Adalet ve Kalkınma Partisi tarihi
I. Erdoğan dönemi: 2001–2014 > AK Parti-Gülen Hareketi çatışması

Ana madde: AK Parti-Gülen Hareketi çatışması
Cumhuriyet'in kurulmasından itibaren Türkiye'nin politik yaşamında önemli yeri olan büyük cemaatler 1973 seçimlerinden itibaren Millî Görüş çizgisindeki Necmettin Erbakan'dan uzaklaştılar. 1994 yerel seçimlerinde Recep Tayyip Erdoğan'ı destekleyen Fethullah Gülen ve Gülen Hareketi o tarihten itibaren yerel ve genel seçimlerde AK Parti'ye ve Erdoğan'a olan desteğini sürdürdü. Gülen Cemaati'nin bu süreçte ve AK Parti iktidarlarında emniyette, Millî Eğitim Bakanlığı'nda ve yargıdaki ilerleyişinin ve özel okullar ve diğer faaliyetlerinin partinin bütün liderleri ve devlet kurumları tarafından desteklendiği öne sürüldü. Gülen Cemaati ile AK Parti arasındaki temel ittifakın ortak tehdit olarak algılanan askeri vesayete karşı olmaları olduğu dillendirildi.
Cemaat hakkında hazırladığı İmamın Ordusu kitabı nedeniyle Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanarak hapis yatan gazeteci Ahmet Şık hapisten çıkarken "Bu komployu kuran, yürüten polisler, savcılar ve hakimler bu cezaevine girecek. Onlar buraya girdiğinde adalet gelecek. O cemaat bağlantılı, o çete bağlantılı adamlar buraya girecek. Bunlara sesini çıkarmadığı için siyaseten sorumlu AK Parti hükûmetidir." şeklinde açıklama yaptı. Şık konu hakkında yazdığı Paralel Yürüdük Biz Bu Yollarda, AKP-Cemaat İttifakı Nasıl Dağıldı? kitabında, sözü edilen ittifakın tarihçesini anlattı. Aynı davada Haliç'te Yaşayan Simonlar: Dün Devlet Bugün Cemaat kitabında cemaatin polis ve yargı içinde örgütlendiğini iddia ettiği için yargılanan Hanefi Avcı, daha sonra yazdığı Cemaat'in İflası Hoca'nın Ayağının Kaydığı Yer kitabında 2011'deki genel seçimler öncesinde cemaatin partiden 80 civarında milletvekili istediğini ama AK Parti'nin buna yanaşmadığını yazdı.
Bir görüşe göre Cemaat AK Parti ile ittifakını 2009'da sona erdirmiş ve o tarihlerden itibaren basın ve akademisyenler aracılığıyla hükûmeti eleştirmeye başlamıştır. Hükûmetin bazı cemaatçi kadroları yetkili makamlardan tasfiye etmeye başlamasının ardından 2012 Şubat ayında İstanbul'da bir savcılığın MİT Müsteşarı Hakan Fidan'ı ifadeye davet etmesi bir krize neden oldu. Bu Cemaat ile AK Parti arasındaki çatışmanın dışa vurulan ilk büyük belirtisi olarak değerlendirildi. 17-25 Aralık operasyonlarında AK Parti'nin dört bakanına karşı yapılan operasyonlar hükûmet tarafından darbe girişimi olarak adlandırıldı. Bu olaydan sonra HSYK gerilimi yaşandı. 17-25 Aralık operasyonunda dönemin savcısı Zekeriya Öz, başbakanın yurt dışına kaçtığını öne sürmüştür. Bunun sonucunda 8 AK Parti milletvekili partisinden istifa etmiştir. Bazı devlet kurumlarında paralel yapı ile ilişkisi olduğu düşünülen kişiler görevden alındı. Erdoğan ve oğlu Bilal Erdoğan'a ait olduğu iddia edilen 17-18 Aralık 2013 tarihli telefon görüşmeleri yayınlandı. Dönemin ana muhalefet partisi CHP bu konuşmayı mecliste milletvekillerine dinletti. Daha sonra Erdoğan'ın ABD ziyaretinde Fethullah Gülen'in iadesi istenmiş fakat Beyaz Saray'dan gelen açıklama ile konu olumsuz sonuçlanmıştır. Daha sonra 14 Aralık 2014'te Samanyolu genel koordinatörü Hidayet Karaca terör örgütüne üye olmak ve terör örgütünün propagandasını yapmakla tutuklanmıştır. Zaman gazetesi yayın yönetmeni Ekrem Dumanlı da aynı nedenle gözaltına alınmıştır. 12 Haziran 2015'te Zekeriya Öz meslekten ihraç edilmiştir. Daha sonra Zekeriya Öz, Celal Kara ve Mehmet Yüzgeçe yakalama kararı verilmiştir. Bu olaydan sonra 12 Ağustos'ta Zekeriya Öz ve Celal Kara önce Ermenistan'a daha sonra Almanya'ya gitmişlerdir. Türkiye eski savcıları istemiş fakat Almanya Hükûmeti iade etmemiştir.[kaynak belirtilmeli]