Half-Life 2: Episode Two
Cốt truyện

The Combine, một đế chế vũ trụ xâm lược, đã phá hủy Citadel để mở ra một cánh cổng không gian lớn bằng năng lượng của vụ nổ. Cho phép lực lựơng Combine gọi thêm một đội quân hùng hậu nhằm đánh bại quân Kháng chiến.
Sau khi vượt qua một hầm mỏ bỏ hoang là nơi sinh sống của khá nhiều Zombie và Antlion, Alyx liên lạc được với căn cứ White Forest để cho tiến sĩ Kleiner cùng cha mình biết cả hai vẫn còn sống. Cả hai đã biết được rằng năng lượng từ vụ nổ Citadel đang được tập hợp để cố gắng mở ra một cánh cổng mới, và Portal Storm - cổng bão mà họ đang thấy chỉ là khởi đầu của một cổng không gian khổng lồ. “Nếu nó tiếp tục lớn dần, Cuộc chiến bảy giờ sẽ lại tái diễn, chỉ khác là lần này chúng ta sẽ không kéo dài được dù chỉ 7 phút.”
Gordon và Alyx vẫn nghe được những dấu hiệu cho thấy lực lựơng Combine vẫn đang truy tìm mình nhằm lấy lại gói dữ liệu – nay đã được nhận ra là mã liên lạc với “Homeworld” của quân Kháng chiến. Với gói dữ liệu này,  Arne Magnusson, chỉ huy căn cứ White Forest đã nghĩ ra một kế hoạch có thể thay đổi cán cân lực lượng giữa Combine với quân Kháng chiến. Tuy nhiên, tín hiệu bị cắt đứt trong khi lũ Combine tìm đến vị trí của hai người. Trong khi bỏ chạy, Alyx bị một Hunter đâm trọng thương trước khi được một Vortigaunt bí ẩn xuất hiện mang cô đi cứu chữa.
Tại một hầm mỏ bỏ hoang, Gordon gặp một đồn điền của quân Kháng chiến, cũng là nơi Alyx đang được cứu chữa, nhưng phải cần chiết xuất ấu trùng của Antlion. Gordon biến mình thành mồi nhử cho Antlion Guardian để các Vortigaunt thu thập những thứ cần thiết. Alyx được cứu và đã qua cơn nguy kịch. Chính lúc này, G-Man xuất hiện, theo lời hắn, các Vortigaunt đã ngăn hắn trở lại trong suốt thời gian qua và gợi ý về tầm quan trọng của Alyx trong kế hoạch của hắn, hắn tiết lộ đã cứu Alyx trong thảm họa Black Mesa bất chấp sự phản đối của một "bên thứ ba" không xác định. Hắn yêu cầu Gordon đưa Alyx về White Forest một cách an toàn vì hắn sẽ để mắt đến hai người, không thể làm gì hơn do phải tuân theo khá nhiều hạn chế. Đồng thời hắn cũng dặn Alyx nói với cha mình rằng hãy chuẩn bị cho những hậu quả không thể lường trước được.
Sau khi Alyx hồi phục, cô và Gordon tiếp tục đi tới White Forest, Họ phát hiện một lực lựơng Combine đông đảo đang tiến về phía căn cứ, với cả sự góp mặt của Advisor. Các Vortigaunt rời đi để săn lùng thực thể shu’ulathoi, chúng là các Advisor đã thoát được ở cuối Half-Life 2: Episode One. Vượt qua vô số kẻ thù trên hành trình, tại White Forest, hai người được đoàn tụ với tiến sĩ Kleiner, Eli và chú chó máy Dog. Ali đưa gói dữ liệu cho họ. Theo kế hoạch của Arne Magnusson, gói dữ liệu sẽ được phóng vào không gian, kết hợp với những vệ tinh đã phóng trước đó để đóng Portal Storm - cánh cổng không gian mới mà Combine đang tạo ra từ năng lượng của vụ nổ Citadel. Nhưng trước khi điều đó xảy ra, cả hai phải đẩy lùi một đợt tấn công lớn của Combine và bảo vệ khu vực phóng tên lửa.
Tại căn cứ White Forest một bí mật từ Half-Life 2: Episode One được hé lộ. "Dự án" bí mật của Judith Mossman tìm ra là Borealis, một con tàu của trung tâm nghiên cứu khoa học Aperture Science trong sê-ri game Portal được cho là chở theo những công nghệ tối tân. Tiến sĩ Kleiner muốn sử dụng chúng để tạo ra vũ khí lại Combine trong khi Eli phản bác rằng nó không thể bị kiểm soát và muốn phá hủy Borealis nhằm tránh một thảm họa tương tự như thảm họa Black Mesa.
Trong khi các nhà khoa học đang cãi nhau và chuẩn bị tên lửa, Gordon và Alyx quyết định giải cứu Judith Mossman. Tuy nhiên, Eli Vance nhận được một cú sốc khi nghe Alyx chuyển lời nhắn của  G-Man. Ông còn cho biết, những gì G-Man nhắn gửi cho Alyx cũng chính là điều hắn đã trực tiếp nói cho ông trước khi thảm họa Black Mesa đã xảy ra trong quá khứ. Ngay lúc đó, lực lựơng Combine tấn công vào căn cứ. Gordon có một vũ khí mới tên là Magnusson Device - một loại bom chuyên dùng để tiêu diệt Strider do Arne Magnusson trợ giúp.
Sau cuộc chiến ác liệt, Gordon, Eli và Alyx được chứng kiến cảnh cánh cổng không gian đóng lại nhờ gói dữ liệu đã được phóng lên không gian. Giúp Trái Đất tạm thời không phải lo lắng về lực lượng tiếp viện của Combine, nên có thể lên đường tìm kiếm tàu Borealis và tiến sĩ Judith Mossman. Ba người đi đến một nhà chứa máy bay, định lên một chiếc trực thăng. Bất ngờ, hai Advisor đột kích cả ba, khi Eli cố gắng giải thoát, ông bị một tên Advisor giết. Sau đó, chú chó máy Dog xông vào và đuổi chúng đi. Trò chơi kết thúc với cảnh Alyx ôm xác cha mình và khóc. Trước khi chết, Eli cảnh báo rằng hai người họ cần phải phá hủy con tàu Borealis.