Giai đoạn vòng loại và vòng play-off UEFA Conference League 2024–25
Vòng loại thứ hai > Hạt giống

Tổng cộng có 98 đội sẽ thi đấu ở vòng loại thứ hai - 12 đội ở Nhánh vô địch và 86 đội ở Nhánh chính. Hạt giống của các đội được xếp dựa trên hệ số câu lạc bộ UEFA năm 2024 của họ. Đối với những đội thắng ở vòng loại thứ nhất, mà danh tính chưa được biết tại thời điểm bốc thăm, hệ số câu lạc bộ của đội xếp hạng cao nhất còn lại trong mỗi trận đấu sẽ được sử dụng. Đối với những đội thua ở vòng loại thứ nhất Champions League và vòng loại thứ nhất Europa League, hệ số câu lạc bộ của đội xếp hạng thấp hơn trong mỗi trận đấu sẽ được sử dụng. Trước khi bốc thăm, UEFA đã thành lập các nhóm đội hạt giống và không hạt giống theo các nguyên tắc do Ủy ban Giải đấu Câu lạc bộ đặt ra. Đội đầu tiên được bốc thăm ở mỗi trận đấu sẽ là đội chủ nhà ở trận lượt đi.
| Hạt giống | Không hạt giống |
| --- | --- |
  Dinamo Batumi   Flora   Ħamrun Spartans   Pyunik   Ordabasy   Víkingur Reykjavík :   Struga   Differdange 03   Dečić   Egnatia   Ballkani   Virtus 
| Nhóm 1> Hạt giống | Nhóm 1> Không hạt giống | Nhóm 2> Hạt giống | Nhóm 2> Không hạt giống | Nhóm 3> Hạt giống | Nhóm 3> Không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   Copenhagen   F91 Dudelange   Go Ahead Eagles   St Mirren   Auda  |   Brann   Häcken   Bruno's Magpies   Valur   Cliftonville  |   Başakşehir   Hapoel Be'er Sheva   Omonia   Fehérvár   St. Gallen  |   Torpedo Kutaisi   Cherno More   La Fiorita   Sumgayit   Tobol  |   Legia Warsaw   Hajduk Split   Breiðablik   Austria Wien   Mladá Boleslav  |   Drita   HB Tórshavn   Caernarfon Town   Ilves   TransINVEST  |
| Nhóm 4 | Nhóm 4 | Nhóm 5 | Nhóm 5 | Nhóm 6 | Nhóm 6 |
| Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống |
|   Dnipro-1   Zrinjski Mostar   Osijek   Budućnost   Noah  |   FCI Levadia   Bravo   Puskás Akadémia   CSKA 1948   Sliema Wanderers  |   Žalgiris   Riga   Olimpija Ljubljana   DAC Dunajská Streda   Baník Ostrava  |   Polissya Zhytomyr   Śląsk Wrocław   Pafos   Zira   Urartu  |   Djurgården   Vitória de Guimarães   AEK Athens   Universitatea Craiova   Zürich  |   Inter Club d'Escaldes   Floriana   Progrès Niederkorn   Maribor   Shelbourne  |
| Nhóm 7 | Nhóm 7 | Nhóm 8 | Nhóm 8 | Nhóm 9 | Nhóm 9 |
| Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống |
|   Gent   Stjarnan   KuPS   Vaduz   Brøndby  |   Tromsø   Paide Linnameeskond   Víkingur   St Patrick's Athletic   Llapi  |   CFR Cluj   Spartak Trnava   Ararat-Armenia   Mornar  |   Sarajevo   Radnički 1923   Zimbru Chișinău   Neman Grodno  |   Maccabi Haifa   Astana   AEK Larnaca   Partizani  }} |   Milsami Orhei   Iberia 1999  Đội thua ở EL Q1 trận 3   Sabah  |
† Những đội thua ở vòng loại thứ nhất Champions League, danh tính chưa được biết tại thời điểm bốc thăm. Các đội in nghiêng đã thua một đội có hệ số thấp hơn, do đó về cơ bản sẽ phải lấy hệ số của đối thủ trong quá trình bốc thăm.
†† Những đội thắng ở vòng loại thứ nhất, danh tính chưa được biết tại thời điểm bốc thăm. Các đội in nghiêng đã thắng một đội có hệ số cao hơn, do đó về cơ bản sẽ được lấy hệ số của đối thủ trong quá trình bốc thăm.
††† Những đội thua ở vòng loại thứ nhất Europa League, danh tính chưa được biết tại thời điểm bốc thăm. Các đội in nghiêng đã thua một đội có hệ số thấp hơn, do đó về cơ bản sẽ phải lấy hệ số của đối thủ trong quá trình bốc thăm.