Lịch sử Bangladesh
Cuối thời Trung cổ - Mùa vọng của Hồi giáo

Bài chi tiết: Vương quốc Hồi giáo Bengal
Sự cai trị của người Hồi giáo trong khu vực được bắt đầu với việc chiếm lấy Nadia vào năm 1202. Ban đầu, Bengal được quản lý bởi các thống đốc của Vương quốc Hồi giáo Delhi, sau đó là các quốc vương độc lập và sau đó nằm dưới sự cai trị của đế chế Mughal. Trong khi người Hồi giáo đã tiến vào Sindh vào những năm 700, thì tại Afghanistan là nơi bắt nguồn cuộc chinh phục Nam Á cuối cùng của người Hồi giáo, bắt đầu bằng các cuộc đột kích của Mahmud xứ Ghazni vào đầu thế kỷ 11. Ghurids có trụ sở tại Afghanistan thay thế Ghaznavids và họ bắt đầu mở rộng sang khu vực sông Hằng. Là một phần của cuộc bành trướng về phía đông này, Ikhtiyaruddin Muhammad Bakhtiar Khan đã đánh bại quân Palas ở Bihar và vào năm 1202 đã chiến thắng sông Senas ở Nadia. Năm 1206, Vương quốc Hồi giáo Delhi được thành lập. Đó không phải là một triều đại thực sự nhưng những người cai trị được gọi là Mamluk. Vương quốc Hồi giáo tiếp tục cho đến năm 1290. Cuộc chinh phục Nadia không kéo theo sự chuyển đổi nhanh chóng sang Hồi giáo. Quyền lực của người Senas vẫn tồn tại ở Vikrampur cho đến năm 1245 và một phần lớn phía đông Bangladesh không bị chinh phục cũng như không được cải đạo.
Bốn triều đại có trụ sở tại Delhi kế tục triều đại Slave. Nhà Khaljis cai trị từ năm 1290 đến năm 1320. Sự cai trị của triều đại Tughluq kéo dài đến năm 1413. Sự cai trị của Sayyid kéo dài từ năm 1414 đến năm 1451. Vương triều Lodhi cai trị trong giai đoạn 1451-1526. Nhưng quyền lực của Vương quốc Hồi giáo Delhi rất yếu ở các khu vực bên ngoài và Bengal giống như các khu vực tương tự khác đã biến thành một khu vực độc lập. Shamsuddin Ilyas Shah trở thành người cai trị của Bengal độc lập vào năm 1342 và triều đại của ông cai trị cho đến năm 1486, chỉ một thời gian ngắn. Ông lên nắm quyền sau một cuộc nổi dậy của người Bengali chống lại thống đốc của triều đại Tughluq. Nhà nước của Shamsuddin đóng tại Pandua, quận Malda ngày nay. Shamsuddin đã lái xe lên sông Hằng để tranh giành quyền cai trị Tughluq. Ngược lại, quân Tughluq đã đưa Ilyas Shah rời Pandua đến miền đông Bengal. Shamsuddin giành lại Pandua và tiếp tục cai trị Bengal. Người thừa kế của Shamsuddin đã đẩy lùi các cuộc xâm lăng của Tughluq và giống như người tiền nhiệm của ông đã mở rộng quyền lực của vương triều sang Bihar.
Vương triều đã xây dựng các tòa nhà lớn ở Pandua. Họ đã xây dựng nhà thờ Hồi giáo lớn nhất Ấn Độ, nhà thờ Hồi giáo Adina. Richard Eaton trích dẫn các tài khoản ngoại giao về sự hùng vĩ của các tòa nhà ở Pandua. Eaton quan sát ảnh hưởng của cả các tòa án Ba Tư Hồi giáo và tiền Hồi giáo. Địa chủ Hindu sở hữu một lượng lớn đất đai ngay cả dưới thời cai trị của người Hồi giáo. Sự thống trị của người Hindu đã bị phản đối bởi giới lãnh đạo Hồi giáo, điển hình là chiến dịch Faraizi và các nhà lãnh đạo như Titu Mir vào những năm 1800.
Khi người cai trị thứ ba của triều đại qua đời vào năm 1410, đã có một cuộc xung đột về ngai vàng. Raja Ganesh, một người theo đạo Hindu phong kiến, đã trở thành nhân vật quyền lực nhất tại triều đình Ilyas Shahi. Năm 1414, ông sử dụng cuộc xung đột tàu kế thừa để giành quyền kiểm soát Bengal. Ông đã đẩy lùi một cuộc xâm lăng vào Bengal của vương quốc Jaunpur ở miền bắc Ấn Độ. Con trai của ông, người theo đạo Hồi, và sau đó cháu trai của ông đã cai trị sau ông. Năm 1433 sau đó bị ám sát và triều đại Ilyas Shahi được khôi phục.
Vương triều bắt đầu nhập khẩu nô lệ Abyssinian. Dân số này trở nên đáng kể hơn. Họ trở nên quan trọng đến mức vào năm 1486, một người Abyssinian, Barbak Shahzada, đã giành lấy quyền lực từ Jalaluddin Fateh Shah. Triều đại của Barbak Shahzada ngắn ngủi, kéo dài trong bảy năm sau đó. Người cai trị Abyssinian cuối cùng, Shamsuddin Muzaffar Shah, mất quyền lực vào tay Bộ trưởng Ả Rập, Alauddin Husain.
Sự khởi xướng vào năm 1493 của triều đại Hussain Shahi đã mang lại một thời kỳ được coi là thời kỳ hoàng kim của Bengal. Chính phủ thực sự là người Bengali và trong khi quyền sở hữu đất đai vẫn tập trung trong tay người Hindu, cả hai nhóm tôn giáo đều có vai trò quan trọng trong chính phủ. Quốc vương mở rộng để có được Cooch Behar và Kamrup. Vương quốc Hồi giáo cũng thống trị Orissa, Tripura và vùng Arakan.
Babar đánh bại người Lodhis tại Panipat vào năm 1526 và người Mughals thành lập nhà nước vĩ đại nhất của Ấn Độ kể từ thời Mauryas. Nhưng trong cuộc nổi dậy của Sheh Shah Suri chống lại Humayan, người cai trị Mughal thứ hai, ông đã chiến thắng Ghiyasuddin Mahmud Shah của triều đại Hussain Shahi vào năm 1538, do đó chấm dứt tình trạng độc lập của Bengal. Trong một thời gian ngắn Humayun cai trị Bò tót.
Bengal cùng với các vùng khác của miền đông Ấn Độ do Sheh Shah Suri cai trị. Ông đã thực hiện nhiều cải cách như giới thiệu parganas. Đây là các đơn vị thuế địa phương dựa trên khảo sát đất đai. Ông nổi tiếng nhất với việc thiết kế Đường Grand Trunk giữa Calcutta và Punjab. Humayun chiếm lại Delhi vào năm 1556. Nhưng Suris tiếp tục cai trị Bengal cho đến năm 1564 khi họ bị thay thế bởi triều đại Karrani. Giống như người Suris, họ không có nguồn gốc từ Bengal. Họ là những kẻ đột kích mà quân đội Mughal đã đánh đuổi về phía đông.