Lịch sử Malaysia
Thách thức sau độc lập

Thời điểm độc lập, Malaya có những lợi thế lớn về kinh tế, nằm trong số những nhà sản xuất hàng đầu thế giới về ba mặt hàng có giá trị là cao su, thiếc và dầu cọ, và cũng là một nhà sản xuất quặng sắt quan trọng. Những ngành công nghiệp xuất khẩu cho phép chính phủ Malaya có thặng dư cao về tài chính để đầu tư cho các dự án phát triển công nghiệp và hạ tầng. Trong thập niên 1950 và 1960, Malaya và sau là Malaysia đặt trọng tâm và kế hoạch quốc gia, song Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất chưa từng là một đảng xã hội. Các kế hoạch Malaya thứ nhất và thứ nhì (1956–60 và 1961–65) kích thích tăng trưởng kinh tế thông qua đầu tư quốc gia trong công nghiệp và tu sửa cơ sở hạ tầng như đường và cảng vốn bị hư hại và bỏ quên trong chiến tranh và Tình trạng khẩn cấp. Chính phủ quan tâm đến việc giảm sự phụ thuộc của Malaya vào xuất khẩu hàng hóa, và cũng nhận thức được rằng nhu cầu về cao su tự nhiên sắp hạ thấp do bị cao su tổng hợp thay thế.
Tổng thống Indonesia Sukarno được sự ủng hộ từ Đảng Cộng sản Indonesia (PKI) và nhìn nhận Malaysia như một âm mưu "chủ nghĩa thực dân mới" chống lại quốc gia của ông, và ủng hộ một cuộc nổi dậy cộng sản tại Sarawak, vốn chủ yếu liên quan đến các thành phần trong cộng đồng người Hoa địa phương. Lực lượng không chính quy của Indonesia xâm nhập Sarawak, song họ bị lực lượng Malaysia và Thịnh vượng chung ngăn chặn. Thời kỳ đối đầu giữa Malaysia và Indonesia về kinh tế, chính trị và quân sự kéo dài cho đến khi Sukarno bị lật đổ vào năm 1966. Philippines phản đối liên bang hình thành, tuyên bố Bắc Borneo là bộ phận của Sulu, và do đó thuộc Philippines. Năm 1966, Tổng thống Ferdinand Marcos từ bỏ yêu sách, song vấn đề vẫn là một điểm gây tranh luận trong quan hệ Philippines-Malaysia.
Đại khủng hoảng trong thập niên 1930, tiếp đến là Chiến tranh Trung-Nhật dẫn đến việc kết thúc làn sóng nhập cư của người Hoa đến Malaya. Điều này làm ổn định tình hình nhân khẩu học và kết thúc viễn cảnh người Mã Lai trở thành thiểu số tại quốc gia của họ. Cân bằng về dân tộc bị biến đổi do tác động từ việc hợp nhất Singapore có đa số dân cư là người Hoa, khiến nhiều người Mã Lai lo ngại. Việc thành lập Malaysia khiến tỷ lệ người Hoa lên đến gần 40%. Cả Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất và Công hội người Hoa Malaya đều lo lắng về khả năng Đảng Hành động Nhân dân của Lý Quang Diệu thu hút cử tri tại Malaya, và cố gắng tổ chức một đảng tại Singapore nhằm thách thức vị thế của Lý Quang Diệu tại đây. Đáp lại, Lý Quang Diệu đe dọa cho đảng viên của Đảng Hành động Nhân dân ứng cử tại Malaya trong bầu cử liên bang năm 1964, bất chấp một thỏa thuận trước đó. Căng thẳng dân tộc tăng cường khi Đảng Hành động Nhân dân thành lập một liên minh đối lập với mục tiêu bình đẳng giữa các dân tộc. Điều này kích động Tunku Abdul Rahman yêu cầu Singapore rút khỏi Malaysia, và điều này diễn ra vào tháng 8 năm 1965.
Sự cộng tác của Công hội người Hoa Malaysia và Đại hội người Ấn Malaysia trong các chính sách ưu tiên người Mã Lai khiến vị thế của họ bị suy yếu trong các cử tri người Hoa và người Ấn. Đồng thời, tác động từ các chính sách hành động quả quyết của chính phủ trong các thập niên 1950 và 1960 tạo ra một tầng lớp bất mãn gồm những người Mã Lai có giáo dục song thiếu việc làm. Điều này dẫn đến việc thành lập Mặt trận Nhân dân Malaysia (Gerakan Rakyat Malaysia) vào năm 1968. Đồng thời, Đảng Hồi giáo Malaysia (PAS) và một đảng xã hội của người Hoa mang tên Đảng Hành động Dân chủ (DAP) ngày càng được ủng hộ, lần lượt đe dọa đến UMNO và MCA.
Trong bầu cử liên bang vào tháng 5 năm 1969, Liên minh UMNO-MCA-MIC chỉ giành được 48% số phiếu, song vẫn duy trì thế đa số trong cơ quan lập pháp. Công hội người Hoa Malaysia mất ghế về tay các ứng cử viên của Gerakan hoặc DAP. Phe đối lập mừng thắng lợi bằng cách tổ chức một đoàn xe diễu trên các phố chính của Kuala Lumpur với những người ủng hộ. Lo sợ về những thay đổi dẫn đến phản ứng dữ dội của người Mã Lai, nhanh chóng biến thành bạo loạn và xung đột giữa các cộng đồng với kết quả là khoảng 6.000 nhà và cơ sở kinh doanh của người Hoa bị phóng hỏa và có ít nhất 184 người bị sát hại. Chính phủ tuyên bố một tình trạng khẩn cấp, và một Hội đồng điều hành quốc gia của Phó Thủ tướng Tun Abdul Razak đoạt quyền từ chính phủ của Tunku Abdul Rahman, đến tháng 9 năm 1970, Tunku Abdul Rahman buộc phải từ chức để ủng hộ Abdul Razak. Hội đồng gồm 9 thành viên và chủ yếu là người Mã Lai, nắm giữ toàn bộ quyền lực chính trị và quân sự.