Ngô Đình Diệm
Tổng thống Việt Nam Cộng hòa > Khủng hoảng Phật giáo

Bài chi tiết: Biến cố Phật giáo, 1963
Xem thêm: Tấn công hóa học ở Huế, Thích Quảng Đức, và Cuộc tấn công chùa Xá Lợi
Các mối quan hệ của chế độ Ngô Đình Diệm với Hoa Kỳ đã trở nên tồi tệ hơn trong năm 1963, do sự bất mãn ngày một tăng trong phần lớn Phật tử ở miền Nam Việt Nam. Tháng 5 năm 1963, ở Huế một thành phố trung tâm của đạo Phật, theo Topmiller, người anh của Ngô Đình Diệm là tổng Giám mục Ngô Đình Thục đã cấm phật tử và nhà chùa treo cờ nhà Phật trong lễ Phật đản căn cứ trên quy định cấm treo các loại cờ tôn giáo ở nơi công cộng còn theo tác giả Nguyễn Hiền Đức, Ngô Đình Cẩn chỉ thị cho Tỉnh trưởng yêu cầu ban Tổ chức lễ Phật Đản chỉ cần thông báo cho toàn thể tín đồ Phật giáo đừng treo cờ Phật giáo trong ngày lễ, Phật tử nào đã treo cờ rồi thì cứ để cho treo hết lễ. Vài ngày trước đó thì người Công giáo lại được phép treo cờ trong các lễ kỷ niệm của họ. Tuy nhiên, sau đó Phật giáo và chính quyền thành phố Huế đã đạt được thỏa thuận cho phép dân chúng treo cờ Phật giáo.
Nhưng thượng tọa Thích Trí Quang vẫn quyết định tiếp tục đấu tranh nhằm chống lại quy định của chính quyền. Trong lúc Phật tử tụ tập trước đài phát thanh Huế chờ nghe bài diễn văn của Thượng tọa Thích Trí Quang đã xảy ra vụ nổ giết chết 9 thường dân không vũ trang. Mặc dù tỉnh trưởng bày tỏ sự cảm thông và chia buồn sâu sắc đối với thân nhân những người chết và đề xuất bồi thường cho gia đình nạn nhân, nhưng tỉnh trưởng vẫn nhất quyết phủ nhận lực lượng của chính phủ đàn áp giết chết người biểu tình, đồng thời cho rằng Việt Cộng là thủ phạm. Theo Karnow, lực lượng an ninh quân đội Việt Nam Cộng hòa đã đàn áp cuộc biểu tình của Phật giáo. Ngô Đình Diệm và những người cùng phe cáo buộc Việt Cộng phải chịu trách nhiệm về những cái chết của thường dân và tuyên bố những người biểu tình phải chịu trách nhiệm về tình trạng bạo lực
Các tổ chức Phật giáo đã đưa ra một bản Tuyên ngôn gồm 5 điểm: tự do treo cờ tôn giáo, chấm dứt bắt bớ bừa bãi, bồi thường cho các nạn nhân Huế, các quan chức chịu trách nhiệm về vụ đàn áp phải bị xử lý và bình đẳng tôn giáo. Chính quyền cấm các cuộc biểu tình, ra lệnh cho quân đội cảnh sát bắt giữ những người tham gia vào các cuộc tuần hành biểu tình.
Ngày 3 tháng 6 năm 1963, người biểu tình cố gắng diễu hành qua chùa Từ Đàm. Quân lực Việt Nam Cộng hòa sử dụng hơi cay và chó nghiệp vụ tấn công người biểu tình 6 lần để giải tán đám đông nhưng bất thành, cuối cùng quân đội sử dụng hóa chất lỏng màu nâu đỏ để tưới vào đám đông người biểu tình đang cầu nguyện, kết quả là 67 người phải nhập viện vì nhiễm độc. Lệnh giới nghiêm sau đó đã được chính quyền Diệm ban hành.
Để xoa dịu Phật giáo, ngày 4 tháng 6 năm 1963, Chính phủ Ngô Đình Diệm thành lập Ủy ban Liên bộ để nghiên cứu giải quyết những nguyện vọng của Phật giáo, do Phó Tổng thống Nguyễn Ngọc Thơ đứng đầu. Một phái đoàn hỗn hợp của hai bên được gửi ra Huế để giải tỏa các chùa Từ Đàm, Linh Quang, Báo Quốc, và Chùa Diệu Đế, đồng thời kêu gọi Phật tử trở về sinh hoạt bình thường, kiên nhẫn chờ đợi hành động của chính quyền.
Bước ngoặt của cuộc khủng khoảng Phật giáo năm 1963 đến vào tháng 6, khi hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu giữa một ngã tư đông đúc ở Sài Gòn để phản đối các chính sách của Diệm; bức ảnh chụp lại cảnh tượng này đã nhanh chóng phổ biến trên khắp thế giới, và đối với nhiều người những hình ảnh này đã chứng minh cho sự thất bại của chính phủ Việt Nam Cộng hòa. Một số nhà sư khác đã tự thiêu, noi gương theo hòa thượng Thích Quảng Đức.
Trước tình hình đó, Ủy ban Liên bộ của chính quyền Việt Nam Cộng hòa và Ủy ban Liên phái của Phật giáo sau khi thảo luận đã ra bản Thông cáo chung với nội dung cho phép treo cờ Phật giáo nơi công cộng nhưng phải kèm theo cờ quốc gia, chính phủ hứa sẽ thay thế dụ số 10 bằng một đạo luật mới do Quốc hội ban hành, lập Ban điều tra để xem xét tất cả các đơn khiếu nại của Phật giáo, phóng thích những người liên quan đến cuộc đấu tranh của Phật giáo, những sinh hoạt tôn giáo thuần túy và thường xuyên không diễn ra nơi công cộng không cần xin phép, tạo điều kiện cho Phật giáo xây chùa, trừng phạt các cán bộ có trách nhiệm trong sự kiện Phật đản ngày 8 tháng 5 năm 1963 nếu thật sự họ có lỗi, trợ giúp các nạn nhân trong sự kiện Phật đản.
Sau khi bản Thông cáo chung được công bố, phía Phật giáo cho rằng các chính quyền địa phương đang ngầm chống lại việc thực thi Thông cáo chung nên tiếp tục đấu tranh. Cuộc đấu tranh của Phật giáo khiến chính quyền Việt Nam Cộng hòa do Tổng thống Ngô Đình Diệm lãnh đạo mất uy tín cả trong lẫn ngoài nước. Điều này buộc Tổng thống Ngô Đình Diệm ra thông điệp kêu gọi hòa giải giữa chính phủ Việt Nam Cộng hòa và Phật giáo. Tuy nhiên Phật giáo không chấp nhận hòa giải mà vẫn tiếp tục đấu tranh.
Chính phủ Hoa Kỳ ngày càng thất vọng với những hình ảnh công bố các nhà lãnh đạo không được ưa chuộng cả ở Việt Nam và Hoa Kỳ. Ngô Đình Diệm sử dụng lý lẽ chống cộng truyền thống của mình, buộc tội những người chống đối là cộng sản. Khi các cuộc biểu tình chống chính phủ của Ngô Đình Diệm vẫn tiếp tục trong suốt mùa hè năm 1963, thì các lực lượng đặc biệt trung thành với chính phủ đã tiến hành một cuộc đột kích vào chùa Xá Lợi ở Sài Gòn vào tháng 8 cùng năm. Chùa bị phá hoại, các nhà sư bị đánh đập, hài cốt hỏa táng của hòa thượng Thích Quảng Đức, bao gồm cả trái tim của ông được những phật tử coi là một di tích tôn giáo, cũng bị lực lượng an ninh tịch thu.
Các cuộc tấn công đồng thời được thực hiện trên toàn Việt Nam Cộng hòa, chùa Từ Đàm ở Huế bị cướp phá, tượng phật Tất-đạt-đa Cồ-đàm bị phá hủy và di thể một nhà sư đã tạ thế cũng bị đưa đi. Khi dân chúng đến để bảo vệ các nhà sư đã đụng độ với quân đội và cảnh sát, dẫn đến 30 thường dân thiệt mạng và 200 người khác bị thương. Tổng cộng đã có 1.400 nhà sư bị bắt, khoảng 30 nhà sư bị thương trên toàn lãnh thổ Việt Nam Cộng hòa. Hoa Kỳ đã cho thấy quan điểm không tán thành chính quyền của Diệm khi đại sứ Hoa Kỳ là Henry Cabot Lodge, Jr. tới thăm một ngôi chùa. Không có thêm các cuộc biểu tình của Phật tử xảy ra trong thời gian nắm quyền còn lại của Ngô Đình Diệm (khoảng 5 tháng).
Trong thời gian này, em dâu của Ngô Đình Diệm là Trần Lệ Xuân, một người từng theo đạo Phật và sau cải đạo sang Công giáo, có thể coi Trần Lệ Xuân là Đệ Nhất phu nhân de facto (trên thực tế) do Ngô Đình Diệm không lập gia đình; Trần Lệ Xuân đã đổ thêm dầu vào lửa khi chế giễu các vụ tự thiêu của các nhà sư, coi họ là "thịt nướng" (barbecues), và tuyên bố "Nếu các phật tử muốn có thêm thịt nướng, Tôi sẽ vui mừng cung cấp xăng cho họ" (nguyên văn: If the Buddhists want to have another barbecue, I will be glad to supply the gasoline). Các cuộc tấn công vào chùa chiền đã làm dấy lên băn khoăn lo lắng lan rộng trong công chúng ở Sài Gòn. Sinh viên đại học Sài Gòn đã bãi khóa và tổ chức các cuộc bạo động, dẫn đến việc bắt giữ, bỏ tù và đóng cửa các trường đại học; điều này đã lặp lại tại Đại học Huế. Khi học sinh trung học diễu hành biểu tình, Ngô Đình Diệm cũng đã bắt học sinh; trên 1.000 học sinh từ các trường trung học ở Sài Gòn, hầu hết là con em các công chức dân sự Sài Gòn, đã bị gửi tới các trại cải tạo, theo báo cáo bao gồm cả trẻ em lên năm, bị buộc tội vẽ và viết các câu, hình vẽ chống chính phủ. Bộ trưởng ngoại giao của Diệm là Vũ Văn Mẫu đã từ chức, cạo đầu giống như một nhà sư để phản đối. Khi ông cố gắng rời Việt Nam Cộng hòa để tham gia một cuộc hành hương đến đất phật Ấn Độ, thì bị bắt và bị quản thúc.
Ngày 20 tháng 8 năm 1963, Ngô Đình Nhu chỉ đạo lực lượng an ninh của đại tá Lê Quang Tung phát động chiến dịch Nước Lũ ào ạt tấn công chùa Xá Lợi, Giác Minh, Ấn Quang, Từ Quang, Therevada ở Sài Gòn và chùa chiền khắp toàn quốc. Họ mặc đồng phục của quân đội trong khi đột kích để cho mọi người thấy rằng Quân đội chính phủ đứng sau lưng họ trong cuộc đàn áp này. Lực lượng của Ngô Đình Nhu đã bắt hơn 400 nhà sư đang ngồi trước tượng Đức Phật. Hàng ngàn phật tử khác cũng bị bắt giữ trên cả nước (riêng tại Sài Gòn là 1.400 người) với lý do "Phật giáo là tay sai của Việt cộng". Hệ quả tức thời của chiến dịch Nước Lũ là toàn bộ thành phần lãnh đạo Phật giáo bị bắt giữ, phong trào đấu tranh của Phật giáo gần như bị tê liệt.
Trong ba tháng sau chiến dịch Nước Lũ, nhiều vị lãnh đạo trên thế giới, kể cả Giáo hoàng Phaolô VI và các tổ chức Công giáo, đã lên án Ngô Đình Diệm. Ngô Đình Thục đến Vatican nhưng không được Giáo hoàng tiếp, Trần Lệ Xuân dẫn phái đoàn Quốc hội đi nước ngoài bị biểu tình phản đối. Cuối tháng 9/1963, Tổ chức Liên Hợp Quốc quyết định gửi phái đoàn đến Việt Nam để điều tra tình hình đàn áp Phật giáo theo lời mời của Việt Nam Cộng hòa.