Al-Qaeda
Các cáo buộc về sự tài trợ của CIA

Các chuyên gia tranh luận về quan điểm các cuộc tấn công của al-Qaeda là kết quả gián tiếp từ chương trình Operation Cyclone của CIA nhằm giúp đỡ các mujahideen Afghanistan. Robin Cook, Ngoại trưởng Anh từ năm 1997 đến năm 2001, đã viết rằng al-Qaeda và bin Laden là "sản phẩm của một tính toán sai lầm lớn của các cơ quan an ninh phương Tây", và "Al-Qaida, nghĩa đen là 'cơ sở dữ liệu', ban đầu là tập tin máy tính của hàng nghìn mujahideen đã được tuyển dụng và đào tạo với sự giúp đỡ của CIA để đánh bại người Nga. "
Munir Akram, Đại diện thường trực của Pakistan tại Liên hợp quốc từ năm 2002 đến năm 2008, đã viết trong một bức thư đăng trên The New York Times ngày 19 tháng 1 năm 2008:
The strategy to support the Afghans against Soviet military intervention was evolved by several intelligence agencies, including the C.I.A. and Inter-Services Intelligence, or ISI. After the Soviet withdrawal, the Western powers walked away from the region, leaving behind 40,000 militants imported from several countries to wage the anti-Soviet jihad. Pakistan was left to face the blowback of extremism, drugs and guns.
Nhà báo của CNN Peter Bergen, Chuẩn tướng ISI người Pakistan Mohammad Yousaf, và các nhân viên CIA tham gia vào chương trình Afghanistan, chẳng hạn như Vincent Cannistraro,[cần dẫn nguồn] phủ nhận rằng CIA hoặc các quan chức Mỹ khác có liên hệ với mujahideen nước ngoài, hoặc bin Laden rằng họ đã trang bị, đào tạo, huấn luyện hoặc tuyên truyền tư tưởng cho họ. Trong cuốn sách Ghost Wars năm 2004 của mình, Steve Coll viết rằng CIA đã dự tính cung cấp hỗ trợ trực tiếp cho các mujahideen nước ngoài, nhưng ý tưởng đó không bao giờ vượt ra ngoài các cuộc thảo luận.
Bergen và những người khác  lập luận rằng không cần thiết phải tuyển dụng người nước ngoài không quen với ngôn ngữ địa phương, phong tục hoặc cư trú của đất đai vì đã có 250,000 người Afghanistan địa phương sẵn sàng chiến đấu.[không khớp với nguồn] Bergen lập luận thêm rằng mujahideen nước ngoài không cần các quỹ của Mỹ vì họ nhận được vài triệu đô la mỗi năm từ các nguồn nội bộ. Cuối cùng, ông lập luận rằng người Mỹ không thể đào tạo các mujahideen nước ngoài bởi vì các quan chức Pakistan sẽ không cho phép nhiều người trong số họ hoạt động ở Pakistan và không ai ở Afghanistan, và người Ả Rập Afghanistan hầu như luôn luôn là những phần tử Hồi giáo chủ chiến theo phản xạ thù địch với người phương Tây dù có hay không. những người phương Tây đã giúp đỡ những người Afghanistan theo đạo Hồi.
Theo Bergen, người thực hiện cuộc phỏng vấn trên truyền hình đầu tiên với bin Laden vào năm 1997: ý tưởng rằng "CIA tài trợ cho bin Laden hoặc đào tạo bin Laden... [là] một huyền thoại dân gian. Không có bằng chứng về điều này... Bin Laden có tiền riêng, chống Mỹ và hoạt động bí mật, độc lập.. Câu chuyện thực sự ở đây là CIA không thực sự có manh mối về anh chàng này là ai cho đến năm 1996 khi họ thành lập một đơn vị để thực sự bắt đầu theo dõi anh ta. "
Nhân vật đứng thứ hai của tổ chức Al Qaeda, Ayman al-Zawahiri, cũng xác nhận rằng những người Ả Rập Afghanistan không nhận được bất kỳ khoản tài trợ nào của Mỹ trong cuộc chiến ở Afghanistan. Trong cuốn sách có tên là Knights Under the Prophet's Banner, được xuất bản vào tháng 12 năm 2001, al-Zawahiri nói rằng người Ả Rập Afghanistan được tài trợ bằng tiền từ các nguồn Ả Rập, số tiền này đến hàng trăm triệu USD: "Trong khi Hoa Kỳ ủng hộ Pakistan và phe phái mujahidin bằng tiền bạc và vũ khí, mối quan hệ của người Ả Rập Afghanistan với Hoa Kỳ lại hoàn toàn khác...". Abdullah Anas, người Algeria, một trong những phần tử khủng bố người Ả Rập Afghanistan và là con rể của Abdullah Azzam (một trong những người sáng lập của Al Qaeda), cũng đã xác nhận rằng CIA không hề có mối quan hệ nào với người Ả Rập Afghanistan, bao gồm cả Osama bin Laden: "Nếu bạn nói rằng đã từng có một mối quan hệ theo nghĩa là CIA đã từng gặp người Ả Rập, thảo luận với họ, chuẩn bị kế hoạch với họ và chiến đấu với họ - thì điều đó chưa bao giờ xảy ra.
Bản thân Osama bin Laden đã hơn một lần phủ nhận việc ông ta từng nhận được sự hậu thuẫn từ Hoa Kỳ, và việc Liên Xô tan rã theo ông ta "là nhờ có Chúa trời và các chiến binh mujahideen ở Afghanistan... Hoa Kỳ không có vai trò đáng chú ý nào", nhưng "sự sụp đổ [của Liên Xô] đã khiến Mỹ trở nên kiêu căng và ngạo mạn hơn". Trong cuộc phỏng vấn với nhà báo Anh Robert Fisk vào năm 1993, về sau được tổng hợp thành một bài báo đăng lên tờ Independent của Anh với tựa đề: "Anti-Soviet warrior puts his army on the road to peace", Osama bin Laden đã tuyên bố rằng: "Cá nhân tôi cũng như những người anh em của tôi đều không thấy bất cứ dấu hiệu nào về sự giúp đỡ của người Mỹ". Trong một cuộc phỏng vấn khác với Robert Fisk vào tháng 7 năm 1996 và sau đó được đăng lên báo Independent vào năm 1997, bin Laden lại một lần nữa nhấn mạnh rằng ông ta chưa từng hợp tác với Mỹ: "chúng tôi chưa bao giờ là bạn của người Mỹ. Chúng tôi vào thời điểm đó đã biết rằng người Mỹ ủng hộ người Do Thái ở Palestine và họ là kẻ thù của chúng tôi.