Medici Hanedanı
Yeni Çağ > Medici’lerin tekrar kovulması ve göreve gelmesi

Kardinal Passerini'nin yönetimi halk arasında beğenilmemekteydi. Bu memnuniyetsizlikten dolayı şehirde isyanlar başlamıştır. Passerini bu isyanların önüne geçememiştir. Ottimati'lerin büyük çoğunluğu Medici'lere karşıydı. 1527 yılında durum giderek kötüleşmeye başlamıştır. Sacco di Roma (Roma'nın yağmalanması) zamanında Medici Papa Clement'in etkisini kaybetmiştir. Bu olay 16 Mayıs 1527 yılında otorite değişikliğine neden olmuştur. Flippo Strozzi ve eşi, Medici'lere karşı denge siyaseti uygulamıştır. Belediye meclisi, Passerini, Ippolito ve Alessandro'nun meclisten çıkarıldığını bildikten sonra, bu kişiler 17 Mayıs 1527 yılında Floransa'yı terk etmiştir.
Consiglo degli Scelti toplanarak Savonarola döneminde oluşturulan anayasaya benzer bir anayasa çıkartılmıştır. Büyük konsey yeniden kurulmuştur. Niccolò Capponi Gonfaloniere yönetimi için bir yıllığına seçilmiştir; fakat Floransa'da gruplar arasında büyük fikir ayrılıkları başlamıştır: Ottimati'ler oligarşi yönetimini istemekteydi, Adirati'ler, ılımlı bir yönetim benimsedikleri için Capponi'lere karşı çıkmaktaydı, Arabiti'ler Medici karşıtıydı ve Popolani'ler Ottimati'leri reddetmekteydi. Capponi, şehri düzene sokmak ve durumu düzeltmek için elinden geleni yapmıştır. Savonarola'nın iç işlerine karıştığında dışarıdan gelecek olan tehlikeleri hissederek, Papa ile imparator V. Karl'ın uzlaşması Floransa açısından yıkıcı olacağını sezmiştir; çünkü Clement'ler ailelerini tekrar yönetime getirmek için mutlak bir fırsat ele geçirmiştir. Capponi, karşıtlıklara rağmen 1525 yılında Gonfaloniere yönetimine seçilerek Papa ile barış yapmaya çalışmıştır. Capponi'nin Vatikan ile yazışmalar yapması haksız olarak suçlanmasına neden olmuştur; daha sonra Capponi temize çıkmış olmasına rağmen görevini bırakarak altı aylığına şehri terk etmiştir.
Francesco Carducci Gonfaloniere, yönetimine seçilmişti. 29 Haziran 1529 yılında papalık ile krallık arasında bir sözleşme imzalanmıştır. Sözleşmeye göre Medici'ler Floransa'ya tekrar gelmiştir. Carducci, kuşatmalar için sağlam önlemler almıştır; ancak halkın büyük bir kısmı Medici'lere karşı ya sempati duymakta ya da onlardan korkmaktaydı. Michelangelo Buonarotti'nin başkanlığını yaptığı Nove della Milizia adındaki kurul şehrin savunulması görevini üstlenmiştir. Michelangelo şehir surlarının duvarlarını güçlendirmiştir. Ordunun başkomutanı Malatesta Baglioni'ydi. Ağustos ayında Philibert komutasındaki krallık ordusu harekete geçmişti. Eylül ayında ise başkomutan daha fazla dayanamayarak Perugia şehrini bırakmak zorunda kalmıştır. Diğer şehirler de krallık ordusunun eline geçmiştir. Papa ile uzlaşma çalışmaları sonuçsuz kalarak Ocak ayında kuşatma başlamıştır. Halk, papalık ve krallık karşıtı olmasına rağmen, kızgınlığını saklayabilmiştir. Halkın böyle sessiz kalmasına neden olan kişi, olağanüstü kişiliğe sahip Francesco Ferruccio'ydu. Fakat Malatesta tam anlamıyla bir haindi. Bir şekilde şehrin savulmasını engellemiştir. Ferruccio, Voltera şehrini ele geçirdikten sonra, krallık ordusuna arkadan saldırmak için Pistoia'nın yukarısında yer alan Gavinana'ya doğru harekete geçmiştir. Savaş 3 Ağustos 1530 yılında meydana gelmiştir. Ferruccio'nun yaptığı kahramanlığa rağmen savaşta başarısız olduğu için öldürülmüştür.
Şehir içinde açlık ve sefalet hüküm sürmekteydi. Giderek artan bir oranda, halk kapitülasyon (ayrıcalık, imtiyaz) istemeye başlamıştır. Signoria (senyörlük) yönetimi Malatesta'nın bir hain olduğunun farkına vardıysa da çok geç kalmıştır; çünkü o çoktan Floransa valisi olarak harekete geçmiştir. Ordu onu zorla kovmak isterken başarısız olmuştur. 9 Ağustos'ta Signoria Malatesta'yı şehirden kovmak için tüm umutlarını kaybedince krallığın yeni komutanlarından olan Don Ferrante Gonzaga ile görüşmelere başlamıştır. 12 Ağustos 1530 yılında kapitülasyonlar imzalanmıştır. Floransa 80.000 Florin tazminat ödemek zorunda kalmıştır. Medici'ler tekrar göreve atanmıştır. Krallık özgürlükçü bir yönetim kurmak istemiştir. Medici'lerden olan Baccio Valori sorumluluğu üstlenmiştir. Parlamento toplanarak bilinen balia (yönetim) oluşturulduktan sonra bütün muhalefet susturulmuştur. 1532 yılında Alessandro, ömür boyu Gonfaloniere yönetiminde bulunmuştur. Sonuç olarak Floransa özgürlüğünü kaybederek Toskana dukalığının başkenti olmuştur.