Tokugawa Iemitsu
Thời kỳ chấp chính (1632 - 1651)

Hidetada để cho các cố vấn của mình, bao gồm tất cả các daimyō kỳ cựu, làm nhiếp chính cho Iemitsu. Năm 1633, sau cái chết của em trai mình, Iemitsu đã cho sa thải toàn bộ những vị cố vấn này. Để thay thế cho vị trí của các cựu cố vấn do cha mình từng bổ nhiệm, Iemitsu đã chỉ định những người bạn thời thơ ấu của mình vào. Với sự giúp đỡ của họ, Iemitsu đã tạo ra một nền tảng cho chế độ cai trị tập trung quyền lực đầy mạnh mẽ. Điều này khiến ông không được lòng nhiều daimyō, nhưng Iemitsu chỉ đơn giản là muốn loại bỏ hoàn toàn các đối thủ có khả năng tiềm tàng sẽ chống lại ông trong một tương lai không xa.
Hệ thống sankin-kōtai của ông buộc các daimyō cư trú ở Edo theo thứ tự xen kẽ, dành một khoảng thời gian nhất định ở Edo và một khoảng thời gian nhất định ở vùng lãnh địa của họ. Người ta thường nói rằng một trong những mục tiêu chính của chính sách này là ngăn chặn các daimyō tích lũy quá nhiều của cải hoặc quyền lực bằng cách tách họ ra khỏi các lãnh địa của họ, trong một khoản thời gian nhất định trong năm và buộc họ phải thường xuyên dành ra một khoản ngân sách lớn để tài trợ cho chi phí đi lại khổng lồ liên quan đến các cuộc hành trình (cùng với một đoàn tùy tùng lớn) đến và đi từ Edo. Hệ thống này cũng bắt buộc vợ và người thừa kế của các daimyō phải ở lại Edo, họ sẽ trở thành con tin của Mạc phủ và hầu như bị mất liên lạc với các lãnh chúa ở quê nhà, về cơ bản là con tin có thể bị làm hại hoặc bị giết nếu các daimyō âm mưu nổi dậy chống lại Mạc phủ.
Năm 1637, một cuộc nổi dậy vũ trang chống lại các chính sách bài trừ Thiên chúa giáo của Iemitsu ở Shimabara, nhưng có những lý do khác liên quan, chẳng hạn như việc đánh thuế quá cao và đối xử tàn nhẫn của lãnh chúa Shimabara đối với nông dân địa phương. Sử gọi đây là Cuộc nổi dậy Shimabara. Hàng nghìn người bị giết trong những đợt trấn áp của Mạc phủ đối với cuộc nổi dậy và vô số người đã bị hành quyết sau đó. Việc nhiều người nổi dậy là người theo đạo Thiên chúa đã được Mạc phủ sử dụng như là một cái cớ thuận lợi để trục xuất người Bồ Đào Nha ra khỏi nước Nhật và hạn chế tối đa giao thương với người Hà Lan.
Trong suốt những năm 1630, Iemitsu đã ban hành một loạt các sắc lệnh nhằm hạn chế giao thương của Nhật Bản đối với thế giới bên ngoài. Người Nhật, từ những năm 1590 đã đi buôn bán rộng rãi ở Đông và Đông Nam Á (và trong một số trường hợp hiếm hoi là xa hơn nhiều), giờ đây đã bị cấm rời khỏi đất nước hoặc nếu họ đang ở nước ngoài và cố tìm cách trở về, hình phạt sẽ là cái chết. Những người châu Âu đã bị trục xuất khỏi Nhật, ngoại trừ những người liên kết với Công ty Đông Ấn Hà Lan, nhưng họ cũng bị hạn chế rất nhiều, chỉ cho phép giao thương ở đảo Dejima, cảng Nagasaki. Nhật Bản vẫn kết nối rất nhiều với thương mại quốc tế, thông tin và trao đổi văn hóa, mặc dù chỉ thông qua bốn con đường. Nagasaki là trung tâm thương mại nơi thực hiện các giao dịch với Công ty Đông Ấn Hà Lan, và với các thương nhân tự do người Trung Quốc. Vùng Satsuma kiểm soát các mối quan hệ với Vương quốc Lưu Cầu (và thông qua Lưu Cầu, có quyền xuất nhập cảng hàng hóa và thu thập thông tin của Trung Quốc, cũng như các sản phẩm từ đến từ phương xa thông qua các tuyến đường thương mại mà Lưu Cầu là trung gian), trong khi vùng Tsushima là nơi xử lý các công văn ngoại giao và việc buốn bán với Vương quốc Triều Tiên; cuối cùng là vùng Matsumae quản lý thông tin liên lạc với người Ainu (愛努人, tức người dân bản địa của Hokkaido, Sakhalin và quần đảo Kuril), cũng như hạn chế giao tiếp với những người có liên quan ở trên đất liền gần Sakhalin. Nhật Bản trong thời kỳ này thường được mô tả là "đóng cửa", hoặc dưới tên gọi sakoku (鎖国, "toả quốc"), nhưng kể từ những năm 1980, các học giả đã tranh luận về việc sử dụng các thuật ngữ như "hạn chế hàng hải" hoặc kaikin (海禁, cấm thương), nhấn mạnh thực tế là Nhật Bản không "đóng cửa" với thế giới bên ngoài, mà trên thực tế rất tích cực tham gia hội nhập vào thế giới bên ngoài, mặc dù thông qua một số con đường hạn chế.
Năm 1643, Nữ Thiên hoàng Meishō thoái vị nhường ngôi cho người em cùng cha khác mẹ (con trai của Go-Mizunoo), đó là Thiên hoàng Go-Kōmyō. Vị tân đế tỏ ra không thích Mạc phủ vì những chính sách bạo lực và tiếm quyền của Iemitsu. Ông ta liên tục đưa ra những lời chỉ trích nhắm vào Iemitsu và con trai cả đồng thời sẽ là người thừa kế của Mạc phủ, Tokugawa Ietsuna.
Năm 1651, shōgun Iemitsu qua đời ở tuổi 47, là shōgun Tokugawa đầu tiên có triều đại kết thúc bằng cái chết và không thoái vị. Ông triều đình tặng hàm Shō ichi-i (Chánh Nhất vị / 正一位), truy tôn là Taiyūin (大猷院 / Đại Du viện) và được chôn cất tại Đền Taiyu-in, Nikko. Con trai cả của ông, Tokugawa Ietsuna, khi đó mới 11 tuổi, được lập lên kế thừa chức vị Tướng quân.