Phân nhánh Tiberian của Command & Conquer
Cốt truyện > Third Tiberium War: Tiberium Wars

Câu chuyện của Command & Conquer 3: Tiberium Wars bắt đầu vào năm 2047, khoảng 16-17 năm sau các sự kiện của Firestorm. Trong khi cuộc xung đột giữa GDI và Nod có vẻ đã giảm xuống đáng kể từ đó, sự phá hoại của Tiberium đã bắt đầu đạt đến mức độ nghiêm trọng và tiếp tục tiêu diệt các hệ sinh thái của Trái Đất ở mức báo động, khiến GDI phân thế giới thành ba khu vực địa lý khác nhau dựa trên mức độ phá hoại của từng địa phương. 30% bề mặt của thế giới đã được chỉ định là "Khu đỏ" (Red Zone), đã bị ô nhiễm tồi tệ nhất và còn có thể không còn hỗ trợ con người hay nói cách khác là dạng sống dựa trên carbon. 50% các vùng trên thế giới đã được chỉ định là "Khu vàng" (Yellow Zone), đó là vùng nguy hiểm chưa bị ô nhiễm nặng bởi Tiberium nhưng lại chứa hầu hết dân số thế giới. Nhiều thập kỷ chiến tranh và bất ổn dân sự đã để lại những khu vực này trong tình trạng xã hội sụp đổ và đã tiếp tục cung cấp Brotherhood of Nod cơ hội để che giấu cũng như tuyển dụng nhân lực quy mô lớn trong những năm qua. Còn lại 20% bề mặt của Trái Đất là không bị ảnh hưởng bởi Tiberium và là tương đối nguyên vẹn bởi không bị chạm đến bởi chiến tranh. Những "Khu xanh" (Blue Zone) được xem là nơi ẩn náu cuối cùng và hy vọng của thế giới văn minh của con người và đã được đặt dưới sự bảo vệ trực tiếp của Global Defense Initiative.
Tháng 3 năm 2047, Brotherhood of Nod bất ngờ bắn tên lửa hạt nhân vào trạm quỹ đạo không gian GDSS Philadelphia của GDI, phá huỷ điểm tựa của hệ thống chỉ huy của GDI trong một trận đánh lớn duy nhất, sau khi chiếm lấy hệ thống GDI A-SAT tại Trung tâm không gian Goddard trong một cuộc đột kích bất ngờ. Kể từ khi kết thúc Second Tiberium War, Nod đã âm thầm xây dựng ảnh hưởng và tiềm năng quân sự của mình vào trạng thái của một siêu cường, và bằng cách thực thi sự ổn định, trợ giúp y tế và sự căm ghét chống GDI và Blued Zone từ bên trong lãnh thổ Yellow Zone, Brotherhood được hỗ trợ bởi một tỷ lệ đáng kể của dân số thế giới của. Không chuẩn bị để xử lý các cuộc tấn công phối hợp lãnh đạo bởi quân xung kích của Nod trên toàn thế giới, phần còn lại của quan chức chính trị và quân sự của Global Defense Initiative lãnh trách nhiệm và bắt đầu tập hợp tất cả các lực lượng thường trực của mình, quyết tâm thay đổi tình thế và đạt được một chiến thắng mới trước Nod. Sau này trong chiến dịch phản công GDI đã mở một cuộc tấn công vào ngôi đền chính của Nod được xây dựng lại ở Sarajevo. Tướng Granger lên kế hoạch bao vây cho đến khi Kane và Inner Circle đầu hàng, nhưng Giám đốc GDI là Redmond Boylera lệnh sử dụng Ion Canon vaò Temple Prime để loại bỏ mối đe dọa của Kane "một lần và mãi mãi". Khi Ion Canon được triển khai bất chấp sự phản đối của Granger, nó kích nổ quả bom chất lỏng Tiberium bên trong ngôi đền, tạo ra một vụ nổ lớn phóng ra ngoài không gian và giết chết hàng triệu người ở Yellow Zone thuộc Đông Âu. Ngay sau sự kiện thảm khốc này, lực lượng ngoài hành tinh, chỉ được biết đến như là Scrin, đột nhiên bước vào trận chiến và thay đổi bản chất của Third Tiberium War hoàn toàn. Tại thời điểm này trong các chiến dịch Nod, Kane, người đã thoát chết bằng cách nào đó, tiết lộ rằng ông cố tình bắt đầu cuộc chiến với GDI để kích động cuộc tấn công bằng Ion Canon vào Temple Prime qua đó kích nổ quả bom Tiberium với sức mạnh đủ để thu hút Scrin đến Trái Đất. Scrin bắt đầu xây dựng các tòa tháp khổng lồ trên bề mặt của Trái Đất. GDI đã tiêu diệt hầu hết các tòa tháp và đánh lui Scrin, nhưng Nod đã bảo vệ tòa tháp cuối cùng ở Ý và kiểm soát nó. Khi tòa tháp duy nhất được hoàn thành, nó trở thành bất khả xâm phạm với tất cả các hình thức vũ khí được biết đến của con người. Sau khi hoàn thành tòa tháp cuối cùng, Scrin rời khỏi Trái Đất và lên kế hoạch xâm lược trở lại với một lực lượng lớn hơn.
Không giống như các trò chơi trước của Command và Conquer, cốt truyện của các phe phái trong Tiberium Wars có vẻ gắn bó với nhau giống như cốt truyện của Firestorm. Trong chiến dịch của một phe, các tài liệu tham khảo được thực hiện với các sự kiện và nhiệm vụ đã xảy ra trong các chiến dịch của các phe phái khác, do đó các sự kiện trong tất cả các chiến dịch đều là cốt truyện chính. Ví dụ, sau khi hoàn thành nhiệm vụ Nod Temple Prime Mission thì FMV cho thấy việc phá hủy Temple Prime bởi GDI Ion Cannon, là một nhiệm vụ có thể chơi trong chiến dịch của GDI.