İyonya Ayaklanması
Ayaklanma öncesi

Bronz Çağı Çöküşü ardından Antik Yunanistan'da saray ekonomilerinin çökmesiyle nüfusun önemli bir bölümü, daha güvenli bulunan Önasya'ya göç ederek oralarda yerleştiler. Bu yerleşimciler Antik Yunanistan'ın dört ana kabilesinden üçü olan Aioller, İyonlar ve Dorlardır. İyonya boyları, Lidya ve Karya kıyılarına yerleşerek İyonya'yı oluşturacak 12 kent devleti kurdular. Paniyonya Birliği olarak bilinen bu birliğe daha sonra Smyrna da katılmıştır. Bu kentler Karya'da Milet, Myus, Priene, İyonya'da Efes, Colophon, Lebedos, Teos, Klozomenai, Phokaia, Erytrae ve Ege Adaları'nda Sisam ile Sakız'dır. Her ne kadar bu İyonya kentleri bağımsız birer yönetim birimiyse de, ortak bir kültürel mirası paylaşmaktaydılar ve bunun ortaya konuluşu olarak Panionion'da Poseidon Helikonios onuruna festivallerin düzenlendiği ve ortak kararların alındığı ortak tapınak ve toplanma mekanlarını oluşturmuşlardı. Böylelikle, diğer kent devletlerinin, hatta bunun dışında kalan İyonya kabilelerinin de benimsediği bir kültürel birlik oluşturdular. Batı Anadolu kent devletleri, MÖ 560 dolaylarında Lidya Kralı Krezüs tarafından istila edilene kadar bağımsızlıklarını sürdürdüler. Ege Adaları'nın kent devletleri için ise, Persler henüz Fenike'yi istila etmediği, bir donanmaları olmadığı için bağımsızdılar. Bu tarihten Akamenid İmparatorluğu'nu kuran II. Kiros tarafından yıkıldığı tarihe kadar (MÖ 564) Lidya hakimiyetinde kaldılar.
II. Kiros, Lidya'yla savaş halindeyken İyonya kentlerine elçiler göndererek Lidya hakimiyetine baş kaldırmalarını istemişti. Ancak İyonya kentleri bu isteği geri çevirdiler. Savaşların sonunda Lidya çökünce İyonya kent devletleri bu kez II. Kiros'a bir teklif ilettiler. Buna göre Kroisos'a bağımlıkları, aynı şartlarla Ahameniş İmparatorluğu'na geçecekti. Bu kez de II. Kiros, savaş öncesinde kendisiyle işbirliği yapmamış olduklarını ileri sürerek bu öneriyi reddetmiştir. İyonya ve Aiolis kent devletleri bunun üzerine Sparta'ya elçiler göndererek yardım istediler, ancak olumsuz yanıt aldılar. Fakat Sparta, Batı Anadolu'ya bir gemi asker gönderdi. Bunlar Sard'a bir elçi göndererek Grek kentlerinden biri olsun istilaya uğrarsa bunun hesabının sorulacağı tehdidinde bulundu. II. Kiros bu hakaretin intikamını almaya karar vermişti, fakat Babil'de sorunları vardı, esasen o sıralar Batı Anadolu'yu pek önemsemiyordu. Sard'da küçük bir birlik bırakarak ordunun büyük kısmıyla Babil'e döndü. Lidya hazinesi de Paktyas adında güvendiği bir Lidyalıya emanet etti. Ancak Pers ordusu uzaklaştıktan kısa bir süre sonra Paktyas, elindeki hazineyle sahil kesimlerinden asker toplayarak Sard üzerine yürüdü ve kenti kuşattı. Bunun üzerine Kiros, Med generali Mazares'i Lidya üzerine gönderdi. Mazares'in görevi Lidyalıları itidale çağırmak, (Kroisos'un ricasını kırmamıştı) ve Paktyas'ı ele geçirmekti. Ancak Mazares Sard'a ulaşmadan önce Paktyas ve askerleri çekilmişti. Lidyalılar yeni düzene uyum sağladılar. Sonunda Mazares, Paktyas'ı ele geçirdi. Ama ona yardım edenleri cezalandıracaktı. Priene'yi ele geçirdi, tüm Menderes Ovası'nı ezip geçti, Magnesia'yı yağmaladı. Ancak bu sırada hastalanıp öldü. Yerine bir Med generali olan Harpagos gönderildi. Harpagos, birçoğunun duvarları önüne toprak yığarak çok sayıda kenti ele geçirdi. General Harpagos'un ilk saldırısı Phokaia (günümüzde Foça) üzerine olmuştur. Fakat bu arada kent halkı, Pers hakimiyetine girmektense kentlerini deniz yoluyla terk ederek Phokaia'ya giderek buradaki Pers garnizonunu kılıçtan geçirdiler. Ardından Korsika'ya gidip orada yerleştiler. General Harpagos daha sonra Teos'a (günümüzde Seferihisar) yönelmiştir. Teosluların bir kısmı Ege Denizi'nin kuzey sahillerindeki Abdera'ya göç ettiler. Önasya'daki Milet dışındaki diğer kentler de istila edildi. Milet daha önce Kiros'la anlaşmıştı ve bu anlaşmaya bağlı kalmıştı. Adalardaki kent devletleri de, Batı Anadolu'da olanları haber alarak çatışmaya girmeden Pers hakimiyetine boyun eğdiler.
Ancak Pers İmparatoroluğu için İyonya kentlerini hakimiyet altında tutmak, istila edilmiş olan diğer imparatorluk bölgelerine oranla bazı güçlükler göstermektedir. II. Kiros, İmparatorluğun diğer bölgelerinde Musevi din adamları gibi, kitlelerin tutumunu etkileyebilecek, özellikle dini otoriteye sahip grupları, hakimiyetini güçlendirmek amacıyla desteklemiş, kollamıştı. Söz konusu dönemde Yunanistan'da benzer bir seçkin zümre yoktu. Her ne kadar aristokrat bir toprak sahipliği varsa da bu sınıf kendi içinde birlik halinde değildi, hatta kaçınılmaz olarak birbirine rakip durumdaydı. Bu yüzden Persler İyonya kent devletlerinde bir tiranın yönetime gelmesini, kendilerini İyonya'nın iç çatışmalarına sürüklese de desteklemek durumunda kalmışlardır. Bir başka risk de bazı tiranların kendi yönetimlerini olabildiğince bağımsız kılma girişimleri olabilecekti ve bunların bir şekilde değiştirilmesi zorunluydu. Tiranlar da ayrıca zorlu bir işin üstesinden gelmeliydiler, vatandaşlarının Pers düşmanlığını yumuşatmalı, mümkünse gidermeliydiler.
İyonya'nın istilasından 40 yıl sonra, Pers kralı I. Darius'un döneminde, (ki Büyük Kiros'un ardından tahta çıkan üçüncü kraldı) Milet tiranı Aristagoras da kendini, içinden çıkılması bu güç bir durumda bulmuştur. Aristagoras'ın amcası Histiaeus, MÖ 513 yılında I. Darius'la sefere katılmıştı. İstediği ödül sorulduğunda istila edilmiş Trakya topraklarının bir bölümünü talep etmişti. Bu istek yerine getirilmekle birlikte Histiaeus'un hırsı, I. Darius'un danışmanlarının dikkatinden kaçmamıştır. Sonuçta, daha fazlasıyla ödüllendirildi ve Kral'ın yakın çevresine dahil edilerek kışlık başkent Susa'da kalması istendi. Aristagoras, Milet tiranlığını Histiaeus'tan devraldığında, kentte Pers hakimiyetine karşı duyulan hoşnutsuzluk artmaktaydı. Bu arada Nakşa'dan kovulan hali vakti yerinde bazı sürgünler MÖ 500 yılında Aristagoras'a baş vurarak Ada'yı ele geçirmesi için teşvik ettiler. Dahası, tüm seferin masraflarını karşılayaklarına söz verdiler ve diğer Kiklad Adaları'nın da Darius'a boyun eğeceğini vadettiler. Nakşa'yı istila etmekle Milet'teki durumunu güçlendireceğinin hesabını yapan Aristagoras, Lidya Satrap'ı Artaphernes'e bir teklifle yaklaştı. Eğer Artaphernes, bir orduyla kendisini askerî yönden desteklerse, Nakşa'yı ele geçirdiğinde ki böylece I. Darius'un İmparatorluğu'nun sınırlarını genişletmiş olacaktır, ele geçen ganimetten, genişleteceği ordusunun maliyetini karşılamakta kullanabileceği bir pay verecekti. Artaphernes prensip olarak bu teklifi kabul etti. Aristogoras 100 geminin yeterli olacağını söylemişti ama Artaphernes 200 gemi vermeyi vadetti. Ancak sefer için I. Darius'tan izin alınımalıydı. I. Darius bunu onaylayınca, ertesi yıl 200 trireme'den oluşan bir donanma Nakşa'ya saldırı için Megabates komutası altında toplandı. Megabates, I. Darius'un kuzeni, Artaphernes'in kardeşidir.