Tôma Nguyễn Văn Tân
Thời kì làm Giám mục > Giám mục chính tòa Vĩnh Long

Ngày 3 tháng 7 năm 2001, Tòa Thánh loan tin Giáo hoàng chấp nhận đơn xin về hưu của giám mục Nguyễn Văn Mầu. Giám mục phó Nguyễn Văn Tân tiếp nhận vai trò giám mục chính tòa Giáo phận Vĩnh Long trong cùng ngày. Ông là giám mục giáo phận Vĩnh Long đầu tiên xuất thân từ chính giáo phận này.
Cơn bão số 9 năm 2006 (Durian) đi vào miền Nam Việt Nam, qua phần đất thuộc giáo phận Vĩnh Long. Cơn bão đi qua đã tàn phá nặng nề các cơ sở vật chất như nhà dân, nhà thờ, các vườn cây bị phá hủy, cùng với vụ lúa bị mất trắng do dịch bệnh rầy nâu trước đó, để lại khung cảnh điêu tàn. Lúc này giám mục Tôma Nguyễn Văn Tân đã viết thư kêu gọi sự hỗ trợ. Giám mục Tân cho biết, giáo phận Vĩnh Long trong hoàn cảnh khốn khổ xin được hỗ trợ bằng lời cầu nguyện hay vật chất, thông qua Ủy ban Bác ái Xã hội trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam.
Ngày 17 tháng 12 năm 2007, giám mục Nguyễn Văn Tân cử hai linh mục đến gặp linh mục Quản lý (còn gọi là Bề trên) dòng Đồng Công Gioan Maria Đoàn Phú Xuân và linh mục này đồng ý khi nào nguyên giám mục phó Raphael Nguyễn Văn Diệp qua đời thì sẽ đưa thi hài về an táng tại Vĩnh Long. Tuy vậy, sau khi giám mục Diệp qua đời, linh mục Xuân cho biết giám mục Diệp đã rời khỏi Vĩnh Long để đi hưu tại dòng, có ý muốn được sống và an táng tại dòng. Giám mục Diệp qua đời ngày 20 tháng 12 và giám mục Tân cử hành lễ cầu nguyện sau đó vào ngày 22 tháng 12 cùng năm.
Tháng 5 năm 2008, giám mục Tân viết thư gửi giáo dân, nói về vấn đề yêu cầu chính quyền trao trả lại cơ sở của Dòng Nữ Tu Thánh Phaolô đã được tiếp quản năm 1977. Cuối thư, ông kêu gọi giáo dân không được im lặng, và cho rằng việc im lặng là đồng lõa với bất công. Ngày 18 tháng 12 cùng năm, Nguyễn Văn Tân nói về phần đất ở số 3 Nguyễn Trường Tộ (nay là Tô Thị Huỳnh), sau văn thư trước nhắc đến lô đất này chuẩn bị được xây dựng thành một khách sạn vào giữa tháng 5 năm 2008. Hoàn cảnh ra đời của bức thư, giám mục Vĩnh Long cho biết là viết sau khi chính quyền công bố việc xây dựng quảng trường tại lô đất này ngày 12 tháng 12 trước đó. Trong thư này, ông nêu lên việc cơ sở của Dòng Tu Viện Dòng Thánh Phaolô bị tháo dỡ năm 2003, bày tỏ sự xót xa của mình đối với cộng đoàn nữ tu bị đuổi ra đường trong hoàn cảnh trắng tay với tội danh mà ông này cho là giả tạo: “đào tạo lớp trẻ bất hạnh trở thành lực lượng chống đối cách mạng giải phóng dân tộc”. Đồng thời, giám mục Tân cũng nêu cảm nghĩ rằng tiếng nói quyền lực đã lấn át tiếng nói của công lý và lương tâm, trong thời đại trọng vật chất hơn đạo đức. Nhận định về bức thư này, linh mục Pascal Nguyễn Ngọc Tỉnh O.F.M. cho rằng tiếng nói của giám mục Nguyễn Văn Tân giống như tiếng kêu trong sa mạc và giám mục Tân sẽ gặp nhiều khó khăn trong công việc mục vụ như: không được xuất ngoại để xin viện trợ, không được cấp phép xây dựng, không được tổ chức các buổi lễ trọng thể,...
Cuối tháng 10 năm 2009, giám mục Nguyễn Văn Tân viết thư ngỏ gửi đến giáo dân nhân dịp lễ Các Thánh. Trong thư, ông đề cập nhiều vấn đề lịch sử giáo phận sau giải phóng năm 1975, tranh chấp đất đai cơ sở cũ dòng nữ Thánh Phaolô. Cuối thư, nhân dịp nói đến địa điểm tranh chấp đang dự tính làm quảng trường cho người dân Vĩnh Long vui chơi, giám mục Tân nhắc lại việc công viên cây xanh Nguyễn Thị Minh Khai trước đó là nghĩa trang Công giáo, còn có rất nhiều hài cốt còn nằm lại trong lòng đất tại địa điểm này. Các linh mục giáo phận Vĩnh Long mà đại diện là các linh mục quản hạt ủng hộ bức thư này của giám mục Tân và bảy tỏ sẽ giải thích cho giáo dân tìm hiểu về giai đoạn lịch sử này của giáo phận.
Nguyễn Văn Tân sống đơn sơ nhưng giàu tình cảm và dành sự quan tâm đặc biệt đến vấn đề ơn gọi tu trì, chủng sinh và giáo dân. Ông từng sang Pháp thăm vị tiền nhiệm là giám mục Antôn Nguyễn Văn Thiện hai lần, lần cuối là vào dịp Ad Limina 2009 của Hội đồng Giám mục Việt Nam. Giám mục Thiện mù lòa trong hơn 40 năm và đã lãng tai, nên giám mục Tân thường nhắn nhủ những người thân quen đến thăm vị này. Giám mục Tân cũng ước mong xây Nhà hưu dưỡng cho các linh mục giáo phận Vĩnh Long. Ngày 16 tháng 10 năm 2010, ông cùng các linh mục cử hành nghi thức đặt viên đá đầu tiên cho việc khởi công xây cất nhà hưu dưỡng và nay đã hoàn thành.
Giám mục Tân cũng dành sự quan quan tâm đến người tiền nhiệm và tổ chức lễ tạ ơn mừng Kim Khánh 50 năm giám mục của giám mục Antôn Nguyễn Văn Thiện tại giáo phận Vĩnh Long ngày 22 tháng 1 năm 2011. Ngày 13 tháng 5 năm 2012, giám mục Thiện qua đời và được chôn cất tại Pháp. Tại Việt Nam, Nguyễn Văn Tân chủ sự lễ cầu nguyện vào ngày 18 cùng tháng tại nhà thờ chủng viện Vĩnh Long, đồng tế còn có hơn 30 linh mục trong giáo hạt Vĩnh Long. Giám mục Tân cũng đề cử đức ông Barnabê Nguyễn Văn Phương, thay mặt ông và đại diện giáo phận Vĩnh Long, từ Rôma bay sang Pháp dự lễ an táng.
Vào dịp mừng lễ kính trái tim vô nhiễm ngày 16 tháng 10 năm 2012, giám mục Nguyễn Văn Tân cho rước tượng Đức Mẹ Fatima thánh du đi khắp các họ đạo lớn nhỏ trong giáo phận thời gian trong vòng một năm nhằm mục đích ban ơn sám hối và chữa lành hồn xác cho các tín hữu. Ông cũng đã cho tổ chức mừng 75 năm thành lập giáo phận Vĩnh Long vào ngày 8 tháng 1 năm 2013.
Ngày 4 tháng 2 năm 2013, Nguyễn Văn Tân tham dự lễ tang người tiền nhiệm là giám mục Giacôbê Nguyễn Văn Mầu. Tang lễ do hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn – tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh chủ tế, đồng tế có rất nhiều giám mục Việt Nam cùng đông đảo linh mục. Ngày 2 tháng 8 cùng năm, giám mục Tân về quê cử hành thánh lễ an táng cho người anh thứ tư, lúc này gia đình ông chỉ còn lại hai chị em.