Moro İslami Kurtuluş Cephesi
Basilan boyun vurdurma olayı

Mart 2007'de, Filipin hükûmeti Moro halkı yararına insan haklarının tanınması için 30 yıldır hiç yapılmayan teklifte bulundu. Fakat, 12 Temmuz 2007'de Filipinler'in güneyinde bulunan Basilan'daki İslami militanlar 14 denizciyi öldürdü. Denizcilerden 11 tanesinin başı vuruldu, öte yandan 9 denizci yaralandı ve tahmini 4 isyancı da öldürüldü. Çatışma, denizciler 10 Haziran 2007'de kaçırılmış olan İtalyan rahip, Giancarlo Bossi'yi ararken gerçekleşti. Filipin hükûmeti ile yapılan MİKC barış sözleşmesine rağmen , bir MİKC askeri üyelerinden birinin silahlı çatışmalara karışmış olduğunu doğruladı. MİKC için baş arabulucu olan Muhager İkbal, boyun vurma ve rahibin kaçırılması olaylarından sorumlu olduklarına dair söylenenleri inkar etti. 10 Haziran'da Zamboanga Sibugay eyaletinde kaçırılmış olan Giancarlo Bossi, fidye ödenmemesine rağmen 19 Temmuz 2007'de serbest bırakıldı. Filipinli yetkililer rahibi kaçıranları, Ebu Seyyaf'ın adamları olarak belirledi. Devlet otoriteleri Bossi'nin kaçırılmasından ötürü MIKC'nin bir firari komutanını suçladı, ama suçlamalar reddedildi.
Al-Barkah şehrindeki MİKC ile gerçekleşen çarpışma sonucu, 11 Filipinler Deniz Kuvvetleri askerinin boynu vurularak öldürülmesi olayına karşılık , askerler Basilan bölgesinde konuşlandı. Bunun sonucu olarak, Basilan il müdürüne göre, 900 aileden fazlası yerlerinden çıkartıldı. MİKC, 14 Filipin Deniz Kuvvetleri askerinin ölümünü üstlendi. MİKC üyeleri, Basilan'daki bölgelerinin işgal edilmesine karşılık, bu olayı bir uyarı olarak açıkladı. Önceki anlaşmalarda, bölgedeki çekişmeyi engellemek adına, iki grup MİKC'nin varlığının ve kamplarının tanınması için müzakere etti.
4 Ağustos 2008'de Filipin Temyiz Mahkemesi, devletin ve MİKC'nin Ana Vatan Antlaşması Memorandumu'nu resmi olarak imzalamalarını engelleyen geçici bir menetme kararı yayınladı. Antlaşma tüm anlaşmazlıkları sonuçlandırabilirdi ve iki grup arasında kapsamlı bir nihai sözleşmeye vesile olacak resmi görüşmeleri başlatabilirdi. Mahkeme , barış sözleşmesinde tasarlanan Müslüman Mindanao Özerk Bölgesi'nin genişletilmiş sınırlarına itiraz eden güney eyaleti devletinin önergelerini kabul etti.
Malezya'da 27 Temmuz tarihinde eski vali olan barış görüşmelerini yöneten kişi Rodolfo Garcia ve barış sürecindeki başkanlık danışmanı Hermogenes Esperon ve MİKC adına da Muhager İkbal  tarafından Ana Vatan Antlaşması Memorandumu imzalandı. Resmi imzalama, 5 Ağustos'ta planlanmıştı. Ana Vatan Antlaşması Memorandumu, 2001 yılında Filipinler Cumhuriyeti Devleti ile Moro İslami Kurtuluş Cephesi arasındaki sözleşmeler içindeki muhtelif gündem konularından sonuncusudur.
Morolu Genç Fikir İşçileri Grubu (YMPN), halka Ana Vatan Antlaşması Memorandumu'ndan korkmamalarını ve Morolu'lara yapılan haksızlığa karşı yüreklerini ortaya koymalarını söyledi. 21 Ağustos'ta yaptıkları bir bildiride şöyle söylediler: "Sıkıntının olduğu bugünlerde, Hristiyan ve Müslüman komşularımızla birlikte barış, kabullenme ve adalet adına ellerimizi birleştirmeliyiz. Biz bu karmaşıklığa karşı demokratik ve barışçıl bir çözüm için söz verdik. Ana Vatan Antlaşması Memorandumu'ndan korkmayın. Ey halk, Moro mağduriyetine karşı yüreğini aç.""
Ertesi yıl, devlet görevlileri tarafından pek çok MİKC kumandanı saldırı kampanyası başlatmış olarak etiketlendi. Ardından, Filipin Silahlı Kuvvetleri, 6.000 askerden oluşan 10 taburu Lt. Gen. Cardozo Luna komutasında Mindanao'ya harekete geçirdi. Bu şiddet olayları sonucunda 600.000 insan yerinden edildi ve 300 kişi öldü.
14 Ekim 2008'de bölünmüş oylarla idare edilen mahkeme Ana Vatan Antlaşması Memorandumu'nu ve 2001'de imzalanan Tripoli Antlaşması'nı anayasaya ve kanunlara aykırı olduklarını ilan etti. Mahkeme üyesi Conchita Carpio-Morales şunları söyledi: "Özetlemek gerekirse, barış sürecinde başkanlık danışmanı ilgili danışma sürecini yürütmeyi başaramayınca, hoşgörüyü vahim bir şekilde suistimal etti. Ana Vatan Antlaşması Memorandumu tarafından tasarlanan gizli süreç yasal yetkiye aykırı işliyor ve kaprisli, baskıcı , keyfe bağlı ve despot uygulama olarak karşımıza çıkıyor. "
Bangsamoro Sivil Toplum Birliği gibi sivil topluluk organizasyonları, revizyon için bir teklif sundu. Fakat, Temyiz Mahkemesi, Filipin hükûmeti ile MİKC arasında 21 Kasım 2008'de imzalanmış olan Ana Vatan Antlaşması Memorandumu'nu  anayasaya aykırı ilan eden 14 Ekim kararını yayınladı.
14 Ekim 2009'da Flipinler'de kaçırılmış olan İrlandalı rahip baba Michael Sinott'un serbest bırakılması için, MİKC askerleri yardım teklifinde bulundu ve Sinnott'un tutulduğuna inanılan bölgeye 100 askerini göndermek için izin istedi. Fakat Filipin hükûmeti tarafından teklif reddedildi.
23 Eylül 2010'da Mohagher İkbal şunları söyledi: " MİKC Filipinler'de bağımsız olmak yerine, ABD gibi bir federal devlet üyesi olma peşindeler. Böyle bir müslüman eyaleti ulusal savunma adına güç kullanamayacak ve dış işleri, ulusal para, para basma ve posta servisleri işlerini yürütemeyecekler. Çünkü bu işler merkezi devletin sorumluluğunda olacak. İkbal ayrıca şunları ekledi: "Bir eyalet olarak kendi askeri birlikleri olmayacak, bunun yerine iç güvenlik için askeri olacak."
Moro İslami Kurtuluş Cephesi askeri, M60 makineli silah ile deneme yaparken.