Nguyễn Phúc Thuần
Kháng chiến ở miền Nam > Bại trận, thân vong

Bấy giờ Vương tử Nguyễn Ánh theo phò chúa, tình cảm rất hòa đồng, thân thiết. Có một lần khi quân giặc đuổi tới rất gấp, Định vương đưa ngựa giục Ánh trốn trước, Ánh không chịu, chúa khóc rằng
Ánh bất đắc dĩ phải tuân theo. Nhưng khi đi một hồi, Ánh dừng ngựa lại mà chờ Vương. Quân Tây Sơn đi nơi khác, xe giá của chúa đi tới, Ánh đón rước bên đường. Vương cảm động nói rằng
Tháng 5 năm 1777, quân Tây Sơn chia làm 2 đường đánh cả Tranh Giang, Tài Phụ. Thái Thượng vương chạy ra Long Hưng, may vì gặp trời mưa to nên quân Tây Sơn rượt theo không kịp. Sau đó chúa sang Cần Thơ hợp quân với Mạc Thiên Tứ. Chúa thấy binh lực của Thiên Tứ ít và yếu, bèn sai Đỗ Thanh Nhơn cùng Cai đội Nguyễn Quân lẻn đi Bình Thuận và Phú Yên gọi Châu Văn Tiếp, Trần Văn Thức đem quân vào cứu. Nhưng quân cứu viện chưa tới nơi thì đã bị chặn đánh, Trần Văn Thức chết trận, còn Châu Văn Tiếp phải bỏ chạy. Quân Tây Sơn thu phục hết đất miền Nam Trung Bộ, Chưởng cơ Tống Phước Hòa tự sát. Ngày 19 tháng 9 năm đó, Tân Chính vương cùng 18 thủ hạ bị quân Tây Sơn bắt và đều tuẫn nạn.
Thái Thượng vương nghe tin Tân Chính vương đã chết, thì cả sợ, bỏ chạy ra Long Xuyên, bấy giờ quân Tây Sơn đã đánh đến Trấn Giang. Thiên Tứ rước Nguyễn Phúc Thuần theo đường sông từ Cần Thơ về Kiên Giang, để phòng khi có bất trắc có thể lánh ra các hải đảo. Thiên Tứ lại sai con lấy gỗ chắn ở những chỗ cạn của dòng sông. Chúa hay lo buồn, nói cùng Thiên Tứ rằng
Thiên Tứ khóc tạ, rồi đề nghị qua cầu viện Nhà Thanh, Nguyễn Phúc Thuần bằng lòng. Thiên Tứ sai Cai cơ tên là Kham phò chúa đi ra bờ biển chờ thuyền của Quách Ân đến, định sẽ sang Quảng Đông. Nhưng việc chưa thành thì có người đem việc đó tố giác với Tây Sơn. Nguyễn Huệ sai viên Chưởng cơ tên là Thành tới bắt thầy trò Nhà Nguyễn. Ngày 18 tháng 10 năm 1777, ông bị giải về Gia Định hành quyết, cùng với các tướng Trương Phước Thận, Tham mưu Nguyễn Danh Khoảng, và Nguyễn Phúc Đồng (anh cả của Nguyễn Ánh). Mạc Thiên Tứ hay tin, vội giong buồm chuồn ra các hải đảo.
Thủ cấp của Nguyễn Phúc Thuần bị đem táng ở đất huyện Bình Dương. Hầu hết vương thất họ Nguyễn bị giết hại, chỉ có Nguyễn Ánh trốn thoát được, sau được các tướng tôn lên ngôi Nguyễn vương, lãnh đạo quân họ Nguyễn chống chọi với Tây Sơn. Cái chết của hai vương Nhà Nguyễn cũng chấm dứt một giai đoạn suy vong trong lịch sử họ Nguyễn, trong "cái thế nghiêng ngửa của dòng họ".
Định Vương chết khi mới 23 tuổi, ở ngôi chúa 11 năm, làm Thái Thượng vương chưa đến một năm. Ông không có con trai nối dõi, mà chỉ có một Hoàng nữ là Nguyễn Phúc Ngọc Thục (1776 - 1818), con của Chính phi Nguyễn Thị Châu. Hoàng nữ này lấy Uy vũ Vệ úy Tống Văn Thịnh (con của Tống Văn Khôi), và mất năm 1818, có thuỵ hiệu là Huệ.
Năm 1778, Nguyễn Ánh tập hợp dân chúng, dựng lại cơ đồ của họ Nguyễn, đã truy tôn chúa là Thông Minh Khoan Hậu Anh Mẫn Huệ Hòa Hiếu Định vương. Năm 1802, Nguyễn vương tiêu diệt Tây Sơn, thống nhất Việt Nam; đến năm 1806, Vương lên ngôi Hoàng đế, tức là vua Gia Long, mở ra Hoàng triều Nguyễn, lại truy phong cho Định vương là Thông Minh Khoan Hậu Anh Mẫn Huệ Hòa Hiếu Định hoàng đế, miếu hiệu Duệ Tông. Năm thứ 8 Gia Long (1809), cải táng ở núi La Khê, lăng gọi là Trường Thiệu.