Khủng hoảng tên lửa Cuba
Khủng hoảng kết thúc

Sau nhiều bàn cãi giữa Liên Xô và Nội các của Tổng thống Kennedy, Tổng thống Kennedy bí mật đồng ý loại bỏ tất cả các tên lửa đặt tại Ý và Thổ Nhĩ Kỳ (các tên lửa tại Thổ Nhĩ Kỳ nằm trên biên giới với Liên Xô) để đổi lại việc nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, tháo bỏ tất cả các tên lửa tại Cuba.
Lúc 9:00 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, thứ hai ngày 29 tháng 10, một thông điệp mới của nhà lãnh đạo Khrushchev được phát trên Đài phát thanh Moscow. Nhà lãnh đạo Khrushchev phát biểu rằng "chính phủ Liên Xô, ngoài những chỉ thị được đưa ra trước đây về việc ngưng tiến hành xây dựng các vị trí dành cho vũ khi, đã đưa ra một lệnh mới là tháo bỏ các vũ khí mà ngài cho là "vũ khí tấn công" cùng với thùng chứa chúng và đưa chúng trở về Liên Xô."
Ngay lập tức Tổng thống Kennedy đáp lại bằng một lời tuyên bố, gọi lá thư của nhà lãnh đạo Liên Xô là "một sự đóng góp có tính xây dựng và quan trọng đối với hòa bình". Ông tiếp tục bằng một lá thư chính thức: "Tôi xem lá thư của tôi gửi cho ngài vào ngày 27 tháng 10 và việc ngài phúc đáp hôm nay như là những cam kết chắc chắn từ cả hai phía chính phủ của chúng ta mà hiện đang được tiến hành một cách nhanh chóng... Hoa Kỳ sẽ đưa ra một tuyên bố trong khuôn khổ của Hội đồng Bảo an liên quan đến vấn đề Cuba như sau: nó sẽ tuyên bố rằng Hoa Kỳ sẽ tôn trọng sự vẹn toàn lãnh thổ, chủ quyền của Cuba, rằng Hoa Kỳ sẽ cam kết không can thiệp vào công việc nội bộ, không xâm nhập và không cho phép sử dụng lãnh thổ của mình làm nơi xuất phát tiến hành xâm chiếm Cuba, và sẽ ngăn chặn những ai có kế hoạch tiến hành một cuộc xâm chiếm chống Cuba, cả từ lãnh thổ Hoa Kỳ hay từ lãnh thổ của các quốc gia lân bang khác của Cuba."
Hoa Kỳ vẫn tiếp tục công việc cách ly phong tỏa Cuba. Trong những ngày tiếp theo sau đó, các chuyến bay do thám đã cho thấy rằng Liên Xô đang dần có tiến triển trong việc tháo bỏ các hệ thống tên lửa. 42 tên lửa và trang bị hỗ trợ của chúng được đưa lên 8 chiếc tàu Liên Xô. Những chiếc tàu này rời Cuba từ 5-9 tháng 11. Hoa Kỳ tiến hành quan sát kiểm chứng lần cuối cùng khi mỗi chiếc tàu đi qua vùng cách ly. Có thêm nhiều nỗ lực ngoại giao khác được thực hiện để yêu cầu Liên Xô đưa các oanh tạc cơ Liên Xô IL-28 về nước. Sau cùng các phi cơ này cũng được đưa lên 3 tàu Liên Xô vào ngày 5 và 6 tháng 12. Cuộc cách ly chính thức kết thúc trước đó vào lúc 6:45 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ ngày 20 tháng 11 năm 1962.
Trong các cuộc thảo luận với Đại xứ Liên Xô, Anatoly Dobrynin, Bộ trưởng Tư pháp Hoa Kỳ, Robert Kennedy, đã đề nghị không chính thức rằng các tên lửa Jupiter tại Thổ Nhĩ Kỳ sẽ được tháo bỏ "trong một khoảng thời gian ngắn sau khi cuộc khủng hoảng chấm dứt". Các tên lửa cuối cùng của Hoa Kỳ được tháo dở vào ngày 24 tháng 4 năm 1963 và được đưa ra khỏi Thổ Nhĩ Kỳ ngay sau đó.
Kết quả thực tế của Hiệp ước Kennedy-Khrushchev là nó đã hữu hiệu làm vững mạnh vị thế của Fidel Castro tại Cuba, bảo đảm rằng Hoa Kỳ sẽ không xâm chiếm Cuba. Rất có thể là nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, chỉ đặt tên lửa tại Cuba để bắt buộc Tổng thống Kennedy tháo bỏ các tên lửa khỏi Ý và Thổ Nhĩ Kỳ. Tuy nhiên, sự kiện các tên lửa Jupiter bị tháo bỏ khỏi các căn cứ NATO ở miền nam nước Ý và Thổ Nhĩ Kỳ không được công bố chính thức vào lúc đó nên có vẻ là nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, đã thua trong cuộc xung đột này và trở nên yếu thế. Bề ngoài thì Tổng thống Kennedy đã thắng cuộc tranh đua giữa hai siêu cường và nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, bị mất mặt. Tuy nhiên, đây không phải là toàn bộ tình thế vì cả Tổng thống Kennedy và nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, đã tiến hành từng bước một để tránh một cuộc xung đột toàn diện mặc dù cả hai đều bị áp lực từ chính phủ của họ. Nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, nắm quyền lãnh đạo Liên Xô thêm hai năm nữa.