Bộ Cá vược
Chia tách và sáp nhập

Trong một thời gian dài Perciformes đã từng được coi là một đơn vị phân loại không đơn ngành hay đơn vị phân loại thùng rác"), và chứa ít nhất 160 họ trong ít nhất 20 phân bộ, với tính toàn vẹn phát sinh chủng loài đáng ngờ. Một số nghiên cứu phát sinh chủng loài sử dụng các dữ liệu hình thái và phân tử cũng từng phục hồi Perciformes như là nhóm cận ngành hay đa ngành. Johnson và Patterson (1993) cho rằng Perciformes có thể là đơn ngành nhưng chỉ nếu như các giới hạn phân loại của nó được mở rộng để bao gồm các thành viên của Scorpaeniformes, Pleuronectiformes, Tetraodontiformes.
Springer và Johnson (2004) gợi ý rằng Tetraodontiformes (gộp cả Caproidei) là các dòng dõi tiền perciforms", trong khi Nelson (2006) lưu ý rằng Pleuronectiformes và Tetraodontiformes có lẽ phát sinh từ perciform. Li et al. (2008) và Li et al. (2009) phục hồi tính đa ngành của Perciformes, trong đó các đơn vị phân loại theo truyền thống gán cho perciform được đặt gần với Lophiiformes, Gasterosteiformes, Scorpaeniformes và Mugiliformes. Wiley và Johnson (2010) cũng lưu ý về tính không đơn ngành của Perciformes", nhưng dựng lên các bộ đơn ngành (dựa theo hình thái học) cho nhiều phân bộ trước đây gộp trong phạm vi Perciformes sensu lato. Các tác giả này cũng đặt sự đa dạng của percomorphs, bao gồm cả Pleuronectiformes, Tetraodontiformes, Lophiiformes, Batrachoidiformes và Ophidiiformes, trong nhóm Percomorphacea (Percomorpha trước đây). Wiley và Johnson (2010)  đề xuất rằng Perciformes sensu stricto chỉ nên gộp các nhóm mà trước đây đặt trong phân bộ Percoidei (sensu Nelson, 2006), nhưng không đưa ra chứng cứ cho tính đơn ngành của nó.
Percoidei (sensu Nelson, 2006), phân bộ perciform lớn nhất, cũng từng là khét tiếng do sự thiếu vắng các đặc trưng phái sinh được chia sẻ (synapomorphy) của nó và thiếu sự dung giải cho các percomorphs bậc cao hơn. Regan (1913) định nghĩa Percoidei bằng sự thiếu vắng các dị thường đặc biệt đặc trưng cho các phân bộ perciform khác. Johnson (1984) nhận dạng 2 kiểu gộp nhóm nhân tạo cho percoids: nhóm cơ sở" hay percoids tổng quát hóa hơn, và nhóm percoids còn lại được đặc trưng bởi các biến đổi của các xương hộp sọ bên cạnh sự gai hóa các loạt xương nắp mang và ngực. Nhóm percoids tổng quát hóa của ông bao gồm Acropomatidae, Gerreidae, Girellidae, Haemulidae, Kyphosidae, Sciaenidae, Scorpididae, Sparidae và Terapontidae, một nhóm mà ông cho là nguyên thủy hơn" trong một phân nhóm lớn của các họ percoid.
Smith và Craig (2007), dựa theo các trình tự ti thể và hạt nhân tổ hợp (4036 bp) từ 180 đơn vị phân loại percomorph, lưu ý rằng không có khác biệt phát sinh chủng loài giữa Perciformes, Percoidei và Percomorpha do percoids" là phổ biến trong khắp Percomorpha (sensu Johnson và Patterson, 1993). Theo Smith và Craig, các thành viên của Percoidei được đặt trong các dòng dõi của Perciformes, Pleuronectiformes và Tetraodontiformes, bao gồm các đại diện của Atherinomorpha, Gasterosteiformes và Scorpaeniformes. Dettai và Lecointre (2005) và Li et al. (2009) cũng thu được percoids trong nhiều nhánh khác nhau cùng các thành viên của scorpaenids, trachinoids và ophidiiforms, và nhấn mạnh sự cần thiết lấy mẫu phân loại quy mô rộng để giải quyết vấn đề percoids, đặc biệt là cho các thành viên với các mối quan hệ hình thái mập mờ. Smith và Craig (2007) đề xuất sửa đổi phân loại percoid của Nelson (2006) bằng cách loại Percidae ra khỏi Percoidei và Trachinidae ra khỏi Trachinoidei, và bằng cách tạo ra một phân bộ không đơn ngành mới (đơn vị phân loại thùng rác) là Moronoidei.
Gần đây hơn, một nghiên cứu phát sinh chủng loài quy mô rộng với cá xương do dự án Euteleost Tree of Life (EToL) tiến hành đã kiểm tra 21 marker di truyền và 1410 đơn vị phân loại trong 369 họ. Nghiên cứu này đề xuất phân loại phát sinh chủng loài của cá dựa theo các dữ liệu phân tử, dựng lên 9 loạt được hỗ trợ khá tốt trong phạm vi Percomorphaceae. Các loạt này bao gồm Ophidiaria (1 bộ); Batrachoidaria (1 bộ); Gobiaria (2 bộ); Syngnatharia (1 bộ); Pelagiaria (1 bộ); Anabantaria (2 bộ); Carangaria (ít nhất 3 bộ); Ovalentaria (ít nhất 7 bộ); và Eupercaria (ít nhất 13 bộ, bao gồm cả Perciformes nghĩa mới). Định nghĩa mới của Perciformes hiện nay là đơn ngành, bao gồm khoảng 60 họ. Giới hạn này của bộ là nhỏ hơn đáng kể so với sự gộp tới 160 họ của Nelson.
Hiện tại, người ta đề xuất phân chia bộ Cá vược ra thành một số bộ, như Kurtiformes, Gobiiformes, Scombriformes, Anabantiformes, Istiophoriformes, Carangiformes, Cichliformes, Pholidichthyiformes, Blenniiformes, Uranoscopiformes, Labriformes, Ephippiformes, Spariformes, Acanthuriformes, Pempheriformes, Centrarchiformes cùng một số họ ở các vị trí không xác định (incertae sedis) trong Percomorphaceae hoặc các nhánh nhỏ hơn, cùng 5 họ chuyển sang bộ Syngnathiformes; trong khi đó bộ Scorpaeniformes thì gần như bị sáp nhập hoàn toàn vào bộ này (trừ họ Dactylopteridae chuyển sang bộ Syngnathiformes).
Cụ thể như sau: