Leopold II của Thánh chế La Mã
Hoàng đế La Mã Thần thánh

Leopold, trong thời gian cai trị ở Toscana, đã cho thấy xu hướng của ông là sẵn sàng tuyên bố một bản hiến pháp. Khi ông thừa kế ở Áo, hành động đầu tiên là nhượng bộ với những người bị mất quyền lợi bởi những chính sách cải cách của hoàng huynh. Ông công nhận Nghị viện ở những vùng khác nhau là "Trụ cột của chế độ quân chủ", trấn an người Hungary và Bohemia, nhượng bộ đối với các phần tử nổi dậy ở Hà Lan thuộc Áo (nay là Bỉ). Khi việc cố gắng lập lại trật tự thất bại, ông dùng đến quân đội và thiết lập lại quyền lực của riêng ông. Tuy nhiên ông không từ bỏ bất cứ chính sách nào (có thể giữ lại) của Maria Theresia và Joseph đã thực hiện để tăng cường quyền lực của nhà nước. Ông tiếp tục, nhấn mạnh rằng không có một chỉ dụ nào của Giáo hoàng được công nhận nếu không có sự đồng ý của ông. Một trong những hành động khắc nghiệt nhất của ông nhằm xoa dịu giai cấp quý tộc là ban hành một sắc lệnh vào ngày 9 tháng 5 năm 1790, buộc hàng ngàn nông dân Bohemia được giải phóng dưới thời Joseph, lại trở thành nô lệ.
Leopold đã cai trị hai năm trên cương vị Hoàng đế La Mã Thần Thánh, và trong thời gian đó ông bộn rộn trong việc đối phó với mối đe dọa từ phía tây và phía đông. Cuộc cách mạng nổ ra ở Pháp đe dọa đến người em gái ông là Maria Antonia của Áo, hoàng hậu của vua Louis XVI, và cũng bị đe dọa lãnh địa riêng của ông khi xuất hiện những phong trào hưởng ứng cuộc cách mạng này ở Áo. Em gái ông đã gửi cho ông, mong chờ sự giúp đỡ, và ông cũng bị làm phiền bởi những người di dân bảo hoàng, vốn mong muốn sự can thiệp vũ trang vào đất Pháp.
Từ phía đông, ông đã bị đe dọa bởi tham vọng xâm lược từ Nữ hoàng Catherine II của Nga và thái độ của nước Phổ. Catherine cảm thấy vui mừng khi biết Áo và Phổ bắt tay với nhau cùng chống lại các cuộc cách mạng Pháp. Trong khi họ đang bận rộn ngoài Rhine, bà ta sẽ thôn tính những gì còn lại của Ba Lan và rảnh tay chiến đấu chống lại Đế quốc Ottoman. Leopold II đã không gặp mấy khó khăn để nhìn ra ý định này của nữ hoàng Nga, và ông không bị lừa.
Để xoa dịu em gái mình, ông đã dành nhiều lời an ủi và hứa hẹn giúp đỡ nếu hoàng hậu và chồng bà có thể trốn thoát khỏi Paris. Những người tị nạn đi theo ông bị từ chối cho yết kiến, hoặc khi họ cố gắng gặp ông, họ đều bị từ chối mọi sự giúp đỡ. Leopold, trên cương vị là một chính trị gia không phải là hoàn toàn hài lòng với sức mạnh của Pháp và các ảnh hưởng từ châu Âu đến lãnh thổ của ông. Trong vòng sáu tuần sau khi lên ngôi, ông đã thể hiện sự khinh thường đối với sự yếu kém của Pháp, và xé bỏ hiệp ước liên minh do Maria Theresia ký vào năm 1756 và mở cuộc đàm phán với Anh để phòng ngừa sự xâm lấn của Nga và Phổ.
Sau đó, khi chắc chắn rằng người Anh sẽ hỗ trợ, ông sẵn sàng đối đầu với nước Phổ. Một lời mời đối với vua Frederick William II của Phổ và sau đó là cuộc gặp mặt ở Reichenbach tháng 7 năm 1790, dẫn đến một thỏa thuận mà trên thực tế là một thất bại của nước Phổ: Leopold đăng quang ngôi vua của Hungary vào ngày 11 tháng 11 năm 1790, và đảm nhận vị trí thống trị của người Magyar trước khi có sự sắp xếp của Nghị viện. Ông đã ký vào lệnh ngừng bắn trong vòng tám tháng với người Thổ Nhĩ Kỳ vào tháng 9, dọn đường cho việc chấm dứt chiến tranh bắt đầu từ thời Joseph II. Sau khi tạm yên phía đông, Leopold thiết lập lại trật tự ở Bỉ và khẳng định mối quan hệ thân thiện với Anh và Hà Lan.
Năm 1791, hoàng đế vẫn ngày càng bận rộn với vấn đề ở nước Pháp. Vào tháng 1, ông đã phải bỏ bá tước Artois (sau đó là Charles X của Pháp) một cách rất quả quyết. Ý thức của ông đã nổi dậy khi nhận ra sự điên rồ của những người di dân Pháp, và ông đã làm hết sức mình để tránh bị vướng vào các vấn đề của quốc gia đó. Tuy nhiên những lời lăng mạ đối với Louis XVI và Maria Antonia của Áo, vào thời điểm họ cố gắng trốn khỏi kinh thành thất bại và bị đưa đến Varennes vào tháng 6, làm nổi lên sự phẫn nộ của ông, và ông đã ra lời kêu gọi chung trong Thông tư Padua cho các quân vương ở châu Âu để có những biện pháp thể hiện quan điểm của họ về sự kiện đó "ngay lập tức gây tổn hại danh dự của tất cả các quân vương, và sự an toàn của tất cả các chính phủ." Tuy nhiên, ông đã quan tâm nhiều nhất là các cuộc đàm phán với Thổ Nhĩ Kỳ, vào tháng 6 cuối cùng dẫn đến một hiệp ước hòa bình cuối cùng, Hiệp ước Sistova được ký kết vào tháng 8, 1791.
Vào ngày 25 tháng 8 năm 1791, ông gặp nhà vua nước Phổ ở Lâu đài Pillnitz, gần Dresden, và họ đã dựng nên Tuyên ngôn Pillnitz, nói họ sẵn sàng can thiệp vào Pháp nếu và kêu gọi sự giúp đỡ của các cường quốc khác. Việc kê khai, đó chỉ là một hình thức, cho, như Leopold biết, cả Nga lẫn Anh đã sẵn sàng hành động. Về phản ứng của người Pháp đối với Tuyên ngôn Pillnitz, gồm mưu đồ của những người di dân, và các cuộc tấn công được thực hiện bởi các nhà cách mạng Pháp vào lãnh địa của các vương hầu người Đức tại Alsace, Leopold tiếp tục hy vọng sự can thiệp vũ trang có thể không thành hiện thực. Khi Louis XVI đã thề sẽ chấp nhận hiến pháp tháng 9 năm 1791, hoàng đế xưng nghĩ rằng một sự hòa giải đã đạt được ở Pháp. Các cuộc tấn công vào lãnh địa của các vương hầu Đức ở bờ tây sông Rhine, và bạo lực ngày càng tăng giữa của các bên ở Paris là những ngòi nổ dẫn đến chiến tranh, sớm hiện ra, và, hy vọng của hoàng đế vô nghĩa. Leopold cố gắng đáp ứng những thách thức của các chiến sĩ cách mạng tại Pháp, tuy nhiên tác dụng của Tuyên bố Pillnitz đã góp phần vào sự cực đoan của phong trào chính trị của họ.
Ông đột ngột qua đời tại Vienna, tháng 3 năm 1792, mặc dù một số tin đồn rằng ông đã bị đầu độc hoặc bị giết trong bí mật.
Giống như song thân, Leopold có 16 người con, 8 trai 8 gái, hoàng trưởng tử là người thừa kế, tức Hoàng đế Francis II. Một vài người con của ông là nhân vật nổi tiếng trong giai đoạn họ sống. Gồm có: Ferdinand III, Đại công tước xứ Toscana; Đại Công tước Charles của Áo, một nhà quân sự nổi tiếng; Đại Công tước Johann của Áo, cũng là nhà quân sự; Đại Công tước Joseph, Sứ quân Hungary; và Đại Công tước Rainer, Phó vương Lombardy-Venetia.
Bản opera của Mozart La clemenza di Tito được ủy quyền bởi Quốc hội Bohemia cho buổi lễ đăng quang của Leopold trên cương vị vua của Bohemia tại Prague ngày 6 tháng 9 năm 1791. Joseph František Maximilian, Vương công Lobkowicz thứ 7, được ủy quyền xây dựng lại Cung điện Lobkowicz cho buổi lễ đăng quang, tạo một bộ mặt mới cho cung điện mà vẫn còn đến ngày nay.