Proteinojenik amino asit
Kimyevi özellikleri > Şerh

| Amino asit | Kısaltması | Kısaltması | Açıklama |
| --- | --- | --- | --- |
| Alanin | A | Ala | Oldukça bol ve versatildir. Glisinden daha serttir. Protein konformasyonunda ufak sterik limitleri(en) oluşturabilecek küçüklüktedir. Hemen hemen nötral karakterdedir ve hem proteinin dışındaki hidrofilik bölgede hem de proteinin iç kısmındaki hidrofobik kısımda bulunabilir. |
| Asparajin veya aspartik asit | B | Asx | Bu iki amino asidin de olabileceği yerlerin adıdır. |
| Sistein | C | Cys | Ağır metallere kolayca bağlanabilen bir sülfür atomuna sahiptir. Okside kondisyondayken iki sistein disülfit bağıyla birleşerek sistin adlı dimerik amino asidi oluşturur. Sistin bir proteine katıldığında, mesela insülin, üçüncül yapıyı stabilize ederek denatürasyona daha dayanıklı yapar. Bu yüzden disülfat bağları sert ortamlarda faaliyette olan proteinlede (mesela pepsin, kimotripsin gibi sindirim enzimlerinde ve keratin gibi strüktürel proteinlerde) yaygındır. Disülfit bağları insülin gibi tek başına stabil olmayacak kadar küçük peptitlerde de bulunur. |
| Aspartik asit | D | Asp | Glutamik aside benzer bir davranışı vardır ve güçlü negatif yüklü hidrofilik ve asidik bir yan zincire sahiptir. Genellikle proteinlerin dış kısmında olarak proteini suda çözünür kılar. Pozitif yüklü molekül ve iyonlara bağlanır. Sıklıkla enzimlerdeki metal iyonlarını sabitleyici bir rolü vardır. İç kısımda bulunduğu çoğu halde arjinin ve lizin gibi bir pozitif yüklü amino asitle eşleşmiştir. |
| Glutamik asit | E | Glu | Aspartik aside benzer bir davranışı vardır ve aspartik aside kıyasla daha uzun ve esnek bir yan zincire sahiptir. |
| Fenilalanin | F | Phe | Hayvanlar için esansiyeldir. Fenilalanin, tirozin ve triptofan büyük, rijit aromatik yan dallara sahiptir. Bunlar en büyük amino asitlerdir. İzolösin, lösin ve valin gibi bu amino asitler de hidrofobiik olduklarından katlanmış proteinin iç kısmında yer almaya meyilli olurlar. Fenilalanin tirozine dönüşebilir. |
| Glisin | G | Gly | İki hidrojen atomu α karbona bağlı olduğundan şiral değil yani enantiyomeri yoktur. En küçük amino asittir. Protein zincirinde kolayca rotatif hareket yapabilmekte ve zincire esneklik kazandırmaktadır. Oldukça sıkı alanlara dahi sığabilmektedir. Mesela kollajenin üçlü sarmal yapısı. Lakin strüktürel gibi yapılarda çok fazla esneklik genellikle arzulanmadığından alaninden daha azdır. |
| Histidin | H | His | Hayvanlar için esansiyeldir. Hafif asidik bir ortamda dahi nitrojenler protonasyona uğrar ki bu da histidinin ve tüm polipeptidin özelliklerini değiştirir. Çoğu düzenleyici mekanizmalarda kullanılmaktadır. Mesela geç endozom veya lizozomdaki enzimlerin düzenlenmesini sağlar çünkü polipeptidin konformasyonu ve davranışı asidik ortamlarda değiştirmektedir. Lakin bunun için gereken histidin sayısı azdır. Bundan dolayı histidin miktarı nispeten oldukça azdır. |
| İzolösin | I | Ile | İzolösin hayvanlar için esansiyeldir. İzolösin, lösin ve valine büyük bir alifatik hidrofobik yan zincire sahiptir. Rijit molekülerdir ve karşılıklı hidrofobik etkileşimleri proteinlerin doğru katlanması için oldukça önemlidir çünkü bu amino asitlerin bulunduğu zincir kısımları proteinin iç kısmında yer almaya meyilli olur. |
| Lösin vya izolösin | J | Xle | Bu iki amino asidin de olabileceği yerlerin adıdır. |
| Lizin | K | Lys | Hayvanlar için esansiyeldir. Arjinine benzer bir karakteristiktedir. Ucu pozitif yüklü, uzun ve esnek bir yan zincire sahiptir. Yan zincirlerinin esnekliği lizin ve arjinini çoğu negatif yüklü molekülün yüzeyine bağlanmasını sağlar. Mesela DNA-bağlayan proteinlerin(örneğin histon) aktif bölgesi bu yüzden arjinin ve lizin bakımından zengindir. Sahip oldukları güçlü pozitif yük, bu amino asitleri dış hidrofilik yüzeyde bulunmaya meyilli yapar. İç kısımda bulundukları çoğu zamandaysa aspartat ve glutamat gibi bir negatif yüklü amino asitle eşleşmişlerdir. |
| Lösin | L | Leu | Lösin hayvanlar için esansiyeldir. İzolösin ve valine benzer bir karakterdedir. |
| Metiyonin | M | Met | Hayvanlar için esansiyeldir. Her zaman proteinin ilk amino asididir ve bazan translasyon sonrasında proteinden çıkarılır. Sistein gibi bir sülfüre sahiptir lakin sülfüre hidrojen yerine metil grubu merbuttur. Metil grubu stimüle edilerek çoğu reaksiyonda başka moleküllere yeni karbon atomu olarak katılmaktadır. |
| Asparajin | N | Asn | Aspartik aside benzerdir. Asparajin, aspartik asitte karboksil grubu bulunan yerde amid grubuna sahiptir. |
| Pirolizin | O | Pyl | Lizine benzerdir ama bir pirolin halkasına sahiptir. |
| Prolin | P | Pro | Prolin, N-terminaline bağlanmış istisnai bir halka yapısına sahiptir. Bu özelliği onu sabit bir CO-NH amid dizisi konformasyonda tutar. α-heliks veya β yaprak gibi katlanan proteinlerin yapısını bozabilmekte ve protein zincirini kink oluşturmaya zorlamaktadır. Kollajenlerde yaygındr ve sıklıkla posttranslasyonel modifikasyon sonucuda hidroksiproline dönüşür. |
| Glutamin | Q | Gln | Glutamik aside benzer olup glutamik asitte karboksil olduğu yerde amid grubuna sahiptir. Proteinlerin yapımında ve amonyağın depolanmasında kullanılır ve vücutta en bol bulunan amino asittir. |
| Arjinin | R | Arg | Lizine benzer bir fonksiyonu vardır. |
| Serin | S | Ser | Serin ve treonin ucunda hidroksil grubu kısa bir yan dala sahiptir. Bu hidroksil grubu hidrojen vermeye meyilli olduğundan dolayı serin ve treonin enzimlerde genellikle hidrojen donörü olarak davranır. İkisi de oldukça hidrofiliktir ve bundan dolayı suda çözünebilir proteinlerin dış kısımları bu amino asitler bakımından zengin olmaya meyillidir. |
| Treonin | T | Thr | Treonin insanlar için elzem(esansiyel) bir amino asittir. Serine benzer bir karakterdedir. |
| Selenosistein | U | Sec | Sisteinin kükürt yerine selenyumlu halidir. |
| Valin | V | Val | Lösin hayvanlar için esansiyeldir. İzolösin ve lösine benzer bir karakterdedir. |
| Triptofan | W | Trp | Triptofan hayvanlar için esansiyeldir. Fenilalanin ve tirozine benzer bir karakteristiği vardır. Serotoninin prekürsörü ve doğal floresanstır. |
| Bilinmeyen/Meçhul | X | Xaa | Amino asidin bilinmediği önemsiz yerlerin adıdır. |
| Tirozin | Y | Tyr | Tirozin, fenilalanin (tirozinin prekürsörü) ve triptofana benzer karakteristiktedir. Tirozin melanin, epinefrin ve tiroit hormonlarının prekürsörüdür. Doğal floresanstır ve floresansı genellikle triptofanlara enerjisinin transferi ile diner. |
| Glutamik asit veya glutamin | Z | Glx | Bu iki amino asidin de olabileceği yerlerin adıdır. |