Nhân quyền tại Việt Nam
Nhân quyền trong lịch sử Việt Nam > Thời kỳ 1954-1975 > Miền Nam > Thời kỳ hậu Ngô Đình Diệm > Tù nhân

Việt Nam Cộng hòa còn xây dựng 1 hệ thống nhà tù trên miền Nam, một số nhà tù được xây mới như Nhà tù Phú Lợi hay sử dụng lại các nhà tù cũ của Pháp ví dụ là Nhà tù Côn Đảo và Nhà tù Phú Quốc, dùng để giam giữ những người tù chính trị hoặc binh lính Quân Giải Phóng, Quân đội nhân dân. Ở đây, tù nhân phải nằm trên nền xi măng ẩm thấp, không có giường ngủ, đa số bị mắc các bệnh liên quan đến đường hô hấp do nền nhà ẩm thấp, bị suy dinh dưỡng do không được cho ăn, được chữa bệnh một cách đầy đủ. Nhà tù Phú Quốc có những hình thức tra tấn ghê rợn như: đóng đinh, chuồng cọp kẽm gai, ăn cơm nhạt (tù nhân không được ăn muối, sau hai tháng mắt sẽ bị mờ, sau 5-6 tháng liền có người bị mù hẳn), lộn vỉ sắt, gõ thùng, đục răng, bẻ răng, roi cá đuối, lấy bao bố trùm lên người tù rồi ném vào chảo nước sôi, dùng bóng đèn công suất lớn để sát mặt người tù trong thời gian dài cho nổ con ngươi, dùng lửa đốt miệng, bộ phận sinh dục, đi tàu bay (treo ngược tù nhân rồi cho quay quanh trần nhà), trước cá lóc, đi tàu thủy...
Theo báo cáo đặc biệt năm 1973 của Tổ chức Ân xá quốc tế (amnesty international - AI), có tồn tại việc chính quyền Việt Nam Cộng hòa đàn áp những người bất đồng chính kiến, trong đó có việc lạm dụng các điều luật mơ hồ để bắt giữ tuỳ tiện, tra tấn, và xét xử bằng toà án binh. Những người dân thường bị Việt Nam Cộng hòa giam giữ đều được Tổ chức Ân xá Quốc tế xem là tù nhân chính trị, vì đa phần trong số đó bị giam giữ vì lý do bất đồng chính kiến. Nhiều người bị bắt mặc dù không có liên hệ với Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam. Theo AI, Việt Nam Cộng hòa có bốn loại tù nhân bao gồm: tù hình sự, những người thuộc Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, những người có liên hệ với Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và những người bất đồng chính kiến. Những người bất đồng chính kiến được phía Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa gọi là "lực lượng chính trị thứ ba" tại miền Nam. AI cho rằng Việt Nam Cộng hòa giam giữ khoảng 200.000 tù chính trị nhưng phía Việt Nam Cộng hòa cho rằng họ chỉ giam khoảng 37.000 người. Một trường hợp tiêu biểu của AI nhắc tới là dân biểu Trần Ngọc Châu một người bất đồng chính kiến bị chính quyền Nguyễn Văn Thiệu quy chụp là cộng sản nằm vùng. Sau Hiệp định Paris, ông Châu được trao trả cho Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam nhưng ông từ chối vì cho rằng mình không phải là cộng sản. Thực tế đã chứng minh điều đó khi sau năm 1975, ông này đã sang Hoa Kỳ định cư. Theo AI, Việt Nam Cộng hòa đã bắt bớ và giam giữ tuỳ tiện những người bất đồng chính kiến ở miền Nam thông qua những điều luật chống Cộng mơ hồ và tù binh không được hưởng các quy chế quốc tế. Nhiều tù chính trị bị coi là đặc biệt nguy hiểm bị giam giữ mà không qua xét xử. Nhiều phiên xử của các tòa án binh chỉ kéo dài trong 5 phút. Theo AI, tù nhân chính trị còn bị tra tấn, bức cung, nhục hình tại các nhà giam, đặc biệt là tại Tổng nha Cảnh sát Quốc gia Đô thành Sài Gòn. Tình trạng đối xử tàn tệ với tù nhân diễn ra khốc liệt hơn khi Quân lực Việt Nam Cộng hòa và cố vấn Hoa Kỳ can thiệp vào các trại giam. Báo cáo cho biết việc biệt giam, cùm, đánh đập dã man và nhốt tù nhân trong chuồng cọp khiến cho một số tù nhân bị tàn tật vĩnh viễn. Một số tù nhân đã chết trong ngục hoặc bị liệt nửa người. Từ năm 1972, hội Chữ thập đỏ bị ngăn cấm vào tiếp xúc và hỗ trợ cho tù chính trị. Đa số người bị cáo buộc vi phạm những tội chính trị kể trên đều bị giam giữ vô thời hạn mà không được mang ra xét xử. Căn cứ vào Điều 4, Hiến pháp năm 1967 về việc bài trừ chủ nghĩa Cộng sản, chính quyền Việt Nam Cộng hòa thường bắt người với lý do "gây nguy hiểm đến an ninh quốc gia", "gây suy sụp tinh thần chiến sỹ quân đội", tập hợp người gây bất lợi cho an ninh quốc gia, cổ súy chủ thuyết cộng sản, thân cộng, thân cộng-trung lập,...Luật nhà binh được chính quyền sử dụng trong các vụ án chính trị.