Sanger dizilemesi
Yöntem

Klasik zincir sonlandırma yöntemi, tek sarmallı bir DNA şablonu, bir DNA primeri, bir DNA polimeraz, normal deoksinükleotidtrifosfatlar (dNTPs) ve modifiye di-deoksinükleotidtrifosfatlar (ddNTPs) gerektirir, bunlardan ikincisi DNA sarmalının uzamasını sonlandırır. Bu zincir sonlandırıcı nükleotidler, iki nükleotid arasında bir fosfodiester bağının oluşumu için gerekli olan bir 3'-OH grubundan yoksundur, bu da DNA polimerazın, modifiye bir ddNTP dahil edildiğinde DNA'nın uzamasını durdurmasına neden olur. DdNTP'ler, otomatik dizileme makinelerinde tespit için radyoaktif olarak veya floresan olarak etiketlenebilir.
DNA örneği, standart deoksinükleotidlerin dördünü (dATP, dGTP, dCTP ve dTTP) ve DNA polimerazı içeren dört ayrı dizileme reaksiyonuna bölünmüştür. Her reaksiyona dört dideoksinükleotidden (ddATP, ddGTP, ddCTP veya ddTTP) sadece biri eklenirken, eklenen diğer nükleotidler sıradan olanlardır. Tam diziyi hala kopyalarken yeterli fragmanın üretilmesine izin vermek için deoksinükleotid konsantrasyonu (örn. 0,5 mM dTTP: 0,005 mM ddTTP), karşılık gelen dideoksinükleotidinkinden yaklaşık 100 kat daha yüksek olmalıdır (ancak ddNTP konsantrasyonu aynı zamanda istenen dizi uzunluğuna da bağlıdır). Daha mantıklı bir sıraya koyarsak, bu süreçte dört ddNTP'nin tümünü test etmek için dört ayrı reaksiyona ihtiyaç vardır. Bağlı primerden şablon DNA uzatma turlarının ardından, elde edilen DNA fragmanları ısıyla denatüre edilir ve jel elektroforezi kullanılarak boyuta göre ayrılır. 1977 tarihli orijinal yayında, baz çiftli ssDNA döngülerinin oluşumu, bazı yerlerde bantları çözmede ciddi zorlukların bir sebebiydi. Bu sıklıkla denatüre edici bir poliakrilamid-üre jeli kullanılarak gerçekleştirilir ve dört reaksiyonun her biri dört ayrı şeritten birinde (A, T, G, C şeritleri) yürütülür. DNA bantları daha sonra otoradyografi veya UV ışığı ile görselleştirilebilir ve DNA dizisi doğrudan X-ışını filmi veya jel görüntüsünden okunabilir.
Sağdaki görüntüde, X-ışını filmi jele maruz bırakıldı ve koyu bantlar, farklı uzunluklardaki DNA fragmanlarına karşılık geliyor. Bir şeritteki koyu bir bant, bir dideoksinükleotidin (ddATP, ddGTP, ddCTP veya ddTTP) dahil edilmesinden sonra zincir sonlandırmasının sonucu olan bir DNA parçasını belirtir. Aşağıdan yukarıya dört şerit arasındaki farklı bantların göreceli konumları daha sonra DNA dizisini okumak için kullanılır.
Zincir sonlandırma dizilemesinin teknik varyasyonları arasında radyoaktif etiketleme için radyoaktif fosfor içeren nükleotidlerle etiketleme veya 5'ucunda bir floresan boya ile etiketlenmiş bir primer kullanılması yer alır. Boya astar dizilemesi, daha hızlı ve daha ekonomik analiz ve otomasyon için optik bir sistemde okumayı kolaylaştırır. Leroy Hood ve floresan etiketli ddNTP'ler ve primerlerin iş arkadaşları tarafından yapılan sonraki geliştirme, otomatikleştirilmiş, yüksek verimli DNA dizilimi için zemin hazırladı.
Zincir sonlandırma yöntemleri, DNA dizilimini büyük ölçüde basitleştirmiştir. Örneğin, zincir sonlandırmaya dayalı kitler, dizileme için gerekli reaktifleri içeren, önceden bölünmüş ve kullanıma hazır olan ticari olarak mevcuttur. Sınırlamalar arasında primerin DNA'ya spesifik olmayan bağlanması, DNA dizisinin doğru okunmasını ve dizinin doğruluğunu etkileyen DNA sekonder yapıları bulunur.