Nazilerin Sovyet savaş esirlerine karşı işledikleri suçlar
Esirlerin öldürülmesi > Komiserler Emri'nin uygulanışı

Ana madde: Komiser Emri
Kızıl Ordu'nun siyasi komiserlerine yönelik öldürme işlemi savaşının ilk günlerinde başladı Aralık 1941'den önceki dört ay içinde zirveye ulaştı. Nazi arşivlerinde 2252 Sovyet siyasi komiserin idamına ilişkin raporlar korunmuştur. Ancak öldürülen siyasi komiser bu sayının oldukça üstündeydi. Esir kampına gönderilmeden önce binlerce Sovyet komiseri öldürüldü. Olay yerinde yakalanan tanınmış siyasi kişiler Wehrmacht veya Waffen-SS'e bağlı askerler tarafından vuruldu. Bir bölgede toplanan veya savaş esir kamplarına gönderilen siyasi komiserler genellikle kısa bir sorgulamanın ardından öldürüldü.
Nürnberg duruşmaları sırasında ve savaş sonrası anılarında Heinz Guderian ve Erich von Manstein gibi Nazi komutanları birimlerinin siyasi komiser öldürmediklerini iddia ettiler. Ancak onlara bağlı alt birliklere dair korunan raporlarda çok sayıda siyasi komiserin Komiser Emri ile öldürüldüğü yazılıdır. Doğu Cephesi'nde savaşan Nazi birliklerinin yalnızca bir bölümü bu emrin uygulanmamasını tavsiye etmiştir. Komiser Emri'nin uygulanmasındaki ilerlemeler konusunda dahi birçok Nazi komutanlığı rapor tutmuştur. 18 Ağustos 1941'de OKW, ön cephelerden gelen taleplerin ardından emrin kapsamını daha da genişletti ve en düşük seviyedeki politik görevliler de öldürülme listesine eklendi.
Arka cephede, Wehrmacht birliklerinin yanında, Sicherheitsdienst'in operasyon grupları ve Einsatzgruppen birimleri vardı. Komiserlerin ele geçirilme görevleri ne olursa olsun Einsatzgruppen, Wehrmacht'la birlikte tüm "şüphelilere" yapılan kitlesel baskılarda büyük rol oynadı. Wehrmacht komutanı müttefiki olan Mihver Devletleri'nden (Finlandiya, Macaristan Romanya ve İtalya) siyasi komiserlerin "kargaşa çıkaranlarını" kendilerine teslim edilmesini istedi.
Sovyet topraklarında aylarca süren savaştan sonra Wehrmacht Komiser Emri'nin hükümlerini hafifletmeyi düşündü. OKH adına Eugen Müller 23 Eylül 1941 tarihinde gönderdiği mektupta OKW'den yazılı olarak "Komiserlerin nasıl ele alındığına dair bir öneri getirmesini" istedi. Üç gün sonra gelen cevapta Adolf Hitler'in, siyasi komiserlerin durumu ile ilgili verilen emirlerde herhangi bir değişiklik yapılmasını reddettiği bildirildi. Yalnızca 1942 yazında yakalanan siyasi komiserlere yönelik belirgin bir iyileştirme vardı. 10 Haziran 1942'de Gestapo yöneticisi Heinrich Müller esirlerin ayrılmasına dair bir genelge yayınladı, tüm esirlerden siyasi komiserlerin tecrit edilmesini emretti ve tüm siyasi komiserleri Mauthausen-Gusen toplama kampına gönderdi. Bununla birlikte, siyasi komiserlerin durumu çok fazla değişmedi, çünkü Mauthausen-Gusen kampı en kötü şartlardaki Nazi Alman kamplarından biri olmasına rağmen burada genellikle siyasi komiserleri "yavaş bir ölüm" bekledi. 20 Ekim 1942'de Müller ele geçirilen siyasi komiserlerin olay yerinde öldürülmesini emretti. Emirde sadece Sovyet ordusundan firar ettiği tespit edilen siyasi komiserlerin Mauthausen-Gusen'e gönderileceği belirtildi. Sonraki aylarda Sovyet siyasi komiserlerin idamlarının yazıldığı çok sayıda rapor yazıldı. Siyasi komiserlerin idamları hakkında bilgi veren bilinen son rapor Temmuz 1943'te Ordu Grubu Güney'nden geldi.