Kütle spektrometrisi yazılımları listesi
Proteomik yazılımı > Veritabanı arama algoritmaları

| İsim | Tip | Açıklama |
| --- | --- | --- |
| ProSightPC ve ProSightPD | Tescilli | ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır. |
| TopPIC | Açık kaynak | TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır. |
| TopMG | Açık kaynak | TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır. |
| Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak) | Freeware | Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi. |
| Byonic | Tescilli | Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır. Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır. Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir. |
| Comet | Açık kaynak | Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır. |
| Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali) | Açık kaynak | Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi. |
| Greylag | Açık kaynak | Stowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır. |
| InsPecT | Açık kaynak | Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması |
| Mascot | Tescilli | Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir. |
| MassMatrix | Freeware | MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır. |
| MassWiz | Açık kaynak | Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur. |
| MS-GF + | Açık kaynak | MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler. |
| MSFragger | Freeware | Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veritabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi. |
| MyriMatch | Açık kaynak | Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır. |
| MS-LAMP | Açık kaynak | Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım. |
| OMSSA | Freeware | OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur. |
| PEAKS DB | Tescilli | Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır. |
| pFind | Freeware | pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür. |
| Phenyx | Tescilli | Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir. |
| ProbID | Açık kaynak | PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır. |
| ProLuCID | Freeware | ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır.. |
| ProteinPilot Software | Tescilli |  |
| Protein Prospector | Açık kaynak | Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir. |
| RAId |  | Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir. |
| SEQUEST | Tescilli | Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veritabanılarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar. |
| SIMS | Açık kaynak | SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır. |
| SimTandem | Freeware | LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir. |
| SQID | Açık kaynak | SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır. |
| X!Tandem | Açık kaynak | Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir. |
| WsearchVS2020 | Freeware | Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir |