Hành trình thứ hai của tàu HMS Beagle
Chuyến hành trình > Tahiti đến Úc

Họ tiếp tục đi thuyền, ăn tối với món rùa Galapagos và vượt qua đảo san hô Peteen vào ngày 9 tháng 11. Họ đi qua quần đảo Low, Darwin nhận xét rằng chúng có "diện mạo rất buồn tẻ, một bãi biển dài màu trắng rực rỡ được che phủ bởi một thảm thực vật xanh tươi sáng thấp." Cập bến Tahiti vào ngày 15 tháng 10, ông lại cảm thấy vui thú bởi cây cối um tùm và những người bản địa thông minh hiếu khách cho thấy những lợi ích của Kitô giáo, bác bỏ các cáo buộc ông đã đọc về những người truyền giáo chuyên chế đồng hóa nền văn hóa bản địa.[135]
Vào ngày 19 tháng 12, họ đến New Zealand nơi Darwin nghĩ rằng người Māori xăm trổ nơi đây là những kẻ man rợ với tính cách có trật tự thấp hơn nhiều so với người Tahiti, và lưu ý rằng họ và nhà của họ "bẩn thỉu và khó chịu". Ông đã thấy các nhà truyền giáo mang lại sự cải thiện về tính cách cũng như đổi mới phương pháp trồng trọt cho người dân bản địa bằng các mô hình nông trại kiểu Anh. Richard Matthews ở lại đây cùng với anh trai Joseph Matthews, một người truyền giáo tại Kaitaia. Darwin và FitzRoy cùng nhất trí rằng các nhà truyền giáo đã bị xuyên tạc một cách không đúng đắn trong quá khứ, ví dụ như trong một bức tranh được viết bởi nghệ sĩ Augustus Earle mà ông còn để lại trên tàu. Darwin cũng lưu ý có nhiều cư dân người Anh sở hữu tiền sử xấu, bao gồm những người bị kết án bỏ trốn từ New South Wales. Đến ngày 30 tháng 12, ông vui mừng vì cuối cùng cũng được rời khỏi New Zealand.[136]
Cảnh tượng đầu tiên của Úc vào ngày 12 tháng 1 năm 1836 khiến ông nhớ đến Patagonia, nhưng trong nội địa đất nước đã được cải thiện và ông sớm tràn ngập sự ngưỡng mộ thành phố nhộn nhịp Sydney. Trong một hành trình tiến vào nội địa, ông bắt gặp một nhóm thổ dân trông rất "hài hước, thân thiện và họ khác xa những sinh vật đồi bại như thường được miêu tả". Họ biểu diễn màn ném lao cho ông đổi lấy một shilling. Darwin cảm thấy buồn khi nghe rằng dân số bản địa đang tụt giảm nhanh chóng.[137] Tại một trang trại cừu lớn, ông đã tham gia một đội săn bắn và bắt được con thú có túi đầu tiên của mình, một con "potoroo" (chuột túi). Phản ánh về các loài động vật kỳ lạ của đất nước này, ông có suy nghĩ rằng một người không có đức tin "có thể kêu lên 'Chắc hẳn đã phải có hai Đấng Sáng thế khác nhau làm việc, tất nhiên đối tượng của họ vẫn giống nhau và chắc chắn kết cục trong mỗi trường hợp đều đã hoàn tất'," vậy mà một con kiến sư tử trông rất giống với một con ở châu Âu. Tối hôm đó, ông bắt gặp loài thú mỏ vịt thậm chí xa lạ hơn nhiều và nhận thấy rằng mỏ của chúng rất mềm, không giống như các mẫu vật được bảo quản mà ông đã thấy. Những câu chuyện của thổ dân cho hay những con thú đó đẻ trứng được một số ít người châu Âu tin tưởng.[138][139]
Beagle đã ghé thăm Hobart, Tasmania, nơi Darwin bị ấn tượng bởi xã hội văn minh dễ chịu của những người định cư, nhưng lưu ý rằng "Người da đen thổ dân đều bị loại bỏ và giữ (trong thực tế là tù nhân) tại Mũi đất, nơi được bảo vệ cẩn mật. Tôi tin rằng không thể tránh được bước đi tàn khốc này, mặc dù không nghi ngờ gì về hành vi sai trái của người da trắng trước tiên đã dẫn đến Sự cần thiết."[140] Sau đó, họ đi thuyền đến King George Sound ở phía tây nam Úc, một khu định cư ảm đạm sau đó được thay thế bởi Thuộc địa sông Thiên nga. Darwin đã rất ấn tượng bởi "sự bố trí tốt người da đen bản xứ... Mặc dù đúng là những kẻ Man di, ta không thể không thích những người tốt kiêm lời như họ." Ông làm cơm sôi tặng cho một đoàn khiêu vũ "Corrobery" của thổ dân được thực hiện bởi những người đàn ông từ hai bộ lạc với niềm hân hoan lớn từ phụ nữ và trẻ em, một "cảnh man rợ thô lỗ nhất" trong đó mọi người xuất hiện với tinh thần cao độ, "tất cả đều di chuyển trong sự hài hòa gớm ghiếc" và "hoàn toàn thoải mái".​[141] Beagle bị mắc cạn sau một cơn bão, được hạ thủy lại rồi tiếp tục cuộc hành trình.