Necip Hablemitoğlu
Suikast sonrası

Hablemitoğlu cinayeti üzerine birçok farklı iddia ortaya atılmıştır. Bir teoriye göre, Bergama ve Alman Vakıfları üzerine araştırmaları nedeniyle Alman GSG 9 timleri tarafından öldürülmüştür. Bir diğer teoriye göre, laiklik konusundaki hassasiyeti nedeniyle öldürülmüştür. Bir diğer teoriye göre ise, Ergenekon örgütü tarafından öldürülmüş, suçu İslami kesime yıkarak hem kendilerini kamufle etmek, hem de seküler kesimi kışkırtmak istenmiştir.[kaynak belirtilmeli] Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, 14 Temmuz 2016'da, Fetullah Gülen'in de arasında bulunduğu 73 kişi hakkında silahlı terör örgütü kurarak, anayasal düzeni ortadan kaldırmaya çalıştıkları gerekçesiyle dava açtı. İddianamede Hablemitoğlu cinayeti ile "FETÖ" ilişkilendirildi.
Ergenekon davasında tanıklar tarafından mahkemede verilen ifadelerde de dile getirilen bu görüşe göre; Necip Hablemitoğlu, 18 Aralık 2002 tarihinde öldürüldü. Ölmeden önceki son araştırması Alman vakıflarının Türkiye'deki faaliyetleri üzerineydi. Hablemitoğlu üzerinde çalıştığı Alman vakıfları dosyasında ulaştığı yeni ve çok önemli bilgileri 8 gün sonra, 26 Aralık 2002'de Ankara 1. No.lu Devlet Güvenlik Mahkemesinde görülmeye başlanacak 15 sanıklı "Alman Vakıfları" davasında açıklayacaktı. Araştırmalarıyla Alman vakıflarının Türkiye'de yasal olmayan çalışmalar yaptığı, etnik ve mezhepsel ayrılıkları körüklediği ve altın madeni karşıtlarını örgütlediği yönünde çok önemli bilgilere ulaştığı ileri sürülen Hablemitoğlu bu iddialarının ele alınacağı davaya bir hafta kala evinin önünde uğradığı silahlı saldırıyla öldürüldü. Hablemitoğlu'nun ölümünde Ergenekon örgütünün parmağı olduğunu iddia edenler, Ergenekon davası firari sanığı Bedrettin Dalan'a Alman devleti tarafından sahte pasaport verildiğinin ortaya çıkması ve Ergenekon sanıklarına Alman vakıflarından para yardımı yapıldığının belgelenmesi gibi ayrıntıları da hatırlatarak örgütün Almanya bağlantılarının çok güçlü olduğunu savunmuşlardır.
Ergenekon davası tutuklu sanıklarından Osman Yıldırım; Veli Küçük, Muzaffer Tekin ve Osman Gürbüz ile yaptıkları bir toplantıda kendisine bir milyon dolar karşılığı Hablemitoğlu'nu öldürmeyi teklif ettiklerini ve kendisi bunu kabul etmeyince Veli Küçük'ün Osman Gürbüz'e "Osman bu iş yine sana kaldı." dediğini ve 6-7 ay sonra Osman Gürbüz'ü gördüğünde kendisine "Hablemitoğlu’nun parasını kumar masalarında bitirdik." dediğini Ergenekon davası iddianamesinde ifade etmiştir.
Ayrıca, MİT Kontrterör Dairesi eski başkanı Mehmet Eymür de Hablemitoğlu'nun askeri ihalelerdeki usulsüzlükleri yolsuzluk.com sitesine gönderdiği için suikasta uğramış olabileceğini iddia etmiştir. Benzer ifadeleri daha sonra Önder Aytaç da kullanmıştır. Fakat Hablemitoğlu Köstebek isimli kitabının 162. sayfasında yolsuzluk.com sitesini olumsuzlamaktadır.
Ankara Cumhuriyet Savcılığı Hablemitoğlu dosyasını ölümünden 13 yıl sonra yeniden açtı ve suikastla ilgili delillerden yola çıkarak yeniden inceleme yapılacağı açıklandı.
Katil zanlıları arasında değerlendirilen şüpheli Nuri Gökhan Bozkır adlı kişi Aralık 2019'da Ukrayna'da yakalandı. Türkiye'ye iadesiyle ilgili mahkeme süreci sonuçlanarak 26 Ocak 2022'de Türkiye'ye getirildi.
9 Haziran 2022'de Hablemitoğlu cinayeti soruşturmasında aralarında Ergenekon sanıkları emekli albaylar Levent Göktaş ve Fikret Emek'in de bulunduğu 9 emekli asker hakkında gözaltı kararı verildi. Sedat Peker'in iddialarına göre Levent Göktaş, Türkiye'de bulunduğu sırada gözaltına alınacakken polislerin görmezden gelmesi ile Bulgaristan'a kaçabildi. Göktaş, Bulgaristan'da iken Türkiye'nin talebi üzerine Interpol tarafından 2 Eylül 2022'de yakalandı. İade prosedürü başlamadan önce mahkemeye çıkarılan Göktaş hakkında geçici olarak 40 günlüğüne gözaltı kararı verildi. Göktaş bu süreçte Bulgaristan'a sığınma talebinde bulundu.
Suikastten 20 yıl sonra Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı cinayetle ilgili iddianameyi tamamladı. İddianamede Fethullah Gülen, "FETÖ’nün Türkiye İmamı" olarak tanımlanan Mustafa Özcan, 2017'den beri "FETÖ mensubu bir kişiyi yurtdışına kaçırma" suçlamasıyla tutuklu Aydın Köstem ve "FETÖ üyeliği" ve "casusluk" suçlarından mahkûm edilmiş Enver Altaylı Hablemitoğlu'nu tasarlayarak öldürmeye azmettirmekle; firari emekli Albay Levent Göktaş, şüpheli emekli yüzbaşı Ahmet Tarkan Mumcuoğlu ve emekli binbaşı Fikret Emek ise Hablemitoğlu'nu "tasarlayarak öldürmek"le suçlandı. Ukrayna'da yakalanıp Türkiye'ye getirilen eski yüzbaşı Nuri Gökhan Bozkır ile Serhat Ilıcak da "tasarlayarak kasten öldürmeye yardım" ile suçlandı. İddianamede suikastte yer alan kişilere dağıtılacak paranın Enver Altaylı tarafından temin edildiği öne sürülüyor. İddianameye göre Enver Altaylı Genelkurmay Başkanlığı'nın altyapı kablolarıyla ilgili bir ihaleyi alması için Siemens lehine aracılık yaptıktan sonra aldığı 900 bin dolarlık komisyon parasından suikasti gerçekleştiren örgüte ödeme yaptığı belirtildi.