Baas Partisinin tarihi
Baas yönetimi ve 1966 bölünmesi: 1961-66

Ana madde: 1966 Suriye Darbesi
Daha fazla bilgi: Baas Partisi (Irak ağırlıklı hizip) ve Baas Partisi (Suriye ağırlıklı hizip)
Baasçı bir devlet kurmanın zorlukları, parti içinde hatırı sayılır ideolojik tartışmalara ve iç mücadeleye yol açtı. Irak Bölgesel Şubesi'ne giderek artan bir şekilde, 1963 yazı itibarıyla daha önce anti-komünist olan ve şimdi kendini Marksist olarak tanımlayan Ali Salih es-Sadi hakim oldu. İdeolojik yöneliminde Suriye Bölge Komutanlığı Bölge Sekreteri Hammud eş-Şufi, partinin birkaç ideolojik teorisyeninden biri olan Yasin el-Hafız ve gizli askeri komitenin bazı üyeleri tarafından desteklendi.
Aşırı sol eğilim, partinin 1963'teki 6. Ulusal Kongresinde kontrolü ele geçirdi. Egemen Suriye ve Irak bölgesel partilerinden aşırıcılar, "sosyalist planlama", "köylüler tarafından yönetilen kolektif çiftlikler", "üretim araçları üzerinde işçilerin demokratik kontrolü", işçi ve köylülere dayalı bir parti ve diğer talepler çağrısında bulunarak Sovyet tarzı sosyalizmin belirli bir öykünmesini yansıtan sert bir sol çizgiyi dayatmak için güçlerini birleştirdiler. Kongre, Mişel Eflak'a şifreli bir saldırı düzenleyerek - onun parti içindeki orta sınıf geçmişini eleştirerek - "ideolojik kayda değerliği" de kınadı. Partisinin bu dönüşümüne öfkeli olan Eflak, nominal bir liderlik rolünü sürdürdü; ancak Ulusal Komutanlık bir bütün olarak radikallerin kontrolü altına girdi.
1963'te Baas Partisi, iktidarı ele geçirdi. O andan itibaren Baas, Suriye'de resmi olarak tanınan tek siyasi parti olarak işlev gördü, ancak parti içindeki hizipçilik ve bölünme, birbirini takip eden hükûmetlere ve yeni anayasalara yol açtı. 23 Şubat 1966'da, Genelkurmay Başkanı Salah Cedid'in başkanlığındaki daha solcu, radikal Baasçı bir fraksiyonun liderliğindeki kanlı bir darbe, Eflak'ı ve Selahaddin el-Bitar hükûmetini devirdi. Darbe, Cedid'in Büyük Suriye hırslarını destekleyen Baas Partisi'nin bölgeci kampı ile "milliyetçi" fraksiyon olarak adlandırılan ve daha geleneksel olarak pan-Arap olan hizip rekabetinden kaynaklandı.
Cedid'in destekçileri, Eflak ve akranlarından daha radikal solcu olarak görülüyordu. Cedid'in muhaliflerinin çoğu kaçmayı başardı ve Lübnan'ın Beyrut kentine kaçtılar. Cedid, partiyi daha radikal bir yöne taşıdı. Kendisi ve destekçileri, Altıncı Parti Kongresi'ndeki muzaffer aşırı sol çizginin destekçileri olmasalar da şimdi onun pozisyonlarını benimsemeye başlamışlardı. Eskiden Eflak ve el-Bitar liderliğindeki ılımlı hizip, partiden tasfiye edildi.
1966 darbesinin ardından Baas Partisi ikiye bölündü: Şam merkezli bir Baas Partisi ve Bağdat merkezli bir Baas Partisi kuruldu. İkisi de gerçek Baas Partisi olduğunu iddia etti ve uluslararası Baas hareketinin sorumluluğunu almak için ayrı birer Ulusal Komutanlık kurmayı seçtiler. Bununla birlikte, hem Irak'ta hem de Suriye'de, Bölge Komutanlığı parti gücünün gerçek merkezi haline geldi ve Ulusal Komutanlık üyeliği büyük ölçüde fahri bir pozisyon haline geldi, çoğu zaman liderlikten uzaklaştırılan figürlerin hedefi oldu. Bölünmenin bir sonucu olarak, Zeki el-Arsuzi, Şam merkezli Baas Partisi'nde Baasçı düşüncenin resmi babası olarak Eflak'ın yerini alırken, Bağdat merkezli Baas Partisi ise hâlâ Eflak'ı Baasçı düşüncenin de jure babası olarak görüyordu.