Thảm sát Trường Trung học Columbine
Vụ thảm sát > Thảm sát tại thư viện

Patti Nielson liên lạc bằng điện thoại với dịch vụ khẩn cấp, thông báo hiện tình và cố đưa học sinh vào ẩn nấp dưới bàn. Theo những dữ liệu được ghi lại, tổng đài 911 nhận cuộc gọi của Nielson lúc 11:25:05. Khoảng cách từ lúc nhận cuộc gọi đến lúc hai sát thủ bước vào thư viện là bốn phút mười giây. Trước đó, từ cầu thang ở Hành lang Nam chúng ném hai quả bom ống vào căng tin, cả hai đều phát nổ. Chúng ném một quả khác vào Hành lang Thư viện, phá hỏng dãy tủ cá nhân (locker). Lúc 11:29, hai hung thủ bước qua lớp cửa dày của thư viện, bên trong là 52 học sinh, 3 nhân viên thư viện, và cô giáo Nielson; tất cả đều nấp dưới bàn và cố nép mình bên trong các phòng nghỉ kế cận thư viện.
Harris bắn vào tủ trưng bày và quầy thư viện, làm bị thương Evan Todd đang nấp kế tủ trưng bày. Harris ra lệnh cho mọi người "Đứng lên!", la to đến nổi tiếng của hắn được ghi lại trên băng của 911 (lúc 11:29:18). Những người đang nấp trong các phòng nghỉ nghe tiếng bọn chúng "Ai đội mũ trắng, đứng lên!" và "Lũ lực lưỡng đẹp trai (jock), đứng lên! Bọn tao chỉ kiếm những tên mũ trắng!" (đội mũ dã cầu màu trắng là truyền thống ở trường Columbine dành cho thành viên các đội thể thao). Khi không ai chịu đứng lên, một người nghe tiếng nói: "Tốt, tao sẽ bắn!". Hai sát thủ đi dọc theo thư viện đến hai dãy bàn vi tính. Evan Todd nấp bên dưới quầy hành chính. Kyle Velasquez đang ngồi ở dãy bắc, thu mình dưới một bàn vi tính. Klebold nã đạn vào đầu và lưng, giết chết Velasquez. Chúng đặt túi xách xuống đất, lấy đạn nạp vào súng, lại gần cửa sổ, thấy cảnh sát đang di tản học sinh ra khỏi trường, chúng bắn qua cửa sổ nhưng bị cảnh sát bắn trả.
Vài giây sau, Klebold quay lại nã đạn vào chiếc bàn gần đó, làm bị thương Patrick Ireland, Daniel Steepleton, và Makai Hall, rồi cởi áo choàng của mình. Harris cầm khẩu shotgun đi dọc theo dãy bàn vi tính, bắn vào dưới chiếc bàn đầu tiên mà không cần biết có ai đang nấp ở dưới. Phát đạn giết chết Steven Curnow. Harris bắn vào bàn kế tiếp, làm bị thương Kasey Ruegsegger.
Harris bước sang dãy bên kia rồi quỳ xuống, nói "Peek-a-boo" và bắn vào đầu Cassie Bernall, súng giật vào mặt làm hắn vỡ mũi. Mặc dù nhiều người tin rằng Harris đã hỏi Cassie Bernall "Mày có tin vào Chúa không?" trước khi hạ sát cô, những người khác cho rằng câu hỏi này là dành cho Valeen Schurr, một học sinh còn sống sót.
Harris quay sang bàn kế bên, thấy Bree Pasquale đang ngồi thay vì nấp bên dưới (cô gái đã cố chui xuống dưới bàn nhưng không được vì bàn quá chật). Harris hỏi có muốn chết không, Pasquale xin tha mạng. Các nhân chứng thuật lại rằng Harris tỏ ra bối rối, có lẽ vì vết thương ở mặt đang chảy nhiều máu. Trong khi Harris đang chế giễu Pasquale, Patrick Ireland cố xoay xở để sơ cứu hai bạn đang bị thương gần đó; thấy vậy, Klebold bắn Ireland hai phát, một vào đầu, một vào chân; Ireland bất tỉnh nhưng sống sót.
Klebold bước sang dãy bàn khác, phát hiện Isaiah Shoels, Matthew Kechter, và Craig Scott (đều là vận động viên nổi tiếng của trường, Craig Scott là anh trai của Rachel Scott) đang nấp ở đó. Sau khi cố lôi Shoels ra khỏi bàn nhưng không thành công, Klebold gọi Harris. Hai sát thủ chế giễu và bình phẩm về màu da của Shoels rồi kê mũi súng sát ngực Shoels, siết cò giết chết cậu học sinh. Klebold quỳ xuống, nã đạn bắn chết Matthew Kechter. Craig Scott, không bị thương tích, ngã trên vũng máu của bạn giả chết. Harris ném một quả bom CO2 vào chiếc bàn Hall, Steepleton và Ireland đang ẩn nấp. Makai ném trả, quả bom phát nổ đằng xa về phía nam.
Klebold bắn vào một tủ trưng bày rồi nã đạn vào chiếc bàn gần nhất, gây thương tích cho Mark Kintgen. Hắn quay sang bắn vào bàn phía trái, làm bị thương Lisa Kreutz và Val Shnurr chỉ với một viên đạn. Hắn đến gần và bắn nhiều phát vào Lauren Townsend, giết chết cô. Cùng lúc, Harris phát hiện hai nữ sinh đang nấp dưới bàn, cúi xuống và nhìn vào họ nhưng bỏ qua vì thấy "tội nghiệp". Hai hung thủ đến một bàn trống gần đó và khởi sự nạp đạn. Schnurr, đang bị thương nặng, khóc và kêu lên "Xin Chúa cứu con!" Klebold quay lại hỏi cô gái có tin Chúa không. Kinh hãi, cô trả lời không rồi có, Klebold hỏi tại sao cô giải thích vì đó là đức tin của gia đình cô. Hắn chế giễu rồi bỏ đi.
Harris đến một bàn khác, bắn hai lần vào bên dưới, làm bị thương Nicole Nowlen và John Tomlin. Khi Tomlin cố lết ra ngoài, Klebold đi vòng quanh và đá vào người Tomlin. Sau khi chế giễu Tomlin, Harris bắn nhiều phát súng, giết chết cậu học sinh. Harris bước qua bên kia bàn, thấy Lauren Townsend đang nằm, đằng sau là Kelly Fleming, giống Bree Pasquale, ngồi kế bàn chứ không nấp bên dưới. Harris dùng súng trường bắn cô, hất cô ngã ngược ra sau và chết tức thì. Hắn tiếp tục bắn vào Townsend và Kreutz lần nữa và làm bị thương Jeanna Park (một cuộc giải phẫu tử thi cho thấy Towsend đã thiệt mạng từ phát súng đầu tiên).
11:37, hai hung thủ đi vào giữa thư viện và nạp đạn vào súng. Klebold phát hiện một học sinh đang ở gần đó và bảo cậu học sinh xưng tên và nhận ra là John Savage, một người quen của Klebold. Savage hỏi Klebold đang làm gì, hắn trả lời:  "À, chỉ là giết người thôi". Savage hỏi Klebold có định giết anh không. Sau một lúc chần chừ, Klebold bảo Savage rời thư viện. Savage vội vàng chạy trốn qua cửa chính của thư viện.
Sau đó, Harris chỉa khẩu carbine vào chiếc bàn ở hướng Bắc, bắn vào mặt Daniel Mauser ở tầm gần, giết chết anh. Hai sát thủ đi về hướng Nam, nã đạn vung vãi vào bên dưới một bàn khác, gây thương tích nặng cho Jennifer Doyle và Austin Eubanks, và làm Corey DePooter bị thương đến chết. DePooter là nạn nhân cuối cùng của cuộc tàn sát. DePooter là người đã hoạt động tích cực giúp các bạn bình tĩnh suốt trong vụ thảm sát.
Lúc này, một vài nhân chứng nghe Harris và Klebold nói với nhau rằng chúng không còn thấy hứng thú để tiếp tục bắn giết nữa. Harris đề nghị "Hay là chúng ta đâm bọn chúng, như thế chắc là thú vị hơn". Cả hai đi về quầy thư viện. Harris ném một chai bom xăng tự chế (Molotov cocktail) về cuối thư viện nhưng bom không nổ. Harris và Klebold đi vòng hai bên quầy và gặp nhau tại chỗ Evan Todd vừa di chuyển đến, chúng cãi nhau về ý định giết Todd, nhưng lại bỏ đi. Hai sát thủ rời khỏi thư viện lúc 11:42., chấm dứt cuộc thảm sát.
Ngay khi chúng vừa bỏ đi, 10 người bị thương và 34 người còn lại thoát ra khỏi thư viện theo cửa Bắc. Patrick Ireland, đang bất tỉnh, và Lisa Kreutz, không đi được, vẫn ở trong tòa nhà. Patti Nielson chạy vào phòng nghỉ kế thư viện, gặp Brian Anderson và ba nhân viên thư viện đang ở bên trong; họ chốt cửa và ở đó cho đến khi được giải cứu lúc 15:30.