Helmuth Karl Bernhard von Moltke
Tổng tham mưu trưởng quân đội Phổ > Chiến tranh Schleswig lần thứ hai

Vào ngày 2 tháng 10 năm 1861, thông qua Roon, Bismarck yêu cầu Moltke cho nhận định về một cuộc chiến tranh tiềm ẩn với Đan Mạch. Dựa trên kiến thức cá nhân của mình về Đan Mạch, một công trình khảo cứu của Bộ Tổng tham mưu về cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ nhất (1848-1849), một số tài liệu phân tích về địa hình và những đánh giá của người đương thời về khả năng chiến đấu các lực lượng vũ trang Đan Mạch, Moltke cho Bismarck biết rằng các lựa chọn chiến lược của Phổ là rất hạn chế do Phổ không có một lực lượng hải quân đủ sức đương đầu với hạm đội Đan Mạch. Theo ông, địa hình Đan Mạch với nhiều hòn đảo lớn và vô số các vịnh hẹp sâu sẽ tạo thuận lợi cho hải quân Đan Mạch cản trở hoạt động tác chiến của quân đội Phổ – trừ phi Phổ tấn công vào mùa đông lạnh giá, khi mà các bờ biển của Đan Mạch bị đóng băng.
Moltke cũng lưu ý rằng cuộc chiến năm 1848-49 đã sa vào tình trạng bế tắc lâu dài do quân đội Đan Mạch đã rút lui thành công về phía sau hàng loạt các pháo đài và công sự trên đảo và bảo toàn được lực lượng. Để tránh lặp lại cục diện này, Moltke đề nghị phát động tấn công ngang sườn tuyến Dannewerk nổi tiếng – một hệ thống pháo đài và công sự cách không xa biên giới Đức về hướng bắc. Chủ ý của ông là nhằm cô lập các pháo đài Düppel và Fredericia, đồng thời cắt đứt đường rút của quân Đan Mạch và chiếm Jutland để ép đối phương phải ký kết một hòa ước có lợi cho Phổ. Moltke và Bismarck cũng nhất trí rằng Phổ cần phải dứt điểm nhanh chóng cuộc chiến để tránh sự can thiệp của Anh và các cường quốc khác.
Mặc dù vậy, người Tổng chỉ huy liên quân Áo-Phổ – Thống chế Friedrich von Wrangel đã không triển khai hợp lý bản kế hoạch đúng đắn của Moltke trong cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ hai. Theo đánh giá của các sử gia, Wrangel, một cựu chiến binh của các cuộc chiến tranh Napoléon và Chiến tranh Schleswig lần thứ nhất, đã quá già yếu và không đủ năng lực để thực thi nhiệm vụ của mình. Nhưng Wrangel là viên sĩ quan Phổ duy nhất có kinh nghiệm thực chiến, đáp ứng điều kiện để triều đình Áo chấp nhận đặt quân đội nước họ dưới quyền chỉ huy của một người Phổ. Do vậy, Moltke ở lại kinh thành Berlin và ra sức nắm bắt tình hình nơi chiến trường xa xôi. Đại tá Leonhard von Blumenthal, Tham mưu trưởng của Quân đoàn I do Vương thân Friedrich Karl chỉ huy, có nhiệm vụ thông báo cho Moltke về tình hình chiến sự. Liên quân Phổ-Đan Mạch tiến đánh Đan Mạch vào ngày 1 tháng 2 năm 1864. Những sai lầm của Wrangel trong giai đoạn đầu chiến dịch đã tạo điều kiện cho quân đội Đan Mạch rút lui thành công về Düppel và Fredericia. Cả hai pháo đài này đều chế ngự những đoạn đường quan trọng để tiến vào Đan Mạch. Quân đội Phổ-Áo sau đó đã tiến hành bao vây Düppel và Fredericia.
Sự thiếu tiến triển của chiến dịch Đan Mạch đã khiến cho Bismarck ngày càng lo lắng và ông thúc dục Quốc vương phát lệnh tấn công Düppel. Vị Thủ tướng khẳng định Phổ cần phải đạt một chiến thắng nhanh gọn để nâng cao thanh thế các lực lượng vũ trang Phổ trong mắt các quốc gia châu Âu đồng thời đem lại tự tin cho ông ngồi vào vòng đàm phán. Moltke trì hoãn cuộc tấn công đủ lâu để các cỗ trọng pháo được điều đến từ Berlin. Pháo binh Phổ đã oanh kích dữ dội vào Düppel trong suốt 25 ngày đêm. Ngày 18 tháng 4, quân Phổ tiến công và nhanh chóng chiếm được pháo đài. Trong khi phía Phổ chịu tổn thất không đáng kể, số quân Đan Mạch bị giết và bị thương lên đến 1.800 người, cộng thêm 3.600 người bị bắt làm tù binh. Ít lâu sau, quân Đan Mạch cũng rời bỏ Fredericia và rút xuống các đảo Alsen và Fünen. Một cuộc đình chiến đã diễn ra từ ngày 25 tháng 4 đến ngày 25 tháng 6, khi mà người Anh kêu gọi đàm phán để chấm dứt cuộc chiến.
Trong thời gian hưu chiến, Bismarck đã thuyết phục nhà vua sa thải Wrangel và chỉ định Friedrich Karl làm Tổng tư lệnh quân đội liên minh Áo-Phổ. Moltke được điều ra trận tuyến làm Tham mưu trưởng cho vị tân Tổng chỉ huy. Moltke khuyên Friedrich Karl vượt bán đảo Sundeved ngay sau khi chấm dứt đình chiến và tiến công quân Đan Mạch trên đảo Alsen. Quân Phổ đổ bộ thành công vào ngày 29 tháng 6, buộc quân địch phải chạy khỏi đây. Sau đó, Moltke yêu cầu đổ bộ lên đảo Fünen, song điều đó đã trở nên không cần thiết: ngày 1 tháng 8 năm 1864, phía Đan Mạch cầu hòa. Hòa ước Viên ngày 30 tháng 10 đã đặt dấu chấm hết cho cuộc chiến với thắng lợi thuộc về Phổ và Áo.