stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
DNA dizileme
Zincir sonlandırma yöntemleri > Otomasyon ve numune hazırlaması

Otomatik DNA dizileme aletleri (DNA dizileyicileri) bir defada 384 DNA numunesini dizileyebilir ve bu işlemi günde 24 kere tekrarlayabilir. DNA dizileyicileri, kapiler elektroforez kullanarak büyüklük ayrıştırması yapar, boya floresansının tespit ve kayıt eder ve floresan pik çizim kromatogramı olarak veri çıkarır. Termal döndürücü (İng. thermal cycler) ile dizileme reaksiyonlarının ardından temizleme ve bir tampon çözelti içinde yeniden çözeltme, sonra da dizileyiciye yükleme işlemleri ayrı ayrı yapılır. Düşük kaliteli DNA dizilerinin kırpılmasını otomatik olarak yapabilen çeşitli yazılımlar mevcuttur. Bu programlar her pikteki kaliteyi belirleyip, genelde dizinin sonlarında bulunan düşük kaliteli  baz piklerini atarlar. Bu programların doğruluk derecesi insan operatörlerinkinden daha düşüktür ama çok büyük veri kümelerinin otomatik işlenmesi için yeterlidir.
Amplifikasyon ve klonal seleksiyon

Büyük ölçekli dizilemenin amacı, kromozom gibi çok uzun DNA parçalarını dizilemektir. Yaygın kullanılan yollardan biri büyük DNA parçalarını restriksiyon enzimleri veya mekanik güçler kullanarak küçük parçalara ayırmaktır. Parçalanmış DNA bir DNA vektörü içine klonlanır ve Escherichia coli içinde çoğaltılır. Her bir bakteriyel koloniden saflaştırılan kısa DNA parçaları ayrı ayrı dizilenir ve tek bir uzun, bitişik dizi şeklinde elektronik olarak birleştirilir.
Bu yöntem DNA dizisi hakkında bir ön bilgi gerektirmez ve de novo dizileme olarak adlandırılır. Birleştirilmiş dizideki boşluklar primer yürümesi yapılarak doldurulabilir. Farklı stratejilerin hız ve doğruluk açısından farklı avantajları vardır; saçma yöntemleri (İng. shotgun sequencing) çoğu zaman büyük genomları dizilemekte kullanılır ama elde edilen verinin birleştirmesini yapmak karmaşık ve zordur, özellikle dizi tekrarlarının neden olduğu bölgelerde.
Çoğu dizileme yönteminde bireysel DNA moleküllerinin çoğaltılması için bir in vitro klonlama adımı kullanılır, çünkü moleküler tespit yöntemleri tekil moleküllerin dizilemesine yetecek duyarlıkta değildir. Emülsiyon PCR yönteminde bireysel DNA molekülleri ve primer kaplı boncuklarlar, yağ fazı içinde bulunan sulu damlacıklar içinde izole edilir. Polimeraz zincir tepkimesi (PCR) ile her boncuk DNA molekülünün klonal kopyaları ile kaplanır, sonra bu boncuklar daha sonra dizilemede kullanılmak üzere sabitlenir (immobilize edilir). Emülsiyon PCR Marguilis ve arkadaşları (454 Life Sciences tarafından ticarileştirilmiştir), Shendure ve Porreca ve arkadaşları (Poloni dizilemesi olarak bilinir) ve SOLiD dizilemesi (Agencourt tarafından geliştirilmiştir, artık Applied Biosystems bünyesindedir).
In vitro klonal çoğaltma için kullanıla bir diğer yöntem köprü PCR (İng. bridge PCR) olarak adlandırılır, bunda DNA parçaları katı bir yüzeye bağlanmış primerler üzerinde çoğaltılır (bu yöntem Illumina Genome Analyzer makinasında kullanılır). Tek molekül yöntemleri (Stephen Quake'in laboratuvarında geliştirilen ve daha sonra Helicos tarafından ticarileştirilen) bir istisnadır: bu yöntemde parlak floresan boyalar ve lazer uyarımı kullanılarak bir yüzey üzerine sabitleştirilmiş bireysel DNA moleküllerindeki baz ekleme olayları tespit edilir, böylece moleküler çoğaltma gereği ortadan kalkar.
Yüksek hacimli dizileme

Düşük masraflı dizilemeye olan büyük talep, yüksek hacimli dizileme teknolojilerinin geliştirilmesine yol açmıştır. Bu teknolojilerde dizileme süreci paralelleştirilerek binlerce veya milyonlarca dizi aynı anda üretilir. Yüksek hacimli dizileme teknolojilerinin amacı, standart boya sonlandırma yöntemleri ile mümkün olan DNA dizileme masrafını azaltmaktır.
Yüksek hacimli dizileme > Lynx Therapeutics'in Kitlesel Paralel İmza Dizilemesi

"Gelecek kuşak" dizileme teknolojilerinin ilki olan Kitlesel Paralel İmza Dizilemesi (İng. Massively Parallel Signature Sequencing veya MPSS), 1990'larda Lynx Therapeutics'te geliştirilmiştir. Bu şirket 1992'de Sydney Brenner ve Sam Eletr tarafından kurulmuştur. MPSS, boncuk temelli bir yöntemdi, bir adaptör ligasyonu ve onu takip eden bir adaptör deşifrasyon adımı içeriyordu ve dizi dört nükleotitlik birimler halinde okunuyordu. Bu yöntem diziye özgü taraflılığa yol açıyordu ve spesifik dizilerin kaybına yol açıyordu. Teknoloji çok karmaşık olduğu için MPSS sadece Lynx Therapeutics tarafından bir hizmet olarak sunulmaktaydı ve dizileme makinası satılmıyordu. Daha sonradan Solexa ile şirket evliliği olunca bu teknoloji, sentez yoluyla dizilemenin gelişmesine yol açtı, çok daha basit olan bu yeni yaklaşım sayesinde MPSS kulanılmaz oldu. Ancak, MPSS çıktısının esas özellikleri daha sonra gelen "gelecek kuşak" (İng. "next gen") veri tiplerine çok benzemekteydi, yüzlerce bin sayıda kısa diziler üretmesi de dahil olmak üzere. MPSS durumunda, bu kısa diziler tipik olarak cDNA dizilemesinde, gen ifade düzeylerini ölçmek amacıyla kullanılıyordu. Lynx Therapeutics 2004'te Solexa ile birleşti ve bu şirket de daha sonra Illumina tarafından satın alındı.
Yüksek hacimli dizileme > Poloni dizilemesi

Harvard'da George Church'ün laboratuvarında geliştirilen poloni dizilemesi, 2005'te tüm bir genomu dizilemek için kullanılan ilk gelecek-kuşak dizileme sistemleri arasındaydı. In vitro Eşli etiket ("paired-tag") kitaplığı, emülsiyon PCR'si, otomatik bir mikroskop ve ligasyon-temelli dizileme kimyasını birleştirerek bir E. coli genomunu %99.9999'dan yüksek bir doğruluk üretebilmiş ve bunun maliyetini Sanger dizilemesinin yaklaşık 1/10'una getirmiştir. Bu teknoloji önce Agencourt Biosciences şirketine lisanslanmış, daha sonra ana şirketten ayrılan Agencourt Personal Genomics'e aktarılmış ve en nihayet Applied Biosystems'in SOLiD dizileme platformuna dahil edilmiştir.
Yüksek hacimli dizileme > 454 pirodizilemesi

Pirodizilemenin paralelleştirilmiş bir versiyonu 454 Life Sciences tarafından geliştirilmiştir. Bu yöntemde bir yağ solüsyonu içindeki su damlacıklarında yer alan DNA, PCR ile çoğaltılır (emülsiyon PCR'si). Tek bir DNA kalıbının tek bir primer kaplı boncuğa bağlı olduğu her damlacık, sonra klonal bir koloni oluşturur. Dizileme makinası çok sayıda pikolitre hacimli kuyulara sahiptir, bunların her biri tek bir boncuk ve dizileme enzimleri içerir. Pirodizilemede lüsiferaz enzimi kullanılır, bu enzimin ürettiği ışık ile büyümekte olan DNA'ya eklenen her bir nükleotitin tespit edilir. Veriler birleştirilerek dizi okumaları üretilir. Bu teknoloji orta uzunlukta diziler üretir, baz başına maliyeti Sanger dizilemesi ile SOLiD arasında yer alır.
Yüksek hacimli dizileme > Solexa dizilemesi

Solexa tersinir boya sonlandırıcılarına dayanan dizileme teknolojisini geliştirmiştir. DNA molekülleri bir lam üzerindeki primerlere bağlanır, sonra çoğaltılarak lokal, klonal koloniler oluştururlar (köprü amplifikasyonu). Dört tip ddNTP eklenir, dahil edilmeyen nükleotitler yıkanıp atılır. Pirodizilemeden farklı olarak, DNA ancak bir defada bir nükleotit kadar uzatılabilir. Bir kamera ile floresan işaretli nükleotitlerin resmi çekilir. Sonra 3' uçtaki bloker ve floresan boya beraberce kimyasal olarak çıkarılır ve bir sonraki döngü başlar.
Yüksek hacimli dizileme > SOLiD dizilemesi

Applied Biosystems'in SOLiD teknolojisinde ligasyon yoluyla dizileme yöntemi kullanılır. Burada, belli uzunluktaki tüm olası oligonükleotitlerin bir karışımı dizilenen konuma göre işaretlenir. Oligonükleotitler tavlanır ve ligasyona uğrar; DNA ligazın birbiriyle eşleşen dizileri bağlama tercihi nedeniyle, o pozisyon için bilgilendirici bir sinyal elde edilir. Dizilemeden önce DNA emülsiyon PCR ile çoğaltılır. Elde edilen boncukların her birinde aynı DNA'nın kopyaları bulunmaktadır, bu boncuklar bir cam lamın üzerine yerleştirilir. Sonuç, Illumina dizilemesine benzer sayı ve uzunluklarda dizilerdir.
Yüksek hacimli dizileme > İyon yarı iletken dizilemesi

Ion Torrent Systems Inc. iyon yarı iletken dizilemesine dayalı bir sistem geliştirmiştir. Bu dizileme yöntemi, DNA'nın polimerizasyonu sırasında açığa çıkan hidrojen iyonlarının tespitine dayalıdır. Dizilenecek bir kalıp DNA ipliği içeren bir mikrokuyu, tek bir nükleotit tipi ile doldurulur. Eğer eklenen nükleotit uzayan zincire dahil edilebiliyorsa bu bir hidrojen iyonunun salınmasına yol açar, bu da çok hassas bir iyon sensorunu uyarır. Eğer kalıp diziden aynı nükleotitten peşpeşe birkaç tane varsa (homopolimer tekrar), bir döngüde birden çok nükleotit zincire katılacaktır. Bu durumda daha çok sayıda hidrojen iyonu salınacak ve orantılı olarak daha yüksek bir elektronik sinyal elde edilecektir.
Yüksek hacimli dizileme > DNA nanotop dizilemesi

DNA nanotop dizilemesi Complete Genomics şirketi tarafından geliştirilmiş bir dizileme teknolojisidir. Yöntem, dönen çember ikileşmesi kullanarak genomik DNA'dan elde edilmiş küçük parçaları çoğaltıp bunlardan DNA nanotopları meydana getirmektedir. Ligaz yoluyla dizileme ile nükleotit dizisi belirlenir.  Bu yöntem bir defada çok sayıda DNA nanotoplarının dizilenmesini sağlar ve diğer gelecek-kuşak dizileme platformlarına kıyasla daha düşük rektant masrafı vardır.  Ancak, her bir DNA nanotopundan sadece kısa diziler elde edilir, bu yüzden bu kısa dizilerin bir referans genomu üzerinde haritalanması zordur. Bu teknoloji çeşitli genom dizileme projelerinde uygulanmıştır.
Gelecek yöntemler

Hibridizasyon yoluyla dizileme DNA mikrodizilimi kullanan non-enzimatik bir yöntemdir. Dizisi belirlenecek olan bir DNA havuzu, floresan işaretlenip üzerinde bilinen diziler bulunan bir mikroçipe hibiridize edilir. Çip üzerinde belli bir noktada kuvvetli hibridizasyon sinyali olması, dizilenmekte olan DNA'da o dizinin bulunduğunu gösterir. Kütle spektrometresi zincir sonlandırma reaksiyonlarında meydana gelen DNA parçaları arasındaki kütle farklarının belirlenmesi için kullanılabilir.
Halen geliştirilmekte olan DNA dizileme yöntemleri arasında DNA polimerazın işaretlenmesi, DNA bir nanopordan geçerken dizisinin okunması, ve ağır elementlerle (halojenler gibi) nükleotitleri işaretleyerek uzun DNA parçalarıdaki (>5,000 bp) bireysel nükleotitlerin yerlerini tespit etmeyi amaçlayan mikroskopi temelli teknikler (atomik kuvvet mikroskopu veya transmisyon elektron mikroskopisi).
Ekim 2006'da X Prize Foundation (X Ödül Vakfı) tüm genom dizileme teknolojilerinin geliştirilmesine önayak olmak için Archon X Ödülü'nü ilan etti. Bu ödül "100 insan genomunu 10 gün veya daha kısa bir zamanda, dizilenen her 100.000 bazdan en fazla 1 hatalık bir doğrulukla, genomdaki dizilerin en az %98'ini içeren diziler üreten ve genom başına $10,000 (US) maliyete bunu yapabilen ekibe" $10 milyon ödül vadetmektedir.
2010 hibeleri ve 2011 adayları, mikroakışkan, poloni ve baz ağırlıklı dizileme metodolojilerinde devam eden çalışmaları içermektedir.
DNA dizilemesinde önemli aşamalar

1953: DNA çifte sarmal yapısının keşfi.
1972: Rekombinant DNA teknolojisinin keşfi. Bunun sayesinde tanımlı DNA parçalarının izolasyonu mümkün hâle gelmiştir. Bundan evvel dizilenebilen numeneler sadece bakteriyofaj veya virüs DNA'larıydı.
1977: İlk dizilenen DNA genom bacteriophage φX174.
1977: Allan Maxam ve Walter Gilbert "Kimyasal yıkım ile DNA dizilemesi" adlı makalelerini yayımladılar. Bağımsız olarak, Frederick Sanger, "Zincir sonlandırma inhibitörleri ile DNA dizilemesi" adlı makalesini yayımlıyor.
1984: Britanya'da Tıbbi Araştırma Derneği araştırmacıları Epstein-Barr virüsünün DNA dizisini (170 kb) yayımladılar .
1986: California Institute of Technology'de Leroy E. Hood'un laboratuvarı ve Smith ilk yarı otomatik DNA dizileme makinasını ilan ettiler.
1987: Applied Biosystems ilk tamamen otomatik otomatik dizileme makinası olan model ABI 370'ı pazarladı.
1990: ABD Millî Sağlık kurumu (NIH), Mycoplasma capricolum, Escherichia coli, Caenorhabditis elegans ve Saccharomyces cerevisiae için ilk büyük ölçekli denemelere başladı (baz başına US$0.75 masraf ile).
1991: ifade edilmiş dizi etiketlerinin (İng. expressed sequence tag) dizilenmesi Craig Venter'in laboratuvarında başladı, insan genomunun kodlayıcı kısmını elde etmek amacıyla.
1995: The Institute for Genomic Research (TIGR)'da Craig Venter, Hamilton Smith ve arkadaşları doğada yaşayan bir organizmanın (Haemophilus influenzae bakterisinin) ilk genom dizisini yayımladılar. Dairesel kromozomda  1.830.137 baz bulunmaktaydı ve Science dergisinde yayımlanması tüm-genom saçma dizilime (whole-genome shotgun sequencing) yönteminin ilk kullanımı olmuştur, bu yöntem ile, daha evvelki dizileme projelerinde kullanılan baştan bir haritalama aşaması bertaraf edilmiştir.
1996 Stokholm'daki Kraliyet Teknoloji Enstitüsü'nden Pål Nyrén ve öğrencisi Mostafa Ronaghi pirodizileme yöntemini yayınladılar
1998 University of Washington'dan Phil Green ve Brent Ewing, dizileyici veri analizi için “phred” yayımladılar.
2000: Lynx Therapeutics, paralelleştirilmiş, adaptör/ligasyon aracılıklı, boncuk tabanlı bir dizileme teknolojisi olan "MPSS"yi yayımladı ve pazarlayıp "gelecek kuşak" dizileme akımını başlattı.
2001: insan genomunun taslak sürümü yayımlandı.
2004: 454 Life Sciences pirodizilemenin paralelleştirilmiş bir versiyonunu pazarladı. Makinalarının ilk sürümü, otomatik Sanger dizilemesine kıyasla dizileme masraflarını 6-kat azaltmakta ve MPSS'ninkinin ardından "gelecek kuşak" dizileme makinalarının ikincisiydi.
Radyoaktif işaretlenmiş bir dizileme jeli
Bir DNA parçasını işaretlemek için 1) işaretlenmiş primer, ya 2) işaretlenmiş dNTP ya da (3) işaretlenmiş bir ddNTP kullanılabilir. (büyütmek için tıklayın)
Radyoaktif dizileme ile floresan piklerin karşılaştırması (büyütmek için tıklayın)
Kapiler elektroforez
Bir boya sonlandırma dizileme okumasının başlangıcı.
Genomik DNA rastgele parçalara bölünüp bakteriyel bir kitaplık içine klonlanır. Bireysel bakteriyel klonlardan DNA dizilenir, bu diziler birbiriyle örtüşen kısımlarından yararlanılarak birleştirilir.
Valdivia

Başlığın diğer anlamları için Valdivia (anlam ayrımı) sayfasına bakınız.
Bir Valdivia görüntüsü
Valdivia, Pasifik'ten  yaklaşık 15 km içeride Şili'nin güneyinde bir şehir. Nüfusu 140.700 (2004 yılının sayımı) kişidir. Valdivia aynı isimli eyaletin başkenti ve "Universidad Austral de Chile" üniversitesinin olduğu şehirdir.
Coğrafya

Valdivia, gemilerin girebildiği Calle-Calle bölgesinin, sahil sıradağlarının  arasında oluşan vadiye kurulmuş bir şehirdir. Aynı zamanda Rio Cruces ve Rio Valdivia nehirleri burada birleşir.
Yıl boyunca yumuşak ve rutubetli bir iklimi vardır. Güney yarımkürenin kış mevsiminde bu bölgede özellikle yağmur yoğundur. Isı ise, Temmuz ayında 4 °C ile Ocak ayında 16 °C civarında oynamaktadır.
Tarihi

1544 yılında  Juan Bautista Pastene, Pedro de Valdivia'nın verdiği  görev ile bu bölgeyi araştırmıştır. Şehrin ilk ismi Ainilebo iken 9 Şubat 1552  tarihinde  Pedro de Valdivia bu şehrin ismini Valdivia olarak değiştirmiştir. 1553 yılında Mapuchelere karşı savaşta, Pedro de Valdivia öldükten sonra 18 Mart 1553 İspanya kralı I. Karl tarafından, resmi olarak da şehrin adi Valdivia diye verilmiştir.
Valdivia, Pasifik sahillerinde tamamen surlarla kuşatılmış nadir İspanyol kentlerinden biriydi. Şehir, Mapuchelere karşı  savaşta  güçlü bir kale rolü oynamıştır.
16 Aralık 1575 tarihinde çok ağır  bir deprem yüzünden şehir yıkıldı. Bu depremin şiddeti yaklaşık  22 Mayıs 1960 yılında olan ve yakın tarihte  tespit edilen en şiddetli deprem olarak bilinen Büyük Şili Depremi'nin   şiddetinde olduğu tahmin ediliyor. Deprem büyük toprak kaymalarına neden oldu ve Rinihue gölünün deniz akışı imkânını tıkadı. Gölde biriken su 4 ay sonra bu toprak barajı yıktı ve şehre sel bastı. Şehrin valisi ve Şili'nin tarihçisi Pedro Marino de Lobera şehrin yeninden kurulmasını sağladı  ve deprem- ve selzedelere yardımda bulundu.
1599 yılında  şehir  Mapuchelerin eline düştü ve İspanyollar onlarca yıl bu şehirden uzak durmak zorunda kaldılar. 1645 yılında Valdivia Peru kralı emri üzerine yeniden ele geçirildi. 1770 yılından itibaren Valdivia deniz tarafından gelen   saldırılara  karsı emniyet altına alındı (Corral Kalesi, Niebla, Mancera vs.). 1818 yılında Şili'nin  bağımsızlığından sonra da  Valdivia hala İspanya  kontrolü altında kalmıştır. 1820 yılının  Ocak ayında Lord Thomas Cochrane altında olan Şili deniz donanması Valdivia'yi ele geçirmeyi başarmıştır. İspanyollar Chiloe Adası' na  çekilseler de bu ada 1826 yılının ocak ayında ele geçirilmiştir.
1846 yılından itibaren özellikle Alman göçmenler bu bölgeye yerleşmiş, yaklaşık 1850 yılından itibaren nüfusun artması, şehrin ekonomik açıdan zenginleşmesini sağlamıştır. Şili'de ilk bira fabrikası, demir ve çelik sanayisi, tren vagonları imalatı, marangozluk sanayisi, deri sanayisi ve liman endüstrisi başlamıştır.
1909 yılında şehrin büyük bir kısmı çıkan bir yangında zarar görmüştür.
22 Mayıs 1960 tarihinde dünyada bugüne kadar ölçülmüş en şiddetli depreme ve tsunamiye uğramıştır. Deprem 9,50 derece şiddetindeydi ve Valdivia'daki binaların %40'ı yıkılmıştı.
Görülmeye değer yerler

Görülmeye değer bir yer olan balık pazarı  şehrin en sevilen fotoğraf  motiflerini oluşturur. Bunun dışında "Alman Göçmenler Müzesi", İspanyol kalesinin kalıntıları, botanik bahçesine sahip üniversitesi ve doğal Park "Saval" görülmeye değer diğer  yerlerdir. Ayrıca şehirde bir tane de çağdaş sanatlar müzesi de bulunur (Museo de Arte Contemporáneo).
En sevilen turistik unsurlardan biri, Valdivia nehri üzerinde ve bu nehrin denize döküldüğü yere kadar yapılan tekne turudur.
Bu esnada Isla de Mancera adası,Corral ve Niebla 'daki kaleler de görülebilir.
Ekonomi

Valdivia, 1909  yılındaki  büyük yangına  kadar Şili'nin  2. büyük ekonomi merkeziydi. Şehir bu görevini çoktan  başka şehirlere bırakmıştır. Şehrin ekonomisini   burada bulunan endüstriler belirler. (ahşap endüstrisi, gemi üretimi, gıda maddesi üretimi ve bira fabrikası). Valdivia'nın en büyük işvereni "Universidad Austral de Chile" üniversitesidir. Ormancılık, tarım, veterinerlik, jeoloji bölümleriyle uluslararası ün yapmış bir üniversitedir. Nobel ödülü alan Prof. Dr. Manfred Max Neef 1983 yılından  sonra rektör olarak üniversiteyi yönetmiştir
1960'taki büyük depremden sonraki Valdivia
Theodoro Prensliği

Theodoro Prensliği (Yunanca: Πριγκιπάτο της Θεοδωρούς), ayrıca Gothia (Yunanca: Γοτθία) ya da Theodoro-Mengüp Prensliği, olarak da bilinir, Yunanca konuşan
bir prensliktir, Kırım'ın güneybatısında yer alır. Başkenti, Mangup (Doros, Theodoro) kalesidir. Prensliğin, Trabzon İmparatorluğu ile yakın ilişkileri vardı.
Theodoro Prensleri

Tarihçi Aleksandr Vasilyev, ilk prensi y. 1362/3 Mavi Sular Muharebesi'nde bulunan Demetrios olarak tanımlamaktadır. Vasilyev'e göre, muhtemelen yaklaşık aynı zamanda Mangup surlarında "Theodoro" adını taşıyan taş yazıtı yaptıran hekatontarh Khuitani ile aynı kişidir.
Demetrios'tan sonraki prensler sadece Rus kaynaklarında görülür. Prens Stefan ("Stepan Vasilyeviç Khovra"), 1391 veya 1402'de oğlu Gregorios ile birlikte Moskova'ya göç etti. Onun soyadı, ondan önce prens olarak (ve muhtemelen Demetrios'un oğlu olan) Basileios adında bir babanın varlığını ima eder. Stefan ve Gregorios keşiş oldular ve Gregorios daha sonra Moskova'da Simonov Manastırı'nı kurdu. Rus Khovrin ve Golovin soylu aileleri onların soyundan geldiğini iddia ederler. Gothia'da Stefan'ın yerine bir başka oğlu I. Aleksios öldüğü 1444–45 ya da 1447'e kadar hüküm sürdü. Aleksios'un ardılı en büyük oğlu İoannis, Bizans İmparatorluk hanedanı Paleologos ile soylu Asanes ve Tzamplakon aileleriyle bağlantılı Maria Asanina ile evlendi. Çiftin yaklaşık 1446/7 yılında genç yaşta ve muhtemelen Trabzon'da ölen Aleksios isimli bir oğulları oldu. "Prens'in oğluna" (Yunanca: τῷ Αὐθεντοπούλῳ) başlıklı kitabesi, İoannis Eugenikos tarafından yazılmıştır ve ailenin şeceresi hakkında eşsiz verileri sunmaktadır. İoannis'in hükümdarlığı çok kısa gibi görünüyor ya da gerçekten de saltanat geçirmemiş olabilir - A. Vasiliev, Aleksios öldüğünde Trabzon'a gitmek için Gothia'dan ayrıldığını tahmin etmektedir - bu yüzden I. Aleksios'un bir başka oğlu Olubei, yaklaşık 1447 yılında prens olmuş ve yaklaşık 1458 yılına kadar hüküm sürmüştür. I. Aleksios'un kızkardeşi Maria 1426 yılında Trabzon imparatoru David'in ilk karısı olmuştur.
Olubei yaklaşık 1458 yılından sonra zikredilmemiştir ve bir süre hiçbir prens bilinmemektedir; Ceneviz evraklarında yalnızca "Theodoro Lordu ve kardeşleri" (dominus Tedori et fratres ejus) ifadesi geçer. 1465 yılında, Prens İsaakios zikredilir, muhtemelen Olubei'nin oğludur ve dolayısıyla muhtemelen yaklaşık 1458'den itibaren hüküm sürmektedir. Osmanlı tehlikesi karşısında, Kefe'deki Cenevizliler ile uzlaştı ve kız kardeşi Maria'yı Boğdan hükümdarı III. Ştefan ile evlendirdi. Ancak sonraki yıllarda giderek artan Osmanlı yanlısı tutumu, kardeşi Aleksandros tarafından III. Ştefan'ın desteğiyle devrilmesine yol açtı. Bu Theodoro'yu kurtarmak için çok geç geldi: Aralık 1475'te, Kırım kıyısı boyunca diğer Hristiyan kalelerini fethettikten sonra, Osmanlılar üç aylık bir kuşatmanın ardından şehri ele geçirdi. Aleksandros ve ailesi esir alınıp, İstanbul'a götürüldü. İstanbul'da başı kesilerek idam edildi. Oğlu İslam'a devşirildi, karısı ve kızları da Sultan'ın haremine katıldı.
Kültür

Gothia'nın nüfusu, çoğu Hristiyanlık dinininOrtodoksluk mezhebine ve Helen kültürüne bağlı olan Yunanlar, Kırım Gotları, Alanlar, Ön Bulgarlar, Kumanlar, Kıpçaklar ve diğer etnik grupların bir karışımıydı. Prensliğin resmi dili Yunanca idi.
Gothia'da çeşitli kültürel etkiler görülebilir: ülke mimarisi ve Hristiyan duvar resimleri esas olarak Bizans tarzıdır, ancak bazı kaleler hem yerel etkileri hem de Ceneviz üslubunu andıran bir karakter sergilemektedir. Bölgede bulunan yazılı mermer levhalar Bizans, İtalyan ve Tatar dekoratif unsurların bir karışımı ile süslenmiştir.
Konuyla ilgili yayınlar

Beyer, Hans-Veit (2003). "Die Erzählung des Matthaios von der Stadt Theodoro". Byzantinische Zeitschrift (Almanca). Cilt 96. ss. 25-56. 5 Eylül 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Mart 2020.
Kalamita Kalesi
Mangup kalesi baş kulesi
Prensliğin Funa Kalesi'nde bulunan taş yazıtı
Prens İsaakios'un kız kardeşi Maria'nın mezar örtüsü
Funa Kalesi
Aya Yorgi, ejderhayı öldürüken gösteren bir fresk, Eski Kermen, 13.-14. yüzyıllar
Colina

Colina, Şili'nin Santiago Metropolitan Bölgesi'nde bir şehirdir. Şehir 65.028 (2005) kişilik nüfusa sahip olup, Chacabuco Eyaleti'nin başkentidir.
Coğrafya

Colina, başkent Santiago'nun yaklaşık 40 km kuzeyinde yer alır ve deniz seviyesinden 900 m civarında yüksekliktedir. Şehir, en başta termal hamamları ve Chacabuco Muharebesi ile ünlüdür.
Akdeniz iklimine sahiptir.
Tarihçe

İnkalar 1400 civarlarında bu çevrede yerleşmişlerdir. Pedro de Vizcarra 1599 Chacabuco'da Compañía de Jesús tarafından kullanılan, İspanyolcada Hacienda denen büyük bir çiftlik kurar. 1622'de, bugün milli bir anıt olan bir kilise yapılır. 24 Kasım 1723 Colina çevresindeki arazi R. Padre Maestro F. Joseph de Carvajal tarafından alınır ve sonrasında birçok küçük parsele bölünür.
12 Şubat - 14 Şubat 1817 tarihlerinde şehrin yakınlarında Chacabuco Muharebesi yaşanır. Bu muharebe, Şili bağımsızlığı için bir temel oluşturur.
22 Kasım 1891 Colina komünü oluşur ve 25 Mayıs 1896'da bu komün şehir haklarını elde eder.
1958'de NASA şehrin yakınlarında uydu-takip istasyonu kurar. 
Bugün, Şili müdahale birliklerinin (Special Forces) ana merkezi Colina'da bulunur.
Görülmeyedeğer yerler

Termas de Colina, büyük termal kaynaklardır ve 25 °C sıcak suyu ile birçok turisti bölgeye çeker. Bunun yanında eski İnka yerleşimleri ve Chacabuco Muharebesi Anıtı sıklıkla ziyaret edilen mekanlardır.
Iglesia Inmaculada Concepción de Colina adlı kilise, 1971'den beri milli anıttır.
Rum Ortodoks patrikleri listesi

Bu sayfa Rum Ortodoks patrikleri listesini içerir.
Konstantinopolis Ekümenik Patriği I. Bartholomeos'un amblemi
Konstantinopolis Rum Ortodoks Patrikhanesi Ekümenik Patriği şu anda I. Bartholomeos'tur.