İran'daki Yahudilerin tarihi
İslamiyet sonrası > Safevi ve Kaçar Hanedanlıkları (1502 - 1925)

Safevilerin Şiiliği devlet dini yapmasıyla Yahudilere yapılan muamele daha da kötüye gitti. Şiilik'te saflık ve temizlik (Tahir) önemli bir unsurdur. Yahudilerin de içinde bulunduğu gayrimüslümler dini açıdan temiz sayılmamaktaydı (Naci), dolayısıyla garyimüslümle temasa geçen bir Müslüman ibadetten önce temizlenmeliydi. Bu nedenle, hükümdarlar ve hatta Müslüman halk Yahudilere dokunmamaya özen gösterdiler. Yahudilerin kiri Müslümanlara bulaşmasın diye Yahudilerin Müslümanlarla aynı anda hamama gitmesi ve hatta yağmurda veya karda dışarı çıkmaları yasaktı.
Şah I. Abbas (1588-1629) balangıçta merhametliydi. Yahudiler kalkınmaya başlayıp yeni başkent İsfahan'a taşınmaları teşvik edildi. Fakat hükümdarlığının son dönemlerinde Yahudilere karşı tavrı yön değiştirmeye başladı; Yahudilikten Şiiliğe geçen bir din adamının tavsiyesiyle Yahudilerin farklı olduğunu gösteren bir arma ve şapka giyilmesi zorunluluğu getirdi. 1656'da İsfahan'daki bütün Yahudiler temiz olmadıkları için şehirden kovulup zorla dinleri değiştirildi. Fakat Müslümanlığa geçirilen Yahudiler dinlerini gizlice devam ettirdiler; 1661'de hazine cizye eksikliği nedeniyle zarar etmeye başlayınca bu halkın Yahudiliğe geri dönmesine izin verildi. Buna rağmen Yahudi olduklarını belirten giysiler giyme zorunluluğu devam etti.
Şii lider Nadir Şah döneminde (1736-1747) Yahudilere nispeten daha hoşgörüyle yaklaşılıp Şiilerin kutsal şehri olan Meşhed'e yerleşmelerine izin verildi. Fakat Kaçar hanedanlığının başa gelmesiyle 1794'te eski zulümlere devam edildi. 19. yüzyılın ortasında Yahudi seyyah J. J. Benjamin şunları aktarmıştır: "... Pis sayıldıkları için şehrin ayrı bölgelerinde yaşamak zorundadırlar... Kirli oldukları mazeretiyle şiddete maruz kalıyorlar; Müslümanların sokağına girmeye görsünler, oğlanlar tarafından taş ve toprak yağmuruna tutuluyorlar... Aynı sebepten dolayı yağmurda dışarı çıkmaları yasak; yağmur kirlerini alıp Müslümanların ayaklarına dolayabilir diye... Böyle bir durumda bir Yahudi sokakta görülürse en büyük aşağılamalara maruz kalıyor. Yoldan geçenler suratlarına tükürüyor, bazen... acımasızca... dövüyorlar... Bir Yahudi bir dükkana girdiğinde malları incelemesi yasaktır... Yanlışlıkla bir mala dokunursa satıcının istediği fiyata o malı almak zorundalar... Bazen Persler Yahudilerin evlerine giriyor canlarının istediğini alıyorlar. Eğer mal sahibi karşı çıkıp malını korumak isterse bunu canıyla ödeyebilir... Eğer... Bir Yahudi Katel (Muharrem)'in üç günü sokakta görülürse..., kesinlikle öldürülüyorlar."
George Curzon, 19. yüzyılda İran Yahudilerinin durumunun bölgeden bölgeye farklılıklar gösterdiğini belirtmektedir: "3700 kişi oldukları söylenen İsfahan'daki Yahudilerin durumu İran'daki diğer yerlerdeki Yahudilere kıyasla daha iyidir, külah giymelerine, pazarlarda tezgâh açmalarına, evlerini Müslüman komşularınkinden yüksek yapmasına ve yolda araç kullanmasına izin verilmiyor. Tehran ve Keşan'daki çok sayıdaki Yahudinin durumu iyidir. Şiraz'da ise tam tersidir. Buşire'dekiler varlıklı olup zulümlerle karşılaşmamaktadır.
Başka bir Avrupalı seyyah ise Yahudlerin, eğlence için, aşağılayıcı seremonilerde kullandıklarını söylemektedir:
Her halk festivalinde - kralın bulunduğu durumlarda dahi - Yahudiler bir araya getirilip bunların bazılarını çamur havuzuna fırlatıyorlar, kral ve halk, çamura bulanmış yarı boğgunların sürüklenmesinden zevk alıyorlar. Bu tarz törenler, bölgesel valilerin düzenledikleri festivallerde aynı şekilde gerçekleşiyor: havai fişekler ve Yahudiler.
Genelde Şii ruhban sınıfının etkisiyle, 19. yüzyılda birçok zorla din değiştirme ve katliam olayları gerçekleşti. İnsani ve eğitimsel bir örgüt olan Alliance Israélite Universelle'den bir temsilci Tahran'da 1894 yılında şunu yazmıştır: "... Her zaman, meçhullükten çıkmak isteyen ve Allah'a karşı olan dindarlık itibarını kazanmak için ruhban sınıfı Yahudilere savaş açıyor". 1830'da Tebriz'deki Yahudiler katliama uğradı, aynı yıl Şiraz'daki Yahudilerin dinleri zorla değiştirildi. Fakat, Avrupalı seyyahların dediğine göre Tebriz ve Şiraz'daki Yahudiler, zulümlerden korktuğu için dinlerini gizlice devam ettiriyordu. Babol'daki Yahudilerin dinleri 1866'da zorla değiştirildi; Fransız ve İngiliz elçilerin yardımlarıyla dinlerine dönmelerine izin verildi fakat Babol'da 2'si canlı canlı yakılmak üzere 18 Yahudi öldürüldü. 1910'da Şiraz Yahudilerinin bir Müslüman kızı dini ayinlerinde kullanmak için öldürdükleri iddia edildi. Şehrin Müslüman sakinleri Yahudi mahallesini yağmaladı, yağmalamayı ilk başlatanlar, Yahudilerin can ve mal varlığını korumak için hükûmetin gönderdiği askerlerdi. Mallarını korumaya çalışan 12 Yahudi öldürüldü ve birçoğu yaralandı. Alliance Israélite Universelle temsilcileri, Yahudilerin itibarını zedeleyen birçok zulmü kayıtlarına geçti.
Bu tip zulümlerden kaçan Yahudiler, 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında Filistin'e göç etti.