Thảm sát Katyn
Những diễn biến thời hậu Liên Xô

Nga và Ba Lan tiếp tục chia rẽ về cách miêu tả pháp lý cho vụ xử bắn Katyn. Người Ba Lan coi đó là một vụ diệt chủng và yêu cầu những cuộc điều tra thêm nữa, cũng như việc giải mật hoàn toàn các tài liệu thời Xô viết.
Sau khi người Ba Lan và người Mỹ khám phá thêm bằng chứng năm 1991 và 1992, Tổng thống Nga Boris Yeltsin đã giải mật các tài liệu tối mật thuộc "Gói №1" và chuyển chúng tới Tổng thống mới của Ba Lan Lech Wałęsa, Trong số các tài liệu có một bản đề xuất của Lavrenty Beria, ngày 5 tháng 3 năm 1940, để hành quyết 25.700 người Ba Lan từ các trại Kozelsk, Ostashkov và Starobels, và từ một số nhà tù ở Tây Ukraina và Belarus, được Stalin (cùng những người khác) ký. Tài liệu khác được chuyển cho người Ba Lan là bức thư ngày 3 tháng 3 năm 1959 của Aleksandr Shelepin gửi Nikita Khrushchev, với thông tin về vụ hành quyết 21.857 người Ba Lan, cũng như một đề xuất tiêu hủy các hồ sơ cá nhân của họ để giảm nguy cơ các tài liệu về vụ xử bắn bị phát hiện sau này. Những phát hiện cũng được công bố trên báo chí Nga, nơi chúng được thể hiện như một trong những chủ đề của cuộc cạnh trạnh quyền lực đang diễn ra giữa Yeltsin và Gorbachev.
Năm 1991, Trưởng Công tố Quân đội Liên bang Xô viết bắt đầu tố tụng chống lại P.K. Soprunenko vì vai trò của ông trong vụ xử bắn Katyn, nhưng cuối cùng đã hủy bỏ truy tố vì Soprunenko đã 83 tuổi, hầu như mù, và vừa hồi phục sau một cuộc phẫu thuật ung thư. Trong khi hỏi cung, Soprunenko đã bảo vệ mình bằng cách bác bỏ chữ ký của mình. Tháng 6 năm 1998, Yeltsin và Aleksander Kwaśniewski đồng ý xây dựng một khu phức hợp tưởng niệm tại Katyn và Mednoye, hai địa điểm hành quyết của NKVD trên lãnh thổ Nga. Tuy nhiên, vào tháng 9 năm ấy Nga cũng nêu ra vấn đề các tù binh chiến tranh Nga chết tại các trại tù binh Nga và người Nga bị giam giữ tại Ba Lan (1919–1924). Khoảng 16.000 tới 20.000 tù binh chiến tranh đã chết tại các trại đó vì các bệnh lây truyền. Một số quan chức Nga cho rằng 'so với vụ Katyn đó cũng là một cuộc diệt chủng'. Một tuyên bố tương tự được đưa ra năm 1994; những nỗ lực như vậy bị một số người, đặc biệt tại Ba Lan coi là một nỗ lực mang ý nghĩa khiêu khích của Nga để tạo ra một vụ 'phản Katyn' và một sự 'cân bằng phương trình lịch sử'.
Trong chuyến thăm của Kwaśniewski tới Nga vào tháng 9 năm 2004, các quan chức Nga thông báo rằng họ muốn chuyển tất cả thông tin về vụ xử tử ở Katyn cho chính quyền Ba Lan ngay khi chúng được giải mật. Tháng 3 năm 2005 Văn phòng Trưởng Công tố Liên bang Nga kết luận một vụ điều tra đã kéo dài một thập kỷ về vụ xử bắn. Trưởng Công tố Quân đội Alexander Savenkov thông báo rằng cuộc điều tra đã có thể kết luận cái chết của 1.803 người trong số 14.542 công dân Ba Lan bị xem là đã bị kết án tử hình ở ba trại giam của Liên Xô. Ông không đề cập tới số phận của 7.000 nạn nhân, những người không ở trong các trại giam giữ tù binh chiến tranh, mà trong các nhà tù. Savenkov đã tuyên bố rằng vụ xử bắn không phải là một sự diệt chủng, rằng các quan chức Liên xô bị kết án có tội trong vụ việc đã chết và rằng, vì thế "hoàn toàn không có cơ sở để đàm phán về nó theo các thuật ngữ pháp lý ". 116 trong số 183 tập hồ sơ được thu thập trong cuộc điều tra của Nga, bị tuyên bố có chứa các bí mật quốc gia và bị giữ kín.
Ngày 22 tháng 3 năm 2005 Sejm (Hạ viện) Ba Lan nhất trí thông qua một đạo luật yêu cầu giải mật các tài liệu của Nga. Sejm cũng yêu cầu Nga xem vụ xử bắn hàng loạt ở Katyn là một tội ác diệt chủng. Nghị quyết nhấn mạnh chính quyền Nga "tìm cách gỡ bỏ gánh nặng của tội ác bằng cách từ chối thừa nhận nó là một sự diệt chủng và không cho tiếp cận các hồ sơ điều tra về vụ việc, khiến khó xác định toàn bộ sự thật về vụ giết hại và những kẻ gây ra nó." Năm 2008, Bộ trưởng Ngoại giao Ba Lan yêu cầu Nga về cái gọi là hình ảnh về nhữung vụ xử bắn được NKVD quay lại trong các vụ thi hành án. Các quan chức Ba Lan tin rằng những thước phim tài liệu này cũng như các tài liệu khác thể hiện sự hợp tác giữa Liên xô và Đức trong các chiến dịch, là lý do để Nga quyết định bảo mật hầu hết tài liệu về vụ xử bắn. Tháng 6 năm 2008, các tòa án Nga đã đồng ý nghe xét xử một vụ về việc giải mật các tài liệu về vụ Katyn và việc phục hồi pháp lý cho các nạn nhân. Trong một cuộc trả lời phỏng vấn với một tờ báo Ba Lan, Vladimir Putin đã gọi Katyn là một "tội ác chính trị."
Ngày 4 tháng 2 năm 2010 Thủ tướng Nga, Vladimir Putin, đã mời người đồng cấp Ba Lan, Donald Tusk, tham giữ một cuộc tưởng niệm Katyn vào tháng 4. Chuyến viếng thăm diễn ra ngày 7 tháng 4 năm 2010, khi Tusk và Putin cùng kỷ niệm lần thứ 70 ngày diễn ra vụ thảm sát. Trước chuyến thăm, bộ phim Katyń năm 2007 lần đầu tiên được chiếu trên truyền hình Nga. Tờ The Moscow Times bình luận rằng việc bộ phim lần đầu được chiếu ở Nga dường như là kết quả của một sự can thiệp của Putin.
Ngày 10 tháng 4 năm 2010, chiếc máy bay chở Tổng thống Ba Lan Lech Kaczyński cùng phu nhân và 87 chính trị gia và các sĩ quan cao cấp khác đâm xuống đất tại Smolensk, làm thiệt mạng toàn bộ 96 người trên máy bay. Các hành khách đang trên đường tới dự một lễ tưởng niệm 70 năm vụ xử bắn ở Katyn. Đất nước Ba Lan choáng váng; Thủ tướng Donald Tusk, người không ở trên máy bay, gọi đây là "sự kiện bi thảm nhất của Ba Lan từ cuộc chiến tranh." Sau đó, một số giả thuyết âm mưu bắt đầu lan truyền. Thảm họa cũng gây tiếng vang lớn trên thế giới và đặc biệt là trên báo chí Nga, dẫn tới việc chiếu lại Katyń trên truyền hình Nga. Tổng thống Ba Lan, Lech Kaczyński dự định có bài diễn văn tại các buổi lễ tưởng niệm chính thức. Bài diễn văn để vinh danh cách nạn nhân, nêu lên tầm quan trọng của các vụ xử bắn trong bối cảnh lịch sử chính trị cộng sản thời hậu chiến, cũng như nhấn mạnh trên nhu cầu giúp hòa giải quan hệ Ba Lan-Nga. Dù bài diễn văn không bao giờ được đọc, nó đã được xuất bản với một bài tường thuật trong phiên bản gốc tiếng Ba Lan  và một bản dịch bằng tiếng Anh.
Ngày 21 tháng 4 năm 2010, có thông báo rằng Tòa án Tối cao Nga đã ra lệnh cho Tòa án Thành phố Moskva xét xử phúc thẩm một vụ việc pháp lý đang diễn ra về Katyn. Một nhóm nhân quyền, Memorial, nói rằng sự chi phối có thể dẫn tới một quyết định của tòa án công bố các tài liệu mật cung cấp thông tin về hành động xử bắn hàng nghìn sĩ quan Ba Lan. Ngày 8 tháng 5 năm 2010, Nga đã chuyển cho 67 tập "hồ sơ tội phạm Số.159," được đưa ra trong những năm 1990 để điều tra hành động xử bắn hàng loạt các sĩ quan Ba Lan thời Liên Xô. Các bản sao của 67 tập, mỗi tập 250 trang, được đóng trong sáu hộp. Mỗi hộp nặng xấp xỉ 12 kg (26.5 lbs), tổng trọng lượng hồ sơ khoảng 70 kg (153 lbs). Tổng thống Nga Dmitry Medvedev đã giao một trong các tập cho Tổng thống tạm quyền, Bronislaw Komorowski. Medvedev và Komorowski đồng ý rằng hai quốc gia nên tiếp tục các nỗ lực của mình nhằm tìm ra sự thực của tấn thảm kịch. Tổng thống Nga nhấn mạnh rằng Nga sẽ tiếp tục giải mật các hồ sơ về vụ xử bắn Katyn. Tổng thống tạm quyền của Ba Lan nói rằng hành động của Nga có thể tạo một nền móng tốt để cải thiện quan hệ song phương.
Tháng 11 năm 2010, Duma Quốc gia (hạ viện Nga) đã thông qua một nghị quyết tuyên bố rằng các tài liệu từ lâu đã bị giữ bí mật "cho thấy rằng tội ác Katyn được tiến hành theo các chỉ thị trực tiếp của Stalin và các quan chức Nga khác". Tuyên bố cũng kêu gọi tiếp tục điều tra vụ xử bắn nhằm xác định danh sách các nạn nhân. Các thành viên Duma thuộc Đảng Cộng sản bác bỏ rằng Liên bang Xô viết đã bị buộc tội về vụ xử bắn ở Katyn và bỏ phiếu chống lại tuyên bố. Ngày 6 tháng 12 năm 2010, Tổng thống Nga Dmitry Medvedev hứa hẹn toàn bộ sự thực về vụ xử bắn, tuyên bố rằng "Gần đây Nga đã thực hiện một số hành động chưa từng có nhằm xóa bỏ hoàn toàn di sản của quá khứ. Chúng tôi sẽ tiếp tục theo hướng này."
Năm 2011, Tòa án Nhân quyền châu Âu tuyên bố có thể chấp nhận hai khiếu nại của người thân các nạn nhân vụ xử bắn chống lại Nga liên quan tới sự điều tra thích đáng..