Shin Seiki Evangelion
Cốt truyện

Năm 2015, 15 năm sau một đại thảm họa được gọi là Chấn động thứ 2, Ikari Shinji đã được cha mình yêu cầu đến thành phố Tokyo-3. Cha của cậu là Ikari Gendo, chỉ huy của tổ chức bán quân sự Nerv và là người đã ruồng bỏ cậu sau khi mẹ cậu qua đời. Tại Tokyo-3, Shinji tận mắt chứng kiến lực lượng của Liên Hợp Quốc chiến đấu với Angel. Angel là một chủng sinh vật quái dị khổng lồ đã thức tỉnh như lời tiên đoán của cuộn sách Biển Chết. Bởi vì Angel có thể tạo ra trường lực gần như không thể xuyên thủng nên những cỗ máy sinh học khổng lồ Evangelion đã được tạo ra để chống lại Angel. Evangelion là cỗ máy vận hành dựa vào sự đồng bộ hóa với hệ thần kinh của phi công và có khả năng tạo ra trường lực của riêng nó. Những người duy nhất có thể lái Evangelion là những đứa trẻ mồ côi mẹ sau Chấn động thứ hai do Viện Marduk lựa chọn và chỉ định là những đứa trẻ được đánh số (ví dụ "Đứa trẻ thứ nhất", "Đứa trẻ thứ hai").
Sĩ quan của Nerv là Katsuragi Misato hộ tống Shinji đến khu phức hợp Nerv bên dưới Tokyo-3, nơi cha cậu ép buộc cậu phải lái Evangelion Unit-01 để chống lại Angel. Vì không có sự huấn luyện từ trước nên Shinji nhanh chóng bị áp đảo trong trận chiến. Lúc cậu tưởng chừng như đã thất bại thì Evangelion bỗng dưng nổi cơn thịnh nộ và tự tay giết chết Angel một cách dã man.
Sau khi nhập viện, Ikari Shinji chuyển đến sống cùng với Misato và ổn định cuộc sống tại Tokyo-3. Trong trận chiến thứ hai, Shinji đã đánh bại một Angel nhưng sau đó lại muốn từ bỏ tất cả và trở nên quẫn trí. Misato cố thuyết phục Shinji và cậu quyết định tiếp tục làm phi công. Toàn bộ nhân viên của Nerv và Shinji sau đó phải tiếp tục chiến đấu và đánh bại 14 Angel còn lại để ngăn chặn Chấn động thứ 3, một trận đại thảm họa có thể hủy diệt thế giới. Evangelion Unit-00 đã được sửa chữa không lâu sau đó. Shinji cố gắng kết bạn với phi công Unit-00 là Ayanami Rei, cô gái đồng trang lứa bí ẩn bị cô lập với xã hội. Với sự trợ giúp của Rei, Shinji đã đánh bại thêm một Angel khác. Sau đó, họ tiếp tục nhận thêm sự trợ giúp từ phi công Evangelion Unit-02 là Soryu Langley Asuka. Asuka là một thiếu nữ đa tài nhưng không thể nào ưa nổi, cô là người mang 3 dòng máu Đức-Nhật-Mỹ. Dù vậy, cả 3 người họ vẫn có thể hợp tác để đánh bại một số Angel. Khi Shinji thích nghi với vai trò phi công mới của mình, cậu dần trở nên tự tin và đáng để trông cậy hơn. Asuka chuyển đến sống cùng Shinji, và giữa họ bắt đầu nảy sinh một kiểu tình cảm lộn xộn, không rõ ràng. Cậu đã hôn Asuka sau khi bị cô khiêu khích.
Trong một trận chiến với Angel, cậu gặp sự cố và bị nó nuốt chửng, nhưng cuối cùng cũng tự thoát ra được do Evangelion tự hành động. Sau đó, cậu bị ép phải chiến đấu với Evangelion Unit-03, lúc đó đang bị Angel xâm nhập. Cậu phải chứng kiến Unit-01 tự động đánh Unit-03 rất tàn nhẫn đến mức phi công của nó là Suzuhara Toji, cũng đồng thời là bạn cùng lớp với cậu mất đi khả năng lao động và bị tàn tật vĩnh viễn. Asuka mất đi sự tự tin sau một thất bại và bắt đầu mắc bệnh trầm cảm. Mọi chuyện trở nên tồi tệ hơn trong cuộc chiến tiếp theo, Angel đã xâm chiếm tâm trí cô và ép cô phải hồi tưởng lại nỗi sợ hãi tồi tệ nhất và chấn thương tâm lý thời thơ ấu khiến cô bị suy sụp tinh thần. Ở trận chiến kế tiếp, Rei buộc phải kích hoạt tự hủy Unit-00 và hi sinh để cứu mạng Shinji. Misato và Shinji đến bệnh viện và họ phát hiện ra Rei vẫn còn sống nhưng cô tuyên bố rằng cô là "Rei thứ 3". Misato yêu cầu nhà khoa học Akagi Ritsuko tiết lộ bí mật đen tối của Nerv, nghĩa địa Evangelion, và hệ thống dummy plug vận hành bằng cách sử dụng bản sao của Rei. Rei là người nhân tạo được tạo ra từ DNA của mẹ Shinji, Ikari Yui. Những sự kiện liên tiếp này khiến Shinji bị tổn thương cảm xúc và bắt đầu xa lánh tất cả mọi người. Nagisa Kaworu được chỉ định làm phi công thay thế cho Asuka đang bị mắc chứng căng trương lực. Giữa tình hình căng thẳng, Kaworu nhanh chóng làm thân với Shinji và được lòng tin tưởng của Shinji. Kaworu đã bộc bạch nỗi lòng rằng cậu ấy yêu Shinji. Tuy vậy, Kaworu thực chất là Angel cuối cùng tên là Tabris. Anh khởi động Eva Unit-02 lên và tiến xuống Terminal Dogma nhằm quay trở lại với Adam và có thể kích hoạt Chấn Động Thứ Ba. Ở giữa đường đến, Kaworu đã gặp và giao chiến với Shinji, sau đó Kaworu nhận ra rằng anh phải chết nếu muốn nhân loại tiếp tục tồn tại và yêu cầu Shinji kết liễu anh. Mục đích ban đầu của Angel đổ bộ lên Tokyo-3 là để tìm thánh thể của Adam mà chúng lầm tưởng rằng con người đã cướp đi trong đại thảm họa trước đó. Shinji do dự nhưng cuối cùng cũng xuống tay với Kaworu. Shinji tâm sự với Misato rằng cậu yêu Kaworu, sự kiện này khiến cậu cảm thấy bị đè nén bởi cảm giác tội lỗi.
Sau khi Angel cuối cùng bị đánh bại, tổ chức bóng tối bí ẩn giám sát toàn bộ mọi chuyện là Seele quyết định khởi động Dự án hoàn thiện con người. Dự án này là một quá trình tiến hóa bắt buộc của nhân loại, trong đó linh hồn của cả nhân loại sẽ được hợp nhất vì mục đích nhân từ. Seele tin rằng nếu hợp nhất, nhân loại cuối cùng có thể vượt qua nỗi cô đơn và sự xa cách vĩnh hằng đang nguyền rủa họ. Linh hồn của Shinji vật lộn với ý nghĩa tồn tại của cậu và đạt đến sự hiển linh rằng cậu thật sự không thể sống nếu thiếu người khác. Đồng thời, Shinji cũng nhận ra rằng cậu có thể yêu bản thân mình hơn. Cậu phá vỡ bức tường cảm xúc tiêu cực đang dày vò cậu và đoàn tụ với những người khác. Họ vỗ tay chúc mừng cậu vì cậu đã giác ngộ.