I-12 (tàu ngầm Nhật)
Lịch sử hoạt động > Cuộc thảm sát John A. Johnson

Đến chiều tối ngày 29 tháng 10, I-12 ở vị trí cách 1.000 nmi (1.900 km) về phía Đông Bắc Oahu, Hawaii, khi nó phát hiện John A. Johnson đang di chuyển với vận tốc 8,9 kn (16,5 km/h) trong hoàn cảnh biển động. I-12 phóng hai quả ngư lôi tấn công lúc 21 giờ 05 phút; một quả băng qua cách đuôi con tàu Liberty 50 yd (46 m), nhưng quả kia đánh trúng mạn trái ngay trước cầu tàu. John A. Johnson bị ngập nước khoang hàng số 3, mất điện toàn bộ, và một xuồng cứu sinh bị phá hủy.  John A. Johnson đánh điện cầu cứu và báo cáo vị trí bị tấn công tại tọa độ 29°55′B 141°25′T﻿ / ﻿29,917°B 141,417°T﻿ / 29.917; -141.417. Con tàu bị vỡ làm đôi chỉ mười phút sau khi trúng ngư lôi, và thủy thủ bắt đầu bỏ tàu tại tọa độ 31°55′B 139°45′T﻿ / ﻿31,917°B 139,75°T﻿ / 31.917; -139.750. Một xuồng cứu sinh bị đắm, nhưng toàn bộ 70 người trên tàu, bao gồm 41 thủy thủ, 28 pháo thủ và một sĩ quan an ninh Hoa Kỳ, trèo lên xuồng cứu sinh số 2 và số 4 cùng một phao cứu sinh.
I-12 trồi lên mặt nước khoảng 20 phút sau đó, đi chung quanh các xuồng cứu sinh với tốc độ cao. Sau đó nó tìm cách húc xuồng cứu sinh số 2, rồi xả súng máy và pháo phòng không 25-mm vào những người trên xuồng và những người đã phóng xuống nước. Trong 45 phút tiếp theo nó lặp lại hành động trên với những người trên xuồng cứu sinh số 4 và trên phao cứu sinh. Sau đó nó nả pháo 14-cm vào cả hai phần của John A. Johnson từ khoảng cách 2.000 yd (1.800 m), khiến cả hai phần đều bốc cháy. Nó tiếp tục ở lại hiện trường thêm hai giờ, nhưng không còn bắn vào những người sống sót, vốn tin rằng I-12 sẽ đợi đến lúc trời sáng để tiếp tục cuộc thảm sát.
Lúc khoảng 01 giờ 00 ngày 30 tháng 10, một thủy phi cơ Boeing 314 Clipper của hãng hàng không Pan Am đang trong hành trình từ San Francisco đến Honolulu đã trông thấy hai phần của John A. Johnson đang bốc cháy, các xuồng cứu sinh và I-12 ở gần đó. Đội bay và hành khách cũng chứng kiến phần mũi con tàu nổ tung và đắm lúc 01 giờ 05 phút. Một nữa phía sau con tàu vẫn còn nổi được và tiếp tục cháy. Đội bay đã báo cáo tình huống cho giới chức thẩm quyền tại San Francisco, và chuyển tiếp thông tin cho tàu tuần tra USS Argus của Hải quân Mỹ, vốn đã nghe thấy vụ nổ từ khoảng cách 90 nmi (170 km) và đang tiếp cận hiện trường. Một máy bay tìm kiếm và cứu nạn phát hiện những người sống sót lúc 08 giờ 00 ngày 30 tháng 10, và đến 14 giờ 00 phút Argus đến nơi, cứu được khoảng 60 người,  và đưa họ về đến San Francisco vào ngày 3 tháng 11.
Các nguồn khác nhau cho số liệu khác biệt về tổn thất nhân mạng của John A. Johnson, nhưng ít nhất sáu người đã thiệt mạng. Có nguồn cho rằng bốn thủy thủ, năm pháo thủ hải quân và sĩ quan an ninh lục quân đã mất tích và được cho là đã thiệt mạng. Một nguồn khác cho rằng có tổng cộng mười người đã tử trận. Do John A. Johnson bị vỡ làm đôi và chỉ có phần mũi bị đắm, phía Nhật Bản đã ghi công nhầm cho I-12 đã đánh chìm được đến hai tàu.
Một đội tìm-diệt tàu ngầm Hải quân Hoa Kỳ hình thành chung quanh tàu sân bay hộ tống USS Corregidor bắt đầu truy lùng I-12, và máy bay tuần tra TBM Avenger xuất phát từ Corregidor báo cáo đã tấn công những tàu ngầm không rõ nhận dạng vào các ngày 2 và 4 tháng 11. Một số nguồn cho rằng chiếc thuyền buồm New Zealand Pamir đã trông thấy I-12 tại tọa độ 24°31′B 146°47′T﻿ / ﻿24,517°B 146,783°T﻿ / 24.517; -146.783 vào ngày 12 tháng 11, nhưng không có chứng cứ xác thực, và theo nguồn khác có thể con tàu bị Pamir phát hiện là tàu ngầm Hoa Kỳ USS Spot.