Tokugawa Iemitsu
Chống Âu hóa Nhật Bản và Sắc lệnh hạn chế hàng hải năm 1639

Bài chi tiết: Lệnh tỏa quốc, 1635
Trong suốt thế kỷ 16, Nhật Bản là một trong những quốc gia ở châu Á thu hút nhiều thương nhân và nhà truyền giáo châu Âu nhất. Một nhóm người Bồ Đào Nha đến đảo Tanegashima, trở thành những người châu Âu đầu tiên đến Nhật Bản. Điều này bắt đầu thời kỳ được gọi là thương mại Nanban (南蛮貿易 / Nam Ban mậu dịch).
Từ năm 1545 trở đi, Nhật Bản chứng kiến ​​sự xuất hiện của nhiều tàu châu Âu, đầu tiên là từ Bồ Đào Nha, và sau đó là từ Tây Ban Nha, Hà Lan và Anh. Bắt đầu từ năm 1549, với sự xuất hiện của Francis Xavier tại Kagoshima, một chiến dịch truyền giáo lớn, do các Tu sĩ Dòng Tên dẫn đầu, bắt đầu làm rung chuyển các cấu trúc xã hội của Nhật Bản. Hơn nữa, trên đảo Kyūshū, để duy trì hoạt động buôn bán của người châu Âu trên vùng đất của họ, một số daimyō đã đồng ý chuyển sang Cơ đốc giáo. Vào đầu thế kỷ 17, nửa triệu người Nhật Bản đã chuyển sang Cơ đốc giáo (dân số nước Nhật khi đó là 11 triệu người).
Tuy nhiên, trong thời kỳ Âu hóa này, ác cảm đối với người nước ngoài bắt đầu được lan rộng khắp Nhật Bản. Sau khi Tây Ban Nha chinh phục Philippines từ năm 1565 đến năm 1597, Toyotomi Hideyoshi, nhà cầm quyền quân sự và chính trị tối cao ở Nhật Bản vào thời điểm đó, bắt đầu nghi ngờ mạnh mẽ hơn về ý tốt của người châu Âu, và nghi ngờ lòng trung thành của các daimyō Thiên chúa giáo. Nhận thấy mối đe dọa mà Cơ đốc giáo có khả năng gây ra đối với sự ổn định chính trị, và trước sự trung thành của các daimyō đối với mình đối với Giáo hội, ông đã ban hành các Sắc lệnh chống Cơ đốc giáo, trục xuất các nhà truyền giáo nước ngoài và ra lệnh xử tử một số người theo đạo Công giáo nổi tiếng và những người đã cải đạo. Tuy nhiên, phải đến thời trị vì của Tokugawa Iemitsu, các chính sách chống Thiên chúa giáo mới được mở rộng đầy đủ hơn và có hiệu lực lâu dài hơn.
Sự hiện diện kéo dài hàng thế kỷ của các thương nhân và người truyền đạo Công giáo ở Nhật Bản đã kết thúc vào những năm 1630 khi Iemitsu ra lệnh trục xuất hầu hết những người châu Âu khỏi nước Nhật. Việc tiếp cận quan hệ thương mại của châu Âu với Nhật Bản bị hạn chế tối đa, Nhật chỉ cho phép một tàu Hà Lan đến mỗi năm. Các chính sách của Iemitsu về vấn đề này đã được củng cố sau vụ hành quyết hai người đàn ông Bồ Đào Nha, những người đến cầu xin tái lập chính sách ngoại thương trước đây của Nhật Bản. Vào cuối những năm 1630, Iemitsu đã ban hành một loạt các sắc lệnh quy định chi tiết hơn về hệ thống hạn chế dòng người, hàng hóa và thông tin ra vào đất nước.
Sắc lệnh nổi tiếng nhất trong số số đó là cái gọi là Sắc lệnh Sakoku (Tỏa quốc) năm 1635. Theo lệnh này, ông cấm mọi tàu thuyền và người dân đi du lịch hoặc buôn bán mà ra khỏi hải phận nước Nhật, cũng cấm không cho những người Nhật đang ở nước ngoài về nước. Hình phạt cho sự vi phạm sẽ là cái chết. Sắc lệnh cũng quy định việc ban thưởng hậu hĩnh cho bất kỳ ai cung cấp thông tin về các linh mục và tín đồ Công giáo nào đang lén lút truyền đạo trong lãnh thổ Nhật. Dù rằng vẫn cho phép giao thương một cách hết sức hạn chế với người Hà Lan, sắc lệnh quy định những công đoạn kiểm tra hết sức kỹ lưỡng trên con tàu mới để xét xem liệu rằng có những linh mục hay tín đồ Cơ Đốc nào lẩn tránh trên tàu hay không. Sắc lệnh quy định từng chi tiết liên quan đến các tàu nước ngoài đến Nhật. Ví dụ, các thương gia đến từ nước ngoài phải nộp danh sách hàng hóa mà họ mang theo trước khi được cấp phép giao dịch. Các điều khoản bổ sung quy định chi tiết về thời gian và hậu cần thương mại. Ví dụ, một điều khoản rằng "ngày khởi hành về nước của tàu nước ngoài không được muộn hơn ngày 20 của tháng thứ chín" (nghĩa là thời hạn tối đa của một tàu ngoại quốc ở Nhật được cho phép là 290 - 300 ngày). Ngoài ra, Iemitsu còn cấm thay đổi giá quy định đối với lụa thô và do đó đảm bảo rằng sự cạnh tranh giữa các thành phố buôn bán các loại mặt hàng này được giảm thiểu. Các biện pháp mà Iemitsu ban hành có tác dụng mạnh mẽ đến nỗi phải đến những năm 1850, các cảng của Nhật Bản mới mở cửa cho nhiều đối tác thương mại hơn, người phương Tây được tự do định cư và đi lại trong nước Nhật, và người Nhật Bản đã một lần nữa được tự do ra nước ngoài. Giai đoạn "hạn chế hàng hải" này, từ những năm 1630 cho đến những năm 1850, như đã mô tả ở trên, rất thường được gọi là sakoku, hoặc "toả quốc", nhưng nhiều học giả ngày nay đã tranh luận chống lại quan điểm rằng Nhật Bản đã "đóng cửa". Họ cho rằng các chính sách quan hệ quốc tế của Nhật Bản trong thời kỳ này nên được hiểu đơn giản là nhằm mục đích giữ cho các tương tác quốc tế được kiểm soát chặt chẽ; hơn nữa, họ nhấn mạnh rằng Nhật Bản không đơn độc trong việc tìm cách kiểm soát và hạn chế các tương tác quốc tế, và trên thực tế, gần như mọi cường quốc vào thời điểm đó đều có các chính sách quy định ai có thể giao thương, tại cảng nào, vào thời điểm nào, và bằng cách nào.