Lịch sử Pháp
Ancien Régime (1453–1789) > Chiến tranh tôn giáo Pháp (1562 – 1598) > Giai đoạn 3 và Cuộc chiến ba vua Henry

Ba tháng sau khi Henry Anjou đăng quang làm vua Ba Lan, anh trai của ông, Charles IX, băng hà (tháng 5 năm 1574). Henry bí mật rời Ba Lan trở về Pháp. Tại Rheims năm 1575, ông được trao vương miện để trở thành Vua Henry III của Pháp, nhưng lúc này lại bùng nổ chiến tranh tôn giáo lần thứ năm. Xung đột kéo dài đến năm 1576 khi nhà vua ký Chỉ dụ Beaulieu với nhiều nhượng bộ dành cho người Tân giáo.
Chỉ dụ Beaulieu khiến Henry I, Công tước Guise, một người Công giáo cực đoan, vô cùng phẫn nộ. Ông đã tiến hành thành lập Liên minh Công giáo để phản đối. Cánh Guise kiên trì ủng hộ vua Tây Ban Nha, nhờ đó luôn duy trì vị thế vững chắc trong suốt thập niên 1580. Tuy nhiên, phe Huguenot đã củng cố lực lượng ở miền tây nam, và được các chính phủ Tân giáo ủng hộ, dù trong thực tế, Anh và Đức không chịu cung cấp nhiều quân binh. Vào cuối cuộc chiến lần thứ sáu (1576-1577), sau nhiều cuộc thương thảo, Henry III, với Hiệp ước Bergerac (còn gọi là "Chỉ dụ Poitiers"), buộc phải thu hồi hầu hết các nhượng bộ dành cho người Tân giáo chiếu theo Chỉ dụ Bealieu. Hai năm sau, lại bùng nổ cuộc chiến lần thứ bảy (1579-1580) – rồi chấm dứt trong sự bế tắc với Hiệp ước Fleix.
Tình trạng thỏa hiệp mong manh lại bị phá vỡ năm 1584, khi em trai nhà vua và là người kế vị ngai vàng, François, Công tước Anjou, từ trần. Bởi vì Henry III không có con trai, nên chiếu theo Luật Salic, người kế vị sẽ là Henry Navarre, một người Huguenot. Dưới áp lực của Công tước Guise, Henry III miễn cưỡng ban hành một chiếu chỉ trấn áp đức tin Kháng Cách và phủ quyết quyền kế vị của Henry Navarre.
Lúc đầu, nhà vua cố cộng tác với người đứng đầu Liên minh Công giáo nhằm hướng liên minh tới một cuộc dàn xếp qua thương thảo. Nhưng động thái này là điều không thể chấp nhận đối với các nhà lãnh đạo liên minh, họ chỉ muốn đập tan phe Huguenot. Tình hình càng trở nên tồi tệ cho đến khi bùng nổ cuộc chiến lần thứ tám (1585-1598). Bởi vì người lãnh đạo nhà Guise cũng có tên Henry, nên trong giai đoạn đầu, cuộc chiến được mệnh danh "Chiến tranh ba Henry".
Nhìn thấy Nhà Guise là mối đe dọa chính đối với vương quyền, Henri III quyết định ra tay trước. Ngày 23 tháng 12 năm 1588, tại Lâu đài Blois, Henry Guise bị ám sát theo lệnh của nhà vua. Nhưng Công tước Guise rất được yêu thích ở Pháp, nên liên minh Công giáo tuyên chiến với nhà vua. Henry III quyết định gia nhập lực lượng của người em họ, Henry Navarre, để chống lại Liên minh Công giáo.
Tháng 7 năm 1589, tại Saint-Cloud, một tu sĩ Dòng Dominican tên Jacques Clément xin gặp nhà vua và đâm vào bụng ông. Khi hấp hối, Henry III cho vời Henry Navarre đến, khẩn nài ông, vì quyền lợi quốc gia, hãy cải đạo sang Công giáo, và cảnh báo về hiểm họa chiến tranh kéo dài nếu Henry Navarre không chịu nghe theo lời khuyên của ông. Chiếu theo Luật Salic, nhà vua tuyên bố Henry Navarre là người kế vị, trở thành Henry IV của Pháp, khởi đầu Vương triều Bourbon.
Tình hình nước Pháp năm 1589 là bất ổn và phức tạp. Tân vương Henry IV kiểm soát khu vực phía tây và phía nam, trong khi Liên minh Công giáo nhận được sự hỗ trợ của Tây Ban Nha thì nắm giữ phía bắc và phía đông. Nhận thấy không có cơ may cho một quân vương Tân giáo đăng quang ngay tại Paris, Henry IV đã thốt lên câu nói trứ danh Paris vaut bien une messe (Paris đáng cho một lễ misa). Năm 1593, Henry chính thức được nhận vào Giáo hội Công giáo Rôma, và được trao vương miện tại Chartres năm 1594.
Trong khi một số thành viên Liên minh Công giáo tiếp tục tranh đấu, nhiều người Công giáo khác hài lòng với quyết định cải đạo của nhà vua, dần dà cánh cực đoan cũng bị cô lập và mất ảnh hưởng. Rồi quân đội Tây Ban Nha cũng rút lui chiếu theo Hòa ước Vervins. Henry IV ra sức tái thiết nước Pháp đang nghèo đói tan tác bởi những xung đột nội bộ, và cố thống nhất lòng dân dưới vương quyền. Nỗ lực đầu tiên của nhà vua là mở các cuộc thương thảo nhằm ban hành Chỉ dụ Nantes. Chỉ dụ này là một dấu chỉ về tinh thần bao dung tôn giáo, trong thực tế đã mở ra một cuộc hưu chiến (dù miễn cưỡng) giữa các phe tranh chấp. Dù vậy, có thể xem Chỉ dụ Nantes là dấu mốc kết thúc cuộc chiến tranh tôn giáo kéo dài của nước Pháp.
Henry IV cùng cố vấn thân cận, Công tước Sully, nỗ lực tái thiết nước Pháp, và xây dựng một thời kỳ thái bình thịnh trị cho đất nước này. Tuy vậy về sau đức vua đã bị ám sát bởi Ravaillac, một kẻ Công giáo cuồng tín vào năm 1610.