Người Sắt
Tiểu sử nhân vật hư cấu > Thập niên 2000

Tại một thời điểm, bộ giáp của Stark trở nên có tri giác bất chấp những chiếc két không thành công để ngăn chặn hệ thống máy tính ngày càng tinh vi của nó làm điều đó. Ban đầu, Stark hoan nghênh bộ giáp "sống" này vì khả năng chiến thuật được cải thiện của nó. Bộ giáp bắt đầu trở nên hung hãn hơn, giết người bừa bãi và cuối cùng muốn thay thế hoàn toàn Stark. Trong cuộc đối đầu cuối cùng trên một hoang đảo, Stark bị một cơn đau tim khác. Bộ giáp hy sinh sự tồn tại của chính nó để cứu mạng người tạo ra nó, từ bỏ các thành phần thiết yếu để mang lại cho Stark một trái tim nhân tạo mới. Trái tim mới này giải quyết được các vấn đề về sức khỏe của Stark, nhưng nó không có nguồn điện bên trong, vì vậy Stark một lần nữa trở nên phụ thuộc vào việc sạc lại định kỳ. Sự cố áo giáp có tri giác khiến Stark lo lắng đến mức anh ấy tạm thời quay lại sử dụng phiên bản áo giáp ban đầu không phức tạp của mình để tránh sự cố lặp lại. Anh ấy sử dụng mạch kim loại lỏng được gọi là SKIN tạo thành một lớp vỏ bảo vệ xung quanh cơ thể của mình, nhưng cuối cùng trở lại với những bộ giáp kim loại cứng thông thường hơn.
Trong thời gian này, Stark tham gia vào một mối tình lãng mạn với Rumiko Fujikawa ,  một nữ thừa kế giàu có và là con gái của người đàn ông đã tiếp quản công ty của anh ta trong thời kỳ "Heroes Reborn". Mối quan hệ của cô với Stark trải qua nhiều thăng trầm, bao gồm cả việc không chung thủy với đối thủ của Stark, Tiberius Stone, một phần vì Rumiko vui tính tin rằng Stark quá nghiêm túc và buồn tẻ. Mối quan hệ của họ kết thúc bằng cái chết của Rumiko dưới bàn tay của một kẻ giả mạo Người Sắt trong Người Sắt vol. 3 # 87.
Trong Iron Man vol. 3 # 55 (tháng 7 năm 2002), Stark công khai danh tính kép của mình là Người sắt, không nhận ra rằng làm như vậy, anh ta đã làm mất hiệu lực của các thỏa thuận bảo vệ bộ giáp của mình khỏi sự sao chép của chính phủ, vì những hợp đồng đó nói rằng bộ giáp Người sắt sẽ được sử dụng bởi một nhân viên của Tony Stark, không phải của Stark. Khi phát hiện ra rằng quân đội Hoa Kỳ lại đang sử dụng công nghệ của mình và bản chất khiếm khuyết của nó gần như gây ra thảm họa ở Washington, DC mà Iron Man hầu như không thể tránh được, Stark chấp nhận bổ nhiệm Tổng thống làm Bộ trưởng Quốc phòng . Bằng cách này, anh ấy hy vọng sẽ giám sát và chỉ đạo cách thiết kế của mình được sử dụng.
Trong phần ngoại truyện của " Avengers Disassembled ", Stark buộc phải từ chức sau khi ra tay chống lại đại sứ Latverian tại Liên Hợp Quốc , bị thao túng bởi Scarlet Witch , kẻ đã phá hủy Biệt thự Avengers và giết chết một số thành viên. Stark công khai từ chối với tư cách là Người Sắt, nhưng vẫn tiếp tục sử dụng bộ trang phục này. Anh ấy tham gia cùng Avengers trong việc ngăn chặn đột phá đang diễn ra từ Raft và thậm chí cứu Captain America khỏi bị ngã.  Tony thay đổi căn cứ của Avengers thành Stark Tower. Bóng ma, tia laser sống và máy phát sóng xuất hiện trở lại và chuyển Iron Man từ những câu chuyện siêu anh hùng tiêu chuẩn sang đối phó với chính trị và chủ nghĩa công nghiệp .
New Avengers: Illuminati # 1 (tháng 6 năm 2006) tiết lộ rằng nhiều năm trước, Stark đã tham gia cùng một nhóm bí mật bao gồm Black Panther, Giáo sư X, Mister Fantastic, Black Bolt, Doctor Strange và Namor. Mục tiêu của nhóm (được Marvel mệnh danh là Illuminati) là lập chiến lược cho các ma trận bao trùm, trong đó Black Panther từ chối đề nghị làm thành viên. Mục tiêu của Stark là tạo ra một cơ quan quản lý cho tất cả các siêu anh hùng trên thế giới, nhưng niềm tin của các thành viên thay vào đó buộc tất cả họ phải chia sẻ thông tin quan trọng.