Başkanlık sistemi
Eleştiriler > Otoriter rejime olan yönelim

Mecliste çoğunluğu sağlayamayan bir başbakan ya koalisyon yahut azınlık hükûmeti kuracaktır. Bir başbakan çoğunluk hükûmetini yönetse bile yine de parti üyelerine (yazılı olmayan kurallar) bağımlıdır. Diğer taraftan başkanlık sisteminde devlet başkanı diğer partileri marjinalize etmekle kalmaz, kendi partisi içindeki hizip grupları da etkisiz hale getirebilir. Hatta isterse mensubu olduğu partiyi terk bile edebilir. Bu sebepten görev süresi boyunca herhangi bir grupla ittifak ve işbirliği duymaksızın tek başına başkanlık durumu pek çok sebepten endişe vericidir. Bu konuda Juan Linz şöyle demiştir:
"Başkanlık sisteminde tehlike görev süresinin esnek olmamasıdır. Bu süre boyunca kazananlar ve kaybedenler çok net bir şekilde belirlenir ve kaybedenler 4 veya beş yıl yürütmeye veya yönetime en ufak bir müdahaleleri olmadan beklemek zorundadırlar."
Sadece çoğunluğun desteğini gerektiren anayasaların sakıncalı olduğu söylenirken çok büyük yetkilerin tek bir kişiye verilmesi de aynı şekilde sakıncalı kabul edilir.
Bazı siyaset bilimciler daha da ileriye giderek başkanlık sisteminin demokrasinin pratiklerini işletmede ve devam ettirmede zorluklar yaşadığını ifade ederler. Buna başkanlık sistemini uygulamaya koyan bazı ülkelerin daha sonra otoriter rejime kaymalarını örnek gösterirler. Seymour Martin Lipset ve başka siyaset bilimciler bu durumun demokrasiye götürmeyen ve ordunun büyük rol oynadığı politik kültürlerde yaşandığını ifade ederler.
Başkanlık sisteminde yasama meclisi ve devlet başkanı halktan eşit yetkiler alır. Hükûmetin değişik organları arasındaki çıkan anlaşmazlıkları çözmek çok zordur. Devlet başkanı ve meclisin anlaşmazlık içinde olduğu ve hükûmetin işlevsiz kaldığı zamanlarda; ek anayasal manevralar yaparak sorunları çözmek için çok güçlü bir insiyak vardır.
Ekvador bu demokratik kayba örnek olarak gösterilir. Ekvador siyasi tarihinde bazı devlet başkanlarının yasama meclisini görmezden geldiği ve hatta bir devlet başkanının Millet Meclisine gözyaşartıcı bomba attırması bu örneklerdendir. Diğer bir devlet başkanı meclisin isteklerini onaylasın diye askerlerce kaçırıldı. 1979'dan 1988'e kadar Ekvador, yürütme-yasama çatışması içinde kalıcı bir kriz atmosferi içerisinde kaldı. 1984'te devlet başkanı León Febres Cordero meclis tarafından atanan yargıtay üyelerinin koltuklarına oturmalarını fiziksel olarak engellemeye çalıştı. Brezilya'da devlet başkanları meclisin hiçbir söz hakkı bulunmayan yürütme kolları oluşturup hedeflerine ulaştılar.
Dana D. Nelson, 2008 tarihli Bad for Democracy adlı kitabında, Başkanın görevini esasen anti-demokratik görür ve başkanlık sisteminin vatandaşların başkana adeta ibadet etmesiyle sonuçlandığını, bunun da sivil katılımı zayıflattığını savunur.
Başkanlık sistemini savunan Liberal Demokrat Parti eski genel başkanı Cem Toker de Türkiye'deki başkanlık sisteminin, başkanlık sistemi tanımıyla bir alakası olmadığını savunarak bu sisteme (cumhurbaşkanlığı hükûmet sistemi) karşı çıkmıştır. Aynı şekilde, Türkiye'nin cumhurbaşkanlığı hükûmet sisteminde, başkanlık sistemine ters olacak şekilde cumhurbaşkanının, meclisi feshetme yetkisi bulunmaktadır. Normal başkanlık sisteminde kuvvetler ayrılığı tamamen uygulanırken cumhurbaşkanlığı hükûmet sisteminde cumhurbaşkanının yetkileri arttırılmış ve meclisin yetkileri azaltılmıştır, böylelikle kuvvetler ayrılığı ilkesi uygulamadan kalkmıştır. 6 muhalefet partisi CHP, İYİ Parti, DEVA, GP, SP ve DP, Cumhurbaşkanlığı Sisteminin ekonomik ve siyasal krizlere yol açtığını öne sürerek parlamenter sisteme geri dönülmesi için çalışmalar başlattı.  Bu 6 parti ortak komisyon kurarak güçlendirilmiş parlamenter sistem adında yeni bir sistem tasarlamaya başladılar.