Thiên hoàng Kōmei
Lên ngôi Thiên hoàng > Cuộc đấu tranh giữa các phái (Satsuma, Chōshū) nhằm trao trả quyền hành cho Thiên hoàng

Trong phái "tôn nhương" (sonjō), bắt đầu có những tiếng nói kêu gọi hãy dẹp bỏ Mạc phủ để xây dựng một chính quyền mới với triều đình là trung tâm. Viên rōjū (hiếu trung) mới là Andō Nobumasa (1860–1862), người thay thế Ii Naosuke, đã tính đến việc xúc tiến việc kết hợp một cách êm đẹp giữa phái tôn nhương với phái theo mạc phủ trong một quá trình gọi là "công vũ hợp thể" (kōbu gattai). Andō dự tính đưa công chúa Chikako kết hôn với Shogun Tokugawa Iemochi, dù bà đã có hứa hôn với hoàng thân Arisugawa-no-Miya Taruhito. Việc này làm cho phái "tôn vương" do Mito, Satsuma và Aizu nổi giận và liên tiếp đem quân tấn công phái "nhương di" (chống người ngoại quốc, do phiên Chōshū cầm đầu): năm 1862, nhóm phiên sĩ của Mito tập kích đại quan Andō Nobumasa bên ngoài cửa Sakashita thành Edo, nhưng ông chỉ bị thương. Biến sự leo thang khiến cho lễ cưới của công chúa Chikako với tướng quân Iemochi có nguy cơ bị phá hoại, vì vậy Mạc phủ phải huy động quân đội đến từ hàng chục phiên khác nhau để bảo vệ đám rước dâu. Năm 1863 - 1864, sau sự kiện tập kích lữ quán Ikedaya (6/1864), phiên Chōshū phát binh trả đũa Satsuma và Aizu ở Kyoto vào Satsuma và Aizu ở Kyôto. Sử gọi là cuộc thảo phạt Chōshū lần thứ nhất. Chōshū thất bại, Mạc phủ buộc 3 vị karō (gia lão, trọng thần lãnh đạo chính trị của phiên) phải nhận lấy trách nhiệm gây nên cuộc chiến và mổ bụng tự sát (seppuku). Đầu của họ được gửi về mạc phủ để tạ tội, kết cuộc xem như đã được tha thứ.
Nhưng phe chống đối ở phiên Chōshū vẫn không chịu, tiếp tục các cuộc tấn công chống Mạc phủ và nước ngoài. Tháng 9/1864, sau khi bị quân nước ngoài truy kích và đánh bại, daimyō của phiên Chōshū là Mōri Takachika (1836-1869) cải cách quân đội theo kiểu phương Tây. Daimyō của phiên Satsuma là Shimazu Tadayoshi (1858-1871) bị trường hợp tương tự: quân đội Anh của viên công sứ Harry Smith Parkes (1865 - 1883) dùng thuyền nã pháo vào Kagoshima. Quân đội Satsuma chống trả mạnh mẽ và Anh đã bí mật ký mật ước liên minh với Satsuma, chống Mạc phủ rõ rệt. Tháng 1/1866, phiên Satsuma ký thỏa thuận đồng minh chống Mạc phủ. Đến tháng 6/1866, Mạc phủ cử quân thảo phạt Chōshū lần thứ hai. Nhưng lần này, Chōshū sử dụng vũ khí tối tân của phương Tây và có liên minh với Satsuma nên nhiều lần đánh bại quân Mạc phủ. Trận vây thành Hiroshima (9/1866), quân đội Mạc phủ liên tiếp thua trận và lợi dụng cơ hội Shogun Tokugawa Iemochi chết để rút quân.
Vị Shogun kế vị là Tokugawa Yoshinobu lên cầm quyền ngày 10/1/1867 đã đóng đô tại Kyoto mà không về Edo nữa. Dựa vào sự giúp đỡ của công sứ Pháp Léon Roches (1809-1901, lưu trú từ 1864-1868), Shogun tiến hành cải cách đất nước. Nghe theo lời khuyên của lãnh chúa phiên Tosa, Yamauchi Toyoshige (Sơn Nội Phong Tín, 1827-1872; do Sakamoto Ryōma thuyết phục) muốn trao trả chính quyền cho Thiên hoàng. Mặc dù người phát kiến là Ryōma bị ám sát chết trong một khu nhà trọ vào năm 1867, nhưng chính quyền Mạc phủ ngày càng sa lầy nghiêm trọng. Trước tình hình đó, Chōshū và Satsuma vận động daimyō của phiên Tosa là Yamauchi Toyonori (1859-1869) thuyết phục Shogun phải trao trả quyền hành cho Thiên hoàng để tránh nội chiến.
Đúng lúc tình hình đang phức tạp, Thiên hoàng Kōmei đột ngột băng hà, hưởng dương 37 tuổi. Kế vị ông là Thái tử Mutsuhito, lên ngôi và trở thành Thiên hoàng Meiji (Minh Trị Thiên hoàng).