Lịch sử đạo Cao Đài
Thăng trầm nền đạo

Xem thêm: Cao Triều Phát, Nguyễn Ngọc Tương, Trần Quang Vinh, Ngô Đình Diệm, Nguyễn Thành Phương, Trịnh Minh Thế, và Hồ Tấn Khoa
Sự phân chia các hệ phái không làm giảm tốc độ phát triển tín đồ, Cao Đài nhanh chóng trở thành một tôn giáo có ảnh hưởng lớn ở Nam Kỳ, thậm chí phát triển ra cả ở Trung Kỳ, Bắc Kỳ và cả Cao Miên. Các lãnh đạo Cao Đài đều là những người có học thức, có địa vị xã hội và rất có ảnh hưởng đến dân chúng. Vì vậy, Cao Đài luôn là đối tượng hoặc lôi kéo, hoặc đả kích của các thế lực nắm chính quyền.
Người Pháp ra tay trước tiên. Một tôn giáo có tổ chức như hình thái nhà nước có nhiều khả năng lôi kéo quần chúng đe dọa đến sự cai trị của chính quyền thực dân. Dưới áp lực của thực dân Pháp, các chỉ dụ cấm đạo ở Bắc Kỳ, Trung Kỳ, Campuchia và Lào đã được ban hành. Đỉnh điểm, ngày 28 tháng 6 năm 1941, lo ngại việc một tôn giáo hoạt động mạnh ở Sài Gòn và phụ cận có thể rơi vào ảnh hưởng của người Nhật, bấy giờ đã xâm nhập Đông Dương và ra sức lôi kéo các nhóm tôn giáo, chính trị người Việt ủng hộ Chính sách Đại Đông Á, chính quyền thực dân Pháp bất ngờ tấn công vào các tín đồ Cao Đài, bắt giữ Hộ pháp Phạm Công Tắc và đày đi Madagascar. Nhiều chức sắc Cao Đài khác cũng bị bắt giam hoặc quản thúc. Tòa Thánh Tây Ninh bị chiếm đóng. Nhiều thánh thất Cao Đài các cũng bị chiếm đóng hoặc phá hủy.
Cả người Nhật lẫn Việt Minh đều tranh thủ ra sức lôi kéo các nhóm Cao Đài. Do sự vận động của các cán bộ Việt Minh, một nhóm các chức sắc Cao Đài, nòng cốt ở các phái Tiên Thiên, Ban Chỉnh Đạo và Minh Chơn Đạo, đã bí mật thành lập Hội Cao Đài Cứu Quốc. Hội hoạt động chủ yếu ở các vùng xa ở Tây Nam Bộ, bí mật tập hợp lực lượng trên nền tảng Thanh niên Đạo đức đoàn dưới sự lãnh đạo của Cao Triều Phát cố vấn Ủy ban Kháng chiến Hành chính Nam Bộ, có xu hướng chống cả Pháp lẫn Nhật. Người Nhật thì can thiệp mở lại Tòa Thánh Tây Ninh tại Sài Gòn, đổi lại việc Giáo sư Thượng Vinh Thanh (Trần Quang Vinh), người tạm thời thay mặt Hộ pháp Phạm Công Tắc lãnh đạo các tín đồ Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh, tập hợp các tín đồ hợp tác với quân đội Nhật để chống Pháp. Khá đông tín đồ Cao Đài được tuyển làm nhân công của xưởng đóng tàu Nichinan của quân đội Nhật tại Nam Bộ. Một lực lượng bán vũ trang Cao Đài được ra đời với tên gọi Nội ứng nghĩa binh, dưới danh nghĩa được Hoàng thân Cường Để chỉ thị thành lập để liên minh với Nhật Bản.
Ngày 9 tháng 3 năm 1945, lực lượng bán vũ trang Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh mặc đồng phục trắng, đội mũ bê-rê, vũ trang bằng gậy tre vọt nhọn tham gia hỗ trợ Nhật đảo chính Pháp tại Sài Gòn. Bên cạnh đó, ngày 24 tháng 6 năm 1945, được sự hậu thuẫn của Hội Cao Đài Cứu Quốc, một đại hội các hệ phái Cao Đài (không có Tòa Thánh Tây Ninh) được tổ chức tại Sài Gòn, thành lập tổ chức Cao Đài Hiệp Nhứt 11 Phái và bầu ông Cao Triều Phát làm Chủ tịch. Trong Cách mạng tháng Tám, nhiều nhóm bán vũ trang Cao Đài đã gia nhập Cao Đài Cứu Quốc và tham gia giành chính quyền ở khắp Nam Bộ.
Sau khi giành được chính quyền cuối tháng 8 năm 1945, nhiều chức sắc Cao Đài được chính quyền Việt Minh mời ra tham chính. Tại Tây Ninh, một tín đồ Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh là ông Trương Văn Xương được mời làm Phó Chủ tịch Ủy ban Hành chánh tỉnh, một chức sắc Cao Đài thuộc Tòa Thánh Tây Ninh khác là Giáo sư Thượng Chữ Thanh (Đặng Trung Chữ) được mời làm cố vấn.
Khi Pháp tái chiếm Nam Bộ, các nhóm lực lượng vũ trang Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh tham chiến tại các mặt trận số 1 và số 2, chiến đấu ở mặt Đông và Bắc Sài Gòn. Sau khi vào Nam, đặc phái viên Trung ương Nguyễn Bình đã tổ chức hội nghị An Phú Xã, thống nhất tổ chức các đơn vị vũ trang thành các chi đội Vệ Quốc đoàn. Lực lượng vũ trang Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh được tổ chức thành 2 chi đội số 7 do Nguyễn Thanh Bạch chỉ huy và chi đội số 8 do Nguyễn Hoài Thanh chỉ huy.
Tuy nhiên, trước sức mạnh của quân Pháp, các mặt trận nhanh chóng tan vỡ. Nhiều đơn vị vũ trang tan rã, hoặc trở thành những lực lượng quân phiệt cát cứ, không chịu sự chỉ huy thống nhất. Một số chức sắc cao cấp và chỉ huy quân sự Cao Đài đã đưa lực lượng của mình tự rút về Tây Ninh và tự xây dựng các căn cứ để bảo vệ Tòa Thánh Tây Ninh.
Hành động cát cứ này là lý do để các phần tử Việt Minh quá khích lên án các tín đồ Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh là phản bội. Một vài cuộc xung đột đẫm máu đã nổ ra bắt nguồn từ những tín đồ Cao Đài và các phần tử Việt Minh quá khích. Một số đơn vị vũ trang Cao Đài bị tước khí giới trong những cuộc thanh trừng nội bộ. Giáo sư Thượng Vinh Thanh (Trần Quang Vinh) cũng bị bắt tại Chợ Đệm và bị giải giam tại Cà Mau cùng với Giáo sư Hồ Văn Ngà, Chủ tịch Việt Nam Độc lập Đảng.
Nắm được sự mâu thuẫn này và để tranh thủ thêm đồng minh trong cuộc chiến chống Việt Minh, người Pháp đã chủ trương thỏa hiệp với các lãnh đạo Tòa Thánh Tây Ninh. Ngày 9 tháng 6 năm 1946, một bản thỏa ước giữa người Pháp và Tòa Thánh Tây Ninh ra đời, nội dung chủ yếu như sau chính quyền Pháp cho phép Hộ pháp Phạm Công Tắc trở về Tòa Thánh Tây Ninh, đổi lại các tín đồ Cao Đài sẽ không tấn công người Pháp và được quân Pháp bảo trợ. Thậm chí, chính quyền Pháp còn cho phép các lãnh thổ do Tòa Thánh Tây Ninh kiểm soát có quyền tự trị. Lực lượng vũ trang Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh được chính quyền Pháp bảo trợ và trang bị vũ khí, do Trung tướng Trần Quang Vinh làm Tổng tư lệnh, Thiếu tướng Nguyễn Văn Thành làm Tham mưu trưởng, có vai trò như một lực lượng bổ sung (Forces supplétives), hỗ trợ quân Pháp trong các chiến dịch tấn công Việt Minh.
Bất đồng với sự hợp tác này, một số chức sắc Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh tham gia kháng chiến đã gia nhập Cao Đài Cứu Quốc, mở rộng thành Cao Đài Cứu Quốc 12 phái Hiệp Nhứt. Các lực lượng vũ trang của Cao Đài Cứu Quốc được tập hợp thành Trung đoàn 124, chiến đấu cho đến hết cuộc Kháng chiến chống Pháp dưới quyền chỉ huy của Việt Minh. Phản ứng trước việc này, lãnh đạo Tòa Thánh Tây Ninh tuyên bố trục xuất các chức sắc và tín đồ Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh nào tham gia Cao Đài Cứu Quốc.