Chiến tranh Crete (1645–1669)
Diễn biến > Hải chiến > Những đụng độ thời kỳ đầu (1645–1654)

Venezia không thể trực tiếp đối mặt với quân viễn chinh chủ lực của Ottoman tại Crete, nhưng lại có trong tay lực lượng hải quân xuất sắc có thể ngăn trở tàu Ottoman dọc theo các tuyến tiếp vận. Năm 1645, Venezia và đồng minh sở hữu hạm đội gồm 60-70 thuyền galê, 4 tàu ba buồm galleass và khoảng 36 chiến thuyền galleon. Kỹ thuật phía Venezia vượt trội hơn đối phương khi sử dụng hạm đội hỗn hợp thuyền buồm galê và thuyền chèo. Trong khi vào đầu cuộc chiến, Ottoman chỉ có các thuyền galê.
Ngày 30 tháng 3 năm 1645, theo lệnh Girolamo Morosini, hạm đội Venezia cố gắng đánh chặn hạm đội Ottoman đi qua eo biển. Để cắt đứt nguồn tiếp tế của Ottoman cho Crete, Tommaso Morosini chỉ huy 23 tàu cố gắng đánh chiếm đảo Tenedos giữ vị trí chiến lược quan trọng ở lối vào eo biển. Ngày 26 tháng 5, hạm đội 80 tàu chiến của Kapudan Pasha Koca Musa cố vượt eo biển vào biển Aegea nhưng bị đánh bật lại Dardanellia. Ngày 4 tháng 6, do thiếu gió, các tàu Venezia đã không chặn nổi tàu Ottoman cố né tránh để thoát đi, đưa quân lương mới đến được Crete. Nỗ lực của hải quân Venezia chống lại các hoạt động trên bộ Ottoman ở Crete cũng thất bại do chỉ huy thiếu quyết đoán, thiếu kinh phí trả lương cho thủy thủ đoàn và ảnh hưởng của dịch bệnh.
Ngày 27 tháng 1 năm 1647, tại Navarino, tàu chiến Tommaso Morosini chạm trán hạm đội Ottoman 45 thuyền galê. Chỉ huy hai bên là Morosini của Venezia và Koca Musa Pasha của Ottoman đều tử trận. Hạm đội Venezia do Giovanni Battista xuất hiện kịp thời cứu nguy cho tàu Morosini. Mặc dù đạt được một số thành công như đột kích Çeşme nhưng nỗ lực của Venezia đã không ngăn được dòng chảy tiếp viện của Ottoman.
Năm 1648, quân Venezia quay lại Dardanellia. Giữa tháng 3 (hoặc ngày 7 tháng 3), cơn bão gần Psara đã cướp đi một lượng lớn tàu thuyền. Nhưng suốt năm ấy, hạm đội Venezia vẫn thành công ngăn chặn kẻ thù vượt eo biển. Ottoman xây dựng hạm đội khác ở Çeşme làm phân tán lực lượng Venezia. Năm 1649, hạm đội Ottoman được cùng với sự chỉ huy của Kapudan Pasha Voinok Ahmed đã xuyên qua được hàng rào trên biển. Ngày 12 tháng 5 năm 1649, Da Riva đánh thắng tại Phocaea, bắt giữ và phá hủy một số tàu, nhưng không thể ngăn được hạm đội Ottoman cập cảng Crete. Trận này phơi bày điểm yếu phía Venezia: rất khó để chặn thuyền buồm galê và không đủ tàu kiểm soát cả Dardanellia lẫn eo Chios cùng lúc. Mặt khác, Ottoman cũng củng cố lại hải quân, năm 1648 đã đóng và đưa thuyền galeon vào sử dụng, không còn chỉ dựa vào thuyền galê nữa.
Gần như suốt năm 1650, hạm đội 41 tàu Venezia đã khóa được Dardanellia, ngăn không cho Hyderagazade Mehmed Pasha đến Crete. Cuối năm 1650, sanjakbey Rhodes là Khozamzade Ali Pasha lên thay thế Mehmed Pasha. Đồng thời, do chi phí quá cao, Venezia buộc phải từ bỏ việc thuê tàu nước ngoài đồng nghĩa giảm sức mạnh hạm đội. Ngày 10 tháng 7 năm 1651, trận hải chiến quan trọng đầu tiên diễn ra ở phía nam Naxos, kéo dài ba ngày. Kết quả là 58 tàu Venezia dưới sự chỉ huy của Alvise Mocenigo đã đánh bại hạm đội Ottoman. Ali Pasha đưa tàn quân về Rhodes. Đến mùa đông, thì Ali Pasha mới có thể tới Candia. Ngay sau đó, Leonardo Foscolo lên thay cho Mocenigo. Trong hai năm tiếp theo, cả hai bên đều tránh giao chiến đụng độ.