Chiến tranh Afghanistan (2001–2021)
Bối cảnh > Taliban đối đầu với Liên minh phương Bắc

Những chiến thắng ban đầu của Taliban vào năm 1994 sau đó là một loạt các thất bại đắt giá. Pakistan "hỗ trợ đắc lực" cho Taliban. Các nhà phân tích như Amin Saikal mô tả nhóm này đang phát triển thành một lực lượng ủy nhiệm cho các lợi ích khu vực của Pakistan mà Taliban phủ nhận. Taliban bắt đầu pháo kích vào Kabul vào đầu năm 1995, nhưng đã bị Massoud đẩy lùi.
Ngày 27 tháng 9 năm 1996, Taliban, với sự hỗ trợ quân sự của Pakistan và hỗ trợ tài chính từ Ả Rập Xê Út, đã chiếm Kabul và thành lập Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan.  Họ áp đặt cách giải thích theo chủ nghĩa chính thống Hồi giáo trong các khu vực do họ kiểm soát, ban hành các sắc lệnh cấm phụ nữ làm việc bên ngoài gia đình, đi học hoặc rời khỏi nhà trừ khi có họ hàng nam giới đi cùng. Theo chuyên gia người Pakistan Ahmed Rashid, "từ năm 1994 đến 1999, ước tính có khoảng 80.000 đến 100.000 người Pakistan được đào tạo và chiến đấu ở Afghanistan" theo phe Taliban.
Massoud và Dostum, những kẻ thù không đội trời chung một thời, đã tạo ra một Mặt trận thống nhất chống lại Taliban, Liên minh phương Bắc. Ngoài lực lượng Tajik của Massoud và người Uzbek của Dostum, Mặt trận Thống nhất bao gồm các phe phái Hazara và lực lượng Pashtun dưới sự lãnh đạo của các chỉ huy như Abdul Haq và Haji Abdul Qadir. Abdul Haq cũng tập hợp một số người đào tẩu Pashtun Taliban. Cả hai đồng ý làm việc cùng với vua Afghanistan lưu vong Zahir Shah. Liên minh phương Bắc nhận được sự hỗ trợ ở các mức độ khác nhau từ Nga, Iran, Tajikistan và Ấn Độ. Taliban bắt Mazar-i-Sharif vào năm 1998 và đuổi Dostum phải đi lưu vong.
Theo Liên Hợp Quốc (LHQ), Taliban, trong khi cố gắng củng cố quyền kiểm soát đối với miền bắc và miền tây Afghanistan, đã thực hiện các vụ thảm sát có hệ thống nhằm vào dân thường. Các quan chức Liên Hợp Quốc tuyên bố rằng đã có "15 vụ thảm sát" từ năm 1996 đến năm 2001. Taliban đặc biệt nhắm vào người Shia Hazara. Để trả đũa việc hành quyết 3.000 tù nhân Taliban của tướng Uzbekistan Abdul Malik Pahlawan vào năm 1997, Taliban đã hành quyết khoảng 4.000 thường dân sau khi chiếm Mazar-i-Sharif vào năm 1998.
Lữ đoàn 055 của Bin Laden chịu trách nhiệm về các vụ giết người hàng loạt thường dân Afghanistan. Báo cáo của Liên Hợp Quốc trích lời nhân chứng tại một số ngôi làng mô tả "các chiến binh Ả Rập mang theo những con dao dài dùng để rạch cổ họng và lột da người".
Đến năm 2001, Taliban kiểm soát tới 90% Afghanistan trong khi Liên minh phương Bắc chỉ giới hạn ở góc đông bắc của đất nước này. Chiến đấu cùng với lực lượng Taliban là khoảng 28.000–30.000 người Pakistan (thường cũng là người Pashtun) và 2.000–3.000 chiến binh Al-Qaeda.   Nhiều người Pakistan được tuyển mộ từ madrassas. Một tài liệu năm 1998 của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ xác nhận rằng "20–40 phần trăm binh lính Taliban [chính quy] là người Pakistan." Tài liệu cho biết một số phụ huynh của những công dân Pakistan này "không biết gì về việc con họ tham gia chiến đấu cho Taliban cho đến khi thi thể của họ được đưa về Pakistan". Theo báo cáo của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ và báo cáo của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, các công dân Pakistan khác đang chiến đấu ở Afghanistan là những binh sĩ chính quy, đặc biệt là từ Quân đoàn Biên phòng nhưng cũng có người từ Quân đội Pakistan hỗ trợ chiến đấu trực tiếp.