Content ID
Tranh cãi

Năm 2009, một cuộc thử nghiệm độc lập đã được thực hiện, trong đó nhiều phiên bản của cùng một bài hát được tải lên YouTube. Kết quả cho thấy, mặc dù hệ thống Content ID có khả năng phát hiện vi phạm bản quyền âm thanh một cách đáng kinh ngạc, nhưng nó vẫn chưa hoàn hảo. Việc Content ID tự động xóa nội dung đã gây ra nhiều tranh cãi, bởi hệ thống này không thể đánh giá được các trường hợp sử dụng hợp lý và thường dẫn đến việc gỡ bỏ nhầm các video mà chưa qua kiểm duyệt của con người.
Nếu người dùng YouTube không đồng tình với quyết định của Content ID, họ có thể gửi đơn phản đối. Tuy nhiên, đơn phản đối này sẽ được chuyển trực tiếp đến chủ sở hữu bản quyền bị cáo buộc vi phạm, và chính họ mới là người có quyền quyết định cuối cùng, trừ khi có sự can thiệp của pháp luật. Nếu chủ sở hữu bản quyền bác bỏ khiếu nại, kênh của người dùng sẽ nhận được cảnh cáo. Ba cảnh cáo sẽ dẫn đến việc kênh bị xóa khỏi nền tảng YouTube. Trước năm 2016, video bị tranh chấp bản quyền sẽ không được phép kiếm tiền cho đến khi tranh chấp được giải quyết xong.
Tháng 12 năm 2013, Google đã điều chỉnh hệ thống Content ID (dường như nhằm bảo vệ YouTube trong các vụ kiện tụng). Sự thay đổi này đã dẫn đến việc gia tăng đáng kể các thông báo bản quyền tự động được gửi đến người dùng YouTube. Hệ quả là doanh thu quảng cáo từ các video bị khiếu nại này  được tự động chuyển hướng sang bên thứ ba, mà đôi khi những bên này lại chẳng hề liên quan đến nội dung của video.
Từ tháng 4 năm 2016, YouTube đã thay đổi chính sách về tranh chấp bản quyền. Cụ thể, video vẫn được phép kiếm tiền trong khi tranh chấp đang diễn ra, và số tiền này sẽ được chuyển cho bên thắng cuộc sau khi tranh chấp kết thúc. Nếu người đăng tải muốn tiếp tục kiếm tiền từ video trong thời gian chờ giải quyết tranh chấp, họ có thể xóa phần âm thanh gây tranh cãi trong "Trình quản lý video". YouTube cho biết, chính hiệu quả của hệ thống Content ID đã góp phần thúc đẩy việc thay đổi quy tắc của nền tảng này vào tháng 12 năm 2010, cho phép một số người dùng tải lên video có độ dài không giới hạn.
Ngành công nghiệp âm nhạc đã lên tiếng chỉ trích hệ thống Content ID của YouTube hoạt động kém hiệu quả. Universal Music Publishing Group (UMPG) đã đưa ra ước tính trong hồ sơ gửi lên Văn phòng Bản quyền Hoa Kỳ năm 2015 rằng Content ID không thể xác định được hơn 40% trường hợp sử dụng các tác phẩm của UMPG trên YouTube. Tuy nhiên, Google đã phản bác lại những cáo buộc này. Họ khẳng định rằng (tính đến năm 2016) Content ID đã phát hiện được hơn 98% các hành vi vi phạm bản quyền đã biết trên YouTube, và chỉ có 2% trường hợp phải nhờ đến con người can thiệp để gỡ bỏ nội dung vi phạm.
Tháng 1 năm 2018, một người dùng YouTube chuyên tạo ra các video tiếng ồn trắng đã bất ngờ nhận được thông báo vi phạm bản quyền cho một video mà anh ta đăng tải. Điều đáng nói là video này chỉ chứa duy nhất tiếng ồn trắng, một dạng âm thanh không có bản quyền.
Tháng 9 năm 2018, một giáo sư đại học người Đức đã đăng tải lên YouTube các video ghi lại một số buổi biểu diễn nhạc cổ điển. Ông cho rằng bản quyền các tác phẩm này đã hết hạn do các nhà soạn nhạc đã qua đời từ lâu và các buổi biểu diễn không còn được bảo hộ. Tuy nhiên, sau đó ông nhận được một số thông báo vi phạm bản quyền từ YouTube. Mặc dù đã gỡ bỏ được hầu hết các video bị khiếu nại, nhưng có hai video bị Deutsche Grammophon từ chối gỡ bỏ, ngay cả khi bản quyền của chúng đã hết hạn.
Vào tháng 12 năm 2018, TheFatRat đã lên tiếng bày tỏ sự bức xúc về hệ thống Content ID. Anh cho rằng hệ thống này đã ưu tiên một kẻ gian lận rõ ràng, người đã lợi dụng hệ thống tự động để nhận bản quyền các tác phẩm của anh và chiếm đoạt doanh thu một cách bất công.
Tháng 4 năm 2019, WatchMojo, kênh YouTube lớn với hơn 20 triệu người đăng ký, đã tố cáo tình trạng lạm dụng Content ID. Dựa trên 10 năm kinh nghiệm, WatchMojo chỉ ra nhiều trường hợp chủ sở hữu bản quyền đã lợi dụng công cụ này để yêu cầu bất hợp pháp hơn 2 tỷ đô la từ năm 2014 đến 2019.
Vào ngày 6 tháng 11 năm 2021, Jose Teran ở Scottsdale, Arizona và đồng phạm Webster Batista bị truy tố 30 tội danh, gồm âm mưu, gian lận điện tử và rửa tiền. Teran nhận tội tạo ra công ty xuất bản nhạc giả MediaMuv L.L.C. để nhận bản quyền 50.000 bài hát, chiếm đoạt hơn 20 triệu đô la tiền bản quyền qua Content ID của YouTube. Ngày 26 tháng 6 năm 2023, thẩm phán Douglas L. Rayes đã tuyên án Teran 70 tháng tù giam. Văn phòng Luật sư Hoa Kỳ tại quận Arizona nhận định đây là một trong những vụ lừa đảo tiền bản quyền âm nhạc lớn nhất từ trước đến nay.