Biểu tình của sinh viên Nhật Bản 1968–1969
Zenkyōtō và sự lan rộng của phong trào

Vào tháng 7 năm 1968, Zenkyōtō Đại học Tokyo được thành lập để điều phối các cuộc biểu tình tại các trường đại học khác nhau trên toàn quốc. Một sinh viên sau đại học không thuộc phái nào, Yamamoto Yoshitaka được bầu làm thủ lĩnh của Zenkyōtō. Mặc dù Zenkyōtō đã tồn tại trước đó, Đại học Tokyo đã phổ biến mô hình này và việc diễn giải Zenkyōtō ở nơi đây được coi là cách diễn giải chủ đạo cho ý tưởng Zenkyōtō kể từ thời điểm đó. Zenkyōtō đưa hành động của các nhà hoạt động không phe phái (những người không theo bất kỳ con đường nào đã định, không liên kết với cả Zengakuren và JCP) ra ánh sáng. Điều này trái ngược với tình hình trước đó, khi mà các nhà hoạt động chia thành 39 nhóm khác nhau có liên kết với Zengakuren, chống lại JCP và có 1 nhóm ủng hộ JCP. Zenkyōtō cũng giúp mở rộng phạm vi của những người biểu tình. Trong khi chỉ có sinh viên chưa tốt nghiệp tham gia biểu tình Anpo vào năm 1960 thì Zenkyōtō bao gồm các sinh viên sau đại học và một số nhân viên nhà trường. Zenkyōtō tại Đại học Nihon đã giúp đẩy lùi ảnh hưởng của những tư tưởng bảo thủ đối với phong trào sinh viên.
Vào tháng 7, Zenkyōtō tại Đại học Tokyo đã yêu cầu tất cả các nhân viên y tế cấp cao trong trường phải từ chức. Điều này khiến giám đốc Bệnh viện Đại học Tokyo và Chủ nhiệm Khoa Y từ chức vào ngày 10 tháng 8. Cùng tháng đó, các cuộc đàm phán bị phá vỡ, bạo lực trong khuôn viên trường tái diễn, và Zenkyōtō dần mất kiểm soát vào tay các tổ chức khác nhau. Vào tháng 11, các thành viên của Kakumaru-ha, một tổ chức ly khai của Kakukyōdō, đã bắt 9 giáo sư làm con tin, trong đó có Trưởng khoa Văn học Hayashi Kentarō. Bàn luận về các cuộc biểu tình, Hayashi kể nhiều giáo sư như ông đã bị thẩm vấn tàn nhẫn trong nhiều ngày và bị lạm dụng bằng lời nói bởi các sinh viên. Shaseidō Kaihō-ha, một tổ chức Zengakuren khác, và Minsei Dōmei, một nhóm Zengakuren liên kết với JCP, cũng tham gia. Sự chia rẽ bè phái đã dẫn đến những cuộc ẩu đả trong đó các sinh viên trung lập không theo phái nào can thiệp. Xung đột nội bộ ba bên chủ yếu diễn ra trong khu Komaba của Đại học Tokyo. Vào tháng 12, xảy ra một cuộc xung đột giữa Shaseidō Kaihō-ha và Kakumaru-ha tại Đại học Waseda do cáo buộc ăn cắp giấy tờ. Cuộc xung đột này lan sang Đại học Tokyo, nơi các phe phái chiếm các tòa nhà khác nhau thuộc Khoa Văn học của trường và xây dựng rào chắn. Cuộc tranh chấp này kéo dài 3 tuần, dẫn đến việc Kakumaru-ha phải rút lui khỏi Zenkyōtō. Kể từ đó, các phe Zengakuren khác nhau kiểm soát các tòa nhà khác nhau.
Trong khi đó, các cuộc biểu tình đã lan rộng ra nhiều trường đại học ở Nhật Bản. Sinh viên tại các trường đại học khác nhau biểu tình phản đối những điều khác nhau. Tại Đại học Kwansei Gakuin và Đại học Tohoku, sinh viên phản đối việc tăng học phí. Tại Đại học Kanagawa và Đại học Beppu, sinh viên đã kêu gọi dân chủ hóa. Tại Đại học Doshisha và Đại học Waseda, sinh viên muốn tham gia vào quá trình bầu chọn hiệu trưởng, trong khi ở Đại học Nagasaki và Đại học Hanazono, sinh viên muốn giành quyền kiểm soát các tòa nhà của hiệp hội sinh viên. Đại học Sophia đã đóng cửa hoàn toàn khuôn viên trường trong sáu tháng, trong khi ở Đại học Kyushu, một máy bay phản lực của Mỹ đã lao vào trung tâm máy tính, làm dấy lên các cuộc biểu tình chống Mỹ nhằm đóng cửa Căn cứ Không quân Brady. Vào cuối năm 1968, sinh viên đã nắm quyền kiểm soát 67 trường học, với hàng trăm nơi có tình trạng bất ổn đáng kể. Trên đường phố, học sinh cũng bắt đầu có hành động biểu tình. Hàng nghìn sinh viên đã bước vào Ga Shinjuku vào ngày 21 tháng 10 (Ngày Quốc tế Chống Chiến tranh) và tổ chức bạo động, dẫn đến việc cảnh sát sử dụng Đạo luật hình sự về hội họp bạo loạn. Quy mô của cuộc bạo động đã tạo ra phản ứng dữ dội của công chúng, làm tăng sự ủng hộ đối với cảnh sát, khiến họ sử dụng nhiều vũ lực hơn khi tấn công các khu trường bị chiếm đóng. Ví dụ, việc chiếm đóng Đại học Sophia đã kết thúc vào tháng 12 năm 1968 sau một cuộc bao vây của cảnh sát.
Bạo lực leo thang vào mùa thu năm 1968. Cho đến thời điểm này, cảnh sát vẫn coi sinh viên là một phần của phong trào chống LDP rộng rãi bao gồm các đảng đối lập và liên đoàn lao động. Tuy nhiên, với việc bạo lực ngày càng gia tăng, dẫn đến sự ủng hộ của công chúng đối với phong trào đi xuống, cảnh sát phải chú ý đặc biệt tới những sinh viên cực đoan. Các sinh viên đánh nhau bằng những cây gậy làm bằng gỗ hoặc tre được gọi là gebaruto-bō trong tiếng Nhật (viết tắt là geba-bō) và Gewalt Staves trong tiếng Anh. Từ Gewalt có nghĩa là "bạo lực" hoặc "vũ lực" trong tiếng Đức; và đối với phong trào bểu tình, đây là một phương tiện hợp lý để đạt được mục tiêu chính trị.