โชเซ มูรีนโย
การทำงานในฐานะผู้จัดการ > เชลซี > ฤดูกาล 2006–07

ฤดูกาล 2006–07 เป็นช่วงเวลาที่สื่อประโคมข่าวว่าจะมูรีนโยอาจจะออกจากสโมสรหลังปิดฤดูกาลแข่งขัน เนื่องจากมีการกล่าวหาว่าเขามีความสัมพันธ์ไม่ดีกับเจ้าของสโมสรโรมัน อับราโมวิช ร่วมถึงมีการแย่งชิงอำนาจกับผู้อำนวยการด้านกีฬา (sporting director) แฟรงก์ อาร์นีสัน และที่ปรึกษาของอับราโมวิช ไพต์ เดอ วิสเซอร์ ในเวลาต่อมามูรีนโยได้เคลียร์ข้อสงสัยเกี่ยวกับอนาคตของเขาที่สแตมฟอร์ดบริดจ์ โดยระบุว่ามีเพียงแค่สองทางที่จะทำให้เขาต้องจากเชลซีคือ (1) ถ้าเชลซีไม่เสนอสัญญาฉบับใหม่ให้ในเดือนมิถุนายน 2010 และ (2) ถ้าเชลซีไล่เขาออกจากตำแหน่ง
การเซ็นสัญญาซื้อตัวศูนย์หน้าชาวยูเครน อันดรีย์ เชฟเชนโค ในช่วงฤดูร้อนของปี 2006 โดยมีค่าใช้จ่ายซึ่งเป็นสถิติใหม่ของสโมสรน่าจะเป็นอีกหนึ่งจุดที่ทำให้เกิดการโต้แย้งระหว่างมูรีนโย และ อับราโมวิช ในขณะที่เกิดการเซ็นสัญญาซื้อขาย เชฟเชนโคถือเป็นหนึ่งในกองหน้าที่ได้รับการยกย่องมากที่สุดในยุโรปโดยเวลานั้นเขาอยู่กับมิลานซึ่งเป็นสโมสรที่เขาชนะแชมเปียนส์ลีก และได้รางวัลนักเตะเช่น สคูเดตโต และ บาลงดอร์ เชลซีเคยพยายามเซ็นสัญญากับเชฟเชนโคในช่วงสองปีก่อนหน้านี้แต่มิลานปฏิเสธที่จะรับข้อเสนอของอับราโมวิช อย่างไรก็ดีฤดูกาลแรกของเชฟเชนโคที่เชลซีถูกมอง (โดยแฟนคลับ) ว่าเขาเป็นความน่าผิดหวังอย่างใหญ่หลวงเนื่องจากทำได้เพียง 4 ประตูจากการแข่งขันทั้งหมด 14 นัด
นอกจากนั้นในปีนี้เป็นปีที่ ดีดีเย ดรอกบา คู่ขาของเชฟเชนโคสามารถยิงประตูได้มากที่สุดในอาชีพนักฟุตบอลจึงเป็นเหตุให้เชฟเชนโคตกจากตำแหน่งกองหน้าตัวจริงในท้ายฤดูกาล ในการแข่งขันแชมเปียนส์ลีกรอบรองชนะเลิศกับลิเวอร์พูลที่แอนฟิลด์ มีการสังเกตว่าเชฟเชนโคไม่ได้แม้แต่จะมีชื่ออยู่บนม้านั่งข้างสนาม การเรียกร้องของอับราโมวิชที่จะให้มูรีนโยส่งนักเตะชาวยูเครนผู้นี้ลงเล่นถูกมองว่าเป็นอีกหนึ่งจุดที่ส่งเสริมความขัดแย้งระหว่างชายสองให้มากยิ่งขึ้น นักเตะคนใหม่ที่ได้รับความสนใจสูงนอกเหนือจากเชฟเชนโคคือ กัปตันชาวเยอรมันมิชาเอล บัลลัค ซึ่งเป็นผู้เล่นที่ไม่ติดสัญญากับทีมอื่น (free agent) จากบาเยิร์นมิวนิก โดยถูกนำมาเพื่อเสริมความแข็งแกร่งให้กับกองกลาง ในขณะที่กองหน้าชาวไอซ์แลนด์ เอย์ดืร์ กวึดยอนแซน ถูกขายออกเพื่อไปอยู่กับบาร์เซโลนา
แม้จะมีปัญหามากมายเกิดขึ้น เชลซีก็สามารถคว้าแชมป์การแข่งขันลีกคัพได้อีกครั้งโดยเอาชนะอาร์เซนอลที่มิลเลนเนียมสเตเดียม อย่างไรก็ตามความเป็นไปได้ที่จะคว้าถ้วยรางวัลถึง 4 ถ้วยก็ได้หมดไปเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 2007 เมื่อลิเวอร์พูลกำจัดเชลซีออกจากการแข่งขันแชมเปียนส์ลีกจากการดวลจุดโทษที่แอนฟิลด์หลังจากผลคะแนนรวมเสมอที่ 1-1 หลังจากนั้นไม่นานเชลซียังไปทำได้เพียงเสมอ 1-1 กับอาร์เซนอลที่เอมิเรตส์สเตเดียม จึงทำให้แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกของปีนี้ไปได้ โดยปีนี้ถือเป็นฤดูกาลแรกของมูรีนโยที่ไม่สามารถคว้าแชมป์ลีกของประเทศหลังจากทำได้ติดต่อกันเป็นเวลา 5 ปี มูรีนโยนำเชลซีชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดด้วยคะแนน 1-0 ในรอบชิงชนะเลิศเอฟเอคัพ ซึ่งถือเป็นชัยชนะที่เกิดขึ้นครั้งแรกในสนามกีฬาเวมบลีย์ที่สร้างขึ้นใหม่ และเป็นการคว้าแชมป์ครั้งแรกของมูรีนโยในการแข่งขันเอฟเอคัพ ดังนั้นจึงหมายความว่าเขารับถ้วยรางวัลการแข่งขันภายในประเทศที่ผู้จัดการทีมฟุตบอลในพรีเมียร์ลีกสามารถครอบครองได้มาทั้งหมดแล้ว
ความขัดแย้งระหว่างมูรีนโย และ อับราโมวิชยังคงดำเนินต่อไปเมื่ออัฟราม แกรนท์ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้อำนวยการฟุตบอล (director of football) แม้จะได้รับการคัดค้านจากมูรีนโย นอกจากนั้นตำแหน่งของแกรนท์ยังได้รับการสนับสนุนเพิ่มเติมโดยได้ที่นั่งกรรมการบริหารสโมสรอีกด้วย การโอนย้ายในปีต้นปี 2007-08 รวมถึงการออกของอาร์เยิน โรบเบินเพื่อไปอยู่กับเรอัลมาดริด และการเข้ามาของกองกลางสัญชาติฝรั่งเศส ฟลอร็อง มาลูดาจากโอลิมปิกลียง