Sınır Tanımayan Doktorlar
Devam Eden Görevler

1999 yılının sonlarında, gelişmekte olan ülkelerde etkili tedavi eksikliği konusunda farkındalık yaratmak ve buralarda mevcut olması gereken aşıları edinmek için; "Temel İlaçlara Ulaşım Kampanyası" başlatıldı. Bu yılda, organizasyon aynı zamanda Kosova ve Çeçenistan 'daki insani yardım ve desteklerin eksikliğini dile getirdi. Bu bölgelerdeki sivilleri etkileyen politik durumlar dolayısıyla saha görevleri kuruldu. MSF Kosova'da 1993 yılından beri faaliyet gösterse de, Kosova Savaşı 'nın başlangıcı olan saldırı, on binlerce mültecinin yer değiştirmesiyle ve bu insanların yaşam koşullarının ağırlaşmasıyla sonuçlandı. MSF; NATO'nun Yugoslavya'yı Bombalaması 'ndan dolayı sarsılmış olan bu insanlara sığınak, su, besin ve tıbbi yardımlar sağladı.
Organizasyonun Kosova'daki çalışmaları ile ilintili olarak, MSF Yunanistan bölümü MSF'ten çıkarıldı ve bu durum, MSF içinde ciddi bir krize yol açtı. MSF Yunanistan merkezi, kendilerine limitlerini, nereye kadar gidebileceklerini ve neler görebileceklerini Sırbistan Hükûmeti'nin empoze edecek olması koşuluyla, Sırbistan'a erişim hakkı elde etmişti. Üstelik bu koşullar, MSF'in diğer kollarının tamamıyla reddettiği koşullardı. MSF ile bağlantısı olmayan bir kaynak, Yunanistan merkezinin MSF'ten çıkarılmasının NATO bombardımanı sırasında, bu ekip üyelerinin Priştine 'deki Arnavut ve Sırp sivillere yardım etmesinden dolayı olduğunu iddia etti. Bu anlaşmazlık, ancak 2005'te Yunanistan merkezinin geri kabul edilmesiyle ortadan kalktı
Buna benzer bir durum da Çeçenistan'da yaşanmıştı. Buradaki sivil halkın büyük kısmı; evlerini terk etmeye ve sağlıksız koşullarda yaşamaya zorlanmıştı. Aynı zamanda bu siviller İkinci Çeçen Savaşı 'nın şiddetine maruz kalmışlardı.
MSF 1991'den beri Haiti 'de faaliyet göstermekteydi. Fakat ülkenin başkanı Jean-Bertrand Aristide yerinden edilince, sivil halk silahlı grupların saldırıları ve tecavüzlerine maruz kaldı. Var olan hastanelerde yapılan cerrahi ve psikolojik yardımlara ek olarak (sadece Per-au-Prince 'te ücretsiz ameliyat gerçekleştiriliyordu), su ve atık yönetim sistemleri için de saha görevleri ayarlandı. Jeanne Kasırgası'nın tetiklediği selden hayatta kalanların ve ülkede sayıları bir hayli fazla  olan AIDS ve sıtma hastalarının tedavisi sağlanarak; bu hastalar gözetim altında tutuluyordu. 12 Ocak 2010 Haiti Depremi 'nin sonucunda rapor edilene göre; MSF'in üç hastanesi de büyük zarar görmüştü ve bunlardan biri tamamen yıkılmıştı. Diğer ikisiyse terk edilmek zorunda kalınmıştı. Deprem sonrasında, mağdurların tedavisini sürdürmek amacıyla, MSF dokuz uçak dolusu tıbbi malzemeyi sahadaki hastanesine ulaştırdı. Buna rağmen, bazı uçakların yere inişi zorunlu olarak ertelendi; zira MSF gibi birçok organizasyonun yardım uçakları ve askeri uçaklar; iniş için sıra bekliyordu ve çok yoğun bir hava trafiği mevcuttu.
Hindistan 'ın kuzeyindeki Keşmir Sorunu (Hindistan-Pakistan Savaşları 'na bakınız), Jammu, Manipur ve Keşmir 'de çatışmalarla beraber yerinden edilen sivillere yardım ulaştırmak amacıyla, MSF'in müdahale etmesi gerekliliğini doğurdu. Burada ilk saha görevi 1999 yılında başlatılmıştı. Görevlerde, psikolojik destek sağlamak en önemli hedef olup; aynı zamanda burada verem, sıtma ve AIDS iyileştirme programları da başlatılmıştı. Ruh sağlığı desteği, 2004 Hint Okyanusu depremi ve tsunamisi 'nden bu yana, güney Asya'daki görevlerde ciddi önceliğe sahipti.
MSF, 2005-2006 yıllarında kendini sorgulama ve müzakere dönemine girdi. Yerellere karşı davranışlar, adil işe alım gibi birçok konu tartışıldı ve organizasyon içinde öz eleştiriler yapıldı.