Endonezya Komünist Partisi
Katliamlar ve son

Sukarno'nun Endonezya Komünist Partisi, Ordu, milliyetçiler ve islamcılar arasındaki denge politikası komünstlerin güçlenmesiyle bozulur. Komünistlerin giderek etki alanlarını genişletmesi ve popülerliği başta ABD olmak üzere tüm anti-komünist Batılı devletleri harekete geçirir. Ülke içindeki siyasi ve ekonomik durum ise giderek daha zorlu hale gelmişti, enflasyon %600 seviyesindeyken Endonezyalıların hayat şartları kötüleşmekteydi. Aralık 1964'te Murba Partisinden Chaerul Saleh komünistlerin darbe planı yaptıklarını iddia edecektir. PKI ise Murba Partisinin yasa dışı ilen edilip kapatılmasında ısrar eder ve bu parti 1965 yılında kapatılır. Malezya konusunda ise PKI, halkın silahlandırılmasını savunurken, Ordu buna karşıdır. Sukarno ise konuyla ilgili görüş belirtmez.1965 yılı Temmuz ayında yaklaşık 2.000 PKI üyesi Halim Hava Kuvvetleri Üssünde askeri eğitime başlayacaktır. Halkın silahlandırılması fikri Hava ve Deniz Kuvvetlerinde taraftar bulmuş gibi gözükmektedir. 8 Eylülde PKI gösterileri Surabaya'daki ABD Elçiliğinin iki gün süreyle kuşatılmasına kadar varacak, 14 Eylülde yapılan PKI mitinginde konuşan Aidit partililerden gelişmelere dikkat etmelerini ister. 30 Eylülde ise PKI ile ilişkili yan kuruluşlar olan Pemuda Rakyat ve Gerwani, Cakarta'da enflasyona karşı büyük bir miting düzenleyecektir. 30 Eylülü 1 Ekime bağlayan gece Endonezya'daki en kıdemli altı general öldürülür ve cesetleri bir kuyuya atılır. Generalleri öldürenler ertesi saah yeni Devrimci konseyin iktidarı aldığını ilan eder ve kendilerine 30 Eylül Hareketi olarak tanıtır. Ordunun brçok üst düzey komutanı ölü ya da kayıp olduğu için General Suharto orduya hakim olur ve 2 Ekim darbe girişimini bastırır. Ordu darbe girişimini hemen komünistlerin üzerine atar ve ülke çapında anti-komünist propaganda başlar.
PKI'nin generallerin öldürülmesiyle bağı ortada yokken Suharto komünistleri günah keçisi yapacak ve saldırıya geçecektir. Başlatılan anti-komünist katliamında yaklaşık 500.000 komünist öldürülecek ve fiziki olarak PKI tasfiye edilecektir. General Suharto, siyasi olarak Sukarno'nun etkisini ortadan kaldıracak ve 1968 yılında cumhurbaşkanı olacaktır. Ordu üzerindeki hakimiyetine hükûmet üzerinden kurduğu hakimiyet eklenecektir. 30 Eylül olaylarından sonra 2 Ekim günü Halim Askeri Üssü tekrar ele geçirlecektir. 30 Eylül darbesiyle komünistlerin doğrudan bir ilgisi olduğuna dair bir delil ortada bulunmamaktadır. Dönemin PKI yönetimine göre ise olay islahlı kuvvetlerin içinde yaşanan bir gruplaşmanın sonucudur. Partinin bu yönde açıklamalrı kendisine karşı yapılan saldırıya engel olamayacak ve Sukarno'nun kabinesindeki parti liderleri bile kabine toplantısı sırasında tutuklanacaktır. Bu sırada islamcı kesim tarafından Cakarta ve diğer önemli şehirlerde PKI'nin yasa dışı ilan edilip kapatılması için büyük gösteriler düzenlenmektedir. İslamcı örgüt Ansor PKI binalarına karşı saldırılara başlar ve parti genel merkez binasını kundaklar. 18 Ekimde Java'da PKI militanları öldürülür. Partinin fiziksel olarak ortadan kaldırılması süreci başlamış olur. Döneme ait kaynaklarda sağlıklı bilgilerin bulunmaması nedeniyle süreçte öldürülen kişilerin sayısı bilinememektedir. Kabul edilen sayılara göre öldürülenlerin sayısı 300.000 ile 1 milyon arasındadır. Öldürülenler arasında komünist olmayanlar da bulunmaktadır.Özellikle Endonezya'nın ticari yapısında güçlü bir etkisi bulunan çinli azınlık, komünist eğilimli olup olmadığı dikkate bile alınmaksızın çoluk çocuk topluca  katledilmişlerdir. Böylece Malay ve müslüman kökenli grupların ekonomik yaşama hakim olmasının amaçlandığı da açıkça anlaşılabilir. Endonezya halkının maruz kaldığı bu kitlesel katliam 20. yüzyılın en kanlı katliamları arasında gösterilir. Time dergisinin 17 Aralık 1966 sayısında olaylar aşağıdaki şekilde anlatılmaktaydı:
Katliamların sebebi siyasi olarak gösterilebilirse de, olayların panik ve siyasi belirsizlikten dolayı çıktığını iddia edenler de vardır. Anti-komünist katliamı gerçekleştiren gruplar arasında yasa dışı işlerle uğraşan mafya gruplarının da bulunduğu bilinmektedir. Bu gruplara devletin üst kademelerinden yeşil ışık yakılmış olma ihtimali yüksektir. Ülkenin çoğunda müslümanlar tarafından yapılan katliamlar cihat adı altında gerçekleştirilirken Bali'de ise Hindular tarafından Hinduizm adına katliamlar yapılacaktır. 22 Kasımda partinin en önemli isimi olan Aidit yakalanacak ve öldürülecektir. Aralık ayında ordu, Aceh'in komünistlerden temizlendiğini ilan edecektir. Yakalanan ve hayatta olan komünistleri yargılamak için özel askeri mahkemeler kurulacaktır. 1966 Mart ayının 12. Günü Suharto artık fiilen var olmayan PKI'yi yasa dışı ilan edecek, yan örgütler de birbiri ardına kapatılacaktır. Son yıllarda yapılan bazı araştırmalara göre generallerin öldürülmesi olayını planlayan ve yürürlüğe koyanın sanıldığı gibi komünistler değil bizzat Suharto olduğu iddia edilmektedir.