Maximilian II của Thánh chế La Mã
Trở thành người thừa kế

Vào ngày 13 tháng 9 năm 1548, Hoàng đế Karl V của Thánh chế La Mã tổ chức lễ thành hôn cho Maximilian với con gái của Charles (em họ của Maximilian) là María của Tây Ban Nha tại dinh thự ở Valladolid thuộc Vương quyền Castilla. Bằng cuộc hôn nhân, chú của ông có ý định tăng cường mối quan hệ với chi nhánh Habsburg ở Tây Ban Nha, nhưng cũng để củng cố đức tin Công giáo cho cháu trai mình. Maximilian tạm thời đóng vai trò là đại diện của hoàng đế ở Tây Ban Nha, tuy nhiên không phải là Stadtholder của Hà Lan Habsburg như ông mong đợi. Trước sự phẫn nộ của mình, Vua Ferdinand đã bổ nhiệm em trai ông là Ferdinand II, Đại công tước Áo làm quản lý Vương quốc Bohemia, tuy nhiên quyền kế vị vị ngai vàng tương lai của Maximilian đã được công nhận vào năm 1549. Ông trở lại Đế chế La Mã Thần thánh vào tháng 12 năm 1550 để tham gia vào cuộc thảo luận về vấn đề Sự kế vị của hoàng gia.
Mối quan hệ của Maximilian với chú của mình trở nên tồi tệ hơn, khi Karl V, một lần nữa bị lôi kéo bởi các Thân vương theo Tin Lành nổi loạn do Tuyển đế hầu Maurice xứ Sachsen lãnh đạo, mong muốn con trai mình là Felipe II của Tây Ban Nha kế vị ông làm hoàng đế của Thánh chế La Mã. Tuy nhiên, em trai của Karl là Ferdinand, người đã được bầu làm hoàng đế tiếp theo và con trai ông là Maximilian đã phản đối đề xuất này. Maximilian tìm kiếm sự ủng hộ của các Thân vương của Thánh chế La Mã như Albert V, Công tước xứ Bayern và thậm chí còn liên hệ với các nhà lãnh đạo Tin Lành như Maurice xứ Sachsen và Christoph, Công tước xứ Württemberg. Về lâu dài, một thỏa hiệp đã đạt được: Felipe II của Tây Ban Nha sẽ kế vị Ferdinand, nhưng trong thời kỳ trị vì của người cũ, Maximilian, với tư cách là Vua La Mã Đức, sẽ cai trị Đức. Sự sắp xếp này đã không được thực hiện và chỉ quan trọng vì sự khăng khăng của hoàng đế đã làm xáo trộn nghiêm trọng mối quan hệ hòa hợp tồn tại cho đến nay giữa hai nhánh của Vương tộc Habsburg; một căn bệnh xảy ra với Maximilian vào năm 1552 được cho là do uống thuốc độc vì lợi ích của anh họ và anh rể của ông, Felipe II của Tây Ban Nha.
Mối quan hệ giữa hai anh em họ không mấy suôn sẻ. Trong khi Felipe lớn lên như một người Tây Ban Nha và hầu như không rời khỏi vương quốc trong suốt cuộc đời, Maximilian tự nhận mình là Hoàng tử Đức tinh túy và thường tỏ ra cực kỳ ghét người Tây Ban Nha, những người mà ông coi là cố chấp và kiêu ngạo. Trong khi người anh họ của ông là người dè dặt và nhút nhát thì Maximilian lại hướng ngoại và lôi cuốn. Việc ông tuân theo chủ nghĩa nhân văn và khoan dung tôn giáo khiến ông xung đột với Felipe, người cam kết bảo vệ đức tin Công giáo hơn. Ngoài ra, ông còn được coi là một chỉ huy đầy tiềm năng, trong khi Felipe không thích chiến tranh và chỉ đích thân chỉ huy một cánh quân duy nhất một lần. Tuy nhiên, cả hai vẫn cam kết duy trì sự thống nhất của triều đại của họ.
Năm 1551, Maximilian tham dự Công đồng Trent và năm tiếp theo đến cư trú tại cung điện Hofburg ở Viên, được tổ chức bằng cuộc tuần hành trở về thành phố trong chiến thắng với một đoàn tùy tùng lớn trong đó có voi Suleiman. Trong khi cha ông là Ferdinand ký kết Hòa ước Passau năm 1552 với các Nhà nước theo Tin Lành và cuối cùng đạt được Hòa ước Tôn giáo Augsburg vào năm 1555, Maximilian chủ yếu tham gia vào chính quyền các vùng đất cha truyền con nối của Áo và bảo vệ chúng trước các cuộc xâm lược của Đế quốc Ottoman. Tại Viên, ông đã mở rộng dinh thự Hofburg của mình với dãy nhà Stallburg theo phong cách Phục hưng, địa điểm của Trường Cưỡi ngựa Tây Ban Nha sau này, đồng thời ra lệnh xây dựng Cung điện Neugebäude ở Simmering. Vào những năm 1550, Kinh thành Viên có hơn 50.000 dân, trở thành thành phố lớn nhất ở Trung Âu cùng với Praha và xếp trước Nuremberg (40.000 dân).
Quan điểm tôn giáo của vị vua tương lai xứ Bohemia luôn có phần không chắc chắn, và có lẽ ông đã học được điều gì đó về Giáo hội Luther khi còn trẻ; nhưng mối quan hệ thân thiện của ông với một số Thân vương đế chế theo đạo Tin Lành, bắt đầu vào khoảng thời gian tranh luận về quyền kế vị, có lẽ là mang lý do chính trị hơn là tôn giáo. Tuy nhiên, ở Viên, ông trở nên rất thân thiết với [de], một nhà thuyết giáo trong triều đình chịu ảnh hưởng của Heinrich Bullinger với khuynh hướng mạnh mẽ theo chủ nghĩa Luther, và thái độ tôn giáo này đã khiến cha ông thấy không thoải mái. Người ta thoải mái bày tỏ lo ngại rằng ông chắc chắn sẽ rời bỏ Giáo hội Công giáo, và khi cha ông là Ferdinand trở thành hoàng đế vào năm 1558, ông đã chuẩn bị sẵn sàng để đảm bảo với Giáo hoàng Paul IV rằng con trai ông sẽ không kế vị ông nếu ông thực hiện bước đi này. Cuối cùng, Maximilian trên danh nghĩa vẫn là một tín đồ của đức tin Công giáo, mặc dù quan điểm của ông vẫn nhuốm màu chủ nghĩa Luther cho đến cuối đời. Sau nhiều lần bị từ chối, vào năm 1560, ông đã đồng ý trục xuất Pfauser, và lại bắt đầu tham dự các Thánh lễ của Nhà thờ Công giáo.