Osmanlı döneminde Sudan
Mısır yönetimi

1821'de kurulan yeni hükûmete göre, Mısır askerleri topraktan geçinmekteydiler ve nüfustan yüksek vergiler toplamaktaydılar. Ayrıca gizli altın aramak için birçok antik Meroitik piramidi de yok ettiler. Dahası, köle ticareti arttı ve Func'un kalbi olan verimli El Cezire sakinlerinin çoğunun köle tüccarlarından kaçmak için bölgeyi terk etmesine neden oldu. Mehmed Ali'nin zaferi sonrasındaki bir yıl içinde 30.,000 Sudan askere alındı ve orduya eğitim için Mısır'a gönderildi. Birçok kişi hastalıktan ve tanıdık olmayan iklimden nedeniyle hayatlarını kaybetti. Hayatta kalanlar ise sadece Sudan'daki garnizonlarda görevlendirildiler.
Mısır yönetimi daha güvenli hale geldikçe, hükûmet daha az sertleşti. Mısır, Sudan'ı külfetli bir bürokrasiyle eyerledi ve ülkenin kendi kendini desteklemesini bekledi. Çiftçiler ve çobanlar yavaş yavaş El Cezire'ye döndüler. Mehmed Ali ayrıca bazı aşiret ve dini liderlere vergi muafiyeti sağlayarak sadakatini kazandı. Paralı askerlerle desteklenen Mısır askerleri ve Sudan cehidiyeler, Hartum, Kassala, El Ubeyd ve birkaç küçük karakolda konuşlandırıldılar.
Mısır işgaline direnen Şeykiye sonunda mağlup edildi ve Mısır hidivlerine vergi memurları ve kendi şeyhleri altında düzensiz süvariler olarak hizmet etmelerine izin verildi. Mısırlılar Sudan'ı eyaletlere ayırdılar ve daha sonra genellikle aşiret bölgelerine karşılık gelen daha küçük idari birimlere bölündüler. 1823'te Hartum, Sudan'daki Mısır etkisinin merkezi olmuş ve hızla büyük bir ticaret kasabasına dönüşmüştü. 1834'e gelindiğinde nüfusu 15,000 idi ve Mısır valisinin ikametgâhıydı. 1835'te Hartum Hakimedarı'nın merkezi oldu. Birçok garnizon kasabası da kendi bölgelerindeki idari merkezlere dönüştü. Yerel düzeyde, şeyhler ve geleneksel aşiret liderleri idari sorumluluklar üstlendi.
1850'lerde Mısırlılar, hem Mısır hem de Sudan'daki hukuk sistemini gözden geçirerek, ticari bir yasa ve laik mahkemelerde uygulanan bir ceza kanunu getirdiler. Değişiklik, şeriat mahkemelerinde kişisel meseleleriyle sınırlı olan kadıların nüfuzunu azalttı. Bu alanda bile mahkemeler Sudanlı Müslümanların gözünde güvenilirlikten yoksundu çünkü bölgede geleneksel olan daha sıkı Maliki mezhebinden ziyade Hanefi mezhebine göre kararlar almaktaydılar.
Mısırlılar ayrıca bir cami inşa programına giriştiler ve Kahire'deki El Ezher Üniversitesi'nde eğitim görmüş öğretmenler ve yargıçlarla dini okullar ve mahkemeler kuruldu. Hükûmet, liderleri yönetimle işbirliğini kabul etmeleri nedeniyle geleneksel bir dini düzen olan Hatmiye'yi destekledi. Ancak Sudanlı Müslümanlar, birçok popüler inancı ve uygulamayı reddetmesi nedeniyle bunu resmi ortodoksiyi çökertilmiş olarak kınadılar.
1860'larda kademeli olarak bastırılıncaya kadar, köle ticareti Sudan'daki en kârlı girişimdi ve Mısır'ın ülkedeki çıkarlarının odağıydı. Hükûmet, köle, fildişi ve arap zamkı ihraç eden devlet tekelleri aracılığıyla ekonomik kalkınmayı teşvik etti. Bazı bölgelerde, ortak tutulan aşiret toprakları şeyhlerin özel mülkiyeti haline geldi ve bazen aşiret dışındaki alıcılara satıldı.
Mehmed Ali'nin ardılları olan I. Abbas Hilmi Paşa (1849–54) ve Said Paşa (1854-63) liderlik tecrübesinden yoksundular ve Sudan'la çok az ilgilendiler. Ancak İsmail Paşa'nın (1863-79) saltanatı sırasında Mısır'ın ülkeye olan ilgisi tekrar canlandı. 1865 yılında Osmanlı İmparatorluğu Kızıldeniz kıyısını ve limanlarını Mısır'a bıraktı. İki yıl sonra Osmanlı padişahı Abdülaziz, İsmail'i daha önce Mehmed Ali Paşa'nın Osmanlı yaptırımı olmadan kullandığı bir unvan olan Mısır ve Sudan Hidivi olarak resmen tanıdı. Mısır, Yukarı Nil, Bahr'ül Gazel ve Ekvatorya olmak üzere yeni vilayetler kurdu ve karakol yaptı. 1874'te de Darfur'u fethetti ve ilhak etti.
İsmail Paşa, Avrupalıları bu valiliklere atadı ve Sudanlıları daha sorumlu hükûmet pozisyonlarına atadı. Britanya'dan gelen İsmail Paşa, günümüz Sudan'ın kuzeyindeki köle ticaretinin ortadan kaldırılması için adımlar attı. Ayrıca Avrupa modelinde artık insan gücü sağlamak için kölelere bağımlı olmayacak yeni bir ordu kurmaya çalıştı.
Bu modernizasyon süreci huzursuzluğa neden oldu. Ordu birimleri sessiz kaldı ve birçok Sudan, sivil nüfus arasında birliklerinin dörde ayrılmasına ve Sudanlı zorunlu emeğin kamu projelerinde kullanılmasına kızdı. Köle ticaretini baskılama çabaları, kentsel tüccar sınıfını ve köle satarak zengin olan Bakkara Araplarını kızdırdı.