Caterina de' Medici
Nhiếp chính nước Pháp > Triều Henri III

Hai năm sau, Catherine đối diện với một cuộc khủng hoảng mới khi Charles IX băng hà ở tuổi hai mươi ba. Lời nói sau cùng của nhà vua là: "Ôi, mẹ của con…". Một ngày trước đó, Charles phong Catherine làm nhiếp chính, vì em trai cũng là người kế vị nhà vua, Công tước Anjou, đang ở Ba Lan. Vào năm trước đó, Anjou được bầu làm vua Ba Lan. Catherine viết cho Henri: "Mẹ cực kỳ đau buồn khi chứng kiến một cảnh tượng như thế, và tình yêu anh trai con dành cho mẹ... Niềm an ủi duy nhất cho mẹ là sớm gặp lại con khỏe mạnh, vương quốc đang cần con, còn nếu như phải mất con, thì mẹ thà cùng chết với con."
Henri là con trai yêu của Catherine. Không giống các anh của mình, Henri lên ngai khi đã là người trưởng thành. Ông cũng có sức khỏe tốt hơn, dù bị yếu phổi và thường ngất xỉu. Tuy nhiên, sự quan tâm của nhà vua đối với việc triều chính là thất thường, ông thường phụ thuộc vào Catherine và nhóm thư ký cho đến vài tuần lễ trước khi Catherine từ trần. Nhà vua thường tránh né chính sự, vùi mình trong các phận sự tôn giáo như hành hương và hành xác.
Tháng 1 năm 1575, hai ngày sau lễ đăng quang, Henri III kết hôn với Louise de Lorraine-Vaudémont. Sự chọn lựa của nhà vua đã phá hỏng kế hoạch của Catherine nhắm vào một cuộc hôn nhân với một công chúa nước ngoài. Có nhiều lời đồn đoán rằng nhà vua không thể có con. Khi niềm hi vọng về người nối dõi cho Henri tàn lụi dần thì con trai út của Catherine, François, Công tước Alençon, thường được gọi là "Monsieur", bắt đầu hành động trong cương vị là người thừa kế ngôi báu bằng cách lợi dụng tình trạng loạn lạc của các cuộc xung đột nội bộ, khi ấy không còn là chuyện bất đồng tôn giáo mà đã trở thành những tranh chấp quyền lực. Catherine làm mọi cách để đem François trở lại dưới ảnh hưởng của bà. Một lần vào tháng 3 năm 1578, trong suốt sáu tiếng đồng hồ, Catherine đã cố giảng giải cho con trai biết sự nguy hiểm của lối sống phản kháng của cậu.
Năm 1576, trong một động thái gây nguy hiểm cho quyền lực của Henri, François liên minh với các hoàng thân Kháng Cách chống lại vương quyền. Ngày 6 tháng 5 năm 1576, với Chỉ dụ Beaulieu, Catherine nhượng bộ hầu hết các yêu cầu của phe Huguenot. Đây là một hiệp ước gọi là "Hòa ước của Monsieur", bởi vì người ta tin rằng chính François là người đã buộc hoàng gia ký kết. Tháng 6 năm 1584 François chết vì lao phổi sau một cuộc can thiệp bị xem như là một thảm họa vào Hà Lan, ở đó đạo quân của François bị tàn sát. Hôm sau, Catherine viết: "Thật bất hạnh cho tôi sống đủ lâu để chứng kiến quá nhiều người thân yêu chết trước mình, dù biết rằng phải tuân phục ý Chúa, rằng mọi điều thuộc về Ngài, rằng con cái của chúng ta là do Ngài cho chúng ta mượn bao lâu Ngài thích." Cái chết của người con trai út là tai ương cho giấc mơ vương quyền của Catherine. Chiếu theo Luật Salic, chỉ có người thừa kế nam giới mới được tôn làm vua. Như thế, Henri Navarre, một nhà lãnh đạo phe Kháng Cách, nay trở thành nhân vật số một trong thứ tự kế vị ngai vàng nước Pháp.
Dù Catherine đã có những tính toán dự phòng trong chuyện hôn nhân con gái út Marguerite của bà với Navarra, Marguerite là cái gai nhọn gây nhức nhối cho Catherine chẳng kém gì François. Năm 1582, Marguerite trở về hoàng cung Pháp mà không có chồng đi cùng. Người ta nghe Catherine lớn tiếng la mắng con gái vì cô có nhiều tình nhân. Catherine sai Pomponne de Bellièvre đến gặp Navarre để điều đình về việc Marguerite trở về. Nhưng năm 1585 cô lại bỏ về sống ở Agen và xin tiền mẹ. Catherine cho cô tiền chỉ đủ để "dọn thức ăn trên bàn." Đến sống ở Carlat, Marguerite có nhân tình mới tên d’Aubiac. Catherine yêu cầu Henri hành động trước khi Marguerite bôi nhọ thanh danh bà và Henri. Tháng 10 năm 1586, Henri cầm giữ Marguerite trong lâu đài Usson và hành quyết d’Aubac. Catherine gạch tên Marguerite khỏi di chúc và không chịu gặp mặt cô.
Catherine không thể kiểm soát Henri theo cách bà đã làm với François và Charles. Vai trò của bà trong triều đình là người điều hành chính và là một nhà ngoại giao lưu động. Bà đi khắp vương quốc để củng cố quyền lực nhà vua và cố kiềm giữ để khỏi bùng nổ chiến tranh.
Năm 1578, Catherine nhận nhiệm vụ bình định miền Nam. Ở tuổi 55, bà bắt đầu một chuyến vi hành khắp miền Nam nước Pháp gặp những nhà lãnh đạo Huguenot. Nỗ lực của bà giành được sự ngưỡng mộ của người dân Pháp. Khi trở về Paris năm 1579, bà được Quốc hội và đám đông dân chúng chào đón bên ngoài cổng thành. Đại sứ Venezia, Gerolamo Lipomano, viết về bà: "Bà là một bà hoàng không hề biết mệt mỏi, sinh ra để thuần hóa và cai trị một dân tộc bất kham như dân Pháp: nay họ đã chịu thừa nhận công trạng của bà, mối quan tâm của bà về công cuộc thống nhất đất nước, và hối tiếc vì đã không tôn trọng bà sớm hơn." Tuy nhiên, bà không hề sống trong ảo tưởng. Ngày 25 tháng 11 năm 1579, bà viết cho nhà vua: "Con đang đứng bên bờ vực thẳm của một cuộc nổi dậy lớn. Bất cứ ai nói khác đi đều là kẻ nói dối."