Hatake Kakashi
Xuất hiện > Trong Naruto > Phần II

Một đoạn hồi tưởng có trong anime Naruto Shippuden đề cập đến những gì mà Kakashi phải chịu đựng trong chiến tranh khi anh trở thành đặc nhiệm Ám Bộ. Anh làm công việc này trong khoảng thời gian mà Minato đảm nhận chức vụ Hokage. Đoạn phim này cũng đề cập đến ảnh hưởng của Minato đã khiến anh trở thành thành viên của đội Ám Bộ. Sau khi thôi việc ở Ám Bộ, Kakashi được đề nghị trở thành người hướng dẫn genin nhưng chỉ có Đội 7 là đội đầu tiên được anh chấp nhận huấn luyện.
Phần II lấy mốc thời gian là khoảng 2 năm rưỡi kể từ phần I, Kakashi tái thành lập Đội 7. Có một khoảng thời gian trong quá khứ, Kakashi lĩnh hội được Mangekyo Sharingan (万華鏡写輪眼, Vạn Hoa Đồng Tả Luân Nhãn) khi chứng kiến cái chết của người thân yêu nhất, với anh là Rin. Anh đã mài giũa nhãn thuật này để thuần thục khả năng của nó là "kamui" cho phép anh dịch chuyển bất kỳ đối tượng nào đến chiều không gian khác. Bởi vì học trò anh lúc này có thể tự lo cho bản thân, nên Kakashi đóng một vai trò tích cực trong những trận chiến, đặc biệt là trận chiến với tổ chức tội phạm Akatsuki. Khi thủ lĩnh Akatsuki, Pain, tấn công làng Lá, Kakashi đã giao chiến với chúng nhưng thất bại, và qua đời vì cạn kiệt chakra. Tuy nhiên, sau khi đánh bại hết phân thân của Pain, Naruto gặp người điều khiển chúng là Nagato và đàm phán. Nagato quyết định sử dụng toàn bộ sức mạnh còn sót lại của mình để hồi sinh tất cả những người đã thiệt mạng trong trận chiến, bao gồm cả Kakashi. Sau một cuộc chạm trán ngắn với Tobi, thủ lĩnh thật sự của Akatsuki, Kakashi trở thành một trong những chỉ huy của cuộc chiến chống lại đội quân của Tobi. Trong một trận chiến, khi Naruto và Killer Bee chiến đấu chống lại Tobi và lực lượng của y, Kakashi và Guy đến để trợ chiến. Trong cuộc đụng độ, Kakashi biết rằng Tobi chính là Obito, thực ra vẫn còn sống sau khi tưởng rằng anh ta đã chết. Obito tuyên bố rằng anh sẽ phá hủy trật tự thế giới vì những gì mà nó gây ra cho bạn bè anh. Kakashi vô cùng choáng váng và kinh hoàng trước hành động của Obito. Mặc dù cảm thấy bản thân có lỗi vì đã phần nào khiến cho Obito thành ra như thế, nhưng Naruto đã động viên Kakashi tiếp tục chiến đấu, và trận chiến kết thúc bằng việc Kakashi đâm xuyên qua người Obito trong chiều không gian của kamui.
Obito chưa chết, thoát ra khỏi không gian, và trở thành Jinchuriki Thập Vĩ nhưng bị Naruto và Sasuke đánh bại với sự trợ giúp của liên minh ninja. Kakashi quay trở lại thế giới thực từ chiều không gian kamui, định giết Obito, nhưng tha tội vì Obito đã hối lỗi. Khi Naruto gần như bị Madara giết, Kakashi cùng với Obito hợp lực để cứu Naruto bằng cách dịch chuyển cậu tới chiều không gian khác để Obito chữa trị. Sau khi Kakashi mất Sharingan, Naruto sử dụng nhẫn thuật mới học được để phục hồi lại con mắt của anh. Lúc Obito hi sinh, Kakashi tạm thời nhận thêm chakra của Obito và hoàn thiện Mangekyo Sharingan để có thể sử dụng Susanoo giúp Đội 7 đánh bại Kaguya, nhân vật phản diện cuối cùng của series Naruto. Sau khi chiến tranh kết thúc, Kakashi trở thành Hokage đệ lục, kế nhiệm Tsunade. Hành động đầu tiên khi anh nắm giữ chức vụ này là ân xá cho Sasuke. Kakashi nắm giữ chức vụ Hokage trong nhiều năm trước khi giao nó cho Naruto, như đã tiết lộ trong phần kết.