Tác động của bão Yagi tại Việt Nam
Tác động > Lũ lụt và vỡ đê

Do mưa lớn, mực nước tại các hệ thống sông chính tại miền Bắc là hệ thống sông Hồng và hệ thống sông Thái Bình lên nhanh, gây ra một đợt lũ lớn tại khu vực này từ ngày 8 đến ngày 15 tháng 9; ngập lụt sâu diện rộng diễn ra tại 20/25 tỉnh thành thuộc khu vực Bắc Bộ. Bên cạnh đó, mưa lớn do bão cũng làm nước từ thượng nguồn chảy về Hồ thủy điện Thác Bà khiến mực nước tại hồ này dâng lên nhanh, được đánh giá "đạt mức lịch sử" lên đến 5,6 nghìn mét khối trên giây, hồ phải xả lũ 3 cửa. Chính quyền Việt Nam đã chuẩn bị đến khả năng phải phá đập phụ, tuy nhiên sau đó mực nước về hồ giảm dần, phương án phá đập không phải thực hiện và thủy điện Thác Bà an toàn. Ngoài ra, hồ Hòa Bình và hồ Tuyên Quang lần lượt mở 2 và 8 cửa xả đáy.
Đối với hệ thống sông Hồng, lũ đã xảy ra trên toàn hệ thống từ vùng thượng nguồn tại sông Thao đến đoạn hạ nguồn và đổ ra biển ở Đồng bằng Bắc Bộ cùng các nhánh. Tại sông Thao, đỉnh lũ đo tại Bảo Hà (Lào Cai) vào ngày 10 tháng 9 đã vượt mức lũ lụt lịch sử 1971 là 1,02 m; đỉnh lũ đo tại trạm Lào Cai là 86,97 m, trên báo động 3 nhưng dưới mức lũ lịch sử. Đoạn sông Thao qua Yên Bái, đỉnh lũ lúc 17 giờ ngày 10 tháng 9 lên đến 35,73 m, trên báo động 3 và vượt 1,31 m so với mức lịch sử năm 1968. Đỉnh lũ trên sông Lô tại Phú Thọ cũng đạt trên báo động 3. Ở vùng hạ du, mực nước sông Hồng tại trạm Hà Nội cũng lên đến 11,3 m; dưới báo động 3 là 0,2 m vào rạng sáng ngày 12 tháng 9. Mức lũ này là cao nhất kể từ năm 2002 đến nay tại Hà Nội, năm 2002 đạt 12,3 m vào ngày 18 tháng 8, năm 2003 mực nước cao nhất năm là 9,75 m, năm 2004 là 11,04 m và là lần gần nhất mực nước lũ trên 11 m tại Hà Nội. Trong khi đó, ở vùng ngoại thành Hà Nội, nước sông dâng lên mức vượt báo động 3 tại một số sông nhỏ là nhánh của sông Đáy như như sông Tích, sông Bùi. Ngoài ra, các vùng hạ nguồn như Hà Nam (sông Đáy), Nam Định (sông Ninh Cơ), Ninh Bình (sông Hoàng Long), đỉnh lũ cũng đạt trên báo động 3, gây ngập lụt sâu nhiều vùng. Trong đó, đỉnh lũ trên sông Đáy tại trạm Phủ Lý đạt 5,22 m vào ngày 12 tháng 9, vượt mức lũ lịch sử là 0,29 m và lũ trên sông Ninh Cơ cũng đạt đỉnh trong chiều 12 tháng 9, vượt mức lũ lịch sử 0,14 m.
Đối với hệ thống sông Thái Bình, đỉnh lũ trên sông Cầu tại Gia Bảy, Thái Nguyên đạt 28,81 m, tức trên 1,81 m so với mực nước báo động 3 và vượt mức lũ lịch sử được ghi nhận vào năm 1959; đỉnh lũ sông Cầu tại Bắc Ninh và sông Thương tại Bắc Giang cũng đạt ngưỡng trên báo động 3, riêng tại Phủ Lạng Thương tiệm cận mức lũ lịch sử. Tại Hải Dương, đỉnh lũ các sông Thái Bình, sông Kinh Thầy đạt mức cao nhất trong 28 năm, vượt mức báo động 3. Trong đó, đỉnh lũ sông Thái Bình tại Phả Lại đạt mức 6,25 m vào 17 giờ ngày 12 tháng 9, cao nhất từ năm 1996 đến nay (năm 1996 mực nước lũ cao nhất tại Phả Lại đạt 6,52 m). Lũ lớn cũng xuất hiện ở một số sông khác trên hệ thống sông Thái Bình như sông Kinh Môn, sông Gùa.
Mực nước lũ lên cao đã gây ngập lụt tại các vùng trũng thấp ở ven các sông; nhiều bãi bồi, bờ bãi bị nước xâm lấn; nhiều diện tích bãi nổi giữa sông bị ngập sâu. Hệ thống đê, kè, công trình ven sông tại các tỉnh Đồng bằng sông Hồng chịu ảnh hưởng tiêu cực, đặc biệt tại các vị trí điểm yếu. Các hoạt động giao thông đường thủy, nuôi trồng thủy sản, sản xuất nông nghiệp và các hoạt động kinh tế xã hội, đặc biệt tại hạ lưu sông Hồng, sông Thái Bình, cũng bị ảnh hưởng. Tối ngày 10 tháng 9, một sự cố vỡ đê tại sông Lô đã xảy ra, khiến cho nhiều nhà dân tại xã Quyết Thắng, huyện Sơn Dương của tỉnh Tuyên Quang bị nhấn chìm dưới nước trong một khu vực rộng lớn. Vị trí đê bị vỡ giáp với ranh giới giữa xã Quyết Thắng với xã Hợp Nhất của huyện Đoan Hùng, tỉnh Phú Thọ. Theo tờ Thanh Niên, chiều dài đoạn đê bị vỡ là 22 m và nguyên nhân gây ra sự cố là do mưa lũ do ảnh hưởng sau bão Yagi khiến cho mực nước sông Lô dâng cao trên mức báo động 3.