João VI của Bồ Đào Nha
Nhiếp chính vương

Mẹ của João là Nữ vương Maria I của Bồ Đào Nha ngày càng có dấu hiệu bất ổn về mặt tinh thần. Do bệnh tật, Nữ vương được coi là không đủ khả năng cai trị và João về cơ bản đã nắm quyền kiểm soát đất nước. João miễn cưỡng nắm quyền lực, từ chối ý tưởng về một chế độ nhiếp chính chính thức. Điều này mở đường cho các thành phần của giới quý tộc thành lập một chính phủ trên thực tế thông qua một Hội đồng. Một số tin đồn nói rằng João có biểu hiện của các triệu chứng điên loạn và rằng ông có thể bị ngăn cản cai trị. Theo luật lâu đời hướng dẫn chế độ nhiếp chính, nếu nhiếp chính qua đời hoặc mất khả năng vì bất kỳ lý do gì và có con dưới 14 tuổi (đó là hoàn cảnh của João vào thời điểm đó), thì quyền cai trị sẽ do những người giám hộ của những đứa trẻ đó thực hiện hoặc, nếu những người giám hộ chưa được chỉ định chính thức, thì do vợ của nhiếp chính thực hiện. Trong trường hợp của João, đó sẽ là một Vương nữ Tây Ban Nha. Nỗi sợ hãi, sự nghi ngờ và âm mưu bao trùm toàn bộ khuôn khổ thể chế của quốc gia.
Cùng lúc đó, Cách mạng Pháp đã làm bối rối và kinh hoàng các gia tộc đang trị vì ở châu Âu. Vào tháng 1 năm 1793, những người cách mạng đã hành quyết Vua Louis XVI của họ, dẫn đến phản ứng quốc tế. Vào ngày 15 tháng 7, Bồ Đào Nha đã ký một hiệp ước với Tây Ban Nha và vào ngày 26 tháng 9 đã liên minh với Vương quốc Anh. Cả hai hiệp ước đều cam kết hỗ trợ lẫn nhau chống lại nước Pháp cách mạng và đưa 6 nghìn binh lính Bồ Đào Nha tham gia Chiến tranh Pyrenees (1793–1795), một chiến dịch bắt đầu bằng một cuộc tiến quân đến Roussillon ở Pháp và kết thúc bằng thất bại khi Pháp chinh phục vùng đông bắc Tây Ban Nha. Điều này đã tạo ra một vấn đề ngoại giao tế nhị, vì Bồ Đào Nha không thể hòa bình với Pháp mà không làm tổn hại đến liên minh với Anh liên quan đến một số lợi ích ở nước ngoài. Do đó, người Bồ Đào Nha đã tìm kiếm một sự trung lập tỏ ra mong manh và căng thẳng.
Sau thất bại, Tây Ban Nha đã từ bỏ liên minh với Bồ Đào Nha và liên minh với Pháp theo Hòa ước Basel. Với việc Anh quá mạnh để Pháp có thể tấn công trực tiếp, Pháp đã nhắm đến Bồ Đào Nha. Năm 1799, João chính thức nắm quyền cai trị với tư cách là nhiếp chính vương nhân danh mẹ mình; cùng năm đó, Napoleon Bonaparte đã dàn dựng cuộc đảo chính ngày 18 tháng Sương mù ở Pháp để leo lên chức Đệ nhất Tổng tài và ép buộc Tây Ban Nha phải ra tối hậu thư buộc Bồ Đào Nha phải cắt đứt quan hệ với Vương quốc Anh và phục tùng quyền lợi của Napoleon. Với sự từ chối của João, sự trung lập trở nên không khả thi. Tây Ban Nha và Pháp xâm lược Bồ Đào Nha vào năm 1801, gây ra Chiến tranh Cam; Bồ Đào Nha bại trận đã ký Hiệp ước Badajoz và Hiệp ước Madrid sau đó, điều khoản của hiệp ước buộc Bồ Đào Nha nhượng lại lãnh thổ cho Tây Ban Nha, đặc biệt là Olivenza, và nhượng bộ Pháp một số vùng lãnh thổ thuộc địa. Với những lợi ích xung đột giữa tất cả các quốc gia liên quan, cuộc chiến được đánh dấu bằng những động thái mơ hồ và các thỏa thuận bí mật. Bồ Đào Nha, với tư cách là bên yếu nhất, không thể tránh khỏi cuộc đấu tranh liên tục. Cùng lúc đó, João phải đối mặt với kẻ thù trong nước. Vợ ông, Vương nữ Carlota Joaquina, trung thành với lợi ích của Tây Ban Nha, đã khởi xướng một âm mưu với mục tiêu phế truất chồng mình và tự mình nắm quyền. Sau khi nỗ lực này thất bại vào năm 1805, Carlota bị trục xuất khỏi triều đình; bà cư trú tại Cung điện Queluz, trong khi João cư trú tại Cung điện Mafra. Chính những sự kiện như thế này đã khiến người dân Bồ Đào Nha đặt câu hỏi liệu João có đủ khả năng chèo chống đất nước hay không và liệu ông có bất lực trong việc cai trị như mẹ mình hay không?.