Alâeddin Muhammed
Moğolların Harezmşah ülkesini istilası

Bu iki olayın Cengiz Han'ı çok kızdırdığı inkâr edilmez bir gerçektir. Cengiz Han bunun üzerine o zamana kadar hazırladığı ordulardan çok daha büyük bir ordunun Harezmşah üzerine gitmek üzere hazırlanmasını emretmiştir. Bu ordu 20 tümenden ve yaklaşık 200.000 askerden oluşmaktaydı. En yetenekli Moğol komutanları ve Cengiz Han ve oğulları tarafından komuta edilmekte idi. Cengiz Han oğlu Ögeday Han'ı başkentinde kaymakam ve vâris olarak bırakmıştı. Moğol ordusunun bir kısmı da Çin'i işgal için geride kalmıştı. Sefere çıkan tüm Moğol ordusunun başkomutanlığını da Cengiz Han'ın kendisi yüklenmişti. Cengiz Han Tienşan Dağları'nı geçtikten sonra ordusunu üç kola böldü. Büyük oğlu Cuci Han komutasında bir grup kuzeydoğu Harezm üzerine yürüdü. Cebe Noyan komutasında ikinci grup ise gizlilikle Harezm ülkesinin güneydoğusuna yürüyüşe geçti. Ortada bulunan gruba komutanlar Cengiz Han ve küçük oğlu Tuluy Han olup ve bu grup Semerkant yönüne doğru gitmeye başladı. Cebe Han'ın grubu ve orta grubun Semerkant'ı bir kıskaç altına almaları planlanmıştı. Cengiz Han orduları Çin'den onların çok gelişmiş şehir kuşatma harp silahları, hatta barutlu bombalar ve obüsler ile ordusunu donatmış ve bu yeni silahları kullanmak için ordusuna özel Çinli ve yabancı kuvvetler eklemişti.
Alaaddin Muhammed Harezmsah'ın ordusu 400.000 kişi kadardı. Ama komutanları arasında rekabet yüzünden koordinasyon imkânı azdı. Ülkenin başkentine yapılan bir askeri strateji divanında, Harezmşah strateji olarak ordusunu nispeten küçük birliklere ayrılarak bu gruplara ülkenin önemli şehirlerini savunma görevleri verdi. Böylece Harezmşah ordusu Moğollara karşı bir birleşik savunma yapacakları yerde, küçük gruplar halinde savunmaya giriştiler. Bu stratejinin, uzun yürüyüşten yorgun olmakla beraber büyük gruplar halinde teksif edilmiş bulunan Moğol ordularının galip gelmesine yol açtığı iddia edilmektedir.
1219 sonbaharında Cengiz Han orta kolunun birlikleri Otrar Kalesi önüne geldiler. Çok büyük olan bu ordu ile kale sarıldı ve Çin ordularının kullandığı Orta Asya'da görülmemiş kuşatma aletleri Moğol ordusu tarafından kullanılmaya başlandı. Otrar kuşatması 5 ay sürdü. Cengiz Han kuşatma sonuna kalmayıp kendi koluyla birlikte bu kale civarından ayrıldı. Sonunda kuşatmaya devam eden Moğollar şehrin kalesine iyi kilitlenmemiş bir huruç kapısından girmeyi ve kale içini ele geçirmeyi basardılar. İç kalenin alınması biraz daha uzun sürdü ve 1 ay sonra da bu iç kale de Moğollar eline geçti. Moğollar savunuculara karşı gayet gaddar davrandılar; Harezmşah savaşçıları hiç esir alınmadan öldürüldüler; şehir halkının çoğu da öldürüldü ve ancak çok az sayıda halk köle olarak alındı. Şehir boşaltıldı ve yerle bir edildi. Otrar Faciası'nı yaratan İnalcık ise en sonuna kadar dayandığı görülmüştür. Ama sonunda esir alındığı ve esir iken ağzından, burnundan ve kulak deliklerinden erimiş gümüş dökülerek boğulup idam edildiği bildirilmektedir.
Otrar Kuşatması devam ederken Cengiz Han ve Toluy Han 50.000 kadar ordu ile güneye gittiler ve Semarkent'a girmeyip batıya Buhara üzerine yöneldiler. Bu yürüyüş sırasında vahadan vahaya geçerek Moğol ordusu Kızıl Kum Çölünü inanılmayacak hızla geçti ve şehir savunucularının hiç beklenmediği bir anda Buhara kale kapıları önüne geldiler. Buhara çok muhkem değildi ve savunması bir sıra sur duvarları ve önündeki hendekten ibaretti. Şehirde bulunan Türk asıllı askerler ve komutanlar üçüncü gün 20.000 kişi ile bir huruç hareketi yaparken yapılan çarpışmada hemen hemen yok edildiler. Şehrin iç kalesi 12 gün daha dayanmakla beraber, şehir liderleri şehir kapılarını Cengiz Han'a açtılar. Moğollar şehri talan ettiler ve bu talandan sonra çıkan yangın da şehri yerle bir etti. Şehirde büyük bir katliam da yapıldı; sağ kalan halkın büyük bir kısmı köle olarak Moğol askerleri arasında bölüştürüldü; şehrin uygun gençleri Moğol ordularına asker olarak alındı ve şehir zanaatkârları ise Moğolistan'a gönderildiler.
Sonra Moğol ordusu Mart 1220'de yeni Harezmşah başkenti olan Semerkand üzerine gitti. Otrar'ı ellerine geçiren Moğol orduları, Cengiz Han'ın oğulları olan Çağatay Han ve Ögeday Han komutasında ana Moğol ordusuna katıldı. Şehrin savunma mevkileri Buhara'dan daha iyi idi ve 100.000 kişilik bir savunma ordusu şehirde bulunmaktaydı. Moğollar şehre hücuma hemen başladılar; fakat üçüncü gün çekilmeye başladılar. Bunu Moğolların yenildiğine atfeden şehrin savunucularından 50.000 kişilik bir kuvvet şehirden çıkıp Moğolları kovalamaya koyuldu. Ama bu bir Moğol hilesi olup, şehirden çıkan orduyu pusuda bulunan Moğol güçleri çembere alınıp büyük zayiatla elemine ettiler. Alaaddin Muhammed Harezmşah ordusuyla Semarkant yakınına gelmişti ve şehri kuşatmadan kurtarmak için kuşatmayı yapan Moğol ordusuna karşı arkadan iki defa büyük hücuma geçti. Ama her iki defasında da geri püskürtüldü. Alaaddin Muhammed Harezmşah moralini yitirip çareyi Cengiz Han ordularından kaçıp saklanmada buldu.
Semerkand kuşatmasının 5. gününde 17 Mart 1221'de kale savunucularının hepsi, iç kalede savunmaya geçen 20.000 asker hariç, Moğollarla barış görüşmeleri yapıp onlara teslim oldular. Ama Cengiz Han hiç teslim şartlarına ait verdiği sözlere aldırmadan savunucu askerlerin hepsini idam ettirdi. Teslim olan şehir halkına da şehirden dışarı çıkıp şehir önündeki ovada toplanmaları emri verildi. Sivil halk burada katliama uğrayıp tümüyle yok edildi. Moğolların zaferlerini kutlamak için kesilmiş kellerden büyük piramitler yaptıkları belgelenmiştir.
Cengiz Han, kaçan Alaaddin Muhammed Harezmşah'ı arayıp bulmakla Subutay ile Cebe'yi görevlendirdi ve bu görev için emirlerine 20.000 kişilik bir ordu verdi. Harezmşah yanında oğlu ve vârisi Celaleddin Harezmşah ve küçük bir sadık orduyla batıya kaçtı ve Hazar Denizi üzerinde bir küçük adaya sığındı. Aralık 1220'de bu adada neden olduğu bilinmez şekilde Alaaddin Muhammed Harezmşah hayata gözlerini kapadı. Birçok tarihçi bu ölümü soğuk ve ıslak bir atmosferde zatürre olmasına bağlarlar; fakat bazı yorumcular ise bunu ülkesini kaybetmesinin şokuna atfederler.
Bundan sonra bütün Harezmşah ülkesi Moğolların istilasına uğradı. Mart 1221'de Hucend, Cend ve Otrar, Mayıs'ta Ürgenç, Save ve Habûsan, Temmuz'da Semnan, Ağustos'ta Amul, Rey ve Tahran, Eylül'de Hamedan, Ekim'de Erdebil Moğol işgaline uğradı ve yerle bir edildi. 14 Haziran 1222'de Herat da düştü. Bu Moğol istilası ile uğraşmak Alaaddin Muhammed Harezmşah oğlu ve vârisi yerine geçen Celaleddin Harezmşah'a düşmüştür.