Phẫu thuật chuyển giới
Nguyên nhân

Bài chi tiết: Rối loạn định dạng giới
Những trường hợp bị khuyết tật bẩm sinh về cơ quan sinh dục khiến việc xác định giới tính trở nên không rõ ràng, cần phải phẫu thuật để chỉnh sửa khiếm khuyết thì gọi là "xác định lại giới tính". Việc phẫu thuật của họ không được coi là chuyển đổi giới tính mà chỉ là sự chỉnh hình lại để giới tính trở nên rõ ràng.
Trong khi đó, người có mong muốn "chuyển đổi giới tính" thì có cơ thể hoàn toàn bình thường, nhưng về mặt tâm thần của họ có những biểu hiện sau:
Tự cho bản thân thuộc giới tính khác: những người này hoàn toàn bình thường về giải phẫu và sinh học nhưng tự cho bản thân thuộc giới tính khác và tìm cách thực hiện ý định chuyển đổi giới tính bằng các phương pháp phẫu thuật và sinh hóa (tiêm Hormone).
Trạng thái tự cải trang quần áo để biểu lộ thành giới khác: là những người chỉ thích mặc quần áo khác giới để cảm thấy mình đặc biệt so với giới tính sinh học của mình.
Những trường hợp này còn gọi là Rối loạn định dạng giới (Gender Identity Disorder). Năm 1980, Hiệp hội Tâm thần học Mỹ (APA) chính thức phân loại Rối loạn định dạng giới là một dạng bệnh tâm thần. Năm 2018, chứng bệnh này được đổi tên thành Bức bối giới.
Các điều khoản chẩn đoán về chuyển giới, rối loạn định dạng giới ở thanh thiếu niên và người trưởng thành được liệt kê chung trong Bảng phân loại quốc tế về bệnh (ICD) và Thống kê các chứng rối loạn tâm thần của Hội chẩn đoán y khoa Hoa Kỳ (DSM) dưới mã số F64.0, F64.1, 302,85 và 302,6 tương ứng., đến năm 2015 thì được phân loại lại với mã số F64.8, F-64.9 và 302.8 cùng tên gọi mới là chứng bệnh mặc cảm giới tính (Gender dysphoria). Trung tâm cai nghiện và Sức khỏe tâm thần Hoa Kỳ xếp rối loạn này vào Mục DSM-V, kèm với đó là phác đồ điều trị của nhóm này.
Rối loạn định dạng giới cũng được phân loại như là một chứng rối loạn tâm thần bởi Trung tâm quốc tế về Phân loại bệnh và các vấn đề sức khỏe liên quan, biểu hiện của nó là những hành vi, thái độ chối bỏ giới tính của bản thân mình, gồm các tiêu chuẩn chẩn đoán:
Muốn được sống và chấp nhận như một người khác giới tính, thường đi kèm với những mong muốn làm cho cơ thể, ngoại hình càng giống người khác giới càng tốt (qua trang phục, đi đứng, cách cư xử, thậm chí qua phẫu thuật chuyển giới), dù các bộ phận giới tính và sinh lý cơ thể của họ hoàn toàn bình thường và không bị dị tật.
Tâm lý trên tồn tại liên tục trong ít nhất 2 năm.
Rối loạn định dạng giới có biểu hiện rõ ngay cả ở trẻ nhỏ (APA, 2000). Ví dụ: một trẻ nam bị rối loạn này ưa thích các trò chơi và các hoạt động dành cho giới nữ: thích chơi với búp bê, thích tô son, mặc váy trong khi tránh né các trò chơi điển hình dành cho trẻ nam như đấu vật, chọi tay... Trẻ đòi ngồi khi đi tiểu, có thể biểu hiện khó chịu với dương vật của mình, muốn hủy hoại dương vật để thay thế nó bằng cơ quan sinh dục nữ.
Ước tính có khoảng 0,005% đến 0,014% nam giới và 0,002% đến 0,003% nữ giới được chẩn đoán mắc chứng Rối loạn định dạng giới, dựa trên các tiêu chí chẩn đoán hiện tại. Rối loạn định dạng giới nếu không được phát hiện và chữa trị thì tâm lý trên sẽ trở nên mạnh hơn, bệnh nhân sẽ chối bỏ giới tính của cơ thể và muốn được tiến hành phẫu thuật chuyển đổi giới tính.
Theo đó, việc phẫu thuật chuyển giới chỉ nên được thực hiện với những người lưỡng tính (tức là những người có bộ phận sinh dục bị khuyết tật, không xác định rõ là nam hay nữ). Còn đối với những người có cơ thể hoàn toàn bình thường nhưng lại muốn phẫu thuật chuyển giới (do tình trạng tâm thần bị chứng bệnh mặc cảm giới tính) thì không nên cho phép phẫu thuật chuyển giới bởi sẽ gây tác hại rất lớn cho sức khỏe. Với những người bị chứng bệnh mặc cảm giới tính này, cần phải điều trị tâm lý để bệnh nhân cảm thấy chấp nhận giới tính của cơ thể và không còn mong muốn phẫu thuật chuyển giới nữa.