Nguyễn Văn Thiệu
Con đường tiến tới quyền lực > Chính quyền Nguyễn Khánh

Xem thêm: Hội đồng Quân nhân Cách mạng (Việt Nam Cộng hòa) và Cuộc chỉnh lý tại Việt Nam Cộng hòa 1964
Sau cuộc đảo chính, sự nghiệp Nguyễn Văn Thiệu thăng tiến nhanh chóng. Nhờ những đóng góp của mình và sự hậu thuẫn mạnh mẽ từ Trung tướng Trần Thiện Khiêm, Nguyễn Văn Thiệu được thăng cấp lên bậc Thiếu tướng, trở thành một trong 12 thành viên của Hội đồng Quân nhân Cách mạng với vị trí ủy viên. Các nhân vật chủ chốt của Hội đồng này gồm có Dương Văn Minh, Trần Văn Đôn, Lê Văn Kim và Tôn Thất Đính.
Cuộc đảo chính lật đổ gia đình họ Ngô không đem lại sự ổn định tại miền Nam Việt Nam khi mà các tướng lĩnh Sài Gòn đầy tham vọng bước vào cuộc nội chiến tranh giành quyền lực chính trị. Dương Văn Minh bị chỉ trích là quá thân Pháp, thờ ơ trong việc điều hành đất nước, còn những nhân vật đứng đầu chính phủ như Thủ tướng Nguyễn Ngọc Thơ thì bị cáo buộc là "công cụ" của chính quyền quân sự. Ngày 30 tháng 1 năm 1964, Trung tướng Nguyễn Khánh dưới sự hỗ trợ của Hoa Kỳ đã tiến hành binh biến không đổ máu đoạt chính quyền. Nguyễn Khánh thế chỗ Dương Văn Minh làm chủ tịch Hội đồng Quân nhân Cách mạng, tuy nhiên vẫn giữ ông Minh làm quốc trưởng trên danh nghĩa do uy tín của ông này trong quân đội vẫn còn quá lớn. Sau cuộc chỉnh lý, Nguyễn Văn Thiệu trở thành Tham mưu trưởng liên quân. Tháng 8 năm 1964, cảm thấy đã đến lúc có thể nắm quyền hành tuyệt đối, Nguyễn Khánh ban bố tình trạng khẩn cấp trên phạm vi toàn quốc, ngăn cấm biểu tình, tái lập kiểm duyệt báo chí, tăng quyền hạn cho cảnh sát, cho phép họ có quyền khám xét và bắt bớ người tùy ý. Nguyễn Khánh ban hành Hiến chương Vũng Tàu – một hiến pháp trao cho ông ta quyền lực của tổng thống. Tuy nhiên, hành động này chỉ khiến Nguyễn Khánh thêm phần suy yếu khi rất đông sinh viên, tăng ni, Phật tử và đối thủ chính trị đã xuống đường biểu tình phản đối hiến chương mới, kêu gọi chấm dứt tình trạng khẩn cấp và khôi phục lại chính phủ dân sự.
Lo ngại có thể bị lật đổ trước các cuộc biểu tình ngày càng gia tăng, Nguyễn Khánh chấp nhận nhượng bộ. Ông đồng ý bãi bỏ hiến chương mới và các đặc quyền cảnh sát, đồng thời cam kết sẽ khôi phục chính quyền dân sự và xóa bỏ Đảng Cần lao Nhân vị, một công cụ chính trị có tổ chức gần như bí mật, được dùng để duy trì chế độ Ngô Đình Diệm bằng cách tìm kiếm và loại bỏ những người bất đồng chính kiến. Nhiều sĩ quan cao cấp theo Công giáo như Trần Thiện Khiêm và Nguyễn Văn Thiệu lên tiếng chỉ trích cái mà họ gọi là "sự chuyển giao quyền lực sang người nhà Phật". Họ tìm cách loại bỏ Nguyễn Khánh, ủng hộ Dương Văn Minh và cố gắng lôi kéo nhiều sĩ quan khác tham gia âm mưu. Trần Thiện Khiêm và Nguyễn Văn Thiệu tìm kiếm sự ủng hộ từ Đại sứ Hoa Kỳ Maxwell Taylor cho một cuộc đảo chính mới. Tuy nhiên, Taylor không muốn có thêm bất kỳ xáo trộn nào trong bộ máy lãnh đạo, do lo ngại cuộc đảo chính thứ ba trong vòng 3 tháng sẽ làm suy yếu một chính phủ vốn không ổn định. Điều này khiến Trần Thiện Khiêm và Nguyễn Văn Thiệu không thể thực hiện kế hoạch đã định.
Sự chia rẽ giữa các tướng lĩnh bộc lộ rõ nét trong cuộc họp Hội đồng Quân sự Cách mạng. Nguyễn Khánh cho rằng tình trạng bất ổn hiện tại là do các thành viên và người ủng hộ Đại Việt Quốc dân Đảng – một chính đảng thân Công giáo – gây nên. Trần Thiện Khiêm và Nguyễn Văn Thiệu cũng là hai trong số những sĩ quan Công giáo dính líu tới Đảng Đại Việt. Trần Thiện Khiêm chỉ trích Nguyễn Khánh nhượng bộ phe Phật giáo quá mức dẫn đến rắc rối. Nguyễn Văn Thiệu và một viên tướng Công giáo khác là Nguyễn Hữu Có đòi Dương Văn Minh thay thế Nguyễn Khánh, song bị từ chối. Cảm thấy áp lực trước những lời lên án mạnh mẽ, Nguyễn Khánh cho biết sẽ từ chức. Tuy nhiên, sau khi tình hình lâm vào thế bế tắc, Nguyễn Khánh, Dương Văn Minh và Trần Thiện Khiêm đã thiết lập chế độ "Tam đầu chế" nhằm lập lại trật tự, nhưng căng thẳng vẫn còn khi ông Khánh vẫn chi phối việc đưa ra quyết định.
Ngày 15 tháng 9 năm 1964, Nguyễn Văn Thiệu trở thành Tư lệnh Quân đoàn IV và Vùng IV chiến thuật, kiểm soát 3 sư đoàn và các tỉnh thuộc khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Sự kiện trên diễn ra sau khi phe Phật giáo vận động Nguyễn Khánh loại bỏ Dương Văn Đức khỏi vị trí tư lệnh. Để đáp trả, Dương Văn Đức liên thủ cùng Lâm Văn Phát kéo quân về Sài Gòn thị uy, dự định lật đổ Chính phủ Nguyễn Khánh nhưng bất thành. Trong sự kiện trên, sự im lặng của Trần Thiện Khiêm lẫn Nguyễn Văn Thiệu, kết hợp với sự phản đối của họ đối với Nguyễn Khánh được xem là động thái ủng hộ ngầm đối với phe nổi dậy. Ghi chép của Đại sứ quán Hoa Kỳ vào trung tuần tháng 9 năm 1964 cho thấy Trần Thiện Khiêm và Nguyễn Văn Thiệu "có vẻ thụ động đến mức dường như đã ngầm ủng hộ Đức và Phát". Sau khi chuyện không thành, hai người đã thể hiện sự ủng hộ "có phần muộn màng" đối với ông Khánh.