Yamamoto Isoroku
An táng

Thi thể của Yamamoto, cùng với địa điểm máy bay rơi, được tìm thấy vào ngày hôm sau trong khu rừng nhiệt đới trên đảo Bougainville bởi một nhóm tìm kiếm và cứu nạn Nhật Bản, do kỹ sư quân đội Trung úy Tsuyoshi Hamasuna chỉ huy. Theo Hamasuna, Yamamoto đã bị văng ra khỏi đống đổ nát của chiếc máy bay, bàn tay vẫn đeo găng trắng và nắm lấy chuôi thanh katana, ông vẫn ngồi thẳng trên ghế dưới tán cây. Hamasuna cho biết Yamamoto có thể được nhận ra ngay lập tức, khi ấy đầu ông cúi xuống như thể đang suy nghĩ sâu sắc. Khám nghiệm tử thi tiết lộ rằng Yamamoto đã trúng hai vết đạn 50 li, một vết ở phía sau vai trái và một vết khác ở bên trái hàm dưới của anh ta. Bác sĩ hải quân Nhật Bản kiểm tra thi thể xác định rằng vết thương ở đầu đã giết chết Yamamoto. Các chi tiết khủng khiếp hơn về cái chết của Yamamoto đã được giấu kín với công chúng Nhật Bản. Theo người viết tiểu sử Hiroyuki Agawa, báo cáo y tế đã được thay đổi "theo lệnh từ cấp trên".
Toàn bộ thi thể sau đó được đoàn tìm kiếm chở về Buin, và được làm lễ hỏa thiêu trên đỉnh của một ngọn núi gần đó. Tro cốt của Yamamoto được đặt vào một hộp gỗ thông, và được đưa về Truk để làm nghi lễ long trọng trước khi được đưa về Tokyo trên thiết giáp hạm Musashi - soái hạm của Yamamoto. Hơn một tháng sau khi tro cốt của Yamamoto được đưa về Tokyo, ngày 21 tháng 5 năm 1943, chính phủ Nhật Bản mới chính thức công bố về cái chết của Yamamoto và gây sốc tới toàn bộ công chúng Nhật Bản. Đài phát thanh Tokyo đã thông báo rằng: "Ðô đốc Yamamoto trong khi chỉ huy tại tiền tuyến vào tháng Tư năm nay, đã giao chiến với địch quân và oanh liệt đền nợ cho tổ quốc bằng một cái chết anh hùng." Yamamoto được truy phong hàm Nguyên soái Đại tướng Hải quân và được truy tặng Đại thụ Cúc Huân chương vào ngày 22 tháng 5 năm 1943.
Tro cốt của Yamamoto được tách ra làm hai phần để được tổ chức hai đại tang lễ cấp quốc gia. Tang lễ đầu tiên được tổ chức ở Công viên Hibiya ở trung tâm Tokyo, với sự góp mặt của nhiều nhân vật quan trọng trong chính phủ và ngoài chính phủ Nhật Bản. Phần tro này được chôn cất bên cạnh ngôi mộ của Đô đốc Tōgō Heihachirō ở Nghĩa trang Tamabuchi. Tang lễ thứ hai cho Yamamoto được cử hành một cách trang trọng tại Nagaoka, quê hương của Yamamoto. Tang lễ này cử hành sau lễ quốc tang tại Tokyo một ngày. Bộ quân phục và thanh kiếm của Yamamoto được đặt trên một cây cột cùng với cái bình đựng một phần cốt tro của ông. Ông được chôn bên cạnh mộ phần của thân phụ trong khuôn viên một ngôi đền Phật giáo, bên ngoài một thị trấn nhỏ mà trước kia thân phụ ông là một giáo viên. Ngôi mộ của Yamamoto là một bia mộ rất đơn giản và ngắn hơn bia mộ của thân phụ ông hai phân, theo lời căn dặn lúc sinh thời của ông.
Tháng 12 năm 1943, một bức tượng to bằng người thật của Yamamoto đã dựng lên tại Trường Không lực Kasumigaura, nơi Yamamoto đã từng làm hiệu trưởng để tưởng nhớ ông. Sau khi Nhật Bản đầu hàng vào năm 1945, Đại tướng Doughlas MacArthur đã ra lệnh phá hủy tất cả các tượng tướng lĩnh, người anh hùng Nhật ở khắp Nhật Bản. Các sĩ quan hải quân liền cưa tượng của Yamamoto làm hai khúc và thả xuống một cái hồ gần đó, và cẩn thận đánh dấu chỗ giấu tượng. Năm 1955, tượng của ông được một công ty xử lý chất thải phát hiện, và đã được một số bạn thân của Yamamoto mua lại để đem đặt vào trong một đền thờ Phật giáo ở Nagaoka. Bên cạnh tượng của ông là mẫu hình ngôi nhà nhỏ bằng gỗ, nơi ông chào đời. Căn nhà nguyên thủy của gia đình ông đã bị máy bay ném bom B-29 của Hoa Kỳ ném bom thiêu hủy vào năm 1945.