Tây Ban Nha chinh phục Guatemala
Vùng trũng phía bắc > Hồ Izabal và hạ lưu sông Motagua

Gil González Dávila khởi hành từ đảo Hispaniola vào đầu năm 1524, với ý định khám phá bờ biển Ca-ri-bê của Nicaragua. Ông đổ bộ thành công lên bờ phía bắc của Honduras. Sau khi thành lập Puerto de Caballos, Gil Gónzalez giong buồm về phía tây dọc theo bờ biển đến Vịnh Amatique và thành lập một khu định cư Tây Ban Nha ở đâu đó gần sông Dulce, thuộc Guatemala ngày nay, mà ông đặt tên là San Gil de Buena Vista. Ông phát động một chiến dịch chinh phục vùng núi chia cắt Honduras và Guatemala. González để lại một phần quân đội cho Francisco Riquelme tại San Gil de Buena Vista, rồi đi thuyền ngược về Honduras. Những người dân thuộc địa ở San Gil thấy rằng địa điểm này bất lợi liền bắt đầu tìm kiếm một nơi khả quan hơn. Họ di cư tới thị trấn bản địa Nito, gần cửa sông Dulce. Họ tuyệt vọng và gần như chết đói nhưng may mắn gặp phải Cortés đang tiến đến Honduras, và cùng tham gia vào chuyến hành trình của ông ta.
Dòng Anh Em Giảng Thuyết thành lập trụ sở tại Xocolo bên bờ Hồ Izabal vào giữa thế kỷ 16. Trong giới truyền giáo, Xocolo trở nên khét tiếng với các thứ tà thuật được người bản địa thực hành. Đến năm 1574, nó trở thành đại bản doanh cho các cuộc thám hiểm châu Âu vào nội địa, và vẫn giữ vai trò đó cho đến cuối năm 1630, rồi bị bỏ hoang vào năm 1631.
Năm 1598, Alfonso Criado de Castilla trở thành thống đốc của Đô đốc phủ Guatemala. Do Puerto de Caballos ở Honduras quá nghèo nàn và liên tục bị hải tặc cướp bóc, Alfonso đã cử một tay lái thuyền đến do thám Hồ Izabal. Từ kết quả của cuộc khảo sát, và sau khi được sự cho phép của hoàng gia, Criado de Castilla ra lệnh cho khởi công một cảng mới, đặt tên là Santo Tomás de Castilla, tại một vị trí thuận lợi trên Vịnh Amatique không quá xa hồ. Sau đó, ông cho xây dựng một đường mòn từ khu cảng đến thủ phủ Antigua Guatemala hiện đại, men theo Thung lũng Motagua vào vùng cao nguyên. Thổ dân dò đường cho Tây Ban Nha không dám tiến sâu hơn 3 league vào Quiriguá, vì khu vực này là địa bàn cư trú của người Toquegua thù địch.
Các lãnh đạo của Xocolo và Amatique thuyết phục cộng đồng gồm 190 người Toquegua di chuyển lên bờ biển Amatique vào tháng 4 năm 1604. Khu định cư mới ngay lập tức bị sụt giảm dân số. Mặc dù người Toquegua vùng Amatique được báo cáo là đã tuyệt diệt trước năm 1613 trong một số nguồn, các thầy Dòng Mercedarian vẫn rao giảng truyền giáo cho họ vào năm 1625. Năm 1628, các thị trấn của người Manche Chʼol được đặt dưới sự quản lý của thống đốc vùng Verapaz, với Francisco Morán là người đứng đầu giáo hội. Morán ủng hộ phương pháp mạnh tay hơn để cải tổ người Manche và đưa binh lính Tây Ban Nha vào khu vực để chống lại các cuộc đột kích của người Itza từ phía bắc. Sự hiện diện của quân đội Tây Ban Nha kích động người Manche nổi dậy và từ bỏ các khu định cư cũ. Đến năm 1699, người Toquegua láng giềng bị đồng hóa hoàn toàn bởi tỉ lệ tử vòng cao và các cuộc hôn nhân trộn lẫn với người Amatique. Vào khoảng thời gian này, người Tây Ban Nha quyết định thành lập các reducion cho người Mopan Maya độc lập (gọi là "hoang dã" theo quan điểm của Tây Ban Nha) sống ở phía bắc của Hồ Izabal. Bờ bắc của hồ, mặc dù màu mỡ nhưng lúc bấy giờ thì dân số đã sụt giảm quá nhiều, do đó người Tây Ban Nha quyết định đưa người Mopan ra khỏi các khu rừng phía bắc, chuyển tới các khu vực có thể dễ dàng kiểm soát hơn.
Trong chiến dịch chinh phục người Itza của Petén, người Tây Ban Nha đã cử các đoàn thám hiểm đến quấy rối và di dời người Mopan phía bắc Hồ Izabal và người Chʼol Maya của vùng rừng Amatique phía đông. Họ đã được tái định cư tại reducciones San Antonio de las Bodegas tại bờ nam của hồ và San Pedro de Amatique. Vào nửa sau của thế kỷ 18, dân cư bản địa của những thị trấn này tuyệt chủng; các cư dân địa phương lúc này hoàn toàn mang gốc Tây Ban Nha, gốc mulatto hoặc mestizo, hầu hết đều là nhiều hộ gia đình từ pháo đài Castillo de San Felipe de Lara canh giữ lối vào Hồ Izabal. Nguyên nhân chính dẫn đến sự sụt giảm dân số nghiêm trọng của hồ Izabal và đồng bằng sông Motagua là do các cuộc tấn công bắt nô lệ của người Miskito ở bờ biển Caribe, kết liễu dân số Maya trong khu vực.