Japon dillerinin sınıflandırılması
Birincil dil ailesi

Şu anda en çok desteklenen görüş, Japon dillerinin, Japonca ve Ryukyu dillerinden oluşan kendi birincil dil aileleri olduğudur. Hachijō dili bazen Japon dil ailesinin üçüncü bir kolu olarak sınıflandırılır, ancak çoğunlukla Doğu Japoncasının çok farklı bir lehçesi olarak kabul edilir.
Japon dillerinin dil anavatanının (Urheimat), Ön-Japoncanın Kore Yarımadası'na ve Japon takımadalarına teorik olarak göçünden önce Güney Çin'de, Güneydoğu Çin'de veya Doğu Çin'de bir yerde olabileceği öne sürülmüştür. Miyamoto, daha kuzeyde, günümüzün Liaoning çevresinde bir anavatan olduğunu iddia eder. Daha sonra Mançurya'da yerleşik olan Korece konuşanlar, güneye yani Kore yarımadasına doğru genişleyerek orada yaşayan Japonca konuşanları yerinden etti ve Japonya'ya Yayoi göçlerine neden oldu.
Alexander Vovin, Japon dillerinin Kore'nin bazı bölgelerinde, özellikle Güney Kore'de konuşulduğunu ve daha sonra Ön-Korece konuşanlar tarafından asimile edildiğini öne sürüyor. Benzer şekilde John Whitman (2012), Japoncanın Korece ile bağlantılı olmadığını ve Mumun seramik döneminde (Yayoi halkı) Kore yarımadasında bulunduğunu iddia ediyor. Ona göre Japonca, Milattan Önce 1500 civarında Kore yarımadasına geldi ve Milattan Önce 950 civarında Yayoi tarafından Japon takımadalarına getirildi. Bu teoride, hem Mumun hem de Yayoi kültürüyle ilişkilendirilen dil ailesi Japoncadır. Kore dili daha sonra Mançurya'dan Kore yarımadasına Milattan Önce 300 civarında geldi ve Japon Mumun yetiştiricilerinin torunlarıyla bir arada yaşadı (veya onları asimile etti). Her ikisinin de birbiri üzerinde etkisi oldu ve daha sonraki bir kurucu etki, her iki dil ailesinin iç çeşitliliğini azalttı.
Bugün çoğu dilbilimci, Japon dillerini Korece ile ilgili olmayan kendi ayrı aileleri olarak görüyor, ancak diğer dil ailelerinin etkisini kabul ediyor (veya tam tersi, Japon dillerinin diğer dillere etkisi). Alexander Vovin (2015), Ön-Korelilerin pirinç ekimi için Japon Yarımadası'ndan kelimeler ödünç aldığına dair kanıtlar gösteriyor. Ona göre, orta Korece psʌr (pirinç) kelimesi Japonca *wasar'dan ödünç alınmıştır.
Juha Janhunen (2003), Japon dillerinin Shandong Yarımadası kıyılarında ortaya çıktığını ve Kore Yarımadası'ndaki Kore dilleri ile temas yoluyla Altay tipolojik özellikleri kazanmadan önce Sinitik dillere benzer tipolojik özelliklere sahip olduklarını öne sürdü.
2020'de dilbilimciler Yurayong ve Szeto, Japonca ve diğer diller arasındaki yakınsama aşamalarını analiz ettiler. "Sonuçlarımızın dolaylı olarak Japon dillerinin 'Paleo-Asya' kökeni lehine konuştuğu" sonucuna vardılar.
Chaubey ve van Driem (2020), Japon dillerinin Jōmon döneminin başlarında Japonya'da zaten mevcut olabileceğini öne sürüyorlar. Japon dillerinin Yayoi döneminden önce Japon takımadalarında ve Kore kıyılarında zaten mevcut olduğunu ve daha sonraki Yayoi veya Kofun dönemi pirinç tarımcılarından ziyade güneybatı Japonya'nın Jōmon popülasyonlarından biriyle bağlantılı olabileceğini öne sürüyorlar. Japonca konuşanlar daha sonra Yayoi döneminde genişledi, yeni gelenleri asimile etti, pirinç tarımını benimsedi ve Asya anakarasının teknolojilerini yerel geleneklerle birleştirdi.