Sovyetler Birliği'nin Afganistan'a müdahalesi
Sonrası > İç savaş

Savaş, Sovyet Ordusunun geri çekilmesiyle sona ermedi. Sovyetler Birliği, Kabil yetkilileri arasında paniğe yol açacağı yönündeki uyarılarla kışın ortasında Afganistan'ı terk etti. Afgan mücahitleri taşra kasaba ve şehirlerine ve gerekirse gerekirse Kabil'e saldırmaya hazırdı. Genel Sekreter Muhammed Necibullah'ın hükûmeti, halk desteği, bölge veya uluslararası tanınma elde edemese de 1992 yılına kadar iktidarda kalmayı başardı. İronik bir şekilde, üst düzey subaylarının ayrılmasıyla morali bozulana kadar Afgan Ordusu, doğrudan Sovyet vesayeti altında asla ulaşamadığı bir performans düzeyine ulaşmıştı. Kabil, Mücahidlerin siyasi ve askeri zayıflıklarını açığa çıkaran bir çıkmaza ulaşmıştı. Ancak neredeyse üç yıl boyunca Necibullah hükûmeti kendisini Mücahidlerin saldırılarına karşı başarıyla savunurken, hükûmet içindeki gruplar da muhalifleriyle bağlantılar geliştirdi.
Sovyet lideri Mihail Gorbaçov, 1989'da Afganistan lideri Muhammed Necibullah ile işbirliği içinde, ateşkes ve barış müzakereleriyle sonuçlanacak şekilde sırasıyla hükûmete ve gerillalara Sovyet ve Amerikan yardımının ortaklaşa kesilmesi için bir barış planı önerdi. Necibullah, siyasi bir çözüme ulaşmak için Amerikan işbirliğini aradı. Ancak George HW Bush'un yeni seçilen yönetimi, savaşı savaş yoluyla kazanmayı umarak planı reddetti. Sovyetlerin çekilmesinden hemen sonra Mücahidler, Pakistan'ın Servisler Arası İstihbaratından (ISI) Hamid Gül'ün kışkırttığı bir planla doğudaki Celalabad şehrine saldırdı. Hem Amerikalılar hem de Pakistanlılar, Celalabad'ın hızla gerillaların eline geçmesini ve Kabil'de nihai muzaffer bir saldırıyla sonuçlanmasını bekliyordu. Afgan Ordusu, Mücahidlerin saldırısını engellemeyi başararak Sovyet birlikleri olmadan yeteneklerini kanıtladı ve Mücahidler için büyük bir yenilgiyle sonuçlandı. Celalabad'daki zafer, Necibullah hükûmetine, özellikle eski komünistleri ve muhalefetteki ılımlıları kapsayan siyasi bir çözüme ulaşabileceğine dair güven verdi. Afgan ve Sovyet hükûmetlerinin yanı sıra Çin de geniş tabanlı bir hükûmetin kurulmasını desteklediğini ve İran'ın da müzakere yoluyla barışçıl bir çözümü desteklediğini açıkça söyledi. Hem Çin hem de İran gerillaları destekleyen ülkelerdi. Ancak ABD ve Pakistan askeri çözüme bağlı kaldı. Ayrıca Afgan hükûmeti, binlerce sivilin hayatını kaybettiği ve şehrin büyük bir bölümünün zarar gördüğü Celalabad bombardımanının ABD ve Pakistan tarafından Amerikan silahları kullanılarak planlandığını iddia edebilir.
Aralık 1990'da ABD ve Sovyetler Birliği, iç savaşta taraflara silah tedarikini sona erdirme konusunda anlaşmaya yaklaştı ancak bir tarih üzerinde anlaşmaya varılamadı. Sovyetlerin geri çekilmesinden iki yıl sonra, gerillalar yalnızca bir eyalet başkenti olan Tarinkot'u ele geçirdiler ve buranın teslim edilmesi yerel kabile liderleri tarafından ayarlandı. Ancak Mart 1991'de  gerillalar ilk kez Küçük Rusya lakaplı şehri  ele geçirmeyi başardı. Ancak gerillalar, ABD ve Pakistan'ın beklediği gibi Afgan Ordusunu tam anlamıyla mağlup edemedi ve Necibullah hükûmeti de savaş alanında galip gelemedi. Bu durum, Sovyetler Birliği'ndeki 1991 Ağustos Darbesi'nin ardından sona erdi  - Rus gazeteci Andrey Karaulov'a göre, Necibullah'ın güç kaybetmesinin ana tetikleyicisi, Rusya'nın 1992'de siyasi nedenlerle Afganistan'a petrol ürünleri satmayı reddetmesiydi. Nisan ayında Necibullah ve onun komünist hükûmeti, Necibullah'ın yerine ülke için yeni bir yönetim konseyi getiren Mücahidlerin eline geçti. 1979'dan 1992'ye kadar hiçbir zaman birleşik bir komuta altında olmayan eski Mücahid gerillalarının 1992'de işleyen bir birlik hükûmeti kurmayı başaramaması üzerine iç savaş devam etti. İç savaş devam etti ve 1990'larda yaklaşık 400.000 Afgan sivil hayatını kaybetti ve sonunda Taliban yönetimine yol açtı.