Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn
Hồng y > Giai đoạn 2006–2007

Hồng y Phạm Minh Mẫn đã có buổi chia sẻ với Liên Tu sĩ Sài Gòn vào cuối tháng 4 năm 2006. Trong khuôn khổ cuộc gặp, Hồng y Mẫn thông tin về tình trạng thiếu nơi giảng dạy và sinh hoạt cho các chủng sinh, do số lượng chủng sinh không còn bị khống chế, tình trạng xây dựng nhà thờ và dư luận lên án việc này, về số giáo dân. Riêng về số giáo dân, không kể đến các di dân, dưới thời Hồng y Mẫn quản lý, năm 1998 có 520.000 giáo dân, nhưng đến năm 2005 đã tăng lên mức 630.000. Thông tin đăng trên Asia News vào tháng 5 năm 2006 cho biết Hồng y Phạm Minh Mẫn đã mời các hồng y từ Nhật Bản, Hàn Quốc, Thái Lan, Philippines và Ấn Độ đến thăm Việt Nam vào đầu tháng 12 năm 2006. Cũng trong khoảng thời gian này, Hồng y Mẫn kêu gọi các thành viên Dòng Tên sưu tập các tài liệu và tổ chức một hội thảo với chủ đề sứ mạng của Dòng Tên tại Việt Nam.  Các hồng y được mời đã đến Thành phố Hồ Chí Minh gồm Hồng y-Giám mục chính tòa Giáo phận Hồng Kông Giuse Trần Nhật Quân, Hồng y Tổng giám mục Tổng giáo phận Manila Gaudencio Borbon Rosales và Hồng y Tổng giám mục Tổng giáo phận Ranchi Telesphore Toppo. Cuộc viếng thăm kéo dài từ ngày 2 đến ngày 4 tháng 12, và các hồng y đã cùng đồng tế lễ kỷ niệm 500 năm ngày sinh Thánh Phanxicô Xaviê, bổn mạng truyền giáo. Một số quan chức đã tham dự lễ đồng tế này, cùng với hơn 1.200 giáo dân. Chủ tịch nước Việt Nam có nhã ý gặp các hồng y, nhưng theo hồng y Toppo, họ không có đủ thời gian [để tổ chức cuộc gặp].
Tháng 11 năm 2006, Hồng y Phạm Minh Mẫn và một số giám mục đã gặp Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết. Hồng y Mẫn cho biết ông đã thảo luận với ông Chủ tịch về các vấn đề như các quyền tư hữu tài sàn, tự do tôn giáo. Nói về trách nhiệm của Giáo hội Công giáo trong công cuộc phát triển Việt Nam, hồng y lưu ý về hai lĩnh vực giáo dục và y tế. Hồng y Mẫn cho biết Chủ tịch Triết hứa sẽ dần dần đáp ứng các nguyện vọng mà chính phủ xem là chính đáng. Thư Mục vụ Giáng sinh năm 2006, Hồng y Mẫn kêu gọi mọi người rũ bỏ các tính toán ích kỷ, ham muốn bất chính" và quan tâm chia sẻ hỗ trợ cho nạn nhân cơn bão Durian.
Thủ tướng Việt Nam, ông Nguyễn Tấn Dũng đã có cuộc gặp mặt với Giáo hoàng Biển Đức XVI vào ngày 25 tháng 1 năm 2007. Đây là lần đầu tiên một lãnh đạo Việt Nam theo chủ nghĩa Cộng sản có cuộc gặp mặt với giáo hoàng. Bình luận về sự kiện này, linh mục Huỳnh Công Minh đại diện Hồng y Phạm Minh Mẫn đánh giá rằng đây là một tin vui mừng và bày tỏ niềm hy vọng rằng cuộc gặp mở đường cho việc phát triển ngoại giao bình thường giữa Tòa Thánh và Việt Nam. Ngày 30 tháng 3 năm 2007, Tòa án Nhân dân Thừa Thiên-Huế xét xử và ra phán quyết 8 năm tù với linh mục Tađêô Nguyễn Văn Lý vì tội "tuyên truyền chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam". Hội đồng Giám mục Việt Nam im lặng trước biến cố này, do đó Đài Á Châu Tự Do (RFA) đã có cuộc phỏng vấn với Hồng y Phạm Minh Mẫn về vấn đề này. Hồng y thông tin Hội đồng Giám mục sẽ họp vào tháng 10, và do linh mục Lý thuộc Tổng giáo phận Huế nên chỉ có Đức Cha (Tổng giám mục Huế) mới có quyền đề xuất việc này vào chương trình nghị sự. Cá nhân Hồng y Mẫn cho biết ông không rõ nguyên nhân cũng như các khía cạnh trong cuộc sống của linh mục Lý.
Ngày 7 tháng 7 năm 2007, Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam Phaolô Nguyễn Văn Hòa viết thư gửi Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết. Trong thư này, giám mục cho rằng báo Tuổi trẻ ngày 6 tháng 7 năm 2007 có nội dung không đúng sự thật về việc Chủ tịch nước nói rằng Vatican và Hội đồng Giám mục cũng đồng tình với Nhà nước Việt Nam trong việc xét xử linh mục Nguyễn Văn Lý. Ngày 10 tháng 7 năm 2007, Hồng y Phạm Minh Mẫn cho xuất bản lá thư gửi đến báo Công giáo và Dân tộc cũng như truyền thông tại Việt Nam. Trong thư, vị tổng giám mục Thành phố chỉ trích sự đưa tin với chiều hướng một chiều, sự thật bị cắt xén và bóp méo. Hồng y Mẫn cũng đưa ra một số dẫn chứng về việc thông tin bị bóp méo, với sự kiện gần nhất là việc đưa tin CNN phỏng vấn Chủ tịch nước Việt Nam với nội dung bị cắt xén và thêm thắt, gây ảnh hưởng xấu đến Hội đồng Giám mục Việt Nam và Chủ tịch Hội đồng này phải có tin đính chính. Cũng trong thư này, Hồng y Mẫn cho rằng tất cả sự việc này gây ra sự nghi kị, dần biến mọi người thành Tào Tháo, đồng thời kêu gọi truyền thông Công giáo không biến tín hữu trở thành những kẻ đa nghi với Chúa và Giáo hội. Ngày 22 tháng 7 cùng năm, Hồng y Mẫn gửi thư cho linh mục Phaolô Nguyễn Thái Hợp, Chủ tịch câu lạc bộ Nguyễn Văn Bình, nhờ câu lạc bộ này nghiên cứu về đề tài Thái độ hợp tác cũng như bất hợp tác của Giáo hội Công giáo trong 50 năm qua. Trong thư, Hồng y Mẫn lên án xã hội băng hoại: [...] Thay vì biến giai cấp vô sản thành người đầy tớ phục vụ nhân dân theo như lời Bác dạy, thì thực tế cho thấy là giai cấp vô sản biến nhân dân thành vô sản, và tự biến mình thành một giai cấp mới mà tôi nghe nhiều người gọi là tư sản đỏ. [...] Lâu lâu rồi, tôi thấy báo chí tường thuật lời ông Tổng Bí thư tuyên bố tham nhũng là quốc nạn. Có lẽ là quốc nạn cho người dân, chớ còn đối với nhiều đày tớ của nhân dân, đó là cơ hội tốt để trở thành đại gia đỏ.
Tại Đại hội Hội đồng Giám mục Việt Nam lần X, Hồng y Phạm Minh Mẫn được các giám mục bầu chọn giữ vai trò Chủ tịch Uỷ ban Mục vụ Di dân nhiệm kỳ 2007–2010 và tái đắc cử chức vụ này ở nhiệm kỳ 2010–2013. Tên chính thức của Uỷ ban vào thời điểm được thiết lập là Ủy Ban Giám Mục lo cho người Di Dân. Hồng y Mẫn hính là Chủ tịch Tiên khởi của Uỷ ban này, kể từ khi nó được chính thức được thiết lập dựa trên "Tiểu ban lo cho người Di Dân" trực thuộc "Uỷ ban Giáo dân".
Ngày 24 đến ngày 28 tháng 9 năm 2007, Hồng y Phạm Minh Mẫn tham dự phái đoàn Công giáo Việt Nam có chuyến thăm đến Trung Quốc, nhận lời mời từ Cục Tôn giáo Trung Quốc. Phái đoàn đã có cuộc gặp chính thức với các quan chức Trung Quốc: Cục Trưởng Cục Tôn giáo, Trưởng ban Mặt Trận Thống Nhất, Vụ phó Vụ Châu Âu, Bộ Ngoại giao và Vụ trưởng Vụ 2 Cục Tôn giáo Trung Quốc. Phái đoàn do vị Hồng y Tổng giáo phận Thành phố dẫn đầu đã đến thăm Bắc Kinh và Thượng Hải. Tại đây, ông cũng có dịp tiếp xúc với Tổng giám mục Tổng giáo phận Bắc Kinh Giuse Lý Sơn, vị giám mục vừa được bổ nhiệm vào ngày 21 tháng 9 và chào xã giao giám mục giáo phận Thượng Hải Alôsiô Kim Lỗ Hiền. Phái đoàn từ Việt Nam, ngoài hồng y Mẫn còn có Tổng giám mục Tổng giáo phận Hà Nội Giuse Ngô Quang Kiệt và giám mục phó Giáo phận Nha Trang Giuse Võ Đức Minh. Trả lời phỏng vấn của Asia News với nội dung được đăng vào tháng 11 năm 2007, Hồng y Phạm Minh Mẫn cho biết đôi khi ông cảm thấy khó khăn để thực thi nhiệm vụ của mình tại thành phố [mà ông đang quản lý mục vụ Công giáo]. Cũng theo Hồng y Mẫn cho biết ông quan tâm đến đồng hành cùng những người nghèo khó, bệnh nhân AIDS, cũng như bác ái Công giáo. Ông bày tỏ mong muốn tham gia vào các vấn đề xã hội để hỗ trợ cho người nghèo và các nạn nhân của [bất công] xã hội.
Sau chuyến viếng thăm Trung Quốc, Hồng y Phạm Minh Mẫn đã trả lời phỏng vấn UCA. Trong khuôn khổ cuộc phỏng vấn, Hồng y Mẫn đã chia sẻ về tình trạng Giáo hội Việt Nam: sau năm 1975, giáo hội tại miền Nam bị tịch thu nhiều tài sản, và đến thập niên 1980, với quá trình Đổi Mới, các giáo hội ngoại quốc đã hỗ trợ về kinh tế những như đào tạo nhân sự, và chính quyền đã trả lại tài sản bị tịch thu, cũng như cộng tác với Giáo hội, điển hình là về công tác phòng chống HIV/AIDS. Hồng y Mẫn cho biết ban đầu Ban tổ chức Hội đồng Giám mục Á Châu dự định chọn Việt Nam làm nơi tổ chức đại hội vào năm 2008, nhưng Hồng y Mẫn đã bác bỏ đề xuất này vì lý do thiếu cơ sở vật chất để tổ chức đại hội. Trong cuộc phỏng vấn, Hồng y Mẫn cũng nhắc đến tình trạng "linh mục chui" tại miền Bắc, và nhận định rằng Giáo hội Công giáo Việt Nam vốn chia rẽ sau chiến thắng của chính quyền theo chủ nghĩa Cộng sản trong thập niên 1950, cho đến khi thành lập Hội đồng Giám mục 25 năm sau đó. Nhắc lại trong cuộc phỏng vấn với Hội đồng Giám mục Việt Nam, hồng y Mẫn cho biết sau khi ông từ chối đề nghị của Phó Tổng thư ký FABC, một cán bộ thuộc Ban Tôn giáo Chính phủ đã đề nghị  Hồng y Mẫn nhận lại đề nghị, tuy vậy Hồng y cho rằng ông không thể rút lời.