Phát sinh phi sinh học
Lịch sử khái niệm cho đến những năm 1960: Sinh học > Thế hệ tự phát sinh > Sự chấp nhận chung của thế hệ tự phát sinh cho đến thế kỷ 19

Tôn giáo truyền thống quy nguồn gốc của sự sống cho các vị thần siêu nhiên, những người đã tạo ra thế giới tự nhiên. Thế hệ tự phát sinh (Spontaneous generation) hay còn gọi là tự sinh luận, lý thuyết tự nhiên đầu tiên về sự sống phát sinh từ phi sự sống, có nguồn gốc từ Aristotle và triết học Hy Lạp cổ đại, và tiếp tục được học thuật phương Tây ủng hộ cho đến thế kỷ 19. Các quan niệm cổ điển về thế hệ tự sinh cho rằng một số động vật "thấp hơn" hoặc "sâu bọ" được tạo ra bởi các chất hữu cơ đang phân hủy. Theo Aristotle, có thể dễ dàng quan sát thấy rệp phát sinh từ sương đọng trên thực vật, ruồi từ chất bẩn, chuột từ cỏ khô bẩn, cá sấu từ các khúc gỗ trũng thối rữa, v.v. Một lý thuyết liên quan là dị phát sinh: rằng một số dạng sống có thể phát sinh từ các dạng khác nhau (ví dụ như ong từ hoa). Nhà khoa học hiện đại John Bernal nói rằng ý tưởng cơ bản của những lý thuyết như vậy là sự sống liên tục được tạo ra do các sự kiện tình cờ.
Vào thế kỷ 17, người ta bắt đầu đặt câu hỏi về những giả thiết như vậy. Năm 1646, Thomas Browne đã xuất bản Pseudodoxia Epidemica của mình (có tiểu đề là Các câu hỏi về Rất nhiều giáo điều được nhìn nhận, và các Giả định Sự thật), đây là một cuộc tấn công vào những niềm tin sai lầm và "lỗi thông tục". Người đương thời của ông, Alexander Ross, đã bác bỏ ông một cách sai lầm, nói rõ:
Đặt câu hỏi về điều này [tự sinh luận], là đặt câu hỏi về Lý trí, Giác quan và Kinh nghiệm: Nếu ông ta nghi ngờ về điều này, hãy để ông ta đi đến Ægypt, và ở đó ông ta sẽ thấy những cánh đồng đầy những con chuột sinh ra từ bùn của Nylus, thảm họa to lớn cho cư dân nơi đây.
Năm 1665, Robert Hooke công bố những bản vẽ đầu tiên của vi sinh vật. Hooke được tiếp nối công trình bởi Antonie van Leeuwenhoek vào năm 1676, người đã vẽ và mô tả các vi sinh vật mà ngày nay được gọi là động vật nguyên sinh và vi khuẩn. Nhiều người cho rằng sự tồn tại của vi sinh vật là bằng chứng ủng hộ thế hệ tự phát sinh, vì vi sinh vật dường như quá đơn giản đối với sinh sản hữu tính và sinh sản vô tính thông qua phân chia tế bào vẫn chưa được quan sát thấy. Van Leeuwenhoek đã đặt vấn đề với những ý tưởng phổ biến vào thời điểm đó rằng bọ chét và rận có thể tự phát sinh ra từ sự thối rữa, và những con ếch cũng có thể phát sinh từ chất nhờn. Sử dụng một loạt các thí nghiệm từ ủ thịt kín và hở và nghiên cứu kỹ lưỡng về sự sinh sản của côn trùng, vào những năm 1680, ông đã tin rằng thế hệ tự phát sinh là không chính xác.
Bằng chứng thực nghiệm đầu tiên chống lại tự sinh luận được đưa ra vào năm 1668 khi Francesco Redi cho thấy rằng không có giòi xuất hiện trong thịt khi ruồi bị ngăn chặn đẻ trứng. Người ta dần dần chỉ ra rằng, ít nhất là trong trường hợp của tất cả các sinh vật cao hơn và dễ nhìn thấy, quan điểm trước đây về sự tự phát sinh là sai. Giả thuyết thay thế là sự phát sinh sinh học (biogenesis): rằng mọi sinh vật đều xuất phát từ một sinh vật sống đã có từ trước (omne vivum ex ovo, tiếng Latinh có nghĩa là "mọi sinh vật sống từ một quả trứng"). Năm 1768, Lazzaro Spallanzani chứng minh rằng vi khuẩn có trong không khí và có thể bị giết chết bằng cách đun sôi. Năm 1861, Louis Pasteur thực hiện một loạt thí nghiệm chứng minh rằng các sinh vật như vi khuẩn và nấm không tự phát xuất hiện trong môi trường vô trùng, giàu chất dinh dưỡng, mà chỉ có thể xuất hiện bằng cách xâm nhập từ bên ngoài.