Moleküler mimikri
Taklit olaylarının olasılığı

Moleküler benzerliğin meydana gelmesi için ön koşul, bu nedenle, immünodominant epitopun, patojen ve de bir hücre veya doku tarafından üretilen immünodominant "öz" sekansı arasında paylaşılmasıdır. Bununla birlikte, farklı proteinler arasındaki amino asit varyasyonu nedeniyle, olasılık açısından moleküler taklidin gerçekleşmesi beklenmeyebilir. Bir monoklonal antikor tepkisini indüklemek için 5 ila 6 amino asit rezidu kullanıldığını varsayarsak, 20 amino asidin iki protein arasındaki 6 ardışık kalıntıda özdeş olma olasılığı 206'da 1 veya 64.000.000'de 1'dir. Bununla birlikte, birçok moleküler taklit olayının kanıtı gösterilmiştir ve belgelenmiştir. Bunun nedeni, seçilen insan ve patojen proteinlerinden ziyade insan ve patojen proteomları arasındaki benzerliğe de bakılmasıdır.
Patojen ve insan arasında hangi epitopların paylaşıldığını belirlemek için büyük protein veritabanları kullanılır. UniProt veritabanı (eski adıyla SwissProt) olarak bilinen dünyanın en büyük protein veritabanı, veritabanının genişletilmesiyle moleküler taklit raporlarının daha yaygın hale geldiğini göstermiştir. Veritabanı şu anda 86.6 X 109 residues (https://www.ebi.ac.uk/uniprot/TrEMBLstats 30 Haziran 2023 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., 2 Ağustos 2023). 20 farklı amino asidin her konuma rastgele geldiğini varsayarsak, 5 amino asit uzunluğundaki bir motif ile mükemmel bir eşleşme bulma olasılığı 3.2 X 106'da 1'dir. Diğer bir ifade ile 20 farklı amino asidin rastgele sıralanmasından oluşan proteinlerinin toplam 3.2 X 106 amino asidi olan 2 farklı proteomda, 5 amino asit uzunluğundaki her bir farklı motifi ortalama bir kez gözlemlemeyi bekleyebiliriz. Ancak 5 amino asit uzunluğundaki motif eşleşmesi dağılımının, her motif için 1 adet eşleşme konumunda tepe noktası olan bir çan eğrisi oluşturması beklenir. Yani, bu örnekteki 2 proteomda her farklı motifi bir kez görme olasılığımız yüksek olsa da paylaşılmayan motifler olacaktır. Ayrıca da paylaşılma sayısı arttıkça daha az sayıda motif için gözlenen, iki proteom arasında birden fazla kez paylaşılan motifler de olacaktır. SwissProt veritabanın da örnekteki gibi bir yapısı olduğunu varsayarsak, 5 amino asit uzunluğundaki her bir farklı motif için ortalama 86.6 X 109 / (3.2 X 106) ≈ 27 X 103 eşleşme bulunması beklenebilir. Bu sayıda eşleşme çok büyük bir rakamdır ve veritabanı genişledikçe artacaktır. Veritabanı 1.5 X 107 rezidu içerdiği zaman bu beklenti sadece 5'ti. Ancak amino asitlerin tamamen rastgele bulunmaları gerçekçi olmayan bir varsayımdır ve amino asitlerin görülme sıklıkları aynı değildir. Ayrıca da yapısal, fonksiyonel ilişkili, sekans benzerlikleri yüksek proteinler de veritabanında bulunmaktadır. Sonuç olarak, veri tabanında aşırı temsil edilen dizi motifleri vardır. Örneğin QKRAA dizisi, HLA-DRB1*04:01'in üçüncü aşırı değişken bölgesindeki bir amino asit motifidir. Bu motif, Epstein-Barr virüsünün ve E. coli gibi çok sayıda başka organizma proteini üzerinde de ifade edilir. Bu motif veri tabanında 37 defa geçmektedir. Bu, lineer amino asit dizisinin, veri tabanında birçok kez bulunabileceği için moleküler taklidin altında yatan tek neden olmayabileceğini düşündürür. O halde, amino asit dizisi içinde değişkenlik varken iki peptit arasındaki üç boyutlu yapıdaki benzerliğin T hücresi klonları tarafından tanınması olasılığı vardır. Bu, bu nedenle, bu kadar büyük veritabanlarının bir kusurunu ortaya çıkarır. Epitoplar arasındaki ilişkilere dair bir ipucu verebilirler, ancak önemli üç boyutlu yapı henüz böyle bir veritabanında aranamaz.