John Frusciante
Yeniden Red Hot Chili Peppers

Bu arada Red Hot Chili Peppers yeni albümde bir türlü istedikleri başarıyı yakalayamadılar. Grup eski albümleri Blood Sugar Sex Magik adı altında adeta ezilmeye başladı. Bu durumun sonunda yeni gitarist Dave Navarro ile anlaşmazlıklar olmaya başladı. En sonunda Dave Navarro gruptan ayrıldı. Aynı zamanlarda Flea, Frusciante'yi ziyaret etmeye başladı. Bir ziyaretinde Kiedis'le birlikte gittiler ve bu Frusciante için bir sürprizdi. Normal bir insanın vücundaki kanın dörtte biri ile yaşam mücadelesi veren Frusciante birden Red Hot Chili Peppers üyelerinin maddi ve manevi yardımlarıyla karşılaştı ve mucizevi bir şekilde hayata döndü. Ancak Frusciante gitardaki tüm yeteneğini kaybetmişti. Bir dönem teknik yeteneklerine tekrar kavuşmaya çalışan Frusciante bu sefer yalnız kaldığı dönemde etkilendiği The Clash, Depeche Mode, Joy Division, The Cure, Fugazi gibi grupların matematiksel müziğe olan derinliği yönünde oldukça etkilenmişti. Böylece Frusciante'nin günümüze kadar uzanmış olan kendi tarzı tamamen ortaya çıktı ve müziğin sadeliğinde güzelliğe kavuşmanın çabasıyla  Red Hot Chili Peppers ile yaptığı üçüncü albüm Californication ile grubu büyük bir başarıya taşıdı. Otherside, Scar Tissue, Porcelain gibi şarkılarda görüldüğü gibi sade ama zengin rifflerle grubun müzik anlayaşını Blood Sugar Sex Magik'te olduğu gibi oldukça değiştirdi. Albüm bir yıl içerisinde tam 12 milyon adet satıldı ve bu Red Hot Chili Pepper'sın bugüne kadar yakaladığı en büyük başarıydı. Bu arada, bu albümle birlikte Frusciante ilk defa gruba arka vokaliyle eşlik etmeye başladı. Grubun bu başarısı üzerine Frusciante Slovak'ın müzik perspektifini kaybetmedi ve kendi müziğini solo albümleriyle icra etme kararı aldı. Böylece kendi müziğini gerçek hayranlarıyla maddi kaygı olmadan paylaşabilecekti.
Californication albümünden iki sene sonra To Record Only Water for Ten Days adlı albümle solo kariyerine bıraktığı yerden devam etmeye başladı. Bu albüm ilk iki albüme göre daha aydınlık ve daha teorik bir deneysellik içeren bir albümdü. Özellikle Going Inside ve Moments Have You adlı parçalar, son Chili Peppers albümüne çok paraleldi. Ancak Ramparts ve Saturation gibi parçalar da Frusciante'nin eski tarzının tamamen yok olmadığının göstergesi idi. Bu albümden bir yıl sonra 2002'de Red Hot Chili Peppers ile birlikte By the Way adlı albümü çıkaran Frusciante yine büyük bir başarıya imza attı. Grup son on yıldır Blood Sugar Sex Magik ile yakaladıkları başarıları daha olgun bir müzik anlayışıyla devam ettirdi. Dosed, Warm Tape ve Minor Thing gibi şarkılar grubun daha önce icra etmediği kadar değişik ve derin şarkılardı. Bu albümün ardından Frusciante bu sefer yanına grubun davulcusu Chad Smith'i ve arkadaşı olan Bicycle Thief grubunun üyesi olan Josh Klinghoffer'i alarak The Mars Volta grubunun gitaristi Omar Rodriguez'in ve Flea'nin yardımlarıyla 2004'te Shadows Collide With People adlı albümü yayınlandı. Frusciante ilk defa birden çok müzisyenle birlikte çalışıp kendi adına bir albüm yaptı ve bu albümün popüleritesi  diğer albümlere oranla oldukça yüksekti. Bu albüm oldukça geniş bir kitleye hitap ediyordu. Omission ve The Slaughter gibi klişe bir akor örgüsü üzerine kurmuş olduğu vokal ve klavye ağırlıklı parçalarının yanında Negative 00 Ghost 27, Failure 33 Object gibi şarkılarında deneysellik ağırlıktaydı.