Shin Seiki Evangelion
Sản xuất

Đạo diễn Anno Hideaki mắc phải chứng trầm cảm sau khi hoàn thành tác phẩm Fushigi no Umi no Nadia và gặp thất bại vào năm 1992 trong dự án tiếp theo của bộ phim Ōritsu Uchūgun: Oneamisu no Tsubasa. Theo Takeda Yasuhiro, Anno đã đồng ý hợp tác với King Records và Gainax trong lúc uống rượu với đại diện của King là Ōtsuki Toshimichi. King Records cam kết cho Anno một khoảng thời gian để "làm điều gì đó, bất cứ điều gì".  Anno bắt đầu phát triển loạt phim mới vào năm 1993 xoay quanh ý niệm không chạy trốn, vốn là chủ đề cơ bản của Aoki Uru, một dự án mà Anno thất bại trong việc bắt tay vào sản xuất. Khi quá trình sản xuất bắt đầu, Anno dự định là muốn tăng số lượng otaku cho Evangelion và thu hút sự quan tâm trên phương tiện truyền thông. Theo Anno, cốt truyện của bộ phim là sự phản ánh căn bệnh trầm cảm kéo dài 4 năm của ông. Trong giai đoạn thiết kế ban đầu của dự án Evangelion, một số định dạng cho anime đã được xem xét, có thể là dạng phim điện ảnh, chương trình truyền hình hoặc OVA. Nhóm sản xuất cuối cùng cũng chọn định dạng chương trình truyền hình vì nó là kiểu phương tiện truyền thông dễ tiếp cận rộng rãi nhất ở Nhật Bản vào thời điểm đó. Tiêu đề đề xuất là Alcion bị từ chối vì tiếng Nhật thiếu phụ âm cho từ khó phát âm này.
Các nhà phê bình lưu ý cách Evangelion vay mượn một số kịch bản nhất định và sử dụng nội tâm làm phương tiện tường thuật từ một dự án trước đó của Anno tên là Toppu o Nerae!. Ở dự án Evangelion, ông kết hợp cấu trúc tường thuật của Nadia và nhiều khung tham khảo khác để câu chuyện gợi mở theo hướng dần sáng tỏ. Trong quá trình viết kịch bản, các yếu tố của cốt truyện Evangelion có sự tiến triển so với khái niệm gốc. Ban đầu, series dự tính là sẽ cho nhân vật nữ giữ vai trò chủ đạo nhưng ý tưởng này đã bị loại bỏ. Ý tưởng gốc của tập đầu dự định là cuộc chiến giữa Angel và Rei, còn Shinji chỉ được giới thiệu sau khi Angel tạm thời bị đánh bại. Cốt truyện đã có những sự thay đổi tiếp theo kể từ sau vụ tấn công bằng khí sarin của giáo phái Aum Shinrikyo trên tàu điện ngầm Tokyo vào tháng 3 năm 1995. Azuma Hiroki nói rằng câu chuyện gốc của Evangelion "quá sát với thực tế" theo quan điểm của Anno. Về cơ bản, Anno cho rằng kịch bản ban đầu không phù hợp để phát sóng và ông sợ bị kiểm duyệt. Tuy nhiên, ông cũng chỉ trích Aum Shinrikyo vì "chúng không còn bất cứ mối liên hệ gì với thực tế". Vì lý do này, Azuma tuyên bố rằng Evangelion sẽ "về bản chất là sự phê phán đối với giáo phái Aum". Phiên bản cuối cùng của câu chuyện phản ánh nguồn cảm hứng rút ra từ nhiều anime và tác phẩm hư cấu khác. Đứng đầu trong số này là Uchū Senkan Yamato, Mobile Suit Gundam, Devilman, và Densetsu Kyojin Ideon. Series cũng bày tỏ lòng thầm kính đối với tác phẩm Childhood's End, một số tiểu thuyết của Murakami Ryū, The Andromeda Strain, The Divine Invasion, bài thơ Pippa Passes, The Hitcher, và một số chương trình truyền hình gồm The Prisoner, Thunderbirds, Ultraman và Ultra Seven.
Sự phát triển của Shin Seiki Evangelion thực sự rơi vào tình trạng "nước đến chân mới nhảy" trong quá trình sản xuất. Những đoạn cắt cảnh gốc của hai tập đầu tiên đã được trình chiếu tại lễ hội Gainax lần thứ 2 vào tháng 7 năm 1995, chỉ 3 tháng trước khi chúng được công chiếu trên truyền hình. Khi làm đến tập 13, loạt phim bắt đầu đi chệch hướng so với câu chuyện gốc, và buộc phải thay đổi so với dự tính ban đầu. Số lượng Angel giảm xuống còn 17 thay vì 28 như dự định, và các nhà biên kịch phải thay đổi kết thúc của câu chuyện, vốn định mô tả sự thất bại của Dự án hoàn thiện con người sau khi bị Angel tấn công từ mặt trăng. Sự thay đổi so với kế hoạch ban đầu không phải là vấn đề duy nhất của loạt phim. Theo Anno, mặc dù Gainax là studio chính của series nhưng bản thân công ty cũng không có đủ nhân lực và vật lực để sản xuất bộ phim một cách hoàn chỉnh. Chỉ có 3 nhân viên của Gainax là sẵn sàng làm việc cho loạt phim bất cứ lúc nào, và phần lớn công việc sản xuất của series có sự phụ thuộc vào nguồn lực của Tatsunoko Production.
Bắt đầu từ tập 16, nhà sản xuất thay đổi đáng kể lối tường thuật của câu chuyện, thay vì kể về sự cứu rỗi thì họ sẽ tập trung vào khai thác nét riêng của mỗi nhân vật. Sự thay đổi này trùng hợp với việc Anno bắt đầu quan tâm đến tâm lý học sau khi một người bạn cho ông mượn cuốn sách về bệnh tâm thần. Đỉnh điểm của sự quan tâm này là sự phân tích tâm lý nhân vật trong 2 tập cuối. Anno cảm thấy cần thiết phải bỏ kịch bản gốc của tập 25 để viết nên cái mới. Những tập phim này sử dụng nhiều hoạt ảnh trừu tượng, hồi tưởng, những bức vẽ nét đơn giản, ảnh chụp và các cảnh hình ảnh cố định với lời thoại lồng tiếng. Một số nhà phê bình cho rằng ông Anno cố tình lựa chọn lối hoạt hình độc đáo này là do ngân sách bị cắt giảm, nhưng Okada Toshio giải thích rằng vấn đề không chỉ đơn giản là chệch kế hoạch hay ngân sách mà là Anno "không thể quyết định kết thúc khi chưa có thời điểm thích hợp, đó là phong cách của ông ấy".