João VI của Bồ Đào Nha
Nhiếp chính vương > Đào tẩu đến Brasil

João đã chơi một ván bài tuyệt vọng với Pháp để có thêm thời gian. Ông giả vờ phục tùng Pháp, đến mức đề nghị với Vua George III của Anh tuyên bố tình trạng chiến tranh giả giữa hai nước, nhưng ông không tuân theo chỉ thị của Napoleon về Hệ thống phong tỏa Lục địa (một cuộc phong tỏa chống lại Vương quốc Anh). Một hiệp ước bí mật mới với Anh đảm bảo cho ông sự giúp đỡ trong trường hợp hoàng gia Bồ Đào Nha phải rời bỏ đất nước. Hiệp định này rất có lợi cho người Anh và duy trì ảnh hưởng của họ đối với Bồ Đào Nha, vì các thương gia Anh tiếp tục kiếm được lợi nhuận khổng lồ trong hoạt động buôn bán với đế chế liên lục địa Bồ Đào Nha. Bồ Đào Nha phải lựa chọn giữa liên minh với Pháp hoặc với Anh, và sự do dự trong việc quyết định đã khiến Bồ Đào Nha có nguy cơ chiến tranh với cả hai. Vào tháng 10 năm 1807, có tin tức cho biết một đội quân Pháp đang tiến đến, và vào ngày 16 tháng 11, một hạm đội Anh đã đến cảng Lisbon với lực lượng gồm 7 nghìn người với mệnh lệnh hộ tống hoàng gia Bồ Đào Nha đến Brasil hoặc, nếu Bồ Đào Nha đầu hàng Pháp, thì hạm đội sẽ tấn công và đánh chiếm kinh đô Lisbon. Triều đình chia rẽ giữa phe Pháp và phe Anh, và sau khi cân nhắc kỹ lưỡng dưới áp lực từ cả hai phía, Nhiếp chính vương quyết định chấp nhận sự bảo vệ của người Anh và vượt Đại Tây Dương để đến Brasil dưới sự hộ tống của đoàn thuyền chiến này.
Đội quân xâm lược do Jean-Andoche Junot chỉ huy đã tiến quân khá khó khăn, mãi đến ngày 30 tháng 11 năm 1807 mới đến được cổng kinh thành Lisbon. Vào thời điểm này, Nhiếp chính vương, cùng toàn bộ gia đình hoàng gia và một nhóm lớn quý tộc, viên chức nhà nước và người hầu, đã lên tàu, để lại chính quyền dưới quyền nhiếp chính với khuyến nghị rằng quân đội không được tham gia vào các cuộc giao tranh với kẻ xâm lược. Việc rời đi vội vã trong một trận mưa lớn đã gây ra sự hỗn loạn ở Lisbon vì người dân kinh ngạc không thể tin rằng Nhiếp chính vương của họ đã bỏ rơi họ. Theo lời kể của José Acúrsio das Neves, việc rời đi đã gây ra cảm xúc sâu sắc cho João:
Ông muốn nói nhưng không thể nói; ông muốn di chuyển và, vì bị co giật, không thể bước đi; ông ta bước qua vực thẳm, và hình dung ra một tương lai đen tối và bất định như đại dương mà ông ta sắp phải giao nộp mình. Đất nước, thủ đô, vương quốc, chư hầu, ông ta sắp rời bỏ tất cả những thứ này một cách đột ngột, với rất ít hy vọng được nhìn thấy chúng một lần nữa, và tất cả đều là những chiếc gai đâm vào trái tim ông ta.
Để giải thích với người dân, João ra lệnh dán áp phích dọc theo các con phố, nêu rõ rằng việc ông ra đi là không thể tránh khỏi mặc dù đã nỗ lực hết sức để đảm bảo sự toàn vẹn và hòa bình của Vương quốc. Các áp phích khuyến nghị mọi người giữ bình tĩnh, trật tự và không chống lại những kẻ xâm lược, để máu không phải đổ vô ích. Vì vội vã ra đi, Nhiếp chính vương đã ở trên một con tàu cùng với mẹ và các con trai là Vương tôn Pedro, Thân vương xứ Beira (sau này là Hoàng đế Pedro I của Brasil và Vua Pedro IV của Bồ Đào Nha), và Vương tôn Miguel (sau này là Vua Miguel I của Bồ Đào Nha). Đây là một quyết định thiếu thận trọng vì những nguy hiểm của chuyến đi xuyên Đại Tây Dương vào thời đại đó, vì nó gây nguy hiểm cho việc kế vị ngai vàng trong trường hợp đắm tàu. Carlota Joaquina và các con gái của bà ở trên hai con tàu khác. Số lượng người lên tàu cùng João vẫn là vấn đề gây tranh cãi; vào thế kỷ XIX, người ta nói có đến 30.000 người di cư; các ước tính gần đây hơn dao động từ 500 đến 15.000, con số sau gần bằng sức chứa tối đa của hạm đội gồm mười lăm tàu, bao gồm cả thủy thủ đoàn. Tuy nhiên, con số đó vẫn quá đông. Theo Pedreira e Costa, tính đến tất cả các biến số, con số có khả năng xảy ra nhất rơi vào khoảng từ 4 đến 7 nghìn người cộng với thủy thủ đoàn. Nhiều gia đình đã bị chia cắt, và ngay cả các quan chức cấp cao cũng không đảm bảo được một vị trí trên tàu và bị bỏ lại phía sau. Chuyến đi không phải là một chuyến đi yên bình. Một số tàu ở trong tình trạng bấp bênh, và tình trạng quá đông đúc đã tạo ra những điều kiện nhục nhã cho giới quý tộc, phần lớn trong số họ phải ngủ co ro ngoài trời trong các khoang tàu. Điều kiện vệ sinh kém, bao gồm cả một trận dịch chấy rận. Nhiều người đã không mang theo kịp quần áo để thay. Một số người bị ốm. Nguồn cung cấp khan hiếm, dẫn đến việc phân phối theo khẩu phần. Đoàn tàu đã dành 10 ngày gần như bị đóng băng ở vùng xích đạo dưới cái nóng thiêu đốt khiến tâm trạng trở nên khá tồi tệ. Đoàn tàu cũng phải đối mặt với hai cơn bão và cuối cùng đã bị phân tán gần Quần đảo Madeira. Giữa chuyến đi, Nhiếp chính vương João đã thay đổi kế hoạch của mình và quyết định đi đến Salvador, Bahia, có lẽ vì lý do chính trị. Ông muốn làm hài lòng cư dân của thủ đô đầu tiên của thuộc địa, nơi đã có nhiều dấu hiệu bất mãn với việc mất đi vị thế cũ của mình. Các con tàu chở vợ và con gái của ông đã dừng lại ở điểm đến ban đầu là Rio de Janeiro.