Tađêô Lê Hữu Từ
Thời kỳ giám mục > Các hoạt động trong Chiến tranh Đông Dương > Giai đoạn 1949–1951

Giám mục Lê Hữu Từ thường nhắc nhở mọi người: "Chúng tôi (hay chúng ta, tùy trường hợp) chỉ biết phụng sự Thiên Chúa và Tổ quốc..., chúng tôi trọng công bình, bác ái, mưu hạnh phúc, hòa bình. Nhưng cộng sản đến, chúng tôi đánh! Mà thực dân đến, chúng tôi cũng đánh!". Tới đầu năm 1949, Phát Diệm giữ được cảnh ổn định, dân chúng di cư đến nhiều, các hoạt động dân sự, tôn giáo, và kháng chiến diễn ra hòa hợp. Thư ngày 25 tháng 1 năm 1949, Giám mục Lê Hữu Từ lên án Pháp: "Quân lính Pháp, với một sự dã man tột độ, đã phá huỷ tất cả, không trừ một thứ gì, kể cả nhà thờ. Trong vòng một năm, gần 300 nhà thờ đã bị bom đánh phá". Ông đã bị Pháp xếp vào hàng ngũ là loại người "có đầu óc quốc gia hơn hết" và là "linh hồn của cuộc kháng chiến chống Pháp". Chính vì vậy, thực dân Pháp dùng cách chia rẽ giám mục Từ với khả năng kháng chiến.
Sau nhiều thương lượng, chính phủ Pháp cộng tác với Bảo Đại thành lập Quốc gia Việt Nam vào tháng 3 năm 1949. Tuy được Pháp xem là "đối thủ của Việt Minh", nhưng trên thực tế, rất ít người dân Việt Nam và trên thế giới xem đây là một quốc gia độc lập. Đại diện của chính quyền này là Đại úy Trần Văn Đôn nhanh chóng liên lạc với linh mục Minh (từng là đại diện không chính thức của Giám mục Từ thương thuyết với Pháp) về khả năng chính quyền Bảo Đại hỗ trợ cho tờ báo của Giáo phận. Giám mục Từ, tuy không tin vào chính quyền Bảo Đại, nhưng lo ngại bị tấn công bởi cả Pháp và Việt Minh, đã thỏa hiệp. Thư chung ngày 20 tháng 10 cùng năm, Giám mục Lê Hữu Từ bác bỏ thông tin từ hãng thông tấn AFP cho rằng cuộc hành quân của Pháp được tiến hành vì chính quyền Bảo Đại nhận được lời đề nghị của Giám mục Lê Hữu Từ. Ông tuyên bố: "Không hề bao giờ tôi có thể có ý tưởng kêu gọi quân đội Pháp đến cứu giúp chúng tôi khỏi một sự nguy hiểm gì" và "Tôi không hề có một sự tiếp xúc nào với Chính phủ Bảo Đại."
Hồ Chí Minh nhiều lần gọi ông là "người bạn thân thiết", "người bạn quý mến"... Ông thường thư từ với Hồ chủ tịch và cộng tác với chính phủ Việt Nam Dân Chủ Cộng hòa khi cử linh mục đi uý lạo đồng bào miền Nam Trung Bộ đầu năm 1949. Ông cũng được ghi nhận đã cho huy động giáo dân phá cầu Trì Chính để cản đường quân Pháp hành quân năm 1949. Trước đó, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã nhờ Giám mục Từ nhờ giáo dân hỗ trợ phá cầu khi yêu cầu về chiến thuật cần thiết đến việc này.
Sau cái chết của Giám mục Tiên khởi người Việt Nam Gioan Baotixita Nguyễn Bá Tòng, cựu giám mục Phát Diệm, Giám mục Lê Hữu Từ, tuy là giám mục người Việt thứ năm, là một trong ba giám mục Việt Nam còn sống vào thời điểm tháng 8 năm 1949. Ông lúc này đã kiêm chức Giám quản Địa phận Bùi Chu, sau khi giám mục Giuse Đa Minh Hồ Ngọc Cẩn qua đời. Tờ Catholic New Service ngày 24 tháng 8 năm 1949 ghi nhận rằng cho đến thời điểm này, Giám mục Lê Hữu Từ đã bị ám sát hụt ba lần. Tờ báo cũng ghi nhận số giáo dân Phát Diệm vào thời điểm này là 120.000 người trên địa bàn có 420.000 cư dân.
Trái với những tuyên truyền chống đối, Lê Hữu Từ là người quyết liệt chống thực dân. Cho tới cuối thập niên 1940, ông đã thành công trong việc bảo vệ khu tự vệ Phát Diệm–Bùi Chu khỏi cả thực dân lẫn cộng sản. Tính đến năm 1949, 40.000 nông dân được huấn luyện bài bải và được  trang bị vũ khí hạng nhẹ và nhờ đó 70% diện tích vùng đồng bằng sông Hồng được đảm bảo an ninh.
Tháng 10 năm 1949, một toán lính dù của chính quyền thuộc địa Pháp nhảy dù xuống Phát Diệm, chỉ huy bởi Đại úy Nguyễn Văn Vỹ. Tuy đã đàm phán với Đại úy Vỹ, Giám mục Từ không thể nào công khai việc chào đón công khai người Pháp. Chính ở điểm này, lực lượng dân quân Công giáo được huy động để "đánh lại" quân ngoại xâm, sau vài phát đạn từ dân quân Phát Diệm và hai phát chỉ thiên từ quân Pháp, Phát Diệm chính thức đầu hàng và Giám mục Lê Hữu Từ đã ký một thỏa thuận đình chiến. Việt Minh cho rằng Giám mục Lê Hữu Từ là một kẻ phản bội và đây chỉ là một kế hoạch cho lính dù thuộc lực lượng Pháp đáp xuống và sẽ có thêm lực lượng Pháp đáp xuống khu vực nghĩa trang. Việt Minh cho rằng cuộc tấn công này của Pháp nhằm xây dựng một hệ thống bù nhìn, tách rời nửa triệu giáo dân Công giáo khỏi phong trào kháng chiến chống Pháp. Dù mang tính miễn cưỡng trên tinh thần tiếp tục "chán ghét Pháp và khinh thường Bảo Đại", kể từ sự kiện này, Giám mục Từ đã dự phần vào cuộc chiến ở vị trí nghiêng về quân Pháp. Sự kiện này đánh dấu sự thay đổi của Giám mục Từ về việc liên kết với Việt Minh, khi giáo dân thiếu liên kết với Việt Minh và nghi ngờ tổ chức này là Cộng sản. Cộng đồng Công giáo Phát Diệm và cả Bùi Chu dần suy tính đến phương án Bảo Đại để không liên kết với Cộng sản trong khi vẫn giành được độc lập. Chính phủ Bảo Đại trên thực tế được Tòa Thánh Vatican công nhận vào tháng 3 năm 1950. Sau khi phương án dựa vào chính quyền Bảo Đại giành độc lập không thành, giám mục Từ trên thực tế trong một trạng thái "chờ liên kết lại với Việt Minh".
Bước sang năm 1950 khi xung đột trên bán đảo Đông Dương đã mang màu sắc của Chiến tranh Lạnh, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ngày càng gắn kết với khối cộng sản quốc tế, cả thực dân Pháp và cộng sản Việt Nam đều muốn kiểm soát khu tự vệ Công giáo. Dù trên nguyên tắc đã thỏa thuận với chính phủ Bảo Đại và Pháp, chính quyền Pháp có rất ít ảnh hưởng lên Phát Diệm. Các giám mục vẫn là người quản lý Phát Diệm, có quyền trang bị và huấn luyện quân sự cho dân địa phương, để cử các quan chức tỉnh, thu thế và nhận trợ cấp từ Pháp. Về phía Việt Minh, khu vực [tự trị Phát Diệm] trở thành địa điểm buôn lậu hàng hóa như muối và thuốc cho các khu vực Việt Minh kiểm soát tại Thanh Hóa và Vinh. Một bài báo xuất bản tháng 1 năm 1950 đề cập đến vấn đề hạn chế ảnh hưởng của tuyên truyền bởi những người Cộng sản. Giám mục Lê Hữu Từ đào tạo chủng sinh, giáo sư chủng viện và cắt cử 80 đại chủng sinh và 5 linh mục đến các giáo xứ để thực hiện một chiến dịch phản tuyên truyền. Mỗi thứ bảy, bài giảng về chủ nghĩa Mác và lý thuyết xã hội của Giáo hội và cách thức chống lại chủ nghĩa Cộng sản được công bố và lắng nghe bởi tín đồ và các người không theo Công giáo. Cũng trong năm 1950, vào tháng 10, giám mục Từ đã cho 50 người gồm linh mục, tu sĩ và giáo dân đi du học Rôma.
Nhân dịp Năm Thánh Công giáo 1950, giám mục Lê Hữu Từ có chuyến viếng thăm Rôma. Trên chuyến đi, Giám mục Từ đã dừng chân tại Paris để gặp các quan chức cấp cao của Pháp, gồm Tổng thống Pháp Vincent Auriol, Thủ tướng Pháp René Pleven, Robert Schuman, Jean Letourneau, Georges Bidault. Ông yêu cầu nước Pháp chấp nhận và tuyên bố rõ ràng về Việt Nam là một quốc gia độc lập. Nhằm giải thích các hoạt động mang tính quyền bính thế tục, Giám mục Lê Hữu Từ cho gửi thư ký linh mục Phạm Quang Hàm đã có cuộc gặp để trình bày tình hình và hoàn cảnh của Giám mục Từ với Trưởng Bộ Thường vụ Phủ Quốc vụ khanh Tòa Thánh, Tổng giám mục Montini Sau khi xem xét tình hình, Tòa Thánh thông báo thông cảm cho hoàn cảnh của Giám mục Lê Hữu Từ, tuy nhiên khuyến cáo giám mục Từ chấm dứt tình trạng dính dáng tới thế quyền và trao quyền hành chính cho giáo dân để phòng tránh bất trắc. Giám mục Từ đã làm theo khuyến cáo này.