Chính phủ Vichy
Đức xâm lược, tháng 11 năm 1942 và sự suy tàn của chính quyền Vichy > Bắc Phi

Tại Bắc Phi, sau ngày 8 tháng 11 năm 1942 cuộc nổi dậy của kháng chiến Pháp khiến hầu hết nhân vật trong chính phủ Vichy bị bắt giữ (gồm cả Tướng Alphonse Juin, tổng chỉ huy tại Bắc Phi và Đô đốc Darlan). Tuy nhiên, Darlan được thả và Tướng Mỹ Dwight D. Eisenhower cuối cùng chấp nhận việc ông tự phong là cao ủy của Bắc Phi và Tây Phi thuộc Pháp (Afrique occidentale française, AOF), một hành động khiến de Gaulle nổi giận, ông từ chối công nhận vị thế của Darlan. Sau khi Darlan ký một thỏa thuận ngừng bắn với Đồng Minh và chiếm quyền lực tại Bắc Phi, Đức vi phạm thỏa thuận ngừng bắn năm 1940 và xâm lược nước Pháp Vichy ngày 10 tháng 11 năm 1942 (chiến dịch được đặt tên hiệu Case Anton), gây ra vụ đánh đắm hạm đội Pháp tại Toulon.
Giraud tới Algiers ngày 10 tháng 11, đồng ý phụ thuộc vào Darlan làm chỉ huy quân đội châu Phi Pháp. Thậm chí khi ấy ông đang ở trại của Đồng Minh, Darlan tiếp tục duy trì hệ thống đàn áp của chính phủ Vichy tại Bắc Phi, gồm cả các trại tập trung ở miền nam Algérie và các đạo luật phân biệt sắc tộc. Những người bị giam giữ bị buộc phải làm việc trên tuyến đường sắt Transsaharien. Các hàng hóa của người Do Thái bị "aryan hóa" (ví dụ, cướp đoạt), và một Sở đặc biệt về vấn đề Do Thái được lập ra, dưới sự lãnh đạo của Pierre Gazagne. Nhiều trẻ em Do Thái bị cấm tới trường, một điều mà thậm chí chính phủ Vichy còn không thực hiện ở mẫu quốc Pháp. Vị đô đốc bị giết ngày 24 tháng 12 năm 1942, tại Algiers bởi người thanh niên theo chủ nghĩa quân chủ là Bonnier de La Chapelle. Dù de la Chapelle từng là một thành viên của nhóm kháng chiến của Henri d'Astier de La Vigerie, mọi người tin rằng anh ta hành động một mình.
Sau vụ ám sát Đô đốc Darlan, Giraud trên thực tế trở thành người kế vị ông ta tại châu Phi thuộc Pháp với sự hỗ trợ của Đồng Minh. Điều này xảy ra thông qua một loạt các cuộc tư vấn giữa Giraud và de Gaulle. De Gaulle muốn theo đuổi một vị trí chính trị tại Pháp và đồng ý để Giraud làm chỉ huy quân đội, bởi ông ta là người có trình độ quân sự cao hơn. Điều đáng đặt vấn đề là ông ta đã ra lệnh bắt giữ nhiều lãnh đạo kháng chiến đã giúp quân đội của Eisenhower, mà không hề gặp phải sự phản đối nào của đại diện của Roosevelt, Robert Murphy. Sau này, người Mỹ đã cử Jean Monnet tới bàn bạc với Giraud và gây áp lực buộc ông ta phải rút lui các đạo luật của Vichy. Sau những cuộc đàm phán khó khăn, Giraud đồng ý rút bỏ các đạo luật phân biệt chủng tộc, và trả tự do cho những tù nhân của chế độ Vichy tại các trại tập trung ở miền nam Algeria. Nghị định Cremieux, trao quốc tịch Pháp cho người Do Thái tại Algeria và từng bị chính phủ Vichy rút bỏ, lập tức được Tướng de Gaulle khôi phục.
Giraud đã tham gia Hội nghị Casablanca, với Roosevelt, Churchill và de Gaulle, vào tháng 1 năm 1943. Các quốc gia Đồng Minh đàm phán về chiến lược chung trong cuộc chiến, và công nhận sự đồng lãnh đạo Bắc Phi của Giraud và de Gaulle. Henri Giraud và Charles de Gaulle sau đó trở thành đồng chủ tịch của Comité français de la Libération Nationale, thống nhất Các Lực lượng Pháp Tự do và các lãnh thổ do họ kiểm soát và đã được thành lập vào cuối năm 1943. Chế độ dân chủ được tái lập tại Algeria thuộc PHáp, và những người Cộng sản cùng người Do Thái được thả ra khỏi các trại tập trung.
Vào cuối tháng 4 năm 1945 Pierre Gazagne, thư ký của chính phủ dưới sự lãnh đạo của Yves Chataigneau, lợi dụng sự vắng mặt của ông ta trục xuất lãnh đạo chống đế quốc Messali Hadj và bắt giữ các lãnh đạo đảng của ông ta, Đảng Nhân dân Algeria (PPA). Vào ngày Giải phóng Pháp, GPRF sẽ đàn áp mạnh một cuộc nổi dậy ở Algeria trong vụ thảm sát Sétif ngày 8 tháng 5 năm 1945, vụ việc đã bị một số nhà sử học coi là "sự bắt đầu của Chiến tranh Algeria".