The Callisto Protocol
Hikaye

2320'de Jacob Lee (Josh Duhamel)  ve partneri Max Barrow (Jeff Schine) United Jupiter Company (UJC) için sözleşmeli olarak çalışan yük sevkiyatcılarıdır ve UJC Charon gemisinin pilotlarıdır. Yakın bir zamanda Callisto'nun üstünde bulunan, UJC'nin yönetiminde olan Black Iron Hapishanesi ile Europa arasında etiketsiz uçucu bir madde taşıma sevkiyatı yaparlar ve bu görev emekli olmalarını sağlayacak kadar kazançlıdır. Callisto güvenliğinden izin alıp, rotalarını Europa'ya çevirdikten sonra çok sayıda, terörist saldırısından sorumlu olan Outer Way, Charon gemisine saldırı düzenler ve geminin Callisto'ya düşmesine sebep olur. Max ölür, Jacob ve Outer Way'in lideri Dani Nakamura (Karen Fukuhara) kazadan kurtulur. Warden Duncan Cole'un (James C. Mathis III) emirleri üzerine ikisi de Black Iron Hapishanesi''nin baş güvenlik şefi olan Kaptan Leon Ferris (Sam Witwer) tarafından kurtarılıp sorgusuz sualsiz hapse atılır. Eziyetli bir içeri alım sonrası bayılan Jacob uyanır ve "biyofaj" denilen, bilinmeyen bir hastalık tarafından etkilenmiş olan mahkûmların hapishaneyi istila ettiklerini görür. Jacob, bir kaçış planı olduğunu söyleyen, uzun zamandır burada mahkûm olan Elias Porter (Zeke Alton) ile karşılaşır ve gitgide kötüleşen hapishanenin, hapishane güvenlik sisteminin ve biyofajların üstesinden gelmek için birlikte çalışmaya karar verirler.
Elias, Jacob'ı gemi çağırmak için Dani'yi kurtarmaya ikna eder ama Dani bunlara katılmayı reddeder. Her şeye rağmen hangara doğru giderler ama yolları, hastalık bulaşmış olmasına rağmen zekasını koruyan Ferris tarafından kesilir. Püskürtülürler ve Elias, giysisi hasar aldığından dolayı boğularak ölür. Dani, Elias'ın Black Iron ile ilgili olan anılarını kurtarır ve hastalıklı mahkûmların daha tehlikeli ve kötüye gitmeden önce isteksizce, Jacob'la takım olmaya karar verir. Sonrasında rotalarından saparak tek tıbbi malzeme bulabilecekleri yer olan hurda haldeki Charon'a giderler, oradan da en sonunda ikisi de gemi çağırabilecekleri hangara giderler. Ancak Cole hiç kimsenin hapishaneden kaçamayacağını söyleyerek gemiye ateş eder. Gemi hangara düşer ve hangarın çökmesine sebep olur, Jacob ve Dani kaçar.
Tek kaçış planlarının başarısız olmasından dolayı, Jacob ve Dani tek yollarının Cole ile yüzleşerek, ondan cevap almak olması gerektiğine karar verirler. İkili, Black Iron Hapishanesi kurulmadan önce, Callisto'nun asıl kolonisinin bulunduğu yere, yani Arcas'ın harabelerine doğru yola çıkarlar. Arcas'ın aynı Black Iron'da olduğu gibi bir istilaya maruz kaldığını ve sonradan UJC'nin bütün bir koloniyi yok edip üstünü örttüğünü öğrenirler. Ayrıca Arcas madencilerinin kaza eseri ortaya çıkardıkları, ölü bir uzaylının tutulduğu, bir laboratuvar bulurlar. Evrimi hızlandırabileceğini düşünen UJC, bu canlının larvalarını toplayarak insanların üstünde deneyler yapmış bu da sonunda Europa istilasına sebep olmuş; ama her nasılsa güvenlik güçleri tarafından öldürülmeden önce zekasını koruyabilen bir biyofaj varmış: Subject Zero. Jacob ve Dani, Ferris'le karşılaşıp, onu püskürtmeyi başardıktan sonra Dani hastalık kapıyor. Black Iron'a döndüklerinde, Jacob robot bir güvenlik tarafından bayıltılıp hücresine geri götürülüyor.
Jacob, hapishane doktoru olan Dr. Caitlyn Mahler (Louise Barnes) tarafından kurtarılır. Dani'yi tedavi edebileceğini ve Cole'a ulaşmasına yardım edebileceğini söyler ve onunla laboratuvarında buluşmasını söyler. Dr. Caitlyn Mahler, Cole'un The Commonality denilen dini bir tarikatın üyesi olduğunu, amaçlarının ileri insan evrimini bulmak olduğunu, bunun için Callisto Protocol denilen bir planı gerçekleştirmek istediğini açıklıyor. Sonrasında, Cole, uzaylı enfeksiyonuyla uyumlu bir denek bulmak ve Denek Sıfır'ı Denek Alfa ile yeniden ortaya çıkarmak amacıyla, Black Iron'ın Arcas'a benzemesi için ikinci bir istila düzenliyor. Ayrıca Mahler, Jacob'a Dani'yi tedavi etmenin tek yolunun, panzehir üretmek ve bunun için de Alpha'nın DNA'sına ihtiyacı olduğunu söyler. Jacob, Europa'daki istilanın arkasındaki gerçeği sorunca Mahler, enfeksiyonun daha hafif bir versiyonunun yanlışlıkla salındığını itiraf eder ve bu Jacob'a nöral implantlar sayesinde Dani'nin anılarına erişmesini sağladığını söyler. Jacob Dani'nin kız kardeşinin Europa istilası sırasında öldürüldüğünü öğrenir ve UJC'nin uzaylı larvasını kaçırmak için onun gemisini kullandığı, bunun farkında olduğunu ama yapılan ödemenin fazlalığı sebebiyle sessiz kaldığına dair olan anısını alır.
Jacob, Commonality'e endroktrine edilmiş olan Alfa'yı yani Ferris'i, onunla karşı karşıya getiren Cole ile yüzleşir. Ferris'in geçirdiği mutasyonlara rağmen, Jacob onu yener ve DNA'sını çıkarmayı başarır. Cole, Jacob'ı DNA'yı kendisene vermesine ikna etmeye çalışır ama Jacob DNA'yı, Dani'yi iyileştirmek için kullanır. Öfkeden gözü dönen Cole, hapishanenin kendini yok etme geri sayımını başlatır ve yine de Callisto Protocol'ü devam ettirmek için yeterli bilgi topladığını hakkında böbürlenir. Jacob, Dani'yi uzaylı larva örneğiyle ve UJC'nin yaptığı tüm gizli çalışmaları ortaya çıkartmak için gerekli olan kanıtlarla birlikte son kaçış kapsülüne koyar. Jacob, biyofajları püskürtürken, hala hayatta olan Ferris saldırmadan önce Mahler, Jacob'la iletişime geçer ve kendini yok etme sekansını durdurduğunu, eğer birlikte çalışırlarsa mümkün olan bir kaçış yolunun olduğunu söyler.