Chiến dịch Đông Carpath
Diễn biến > Khởi nghĩa Slovakia > Giai đoạn ổn định

Tận dụng thời gian quân Đức tạm giảm bớt các cuộc tấn công, trong giai đoạn 2, quân khởi nghĩa Slovakia tiến hành chỉnh đốn tổ chức. Tướng Ján Golian được SNR chỉ định làm tổng chỉ huy quân khởi nghĩa. Ông tổ chức 6 cụm tác chiến, mỗi cụm tương đương một sư đoàn, được biên chế lực lượng pháo binh, công binh và thông tin. Quân Đức cũng điều động thêm lực lượng đến Slovakia. Sư đoàn bộ binh 208 được điều đến Považie (???), Sư đoàn bộ binh 371 được điều đến Ponitrie. Ở phía Tây Slovakia, ngày 14 tháng 9, Cụm tác chiến sư đoàn SS Schill đánh chiếm Žarnovica và Prievidza. Ngày 15 tháng 9, tướng Ján Golian ra lệnh cho Lữ đoàn đặc nhiệm 4 và Lữ đoàn du kích của Ján Nálepka chiếm lại Prievidza. Cuộc tấn công thất bại. Ngày 19 tháng 9, Cụm tác chiến sư đoàn SS Schill tấn công Turca (???) và uy hiếp Pohronie (???). Cụm tác chiến số 5 của quân khởi nghĩa rơi vào nguy cơ bị bao vây bởi Sư đoàn cơ giới 178 Tatra (Đức). Ngày 21 tháng 9, tướng Ján Golian ra lệnh cho Cụm tác chiến 5 bỏ ngỏ Turca rút về Banska Bystrica. Cùng ngày, SNR ban bố mệnh lệnh quy định Banska Bystrica là thành phố mặt trận.
Để cứu nguy cho các căn cứ chính của cuộc khởi nghĩa, từ ngày 15 đến ngày 21 tháng 9, các lữ đoàn đổ bộ đường không Tiệp Khắc 1 và 2 được máy bay Liên Xô đổ xuống Banska Bystrica. Trung đoàn không quân Tiệp Khắc 1 cất cánh từ Lvov cũng hạ cánh xuống các sân bay Banska Bystrica và Ružomberok. Một cầu hàng không được thiết lập nối Banska Bystrica, Tri Duba và Ružomberok với các căn cứ không quân Liên Xô. Hơn 10.000 súng bộ binh cá nhân, khoảng 1.000 trung liên, hàng trăm súng chống tăng và hơn 3 triệu viên đạn các loại đã được không quân Liên Xô chở đến các căn cứ của quân khởi nghĩa. Ngày 17 tháng 9, 4 máy bay B-17 của không quân Mỹ do đại úy James Holt Green chỉ huy cũng hạ cánh xuống sân bay Tri Duba, mang theo súng bộ binh, mìn chống tăng và một số súng chống tăng "Bazooka". Ngày 20 tháng 9, không quân đồng minh tập kích vào sân bay Nový Dvor gần Malacky, đánh hỏng đường băng, diệt 6 chiếc Ju-87, 2 chiếc He-111, 3 chiếc Ju-88, làm hư hỏng một số máy bay Ju-52, Bf-110 và Do-17. Quân Đức buộc phải tạm ngừng sử dụng sân bay Nový Dvor một thời gian và huy động các căn cứ không quân tại Hungary để thay thế. Ngày 26 tháng 9, một phái bộ quân sự Anh cũng nhảy dù xuống Slovakia để giúp đỡ lực lượng khởi nghĩa về tổ chức tác chiến. Với sự giúp đỡ của quân đồng minh, quân khởi nghĩa Slovakia đã ổn định chiến tuyến của mình đến đầu tháng 10 năm 1944, binh lực của họ tăng lên đến 60.000 người, được tổ chức thành 44 tiểu đoàn bộ binh, 6 tiểu đoàn pháo binh và 32 khẩu đội phòng không.
Sau khi chặn được cuộc tấn công của Quân đội Liên Xô trên tuyến sông Ondava, quân đội Đức Quốc xã tập trung trấn áp cuộc khởi nghĩa Slovakia. Ngày 8 tháng 10, tướng SS Hermann Höffle, chỉ huy các lực lượng Đức tại Slovakia điều động đến Slovakia Sư đoàn xe tăng xung kích 18 SS và Sư đoàn bộ binh xung kích 14 SS. Ngày 10 tháng 10, có thêm Lữ đoàn sơn chiến 2 SS được điều từ Ba Lan đến. Binh lực của quân đội Đức Quốc xã triển khai tại Slovakia để chống lại cuộc khởi nghĩa lên đến 4 sư đoàn, 1 cụm tác chiến sư đoàn và 1 lữ đoàn. Tuy binh lực tương đương nhau về quân số nhưng quân Đức vẫn chiếm ưu thế áp đảo về xe tăng, pháo binh và không quân. Ngày 3 tháng 10 năm 1944, Cụm tác chiến sư đoàn SS Schill chia làm hai cánh tiếp tục tấn công các Cụm tác chiến 3 và 4 của quân khởi nghĩa trên hướng tây Slovakia. Cánh quân thứ nhất vượt qua các cầu chưa bị phá hủy trên sông Hron và tiến về Zvolen. Cánh quân thứ hai tấn công Oslian (???), Žarnovica và uy hiếp Banská Štiavnica. Quân khởi nghĩa dựa vào các tòa nhà kiên cố để phòng ngự với sự yểm hộ của hai đoàn tàu hỏa bọc thép và chống giữ được mấy ngày. Ngày 9 tháng 10, Banská Štiavnica rơi vào tay quân Đức. Những lực lượng khởi nghĩa còn lại của quân khởi nghĩa thuộc các cụm tác chiến 3 và 4 tập trung giữ sân tay Tri Duba, sân bay lớn cuối cùng ở Trung Slovakia do quân khởi nghĩa kiểm soát. Lữ đoàn đổ bộ đường không Tiệp Khắc 2 được điều đến mặt trận Zvolen cùng với Đoàn tàu bọc thép số 3 đã giúp quân khởi nghĩa tiếp tục cầm chân quân Đức tại phía Nam sân bay Try Duba đến ngày 26 tháng 10.
Trong khi tình hình quân khởi nghĩa đang gặp khó khăn và quân đội Liên Xô vẫn đang chiến đấu để giành từng mét đất trên con đường tiến đến đèo Dukla thì nội bộ quân khởi nghĩa lại có những sự chia rẽ nghiêm trọng. Ngày 7 tháng 10 năm 1944, tướng Rudolf Viest được Chính phủ Edvard Beneš giao toàn quyền chỉ huy Quân đoàn Tiệp Khắc 1 của Slovakia (Chính phủ Tiệp Khắc ở London đặt tên cho quân khởi nghĩa Slovakia như vậy). Trong một động thái theo kiểu "chưa săn được gấu đã đòi chia da", ngày hôm sau, Bộ trưởng Frantisek Nemec trong chính phủ Beneš cũng bay tới vùng giải phóng ở Slovakia để tiếp nhận các quyền lực chính trị. SNR phản đối quyết định của London và họ quyết định cử một đoàn đại biểu đi London để nói chuyện với Edvard Beneš. Đoàn đại biểu này đi trên các máy bay B-17 của Mỹ đang vận chuyển vũ khí và thiết bị y tế đến Zvolen và đưa trở lại phía Tây 25 phi công Anh, Mỹ và 6 phi công Pháp bị không quân Đức bắn rơi trên không phận vùng giải phóng Slovakia.
Trước tình hình ngày một xấu đi, SNR và các tướng lãnh đạo cuộc khởi nghĩa quyết định vận chuyển ra khỏi Slovakia ngân khố của quân khởi nghĩa trị giá khoảng 3 triệu kuron cùng 157 kg vàng, 569 kg bạc và 133 kg kim loại quý khác. Tất cả đều được bí mật chở đi bằng máy bay Liên Xô từ Banska Bystrica đến Moskva và giao cho phái bộ quân sự Tiệp Khắc của tướng Heliodor Píka. Từ hướng đèo Dukla, trong các ngày từ 14 đến 17 tháng 10 năm 1944, Quân đoàn Tiệp Khắc 1 liên tục tiến hành nhiều trận đột phá để kết nối liên lạc với quân khởi nghĩa nhưng các nỗ lực của họ để xâm nhập vào phía sau phòng tuyến của quân Đức đều không thành công. Phòng tuyến của quân Đức trên các dãy điểm cao 562, 576, 532, 541, 517, 433, 536, 481, 332, 471, 627, 518 gần đèo Dukla vẫn rất vững chắc