Thích Trí Quang
Chính quyền Nguyễn Khánh

Khi Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất (GHPGVNTN) được thành lập, ông là Chánh Thư ký Viện Tăng Thống, trong khi Hòa thượng Thích Tâm Châu là Viện trưởng Viện Hoá Đạo. Sau cuộc đảo chính 1964 do Tướng Nguyễn Khánh cầm đầu đã phế truất Dương Văn Minh đồng thời xử tử Đại úy Nguyễn Văn Nhung, cận vệ của Minh và là người đã ám sát Diệm và Nhu. Điều này tạo nên một số tin đồn rằng những chính trị gia ủng hộ Diệm sẽ được phục hồi quyền lực và khiến Thích Trí Quang hủy bỏ một cuộc hành hương đã định sẵn tới Ấn Độ để tổ chức các cuộc biểu tình sắp tới.
Đầu năm 1964, Thích Trí Quang tiếp tục chỉ trích Khánh và buộc tội ông bỏ tù các Phật tử. Khánh đang ở trong tình thế khó xử, vì ông rất có thể bị cho là quá mềm mỏng với những tên ủng hộ Diệm, hoặc có thái độ thù địch với những người theo Công giáo La Mã. Để xoa dịu Trí Quang, Khánh đồng ý loại bỏ tất cả các tuyên úy Công giáo La Mã ra khỏi quân đội, nhưng Thích Trí Quang vẫn tiếp tục chỉ trích những gì ông cho là Khánh thiếu quyết đoán trong việc loại bỏ những kẻ theo chủ nghĩa Diệm khỏi các vị trí chính quyền.
Tháng 7 năm 1964, Khánh soạn thảo một bản hiến pháp mới, được gọi là Hiến chương Vũng Tàu, nhằm gia tăng quyền lực cá nhân của mình. Nhưng điều này chỉ làm cho chính quyền Khánh ngày càng suy yếu khi các cuộc biểu tình và bạo loạn lớn nổ ra ở các thành phố, do Phật tử đi đầu kêu gọi chấm dứt tình trạng khẩn cấp và bỏ hiến pháp mới. Thích Trí Quang nghĩ rằng, vì Khánh sẽ không sử dụng quyền lực của mình để loại bỏ những kẻ theo chủ nghĩa Diệm nên đó chỉ là một biểu hiện của chủ nghĩa tự do. Lo sợ mình sẽ bị lật đổ khi các cuộc biểu tình ngày càng lan rộng và mạnh mẽ, Khánh đã nhờ đến Trí Quang, Thích Tâm Châu và Thích Thiện Minh hội đàm với mình tại Vũng Tàu ngày 24 tháng 8. Nhưng cả ba đều từ chối buộc Khánh phải vào Sài Gòn cố gắng khiến họ ngưng phản đối, bộc lộ rõ sự yếu kém của mình. Họ yêu cầu ông phải bỏ hiến pháp mới, khôi phục lại chế độ dân sự và loại bỏ quyền lực của những thành viên Đảng Cần Lao. Họ cũng yêu cầu Khánh phải công khai thông báo các biện pháp này nếu không sẽ tổ chức một phong trào phản kháng rộng khắp. Đại sứ Hoa Kỳ Maxwell Taylor khuyên Khánh không nên nghe theo các yêu cầu trên, vì ông ta coi các nhà hoạt động Phật giáo chỉ là một nhóm người thiểu số, nhưng Khánh lại nghĩ rằng căng thẳng tôn giáo sẽ giảm bớt phần nào nếu chấp nhận đáp ứng các yêu cầu của họ. Tướng Trần Thiện Khiêm nhận xét "Khánh cảm thấy không còn sự lựa chọn nào khác ngoài việc chấp nhận, vì tầm ảnh hưởng của Trí Quang quá lớn nên hắn không những có thể khiến đa số người dân chống lại chính quyền mà còn gây ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động của các lực lượng vũ trang".
Cuối năm 1964, Khánh và các tướng lĩnh ủng hộ ông cố gắng tạo ra một bộ máy dân sự khi thành lập Thượng Hội đồng Quốc gia, một cơ quan chấp chính dân sự, do Phan Khắc Sửu làm Chủ tịch và Sửu bổ nhiệm Trần Văn Hương làm Thủ tướng, một chức vụ quyền lực hơn, dù các tướng lĩnh và bản thân Khánh vẫn giữ được thực quyền. Hương có quan điểm kiên quyết chống lại các Phật tử, buộc tội Trí Quang theo phe Cộng sản. Đáp lại Trí Quang tố cáo Hương theo chủ nghĩa Diệm và dẫn đầu một cuộc biểu tình đông đảo chống lại Hương cũng như kêu gọi loại bỏ chính quyền dân sự mới. Hương sử dụng quân đội đàn áp biểu tình, khiến cuộc đối đầu thêm bạo lực. Tháng 1 năm 1965, Hương tăng cường các cuộc chiến tranh chống Cộng khi mở rộng chi tiêu quân sự bằng cách sử dụng tiền viện trợ và trang thiết bị từ người Mỹ, đồng thời tăng quy mô lực lượng vũ trang bằng cách nới lỏng các tiêu chí về số người tham gia. Điều này kích động các cuộc biểu tình và bạo loạn chống Hương lan rộng cả nước, chủ yếu từ các sinh viên và Phật tử trong độ tuổi nhập ngũ muốn đàm phán. Tin rằng các nhà hoạt động Phật giáo đang ủng hộ mình, Khánh đã cố gắng kiềm chế các cuộc biểu tình. Khánh sau đó đi tới quyết định để các lực lượng vũ trang tiếp quản chính quyền. Ngày 27 tháng 1, với sự hỗ trợ của Nguyễn Chánh Thi và Nguyễn Cao Kỳ, Khánh lật đổ Hương trong hoà bình.