Chiến dịch Vengeance
Tranh cãi

Tranh cãi về danh tính người bắn hạ chiếc máy bay chở Yamamoto bắt đầu nổ ra ngay sau khi chiến dịch kết thúc. Không lực Lục quân Hoa Kỳ ban đầu ghi danh Đại úy Thomas Lanphier là người bắn hạ Yamamoto, dựa theo lời khai của ông ngay sau khi đơn vị quay trở về căn cứ. Lanphier ghi trong báo cáo của ông rằng, ngay sau khi giao chiến với những chiếc Zero hộ tống và bắn rơi cánh của một chiếc, Lanphier đã vòng ra phía đuôi của hai chiếc Betty và bám đuôi chiếc đầu đoàn ngay sau khi chiếc này cố gắng vòng xuống dưới. Lanphier nổ súng và bắn rụng cánh phải của chiếc Betty, khiến chiếc máy bay lao xuống khu rừng bên dưới và phát nổ. Lanphier cũng báo cáo rằng ông đã nhìn thấy Trung úy Rex Barber bắn hạ một máy bay ném bom khác và chiếc này cũng đâm xuống rừng.
Dựa theo báo cáo của các phi công tham gia chiến dịch, tình báo Hoa Kỳ đã kết luận rằng có tổng cộng ba máy bay ném bom bị bắn hạ, do Trung úy Besby F. Holmes cũng báo cáo bắn hạ một chiếc Betty ở ngoài biển. Không ai trong số các phi công còn lại được phỏng vấn sau khi nhiệm vụ kết thúc vì không có thủ tục thẩm vấn chính thức nào tồn tại trên Guadalcanal vào thời điểm đó. Do đó, lời khai của Lanphier vẫn chưa được các nhân chứng xác minh chính thức, và báo cáo chính thức của Lục quân đã khiến không ít phi công tỏ ra hoài nghi về độ chính xác của nhiệm vụ ngày hôm đó.
Sau chiến tranh, các phi công Nhật Bản còn sống đã được phỏng vấn về chuyến bay hộ tống Yamamoto. Chuẩn úy Yanagiya Kenji kể với John Mitchell rằng ông có thể phải chịu trách nhiệm về việc Trung úy Raymond Hine mất tích, vì bản thân Yanagiya đã bắn hỏng nặng một chiếc P-38G Lightning được hộ tống bởi một chiếc khác còn gắn thùng dầu phụ, nhưng các phi công Nhật đều báo cáo không bắn hạ bất kỳ máy bay đối phương nào ngày hôm đó. Dù vậy, nguyên nhân khiến Hine cùng chiếc máy bay của anh mất tích vẫn chưa được xác định chính thức. Trong bài phỏng vấn vào năm 1975, Yanagiya  khẳng định rằng không có chiếc Zero hộ tống nào của họ bị bắn rơi, chỉ có một chiếc bị hư hại nhưng nhanh chóng được sửa chữa trong nửa ngày tại Buin. Những chi tiết này đã mâu thuẫn với lời khai của Lanphier về việc bắn hạ một chiếc Zero. Tương tự, hồ sơ của Nhật Bản đã xác nhận rằng chỉ có hai máy bay ném bom Mitsubishi G4M của họ bị bắn hạ trong ngày hôm ấy. Cuối cùng, công bắn hạ chiếc Betty trong rừng được chia đôi cho Lanphier và Barber, và chiếc bị bắn hạ ngoài biển được chia đôi cho Barber và Holmes. Một số đợt kiểm tra thực địa xác chiếc máy bay của Yamamoto đã xác định rằng đường đi của viên đạn khớp với lời khai của Barber do hư hại gây ra bởi đạn và mảnh đạn được xác định là đi vào từ phía sau máy bay ném bom chứ không phải từ bên phải như lời khai của Lanphier.
Sau chiến tranh, Barber đã kiến nghị tới Hội đồng Chỉnh sửa Hồ sơ Quân sự của Không quân Hoa Kỳ về việc chuyển công bắn hạ chung của ông và Lanphier thành của riêng ông một cách hoàn toàn. Tháng 9 năm 1991, Văn phòng Lịch sử Không quân đã khuyên Hội đồng rằng "không có đủ cơ sở chắc chắn" trong tuyên bố của cả Lanphier và Barber. Bộ trưởng Không quân Donald Rice giữ nguyên quyết định ban đầu. Barber đã nộp đơn lên Tòa phúc thẩm Khu vực 9 Hoa Kỳ để yêu cầu hủy bỏ phán quyết của Bộ trưởng Rice, nhưng tòa án đã từ chối can thiệp.
Tháng 5 năm 2006, Tạp chí Không quân đã đăng tải lá thư của Doug Canning, một cựu phi công của Liên đoàn 347 từng tham gia vào Chiến dịch Vengeance (người hộ tống Trung úy Holmes về Quần đảo Russell). Canning nói rằng Lanphier "đã viết một cuốn sách không xuất bản chính thức, trong đó có đề cập đến việc ông là người bắn hạ chiếc máy bay chở Yamamoto. Barber ban đầu sẵn sàng chấp nhận chia sẻ công lao với Lanphier, nhưng sau khi Barber và Mitchell được Lanphier cho đọc trước cuốn sách, họ đã lên tiếng phản đối dữ dội." Theo Canning, với lời kể chứng thực của phi công Nhật Bản Yanagiya Kenji, Barber có đủ bằng chứng để kết luận rằng ông là người bắn hạ Yamamoto. Trong một buổi họp báo vào năm 1998, Yanagiya đã kể rằng chiếc Betty của Yamamoto đã đâm mạnh xuống đất chỉ 20-30 giây sau khi bị một chiếc P-38G Lightning bắn từ phía sau, và chiếc Betty của Ugaki đâm xuống sau khoảng 20 giây. Canning cũng tuyên bố dứt khoát rằng không có chiếc Lightning nào ngày hôm đó được lắp hệ thống tăng thế cho cánh liệng (như các phiên bản sau), nên máy bay của Lanphier không thể quay 180 độ đủ nhanh để có thể đánh chặn máy bay của Yamamoto trong vòng chưa đến 30 giây.
Bất chấp lời chỉ trích từ Barber và các phi công khác, Lanphier vẫn tiếp tục khẳng định công lao bắn hạ Yamamoto của mình tới khi qua đời vào năm 1987. Barber tiếp tục phản đối tuyên bố của Lanphier, chủ yếu qua các bài báo và ấn phẩm quân đội, tới khi qua đời vào năm 2001.
Một phi công khác góp mặt trong chiến dịch, Trung úy Julius Jacobson, đã phát biểu vào năm 1997, "15 người chúng tôi đã sống sót, và việc ai đã thực hiện những phát bắn hiệu quả kia, ai quan tâm chứ?" Bộ trưởng Không quân Donald Rice đã bình luận về vấn đề này vào năm 1993 rằng, "Các nhà sử học, phi công tiêm kích và tất cả chúng tôi, những người đã nghiên cứu về nhiệm vụ phi thường này, sẽ mãi mãi phải suy đoán về những gì đã thực sự xảy ra vào ngày hôm đó. Vinh quang là thuộc về toàn bộ đội bay."