nghị thăng chức là Tấn An vương Lưu Tử Huân, người tham mưu chính của Lưu Tử Huân là Đặng Uyển (鄧琬) đã tuyên bố tiến hành nổi loạn ngay trước khi Tiền Phế Đế bị ám sát. Tuy nhiên, Đặng Uyển đã từ chối và thay vào đó lại quay sang tuyên bố nổi loạn chống lại Minh Đế, liên kết với thứ sử Ung Châu (雍州, nay là tây bắc bộ Hồ Bắc và tây nam bộ Hà Nam) Viên Nghĩ (袁顗) và tham mưu chính của Lưu Tử Tuy (劉子綏) là Tuân Biện Chi (荀卞之). Họ cáo buộc Minh Đế là một kẻ tiếm quyền và đã sát hại Lưu Tử Thượng. Thứ sử Kinh Châu (荊州, nay là trung bộ và tây bộ Hồ Bắc) là Lâm Hải vương Lưu Tử Húc (劉子頊) và thái thú quận Hội Kê (會稽, nay gần tương ứng với Thiệu Hưng, Chiết Giang) là Tầm Dương vương Lưu Tử Phòng (劉子房) cũng nhanh chóng nổi dậy hỗ trợ. Vào mùa xuân năm 466, Đặng Uyển tuyên bố rằng đã nhận được mật chỉ tử tổ mẫu của Lưu Tử Huân là Thái hậu Lộ Huệ Nam, và tuyên bố Lưu Tử Huân là hoàng đế. Sau tuyên bố, gần như toàn bộ đế chế đã tuyên bố ủng hộ Lưu Tử Huân, và Minh Đế chỉ còn kiểm soát được khu vực ở xung quanh kinh thành Kiến Khang.
Tuy nhiên, các tướng của Lưu Tử Huân tiến quân chậm chạp, họ tin rằng Kiến Khang sẽ tự sụp đổ do thiếu nguồn cung lương thảo. Tướng Ngô Hỉ (吳喜) của Minh Đế đã nhanh chóng tiến về phía đông và bắt giữ Lưu Tử Phòng, chiếm được các quận xung quanh Hội Kê đã tuyên bố ủng hộ Lưu Tử Huân, vì thế vấn đề lương thảo của Kiến Khang đã được bảo đảm. Quân của Lưu Tử Huân và quân của Minh Đế đã lâm vào thế bế tắc trong nhiều tháng tại khu vực Sào Hồ, và chỉ kết thúc khi tướng Trương Hưng Thế (張興世) của Minh Đế xây dựng một đồn phòng thủ tại Tiền Khê (錢溪, nay thuộc Trì Châu, An Huy), ở phía thượng lưu so với đại quân của Lưu Tử Huân do Viên Nghĩ và Lưu Hồ (劉胡) chỉ huy, cắt đứt nguồn cung lương thảo của đội quân này. Sau đó, khi Lưu Hồ cố đánh chiếm Tiền Khế để thông đường cung lương thảo, ông ta đã bị Trương Hưng Thế và Thẩm Du Chi đánh bại, Lưu Hồ và Viên Nghĩ chạy trốn còn đội quân của họ bị sụp đổ. Lưu Hồ chạy về Tấn Dương, song sau đó lại dời đi với chiêu bài đang thiết lập hệ thống phòng thủ ngoại vi. Tấn Dương không có phòng vệ, và Đặng Uyển đã suy tính đến việc sát hại Lưu Tử Huân để tự cứu mình, song ông ta lại bị một người khác tên là Trương Duyệt (張悅) giết chết. Thẩm Du Chi sau đó tiến đến và hành quyết Lưu Tử Huân, kết thúc cuộc chiến giành quyền kế vị.
Tuy nhiên, sau chiến thắng, Minh Đế lại trở nên kiêu ngạo. Thay vì tiếp tục áp dụng chính sách ban đầu là ân xá cho những người đã tuyên bố ủng hộ Lưu Tử Huân, ông bắt đầu đối phó với những người đã không đầu hàng một cách khắc nghiệt. Đặc biệt, theo đề xuất của Lưu Hưu Nhân, ông ban tội chết cho tất cả những người con trai còn sống của Hiếu Vũ Đế, cáo buộc họ (người lớn nhất mới 10 tuổi) phản nghịch, cùng với một số bá quan khác mà ông nghi ngờ đã bí mật ủng hộ Lưu Tử Huân, bao gồm cả các cháu trai của Lộ Thái hậu. (Lộ Thái hậu đã qua đời trong chiến tranh trong một hoàn cảnh đáng ngờ. Một tin đồn được ghi trong Nam sử cho rằng bà đã vui mừng một cách bí mật trước việc Lưu Tử Huân nổi loạn, và đã cố hạ độc Minh Đế để Lưu Tử Huân có thể thành công, song Minh Đế đã nhận ra ý định của bà và quay sang hạ độc bà.) Đến năm 466, Minh Đế phong cho người con trai cả của mình, Lưu Dục, làm thái tử.