Động vật bò sát
Hệ thống cơ thể > Hô hấp

Tất cả bò sát đều sử dụng phổi để thở. Tuy nhiên, ở các loài rùa sống dưới nước chúng còn phát triển lớp da dễ thấm khí hơn, và thậm chí đối với một số loài còn có cả mang trong khu vực hậu môn của chúng (xem Orenstein, 2001). Mặc dù có các cơ chế thích nghi như vậy, nhưng quá trình hô hấp vẫn không thể thực hiện được hoàn hảo mà không có phổi. Sự thông khí tại phổi được thực hiện rất khác nhau trong mỗi nhóm bò sát chính. Ở Squamata thì các phổi được thông khí gần như là chỉ bằng hệ thống cơ quanh trục. Đây cũng là hệ thống cơ được sử dụng khi chúng vận động. Do sự ép buộc này, phần lớn bò sát thuộc nhóm Squamata buộc phải nín thở khi phải chạy nhanh. Tuy nhiên, một số loài đã tìm ra cách đi vòng qua điều đó.
Các loài kỳ đà, và một số ít loài thằn lằn khác đã tận dụng cơ chế bơm miệng (thở bằng miệng) như là sự bổ sung cho "hô hấp trục" thông thường của chúng. Điều này cho phép chúng thu đủ lượng không khí cần thiết cho phổi khi phải vận động mạnh, và vì thế chúng duy trì được các hoạt động hô hấp trong một thời gian dài. Thằn lằn tegu được biết đến như là có được loại cơ tựa như cơ hoành, nó ngăn cách khoang phổi ra khỏi khoang chứa nội tạng khác. Trong khi nó không thực sự có khả năng chuyển động, nhưng nó cho phép thổi phồng phổi nhiều hơn, bằng cách giảm khối lượng của nội tạng đè lên phổi (Klein và những người khác, 2003). Cá sấu có cơ hoành thực sự giống như ở động vật có vú. Sự khác biệt là ở chỗ các cơ của cơ hoành cá sấu kéo xương mu (một phần của khung xương chậu, nó là chuyển động được ở cá sấu) trở lại, làm cho gan chuyển động xuống dưới và vì thế tăng không gian tự do cho phổi nở rộng. Kiểu thiết lập cơ hoành như thế này được coi là "pít-tông gan".
Các loài rùa thở như thế nào hiện vẫn đang là chủ đề để nghiên cứu. Tới nay, chỉ một số ít loài rùa được nghiên cứu tường tận đủ để đưa ra ý tưởng rùa thở thế nào. Các kết quả chỉ ra rằng rùa nói chung có nhiều giải pháp cho vấn đề này. Vấn đề là ở chỗ phần lớn các mai rùa là cứng nhắc và không cho phép bất kỳ kiểu mở rộng và co bóp nào mà các động vật có màng ối khác đã sử dụng để thông khí cho phổi của chúng. Một số loài rùa như ba ba lưng dẹp Ấn Độ (Lissemys punctata) có tấm cơ làm màng bao phổi. Khi nó co bóp, ba ba có thể hít thở. Khi nghỉ ngơi, con ba ba này có thể co các chi lại vào trong khoang cơ thể và đẩy không khí ra khỏi phổi. Khi nó kéo dài các chi ra thì áp suất bên trong phổi bị giảm xuống và con ba ba có thể hít không khí vào. Phổi của rùa gắn liền với mặt trong của mai, và phần đáy của phổi gắn liền (thông qua mô kết nối) với phần còn lại của nội tạng.
Bằng cách sử dụng một loạt các cơ đặc biệt (có tác dụng như cơ hoành), rùa có khả năng xô đẩy nội tạng của nó lên và xuống, tạo ra sự hô hấp có hiệu quả, do phần nhiều trong các cơ này có các điểm gắn kết được kết nối với các chi trước (trên thực tế, nhiều cơ mở rộng vào các túi chứa chi trong quá trình co bóp). Sự hô hấp trong quá trình vận động đã được nghiên cứu ở ba loài, và chúng thể hiện các kiểu hô hấp khác nhau. Vích (Chelonia mydas) cái trưởng thành không hít thở khi chúng bò dọc theo bãi biển nơi làm tổ của chúng. Chúng nín thở khi vận động trên mặt đất và hít thở khi dừng lại.
Rùa hộp Bắc Mỹ (chi Terrapene) thở liên tục trong khi vận động, và chu kỳ thông khí không khớp với các chuyển động của chi (Landberg và những người khác, 2003). Có lẽ chúng sử dụng các cơ bụng để thở trong khi vận động. Loài cuối cùng được nghiên cứu là rùa tai đỏ (Trachemys scripta elegans), nó cũng hít thở khi vận động, nhưng chúng có hơi thở nhỏ hơn trong khi vận động khi so sánh với hơi thở trong những khoảng dừng ngắn giữa các vận động, chỉ ra rằng có thể có sự can thiệp cơ học giữa các chuyển động của chi và hệ thống hô hấp. Các loài rùa hộp cũng được quan sát thấy có hít thở khi rụt vào bên trong mai của chúng (cùng cuốn sách đó).
Phần lớn bò sát thiếu vòm miệng thứ cấp, nghĩa là chúng phải nín thở khi nuốt thức ăn. Các loài cá sấu đã tiến hóa vòm miệng thứ cấp bằng chất xương cho phép chúng vẫn tiếp tục thở được trong khi vẫn ở dưới nước (và bảo vệ não của chúng khỏi những va đạp trong khi vật lộn với con mồi). Thằn lằn chân ngắn (họ Scincidae) cũng đã có vòm miệng thứ cấp bằng xương, ở các mức độ khác nhau. Rắn lại có cách tiếp cận khác là mở rộng khí quản của chúng. Phần mở rộng khí quản của chúng phình ra tương tự như một ống nhỏ nhiều thịt và cho phép chúng nuốt các con mồi lớn hơn mà không bị ngạt thở.
Ngoài ra, cá sấu còn được biết đến như là "khóc" khi ăn. Nhiều chuyện kể trong dân gian đã gắn liền với thực tế ngạc nhiên này, chẳng hạn như là do cá sấu cảm thấy có tội khi ăn, nhưng trên thực tế, chúng tiết nước mắt ra là để giải phóng các chất lỏng ra khỏi cơ thể nhằm giữ chỗ cho không khí để có thể thở. Việc này cũng là do một thực tế là khoang mũi của cá sấu là rất nhỏ.