Juan Ambou
İspanya İç Savaşı

Ana madde: İspanya İç Savaşı
18 Temmuz 1936 tarihinde askeri ayaklanma başladığında Ambou Oviedo'dadır. Bu dönemde Asturias Bölge Komitesine dahil olur. Oviedo'daki yönetim Cumhuriyetçi yönetim kentteki Cumhuriyetçi eğilime ve özellikle de işçilerin Cumhuriyetçilere sahip çıkmasına rağmen kentteki garnizon komutanı Albay Antonio Aranda Mata'ya ve emrindeki ordu birliklerine güvenirler. Aranda, cumhuriyetçi rejimden yana gözükerek kandırmış, sonrasında da kenti kuşatarak düşmesine yol açmıştır. Ambou, Oviedo kentinde Albay Aranda'ya güvenen İspanyol Sosyalist İşçi Partisi lideri Indalecio Prieto ve vali Liarte'nin aksine Aranda'nın Cumhuriyete ihanet içinde olduğunu belirtir ve derhal tutuklanmasını talep eder. Ancak bu talebi yerine getirilmediği gibi henüz Oviedo'nun güvenliği sağlanmamışken 10 bin Asturiaslı işçi Madrid'in savunulması için kentten gönderilir. Ambou bu dönemde Oviedo cephesinin hazırlanmasında görev almıştır, kısa bir süre sonra Asturias Halk Cephesi Savaş Konseyine girer.
6 Eylül 1936 tarihinde Gijon'da Gijon Halk Cephesi Yerel Komitesi kurulur. Halk Cephesi partileri, başta UGT ve CNT olmak üzere sendikalar ve gençlik örgütlerinden oluşan komitede Savaş Bakanlığı görevine Ambou getirilir. Bu görevdeyken Ambou özellikle milis ve dağınık kuvvetlerin lağvedilerek düzenli ve disiplinli bir orduya geçişin temellerini atar. Birlik komutanlarının birlikteki askerler tarafından seçilmesini öngörür. Kuray heyetiyle koordineli şekilde askere alım işlemleri başlatır. Tüm silah ve cephanenin merkezi olarak dağıtılması planlamasını başlatır. Ayrıca Maksim Gorki Alayının kurulmasına karar verilir.
Ambou, Cumhuriyetçi Kuzey Cephesinin yani Asturias-Santander-Bask bölgelerinin ayakta kalma şansının ancak merkezi bir otorite güdümünde tüm kaynakların tek amaç uğruna vakfedilmesiyle gerçekleşebileceğini anlar ve bunun için görüşmeler yapar. Özellikle savaş ekonomisinin ve savaş sanayiinin birbirinden ayrı ve plansız şekilde değil tüm bölgenin ihtiyaçları doğrultusunda ele alınmasını savunur. Ancak başta İberya Anarşist Federasyonu FAI olmak üzere hem Halk Cephesi partileri hem de burjuva Bask Hükümeti buna karşı çıkar.
1936 yılı Aralık ayında anarşistlerle komünistler arasında çıkan anlaşmazlıklar sonucunda görevden alınmış ve kamu eğitiminde sorumlu olmuştur. Bu olayın gelişmesi şu şekilde olur: Ambou liderliğinde merkezi direniş örgütlenmesinin ve halk nezdinde komünistlere olan desteğin artması Halk Cephesi partilerinden tepki toplamaya başlar. "Askeri başarısızlık" iddialarını komünistlerin "particilik" iddiaları izler. Başta anarşistler ve Troçkistler olmak üzere Halk Cephesi partilerinin tamamı komünistler karşısında birleşerek görevlerinden istifa ederler. Ambou, komünistleri yalıtmak amaçlı yaşanan krizin bozgunculukla eşdeğer olduğunu savunur. Komünistlerin görevlerinden istifa etmeleri sonrasında "kriz" çözülmüş olsa da Ambou, savaş sırasında Halk Cephesi partilerinin komünistleri asıl tehlike olarak gördüğünü savunur. Benzer bir durum 24 Ağustos 1937'de ilan edilen özerklik konusunda da yaşanmıştır.
Ambou, Bilbao'nun düşmesinden sonra Kuzeydeki Halk Cephesi yönetimindeki komünizm karşıtı unsurların adeta kaçıp canlarını kurtarmak için özerklik kararı aldığını belirtir. 
1937 yılı Ağustos ayında Ambou'nun da dahil olduğu Asturias ve Leon Bölge Konseyi özerklik ilan etmiş, siyasal ve askeri kararları kendi başına alacağını ilan etmiştir. 24 Ağustos 1937 tarihinde alınan kararın ardındaki Amador Fernandez, Belarmino Tomas ve Segundo Blanco'yu şiddetli şekilde eleştirildikten sonra İspanyol Komünist Partisi merkezi hükûmetin asla zayıflatılmaması gerektiğini savunup, kavgayı büyütmek için bölünmenin değil birlikte hareket etmenin önemli olduğunu belirtir. Ayrıca Ambou alınmaya çalışılan teslimiyetçi tahliye kararına İspanyol Komünist Partisi sayesinde engel olunduğunu ifade eder. Ambou vakti gelince savaşçıların hala kavganın devam ettiği bölgelere nakledilmesi için hazırlıklar yapıldığını, ayrıca savaş sanayiinin de sürmekte olan savaş sırasında Cumhuriyetçilere karşı kullanılmak üzere silah üretmesine engel olmak için sabote edilmesini savunduğunu belirtir. Dolayısıyla Ambou'ya göre İspanyol Komünist Partisi, bölgedeki Halk Cephesi saflarındaki siyasal partiler ve bozguncular kaçmasın, savaşa devam edilsin diye çaba göstermiş, panik eylemlerine son verip, düzenli bir geri çekilişin olanaklarını yaratmıştır. Franco'ya bağlı faşist kuvvetlerin bölgeye yoğun saldırıları karşısında sonuna kadar savaşan Ambou, 20 Ekim 1937 tarihinde direnişin son kalesi olan Gijon'dan ayrılarak kavgaya devam etmek için Saint-Nazaire üzerinden Katalonya'ya geçer. Burada İspanya Komünist Partisi'nin Merkez Komitesine bağlı siyasal-askeri komisyona bağlı görev yapar. İç savaşın kaybedilmesiyle beraber Ebro Ordusuyla beraber İspanya'dan Fransa'ya geçer.