Xung đột Afghanistan (1978–nay)
Các Tiểu vương quốc Taliban chống lại Mặt trận Thống nhất > Taliban tấn công

Taliban đã thống trị các vùng của Afghanistan dưới sự kiểm soát của họ với các giải thích về Hồi giáo. Tổ chức Bác sĩ Nhân quyền (PHR) tuyên bố rằng:
To PHR's knowledge, no other regime in the world has methodically and violently forced half of its population into virtual house arrest, prohibiting them on pain of physical punishment.
Phụ nữ được yêu cầu mặc burqa che toàn thân, họ bị cấm ra khỏi cuộc sống công cộng và không được tiếp cận với dịch vụ chăm sóc sức khỏe và giáo dục, cửa sổ cần được che để không ai có thể nhìn thấy phụ nữ từ bên ngoài và họ không được phép cười theo một cách mà người khác có thể nghe thấy.  Taliban vốn không có bất kỳ tòa án hoặc phiên bào chữa thực sự nào, đã chặt tay hoặc cánh tay của người dân khi họ bị buộc tội ăn cắp.  Các đội tấn công của Taliban theo dõi các đường phố, tiến hành các vụ đánh đập tàn bạo nơi công cộng một cách tùy tiện.
Taliban bắt đầu chuẩn bị các cuộc tấn công nhằm vào các khu vực còn lại do Ahmad Shah Massoud và Abdul Rashid Dostum kiểm soát. Massoud và Dostum, những kẻ thù cũ, đáp trả bằng cách liên minh thành lập Mặt trận Thống nhất (Liên minh phương Bắc) chống lại Taliban. Ngoài các lực lượng Tajik chiếm ưu thế của Massoud và các lực lượng Dostum của người Uzbekistan, Mặt trận Thống nhất bao gồm các phe phái Hazara và lực lượng Pashtun dưới sự lãnh đạo của các chỉ huy như Abdul Haq hay Haji Abdul Qadir. Các chính trị gia nổi bật của Mặt trận Thống nhất như nhà ngoại giao và thủ tướng Afghanistan Abdul Rahim Ghafoorzai hoặc ngoại trưởng Abdullah Abdullah của UF. Từ cuộc chinh phục của Taliban vào năm 1996 cho đến tháng 11 năm 2001, Mặt trận Thống nhất đã kiểm soát khoảng 30% dân số Afghanistan tại các tỉnh như Badakhshan, Kapisa, Takhar và các phần của Parwan, Kunar, Nuristan, Laghman, Samangan, Kunduz, Ghōr và Bamyan.
Theo một báo cáo dài 55 trang của Liên Hợp Quốc, Taliban, trong khi cố gắng củng cố quyền kiểm soát đối với miền bắc và miền tây Afghanistan, đã thực hiện các vụ thảm sát có hệ thống nhằm vào dân thường. Các quan chức Liên Hợp Quốc tuyên bố rằng đã có "15 vụ thảm sát" từ năm 1996 đến năm 2001. Họ cũng nói rằng "[t] hese có tính hệ thống cao và tất cả đều dẫn trở lại Bộ Quốc phòng [Taliban] hoặc chính Mullah Omar." Trong một nỗ lực lớn để chiếm lại vùng đồng bằng Shomali, Taliban đã giết hại dân thường một cách bừa bãi, đồng thời nhổ tận gốc và trục xuất người dân. Kamal Hossein, một phóng viên đặc biệt của LHQ, đã báo cáo về những tội ác này và những tội ác chiến tranh khác. Sau khi chiếm Mazar-i-Sharif vào năm 1998, khoảng 4.000 thường dân đã bị Taliban hành quyết và nhiều người khác được báo cáo là bị tra tấn. Taliban đặc biệt nhắm vào những người thuộc tôn giáo Shia hoặc dân tộc Hazara. Trong số những người thiệt mạng ở Mazari Sharif có một số nhà ngoại giao Iran. Những người khác bị bắt cóc bởi Taliban, chạm vào cuộc khủng hoảng con tin gần như leo thang thành một cuộc chiến toàn diện, với 150.000 binh sĩ Iran tập trung tại biên giới Afghanistan cùng một lúc. Sau đó, người ta thừa nhận rằng các nhà ngoại giao này đã bị Taliban giết và thi thể của họ đã được trao trả cho Iran.
Các tài liệu này cũng tiết lộ vai trò của quân đội hỗ trợ Ả Rập và Pakistan trong các vụ giết người này. Cái gọi là Lữ đoàn 055 của Bin Laden chịu trách nhiệm về những vụ giết hại hàng loạt thường dân Afghanistan. Báo cáo của Liên Hợp Quốc trích lời các nhân chứng tại nhiều ngôi làng mô tả các chiến binh Ả Rập mang theo những con dao dài dùng để rạch cổ họng và lột da người dân.