Số người thiệt mạng trong thảm sát Nam Kinh
Quan điểm ở Nhật Bản

Đầu năm 1938, cơ quan tình báo Mỹ đã giải mã được một bức điện do Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Hirota Kōki gửi cho các nhà ngoại giao Nhật Bản tại Hoa Kỳ. Bức điện có đề cập đến những hành động tàn bạo của quân đội Nhật Bản tại Nam Kinh và trích ước tính của nhà báo H.J. Timperley rằng có ít nhất 300.000 người Trung Quốc đã thiệt mạng. Trong khi Tôn Trạch Ngụy cho rằng bức điện này không thể được sử dụng làm bằng chứng trực tiếp cho thấy hơn 300.000 người đã thiệt mạng, ông nhấn mạnh rằng Hirota đã không hề bác bỏ hay phủ nhận số liệu này.
Một trong những công trình học thuật đầu tiên của các nhà sử học Nhật Bản về chủ đề này được công bố vào năm 1967, bởi Hora Tomio. Tuy nhiên, phải đến năm 1971, khi Honda Katsuichi, một nhà báo làm việc cho tờ Asahi Shimbun, đăng một loạt báo có tựa đề Hành trình đến Trung Quốc (中国の旅, Chūgoku no tabi) về Thảm sát Nam Kinh và các hành động tàn bạo khác trong chiến tranh của Nhật Bản, sự kiện này mới tạo ra một sức hút lớn trên toàn Nhật Bản. Trong khi hầu hết phản ứng đều tích cực, một số là tiêu cực và thậm chí có cả những bức thư đe dọa được gửi tới Honda. Ảnh hưởng to lớn của Honda đối với công chúng đã thúc đẩy các nhà văn và trí thức cánh hữu khởi động chiến dịch của riêng họ, công khai phủ nhận Thảm sát Nam Kinh. Một tác giả cánh hữu nổi tiếng trong thời kỳ này là một nhà báo có bút danh Suzuki Akira. Vào tháng 4 năm 1972, trên Shokun!, Suzuki xuất bản một bài báo chứng minh rằng những câu chuyện truyền miệng phổ biến về cuộc chiến chỉ là hư cấu hoặc cực kỳ phóng đại, từ đó đặt nghi vấn đề bản thân vụ thảm sát, và cho rằng chỉ có "vài chục nghìn" người bị giết. Ngay sau đó, xuất hiện nhiều người tuyên bố rằng không có vụ thảm sát nào diễn ra cả. Cả Hora và Honda sau đó đã viết nhiều ấn phẩm phản bác các tác giả cánh hữu.
Về sau, các nghiên cứu về thảm sát Nam Kinh ở Nhật Bản được chia thành ba nhóm: trường phái "ảo tưởng" (maboroshi-ha) của những người phủ nhận thảm sát Nam Kinh, trường phái "thảm sát lớn" (daigyakusatsu-ha) tin rằng hàng trăm nghìn người đã bị giết, và trường phái trung gian (chūkan-ha) ước tính số lượng người chết là hàng chục nghìn. Theo đó, những người theo chủ nghĩa cực đoan thường phủ nhận bất kỳ hành vi sai trái đạo đức nào của Nhật Bản, những người cánh tả cố gắng đưa ra số liệu gần đúng với quan điểm chính thức của Trung Quốc trong khi những người bảo thủ - không phải lúc nào cũng đồng nhất với "những người theo chủ nghĩa xét lại" và "những người phủ nhận" - cố gắng bác bỏ quan điểm của Trung Quốc và làm giảm tội ác chiến tranh của Nhật Bản. Như đã nói ở trên, sự khác biệt tồn tại giữa các nhóm một phần do cách hiểu khác nhau về khung thời gian và định nghĩa địa lý. Định nghĩa về địa lý của Eguchi và Takasaki về Thảm sát Nam Kinh bao gồm các khu vực như Tô Châu, cách đó 120 dặm (chiếm đóng vào ngày 19 tháng 11) và Gia Hưng, thất thủ cùng ngày với Nam Kinh. Ngoài Himeta, người sử dụng định nghĩa Nam Kinh và vùng ngoại ô, tất cả các thành viên khác của trường phái "thảm sát lớn" sử dụng định nghĩa Nam Kinh và 6 huyện xung quanh. Kasahara Tokushi, một trong những nhà sử học thương cảm nhất đối với các nạn nhân ở Nam Kinh, ước tính con số thiệt mạng từ 100.000 đến 200.000 người. Theo Saito (2016) và Nakano (2018), các sử gia thiên tả như Kasahara có xu hướng tạo ra một phiên bản lịch sử đúng đắn hơn về mặt chính trị và quốc tế với người Hàn Quốc và Trung Quốc. Tuy nhiên, các bài viết và hoạt động của họ lại phản tác dụng, gây ra các phản ứng dân tộc chủ nghĩa, từ đó tạo ra làn sóng phủ nhận những hành động sai trái trong quá khứ của Nhật Bản.
Khi tạp chí Shokun! khảo sát các thành viên của từng "trường phái", nhiều người được gọi là "trung gian" ủng hộ số liệu rất thấp, bao gồm giáo sư Đại học Dokkyo Nakamura Akira, nhà báo Sakurai Yoshiko, và nhà nghiên cứu Tanabe Toshio, người cho rằng khoảng 10.000 người bị thảm sát, và nhà sử học quân sự Hara Takeshi, người ước tính 20.000 người. Khi xem xét cuộc khảo sát này, Askew kết luận rằng tất cả những người "trung gian" được khảo sát đều thuộc nhóm "ảo tưởng" ngoại trừ Hara. Ngược lại, Wakabayashi đưa ra con số cao hơn và tin rằng ước tính 40.000 nạn nhân do Hata Ikuhiko đưa ra là con số hợp lý thấp nhất về tổng số người chết. Ngày nay, hầu hết các nhà sử học Nhật Bản theo trường phái được gọi là "thảm sát lớn" đã giảm phần nào ước tính số người chết và ủng hộ con số 100.000+ trái ngược với sự đồng thuận cũ là 200.000. Các nhà sử học Tohmatsu Haruo và H.P. Willmott cho rằng các học giả Nhật Bản thường coi ước tính khoảng 40.000 nạn nhân thảm sát là "ước tính đáng tin cậy nhất về mặt học thuật".
Ở Nhật Bản có một cuộc tranh luận dai dẳng về mức độ và tính chất của vụ thảm sát. Trong khi một số nhà nghiên cứu Nhật Bản đã có những vai trò nổi bật trong việc làm sáng tỏ sự thật, một số khác, bao gồm những người theo chủ nghĩa xét lại và cánh hữu ở Nhật Bản, thì cho rằng số người thiệt mạng thực tế thấp hơn nhiều, hoặc thậm chí cho rằng sự kiện này không hề xảy ra. Trong các bộ sách giáo khoa khác nhau ở Nhật Bản, có một số bộ không đề cập đến vụ thảm sát nào, nếu có thì chỉ đề cập ngắn gọn, và ước tính số người thiệt mạng dao động từ 10.000 đến trên 100.000 người chết.