Hành trình thứ hai của tàu HMS Beagle
Chuyến hành trình > Đảo Galápagos

Một tuần sau khi rời Lima, Beagle cập bến Quần đảo Galápagos vào ngày 15 tháng 9 năm 1835. Ngày hôm sau, Thuyền trưởng FitzRoy thả neo gần thị trấn Puerto Baquerizo Moreno hiện nay trên đảo Chatham. Tại địa điểm hiện được gọi là Đồi Frigatebird/Cerro Tijeretas, Darwin đã dành giờ đầu tiên của mình trên bờ ở quần đảo Galapagos.[124]
Darwin háo hức mong chờ được nhìn thấy những hòn đảo núi lửa mới hình thành, và tận dụng mọi cơ hội để lên bờ trong khi Beagle vẽ bản đồ bờ biển. Ông tìm thấy nhiều mảnh đá núi lửa đen vỡ vụn dưới ánh nắng mặt trời gay gắt và ghi chú chi tiết về các đặc điểm địa chất bao gồm nón núi lửa hình dạng như ống khói khiến ông nhớ đến các xưởng luyện sắt công nghiệp của vùng Staffordshire.[125] Ông thất vọng vì không được nhìn thấy những ngọn núi lửa đang hoạt động và không tìm thấy các tầng đá cho thấy sự nâng cao như ông hi vọng, mặc dù một trong những sĩ quan đã tìm thấy vỏ sò bị vỡ ở trên hòn đảo cao hơn rất nhiều mực nước biển.[126] Rùa Galápagos khổng lồ xuất hiện trên đảo nhiều vô kể, và những con cự đà biển lớn màu đen có vẻ "kinh tởm nhất, vụng về nhất" thích nghi hoàn hảo với môi trường sống của chúng - ông có ghi rằng một trong số họ gọi chúng là "những con tiểu yêu của bóng tối".[125] Darwin đã học được từ Henslow cách nghiên cứu sự phân bố địa lý của các loài, và đặc biệt là các loài liên kết trên các đảo đại dương và trên các lục địa lân cận, vì vậy ông đã nỗ lực để thu thập thực vật có hoa. Ông tìm thấy những bụi cây mỏng "trông thật tồi tệ" chỉ có mười loài và rất ít côn trùng. Những con chim rất dạn người, và trong ghi chú đầu tiên của mình, ông đã ghi lại rằng một con chim nhại trông giống hệt những con mà ông nhìn thấy trên lục địa.[22][127]
Beagle tiến đến đảo Charles. Tình cờ, họ được chào đón bởi Nicholas Lawson, Thống đốc thay quyền người Anh của Galápagos cho Cộng hòa Xích đạo, người đồng hành cùng họ đến thuộc địa hình sự. Người ta nói rằng mai rùa mỗi đảo mỗi khác, và Darwin ghi chú rằng Lawson có nói là khi nhìn thấy một con rùa, ông có thể "nói một cách chắc chắn từ hòn đảo nào con rùa bị bắt".[128] Mặc dù Darwin nhớ lại về nó sau này, lúc đó ông không chú ý lắm. Tuy nhiên, ông đã tìm thấy một con chim nhại và "may mắn thay đã quan sát" rằng nó khác với mẫu vật của đảo Chatham, vì vậy từ đó đã lưu ý cẩn thận nơi bắt những chim nhại.[22][127] Ông tỉ mỉ thu thập nhiều loài động vật, thực vật, côn trùng và bò sát [129] Ở giai đoạn này, suy nghĩ của ông phản ánh Lyell và từ chối sự biến đổi của các loài.[130]
Họ tới đảo Albemarle, nơi Darwin quan sát được một luồng khói nhỏ phát ra từ một ngọn núi lửa đang hoạt động gần đây. Vào ngày 1 tháng 10, ông thám thính gần Tagus Cove và khám phá miệng núi lửa Beagle.[131] Ở đó, ông nhìn thấy những con cự đà đất Galapagos đầu tiên. Các hố nước không uống được, nhưng đã thu hút được một đàn chim nhỏ và Darwin đã lưu ý đến loài chim sẻ mà ông không bận tâm đặt tên theo đảo.[132] Ông cũng bắt được một loài chim nhại thứ ba.[127]
Sau khi đi qua các hòn đảo phía bắc Abingdon, Tower và Bindloe, Darwin lên bờ tại đảo James trong chín ngày cùng với bác sĩ phẫu thuật Benjamin Bynoe và những người hầu cận của họ, và bận rộn thu thập tất cả các loại mẫu vật trong khi Beagle quay trở lại đảo Chatham để lấy nước ngọt [133]
Sau khi khảo sát kỹ hơn, Beagle lên đường đến Tahiti vào ngày 20 tháng 10 năm 1835. Darwin có ghi lại, và ngạc nhiên trước tất cả những con chim nhại bắt được trên đảo Charles, Albemarle, James và Chatham khác nhau từ đảo này sang đảo khác.[22] Ông đã viết "Loài chim này liên hệ rất chặt chẽ với loài Thenca của Chili (Callandra của B. Ayres) là số ít từ các giống hoặc các loài khác nhau ở các Isds khác nhau. Tôi có bốn mẫu vật từ nhiều Isds. Ở đây có từ 2-3 giống. Mỗi loại giống không đổi ở mỗi Đảo riêng.... ". [134]