Biểu tình Phật giáo tại Huế 1993
Xử lý > Bắt giữ và xét xử

Sau khi xảy ra vụ biểu tình ở Huế, cảnh sát đã lần lượt bắt giữ 6 nhà sư chùa Thiên Mụ, trong đó có Hòa thượng Thích Trí Tựu, với tội danh kích động biểu tình. Theo nguồn tin của GHPGVNTN, ít nhất 50 người khác cũng bị bắt vì liên quan đến cuộc đối đầu. Họ chủ yếu là sinh viên, nhà sư và người lái xích lô. Những nhà sư bị bắt hầu hết nằm trong khối Ấn Quang GHPGVNTN. Ngày 5 tháng 6 năm 1993, Thích Trí Tựu, Thích Hải Tạng và Thích Hải Thịnh bị bắt tại chùa đến nhà giam Thừa Phủ, Huế. Ba ông đã bị yêu cầu giữ lại y phục tu sĩ và chịu lệnh tạm giam trong 4 tháng vì tội "gây rối trật tự công cộng" lẫn "cố ý huỷ hoại tài sản xã hội chủ nghĩa". Đến ngày 10 tháng 6, chính quyền xác nhận việc bắt giữ ba nhà sư trên cùng 9 cá nhân "cực đoan" khác vì vai trò của họ trong việc phá hủy chiếc xe công. Vào ngày 19 tháng 7 cùng năm, Hòa thượng Thích Hải Chánh và hai sa di nam khác đã bị bắt vì tội "xúi giục người khác gây rối trật tự công cộng và phá hoại tài sản nhà nước" trong cuộc biểu tình.
Phía chính quyền sơ bộ khẳng định cái chết của Đào Quang Hộ có động cơ chính trị, song chưa rõ là bị giết hay tự sát. Vì vậy, các nhà sư chỉ bị bắt với tội gây rối an ninh trật tự. Trong vòng 5 tháng trước phiên tòa xét xử, báo chí trong nước liên tục tung ra bài viết bôi nhọ hình ảnh những nhà sư bị bắt ở Huế. Có tổng cộng 110 bài báo chỉ trích đã xuất hiện trên 8 tờ báo đại chúng tại Việt Nam nhằm công kích các nhà sư. Trưởng Ban Tôn giáo Chính phủ Vũ Quang trong đó mô tả các bị cáo là "những kẻ dối trá đánh mất uy tín trong mắt nhân dân bằng cách sử dụng lời khai gian, giả mạo và bạo lực". Tuy chưa có căn cứ xác đáng từ cơ quan điều tra về người tự thiêu, ông cũng trực tiếp yêu cầu Thích Trí Tựu "phải chịu trách nhiệm về cái chết trên vì nó xảy ra ngay tại chùa của mình".
Việc xét bàn xử án các bị cáo trong vụ biểu tình bắt đầu từ đầu tháng 11 năm 1993. Đến ngày 15 tháng 11 năm 1993, một phiên tòa tuyên án chính thức đã diễn ra trong vòng một ngày. Theo Bộ Công an (2006), địa điểm diễn ra phiên xử án là tại Tòa án nhân dân tỉnh Thừa Thiên Huế. Song theo Liên đoàn Quốc tế Nhân quyền (FIDH) và PTTPGQT, quá trình tuyên án trên thực tế diễn ra tại một tòa án binh quân đội; luật sư, quần chúng, báo chí, quan sát viên quốc tế và người nhà bị cáo đều không được phép tham dự phiên tòa. Hòa thượng Thích Trí Tựu, người bị công an triệu tập lên thẩm vấn và bất tỉnh trên xe jeep, bị buộc tội là "thủ lĩnh của cuộc bạo loạn". Ông phải chịu án 4 năm tù giam – ngang với án tù của người phá hoại chiếc xe tên Nguyễn Văn Minh, nhưng Minh còn chịu thêm phí phạt khoảng 22.000 USD. Thích Hải Tạng cũng bị kết án 4 năm tù vì kích động các thành viên trong đám đông chặn xe lại, lật ngược xe lên và đốt nó. Hai nhà sư Thích Hải Thịnh và Thích Hải Chánh nhận án tù 3 năm tù với nguyên do tương tự, đặc biệt là Thích Hải Thịnh bị cáo buộc đã đứng lên mui xe jeep của UBND "phỉ báng" nhà cầm quyền. Bốn giáo dân còn lại bị kết án tù từ 6 đến 12 tháng bởi tội gây rối trật tự công cộng. Riêng hai sa di bị bắt cùng với Thích Hải Chánh đã không phải tham dự phiên xét xử mà được chính quyền cho tại ngoại. Ít lâu sau phiên tòa này, gia đình Phật tử tự thiêu tại chùa Thiên Mụ tên Nguyễn Ngọc Dũng đã lộ diện và công khai sự thật về danh tính người thân của mình.
Cuối tháng 1 năm 1994, Thích Trí Tựu, Thích Hải Tạng, Thích Hải Thịnh và Thích Hải Chánh bị chuyển nơi cải tạo từ trại giam Thừa Phú ở Huế về trại giam Ba Sao ở Phủ Lý, tỉnh Nam Hà cũ. Vào cuối tháng 4 cùng năm, bốn nhà sư quyết định tổ chức tuyệt thực trong hai tháng để kháng cáo bản án mà chính quyền đưa ra. Các tù nhân chính trị khác cũng tham gia hưởng ứng. Lãnh đạo trại giam sau đó đã chuyển họ từ khu A dành cho tù nhân chính trị sang khu B dành cho tội phạm hình sự. Các nhà sư bị ép tiêm nước muối thay ăn, và những người đến thăm đều bị từ chối. Kể từ cuộc tuyệt thực tháng 4 năm 1994, báo cáo của HRW vào tháng 3 năm 1995 cho biết Thích Hải Tạng đang ở trong tình trạng sức khỏe yếu và bị bệnh về dạ dày. Tuy nhiên, chính quyền đã từ chối điều trị y tế cho các nhà sư.