Giai đoạn vòng loại và vòng play-off UEFA Europa League 2020-21
Vòng loại thứ hai > Xếp hạt giống

Tổng cộng có 92 đội thi đấu ở vòng loại thứ hai. Họ được chia làm hai nhóm:
Nhóm các đội vô địch (20 đội): 3 đội thua của vòng sơ loại UEFA Champions League 2020-21, và 17 đội thua của vòng loại thứ nhất UEFA Champions League 2020-21.
Nhóm chính (72 đội): 25 đội tham dự vào vòng đấu này, và 47 đội thắng của vòng loại thứ nhất.
Việc xếp hạt giống của các đội ở Nhóm các đội vô địch được dựa trên vòng đấu họ bị loại từ Champions League. Việc xếp hạt giống của các đội ở Nhóm chính được dựa trên hệ số câu lạc bộ UEFA năm 2020 của họ. Đối với đội thắng của hai trận đấu vòng loại thứ nhất bị hoãn (danh tính của họ không được biết tại thời điểm bốc thăm), hệ số câu lạc bộ của đội còn lại có thứ hạng cao nhất được sử dụng. Đội đầu tiên được bốc thăm ở mỗi cặp đấu là đội chủ nhà. Các đội từ cùng hiệp hội không thể được bốc thăm để đối đầu với nhau. Số được ấn định trước cho mỗi đội ở Nhóm chính bởi UEFA, với lễ bốc thăm được tổ chức trong một lượt cho tất cả các Nhóm 1–12 với 6 đội
| Nhóm 1> Nhóm hạt giống | Nhóm 1> Nhóm không hạt giống | Nhóm 2> Nhóm hạt giống | Nhóm 2> Nhóm không hạt giống | Nhóm 3> Nhóm hạt giống | Nhóm 3> Nhóm không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   Dundalk   Slovan Bratislava   Linfield   KuPS   Floriana  |   Inter Club d'Escaldes  |   Djurgårdens IF   Flora   Riga   Europa   KR  |   Tre Fiori  |   Astana   Dinamo Tbilisi   Fola Esch   Budućnost Podgorica   Connah's Quay Nomads   Ararat-Armenia   Sileks  |   Drita  |
† Đội thua của vòng loại thứ nhất Champions League.
‡ Đội thua của vòng sơ loại Champions League.
| Nhóm 1> Nhóm hạt giống | Nhóm 1> Nhóm không hạt giống | Nhóm 2> Nhóm hạt giống | Nhóm 2> Nhóm không hạt giống | Nhóm 3> Nhóm hạt giống | Nhóm 3> Nhóm không hạt giống | Nhóm 4> Nhóm hạt giống | Nhóm 4> Nhóm không hạt giống |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|   APOEL (1)   Lech Poznań (3)   AGF (2)  |   Mura (4)   Hammarby IF (6)   Kaisar (5)  |   Galatasaray (2)   Dynamo Moscow (1)   Kairat (3)  |   Maccabi Haifa (6)   Neftçi (4)   Locomotive Tbilisi (5)  |   Copenhagen (2)   The New Saints (3)   Motherwell (1)  |   IFK Göteborg (4)   B36 Tórshavn (6)   Coleraine (5)  |   FCSB (3)   Granada (1)   Apollon Limassol (2)  |   OFI (4)   TSC Bačka Topola (6)   Teuta (5)  |
| Nhóm 5 | Nhóm 5 | Nhóm 6 | Nhóm 6 | Nhóm 7 | Nhóm 7 | Nhóm 8 | Nhóm 8 |
| Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống |
|   Standard Liège (2)   Willem II (3)   Aberdeen (1)  |   Viking (5)   Progrès Niederkorn (6)   Bala Town (4)  |   BATE Borisov (1)   Partizan (3)   Shkëndija (2)  |   CSKA Sofia (5)   Botoșani (4)   Sfântul Gheorghe (6)  |   Tottenham Hotspur (3)   Hapoel Be'er Sheva (1)   Kolos Kovalivka (2)  |   Aris (4)   Lokomotiv Plovdiv (6)   Laçi (5)  |   Malmö FF (3)   Rosenborg (1)   Slovan Liberec (2)  |   Ventspils (5)   Riteriai (4)   Honvéd (6)  |
| Nhóm 9 | Nhóm 9 | Nhóm 10 | Nhóm 10 | Nhóm 11 | Nhóm 11 | Nhóm 12 | Nhóm 12 |
| Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống | Nhóm hạt giống | Nhóm không hạt giống |
|   Rangers (3)   Reims (1)   Rio Ave (2)  |   Servette (5)   Lincoln Red Imps (6)   Borac Banja Luka (4)  |   VfL Wolfsburg (2)   Hajduk Split (3)   Zrinjski Mostar (1)  |   Kukësi (4)   Olimpija (5)   Renova (6)  |   Basel (2)   Jablonec (3)   Hartberg (1)  |   Osijek (4)   Piast Gliwice (5)   DAC Dunajská Streda (6)  |   Milan (3)   Fehérvár (1)   Žalgiris (2)  |   Bodø/Glimt (4)   Shamrock Rovers (6)   Hibernians (5)  |
† Đội thắng của vòng loại thứ nhất.
‡ Đội thắng của các trận đấu vòng loại thứ nhất bị hoãn, danh tính cảu họ không được biết tại thời điểm bốc thăm. Đội bóng được thể hiện bằng chữ in nghiêng đánh bại đội bóng có hệ số cao hơn, qua đó chiếm lấy hệ số của đối thủ của họ ở lễ bốc thăm.