Chiến tranh Việt Nam
Giai đoạn 1960–1965 > Khủng hoảng chính trị tại miền Nam

Bài chi tiết: Biến cố Phật giáo, 1963 và Đảo chính Việt Nam Cộng hòa 1963
Ngày 8 tháng 5 năm 1963 xảy ra sự kiện Phật đản tại Huế làm chấn động trên toàn thế giới, cũng như đã tạo ra phong trào phản đối "sự kỳ thị tôn giáo" của chính phủ Tổng thống Ngô Đình Diệm. Cuộc khủng hoảng này đã làm chính phủ Ngô Đình Diệm mất hết uy tín trong và ngoài nước. Chính phủ Ngô Đình Diệm đã có những cố gắng xoa dịu sự bất mãn, giải quyết những nguyện vọng của Phật giáo nhưng vẫn không thể ổn định nổi tình hình trước quyết tâm đấu tranh cao độ của các lãnh đạo Phật giáo. Phật giáo không hề tin tưởng vào thiện chí của chính quyền. Mỗi hành động của chính quyền đều bị lãnh đạo Phật giáo xem là một âm mưu chống lại tôn giáo của họ. Chính vì thế hai bên không tìm được tiếng nói chung để giải quyết cuộc khủng hoảng.
Ngày 1 tháng 11 năm 1963, Quân lực Việt Nam Cộng Hòa, dưới sự chỉ huy của tướng Dương Văn Minh đã đảo chính lật đổ, giết chết hai anh em ông Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu và xử bắn ông Ngô Đình Cẩn. Theo nhiều tài liệu và loạt bài "Hồ sơ mới giải mật: CIA và nhà họ Ngô" đăng trên Báo An ninh Thế giới, do Trương Hùng lược dịch từ tài liệu "CIA and the House of Ngo" của Thomas L. Ahern Jr, một cựu điệp viên CIA từng nhiều năm hoạt động tại chiến trường miền Nam Việt Nam, thì Mỹ đã đứng sau, can thiệp sau hậu trường vào cuộc đảo chính này và gọi điều này là việc "thay ngựa giữa dòng".
Theo Thomas Ahern Jr., bắt đầu từ tháng 10 năm 1960 CIA bắt đầu nhận thấy mầm mống nổi loạn chống Ngô Đình Diệm ở Sài Gòn ngày càng tăng, CIA tập hợp thông tin về thành phần bất mãn trong quân đội đồng thời cố gắng khai thác tướng Trần Văn Minh và các nguồn khác nhằm tìm kiếm thành phần tham gia đảo chính. Nhân viên CIA Miller được lệnh của Trạm CIA tránh can dự "cố vấn" cho phe đảo chính mà chỉ việc lặng lẽ theo dõi diễn biến rồi báo cáo về Trạm.
Bùi Diễm (sau năm 1963 là Đại sứ Việt Nam Cộng hòa tại Mỹ) đã viết trong hồi ký của mình rằng: Tướng Lê Văn Kim đã yêu cầu hỗ trợ nhằm thực hiện điều mà chính phủ Mỹ cũng muốn làm với chính quyền của Ngô Đình Diệm (tức gạt bỏ chính quyền của Ngô Đình Diệm). Diễm đã liên lạc với cả đại sứ và các nhà báo thạo tin của Mỹ ở miền Nam Việt Nam, như David Halberstam (New York Times), Neil Sheehan (United Press International) và Malcolm Browne (Associated Press). Lucien Conein đặc vụ của CIA đã trở thành đầu mối liên lạc giữa Đại sứ quán Mỹ với các tướng lĩnh đảo chính, do Trần Văn Đôn đứng đầu. Ngày 3 tháng 10 năm 1963, Conein gặp tướng Minh là người nói cho ông biết ý định đảo chính và yêu cầu người Mỹ hỗ trợ nếu nó thành công. Trong phim tài liệu Việt Nam: Cuộc chiến 10.000 ngày của đạo diễn Michael Maclear, các tướng lĩnh của Ngô Đình Diệm cho biết họ sẽ tiến hành đảo chính nếu chính phủ Mỹ ủng hộ, nhân viên CIA Lucien Conein kể lại rằng khi được thông báo về ý định đảo chính ông ta nói: "Lệnh mà tôi nhận là thế này: Tôi phải cho Tướng Minh biết rằng chính phủ Mỹ sẽ không cản trở cuộc đảo chính của họ và tôi đã truyền đạt điều này". Sau đó Conein bí mật gặp tướng Trần Văn Đôn để nói với ông này rằng Mỹ phản đối bất cứ hành động ám sát nào. Tướng Đôn trả lời "Được rồi, nếu anh không thích điều đó chúng ta sẽ không nói về nó nữa."
Henry Cabot Lodge, Jr. đại sứ Mỹ tại Việt Nam Cộng hòa sau khi biết về âm mưu đảo chính được lên kế hoạch bởi các tướng lĩnh sĩ quan của Quân lực Việt Nam Cộng hòa, do tướng Dương Văn Minh cầm đầu đã báo cáo cho Tổng thống Mỹ xin ý kiến. Biên bản cuộc họp ngày 29/10/1963 giữa Tổng thống Mỹ và các cố vấn cho thấy Tổng thống Mỹ sau khi họp với 15 cố vấn ngoại giao cao cấp và chuyên gia an ninh quốc gia không đưa ra được ý kiến thống nhất về vấn đề này mà để cho đại sứ Mỹ Henry Cabot Lodge, Jr. tùy cơ ứng biến. Sau đó, Lucien Conein, một đặc vụ CIA, đã cung cấp 40.000 USD cho nhóm sĩ quan Việt Nam Cộng hòa để tiến hành cuộc đảo chính với lời hứa hẹn rằng quân đội Mỹ sẽ không bảo vệ tổng thống Ngô Đình Diệm.
Ngày 2 tháng 11 năm 1963, Tổng thống Ngô Đình Diệm đầu hàng lực lượng đảo chính và bị họ giết chết. Khi biết Tổng thống Ngô Đình Diệm đã bị đảo chính và giết chết, Tổng thống Mỹ Kenedy bị choáng váng và ưu tư thoáng buồn. Ngay sau đó chính quyền Việt Nam Cộng hòa rơi vào khủng hoảng lãnh đạo trầm trọng với 14 cuộc đảo chính liên tiếp trong một năm rưỡi và chỉ ổn định lại khi Ủy ban Lãnh đạo Quốc gia, đứng đầu bởi hai tướng Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ, lên chấp chính (tháng 6 năm 1965). Tháng 6 năm 1965, trước các thất bại liên tiếp trên chiến trường và tình hình chính trị rối loạn của Việt Nam Cộng hòa, chính phủ Mỹ quyết định hủy bỏ kế hoạch Staley-Taylor và đưa quân đội Mỹ sang trực tiếp tham chiến để giữ miền Nam khỏi rơi vào tay lực lượng Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam.
Trong giai đoạn khủng hoảng đó, nhiều lãnh đạo Việt Nam Cộng hòa vẫn nói rằng họ có tham vọng Bắc tiến để thống nhất Việt Nam. Năm 1963, Tổng thống Ngô Đình Diệm đã ra lệnh cho Phủ Đặc Ủy Công Dân Vụ chuẩn bị kế hoạch Bắc tiến, tiêu diệt nhà nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, thống nhất Việt Nam. Ngày 14 tháng 7 năm 1964, người đứng đầu chính phủ là tướng Nguyễn Khánh công khai tuyên bố sẵn sàng Bắc tiến. Hai ngày sau, tướng Nguyễn Cao Kỳ cũng khẳng định Không lực Việt Nam Cộng hòa đã sẵn sàng. Nhưng kế hoạch này đã bị Washington từ chối ủng hộ nên nó không bao giờ trở thành sự thật, một phần bởi Mỹ lo ngại sẽ lôi kéo Trung Quốc vào vòng chiến, châm ngòi cho một cuộc chiến tranh quy mô trên toàn châu Á.