Giai đoạn vòng loại và vòng play-off UEFA Europa Conference League 2021–22
Vòng loại thứ hai > Xếp hạt giống

Tổng cộng có 108 đội thi đấu ở vòng loại thứ hai. Họ được chia làm hai nhóm:
Nhóm các đội vô địch (18 đội): Các đội bóng mà danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm, được xếp hạt giống như sau:
Hạt giống: 15 trong số 16 đội thua của vòng loại thứ nhất UEFA Champions League 2021-22 (1 trong số các đội nhận suât vào thẳng đến vòng loại thứ ba).
Không hạt giống: 3 đội thua của vòng sơ loại UEFA Champions League 2021-22.
Nhóm chính (90 đội): 57 đội tham dự vào vòng đấu này, và 33 đội thắng của vòng loại thứ nhất. Việc xếp hạt giống của các đội được dựa trên hệ số câu lạc bộ UEFA năm 2021 của họ. Đối với các đội thắng của vòng loại thứ nhất mà danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm, hệ số câu lạc bộ của đội còn lại có thứ hạng cao nhất ở mỗi cặp đấu được sử dụng. Các đội từ cùng hiệp hội không thể được bốc thăm để đối đầu với nhau.
Trước lễ bốc thăm, UEFA hình thành ba nhóm ở Nhóm các đội vô địch gồm 5 đội hạt giống và 1 đội không hạt giống, và chín nhóm ở Nhóm chính gồm 5 đội hạt giống và 5 đội không hạt giống, theo như những nguyên tắc được đặt ra bởi Ủy ban giải đấu cấp câu lạc bộ. Ở mỗi nhóm của Nhóm các đội vô địch, trước tiên, một đội hạt giống được bốc thăm để đối đầu với đội không hạt giống duy nhất, và sau đó bốn đội hạt giống còn lại được bốc thăm để đối đầu với nhau. Ở Nhóm chính, số được ấn định trước cho mỗi đội bởi UEFA, với lễ bốc thăm được tổ chức trong một lượt cho các Nhóm 1–9 với 10 đội. Đội đầu tiên được bốc thăm ở mỗi cặp đấu là đội nhà của trận lượt đi.
| Nhóm 1> Hạt giống | Nhóm 1> Không hạt giống | Nhóm 2> Hạt giống | Nhóm 2> Không hạt giống | Nhóm 3> Hạt giống | Nhóm 3> Không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   Riga   Teuta   Shkëndija   Dinamo Tbilisi   Maccabi Haifa  |   Inter Club d'Escaldes  |   Shakhtyor Soligorsk   Borac Banja Luka   Linfield   Budućnost Podgorica   Fola Esch  |   HB Tórshavn  |   Valur   Bodø/Glimt   Prishtina   Connah's Quay Nomads   Hibernians  |   Folgore  |
| Nhóm 1> Hạt giống | Nhóm 1> Không hạt giống | Nhóm 2> Hạt giống | Nhóm 2> Không hạt giống | Nhóm 3> Hạt giống | Nhóm 3> Không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   FCSB (4)   Hapoel Be'er Sheva (2)   Apollon Limassol (1)   Vorskla Poltava (5)   Čukarički (3)  |   KuPS (6)   Arda (10)   Sumgayit (8)   Shakhter Karagandy (9)   Žilina (7)  |   Astana (4)   Maccabi Tel Aviv (5)   Sochi (3)   Sivasspor (2)   AEL Limassol (1)  |   Aris Thessaloniki (9)   Sutjeska (6)   Keşla (8)   Petrocub Hîncești (10)   Vllaznia (7)  |   Partizan (1)   BATE Borisov (2)   Dundalk (3)   Milsami Orhei (5)   Rīgas (4)  |   Dunajská Streda (7)   IF Elfsborg (6)   FCI Levadia (8)   Puskás Akadémia (9)   Dinamo Batumi (10)  |
| Nhóm 4 | Nhóm 4 | Nhóm 5 | Nhóm 5 | Nhóm 6 | Nhóm 6 |
| Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống |
|   Viktoria Plzeň (4)   Rijeka (5)   CSKA Sofia (3)   The New Saints (2)   Domžale (1)  |   Dynamo Brest (9)   Kauno Žalgiris (10)   Liepāja (8)   Honka (7)   Gżira United (6)  |   Gent (1)   Santa Clara (5)   F91 Dudelange (3)   Hibernian (4)   AGF (2)  |   FC Santa Coloma (9)   Vålerenga (7)   Bohemians (8)   Shkupi (6)   Larne (10)  |   Qarabağ (4)   AEK Athens (5)   Ararat Yerevan (1)   Universitatea Craiova (3)   Slovácko (2)  |   Ashdod (9)   Lokomotiv Plovdiv (10)   Laçi (8)   Śląsk Wrocław (7)   Velež Mostar (6)  |
| Nhóm 7 | Nhóm 7 | Nhóm 8 | Nhóm 8 | Nhóm 9 | Nhóm 9 |
| Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống | Hạt giống | Không hạt giống |
|   Basel (4)   Feyenoord (5)   Austria Wien (1)   Olimpija Ljubljana (3)   Osijek (2)  |   Partizani (9)   Drita (6)   Birkirkara (8)   Pogoń Szczecin (10)   Breiðablik (7)  |   Molde (4)   Maribor (5)   Sūduva (1)   Spartak Trnava (3)   Vaduz (2)  |   Servette (9)   Hammarby IF (6)   Sepsi OSK (8)   Újpest (10)   Raków Częstochowa (7)  |   Copenhagen (4)   Rosenborg (5)   Hajduk Split (1)   Aberdeen (3)   Vojvodina (2)  |   FH (6)   BK Häcken (8)   Tobol (7)   Torpedo-BelAZ Zhodino (9)   Panevėžys (10)  |
† Đội thắng của vòng loại thứ nhất mà danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm. Các đội được thể hiện bằng chữ in nghiêng đánh bại đội với hệ số cao hơn, qua đó chiếm lấy hệ số của đối thủ của họ ở lễ bốc thăm.