Dự án Manhattan
Tổ chức > Ủy ban Chính sách Quân sự

Bush cảm thấy không hài lòng với thất bại của Đại tá Marshall trong việc triển khai dự án khẩn trương hơn, đặc biệt là chậm trễ trong việc trưng mua địa điểm ở Tennessee, dự án bị đặt ưu tiên thấp, và địa điểm sở chỉ huy lại nằm ở New York. Bush cho rằng cần có bộ máy lãnh đạo xông xáo hơn, và nói với Harvey Bundy-Trợ tá đặc biệt của Bộ trưởng Chiến tranh-và các tướng Marshall, Somervell, và Styer về các mối lo ngại này. Ông muốn dự án đặt dưới một ủy ban chính sách cao cấp, do một sĩ quan có uy tín, nên là Styer, làm tổng chỉ đạo. Somervell và Styer tiếp thu ý kiến nhưng chọn Groves cho vị trí trên.
Groves nhận được mệnh lệnh nhậm chức ngày 17 tháng 9, đồng thời Đại tướng Marshall thăng ông lên hàm Chuẩn tướng, cho rằng danh hiệu "tướng" có vẻ gây nhiều ấn tượng về quyền lực hơn với các nhà khoa học hàn lâm làm việc trong Dự án Manhattan. Groves theo đó trực tiếp dưới quyền Somervell thay vì Reybold, trong khi Đại tá Marshall chịu trách nhiệm báo cáo với Groves. Groves lập bản doanh ở Washington, D.C., ở tầng 5 của Trụ sở mới của Bộ Chiến tranh, nơi Đại tá Marshall từng đặt văn phòng liên lạc. Ông đảm nhận quyền chỉ huy dự án vào ngày 23 tháng 9. Vào ngày đó, Groves cũng tham dự cuộc họp do Stimson triệu tập để lập nên Ủy ban Chính sách Quân sự, chịu trách nhiệm báo cáo với Nhóm Chính sách Cao cấp của Tổng thống, bao gồm Bush (mà tiến sĩ Conant làm người dự khuyết), Styer và Chuẩn Đô đốc William R. Purnell. Tolman và Conant về sau được bổ nhiệm là các cố vấn khoa học của Groves.
Ngày 19 tháng 9, Groves đi tới chỗ Donald M. Nelson, chủ tịch Hội đồng Sản xuất Thời chiến, để xin cấp thẩm quyền rộng rãi gắn hạng AAA bất cứ khi nào dự án cần đến. Nelson ban đầu không chịu nhưng nhanh chóng chấp nhận khi Groves đe dọa sẽ đưa chuyện này tới Tổng thống. Groves hứa sẽ không sử dụng tới hạng AAA trừ khi nó cần thiết. Người ta sớm nhận ra đối với các nhu cầu thường ngày của dự án thì AAA là quá cao nhưng AA-3 quá thấp. Sau một thời gian dài vận động, Groves cuối cùng nhận được ưu tiên AA-1 ngày 1 tháng 7 năm 1944.
Một trong các vấn đề ban đầu của Groves là tìm giám đốc cho Dự án Y, nhóm phụ trách thiết kế và xây dựng bom. Lựa chọn dễ thấy nhất là một trong số ba lãnh đạo các phòng thí nghiệm, Urey, Lawrence hoặc Compton, nhưng vị trí của họ rất quan trọng không thay thế được. Compton đề xuất nên chọn Oppenheimer, người quen thuộc từ lâu với các khái niệm về thiết kế bom. Tuy nhiên Oppenheimer ít có kinh nghiệm quản lý, hơn nữa, không như ba người trên, ông không nhận được giải Nobel nào, danh hiệu mà nhiều nhà khoa học có thể cảm thấy là người đứng đầu một đại dự án quan trọng như này nên có. Cũng có những lo ngại về hồ sơ an ninh của Oppenheimer, vì nhiều người gần gũi với ông là cộng sản, bao gồm em trai ông là nhà vật lý Frank Oppenheimer; vợ ông, Kitty; và bạn gái ông Jean Tatlock. Một cuộc tranh luận dài trên tàu hỏa vào tháng 10 năm 1942 đã thuyết phục Groves và Nichols rằng Oppenheimer hiểu thấu suốt các vấn đề liên quan tới việc thiết lập một phòng thí nghiệm ở khu vực xa xôi và nên được bổ nhiệm làm giám đốc của nó. Chính Groves bỏ qua các yêu cầu về an ninh và cấp cho Oppenheimer quyền miễn trừ an ninh ngày 20 tháng 7 năm 1943.