Biểu tình Phật giáo tại Huế 1993
Tác động > Các vụ biểu tình và tự thiêu ở Nam Bộ

Hai tháng kể từ vụ biểu tình lớn ở Huế, một cuộc chạm trán giữa các nhà sư với chính quyền đã diễn ra tại chùa Sơn Linh, tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu. Tháng 7 năm 1992, MTTQ và UBND tỉnh ban hành lệnh trục xuất trụ trì Thích Hạnh Đức cùng các nhà sư chùa Sơn Linh, sau khi ông công khai đọc bản thỉnh nguyện của Thích Huyền Quang cũng như ủng hộ khôi phục GHPGVNTN. Xung đột chính xảy ra vào ngày 9 tháng 7 năm 1993, khi chính quyền vào tận nhà chùa để thực hiện lệnh trục xuất hậu hành động ủng hộ biểu tình Huế của Thích Hạnh Đức cùng việc ông thách thức tính hợp lệ của lệnh trên. 100 nhà sư và những người ủng hộ Thích Hạnh Đức đã bị bắt giữ trong cuộc đối đầu; hầu hết những người bị bắt đều lập tức được thả ra ngoại trừ Thích Hạnh Đức, sư Thích Thiện Thọ và 4, 5 người ủng hộ bị cho là sở hữu kho vũ khí gồm 5 kg thuốc nổ, gậy và dao. Sau cùng, tòa kết án Thích Hạnh Đức 3 năm tù giam do "chống người thi hành công vụ", "hoạt động trái pháp luật" và "phát tán tài liệu thù địch". Thích Thiện Thọ chịu án 18 tháng quản thúc tại gia với tội danh tương tự.
Vào giữa trưa ngày 28 tháng 5 năm 1994, nhà sư Thích Huệ Thâu ở khu vực Ba Càng thuộc Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) đã tự thiêu trong tư thế xếp bằng ở một con đê phía sau chùa. Theo người thân nhà sư, ông quyết định đi đến cái chết bởi không tìm thấy "sự độc lập". Trước đó, nhà sư đã bị cấm hành đạo tại nhiều ngôi chùa ở Vĩnh Long vì là thành viên của GHPGVNTN, trong khi các ngôi chùa lúc này đều do GHPGVN quản lý. Do vậy, ông tự dựng một ngôi chùa nhỏ nhưng sau đó bị chính quyền Việt Nam dỡ bỏ và buộc tội ông vào "hoạt động mê tín". Khoảng ba ngày trước khi tự tử, ông đã dẫn đầu một nhóm khoảng 47 tăng ni biểu tình ôn hòa, mang theo cờ Phật giáo đến trụ sở UBND tỉnh Vĩnh Long để yêu cầu về quyền tự do tôn giáo.
Từ ngày 3 tới ngày 5 tháng 8 năm 1994 tại TPHCM, một cuộc biểu tình của các Phật tử đã diễn ra dưới sự lãnh đạo của thành viên GHPGVNTN Thích Giác Nguyên, trụ trì chùa Long An ở tỉnh Trà Vinh. Những nhà sư tụ tập trước trụ sở Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh để phản đối chính quyền can dự vào các vấn đề nội bộ nhà chùa. Kết quả, ngày 7 tháng 8 cùng năm Thích Giác Nguyên đã bị bắt giữ tại một ngôi chùa trong thành phố, đến ngày 18 tháng 8 chính quyền xác nhận việc giam giữ và thẩm vấn ông. Trả lời với thông tấn Agence France-Presse, một phát ngôn viên của chính phủ cho biết vụ việc không liên quan đến tôn giáo và người này bị bắt vì hành vi "bất đồng chính kiến".
Vào tháng 10 năm 1994, Thích Quảng Độ cùng Thích Đức Nhuận đã chỉ đạo nhiều nhà sư khác bao gồm Thích Không Tánh, Thích Nhật Ban, Thích Hồng Ngọc, Thích Nguyên Lý... thành lập "Tăng đoàn bảo vệ chánh pháp" và "Ban công tác từ thiện xã hội – GHPGVNTN". Hai tổ chức này đại diện GHPGVNTN phát động chiến dịch cứu trợ lũ lụt tại khu vực ĐBSCL, nơi vừa trải qua trận lũ kỷ lục trong lịch sử. 60 nhà sư trong giáo hội cùng 300 tín đồ Phật giáo đã tụ về TPHCM để chuẩn bị công tác từ thiện; nhưng ngay khi đoàn định xuất phát thì công an bất ngờ phát động một cuộc bắt giữ. Đến 15 tháng 8 năm 1995, trong phiên xét xử kín diễn ra một ngày tại Tòa án nhân dân TPHCM, nhiều cá nhân bị xử phạt với tội danh "phá hoại chính sách đoàn kết" và "lợi dụng các quyền tự do, dân chủ để xâm phạm quyền lợi Nhà nước". Ba Phật tử sau đó đã kháng cáo bản án dành cho họ vào ngày 28 tháng 10 nhưng bị từ chối tại phiên phúc thẩm.