Transkripsiyon faktörü
Transkripsiyon faktör etkinliğinin düzenlenmesi

Biyolojik süreçlerin genelde birden çok kontrol ve düzenleme katmanı vardır. Bu, transkripsiyon faktörleri için de geçerlidir: bir gen ürününün miktarı transkripsiyon seviyesi tarafından belirlendiği gibi, transkripsiyon sürecinin kendi de denetime tâbidir. Aşağıda, bir transkripsiyon faktörünün denetlenme yollarının bazıları sıralanmıştır:
Transkripsiyon faktör sentezi Transkripsiyon faktörlerinin sentezinde bir gen RNA'ya çevriyazılır (ing. transcribe), RNA da proteine çevrilir. Bu adımların her birinin denetimi bir transkripsiyon faktörünün seviyesine etki eder. Transkripsiyon faktörleri kendi kendilerini de denetleyebilirler: Örneğin, transkripsiyon faktörünün kendi represörü olması bir geri besleme döngüsü meydana getirir; transkripsiyon faktörü kendi geninin promotörüne bağlanarak kendi üretimini aşağı ayarlar (ing. downregulate), böylece transkripsiyon faktörünün hücre içindeki seviyesi düşük kalmış olur.
Çekirdeğe taşınma Ökaryotlarda transkripsiyon faktörleri (çoğu protein gibi) çekirdekte okunur ama sonra sitoplazmaya taşınır, oysa işlev yerleri çekirdektir. Çekirdekte aktif olan proteinler çekirdeğe gitmelerini sağlayan bir çekirdek lokalizasyon sinyaline sahiptirler ama transkripsiyon faktörleri durumunda bu lokalizasyon otomatik olmaz, bu süreç onların denetiminin önemli bir noktasıdır. Çekirdek reseptörleri gibi bazı transkripsiyon faktörleri sitoplazmadan çekirdeğe geçebilmek için önce bir liganda bağlanmak zorundadırlar.
Kimyasal modifikasyon veya ligand bağlanması ile etkinleşme Ligandlar bir transkripsiyon faktörünün nerede bulunduğunu belirlemekten başka, onun etkin halde olmasını ve DNA'ya veya başka kofaktörlere bağlanabilir olmasına da etki ederler. Transkripsiyon faktörünün kimyasal değişimi de onu etkinleştirebilir. Örneğin, STAT proteinleri gibi transkripsiyon faktörlerinin DNA'ya bağlanmaları için fosforile olmaları gerekir.
DNA bağlanma yerinin erişilebilirliği Ökaryotlarda aktif olarak çevriyazılmayan genler heterokromatinde yer alır. Heterokromatin, kromozomun tıkız (kompakt) olduğu bölgeleridir; bu bölgelerde DNA'nın histonlara sıkıca sarılmasıyla oluşan kromatin iplikleri vardır. Bu sıkışıklık yüzünden heterokromatindeki DNA'ya çoğu transkripsyon faktörü tafarından erişilemez. Transkripsyon faktörünün DNA'ya bağlanabilmesi için heterokromatinin histon değişimleri (modifikasyonları) yoluyla daha gevşek yapılı olan ökromatine dönüştürülmesi gerekir. Bir transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanamamasının bir nedeni de bağlanma yerinin başka bir transkripsyon faktörü tarafında işgal edilmiş olmasıdır. Bir genin denetiminde iki transkripsiyon faktörü (bir aktivatör ve bir represör) bu şekilde birbirine zıtlık yaratabilirler.
Bir kompleksin oluşumu için gereken diğer kofaktörler veya transkripsiyon faktörleri Çoğu transkripsiyon faktörü tek başına çalışmaz. Genelde transkripsiyonun olması için birkaç transkripsiyon faktörünün DNA düzenleyici dizilerine bağlanması gerekir. Bu transkripsiyon faktörleri de ardından transkripsiyon kofaktörlerini seferber ederek başlama öncesi kopmpleks ve RNA polimerazın bağlanmasını sağlarlar. Dolayısıyla tek bir transkripsyon faktörünün transkripsiyonu başlatabilmesi için bu diğer proteinlerin hepsinin yerinde olması ve transkripsiyon faktörünün kendisin de onlara bağlanabilecek bir durumda olması gerekir.