John Churchill, Công tước thứ 1 xứ Marlborough
Những năm khủng hoảng (1678-1700) > Cách mạng Vinh quang

Bài chi tiết: Cách mạng Vinh quang
Từ sau chiến dịch Sedgemoor, Churchill cảm thấy lo lắng sẽ bị cho là không tán thành nhiệt tâm tôn giáo ngày càng tăng của nhà vua chống lại phong trào Kháng Cách. Việc James II thăng chức cho những tín đồ Công giáo vào hàng loạt các cơ quan quyền lực - bao gồm cả quân đội - đầu tiên làm nảy sinh nghi ngờ, sau lớn dần thành mưu đồ nổi loạn trong dân chúng vốn phần lớn theo Kháng Cách; ngay cả những thành viên trong hoàng tộc cũng lo ngại về lòng mộ đạo Công giáo cuồng nhiệt của nhà vua. Họ nén sự bất mãn lại vì Charles không có con trai mà các con gái đều theo Kháng Cách, nhưng khi Vương hậu hạ sinh con trai, James Francis Edward Stuart, điều này mở ra viễn cảnh một loạt các nhà quân chủ Công giáo liên tiếp nhau. Một số người dưới trướng nhà vua, như Nam tước Salisbury và Nam tước Melfort từ bỏ nguồn gốc Kháng Cách để nhận được ân sủng ở cung đình, nhưng Churchill thì không. Ông nói với nhà vua, "Thần được sinh ra là một người Kháng Cách, và định sẽ sống và chết trong tín ngưỡng đó"; tuy rằng ông nói vậy cũng bởi lợi ích riêng của mình. Tin rằng chính sách của nhà vua có thể hoặc phá hỏng sự nghiệp của chính ông hoặc tạo ra một cuộc nổi loạn lớn hơn nữa, ông không có ý định theo gót cha mình trước kia khi đứng về phe chiến bại.
Để lật đổ James II, 7 nhân vật quyền lực đã họp và viết một lời mời gửi tới Quốc trưởng Hà Lan theo Kháng Cách, tức Hoàng tử William của Orange, đề xuất ông này xâm lược nước Anh và lên ngôi vua. Những người ký tên trong lá thư bao gồm các thành viên đảng Whig lẫn Tory, và Giám mục Luân Đôn, Henry Compton, người đảm bảo với William rằng "19 phần 20 dân chúng mong muốn thay đổi." William, vừa là con rể vừa là cháu gọi James II bằng cậu, không cần sự khuyến khích nào hơn để nắm lấy ngai vàng nước Anh. Tuy không ký vào lá thư (bởi khi đó ông chưa phải là yếu nhân chính trị), như nhiều người khác Churchill cũng tìm kiếm một cơ hội thích hợp để rời bỏ James. Churchill tuyên bố ý định của mình thông qua đại diện liên lạc của William tại La Hay - "Nếu ngài nghĩ có bất cứ điều gì khác tôi nên làm, ngài cứ việc ra lệnh cho tôi."
William đổ bộ vào Torbay ngày 5 tháng 11 năm 1688, từ đây ông đem quân tới Exeter. Quân đội của James, dưới sự chỉ huy của Lãnh chúa Feversham, tiến tới Salisbury, nhưng hầu hết các sĩ quan cấp cao không mặn mà với đánh nhau - ngay cả Vương nữ Anne cũng viết cho William để chúc ông "thành công tốt đẹp trong chuyện này như một sự đảm đương nghĩa vụ." Churchill vẫn ở phe nhà vua và được thăng lên hàm Trung tướng ngày 7 tháng 12, nhưng việc ông bộc lộ sự sung sướng ra mặt khi Lãnh chúa Cornbury đào thoát sang phía Orange khiến cho Feversham đòi phải bắt giữ ông này. James phản ứng rất chậm trễ, trì hoãn lệnh bắt khiến cho sáng ngày 24 tháng 11, sau cuộc họp hội đồng chiến tranh, Churchill, với khoảng 400 tướng tá và tùy tùng, trốn khỏi trại quân hoàng gia và chạy tới chỗ William ở Axminster, để lại một lá thư xin lỗi và biện minh:
... Thần hi vọng rằng ưu đãi lớn lao mà thần thụ hưởng dưới quyền Bệ hạ, thứ mà thần có khiến thần không bao giờ trông đợi một sự thay đổi chính phủ khác, có thể thuyết phục Bệ hạ và thế giới một cách hợp lý rằng thần được thúc đẩy một nguyên lý cao cả hơn..
Đứng trước sự đào ngũ của một loạt tướng lĩnh và các cuộc nổi dậy của dân chúng Luân Đôn, trong khi từ chối quân Pháp can thiệp, James buộc phải chạy trốn sang Pháp ngày 23 tháng 12, khiến cho cuộc đảo chính về sau được gọi là "Cách mạng Vinh quang" thành công hầu như không gây đổ máu.