Hệ thống phân loại Baltimore
Hệ thống phân loại > Virus RNA > Nhóm V: Virus RNA mạch đơn, âm

Phân loại Baltimore thứ ba bao gồm những virus có hệ gen là RNA mạch đơn, âm nghĩa (-ssRNA). Một số đại diện nổi bật của nhóm virus này là virus cúm, virus Ebola, virus sởi và virus dại.
Bước đầu tiên sau khi xâm nhập tế bào chủ là phiên mã ra mRNA (+) từ mạch genome. Mạch mRNA (+) này có hai vai trò: trực tiếp tham gia dịch mã vì chúng mang codon, và tham gia tổng hợp mạch genome để cấu tạo thành virus thế hệ tiếp theo. Để thực hiện điều này, virus ssRNA (-) có hai phương pháp:
Cách đầu tiên, RdRP bám vào tín hiệu khởi đầu phiên mã ở đầu 3' của hệ gen, rồi phiên mã ra cho đến khi gặp tín hiệu kết thúc (rồi lại gắn thêm nhiều nu loại A để làm đuôi), sản phẩm là một mRNA có đầu bọc 5' và đuôi poly-A hoàn toàn được tổng hợp mới do RdRp virus. RdRp sau khi tổng hợp mRNA có thể dò tiếp trên hệ gen để tìm tín hiệu khởi đầu khác rồi lại tiếp tục phiên mã. Đối với các hệ đa cistron (nhiều gen trên một mRNA), mRNA đựoc tổng hợp một mạch cho đến khi gặp tín hiệu kết thúc.
Cách thứ hai cũng tương tự, chỉ khác là thay vì tự tổng hợp đầu bọc 5', RdRp virus lại đi cướp giật từ mRNA của tế bào chủ (quá trình này gọi là "giựt đầu bọc" - cap snatching). Đầu bọc này là một đoạn RNA dài từ 5 đến 10 bp có tác dụng tương tự tín hiệu khởi đầu phiên mã và cũng là đoạn mồi.
Sau khi tổng hợp xong mạch RNA (+), virus có thể tổng hợp mạch genome (-ssRNA) với phương pháp tương tự như phiên mã nhưng khác là dùng mạch bổ sung làm mạch khuôn chứ không phải mạch gốc. Trong đó, RdRp di chuyển từ đầu 3' đến 5' của mạch bổ sung và làm nhưng tất cả nhưng tín hiệu phiên mã và tín hiệu dừng phiên mã.
Nhiều virus -ssRNA có các cơ chế phiên mã đặc biệt, bao gồm
Cơ chế "polymerase cà lăm": để tổng hợp đuôi polyA, RdRp phiên mã một adenine từ uracil rồi quay lại để phiên mã uracil đó tiếp, rồi lặp lại nhiều lần cho đến khi hàng trăm adenin được thêm vào đầu 3' của mRNA.
Cơ chế -ssRNA "đôi nghĩa": cả mạch (+) và mạch (-) đều mã hóa protein, nên những virus này tổng hợp hai loại mRNA riêng biệt: một từ genom và một từ mạch bổ sung.
Virus -ssRNA có thể đựoc phân loại một cách không chính thống thành hai loại: hệ gen phân đoạn và không phân đoạn. Hệ gen không phân đoạn chứa một RNA liền mạch duy nhất, còn hệ gen phân đoạn bao gồm nhiều đoạn RNA rời rạc, mã hóa những nội dung khác nhau. Virus cúm là ví dụ tiêu biểu của hệ gen phân đoạn: mỗi virus có đúng 8 đoạn RNA (-) và khi hai chủng virus khác nhau cùng xâm nhập một tế bào, chúng có thể tráo đổi những đoạn này cho nhau để tạo ra chủng virus mới mà không cần tái tổ hợp di truyền hay đột biến. Việc tổng hợp vật chất di truyền của hai phân loại này cũng có những khác biệt cơ sở: virus không phân mảnh tổng hợp duy nhất một đoạn mRNA, và thực hiện tái bản trong tế bào chất; còn virus phân đoạn tổng hợp một đoạn mRNA cho mỗi đoạn genome, và thực hiện tái bản trong nhân. Tất cả virus -ssRNA đều thuộc ngành Negarnaviricota, giới Orthornavirae, vực Riboviria. Ngành này cũng chỉ chứa toàn virus -ssRNA, nên "virus -ssRNA" đồng nghĩa với Negarnaviricota. Negarnaviricota lại được chia thành hay phân ngành dựa theo phương pháp phiên mã RNA: Haploviricotina - tự tổng hợp đầu bọc, và Polyploviricotina - giựt đầu bọc của mRNA vật chủ.