Ngô Đình Diệm
Tổng thống Việt Nam Cộng hòa > Bị đảo chính lần thứ hai

Bài chi tiết: Đảo chính Việt Nam Cộng hòa 1963
Theo Thomas Ahern Jr., bắt đầu từ tháng 10 năm 1960 CIA bắt đầu nhận thấy mầm mống nổi loạn chống Ngô Đình Diệm ở Sài Gòn ngày càng tăng, CIA tập hợp thông tin về thành phần bất mãn trong quân đội đồng thời cố gắng khai thác tướng Trần Văn Minh và các nguồn khác nhằm liên lạc với thành phần tham gia đảo chính. Nhân viên CIA Miller được lệnh của Trạm CIA tránh can dự "cố vấn" cho phe đảo chính mà chỉ việc lặng lẽ theo dõi diễn biến rồi báo cáo về Trạm.
Bùi Diễm (sau năm 1963 là Đại sứ Việt Nam Cộng hòa tại Hoa Kỳ) đã viết trong hồi ký của mình rằng: tướng Lê Văn Kim đã yêu cầu hỗ trợ nhằm thực hiện điều mà chính phủ Hoa Kỳ cũng muốn làm với chính quyền của Ngô Đình Diệm (tức gạt bỏ chính quyền của Ngô Đình Diệm). Bùi Diễm đã liên lạc với cả đại sứ và các nhà báo thạo tin của Hoa Kỳ ở miền Nam Việt Nam, như David Halberstam (New York Times), Neil Sheehan (United Press International) và Malcolm Browne (Associated Press).
Theo lời Bùi Kiến Thành, một người thân cận với Tổng thống Ngô Đình Diệm thì "Qua sự trung gian của đại sứ Ấn Độ trong Ủy ban Đình chiến, và Đại sứ Pháp… qua các cuộc đi săn bắn của ông Nhu trên vùng biên giới hai bên đã có những cuộc chia sẻ, chưa hẳn là thương thảo nhưng đã liên lạc được với nhau rồi. Khi Mỹ nghe như thế thì họ nói chính phủ Ngô Đình Diệm phản thùng và họ đưa việc này ra cho mấy ông tướng lãnh Việt Nam Cộng Hòa bảo là ông Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu "bán nước cho cộng sản", vì vậy các anh phải lật đổ Ngô Đình Nhu, Ngô Đình Diệm đi để “cứu nước” không thì họ theo cộng sản, “bán đứng” các anh cho cộng sản...Những đầu óc suy yếu của những anh tướng hữu dũng vô mưu không biết gì cả, nghe như thế lại tưởng rằng mình là người ái quốc ái quần, lật đổ Ngô Đình Diệm để "cứu đất nước khỏi họa cộng sản" ".
Henry Cabot Lodge, Jr. đại sứ Hoa Kỳ tại Việt Nam Cộng hòa sau khi biết về âm mưu đảo chính được lên kế hoạch bởi các tướng lĩnh của Quân lực Việt Nam Cộng hòa, do tướng Dương Văn Minh cầm đầu đã báo cáo cho Tổng thống Mỹ John F. Kennedy xin ý kiến. Biên bản cuộc họp ngày 29 tháng 10 năm 1963 giữa Kennedy và các cố vấn cho thấy Kennedy sau khi họp với 15 cố vấn ngoại giao cao cấp và chuyên gia an ninh quốc gia không đưa ra được ý kiến thống nhất về vấn đề này mà để cho đại sứ Mỹ Henry Cabot Lodge, Jr. tùy cơ ứng biến. Tại Washington, ngoại trưởng Dean Rusk truyền đạt quyết định đến Đại sứ Lodge ở Sài Gòn. Lodge báo tin cho nhân viên CIA Lucien Conein.
Lucien Conein, đặc vụ của CIA, trở thành đầu mối liên lạc giữa Đại sứ quán Hoa Kỳ với các tướng lĩnh đảo chính, do Trần Văn Đôn đứng đầu. Ngày 3 tháng 10 năm 1963, Conein gặp tướng Minh là người nói cho ông biết ý định đảo chính và yêu cầu người Mỹ hỗ trợ nếu nó thành công. Trong phim tài liệu Việt Nam: Cuộc chiến 10.000 ngày của đạo diễn Michael Maclear, nhân viên CIA Lucien Conein kể lại rằng khi được thông báo về ý định đảo chính ông ta nói: "Lệnh mà tôi nhận là thế này: Tôi phải cho Tướng Minh biết rằng chính phủ Hoa Kỳ sẽ không cản trở cuộc đảo chính của họ, và tôi đã truyền đạt điều này.". Sau đó Conein bí mật gặp tướng Trần Văn Đôn để nói với ông này rằng Hoa Kỳ phản đối bất cứ hành động ám sát nào. Tướng Trần Văn Đôn trả lời "Được rồi, nếu anh không thích điều đó chúng ta sẽ không nói về nó nữa.". Theo một nguồn khác, Conein cung cấp cho nhóm tướng lĩnh Việt Nam Cộng hòa một số tiền mặt lên tới 40.000 USD để hỗ trợ cho việc thực hiện đảo chính với lời hứa rằng Hoa Kỳ sẽ không làm bất cứ điều gì để bảo vệ Ngô Đình Diệm.
Ngày 30 tháng 10 năm 1963, phụ tá Ngoại trưởng Mỹ Roger Hilsman gửi đến Đại sứ Mỹ tại Sài Gòn một bức mật thư mà ông này gọi đó là "Hoàng hôn của các thần linh". Trong bức mật thư này có đoạn:
Tướng Dương Văn Minh và các đồng mưu lên kế hoạch lật đổ chính phủ của Ngô Đình Diệm vào ngày 1 tháng 11 năm 1963 bằng một cuộc đảo chính nhanh gọn chóng vánh. Ngày 1 tháng 11 năm 1963, lực lượng đảo chính đưa quân đội tới chiếm đóng tất cả các vị trí trọng yếu ở Sài Gòn, chặn mọi cửa ngõ ra vào nội đô. Tại dinh tổng thống, chỉ có một lực lượng nhỏ trung thành bảo vệ cho Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu, các tướng lĩnh đảo chính kêu gọi Ngô Đình Diệm đầu hàng và Ngô Đình Diệm sẽ được ra nước ngoài sống lưu vong nếu đầu hàng. Tuy nhiên tối hôm đó, Ngô Đình Diệm và đoàn tùy tùng đã trốn thoát khỏi dinh tổng thống bằng một đường hầm tới Chợ Lớn, về lánh nạn tại nhà thờ Cha Tam - Chợ Lớn. Sáng sớm ngày 2 tháng 11, Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu bị lực lượng đảo chính bắt, cuộc đảo chính tới đây là kết thúc, phe đảo chính chỉ còn việc thành lập chính phủ mới. Hành động đảo chính đã đưa Việt Nam Cộng hòa đến tình trạng khủng hoảng lãnh đạo trong một thời gian cho đến khi Nguyễn Văn Thiệu trở thành Tổng thống Việt Nam Cộng hòa.