James Bryant Conant
Ulusal Savunma Araştırma Komitesi

Haziran 1940'ta, II. Dünya Savaşı Avrupa'da şiddetlenerek, Washington Carnegie Enstitüsü müdürü Vannevar Bush, Harvard başkanı olarak kalmasına rağmen, Ulusal Savunma Araştırma Komitesi'ne (NDRC) Conant'ı aldı. Bush, NDRC'yi bilim adamlarını "savaş araçlarının, yöntemlerinin ve malzemelerinin yaratılması ve iyileştirilmesi için araştırma yapmak" üzere bir araya getirmesi olarak tasavvur etti. Amerika Birleşik Devletleri henüz savaşa girmemiş olsa da, Conant, Nazi Almanya'sının durdurulması gerektiğine ve ABD'nin kaçınılmaz olarak çatışmaya karışacağına inancında yalnız değildi. Conant'ın gördüğü gibi acil görev, bu nedenle Amerikan bilimini savaş için organize etmekti. NDRC'nin bombalar, yakıtlar, gazlar ve kimyasallardan sorumlu olan Bölüm B'nin başına geçti. 28 Haziran 1941'de Roosevelt, Bush'un müdürü olduğu Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Ofisini (OSRD) oluşturan 8807 sayılı İcra Emri'ni imzaladı. Conant, OSRD'ye dahil edilen NDRC'nin Başkanı olarak Bush'un yerini aldı. 1910'larda Harvard'da Conant'ın çağdaşı olan Roger Adams, onu Bölüm B'nin başına geçirdi. Conant, personel ve politika konularında NDRC'nin itici gücü oldu. NDRC, Ordu ve Donanmanın araştırma çabalarıyla el ele çalışacak ve onların yerini almak yerine onları destekleyecektir. Özellikle nükleer fisyonu araştırmakla görevlendirildi.
Şubat 1941'de Roosevelt, Conant'ı, Purdue Üniversitesi'nden Frederick L. Hovde ve MIT'den Carroll L. Wilson'ın da dahil olduğu bir misyonun başı olarak İngiltere'ye göndererek orada yürütülen araştırmayı ve işbirliği olasılıklarını değerlendirdi. 1940 Tizard Mission, Amerikan teknolojisinin İngiltere'nin birçok alanda, özellikle de radarda, birkaç yıl gerisinde olduğunu ve işbirliğinin hevesle arandığını ortaya çıkardı. Conant, Başbakan Winston Churchill ve önde gelen bilimsel danışmanı Frederick Lindemann ile ve Buckingham Sarayı'nda Kral George VI ile bir dinleyici ile öğle yemeği yedi. Sonraki bir toplantıda Lindemann, Conant'a İngilizlerin atom bombası geliştirme yolunda ilerlemesinden bahsetti. Conant'ı en çok etkileyen şey, İngilizlerin bunun uygulanabilir olduğuna dair inancı oldu. İngiliz programının Amerikan programından önde olması, Conant'ın zihninde, Almanya'nın nükleer fizikte dünya lideri olduğu genel olarak kabul edildiği için, Alman nükleer enerji projesinin daha da ileride olabileceği ihtimalini artırdı. Aynı yılın ilerleyen saatlerinde, Churchill, Bristol Üniversitesi Şansölyesi olarak, gıyaben Conant üzerine fahri Hukuk Doktoru derecesi verdi.
Conant daha sonra İngiltere ile nükleer enerji, özellikle de savaş sonrası yönleriyle işbirliğini kısıtlamak için harekete geçti ve İngiliz atom projesi Tube Alloys'ın temsilcisi Wallace Akers ile hararetli müzakerelere katıldı. Conant'ın, yardımlarının hayati önemde olduğu durumlar dışında İngilizlerin dışlandığı sert duruşu, İngiliz misillemesine ve işbirliğinin tamamen bozulmasına neden oldu. Onun itirazları, Churchill ile 1943 Quebec Anlaşmasına aracılık eden ve tam bir işbirliğini yeniden tesis eden Roosevelt tarafından bir kenara atıldı. Quebec Konferansından sonra Churchill, Conant'ın 1941 jestini geri verdiği ve Churchill'e fahri Hukuk Doktoru derecesi verdiği Harvard'da Conant'ı ziyaret etti. Amerika Birleşik Devletleri Aralık 1941'de savaşa girdikten sonra, OSRD daha çok Manhattan Projesi olarak bilinen atom bombası projesini Orduya devretti ve Tuğgeneral Leslie R. Groves proje yöneticisi olarak görev yaptı. Conant'ın da dahil olduğu bir toplantı, Groves'un başkanlığını Conant'ın yedeği olarak yaptığı Askeri Politika Komitesi adlı küçük bir komiteye vermesi gerektiğine karar verdi. Böylelikle Conant, Manhattan Projesi'nin yönetiminde en yüksek seviyelerde yer almaya devam etti.
Ağustos 1942'de, Roosevelt Conant'ı Lastik Araştırma Komitesi'ne atadı. Roosevelt'in güvenilir bir danışmanı ve sırdaşı olan Bernard M. Baruch başkanlığındaki komite, sentetik kauçuk programını gözden geçirmekle görevlendirildi. Şirketler rekabeti kısıtlamak ve yeniliği bastırmak için patent yasalarını kullandılar. Japonların Malaya, Kuzey Borneo ve Sarawak'ı işgali ve ardından Endonezya'nın Japon işgali doğal kauçuk arzının yüzde 90'ını kestiğinde, kauçuk kıtlığı ulusal bir skandal haline geldi ve acil bir öncelik olan sentetik ikamelerin geliştirilmesi. Baruch zor siyasi meselelerle uğraştı; Conant teknik olanlarla ilgilendi. Aralarından seçim yapabileceğiniz bir dizi farklı sentetik kauçuk ürün vardı. DuPont'un neoprenine ek olarak Standard Oil, Buna-N adlı bir kopolimer ve buna-S adlı ilgili bir ürün için Alman patentlerine sahipti. Hiçbiri artık ihtiyaç duyulan ölçekte üretilmemişti ve tarımsal çıkarlar, çiftlik ürünlerinden hammadde yapmayı içeren bir süreci seçmeleri için baskı yapıyordu. Kauçuk Araştırma Komitesi, bir kauçuk direktörünün atanması ve sentetik kauçuk üretimi için gerekli malzemeleri tedarik etmek için 51 fabrikanın inşası ve işletilmesi de dahil olmak üzere bir dizi tavsiyede bulundu. Teknik sorunlar programı 1943'e kadar takip etti, ancak 1944'ün sonlarına doğru tesisler, çoğu Buna-S olan bir milyon tonun üzerinde yıllık kapasiteyle faaliyete geçti.
Mayıs 1945'te Conant, yeni başkan Harry S. Truman'a nükleer silahlar konusunda tavsiyelerde bulunmak için kurulan Geçici Komite'nin bir parçası oldu. Geçici Komite, atom bombasının Japonya'daki bir endüstriyel hedefe karşı mümkün olan en kısa sürede ve uyarı yapılmadan kullanılması gerektiğine karar verdi. 16 Temmuz 1945'te Conant, bir atom bombasının ilk patlaması olan Trinity nükleer testi için Alamogordo Bombing and Gunnery Range'de bulunan saygın isimler arasındaydı. Savaştan sonra Conant, Norman Cousins ve Reinhold Niebuhr gibi isimler tarafından Hiroşima ve Nagazaki'nin bombalanmasına Amerika Birleşik Devletleri'nde artan eleştirilerden endişe duymaya başladı. Şubat 1947'de Harper'ın "Atom Bombasını Kullanma Kararı" başlıklı etkileyici bir makalesini kışkırtarak ve ardından düzenleyerek kamuoyunu şekillendirmede önemli bir perde arkası rolü oynadı. McGeorge Bundy'nin yardımıyla eski Savaş Bakanı Henry L. Stimson tarafından yazılan makalede, Hiroşima'nın atom bombası ve Nagasaki, 1945 yılında Müşterek Planlama Personeli tarafından Müşterek Kurmay Başkanlarına verilen tahminlerde bulunan bir rakamdan "bir milyondan fazla kayıp" olasılığından kaçınmak için kullanıldı.