Giáo hoàng đối lập Clêmentê III
Giai đoạn làm giáo hoàng đối lập

Năm 1077 sau nhiều cuộc bại trận, Henry IV bị cô lập và bị đe dọa lật đổ nên phải đến xin Giáo hoàng giải vạ tại lâu đài Canossa ở Toscana. Cuộc xung đột được hòa giải. Sau khi được khôi phục ngôi vị, Henry IV liền triệu tập binh sĩ báo thù. Năm 1080, Rodolphus (Rudolph Swabia), người lãnh đạo các quý tộc nổi loạn, vị hoàng đế được khâm sai tòa thánh nhìn nhận chết trong trận Mersburg khiến cho phe Gregory thêm yếu thế và Henry IV có thể tập trung toàn bộ lực lượng chống lại Giáo hoàng  and which Henry himself also signed, and then proceeded to elect Guibert, the excommunicated Archbishop of Ravenna, as pope in opposition to Pope Gregory, whom the Synod considered deposed; Guibert took the name Clement III. Henry recognized Guibert as pope, swearing that he would lead him to Rome, and there receive from his hands the imperial crown..
Henry IV vận động các Giám mục Đức và Lombardo họp Thượng hội đồng Giám mục tại Brixen vào tháng 6 năm 1080 tuyên bố hạ bệ "Giáo hoàng giả Hildebrand" và bầu Tổng Giám mục bị vạ tuyệt thông thành Ravenne lên ngôi Giáo hoàng đối lập với Gregory VII, người đã bị công đồng hạ bệ. Guiber lấy tước hiệu là Clêmente III. Henry IV thừa nhận Guiber là Giáo hoàng và thề nhất định sẽ đứa ông về Rôma để nhận vương miện hoàng đế từ chính tay Giáo hoàng.
Năm 1081, Henry hành quân tiến vào Rôma nhưng bị thất bại. Ông chỉ đạt được điều này vào 4 năm sau, năm 1084. Gregory phải cố thủ trong Đồi Thiên Thần nhưng vẫn kiên quyết từ chối đàm phán với Henry, mặc dù Henry đồng ý giao Guiber như 1 tù nhân cho Giáo hoàng chỉ với 1 điều kiện Gregory sẽ trao vương miện hoàng đế cho ông. Gregory chỉ đồng ý chấp thuận yêu cầu nếu Henry chấp nhận xuất hiện trước một Thượng hội đồng và làm việc đền tội. Vị hoàng đế, trong khi vờ đồng ý với thỏa thuận này lại cố gắng tìm mọi cách để ngăn chặt cuộc họp của các Giám mục. Tuy nhiên, chỉ với một số lượng nhỏ tham dự, Gregory lại tuyên bố phạt vạ tuyệt thông Henry lần nữa.
Khi Henry nhận được tin tức này đã quyết định hành quân tiến vào Rôma vào ngày 21 tháng 3 năm 1084 và đã thành công trong việc giành quyền quản lý phần lớn thành phố. Gregory bị bao vây trong đồi thiên thần và Guiber được đưa lên ngôi Giáo hoàng tại nhà thờ Thánh Gioan Lateran với tước hiệu Clement III, và ngày 31 tháng 3, Guiber đã trao cho Henry IV vương miện của Hoàng đế La Ma thần thánh.
Tuy nhiên, đồng minh của Giáo hoàng là Robert Guiscard, công tước của xứ Apulia và Calabria đã đem 30.000 quân Norman đến giải vây. Henry IV phải trốn chạy khỏi Rôma cùng với Guiber trong niềm căm thù đối với đồng minh Matilda trung thành của Gregory và phe cải cách, tài sản của ông Tuscany cũng bị phá hoại. Gregory VII được giải phóng, nhưng những người dân đã tỏ ra tức giận về sự tàn phá của quân Norman khiến ông buộc phải rời khỏi Rôma. Thất vọng và buồn phiền, ông lui về ở Monte Cassino sau đó tới tòa lâu đài ở Salerno bằng đường biển, nơi ông qua đời vào ngày 25 tháng 5 năm 1085.
Ba ngày trước khi qua đời, ông tuyên bố rút lại tất cả các lời chỉ trích và vạ tuyệt thông, ngoại trừ hai người cầm đầu là Henry IV và Guiber. Những lời cuối cùng của ông là: "Tôi yêu công lý và ghét bỏ sự bất công; do đó tôi chết trong cảnh lưu đày."
Các Giám mục sau đó đã bị chia thành hai phe. Trong khi các Giám mục của Gregory VII tổ chức một Thượng hội đồng ở Quedlinburg lên án Guiber là tay sai của Henry IV, thì các Giám mục thuộc phe Henry lại tổ chức một hội đồng khác ở Mainz vào năm 1085, nơi họ tán thành hạ bệ Gregory và chấp thuận với Guiber. Cuộc xung đột này vẫn tiếp diễn ngay cả khi Gregory đã qua đời, những vị Giáo hoàng kế tiếp Victor III, Urban II, Paschal II tiếp tục coi Guiber là ngụy Giáo hoàng được dựng lên bởi Henry IV và phe của ông.
Victor III đắc cử sau một thời gian dài trống ngôi Giáo hoàng bởi vai trò quan trọng của Giáo hội ở Rôma. Bị ép buộc bởi bè phái của Guiber, tám ngày sau khi đăng quang ở thánh đường Thánh Phêrô ngày 3 tháng 5 năm 1087, Victor III đã buộc phải rời khỏi Rôma. Sau đó, ông tiếp tục tấn công bởi quân đội của Countess Matilda nên phải cố thủ ở Pantheon.
Vị Giáo hoàng tiếp theo, Urban II (1088-1099), đã dành hầu hết nửa đầu triều đại Giáo hoàng của mình sống lưu vong ở miền nam Italy và Pháp. Cuối năm 1093, ông mới giành được một chỗ đứng vững chắc ở Rôma nhờ sự giúp đỡ từ gia đình Frangipane, và dần dần mở rộng quyền lực của mình ở đó. Tháng Sáu năm 1089, một Thượng Hội đồng Giám mục được tổ chức tại Rôma, Clement III tuyên bố vô hiệu sắc lệnh vạ tuyệt thông chống lại Henry, và những sắc lệnh khác được đưa ra bởi những người ủng hộ Urban II, vị Giáo hoàng của phe chống đế quốc. Tuy nhiên, thời gian sau đó quyền lực của Urban II ngày càng tăng, trong khi quyền lực và ảnh hưởng của Henry IV ngày càng suy yếu dần .
Phần lớn thành phố Rôma đã bị kiểm soát bởi quân đội của theo Count Hugh Vermandois, anh trai của Vua Pháp. Phe Guibert chỉ còn giữ lại Lâu đài Thiên thần nhưng cuối cùng nó cũng rơi vào tay của Vermandois vào năm 1098. Ảnh hưởng của Guibert, sau khi Henry IV rút khỏi Ý chỉ còn tập trung ở Ravenna và một vài vùng khác ở miền Bắc Italia, nhưng ông vẫn có những ảnh hưởng nhất định ở Rôma.
Năm 1099, ông đến Albano sau Paschal II (1099-1118) được bầu chọn làm Giáo hoàng với hy vọng một lần nữa có thể "đứng đầu" Rôma nhưng thất bại. Ông buộc phải rút lui và đến Civita Castellana, nơi ông qua đời 08 Tháng Chín 1100. Người tiếp theo được bầu chọn làm Giáo hoàng đối lập kế nhiệm ông là Theodoric. Tuy nhiên quyền lực không nhiều và không còn là một mối đe dọa nghiêm trọng đối với các Giáo hoàng thuộc phe chống đế quốc nữa.
Cuộc bầu chọn Guiber làm Giáo hoàng đã diễn ra trong bối cảnh: có những sự chia rẽ giữa các Giám mục, cuộc đấu tranh chính trị bên trong đế quốc bao gồm cả quyền tấn phong Giám mục.