Thời kỳ Azuchi-Momoyama
Giai đoạn Oda Nobunaga nổi lên ở khu vực quanh kinh đô

Trong nửa cuối thế kỷ 16, một loạt các lãnh chúa Đại danh khác nhau có đủ sức mạnh để vừa điều khiển Mạc phủ Muromachi cho lợi ích của mình, vừa có thể lật đổ họ. Một nỗ lực để lật đổ Mạc phủ diễn ra năm 1560 bởi Imagawa Yoshimoto, người tiến quân đến thủ đô và có một kết cục đầy nhục nhã trong tay Oda Nobunaga ở trận Okehazama. Năm 1565, liên minh giữa Matsunaga và gia tộc Miyoshi làm phản bằng cách ám sát Ashikaga Yoshiteru, Shogun Ashikaga thứ 13. Tuy vậy, đấu đá nội bộ đã cản trở hành động nhanh chóng để hợp pháp hóa việc tuyên bố quyền lực, và cho đến tận năm 1568, họ mới chọn được cháu của Yoshiteru, Ashikaga Yoshihide, làm Shogun tiếp theo. Thất bại trong việc tiến vào Kyoto và được triều đình công nhận, tuy vậy, làm việc thừa kế không còn chắc chắn, và một nhóm những thuộc hạ của Mạc phủ dẫn đầu bởi Hosokawa Fujitaka đàm phán với Nobunaga để ủng hộ em trai của Yoshiteru là Yoshiaki.
Nobunaga, người đã chuẩn bị trong nhiều năm chỉ để có cơ hội này bằng cách lập liên minh với nhà Azai ở phía Bắc tỉnh Ōmi và sau đó xâm lược tỉnh láng giềng Mino, nay hành quân đến Kyoto. Sau khi đánh bại nhà Rokkaku ở phía Nam Ōmi, Nobunaga ép Rokkaku đầu hàng và nhà Miyoshi rút lui khỏi Settsu. Ông sau đó tiến vào thủ đô, nơi ông thành công trong việc có được sự công nhận của Nhật hoàng với Yoshiaki, người trở thành Shogun Ashikaga thứ 15.
Nobunaga, tuy vậy, không có ý định phục vụ Mạc phủ Muromachi, và thay vào đó giờ đây chuyển sự chú ý sang việc kiểm soát vùng Kinai. Sự kháng cự từ các đại danh thù địch, các nhà sư không thỏa hiệp, và các thương gia đối nghịch bị đánh bại nhanh chóng và tàn nhẫn, và Nobunaga nhanh chóng bị coi là tàn bạo, độc ác với đối thủ. Để tiếp sức cho những bước đi chính trị và quân sự, ông tiến hành cải cách kinh tế, phá bỏ các rào cản thương mại bằng cách vô hiệu hóa những sự độc quyền truyền thống bởi đền thờ và phường hội và đề xuất các sáng kiến bằng cách thiết lập các chợ tự do được gọi là rakuichi-rakuza.
Năm 1573, ông tiêu diệt liên minh nhà Azai và Asakura đe dọa sườn phía Bắc, xóa sạch quân đội của các nhà sư Thiên Thai tông đặt đầu não ở núi Hiei gần Kyoto, và cũng tránh một cuộc đối đầu tiềm tàng với Takeda Shingen, người bất ngờ bị ốm và qua đời khi quân đội của ông sắp tiêu diệt nhà Tokugawa và xâm nhập lãnh địa nhà Oda trên đường đến Kyoto.
Kể cả sau cái chết của Shingen, vẫn còn vài đại danh hùng mạnh chống lại Nobunaga, nhưng không ai ở đủ gần Kyoto để có thể đe dọa ông về chính trị, và việc thống nhất dưới ngọn cờ nhà Oda chỉ còn là vấn đề thời gian.
Kẻ thù của Nobunaga không chỉ là những  đại danh  khác mà còn có tín đồ của Tịnh độ chân tông - một giáo phái Phật giáo đã tham dự Ikkō-ikki, do Kennyo lãnh đạo. Kennyo chống cự các cuộc tấn công của Nobunaga vào pháo đài của mình trong mười năm. Nobunaga đã trục xuất Kennyo vào năm thứ mười một, nhưng thông qua một cuộc bạo loạn do Kennyo gây ra mà lãnh thổ của Nobunaga đã nhận phần lớn thiệt hại. Cuộc chiến dài này được gọi là Cuộc chiến Thạch Sơn. [cần dẫn nguồn]
Nobunaga rất quan tâm đến các nền văn hóa nước ngoài, đặc biệt là các nước Tây Âu. Một lượng đáng kể văn hóa Kitô giáo phương Tây đã được giới thiệu đến Nhật Bản bởi các nhà truyền giáo từ Châu Âu. Từ sự tiếp xúc này, Nhật Bản đã nhận được các loại thực phẩm mới, một phương pháp vẽ mới, thiên văn học, địa lý, khoa học y tế và các kỹ thuật in mới. Quan trọng nhất, thương mại với châu Âu đã cung cấp cho quân đội của Nobunaga những vũ khí mới, trong số đó có súng trường matchlock hoặc arquebus. [cần dẫn nguồn]
Nobunaga quyết định giảm sức mạnh của các tu viện Phật giáo và bảo vệ Kitô giáo dù ông không bao giờ cải đạo sang Ki-tô giáo. Ông đã tàn sát nhiều nhà sư Phật giáo đã chống lại ông và đốt cháy chùa của họ.
Hoạt động của các thương nhân châu Âu và các nhà truyền giáo Công giáo (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino và nhiều nhà truyền giáo khác) ở Nhật Bản không kém gì hoạt động của người Nhật ở nước ngoài, đã đưa đến một thời kỳ phảng phất hương vị quốc tế.
Trong thời gian từ 1576 đến 1579, Nobunaga xây dựng bên bờ hồ Biwa ở Azuchi (ngày nay là quận Shiga) lâu đài Azuchi, một lâu đài bảy tầng tráng lệ với ý định không chỉ là một pháo đài không thể đánh chiếm mà còn là dinh thự xa hoa và tồn tại như một biểu tượng của sự thống nhất.
Đã nắm chặt được vùng Kinai, Nobunaga nay đã đủ mạnh để cử các tướng của mình đi chinh phục các tỉnh xa. Shibata Katsuie được giao nhiệm vụ xâm chiếm gia tộc Uesugi ở Etchū, Takigawa Kazumasu đối đầu với nhà Takeda ở Kai, và Hashiba Hideyoshi được giao nhiệm vụ ghê gớm là đối mặt với nhà Mori ở vùng Chūgoku ở phí Tây đảo Honshū.
Năm 1575, Nobunaga giành được một chiến thắng quan trọng trước gia tộc Takeda trong Trận Nagashino. Bất chấp danh tiếng lẫy lừng của kỵ binh samurai của Takeda, Oda Nobunaga với công nghệ tương đối mới của arquebus, đã gây ra một thất bại nặng nề cho gia tộc Takeda. Trận chiến này được xem là một cuộc cách mạng trong cách thức tiến hành chiến tranh của Nhật Bản.
Năm 1582, sau một chiến dịch dài hơi, Hideyoshi yêu cầu Nobunaga tăng viện để đè bẹp sự kháng cự. Nobunaga, dừng chân ở Kyoto trên đường hành quân về phía Tây với chỉ có một số nhỏ lính theo hầu, bị tấn công và sát hại bởi một trong những tướng quân bất mãn với mình, Akechi Mitsuhide.