Deus Ex
Tổng quan > Cốt truyện

Người chơi được hóa thân vào nhân vật JC Denton, một đặc vụ tân binh được tăng cường công nghệ nano ("nano-augmentation") của UNATCO. Sau khi hoàn thành khóa đào tạo của tổ chức, JC được tham gia một số nhiệm vụ do Joseph Manderley - Giám đốc của UNATCO giao phó để theo dõi các thành viên NSF và lô hàng bị đánh cắp của vắc-xin "Ambrosia", thuốc chữa duy nhất của virus "Gray Death". Thông qua những nhiệm vụ này, JC được đoàn tụ với anh trai của mình, Paul Denton, cũng là một đặc vụ được tăng cường nano như JC. Trong suốt quá trình thực hiện nhiệm vụ, JC theo dõi và phát hiện lô hàng Ambrosia bị đánh cắp đã được chuyển tới một máy bay tư nhân tại sân bay LaGuardia. Paul sau đó gặp JC bên ngoài máy bay và giải thích rằng ông đã đào ngũ khỏi UNATCO và hiện đang làm việc cho NSF sau khi biết được sự thật rằng "Gray Death" là vi-rút tạo bởi con người, và UNATCO đã đứng đằng sau việc thao túng sức mạnh của "Gray Death" để đảm bảo chỉ có các tầng lớp trên mới nhận được thuốc chủng ngừa .
JC trở về trụ sở UNATCO và được Manderley thông báo rằng cả anh và Paul đều được trang bị một kill switch 24-giờ và cái của Paul đã được kích hoạt do sự phản bội. Manderley đã ra lệnh cho JC bay tới Hồng Kông để trừ khử Tracer Tong, một hacker mà Paul đã tiếp xúc và là người duy nhất có thể vô hiệu hóa kill switch. Tuy nhiên, JC lại trở về căn hộ của Paul để tìm Paul đang ẩn náu bên trong. Paul giải thích thêm cho hành động đào ngũ của mình và khuyến khích JC nên làm như vậy bằng cách gửi đi một tín hiệu cảnh báo cho các đồng minh của NSF. Do vậy, JC chính thức bị UNATCO truy nã và kill switch của anh bị kích hoạt bởi Giám đốc của Cơ quan Quản lý Trường hợp Khẩn cấp (FEMA) là Walton Simons. JC bị bắt bởi UNATCO trên đường trốn chạy và cả anh lẫn Paul (nếu sống sót sau cuộc tấn công vào căn hộ) đều được đưa đến một nhà tù bí mật bên dưới trụ sở chính của UNATCO. Một thực thể có tên là "Daedalus" liên lạc với JC. Nó thông báo cho anh biết rằng nhà tù là một phần của Majestic 12 và sắp xếp cho JC và Paul trốn thoát. Cả hai chạy sang Hồng Kông để gặp Tong. Sau khi tắt kill switch cho hai người, Tong yêu cầu JC xâm nhập tòa nhà của VersaLife và phát hiện ra công ty là nguồn gốc cho "Gray Death". Họ ăn cắp kế hoạch của vi-rút và phá hủy "universal constructor" (UC) sản xuất ra nó .
Phân tích mẫu của virus cho thấy nó được sản xuất bởi Illuminati, nên Tong gửi JC đến Paris để thử liên hệ với tổ chức và nhận sự giúp đỡ của họ để chiến đấu với Majestic 12. JC cuối cùng gặp được lãnh đạo Illuminati là Morgan Everett, và biết rằng virus "Gray Death" được dự định sử dụng cho mục đích tăng cường công nghệ nano nhưng Majestic 12, dẫn đầu bởi doanh nhân tỷ phú và cựu thành viên của Illuminati là Bob Page, đã đánh cắp và biến virus này trở nên nguy hiểm như hiện tại. Everett nhận ra rằng nếu VersaLife không còn UC, Majestic 12 không còn có thể tạo ra virus và sẽ có khả năng nhắm vào căn cứ không quân Vandenberg, nơi mà X-51, một nhóm các nhà khoa học cũ của Area-51, đã xây dựng một cái khác. Sau khi giúp đỡ các nhân viên của căn cứ trong việc đẩy lui cuộc tấn công của Majestic 12, JC gặp lãnh đạo của X-51 là Gary Savage, người tiết lộ rằng Daedalus là một trí thông minh nhân tạo được tạo ra từ chương trình ECHELON. Everett cố gắng giành quyền kiểm soát trên mạng thông tin liên lạc của Majestic 12 bằng cách đưa Daedalus lên mạng lưới quân sự Mỹ, nhưng Page phản công bằng cách phát hành AI của riêng mình là Icarus. Cả hai kết hợp thành một mẫu AI mới, Helios, với khả năng kiểm soát tất cả các thông tin liên lạc toàn cầu. Sau đó, Savage nhờ JC giúp đỡ trong việc tìm thiết bị thay thế để xây dựng lại UC trong cuộc đột kích của Majestic 12 vào Vandenberg. JC tìm thấy sơ đồ và các thiết bị điện tử truyền cho Savage, nhưng bị chặn lại bởi Page, người phóng tên lửa hạt nhân vào Vandenberg để đảm bảo rằng Area 51 (khi đó là trụ sở của Majestic 12) sẽ là vị trí duy nhất trên thế giới có UC hoạt động được. Tuy nhiên, JC kịp lập trình lại tên lửa để tấn công Area 51. JC sau đó tự mình đi đến đó để đối đầu với Page.
Khi JC tìm được Page, hắn tiết lộ rằng mình đang tìm cách hợp nhất với Helios để được toàn quyền kiểm soát toàn bộ công nghệ nano. JC được liên lạc bởi cả Tong, Everett, và Helios. Cả ba thế lực đều yêu cầu sự giúp đỡ của anh trong việc đánh bại Page, đồng thời giúp họ đạt được mục tiêu của bản thân và JC buộc phải lựa chọn một trong số đó. Tong muốn đưa thế giới vào một Thời đại Bóng tối thứ hai bằng cách phá hủy trung tâm truyền thông toàn cầu tại Area 51 và ngăn chặn bất cứ ai có ý đồ kiểm soát thế giới . Everett sẽ giúp Denton để đưa Illuminati trở lại quyền lực bằng cách giết chết Bob Page và sử dụng công nghệ của Area 51 để cai trị thế giới bằng "bàn tay vô hình" . Helios thì mong muốn hợp nhất với Denton và cai trị thế giới với tư cách là một nhà độc tài nhân từ cùng nguồn kiến thức và trí tuệ vô hạn . Quyết định của người chơi sẽ ảnh hưởng đến tương lai của thế giới trong trò chơi, qua đó mang lại nhiều kết thúc khác nhau.