Đường Cao Tông
Thời gian xưng hiệu Thiên hoàng > Dàn xếp phía Đông và Tây

Trong khi đó ở vùng đất Cao Câu Ly và Bách Tế mà nhà Đường vừa chiếm được cũng xảy ra nhiều cuộc nổi loạn của người dân nhằm khôi phục quốc gia; cộng thêm sự công kích của Tân La. Bị kháng cự quyết liệt, đầu năm 676, Đường Cao Tông buộc phải dời An Đông đô hộ phủ ở Bình Nhưỡng về Liêu Thành (này là Liêu Ninh, Trung Quốc) thuộc Liêu Đông. An Đông đô hộ Cao Khản được Cao Tông gọi về Trường An. Vua Tân La Văn Vũ vương của Tân La liền xua quân đánh chiếm quận Hùng Tân (Ungjin, lãnh thổ Bách Tế cũ), đánh lên phía bắc chiếm một số thành trì của An Đông đô hộ phủ ở phía nam thành Bình Nhưỡng, chiếm gần hết bán đảo Triều Tiên, nhưng không vượt qua được sông Đại Đồng. Chiến thắng này, cùng với việc duy trì sự độc lập của Tân La, thường được coi là một bước ngoặt quan trọng trong lịch sử Triều Tiên. Khoảng 20.000 người Cao Câu Ly di cư từ An Đông đô hộ phủ sang Tân La (đời vua Tân La Văn Vũ Vương) sinh sống. Khoảng 1.800 người Cao Câu Ly di cư từ An Đông đô hộ phủ sang Nhật Bản (đời Thiên hoàng Tenmu) sinh sống và hình thành nên gia tộc Koma ở Nhật Bản.
Năm 677, Cao Tông phong Bảo Tạng Vương, vua cũ của Cao Câu Ly, làm Triều Tiên vương và đô đốc Liêu Đông châu (Hangul: 요동주도독 조선왕 Hanja:遼東州都督朝鮮王, Hán Việt: Liêu Đông châu đô đốc Triều Tiên Vương) của An Đông đô hộ phủ, rồi đưa ông ta đến An Đông đô hộ phủ ở Liêu Đông nhằm lợi dụng ông ta trấn an các thế lực phản loạn ở Cao Câu Ly. Còn Tiết Nhân Quý thì bị Cao Tông biếm làm Thứ sử Tượng Châu. Sau đó Cao Tông lại đổi phủ đô hộ An Đông từ Liêu Thành về Tân Thành (nay là Phú Thuận, Liêu Ninh, Trung Quốc), đồng thời đưa Phù Dư Long (Buyeo Yung) về cai trị quận Hùng Tân (Ungjin, lãnh thổ Bách Tế cũ) với mục đích tương tự như với Bảo Tạng Vương. Phù Dư Long nhanh chóng bị vua Tân La Văn Vũ vương của Tân La đánh đuổi khỏi quận Hùng Tân. Còn Bảo Tạng Vương khi sang An Đông đô hộ phủ ở Liêu Đông thì lại có ý khôi phục quốc gia Cao Câu Ly, đã tập hợp nhiều quân sĩ và khí giới, thành lập hội Đông Minh Thiên Khí Cái Thế (東明天氣盖世) và liên minh với các bộ tộc Mạt Hạt (tổ tiên của người Nữ Chân) do Khất Tứ Bỉ Vũ (Gulsabiwu) cầm đầu tiến hành ám sát các quan lại nhà Đường ở An Đông đô hộ phủ.
Trong khi đó quân Thổ Phiên tiếp tục xâm lấn vùng biên cương với nhà Đường, bắt tướng trấn giữ Đỗ Hiếu Thăng và ép Đỗ Hiếu Thăng viết thư cho Đô đốc Tùng châu Võ Cư Tịch cũng đầu hàng. Đỗ Hiếu Thăng không nghe, bỏ trốn về và giữ được Phù châu. Thiên hoàng phong ông ta làm Du Kích tướng quân.
Năm 678, theo gợi ý của Lưu Nhân Quỹ, Thiên hoàng phong Lý Kính Huyền đến trấn giữ phía tây đề phòng Thổ Phiên xâm lược. Tháng 9 ÂL năm 678, thiên hoàng muốn xuất quân thảo phạt Tân La, lão thần Trương Văn Quán tuy có bệnh nặng cũng cố đến gặp để khuyên can. Thiên hoàng đồng ý.. Cũng trong tháng đó, Lý Kính Huyền suất 180.000 quân giao chiến với Thổ Phiên ở Thanh Hải, nhưng bị quân Thổ Phiên đánh cho tan tác, Lý Kính Huyền bỏ chạy về Thiện châu. Biết Thổ Phiên là mối đe dọa, Đường Cao Tông từng nhiều lần muốn bàn ra một đối sách lâu dài: hoặc hòa thân, hoặc đem đại quân giao chiến, hoặc tăng cường phòng thủ, nhưng cuối cùng không đi đến quyết định nào.
Năm 679, nghe tin Tùng Cán Tán Phổ của Thổ Phiên đã chết, con là Khí Nỗ Tất Lộng nối ngôi, trong nước quốc dân không phục, muốn lập con thứ của Tán Phổ là Khâm Lăng lên ngôi, Cao Tông muốn nhân đó mà đem quân đánh Thổ Phiên, nhưng nghe can gián của Bùi Hành Kiệm, bèn thôi. Vợ Tán Phổ là công chúa Văn Thành (vốn được Đường Thái Tông gả sang Thổ Phiên) sai sứ sang hòa thân, Cao Tông chấp thuận.
Bùi Hành Kiệm sau đó tiến cử thủ lĩnh bộ lạc Phất Niết Mạt Hạt (bộ lạc đã quy thuận nhà Đường từ lâu) là Lý Đa Tộ cho Cao Tông. Cao Tông thấy Lý Đa Tộ dũng cảm và mạnh mẽ, có tài bắn cung và có những chiến tích quân sự nên gia phong cho Lý Đa Tộ chức Hữu Ưng Dương Đại tướng quân (右鷹揚大將軍). Trong một trong những chiến dịch chống lại bộ lạc Hắc Thủy Mạt Hạt phía đông bắc nhà Đường, Lý Đa Tộ đã dụ các thủ lĩnh của bộ lạc Hắc Thủy Mạt Hạt đến ăn tiệc với mình và chuốc cho họ say, sau đó Lý Đa Tộ ra tay tàn sát hết bọn họ.