Xét nghiệm COVID-19
Phương pháp > Phát hiện virus > Xét nghiệm phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược (RT-PCR)

Phản ứng chuỗi polymerase (PCR) là một quá trình khuếch đại (sao chép) một đoạn DNA nhỏ, được xác định rõ, lên hàng trăm nghìn lần, tạo ra lượng đủ để phân tích. Các mẫu thử nghiệm được xử lý bằng một số hóa chất cho phép tách chiết DNA. Phiên mã ngược chuyển RNA thành DNA.
Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược (RT-PCR) đầu tiên sử dụng phiên mã ngược để thu được DNA, tiếp theo là PCR để khuếch đại DNA đó, tạo ra đủ để phân tích. RT-PCR do đó có thể phát hiện ra SARS-CoV-2, vốn chỉ chứa RNA. Quá trình RT-PCR thường cần vài giờ. Các xét nghiệm này còn được gọi là xét nghiệm phân tử hoặc xét nghiệm di truyền.
PCR thời gian thực (qPCR) cung cấp các lợi thế bao gồm việc tự động hóa, thông lượng cao hơn và thiết bị đo đáng tin cậy hơn. Nó đã trở thành phương pháp được ưa thích.
Kỹ thuật kết hợp đã được mô tả là RT-PCR thời gian thực  hoặc RT-PCR định lượng và đôi khi được viết tắt là qRT-PCR, rRT-PCR hoặc RT-qPCR, mặc dù đôi khi cũng được viết tắt thành RT-PCR hoặc PCR. Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) đề xuất thuật ngữ RT-qPCR, nhưng không phải tất cả các tác giả đều tuân thủ điều này.
Độ nhạy trung bình đối với các xét nghiệm phân tử nhanh phụ thuộc vào nhãn hiệu. Đối với ID NOW, độ nhạy trung bình là 73,0% với độ đặc hiệu trung bình là 99,7%; đối với Xpert Xpress độ nhạy trung bình là 100% với độ đặc hiệu trung bình là 97,2%. Thuật ngữ độ nhạy đề cập đến khả năng của một xét nghiệm để xác định tất cả những người bị nhiễm, trong khi độ đặc hiệu là khả năng của xét nghiệm để phát hiện một loại virus cụ thể.
Có thể lấy mẫu bằng nhiều phương pháp khác nhau, bao gồm ngoáy mũi họng, đờm (chất dịch ho ra), gạc họng, chất dịch đường thở sâu được lấy qua ống thông hút hoặc nước bọt. Drosten và cộng sự nhận xét rằng đối với SARS 2003, "từ quan điểm chẩn đoán, điều quan trọng cần lưu ý là gạc mũi và họng có vẻ ít thích hợp hơn để chẩn đoán, vì những vật liệu này chứa ít RNA virus hơn đáng kể so với đờm, và virus có thể không bị phát hiện nếu chỉ có những chất dịch này được kiểm tra."
Độ nhạy của các mẫu lâm sàng bằng RT-PCR là 63% đối với ngoáy mũi, 32% đối với ngoáy họng, 48% đối với phân, 72–75% đối với đờm và 93–95% đối với chất dịch lấy từ phế quản.
Khả năng phát hiện virus phụ thuộc vào phương pháp thu thập và khoảng thời gian đã trôi qua kể từ khi lây nhiễm. Theo các thử nghiệm Drosten được thực hiện với gạc họng chỉ đáng tin cậy trong tuần đầu tiên. Sau đó, virus có thể rời khỏi cổ họng và nhân lên trong phổi. Trong tuần thứ hai, việc lấy chất dịch là đờm hoặc trong đường thở sâu được ưu tiên hơn.
Việc thu thập nước bọt có thể có hiệu quả tương tự như ngoáy mũi và cổ họng, mặc dù điều này không chắc chắn. Lấy mẫu nước bọt có thể làm giảm nguy cơ cho các chuyên gia chăm sóc sức khỏe do không phải tương tác vật lý gần gũi. Điều này cũng làm bệnh nhân thấy thoải mái hơn. Những người được kiểm dịch có thể thu thập mẫu của riêng họ. Giá trị chẩn đoán của xét nghiệm nước bọt phụ thuộc vào vị trí lấy mẫu (sâu trong họng, khoang miệng hoặc tuyến nước bọt). Một số nghiên cứu đã phát hiện ra rằng nước bọt mang lại độ nhạy và độ nhất quán cao hơn khi so sánh với các mẫu ngoáy họng hoặc mũi.
Vào ngày 15 tháng 8 năm 2020, FDA Hoa Kỳ đã cấp phép sử dụng khẩn cấp cho xét nghiệm nước bọt được Đại học Yale phát triển, cho kết quả trong vài giờ.
Vào ngày 4 tháng 1 năm 2021, FDA Hoa Kỳ đã đưa ra cảnh báo về nguy cơ kết quả sai, đặc biệt là kết quả âm tính giả, với xét nghiệm RT-PCR thời gian thực Curative SARS-Cov-2 Assay.
Số lượng virus đo được trong bệnh phẩm đường hô hấp trên giảm sau khi khởi phát triệu chứng.
Trình diễn cách dùng tăm bông ngoáy mũi để xét nghiệm COVID-19
Trình diễn cách dùng tăm bông ngoáy họng để xét nghiệm COVID-19
Máy PCR
Video cách dùng tăm bông ngoáy mũi để xét nghiệm COVID-19