X-Men
Lịch sử > Thập niên 2000 > Thời kỳ mới

Năm 2004, Morrison ngưng loạt truyện New X-Men, hãng Marvel bắt tay chuẩn bị cho "Giai đoạn chuyển tiếp Morrison". Marvel chấm dứt X-Treme X-Men và kéo Claremont quay lại với Uncanny X-Men. Nhóm mới, gồm có Storm, Wolverine, Bishop, Sage, Marvel Girl, Nightcrawler và Cannonball, hoạt động dưới quyền hạn của Liên hiệp quốc trong vai trò Đội Siêu Phản Ứng X.S.E (X-Treme Sanctions Executive). Họ có toàn quyền hành động và được các chính phủ công nhận địa vị ngang với nhóm Avengers trong vai trò giám sát hành vi của các dị nhân trên toàn thế giới. Còn loạt truyện New X-Men một lần nữa đổi thành X-Men, với các thành viên Havok, Polaris, Iceman, Rogue, Gambit, Juggernaut. Hãng Marvel còn phát hành Astonishing X-Men do Joss Whedon viết cốt truyện (tác giả loạt phim truyền hình Buffy the Vampire Slayer) cùng họa sĩ John Cassaday (họa sĩ của truyện Planetary). Các nhân vật trong Astonishing X-Men gồm Cyclops, Frost, Beast, Shadowcat, Wolverine. Để chuẩn bị cho ba nhóm mới, Cyclops đã bỏ các trang bị bằng da và quay lại kiểu trang phục cũ, thẳng thắn loại bỏ Archangel, Husk, Jubilee và Northstar khỏi vai trò thường trực.
Astonishing X-Men tạo nên một cú hích cho giới truyện tranh bởi những tình tiết và lời thoại của Whedon, và tranh vẽ theo phong cách như thật của John Cassaday. Một số phong cách tỏ ra thành công nhờ vào cách ra mắt đơn giản vừa phải, khác hẳn với nhiều ấn phẩm X-Men (đặc biệt trong thập niên 1990) có cốt truyện dài lê thê rối rắm và hình ảnh sặc sỡ khiến các nhân vật bị lu mờ. Loạt truyện mới còn hồi sinh Colossus, một nhân vật rất dược hâm mộ. Psylocke cũng hồi sinh trong Uncanny X-Men (Claremont đã nuôi ý định này từ sau cái chết của cô ta trong X-Treme X-Men, nhưng không được cho phép bởi quan điểm "chết là chết luôn" lúc đó).
Hãng Marvel cũng phát hành thế hệ truyện ăn theo mới, gồm District X, nói về Bishop kiểm soát một dị nhân lân cận Thành phố New York; New X-Men: Academy X, thay thế cho New Mutants (vol. 2) đề cập đến các học viên của Xavier; và Excalibur mới, trong đó Magneto và Professor X tái thiết lại Genosha. Rogue, Nightcrawler, Gambit và Jubilee xuất hiện trong những loạt truyện dành riêng, mặc dù Jubilee bị chấm dứt sau sáu tập, và được phát hành với số lượng ít ỏi nhất so với những ấn phẩm ăn theo khác. Gambit và Rogue mỗi người chỉ xuất hiện trong mười hai tập.
Marvel chấm dứt X-Statix khi tác giả Peter Milligan và Mike Allred ngưng sáng tác. Milligan thay thế Chuck Austen để viết cốt truyện cho X-Men (chữ "New" bị bỏ đi) vào tháng 1 năm 2005.
Trong lúc đó, loạt truyện dài NYX giới thiệu nhân vật X-23, một thiếu nữ là bản sao của Wolverine xuất hiện lần đầu trong loạt phim hoạt hình X-Men: Evolution. X-23 nhập học trong New X-Men sau khi trợ giúp nhóm Uncanny X-Men. Đây là lần thứ ba hãng Marvel đưa một nhân vật từ phim truyền hình vào truyện tranh; lần đầu là Firestar từ phim hoạt hình Spider-Man and His Amazing Friends (Người Nhện và những người bạn kỳ quái), người từng có mặt trong Uncanny X-Men rồi tham gia vào nhóm New Warriors (Tân Chiến binh) và sau đó là Avengers. Lần thứ hai là Morph trong hoạt hình X-Men Animated Series, sau đó tái xuất hiện trong Age of Apocalypse (Thời đại Apocalypse). (DC Comics cũng từng làm tương tự vào năm 1990, khi đưa nhân vật Harley Quinn của phim hoạt hình Batman: The Animated Series vào loạt truyện DC Universe.)