Chúa Nguyễn
Các hoạt động đối nội > Tổ chức quân đội

Bài chi tiết: Quân đội Đàng Trong thời Lê trung hưng
Do nhu cầu sống còn về việc phải chống trả các cuộc tấn công từ Đàng Ngoài của Chúa Trịnh với lực lượng đông đảo hơn, Chúa Nguyễn quan tâm xây dựng quân đội mạnh ngay từ thời gian đầu cát cứ tại đây.
Việc quân dịch được chia làm hai loại: những trai tráng khỏe mạnh được sung thẳng vào quân ngũ, số còn lại là quân trừ bị được gọi dần dần tùy từng đợt tuyển quân. Quân lính được chia làm 5 cơ: Trung, Tả, Hữu, Hậu và Tiền. Quân số Đàng Trong vào khoảng độ 30.000 người, và theo sự khảo cứu của các sử gia Pháp thì quân số của các đơn vị trong quân đội Đàng Trong thường không ổn định, tăng giảm không nhất quán, khi có chiến trận thì tăng quân, khi hòa bình thì lại giảm bớt.
Quân đội Chúa Nguyễn được chia làm ba loại: quân túc vệ ở kinh thành Phú Xuân, quân chính quy thường trực tại các dinh và thổ binh tại các địa phương.
Quân túc vệ hay thân quân gồm có 2 vệ: Tả tiệp và Hữu tiệp, mỗi vệ 50 người, có nhiệm vụ bảo vệ kinh thành và hộ vệ Chúa Nguyễn. Năm 1744, Nguyễn Phúc Khoát xưng vương mới đổi gọi là Vũ lâm quân. Thành phần quân túc vệ là những người thân cận, đáng tin cậy như con cháu các võ quan, hoặc người cùng quê huyện Tống Sơn với chúa Nguyễn.
Quân chính quy đóng tại các dinh, được phiên chế theo thứ tự: dinh, cơ, đội và thuyền. Đứng đầu dinh là Chưởng dinh, đứng đầu cơ là Chưởng cơ và Cai cơ; đứng đầu các đội có Cai đội và đội trưởng. Những chức vụ quan trọng ở cấp dinh trở xuống được tuyển chọn từ người trong họ hàng có bản quán ở Thanh Hóa, người nơi khác không được làm. Tuy nhiên, biên chế quân Nguyễn không thống nhất. Dưới Dinh là Cơ, dưới Cơ có thể là nhiều thuyền hoặc nhiều đội và số lượng cũng không thống nhất. Số lính ở mỗi cơ cũng không đều nhau, có thể là 260 người, 300 người, 500 người thậm chí 2700 người.
Thổ binh, còn gọi là Tạm binh, là lực lượng quân đội địa phương, số lượng rất lớn. Do chính binh phải bảo vệ Phú Xuân để phòng quân Trịnh, thổ binh thường có trách nhiệm canh giữ những vùng đất mới và trấn áp những sự chống đối của Chiêm Thành và Chân Lạp. Lực lượng này không được trả lương như quân túc vệ hay chính binh mà chỉ được miễn sưu thuế vì hoạt động chủ yếu là tuần tra, canh gác, lao động...
Về binh chủng, quân Đàng Trong cũng khá giống với Đàng Ngoài, gồm có bộ binh, thủy binh, pháo binh và thêm tượng binh. Thủy binh Đàng Trong khá mạnh, mỗi thuyền có khoảng 30 chèo, có 3 khẩu đại bác ở mũi và 2 khẩu ở đuôi. Trong cuộc chiến với Chúa Trịnh, Chúa Nguyễn đã tranh thủ mua vũ khí phương Tây và học cách đóng tàu thuyền, đúc súng của họ. Tại Phú Xuân có xưởng đúc súng do người Bồ Đào Nha giúp, được mở năm 1631 và hiện nay vẫn còn di tích ở Huế.
Năm Tân Mùi (1631), Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên cho mở trường bắn, trường tập voi, tập ngựa và sở đúc súng đại bác (một người Pháp lai Bồ Đào Nha tên là Jean de la Croix đã giúp Chúa Sãi xây dựng cơ sở này, gọi là phường Đúc, ở Thuận Hóa ngày nay).
Trong 200 năm, quân đội Đàng Trong đã lập được 2 thành tích quan trọng:
Trong cuộc chiến với Chúa Trịnh: Lực lượng này đã tiến chiếm giữ 7 huyện ở Nghệ An trong 5 năm (1655–1660) và đánh lui 6 đợt tấn công của quân Trịnh trong cuộc xung đột 45 năm; dù lực lượng quân Trịnh thường ở thế đông hơn trong những lần tham chiến.
Cùng trong khoảng thời gian chiến tranh với quân Trịnh, quân Chúa Nguyễn vẫn nhiều lần đánh bại lực lượng tàn dư của nước Chiêm Thành, mở rộng vùng cai trị của Chúa Nguyễn không chỉ bó hẹp ở Thuận Hóa – Quảng Nam mà đến hết địa giới Nam Trung Bộ. Đến năm 1697, Chúa Nguyễn cơ bản sáp nhập đất Chiêm vào Đại Việt, Chiêm Thành không còn tồn tại với tư cách 1 quốc gia như trước mà trở thành một phần lãnh thổ của chính quyền Đàng Trong. Đây là một mốc quan trọng trong lịch sử Việt Nam.
Tuy nhiên, đến cuối thời Chúa Nguyễn Phúc Khoát, do chúa bỏ bê công việc, chính sự rối ren khiến lòng dân chán nản. Quân đội của Chúa Nguyễn cũng theo đó mà sút kém theo, cuối cùng bị nhà Tây Sơn đánh bại.