Taksonomi (biyoloji)
Modern sınıflandırma sistemi

Linnaeus'un bitki ve hayvan sınıflandırmalarında iç içe geçmiş gruplardan oluşan bir model belirlenmiş ve bu modeller Charles Darwin'in Türlerin Kökeni kitabının yayınlanmasından çok önce, 18. yüzyılın sonlarına doğru hayvan ve bitki âlemlerinin dendrogramları olarak temsil edilmeye başlanmıştır. "Doğal Sistem" modeli, evrim gibi bir oluşum sürecini gerektirmiyordu, ancak erken dönem transmutasyonist düşünürlere ilham vererek bunu ima etmiş olabilir. Erasmus Darwin'in (Charles Darwin'in büyükbabası) 1796 tarihli Zoonomia'sı ve Jean-Baptiste Lamarck'ın 1809 tarihli Philosophie zoologique'i türlerin transmutasyonu fikrini araştıran ilk eserler arasındadır. Bu fikir, 1844 yılında Robert Chambers tarafından anonim olarak yayınlanan spekülatif ama çok okunan Vestiges of the Natural History of Creation (Yaratılışın Doğal Tarihinin İzleri) adlı eserle Anglofon dünyada popüler hale gelmiştir.
Darwin'in teorisiyle birlikte, bir sınıflandırmanın Darwinci ortak türeyiş ilkesini yansıtması gerektiğine dair genel bir kabul hızla ortaya çıktı. Bilimsel çalışmalarda, bilinen fosil gruplarının da dahil edildiği yaşam ağacı gösterimleri popüler hale geldi. Fosil atalara bağlanan ilk modern gruplardan biri kuşlardı. Thomas Henry Huxley, o zamanlar yeni keşfedilen Archaeopteryx ve Hesperornis fosillerini kullanarak, bunların 1842'de Richard Owen tarafından resmi olarak adlandırılan bir grup olan dinozorlardan evrimleştiğini açıkladı. Bunun sonucunda ortaya çıkan, dinozorların kuşları "doğurduğu" ya da kuşların "atası" olduğu şeklindeki tanımlama, evrimsel taksonomik düşüncenin temel damgasıdır. Paleontologlar, 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında daha fazla fosil grubu bulunup tanındıkça, bilinen grupları birbirine bağlayarak çağlar boyunca hayvanların tarihini anlamaya çalıştılar. 1940'ların başındaki modern evrimsel sentezle birlikte, başlıca grupların evrimine ilişkin esasen modern bir anlayış ortaya çıkmıştır. Evrimsel taksonomi Linnaean taksonomik sıralamalarına dayandığından, iki terim modern kullanımda büyük ölçüde birbirinin yerine kullanılabilir.
Kladistik yöntem 1960'lardan bu yana ortaya çıkmıştır. 1958 yılında Julian Huxley klad terimini kullanmıştır. Daha sonra, 1960 yılında Cain ve Harrison kladistik terimini ortaya atmıştır. Belirgin özelliği, taksonları hiyerarşik bir evrim ağacında düzenlemek ve adlandırılan tüm taksonların monofiletik olmasını sağlamaktır. Bir takson, atasal bir formun tüm torunlarını içeriyorsa monofiletik olarak adlandırılır. Kendilerinden çıkarılan torun gruplara sahip olan gruplar parafiletik olarak adlandırılırken, yaşam ağacından birden fazla dalı temsil eden gruplar polifiletik olarak adlandırılır. Monofiletik gruplar, sinapomorfiler, ortak türetilmiş karakter durumları temelinde tanınır ve teşhis edilir.
Kladistik sınıflandırmalar, geleneksel Linnean taksonomisi ve Zoolojik ve Botanik Adlandırma Kodları ile bir dereceye kadar uyumludur. Kladların resmi olarak adlandırılmasını düzenleyen alternatif bir adlandırma sistemi olan Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu veya PhyloCode önerilmiştir. Linnaean kademeleri isteğe bağlıdır ve mevcut kademe tabanlı kodlarla birlikte var olması amaçlanan PhyloCode altında resmi bir duruşa sahip değildir. Filogenetik isimlendirmenin popülaritesi son birkaç on yılda istikrarlı bir şekilde artmış olsa da sistematikçilerin çoğunluğunun sonunda PhyloCode'u benimseyip benimsemeyeceği veya 250 yılı aşkın süredir kullanılan (ve değiştirilen, ancak bazı sistematikçilerin istediği kadar değil) mevcut isimlendirme sistemlerini kullanmaya devam edip etmeyeceği görülecektir.