Muhammed Atta
11 Eylül Saldırıları ve Ölümü

10 Eylül 2001'de Atta, al-Omari'yi Boston, Massachusetts'teki Milner Oteli'nden aldı ve ikisi, kiraladıkları Nissan Altima'yı Güney Portland, Maine'deki Comfort Inn'e götürdü. Yolda bir Exxon benzin istasyonundan benzin alırken görüldüler ve o öğleden sonra Portland'daki Longfellow House'u ziyaret ettiler; otele akşam 5:43'te vardılar ve geceyi 233 numaralı odada geçirdiler. Güney Portland'dayken iki ATM'den para çekerken ve Walmart'ta durduklarında görüldüler. FBI ayrıca, Atta'nın o gün yemek yediği bilinen Pizza Hut'ın otoparkında "iki Orta Doğulu adamın" görüldüğünü bildirdi.
Atta ve el-Omari ertesi sabah erkenden, sabah 5:40'ta Portland Uluslararası Jetport'a vardılar, burada kiralık arabalarını otoparkta bıraktılar ve sabah 6:00'da Colgan Air'e (US Airways Express'e) bindiler. 1900C'de Boston'daki Logan Uluslararası Havalimanı'na uçuş. Portland'da Muhammed Atta, Bilgisayar Destekli Yolcu Ön Tarama Sistemi (CAPPS) tarafından seçildi; bu sistem, kontrol edilen bagajlarının patlayıcılara karşı ekstra taramadan geçmesini gerektiriyordu ancak yolcu güvenlik kontrol noktasında ekstra tarama gerektirmiyordu.
Logan Uluslararası Havalimanı'ndaki iki uçuş arasındaki bağlantı Terminal B içerisindeydi ancak iki kapı güvenlik kapsamında bağlanmadı. Yolcular, bir kez daha güvenlikten geçmeden önce güvenli alanı terk etmeli, dışarıya çıkmalı, kapalı bir yolu geçmeli ve başka bir binaya girmelidir. Terminal B'de iki ayrı yolcu salonu bulunmaktadır; güney yolcu salonu çoğunlukla US Airways tarafından, kuzey yolcu salonu ise çoğunlukla American Airlines tarafından kullanılmaktadır. Terminal düzenlemesindeki bu belirgin detay nedeniyle Boston'da hâlâ geçilmesi gereken bir güvenlik ekranının olacağı gözden kaçmıştı. Portland Havalimanı'ndaki bir bilet görevlisi, Boston'daki ek tarama gereksinimlerinin kendisine söylenmesi üzerine Atta'nın öfkesinden rahatsız olduğunu, ancak Atta'nın ırksal profilini çıkardığına dair endişeye kapıldıktan sonra şüphelerine göre hareket etmediğini bildirdi. Atta, sabah 6:45'te Boston havaalanındayken, 175 sefer sayılı uçağı kaçıran Mervan eş-Şehhi'den bir telefon aldı. Görünüşe göre bu çağrı, saldırıların başlamaya hazır olduğunu doğrulamak içindi. Atta, American Airlines'ın 11 sefer sayılı uçuşuna kayıt yaptırdı, tekrar güvenlikten geçti ve uçağa bindi. Atta, business sınıfında 8D numaralı koltukta oturuyordu. Uçak sabah saat 7.59'da 81 yolcuyla Boston'dan Los Angeles Uluslararası Havalimanı'na doğru yola çıktı.
Kaçırma, uçuştan on beş dakika sonra, içecek servisinin başlayacağı yaklaşık sabah 8:14'te başladı. Bu olurken, pilotlar hava trafik kontrolüne yanıt vermeyi bıraktı ve uçak belirlenen rotadan sapmaya başladı; uçağın vericisi birkaç dakika sonra sabah 8:21'de kapatıldı. United Airlines'ın 175 sefer sayılı uçuşunun pilotları, yaklaşık olarak 11 sefer sayılı uçağın kaçırıldığı sırada pistten ayrılırken şüpheli bir mesaj aldılar ve bildirildiğine göre "Millet, yerlerinizde kalın." deniyordu. Müfettişler daha sonra bu iletişimin Uçuş 11'in kokpitinden yapıldığını belirlediler. Bu iletim hava trafik kontrolörü tarafından hiç duyulmadı, ancak bağlam konuşan kişinin Atta olduğunu gösteriyor. Korsanlar kontrolü ele geçirdikten sonra American Airlines ile telefonda, uçuş görevlisi Betty Ong,uçağın kokpitinin tepkisiz ve erişilemez olduğunu bildirdi.
Sabah 8:24:38'de, hava trafik kontrolörleri Atta'ya ait olduğuna inanılan bir ses duydu: "Bazı uçaklarımız var. Sessiz olun, iyileşeceksiniz. Havaalanına dönüyoruz." Açıkça görülüyor ki, yolculara ve mürettebata kabinin PA sistemi üzerinde kalmaları talimatını veren bir mesaj iletmeye çalıştı, ancak yanlış düğmeye bastı ve böylece ATC'ye uçağın kaçırıldığı bilgisini verdi. Birkaç saniye sonra başka bir mesaj iletti: "Kimse kıpırdamasın, her şey yoluna girecek. Eğer herhangi bir hamle yapmaya kalkarsanız kendinizi ve uçağı tehlikeye atarsınız. Sadece sessiz olun." Yaklaşık bir dakika sonra uçağı New York yönüne doğru güneye doğru çevirdi. 8:33:59'a kadar Atta'dan dokuz dakika boyunca haber alınamadı ve "Kimse kıpırdamasın lütfen. Havaalanına geri dönüyoruz. Aptalca hareketler yapmaya çalışmayın." mesajı Uçuş 11'den gelen son mesajdı.
On iki dakika sonra, sabah 8:46:40'ta Atta, uçağı New York'taki Dünya Ticaret Merkezi'nin 93. ve 99. katları arasındaki Kuzey Kulesi'ne çarparak intihar etti ve uçaktaki tüm yolcuları öldürdü. Kuzey Kulesi'nin içindeki yüzlerce kişi de anında öldürülürken, Atta'nın binaya verdiği hasar 92. Kat ve üzeri tüm kaçış yollarını keserek, kazadan sağ kalan 800'den fazla kişiyi çeyrek mil yüksekliğinde yanan bir gökdelenin üst katlarında mahsur bıraktı. 91. katın üzerindeki hiç kimsenin kulenin 102 dakika sonra saat 10:28'de çökmesinden önce canlı olarak çıkamamasının sağladı.
Portland'dan Boston'a olan uçuş ertelendiği için Atta'nın bagajı Uçuş 11'e ulaşamadı. Çantaları daha sonra Logan Uluslararası Havaalanında bulundu ve içinde havayolu üniformaları, uçuş kılavuzları ve diğer eşyaların bulunduğu tespit edildi. Bagajda Atta'nın Arapça yazılmış vasiyetinin bir kopyası ve "Son Gece" adı verilen bir talimat listesi de vardı. Bu belge üç bölüme ayrılmıştır; birincisi bir şehidin hayatının son gecesine ilişkin ayrıntılı talimatlar veren on beş maddelik bir liste, ikincisi uçağa gidiş talimatlarını, üçüncüsü ise uçağa biniş ile şehitlik arasındaki süreyi anlatan talimatlardır. Bu noktaların neredeyse tamamı dua etmek ve dinî metinlerden alıntı yapmak gibi manevi hazırlıkları tartışıyor.