ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
สุขภาพ > Substantial equivalence (ความสมมูลอย่างสำคัญ)

ผลิตภัณฑ์เกษตรธรรมดาโดยมาก มาจากการจัดการพันธุกรรมผ่านกระบวนการผสมพันธุ์แบบข้ามพันธุ์ (cross-breeding) และแบบลูกผสม (hybridization)
รัฐบาลประเทศต่าง ๆ ควบคุมการวางตลาดและการปล่อยอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นกรณี ๆ
ประเมินความเสี่ยงและมีกฎควบคุมที่ต่าง ๆ กัน
ประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศในยุโรปมีความแตกต่างกันที่สำคัญ
พืชผลที่ไม่ใช้เป็นอาหารจะไม่มีการตรวจสอบความปลอดภัยเพื่อเป็นอาหาร
อาหารดัดแปรพันธุกรรมจะไม่ทดสอบในมนุษย์ก่อนวางตลาด เพราะไม่ใช่สารเคมีชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้มุ่งหมายให้บริโภคเฉพาะปริมาณเป็นระยะ ๆ จึงทำให้การศึกษาแบบคลินิกนั้นยากขึ้น
เจ้าหน้าที่องค์กรควบคุมจะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของยีน ที่สัมพันธ์กับโปรตีนที่เป็นผล และผลของโปรตีนเช่นนั้นต่ออาหาร
เจ้าหน้าที่ควบคุมจะเช็คว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารธรรมดา เพื่อจะตรวจจับผลลบที่ไม่ได้ตั้งใจ
โปรตีนใหม่ที่ต่างไปจากโปรตีนในอาหารปกติ หรือความผิดปกติอย่างอื่นที่พบในการเปรียบเทียบ จะต้องผ่านการวิเคราะห์ทางด้านพิษวิทยาต่อไป
องค์การอนามัยโลก สมาคมการแพทย์อเมริกัน วิทยาศาสตรบัณฑิตสถานแห่งชาติสหรัฐ ราชสมาคมแห่งลอนดอน และองค์กรอื่น ๆ ที่น่าเชื่อถือ ที่ได้ตรวจสอบหลักฐานแล้ว ล้วนแต่มีข้อสรุปเดียวกันก็คือ การบริโภคอาหารที่มีส่วนผสมจากพืชผลดัดแปรพันธุกรรม ไม่เสี่ยงมากไปกว่าการบริโภคอาหารประเภทเดียวกันที่มีส่วนผสมจากพืชผลที่ดัดแปรโดยเทคนิคพัฒนาพืชธรรมดา
-สมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์
ในปี 2542 นักวิชาการที่ Rowett Research Institute ในประเทศสกอตแลนด์เตือนว่า การทดสอบโดยความสมมูลอย่างสำคัญ "อาจจะมีปัญหาในบางกรณี" และการทดสอบความปลอดภัยที่มีในปัจจุบัน อาจจะปล่อยสารอันตรายเข้าสู่ระบบเก็บส่งอาหารของมนุษย์
ในปีเดียวกับมีนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่วิจารณ์ว่า ระเบียบมาตรฐานที่ว่านี้เป็นผลของงานวิทยาศาสตร์เทียมที่มีเหตุมาจากการเมืองและการวิ่งเต้น เพื่อสร้างความมั่นใจให้ผู้บริโภค และเพื่อช่วยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพให้ลดทั้งเวลาและค่าใช้จ่ายในการทดสอบความปลอดภัย
แล้วเสนอว่า ให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมทางชีววิทยา ทางพิษวิทยา และทางวิทยาภูมิคุ้มกันอย่างเข้มงวด และให้ทิ้งมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญไปเสีย
ต่อมาข้อวิจารณ์นี้ถูกวิจารณ์ว่า บิดเบือนประวัติ
บิดเบือนข้อมูลที่มีอยู่ และมีเหตุผลที่ไม่ดี
มีนักวิชาการท่านอื่นอีก (รวมทั้ง Kuiper) ที่อ้างว่า ข้อวิจารณ์พูดถึงการประเมินความปลอดภัยอย่างง่าย ๆ เกินไป และการทดสอบความสมมูลนั้น เป็นอะไรที่มากกว่าการทดสอบโดยเคมี และอาจจะรวมการทดสอบความเป็นพิษด้วย
แต่ก็ยังมีนักวิชาการอื่นอีกที่สนับสนุนกฎหมายเพื่อทดแทนมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญ ด้วยการศึกษาความปลอดภัยแบบอื่น ๆ
นักวิชาการ Kuiper ตรวจสอบกระบวนการนี้เพิ่มเติมในปี 2545 แล้วพบว่า ความสมมูลอย่างสำคัญไม่ได้วัดความเสี่ยงสัมบูรณ์ (absolute risk) แต่กำหนดความแตกต่างกันระหว่างผลิตภัณฑ์ใหม่กับผลิตภัณฑ์ที่มีอยู่ เขาอ้างว่า การกำหนดความแตกต่างเช่นนี้ เป็นจุดเริ่มต้นที่เหมาะสมในกระบวนการประเมินความปลอดภัย
และว่า "แนวคิดเกี่ยวกับความสมมูลอย่างสำคัญ เป็นเครื่องมือที่พอเพียงในการกำหนดปัญหาความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมที่มีผลิตภัณฑ์ธรรมดาที่คล้ายกัน"
แต่เขาก็ยังตั้งข้อสังเกตว่า มาตรฐานนี้ประยุกต์ใช้ได้ยากโดยเหตุผลต่าง ๆ รวมทั้งความจริงว่า อาหารธรรมดาก็มีสารเคมีที่เป็นพิษหรือก่อมะเร็ง และอาหารที่มีอยู่ก็ยังไม่ได้พิสูจน์ว่าปลอดภัย
การขาดความรู้ที่สมบูรณ์เกี่ยวกับอาหารธรรมดา อาจหมายความว่า อาหารดัดแปรอาจจะแตกต่างกันโดยสิ่งที่ไม่ใช่สารอาหาร (anti-nutrient) และโดยพิษธรรมชาติที่ยังกำหนดไม่ได้ในพืชดั้งเดิม ซึ่งอาจจะทำให้การทดสอบไม่สามารถตรวจจับความเปลี่ยนแปลงที่เป็นอันตราย
นอกจากนั้นแล้ว ความเปลี่ยนแปลงในทางบวกก็อาจจะตรวจไม่เจอเช่นกัน
ยกตัวอย่างเช่น ข้าวโพดที่เสียหายเพราะแมลงมักจะมีพิษเห็ดรา fumonisins ในระดับสูง เป็นสารก่อมะเร็งเกิดจากเห็ดราทีเกาะไปตามหลังของแมลงแล้วเติบโตขึ้นในข้าวโพดตรงที่แมลงกัดกิน
งานศึกษาหลายงานแสดงว่า ข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม Bt maize มีระดับ fumonisins ที่ต่ำกว่าข้าวโพดธรรมดาที่เสียหายเพราะแมลง
มีการสัมมนาเชิงปฏิบัติการ (เวิ้ร์กฉ็อป) และการประชุมปรึกษาหารือหลายครั้งที่จัดโดยองค์กรต่าง ๆ รวมทั้งองค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนา องค์การอนามัยโลก และองค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติ ที่ทำงานรวบรวมข้อมูลและพัฒนาความเข้าใจเกี่ยวกับอาหารธรรมดา เพื่อใช้ประเมินอาหารดัดแปรพันธุกรรม
งานสำรวจสิ่งตีพิมพ์ในปี 2554 ที่เปรียบเทียบคุณสมบัติภายในของพืชดัดแปรพันธุกรรมและพืชธรรมดา (โดยตรวจสอบจีโนม proteome และ metabolome) สรุปว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ ในระดับที่ต่ำกว่าพืชที่เพาะพันธุ์แบบธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2556 ต่อมาเสนอว่า การดัดแปรพันธุ์แบบ transgenesis เปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ในระดับที่น้อยกว่าเทคนิคการเพาะพืชธรรมดา เพราะว่า การเพาะพืชธรรดาเปลี่ยนแปลงยีนในระดับที่สูงกว่า เป็นความเปลี่ยนแปลงแบบต่าง ๆ รวมทั้งการกลายพันธุ์ การหลุดหาย การแทรก (insertion) และการจัดแจงใหม่ (rearrangement) เมื่อเทียบกับการเปลี่ยนแปลงโดยพันธุวิศวกรรมที่จำกัด ซึ่งบ่อยครั้งเปลี่ยนแค่ยีนเดียว
นอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐยังพบว่า งาน 148 งานที่องค์กรประเมินทั้งหมด มีความสมมูลอย่างสำคัญกับพืชธรรมดา และเจ้าหน้าที่ควบคุมญี่ปุ่นก็พบความสมมูลในงานทั้งหมด 189 งานที่รัฐตรวจสอบ รวมทั้งผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ ที่มีลักษณะสืบสายพันธุ์รวมกันหลายอย่าง
ความสมมูลที่พบเช่นนี้รับการยืนยันโดยงานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันกว่า 80 ชิ้น
ดังนั้น ผู้เขียนงานปฏิทัศน์จึงอ้างว่า การศึกษาแบบ compositional equivalence ที่บังคับให้ทำในพืชดัดแปรพันธุกรรมเท่านั้น เป็นสิ่งที่ไม่ควรทำต่อไปเพราะเพียงเหตุผลว่า มีความไม่แน่นอนทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ให้เมื่อเริ่มใช้วิธีนี้ในปี 2536