Lịch sử Malaysia
Đấu tranh vì quyền bá chủ

Đế quốc Ottoman đóng cửa tuyến đường bộ từ châu Á đến châu Âu và thương nhân Ả Rập yêu sách nhằm độc quyền mậu dịch với Ấn Độ và Đông Nam Á, do vậy các cường quốc châu Âu tìm kiếm một tuyến hàng hải. Năm 1511, Afonso de Albuquerque dẫn một đoàn viễn chinh đến Malaya, họ chiếm Malacca với ý định sử dụng nơi này làm một căn cứ cho các hoạt động tại Đông Nam Á. Đây là yêu sách thuộc địa đầu tiên tại khu vực nay là Malaysia. Con trai của Quốc vương Malacca cuối cùng là Sultan Alauddin Riayat Shah II chạy đến cực nam của bán đảo, tại đây ông thành lập một quốc gia mà sau là Vương quốc Johor. Một người con trai khác kiến lập Vương quốc Perak ở phía bắc. Đến cuối thế kỷ 16, các thương nhân người Âu khám phá các mỏ thiếc tại miền bắc Malaya, và Perak phát triển thịnh vượng nhơd thu nhập từ xuất khẩu thiếc. Bồ Đào Nha có ảnh hưởng mạnh mẽ, họ tích cực nỗ lực nhằm cải biến tôn giáo của dân cư Malacca sang Công giáo. Năm 1571, người Tây Ban Nha chiếm Manila và thiết lập một thuộc địa tại Philippines, làm suy giảm quyền lực của Brunei.
Sau khi Malacca sụp đổ trước người Bồ Đào Nha, Vương quốc Johor và Vương quốc Aceh tại miền bắc Sumatra lấp đầy khoảng trống quyền lực. Ba thế lực đấu tranh nhằm thống trị bán đảo Mã Lai và các đảo xung quanh. Johor được thành lập trong bối cảnh Malacca bị chinh phục song phát triển đủ mạnh để cạnh tranh với người Bồ Đào Nha, song không thể tái chiếm thành phố. Thay vào đó, Johor khuếch trương theo các hướng khác, xây dựng trong 130 năm một trong những quốc gia Mã Lai lớn nhất. Trong thời gian này, nhiều nỗ lực nhằm tái chiếm Malacca dẫn đến phản ứng mạnh từ người Bồ Đào Nha, họ thậm chí tấn công đến kinh thành của Johor là Johor Lama vào năm 1587.
Năm 1607, Vương quốc Aceh nổi lên thành một quốc gia hùng cường và thịnh vượng nhất tại quần đảo Mã Lai. Trong thời gian trị vì của Iskandar Muda, quyền kiểm soát của Aceh được khuếch trương ra một số quốc gia Mã Lai. Một cuộc chinh phục đáng chú ý là tại Perak, một quốc gia sản xuất thiếc trên bán đảo. Sức mạnh của hạm đội Aceh kết thúc trong chiến dịch chống Malacca vào năm 1629, khi liên quân Bồ Đào Nha và Johor tiêu diệt toàn bộ tàu và 19.000 quân nhân của Aceh theo tường thuật của Bồ Đào Nha. Tuy nhiên, quân Aceh chưa bị tiêu diệt do họ có thể chinh phục Kedah trong cùng năm và đưa nhiều dân cư nước này đến Aceh. Một cựu vương tử của Pahang là Iskandar Thani sau đó trở thành Sultan của Aceh. Xung đột nhằm giành quyền kiểm soát eo biển kéo dài cho đến năm 1641, khi đồng minh của Johor là người Hà Lan giành quyền kiểm soát Malacca.
Trong đầu thế kỷ 17, Công ty Đông Ấn Hà Lan được thành lập, và trong thời gian này Hà Lan có chiến tranh với Tây Ban Nha- cùng nằm trong Liên minh Iberia với Bồ Đào Nha. Người Hà Lan lập một liên minh với Johor và sử dụng điều này nhằm đẩy người Bồ Đào Nha khỏi Malacca vào năm 1641. Được người Hà Lan hỗ trợ, Johor thiết lập một quyền bá chủ lỏng đối với các quốc gia Mã Lai, ngoại trừ Perak do nước này có thể kích động Johor chống Xiêm và duy trì độc lập. Người Hà Lan không can thiệp trong những sự vụ địa phương tại Malacca, nhưng đồng thời chuyển hầu hết giao dịch đến các thuộc địa của họ trên đảo Java.
Nhược điểm của các tiểu quốc Mã Lai duyên hải dẫn đến người Bugis nhập cư, họ thoát khỏi sự thực dân hóa của Hà Lan tại Sulawesi, thiết lập nhiều khu định cư trên bán đảo và sử dụng chúng để gây trở ngại cho mậu dịch của người Hà Lan. Họ đoạt quyền kiểm soát Johor sau khi ám sát Sultan cuối cùng của dòng vương thất Malacca cũ vào năm 1699. Người Bugis khuếch trương quyền lực của mình tại các quốc gia Johor, Kedah, Perak, và Selangor. Người Minangkabau từ trung tâm Sumatra di cư đến Malaya, và cuối cùng thiết lập quốc gia riêng của họ là Negeri Sembilan. Sự sụp đổ của Johor để lại một khoảng trống quyền lực trên bán đảo Mã Lai, thế lực lấp đầy một phần là Ayutthaya, quốc gia Xiêm La này biến năm quốc gia Mã Lai ở phía bắc là Kedah, Kelantan, Pattani, Perlis, và Terengganu làm chư hầu. Việc Johor suy yếu cũng khiến Perak trở thành thủ lĩnh của các quốc gia Mã Lai.
Tầm quan trọng kinh tế của Malaya đối với châu Âu phát triển nhanh chóng trong thế kỷ 18. Mậu dịch trà phát triển nhanh giữa Trung Hoa và Anh làm gia tăng nhu cầu về thiếc Malaya có chất lượng cao để làm hòm đựng trà. Tiêu Malaya cũng có danh tiếng tại châu Âu, trong khi Kelantan và Pahang có những mỏ vàng. Sự phát triển của khai thác thiếc và vàng và những ngành dịch vụ liên quan dẫn đến dòng người định cư ngoại quốc đầu tiên đến thế giới Mã Lai—ban đầu là người Ả Rập và Ấn Độ, sau đó là người Hoa—họ định cư tại các đô thị và sớm chi phối các hoạt động kinh tế. Điều này thiết lập một mô hình đặc trưng cho xã hội Malaya trong 200 năm tiếp theo, đó là dân cư Mã Lai nông thôn ngày càng nằm dưới quyền chi phối của các cộng đồng nhập cư đô thị thịnh vượng.