Lịch sử Áo
Tái phân chia lãnh thổ nhà Habsburg (1564–1620) > "Hạ Áo"

Rudolf V (Đại Công tước, Hoàng đế Rudolf II 1576–1612) là con trai cả của Maximilian, ông đã chuyển thủ đô của mình từ Vienna đến địa điểm an toàn hơn là Praha trước mối đe dọa từ Ottoman. Ông được ghi nhận là một người bảo trợ lớn cho nghệ thuật và khoa học nhưng lại là một quân vương tồi. Trong số các di sản của ông có Vương miện Hoàng gia nhà Habsburg. Ông thích phân trách nhiệm cho các anh em của mình (trong đó có sáu người sống đến tuổi trưởng thành) nên dẫn đến sự không thống nhất về chính sách giữa các vùng đất. Trong số này có em trai của ông là Matthias, ông này đã làm Toàn quyền Áo năm 1593.
Khi giành được "Thượng Áo" vào năm 1595, quyền lực của ông đã tăng lên đáng kể, các lãnh thổ Nội Áo còn lại nằm trong tay Ferdinand III khi đó mới 17 tuổi. Tuy nhiên, ông đã giao lại quyền điều hành cho Maximilian III, một người em trai khác. Năm 1593, ông kích động một cuộc xung đột mới với người Ottoman, những người đã tiếp tục các cuộc tấn công vào năm 1568 trong Cuộc chiến trường kỳ hay cuộc chiến mười lăm năm từ năm 1593 đến năm 1606. Không muốn thỏa hiệp và hình dung ra một cuộc thập tự chinh mới với kết quả thảm khốc, người Hungary vốn đang kiệt quệ đã nổi dậy vào năm 1604. Vấn đề Hungary càng trở nên trầm trọng hơn do những nỗ lực áp đặt cải cách ở đó. Do đó, ông giao Hungary cho Matthias, người đã ký Hòa ước Vienna với người Hungary và Hòa ước Zsitvatorok với người Thổ Nhĩ Kỳ vào năm 1606. Kết quả là tạo nên Transylvania độc lập theo đạo Tin lành.
Những sự kiện này đã dẫn đến xung đột ( Bruderzwist ) giữa hai anh em. Melchior Klesl bày mưu để đảm bảo sự thăng tiến của Matthias. Đến năm 1608, Rudolf đã nhượng lại phần lớn lãnh thổ của mình cho Matthias. Các xung đột sau đó dẫn đến việc Matthias bỏ tù anh trai mình vào năm 1611, người lúc đó đã từ bỏ mọi quyền lực ngoại trừ tước hiệu hoàng đế hữu danh vô thực. Rudolf qua đời vào năm sau và được kế vị bởi Matthias.
Vì vậy, Matthias đã kế vị Vương triều vào năm 1608 và trở thành hoàng đế vào năm 1612 cho đến khi ông qua đời vào năm 1619. Triều đại của ông được đánh dấu bằng cuộc xung đột với em trai của mình là Maximilian III, một người Công giáo không khoan nhượng hơn và được ủng hộ Ferdinand II nhiệt thành không kém ở "Nội Áo" làm người kế vị, Ferdinand từng là nhiếp chính của Maximilian từ năm 1593 đến 1595 trước khi tiếp quản "Thượng Áo". Các cuộc xung đột làm nhà Habsburg yếu hơn so với các địa chủ và người theo đạo Tin lành. Matthias chuyển thủ đô trở lại Vienna từ Praha và ký thêm hòa ước với người Thổ vào năm 1615. Trong khi đó, lòng nhiệt thành tôn giáo trong đế chế đang gia tăng và thậm chí Klesl hiện là Giám mục của Vienna (1614) và Hồng y (1615) đã được xem xét bởi những tín đồ Công giáo cực đoan, kể cả Ferdinand II. Chiến tranh đang bùng phát và cuộc tấn công vào hai quan chức cấp cao ở Praha vào ngày 23 tháng 5 năm 1618 (Vụ vất người qua cửa sổ ở Praha) là để châm ngòi cho chiến tranh. Matthias giống như anh trai Rudolf của mình, ngày càng bị cô lập bởi Ferdinand, người đã giam cầm Klesl.
Người anh kế vị vào năm 1619 là Albrecht VII nhưng chỉ tại vị trong vòng vài tháng, ông ta đã bị thuyết phục từ chức để ủng hộ Ferdinand II.