Biểu tình của sinh viên Nhật Bản 1968–1969
Suy yếu

Vào đầu năm 1969, các sinh viên hy vọng rằng họ sẽ chống cự lại lực lượng cảnh sát. Trong bối cảnh bạo lực tiếp diễn, chính phủ đã hủy bỏ kỳ thi tuyển sinh đại học mùa xuân năm 1969. Tình hình đặc biệt hỗn loạn ở Đại học Tokyo. Minsei Dōmei, một nhóm Zengakuren ủng hộ JCP, đang giành thắng thế, gây áp lực buộc Zenkyōtō Đại học Tokyo phải kêu gọi viện trợ từ Đại học Nihon và Đại học Chuo. Bản thân các sinh viên bắt đầu vỡ mộng, nhiều người đã bỏ phiếu để ngăn chặn các cuộc đình công tại Đại học Tokyo. Một số người khác thì tiếp tục cố thủ trong các tòa nhà như Giảng đường Yasuda, sẵn sàng đường đầu với một cuộc bao vây của cảnh sát.
Vào ngày 18 tháng 1 năm 1969, hàng ngàn cảnh sát đã di chuyển vào Đại học Tokyo. Nhà văn theo chủ nghĩa dân tộc Yukio Mishima đã rất lo lắng đến nỗi đích thân liên lạc với cảnh sát để yêu cầu họ cẩn thận. Xung đột vẫn tiếp diễn giữa các bè phái Zengakuren và Zenkyōtō mặc dù sức mạnh của những nhóm này đã suy giảm đi đáng kể. Bất chấp sự ngoan cố của các nhóm trong Giảng đường Yasuda, tới cuối tuần cảnh sát đã kiểm soát được mái của tòa nhà, nơi trú đóng cuối cùng của phong trào sinh viên ở Đại học Tokyo. Phong trào ở giai đoạn này đã giảm sút, suy yếu, với số trường đại học bị chiếm đóng đã giảm xuống còn 33. Sau cuộc bao vây, Mishima phát biểu trước các sinh viên, chỉ trích họ không đủ niềm tin để chết vì lý tưởng. Cuộc giao tranh ở Yasuda, được phát sóng trên truyền hình, chỉ làm thổi bùng lên ngọn lửa của các nhà hoạt động sinh viên ở những nơi khác.
Tình trạng bất ổn nổ ra sau cuộc bao vây dẫn đến số lượng trường bị chiếm đóng tăng vọt từ 33 lên 77 vào tháng 3 và 111 vào tháng 4. Tuy nhiên, chính phủ bắt đầu chú ý đến các cuộc biểu tình, và cảnh sát củng cố lập trường chống lại các sinh viên. Vào tháng 2, các rào chắn tại Đại học Nihon đã được dỡ bỏ và trường đại học đã mở lại các lớp học. Các kỳ thi tuyển sinh được tổ chức dưới sự canh gác nghiêm ngặt của cảnh sát. Sự chú ý chuyển sang Đại học Kyoto, nơi Zenkyōtō Kyoto và phân hội Minsei Dōmei địa phương, được hỗ trợ bởi Đại học Kyoto, đã đánh nhau ác liệt. Các sinh viên thuộc Zenkyōtō sau đó dựng rào chắn quanh các tuyến đường chính ở trung tâm Kyoto và tuyên bố nơi đây là "khu vực giải phóng". Cảnh sát chống bạo động đã được điều động đến để đối phó. Kỳ thi tuyển sinh được tổ chức vào tháng 3 tại các trung tâm khẩn cấp ở Kyoto dưới sự bảo vệ của cảnh sát, sau đó các cuộc biểu tình tại Đại học Kyoto nổ ra. Vào Ngày Okinawa, các sinh viên đã đụng độ với cảnh sát ở trung tâm Tokyo trong bối cảnh một cuộc biểu tình lớn hơn chống lại sự chiếm đóng Okinawa của Mỹ. Cuộc biểu tình của sinh viên lại tăng đột biến vào tháng 6, khi liên minh với nhiều nhóm cánh tả khác để phản đối Chiến tranh Việt Nam.
Cuối năm 1968, Thủ tướng Satō Eisaku bổ nhiệm Michita Sakata, người trước đó đã kêu gọi một cuộc điều tra đặc biệt về các trường đại học vào năm 1968, làm Bộ trưởng Bộ Giáo dục. Ông được giao nhiệm vụ đối phó với những lời kêu gọi chính phủ can thiệp vào các trường đại học. Vào tháng 5 năm 1969, ông đã ban hành "Đạo luật về biện pháp tạm thời liên quan đến quản lý đại học". Chính phủ đã gấp rút thông qua đạo luật ở quốc hội và thi hành vào tháng 8. Đạo luật kêu gọi thành lập Hội đồng Giáo dục Trung ương và cho phép các nhà trường gọi cảnh sát chống bạo động đến để giải quyết tranh chấp với sinh viên. Đạo luật này như một đòn giáng nặng nề đối với những sinh viên vốn đã sa sút nhuệ khí và là một trong những yếu tố chính dẫn đến sự sụp đổ của phong trào.
Đến cuối năm 1969, các nhóm sinh viên dần tan rã. Một số lượng lớn các chướng ngại vật đã bị phá bỏ và bạo lực từ từ kết thúc. Zenkyōtō Quốc gia, được thành lập vào năm 1969 và đạt đỉnh điểm hoạt động vào tháng 9 với một cuộc mít tinh được tổ chức tại Công viên Hibiya, bị sụp đổ do đấu đá nội bộ. Các phong trào nhỏ lẻ dần. Mặc dù vậy, các sinh viên vẫn tiếp tục bạo loạn trên đường phố, tập trung nhiều hơn vào những vấn đề như chiến tranh Việt Nam và việc gia hạn sắp tới của hiệp ước Anpo. Vào năm 1970, tình hình tại các trường học đã trở lại bình thường.