Lịch sử Trung Hoa Dân Quốc
Trung Hoa Dân Quốc ở Đài Loan, 1945/1949–nay > Trung Hoa Dân Quốc thế kỷ XXI

Cuộc bầu cử tổng thống năm 2000 đã đánh dấu sự kết thúc vai trò đảng cầm quyền của Quốc Dân Đảng. Ứng cử viên Đảng Dân chủ Tiến bộ đối lập Trần Thủy Biển chiến thắng trong cuộc đua tay ba, đây cũng là lần đầu tiên Liên minh Xanh của Quốc Dân Đảng bị chia rẽ với ứng cử viên tự do Tống Sở Du (cựu thành viên Quốc Dân Đảng) và ứng cử viên Quốc Dân Đảng Liên Chiến. Trần Thủy Biển giành 39% số phiếu. Sau cuộc bầu cử, Tống Sở Du thành lập Thân Dân Đảng (親民黨, People First Party).
Trần Thủy Biển tái cử chỉ với chênh lệch nhỏ 0.2% số phiếu trong cuộc bầu cử tổng thống năm 2004 trước đối thủ, chủ tịch Quốc Dân Đảng Liên Chiến liên minh cùng Chủ tịch Đảng Nhân dân Đệ Nhất Tống Sở Du. Hôm trước cuộc bầu cử, cả Trần Thủy Biển và Phó tổng thống Lữ Tú Liên (nữ) đều bị bắn khi đang cổ động tranh cử tại Thành phố Đài Nam. Thương tích của họ không nghiêm trọng, nhưng vụ việc này được cho là đã giúp làm tăng thiện cảm của dân chúng, ảnh hưởng tới kết quả cuộc bầu cử. Vụ này cũng là cái cớ để tổng thống Trần Thủy Biển tuyên bố tình trạng khẩn cấp quân sự, để ngăn cảnh sát và quân đội, vốn ủng hộ liên minh Quốc Dân Đảng, tham gia bầu cử. Liên Chiến không chấp nhận kết quả bầu cử, kêu gọi tái kiểm phiếu. Quốc Dân Đảng và những người ủng hộ Đảng Thân Dân tổ chức những cuộc tuần hành phản đối lớn trong nhiều tuần lễ sau đó. Cuối cùng, Quốc Dân Đảng và Thân Dân Đảng đưa vụ việc ra trước tòa án. Tòa án tối cao ra lệnh tái kiểm phiếu trên toàn quốc và không tìm thấy bằng chứng cho các cáo buộc của Quốc Dân Đảng và Thân Dân Đảng. Tòa án phán quyết rằng kết quả bầu cử là hợp pháp và có giá trị.
Trong cuộc bầu cử lập pháp tổ chức ngày 8 tháng 12 năm 2004, Liên minh Toàn Lam Quốc Dân Đảng - Thân Dân Đảng thắng cử với đa số mong manh nhưng cũng đủ khiến Tổng thống Trần Thủy Biển phải từ chức Chủ tịch Đảng Dân Tiến. Chính phủ của Thủ tướng Du Tích Khôn từ chức, và Tạ Trường Đình lên nắm quyền ngày 25 tháng 1 năm 2005.
Trong một động thái mà một số người coi là phản ứng trước việc Trần Thủy Biển được tái cử, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa đưa ra một dự luật luật chống ly khai cho phép sử dụng vũ lực với Đài Loan và chính phủ Trung Hoa Dân Quốc nếu họ chính thức tuyên bố độc lập. Tuy nhiên, luật này gặp phải sự phản đối rộng rãi từ hầu như mọi đảng phái chính trị và những nhân vật nổi tiếng tại Trung Hoa Dân Quốc cũng như từ các nước Phương Tây. Những cuộc đàm phán diễn ra trong tháng 1 tại Ma Cao giữa các quan chức hàng không hai bên dẫn tới thỏa thuận cho phép các chuyến bay thẳng qua eo biển giữa Trung Hoa đại lục và Đài Loan trong dịp Tết Nguyên Đán. Trong một loạt những sự kiện có tính đột phá, Tổng thống Trần Thủy Biển và Chủ tịch Đảng Thân Dân Tống Sở Du đã có cuộc gặp gỡ với nhau và vị tổng thống ngả theo chiều hướng độc lập đã nói rằng việc thống nhất với Đại lục cũng có thể là một ý kiến xem xét. Phản đối lại dự luật chống ly khai của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, Tổng thống Trần Thủy Biển đã tham gia một cuộc hội thảo qua truyền hình với Nghị viện châu Âu ở Brussels thúc giục Liên minh châu Âu không dỡ bỏ lệnh cấm vận vũ khí với Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa.
Chính trị trong nước ở thời cầm quyền của Tổng thống Trần Thủy Biển hoàn toàn bế tắc khi Quốc Dân Đảng cùng Thân Dân Đảng nắm Liên Minh Toàn Lục đa số trong quốc hội. Những vấn đề không thể hoàn thành ở thời kỳ này vì sự bế tắc chính trị là dự định mua các loại vũ khí hiện đại để tăng cường sức mạnh quân sự của Trung Hoa Dân Quốc như, máy bay chống tàu ngầm P-3 Orion từ chính phủ Mỹ, vấn đề cải cách luật pháp ngân hàng giúp củng cố nhiều ngân hàng trong nước bởi không một ngân hàng chiếm tới 10% thị phần trong nước. Cũng cần lưu ý rằng tổng thống Trung Hoa Dân Quốc, không giống như tổng thống Hoa Kỳ, không có quyền phủ quyết, khiến ông ta không có được một con bài cần thiết khi đàm phán với nhánh lập pháp đối lập, không cần biết nghị viện đó chiếm đa số mong manh tới mức nào.
Hiến pháp đã được sửa đổi thêm nữa trong năm 2005, tạo ra một hệ thống bầu cử kép, với các ghế đại diện theo đa số và các ghế đại diện theo tỷ lệ, cùng lúc ấy bãi bỏ Quốc hội, chuyển đa số quyền lực cũ của nó vào tay Lập Pháp Viện, và quy định những sửa đổi hơn nữa cần phải được thông qua bởi một cuộc trưng cầu dân ý. Hiến pháp tiếp tục được sửa đổi, và có lẽ sẽ tiến tới việc tạo lập một sự cân bằng quyền lực giữa tổng thống và Nghị viện. Vấn đề chính thức tuyên bố độc lập của Đài Loan cũng luôn là một câu hỏi hiến pháp.