กรณีตากใบ
ผลที่ตามมา > การฟ้องร้องคดีความใน พ.ศ. 2547

จากกรณีที่เกิดขึ้น ได้เกิดกระบวนการฟ้องร้องตามกฎหมายในกรณีตากใบ โดยแบ่งออกเป็น 4 คดีความ ได้แก่
คดีแกนนำการชุมนุม: พนักงานอัยการได้ฟ้องร้องต่อแกนนำการชุมนุมจำนวน 59 คน (หลังจากนั้นผู้ถูกฟ้องร้องเสียชีวิต 1 คน) ในข้อหาปลุกปั่นยุยงให้เกิดความวุ่นวาย ต่อมารัฐบาลในยุคนั้น โดย พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี ได้เลือกที่จะถอนฟ้องด้วยเหตุผลด้านความมั่นคง คือ "การยุติข้อพิพาทในคดีนี้จะเป็นเงื่อนไขหนึ่งที่ส่งผลดีต่อการแก้ไขปัญหาความไม่สงบในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ การฟ้องคดีและการดำเนินคดีต่อไปจึงไม่เป็นประโยชน์แก่สาธารณะ และอาจกระทบต่อความปลอดภัย หรือความมั่นคงของชาติ รวมทั้งผลประโยชน์อันสำคัญของประเทศ…"— สุรยุทธ์ จุลานนท์ ซึ่งสังเกตได้ว่าฝั่งรัฐต้องการจะประนีประนอมกับประชาชนในพื้นที่ คล้ายคลึงกับการนิรโทษกรรมตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 66/2523 มากกว่าการใช้กฎหมายในการจัดการปัญหา รวมถึงไม่ทำให้ประเด็นดังกล่าวกลายเป็นข้ออ้างในการสร้างแนวร่วมมุมกลับจากประชาชนในพื้นที่ และถูกนำมาใช้เป็นประเด็นการเมืองในการต่อต้านรัฐบาล
คดีแพ่งจากญาติผู้เสียชีวิต: ฝ่ายญาติผู้เสียชีวิต ผู้ได้รับบาดเจ็บและทุพพลภาพได้รวมตัวกันยื่นฟ้องหน่วยงานรัฐเพื่อเรียกร้องค่าเสียหายทางแพ่งจากการเสียชีวิตและการบาดเจ็บในการขนย้ายผู้ที่ถูกจับกุมหน้าสถานีตำรวจภูธรตากใบ แบ่งออกเป็น 7 สำนวนช่วงปี พ.ศ. 2548 ถึง 2549 จากนั้นได้มีการเจรจาและประณีประนอมกันในใชั้นศาล จนผู้เสียหายได้รับการเยียวยาทางแพ่ง จึงถือว่าเป็นอันสิ้นสุดในส่วนของคดี
คดีผู้เสียชีวิตในพื้นที่ชุมนุม: ในระยะเวลาการสลายการชุมนุม มีผู้เสียชีวิตในพื้นที่ชุมนุม 7 คน ซึ่งเจ้าหน้าที่เองไม่สามารถระบุผู้ที่ทำให้บุคคลทั้ง 7 เสียชีวิตได้ เนื่องจากเหตุการณ์เกิดขึ้นระหว่างการชุมนุม ทำให้พนักงานอัยการได้สั่งให้ยุติการสอบสวน เนื่องจากไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าผู้ใดทำให้เสียชีวิต
คดีผู้เสียชีวิตจากการขนย้าย: ในการฟ้องร้องคดีที่เกิดผู้เสียชีวิตจากการขนย้ายจากหน้าสถานีตำรวจภูธรตากใบไปยังค่ายอิงคยุทธบริหาร จำนวน 78 คน พนักงานอัยการได้ยื่นขอเปิดการไต่สวนการเสียชีวิตโดยศาล อันเนื่องมาจากการเสียชีวิตของผู้ที่ถูกควบคุมตัวจำนวนมากภายใต้การควบคุมตัวของเจ้าหน้าที่รัฐ ซึ่งฝ่ายเจ้าหน้าที่รัฐได้อ้างว่าตนได้ปฏิบัติหน้าที่ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจาณาความอาญา มาตรา 150 การไต่สวนกินระยะเวลาตั้งแต่ พ.ศ. 2548 จนถึงเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2552 โดยศาลได้สรุปสำนวนในคดีดังกล่าวว่า สาเหตุของการเสียชีวิตของทั้ง 78 คนนั้นเกิดจาก "การขาดอากาศหายใจ" ไม่ได้มีหลักฐานปรากฏว่าผู้ใดทำให้เสียชีวิต และการปฏิบัติงานของเจ้าพนักงานทำตามหน้าที่ ซึ่งในคดีดังกล่าวมี พลเอก พิศาล วัฒนวงษ์คีรี อดีตแม่ทัพภาคที่ 4 เป็นจำเลยด้วย พนักงานสอบสวนจึงได้ส่งสำนวนให้กับอัยการ ซึ่งในเวลานั้นอัยการมีความเห็นสั่งไม่ฟ้อง เนื่องจากไม่มีปรากฏพยานหลักฐาน ว่าผู้ใดทำให้เสียชีวิต ซึ่งในเวลานั้นผู้ว่าราชการจังหวัดมีความเห็นเช่นเดียวกับอัยการ จึงมีคำสั่งไม่ฟ้อง ทำให้คดีดังกล่าวสิ้นสุดลง
โดยสรุป จากเหตุการณ์เมื่อมีผู้เสียชีวิตในระหว่างการควบคุมของเจ้าพนักงานกฎหมายกำหนดให้ดำเนินการตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา คือ เป็นการตายผิดธรรมชาติที่ต้องชันสูตรพลิกศพและต้องทำสำนวนชันสูตรพลิกศพให้ศาลไต่สวน โดยผู้เสียชีวิตจากการถูกยิง 7 คน ไม่มีการไต่สวนผลชันสูตรพลิกศพ โดยพบว่าปลายปี พ.ศ. 2549 มีหนังสือของอัยการจังหวัดนราธิวาสในขณะนั้น ลงความเห็นว่าไม่พบผู้กระทำความผิด ให้งดการสอบสวน ส่วนผู้เสียชีวิตอีก 78 คน ศาลจังหวัดสงขลามีคำสั่งผลการไต่สวนสำนวนชันสูตรพลิกศพ ในปี พ.ศ. 2552 ว่าเหตุและพฤติการณ์ที่ตายคือ ผู้เสียชีวิตทั้ง 78 คน ขาดอากาศหายใจในระหว่างอยู่ในความควบคุมของเจ้าพนักงานซึ่งปฏิบัติราชการตามหน้าที่ แต่ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา ผลการไต่สวนสำนวนการชันสูตรพลิกศพของศาล จะต้องถูกส่งไปให้อัยการสูงสุดพิจารณาชี้ขาด ซึ่งปรากฏว่าสำนวนดังกล่าวไม่เคยถูกส่งถึงอัยการสูงสุดมาก่อน