SCP – Containment Breach
Cốt truyện

Người chơi vào vai nhân viên cấp D, có tên chỉ định là  "D-9341". Sau khi khám phá thêm trong game, tên thật của anh là "Benjamin Oliver Walker", một nghiên cứu cấp cao của tổ chức bị giáng cấp xuống thành nhân viên cấp D do đã nghiên cứu trái phép một hiện tượng dị thường, tạm dịch là "chuyển biến xoắn ốc". Đây là lí do tại sao người chơi có thể "save" game, cũng như "load" game nếu chơi trên chế độ "Safe" và "Euclid".
D-9341 tỉnh dậy trong buồng giam và được hộ tống bởi 2 lính gác để tiến hành thí nghiệm. Nếu từ chối ra khỏi buồng giam, hoặc có ý định trốn thoát, người chơi sẽ bị tiêu diệt ngay lập tức. Cùng với 2 nhân viên cấp D không rõ tên, D-9341 được thí nghiệm với SCP-173. Trong khoảng thời gian này, nguồn điện và hệ thống cửa của Tổ chức đã hoạt đông bất thường, khiến SCP-173 giết chết hai nhân viên cấp D khác và cả D-9341 nếu anh còn trong buồng quản thúc. SCP-173 trốn thoát khỏi khu vực quản thúc bằng đường ống thông gió, còn D-9341 rời khỏi khu vực thử nghiệm qua văn phòng bên dưới. Loa phát thanh sau đó thông báo rằng vài SCP nguy hiểm đã trốn thoát, khiến cả cơ sở nghiên cứu buộc phải bị đóng cửa. Người chơi điều khiển D-9341, né tránh các SCP như SCP-106, một người đàn ông cao tuổi có thể đi xuyên qua các vật liệu và bắt cóc anh vào "không gian bỏ túi" của hắn, hay SCP-049, một bác sĩ dịch hạch có thể chuyển đổi nạn nhân của hắn thành các "thây ma".
D-9341 sau một hồi đương đầu với nguy hiểm gặp gỡ SCP-079, một loại trí tuệ nhân tạo đã gây nên toàn bộ sự cố vi phạm quản thúc. Để vào được phòng chứa SCP-079, ta phải tắt hệ thống điều khiển cửa. Sau khi tới được khu vực quản thúc và nói chuyện, SCP-079 yêu cầu người chơi bật lại hệ thống điều khiển cửa, để nó có thể tự do điều khiển chúng. D-9341 làm theo Được biết, tiến sĩ Maynard và đặc vụ Skinner (người đã thả 106), là hai gián điệp từ phe "Hỗn Kháng" (Chaos Insurgency). Họ đã giúp SCP-079 có quyền kiểm soát toàn bộ điện năng của cơ sở. Ta có thể biết được điều này nếu người chơi đi vào văn phòng của Maynard, bằng cách lấy một tờ giấy có ghi mã code văn phòng của hắn trong "không gian bỏ túi" của SCP-106. Ta sẽ thấy 1 tờ ghi chú có ghi: "YOU MADE IT SO EASY, NICE WORK FOUNDATION" (Các người làm cho nó quá dễ, làm tốt lắm Tổ chức; ý chỉ là việc quản thúc trong cơ sở quá dễ để xâm phạm) và cả máy tính của lão ta, trong đó ghi chép lại một cuộc nói chuyện của hắn với một người không rõ danh tính. Nội dung cuộc nói chuyện như sau:
Người kia (rất có thể là Skinner): It's out (Nó đã ra ngoài, ám chỉ SCP-106)

Maynard: Proceeding... (Đang tiến hành)
Theo dự đoán, sau đó Maynard sẽ đến phòng SCP-079, cài cho nó các phần mềm tuyệt mật, quan trọng và phức tạp của cơ sở. SCP-079 có hiểu biết về lập trình tốt nhất Tổ chức, nên sớm muộn gì SCP-079 cũng có thể gây hoảng loạn mà thôi
Trong khu vực quản thúc hạng nhẹ, ta sẽ thấy một tiến sĩ được thả ra bởi 106 từ trên trần nhà, rất có thể là Maynard. Hắn đã bị bắt bởi SCP-106 và bị giam cầm cho đến chết, đó là vì sao ta thấy tờ giấy có ghi mã code bên trong "không gian bỏ túi" của SCP-106. Tính mạng của đặc vụ Skinner đến nay vẫn chưa rõ, nhưng qua 1 cuộc trò chuyện Radio, có thể Skinner đã may mắn hơn Maynard rất nhiều.
Có tất cả 4 ending trong game, và cả 4 đều rất thú vị. Có thêm 1 kết thúc thứ 5 nữa nhưng không được dùng cũng được liệt kê:
Kết thúc Cổng A:
Nếu không tái quản thúc SCP-106: khi bước ra khỏi thang máy, SCP-106 sẽ xuất hiện. Người chơi sẽ nghe thấy loa nói: "SCP-106 has breached containment at gate A. Fire the H.I.D Turret immediately. Do not let it cross the bridge." (SCP-106 đã đến Cổng A. Khai hỏa khẩu pháo H.I.D ngay lập tức. Không được để nó qua cây cầu) và khẩu pháo H.I.D sẽ bắn vào 106, khiến nó quay lại "không gian bỏ túi" vì chứng sợ ánh sáng. Sau đó nếu người chơi vào hầm bên trái đủ nhanh thì sẽ gặp ba người thuộc đơn vị "Hỗn Kháng", cho biết D-9341 "đã biết quá nhiều để họ (người của tổ chức) bắt lại". Chúng ta không biết họ bắt D-9341 đi làm gì, hay số phận của anh ta như thế nào. Trong credit là báo cáo về việc hầm nơi D-9341 trốn thoát đã sập, và đơn vị Epsillon-11 yêu cầu trợ giúp.
Nếu tái quản thúc SCP-106: khi bước ra khỏi thang máy, D-9341 sẽ bị bắt bởi nhóm Epsillon-11. Trong credit, game cho ta biết với khả năng "chuyển biến xoắn ốc" của D-9341, anh đã có thể sống sót qua tất cả các nguy hiểm không thể lường trước, và có một sự may mắn "ngoài sức tưởng tượng". Việc gán số hiệu SCP cho D-9341 đang được xem xét.
Ngoài ra, còn hai cái kết ở Cổng B.
Nếu không khóa đầu đạn hạt nhân: D-9341 trốn ra ngoài cổng B. Khi vào phòng điều khiển trên mặt đất, loa phát thanh thông báo: SCP-682(một loài thằn lằn khổng lồ, cực kỳ hung dữ và nguy hiểm) đã trốn thoát. Sau đó, Đầu đạn hạt nhân Alpha được kích hoạt, và D-9341 sẽ chết sau 90 giây. Trong credit là giọng của 1 đơn vị được điều đi tái quản thúc SCP-682, nói rằng kể cả 1 quả bom nguyên tử cũng không giết được  SCP-682..
Nếu khóa đầu đạn hạt nhân: mọi thứ sẽ như trên, nhưng Đầu đạn hạt nhân Alpha sẽ không kích nổ. Thay vào đó, D-9341 sẽ bị 3 nhân viên đặc nhiệm cơ động không giống E-11, mà là Cloud-Nine theo ý kiến của nhiều người tiêu diệt. Trong credit là báo cáo về việc phát hiện 1 nhân viên cấp D ngoài cổng B (D-9341), và có thể cơ sở nghiên cứu lúc đó đã hoạt động lại bình thường.
Ending bị lãng quên:
Khi 9341 đến được thang máy cổng B, SCP-173 sẽ làm một màn jumpscare và kết thúc người chơi một cách nhanh gọn. Ending này có thể được tìm thấy trong file game từ bản v0.6 tới nay (v1.13). Lí do ending này không được cho vào game là vì nếu set ending này là mặc định thì cổng B sẽ là khu vực mà chẳng ai chọn. Mà nếu không cho nó mặc định thì sẽ có khả năng gần như 0% 173 có thể đuổi theo người chơi đến tận đó.
Ending này vẫn có thể được thực hiện khi bấm phìm F3 (hay Fn+F3 cho các máy có phím Fn) và gõ "ending B1".