Lịch sử Séc
Trở thành một bộ phận của Chế độ quân chủ Habsburg > Đạo Tin lành

Xem thêm thông tin: Lịch sử Lãnh thổ vương quyền Bohemia (1526–1648)
Sau trận Mohács, quân Ottoman thất bại trong cuộc vây hãm thành Vienna năm 1529 và Ferdinand I đã ký Hiệp ước Constantinopole, làm trì hoãn các nỗ lực bành trướng của Ottoman. Ferdinand và anh trai Karl V - đồng thời là Hoàng đế La Mã Thần thánh không chỉ phải đối phó với mối đe dọa từ Ottoman mà còn phải đối phó với Liên đoàn Schmalkalden được thành lập vào năm 1531 nhằm đòi hỏi quyền lợi cho các quốc gia theo Giáo hội Luther trong Đế chế La Mã Thần thánh. Phần lớn giới quý tộc Séc theo đạo Tin lành đồng tình với các mục tiêu của Liên minh Schmalkalden và vì vậy, vào năm 1546, Ferdinand I ra lệnh cho giới quý tộc ở Séc tăng quân và hành quân chống lại Tuyển đế hầu quốc Sachsen như một phần của chiến tranh Schmalkalden, họ đã tuân lệnh Ferdinand I rất miễn cưỡng. Năm sau, giới quý tộc Séc từ chối tập hợp quân đội và nổi dậy, họ bị trừng phạt sau khi Liên minh Schmalkalden thua trận Mühlberg. Kết quả là Ferdinand I đã củng cố được địa vị của mình ở Vùng đất Vương miện Bohemia, giới hạn các đặc quyền của thành phố và bắt đầu quá trình tái công giáo bằng cách mời Dòng Tên đến Praha vào năm 1556.
Maximilian II kế vị Ferdinand I vào năm 1562 và giống như cha ông, ông cai trị từ Vienna. Anh ấy đã phê duyệt tuyên bố tín ngưỡng Séc ( Confessio Bohemica  trong tiếng Latinh) - một văn kiện xác nhận các quyền tự do tôn giáo thay thế cho Thoả thuận Basel trước đó vốn không tính đến các tín đồ Tin lành Ultraquist. Ông cũng thể hiện sự khoan dung tôn giáo của mình bằng cách tái khẳng định Statuta Judaeorum - một văn kiện cung cấp sự bảo vệ hợp pháp cho người Do Thái ở Vùng đất Vương miện Bohemia. Con trai của ông là Rudolf II kế vị ông vào năm 1576 và năm 1583, ông chuyển triều đình đến Praha. Nhờ sự bảo trợ nghệ thuật của Rudolf, Praha đã trở thành một trung tâm văn hóa lớn của châu Âu trong thời kỳ trị vì của ông ta. Ông là một nhà cai trị ẩn dật, thích tiêu khiển hơn là điều hành nhà nước. Năm 1605, Rudolf II bị các thành viên khác trong gia tộc buộc phải nhường quyền cai trị Hungary cho em trai mình là Đại Công tước Matthias ngay sau cuộc khởi nghĩa Bocskai sau Chiến tranh Thổ Nhĩ Kỳ trường kỳ. Sự khác biệt về quan điểm giữa hai anh em cuối cùng dẫn đến việc Rudolf bị giam cầm tại Lâu đài Praha và tất cả quyền lực đều rơi vào tay Matthias. Sau cái chết của Rudolf II vào năm 1612, triều đình dời trở về Vienna. Matthias không có con giống như anh trai Rudolf và ông mất sáu năm sau đó, thọ 62 tuổi.
Matthias được kế vị bởi người anh họ của mình là Ferdinand II, Archduke của Áo. Nghị hội Bohemia xác nhận vị trí của Ferdinand là người kế vị Matthias chỉ sau khi ông đã hứa sẽ tôn trọng Chiếu chỉ của đức vua - một văn bản cho phép tự do tôn giáo do Rudolf II ký tám năm trước đó. Ferdinand II không có lòng khoan dung tôn giáo như những vị vua tiền nhiệm. Một năm sau khi lên ngôi, ông đã cấm xây dựng các công trình kiến trúc đạo Tin lành trên đất hoàng gia. Điều đó đã dẫn đến các cuộc biểu tình của giới quý tộc theo đạo Tin lành - những người coi đó là sự vi phạm Chiếu chỉ của đức vua - và vụ vất người qua cửa sổ lần thứ hai ở Praha vào năm 1618 làm bùng lên cuộc xung đột mà sau này sẽ trở thành Chiến tranh Ba Mươi Năm. Giới quý tộc Bohemia nổi dậy sau đó đã chọn Friedrich V của Pfalz làm vua mới của họ và tập hợp một đội quân để chuẩn bị chiến tranh. Họ đã được trợ giúp của giới quý tộc theo Giáo hội Luther ở Áo. Ferdinand II đã nhờ người họ hàng Tây Ban Nha của mình là Felipe III giúp đỡ. Quân đội Tây Ban Nha ở Hà Lan chắc chắn rằng các lực lượng của Liên minh Tin lành không thể tham gia cuộc nổi dậy xảy ra ở Vùng đất Vương miện Bohemia và ở Áo. Sau khi đối phó với quân nổi dậy Áo, Ferdinand II đã đánh bại Friedrich V trong trận Bạch Sơn gần Praha. Sau đó, việc tịch thu tài sản trên diện rộng và sau đó bán cho các quý tộc trung thành thường có nguồn gốc từ nước ngoài. Ferdinand II cũng cho chặt đầu công khai 27 thủ lĩnh của cuộc nổi dậy và củng cố quyền lực của hoàng gia đối trong giới quý tộc. Vùng đất Vương miện Bohemia và đặc biệt là Silesia là một số vùng lãnh thổ bị ảnh hưởng nặng nề nhất bởi cuộc chiến tranh Ba Mươi Năm tàn khốc. Chiến tranh vẫn tiếp tục kể cả sau cái chết của Ferdinand II dưới triều đại của Ferdinand III.