Nguyên Huệ Tông
Rút chạy về Bắc > Khởi nghĩa loạn lạc

Từ cuối những năm 1340, người dân ở các vùng nông thôn bị thiên tai thường xuyên; hạn hán, lũ lụt và nạn đói liên tục xảy ra. Nước sông Hoàng Hà liên tục dâng cao, gây nạn ngập lụt và làm tê liệt đường thủy. Việc triều đình đưa ra những chính sách thiếu hiệu quả đã dẫn đến mất đi sự ủng hộ từ người dân. Những người buôn bán muối bất hợp pháp bị ảnh hưởng bởi sự độc quyền muối của triều đình đã cùng nhau nổi dậy vào năm 1348, gây ra nhiều cuộc nổi dậy trên khắp đất nước. Nổi bật nhất là cuộc nổi loạn của quân Khăn Đỏ (còn gọi là quân Hồng Cân), bùng nổ vào năm 1351 và trở thành một cuộc khủng hoảng chính trị toàn quốc.
Khởi nghĩa Khăn Đỏ do Hàn Sơn Đồng và Lưu Phúc Thông lãnh đạo nổ ra, số lượng nghĩa quân lên tới hàng vạn người. Khởi nghĩa còn chưa bắt đầu thì huyện lệnh phái binh đến tiễu, Sơn Đồng bị bắt giết. Lưu Phúc Thông huy động nghĩa quân liều chết phá vây, vào ngày 3 tháng 5 năm đó đánh chiếm Dĩnh châu, cuộc khởi nghĩa Khăn Đỏ từ đó chính thức bùng nổ. Lưu Phúc Thông đánh bại quan quân đến trấn áp, nhanh chóng chiếm cứ nhiều thành, trấn nay thuộc An Huy, Hà Nam. Tháng 2 năm 1355, Lưu Phúc Thông đón con trai Hàn Sơn Đồng là Hàn Lâm Nhi ở trại Giáp Hà, núi Nãng; tôn lên làm vua, đặt quốc hiệu là Đại Tống. Tháng 5 năm 1358, Lưu Phúc Thông hạ được Biện Lương, đưa Hàn Lâm Nhi về đây.
Nhân dịp Lưu Phúc Thông nổi dậy, nhiều thế lực khởi loạn khác như Lý Nhị ở Từ Châu, Phương Quốc Trân ở Thái Châu, Từ Thọ Huy ở Kỳ Châu, Quách Tử Hưng ở Hào Châu cũng nổi dậy hưởng ứng theo. Trương Sĩ Thành người đất Thái Châu cũng đứng lên khởi nghĩa, tự xưng là Thành Vương, đặt quốc hiệu là Đại Chu, sau đó chiếm lấy vùng Giang Nam rộng lớn. Ở đất Tứ Xuyên, Lũng Thục Vương là Minh Ngọc Trân li khai triều đình và tự xưng đế, lấy quốc hiệu là Đại Hạ, đóng đô tại Trùng Khánh. Minh Ngọc Trân nhiều lần giao chiến với lực lượng quân Nguyên ở Vân Nam nhưng không chiếm nổi Vân Nam.
Các tướng nhà Nguyên như Thoát Thoát, Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi, Bột La Thiếp Mộc Nhi liên tục được triều đình phái đi đánh dẹp quân khởi nghĩa. Trong giai đoạn đầu, bọn họ tỏ ra thắng thế, đánh cho nghĩa quân Khăn Đỏ tan tác, liên tiếp được thăng chức. Tuy nhiên, Huệ Tông lại đem lòng nghi kị Thoát Thoát, do ông ta từng phản đối mình lập Ái Du Thức Lý Đạt Lạp làm Thái tử, điều này làm phật ý cả Thái tử và Kỳ hoàng hậu. Năm 1352, Thoát Thoát được Huệ Tông cử đi đánh dẹp quân Khăn Đỏ ở Từ Châu. Đánh thắng được quân khởi loạn, ông ta được triều đình phong lên tước Thái sư. Tuy nhiên, đến năm 1354, khi Thoát Thoát lại dẫn đầu một đội quân lớn để trấn áp lực lượng của Trương Sĩ Thành ở Cao Bưu, Huệ Tông đã nghe theo lời gièm pha và cách chức Thoát Thoát vì tội tham nhũng, bất chấp ông ta sắp thắng trận. Thoát Thoát bị lưu đày đến Vân Nam và sang năm sau thì bị hạ độc mà chết. Điều này dẫn đến việc khôi phục quyền lực của Hoàng đế nhưng cũng là nguyên nhân dẫn đến sự suy yếu nhanh chóng của chính quyền trung ương. Vì vậy, Huệ Tông không có lựa chọn nào khác ngoài việc dựa vào lực lượng của các lãnh chúa địa phương, để tiếp tục đánh dẹp cuộc khởi nghĩa.
Trước sự đàn áp của nhà Nguyên, cuộc khởi nghĩa Khăn Đỏ bị phân tán ra hai chiến trường phía Bắc và phía Nam sông Trường Giang. Trong đó, lực lượng phía Bắc chỉ trụ được đến năm 1363 thì bị triều đình trấn áp thành công. Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi trong chiến dịch dẹp loạn bất ngờ bị nghĩa quân lừa giết, con là Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi thay cha bình định được Sơn Đông năm 1362. Ngoài ra Trương Sĩ Thành ở Giang Nam cũng quyết định hàng Nguyên khi lãnh thổ của ông bị đối thủ Chu Nguyên Chương uy hiếp dữ dội. Được triều đình bảo vệ, Sĩ Thành đã trở thành một công cụ trấn áp khởi nghĩa nông dân của nhà Nguyên. Tháng 2 năm 1363, Trương Sĩ Thành tập kích An Phong để tiêu diệt Lưu Phúc Thông. Phúc Thông cầu cứu Chu Nguyên Chương, Nguyên Chương đích thân đem đại quân đi cứu, nhưng chưa đến thì thành đã vỡ, Lưu Phúc Thông được cho là đã tử trận. Đến lúc này, Sĩ Thành khống chế một khu vực rộng lớn ở Giang Nam, có mấy chục vạn binh mã. Đến tháng 9 cùng năm, sau nhiều lần thỉnh cầu nhà Nguyên phong vương đều bị cự tuyệt, Sĩ Thành cắt quan hệ với triều đình, tự lập làm Ngô vương.
Do cha mình Sát Hãn đã có hiềm khích từ trước với Bột La Thiếp Mộc Nhi, Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi sau khi bình định được nghĩa quân ở miền bắc lại bị cuốn vào cuộc xung đột quân sự với ông ta, mấy lần giao chiến ở khoảng giữa Thái Nguyên – Đại Đồng. Điều này khiến nhà Nguyên bỏ lỡ một cơ hội tốt để đàn áp dứt điểm lực lượng Khăn Đỏ, vì khi ấy các quân phiệt Giang Nam vẫn chưa đủ mạnh để đe dọa triều đình.
So với lực lượng phía Bắc, nghĩa quân phía Nam có lực lượng mạnh hơn bởi không phải chịu quá nhiều áp lực từ quân triều đình, thế lực của bọn địa chủ vũ trang cũng không thể vươn đến. Tuy nhiên, các thủ lĩnh trong nghĩa quân như Quách Tử Hưng và Từ Thọ Huy lại mâu thuẫn đánh giết lẫn nhau, dẫn đến một cuộc chiến tranh quân phiệt với quy mô lớn hơn. Năm 1355, Quách Tử Hưng mất, con rể là Chu Nguyên Chương thay Quách Tử Hưng nắm binh quyền, tiếp tục giao tranh với thủ lĩnh nghĩa quân đối địch là Từ Thọ Huy. Năm 1360, thủ hạ Trần Hữu Lượng làm phản giết Từ Thọ Huy rồi xưng đế, đặt quốc hiệu là Đại Hán. Sau nhiều cuộc giao chiến ác liệt giữa các quân phiệt, hai quân phiệt mạnh nhất là Chu Nguyên Chương và Trần Hữu Lượng cùng đối đầu với nhau để tranh giành quyền kiểm soát trên toàn bộ lãnh thổ của quân Hồng Cân cũ. Hai bên quyết chiến ở trận hồ Bà Dương năm 1363. Trận đánh kéo dài 3 ngày, kết thúc với việc hạm đội hơn trăm chiến thuyền của Trần Hữu Lượng bị đốt sạch, lực lượng 60 vạn quân của Trần Hữu Lượng bị đánh tan tác, bản thân ông cũng bị trúng tên mà chết. Nhờ trận thắng quyết định trước Trần Hữu Lượng - đối thủ nguy hiểm nhất, thế lực của Chu Nguyên Chương ngày một lớn mạnh.
Tháng 10 năm 1367, Chu Nguyên Chương đánh bại nốt lực lượng còn lại ở Giang Nam là Trương Sĩ Thành. Chiến thắng này giúp chính quyền của ông giành quyền kiểm soát toàn bộ các vùng đất ở bờ bắc và nam sông Dương Tử, thanh thế rất mạnh. Việc này khiến các thủ lĩnh nghĩa quân nhỏ nhanh chóng theo hàng. Tháng 12 năm 1367, khúc ca khải hoàn nổ ra tại Tô Châu, Chu Nguyên Chương tuyên bố xưng đế sau khi bình định được Giang Nam. Ông ta được đông đảo người Hán hưởng ứng và ủng hộ hết mình, họ quyết tâm lật đổ triều đình ngoại tộc thối nát tại Trung Nguyên. Sự nghiệp vĩ đại của nhà Nguyên mà Hốt Tất Liệt xây dựng đang có nguy cơ bị sụp đổ hoàn toàn.