Thời kỳ Kofun
Triều đình Yamato

Bài chi tiết: Vương quyền Yamato
Trong khi chính thức được cho là bắt đầu vào khoảng năm 250, nhà Yamato thực ra bắt đầu từ bao giờ vẫn còn là một cuộc tranh cãi. Sự khởi đầu của triều đình Yamato còn liên quan đến cuộc tranh cãi về nhà Yamataikoku và sự sụp đổ của triều đại đó. Dù sao đi nữa, tồn tại một sự nhất trí chung là những người đứng đầu nhà Yamato chính là chủ nhân của nền văn hóa kofun hình lỗ khóa và nắm quyền thống trị Yamato cho đến thế kỷ IV. Tuy nhiên, sự tự trị của các thế lực cát cứ vẫn được duy trì trong thời kỳ này, đặc biệt là ở những nơi như Kibi (nay là tỉnh Okayama), Izumo (nay là tỉnh Shimane), Koshi (nay là các tỉnh Fukui và Niigata), Kenu (nay ở phía bắc Kanto), Chikushi (nay ở phía bắc Kyushu) và Hi (nay ở trung tâm Kyushu). Chỉ đến thế kỷ VI, các lãnh chúa Yamato mới bắt đầu giành quyền kiểm soát toàn bộ nửa phía nam của Nhật Bản. Những quan hệ ngoại giao chính thức với bán đảo Triều Tiên và Trung Quốc tập trung chủ yếu ở Yamato. Sử thành văn của Trung Quốc và Triều Tiên không thấy chép lại họ có giao du với tỉnh nào khác ngoài Yamato trên quần đảo Nhật Bản. Theo những gì khắc trên Thất Chi Đao, mối quan hệ giữa Yamato và các quốc gia bên ngoài có thể đã bắt đầu vào cuối thế kỷ IV.
Những dòng họ địa phương (gōzoku) quyền lực là điển hình cho xã hội có tổ chức Yamato, nổi lên từ thế kỷ V. Mỗi dòng họ do một tộc trưởng (ujikami) đứng đầu, cũng là người thực hiện các nghi thức hiến tế cho thần (kami) của bộ tộc đó để bảo đảm sự bình yên cho bộ tộc. Các thành viên của các dòng họ này là những nhà quý tộc và cũng là nhân tố chủ đạo lãnh đạo triều đình Yamato sau đó.
Một số học giả phương Tây cũng gọi thời kỳ Kofun ở Nhật Bản là thời kỳ Yamato vì sự xuất hiện của các thủ lĩnh địa phương làm nền tảng cho một triều đại sau đó đã bắt đầu vào cuối thời kỳ Kofun. Tuy nhiên, nhà Yamato chỉ là một trong những xã hội có phân chia đẳng cấp trong cả thời kỳ Kofun. Các nhà khảo cổ học Nhật Bản nhấn mạnh rằng vào nửa đầu của thời kỳ Kofun, những thủ lĩnh địa phương khác, như Kibi, có thể đã có vị trí thống trị quan trọng. Kofun Tsukuriyama của Kibi là kofun lớn thứ tư ở Nhật Bản.
Triều đình Yamato đã thể hiện sức mạnh với các dòng họ khác ở Kyushu và Honshu, phong hiệu cho các lãnh chúa, một số được cha truyền con nối. Cái tên Yamato bắt đầu đồng nghĩa với toàn bộ Nhật Bản khi triều đình Yamato đánh bại các dòng tộc khác để giành lấy đất đai canh tác nông nghiệp. Trên cơ sở giống như ở Trung Quốc (bao gồm cả việc sử dụng chữ Hán), triều đình Yamato bắt đầu phát triển một hệ thống hành chính tập trung và một triều đình quân chủ có sự tham gia của những lãnh chúa lớn nhất, nhưng vẫn chưa có một thủ đô cố định. Triều đình Yamato cũng đã có lúc cầu phong triều đình Trung Quốc.
Triều đình Yamato còn có các liên hệ với vương quốc Gaya, ở Nhật Bản được gọi là Mimana. Những bằng chứng khảo cổ học từ các lăng mộ kofun cho thấy sự tương đồng trong nghệ thuật, hình dáng các đồ vật và quần áo của giới quý tộc. Theo Nihonshoki, những nhà sử học theo trường phái kokugaku ở Nhật Bản khẳng định rằng Gaya là một thuộc quốc của Yamato. Giả thuyết này ngày nay đã bị phủ nhận. Thực tế đã diễn ra có thể là, dù ở những mức độ khác nhau, các quốc gia này đều là thuộc quốc của những triều đại ở Trung Quốc.