Tokugawa Tsunayoshi
Trở thành Shōgun (1680–1709)

Ngay sau khi trở thành shōgun, Tsunayoshi đã phong cho Hotta Masatoshi danh hiệu Tairō (Đại lão), nhằm cảm ơn ông vì đã giúp đảm bảo sự kế vị của mình. Gần như ngay lập tức sau khi trở thành tướng quân, ông đã ra lệnh cho một thuộc hạ của Takata tự sát vì hành động sai trái, cho thấy cách tiếp cận mang đầy tính nghiêm khắc của ông đối với các quy tắc của samurai. Sau đó, ông đã cho chiếm dụng một dinh thự rộng 250.000 koku làm tài sản riêng của mình. Trong thời gian trị vì, ông đã cho tịch biên tổng cộng 1.400.000 koku. Năm 1682, shōgun Tsunayoshi ra lệnh cho kiểm duyệt sách vở và thiết lập một hệ thống an ninh nhằm siết chặt hơn nữa việc quản lý người dân. Chẳng bao lâu sau, mại dâm đã bị cấm, các kỹ nữ không được phép làm việc tại các quán trà, những loại vải lẫn tơ sợi quý hiếm, đắt tiền cũng bị cấm đem ra mua bán. Do đó, việc buôn lậu đã bắt đầu như một thực tế ở Nhật Bản ngay sau khi các luật lệnh độc đoán do chính Tsunayoshi ban hành có hiệu lực. Năm 1684, Tsunayoshi cũng tìm cách làm suy giảm đi sức mạnh của các tairō, sau khi xảy ra vụ việc Masatoshi bị ám sát bởi một người anh họ của ông trong cùng năm đó. Tuy nhiên, một lần nữa nhờ lời khuyên của mẹ, Tsunayoshi trở nên rất tôn sùng Nho giáo, thúc đẩy các học thuyết Tống Nho của Chu Hi. Năm 1682, ông đọc cho các daimyō nghe bản thuyết minh về quyển "Đại học", điều này sau đó đã trở thành một truyền thống hàng năm tại triều đình của shōgun. Ông sớm bắt đầu thuyết giảng nhiều hơn, và vào năm 1690, ông đã thuyết giảng về mối quan hệ giữa Nho giáo và Thần đạo cũng như Phật giáo với các daimyō, thậm chí là cho các sứ thần của triều đình Thiên hoàng Higashiyama ở Kyoto gởi đến Edo. Ông quan tâm đến một số tác phẩm của Trung Quốc, nhất là quyển Đại học, một trong tứ thư và quyển Hiếu kinh. Tsunayoshi cũng yêu nghệ thuật và cho xây dựng nhà hát Noh.
Năm 1691, Engelbert Kaempfer đến thăm Edo theo thông lệ hằng năm do đại sứ quán Hà Lan tại đảo Dejima ở Nagasaki tổ chức. Ông khởi hành từ Nagasaki đến Osaka và Kyoto, sau cùng là Edo. Kaempfer đã cung cấp cho chúng ta những thông tin về Nhật Bản trong thời kỳ đầu trị vì của Tokugawa Tsunayoshi. Khi đoàn sứ bộ của Hà Lan vào Edo năm 1692, họ yêu cầu được yết kiến ​​Shogun Tsunayoshi. Trong khi họ đang chờ đợi được phê duyệt quyết định này, một trận hỏa hoạn đã thiêu rụi gần sáu trăm ngôi nhà ở Edo, sau đó buổi yết kiến đã bị hoãn lại. Khi buổi tiếp kiến được ấn định diễn ra theo thời gian cụ thể, Tsunayoshi và một số phu nhân của ông ngồi sau bức mành trúc, trong khi đoàn sứ thần của Hà Lan ngồi ở phía đối diện. Tsunayoshi rất quan tâm đến các vấn đề của phương Tây, và dường như ông đã yêu cầu họ nói chuyện và hát với nhau để ông hiểu hơn về cách cư xử của người phương Tây. Tsunayoshi sau đó đã cho diễn một vở kịch Noh cho họ xem đáp lễ.
Do tuân theo lời Phật dạy, Tsunayoshi đã trở thành một nhà bảo vệ động vật trong phần lớn thời gian cai trị còn lại của ông. Trong năm 1690 và thập kỷ đầu tiên của những năm 1700, shogun Tsunayoshi, được một nhà sư chỉ bảo rằng do ông là người sinh năm Tuất, nên thực hiện một số biện pháp nhất định nhằm bảo vệ loài chó. Điều này sẽ giúp ông được phước đức và có nhiều con trai nối dõi. Một bộ luật bao gồm các sắc lệnh được phát hành hầu như hàng ngày, được gọi là Sắc lệnh về lòng trắc ẩn đối với sinh vật (生 類 憐 み の 令, Shōruiawareminorei), nhằm nhấn mạnh với dân chúng, cùng với những điều luật khác, quy định rằng người dân bắt buộc phải bảo vệ loài chó, do đó ở Edo đã xuất hiện rất nhiều chó hoang và bệnh dại đang có nguy cơ bùng phát trong thành phố. Ông được người dân gọi bằng danh hiệu đặc biệt là Inu-Kubō "Khuyển tướng quân" (犬 公 方: Inu = Chó, Kubō = tước hiệu chính thức của Shogun). Năm 1695, có nhiều chó trong thành phố đến nỗi Edo bắt đầu có mùi xú uế rất kinh khủng. Một người học việc thậm chí đã bị hành quyết vì anh ta làm bị thương một con chó. Cuối cùng, vấn đề đã được đẩy đến mức cực đoan, nên shogun bị buộc phải đưa ra cách giải quyết là đem hơn 50.000 con chó hoang đến nhốt ở các cũi trong vùng ngoại ô thành phố, nơi chúng sẽ được nuôi dưỡng. Đàn chó được cho ăn cơm với cá, chi phí của chúng được trích ra từ tiền thuế của người dân Edo.
Vào giai đoạn sau của triều đại Tsunayoshi, ông đã bổ nhiệm Yanagisawa Yoshiyasu làm cố vấn.  Đó là kỷ nguyên vàng của nghệ thuật cổ điển Nhật Bản, được gọi là kỷ nguyên Genroku.
Năm 1701, Asano Naganori, daimyō của Akō han, bị Kira Yoshinaka tố cáo là đã có hành động xúc phạm mình bên trong lâu đài Edo, rằng lãnh chúa Asano đã cố tìm cách giết hại ông ta. Asano đã bị xử tử, nhưng Kira không bị trừng phạt. Bốn mươi bảy rōnin của Asano đã trả thù cho cái chết của chủ mình bằng cách giết Kira và trở thành một huyền thoại có sức ảnh hưởng rất lớn đến nhiều vở kịch và câu chuyện dân gian thời đó. Thành công nhất trong số đó là vở kịch bunraku mang tên Kanadehon Chūshingura (bây giờ được gọi đơn giản là Chūshingura, hay "Kho báu của những người trung thành"), được viết vào năm 1748 bởi Takeda Izumo và hai cộng sự của ông. Sau đó, nó đã được chuyển thể thành một vở kịch kabuki, ngày nay vẫn là một trong những vở kịch nổi tiếng nhất của Nhật Bản. Bản tường thuật sớm nhất được biết đến về sự kiện Akō ở phương Tây được xuất bản vào năm 1822 trong cuốn sách Những bức tranh minh họa về Nhật Bản của Isaac Titsingh.
Con trai đầu của Tsunayoshi là Tokugawa Tokumatsu (1679–1683) qua đời khi mới 4 tuổi vì bệnh tật. Năm 1683, vợ chính thức của Tsunayoshi, Takatsukasa Nobuko, đã đầu độc Chomatsu, con trai thứ của Tsunayoshi, người con của ông với người thiếp được sủng ái, Yasuko. Chosomaru chết năm 3 tuổi. Điều này làm dấy lên nghi ngờ rằng rất có thể cũng chính bà ta đã đầu độc Tokugawa Tokumatsu. Năm 1704, người con duy nhất còn sống của Tsunayoshi, Tsuru-hime qua đời sau một vụ sẩy thai và vài tháng sau chồng bà, con rể của ông, Tokugawa Tsunanori của phiên Kii cũng qua đời. Vì vậy, Tsunayoshi đã bổ nhiệm cháu trai của mình, Tokugawa Ienobu, ấn định ông sẽ là người thừa kế chính thức vào mùa đông năm 1704. Ienobu là con trai của một người anh khác của ông, Tokugawa Tsunashige, lãnh chúa của phiên Kōfu, đó là tước hiệu mà Ienobu thế tập trước khi trở thành shōgun. Ienobu chuyển đến nơi ở chính thức dành cho người thừa kế của Shogun, phía tây của lâu đài Edo. Năm 1706, Edo bị một trận bão, và núi Phú Sĩ phun trào vào năm sau đó.