AKP-Fethullahçı çatışması
17 Aralık operasyonu

Ana madde: 17 Aralık soruşturması
17 Aralık'ta 2013'te aralarında iş insanı Rıza Sarraf, Halkbank Genel Müdürü Süleyman Aslan, Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir, iş insanı Ali Ağaoğlu ve 3 bakanın oğlunun (İçişleri Bakanı Muammer Güler'in oğlu Barış Güler, Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan'ın oğlu Kaan Çağlayan, Çevre ve Şehircilik Bakanı Erdoğan Bayraktar'ın oğlu Abdullah Bayraktar) da aralarında bulunduğu 80'den fazla kişi gözaltına alındı. ve bunların 24'ü tutuklandı. Polis operasyonu sırasında Halk Bankası Genel Müdürü'nün evinde ayakkabı kutuları içine saklanmış 4.5 milyon doların çıkması ve Muammer Güler'in oğlu Barış Güler'in yatak odasından para sayma makinelerinin çıktığı haberleri sonraki günlerde kamuoyunda çokça yer aldı.
Operasyon hükûmet kanadında şok etkisi yarattı, Bülent Arınç "Operasyonun ne amaçla yapıldığını biliyoruz. Bunları yapanları bulacağız. Devlet içinde kümelenmiş bir örgüt söz konusu ise bunları ortaya çıkarmak boynumuzun borcu olsun." şeklinde tepki verirken Başbakan Erdoğan, operasyonu "kirli operasyon" olarak niteledi. Aynı gün İstanbul Emniyet Müdürlüğünden 5 şube müdürü görevden alındı, aynı zamanda soruşturmayı yürüten savcılar Celal Kara ve Mehmet Yüzgeç'in yanına 2 yeni savcı, Ekrem Aydıner ve Mustafa Erol atandı. Bir ay sonra soruşturmayı başlatan savcılar Celal Kara ve Mehmet Yüzgeç görevden alındı. Davaya atanan Mustafa Erol, kendi isteğiyle davadan çekildi. Soruşturma sonra dan atanan savcı Ekrem Aydıner tarafından devam ettirildi. Yük fazlası olduğu gerekçesiyle 2 savcıya 2 savcı daha eklenmesine rağmen, 3 savcının dosyadan ayrılması ile dava tek savcı tarafından sürdürüldü. Bu durum daha sonra savcı Ekrem Aydıner'e hükûmet tarafından vaatlerde bulunulduğu iddialarına yol açtı.
17 Aralık'ta gerçekleştirilen operasyon, hükûmet tarafından "Türkiye içi ve dışındaki karanlık çevrelerin oyunları" (Erdoğan), "planlı bir psikolojik harp"(Arınç), "devlet içinde kümelenmiş illegal bir örgüt" (Arınç) biçiminde nitelendirildi, ancak hükûmet yetkilileri somut olarak cemaatin adını gündeme getirmedi.
Hükûmet temsilcileri başlangıçta "kirli tezgâh", "karanlık çevrelerin oyunları" biçiminde nispeten daha yumuşak ifadeler kullanılırken, 21 Aralık'ta Fethullah Gülen'den beddualarla dolu bir cevap geldi. Erdoğan ve hükûmet sözcüleri sonraki günlerde "dindar kisvesi altındaki taşeron örgütler" (Erdoğan), "kökü dışarıda ama içeride ihanet çeteleri" (Erdoğan), gibi nitelendirmeler kullanmaya başladılar.
Politik gözlemciler ise hükûmetin kastettiği "Paralel Yapı"'nın Gülen Cemaati ya da Gülen Cemaati'nin içindeki bir grup olduğunu yazdılar. Sedat Ergin, 25 Aralık tarihli yazısında Erdoğan'ın bu ifadeleri Gülen cemaatini tanımlamak için kullandığını belirtti. Prof. Burhanettin Duran da Sabah gazetesindeki yazısında devlet içinde “illegal paralel yapı” oluşturmakla ve “dindar kisvesinde taşeron bir örgüt” olmakla suçlananın "Gülen cemaati" olduğunu yazdı. Fehmi Koru  ve Akif Beki  ise başbakan ve hükûmet sözcülerinin cemaati değil cemaatin içindeki bir grubu anlattığını yazdılar. Ruşen Çakır ise Fehmi Koru ve Akif Beki'nin açıklamalarının bir orta yol arayışı ve "Gülen iyi ama çevresi kötü" demek olduğunu, Fethullah Gülen'den habersiz, cemaatin de paraleli olamayacağını ileri sürdü.
17 Aralık operasyonunda adı geçen 3 bakan 25 Aralık'ta kabineden istifa ettiler ve yeni kabine kamuoyuna duyuruldu. Soruşturma kapsamında adı geçen ancak istifa etmeyen Egemen Bağış'a ise  yeni kabinede görev verilmedi. İstifa eden bakanlardan  Erdoğan Bayraktar "Tarafıma baskı yapılmasını kabul etmiyorum. Soruşturma dosyasında var olan imar planlarının büyük bölümü Başbakan’ın talimatıyla yapıldı. Bu milleti ve vatanı rahatlatmak için Başbakan’ın istifa etmesi gerektiğine inanıyorum" dedi. Ancak Bayraktar, ileriki günlerde bu sözlerinden dolayı özür diledi. Aynı gün, AK Parti milletvekili İdris Naim Şahin emniyet ve yargı personeline yapılan uygulamalar nedeniyle partisinden istifa ettiğini açıkladı. 27 Aralık'ta Ertuğrul Günay, Haluk Özdalga ve Erdal Kalkan da AK Parti'den istifa ettiler.