Danh sách đảo thuộc chủ quyền của Indonesia

Dưới đây là danh sách các đảo thuộc chủ quyền của Indonesia xếp theo diện tích
| Hạng | Tên | Diện tích (km²) | Toạ độ đảo | Hành chính |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| 1 | Borneo | &0000000000582593000000582.593   (phần Borneo thuộc Indonesia) | 0°0′N 114°0′Đ﻿ / ﻿0°B 114°Đ﻿ / -0.000; 114.000 | Trung Kalimantan, Đông Kalimantan, Bắc Kalimantan, Nam Kalimantan và Tây Kalimantan |
| 2 | Sumatra | &0000000000473481000000473.481 | 0°0′N 102°0′Đ﻿ / ﻿0°B 102°Đ﻿ / -0.000; 102.000 | Aceh, Bengkulu, Jambi, Lampung, Riau, Bắc Sumatera, Nam Sumatera và Tây Sumatera |
| 3 | New Guinea | &0000000000420540000000420.540   (phần New Guinea thuộc Indonesia) | 5°30′N 139°00′Đ﻿ / ﻿5,5°N 139°Đ﻿ / -5.500; 139.000 | Papua và Tây Papua |
| 4 | Sulawesi | 180.681 | 2°8′N 120°17′Đ﻿ / ﻿2,133°N 120,283°Đ﻿ / -2.133; 120.283 | Gorontalo, Trung Sulawesi, Bắc Sulawesi, Nam Sulawesi, Đông Nam Sulawesi và Tây Sulawesi |
| 5 | Java | 138.794 | 7°29′30″N 110°0′16″Đ﻿ / ﻿7,49167°N 110,00444°Đ﻿ / -7.49167; 110.00444 | Banten, Jakarta, Yogyakarta, Trung Java, Đông Java và Tây Java |
| 6 | Halmahera | 18.040 | 0°36′B 127°52′Đ﻿ / ﻿0,6°B 127,867°Đ﻿ / 0.600; 127.867 | Bắc Maluku |
| 7 | Timor | 15.850   (phần Timor thuộc Indonesia) | 9°30′N 124°45′Đ﻿ / ﻿9,5°N 124,75°Đ﻿ / -9.500; 124.750 | Đông Nusa Tenggara |
| 8 | Seram | 17.454 | 3°8′N 129°30′Đ﻿ / ﻿3,133°N 129,5°Đ﻿ / -3.133; 129.500 | Maluku |
| 9 | Sumbawa | 14.386 | 8°47′N 118°5′Đ﻿ / ﻿8,783°N 118,083°Đ﻿ / -8.783; 118.083 | Nusa Tenggara Barat |
| 10 | Flores | 14.154 | 8°40′29″N 121°23′4″Đ﻿ / ﻿8,67472°N 121,38444°Đ﻿ / -8.67472; 121.38444 | Đông Nusa Tenggara |
| 11 | Yos Sudarso | 11.742 | 7°57′N 138°24′Đ﻿ / ﻿7,95°N 138,4°Đ﻿ / -7.950; 138.400 | Papua |
| 12 | Bangka | 11.413 | 2°15′N 106°0′Đ﻿ / ﻿2,25°N 106°Đ﻿ / -2.250; 106.000 | Quần đảo Bangka-Belitung |
| 13 | Sumba | 10.711 | 9°32′52″N 119°52′23″Đ﻿ / ﻿9,54778°N 119,87306°Đ﻿ / -9.54778; 119.87306 | Đông Nusa Tenggara |
| 14 | Buru | 8.473 | 3°24′N 126°40′Đ﻿ / ﻿3,4°N 126,667°Đ﻿ / -3.400; 126.667 | Maluku |
| 15 | Bali | 5.416 | 8°25′23″N 115°14′55″Đ﻿ / ﻿8,42306°N 115,24861°Đ﻿ / -8.42306; 115.24861 | Bali |
| 16 | Lombok | 4.625 | 8°33′54″N 116°21′4″Đ﻿ / ﻿8,565°N 116,35111°Đ﻿ / -8.56500; 116.35111 | Nusa Tenggara Barat |
| 17 | Belitung | 4.478 | 2°50′N 107°55′Đ﻿ / ﻿2,833°N 107,917°Đ﻿ / -2.833; 107.917 | Quần đảo Bangka-Belitung |
| 18 | Madura | 4.429 | 7°0′N 113°20′Đ﻿ / ﻿7°N 113,333°Đ﻿ / -7.000; 113.333 | Đông Java |
| 19 | Buton | 4.408 | 5°3′N 122°53′Đ﻿ / ﻿5,05°N 122,883°Đ﻿ / -5.050; 122.883 | Đông Nam Sulawesi |
| 20 | Nias | 4.048 | 1°6′B 97°32′Đ﻿ / ﻿1,1°B 97,533°Đ﻿ / 1.100; 97.533 | Bắc Sumatera |
| 21 | Siberut | 3.828 | 1°23′N 98°54′Đ﻿ / ﻿1,383°N 98,9°Đ﻿ / -1.383; 98.900 | Tây Sumatera |
| 22 | Wetar | 3.600 | 7°48′N 126°18′Đ﻿ / ﻿7,8°N 126,3°Đ﻿ / -7.800; 126.300 | Maluku |
| 23 | Waigeo | 3.154 | 0°12′N 130°50′Đ﻿ / ﻿0,2°N 130,833°Đ﻿ / -0.200; 130.833 | Tây Papua |
| 24 | Yamdena | 3.100 | 7°36′N 131°25′Đ﻿ / ﻿7,6°N 131,417°Đ﻿ / -7.600; 131.417 | Maluku |
| 25 | Taliabu | 2.913 | 1°8′N 124°8′Đ﻿ / ﻿1,133°N 124,133°Đ﻿ / -1.133; 124.133 | Bắc Maluku |
| 26 | Muna | 2.889 | 5°0′N 122°30′Đ﻿ / ﻿5°N 122,5°Đ﻿ / -5.000; 122.500 | Đông Nam Sulawesi |
| 27 | Obira | 2.542 | 1°30′N 127°45′Đ﻿ / ﻿1,5°N 127,75°Đ﻿ / -1.500; 127.750 | Bắc Maluku |

Chú ý: Các đảo in nghiêng thuộc chủ quyền một phần của Indonesia