Bitkilerin evrimi
Çiçekli bitkilerin evrimi

Tohumun evrilmesi, spor taşıyıcıların gezegendeki baskın bitki biçimi olduğu zamanlarda başlamıştır (350 milyon yıldan fazla süre önce yaşanan Karbonifer dönemde). Bazı bitkiler, embriyolarını özel bir kılıf içinde korumak için yeni bir yol buldu ve bu adımla birlikte, bitkiler karada daha da geniş alanlara yayılma olanağı buldu. Tohum, döllenmiş bitki yumurtasıdır ve bitkinin "rahim"inin içinde tutulur. İlk tohumlu bitkiler için bunun anlamı, tohumun sert ve pullarla kaplı bir koza içinde korunması demekti. Koruyucu bir kılıfın olması, tohumun uyku durumunda kalabilmesini, yani uygun koşullara rastlayıp filizlenene dek ölmemesini sağlıyordu. Uzun uyuşukluk dönemleri sayesinde, bitki tohumları zor zamanları uyuyarak atlatabiliyor ve koşullar iyileştiğinde hayata atılabiliyorlardı. Dinozorların hüküm sürdüğü zamanlarda, ormanlarda çoğunlukla kozalaklılar, ginkgolar ve sikadlar vardı. Bunların hepsi de açık tohumlular soyundandır. Açık tohumlular, kabuğu olmayan "çıplak" tohumlara sahiptir. Genellikle tohumlarını kozalak üzerinde büyütürler ama porsuk ağacı ve ginkgo gibi bazıları da, etsi ve meyveye benzeyen yapılar içinde tohum yetiştirir. Tohumların varlığı, bu kozaların protein ile dolu olduğu anlamına gelir. Kozalaklıların uzun süren hükümdarlıkları boyunca, dinozorlar bu besin bolluğundan yararlanan ilk hayvanlar olmuştur.
Çok geçmeden, çiçekli bitkilerin öncüleri de kozalaklılara katıldı. Çiçekli bitkilerin yani kapalı tohumluların en eski fosilleri, polen biçimindedir. Mezozoik Dönem'in başlarında belirmiş ama epey bir süre boyunca ekosistemin ender rastlanan ufak bir bölümünü oluşturmuşlardır. Çiçekli bitkilerin en eski gövde fosillerinden bazıları, Çin'in Liaoning bölgesinde 120 milyon yıl önce birikmiş olan Aşağı Kretase Yixian Oluşumu'nda bulunmuştur. Çiçek, karmaşık bir üreme organıdır. Bitkinin yumurtalarının olduğu yumurtalıkları vardır ve bunları bir dizi renkli taç yaprak ile çevreler. Ayrıca polen tanecikleri üreten bir erkek organa sahiptir. Döllenmenin ardından, yumurtalıktaki tohumlar gelişmeye başlar ve yumurtalık, tohumları koruyan bir meyveye dönüşür. Kapalı tohumlular, çiçeklerinden ziyade, bu özelliklerine istinaden adlandırılmışlardır. Bazıları, enerji bakımından zengin nektarlarıyla küçük böcekleri kendine çekerek, tozlaşmalarını sağlamalarına çalışır. Bu özgün strateji, tozlaşmak için rüzgara güvenmekten çok daha akıllıcadır. Bu ortakyaşamsal (simbiyotik) ilişki, böcekleri çekmeye çalışan çok değişik bitkilerin ortaya çıkmasına neden olmuştur. En eski nektarcı böceklere Jura Devri'nde rastlanırken, kelebek, arı ve yaban arıları Kretase'da ortaya çıkmıştır; yani çiçekli bitkilerde dev bir evrimsel patlama olduğu sırada. Daha sonraları, arı kuşları nektarla beslenmeye başlamıştır.
Bitkiler ile hayvanlar arasındaki etkileşim, nektar ile sınırlı değildir. Bazı bitkiler, örneğin çeşitli orkide türleri, çeşitli böceklere benzeyecek biçimde evrilmiştir. Genellikle türün dişisinin görünümünü taklit ederek, erkek bireyleri kendilerine çeker ve bu arada kendi tozlaşmalarını gerçekleştirmiş olurlar. Hayvanlara, oluşan tohumlarının yayılması için güvenen bitkiler de vardır. Örneğin primatlar, açgözlü meyve tüketicileridir. İnanılmaz renk ayırma becerileri sayesinde, ham meyve ile olgun meyveyi ayırt edebilir ve daldan sadece olmuşları koparırlar. Uzağa taşıdıkları meyveleri yedikten sonra da, tohumlarını çok farklı yerlere bırakmış olurlar. Bunların yanı sıra, tohumlarının hayvanlar tarafından yenip, dışkı ile atılmasını uman bitkiler de vardır. Örneğin ardıç ağacı ile ardıç kuşları arasında böyle bir ilişki olduğu bilinmektedir. Ardıç tohumları, bir ardıç kuşu tarafından yenmedikçe çimlenme gerçekleşmez. Ardıç kuşunun sindirim sisteminde, tohumların kabukları açılır. Kuşun dışkısı ile birlikte toprağa karışan tohumlar kolayca çimlenir. Tohum, değişik bitkilerin yeryüzüne yayılmasını sağlayan çok önemli bir evrimsel yeniliktir. Bugün çevremizde upuzun kozalaklılardan, yeri örten yoncalara ya da nilüferden kaktüslere dek çok sayıda tohumlu bitki görüyoruz. Kretas biterken, çiçekli bitkilerin bir diğer önemli soyu daha ortaya çıktı. Çimenler, kökleri ile Dünya'nın en zorlu koşullara sahip ortamlarına tutunarak, yeryüzünü Memeliler Çağı için hazırlamaya başlamıştı.