1966 Suriye askerî darbesi
Sonrası > Baas içi bölünme > Partiler arası ilişkiler

Ulusal Komutanlık 1966'da devrildiğinde, Irak Bölgesel Şubesi en azından sözlü olarak Eflak'ın "meşru liderliğini" desteklemeye devam etti. Irak Bölgesel Şubesi 1968'de 17 Temmuz Devrimi'nde yeniden iktidara geldiğinde, sözde Arap birliği veya Suriye Baas'ı ile uzlaşma hedeflerine ulaşmak için birleşme yönünde hiçbir girişimde bulunulmadı. Irak'ta Baas yönetiminin kurulmasından sonra, Suriye'nin hakim olduğu Baas hareketinin birçok üyesi Iraklı mevkidaşına iltica etti, Irak'a sadık Baasçılardan çok azı Şam tarafına geçti. Bunun nedeni, Şam'dan kaçanların eski Eflakçı Ulusal Komutanlığı'na sadık olmalarıydı. Bitar, Hafız, Şibli el-Aysami ve Elias Farah gibi bazı eski üyeler ya Irak'ı ziyaret etti ya da Irak Bölge Komutanlığı Bölge Sekreteri Ahmed Hasan el-Bekir'e bir tebrik mesajı gönderdi. Eflak, 1969'a kadar Irak'ı ziyaret etmedi, ancak 1970'in sonlarından itibaren herhangi bir karar alma yetkisine sahip olmamasına rağmen önde gelen bir Irak Baas yetkilisi olacaktı.
Başından beri Şam hükûmeti, Bağdat'taki muadillerinin de karşılık verdiği, ezici çoğunlukla Irak karşıtı Baasçı bir propaganda kampanyası başlattı. Ancak Iraklı Baasçılar, Suriye Bölgesel Şubesi'nin 4. Bölgesel Kongresi'nde Cedid'den iktidarı ele geçirme girişiminde Baas Partisi'nin yeniden birleşmesi çağrısında bulunan Esad'a yardım etti. Esad'ın Iraklılara Eflak'ın tarihsel liderliğini tanıma sözü verdiği bildirildi. Irak'ın dışişleri bakanı Abdülkerim eş-Şaikli'nin, Esad'ın başkanlık ettiği Suriye Savunma Bakanlığı'nda kendi kişisel ofisi bile vardı. Ancak bu durum yanlış anlaşılmamalı, Irak Bölgesel Şubesi sadece isim olarak Arap milliyetçisiydi ve aslında Irak milliyetçisiydi.
Suriye Bölgesel Şubesi, Eflak'ı "hırsız" olarak suçlamaya başladı. Onun Baas ideolojisini Zeki el-Arsuzi'den çaldığını ve bunu kendisininmiş gibi ilan ettiğini savundu. Esad, Arsuzi'yi Baasçı düşüncenin başlıca kurucusu olarak selamladı. Ancak Irak Bölgesel Şubesi yine de Eflak'ı Baasçılığın kurucusu olarak ilan etti. Esad, Arsuzi'den "zamanının en büyük Suriyelisi" olarak bahsetti ve onun "Baas'ı siyasi bir hareket olarak düşünen ilk kişi" olduğunu iddia etti. El-Bitar 1969 yılında gıyabında idama mahkum edildi, Eflak ise 1971 yılında Esad hükümeti tarafından gıyabında idama mahkum edildi. Suriye Bölgesel Şubesi, 1966 darbesinden kısa bir süre sonra Arsuzi'nin onuruna bir heykel dikti. Bununla birlikte, Suriye dışındaki Baas takipçilerinin çoğunluğu, Baasçılığın başlıca kurucusu olarak Arsuzi'yi değil, Eflak'ı görmeye devam ediyor.
Irak Bölgesel Şubesi iktidarı ele geçirdiğinde, Suriye Bölgesel Şubesi basın açıklamasında Irak'ta bir Baas örgütünün iktidarı ele geçirdiğinden bahsetmeyerek yanıt verdi. Örneğin, Bekir'in cumhurbaşkanlığına atandığından bahsetmiş, ancak partisinin üyeliğinden bahsetmemiş ve bunun yerine olaya askeri darbe olarak atıfta bulunmuştur. Suriye Baasçıları, Irak Baasçıları'na herhangi bir meşruiyet vermeyi reddederken, Irak Baasçıları daha uzlaşmacıydı. Örneğin, Irak Bölgesel Şubesi'nin iktidarı ele geçirmesinden kısa bir süre sonra Bekir, "Onlar Baasçı da biz de Baasçıyız" dedi. Dışişleri Bakanı Şaikli kısa bir süre sonra "[Irak ve Suriye anlamında] aramızdaki işbirliğini engelleyen hiçbir şey yok" dedi. Irak karşıtı propaganda, Esad'ın parti ve devlet içindeki konumunu güçlendirmesiyle aynı zamanda Suriye içinde yeni zirvelere ulaştı. 1970'teki Düzeltici Hareket sırasında Cedid, Esad tarafından devrildiğinde, tutumlarda bir değişiklik sinyali verilmedi ve Suriye'nin hakim olduğu Ulusal Komutanlık ile Suriye Bölgesel Komutanlığının ilk ortak bildirisinde Irak Baas'ı "sağcı bir klik" olarak anıldı.