Đạo quan binh
Chế độ Tài phán quân sự vùng biên giới

Sau các hiệp ước bất bình đẳng, thực dân Pháp nắm được toàn quyền cai trị thực tế với lãnh thổ Đại Nam. Ở mỗi Kỳ, thực dân Pháp tổ chức các chính quyền cai trị khác nhau. Đối với Bắc Kỳ, thực dân Pháp thực hiện chế độ bảo hộ trên danh nghĩa, trực trị trên thực tế. Tuy nhiên, đối với các vùng biên giới, nơi mà quyền lực tự trị của các thổ ty vẫn ưu thế và quyền lực của triều đình Đại Nam vẫn còn lỏng lẻo, thực dân Pháp xây dựng chế độ cai trị quân sự bổ sung cho dân sự, nhằm để đối phó với các cuộc nổi dậy của nghĩa quân địa phương và ra oai với các thế lực bên kia biên giới. Từ 1886-1888, bên cạnh việc thành lập các chính quyền dân sự cấp tỉnh, để các hoạt động quân sự được độc lập hơn nữa và không bị lệ thuộc vào viên Công sứ dân sự, thực dân Pháp còn tổ chức các đạo binh tại địa phương, thực hiện chế độ tài phán quân sự (Soumis à la Juridiection Militaire), thành lập 14 quân khu (région militaire) từ Thanh Hóa trở ra. Mỗi quân khu do một sĩ quan cấp trung tá hoặc đại tá trực tiếp chỉ huy. Dưới cấp quân khu là các Tiểu quân khu (cercle militaire) và các đồn binh đồn binh độc lập tại các điểm trọng yếu. Thông thường ở các tỉnh tương ứng, viên sĩ quan chỉ huy đạo quân ở đó cũng kiêm nhiệm chức vụ Phó Công sứ quân sự (Vice résident militaire).
Theo sự sắp xếp trên, 14 quân khu bao gồm:
Sơn Tây: phó công sứ Chanu
Bắc Ninh: phó công sứ Borgnis-Desbordes
Tuyên Quang: phó công sứ Michaud
Nam Định: phó công sứ Dodds
Sơn La: phó công sứ De Chateaurocher
Hà Nội: phó công sứ Pernot
Thanh Hóa: phó công sứ Metzinger
Hải Dương: phó công sứ Piot
Lào Cai: phó công sứ Winckel-Mayer
Lạng Sơn: phó công sứ Servière
Phủ Lạng Thương: phó công sứ Tardieu
Hải Phòng: phó công sứ Gousset
Cao Bằng: phó công sứ Oudri
Fleuve Rouge et basse Noire: phó sứ Bosc
Năm 1888 - 1889, Pháp tiếp tục thay đổi các quan chức, chỉ huy quân sự ở các lữ đoàn (brigade) và công sứ ở các tỉnh. Ở lữ đoàn 1, Pháp đưa Chanu thay Barberet (tháng 1/1889), Bichot (2/3/1889) và Frey (26/3/1889). Cuối tháng 3/1889, Barberet chỉ huy lữ đoàn 7. Tháng 7/1889, Ortus chỉ huy lữ đoàn 4. Ở các lữ đoàn còn lại: Thomasset (lữ đoàn 6, 11/1888), Servieres (lữ đoàn 9, 11/1888), De Lacale (lữ đoàn 16, 1/1889), Dabat (lữ đoàn 14, 2/1889), Bergounioux (lữ đoàn 2, 3/1889). Ngày 13/8/1888, Pennequin được cử làm phó công sứ Sơn La.
Đầu năm 1889, Pháp liên tục hành quân đàn áp các cuộc khởi nghĩa. Tháng 1/1889, tướng Desbordes chỉ huy các cánh quân (gần 700 người) từ Thái Nguyên tiến đánh khởi nghĩa Ba Ky, Lương Tam Kỳ ở Chợ Mới - Chợ Chu. Ở tiểu khu Yên Bái, tiểu đoàn 1 Bắc Kỳ của Rochetin đàn án nghĩa quân Phùng Văn Long (cộng sự của Lưu Vĩnh Phúc). Ở Sơn La, tướng Pennequin kết hợp với quân của Pavie (lãnh sự Lào) tấn công nghĩa quân Đèo Văn Trì; đồng thời Camus (Điện Biên Phủ) cũng được lệnh đàn áp khởi nghĩa Sha. Để đối phó khởi nghĩa Đốc Di ở Hưng Hóa, các đội quân Pháp của đồn trưởng Kleber (Văn Bàn), Hosselopp (Thanh Ba), Chabrol (Hưng Hóa) tiến nhanh ra đàn áp khốc liệt. Giữa năm 1889, các đạo quân của tướng Delmotte (Sơn Tây) và Bourdel (Chợ Bờ), thanh tra Lebrun (Thanh Hóa) kéo đến đàn áp nghĩa quân ở lưu vực sông Đáy - Đông Sơn, buộc Lãnh Canh phải rút về Ba Vì. Riêng các toán quân phỉ Trung Hoa hoạt động gần biên giới, quân Pháp do Faurax (Hoàng Su Phì), Bauquesne (Đông Châu), Therion (Than Muội), Haitce (Móng Cái), Damad (Đông Triều) và Baudart (Hà Cối) liên tục tấn công, quân của Hoàng Cao Khải truy quét nghĩa quân Đốc Tích ở Móng Cái - Quảng Yên. Ở Phủ Lạng Thương, quân Pháp do Serviere (Lạng Sơn), Monguillot (Từ Sơn - Thuận Thành), Vary (Kép) tiến đánh khởi nghĩa Tuần Văn. Ở Cao Bằng, nghĩa quân Hà Cốc Thượng, La-wa-dương bị quân Pháp của Macajour, phó công sứ Oudri (11/1888) chặn đánh.
Tháng 8/1889, Pháp rút xuống còn 13 quân khu. Theo đó, Pháp gom các tiểu khu vào cho lữ đoàn (brigade), riêng lữ đoàn 4 quản lý hết các tỉnh ở Nam Kỳ. Phân chia như sau:
Lữ đoàn 1: quản lý quân khu Yên Bái (Trại Hút, Lục An Châu, Lào Cai, Bát Xát, Phố Lu, Phong Thổ, Bảo Hà), quân khu Hưng Hóa (Ngọc Tập, Cấm Khê, Văn Bàn, Thanh Ba, Ngòi Lao, Yên Lương), quân khu Tuyên Quang (Tuyên Quang, Đông Châu, Chiêm Hóa, Bắc Kạn, Chợ Rã, Vĩnh Thụy, Yên Bình, Bắc Quang, Hayan, Bắc Mê, Bảo Lạc), quân khu Sơn Tây (sông Đáy, Việt Trì, Phủ Đoan, Liên Sơn, Hà Nội), quân khu Sơn La (Sơn La, Tà Châu, Bần Yên, Lai Châu, Điện Biên Phủ, Tuần Giáo, Nghĩa Lộ, Đại Lịch), quân khu Ninh Bình (phủ Nho Quan, Phủ Lý). Quản lý là Pennequin (Sơn La), Gonard (Yên Bái), Remery (Tuyên Quang)
Lữ đoàn 2: quản lý quân khu Hải Phòng (Quảng Yên, Hà Cối, Tiên Yên, Hoành Mô, Đình Lập), quân khu Phủ Lạng Thương (Bố Hạ, Kép, Bắc Lệ, Kép Hạ, Biển Đông, An Châu, Vi Loại, Mai Xu, Đà Bắc, Hải Dương, Đông Triều), quân khu Bắc Ninh (Đáp Cầu, Bac de Rapides, Thái Nguyên, Hương Sơn, Chợ Mới, Chợ Chu), quân khu Cao Bằng (Sóc Giang, Trà Lĩnh, Nguyên Bình, Ngân Sơn, Trùng Khánh Phủ, Hạ Lang, Phục Hòa, Nậm Nàng), quân khu Lạng Sơn (Đồng Đăng, Phố Bình Gia, Than Muội, Chợ Trang, Thất Khê, Đông Khê, Na Chàm). Chỉ huy chung có Pegna, Serviere (Cao Bằng)...
Lữ đoàn 3: quản lý quân khu Huế (Huế, Tourane, Thuận An)
Lữ đoàn 4: quản lý Nam Kỳ (Biên Hòa, Sài Gòn, Bà Rịa, Bến Tre, Cap Saint Jacques, Cái Bè, Cây Mai, Cần Thơ, Châu Đốc, Chợ Lớn, Gò Công, Hà Tiên, Les Mares, Long Xuyên, Mỹ Tho, Poulo-Condore, Rạch Giá, Sa Đéc, Sóc Trăng, Tân An, Tây Ninh, Thi-thinh, Trảng Bàng, Trà Vinh, Thủ Dầu Một, Vĩnh Lức, Vĩnh Long) và Cambodge
Năm 1890 chứng kiến tiếp tục thay đổi nhân sự: Duchemin chỉ huy lữ đoàn 2 (thay cho Godin làm tổng chỉ huy quân đội Đông Dương), Bourger thay Dumas chỉ huy lữ đoàn 1, Trentinian chỉ huy lữ đoàn 3 thay cho Dominé. Tổ chức quân khu không thay đổi.