Nükleik asit simülasyonu yazılımlarının karşılaştırması

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.
Min - Optimizasyon
MD - Moleküler dinamik
MC - Monte Carlo
REM - Replika değişimi yöntemi
Crt - Kartezyen koordinatlar
Int - İç koordinatlar
Exp - Açık su
Imp - Örtülü su
Lig - Ligand etkileşimleri
GPU - Donanım hızlandırma
| Name | 3D Görüntü | Model oluşturma | Min | MD | MC | REM | Crt | Int | Exp | Imp | Lig | GPU | Yorumlar | Lisans | Website |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| Abalone | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Evet | Evet | Evet | DNA, proteinler, ligandlar | Ücretsiz | Agile Molecule |
| AMBER | Hayır | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Evet | Hayır | Evet | Evet | Evet | Evet | AMBER kuvvet alanı | Tescilli | ambermd.org23 Haziran 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| Ascalaph Designer | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Evet | Evet | Hayır | AMBER | Ücretsiz, GPL | biomolecular-modeling.com11 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| CHARMM | Hayır | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Evet | Evet | Hayır | CHARMM kuvvet alanı | Tescilli | charmm.org |
| Forecaster (Fitted) | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Su yerleştirme ile nükleik asitlere küçük molekül yanaştırma | Akademi için ücretsiz, Tescilli | Molecular Forecaster9 Temmuz 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| HyperChem | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Evet | Evet | Hayır | Bazı kuvvet alanları | Tescilli | Hypercube, Inc.30 Haziran 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| ICM | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Global optimizasyon | Tescilli | Molsoft27 Şubat 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| JUMNA | Hayır | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır |  | Tescilli |  |
| MDynaMix | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Yaygın MD | Ücretsiz, GPL | Stockholm University30 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| Molecular Operating Environment (MOE) | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır |  | Tescilli | Chemical Computing Group30 Haziran 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| Nucleic Acid Builder (NAB) | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Hayır | Olağandışı DNA, RNA için modeller üretir | Ücretsiz, GPL | New Jersey University19 Şubat 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| NAnoscale Molecular Dynamics (NAMD) | Evet | Hayır | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Evet | Hızlı, paralel MD, CUDA | Ücretsiz | University of Illinois 8 Nisan 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| oxDNA | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | DNA ve RNA' nın Kaba taneli  modellemesi | Ücretsiz, GPL | dna.physics.ox.ac.ukLAMMPS USER-CGDNA 3 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| QRNAS  | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | AMBER kuvvet alanı kullanılarak RNA, DNA ve ikisinin hibridlerinin modellerinin yüksek çözünürlüklü geliştirmesi. | GPL | Genesilico 21 Şubat 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Github |
| SimRNA | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | RNA' nın Kaba taneli  modellemesi | Akademi için ücretsiz, Tescilli | Genesilico 31 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| SimRNAweb | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Hayır | RNA' nın Kaba taneli  modellemesi | Ücretsiz | Genesilico 19 Kasım 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |
| YASARA | Evet | Evet | Evet | Evet | Hayır | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Evet | Hayır | Etkileşimli simülasyonlar | Tescilli | www.YASARA.org 10 Şubat 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. |