Psödogen
Psödogenlerin tip ve kökenleri

Psödogenlerin üç ana tipi vardır, her birinin ayrı oluşum mekanizması ve karakteristik özellikleri vardır. Psödogenlerin sınıflandırması şöyledir:
İşlenmiş (veya retrotranspoze) psödogenler. Yüksek ökaryotlarda, özellikle mememlilerde, retrotranspozisyon genom yapısı üzerinde muazzam etki eden ve sık sık olan bir olaydır. Örneğin insan genomunun %30-40 dolayı, SINE ve LINE olarak adlandırılan tekrarlı elemanlardan oluşur (bkz. retrotranspozonlar). Retranspozisyon sürecinde, mRNA ters transkripsiyon yoluyla DNA'ya çevriyazılır ve kromozom DNA'sının içine eklenir. Retrotranspozonlar genelde kendi kopyalarını yaratsalar dahi, deneylerle gösterilmiştir ki, kromozomdaki rastgele genlerin de  ters transkripsiyonunu yapabilirler. Bu psödogenler genomun içine eklendikten sonra genelde bir poli-A kuyruğuna sahip olurlar ve çoğunlukla intronları çıkartılmış olur; bunlar cDNA'nın tanımlayıcı özellikleridir. Ancak, bunlar olgun bir mRNA üründen türedikleri için, işlenmiş psödogenler normal genlerin sahip olduğu promotörlerden yoksundur; bu yüzden bunlar retrotranspozisyon sürecinin sonucu olarak işlevsiz psödogen haline gelmişlerdir. İşlenmiş psödogenlerin bir diğer özelliği, asıl diziye kıyasla 5' ucun kesik olmasıdır, bunun nedeni retrotranspozisyon mekanizmasının yeterince süreçsel (İng. processive) olmamasıdır.
İşlenmemiş (veya ikilenmiş) psödogenler. Gen ikilenmesi, genomların evrimindeki bir diğer yaygın ve önemli süreçtir. İşlevsel bir genin bir kopyası gen ikilenmesinin bir sonucu olarak meydana gelebilir ve bunu takiben mutasyonlar edinerek işlevsiz hâle gelebilir. İkilenmiş psödogenler genelde genlerin tüm özelliklerine sahiptir, ekson-intron yapısı ve promotör dizileri dahil olmak üzere. İkilenmiş bir genin varlığının bir organizmanın evrimsel uygunluğu üzerinde genelde çok az bir etkisi vardır, çünkü zarar görmemiş işlevsel bir kopya hâlâ mevcuttur. Bazı evrimsel modellere göre, insan ve diğer primatlara ortak olan ikilenmiş psödogenler, onların  evrimsel ilişkisine işaret eder.
Etkisizleşmiş veya tekil psödogenler. Çeşitli mutasyonlar bir genin başarılı bir şekilde okunması veya çevrlimesini durdurabilir, bu mutasyonlar bir toplulukta yerleşirse bir gen işlevsizleşebilir veya etkinsizleşebilir. İşlenmemiş genlerin çalışmaz hale gelmesi ile aynı mekanzimadır bu, ama aradaki fark, genin bozulmasından evvel ikilenmemesidir. Normalde bu tür gen etkinsizleşmelerinin toplulukta yerleşmesi olasısızdır ama, genetik sürüklenme, topluluk darboğazı ve bazen doğal seleksiyon, yerleşmeye yol açabilir. Tekil psödogen için klasik örnek, primatlarda muhtemelen L-gulono-γ-lakton oksidaz (GLO) enzimini kodlamış olan enzimin genidir. Primatlar dışında bütün memelilerde (kobaylar hariç), GLO askorbik asidin (C vitamininin) biyosentezine yardımcı olu ama insan ve diğer primatlarda bu gen etkisizleşmiş bir gen olarak bulunur. Bir diğer ilginç ve daha yakın zamana ait bir örnek, bir anlamsız mutasyonun pozitif seçilim sonucu insanlarda bir kaspaz geninin etkizileşmesidir.
Psödogenler moleküler genetik araştırmaları zorlaştırabilir. Örneğin, PCR yöntemi ile bir gen dizisini çoğaltmak isteyen bir araştırmacı, benzer diziler içeren bir psödogenin dizilerini de çoğaltabilir. Benzer şekilde, bazen bir genom dizisine açıklayıcı notlar eklenirken bir psödogen yanlışlıkla gerçek gen olarak kaydedilebilir.
İşlenmiş psödogenler çoğu zaman gen tahmin programları için de sorun yaatırlar, gerçek gen veya ekson olarak teşhis edilirler. İşlenmiş psödogenlerin doğru tanınmasının gen tahmin yöntemlerini iyileşmesini sağlayacağı öne sürülmüştür.
İşlenmiş psödogen oluşmasına yol açan esas dizilerin, işlenmemiş psödogenlere kıyasla kodlama kapasitelerini kaybetme olasılığının daha yüksek olduğu gösterilmiştir.