Nguồn gốc các loài
Bối cảnh > Phát triển học thuyết

Darwin tiếp tục nghiên cứu và xem lại nhiều lần lý thuyết của mình trong khi vẫn tập trung vào công việc chính là xuất bản các kết quả khoa học của chuyến hải trình Beagle . Ông đã dự kiến ​​viết về những ý tưởng của ông cho Lyell vào tháng 1 năm 1842, vào tháng 6, ông đã bước đầu thảo ra "Phác thảo bút chì" (Pencil Sketch) dài 35 trang . Darwin đã bắt đầu trao đổi về cách lý luận của mình với nhà thực vật học Joseph Dalton Hooker vào tháng 1 năm 1844, và vào tháng 7 đã mở rộng "Phác thảo" của mình thành một cuốn "Tiểu luận" (Essay) dài 230 trang được mở rộng với rất nhiều kết quả nghiên cứu và sẽ xuất bản nếu chẳng may ông mất sớm.
Vào tháng 11 năm 1844, một cuốn sách khoa học phổ biến với tác giả ẩn danh "Tàn tích của Lịch sử Tự nhiên của Sáng thế" (Vestiges of the Natural History of Creation) (sau này họ biết cuốn sách được viết bởi nhà báo Scotland Robert Chambers) đã mở rộng mối quan tâm của công chúng đến khái niệm chuyển đổi loài. Quyển "Tàn tích" sử dụng bằng chứng từ hồ sơ hóa thạch và phôi thai để ủng hộ tuyên bố rằng sinh vật tiến triển từ đơn giản đến phức tạp hơn theo thời gian. Nhưng nó đề xuất một sự tiến triển tuyến tính hơn là lý thuyết phân nhánh từ tổ tiên chung mà Darwin đang phát triển, và nó đã bỏ qua việc thích nghi. Darwin đã đọc cuốn sách ngay sau khi xuất bản, ông khinh thường kiến thức hạng nghiệp dư trong địa chất học và động vật học của cuốn sách , nhưng ông cũng xem xét lại các tranh luận của mình sau khi các nhà khoa học hàng đầu, bao gồm Adam Sedgwick, tấn công các sai sót của cuốn sách, trong cả khoa học và đạo đức . Quyển sách đã có ảnh hưởng đáng kể đến dư luận, và các cuộc tranh luận dữ dội đã giúp mở đường cho việc chấp nhận cuốn "Nguồn gốc các loài" sau này bằng cách chuyển các suy đoán tiến hóa thành xu thế chủ đạo. Trong khi một vài nhà tự nhiên học sẵn sàng xem xét về chuyển đổi loài, Herbert Spencer đã trở thành một người ủng hộ học thuyết Lamarck và phát triển tiến bộ trong thập niên 1850.
Hooker đã được thuyết phục để lấy đi một bản sao của "Tiểu luận" vào tháng 1 năm 1847, và cuối cùng đã gửi một trang ghi chú cho Darwin với phản hồi quan trọng. Được nhắc nhở về việc thiếu chuyên môn trong phân loại học, Darwin đã bắt đầu một nghiên cứu kéo dài tám năm về loài hàu biển, và trở thành chuyên gia hàng đầu về phân loại chúng. Sử dụng lý thuyết của mình, ông khám phá ra rằng những bộ phận cơ thể khi thay đổi một chút sẽ phục vụ các chức năng khác nhau để đáp ứng các điều kiện mới và ông cũng tìm thấy một giai đoạn trung gian trong sự phân hóa giới tính khác biệt (Gonochorism) .
Các nghiên cứu về hàu ở Darwin đã thuyết phục ông rằng sự thay đổi nảy sinh liên tục và không chỉ riêng để đáp ứng với những hoàn cảnh đã thay đổi. Năm 1854, ông hoàn thành phần cuối cùng của bài viết liên quan đến Beagle và bắt đầu làm việc toàn tâm về tiến hóa. Giờ đây ông đã nhận ra rằng mô hình phân nhánh tiến hóa đã có thể giải thích bằng cách chọn lọc tự nhiên làm việc không ngừng để cải thiện sự thích ứng. Tư tưởng của ông thay đổi từ quan điểm cho rằng các loài chỉ được hình thành trong các quần thể biệt lập, như trên các hòn đảo, sang nhấn mạnh vào sự phân bố mà không bị cô lập; đó là, ông đã chứng kiến ​​sự gia tăng mức độ chuyên hóa trong các quần thể ổn định lớn khi liên tục khai thác các ổ sinh thái mới. Ông đã tiến hành nghiên cứu thực nghiệm tập trung vào những khó khăn với lý thuyết của mình. Ông đã nghiên cứu sự khác biệt về phát triển và giải phẫu giữa các giống vật nuôi khác nhau, tham gia tích cực trong việc tạo giống chim bồ câu ưa thích, và thử nghiệm (với sự trợ giúp của con trai Francis) về những phương thức mà hạt giống và động vật có thể phân tán ra biển để định cư các hòn đảo xa xôi. Vào năm 1856, lý thuyết của ông phức tạp hơn nhiều, với rất nhiều chứng cứ hỗ trợ .