Theodoros Komnenos Dukas
Selanik'in geri alınması ve ölümü

Serbest kalır kalmaz, Selanik'e geri döndü. Herhangi bir eskort ya da takipçi olmadan, şehre gizlice girebilmek için dilenci kılığına büründü. Orada eski destekçilerine ve gözdeleri ile temasa geçti ve bir komplo kurdu ve kısa sürede Manuil'i devirip, şehri ele geçirdi. Bizans gelenekleri, kör olduğu için onun yeniden imparator olmasına engeldi, Theodoros oğlu İoannis Komnenos Dukas'ı bir taç giyme töreni yapılmadan imparator yaptı, ancak oğlunun adı altında imparatorluğun gerçek hükümdarı kendisi kaldı. İoannis'in kendisi daha çok dinle ilgilendi, imparator olmaktan çok manastıra girmeye eğilimliydi. Theodoros İmparator olarak isimlendirilmesinin Tanrı'nın bir lütfü ve gerçekten imparator ataları nedeniyle Romalıların gerçek İmparatoru olduğu konusunda onu ikna etti.
Tahttan indirilen Manuil, Küçük Asya'da Attaleia'ya sürgüne gönderilirken, karısı Maria'nın babasının yanına dönmesine izin verildi. Theodoros'un kızı ve damadını tahttan indirmesine rağmen, Çar II. İvan Asen Theodore'a karşı hoş görülü kaldı, Akropolites buna sebep Asen'in İrini'ye karşı olan tutkulu aşkını gösterir. Fakat Manuil, sürgünde hareketsiz kalmadı. İntikam almak için, Attaleia'dan Türk toprakları içinden sağladığı güvenli bir koridor ile İznik'e ulaştı. Orada İoannis Vatacis onu iyi karşıladı ve kendisine sadık kalacağı konusunda Manuil'den yemin aldıktan sonra onu desteklemek konusunda mutabık kaldılar. Böylece 1239 başlarında, Manuil altı İznik gemisi ile Yunanistan'a yelken açtı, Teselya'da Demetrias yakınlarında karaya çıkmıştır. Vilayette geniş destek bulmuştur, muhtemelen yörenin valisi, I. Mihail'in damadı Konstantinos Maliasenos bile ona bir ordu toplamasına izin verdi ve kısa zamanda Farsala, Larisa ve Platamon'u ele geçirdi. Sivil savaş vahameti öncesi, Manuil ve Theodoros Selanik devletini kendi aralarında bölecek şartlarda uzlaştılar: Vatacis ile olan ittifakından vazgeçen Manuil Teselya'yı alırken, İoannis ve Theodoros Selanik, en batıda Vodina ve Ostrovo gibi Makedonya'nın kalan parçalarını aldı ve Konstantinos'un Aetolia ve Acarnania appanageları onaylandı. Durumu daha da güvence altına almak için hem Theodoros hem de Manuil Achaea'nin güçlü prensi Villehardouin'li II. Geoffrey ile anlaşmaya vardılar.
Epirus'ta bulunan II. Mihail, kardeşlerin anlaşmasının bir parçası değildi ve kendi politikalarını amcalarından bağımsız izlemeye devam etti. 1241 yılında Manuil öldüğünde, Mihail hızlıca Teselya'yı işgal etti. Aynı yılın haziranında, Çar II. İvan Asen öldü yerine yedi yaşındaki oğlu I. Kaliman (1241-46 arası hükümdar) geçti. Latin İmparatorluğu'nun artarak bozulan durumu ile birleşince, bu gelişme İznik'in İoannis Vatacis'ini bölgenin rakipsiz hükümdarı ve Konstantinopolis'i ele geçirecek açık aday haline getirdi. Konstantinopolis'e karşı hehangi bir eyleme girişmeden önce, Vatacis Selanik ile ama özellikle hırsı, yeteneği ve entrikaları olduğu için korktuğu Theodoros ile ilişkileri düzenlemeye ihtiyacı olduğunu fark etti. 1240 ya da 1241 yılında, bu nedenle Theodoros'u İznik'e güvenliğini garanti ederek bir davet yolladı. Theodoros kabul etti ve Vatacis tarafından büyük bir taltifle karşılandı, ona "amca" olarak davrandı ve aynı masada akşam yemeğine oturdu. Gerçekte, ancak Theodoros İznik'te esir gibiydi, ayrılmasına izin verilmiyordu ve İznik sarayında konukluğu boyunca, Selanik'e karşı yapılacak sefer hazırlıkları hızla devam ediyordu. 1242 yılının baharında, yanında onurlu esir muamelesi gören Theodoros ile birlikte Vatacis ordusunun başında Avrupa'ya geçti. Bir direnişle karşılaşmadan, İznik ordusu ve filosu Selanik'e vardı. Şehir garnizonu ve halkı başarılı bir şekilde direndiler, ağır kuşatma ekipmanlarının eksikliği nedeniyle İznik ordusu uzun süren bir abluka yapmak zorunda kaldı. Kısa süre sonra, ancak Küçük Asya'nın Moğol istilası haberleri geldi, bu nedenle Vatacis seferi yarıda kesip, İznik'e geri döndü. Bununla beraber İznik imparatoru bu haberi gizli tuttu ve Theodoros'u oğluyla uzlaşması için gönderdi. İoannis'in kendisi söylentilere göre şehri karşılıksız teslim etme isteğindeydi fakat babası daha iyi şartlar için elinde tutması konusunda ikna etti. 40 gün süren müzakereler sonunda, imparatorluk unvanını bırakması ve İznik'in hükümdarlığını ve Despot unvanını kabul etmesi karşılığında İoannis'in şehrin kontrolünü elinde tutmasına izin verildi. Theodoros'un da oğlunun yanında Selanik'te kalmasına izin verildi.
İoannis, Despot olarak öldüğü 1244 yılına kadar iki yıl daha hüküm sürdü. Theodoros, Vodina'ya çekildi, oradan devlet işlerine yön verdi. İoannis'in ölümüyle, küçük oğlu Demetrios Komnenos Dukas onun yerine geçti ve 1242 yılında anlaşılan hükümdarlık şartları gereği İznik'e yerine geçtiğini bildirmek için bir elçi yolladı. İoannis'in dindar yapısına karşılık, Demetrios sevdikleri ile eğlenceler düzenleyen, evli kadınları baştan çıkaran çapkın bir delikanlıydı. Theodoros devlet işlerinde yetkili kalmasına rağmen, Demetrios önde gelen vatandaşlar arasında sevilmeyen biri haline geldi ve doğrudan İznik tarafından yönetilme tercih edilmeye başlandı. 1246 yılının sonbaharında Kaliman öldü ve geride naiplerin elinde küçük yaştaki kardeşi I. Mihail Asen'e (1246-1257 arası hükümdar) ülkeyi bırakmışıyla, bu niyet hayata geçti. Vatacis hemen Bulgaristan'a saldırdı ve üç ay içinde Trakya'nın çoğunu ve Makedonya'nın kuzey ve doğusunun tamamını ele geçirirken, Epirus hükümdarı II. Mihail Arnavutluk ve Makedonya'nın kuzeydoğusuna genişlemek için avantaj ele geçirdi. Kasımda seferin bitmesine yakın, Vatacis Melnik'te kamp kurdu, şehrin geleneksel hak ve imtiyazlarını muhafaza edecek bir ferman karşılığında Demetrios'u tahttan indirip, Selanik'i ona teslim edecek bir komplo hakkında bilgilendirildi. Vatacis bunu onayladı ve kampa kişisel olarak gelmesi için elçi yolladı. Demetrios, Vatacis'in niyetleri hakkında şüpheliydi, bunu reddetti ve İznikliler Selanik' yürüdüler. Birkaç gün sonra, komplocular kapılardan birinin İznik ordusuna açtılar ve şehir kolayca ele geçirildi. Demetrios yakalandı ve Bitinya'da Lentiana'ya sürgüne gönderilirken, Selanik ve Makedonya'nın tamamı megas domestikos Andronikos Paleologos'un yönetimine bırakıldı. Theodoros'un kendisi izole edilip sığındığı Vodina'da güçsüz bırakıldı, görünüşte bu olaylara dahil olmadı.
Selanik güvence altına alındıktan sonra, Vatacis Epirus'a yöneldi, II. Mihail'e en büyük oğlu Nikiforos ile kendi torunu Maria arasında bir evlilik önerdi. Bu öneri, II. Mihail'in karısı Theodora Petralifaina tarafından coşkuyla kabul edildi ve genç çift Pegae'da nişanlandılar. Ailesinin arzularını ihmal etmeyen Mihail, İznik ile ittifak konusunda kafası karışıktı ve Theodoros yeğeni üzerindeki etkisini kullanarak onu İznik'e karşı hale getirdi. Bu nedenle 1251 yılının baharında, Mihail Selanik'e ani bir atakta bulundu. Şehir başarıyla direndi ve ertesi yılın baharında Vatacis bir kez daha Komnenoi Doukai ailesine karşı Avrupa'ya geçti. Theodoros, Mihail ile beraber kuzeye döndü, Pirlepe ve Veles'i aldı, Vatacis'in vardığı haberini aldıklarında Kesriye üzerinden Epirus'a döndüler. Vatacis, Theodoros'un mülkü Vodina'yı kuşatıp ele geçirdi fakat kısa sürede Kesriye bölgesindeki çatışmalar da çıkmaza girdi. Beraberlik, Kroya hükümdarı Golem'den kısa bir süre sonra iki Epiruslu general, İoannis Glabas ve Theodoros Petralifas'ın İznik tarafına geçmesiyle bozuldu. Bu Mihail'i Vatacis'in şartlarına uymaya zorladı, Makedonya'da elinde tutuklarının yanında ele geçirdiklerini teslim etti ve İznik ile gerçekleşen evlilik ittifakını yeniden onayladı. Ayrıca Vatacis açıkça Theodoros'un teslim edilmesini talep etti. Epirus elçisi Vatacis ile Theodoros ile genç Nikiforos'un rehin olarak verilecekleri Vodina'da buluştu. Nikiforos'a despot unvanı verilip kısa süre sonra Epirus'a gitmesine izin verildi, Theodoros ise esir olarak Küçük Asya'ya götürüldü. Kısa bir süre sonra yaklaşık 1253 yılında, öldü.