Thiên hoàng Minh Trị
Quá trình đích thân chấp chính (1878 - 1912) > Tôn giáo: pháp nạn Phật giáo đầu thời Minh Trị

Bài chi tiết: Thần đạo Quốc gia
Tại Nhật Bản từ khi lập quốc, đạo Phật chỉ bị trấn áp một cách dữ dội dưới triều vua Minh Trị. Sau thắng lợi của quân đội Thiên hoàng trong chiến tranh Boshin, Phật giáo suy yếu, bởi lẽ tôn giáo này là một yếu tố nền tảng của chính quyền Mạc phủ - một chế độ đã thao túng triều đình Thiên hoàng trong nhiều thế kỷ. Chính vì thế mà sau khi lên ngôi Thiên hoàng Minh Trị đã tỏ ra thái độ phản cảm đối với tôn giáo này. Bước sang thời Minh Trị, người ta xem Phật giáo là một "tôn giáo ngoại lai". Trong khi đó, các phái Bình Điền, Thỉ Dã Huyền Đạo, Ngọc Tùng Tháo,... của Thần đạo đã lấy Thần đạo làm quốc đạo Nhật Bản, lý tưởng thần thoại được hồi phục, theo đó nước Nhật được thành lập khi Thiên hoàng Jimmu lên nối ngôi. Những chủ trương của Thần đạo gồm:
Lấy kính thần, ái quốc làm chỉ thú.
Lấy thuận thiên lý, hợp nhân đạo làm phương châm.
Lấy việc tuân phụng Thiên hoàng, trung thành với Tổ quốc làm mục đích.
Những chủ trương này cho thấy Thần đạo mang tư tưởng chủ nghĩa yêu nước, cũng như lòng tôn sùng Thiên hoàng - đặt ông như một trong những vị Thần. Những chủ trương này đã được lòng các lãnh đạo trong triều đình Minh Trị, bản thân Nhật hoàng cũng đưa ra ba nguyên tắc có nội dung không khác vậy, với mong muốn rằng mình sẽ được nhân dân tôn kính và hết mực đề cao. Không những thế, Thần đạo đã được thành lập ở Nhật từ lâu đời, nên Thiên hoàng Minh Trị quyết định lấy Thần đạo làm tôn giáo chính thức của Nhật. Năm sau (1868), niên hiệu Minh Trị thứ nhất, có chiếu chỉ của Nhật hoàng không cho phép Thần-Phật chung sống với nhau như ở thời Thánh Đức Thái tử nữa. Một quan chức có trách nhiệm đối với tôn giáo được đặt ra, các đền Phật giáo và Thần đạo bị tách biệt trên khắp đất nước còn các giáo sĩ Thần đạo thì được mặc quần áo như xưa. Ngoài ra, người dân không được phép dùng những danh từ có liên quan đến đạo Phật khi nhắc đến Thần, không được sử dụng những đồ vật có liên quan đến đạo Phật (chuông, mỏ,...) tại những ngôi đền Thần đạo, hoặc là không được cúng bái những tượng Thần dễ bị hiểu là Phật hay Bồ Tát...
Tuân theo chiếu chỉ của Thiên hoàng, ở nhiều nơi diễn ra phong trào chống phá đạo Phật: chùa chiền bị phá huỷ, tăng ni tín đồ Phật giáo bị sát hại. Do bị tấn công nên các tín đồ Phật giáo bèn chống trả tự vệ, điều này khiến cho bạo loạn diễn ra trên khắp Nhật Bản. Phong trào này đã khiến cho Nhật hoàng Minh Trị không được lòng dân chúng.
Dưới triều vua Minh Trị, trong khi Thần giáo là quốc đạo của đế quốc Nhật Bản, triều đình lấy hệ tư tưởng Nho giáo làm tiêu chí cho nền chính trị, cho công cuộc phát triển kinh tế, khoa học-kỹ thuật theo cơ cấu các quốc gia phương Tây. Đối với Ki-tô giáo, Thiên hoàng chấm dứt việc trấn áp đối với các nhà truyền giáo cũng như tín đồ tôn giáo này. Tháng tư năm 1871, niên hiệu Minh Trị thứ ba, theo lệnh của Thiên hoàng, mọi tăng ni bị ép buộc phải ăn mặn, không được cạo trọc đầu, lại còn phải kết hôn giống như người bình thường. Năm tháng sau, Thiên hoàng lại hạ lệnh không cho sư sãi lấy họ "Thích" như sư sãi ở các nước khác, mà phải dùng họ do cha mẹ đặt. Tuy nhiên, nhận thấy những vụ trấn áp dữ dội đối với Phật giáo không đem lại một điều tốt lành gì đối với Nhật mà làm cho đất nước rối bời cả lên, ông bèn làm nhân dân yên lòng bằng tuyên bố rằng Triều đình không có ý muốn triệt hạ Phật giáo, đó chỉ là ý muốn của giới lãnh đạo các địa phương và các tín đồ Thần đạo. Không cần biết là bản thân Thiên hoàng Minh Trị có ý đồ tiêu diệt Phật giáo trong mệnh lệnh "Thần-Phật phân ly" đã nêu hay không, nhưng thông qua hành động và lời nói của quan thần kỳ và các phái Bản Cư và Bình Điền của Thần đạo,... thì điều chắc chắn là những họ có chủ đích triệt hạ Phật giáo. Tại phiên Tát Ma hay các vùng đất Tín Châu, Tùng Bản,... người ta thực hiện những vụ phá hoại chùa chiền, sư sãi bị ép buộc phải hoàn tục. Người ta còn phá hoại hơn 1320 ngôi chùa và gộp tất cả những ngôi chùa này làm một chùa tại phiên Phú Sơn - nơi phát triển thịnh hành nhất của Chân Ngôn Tông. Không những thế, các phiên Tát Ma, Phú Sơn các vùng Tín Châu, Tùng Bản không phải là những nơi duy nhất mà Phật giáo ở Nhật Bản xảy ra pháp nạn...
Song, những vụ trấn áp nói trên cuối cùng cũng có điểm dừng: sau này các học giả thuộc những tông phái sang các quốc gia phương Tây, để học hỏi chính sách tôn giáo của các chính phủ bên đó. Khi trở về, họ đã phản đối lại những chính sách phân biệt đối xứ với Phật giáo của các lãnh đạo thời Minh Trị. Họ mong muốn được tự do tôn giáo và Phật giáo được bình đẳng. Trước sự phản đối mạnh mẽ của tất cả mọi tông phái đạo Phật, cuối cùng triều đình Thiên hoàng đã chấp nhận quyền tự do tín ngưỡng. Năm 1872, triều đình Thiên hoàng thiết lập Bộ Tôn giáo. Từ năm Minh Trị thứ 8 đến năm Minh Trị thứ 17, các cơ quan có vai trò hạn chế Phật giáo như "Sảnh Giáo Bộ" dần dần bị triều đình giải tán. Triều đình cũng bãi bỏ chức giáo đạo, Thiên đạo và Phật giáo được phép hoạt động bình đẳng như xưa. Đến năm Minh Trị thứ 22 (1889), Thiên hoàng ban hành Hiến pháp Đế quốc Nhật Bản. Trong điều 28 của Hiến pháp này có quy định nhân dân Nhật Bản có quyền tự do tín ngưỡng.