Assassin's Creed III
Nội dung > Cốt truyện

Desmond, William, Rebecca, và Shaun tìm thấy Ngôi Đền trong một cái hang ở New York và truy nhập vào đó sử dụng Quả táo Eden. Khi ngôi đền đã tạm thời được kích hoạt, Juno thông qua nó giao tiếp với Desmond. Desmond dùng cỗ máy Animus, và dưới ảnh hưởng của Juno, anh ta quay về trong ký ức Haytham Kenway — Grand Master của các Hiệp sĩ, người tổ tiên tại thời điểm 1754 ở Anh.
Haytham ám sát một người giám sát tại Nhà hát Opera Hoàng gia và lấy đi một chiếc mề đay — chiếc chìa khóa truy nhập vào gian trong của Ngôi Đền. Haytham sau đó được cử sang khu vực Mười ba thuộc địa để xác định vị trí của Ngôi Đền. Khi ở Boston, ông giết một kẻ buôn bán nô lệ, giải thoát một nhóm người Mohawk, trong đó có người phụ nữ tên Kaniehti:io. Bà giúp Haytham tìm ra ngôi đền, đổi lại thì ông sẽ giết tướng Braddock cho bà. Haytham và Kaniehti:io sau đó phát hiện rằng chiếc chìa khóa không thể mở cửa được Ngôi Đền; rồi sau đó họ nảy sinh tình cảm với nhau. Trò chơi tiếp tục với góc nhìn của Ratonhnhaké:ton vào năm 1760. Mẹ cậu chết trong một cuộc tấn công vào ngôi làng, dẫn đầu bởi Hiệp sĩ Đền Charles Lee. Nhiều năm sau, người Già làng nói với Ratonhnhaké:ton rằng ngôi làng của anh có nhiệm vụ ngăn chặn người ngoài phát hiện ra Ngôi Đền. Bà đưa cho anh một quả cầu trong suốt, để Juno có thể giao tiếp với anh và nói cho anh biết về biểu tượng Assassin. Biểu tượng dẫn anh đến với điền trang của Sát thủ đã nghỉ hưu Achilles Davenport, người mà sau này cũng chấp nhận hướng dẫn Ratonhnhaké:ton trở thành một sát thủ.
Achilles khuyên Ratonhnhaké:ton đổi tên thành "Connor" để có thể tự do đi lại trong thành phố thuộc địa. Khi đang tìm kiếm nguồn hỗ trợ tại Boston, Connor bị Hội Hiệp sĩ gán ghép vào tội chủ mưu cuộc thảm sát Boston. Trong những năm sau, Connor đã giết nhiều Hiệp sĩ Đền, và đã tham gia giúp đỡ trong cuộc Chiến trang Cách mạng giữa quân đội Hoa Kỳ và quân đội Anh. Connor gặp cha mình, và hai người tạm thời đứng về cùng một phe để tiêu diệt một tên Templar. Sau đó, Haytham tiết lộ lá thư của George Washington nói về ý định xóa bỏ số dân bản địa, gồm cả tộc người của Connor, khỏi biên giới nhằm ngăn chặn họ hỗ trợ quân Loyalist. Connor trở về làng và nhận ra rằng Lee đã chiêu mộ nhiều chiến sĩ người Mohawk để chống lại quân đội Hoa Kỳ được đưa đến để xóa sổ họ. Connor bí mật vô hiệu các chiến sĩ này để tránh gây xung đột, nhưng không thể thuyết phục được người bạn thơ ấu là Kanen'tó:kon, nên Connor đã buộc phải giết người này.
Ở thời hiện đại, Desmond đôi lúc được Animus hướng dẫn đến những địa điểm tại Manhattan và Brazil để tìm kiếm những mảnh sức mạnh, thứ cần thiết để kích hoạt Ngôi Đền, trước khi Hiệp sĩ Daniel Cross có được chúng. William đi một mình để tìm mảnh cuối cùng, nhưng bị liên minh hiện đại của Hội Hiệp sĩ, Abstergo, bắt giữ. Desmond đột kích vào căn cứ của Abstergo, giết Cross và Warren Vidic, và cứu cha mình.
Connor quan tâm đến việc tiêu diệt tất cả các Hiệp sĩ, và hy vọng được đấu tranh cùng Haytham cho hòa bình và tự do. Tuy nhiên, Haytham vẫn tin vào sự hỗn mang của tự do và sự cần thiết của việc kiểm soát đất nước khi thay thế Washington bằng Lee. Washington cảm thấy nhục nhã vì việc Lee cố gắng phá hoại kết quả cuộc chiến tranh và ẩn nấp trong pháo đài George kiên cố. Connor đột nhập vào pháo đài và đối mặt Haytham; họ chiến đấu, và Connor buộc phải giết ông. Connor sau đó giết Lee và lấy được chiếc chìa khóa. Khi đã tiêu diệt các Hiệp sĩ Templar, Connor trở về làng nhưng không còn người nào cả, chỉ còn lại quả cầu. Qua quả cầu, Juno hướng dẫn Connor giấu chiếc chìa khóa ở nơi mà không ai có thể tìm thấy. Connor chôn chiếc chìa khóa dưới mộ của con trai Achilles, Connor Davenport.
Thời điểm 2012, Desmond thu hồi chiếc chìa khóa và dùng nó để đi vào bên trong ngôi đền. Juno nhắc lại với anh ta rằng kích hoạt bệ đá sẽ ngăn chặn thảm họa diệt vong, nhưng Desmond cũng sẽ phải chết. Minerva xuất hiện, phản đối kế hoạch này vì nó sẽ giải thoát cho Juno – bị giam giữ trong ngôi đền để ngăn chặn âm mưu chế ngự nhân loại của bà. Juno và Minerva giải thích rằng nếu như vụ bùng phát năng lượng mặt trời xảy ra, Desmond sẽ là một trong số ít những kẻ sống sót. Khi Desmond chết sau đó, ông sẽ được tôn kính như một vị thánh, và di sản của ông sẽ tiếp tục làm chủ nhân loại. Desmond chọn cách cứu nhân loại và cho họ cơ hội để đấu tranh chống lại Juno thay vì bị hủy diệt. William, Shaun, và Rebecca rời khỏi ngôi đền, còn Desmond ở lại để kích hoạt bệ đá cổ; khi đó một ánh cực quang xuất hiện trên toàn cầu bảo vệ trái đất khỏi năng lượng bùng phát từ mặt trời. Juno khen ngợi lựa chọn của Desmond và tuyên bố đã đến lúc để bà bắt đầu vai trò của mình.
Ở phần kết thúc, Connor chứng kiến chiếc thuyền Anh cuối cùng rời khỏi New York và một thương nhân đang bán nô lệ, nhắc nhở rằng cuộc đấu tranh cho tự do của anh vẫn chưa kết thúc. Connor trở về ngôi làng của mình nhưng tất cả những người Mohawk đã rời đi về phía tây khi Quốc hội mới thành lập bán vùng đất này để giải quyết chiến phí, bởi vì đặt ra thuế phí ngay sau một cuộc chiến tranh đòi giảm sưu thuế là dấu hiệu chính quyền mới nối bước theo chính quyền cũ.