Nội chiến Inca
Nguyên nhân

Tới năm 1490, vị Sapa Inca Túpac Yupanqui đánh chiếm các vùng phía bắc là Ecuador ngày nay, tuy vậy, những cuộc nổi dậy liên tiếp của người bản địa vẫn diễn ra. Con trai và vị Sapa Inca kế tiếp tên Huayna Capac, vào khoảng năm 1515, huy động 40.000 chiến binh để đàn áp các cuộc bạo loạn tại đây, chủ yếu gần Quito, Tomepampa, Puná, Tumbes và Pastos. Ông mang theo hai người con trai là Ninan Cuyuchi và Atahualpa, với các tướng lĩnh tốt nhất của ông đi bắc phạt, để lại Huáscar (tên khác là Topa Cusi Huallpa) tại thủ đô Cusco cùng với ba quý tộc orejones, Hilaquita, Auqui Topa Inca và Tito Atau để trông coi việc xã tắc. Huayna Capac dành 10 năm cuối đời tại Tomepampa, quê hương của ông, làm trầm trọng thêm cuộc khủng hoảng trong tương lai.
Từ năm 1524-1526, Francisco Pizarro đem theo 62 kỵ binh và 106 bộ binh Tây Ban Nha đi thám hiểm Nam Mỹ. Bệnh đậu mùa từ đây mà được du nhập vào nội địa, gây bệnh dịch trên toàn cõi Inca. Sapa Inca Huayna Capac thân chinh lên bắc để điều tra về những kẻ lạ mặt này. Mặc dù chưa gặp mặt một người Tây Ban Nha nào, vị hoàng đế mắc bệnh đậu mùa và băng hà vào năm 1527. Trước khi chết, Huayna Cápac đã chỉ định Ninan Cuyochi làm người kế vị, nhưng vị hoàng tử cũng mắc bệnh và qua đời ở Tomepampa. Mặc dù một nhóm các curaca (quan lại người Incac) đã cố gắng giữ kín chuyện này, sự tình tuy vậy đã lọt vào tai Huáscar thông qua thân mẫu của ông, Raura Ocllo, người đã nhanh chóng đi từ Quito đến Cusco để báo tin này cho con. Bệnh dịch cũng đã giết chết hai trong số những orejones ở thủ đô, khiến Huáscar trở thành lựa chọn hợp lý nhất để nối ngôi,13 do ông là người Inca "thuần khiết" nhất, bởi vì cha mẹ ông, Huayna Capac và Chincha Ocllo, là anh em ruột. Ông cũng được giới quý tộc, giới tôn giáo và nhiều nhân vật chính tại Cusco ủng hộ.
Atahualpa lúc đó vẫn đang chinh chiến ở phương Bắc nên không được để ý. Một lý do nữa khiến Atahualpa không được coi là người xúng đáng đó là thân mẫu của Atahualpa, Paccha, không phải người hoàng gia (mặc dù sinh ra trong hoàng tộc Shyri) và là con gái của Cacha Shyri Duchicela, cựu thủ lĩnh chống đối cuộc bắc phạt của người Inca. Tuy vậy, Atahualpa được lòng của các vị tướng lĩnh mà ông đã sát cánh cùng nói riêng và của người dân phương bắc nói chung; các chỉ huy có ảnh hưởng và có khả năng nhất quyết định ở lại với ông tại Quito và Tomepampa.
Các nguồn khác cho rằng Huayna Cápac trên thực tế ưu tiên Ninan Cuyuchi rồi đến Huáscar, và không quan tâm đến Atahualpa; sau này khi ông bàn bạc lại với những người con lớn, ông đã quyết định cho Atahualpa làm curaca hoặc thống đốc của thành Quito.
Ở Cuzco, Chuquishuaman và Conono, anh em của Huáscar, mưu phản với ý định đưa Cusi Atauchi lên ngôi nhưng bất thành. Sự ngờ vực và chứng hoang tưởng trong Huáscar dần lớn lên. Khi xác ướp của Huayna Cápac được gửi trở về Cuzco, Huáscar đã rất tức giận vì phái đoàn không mang theo Atahualpa. Ông sát hại nhiều quý tộc Cusco chỉ vì nghi ngờ họ phản quốc.
Huáscar coi Atahualpa là mối đe dọa lớn nhất đối với quyền lực của ông, vì Atahualpa đã trải qua một thập kỷ chiến đấu bên cạnh cha mình và nhận được lòng trung thành của nhiều người. Huáscar không phản đối việc Atahualpa cai trị Quito vì tôn trọng mong muốn của người cha quá cố, nhưng với hai điều kiện: ông ta không được huy động chiến tranh mở rộng lãnh thổ, ông ta phải chấp nhận làm chư hầu của Cusco và phải nộp cống phẩm thường xuyên. Atahualpa chấp nhận.