Chiến dịch Entebbe
Cuộc đột kích

Các lực lượng Israel hạ cánh tại Entebbe lúc 23:00 IST, với các khoang hàng đã mở cửa sẵn. Một chiếc Mercedes đen được hộ tống bởi những chiếc Land Rover được triển khai để tạo cảm giác rằng các binh sĩ Israel đang lái xe từ chiếc máy bay vừa hạ cánh ra tới nhà ga là một đoàn hộ tống cho Amin vừa quay trở về, hay một quan chức cấp cao khác. Chiếc Mercedes và những chiếc xe hộ tống nhanh chóng được các thành viên đội tấn công Israel lái tới nhà ga sân bay theo đúng kiểu thông thường của Amin. Dọc con đường, hai cảnh sát Uganda, những người biết rằng Idi Amin mới mua một chiếc Mercedes trắng thay cho chiếc màu đen, đã ra lệnh cho đoàn xe dừng lại. Các lính commando nổ súng vào hai viên cảnh sát bằng súng giảm thanh, nhưng không trúng người nào. Khi họ rút đi, một lính commando Israel trong một trong những chiếc Land Rovers chạy theo chiếc Mercedes phát hiện ra rằng họ đã không loại bỏ được hai viên cảnh sát và nhanh chóng giết họ bằng một quả lựu đạn bắn ra từ khẩu Kalashnikov của mình. Sợ rằng những hành động này sẽ báo động cho những người ủng hộ những tên không tặc, đội tấn công nhanh chóng hành động.
Lính Israel lao ra từ những chiếc xe và xông vào nhà ga. Trong khoảng thời gian ngắn ngủi nhưng gấp gáp này, Chỉ huy Yonatan Netanyahu bị tử thương, có lẽ bởi một lính bắn tỉa Uganda trong đài kiểm soát không lưu. Ông là lính commando duy nhất thiệt mạng trong chiến dịch. Các con tin ở trong toà nhà chính của sân bay, ngay cạnh đường băng. Ngay khi vào nhà ga, các lính commando hét lên qua loa, "Nằm xuống! Nằm xuống! Chúng tôi là binh sĩ Israel." bằng cả tiếng Hebrew và tiếng Anh. Một người Do Thái quốc tịch Pháp 19 tuổi tên là Jean-Jacques Maimoni - người đã chọn cách xác nhận mình là một người Do Thái Israel với những kẻ không tặc tuy anh ta có một hộ chiếu Pháp - đứng dậy, nhưng bị các lính commando Israel giết, họ nhầm tưởng anh ta là một tên không tặc. Một con tin khác, Pasco Cohen, 52, người quản lý một quỹ bảo hiểm y tế Israel, cũng bị tử thương trong cuộc tấn công, hoặc từ súng của những tên không tặc hoặc chẳng may do các lính commando Israel. Ngoài ra, một con tin thứ ba, Ida Borochovitch 56 tuổi, một người Nga gốc Do Thái đã di cư tới Israel, bị giết trong cuộc đấu súng.
Có thời điểm, một lính commando đã kêu lên bằng tiếng Hebrew, "Bọn còn lại đâu rồi?", chỉ tới những kẻ không tặc. Các con tin chỉ vào một cửa nối của sảnh chính sân bay, các lính commando Israel ném nhiều quả lựu đạn vào trong đó. Sau đó họ vào trong phòng và bắn chết ba tên không tặc còn lại, hoàn thành cuộc tấn công. Trong lúc ấy, ba chiếc C-130 Hercules khác đã hạ cánh và triển khai các xe bọc thép chở quân, được dùng để phòng vệ trong thời gian tái nạp nhiên liệu, để phá huỷ các máy bay chiến đấu của Uganda tại sân bay để ngăn chúng đuổi theo các máy bay của Israel sau khi họ đã rời Sân bay Entebbe, và để thu thập tin tức.
Sau cuộc đột kích, đội tấn công của Israel quay lại chiếc máy bay của mình và bắt đầu đưa các con tin lên khoang. Các binh sĩ Uganda nổ súng vào họ trong quá trình đó. Các lính commando bắn trả, giết hại nhiều binh sĩ Uganda. Người Israel hoàn thành việc đưa con tin lên khoang, đưa thi thể Yonatan Netanyahu vào trong một trong những chiếc máy bay, và sau đó rời Sân bay Entebbe. Toàn bộ chiến dịch kéo dài 53 phút - trong đó thời gian tấn công chỉ kéo dài 30 phút, và toàn bộ bảy tên không tặc có mặt đều bị giết. Ít nhất năm lính commando khác của Israel bị thương. Trong số 105 con tin, ba người thiệt mạng và xấp xỉ 10 người bị thương. Khoảng 33 tới 45 binh sĩ Uganda bị giết trong cuộc đột kích, và khoảng 11 chiếc máy bay chiến đấu MiG-17 của Không quân Uganda bị phá huỷ trên mặt đất tại Sân bay Entebbe. Các con tin được giải cứu được đưa về Israel qua Nairobi, Kenya, ngay sau đó.
Dora Bloch, một con tin 75 tuổi được đưa tới Bệnh viện Mulago ở Kampala, đã bị chính phủ Uganda giết hại, khi một số bác sĩ và y tá của bà tìm cách can thiệp. Tháng 4 năm 1987, Henry Kyemba, Tổng Chưởng lý và Bộ trưởng Tư pháp Uganda ở thời điểm đó, đã nói với Cao uỷ Nhân quyền Uganda rằng Bloch đã bị kéo khỏi giường bệnh và bị hai sĩ quan quân đội giết hại theo lệnh của Idi Amin. Thi thể của Bloch được phát hiện gần một cánh đồng mía cách 20 dặm (32 km) phía đông Kampala năm 1979, sau cuộc Chiến tranh Ugandan–Tanzanian dẫn tới sự chấm dứt thời kỳ cai trị của Amin.