Trận Mindanao
Diễn biến > Trận đánh tại Zamboanga và Sulu

Cùng ngày, lực lượng của Tướng Eichelberger được lệnh đổ bộ lên Mindanao, phần còn lại của Sư đoàn 41 Bộ binh do Thiếu tướng Jens A. Doe tiến hành chiến dịch VICTOR IV. Đồng thời chiến dịch VICTOR III cũng diễn ra với cuộc bao vây Zamboanga, một bán đảo lơn thuộc Mindanao kéo dài về hướng Tây Nam xảy ra cùng lúc với việc đánh chiếm Palawan. Lực lượng Nhật ở đây gồm 9.000 người thuộc Lữ đoàn Hỗn hợp Độc lập 54, tập trung quanh các công sự kiên cố quanh thành phố Zamboanga tại cực nam bán đảo
Việc chậm trễ trong xây dựng các sân bay tại Palawan càng làm tăng sự khó khăn cho việc chi viện cho chiến dịch Zamboanga. Sau khi chiếm được sân bay tạm thời tại Dipolog, khoảng 145 dặm (230 km) về phía đông bắc của thành phố Zamboanga, người Mỹ nhanh chóng đưa căn cứ này vào hoạt động bằng việc chuyển tới đây hai đại đội từ Trung đoàn 21 Bộ binh, Sư đoàn 24 để đóng quân. Ngay sau đó, Nhóm Hải quân Không quân Zamboanga (MAGSZAM) do Đại tá Clayton C. Jerome sử dụng căn cứ này làm nơi xuất phát cho các cuộc không kích hỗ trợ cho trận đổ bộ lên thành phố Zamboanga.
Sau khi trận đánh bom những vùng đất đổ bộ của Không lực 13 và 3 ngày oanh tạc do Hải quân Mỹ thực hiện, Trung đoàn 162 và 163 Bộ binh đổ bộ lên bãi biển cài 3 dặm (5 km) phía Tây thành phố Zamboanga. Sự chống trả của quân Nhật tại đây rất yếu ớt, do đó Sư đoàn 41 nhanh chóng làm chủ được thành phố vốn đã bị tàn phá trước đó do những cuộc bắn phá liên tục. Ngày kế tiếp, 11 tháng 3, quân Mỹ vấp phải sự kháng cự mạnh mẽ khi họ tấn công các vị trí quân địch nằm trên các ngọn đồi nhìn ra bãi biển. Trong hai tuần, Bộ binh Mỹ được yểm trợ bởi máy bay của Hải quân và hải pháo đã chiến đấu với quân Nhật dọc theo chiến tuyến dài 5 dặm (8 km) với bãi mìn, hố cá nhân, dây thép gai và những cái bẫy chết người.
Đến 23 tháng 3, sau nhiều ngày giằng co ác liệt, trung tâm phòng tuyến quân Nhật bị phá vỡ và ba ngày sau, Trung đoàn 162 Bộ binh tiếp tục chiến đấu dập tắt mọi sự kháng cự ở khu vực trung tâm. Trung đoàn 168 Bộ binh được cử thay thế Trung đoàn 163, tiếp tục cuộc đối đầu với Lữ đoàn 54 quân Nhật và buộc đơn vị này phải rút lui một tuần sau đó. Họ quyết định chạy vào sâu trong đất liền về phía rừng rậm và tổ chức thành các đơn vị du kích nhằm kéo dài cuộc chiến. Sau nhiều ngày chiến đấu, người Mỹ tổn thất 220 lính so với 6.400 về phía Nhật.
Cùng lúc với chiến dịch trên Zamboanga, các đơn vị nhỏ của Sư đoàn 41 cũng thực hiện cuộc tấn công quần đảo Sulu, trải dài từ bán đảo Zamboanga đến Bắc Borneo. Họ nhanh chóng chiếm lấy được các hòn đảo Basilan, Malamaui, Tawi-Tawi, Sanga Sanga và Bangao. Tuy nhiên đến 9 tháng 4, họ vấp phải sự chống trả quyết liệt từ quân Nhật khi đổ bộ lên Jolo. Tại đây lực  lượng quân Nhật khoảng 3.900 người cố gắng bám trụ xung quanh các vị trí thuộc đỉnh núi Dabo, nhằm đẩy lùi Sư đoàn 163 cùng với các chiến binh du kích Philippines. Cuối cùng đến ngày 22 tháng 4, quân Đồng Minh cũng làm chủ được vị trí sau khi cuộc đối đầu ác liệt và phần còn lại của lực lượng Nhật rút về hướng Tây cầm cự hơn hai tháng nữa. Đến giữa tháng 6 năm 1945 Trung đoàn 163 đã tổn thất 40 lính và 125 bị thương, trong khi 2.000 lính Nhật bị giết chết.