Otuz Yıl Savaşı
1. Aşama: 1618-1635 > Bohemya İsyanı

Ana madde: Bohemya İsyanı
Cizvit eğitimi almış Ferdinand, sapkınlığa tahammül etmektense sapkınların yok edilmesini tercih ediyordu. 1595'te Steiermark Dükalığı'na hükmetmek için atandı ve on sekiz ay içerisinde daha önce Reform'un kalesi olan yerlerde Protestanlığı ortadan kaldırdı. Hollanda'yı geri almaya çalışan İspanya Habsburgları, Protestanları düşmanlaştırmaktan kaçınıyordu ve Ferdinand'ın koyu Katolikliğinin tehlikeli olduğunu biliyorlardı fakat başka çarelerinin olmadığını da kabul ediyorlardı.
Ferdinand, 1617 Mayıs'ında Bohemya kralı seçildiğinde Protestanların dini özgürlüklerini yeniden onayladı fakat Steiermark'taki sicili, Protestanları alaşağı etmek için bir şans beklediği şüphesine yol açtı. Mülkiyetle alakalı bazı anlaşmazlıkların tümü Katolik kilisesi lehine çözüldüğünde bu endişeler daha da arttı. Mayıs 1618'de Kont Thurn önderliğindeki Protestan soylular Prag Kalesi'nde Ferdinand'ın iki Katolik temsilcisi olan Vilém Slatava ve Jaroslav Bořita ile bir araya geldi. Prag'ın Üçüncü Defenestrasyonu olarak bilinen olayda, iki temsilci ve sekreterleri Filip Fabricius, üçü de hayatta kalmasına rağmen kale pencerelerinden dışarı atıldı.
Thurn, Bohemya'da Protestan ağırlıklı bir hükûmet kurdu ve huzursuzluk Silezya'ya ve soyluların çoğunun Protestan olduğu Aşağı ve Yukarı Avusturya'nın Habsburg bölgelerine yayıldı. Bu bölgelerin kontrolünü kaybetmek tüm Habsburg devletini tehdit ederken aynı zamanda Bohemya İmparatorluğu'nun en gelişmiş ülkelerinden birisiydi ve seçim oyu Ferdinand'ın Matthias'ın ardından İmparator seçilmesi için çok önemliydi. Bu durumda, Avusturya Habsburgları için Bohemya'nın yeniden ele geçirilmesi hayati önem taşıyordu fakat kronik mali zayıflık, bunu başarmak için gerekli kaynaklar için onları Maximilian ve İspanya'ya bağımlı hale getirdi.
Fransa kralı XIII. Louis koyu bir Katolikti, ülkesinde Protestan isyancılarla mücadele ediyordu ve Protestanları başka bir yerde desteklemeyi de reddediyordu. Fakat İspanya'nın savaşa katılımı, Hollanda ve Fransa'yı da savaşın içine çekiyordu. Bohemya İsyanı aynı zamanda Osmanlı İmparatorluğu ve Savoy Dükalığı da dahil olmak üzere Habsburgların dış düşmanları için de bir fırsat sağlıyordu. Frederick ve Savoy Dükü tarafından finanse edilen, Ernst von Mansfeld komutasındaki bir paralı asker ordusu, Bohemyalı isyancıları desteklemek üzere yollandı. Maximilian ve Saksonya Elektörü John George'nin çözüm bulmak için yaptıkları arabuluculuk, Matthias Mart 1619'da öldüğünde sona erdi çünkü birçok prens otoritesini ve nüfuzunu kaybetmenin Habsburglara ölümcül bir yara verdiğine inanıyordu.
Haziran 1619'un ortalarında, Thurn komutasındaki Bohemya ordusu Viyana yakınlarındaydı ve Mansfeld'in Sablat'ta İmparatorluk orduları tarafından yenilmesi Mansfeld'i Prag'a dönmeye zorlamasına rağmen Ferdinand'ın durumu daha da kötüleşmeye devam etti. Erdel'in Kalvinist prensi Gabriel Bethlen, Habsburglar onu doğrudan müdahaleden kaçınması için ikna etmişti fakat Osmanlı desteğiyle Bethlen Macaristan'ı işgal etti. Osmanlılar 1620'te Lehistan ile ve ardından 1623-1639 yılları arasında Safevi savaşı ile odak noktası başka bir yere kaydı ve Habsburgların işi kolaylaştı.
19 Ağustos'ta Bohemyalı soylular, Ferdinand'ın 1617'de kral olarak seçilmesini iptal ettiler ve 26'sında resmi olarak tacı Frederick'e sundular, iki gün sonra Ferdinand Kutsal Roma İmparatoru olarak seçildi ve Frederick bu teklifi kabul ederse savaş kaçınılmaz bir hale gelecekti. Anhalt Prensi I. Christian dışında Frederick'in bütün danışmanları, Hollandalılar, Savoy Dükü ve kayınpederi I. James bile ona tacı reddetmesini söylediler. 17. yüzyıl Avrupa'sı oldukça yapılandırılmış ve sosyal olarak inanılmaz muhafazakar bir toplumdu ve dini ne olursa olsun yasal olarak seçilmiş bir hükümdarın görevden alınmasını doğru bulmuyorlardı.
En nihayetinde Frederick tacı kabul edip Ekim 1619'da Prag'a girmesine rağmen kendisine verilen destek, önündeki birkaç ay içinde yavaş yavaş azaldı. Temmuz 1620'de Protestan Birliği tarafsızlığını ilan ederken Saksonya Elektörü John George Lausitz karşılığında Ferdinand'ı desteklemeyi kabul etti ve Bohemya'daki Lütercilerin haklarının korunması sözünü de aldı. Maximilian tarafından finanse edilen Johann Tserclaes'in yönettiği birleşik bir İmparatorluk-Katolik Ligi ordusu Bohemya'yı işgal etmeden önce Aşağı ve Yukarı Avusturya bölgesini sakinleştirdi ve burada Kasım 1620'de Beyaz Dağ Muharebesi'nde Anhalt Prensi I. Christian'ı yendiler. Savaş belirleyici olmasa da kırsal kesimin İmparatorluk orduları tarafından tahrip edilmesi, isyancılardaki maaş eksikliği, malzeme sıkıntısı ve hastalıklar nedeniyle isyancıların moralleri bozuldu. Frederick Bohemya'dan kaçtı ve isyan tam anlamıyla çöktü.