Moleküler dinamik
Uygulama örnekleri

Moleküler dinamikler birçok bilim dalında kullanılmaktadır.
Basitleştirilmiş bir biyolojik katlama işleminin ilk MD simülasyonu 1975'te yayınlandı. Nature'da yayınlanan simülasyon, modern bilgisayarlı protein katlamanın alanının yolunu açtı.
Bir biyolojik sürecin ilk MD simülasyonu 1976'da yayınlandı. Nature'da yayınlanan simülasyonu, protein hareketini sadece yardımcı bir faktör olarak değil de bir temel işlev olarak gerekli görmenin yolunu açtı.
MD, enerjik nötron ve iyon ışınlanmasının katı ve katı yüzeyler üzerindeki etkileri gibi ısı sivri uç rejimindeki (heat spike regime) çarpışma basamaklarını (çarpışma şelalerini) ele almak için standart bir yöntemdir.
Gaucher Hastalığına neden olan en yaygın protein mutasyonu N370S'in moleküler temelini tahmin etmek için MD simülasyonları başarıyla uygulandı. Bunu takip eden daha sonraki bağımsız olarak yayınlanan yayında ise, bu kör tahminlerin aynı mutant üzerindeki deneysel çalışma ile yüksek bir korelasyon gösterdiği gösterilmiştir.
Yüzey yüklerinin ince su filmlerinin metal yüzeyler üzerindeki ayrışma basıncı üzerindeki etkisini araştırmak için MD simülasyonları kullanılmıştır.
MD simülasyonları transmisyon elektron mikroskobu görüntüsünün özelliklerini anlamak için çok kesitli görüntü simülasyonları ile birlikte kullanılır
Hamiltonian-ikilemi algoritmaları ile birleştirilmiş MD hesaplamaları, DNA çift iplikçiklerinin hidrofobik ve hidrofilik tek duvarlı karbon nanotüpler üzerine kapsülleme termodinamiklerini araştırmak için kullanılmıştır.
Aşağıdaki biyofiziksel örnekler, çok büyük boyutta bir sistem (bir virüsün tamamı) veya çok uzun simülasyon sürelerde (1.112 milisaniyeye varan süreler) simülasyonları üretmek için kayda değer çabaları göstermektedir:
Uydu tütün mozaik virüsünün tamamının MD simülasyonu (STMV) (2006, Boyut: 1 milyon atom, Simülasyon süresi: 50 ns, program: NAMD ): Bu virüs, Tütün Mozaik Virüsü (TMV) enfeksiyonunun belirtilerini kötüleştiren küçük, ikosahedral bitki virüsüdür. Viral düzeneğin mekanizmalarını araştırmak için moleküler dinamik simülasyonlar kullanılmıştır. STMV partikülünün tamamı, viral kapsidi (kaplama) oluşturan bir proteinin 60 özdeş kopyasından ve bir 1063 nükleotidli tek zincirli RNA genomundan oluşur . Bir anahtar bulgu, kapsidin içinde RNA olmadığında çok dengesiz olmasıdır. Simülasyonun tamamlanması 2006 model bir masaüstü bilgisayarda yaklaşık 35 yıl alacaktır. Bundan dolayı, görev birçok paralel işlemci ile  aralarında sürekli iletişim oluşturarak yapıldı.
Villin Başlığının tüm atom detaylarında katlanması simülasyonları (2006, Boyut: 20.000 atom; Simülasyon süresi: 500 =s = 500.000 ns, Program: Folding@home ) Bu simülasyon, dünya genelinde 200.000 CPU'nun katıldığı kişisel bilgisayarlarda yürütülmüştür. Bu bilgisayarlarda, Viford Pande tarafından Stanford Üniversitesi'nde koordine edilen geniş çaplı bir dağıtılmış hesaplama çalışması olan Folding @ home programı kuruldu. Villin Başlık proteininin kinetik özellikleri sürekli gerçek zamanlı iletişimden yoksun CPU'lar tarafından birçok bağımsız kısa yörünge (trajectories) kulanılarak araştırılmıştır. Kullanılan bir yöntem de, belirli bir başlangıç konformasyonunun açılmasından önce katlanma olasılığını ölçen Pfold değer analiziydi. Pfold geçiş durumu yapıları ve katlama yolağı boyuncaki konformasyon sırası hakkında bilgi verir. Pfold hesaplamasındaki her bir yörünge nispeten kısa olabilir, ancak birçok bağımsız yörüngeye ihtiyaç duyulur.
Bu moleküler simülasyonlar, malzeme çıkarma mekanizmalarını, araç geometrisinin etkilerini, sıcaklık ve kesme hızı ve kesme kuvvetleri gibi işlem parametrelerini anlamak için kullanılmıştır.