Henry Stuart
İskoçya Kraliçesi ile evlilik

Darnley 3 Şubat 1565'te Londra'dan ayrıldı ve 12 Şubat'ta Edinburgh'daydı. 17 Şubat'ta Fife'taki Wemyss Kalesi'nde Mary'ye kendini tanıttı.  James Melville'in bildirdiğine göre, "Majesteleri ondan çok hoşlandı; gördüğü en şehvetli ve en iyi orantılı uzun adam olduğunu söyledi." Dunkeld'deki babasına kısa bir ziyaretten sonra Darnley, Mary ile birlikte 24 Şubat'ta Holyrood'a döndü. Ertesi gün John Knox'un vaazını dinledi ve gece Mary ile bir galliard dansı yaptı. O andan itibaren sürekli Mary'nin yanındaydı.
Darnley, büyükanneleri Margaret Tudor'un iki farklı evliliği yoluyla Mary'nin üvey kuzeniydi ve bu durum hem Mary'yi hem de Darnley'i İngiliz tahtının varisleri arasında üst sıralara yerleştiriyordu. Darnley aynı zamanda İskoçya Kralı James II'nin  kızının soyundan geliyordu ve dolayısıyla İskoçya tahtı için de sıradaydı.
İngiltere'de, endişeli bir Özel Konsey 4 Haziran'da planlanan evliliğin tehlikelerini tartıştı.
22 Temmuz'da Darnley, Holyrood Manastırı'nda Albany Dükü ilan edildi ve Canongate mahallesinde evlilik ilanları verildi. Edinburgh'da 28 Temmuz 1565'te, hükûmetin İskoç Kralı ve Kraliçesi'nin ortak adlarıyla yönetileceği, böylece Darnley'in kral olacağı ve Mary ile eşit ve ondan öncelikli olacağı ilan edildi.
29 Temmuz 1565'te Mary'nin Holyrood'daki özel şapelinde Roma Katolik ayinleriyle evlilik gerçekleşti, ancak Darnley (dini inançları sabit değildi - bir Katolik olarak yetiştirildi, ancak daha sonra Protestanlıktan etkilendi) düğünden sonra Mary'ye nikah ayininde eşlik etmeyi reddetti.
Mary, Darnley ile evlendikten kısa bir süre sonra, onun devletin refahını tehdit eden kibirli, küstah ve güvenilmez niteliklerinin farkına vardı. Darnley diğer soylular tarafından sevilmeyen biriydi ve içkinin de etkisiyle şiddete meyilliydi. Mary, Darnley'e çocuksuz ölmesi halinde tahtın varisi olmasını sağlayacak olan Evlilik Tacı'nı vermeyi reddetti. Ağustos 1565'e gelindiğinde, evliliğin üzerinden bir ay geçmeden William Cecil, Darnley'in küstahlığının Lennox'u İskoç sarayından uzaklaştırdığını duydu. 28 Ağustos 1565'te İskoç sarayından Danimarka Kralı'na biri Mary, diğeri Darnley tarafından imzalanmış bir çift diplomatik mektup gönderildi. Bu, kraliyet statüsünü teyit etme çabası gibi görünmektedir. Mary kısa süre sonra hamile kaldı.
Mary Stuart ile sekreteri David Rizzio ile aralarında romantik bir ilişki olduğu dedikoduları Holyrood Sarayı'nın koridorlarında fısıldanmaya başlar. Lord Darnley, kendisine karşı tehdit olarak gördüğü David Rizzio'yu  9 Mart 1566'da  lordlardan oluşan  grubu bir araya getirerek öldürtür. Cinayet, Mary Stuart'ın önünde cereyan etmiştir. Bu zaman altı aylık hamile olan kraliçenin huzurunda Darnley ve müttefikleri olan Protestan İskoç soyluları tarafından Rizzio 56 yerinden bıçaklanarak öldürüldü. İngiliz diplomatlar Thomas Randolph ve Bedford Kontu'na göre, Mary'nin doğmamış çocuğunun babası olduğu söylenen Rizzio'nun öldürülmesi, Darnley'nin Mary'yi Evlilik Tacı'nı bırakmaya zorlama teklifinin bir parçasıydı. Darnley ayrıca müttefikleriyle, topraklarını ve unvanlarını geri alma karşılığında İskoçya Parlamentosu'nda Evlilik Tacı üzerindeki iddiasını ilerletmek için bir pazarlık yaptı
Paris'teki İspanyol Büyükelçisi bu haberi duyduğunda, manşetler Darnley'in "karısını öldürdüğü, sürgündeki sapkınları kabul ettiği ve krallığı ele geçirdiği" şeklindeydi. Ancak 20 Mart'ta Darnley, Rizzio cinayetiyle ilgili tüm bilgileri ya da suç ortaklığını reddeden bir bildiri yayınladı. Mary artık kocasına güvenmiyordu ve kocası krallık tarafından gözden düşürülmüştü. 27 Mart'ta, Rizzio cinayetinde hazır bulunan ve İngiltere'ye kaçan Morton Kontu ve Lord Ruthven, Cecil'e yazdıkları mektupta, cinayet planını Darnley'nin başlattığını ve Rizzio'ya duyduğu "şiddetli kavga" ve "ölümcül nefret" nedeniyle onları işe aldığını iddia ettiler