Nhân quyền tại Việt Nam
Nhân quyền trong lịch sử Việt Nam > Thời kỳ 1954-1975 > Miền Nam > Thời kỳ Ngô Đình Diệm > Tôn giáo

Chế độ Ngô Đình Diệm do Mỹ hậu thuẫn nhằm duy trì một nhà nước phi cộng sản tại miền Nam Việt Nam. Mặc dù Mỹ và Ngô Đình Diệm tuyên truyền về một chính quyền Cộng hòa trong đó có tự do tín ngưỡng, tôn giáo, nhưng chế độ Ngô Đình Diệm lại thi hành chính sách ngầm ủng hộ Thiên Chúa giáo và phân biệt các tôn giáo khác.
Chỉ thị số 10 của Phủ Tổng thống (Diệm), lấy lại Đạo dụ của chế độ thuộc địa, quy định: "Tất cả các hiệp hội tôn giáo, văn hóa, thể dục, chỉ trừ Công giáo, không được quyền mua các bất động sản nếu không có phép riêng của Phủ Tổng thống". Bản văn của Đạo dụ đặt Công giáo ra ngoài, các tôn giáo khác trong đó có Phật giáo bị hạ xuống hàng các hiệp hội văn hóa thể thao. Đây rõ ràng là chính sách kỳ thị tôn giáo của chính quyền Ngô Đình Diệm. 90% là ngoài Công giáo mà bị kìm hãm dưới một thứ "Chính phủ Công giáo" Ngoài Phật giáo, Công giáo, Tin Lành ở Nam Bộ còn là nơi phát tích của nhiều tôn giáo và các ông Đạo. Như Bửu Sơn Kỳ Hương, Tứ Ân Hiếu Nghĩa đặc biệt là đạo Cao Đài và Phật giáo Hòa Hảo. Thời chính quyền Ngô Đình Diệm, hai tôn giáo này đều có lực lượng vũ trang riêng, âm mưu biến vùng đất có tín đồ của họ thành khu tự trị.
Trước tình hình đó, để thống nhất lực lượng, xóa bỏ tình trạng quân phiệt cát cứ, Ngô Đình Diệm kêu gọi các giáo phái hợp nhất lực lượng vũ trang và sáp nhập vào quân đội Việt Nam Cộng hòa. Khi biện pháp kêu gọi không được các giáo phái ủng hộ, Ngô Đình Diệm cắt những khoản tài trợ cho các giáo phái, đánh vào hoạt động kinh tế của họ, đưa người xâm nhập vào hàng ngũ lãnh đạo giáo phái để mua chuộc, chia rẽ. Những bộ phận của từng giáo phái có hành động chống đối đều bị Ngô Đình Diệm huy động quân đội đàn áp, đánh dẹp.
Đối với đạo Cao Đài, một lực lượng gồm 5.000 người do Trung tướng Nguyễn Thành Phương đã ra hàng Ngô Đình Diệm. Một lực lượng khác của Phật giáo Hòa Hảo do thiếu tướng Nguyễn Giác Ngộ cũng ra hàng. Tuy nhiên Ngô Đình Diệm vẫn không kêu gọi được nhóm Phật giáo Hòa Hảo của đại tá Lê Quang Vinh, tức Ba Cụt với một lực lượng vũ trang gồm 1.760 người Trước tình hình đó, chính phủ Sài Gòn ra lệnh giải tán quân đội Cao Đài, hủy bỏ các đặc quyền dành cho giáo phái. Cao Đài ở trong một tình trạng phân hóa đặc biệt, đa số các tướng lĩnh buộc phải đầu hàng chính phủ Sài Gòn Năm 1955, Nguyễn Thành Phương thành lập "ban Thanh trừng" để thanh lọc hàng ngũ Cao Đài. Trong số đạo hữu bị bắt có hai người con gái của Hộ pháp Phạm Công Tắc.
Ngô Đình Diệm sử dụng Đạo dụ số 10 coi các tôn giáo ngoài Công giáo là hiệp hội. Đạo dụ số 10 vốn do Bảo Đại ký ngày ngày 6 tháng 8 năm 1950, nhưng Hòa thượng Trí Quang đã vận động bà Từ Cung, mẹ vua Bảo Đại, khiến đạo dụ đã không thể thi hành. Dù Ngô Đình Diệm đã truất phế Bảo Đại, nhưng Đạo dụ số 10 vẫn được dùng lại. Đến thời Ngô Đình Diệm (1955-1963), trong bảng nghi lễ của các học đường vẫn không có lễ Phật đản là đương nhiên, nhưng lễ Noen lại được nghỉ đến 15 ngày. Ngày ngày 9 tháng 1 năm 1956, chính quyền Ngô Đình Diệm ra Dụ số 4 hủy bỏ ngày lễ Phật đản trong danh sách cho các học đường, công chức và binh sĩ. Điều này gây nên sự công phẫn trong dư luận xã hội nói chung và Tăng Ni, Phật tử miền Nam nói riêng
Trên núi Thiên Bút, tỉnh Quảng Ngãi vốn có nền cũ của Phật giáo, chính quyền Ngô Đình Diệm tìm cách chiếm lấy để Công giáo xây nhà thờ. Tín đồ Phật giáo địa phương phản ứng quyết liệt. Cuộc đấu tranh giữ chùa trên núi Thiên Bút kéo dài cho đến năm 1963, chính quyền buộc phải hoãn việc xây nhà thờ Công giáo. Ngày ngày 27 tháng 7 năm 1961, tại Cà Mau, quân đội Ngô Đình Diệm bắn hàng loạt đạn cối vào chùa Cao Dân, xã Tân Lộc khi 200 người dân và sư sãi Khmer đang làm lễ nhập hạ, làm 20 người chết và bị thương.
Trong cuốn Phật giáo Việt Nam (từ khởi thủy đến 1981) của Bồ Đề Tân Thanh – Nguyễn Đại Đồng ghi lại: "Ngô Đình Diệm còn lợi dụng Công giáo, gắn chiêu bài và xúi giục người Công giáo chống cộng. Bắt người Lương và Phật tử phải theo đạo Thiên Chúa, nhận rửa tội và gia nhập đạo Công giáo sẽ được ra khỏi trại giam". Cùng vấn đề này, cuốn Lịch sử Phật giáo xứ Huế của Thích Hải Ấn và Hà Xuân Liêm viết: "Đối với dân gian từ năm 1954 đến năm 1963, chế độ Ngô Đình Diệm đã giết chết, bắt giam, tra tấn Phật giáo đồ; dụ dỗ cải đạo, cấm Phật tử đi lễ chùa".