Xung đột biên giới Nga – Thanh
Điều ước Nerchinsk

Xem thêm: Điều ước Nerchinsk
Pyotr I của Nga vào thời điểm xung đột ở vùng Amur nổ ra mới chỉ lên nắm quyền không lâu, chưa hoàn toàn chưa củng cố quyền lực. Bên cạnh đó, nước Nga khi đó đang bận rộn với các cuộc chiến tranh ở vùng Baltic, bởi vậy, vào tháng 11 năm 1685, sau khi nhận được thông điệp từ hoàng đế Trung Quốc, Sa hoàng nhận ra rằng Khang Hy không chỉ là một thủ lĩnh bộ lạc, và quyết định cử một phái đoàn ngoại giao đến Bắc Kinh. 2 sứ giả được lệnh sang nhà Thanh thông báo sự xuất hiện của phái đoàn. Họ rời Moskva vào tháng 12 năm 1685 và đến Bắc Kinh vào gần cuối năm 1686. Do khó khăn trong việc liên lạc, chính sách này không được chính quyền địa phương ở Siberia biết, và người Nga ở Nerchinsk quay lại Albazin, gây ra cuộc vây hãm thứ hai. Trong khi đó, Khang Hy, tiếp tục ấp ủ hy vọng hòa bình, không biết liệu thông điệp của mình có đến được đích hay không và liệu hành vi của người Nga ở vùng Amur có phải theo lệnh của Sa hoàng, và vẫn không biết về sự xuất hiện sắp tới của phái bộ Nga, quyết định cử đại sứ Hà Lan ở Trung Quốc mang quốc thư đến Sa hoàng. Đây có thể coi là đề xuất rõ ràng đầu tiên của Trung Quốc với Nga về việc phân định biên giới. Chính quyền Nga được phân biệt với những người Cossack ở vùng Amur, những kẻ đào tẩu, chạy trốn khỏi pháp luật của Sa hoàng.
Cũng phải nói thêm, Khang Hy, vào lúc này, cũng phải đối mặt với mối đe dọa của người Oirat từ phía tây bắc. Cát Nhĩ Đan, người đứng đầu các bộ lạc người Oirat, nổi lên vào những năm 1670, lần lượt chiếm giữ các thành trì Kashgar, Hami và Turfan, áp đặt quyền cai trị đối với người Hồi giáo nơi đây cũng như các tuyến đường nối Trung Quốc với phương Tây. Với Cát Nhĩ Đan củng cố quyền kiểm soát Mông Cổ, ông đe dọa trực tiếp đến Bắc Kinh. Vì người Nga và người Oirat đã duy trì quan hệ trong nhiều năm, thậm chí Cát Nhĩ Đan từng cử người tới Nga tìm viện trợ quân sự, Khang Hy lo ngại một liên minh chống Thanh có thể được hình thành và quyết tâm ngăn chặn điều này xảy ra. Bởi vậy, bất kỳ giải pháp hòa bình đối với tình hình ở Amur đều được Bắc Kinh hoan nghênh. Và khi nhận được bức thư từ Sa hoàng, Khang Hy đã vô cùng hài lòng và ngay lập tức ra lệnh ngừng bao vây Albazin. Cuối tháng 11, đầu tháng 12 năm 1686, lệnh này đến tiền tuyến và quân Thanh lập tức ngừng cuộc vây hãm. Cuối tháng 8 năm 1687, quân Thanh hoàn toàn rời Albazin và quay trở lại Tề Tề Cáp Nhĩ và Aigun. Người Nga được dựng lại làng mạc và trồng trọt, nhưng không được phép săn bắn, vì nhà Thanh coi đây là hành vi xâm phạm chủ quyền.
Một vấn đề quan trọng mà cả hai bên đều quan tâm là lòng trung thành của những người bản địa. Đây là trọng tâm của cả Nga và nhà Thanh. Theo một số nhà sử học hiện đại, cuộc cạnh tranh về sự trung thành của người dân địa phương, thay vì vấn đề phân định biên giới, mới là nguồn gốc của cuộc xung đột giữa nhà Thanh và Sa quốc Nga.
Fyodor Golovin được bổ nhiệm làm trưởng phái đoàn đến Trung Quốc. Về chính trị, phái đoàn được chỉ thị đề xuất đường ranh giới dọc theo sông Amur. Trong trường hợp bị từ chối, họ nên nhượng bộ nhỏ bằng cách thay đổi biên giới dọc theo sông Amur và sông Bureya. Trong trường hợp phương án thay thế cũng bị từ chối, biên giới nên được di chuyển xa hơn về phía bắc dọc theo sông Amur và sông Zeya. Về mặt thương mại, họ được chỉ thị thu thập thông tin về các tuyến đường sông đến Trung Quốc, yêu cầu chính thức quy tắc hóa, chính quy hóa thương mại giữa hai nước, thuyết phục nhà Thanh cử đại sứ đến Moskva và đề nghị các thương nhân Trung Quốc bán đồ ở Nga. Golovin rời Moskva vào tháng 1 năm 1687 cùng với Vlasov. Ivan Loginov đã được cử đi trước để đưa tin.
Vào tháng 9 năm 1687, Golovin nhận được chỉ thị bí mật từ Moskva rằng nhượng lại Albazin để đổi lấy các đặc quyền thương mại, để tránh, ngoại trừ trường hợp thực sự cần thiết, bất kỳ cuộc đổ máu nào và nếu tất cả các đề xuất bị từ chối, Golovin phải yêu cầu một phái bộ Nga khác tới. Golovin đến Selenginsk vào ngày 22 tháng 10 năm 1687. Cùng thời gian này, Khang Hy cử người gửi thông điệp đến Moskva phàn nàn về phái đoàn Spathari trước đó, yêu cầu trao trả Gantimur và thông báo về việc dỡ bao vây Albazin, nhưng đã không gặp Golovin trên đường đi.
Vào tháng 5 năm 1688, Loginov đến Bắc Kinh để thông báo sự xuất hiện của Golovin và đề xuất Selenginsk làm nơi hai bên gặp mặt. Hoàng đế nhanh chóng bổ nhiệm một phái đoàn đến đàm phán và ấn định Selenginsk làm địa điểm. Do hai bên đều thiếu thông dịch viên, Khang Hy đã cử hai nhà truyền giáo Dòng Tên ở Trung Quốc, Jean-François Gerbillon và Tomás Pereira đi cùng. Phái đoàn bao gồm hai hoàng tộc nhà Thanh là Sách Ngạch Đồ và Đông Quốc Cương, hai quan chức nhà Thanh cũng như quân lính tùy tùng. Phái đoàn cùng với 8000 quân, rời Bắc Kinh đến Selenginsk qua Mông Cổ. Vào thời điểm này, không phải tất cả các bộ lạc Mông Cổ đều quy phục nhà Thanh, và người Khalkha đang có chiến tranh với người Oirat, đe dọa đến sự an toàn của phái đoàn, vì vậy họ được lệnh quay trở lại. Một lá thư được gửi cho Golovin, lúc đó đang ở Udinsk, thông báo lý do không xuất hiện.
Golovin đến Selenginsk từ Udinsk vào một lúc thời điểm nào đó giữa mùa hè hoặc mùa thu năm 1688. Ở Udinsk và Selenginsk, phái đoàn Golovin bị người Khalka tấn công. Khi người Khalka chuyển hướng tấn công Cát Nhĩ Đan, Golovin đã thành công trong việc phá vòng vây. Vào tháng 3 năm 1689, Golovin tấn công người Khalka ở khu vực sông Selenga, và buộc họ quy thuận người Nga. Khi ở Udinsk và Selenginsk, Golovin, vì những rắc rối trong khu vực, đã cử người đến Bắc Kinh để yêu cầu chọn một địa điểm an toàn hơn. Nhà Thanh đã chọn Nerchinsk làm nơi địa điểm. Khang Hy lúc này đã gọi phái đoàn nhà Thanh về Bắc Kinh. Khang Hy nóng lòng giải quyết các tranh chấp biên giới với Nga để toàn lực đối phó với Cát Nhĩ Đan. Vì vậy, trước khi phái đoàn khởi hành, ông đã chỉ thị cho họ phải nhượng bộ nếu cần.
Vào tháng 6 năm 1689, phái đoàn rời Bắc Kinh đến Nerchinsk. Quân lính tùy tùng cho phái đoàn này đã tăng thêm 1500. Vào tháng 7, họ đến sông Shilka đối diện với thành Nerchinsk. Tổng lực lượng của bên Trung Quốc là khoảng 10.000 người với 76 chiến thuyền, từ 3000-4000 con lạc đà và ít nhất 15.000 con ngựa. Người đứng đầu Nerchinsk cảm thấy bất an trước sự hiện diện của một lực lượng quá lớn.