Bayer 04 Leverkusen
Lịch sử > Những năm gần đây

Đội bóng đã bị mất đi những ngôi sao hàng đầu trong hai mùa giải tiếp đó. Vào năm 2002, đội bóng mất hai ngôi sao tiền vệ Michael Ballack và Zé Roberto cùng vào tay Bayern Munich. Đội bóng đã phải đối mặt với cuộc chiến chống xuống hạng vào năm 2002-03 dưới sự dẫn dắt của Klaus Toppmoller, người đã dẫn dắt đội bóng trong mùa giải thành công nhất của họ và ông đã được thay thế bởi huấn luyện viên ít kinh nghiệm Thomas Horster. Huấn luyện viên được đánh giá cao Klaus Augenthaler đã vực dậy đội bóng trong hai trận cuối cùng và giúp họ tránh được khủng hoảng với chiến thắng trước đội bóng cũ của ông Nuremberg. Sau đó ông đưa Bayer Leverkusen kết thúc mùa giải với vị trí thứ ba và được dự Champions League vào mùa giải sau đó.
Cuộc chiến ở Champions League mùa sau đó đã chứng kiến họ có cuộc trả thù trước Real Madrid, mở màn vòng bảng của họ với chiến thắng 3-0 trước gã khổng lồ Tây Ban Nha, họ đã có thể tiến sâu, nhưng bị đánh bại ở vòng knockout bởi đội bóng đã vô địch sau đó Liverpool. Đội bóng về đích ở mùa giải 2004-05 với vị trí thứ 5 và phải tham dự Champions League ngay từ vòng sơ loại thứ nhất ở mùa giải sau đó.
Đầu năm 2005, Augenthaler đã bị sa thải sau khi đội bóng có sự khởi đầu tồi tệ nhất trong hai mươi năm với chỉ một chiến thắng trong bốn trận đầu mùa và thua 1-0 trước CSKA Sofia ở lượt đi vòng loại UEFA Cup.Cựu huấn luyện viên đội tuyển Đức Rudi Völler được chỉ đinh thay thế.Michael Skibbe, người là trợ lý của Rudi Voller ở đội tuyển quốc gia là người kế nhiệm ông vào tháng mười.Skibbe đã giúp đội bóng về đích ở vị trí thứ năm và đội bóng lại có một suất dự UEFA Cup.
Mùa giải 2007-08 không phải là một mùa giải thành công với Bayer Leverkusen mặc dù đã có một màn khởi đầu tốt. 7 trận thua trong 10 trận cuối cùng của mùa giải đã khiến họ phải về đích ở nửa sau của bảng xếp hạng. Michael Skibbe đã bị chỉ trích nặng nề ở cuối mùa sau khi ông thay đổi đội hình. Trong trận thua 1-2 trước Hertha Berlin, cổ động viên Leverkusen đã gây nên một cuộc bạo động.Không chỉ la ó huấn luyện viên của Leverkusen mà họ còn đốt áo họ đang mặc và ném xuống sân.Michael Skibbe đã từ chức vào chiều 21 tháng 5 năm 2008. Lý do ông ra đi là vì những thành tích của Leverkusen và đội bóng cũng không được dự UEFA Cup.
Dưới sự chỉ đạo của huấn luyện viên mới Bruno Labbadia, Bayer Leverkusen bắt đầu mùa giải 2008-2009 với một sự khởi đầu ấn tượng. Labbadia đã được CLB tuyển mộ từ câu lạc bộ SpVgg Greuther Fürth đang thi đấu ở hạng 2 Bundesliga. Mặc dù có sự khởi đầu tốt, nhưng Bayer Leverkusen đã gặp khó khăn khi đối đầu với các đội hàng đầu tại Bundesliga trong suốt mùa giải. Đội bóng đã vượt qua vòng bán kết của giải DFB-Pokal vào ngày 30 tháng 5 năm 2009 tại Berlin, nhưng tiếc rằng họ thất bại với tỷ số 0-1 trước Werder Bremen. Sau một mùa giải đầy biến động, Bayer Leverkusen kết thúc ở vị trí thứ 9 trên bảng xếp hạng Bundesliga. Vào tháng 6 năm 2009, huấn luyện viên Bruno Labbadia đã chuyển sang làm việc tại câu lạc bộ Hamburger SV, để tiếp tục sự nghiệp của mình. Ngay sau đó, Bayer Leverkusen đã giới thiệu Jupp Heynckes làm huấn luyện viên mới. Heynckes đã có kinh nghiệm dẫn dắt Bayern Munich sau khi Jürgen Klinsmann rời đi. Trong mùa giải 2010-2011, Bayer Leverkusen đã giành vị trí á quân và có cơ hội tham dự UEFA Champions League mùa sau, đánh dấu lần đầu tiên kể từ năm 2005. Tuy nhiên, Jupp Heynckes, huấn luyện viên của đội, đã quyết định không gia hạn hợp đồng và rời khỏi Bayer Leverkusen trong kỳ chuyển nhượng mùa hè năm 2011 để trở lại dẫn dắt Bayern Munich lần thứ ba trong sự nghiệp của mình. Trong mùa giải 2012-2013 và 2015-2016, Bayer Leverkusen đạt vị trí thứ ba dưới sự dẫn dắt của hai huấn luyện viên, lần lượt là Sami Hyypiä và Roger Schmidt. Tuy nhiên, đội bóng này đều bị loại ở vòng 1/8 của UEFA Champions League trong các mùa giải tiếp theo. Trong mùa giải 2019-2020 của UEFA Europa League, Leverkusen đã lọt vào tứ kết lần đầu tiên kể từ năm 2008. Tuy nhiên, cuối cùng họ bị Inter Milan loại sau trận thua 1-2.