Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn
Hồng y > Giai đoạn 2009–2010

Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh phát triển mạnh dưới thời Hồng y Mẫn. Hồng y Mẫn đã cung cấp một số số liệu về Tổng giáo phận do mình cai quản, từ năm 1998 đến năm 2009 như sau: số giáo dân tăng từ 524.281 người lên mức 662.148 người, số linh mục tăng lên con số 318 từ mốc 244 năm 1998. Số tu sĩ cũng có biến động: 327 nam tu sĩ và 4.754 nữ tu sĩ vào năm 2009, so với tương ứng 169 nam tu sĩ và 2655 nữ tu sĩ vào năm 1998.
Tháng 2 năm 2009, Hồng y Phạm Đình Tụng, nguyên Tổng giám mục Hà Nội qua đời. Lễ an táng đã được Hồng y Mẫn, đại diện Tòa Thánh chủ sự vào ngày 26 tháng 2 năm 2009 tại Nhà thờ Lớn Hà Nội. Cuối tháng 3 năm 2009, Hồng y Mẫn cùng giám mục phụ tá Nguyễn Văn Khảm đã gặp gỡ 2000 người đang trong quá trình theo đạo Công giáo (dự tòng). Đây là lần đầu tiên tổ chức buổi gặp giữa giám mục giáo phận và các học viên dự tòng. Cuối tháng 4 năm 2009, Hồng y Mẫn đã đón tiếp Hồng y Theodore Edgar McCarrick và bốn thành viên thuộc Cơ quan Bác ái thuộc Hội đồng Giám mục Hoa Kỳ. Giữa tháng 4 năm 2009, nhân dịp lễ kính Lòng Thương Xót Chúa lần đầu tiên được công nhận, Hồng y Mẫn đã đồng tế lễ cùng Giám mục Phaolô Nguyễn Văn Hòa tại khuôn viên Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn. Khoảng 13.000 giáo dân từ thành phố Hồ Chí Minh cũng như các tỉnh xung quanh. Lễ này chỉ chính thức được Hồng y Mẫn công nhận vào tháng 6 năm 2008. Hồng y Mẫn cũng chính thức thiết lập Caritas Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh sau hơn 30 năm tạm ngưng với tên cũ là Caritas Sài Gòn vào ngày 9 tháng 5 năm 2009.
Về vấn đề tranh cãi khai thác bô xít ở Tây Nguyên, ngày 31 tháng 5 năm 2009, Hồng y Phạm Minh Mẫn ra thư gửi các tu sĩ và giáo dân về vấn đề bảo vệ môi trường, qua đó chỉ trích các nhà đầu tư dự án chỉ quan tâm tính toán đến lợi ích mà bỏ qua tác động đến đời sống con người. Trong vụ việc này, Hồng y Mẫn được La Croix đánh giá là đã kiềm chế để tránh sử dụng các lập luận thiên về chủ nghĩa dân tộc, vốn đã dẫn đến việc chỉ trích các linh mục tại Hà Nội là ngu xuẩn và thiếu hiểu biết, cũng như bắt giữ một số cá nhân có liên quan đến việc chống lại dự án này. RFA đánh giá nội dung thư của Hồng y Mẫn là "gay gắt". Wikileaks công khai một bức điện tín gửi từ Hà Nội đến nhiều địa điểm và tổ chức như CIA, ASEAN,... đánh giá rằng tiếng nói của Hồng y là một tiếng nói có sức ảnh hưởng lớn. Bức thư được công bố sau khi Quốc hội Việt Nam đã thông qua dự án khai thác này. Ngày 24 tháng 7 cùng năm, Hồng y Mẫn dự kiến tham gia dự thảo về chủ đề Biên giới Việt-Trung tại Hội trường Tòa Tổng giám mục. Dưới áp lực của chính quyền, cuộc hội thảo phải bị dời đến nơi khác, trong khi Hồng y Mẫn rút lui không tham gia hội thảo vì lý do mục vụ.
Trong khuôn khổ chuyến thăm Ad Limina của Hội đồng Giám mục Việt Nam, Hồng y Mẫn đã chủ sự lễ sáng vào ngày 24 tháng 6, cũng là lễ bổn mạng của ông. Cũng trong khuôn khổ chuyến thăm  và trong chuyến thăm đến Bộ Giáo dục, Hồng y Mẫn đã trình bày hiện trạng chung của giáo dục Công giáo tại Việt Nam. Hồng y Mẫn nhận định từ sau năm 1975, trên phạm vi cả nước, Nhà nước giữ độc quyền trong việc giáo dục, trong khi Công giáo chỉ tham gia vào công tác giáo dục ở cấp mầm non. Sau khi Hồng y Mẫn và các giám mục Việt Nam tham dự chuyến thăm Ad Limina, ông đã trở về Thành phố Hồ Chí Minh và nhận trả lời phỏng vấn với Union of Catholic Asian News (UCAN) vào tháng 7 năm 2009. Hồng y Mẫn cho rằng về việc thiết lập quan hệ ngoại giao giữa Tòa Thánh và nhà nước Việt Nam, Tòa Thánh đã có mong ước này từ lâu, nhưng quyết định thuộc về chính quyền Việt Nam. Tháng 12 cùng năm, nói về chuyến thăm của Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết đến Vatican, Hồng y Mẫn cũng nêu quan điểm rằng cả hai bên đều có mong muốn xây dựng mối quan hệ. Cá nhân hồng y hy vọng rằng bối cảnh là thích hợp để các bên thực hiện hóa mong ước này.
Đầu tháng 10 năm 2009, Hồng y Mẫn kêu gọi giáo dân Tổng giáo phận dè sẻn chi tiêu để đóng góp hỗ trợ cho các nạn nhân bão lụt cho các tỉnh miền Trung và Tây Nguyên Việt Nam bị ảnh hưởng bởi cơn bão Ketsana (bão số 9) đánh vào các vùng này vào cuối tháng 9. Hồng y Phạm Minh Mẫn là một trong số bảy đại biểu Việt Nam tham dự Hội thảo do Văn phòng Giáo dục và Đào tạo Đức tin (OEFF) thuộc Liên Hội đồng Giám mục Á châu năm 2009 tổ chức vào tháng 10 năm 2009 tại Trung tâm Mục vụ Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh. Ông và một số doanh nhân Công giáo đã gặp các linh mục Việt Nam thi hành mục vụ cho giáo dân tại Singapore vào trung tuần tháng 10 năm 2009. Ông cũng đã nhận trả lời phỏng vấn trang tin Tổng giáo phận sau chuyến đi này.
Cuối tháng 11 năm 2009 đến đầu tháng 1 năm 2011, Giáo hội Công giáo Việt Nam cử hành Năm Thánh để đánh dấu 350 năm thiết lập hai Địa phận Tông Tòa đầu tiên ở Việt Nam. Tại giáo xứ Sở Kiện, Tổng giáo phận Hà Nội, ngày 24 tháng 11 năm 2009, Hồng y Phạm Minh Mẫn, với tư cách Trưởng Ban Tổ chức Năm Thánh (còn gọi là Chủ tịch) đã chủ sự lễ khai mạc Năm Thánh. Cùng đồng tế có 28 giám mục, 950 linh mục từ 26 giáo phận. Giáo dân Công giáo từ ba miền, tham dự lễ này ước đạt 100.000 người, theo BBC. Trang tin Hội đồng Giám mụct cho biết ngoài chủ tế là Hồng y Mẫn, có 31 giám mục, hơn 400 linh mục đã cùng đồng tế, với sụ tham dự của gần 1.000 tu sĩ và 70.000 giáo dân. Báo Nhân Dân ghi nhận con số là 30 giám mục, gần 500 linh mục và hàng nghìn tu sĩ đã tham dự lễ khai mạc, trong khi Catholic News Agency dẫn lời linh mục JB An Dang đánh giá con số là 120.000 người, với sự tham dự của 4 hồng y, 30 giám mục, 1200 linh mục và nhiều giáo sĩ ngoại quốc. Báo Người Lao Động ước tính con số tham dự là vào khoảng 60.000 người, Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam ước lượng 80.000 giáo dân đã tham dự, với số lượng 31 giám mục, 400 linh mục đồng tế và 1.000 tu sĩ tham dự. Đồng ý với số liệu giáo sĩ và tu sĩ, cách riêng Giám mục Vinh Sơn Nguyễn Văn Bản ước chừng 70.000 giáo dân đã tham gia buổi lễ. Trong tuyên bố khai mạc Năm Thánh, Hồng y Mẫn kêu gọi cộng đồng Công giáo sống tinh thần yêu thương vì sự phát triển của xã hội và quốc gia. Ngày 5 tháng 12 năm 2009, Hồng y Mẫn cho thành lập Uỷ ban Mục vụ Đối thoại liên tôn của Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh. Cuộc gặp giữa các đại diện các tôn giáo lần đầu đã được tổ chức vào ngày 19 cùng tháng, theo sáng kiến của Hồng y Mẫn. Trong cuộc gặp này, Hồng y Mẫn đã xin đại diện các tôn giáo tha thứ cho các lỗi lầm của giới Công giáo trong quá khứ, vốn dẫn đến nghi ngờ và hiềm khích. Hồng y bày tỏ mong muốn bắt đầu lịch sử tương giao mới trên nền tảng cảm thông và hiểu biết. Cũng trong tháng 12 năm 2009, hồng y Mẫn và số ít giám mục và linh mục được Giám mục Giáo phận Chanthaburi mời tham gia lễ kỷ niệm 300 năm thành lập địa phận đầu tiên.
Ngày 4 tháng 1 năm 2010, Giám tỉnh Dòng Tên Việt Nam Tôma Vũ Quang Trung đã gửi thư đến Hồng y Phạm Minh Mẫn và giám mục phụ tá Nguyễn Văn Khảm để trình bày về tình trạng linh mục giả Nguyễn Thanh Phụng. Linh mục Trung nêu quan điểm rằng ông không rõ Tòa Giám mục có cần ra thông cáo để ngăn trừ hậu họa của người giả linh mục này hay không. Ông cũng lần đầu tiên đồng tế với các linh mục thuộc Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Thành phố Hồ Chí Minh vào đầu tháng 1 năm 2010. Hồng y Phạm Minh Mẫn đã trả lời phỏng vấn báo La Croix vào tháng 1 năm 2010. Trong cuộc phỏng vấn này, Hồng y đã được trích dẫn cho biết ông có chủ trương "đối thoại và hợp tác trên cơ sở sự thật và công ích". Hồng y bày tỏ thái độ không đồng tình với quyết định xóa bỏ tư hữu đất đai, và tin rằng nguyên nhân này làm cho có nhiều lạm dụng, bất công và bất ổn trong xã hội. Ông cũng đánh giá rằng thái độ đối kháng cũ đã gây ra nhiều hậu quả. Nói về niềm tin Công giáo, Hồng y Mẫn bày tỏ sự lo ngại về niềm tin trong giới trẻ. Trong cuộc phỏng vấn với Agenzia Fides, Hồng y Mẫn cho biết riêng Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh bị mất 400 cơ sở sau biến cố năm 1975. Sau ba năm xây dựng, Mái ấm Mai Tâm được Hồng y Mẫn khánh thành vào tháng 2 năm 2010, tiếp nối những hoạt động của ông để hỗ trợ các người bệnh HIV/AIDS từ năm 2004.
Ngày 11 tháng 3 năm 2010, tại trụ sở Nguyệt San Diễn Đàn Giáo Dân tại thành phố Westminter, Quận Cam, California đã diễn ra một cuộc họp của đại diện tổ chức "Phong trào Giáo dân" và "Diễn đàn Giáo dân" và đại diện một số tổ chức và cá nhân khác nhằm mục đích phản đối việc Hồng y Phạm Minh Mẫn được mời chủ lễ Lòng Thương Xót Chúa trong khuôn viên Đại học Cal State Long Beach. Trước đó, một cá nhân đã gửi thông tin đến Văn phòng Tòa Tổng giám mục để thông báo rằng sự hiện diện của Hồng y sẽ bị phản kháng. Ông Trần Văn Cảo, đại diện Diễn đàn Giáo dân cho biết sau sự việc bị tẩy chay trong Đại hội Giới Trẻ Thế giới (năm 2008), hồng y Mẩn đã vì các nhà thờ vùng [California] không chấp nhận đến cử hành lễ cũng như bị dòng Đồng Công hủy bỏ lời mời chủ sự Đại Hội Thánh Mẫu Missouri. Cuộc họp này cũng chính thức thiết lập Ủy Ban Phản Kháng Sự Hiện Diện của Hồng Y Phạm Minh Mẩn Trong Cộng Đồng Việt Nam Tỵ Nạn Cộng Sản. Nội dung cuộc họp, các thành viên đồng ý liên lạc trước với Tổng giáo phận Los Angeles và sẽ tổ chức họp lần thứ hai vào ngày 18 tháng 3 cùng năm. Một thông báo được công bố bởi ban tổ chức "Đại Hội Lòng Chúa Thương Xót" được công bố trong hai ngày 22 và 23 tháng 3 trên nhiều phương tiện truyền thông, vị trí chủ sự thuộc về giám mục Solis A. Osca, Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Los Angeles. Thông báo của "Ủy ban Phản kháng" đề ngày 27 tháng 3 loan tin trên và cho rằng sự xuất hiện của Hồng y Mẫn đã được hủy bỏ, do đó cũng thông báo hủy cuộc biểu tình dự kiến được tổ chức.
Trên Internet xuất hiện lời kêu gọi biểu tình chống đối khi Hồng y Phạm Minh Mẫn đến California trong buổi sáng ngày 11 tháng 4 tại Đại học Cal State Long Beach. Ngày 9 tháng 4 cùng năm, một lá thư được gửi đến Hồng y Mẫn, Tổng giáo phận Los Angeles, và một số tổ chức nhằm mục đích phản đối việc Hồng y Phạm Minh Mẫn đến tham dự Đại hội Lòng Thương Xót Chúa tại Đại học Cal State Long Beach. Nội dung thư nhắc đến lá thư tháng 6 của Hồng y Mẫn, cũng như cuộc trả lời phỏng vấn với Catholic Agency cũng vào tháng 6 năm 2008 của Hồng y. Theo Uỷ Ban Phản Kháng Sự Hiện Diện của Hồng Y Phạm Minh Mẫn Trong Cộng Đồng Người Việt Tị Nạn Cộng Sản, lá thư công khai này là kết quả của những cuộc tiếp xúc riêng không thành công với cá nhân vị hồng y để vận động ông không đến Hoa Kỳ. Hồng y Phạm Minh Mẫn "làm lễ" tại Đại hội, và phía ngoài, theo tờ Việt Báo, "nhiều người" gốc Việt đã cầm lá cờ vàng [Việt Nam Cộng hòa] để biểu tình, trong khi phía trong không có lá cờ nào. Theo trang "Sai Gon Echo", có rất ít người tham gia biểu tình: thư kêu gọi không được truyền thông rộng rãi, không có thông tin chính xác rằng Hồng y vẫn thực hiện chuyến thăm, và có những người tuy không đồng ý việc Hồng y đến thăm nhưng cũng không phản đối.
Ngày 13 tháng 5 năm 2010, Tòa Thánh chấp thuận đơn từ nhiệm Tổng giám mục Hà Nội của Tổng giám mục Ngô Quang Kiệt. Sáng ngày 22 tháng 5 năm 2010, phái đoàn Tòa tổng Giám mục Thành phố Hồ Chí Minh do Phạm Minh Mẫn dẫn đầu đến thăm và chúc mừng Đại lễ Phật đản 2554. Đón tiếp đoàn có Hoà Thượng Thích Trí Quảng – Trưởng ban trị sự Giáo hội Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh cùng các chư tôn. Nhân dịp này, Hồng y Mẫn trao thư chung của Tòa Thánh Vatican gửi các tôn giáo trên thế giới nói lên vấn đề đang được quan tâm, đó là sự biến đổi khí hậu và môi trường sống. Hồng y Mẫn đến Rôma vào ngày 31 tháng 5 để gặp Bộ trưởng Ngoại giao Tòa Thánh Dominique Mamberti và Bộ trưởng Bộ Truyền giáo Ivan Dias. Các cuộc gặp này có chủ đề chính là tình hình giáo hội tại Việt Nam sau sự việc thay Tổng giám mục Hà Nội. Hồng y Mẫn cho biết Bộ Ngoại giao Vatican đã xác nhận với Nhà nước Việt Nam rằng Tòa Thánh nhận đơn từ nhiệm của Tổng giám mục Kiệt vì tôn trọng ý nguyện của ông.
Cuối tháng 6 năm 2010, Tòa Thánh công bố bổ nhiệm một Đại diện Toà Thánh không thường trú tại Việt Nam. Trả lời báo BBC Tiếng Việt, linh mục Huỳnh Công Minh, trợ tá Hồng y Phạm Minh Mẫn khẳng định rằng cho đến sáng ngày 29 tháng 6, Hồng y Mẫn hoàn toàn không biết về quyết định này từ Tòa Thánh. Trả lời trang Catholic Culture, linh mục Minh tiếp tục khẳng định rằng Hồng y Mẫn vẫn không biết gì về vụ việc, trong buổi gặp mặt linh mục Minh vào sáng ngày 2 tháng 7. Trong cùng tháng, Hồng y Mẫn đã có chuyến thăm chúc mừng 35 năm thành lập Báo Công giáo và Dân tộc, và nhân dịp này cũng trả lời phỏng vấn của tờ báo này. Hồng y Mẫn đã tham gia và có phát biểu tại hội thảo kỷ niệm 100 năm ngày sinh cố Tổng giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình. Trước đó, Hồng y Mẫn cũng đã tham gia buổi tọa đàm về cố Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình và có bài phát biểu tại buổi gặp này vào cuối tháng 8 năm 2010. Buổi tọa đàm được tổ chức trước buổi hội thảo.