Chiến tranh Lê – Mạc
Tàn dư Bắc triều > Tái chiếm kinh thành

Mạc Kính Chỉ có phụ chính cũ là Ứng vương Mạc Đôn Nhượng giúp đỡ, chiếm cứ vùng Thanh Lâm và xưng vua ở Nam Giản thuộc Chí Linh, Hải Dương. Sang tháng 1 năm 1593, Kính Chỉ bị Trịnh Tùng đánh bại, cùng Vũ An vương Mạc Toàn và nhiều tông thất khác bị bắt và bị giết. Mạc Đôn Nhượng chạy lên Lạng Sơn rồi lâm bệnh qua đời.
Các thân vương khác tiếp tục chiếm cứ nhiều nơi ở Bắc Bộ. Theo kế dặn lại của Mạc Ngọc Liễn trước khi mất (1594), khi đại quân Lê Trịnh kéo đến, họ Mạc thường tránh, tản vào rừng núi hoặc chạy sang bên kia biên giới. Khi quân Lê Trịnh rút về, quân Mạc lại tụ tập. Đại Việt thông sử viết về chiến thuật này: "Quan quân tới đâu, quân giặc (tức quân Mạc) lập tức tản ra, quan quân đi thì chúng lại tụ lại, các huyện ở Thái Nguyên, Lạng Sơn khổ vì chúng". Chúa Trịnh điều những tướng giỏi như Hoàng Đình Ái, Nguyễn Hữu Liêu, Nguyễn Hoàng, Trịnh Đỗ đi đánh trong nhiều năm nhưng chỉ một bộ phận quân Mạc bị bắt hoặc giết, bộ phận khác vẫn chạy trốn và triều đình Lê Trịnh không thể trừ diệt hết.
Năm 1596, tướng Phan Ngạn bắt được Trang vương Mạc Kính Chương (cháu nội Kính Điển) ở Yên Quảng, mang về kinh giết chết.
Năm 1598, Mạc Kính Dụng sau mấy năm trấn giữ Thái Nguyên bị thua trận, bỏ chạy lên An Bác. Thổ quan là Phú Lương hầu lừa dụ Kính Dụng trốn vào hang rồi sai người đi báo cho Trịnh Tùng. Trịnh Tùng điều quân tới bắt được Kính Dụng mang về kinh giết chết.
Vùng phía bắc Bắc Bộ chỉ còn lực lượng Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan là đáng kể.
Tháng 5 năm 1600, ba viên Quận công Phạm Ngạn, Bùi Văn Khuê, Ngô Đình Nga chạy về hàng nhà Mạc. Nguyễn Hoàng nhân đó muốn về nam ly khai họ Trịnh, giả thác là đi đuổi bắt 3 viên tướng nhưng lại phóng hỏa đốt sạch doanh trại rồi xuống thuyền kéo quân vào Quảng Nam. Kinh thành rối loạn, lòng người dao động, Trịnh Tùng phải mang Lê Kính Tông rời bỏ kinh đô chạy vào Thanh Hoa.
Mẹ của Mạc Mậu Hợp nhân đó tự xưng Quốc mẫu, cùng tông thất nhà Mạc trở về Thăng Long và sai người đón Mạc Kính Cung. Tướng Ngô Đình Nga mang quân lại hàng. Lực lượng của Mạc Kính Cung lại mạnh lên, có vài vạn người.
Tháng 8 năm 1600, Trịnh Tùng mang quân ra bắc đánh Mạc Kính Cung. Kính Cung thua trận, chạy ra Kim Thành. Mẹ Mạc Mậu Hợp bị bắt và bị giết. Quân Lê Trịnh chiếm lại được Thăng Long.
Năm 1601, Trịnh Tùng lại ra quân đánh Mạc, sai Hoàng Đình Ái đánh Kim Thành, Mạc Kính Cung bỏ thành chạy lên Lạng Sơn, quân Lê Trịnh phá hủy doanh trại quân Mạc. Ít lâu sau, Mạc Kính Cung lại ra chiếm đóng Thái Nguyên và Tây Nông. Năm 1609, Trịnh Tùng lại sai Trịnh Đỗ đi đánh Mạc. Kính Cung rút chạy vào núi, quân Lê Trịnh không truy kích được phải rút về. Sau đó Kính Cung lại tiến về Cao Bằng và Kim Thành.
Tháng 11 năm 1621, Trịnh Tùng lại điều quân đánh Mạc. Kính Cung lại bỏ Kim Thành về Cao Bằng, xưng hiệu là Càn Thống. Cùng lúc, cháu gọi Kính Cung bằng chú là Kính Khoan cũng xưng hiệu Long Thái, không theo Kính Cung. Khi quân Lê Trịnh đánh đến Cao Bằng, cả Kính Cung và Kính Khoan đều bỏ chạy. Quân Lê Trịnh rút đi, Kính Cung lại trở về Cao Bằng.
Tháng 6 năm 1623, Trịnh Tùng ốm nặng, con thứ là Trịnh Xuân làm loạn muốn tranh ngôi. Thế tử Trịnh Tráng mang xa giá vua Lê Thần Tông chạy ra Ninh Giang. Trịnh Tùng sai em là Trịnh Đỗ dụ lừa Xuân đến và giết chết, không lâu sau cũng ốm chết ở Thanh Xuân. Trịnh Tráng lên thay ngôi chúa, thấy người theo Trịnh Xuân còn nhiều, bèn mang cả triều đình chạy vào Thanh Hóa lần nữa.
Nhân khi kinh thành lúc này bỏ trống, Mạc Kính Khoan đốc xuất binh mã tiến về Gia Lâm đóng đồn ở Thổ Khố, Châu Cầu. Nhân dân và các quần thần văn võ của triều Lê ở vùng này lại về với Mạc Kính Khoan, những người có lòng với triều Mạc cũng đi theo rất đông.
Tháng 8 năm 1623, Trịnh Tráng củng cố lực lượng đánh ra Thăng Long. Mạc Kính Khoan thua trận bỏ chạy lên Cao Bằng, nhiều thủ hạ theo hàng Trịnh Tráng.
Năm 1625, Trịnh Tráng đốc binh đánh nhà Mạc. Quân Lê Trịnh dùng kế hỏa cung đánh thắng quân Mạc, cuối cùng bắt được Mạc Kính Cung tại Cao Bằng, đem về giết tại kinh đô.