The Structure and Distribution of Coral Reefs
Công bố

Khi tàu Beagle trở về vào ngày 2 tháng 10 năm 1836 thì Darwin đã trở thành một ngôi sao trong giới khoa học, bởi trước đó - vào tháng 12 năm 1835 - giáo sư John Stevens Henslow của Đại học Cambridge đã phổ biến tên tuổi người học trò cũ của mình qua việc phát một số sách mỏng tập hợp các lá thư của Darwin bàn về địa chất cho một số nhà tự nhiên học xem. Charles Lyell cũng cảm thấy háo hức vì công trình của Darwin ủng hộ cho thuyết hiện tại của mình và đã gặp Darwin lần đầu vào ngày 29 tháng 10 năm 1836. Vào tháng 5 năm 1837, Lyell viết một lá thư gửi John Herschel, trong đó nói rằng ông "rất tự tin về lý thuyết đảo san hô mới của Darwin", và rằng ông đã "hối thúc Whewell cho Darwin đọc nghiên cứu ấy vào cuộc họp lần tới" của họ. Lyell còn bộc bạch: "Tôi phải vĩnh viễn từ bỏ giả thuyết về miệng núi lửa thôi, dù cho lúc đầu điều đó có làm tôi cảm thấy day dứt đấy, (...) Đảo san hô là nỗ lực cuối cùng của các đại lục đang chìm nhằm nâng phần đầu của chúng khỏi mặt nước. Có thể truy tìm dấu vết của các vùng nâng lên và lún xuống ở đại dương thông qua trạng thái của các rạn san hô." Ngày 31 tháng 5 năm 1837, Darwin trình bày các phát hiện và lý thuyết của mình trong một bài nghiên cứu được ông xướng lên tại Hội Địa chất Luân Đôn (Geological Society of London). Báo cáo khoa học chính thức đầu tiên của Darwin ra mắt dưới nhan đề Journal and Remarks (ngày nay được biết đến với nhan đề The Voyage of the Beagle) với nội dung đề cập đến khía cạnh lịch sử tự nhiên của chuyến du hành với tàu Beagle. Trong bài viết này, ông mở rộng các ghi chép nhật ký trong chuyến du hành thành một phần trong lý thuyết của mình, nhấn mạnh bằng cách nào mà sự hiện diện hay vắng mặt của rạn san hô và rạn san hô vòng có thể cho ta thấy liệu đáy đại dương đang nâng lên hay lún xuống. Ngay trong thời gian ấy, Darwin vẫn dành sức nghiên cứu riêng về vấn đề tiến hoá biến đổi của loài cũng như các đề tài khác. Ông hoàn tất bài báo khoa học trong khoảng cuối tháng 9.
Công việc của Darwin khi này bao gồm tìm kiếm các chuyên gia để xem xét và viết báo cáo về những điều Darwin thu thập được từ chuyến đi. Darwin đề xuất được chỉnh sửa các bài báo cáo này, tự viết lời dẫn nhập và chú thích, đồng thời thông qua các mối quan hệ để vận động chính phủ tài trợ cho hoạt động xuất bản các khám phá của ông thành một cuốn sách lớn. Sau khi được Bộ Tài chính Anh cấp 1.000 bảng vào tháng 8 năm 1837, Darwin mở rộng phạm vi xuất bản qua việc gộp thêm cuốn sách về địa chất học mà ông đã phôi thai ý tưởng vào tháng 4 năm 1832. Ông chọn Smith, Elder & Co. làm đơn vị xuất bản và ký với họ những cam kết có vẻ phi thực tế về thời gian giao bản thảo và hình minh hoạ cho bên in ấn. Ông đảm bảo với Bộ Tài chính rằng công trình của ông sẽ mang lại giá trị tốt do nhà xuất bản chỉ đòi một khoản lợi nhuận nhỏ trong khi bản thân ông không lấy một xu tiền lời nào. Từ tháng 10, ông lập kế hoạch thảo ra bộ sách nhiều tập Zoology of the Voyage of H.M.S. Beagle và bắt tay viết về địa chất các đảo núi lửa. 
Tháng 1 năm 1838, Smith, Elder & Co. quảng bá phần đầu tiên trong cuốn sách địa chất có nhan đề Geological observations on volcanic islands and coral formations của Darwin. Vào cuối tháng đó, Darwin cho rằng cuốn sách địa chất của ông sẽ "tốn rất nhiều giấy và sẽ ngốn rất nhiều thời gian" nó nên sẽ có thể được phân ra thành nhiều tập khác nhau (cuối cùng thì Coral Reefs xuất bản đầu tiên, sau đó đến Volcanic Islands năm 1844 và South America năm 1846). Ông nghi ngại khoản tiền được cấp sẽ không đủ chi cho tất cả các sách địa chất cần xuất bản. Tháng 2 năm 1838, phần đầu tiên của bộ sách về động vật học cũng xuất bản nhưng Darwin rất khó thuyết phục các chuyên gia viết bài báo cáo về các công trình của ông. Làm việc quá sức khiến Darwin ngã bệnh.
Tháng 11 năm 1838, Darwin cầu hôn người em họ Emma và làm đám cưới vào tháng 1 năm 1839. Ông tiếp tục ý tưởng về tiến hoá và xem đây là "sở thích chủ đạo" của mình, dù rằng công việc liên tiếp bị trì hoãn do bệnh tật. Lâu lâu Darwin lại khởi động lại công việc soạn sách Coral Reefs. Trong thư gửi Emma ngày 9 tháng 5 năm 1842, Darwin bày tỏ nỗi lo lắng khi khoản tiền được chính phủ cấp bị vơi đi nhanh hơn nhiều so với dự kiến. Ông thổ lộ đã dành nhiều thời gian – 20 tháng – cho việc biên soạn cuốn sách bàn về san hô của mình.