Nazilerin Sovyet savaş esirlerine karşı işledikleri suçlar
Esirlerin öldürülmesi > "İstenmeyen unsurlar" seçimi

Siyasi komiserlerin öldürülmesi için hazırlanan Nazi planlarında yer alan "istenmeyen unsurlar" kategorisindeki gruplar savaş sahasında ortadan kaldırıldı. Bu amaç doğrultusunda Einsatzgruppen, Wehrmacht'ın işlerini büyük ölçüde kolaylaştırdı. Plan doğrultusunda Einsatzgruppen'in yakaladığı siyasi komiserlere kamplarda seçim yapma fırsatı verildi. Amaçları, Wehrmacht tarafından henüz tanımlanmayan ve bilinmeyen Sovyet siyasi komiserlerinin isimlerinin yanı sıra komünistlerin, entelijansiyaların ve Yahudi temsilcilerinin tanımlanması ve ele geçirilmesiydi. Gestapo bu kişilerin tespitinde görev aldı.
16 Temmuz 1941'de Wehrmacht, Sovyet savaş esirlerinin yok edilmesi konusunda Reichssicherheitshauptamt (RSHA) ile işbirliği yaptı. Ertesi gün RSHA komutanı SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich ve OKW'ye bağlı savaş esirleri başkanı Hermann Reinecke, Doğu Prusya ve Genel Hükûmet bölgesindeki OKW'nin yetkisindeki kamplarda tutulan savaş esirlerinin idamıyla ilgili emirler verdi. Reinecke, kamp komutanlarına ve diğer askeri makamlara Einsatzgruppen ile işbirliği yapmalarını emretti ve bunun esirlerin askeri durumlarına, siyasi "kesinliklerine" ve etnik kökenlerine göre gruplara ayırarak yapılmasını istedi. Buna paralel olarak Heydrich "8 Numaralı Operasyon Emri" olarak da bilinen "Rusların yaşadığı savaş esir kamplarının temizlenmesine ilişkin talimatlar" isimli bir bildiri yayımladı. Bu emre göre 4-6 kişilik esir grupları belirlenecek ve bu gruplar "istenmeyen unsurları" seçmeye yardım edecekti. Heydrich bu unsurları kategorilere böldü. Profesyonel devrimciler, Komintern görevlileri, Komünist Parti ve partiyle ilişkili kuruluş üyeleri, üst düzey Sovyet yetkilileri, ekonomik kurumların üst düzey çalışanları, siyasi komiserler, entelijensiya temsilcileri ve fanatik komünistler "istenmeyen unsurlar" kategorileri arasında yer aldı. Dört gün sonra RSHA "9 Numaralı Operasyon Emri" yayınladı ve istenmeyen unsurların idamlarının diğer esirlerin veya alt komutadaki Wehrmacht askerlerinin önünde yapılmaması istendi. Heydrich'in emriyle birlikte OKW bölgesindeki savaş esir kamplarındaki seçilmiş Sovyet askerleri en yakın toplama kampına götürülüp buralarda idam edildi. 8 Eylül 1941 tarihinde RSHA ile işbirliğini içeren "Sovyet savaş esirlerinin durumuna ilişkin talimatlar" isimli karar OKW tarafından yayımlandı. Kararda kamp komutanlarına esirlerin istenmeyen unsurlar olarak daha geniş kategorilere bölmeleri emredildi, buna karşın Volksdeutsche ve Baltlar ve bazı Ukraynalılar serbest bırakılacak kategoriye alındı. Serbest bırakma işlemi SS tarafından kamp yönetimi ile yakın işbirliği içinde yapılacaktı ve seçilen esirler SS'e transfer edileceklerdi.
Wagner'in 24 Temmuz 1941 tarihli emri ile birlikte Einsatzgruppen'in geçiş kamplarında operasyon yürütmesinin yasaklaması sonrası OKH, başlangıçta SS ile işbirliği ile çalıştı ve ön cephelerde "istenmeyen unsurların" seçimini ve idamını gerçekleştirdi. Emirde "politik suçluların, şüpheli siyasi komiserlerin ve komplocuların derhal tanımlanması ve kamp komutanlarının özel direktiflere göre onlarla ilgilenmesi", yani onları vurmaları istendi. Nazi raporları, OKH bölgesinde bulunan savaş esiri kamplarının komutanlarının çoğunun Wagner'in emirlerine uyduğunu, ancak bir kısmının itiraz ettiğini ve esirleri tekrar Nazi birimlerine geri verdiğini göstermektedir. 7 Ekim 1941'den sonra OKH, SS subaylarının ön cephede bulunan savaş esir kamplarında faaliyet göstermesine izin vermedi. O gün yayınlanan Wagner'in emrine göre Sovyet askerleri SS'e teslim edildiklerinde artık savaş esiri statüsünde olmayacaklardı, bu nedenle Wehrmacht esirlerin sorumluluğundan "yasal olarak" el çektirildi. Bu süreçte Einsatzgruppen istenmeyen unsurları öldürmek için yerel askeri yetkililerle, kamp komutanlarıyla ve istihbarat görevlileriyle yakın işbirliği içerisindeydi. Wagner'in emri, istenmeyen unsurların seçimini mümkün olduğunca gizli tutulmasını gerektirdi ve infazlar diğer mahkûmların haberi olmayacak şekilde kamplardan ve şehirlerden çok uzak yerlerde hızlıca gerçekleştirildi.
Bunların sonucu olarak istenmeyen unsurların idamları iki yönlü gerçekleşti. Esirler idam için ya OKW bölgesindeki toplama kamplarına gönderildi ya da Sovyetler Birliği'nin işgal altındaki bölgelerindeki toplama kamplarından uzak yerlere götürüldü. En büyük infaz yoğunluğu 1941 sonbaharından 1942 yılına kadar olan süreçte gerçekleşti.. Bu süre zarfında SS, genellikle resmî talimatlarla bildirilen idam kısıtlamalarına uymuyordu. Bu durum büyük ölçüde kamplardaki seçimlerin çok belirsiz kriterlere dayanarak yapılmasından ve Nazilerin Sovyet halkı ile ilgili bilgilerinin zayıf olması nedeniyle esirleri doğru bir şekilde tanımlayamadıkları için rastgele insanları idam etmesinden kaynaklanıyordu. Örneğin sünnet olmaları nedeniyle Kafkasya'ya yaşayan Müslümanlar ve Asya kökenli kişiler Yahudi sanılarak infaz edildi. Benzer olarak Naziler uzun süre Sovyet askerî trompetçileri infaz etti, çünkü bu askeri birimin rozetleri siyasi komiserler tarafından takılan rozetlerle karıştırılıyordu.
Sovyet savaş esirlerinin belirli kategorilere göre seçilmesi ve infaz edilmeleri ile ilgili Wehrmacht ve RSHA emirleri savaşın sonuna kadar geçerliydi. 1942'den itibaren esirlere yönelik politikanın genel olarak gevşetilmesinin ardından infaz oranlarında bir azalma meydana geldi. 5 Mayıs 1942'de OKW'nin emriyle Nazi Almanyası topraklarındaki savaş esir kamplarında "seçim" yapılması yasaklandı. O dönemden itibaren seçimler yalnızca Genel Hükûmet topraklarında veya Sovyetler Birliği'nin işgal altındaki bölgelerinde bulunan kamplarda yapıldı. Buna paralel olarak esirlerin Nazi Almanyası'nın savaş öncesi sınırlarına (Altreich) nakledilmesine yönelik olarak kurallar değiştirildi, esirlerin taşınmasına yalnızca muayene edildikten sonra ve istenmeyen unsurlar kategorisine alındıktan sonra izin verildi. Aynı zamanda Reinecke dail çok sayıda Wehrmacht generali Nazi Almanyası sanayisinin ihtiyaç duyduğu kronik sorunlardan kaynaklı "vasıflı işçilerin" ve "değerli çalışanların" ortadan kaldırılmasını sınırlamak için SS'e baskı yapmaya başladı. Ancak yine de Wehrmacht, direniş hareketleri ile işbirliği yapan, kaçmaya çalışan veya Almanlarla cinsel ilişkiye girip "Alman ırksal haklarını ihlal ettiğinden" şüphelenilen esirleri idam edilmek üzere SS'e göndermeye devam etti.