X-Men
Lịch sử > Thập niên 2000 > Đế chế M/Cuộc khủng hoảng/Giống nòi lâm nguy/Đấng cứu thế rắc rối

Sự kiện chính trong năm 2005 là House of M (Đế chế M),bắt đầu bằng việc Scarlet Witch - con gái của Magneto, mất trí vì những mất mát gia đình nên đã thay đổi thế giới, đảo ngược vị thế giữa con người và người đột biến trên thế giới. Khi các siêu anh hùng quyết tâm lật đổ hiện thực giả tạo House of M, họ lại khiến Scarlet Witch gây ra một sự biến động mới: 98% người đột biến trên thế giới bị mất năng lực. Sự kiến đó dẫn tới một cuộc khủng hoảng chưa từng có(Decimation) trong cộng đồng dị nhân, làm hàng triệu người đột biến bị mất năng lực, có cả Magneto và Professor X. Sau đó là biến cố Deadly Genesis (Căn nguyên chết người), với sự khám phá 1 bí mật đen tối của Xavier đã được che giấu trong suốt 30 năm qua, khiến ông và Cyclops trở thành thù địch với nhau; một nhân vật hung ác khác xuất hiện là Vulcan, em của Cyclops. Wolverine cũng khôi phục hoàn toàn ký ức trong diễn tiến của loạt truyện Wolverine: Origins.
Một số các sự kiện ngắn khác là Son of M (Hậu duệ M), Generation M (Thế hệ M) và The 198 (Hồ sơ 198) tập trung vào những dị nhân bị mất năng lực, tất cả đều xuất hiện trong New X-Men. Apocalypse hồi sinh khi Cable trở lại, biến đổi Polaris và Gambit sang phe ác của hắn, tuy nhiên cả hai đã được cứu thoát sau đó.
Trong lúc đó, The Avengers và Magneto giao du với các dị nhân thất lạc trong The Collective. Sư kiện House of M cũng dẫn đến một biến cố trong năm 2006: Civil War (Nội chiến). Chris Claremont chuyển sang phụ trách New Excalibur. Giáo sư Xavier thành lập một nhóm mới gồm Havok, Polaris, Rachel Summers, Nightcrawler, Warpath, và tân binh mới Darwin sau biến cố Deadly Genesis, với nhiệm vụ chống lại âm mưu lật đổ Shi'ar của Vulcan. trong khi Ed Brubaker tiếp quản bộ Uncanny X-Men.
Astonishing X-Men tiếp tục thành công, tuy nhiên vì tác giả Whedon ký hợp đồng mới phát hành thêm 12 tập (sau bản hợp đồng 12 tập ban đầu), nên trong năm 2006 truyện được phát hành 2 tháng/lần để có thể hoàn tất phần tình tiết mở rộng.Bên bộ X-Men, Rogue lãnh đạo một nhóm dị nhân mới, bao gồm những nhân vật vừa chuyển sang phe thiện như Mystique và Sabretooth. Loạt truyện New X-Men thì có sự trở lại của William Stryker. Stryker bí mật tái hợp nhóm người cuồng đạo Purifiers và đặt bom vào chuyến xe buýt chở các học viên bị mất năng lực của học viện Xavier, gây ra cái chết của 24 cựu học viên. Chưa dừng lại, Purifiers tấn công vào học viện giết chết thêm 3 học viên, cho đến khi chúng bị các New X-men (bao gồm các học viên: Surge, Hellion, Elixir, Prodigy, Mercury, Dust, Rockslide) đánh bại.
Cuộc khủng hoảng chưa chấm dứt khi Beast nhận ra không 1 người đột biến nào sinh ra kể từ M-day, khiến cho giống loài của họ đứng bên bờ vực tuyệt diệt. Beast đã làm 1 cuộc hành trình liên lạc với các nhà khoa học của cả hai phe thiện và ác để mong tìm ra phương pháp thoát khỏi tình trạng này. Nhưng cuối cùng, Beast nhận ra "Khoa học không thể giải quyết những vấn đề thuộc về ma thuật". Trong khi đó ở "Uncanny X-men", nhóm X-men của Xavier thất bại trong việc ngăn cản Vulcan tiếp nhận ngôi vua của Shi'ar. Bất lực nhìn cha mình chết trong tay em trai, Havok quyết định cùng Polaris và Rachel ở lại ngoài không gian tiếp tục chống lại Vulcan. Trong nhóm còn lại quay về Trái Đất cùng một thành viên mới là Hepzibah. "Astonishing X-men" cũng có thêm một thành viên mới, vốn là 1 học viên trẻ người Nhật Armor. Còn ở "X-men", Cable mất tích trong khi Mystique phản bội và bắt giữ Rogue, hé lộ bà ta là gián điệp của Mr Sinister cài vào X-men.
Sự kiện lớn nhất của năm 2008 là Mesiah Complex (Đấng cứu thế rắc rối) kể về sự ra đời của đứa bé đột biến đầu tiên kể từ M-day. Nắm giữ đứa bé là nắm giữ chìa khóa của cả giống loài đột biến nên một cuộc chạy đua truy lùng đứa bé diễn ra giữa các X-men và các nhóm đồng minh X-Factor, New X-men cùng các kẻ thù là các nhóm Marauders, Reavers, Purifiers. Trong sự kiện này, các vấn đề quan trọng gồm: việc Cyclops đã lập nên một nhóm mới là X- Force (bao gồm Wolverine, X-23, Warpath, Caliban, Hepzibah, Wolfsbane); sự xuất hiện trở lại của Cable; Layla Miller rơi vào tương lai 80 năm sau và mắc kẹt tại đó; con quái vật thủy ngân Predator X tấn công các New X-men; học viện lại bị phá hủy hoàn hoàn; sự phản bội của Bishop; Mystique giết Mr Sinister, lợi dụng đứa bé để hồi tỉnh Rogue. Cuối sự kiện, Cyclops trao đứa bé cho Cable, để anh ta mang nó về tương lai nuôi dạy. Bishop dùng súng bắn đứa bé nhưng lại giết chết giáo sư X. Cyclops tuyên bố các X-men giải tán.