Protein Data Bank
PDB dosya biçimi

Protein Data Bank (PDB) dosya biçimi, Protein Data Bank'ta bulunan moleküllerin üç boyutlu yapılarını açıklayan metin tabanlı bir dosya biçimidir ve daha sonra mmCIF biçimi tarafından takip edilmiştir. Bu nedenle PDB biçimi, protein ve nükleik asit yapılarının açıklaması ve açıklaması için kullanılır; bunlar arasında atom koordinatları, ikincil yapı atamaları ve atom bağlantıları bulunur. Ayrıca deneysel meta veriler de depolanır. PDB biçimi, biyolojik makromoleküllerle ilgili verileri tutan Protein Data Bank'ın eski dosya biçimidir ve daha yeni mmCIF dosya biçiminde veri saklar.
Her PDB dosyası, RCSB PDB'deki tek bir girişe karşılık gelir ve genellikle atomların üç boyutlu koordinatları, bağ uzunlukları ve açıları hakkında bilgiler, simetri operatörleri ve yapıdaki ligandlar ile çözücü molekülleri hakkındaki bilgiler gibi verileri içerir. PDB biçimi, yıllar içinde artan yapısal verilerin karmaşıklığı ve çeşitliliğine uyum sağlamak için birkaç kez revize edilmiş ve genişletilmiştir.
PDB dosya formatı belirli değişkenleri belli bir formatta saklar. Bazı değişkenlerin her dosyada bulunması gerekirken bazılarının ise olma zorunluluğu yoktur. Her dosyanın içerdiği satırların açıklamaları aşağıdaki tabloda yer almaktadır:
| 0 | 1 | 2 | 3 |
| --- | --- | --- | --- |
| KAYIT TÜRÜ | MEVCUTLUK | KOŞULLAR | İSTEĞE BAĞLI |
| HEADER | Zorunlu | Giriş başlığı. |  |
| OBSLTE | İsteğe Bağlı | Yenisiyle değiştirilmiş girişlerde kullanılır. |  |
| TITLE | Zorunlu | Giriş başlığı. |  |
| SPLIT | İsteğe Bağlı | Büyük makromoleküler kompleksler birden fazla PDB girişine bölündüğünde kullanılır. |  |
| CAVEAT | İsteğe Bağlı | Hatalar gibi açık durumlar olduğunda kullanılır. |  |
| COMPND | Zorunlu | Bileşik adı ve diğer bileşik bilgileri. |  |
| SOURCE | Zorunlu | Kaynağın adı ve diğer bilgileri. |  |
| KEYWDS | Zorunlu | Anahtar kelimeler. |  |
| EXPDTA | Zorunlu | Deney yöntemi ve diğer ilgili bilgiler. |  |
| NUMMDL | İsteğe Bağlı | NMR ansambl girişleri için gerekli. |  |
| MDLTYP | İsteğe Bağlı | NMR minimize edilmiş ortalama yapıları veya tüm polimer zinciri C alfa veya P atomları içeriyorsa gerekli. |  |
| AUTHOR | Zorunlu | Yazar bilgileri. |  |
| REVDAT | Zorunlu | Revizyon tarihleri ve açıklamaları. |  |
| SPRSDE | İsteğe Bağlı | Yenisiyle değiştirilmiş bir giriş olduğunda gerekli. |  |
| JRNL | İsteğe Bağlı | Deneyi tanımlayan bir yayın olduğunda gerekli. |  |
| REMARK 0 | İsteğe Bağlı | Yeniden düzeltilmiş bir yapı için gerekli. |  |
| REMARK 1 | İsteğe Bağlı | Genel açıklama için kullanılır. |  |
| REMARK 2 | Zorunlu | Giriş hakkında ayrıntılı bilgi. |  |
| REMARK 3 | Zorunlu | Giriş hakkında ek ayrıntılı bilgi. |  |
| REMARK N | İsteğe Bağlı | Belirli koşullar altında kullanılır. |  |
| DBREF | İsteğe Bağlı | Tüm polimer zincirleri için kullanılır. |  |
| DBREF1/DBREF2 | İsteğe Bağlı | Belirli dizi veritabanı erişimi ve/veya sıra numaralandırma uygun değilse kullanılır. |  |
| SEQADV | İsteğe Bağlı | Dizi çakışması varsa kullanılır. |  |
| SEQRES | Zorunlu | ATOM kayıtları varsa kullanılır. |  |
| MODRES | İsteğe Bağlı | Koordinatlarda değiştirilmiş grup varsa kullanılır. |  |
| HET | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır. |  |
| HETNAM | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır. |  |
| HETSYN | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grupların senonimleri. |  |
| FORMUL | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup veya su varsa kullanılır. |  |
| HELIX | İsteğe Bağlı | Alfa sarmal yapısı. |  |
| SHEET | İsteğe Bağlı | Beta yapısı. |  |
| SSBOND | İsteğe Bağlı | Bir disülfit bağı varsa kullanılır. |  |
| LINK | İsteğe Bağlı | Polimer zincirlerinde standart olmayan bileşikler varsa kullanılır. |  |
| CISPEP | İsteğe Bağlı | Sis izomeri bilgisi. |  |
| SITE | İsteğe Bağlı | Bağlama alanları. |  |
| CRYST1 | Zorunlu | Kristal parametreleri. |  |
| ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 | Zorunlu | Koordinat dönüş matrisleri. |  |
| SCALE1 SCALE2 SCALE3 | Zorunlu | Koordinat dönüş matrisleri. |  |
| MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3 | İsteğe Bağlı | Asimetrik ünitenin oluşturulması gerekiyorsa kullanılır. |  |
| MODEL | İsteğe Bağlı | Birden fazla model varsa kullanılır. |  |
| ATOM | İsteğe Bağlı | Standart kalıntılar varsa kullanılır. |  |
| ANISOU | İsteğe Bağlı | Birkutuplu atomun termal titreşim bilgisi. |  |
| TER | İsteğe Bağlı | Polimer zincirleri varsa kullanılır. |  |
| HETATM | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grup varsa kullanılır. |  |
| ENDMDL | İsteğe Bağlı | MODEL beliriyorsa kullanılır. |  |
| CONECT | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grup varsa ve LINK veya SSBOND kayıtları varsa kullanılır. |  |