Yamamoto Isoroku
Tiểu sử > Chiến tranh thế giới thứ hai > Thất bại ở Midway

Kế hoạch của Yamamoto đối với Đảo Midway là một phần mở rộng trong nỗ lực của ông nhằm đánh bật Hạm đội Thái Bình Dương của Mỹ khỏi hoạt động đủ lâu để Nhật Bản củng cố vành đai phòng thủ của mình ở các chuỗi đảo Thái Bình Dương. Yamamoto cảm thấy cần thiết phải tìm kiếm một trận chiến quyết định tấn công sớm. Kế hoạch này từ lâu đã được cho là nhằm thu hút sự chú ý của Mỹ—và có thể cả lực lượng tàu sân bay—từ Trân Châu Cảng ở phía bắc bằng cách gửi Đệ ngũ Hạm đội (một tàu sân bay, một tàu sân bay hạng nhẹ, bốn thiết giáp hạm, tám tàu tuần dương, 25 tàu khu trục và bốn tàu vận tải) chống lại Aleutians, tấn công Cảng Hà Lan trên Đảo Unalaska và xâm chiếm các đảo xa hơn là Kiska và Attu.
Để đề phòng thất bại, Yamamoto đề xuất hai biện pháp an ninh. Đầu tiên là một nhiệm vụ trinh sát trên không (Chiến dịch K) qua Trân Châu Cảng để xác định xem các tàu sân bay Mỹ có ở đó hay không. Thứ hai là một đội tàu ngầm có nhiệm vụ phát hiện chuyển động của các tàu sân bay đối phương về phía Midway để kịp thời cho các lực lượng phối hợp tấn công. Yamamoto cũng lệnh cho Đô đốc Nagumo đã dự trữ một nửa số máy bay của mình để dự phòng gồm hai phi đội, một bao gồm những máy bay ném bom bổ nhào và đội kia là máy bay ném ngư lôi, được trang bị các ngư lôi để tấn công tàu chiến nếu như phát hiện được vị trí của các tàu chiến Mỹ.
Yamamoto không biết rằng người Mỹ đã biết được các kế hoạch của Nhật Bản nhờ việc phá mã mã D hải quân Nhật Bản (được Mỹ gọi là JN-25). Kết quả là Đô đốc Chester Nimitz - chỉ huy Hạm đội Thái Bình Dương cũng đã có thể đặt lực lượng của mình vào một vị trí để tiến hành cuộc phục kích.
Những cuộc không kích đầu tiên vào Midway diễn ra không hiệu quả, Đô đốc Nagumo đã ra lệnh các máy bay dự trữ của ông lắp đặt bom thông thường để tiếp tục tung ra các cuộc không kích vào các mục tiêu mặt đất ở Midway, quyết định này đã vi phạm trực tiếp lệnh của Yamamoto về việc đội tàu sân bay phải duy trì sẵn lực lượng tấn công dự bị được trang bị cho các phi vụ chống tàu chiến Mỹ. Tuy nhiên, khi Nagumo nhận được báo cáo trinh sát từ thủy phi cơ từ tuần dương hạm Tone rằng tàu sân bay Mỹ đang có mặt trong khu vực, ông đã thay đổi kế hoạch và ra lệnh cho máy bay của mình vốn được trang bị ngư lôi để sẵn sàng tấn công tàu sân bay Mỹ. Với một nửa máy bay được trang bị ngư lôi và nửa còn lại được trang bị bom tấn công mục tiêu trên mặt đất và không có thời gian để chuyển mọi thứ trở lại ngư lôi. Những đợt không kích trước đó bằng những chiếc B-17 và B-26 của Mỹ chỉ gây ra những thiệt hại không đáng kể, nhưng chúng cũng đủ gây bối rối cho lực lượng tàu sân bay Nhật vì Nagumo đang nỗ lực chuẩn bị một đòn đánh trả sau khi nhận được báo cáo lúc 08 giờ 20 phút về việc phát hiện lực lượng tàu sân bay Hoa Kỳ ở hướng Đông Bắc đã đưa ra một quyết định tai họa là chờ lực lượng tấn công ban đầu của ông hạ cánh, sau đó mới tung ra lực lượng dự bị tấn công với đầy đủ đội hình gồm cả 2 loại Aichi D3A1 và B5N2 Kate (lúc ấy chúng sẽ được trang bị vũ khí tấn công thích hợp).
Hậu quả là các tàu sân bay của Nagumo đã bị tấn công và chỉ trong khoảng 6 phút, hai phi đội bổ nhào đã làm cho ba tàu sân bay Nhật bốc cháy. Akagi chỉ trúng một quả bom, lúc bình thường thì nó sẽ không bị hư hại quá nặng, nhưng điều tai hại là sàn tàu của nó khi đó đang chứa đầy bom và ngư lôi. Tàu Soryu thì trúng ba quả bom, Kaga trúng bốn hay nhiều hơn, các thủy thủ nói rằng họ không thể đếm chính xác. Các tàu sân bay Nhật bị trúng bom đúng lúc chúng đang ở tình trạng dễ tổn thương nhất, đó là khi các tàu này đang chất đầy vũ khí trong khoang chứa máy bay và tiếp đầy xăng lên các máy bay nhằm chuẩn bị cho cuộc không kích nhắm vào các tàu sân bay Mỹ. Do đó khi trúng bom, các đám cháy đã bùng phát do xăng máy bay chảy tràn trên sàn chứa máy bay, kích nổ hàng loạt những quả bom và ngư lôi đang trải khắp sàn tàu, khiến việc chữa cháy và kiểm soát thiệt hại là không thể thực hiện được. Cả ba tàu bị loại khỏi vòng chiến và sau đó thì chìm hẳn. Đô đốc Nagumo đã bày tỏ ý định ở lại để chết cùng tàu sân bay Akagi nhưng cuối cùng Thuyền trường Aoki và tham mưu trưởng Kusaka đã thuyết phục ông thuyết phục rời tàu.
Hiryu, lúc bấy giờ là hàng không mẫu hạm còn sống sót duy nhất của Nhật, không để lãng phí thời gian trong việc phản công. Máy bay của nó đã tấn công và gây thiệt hại nặng cho Yorktown. Sau cùng Yorktown bị chìm vì trúng ngư lôi từ tàu ngầm Nhật. Chiều cùng ngày, Hiryu bị một loạt máy bay ném bom bổ nhào tấn công, đánh trúng 4 trái  bom và bốc cháy. Hiryu sau cùng bị đánh chìm bởi ngư lôi từ tàu khu trục Nhật, mang theoChuẩn đô đốc Yamaguchi Tamon và thuyền trưởng Tomeo Kaku khi cả hai quyết định hi sinh cùng con tàu.
Yamamoto lúc đầu quyết định tiếp tục nỗ lực và đưa các lực lượng nổi còn lại của mình tìm kiếm các mẫu hạm của Hoa Kỳ về hướng đông. Ngay lập tức, một lực lượng tuần dương hạm tấn công được đưa đến pháo kích vào đảo đêm đó. Dần dần khi đêm xuống nhưng không thấy bóng dáng người Mỹ đâu, Yamamoto ra lệnh cho các lượng của ông rút quân.
Việc Nhật Bản mất 4 hàng không mẫu hạm (Kaga, Akagi, Soryu, và Hiryu) cùng một số lớn các tổ lái được huấn luyện kỹ lưỡng đã chặn đứng đà bành trướng của họ trên vùng Thái Bình Dương. Hải quân Nhật đã mất 40% lực lượng tàu sân bay, họ chỉ còn 2 hàng không mẫu hạm cỡ lớn là Zuikaku và Shokaku có thể huy động cho các hoạt động tấn công, cùng 2 hàng không mẫu hạm lớn khác đang chạy thử máy. Các mẫu hạm còn lại là Ryūjō, Junyo và Hiyo đều là mẫu hạm nhẹ với đường băng nhỏ, chúng không có khả năng tác chiến mạnh như các hàng không mẫu hạm cỡ lớn. Thất bại nặng nề của người Nhật xảy ra sau nửa năm khai chiến với Hoa Kỳ. Khoảng thời gian này là gần như chính xác với dự đoán của Đô đốc Yamamoto Isoroku về quãng thời gian nước Nhật có ưu thế trước khi người Mỹ giành quyền chủ động.