Nguyên Huệ Tông
Rút chạy về Bắc > Xung đột nội bộ

Càng về cuối những năm làm vua, Nguyên Huệ Tông dần mất hứng thú với chính trị và không còn can thiệp vào những cuộc đấu tranh chính trị nữa. Ông giao hết triều chính cho Thoát Thoát, còn bản thân thì rút về hậu cung ăn chơi hưởng lạc, tiêu xài vô độ, còn ban thưởng hậu hĩnh cho các quý tộc, khiến cho ngân khố nhà nước ngày càng cạn kiệt, thu không đủ chi. Con trai của ông là Ái Du Thức Lý Đạt Lạp (Ayu Sridara), người đã trở thành Thái tử năm 1353, đã cố gắng nắm bắt quyền lực và dẫn đến xung đột với các quần thần của cha, những người điều hành chính trị thay Huệ Tông. Trong thời gian này quyền lực ngày càng được thâu tóm bởi Kỳ hoàng hậu. Bà có một khu vực đặc biệt dành toàn bộ tiền thuế cho việc sử dụng cá nhân của riêng mình, và bà trở nên nổi tiếng với thói tham nhũng và chi tiêu xa hoa cho các cung điện và hàng xa xỉ, khiến bà trở thành một nhân vật đáng ghét. Bản thân ở Cao Ly, gia đình của Kỳ hậu, tất cả đều lấy được những vị trí có ảnh hưởng nhờ quyền lực của bà, đều bị oán ghét vì thói tham nhũng của họ. Một thượng thư đã lên tiếng chỉ trích sự chuyên quyền của Kỳ hậu, do đó hai bên xảy ra mâu thuẫn, thậm chí cả hai đã thuyết phục Ái Du Thức Lý Đạt Lạp trừ khử nhau. Huệ Tông không thể hòa giải tranh chấp, nhưng quyết định xử tử vị thượng thư đó. Năm 1365, sau khi Bá Nhan Hốt Đô qua đời, Huệ Tông cuối cùng đã phong tước cho Kỳ hậu lên thành Đệ Nhất hoàng hậu và thông báo rằng con trai họ sẽ là người đầu tiên trong dòng được kế vị.
Năm 1364, một tướng lĩnh ở Sơn Tây là Bột La Thiếp Mộc Nhi mượn danh nghĩa "thanh quân trắc" vào triều, chiếm đóng Đại Đô Khanbaliq và trục xuất Hoàng Thái tử khỏi cung điện mùa đông. Thái tử buộc phải chạy đến chỗ tướng Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi. Ông phái quân giúp Thái tử, nhưng không thành công. Sang năm 1365, Khoách Khuếch lại cất quân thảo phạt Bột La, Nguyên Huệ Tông lừa giết được Bột La. Khoách Khuếch phò tá Thái tử trở về, được phong Thái phó, Tả thừa tướng. Khoách Khuếch tuy công cao, nhưng chịu nhiều sự nghi kỵ trong triều. Ông sống nơi quân ngũ đã lâu, cũng không muốn ở lại, nên xin ra ngoài. Hai tháng sau, Khoách Khuếch dâng tấu xin triều đình cho đi bình định vùng Giang, Hoài. Huệ Tông cho phép, phong ông làm Hà Nam vương, tổng lĩnh binh mã cả nước, thay Hoàng thái tử xuất chinh, được đem theo một nửa số quan viên trong triều.
Không lâu sau, trong lúc bàn kế hoạch chinh phạt cuộc khởi nghĩa Khăn Đỏ ở Giang Nam, Khoách Khuếch có mâu thuẫn với bốn tướng quân ở Hoài Nam là Lý Tư Tề, Trương Tư Đạo, Khổng Hưng, Thoát Liệt Bá do bọn họ năm xưa cùng khởi binh với cha ông là Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi, cậy mình ở vai cha chú nên không phục, còn công khai chống lại ông. Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi cũng dựa vào quyền tổng lĩnh binh mã cả nước của mình, lệnh cho em là Thoát Nhân Thiếp Mộc Nhi đưa quân đến Tế Nam đề phòng quân phiệt Chu Nguyên Chương ở phía nam, còn mình tự cầm quân đánh dẹp bọn Tư Tề. Đôi bên giằng co mấy năm vẫn không có kết quả. Huệ Tông yêu cầu đôi bên phải giảng hòa, Khoách Khuếch tuy đưa quân về phía đông, lại ngầm phái Mạch Cao xâm nhập Hà Trung, hòng lật đổ sào huyệt Phượng Tường của Tư Tề. Nhưng thủ hạ của Mạch Cao phần lớn là người cũ của Bột La, liền xúi Mạch Cao phản lại Khoách Khuếch, tập kích Vệ Huy, Chương Đức rồi vào triều đổ tội cho ông.
Trước đây khi chạy trốn Bột La để nương nhờ Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi, thái tử từng muốn bắt chước Đường Túc Tông ngày trước lên ngôi tại Linh Vũ, nhưng Khoách Khuếch phản đối hành động này. Từ đó, Thái tử ngậm hờn, mà vua Huệ Tông cũng nghi ngờ ông. Đến nay, triều thần lại đàn hặc ông có tội cứng đầu, Huệ Tông thì miễn chức thái phó, trung thư tả thừa tướng của Khoách Khuếch, lệnh cho ông quay về thực ấp Nhữ Nam, phân chia quân đội của ông cho các tướng; Thái tử thì tự nắm lấy binh quyền, ra mặt đề phòng Khoách Khuếch. Khoách Khuếch nhận chiếu, lui quân về Trạch Châu, bộ tướng Quan Bảo của ông cũng về với triều đình. Triều đình ban chiếu cho bọn Lý Tư Tề ra khỏi cửa quan, cùng Mạch Cao hợp công Khoách Khuếch, lại phái Quan Bảo đồn thú ở Thái Nguyên. Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi căm giận, đưa quân chiếm Thái Nguyên, giết sạch quan lại mà triều đình cắt đặt. Huệ Tông bèn cắt hết quan tước của Khoách Khuếch, lệnh cho binh mã các nơi thảo phạt ông. Nội bộ triều Nguyên bấy giờ đã rối loạn trầm trọng, khiến nội lực ngày càng suy yếu, dẫn đến việc trở nên thất thế khi đương đầu với nghĩa quân của Chu Nguyên Chương sau này.