Thuận Trị
Đa Nhĩ Cổn nhiếp chính (1643–1650) > Hoàn tất chinh phạt Trung Nguyên

Bài chi tiết: Chiến tranh Minh-Thanh
Xem thêm: Nam Minh
Dưới sự lãnh đạo của Đa Nhĩ Cổn — người được các sử gia gọi là "người hoạch định cuộc chinh phạt" và "kiến trúc sư trưởng của nền thống trị Mãn Châu" — nhà Thanh đã chinh phục được hầu hết lãnh thổ Trung Quốc và đẩy lùi chính quyền "Nam Minh" lưu vong xuống sâu hơn về phía tây nam. Sau khi đàn áp các cuộc khởi nghĩa phản Thanh ở Hà Bắc và Sơn Đông vào hè-thu năm 1644, Đa Nhĩ Cổn cử quân đến thảo phạt Lý Tự Thành ở thành trì quan trọng Tây An (nay thuộc tỉnh Thiểm Tây), nơi Lý tái lập căn cứ sau khi rút khỏi Bắc Kinh đầu tháng 6 năm 1644. Dưới áp lực của quân Thanh, Lý buộc phải rút khỏi Tây An vào tháng 2 năm 1645, sau đó Lý Tự Thành qua đời – có thể ông ta tự sát hoặc bị dân địa phương tưởng nhầm là đạo tặc nên giết chết - vào tháng 9 năm 1645 sau khi trốn chạy lần lượt qua rất nhiều tỉnh.
Sau khi chiếm được Tây An, vào đầu tháng 4 năm 1645 quân Thanh mở chiến dịch thu phục vùng đồng bằng trù phú Giang Nam (phía nam sông Dương Tử); tại đây vào tháng 6 năm 1644, các cựu thần của nhà Minh đã tôn lập một hoàng thân là Phúc vương Chu Do Tung làm hoàng đế, sử gọi là nhà Nam Minh. Sự tranh chấp giữa các phe phái và nạn đào ngũ trong nội bộ khiến cho việc tăng cường năng lực đề kháng của chính quyền Nam Minh bị cản trở.
Quân Thanh tiến về phía nam, đoạt lấy Từ Châu phía bắc sông Hoài vào tháng 5 năm 1645 và nhanh chóng tập trung về Dương Châu, thành thị trọng yếu nhất của Nam Minh ở phía bắc phòng tuyến. Thành Dương Châu do Sử Khả Pháp trấn thủ quyết không đầu hàng, dũng cảm kháng cự và thất thủ sau đó một tuần (ngày 20 tháng 5) trước sức công phá của đại pháo quân Thanh. Đa Đạc (em ruột của Đa Nhĩ Cổn) hạ lệnh đồ sát toàn bộ dân chúng trong thành Dương Châu.
Đúng như dự định, cuộc thảm sát này đã buộc các thành trì khác ở Giang Nam phải đầu hàng Đại Thanh. Lễ bộ Thượng thư Nam Minh là Tiền Khiêm Ích mở thành Nam Kinh đầu hàng không kháng cự vào ngày 16 tháng 6 sau khi Đa Đạc tuyên thệ sẽ không tàn sát bách tính. Quân Thanh bắt sống được Hoằng Quang Đế Chu Do Tung (bị xử tử tại Bắc Kinh vào năm sau) và thu phục các thành phố lớn ở Giang Nam, bao gồm Tô Châu và Hàng Châu; trước đầu tháng 7 năm 1645, biên giới giữa nhà Thanh và Nam Minh bị đẩy xuống phía nam sông Tiền Đường.
Ngày 21 tháng 7 năm 1645, sau khi chinh phạt hầu hết đất Giang Nam, Đa Nhĩ Cổn ban lệnh cho tất cả đàn ông Trung Quốc phải cạo nửa đầu và thắt phần tóc còn lại thành đuôi sam theo như phong tục của người Mãn Châu. Hình phạt dành cho những kẻ không tuân theo là cái chết. Chính sách này này giúp người Mãn Châu kết bạn với kẻ thù. Tuy nhiên đối với các quan chức và học giả người Hán, kiểu tóc mới này đáng xấu hổ và luồn cúi (vì nó vi phạm một nguyên tắc của Nho giáo là giữ gìn thân thể), trong khi với những người dân thường thì việc cắt tóc cũng giống như là đánh mất sự nam tính của họ. Bởi vì phong tục để tóc của người Trung Quốc có thể khiến các lực lượng kháng Thanh dễ dàng tập hợp lực lượng, ngăn cản cuộc chinh phạt của nhà Thanh. Nhiều người dân ở Gia Định và Tùng Giang bị thảm sát bởi tướng cũ của Minh là Lý Thành Đông (mất 1649), tương ứng vào các ngày 24 tháng 8 và 22 tháng 9. Thành Giang Âm cũng kiên thủ chống lại 10.000 quân Thanh trong 83 ngày. Khi tường thành bị công phá vào ngày 9 tháng 10 năm 1645, quân Thanh dưới quyền của phản tướng Minh là Lưu Lương Tá (mất 1667) đã đồ sát gần như toàn bộ dân số, khoảng 74.000 đến 100.000 người bị giết trong lần này. Những cuộc thảm sát này đã đàn áp phong trào kháng Thanh ở hạ lưu sông Dương Tử. Một vài người nhân vật còn trung thành với nhà Minh chọn cách trở thành ẩn sĩ, với ý nghĩ rằng khi những hành động quân sự không thành công, thì việc buông bỏ sự đời ít nhất sẽ tiếp tục thể hiện sự chống đối của họ đối với thế lực ngoại tộc.
Sau khi Nam Kinh thất thủ, hai thành viên trong hoàng tộc nhà Minh lại nổi dậy lập ra hai chính quyền mới: thế lực ở vùng Phúc Kiến là Long Vũ Đế Chu Duật Kiện, tức Đường vương, hậu duệ đời thứ chín của hoàng đế khai quốc nhà Minh Chu Nguyên Chương và chính quyền còn lại đóng tại Chiết Giang, đứng đầu là "Giám quốc Nhiếp chính" Lỗ vương Chu Dĩ Hải. Nhưng cả hai chính quyền này không chịu hợp tác với nhau, khiến cho cơ hội thành công của họ thậm chí còn thấp hơn so với Phúc vương trước kia. Tháng 7 năm 1646, chiến dịch Nam chinh do Bác Lạc cầm đầu đã khiến chính quyền Lỗ vương lâm vào tình thế nguy ngập và đánh thẳng vào căn cứ của Đường vương ở Phúc Kiến. Chu Duật Kiện bị bắt và hành quyết ở Đinh Châu (phía tây Phúc Kiến) vào ngày 6 tháng 10. Dưỡng tử của ông là Trịnh Thành Công chạy thoát ra đảo Đài Loan. Cuối cùng vào tháng 11, các trung tâm kháng chiến của nhà Minh ở Giang Tây đều rơi vào tay nhà Thanh.
Đến cuối năm 1646, hai vị hoàng đế khác của họ Chu được lập lên ở Quảng Châu, lấy niên hiệu là Thiệu Vũ (紹武) và Vĩnh Lịch. Vì không có đủ tiền mua quân trang, chính quyền Thiệu Vũ phải thuê quần áo từ các gánh hát địa phương. Hai chính quyền này lại đánh nhau đến ngày 20 tháng 1 năm 1647, khi một đội quân nhỏ của nhà Thanh do Lý Thành Đống (李成栋) dẫn đầu chiếm Quảng châu, giết Thiệu Vũ Đế, và buộc triều đình Vĩnh Lịch chạy trốn đến Nam Ninh, Quảng Tây. Tuy nhiên, vào tháng 5 năm 1648, Lý Thành Đống phản lại nhà Thanh, và một cuộc nổi dậy xảy ra đồng thời của một vị tướng khác ở Giang Tây đã giúp triều đình Vĩnh Lịch chiếm lại hầu hết miền nam Trung Quốc. Nhưng sự trỗi dậy này không kéo dài được lâu. Quân Thanh lại tiến xuống khu vực trung tâm Hồ Quảng (nay là Hà Bắc và Hà Nam), Giang Tây và Quảng Đông trong các năm 1649 và 1650. Hoàng đế Vĩnh Lịch lại phải bôn đào một lần nữa. Cuối cùng vào ngày 24 tháng 11 năm 1650, quân Thanh do Thượng Khả Hỷ chỉ huy tiến chiếm Quảng Châu và đồ sát 70.000 người dân trong thành.
Trong khi đó, vào tháng 10 năm 1646, quân Thanh do Hào Cách (con trưởng của Hoàng Thái Cực, thất bại trong cuộc tranh chấp quyền kế vị ngai vàng năm 1643) tiến vào Tứ Xuyên, để tiêu diệt thế lực của quân khởi nghĩa nông dân Trương Hiến Trung. Trương Hiến Trung bị giết trong trận chiến với quân Thanh ở gần Tây Sung trung tâm Tứ Xuyên vào ngày 1 tháng 2 năm 1647. Cũng vào cuối năm 1646 ở phía bắc, lực lượng phản quân của thủ lĩnh Hồi giáo mà sử sách Trung Quốc gọi là Mễ Lạt Ấn nổi lên chống lại nhà Thanh tại Cam Túc. Ông ta nhanh chóng hội quân với một người khác là Đinh Quốc Đống (丁國棟). Họ tuyên bố tôn chỉ khôi phục nhà Minh, và tiến chiếm nhiều nơi ở Cam Túc, bao gồm cả thủ phủ Lan Châu. Những cuộc nổi dậy này còn có sự tham gia của các những người Hán không theo Hồi giáo, cho thấy họ không phải đứng lên vì mục đích tôn giáo. Cả Mễ Lạt Ấn và Đinh Quốc Đống đều bị tướng Thanh Mạnh Kiều Phương (孟喬芳; 1595–1654) bắt và giết năm 1648, cho đến năm 1650, các cuộc nổi dậy của người Hồi giáo đều bị dập tắt hoàn toàn.