Lincoln Burrows
Görünüm > 2. Sezon

Sezonun ilk bölümü erkek kardeşi ve diğer kaçaklarla başlar, Lincoln mükemmle bir şekilde Brad Bellick (Wade Williams) ve onun gardiyanlarından kaçmayı başarır. Michael ve Lincoln terk edilmiş bir depoya sakladıkları kıyafetleri giyinir ve çantada bulunan nakit para ile sahte pasaportları alır. Sezonun ilk bölümünün sonlarında; Ajanlar Veronica'nın Lincoln'e son zamanlarında yardım ettiğini düşünerek ona ateş ederler. "Otis" bölümünde, bu olay Lincoln'ü L.J.'yi Cook County Courthouse'dan kaçırmaya teşvik ettirir. Onların hazırlıksız yaptıkları bu plan FBI Özel Ajanı Mahone (William Fichtner) tarafından fark edilir. Maalesef Lincoln sonradan gelen polisler tarafından yaralanır.
Kısa bir süre Michael'ın karısının, Nika Volek (Holly Valance), dairesinde kalırlar,Lincoln ve Michael Utah'a doğru yollarına devam ederler.Toole, Utah'da gömülen paranın yerini öğrenene kadar,
Bellick ve Geary (Matt DeCaro) onları oyalar. İki eski gardiyandan daha uyanık davranan kardeşler onların arabasını alır. Lincoln onları polise ihbar edebileceğinden Nika'ya güvenmemektedir. Lincoln ve Michael Tooele, Utah'a doğru hareket eder. Tweener (Lane Garrison), T-Bag (Robert Knepper), 
Sucre (Amaury Nolasco) ve C-Note (Rockmond Dunbar) burada tekrar bir araya gelecekler. Grup Westmoreland'ın parası için kazı yapmaya devam edecekler.
Hernasılsa "Buried" bölümünde Ajan Kellerman Lincoln'nün L.J.'yi hapishaneden kurtarmaya çalışacağını düşünerek ona tuzak kurmaya çalışır. Lincoln oğlunu geri almakta ısrarlıdır ve Michale'dan dizide ilk kez ayrılır. Lincoln L.J.'yi kurtarmayı başarır, diğerleri onları bulmadan önce Lincoln'nün babasıyla Trinidad, Colorado'da buluşurlar. Lincol'nün oğlu ve babası Aldo Burrows (Anthony Denison) ilk defa tanışır. Sara Tancredi'ye (Sarah Wayne Callies) güveniyorlardı, O Lincoln'nün suçsuz olduğunu kanıtlayacak bazı deliller bulmuştu. "Bolshoi Booze" bölümünde Lincoln L.J.'yi Jane'e emaneteder ve babasıyla beraber Michael'la buluşacakları yere gider. Onlar Mahone'la karşılarşır ve o Aldo'yu öldürücü bir şekilde yaralar. Babalarını güvenli bir yerde bıraktıktan sonra Michael ve Lincoln komployu çözmek için oradan ayrılır. Sara'yı aramak için gidecekleri uçağa binerken Sucre'den ayrılırlar. Kısa bir süre sonra Mahoone'a yakalanırlar ve Gümrük Devriye ajanları onları tutuklar.
Onları öldürmeye çalışırlar, "The Killing Box" bölümünde Mahone ve Kellerman onlara Fox River'a doğru kaçmalarında yardımcı olurlar. Kellerman Mahone'a ihanet eder ve onu vurur, Lincoln ve Michael'a Başkan Reynolds ve "Şirket"'i (The Company) yıkmayı teklif eder.
Bir sonraki bölüm olan "John Doe" de Lincoln Kellerman'nın Başkan Reynolds ve " Şirket"'e (The Company) çalıştığını ve komployu kuranlardan biri olduğunu anlar, onu öldürmesini engelleyen tek neden Kellerman'nın Steadman'nın yerini bilmesi. Lincoln isteksizce Kellerman'ı takip eder. Sonra Kellerman Steadman'ı yakalar ve onu bir motele getirir, Steadman Lincoln'e Veronica'yı hatırlatır, Lincoln onu öldürmek ister fakat Michael ve Kellerman onu engeller çünkü onun yaşadığını kanıtlayabildikleri takdirde Lincoln'nün masumiyeti ispatlanabilecekti. Onun dengesiz davranışları onlarının yerini belli etmesi için Michael'ı zor durumda bırakır, Kellerman, Steadman'ı Washington'a götürmeyi teklif eder. Steadman polislere teslim edilmeden önce intihar eder.
Lincoln, Michael ve Kellerman  bir kameramanı rehin alıp Tv yayın aracıyla polislerden kaçar. Onlar kameramana 26 dakikalık bir kayıt yaptırılar, Lincoln ve Michael'ın amacı Lincoln'nün nasıl tuzağa düşürüldüğünü ve "Şirket"'i (The Company) açığa çıkarmak. Kellerman kasten Ajan Mahone'nun FBI takımına kardeşlerin Başkan Reynolds'ın yanına doğru gittiklerini vücut diliyle anlatmaya çalışır. Fakat Lincoln, Mİchael ve Kellerman, Sara ile buluşmak için Akron, Ohio'ya doğru yola çıktılar. Michael Sara ile telefondan başarılı bir şekilde görüşebildi, fakat Lincoln hala Kellerman'a karşı şüphecidir.
"Chicago" bölümünde üçlü Sara ile Evansville, Indiana'da buluşur. Şikago tren isyasyonunda Sara Kellerman'ı tanır, Sara elindeki anahtarı özel bir puro kulübünde kullanmalıydı. Sonra Başkan Reynolds'a gözükürler, O polislere haber verir ve polisler barikat kurar, Lincoln bir treni kaçırır, O, Michael, Sara ve Kellerman Şikago'dan ayrılır.