Dirge of Cerberus: Final Fantasy VII
Cốt truyện

Trò chơi bắt đầu suốt trong giai đoạn cao trào của Final Fantasy VII. Khi Vincent và Yuffie Kisaragi giúp sơ tán Midgar, sắp sửa bị hủy diệt bởi phép thuật Thiên thạch của Sephiroth, Vincent tìm thấy cơ thể của Giáo sư Hojo nằm bất động trước bàn điều khiển pháo Sister Ray. Sau một tia chớp, thân hình của Hojo dường như biến mất, và trước khi Vincent có thể lần ra manh mối, ngọn pháo chợt phát nổ, buộc Vincent phải bỏ trốn với Yuffie.
Ba năm sau, Vincent ở trong thị trấn Kalm đang bị một nhóm các tên lính bí ẩn tấn công. Vincent, với sự trợ giúp của đồng đội cũ là Reeve Tuesti thuộc World Regenesis Organization (WRO), một tổ chức chuyên giúp đỡ hành tinh phục hồi lại từ sau các sự kiện diễn ra trong Final Fantasy VII, chiến đấu với những tên lính này và buộc chúng rút lui, nhưng không kịp ra tay trước khi nhiều cư dân của thị trấn bị bắt, và nhiều người khác bị giết.
Reeve giải thích với Vincent rằng đám lính đó là thành viên của Deepground, một tổ chức quân sự được tạo ra như là một phần của hoạt động bí mật của Shinra để tạo ra chủng loại siêu lính siêu cải tiến. Vincent nhanh chóng biết được anh là một trong những mục tiêu chính của Deepground, bởi vì anh vô tình sở hữu "Protomateria", một chất mà anh sử dụng để kiểm soát gen "Chaos" ẩn bên trong người mình. Deepground tuyên bố họ cần Protomateria để kiểm soát "Omega". Theo các bảng chữ cổ xưa được phát hiện vài năm trước đây, Chaos và Omega có một mối quan hệ không rõ ràng nhưng quan trọng, với Chaos được mô tả là "bề trên của Omega lên đến các tầng trời cao cả." Gen Chaos đã được tiêm vào người Vincent cách đây hơn ba mươi năm bởi nhà khoa học Lucrecia Crescent, trợ lý nghiên cứu của Hojo, người mà Vincent thầm yêu trộm nhớ.
Nhằm tìm kiếm câu trả lời, Vincent đi đến thị trấn Nibelheim, nơi Lucrecia nghiên cứu Omega và Chaos. Trong lúc ở phòng thí nghiệm của Lucrecia, Vincent bị dính vào trận phục kích của Rosso the Crimson, kẻ đã lấy cắp Protomateria nhưng xém tí nữa thì giết được Vincent nhờ sự có mặt của Yuffie. Khi họ trở lại trụ sở của WRO, họ nhận thấy Deepground đã tấn công căn cứ. Tuy nhiên, thành viên của Deepground là Shelke the Transparent đã bị WRO bắt cóc, và tiết lộ rằng cô ấy có mối liên kết nội bộ tiếp hợp ký ức của Lucrecia, do đó cho phép WRO hoàn thành công trình nghiên cứu của Lucrecia về Omega. Chị gái của Shelke, Shalua Rui, một nhà khoa học cấp cao của WRO, nhanh chóng phát hiện ra rằng Omega là một WEAPON, sẽ hoạt động ngay khi Planet cảm nhận được mối đe dọa đến nhân loại (giống như WEAPONs được kích hoạt trong bản gốc Final Fantasy VII). Tác dụng của Omega là hấp thụ Lifestream từ Planet rồi sau đó di chuyển sang một hành tinh khác, khiến cho cư dân chết dần chết mòn. Deepground có kế hoạch sát hại một số lượng lớn người cùng một lúc để "lừa" hành tinh này kích hoạt Omega sớm hơn dự tính.
Vincent và WRO khởi động một cuộc tấn công toàn diện vào trụ sở Deepground ở Midgar. Trong khi nhóm của Reeve đang chiến đấu với đám lính Deepground và cố gắng phá huỷ các lò phản ứng Mako đóng vai trò như một phương tiện dùng để hồi sinh Omega, Vincent sẽ tới trung tâm hoạt động của Deepground để đối đầu với Weiss. Anh ta rất ngạc nhiên khi thấy Weiss ngã gục trên ghế, chết từ lúc nào rồi mà không ai hay biết. Tuy nhiên, khi Omega bắt đầu xuất đầu lộ diện, Weiss dường như hồi sinh trở lại và đối mặt với Vincent. Nó tiết lộ rằng Weiss bị Hojo chiếm hữu thân xác; trước khi Hojo bị giết chết trong Mako Cannon 3 năm trước kia, ông ta đã đưa ý thức của mình hòa vào Worldwide Network, sau đó đoạt lấy cơ thể của Weiss trong khi anh đang tìm cách lần ra phương pháp chữa trị chất độc mà Restrictors lây nhiễm sang khắp người mình. Hojo/Weiss và Vincent giao chiến kịch liệt đến phút cuối cùng. Đột nhiên Nero, kẻ từng bị Vincent đánh bại trước đây, hiện ra từ Lifestream và tiêu diệt Hojo. Nero sau đó hợp nhất với Weiss để giúp anh ta dính vào Omega, giống như Vincent đã hợp nhất với Chaos.
Trong lúc WRO tiếp tục chiến đấu với tàn quân của Deepground, Vincent biến thành Chaos trong một nỗ lực tuyệt vọng nhằm đánh bại Omega Weiss. Shelke đi sâu vào bên trong Omega để kiếm Protomateria của Lucrecia, và khi tìm ra nó, cô đưa nó cho Vincent, cũng nói với anh rằng sự sống sót của anh đã khiến Lucrecia hạnh phúc. Vincent sau đó kiểm soát Chaos và lao vào tấn công Omega. Omega mọc cánh và cố bay ra khỏi hành tinh này, nhưng Vincent đã kịp thời tiêu diệt nó, rồi biến mất trước sự ngỡ ngàng của đám đông. Một tuần sau, anh tới viếng thăm ngôi mộ tinh thể của Lucrecia nằm trong khu Crystal Cave. Anh nói rằng cả Chaos và Omega đều quay trở về Planet, và anh cảm ơn Lucrecia vì lý do mà anh còn sống tới giờ. Sau đó Shelke tìm thấy anh bên ngoài hang động, và cô nói với anh ta rằng mọi người đang chờ đợi anh.
Trong phần kết thúc bí mật của trò chơi, "G", một chiến binh huyền thoại với những mối quan hệ khó hiểu với Deepground, tỉnh dậy dưới đống đổ nát của Midgar. Anh ta tìm thấy xác của Weiss, và mang theo bên mình. Anh ta nói với kẻ đã chết Weiss, "Giờ chưa phải là lúc để ngủ. Chúng ta vẫn còn nhiều việc phải làm... Người anh em của tôi." Sau đó anh ta mọc đôi cánh lớn màu đen và bay vào ban đêm mang Weiss theo cùng. Crisis Core Ultimania, đưa ra lời giải thích rằng "G" (Genesis) đã trở lại từ giấc ngủ ba năm của mình để bảo vệ Planet.