รายชื่อตอนในยอดนักสืบจิ๋วโคนัน (แอนิเมชัน)
ฉบับภาพยนตร์

บทความหลัก: ยอดนักสืบจิ๋วโคนันฉบับภาพยนตร์
ปัจจุบัน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ฉบับภาพยนตร์ มีทั้งสิ้น 28 ตอน (มีลิขสิทธิ์ในไทยแล้วทั้งหมด 27 ภาค โดย ไทก้าจัดจำหน่าย 23 ตอน ADK Thailand และ True ถือครองลิขสิทธิ์ภาพยนตร์ที่ 24 และ Dex ถือครองลิขสิทธิ์ภาพยนตร์ตั้งแต่ภาค 25) ดังนี้
คดีปริศนาระเบิดระฟ้า (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 時計じかけの摩天楼; โรมาจิ: Meitantei Konan Tokei Jikake no Matenrō) ; (อังกฤษ: The Time-Bombed Skyscraper)
คดีฆาตกรรมไพ่ปริศนา (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 14番目の標的 (ターゲット); โรมาจิ: Meitantei Konan Jyuuyon (14) banme no Tagetto (TARGET)) ; (อังกฤษ: The Fourteenth Target)
ปริศนาพ่อมดคนสุดท้ายแห่งศตวรรษ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 世紀末の魔術師; โรมาจิ: Meitantei Konan Seikimatsu no Majutsushi) ; (อังกฤษ: The Last Wizard of the Century)
คดีฆาตกรรมนัยน์ตามรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 瞳の中の暗殺者; โรมาจิ: Meitantei Konan Hitomi no Naka no Ansatsusha) ; (อังกฤษ: Captured in Her Eyes)
คดีปริศนาเส้นตายสู่สวรรค์ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 天国へのカウントダウン; โรมาจิ: Meitantei Konan Tengoku He no Kauntodaun   (COUNTDOWN)) ; (อังกฤษ: Countdown to Heaven)
ปริศนาบนถนนสายมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン ベイカー街 (ストリート) の亡霊; โรมาจิ: Meitantei Konan Beikā Sutorīto (BAKER STREET) no Bōrei) ; (อังกฤษ: The Phantom of Baker Street)
คดีฆาตกรรมแห่งเมืองปริศนา (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 迷宮の十字路 (クロスロード); โรมาจิ: Meitantei Konan Meikyū no Kurosurōdo (CROSSROAD)) ; (อังกฤษ: Crossroad in the Ancient Capital)
มนตราแห่งรัตติกาลสีเงิน (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 銀翼の奇術師 (マジシャン); โรมาจิ: Meitantei Konan Ginyoku no Majishan (MAGICIAN)) ; (อังกฤษ: Magician of the Silver Sky)
ยุทธการเหนือห้วงทะเลลึก (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 水平線上の陰謀 (ストラテジー); โรมาจิ: Meitantei Konan Suiheisenjō no Sutoratejī (STRATEGY)) ; (อังกฤษ: Strategy Above the Depths)
บทเพลงมรณะแด่เหล่านักสืบ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 探偵たちの鎮魂歌 (レクイエム); โรมาจิ: Meitantei Konan Tantei tachi no Rekuiemu (REQUIEM)) ; (อังกฤษ: The Private Eyes' Requiem)
ปริศนามหาขุมทรัพย์โจรสลัด (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 紺碧の棺 (ジョリー・ロジャー); โรมาจิ: Meitantei Konan Konpeki no Jorī Rojā (JOLLY ROGER)) ; (อังกฤษ: Jolly Roger in the Deep Azure)
บทบรรเลงแห่งความตาย (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 戦慄の楽譜 (フルスコア); โรมาจิ: Meitantei Conan Senritsu no Furu Sukoa (FULL SCORE)) ; (อังกฤษ: Full Score of Fear)
ปริศนานักล่าทรชนทมิฬ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 漆黒の追跡者 (チェイサー); โรมาจิ: Meitantei Conan Shikkoku no Chasar (CHASER)) ; (อังกฤษ: The Raven Chaser)
ปริศนามรณะเหนือน่านฟ้า (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 天空の難破船 (ロスト・シップ); โรมาจิ: Meitantei Conan Tenkuu no Rosuto Shippu (LOST SHIP)) ; (อังกฤษ: The Lost Ship In The Sky)
15 นาทีเฉียดวิกฤติมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 沈黙の15分 (クオーター); โรมาจิ: Meitantei Konan Chinmoku no Kwota (QUARTER)) ;(อังกฤษ: Quarter of Silence)
ปริศนาระทึก-ศึกลูกหนังมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 11人目のストライカー; โรมาจิ: Meitantei Konan Jūichi Ninme no Sutoraika (STRIKER)) ;  (อังกฤษ: The Eleventh Striker)
ฝ่าวิกฤติเรือรบมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 絶海の探偵 (プライベート・アイ); โรมาจิ: Meitantei Konan Zekkai no Puraibeto Ai (PRIVATE EYE)) ;  (อังกฤษ: Private Eye in the Distant Sea)
ปริศนากระสุนมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 異次元の狙撃手 (スナイパー); โรมาจิ: Meitantei Konan Ijigen no Sunaipa (SNIPER)) ;  (อังกฤษ: Dimensional Sniper)
ปริศนาทานตะวันมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 業火の向日葵 (ひまわり); โรมาจิ: Meitantei Konan Gōka no himawari) ;  (อังกฤษ: Sunflowers of Inferno)
ปริศนารัตติกาลทมิฬ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 純黒の悪夢 (ナイトメア); โรมาจิ: Meitantei Konan Junkoku no Naitomae (NIGHTMARE)) ;  (อังกฤษ: The Darkest Nightmare)
ปริศนาเพลงกลอนซ่อนรัก (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン から紅の恋歌 (ラブレター); โรมาจิ: Meitantei Konan Kara kurenai no raburetā (LOVE LETTER)) ;  (อังกฤษ: The Crimson Love Letter)
ปฏิบัติการสายลับเดอะซีโร่ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン ゼロの執行人; โรมาจิ: Meitantei Conan: Zero no Shikkōnin) ;  (อังกฤษ: Zero the Enforcer)
ศึกชิงอัญมณีสีคราม (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 紺青の拳; โรมาจิ: Meitantei Conan: Konjō no Fisuto) ;  (อังกฤษ: The Fist of Blue Sapphire)
กระสุนสีเพลิง (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 緋色の弾丸; โรมาจิ: Meitantei Konan Hiiro no Dangan) ;  (อังกฤษ: The Scarlet Bullet)
เจ้าสาวฮาโลวีน (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン ハロウィンの花嫁; โรมาจิ: Meitantei Konan Harowin no Hanayome) ;  (อังกฤษ: The Bride of Halloween)
มฤตยูใต้น้ำทมิฬ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 黒鉄の魚影; โรมาจิ: Meitantei Konan Kurogane no Sabumarin) ;  (อังกฤษ: Black Iron Submarine)
ปริศนาปราการ 5 แฉก (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 100万ドルの五稜星; โรมาจิ: Meitantei Konan Hyaku Man-doru no Michishirube) ;  (อังกฤษ: The Million Dollar Pentagram)
กลยุทธ์ภูธรวายุสลาตัน
และภาพยนตร์ฉบับพิเศษ 1 ตอน คือ
ลูแปงที่ 3 ปะทะ ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ (ญี่ปุ่น: ルパン三世VS名探偵コナン : 映画; โรมาจิ: Rupan Sansei VS Meitantei Konan:The Movie ) ;  (อังกฤษ: Lupin III vs. Detective Conan: The Movie) ชื่ออาจเหมือนกับตอนที่ฉายพิเศษทางโทรทัศน์แต่เป็นคนละเนื้อหากัน เป็นตอนใหม่และเป็นฉบับภาพยนตร์