Konfederasyon Dönemi
Yeni hükûmetin kuruluşu

| 1789 seçim oyu toplamları> İsim | 1789 seçim oyu toplamları> oylar |
| --- | --- |
George Washington: 69
John Adams: 34
John Jay: 9
Robert H. Harrison: 6
John Rutledge: 6
John Hancock: 4
George Clinton: 3
Samuel Huntington: 2
John Milton: 2
James Armstrong: 1
Benjamin Lincoln: 1
Edward Telfair: 1
Eylül 1788'de Konfederasyon Kongresi, Anayasa'nın onaylandığını resmen onayladı. Ayrıca cumhurbaşkanlığı seçimi ve yeni federal hükûmetin ilk toplantısının tarihini de belirledi. Ek olarak, Kongre, Baltimore'un kısaca favori olarak ortaya çıkmasıyla, gelen hükûmetin nerede buluşacağı konusunda tartışmalara girdi. Güney ve Batı çıkarlarının hoşnutsuzluğuna rağmen, Kongre nihayetinde New York şehrini hükûmet merkezi olarak tutmayı seçti. Ulusun başında sekiz yıldan fazla kalmayı kesinlikle reddeden Washington 1797'de emekliye ayrıldı. Başkan Yardımcısı, Massachusettsli John Adams yeni başkan olarak seçildi. Başkanlığa getirilmeden önce Alexander Hamilton ile sürtüşmüş olan Adams, bölünmüş bir parti ile çalışmak zorundaydı.
Uluslararası karmaşa bu iç zorlukları daha da arttırıyordu: İngiltere ile yeni yapılan andlaşmayı öfkeyle karşılayan Fransa, İngilizlerin iddialarını benimseyerek, düşman limanlarına götürülmekte olan besin maddelerine, donanmaya ait mallara ve savaş malzemesine Fransız donanması tarafından el konulacağını açıkladı. 1797'ye gelindiğinde, Fransa 300 Amerikan gemisine el koymuş ve Amerika Birleşik Devletleri'yle diplomatik ilişkilerini kesmişti. Adams, görüşmelerde bulunmak üzere Paris'e üç temsilci daha gönderince, Fransa Dışişleri Bakanı Charles Maurice de Talleyrand'n ajanları (Adams, Kongre'ye verdiği raporda bunlardan X, Y ve Z olarak söz etmiştir), Amerika Birleşik Devletleri'nin Fransa'ya 12 milyon dolar borç ve Fransa Hükûmeti yetkililerine de rüşvet vermesi koşuluyla görüşmelere başlanabileceğini bildirdiler. Amerikalıların Fransa'ya karşı düşmanlıkları yüksek bir düzeye erişti.  XYZ Olayı denilen gelişmeler sonucunda, silah altına asker alınmaya ve genç A.B.D. donanması güçlendirilmeye başlandı.
Washington, Anayasa Konvansiyonu'nun ardından emekliliğine devam etmek istese de, Amerikan halkı genel olarak onun ülkenin ilk başkanı olacağını bekliyordu. Hamilton gibi federalistler sonunda onu ofisi kabul etmeye ikna ettiler. 4 Şubat 1789'da, Anayasa tarafından dolaylı cumhurbaşkanlığı seçimlerini yürütmek için kurulan mekanizma olan  Seçiciler kurulu, her eyaletin başkan seçmenlerinin eyaletlerinin başkentinde toplanmasıyla ilk kez bir araya geldi. O zaman yürürlükte olan kurallara göre, her seçmen iki kişiye oy verebilir (ancak seçmen tarafından seçilen iki kişi, o seçmenle aynı eyalette yaşayamaz), en çok oyu alan aday başkan ve en çok oy alan aday olur. ikinci en çok başkan yardımcısı oluyor. Her seçmen Washington için bir oy verirken, John Adams diğer tüm adayların en çok oyu aldı ve böylece başkan yardımcısı olarak seçimi kazandı. 13 eyaletten 10'u seçmen oy kullandı. New York yasama meclisi kendisine ayrılan seçmenleri zamanında atamadığı için New York'tan oy yoktu; Kuzey Carolina ve Rhode Island, Anayasa'yı henüz onaylamadıkları için katılmadılar. Fransızlarla bir dizi deniz çatışmasından sonra savaş kaçınılmaz görünüyordu. Bu bunalım sırasında, Adams, savaşmak isteyen Hamilton'un önerilerini bir kenara iterek Fransa'ya üç yeni temsilci gönderdi. İktidara yeni gelmiş olan Napoleon, temsilcilere içten bir kabul gösterdi ve görüşmeler sonunda, Amerika Birleşik Devletleri'ni Fransa ile 1778'de yapmış bulunduğu savunma ittifakının yükümlülüklerinden resmen kurtaran Sözleşme'nin 1800 yılında imzalanmasıyla çatışma tehlikesi azaldı. Buna karşın, Amerika'nın zayıflığı yüzünden, Fransa, Fransız donanmasının el koyduğu Amerikan gemilerine karşılık 20 milyon dolar tazminat ödemeyi reddetti.
Fransa'ya karşı duyulan düşmanlık, Kongre'nin Yabancılar ve İsyan Yasaları'nı kabulüne yol açtı ve bu yasalar Amerika'da vatandaşlık hakları üzerinde önemli etkiler yarattı. Vatandaşlığa alınma süresini beş yıldan on dört yıla yükselten Vatandaşlık Yasası, Cumhuriyetçiler'e destek verdiğinden kuşku duyulan İrlandalı ve Fransız göçmenleri hedef alıyordu. Sadece iki yıl yürürlükte kalacak olan Yabancılar Yasası, başkana, savaş sırasında yabancıları hapse atma ya da sınır dışı etme yetkisi veriyordu. İsyan Yasası, başkan ya da Kongre hakkında “yanlış, iftira sayılan ve kasıtlı” her tür yazıyı, konuşmayı ya da yayını yasaklıyordu. İsyan Yasası uyarınca verilen birkaç mahkûmiyet kararı, vatandaşlık hakları konusunda azizler yarattı ve Cumhuriyetçiler'e destek sağladı.
Federalistler, eşzamanlı Meclis ve Senato seçimlerinde iyi bir performans sergilediler ve Birleşik Devletler Kongresi'nin her iki meclisine de Anayasa tarafından kurulan federal hükûmetin savunucularının hakim olmasını sağladılar. Bu da, birçok Federalistin ulusal hükûmeti ciddi şekilde zayıflatacağından korktuğu, değişiklik önermek için bir anayasal sözleşmenin olmayacağını garanti etti. Yasalar direnmeyle karşılandı. Jefferson ve Madison, Kasım ve Aralık 1798'de, Kentucky ve Virginia yasama organlarının, aynı adla anılan birer Karar almalarına öncülük ettiler. Bunlara göre, eyaletler, federal hükûmetin kararlarına kendi görüşleri çerçevesinde “müdahale” edebilecek ve onları “geçersiz” kılabileceklerdi. Geçersiz kılma kuramı, gelecek yıllarda, gümrük tarifeleri ve daha da kötüsü, kölelik konularında kendi çıkarlarını Kuzey'in çıkarlarına karşı savunmak amacıyla Güney eyaletleri tarafından kullanılacaktı.
1800'e gelindiğinde Amerikan halkı bir değişikliğe hazırdı. Washington ve Adams'ın yönetimi sırasında Federalistler güçlü bir hükûmet kurmuşlardı; fakat, Amerikan hükûmetinin vatandaşların isteklerine karşılık vermek zorunda olduğu ilkesini zaman zaman göz ardı ederek, büyük grubları yabancılaştıran bir dizi siyaset izlemişlerdi. Sözgelimi, 1798'de bir konut, arazi ve köle vergisi çıkararak ülkedeki tüm emlak sahiplerini etkilediler.
Yeni federal hükûmet, Mart 1789'da 1. Kongre'nin toplanması ve ertesi ay Washington'un açılışı ile faaliyete geçti. Eylül 1789'da Kongre, bireysel özgürlükleri federal müdahaleye karşı korumak için tasarlanmış bir grup Anayasa değişikliği olan Haklar Bildirisi'ni onayladı ve eyaletler bu değişiklikleri 1791'de onayladı. Kongre, Haklar Bildirgesi'ni oyladıktan sonra, Kuzey Carolina ve Rhode Island, sırasıyla 1790 ve 1791'de Anayasa'yı onayladı. Jefferson sürekli olarak çevresinde büyük çiftçi, dükkân sahibi ve diğer işçi kitleleri topladı ve onlar da 1800 seçimlerinde etkilerini gösterdiler. Jefferson, Amerikan idealizmine hitap ettiği için olağanüstü destek elde etti. Yeni başkent Washington, D.C.’de okunan ilk resmi söylev olan göreve başlama konuşmasında, halk arasında düzeni koruyacak “akıllı ve tutumlu bir hükûmet kurulacağına”; ancak, “onların, bunun dışında, kendi çalışmalarını ve gelişmelerini düzenlemekte özgür bırakılacaklarına” söz verdi.