Xung đột biên giới Nga – Thanh
Những năm 1660 và 1670

Vào những năm 1660, nền kinh tế ở Siberia chuyển dịch sang nông nghiệp, đi cùng với một kiểu quản lý hành chính ít tàn bạo hơn. Nhiều người Mông Cổ và Buryat chạy trốn khỏi các nhóm thu yasak trước đó đã quay trở lại các vùng Nga kiểm soát. Sự di cư vào khu vực này cũng gia tăng cùng với nhiều người từ Litva, Ba Lan và các khu vực khác. Một những người lưu vong này là Nikifor Chernigovsky, vào năm 1665, cùng với một số người định cư ở Ilimsk nổi dậy, giết voivode địa phương, chạy trốn về phía nam đến vùng Amur, định cư và xây một pháo đài ở Albazin vào năm 1665 tại vị trí Yerofey Khabarov từng xây vào đầu những năm 1650. Dù là một người tị nạn, họ bắt đầu thu yasak từ người dân địa phương và gửi một phần cho chính quyền ở Nerchinsk. Năm 1672, chính quyền Nga ở Nerchinsk chính thức tuyên bố chủ quyền với Albazin. Chernigovsky bị bắt và đưa trở lại Moskva, nơi ông được ân xá và đưa trở lại Amur. Không giống như các khu vực khác của vùng Viễn Đông, đất đai ở Albazin rất màu mỡ và nơi đây nhanh chóng phát triển thành một khu định cư lớn với nhiều làng mạc đồng ruộng mọc lên. Trong những năm tiếp theo, ngày càng nhiều ostrog được xây dựng ở khu vực với mục đích thu cống nạp từ những người bản địa.
Đồng thời, sau các cuộc đụng độ vào những năm 1650, dù không cố gắng thiết lập quyền kiểm soát chính thức ở vùng Amur, Nga cũng cạnh tranh với người Mãn về lòng trung thành của các nhóm người bản địa. Một điển hình là người đứng đầu tộc Khamnigan, Gantimur. Ông từng giúp đỡ cho các chiến dịch bình định phía nam của nhà Thanh. Năm 1651, vì một lý do không rõ, Gantimur nộp yasak cho người Nga, nhưng sau đó đổi sang phe nhà Thanh vào năm 1654. Năm 1667, ông từ chối yêu cầu của nhà Thanh tham gia tấn công người Nga và lại đổi phe, trực tiếp đến gặp người đứng đầu Nerchinsk và yêu cầu được bảo vệ. Theo Bình định La sát phương lược (平定羅刹方略, tác giả khuyết danh), ba đơn vị quân cũng theo Gantimur đầu quân sang Nga. Người Mãn cảm thấy báo động trước hành động này, vì có thể khuyến khích các thủ lĩnh bộ lạc khác làm tương tự. Nhà Thanh cố gắng lôi kéo bằng những quà tặng, và khi điều đó không hiệu quả, họ yêu cầu người Nga dẫn độ Gantimur, điều này cũng không có kết quả. Ngay sau khi đào ngũ, cháu trai của Gantimur, cũng theo Gantimur đến Nga, giết chết lính Thanh ở khu vực Đại Hưng An và trốn đến Nerchinsk. Dù có lợi thế quân sự ở vùng Amur, nhà Thanh không thể lập tức tiến hành một cuộc viễn chinh quân sự chống lại người Nga vào thời điểm đó do thiếu nguồn cung cấp ở vùng Amur, hệ quả của chính sách di dân các bộ tộc về phía nam. Một ví dụ khác là Lopsodeiko, một thủ lĩnh bộ lạc ở sông Nộn, vào mùa xuân năm 1675, đến Albazin và yêu cầu được gặp Nikifor Chernigovsky, phàn nàn rằng người Trung Quốc đánh thuế nặng, áp bức họ và yêu cầu được đặt dưới quyền thống trị của Nga, hứa sẽ cống nạp yasak. Chernigovsky chấp nhận và tập hợp một nhóm 300 người Cossack và guliashchie liudi (người hầu), đi 6 ngày về phía nam đến sông Nộn để tái định cư người Daur và đưa họ đến vùng Albazin.
Nhận thấy sự hiện diện ngày càng tăng của người Nga dọc theo sông Amur, người Mãn tìm cách củng cố các biên giới phía bắc. Hai hoặc ba lần trong những năm 1670, nhà Thanh dịch chuyển Liễu điều biên (柳條邊), bao gồm nhiều lãnh thổ hơn, chủ yếu từ người Mông Cổ. Người Mãn cũng chuyển căn cứ phía bắc từ Ningguta đến Cát Lâm vào năm 1676 và bắt đầu xây dựng một hạm đội để tuần tra các con sông phía bắc. Bên cạnh việc cưỡng bức di cư người dân bản địa thực hiện từ những năm 50-60, các quan chức của nhà Thanh còn tích cực tìm cách hạn chế bất kỳ sự tiếp xúc nào giữa người dân mới di cư và người Nga. Năm 1676, một quan chức nhà Thanh, Mongotu (Mangutei) ra lệnh tái định cư những người ở Đại Hưng An, sống trên sông Liêu Hà về phía tây sông Nộn, sau khi biết con đường trở về phái đoàn Spathari đi qua vùng sông Liêu Hà. Hành động của Mongotu xuất phát từ lo ngại về khả năng người bản địa quy thuận người Nga. Tuy nhiên trong giai đoạn này, Loạn Tam phiên ở phía nam nổ ra, đe dọa tới sự cai trị của nhà Thanh.