Giao thức và kiến trúc của Hệ thống X Window
Sự Liên thông giữa các trình khách > Chương trình quản lý cửa sổ

Bài chi tiết: Chương trình quản lý cửa sổ X
Chương trình quản lý cửa sổ là một trình ứng dụng điều khiển diện mạo của cửa sổ, và những phần tử đồ họa khác, trong một môi trường giao diện đồ họa người dùng. Nguyên nhân gây ra sự khác nhau về diện mạo của các hệ thống X Window trong các cài đặt khác nhau là do người ta dùng những chương trình quản lý cửa sổ khác nhau, hoặc do sự khác nhau trong cấu hình của chương trình quản lý cửa sổ được dùng mà ra.
Chương trình quản lý cửa sổ quyết định vị trí tọa độ của các cửa sổ, cho chúng một bộ viền trang trí ở quanh mép, xử lý các hình biểu trưng (icons), xử lý chuỗi bấm của chuột ở bên ngoài cửa sổ (như bấm chuột trên nền đằng sau), xử lý chuỗi bấm của bàn phím (chẳng hạn, thu nhỏ cửa sổ lại thành hình biểu trưng (iconify) khi tổ hợp phím ALT-F4 được bấm) v.v.
Đứng trên phương diện của trình chủ X, chương trình quản lý cửa sổ không khác gì các trình khách khác. Chương trình quản lý cửa sổ quản lý vị trí tọa độ khởi đầu cùng với những khung trang trí chung quanh của các cửa sổ, thông qua những yêu cầu sau đây:
Một trình ứng dụng có thể yêu cầu trình chủ dừng lại, không thi hành các yêu cầu để bài trí (hiển thị) các cửa sổ con của một cửa sổ mẹ nào đấy, song gửi một sự kiện thay thế;
Một trình ứng dụng có thể yêu cầu thay nhánh mẹ của một cửa sổ.
Chương trình quản lý cửa sổ dùng yêu cầu đầu tiên để chặn các yêu cầu bài trí các cửa sổ ở tầng trên cùng (top-level windows) (những cửa sổ con của cửa sổ gốc). Bất cứ lúc nào một chương trình ứng dụng đòi hỏi sự bài trí của một cửa sổ ở tầng trên cùng, trình khách cũng sẽ không xử lý yêu cầu, thay vào đó, nó gửi một sự kiện cho chương trình quản lý cửa sổ. Hầu hết các chương trình quản lý cửa sổ thay nhánh mẹ của cửa sổ: chúng tạo nên một cửa sổ ở tầng trên cùng to hơn (gọi là cửa sổ khung (frame window)), rồi thay nhánh mẹ của cửa sổ vốn có một thành cửa sổ con của nó. Trong phương diện đồ họa mà nói, việc làm này tương đương với việc đặt cửa sổ vốn có vào bên trong một cửa sổ khung. Khoảng không gian của cửa sổ khung không bị cửa sổ này chiếm chỗ, sẽ là chỗ để dành cho cái khung trang trí ở chung quanh cửa sổ như "đường viền" và "thanh tiêu đề" (the "border" and the "title bar").
Chương trình quản lý cửa sổ quản lý các chuỗi bấm của chuột trong cửa sổ khung. Nó xử lý những việc như dịch chuyển vị trí hay thay đổi cỡ của cửa sổ, khi người dùng bấm vào đường viền hay vào thanh tiêu đề và kéo.
Chương trình quản lý cửa sổ quản lý còn có trách nhiệm xử lý những hình biểu trưng, và những phần tử đồ họa liên quan trong giao diện đồ họa người dùng. Những hình biểu trưng không tồn tại ở tầng giao thức trung tâm của X Window (X Window core protocol). Chúng được thực hiện bởi chương trình quản lý cửa sổ. Chẳng hạn, khi một cửa sổ phải biểu trưng hóa (iconified) - cửa sổ bị thu nhỏ và chỉ được đại diện bằng một hình biểu trưng nhỏ -  chương trình quản lý cửa sổ FVWM xóa cửa sổ đó đi, làm cho nó vô hình, rồi tạo nên một cửa sổ con làm tên của hình biểu trưng, và có thể  một cửa sổ con nữa làm hình biểu trưng cho cửa sổ bị thu nhỏ. Vì vậy, ý nghĩa và phương pháp xử lý các hình biểu trưng hoàn toàn thuộc về trách nhiệm của chương trình quản lý cửa sổ: một số chương trình quản lý cửa sổ, như wm2, hoàn toàn không hỗ trợ và thực thi hình biểu trưng một tí nào hết.