stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
Sincan Uygur Özerk Bölgesi tarihi
Tang ve Tibet seferleri > Sinifikasyon ve Türkleştirme

Millward'a göre, "Tang askeri çiftlikleri ve yerleşimleri, Doğu Sincan'daki yerel kültür ve yönetim üzerinde kalıcı bir iz bıraktı", ayrıca "Orta Asya ve batıda kültürel izler" bıraktı ve Çin sikkelerinin dolaşımı devam etti. Daha sonraki Türk imparatorlukları, kendilerini Çinli olmayan göçebe insanlar tarafından kurulan kuzey Çin devletleriyle ilişkilendirerek ve kendilerine "Çin imparatoru" olarak atıfta bulunarak prestij kazandılar. "Hitaylar", Karahıtaylar ve " Tabgaç " Karahanlılar tarafından kullanıldı. Çin'e daha sonraki dönemlerde yapılan Arap ve Fars referansları aslında Orta Asya'ya atıfta bulunmuş olabilir. Orta Asya'da Uygurlar, Çin yazısını "çok prestijli" olarak gördüler, bu nedenle Eski Uygur alfabesini Süryanice yazıya dayalı olarak geliştirdiklerinde, bunu kasıtlı olarak Süryanice'deki orijinal yatay konumundan Çin yazısı gibi dikey hale getirdiler.
Sincan'daki Tang varlığı da Sincan'daki Hint-Avrupa etkisinin sonuçlarını işaret etmektedir. Bu kısmen, Çin'in Tang tarafından fethedilen diğer bölgelerde meydana gelen Sinifikasyondan ziyade, istemeden Sincan'ın Türkleştirmesini hızlandıran Türk askerlerini kullanma politikaları tarafından teşvik edildi. Tang hanedanı çok sayıda Türk askeri ve generalini işe aldı ve Sincan'daki Çin garnizonlarında çoğunlukla Han etnik kökeninden ziyade Türkler görev yaptı. Sincan, bugün de devam eden dilsel ve kültürel olarak Türk-Moğol geleneğine geçişine başladı.  Taklamakan Çölü tarafından bozkır göçebelerinden korunan Tohar kültürünün unsurları, günümüz Moğolistan'ın çökmekte olan Uygur Kağanlığı'ndan Türk göçmenlerin Toharları özümseyerek günümüz Uygur etnik grubunu oluşturmaya başladığı 7. yüzyıla kadar varlığını sürdürdü.
Uygur Kağanlığı (y. 8-9. yy.)

744'te Uygur Kağanlığı (744-840) dokuz Uygur boyundan oluşan bir konfederasyon olarak kuruldu. Tang, An Luşan isyanını bastırmak için Uygur Bayan Çor Kağan ile ittifak kurdu, An Luşan'ın kendisi Soğd-Türk kökenliydi. Tang, yardımları için An luşan'a 20.000 rulo ipek gönderdi ve onursal unvanlar verdi. Ayrıca at ticareti, her at için 40 rulo ipek olarak sabitlendi ve Uygurlara Tang Çin'de kaldıkları süre boyunca "misafir" statüsü verildi. Tang daha sonra Tarım'daki askerî güçlerini kaybederken, Uygurlar doğu havzası ve Kansu'nun kontrolü için baskı yaptı.
762'de Böğü Kağan, Tang'ı 4.000 askerle işgal etmeyi planladı, ancak müzakerelerden sonra taraf değiştirdi ve hanedana Luoyang'da An Luşan isyancılarını yenmelerinde yardımcı oldu. Yardımları için Tang, Uygurların ayrılmasını sağlamak için 100.000 parça ipek ödemek zorunda kaldı.  Sefer sırasında Böğü Kağan, İranlı Maniheist rahiplerle karşılaştı ve Maniheizm'i Uygur Kağanlığı'nın resmi dini olarak benimsedi.
779'da Soğdya sarayları tarafından tavsiye alan Böğü Kağan, Tang Çini'ni istila etmeyi planladı, ancak bu plana karşı çıkan ve tahta çıkan amcası Tun Baga Tarkan tarafından öldürüldü. Tun Baga Tarkan'ın saltanatı sırasında Maniheizm bastırıldı, ancak halefleri Maniheizm'i resmi din olarak geri getirdi.
790'da Uygurlar ve Tang kuvvetleri Ting Şehri'nde (Beşbalık) Tibetliler tarafından yenilgiye uğratıldı. 803'te Uygurlar Karahoca'yı ele geçirdi. 808'de Uygurlar, Vuwei Şehrini Tibetlilerden ele geçirdi. 822'de Uygurlar, isyancıları bastırmada Tang'a yardım etmek için birlikler gönderdi. Tang teklifi reddetti ama şehri terk etmeleri için Uygurlara 70.000 parça ipek ödemek zorunda kaldı.
840 yılında Kırgız boyları yaklaşık 80.000 atlı bir kuvvetle kuzeyden saldırarak Uygur başkenti Ordu Balık'ı ve diğer şehirleri tahrip etti ve Uygur Kağanı Kürebir'i (Hesa) öldürdü. Son meşru kağan Üge, 6 yıllık saltanatını Kırgızlarla ve rakibi Kürebir'in kardeşi Ormïzt'in destekçileriyle savaşarak geçirdikten sonra 847'de öldürüldü. Uygur Kağanlığı'nın yıkılmasından sonra, Uygurlar güneye göç ettiler ve modern Kansu'da Kansu Uygur Krallığı'nı ve modern Turfan yakınlarında Karahoca Uygur Krallığı'nı kurdular  Karahoca'daki Uygurlar Budizmi benimsediler. Kaşgarlı Mahmud'a 1030'larda Tangut halkı tarafından fethedildiği yıllarda Kansu Uygurları "kafirlerin en güçlüsü" idiler.
Yerel krallıklar (y. 9. yy)

Hem Tibet hem de Uygur Kağanlığı 9. yüzyılın ortalarında geriledi. Sincan içinde ve çevresinde güç için yarışan üç ana bölgesel krallık vardı: İran Budist Hotan Krallığı (56–1006); güneye göç eden Uygurlar tarafından kurulan Budist Uygur Karahoca Krallığı ve sonunda tüm Tarım Havzas'ını fetheden Türk Müslüman Karahanlılar. Türk Karahanlı ve Uygur Karahoca Krallıkları'nın her ikisi de işgalciler tarafından kurulmuş devletlerdi, bölgenin yerli halkları ise İranlı, Toharyalı, Çinli (Karahoca) ve Hint'ti. Türk istilacılarla evlenip karıştılar.
Yerel krallıklar (y. 9. yy) > Hotan

İran Saka boyları aslen eski zamanlarda Yarkent ve Kaşgar'da yaşıyordu. Budist Hotan Krallığı'nı (56-1006) kurdular. Hükümdar ailesi Hint isimlerini kullandı ve nüfusu dindar Budistler oluşturuyordu. Dunhuangve Hotan'ın Budist hakları, Dunhuang ve Hotan'ın hükümdarları ile Dunhuang'ın Mogao mağaraları ve Budist Tapınağı arasında, Mogao mağaralarında tasvir edilen Hotan kraliyetleri tarafından finanse edilen ve desteklenen sıkı sıkıya bağlı bir ortaklığa sahipti. Mogao mağaralarında, Hotan hükümdarları, Türk rakiplerine karşı moral vermek için Hotanların yanında ilahi figürleri boyamaları için sanatçılar tuttu.
Yerel krallıklar (y. 9. yy) > Karahoca Krallığı

Ana madde: Karahoca Uygur Krallığı
840 yılında Moğolistan'daki Uygur Hanlığı Kırgızlar tarafından ele geçirildikten sonra, Uygurlar güneye Tarım Havzası'na, Karahoca'ya ve bugünkü Turfan ve Urumçi yakınlarındaki Beşbalık'a göç ettiler. Doğu Sincan'da 14. yüzyıla kadar yaşayan Batı Uygur Krallığı Karahoca'yı (Karahoca Krallığı) kurdular, ancak bu süre zarfında Karahanlılar da dahil olmak üzere çeşitli hanlıklara tabi oldular. Doğu Sincan'daki Uygur devleti başlangıçta Maniheistti, ancak daha sonra Budizmi benimsedi. Tarım Mumyalarının analizi Türkçe konuşan Uygurların bölgeye 9. yüzyılda (MS  842) Orta Asya'dan göç etmeye başladığını doğrulamaktadır.
İranlı keşişler Krallık'ta bir Maniheist tapınağını yaşattılar, ancak Karahoca ve Turfan'daki Tang askeri varlığı da Budist Uygur Karahoca Krallığı üzerinde iz bıraktı. Farsça Hudud al-'Alam, Uygur krallığının başkenti Karahoca'ya atıfta bulunmak için "Çin kasabası" adını kullandı. Tang isimleri, 50'den fazla Budist tapınağı için kullanımda tutuldu ve İmparator Tang Taizong'un fermanları "İmparatorluk"ta saklandı. Yazılar Kulesi" ve Jingyun, Yuian, Tang yun ve da zang jing (Budist kutsal metinleri) gibi Çince sözlükler Budist tapınaklarında saklandı. Karahoca Krallığı'nın Turfan Budist Uygurları, Çince Qieyun rime sözlüğünü yaşatmaya devam ettiler ve bölgedeki Tang etkisinden kalan Çince karakterlerin kendi telaffuzlarını geliştirdiler.
Modern Uygur dilbilimci Abdurishid Yakup, Turfan Uygur Budistlerinin Çin dilini incelediklerine ve Qianziwen (bin karakter klasiği) ve Qieyun * (bir sözlük sözlüğü) gibi Çince kitaplar kullandıklarına dikkat çekti.
Yerel krallıklar (y. 9. yy) > Karahanlılar

Ana madde: Karahanlılar
9. yüzyılda civarında Karahanlılar yaşayan Türk boylarının bir konfederasyonu şeklinde Yedisu (Modern Kazakistan), Batı Tanrı Dağları (modern Kırgızistan) ve Batı Sincan (Kaşgar) civarında kuruldu. Daha sonra Maveraünnehir'i ele geçirdiler. Karahanlılar, esas olarak Karluklar, Çiğiller ve Yağma boylarından oluşuyordu. Karahanlı Hanlığı'nın başkenti Çu Nehri üzerindeki Balasagun ve daha sonra Semerkant ve Kaşgar idi.
Karahanlılar Müslümanlığı kabul ettiler. İdari dilleri Orta Çince idi, ancak Farsça, Arapça ve Türkçe de konuşuldu.
Bir dizi savaşta Karahanlılar Hotan'ı fethetti. 966'da Karahanlılardan Sultan Satuk Buğra Han, Müslüman Samani İmparatorluğu ile temas kurduktan sonra İslam'ı seçti. Daha sonra Kaşgar'ın doğusundaki Hotan şehirlerine Karahanlı akınlarını başlattı.
10. yüzyılın ortalarında Karahanlı hükümdarı Musa tekrar Hotan'a saldırdı. Karahanlı komutanı Yusuf Kadir Han nihayet 1006 civarında Hotan'ı fethetti ve böylece bölgenin Türkleştirilmesi ve İslamileştirilmesi başladı.
Yusuf, Altışehir'i fethinden sonra "Doğu ve Çin Kralı" unvanını aldı.
Buğra Han, yeğeni Satuk tarafından devrildi. Satuk'un iktidara gelmesinin ardından Karahanlı Türk nüfusunun İslam'a geçmesiyle Arslan Hanları da devrildi ve Balasagun Satuk tarafından ele geçirildi. İslam'ın yayılmasıyla birlikte Karahanlı Türkleri, Maveraünnehir'i Araplardan, Samanileri ise Perslerden aldı.
Yerel krallıklar (y. 9. yy) > Sincan'ın İslamlaşması

Türklerin çoğunluğu, 10. yüzyılın ortalarında, Karahanlı Hanlığı'nı kurduklarında Sultan Satuk Buğra Han'ın yönetiminde İslam'a geçti. Satuk Buğra Han ve oğlu, İslam'ı Türkler arasında yayma ve askeri fetihlere katılma girişimlerini yönetti. Hotan edebi eserlerini içeren Dunhuang Mağarası 17, muhtemelen bakıcılarının Hotan'ın Budist binalarının Müslümanlar tarafından yerle bir edildiğini duymasından sonra kapatıldı. Daha sonra Hotan'da Budizm varlığını sona erdirildi.
Yusuf'a yardım eden imamlar, son Müslüman zaferinden önce Budistler tarafından öldürüldü. Bu nedenle Yusuf, Hotan'da doğan, ancak annesi Batı Türkistan'ın Maveraünnehr'inden olan Hızır Baba'yı, dört İmam'ın türbelerindeki mezarlarıyla ilgilenmesi için görevlendirdi. İmam'ın savaşta ölümü ve Hotan, Altışehir'de gömülmesi nedeniyle ve yabancı kökenlerine rağmen, Karahanlılar bölgedeki mevcut Hui halkı tarafından yerel azizler olarak görüldü.
Karahanlılar Uygurları da İslam'a yöneltti. Kaşgarlı Mahmud gibi önde gelen Karahanlılar, modern Uygurlar arasında yüksek bir konuma sahipti. Kaşgarlı, en az Farsçalaştırılmış Türk lehçelerini "en saf" ve "en zarif" olarak görüyordu.
Yerel krallıklar (y. 9. yy) > Batı Liao (1124-1218)

Ana madde: Karahıtaylar
1124 yılında, Yelü Dashi liderliğindeki kuzeydoğu Asya'dan göçebe halk olan Hitay halkı ve kraliyet ailesi, Orta Asya'da Karahıtayları kurmak için Kedun'dan yola çıktı. Göç, Han Çinlileri, Bohai, Curçen, Moğol kabileleri, Xiao boylarını da kapsıyordu. Bazı Hitaylar daha önce batı bölgelerine göç etmişlerdi. 1132'de, Mançurya ve Kuzey Çin'den Liao Hanedanı'nın diğer kalıntıları Curçenlerin Kuzey Çin'e saldırısından kaçarak Sincan'a girdi. Takip eden yüzyıl boyunca hem Karahanlıların hem de Uygurların Tarım Havzası'nın bazı kısımlarını elinde tutan Karahıtaylar adlı bir sürgün rejimi kurdular. Liao döneminde, birçok Han Çinlisi, bugünkü Moğolistan'da bulunan Kedun'da yaşıyordu.
1208'de Kuçluk adında bir Nayman prensi Moğollar tarafından mağlup edildikten sonra anavatanından kaçtı. Batıya, Karahıtay topraklarına kaçtı ve burada danışman oldu. Ancak üç yıl sonra isyan etti ve Karahıtay tahtını gasp etti. Ancak saltanatı kısa ömürlü oldu, çünkü Cengiz Han'ın hükümdarlığındaki Moğollar yakında Karahıtaylar da dahil olmak üzere tüm Orta Asya'yı işgal edecekti.
Karahıtay İmparatorluğu, Müslüman Orta Asyalılara hitap etmek ve Hitay yönetimini meşru kılmak için topraklarında Çin özelliklerini korudu. Bunun nedeni, Çin'i benzersiz yazısı (hanzi), uzman zanaatkarları, hukuk sistemi, adaleti ve dini hoşgörüsü ile son derece medeni olarak gören Müslümanlar arasında Çin'in iyi bir üne sahip olmasıydı. Bunlar, puta tapmalarına rağmen Çinlilere atfedilen erdemler arasındaydı. O zamanlar Türk, Arap, Bizans, Hint hükümdarları ve Çin imparatoru dünyanın "beş büyük kralı" olarak biliniyordu. Tang Çini'nin hatırası, Müslüman algısına o kadar kazınmıştı ki, Çin'e Tang'ın merceğinden bakmaya devam ettiler. Anakronizmler, Tang'ın sona ermesinden sonra bile Müslüman yazılarında ortaya çıktı.
Moğol-Türk Hanlıkları (y. 12.-18. yy) > Moğol İmparatorluğu ve Çağatay Hanlığı (1225-1340'lar)

Ana maddeler: Moğollar ve Moğol İmparatorluğu
1206'da Cengiz Han, Moğol ve Türk kabilelerini Moğol platosunda birleştirdi ve Moğol İmparatorluğu'nu kurdu (1206-1368). 1209'da, batıya doğru ilerlemeye başladıktan sonra, Turfan-Urumçi bölgesindeki Uygur devleti Moğol İmparatorluğu'na bağlılığını sundu. Uygurlar Moğol emperyal çabası için savaşmak asker gönderdi ve imparatorluk içinde memur olarak çalışmak için vergi ödedi. Buna karşılık, Uygur hükümdarları krallıklarının kontrolünü elinde tuttu. 1218'de Cengiz, Karahıtayları ele geçirdi.
1259 yılında Möngke Han'ın ölümünden sonra Moğol İmparatorluğu dört hanlığa bölündü. 1271 yılında Yuan Hanedanı (1271-1368)  Kubilay Han tarafından modern Pekin merkezli olarak kuruldu, ancak Tarım Havzası ve Çungarya'nın kontrolünü Moğolistan hükümdarı Arık Böke'ye kaybetti.
Moğol-Türk Hanlıkları (y. 12.-18. yy) > Çağatay Hanlığı (1225-1340'lar)

Ana madde: Çağatay Hanlığı
Çağatay Hanlığı, Cengiz Han'ın  ikinci oğlu Çağatay Han ve onun torunları ve halefleri tarafından yönetilen toprakları kapsayan bir Moğol ve daha sonra Türkleştirilmiş hanlık idi. Başlangıçta Moğol İmparatorluğu'nun bir parçasıydı, ancak 1259'dan sonra Moğol İmparatorluğu'nun parçalanmasıyla işlevsel olarak ayrı bir hanlık haline geldi. Çağatay Hanlığı, 1304'te Yuan Hanedanı'nın nominal üstünlüğünü tanıdı  ancak 14. yüzyılın ortalarında iki kısma ayrıldı: Batı Çağatay Hanlığı ve Moğolistan Hanlığı.
Çağatay'ın torunu Algu (1260-1266), Kubilay Han ile Arık Böke arasındaki Toluid İç Savaşı'ndan (1260-1264) yararlandı ve Arık Böke'ye isyan etti, yeni topraklar ele geçirdi ve Büyük Han'ın Maveraünnehir'deki yetkililerinin bağlılığını kazandı.  Çağataylıların çoğu önce Kubilay'ı desteklediler, ancak 1269'da Ögedey Hanedanı ile güçlerini birleştirdiler.
Yuan ve Çağatay Hanlığı (Kaydu öncülüğünde) arasındaki Kaydu-Kubilay Savaşı'ndan (1268-1301) sonra, Sincan'ın büyük bir bölümü Çağatay Hanlığı (1225-1340'lar) tarafından kontrol edilmiştir. Bu, Çağatay Hanlığı'nın Doğu Çağatay Hanlığı olarak da adlandırılan Moğolistan (1340'lar–1680'ler) ve Batı Çağatay Hanlığı (1340'lar–1370) olarak ayrıldığı 14. yüzyılın ortalarına kadar sürdü.
Budizm, Ming Hanedanı döneminde (1368-1644) Uyguristan'da (Turfan ve Karahoca) varlığını sürdürdü.
Karahoca ve Turfan Krallığı'nın Budist Uygurları, Çağatay Hanlığı (hükümdarlığı 1390-1399) sırasında Moğolistan Hanı Müslüman Çağatay Hızır Hoca'nın yürüttüğü bir kutsal savaş sırasında fetih yoluyla İslam'a dönüştürüldü.
Kara Del (c. 1389–1513) Moğol yönetimindeki ve Uygur nüfuslu bir Budist krallığıydı. Müslüman Çağatay Han Mansur tarafından ele geçirilen topraklarda İslam'ın yayılması için "kılıç kullanıldı".
Turfan'daki eski Budist Uygurların torunları, İslam'a dönüştükten sonra, atalarının mirasının anısını hatırlayamadılar ve bölgelerinde Budist anıtları inşa edenlerin "kafir Kalmuklar" (Çungarlar) olduğuna dair yaygın bir yanlış görüşü benimsediler.
Moğol İmparatorluğu döneminde, daha fazla Han Çinlisi, Orta Asya'daki Beşbalık, Almalik ve Semerkand'a esnaf ve çiftçi olarak çalışmak için taşındı. Liao Çin gelenekleri, Karahıtayların İslamlaşmadan kaçınmasında etkili oldu. İdari dil olarak Çinceyi kullanmaya devam ettiler.
Moğol-Türk Hanlıkları (y. 12.-18. yy) > Moğolistan (Doğu Çağatay Hanlığı) (1462-1680'ler)

Ana madde: Doğu Çağatay Hanlığı
1346'da Kazan Han'ın ölümünden sonra, hem Doğu hem de Batı Türkistan'ı kontrol altına alan Çağatay Hanlığı, Maveraünnehir (batı) ve Moğolistan (doğu, Sincan'ın bazı kısımlarını kontrol eden) olarak ikiye ayrıldı. Batı yarısındaki güç, başta Kara'unalar olmak üzere birkaç boy liderinin eline geçti. Boy yöneticileri tarafından atanan hanlar sadece kuklalardı.
Doğuda, Çağataylı bir maceracı olan Tuğluk Timur (1347-1363), göçebe Moğolları yendi ve İslam'a geçti. Onun yönetimi sırasında (1363'e kadar) Moğollar İslam'ı kabul ettiler ve yavaş yavaş Türkleştiler. 1360'ta ve yine 1361'de Timur, hanlığı yeniden birleştirme umuduyla batı yarısını işgal etti. Bu bölge yüksek kesimlerde, Çağatay toprakları Sibirya'daki İrtiş Nehri'nden Afganistan'daki Gazne'ye ve Mâverâünnehir'den Tarım Havzası'na kadar uzanıyordu.
Moğolistan, Doğu Türkistan'ın yerleşik topraklarını ve Tanrı Dağları'nın kuzeyindeki göçebe toprakları işgal etti. Yerleşik topraklar o zamanlar Manglai Sobe veya Mangalai Suyah olarak biliniyordu, bu da "Aydınlık Ülke" veya "Güneş'e Bakan Gelişmiş Ülke" olarak tercüme ediliyordu. Bunlar arasında Hotan, Yarkent, Yengihisar, Kaşgar, Aksu ve Uç Turfan gibi batı ve merkezi Tarım vaha şehirleri; ve yerel bir Uygur idaresinin ve Budist nüfusun hala var olduğu Kuçar, Karaşehir, Turfan ve Kumul gibi doğu Tanrı Dağları vaha şehirlerini neredeyse hiç etkilemedi. Göçebe bölgeler, bugünkü Kırgızistan'ı ve yedi nehir bölgesi olan Jettisu da dahil olmak üzere Kazakistan'ın bazı kısımlarını içeriyordu.
Moğolistan yaklaşık 100 yıl yaşamış ve daha sonra iki kısma ayrılmıştı: 1) Başkenti Yarkent olan ve Doğu Türkistan'ın bütün yerleşik topraklarını içine alan Yarkent eyaleti (Memleket-i Yarkent); ve 2) Tanrı Dağları'nın kuzeyindeki göçebe toprakları kapsayan göçebe Moğolistan. Yarkent'in kurucusu Duğlat kabilesinden Mirza Ebu Bekir idi. 1465'te bir isyan çıkardı, Yarkent, Kaşgar ve Hotan'ı ele geçirdi ve kendisini bağımsız bir hükümdar ilan ederek Moğol hükümdarları Yunus Han ve oğlu Ahmed Han'ın (ya da Alaş, Kalmuklara karşı gerçekleştirdiği savaştan dolayı "Katliamcı" olarak adlandırılan Ahmed Han) saldırılarını başarıyla püskürttü.
Duğlat emirleri, on üçüncü yüzyılın ortalarından itibaren Tarım Havzası'nın güneyinde yer alan ülkeyi Çağatay Han ve onun soyundan gelenler adına kuklaları olarak yönetmişlerdi. Doğrudan Çağatay'ın elinden toprak alan ilk Duğlat hükümdarı emir Babdagan veya Tarkan'dı. Emirliğin başkenti Kaşgar'dı ve ülke Memleket-i Kaşgar olarak biliniyordu. Doğu Türkistan'ın yerleşik topraklarını temsil eden emirlik resmen Moğol hanlarının egemenliği altında olmasına rağmen, Duğlat emirleri genellikle bu bağımlılığa son vermeye çalıştı ve biri Kaşgar'ın Moğolistan'dan neredeyse 15 yıl boyunca ayrı kalmasıyla sonuçlanan isyanlar başlattı (1416-1435). Mirza Ebu Bekir, Yarkent'i 48 yıl yönetti.
Moğol-Türk Hanlıkları (y. 12.-18. yy) > Yarkand Hanlığı (1514-1705)

Ana madde: Yarkand Hanlığı
Mayıs, 1514'te Said Han, torunu Yunus Han (1462 ve 1487 arasında Moğolistan hükümdarı) ve üçüncü oğlu Ahmed Alak, Andican'dan sadece 5000 erkekle Kaşgar'a karşı bir sefer gerçekleştirdi ve Kaşgar'ı güney taraftan koruyan Yengisar kalesini ele geçirdi, şehri aldı ve Mirza Ebu Bekir'i tahttan indirdi. Kısa bir süre sonra, Doğu Türkistan'ın diğer şehirleri - Yarkent, Hotan, Aksu ve Uç Turpan - ona katıldı ve Sultan Said Han'ı hükümdar olarak tanıdı ve Altışehir adlı altı şehirden oluşan bir birlik oluşturdu. Sultan Said Han'ın ani başarısının, Mirza Ebu Bekir'in zalim yönetimi ve Duğlat emirlerinin Çağatay Han'ın soyundan gelenlere karşı savaşma konusundaki isteksizliği ile nüfusun memnuniyetsizliğine katkıda bulunduğu ve bunun yerine öldürülen hükümdarın başını Sultan Said Han'a getirmeye karar verdiği düşünülmektedir. Bu hamle, Batı Kaşgarya (1219-1514) şehirlerinde Duğlat Emirleri tarafından neredeyse 300 yıllık (sözde ve fiili) yönetime son verdi. Yarkent'i 1678'e kadar süren "Memleket-i Yarkent" devletinin başkenti yaptı.
Moğol-Türk Hanlıkları (y. 12.-18. yy) > Hoca Krallığı

17. yüzyılda, Çungarlar (Oyratslar, Kalmuklar) bölgenin çoğu üzerinde bir imparatorluk kurdu. Oyratlar, Çin Seddi'nden Don Nehri'ne ve Himalayalardan Sibirya'ya kadar uzanan Batılılar için Büyük Tartarya veya Kalmuk İmparatorluğu olarak bilinen bir bölgeyi kontrol ediyordu. Bir tasavvuf alimi olan Afak Hoca, Saidiye krallığını yendi ve Oyrat (Çungar) Moğollarının yardımıyla Kaşgar'da tahta geçti. Hoca Afak'ın ölümünden sonra, Çungarlar onun soyundan gelenleri esir  aldılar. Altışehir (Tarım Havzası) bölgesindeki Hoca Hanedanlığı yönetimi 1759'a kadar sürdü.
Çungar Hanlığı

Ana madde: Çungar Hanlığı
Moğol Çungarları (ayrıca Zungar; Moğolca: Зүүнгар Züüngar), son bozkır imparatorluklardan biri olan Çungar Hanlığı'nı oluşturan ve sürdüren birkaç Oyrat boyunun ortak kimliğiydi. Çungar Hanlığı, Çin Seddi'nin batı ucundan günümüz doğu Kazakistan'ına ve bugünkü kuzey Kırgızistan'dan güney Sibirya'ya kadar uzanan Çungarya adlı bölgeyi kapsıyordu. Bu bölgenin çoğu, Çungar İmparatorluğu'nun çöküşünden sonra Çinliler tarafından "Sincan" olarak yeniden adlandırıldı. 17. yüzyılın başlarından 18. yüzyılın ortalarına kadar var olmuştur.
Tarım Havzası'nın Türk Müslüman yerleşik halkı aslen Çağatay Hanlığı tarafından yönetilirken, Çungarya'daki göçebe Budist Oyrat Moğol, Çungar Hanlığı'na hükmetti. Muhammed'in soyundan gelen Nakşibendi Sufi Hocalar, 17. yüzyılın başlarında Tarım Havzası'nın yönetici otoritesi olarak Çağatay Hanlarının yerini aldı. Hocaların iki bölümü, Afaki (Beyaz Dağ) bölümü ve İshaki (Kara Dağ) bölümü arasında bir mücadele vardı. İshakiler, Afakileri mağlup etti ve bunun sonucunda Afak Hoca, Tibet Budistlerinin lideri 5. Dalai Lama'yı 1677'de kendi adına mücadele etmeye davet etti. 5. Dalai Lama daha sonra Çungar Hanlığı'ndaki Çungar Budist takipçilerini bu davete göre hareket etmeye çağırdı. Çungar Hanlığı daha sonra 1680'de Tarım Havzası'nı ele geçirdi ve Afak Hoca'yı kukla hükümdarlıkları olarak kurdu.
Afak Hoca, Lhasa'ya kaçtığında 5. Dalai Lama'dan Afaki hizibinin Tarım Havzası'nın (Kaşgarya) kontrolünü ele geçirmesine yardım etmesini istedi. Daha sonra Dalai Lama, Çungar lideri Galdan'dan Afak Hoca'yı Kaşgarya'nın hükümdarı haline getirmesini istedi. Hoca Afak, Çungarların 1678-1680 yılları arasında Tarım Havzası'nı ele geçirdiği ve Afaki Hocalarını kukla yöneticileri olarak kurduğu Galdan Çungarlarıyla işbirliği yaptı. Dalai Lama, Galdan'ın Tarım Havzası ve Turfan Havzası'nı ele geçirmesini kutsadı.
67.000 patman (her bir patman 4 pikul ve 5 peck) tahıl 48.000 ons gümüş Kaşgar tarafından Çungarlara yıllık olarak ödenmeye zorlandı ve geri kalan şehirler tarafından Çungarlara nakit ödeme yapıldı. Ticaret, öğütme ve damıtma vergileri, angarya emeği, safran, pamuk ve tahıl da Çungarlar tarafından Tarım Havzası'ndan çıkarıldı. Her hasat mevsiminde, Çungarlardan vergi almaya geldiklerinde onlara kadın ve yiyecek sağlanması gerekiyordu.
Çungarlar, Altışehir Müslümanlarından geleneksel göçebe Alban cizye vergisini aldıklarından, Müslümanlar bunu cizye ödemesi olarak gördüler (geleneksel olarak Müslüman fatihler tarafından gayrimüslimlerden alınan bir vergi).
Turfan'daki eski Budist Uygurların torunları, İslam'a dönüştükten sonra, atalarının mirasının anısını hatırlayamadılar ve bölgelerinde Budist anıtları inşa edenlerin "kafir Kalmuklar" (Çungarlar) olduğuna dair yaygın bir yanlış görüşü benimsediler.