SARS-CoV-2 Omicron varyantı
Sınıflandırma > Mutasyonlar > Alt soylar ve BA.2 alt varyantı

Araştırmacılar, Omicron'un üç alt soyunun varlığını belirlediler. 'Standart' sublineage hemen BA.1 /B.1.1.529.1 olarak adlandırılır ve diğer iki sublineages BA.2 /B.1.1.529.2 ve BA.3 /B.1.1.529.3 şekilde bilinmektedir. Bunlar mutasyonu paylaşırlar, ancak önemli ölçüde farklılık gösterirler. BA.1 ve BA.2 32 mutasyonunu paylaşır, ancak 28 de farklılık gösterir. Bu durum onları diğer bazı ana varyantlar kadar farklı kılmaktadır. BA.2'nin Yunan alfabesine dayalı olarak kendi adını alması önerilmiştir.
'Standart' alt değişken ile BA.2 arasındaki dikkate değer bir fark, ikincisinin karakteristik S-geni hedef başarısızlığına (SGTF) neden olan silmeye (Δ69-70) sahip olmamasıdır. Bu sayede birçok qPCR testi bir vakayı daha önce baskın olan Delta varyantından ayrıştırarak hızlı bir şekilde tespit edebilir. Bu nedenle, tespit için öncelikle SGTF'ye güvenen ülkeler BA.2'yi gözden kaçırabilirler. İngiliz makamları, Omicron'un yayılmasını izlemek için tek başına SGTF'yi yetersiz olarak görmektedir. Bu durum 'Gizli Omicron' tanımlamasıyla sonuçlanmıştır. Yine de normal tam sıralama veya diğer bazı mutasyonların kontrolleri yoluyla tespit edilebildiğinden bu takma ad yanlıştır. Danimarka ve Japonya gibi bazı ülkeler, L452R dahil olmak üzere çeşitli mutasyonları test eden bir qPCR varyantı kullanır. Ayrıca L452R'ye sahip Delta'yı  ve L452R'ye sahip olmayan tüm Omicron alt dizilerini ayırt edebilirler. Üçüncü Omicron alt dizisi BA.3 çok nadirdir ve BA.1'e benzer şekilde SGTF silinmesine (Δ69-70) sahip olduğundan saptamada aynı potansiyel sorunu içermemektedir.
19 Aralık 2021 itibarıyla BA.2, PANGOLİN veritabanına yüklenen yarım düzine ülke verisine göre nispeten az sayıda diziyle nadir gözüküyordu. Aralık 2021 sonu/Ocak 2022 başlarında, Hindistan'ın en azından bazı bölgelerinde baskın hale geldiği görülüyor (Aralık 2021 sonunda Kalküta'da  ) ve Filipinler, İskandinavya, Güney Afrika'da sıklaştı ve Singapur, Almanya ve Birleşik Krallık'ta artma belirtileri gösteriyordu. 24 Ocak itibarıyla tüm uluslararası seyahat edenlerin karantinaya alındığı ve ayrıntılı taramasının yapıldığı Japonya'da BA.2'nin büyük çoğunluğunun Hindistan veya Filipinler'den gelen ve öyküleri en az 1 Aralık 2021'e kadar giden kişilerde tespit edildiği, ancak diğer ülkelerden gelen insanlarda da az sayıda tespit edilmiştir. Danimarka'da ilk BA.2, 5 Aralık 2021'de alınan bir örnekteydi ve takip eden dönemde çok azı bulundu. Elli hafta sonrasına kadar (13–19 Aralık) artmaya başlamıştı, BA.2 sıralı vakaların yaklaşık yüzde 2'sindeydi ve yüzde 46'sı BA.1 (kalan Delta)idi. Her iki Omicron alt varyantının sıklığı Aralık ayının son yarısı boyunca artmaya devam etti; elli iki haftada (27 Aralık-2 Ocak), BA.2 yüzde 20'ye ulaşmıştı ve BA.1 yüzde 72 ile zirveye ulaştı. Ocak 2022'de BA.1 düşmeye başlarken BA.2 artışını sürdürdü. 2022'nin ikinci haftasında (10-16 Ocak) ikisinin sıklığı neredeyse eşitti, her ikisi de marjinal olarak yüzde 50'nin altındaydı (yaklaşık yüzde biri hızla kaybolan Deltaydı). Sonraki hafta, BA.2 alt varyantı olan yeni vakaların yüzde 65'i ile Danimarka'da BA.2 baskın hale geldi. Diğer İskandinav ülkelerinden, Hindistan, Güney Afrika ve Birleşik Krallık'tan gelen eğilimler de BA.2'nin orijinal BA.1 ile orantılı olarak arttığını gösteriyordu. 24 Ocak itibarıyla, Danimarka sağlık otoriteleri BA.1 ve BA.2 arasında hastaneye yatış veya ciddiyet açısından farklılıklar görmemişti ve Hindistan'dan gelen erken veriler aynı yöne işaret ediyordu. Norveç çalışmaları, üst solunum yollarındaki virüs miktarının BA.1 ve BA.2 ile enfekte olanlarda benzer olduğunu göstermektedir. Norveç'te, BA.2 ile enfekte olmuş birkaç kişi daha önce BA.1 ile enfekte olmuştu. Danimarka'da, ön veriler, daha önce aşılanmış veya COVID-19 ile enfekte olmuş kişilerde ilerleme oranlarının BA.1 için görülen ilerleme ve yeniden enfeksiyon oranlarına benzer olduğunu göstermektedir  ancak daha fazla çalışma gereklidir. Çalışmalar Danimarka Statens Serum Enstitüsü tarafından yürütülmekte ve ayrıca Birleşik Krallık Sağlık Güvenliği Kurumu tarafından da araştırılmaktadır. 17 Ocak 2022 itibarıyla, BA.2 en az 40 ülkede ve Antarktika hariç tüm kıtalarda tespit edilmiştir.