Sovyetler Birliği'nin Afganistan'a müdahalesi
Sonrası > Dünya geneli cihatçı hareketlerin yükselişi

Sovyetlerin geri çekilmesinin ardından, bazı yabancı gönüllüler (Usame bin Ladin'in El Kaide'si dahil)  ve genç Afgan mülteciler Afganistan, Pakistan ve yurtdışında şiddetli cihadı sürdürmeye devam ettiler. Afganistan'ı terk eden binlerce Afgan Arap'tan bazıları, Cezayir, Mısır, Bosna ve Çeçenya gibi yerlerde isyancı veya terörist olarak "hayati roller" oynayan yetenekli liderler, dini ideologlar ve askeri komutanlar haline geldi. Pakistan'daki onbinlerce Afgan mülteci çocuk, muhafazakârlık ve dini titizlik ruhuyla medreselerde eğitim gördü ve Afganistan'da Taliban'ın ve Pakistan'da Sipah-e-Sahabe'nin saflarını ve liderliğini doldurmaya devam etti. Gruplar, Siyasal İslam'ın yeni çeşitlerini bünyesinde barındırıyordu. Bunlar, yabancı gönüllüler arasında Selefi cihatçılık  ve medrese eğitimi almış kişiler arasında "melez" Deobandi cihatçılığı.
Afganistan'ın Genel Sekreteri Muhammed Necibullah, 1992'de Mücahidler tarafından görevden alınmadan önce, kendisini ziyaret eden ABD'li bir akademisyene "Afganistan'ın aşırılıkçıların elinde bir istikrarsızlık merkezi olacağını" söylemişti. Bush yönetiminin, Necibullah ve Sovyetlerin topyekûn askeri çözüm yerine gerillalarla koalisyon hükûmeti kurulması önerilerini desteklemeye istekli olsaydı kaosun önlenebileceği iddia edildi. Necibullah ayrıca International Herald Tribune'a yaptığı açıklamada, "Eğer kökten dincilik Afganistan'a gelirse, savaş uzun yıllar devam eder. Afganistan terörün merkezi haline gelir" dedi.
Yalnızca uluslararası destek sağlamakla kalmayıp aynı zamanda bu gönüllülere cihat için Afganistan'a seyahat etmeleri konusunda ilham veren kişi de Filistinli Müslüman Kardeşler'in din adamı Abdullah Azzam'dı . Müslüman dünyasını ve Amerika Birleşik Devletleri'ni gezerek genç Müslümanlara, Sovyet birliklerinin büyük birliklerini neredeyse tek başına mağlup eden Mücahidler, at sırtında savaşa giden melekler ve kuşlar tarafından önlenen bombalar gibi mucizevi eylemlerin hikâyeleriyle ilham verdi. Gönüllüler de birbirlerini etkiledi. Birçok beklenmedik dini-siyasi fikir, onlarca ülkeden İslamcıların kamplarda ve eğitim merkezlerinde "büyük buluşması" sırasında "fikir alışverişi" yapıldı.  Bunlardan özellikle biri, Selefi cihatçılık olarak bilinen, "silahlı mücadeleye ve aşırı dinsel güce dayalı İslamcı ideolojinin bir çeşidi" idi.
Afganistan'dan çekildikten kısa bir süre sonra Sovyetler Birliği çöktüğünde gönüllüler "coşkuluydu".  Usame bin Ladin'in sözleriyle, " Sovyetler Birliği'nin dağılmasında övgünün... Tanrı'ya ve Afganistan'daki mücahitlere ait olduğuna... ABD'nin kayda değer bir rolü olmadığına" inanarak . Cihadlarını hevesle başka ülkelerde de çoğaltmaya çalıştılar. Bu ülkelerden üçü Bosna, Cezayir ve Mısır'dı. Bosna'da Selefi cihadçı Afgan Araplar, Bosnalı Sırp ve Hırvat milislere karşı savaştı ancak bir Selefi devleti kurmayı başaramadı. Cezayir ve Mısır'da binlerce gönüllü geri döndü ve savaştı, ancak daha da az başarılı oldular.  Cezayir'de Selefi cihatçılar GIA'nın liderliğine ve onun için savaşmaya yardım ederek binlerce sivili kasten öldürdü. Mısır'da El-Gama'a el-İslamiyye 1990 ile 1997 yılları arasında binden fazla insanı öldürdü ancak hükûmeti devirmeyi de başaramadı.
Mücahidleri finanse etmenin istenmeyen sonuçları, 1993 Dünya Ticaret Merkezi bombalamasında ve 11 Eylül saldırılarında olduğu gibi Amerika Birleşik Devletleri'nin başına geldi. 1993 bombalamasında, bombalama olayına katılanların tümü ya Afganistan'da görev yapmıştı ya da daha sonra El Kaide'nin fiili ABD'si olduğu ortaya çıkacak olan Afgan cihadı için Brooklyn merkezli bağış toplama kurumuyla bağlantılıydı. 2001 saldırısının liderleri Usame Bin Ladin, Halid Şeyh Muhammed  her ikisi de Afganistan'da savaşmıştı ve bin Ladin, Abdullah Azzam'ın teğmeniydi. Grubu El Kaide, Sudan'dan sınır dışı edildikten sonra Taliban'a sığınmak için Afganistan'a döndü. 11 Eylül saldırısından önce El Kaide, 1998'de Afrika'daki iki ABD büyükelçiliğini bombalamıştı ve 2000'de neredeyse Yemen'deki USS Cole'u batırıyordu. Ancak Bin Ladin'e veya bağlı kuruluşlarından herhangi birine doğrudan ABD yardımı sağlanmadı.
Savaş, eski Sovyetler Birliği'nde ve onun çöküşünün ardından uzun bir miras bıraktı. Kayıpların yanı sıra, SSCB genelinde fiziksel sakatlıklara ve yaygın uyuşturucu bağımlılığına da yol açtı. Afganistan'da ve uluslararası alanda öldürülen Sovyet askerlerinin anılması her yıl 15 Şubat'ta Rusya, Ukrayna ve Beyaz Rusya'da anılıyor. Savaş gazilerine Rusça'da sıklıkla Afgantsy adı verilir.
Usame bin Ladin ve arka plandaki AK-74, mücahitlerin Sovyetlere karşı kazandığı zaferin bir simgesi, çünkü bu silahlar Spetsnaz kuvvetlerinden ele geçirilmiş,1997