Elisabeth của Áo, Vương hậu Pháp
Góa phụ và qua đời

Trở lại Viên, Elisabeth sống tại ngôi nhà thời thơ ấu của mình, Stallburg. Vào ngày 12 tháng 10 năm 1576, người cha yêu dấu của bà là Maximilian II qua đời, và anh trai bà là Rudolf II lên kế vị ngai vàng Hoàng đế La Mã Thần thánh. Bi kịch cuối cùng của Elisabeth xảy ra vào ngày 2 tháng 4 năm 1578, khi cô con gái năm tuổi rưỡi Marie Élisabeth qua đời. Khi có lời cầu hôn mới, lần này là từ Felipe II của Tây Ban Nha sau cái chết của chị gái Anna vào năm 1580, Elisabeth lại từ chối; Theo Brantôme, Elisabeth đã đáp lại lời đề nghị bằng câu nói nổi tiếng: "Các Vương hậu nước Pháp không tái hôn" (Les Reines de France ne se remarient point), như Blanca của Navarra, góa phụ của Philippe VI đã từng nói.
Tại Pháp, nơi Busbecq quản lý tài sản của mình, Elisabeth đã cho xây dựng một ngôi trường Dòng Tên tại Bourges, mặc dù chưa bao giờ nhận được doanh thu từ đất đai của mình. Đầu năm 1580, Elisabeth mua một số đất gần Stallburg và thành lập Tu viện Dòng Chị Em Thanh Bần Mary, Nữ vương của các Thiên thần (Klarissinnenkloster Maria, Königin der Engel), còn được gọi là Tu viện Nữ vương (Königinkloster). Từ đó, Elisabeth dành cả cuộc đời để noi gương thánh bổn mạng của tu viện trong việc thực hành lòng đạo đức, cứu trợ người nghèo và chăm sóc sức khỏe. Ngay cả những cô con gái nghèo khó của giới quý tộc cũng nhận được sự ủng hộ của bà. Elisabeth cũng tài trợ cho việc trùng tu Nhà nguyện Các Thánh tại Hradčany, Praha, nơi đã bị phá hủy trong một trận hỏa hoạn năm 1541. Elisabeth cũng mua được một số thánh tích cho tu viện của mình. Năm 1588, với sự đồng ý của em trai là Maximilian, với tư cách là Phó giám mục của Hiệp sĩ Teuton, một số hài cốt của Thánh Elisabeth nước Hungary đã được gửi đến cho Elisabeth từ Marburg.
Sau khi rời nước Pháp, Elisabeth vẫn duy trì mối quan hệ thư từ thường xuyên với em dâu là Vương hậu Marguerite, và khi Marguerite bị xa lánh khỏi phần còn lại của vương thất, bà đã dành một nửa số nguồn thu từ Pháp cho Elisabeth. Brantôme kể rằng có một lần, Elisabeth đã gửi cho Marguerite hai cuốn sách do mình viết (hiện đã thất lạc): một tác phẩm sùng đạo (Về Lời Chúa) và một tác phẩm lịch sử (Về những sự kiện quan trọng xảy ra ở Pháp vào thời của bà).
Elisabeth qua đời vào ngày 22 tháng 1 năm 1592 do bệnh viêm màng phổi, và được chôn cất dưới một phiến đá cẩm thạch trong nhà thờ tu viện của mình. Về cái chết của Elisabeth, Brantôme đã viết:
Trong quá trình cải cách theo chủ nghĩa Joseph, tu viện của Elisabeth đã bị đóng cửa vào năm 1782 để xây dựng Nhà thờ Luther Thành phố. Theo lệnh của Hoàng đế Joseph II, hài cốt của Elisabeth đã được chuyển đến một trong những hầm mộ bên dưới Nhà thờ Thánh Stephan, Viên.
Trong di chúc của mình, Elisabeth đã quyên góp tiền không chỉ cho người nghèo và người bệnh, mà còn bao gồm cả quỹ cầu nguyện cho người chồng quá cố của bà tại nhà thờ của tu viện. Các cuốn sách tiếng Tây Ban Nha, Đức, Pháp, Ý và Latinh từ thư viện của Elisabeth, một số tác phẩm của nhà truyền giáo Dòng Tên Georg Scherer, một cuốn sách tiên tri của nhà chiêm tinh người Pháp Nostradamus được viết vào năm 1571, và bi kịch của Antigone, viết bởi nhà thơ Hy Lạp cổ đại Sophocles được để lại cho anh trai bà là Hoàng đế Rudolf II. Chiếc nhẫn cưới của Elisabeth được trao cho một người anh trai khác là Ernst.