I. Isabel
Taht savaşı

Savaş çıktığında kendini Segovia'da kraliçe ilan etmiş olan Isabel, aralarında Kardinal Mendoza ile Kastilya kraliyet ordusu başkomutanı Velasco'nın da bulunduğu bir grup Kastilya soylusunun desteğini almıştı. Juana'yı destekleyen grubun içinde ise Toledo başpiskoposu, Calatrava tarikatının önderi ve Villene markisi yer alıyordu. Bu arada Juana'yla nişanlanan Portekiz kralı V. Alfonso da Isabel'e karşı savaşa girişmişti. Isabel'in hükümdarlığının ilk dört yılı boyunca süren iç savaş, Juana'yı destekleyen Kastilyalı soyluların ve Portekiz kralının yenilgisiyle sonuçlandı (24 Şubat 1479). Aynı yıl Aragon kralı II. Juan'ın ölümü üzerine Kastilya ve Aragon krallıkları Isabel ve Fernando'nun yönetimi altında birleşti.
Böylece modern İspanya'nın temelleri atılmış oldu. Ama kişisel plandaki bu birliğin etkili bir siyasi birliğe dönüşmesi için uzun zaman geçmesi gerekecekti. Fernando ilk vasiyetnamesinde (1475), Isabel'i Aragon tahtının vârisi olarak belirlemiş ve uyruklarının Kastilya ile kurulacak bir birlikten büyük yararlar sağlayacaklarını açıkça ilan etmişti. Bununla birlikte, her iki krallık uzun yıllar kendi kurumları ve yasaları uyarınca yönetildi. Isabel ve Fernando İber Yarımadası'ndaki son Müslüman kalesi olan Gırnata Emirliği'ni ele geçirerek uzun yıllardan beri süren Reconquista (İspanya'nın yeniden fethi) mücadelesini sona erdirmeye karar verdiler. Ama 1482'de Gırnata'ya karşı başlatılan ve güçlükle sürdürülen sefer Kastilya'nın mali olanaklarını tüketti. Savaşın yönetimiyle yakından ilgilenen Isabel, 1491'de Fernando'yla birlikte Gırnata yakınlarındaki Santa Fe'de karargâh kurdu ve 2 Ocak 1492'de Gırnata'nın düşmesine değin orada kaldı.
Isabel'i Santa Fe'de ziyaret eden Kristof Kolomb, Avrupalıların Amerika kıtasına yerleşmesiyle sonuçlanacak yolculuğa çıkmak için onun desteğini istedi. Isabel'in bu seferin masraflarını karşılamak amacıyla mücevherlerini verdiği ileri sürüldüyse de, Kolomb'a yalnızca sınırlı bir mali destek sağladığı bilinmektedir. Bu yolculuğun sonunda keşfedilen Yenidünya, daha önceki keşif seferlerinde de olduğu gibi papalığın onayıyla Kastilya tahtına bırakıldı.
Isabel'in hükümdarlığı sırasında Andalucia'da Engizisyon kuruldu (1478) ve Hıristiyanlığı benimsemeyen Yahudiler ülkeden sürüldü. Öte yandan 15. yüzyılın başlarında uygulanmaya konmuş olan kilise reformları bu dönemde hız kazandı. Isabel son derece dindar bir kişi olmasına ve Papa IV. Alexander tarafından Fernando'yla kendisine verilmiş olan onursal Katolik unvanını taşımasına karşın, papalığa karşı kararlı bir politika izledi. Bu doğrultuda papanın İspanya'daki arpalıklara kendisinin onayını almadan atama yapmasına ve Kastilya tahtının kilise üzerindeki geleneksel haklarının çiğnenmesine karşı çıktı. Gene bu siyasetin bir parçası olarak boş Cuenca piskoposluğuna bir İtalyan kardinalin getirilmesini reddederek, dört yıl sonra bu göreve bir İspanyol'un atanmasını sağladı. Ayrıca, papanın yeğeninin Sevilla piskoposu olmasını önledi.
Isabel, dinsel konular kadar eğitimle de ilgilendi; 30 yaşındayken Latince öğrenmeye başladı, saraydaki bilginlere destek oldu ve bunlardan Pietro Martire d'Anghiera'yı soyluların çocuklarını eğitmek için kurulan yeni bir saray okulunun başına getirdi. İspanyol ve Flaman ressamların da koruyuculuğunu üstlenen Isabel'in geniş resim koleksiyonunun bir bölümü günümüze ulaşmıştır.