Maria xứ Modena
Công tước phu nhân xứ York (1673–1685) > Âm mưu Giáo hoàng và lưu vong

Thư ký Công giáo của Maria là Edward Colman, vào năm 1678 đã bị vu cáo tham gia vào một âm mưu bịa đặt chống lại nhà vua do Titus Oates thực hiện. Âm mưu này, được gọi là Âm mưu Giáo hoàng, đã dẫn đến Phong trào Loại trừ do Anthony Ashley Cooper, Bá tước thứ 1 xứ Shaftesbury dẫn đầu. Những người theo phe Loại trừ tìm cách ngăn cản Công tước xứ York theo Công giáo lên ngôi. Danh tiếng của họ bị hủy hoại, nhà York miễn cưỡng bị lưu đày đến Bruxelles, lãnh thổ của Carlos II của Tây Ban Nha, bề ngoài là để thăm Quý cô Mary, vợ của Thân vương Willem III xứ Oranje từ năm 1677. Cùng với cô con gái chưa đầy ba tuổi Isabella và Quý cô Anne, Maria vô cùng buồn bã trước mối quan hệ ngoài luồng của James với Catherine Sedley. Tinh thần của Maria được vực dậy trong chốc lát khi mẹ bà, lúc đó đang sống ở Roma đến thăm.
Tin tức cho biết Vua Charles lâm bệnh nặng đã khiến gia tộc York phải vội vã trở về Anh. Họ lo sợ con trai cả ngoài giá thú của nhà vua là James Scott, Công tước thứ 1 xứ Monmouth, chỉ huy lực lượng vũ trang của Anh, có thể cướp ngôi nếu Charles qua đời trước khi họ trở về. Mối nguy hiểm còn lớn hơn khi Monmouth nhận được sự ủng hộ của phe Loại trừ, những người chiếm đa số trong Hạ Nghị viện Anh. Charles sống sót, nhưng cảm thấy nhà York quay lại triều đình quá sớm nên đã gửi James và Maria đến Edinburgh, nơi họ ở lại liên tục trong ba năm tiếp theo. Khi lưu trú tại Cung điện Holyrood, nhà York phải sống mà không có Quý cô Anne và Isabella, những người ở lại Luân Đôn theo lệnh của Charles. Gia tộc York được triệu hồi về Luân Đôn vào tháng 2 năm 1680, rồi lại quay trở lại Edinburgh vào mùa thu năm đó, nhưng lần này họ có được vị thế danh giá hơn khi James được phong làm Ủy viên của Nhà vua tại Scotland. Bị tách biệt khỏi Isabella một lần nữa, Maria chìm vào nỗi buồn, và càng trầm trọng hơn khi dự luật Loại trừ được thông qua tại Hạ viện. Isabella, cho đến lúc này là người con duy nhất của Maria sống sót qua thời thơ ấu, đã qua đời vào tháng 2 năm 1681. Cái chết của Isabella khiến Maria rơi vào cơn cuồng tín tôn giáo, khiến bác sĩ của bà lo lắng. Cùng lúc tin tức về cái chết của Isabella truyền đến Holyrood, mẹ của Maria cũng bị buộc tội oan là treo giải thưởng 10.000 bảng Anh để giết nhà vua. Người tố cáo, một người viết pamfơlê, đã bị xử tử theo lệnh của Nhà vua.
Sự phản ứng của phe Loại trừ sau Âm mưu Giáo hoàng đã lắng xuống vào tháng 5 năm 1682. Quốc hội do những người theo phe Loại trừ thống trị bị đình chỉ từ tháng 3 năm 1681 và không bao giờ họp lại dưới thời Charles II. Do đó, Công tước và Công tước phu nhân trở về Anh, và Maria sinh một thêm con gái tên là Charlotte Mary vào tháng 8 năm 1682. Tuy nhiên, cái chết của Charlotte Mary vào ba tuần sau đó, theo đại sứ Pháp, đã cướp đi của James "niềm hy vọng rằng bất kỳ đứa con nào của ngài có thể sống sót" - tất cả các người con trai của James với người vợ đầu tiên đều qua đời khi còn nhỏ. Nỗi buồn của James đã tan biến khi ông lấy lại được danh tiếng sau khi một âm mưu giết chính ông và Charles bị phát hiện. Mục tiêu của âm mưu này, được biết đến với tên gọi Âm mưu Nhà Rye, là đưa Monmouth lên trở thành Bảo hộ công. Sự hồi sinh của James mạnh mẽ đến nỗi vào năm 1684, ông được tái gia nhập Viện cơ mật sau mười một năm vắng bóng.