NieR: Automata
Tóm tắt > Cốt truyện

NieR:Automata là một trò chơi có 26 ending với 5 ending chính từ A - E, các ending từ F - Z là bad ending khi người chơi thực hiện một hành động cụ thể nào đó.
Lần chơi thứ nhất dưới góc nhìn của 2B, khi 2B cùng đội của cô mở đường để xâm nhập vào lãnh thổ của Machine, mục đích chính là tiêu diệt các mối đe dọa từ nhà máy sản xuất Machine để đảm bảo sự an toàn cho Quân Kháng chiến đang đóng quân gần đó. Đội của 2B bị tiêu diệt, cô là người sống sót duy nhất và nhận được lệnh tìm 9S để phối hợp. Hai người thành công tiêu diệt 4 đơn vị Golliath. Họ nhận nhiệm vụ giúp đỡ Quân Kháng chiến; với sự hỗ trợ của Anemone và Pascal - một Machine, họ dẹp được nhiều mối đe dọa từ kẻ thù. Chứng kiến sự ra đời sau đó của Adam và Eve - những thực thể vật chất của Mạng lưới - một hệ thống kết nối các Machine với nhau. Hai thực thể này cho biết những người ngoài hành tinh đã tạo ra Machine đã bị tiêu diệt bởi Mạng lưới. 2B và 9S cũng đụng độ A2, một Android đào ngũ khỏi YoRHa. Các Machine đang ngày càng có biểu hiện cảm xúc hơn, và tập hợp lại thành từng nhóm một, và nhóm của Pascal đã mệt mỏi vì chiến đấu và trở nên yêu hòa bình. Sau trận chiến ngoài biển, Adam bắt 9S đi, và 2B thành công trong nỗ lực giết Adam. Eve trở nên điên loạn vì biết Adam bị giết, đã khiến cho các cỗ máy trong Mạng lưới trở nên điên loạn theo và tấn công Quân Kháng chiến. 2B và 9S giết chết Eve nhưng 9S bị nhiễm Virus, điều đó buộc 2B phải giết cậu. Mặc dù cơ thể đã chết, 9S đã kịp sao lưu dữ liệu vào Mạng lưới của Machine. Đây là Ending A, có thể gọi đây là phần mở đầu cho game.
Lần chơi thứ hai dưới góc nhìn của 9S, người chơi sẽ phải điều khiển 9S tìm hiểu thêm về cốt truyện. Sau khi được 2B giải thoát khỏi Adam, 9S được đưa về Bunker hồi phục. Trong quá trình hồi phục, 9S phát hiện ra trục trặc trong máy chủ của YoRHa khi đồng bộ hóa bản thân và 2B, đồng thời biết được sự thật rằng loài người đã tuyệt chủng từ lâu trước cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh. Tàn dư cuối cùng của nhân loại là một máy chủ trên Mặt trăng chứa mã gen của họ. 9S đã gặp mặt với Chỉ huy và được cho biết những tín hiệu được truyền từ Mặt trăng chỉ là tín hiệu giả mà YoRHa đã thiết lập trước đó và YoRHa đã che giấu về việc loài người đã di cư lên Mặt trăng để duy trì tinh thần và trao cho Android một "Vị Thần" để chiến đấu. Sau khi Adam bị giết và Eve khiến Mạng lưới trở nên điên loạn, 9S đã hack vào mạng lưới để hỗ trợ cho 2B trong trận chiến cuối cùng với Eve. 9S thành công, Eve bị đánh bại, nhưng bản thân cậu cũng bị nhiễm virus. 9S yêu cầu 2B kết thúc mạng sống và 9S kịp thời sao lưu dữ liệu vào mạng lưới của Machine. Đây là Ending B, kết thúc của Ending B giống với kết thúc của Ending A.
Lần chơi thứ ba dưới góc nhìn của 2B, 9S và A2. Sau cái chết của Adam và Eve, Mạng lưới Machine trở nên hỗn loạn, nhân cơ hội YoRHa phát động một cuộc chiến tổng lực. 9S thực hiện nhiệm vụ trinh sát từ xa chuẩn bị cho cuộc đổ bộ, 9S hội quân với nhóm của 2B tấn công vào tàn dư của những Machine trong Mạng lưới, nhưng trong lúc tấn công bất ngờ một loại logic virus đã lây nhiễm toàn bộ các đơn vị YoRHa và khiến họ quay sang tấn công 2B và 9S. 9S kịp cứu 2B khỏi nhiễm Virus và hai người rút lui về Bunker. Lúc này, cả Bunker cũng đã bị nhiễm logic virus bao gồm cả Chỉ huy. Hai người buộc phải rút khỏi Bunker trước khi nó phát nổ. 2B và 9S xuống lại Trái đất và bị chia tách do một cuộc tấn công khác của Machine. 2B bị nhiễm logic virus và bị bao vây bởi những đơn vị YoRHa đã bị nhiễm logic virus và khi gần như 2B bị tiêu diệt thì A2 xuất hiện và quét sạch những đơn vị YoRHa bị nhiễm logic virus. Trước khi chết, 2B đưa cho A2 thanh kiếm của mình và nói rằng nó chứa đựng ký ức của cô và nhờ A2 hãy bảo vệ 9S cũng như bảo vệ tương lai của thế giới. Đúng lúc đó, 9S tìm tới nơi và chỉ chứng kiến cảnh A2 đâm 2B bằng thanh kiếm của chính cô. 9S tức giận và thề trả thù cho 2B. Cùng lúc đó, một tòa tháp khổng lồ bỗng trồi lên từ dưới lòng đất khiến 9S rơi xuống vực.
Nội dung từ đây chia làm 2 phần dưới góc nhìn của A2 và 9S, hai Pod cũng giao tiếp với nhau nhiều hơn và bắt đầu bộc lộ cảm xúc. Pod 042 vốn là hỗ trợ của 2B, nay bắt đầu đi theo A2 như di nguyện của 2B. Sau khi chiến đấu với Machine khổng lồ A2 ngất đi và khi tỉnh lại phát hiện ra rằng bộ lọc năng lượng của mình cần được thay thế, A2 đến doanh trại của Quân Kháng chiến và gặp lại Anemone và Anemone đã đề nghị A2 tới gặp Pascal vì làng của Pascal có những linh kiện thay thế cần thiết. A2 đến gặp Pascal, điều này khiến cô khó chịu vì cô không tin tưởng Machine. Suy nghĩ của cô thay đổi khi nhận ra rằng có lẽ Machine trong lãnh địa của Pascal cũng không xấu xa như cô tưởng và cô bắt đầu cảm thấy đồng cảm với Machine. Những Machine trong làng Pascal bỗng dưng nổi điên và tàn sát lẫn nhau, Pascal đã kịp thời đưa lũ trẻ Machine trốn trong nhà máy và nhờ A2 cùng chiến đấu chống lũ Machine để bảo vệ bọn trẻ, nhưng chúng đã tự sát vì sợ hãi. Quá đau khổ Pascal cầu xin A2 xóa kí ức hoặc giết mình.
Trong khi đó, 9S điều tra tòa tháp và mục đích của nó, cậu phát hiện ra rằng hộp đen của Android thuộc lực lượng YoRHa có cùng cấu trúc thiết kế với lõi của Machine nên mới dễ dàng bị nhiễm logic virus từ Machine. Trong suốt quá trình đó, 9S luôn bị dằn vặt vì cái chết của 2B và trở nên bất ổn về mặt cảm xúc. 9S vào được tòa tháp nhờ sự giúp đỡ của Devola và Popola, hai người đã hy sinh bản thân để chặn cuộc tấn công của Machine đang muốn cản trở 9S vào bên trong toà tháp. Khi 9S vào được toà tháp, thông tin được chuyển tới các Pod cho biết Popola và Devola là hai Android cùng mẫu với hai Android khác mà đã gây ra sự tuyệt chủng của loài người trong dự án Gestalt. Vì họ giống hệt với hai Android gây ra sự tuyệt chủng nên họ bị những Android khác đối xử tệ bạc. Sau đó họ được lập trình để trở nên cảm thấy tội lỗi một cách vô tận và muốn làm mọi thứ để chuộc lỗi dù ý thức được rằng bản thân không gây ra điều đó. A2 lần theo dấu 9S vào bên trong, nơi họ phải đối mặt với trí thông minh nhân tạo của Machine. 9S phát hiện ra logic virus đã tấn công YoRHa chỉ là một phần của kế hoạch che đậy sự thật vì có một “mã lệnh” đặc biệt dùng để ngăn cản các Android không cho họ tiêu diệt kẻ thù một cách hoàn toàn. Mỗi khi họ sắp làm được điều đó, cửa hậu Bunker sẽ tự động mở để nhận và lan truyền logic virus dùng để xóa sạch toàn bộ Android thuộc YoRHa. Điều này sẽ ngăn không cho Android chiến thắng cuộc chiến, và thế hệ YoRHa tiếp theo sẽ được chế tạo để lặp lại vòng lặp này một lần nữa. Tất nhiên, kể cả Chỉ huy YoRHa cũng không biết được bí mật này. Sau khi biết được mọi chuyện, 9S đã phải chịu một cú sốc tinh thần nặng nề và dần dần đánh mất bản thân trong nỗi đau khổ vì cái chết của 2B cũng như cơn phẫn nộ đối với A2.
Cùng lúc đó, A2 cũng tiến tới tòa tháp để tìm kiếm 9S và bị tấn công bởi Cô Gái Váy Đỏ. Cô Gái Váy Đỏ là một dạng chương trình máy tính, và cũng chính là kẻ chủ mưu của toàn bộ “vòng xoáy chiến tranh” này. Cô đã có thể tiêu diệt toàn bộ Android bằng việc phóng quả tên lửa từ toà tháp lên máy chủ loài người trên Mặt trăng nhằm huỷ hoại tinh thần toàn bộ Android nếu như không đột nhiên thay đổi ý định vì tò mò về những hành vi của Android cũng như Machine, khi cả hai đều cố gắng để “sống như những con người”. Đồng thời, Cô Gái Váy Đỏ cũng là kẻ chịu trách nhiệm cho việc tiêu diệt toàn bộ đơn vị của A2, khi A2 còn thuộc YoRHa. A2 nhận ra rằng mình không thể tiêu diệt Cô Gái Váy Đỏ hoàn toàn, khi kẻ địch liên tục nhân bản và tự tiến hóa. A2 quyết định nghe theo Pod 042 để cô ta tự nhân bản và tiến hóa. Cuối cùng, theo đà tiến hóa, Cô Gái Váy Đỏ tự phân biệt thành 2 phe: một phe cho rằng nên giữ các Android tồn tại để tiếp tục tìm hiểu và trở nên mạnh mẽ hơn, phe khác thì lại nghĩ rằng các Android đã trở nên quá nguy hiểm và cần bị tiêu diệt lập tức, hai phe này bắt đầu chiến đấu với nhau và A2 thừa cơ tiêu diệt cả hai.
Khi A2 gặp 9S ở đỉnh của tòa tháp, cô đã nói ra sự thật về thân phận thật sự của 2B là 2E (viết tắt của "YoRHa Số 2 Mẫu E"), một đơn vị YoRHa được thiết kế để giết các đơn vị YoRHa như 9S ngay khi phát hiện ra sự thật về loài người và YoRHa - điều đó khiến 2B chịu rất nhiều đau khổ (sau khi giết 9S, kí ức của 9S trước đây sẽ bị xóa, và sẽ được chuyển sang cơ thể mới, điều đó có nghĩa là 2B đã giết 9S rất nhiều lần. Giải thích cho câu nói và hành động lạnh lùng đối với 9S của 2B "Mọi chuyện luôn kết thúc như thế này") và muốn giúp 9S thông qua A2. 9S lúc này đã hóa điên và bị nhiễm bởi logic virus - thách thức A2 chiến đấu. Lúc này, người chơi sẽ được chọn giữa 2 bên [A2] hoặc [9S].
Chọn [A2] -  A2 chiến đấu với 9S. Sau khi hack thành công vào hệ thống của 9S để xoá bỏ toàn bộ logic virus đang tấn công vào hệ thống của cậu, A2 thành công cứu được 9S và phá hủy được tòa tháp trắng, với cái giá phải trả là mạng sống của chính mình. A2 chấp nhận cái chết của mình và hi vọng được gặp lại những người đồng đội đã mất của mình ở thế giới bên kia. Đây là Ending C của game.
Chọn [9S] - 9S chiến đấu với A2. Trong khi chiến đấu, A2 đã có cơ hội giết chết 9S, nhưng vì nhớ tới di nguyện trước khi chết của 2B là bảo vệ 9S mà A2 đã dừng tay lại. Nhân cơ hội đó, 9S đâm A2 và cũng vô tình bị A2 đâm trúng. A2 chết và 9S hấp hối. Trên thực tế, tòa tháp này không phải một thứ vũ khí hủy diệt như A2 nghĩ, mà nó đã tự thay đổi chức năng của mình là một thiết bị phóng Ark (thuyền cứu nạn) lên không gian do người ngoài hành tinh chế tạo. Trong Ark có chứa dữ liệu của các dạng Machine như Adam và Eve để có thể bắt đầu một chủng loài mới trên một hành tinh khác nếu hành trình sau khi phóng suôn sẻ. Trước khi ý thức của 9S mất dần,  Adam đã mời 9S gia nhập cùng họ. Nếu 9S từ chối, cậu sẽ chết cùng A2. Nếu chấp nhận 9S, bộc lộ thêm suy nghĩ của mình, cậu biết 2B là người sẽ giết mình, nhưng vẫn luôn muốn ở bên cô vì cậu yêu 2B. Đây là Ending D của game.
Ending E xuất hiện sau khi hoàn thành Ending C và D. Lúc này, một lựa chọn được đưa ra bởi Pod 153 sẽ xuất hiện. Nếu đồng ý, tức là các Pod sẽ quyết định bất chấp lệnh xoá dữ liệu từ YoRHa để tái cấu trúc lại cơ thể cho 2B, 9S,  A2 và khôi phục dữ liệu ký ức cho họ. 9S và 2B nằm cạnh nhau và A2 được đặt ở một nơi khác. Cả 3 vẫn nằm đó và các Pod băn khoăn liệu khi tỉnh lại họ sẽ tiếp tục vòng xoáy chiến tranh hay sẽ có được một tương lai cho riêng mình.