Indonesia xâm lược Đông Timor
Bối cảnh > Bồ Đào Nha rút lui và nội chiến

Theo Hiến pháp trước năm 1974 của Bồ Đào Nha, Đông Timor, trước đó được gọi là Timor thuộc Bồ Đào Nha, là một "tỉnh hải ngoại", giống như bất kỳ tỉnh nào bên ngoài lục địa Bồ Đào Nha. "Các tỉnh hải ngoại" cũng bao gồm Angola, Cape Verde, Guinea thuộc Bồ Đào Nha, Mozambique, São Tomé và Príncipe ở Châu Phi; Ma Cao ở Trung Quốc; và đã bao gồm các lãnh thổ của Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha cho đến năm 1961, khi Ấn Độ xâm lược và sáp nhập lãnh thổ.
Vào tháng Tư năm 1974,  Movimento das Forças Armadas thuộc cánh tả (Phong trào Lực lượng Vũ trang, MFA) trong quân đội Bồ Đào Nha đã tiến hành một cuộc đảo chính chống lại chính phủ độc tài Estado Novo của cánh hữu ở Lisbon (cái gọi là "Cách mạng Hoa cẩm chướng"), và công bố ý định nhanh chóng rút khỏi các thuộc địa của Bồ Đào Nha (bao gồm Angola, Mozambique và Guinea, nơi các phong trào du kích ủng hộ độc lập đã hoạt động từ những năm 1960).
Không giống như các thuộc địa châu Phi, Đông Timor không trải qua một cuộc chiến tranh giải phóng dân tộc. Các đảng chính trị bản địa nhanh chóng mọc lên ở Timor: Liên minh Dân chủ Timor (União Democrática Timorense, UDT) là hiệp hội chính trị đầu tiên được công bố sau Cách mạng Hoa cẩm chướng. UDT ban đầu bao gồm các nhà lãnh đạo hành chính cấp cao và chủ sở hữu đồn điền, cũng như các thủ lĩnh bộ lạc bản địa. Những nhà lãnh đạo này có nguồn gốc bảo thủ và tỏ ra trung thành với Bồ Đào Nha, nhưng không bao giờ chủ trương hội nhập với Indonesia. Trong khi đó, Fretilin (Mặt trận Cách mạng cho một Đông Timor Độc lập) bao gồm các quan chức hành chính, giáo viên và "những thành viên mới được tuyển dụng của giới tinh hoa đô thị." Fretilin nhanh chóng trở nên phổ biến hơn UDT do một loạt các chương trình xã hội nó giới thiệu đến cộng đồng. UDT và Fretilin thành lập liên minh vào tháng Một năm 1975 với mục tiêu chung là quyền tự quyết. Liên minh này đại diện cho hầu hết thành phần có học và đại đa số dân số. Hiệp hội Dân chủ Quần chúng Timor (tiếng Bồ Đào Nha: Associação Popular Democratica Timorense; APODETI), một đảng nhỏ thứ ba, cũng đã mọc lên, và mục tiêu của họ là hội nhập với Indonesia. Đảng này hấp dẫn được ít người.
Đến tháng Tư năm 1975, xung đột nội bộ chia rẽ ban lãnh đạo của UDT, với Lopes da Cruz dẫn đầu một phe muốn từ bỏ Fretilin. Lopes da Cruz lo ngại rằng cánh cấp tiến của Fretilin sẽ biến Đông Timor thành một mặt trận cộng sản. Fretilin gọi cáo buộc này là một âm mưu của Indonesia, vì phe cấp tiến không có đủ người ủng hộ để thực sự có quyền lực. Vào ngày 11 tháng Tám, Fretilin nhận được một lá thư từ các nhà lãnh đạo UDT về việc chấm dứt liên minh.
Cuộc đảo chính UDT là một "chiến dịch nhanh gọn", trong đó một cuộc phô trương lực lượng trên đường phố, sau đó là việc tiếp quản các cơ sở hạ tầng quan trọng, chẳng hạn như đài phát thanh, hệ thống liên lạc quốc tế, sân bay và đồn cảnh sát. Trong cuộc nội chiến kéo theo, các nhà lãnh đạo của mỗi bên "mất kiểm soát hành động của những người ủng hộ họ", và trong khi các nhà lãnh đạo của cả UDT và Fretilin đều hành xử một cách kiềm chế, những người ủng hộ không kiểm soát được đã gây ra nhiều cuộc thanh trừng và giết người đẫm máu khác nhau. Các nhà lãnh đạo UDT đã bắt giữ hơn 80 thành viên Fretilin, bao gồm cả nhà lãnh đạo trong tương lai, Xanana Gusmão. Các thành viên UDT đã giết hàng chục thành viên Fretilin ở bốn địa điểm. Các nạn nhân bao gồm một thành viên sáng lập của Fretilin, và anh trai của phó chủ tịch của Fretilin, Nicolau Lobato. Fretilin đáp lại bằng cách kêu gọi thành công các đơn vị quân đội Đông Timor do Bồ Đào Nha huấn luyện. Do đó, sự tiếp quản bạo lực của UDT đã kích động cuộc nội chiến kéo dài ba tuần, trong đó 1.500 quân của nó chống lại 2.000 lực lượng chính quy hiện do các chỉ huy Fretilin lãnh đạo. Khi quân đội Đông Timor do Bồ Đào Nha đào tạo chuyển sang trung thành với Fretilin, nó được gọi là Falintil.
Đến cuối tháng Tám, tàn dư của UDT đang rút dần về phía biên giới Indonesia. Một nhóm UDT gồm chín trăm người đã vượt qua Tây Timor vào ngày 24 tháng Chín năm 1975, theo sau là hơn một nghìn người khác, để lại Fretilin kiểm soát Đông Timor trong ba tháng tiếp theo. Số người chết trong cuộc nội chiến được báo cáo bao gồm bốn trăm người ở Dili và có thể là một nghìn sáu trăm người ở các ngọn đồi.