BioShock
Hikâye

Oyun 1960'larda Rapture adlı su altında kurulu bir şehirde geçer. Bir objektivist ve iş insanı olan Andrew Ryan, hükûmetten bağımsız bir ütopya kurmak ister. Bu ütopya ise Rapture olacaktır. Rapture, 1940 yıllarında planlanır ve inşa edilir. Bunun yanında bilimsel araştırmalar genişletilir ve suyun zeminindeki canlılar incelenir. İnceleme sonucunda bu canlılardan "Adem" adlı bir plazmid keşfedilir. Canlılardan çıkarılan bu madde insan DNA'sı ile uçbirleştirilince, "Adem" kullanıcıları süper güçler elde ederler.
Plazmidler, Rapture sakinlerinde genetik modifikasyonlar yaparak onlara çeşitli güçler veren maddelerdir. Örneğin; parmak şıklatıldığında çakmak benzeri alev oluşturulabilir ya da yine eller kullanılarak elektrik şoku uygulanabilir. Plazmidler Adem ile etkinleştirilirken Havva kullanılarak uygulanılır. Havva şırıngaları Rapture içerisindeki satış otomatlarından satın alınabilir veya çeşitli konumlarda bulunabilir. Her ne kadar plazmidler insanların hayatını kolaylaştırılması için keşfedilmiş olsa da, kullanım bağımlılık yaptığından kötüye kullanılmışlardır ve artık en güçlü biyolojik silah olmuşlardır.
Sınıfsal ayrımlar artınca eski bir gangster ve iş insanı olan Frank Fontaine alt sınıfı kullanarak, Rapture'da bir darbe planı yapar. Fontaine dış dünya ile bir kara borsa yolu açıp Dr. Brigid Tenenbaum ile birlikte geniş kitlede ucuz plazmid üretimi için bir işletme kurar. Bunun için yetim kızlar kullanılır. Bu kızların midelerine plazmid çıkarılan canlılar nakledilir ve bu kızlara Little Sisters (Küçük Kız Kardeşler) denilir.
Fontaine böylelikle plazmid kullanıcılarından bir ordu kurar ve Ryan'a saldırtır. Ancak bir söylentiye göre Fontaine çatışmada ölür. Ryan bu fırsatı kullanır ve plazmid işletmelerinin kontrolünü ele geçirir. Aylar sonra alt sınıftan Atlas adlı yeni bir tehdit ortaya çıkar. Atlas, Küçük Kız Kardeşler'in bulunduğu işletmelere saldırır. Böylelikle Ryan, Koca Babalar (Big Daddies) adında plazmidle güçlendirilmiş ve dalış giysileri giydirilmiş cüsseli insanları oluşturur. Bu cüsseli adamlar her ne pahasına olursa olsun Küçük Kız Kardeşler'i korumaya psikolojik olarak programlanmıştır. Ryan ayrıca Mutantlar (Splicers) ile bir ordu da oluşturur.
1959 yılı arifesinde Atlas, Ryan'a saldırı emri verir. Çok fazla can kaybı olur ve sağ kalanlar ise başka yerlerde yaşamaya başlar. Rapture böylelikle bir distopyaya dönüşür.
1960 yılında Jack Wynand'ın yolculuk yaptığı uçak Atlantik Okyanusu'na düşer. Bu olaydan sadece Jack kurtulur ve yakınlardaki bir deniz fenerine gider. Deniz fenerine girdiğinde orada denizin dibine inebilen batisfer adlı bir araca biner ve Rapture'a ulaşır. 
Jack, Rapture'a ulaştığında Atlas ona telsizden bağlantı kurar. Andrew'in ailesini bir batisferde esir tuttuğunu ve onu durdurması konusunda yardımını ister. Jack ilerlerken bir Küçük Kız Kardeş ve muhtemelen bir çatışmada yenik düşmüş bir Koca Baba ile karşılaşır. Atlas, Jack'e karşılaştığı Küçük Kız Kardeş'i öldürüp içindeki "Adem" maddesini almasını söyler, ancak bunu bir şekilde duyan Dr. Tenenbaum ise onu ve karşılaşacağı çocukların canını bağışlaması karşılığında ona plazmid vereceğini söyler.
Jack batisfere yaklaşır, ancak o ulaşamadan Andrew batisferi yok eder. Atlas bu duruma çok öfkelenir ve Jack'i Andrew'in mekanına yönlendirir. Jack yolda eski bir müzisyen olan Sander Cohen gibi Andrew'in müttefiklerinin kontrolündeki bölgelerden geçmek zorunda kalır. Eninde sonunda Jack, Ryan'ın ofisine ulaşır. Ryan, Jack'in kendisinin gayrimeşru oğlu olduğunu, Fontaine'in Jack'i annesinden kaçırıp Ryan'ın ulaşamayacağı yüzeye gönderdiğini ve Jack'in hızlı yaşlanması için genetiğinin değiştirildiğini söyler. Fontaine, Jack'i bir koz olarak Ryan'a karşı kullanmak için planlamıştır. Doğru zaman geldiğinde Jack gelecek ve onun genetikleri Ryan'ın kilit altına aldığı birçok sistemi açacaktır. Ryan özgür iradesiyle ölümü kabul eder ve Jack'ten kendisini öldürmesini rica eder. Bu rica cümlesi (Rica etsem - Would you kindly) bir tür hipnotik tetikleyicidir. Jack bunun farkına varınca aslında kendisini götüren uçağı bu sözü içeren bir mektubu okuduktan sonra düşürdüğünü anlar.
Ryan ölünce Atlas kendisinin Fontaine olduğunu açıklar ve sistemlerin kontrölünü ele geçirip Jack'i ölüme terk eder. Jack'i, Dr. Tenenbaum ve Küçük Kız Kardeşler kurtarır. Küçük Kız Kardeşler'in yardımıyla Jack, Fontaine ile yüzleşir. Köşeye sıkışan Fontaine kendisine çok fazla "Adem" enjekte eder ve bir yaratığa dönüşür. Küçük Kız Kardeşler, Jack'e yardım ederler ve onun vücudundaki maddeleri ellerindeki enjektörlerle çıkarırlar. Böylelikle Fontaine ölür.
Oyunun sonu oyuncunun Küçük Kız Kardeşler ile nasıl bir etkileşim içinde olduğuyla alakalıdır. Oyunda üç farklı son bulunmaktadır:
Oyuncu karşılaştığı bütün kızların canını bağışlamış ise;
-  Beş kız ve Jack birlikte yüzeye çıkarlar ve Jack bu kızları kendi himayesine alarak yaşamlarını sürdürürler. Sonunda Jack ölüm döşeğindeyken kızlar onun yanında olur.
Eğer oyuncu en az bir tane kızı öldürür ise;
- Jack kızları öldürüp "Adem" maddelerini alır. Bir denizaltı ile yüzeye çıkar. Etrafına içinde Mutantların da olduğu batisferler de gelir ve arama-kurtarma ekibini öldürürler. Denizaltında bir nükleer füze bulunmaktadır. Dr. Tenenbaum'un ifadesiyle Jack, "Dünya'nın kötü sırlarını çalmıştır."
- Oyuncu bütün kızları öldürmüş ise yine ikinci sonla karşılaşılır ancak Dr. Tenenbaum'un anlatımı daha sert ve öfkeli bir şekilde olmaktadır.