Donnie Darko
Tiền kỳ > Kịch bản

Bộ phim được nhen nhóm ý tưởng từ cuối năm 1997 khi Kelly (lúc ấy 22 tuổi) tốt nghiệp Trường Nghệ thuật Điện ảnh USC ở Los Angeles. Trong lúc làm trợ lý khách hàng để kiếm tiền tại một nhà sản xuất hậu kỳ, anh đã nghĩ về tương lai của mình và quyết định viết kịch bản phim truyện dài đầu tiên của mình. Lúc đầu, nhiệm vụ làm Kelly hoảng sợ vì anh không muốn sản xuất thứ gì đó có chất lượng kém. Mãi đến tháng 10 năm 1998, Kelly mới cảm thấy đã đến lúc viết kịch bản và viết Donnie Darko trong 28 ngày, cùng khoảng thời gian với bộ phim. Thời điểm trong năm đã tác động Kelly để anh lấy bối cảnh phim vào dịp Halloween.
Kelly bắt đầu viết một thứ "đầy tham vọng, cá nhân và hoài cổ" về thập niên 1980, thứ đã "vượt giới hạn bằng cách kết hợp khoa học viễn tưởng với một câu chuyện đề tài tuổi mới lớn". The New York Times chú trọng vào khía cạnh câu chuyện đề tài tuổi mới lớn của thập niên năm 1980 bằng cách quan sát ảnh hưởng của John Hughes, lưu ý những người lớn "vô dụng" và thực tế là "nỗi đau làm cho Donnie nhạy cảm hơn". Kelly tóm tắt kịch bản là "một hồi ức thú vị và sâu sắc về vùng ngoại ô nước Mỹ trong thời đại Reagan". Anh nhớ lại một câu chuyện thời sự mà anh từng đọc khi còn nhỏ (mà sau này anh gọi là truyền thuyết đô thị), kể về một tảng băng lớn rơi từ cánh máy bay và đâm xuyên qua phòng ngủ của một cậu bé, lúc mà cậu vắng mặt và do đó giúp cậu thoát chết. Kelly đã sử dụng điều này để phát triển ý tưởng đầu tiên về một động cơ phản lực rơi xuống một ngôi nhà và không ai có thể xác định được nguồn gốc của nó. Sau đó, anh xây dựng phần còn lại của kịch bản với mục đích giải quyết bí ẩn ở phần cuối trong lúc thực hiện một "chuyến đi thú vị nhất" để đến đó, mặc dù tại thời điểm này anh biết chiếc máy bay là chiếc mà mẹ của Donnie đã đi và đến từ một chiều không gian khác. Có lúc Kelly đã cân nhắc việc thay thế động cơ phản lực bằng một tảng băng, giống như anh từng đọc.
Kelly kiên quyết lấy bối cảnh bộ phim vào năm 1988, thấy rằng sẽ rất mới mẻ nếu khám phá thời đại và mô tả một xã hội mà anh chưa từng thấy trong một bộ phim trước đây. Sau này anh ấy thừa nhận rằng mình cảm thấy áp lực phải làm cho bối cảnh thêm phần hiện đại hơn. Tuy nhiên, anh lại không thể tìm ra cách để xây dựng câu chuyện trong bối cảnh như vậy và đành giữ lại bối cảnh gốc. Bản thảo đầu tiên có cảnh Donnie thức dậy ban đầu tại một trung tâm mua sắm, thay vì một sân gôn. Kelly nảy ra ý tưởng cho những trải nghiệm của Donnie về chứng tâm thần phân liệt hoang tưởng từ nghiên cứu chủ đề trực tuyến. Anh coi một chứng rối loạn rộng khó mà xác định như vậy là "một cách tuyệt vời để tạo ra một câu chuyện siêu nhiên" theo nghĩa khoa học. Bản thảo đầu tiên dài từ 145–150 trang; Kelly không thay đổi những gì mình định viết ban đầu vì anh biết rằng việc dừng lại để đánh giá sẽ làm anh phải xét lại. Anh đã trình bày kịch bản với nhà sản xuất Sean McKittrick, ông kể rằng mình "chưa bao giờ đọc bất cứ thứ gì như thế này trước đây"; ông vừa giúp tinh chỉnh kịch bản, vừa làm cho câu chuyện đủ dễ hiểu. Sau khi viết thêm hai bản nháp nữa, cặp đôi đã hoàn thiện một kịch bản dài 128 trang. Kelly thấy rằng nếu anh làm rõ thêm phần kết của bộ phim, "bộ phim sẽ sụp đổ theo phép tự huyễn hoặc của chính nó", và ghi nhận McKittrick, Juvonen và Gyllenhaal là những người "kích động" và "có tiếng nói" để không cho cốt truyện có một câu trả lời đơn giản nào.
Có một vài liên hệ tự truyện với Kelly và bộ phim; anh kể rằng có "rất nhiều con người tôi" trong nhân vật Donnie. Kelly lớn lên ở Midlothian, Virginia (cũng là một thị trấn ngoại ô), nơi một người phụ nữ địa phương tên là Grandma Death sẽ đứng bên đường, liên tục mở và đóng hộp thư của mình. Kelly còn lồng ghép vào truyện phim khoảnh khắc anh suýt tông phải một người vô gia cư khi đang lái xe, tranh luận với giáo viên trong trường về chương trình giảng dạy và trải nghiệm cá nhân của anh về chứng mộng du. Từ "fuck-ass" (được sử dụng trong cảnh ăn tối của gia đình Darko) là từ mà hai người bạn học chung trường điện ảnh của Kelly sử dụng khi họ thỉnh thoảng nói nhau những lời lăng mạ. Ngay từ đầu Frank đã là một con thỏ, nhưng Kelly không chắc liệu nhân vật này bắt nguồn từ một giấc mơ hay sở thích lâu năm của mình trong cuốn tiểu thuyết động vật Watership Down của Richard Adams. Cuốn tiểu thuyết được giảng dạy trong lớp học tiếng Anh của Karen sau khi nhà trường xóa Graham Greene khỏi chương trình giảng dạy của cô, nhưng đó là một tình tiết phụ đã bị xóa trong phiên bản chiếu rạp nhưng được đưa vào bản cắt của đạo diễn.