Mass Effect 3
Nội dung > Cốt truyện

Xem thêm: Nhân vật của vũ trụ Mass Effect
Mass Effect 3 bắt đầu trên Trái Đất, với Tư lệnh Shepard bị giam giữ ngay sau sự kiện trong bản DLC Arrival  của Mass Efect 2. Đúng lúc đó, Reapers bất thần tấn công và hành tinh bị choáng ngợp. Đô đốc Anderson lệnh cho Shepard đến Citadel cầu cứu Council viện trợ quân dội cho Trái Đất. Shepard thoát khỏi Vancouver trên tàu SSV Normandy với sự giúp đỡ của Đô đốc Anderson và dời đi để lôi kéo sự giúp đỡ từ các chủng tộc khác trong khi Anderson ở lại chỉ huy các lực lượng kháng chiến của con người trên Trái Đất. Trước khi dời khỏi Hệ mặt trời, Shepard được lệnh đến Sao Hỏa bởi Đô đốc Hackett, người nói rằng các nhà nghiên cứu ở đó đã phát hiện ra một điều gì đó có thể cung cấp cho nhân loại một cơ hội để chống lại Reaper. Ở đó, Shepard giao tranh với lực lượng Cerberus và gặp lại thành viên cũ trong nhóm là Tiến sĩ Liara T'Soni, người phát hiện một bản thiết kế về một siêu vũ khí của người Prothean có đủ sức mạnh để tiêu diệt Reapers. Trước khi rời khỏi cơ sở, Shepard đụng độ Illusive Man, người tuyên bố rằng ông muốn sử dụng vũ khí Prothean để kiểm soát Reapers.
Tiếp đó Shepard đến Citadel và cố gắng thuyết phục sự giúp đỡ từ Council nhưng họ gần như không muốn cung cấp viện trợ cho Trái Đất khi mà Reapers cũng bắt đầu tấn công hệ ngân hà của họ. Shepard nhận ra rằng cách duy nhất để đạt được sự hỗ trợ của các loài khác sẽ là giúp các vấn đề của họ và thu hút sự ủng hộ, trong khi cùng lúc thu thập nguồn lực chiến tranh để chống lại Reapers. Cùng lúc thì Hackett bắt đầu việc xây dựng vũ khí Prothean và đặt tên cho dự án là "The Crucible".
Mục tiêu đầu tiên của Shepard là giải quyết cuộc xung đột krogan-salarian-turian xung quanh genophage để lôi kéo đồng minh. Shepard có thể chọn chữa hoàn toàn genophage cho krogan hoặc đánh lừa họ theo đề nghị của phía salarian để có được sự hỗ trợ từ phía họ. Sau đó Shepard giải cứu Citadel khỏi sự đe dọa của Cerberus. Nếu người chơi nhập dữ liệu từ Mass Effect 2 thì có cơ hội cứu được salarian councilor khỏi bị ám sát bởi Kai Leng, sát thủ Cerberus, qua đó lôi kéo thêm được đồng minh từ salarian. Cũng trong màn chơi này, danh tiếng và cách chọn của người chơi sẽ quyết định đến sự sống chết của Kaidan/Ashley. Tiếp đến Shepard can thiệp vào chiến tranh geth-quarian. Anh/cô có thể chọn bên geth hoặc quarian làm đồng minh, bất kể chọn bên nào cũng dẫn đến sự hủy diệt bên kia. Tuy nhiên nếu Shepard hoàn thành một số nhiệm vụ cần thiết trước đó và danh tiếng của anh/cô đủ lớn cũng như dựa vào một phần cốt truyện từ Mass Effect 2, Shepard có thể hòa giải được hai bên. Cuối cùng, họ cố gắng bảo vệ hành tinh Thessia của người asari từ tay Reapers trong khi đồng thời thu thập thông tin về "The Catalyst", thành phần còn thiếu của Crucible. Tại một ngôi đền của Thessian, Shepard gặp VI Vendetta. Trước khi Vendetta tiết lộ thông tin về Catalyst, Kai Leng can thiệp và đánh cắp VI. Shepard sau đó tấn công trụ sở của Ceberus, giết chết phó chỉ huy Kai Leng nhưng không bắt giữ được Illusive Man. Sau khi giành lại kiểm soát Vendetta, Shepard biết được rằng Citadel chính là Catalyst.
Dưới sự chỉ huy của Đô đốc Hackett, lực lượng của thiên hà mở một cuộc tấn công vào Reapers nhằm chiếm lại Citadel và sử dụng nó như là Catalyst cho Crucible. Shepard hỗ trợ cho cuộc tấn công vào London, được xác định như điểm kết nối từ Trái Đất đến Citadel. Đoàn tụ với Anderson, Shepard cuối cùng bắt đầu tiến đến Citadel nhưng bị tấn công bởi Harbinger. Trong khi cố gắng tiến đến luồn sáng gửi con người đến Citadel, nhóm của Shepard bị thương và buộc phải sơ tán. Shepard tiếp tục dẫn cuộc tấn công nhưng bị thương. Anh tuy nhiên vẫn đến được Citadel và gặp gỡ với Anderson và cùng nhau họ gặp phải một Illusive Man bị "indoctrinated". Cả hai ngăn chặn được ông ta, nhưng không phải trước khi Anderson bị trọng thương. Shepard sau đó được đưa đến đến điểm cao nhất của Citadel, nơi một VI (trí thông ảo) trông giống với đứa trẻ xuất hiện đầu game vẫn thường ám ảnh Shepard trong những cơn ác mộng. AI tuyên bố rằng mình là Catalyst và là người tạo ra Reapers. Nó cho thấy rằng chu kỳ của Reapers là một nỗ lực để ngăn chặn dạng sống hữu cơ từ việc tiêu diệt chính mình bằng cách tạo ra dạng sống tổng hợp; người sáng tạo, theo Catalyst lập luận, luôn luôn phải chịu số phận bị tiêu diệt bởi thứ được họ tạo ra. Catalyst gọi quá trình thu hoạch là sự thăng hoa, trong đó các chủng tộc hữu cơ tiên tiến được bảo quản trong hình dạng Reapers nhằm giúp các loài nguyên thủy hơn trỗi dậy, tiến hóa và phát triển.
Catalyst nói rằng mình mất niềm tin vào khả năng của chu kỳ Reaper để đạt được mục tiêu của và cho Shepard ba lựa chọn: kiểm soát Reapers, tiêu diệt Reapers và các dạng sống tổng hợp hoặc chuyển đổi tất cả dạng sống trong thiên hà vào một hình thức tổng hợp giữa sự sống hữu cơ và tổng hợp. Bất kể sự lựa chọn Shepard, cả ba kết thúc đều dường như dẫn đến cái chết của Shepard và sự hủy diệt của toàn bộ mạng lưới mass relay. London chịu các mức độ thiệt hại khác nhau và Normandy bị rơi xuống trên một hành tinh xa lạ. Nếu Effective Military Strength của người chơi đủ cao và kết thúc "tiêu diệt" được chọn, trò chơi kết thúc với Shepard được nhìn thấy là hít một hơi thật sâu trong đống đổ nát và có khả năng vẫn còn sống. Trong đoạn cắt cảnh sau credits, một ông già được gọi là "Stargazer" kể lại câu chuyện về Shepard cho một cậu bé, ngụ ý rằng huyền thoại của Shepard là còn sống mãi.