Roscoe H. Hillenkoetter
Giám đốc Tình báo Trung ương

Tổng thống Truman đã cố thuyết phục Hillenkoetter trong trạng thái miễn cưỡng, khi đó là chuẩn đô đốc, lên làm Giám đốc Tình báo Trung ương (DCI), và điều hành Nhóm Tình báo Trung ương (tháng 9 năm 1947). Theo Đạo luật An ninh Quốc gia năm 1947, ông được Thượng viện Hoa Kỳ đề cử và xác nhận là DCI, hiện phụ trách Cơ quan Tình báo Trung ương mới thành lập (tháng 12 năm 1947). Lúc đầu, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ chỉ đạo bộ phận hoạt động bí mật mới của CIA và George F. Kennan đã chọn Frank Wisner làm giám đốc. Hillenkoetter bày tỏ sự nghi ngờ rằng cùng một cơ quan có thể hoạt động hiệu quả trong cả hoạt động bí mật và phân tích tình báo.
Trên cương vị là Giám đốc Tình báo Trung ương, Hillenkoetter định kỳ được triệu tập để làm chứng trước Quốc hội. Một ví dụ liên quan đến thất bại lớn đầu tiên của CIA trong hoạt động tình báo Liên Xô, đó là việc không dự đoán được vụ thử bom nguyên tử của Liên Xô (29 tháng 8 năm 1949). Trong những tuần sau cuộc thử nghiệm, nhưng trước khi CIA phát hiện ra nó, Hillenkoetter đã công bố Ước tính Tình báo Quốc gia (NIE) ngày 20 tháng 9 năm 1949 nêu rõ, "thời điểm sớm nhất có thể mà Liên Xô có thể sản xuất bom nguyên tử là giữa năm 1950 và thời điểm có khả năng xảy ra cao nhất là giữa năm 1953". Hillenkoetter bị triệu tập đến trước mặt Ủy ban Liên hợp Năng lượng Nguyên tử (JCAE) để giải thích tại sao CIA không những không dự đoán được cuộc thử nghiệm mà còn thậm chí còn không phát hiện ra vụ thử bom nguyên tử sau khi nó xảy ra. Các thành viên JCAE đang lo lắng rằng CIA có thể bị bất ngờ như vậy. Hillenkoetter trả lời một cách thiếu chính xác rằng CIA biết Liên Xô sẽ mất khoảng 5 năm để chế tạo quả bom, nhưng CIA đã đánh giá sai khi họ bắt đầu:
Chúng tôi biết rằng họ đang thực hiện nó, và chúng tôi bắt đầu ở đây, và tổ chức [CIA] này được thành lập sau chiến tranh và chúng tôi bắt đầu từ giữa chừng và chúng tôi không biết họ đã bắt đầu từ khi nào và nó phải được bắt đầu từ những gì chúng ta có thể làm được ở đó. Đây là những gì mà tôi nói: việc biết được sự thật mà ngài chắc chắn về vụ nổ quả bom này đã giúp chúng tôi quay lại và nhìn lại những gì chúng tôi có trước đây, và nó sẽ giúp chúng tôi về những gì chúng tôi có được trong tương lai. Nhưng ngài đã nắm bắt được vấn đề giữa chừng và chúng tôi không biết chúng bắt đầu từ khi nào, thưa ngài.
JCAE không hài lòng với câu trả lời của Hillenkoetter, và danh tiếng của ông cũng như CIA bị ảnh hưởng trong giới đứng đầu chính phủ ở Washington, dù cánh báo chí không viết về thất bại tình báo đầu tiên của CIA ở Liên Xô.
Chính phủ Mỹ không nhận được lời cảnh báo tình báo nào về cuộc xâm lược Hàn Quốc của Bắc Triều Tiên (25/6/1950). DCI Hillenkoetter đã triệu tập một nhóm đặc biệt nhằm chuẩn bị bản ước tính về hành vi có thể xảy ra của cộng sản trên bán đảo Triều Tiên; nó hoạt động tốt đến mức người kế nhiệm ông đã thể chế hóa nó.
Hai ngày trước khi Bắc Triều Tiên xâm lược Hàn Quốc, Hillenkoetter đã đến trước mặt Quốc hội (Ủy ban Đối ngoại Hạ viện) và làm chứng rằng CIA có nguồn tin tốt ở Hàn Quốc, ngụ ý rằng CIA sẽ có thể đưa ra cảnh báo trước bất kỳ cuộc xâm lược nào.  Sau cuộc xâm lược, báo chí nghi ngờ chính quyền đã rất ngạc nhiên về điều đó, và tự hỏi liệu Hillenkoetter có bị loại bỏ hay không.  DCI không có ảnh hưởng gì với Tổng thống Harry S. Truman, nhưng Hillenkoetter nhấn mạnh với Tổng thống rằng với tư cách là Giám đốc Tình báo Trung ương, việc điều trần trước Quốc hội để cố gắng khắc phục tình hình sẽ có lợi về mặt chính trị. Sau lời khai, một số Thượng nghị sĩ nói với tờ Washington Post rằng Hillenkoetter đã khiến họ bối rối khi giải thích rằng CIA không dự đoán khi nào Bắc Triều Tiên sẽ xâm lược bằng cách nói rằng công việc của CIA không phải là phân tích thông tin tình báo mà chỉ chuyển nó cho các nhà hoạch định chính sách cấp cao mà thôi. Mặc dù hầu hết các thượng nghị sĩ đều tin rằng Hillenkoetter đã giải thích rõ ràng về hoạt động của CIA, nhưng nhiều người ở CIA lại cảm thấy bối rối trước những tin tức đó, và đến giữa tháng 8, tin đồn về việc Hillenkoetter bị cách chức đã được xác nhận khi Tổng thống Truman thông báo rằng Tướng Walter Bedell "Beetle" Smith thay thế ông ra làm Giám đốc Tình báo Trung ương tiếp theo.
Tổng thống Truman đã lập một vị Giám đốc Tình báo Trung ương mới vào tháng 10. Nghị sĩ bang Nebraska Howard Buffett cáo buộc rằng lời khai mật của Hillenkoetter trước Ủy ban Quân vụ Thượng viện đã "xác định trách nhiệm của Mỹ đối với đợt bùng phát cuộc chiến ở Triều Tiên" và tìm cách giải mật nó cho đến khi ông qua đời vào năm 1964.