Chiến dịch Sấm Rền
Trên bầu trời miền Bắc > Thuyết phục chiến lược

Để tiếp tục với khái niệm "từng bước", mà trong đó việc đe dọa tàn phá sẽ là một tín hiệu mạnh về quyết tâm của Mỹ, mạnh hơn chính sự tàn phá đó, việc nên làm là ném bom các mục tiêu không quan trọng để giữ các mục tiêu quan trọng trong tầm "đe dọa". Từ đầu chiến dịch Sấm Rền, Washington chỉ thị rõ những mục tiêu nào sẽ bị đánh, ngày giờ của cuộc tấn công, số lượng và chủng loại máy bay, khối lượng và chủng loại bom đạn sử dụng, và đôi khi thậm chí cả hướng tấn công. Các cuộc không kích bị cấm trong phạm vi 30 hải lý (60 km) quanh Hà Nội và trong phạm vi 10 hải lý (19 km) cảng Hải Phòng. Một vùng đệm rộng 30 dặm cũng được kéo dài dọc theo biên giới với Trung Quốc. Theo sử gia không quân Mỹ Earl Tilford:
Việc đặt các mục tiêu rất khác với thực tế ở chỗ chuỗi các cuộc tấn công không hiệp đồng với nhau và các mục tiêu được duyệt một cách ngẫu nhiên - thậm chí phi lôgic. Các sân bay của miền Bắc, cái mà đáng ra phải được đánh đầu tiên theo bất cứ một chiến lược hợp lý nào, lại cũng nằm ngoài phạm vi cho phép.
Tuy một vài trong các hạn chế này sau đó đã được nới lỏng hoặc hủy bỏ, Johnson (với sự ủng hộ của McNamara) kiểm soát chặt chẽ chiến dịch, điều này liên tục gây tức giận đối với các chỉ huy quân sự Mỹ, các thành viên cánh hữu trong Hạ viện Mỹ, và thậm chí cả một số người trong chính phủ. Một trong các mục đích chính yếu của chiến dịch, ít nhất là đối với giới quân sự, đáng ra phải là phong tỏa cảng Hải Phòng và các cảng biển khác bằng việc thả thủy lôi từ trên không, từ đó làm giảm hoặc ngừng dòng hàng viện trợ đường biển vào miền Bắc. Tuy nhiên, tổng thống Johnson từ chối thực hiện một hành động khiêu khích như vậy, và đến năm 1972, việc phong tỏa này mới được thực hiện.
Đa số các cuộc không kích trong chiến dịch Sấm Rền đã xuất phát từ 4 căn cứ không quân tại Thái Lan: Korat, Takhli, Udon Thani, và Ubon. Sau khi tấn công các mục tiêu (thường bằng cách bổ nhào cắt bom), các máy bay sẽ hoặc bay thẳng về Thái Lan hoặc thoát ra ngoài vùng biển tương đối an toàn tại vịnh Bắc Bộ. Người ta đã nhanh chóng quyết định rằng, để hạn chế xung đột vùng trời giữa các lực lượng không kích của Không quân và Hải quân, miền Bắc Việt Nam được chia thành 6 vùng mục tiêu "Route Package", mỗi vùng được giao cho một trong hai lực lượng Không quân hoặc Hải quân, và lực lượng này không được xâm phạm vào vùng của lực lượng kia.
Các cuộc không kích của Hải quân Mỹ xuất phát từ các tàu sân bay của Lực lượng đặc nhiệm 77 tuần tiễu ngoài khơi vịnh Bắc Bộ. Các máy bay của hải quân, với tầm bay ngắn hơn và sức mang bom nhẹ hơn máy bay của Không quân, chủ yếu đánh phá các mục tiêu ven bờ biển.
Ngày 3 tháng 4, Hội đồng Tham mưu liên quân thuyết phục được McNamara và Johnson cho tổ chức một cuộc tấn công dài 4 tuần để phá các đường giao thông của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, nhằm cô lập quốc gia này với các nguồn hậu cần đường bộ từ Trung Quốc và Liên Xô. Khoảng 1/3 lượng hàng nhập khẩu của miền Bắc đi qua tuyến đường sắt từ Trung Quốc, trong khi 2/3 còn lại đến từ đường biển qua Hải Phòng và các cảng khác. Lần đầu tiên trong chiến dịch, các mục tiêu được chọn vì lý do quân sự thay vì tầm quan trọng tâm lý của chúng. Trong 4 tuần đó, 26 cây cầu, 7 chiếc phà bị phá hủy. Các mục tiêu khác bao gồm các hệ thống radar, doanh trại, và kho đạn.
Tuy nhiên, vùng cán xoong miền Trung vẫn là trọng tâm chính yếu của chiến dịch, tổng số lượt đánh phá tại đây tăng từ 3.600 trong tháng 4 lên 4.000 trong tháng 5. Chuyển dần từ việc phá hủy các mục tiêu cố định, chính phủ đã cho phép thực hiện các phi vụ "trinh sát có vũ khí" mà trong đó các đội hình máy bay nhỏ tuần tiễu các đường quốc lộ, đường sắt, sông ngòi... để tìm kiếm cơ hội và mục tiêu. Đến cuối năm 1965, các phi vụ này đã tăng từ 2 lên 200 lượt mỗi tuần. Cuối cùng, các phi vụ trinh sát có vũ khí đã chiếm tới 75% tổng nỗ lực ném bom, một phần vì quy trình của việc yêu cầu, chọn, và duyệt đối với các mục tiêu cố định quá phức tạp và nặng nề.