Linh Từ quốc mẫu
Cuộc đời > Lên làm Hoàng hậu

Năm Giáp Tuất, Kiến Gia năm thứ 4 (1214), tháng giêng, Đoàn Thượng phối hợp với quân triều đình đụng độ với Trần Tự Khánh. Tuy nhiên, lực lượng họ Trần mạnh hơn, có nhiều tướng giỏi hơn; trong khi đó quân nhà Lý do Lý Huệ Tông và Thái sư Đàm Dĩ Mông không có tài làm tướng chỉ huy nhanh chóng bị thua trận. Cánh quân Đoàn Thượng cử đi do Đoàn Cấm và Vũ Hốt chỉ huy bị bộ tướng của Tự Khánh là Nguyễn Nộn đánh bại. Giữa lúc đó, Lý Huệ Tông phải đưa Trần thị và Thái hậu bỏ chạy lên Từ Sơn, rồi lại lên Lạng Châu(tức Lạng Sơn), quân họ Đoàn rút khỏi kinh đô trở về Hồng Châu. Trần Tự Khánh cố thuyết phục Lý Huệ Tông trở về kinh không được, bèn lập một hoàng thân nhà Lý là Lý Nguyên vương lên ngôi. Sau hàng loạt biến cố khác, thế lực của Chương Thành hầu Trần Tự Khánh ngày càng mạnh hơn, buộc Lý Huệ Tông phải di tản từ Lạng Châu và rồi lại về huyện Bình Hợp. Cuối năm, Trần Tự Khánh dẫn binh đánh được Đinh Khả và Bùi Đô ở Đại Hoàng rồi chiếm luôn vùng đất này.
Năm Ất Hợi, tức Kiến Gia năm thứ 5 (1215), mẹ con Huệ Tông vẫn không chịu hòa giải với Trần Tự Khánh, đích thân nhà vua còn ra chỉ kêu gọi các quân phiệt trong nước vây đánh họ Trần, khi Trần Tự Khánh đối phó Nguyễn Nộn ở Bắc Giang thì cũng phong tước Vương cho Nộn. Đến tháng 5 (âm lịch) cùng năm, xa giá mẹ con Huệ Tông về nhà của Nội ký ban là Đỗ An ở trong ngõ Chỉ Tác, thuộc vùng cầu Tây Dương, dựng cung điện đều bằng cỏ để nghe triều chính.
Năm Bính Tý, Kiến Gia năm thứ 6 (1216), mùa xuân, sự kiện liên quan đến Trần thị đã khiến lịch sử họ Lý và họ Trần thay đổi vĩnh viễn. Đầu năm đó, Lý Huệ Tông sách phong Trần Ngự nữ làm Thuận Trinh Phu nhân (順貞夫人), và căn cứ theo thời điểm mà Thuận Thiên Công chúa ra đời thì có lẽ đây là lúc bà được báo mang thai, có vẻ là tầm 3 tháng. Vì sự kiện Trần Tự Khánh trở thành quân phiệt, Đàm Thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc nên thường chỉ Trần thị mà nói là bè đảng của giặc, bảo nhà vua phải đuổi bỏ đi. Sau đó, bà Thái hậu lại sai người nói với Trần thị phải tự sát, nhà vua biết bèn ngăn lại. Lại khi Thái hậu cho người lén bỏ thuốc độc vào món ăn uống của Trần thị, nhà vua liền biết ý của mẹ mình, vì vậy mỗi bữa ăn ông thường chia cho Trần thị một nửa và không lúc nào cho rời bên cạnh. Đủ mọi cách thất bại khiến Đàm Thái hậu không nhịn nữa, bà trực tiếp sai người đem thuốc độc bắt Trần thị phải uống, nhà vua phải can ngăn mãi mới thoát được. Vào tháng 5 (âm lịch) năm ấy, vì bảo vệ mẹ con Trần thị mà Lý Huệ Tông đã đưa bà lẻn đi đến chỗ quân của Tự Khánh ở bãi Cửu Liên. Từ đấy, Huệ Tông lại dựa vào Trần Tự Khánh, toàn quân doanh của Tự Khánh reo hò nhà vua và Tự Khánh lập tức phế bỏ Lý Nguyên vương. Do muốn tiến thân và bảo toàn quyền lực cho dòng họ, Tự Khánh vẫn kính cẩn phò trợ Huệ Tông tiêu diệt các phiên vương bạo loạn như Hiển Tín vương Lý Bát, Bắc Giang vương Nguyễn Nộn, Đoàn Văn Lôi ở Hồng Châu cùng Hà Cao ở Qui Hóa. Cũng vào tháng 6 (âm lịch) năm ấy, tại bãi Cửu Liên, phu nhân Trần thị sinh ra công chúa thứ nhất cho Huệ Tông, hiệu là Thuận Thiên Công chúa.
Tháng chạp, mùa đông cùng năm đó, Lý Huệ Tông chính thức sách lập Thuận Trinh Phu nhân Trần thị làm Hoàng hậu. Cùng lúc đó, nhà vua cho anh trai cả của hoàng hậu là Trần Thừa chức vụ "Nội thị Phán thủ" (内侍判首) trong hàng Cận thị quan, lại gia phong thêm tước Liệt hầu; Chương Thành hầu Trần Tự Khánh được dùng làm "Thái úy phụ chính" (太尉輔政), nắm toàn bộ binh quyền triều đình. Con trai cả của Thừa là Trần Liễu cũng dụ phong, là tước "Quan nội hầu" (關內侯), còn con trai của Tự Khánh là Trần Hải thụ phong tước Vương. Khoảng thời gian này, Lý Huệ Tông trở nên điên loạn, tự xưng là "Thiên tướng giáng", sau khi hết cơn thì uống rượu say xỉn không tỉnh. Nhà họ Trần lúc này vừa có thực quyền lại vừa có tước vị, giúp Trần Tự Khánh nắm hết đại quyền.
Năm Mậu Dần, Kiến Gia năm thứ 8 (1218), tháng 9 (âm lịch), Hoàng hậu Trần thị sinh tiếp công chúa thứ hai, hiệu là Chiêu Thánh Công chúa.