VI. İoannis
İç savaş (1341-1347)

Ana madde: Bizans İç Savaşı (1341-1347)
26 Eylül 1341'de Taht Naibi Anna imzalı emir Dimetoka'daki orduya ulaştığı zaman ordu mensuplarının hepsi Kantekuzinos'a bağlılıklarını bildirdiler ve yüzyıllar önceki eski Roma geleneklerine göre yetkilerini tekrar kullanan ordu askerleri İoannis Katekuzenos'u imparator (basileus) ilan etti. Kantakuzinos sonradan yazdığı tarih kitabında, bu  olayları anlatırken bu görevi yüklenmeyi istemediğini; VI. İoannis Kantakuzinos adına yapılan dinî taç giyme töreninde rakibi olan V. İoannis ve annesinin isimlerinin de başta zikredildiklerini ve hatta tören giysilerinin bile kendi vücuduna uymadığını yazmıştır. Bu haber Konstantinopolis'e eriştiği zaman kendini taht naibi yapan Konstantinopolis Patriği İoannis Kalekas 19 Kasım 1341'de Ayasofya'da yapılan bir törenle çocuk imparator olan V. İoannis'a taç giydirdi. Ayrıca Patriği İoannis Kalekas rakip imparator olarak ilan edilmiş olan İoannis Kantakuzenos'u, Patriklik gücünü kullanarak kiliseden aforoz ettiğini ilan etti.
Böylece Bizans'ta 1347'ye kadar altı yıl sürecek bir iç savaş başladı. Bu iç savaşta tüm Bizans toprakları üzerindeki halk ikiye bölünmüştür. Genellikle soylu, nüfuzlu, zengin, büyük toprak sahibi kişiler İoannis Kantakuzinos taraftarı olup ve daha fakir şehir halkı ve köylüler zengin ve nüfuzluların aleyhinde olarak V. İoannis Paleologos ve annesi Savoyalı Anna taraftarlarıydılar. Sanki bu yetmezmiş gibi İmparatorluğun ikinci büyük şehri olan Selanik'te bir siyasal parti olarak bağnaz fanatikler olan Selanikli Zealotlar ortaya çıkıp; şehrin idaresini ellerine geçirdiler. Sonraki 7 yıl Selanik'te İmparatorluk'tan özerk olarak hüküm sürdüler.
Kantakuzinos hemen kendine müttefik aramaya başladı. Önce İzmir'deki Aydınoğlu Umur Bey'e bir mektup yazıp asker ve donanma desteği istedi. Fakat Trakya'dan uzak olan İzmir'den geç olan mevsim nedeniyle Aydınoğlu Umur Bey hemen yardım gönderemedi. Bunun üzerine Kantakuzinos 1342'de Sırp Kralı Stefan Dušan ile iki defa şahsen görüştü ve ondan askerî yardım sağladı. İkinci defa görüşmesinden yardımcı Sırp askerleri ile Dimetoka'ya dönmekte iken Serez'de yolunun düşmanlarına bağlı bir ordu tarafından kesildi. Yolun açılabilmesi için bu şehrin kuşatılıp alınması gerekti. Ancak bu kuşatma sırasında Kantakuzinos ordusunda bir veba salgını başladı. Vebadan kırılan ordusunu kaybeden Kantakuzinos savaşarak Sırp sınırına kadar çekilmeyi başardı; ama karısıyla ailesinin bulunduğu Dimetoka'dan uzak kaldı. 1342 sonunda Aydınoğlu Umur Bey donanması ile Meriç Nehri ağzına gelip askerleri ile karadan Dimetoka'ya giderek o şehrin savunmasını pekiştirdi. Yine o zamanlar Bizans Teselya theması Kantakuzinos'a bağlığını belirtti ve Makedonya'da bulunan bazı şehirler de Kantakuzinos'a sadakatlerini ilan ettiler. Buna karşılık olarak, Bizans donanması ile  Aleksius Apokaukus Selanik'e geldi; fakat Selanik Zealotlarindan destek alamadı. Umur Bey'in donanması Selanik önünde görününce Aleksius Apokauku gemi ile Konstantinopolis'e geri döndü. Kantakuzinos Selanik civarında Umur Bey kuvvetleri ile buluştu ve Selanik önlerine giderek iki ordu birlikte bu şehri kuşattılar. Kuşatmada başarısızlıktan sonra özellikle Umur Bey'in getirdiği 6.000 kişilik Türk ordusu ile, iki güç birlikte Dimektoka yolunu açtılar ve Kantakuzinos nerede ise bir yıldır göremediği karısı ve ailesine kavuştu.
Bu sefer 1343'te, Konstantinopolis sorunlarla karşılaştı. Umur Bey'in İzmir'den getirdiği Türk ordusu mensupları Trakya'ya yayılarak düşmanlarına ait köyleri ve malikaneleri yakıp yıkmaya başladılar ve Konstantinopolis'te yiyecek sıkıntısına neden oldular. Taht naibi olarak bu sorunlara çare arayan Savoyalı Anna önce Osmanlı hükümdarı Orhan Bey'den yardım istedi, ama Orhan Bey bu isteği reddetti. Bu sefer Savoylu Anna Batı Avrupa'dan taraftar toplamaya çalıştı. 1343 yazında  Avignon Papalığı'nda bulunan Papa VI. Clemens'e sadakatini bildirmek için maiyetinde bulunan bir Savoylu şövalyeyi Avignon'a gönderdi. Bu şövalye ile gönderdiği mektupta kendisinin, oğlu V. İoannis'un, Aleksius Apokaukus'un hatta Patrik İoannis Kalekas'in birlikte anlaşmaya varıp Papa'nin Hristiyan Kilisesinin tümü üstlerinde otoritesini kabul etmeye hazır olduklarını bildirdi ve Doğu Ortodoks Hristiyan Kilisesinin, Roma'da Katolik Hristiyan kilisesine bağlamasını kabul edeceklerine söz verdi. Sonra da Savoyalı Anna Venedik Cumhuriyeti'ne ve Genova Cumhuriyeti'ne onlardan askerî yardım isteyen mektuplar gönderdi.
Fakat bu askeri yardımın parasal masraflar ve tazminatlar gerektireceği ve bunun Bizans hazinesinden karşılanması gerektiği bilinmekte idi. Ama Bizans hazinesi, vergiler toplanamadığı ve yüksek askerî harcamalar yapılması nedeniyle boşaltılmıştı. Ağustos 1343'te ise, savaş masraflarını ve verilebilecek askeri yardım maliyetlerini karşılamak için Savoyalı Anna, bundan sonra tarihte kendinin her zaman kötü bir idareci olarak anılmasına neden olan bir icraatta bulundu. Kıymetli Bizans İmparatorluk tacını ve diğer Bizans devlet simgesi olan  mücevheratı 30.000 düka altın borç almak için Venedik Cumhuriyeti'ne rehine olarak verdi. Bunlar hiçbir zaman Bizans tarafından geri alınamamıştır.
Savoyalı Anna, isteklerini elde edememiş ve durumu kötüye gitmeye başlamıştı. Avignon'da bulunan Papa, Genova ve Venedik Bizans'a hiç yardımda bulunmadılar. Diğer taraftan Trakya'da orduya komutan eden komutan İoannis Vatatzes ve Edirne Valisi Aleksius'un oğlu Manuel Apokaukus, Kantakuzinos tarafını tutmaya başladılar. Kantakuzinos'a komplo yapan liderler Konstantinopolis'te sıkı bir idare kurmuşlardı. Kendi tarafını tutmadıklarından şüphe ettikleri kişileri hapis etmeye başladılar. Şehirdeki ana hapishane dolunca eski harap olmuş Bizans'ın yenileyicisi Roma imparatoru Büyük Konstantin tarafından inşa ettirilmiş olan Büyük Saray hapishaneye çevrildi.
Komplonun elebaşılarından olan Aleksius Apokaukus yeni kurulan hapishaneyi teftiş ederken mahpuslar tarafından suikasta uğrayıp öldürüldü. Bunun üzerine Apokaukus'un komuta etmiş olduğu donanma mensupları komutanlarının intikamını almak için hapishaneyi bastı ve hapishanedeki 200 kadar mahpus donanma mensupları tarafından katledildiler.
Kantakuzinos tarafı da bir sıra sorunla karşılaştı. Sırp Kralı IV. Stefan Dusan bir müttefikken tüm Bizans Makedonya topraklarını eline geçirmek isteyen bir düşmana dönüştü. Önce Serez kalesini kuşatmaya başladı.
Selanik'e gönderilen eski Edirne valisi Manuel Apokaukus, bir komplo ile "Selanik Zealotları" partisinin liderini öldürttü. Fakat bu parti taraftarları tarafından yakalandı. Yüzlerce kendini tutan Selanikli ile birlikte iç kale duvarlarından atılarak öldürüldü. Selanik'te bulunup Kantakuzinos taraftarı olarak bilinen zenginler de "Selanik Zealotları" tarafından  elimine edilmiş oldular ve "Selanik Zealotları"  idaresi daha güçlü olarak Selanik'i idareye devam etti.
1344'te yakın müttefiki olan Umur Bey büyük bir felaket geçirdi. Papa'nın Avrupa'da kurmuş olduğu "Papalık Ligi" donanması en nihayet Anadolu kıyılarına geldi ve İzmir'i teslim alarak orada bulunan Umur Bey'in donanmasını imha etti. Kantakuzinos'a sadık olan Umur Bey ertesi yıl Trakya'ya geldi. Ama Türkmenlerden oluşan ordusu hem daha küçüktü hem de komuta ve disipline daha az bağlı Saruhanlı Beylik askerlerini de kapsamaktaydı. Bu nedenle daha disiplinsiz olan Türkmen ordusu Trakya'daki köylü ve şehirliler arasında dost düşman tefrik etmeden hemen talan etme eğilimi içine girmiş bulunmaktaydı.
Kantakuzinos bu sefer 1345'te Osmanlı hükümdarı Orhan Bey'le müttefiklik için ona bir mektup yazıp şahsen onunla bir görüşme imkânı için bir tarih tespit etti. Kantakuzinos yazdığı tarih kitabında, kendisinin görüşmeyi daha dostane yapabilmek için biraz Türkçe öğrendiğini ve Orhan Beyle yakın ilişki kurabildiğini yazmıştır. Bu yeni ilişkiyi perçinlemek için Kantakuzinos ikinci kızı olan Teodara'nın Orhan Beyle evlendirmeyi kabul etti. Bu düğün 1346'da Bizans toprakları içinde olan Salymbria'da (Silivri'de) yapıldı. Bir Bizans gemisiyle Orhan Bey ve maiyeti buraya geçirildi ve burada 3 gün süren düğün eğlenceleri tertip edildi.
19 Mayıs 1346'da Konstantinopolis'te 800 yıldır ayakta duran Ayasofya Kilisesinin doğu kanadı birdenbire çöküp yıkılmış ve bu büyük kilise bir harabeye dönüşmüştü. Bizans halkı bunu kötüye yormuş ve Konstantinopolis'teki Savoyalı Anna idaresine Tanrı'nın bir ikazı olarak görmüşlerdi. Bundan iki gün sonra 21 Mayıs'ta Kudüs Patrik'i Edirne'de VI. Kantekuzinos için ikinci bir dini taç giyme töreni yaptı. Bu törende VI. İoennis Kantakuzinos, geleneksel olarak oğlu olan Matthios'u ortak imparator yapması beklenirken bunu yapmadı. Ortak imparator unvanının hala düşmanı olan ve o zaman 14 yaşına giren V. İoannis Paleologos'a ait olduğunu ilan etti.
1347'de Kantakuzinos Konstatinopolis'i eline geçirmek için, şehir içindeki taraftarları ile birlikte bir askeri plan hazırladı. 1 Şubat 1447'de Silivri'den seçilmiş 1.000 atlı güçte bir Kantakuzinos süvari birliği harekete geçerek, bu plana biraz uygun olmayarak, ertesi gece şehir surlarına eriştiler; Kantakuzinos taraftarların Altın Kapı yakında açmış oldukları ufak bir gedikten şehre girdiler ve ertesi gün sabahı şehrin idare merkezi olan Tekfur Sarayı (Balachernae) önünde Bizans'ın idaresini ele aldılar.
Bunun üzerine 15 yaşındaki oğlu V. İoannis Paleologos'un taht naibi Savoyalı Anna ve taraftarları ile bir anlaşma yapıldı. Bu anlaşmaya göre gelecek 10 yıl VI. İoannis Kantakuzinos ve V. İoannis Paleologos ortak imparator olacaklardı. Bu ilk 10 yılda VI. İoannis Kantakuzenos kıdemli imparator olarak Bizans'ı idare edecek ve ondan sonra statüleri aynı olacaktır. Bütün siyasi mahkûmlar serbest bırakılacaktı. Her iki taraf da birbirinden intikam almayacak ve her iki taraf için de af ilan edilecekti. Bu çok makul anlaşma ile 6 yıldır süren Bizanslılar arasındaki iç savaşın kardeş kavgasının acılarının biraz olsun iyileştirileceğine inanılmaktaydı.