Al-Qaeda
Chiến tranh chống khủng bố

Ngay sau vụ tấn công 11/9, chính phủ Mỹ đã đáp trả và bắt đầu chuẩn bị lực lượng vũ trang để lật đổ Taliban, tổ chức mà họ tin rằng đang chứa chấp al-Qaeda. Mỹ cho phép thủ lĩnh Taliban Mullah Omar cơ hội đầu hàng bin Laden và các cộng sự hàng đầu của hắn. Các lực lượng đầu tiên được đưa vào Afghanistan là các sĩ quan bán quân sự từ Bộ phận hoạt động đặc biệt tinh nhuệ của CIA (SAD).
Taliban đề nghị giao nộp bin Laden cho một quốc gia trung lập để xét xử nếu Mỹ cung cấp được bằng chứng về sự đồng lõa của bin Laden trong các vụ tấn công. Tổng thống Mỹ George W. Bush đáp lại: "Chúng tôi biết ông ta có tội. Hãy lật tẩy ông ta", và Thủ tướng Anh Tony Blair cảnh báo chế độ Taliban: "Hãy giao nộp bin Laden, hoặc bạn sẽ phải giao nộp quyền lực."
Ngay sau đó Mỹ và các đồng minh đã đưa quân vào Afghanistan, và cùng với Liên minh phương Bắc Afghanistan đã loại bỏ chính phủ Taliban như một phần của cuộc chiến ở Afghanistan. Do sự hỗ trợ của lực lượng đặc biệt Mỹ và lực lượng trên bộ của Liên minh phương Bắc, một số trại huấn luyện của Taliban và al-Qaeda đã bị phá hủy, và phần lớn cơ cấu hoạt động của al-Qaeda được cho là đã bị phá vỡ. Sau khi bị đuổi khỏi các vị trí chủ chốt ở khu vực Tora Bora của Afghanistan, nhiều chiến binh al-Qaeda đã cố gắng tập hợp lại ở khu vực Gardez hiểm trở của quốc gia này.
Vào đầu năm 2002, al-Qaeda đã bị giáng một đòn nặng nề vào năng lực hoạt động của tổ chức này, và cuộc xâm lược Afghanistan dường như đã thành công. Tuy nhiên, một cuộc nổi dậy với lực lượng đáng kể của Taliban đã diễn ra ở Afghanistan.
Các cuộc tranh luận tiếp tục liên quan đến bản chất vai trò của al-Qaeda trong vụ tấn công 11/9. Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ phát hành một đoạn băng ghi hình cho thấy bin Laden nói chuyện với một nhóm nhỏ cộng sự ở đâu đó ở Afghanistan không lâu trước khi Taliban bị hạ bệ. Mặc dù tính xác thực của nó đã bị một số người nghi ngờ, đoạn băng rõ ràng ám chỉ bin Laden và al-Qaeda trong vụ tấn công ngày 11 tháng 9. Cuốn băng đã được phát sóng trên nhiều kênh truyền hình, với bản dịch tiếng Anh kèm theo do Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ cung cấp.
Vào tháng 9 năm 2004, Ủy ban 11/9 chính thức kết luận rằng các cuộc tấn công được lên ý tưởng và thực hiện bởi các thành viên al-Qaeda. Vào tháng 10 năm 2004, bin Laden xuất hiện để nhận trách nhiệm về các cuộc tấn công trong một đoạn băng video được phát qua Al Jazeera, nói rằng ông ta được truyền cảm hứng từ các cuộc tấn công của Israel vào các tòa nhà cao tầng trong cuộc xâm lược Lebanon năm 1982: "Khi tôi nhìn những tòa tháp bị phá hủy ở Lebanon, tôi nghĩ rằng chúng ta nên trừng phạt kẻ áp bức bằng cách tương tự và chúng ta nên phá hủy các tòa tháp ở Mỹ để chúng phải nếm trải những gì chúng ta đã nếm trải, và để chúng phải chần chừ trước khi giết hại phụ nữ và trẻ em của chúng ta."
Cuối năm 2004, chính phủ Mỹ tuyên bố rằng 2/3 nhân vật cao cấp nhất của al-Qaeda từ năm 2001 đã bị CIA bắt và thẩm vấn: Abu Zubaydah, Ramzi bin al-Shibh và Abd al-Rahim al-Nashiri trong Năm 2002; Khalid Sheikh Mohammed năm 2003; và Saif al Islam el Masry năm 2004. Mohammed Atef và một số người khác bị giết chết. Phương Tây bị chỉ trích vì không thể xử lý triệt để Al-Qaeda dù đã trải qua một thập kỷ chiến tranh.