Thời kỳ Kamakura
Mạc phủ và Nhiếp chính Hōjō

Thời kỳ Kamakura đánh dấu sự chuyển dịch sang nền kinh tế dựa trên đất đai và sự tập trung kỹ thuật quân sự hiện đại vào tay tầng lớp võ sĩ. Các lãnh chúa yêu cầu sự phục vụ trung thành của các chư hầu, đổi lại họ được ban thưởng thái ấp. Chủ thái ấp áp dụng các luật lệ quân sự địa phương.
Khi Minamoto Yoritomo đã củng cố quyền lực của mình, ông thành lập một chính thể mới tại quê nhà Kamakura. Ông gọi chính thể này là bakufu (幕府, Mạc phủ), còn bản thân ông được Nhật hoàng phong chức Chinh di Đại Tướng quân. Yoritomo đi theo chính thể gia đình trị của gia tộc Fujiwara và có một hội đồng hành chính, một ủy ban của các thuộc hạ và một ủy ban thẩm tra. Sau khi sung công đất đai ở miền Trung và miền Tây Nhật Bản, ông bổ nhiệm người quản lý các vùng đất này và đốc quân cho các tỉnh. Yoritomo có cả người quản lý lẫn đốc quân. Tuy vậy, Mạc phủ Kamakura không phải là một triều đại quốc gia mặc dù kiểm soát những vùng đất rộng lớn, vẫn có sự chống đối mạnh mẽ với những người quản lý. Chế độ này tiếp tục chiến tranh chống lại gia tộc Bắc Fujiwara, nhưng không bao giờ có thể hoàn toàn kiểm soát về quân sự với cả phía Bắc lẫn phía Tây. Triều đình cũ đóng tại Kyoto, tiếp tục nắm giữ đất đai mà họ có quyền lực tại đó, trong khi các gia tộc quân sự được tổ chức theo kiểu mới bị Kamakura lôi kéo.
Bất chấp khởi đầu mạnh mẽ, Yoritomo không thể củng cố quyền lãnh đạo của gia tộc mình một cách lâu dài. Sự bất đồng trong nội bộ gia tộc đã từ lâu tồn tại trong gia tộc Minamoto, mặc dù Yoritomo đã tiêu diệt những kẻ thách thức chính với quyền lực của mình. Khi ông đột ngột qua đời năm 1199, con trai ông Minamoto no Yoriie trở thành Shogun và người đứng đầu trên danh nghĩa của nhà Minamoto, nhưng Yoriie không thể kiểm soát được các gia tộc chiến binh ở phía Đông. Cho đến đầu thế kỷ 13, một Nhiếp chính được bổ nhiệm cho Shogun, đó là Hōjō Tokimasa—một thành viên của gia tộc Hōjō, một nhánh của gia tộc Taira đã tự mình liên minh với gia tộc Minamoto năm 1180. Người đứng đầu gia tộc Hōjō được lập làm nhiếp chính cho Shogun trong thời này được gọi là Shikken, mặc dù sau đó những vị trí được tạo ra với quyền lực tương tự như Tokuso và Rensho. Thường thì Shikken cũng là Tokuso và Rensho. Dưới thời Hōjō, Shogun trở thành một bù nhìn không còn quyền lực.
Với người bảo vệ cho Thiên hoàng (Shogun) tự mình cũng chỉ là một con bù nhìn, căng thẳng giữa Kyoto và Kamakura nảy sinh, và năm 1221, chiến tranh Jōkyū nổ ra giữa vị Nhật hoàng ẩn dật Go-Toba và vị nhiếp chính thứ hai Hōjō Yoshitoki. Quân đội nhà Hōjō dễ dàng chiến thắng, và triều đình phải chịu sự kiểm soát trực tiếp của Mạc phủ. Các nguyên soái của Shogun giành được quyền lực dân sự lớn hơn, và triều đình bị ép buộc phải có được sự phê chuẩn của Kamakura trên mọi vấn đề. Mặc dù bị lấy mất quyền lực chính trị, triều đình vẫn giữ được số đất đai lớn.
Vài thành tựu về hành chính quan trọng đạt được dưới thời nhiếp chính Hōjō. Năm 1225, nhiếp chính thứ 3 Hōjō Yasutoki thành lập Hội đồng Quốc gia, trao cơ hội cho các lãnh chúa quân sự khác thực hiện quyền tư pháp và lập pháp tại Kamakura. Nhiếp chính Hōjō chủ trì hội đồng, một hình thức cùng lãnh đạo thành công. Việc áp dụng bộ luật quân sự đầu tiên của Nhật Bản — Goseibai Shikimoku—năm 1232 phản ánh sự chuyển dịch về bản chất từ triều đình sang xã hội quân sự hóa. Trong khi việc thực thi pháp luật tại Kyoto vẫn dựa trên các nguyên tác Nho giáo 500 năm tuổi, bộ luật mới là các văn bản bắt buộc thi hành cao, nhấn mạnh vào nhiệm vụ của những người quản lý về dân sự và quân sự, đưa ra phương tiện để giải quyết các tranh chấp đất đai, và thành lập các quy tắc về quyền thừa kế. Nó súc tích và rõ ràng, quy định việc trừng phạt người vi phạm, và vẫn có hiệu lực trong vòng 635 năm sau.
Văn chương thời kỳ này phản ánh tình hình bất ổn của thời đại. Hōjōki miêu tả sự loạn lạc của thời kỳ này dưới dạng các khái niệm Phật giáo về tính vô thường của đời người. Heike monogatari thuật lại sự hưng thịnh rồi sụp đổ của nhà Taira, cung cấp nhiều câu chuyện về chiến tranh và chiến công của các samurai. Dòng văn học thứ hai là sự tiếp diễn của hợp tuyển thơ Shin Kokin Wakashū, bao gồm 20 tập được làm từ năm 1201 đến năm 1205.