I. Mary (İskoçya kraliçesi)
İskoçya'ya dönüşü

Kral II. François, 5 Aralık 1560'ta beyninde apseye yol açan bir orta kulak enfeksiyonundan öldü. Mary keder içinde ve yastaydı. Kayınvalidesi Catherine de' Medici, merhum kralın tahtını miras alan on yaşındaki kardeşi IX. Charles'in vekili oldu. Mary dokuz ay sonra İskoçya'ya döndü ve 19 Ağustos 1561'de Leith'e vardı. Beş yaşından beri Fransa'da yaşayan Mary, İskoçya'daki tehlikeli ve karmaşık siyasi durum hakkında çok az deneyime sahipti. Dindar bir Katolik olarak, halkı ve hatta İngiltere kraliçesi tarafından şüpheyle karşılandı. İskoçya, Katolik ve Protestan gruplar arasında parçalanmıştı. Mary'nin gayri meşru üvey kardeşi Moray Kontu, Protestanların lideriydi. Protestan reformcu John Knox, Mary'ye karşı vaaz verdi ve onu Aşai Rabbani Ayini'ni dinlediği, dans ettiği ve çok özenli giyindiği için kınadı. Mary, John Knox'u kınamak ve uyarmak için huzuruna çağırdı ancak başarısız oldu. Daha sonra onu ihanetle suçladı, ancak Knox beraat etti ve serbest bırakıldı. Mary'nin İngiliz tahtı üzerindeki iddiası, kendisi ve Elizabeth arasında uzun yıllar sürecek bir çekişmenin temelini oluşturuyordu.
Katolik kesimi şaşırtan ve dehşete düşürerek Mary, ülkedeki bu yeni kurulan Protestan egemenliğine göz yumdu ve üvey kardeşi Moray'i başdanışmanı olarak görevlendirdi. 6 Eylül 1561'de atanan 16 kişilik danışma meclisi, halihazırda devlet görevlerinde bulunanları elinde tuttu. Konsey, 1559-1560 reform krizinden Protestan liderler tarafından yönetildi: Argyll Kontları, Glencairn ve Moray. Konsey üyelerinden sadece dördü Katolikti: Atholl Kontları, Erroll, Montrose ve Lord Şansölye olan Huntly. Modern tarihçi Jenny Wormald bu atamaları dikkate değer bularak ve Mary'nin Katolik ve Fransız çıkarlarına sempati duyan bir konsey atamamasının, İskoçya'nın iç sorunları üzerinde İngiliz tahtına odaklandığının bir göstergesi olduğunu öne sürdü. Konseye sonradan, Aralık 1563'te eklenen önemli bir kişi olan Lord Ruthven bile, Mary'nin kişisel olarak sevmediği bir başka Protestandı. Mary bununla, Protestan lordlar karşısında etkili bir askerî güçten yoksun olduğunu kabul ederken, aynı zamanda İngiltere ile bağlarını güçlendiren bir politika izliyordu. Mary, İskoçya'nın önde gelen Katolik kodamanı Lord Huntly'nin, Kuzey İskoçya'da kendisine karşı bir isyana önderlik etmesinin ardından, 1562'de Moray'e katıldı.
Mary, Lethington'dan William Maitland'ı İngiliz tahtının vârisi olarak Mary'nin ilan edilmesi için İngiliz sarayına büyükelçi olarak gönderdi. Elizabeth potansiyel bir varisi belirlemeyi reddetti, bunun ilan edeceği varis tarafından tahttan indirileceği bir komploya davetiye çıkarmasından korkuyordu. Ancak, Maitland'a Mary'den daha haklı bir iddiaya sahip kimseyi tanımadığına dair güvence verdi. 1561'in sonlarında ve 1562'nin başlarında, iki kraliçenin İngiltere'de Ağustos veya Eylül 1562'de York veya Nottingham'da buluşması için planlar yapıldı. Temmuz ayında Elizabeth, Fransa'daki iç savaş nedeniyle buluşmanın iptal edilmesi için Sir Henry Sidney'i İskoçya'ya gönderdi.
Mary daha sonra dikkatini Avrupa kraliyet ailelerinden kendisine yeni bir koca bulmaya çevirdi. Amcası Lorraine Kardinali, Avusturya Arşidükü Charles ile rızası olmadan evlilik görüşmelerine başladığında, Mary öfkeyle itiraz etti ve planlar suya düştü. İspanya Kralı II. Philip'in akli dengesi yerinde olmayan varisi Don Carlos'la evlilik görüşmesi yapma girişimi, Philip tarafından reddedildi. Elizabeth, İngiliz bir Protestan olan 1. Leicester Kontu Robert Dudley ile evlenmesini önererek Mary'yi etkisiz hale getirmeye çalıştı. Dudley, Sir Henry Sidney'nin kayınbiraderi ve Elizabeth'in güvendiği ve kontrol edebileceğini düşündüğü, İngiliz kraliçesi'nin bir gözdesiydi. Elizabeth, Thomas Randolph'u Mary'ye, bir İngiliz asilzadesiyle evlenirse Elizabeth'in "mirasçımız olma hakkının ve unvanının engizisyonuna devam edeceğini" söylemesi için gönderdi. Teklif reddedilse de, en azından müstakbel damat isteksiz olduğu için boşa gitmemişti.
Buna karşılık, Mary'nin sarayındaki bir Fransız şair, Pierre de Boscosel de Chastelard, görünüşe göre Mary'ye aşık olmuştu. 1563'ün başlarında, bir güvenlik araması sırasında Kraliçe'nin yatağının altına gizlenmiş şekilde bulundu, görünüşe göre Mary ile yalnız kalarak ona sürpriz yapmayı ve ona olan aşkını ilan etmeyi planlıyordu. Mary dehşete kapılarak ve onu İskoçya'dan kovar. Fakat Chastelard kararnameyi görmezden gelir. İki gün sonra, Mary soyunmak üzereyken odasına zorla girer. Kraliçe onu korku ve öfkeyle karşıladı. Moray kız kardeşinin yardım çığlıklarını duyduktan sonra odaya geldiğinde Mary, "Hançerini kötü adama sapla!" diye bağırdı. Moray, Chastelard zaten kısıtlama altında olduğu için bunu reddetti. Chastelard yargılandı ve vatana ihanetten idam edildi. Maitland, Chastelard'ın tutkusunun sahte olduğunu Mary'nin itibarını zedelemek için çevrilen bir Huguenot komplosunun parçası olduğunu iddia etti.