Lịch sử Nhật Bản
Trung cổ > Thời kỳ Heian

Bài chi tiết: Thời kỳ Heian
Thời kỳ Heian (平安時代 | Bình An thời đại) kéo dài từ năm 794 đến năm 1192. Kinh đô được dời tới Heian kyō (平安京, Bình An kinh thành phố Kyōto ngày nay). Đây được coi là một dấu son trong văn hóa Nhật Bản, được các thế hệ sau ghi nhớ ngưỡng mộ. Thời kỳ Heian cũng đánh dấu sự thăng hoa của tầng lớp samurai, tầng lớp sau cùng sẽ chiếm đoạt quyền lực và bắt đầu thời kì phong kiến ở Nhật Bản. Về cơ bản, quyền lực tối cao do Nhật hoàng nắm giữ. Nhưng trong thực tế, dòng họ quý tộc Fujiwara đã thâu tóm quyền lực. Tuy nhiên, để bảo vệ quyền lợi tại các tỉnh lị, nhà Fujiwara và các dòng họ quý tộc khác phải có vệ sĩ, cảnh vệ và các binh sĩ. Tầng lớp võ sĩ đã học hỏi được rất nhiều điều trong suốt thời kỳ Heian. Đầu năm 939, Taira no Masakado đe dọa quyền lực của chính quyền trung ương bằng việc dẫn đầu cuộc nổi loạn ở tỉnh Hitachi ở phía Bắc. Gần như trong cùng thời điểm, Fujiwara no Sumitomo nổi loạn ở phía Tây. Phần lớn sức mạnh của chính quyền nằm trong quân đội riêng của tướng quân.
Sự lấn tới của tầng lớp võ sĩ vào ảnh hưởng của hoàng gia là hậu quả của cuộc nổi loạn Hōgen. Cùng thời gian này, Taira no Kiyomori học theo âm mưu của Fujiwara bằng việc đưa con ông lên giữ ngôi trị vì Nhật Bản bằng chức nhiếp chính. Gia tộc này (gia tộc Taira) vẫn tại vị cho đến sau cuộc chiến đánh dấu sự mở đầu của Mạc phủ, Chiến tranh Genpei. Thời kỳ Kamakura bắt đầu năm từ năm 1185 khi Minamoto no Yoritomo giành được quyền lực từ hoàng đế và thiết lập Mạc phủ, tức Mạc phủ Kamakura, tại Kamakura.
Các giáo phái Phật giáo mới đã Nhật Bản hóa được thành lập (là Tendai (Thiên thai tông) và Shingon (Chân ngôn tông) - chủ yếu hội nhập những yếu tố tiến bộ). Hệ thống các điều luật Ritsuryo được sửa đổi. Các thể tài thơ văn theo kiểu Trung Hoa rất hưng thịnh ở triều đình và chủ yếu của các cây bút nam. Dòng họ Fujiwara nắm quyền hành đằng sau ngai vàng.
Từ cuối thế kỷ IX đến cuối thế kỷ XI, việc cai quản chính quyền bằng quan nhiếp chính trở thành luật lệ. Triều đình mất thực quyền kiểm soát đất nước, chỉ còn nắm vai trò đại diện. Phúc lợi công cộng bị coi nhẹ. Người đứng đầu các tỉnh trở nên tham nhũng và lười nhác. Chủ nhân của các khu trang ấp (shoen) thành lập các nhóm võ sĩ để tự vệ, tạo ra sự mở đầu của hệ thống samurai (võ sĩ, cận vệ có vũ trang). Thơ ca Nhật Bản phát triển rực rỡ, đặc biệt là waka (thể thơ 31 âm tiết). Cổ kim tập và các tuyển tập waka khác được biên soạn. Những tác phẩm khác gồm có tiểu thuyết đầu tiên của thế giới, cuốn Truyện kể Genji do Murasaki Shikibu chấp bút, tùy bút Sách gối đầu của Sei Shonagon, cuốn Truyện kể Ise, và Nhật ký Tosa.
Cuối thế kỷ XI đến 1192 bắt đầu một thế kỷ các Thiên hoàng rời xa thế tục, đi tu nhưng vẫn gián tiếp cai quản công việc triều chính. Triều đình dần biến thành một quốc gia không có thực quyền, quan liêu xa rời thực tế, không chăm lo đến các phúc lợi công cộng mà chỉ bận tâm tới việc xây dựng chùa chiền và truyền bá tư tưởng Phật giáo. Tầng lớp quý tộc trong triều đình suy đồi và vô dụng. Giáo phái Phật giáo Jodo (Tịnh độ tông) phát triển. Quyền lực của các phe cánh địa phương với nền tảng là hệ thống samurai tăng lên. Dẫn đầu trong số họ là các gia đình Minamoto (Genji) và Taira (Heike hoặc Heishi). Các chùa chiền cũng duy trì lực lượng tự vệ. Những cuộc tranh giành quyền lực trong Hoàng gia và các yếu tố khác cuối cùng đã đem lại uy thế cho gia đình Taira, nhưng sau một phần tư thế kỷ nắm quyền, rốt cuộc nhà Taira lại bị nhà Minamoto đánh bại.