Biểu tình Phật giáo tại Huế 1993
Hệ quả

Những vụ bắt giữ và cải tạo các nhà sư GHPGVNTN tiếp tục diễn ra tại miền Nam Việt Nam sau cuộc biểu tình. Theo một thống kê của HRW vào 1995, có ít nhất 20 Phật tử đang trong tình trạng bị giam giữ ở Việt Nam từ 1992 cho đến thời điểm báo cáo được xuất bản; 5 người trong số này không rõ tung tích. Thống kê cùng năm của Ủy ban Helsinki về nhân quyền Việt Nam tiết lộ có 67 nhà lãnh đạo Phật giáo cùng hàng loạt các nhà sư khác bị chính quyền bắt vào trại cải tạo, tù giam hoặc quản thúc tại nhà. Con số này là 78 theo ghi nhận của tổ chức VCHR. Riêng báo cáo tháng 2 cùng năm của AXQT đã liệt kê tổng cộng 23 nhà sư bị chính phủ Việt Nam bắt giữ từ cuối tháng 10 năm 1994.
Trên pháp lý, việc giam giữ các nhà sư đều được hợp thức hóa qua điều 70 Hiến pháp Việt Nam năm 1992; điểm b, c trong điều 81 của Bộ luật Hình sự Việt Nam năm 1981 và điều 5 trong Nghị định số 69 của Hội đồng Bộ trưởng; cùng với đó là các phiên tòa xét xử công khai nhà sư, dù hành động này đi ngược lại những điều nằm trong Công ước Quốc tế về các Quyền Dân sự và Chính trị mà Việt Nam từng ký và thông qua vào 1982. Vì đó, những vụ bắt giữ có quy mô, tổ chức nhắm tới các nhà sư thuộc GHPGVNTN trên diện rộng được cho là gieo sự sợ hãi lên những người theo đạo tại miền Nam; khiến nhiều cái tên từng hoạt động chính trị tích cực buộc phải im lặng để không bị bắt bớ. Báo cáo năm 2022 của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ về tự do tôn giáo Việt Nam cho biết nhiều tín đồ tôn giáo tại Việt Nam quyết định không công khai tôn giáo của mình do e ngại sẽ có hậu quả bất lợi trong tương lai.
Về sau, chính quyền Việt Nam đã dần từ bỏ việc đàn áp toàn bộ GHPGVNTN và những người theo giáo hội trong nước. Điều này là do sức ép từ Hoa Kỳ cùng các tổ chức nhân quyền, sau khi hai nước đi đến bình thường hóa ngoại giao vào 1995. Không một văn bản nào phủ nhận hoạt động của GHPGVNTN được chính thức ban hành; một số cơ sở Phật giáo không thể hiện tính chính trị công khai trong hội duy trì hoạt động tại Việt Nam nhưng thường xuyên bị phá hoại và không được cấp phép tu bổ, sửa sang. Những vụ sách nhiễu và giam giữ các nhà sư trong giáo hội vẫn còn tồn tại. Năm 2003, Thích Huyền Quang đã tổ chức một Đại hội Bất thường nhằm chấn chỉnh lại tổ chức giáo hội, theo gợi ý từ Thủ tướng Phan Văn Khải. Song ngay sau khi đại hội kết thúc, công an Việt Nam liền tổ chức một chiến dịch bắt giữ hàng loạt chức sắc tôn giáo của GHPGVNTN, lục soát tất cả cơ sở chùa chiền liên quan tới giáo hội lẫn ruồng bố các nhà sư.
Đúng 20 năm sau cuộc biểu tình, vào ngày 24 tháng 5 năm 2013, PTTPGQT thuộc Viện Hóa đạo GHPGVNTN đã ra thông cáo báo chí kỷ niệm 20 năm biểu tình Phật giáo ở Huế năm 1993. Tại lễ khánh thành chùa Bảo Phước trên thành phố San Jose, Bắc California, một hội luận về vai trò người cư sĩ được tổ chức với sự tham luận của Hòa thượng Thích Viên Lý, Thượng tọa Thích Giác Đẳng, Võ Văn Ái, Ỷ Lan... Buổi khánh thành cũng chứng kiến các quan chức San Jose và dân biểu liên bang lên tiếng chào đón ngôi chùa. Họ ủng hộ lời kêu gọi đấu tranh Phật giáo của Thích Quảng Độ và cam kết sẽ "đấu tranh cho tự do, dân chủ và nhân quyền" tại Việt Nam.
Chùa Ấn Quang, nơi từng là trụ sở của GHPGVNTN, đã bị chính quyền cưỡng chế sau khi GHPGVN thành lập.
Chùa Thiên Mụ – nơi diễn ra lễ tang Thích Đôn Hậu đồng thời đánh dấu việc Thích Huyền Quang lên làm Tăng thống thứ tư GHPGVNTN.
Ngày 21 tháng 5 năm 1993, một nam cư sĩ đã đến ngồi gần mộ Thích Đôn Hậu để tự thiêu. Đằng sau ông là bia tưởng niệm sư Thích Quảng Đức – người tự thiêu trong Biến động Phật giáo 1963.
Các nhà sư có mặt tại tòa xử án ngày 15 tháng 11 năm 1993. Từ trái sang phải: Thích Trí Tựu, Thích Hải Tạng, Thích Hải Chánh; ngoài cùng bên trái: Thích Hải Thịnh. Bên dưới bức ảnh là dòng mô tả từ phía công an Việt Nam: "Bọn gây rối trật tự ở Huế trước vành móng ngựa".