วิกฤตการณ์ขีปนาวุธคิวบา
อเมริกาวางแผนโต้ตอบ

เคนเนดีได้เห็นภาพถ่ายในวันที่ 16 ตุลาคม เขาได้จัดการประชุมสภาความมั่นคงแห่งชาติขึ้น โดยมีเจ้าหน้าที่ระดับสูง 14 คนและน้องชายของเขาโรเบิร์ต เมื่อเวลา 9.00 สหรัฐไม่มีแผนที่จะจัดการกับภัยคุกคามในคิวบา เพราะว่าหน่วยข่าวกรองของสหรัฐนั้นเชื่อว่าโซเวียตไม่ได้ติดตั้งอาวุธนิวเคลียร์ไว้ในคิวบา ทางสภาความมั่นคงแห่งชาติได้รวมกันหาทางออกอย่างเร่งด่วนขึ้นมา 5 วิธี ได้แก่
ไม่ทำอะไรเลย
ใช้การเจรจาทางการทูตเพื่อกดดันให้สหภาพโซเวียตถอนขีปนาวุธ
ใช้การโจมตีทางอากาศต่อขีปนาวุธ
ใช้กองทัพเข้าบุก
ทำการปิดล้อมทางทะเลต่อคิวบา ซึ่งจัดว่าเป็นการปิดกันประเทศอย่างจำกัด
ด้วยความเต็มใจหัวหน้าเจ้าหน้าที่ได้ตกลงที่จะทำการเข้าโจมตีเต็มกำลังและเป็นการแก้ไขปัญหาเพียงทางเดียว พวกเขาเห็นพ้องกันว่าโซเวียตจะไม่ขัดขวางอเมริกาจากการเข้ายึดครองคิวบา เคนเนดีนั้นสงสัยในเรื่องนี้ เขาจึงกล่าวว่า
พวกเขาสามารถปล่อยให้สิ่งเหล่านี้ผ่านไปโดยไม่ทำอะไรเลย ตามที่พวกเขากล่าว พวกเขาไม่สามารถยอมให้พวกเราจัดการกับขีปนาวุธของพวกเขา สังหารชาวรัสเซีย และไม่ทำอะไรเลย หากพวกเขาไม่ทำอะไรสักอย่างในคิวบา พวกเขาจะต้องทำอะไรสักอย่างในเบอร์ลินแน่นอน
เคนเนดีสรุปว่าการโจมตีทางอากาศจะเป็นการให้ "ไฟเขียว" กับโซเวียตในการเข้ายึดครองเบอร์ลิน เขาเสริมด้วยว่าในการทำเช่นนั้นพันธมิตรของสหรัฐจะคิดว่าสหรัฐเป็นคนจุดชนวนในการสูญเสียเบอร์ลิน เพราะพวกเขาไม่สามารถแก้ไขปัญหาในคิวบาด้วยสันติวิธีได้[ต้องการอ้างอิง]
จากนั้นในการประชุมได้มีการหารือถึงผลที่จะกระทบความสมดุลทางยุทธศาสตร์ หัวหน้าเจ้าหน้าที่เชื่อว่าขีปนาวุธจะเป็นตัวถ่วงสมดุลอย่างมาก แต่รัฐมนตรีกระทรวงกลาโหมโรเบิร์ต แมคนามาร่าไม่เห็นด้วยในเรื่องนั้น เขาเชื่อว่าขีปนาวุธจะไม่ส่งผลใด ๆ ในด้านยุททธศาสตร์ ส่วนฐานยิงอีก 40 ฐานนั้นจะสร้างความแตกต่างเพียงเล็กน้อยในภาพรวมของความสมดุลด้านยุทธศาสตร์ สหรัฐนั้นมีหัวรบมากกว่า 5,000 หัวรบอยู่แล้วในขณะที่โซเวียตมีเพียง 300 เท่านั้น เขาสรุปว่าการที่โซเวียตมีเพิ่มขึ้นอีก 40 เป็น 340 ลูกนั้นจะไม่เปลี่ยนแปลงสมดุลด้านยุทธศาสตร์เลยแม้แต่น้อย ในปีค.ศ. 1990 เขาพูดซ้ำอีกว่า "มันจะไม่สร้างความแตกต่างใด ๆ กองทัพจะไม่เสียสมดุล ผมไม่เชื่อว่ามันจะเป็นไปได้ทั้งเมื่อก่อนและในตอนนี้"
อย่างไรก็ตามสภาความมั่นคงแห่งชาติก็เห็นด้วยว่าขีปนาวุธจะส่งผลกระทบในด้านสมดุลการเมือง อย่างแรกเคนเนดีได้ให้สัญญากับประชาชนอเมริกันไม่นานก่อนหน้านี้ว่า "หากคิวบานั้นมีความสามารถพอที่จะทำการโจมตีสหรัฐ สหรัฐก็จะทำการตอบโต้" ประการที่สองความน่าเชื่อถือของสหรัฐท่ามกลางเหล่าพันธมิตรและประชาชนอเมริกันจะได้รับผลกระทบในด้านลบหากพวกเขายอมให้สหภาพโซเวียตมาเปลี่ยนแปลงสมดุลด้านยุทธศาสตร์ด้วยการติดตั้งขีปนาวุธในคิวบา เคนเนดีได้ชี้แจงหลังจากวิกฤตการณ์ว่า "มันอาจมีการเปลี่ยนแปลงทางด้านสมดุลการเมือง มันอาจส่งผลให้เห็นในทางความเป็นจริง"
ดังนั้นการบุกเต็มรูปแบบจึงไม่ใช่ทางเลือกที่ดี แต่ต้องมีใครลงมือทำอะไรสักอย่าง โรเบิร์ต แมคนามาร่าได้สนับสนุนการปิดกั้นทางทะเลด้วยการที่มันเป็นทางเลือกที่มีกำลังแต่ก็จำกัดทางกองทัพให้อยู่ในการควบคุม ตามกฎหมายนานาชาติแล้วการปิดกั้นนั้นเป็นการกระทำของสงคราม แต่เคนเนดีไม่คิดว่ามันมีข้อจำกัดเพียงเท่านั้น เขาคิดว่าสหภาพโซเวียตจะไม่ถูกกระตุ้นให้ทำการโจมตีเพราะเพียงแค่มีการปิดกั้นเท่านั้น[ต้องการอ้างอิง]
ในวันที่ 19 ตุลาคม การบินสอดแนมของยู-2 แสดงให้เห็นฐานยิงขีปนาวุธสี่แห่ง ในส่วนหนึ่งของการปิดกั้นกองทัพสหรัฐได้เตรียมตัวพร้อมอย่างมากในการใช้กำลังบังคับในการปิดกั้นและพร้อมสำหรับการเข้าบุกคิวบา กองพลยานเกราะที่ 1 ถูกส่งไปที่จอร์เจียและกองทัพบกห้ากองพลเตรียมพร้อมที่จะเข้าบุก ฝ่ายศูนบ์บัญชาการยุทธศาสตร์ทางอากาศได้ส่งเครื่องบินทิ้งขนาดกลางบี-47 สตราโตเจ็ทไปยังสนามบินพลเรือนและเครื่องบินทิ้งระเบิดขนาดหนักบี-52 สตราโตฟอร์เทรสเข้าสู่การเตรียมพร้อม