Chương trình Shuttle-Mir
Tranh cãi > Sự an toàn và thành quả khoa học

Những chỉ trích đối với chương trình chủ yếu liên quan đến tính an toàn của Trạm Hòa Bình cũ kỹ, đặc biệt là sau vụ hỏa hoạn và va chạm với tàu tiếp tế Tiến bộ vào năm 1997.
Theo nhiều nguồn tin, đám cháy xảy ra là do sự cố của máy tạo oxy nhiên liệu rắn (SFOG) dự phòng. Thời gian cháy nằm trong khoảng từ 90 giây đến 14 phút, và đã tạo ra một lượng lớn khói độc tràn ngập khắp trạm trong 45 phút. Vì sự an toàn, phi hành đoàn buộc phải đeo mặt nạ phòng độc, nhưng một số chiếc được đeo lúc đầu đã bị hỏng. Bình chữa cháy gắn trên tường của các mô-đun thì không thể di chuyển được. Vụ hỏa hoạn xảy ra trong quá trình luân chuyển phi hành đoàn, do vậy đã có đến sáu người trên trạm thay vì chỉ ba người như thường lệ. Lối đi dẫn đến một trong những xuồng cứu sinh Soyuz đang cập bến còn bị chặn lại, khiến một nửa phi hành đoàn có nguy cơ không thể chạy thoát. Một sự cố tương tự cũng đã xảy ra trong chuyến thám hiểm trên Hòa Bình trước đó, mặc dù lúc ấy SFOG chỉ bị cháy trong vài giây.
Các vụ va chạm và suýt va chạm đã đặt ra nhiều hơn nữa những vấn đề về sự an toàn. Cả hai đều xảy ra do lỗi của cùng một thiết bị là hệ thống ghép nối thủ công TORU, vốn đang được thử nghiệm vào thời điểm đó. Những cuộc kiểm tra được thực hiện nhằm đánh giá hiệu suất của việc ghép nối đường dài, giúp người Nga với ngân sách thiếu thốn có thể loại bỏ hệ thống ghép nối tự động đắt tiền Kurs khỏi các tàu Tiến bộ.
Sau vụ va chạm, NASA và Cơ quan Vũ trụ Nga đã thúc giục nhiều hội đồng an toàn xác định nguyên nhân vụ tai nạn. Khi cuộc điều tra tiến triển, kết quả của hai cơ quan không gian bắt đầu đi theo những hướng khác nhau. Kết luận của NASA xác định nguyên nhân là do hệ thống ghép nối TORU vì nó yêu cầu phi hành gia phụ trách cập bến Tiến bộ mà không có sự trợ giúp của bất kỳ loại phép đo từ xa hoặc hướng dẫn nào. Tuy nhiên, kết quả của Cơ quan Vũ trụ Nga đổ lỗi vụ tai nạn là do phi hành đoàn, đồng thời cáo buộc phi hành gia của họ đã tính sai khoảng cách giữa tàu Tiến bộ và trạm vũ trụ. Kết luận này từ Roskosmos vấp phải chỉ trích nặng nề, ngay cả bởi chính phi hành gia của họ là Tsibliyev, người bị họ đổ lỗi. Trong cuộc họp báo đầu tiên sau khi trở về Trái Đất, nhà du hành vũ trụ đã bày tỏ sự tức giận và không đồng tình bằng cách tuyên bố: "Ở Nga có một truyền thống lâu đời là tìm kiếm vật tế thần".
Các vụ tai nạn cũng làm tăng thêm sự chỉ trích ngày càng lớn về độ tin cậy của trạm không gian lâu năm này. Phi hành gia Blaine Hammond tuyên bố rằng những lo ngại về an toàn của ông đối với Hòa Bình đã bị các quan chức NASA phớt lờ, và hồ sơ về những cuộc họp an toàn "đã biến mất khỏi một căn hầm bị khóa". Trạm Hòa Bình ban đầu được thiết kế để hoạt động trong 5 năm, nhưng cuối cùng đã bay được gấp ba lần khoảng thời gian đó. Trong Phase One cũng như các giai đoạn về sau, trạm xuất hiện nhiều dấu hiệu cũ kỹ – máy tính liên tục gặp sự cố, mất điện, nhào lộn không kiểm soát trong không gian và đường ống rò rỉ là những mối lo ngại thường trực đối với các phi hành đoàn. Nhiều sự cố xảy ra trong hệ thống tạo oxy Elektron của Hòa Bình cũng là một mối lo ngại. Những sự cố này khiến các phi hành đoàn ngày càng phụ thuộc vào hệ thống SFOG đã gây ra vụ cháy năm 1997. Các hệ thống SFOG tiếp tục là một rắc rối trên ISS.
Một vấn đề gây tranh cãi khác là thành quả khoa học thu được thực tế từ chương trình, nhất là sau tổn thất của mô-đun Spektr. Các phi hành gia, các nhà quản lý và giới báo chí đều phàn nàn rằng lợi ích của chương trình này đã bị đè bẹp bởi những rủi ro liên quan, đặc biệt khi xét đến thực tế là hầu hết các thí nghiệm khoa học của Hoa Kỳ đều được chứa trong mô-đun đã bị thủng ấy. Do đó, một lượng lớn nghiên cứu của Mỹ không thể tiếp cận được, làm giảm khả năng thực hiện khoa học. Các vấn đề về tính an toàn khiến NASA phải xem xét lại tương lai của chương trình vào nhiều thời điểm. Cơ quan này cuối cùng vẫn quyết định tiếp tục dự án và đã bị nhiều phương tiện báo chí chỉ trích về lựa chọn đó.