Giai đoạn vòng loại và vòng play-off UEFA Europa League 2020-21
Vòng loại thứ ba > Xếp hạt giống

Tổng cộng có 70 đội thi đấu ở vòng loại thứ ba. Họ được chia làm hai nhóm:
Nhóm các đội vô địch (18 đội): 8 trong số 10 đội thua của vòng loại thứ hai UEFA Champions League 2020-21 (Nhóm các đội vô địch), và 10 đội thắng của vòng loại thứ hai (Nhóm các đội vô địch).
Nhóm chính (52 đội): 13 đội tham dự vào vòng đấu này, 3 đội thua của Vòng loại thứ hai UEFA Champions League 2020-21 (Nhóm chính), và 36 đội thắng của vòng loại thứ hai (Nhón chính).
Việc xếp hạt giống của các đội ở Nhóm các đội vô địch được dựa trên vòng đấu họ bị loại từ Champions League. Việc xếp hạt giống của các đội ở Nhóm chính được dựa trên hệ số câu lạc bộ UEFA năm 2020 của họ. Đối với đội thắng của vòng loại thứ hai (danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm), hệ số câu lạc bộ của đội còn lại có thứ hạng cao nhất được sử dụng. Đội đầu tiên được bốc thăm ở mỗi cặp đấu là đội chủ nhà. Các đội từ cùng hiệp hội không thể được bốc thăm để đối đầu với nhau. Số được ấn định trước cho mỗi đội ở Nhóm chính bởi UEFA, với lễ bốc thăm được tổ chức trong hai lượt, một lượt cho các Nhóm 1–6 với 6 đội và một lượt cho các Nhóm 7–8 với 8 đội.
| Nhóm 1> Nhóm hạt giống | Nhóm 1> Nhóm không hạt giống | Nhóm 2> Nhóm hạt giống | Nhóm 2> Nhóm không hạt giống | Nhóm 3> Nhóm hạt giống | Nhóm 3> Nhóm không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   Sheriff Tiraspol   Sarajevo   Celje  |   Budućnost Podgorica   Dundalk   Ararat-Armenia  |   Celtic   Legia Warsaw   Sūduva  |   KuPS   Riga   Drita  |   CFR Cluj   KÍ  |   Dinamo Tbilisi   Djurgårdens IF   Floriana   Flora  |
† Đội thua của vòng loại thứ hai Champions League (Nhóm các đội vô địch).
‡ Đội thắng của vòng loại thứ hai Champions League (Nhóm các đội vô địch), danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm.
| Nhóm 1> Nhóm hạt giống | Nhóm 1> Nhóm không hạt giống | Nhóm 2> Nhóm hạt giống | Nhóm 2> Nhóm không hạt giống | Nhóm 3> Nhóm hạt giống | Nhóm 3> Nhóm không hạt giống | Nhóm 4> Nhóm hạt giống | Nhóm 4> Nhóm không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   Sporting CP (2)   PSV Eindhoven (3)   Malmö FF (1)  |   Aberdeen (5)   Mura (4)   Lokomotiva (6)  |   VfL Wolfsburg (2)   Partizan (3)   Rosenborg (1)  |   Charleroi (4)   Desna Chernihiv (5)   Alanyaspor (6)  |   Granada (1)   Reims (3)   Rijeka (2)  |   Fehérvár (4)   Locomotive Tbilisi (6)   Kolos Kovalivka (5)  |   Milan (2)   AEK Athens (3)   LASK (1)  |   DAC Dunajská Streda (6)   Bodø/Glimt (5)   St. Gallen (4)  |
| Nhóm 5 | Nhóm 5 | Nhóm 6 | Nhóm 6 | Nhóm 7 | Nhóm 7 | Nhóm 8 | Nhóm 8 |
| Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống |
|   Tottenham Hotspur (3)   Standard Liège (1)   Rostov (2)  |   Shkëndija (4)   Maccabi Haifa (5)   Vojvodina (6)  |   Beşiktaş (2)   Rangers (3)   Apollon Limassol (1)  |   Rio Ave (5)   Willem II (4)   Lech Poznań (6)  |   Basel (2)   Copenhagen (4)   FCSB (1)   Hapoel Be'er Sheva (3)  |   Slovan Liberec (7)   Piast Gliwice (8)   Motherwell (5)   Anorthosis (6)  |   Viktoria Plzeň (3)   APOEL (4)   CSKA Sofia (2)   Galatasaray (1)  |   Hajduk Split (7)   B36 Tórshavn (6)   Zrinjski Mostar (8)   SønderjyskE (5)  |
† Đội thắng của vòng loại thứ hai (Nhóm chính), danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm. Đội bóng được thể hiện bằng chữ in nghiêng đánh bại đội bóng có hệ số cao hơn, qua đó chiếm lấy hệ số của đối thủ của họ ở lễ bốc thăm.
‡ Đội thua của vòng loại thứ hai Champions League (Nhóm các đội không vô địch).