Osmanlı döneminde Bosna-Hersek
Osmanlı yönetimi

Ana maddeler: Bosna Eyaleti ve Hersek Sancağı
Türkler 1541'e kadar Slavonya'yı ve Macaristan'ın büyük bir kısmını ele geçirdi. Gelecek yüzyılda, Bosna eyaletinin çoğu bir sınır bölgesi değildi ve göreceli barış içinde geliştirildi. Bölgenin toprakları Bosna Eyaleti ve Hersek Sancağı olmak üzere iki kısma ayrıldı ve Bosna bu eyalet ve sancakla yönetildi.
Ancak Osmanlı İmparatorluğu, Avusturya ile 1683'ten 1697'ye kadar süren Kutsal İttifak savaşlarını kaybettikten sonra, Karlofça Antlaşması'yla Slavonia ve Macaristan'ı Avusturya'ya bıraktı ve böylece Bosna'nın kuzey ve batı sınırları Avusturya ile Osmanlı imparatorlukları arasındaki sınır haline geldi. 1716'da Avusturya kuzey Bosna'yı ve kuzey Sırbistan'ı ele geçirdi, ancak bu alınan yerler 1739 yılında imzalanan Belgrad Antlaşması'yla birlikte tekrar Osmanlı İmparatorluğu'na verildi. Ardından, sınır savaşları devam etmesine rağmen, kurulan sınırlar bir buçuk asır daha değişmeden kaldı.
Osmanlı İmparatorluğu ile Avusturya ve Venedik arasındaki savaşlar Bosna'yı tahrip etti ve nüfusun göç etmesine katkıda bulundu; Macaristan ve Slavonya'dan gelen Müslüman mülteciler, Boşnak yerli nüfusu asimile ederek Bosna'ya yerleşirken, çoğunlukla Kosova'dan olmak üzere, aynı zamanda Sırbistan ve Bosna'dan gelenler de dahil olmak üzere bölgedeki birçok Doğu Ortodoks Hristiyan, Avusturya İmparatoru'nun daveti üzerine Slavonya'daki Bosna sınırına ve askeri sınıra yerleştirildi.
C. Fraser tarafından İngilizceye çevrilen Avusturya-Rus-Türk savaşı (1735-39) kitabının Osmanlı Müslüman anlatımına göre, Boşnak Müslüman kadınlar Osterwitch Kalesi kuşatıldığında Avusturyalı Almanlara karşı "kahramanların cesaretini kazanarak" savaştılar. Osterwitchatyk Muharebesi'nde ölenler arasında Boşnak Müslüman kadın ve erkekler de yer alıyordu. Boşnak Müslüman kadınlar Būzin (Büzin) Kalesi'ni savunmak için savaştılar. Kadınlar ve erkekler, Çetin Kalesi'nde Avusturyalılara karşı direndi. Boşnak kadınlar, Osmanlı ile Avusturya arasındaki savaşın Osmanlı dışı kayıtlarına göre militarist sayıldılar ve Avusturyalılara karşı Boşnakların savaşta başarılı olmasına önemli katkı sağladılar. Yeni Pazar, Izvornik, Östroviç-i âtık, Çetin, Būzin, Gradişka ve Banaluka Avusturyalılar tarafından vuruldu. Bir Fransız kaynak, savaşta savaşan Boşnak Müslüman kadınların savaşındaki cesaretinden bahsetmiştir.
Bölgedeki 19. yüzyıl isyanlarının en ünlüsü, "Bosna Ejderi" (Zmaj od Bosne) lakaplı Yüzbaşı Hüseyin Kaptan Gradaşçeviç liderliğindeki 1831-1832 ayaklanmasıydı. Gradaşçeviç, eyalette binlerce yerel Boşnak askerin katıldığı tam kapsamlı bir ayaklanma çıkarmayı başardı. Birkaç önemli zafer kazanmasına rağmen, isyancılar sonunda 1832'de Saraybosna yakınlarındaki bir savaşta yenildi. İç anlaşmazlık isyanın başarısız olmasında önemli rol oynadı, çünkü Gradaščević, Hersek soylularının birçoğunun desteğini alamadı. İsyan 1850'de bastırıldı ancak İmparatorluk gerilemeye devam etti.
Osmanlı padişahları, 19. yüzyılın başlarında, çoğunlukla sınır savaşlarının neden olduğu ciddi meseleleri ele almak için çeşitli ekonomik ve askeri reformlar uygulamaya çalıştılar. Ancak reformlar genellikle Bosna'daki yüzbaşıların direnişi ile karşılandı.
Osmanlı yönetimi, 1878'e kadar dört yüz yıldan fazla sürdü, ancak nominal olarak Bosna-Hersek, resmî olarak Avusturya-Macaristan'ın bir parçası haline geldiği 1908'e kadar (fiili etkili bir kural olmadan) Osmanlı toprağı olarak kaldı.