Đại thảm sát chuột ở Hà Nội
Chính sách

Nhu cầu lụa suy yếu khi Pháp hoàn thành tuyến đường sắt giữa Côn Minh, Vân Nam và Hà Nội, nhưng lại mở ra một thị trường mới cho thuốc phiện. Vân Nam là vùng sản xuất thuốc phiện lớn, và Pháp muốn tận dụng tuyến Vân Nam – Hải Phòng để cung hàng cho tô giới Pháp ở Thượng Hải. Paul Paul Doumer biến Liên bang Đông Dương thành một "quốc gia ma túy" (narco-state) và nâng doanh thu của Đông Dương từ liên tục thua lỗ lên có lãi. Nhưng điều này cũng làm cho thuộc địa này phụ thuộc kinh tế lẫn nhau với Đế quốc Trung Hoa. Theo đó, hàng hóa Trung Quốc, thương nhân Trung Quốc và người lao động Trung Quốc trở thành "máu sống" của Liên bang Đông Dương. Do Liên bang quá phụ thuộc vào thị trường Trung Quốc, thực dân Pháp thường tuyên bố rằng cả họ và người bản xứ đều không chịu trách nhiệm về nó vì người Trung Quốc đã kiểm soát có hiệu quả mọi chuyện, trong khi những người khác gọi người Trung Quốc theo một cách tiêu cực là "người Do Thái ở châu Á".
Suốt thời Đệ Nhị Đế chế Pháp của Napoléon III, Pháp là một quốc gia kỹ trị độc tài. Nhưng sau khi Đệ Nhị Đế chế sụp đổ, Đệ Tam Cộng hòa mới đi theo chủ nghĩa tiến bộ, và các nhà kỹ trị, vốn có quyền tự do kiểm soát trong Đế chế, đã thất vọng trước những ràng buộc dân chủ mới đặt ra cho họ. Nhiều nhà kỹ trị trong số này đã bị Đế quốc thực dân Pháp lôi kéo và cho phép họ có thể tham gia vào các thử nghiệm xã hội rộng rãi mà không sợ bị phản đối hoặc dư luận tiêu cực, bởi họ có thể sử dụng quân đội để thực thi chính sách của mình. Ở Hà Nội, điều này dẫn tới một sự đổi mới toàn diện của thành phố dựa trên sự hiện đại của Pháp.
"Khu phố Pháp" nằm ngay cạnh 36 phố phường Hà Nội. Mà trong quan điểm của Pháp, 36 phố phường là nơi cũ kỹ và bẩn thỉu. "Khu phố bản địa" có nhiều ao hồ, đường đi chủ yếu là đường đất, khi trời mưa thì lầy lội, nhà cửa tồi tàn, hầu hết là lợp tranh. Ngược lại, "Khu phố Pháp" có đường rộng, cây xanh và những biệt thự rộng lớn màu trắng. Khoảng 90% dân số Hà Nội sống ở "Khu phố bản địa" chỉ chiếm 1/3 diện tích bề mặt, trong khi "Khu phố Pháp" và một quận hành chính và quân sự ở phía tây chỉ có 10% dân số thành phố, nhưng lại chiếm tới 2/3 diện tích. Điều này biến Hà Nội trở thành một "thành phố kép thuộc địa" điển hình, nơi tầng lớp thượng lưu thuộc địa được hưởng lối sống sang trọng rộng rãi, trong khi người dân bản địa thuộc địa lại sống trong các khu ổ chuột chật chội có từ trước khi bị thuộc địa hóa.
Trong thời kỳ đầu Pháp cai trị Liên bang Đông Dương, các quan chức thuộc địa hầu như không biết gì về những căn bệnh nhiệt đới mà họ sắp gặp phải. Khi dịch bệnh đậu mùa, tiêu chảy, bệnh Dengue, giang mai,... bùng phát, họ chẳng thể làm gì khác ngoài dựng lên rào cản giữa họ và người bản xứ. Người Pháp coi đế quốc thực dân của họ là Sứ mệnh khai hóa văn minh và coi việc cải tạo đô thị Hà Nội là một hành động để "chống lại dịch bệnh".
Trong những năm 1890, Hà Nội được trang bị hệ thống thoát nước hiện đại sử dụng công nghệ mới nhất và có hệ thống nước ngọt riêng. Việc tiếp cận các nguồn tài nguyên này được phân chia khá chặt chẽ giữa các chủng tộc, vì hệ thống chỉ phục vụ các khu vực người da trắng, trong khi rất ít người châu Á thực sự được tiếp cận những lợi ích từ cơ sở hạ tầng đô thị mới của thành phố. Trong khi các biệt thự kiểu Pháp mới xây có cả hệ thống nước sinh hoạt và nhà vệ sinh xả nước hiện đại, hầu hết cư dân người Việt và người Hoa trong thành phố cư trú trong "Khu phố bản địa" phải lấy nước từ các đài phun nước công cộng. Chất thải của con người thường thấy trong các đài phun nước công cộng này được những người thu gom đất đêm loại bỏ trước bình minh. Thay vì hệ thống cống rãnh phù hợp, "Khu phố bản địa" chỉ có hệ thống ống máng.
Ngày 8 tháng 1 năm 1902, Yersin được Toàn quyền Đông Dương, tổng thống tương lai của Pháp, Paul Doumer, bổ nhiệm làm Hiệu trưởng đầu tiên của Trường Cao đẳng Y khoa Đông Dương. Yersin, cũng như một số chuyên gia y tế khác ở Hà Nội, lo ngại về bệnh dịch hạch đến từ miền nam Trung Quốc trên các tuyến tàu hơi nước mới được thành lập.
Vì nguồn gốc của bệnh dịch hạch là ở Vân Nam, người Pháp đã phỉ báng Trung Quốc và người Trung Quốc.