Yahudi tarihi
Orta Çağ > Bizans

Ana madde: Bizans Yahudileri
Ayrıca bakınız: Türkiye'deki Yahudilerin tarihi
Yahudiler Roma İmparatorluğu'nun dört bir yanına dağılmışlardı. Bu durum, Bizans yönetimi sırasında da orta ve doğu Akdeniz'de kısmen devam etmiştir. Bizans İmparatorluğu'nun militan ve dışlayıcı Hristiyanlık anlayışı  ve imparatoru dinin de başı olması yüzünden Yahudiler iyi muamele görmemişler ve İmparatorluk içindeki Yahudilerin durumu ve nüfuzu dramatik ölçüde kötüye gitmiştir.
Yahudilerin Hristiyanlığa döndürülmesi resmi Hristiyan politikasıydı ve Hristiyan liderler bu çabalarında Roma'nın resmi gücünden yararlanmıştır. Milattan sonra 351 yılında, Yahudiler bölge valisi Gallus'un giderek artan baskıları karşısında bir defa daha ayaklandılar. Gallus, ayaklanmayı bastırarak ayaklanmanın başladığı Celile'deki büyük şehirleri haritadan silmiştir. Bunlardan en büyük iki hukuk akademisine ev sahipliği yapan Tzippori ve Lydda bir daha asla toparlanamamıştır.
Bununla birlikte, Taberiye'deki Nasi II. Hillel ayın her ay gözetlenmesine gerek bırakmayacak bir resmi takvimi işte bu dönemde yaratmıştır. Hemen hemen aynı dönemde, Taberiye'deki Yahudi Akademisi, Judah HaNasi'nin ölümünün ardından kuşaklar boyunca Tora çalışmaları yapan alimler tarafından geliştirilen birleştirilmiş Mişna, braitot, açıklamalar ve tefsirleri karşılaştırmaya başladı. Mişna'daki sıralamaya göre düzenlenen metinde Mişna'daki her paragrafı o Mişna ile ilişkili tüm tefsirlerin, hikâyelerin ve cevapların bir derlemesi izliyordu. Bu metne, Kudüs Talmudu adı verilmiştir.
Yehuda Yahudileri üzerindeki resmi baskılar Julianus döneminde kısa süreliğine de olsa hafiflemiştir. Krallığı Helenizm'e döndürme politikasını benimseyen Julianus, Yahudilerin Kudüs'ü yeniden inşa etmesine izin vermişti. Ancak Julianus'un 361 ile 363 yılları arasında süren kısa hükümdarlığı, bu vaadin yerine getirilmesine imkân vermezken, Hristiyan yönetimi İmparatorluk üzerinde çok geçmeden tekrar kuruldu. Altın Ağızlı Yuhanna'nın Patrik olarak kutsandığı 398 yılından itibaren, Yahudilere karşı Hristiyan söylemi, Yuhanna'nın "Yahudilik hastalığı"na karşı konuşmalar yaptığı "Yahudilere Karşı" ve "Heykellere dair, 17. Vaaz" gibi bir dizi vaaz ile artmaya devam etmiştir. Böylesi hararetli bir dil kullanılması, Antakya ve Konstantinopolis'tekiler gibi büyük Yahudi yerleşimlerine karşı bir güvensizlik ve nefret iklimi oluşturmuştur.
Beşinci yüzyılın başında, İmparator I. Theodosius, Yahudilere karşı resmi baskıları tesis eden bir dizi buyruk vermiştir. Yahudilerin köle sahibi olması, yeni sinagoglar inşa etmesi, resmî görevlerde bulunması veya bir Yahudi ile Yahudi olmayan arasındaki davalara bakmasına izin verilmiyordu. Yahudiler ile Yahudi olmayanlar arasındaki evlilikler ve Hristiyanların Yahudiliğe geçişi ölüm cezası ile cezalandırılan suçlar hâline gelmiştir. Bunun yanı sıra, Sanhedrin'i de dağıtan Theodosius, Nasi makamını da ortadan kaldırdı. İmparator I. Justinianus'un yönetiminde ise, yetkililer tarafından Yahudilerin vatandaşlık haklarına kısıtlama getirilmiş, Yahudilerin dini ayrıcalıkları da tehdit altına girmiştir. İmparator, sinagogun iç işlerine de müdahale ederek, örneğin, ibadet sırasında İbranicenin kullanılmasını yasaklamıştır. Yasağa uymayanlar ise, bedeni cezalar, sürgün ve malvarlığını kaybetme gibi cezalarla yıldırılmaya çalışmıştır. Bizanslı General Belisarius, Vandallara karşı yürüttüğü kampanya sırasında kendisine direnen Borium Yahudilerini Hristiyan olmaya zorlamış ve sinagoglarını kiliseye çevirmiştir.
I. Justinianus ve ardından gelen imparatorların kaygıları Yahudiye Eyaleti ile kısıtlı değildi, ancak dayattıkları düzenlemeleri uygulamak için yeterli sayıda askerleri yoktu. Bu otorite boşluğu sonucunda da, ironik şekilde altıncı yüzyılda muhteşem mozaik zeminlere sahip bir dizi yeni sinagog inşa edilmiştir. Yahudiler, Bizans kültürünün zengin sanat formlarını kendi yaşamlarına uyarlamışlardır. İnsanları, hayvanları, menoraları, zodyakları ve Kutsal Kitap'ta adı geçen karakterleri betimleyen mozaikler bulunmaktadır. Beit Alpha (buradaki mozaikler arasında İbrahim'in oğlu İshak yerine bir koç kurban edişini betimleyen bir sahnenin yanı sıra muazzam bir zodyak da bulunur), Taberiye, Beit Shean ve Tzippori'de bu sinagog zeminlerinin mükemmel örnekleri tekrar gün ışığına çıkartılmıştır.
Yahudilerin Bizans hakimiyeti altındaki hassas durumu, büyük ölçüde uzaklardaki Arap Yarımadası'nda (burada büyük Yahudi gruplarının yaşamaktaydı. Daha fazla bilgi için bkz. İslam hakimiyeti altında yaşayan Yahudilerin tarihi) İslam dininin ortaya çıkışından ötürü çok da fazla sürmedi. İslam Hilâfeti, 636 yılında Yarmuk Savaşı'nda kazandığı zaferin ardından birkaç yıl içinde Bizanslıları Kutsal Topraklar'dan (ya da modern İsrail, Ürdün, Lübnan, Suriye, Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nden oluşan, Levant'tan) çıkarttı. Bizanslıların Yahudilere yönelik gaddarlığının bir göstergesi de sonraki yüzyıllarda Hilafet sınırları içinde yaşamak için Bizans topraklarından kaçan Yahudilerin yüksek sayısıdır.
Bununla birlikte, Bizans İmparatorluğu'ndaki Yahudi cemaatinin büyüklüğü bazı imparatorların (en başta da Justinianus'un) Anadolu Yahudilerini zorla Hristiyanlığa geçirmeye yönelik ekseriyetle başarısızlıkla sonuçlanan teşebbüslerinden etkilenmemiştir. Bizans hakimiyeti sırasında Küçük Asya'daki Yahudilerin durumunun tam bir resmini çıkartmaya yönelik çalışmalar hâlen tarihçiler tarafından sürdürülmektedir (bu konudaki görüşlerden örnekler için bkz. J. Starr The Jews in the Byzantine Empire, 604-1204, S. Bowman, The Jews of Byzantium, Averil Cameron, "'Byzantines and Jews: Recent Work on Early Byzantium", Byzantine and Modern Greek Studies 20). Bizanslı toplulukların ve yetkililerin zaman zaman hasmane bir tutum takındıklarına dair bazı deliller bulunmaktaysa da, o sıralarda Batı Avrupa'da yaygın olarak görülene benzer sistematik bir zulüm (pogromlar, kazığa bağlayıp yakma, toplu sürgün, vs.) Bizans'ta kaydedilmemiştir. Konstantinopolis'teki Yahudi cemaatinin büyük bölümü, şehrin II. Mehmet (Fatih Sultan Mehmet) tarafından fethedilmesinin ardından da burada kalmıştır.
Yahudilerin Bizans'tan göçü sonucunda ilginç bir tarihi olay da meydana gelmiştir. Yedi veya sekizinci yüzyılda, bugünkü Ukrayna'da yaşayan bir Türk kabilesi olan Hazarlar Yahudiliğe geçmiştir. Bu din değiştirme işleminin ne ölçüde tamamlandığı belli olmamakla birlikte, Helenistik dönemden itibaren Kırım'da bir Yahudi cemaati yaşadığı kesin olarak bilinmektedir ve bunlara, Bizans'ın değişken yönetimini terk eden Yahudiler de katılmış olabilir. Hem İslamın hem de Bizans İmparatorluğu'nun etkisi ve tehdidi altında olan ve Yahudi nüfusundan önemli fayda gören Hazar yöneticilerinin bağımsızlıklarına bir güvence olarak tarafsız kalmak için Yahudiliğe geçtikleri öne sürülür. Kiev Knezliği'nin yükselişi ile Hazarlar da tarih sahnesinden çekilmişlerdir. Günümüzdeki DNA çalışmalarında ise günümüzdeki Aşkenaz Yahudilerine herhangi bir katkı yaptıklarına dair bir bulguya rastlanmamıştır.