Bắc phạt (1926–1928)
Giai đoạn thứ hai (4/1927-6/1928) > Khuyết Tưởng Giới Thạch (8/1927-1/1928)

Xem thêm thông tin: Khởi nghĩa Quảng Châu (1927)
Khi hai bên cố gắng hòa giải những khác biệt chính trị, lực lượng của Tôn tiếp tục bắn phá Nam Kinh từ bên kia sông Dương Tử. Cảm nhận được sự xáo trộn liên tục của Quốc quân, Tôn chuyển sang thử và chiếm lại Thượng Hải, trái với mong muốn của lãnh đạo An Quốc quân Trương Tác Lâm. Vào ngày 25 tháng 8, các nhóm đổ bộ của An Quốc quân đã được phái đi để vượt qua sông Dương Tử tại Long Đàm, gần Nam Kinh. Vào sáng sớm ngày 26 tháng 8, hàng ngàn binh lính của Tôn đã vượt sông, tập trung tại nhà ga Long Đàm thuộc tuyến đường sắt Thượng Hải Nam Kinh. Quân đội số bảy Quốc quân của Lý Tông Nhân đã cố gắng chuyển hướng An Quốc quân ra khỏi đường sắt trong một thời gian ngắn, nhưng hàng ngàn binh sĩ của Tôn, bao gồm các đơn vị lính đánh thuê Bạch vệ, đã vượt sông vào ngày hôm sau và chiếm lại nhà ga, cắt đứt liên lạc giữa Nam Kinh và Thượng Hải. Quốc quân quay cuồng đã gửi công văn cho tất cả các phe phái trong phong trào cách mạng, kêu gọi đoàn kết khi đối mặt với quân đội tiến công của Tôn. Theo đó, trong nỗ lực gây áp lực lên Tôn, Phùng Ngọc Tường và Tây Bắc quân của ông đã phát động một cuộc tấn công vào Sơn Đông vào ngày 28 tháng 8, trong khi Vũ Hán đưa quân đội về phía bắc, cố gắng vượt qua Tôn và Hà Ứng Khâm đã tiếp cận từ Thượng Hải. Với lực lượng của mình bị bao vây, và không thể tiếp tục di chuyển quân đội qua sông, An Quốc quân đã buộc phải từ bỏ nhà ga đường sắt Long Đàm vào ngày 30 tháng 8. Trong một nỗ lực tuyệt vọng để kháng cự, Tôn đã tập hợp 40,000 quân còn lại của mình và tiến hành một cuộc phản công vào ngày 31 tháng 8, chỉ bị nghiền nát trong một trận chiến dữ dội khiến hơn 10,000 binh sĩ đó thiệt mạng. Trong khi Tôn có thể trốn thoát đến Sơn Đông, những đội quân còn sống sót của anh buộc phải đầu hàng Quốc quân.
Với chiến thắng trong tay, các cuộc đàm phán hòa giải được bắt đầu lại vào ngày 7 tháng 9 và vào ngày 15 tháng 9, chính phủ Vũ Hán đã giải tán, với một chính phủ chung mới được thành lập tại Nam Kinh, dưới sự lãnh đạo của các tướng lĩnh Quảng Tây. Uông Tinh Vệ từ chối gia nhập chính phủ mới, cũng như Đường Sinh Trí, người đã trở thành một quân phiệt độc lập kiểm soát Hồ Bắc, Hồ Nam, Giang Tây và một số khu vực An Huy. Mặt khác, quân phiệt Sơn Tây Diêm Tích Sơn đã liên kết tỉnh của mình với chính quyền Nam Kinh, thêm 100,000 quân vào hàng ngũ Quốc quân và tăng áp lực lên Trương Tác Lâm.  Trong các cuộc chiến sau đó, cả lực lượng Sơn Tây và Phụng hệ đều không thể chiếm thế thượng phong. Quân đội của Diêm đã thành công chống lại một cuộc bao vây lớn tại Trác Châu, nhưng tiếp tục chịu thất bại nặng nề tại Bảo Định vào ngày 15/10. Tuy nhiên, mối đe dọa từ các lực lượng của Đường đã làm ảnh hưởng đến bất kỳ sự tiến lên nào về phía bắc của Quốc quân, và vì vậy vào tháng 10, đã chuyển sang dẹp tan cuộc nổi loạn nội bộ. Đường đã bị đánh bại vào đầu tháng 11, và phải sống lưu vong ở Nhật Bản ngay sau đó. Với việc Đường bị xử lý, hướng tấn công về phía bắc đã hoạt động trở lại, đến Bạng Phụ trước ngày 9 tháng 11. Tiếp tục tấn công, Tây Bắc quân và Phùng Ngọc Tường di chuyển về phía Từ Châu. An Quốc quân đã cố gắng phản công vào ngày 12 tháng 12, dẫn đầu là tàu hỏa bọc thép, nhưng nhanh chóng bị lực lượng Quốc quân và Tây Bắc quân kết hợp trở lại, đã chiếm Từ Châu vào ngày 16 tháng 12. An Quốc quân rút lui một lần nữa đến Sơn Đông.
Trong khi đó, tại Quảng Châu, một cuộc nổi dậy của cộng sản đã nổ ra vào ngày 11 tháng 12. Cuộc nổi dậy bạo lực nhanh chóng bị dập tắt, và vào ngày 13 tháng 12, Tưởng Giới Thạch kêu gọi chấm dứt tất cả các mối quan hệ còn lại với Liên Xô. Chính phủ Nam Kinh đã đồng ý, và cũng có thái độ nghi ngờ lòng trung thành đối với Uông Tinh Vệ, người đã lập căn cứ tại Quảng Châu sau khi chính quyền Vũ Hán kết thúc. Uông đi lưu vong ở Pháp vào ngày 17 tháng 12, mở đường cho sự trở lại của Tưởng với tư cách là tổng tư lệnh. Với thành công quân sự lực lượng Hợp Phố của Tưởng, các phe phái Quốc dân đảng khác nhau đã đồng ý công nhận tính hợp pháp của giới lãnh đạo của Tưởng. Do đó, Tưởng đã chính thức được mời tiếp tục chỉ huy Quốc quân vào ngày 1 tháng 1 năm 1928.