Desmond Tutu
Vai trò sau chế độ apartheid > Israel

Tutu đã thừa nhận vai trò quan trọng của người Do Thái trong cuộc đấu tranh chống phân biệt chủng tộc ở Nam Phi và đã lên tiếng ủng hộ mối quan tâm về an ninh của Israel, chống lại cuộc đánh bom tự sát. Ông cũng là người đề xướng và hoạt động tích cực cho đợt vận động đưa đầu tư ra khỏi Israel, vì việc Israel đối xử với những người Palestine cũng tương tự như việc đối xử của chính quyền da trắng với dân da đen Nam Phi trong thời apartheid. Tutu đưa ra sự so sánh này nhân chuyến viếng thăm Jerusalem dịp lễ Giáng sinh năm 1989, khi ông nói rằng ông là một người "da đen Nam Phi, và nếu tôi có thể thay đổi tên gọi, thì một sự mô tả những gì xảy ra ở Dải Gaza và ở Bờ Tây có thể mô tả những sự việc xảy ra ở Nam Phi". Ông cũng đưa ra những bình luận tương tự trong năm 2002, nói về "sự sỉ nhục của những người Palestine phải chịu tại các trạm kiểm soát và các rào chắn đường cũng giống như của chúng tôi khi các viên sĩ quan cảnh sát trẻ người da trắng ngăn không cho chúng tôi đi qua".
Năm 1988, Ủy ban người Do Thái Hoa Kỳ ghi nhận là Tutu chỉ trích kịch liệt quan hệ quân sự và quan hệ khác của Israel với Nam Phi trong thời apartheid, và dẫn lời ông nói rằng chủ nghĩa Zionism (chủ nghĩa phục quốc Do Thái) có "rất nhiều điểm tương đồng với chủ nghĩa phân biệt chủng tộc", vì nó "loại trừ những người dựa trên cơ sở dân tộc hay nguyên nhân khác mà họ không thể kiểm soát". Trong khi Ủy ban người Do Thái Hoa Kỳ chỉ trích một số quan điểm của Tutu, nhưng bác bỏ "tin đồn ngấm ngầm" là ông đã có lời lẽ chống-Semit. (Lời văn chính xác của tuyên bố của Tutu đã được tường thuật khác nhau trong các nguồn khác nhau. Một bài trên tờ "Toronto Star" từ thời kỳ này cho thấy rằng ông mô tả chủ nghĩa Zionism "như là một chính sách dường như có nhiều điểm tương đồng với chủ nghĩa phân biệt chủng tộc, tác dụng là như nhau")
Tutu đưa ra một thông điệp về sự tha thứ trong chuyến viếng thăm Viện bảo tàng Yad Vashem của Israel năm 1989, nói rằng: "Chúa chúng ta sẽ nói là cuối cùng thì điều tích cực có thể đến là tinh thần tha thứ, chứ không phải lãng quên, nhưng tinh thần nói: Chúa ơi, điều này đã xảy ra cho chúng tôi. Chúng tôi cầu nguyện cho những ai đã mang lại điều đó, xin hãy giúp chúng tôi tha thứ cho họ và hãy giúp chúng tôi, để tới lượt chúng tôi sẽ không làm cho những người khác đau khổ". Một số người thấy lời nói này xúc phạm, như rabbi Marvin Hier của Trung tâm Simon Wiesenthal gọi đó là "một sự xúc phạm miễn phí cho người Do Thái và các nạn nhân của chủ nghĩa Quốc xã ở khắp mọi nơi". Tutu đã là đối tượng của sự dèm pha chủng tộc trong chuyến viếng thăm Israel này, với chữ viết của kẻ bôi nhọ "Con heo quốc xã đen" (Black Nazi pig) trên các bức tường của nhà thờ chính tòa thánh George ở Đông Jerusalem, nơi ông cư ngụ.
Năm 2002, khi đưa ra bài nói truyện trước công chúng, ủng hộ việc thôi đầu tư vào Israel, Tutu đã nói "Tôi thật đau lòng. Tôi nói tại sao ký ức của chúng ta quá ngắn. Có anh chị em Do Thái nào của chúng tôi đã quên sự sỉ nhục của họ. Họ đã quên sự trừng phạt tập thể, các vụ phá hủy nhà, trong chính lịch sử của họ sớm như vậy? Họ đã quay lưng lại với truyền thống tôn giáo sâu xa và cao thượng của họ sao? Họ đã quên rằng Thiên Chúa quan tâm sâu xa về người bị áp bức?" Ông lập luận rằng, Israel không bao giờ có thể sống trong an ninh bằng cách đàn áp một dân tộc khác, và nói, "Mọi người đang sợ hãi ở đất nước này (Hoa Kỳ), nói sai là sai bởi vì việc vận động hành lang của người Do Thái là mạnh mẽ - rất mạnh mẽ. Vậy thì sao ? Vì Chúa, đây là thế giới của Chúa ! Chúng ta sống trong một vũ trụ đạo đức. Chính phủ apartheid đã rất mạnh mẽ, nhưng ngày nay nó không còn tồn tại nữa". Lời phát biểu sau đó đã bị một số nhóm người Do Thái chỉ trích, trong đó có Anti-Defamation League (Liên đoàn chống phỉ báng). Khi biên tập và in lại từng phần bài nói chuyện đó trong năm 2005, Tutu đã thay các từ "Jewish lobby" (vận động hành lang của người Do Thái) bằng các từ "pro-Israel lobby" (vận động hành lang thân Israel).
Trong Hội nghị Durban II gây tranh cãi trong tháng 4 năm 2009, luật sư người Mỹ Alan Dershowitz cho Tutu là một "người phân biệt chủng tộc và người tin mù quáng".