Alaattin Çakıcı
Derin devlet ile ilişkisi

Ayrıca bakınız: Derin devlet
Borsacı Adil Öngen'in kurşunlanmasıyla ilgili davaya katılan Çakıcı, yurt dışında Millî İstihbarat Teşkilatı adına çalıştığını ve hep devleti koruduğunu ama "piyon gibi" kullanıldığını öne sürdü. Çakıcı, en demokratik ve gelişmiş ülkelerde bile derin devletin var olduğunu ve olması gerektiğini savundu, "ama bizdekilerin cılkı çıkmış" diye ifade etti. Millî İstihbarat Teşkilatı'nın eski Yurt Dışı İstihbarat Başkanı Nuri Gündeş, NTV'de derin devlet konusunun tartışıldığı canlı yayında Alaattin Çakıcı'dan söz ederken, "Dinliyorsa yanaklarından öperim; eğer devlete bir hizmeti varsa..." diye konuşmuştur. Ardından Şişli Cumhuriyet Savcılığı, programda organize suç örgütü lideri Alaattin Çakıcı’dan söz eden Nuri Gündeş hakkında “suçluyu övmek” suçundan soruşturma başlattı. Savcılıkta ifadesi alınacak olan Gündeş hakkında TCK’nın 215. maddesine göre 2 yıla kadar hapis istemiyle dava açılabileceği ön görüldü. Siyasi partilerden tepki geldi. Adalet ve Kalkınma Partisi Grup Başkan Vekili Eyüp Fatsa, "Hukuk devletinde bu tür ilişkileri, duygusal yaklaşımları haklı göstermek mümkün değildir. Bu yapılanlar, beyanlar gerekçesi ne olursa olsun yanlıştır." diye konuştu. Cumhuriyet Halk Partisi Genel Başkan Yardımcısı Özyürek ise devlet hizmetinin devlet memurları eliyle yürütülen bir görev olduğuna dikkat çekerek, "Bunun mafyaya, çeteye havale edilmesi mümkün olamaz. Bu açıklama mafyalaşmayı, çeteleşmeyi özendiren bir davranış. MİT'te görev yapmış insanların olur olmaz şekilde konuşması da yanlıştır. Hem konuşması yanlıştır; hem de söylediği sözlere katılmak mümkün değildir. Alaettin Çakıcı gibi pek çok karışık işe girmiş birisinin devlet görevlileri tarafından yanağı öpülüyorsa vay o devletin haline!" dedi.
Güvenlik güçlerince yakalandıktan sonra Alaattin Çakıcı'ya ait olan çeşitli ses bantları ortaya çıktı. Bu bantların bazılarında dönemin devlet yetkilileri ile konuşması mevcuttu. Çakıcı'ya ait olan ses kayıtlarından birinde; yakalanmak üzere Çakıcı'nın bulunduğu yerin, dönemin MİT Kontrterör Dairesi Başkanı Mehmet Eymür tarafından belirlendiği fakat bundan haberdar olan dönemin İçişleri Bakanı Meral Akşener'in Çakıcı'ya bunu eniştesi vasıtasıyla bildirdiğini ve yer değiştirmesi gerektiğini tembihlediğini vurguluyor. Ses bandında Çakıcı'nın iddiasına göre Akşener Çakıcı'nın eniştesini arayarak ‘‘Meral, oradan çıkıyor, eniştemi arıyor. 'Bana gelir misin?' diyor. Eniştem kalkıyor, gidiyor Ankara'ya. Halamın kocası, eniştem değil. Halamın kocası. Alaattin'e söyle' diyor yerini değiştirsin'' diyor. Eyüp Aşık-Çakıcı ses bandından sonra ortaya çıkan bir başka kasette Alaattin Çakıcı, kendisine ‘‘Yer değiştirsin’’ diyen bakanın, DYP'li Meral Akşener olduğunu açıklıyor. Kasete göre, MİT Kontr Terör Dairesi Başkanı Mehmet Eymür, Çakıcı'nın yerini belirliyor. Bunu duyan Akşener de, İzmit'ten tanıdığı Çakıcı'nın eniştesini arayarak mesajı iletiyor.
Bunun üzerine Akşener, iddianın kanıtlanması halinde siyaseti bırakacağını açıkladı. Radikal’de yayınlanan haberden üç gün sonra 29 Eylül 1998’de Hürriyet’te açıklama yapan Akşener, Çakıcı’yı "kendisinin yakalatmak istediği ama ANAP’ın bunu engellediğini" açıkladıktan sonra, Kürşat Yılmaz'ı da kendisinin yakalattığını açıkladı. Akşener, o dönem bakanlıktan istifa eden Eyüp Aşık için "Çakıcı'ya kaçması için iki kez haber verdi. Muhalefette iken haber verdi, bu son kasette ortaya çıktı. Bir de iktidarda iken Çakıcı'yı uyardı. Bunları biliyoruz dedi.
Dönemin Emniyet Genel Müdürü Kemal Çelik şu açıklamayı yaptı:
‘‘Akşener'in talimatıyla polisleri ABD'ye gönderdik. Interpol kayıtlarında da bu gerçekler mevcut. Haziran ayı olduğunu hatırlıyorum. Ancak Refahyol yıkıldı. Yeni Bakan Murat Başesgioğlu göreve başladı ve ben polislerin görev süresi dolduğu için Bakan'dan görev sürelerini bir hafta daha uzattırdım. Ancak sürenin dolmasından sonra Çakıcı'nın yakalanması için süren operasyona giden polisler geri çağrıldı ve operasyon yarım bırakıldı.’’