Võ Tắc Thiên
Lập triều Võ Chu > Tranh chấp Lý-Võ

Không bao lâu sau khi chiếm ngôi, Võ hoàng cho xây chùa Đại Vân ở Trường An và Lạc Dương, đồng thời phong cho 9 nhà sư lên tước Công. Có thể nói, vào thời Võ hoàng lâm triều trị quốc, Phật giáo luôn chiếm địa vị độc tôn trong hệ thống tư tưởng ở Trung Quốc. Về tổ tiên của mình, bà cho đem bài vị tổ tiên trong vòng 7 đời vào thờ ở Thái miếu, tuy nhiên bà vẫn tiếp tục cúng bái 3 vị Hoàng đế họ Lý là Đường Cao Tổ, Đường Thái Tông và Đường Cao Tông của nhà Đường.
Mặc dù Duệ Tông được lập làm Hoàng tự, nhưng thế lực của Thân vương khác là Võ Thừa Tự, Võ Tam Tư cũng rất lớn mạnh. Năm Thiên Thụ thứ 2 (691), các đại thần Trương Gia Phúc, Vương Khánh Chi muốn lấy lòng Võ hoàng, nên dâng thư xin bà lập Võ Thừa Tự làm Thái tử, vì người họ Võ thì nên truyền ngôi cho người họ Võ. Bà ban đầu có vẻ bằng lòng. Tháng 7 (ÂL) cùng năm ấy, các Tể tướng Sầm Trường Sai, Cách Phụ Nguyên và Tư lễ khanh kiêm Phán Nạp ngôn sự Âu Dương Thông lên tiếng phản đối một cách gay gắt. Võ Thừa Tự ghét lắm, bày mưu với Lai Tuấn Thần vu hãm cả ba cùng các quan viên ủng hộ 3 người, đến tháng 10 cùng năm thì toàn bộ đều bị giam và giết hại. Đại thần Lý Chiêu Đức cũng vì bất bình với Võ Thừa Tự, liền sau đó bị lưu đày và bị giết, rất có thể do Võ Thừa Tự hãm hại. Tuy nhiên Võ hoàng vẫn chưa lập Võ Thừa Tự làm thái tử, chỉ cho Thừa Tự có thể tự do vào cung thỉnh an. Về sau do Vương Khánh Chi vào cung quá nhiều và tỏ ra vô lễ, bà bàn với tướng Lý Hiếu Dật trừng phạt hắn ta. Lý Du Đạo nhân cơ hội đó, cho đánh chết Vương Khánh Chi và khuyên bà giữ lại ngôi kế vị cho họ Lý, vì nếu họ Võ làm Hoàng đế thì 3 vị Hoàng đế nhà Đường sẽ không còn được thờ ở Thái miếu. Võ hoàng bằng lòng, sau đó bà còn hạ lệnh tước quyền tể tướng của Võ Thừa Tự, chỉ trao cho các chức vụ trên danh nghĩa, không nắm thực quyền.
Lúc này thế lực của bọn Lai Tuấn Thần ngày càng lớn mạnh, ngoi lên chức Tả Thái trung thừa. Mùa xuân năm Trường Thọ nguyên niên (692), Tuấn Thần tố cáo 3 vị Bình chương sự là Nhậm Tri Giả, Địch Nhân Kiệt và Bùi Hành Bổn cùng bọn đại thần Bùi Tuyên Lễ, Lư Hiến, Ngụy Nguyên Trung, Lý Tự Chân mưu phản. Bảy người này đều bị tống vào ngục. Địch Nhân Kiệt ở trong ngục bí mật viết sớ kêu oan, rồi tìm cơ hội gửi cho con ông ta là Địch Quang Viễn để trình lên trên cho Võ hoàng xem xét. Cuối cùng, 7 vị đại thần thoát chết nhưng bị lưu đày. Về sau các Tể tướng Lý Du Đạo, Chu Kính Tắc, Chu Củ ra sức kiềm chế bọn Tuấn Thần nên thế lực không còn được như trước.
Năm Trường Thọ thứ 2 (693), người phụ nữ được Võ Tắc Thiên sủng ái là "Đoàn Nhi" (團兒) oán hận Hoàng tự Võ Đán vì dụ dỗ không thành, thường gièm pha trước mặt Võ hoàng. Sau đó Vi thị vu cáo vợ Hoàng tự là Lưu thị cùng người thiếp của ông, Đậu thị, lập đàn bùa phép mưu hại Võ hoàng, do đó Võ hoàng nhân lúc hai người vào thỉnh an đã bí mật giết chết. Hoàng tự rất lo sợ, mình sẽ bị liên lụy, do đó ông không dám khóc thương cho hai người, sinh hoạt vẫn tiến hành như bình thường. Tuy nhiên sau đó Đoàn Nhi lại tiếp tục tìm cớ hãm hại Hoàng tự, Võ hoàng không còn tin thị nữa, sai giết đi. Cũng trong lúc đó, mẹ của Đậu Đức phi là Bàng thị bị người đến tố cáo, Bàng thị bị khép tội chết, cho giảm một bậc. Có lời đồn các đại thần Bùi Phỉ Cung, Phạm Nhân Tiên bí mật gặp Hoàng tự, Võ hoàng liền cho xử tử cả hai. Lai Tuấn Thần còn tố cáo Hoàng tự mưu phản, Võ hoàng liền tin mà tức giận, sai giam lỏng ông trong phủ, không cho đại thần gặp mặt, đồng thời phế các con ông từ thân vương làm quận vương. Những người bị nghi đồng mưu đều bị Lai Tuấn Thần tra tấn dã man. Bấy giờ có An Kim Tàng tự mổ bụng của mình để giải oan cho Hoàng tự. Bà nghe tin cảm động, cho ngự y tới chữa trị Kim Tàng và xá miễn cho Hoàng tự khỏi phải mang tội nữa.