Thiên hoàng Go-Shirakawa
Thoái vị

Sau khi thoái vị, Go-Shirakawa lên làm Thượng hoàng và tiếp tục chính sách Viện chính của các Thượng hoàng tiền nhiệm. Do có công bảo vệ Thiên hoàng trong cuộc loạn Hōgen (1156), Taira no Kiyomori được Thượng hoàng ban thưởng và có ân sủng đặc biệt. Với chính sách thúc đẩy mậu dịch Nhật - Tống được kế thừa từ cha mình là Taira no Tadamori, Taira Kiyomori được Thượng hoàng cho phép xây một bến đỗ cho tàu thuyền mang tên Owada no tomari (Đại Luân Điền bạc) ở Settsu (nay là thành phố Kobe), lại tìm cách bảo vệ an ninh trên biển nội địa Seto giúp thương nhân Tống có thể di chuyển vào tận vùng Kinai chung quanh kinh đô, làm cho việc trao đổi hàng hóa được dễ dàng.
Nhưng dòng họ Taira lại có tham vọng muốn chiếm lấy quyền lực của Hoàng gia nên giữa họ và Thượng hoàng có rạn nứt sâu sắc. Năm 1159 (niên hiệu Heiji nguyên niên của Thiên hoàng Nijō), lợi dụng lúc Taira no Kiyomori đi vắng (ông ta đến vùng Kumano), phe nổi loạn do Minamoto no Yoshitomo và Fujiwara Nobuyori tấn công cung đình, bắt giam Thiên hoàng và Thượng hoàng, tự phong chức tước. Nhưng ngay sau đó Taira Kiyomori biết tin, ông bí mật trở về cứu hai vua rồi tấn công nói cùng của phe nổi loạn vào đầu năm 1160. Yoshitomo thua trận và bị một bộ hạ cũ ám sát trên đường bôn đào ở Iwari, con trai ông là Yoritomo bị lưu đày ở Izu. Trận binh biến này được gọi là Heiji no ran (Loạn năm Bình Trị, 1159 - 1160)
Năm 1169, Go-Shirakawa xuất gia và trở thành Pháp hoàng, lấy pháp danh là Gyōshin.
Sự thao túng quyền lực của dòng họ Taira làm các quý tộc thuộc phe ủng họ Pháp hoàng và nhất là Pháp hoàng Go-Shirakawa bất mãn. Năm 1177 (Jishō nguyên niên), Pháp hoàng Go-Shirakawa lệnh cho các cận thần Taira no Tadamori, tăng Shunkan họp nhau ở Shishigatani (Sư tử cốc) vùng ngoại ô Kyôto mưu toan đánh đổ họ Taira để giành lại quyền lực cho Pháp hoàng. Sử chép đó là Shishitani no inbō (Âm mưu ở Shishinotani). Chuyện bại lộ, năm 1179, Kiyomori bèn thẳng tay đàn áp. Ông giam lỏng Pháp hoàng và xử phạt tạt cả các quan lại đã nhúng vào việc đó, cả các quý tộc từ chức kampaku (Nhiếp chính) trở xuống.
Sau loạn Heiji, dòng họ Taira trở thành thế lực chính trị và quân sự mạnh nhất Nhật Bản. Năm 1177, ông ta buộc Pháp hoàng phải phong chức Thái chính đại thần, đứng đầu trăm quan và có quyền hành rất lớn. Con gái của ông ta được gả cho Thiên hoàng Takakura và bà này hạ sinh một hoàng tử là Tokihito, sau này là Thiên hoàng Antoku.
Không cam tâm thất bại, Pháp hoàng Go-Shirakawa lại lên một kế hoạch để giành lại quyền lực cho mình. Ông tuyên bố dòng họ Taira như là kẻ thù của triều đình và yêu cầu họ Minamoto phải gây chiến với Taira. Năm 1180, Mochihito và Minamoto no Yorimasa bắt đầu cuộc nổi dậy đầu tiên, nhưng bị thất bại. Tuy nhiên, hai ông cũng lôi kéo phần lớn các võ sĩ bất mãn với họ Taira theo mình. Năm 1181, Kiyomori chết và sự suy giảm của Taira đã bắt đầu. Lợi dụng thời cơ, quân đội của dòng họ Minamoto đã tấn công Taira. Sau cuộc đấu tranh nội bộ trong gia tộc Minamoto, Minamoto no Yoshitsune, một người anh em của Yoritomo cuối cùng đã tiêu diệt hoàn toàn gia tộc Taira vào năm 1185 tại Trận Dan no Ura.
Sau trận chiến Dan no Ura, Minamoto no Yoshitsune theo Pháp hoàng và công khai chống lại anh trai mình, Minamoto no Yoritomo. Về sau, ông ta (Yoshitsune) bị phản bội và bị giết chết, đồng thời thành trì của cựu dòng họ quý tộc Fujiwara bị thủ tiêu trong cuộc chiến. Điều này đánh dấu sự biến mất khỏi vũ đài chính trị của họ Fujiwara, đưa dòng họ Minamoto lên cầm quyền. Để xóa bỏ các nghi kỵ vốn có giữa các dòng họ với Pháp hoàng, Go-Shirakawa và tộc trưởng họ Minamoto là Minamoto no Yoritomo hòa giải, ông cũng cho phép Yoritomo sau này có thể tìm thấy một tướng quân mới kế nhiệm.
Tháng 4/1192, Pháp hoàng Go-Shirakawa qua đời ở tuổi 66. Ông là cha của Thiên hoàng kế nhiệm: Thiên hoàng Nijō, Thiên hoàng Takakura; ông nội của Thiên hoàng Rokujō, Thiên hoàng Antoku và Thiên hoàng Go-Toba.