Nạn diệt chủng Rwanda
Giáo hội Rwanda xin lỗi về tội ác diệt chủng

Mặc dù các yếu tố tôn giáo không nổi bật, báo cáo năm 1999 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền đã quy lỗi cho một số nhà chức trách tôn giáo ở Rwanda, bao gồm cả Công giáo , Anh giáo và các giáo phái Tin lành khác, vì đã không lên án tội ác diệt chủng. Một số chức sắc của Giáo hội Công giáo đã bị Tòa án Hình sự Quốc tế Rwanda xét xử và kết án vì tham gia vào cuộc diệt chủng. Giám mục Misago bị buộc tội tham nhũng và đồng lõa trong cuộc diệt chủng, nhưng ông đã được xóa bỏ mọi cáo buộc vào năm 2000.   Tuy nhiên, cũng có nhiều giáo sĩ của Công giáo và các giáo phái khác đã hy sinh mạng sống của mình để bảo vệ Tutsis khỏi bị tàn sát.
Khoảng 200 linh mục và nữ tu - Tutsi và Hutu - nằm trong số những người bị tàn sát. Nhưng các linh mục và nữ tu khác đã đồng lõa, hoặc thậm chí tham gia vào cuộc bạo động. Hàng ngàn người đã bị giết hại trong các nhà thờ, nơi họ tìm nơi ẩn náu. Ước tính có khoảng 5.000 người đã thiệt mạng tại nhà thờ Công giáo Ntarama vào ngày 15 tháng 8 năm 1994: địa điểm này hiện là một trong sáu đài tưởng niệm lớn ở Rwanda.
Một linh mục, Cha Athanase Seromba, đã ra lệnh san ủi nhà thờ của mình với 2.000 người Tutsi trú ẩn bên trong. Một người khác, Cha Wenceslas Munyeshyaka, đã giúp lập danh sách những người bị giết và hãm hiếp phụ nữ trẻ, theo cáo buộc của tòa án hình sự quốc tế của LHQ đối với Rwanda năm 2005.
Một báo cáo về vụ diệt chủng do Tổ chức Thống nhất châu Phi ủy quyền cho biết các nhà thờ ở Rwanda đã  "hỗ trợ đáng kể" cho chế độ Hutu trong vụ giết người, và rằng các nhà lãnh đạo nhà thờ đã đóng một "vai trò tai tiếng rõ ràng" trong cuộc diệt chủng do không thực hiện một lập trường đạo đức chống lại nó. Sau cuộc diệt chủng, một mạng lưới Công giáo đã giúp các linh mục và nữ tu đã đồng lõa với bạo lực đến được châu Âu và trốn tránh công lý. Linh mục Munyeshyaka được phụ trách một nhà thờ Công giáo ở Gisors, miền bắc nước Pháp, trong khi Seromba đổi tên và trở thành linh mục quản xứ ở Florence. Carla del Ponte, công tố viên trưởng của tòa án quốc tế, sau đó đã cáo buộc Vatican cản trở việc dẫn độ Seromba ra tòa.
Ngày Chủ nhật 20 tháng 11 năm 2016, Giáo hội Công giáo Rwanda đã chính thức xin lỗi về tội ác diệt chủng của họ ngay trên đất nước này vào năm 1994.. Lời xin lỗi có một số đoạn như sau:
"Chúng tôi xin lỗi vì tất cả những sai lầm các nhà thờ đã mắc phải. Chúng tôi xin lỗi thay mặt cho tất cả các Kitô hữu vì tất cả các hình thức của những sai lầm. Chúng tôi rất tiếc rằng các thành viên nhà thờ đã vi phạm lời tuyên hứa của họ trung thành với điều răn của Thiên Chúa" - Tuyên bố của Hội nghị các Giám mục Kito giáo Rwanda, được đọc tại các giáo xứ trên cả nước... Hãy tha thứ cho chúng tôi, tha thứ cho sự hận thù đã dẫn đến nội chiến, dẫn đến mâu thuẫn giữa những người cùng đất nước chỉ vì sắc tộc của họ. Chúng ta đã không trở thành một gia đình, mà thay vào đó là giết chóc nhau".
Tuyên bố của các giám mục được xem như là một động thái tích cực trong nỗ lực hòa giải giữa các sác tộc Hutu và Tutsi Rwanda. Đức Giám mục Phillipe Rukamba, phát ngôn viên của Giáo hội Kito tại Rwanda cho biết tuyên bố được đưa ra vào thời gian trùng với ngày Chủ nhật kết thúc "Năm Thánh Của Lòng Thương Xót" theo tuyên bố của Giáo hoàng Francis nhằm khuyến khích tăng cường hòa giải và sự tha thứ trong nhà thờ và trên thế giới.
Trong chuyến thăm chính thức đầu tiên của Tổng thống Rwanda Paul Kagame ngày 20 tháng 3 năm 2017 tại Vatican, Giáo hoàng Phanxicô đã xin Chúa tha thứ cho các tội và các thiếu sót của Giáo hội và các thành viên với Giáo hội. Vatican thừa nhận rằng một số linh mục và nữ tu Công giáo đã “không chịu nổi hận thù và bạo lực” khi tham gia vào cuộc diệt chủng.
Tom Ndahiro, một nhà nghiên cứu tội ác diệt chủng ở Rwanda, cho biết ông hy vọng tuyên bố của giáo hội sẽ khuyến khích sự đoàn kết của Rwanda: "Tôi rất vui khi biết rằng trong tuyên bố của mình, các giám mục xin lỗi vì đã không thể ngăn chặn chặn được nạn diệt chủng này".