Dự thảo Hòa ước Aubaret
Sứ thần Nhà Nguyễn đến Pháp xin chuộc đất

Sau khi đặt bút phê duyệt vào bản hiệp ước bất bình đẳng 1862, vua Tự Đức và các triều thần vẫn còn nuôi hy vọng lấy lại đất đã mất bằng ngoại giao. Trong mắt triều đình Huế lúc bầy giờ, Bonard đã vượt thẩm quyền của mình khi đưa ra yêu cầu nhượng đất ở điều 3 trong hiệp ước. Vì thế mà triều thần đã dựa vào nội dung của điều khoản thứ 6 để xin phía Pháp cho đoàn sứ thần Đại Nam đến Paris diện kiến Napoleon III, với hy vọng đạt được ở Paris những điều bị từ chối ở Sài Gòn.
Tháng 06/1863, vua Tự Đức "sai Hiệp biện Đại học sĩ là Phan Thanh Giản, Lại bộ Tả tham tri Phạm Phú Thứ, Án sát Quảng Nam là Ngụy Khắc Đản đi sang Tây dương. (Thanh Giản sung làm Chánh sứ, Phú Thứ sung làm Phó sứ, Khắc Đản sung làm Bồi sứ)"
Khi hay tin phía Đại Nam xin diện kiến Pháp hoàng Napoleon III tại Paris, Ngoại trưởng Pháp Édouard Drouyn de Lhuys đã tỏ vẻ lo lắng, điều này thể hiện rõ qua bức thư mà ông ấy viết cho Prosper de Chasseloup-Laubat, Bộ trưởng Hải quân và thuộc địa, trong thư có nội dung như sau: "không nghi ngờ gì nữa, mục đích chính của sứ mạng này là yêu cầu Hoàng đế Pháp tu chính Hiệp ước Nhâm Tuất (1862), xem xét lại tất cả những gì đã được ký kết". Quan điểm của Ngoại trưởng Pháp là không cần xét lại Hiệp ước 1862, muốn giữ nguyên hiện trạng, vì thực tế Hiệp ước 1862 đã vượt quá những kỳ vọng ban đầu của chính phủ Pháp.
Đầu tháng 06/1863, đoàn sứ thần Phan Thanh Giản đến Sài Gòn. Ngày 04/07, họ lên tàu Européen đi về phía Nam qua Eo biển Malacca vào Ấn Độ Dương hướng về Kênh đào Suez, đến ngày 09/09 mới đến Toulon, chiều ngày 13/09 thì đoàn sứ thần đến Paris. Phía Pháp ở Nam Kỳ đã cử Đại uý hải quân Rieunier tháp tùng đoàn sứ bộ Đại Nam sang Pháp, còn Đại uý hải quân Aubaret đảm nhận vai trò thông ngôn trong chuyến đi này. Phan Thanh Giản và phái bộ đã ở lại Đệ Nhị Đế chế Pháp trong 2 tháng, họ đã được chính phủ Pháp tiếp đón trọng hậu và đưa sứ bộ đi tham quan nhiều nơi.
Ngày 05/11/1863, đoàn sứ thần Đại Nam được tiếp kiến Pháp hoàng Napoleon III tại Cung điện Tuileries. Chánh sứ Phan Thanh Giản đã trao cho Pháp hoàng quốc thư của vua Tự Đức và trình bày về mong muốn của triều đình Huế. Đề nghị phía Pháp trả lại đất cho Đại Nam, bù lại Đại Nam sẽ nhượng cho Pháp Côn Đảo, "thành phố Sài Gòn, một địa điểm lựa chọn trong tỉnh Định Tường và thương khẩu Thủ Dầu Một trong tỉnh Biên Hòa".
Trong quốc thư của vua Tự Đức gửi cho Hoàng đế Napoleon III của Pháp có nhắc đến việc Đế quốc Anh nhận bồi thường chiến phí và trả lại tỉnh Quảng Đông cho Nhà Thanh sau Chiến tranh Nha phiến, nội dung này được đề cấp với mong muốn phía Pháp cũng đối xử với Đại Nam tương tự: "nước tôi đã bồi số bạc quân phí, thì đất thuộc về 3 tỉnh miền Đông Nam kỳ ấy xin trả lại cho nước tôi, nếu có phải bù thêm số bạc nhiều ít bao nhiêu, nước tôi cũng yên lòng lo liệu chu thỏa".
Dựa vào Bản điều trần tại Paris của Aubaret và quốc thư của vua Tự Đức, Pháp hoàng Napoleon III ban đầu đã tán thành tinh thần trả lại đất cho Đại Nam và yêu cầu các bộ liên quan trong chính phủ Đệ Nhị Đế chế Pháp soạn một dự thảo để tiến hành ký kết để thay cho Hòa ước Nhâm Tuất năm 1862. Theo đó, Pháp trả lại 3 tỉnh miền Đông Nam kỳ cho Đại Nam, ngoại trừ Sài Gòn, Chợ Lớn, Mỹ Tho và Cap Saint Jacques (nay là Vũng Tàu), bù lại Pháp sẽ được bảo hộ 6 tỉnh Nam Kỳ. Một điều khoản quan trọng nữa liên quan đến tài chính, dự thảo yêu cầu trong 3 năm đầu, phía triều đình Huế phải trả cho Pháp 500.000 đồng bạc/năm, và bồi thường liên tục trong 40 năm sau đó với số tiền 333.333 đồng bạc/năm (tương đương 3 triệu franc/năm).