Boshin Savaşı
Sonuçlar

Zaferin kazanılmasından sonra yeni hükûmet ülkeyi tek ve güçlü bir yönetim altında birleştirme yolunda adımlar attı. İmparatorun sarayı 1868 yılı sonunda Kyoto'dan Tokyo'ya taşındı. Merkezden uzak bölgelerin siyasi ve askerî güçleri kısıtlandı, bölge valileri merkezden atanır hale geçildi. Önemli bir reform da samuray sınıfının mallarına el konulup tamamen tasfiye edilmesi oldu. Bazı samurayların yönetim kademelerine geçmelerine izin verilse de çoğu yoksulluğa mahkûm olacaktı. İç savaşta önemli rol oynayan güney bölgeleri Satsuma, Chōshū ve Tosa zaferden sonra kurulan hükûmette ve devlet kademelerinde uzun süre önemli mevkileri işgal etmiştir. Bu durum çoğunlukla Meiji oligarşisi olarak nitelendirilecek ve kurumsallaşacaktır. 1869 yılında Boshin Savaşında ölenler için Tokyo'da Yasukuni Tapınağı inşa edilecektir.
Şogun yönetiminin önde gelen savunucuları hapse atılacak ancak idam edilmeyeceklerdir. Bunda Saigō Takamori ve Iwakura Tomomi'nin yanı sıra İngiliz elçisi Parkes'ın da etkisi bulunmaktadır. Parkes yeni yönetimin bağışlayıcı olmasının Avrupalı güçler için önemini vurgulamıştır. Birçok lider iki veya üç yıl hapis cezasından sonra yeni hükûmete hizmet edeceklerdir. Ezo Cumhuriyetinin kurucularından olan Enomoto Takeaki, hapisten çıktıktan sonra Rusya ve Çin elçiliği görevlerini üstlenecek, bir dönem de Eğitim Bakanlığı yapacaktır.
İmparatorluk ilk başta yola çıkış sebeplerinden olan Japonya'daki yabancı etkisini sona erdirme amacını sürdürmeyecektir. Bunun yerine ülkenin modernizasyonu için ilerici ve uzlaşmacı bir siyasi hat izlenecektir. Yabancı ülkelerle yapılan bazı haksız antlaşmalar yeniden masaya yatırılacak ve bu siyaset fukoku kyōhei (富国強兵, zengin ülke, güçlü ordu) olarak tanımlanacaktır. Yabancılar karşı değişen bu yaklaşımın ilk işaretleri Boshin Savaşı sırasında verilmiştir; Kyoto'da 1868 yılı Nisan ayında asılan tabelalarda yabancılara saldırı kesinlikle yasaklanmıştı. Ayrıca savaş sırasında Meiji İmparatoru Kyoto, Osaka ve Tokyo'da sürekli olarak yabancı heyetlerle temas halinde olmuştu.
Meiji döneminde Avrupalılarla ilişkilerde gelişme gözlense de Fransa ile ilişkiler soğuktu. Fransa iç savaş sırasında Şogun yönetimini desteklediği için ilişkilerin gelişmesi zaman alacaktı. Savaştan sonra ilk olarak 1874 yılında Fransa askeri heyeti Japonya'ya davet edilecek, bunu diğer heyetler takip edecektir. 1886 yılında imzalanan antlaşmayla Fransız mühendis Louis-Émile Bertin, Japon donanmasının yenilenmesi ve geliştirilmesi projesini yürütecektir. Meiji hükûmeti, Şogun yönetiminin açtığı doğrultudan ilerlerken ülkeyi modernleştirecek ve ulusal birliği sağlayacaktır.
Tahta çıkması üzerine yaptığı açıklamada Meiji, halka daha fazla fırsat imkânı verileceğini, geçmişin kötü geleneklerine bir son verileceğini bildirirken imparatorluk rejiminin temellerini sağlam bir şekilde atacaktır. 1871 yılında feodal bölge sistemi kaldırılacak, bunun yerine imparatorluk tarafından atanan valiler sistemine geçilecektir. Eğitim zorunlu hale getirilerek sınıf farklılıklarına dayanan konfüçyüsçü eğitim sistemi lağvedilmiştir. Yapılan tüm reformlar 1889 yılında yapılan Meiji Anayasasını oluşturacaktır. Samuraylar tarafından imparatorluk rejimine verilen desteğe rağmen düzenli ordunun kurulması ve zorunlu askerliğin başlatılması soyluların geleneksel ayrıcalıklarını ellerinden almış ve hoşnutsuzluğa yol açmıştır. Bu gerilim güney bölgelerinde yoğunlaşmış ve 1874 yılında Saga İsyanı’na yol açmıştır. Bu dönemde ortaya çıkan Saga, Shimpūren, Akizuki, Hagi ve Satsuma isyanlarından en sonuncusu ve en önemlisi 1877 yılında Satsuma’da patlak veren ve önceleri hükümette yer almasına rağmen dış politika konularında görüş ayrılığından dolayı görevinden ayrılan Saigō Takamori liderliğinde başlatılan Satsuma İsyanıdır. Bu isyan Shiroyama Muharebesi ile bastırılacaktır.