Người Indonesia gốc Hoa
Lịch sử > Lòng trung thành bị nghi ngờ (1950–1966)

Người Hà Lan từ bỏ yêu sách lãnh thổ của họ đối với quần đảo (ngoại trừ Tây Papua) sau Hội nghị bàn tròn 1949, cùng năm với sự kiện Quốc Dân đảng triệt thoái đến Đài Loan, quyền kiểm soát Trung Quốc đại lục chuyển sang Đảng Cộng sản Trung Quốc. Hầu hết người Hoa Indonesia cho rằng một Trung Quốc cộng sản kém hấp dẫn hơn một Indonesia mới độc lập, song tại quần đảo lòng trung thành của họ bị nghi ngờ. Những Hoa sinh tại Đông Ấn Hà Lan và có cha mẹ định cư dưới sự cai quản của người Hà Lan được xem như công dân của quốc gia mới theo nguyên tắc jus soli, tức quyền nơi sinh. Tuy nhiên, pháp luật Trung Quốc nhìn nhận một cá nhân là công dân Trung Quốc dựa theo nguyên tắc jus sanguinis, tức quyền huyết thống. Điều này có nghĩa là toàn bộ công dân Indonesia gốc Trung Quốc cũng được Trung Quốc tuyên bố là công dân. Sau vài nỗ lực của hai chính phủ nhằm giải quyết vấn đề, Indonesia và Trung Quốc kỳ hết một hiệp định quốc tịch kép bên lề Hội nghị Á-Phi 1955 tại Bandung. Một trong các điều khoản là khả năng từ bỏ quyền công dân Trung Quốc đối với những ai chỉ muốn còn là công dân Indonesia.
Có đến 390.000 người Hoa, tức hai phần ba số người có thỉnh cầu hợp pháp đối với quyền công dân Indonesia, tuyên bố từ bỏ quyền công dân Trung Quốc khi hiệp định có hiệu lực vào năm 1962. Trên phương diện khác, ước tính 60.000 học sinh người Hoa dời đến Trung Quốc trong các thập niên 1950 và đầu thập niên 1960. Đợt học sinh đầu tiên hầu như đều được giáo dục trong các trường Hoa văn, song không thể tìm được cơ hội giáo dục bậc đại học tại Indonesia. Họ tìm kiếm các nghề khoa học có chất lượng, tiến vào Trung Quốc với hy vọng cao về tương lai của mình và của Trung Quốc đại lục. Các đợt di cư tiếp theo diễn ra vào năm 1960 trong khuôn khổ một chương trình hồi hương, vào năm 1965–1966 sau một loạt bạo lực chống cộng cũng thu hút phẫn nộ hướng đến người Hoa. Có đến 80% các sinh viên ban đầu cuối cùng trở thành những người tị nạn tại Hồng Kông. Theo các chương trình Cách mạng Văn hóa (1966–1976), người Hoa hải ngoại hồi người bị nghi ngờ về lòng trung thành của họ do có các liên kết với ngoại quốc. Do hầu hết trưởng thành trong một môi trường đô thị nên họ bị đưa đến nông thôn nhằm chống xuất thân giai cấp, và cuối cùng mất liên lạc với gia đình của họ. Họ bị tấn công vì là "tên đế quốc", "tên tư bản", "tên gián điệp", "tên lai", và "quỷ ngoại quốc".
Năm 1959, sau khi thi hành chế độ độc tài mềm thông qua Dân chủ có hướng dẫn, chính phủ và quân đội Indonesia bắt đầu áp đặt các hạn chế đối với các quyền cư trú và mậu dịch của ngoại kiều. Các hạn chế này đạt đỉnh khi ban hành Điều lệ Tổng thống số 10 vào tháng 11 năm 1959, cấm chỉ các cá nhân phi bản địa hoạt động dịch vụ bán lẻ tại các khu vực nông thôn. Các doanh nhân người Hoa, người Ả Rập và người Hà Lan bị nhắm mục tiêu cụ thể trong khi thi hành để cung cấp một thị trường thuận lợi hơn cho các doanh nghiệp bản địa. Động thái này gặp phải kháng nghị từ chính phủ Trung Quốc và một số giới trong xã hội Indonesia. Tác gia người Java Pramoedya Ananta Toer chỉ trích chính sách này trong Hoakiau di Indonesia năm 1961 của ông. Một phong trào hội nhập chủng tộc dưới sự lãnh đạo của chính đảng người Hoa Baperki bắt đầu tập trung được sự quan tâm vào năm 1963, bao gồm cả của Tổng thống Sukarno. Tuy nhiên, một loạt vụ tấn công vào cộng đồng người Hoa tại Tây Java trong tháng 5 chứng minh phong trào là đoản mệnh, bất chấp chính phủ lên án bạo lực. Khi Baperki bị quy là một tổ chức cộng sản vào năm 1965, hiệp hội liên lụy đến người Hoa; điều này càng trầm trọng do Trung Quốc theo chế độ cộng sản. Có đến 500.000 người, trong đó có người Hoa, bị sát hại trong thanh trừng chống cộng sau đảo chính thất bại ngày 30 tháng 9 năm 1965 do nghi ngờ rằng cộng sản lãnh đạo đảo chính.