Hurşit Tolon
Ergenekon soruşturması

Ergenekon soruşturması kapsamında yapılan operasyon ile Ankara'da askeri lojmanlarda Ankara Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şube ekipleri tarafından gözaltına alındı ve İstanbul Nöbetçi 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 6 Temmuz 2008 günü saat 02:00 sularında biten sorgulamanın ardından Hurşit Tolon'un tutuklanmasına karar verdi. Tolon Metris Cezaevi'ne nakledildi. 3 Eylül 2008 tarihinde Kocaeli Muharebe Hizmet Destek Eğitim ve Garnizon Komutanı Korgeneral Galip Mendi, Kandıra Cezaevinde tutuklu bulunan emekli Orgeneral Şener Eruygur ile Orgeneral Hurşit Tolon'u Türk Silahlı Kuvvetleri adına ziyaret etmiştir.
Hurşit Tolon, 6 Şubat 2009 tarihinde 12. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından delil yetersizliği sebebiyle tahliye edildi. Mahkeme heyeti, Hurşit Tolon'un avukatı İlhan Sezer tarafından yapılan tahliye talebine ilişkin dilekçe ve ekteki belgelerle ilgili olarak İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına görüşünü bildirmesini istedi. Savcılık tutukluluk halinin devamı yönünde görüş bildirmesine rağmen mahkeme savcılığın bu talebini yerinde bulmayarak, Tolon'un delil yetersizliğinden yurtdışına çıkış yasağı konularak tahliyesine karar verdi.
Mahkeme bu kararına gerekçe olarak, tutuklama kararına gerekçe olan ve Hurşit Tolon'un evinde bulunan Ergenekon yapılanmasını gösteren belge fotokopisinin gizliliğinin bulunmadığı 2001 yılında bazı basın organlarında haber olarak yayılandığı, 2006 yılından beri ise çeşitli internet sitelerinde yayınlandığını, söz konusu belgelerden konuya ilgi duyan çevreler ve haber kuruluşları tarafından bilgi sahibi olunduğu, kamuca bilinen bu belgelerin fotokopisinin şüphelide bulunmasının önceki karardan farklı olarak tek başına suç örgütüne üye olunduğuna dair veya yönetici olduğuna dair bir delil niteliğinde bulunmadığını ayrıca Tolon'un telefon görüşmelerinin örgütle bağını gösterecek nitelikte unsurlar içermediği, ayrıca örgütün gerçekleştirdiği iddia olunan eylemlerle şüphelinin bir bağının kurulamadığını gösterdi. Ancak soruşturmayı yürüten Savcılar Tolon'un delil yetersizliğinden tahliyesine itiraz etti. Mahkemeye dilekçe ile birlikte 25 klasör delil dosyası sunuldu. Buna rağmen mahkeme Tolon'un tahliyesine yapılan itirazı reddetti. Ancak tahliye gerekçesini delil yetersizliği yerine "yaş ve sağlık sorunları" olarak değiştirdi.
Emekli Orgeneral Hurşit Tolon, yedi ay cezaevinde tutuklu kaldı. Cezaevinde bulunduğu süre içinde sağlık durumu bozulduğu ve hipertansiyon hiperlidemi ile aşırı kilo kaybı rahatsızlıkları ortaya çıktığı belirtildi. Tolon'un uzun süre GATA Hastanesi'nde tedavi gördü, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, ikinci Ergenekon davası kapsamında tutuksuz yargılanan emekli Orgeneral Hurşit Tolon'un dava dosyasına eklenen yeni deliller, kuvvetli suç şüphesi ve delilleri karartma ihtimalini dikkate alarak 10 Ocak 2012 tarihinde tutuklanmasına karar verdi.  Mahkemenin 148. duruşmasında alınan bu karardan sonra Silivri Devlet Hastanesinde sağlık kontrolünden geçirilen Ahmet Hurşit Tolon, Silivri Cezaevinde tek kişilik koğuşa konuldu. Böylece Hurşit Tolon 6 Şubat 2009 tarihinde tahliye edilmesinden 2 yıl sonra dava ile ilgili olarak 2. defa tutuklanmış oldu.
Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi, görülmekte olan Zirve Yayınevi katliamı kapsamında üç kişinin boğazının kesilerek öldürülmesi ile ilgili olarak Tolon'un da aralarında bulunduğu dört kişi hakkında 18 Ocak 2013 Cuma günü tutuklama kararı verdi, 5 Ağustos 2013'te ise İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında müebbet hapis cezasına çarptırıldı. Ancak Ergenekon Davası'nın temyiz incelemesini yapan Yargıtay 16. Ceza Dairesi, yerel mahkemenin verdiği kararı 21 Nisan 2016 tarihinde bozdu.