Hōjō Tokimasa
Chiến tranh Genpei

Yoritomo thành lập căn cứ và thủ đô của mình tại Kamakura, ở ngay Izu. Tokimasa được bổ nhiệm làm cố vấn chính cho Yoritomo. Chiến tranh Genpei giữa gia tộc Minamoto và gia tộc Taira đã chính thức bắt đầu. Năm 1181, Taira no Kiyomori qua đời, để lại gia tộc Taira dưới sự dẫn dắt của Taira no Munemori, một kẻ được cho là quá nóng vội và hấp tấp lẫn không có bất kỳ kinh nghiệm quân sự nào. Năm 1182, con trai của Tokimasa là Hōjō Yoshitoki chính thức kết hôn. Cùng năm đó, Masako và Yoritomo sinh ra một người con trai đó là Minamoto no Yoriie, người thừa kế chính đáng của Yoritomo, đây là đứa cháu trai đầu tiên được ra đời của Tokimasa. Sang năm sau, Yoshitoki và vợ của ông có đứa con đầu lòng, một người con trai và đó là Hōjō Yasutoki, người trở thành lãnh đạo của gia tộc Hōjō sau khi Yoshitoki qua đời.
Mọi thứ đều diễn ra suông sẽ với quân Minamoto khi chiến đấu chống lại quân Taira. Năm 1183, Minamoto no Yoshinaka, một người họ hàng của Yoritomo đã đem quân chiếm lấy kinh đô Kyoto trước cả Yoritomo. Cùng năm đó, hai người anh em của Yoritomo là Minamoto no Yoshitsune và Minamoto no Noriyori đã đến Kamakura cũng tham giam vào cuộc chiến tranh Genpei và theo phe của Yoritomo. Năm 1184, Minamoto no Yoshitsune đã chiếm lại Kyoto dưới danh nghĩa của Yoritomo, và ra lệnh xử tử Yoshinaka. Vào cùng thời điểm đó, quân Taira đã dẫn theo Thiên hoàng Antoku cùng trốn chạy tới Shikoku, quân Minamoto (với sự trợ giúp của Pháp hoàng Go-Shirakawa) đã đưa  Thân vương Takahira lên ngai vua lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Toba, một người em trai của Thiên hoàng Antoku. Năm 1185, Yoshitsune đã đánh bại quân Taira tại Trận Ichi-no-Tani. Taira no Munemori và Taira no Shigehira đều bị đem ra hành huyết cùng lúc ở Kyoto lẫn ở Nara, còn số quân tàn dư còn lại của họ Taira cùng với goá phụ của Kiyomori là Taira no Tokiko và Thiên hoàng Antoku đều bị chết đuối trong Trận Dan no Ura.
Minamoto no Yoritomo đã trở thành người cai trị không thể tranh của toàn Nhật Bản và Chiến tranh Genpei kết thúc với sự toàn thắng thuộc về quân Minamoto. Hōjō no Tokimasa đã có được một vị trí rất tốt cho bản thân mình trong chính quyền mới. Yoritomo không di chuyển đến Kyoto mà vẫn ở lại Kamakura cùng với Tokimasa.
Tokimasa được cử đến Kyoto và hoạt động trong triều đình của Thiên hoàng Go-Toba và Pháp hoàng Go-Shirakawa. Ông nhận được lệnh từ Yoritomo dưới danh nghĩa triều đình là phải "truy nã" Minamoto no Yukiie và  Minamoto no Yoshitsune vì tội danh làm phản của họ.
Khi ông ấy trở lại, ông (Tokimasa) được bổ nhiệm hai chức vụ là shugo và jitō, hai chức vụ có chức năng là giám sát và quản lí dưới thời của Mạc phủ Kamakura. Năm 1189, Yoritomo vì để củng cố quyền lực cho mình, nên ông đã ra lệnh xử tử hai anh em cùng cha khác mẹ là Yoshitsune và Noriyori.
Năm 1192, sau sự chào đời của đứa con trai thứ hai của Yoritomo và Masako là Minamoto no Sanetomo, cũng cùng thời điểm đó thì Minamoto no Yoritomo được phong cho tước vị là Chinh di Đại Tướng quân bởi Pháp hoàng Go-Shirakawa, người đã băng hà ngay sau đó. Tokimasa với cương vị là trưởng tộc của gia tộc Hōjō, là một trong những gia tộc quyền lực và hùng mạnh nhất bấy giờ và cũng là cha vợ của một vị Chinh di Đại Tướng quân.