Hệ động thực vật hoang dã tại Madagascar
Vấn đề môi trường

Bài chi tiết: Sự phá rừng tại Madagascar và Khai thác gỗ trái phép tại Madagascar
Con người liên tục đốt rừng nguyên sinh làm nương rẫy một cách rộng khắp (trái), gây ra xói mòn (giữa) và làm mất phù sa của sông (phải).
Hệ động vật và thực vật đa dạng của Madagascar đang bị đe dọa bởi các hoạt động của con người. Từ khi có sự xuất hiện của con người vào khoảng 2.350 năm trước, Madagascar đã mất hơn 90 phần trăm diện tích rừng nguyên sinh của mình.
Sự phá rừng này được xảy ra chủ yếu bởi tavy ("béo"), một phương thức nông nghiệp đốt rừng làm nương rẫy truyền thống được du nhập bởi những người di cư đầu tiên đến Madagascar. Nông dân Malagasy đã chấp nhận và duy trì những hoạt động này không chỉ vì lợi ích thiết thực của nó như là một kỹ thuật trong nông nghiệp, mà còn vì những liên hệ của nó với sự thịnh vượng, sức khỏe và phong tục tổ tiên được tôn kính trong văn hóa của người dân Madagascar (fomba malagasy).
Khi mật độ dân số con người của đảo tăng lên, nạn phá rừng đã bắt đầu tăng mạnh từ khoảng 1400 năm trước. Cho đến thế kỷ XVI, hầu hết rừng nguyên sinh của vùng cao nguyên trung tâm của hòn đảo này đã bị tàn phá. Gần đây, đã có thêm những nguyên nhân dẫn đến sự suy giảm của tỷ lệ che phủ rừng bao gồm sự tăng trưởng quy mô của đàn gia súc kể từ khi chúng xuất hiện cách đây khoảng 1000 năm, việc tiếp tục phụ thuộc vào củi than để nấu ăn và sự phổ biến của cà phê như một cây trồng để kiếm tiền trong thế kỷ qua. Theo một ước tính thận trọng, khoảng 40 phần trăm diện tích của rừng nguyên sinh của hòn đảo đã bị tàn phá trong khoảng thời gian ​​từ năm 1950 đến năm 2000, với khoảng 80 phần trăm diện tích rừng còn lại bị thưa dần.
Ngoài các hoạt động nông nghiệp truyền thống, việc bảo tồn động vật hoang dã còn gặp thêm những thách thức bởi nạn khai thác bất hợp pháp các khu rừng phòng hộ, cũng như việc khai thác gỗ quý trong các vườn quốc gia bị nhà nước phạt. Mặc dù bị cấm bởi Tổng thống lúc bấy giờ Marc Ravalomanana từ năm 2000 đến năm 2009, việc thu thập một lượng nhỏ gỗ quý từ các công viên quốc gia đã được cấp phép lại vào tháng 1 năm 2009 và đã được tăng cường đáng kể dưới sự quản lý của nguyên thủ quốc gia hiện tại Andry Rajoelina như một nguồn thu chính của nhà nước để bù đắp việc cắt giảm về nguồn tài trợ sau khi tổng thống Ravalomanana bị lật đổ. Người ta dự báo rằng tất cả các khu rừng nhiệt đới trên đảo, trừ những khu rừng trong khu bảo tồn thiên nhiên và những sườn núi dốc nhất ở phía đông, đều sẽ bị tàn phá vào năm 2025.
Sự tàn phá môi trường sống và nạn săn bắn đã đe dọa rất nhiều loài đặc hữu của Madagascar và đã đưa chúng vào bờ vực tuyệt chủng. Loài chim voi của hòn đảo, một họ chim chạy khổng lồ đặc hữu, đã tuyệt chủng vào khoảng thế kỷ 17 hoặc sớm hơn, với nguyên nhân chủ yếu là do con người săn bắt chim trưởng thành và săn trộm quả trứng lớn của chúng để làm thức ăn. Nhiều loài vượn cáo khổng lồ đã biến mất với sự xuất hiện của con người trên đảo, trong khi những loài khác bị tuyệt chủng trong suốt nhiều thế kỷ qua do dân số con người ngày càng tăng, gây áp lực lớn lên môi trường sống của vượn cáo và, trong số một số quần thể, đã có sự gia tăng tỷ lệ săn bắn vượn cáo để làm thức ăn.
Một đánh giá được thực hiện vào tháng 7 năm 2012 cho thấy việc khai thác tài nguyên thiên nhiên kể từ sau cuộc đảo chính năm 2009 đã gây ra những hậu quả rất nghiêm trọng đối với động vật hoang dã trên đảo: khoảng 90 phần trăm số loài vượn cáo bị đe dọa tuyệt chủng, một tỷ lệ cao nhất so với bất kỳ nhóm động vật có vú nào. Trong số này, có 23 loài được xếp vào loại cực kỳ nguy cấp. Ngược lại, một nghiên cứu trước đây vào năm 2008 cho thấy chỉ 38 phần trăm loài vượn cáo là có nguy cơ tuyệt chủng.