Heinrich Himmler
Cuộc tàn sát chủng tộc

Bài chi tiết: Holocaust
Những chính sách chủng tộc của Đức Quốc xã, bao gồm quan điểm cho rằng những người thuộc chủng tộc thấp kém không có quyền được sống; quay trở lại những ngày đầu tiên của đảng Quốc xã; đã được Hitler bàn luận trong cuốn Mein Kampf. Vào thời điểm nào đó quanh khoảng thời gian Đức tuyên chiến với Mỹ vào tháng 12 năm 1941, Hitler cuối cùng đã quyết định rằng những người Do Thái ở châu Âu phải bị tận diệt. Heydrich đã sắp xếp một cuộc họp được tổ chức vào ngày 20 tháng 1 năm 1942 tại Wannsee, một khu vực ở ngoại ô Berlin. Cuộc họp có sự tham dự của các sĩ quan hàng đầu của Đức Quốc xã, mục đích là phác thảo ra các kế hoạch cho "giải pháp cuối cùng cho vấn đề Do Thái". Heydrich nêu chi tiết rằng những người Do Thái nào có thể làm việc sẽ phải làm việc cho đến chết; còn những người không thể làm việc sẽ bị giết ngay lập tức. Heydrich tính toán sẽ có khoảng 11 triệu Do Thái bị tiêu diệt, và nói với những người tham dự rằng Hitler đã đặt vai trò phụ trách cho Himmler.
Vào tháng 6 năm 1942, Heydrich bị ám sát ở Praha sau một chiến dịch do Jozef Gabčík và Jan Kubiš, các thành viên của quân đội lưu vong Tiệp Khắc, cầm đầu. Trong hai đám tang, Himmler-trưởng ban lễ tang-đã nhận trách nhiệm về hai đứa con của Heydrich, và ông đã đọc điếu văn tại Berlin. Vào ngày 9 tháng 6, sau cuộc thảo luận với Himmler và Karl Hermann Frank, Hitler ra lệnh thực hiện các cuộc trả thù tàn bạo cho cái chết của Heydrich. Hơn 13.000 người đã bị bắt, và ngôi làng Lidice bị san phẳng, những cư dân là nam giới của ngôi làng này và tất cả mọi người lớn ở ngôi làng Ležáky đều bị tàn sát. Ít nhất 1.300 người đã bị xử bắn. Himmler đã tiếp quản vị trí lãnh đạo của Cơ quan An ninh Trung ương (RSHA) và đẩy nhanh tốc độ tiêu diệt người Do Thái trong Aktion Reinhard (Chiến dịch Reinhard), một chiến dịch được đặt theo tên Heydrich. Ông ra lệnh thành lập các trại Aktion Reinhard-các trại hủy diệt đầu tiên-tại Bełżec, Sobibór, và Treblinka.
Ban đầu các nạn nhân bị hành quyết bằng các xe hơi ngạt hoặc xử bắn, nhưng những phương pháp này đã chứng minh rằng chúng không thể đáp ứng được một hoạt động có quy mô lớn như vậy. Vào tháng 8 năm 1941, Himmler có mặt trong đợt xử bắn 100 người Do Thái tại Minsk. Sau khi tận mắt chứng kiến, ông cảm thấy buồn nôn và run rẩy, và lo ngại về tác động của những việc làm như vậy đến sức khỏe tâm thần của lính SS. Ông quyết định phải đi tìm các phương pháp thay thế. Theo lệnh Himmler, đến mùa xuân năm 1942 khu trại ở Auschwitz đã được mở rộng lên đáng kể, bao gồm việc xây thêm các phòng hơi ngạt làm nơi tiêu diệt các tù nhân bằng việc sử dụng thuốc trừ sâu Zyklon B. Tính đến thời điểm chiến tranh kết thúc, đã có ít nhất 5,5 triệu người Do Thái bỏ mạng dưới chế độ phát xít; hầu hết các ước tính có phạm vi gần với con số 6 triệu người. Vào đầu năm 1943 Himmler tham quan trại Sobibór, cho đến thời điểm đó đã có 250.000 người bị giết chỉ riêng tại khu trại. Sau khi chứng kiến một đợt hành quyết bằng khí độc, ông thăng chức cho 28 người, và ra lệnh cho trại hoạt động thư giãn. Trong một cuộc nổi dậy vào tháng 10, các tù nhân đã tiêu diệt hầu hết các lính bảo vệ và nhân viên SS và 300 tù nhân đã bỏ trốn. Hai trăm người đã chạy thoát; một vài gia nhập các đơn bị kháng chiến hoạt động trên địa bàn. Những người còn lại bị giết. Khu trại được dỡ bỏ vào tháng 12 năm 1943.
Himmler là kiến trúc sư trưởng của Holocaust, ông đã lợi dụng niềm tin sâu sắc vào hệ tư tưởng phân biệt chủng tộc của Quốc xã để chứng minh tính đúng đắn của việc sát hại hàng triệu người. Quốc xã đã lên kế hoạch tiêu diệt những trí thức Ba Lan và hạn chế phổ cập giáo dục đến lớp bốn đối với những ai không phải người Đức trong vùng lãnh thổ Generalgouvernement cũng như những vùng lãnh thổ đã chinh phục. Hitler muốn một chủng tộc thượng đẳng thuần Aryan Bắc Âu thống trị tại Đức. Từng là một nhà nông học và nông dân Himmler đã được làm quen với các nguyên tắc lựa chọn giống, phương pháp mà ông đã đề xuất áp dụng cho con người. Ví dụ, Himmler tin rằng ông có thể sắp đặt cho quần chúng Đức có được diện mạo Bắc Âu trong vòng vài thập kỷ sau khi chiến tranh kết thúc thông qua thuyết ưu sinh.