Hành trình thứ hai của tàu HMS Beagle
Chuyến hành trình > Khảo sát Nam Mỹ > Bờ Tây Nam Mỹ

Beagle và Adventure khảo sát Eo biển Magellan trước khi đi vòng quanh bờ biển phía tây, đến đảo Chiloé thuộc Quần đảo Chiloé ẩm ướt và rậm rạp cây cối vào ngày 28 tháng 6 năm 1834. Sau đó, họ đã dành sáu tháng tiếp theo để khảo sát bờ biển và các đảo phía nam.[b] Tại Chiloé, Darwin đã tìm thấy những mảnh gỗ than nâu và gỗ hóa đá, ít nhất hai trong số đó được viện Khảo sát Địa chất Anh phát hiện năm 2011 đã bị phong ấn trong bộ sưu tập của họ có nhãn "hóa thạch thực vật chưa mang tên". Trao đổi với Joseph Dalton Hooker khoảng mười năm sau, một slide được ký tên "Chiloe, C. Darwin Esq".[116]
Họ đến Valparaiso vào ngày 23 tháng 7. Sau vài lần đi bộ trong khu vực, Darwin lấy được ngựa và vào ngày 14 tháng 8 đã lên đường lên núi lửa Andes cùng với một người bạn. Ba ngày sau họ có một ngày thú vị trên đỉnh núi Bell. Darwin đã đến thăm một mỏ đồng và trải qua năm ngày leo dốc trên núi trước khi đi đến Santiago, Chile. Trên đường về, ông đổ bệnh vào ngày 20 tháng 9 và phải nằm liệt một tháng trên giường. Có thể ông đã mắc phải bệnh Chagas ở đây, dẫn đến các vấn đề về sức khỏe của ông sau khi quay lại Anh, nhưng chẩn đoán này vẫn đang bị tranh cãi. Ông nghe tin rằng Bộ Hải quân đã khiển trách FitzRoy vì đã mua con tàu Adventure. FitzRoy coi chuyện này khá nghiêm trọng, ông bán con tàu và thông báo rằng họ sẽ quay lại thẩm định lại các khảo sát, rồi sau đó ông sẽ từ chức do nghi ngờ về sự tỉnh tảo của mình, nhưng các sĩ quan trên tàu đã thuyết phục ông rút đơn từ chức và ở lại. Họa sĩ Conrad Martens rời tàu và tới Úc. [117]
Sau khi chờ đợi Darwin, Beagle dong buồm vào ngày 11 tháng 11 để khảo sát Quần đảo Chonos. Từ đây, họ nhìn thấy sự phun trào của núi lửa Osorno ở Andes. Họ đi thuyền về phía bắc, và Darwin băn khoăn về những hóa thạch mà ông đã tìm thấy. Loài Mastodons và Megatherium khổng lồ đã tuyệt chủng, tuy vậy lại không tìm thấy dấu hiệu địa chất nào cho "sự thảm họa theo đó", theo quan điểm của Lyell, dẫn đến các loài không còn thích nghi với vị trí mà chúng được tạo ra để phù hợp. Ông đồng ý với ý tưởng của Lyell về "sự sinh ra và chết dần dần của các loài", nhưng, không giống như Lyell, Darwin sẵn sàng tin vào ý tưởng của Giovanni Battista Brocchi rằng các loài đã tuyệt chủng bằng cách nào đó trở nên lỗi thời và dần mất giống. [118] [119]
Họ đến cảng Valdivia vào ngày 8 tháng 2 năm 1835, mười hai ngày sau đó nhóm của Darwin trải qua một trận động đất nghiêm trọng và khiến thị trấn cảng bị hư hại nặng. Họ di chuyển hai trăm dặm (320 km) về phía bắc tới Concepciónngày 4 tháng 3 và thấy rằng trận động đất tương tự đã tàn phá thành phố bằng những đợt sang chấn lặp đi lặp lại và một cơn sóng thần. Darwin đã ghi nhận sự khủng khiếp từ cái chết và sự hủy diệt, FitzRoy đã cẩn thận quan sát rằng các nền vỏ trai giờ cao hơn cả lúc thủy triều cao, đưa ra bằng chứng rõ ràng về mặt đất đã nâng lên khoảng 9 ft (2,7 m) mà ông xác nhận một tháng sau đó. Họ đã thực sự trải qua quá trình nâng lên của lục địa từ đại dương như Lyell đã chỉ ra. [120] [121]
Quay trở lại Valparaiso, Darwin bắt đầu một chuyến du ngoạn khác lên Andes và vào ngày 21 tháng 3 đã đến chỗ phân chia lục địa ở độ cao 13.000 ft (4.000 m): ngay cả ở đây, ông đã tìm thấy những vỏ sò hóa thạch trong đá. Ông miêu tả quang cảnh huy hoàng ở đây "giống như đang ngắm một cơn giông bão, hay được nghe hợp xướng bởi dàn nhạc của Đấng cứu thế." [122] Sau khi đi đến Mendoza, họ trở về bằng một con đường khác và tìm thấy một khu rừng hóa thạch, kết tinh trong một vách đá sa thạch. Ông thấy rằng nó đã từng nằm trên một bãi biển Thái Bình Dương khi đất bị chìm, chôn chúng trong cát sau đó bị nén thành đá, rồi dần dần được nâng lên với lục địa tới độ cao 7.000 ft (2.100 m) trên núi. Khi trở về Valparaiso với một nửa mẫu vật, ông đã viết cho cha ông rằng những phát hiện của ông, nếu được chấp nhận, sẽ rất quan trọng đối với lý thuyết về sự hình thành của thế giới. Sau một cuộc thám hiểm mệt mỏi khác ở Andes trong khi Beagle được trang bị lại, ông quay trở lại và đi thuyền đến Lima, nơi một cuộc nổi dậy vũ trang đang diễn ra và phải ở lại trên con tàu. Tại đây, ông đã viết lên những ghi chú của mình khi nhận ra ý tưởng của Lyell rằng các đảo san hô nằm trên vành của những ngọn núi lửa đã ngủ ít có lý hơn so với tình huống những ngọn núi lửa dần chìm xuống để các rạn san hô quanh đảo tiếp tục xây dựng gần mực nước biển và trở thành một đảo san hô khi núi lửa biến mất bên dưới. Đây là một lý thuyết mà ông sẽ kiểm chứng khi họ đến những hòn đảo như vậy.[123]