Xung đột Afghanistan (1978–nay)
Các Tiểu vương quốc Taliban chống lại Mặt trận Thống nhất > Vai trò của Lực lượng vũ trang Pakistan

Cơ quan tình báo Pakistan, Cơ quan Tình báo Liên Dịch vụ (ISI), muốn Mujahideen thành lập chính phủ ở Afghanistan. Tổng giám đốc ISI, Hamid Gul, quan tâm đến một cuộc cách mạng Hồi giáo sẽ vượt qua biên giới quốc gia, không chỉ ở Afghanistan và Pakistan mà còn ở Trung Á. Để thành lập chính phủ Mujahideen được đề xuất, Hamid Gul đã ra lệnh tấn công Jalalabad - với ý định sử dụng nó làm thủ đô cho chính phủ mới mà Pakistan muốn thành lập ở Afghanistan.
Taliban phần lớn được ISI của Pakistan tài trợ vào năm 1994. ISI đã sử dụng Taliban để thiết lập một chế độ ở Afghanistan có lợi cho Pakistan, vì họ đang cố gắng đạt được chiều sâu chiến lược. Kể từ khi Taliban được thành lập, ISI và quân đội Pakistan đã hỗ trợ tài chính, hậu cần và quân sự.
Theo chuyên gia người Pakistan về Afghanistan Ahmed Rashid, "từ năm 1994 đến 1999, ước tính có khoảng 80.000 đến 100.000 người Pakistan được đào tạo và chiến đấu ở Afghanistan" theo phe Taliban. Peter Tomsen tuyên bố rằng cho đến ngày 11/9, các sĩ quan quân đội Pakistan và ISI cùng với hàng nghìn nhân viên Lực lượng vũ trang Pakistan thường xuyên đã tham gia vào cuộc giao tranh ở Afghanistan.
Chỉ riêng trong năm 2001, theo một số nguồn tin quốc tế, 28.000–30.000 công dân Pakistan, 14.000–15.000 phiến quân Taliban Afghanistan và 2.000–3.000 chiến binh Al Qaeda đang chiến đấu chống lại lực lượng chống Taliban ở Afghanistan với tư cách là một lực lượng quân sự mạnh khoảng 45.000 người. Tổng thống Pakistan Pervez Musharraf - sau đó là Tham mưu trưởng Lục quân - chịu trách nhiệm cử hàng nghìn người Pakistan chiến đấu cùng với Taliban và Bin Laden chống lại lực lượng của Ahmad Shah Massoud. Trong số khoảng 28.000 công dân Pakistan đang chiến đấu ở Afghanistan, 8.000 là những chiến binh được tuyển mộ trong các madrassa nằm trong hàng ngũ Taliban thông thường. Một tài liệu năm 1998 của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ xác nhận rằng "20–40 phần trăm binh lính Taliban [chính quy] là người Pakistan." Tài liệu nói thêm rằng cha mẹ của những công dân Pakistan đó "không biết gì về việc con họ tham gia quân đội với Taliban cho đến khi thi thể của họ được đưa về Pakistan." Theo báo cáo của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ và báo cáo của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, các công dân Pakistan khác đang chiến đấu ở Afghanistan là những binh sĩ Pakistan thường xuyên, đặc biệt là từ Quân đoàn Biên phòng mà còn từ Quân đội Pakistan hỗ trợ chiến đấu trực tiếp.
Tổ chức Theo dõi Nhân quyền đã viết vào năm 2000:
Trong số tất cả các cường quốc nước ngoài tham gia vào các nỗ lực duy trì và thao túng các cuộc giao tranh đang diễn ra [ở Afghanistan], Pakistan được phân biệt bởi cả việc truy quét các mục tiêu và quy mô của các nỗ lực, bao gồm việc kêu gọi tài trợ cho Taliban, tài trợ cho các hoạt động của Taliban, cung cấp hỗ trợ ngoại giao với tư cách là sứ giả ảo của Taliban ở nước ngoài, sắp xếp đào tạo cho các chiến binh Taliban, tuyển dụng nhân lực lành nghề và không có kỹ năng để phục vụ trong quân đội Taliban, lập kế hoạch và chỉ đạo các cuộc tấn công, cung cấp và tạo điều kiện vận chuyển đạn dược và nhiên liệu, và ... trực tiếp hỗ trợ chiến đấu.
Vào ngày 1 tháng 8 năm 1997, Taliban đã tiến hành một cuộc tấn công vào Sheberghan, căn cứ quân sự chính của Abdul Rashid Dostum. Dostum cho biết lý do cuộc tấn công thành công là do 1500 lính biệt kích Pakistan đã tham gia và Không quân Pakistan cũng đã hỗ trợ.
Năm 1998, Iran cáo buộc quân đội Pakistan về tội ác chiến tranh tại Bamiyan ở Afghanistan và tuyên bố rằng các máy bay chiến đấu của Pakistan hỗ trợ Taliban đã bắn phá thành trì cuối cùng của người Shia ở Afghanistan. Cùng năm Nga cho biết, Pakistan phải chịu trách nhiệm về "sự bành trướng quân sự" của Taliban ở miền bắc Afghanistan bằng cách gửi một số lượng lớn quân đội Pakistan, một số người sau đó đã bị Mặt trận Thống nhất chống Taliban bắt làm tù binh.
Năm 2000, Hội đồng Bảo an Liên hợp quốc đã áp đặt lệnh cấm vận vũ khí chống lại sự hỗ trợ quân sự cho Taliban, với các quan chức Liên hợp quốc rõ ràng loại bỏ Pakistan. Tổng thư ký Liên Hợp Quốc đã ngầm chỉ trích Pakistan về việc hỗ trợ quân sự và Hội đồng Bảo an tuyên bố họ "hết sức đau khổ trước các báo cáo về sự tham gia của hàng nghìn công dân không phải là người Afghanistan trong cuộc giao tranh của phe Taliban." Vào tháng 7 năm 2001, một số quốc gia bao gồm cả Hoa Kỳ, cáo buộc Pakistan "vi phạm các lệnh trừng phạt của Liên Hợp Quốc vì viện trợ quân sự cho Taliban." Taliban cũng lấy được các nguồn tài chính từ Pakistan. Riêng năm 1997, sau khi Taliban chiếm Kabul, Pakistan đã viện trợ 30 triệu USD và thêm 10 triệu USD tiền lương cho chính phủ.
Năm 2000, Tình báo Anh báo cáo rằng ISI đang đóng vai trò tích cực trong một số trại huấn luyện của Al Qaeda. ISI đã giúp xây dựng các trại huấn luyện cho cả Taliban và Al Qaeda. Từ năm 1996 đến 2001, Al Qaeda của Osama Bin Laden và Ayman al-Zawahiri đã trở thành một nhà nước nằm trong nhà nước Taliban. Bin Laden đã cử các chiến binh Al-Qaeda Ả Rập và Trung Á tham gia cuộc chiến chống lại Mặt trận Thống nhất, trong số đó có Lữ đoàn 055 của bin Laden.