Antipapa III. Clemens
İmparatorluk Muhalefeti Papası Olarak Hüküm Sürmesi

Sonraki dört yıl boyunca İmparator ve Papa uzlaştılar ancak daha sonra yeniden kavga ettiler ve Alman soyluları arasında çıkan bir isyanla karşı karşıya kalan İmparator Heinrich, Papa Gregorius'u görevden almakla tehdit etti. Tehditlerini gerçekleştiren Heinrich, Haziran 1080'de Alman ve Transpadine taraftarlarını Brixen'de bir Sinod'a çağırdı ve bu Sinod, Papa VII. Gregorius'u görevden almayı amaçlayan yeni bir kararname hazırladı ve Heinrich'in kendisi de bu kararı imzaladı ve ardından Sinod'un görevden alınmış saydığı Papa Gregorius'a karşı aforoz edilmiş Ravenna Başpiskoposu Guibert'i papa seçti; Guibert, III. Clemens adını aldı. Heinrich, Guibert'i papa olarak tanıdı ve onu Roma'ya götüreceğine ve orada imparatorluk tacını onun elinden alacağına yemin etti.
İsyankar soyluların lideri olan Swabia'lı Rudolph'un 1080'deki Mersburg Muharebesi'nde ölümcül şekilde yaralanmasıyla Heinrich, tüm güçlerini Gregorius'a karşı yoğunlaştırabildi. 1081'de Roma'ya yürüdü ancak şehre girmeyi başaramadı ve bunu ancak 1084'te başardı.
Heinrich, 21 Mart 1084'te Roma'ya girdi ve şehrin büyük bölümünü ele geçirmeyi başardı. Gregorius, Castel Sant'Angelo'ya sığındı. 24 Mart'ta Guibert, Aziz Yuhanna Laterano kilisesinde III. Clemens adıyla papa olarak tahta çıktı ve 31 Mart'ta St. Peter'da IV. Heinrich'i İmparator olarak taçlandırdı.
Ancak Gregorius'un müttefiki olan Puglia ve Calabria Dükü Robert Guiscard'ın Norman ordusunun yaklaştığı haberi üzerine Heinrich ve Guibert Roma'yı terk ettiler ve Gregorius'a destek veren Toskanalı Matilda'nın intikamını almak için Heinrich, Matilda'nın Toskana'daki mallarını yağmaladı. Guibert, başpiskoposluk unvanını hâlâ elinde tuttuğu Ravenna'ya çekildi. IV. Heinrich'in İtalya'dan çekilmesinden sonra etkisi büyük ölçüde Ravenna ve Kuzey İtalya'nın birkaç bölgesinde yoğunlaştı, ancak Roma'da da bir miktar desteğini korudu.
Gregorius serbest bırakıldı, ancak halkın Norman müttefiklerinin aşırılıklarından öfkelenmesi nedeniyle Roma'yı terk etmek zorunda kaldı. 1084'te Monte Cassino'ya ve daha sonra deniz kıyısındaki Salerno kalesine çekildi ve ertesi yıl 25 Mayıs 1085'te burada öldü.
Alman piskoposluğu bölünmüş durumdaydı. VII. Gregorius'un partisinin piskoposları Quedlinburg'da Guibert'i kınayıp mahkûm ettikleri bir Sinod düzenlerken, Heinrich'in taraftarları 1085'te Mainz'da Gregorius'un tahttan indirilmesini ve Guibert'in tahta yükseltilmesini onayladıkları rakip bir Sinod düzenlediler. Bu çatışma Gregorius'un ölümünden sonra bile devam etti ve onun halefleri olan III. Victor, II. Urbanus ve II. Paschalis'in tüm saltanatları boyunca Guibert, Heinrich ve partisi tarafından papa olarak kabul edilmeye devam etti.
Roma'daki Kilise'nin kritik konumu nedeniyle uzun bir süre boş kalan tahta seçilen III. Victor, 3 Mayıs 1087'de San Pietro'da taç giymesinden sekiz gün sonra Guibert taraftarları önünde Roma'dan kaçmak zorunda kalmıştır. İkinci grup ise Kontes Matilda'nın birlikleri tarafından saldırıya uğramış ve Pantheon'a yerleşmişlerdir. Ancak imparatorun tehditleri üzerine Victor bir kez daha kaçmak zorunda kalmıştır.
Sonraki papa II. Urban (1088-1099), papalık döneminin ilk yarısının çoğunu Güney İtalya ve Fransa'da sürgünde geçirmiştir. 1093'ün sonlarında Frangipane ailesinin yardımıyla Roma'da bir dayanak noktası elde etmeyi başarmış ve oradaki gücünü giderek artırmıştır.
1089'da III. Clemens Roma'ya geri döndü ve Haziran ayında Heinrich'e karşı çıkarılan aforoz kararını geçersiz ilan eden bir Sinod topladı ve imparatorluk karşıtı partinin Papası II. Urban'ın destekçilerine karşı çeşitli suçlamalar yöneltildi. Ancak doksanlı yılların ortalarına doğru gücü ve otoritesi azalmaya başladı. Roma kentinin büyük bir kısmı, Fransa Kralı'nın kardeşi Kont Hugues de Vermandois komutasındaki bir ordu tarafından ele geçirildi. Guibert'in partisi yalnızca Sant' Angelo Şatosu'nu elinde tuttu ve bu da 1098'de Vermandois'in eline geçti.
1099'da II. Paschal'ın (1099-1118) tahta çıkması üzerine Roma'nın tekrar efendisi olma umuduyla Albano'ya doğru yola çıkmış ancak Norman birlikleri onu geri çekilmeye zorlamıştır. Civita Castellana'ya ulaşmış ve 8 Eylül 1100'de orada ölmüştür. Takipçileri, Guibert'in halefini, artık kanonik kabul edilen anti-emperyalist çizgideki papalar için ciddi bir tehdit oluşturmayan Anti-Papa Theodoric'i seçmişlerdir.