Moro İsyanı (1899-1913)
Çatışmalar

ABD iddialarına göre isyandaki esas çatışmalar isyancı Moroların pusu kurmaları ile başladı. Biri Juramentadoların da dahil olduğu Morolar tarafından Amerikan birliklerine yönelik üç pusu Manabilang'ın etki alanının dışında, Lanao Gölü'nün güneyinde meydana geldi. Bu olaylar Tümgeneral Filipinler'in askeri valisi Adna R. Chaffee, 13 Nisan 1902'de bir bildiri yayınlayarak saldırgan Datu'dan Amerikan askerlerinin katillerini ve çalınan hükûmet mallarını teslim etmesini talep etti.
Buna uyulmaması üzerine Albay Frank Baldwin komutasında bir cezalandırma seferi düzenlendi. Frank Baldwin güney kıyısındaki Morolarla sorunları çözmek için yola çıktı. Mükemmel bir subay olmasına rağmen Baldwin "hevesliydi" ve endişeli Davis adlı bir astı da sefere gözlemci olarak katıldı. 2 Mayıs 1902'de Baldwin'in seferi, Bayang Muharebesi olarak da bilinen Pandapatan Muharebesi'nde bir Moro cotta'sına (kalesine) saldırdı. Pandapatan'ın savunması beklenmedik derecede güçlüydü ve çatışmalar sırasında 18 Amerikalı kayıp verdi. İkinci gün, Amerikalılar Moro tahkimatını kırmak için merdivenler ve hendek köprüleme araçları kullandılar ve bunu Morolu savunucuların ABD ordusunca genel bir katliamı izledi.
Sefer kuvveti Pandapatan'ın bir mil güneyinde Camp Vickers'da yerleşti ve Davis, Pershing'i Baldwin'in emrine istihbarat subayı ve Moro işleri sorumlusu olarak atadı. Komutan olarak 'Black Jack' Pershing'in Baldwin'in hareketleri üzerinde veto hakkı vardı ki bu istikrarsız bir düzenlemeydi. Pandapatan'dan kurtulanlar Bacolod'da bir Cotta inşa etmeye başladığında bu düzenleme sorgulandı. Baldwin düşman Morolara karşı hemen harekete geçmek istedi, ancak Pershing bunu yapmanın çevredeki Datular arasında Amerikan karşıtı bir koalisyon yaratabileceği, oysa sabırlı bir diplomasinin Moroların çoğuyla dostane ilişkiler kurarak düşman azınlığı izole edebileceği konusunda uyardı. Baldwin isteksizce kabul etti. 30 Haziran'da Pershing Vickers Kampı'nın komutasını üstlendi ve Baldwin Malabang'a döndü. Vickers Kampı büyüklüğündeki bir komuta normalde Binbaşı rütbesindeki bir subaya verilirdi ve Kampa takviye olarak gelenlerin arasında Pershing'den kıdemli subayların bulunmamasını sağlamak için personelin dikkatli bir şekilde yer değiştirmesi gerekecekti.
4 Temmuz 1902'de Başkan Theodore Roosevelt Filipin Ayaklanmasının sona erdiğini ve Filipinler'deki düşmanlıkların durdurulduğunu ilan eden bir bildiri yayınladı. "Moro kabilelerinin yaşadığı ülke topraklarında ne yazık ki bu bildiri geçerli olmamıştır.
Aynı ayın ilerleyen günlerinde Davis terfi etti ve Filipinler'deki Amerikan kuvvetlerinin başkomutanı olarak Chaffee'nin yerini aldı. Mindanao-Jolo Departmanının komutası Tuğgeneral Samuel S. Sumner'a verildi. Bu arada Pershing çevredeki Morolarla diplomasi yürütmek üzere yerleşti ve 4 Temmuz kutlamasına komşu çiftliklerden 700 konuk katıldı. Eylül 1902'de Masiu Seferi'ne önderlik etti ve bu sefer bölgede Amerikan hâkimiyetinin kurulmasına büyük katkı sağlayan bir zaferle sonuçlandı. 10 Şubat 1903'te Pershing, eskiden düşman olan Pandapatan Muharebesi'nde mağlup olan Bayan Morolarından  aynı zamanda bir Pandita (Filipinler'deki Müslüman ritüel uzmanları için kullanılan bir terim) "Sajiduciaman" tarafından  tarafından Datu ilan edildi. Kendisi bu şekilde onurlandırılan tek Amerikalıdır. Pershing'in Vickers Kampındaki kariyeri 1903 yılının Nisan ve Mayıs aylarında Pershing'in Lanao Gölü etrafındaki yürüyüşü ile doruğa ulaştı. Dansalan Marawi seferi olarak da bilinen bu sefer, Bacolod Muharebesi ve Birinci Taraka Muharebesi'ni içeriyordu ancak bunun dışında barışçıldı. Bu sefer kısa sürede Lanao Gölü bölgesi Amerikan kontrolünün bir sembolü haline geldi ve bu durum bölgenin Moro Maranao sakinleri tarafından dehşetle karşılandı.
Pershing Lanao Gölü'nün güneyinde çalışırken, Binbaşı Robert Lee Bullard kuzeyde çalışıyor, Iligan'dan Marawi'ye bir yol inşa ediyordu. Pershing gibi o da hiçbir zaman resmi olarak ilan edilmemiş olsa da Morolar tarafından Datu olarak görülüyordu. Lanao Gölü Morolarının çok kişiselci liderlik tarzı nedeniyle, onları aynı orduda iki subay olarak görmekte zorlandılar. Bunun yerine onları birbirlerine rakip olabilecek iki güçlü reis olarak görüyorlardı. Pershing'in Lanao Gölü çevresindeki yürüyüşü sırasında bir Moro, Bullard'a koşarak Pershing'in Juramentado haline, yani cinnet geçirdiğine işaret ederek, Bullard'ın beyaz bayrak çekmesinin daha iyi olacağını (Pershing'in birlikleriyle bir sorunları olmadığını işaret ederek) haykırdı. Bullard Moro'ya Pershing'in yaklaşmasından neden endişe duymadığını açıklayamadı. Başka bir seferinde, güçlü bir datu, Pershing'i yenmek ve tüm Lanao Gölü bölgesi üzerinde derebeylik kurmak amacıyla Bullard'a ittifak teklif etti. 1 Haziran 1903'te, "Palawan adası ve Mindanao'nun kuzeybatı yarımadasının doğu kısmı hariç, sekizinci enlem paralelinin güneyinde kalan Filipinler topraklarının tamamını" içeren Moro Eyaleti kuruldu.
Vilayetin sivil bir hükûmeti vardı, ancak kaymakamlar ve yardımcıları da dahil olmak üzere birçok kamu hizmeti pozisyonu Amerikan ordusu mensupları tarafından yürütülüyordu. Vilayetin valisi Mindanao-Jolo Departmanının komutanı olarak görev yapıyordu. Bu birleşik sivil ve askeri yönetim sisteminin arkasında birkaç motivasyon vardı. Bunlardan biri Moro düşmanlığının devam etmesiydi. Bir diğeri ise ordunun Kızılderili Savaşları sırasında sivil Kızılderili İşleri Bürosu ile çatışmaya girdiği zamanki deneyimiydi. Üçüncüsü ise feodal, kişiselci yönetim tarzına sahip Moroların, savaşçı olmayan birinin otoritesine boyun eğen bir askeri lidere saygı duymayacaklarıydı.
Valinin yönetimindeki yürütme organına ek olarak, vilayetin bir de yasama organı vardı: Moro Konseyi. Bu konsey "vali, bir eyalet savcısı, bir sekreter, bir haznedar, bir okul müfettişi ve bir mühendisten oluşuyordu." Konseyin diğer tüm üyelerini vali atasa da, bu organ kalıcıydı ve yasalar için valinin halefi tarafından bozulabilecek tasarruflarından daha sağlam bir temel sağlıyordu.
Vilayet, Amerikalı subayların kaymakam ve vali yardımcısı olarak görev yaptığı beş bölgeye ayrılmıştı. Bu ilçeler şunlardır: Cotabato, Davao, Lanao, Sulu ve Zamboanga. Bölgeler kabile mıntıkalarına bölünmüş, büyük datular mıntıka şefi, küçük datular ise vekil, yargıç ve şerif olarak görev yapmıştır. Bu sistem, Moro siyasi toplumunun kişisel bağlara dayanan mevcut yapısından yararlanırken, daha bireyci bir toplumun önünü açıyordu; burada makama değil, makamı işgal eden kişiye saygı gösteriliyordu.
6 Ağustos 1903'te Tümgeneral Leonard Wood Moro Eyaleti valisi ve Mindanao-Jolo Departmanı komutanı olarak göreve başladı. Wood, "Moroların kan davası, çok eşlilik ve insan kaçakçılığına olan eğilimlerinden kişisel olarak rahatsız olduğu" için Morolarla ilişkilerinde sertti  ve etnosentrizm içeren yapısıyla Moro topraklarında Amerikan kavramlarını çok çabuk empoze etmesini sağlamayı hedeflediğinden Morolarla ilişkilerinde sert bir tutum izledi. Morolar hakkındaki görüşlerine ek olarak Wood, 19 Mart 1904'te nihayet onaylanan Tümgeneral rütbesine atanması konusunda da zorlu bir Senato mücadelesiyle karşı karşıya kaldı. Bu durum onu saha tecrübesi eksikliğini gidermek için askeri şöhret arayışına itti ve bazen sivil yöneticiler tarafından diplomatik yollarla halledilmesi daha iyi olacak küçük olaylar nedeniyle Eyalet ordusunu cezalandırıcı seferlere çıkardı. Wood'un valiliği dönemi, Amerika'nın Moroland'ı işgali sırasında en sert ve en kanlı çatışmaların yaşandığı dönem oldu.
Amerikan birliklerine karşı savaşan Morolardan bazıları iddialara göre tıpkı erkekler gibi giyinen kadınlardı. Bu durum Amerikan birlikleri tarafından "If a Lady's Wearin' Pantaloons" adlı şarkının söylenmesine yol açtı. Bu arada kendi döneminde Moro Krateri Katliamı gibi katliamlar yaşandı. Onun ardından 2 askeri yönetici daha gelecektir. Bu yöneticiler döneminde de sert cezalandırma hareketleri yapılacaktır. Bu 1913'e kadar olan dönemdeki yöneticiler sırasıyla şunlardır.