Moleküler grafik sistemleri listesi

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.
| Ad | Veri | Lisans | Teknoloji | Alıntılar | Yorumlar |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| Amira | EM MM MRI Optik SMI XRD | Tescilli | Windows, Linux, Mac | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor. |
| Ascalaph Designer | MM MD QM | Tescilli | C++ | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası. |
| Avizo | EM MM MRI Optik SMI XRD | Tescilli | Windows, Linux, Mac | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır. |
| Avogadro | MM XRD MD | Özgür açık-kaynak, GPL | C++, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir |  |  |
| BALL | MD MM NMR | LGPL açık-kaynak | Bağımsız program |  |  |
| Cn3D |  | Özgür açık-kaynak | Bağımsız program |  | NCBI C++ araç setinde |
| Coot | XRD | Özgür açık-kaynak |  |  |  |
| Gabedit | XRD MM | Özgür açık-kaynak | C |  |  |
| Jmol |  | Özgür açık-kaynak | Java (applet veya bağımsız program) Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler. |
| MDL Chime |  | Tescilli, ticari olmayan kullanım ücretsiz | Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir. |
| Mol* | MM MD NA SMI XRD | Özgür açık-kaynak (MIT) | TypeScript (WebGL, React) |  | Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir. |
| Molden | MM XRD | Tescilli, akademik kullanım ücretsiz |  |  |  |
| Molecular Operating Environment (MOE) | HM MD MM NA QM SMI XRD | Tescilli | Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili |  | Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform. |
| Molekel | MM XRD | Özgür açık-kaynak | Java 3D applet veya bağımsız program |  |  |
| PyMOL | MM XRD SMI EM | Açık-kaynak | Python | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.[kaynak belirtilmeli] |
| RasMol |  | Özgür açık-kaynak | C bağımsız program | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] |  |
| SAMSON | MM MD SMI MRI | Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm | Windows, Linux, Mac. C++ (Qt) |  | Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller. |
| Sirius |  | Özgür açık-kaynak | Java 3D applet veya bağımsız program |  | 2011'den itibaren artık desteklenmemektedir. |
| Scigress | MM QM | Tescilli | Bağımsız program |  | Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma. |

| Spartan | MM QM | Tescilli | Bağımsız program |  | Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi. |
| UCSF Chimera | XRD SMI EM MD | Özgür açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için) | Python | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir. |
| VMD | EM MD MM | Özgür açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için) | C++ | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] |  |
| WHAT IF | HM XRD | Tescilli, Akademik kullanım için shareware | Fortran, C, OpenGL, bağımsız | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor. |
| YASARA | HM NMR XRC | Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm | C-assembly, Windows, Linux, Mac | [Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü. |