Các vụ giết người tại Indonesia 1965–1966
Tử vong và tù đày

Mặc dù các sự kiện tổng thể đã được biết đến, nhiều chi tiết vẫn chưa được làm rõ về các cuộc giết chóc, và một con số chính xác và được xác minh về số người chết có lẽ sẽ không bao giờ được biết. Có rất ít nhà báo hoặc học giả phương Tây ở Indonesia vào thời điểm đó; quân đội là một trong những nguồn thông tin ít ỏi, việc đi lại rất khó khăn và nguy hiểm, và chế độ phê duyệt và giám sát các cuộc giết chóc đã nắm quyền trong ba thập kỷ. Truyền thông Indonesia lúc bấy giờ bị hạn chế bởi "Dân chủ Hướng dẫn" và bởi việc "Trật tự Mới" tiếp quản vào tháng 10 năm 1966. Với việc các cuộc giết chóc xảy ra vào đỉnh điểm của nỗi sợ hãi về chủ nghĩa cộng sản của phương Tây trong Chiến tranh Lạnh, có rất ít cuộc điều tra quốc tế, vì điều này sẽ có nguy cơ làm phức tạp thêm sự ưu tiên của phương Tây dành cho Suharto và "Trật tự Mới" thay vì Đảng Cộng sản Indonesia và "Trật tự Cũ."
Trong 20 năm đầu tiên sau các cuộc giết chóc, đã có 39 ước tính nghiêm túc về số người chết. Trước khi các cuộc giết chóc kết thúc, quân đội Indonesia ước tính 78.500 người đã bị giết, trong khi Đảng Cộng sản Indonesia đưa ra con số là hai triệu. Quân đội Indonesia sau đó ước tính số người bị giết là một triệu. Năm 1966, Benedict Anderson đã ước tính số người chết là 200.000. Đến năm 1985, ông kết luận rằng tổng cộng từ 500.000 đến 1 triệu người đã bị giết. Hầu hết các học giả hiện nay đồng ý rằng ít nhất 500.000 người đã bị giết, nhiều hơn bất kỳ sự kiện nào khác trong lịch sử Indonesia. Một ước tính lực lượng an ninh quân đội từ tháng 12 năm 1976 đưa ra con số từ 450.000 đến 500.000. Robert Cribb cho rằng con số chính xác nhất là 500.000, mặc dù ông lưu ý rằng rất khó để xác định chính xác số người bị giết. Tuy nhiên, Jan Walendouw, một trong những người thân cận của Suharto, đã nêu con số 1,2 triệu nạn nhân. Vincent Bevins ước tính số người bị giết có thể lên đến một triệu hoặc có thể nhiều hơn.
Việc bắt giữ và giam giữ tiếp tục trong mười năm sau cuộc thanh trừng. Một báo cáo của Ân xá Quốc tế năm 1977 gợi ý rằng "khoảng một triệu" cán bộ Đảng Cộng sản Indonesia và những người khác được xác định hoặc bị nghi ngờ có liên quan đến đảng đã bị giam giữ. Từ năm 1981 đến 1990, chính phủ Indonesia ước tính có từ 1,6 đến 1,8 triệu cựu tù nhân "tự do" trong xã hội. Có thể rằng vào giữa những năm 1970, vẫn còn 100.000 người bị giam giữ mà không qua xét xử. Người ta cho rằng có tới 1,5 triệu người đã bị giam giữ ở một giai đoạn nào đó. Những thành viên Đảng Cộng sản Indonesia không bị giết hoặc bị giam giữ đã đi vào ẩn náu trong khi những người khác cố gắng che giấu quá khứ của mình. Những người bị bắt bao gồm các chính trị gia hàng đầu, nghệ sĩ và nhà văn như Pramoedya Ananta Toer, cũng như nông dân và binh sĩ.
Những người bị giam giữ trong mạng lưới nhà tù và trại tập trung rộng lớn đã phải đối mặt với "điều kiện vô nhân đạo một cách phi thường". Nhiều người không sống sót qua giai đoạn giam giữ đầu tiên này, chết vì suy dinh dưỡng và bị đánh đập. Khi người ta tiết lộ tên các đảng viên cộng sản ngầm, thường là dưới sự tra tấn, số người bị giam giữ tăng lên từ năm 1966 đến năm 1968. Các phương pháp tra tấn bao gồm đánh đập dã man bằng các vật liệu tự chế như dây cáp điện và những mảnh gỗ lớn, bẻ gãy ngón tay và nghiền nát ngón chân, bàn chân dưới chân bằng bàn và ghế, nhổ móng tay, sốc điện và đốt bằng cao su nóng chảy hoặc thuốc lá. Những người bị giam giữ đôi khi bị buộc phải xem hoặc nghe cảnh tra tấn người khác, bao gồm cả người thân như vợ hoặc chồng, con cái. Cả nam giới và phụ nữ đều bị bạo hành tình dục trong khi bị giam giữ, bao gồm cả hiếp dâm và sốc điện vào bộ phận sinh dục. Phụ nữ, đặc biệt, bị bạo hành giới tính tàn bạo, bao gồm cả việc bị buộc phải uống nước tiểu những kẻ giam giữ và bị cắt xẻo bộ phận sinh dục và ngực. Nhiều trường hợp tra tấn và hiếp dâm, với nạn nhân bao gồm cả những bé gái dưới 13 tuổi, đã được báo cáo với Tổ chức Ân xá Quốc tế. Những người được thả thường bị quản thúc tại gia, phải báo cáo với quân đội thường xuyên, hoặc bị cấm làm việc trong chính phủ, cũng như con cái của họ.