Indonesia chiếm đóng Đông Timor
Bối cảnh > Đảo chính, nội chiến và tuyên bố độc lập

Căng thẳng lên đến đỉnh điểm vào giữa năm 1975 khi tin đồn bắt đầu lan truyền về khả năng chiếm đoạt quyền lực từ cả hai đảng độc lập. Vào tháng 8 năm 1975, UDT tổ chức một cuộc đảo chính tại thủ đô Dili, và một cuộc nội chiến quy mô nhỏ đã nổ ra. Ramos-Horta mô tả cuộc giao tranh là "đẫm máu", và nêu chi tiết bạo lực do cả UDT và Fretilin thực hiện. Ông trích dẫn Ủy ban Chữ thập đỏ Quốc tế, đã thống kê được 2,000–3,000 người chết sau chiến tranh. Cuộc giao tranh buộc chính phủ Bồ Đào Nha rút lên đảo Atauro gần đó. Fretilin đã đánh bại lực lượng của UDT sau hai tuần, trước sự ngạc nhiên của Bồ Đào Nha và Indonesia. Các nhà lãnh đạo UDT đã bỏ chạy đến Tây Timor do Indonesia kiểm soát. Tại đó, họ đã ký một bản kiến ​​nghị vào ngày 7 tháng 9 kêu gọi sự sát nhập của Đông Timor với Indonesia; hầu hết các báo cáo chỉ ra rằng sự ủng hộ của UDT đối với quan điểm này là do Indonesia ép buộc.
Khi họ đã giành được quyền kiểm soát Đông Timor, Fretilin phải đối mặt với các cuộc tấn công từ phía tây, bởi các lực lượng quân sự Indonesia - khi đó được gọi là Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI) - và bởi một nhóm nhỏ quân UDT. Indonesia chiếm thành phố biên giới Batugadé vào ngày 8 tháng 10 năm 1975; Balibó và Maliana gần đó đã bị chiếm tám ngày sau đó. Trong cuộc đột kích Balibó, các thành viên của một nhóm tin tức truyền hình Úc - sau này được gọi là "Balibo Five" - ​​đã bị lính Indonesia giết chết. Các quan chức quân đội Indonesia nói rằng những cái chết là do vô tình, và các nhân chứng Đông Timor nói rằng các nhà báo đã bị giết một cách có chủ ý. Những cái chết, cùng các chiến dịch và cuộc điều tra sau đó, đã thu hút sự chú ý của quốc tế và tăng cường ủng hộ cho nền độc lập của Đông Timor.
Vào đầu tháng 11, bộ trưởng ngoại giao Indonesia và Bồ Đào Nha đã gặp nhau tại Rome để thảo luận về cách giải quyết xung đột. Mặc dù không có nhà lãnh đạo Timore nào được mời tham dự cuộc đàm phán, Fretilin đã gửi một thông điệp bày tỏ mong muốn được làm việc với Bồ Đào Nha. Cuộc họp kết thúc với việc cả hai bên đồng ý rằng Bồ Đào Nha sẽ gặp các nhà lãnh đạo chính trị ở Đông Timor, nhưng cuộc hội đàm đã không bao giờ diễn ra. Vào giữa tháng 11, các lực lượng Indonesia bắt đầu pháo kích vào thành phố Atabae từ biển và chiếm được thành phố này vào cuối tháng.
Thất vọng trước sự bất động của Bồ Đào Nha, các nhà lãnh đạo Fretilin tin rằng họ có thể ngăn chặn những bước tiến của Indonesia hiệu quả hơn nếu họ tuyên bố một Đông Timor độc lập. Ủy viên Chính trị Quốc gia Mari Alkatiri đã tiến hành một chuyến công du ngoại giao đến Châu Phi, thu hút sự ủng hộ từ các chính phủ ở đó và các nơi khác.
Theo Fretilin, nỗ lực này đã mang lại sự đảm bảo từ 25 quốc gia - bao gồm Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, Liên Xô, Mozambique, Thụy Điển và Cuba - công nhận Đông Timor là quốc gia mới. Cuba hiện có quan hệ thân thiết với Đông Timor ngày nay. Ngày 28 tháng 11 năm 1975, Fretilin đơn phương tuyên bố độc lập cho Cộng hòa Dân chủ Đông Timor. Vào ngày hôm sau, Indonesia thông báo các khu vực lãnh đạo bởi UDT và APODETI  và xung quanh Balibó tuyên bố độc lập khỏi Đông Timor và chính thức là một phần của Indonesia. Tuyên bố Balibo này, thực tế, do tình báo Indonesia soạn thảo và ký trên Bali. Sau đó, điều này được mô tả là 'Tuyên bố Balibohong', một cách chơi chữ của từ tiếng Indonesia có nghĩa là 'nói dối'. Bồ Đào Nha bác bỏ cả hai tuyên bố và chính phủ Indonesia chấp thuận hành động quân sự để bắt đầu sáp nhập Đông Timor.