Stonewall ayaklanmaları
Olayların perde arkası > Homofil eylemciliği ve Compton's Cafeteria ayaklanması

Bu eğilime karşılık olarak, eşcinsellerin toplumsal davasını ilerleten ve tutuklanmaktan korkmayan geyler ve lezbiyenler için kaynaşma fırsatları sağlayan iki tane birbirinden bağımsız dernek kuruldu. Los Angeles bölgesinde yaşayan eşcinseller 1951'de "Mattachine Society" isimli derneği, komünist eylemci Harry Hay'in evinde kurdular. Derneğin amaçları eşcinselleri bir araya getirmek, onları eğitmek, onlara öncülük etmek ve "cinsel sapıklar"a hukukî sorunlarda yardım etmekti. Radikal yaklaşımından dolayı büyük direniş ile karşılaşması nedeniyle Mattachine Society, 1953'te vurgusunu asimilasyon ve saygınlıkla değiştirdi. Dernek, geyler ve lezbiyenlerin heteroseksüeller gibi normal insanlar olduklarını ispat ederek eşcinsellik hakkında daha çok düşünce sahibi olunulması amacına dayandı. Çok zaman geçmeden de San Francisco'da birkaç kadın, salonlarda toplanarak lezbiyenlere yönelik Daughters of Bilitis (DOB)'i kurdular. DOB'yi kuran sekiz kadın özgün olarak dans etmek için tehlikesiz bir yere sahip olmak amacı ile toplanmalarına karşın, DOB büyüdükçe Mattachine'ye benzer amaçlar geliştirdi ve üyelerinin genel topluma aykırı olmamalarını arzu ettiler.
1953'te hükûmet baskısına karşı ilk itirazlar yapıldı. "ONE" adlı bir örgüt, Postane'nin göndermekte direndiği ONE, Inc. dergisini yayımladı. Sade kahverengi ambalaj kâğıtlarının içinde gönderilen dergi sayısı, heteroseksüel evliliklere giren eşcinseller hakkında idi; Postane bunun müstehcen olduğunu bildirdi. Neticede bu dava ABD Yüksek Mahkemesi'ne taşındı; sonuç olarak da One, Inc.'in ABD Posta Hizmeti ile sayılarını gönderebileceği kararı verildi.
Homofil örgütlerinin (o dönemdeki gey örgütlerin adı) sayıları artarak Doğu Yakası'na yayıldılar. Zaman geçtikçe bu örgütlerin üyeleri daha cesur oldular. Frank Kameny, Washington'un Mattachine'sini kurdu. O eşcinsel olduğu için ABD Silahlı Kuvvetleri Harita Hizmeti'nden atılmıştı ve görevine geri alınmak için açtığı davanın sonucu olumsuzdu. Kameny, eşcinsellerin heteroseksüellerden farklı olmadıklarını yazarak çabalarını ruh sağlığı uzmanlarına iletmeyi hedefledi; bunların bazıları da Mattachine ve DOB toplantılarına gelip üyelerine anormal olduklarını söylediler. Afroamerikan sivil haklar hareketi tarafından esinlenmiş Kameny, 1965'te Beyaz Saray ve diğer hükûmet binalarının önünde istihdam ayrımcılığına karşı bir grev düzenledi. Bu grevler, başta Mattachine ve DOB'nin bazı önderleri olmak üzere, birçok eşcinseli şaşırtmıştı. Aynı zamanda sivil haklar ile feminist hareketleri tarafından düzenlenen ve Vietnam Savaşı'na karşı yapılan gösteriler, 1960'lar boyunca önem, sıklık, şiddet ve polis kuvvetleri ile yaşanan çatışmalar sayısı bakımından artıyordu.
Çok az sayıdaki küçük gey toplulukların dış kenarlarında cinsiyet beklentilerine meydan okuyanlar vardı. Bunlar efemine erkekler ile maskülen kadınlar ya da ya yarı zamanlı ya da devamlı olarak kadın gibi giyinen ve yaşayan biyolojik erkekler ile erkek gibi giyinen kadınlar idi. Çağdaş nomenklatür onları travestiler olarak tanımladı ve cinsel azınlıkların en görünür temsilcilerinden oldular. Onlar da Mattachine Society ve DOB'nin eşcinsellerin saygıdeğer ve normal insanları olduklarını gösteren özen ile biçimlenen imajı konusunda çeliştiler. Mattachine ve DOB, karşı cinsin giysilerini giymekten dolayı tutuklanmalarının, homofil örgütlerinin mücadelelerine paralel olduğunu varsaydılar; onlara benzer fakat onlardan belirgin olarak ayrı. 1966'da drag queenler, fahişeler ve travestiler San Francisco'daki Compton's Cafeteria'da oturduklarında polisler, kadın gibi giyinen erkekleri tutuklamak için geldi. Bir ayaklanma oluştu. Kafeteryanın sahipleri bardaklar, tabaklar ve çay tabaklarını atarak restoranın cephesindeki çekme cam pencerelerini kırdı ve birkaç gün sonra yeni pencereler konulduktan sonra geri gelip tekrar pencereleri kırdılar. Profesör Susan Stryker, Compton's Cafeteria ayaklanmasını "cinsel yönelim ayrımcılığı eyleminden çok, bir transgender ayrımcılığı eylemi" olarak tanımlıyor ve ayaklanmayı, homofil örgütlerinin önemini azalttığı cinsiyet, ırk ve sınıf sorunlarına bağlıyor. Ayaklanma, San Francisco'daki transgender eylemciliğin başlangıcı oldu.