Nayib Bukele
Devlet başkanlığı > COVID-19 pandemisi

Daha fazla bilgi: El Salvador'da COVID-19 pandemisi
11 Mart 2020'de Bukele, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) genel müdürü Tedros Adhanom Ghebreyesus'un COVID-19'u ilan etmesinden kısa bir süre sonra pandemi dolayısıyla "ulusal topraklarda karantina" ("İspanyolca: cuarentena en todo el territorio nacional") ilan eden bir idari kararname yayınladı. Bu karantina, tüm okul faaliyetlerini 21 gün süreyle askıya aldı, yabancıların ülkeye girişini yasakladı ve ülkeye giren herkese 30 günlük karantina zorunluluğu getirdi. 18 Mart 2020 tarihinde Bukele, ülkenin ilk COVID-19 vakasını doğruladı. Ülkede hastalığa bağlı ilk ölüm 31 Mart 2020 tarihinde kaydedildi. 5 Mayıs 2023 tarihinde Pan Amerikan Sağlık Örgütü, COVID-19 pandemisinin sona erdiğini ilan etti. 27 Eylül 2023 itibarıyla El Salvador'da 201.807 doğrulanmış COVID-19 vakası ve hastalık sonucu 4.230 ölüm yaşandı. Dünya Sağlık Örgütü'ne göre 2 Haziran 2023 itibarıyla 11.426.688 doz COVID-19 aşısı uygulandı.
21 Mart 2020 tarihinde Bukele, COVID-19 pandemisiyle mücadele etmek amacıyla ülke çapında 30 günlük bir karantina başlattı. Karantina sırasında, Ulusal Sivil Polis tarafından tecrit emrini ihlal ettiği iddiasıyla 4.236 kişi tutuklandı; bunlardan 70'i tutuklandığında tecrit emri kamuya henüz açıklanmamıştı. Tutuklananlar bir "sınırlama merkezinde" karantinaya alındı. İnsan Hakları İzleme Örgütü gibi insan hakları örgütleri, keyfi tutuklamalar ve polisin suistimallerinin yaşandığını öne sürerek tutuklamaları eleştirdi. Nisan 2020'de, ülkedeki cezaevlerinde tecrit emri verildiğinde ve sıkışık konumlarda sıralanmış mahkûmların görüntüleri yayımlandığında İnsan Hakları İzleme Örgütü, özellikle COVID-19 salgını sırasında hapishanelerdeki yaşam koşullarını "insanlık dışı" olmakla eleştirdi.
27 Mayıs 2020 tarihinde Amerika Birleşik Devletleri, El Salvador'a 250 solunum cihazı bağışladı. Bukele, solunum cihazlarını teslim aldığı basın toplantısında profilaksi olarak hidroksiklorokin aldığını belirtti. "Dünya liderlerinin çoğunun [hidroksiklorokin]'i profilaksi olarak kullandığını" iddia etti. 22 Haziran 2020'de Bukele, eski Uluslararası Fuar ve Kongre Merkezi'nin yerinde, Latin Amerika'nın en büyük hastanesi olan ve yalnızca COVID-19 vakalarını tedavi etmek için kullanılan El Salvador Hastanesi'nin açılışını yaptı. Hastanenin 400 yatak kapasitesi, 105 yoğun bakım ünitesi ve 240 doktorun görev yaptığı 295 ara bakım ünitesi vardı. Ağustos 2020'de hastanenin yatak kapasitesi 575 kişi artırıldı. Hastane, Haziran 2022 itibarıyla COVID-19 dışındaki durumları tedavi etmeye başladı. Nisan 2021'de Bukele, El Salvador Hastanesi'nde günde 10.000 doza kadar COVID-19 aşısı uygulayacak bir aşı merkezinin açılışını yaptı. Merkez, doz uygulamalarının azalması nedeniyle Ağustos 2022'de kapandı.
El Salvador'un COVID-19 aşılarının çoğu ABD ve Çin tarafından bağışlandı. 13 Mayıs 2021 tarihinde Bukele, belediye başkanlarının aşı dozu talebi üzerine Honduras'taki yedi kasabaya 34.000 doz COVID-19 aşısı bağışladı. O dönemde El Salvador 1,9 milyon doz alırken, Honduras yalnızca 59.000 doz almıştı. El Faro gazetecisi Gabriel Labrador, İspanyol El País gazetesine verdiği demeçte, Bukele'nin Honduras'a bağışı Orta Amerika'daki kamuoyu algısını düzeltmek ve geliştirmek amacıyla yaptığını söyledi.