İskilipli Âtıf Hoca
Yargılanması ve idamı ile ilgili tartışmalar

26 Aralık 1925'te, Frenk Mukallitliği ve Şapka risalesini yayımlayan ve dağıtanlarla birlikte, 13 kolluk kuvveti gözetiminde Ankara'ya gönderildi. 26 Ocak 1926 Salı günü Ankara İstiklâl mahkemesinde yargılandı. Risaleyi kanunun çıkarılmasından önce yayımlamış olduğunu, içerikleriyle ilgili görüşlerinden vazgeçmemiş olduğunu, bununla birlikte kanuna karşı bir harekette bulunmadığı şeklinde bir ilk savunma yaptı. Mahkeme başkanının şapka ve sarığı karşılaştırarak, ikisinin de bez parçasından ibaret olduğunu söylemesine karşılık, hakimin arkasındaki bayrağı göstererek onun ham maddesinin İngiliz bayrağının ham maddesiyle aynı olduğunu ancak birinin Türk, diğerinin ise İngiliz bayrağı olduğunu söyleyerek cevap verdi.
Savcı, İskilipli Âtıf için 3 yıl hapis cezası istedi. Mahkeme, müdafaa için bir gün sonraya bırakıldı. Ancak İskilipli Âtıf savunma haklarından tümüyle vazgeçtiğini belirtti. Ertesi gün, mahkeme reisi Ali Çetinkaya, savunma yapmaya gerek görmeyen İskilipli Âtıf'ı idama mahkûm etti. İskilipli Âtıf 1 hafta sonra Ankara Samanpazarı Meydanı'nda asıldı.
Ölümünden sonra Ankara'da bulunan mezarı, 2009 yılı başında bulunduğu park yerinden alınarak İskilip Gülbaba Mezarlığı'na taşınmıştır. Mezar yeri değişikliği 2010 yılı başında kamuoyunun bilgisine sunulmuştur.
Hürriyet gazetesi yazarı Rahmi Turan 5 Aralık 2011 tarihli makalesinde Bülent Arınç'a cevaben Âtıf Hoca'nın idam edilmesinin nedeninin Frenk Mukallitliği ve Şapka adlı risalesi olmadığını, vatan hainliği yaptığı iddiasıyla yargılandığını ve Âtıf Hoca'nın bir savunma yapmadığını yazar. Rahmi Turan'a göre vatan hainliği ile suçlanmasının nedeni şuydu: Âtıf Hoca, Teâlî-i İslâm Cemiyeti'nin başkanı idi, bu cemiyet tarafından hazırlanan ve Yunan uçakları tarafından Anadolu'ya atılarak dağıtılan Millî Mücadele karşıtı bir beyannamesi (fetva) sebebiyle yargılanmıştır. Ancak, muhtemelen Tahir'ül Mevlevi ve Âtıf Hoca dışındaki cemiyet üyeleri tarafından imzalanarak Anadolu'ya dağıtılan ve İstiklal Savaşı'nı yürüten Kuvâ-yi Milliyeciler için çok ağır ifade ve ithamlarla dolu bu bildiri sonrasında da Âtıf Hoca'nın cemiyet başkanlığında devam etmesi İstiklal Mahkemeleri'nde suçlu bulunması için yeterli görülmüştür.
Frenk Mukallitliği ve Şapka risalesiyle ilgili ilk davada Giresun'da beraat eden İskilipli Âtıf, kendisine yasak konulmasına rağmen kitapların dağıtımını sürdürdüğü iddiasıyla ikinci kez Ankara'da yargılandığında geçmişi de tekrar incelenir. Devlet, Şeyh Said İsyanı'ndan sonra artık daha dikkatlidir. Bu nedenle TBMM'de 25 Şubat 1925 tarihinde kabul edilen "Dini ve Dinin Kutsal Kavramlarını Siyasete Alet Edenler Hakkında Kanun"a göre dini kullanıp halkı kışkırtanların vatan haini sayılacakları belirtilmiştir. Kurtuluş Savaşı yıllarında ihaneti görülmüş fakat sonradan affedilmiş kişilerle ilgili kayıtlar Şeyh Said İsyanı'ndan sonra yeniden değerlendirilmiştir. İskilipli Âtıf'ın sicili de gündeme gelmiştir.
Savcı Necip Ali’nin istediği üç yıllık kürek cezasına karşılık Ankara İstiklal Mahkemesi heyetince İskilipli Âtıf Hoca Türk Ceza Kanunu'nun 55. Maddesi'nin "TC'nin Teşkîlât-ı Esâsîye Kanunu'nun tamamen veya kısmen tağyir ... veya ifayı vazifeden menine cebren teşebbüs edenler idam olunur, diyen muharrer fırkası mucibince" idam edilmiştir. Ayrıca aynı mahkeme İskilipli Âtıf'la birlikte yargılanan Babaeski Müftüsü Ali Rıza'ya da idam cezası vermiştir. Çünkü Mahkeme, Müftü Ali Rıza'nın da Yunan işgaline karşı direnilmemesi için çalışmalar yaptığını iddia etmiştir. Bu iki idam dışında Ankara İstiklal Mahkemesinde yargılanan diğer hocalar ya beraat etmiş ya da hafif cezalar almıştır. Ömer Rıza (Doğrul), Tâhirü'l-Mevlevî, Elmalılı Hamdi (Yazır), Ahmed Hamdi (Akseki) gibi hocalar da yargılanmış ama suçsuz oldukları için beraat etmişlerdir.