Ergenekon soruşturması kronolojisi
Kronoloji > 2009

7 Ocak 2009 - Ergenekon soruşturması kapsamında 6 ilde eşzamanlı olarak düzenlenen operasyonlarda 40'a yakın kişi gözaltına alındı. Gözaltına alınanların arasında yazar Yalçın Küçük, Yüksek Öğretim Kurulu eski başkanı Kemal Gürüz, Milli Güvenlik Kurulu eski Genel Sekreteri Org. Tunçer Kılınç, eski Özel Harekât Daire başkanvekili İbrahim Şahin Genelkurmay eski Hukuk Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel, emekli Orgeneral Kemal Yavuz, Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı ve gazeteci Engin Aydın ve Bedrettin Dalan'ın oğlu Barış Dalan da bulunuyor. Ayrıca eski Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Sabih Kanadoğlu'nun evinde ve Bedrettin Dalan'a ait Yeditepe Üniversitesi ile İstek Vakfı'nda arama yapıldı.
Yarbay Mustafa Dönmez'in Sakarya'nın Sapanca ilçesindeki yazlığında yapılan aramada 22 adet el bombası, 6 adet tabanca, 2100 adet kalaşnikof mermisi, 8 adet kalaşnikof şarjörü, 2 adet av tüfegi, 1 adet Mısır yapımı makineli tüfek, 3 adet el dürbünü (1'i Kanas dürbünü olabilir, 1'i sahra dürbünü), Bol miktarda çeşitli çaplarda mermi, 1 adet Somtel marka elektronik kalaylı taşıt tesisat kablosuna (bomba imalatında kullanılabilen yaklaşık 15 metre civarında) rastlandı.
Sorgusu yapılan 4 muvazzaf subay terör örgütüne üye olmak suçlaması ile tutuklandı.
Gözaltına alınanlardan Kemal Yavuz, Tuncer Kılınç Kemal Gürüz ve Barış Dalan serbest bırakılırken Yalçın Küçük tutuklandıktan iki hafta sonra serbest bırakıldı. İbrahim Şahin ise tutklanarak cezaevine konuldu.
22 Ocak 2009 Ankara, İstanbul ve Bursa başta olmak üzere çok sayıda ilde yapılan operasyonlarda muvazzaf subaylar ve polislerinde aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı, sendika ve kanallarında aralarında bulunduğu birçok yerde de aramalar yapıldı. Kahramanmaraş'ta üç özel harekât polisi, Şırnak'ta bir üsteğmen, Tokat'ta bir özel harekât polisi, Antalya'da bir emniyet amiri bir polis memuru gözaltına alındı.Isparta'da ifade vermesi için çeğırılan bir subaydan ise haber alınamadı. Gözaltına alınan 20'yi aşkın muvazzaf polis ve subayın Susurluk davası sanığı İbrahim Şahin'le bağlantısı olduğu belirtiliyor. Operasyon Ankara, İstanbul, Antalya, Elazığ, Iğdır, Şanlıurfa, Şırnak, Maraş, Hakkâri, Tokat, Hatay, Siirt, Bursa illerinde sürdürüldü.
Terörle mücadele ekipleri sabah 07:30'da Avrasya TV binasında arama çalışmalarına başladı.Bazı kişiler gözaltına alındı.Tüm dokümanlar ve bilgisayarlar incelendi.Bilgisayarların sabit disklerinin kopyaları ekiplerce alındı.
Türk-Metal Sendikası'ndaki de aramalar 07:30'da başladı.Burada da bazı dokümanlara el kondu.Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek ile Erhan Göksel'in de aralarında bulunduğu 6 kişi gözaltına alındı.Türk Metal Sendikası Başkanı Mustafa Özbek'le yakın ilişkisi olduğu belirtilen bir kişinin Bursa'daki evinde arama başlatıldı. Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek'in de evinde arama yapıldı. Bu operasyonda gözaltına alınan Erhan Göksel tutuklandı, Mustafa Özbek tutuklanarak cezaevine konuldu.
26 Ocak 2009 22 Ocakta başlatılan operasyon sonucunda gözaltına alınan 26 kişiden Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek 7 asker ve 10 polis olmak üzere toplam 18 kişi tutuklandı. Böylece Ergenekon operasyonları kapsamında tutuklu bulunanların  sayısı 100'e çıktı.
2 Şubat 2009 - Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan Abdullah Çatlı'nın kayıp çantasının kendinde olduğunu söyledi.
4 Şubat 2009 - Mahkeme heyeti kişisel hak ve özgürlüklerin korunması hususu göz önünde bulundurularak, MİT tarafından hazırlanmış "Ergenekon Şeması" olarak bilinen şemada yer alan üzerleri kapatılmış isimlerin açıklanmamasına karar verdi.
7 Şubat 2009 - Hurşit Tolon tahliye edildi.
6 Mart 2009 - Cumhuriyet gazetesi Ankara temsilcisi  Mustafa Balbay ve Toplumsal Haber isimli internet sitesi yazarlarından Neriman Aydın tutuklandı.
10 Mart 2009 Ergenekon davasında 2. iddianame İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi.
25 Mart 2009 Ergenekon davasının 2. iddianamesi mahkeme tarafından kabul edildi.
13 Nisan 2009 Ergenekon soruşturması kapsamında 18 ilde 50 kişiye ait 83 adreste arama yapıldı. Aralarında Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay, Atatürkçü Düşünce Derneği (ADD) Genel Başkanvekili ve eski Uludağ Üniversitesi (UÜ) Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran ve Prof. Dr. Erol Manisalı'nın da bulunduğu 39 kişi gözaltına alındı.
17 Nisan 2009 Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınan 39 kişiden 8'i tutuklandı. Böylece dava kapsamında tutuklu bulunanların sayısı 111'e yükseldi.  Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, Uludağ Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay, Cumhuriyet Gazetesi Yazarı Prof. Dr. Erol Manisalı, ÇYDD Yönetim Kurulu üyeleri Prof. Dr. Ayşe Yüksel, Gökhan Ecevit ve Ömer Sadun Akyaltırık tutuklandıktan sonra Metris cezaevine gönderildi. Zanlılar Terör örgütünü kurmak, yönetmek, Yasa dışı terör örgütü üyesi olmak ve Türkiye Cumhuriyeti hükûmetini ortadan kaldırmaya ve görevini yapmasını engellemeye teşebbüs ile suçlanıyor.
1 Temmuz 2009 AK Parti ve Gülen'i bitirme planı ile ismi gündeme gelen Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek Örgüt üyeliği ve Türkiye Cumhuriyeti hükûmetinin görevini kısmen veya tamamen yapmasını engellemeye teşebbüs suçlamasıyla tutuklandı.  Albay Dursun Çiçek avukatı tutuklama kararına itiraz etti. Bu sırada konu ile ilgili bir dizi gelişme yaşandı. Tutuklama kararını veren 14. Ağır Ceza Mahkemesinin izinde bulunan bir hakimin yerine 
13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görevli hakim Faik Saban, 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne geçici görevle atandı. 14. Ağır Ceza Mahkemesi geçici görevle getirilen Faik Saban'ın katılımıyla Çiçek'in avukatlarının yaptığı itirazı görüşmeye başladı. Ergenekon savcılarından itiraz  ile ilgili mütalaa istendi. Ergenekon savcıları Zekeriya Öz, Murat Yönder ve Ercan Şafak, mütaalalarında Albay Çiçek'in tahliye edilmesine karşı çıktı.
Savcıların mütaalasından sonra 14. Ağır Ceza mahkemesi yeni görevlendirlen hakim Faik Saban'ın da katılımıyla  6 saat süren bir değerlendirme toplantısı yaptı. Bu oturumun sonunda 18 saat önce 2'ye 1 tutuklama kararı veren 14. Ağır Ceza Mahkemesi bu defa  2'ye 1 oy çokluğuyla Albay Çiçek'in ‘İkametgahına göre kaçma şüphesi yok’ gerekçesiyle tahliyesine karar verdi. Böylece Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek'in 18 saat süren tutukluluk hali sona erdi.
3 Ağustos 2009 Danıştay Saldırısı davası ile Ergenekon davası resmen birleştirildi.