II. Justinianos
Birinci saltanatı

Justinianos imparator olduğu zaman doğuda IV. Konstantinos'un galibiyetleri dolayısıyla imparatorluğun doğu sınırları istikrarlı bir şekilde bulunmaktaydı. Justinianos, Emevilere karşı Ermenistan, Gürcistan ve Kuzey Suriye'de da bazı hücumlarda bulundu. Kendisiyle aynı zamanda hükûmeti eline alan Emevi halifesi Abdülmelik ile 688'de Bizans İmparatoru II. Justinianos, kendilerinden daha önceki İmparator IV. Konstantinos ve Halife Muaviye zamanında yapılan antlaşmaya atıf yaparak, aralarında bir antlaşma imzaladılar. Justinianos bu antlaşma ile önce Bizans'ın Emevilere verdiği yıllık tazminatı yükselti. Bu antlaşmanın önemli bir kısmı da Kıbrıs Adası'nı ilgilendirmekteydi. Bu adaya atıfla Bizans, Emevi halifelerine eskisi gibi yılda 1.000 Bizans altını tazminat ödeyecek ve bunun yanında ek olarak o yıl içinde olan Cuma günü sayısı kadar (yaklaşık 50 küsur) atı ve esiri tazminat olarak verecekti. Kıbrıs Adası'ndan alınan vergiler eşit olarak, her iki taraf arasında bölüşülecekti. Bunu başarmak için de Kıbrıs Adası askerden arındırılacak ve iki tarafın da atadığı valiler ile ortak olarak nispeten özerk olarak Bizans-Emevi kondominiyomu olarak idare edilecekti. Aynı şekilde Ermenistan ve Gürcistan'ın doğu bölgelerinden toplanacak vergiler de iki ülke arasında eşit olarak paylaşılacaktı. Kıbrıs üzerinde varılan bu antlaşma çok uzun bir süre boyunca geçerli oldu ve ancak, 868'de ortadan kalkmıştır. Buna karşılık Gürcistan ve Ermenistan üzerinde çok geçmeden anlaşmazlıklar ve çarpışmalar yeniden başladı.
Bu antlaşmanın diğer bir şartı ise; (şimdiki Hristiyan Marunilerin ataları oldukları kabul edilen) Lübnan Dağları üzerinde yerleşkeli ve devamlı Müslüman Araplara hücumlarda bulunan Mardait'lerinden 12.000 kadarının Antalya (o zamanki Attalia) civarına yerleştirilmeleriydi. Bu, Justinianos'un sonradan da takip edeceği nüfusu çok düşmüş olan Anadolu'ya yeniden Hristiyan nüfusu göç ettirerek, Anadolu'yu daha istikrarlı bir Bizans bölgesi haline getirme politikasının bir başlangıcıydı.
Doğuda barışı sağlayan Justinianos bu defa, dikkatini Slav kabilelerinin göçlerine ve yerleşmeleri ile Bizans'ın Balkanlarda kaybetmiş olduğu bölgelere çekti. 687'de Justinianos Anadolu'da bulundurduğu süvari birliklerini Trakya'ya nakletti. 688-689'da büyük bir askeri sefere başlatarak, Bulgarlara karşı Makedonya'da hücuma geçti. Çok geçmeden eskiden çok önemli bir Bizans şehri olan Selanik'e bir zafer alayıyla girdi.
Yine Anadolu'yu nüfuslandırma politikasına devam ederek, çok büyük sayıda Slav ahaliyi Anadolu'da önce geniş bir düzlüğe sahip kara bölgesi olan; Marmara Denizi'nin güney kıyılarına ve sonra da daha güney ve doğudaki yerlere yerleştirmeye başladı. 7. yüzyıl sonunda, Balkanlar'dan Anadolu'ya devlet zoru ile yaptırılan göçlerle Anadolu'ya getirilen nüfusun 250.000 kişiyi aştığı tahmin edilmektedir. Zamanına göre gayet büyük olan Justinianos'un zorla yaptırdığı bu göçler Anadolu'da büyük değişikliklere neden olmuştur.
O zamana kadar Anadolu'da büyük arazi sahipleri ve bunların arazilerini işleyen ve arazi sahiplerine iş görme ve hizmet etme yükümlülükleri bulunan (Avrupa Orta Çağ tipi feodal) köylülerden oluşan ve çok tutucu bir nüfusun bünyesi, bu göçlerle birden değişmiş ve kendi küçük arazisi bulunan ve bunu işleyen bağımsız küçük çiftçilerden oluşan bir bünyeye dönüştürmüştür. Bu toprak sahipliği devrimi, modern tarihçilerin Justinianos tarafından çıkarıldığını kabul ettikleri Çiftçiler Kanunu adlı çok enteresan bir Bizans hukuki belgesi ile de tamamlamıştır (ama bazıları tarafından daha sonra çıkarıldığı iddia edilmektedir). Bu belge, 7. yüzyıl sonunda kırsal alanda yaşayan alelade köylülerin hayatını açıklayan bir ufak pencere gibi, nadir bulunan bir tarihsel belge olduğu kabul edilmektedir. Anadolu'da bu nüfus artışı ve nüfus değişimi politikasıyla Justinianos, Heraklios zamanında çıkarılan "her aile reisinin ve ailenin en büyük oğlunun zorunlu askerlik yapması" yasasıyla Anadolu köylülerinden oluşan askerlerle, Bizans ordusunun çekirdeğini güçlendirmiş olmaktaydı. Fakat, bunun dezavantajlı yönleri de bulunmaktaydı. Justinianos, büyük toprak sahipleri olan Bizans'ın zengin üst tabakasını kendine düşman etmişti (ve bu Leontios'un 693'te isyanı, imparatorluğu ele geçirip Justinianos'un 10 yıl süren bir sürgüne gönderilmesinde baş faktör olmuştu). Diğer bir dezavantaj ise, Anadolu'ya yeni yerleşmiş Slavlardan oluşan Bizans ordusunun Bizans'a sadakatinin şüpheli olmasıydı. (Örneğin 690'da Araplara karşı Sebastapolis'te Bizans'ın çok büyük bir yenilgiye uğramasının başlıca sebebi, orduda bulunan Anadolu'ya yeni göç etmiş Slavların Bizans ordusunu terk etmeleriydi.)
Justinianos'un Emevilerle anlaşmasıyla meydana gelen barış uzun sürmedi. 691'de büyük bir Emevi ordusu, tekrar Doğu Anadolu Bölgesi'nde Bizans İmparatorluğu üzerine sefere geçti.
693'te Anadolu'ya zorla göç ettirdiği gruplar dolayısıyla Anadolu'daki Bizans ordusunun asker sayısı artmıştı ve bu daha büyük orduya güvenen Justinianos Araplara karşı tekrar hücuma  geçti ve Doğu Anadolu'da Emevilere karşı bir büyük muharebe kazandı. Fakat bu yeni, çoğu İslav asıllı askerlerin Bizans'a sadakatlerinin şüpheli olduğunu öğrenen Emeviler bu yeni askerlere rüşvet ve hediyeler vererek onların Justinianos'a isyan etmelerini sağladılar. Justinianos, isyan etmeyen Bizans ordusu eski ögelerinden oluşan kısmını kullanarak bu yeni Slav asıllı Bizans askerlerinin isyanını bastırmayı başardı. Ancak bu nedenle Araplara karşı yapılan çarpışmaları Bizanslılar  kaybetti. 694-695'te Emeviler Bizans ordusunu Doğu Anadolu'dan çıkartarak bu bölgeyi ellerine geçirdiler.
Bu sırada Justinianos dikkatini din işlerine çekmeye başladı. Önce Ortodoks Kilisesi içinde çıkardığı bahanesiyle Ortodoks Hristiyanlık geleneklerinden olmayan, ama halka arasında yaygın olan bazı gelenekleri ortadan kaldırmak için bunları ayinlerinde kullananları tutuklattı ve buna itiraz edenlerin liderlerini öldürttü. Bu Ortodoks kilisesi papazları, keşişleri ve mensupları tarafından kötü karşılandı.
Mani dinine inanları da elimine etmek maksadıyla onları kovalatıp yakalatıp öldürtme hakkında emirler verdi.
Kendi dinsel siyasetini resmi Konstantinopolis Patrikliği Kilisesi stratejisi ve kurallarını haline getirmek için 662'de Justinianos Konstantinopolis'te Kuinisekst Konsülü adıyla anılan bir konsül topladı. Buna sadece Bizans topraklarında bulunan piskoposlar katıldı. Bu Konsül 5. ve 6. Ekümenik konsillerin aldığı kararları daha açıklaştırdı ve hatta genişletti. Bu konsül kararları Konstantinopolis ve Roma Hristiyan göreneklerinin ve uygulamalarının arasındaki farkları iyice açıklığa kavuşturdu. Örneğin Doğu Kilisesi papazlarının evlenme imkânı bulunmaktaydı; ama Roma kilisesi papazlarının evlenmeleri kesinlikle yasaklanmıştı. Fakat Roma Kilisesi başında bulunan "Papa I. Sergius" bu Konsil kararlarını kabul etmedi. Bunun üzerine Justinianos Papa'nın tutuklanması emrini verdi. Fakat Romalılar ve İtalya'da Bizans'a ait olan Ravenna Eksarjlığı'na bağlı İtalyalı Bizanslılar bunu kabul etmediler. Bizans'a karşı isyan ettiler.
Justianianos İmparatorluğun yöresel idaresinin Thema şekline geçmesine de katkıda bulundu. Merkezi Yunanistan'da bulunan Hellas adlı yeni bir thema kurdu. Bizans İmparatorluğunun ana 5 themasını (yani Balkanlarda Trakya, Anadolu'da Opsikion, Anatolikon ve Armeniakon ve donanmaya bağlı Karabisiani) themalarının üst idarecilerini imparatorluğun en yüksek idarecileri olarak kabul edilmesini sağladı.