Marguerite xứ Anjou, Vương hậu Anh
Dấn thân vào nội chiến > Sự thù hận Công tước xứ York

Từ khi chuyển đến Greenwich, Margaret chú tâm trong việc dạy dỗ con trai Edward, và bà không hề có ý định can thiệp chính trị cho đến khi nhận thấy nguy cơ từ Công tước xứ York. Vào khoảng năm 1453 đến 1454, Công tước York được bổ nhiệm Hộ Quốc công khi tình trạng bệnh tình của Vua Henry chuyển biến xấu, và điều này khiến Margaret thất kinh. Công tước York là một thành viên nhánh nhà York có thế lực lớn và trong thời điểm ấy, khi Vua Henry quá yếu về khả năng trị vì cùng Vương hậu Margaret không được quý tộc Anh ưa thích, thì Công tước York được nhìn nhận là một Trữ quân cho ngai vàng Anh. Điều này chính thức khiến Margaret bắt đầu tham dự chính trị vì bà muốn con cháu mình tiếp tục ngồi trên ngai vàng này. Một số học giả cho rằng thực chất sự tranh chấp và sụp đổ sau đó của nhà Lancaster không phải tham vọng của nhà York, mà là sự dấn thân một cách đầy bướng bỉnh của Margaret vào vũ đài chính trị, ngoài ra việc bà trọng dụng những đồng minh không được quý tộc Anh ưa thích cũng khiến hình ảnh của bà xấu đi rõ rệt. Dù vậy, Margaret thể hiện mình rất giỏi trong chính trị, và Vua Henry thường giao phó cho bà lĩnh vực này.
Nhà viết tiểu sử học cho Margaret xứ Anjou, Helen Maurer, thế nhưng lại không xem việc Công tước York được bổ nhiệm Hộ Quốc công là khởi đầu cho Margaret tranh chấp với phe nhà York. Nữ sử gia nhận định chính Trận chiến St Albans thứ nhất vào những năm 1455 mới khiến Margaret bắt đầu nhìn nhận Công tước York là mối đe dọa cho ngai vàng của chồng mình. Nhà sử học Paul Murray Kendall lại nhìn nhận chính Edmund Beaufort, Công tước Somerset cùng William de la Pole, Công tước Suffolk, đã sớm cố gắng thuyết phục Margaret rằng Công tước York là người chịu trách nhiệm chính cho việc bà bị dân chúng Anh chán ghét. Và thế là Margaret thuyết phục Vua Henry cách chức vụ Thống đốc tại Pháp của Công tước York và đày ông ta đến Ireland, thậm chí vào năm 1449 và 1450 thì Margaret cũng lần lượt phái sát thủ cố gắng ám sát Công tước York. Trong khi đó, Công tước Somerset cùng Công tước Suffolk chịu trách nhiệm chính trong sự kiện thất thủ Maine năm 1448 và Normandy năm 1449, điều này khiến triều đình Henry VI thất kinh và dấy lên một chuỗi tra vấn trách nhiệm của hai người này, hai đồng minh mạnh nhất của Margaret khi ấy. Chớp ngay thời cơ này, sau khi thoát khỏi sự ám toán của Margaret và trở về từ Ireland, Công tước York lại đứng trước Vua Henry và sau cùng được nhà Vua tái tín nhiệm. Dưới tác động của Công tước York, Nghị viện Anh được triệu tập, vấn đề tại Pháp của Công tước Somerset cùng Công tước Suffolk được bới móc ra, đồng thời còn có cáo buộc Công tước Suffolk đã "ly gián" Quốc vương với người họ hàng là Công tước York. Những sự kiện này đều gây bất lợi đến địa vị của Margaret, khi ngay sau một chuỗi sự kiện này đã khiến Công tước York trở thành cố vấn cao nhất của nhà Vua, đồng thời Phát ngôn viên của Hạ nghị viện trong sự nóng nảy còn tuyên bố công nhận Công tước York trở thành Trữ quân - người kế vị ngai vàng.
Chuỗi sự kiện này diễn ra trước khi Margaret sinh hạ Vương tử Edward (vào năm 1453), do đó trở thành một đòn chí mạng cho Margaret. Nhưng nhanh chóng sau đó vài tháng, Margaet giành được sự ảnh hưởng lên Vua Henry, Nghị viện Anh bị bãi bỏ, Phát ngôn viên bị giam vào ngục và Công tước York phải điều đến xứ Wales.