Sovyetler Birliği'nin Besarabya ve Kuzey Bukovina'yı işgali
Siyasi ve askeri gelişmeler > Ele geçirilen bölgelerin Sovyetler Birliği'ne dahil edilmesi

Romanya, Sovyet toprak taleplerini karşılamayı kabul ettiğinde, Kızıl Ordu'nun 28 Haziran sabahı hemen Besarabya'ya ve kuzey Bukovina'ya ilerlemesiyle ikinci plan hemen uygulamaya kondu. 30 Haziran'da Kızıl Ordu, Prut Nehri kıyısındaki sınıra ulaştı. 3 Temmuz'da sınır Sovyet tarafından tamamen kapatıldı.
Askeri işgalden bir ay sonra, 2 Ağustos 1940'ta, ilhak edilen toprakların büyük bölümünde Moldova Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti kuruldu ve daha küçük kısımlar Ukrayna Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne verildi. Altı Besarabya ilçesi ve diğer üç ilçenin küçük bölümleri, bu vesileyle dağıtılan Moldavya ÖSSC'nin (eskiden Ukrayna SSC'nin bir parçası) bazı kısımlarıyla birlikte, Sovyet'in 15 birlik cumhuriyetinden biri haline gelen Moldavya SSC'yi oluşturdu. Ukrayna SSR Komünist Partisi başkanı Nikita Kruşçev başkanlığındaki Sovyet hükûmet komisyonu, Kuzey Bukovina, Hertsa bölgesi ve Hotin (Kuzey Bessarabia), İsmail ve Bilhorod-Dnistrovski (Bucak) ilçelerinin daha büyük kısımlarını Ukrayna SSR'sine ekledi.
İlhak edilen bölgelerde 1940'tan 1941'e kadar, belirli yerel halk kategorilerine yönelik siyasi zulüm, tutuklamalar, infazlar ve Sovyetler Birliği'nin doğu bölgelerine sürgünler yoğun bir şekilde yaşandı. Alexandru Usatiuc-Bulgăr'a göre 32.433 kişi siyasi nedenlerle ceza aldı ve bunlardan 8.360'ı ölüm cezasına çarptırıldı veya sorgulamalar sırasında öldü.
Kuzey Bukovina'da yerel halk, Romanya'ya doğru kaçmaya çalışırken, Sovyet sınır muhafızlarının silahsız sivillere ateş açması gibi ciddi olaylar yaşandı. Akılda kalan en büyük vaka Fântâna Albă Katliamıydı. Fântâna Albă'da Sovyet sınır muhafızları, 50 ila 3.000 Rumen'i kaçarken öldürmüştü. Sınırın diğer tarafında da durum aynıydı: 30 Haziran 1940'ta tren istasyonunda Sovyet kontrolündeki Besarabya'ya gitmek için bekleyen çoğu Yahudi olan yaklaşık 300 (veya diğer kaynaklara göre 80 ila 400) sivil, Galați'de Rumen ordusu tarafından vuruldu.
Sovyet yönetiminin kurulmasına, orta ve büyük ticari ve sınai işletmelerin kamulaştırılmasıyla ekonomik alanda da büyük değişiklikler eşlik etti. Sovyet hükûmeti ayrıca 229.752 hektarı 184.715 yoksul köylü hanesine yeniden dağıtan ve mülkleri güneyde 20 hektar ve başka yerlerde 10 hektarla sınırlayan bir toprak reformu başlattı. 1941'de bir kolektifleştirme hamlesi de başlatıldı, ancak tarım makinelerinin eksikliği nedeniyle son derece yavaştı. Köylü hanelerinin sadece %3,7'si yıl ortasına kadar bir kolhoza veya bir sovkhoz'a dahil edilebildi. Hükûmetin imajını güçlendirmek için, 1941 bütçesinin çoğu, %20'si sağlık hizmetlerine ve %24'ü eğitim ve okuryazarlık kampanyalarına tahsis edilerek sosyal ve kültürel ihtiyaçlara yönlendirildi. Kişinev'deki ilahiyat enstitüsü kapatıldı, ancak bir konservatuvar ve bir teknik okul da dahil olmak üzere altı yeni yüksek öğretim kurumu oluşturuldu. Ayrıca, sanayi işçilerinin ve idari personelin maaşları, Sovyet öncesi seviyelerin iki ila üç katına çıkarıldı.
Eylül 1941'de Rumen yetkililer, Kişinev'deki NKVD karargahında ve Metropolitan Sarayı'nın bodrumunda işlenen işkence kanıtlarını ortaya çıkardı. 15'i ortak bir mezarda elleri ve ayakları bağlı halde olmak üzere 80 kadar ceset bulundu. Cesetler parçalanmış ve yakılmış, ardından sönmemiş kireç ve asitlerle ıslatılmıştı; Giysi kalıntılarından kurbanların rahipler ve öğrenciler olduğu anlaşıldı.