II. İoannis
Askeri ve sivil yönetimi

Tahta geçmesine meydan okuyan aile entrikaları, muhtemelen İoannis'in imparatorluk ailesinin dışından erkekleri yüksek makama atamak olan iktidar yaklaşımına katkıda bulundu. Bu, imparatorluk ailesini ve onun pek çok bağlantısını neredeyse tüm üst düzey idari ve askeri makamları doldurmak için kullanan babasının yöntemlerinden radikal bir sapmaydı.
İoannis Aksuh, II. İoannis'in en yakın danışmanı ve onun tek yakın arkadaşıydı. Aksuh, İoannis'in babasına hediye olarak verilen İznik kuşatması'nda çocukken yakalanan bir Türk'tür. İmparator Aleksios, oğlu için iyi bir arkadaş olduğunu düşünmüştü ve bu yüzden imparatorluk evinde prensin yanında büyütüldü. Aksuh, II. İoannis'in tahta çıkmasıyla hemen Megas domestikos (Grekçe: μέγας δομέστικος) olarak atandı. Megas domestikos, Bizans ordularının komutanıydı. İoannis'in halefi I. Manuil'in saltanatının başlarında Aksuh'un imparatorluk mührünü elinde bulundurduğuna dair yapılan atıflar, askeri görevlerine ek olarak İmparatorluğun sivil idaresinin başı olduğu anlamına geldiği öne sürülmesine neden olmuştur. Bu, o zamanlar mesazon olarak bilinen resmi olmayan bir pozisyondu ve bir vezir veya 'başbakan' karşılığıydı. Böyle bir atama dikkate değerdi ve I. Aleksios'un saltanatını karakterize eden adam kayırmacılıktan radikal bir ayrılıştı. İmparatorluk ailesi, İoannis Aksuh ile tanıştıklarında ona saygı duymaları gerektiği gerçeğiyle pekiştirilen bu karara bir dereceye kadar kızgınlık besliyordu.
İoannis'in ailesinin hükûmetini büyük ölçüde etkilemesine izin verme konusundaki isteksizliği, hükümdarlığının geri kalanında büyük ölçüde aynı kaldı. İoannis, Eustathios Kamytzes, Michaelitzes Styppeiotes ve George Dekanos gibi üst düzey idari görevlere babasının bir dizi kişisel hizmetlisini atadı. Bunlar, I. Aleksios'un saltanatının sonraki yıllarında İoannis'in annesinin uyguladığı yükseliş sırasında siyasi olarak gölgede kalan adamlardı. II. İoannis tarafından bir dizi 'yeni adam' öne çıktı, bunlar arasında protovestiarios olarak atanan Gregori Taronites ile Manuil Anemas ve Theodoros Vatacis vardı, son ikisi aynı zamanda onun damadı oldular. İoannis'in imparatorluk yörüngesine yeni aileler getirmeye yönelik evlilik politikası, bazıları geçmişte imparatorlar yetiştirmiş olan Dukas, Diogenis ve Melissenos aileleri gibi bazı önde gelen aristokrat klanların etkisini azaltmaya yönelik olabilirdi.
İmparatorluk ailesine ve onun bağlantılarına sıkı sıkıya bağlı kalmaktan uzaklaşmasına rağmen, İoannis'in sarayı ve hükûmeti, özellikle ciddi tonu ve dindarlığı açısından, babası ile pek çok benzerliğe sahipti. Gerçekte, Mousai olarak adlandırılan, şiirsel biçimde ifade edilen mevcut bir siyasi tavsiye derlemesi I. Aleksios'a atfedilir. Mousai, doğrudan II. İoannis'e hitap eder ve diğer şeylerin yanı sıra, hükümdarlığı sırasında adaleti ve tam bir hazineyi sürdürmesi için onu teşvik eder. Aleksios'un hükümdarlıkla ilgili tavsiyeleri, bu nedenle, eski imparatorun ölümünden sonra bile oğlunun kullanımına sunulmaya devam etti.
II. İoannis'in seferlerinin yarattığı Bizans Batı Anadolu'da askeri güvenlik ve ekonomik istikrarın artması, bu bölgelerde resmi bir taşra sistemi kurmaya başlamasına izin verdi. Thrakesion theması, idari merkezi Filadelfiya olacak şekilde yeniden oluşturuldu. Thrakesion'un güneyinde Milasos ve Melanodiyon adlı yeni bir thema oluşturuldu.