Ergenekon davaları
Davada daha önce yaşananlar

27 Nisan 2012'de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yürüttüğü birinci ve ikinci Ergenekon davalarını birleştirmiştir. Bu iki ana davanın birleşmesiyle toplam 16 iddianame tek dosyada toplanmış oldu.
Birinci Ergenekon davası şu şekilde gelişmişti:
Ergenekon kapsamındaki ilk iddianame Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın tarafından hazırlandı. 86 sanıklı dava 25 Temmuz 2008'de açıldı.  İlk duruşması 20 Ekim 2008'de Silivri Cezaevindeki duruşma salonunda yapıldı.
Yargılamalar sürerken aşağıdaki davaların fiili ve hukuki irtibat nedeniyle birinci Ergenekon davasıyla birleştirilmesine karar verilmiştir.:
Danıştay saldırısı hakkındaki açılan 9 sanıklı dava. Bu dava Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülmüş ve saldırının Ergenekon ile bağlantısı olmadığına karar vermişti. Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Aralık 2008'de Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararını bozarak davanın Ergenekon davası ile birleştirilmesi gerektiğine karar verdi. Yargıtay kararında İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne açılan Ergenekon davası ile bu dava arasında hukuki ve fiili irtibat bulunduğunun iddia edilmiş olması karşısında öncelikle davaların birleştirilmesinde zorunluluk bulunduğunu ifade etti. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 8 Mayıs 2009 tarihinde Danıştay davası ile bu davanın birleştirilmesine karar verdi.
Vatansever Kuvvetler Güç Birliği Hareketi'nin iki yöneticisi hakkında "Ergenekon örgütü içindeki hiyerarşik yapıya dahil olmamakla birlikte, örgüt üyelerine bilerek ve isteyerek yardım etmek" suçlamasıyla açılan dava.
Danıştay saldırısının faili Alparslan Arslan'a Glock marka silah satılmasına ilişkin Üsküdar 5. Asliye Ceza Mahkemesi'nde süren dava.
Savcı Zekeriya Öz'ü tehdit ettiği gerekçesiyle yargılanan Özkan Kurt'un davası.
Cumhuriyet gazetesine molotofkokteyli atılmasına ilişkin İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesinde süren 7 sanıklı dava.
Rum Ortodoks Patriği I. Bartholomeos'a yönelik suikasta hazırlandığı suçlamasıyla yargılanan İsmet Rençber'in davası.
Şile'de bulunan mühimmata ilişkin İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen 4 sanıklı dava.
Davanın ikinci duruşmasında, adli tıp uzmanı Prof. Şebnem Korur Fincancı da bu davada yargılanan bazı sanıklar kendisine ait kişisel bilgileri kaydettiği ve özel telefon görüşmelerini dinlediği için  yaptığı müdahillik talebi ile Cumhuriyet gazetesinin üç kez bombalı saldırı düzenlenmesi olayı ile gazetenin doğrudan zarar gördüğünü gerekçe göstererek yaptıkları müdahillik talebi mahkeme heyetince kabul edilirken; Hukukçular Derneği, Demokratik Toplum Partisi, İnsan Hakları Derneği, Çağdaş Hukukçular Derneği ve Diyarbakır Barosu'nun müdahillik talepleri ise reddedildi. Danıştay saldırısında yaralanan dönemin Danıştay 2. dairesinin başkanı Mustafa Birden, üyeleri Ayfer Özdemir ve Ayla Gönenç ile tetkik hakimi Ahmet Çobanoğlu 6 Ağustos 2011'de davaya müdahil oldu.
Ana davayla birleştirilen ikinci Ergenekon davası şu şekilde gelişmişti:
Ergenekon kapsamındaki 58 sanıklı 2. iddianame 25 Mart 2009 günü kabul edildi. Davanın ilk duruşması 20 Temmuz 2009'da Silivri'deki duruşma salonun da yapıldı. Daha sonra bu dava Ağustos 2009'da açılan 52 sanıklı 3. iddianame ile birleştirildi.
Aşağıdaki davalar fiili ve hukuki irtibat nedeniyle 2. Ergenekon davasıyla birleştirilmiştir:
Yusuf Erikel'in de aralarında bulunduğu 8 sanık için hazırlanan ek iddianame
Sivas Ermeni cemaati lideri Minas Durmazgüler'e suikast planı iddiası için hazırlanan 2 sanıklı iddianame.
Aynı suikast planı için 2011 Haziran ayında hazırlanan İbrahim Şahin ve Garip İrfan Torun'un suçlandığı ek iddianame.
30 sanıklı İrticayla Mücadele Eylem Planı davası.
Davanın temelini oluşturan iddia 2003-2004 yıllarında hazırlandığı iddia edilen Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz ve Eldiven kod adlı planlardır. Sanıklar 2003-2004 yıllarında mevcut hükûmeti silah zoru ile devirip anti-demokratik yollarla devlet idaresini ele geçirmeyi planlamak ve bu çerçevede Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz ve Eldiven kod adlı darbe planlarını hazırlamakla suçlanmıştır.
İddianamede Sarıkız kod adlı planın; Eruygur, Yalman, Örnek ve Fırtına tarafından yapıldığı savunulmuş ancak Eruygur dışındaki üç kuvvet komutanın "Ergenekon örgütü ile irtibatı tespit edilemediği için Ergenekon sanıkları ile birlikte iştirak ettikleri eylemler ile ilgili evrakın tefrik edildiği" belirtilmişti. Haklarında Ergenekon üyeliği suçlaması bulunmayan Yalman, Örnek ve Fırtına'nın tefrik edilen dosyaları "olay yerinin Ankara olduğu" gerekçesiyle Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderildi. Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, 'Darbe Günlükleri'ne ilişkin yürütülen soruşturma ile Ergenekon soruşturması arasında fiili irtibat bulunduğu gerekçesiyle dosyayı tekrar İstanbul'a gönderdi.
Diğer bir suçlama Özel Harekât Dairesi eski başkanvekili İbrahim Şahin'in liderliğinde oluşturulduğu ve bir grup emniyet mensubu ve askerin içerisinde yer aldığı iddia edilen "S-1" suikast yapılanmasıdır. Kendilerine karşı suikast yapılacağı ileri sürülen Ali Balkız ve Kazım Genç'in davaya müdahillik talebi kabul edildi. Gölbaşı ve Zir Vadisinde bulunan silah ve mühimmat da bu davadaki suçlamalar arasında yer aldı.
Sonradan bu davayla birleştirilen İrtica ile Mücadele Eylem Planı davası İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 29 Nisan 2010 günü kabul edilen iddianameyle açılmıştı. İlk duruşması 28 Haziran 2010'da Silivri'deki duruşma salonunda yapılan davadaki başlıca suçlama, Ergenekon zanlısı Levent Göktaş'ın yine aynı soruşturma kapsamında tutuklanan avukatı Serdar Öztürk'ün ofisinde ele geçirildiği belirtilen ve 12 Haziran 2009'da Taraf gazetesinde manşetten verilen "İrticayla Mücadele Eylem Planı" başlıklı belgedir. Genelkurmay'da çalışan albay Dursun Çiçek'in hazırladığı iddia edilen belge Adalet ve Kalkınma Partisi ile Gülen hareketine yönelik, kara propaganda, komplo ve yıpratma planları içermekteydi. 2003-2004 dönemindeki darbe planlarına katılmakla suçlanan firarî sanık Bedrettin Dalan ve Dalan'a hakkındaki soruşturmayı önceden haber vererek yurtdışına kaçmasını sağladığı iddia edilen MİT İstanbul Bölge Başkan Yardımcısı Özel Yılmaz da sanık olarak yer aldı. İki Aydınlık dergisi çalışanı da 2003-2004 dönemindeki darbe planlarına katılmakla suçlanan dönemin Jandarma İstihbarat Dairesi başkanı Levent Ersöz'ün arşivindeki hükûmet üyelerine ait telefon dinleme kayıtlarını bulundurduğu gerekçesiyle yargılanmaktadır. AK Parti genel başkan yardımcısı ve eski Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik'in İrticayla Mücadele Eylem Planı belgesinde "Milli Eğitim Bakanlığı'na ait okul öğrencilerine ait ibadet görüntü ve haberlerinin medyada yoğun biçimde yer alması sağlanarak, Milli Eğitim Bakanı kamuoyu nezdinde yıpratılacaktır." ifadesinin bulunduğu için yaptığı müdahillik talebi kabul edildi.
Temmuz 2011'de 22 sanıklı internet andıcı iddianamesi kabul edildi. İrticayla Mücadele Eylem Planı davasıyla birleştirilen davada sanıklar hükûmet aleyhinde kara propaganda ve psikolojik harekât amaçlı web siteleri kurmakla suçlanıyorlar. Aralık 2011'de de Adalet ve Kalkınma Partisi'nin yaptığı müdahillik talebi kabul edildi.
Bu iki dava birleştikten sonra Mehmet Perinçek'in de aralarında bulunduğu 14 şüpheli hakkında hazırlanan iddianame sonucu açılan dava da ana dava ile birleşti.
274 sanıklı Ergenekon ana davasında aralarında Ümraniye bombalarıyla  suçlanan emekli astsubay Oktay Yıldırım, emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin, yazar Ergün Poyraz, Eskişehir'de bulunan mühimmat ile suçlanan emekli binbaşı Fikret Emek, emekli tuğgeneral Veli Küçük, Türk Ortodoks Patrikhanesi basın sözcüsü Sevgi Erenerol, İşçi Partisi genel başkanı Doğu Perinçek, Büyük Hukukçular Birliği başkanı Kemal Kerinçsiz, Kuvayı Milliye Derneği başkanı Fikri Karadağ, Cumhuriyet ve Danıştay saldırısının failleri Alparslan Arslan ve Osman Yıldırım, eski 1. Ordu Komutanı emekli orgeneral Hurşit Tolon, Jandarma İstihbarat Dairesi eski başkanı emekli tuğgeneral Levent Ersöz, Jandarma Teknik İstihbarat Dairesi eski başkanı emekli albay Hasan Atilla Uğur, Cumhuriyet gazetesi Ankara temsilcisi Mustafa Balbay, gazeteci ve televizyoncu Tuncay Özkan, Başkent Üniversitesi rektörü Mehmet Haberal, İnönü Üniversitesi eski rektörü Fatih Hilmioğlu, Zir Vadisi kazılarıyla suçlanan yarbay Mustafa Dönmez, Özel Harekât Dairesi eski başkanı İbrahim Şahin, Albay Dursun Çiçek, emekli orgeneral Hasan Iğsız ve eski genelkurmay başkanı İlker Başbuğ'un da bulunduğu 65 kişi tutuklu olarak yargılandı.