Osmanlı donanması
Duraklama dönemi (1587-1682) > Girit Savaşı (1645-1669)

Osmanlı donanmasının özellikle Karadeniz'de emniyeti sağlamaya odaklandığı 1621-1642 döneminde Akdeniz'de daha ziyade sükûnet hakim oldu. Çatalcalı Hasan Paşa 1628'de Toskana, Canbolatzade Mustafa Paşa 1631'de İspanyol, Kemankeş Kara Mustafa Paşa 1636'da Malta filolarına karşı başarı kazanırken, 1632'de Bostancı Cafer Paşa Kesendire'de korsanları püskürtürken kendi baştardasının yanmasına mani olamadı. 1638'de Ali Biçin Reis'in Avlonya'da Venedik donanması tarafından sıkıştırılarak hezimete uğratılması Osmanlıları anılan ülkeyle savaşın eşiğine getirdiyse de, Venedik'in tazminat ödemesi neticesinde barış bozulmadı. Ancak, bu durum kısa sürdü ve 1644'te meydana gelen bir olay Osmanlı İmparatorluğu ile Venedik'i 24 yıl sürecek bir savaşa sürükledi.
1644 yılında Sünbül Ağa'yı Mısır'a götüren küçük bir gemi kafilesinin Girit sularında pusuya yatmış olan Malta korsanları tarafından saldırıya uğraması ve gaspedilen eşyanın Girit'e satılması, Osmanlılar açısından Venedik aleyhine savaş sebebi sayıldı. Buna mukabil, 1645-1669 Osmanlı-Venedik Savaşı ilk yıllarda karada kazanılan başarılara rağmen Osmanlı donanmasının yapısal zaaflarının gözler önüne serildiği bir mücadele oldu (24 yılda 27 kaptan-ı derya görev yaptı). 1645 ve 1646 yıllarında Silahdar Yusuf Paşa ve Koca Musa Paşa'nın çıkardığı birlikler Aya Todori, Hanya ve Resmo'yu fethetti. Ancak; 1646'da Silahdar Yusuf Paşa (saray entrikası sonucu) ve 1648'de Ammarzade Mehmed Paşa (Çanakkale'den çıkamadığı için) idam edildi, 1647'de Koca Musa Paşa Bibercik Deniz Muharebesi'nde, 1649'da da Voynuk Ahmed Paşa Suda Kuşatması'nda hayatlarını kaybettiler. 1648 yılı ayrıca Venediklilerin her yıl Çanakkale Boğazı'nın girişine bir donanma göndererek Osmanlı donanmasının Ege Denizi'ne açılmasına mani olma stratejilerinin de başlangıcını teşkil etti ve bu strateji uzun süre başarılı oldu. 1649 ve 1651 yıllarında ise Voynuk Ahmed Paşa ve Hüsambeyzade Ali Paşa sırasıyla Foça ve Nakşa'da, yeniçerilerin savaştan kaçınmaları sonucu kaydadeğer yenilgilere uğradılar. 1651 yılında Osmanlı İmparatorluğu kadırgadan kalyona geçiş denemesi yaptıysa da, bunları idare edebilecek denizcilerden yoksun olması Nakşa yenilgisine neden oldu ve bu deneme 1682'ye kadar rafa kaldırıldı. 1654-1657 arası ise Osmanlılar açısından tam bir krize dönüştü, zira donanma 1654, 1655 ve 1657'de kayıplar vererek Çanakkale Boğazı'ndan çıkabilirken, 1656 yılında ise Çanakkale'de İnebahtı'dan sonra en büyük yenilgisini aldı. İstanbul'daki gıda fiyatlarından Osmanlı idare yapısına kadar birçok sütunu sarsan bu yenilgi sonrasında Köprülü Mehmed Paşa olağanüstü yetkilerle Sadrazamlığa getirildi. 1657 yılında Osmanlı donanması Çanakkale Muharebesi'nde ablukayı zorlukla kırmayı başarırken, Venediklilerin bir yıl önce işgal ettiği Bozcaada ve Limni'yi geri almayı başardı. 
1658-1665 arası Osmanlıların Erdel ve Almanya savaşları nedeniyle durgun geçerken, Sadrazam Köprülü Fazıl Ahmed Paşa 1666'da Girit seferinin serdarlığını üzerine aldı. Osmanlı donanması Kaplan Mustafa Paşa'nın komutasında ikmal faaliyetlerini başarıyla yürüttü ve 6 Eylül 1669'da (21 yıldır kuşatılan) Kandiye'nin teslimiyle 24 yıllık savaş Osmanlıların ağır bedeller ödedikleri bir zaferle sonuçlandı. Savaş boyunca Osmanlı donanması 1648-1665 arasında Ada'daki birliklerinin ikmali açısından zorlanırken, Venedikliler ise kendi donanmalarına ilaveten Papalık, Malta, Sicilya, Toskana ve Fransa'dan kaydadeğer takviyeler aldılar.
1669-1682 arasında Osmanlı donanması  Girit Savaşı'nın yaralarını sarmaya çalıştı. 1672-1676 Osmanlı-Lehistan ve 1676-1681 Osmanlı-Rus savaşları sırasında Karadeniz filosu Osmanlı ordusunun ikmaline destek verirken, Akdeniz filosu da barış döneminde derya muhafazası harekâtları icra etti. Anılan dönemde, donanmanın aktif olarak müdahil olduğu yegâne olay 1681'deki Sakız Vakası oldu. Abraham Duquesne komutasındaki Fransız filosunun Trablusgarp gemilerini takip bahanesiyle 23 Temmuz 1681 tarihinde Sakız'ı bombardımana tutarak verdiği tahribata karşılık Kaptan-ı derya Bozoklu Mustafa Paşa komutasındaki Osmanlı donanması Fransız filosunu ablukaya aldı. Ardından Fransa Kralı XIV. Louis 17 Mayıs 1682 tarihinde Padişah IV. Mehmed'e tazminat mahiyetinde değerli hediyeler gönderdi ve diplomatik kriz (Osmanlıların donanma marifetiyle yaptıkları güç gösterisiyle) çözüldü.