Cách mạng Hồi giáo
Bối cảnh cuộc cách mạng > Thập niên 1960: Sự nổi lên của Ayatollah Khomeini

Xem thêm: Phòng trào 15 Khordad
Khomeini, người lãnh đạo tương lai của cuộc cách mạng Hồi giáo, đã được Hội Giáo viên trường đạo của Qom tôn lên làm marja vào năm 1953, sau cái chết của Đại Giáo chủ (Ayatollah) Seyyed Husayn Borujerdi. Ông cũng trở nên nổi tiếng về mặt chính trị vào năm đó khi đứng đầu những người chống lại Shah và chương trình cải cách của Shah được biết đến với tên Cách mạng trắng. Khomeini đã tấn công vào chương trình của Shah — chương trình này đã tước đoạt tài sản do một số giáo sĩ Shi'a sở hữu, cho phép phụ nữ có quyền bầu cử, cho phép bầu các tôn giáo thiểu số vào chính quyền, và thay đổi luật dân sự cho phép phụ nữ có quyền bình đẳng trong vấn đề hôn nhân — Khomeini tuyên bố rằng với những cải cách tiến bộ này, Shah đã "bắt đầu phá hoại Đạo hồi tại Iran".
Sau khi Komeini lăng mạ công khai Shah là "người đáng thương thảm hại" và bị bắt giữ vào ngày 5 tháng 6 năm 1963, đã có những vụ bạo loạn xảy ra liên tiếp trong ba ngày ở khắp Iran và cảnh sát đã mạnh tay trấn áp chúng. Chính quyền Pahlavi nói rằng có 86 người bị giết trong các cuộc bạo loạn; còn những người ủng hộ Khomeini cho rằng có ít nhất 15.000 người bị giết; trong khi một số khác nói rằng các báo cáo sau cuộc cách mạng trong hồ sơ của cảnh sát nói rằng có hơn 380 người bị giết. Khomeini bị quản thúc tại gia trong 8 tháng rồi được phóng thích. Ông tiếp tục khích động chống lại Shah về những vấn đề bao gồm sự hợp tác gần gũi của Shah với Israel và đặc biệt là những "thỏa ước" mở rộng những ưu đãi ngoại giao đối với các quan chức quân đội Hoa Kỳ của Shah. Vào tháng 11 năm 1964 Khomeini lại bị bắt giam và bị trục xuất, và phải lưu vong trong 14 năm cho đến cuộc cách mạng.
Một giai đoạn "yên bình nghẹt thở" diễn ra sau đó. Các lực lượng bất đồng bị lực lượng an ninh SAVAK đàn áp nhưng sự phục hồi của Đạo hồi vừa nhen nhóm bắt đầu phá hoại lý tưởng Tây phương hóa đang diễn ra, lý tưởng nền tảng cho đế chế già cổ của Shah. Ý tưởng của Jalal Al-e-Ahmad về Gharbzadegi (bệnh dịch của văn hóa phương Tây), sự diễn dịch Đạo Hồi theo xu hướng cánh tả của Ali Shariati, và sự nhắc đi nhắc lại niềm tin Shi'a dần trở nên phổ biến của Morteza Motahhari, tất cả những thứ đó lan truyền và thu hút người nghe, người đọc và những người ủng hộ. Quan trọng hơn cả, Khomeini đã phát triển và tuyên truyền lý tưởng của ông rằng Đạo Hồi cần phải có một chính quyền Hồi giáo của wilayat al-faqih, có nghĩa là các quy định sẽ do những nhà làm luật Hồi giáo đứng đầu ban hành. Trong loạt bài giảng vào đầu năm 1970, sau này được xuất bản thành sách (Hokumat-e Islami, Velayat-e faqih, hay Chính quyền Hồi giáo, Hộ pháp vụ của luật gia theo tiếng Việt), Khomeini đã tranh luận rằng Đạo Hồi chỉ phải tuân theo luật sharia, và luật này đến lượt nó đòi hỏi một hay nhiều nhà làm luật Hồi giáo đứng đầu không chỉ phải điều hành Đạo Hồi mà còn phải điều hành chính quyền.
Bài chi tiết: Hokumat-e Islami: Velayat-e faqih (sách của Khomeini)
Trong khi Khomeini không bàn về khái niệm này trong các cuộc phỏng vấn và thảo luận với những người ngoại đạo, cuốn sách này được phát hành rộng rãi trong khu vực tín ngưỡng, đặc biệt giữa những học trò (talabeh), học trò cũ (giáo sĩ) của Khomeini và các nhà lãnh đạo doanh nghiệp nhỏ. Nhóm này cũng bắt đầu phát triển những gì sau này trở thành mạng lưới chống đối mạnh mẽ và hiệu quả bên trong Iran, ghi lại những bài thuyết giáo trong thánh đường, mang lén những cuộn băng ghi âm lời giảng của Khomeini vào nước, và những phương cách khác. Bổ sung cho phe chống đối mang tính tín ngưỡng này là những sinh viên theo chủ nghĩa tân thời và những nhóm du kích ngưỡng mộ sự lãnh đạo của Khomeini mặc dù họ bất đồng và bị đàn áp bởi phong trào của ông sau cách mạng.