Thomas Paine
Thời đại của lý trí

Bài chi tiết: Thời đại của lý trí
Paine bị bắt tại Pháp vào ngày 28 tháng 12 năm 1793. Joel Barlow đã không thành công trong việc đảm bảo Paine được trả tự do bằng cách gửi đơn thỉnh cầu đến cư dân Mỹ ở Paris. Mười sáu công dân Mỹ được phép yêu cầu Paine trả tự do cho Công ước, nhưng Tổng thống Marc-Guillaume Alexis Vadier của Ủy ban An ninh Tổng quát từ chối thừa nhận quyền công dân Mỹ của Paine, nói rằng ông là một người Anh và là công dân của một quốc gia có chiến tranh với Pháp.
Bản thân Paine đã phản đối và tuyên bố rằng ông là công dân của Hoa Kỳ, quốc gia là đồng minh của Cách mạng Pháp, chứ không phải của Vương quốc Anh, lúc đó đang có chiến tranh với Pháp. Tuy nhiên, Gouverneur Morris, bộ trưởng Mỹ tại Pháp, đã không đưa ra yêu sách của mình, và Paine sau đó đã viết rằng Morris đã đồng lõa với việc ông bị cầm tù. Paine thoát chết trong gang tấc. Một dấu phấn được cho là do cai ngục để lại trên cửa phòng giam để biểu thị rằng tù nhân bên trong sắp bị đưa đi hành quyết. Trong trường hợp của Paine, dấu vết vô tình được tạo ra ở bên trong cửa chứ không phải bên ngoài; điều này là do cánh cửa phòng giam của Paine đã bị bỏ ngỏ trong khi cai ngục đang đi vòng quanh ngày hôm đó, vì Paine đã tiếp những vị khách chính thức. Nhưng vì sự trớ trêu của số phận, Paine sẽ bị xử tử vào sáng hôm sau. Ông đã giữ được cái đầu của mình và sống sót sau vài ngày quan trọng cần được tha thứ khi Robespierre thất thủ vào ngày 9 Thermidor (27 tháng 7 năm 1794).
Paine được trả tự do vào tháng 11 năm 1794 phần lớn nhờ vào công việc của Bộ trưởng mới của Mỹ tại Pháp, James Monroe, người đã lập luận thành công trường hợp về quyền công dân Mỹ của Paine. Vào tháng 7 năm 1795, ông được tái kết nạp vào Công ước, cũng như những người Girondins còn sống sót khác. Paine là một trong ba tỉnh trưởng duy nhất phản đối việc thông qua hiến pháp mới năm 1795 vì hiến pháp này loại bỏ quyền bầu cử phổ thông, vốn đã được tuyên bố trong Hiến pháp người Mountain năm 1793.
Năm 1796, một cây cầu do ông thiết kế được dựng lên bắc qua cửa sông Wear tại Sunderland, Tyne and Wear, Anh. Cây cầu này, vòm Sunderland, có cùng thiết kế với Cầu sông Schuylkill của ông ở Philadelphia và nó đã trở thành nguyên mẫu cho nhiều vòm voussoir tiếp theo được làm bằng sắt và thép.
Ngoài việc nhận được bằng sáng chế của Anh cho cây cầu sắt một nhịp, Paine đã phát triển một loại nến không khói và hợp tác với nhà phát minh John Fitch trong việc phát triển động cơ hơi nước.
Năm 1797, Paine sống ở Paris với vợ chồng Nicholas Bonneville. Cũng như những vị khách gây tranh cãi khác của Bonneville, Paine đã khiến các nhà chức trách nghi ngờ. Bonneville đã giấu Bảo hoàng Antoine Joseph Barruel-Beauvert tại nhà của ông ta. Beauvert đã bị đặt ngoài vòng pháp luật sau cuộc đảo chính của 18 Fructidor vào ngày 4 tháng 9 năm 1797. Paine tin rằng Hoa Kỳ dưới thời Tổng thống John Adams đã phản bội nước Pháp cách mạng. Bonneville sau đó bị bỏ tù một thời gian ngắn và các máy in của ông bị tịch thu, đồng nghĩa với việc tài chính bị phá sản.
Năm 1800, vẫn bị cảnh sát giám sát, Bonneville lánh nạn cùng cha mình ở Evreux. Paine ở lại với ông, giúp Bonneville gánh vác công việc dịch "Biển Giao ước". Cùng năm đó, Paine cố tình gặp gỡ Napoléon. Napoléon tuyên bố rằng ông đã ngủ với một bản sao Quyền con người dưới gối và thậm chí còn nói với Paine rằng "một bức tượng vàng nên được dựng lên cho bạn ở mọi thành phố trong vũ trụ". Paine thảo luận với Napoléon về cách tốt nhất để xâm chiếm nước Anh. Vào tháng 12 năm 1797, ông viết hai bài tiểu luận, một trong số đó có tiêu đề rõ ràng là Quan sát về việc xây dựng và vận hành hải quân với kế hoạch xâm lược nước Anh và sự lật đổ cuối cùng của chính phủ Anh, trong đó ông đã quảng bá ý tưởng này cho tài trợ 1.000 pháo hạm để chở đội quân xâm lược Pháp qua eo biển Manche. Năm 1804, Paine quay trở lại chủ đề này, viết Gửi người dân Anh về Cuộc xâm lược nước Anh ủng hộ ý tưởng này. Tuy nhiên, khi nhận thấy sự tiến bộ của Napoléon đối với chế độ độc tài, ông đã lên án ông ta là "tên lang băm hoàn hảo nhất từng tồn tại". Paine ở lại Pháp cho đến năm 1802, chỉ trở lại Hoa Kỳ theo lời mời của Tổng thống Jefferson.