Lịch sử Đức
Nước Đức thời Cận Đại > Cuộc Chiến tranh 30 năm

Bài chi tiết: Chiến tranh Ba mươi năm
Sau khi được giao quyền điều hành công việc triều chính, Matthias, người em của Hoàng đế Rudolf II, lại hạn chế các quyền hạn đã được ban cho những người theo đạo Tin Lành. Vì thế năm 1618 đã xảy ra hai ủy viên hội đồng hoàng gia đã bị ném ra cửa sổ của lâu đài ở Praha.
Sau khi hoàng đế Matthias qua đời, vị minh chủ của Liên minh Tin Lành, Friedrich V xứ Pfalz, trở thành vua của Böhmen. Vị tân hoàng đế, Ferdinand II, đã thân chinh thống lĩnh Quân đội của Liên đoàn Công giáo đến Böhmen. Trong Trận Núi Trắng (Schlacht am Weißen Bergen) năm 1620, quân Böhmen bị đánh tan tác. Sau khi cựu vương Friedrich bỏ trốn, quân Liên đoàn Công giáo do Bá tước Jean t'Serclaes de Tilly chiếm được vùng Pfalz và Oberpfalz. Công tước xứ Bayern nhận danh hiệu Tuyển hầu xứ Pfalz.
Vua Đan Mạch là Christian IV mang quân vào miền Bắc nước Đức năm vào 1625. Tháng 8 năm 1626, Quân đội của Hoàng đế dưới quyền chỉ huy của Tilly và nhà quý tộc Böhmen là Albrecht von Wallenstein đã đập tan tác Quân đội Đan Mạch do vua Christian IV thân chinh thống lĩnh trong trận Lutter. Tilly là một vị thống soái dày kinh nghiệm. Sau chiến thắng tại Lutter, Wallenstein kéo quân chặn đứng bước tiến công của Vương công xứ Transylvannia là Bethlen Gabor vào thành Viên. Ông cùng với Tilly đánh đuổi Quân đội Đan Mạch ra khỏi miền Bắc Đức, đập tan tác một cuộc phản công vào năm 1628, và buộc vua Đan Mạch phải rút khỏi chiến tranh vào năm 1629. Pommern, Jütland và Mecklenburg bị quân đội Công giáo chiếm đóng.
Sau cuộc Chiến tranh Đan Mạch, hoàng đế ra Chỉ dụ Hoàn lại (Restitutionsedikt) vào năm 1629. Lo sợ vì quyền lực của tướng Wallenstein đã tăng lên quá nhiều, các lãnh chúa trong đế chế đã truất phế ông trong hội nghị các Tuyển hầu tại Regensburg trong năm 1630.
Vào thời điểm đó, vua Thụy Điển là Gustav II Adolf can thiệp vào chiến sự. Liên quân Thụy Điển - Sachsen đánh tan tác Liên quân Công giáo do Tilly thống lĩnh trong trận Breitenfeld (Leipzig) vào năm 1631, và quân Thụy Điển cứ thế mà tiến vào đất Đức. Vào năm 1632, quân Công giáo lại bị đập tan tác, đồng thời Tilly hy sinh tại Rain, tiếp theo sau đó hoàng đế lại hoàn chức vụ cho Wallenstein. Vua Gustav II Adolf tiến đánh trại lính của Wallenstein tại Nuremberg, và ông xuất binh đập tan tác quân Thụy Điển. Nhưng trong trận Lützen vào năm 1632, Quân đội của Wallenstein bị quân Thụy Điển đập tan tác, song quân Thụy Điển mất đi vị vua vĩ đại của họ trong trận đánh này. Vào năm 1633, Quân đội của Wallenstein bắt sống một đạo quân Thụy Điển trong trận Steinau. Nhưng Wallenstein lại bị truất phế năm 1634 và ngay sau đó bị giết chết. Để có thể trục xuất quân Thụy Điển ra khỏi đất Đức, hoàng đế đã lập lại hòa bình với Tuyển hầu xứ Sachsen năm 1635 bằng một hiệp ước đặc biệt: Hòa ước Praha.
Nước Pháp Công giáo đứng về phía Thụy Điển năm 1635. Tuy mất vua Gustav II Adolf và đại bại vào năm 1634, Quân đội Thụy Điển vẫn tiếp tục đấu tranh, và giành chiến thắng trong nhiều trận đánh, dù họ không thể chiếm được thành Praha. Nhiều phần lớn của Đế chế bị tàn phá. Mãi đến năm 1750 dân số mới đạt lại được mức trước chiến tranh. Vị tân hoàng đế Ferdinand III đã nỗ lực để thương lượng hòa bình. Thế nhưng nước Đức từ lâu đã trở thành quả bóng của các cường quốc ngoại bang, việc đã kéo dài sự lầm than của người dân. Các cuộc thương lượng bắt đầu từ năm 1642 đã dẫn đến Hòa ước Westfalen vào ngày 24 tháng 10 năm 1648.
Theo hòa ước, nhiều phần của Lothringen và của Elsass được nhượng cho Pháp. Hà Lan và Thụy Sĩ chính thức tách rời ra khỏi Đế chế. Vị thế của các lãnh chúa và các khu vực trong đế chế được tăng cường và Hòa ước Tôn giáo Ausburg được xác nhận. Quyền lực của hoàng đế lại tiếp tục bị hạn chế.