Suharto
Phế truất Sukarno (1965)

Căng thẳng giữa quân đội và lực lượng cộng sản gia tăng trong tháng 4 năm 1965, khi Sukarno xác nhận lập tức thi hành đề xuất của Đảng Cộng sản Indonesia về một "lực lượng vũ trang thứ năm" gồm các nông dân và công nhân có vũ trang. Tuy nhiên, ý tưởng này bị tầng lớp lãnh đạo của quân đội bác bỏ do tương đương với việc Đảng Cộng sản Indonesia lập quân đội riêng. Trong tháng 5, "văn kiện Gilchrist" khuấy động lo ngại của Sukarno về một âm mưu quân sự nhằm phế truất ông, mối lo ngại này được ông đề cập nhiều lần trong vài tháng sau đó. Trong phát biểu nhân ngày độc lập vào tháng 8, Sukarno tuyên bố ý định của mình là đưa Indonesia vào một liên minh chống chủ nghĩa đế quốc cùng Trung Quốc và các chế độ cộng sản khác, và cảnh báo quân đội không gây trở ngại.
Trước bình minh ngày 1 tháng 10 năm 1965, các binh sĩ từ Đội cận vệ tổng thống, Sư đoàn Diponegoro và Sư đoàn Brawidjaja bắt cóc và hành quyết sáu tướng lĩnh lục quân tại Jakarta. Các binh sĩ chiếm giữ Quảng trường Merdeka, bao gồm các khu vực trước Dinh Tổng thống, đài phát thanh quốc gia, và trung tâm viễn thông. Lúc 7:10 sáng, Untung bin Sjamsuri tuyên bố trên sóng phát thanh rằng "Phong trào 30 tháng 9" đã chặn trước một nỗ lực đảo chính Sukarno của các tướng lĩnh được CIA hậu thuẫn, và rằng đây là một quân vụ nội bộ. Phong trào 30 tháng 9 chưa từng có bất kỳ xâm phạm nào đến sinh mệnh của Suharto. Suharto ở tại bệnh viện quân đội Jakarta vào tối ngày 30 với con trai Tommy ba tuổi do cậu bị bỏng. Trung tá Abdul Latief đến thăm ông tại bệnh viện, đây là một nhân vật chủ chốt của Phong trào 30 tháng 9 và là bạn bè gia đình thân thiết của Suharto. Theo lời khai sau này của Latief, những người âm mưu cho rằng Suharto là một người trung thành với Sukarno, do đó Latief đến để báo tin cho ông về kế hoạch bắt cóc sắp tới để cứu nguy Sukarno, khi mà Suharto có vẻ thể hiện thái độ trung lập.
Sau khi biết tin về các vụ sát hại, Suharto đến trụ sở của KOSTRAD ngay trước bình minh, từ đây ông có thể quan sát các binh sĩ chiếm giữ Quảng trường Merdeka. Ông huy động các lực lượng đặc biệt KOSTRAD và RPKAD (nay là Kopassus) đi giành quyền kiểm soát trung tâm của Jakarta, chiếm các địa điểm chiến lược trọng yếu bao gồm đài phát thanh mà không gặp kháng cự. Suharto tuyên bố trên sóng phát thành vào lúc 9:00 sáng rằng sáu tướng lĩnh bị bắt cóc bởi "các phần tử phản cách mạng" và rằng Phong trào 30 tháng 9 thực tế có mục đích nhằm phế truất Sukarno. Ông nói rằng bản thân nắm quyền kiểm soát lục quân, và rằng ông sẽ tiêu diệt Phong trào 30 tháng 9 và bảo vệ Sukarno. Suharto ban một tối hậu thư đến Căn cứ Không quân Halim, là nơi Phong trào 30 tháng 9 đặt căn cứ và là nơi Sukarno, tư lệnh không quân Omar Dhani và Chủ tịch Đảng Cộng sản Indonesia Dipa Nusantara Aidit đã tụ tập, khiến họ giải tán trước khi các binh sĩ trung thành với Suharto chiếm căn cứ không quân vào ngày 2 tháng 10 sau giao tranh ngắn ngủi. Với sự thất bại của cuộc đảo chính được tổ chức kém, và được đảm bảo quyền lực từ tổng thống để khôi phục trật tự và an ninh, phe của Suharto củng cố quyền kiểm soát đối với lục quân vào ngày 2 tháng 10. Ngày 5 tháng 10, Suharto dẫn đầu một buổi lễ công cộng để an táng thi thể các tướng lĩnh.
Các thuyết phức tạp và có tính phe phái tiếp tục cho đến ngày nay về thân phận của những nhà tổ chức đảo chính và mục tiêu của họ. Theo giải thích của Lục quân, và sau đó là của "Trật tự Mới" thì đó là trách nhiệm của riêng Đảng Cộng sản Indonesia. Một chiến dịch tuyên truyền của Lục quân, các tổ chức học sinh Hồi giáo và Công giáo, thuyết phục các độc giả Indonesia và quốc tế rằng đó là một nỗ lực đảo chính cộng sản, và rằng các vụ sát hại là hành động tàn bạo hèn nhát chống lại các anh hùng Indonesia. Lục quân liên minh với các tổ chức dân sự tôn giáo lãnh đạo một chiến dịch nhằm thanh trừng xã hội, chính phủ, và quân đội Indonesia những phần tử thuộc đảng cộng sản và các tổ chức cánh tả. Thanh trừng lan rộng từ Jakarta đến phần lớn các khu vực còn lại trên toàn quốc. Ước tính được chấp thuận phổ biến nhất là có ít nhất nửa triệu người bị sát hại. Có đến 1,5 triệu người bị giam cầm trong một hay nhiều giai đoạn. Một kết quả của thanh trừng là một trong ba trụ cột ủng hộ của Sukarno- Đảng Cộng sản Indonesia- bị trừ khử hữu hiệu bởi hai trụ cột còn lại và quân đội và Hồi giáo.
Sukarno tiếp tục nhận được lòng trung thành từ các bộ phận lớn trong quân đội cũng như toàn dân, và Suharto thận trọng không cân nhắc đoạt quyền bằng đảo chính. Trong 18 tháng sau khi đàn áp Phong trào 30 tháng 9, diễn ra một tiến triển phức tạp các thủ đoạn chính trị chống lại Sukarno, bao gồm kích động sinh viên, đe dọa quốc hội, tuyên truyền truyền thông và các đe dọa quân sự.
Trong tháng 2 năm 1966, Sukarno thăng quân hàm Suharto là trung tướng (và thượng tướng vào tháng 7 năm 1966). Việc sát hại một sinh viên thị uy và lệnh của Sukarno về giải tán Diễn đàn Hành động Sinh viên Indonesia (KAMI) trong tháng 2 năm 1966 càng kích động công luận chống tổng thống. Ngày 11 tháng 3 năm 1966, sự xuất hiện của các binh sĩ bất minh quanh Cung điện Merdeka trong một phiên họp nội các buộc Sukarno tẩu thoát đến Cung điện Bogor bằng máy bay trực thăng. Ba tướng lĩnh trung thành với Suharto là Basuki Rahmat, M Jusuf, và Amirmachmud đến Bogor để gặp Sukarno. Tại đó, họ đạt được một sắc lệnh tổng thống (Supersemar) mà theo đó trao cho Suharto quyền lực tiến hành bất kỳ hành động cần thiết nào để duy trì an ninh.
Sử dụng sắc lệnh này, Suharto ra lệnh cấm chỉ Đảng Cộng sản Indonesia vào hôm sau, và tiếp tục thanh trừng các thành phần thân Sukarno khỏi quốc hội, chính phủ và quân đội, cáo buộc họ có cảm tình với cộng sản. Quân đội bắt giữ 15 bộ trưởng nội các và buộc Sukarno bổ nhiệm một nội các mới gồm những người ủng hộ Suharto. Quân đội bắt giữ các thành viên thân Sukarno và thân cộng sản của quốc hội, và Suharto thay thế các thủ lĩnh hải quân, không quân, và lực lượng cảnh sát bằng những người ủng hộ ông, những người này sau đó bắt đầu một cuộc thanh trừng quy mô lớn trong mỗi lĩnh vực.
Trong tháng 6 năm 1966, quốc hội được thanh trừng thông qua 24 nghị quyết, bao gồm cấm chỉ chủ nghĩa Marx-Lenin, phê chuẩn Supersemar, và tước bỏ danh hiệu tổng thống chung thân của Sukarno. Chính phủ kết thúc đối đầu với Malaysia và tái gia nhập Liên Hợp Quốc (Sukarno đưa Indonesia khỏi Liên Hợp Quốc vào năm trước). Suharto không tìm cách loại bỏ hoàn toàn Sukarno trong kỳ họp quốc hội này do vẫn còn ủng hộ đối với tổng thống trong các thành phần của quân đội.
Đến tháng 1 năm 1967, Suharto cảm thấy tự tin rằng ông đã loại bỏ toàn bộ sự ủng hộ quan trọng cho Sukarno trong quân đội, và Quốc hội quyết định tổ chức một phiên họp khác để buộc tội Sukarno. Ngày 22 tháng 2 năm 1967, Sukarno tuyên bố ông sẽ từ nhiệm tổng thống, và đến ngày 12 tháng 3, quốc hội tước bỏ quyền lực còn lại của Sukarno và bổ nhiệm Suharto làm quyền tổng thống. Sukarno bị quản thúc tại gia trong Cung điện Bogor; ông từ trần vào tháng 6 năm 1970. Ngày 27 tháng 3 năm 1968, Quốc hội bổ nhiệm Suharto làm tổng thống nhiệm kỳ 5 năm đầu tiên.