Chiến tranh Crete (1645–1669)
Diễn biến > Năm 1645–1647

Tin Canea về tay Ottoman gây ra làn sóng lớn ở châu Âu. Các nước như Lãnh địa Giáo hoàng, Toscana, Malta và Napoli ngay lập tức thực hiện lời hứa. Tháng 9, cháu trai Giáo hoàng Innôcentê X là Niccolo I Ludovisi bỏ lỡ cơ hội đánh tan hạm đội Ottoman. Ngày 1 tháng 10, hạm đội Thiên Chúa giáo 90 tàu cố gắng tái chiếm Canea, nhưng do phối hợp không tốt cũng như các chỉ huy Ottoman đã hành động quyết đoán nên nỗ lực thất bại. Đến tháng 10 (hoặc 11), đại đô đốc Yusuf Pasha rời đảo về Istanbul, trao lại quyền chỉ huy cho beylerbeyi Morea Kuchuk Hassan Pasha. Về đến nơi, không những không được nghênh đón, Yusuf lại bị các đối thủ âm mưu hãm hại và bị xử tử ngày 21 tháng 1 năm 1646. Về sau, Ibrahim I được cho là đã hối hận về quyết định này. Sau khi Yusuf Pasha bị hành quyết, Koca Musa Pasha được phong làm Kapudan-i Derya (đô đốc) thay thế.
Venezia lại gặp vấn đề với việc bổ nhiệm chỉ huy. Thượng viện chọn Francesco Erizzo 80 tuổi làm chỉ huy đầu tiên. Sau khi Erizzo qua đời, Giovanni Cappello 73 tuổi nhậm chức tổng chỉ huy hạm đội. Cappello thể hiện sự thận trọng có tiếng của mình: tránh đụng độ với hạm đội Thổ, thường coi khó khăn là lý do chính đáng để tránh hành động. Tháng 6, Cappello khởi đầu thất bại khi không ngăn cản nổi quân Ottoman tiếp viện dưới tài cầm quân của những chỉ huy mới là serdâr Koji Musa Pasha và Đại Vezir Sultanzade Mehmed Pasha. Mehmed Pasha ra lệnh hủy diệt pháo đài Suda, vì đây là điểm trung chuyển Venezia dùng để kết nối với đảo Crete. Pháo đài Suda nằm trên đảo ở cửa vịnh nên không dễ dàng chiếm được. Mehmed Pasha bị sốt rét và qua đời, Delhi Hussein Pasha được chỉ định thay thế. Ngày 10 tháng 3 năm 1646, Hussein Pasha chiếm được pháo đài Kissamos ở phía tây đảo. Dân địa phương nhanh chóng đầu hàng. Tháng 8, Cappello tổ chức tấn công hạm đội Ottoman trên vịnh Canea nhưng bị đẩy lui.
Khi Musa Pasha đến bờ Rumelia để lấy lương thực, Hussein Pasha là chỉ huy Ottoman duy nhất ở Crete. Ông nhận thấy sẽ mất nhiều thời gian đánh chiếm pháo đài Suda nên quyết định chưa bao vây vội. Thay vào đó, ông dồn lực lượng phong tỏa Rethymno. Cappello tiếp tục thất bại trong nỗ lực phá vỡ bao vây, và kết quả là Rethymno thất thủ ngày 20 tháng 10, dù tường thành vẫn duy trì được đến giữa tháng 11 (ngày 13/15/21). Quân Ottoman đào đường hầm lớn dưới cổng pháo đài, và vào ngày bao vây thứ 39, cho thuốc súng nổ tung trong hầm. Cư dân bị bao vây đến kiệt quệ nên đề nghị hòa bình ngày hôm sau, Ottoman cho phép họ di tản đến Candia. Thông tin điệp báo cho Hussein Pasha biết tàu thuyền Venezia đang tập hợp tại cảng Candia và Suda, cũng như tuyển mộ 15.000 binh sĩ Hy Lạp để phối hợp tấn công Canea từ đường bộ và đường biển. Hussein Pasha liền quyết định tấn công phủ đầu. Giữa tháng 6 năm 1646, ông chiếm được pháo đài Esterni là đồn lũy cuối cùng tiến tới cảng Suda.
Bất chấp khủng hoảng chính trị tại Istanbul, thay đổi cả Sultan lẫn Đại Vezir, Ottoman vẫn kiên trì mục tiêu đánh chiếm đảo Crete. Ở phía bên kia, Venezia lại huy động tài lực, nhân lực và tìm kiếm đồng minh trong tuyệt vọng quyết chống lại kẻ thù. Tuy nhiên, phần lớn châu Âu đã sa lầy trong Chiến tranh Ba Mươi Năm nên không thể trợ giúp. Chiến phí là vấn đề lớn cho Venezia: ngoài việc tăng thuế còn phải bán tước vị quý tộc để lấp đầy ngân khố.
Mùa đông năm 1646-1647, hai bên đều phải gánh chịu thảm cảnh dịch hạch. Suốt mùa xuân năm 1647 coi như đình chiến. Nhưng đến giữa tháng 6 năm 1647, một tiểu đội quân Ottoman đánh bại đội lính đánh thuê của Venezia, sau đó Hussein Pasha đã chiếm nửa phía đông của đảo, ngoại trừ pháo đài Sitia. Phía Venezia chịu thiệt hại nặng nề: đến năm 1648, gần 40% dân số đảo Crete chết vì bệnh tật hoặc chiến tranh. Năm 1677, dân số trên đảo là 80.000 người (trước chiến tranh là 260.000 người). Đến đầu năm 1648, ngoại trừ Candia và một vài pháo đài, hầu hết Crete đều đã nằm trong tay đế quốc Ottoman.