Nhà Nguyễn
Thời kỳ độc lập > Thành lập

Bài chi tiết: Chiến tranh Tây Sơn-Chúa Nguyễn
Xem thêm: Chúa Nguyễn
Năm 1778, Nguyễn Ánh quay lại và tập hợp lực lượng chiếm được Gia Định và đến năm 1780, ông xưng vương. Trong mùa hè năm 1781, quân đội của Nguyễn Ánh lên đến khoảng 3 vạn người với 80 chiến thuyền đi biển, 3 thuyền lớn và 2 tàu Bồ Đào Nha do giám mục Bá Đa Lộc giúp Nguyễn Ánh mời được. Ông tổ chức tấn công Tây Sơn đánh tới tận đất Phú Yên nhưng sau cùng phải rút chạy vì gặp bộ binh rất mạnh của Tây Sơn. Tức giận vì tốn kém nhưng không thu được kết quả, quan lại Gia Định để cho một người phụ việc của Bá Đa Lộc là cai cơ Manuel (Mạn Hòe) lập mưu giết chết các tay lính đánh thuê Bồ Đào Nha và cướp tàu của họ.
Tháng 3 năm 1782, Nguyễn Huệ cùng vua Thái Đức mang quân thủy bộ Nam tiến. Tây Sơn đụng trận dữ dội ở sông Ngã Bảy, cửa Cần Giờ với quân đội nhà Nguyễn do chính Nguyễn Ánh chỉ huy. Dù lực lượng thuyền của Quân đội Tây Sơn yếu hơn, nhưng họ đã phá tan quân Nguyễn, buộc Manuel tự sát, tuy vậy cũng thiệt hại khá nhiều binh lực. Nguyễn Ánh bỏ chạy về Ba Giồng, rồi có khi trốn sang tận rừng Romdoul, Chân Lạp. Vua Thái Đức khi tấn công Nam Bộ tại Cù lao Phố đã gặp phải sự chống đối mạnh của người Hoa ủng hộ Nguyễn Ánh tại đây khiến cho một thân tướng là Đô đốc Phạm Ngạn tử trận, binh lính thương vong nhiều, nên ông rất đau đớn rồi nổi giận ra lệnh tàn sát người Hoa ở Gia Định để trả thù. Việc này đã cản chân quân đội nhà Tây Sơn trong việc truy bắt Nguyễn Ánh, khiến cho Nguyễn Ánh có cơ hội quay trở về Giồng Lữ, một đô đốc Tây Sơn là Nguyễn Học đem quân đuổi theo Ánh bị quân đội nhà Nguyễn bắt giết khiến cho Nguyễn Ánh có được 80 thuyền của quân đội nhà Tây Sơn. Nguyễn Ánh thấy vậy định kéo về chiếm lại Gia Định nhưng đụng Nguyễn Huệ dàn binh quay lưng ra sông đánh bại khiến Nguyễn Ánh phải chạy về Hậu Giang, Rạch Giá, Hà Tiên rồi theo thuyền nhỏ trốn ra Phú Quốc.
Sau khi chiến thắng quân Bát kỳ của nhà Thanh, vua Quang Trung đang chuẩn bị phối hợp với Nguyễn Nhạc đem quân vào Nam đánh Gia Định thì đột ngột qua đời (1792), con là Nguyễn Quang Toản còn nhỏ tuổi lên nối ngôi, hiệu là Cảnh Thịnh. Loạn lạc liền nổ ra ở Bắc Hà, sĩ phu trung thành với nhà Lê nổi lên tôn Lê Duy Cận làm minh chủ. Duy Cận liên lạc với Nguyễn Ánh để cùng đánh Tây Sơn, việc này góp phần làm cho nhà Tây Sơn nhanh chóng suy yếu. Nội bộ Nhà Tây Sơn xảy ra tranh chấp, quyền hành rơi vào tay ngoại thích Bùi Đắc Tuyên. Từ đó, Nguyễn Ánh ra sức mở các đợt tấn công ra Quy Nhơn theo nguyên tắc đã định trước đó: "Gặp nồm thuận thì tiến, vãn thì về, khi phát thì quân lính đủ mặt, về thì tản ra đồng ruộng". Ngoài ra, Nguyễn Ánh còn định cho sứ đi ngoại giao với nhà Thanh, lợi dụng mâu thuẫn và thù hằn của quốc gia này với Tây Sơn, và cả sự có mặt của Lê Chiêu Thống bên đó để khiến nhà Thanh giúp mình, nhưng việc không thành do khi sứ của Nguyễn Ánh là Ngô Nhơn Tĩnh và Phạm Thận sang đến nơi thì Lê Chiêu Thống đã mất.
Năm 1793, Nguyễn Ánh cùng các tướng Võ Di Nguy, Nguyễn Văn Trương, Võ Tánh, Nguyễn Huỳnh Đức, Lê Văn Duyệt, Nguyễn Phước Hội, Philippe Vannier, Nguyễn Văn Hòa, Chưởng cơ Cố đem quân đánh Nha Trang, Diên Khánh, Phú Yên rồi tranh thủ đánh tới tận thành Quy Nhơn của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc cầu cứu quân ở Phú Xuân. Vua Cảnh Thịnh sai Ngô Văn Sở, Phạm Công Hưng, đô đốc Hố và Chưởng cơ Thiêm đem 17.000 quân, 80 thớt voi,và 30 chiếc thuyền chia nhiều đường tiến vào cứu, quân Nguyễn Ánh rút lui, trên đường về ông sai quân đắp thành Diên Khánh để lợi dụng địa thế nơi này làm bàn đạp chống Tây Sơn. Cùng thời gian, quân Phú Xuân của Tây Sơn nhân dịp đánh chiếm luôn thành Bình Định và kho tàng của Nguyễn Nhạc. Lúc đó Nguyễn Nhạc đang bệnh trên giường, nghe tin gia sản mà ông để lại cho con mình là Quang Bảo bị chiếm mất, uất quá thổ huyết mà qua đời. Quang Toản cho an trí Quang Bảo ra huyện Phù Ly và cai quản toàn bộ đất đai của Nguyễn Nhạc.
Từ năm 1794 đến năm 1795, Tây Sơn phản công, họ cho quân nhiều lần vào đánh Phú Yên, vây thành Diên Khánh, quân Nguyễn cũng ra sức chống cự, nhiều lần kìm hãm, thậm chí là đánh lại được quân Tây Sơn. Tuy nhiên nội bộ Tây Sơn lại mâu thuẫn, các tướng tranh quyền. Vũ Văn Dũng giết Bùi Đắc Tuyên và Ngô Văn Sở, Quang Toản nhỏ tuổi không làm gì được. Trần Quang Diệu đang đi đánh Nguyễn Ánh, nghe tin đành rút quân về, suýt giao tranh với Vũ Văn Dũng may nhờ có Quang Toản sai quan ra khuyên giải Trần Quang Diệu mới đồng ý hòa. Nhưng sau đó Quang Toản lại nghe lời gièm pha tước mất binh quyền của Trần Quang Diệu, Tây Sơn từ đó cứ lục đục mãi, các quan nghi kị giết hại lẫn nhau tạo điều kiện thuận lợi cho Nguyễn Ánh. Năm 1797, Nguyễn Ánh cho quân ra đánh Phú Yên, riêng ông thì cùng Nguyễn Phúc Cảnh chỉ huy thủy quân ra tận Quy Nhơn giao chiến với tướng Tây Sơn là Lê Trung tại Thị Nại thu được nhiều khí giới, nhưng khi tới Quy Nhơn thấy thế lực Tây Sơn thủ mạnh quá đành vòng lên đánh Quảng Nam nhưng được mấy tháng lại rút về vì thuyền chở quân lương từ Gia Định bị ngược gió không lên kịp.
Nguyễn Ánh chiêu dụ Nguyễn Quang Bảo nhưng việc chưa thành vì Quang Toản ra tay trước, bắt và giết được Quang Bảo. Nhưng Tây Sơn lại rơi vào lục đục, Quang Toản nghi ngờ giết hại nhiều triều thần, võ tướng, khiến cho sức chiến đấu suy giảm, thêm nhiều người sang hàng Nguyễn Ánh. Năm 1799, Nguyễn Ánh cho sứ yêu cầu vua Xiêm La cho một đạo quân Chân Lạp và Vạn Tượng đi đến sát biên giới Nghệ An để nghi binh và vua Xiêm đồng ý làm theo. Cũng trong năm 1799, Nguyễn Ánh tự cầm quân đi đánh thành Quy Nhơn, tướng giữ thành của Tây Sơn là Vũ Tuấn đầu hàng dù trước đó Quang Toản đã sai Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng đem quân vào cứu. Sau đó, Nguyễn Ánh đổi tên Quy Nhơn thành Bình Định, rồi cho quân tới trấn giữ thành. Tây Sơn ngay lập tức tìm cách chiếm lại; tháng 1 năm 1800, hai danh tướng Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng kéo đến vây thành Quy Nhơn. Nguyễn Ánh cho quân ra cứu nhưng bị bộ binh Tây Sơn chặn lại, ông chia quân đi đánh các nơi và thắng nhiều trận, trong đó có một trận lớn ở Thị Nại. Thấy thế Tây Sơn vây Quy Nhơn còn mạnh, Nguyễn Ánh cho người lẻn mang thư đến bảo tướng quân Nguyễn giữ thành là Võ Tánh mở đường máu mà trốn ra nhưng Võ Tánh quyết tử thủ để tạo điều kiện cho Nguyễn Ánh đánh Phú Xuân, việc này khiến thời gian hai danh tướng Tây Sơn bị cầm chân lên hơn một năm. Năm 1801, Nguyễn Ánh nhận thấy tinh binh Tây Sơn đều tập trung cả ở chiến trường Quy Nhơn nên mang quân chủ lực vượt biển ra đánh Phú Xuân. Tháng 5 năm 1801, Nguyễn Ánh kéo quân giao chiến dữ dội với Tây Sơn ở cửa Tư Dung; rồi đụng Quang Toản ở cửa Eo, Quang Toản thua trận bỏ chạy ra Bắc và đến ngày 3 tháng 5, Nguyễn Ánh giành được Phú Xuân.
Cùng thời gian nghe tin Phú Xuân bị tấn công, Trần Quang Diệu đang vây Quy Nhơn sai binh về cứu nhưng bị quân Nguyễn chặn đánh nên quân không về được, ông chỉ còn cách cố gắng đốc binh chiếm thành. Đầu năm 1802, Tây Sơn mới chiếm lại thành Quy Nhơn, Võ Tánh tự vẫn để xin tha mạng cho binh sĩ. Trần Quang Diệu tha cho binh lính Nguyễn, an táng Võ Tánh và thuộc tướng rồi bỏ thành Quy Nhơn; cùng Vũ Văn Dũng mang quân cứu viện ra Nghệ An, bị quân Nguyễn chặn đường, phải vòng qua đường Vạn Tượng. Lúc tới Nghệ An thì thấy thành đã mất, quân sĩ bỏ chạy gần hết, vợ chồng Trần Quang Diệu và Bùi Thị Xuân bị bắt, Vũ Văn Dũng không rõ số phận. Cũng trong thời gian này, sau khi chiến thắng quân Tây Sơn, hoàn toàn chiếm được Phú Xuân, Nguyễn Ánh lên ngôi hoàng đế ngày 1 tháng 6 (âm lịch) năm Nhâm Tuất (1802). Để tượng trưng sự thống nhất Nam–Bắc lần đầu tiên sau nhiều năm, Nguyễn Ánh chọn niên hiệu là Gia Long, chữ Gia lấy từ Gia Định và Long lấy từ Thăng Long. Sau đó ông cho người đem toàn bộ ấn sách nhà Thanh trao cho Tây Sơn trả lại và xin phong, rồi sai Lê Văn Duyệt kéo quân tiếp ra Bắc Hà diệt hoàn toàn nhà Tây Sơn.