USS Missouri (BB-63)
Chiến tranh thế giới thứ hai > Ký kết văn bản đầu hàng của Nhật Bản

Bài chi tiết: Văn kiện đầu hàng của Nhật Bản
Việc bắn phá Hokkaidō và phía Bắc đảo Honshū được tiếp nối vào ngày 9 tháng 8 năm 1945, ngày mà quả bom nguyên tử thứ hai được ném xuống Nagasaki. Đến ngày 10 tháng 8 năm 1945, lúc 20 giờ 54 phút, thủy thủ trên chiếc Missouri đã sửng sốt trước tin tức không chính thức được loan truyền là Nhật Bản đã sẵn sàng để đầu hàng, chỉ với điều kiện là đặc quyền của Nhật Hoàng như là vị lãnh đạo tối cao không được xâm phạm. Chỉ cho đến 07 giờ 45 phút ngày 15 tháng 8, tin tức về việc Tổng thống Harry S. Truman thông báo chính thức việc Nhật Bản đã chấp nhận đầu hàng vô điều kiện.
Đô đốc Sir Bruce Fraser thuộc Hải quân Hoàng gia, tư lệnh Hạm đội Thái Bình Dương Anh Quốc, đã lên chiếc Missouri vào ngày 16 tháng 8 để trao tặng tước hiệu Hiệp sĩ cho Đô đốc Halsey. Missouri chuyển một nhóm đổ bộ gồm 200 sĩ quan và binh sĩ sang thiết giáp hạm USS Iowa làm nhiệm vụ tạm thời với lực lượng chiếm đóng ban đầu tại Tokyo vào ngày 21 tháng 8. Bản thân chiếc Missouri tiến vào vịnh Tokyo vào sáng sớm ngày 29 tháng 8 để chuẩn bị cho buổi lễ ký kết chính thức Văn kiện đầu hàng của Nhật Bản.
Các vị chỉ huy quân sự cao cấp thuộc các nước trong khối Đồng Minh được tiếp đón lên tàu trong ngày 2 tháng 9 để tham dự buổi lễ. Các vị khách bao gồm tướng Trung Quốc Hsu Yung-Ch'ang, Thủy sư đô đốc Anh Quốc Ngài Bruce Fraser, Trung tướng Liên Xô Kuzma Nikolaevich Derevyanko, tướng Australia Sir Thomas Blamey, Đại tá Canada Lawrence Moore Cosgrave, Đại tướng Pháp Philippe Leclerc de Hauteclocque, Phó Đô đốc Hà Lan Conrad Emil Lambert Helfrich và Thiếu tướng Không quân New Zealand Leonard M. Isitt.
Thủy sư đô đốc Chester W. Nimitz lên tàu một chốc sau 08 giờ 00, và Thống tướng Douglas MacArthur, Tổng Tư lệnh Tối cao của Lực lượng Đồng Minh, lên tàu lúc 08 giờ 43 phút. Đại diện của phía Nhật Bản do Ngoại trưởng Mamoru Shigemitsu dẫn đầu lên tàu lúc 08 giờ 56 phút. Đến 09 giờ 02 phút, tướng MacArthur bước đến một rừng các micrô để mở đầu buổi lễ ký kết đầu hàng kéo dài 23 phút được cả thế giới mong đợi bằng những lời sau: "Mong muốn tha thiết của tôi, mà thực ra là hy vọng của toàn thể nhân loại, là từ cánh đổ máu và tàn sát của quá khứ, một thế giới được thiết lập dựa trên lòng tin và sự hiểu biết, một thế giới dành cho phẩm giá của con người và đáp ứng nguyện vọng được ấp ủ nhất cho tự do, khoan dung và công bằng".
Trong suốt buổi lễ, sàn tàu chiếc Missouri được trang hoàng chỉ với hai lá cờ Hoa Kỳ. Một chiếc đã được treo trên kỳ hạm của Phó đề đốc Hải quân Matthew Perry vào những năm 1853 – 1854 khi hạm đội của ông tiến vào vịnh Tokyo nhằm thúc ép Nhật Bản mở cửa các cảng biển để trao đổi thương mại với thế giới. Lá cờ này thực ra đã được treo lộn ngược, với các ngôi sao bên góc phải bên trên, vì lá cờ lịch sử này đang trong tình trạng rất mong manh đến nỗi các nhà bảo tồn tại Bảo tàng Học viện Hải quân chỉ định rằng phải có một tấm bìa bảo vệ được khâu vào phía sau nó, khiến cho nó chỉ có thể trưng bày ở "mặt trái"; và đó là cách mà lá cờ 31 ngôi sao của Perry được trình bày trong dịp đặc biệt này. Lá cờ Mỹ kia đến từ chiếc thiết giáp hạm khi nó buông neo trong vịnh Tokyo; và nó chỉ là "...một lá cờ bình thường của binh lính Mỹ."
Đến 09 giờ 30 phút, phái đoàn Nhật Bản rời tàu. Trưa ngày 5 tháng 9, Đô đốc Halsey chuyển cờ hiệu của mình sang thiết giáp hạm USS South Dakota, và sáng sớm ngày hôm sau Missouri rời vịnh Tokyo. Như là một phần của chiến dịch Magic Carpet (Chiếc Thảm Thần), nó nhận lên tàu những hành khách quay trở về nhà tại Guam, rồi đi mà không cần hộ tống đến Hawaii. Nó đến Trân Châu Cảng vào ngày 20 tháng 9 và treo cờ hiệu của Đô đốc Admiral Nimitz vào buổi xế trưa ngày 28 tháng 9 trong một buổi tiếp đón.