Élisa Bonaparte
Nữ Đại công tước xứ Toscana

Bài chi tiết: Đại công quốc Toscana
Vào ngày 21 tháng 3 năm 1801, Lucien Bonaparte và Vua Tây Ban Nha đã ký Hiệp ước San Ildefonso thứ ba, khôi phục thuộc địa Louisiana cho Pháp để đổi lại thành lập Vương quốc Etruria bằng cách phân chia Đại công quốc Toscana. Vương quốc mới ban đầu được đặt dưới sự cai trị của Vương nữ Maria Louisa và chồng cô là Ludovico I của Etruria, nhưng ông sớm tỏ ra là một người cai trị kém cỏi và qua đời ngay sau đó vào năm 1803. Vì vậy, vào ngày 29 tháng 10 năm 1807, Napoléon đã ký Hiệp ước Fontainebleau với triều đình Tây Ban Nha. Điều này đã chuyển Toscana sang Pháp và vào tháng 11 năm đó, Marie Louise rời vương quốc. Từ ngày 12 tháng 5 năm 1808, Toscana được giao cho một thống đốc trung gian là Jacques-François Menou, một người lính Pháp đã cải sang đạo Hồi trong cuộc xâm lược Ai Cập của Napoléon, nhưng lối sống và sự thiếu quan tâm đến các vấn đề của lãnh thổ đã buộc Napoléon phải triệu hồi ông về. Ngày 5 tháng 4 năm 1809. Élisa mong muốn trở thành Thống đốc của Toscana vào năm 1808, nhưng bà đã mắc một căn bệnh vào cuối năm đó khiến bà không thể tham gia vào các công việc nhà nước. Bà hồi phục vào tháng 2 năm 1809. Một sắc lệnh chính thức được ban hành từ ngày 2 đến ngày 3 tháng 3 năm đó nhằm tái lập Đại công quốc Toscana, đặt Florence làm thủ đô và Élisa trở thành "Nữ Đại Công tước". Tuy nhiên, các điều khoản của sắc lệnh yêu cầu Élisa thực thi các quyết định của Napoléon và các bộ trưởng của ông, đồng thời từ chối cô có quyền sửa đổi bất kỳ quyết định nào trong số này. Đây là một sự khác biệt đáng kể so với quyền tự chủ tương đối mà Élisa được hưởng ở Lucca và Piombino. Sắc lệnh cũng thăng Félix lên cấp bậc Tướng sư đoàn (général de division).
Elisa là người phụ nữ duy nhất được Napoléon giao phó trách nhiệm chính trị thực sự. Ông thường không thích những phụ nữ hoạt động chính trị, và mặc dù ông đã bổ nhiệm người vợ thứ hai làm nhiếp chính trong thời gian ông vắng mặt, nhưng chức vụ đó chỉ mang tính danh nghĩa. Do đó, Elisa là một trường hợp ngoại lệ đối với Napoléon trong vấn đề này. Napoleon từng nói về Elisa thế này:
Vào ngày 2 tháng 4 năm 1809, Élisa đến Florence, nơi bà được giới quý tộc tiếp đón một cách lạnh lùng. Sự xuất hiện của bà trùng hợp với một cuộc nổi dậy sau khi một thị trưởng và một thẩm phán bị ám sát. Việc cưỡng bách tòng quân và nhiều loại thuế mới do Napoléon áp đặt lên Toscana là nguồn gốc của xung đột trong khu vực. Giống như ở Lucca, Élisa cố gắng quốc hữu hóa tài sản của giới tăng lữ và đóng cửa nhiều tu viện.
Bà tiếp tục bảo trợ nghệ thuật và khoa học. Năm 1809, bà ủy quyền cho nhà điêu khắc Lorenzo Bartolini tạo ra những bức tượng bán thân của gia đình bà. Hai tập đầu tiên của "Annali del Museo Imperiale di Fisica e Storia Naturale" của Florence được dành tặng cho bà vào năm 1808 và 1809. Đài quan sát tại bảo tàng vật lý và lịch sử tự nhiên đó là tiền thân của Đài thiên văn Arcetri (Osservatorio Astrofisico di Arcetri) ngày nay ở Florence.
Élisa sau đó bất đắc dĩ tham gia vào việc Napoléon phế truất Giáo hoàng Pius VII. Pius phản đối việc Đế quốc Pháp sáp nhập các Lãnh địa Giáo hoàng, và ông từ chối từ bỏ quyền lực tạm thời của mình. Pius sau đó đã rút phép thông công Napoléon trong Quum memoranda vào ngày 10 tháng 6 năm 1809. Để đối phó với sự không khoan nhượng này, Napoléon đã chọn một vị tướng là Étienne Radet đến bắt cóc giáo hoàng và loại bỏ một nhân vật có thể tập hợp sự phản đối chống lại Đế quốc và chế độ của ông ta. Việc phế truất xảy ra vào đêm ngày 6 tháng 7 năm 1809, và giáo hoàng đã tới Savona trong những ngày sau khi bị phế truất. Giáo hoàng đi ngang qua Florence, nơi Élisa không đích thân chào đón ông và cũng yêu cầu Pius rời khỏi khu vực này càng sớm càng tốt, để không làm mất lòng anh trai bà vì có thể bị coi là đang chào đón kẻ thù của ông.
Mối quan hệ của Élisa với Napoléon ngày càng trở nên căng thẳng. Napoléon thường xuyên triệu hồi Élisa vì bất kỳ sự bất thường nào trong việc bà thực hiện mệnh lệnh của ông ở Toscana. Vào ngày 17 tháng 3 năm 1810, Élisa đến Paris để dự hôn lễ của Napoléon với Hoàng nữ Marie-Louise của Áo, nhưng Napoléon đã lợi dụng chuyến thăm của bà để đòi lại các khoản thanh toán từ khoản trợ cấp của ông cho 2 xứ Massa và Carrara. Khi Élisa quay trở lại Toscana, bà nhận thấy Napoléon vẫn tìm cách yêu cầu thanh toán các khoản trợ cấp này thông qua các đại sứ của mình. Élisa từ chối trả tiền lần thứ hai, cho rằng các vùng lãnh thổ có quá ít nguồn lực để trả số tiền 200.000 lira mà Napoléon yêu cầu. Napoléon đe dọa chiếm Carrara từ tay Élisa và cũng yêu cầu Lucca phải tăng quân nhập ngủ bằng cách cưỡng bách. Lucca trước đó đã được thoát khỏi gánh nặng này trước tháng 5 năm 1811, và những yêu cầu của Napoléon đã làm xói mòn sự ủng hộ của Élisa ở Lucca. Élisa trở về Lucca từ Florence và khôi phục lại biệt thự mà ngày nay được gọi là Villa Reale di Marlia, bất chấp sự đón nhận lạnh lùng của cộng đồng địa phương.