Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty
Hikâye

2007 yılında Solid Snake, yeni Metal Gear modeli olan RAY'i taşıyan bir tankere sızar. Tanker, Albay Gurlukovich, kızı Olga ve Ocelot liderliğindeki Rus paralı askerleri tarafından saldırıya uğrar. Ocelot müttefiklerine ihanet eder ve gemiyi batırır. Snake'i gören Ocelot'un bedeni, Liquid Snake'in iradesi tarafından ele geçirilir ve RAY ile kaçar.
Olaylardan iki yıl sonra, petrol sızıntısını temizlemek için Big Shell adlı bir çevre temizleme tesisi kurulur. ABD Başkanı James Johnson'ın tesisi ziyareti sırasında, Sons of Liberty tesise baskın düzenler, Johnson'ı rehin alır ve tesisi yok etmekle tehdit ederler. Albay, FOXHOUND örgütünün Raiden kod isimli ajanına rehineleri kurtarması ve teröristleri etkisiz hale getirmesi emrini verir. Telsize cevap veren Navy SEAL ekibinin hayatta kalan üyeleri, Iroquois Pliskin ve Peter Stillman, Raiden'ın Fatman tarafından yerleştirilen patlayıcıları devre dışı bırakmasına yardım eder. Fakat saatli bombalardan birisi patlar ve Stillman'ın ölümüne sebep olur. Raiden, Fatman'i öldürür ve gizemli bir sayborg ninja ile karşılaşır. Raiden ile Pliskin, rehineleri helikopterle nakletmeye karar verirler, ancak bir Harrier uçuran Dead Cell'in liderinin kendisini Solid Snake olarak tanıtmasıyla şaşkınlığa uğrarlar. Raiden, Harrier'ı vurur, ancak "Solid Snake" çalınan Metal Gear RAY ile kaçar. Sonrasında Pliskin aslında kendisinin gerçek Solid Snake olduğunu açıklar ve, Otacon ile birlikte Johnson'ın yerini belirlemeye yardım eder.
Johnson Raiden'a Birleşik Devletler demokratik sürecinin "the Patriots" isimli ülkeyi gizlice yönetim bir organizasyon tarafından düzenlenen bir düzmece olduğunu açıklar. Ayrıca, Big Shell olayı da Arsenal Gear adında "GW" adı verilen bir yapay zekaya ev sahipliği yapan bir Mobil Kaleyi saklamak amacıyla düzenlenmiş bir tiyatrodan ibarettir. Dead Cell'in lideri Johnson'ın selefi, Big Boss'un Solidus Snake adıyla bilinen bir klonu olan George Sears'tır. Solidus Arsenal'ı ele geçirmek ve Patriots'ı devirmek istemektedir. Ardından Johnson Ocelot tarafından öldürülür.
Raiden, Arsenal'ı etkisiz hale getirmek için GW'ya bir virüs yüklemeyi planlayan Otacon'un üvey kardeşi ve bilgisayar programcısı olan Emma Emmerich'i kurtarır. Vamp Raiden tarafından vurulmadan önce Emma'yı bıçaklar. Emma virüsü yükler ama yarasından dolayı ölür ve virüs yarı tamamlanmamış halde kalır. Raiden, Snake tarafından ihanete uğrayıp, Olga olduğu açığa çıkan ninja tarafından yakalanmışken, Otacon rehineleri kurtarmak için ayrılır. Arsenal ayrılırken Big Shell çöker.
Raiden, Arsenal'da kendisine Sierra Leone İç Savaşı sırasında ebeveynlerini öldürdüğünü ve onu bir çocuk asker olarak yetiştirdiğini açıklayan Solidus'un önünde gözlerini açar. Solidus ayrılır ve Olga Raiden'a kendi çocuğunun güvenliği uğruna Patriots için çalışan bir çifte ajan olduğunu açıklar ve onu serbest bırakır. Albay saçma bir biçimde davranmaya başladıktan sonra Raiden onun virüsten etkilenmiş GW'nun bir parçası olduğunu öğrenir. Rose Raiden'a Patriots tarafından kendisinin aşığı rolünü oynamak için görevlendirildiğini ve çocuğuna hamile olduğunu açıklar. Raiden, Arsenal'a girebilmek için Olga'ya Raiden'ı yakalatmakta yardımcı olan Snake'i bulur. Raiden yapay zeka kontrollü Metal Gear RAY'ler ile savaşırken Snake Fortune ile hesaplaşır. Virüs RAY'lerin arıza vermesine sebep olur ve Solidus, Raiden'ı korumak için çift ajan kimliğini açığa vuran Olga'yı öldürür.
Snake ve Raiden Solidus, Olga ve Ocelot tarafından yakalanıp Arsenal'ın tepesine getirilirler. Ocelot kendisinin bir Patriots ajanı olduğunu ve bütün bu operasyonun Patriots tarafından suni bir şekilde Solid Snake'in yerini doldurabilecek bir askeri yaratmak için düzenlenmiş S3 Planı adında bir kurmaca olduğunu açıklar. Ocelot, Liquid Snake tarafından ele geçirilmeden önce Fortune'u öldürür. Liquid, Ocelot'un kayıp sağ kolunun kendininki ile değiştirildiğini açıklar ve bedeninin bilgisini kullanarak Patriots'ı avlamak için çalıntı RAY'i ile kaçar. Arsenal kontrolü kaybederken Snake, Liquid'in peşinden gider.
Arsenal Manhattan'a çarpar. Raiden, Colonel ve Rose gibi davranan bir yapay zeka tarafından aranır. Onlar, GW'nun sadece Yapay Zeka kısmı olduğunu, S3 Planının gerçek amacının toplumun dijital çağın bilgi akışı yüzünden değişmesini engellemek için toplumun fikrini kontrol etmek olduğunu açıklar. Raiden'a Solidus'u ortadan kaldırmasını emredeler; reddin sonucu Olga'nın ve Rose'un çocuğunun ölümü olacaktır. Raiden Solidus'u alt ettikten sonra, Snake ortaya çıkar. Snake ve Otacon Olga'nın çocuğunu kurtarmayı ve detayları virüs diskinde saklı olan Patriots'ı bulmayı planlıyorlardır.
En sonda, diskin şifrelemesini çözdükten sonra Otacon ve Snake Patriots'ın en üst kademe on iki üyesini içeren Bilgeler Komitesi'nin verisini ele geçirirler. Ama, üyelerin yaklaşık yüz yıldır ölü olduğu ortaya çıkar.
Oyunu ilk oyundan farklı kılan özelliği ilk bakışta birçok oyuncuya anlaşılması zor gelen kompleks bir hikâye anlatmasıdır. Oyunda gerçek ile sahte arasındaki ayrım çok incedir ve bolca dördüncü duvar kullanılır. Raiden oyuncunun ekrandaki yansımasıdır ve oynayan kişi adım adım Raiden'la beraber bu anlaşılması zor karmaşaya anlam getirmeye çalışır. Oyunun özellikle son saatinde süregelen felsefi ve psikolojik sorular oyuncuya kendisini ve oynadığı oyunu sorgulatır. Bütün bunlara rağmen oyunun çoğu sorusu açıklanmadan oyun biter ve oyuncular bütün bu sorulara kendileri cevap bulmak zorunda bırakılır.