Marie Clotilde của Pháp
Vương hậu Sardegna

Năm 1796, sau khi chồng lên ngôi, Clotilde trở thành Vương hậu của Sardegna. Carlo Emmanuel được mô tả là người thờ ơ, bất an và không có khả năng hành động, và sự căng thẳng của tình hình nghiêm trọng của vương quốc khiến tình trạng thần kinh của ông trở nên tồi tệ hơn và khiến ông khó cai trị đất nước. Ông thích để Clotilde nhận báo cáo từ các bộ trưởng và nhà ngoại giao, đọc chúng, tóm tắt chúng cho ông và tư vấn cho ông cách hành động. Clotilde đã làm theo những chỉ dẫn này, tham khảo ý kiến ​​của các bộ trưởng trước khi đưa ra khuyến nghị cho chồng mình và cũng đảm bảo chờ đúng thời điểm để đưa ông vào các công việc nhà nước để không gây thêm căng thẳng cho ông hoặc khiến công chúng biết về tình trạng thần kinh của ông. Phương pháp điều hành các công việc nhà nước này đã gây ra sự gián đoạn và chậm trễ, khiến việc cai trị trở nên kém hiệu quả và chậm chạp trong một tình huống rất quan trọng đối với Piedmont, và mặc dù Clotilde đã cẩn thận không tỏ ra mình đang tham gia vào chính trị, nhưng ảnh hưởng lớn của bà quá rõ ràng để không gây ra sự chỉ trích. Nhà vua và Vương hậu cũng bị cáo buộc dành quá nhiều thời gian cho các hoạt động tôn giáo của họ, khiến công việc của chính phủ càng chậm trễ hơn. Trong thời gian trị vì của họ ở Turin, một trong những vấn đề quan trọng nhất là tịch thu tài sản của nhà thờ, vốn cần thiết cho nền kinh tế nhà nước, nhưng Clotilde đã khăng khăng đòi một thủ tục rườm rà (và thành công) để xin phép và ban phước từ Giáo hoàng vì lý do tôn giáo trước khi tiến hành.
Vào ngày 6 tháng 12 năm 1798, Đệ nhất Cộng hòa Pháp tuyên chiến với Sardegna. Vua Carlo Emmanuel buộc phải rút khỏi mọi lãnh thổ của mình trên Bán đảo Ý và lui về đảo Sardegna. Gia đình hoàng gia được lệnh rời khỏi Turin, và vì Nhà vua bị lên cơn đau thần kinh, nên Clotilde đã sắp xếp việc rời đi. Theo nguyện vọng của Công tước phu nhân xứ Aosta, Clotilde đã thành công trong việc yêu cầu Tướng Bertrand Clauzel cho phép Công tước xứ Aosta đi cùng phần còn lại của gia đình thay vì ở lại làm con tin của người Pháp. Bà để lại những món đồ trang sức của hoàng gia, nhưng lấy tất cả những món đồ trang sức được định nghĩa là tài sản riêng và nhận một khoản tiền từ Bộ trưởng Tài chính sau khi được một linh mục đảm bảo rằng việc làm như vậy là phù hợp với các nguyên tắc tôn giáo. Gia đình rời khỏi cung điện hoàng gia vào ban đêm, được hộ tống bởi 30 người lính Ý và 30 người lính Pháp cùng một viên chức Pháp đến biên giới: khi cỗ xe ngựa bị đám đông phản đối tạm thời chậm trễ trên đường từ Turin, Carlo Emmanuel đã nối với Clotilde rằng sự việc thể hiện lòng trung thành này sẽ an ủi ông trong thời gian lưu vong.
Trong thời gian lưu vong và trị vì ở Sardegna, cặp đôi đã đi lại giữa các nhà nước của Ý cũng như các tỉnh của họ và duy trì quan hệ ngoại giao với hy vọng được khôi phục lại ngai vàng ở Turin. Họ đã đi từ Parma, Bologna và Florence đến Sardegna, nơi họ đến Cagliari vào ngày 3 tháng 3 năm 1799, được chào đón bằng bài Te Deum và lưu trú tại Cung điện Hoàng gia Cagliari, nơi họ tổ chức tiệc chiêu đãi cho giới quý tộc địa phương. Clotilde không khỏe trong thời gian họ ở Sardegna, vì bộ quần áo sám hối bằng len mà bà nhất quyết mặc không tốt cho sức khỏe trong khí hậu nóng bức của Địa Trung Hải.
Trong thời gian lưu vong, Clotilde đã phục vụ với tư cách là người phát ngôn, Cố vấn trưởng trên thực tế và là đệ nhất bộ trưởng của Vua Carlo Emmanuel và trên thực tế đã điều hành chính quyền Sardegna lưu vong, thể hiện cả kỹ năng ngoại giao và sự ủng hộ vững chắc cho Carlo Emmanuel, người đã từ chối thoái vị khi bà còn sống, bất chấp yêu cầu của các em trai của nhà vua. Tuy nhiên, bất chấp hoạt động chính trị của mình, Clotilde luôn hạ thấp tính cách của mình, cả trước công chúng và trong riêng tư, vì điều này được coi là phù hợp hơn với lòng đạo đức của bà. Vào một lần vào năm 1801, bà đã thuyết phục thống đốc của chồng mình ở Sardegna là Bá tước xứ Genevois, không từ chức.
Vào tháng 9 năm 1800, Carlo Emmanuel và Clotilde rời Sardegna đến Florence vì liên minh Nga-Áo trong cuộc chiến chống lại Pháp đã nuôi dưỡng hy vọng được trở lại Turin của họ, nhưng Trận Marengo đã khiến họ phải chạy trốn đến Rome và sau đó đến Napoli, nơi họ ở lại từ tháng 11 năm 1800 đến tháng 3 năm 1801 trước khi trở về Rome. Ở Rome, họ sống như những vị khách quý của gia đình Colonna giàu có. Clotilde chăm sóc cô của chồng bà là Maria Felicita xứ Savoia trong suốt cơn bạo bệnh cuối cùng của bà ở Napoli vào năm 1801. Bà cũng chăm sóc người thị nữ Badia mà bà yêu quý, và trong thời gian đó bà bị bác sĩ nhầm là một người hầu và thực hiện theo lệnh của ông mà không phản đối, không nói cho ông biết bà là ai hoặc trách móc ông khi ông phát hiện ra và xin lỗi, một sự việc đã gây được sự chú ý công chúng. Cuối cùng, cặp đôi hoàng gia đã trở về Napoli vào tháng 5 năm 1801. Ngoại trừ việc giải quyết các vấn đề chính trị thông qua thư từ, Clotilde dành thời gian đến thăm các địa điểm tôn giáo, nhà thờ.
Clotilde qua đời vào ngày 7 tháng 3 năm 1802. Carlo Emmanuel vô cùng đau thương trước cái chết của vợ đến nỗi ông đã tuyên bố thoái vị vào ngày 4 tháng 6 năm 1802 để nhường ngôi cho em trai mình là Vittorio Emanuele. Vương hậu Clotilde được chôn cất tại Santa Caterina a Chiaia ở Napoli.
Hồ sơ phong chân phước cho Clotilde đã được thiết lập vào ngày 10 tháng 4 năm 1808, trao cho bà danh hiệu Tôi tớ Chúa. Sau đó bà được tuyên bố là Đấng đáng kính.