Nông nghiệp hữu cơ
Phương pháp > Kiểm soát các sinh vật khác

Các sinh vật ngoài cỏ dại gây ra vấn đề trên các trang trại hữu cơ bao gồm động vật chân đốt (ví dụ, côn trùng, ve), tuyến trùng, nấm và vi khuẩn, vi rút,... Biện pháp hữu khuyến cáo áp dụng nhưng không giới hạn:
Thu hút động vật ăn thịt có ích để kiểm soát sâu bệnh bằng cách tạo cho chúng vườn cây hoặc môi trường sống thay thế, thường là hình thức của một băng xanh hoặc đám ruộng cây làm ngân hàng động vật (thường là bọ cánh cứng).
Khuyến khích các vi sinh vật có lợi;
Luân canh cây trồng đến các địa điểm khác nhau qua các vụ, trong một số năm làm gián đoạn chu kỳ sinh sản sâu bệnh;
Trồng cây hoang dã hoặc cây có sức đề kháng cao để đẩy lùi hoặc tác động đến sự phát triển quần thể sâu bệnh.
Sử dụng hàng rào bảo vệ cây trồng trong thời kỳ di cư sâu bệnh;
Sử dụng thuốc trừ sâu sinh học và thuốc diệt cỏ sinh học
Sử dụng biện pháp tạo va làm cũ luống cây trồng để nảy mầm và tiêu diệt cỏ dại trước khi trồng.
Vệ sinh để hạn chế môi trường sống sâu bệnh;
Sử dụng bẫy côn trùng để giám sát và kiểm soát quần thể côn trùng.
Sử dụng các rào cản vật lý, chẳng hạn như lưới.
Ví dụ về các loài côn trùng ăn thịt có ích bao gồm các chi Orius, chi bọ mắt lớn (Geocoris), và một ít loài thuộc họ Bọ rùa (Coccinellidae) (thường có xu hướng bay đi), tất cả đều ăn một loạt các loài sâu rệp gây hại cho cây trồng. Các loài thuộc họ Bọ cánh màng có gân (Neuroptera) cũng rất hiệu quả nhưng chúng thường bay đi. Các loài bọ ngựa (Mantodea) lại di chuyển chậm hơn và ăn ít hơn rất nhiều. Ong bắp cày ký sinh có hiệu quả đối với con mồi mà họ đã chọn, nhưng giống như tất cả các loài côn trùng nhỏ khác thì chúng có thể kém hiệu quả ở ngoài trời vì gió sẽ ảnh hưởng đến chuyển động của chúng.
Đương nhiên có thể sử dụng thuốc trừ sâu có các nguồn gốc cho phép trên các trang trại hữu cơ: Bacillus thuringiensis (độc tố vi khuẩn), kim cúc (chiết xuất hoa cúc), spinosad (một chất chuyển hóa của vi khuẩn), Sầu đâu (chiết xuất cây Azadirachta indica) và rotenon (một chiết xuất từ rễ cây họ đậu). Chỉ có chưa tới 10% nông dân sử dụng thuốc trừ sâu thường xuyên, một khảo sát cho thấy chỉ có 5,3% số người trồng rau ở California sử dụng rotenon trong khi 1,7% sử dụng kim cúc. Những thuốc trừ sâu trong danh mục cho phép không phải là luôn luôn an toàn hơn hoặc thân thiện với môi trường hơn so với thuốc trừ sâu tổng hợp và chúng cũng có thể sẽ gây ra thiệt hại. Các tiêu chí chính cho thuốc trừ sâu hữu cơ là chúng phải có nguồn gốc tự nhiên, tuy nhiên một số chất có nguồn gốc tự nhiên cũng đã gây nhiều tranh cãi. Thuốc trừ sâu tự nhiên gây tranh cãi bao gồm rotenon, đồng, sulfat nicotine, và pyrethrum. Rotenon và kim cúc đặc biệt gây tranh cãi vì nhiều ý kiến cho rằng chúng diệt trừ sâu bọ hại bằng bằng cách tấn công các hệ thống thần kinh, giống như hầu hết các loại thuốc trừ sâu thông thường. Rotenon vô cùng độc hại cho cá và có thể gây ra các triệu chứng giống như bệnh Parkinson ở một số loài động vật có vú. Mặc dù kim cúc (pyrethrins tự nhiên) có hiệu quả hơn chống lại côn trùng khi sử dụng với piperonyl butoxide (chất làm chậm sự suy thoái của các pyrethrins), nhưng tiêu chuẩn hữu cơ thường không cho phép sử dụng các chất này.
Nguồn gốc thuốc diệt nấm được phép sử dụng trên các trang trại hữu cơ bao gồm các vi khuẩn Bacillus subtilis, Bacillus pumilus và nấmTrichoderma harzianum. Đây thường là những loại thuốc hiệu quả đối với các bệnh ảnh hưởng đến rễ. Nước ủ phân trộn hữu cơ (phân compost) có chứa một hỗn hợp của các vi khuẩn có lợi, có thể tấn công hoặc gây ra cạnh tranh với tác nhân gây bệnh nào đó, tuy nhiên không phải công thức và phương pháp ủ lấy nước phân compost nào cũng đem lại kết quả phù hợp cho cây trồng, trái lại đôi khi chúng chưa nhiều vi khuẩn độc hại.
Một số loại thuốc trừ sâu có nguồn gốc tự nhiên không được phép để sử dụng trên các trang trại hữu cơ. Chúng bao gồm sulfate nicotine, asen, và strychnine.
Thuốc trừ sâu tổng hợp được phép sử dụng trên các trang trại hữu cơ bao gồm xà phòng diệt côn trùng và các loại dầu làm vườn dùng cho quản lý tiêu diệt côn trùng; dung dịch Bordeaux, đồng hydroxide và natri bicarbonate dùng cho quản lý tiêu diệt nấm. Đồng sunfat và dung dịch Bordeaux hỗn hợp (đồng sunfat hòa nước vôi) được chấp thuận cho sử dụng hữu cơ tại mỗi nước khác nhau, có thể là vấn đề bảo đảm sức khỏe môi trường hơn một số loại thuốc trừ nấm tổng hợp dissallowed trong canh tác hữu cơ. Những quan ngại khác nhau tương tự thường thấy đối với đồng hydroxide. Lặp đi lặp lại ứng dụng đồng sunfat hoặc đồng hydroxide như một loại thuốc diệt nấm cuối cùng có thể dẫn đến sự tích tụ đồng đến mức độc hại trong đất, những nguyên tắc để tránh sự tích lũy quá mức của đồng trong đất xuất hiện trong các tiêu chuẩn hữu cơ khác nhau ở mỗi nơi khác nhau. Vấn đề môi trường cho nhiều loại sinh vật phát sinh ở mức trung bình sử dụng các chất như vậy đối với một số loại cây trồng. Trong các nước thuộc Liên minh châu Âu, việc thay thế thuốc diệt nấm chứa đồng trong sản xuất hữu cơ đang là một chính sách được ưu tiên nghiên cứu.