Nintendo 3DS sistem yazılımı
Ana Menü

Ana Menü, Nintendo DSi Menüsü, Nintendo 3DS ve Nintendo 2DS sistemleri için Wii U Menüsüne benzer bir grafik kabuktur. Nintendo DS ve Nintendo 3DS Oyun Kartlarında depolanan yazılımı, bir SD kartta yüklü uygulamaları ve sistemin dahili belleğinde kurulu DSiWare oyunlarını başlatmak için kullanılır.  Uygulama simgeleri, dokunmatik ekran veya D-pad ile gezinilebilir bir ızgarada ayarlanır ve sürükle-bırak yöntemiyle yeniden düzenlenebilir. Sütun başına simge sayısı da 1 simge ile 6 arasında değişebilir. Menü, 120 uygulama karosu görüntüleyebilir. Üst ekranda, her bir uygulama için özel bir 3B animasyonlu logo ve ayrıca kablosuz sinyal gücü, tarih ve saat ve batarya ömrü gibi sistem bilgileri, alt ekranda ise uygulama simgeleri görüntülenir. Menüdeyken ekranın parlaklığını değiştirmek de mümkündür. Ana Sayfa düğmesini kullanarak, kullanıcılar İnternet Tarayıcı ve Miiverse gibi belirli çoklu görev uygulamalarını başlatabilecek şekilde çalışan ve Ana Menüyü görüntüleyen mevcut yazılımı askıya alabilir.
Nintendo DSi'ye benzer şekilde, menü yükseltilebilir bellenime sahiptir. Menüdeyken oyun kartları da çalışırken değiştirilebilir. Güç düğmesi, kullanıcının konsolu uyku moduna geçirmesini veya kapatmasını ister.
25 Nisan 2012'de, bir sistem güncellemesi bir klasör sisteminin tanıtımını getirdi. En fazla 60 klasör oluşturulabilir. Uygulamalar taşımak için bir klasörün üzerine sürüklenebilir ve o andan itibaren, aynı prosedürle klasör başına 60 uygulamaya kadar klasöre daha fazla uygulama eklenebilir. Klasör için bir başlık oluşturma sırasına göre otomatik olarak oluşturulur ("1" den "60" a kadar), ancak kullanıcı tarafından da düzenlenebilir. Başlığın sadece ilk karakteri klasörün simgesinde gösterilecektir.  Klasörlerin içindeki uygulamalar StreetPass veya SpotPass bildirimlerini aldığında, klasörün üstünde bir bildirim simgesi belirecektir.
20 Haziran 2013 tarihinde, bir sistem güncellemesi Veri Yedeklemeyi Kaydet özelliğinin tanıtımını getirdi. Bu özellik, kullanıcının indirilebilir Nintendo 3DS yazılımından ve çoğu Sanal Konsol oyunundan tasarruf verilerini yedeklemesini sağlar. Bir kaydetme veri yedeği oluşturmak, kullanıcıların kaydetme verilerini kaybetmeden yazılımı SD karttan silmesine izin verir.  Kullanıcı Nintendo eShop'tan yazılımı yeniden indirdiğinde oluşturulan yedekleme otomatik olarak geri yüklenir. Bir seferde toplam 30 tasarruflu veri yedeklemesi kaydedilebilir. Nintendo 3DS yazılımının, DSiWare'in ve Game Boy Advance yazılımının perakende sürümlerinden tasarruflu verileri yedeklemek mümkün değildir.
6 Ekim 2014'te, 9.0 sistem güncellemesi, çoklu görev uygulamaları dışında tüm Ana Menünün bir yenilenmesini getirirken, aynı zamanda temalara destek ekleyerek kullanıcıların Ana Menü'lerini yeni arka planlar ve değişiklikler ekleyen bir tema ile daha da özelleştirmelerini sağladı. Klasör simgeleri, arka plan müziği ve temayla eşleştirmek için ses efektleri eklendi. Aralık 2014'te Japonya'da ve Kasım 2015'te Amerika ve Avrupa'da piyasaya sürülen Nintendo Badge Arcade adlı yeni bir uygulama, ücretli bir vinç oyununda kazanılan rozetleri kullanarak Menü'yü daha da özelleştirmeye olanak tanıyor; bu rozetlere daha sonra, oyun yüklendikten sonra yüklenen ve normal yazılım simgeleri / klasörleri gibi yerleştirilen Ana Menü içindeki ek bir menü aracılığıyla erişilebilir ve kullanılabilir.  Bazı rozetler, StreetPass Mii Plaza gibi önceden kurulmuş uygulamalara erişmek için kısayollar gibi davranır.