มหาวิหารนักบุญฟรังซิสแห่งอัสซีซี
ชั้นบนของมหาวิหาร

ทางเข้ามหาวิหารชั้นบนอยู่ด้านหลังจากภายในซุ้มภายในอาราม สถาปัตยกรรมเป็นแบบกอธิค ภายในส่วนสำคัญตกแต่งด้วยจิตรกรรมฝาผนังโดยจอตโตและชิมาบูเย หน้าต่างกระจกสีในบริเวณอารามสร้างโดยช่างชาวเยอรมนีที่มาทำงานอยู่ใกล้ๆ อาซิซิเมื่อปลายคริสต์ศตวรรษที่  13 หน้าต่างทางด้านซ้ายของทางเดินกลางเป็นฝีมือของช่างฝรั่งเศสที่สร้างเมื่อปี ค.ศ. 1270 ทางด้านขวาเชื่อกันว่าสร้างโดย “นายช่างแห่งซานฟรานเชสโก” หน้าต่างเหล่านี้เป็นตัวอย่างของหน้าต่างประดับกระจกสีที่ดีที่สุดที่หนึ่งในคริสต์ศตวรรษที่ 13 ในอิตาลี
โถงกลางของมหาวิหารจะกว้างและแบ่งเป็นสี่ช่วง เพดานเป็นแบบประทุนซ้อนตกแต่งด้วยลวดลายกางเขนและใบไม้ เพดานสันสี่ด้านตกแต่งด้วยดาวสีทองบนพื้นสีน้ำเงิน เพดานอีกช่วงหนึ่งตกแต่งด้วย รูปในกรอบกลม (Roundels) ซึ่งมีรูปพระเยซูครึ่งองค์ตรงกันข้ามกับนักบุญฟรานซิส และพระแม่มารีย์ตรงกันข้ามกับนักบุญยอห์นผู้ให้บัพติศมา เพดานทางเข้าเป็นรูป 4 รูปของ “นักปราชญ์แห่งคริสตจักร” ซึ่งมีนักบุญพระสันตะปาปาเกรกอรีตรงกันข้ามกับนักบุญเจอโรม และนักบุญแอมโบรสแห่งมิลานตรงกันข้ามกับนักบุญออกัสตินแห่งฮิปโป เชื่อกันว่าวาดโดยไอแซค มาสเตอร์ (Isaac Master)
ที่นั่งสวดมนต์มีด้วยกัน 102 ที่นั่งที่แกะสลักอย่างสวยงามโดยโดเมนีโก อินโดวีนี (Domenico Indovini) เมื่อปี ค.ศ. 1501 ตรงกลางเป็นยกพื้นที่เป็นที่ตั้งของคาเทรดา (Cathedra) ของพระสันตะปาปา
ทางด้านตะวันตกของทางเดินกลาง และมุข ตกแต่งด้วยจิตรกรรมฝาผนังโดย ชิมาบูเย และเวิร์คช็อพ ซึ่งเริ่มราวปี ค.ศ. 1280 เป็นรูป “พระเยซูบนกางเขน” โดยมีนักบุญฟรานซิสคุกเข่าอยู่ข้างล่างแสดงความโศกเศร้าใจในความทุกข์ของพระเยซู แต่ภาพเขียนเริ่มหลุดร่อนเพราะความชื้น และกาลเวลา และ ออกไซด์ของตะกั่ว (lead oxide) ที่ใช้ผสมสีและทา เมื่อปูนที่ไม่สดทำปฏิกิริยาทำให้ภาพกลายเป็นเน็กกาทีฟ
ก่อนหน้าที่ชิมาบูเยจะเขียนภาพทางด้านเหนือของแขนกางเขน ก็มีภาพบนผนังที่เขียนมาก่อนโดยช่างจากทางภาคเหนือของยุโรป ซึ่งอาจจะเป็นช่างจากอังกฤษที่เขียนระหว่างปี ค.ศ. 1267 ถึงปี ค.ศ. 1270 ชิมาบูเยเขียนภาพในครึ่งวงกลมสองอัน และในวงกลมเป็นรูปของทูตสวรรค์ และอัครทูต อีกงานหนึ่ง “อิสยาห์” และ “เดวิด” เป็นของนายช่างชาวโรมัน
ด้านบนของทางเดินกลางทั้งสองด้านได้รับความเสียหายอย่างหนักระหว่างแผ่นดินไหวเมื่อปี ค.ศ. 1997 ซึ่งเป็นระเบียงภาพทั้งหมด  32 ภาพจากพันธสัญญาเดิม เริ่มด้วยพระเจ้าสร้างโลก และจบด้วยโจเซฟยกโทษให้พี่ ต่อไปเป็นภาพจากพันธสัญญาใหม่เรื่มด้วย “แม่พระรับสาร” จนถึง “สตรีที่หลุมศพ” ด้านบนสุดตกแต่งด้วย “Pentecost” ไปจนถึง “พระเยซูขึ้นสวรรค์” แต่ละช่วงใช้เวลาวาดราวหกเดือน จึงใช้เวลานานมากกว่าทั้งหมดจะเสร็จ จึงมีจิตรกรหลายชุด รวมทั้งจิตรกรโรมันและจิตรกรจากทัสเคนีมาวาดต่อจากชิมาบูเย เช่น จาโคโป ทอร์ริติ (Jacopo Torriti) และเปียโตร คาวาลลินี (Pietro Cavallini)
ภาพจิตรกรรมฝาผนังสองภาพของชีวิตของอิสอัค “อิสอัคให้พรยาโคบ” (Isaac blesses Jacob) และ “เอซาวต่อหน้าอิสอัค” (Esau in front of Isaac) เชื่อกันว่าเป็นฝีมือของจอตโตที่วาดระหว่างปี ค.ศ. 1290 ถึงปี ค.ศ. 1295 (ซึ่งวาซาริสันนิษฐานว่าเป็นงานของ ชิมาบูเย) แต่กระนั้นก็ยังเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ นักวิจารณ์บางคนกล่าวว่าเป็นงานของไอแซค มาสเตอร์จากรายละเอียดของภาพที่มีฉากหลังเป็นฉากโรมัน บางคนก็ว่าไอแซ็ค มาสเตอร์อาจจะเป็นคนคนเดียวกับเปียโตร คาวาลลินีหรือลูกศิษย์
ปีเอโตร คาวาลลินีเคยเขียนภาพคล้ายคลึงกันเมื่อราว ค.ศ. 1290 ชื่อ “อิสอัคให้พรยาโคบ” ที่คอนแวนต์โบสถ์ซานตาเซซิเลีย ใน ทราสเทเวเร (Santa Cecilia in Trastevere) ที่ กรุงโรม การวางท่าของไอแซ็คในภาพคล้ายการวางท่าของพระแม่มารีในงานโมเสก “ประสูติกาลของพระแม่พรหมจารี” (Birth of the Virgin) ภายในมุขของวัดซานตามาเรีย ใน ทราสเทเวเร (Santa Maria in Trastevere) ที่ กรุงโรมซึ่งเขียนโดยคาวาลลินี ไอแซค มาสเตอร์ถือกันว่าเป็นศิลปินคนแรกที่ใช้วิธีสร้างจิตรกรรมฝาผนังแบบที่เรียกว่า ภาพวาดปูนเปียก หรือ เฟรสโก้ “buon fresco”