Trưng cầu ý dân về độc lập Đông Timor 1999
Bối cảnh

Indonesia xâm lược Đông Timor vào tháng 12 năm 1975 ngay sau khi Mặt trận Cách mạng Độc lập Đông Timor tuyên bố độc lập và sáp nhập Đông Timor vào năm 1976 mặc dù không được Liên Hợp Quốc công nhận. Dưới thời Tổng thống Suharto, chính quyền chiếm đóng rất tàn bạo. Cho đến năm 1999, Indonesia phải đối mặt với áp lực, chỉ trích từ Liên Hợp Quốc và cộng đồng quốc tế về việc chiếm đóng Đông Timor. Vụ thảm sát Dili ngày 12 tháng 11 năm 1991 thu hút sự chú ý của quốc tế về tình hình tại Đông Timor. Indonesia chịu thêm nhiều áp lực khi hai lãnh đạo Đông Timor, Giám mục Carlos Ximenes Belo và José Ramos-Horta, được trao Giải Nobel Hòa bình vào năm 1996.
Tháng 3 năm 1998, Bacharuddin Jusuf Habibie kế nhiệm Suharto làm tổng thống và tìm cách giải quyết vấn đề Đông Timor dưới sức ép quốc tế ngày càng tăng. Tháng 6 năm 1998, các nhà ngoại giao từ nhiều quốc gia như Áo và Vương quốc Anh đến thăm Đông Timor và tuyên bố rằng nhân dân Đông Timor phải được quyền quyết định việc Đông Timor ở lại hoặc rời khỏi Indonesia. Tháng 7 năm 1998, Thượng viện Hoa Kỳ thông qua một nghị quyết ủng hộ Liên Hợp Quốc chủ trì, giám sát một cuộc trưng cầu ý dân về việc Đông Timor rời khỏi Indonesia. Ngày 24 tháng 7 năm 1998, Tổng thống Habibie ra lệnh rút quân đội Indonesia khỏi Đông Timor. Từ tháng 7 đến tháng 9 năm 1998, thanh niên Đông Timor tiến hành một chiến dịch vận động để chứng minh với "Liên Hợp Quốc và chính phủ Indonesia rằng họ phản đối quy chế tự trị và ủng hộ một cuộc trưng cầu ý dân do Liên Hợp Quốc giám sát."
Trong thời gian này, chính phủ Indonesia đang trải qua giai đoạn cải cách. Indonesia đã đầu tư nhiều vào Đông Timor và Habibie phải đối mặt với áp lực bảo vệ lợi ích của Indonesia tại Đông Timor, đặc biệt là từ Bộ Quốc phòng, Lực lượng vũ trang Quốc gia và Bộ Ngoại giao. Ngày 27 tháng 1 năm 1999, Habibie tuyên bố rằng Đông Timor sẽ được bỏ phiếu chấp nhận "quy chế tự trị " thuộc Indonesia với hy vọng Đông Timor sẽ được cộng đồng quốc tế chấp nhận là một phần hợp pháp của Indonesia. Nếu quy chế tự trị đặc biệt bị bác bỏ thì Đông Timor sẽ được phép trở thành nước độc lập. Nhiều lãnh đạo quốc tế và Đông Timor, bao gồm cả Xanana Gusmão đang bị cầm tù, yêu cầu một thời kỳ chuyển tiếp từ năm đến mười năm để tránh hỗn loạn trong trường hợp Đông Timor bác bỏ quy chế tự trị đặc biệt.
Trong những tháng trước, Tổng thống Habibie đã đưa ra nhiều tuyên bố rằng lợi ích của việc giữ lại Đông Timor không bù chi phí tiếp tục trợ cấp cho Đông Timor, nên quyết định hợp lý nhất, dân chủ nhất là cho Đông Timor, vốn không nằm trong biên giới ban đầu của Indonesia vào năm 1945, quyền tự do lựa chọn có muốn tiếp tục ở lại Indonesia hay không.
Theo yêu cầu của Habibie, Liên Hợp Quốc tổ chức một cuộc họp giữa chính phủ Indonesia và chính phủ Bồ Đào Nha (là chính quyền thuộc địa cũ ở Đông Timor). Ngày 5 tháng 5 năm 1999, hai bên đạt được "Thỏa thuận giữa Cộng hòa Indonesia và Cộng hòa Bồ Đào Nha về vấn đề Đông Timor". Thỏa thuận quy định sẽ trưng cầu ý dân về việc Đông Timor tiếp tục là một phần của Indonesia như là một đặc khu tự trị hay tách khỏi Indonesia. Cuộc trưng cầu ý dân được Phái bộ Liên Hợp Quốc tại Đông Timor (UNAMET) tổ chức, giám sát và có 450.000 cử tri đăng ký bỏ phiếu, trong đó có 13.000 người ở nước ngoài.
Cuộc tham vấn của Liên Hợp Quốc ban đầu dự kiến diễn ra vào ngày 8 tháng 8 năm 1999 bị hoãn lại cho đến ngày 30 tháng 8 do những hành vi bạo lực của lực lượng dân quân được Indonesia hậu thuẫn gây mất an ninh trật tự.