Gia Long
Về nước và củng cố thế lực > Chiếm lại Gia Định

Trong lúc Nguyễn Huệ bận đối phó với quân Thanh tại Bắc Hà (1788-1789), vùng Gia Định dưới quyền Tây Sơn cũng không ổn định, quân Tây Sơn bị cô lập trước dân chúng địa phương vốn có nhiều cảm tình với Chúa Nguyễn nói chung và Nguyễn Ánh nói riêng. Tướng Tây Sơn giữ Long Xuyên là Chưởng cơ Nguyễn Văn Trương hàng quân Nguyễn. Nguyễn Ánh đồng thời lại thu nhận được nhiều binh lính ở địa phương; sau đó ông bèn bắt đầu tổ chức tấn công Tây Sơn.
Theo Tạ Chí Đại Trường thì Đông Định vương Nguyễn Lữ nghe tin Nguyễn Ánh trở về vội vã tránh đi nơi khác để Gia Định cho Phạm Văn Tham giữ. Sau đó khi thấy thế quân Nguyễn Ánh ngày càng mạnh, Nguyễn Lữ sợ hãi mang quân bản bộ rút chạy về Quy Nhơn. Theo Thực lục thì Nguyễn Lữ rút binh về Lạng Phụ (Biên Hòa) đắp lũy, Phạm Văn Tham ở lại giữ thành Sài Gòn, quân Nguyễn Ánh hạ thành không được. Nguyễn Ánh phải dùng kế ly gián Nguyễn Lữ và Phạm Văn Tham, Nguyễn Lữ mắc mưu rút về Quy Nhơn. Nguyễn Ánh đóng quân ở Hổ Châu (cù lao Hổ).
Mặc dù sau đó Phạm Văn Tham đã nỗ lực chống trả nhưng vì không nhận được viện binh, lại trúng mưu Nguyễn Ánh ly gián với Nguyễn Lữ và cuối cùng là cái chết vì bệnh của Nguyễn Lữ đã làm thế Tây Sơn ở Gia Định ngày càng yếu đi. Phạm Văn Tham vẫn cố đơn độc chiến đấu, nhiều lần đánh lui quân Nguyễn, có lần đã buộc Nguyễn Ánh và thuộc hạ phải chạy tới tận Cù lao Hổ (Hổ Châu). Tuy nhiên, ở sông Ba Việt, tướng Tây Sơn là Nguyễn Kế Nhuận mang 10 chiến thuyền đến hàng Nguyễn Ánh. Lê Văn Quân lại đánh thắng Tây Sơn ở sông Ba Lai rồi quân Nguyễn Ánh tiến chiếm Mỹ Tho. Nguyễn Ánh tìm cách củng cố thế đứng ngay khi chiếm được Mỹ Tho: ông cho thành lập các dinh trấn, cho các tướng quản lý, và tổ chức lại quân đội. Phạm Văn Tham tấn công Mỹ Tho, quân Nguyễn Ánh thua, chỉ còn hơn trăm người và vài chục chiến thuyền chạy về Hổ Châu. Nguyễn Ánh sai Nguyễn Văn Tồn chiêu dụ thêm người Khmer ở xứ Trà Ôn và Mân Thít để làm lính, gọi là đồn Xiêm binh (sau đổi thành đồn Uy Viễn).
Tháng 10 âm lịch năm 1787, Hồ Văn Lăn đánh Tây Sơn ở sông Lương Phú, Nguyễn Ánh kéo đến đóng quân ở sông Mỹ Lung. Phạm Văn Tham đến đánh Nguyễn Ánh không được, lui về đóng ở Ba Lai. Thái úy Tây Sơn là Nguyễn Văn Hưng từ Quy Nhơn mang hơn 30 chiến thuyền tới tiếp ứng cho Phạm Văn Tham. Phạm Văn Tham lại lui về đóng ở Mỹ Tho rồi về Sài Gòn.
Quân tướng theo Nguyễn Ánh ngày càng đông, Phạm Văn Tham vẫn cố chống cự để chờ viện binh, nhưng lúc đó Thái Đức Hoàng đế chỉ lo phòng bị người em Bắc Bình vương Nguyễn Huệ ở phía Bắc mà không đoái hoài đến việc cứu phía Nam.
Nguyễn Ánh đóng quân tại Nước Xoáy (Hồi Oa). Theo Huỳnh Minh, thời gian này ông cũng nhận được sự giúp đỡ mạnh mẽ hơn của người Pháp thông qua Giám mục Bá Đa Lộc. Tuy nhiên, theo Trần Trọng Kim và Đại Nam thực lục thì tới tháng 12 âm lịch năm 1787, Bá Đa Lộc mới cùng Hoàng tử Cảnh từ Pháp về nước, đến tháng 6 âm lịch năm 1789 mới đến Gia Định, khi đó đã thuộc hoàn toàn về tay Nguyễn Ánh.
Quân Tây Sơn ở Gia Định ngày càng thế cùng sức kiệt và không ngừng bị quân Nguyễn Ánh bao vây chia cắt, chiêu hàng tướng sĩ. Đến tháng 4 âm lịch năm 1788, Võ Tánh đem hơn 1 vạn quân theo Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh dời đồn đóng quân tới Bát Tiên (Vĩnh Long). Tháng 7, Nguyễn Ánh tiến quân đóng ở Ba Giồng. Tháng 8, Nguyễn Ánh từ Ba Giồng tiến đánh Gia Định, đến Nghị Giang thì bị Phạm Văn Tham dàn quân ở chợ Điều Khiển và chợ Khung Dung chống lại. Võ Tánh đánh vòng phía nam, thẳng vào Bến Nghé, Phạm Văn Tham rút qua cửa biển Cần Giờ bị Lê Văn Quân chặn đánh. Nguyễn Ánh lấy lại thành Gia Định và tổ chức lại công việc trong thành. Phạm Văn Tham rút ra cửa biển Hàm Luông rồi về Ba Xắc cố thủ. Đầu năm 1789, Phạm Văn Tham từ Ba Xắc định vượt biển về Quy Nhơn, Nguyễn Ánh cho Lê Văn Quân vây đánh ở Hổ Châu, Phạm Văn Tham phải trở lại Ba Xắc rồi sau đó đầu hàng Nguyễn Ánh. Tây Sơn lại mất Nam Hà, Nguyễn Ánh dẹp yên đất Gia Định. Đến tháng 9 năm 1789, Phạm Văn Tham bị giết.