Yafa-Kudüs demiryolu
İmparatorluk Elektriklendirme Planı > Yeniden Açılması (2003 - 2005)

Amos Uzani, Altyapı Bakanı Ariel Şaron'dan hattın önemli düzeyde onarımı ve yeniden inşası için kaynak ayrılması talebinde bulundu, ancak bunun yerine Tel Aviv - Beerşeba demiryolu hattının geliştirilmesine ve Beerşeba Merkezi Otobüs Terminali'ne daha yakın yeni bir merkez tren istasyonu inşa edilmesine karar verildi.
Bu arada, Tel Aviv ile Kudüs arasındaki demiryolu bağlantısının restorasyonu için çeşitli alternatifler üzerinde düşünüldü:
S ve S1 Rotaları - S Rotası, Beit Shemesh ve Kudüs arasında bulunan dağlardaki aynı kavisli yolu koruyarak eski rotanın onarımını önerirken, S1 Rotrası ise dağ geçişinde birkaç küçük tünel inşa edilmesini ve kavislerin düzleştirilmesini öneriyordu.
G ve G1 Rotaları - Eski rotanın yekpare bir şekilde onarımını ve hat boyunca uzun tüneller inşa edilerek kavislerin düzleştirilmesini öneriyordu.
B, B1, B2, M ve M1 Rotaları - Tel Aviv'den Modi'in-Maccabim-Re'ut üzerinden ve Karayolu 443 boyunca Kudüs'e yeni bir hat inşa etmeyi öneriyordu.
A ve A1 Rotaları - Modi'in-Maccabim-Re'ut Şube Hattı ile birlikte kabaca Otoyol 1'e paralel yeni bir hat inşa edilmesini öneriyordu. (Ayrıca bakınız: Kudüs yüksek hızlı demiryolu)
Karayolu 443'ün yanında yeni bir hat inşa etme planı (B, B1, B2, M ve M1 Rotaları), Batı Şeria'yı takip eden rota nedeniyle rafa kaldırıldı. Kudüs Belediyesi G1 Rotası'nı desteklerken, İsrail Demiryolları ise S Rotası'nı hızlı bir uygulama planı olarak destekledi ve onu A1 Rotası takip etti. Haziran 2001'de Ulaştırma Bakanı Ephraim Sneh ve Başbakan Ariel Şaron İsrail Demiryolları'nın önerisini kullanmayı tercih etti.
13 Eylül 2003, Tel Aviv - Beit-Shemesh bölümü ve Beit-Shemesh Tren İstasyonu yeniden açıldı. Nisan 2005'te, ikinci bölümün inşaatı Kudüs Malha Tren İstasyonu'nun açılması ile birlikte başlatıldı; Kudüs'ün daha merkezi bir noktasında yer alan Kudüs Han Tren İstasyonu'na giden bu rotanın geri kalan kısmı Kudüs Belediyesi'nin talebi üzerine iptal edildi. Açılış töreninde Ariel Şaron ve Binyamin Netanyahu da yer aldı.
Yenilenen hat, özellikle Beit-Shemesh - Kudüs kısmında birçok sorunla karşı karşıya kaldı ve hat ekonomik olarak uygulanabilir olarak değerlendirilmedi. Ayrıca hattın 330 Milyon Şekel olarak planlanan inşaat maliyeti beklenenin üzerinde gerçekleşti ve hat 540 Milyon Şekel'e mal oldu. Beit Shemesh ile Kudüs arasındaki 19. yüzyıl rotası keskin virajları olan bir rotaydı. Bu rota manzaralı olsa da virajlar demiryolu hattında kullanılabilen tren tiplerini ve hızlarını kısıtlıyordu. Ayrıca Malha Tren İstasyonu'nun Kudüs'teki konumu, şehrin güney eteklerinde yer aldığı için ideal sayılmazdı. 2006 yılının sonlarında (30 Aralık'ta yürülüğe girecek şekilde) hattaki sefer hizmetini Tel Aviv - Beit-Shemesh ve Beit-Shemesh - Kudüs olarak ikiye bölme kararı alındı. Hattın bu iyileştirilmiş koşulları ve zaman çizelgesinin güvenilirliği ile artık hat üzerinde çeşitli tren tipleri ile her iki yönde de sefer düzenlenmeye başlandı. Ancak bu durum Kudüs ve Beit-Shemesh dışındaki diğer varış noktaları arasındaki zamanı önemli derecede artırdı, ve ikiye ayrılan hat, takip eden mevsimsel programda tekrar birleştirildi. Yeniden inşa sürecinin kendisi de eleştiriye konu oldu, çünkü orijinal Beit-Shemesh ve Battir tren istasyonları ile bir taş köprü de dahil olmak üzere bir dizi tarihi yapı inşaat sırasında yok edilmişti.
Keskin virajları düzelterek ve hemzemin geçitler yerine köprüler inşa ederek Na'an ile Beit-Shemesh arasındaki hattı iyileştirme çalışmaları devam etti. Şubat 2009'da, Yesodot moşavı (bkz. moşav) ve eski Nahal Sorek Tren İstasyonu yakınında yer alan, demiryolu ile Otoyol 3 arasındaki hemzemin geçiş yerine uzun bir demiryolu köprüsü inşa edildi ve kavşak noktasından hemen sonra yer alan keskin bir viraj düzeltildi. Bu proje, Beit Shemesh'e olan seyahat süresini 10 dakikaya kadar düşürebilecektir. Hulda'nın birkaç kilometre kuzeyindeki bir başka hemzemin geçit yerine de bir demiryolu köprüsü inşa edildi. Lod ile Na'an arasındaki kısmı düzenleyerek çift hatta çıkarma projesi ise Lod - Beerşeba hattı'nın yenilenmesi ve yeniden inşası kapsamında 2012'de tamamlandı. Tel Aviv - Lod kısmı 1990'lı yıllarda tamamen çift hatta çıkarıldı. Hattın bu kısmı şu an İsrail Demiryolları ana hattının bir bölümünü oluşturmaktadır. Beit-Shemesh ve Kudüs'e giden trenlerin yanı sıra, hattın bu kısmı Aşkelon, Ben Gurion Uluslararası Havalimanı ve Beerşeba hatlarına da hizmet vermektedir.
Orijinal başlangıç ve bitiş noktaları (terminal) olan Yafa Tren İstasyonu 2008'de, Kudüs Tren İstasyonu ise 2013'te toplantı merkezi olarak kullanılması amacıyla yenilenmiştir. Her iki istasyonun da demiryolu ağıyla bağlantısı yoktur ve artık tren istasyonu olarak hizmet vermemektedir.