2012 Türkiye Futbol Federasyonu Olağanüstü Seçimli Genel Kurulu
Arka plan ve istifaya giden süreç > Aydınlar'ın istifası

26 Ocak 2012'deki toplantıda konuşma yapan Aydınlar, "...Yaşanan süreçte ben şunu gördüm, herkes suçsuz, tek suçlu var o da biziz...Biz yönetim kurulu olarak toplanıp gerekli değerlendirmeyi yapacağız" açıklamasında bulunarak istifa edeceğinin ilk sinyalini verdi. Ancak spor kulüplerinin ve Kulüpler Birliği'nin ısrarıyla Aydınlar göreve devam etme kararı aldı. 30 Ocak 2012'de yaptığı açıklama ile devam kararının futbolumuzun içinde bulunduğu kaos ortamının daha da derinleşmesini önlemek amacıyla alındığı ve Şike Davasında tüm inisiyatifin TFF'de olduğu açıklandı. Aydınlar “Yüzüme farklı konuşanlar, kamuoyuna başka konuştu. Bir ara istifa noktasına geldim. Ama özellikle kulüp başkanlarından bırakmamam yönünde çok ciddi ricalar aldım. Ayrıca Ali Koç istifa etmemi istedi diye görevi bırakacak değilim.” sözleriyle göreve devam edeceğini açıkladı. Fenerbahçe kulübü ise Kulüpler Birliği'nin verdiği desteğin tüm kulüplerin kararı olmadığını, Aydınlar'ın görevi bırakması görüşünde olduklarını açıkladı.
Ancak Aydınlar ertesi günü istifa kararı aldığını açıkladı. Aydınlar istifasını "Yeter artık. İç huzurum kalmadı. Genel kurul sonrası zaten son noktaya gelmiştim, şimdi de patladım. UEFA'nın oyununun daha fazla parçası olamam" sözleri ile belirtti. CAS Hakimi Avukat Kısmet Erkiner tarafından açıklanan 6 Eylül 2011 ve 3 Kasım 2011 tarihlerinde UEFA'dan gelen iki yazıdan Aydınlar'ın 30 Ocak 2012'de haberdar olması ve bu durumun Aydınlar tarafından araştırılıp doğrulanması ise istifa nedenlerinden biri olduğu açıklandı. İlgili belgelerin Fenerbahçe'nin Şampiyonlar Ligi'nden men kararının TFF yöneticileri ile yapılan görüşme sonucu alındığını belirten bir UEFA savunması olduğu iddia edildi. UEFA, savunmasına Türkiye Futbol Federasyonu'na gönderdiği mektubu da ekleyerek izlenebilecek yolları açıklamış ve UEFA'nın TFF'nin  "Karar vermek için erken" demesi durumunda, Fenerbahçe'nin Şampiyonlar Ligi'nde mücadele etme ihtimalinin de olduğu belirtildi.
Aydınlar bu durum ile ilgili "UEFA yetkililerinin bize karşı farklı, CAS'ta farklı tavır almaları, UEFA gibi Avrupa futbolunun çatı örgütü olan bir kuruluşun yapmış olduğu uygulamanın, içinde bulunduğumuz ortamın ne kadar güvensiz ve samimiyetsiz olduğunu gösterdi. Gelinen nokta; hayata bakışım, iş yapış biçimim, etik anlayışım ve dünya görüşümle tezat bir görüntü oluşturdu ve böyle bir sürecin içerisinde yer almayarak bazı şeylere dikkat çekebilmenin çok daha önemli olacağı kararına vardım. Bu nedenle 29 Haziran 2011'de başladığım Türkiye Futbol Federasyonu Başkanlığı görevinden istifa ediyorum. Umarım bu çıkışım, Türk futbolunun geleceğini doğru şekillendirmek adına, konuya zarar verenlerin bir kez daha netleştirilebilmesine yardımcı olur ve futbol ailesi, kendisi için en doğru yolu bulur." açıklamasında bulunmuştur.
Aydınlar'ın istifası spor kulüplerinin çoğunda şaşkınlıkla karşılandı. Bir gün arayla alınan bu karar kaos ortamındaki Türk futbolunda önemli etki yarattı. Fenerbahçe Başkanı Aziz Yıldırım ise “...Holding sahibi, TFF Başkanı hatta bir gün çok daha büyük mevkilerde bile olabilirsin. Ama asla Fenerbahçe Başkanı olamayacaksın...Sen ve senin arkandaki zihniyetin buna gücü yetmeyecek. Bizlerin mücadelesi Fenerbahçe’yi senin gibilere teslim etmemek içindir...” açıklaması ile Aydınlar'ın istifasına tepki göstermiştir. Aziz Yıldırım ve Mehmet Ali Aydınlar, sadece 1 yıl sonra Fenerbahçe Başkanlık Seçiminde karşı karşıya gelmişlerdir.
31 Ocak 2012'de TFF'den yapılan açıklama ile Mehmet Ali Aydınlar, Başkanvekili Göksel Gümüşdağ ve 2. Başkanvekili Lütfi Arıboğan'ın istifa ettiği resmen açıklandı. Olağanüstü seçimin 27 Şubat 2012'de yapılacağı ve bu tarihe kadar başkanlığa Hüsnü Güreli'nin vekalet edeceği belirtildi. 27 Şubat 2012'de çoğunluğun sağlanamaması halinde ikinci toplantının aynı gündemle, delege tam sayısının asgari üçte biri ile 28 Şubat 2012'de, ikinci toplantıda da çoğunluk sağlanamadığı takdirde üçüncü toplantının çoğunluk aranmaksızın 6 Mart 2012'de yapılacağı açıklandı.