Lịch sử Singapore
Singapore thuộc Malaysia (1963–1965)

Ngày 16 tháng 9 năm 1963, Malaya, Singapore, Bắc Borneo và Sarawak chính thức hợp nhất và Malaysia hình thành. Chính phủ của Đảng Hành động Nhân dân cảm thấy sẽ khó khăn để Singapore tồn tại như một quốc gia. Singapore thiếu tài nguyên tự nhiên và đối diện với suy giảm mậu dịch trung chuyển cùng dân số tăng trưởng vốn đòi hỏi công việc. Do đó, Singapore cảm thấy rằng hợp nhất có lợi cho kinh tế khi tạo ra một thị trường tự do chung, loại bỏ thuế quan mậu dịch, giải quyết khủng hoảng thất nghiệp và trợ giúp các ngành công nghiệp mới. Chính phủ Anh Quốc miễn cưỡng trong việc trao quyền độc lập hoàn toàn cho Singapore vì họ cho rằng điều này sẽ cung cấp một nơi ẩn náu cho cộng sản. Liên minh không vững vàng ngay từ đầu, trong tuyển cử cấp bang tại Singapore năm 1963, một chi bộ địa phương của Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất tham gia tranh cử bất chấp thỏa thuận rằng đảng này sẽ không tham gia chính trị của bang trong những năm đầu khi Malaysia hình thành. Mặc dù Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất không thắng cử được ghế nào, song quan hệ giữa họ với Đảng Hành động Nhân dân bị xấu đi. Nhằm trả đũa, Đảng Hành động nhân dân thách thức các ứng cử viên của Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất trong bầu cử liên bang năm 1964, giành được một ghế trong Quốc hội Malaysia.
Căng thẳng dân tộc gia tăng khi người Hoa tại Singapore bất bình trước các chính sách pháp án bình quyền của liên bang, mà theo đó trao đặc quyền cho người Mã Lai dựa theo Điều 153 trong Hiến pháp Malaysia. Cũng có những lợi ích tài chính và kinh tế khác được ưu tiên cho người Mã Lai. Lý Quang Diệu và các lãnh đạo chính đảng khác bắt đầu vận động cho sự công bằng và đối xử bình đẳng với toàn bộ các chủng tộc tại Malaysia.
Trong khi đó, người Mã Lai tại Singapore ngày càng bị kích động trước những cáo buộc của chính phủ liên bang rằng Đảng Hành động Nhân dân ngược đãi người Mã Lai. Tình hình chính trị đối ngoại cũng căng thẳng, Tổng thống Indonesia Sukarno tuyên bố về một tình trạng Konfrontasi (đối đầu) chống Malaysia và bắt đầu các hành động kể cả quân sự nhằm chống lại liên bang mới thành lập, trong đó đặc công Indonesia đánh bom MacDonald House tại Singapore vào ngày 10 tháng 3 năm 1965, khiến ba người thiệt mạng. Indonesia cũng chỉ đạo các hành động dấy loạn để kích động người Mã Lai chống người Hoa. Một số bạo động dân tộc diễn ra, lệnh giới nghiêm thường xuyên được áp đặt nhằm khôi phục trật tự. Nghiêm trọng nhất là cuộc bạo động diễn ra vào ngày 21 tháng 7 năm 1964, tức ngày kỷ niệm sinh nhật nhà tiên tri Muhammad, với 23 người thiệt mạng và hàng trăm người bị thương. Trong tình trạng bất ổn, giá thực phẩm tăng vọt và hệ thống giao thông bị gián đoạn, gây thêm khó khăn cho nhân dân.
Các chính phủ bang và liên bang cũng xung đột trên phương diện kinh tế. Các lãnh đạo của Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất lo ngại rằng ưu thế kinh tế của Singapore chắc sẽ đưa quyền lực chính trị ra khỏi Kuala Lumpur. Bất chấp hiệp định trước đó về việc hình thành một thị trường chung, Singapore tiếp tục đối diện với những hạn chế khi kinh doanh với phần còn lại của Malaysia. Để trả đũa, Singapore từ chối cấp cho Sabah và Sarawak quy mô đầy đủ các khoản vay đã thỏa thuận trước đó để phát triển kinh tế tại hai bang miền đông. Chi nhánh Ngân hàng Trung Quốc tại Singapore bị chính phủ liên bang đóng cửa do bị nghi ngờ tài trợ cho cộng sản. Tình hình leo thang đến mức một khung đàm phám giữa Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất và Đảng Hành động Nhân dân bị đổ vỡ, và các bài phát biểu và bài viết có nội dung lăng mạ lan tràn ở cả hai phía. Những thành phần cực đoan trong Tổ chức dân tộc Mã Lai thống nhất kêu gọi bắt giữ Lý Quang Diệu.
Nhận thấy không còn cách nào khác để tránh đổ máu thêm, Thủ tướng Malaysia Tunku Abdul Rahman quyết định trục xuất Singapore khỏi liên bang. Ngô Khánh Thụy trở nên hoài nghi về lợi ích kinh tế của việc hợp nhất đối với Singapore, ông thuyết phục Lý Quang Diệu rằng phân ly phải được thực hiện.
Vào sáng ngày 9 tháng 8 năm 1965, Quốc hội Malaysia bỏ phiếu với kết quả 126–0 ủng hộ một sửa đổi hiến pháp trục xuất Singapore khỏi liên bang; vài giờ sau đó, Nghị viện Singapore thông qua Đạo luật Độc lập nước Cộng hòa Singapore, kiến lập một nước cộng hòa độc lập và có chủ quyền. Lý Quang Diệu buồn bã tuyên bố trong một buổi họp báo được phát trên truyền hình rằng Singapore đã trở thành một quốc gia có chủ quyền, độc lập. Ông nói rằng: "Đối với tôi, đó là một khoảnh khắc đau đớn. Trong toàn bộ đời tôi, cuộc đời trưởng thành của tôi, tôi tin tưởng vào hợp nhất và thống nhất của hai lãnh thổ." Yusof bin Ishak được bổ nhiệm làm tổng thống đầu tiên của nước Cộng hòa Singapore.