Miller-Urey deneyi
Erken dönemde Dünya'nın atmosferi

Bazı kanıtların ışığında, dünyanın ilk atmosferinde var olan indirgen moleküllerin miktarı Miller-Urey Deneyi'nin yapıldığı zaman sanıldığından daha az olduğu düşünülmektedir. 4 milyar yıl önce, atmosfere karbon dioksit, nitrojen, hidrojen sülfit (H2S) ve Kükürt dioksit (SO2) salınımı yapan çok büyük volkanik patlamaların olduğunu destekleyen birçok kanıt vardır. Bu gazları Miller-Urey'in ilk deneylerindeki gazlarla beraber kullanan deneylerde çok daha farklı sonuçlar elde edilmiştir. Bu deney rasemik (hem L hem de D enantiyomerleri olan) bir karışım yaratarak "laboratuvarda her iki versiyonun da çıkmasının olası" olduğunu göstermiştir. Buna rağmen, doğada L amino asitleri daha baskındır. Sonraki deneyler orantısız miktarlarda L ve D yönelimli enantiyomerlerin olasılığını onamıştır.
İlk başlarda ilkel ikincil atmosferin çoğunlukla amonyak ve metan içerdiği düşünülürdü. Ne var ki, atmosferdeki karbonun çok büyük bir kısmı, belki biraz karbon monoksitle birlikte karbon dioksit CO2 ve çoğunlukla nitrojen N2 idi. Uygulamada; CO, CO2, N2, vb. içeren gaz karışımları, aralarında O2 olmaması koşuluyla, CH4 ve NH3 gaz karışımlarıyla aynı ürünleri ortaya çıkarırlar. Hidrojen atomları çoğunlukla su buharından gelir. Aslında, aromatik amino asitleri ilkel dünya koşullarında üretmek için hidrojence zengin olmayan gaz karışımlarını kullanmak gerekir. Doğal amino asitler, hidroksiasitler, pürinler, pirimidinler ve şekerlerin çoğu Miller deneylerinin değişik örneklerinde elde edilmiştir.
Yakın tarihli sonuçlar bu çıkarımları sorgulamaktadır. Waterloo Üniversitesi ve Kolorado Üniversitesi 2005 yılında yaptıkları benzetim modelleriyle, dünyanın ilk atmosferinin en fazla %40 hidrojen içerdiğine, yani prebiyotik organik moleküllerin oluşumuna çok daha uygun bir çevre oluşturduğuna dikkati çektiler. Atmosferin üst katmanlarının sıcaklığı konusundaki tahminler yeniden gözden geçirildiğinde, dünyanın atmosferinden uzaya dağılan hidrojenin miktarının daha önce düşünülenin sadece yüzde biri olduğu sonucuna varıldı. Yazarlardan Owen Toon'un belirttiği gibi: "Bu yeni senaryoda ilk dönem atmosferinde organik maddeler verimli olarak üretilebilmektedir, bu da bizi organik maddelerce zengin okyanus çorbası kavramına yeniden götürür... Sanıyorum ki, Miller ve diğerlerinin deneylerini yeniden geçerli kılar." İlk dünya hakkında, kondirit model kullanarak yapılan açığa gaz çıkışı hesaplamaları, Waterloo/Kolorado sonuçlarını
bütünleyerek Miller-Urey deneyinin yeniden önemle ele alınmasını sağlar.
Bunlara rağmen, bu karışıma gaz halindeki oksijen eklenirse hiçbir organik molekül oluşmaz. Miller-Urey hipotezinin karşıtları, yakın zamanda yapılan araştırmada, suda eriyik durumdaki oksijenle taşınmış olan 3.7 Ga 15 Aralık 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. yaşındaki uranyum kalıntılarının bulunmasını fırsat bilmişlerdir. Bu karşıt görüşlüler, Miller-Urey benzeri bir senaryodaki gibi prebiyotik moleküllerin oluşumunun, oksijenin varlığı ile geçersiz olduğunu, abiyogenez  hipotezinin geçersiz olduğunu öne sürmüşlerdir. Ama, makalenin yazarları oksijenin varlığının açık olarak fotosentez yapan organizmaların varlığını kanıtladığını söyleyerek 3.7 Ga zaman önce (ilk tahminlerden  yaklaşık 200 Ma zaman önce), Miller-Urey tepkimelerinin ve abiyogenezin olduğu zaman dilimini daha geriye çekerek geçesiz kılmayacağını söylerler. Buna rağmen, her ne kadar üzerinde tartışılsa da, atmosferdeki oksijenin çok az (%0,1'den az) bir miktarı, dünyadaki en eski kaya oluşumları kadar eskidir. Yazarlar daha önce düşünülenden erken dönemde oksijence zengin atmosferin varlığını yadsımamakta, "... Aslında çoğu kanıtın söylediği gibi, oksijenli fotosentez oksijensiz atmosferin varlığının kanıtlandığı dönemlerde vardı." demektedirler.
Güneş Sistemi'nin başka kısımlarında, çoğu zaman şimşeğin yerini alan ultraviyole ışığı kimyasal tepkime için itici güç olarak kullanan, Miller-Urey deneyine benzer koşullar bulunmaktadır. 1969'da Murchison, Victoria, Avustralya yakınlarına düşen Murchison meteoritinde, 19'u dünyadaki yaşamda var olan, 90'ın üzerinde farklı amino asit bulunmuştu. Kuyruklu yıldızlar ve diğer güneş sisteminin dışından gelen buzlu cisimlerin kendi dış yüzeylerini koyulaştıran, bu tür kimyasal süreçlerle oluşmuş, büyük miktarlarda karmaşık karbon bileşimleri (örneğin tolinler) barındırdığı düşünülmektedir. İlk dönem dünyası, karmaşık organik moleküller, su ve diğer kolay buharlaşabilen maddelerle dolu kuyruklu yıldızlarla bombardıman edilmekteydi.