Ankara Muharebesi
Muharebe > Sonrası

Muharebenin neticelenmesiyle birlikte Bayezid'in yakalandığını öğrenen Timur, devlet erkânının tebriklerini kabul etti. Bayezid gece yarısına doğru, oğlu Şahruh ile otağında satranç oynayan Timur'un yanına getirildi. Timur, Bayezid'in ellerinin çözülerek "saygılı bir şekilde" yanına getirilmesini emretti ve onu karşılayarak, özetle bu duruma düşmesinin onun hatası olduğunu belirterek teselli etti. Bayezid ise hatalı olduğunu kabul ederek Timur'un kendisini affetmesi durumunda yaşadığı müddetçe kendisinin ve çocuklarının elinden geldiğince hizmette kusur etmeyeceğini söyledi. Bu sözlerden sonra Timur Bayezid'e hil'at giydirdi. Daha sonra Bayezid, oğulları Musa Çelebi ve Mustafa Çelebi'nin bulunarak kendi yanına getirilmesini talep etti. Birkaç gün sonra Musa Çelebi bulundu ve hil'at giydirilerek Bayezid'in yanına gönderildi. Timur, Bayezid'i bir otağ kurdurarak orada ağırladı ve her gün sohbet edip teselli etti. Muharebeden sonra Ankara Kalesi'nin kumandanı Hoca Fîruz'un oğlu Yakup Bey kaleyi Timur'a teslim etti. Timur bu zaferden sonra Fransa Kralı VI. Charles ile İngiltere Kralı IV. Henry'ye mektup göndererek; kendilerinin yenemedikleri Osmanlı hükümdarına karşı zafer kazandığını bildirdi. Trabzon İmparatoru III. Manuil, Timur'a haraç ödedi.
Timur, muharebenin ardından Muhammed Sultan Mirza'yı 30.000 kişilik bir ordu ile Bursa'ya, Sultan Hüseyin, Emir Süleyman Şah ve Rüstem Togay Buğa'yı da Konya, Akşehir ve Karahisar taraflarına takip ve istila amacıyla gönderdi. Daha sonra Sivrihisar'a oradan Kütahya'ya geçen Timur, burada bir eğlence düzenledi ve Bayezid'e çeşitli hediyeler verdi. Bunun yanında Bayezid'e devletini geri iade edeceği vaadinde de bulundu. Üç günlük bir yolculuktan sonra Bursa'ya ulaşan Muhammed Sultan Mirza, şehrin kontrolünü eline aldı. Daha sonra o tarihe kadar toplanan Osmanlı hazinesini ele geçirerek Timur'a yolladı. Bu yağmanın ardından şehir yakıldı. Bursa'ya giren Şeyh Nureddin ise burada şehri yağmalayıp Ahmed Celâyir'in kızını, Stefan Lazareviç'in kız kardeşi aynı zamanda Bayezid'in eşi Olivera Despina Hatun'u ve Bayezid'in iki kızını esir aldı. Timur, Bayezid'in kızlarından büyüğünü, Ebu Bekir Mirza ile Paşa Melek adındaki küçüğünü de Emir Celaleddin'in oğlu Şemseddin Muhammed ile evlendirdi.
Bir-iki ay kadar Kütahya'da konaklayan Timur, daha sonra Altıntaş'a hareket etti. Daha sonra muharebeyi terk eden Mehmed Çelebi, Bayezid'i kurtarmak amacıyla Altıntaş'a casuslar gönderdi. Bu casuslar, Bayezid'in bulunduğu otağa lağım kazarken yakalanıp idam edildi. Bayezid'i kaçırma girişiminde parmağı olduğu düşünülen Hoca Fîruz da idam edildi. Bu olaydan sonra, Bayezid'in herhangi bir baskın ile kaçırılmaması için güvenlik önlemleri artırıldı. Buna göre Timur'un Bayezid'in kaçırılmasını önlemek için demirden bir kafes yaptırarak onu bu kafeste taşıttığı rivayetleri mevcuttur. Bizans İmparatoru II. Manuil ve Süleyman Çelebi, Timur'a tâbi olduklarını bildirdiler. Timur, Süleyman Çelebi'ye hil'atla birlikte çeşitli hediyeler yolladı. Daha sonra Denizli'ye, oradan da İzmir'e hareket eden Timur, İzmir'de Hristiyanların elinde bir kalenin olduğu ve o tarihe kadar kimsenin orayı ele geçiremediğinin söylenmesi üzerine buraya Pir Muhammed Mirza ile Şeyh Nureddin'i elçi olarak gönderdi. İslam'a davet edilen Hristiyanların bu daveti geri çevirmeleri üzerine kale kuşatılarak ele geçirildi ve şövalyeleri kılıçtan geçirildi. Buranın ardından sonra Foça Kalesi'ne yönelen Timur, kaledekilerin teslim olmasıyla burayı da ele geçirdi. Bu esnada Bayezid'in oğlu İsa Çelebi de Timur'a hediyeler göndererek tâbiiyetini bildirdi. İsa Çelebi, Timur'un izni ile işgal ettiği Bursa'nın yönetimini eline aldı.
Bayezid'in 8 Mart 1403'te Akşehir'deyken ölmesi üzerine Timur, Bayezid'e ait topraklar ile ona bağlı beylerin kendi hükmü altına girdiğini duyurdu. Bayezid'in ölüm nedeniyle ilgili farklı iddialar mevcuttur: Bunlardan ilki Bayezid'in yüzük taşında sakladığı zehri içerek intihar ettiğidir. İkincisi ise gut hastalığı veya nefes darlığı sebebiyle eceliyle öldüğüdür. 16. yüzyıl vakayinameleri ve daha sonraki Osmanlı vakayinameleri ile Hammer ve Gibbons gibi batılı Osmanlı tarihçileri Bayezid'in eceli ile öldüğünü kabul eder. Timur ve sonraki İran tarihçileri de aynı görüşü paylaşır. Bunun yanında ilk dönem Osmanlı kaynaklarından; Oruç Bey ve Hadîdî ise Bayezid'in Timur tarafından Semerkant'a götürüleceğini anladıktan sonra yüzüğündeki zehri içerek intihar ettiğini iddia eder. Bayezid'in Timur tarafından öldürüldüğü iddiası ise zayıf bir iddia olarak kabul edilir.