Tỷ lệ hoàn vốn nội bộ
Các vấn đề với việc sử dụng tỷ lệ hoàn vốn nội bộ

Là một công cụ quyết định đầu tư, IRR được tính toán không nên được sử dụng cho các dự án tỷ lệ loại trừ lẫn nhau, mà chỉ để quyết định liệu một dự án duy nhất có đáng để đầu tư.
Trong trường hợp một dự án có vốn đầu tư ban đầu cao hơn so với một dự án loại trừ lẫn nhau thứ hai, dự án đầu tiên có thể có một IRR thấp hơn (hoàn vốn dự kiến), nhưng NPV cao hơn (tăng sự giàu có cổ đông) và do đó nên được chấp nhận trong dự án thứ hai (giả sử không có hạn chế vốn).
IRR giả định tái đầu tư của các luồng tiền mặt tạm thời trong các dự án với tỷ lệ hoàn vốn bằng nhau (tái đầu tư có thể là cùng một dự án hay một dự án khác). Vì vậy, IRR nói quá tỷ lệ hàng năm tương đương lợi nhuận cho một dự án mà tạm thời lưu chuyển tiền tệ được tái đầu tư một tỷ lệ thấp hơn so với IRR tính. Điều này trình bày một vấn đề, đặc biệt là đối với các dự án IRR cao, kể từ khi có thường xuyên không phải một dự án khác có sẵn trong thời gian tạm thời có thể kiếm được cùng một tỷ lệ lợi nhuận như dự án đầu tiên.
Khi IRR được tính cao hơn tỷ lệ tái đầu tư thực đối với dòng tiền tạm thời, biện pháp này sẽ đánh giá quá cao - đôi khi rất cao - lợi nhuận hàng năm tương đương từ dự án. Công thức này giả định rằng công ty có dự án bổ sung, với triển vọng hấp dẫn tương đương, để đầu tư dòng tiền tạm thời vào đó.
Điều này làm cho IRR là sự lựa chọn phù hợp (và phổ biến) để phân tích vốn mạo hiểm và các đầu tư vốn chủ sở hữu tư nhân khác, do các chiến lược này thường đòi hỏi một số khoản đầu tư tiền mặt trong suốt dự án, nhưng chỉ thấy một dòng chảy tiền mặt vào cuối dự án (ví dụ, thông qua IPO hoặc M&A).
Vì IRR không xem xét chi phí vốn, nó không nên được sử dụng để so sánh các dự án có thời gian khác nhau. Tỉ lệ hoàn vốn nội bộ biến đổi (MIRR) xem xét chi phí vốn và cung cấp một chỉ báo hiệu quả của một dự án tốt hơn trong khi góp phần vào dòng tiền chiết khấu của công ty.
Trong trường hợp các dòng tiền dương được theo sau bởi các dòng tiền âm và sau đó bởi các dòng tiền dương (ví dụ, + + - - - +) IRR có thể có nhiều giá trị. Trong trường hợp này, tỷ lệ chiết khấu có thể được sử dụng cho dòng tiền vay và IRR được tính toán cho dòng tiền đầu tư. Điều này áp dụng cho ví dụ khi một khách hàng đặt tiền trước khi một máy cụ thể được dựng.
Trong một loạt các dòng tiền như (−10, 21, −11), một trong những bước đầu đầu tư tiền bạc, do đó, một tỷ lệ hoàn vốn cao là tốt nhất, nhưng sau đó nhận được nhiều hơn dòng tiền sở hữu, do đó, sau đó người ta nợ tiền, vì vậy bây giờ tỉ lệ hoàn vốn thấp là tốt nhất. Trong trường hợp này, không rõ IRR thấp hay cao là tốt hơn. Thậm chí có thể có nhiều IRR cho một dự án duy nhất, giống như trong ví dụ 0% cũng như 10%. Ví dụ về các loại dự án này là các dự án khai khoáng và nhà máy điện hạt nhân, thường có một dòng tiền dương lớn ở cuối của dự án.
Nói chung, IRR có thể được tính bằng cách giải một phương trình đa thức. Định lý Sturm có thể được sử dụng để xác định xem phương trình đó có một nghiệm thực duy nhất. Nói chung các phương trình IRR không thể được giải bằng giải tích mà chỉ có thể giải bằng phương pháp lặp.
Khi một dự án có nhiều IRR nó có thể được thuận tiện hơn để tính IRR của dự án với các lợi ích tái đầu tư  Theo đó, MIRR được sử dụng, trong đó có một tỷ lệ tái đầu tư giả định, thường là bằng chi phí vốn của dự án.
Nó đã thể hiện  rằng với nhiều tỉ lệ hoàn vốn nội bộ, phương pháp tiếp cận IRR vẫn có thể được giải thích một cách đó là phù hợp với phương pháp tiếp cận giá trị hiện tại cung cấp các dòng đầu tư cơ bản được xác định chính xác việc như đầu tư ròng hoặc vay ròng.
Xem thêm  để biết một cách xác định giá trị liên quan của IRR từ một tập hợp của nhiều giải pháp IRR.
Mặc dù có một sự ưa thích hàn lâm cao đối với NPV, khảo sát chỉ ra rằng các nhà điều hành thích IRR hơn NPV. Rõ ràng, các nhà quản lý thấy nó dễ dàng hơn để so sánh các đầu tư có quy mô khác nhau về tỷ lệ hoàn vốn so với bằng tiền của NPV. Tuy nhiên, NPV vẫn phản ánh "chính xác hơn" giá trị của doanh nghiệp. IRR, như một đo lường hiệu quả đầu tư có thể cung cấp những hiểu biết tốt hơn trong các tình huống bị hạn chế về vốn. Tuy nhiên, khi so sánh các dự án loại trừ lẫn nhau, NPV là biện pháp thích hợp.