Tokugawa Ieyasu
Chiến dịch Sekigahara (1598–1603)

Hideyoshi, sau 3 tháng ốm nặng, qua đời vào ngày 18 tháng 9 năm 1598. Ông được kế vị bởi con trai là Hideyori trên danh nghĩa, nhưng Hideyori mới có 5 tuổi, nên thực quyền nằm trong tay các quan nhiếp chính. Trong 2 năm sau đó, Ieyasu liên minh với rất nhiều đại danh, đặc biệt là những người không có cảm tình với Hideyoshi. May mắn cho Ieyasu, Toshiie - người già nhất và được kính trọng nhất trong số các quan nhiếp chính chết chỉ một năm sau đó. Với cái chết của Nhiếp chính quan Toshiie năm 1599, Ieyasu dẫn quân đến Fushimi và chiếm lâu đài Osaka, nơi ở của Hideyori. Điều này làm các quan nhiếp chính khác giận dữ và lên kế hoạch liên minh phát động chiến tranh.
Những người chống đối Ieyasu tập trung xung quanh Ishida Mitsunari, một đại danh hùng mạnh nhưng không phải là một nhiếp chính quan. Mitsunari âm mưu ám sát Ieyasu nhưng thông tin về vụ ám sát này đến tai vài tướng quân của Ieyasu. Họ cố giết Mitsunari nhưng ông chạy thoát và không được ai bảo vệ trừ chính Ieyasu. Vẫn chưa rõ ràng vì sao Ieyasu lại bảo vệ cho đối phương hùng mạnh của mình khỏi người của chính mình nhưng Ieyasu là một bậc thầy về chiến lược và có thể ông đã kết luận rằng tốt hơn là nên để Mitsunari lãnh đạo quân đội đối địch thay vì một trong các Nhiếp chính quan, những người có tính hợp pháp cao hơn.
Giờ đây gần như tất cả các đại danh và samurai của Nhật Bản chia thành hai phe – phe Mitsunari và phe chống Mitsunari. Ieyasu ủng hộ nhóm chống lại Mitsunari, và sắp xếp họ trở thành đồng minh tiềm năng của mình. Các liên minh của Ieyasu bao gồm gia tộc Date, gia tộc Mogami, gia tộc Satake và gia tộc Maeda. Mitsunari liên minh với 3 quan nhiếp chính khác: Ukita Hideie, Mori Terumoto và Uesugi Kagekatsu cũng như nhiều đại danh cho đến tận cùng phía Đông đảo Honshū.
Vào tháng 6 năm 1600, Ieyasu và đồng minh của mình tiến quân đánh bại gia tộc Uesugi, những người bị buộc tội lên kế hoạch chống lại sự thống trị của Toyotomi (dẫn đầu bởi Ieyasu, người đứng đầu Hội đồng Ngũ Nguyên lão). Trước khi đến lãnh địa nhà Uesugi, Ieyasu biết được thông tin rằng Mitsunari và đồng minh của mình đang tiến quân đến đánh mình. Ông sau đó dẫn một phần nhỏ quân mình tiến về phía Tây đến Kyoto. Vào cuối mùa hạ, quân của Ishida đánh chiếm được Fushimi.
Ieyasu và đồng minh hành quân đến dọc đường Tōkaidō, trong khi con trai ông Hidetada đi dọc Nakasendō với 38.000 quân. Trận chiến với Sanada Masayuki ở tỉnh Shinano cản trở bước tiến của Hidetada, và họ ông không thể kịp tham gia trận chiến.
Bài chi tiết: trận Sekigahara
Đây có lẽ là trận lớn nhất và gần như là quan trọng nhất trong lịch sử Nhật Bản. Bắt đầu vào ngày 21 tháng 10 năm 1600 với tổng cộng 160.000 quân ở cả hai phía. Trận Sekigahara kết thúc với chiến thắng toàn diện của Tokugawa. Liên minh phía Tây bị đánh tan và trong vòng vài ngày sau đó, Ishida Mitsunari và các quý tộc phía Tây bị bắt và giết. Tokugawa Ieyasu trở thành người thống trị không chính thức của Nhật Bản.
Ngay sau chiến thắng ở Sekigahara, Ieyasu phân chia lại đất đai cho các chư hầu đã phục vụ ông. Ieyasu không hãm hại nhiều đại danh phía Tây, như gia tộc Shimazu, trong khi những nhà khác bị tiêu diệt hoàn toàn. Toyotomi Hideyori (con trai của Hideyoshi) mất phần lớn đất đai của mình vốn dưới sự quản lý của các đại danh phía Tây, và bị giáng xuống làm một đại danh thường, không còn là người thống trị Nhật Bản. Trong những năm sau đó, các chư hầu trung thành với Ieyasu trước trận Sekigahara được gọi là đại danh fudai, trong khi những người trung thành với ông sau trận chiến (nói cách khác, là sau khi quyền lực của ông được khẳng định) được gọi là lãnh chúa đại danh tozama. Đại danh Tozama bị coi là thấp hơn đại danh fudai.