Mehmed Ali Paşa'nın Mısır iktidarı olması
Trabluslu Ali Paşa'nın direnişi

Günler sonra Trabluslu Ali Paşa, Osmanlı Babıali'nin kendisini Mısır'ın yeni valisi olarak atayan fermanıyla İskenderiye'ye çıktı ve geri kalan Türk kuvvetlerinin kontrolünü üstlendi. Artık Kuzey Mısır'ın yanı sıra başkentin ve Güney Mısır'ın neredeyse tamamının fiilen efendisi olan Memluk beylerini tehdit etti. Mehmed Ali ve Memlük müttefiki el-Bardisi, Trabluslu Ali Paşa'nın erkek kardeşinin eline düşen Reşid'e saldırdı. Kasaba ve komutanı, daha sonra İskenderiye'ye karşı ilerlemeyi teklif eden el-Bardisi tarafından başarıyla ele geçirildi; Ancak birlikleri, sağlayamadığı geri ödemeyi talep etti. Bu gecikme sırasında Trabluslu Ali Paşa, Ebukir ve Meryüt gölleri arasındaki bentleri yıkarak İskenderiye çevresinde bir hendek oluşturdu. İskenderiye'ye yönelik operasyonlara devam edilemeyen El-Bardisi ve Mehmed Ali, Kahire'ye döndü.
Mısır'ın sorunları, Nil'in yetersiz taşması nedeniyle daha da kötüleşti, bu da büyük bir kıtlığa yol açtı ve Memlük beylerinin askerlerine ödeme yapmak için başvurmak zorunda kaldıkları ağır vergilerle daha da kötüleşti. Başkentte ayaklanmalar ve şiddet devam etti; başı bozuklar çok az kontrol altındaydı veya hiç kontrol altında değildi.
Bu sırada Trabluslu Ali Paşa İskenderiye'de Fransızlara karşı gaddarca davranıyordu. Osmanlı padişahından yazılı talimat alarak, Mehmed Ali Paşa ile Memlük müttefikleri arasında fitne ve güvensizlik uyandırmak amacıyla Kahire'ye gönderip orada dağıtılmasını sağladı. Osmanlı padişahı, hükûmetin Türk valinin eline geçmesi koşuluyla, Memluk beylerinin yıllık on beş keselik emekli maaşı ve diğer ayrıcalıklarla Mısır'da barış içinde yaşayabileceklerini duyurdu. Beylerin çoğu buna razı oldu ve bu süreçte Muhammed Ali Paşa ile Arnavutlar arasında bir çatlak oluştu. Memlükler, Arnavut müttefiklerinden zaten şüpheleniyorlardı, daha önce Trabluslu Ali Paşa'nın kendilerine gönderilen mektuplarını ele geçirmişler ve ittifaklarını da kazanmaya çalışmışlardı.
Trabluslu Ali Paşa, kontrolün yeniden başlamasını görüşmek üzere 3.000 adamla Kahire'ye doğru ilerledi. Hâlâ Muhammed Ali Paşa ve onların Arnavut müttefikleriyle birlikte olan beylerin kuvvetleri, Trabluslu Ali Paşa ile Şalakan'da buluşmak için ilerledi ve Osmanlı valisini Zufeyta denilen yere geri çekilmeye zorladı.
Bu noktada Arnavutlar, Trabluslu Ali Paşa'nın nakliye teknelerine, asker, hizmetli, cephane ve bagajlara el koymayı başardılar. Daha sonra, hem geleneklere hem de önceden yapılan uyarıya aykırı olarak, neden yanında bu kadar büyük bir orduyu getirdiğini öğrenmek istediler. İlerleyişinin engellendiğini gören, kuvvetleriyle İskenderiye'ye çekilmek istemeyen ve her halükarda düşman tarafından kuşatılan Trabluslu Ali Paşa, savaşmaya çalıştı ancak adamları savaşmayı reddetti. Bu nedenle birliklerini bırakıp Memluk beylerinin kampına gitti. Sonunda ordusunun Suriye'ye çekilmesine izin verildi.
Trabluslu Ali Paşa'nın beylerin elinde olduğu bir gece, bir atlının dörtnala çadırından çıktığı görüldü ve onun Kine (Küçük Kine) valisi Osman Bey Hasan'a bir mektup taşıdığı ortaya çıktı. Bu Memlüklere ondan kurtulmak için hoş bir bahane verdi. Trabluslu Ali Paşa kırk beş kişilik bir eskort/koruma altında Suriye sınırına gönderildi; Yaklaşık bir hafta sonra kendi askerlerinden bazılarıyla çıkan çatışmada ölümcül şekilde yaralandığı haberi geldi.