Số người thiệt mạng trong thảm sát Nam Kinh
Lập trường của chính phủ Trung Quốc

Lập trường chính thức của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa là 300.000 dân thường và binh lính Trung Quốc đã thiệt mạng trong sáu tuần kể từ khi quân Nhật Bản tiến vào Nam Kinh. Ban đầu, con số 300,000 này thường được chấp nhận là bao gồm cả nạn nhân vụ thảm sát và binh lính Trung Quốc thiệt mạng trong trận Thượng Hải và Nam Kinh, thế nhưng từ những năm 1980, con số này được hiểu là chỉ bao gồm các nạn nhân vụ thảm sát.
Ngày nay, nhiều nhà sử học chính thống đồng tình rằng ước tính này là phóng đại. Ở Trung Quốc, trong khi có các nghiên cứu đưa ra số liệu cao hơn, con số 300.000 nạn nhân, được đưa ra trong Tòa án Tội ác Chiến tranh Nam Kinh, được trích dẫn nhiều nhất, trong hầu hết các nghiên cứu ở Trung Quốc từ năm 1985 đến nay. Con số này ban đầu dựa trên báo cáo của Văn phòng Công tố Nam Kinh đệ trình lên Tòa án Quân sự Quốc tế vùng Viễn Đông và Tòa án Tội ác Chiến tranh Nam Kinh, vốn đã cộng thêm số liệu chôn cất của các tổ chức thiện nguyện là 155.300 thi thể và lời khai của nhân chứng Trung Quốc về 72.291 xác chết để đạt được tổng số 279.586, mặc dù có một sai lầm rõ ràng trong phép tính toán này. Trong đó, ước tính này bao gồm cáo buộc rằng quân Nhật đã sát hại 57.418 tù binh Trung Quốc tại Mạc Phủ Sơn (幕府山), mặc dù nghiên cứu mới nhất chỉ ra rằng từ 14.000 đến 20.000 đã bị thảm sát, và cũng bao gồm 112.266 xác chết được cho là được chôn cất bởi Sùng Thiện Đường, mặc dù ngày nay nhiều nhà sử học đồng ý rằng những ghi chép của Sùng Thiện Đường ít nhất đã bị phóng đại. Wakabayashi kết luận từ điều này rằng ước tính hơn 200.000 là không đáng tin cậy. Hata Ikuhiko coi con số 300.000 là một "con số biểu tượng" đại diện cho những đau khổ trong thời chiến của Trung Quốc chứ không phải là một con số để hiểu theo nghĩa đen.
Tuy nhiên, chính phủ Trung Quốc vẫn giữ quan điểm cứng rắn về ước tính khoảng 300.000 nạn nhân. Con số này cũng được ủng hộ bởi cộng đồng học giả ở Trung Quốc. Đồng thời, không ít học giả Trung Quốc vẫn luôn cho rằng số người chết ở Nam Kinh vượt xa con số 300.000 người. Trong nội bộ Trung Quốc, các học giả tập trung vào việc bảo vệ các số liệu chính thức và trong quá khứ chính phủ đã áp đặt kiểm duyệt đối với các nhà sử học đề xuất các con số thấp hơn. Đã có những trường hợp giảng viên đại học bị đuổi việc do không đồng tình với số liệu chính thức của chính phủ. Joshua A. Fogel, một nhà sử học về Trung Quốc tại Đại học York, đã chỉ trích nỗ lực của nhiều người Trung Quốc trong việc phóng đại số người chết và sau đó "bịt miệng bất cứ ai không đồng ý". Nhà sử học David Askew cho rằng thảm sát Nam Kinh là một nền tảng căn bản trong việc xây dựng bản sắc dân tộc Trung Hoa hiện đại; bởi vậy, sự quan tâm và phân tích của các nhà sử học về sự kiện này có thể được hiểu là một sự tấn công vào bản sắc Trung Hoa, trong khi việc từ chối chấp nhận lập trường "chính thống" về vụ thảm sát có thể được hiểu là một nỗ lực nhằm phủ nhận, tước đi tiếng nói chính đáng của Trung Quốc trên trường quốc tế - hoặc, theo cách nói của Iris Chang, như một "vụ cưỡng hiếp thứ hai".
Năm 2006, Kaz Ross, một nhà sử học của Đại học Tasmania, đã phỏng vấn ẩn danh một số nhà nghiên cứu đại học ở Nam Kinh để tìm hiểu quan điểm riêng của họ. Bà nhận thấy rằng các nhà sử học Trung Quốc ủng hộ ước tính từ 40.000 đến 150.000 và "suy đoán rằng việc giảm ước tính chính thức của Trung Quốc về nạn nhân sẽ mở đường cho sự hòa giải lớn hơn giữa Nhật Bản và Trung Quốc". Tuy nhiên, họ sợ rằng việc công khai nói ra "sẽ gây bất lợi cho sự nghiệp." Ngược lại với Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, lịch sử chính thức của Chiến tranh Trung-Nhật lần thứ hai do Trung Hoa Dân Quốc công bố cho biết số người chết trong vụ thảm sát là "hơn 100.000 người".