Einsatzgruppen
Gazlama

Bir süre sonra Himmler, Einsatzgruppen'in kullandığı öldürme yöntemlerin verimsiz maliyetli buldu. Bu infaz şekli birliklerin moralini bozuyordu ve bazen kurbanları yeterince hızlı öldürmüyordu. Askerlerin çoğu katliamları gerçekleştirmenin imkansız olmasa da zor olduğunu düşünüyordu. Faillerden bazıları fiziksel ve ruhsal sağlık sorunları yaşadı, birçoğu da alkole yöneldi. Tarihçi Christian Ingrao, silahlı saldırıları bireysel sorumluluk olmaksızın kolektif bir eylem haline getirmeye çalışıldığını belirtiyor. Cinayetleri bu şekilde çerçevelemek, her failin suçluluktan arınmış hissetmesi için psikolojik olarak yeterli değildi. Browning, potansiyel faillerin üç kategorisine dikkat çekiyor. "En başından itibaren katılmaya istekli olanlar, kendilerine emredildiği için ahlaki kaygılara rağmen katılanlar ve katılmayı reddeden önemli bir azınlık." Birkaç adam, öldürme yöntemlerinde ve bu göreve olan şevklerinde kendiliğinden aşırı derecede acımasız hale geldi. Einsatzgruppen D Komutanı, Otto Ohlendorf, bu aşırılığa olan eğilimi özellikle belirtti ve katılmaya çok hevesli veya çok acımasız olan herhangi bir adamın daha fazla infaz yapmamasını emretti.
Himmler, Ağustos 1941'de Minsk'e yaptığı ziyaret sırasında bir Einsatzgruppen tanık oldu. İlk elden toplu infaz yaptı ve Yahudileri vurmanın adamları için çok stresli olduğu sonucuna vardı. Kasım ayına gelindiğinde, infazlara katılmaktan dolayı sağlığı bozulan SS adamlarına dinlenme ve akıl sağlığı bakımı sağlanması için düzenlemeler yaptı. Ayrıca kurbanlara, özellikle de kadın ve çocuklara gaz verilmesine geçiş yapılması gerektiğine karar verdi ve cinayetlere yardımcı olabilecek gözden çıkarılabilir yerli yardımcıların işe alınmasını emretti.  Daha önce akıl hastalarını öldürmek için kullanılan gaz kamyonları, dört ana Einsatzgruppen tarafından da hizmet görmeye başladı. Ancak gaz kamyonetleri komandolar arasında popüler değildi. Çünkü cesetleri minibüsten çıkarıp gömmek korkunç bir çileydi. SS adamlarını travmadan kurtarmak için genellikle bu görevi yapmak üzere mahkûmlar veya yardımcılar görevlendirilirdi. İmha kamplarındaki ilk toplu katliamların bazılarında, gaz kamyonetlerinde kullanılan yönteme benzer şekilde, dizel motorlar tarafından üretilen karbon monoksit dumanı kullanıldı, ancak Eylül 1941 gibi erken bir tarihte Auschwitz'de siyanür bazlı bir pestisit gazı olan Zyklon B kullanılarak deneyler yapılmaya başlandı.
Avrupa'daki Yahudi nüfusunun (on bir milyon kişi) tamamen ortadan kaldırılmasına yönelik planlar, 20 Ocak 1942'de düzenlenen Wannsee Konferansı'nda resmîleştirildi. Bazıları ölümüne çalıştırılacak, geri kalanı ise Yahudi sorununun Nihai Çözümü'nün uygulanması sırasında öldürülecekti. Auschwitz, Belzec, Chelmno, Majdanek, Sobibor, Treblinka ve diğer Nazi imha kamplarındaki kalıcı ölüm merkezleri, toplu katliamın birincil yöntemi olarak gezici ölüm mangalarının yerini aldı. Fakat Einsatzgruppen aktif kaldı ve özellikle Beyaz Rusya'da partizanlarla savaşmak için işe koyuldular.
Şubat 1943'te Stalingrad'daki yenilginin ardından Himmler, Almanya'nın savaşı muhtemelen kaybedeceğini fark etti ve SS-Standartenführer komutasında özel bir görev gücü olan Sonderaktion 1005'in Paul Blobel tarafından kurulması emrini verdi. Birimin görevi, soykırımı örtbas etmek amacıyla Doğu Cephesi boyunca toplu mezarları ziyaret ederek cesetleri çıkarmak ve yakmaktı. Savaşın sonunda bu görev yarım kaldı ve birçok toplu mezar işaretlenmemiş ve kazılmamış durumda bırakıldı.
1944'e gelindiğinde Kızıl Ordu, Alman kuvvetlerini Doğu Avrupa'nın dışına itmeye başladı ve Einsatzgruppen Wehrmacht'ın yanında geri çekildi. 1944 sonlarında komandoların çoğu Waffen-SS savaş birimlerine yerleştirildi veya kalıcı ölüm kamplarına nakledildi. Hilberg, 1941 ile 1945 arasında Einsatzgruppen tarafından, 1,3 milyonu Yahudi olmak üzere iki milyondan fazla insanı öldürdü. Savaş sırasında öldürülen Yahudilerin toplam sayısının 5,5 ila 6 milyon kişi olduğu tahmin ediliyor.
Nazilerin Sovyet savaş esirlerine işledikleri suçların önemli bir kısmını da Einsatzgruppen gerçekleştirdi.
1948'den başlayarak, Einsatzgruppen'in üyeleri, çeşitli davalarda insanlığa karşı suçlar, savaş suçları ve bir suç örgütü üyeliğinden mahkûm edildi.