Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn
Hồng y > Giai đoạn năm 2008

Ngày 25 tháng 1 năm 2008, Hồng y Mẫn chủ sự lễ mừng thọ 90 tuổi và kỷ niệm 60 năm linh mục, 40 năm giám mục cho Hồng y Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng. Sau cuộc lễ này, giáo dân tràn vào khu vực Tòa Khâm sứ cũ đang tranh chấp. Cũng trong năm này, một bộ phim về cuộc đời Hồng y Phạm Minh Mẫn (Life story of Cardinal: Pham Minh Man) do đạo diễn Diamond Bích Ngọc được phát hành trên trang web cá nhân của đạo diễn này. Ngày 8 tháng 4 năm 2008, Hồng y Phạm Minh Mẫn đã chủ tọa cuộc họp nhằm thống nhất cách thức chuẩn bị và phân công cho các thành phần tham dự trong việc chuẩn bị Năm Thánh 2010.
Tháng 6 năm 2008, nhân dịp Đại hội Giới trẻ Thế giới tổ chức tại Sydney (Úc), Hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn có gửi một lá thư cho ba giám mục Việt Nam dẫn đầu phái đoàn Công giáo nước này sang tham dự sự kiện này. Các giám mục được đề cập đến là Chủ tịch Uỷ ban Mục vụ Giới trẻ Giuse Vũ Văn Thiên, Chủ tịch Uỷ ban Giáo lý Đức Tin Phaolô Bùi Văn Đọc và giám mục chính tòa Giáo phận Lạng Sơn và Cao Bằng Giuse Đặng Đức Ngân. Trong lá thư của vị hồng y với mục đích chia sẻ rộng rãi, Phạm Minh Mẫn cho rằng các kỳ đại hội trước ở Pháp, Đức, Canada đều có một sự cố "làm tắc nghẽn con đường hiệp thông" của các bạn trẻ đến từ Việt Nam, đó là lá cờ vàng ba sọc đỏ đã được giương lên ở những nơi có người trẻ gốc Việt quy tụ để cử hành phụng vụ hoặc sinh hoạt chung. Hồng y đưa ra bình luận: Một lá cờ biểu tượng cho điều gì? Có lúc lá cờ được coi là biểu tượng cho một đất nước, lúc khác được coi là biểu trưng một chủ nghĩa: chủ nghĩa tư bản, chủ nghĩa cộng sản, chủ nghĩa quốc gia... Có lúc chỉ biểu trưng một thói đời mang tính đối kháng. Lá thư này chịu sự phản đối mạnh mẽ của cộng đồng người Việt hải ngoại. Hồng y Mẫn cho rằng tinh thần hiệp thông chưa bao giờ xây dựng trên nền tảng của chủ nghĩa trần thế. Nội dung thư của Hồng y Mẫn cũng ẩn chứa thông điệp hòa giải: Người mẹ Việt Nam, lúc mặc áo vàng, lúc mặc áo đỏ... vẫn là người mẹ đã dày công sinh thành dưỡng dục con dân Việt Nam. Tiến sĩ Phạm Huy Thông cho rằng ý kiến của Hồng y Mẫn về lá cờ đã có tác dụng hơn nhiều việc tuyên truyền khác.
Hồng y Mẫn sau đó cáo bệnh và hủy các lịch trình tại Nam California. Tuy vẫn lưu lại Hoa Kỳ, ông đến thăm các địa điểm khác như Washington. Ngày 21 tháng 6, cộng đồng Công giáo Việt Nam quy tụ và tham dự lễ do Hồng y Mẫn chủ tế tại nguyện đường Đức Mẹ La Vang thuộc Vương Cung thánh đường Đức Mẹ Vô nhiễm nguyên tội tại Washington D.C. Ngày 1 tháng 7, Hồng y Mẫn cùng với Hồng y Tổng giám mục Tổng giáo phận Los Angeles Roger Mahony để chính thức ký văn kiện kết nghĩa Tổng giáo phận Los Angeles và Tổng giáo phận Sài Gòn. Hai nhân chứng là Giáo sư Michael Downey và Linh mục Phêrô Nguyễn Văn Khảm. Đây là văn kiện kết nghĩa đầu tiên của cả hai tổng giáo phận. Với văn thư đề ngày 4 tháng 6 năm 2008, Hồng y Mẫn đã bị tẩy chay trong dịp Đại hội này tại Úc. Đầu tháng 8 năm 2011, tại Văn phòng riêng, Hồng y Mẫn đã có cuộc phỏng vấn với cáo thỉnh viên vụ án phong thánh cho linh mục Phanxicô Xaviê Trương Bửu Diệp. Trong bối cảnh cuộc phỏng vấn, cá nhân Hồng y Mẫn nhận định các người dân không tôn giáo và thuộc tôn giáo khác từ rất lâu đã "phong thánh" cho cố linh mục. Hồng y Mẫn có chuyến hành hương Đức Mẹ Lộ Đức vào tháng 8 cùng năm.
Trong bối cảnh tình hình căng thẳng giữa giáo xứ Thái Hà, Hà Nội và chính quyền sở tại, Hồng y Phạm Minh Mẫn công bố "Lá thư Mục Tử" đề ngày 1 tháng 9 năm 2008 gửi tu sĩ và giáo dân. Nội dung thư, hồng y kêu gọi  đối thoại với các bên để giải quyết với ý thức tôn trọng chân lý, công lý và bác ái. Trong vụ việc này, linh mục Trần Công Nghị, giám đốc VietCatholic News đánh giá cá nhân Hồng y Mẫn đã bày tỏ sự ủng hộ đối với Giáo xứ Thái Hà. Cũng trong nội dung bức thư, Hồng y Mẫn cho rằng cách truyền thông Nhà nước đưa tin vụ việc chỉ phục vụ lợi ích phe nhóm và cá thể trong khi không phục vụ cho lợi ích của người dân. Hồng y Mẫn xác quyết rằng Dòng Chúa Cứu Thế có đủ nhân chứng và vật chứng chứng minh quyền sở hữu khu đất đang trong tình trạng tranh chấp. Cũng trong những ngày đầu tháng 9, Hồng y Mẫn được ghi nhận đã gửi thư chúc mừng Đại hội Những người công giáo Thành phố Hồ Chí Minh xây dựng và bảo vệ Tổ quốc do Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Thành phố tổ chức.
Trong cuộc họp với Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội ngày 20 tháng 9 năm 2008, Tổng giám mục Hà Nội Giuse Ngô Quang Kiệt đã có câu nói trong bài phát biểu dẫn đến việc các cơ quan truyền thông tại Việt Nam đặt câu hỏi về lòng yêu nước. Cụ thể, Tổng giám mục đã phát biểu: "Chúng tôi đi nước ngoài rất nhiều, chúng tôi rất là nhục nhã khi cầm cái hộ chiếu Việt Nam, đi đâu cũng bị soi xét, chúng tôi buồn lắm chứ !" Nhiều báo chí Việt Nam và đài truyền hình Việt Nam đăng tải câu nói Chúng tôi đi nước ngoài rất nhiều, chúng tôi rất là nhục nhã khi cầm cái hộ chiếu Việt Nam là viết nhiều bài báo chỉ trích ông Ngô Quang Kiệt. Hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn với cương vị Tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh chỉ trích các cơ quan truyền thông được Nhà nước Việt Nam kiểm soát vì bóp méo lời tuyên bố của Tổng Giám mục Hà Nội Ngô Quang Kiệt. Hồng y Mẫn cũng cáo buộc các bản tin truyền thông sử dụng một vài cụm từ biệt lập trong phát biểu của Tổng giám mục Kiệt và tách nó ra khỏi bối cảnh để đánh giá lòng yêu nước của ông này.
Ngày 1 tháng 10 năm 2008, phái đoàn giám mục đại diện Hội đồng Giám mục Việt Nam đã đến gặp thủ tướng Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng để trao đổi các vấn đề tranh chấp đất đai tại Hà Nội. Đoàn giám mục đại diện gồm Chủ tịch Hội đồng giám mục Phêrô Nguyễn Văn Nhơn, Đại diện Giáo tỉnh Hà Nội là Giám mục Antôn Vũ Huy Chương, giám mục chính tòa Giáo phận Hưng Hóa, đại diện Giáo tỉnh Huế là Tổng giám mục Tổng giáo phận Huế Stêphanô Nguyễn Như Thể và đại diện Giáo tỉnh Sài Gòn là Hồng y – Tổng giám mục Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn. Một ngày sau đó, ngày 2 tháng 10, Hồng y Phạm Minh Mẫn gọi linh mục Phêrô Nguyễn Văn Khảm để thông báo về việc Tòa Thánh đã chọn linh mục Khảm làm Giám mục phụ tá (thứ hai) của Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh. Việc bổ nhiệm chính thức được thông báo vào ngày 15 tháng 10, và Hồng y Mẫn đã chủ sự lễ truyền chức giám mục cho tân giám mục phụ tá vào ngày 15 tháng 11 cùng năm.