Einsatzgruppen
Sovyetler Birliği

22 Haziran 1941'de Sovyetler Birliği'nin işgalinden sonra birliğin Ana görevi Polonya'da olduğu gibi sivilleri öldürmekti ancak bu kez hedefleri arasında özellikle Sovyet Komünist Partisi komiserleri ve Yahudiler vardı. 2 Temmuz 1941 tarihli bir mektupta Heydrich, SS ve Polis Liderlerine "Einsatzgruppen tüm üst ve orta rütbeli Komintern yetkililerini, Komünist Partinin merkez, il ve bölge komitelerinin tüm üst ve orta rütbeli üyeleri, aşırı ve radikal Komünist Parti üyeleri, halk komiserleri ve parti ve hükûmet görevlerindeki Yahudilerin infaz edilmesi için açık uçlu talimatlar verildi. İşgal altındaki bölgelerdeki halk tarafından kendiliğinden başlatılan herhangi bir pogromun sessizce teşvik edilmesi talimatını verdi.
8 Temmuz'da Heydrich, tüm Yahudilerin partizan sayılacağını duyurdu ve 15 ile 45 yaş arasındaki tüm erkek Yahudilerin vurulması emrini verdi. 17 Temmuz'da Heydrich, Einsatzgruppen tüm Yahudi Kızıl Ordu savaş esirlerini ve ayrıca Gürcistan ve Orta Asya'daki tüm Kızıl Ordu savaş esirlerinin, Yahudi olabileceği gerekçesiyle öldürülmesini emretti. 1935 tarihli Nürnberg Yasalarının en az üç Yahudi büyükanne ve büyükbabası olan herkesi Yahudi olarak tanımladığı Almanya'dan farklı olarak, Einsatzgruppen en az bir Yahudi büyükanne ve büyükbabası olan herkesi Yahudi olarak tanımlad, her iki durumda da kişinin dini uygulayıp uygulamamasının önemi yoktu.  Birim aynı zamanda Romanları ve akıl hastalarını yok etmekle de görevlendirildi. Einsatzgruppen'in rehineleri vurması yaygın bir uygulamaydı.
İşgal başladığında Almanlar, bir güvenlik boşluğu bırakarak kaçan Kızıl Ordu'yu takip etti. Bölgedeki Sovyet gerilla faaliyetlerine ilişkin raporlar ortaya çıktı ve yerel Yahudilerin işbirliği yaptıklarından hemen şüphelenildi. Heydrich, memurlarına yeni işgal edilen bölgelerde Yahudi karşıtı pogromları kışkırtmalarını emretti. Bazıları Einsatzgruppen tarafından düzenlenen pogromlar Letonya, Litvanya ve Ukrayna'da patlak verdi. Barbarossa Operasyonu'nun ilk birkaç haftasında 40 pogromda 10.000 Yahudi öldürüldü ve 1941'in sonuna gelindiğinde 24.000 kadar kurbanın olduğu 60 kadar pogrom gerçekleşti.  Ancak SS-Brigadeführer Franz Walter Stahlecker, Einsatzgruppen komutanı Ekim ortasında üstlerine Kaunas sakinlerinin kendiliğinden pogrom başlatmadığını ve Almanların gizli yardımına ihtiyaç duyulduğunu bildirdi. Benzer bir suskunluk Einsatzgruppen tarafından da dile getirildi. Rusya ve Beyaz Rusya'da B ve Einsatzgruppen Ukrayna'da C, daha doğuda Einsatzgruppen seyahat ettikçe, bölge sakinlerinin Yahudi komşularını öldürmeye teşvik edilme olasılıkları o kadar azalıyordu.
Dört ana Einsatzgruppen grubunun tümü savaşın ilk günlerinden itibaren toplu silahlı saldırılara katıldı. Başlangıçta hedefler yetişkin Yahudi erkeklerdi, ancak ağustos ayına gelindiğinde ağ kadınları, çocukları ve yaşlıları, yani tüm Yahudi nüfusunu kapsayacak şekilde genişletildi. Başlangıçta, uydurma suçlamaların (kundakçılık, sabotaj, karaborsacılık veya çalışmayı reddetme gibi) yüksek sesle okunduğu ve kurbanların idam mangası tarafından öldürüldüğü silahlı saldırılarda bir nevi yasallık vardı. Bu yöntemin çok yavaş olduğu ortaya çıktığından, komando Kurbanlarını daha büyük gruplar halinde dışarı çıkarmaya ve hazırlanan toplu mezarların yanında, hatta içinde vurmaya başladılar. Bazı komando hayatta kalanların tabancayla öldürülmesiyle otomatik silah kullanmaya başladı.
Katliam haberi duyulunca birçok Yahudi kaçtı. Ukrayna'da Yahudilerin yüzde 70 ila 90'ı kaçtı. Bu, Einsatzkommando VI'nın lideri tarafından faydalı olarak görüldü. Çünkü bu, rejimi kurbanları Urallar üzerinden daha doğuya sürmenin maliyetlerinden kurtaracağı için faydalıydı. Diğer bölgelerdeki işgal o kadar başarılıydı ki Einsatzgruppen işgal edilen topraklardaki tüm Yahudileri derhal öldürmek için yeterli güce sahip değildi. Einsatzgruppen bir durum raporu Eylül 1941'de C, tüm Yahudilerin Bolşevik aygıtın üyesi olmadığını kaydetti ve Yahudiliğin tamamen ortadan kaldırılmasının ekonomi ve gıda tedariki üzerinde olumsuz bir etkisi olacağını öne sürdü. Naziler Judenfrei toplama kamplarına, gettolara ve kırsal bölgelere toplamaya başladılar. Büyük şehirlerde Yahudi konseyleri kuruldu ve Yahudilerin hepsi ölene kadar köle işçi olarak kullanılması için zorunlu çalıştırma çeteleri kuruldu, bu hedef 1942'ye ertelendi.
Einsatzgruppen halka açık idamları yerel halka karşı bir terör taktiği olarak kullandı. Bir komando 9 Ekim 1941 tarihli B raporu böyle bir idamı anlatıyordu. Demidov yakınlarındaki şüpheli partizan faaliyeti nedeniyle, 15 ila 55 yaş arasındaki tüm erkek sakinler taranmak üzere bir kampa yerleştirildi. Toplamaya partizan ve Komünist olarak tanımlanan 17 kişi katıldı. Grubun beş üyesi asılırken, 400 bölge sakini izlemek üzere toplandı, geri kalanı vuruldu.