Sincan Uygur Özerk Bölgesi tarihi
Çing hanedanı > Çungar-Çing Savaşları

Ayrıca bakınız: Cihangir Hoca Ayaklanması
Dzungarlar, Çungar–Çing Savaşları (1687-1757) sonucunda Çungarya'nın ve Tarım Havzası'nın kontrolünü Çing hHnedanı'na kaybetti. 1755 ve 1760 yılları arasında Çing Qianlong İmparatoru nihayet Çungarya platosunu ve Tarım Havzası'nı ele geçirerek, Tanrı Dağları'nın sırasıyla kuzey ve güneyi olmak üzere iki ayrı bölgeyi Sincan olarak egemenliği altına aldı. Güneyde Türk Müslümanlar (Uygurlar) ve kuzeyde "Eleutlar" veya "Kalmuklar" olarak da adlandırılan Çungar Moğolları yaşamaktaydı.
1755'te Çing İmparatorluğu Gulca'ya saldırdı ve Çungar Hanı'nı ele geçirdi. Sonraki iki yıl boyunca, Çing'in Mançu ve Moğol orduları, Çungar Hanlığı'nın kalıntılarını yok etti ve Sincan bölgesini dört hanın hükümdarlığında dört alt hanlığa bölmeye çalıştı. Benzer şekilde, Çing, Tanrı Dağları'nın güneyinde, Batı Tarım Havzası'ndaki hükümdarlar olan ve Hocalar olarak bilinen bir Sufi şeyh topluluğunu kendilerine bağladı.
Oyrat asil Emirsana'nın Çungar hanı ilan edilme çağrısı cevapsız kalınca, Çing'e karşı bir isyan başladı. Çing'in dikkati geçici olarak, 1756 yazı ile Ocak 1757 arasında, 1911'de ortadan kalkışına kadar Çing'e karşı en ciddi Khalka Moğol isyanını başlatan Cengiz Han'ın soyundan gelen Khalka prensi Chingünjav'a odaklandı. Emirsana ile mücadeleye girişmeden önce, Qianlong'un kuvvetlerinin çoğunluğu, Chingünjav ordusu Ocak 1757'de Hövsgöl Gölü yakınlarındaki şiddetli bir savaşta Çing tarafından ezilene kadar Khalka'da istikrar sağlamak için yeniden görevlendirildi . Zaferden sonra Qianlong, isyancıları hızla yönlendirdikleri Ili'ye ek güçler gönderdi. Emirsana üçüncü kez Kazak Hanlığı'na kaçtı, ancak kısa bir süre sonra Ablay Han Çinlilere haraç statüsü verdi, bu da Emirsana'nın artık güvende olmadığı anlamına geliyordu.  Sonraki iki yıl içinde, Çing orduları Çungar hanlığının kalıntılarını yok etti. Çing Mançu Sancaktarları, yerli Çungar Oyrat Moğol nüfusu üzerinde Çungar soykırımını (1755-1758) gerçekleştirdi, Çungarlar neredeyse yok oldu ve Çungarya'nın nüfusunu azaldı.
Turfan ve Kumul Vahalarında yaşayan Müslüman Türkler daha sonra Çin'in Qing Hanedanı'na boyun eğdiler ve Çing, Turfan ve Kumul hükümdarlarını Çing vasalları olarak kabul etti.[kaynak belirtilmeli]
Çing, Afak Hocalar lideri Burhanüddin Hoca ve kardeşi Cihan Hoca'yı Çungarlar tarafından hapsedilmekten kurtardı ve onları Tarım Havzası üzerinde Çing vasalları olarak yönetmeye atadı. Hoca kardeşler, Altışehir Hocaları isyanını  (1757-1759) ateşleyerek ve kendilerini Tarım Havzası'nın bağımsız liderleri olarak ilan ederek bu anlaşmadan dönmeye karar verdiler. Çing ve Turfan lideri Emin Hoca isyanları bastırdı ve Mançu Çing daha sonra 1759'a kadar hem Çungarya hem de Tarım Havzası'nın kontrolünü ele geçirdi. Neredeyse yüz yıl boyunca, Afaki Hocalar, Altışehir'i Çing'den geri almak için Cihangir Hoca Ayaklanması'nın bir parçası olarak çok sayıda askeri sefer yürüttü.
Çing, bir Mançu Çing garnizonu ile birlikte Çinli göçmenleri bölgeye yerleştirerek otoritelerini pekiştirmeye çalıştı. Çing, tüm bölgeyi, Gulca'nın (Yining) 30 km (19 mil) batısında, Huiyuan Kalesi'nde ("Mançu Kuldja" veya Yili olarak da adlandırılır) bulunan Ili generalinin egemenliğine soktu.
Uygurların Mançulara karşı 1765'teki Uş isyanı, Uygur kadınlarının Mançu yetkilisi Su-cheng'in hizmetkarları ve oğlu tarafından toplu tecavüze uğramasından sonra meydana geldi. Uş Müslümanlarının uzun zamandır [Sucheng ve oğlunun] derileri üzerinde uyumak ve etlerini yemek istedikleri, Uygur Müslüman kadınların Mançu yetkilisi Sucheng ve oğlu tarafından aylarca tecavüz edildiği söyleniyordu. Mançu İmparatoru, asi Uygur kasabasının katledilmesini emretti, Çing güçleri tüm Uygur çocuklarını ve kadınlarını köleleştirdi ve Uygur erkeklerini katletti. Mançu askerleri ve Mançu görevlilerinin düzenli olarak Uygur kadınlarıyla cinsel ilişkiye girmeleri veya onlara tecavüz etmeleri, Uygur Müslümanlarının Mançu yönetimine karşı büyük bir nefret ve öfke duymasına neden oldu. Cihangir Hoca Ayaklanması, bir Mançu yetkilisi olan Binjing'in 1818-1820 yılları arasında Kokan Aksakal'ın Müslüman bir kızına tecavüz etmesinden sonra ateşlendi. Çing, Uygurlar arasında onların yönetimine karşı öfkenin yayılmasını önlemek için Uygur kadınlarına Mançular tarafından tecavüz edilmesini örtbas etmeye çalıştı.
Uygur Müslüman Seyyid ve Nakşibendi Sufi Afaki alt takımı üyelerinden olan Cihangir Hoca, Çing'e karşı bir isyana öncülük ettiği için 1828'de Mançular tarafından dilimlenerek öldürüldü (Lingchi) .