Final Fantasy IX
Tổng quan > Câu chuyện

Câu chuyện bắt đầu ở Alexandria, Zidane và Tantalus lên kế hoạch bắt cóc Công chúa Garnet theo lệnh của Nhiếp chính Cid. Garnet không hề có ý định kháng cự, vì cô đã định bỏ trốn và cảnh báo Cid về hành vi bất thường của Nữ hoàng Brahne. Vivi và Steiner gia nhập đội 1 cách bất đắc dĩ trong cuộc trốn thoát. Trên đường đến Lindblum, cả nhóm phát hiện ra rằng Brahne đang trưng dụng một ngôi làng để chế tạo những hắc ma đạo sĩ vô hồn trông giống với Vivi. Tại Lindblum, Cid đã thừa nhận rằng ông ta đã thuê nhóm để bảo vệ Garnet khỏi âm mưu đen tối của Brahne. Được biết rằng quân đội Alexandria đã xâm chiếm Burmecia cùng với các hắc ma đạo sĩ, Zidane và Vivi hợp tác với Freya để điều tra, trong khi Garnet và Steiner bí mật trở về Alexandria để đàm phán với Brahne.
Đội của Zidane nhận thấy rằng lực lượng của Alexandria, đứng đầu là Beatrix, đã chinh phục Burmecia với sự tiếp tay của Kuja, và những người tị nạn đã chạy trốn đến Cleyra. Brahne giam cầm Garnet và trích xuất eidolon của cô; cô đã vô tình triệu hồi Odin để hủy diệt Cleyra trong khi nhóm của Zidane ra sức bảo vệ thành phố. Cả nhóm kịp nhảy lên trên khinh khí cầu của Brahne, gặp lại Steiner và giải cứu Garnet. Cũng tại thời điểm đó, Brahne đã hủy diệt 1 phần của Lindblum bằng Atomos. Cid giải thích rằng Kuja đang bí mật cung cấp cho Brahne các ma đạo sĩ và vật chất đen để sử dụng eidolon. Cả nhóm kết bạn với Quina và theo dấu Kuja đến Lục địa Ngoài, một vùng đất hầu như không có sương mù và do đó không thể tiếp cận được bằng khí cầu.  Brahne thuê một cặp thợ săn tiền thưởng, Lani và Amarant, đuổi theo nhóm và đưa Garnet trở lại Alexandria. Ở trong hang động dẫn đến lục địa Ngoài, cả nhóm đánh bại Lani và gặp Eiko, một triệu hồi sư sống cùng với một nhóm Moogles ở làng triệu hồi Madain Sari. Eiko dẫn Zidane và những người khác đến cây Iifa. Bên trong cây, họ biết rằng Kuja đã sử dụng năng lượng sương mù để tạo ra các hắc ma đạo sĩ và Vivi là nguyên mẫu. Cả nhóm đánh bại nguồn sương mù bên trong cây và thứ tạp chất này đã bị xóa khỏi Lục địa Sương mù. Trong khi chờ đợi sự trả thù của Kuja tại Madain Sari, Lani đã cố gắng bắt cóc Eiko nhưng bị Amarant phá hỏng. Amarant sau đó thách đấu với Zidane và thua, anh miễn cưỡng gia nhập đội. Về phần Garnet, cô cũng dần khám phá được lịch sử của tổ tiên cô. Kuja cuối cùng cũng đến cây thần nhưng Brahne cũng xuất hiện và cố gắng giết Kuja bằng một eidolon để bà ta có thể cai trị mà không bị ai ngăn cản; anh ta kiểm soát được nó(tức eidolon), tiêu diệt bà và toàn bộ hạm đội.
Sau lễ đăng quang của Garnet, Kuja tấn công lâu đài Alexandria. Garnet và Eiko cùng hợp tác triệu hồi một eidolon cực kỳ mạnh trong phòng thủ; Kuja đã cố gắng đánh cắp eidolon này với ý định sử dụng nó như một công cụ để giết chủ nhân của mình - Garland, nhưng ông đã nhanh tay hơn và phá hủy nó.  Với quyết tâm diệt trừ cái ác, cả nhóm đã đuổi theo Kuja bằng một chiếc khinh khí cầu chạy bằng hơi nước của Cid chứ không phải bằng sương mù đã được dọn sạch. Sao một cuộc hành trình dài đầy gian nan, thử thách, nguy hiểm rình rập, cuối cùng họ cũng tìm được cánh cổng dẫn tới Terra, nơi khởi đầu của mọi âm mưu đen tối. Người dân Terra đã tạo ra Garland với mong muốn hợp nhất thế giới đang suy tàn của họ với Gaia nhằm mang lại sự sống cho hành tinh họ. Về phần mình, Garland đã tạo ra những sinh vật vô hồn, được gọi là sinh mệnh nhân tạo sống với mục đích trở thành bình chứa linh hồn của người Terra. Trong nhiều thiên niên kỷ, Garland đã sử dụng cây Iifa để trục xuất các linh hồn người Gaia đã chết và thay vào đó bằng các linh hồn người Terra ngủ đông(chuyển đổi cấp hành tinh ở mức độ linh hồn), đồng thời biến linh hồn người Gaia cũ thành sương mù trong quá trình này; điều này sẽ cho phép người Terra được tái sinh sau khi hợp nhất hành tinh.  Kuja và Zidane là những sinh mệnh nhân tạo được tạo ra để đẩy nhanh quá trình này bằng cách mang lại chiến tranh và sự hỗn loạn cho Gaia. Kuja đã phản bội Garland để tránh bị chiếm giữ bởi một linh hồn Terra. Kuja sau đó giết chết Garland, trước khi chết ông tiết lộ rằng Kuja được thiết kế có tuổi thọ ngắn ngủi dù có cố gắng cải thiện thế nào đi chăng nữa, còn Zidane được thiết kế để trở thành người thay thế anh ta. Tức giận, Kuja hủy diệt toàn bộ Terra rồi chuyển đến cây Iifa.
Tại cây Iifa, cả nhóm tiến vào Memoria và chạm được đến cội nguồn của vũ trụ: Thế giới pha lê. Họ đánh bại Kuja, ngăn anh ta phá hủy tinh thể ban đầu của sự sống và cả vũ trụ. Sau khi đánh bại thần hư vô Necron cây thần bị phá hủy, cả nhóm buộc phải rời đi trong khi Zidane vẫn nán lại để giải cứu Kuja(đó là nguyện vọng của cậu và không ai ngăn cản được dù thuyết phục đủ điều). Một năm sau, số phận của các nhân vật được tiết lộ: Tantalus đến Alexandria để trình diễn một vở kịch; Vivi đã ngừng hoạt động (vì các hắc ma đạo sĩ không được thiết kế để sống quá lâu), nhưng điều kì lạ là những bản sao của cậu vẫn xuất hiện và tự nhận họ là "con trai Vivi"; Freya và Fratley đến với nhau một lần nữa và cùng bắt tay vào công cuộc tái thiết Burmecia; Eiko được nhiếp chính Cid nhận làm con nuôi; Quina trở thành bếp trưởng của lâu đài; Amarant và Lani thì cùng đi du lịch tới Alexandria; Garnet vẫn tiếp tục là nữ hoàng của Alexandria, với Steiner và Beatrix là những người bảo hộ chân chính của vương quốc. Tất cả nhân vật chơi được trong trò chơi (trừ Zidane, Vivi) đã cùng nhau xem vở kịch cuối cùng mà Tantalus trình diễn, khi vở kịch đến cao trào, nam diễn viên chính bất ngờ cởi tấm áo choàng che kín mặt và tiết lộ mình là Zidane. Cậu và Garnet đã có một cuộc hội ngộ đầy cảm động trong sự chia vui của bạn bè và toàn thể người dân vương quốc.