Quang Trung
Khởi nghĩa chống chúa Nguyễn ở Đàng Trong > Tiến công Gia Định

Bấy giờ quân của Chúa Nguyễn – Định vương Nguyễn Phúc Thuần có hai lực lượng chính do Đỗ Thanh Nhân và Lý Tài chỉ huy. Khi Lý Tài đầu hàng tướng Nguyễn là Tống Phước Hiệp, Đỗ Thanh Nhân lúc ấy mắng Lý Tài là vì thế nên hai người xảy ra hiềm khích. Tống Phước Hiệp chết, Đỗ Thanh Nhân lên làm chủ tướng, Lý Tài lo sợ bèn đưa quân giữ núi Chiêu Thái. Thanh Nhân đánh không được, đắp lũy để giữ. Đến tháng 10 năm 1776, Đông cung Nguyễn Phúc Dương bị Tây Sơn tấn công nên vượt biển từ Quy Nhơn vào Gia Định. Chúa Nguyễn Nguyễn Phúc Thuần ra đón về tại nơi ở của mình. Lúc ấy, Lý Tài đem quân đến đánh, quân Chúa Nguyễn do Đỗ Thanh Nhân chỉ huy bỏ chạy, Đông cung Nguyễn Phúc Dương ra mặt, quân của Lý Tài đều rạp xuống quỳ lạy. Lý Tài ép Nguyễn Phúc Thuần nhường ngôi cho Nguyễn Phúc Dương làm Tân chính vương, còn Nguyễn Phúc Thuần làm Thái Thượng Vương, Lý Tài trở thành Bảo giá Đại tướng quân.
Tháng 3 năm 1777, Nguyễn Nhạc lại cử Nguyễn Huệ làm tướng mang thủy quân vào đánh Gia Định. Lý Tài thua trận bỏ chạy khỏi thành và đưa 2 Chúa Nguyễn về Hóc Môn. Sau Lý Tài rút khỏi Hóc Môn về Ba Giồng bị Đỗ Thanh Nhân đón đường giết chết. Nguyễn Phúc Thuần theo Đỗ Thanh Nhân giữ Tranh Giang, Nguyễn Phúc Dương theo tướng Trương Phúc Thận giữ Tài Phụ. Nguyễn Huệ chia đường đánh bại cả hai cánh quân Nguyễn. Nguyễn Phúc Thuần và Đỗ Thanh Nhân phải bỏ chạy về Cần Thơ cầu viện Tổng binh Hà Tiên là Mạc Thiên Tứ, còn Nguyễn Phúc Dương bỏ chạy về Ba Việt (Bến Tre).
Nguyễn Huệ đánh bại Mạc Thiên Tứ. Nguyễn Phúc Thuần sai Đỗ Thanh Nhân lẻn ra Bình Thuận cầu cứu Chu Văn Tiếp, Trần Văn Thức. Nguyễn Nhạc nhân lúc Nguyễn Huệ thắng trận ở Nam Bộ cũng cử binh đánh Phú Yên, Bình Thuận. Trần Văn Thức chưa ra khỏi Bình Thuận đã bị quân Tây Sơn giết chết, Chu Văn Tiếp bỏ chạy. Nguyễn Nhạc chiếm lại Phú Yên đến Bình Thuận.
Tháng 9 năm 1777, Nguyễn Huệ mang quân bao vây tấn công Ba Việt, bắt sống Nguyễn Phúc Dương và toàn bộ quân tướng. Dương và 18 tướng tuỳ tùng bị đưa về Gia Định xử tử (vào tháng 10 năm 1777). Nguyễn Phúc Thuần bại trận bỏ Cần Thơ sang Long Xuyên, định chờ Mạc Thiên Tứ lấy tàu để chạy sang Trung Quốc cầu viện nhà Thanh nhưng bị quân Tây Sơn đuổi đến nơi, bắt được Nguyễn Phúc Thuần mang về Gia Định xử tử tháng 10 năm 1777. Nguyễn Ánh, Đỗ Thanh Nhân và Mạc Thiên Tứ trốn thoát mỗi người một nơi.
Như vậy trong vòng 7 tháng, Nguyễn Huệ đánh thắng và bắt giết được cả hai Chúa Nguyễn, Nhà Tây Sơn từ chỗ bị dồn về Quy Nhơn đã chủ động giành lại không những Nam Trung Bộ mà cả Nam Bộ, tiêu diệt thế lực của Chúa Nguyễn.
Sau khi Nguyễn Huệ rút đại quân về, Nguyễn Nhạc lên ngôi hoàng đế (1778), niên hiệu là Thái Đức, ông phong cho Nguyễn Huệ là Long Nhương tướng quân. Các tướng cũ của chúa Nguyễn lại lập Nguyễn Ánh làm chúa, chiếm lại Gia Định. Được các lực lượng phương Tây như Pháp, Bồ Đào Nha giúp sức, Nguyễn Ánh lại mạnh lên. Thái Đức hoàng đế sai tướng vào đánh nhưng lại bị thua và mất thêm Bình Thuận.
Tháng 3 năm 1782, Nguyễn Huệ cùng vua Thái Đức mang quân thủy bộ Nam tiến, phá tan quân Nguyễn, giết chết cai cơ người Pháp là Manuel (Mạn Hoè). Nguyễn Ánh bỏ chạy về Hậu Giang. Vua Thái Đức chiếm lại Nam Bộ, sai người giao hảo với Chân Lạp (Campuchia) và đề nghị hợp tác đánh Nguyễn Ánh. Chân Lạp chia quân đón bắt được đoàn cầu viện Xiêm La của Nguyễn Ánh và suýt bắt được ông. Trong một trận đánh, tướng Tây Sơn là Phan Ngạn bị bắn chết, Nguyễn Nhạc cho rằng lực lượng Nghĩa Hòa Đoàn của người Trung Quốc bắn chết, Phan Ngạn, liền sai tàn sát hơn 1 vạn người Hoa ở Gia Định. Nguyễn Ánh trốn ra đảo Phú Quốc.
Anh em Tây Sơn rút quân về Bắc, Chu Văn Tiếp lại từ Bình Thuận mang quân vào đánh chiếm được Gia Định và đón Nguyễn Ánh trở về. Tháng 2 năm 1783, Nguyễn Nhạc lại sai Nguyễn Huệ, Nguyễn Lữ mang quân Nam tiến. Dù Nguyễn Ánh đã lập tuyến phòng thủ trước vẫn bị quân Tây Sơn phá tan và Ánh buộc phải bỏ chạy về Đồng Tuyên. Nguyễn Huệ đánh phá Đồng Tuyên, Nguyễn Ánh lại bỏ chạy ra Hà Tiên rồi trốn ra đảo Phú Quốc. Tháng 8-1783, quân Tây Sơn truy kích, Nguyễn Ánh chạy một vòng ra các đảo Cổ Long, Cổ Cốt rồi lại quay về Phú Quốc. Quân Tây Sơn vây đánh nhưng lúc đó có bão biển, các thuyền Tây Sơn phải giãn ra, sau 7 ngày đêm lênh đênh trên biển, Nguyễn Ánh thừa cơ lại trốn thoát, chạy hẳn ra đảo Thổ Chu cách xa đất liền rồi đầu năm sau tự mình sang Xiêm cầu viện.