Phêrô Maria Phạm Ngọc Chi
Thời kỳ Giám mục > Giám mục Bùi Chu

Giám mục Đại diện Tông Tòa Bùi Chu Đa Minh Maria Hồ Ngọc Cẩn không muốn có giám mục phó khi cho rằng bản thân còn có sức khỏe để thi hành việc mục vụ. Tuy vậy, bản thân Giám mục Cẩn có đánh giá linh mục Phạm Ngọc Chi, Giám đốc Đại chủng viện là người đủ tư cách [để lãnh nhận chức Giám mục kế vị mình]. Ngày 3 tháng 2 năm 1950, Giáo hoàng Piô XII bổ nhiệm linh mục Phạm Ngọc Chi chức Giám mục hiệu tòa Sozopolis và Đại diện Tông tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Bùi Chu. Giám mục Tân cử nhận giáo phận ngày 21 tháng 3 cùng năm. Tân giám mục di chuyển bằng tàu Hòa Bình đến nhận giáo phận dù chưa được tấn phong chức giám mục vì Địa phận Bùi Chu trống tòa từ khi Giám mục Đa Minh Maria Hồ Ngọc Cẩn qua đời cuối tháng 11 năm 1948 và Địa phận nằm dưới sự quản lý của Giám quản Tông Tòa Lê Hữu Từ. Lễ tấn phong đã diễn ra vào ngày 4 tháng 8 năm 1950 tại Nhà thờ Chính tòa Bùi Chu với sự tham gia của 20.000 giáo dân, không kể các khách mời. Lý do chọn ngày này vì đây là ngày kính thánh Đa Minh, thánh bổn mạng của Giám mục Hồ Ngọc Cẩn. Chủ phong trong nghi thức truyền chức là Giám mục Lê Hữu Từ, trong khi hai giám mục Phêrô Máctinô Ngô Đình Thục và Santos Ubierna Ninh đóng vai trò phụ phong. Tân giám mục chọn cho mình khẩu hiệu: Vâng lời Thầy, con thả lưới. Giám mục Chi là Giám mục Việt Nam thứ sáu kể từ khi Việt Nam có giám mục bản xứ đầu tiên vào năm 1933.
Địa phận Bùi Chu được trao cho tân giám mục Phạm Ngọc Chi có tình hình chính trị phức tạp, nhiều vùng "xôi đậu". Giám mục Chi đã sắp xếp để ổn định đời sống giáo dân về nhân sự và phát triển các dòng tu. Ông đã phát triển đời sống tôn giáo của giáo dân bằng các việc tổ chức cấm phòng, thuyết trình về Đức Mẹ Maria, dẫn đến việc thành lập Hội Thánh Mẫu. Ông cũng cho thiết lập Đoàn Truyền Giáo (kế thừa Ban Truyền giáo Địa phận thời Giám mục Tiền nhiệm Hồ Ngọc Cẩn) gồm các giáo dân trẻ được trang bị vốn kiến thức giáo lý. Đoàn này, trong giai đoạn 1950-1954, đã đưa 40.000 người gia nhập Công giáo. Về văn hóa, Giám mục Chi cho thành lập trường trung học Hồ Ngọc Cẩn (1949) và chuyển thành trường công lập, phát triển các trường tiểu học ở các giáo xứ (50 trường tiểu học và 259 trường sơ cấp). Địa phận Bùi Chu cũng cho phát hành tuần báo Thời Mới (1950).
Giám mục Chi tiến hành tập trung cho việc truyền giáo. Ông cho thiết lập Dòng nữ Đa Minh Bùi Chu (1951) và Dòng Đức Mẹ Đồng Công (1953). Ông cũng cho mời các tu sĩ từ Hội Truyền giáo Bỉ (S.A.M)  và tu sĩ Dòng Gioan Thiên Chúa. Nhằm mục đích đào tạo giáo sĩ, Giám mục Phạm Ngọc Chi gia tăng số lượng Đại chủng sinh và nâng cao trình độ cho họ, ông cũng cho gửi 50 linh mục, chủng sinh và tu sĩ đi du học để học tập về các môn thuộc các lĩnh vực khoa học tự nhiên cũng như khoa học nhân văn.
Cuối tháng 11 năm 1951, Giám mục Phạm Ngọc Chi tham gia cuộc họp của các giám mục Đông Dương và cùng với bốn Giám mục Việt Nam khác (Giám mục Lê Hữu Từ, Trịnh Như Khuê, Hoàng Văn Đoàn và Ngô Đình Thục), ký tên vào Thư Chung năm 1951. Năm 1952, Giám mục Chi đã mời linh mục Giuse Maria Phạm Năng Tĩnh làm Thư ký Tòa giám mục.
Trong sách Thập Giá và Lưỡi Gươm, linh mục Trần Tam Tỉnh cho rằng từ năm 1950, nhiều khu vực Công giáo nhận được sự hỗ trợ súng từ Pháp và do các giáo sĩ (linh mục) trực tiếp chỉ huy. Đoàn quân này do Giám mục Tađêô Lê Hữu Từ quản lý tại Địa phận Phát Diệm và do Giám mục Phạm Ngọc Chi quản lý tại khu vực Địa phận Bùi Chu. Cũng theo linh mục Tỉnh, các lực lượng trên "vượt xa tư cách gọi là chỉ để tự vệ khi bị cộng sản tấn công, bởi vì nó tung ra các hoạt động chủ yếu là hành quân càn quét, có khi bao trùm cả vùng, có lúc chỉ ở địa phương nhỏ." Viết trong sách Hồi ký, phiên bản in tại Việt Nam mang tên Tâm sự tướng lưu vong, Hoành Linh Đỗ Mậu nhận xét Giám mục Chi là giám mục đã đưa Bùi Chu làm công cụ cho quân đội Pháp, dẫn lời cựu hoàng Bảo Đại và tướng Jean de Lattre de Tassigny đánh giá là một "tay làm áp phe chuyên nghiệp".
Giám mục Phạm Ngọc Chi và Giám mục Lê Hữu Từ là hai giáo sĩ duy nhất có quân đội riêng, ngoại trừ chính Tòa Thánh Vatican, theo Ronald H. Spector. Cùng với Giám mục Từ, Giám mục Chi cũng là một nhà lãnh đạo không chỉ về tinh thần mà còn về phương diện thế tục trong vùng lãnh thổ do ông độc lập quản lý, không thuộc về cựu hoàng Bảo Đại, Pháp hay thậm chí là Chủ tịch Hồ Chí Minh. Tài liệu giải mật của CIA, trên thực tế xếp Giám mục Chi vào nhóm các giám mục theo chủ nghĩa dân tộc cực đoan, cùng với Giám mục Ngô Đình Thục và Giám 
mục Lê Hữu Từ.