Chiếm đóng quân sự bởi Liên Xô
Trong thời kỳ hiệp ước Xô-Đức > Các nước Baltic (1940–1991)

Bài chi tiết: Chiếm đóng các nước Baltic
Sau khi tồn tại như là quốc gia độc lập trong 20 năm, các nước Baltic bị chiếm đóng và sáp nhập bất hợp pháp. Được tự do hành động qua Nghị định thư Phụ lục Bí mật thuộc Hiệp ước Xô-Đức ký vào tháng 8 năm 1939, Liên Xô làm áp lực 3 nước này chấp thuận cho họ đóng quân vào tháng 9 năm 1939. Trong trường hợp từ chối, Liên Xô sẽ phong tỏa đường hàng không và đường biển và đe dọa sẽ tấn công ngay lập tức với hàng trăm ngàn quân lính đóng ở biên giới. Các lực lượng quân sự nắm quyền kiểm soát các nước này và thiết lập các chính phủ bù nhìn sau cuộc bầu cử gian lận vào tháng 6 năm 1940.
Việc liên xô hóa bị ngưng lại vì sự chiếm đóng của Đức Quốc xã trong thời gian 1941–1944. Cuộc tấn công Baltic đã tái thiết lập sự kiểm soát của Liên Xô 1944–1945, và hồi phục lại việc liên xô hóa, phần lớn hoàn tất vào năm 1950. Việc bắt buộc hợp tác xã hóa bắt đầu năm 1947, và đã hoàn tất sau cuộc đưa đi đầy tập thể vào tháng 3 năm 1949. Những nông trại tư bị tịch thu, và các nông dân bị bắt buộc tham dự các nông trường tập thể. Một phong trào kháng cự có vũ trang của 'forest brothers' (nhóm anh em ở rừng) đã hoạt động cho tới giữa thập niên 1950. Hàng trăm ngàn người đã tham dự hay ủng hộ phong trào này; hàng chục ngàn người đã bị giết chết. Nhà cầm quyền Liên Xô đánh trả lại tổ chức này cũng đã mất hàng trăm người. Một số thường dân vô tội ở cả hai bên đã bị thiệt mạng. Thêm vào đó, một số nhóm học sinh quốc gia hoạt động ngầm. Đa số các thành viên của họ bị kết án tù dài hạn. Những hành động trừng phạt đã giảm đi nhanh chóng sau cái chết của Joseph Stalin 1953; từ 1956–58, một phần lớn những người đã bị đưa đi đày và các tù nhân chính trị được phép trở về.
Trong thời kỳ chiếm đóng, nhà cầm quyền Liên Xô đã hành quyết, giam giữ chính trị, bắt đi quân dịch bất hợp pháp, và đưa đi đày hàng trăm ngàn người. Vô số các tội ác chống lại loài người đã được thực hiện trong suốt thời kỳ chiếm đóng. Thêm nữa, để cố gắng thực hiện lý tưởng cộng sản chủ nghĩa, nhà cầm quyền đã cho dẹp bỏ những cấu trúc xã hội và kinh tế đã tồn tại, và lập nên một trật tự hoàn toàn dựa vào ý thức hệ. Điều này làm chậm trễ nặng nề nền kinh tế các nước Baltic. Thí dụ, các khoa học gia Estonia đã ước đoán những thiệt hại về kinh tế liên quan tới việc chiếm đóng sau thế chiến thứ hai lên tới hàng trăm tỷ USD (hơn gấp nhiều chục lần GDP của Estonia 2006 mà là $21,28 tỷ). Việc hư hại về môi trường do Liên Xô gây ra cho Estonia được tính khoảng $4 tỷ. Thêm vào những thiệt hại trực tiếp, nền kinh tế cổ hũ dẫn tới sự cách biệt lớn lao so với các nước Bắc Âu khác.
Cuối cùng, những dự định hòa nhập xã hội Estonia vào hệ thống Liên Xô đã thất bại. Mặc dù những kháng cự bằng bạo lực bị đánh bại, dân chúng vẫn chống Liên Xô. Tinh thần này giúp người Estonia tổ chức một phong trào kháng cự mới vào cuối thập niên 1980, dành lại được độc lập vào năm 1991, và nhanh chóng phát triển một xã hội cấp tiến.
Mặc dù nhập vào Liên Xô vào năm 1940, nó vẫn đúng khi cho đó là việc chiếm đóng các nước Baltic, nhất là khi nó không có chính danh. Cho tới 1991, tình trạng của 3 nước này giống như các cuộc chiếm đóng cổ điển: Bị kiểm soát từ bên ngoài và xung đột quyền lợi giữa thế lực ngoại bang và người dân trong nước. Tuy nhiên, về các phương diện khác nó khác các cuộc chiếm đóng cổ điển. Cả vấn đề các nước Baltic nhập vào Liên Xô như là một nước cộng hòa Xô Viết không giới hạn, và sự kéo dài sự thống trị của Liên Xô đã thử thách những áp dụng về quy luật về việc chiếm đóng từ một cái nhìn thực dụng.
Mặc dù Liên Xô lên án Hiệp ước Xô-Đức  — nguyên nhân đưa tới việc chiếm đóng — chính sách hiện giờ của chính quyền liên bang Nga, không chấp nhận những biến cố đó là một cuộc chiếm đóng bất hợp pháp theo luật quốc tế.