Yugoslavya'nın dağılması
1990-1995 Yugoslavya İç Savaşı

Ayrıca bakınız: Slovenya Savaşı, Hırvatistan Savaşı ve Bosna Savaşı
1990'lara federal yönetimden kopma çabalarının ve siyasal istikrarsızlığın yol açtığı sorunlarla girildi. Sırbistan'ın sertlik yanlısı başkanı Slobodan Milošević'in bütün Yugoslavya'ya merkeziyetçi bir yapı dayatmasından çekinen Slovenya, anayasada ülkenin kendi kaderini yalnızca Slovenya Yasama Meclisinin belirleyebileceğini ve gerekirse federasyondan ayrılma kararı alabileceğini öngören bir değişiklik yaptı. Bu değişiklik Sırbistan'da gösterilere ve Sırp hükûmetinin Slovenya'ya ticari boykot uygulamasına yol açtı.
1990'da Yugoslavya'yı oluşturan cumhuriyetler kendi çok partili seçimlerini yaptılar ve Sırbistan ve Karadağ dışındaki cumhuriyetlerde bağımsızlık yanlısı muhalif kesimler seçimleri kazanırken, bu iki cumhuriyette eski komünistler iktidarlarını sürdürdüler. Bu arada Hırvatistan'daki Sırp azınlık Sırbistan'ın desteğiyle yönetime karşı bir ayaklanma başlattı, Kosova'da da Arnavutların Sırbistan'ın bir yıl önce bölgeyi fiilen ilhak etmesine karşı başlattıkları mücadele kanlı çatışmalara yol açtı. Batı tarafından Yugoslavya Halk Ordusu'nu zayıf düşürmek ve Slav birliğini yıkmak için Böl ve Yönet politikası kullanılarak birbirine yakın dilleri konuşan Slav halkları birbirlerine karşı kışkırtıldı.[kaynak belirtilmeli]
Ocak 1991'de ülkedeki karışıklıkları sona erdirmek için Kolektif Devlet Başkanlığıyla altı cumhuriyetin liderleri arasında bir toplantı düzenlendi. Herhangi bir sonuç alınamadan sona eren bu toplantıda Slovenya ve Hırvatistan, Yugoslavya'nın gevşek bir federasyona dönüştürülmesi konusunda ısrar ederken, Sırbistan ve Karadağ merkezî bir federasyonun kurulmasını savunuyordu. Bosna-Hersek ve Makedonya ise federasyon ve konfederasyon özelliklerini bağdaştıracak bir yönetim modelinden yanaydı. Makedonya lideri Kiro Gligorov ve Boşnak lider Alija Izetbegović'in gevşek bir federasyon oluşturma yolundaki girişimlerinden bir sonuç alınamadı.
Mayıs 1991'de rotasyonla üstlenilen devlet başkanlığı sırası Hırvat Stjepan Mesić'e geldiği hâlde Sırbistan'ın bunu engellemesi ortak bir federasyon içinde yaşanması olanağını ortadan kaldıran bir gelişme olurken, ülkenin başkansız kalmasına da yol açtı.
25 Haziran 1991'de Slovenya ve Hırvatistan'ın bağımsızlıklarını ilan etmeleriyle Yugoslavya'da çözülme süreci ve buna eşlik eden çatışmalar başladı. İki gün sonra Hırvat olan Stjepan Mesić ve Ante Marković'ın denetimindeki Yugoslavya Halk Ordusu, Slovenya'ya karşı saldırıya geçti. Bir süre sonra Avrupa Ekonomik Topluluğu'nun girişimiyle ateşkes sağlandı, Hırvatistan ve Slovenya parlamentoları bağımsızlık kararını askıya aldı. Ordu yenilgiye uğradıktan sonra Stjepan Mesić ve Ante Marković Slovenya Savaşı’nda dahli olması suçlamasını reddetti ve bu savaştan komutanlığı sorumlu tuttular. Yugoslavya Halk Ordusu’nu dünya kamuoyunun da gözünden düşürmüştür.
Yugoslavya'nın Slovenya'ya yönelik saldırıları durduysa da Hırvatistan'daki çatışmalar devam etti. Hırvatistan’da Franjo Tuđman liderliğinde kurulan hükûmet, açıkça faşizmi savunuyor, İkinci Dünya Savaşı’nda Alman faşizmini destekleyen ve savaşın en büyük katliamlarından birine imza atan Ustaşa bayrağını kullanmaktan çekinmiyor ve Sırplara karşı ayrımcı yasalar uygulamaya başlıyordu.
Yugoslavya'nın bir arada yaşamasının artık mümkün olmaması üzerine önce Eylül 1991'de Makedonya, Kasım 1991'de Bosna-Hersek bağımsızlığını ilan etti. Aralık 1991'e değin Hırvatistan, Slovenya, Bosna-Hersek ve Makedonya bağımsız bir cumhuriyet olarak tanınmak için Avrupa Ekonomik Topluluğu'na başvurdu.
28 Nisan 1992'de, artık bir kalıntıya dönüşmüş olan Federal Meclis'in kabul ettiği anayasayla, Sırbistan ve Karadağ'dan oluşan Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nin kurulduğu ilan edildi. Böylece, Yugoslavya Nisan 1992'den itibaren Sırbistan ve Karadağ'dan oluşan ama Sırbistan'ın denetiminde olan bir federasyon hâline geldi. Bu yeni devlet eski Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti'nin devamı olduğunu iddia ettiyse de Uluslararası Toplum yeni Yugoslavya'yı eskisinin devamı olarak görmeyi reddetti. Yeni Yugoslavya devleti ancak 1996'da bu iddiasından vazgeçti.
Bu arada, 1991'in sonlarında Bosna-Hersek'te yaşayan Sırplar arasında yapılan bir referandumda ezici bir farkla Sırbistan ve Karadağ ile birlikte olma iradesi ortaya kondu. Ocak 1992'de Bosna ve Hersek Sırp Cumhuriyeti'nin kuruluşunu ilan edilen Sırp milisler Sırp olmayanlara karşı “etnik temizlik” politikası başlattılar. Nisan 1992'de, Şubat-Mart aylarında Sırpların boykot ettiği bir referandum sonucuna dayanarak Bosna-Hersek'in bağımsızlığının ilan edilmesi bu ülkeyi yaklaşık dört yıl sürecek kanlı bir savaşa sürükledi. II. Dünya Savaşı'ndan sonraki dönemde Avrupa kıtası üzerinde yapılan bu en kanlı savaş, 1995'te ABD'nin Dayton şehrinde yapılan Dayton Antlaşması'yla sona erdi.