Thích Trí Quang
Biến động Miền Trung

Bài chi tiết: Biến động Miền Trung
Khánh mất hoàn toàn quyền lực sau cuộc Đảo chính vào tháng 2 năm 1965, và một chính phủ dân sự bù nhìn được lập nên do các tướng lĩnh quân đội là Thống chế Không quân Nguyễn Cao Kỳ giữ chức Thủ tướng, và Nguyễn Văn Thiệu là Quốc trưởng vào giữa năm 1965. Trong thời gian này, tình hình Nam Việt Nam tạm ổn định, các tướng lĩnh chỉ huy bốn quân đoàn Việt Nam Cộng hoà giám sát các vùng địa lý riêng biệt, và được trao quyền hạn trên phạm vi rộng. Tại miền Trung Việt Nam, Nguyễn Chánh Thi là người ủng hộ Phật giáo được giao giám sát Quân đoàn I, điều này rất hợp ý Thích Trí Quang. Bất chấp Kỳ và Thiệu ổn định được tình hình, nhưng căng thẳng tôn giáo vẫn diễn ra. Một tháng sau, Thích Trí Quang bắt đầu kêu gọi phế truất Thiệu vì Thiệu là đảng viên Đảng Cần lao Nhân vị do Diệm thành lập, chê bai "khuynh hướng phát xít" của Thiệu và cho rằng đảng viên Đảng Cần Lao đang cản trở Kỳ. Với Thích Trí Quang, Thiệu là biểu tượng cho thời kỳ Công giáo thống trị đất nước, khi sự thăng tiến quan chức dựa trên tôn giáo. Ông mong muốn Tướng Thi, người ủng hộ Phật giáo sẽ lãnh đạo đất nước, và tố cáo Thiệu vì những tội ác của ông ta trong quá khứ với Phật tử. Thích Trí Quang nói "Thi trên danh nghĩa là một Phật tử, song lại không thực sự quan tâm đến tôn giáo".
Bất đồng giữa Thi và Kỳ vẫn tiếp diễn, cả hai đều coi ông là một mối đe doạ. Tháng 3 năm 1966, Kỳ cách chức Thi. Tuy Thi có quan hệ tốt với các Phật tử trong khu vực mình nắm quyền, nhưng có tin Kỳ đã nhờ cậy đến Thích Trí Quang ủng hộ việc truất quyền của Thi. Nếu Kỳ nghĩ rằng Thích Trí Quang sẽ không tổ chức các cuộc biểu tình phản đối việc Tướng Thi bị bãi nhiệm, thì ông ta đã nhầm, vì nhà sư này đã từng gây nên các cuộc khủng hoảng để các lời kêu gọi của Phật giáo về dân quyền được đáp ứng. Có những tuyên bố rằng Thích Trí Quang luôn có ý định thách thức Kỳ, bất chấp việc Thi có bị gạt sang một bên hay không. Các cuộc biểu tình, đình công và bạo loạn trên diện rộng đã nổ ra trên khắp miền Trung Việt Nam, do các nhà hoạt động Phật giáo lãnh đạo, và một số đơn vị quân đội tham gia gây rối và chống đối chính sách của Kỳ.
Ban đầu, Kỳ cố gắng xoa dịu sự bất mãn bằng cách gặp gỡ các nhà lãnh đạo Phật giáo và hứa hẹn các cuộc bầu cử và cải cách xã hội; tuy nhiên ông cũng thông báo sẽ đàn áp các cuộc biểu tình đường phố. Đại sứ Hoa Kỳ Henry Cabot Lodge Jr. đã gặp Thích Trí Quang để cảnh báo ông về những hành động gây hấn. Dù Thích Trí Quang cáo buộc Kỳ "sùng bái nhân cách", nhưng hầu hết các biểu ngữ Phật giáo đều tập trung chỉ trích chống lại Quốc trưởng Thiệu là người theo Công giáo. Kỳ sau đó hứa sẽ đề ra hiến pháp mới vào tháng 11 và có thể sẽ tổ chức một cuộc bầu cử toàn quốc vào cuối năm, nhanh hơn so với dự định 1 năm. Nhưng những người ủng hộ Thích Trí Quang tỏ ra không muốn chờ đợi những điều Kỳ hứa hẹn thành hiện thực, đã kêu gọi Quốc hội Lập hiến soạn thảo một bản hiến pháp mới được chọn từ các hội đồng tỉnh và thành phố, là những nơi Phật tử thực hiện tốt trong các cuộc bầu cử, nhưng bị Kỳ từ chối. Kỳ đưa lực lượng thủy quân lục chiến và lính nhảy dù trung thành từ Sài Gòn đến Đà Nẵng để tìm cách truy sát những tên bất đồng chính kiến, nhưng điều này không mang lại hiệu quả như mong đợi, nên ông phải quay lại Sài Gòn để tìm cách thương lượng với các nhà lãnh đạo Phật giáo. Các Phật tử yêu cầu ân xá cho những kẻ bạo loạn và lính du kích, yêu cầu Kỳ rút lực lượng thủy quân lục chiến từ Đà Nẵng về lại Sài Gòn, tại đây họ tạo dựng một bộ phận của khu dự bị chiến lược. Nhưng Thích Trí Quang vẫn giữ quan điểm cứng rắn đối với hiến pháp và các cuộc biểu tình vẫn tiếp diễn.
Vào tháng 5 năm 1966, Thích Trí Quang bắt đầu tuyệt thực, tố cáo sự ủng hộ của Hoa Kỳ đối với chính quyền Kỳ—Thiệu mà ông cho rằng nước này đang can thiệp quá sâu vào công việc nội bộ chính phủ. Sau khi lực lượng chính phủ tiến vào Huế, Thích Trí Quang là người đề nghị đồng bào đưa bàn thờ Phật xuống đường để ngăn chặn lối đi của quân chính phủ. Hàng ngàn người làm theo mà không bị cảnh sát địa phương hay QLVNCH ngăn chặn. Trong hai ngày, các bàn thờ trên khắp đường phố đã ngưng mọi hoạt động giao thông đường bộ và ngăn các đoàn xe đi về phía bắc thành phố để đóng quân. Thích Trí Quang sau đó bằng lòng cho phép phương tiện lưu thông vài tiếng một ngày. Sau đó ông viết thư tố cáo "chủ nghĩa đế quốc" của Hoa Kỳ và tiếp tục tuyệt thực cho đến khi ngài Đệ nhất Tăng Thống GHPGVNTN Thích Tịnh Khiết yêu cầu ông dừng hành động này vào tháng 9. Kỳ phớt lờ các cuộc biểu tình của Phật tử và cử 400 cảnh sát chiến đấu cũng như lính nhảy dù và thủy quân lục chiến đến bảo vệ Huế, Đà Nẵng, Quảng Trị và Quy Nhơn. Họ bắt giữ những nhà bất đồng chính kiến và dỡ bỏ các bàn thờ trên đường.
Ngày 22 tháng 6 năm 1966, Thích Trí Quang bị bắt và bị đưa đến bệnh viện quân y địa phương. Sau đó ông bị đưa đến Sài Gòn và bị quản thúc vĩnh viễn, và chỉ có các nhà lãnh đạo Phật giáo cấp cao mới được phép gặp ông. Ảnh hưởng chính trị của Thích Trí Quang đã phần nào giảm bớt, dù ông vẫn đưa ra một số tuyên bố sau khi bị bắt giữ. Tháng 9 năm 1966, ông tuyên bố rằng Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất sẽ tẩy chay bất kỳ cuộc bầu cử nào được tổ chức dưới thời Kỳ—Thiệu vì các ứng cử viên vận động cho hiệp định hoà bình đều bị cấm. Khi quân Cộng sản sắp tràn vào Nam Việt Nam vào tháng 4 năm 1975, Thích Trí Quang đã vận động ủng hộ Tướng Dương Văn Minh lên nắm quyền. Khi Sài Gòn thất thủ, Thích Trí Quang bị quản thúc tại gia nhưng sau đó được thả. Ông vẫn tiếp tục duy trì ảnh hưởng chính trị thấp tại chùa Ấn Quang, trước là tâm điểm của các nhà hoạt động Phật giáo chính trị những năm 1960. Ông dành thời gian chủ yếu viết sách, dịch và bình luận về kinh cũng như Luật tạng. Năm 2013, ông lưu lại chùa Từ Đàm, tiếp tục việc dịch thuật kinh điển và chuyên tâm hành trì cho tới ngày viên tịch.