Thảm sát Batavia năm 1740
Kết cục

Hầu hết, các học giả đều cho rằng đã có ít nhất 10.000 người Hoa bị sát hại trong thành Batavia và có trên 500 người bị thương nặng. Khoảng 600 đến 700 ngôi nhà thuộc sở hữu của người Hoa đã bị lục soát và cháy rụi sau những vụ hỏa hoạn. Vermeulen cho rằng đã có khoảng 600 người sống sót qua sự kiện này, nhưng theo học giả người Indonesia A.R.T. Kemasang đã có khoảng 3.000 người thoát chết. Benny G. Setiono ghi chú rằng 500 bệnh nhân và tù nhân đã bị sát hại, tổng cộng có 3.432 người sống sót. Tuy nhiên, làn sóng tẩy chay người Hoa vẫn còn chưa kết thúc mà được tiếp diễn bằng một cuộc thảm sát khác tại Semarang và sau này tại Surabaya và Gresik.
Là một phần trong các điều khoản để chấm dứt bạo lực, tất cả người Hoa tại Batavia được di chuyển đến pecinan (giống như Chinatown), nằm bên ngoài thành phố, mà bây giờ được biết đến là Glodok. Điều này cho phép người Hà Lan có thể theo dõi hành vi của người Hoa dễ dàng hơn. Trong năm 1743, nhiều người Hoa đã quay trở lại sinh sống bên trong Batavia. Hàng trăm thương gia đã hoạt động trở lại. Trong khi những người Hoa khác lại do Khe Pandjang dẫn đầu trốn sang Trung Java, và tại đây họ đã tấn công các trạm giao thương Hà Lan, và sau đó gia nhập quân đội khởi nghĩa dưới sự chỉ huy của Quốc vương Pakubuwono II của Vương quốc Mataram trên đảo Java. Mặc dù cuộc nổi dậy bị dập tắt năm 1743, nhưng những cuộc xung đột tại Java tiếp tục xảy ra gần như không bị đứt quãng trong vòng 17 năm trời.
Ngày 06 tháng 12 năm 1740, van Imhoff cùng bộ thuộc đã bị bắt giữ theo lệnh của Valckenier với lý do bất phục tùng. Vào ngày 13 tháng 1 năm 1741, họ đã được gửi về Hà Lan trên một con tàu riêng biệt, con tàu cập bến vào ngày 19 tháng 9 năm 1741. Tại Hà Lan, van Imhoff thuyết phục hội đồng rằng Valckenier làm thế này là để đổ lỗi vụ thảm sát lên đầu ông, vì thế ông đã đưa ra một bài phát biểu "Consideratiën qua den tegenwoordigen staat van de Ned. OI Comp". ("Cân nhắc về tình trạng hiện tại của Công ty Đông Ấn Hà Lan") vào ngày 24 tháng 9. Như là kết quả của bài diễn văn, các cáo buộc chống lại ông và bộ thuộc của ông đã bị bác bỏ. Ngày 27 tháng 10 năm 1742, van Imhoff quay trở lại Batavia bằng chiến hạm Hersteller trên cương vị là Tân Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan. Rất nhiều kỳ vọng được các quan chức cấp cao đã đặt vào ông. Ông đến Đông Ấn vào ngày 26 tháng 5 năm 1743.
Valckenier bị yêu cầu thay thế vào cuối năm 1740, và trong tháng 2 năm 1741 đã nhận được thông báo từ phía VOC rằng van Imhoff sẽ làm người kế nhiệm ông. Một nguồn khác lại nói rằng, Toàn quyền Công ty Đông Ấn Hà Lan đã thông báo với Valckenier rằng ông đã được thay thế bằng van Imhoff, vì lý do lượng đường và cà phê được xuất khẩu vào năm 1739 quá ít và điều này đã gây thiệt hại lớn đến tài chính. Khi nhận được thông báo, thì van Imhoff lại đang trên đường quay trở về Hà Lan. Valckenier rời khỏi Đông Ấn vào ngày 6 tháng 11 năm 1741, sau khi chỉ định Johannes Thedens tạm thời giữ chức. Nắm quyền chỉ huy một hạm đội tàu buôn, Valckenier hướng về phía Hà Lan mà tiến. Ngày 25 Tháng 1 năm 1742, ông đến Cape Town, nhưng đã bị Toàn quyền ở đây là Hendrik Swellengrebel bắt giữ và điều tra theo lệnh của cấp trên. Tháng 8 năm 1742, Valckenier lại bị trả về Batavia, tại đây ông bị giam cầm trong Pháo đài Batavia, và ba tháng sau, ông bị lên án dựa trên nhiều điều, bao gồm việc đã tham gia trong vụ thảm sát. Tháng 3 năm 1744, ông bị kết tội và bị kết án tử hình, toàn bộ gia tài của ông đều bị tịch thu. Tháng 12 năm 1744, Valckenier được phép lên tiếng để tự bảo vệ bản thân. Valckenier yêu cầu thêm bằng chứng từ phía người Hà Lan, nhưng ông đã chết vì bệnh tật trong nhà giam ngày 20 tháng 6 năm 1751, trước khi công cuộc điều tra được kết thúc. Án tử hình bị hủy bỏ sau khi ông qua đời vào năm 1755. Nhà sử học Vermeulen cho rằng, vụ điều tra này được thực hiện một cách không công bằng và động cơ chủ yếu chỉ là sự phẫn nộ phổ biến tại Hà Lan. Điều này được chính thức công nhận vào năm 1760, khi con trai của Valckenier là Adriaan Isaak Valckenier, nhận được số tiền bồi thường tổng cộng lên tới 725.000 Gulden.
Ngành sản xuất đường trong khu vực bị ảnh hưởng rất nhiều bởi vụ thảm sát, rất nhiều công nhân người Hoa, nguồn nhân lực chính trong hoạt động sản xuất, đều đã bị giết hoặc bị mất tích. Ngành này bắt đầu phục hồi sau khi Toàn quyền van Imhoff lên nắm quyền, và thành lập một thuộc địa ở Tangerang. Ban đầu khu vực này chỉ dành cho những người đến từ Hà Lan, nhưng những người mới định cư tại Đông Ấn này đều quá lười biếng. Tuy nhiên, ông cũng không thể thu hút người định cư mới vì thuế má quá cao và do đó bắt buộc phải bán đất cho những cư dân sống ở Batavia. Đúng như dự đoán, rất nhiều người đã đăng ký thuê đất và trong đó cũng có rất nhiều người Hoa. Sản lượng tăng đều đặn sau này, nhưng chỉ trong giai đoạn 1740-1760, và sau đó số lượng mía đường được sản xuất lại giảm, và đi cùng với đó là số nhà máy cũng giảm. Năm 1710 có tới 131 nhà máy hoạt động trên toàn địa bàn, nhưng trong những năm 1750, con số này đã giảm xuống chỉ còn 66.