stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
Béla Tarr
Kariyeri

İlk uzun metrajlı filmi Családi tűzfészek'i 1977 yılında 22 yaşındayken çekti. Filmdeki oyuncu kadrosunu, yerel halktan seçilen ve profesyonel aktör olmayan insanlar oluşturdu. Filme sadece "dostluk" için katıldılar ve hiçbiri film için ücret almadı. Tarr filmi toplam 6 günde çekti. Eleştirmenler filmde John Cassavetes'in yönetmenliğinden etkiler bulduğunu söyleseler de, Tarr Családi tűzfészek filmini çekmeden önce Cassavetes'in hiçbir filmini izlemediğini söyledi. Film 1979 yılında yayınlandı. Ufak tefek değişiklikler dışında tarzını aynen devam ettirerek Szabadgyalog ve Panelkapcsolat filmlerini çekti. Panelkapcsolat, başrollerinde profesyonel oyuncuların oynadığı ilk filmidir. 1982'de çektiği William Shakespeare'in Macbeth adlı eserinden uyarladığı televizyon filmi Macbeth sadece iki sahneden oluşmuştur. Birincisi giriş kısmı olarak 5 dakika, ikincisi ise 67 dakikadır.
İlk dört uzun metrajlı filminin senaryosunu kendisi yazan Tarr, Őszi almanach filminden sonra, Macar yazar László Krasznahorkai'yle birlikte Kárhozat filminin senaryosunu yazdı. Krasznahorkai'nın Sátántangó romanının sinema filmine uyarlama tasarısı 7 seneyi aşkın bir süre sonucunda gerçekleşti. 450 dakikalık film 1994'te beğenilere sunuldu. Susan Sontag, Tarr için, modern sinemanın kurtarıcılarından biri demiştir ve her sene bir kez Sátántangó'yu izlemekten memnun olduğu dile getirmiştir. Sátántangó'dan sonra 1995'te 35 dakikalık Utazás az Alföldön adlı filmini bitirdi. 5 senelik bir sessizlikten sonra 2000 senesinde Werckmeister Harmóniák filmini çekti. Zaman zaman zor şartlar altında çekilen film, eleştirmenler tarafından gayet sıcak karşılandı. Daha sonra Georges Simenon'un aynı adlı romanından uyarladığı A Londoni férfi'yi yaptı. Filmin 2005'in Mayıs ayında Cannes Film Festivali'nde gösterilmesine karar verildi fakat filmin yapımcılarından biri olan Humbert Balsan'ın 10 Şubat 2005 tarihinde intihar etmesi sebebiyle bundan vazgeçilmişti ve bu olay filmin diğer yapımcıları arasında, filmin finansmanını etkileyeceği nedeniyle tartışmalar yarattı. Filmin galası 2007 Cannes Film Festivali'nde yapıldı ve 2008'de dünyaya yayımlandı.
Bundan sonra Tarr, kendisinin son filmi olacağını söylediği A torinói ló isimli film projesinin üzerinde çalışacağını açıkladı. Film 15 Şubat 2011'de Almanya'da Berlin Uluslararası Film Festivali'nde gösterildi ve daha sonra birçok festivalde daha gösterilerek diğer ülkelerde yayımlandı. Tarr, bu filmle 2011 Berlin Uluslararası Film Festivali'nde biri Jüri Büyük Ödülü olmak üzere tam 2 ödül aldı.
Filmlerinin müzikleri genellikle (toplamda 9 tanesi) Mihály Vig tarafından bestelenmiştir. Vig'le birçok alanda işbirliği yaptığı gibi, Sátántangó dâhil birkaç filminde başrollerde oynatmıştır.
Etkileri

Gus Van Sant devamlı Tarr'ın, (ilk önce, Gerry adlı filminde çekmeye başladığı uzun kesintisiz sahneler üzerinde) kendisinin son filmleri üzerindeki etkisinden bahseder. Tarr ve özellikle filmi Sátántangó, remodernist film akımının öncülerinden kabul edilir.
Filmografisi > Uzun metraj filmleri

A Torinói ló (2011)
A Londoni férfi (2007)
Werckmeister harmóniák (2000)
Sátántangó (1994)
Kárhozat (1988)
Öszi almanach (1984)
Panelkapcsolat (1982)
Szabadgyalog (1981)
Családi tüzfészek (1979)
Filmografisi > Televizyon filmleri

Macbeth (1982)
Filmografisi > Belgeselleri

City Life (1990)
Filmografisi > Kısa filmleri

Visions of Europe (2004)
Utazás az Alföldön (1995)
Utolsó hajó (1990)
Hotel Magnezit (1978)
Dizi hizalaması

Biyoenformatikte dizi hizalaması, DNA, RNA veya protein dizilerini düzenleyerek benzer bölgelerin tespit edilmesidir. Bu bölgelerin benzer olması, diziler arasında işlevsel, yapısal veya evrimsel bir ilişki olduğu anlamına gelir. Hizalanmış nükleotit veya aminoasit kalıntı dizileri tipik olarak bir matriksin satırları olarak gösterilir. Kimyasal kalıntıları temsil eden harflerin arasına boşluklar konarak ardışık sütunlarda yer alan aynı veya benzer harflerin bir hizada olması (altalta gelmesi) sağlanır.
ClustalW ile elde edilmiş iki insan çinko parmak proteininin (soldaki GenBank erişim numaraları ile tanımlanmış) dizi hizalaması. 

Anahtar: Tekli harfler: amino asitler. Kırmızı: küçük, hidrofobik, aromatik, Y değil. Mavi: asidik. Magenta: bazik. Yeşil: hidroksil, amin, amit, bazik. Gri: diğerleri. "*": birbirinin aynı. ".": korunmuş substitusyonlar (aynı renk grubu). ":": yarı-korunmuş substitusyonlar (benzer şekiller).
Dizi hizalaması biyolojik olmayan dizilerde, örneğin doğal dil veya finansal verilerde de kullanılabilir.
Yorumlama

İki dizi ortak bir ataya sahipse, hizalamada eşleşmeyen harfler, bu dizilerin birbirinden ıraksadığı zamandan beri meydana gelmiş noktasal mutasyonlar olarak yorumlanır. Hizalamadaki boşluklar ise insersiyon veya delesyonlar (indel) olarak yorumlanır. Proteinlerin dizi hizalamasında belli bir pozisyondaki amino asitlerin benzerlik derecesi, bu proteinler için belli bir bölge veya dizi motifininin ne kadar korunmuş olduğunun kaba bir ölçütü olarak alınabilir. Dizinin belli bir bölgesinde substitusyonların olmaması veya sadece çok muhafazkar substitusyonların olması (yani benzer biyokimyasal özelliğe sahip amino asit substitusyonları), bu bölgenin yapısal veya işlevsel bir öneme sahip olduğunun bir belirtisi sayılır. DNA ve RNA bazları, proteinlerdeki aminoasitlerden daha çok birbirine benzese de, baz çiftlerinin korunması da benzer bir işlevsel veya yapısal önemi belirtebilir.
Hizalama yöntemleri

Çok kısa veya çok benzer diziler elle hizalanabilir. Ancak, çoğu ilginç problem, insan eliyle yapılamıyacak kadar uzun, karmaşık veya çok sayıda dizinin hizalanmasını gerektirir. Böyle durumlarda, kaliteli dizi hizalamaları elde edebilmek için insan bilgisine dayanan algoritmalar kullanılır. Ender olarak bu algoritmalardan elde edilen sonuçlar, algoritmik olarak ifadesi zor olan durumlar için elle düzeltilebilir. Dizi hizalaması için kullanılan hesaplamalı yöntemler genelde iki gruba ayrılır: global optimizasyon ve yerel optimizasyon. Global hizalamanın bulunması bir global optimizasyon çeşididir ve elde edilecek hizalamanın, sorgulanan dizilerin tamamını kapsamaya "zorlar". Buna karşın, yerel hizalamalar genelde birbirinden çok farklılık gösteren uzun dizilerde benzer bölgeleri tespit eder. Çoğu zaman yerel hizalamalar tercih edilir ama bunların bulunması daha zor olabilir. Dizi hizalama problemi için çeşitli algoritmalar uygulanmıştır, bunların bazıları, dinamik programlama gibi, yavaş ama formel olarak eniyileyici yöntemlerdir, bazıları ise hızlı ama mutlaka mükemmel sonucu vermeyebilen, veritabanı aramaları için tasarlanmış buluşsal algoritmalar veya olasılıksal yöntemlerdir.
Temsil biçimleri

Hizalamalar genelde hem grafik olarak hem de metin olarak gösterilir. Hemen her dizi hizalama gösteriminde diziler satırlar şeklinde ve hizalanmış harfler de sütunlar halinde düzenlenir. Metin formatlarında aynı veya benzer harfler içeren hizalanmış sütunlar korunma sembolleri ile gösterilir. Yukarıdaki resimde olduğu gibi, bir yıldız veya dik çizgi iki satır arasındaki aynılığı göstermekte kullanılır; daha ender kullanılan semboller ise, korunmuş bir substitusyon için iki nokta üst üste ve yarı korunmuş substitusyonlar için bir noktadır. Çoğu dizi görüntüleme programları ayrıca substitusyon harflerinin özelliklerini belirtmek için renkler kullanır; DNA ve RNA dizilerinde her nükleotidin kendi rengi olur. Protein hizalamalarında, örneğin yukarıdaki örnekte olduğu gibi, belli bir amino asit substitusyonunu korunumunu değerlendirmek için renk kullanılır. Çoklu dizilerde her sütünun son satırı o hizalama ile belirlenmiş olan konsensus dizisidir; konsensus dizinin grafik olarak gösterilmesi bir dizi logosu ile olur; dizi logosunda her nükleotit veya amino asitin harfinin büyüklüğü o harfin korunma derecesine karşılık gelir.
Dizi hizalamaları çeşitli metin-tabanlı dosya formatlarında saklanabilir, bunların çoğu ilk olarak belli bir hizalama programı veya uygulaması ile birlikte geliştirilmiştir. Çoğu Web-temelli araçlar sınırlı sayıda girdi ve çıktı format seçeneği verirler, örneğin FASTA formatı ve GenBank formatı gibi ve program çıktısı genelde kolayca değiştirilemez. Çeşitli format dönüştürme programları mevcuttur, bunlardan READSEQ ve EMBOSS gibi bazılarının grafik arayüzü veya komut satır arayüzü vardır, buna karşın BioPerl, BioRuby gibi program paketlerinin buna olanak veren kendi fonksiyonları vardır.
Global ve lokal hizalamalar

Global hizalamalarda her dizideki her harfin hizalanması amaçlanır. Sorgu kümesindeki diziler birbirine benzer ve yaklaşık aynı uzunlukta olursa global hizalamaları en yararlı olur. (Ama bu, global hizalamaların boşluklarla sonlanamayacağı anlamına gelmez.) Global hizalama tekniklerinden biri, dinamik programlamaya dayalı olan Needleman-Wunsch algoritmasıdır. Birbirine benzemeyen ama benzer bölgeler içerdiği tahmin edilen diziler için
lokal hizalamalar daha yararlıdır. Keza, benzer kısa dizi motiflerinin tespitinde lokal hizalamalar kullanılır. Smith-Waterman algoritması da dinamik programlamaya dayalı bir lokal hizalama yöntemidir. Eğer diziler yeterince birbirine benziyorsa lokal ve global hizalama sonuçları arasında bir fark olmaz.
Hibrit yöntemler (yarı global veya "glokal" yöntemler olarak da adlandırılabilir) bir veya öbür dizinin başı ve sonunu da kapsayan en iyi hizalamayı bulmaya çalışır. Dizilerden birinin sonu, öbürünün başı ile örtüşüyorsa bu özellikle yararlı olabilir. Bu durumda ne global ne de lokal hizalama tamamen uygundur: global yöntem hizalamayı örtüşme bölgesinin dışına uzatmaya çalışacaktır, lokal yöntem ise örtüşme bölgesini yeterince kapsamayabilir.
İkili hizalama

İkili hizalama yöntemleri, iki sorgu dizisinin birbiriyle en iyi uyuşan parçalı (lokal) veya global hizalamasını bulmakta kullanılır. İkili hizalamalar bir defada sadece iki dizi arasında bulunabilir ama hesaplanmaları verimlidir ve çoğu zaman çok yüksek doğruluk gerektirmeyen yöntemlerde kullanılırlar (örneğin bir veritabanında sorgu dizisine yüksek oranda benzeyen dizileri bulmak için). İkili hizalamalar üretmekte kullanılan üç ana yöntem, nokta-matris yöntemleri, dinamik programlama ve sözcük yöntemleridir; ancak, çoklu hizalama yöntemlerinde de dizi ikilileri hizalanır. Her yöntemin kendi avantaj ve dezavantajları olsa da, bu ikili hizlama yöntemlerinin hepsi, düşük bilgi içerikli olan çok tekrarlı dizilerde zorlanırlar, özellikle hizalanacak olan iki dizideki tekrarlı altdizilerin sayıları farklıysa. Belli bir ikili hizalama yönteminin yararını nicelemenin bir yolu, 'maksimum yegane uyuşma' yani her iki dizide bulunan en uzun altdizidir. Daha uzun ortak altdiziler tipik olarak daha yakın bir ilişkiyi yansıtır.
İkili hizalama > Nokta matris yöntemleri

Nokta matris yaklaşımında her bir dizi bölgesi için hizalama aileleri üretilir. Bu yöntem nitel ve basittir ama büyük ölçekte analiz etmesi zaman alıcıdır. İnsersiyon, delesyon, tekrar ve ters dönmüş tekrar (inverted repeats) gibi bazı dizi özelliklerinin görsel tespiti çok kolaydır. Bir nokta matrisi oluşturmak için iki dizi, iki boyutlu bir matrisin üst satırı ve sol sütunu boyunca yazılır, sonra eğer bir satır ve sütunun başındaki harfler aynıysa kesişim yerine bir nokta konur. Bu yaklaşımın bazı uygulamalarında iki harfin benzerlik derecesiyle orantılı büyüklükte bir nokta konur, korunmalı substitusyonları hesaba katabilmek için. Birbirine çok benzeyen dizilerin nokta matrisleri, matrisin ana çaprazı boyunca giden tek bir çizgi gibi görünür.
Nokta matris grafikleri (İng. dot plot) tek bir dizi içindeki tekrarlılık miktarını belirlemekte de kullanılabilir. Bir dizi kendi kendisi ile grafiklenir, birbirine önemli derecede benzerlik gösteren bölgeler ana çaprazın yanlarında çizgiler olarak görünür. Proteinin birden çok benzer yapısal bölgeden oluşması durumunda bu görülebilir.
İkili hizalama > Dinamik programlama

Dinamik programlama tekniği, Needleman-Wunsch algoritması ile global hizalamalar üretmek için, Smith-Waterman algoritması ile de lokal hizalamalar üretmek için uygulanabilir. Tipik kullanımda, protain hizalamalarında amino asit uyuşma veya uyuşmamalarına bir skor verebilmek için bir substitusyon matrisi; bir dizideki amino asitin öbür dizide bir boşlukla eşleştirilmesi için de bir boşluk ceza değeri kullanılır. DNA ve RNA hizalamaları bir skor matrisi kullanabilir ama pratikte basitçene pozitif bir uyuşma skoru, negatif bir uyuşmama skoru ve negatif bir boşluk cezası verilir. (Standart dinamik programlamada, her amino asitin skoru komşularının kimliğinden bağımsızdır, dolayısıyla baz istiflemesi etkileri hesaba katılmaz. Ancak, algoritmayı değiştirip bu tür etkileri de göz önüne almak mümkündür.)
Standart doğrusal boşluk cezası yerine bazı algoritmalarda kullanılan bir varyasyon, iki ayrı boşluk cezası uygulamadır: biri boşluğu açmak içindir, öbürü ise boşluğu uzatmak içindir. Tipik olarak birinci cezanın değeri ikincisinden daha büyüktür, örneğin boşluk açmak için -10 puan, boşluk uzatmak için -2 puan kullanılabilir. Bunun sonucu olarak, bir hizalamadaki boşluk sayısı azalır, harfler ve boşluklar bir arada tutulmuş olur, bu da biyolojik bakımdan daha gerçekçi sayılır. Gotoh algoritması, üç matris kullanarak 'affin' boşluk cezalarını hesaplar.
Dinamik programlama nükleotit dizilerini protein dizileri ile hizalamaya yarayabilir. Bu, karmaşık bir iş olabilir çünkü çerçeve kayması mutasyonlarının (genelde insersiyon ve delesyonlar) etkisini hesaba katmak gerekir. Çerçeve arama yöntemi kullanılarak bir nükleotit sorgu dizisi ile protein dizilerinden oluşan arama kümesi arasında (veya tersi) global veya lokal ikili hizalamalar üretilir. Bu yöntem çok yavaş olmasına rağmen, çerçeve kaymalarını değerlendirme yeteneği, çok sayıda "indel"ler (insersiyon ve delesyonlar) içeren diziler için çok yararlıdır. Bu tür dizilerin normalde verimli çalışan buluşsal (höristik) yöntemlerle hizalanması çok zordur. Pratikte, bu yöntem yüksek hesaplama gücü veya dinamik programlama için özelleşmiş mimariye sahip bir bilgisayar sistemi gerektirir. BLAST ve EMBOSS paketleri, çevrimli (translasyonlu) hizalamalar yapmak için temel araçlara sahiptir (gerçi bunların bazılarının, bu programların arama yeteneklerinin yan etkilerinden yararlandığı söylenebilir). Daha genel yöntemler Accelrys'in GCG paketi'ndeki FrameSearch gibi ticari kaynaklardan ve Genewise gibi bazı açık yazılım ürünlerinden elde edilebilir.
Dinamik proramlama yöntemi belli bir skorlama fonksiyonu için optimal hizalamayı bulmayı garantiler. Ancak, iyi bir skorlama fonksiyonunu belirlemek çoğu zaman teorik değil, empirik bir meseledir. Dinamik programlara ikiden çok diziye de genellenebilirse de, çok sayıda dizi veya çok uzun dizilerde kullanılamayacak derecede yavaş çalışır.
Sözcük yöntemleri

Sözcük yöntemleri, k-li yöntemler olarak da bilinir, optimal hizalama çözümünü bulması garantili olmayan, ama dinamik programlamadan önemli derecede daha verimli olan höristik yöntemlerdir. Bu yöntemler büyük ölçekli veritabanlarında özellikle yararlıdır, çünkü bu veritabanlarındaki aday dizilerin büyük bir kısmının sorgu dizisiyle anlamlı bir uyuşma göstermeyeceği peşinen bilinmektedir. Sözcük yöntemleri, veritabanı arama araçları olan BLAST ailesi üyelerindeki ve FASTA programındaki uygulamaları ile bilinirler. Sözcük yöntemleri sorgu dizisinde bulunan kısa, örtüşmeyen altdizileri ("sözcükleri") tespit edip bunları veritabanındaki aday dizilerle eşleştirir. Bir sözcüğün iki dizideki pozisyonları arasındaki fark hesaplanarak bir kayma değeri elde edilir. Eğer farklı sözcükler aynı kayma değerine sahipse bu kayma değeri bir hizalanma bölgesini belirler. Ancak eğer böyle bir bölge bulunursa, o zaman daha hassas hizalama kıstasları uygulanır. Böylece kayda değer benzerlik göstermeyen diziler arasında pek çok gereksiz karşılaştırmanın önüne geçilmiş olur.
FASTA yönteminde kullanıcı, veritabanını aramakta kullanılacak sözcüğün uzunluğuna karşılık gelen bir k değeri seçer. Küçük k değerlerinde yöntem daha yavaş ama daha duyarlıdır, bunlar kısa sorgu dizileri için tercih edilir. BLAST ailesindeki araştırma yöntemleri, belli sorgu tipleri (örneğin uzaktan ilişkili dizilerin bulunması) için optimize edilmiş çeşitli algoritmalara sahiptir. BLAST, FASTA'dan daha hızlı olup doğruluktan çok az bir fedakarlık yapma özelliği için geliştirilmiştir. FASTA gibi BLAST da k uzunluklu bir sözcük araması yapar ama sadece en önemli sözcük uyuşmalarını değerlendirir, FASTA gibi her sözcük uyuşmasına bakmaz. Çoğu BLAST uygulamasında varsayılan sözcük uzunluğu değişmez, sorgu ve arama tipine göre optimize edilir, ancak istisnai durumlarda, tekrarlı dizileri ararken veya kısa sorgu dizileri için değiştirilir. BLAST çeşitli Web portallarında bulunabilir, örneğin EMBL FASTA 11 Aralık 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. and NCBI BLAST 26 Haziran 2004 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi..
Çoklu dizi hizalaması

Ana madde: Çoklu dizi hizalaması
Çoklu dizi hizalaması ikiden daha fazla dizi içermesiyle ikili hizalamanın bir uzantısı sayılır. Çoklu dizileme yöntemleri sorgu kümesindeki tüm dizileri hizalamaya çalışır. Çoklu hizalamalar çoğu zaman birbiriyle evrimsel ilişkisi olduğu hipotez edilen bir grup dizideki korunmuş bölgeleri tespit etmek için kullanılır. Bu tür hizalamalar ayrıca filogenetik ağaç inşa ederek evrimsel bir ilişkiyi ortaya koymak için kullanılır. Böylesi korunmuş diziler, yapısal ve mekanistik bilgilerle beraber kullanılarak enzimlerin katalitik aktif bölgesinin yerini bulmaya yarar. Çoklu dizi hizalamaların üretimi berimsel bakımdan zordur ve bu problemin çoğu formülasyonu NP-tam kombinatoryal optimizasyon problemlerine dönüşür. Buna rağmen, bu hizalamaların biyoinformatikteki faydaları nedeniyle 3 veya daha fazla dizinin hizalanmasını sağlıyan çeşitli yöntemler geliştirilmiştir.
Çoklu dizi hizalaması > Dinamik programlama

Dinamik progrmalama tekniği herhangi sayıda dizi için kullanılabilir. Ancak, berimsel olarak hem zaman hem bellek bakımından pahalı olduğu için, en basit biçimiyle dahi üç veya dört tane diziden fazlası için kullanılmaz. Bu yöntem iki dizinin hizalanmasında yaratılan matrisin n-boyutlu karşılığının inşasını gerektirir, burada n, sorgu kümesindeki dizi sayısıdır. Sorgu dizilerindeki her bir dizi çifti için standart dinamik programlama kullanılır, sonra bu ara çözümler arasındaki uyuşmalar veya boşluklar değerlendirilerek "hizalama uzayı" tamamlanır, yani her iki dizili hizalama arasında bir hizalama yapılmış olur. Bu yöntem berimsel olarak pahalı olsa da, global optimal çözümü üreteceğini garantiler, bu yüzden az sayıda dizinin hatasız hizalanması gerektiğinde faydalıdır. Berimsel karmaşıklığı azaltılmasını bir yolu "çiftler toplamı" adlı objektif fonksiyona dayanır, bu yaklaşım MSA 2 Kasım 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. yazılım programında uygulanmıştır.
Çoklu dizi hizalaması > İlerlemeci yöntemler

İlerlemeci, hiyerarşik veya ağaç yöntemleri, birbirine en benzer dizileri hizalamakla başlar, sonra gittikçe daha az benzeyen dizilerin hizalamaya eklenmesi ile sonunda tüm sorgu kümesi sonuca dahil edilir. Dizilerin yakınlığını betimleyen ağaç yapısı ikili kıyaslamalara dayanır, bunlar FASTA gibi höristik ikili hizalama yöntemleri kullanır. İlerlemeci hizalama sonuçları "en benzer" dizilerin seçimine bağımlıdır, bu yüzden ilk yapılan ikili hizalamadaki hatalara duyarlıdır. Çoğu ilerlemeci, çoklu dizi hizalama yöntemi buna ek olarak, sorgu kümesindeki diziler arasındaki yakınlık drecesine göre onlara ağırlık verir, böylece ilk dizilerin kötü seçilmesi olasılığı azalır ve en son hizalamanın doğruluğu iyileşir.
Clustal ilerlemeci uygulamalarının çoğu varyasyonu çoklu dizi hizalaması, filogenetik ağaç inşası ve protein yapı hesaplamasına girdi hazırlamakta kullanılır. İlerlemeci yöntemin daha yavaş ama daha doğruluklu bir varyantı T-Coffee olarak adlandırılır. Bu algoritmaların uygulamaları ClustalW ve T-Coffee 21 Aralık 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.'de bulunabilir.
Çoklu dizi hizalaması > Tekrarlayıcı yöntemler

İlerlemeci yöntemlerin zayıf bir yönü, ilk ikili hizalamanın doğru olmasına olan büyük bağımlılıktır. Tekrarlayıcı yöntemler, bunu iyileştirmeye çalışırlar. Tekrarlayıcı yöntemler seçilmiş bir skorlama fonksiyonuna dayanan objektif fonksiyonu optimize ederler, ilk global hizalamayı oluşturup sonra dizi altkümelerini yeniden hizalayarak. Yeniden hizalanan altkümelerin kendileri de hizalanarak çoklu dizi hizalamasının bir sonraki yinelemesini oluştururlar. Dizi altkümelerini ve objektif fonksiyonu seçmek için çeşitli yollar mevcuttur.
Çoklu dizi hizalaması > Motif keşfi

Motif bulmak veya profil analizi, sorgu kümesindeki dizilerde bulunan kısa, korunmuş dizi motiflerini hizalamaya çalışan, global çoklu dizi hizalamaları inşa eder. Önce bir global dizi hizalaması inşa edilir, sonra yüksek derecede korunmuş bölgeler tespit edilir ve bunlar bir profil matrisi oluşturmak için kullanılır. Her korunmuş bölgenin profil matrisi bir skorlama matrisi gibi düzenlenmiştir ama, her pozisyondaki harf için frekans sayıları, korunmuş bölgedeki harf dağılımından elde edilmiştir, daha genel bir dağılımdan değil. Bunun ardından, profil matrisleri betimledikleri motifi başka dizilerde aramak için kullanılırlar. Orijinal veri kümesinde az sayıda dizi olması veya bu dizilerin birbiriyle çok yakın ilişkili olması hâlinde, motifte temsil edilen harf dağılımını normalize etmek için sahte sayımlar eklenir.
Çoklu dizi hizalaması > Bilgisayar biliminde esinlenmiş yöntemler

Bilgisayar biliminde yaygın kullanılan çeşitli optimizasyon algoritmaları çoklu dizi hizalama problemine uygulanmıştır. Gizli Markov modelleri belli bir sorgu kümesi için olasıl çoklu dizi hizalamaları için olasılık skorları üretmek için kullanılır. Bu yaklaşımla çalışan ilk uygulamalar hayal kırıcı olduysa da, daha sonrakilerin uzaktan ilişkili dizilerin tespitinde özellikle etkili olduğu bulunmuştur, çünkü bu yöntemler korunmuş veya yarı korunmuş substitusyonların yarattığı gürültüden kolay etkilenmemektedirler. Genetik algoritmalar ve benzetilmiş tavlama da çoklu dizi hizalama skorlarını optimize etmekte kullanılmıştır. Bu konuda daha çok ayrıntı çoklu dizi hizalaması hakkındaki maddede bulunabilir.
Yapısal hizalama

Yapısal hizalamalar genelde protein ve bazen RNA dizileri için yapılır, dizileri hizalamak için protein ve RNA molekülünün ikincil ve üçüncül yapısı hakkındaki bilgiyi kullanılır. Bu yöntemler iki ve daha çok dizi için uygulanabilir ve tipik olarak lokal hizalamalar üretir. Ancak, yapısal bilgiye bağımlı oldukları için, sadece yapısı bilinen dizilerde işe yararlar. Gerek protein gerek RNA'da yapı, evrimsel olarak diziden daha çok korunur, Evrimsel olarak çok uzaktan ilişkili olan, dizi kıyaslaması yoluyla benzerlikleri belirlenemeyecek derecede ıraksamış dizilerde yapısal hizalamalar daha güvenilir sonuç verir.
Homoloji-temelli protein yapı tahmini için yapılan hizalamaları değerlendirmede yapısal hizalamalar "altın standart" sayılır Bunun nedeni, sadece dizi bilgisine dayanmak yerine yapısal benzerlik gösteren bölgeleri kasten hizalamalarıdır. Ancak, tamamen yapısal hizalamalar tabii ki yapı tahmininde kullanılamaz çünkü sorgu kümesindeki en az bir dizi, modellenmesi amaçlanan hedef dizidir ve onun yapısı bilinmemektedir. Bir hedef ve bir kalıp dizinin yapısal hizalamasında, hedef proteinin yüksek doğruluklu modellerinin bu tür yöntemlerle elde edilebileceği gösterilmiştir.
Yapısal hizalama > DALI

DALI yöntemi (İngilizce distance matrix alignment teriminden kısaltılmıştır), sorgu dizisindeki ardışık heksapeptitlerin temas benzerliklerine dayanarak elde edilen yapısal bir hizalama yöntemidir. Bu yöntemle ikili veya çoklu hizalamalar üretebilir ve sorgu dizisinin Protein Data Bank'taki yapısal komşularını tespit edebilir. FSSP yapısal hizalama veritabanıını oluşturmakta kullanılmıştır. DALI Web sunucusuna EBI DALI 27 Şubat 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.'den ulaşılabilir, FSSP ise The Dali Database'de bulunmaktadır.