Maria Christina của Áo
Thống đốc Hà Lan thuộc Áo > Bị trục xuất hai lần

Vào mùa hè năm 1789, các cuộc nổi dậy đã phát sinh ở Hà Lan thuộc Áo lấy cảm hứng từ cuộc Cách mạng Pháp, nhằm vào một hội kín tên là Pro've et focis nhằm tìm cách thành lập một đội quân yêu nước. Maria Christina và chồng bất chấp lệnh của Joseph II để trở về Viên và rời Laeken đến Brussels. Vào ngày 24 tháng 10 năm 1789 bắt đầu cuộc Cách mạng Brabant: từ Breda, "Đội quân Yêu nước" chống đế quốc xâm lược Brabant và trong vài tuần tiếp theo, họ đã giành được tỉnh này và Flanders dưới sự kiểm soát của họ. Vào ngày 18 tháng 11, các thống đốc liên hợp, mặc dù miễn cưỡng, đã phải bỏ chạy; sau một cuộc hành trình qua Luxembourg, Trier và Koblenz đến Bonn bên cạnh người em út của Maria Christina là Đại vương công Maximilian Francis, Tổng Giám mục-Tuyển hầu tước của Cologne, ở lâu trong Cung điện Poppelsdorf. Trong khi đó, Hendrik van der Noot đã có thể chiến thắng tiến vào Brussels vào ngày 18 tháng 12 năm 1789.
Maria Christina vô cùng tức giận về việc bị trục xuất, nhưng bà vẫn cố gắng thực hiện các bước để tiếp tục cai trị của anh trai mình ở Áo Hà Lan. Đặc biệt, vào ngày 12 tháng 12 năm 1789, bà đã viết cho Tổng giám mục của Mechelen, rằng giờ đây Hoàng đế sẽ áp dụng một cách cư xử khác đối với các tỉnh nổi loạn nếu họ phục tùng. Mặc dù có nhiều lời hứa từ giám đốc, nhưng không có gì xảy ra. Ngoài ra, Maria Christina cũng rất tiếc việc công bố những bức thư của bà gửi cho Trauttmansdorff trước công luận.
Vào tháng 1 năm 1790, Hà Lan thuộc Áo trở thành Cộng hòa độc lập của Vương quốc Bỉ với van der Noot là Bộ trưởng thứ nhất của ông. Hoàng đế Joseph II bị bệnh nặng qua đời vào ngày 20 tháng 2 và được kế vị bởi em trai của ông là Leopold II. Họ đã trao đổi nhiều bức thư, trong đó bà khuyên Tân hoàng đế nên bắt đầu các cuộc đàm phán về việc giành lại quyền thống trị của mình đối với Hà Lan thuộc Áo hoặc bắt đầu một hành động quân sự. Người khai sáng Hoàng đế mới có thể kiềm chế sự phấn khích trong các bộ phận khác nhau của quyền thống trị Áo thông qua nhượng bộ và cử đi đàm phán ngừng bắn trong cuộc chiến chống lại quân đội Thổ Nhĩ Kỳ, trong khi lợi dụng các cuộc xung đột liên tục giữa những người theo chủ nghĩa Statists và Vonckists, những người đã đưa đã là một nền Cộng hòa mới trong biên giới của cuộc nội chiến. Người Áo đã chinh phục Brussels mà không cần giao tranh vào đầu tháng 12 năm 1790. Maria Christina và Albert (những người sau thời gian ở Bonn trước tiên chuyển đến Frankfurt, sau đó đến Vienna và cuối cùng là Dresden), quay trở lại Brussels vào ngày 15 tháng 6 năm 1791 với tư cách là thống đốc chung. Người dân đón nhận họ một cách tử tế, nhưng cũng có sự nghi ngờ.
Vào ngày 20–21 tháng 6 năm 1791, các Thống đốc sẵn sàng chào đón Louis XVI và Maria Antonia trong chuyến trốn chạy mà họ dự định. Khi đảng của hoàng gia bị bắt gần biên giới và bị áp giải trở về Paris, anh em của Louis XVI, các bá tước Provence và Artois, xuất hiện ở Brussels và yêu cầu Maria Christina can thiệp quân sự và đưa quân qua biên giới đến Pháp và bắt giữ. bữa tiệc hoàng gia trước khi họ đến Paris, nhưng Maria Christina từ chối, bà nói rằng mình sẽ cần sự cho phép của hoàng đế để thực hiện một hành động như vậy, đến lúc đó thì đã quá muộn.
Maria Christina và Albert lần này có nhiều quyền lực thực tế hơn những gì Joseph II đã cho phép họ, mặc dù sau Cách mạng Brabant, họ đã chuyển sang một chế độ cai trị độc đoán hơn. Bằng sự hợp tác tốt đẹp của bà với Leopold II và Bộ trưởng đặc mệnh toàn quyền mới của ông, Bá tước Franz Georg Karl von Metternich (cha của chính khách kiêm chính khách nổi tiếng sau này Klemens von Metternich), các thống đốc liên hợp đã đảm bảo sự ổn định nhất định thông qua chính sách ân xá.
Leopold II đột ngột qua đời vào ngày 1 tháng 3 năm 1792, giữa những tin đồn về vụ đầu độc hoặc bị ám sát bí mật. Maria Christina và Albert đã được xác nhận là thống đốc chung bởi con trai của Leopold II và người kế vị là Franz II. Tuy nhiên, vào tháng 10, Hà Lan thuộc Áo bị Cách mạng Pháp xâm lược. Tướng Pháp Charles François Dumouriez đánh bại quân Áo do Hoàng tử Albert và Charles de Croix chỉ huy trong trận Jemappes ngày 6 tháng 11. Kết quả là các thống đốc liên doanh bị lật tẩy một lần nữa buộc phải bỏ trốn, sau khi họ có thể di tản bộ sưu tập nghệ thuật của mình bằng đường biển. Tuy nhiên, một trong ba con tàu chở kho báu của họ đã bị phá hủy do một trận bão.