Lập hồ sơ DNA
Quá trình > Phân tích STR

Hệ thống cấu hình DNA được sử dụng ngày nay dựa trên phản ứng chuỗi polymerase (PCR) và sử dụng trình tự đơn giản  hoặc lặp lại song song ngắn (STR). Phương pháp này sử dụng các vùng đa hình cao có trình tự lặp lại ngắn của DNA (phổ biến nhất là lặp lại 4 base, nhưng có những độ dài khác được sử dụng, bao gồm 3 và 5 base). Bởi vì những người không liên quan gần như chắc chắn có số lượng đơn vị lặp lại khác nhau, STR có thể được sử dụng để phân biệt giữa các cá nhân không liên quan. Các locus STR này (các vị trí trên nhiễm sắc thể) được nhắm mục tiêu với các đoạn mồi đặc hiệu theo trình tự và được khuếch đại bằng cách sử dụng PCR. Các đoạn DNA có được sau đó được tách và phát hiện bằng điện di. Có hai phương pháp phân tách và phát hiện phổ biến là điện di mao quản (CE) và điện di gel.
Mỗi STR là đa hình, nhưng số lượng alen rất ít. Thông thường, mỗi alen STR sẽ được chia sẻ bởi khoảng 5–20% cá nhân. Sức mạnh của phân tích STR bắt nguồn từ việc kiểm tra đồng thời nhiều locus STR. Mô hình của các alen có thể xác định một cá thể khá chính xác. Do đó, phân tích STR cung cấp một công cụ xác định tuyệt vời. Càng nhiều vùng STR được thử nghiệm trong một cá nhân, thử nghiệm càng trở nên phân biệt.
Từ quốc gia này sang quốc gia khác, các hệ thống cấu hình DNA dựa trên STR khác nhau đang được sử dụng. Ở Bắc Mỹ, các hệ thống khuếch đại các locus lõi CODIS 20  gần như phổ biến, trong khi ở Vương quốc Anh, hệ thống locus DNA-17 17 (tương thích với Cơ sở dữ liệu DNA quốc gia) đang được sử dụng và Úc sử dụng 18 lõi điểm đánh dấu. Cho dù sử dụng hệ thống nào, nhiều vùng STR được sử dụng đều giống nhau. Các hệ thống cấu hình DNA này dựa trên phản ứng ghép kênh, theo đó nhiều vùng STR sẽ được kiểm tra cùng một lúc.
Sức mạnh thực sự của phân tích STR là ở khả năng phân biệt thống kê của nó. Vì 20 locus hiện đang được sử dụng để phân biệt trong CODIS được phân loại độc lập (có một số lần lặp lại nhất định tại một vị trí không làm thay đổi khả năng có bất kỳ số lần lặp lại nào ở bất kỳ vị trí nào khác), nên có thể áp dụng quy tắc tích cho xác suất. Điều này có nghĩa là, nếu ai đó có loại DNA là ABC, trong đó ba locus độc lập, thì xác suất người đó có loại DNA đó là xác suất có loại A nhân với xác suất có loại B nhân với xác suất có loại C. Điều này dẫn đến khả năng tạo ra xác suất đối sánh là 1 trên một phần năm tỷ (1x10 18) trở lên. Tuy nhiên, các cuộc tìm kiếm cơ sở dữ liệu DNA cho thấy các kết quả trùng khớp về hồ sơ DNA sai thường xuyên hơn nhiều. Hơn nữa, vì có khoảng 12 triệu cặp song sinh đơn bào trên Trái Đất, nên xác suất lý thuyết là không chính xác.
Trên thực tế, nguy cơ đối sánh bị nhiễm bẩn lớn hơn nhiều so với đối sánh với một người họ hàng xa, chẳng hạn như nhiễm bẩn mẫu từ các vật thể gần đó hoặc từ các ô còn sót lại được chuyển từ một thử nghiệm trước. Rủi ro lớn hơn nếu kết hợp với người thường gặp nhất trong các mẫu: Mọi thứ được thu thập hoặc tiếp xúc với nạn nhân là nguồn ô nhiễm chính cho bất kỳ mẫu nào khác được đưa vào phòng thí nghiệm. Vì lý do đó, nhiều mẫu đối chứng thường được thử nghiệm để đảm bảo rằng chúng luôn sạch, khi được chuẩn bị trong cùng khoảng thời gian với các mẫu thử thực tế. Các kết quả trùng khớp (hoặc các biến thể) không mong muốn trong một số mẫu đối chứng cho thấy khả năng nhiễm bẩn cao đối với các mẫu thử thực tế. Trong một bài kiểm tra về mối quan hệ, các cấu hình DNA đầy đủ phải khác nhau (trừ trường hợp sinh đôi), để chứng minh rằng một người không thực sự trùng khớp vì có liên quan đến DNA của chính họ trong một mẫu khác.