Thiên hoàng Minh Trị
Quá trình lên ngôi đầy sóng gió > Dời đô và đặt niên hiệu mới

Xem thêm: Hirohito và Tuyên ngôn nhân gian
Sau chiến thắng của phái chống Mạc phủ, Thiên hoàng Mutsuhito tuyên bố chế độ Mạc phủ - sau gần ba thế kỷ thống trị Nhật Bản - cáo chung. Dù chính quyền Mạc phủ bị lật đổ và phái chống Mạc phủ đã chiếm kinh thành Edo vào năm 1868, họ đã không thế chỗ Mạc phủ bằng một chính phủ trung ương vững mạnh hơn. Ngày 23 tháng 2, lần đầu tiên các sứ thần ngoại quốc được cho phép đến kinh đô Kyōto và viếng thăm Thiên hoàng. Vào ngày 7 tháng 4 năm 1868, Thiên hoàng cùng bá quan văn võ, cùng với lãnh chúa các phiên bang thực hiện lễ tế cáo trời đất và tổ tiên một cách trang trọng. Ông đã công bố "Năm điều ngự thệ" như sau:
"Mở ra hội nghị rộng rãi, trăm công ngàn việc đều lấy theo công luận mà quyết định."
"Trên dưới một lòng, ra sức sửa sang việc nước."
"Văn võ một đường, từ công khanh đến thứ dân, đều được toại chí, khiến cho lòng người hăm hở sốt sắng."
"Thảy bỏ hết những thói hư mối tệ chất chứa lâu đời, từ đây gắng gổ duy tân tự cường, hiệp theo công đạo của Trời Đất."
"Cầu trí thức ở thế giới, làm cho Nước Nhà trở nên mạnh lớn vẻ vang."
Theo năm lời tuyên thệ này, chế độ phong kiến bị xóa bỏ đồng thời một chính phủ dân chủ và hiện đại lãnh đạo nước Nhật được thành lập. Với việc triều đình Thiên hoàng long trọng công bố tuyên thệ cải cách đất nước Mặt trời mọc, đường lối cải cách Duy Tân của họ chính thức được tuyên bố. về sau, năm lời tuyên thệ được trích dẫn để khuyến khích những thay đổi lớn lao trong triều đình Nhật Bản sau Chiến tranh thế giới thứ hai (1939 - 1945). Giữa tháng năm, ông rời kinh đô Kyōto lần đầu tiên để cầm quyền truy kích những tàn dư của quân đội Mạc phủ. Đi bằng xe ngựa chậm, ông đi từ Kyōto đến Osaka trong ba ngày, qua những con đường có đầy dân chúng ven đường. Không xảy ra một cuộc xung đột nào ở Osaka; những nhà lãnh đạo mới mong Thiên hoàng thân thiện hơn với thần dân và những sứ thần ngoại quốc. Hết tháng năm, sau hai tuần ở Osaka (trong một bầu không khí ít trịnh trọng hơn hẳn ở Kyōto), Thiên hoàng Mutsuhito quay trở về nhà.
Sau khi hoàn thành việc xóa bỏ chế độ Mạc phủ, ngày 3 tháng 9 năm 1868 Thiên hoàng Mutsuhito xuống chiếu đổi tên thành phố Edo - đại bản doanh cũ của chính quyền Mạc phủ - thành Tōkyō (Đông Kinh), đồng thời phái người trang trí và xây dựng lại ngôi thành của Mạc phủ thành Hoàng cung mới. Ngày 12 tháng 10 năm 1868, Thiên hoàng chính thức làm lễ đăng quang tại Tử Thần điện ở cố đô Kyōto. Theo đề nghị của các đại thần, ông đặt niên hiệu là Minh Trị, dựa theo câu "Thánh nhân nam diện thính thiên hạ, hướng minh nhi trị" trong chương Thuyết Quái của Kinh Dịch. Đây cũng là thụy hiệu của Thiên hoàng. Điều này đã mở đầu một truyền thống mới: Thiên hoàng chỉ đặt duy nhất một niên hiệu trong thời gian trị vì, khác với trước kia các Thiên hoàng thường thay đổi niên hiệu. Ngoài ra, sau khi ông qua đời, niên hiệu này cũng trở thành thụy hiệu của ông.
Ngày 4 tháng 11 năm 1868, triều đình Minh Trị rời Kyōto về đóng về đóng đô tại Tōkyō. Thành phố Tōkyō là nơi có những điều kiện thuận lợi về kinh tế, địa lý và chính trị, giúp Thiên hoàng dễ trị vì hơn. Năm 1874, các khí đốt được ông cho phép nhập và sử dụng để thắp sáng tân đô Tōkyō. Đây là lần đầu tiên khí đốt được sử dụng ở Nhật Bản. Tuy nhiên, theo Gordon, đến năm 1889, triều đình mới ra quyết định cuối cùng: dời đô về thành phố Tōkyō. Việc dời đô này cũng có mục đích là đoạn tuyệt với quá khứ và xúc tiến công cuộc Duy Tân vĩ đại mạnh mẽ hơn nữa. Ông cũng cho rằng truyền thống dân tộc kết hợp với kỹ thuật phương Tây là những thứ giúp cho Nhật thoát khỏi sự lạc hậu.
Đầu năm 1869, ông về Kyōto để làm lễ giỗ Thiên hoàng Hiếu Minh và kết hôn. Ngày 11 tháng 1 năm 1869, ông cưới Ichijō Masako (về sau đổi tên thành Haruko) (9 tháng 5 năm 1849 – 19 tháng 4 năm 1914), con gái thứ ba của Tả đại thần Ichijō Tadaka (Nhất Điều Trung Hương) và phong làm Hoàng hậu (tức Chiêu Hiến Hoàng hậu). Masako là trường hợp đầu tiên trong vòng vài thế kỷ nắm giữ cả hai danh hiệu Nữ ngự (nyōgō) và Hoàng hậu (kōgō) khi còn sống. Vì Masako lớn hơn ông ba tuổi nên Thiên hoàng đã phải chờ cho đến khi ông đủ tuổi để thực hiện lễ thành nhân (Gembuku, tức lễ mừng nam giới bước vào tuổi trưởng thành). Sau lễ cưới, nhà vua trở lại thành Tōkyō.