Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận
Rời Việt Nam và làm việc tại Giáo triều Rôma (1990–2002) > Thăng tước hồng y

Ngày 21 tháng 1 năm 2001, Giáo hoàng Gioan Phaolô II công bố chọn Tổng giám mục Nguyễn Văn Thuận làm hồng y. Tân hồng y được xếp thứ hai trong danh sách các tân hồng y được công bố. Tổng số lượng hồng y được vinh thăng lần này lên đến 37, số lượng lớn nhất mà một Công nghị Hồng y từng có. Hồng y tân cử nhận được tin thăng hồng y cùng lúc biết tin tức cơ thể ông có một khối u gây bệnh, chính là khối u sau này đã khiến ông qua đời.
Với việc công bố quyết định thăng tước vị hồng y, Nguyễn Văn Thuận trở thành hồng y bậc phó tế đầu tiên người Việt Nam và là hồng y người Việt Nam thứ bốn. Ngày 21 tháng 2 năm 2001, nghi lễ nhận tước vị được cử hành và ông chính thức trở thành Hồng y Phó tế, Hiệu tòa Nhà thờ Santa Maria della Scala. Cũng được vinh thăng hồng y cùng Nguyễn Văn Thuận đợt này còn có các Giám mục từ các nơi như: Hồng y Jorge Mario Bergoglio người Argentina – sau này là Giáo hoàng Phanxicô; Hồng y Louis-Marie Bille tại Lyon, Pháp; Hồng y Ivan Dias tại Bombay, Ấn Độ,... Ngay trong ngày diễn ra nghi lễ hồng y, bài nghiên cứu Choosing the next pope đăng tải trên BBC đã nhận định Hồng y Nguyễn Văn Thuận là một trong những hồng y có sức ảnh hưởng, ngay cả khi không là giáo hoàng.
Huy hiệu của Hồng y Nguyễn Văn Thuận có nền màu xanh dương với ngôi sao trắng tượng trưng cho bà Maria là ngôi Sao Biển. Ngôi sao dẫn đường cho những con thuyền trong cuộc du hành. Mười khúc tre tượng trưng cho 10 điều răn và là biểu tượng của người quân tử. Nổi bật trên màu xanh và ngôi sao là ba ngọn núi biểu tượng của đại dương và lục địa. Ba ngọn núi còn là biểu trưng cho ba miền Việt Nam: Bắc, Trung, và Nam. Núi và biển cả cũng còn tượng trưng cho Nha Trang, là Giáo phận tân Hồng y từng đảm nhận chức Giám mục chính tòa. Khẩu hiệu bằng tiếng La Tinh của Hồng y Thuận là Gaudium et Spes, nghĩa là "Vui mừng và hy vọng" cũng là tựa đề của Hiến chế Mục vụ về Giáo hội trong Thế giới ngày nay, được Công đồng Chung Vaticanô II ban hành ngày 7 tháng 12 năm 1965, ngày cuối cùng trước khi bế mạc Công đồng. Cùng với Hiến chế Tín Lý về Giáo hội Ánh Sáng Muôn Dân – "Lumen Gentium", qua Công đồng này, Giáo hội muốn canh tân để phản ánh "dung nhan Chúa Kitô" trong thời đại hiện tại.
Trong số phát hành ngày 21 tháng 2 năm 2001, tờ The Los Angeles Times có bài với nhan đề "The Men Who Would Be Pope?" (Người có thể lên ngôi Giáo hoàng?) đã dự đoán danh sách 14 vị hồng y có nhiều khả năng kế vị Giáo hoàng Gioan Phaolô II, trong đó có Hồng y Nguyễn Văn Thuận. Ngoài ra, tờ báo này còn có một bài viết khác với tiêu đề Hidden Hopes of Being Pope (tạm dịch: Những tham vọng thầm kín để trở thành giáo hoàng) đưa ra quan điểm vị giáo hoàng kế vị giáo hoàng Gioan Phaolô II khó có khả năng đến từ châu Á, nơi có tỉ lệ giáo dân Kitô giáo rất thấp. Tuy vậy, bài báo dự đoán tân hồng y Thuận có thể tiến xa. Nhật báo The New York Post, ngày 25 tháng 2 năm 2001, cũng đăng bài nhan đề "Is Asian Cardinal In Line For Papacy ?" (Một Hồng y Á Châu Có Thể Lên Ngôi Giáo hoàng?) của ký giả Rod Dreher. Trong đó có đoạn nhận định về tân Hồng y người Việt Nam là một ứng viên sáng giá cho ngôi vị Giáo hoàng.
Giữa tháng 3 năm 2001, Hồng y Thuận tham gia sự kiện Công lý, Hòa Bình, Giải quyết các Vấn đề Xã hội tổ chức tại Tổng giáo phận Los Angeles. Vài tháng sau khi được phong tước Hồng y, ngày 30 tháng 4, Giáo hoàng đã chỉ định các tân hồng y vào các thánh bộ của Giáo triều Rôma. Hồng y Thuận được bổ nhiệm làm thành viên Thánh bộ Phụng tự và Kỷ luật Bí tích và Bộ Rao giảng Tin Mừng (bộ Truyền giáo). Ngày 14 tháng 5 cùng năm, Hồng y Thuận được chỉ định làm thành viên Hội đồng Giáo hoàng về Giáo dân.
Sau khi Việt Nam nới lỏng các hạn chế về việc nhập cảnh, Hồng y Thuận đã trở về Việt Nam thông qua các thủ tục dành cho công dân ngoại quốc. Với thời gian bị cầm tù, Nguyễn Văn Thuận trải qua tổng cộng 7 lần phẫu thuật, trong đó 3 lần khiến ông suýt mất mạng. Ngày 17 tháng 4 năm 2001, Hồng y Thuận được cử hành giải phẫu tại một bệnh viện ở Boston, Hoa Kỳ. Cuộc giải phẫu cuối cùng của ông là vào ngày 8 tháng 5 năm 2002 tại Trung tâm nghiên cứu về ung thư, Milan, miền Bắc Ý. Từ đầu tháng 6 năm 2002, sức khỏe Hồng y Thuận chuyển biến xấu và được cấp cứu tại Bệnh viện Agostino Gemelli thuộc Đại học Công giáo Thánh Tâm, Rôma. Sau đó, hồng y Thuận được chuyển viện đến Bệnh viện Piô XI.
Giữa tháng 7 năm 2002, cùng với lễ an táng Đức ông Vinh Sơn Trần Ngọc Thụ, thông tin từ Tòa Thánh cho biết Hồng y Nguyễn Văn Thuận đang điều trị ung thư tại bệnh viện Piô XI tại Roma.