Olympique Lyonnais tarihi
Saygınlığın Kazanılması

Olympique Lyonnais, 1998-99 sezonunda, başkan Aulas, büyük bir kumar oynayarak Brezilyalı millî futbolcu Sonny Anderson'u İspanya devi Barcelona'dan 17 milyon € ücret ile Fransa rekoru kırarak takıma kazandırdı. Katalan kulübünden gelen Sonny, daha önce Ligue 1 ekiplerinden Monaco ve Marsilya'da oynamıştı. Aulas, daha sonra İtalyan kulübü Samdoria'dan Pierre Laigle ve Lens kulübünden Tony Vairelles'i kadrosuna kattı. 1999-00 sezonunda kulüp ilk Şampiyonlar Ligi macerasında, Slovenya temsilcisi NK Maribor ile eşleşti ve 3-0'lık skor ile rakibine kaybetti. Bu sonuçla beraber yoluna UEFA Kupası'nda devam ettilersede, üçüncü turda bu kupayada veda ettiler.
15 Şubat 2000 tarihinde, Lyon Nantes'e karşı 1-6'lik skor ile mağlup oldu. Sezon sonu Lacombe görevinden ayrıldı ve yerine Jacques Santini getirildi. Lacombe, daha sonra Aulas'a özel danşıman oldu.
Santini, ilk olarak Edmílson Gomes ve Caçapa'yı aldı. Sezonun ilk yarısını 9. sırada tamamlayan Lyon takımı, Santini önderliğinde Şampiyonlar Ligi'nde, grup aşamasını 2. sırada bitirerek tarihinde ilk kez ikinci tura çıktı. Bu turda, Bayern Münih, Arsenal ve Spartak Moskova takımlarıyla eşleşti. Grubunu 3. sırada tamamlayarak çeyrek finale yükselme şansını yitirdi. Lig Kupası'nda ise, finalde Monaco takımıyla karşılaşan Lyon, yeni oyuncuları Caçapa ve Müller'in attığı gollerle maçtan 2-1'lik galibiyetle ayrılarak kupayı müzesine götürdü.
2001-02 sezonunda Lyon, Juninho Pernambucano'yu transfer etti. Santini, ayrıca 2001 Yılın Oyuncusu seçilen Éric Carrière ve Lyon alt yapısında yetişen Sidney Govou adlı oyuncuları takımına kattı. 2001-2002 sezonunda, Şampiyonlar Ligi'ne katılan Lyon, grubunu üçüncü sırada tamamlayarak yoluna UEFA Kupası'nda devam etti.   Bu turnuvada, Çek temsilcisi Slovan Liberec takımına dördüncü turda elendi. (5-2) Ligi ise bir süre ikinci sırada götüren Lyon, lider RC Lens takımından 3 puan gerideydi. Sidney Govou, Auxerre takımına karşı oynanan maçta 90. dakikada gol atarak Lyon'a 1-0'lık skor ile galibiyeti getirdi. Bu galibiyet ile Lens ve Lyon'un puanları eşitlendi. 4 Mayıs 2002 tarihinde, ligin son maçı niteliğindeki karşılaşmada, lig lideri Lens ile ikinci sıradaki Lyon, Gerland'da sezonun son gününde karşı karşıya geldiler. İlk gol Govou'dan 8. dakikada geldi. 15. dakikada, Lyon Philippe Violeau ile ikinci golü bularak skoru 2-0 yaptı. Hemen ardından Lens, Jacek Bąk'den bir gol bulmasına rağmen, 52. dakikada, Pierre Laigle attığı gol ile skoru 3-1'e getirdi. Lyon, sezonun final maçını 42,000 kişilik seyircisi önünde kazanarak ilk kez Ligue 1 şampiyonu oldu.
Sezon sonunda Santini Lyon'dan ayrılarak Fransa millî futbol takımı menajeri oldu. Ağustos 2002 tarihinde, kulüp başkanı Aulas, manejer Santini yerine Rennes takımının eski menajeri olan Paul Le Guen'i Lyon menajerliğine getirdi.
Paul Le Guen, Fransa Süper Kupası'nda Govou'nun 3 gol attığı Lorient karşısında 5-1'lik galibiyet ile kulübe ikinci kupasını kazandırdı. 2002-03 Sezonu'nda Şampiyonlar Ligi'ne katılan Lyon, grubunu üçüncü sırada tamamlayarak, 2002-03 sezonu UEFA Kupası'nda oynama hakkını elde etti. UEFA Kupası 3. turunda eşleştiği Türk ekibi Denizlispor'a (toplamda 1-0)  elendi. Avrupa Kupalarından elendikten sonra, kulüp kalan son 6 maçta 2002-03 sezonu Ligue 1 şampiyonluğuna odaklandı. Lyon ligde kalan son 6 maçta, 5 maçlık yenilmezlik serisiyle ikinci kez Ligue 1 şampiyonu oldu. Kulüp tekrarlanan şampiyonluğun sevincini kutlarken, 26 Haziran 2003 tarihinde, Lyon'un ortasaha oyuncusu Marc-Vivien Foé, 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda Kamerun millî takımı formasıyla maç esnasında kalp krizi geçirdi. Bu şok edici ölüm Gerland Stadyumu'nu yasa boğdu. Foé'nin  17 numaralı forması, Lyon kulübü tarafından Foé'nin anısına emekliye ayrıldı.
2025 yılı Ocak ayı sonunda teknik direktörlük görevine Paulo Fonseca getirildi.
Fransa millî takımının ve Lyon'un eski çalıştırıcısı Aimé Jacquet, 1976-1980 yılları.
Eski Fransa millî takımı ve Olympique Lyonnais teknik direktörü, Raymond Domenech
Jean Tigana, Olympique Lyonnais eski teknik direktörü