Maria Anna xứ Neuburg
Vương hậu Tây Ban Nha

Giới chính trị Tây Ban Nha bị chia rẽ thành hai phe thân Áo và thân Pháp do Fernández de Portocarrero, Hồng y và Tổng giám mục Toledo lãnh đạo. Vào phần lớn thời kỳ này, 'người Áo' kiểm soát chính phủ, với Maria Anna xứ Neuburg nắm quyền lãnh đạo sau khi Mariana của Áo qua đời vào năm 1696. Năm 1690, họ ủng hộ Tây Ban Nha tham gia Chiến tranh Chín Năm, một quyết định tai hại khi nhà nước tuyên bố phá sản vào năm 1692, và đến năm 1696, Catalunya đã phần lớn bị Pháp chiếm đóng.
Quyền lực của Maria Anna bắt nguồn từ địa vị là mẹ của một vị vua tương lai, nhưng đã tiêu tan khi việc có con nối dõi rõ ràng là không thể xảy ra. Đến lúc này, Carlos gần như chắc chắn đã không còn sức lực, và khám nghiệm tử thi sau đó cho thấy nhà vua chỉ có một tinh hoàn bị teo. Để bù đắp cho điều này, Maria Anna đã nhiều lần khẳng định mình đang mang thai và khuyến khích Carlos thực hiện các phương pháp điều trị để tăng khả năng sinh con. Điều này chứng minh rằng việc không sinh ra được người thừa kế không phải là do vương hậu.
Năm 1698, Carlos lâm bệnh nặng và rơi vào cảnh cận kề cái chết. Vào ngày 11 tháng 10, Anh, Pháp và Cộng hòa Hà Lan ký Hiệp ước Den Haag hay Hiệp ước Phân chia lần thứ nhất, là một nỗ lực nhằm áp đặt giải pháp cho vấn đề kế vị giữa Tây Ban Nha và Áo. Joseph Ferdinand xứ Bayern, lúc đó sáu tuổi, được bầu làm người thừa kế hầu hết Đế quốc Tây Ban Nha và phần còn lại được chia cho Pháp và Áo. Cha mẹ Joseph Ferdinand là Maria Antonia, cháu gái của Carlos II, và Maximilian xứ Bayern, là một thành viên của vương tộc Wittelsbach giống như Maria Anna. Tây Ban Nha không được tham vấn về việc phân chia Đế quốc và không bất ngờ khi đã phản đối giải pháp này. Vào ngày 14 tháng 11 năm 1698, Carlos II công bố Di chúc, chỉ định Joseph Ferdinand là người kế vị nhưng quy định rằng cậu sẽ thừa hưởng một chế độ quân chủ Tây Ban Nha không bị chia cắt. Di chúc cũng chỉ định Maria Anna làm nhiếp chính trong thời kỳ Joseph Ferdinand còn nhỏ, một tuyên bố mà các cố vấn Tây Ban Nha tiếp nhận trong im lặng.
Sau khi Joseph Ferdinand đột ngột qua đời vào năm 1699, Pháp, Anh và Cộng hòa Hà Lan đồng ý ký Hiệp ước Phân chia lần thứ hai vào tháng 3 năm 1700. Joseph Ferdinand được thay thế bởi cháu trai của Maria Anna là Đại vương công Karl của Áo, với các vùng đất của Tây Ban Nha ở Ý, Hà Lan và Bắc Tây Ban Nha được chia cho Pháp, Savoia và Áo. Carlos sửa đổi Di chúc theo hướng có lợi cho Đại vương công Karl, nhưng vẫn tiếp tục nhấn mạnh vào chế độ quân chủ không chia cắt và thêm yêu cầu Tây Ban Nha vẫn phải độc lập với Áo.
Hầu hết giới quý tộc Castilla đều thích một ứng cử viên thuộc nhà Bourbon, bất chấp những nỗ lực của Maria Anna nhằm đảm bảo quyền kế vị cho cháu trai. Vào tháng 6 năm 1700, đồng minh của Maria Anna là Mendoza, Tổng thẩm giáo, đã bắt giữ người xưng tội thân Pháp của Carlos là Froilán Díaz và buộc tội ông 'bỏ bùa' nhà vua. Khi ủy ban được thành lập để xem xét vụ án tuyên bố Díaz vô tội, Mendoza đã ra lệnh bắt giữ họ, và điều này làm suy giảm nghiêm trọng uy tín của Maria Anna, người bị coi là kẻ chủ mưu. Một Hội đồng được thành lập để điều tra chính Toà thẩm giáo và tồn tại như một tổ chức đến năm 1834, nhưng quyền lực hội đồng đã bị phá vỡ.