Bằng chứng về tổ tiên chung
Bằng chứng từ mô hình toán học

Khoa học máy tính cho phép lặp tự thay đổi hệ thống phức tạp được nghiên cứu, cho phép hiểu biết toán học về bản chất của các quá trình đằng sau quá trình tiến hóa; cung cấp bằng chứng cho các nguyên nhân ẩn của các sự kiện tiến hóa đã biết. Sự phát triển của các cơ chế tế bào cụ thể như thể cắt nối (spliceosome) có thể biến bộ gen của tế bào thành một xưởng khổng lồ gồm hàng tỷ bộ phận có thể hoán đổi cho nhau có thể tạo ra các công cụ tạo ra chúng ta lần đầu tiên một cách chính xác.
"Phải mất hơn năm thập kỷ, nhưng máy tính điện tử giờ đã đủ mạnh để mô phỏng quá trình tiến hóa", hỗ trợ tin sinh học trong nỗ lực giải quyết các vấn đề sinh học.
Sinh học tiến hóa tính toán đã cho phép các nhà nghiên cứu theo dõi sự tiến hóa của một số lượng lớn các sinh vật bằng cách đo lường sự thay đổi trong DNA của chúng, thay vì chỉ thông qua phân loại vật lý hoặc quan sát sinh lý. Nó đã so sánh toàn bộ bộ gen cho phép nghiên cứu các sự kiện tiến hóa phức tạp hơn, chẳng hạn như sao chép gen, chuyển gen ngang và dự đoán các yếu tố quan trọng trong sự hình thành loài. Nó cũng đã giúp xây dựng các mô hình tính toán phức tạp của quần thể để dự đoán kết quả của hệ thống theo thời gian và theo dõi và chia sẻ thông tin về số lượng ngày càng lớn các loài và sinh vật.
Những nỗ lực trong tương lai là tái tạo lại một cây sự sống phức tạp hơn bây giờ.
Christoph Adami, giáo sư tại Học viện Keck đã đưa ra quan điểm này trong  Sự tiến hóa của sự phức tạp sinh học :
David J. Earl và Michael W. Deem Nam giáo sư tại Đại học Rice đã đưa ra quan điểm này trong  Khả năng biến đổi là một đặc điểm có thể lựa chọn :
"Các mô phỏng trên máy tính về sự tiến hóa của các chuỗi tuyến tính đã chứng minh tầm quan trọng của sự tái tổ hợp các khuôn của chuỗi chứ không phải là đột biến điểm đơn thuần, như protein." Kỹ thuật phân tử tiến hóa, còn được gọi là tiến hóa có hướng hoặc tiến hóa phân tử trong ống nghiệm liên quan đến chu kỳ đột biến lặp lại, nhân lên với tái tổ hợp và lựa chọn mạnh nhất các phân tử riêng lẻ (protein, DNA và RNA). Sự tiến hóa tự nhiên có thể được sống lại cho chúng ta thấy những con đường khả thi từ các chu trình xúc tác dựa trên protein từ dựa trên RNA tới dựa trên DNA.
Hình 1a:Khi ở trên tàu HMS Beagle, Charles Darwin đã thu thập nhiều mẫu vật mới cho khoa học, thứ đã hỗ trợ học thuyết tiến hóa bằng chọn lọc tự nhiên sau này của ông.
Hình 1b: Sự hợp nhất của nhiễm sắc thể tổ tiên để lại tàn dư của telomere và một vết tích tâm động (centromere)
Hình 2a:Vào tháng 7 năm 1919, một con cá voi lưng gù có chân đã bị bắt bởi một con tàu hoạt động ở Vancouver 4 ft 2 in (1,27 m) long. Hình ảnh này cho thấy chân sau của một con cá voi lưng gù khác được báo cáo vào năm 1921 bởi Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Hoa Kỳ.
Hình 2b: Bộ xương của một cá voi tấm sừng với cấu trúc chân sau và xương chậu được khoanh tròn màu đỏ. Cấu trúc xương này tồn tại bên trong suốt cuộc đời của loài.
Hình 3e: Sự tiến hóa của ngựa cho thấy sự tái tạo của các loài hóa thạch thu được từ các tầng đá liên tiếp. Các sơ đồ chân là tất cả các hình ảnh phía trước của bàn chân trái. Xương gan tay (metacarpal bones) thứ ba được tô màu. Các răng được hiển thị trong phần dọc. Trình tự tuyến tính chỉ là một trong nhiều con đường trong cây phát sinh chủng loại ngựa.
Hình 4a: Bốn trong số 13 loài chim sẻ được tìm thấy trên Quần đảo Galápagos, đã tiến hóa bằng một bức xạ thích nghi (adaptive radiation) đa dạng hóa hình dạng mỏ của chúng để thích nghi với các nguồn thức ăn khác nhau.
Hình 4b: Trong một loài vành đai,các cá thể thuộc quần thể lân cận nhau có thể giao phối nhưng quần thể nằm ở hai đầu của vành đai không thể lai giống với nhau được vì sự khác biệt về huyết thống quá xa.
Hình 5a: Giống chó lai Chihuahua và Great Dane minh họa khoảng kích thước giữa các giống chó lai.
Hình 5e: Cá bảy màu Trinidad trong thí nghiệm của Endler (Poecilia reticulata)
Hình 5f: H. m. ruthveni, một biến thể tông sinh thái của Holbrookia maculata ở đài kỷ niệm cát trắng quốc gia (White Sands National Monument)
Hình 6a: Sự thay đổi hình thái của  Globorotalia crassaformis, G. tosaensis và G. truncatulinoides  hơn 3,5 Ma. Phía trên là một cây phát sinh chủng loài của nhóm. Chuyển thể từ Lazarus et al. (1995).
Hình 6b: Một loài ruồi hoa quả phổ biến (Drosophila melanogaster)
Hình 6c: Arabidopsis thaliana (thông thường được gọi là cải xoong, cải xoong tai chuột hoặc arabidopsis)
Hình 6d:Cây củ hạ tím, Tragopogon porrifolius
Chọn lọc tự nhiên đã khiến ptarmigan thay đổi từ ngụy trang tuyết vào mùa đông sang màu gây rối phù hợp với moorland vào mùa hè.