James Ussher
Tüm İrlanda'nın Primatlığı

Ussher, 1626'da tahta çıkmasının ardından kendini çalkantılı siyasi dönemlerin içinde buldu. İngiltere ile İspanya arasında gerginlik artıyordu ve I. Charles, İrlanda'yı güvence altına almak için İrlandalı Katoliklere, ordunun bakımı için para karşılığında, The Graces olarak bilinen dini hoşgörü de dahil olmak üzere bir dizi taviz teklif etmiştir. Ussher inançlı bir Kalvinistti ve papalık yanlısı olarak gördüğü insanların herhangi bir güce sahip olma olasılığına dehşetle bakıyordu. Kasım 1626'da evinde İrlanda piskoposlarını gizlice toplantıya çağırmış ve bunun sonucu "İrlanda Başpiskoposları ve Piskoposlarının Yargılanması" oldu. Şöyle başlar:
Papalık yanlılarının dini batıl inançlı ve putperesttir; inançları ve doktrinleri hatalı ve sapkındır; kiliseleri her ikisine de aykırıdır; bu nedenle onlara hoşgörü göstermek veya dinlerini özgürce yaşamalarına ve inançlarını ve doktrinlerini açıklamalarına izin vermek büyük bir günahtır.
Hüküm, Nisan 1627'de Dublin'de Lütuflara karşı verilen bir dizi vaazın sonunda okunana kadar yayınlanmamıştır. Thomas Wentworth'un Nisan 1641'deki idam kararının ardından Kral Charles ve İngiltere Gizli Konseyi, 3 Mayıs 1641'de İrlandalı Lord Yargıçlara, Zarafetleri yürürlüğe koymak için gerekli Yasa Tasarılarını yayınlamaları talimatını vermiştir. Ancak hukuk reformları 1641 yılı sonlarındaki isyandan önce gerektiği gibi uygulanmamıştır.
1629'dan itibaren Lord Vekilleri arasındaki dört yıllık ara dönemde, İrlanda'ya dinsel uyumu dayatma çabalarında artış görülmüştür. 1633 yılında Ussher, İrlandalı Katoliklere karşı feragat cezalarının uygulanması için destek almak amacıyla Canterbury'nin yeni Başpiskoposu William Laud'a bir mektup yazmıştır. 1633 yılında İrlanda'ya yeni Lord Vekili olarak gelen Thomas Wentworth, öncelikle İrlanda Kilisesi'nin uygun kaynaklara sahip olması gerektiğini belirterek uyum sağlama baskısını savuşturmuş ve kilisenin yeniden bağışlanmasına girişmiştir. Armagh ve Dublin piskoposlukları arasında uzun süredir devam eden öncelik anlaşmazlığını Armagh lehine çözmüştür. İkisi tiyatro konusunda fikir ayrılığına düşmüşlerdir: Ussher, sahneye karşı olağan Püriten antipatisine sahipti; Wentworth ise tiyatroya tutkuyla bağlıydı ve Ussher'ın muhalefetine rağmen İrlanda'nın ilk tiyatrosu olan Werburgh Sokak Tiyatrosu'nun kuruluşuna nezaret etmiştir.
Ussher kısa süre sonra Arminianizm'in yükselişiyle ve Wentworth ve Laud'un İngiltere Kilisesi ile daha Kalvinist olan İrlanda Kilisesi arasında uyum sağlama arzusuyla ters düşmüştür. Ussher, 1634'teki bir toplantıda bu baskıya karşı koymuş ve İngilizce Din Maddelerinin, İrlandaca maddelerin yerine değil amam onlarla birlikte benimsenmesini sağlamıştır. İrlanda kanunlarının İngilizce olanlarla değiştirilmek yerine temel alınarak yeniden yazılması gerektiğini savunmuştur. Teolojik olarak Kalvinistti, ancak kefaret konusunda (gizli olarak) varsayımsal bir evrenselciydi. Bu konuda en önemli etkisi, daha sonra Dort Sinodu'na İngiliz delege olarak katılan ve sınırlı kefaret konusundaki Sinod öğretisini önemli ölçüde yumuşatmayı başaran John Davenant'a olmuştur.
1633 yılında Ussher, Başpiskopos Laud'un Dublin Üniversitesi Şansölyesi olarak atanmasını desteklemiştir. Ussher'in de kabul ettiği gibi, Laud'un, bir bakıma kötü yönetilen bir kurumda düzen sağlamaya yardımcı olacağını ummuştu. Laud bunu yapmış, üyelerin yetkilerini sınırlamak ve rektör atamalarının kraliyet kontrolünde olmasını sağlamak için tüzüğü ve kanunları yeniden yazmıştır. 1634'te koleje, teolojik görüşleri ve otoriter yönetim tarzı Ussher'in savunduğu her şeye aykırı olan Arminiusçu bir rektör olan William Chappell'i görevlendirmiştir. 1635'e gelindiğinde Ussher'ın Latince: de facto kontrolü kaybettiği açıkça görülüyordu. Kilise üzerindeki kontrol günlük meselelerde Derry Piskoposu John Bramhall'a, siyasi meselelerde ise Laud'a aitti.
Fairfield Üniversitesi'nde Tarih Doçenti olan William M. Abbott, onun etkili ve politik açıdan önemli bir piskopos ve başpiskopos olduğunu savunuyor. Oxford Ulusal Biyografi Sözlüğü, onun tepkisel olduğunu ve çatışmadan ziyade uzlaşma aradığını belirtiyor. Kilmore Piskoposu William Bedell tarafından kilise ayinlerinde kullanılmak üzere İrlandaca yeniden tanıtılması girişimlerine başarılı bir şekilde karşı koyduğu hikayesi çürütüldü.
Ussher, mümkün olduğunda bir bilim insanı olmayı tercih ediyordu. Roma Katolik ilahiyatçılarıyla kapsamlı tartışmalara girmiş ve hatta bir öğrenciyken Cizvit akrabası olan Henry Fitzsimon'a (Ussher'in annesi Katolikti) Papa'nın Deccal ile özdeşleştirildiği iddiasını kamuoyu önünde tartışması için meydan okumuştur. Ussher, İskoçya'da soyulduğunda eşkıya olan ve "Covenanter" kılığında olan Cizvitlere karşı bir saplantısı vardı, İngiltere'de ise muhaliflerdi, dikkat çekici bir listeydi.
Ancak Ussher aynı zamanda teoloji, kilise babaları ve kilise tarihi üzerine de kapsamlı yazılar yazmış ve bu konular giderek Katolik karşıtı çalışmalarının yerini almıştır. Ussher, 1634'teki Meclis Toplantısı'ndan sonra Dublin'den ayrılıp Drogheda'daki piskoposluk ikametgâhına gitmiş ve burada başpiskoposluk görevine ve araştırmalarına yoğunlaşmıştır. 1631'de, ilk kez 1622'de yayınlanan "İrlandalıların Eskiden İtiraf Ettiği Din Üzerine Söylev" adlı eserinin yeni bir baskısı yapılmıştır. Bu eser, erken İrlanda kilisesinin Roma'dan nasıl farklı olduğunu ve bunun yerine daha sonraki Protestan kilisesine nasıl daha yakın olduğunu göstermeyi amaçlayan çığır açıcı bir çalışmaydı. Bu, İrlanda Kilisesi'nin erken dönem Kelt kilisesinin gerçek halefi olduğu fikrini yerleştirerek oldukça etkili olmuştur.
1639'da Britanya'da o tarihe kadarki en önemli Hristiyanlık tarihi olan Britannicarum ecclesiarum antiquitates  (İngiliz kiliselerinin antikaları) eserini yayınlamıştır. Daha önce yayınlanmamış pek çok el yazması kaynağın bir araya getirilmesiydi. Ussher kaynakların gerçekliği konusunda kesin yargılara varmakta çok isteksizdi. Bu nedenle, Kral Lucius'un hayal ürünü ama uydurma hikayelerine ve Britanya'da bir Hristiyan piskoposluğunun kurulmasına dair bir bölümün tamamını ayırmıştır.