Cúp bóng đá Estonia 2012–13
Vòng Một

Lễ bốc thăm được tiến hành bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia vào ngày 26 tháng 5 năm 2012, trước trận chung kết mùa giải 2011–12. FC Helios là đội duy nhất tham gia đến từ Rahvaliiga (RL) — một giải đấu được tổ chức bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia, nhưng không thuộc hệ thống giải chính.
| Đội 1> 5 Tháng Sáu |  Tỉ số > 5 Tháng Sáu | Đội 2> 5 Tháng Sáu |
| --- | --- | --- |
| FC Haiba (5) | 4–3 | (3) Tallinna JK Legion |
6 Tháng Sáu
| Tallinna FC Levadia (1) | 12–0 | (5) FC Toompea 1994 |
| Tallinna FC Levadia III (5) | 0–3 | (4) Saue JK Laagri |
10 Tháng Sáu
| JK Tallinna Kalev Juunior (5) | 0–2 | (4) Tallinna FC Olympic |
12 Tháng Sáu
| FC Pokkeriprod (5) | 3–2 | (5) FC Soccernet |
19 Tháng Sáu
| Nõmme JK Kalju (1) | 17–0 | (5) SK Eestimaa Kasakad |
| Kohtla-Järve JK Alko (3) | 1–2 | (1) FC Viljandi |
| Tallinna FC Flora (1) | 12–0 | (4) JK Loo |
| Tartu JK Tammeka (1) | 4–0 | (3) Jõhvi FC Lokomotiv |
| Lasnamäe FC Ajax II (4) | 2–5 | (3) FC Velldoris |
| Rummu Dünamo (4) | 3–1 | (4) Saaremaa JK aameraaS |
20 Tháng Sáu
| Tartu SK 10 II (3) | đi tiếp1 | (5) JK Leisi |
| Lasnamäe FC Ajax (3) | đi tiếp2 | (4) SK Tääksi |
| JK Tallinna Kalev III (4) | 3–4 (s.h.p.) | (5) Maccabi |
| Tallinna JK Piraaja (4) | 1–5 | (2) Tartu SK 10 |
| Kärdla LM (4) | 3–0 | (5) Tabasalu JK Charma |
| JK Baltika Keskerakond (4) | 1–14 | (2) FC Infonet |
| Tallinna FC Flora II (2) | 8–1 | (5) JK Jalgpallihaigla |
| EMÜ SK (4) | 1–3 | (3) Viljandi JK Tulevik |
| FC Helios (RL) | 0–4 | (5) Ambla Vallameeskond |
| FC Kose (4) | 3–2 | (4) JK Kaitseliit Kalev II |
| FC Otepää (4) | 2–1 | (4) FCF Tallinna Ülikool |
| JK Kernu Kadakas (4) | 3–0 | (5) Tallinna FC Reaal |
| SK Noorus 96 Jõgeva (4) | 3–1 | (5) Viimsi FC Igiliikur |
| PSK Alexela (5) | 2–4 | (3) FC Maardu |
| Saku Sporting (5) | 3–1 | (4) FC Balteco |
| Suure-Jaani United (4) | 3–1 | (3) FC Infonet II |
| Tartu Quattromed (4) | 9–0 | (5) JK Tartu Löök |
| Trummi SK (5) | 2–6 | (4) JK Visadus |
| Nõmme JK Kalju III (5) | 2–1 (s.h.p.) | (4) Tallinna FC Akhtamar |
| Raasiku FC Joker 1993 (4) | 0–9 | (3) HÜJK Emmaste |
21 Tháng Sáu
| Kristiine JK (5) | 2–3 | (3) Nõmme JK Kalju II |
| JK Tallinna Kalev (1) | 12–3 | (5) FC Kiiu |
| Tallinna FC Ararat TTÜ SK (3) | 10–0 | (5) FC Aspen |
| Türi Ganvix JK (3) | 3–2 | (4) Eesti Koondis |
| Tartu Ülikool Fauna (5) | 0–3 | (3) JK Kaitseliit Kalev |
26 Tháng Sáu
| Pirita Reliikvia (5) | 0–8 | (4) Rapla JK Atli |
| Navi Vutiselts (4) | 1–0 | (5) Lihula JK |
1 Tháng Bảy
| FC Eston Villa (4) | 2–0 | (5) FC Lelle |
2 Tháng Bảy
| JK Suema Cargobus (5) | 1–3 | (4) Võru JK |
4 Tháng Bảy
| Tartu JK Tammeka II (2) | đi tiếp3 | (4) Kuusalu JK Rada |
| Kohtla-Järve FC Lootus (2) | x–14 | (2) FC Puuma |
| Pärnu Linnameeskond (2) | 4–2 | (3) JK Luunja |
| FC Metropool Pärnu (4) | 1–7 | (2) Kiviõli Tamme Auto |
| Tallinna JK Dünamo (3) | 2–1 | (3) Sörve JK |
| FC Hell Hunt (4) | 1–4 | (3) FC Elva |
6 tháng Bảy
| FCF Järva-Jaani SK (4) | 3–2 | (5) SK Imavere Forss |
11 Tháng Bảy
| Tallinna FC Twister (5) | 1–2 | (1) FC Kuressaare |
Ghi chú 1: JK Leisi bỏ giải.
Ghi chú 2: SK Tääksi bỏ giải.
Ghi chú 3: Tartu JK Tammeka II bỏ giải.
Ghi chú 4: Kohtla-Järve FC Lootus giành chiến thắng với tỉ số 4–1, nhưng đã sử dụng một cầu thủ không hợp lệ. Vì vậy phần thắng được dành cho FC Puuma với tỉ số  -:1.