SARS-CoV-2 Omicron varyantı
Sınıflandırma > Mutasyonlar

| Gen | Amino asit |
| --- | --- |
ORF1ab: nsp3: K38R
ORF1ab: nsp3: V1069I
ORF1ab: nsp3: Δ1265
ORF1ab: nsp3: L1266I
ORF1ab: nsp3: A1892T
ORF1ab: nsp4: T492I
ORF1ab: nsp5: P132H
ORF1ab: nsp6: Δ105-107
ORF1ab: nsp6: A189V
ORF1ab: nsp12: P323L
ORF1ab: nsp14: I42V
Spike: A67V
Spike: Δ69-70
Spike: T95I
Spike: G142D,
Spike: Δ143-145
Spike: Δ211
Spike: L212I
Spike: ins214EPE
Spike: G339D
Spike: S371L
Spike: S373P
Spike: S375F
Spike: K417N
Spike: N440K
Spike: G446S
Spike: S477N
Spike: T478K
Spike: E484A
Spike: Q493R
Spike: G496S
Spike: Q498R
Spike: N501Y
Spike: Y505H
Spike: T547K
Spike: D614G
Spike: H655Y
Spike: N679K
Spike: P681H
Spike: N764K
Spike: D796Y
Spike: N856K
Spike: Q954H
Spike: N969K
Spike: L981F
E: T9I
m: D3G
m: Q19E
m: A63T
n: P13L
n: Δ31-33
n: R203K
n: G204R

Kaynaklar: Birleşik Krallık Sağlık Güvenliği Ajansı  Eş Varyantlar 
Varyant, bazıları sadece bilim adamlarının inceleme konusu olan birçok mutasyona sahiptir. Omicron varyantı, referans/ata varyantına kıyasla toplam 60 mutasyona sahiptir: 50 adsız mutasyon, 8 eş anlamlı mutasyon ve 2 kodlamayan mutasyon. Otuz iki mutasyon, enfeksiyonlar tarafından oluşturulan antikorların ve yaygın olarak uygulanan birçok aşının ana antijenik hedefi olan spike proteinini etkiler. Bu mutasyonların çoğu diğer suşlarda gözlemlenmemişti. Varyant, orijinal virüsle karşılaştırıldığında, 30 amino asit değişikliği, üç küçük delesyon ve spike proteinde bir küçük ekleme ile karakterize edilir. Bunların 15'i reseptör bağlama alanında bulunur (rezidü 319-541). Ayrıca diğer genomik bölgelerde bir takım değişiklikler ve silinmeler taşır. Ek olarak, varyantın furin bölünme bölgesinde üç mutasyonu vardır. Furin bölünme bölgesi SARS-CoV-2 enfektivitesini arttırır. Genomik bölgeye göre mutasyonlar şunlardır:
Spike proteini : A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A,498R,G50R,G104A,Q49R3S, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
Bu 30 değişikliğin yarısı (15) reseptör bağlama alanı-RBD'de bulunur (rezidü 319-541)
ORF1ab
nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
nsp4: T492I
nsp5: P132H
nsp6: Δ105-107, A189V
nsp12: P323L
nsp14: I42V
Zarf proteini : T9I
Zar proteini : D3G, Q19E, A63T
Nükleokapsid proteini : P13L, Δ31-33, R203K, G204R
HIV enfeksiyonu ile bir bağlantı, Omicron varyantının dizisindeki çok sayıda mutasyonu açıklayabilir. Bakıldığı zaman virüsün bu kadar çok sayıda mutasyondan etkilenebilmesi için, konakçısını öldürmeden veya yok edilmeden uzun süre evrimleşebilmiş olması gerekir. Böyle bir durum, bağışıklık sistemi zayıflamış ancak hayatta kalmak için yeterli tıbbi bakım alan kişilerde görülür. Bu, nüfusun %20'sinden fazlasını temsil eden Güney Afrika'daki HIV hastalarında görülen bir durumdur. Kliniklere erişim eksikliği, damgalanma korkusu ve sağlık hizmetlerinin kesintiye uğraması nedeniyle bölgede HIV ile yaşayan milyonlarca kişi etkili HIV tedavisi alamıyor. HIV'in önlenmesi, Covid varyantlarının ortaya çıkmasına neden olan kontrolsüz HIV riskini azaltmanın anahtarı olabilir.
Ayrıca 9 nükleotid dizisinden oluşan bu birçok mutasyondan birinin soğuk algınlığından sorumlu başka bir koronavirüsten (HCoV-229E olarak bilinir) alınmış olabileceği düşünülmektedir. Bu hiç beklenmedik bir durum değildir; zaman zaman, vücuttaki virüsler genetik materyal segmentlerini birbirlerinden alır ve değiştirir ve bu yaygın bir mutasyon şeklidir.
Yeni mutasyonları açıklamak için d,ğer bir hipoteze göre SARS-CoV-2'nin insanlardan farelere bulaştığı ve insanları yeniden enfekte etmeden önce 2020'nin ortaları ile 2021'in sonları arasında bir fare popülasyonunda mutasyona uğradığıdır.