Halid Şeyh Muhammed
Yakalanması ve sorgulanması

Pakistanlı yetkililer tarafından 1 Mart 2003 günü yapılan açıklamayla Halid Şeyh Muhammed'in gün içerisinde Pakistan'ın Ravalpindi şehrinde gerçekleştirilen bir operasyon sonucu yakalandığı bildirildi. Beyaz Saray'dan yapılan açıklamada Muhammed'in ABD ve Pakistan kuvvetlerinin birlikte yürüttüğü bir operasyon sonrasında yakalandığı belirtilirken, Pakistan tarafı operasyonda yalnızca Servislerarası İstihbarat (ISI) birimlerinin yer aldığını belirtmişti. Pakistan Cumhurbaşkanı Pervez Müşerref ülkede az sayıda FBI ajanının bulunduğu ve bu ajanların yalnızca istihbarat bilgisi sağladığını açıklarken, Pakistanlı bazı yetkililer FBI ajanlarının ülkedeki önemli teröristlere düzenlenen operasyonların çoğunda FBI ajanlarının yer aldığını belirtmekteydi. 9/11 Komisyonu Başkanı Tom Kean ile Yardımcı Başkanı Lee H. Hamilton'ın 2006'da yayınlanan kitabında Muhammed'in Karaçi'deki dairesine CIA, FBI ve Pakistan güvenlik kuvvetleri tarafından yapılan bir operasyon sonucunda yakalandığı yazarken; Pervez Müşerref'in 2006'da yayınlanan anılarına göre 29 Şubat günü yakalanan Muhammed üç gün boyunca Pakistanlı yetkililer tarafından tutulmuş, sorgulanmış ve işlerine yarayacak gerekli bilgilerin elde edilmesinin ardından Amerika Birleşik Devletleri hükûmetine teslim edilmişti. Pakistanlı yetkililer tarafından Muhammed'in yakalandığı belirtilen Ravalpindi'de evde yaşayan diğer kişiler ise baskın yapıldığı sırada Muhammed'in evde olmadığını ve başka bir yerde yapılan bir baskın sırasında kendisinin yakalanmış olabileceğini ifade etmişti.
Tutuklanmasının ardından iki gün Pakistan'da tutulan Muhammed, sonradan Afganistan'daki bir CIA gizli hapishanesinde sorgulandı. Mayıs 2004'te hazırlanan ve Ağustos 2009'da kamuoyuna açıklanan CIA'in sorgu ve gözaltı uygulamalarıyla ilgili raporuna göre Muhammed'e yapılan sorgulamalar sırasında CIA adına çalışan "tecrübeli bir sorgulayıcının" CIA genel müfettişine "sorgulayıcıların Halid Şeyh Muhammed'i, Amerika Birleşik Devletleri'nde herhangi bir şey olursa çocuklarını öldüreceği" tehdidinde bulunduğunu belirtmekteydi. Ron Suskind'in 2006 tarihli kitabında yer alan ve olay hakkında bilgisi olan bir CIA yöneticisinin ifadesine göre Muhammed bu tehdide "peki, daha iyi bir yerde Allah'a kavuşacaklar" şeklinde bir tepki vermişti. Üç gün Pakistan'da sorgulanmasının ardından Polonya'da bulunan gizli bir CIA hapishanesine nakledildi. Polonya'da kendisinin tutulduğu yer daha sonraları Stare Kiejkuty olarak tespit edilmişti.
2006'da Uluslararası Kızılhaç Komitesi yetkililerine yaptığı açıklamaya göre eşofman giymiş, gözleri bağlanmış, başına bir başlık geçirilmiş, ses geçirmeyen kulaklık takılmış ve uçak yolculuğu sırasında sandalyeye oturtularak el ve ayak bileklerinden sandalyeye kelepçelenmişti. Yine belirttiğine göre çıplak bir şekilde tahta duvarlı küçük bir hücreye konulmuş ve kendisini sorgulayan kişi tarafından sorgulayıcı, doktor ve psikolog tarafından 24 saat boyunca kameralarla izlendiği belirtilmişti. Burada kendisine "65 yaşın üzerinde, tamamı güçlü ve iyi eğitimli üç tecrübeli CIA ajanı önderliğinde, en sıkı sorgulama teknikleri"nin uygulandığını ve sorgulayıcıların kendisine "Washington'dan yeşil ışık" aldığını ve kendisini "zor zamanlar"ın beklediğini söylediğini ifade etti. Sorgulayıcıların kendisini hiçbir zaman öldürmekle tehdit etmediğini de söyleyen Muhammed, yaklaşık bir ay boyunca elleri başının üstünde, ayakları ise yere kelepçeli bir şekilde ayakta durduğunu belirtmiş, uyuyakaldığında ise vücudunun tüm yükünün el bileklerine kaldığını ve bu yüzden açık yaralar oluştuğunu söylemişti. Sorgulanmasının farklı bir odada, bazen bir kadın eşliğinde gerçekleştirildiğini, sorgulayıcılarla iş birliği yapmadığı takdirde yüzüne ve vücuduna vurulduğunu, dövüldüğü sırada kendisine soğuk su fırlatıldığını da dile getirmişti. Yine kendi söylemine göre ilk bir ay boyunca hücresinde bir kova bulunmakta ve kendi isteği sonrasında tuvalet ihtiyacını bu kovaya gidermekteydi. Yalnızca iki kez "iş birliği yaptığı" gerekçesiyle kendisine yemek verilmiş ve günde birkaç kez Ensure ile beslenmiş, içmeyi reddettiği durumlarda da kendisine zorla içirilmekteydi. Uluslararası Kızılhaç Komitesi yetkilileriyle olan görüşmesinde "sorgulayıcıların duymak istediklerini söyleyip onları tatmin etmek için" birçok yanlış söylemde bulunduğunu belirtirken, 2008'de Vanity Fair'de yayınlanan bir röportajda eski bir üst düzey CIA görevlisi "Muhammed'in bize verdiği bilgilerin yüze 90'ı saçmalıktı" derken, Pentagon'da çalışan eski bir analizci de "Halid Şeyh Muhammed bize herhangi bir eyleme geçirilebilir istihbarat sunmadı. Yalnızca bize ne kadar aptal olduğumuzu söylemeye çalışıyordu." açıklamasında bulunmuştu.
Polonya'da tutulduğu sırada Muhammed'e, uluslararası hukukun işkence olarak sınıflandırdığı waterboarding adı verilen ve boğulma hissiyatı veren bir sorgulama tekniğinin de aralarında bulunduğu "geliştirilmiş sorgulama teknikleri" uygulandı. Konuyla ilgili olarak Muhammed Uluslararası Kızılhaç Komitesi yetkililerine "Dikey pozisyona getirilebilen özel bir yatağa bağlandım. Başıma bir bez örtüldü ve nefes alamamam için bezin üzerinden suratıma döküldü. Bir süre sonra bu bez kaldırıldı ve yatak dikey pozisyona getirildi. Tüm bu işlemler yaklaşık bir saat boyunca tekrarlandı. Nefes alamıyor olmanın verdiği panikle el ve ayaklarımı hareket ettirmeye çalıştığımdan bileklerimde yaralar oluşmuştu." ifadelerini kullanmıştı. Kendisinin bu uygulamaya kaç kez maruz kaldığı yönünde ise farklı iddialar mevcuttur. Muhammed bu tekniğin kendisine beş kez uygulandığını ifade ederken, 2007'de NBC News'te çıkan haberde birkaç CIA yetkilisinin Muhammed'in konuşmaya başlamasından önce en az iki seans waterboarding ve diğer aşırı tekniklerin uygulandığını belirtildi. Aynı yıl ABC News'te çıkan haberde Muhammed'in dosyası hakkında bilgi sahibi olan eski bir CIA yetkilisinin "Muhammed, waterboarding altında en uzun süre dayanan kişi oldu. Bir buçuk dakika kadar dayanan Muhammed'e, konuşmaya başladıktan sonra bu teknik bir daha uygulanmadı." açıklaması yer aldı. 2007'de The New Yorker'da, Muhammed'in beş kez waterboarding tekniğine uğradığı yönündeki beyanını gören iki CIA yetkilisinin kendisine yalnızca bir kez bu tekniğin uygulandığını belirten açıklaması yer aldı. Amerika Birleşik Devletleri Adalet Bakanlığı tarafından 2005 yılında hazırlanan ve CIA'in terörizm şüphesiyle tutuklanan kişilere uyguladığı sorgulama tekniklerini içeren belgeler 16 Nisan 2009'da kamuoyuna açıklandı. Bu belgelere göre Halid Şeyh Muhammed üzerinde 183 defa waterboarding tekniği uygulanmıştı. Birkaç gün sonra, "sorgulama programı hakkında bilgisi olan bir ABD yetkilisi" ile Fox News muhabirinin yaptığı görüşmede yetkili, 183 sayısının waterboarding sırasında Muhammed'in suratına dökülen su sayısı olduğunu ve bir su dökme işleminin birkaç saniye sürdüğünü belirterek, Muhammed'in Uluslararası Kızılhaç Komitesi yetkililerine yaptığı açıklamayı da hatırlatarak kendisine beş waterboarding seansı yapıldığını ifade etti.
Kasım 2005'te, İnsan Hakları İzleme Örgütü tarafından yayınlanan bir raporla CIA'in Polonya ve Romanya'da gizli hapishaneleri olduğunu ortaya çıkarmasından birkaç hafta sonra bu tesislerin faaliyetlerine son verildi ve Halid Şeyh Muhammed'in de içinde bulunduğu el-Kaide'nin üst düzey isimleri olduğu öne sürülen 11 tutuklunun Kuzey Afrika çöllerindeki bir CIA tesisine nakledildiği hükûmet yetkililerince açıklandı. Amerika Birleşik Devletleri Başkanı George W. Bush 6 Eylül 2006 günü yaptığı açıklamayla gizli CIA hapishanelerinin varlığını kabul ederken Halid Şeyh Muhammed'in de aralarında bulunduğu bazı tutukluların Küba'daki Guantanamo Kampı'na nakledildiğini ve yargı sürecinin başlayacağını belirtti.