Trại hủy diệt Treblinka
Cuộc nổi dậy của tù nhân > Treblinka sau cuộc nổi dậy

Bất chấp sự việc diễn ra, Treblinka II vẫn tiếp tục hoạt động và duy trì là ưu tiên hàng đầu của lực lượng SS thêm một năm nữa. Stangl đã đến gặp người đứng đầu của Chiến dịch Reinhard, Odilo Globocnik, và thanh tra Christian Wirth ở Lubin; ông quyết định không thực hiện một bản báo cáo, coi như không có người Đức nào chết trong cuộc nổi dậy. Stangl muốn xây dựng lại trại, nhưng Globocnik nói rằng nó sẽ sớm bị đóng cửa và Stangl sẽ được chuyển đến Trieste để hỗ trợ ngăn chặn những phần tử chống đối ở đó. Những chỉ huy cấp cao của Đức Quốc xã có thể đã cảm thấy rằng Stangl, Globocnik, Wirth, và một số nhân viên khác của Chiến dịch Reinhard biết quá nhiều điều và muốn loại bỏ họ bằng cách chuyển ra mặt trận. Với việc hầu hết những người Do Thái ở các khu Do Thái tại Ba Lan đã bị tiêu diệt, có ít lý do để tái xây dựng lại trại. Auschwitz có đủ năng lực để đáp ứng nhu cầu tiêu diệt còn lại của Đức Quốc xã, thành ra Treblinka trở nên không còn cần thiết.
Chủ huy mới của trại là Kurt Franz, trước là phó chỉ huy, lên nắm quyền vào tháng 8. Sau chiến tranh ông chứng thực rằng hoạt động hành quyết bằng khí độc đã chấm dứt kể từ đó. Trên thực tế, mặc dù trại đã chịu những thiệt hại lớn, nhưng các phòng hơi ngạt thì vẫn còn nguyên vẹn và việc hành tuyết người Do Thái vẫn tiếp tục được tiến hành. Tốc độ giảm xuống, với chỉ 10 toa tàu leo lên đoạn đường ray dốc trong trại cùng một thời điểm, trong khi những toa khác thì phải đợi. Hai chuyến tàu cuối cùng chở người Do Thái đến trại để hành quyết bằng khí độc khởi hành từ khu Do Thái Białystok vào ngày 18 và 19 tháng 8 năm 1943. Theo một báo cáo được công bố bởi Văn phòng Thông tin của Armia Krajowa, dựa trên những quan sát về các chuyến tàu Holocaust đi qua ngôi làng Treblinka, thì chúng bao gồm 78 toa (37 trong ngày đầu tiên và 39 ngày thứ hai). 39 toa đến Treblinka vào ngày 19 tháng 8 năm 1943 mang theo ít nhất 7.600 người sống sót trong cuộc nổi dậy ở Khu Do Thái Białystok.
Vào ngày 19 tháng 10 năm 1943, Chiến dịch Reinhard chấm dứt với một lá thư từ Odilo Globocnik. Ngày hôm sau, một nhóm người Do Thái số lượng lớn, Arbeitskommando, những người đã làm công việc tháo dỡ trại trong vòng vài tuần trước đó, bị đem lên những chuyến tàu vận chuyển đến trại hủy diệt Sobibór thông qua Siedlce và Chełm và họ bị hành quyết vào ngày 20 tháng 10 năm 1943. Franz theo Globocnik và Stangl đến Trieste vào tháng 11. Các hoạt động dọn dẹp tiếp tục được tiến hành vào mùa đông. Những người Do Thái thuộc đội lao động còn sống tháo dỡ từng viên gạch của các phòng hơi ngạt và sử dụng chúng để xây lên một trang trại tại vị trí lò bánh mỳ cũ của trại như là một phần trong chiến dịch dọn dẹp. Trong một lá thư gửi cho Himmler từ Trieste vào ngày 5 tháng 1 năm 1944, Globocnik xác nhận mục đích của nó như là một bốt gác dành cho một thuộc hạ người Ukraina nhằm duy trì sự bí mật. Đó là một lính Hiwi có tên Oswald Strebel, một người Ukraina mang chủng tộc Đức, được cho phép đem gia đình của mình đến vì "những lý do của việc giám sát", Globocnik viết. Strebel từng là lính bảo vệ ở Treblinka II. Ông được chỉ dẫn để nói với những du khách rằng đó là một trang trại đã tồn tại trong nhiều thập kỷ, nhưng những người Ba Lan địa phương thì nhận thức rõ về sự tồn tại của khu trại.