สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2
กบฏ

ชาวเตอร์กิกจำนวนมากในอิลีของซินเจียงมีวัฒนธรรม การเมือง และเศรษฐกิจใกล้เคียงกับรัสเซีย พวกเขาส่วนใหญ่ได้รับการศึกษาจากสหภาพโซเวียตและมีชุมชนชาวรัสเซียในบริเวณนั้น กบฏชาวเตอร์กิกส่วนใหญ่เข้าสู่สหภาพโซเวียตและได้รับความช่วยเหลือจากสหภาพโซเวียตในการจัดตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยประชาชนเตอร์กิกซินเจียง ใน พ.ศ. 2486 เพื่อต่อต้านการปกครองของก๊กมินตั๋ง ในเหตุการณ์กบฏอิลี ชาวอุยกูร์ที่นิยมโซเวียตกลายเป็นผู้นำการปฏิวัติและสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 เอห์เมตยัน กวาซิมซึ่งได้รับการศึกษาจากสหภาพโซเวียต จัดเป็นเด็กของสตาลินและคอมมิวนิสต์หัวรุนแรง  กวาซิมเปลี่ยนนามสกุลของตนให้เป็นรัสเซียขึ้นว่ากาซิมอฟ และเข้าเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์แห่งสหภาพโซเวียต
หลิวปินไตเป็นเจ้าหน้าที่ก๊กมินตั๋งชาวหุยมุสลิม และถูกส่งเข้าไปในอูรุมชีเพื่อประสานกับชาวเติร์กมุสลิมที่เตรียมล้มล้างการปกครองของชาวจีน การทำงานของเขาล้มเหลวเพราะไปถึงช้าเกินไป  ชาวเตอร์กิกโจมตีกองทัพของเขา หลิวถูกฆ่าในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2487 และเป็นจุดเริ่มต้นของกบฏอิลี
หลังจากเชิ่งออกไปจากซินเจียง การบริหารแบบใหม่จากก๊กมินตั๋งได้เพิ่มปัญหาในการใช้กฎหมาย ในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2487 ทหารที่ถูกส่งเข้าไปในคงคา ซึ่งมีชาวคาซักเป็นส่วนใหญ่ ไม่สามารถควบคุมผู้ก่อเหตุรุนแรงได้
ในวันที่ 8 ตุลาคม ผู้ก่อการได้เข้ายึดนิลกา ในช่วงเดือนตุลาคม เกิดกบฏสามตำบลที่ทางใต้ของคุลชาในอิลี อัลไต และตาร์บากาไตยในซินเจียงเหนือ ด้วยความช่วยเหลือจากสหภาพโซเวียตและการสนับสนุนโดยพันธมิตรซินเจียงที่ฝึกอบรมในโซเวียต กลุ่มกบฏเข้าควบคุมพื้นที่ทั้งสามได้อย่างรวดเร็ว และยึดคุลชาได้ในเดือนพฤศจิกายน ชนกลุ่มน้อยชาวจีนในบริเวณนั้นถูกสังหารและถูกผลักดันให้ออกไป ตามข้อมูลจากสหรัฐอเมริกา นักวิชาการอิสลาม เอลิฮัน โทเร ประกาศจัดตั้งรัฐบาลอิสลามเตอร์กิสถาน
กลุ่มกบฏยึดครองคุลชาเมื่อ 7 พฤศจิกายน พ.ศ. 2487 และเข้ายึดครองพื้นที่ต่างๆในเมืองอย่างรวดเร็ว ต่อสู้กับกองทัพก๊กมินตั๋งโดยกองทัพก๊กมินตั๋งได้ต่อต้านการยึดครองสถานีตำรวจกลางเมืองไว้ได้จนถึงวันที่ 13 พฤศจิกายน การจัดตั้งสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเกิดขึ้นในวันที่ 15 พฤศจิกายน กองทัพสหภาพโซเวียตเข้าช่วยกองทัพอิลีอุยกูร์เข้ายึดหลายเมืองทางอากาศ รัสเซียที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์เช่น รัสเซียขาว และชาวรัสเซียที่อาศัยในซินเจียงตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 24 ช่วยเหลือกองทัพแดงของโซเวียตและกองทัพกบฏอิลีด้วย พวกเขาสูญเสียมาก ผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกหลายคนเป็นตัวแทนของสหภาพโซเวียตหรือทำงานร่วมกับสหภาพโซเวียต เช่น อับดุลการิม อับบาส อิสซัก เบก ไซฟุดดิน อาซีซี และรัสเซียขาว ได้แก่ เอฟ เลสกิน เอ โปลินอฟ และกลิมคิน เมื่อกลุ่มกบฏมีปัญหาในการยึดสนามบินไอรามเบกจากจีน กองทัพสหภาพโซเวียตได้เข้าช่วยโดยตรง
กลุ่มกบฏได้สังหารหมู่พลเรือนชาวจีนฮั่นโดยเฉพาะประชาชนที่เกี่ยวข้องกับกองทัพก๊กมินตั๋งและเชิ่ง ชีไข่ ในประกาศคุลชาเมื่อ 5 มกราคม พ.ศ. 2488 ได้ประกาศว่าสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกได้ตั้งขึ้นเพื่อเป็นพันธมิตรที่แนบแน่นกับสหภาพโซเวียต ต่อต้านจีนฮั่น การสังหารหมู่ชาวจีนฮั่นส่วนใหญ่เกิดขึ้นระหว่าง พ.ศ. 2487 – 2488 ฝ่ายก๊กมินตั๋งตอบโต้โดยสังหารนักโทษที่เกี่ยวข้องกับสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก ในพื้นที่ที่ควบคุมโดยสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เช่น คุลชา มีความตึงเครียดหลายอย่างเกิดขึ้น เช่น ห้ามชาวจีนฮั่นครอบครองอาวุธ มีตำรวจลับแบบสหภาพโซเวียต กำหนดให้ใช้ภาษารัสเซียและภาษาเติร์กเป็นภาษาราชการ แต่ห้ามใช้ภาษาจีน ชาวตังกูสิตที่ไม่ใช่มุสลิมมีบทบาทสำคัญในการช่วยเหลือฝ่ายกบฏโดยสนับสนุนผลผลิตทางการเกษตร ชาวมุสลิมตันกันหรือหุยในอิลีไม่มีความสำคัญ โดยช่วยเหลือฝ่ายกบฏเล็กน้อยหรือไม่ช่วยเหลือเลย
ความต้องการของกลุ่มกบฏได้แก่ ยุติการปกครองของจีน สร้างความเสมอภาคในทุกเชื้อชาติ ยอมรับการใช้ภาษาแม่ เป็นมิตรกับสหภาพโซเวียต และต่อต้านการอพยพชาวจีนเข้ามาในซินเจียง กลุ่มกบฏได้จัดตั้งกองทัพแห่งชาติอิลี และต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นกองทัพแห่งชาติเตอร์กิสถานตะวันออก  ประกอบด้วยทหารที่เป็นชาวอุยกูร์ คาซัก และรัสเซียขาว และกลุ่มของชนเผ่าในคาซักไกรที่อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของออสมาน บาตูร์ ชาวคาซักได้แพร่ขยายขึ้นไปทางเหนือ ในขณะที่กองทัพแห่งชาติแพร่ขยายลงมาทางใต้ ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488 กองทัพก๊กมินตั๋งและกองทัพแห่งชาติอิลียึดครองตำแหน่งคนละด้านของแม่น้ำมานาซีใกล้อูรุมชี ในเวลานั้น สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกยึดครองซุงกาเรียและคาชการ์ตา ในขณะที่กองทัพก๊กมินตั๋งยึดครองบริเวณอูรุมชีหรือตีฮูวา
กองทัพแห่งชาติอิลีซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อ 8 เมษายน พ.ศ. 2488 ในฐานะกองทัพของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก นำโดยชาวคีร์กิซ อิซฮัก เบก และชาวรัสเซียขาว โปลินอฟและเลสกิ้น ทั้งสามคนนิยมโซเวียตและเคยทำงานกับกองทัพสหภาพโซเวียตมาก่อน โซเวียตสนับสนุนเครื่องแบบ และช่วยเหลือกองทัพแห่งชาติสู้รบกับทหารจีน เครื่องแบบและธงของทัพแห่งชาติมีคำว่า สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก (Vostochnaya Turkestanskaya Respublika; VTR)  เขียนด้วยอักษรซีริลลิก สหภาพโซเวียตได้ช่วยเหลือกบฏในอุยกูร์มาตั้งแต่ส่งคลื่นวิทยุออกอากาศในอุยกูร์จากทัชเคนท์มายังซินเจียงตั้งแต่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2470 ซึ่งแสดงข้อเท็จจริงว่าสหภาพโซเวียตได้อบรมและส่งอาวุธแก่กองทัพเตอร์กิสถานตะวันออกต่อต้านจีน นอกจากสหภาพโซเวียตและกองทัพแห่งชาติจะร่วมมือกันต่อต้านกองทัพจีนแล้ว ยังรุกคืบไปถึงอุรุมชี แต่กองทัพจีนต้านทานไว้ได้ โดยนำทหารจีนมุสลิมไปต่อสู้กับกบฏเติร์กมุสลิม ทหารจีนมุสลิมนับพันคน นำโดยนายพลหม่า ปู้ฟังและหลานของเขา นายพลหม่า เชิงเซียง เคลื่อนย้ายจากชิงไห่เข้าสู่ซินเจียงเพื่อต่อสู้กับกองทัพโซเวียตและชาวอุยกูร์ อาวุธและอุปกรณ์ของกองทัพอิลีมาจากสหภาพโซเวียต กบฏอิลีได้ผลักดันกองทัพจีนออกจากที่ราบ และไปถึงกัชการ์ กักลิก และยาร์คัน อย่างไรก็ตาม ชาวอุยกูร์ในโอเอซิสไม่สนับสนุนกบฏที่มีโซเวียตหนุนหลัง ทำให้กองทัพจีนขับกลุ่มกบฏออกไปได้ กลุ่มกบฏนี้ทำลายผลผลิตทางการเกษตรของชาวทาจิกและชาวคาซัก และต่อต้านชาวทาจิกและชาวคาซักในจีนอย่างรุนแรง
ชาวจีนมุสลิม หม่า คลิก เจ้าที่ดินในชิงไห่ และหม่าปู้ฟังถูกส่งเข้าสู่อุรุมชีพร้อมด้วยชาวจีนมุสลิมโดยก๊กมินตั๋งใน พ.ศ. 2488 เพื่อต่อสู้กับกบฏอิลี  ในปีเดียวกัน ชาวตันกันหรือหุยจากชิงไห่ถูกส่งไปซินเจียง การรวมกำลังกันทำให้ได้ทหารชาวหุยและจีนฮั่น 100,000 คนภายใต้การควบคุมของก๊กมินตั๋ง ได้มีการลงนามในสนธิสัญญาสงบศึกใน พ.ศ. 2489 โดยสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 อยู่ภายใต้การควบคุมของอิลี และจีนควบคุมส่วนที่เหลือของซินเจียง รวมทั้งอุรุมชี