Công đồng Vaticanô II
Niên biểu > Kỳ họp thứ tư: năm 1965

Phaolô VI và hầu hết các giám mục đều muốn kỳ họp thứ tư là kỳ cuối cùng. Hồng y Ritter nhận xét, công việc bị đình trệ do một tiểu số ít trong Giáo triều siêng "giao tiếp" với giáo hoàng hơn số đông tiến thủ. Trước kỳ họp thứ tư 11 bản nháp vẫn chưa soạn xong. Bản nháp 13 về Giáo hội trong thế giới hiện nay được giáo dân giúp sửa đổi.
Ngày 14 tháng 9 năm 1965 Giáo hoàng Phaolô VI mở đầu kỳ họp cuối cùng. Ngày hôm sau ban hành tự sắc thành lập Thượng Hội nghị Giám mục để duy trì sự hợp tác chặt chẽ giữa các giám mục và Giáo hoàng sau Công đồng.
Kỳ họp thứ tư trước tiên xem xét văn kiện Phẩm giá con người (Dignitatis humanae), ngày 21 tháng 9 thông qua theo 1.997 phiếu thuận với 224 phiếu chống, gây tranh cãi nhiều hơn những văn kiện công đồng khác. Tiếp theo các Nghị phụ duyệt ba văn kiện Vui mừng và Hy vọng (Gaudium et spes), Đến với muôn dân (Ad gentes), và Chức vụ Linh mục (Presbyterorum ordinis).
Công đồng cũng thông qua những văn kiện khác được xem xét trong các kỳ họp trước, bao gồm Lời Thiên Chúa (Dei verbum) và Chúa Kitô (Christus Dominus), Đức ái hoàn hảo (Perfectae caritatis), Sắc lệnh về Đào tạo Linh mục (Optatam totius), Vai trò rất quan trọng của giáo dục (Gravissimum educationationis), và Hoạt động tông đồ (Apostolicam actuositatem).
Văn kiện Thời đại chúng ta (Nostra aetate) gây tranh cãi vì định rằng một vài người Do Thái thời Chúa Kitô và tất cả mọi người Do Thái thời nay không chịu trách nhiệm giết Chúa Kitô.
Mặc dầu chính quyền Do Thái và thuộc hạ đã đưa đến cái chết của Chúa Kitô, nhưng không thể quy trách một cách hàm hồ những tội ác đã phạm trong khi Người bị khổ nạn cho hết mọi người Do Thái thời đó, cũng như cho người Do Thái thời nay. Dù Giáo Hội là dân mới của Chúa, nhưng việc Chúa phế thải và nguyền rủa người Do Thái không thể coi như là kết luận của Thánh Kinh.... nhớ mình có di sản chung với người Do Thái, cũng như được thúc đẩy bởi đức ái đạo hạnh của Phúc Âm chứ không phải vì lý do chính trị, nên Giáo Hội rất lấy làm đau lòng vì sự ghen ghét, đàn áp, những hành động của chủ nghĩa bài Do Thái trong bất cứ thời nào và do bất cứ ai đối với người Do Thái.
Sau Công đồng thì bắt đầu nhấn mạnh cải thiện quan hệ giữa Do Thái giáo và Công giáo.
Một sự kiện quan trọng trong những ngày cuối cùng của Công đồng là việc Giáo hoàng Phaolô cùng Thượng phụ Chính Thống giáo Athenagoras bày tỏ hối tiếc về nhiều hành động trong quá khứ dẫn đến Đại ly giáo giữa giáo hội phương tây và phương đông.
Ngày 8 tháng 12 Công đồng chính thức hạ màn. Các giám mục tuyên bố tuân theo các sắc lệnh của Công đồng. Để giúp thi hành lệnh của Công đồng, Giáo hoàng Phaolô:
thành lập trước đó Ủy ban Giáo hoàng về Phương tiện Truyền thông Xã hội để trợ giúp các giám mục trong việc dùng các phương tiện này cho mục đích mục vụ;
tuyên bố năm Thánh từ ngày 1 tháng 1 đến ngày 26 tháng 5 năm 1966 (sau đó kéo dài đến ngày 8 tháng 12 năm 1966) để kêu gọi tín hữu Công giáo học tập chấp nhận các quyết định của Công đồng và áp dụng chúng trong việc đổi mới tâm linh;
đổi tên Thánh bộ thành Bộ Giáo lý Đức tin vào năm 1965, cùng tên và quyền hạn của những bộ khác thuộc giáo triều Rôma;
làm thường trực ban thư ký Thúc đẩy Hợp nhất Kitô giáo, ban thư ký ngoại đạo, và ban thư ký người không tin.