Yerli halklara yapılan soykırımlar
Amerika'nın yerli halkları (1948 öncesi) > Amerika'nın İspanyol Hıristiyan kolonizasyonu

Ayrıca bakınız: Tainoların soykırımı, Amerika'nın İspanya tarafından sömürgeleştirilmesi ve Encomienda
İlk İspanyolların Amerika'yı fethi sırasında, modern çağın ilk büyük ölçekli soykırım eylemi olarak tanımlanan bir dizi olayda özellikle Afro-Avrasya hastalıklarının yayılması nedeniyle sekiz milyon kadar Yerli'nin öldüğü tahmin edilmektedir.
Karayipler'deki Tainolara yönelik vahşet ve sistematik imha eylemleri, Dominiken rahibi Bartolomé de las Casas'ı İspanyolca: Brevísima relación de la destrucción de las Indias  ('Hint Adaları'nın Yok Edilişinin Kısa Bir Anlatımı') adlı kitabını yazmaya ve 1542'de yayınlamaya sevk etti; bu kitap batı dünyasında geniş yankı uyandırdı ve yazıldığı yıl İspanya Kralının tüm İspanyol topraklarında Kızılderililerin İyi Muamele Görmesi ve Korunması için Yeni Hint Adaları Kanunları adlı fermanını yayınlamaya zorlamada, Amerika'daki yerli halklara yönelik köleliğin kaldırılmasına katkıda bulundu.
Las Casas, İspanyol kolonisi Hispaniola'daki yerli nüfusun birkaç on yıl içinde 400.000'den 200'e düştüğünü yazmıştır. Yazıları, Charles Gibson'ın "İspanyol İmparatorluğu'nun zalim, bağnaz, yozlaşmış, sömürücü ve gerçekliğin ötesinde kendini beğenmiş olarak görüldüğü birikmiş propaganda ve Hispanofobi geleneği" olarak tanımladığı İspanyol Kara Efsanesinin ortaya çıkmasına neden olanlar arasındaydı.
Davis, Kaliforniya Üniversitesi'nden tarihçi Andrés Reséndez, hastalık bir faktör olsa da, maruz kaldıkları sürekli köleleştirme olmasaydı Hispaniola'nın yerli nüfusunun Kara Ölüm sonrasında Avrupalılar gibi toparlanacağını ileri sürmektedir. Bu insani faktörler arasında köleliğin Hispaniola nüfusunun "en büyük katili" olduğunu ve "1492 ile 1550 yılları arasında kölelik, aşırı çalışma ve kıtlık bağlantılarının Karayipler'de çiçek, grip veya sıtmadan daha fazla yerliyi öldürdüğünü" söylemektedir."
Noble David Cook, Kara Efsane Amerika'nın fethi hakkında şunları söylemiştir: "Eski ve Yeni Dünya temasından sonraki ilk yüzyılda öldüğü bildirilen milyonlarca kişiyi öldürmek için çok az İspanyol vardı." Bunun yerine, ölü sayısının bazı tahminlere göre Kızılderili popülasyonlarında %80-90 ölüm oranına sahip çiçek hastalığı gibi hastalıklardan kaynaklandığını tahmin etmektedir Ancak tarihçi Jeffrey Ostler, İspanyol kolonizasyonunun hastalıkların yayılması için gerekli koşulları yarattığını, örneğin Hernando de Soto'nun 1539'da Güney Amerika'ya yaptığı seferin "üyelerinin çiçek ya da kızamık geçirmiş olma ihtimalinin çok düşük olduğunu dikkatli çalışmalarla ortaya koyduğunu" savunmuştur. Bunun yerine, seferin neden olduğu aksaklıklar, Amerika'da zaten mevcut olan frengi ve dizanteri ile doğu yarımküreden yeni getirilen bir hastalık olan sıtma gibi hastalıklara karşı yerli halkın savunmasızlığını artırmıştır."
Amerika'nın ilk fethi tamamlandıktan sonra İspanyollar 1503 yılında encomienda sistemini uygulamaya koydu. Teoride "encomienda", kültürel asimilasyonu ve Katolikliğe dönüşümü teşvik etmek için Yerli halk gruplarını İspanyol gözetimi altına aldı, ancak pratikte yüksek ölüm oranıyla acımasız koşullar altında yasal olarak onaylanmış zorla çalıştırma ve doğal kaynak sömürüsüne yol açtı. İspanyollar, sayılarının tükenmez olduğuna inandıkları Yerli halkları yok etmek için yola çıkmamış olsalar da, eylemleri Aravaklar gibi tüm kabilelerin yok olmasına yol açtı. Her altı ayda bir işçilerin üçte birinin öldüğü madenlerde birçok Aravak ölümcül zorla çalıştırma nedeniyle hayatını kaybetti. Tarihçi David Stannard'a göre encomienda, "Orta ve Güney Amerika'daki milyonlarca yerli halkı erken ve acı verici ölümlere sürükleyen" bir soykırım sistemiydi.
İspanyol ve Portekizlilerin Amerika'daki yerli halklara yönelik soykırımları, yerli nüfusun yaklaşık %90'ını, tarımın ve altyapının çoğunu yok etmiştir.3
Ekolog Simon Lewis ve jeolog Mark Maslin'e göre, bu soykırımların kapsamı o kadar genişti ki, orman rejenerasyonu ek karbon tutulması ile sonuçlandığı için 1550 ve 1700 yılları arasında küresel sıcaklık düşüşüne neden oldu.3
UC Riverside profesörü Clifford Trafzer'e göre, 1760'larda Gaspar de Portolà ve Junípero Serra önderliğinde Kaliforniya'yı güçlendirmek için gönderilen bir keşif gezisine ise  kölelik, zorla din değiştirme ve hastalık bulaştırma yoluyla soykırım damgasını vurmuştur.