มูลนิธิบิลและเมลินดาเกตส์
แผนกสุขภาพโลก

สำหรับโปรแกรมต้านโรคเอดส์ วัณโรค และมาลาเรีย คือ The Global Fund to Fight AIDS, Tuberculosis and Malaria มูลนิธิได้บริจาคเงินเกินกว่า 6,600 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 232,340 ล้านบาท) รวมทั้งกว่า 1,300 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 45,762 ล้านบาท) โดยปี 2555 สำหรับโรคมาลาเรียเพียงโรคเดียว เป็นการเพิ่มทุนงานวิจัยโรคมาลาเรียอย่างมหาศาล
ก่อนที่มูลนิธิจะเริ่มงานเกี่ยวกับโรค บริษัทผลิตยาโดยมากได้เลิกล้มความพยายามจะผลิตยาเพื่อโรคไปแล้ว และมูลนิธิเป็นผู้บริจาครายใหญ่ที่สุดเพื่องานวิจัยเกี่ยวกับโรคของคนจน
โดยอาศัยโปรแกรมฉีดวัคซีนที่การบริจาคของมูลนิธิมีส่วนช่วย อัตราการตายจากโรคหัดในแอฟริกาได้ลดลงถึง 90 เปอร์เซ็นต์ตั้งแต่ปี 2543
มูลนิธิได้บริจาคเงินเป็นพัน ๆ ล้านดอลลาร์ เพื่อช่วยผู้ป่วยโรคเอดส์ วัณโรค มาลาเรีย แล้วช่วยป้องกันเด็กเป็นล้าน ๆ จากความตายเนื่องจากโรคที่ป้องกันได้
แต่ว่า การสืบสวนปี 2550 ของหนังสือพิมพ์ The Los Angeles Times พบว่า
มีผลที่ไม่ได้ตั้งใจจากการบริจาคของมูลนิธิ คือ
เขตแอฟริกาใต้สะฮารามีปัญหาการขาดแคลนแพทย์โดยทั่วไปอยู่แล้วก่อนที่มูลนิธิจะเริ่มปฏิบัติการในแอฟริกา แต่ว่า "โดยการบริจาคเพื่อต่อสู้โรคนักฆ่าที่รู้จักกันดีเช่นเอดส์ องค์กรที่ได้รับบริจาคจากมูลนิธิ ได้เพิ่มความต้องการต่อแพทย์ผู้รักษาที่เชี่ยวชาญเป็นพิเศษที่มีรายได้สูงกว่า เป็นการดึงบุคลากรไปจากการดูแลรักษาพื้นฐานซึ่งเพิ่มปัญหาการขาดแคลนแพทย์ และดึงบุคลากรอื่น ๆ ไปจากการดูแลรักษาเด็กและคนป่วยโรคที่ถึงตายและสามัญอื่น ๆ"
"โปรแกรมฉีดวัคซีนที่ได้ทุนจากเกตส์ได้สั่งแพทย์พยาบาลให้ไม่สนใจ แม้แต่ห้ามคนไข้ไม่ให้กล่าวถึง โรคอื่น ๆ ที่การฉีดวัคซีนไม่ได้ช่วย"
มูลนิธิได้โต้ว่า
รัฐบาลแอฟริกาควรจะใช้งบประมาณในเรื่องสาธารณสุขมากกว่าสงคราม
มูลนิธิได้บริจาคเงินอย่างน้อย 70 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 2,464 ล้านบาท) เพื่อช่วยปรับปรุงระบบอาหารและเกษตรกรรมในแอฟริกา นอกเหนือไปจากโครงการริเริ่มเกี่ยวกับโรค
มูลนิธิกำลังศึกษาวิธีที่จะปรับปรุงการให้บริการเกี่ยวกับสุขภาพในแอฟริกา
ผู้ไม่เห็นด้วยทั้งภายในภายนอกมูลนิธิอ้างว่า มีการโอนอ่อนตามความคิดเห็นส่วนตัวของบิล เกตส์มากเกินไป คือไม่มีการอภิปรายสืบสวนภายในมูลนิธิมากพอ และมีปัญหาเกี่ยวกับ "group think" ซึ่งความต้องการความกลมเกลียวกันในกลุ่มมีผลเป็นการตัดสินใจที่ไม่ดีอย่างแพร่หลาย
นอกจากนั้นแล้ว คนไม่เห็นด้วยยังบ่นว่า การบริจาคของมูลนิธิมักจะเป็นเพราะความสัมพันธ์ทางสังคมและอุดมคติที่คล้าย ๆ กัน มากกว่ากระบวนการทบทวนโดยบุคคลภายนอกที่ทำอย่างเป็นทางการ หรือว่ามากกว่าความเชี่ยวชาญในประเด็นนั้น ๆ
และว่า วิธีการของเกตส์เกี่ยวกับสุขภาพและเกษตรกรรมโลก สนับสนุนผลประโยชน์ของบริษัทผลิตยาหรือบริษัทเกษตรกรรมยักษ์ใหญ่ (ที่เกตส์เป็นเจ้าของหุ้น) มากกว่าประโยชน์ของคนในประเทศกำลังพัฒนา
การบริจาคเป็นจำนวนสำคัญอื่น ๆ ของแผนกนี้ รวมทั้ง
การกำจัดโรคโปลิโอ - ในปี 2549 มูลนิธิบริจาคทุน 86 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 3,266 ล้านบาท) เพื่อพยายามกำจัดโรคโปลีโอ
กาวี (GAVI Alliance) - มูลนิธิบริจาคเงิน 750 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 24,439 ล้านบาท) เพื่อช่วยเหลือเรื่องการฉีดวัคซีนให้เด็กยากจน โดยเดือนมกราคม 2556 มูลนิธิได้บริจาคเงินให้องค์กรนี้ประมาณ 1,500 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 44,797 ล้านบาท)
โปรแกรม Children's Vaccine Program - ได้เงินบริจาค 27 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 1,075 ล้านบาท) จากมูลนิธิ เพื่อช่วยการฉีดวัคซีนกันโรคสมองอักเสบญี่ปุ่น (Japanese encephalitis) เมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2546
มหาวิทยาลัยวอชิงตันคณะสุขภาพโลก มูลนิธิได้บริจาคเงินประมาณ 30 ล้านดอลลาร์ (ประมาณ 1,056 ล้านบาท) เพื่อตั้งคณะสุขภาพโลกที่มหาวิทยาลัยในเมืองซีแอตเทิล รัฐวอชิงตัน ซึ่งเป็นการบริจาคที่สนับสนุนเป้าหมาย 3 อย่างของมูลนิธิคือ การศึกษา สุขภาพของคนในเขต Pacific Northwest (ชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกด้านเหนือของสหรัฐ) และสุขภาพโลก
งานวิจัยเรื่องเอชไอวี - มูลนิธิได้บริจาคเงินรวมกัน 287 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 10,101 ล้านบาท) ให้กับนักวิจัยในเรื่องเอชไอวี/เอดส์ โดยแบ่งให้กับทีมวิจัย 16 ทีมทั่วโลก โดยมีเงื่อนไขว่า จะต้องแชร์สิ่งที่ค้นพบระหว่างทีม
Aeras Global TB Vaccine Foundation - มูลนิธิได้ให้เงินกว่า 280 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 9,855 ล้านบาท) เพื่อพัฒนาวัคซีนที่ดีขึ้นเพื่อป้องกันวัณโรคเพื่อให้ใช้ในประเทศที่มีอัตราโรคสูง
การตรวจสอบวัณโรคแบบไฮเทคที่มีค่าใช้จ่ายน้อยลง - ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2555 มูลนิธิร่วมกับโครงการแผนฉุกเฉินเพื่อบรรเทาโรคเอดส์ของประธานาธิบดีสหรัฐ (United States President's Emergency Plan for AIDS Relief), สำนักงานพัฒนาการระหว่างประเทศแห่งสหรัฐอเมริกา (United States Agency for International Development), และ UNITAID (ซึ่งเป็นโครงการช่วยเหลือการซื้อยาของสหประชาชาติ) ประกาศว่า ได้ต่อรองเพื่อลดค่าใช้จ่ายการตรวจสอบวัณโรคแบบไฮเทค (Cepheid's Xpert MTB/RIF ที่ใช้กับระบบ GeneXpert) จาก 16.86 ดอลลาร์สหรัฐ ให้เหลือเพียง 9.98 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 351 บาท) นี่เป็นวิธีการตรวจโรคที่สามารถใช้แทนการส่องกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งเป็นเทคนิคที่เริ่มทำในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1880 (เกินกว่า 100 ปีก่อน) เพราะว่าการส่องกล้องบ่อยครั้งไม่แสดงการติดโรคในคนไข้ที่มีเชื้อเอชไอวีร่วม เทียบกับระบบ GeneXpert ที่สามารถแสดงการติดวัณโรคแม้ในคนไข้เอชไอวี นอกจากนั้นแล้ว ระบบยังสามารถแสดงว่าสายพันธุ์ของเชื้อ ดื้อต่อยาปฏิชีวนะ rifampicin หรือไม่ ซึ่งเป็นตัวชี้บอกที่ยอมรับกันอย่างกว้างขวางว่า แสดงการดื้อยาหลายขนานของสายพันธุ์
งานวิจัยเกี่ยวกับโรคติดเชื้อลิชมาเนียที่อวัยวะภายใน (Visceral leishmaniasis ตัวย่อ VL) - มูลนิธิได้ให้เงินทุนกับศูนย์การศึกษาโรคติดต่อเขตร้อนของมหาวิทยาลัยฮีบรูแห่งเยรูซาเลม 5 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 171.61 ล้านบาท) ในปี 2552 สำหรับโรคติดเชื้อลิชมาเนียที่อวัยวะภายใน ซึ่งเป็นโรคปรสิต (จากโพรโทซัว) ที่กำลังแพร่หลายเพิ่มขึ้นในประเทศเอธิโอเปีย ซึ่งมักจะเกิดสัมพันธ์กับโรคเอดส์ อันเป็นโรคและเหตุการตายที่สำคัญของผู้ใหญ่ โปรเจ็กต์นี้ที่จะร่วมมือกับมหาวิทยาลัยอาดดิสอาบาบาในเอธิโอเปีย รวบรวมข้อมูลเพื่อวิเคราะห์จุดอ่อนในวงจรการแพร่เชื้อ แล้วหาวิธีควบคุมโรค ในปี 2548 มูลนิธิได้ให้ทุน 30 ล้านดอลลาร์ (ประมาณ 1,204 ล้านบาท) ต่อ The Institute for OneWorld Health ซึ่งเป็นองค์กรพัฒนายาโดยไม่หวังผลกำไร เพื่อสนับสนุนงานขององค์กรเกี่ยวกับโรค VL ในชนบทของประเทศอินเดีย บังกลาเทศ และเนปาล โดยเดือนกันยายน 2549 องค์กรได้รับอนุมัติจากองค์การยาของอินเดีย (Drug-Controller General of India) เพื่อยาฉีดมีชื่อว่า Paromomycin Intramuscular Injection ที่สามารถรักษาโรคได้ภายใน 21 วัน ในปี 2553 ผู้อำนวยการประจำเขตขององค์กรอธิบายว่า มูลนิธิเป็นผู้ให้ทุนโดยมากสำหรับการพัฒนายานี้
ถุงยางอนามัยรุ่นต่อไป (Next-Generation Condom) มูลนิธิได้ให้เงินทุน 100,000 ดอลลาร์ (ประมาณ 31,64,921 บาท) แก่ผู้ที่สมัคร 11 รายในเดือนพฤศจิกายน 2556 เพื่อพัฒนาถุงยางอนามัยที่ดีขึ้น คือถุงยางที่ "รักษาหรือเพิ่มความสุขอย่างสำคัญ เพื่อเพิ่มความนิยมและการใช้อย่างเป็นประจำ" และจะมีเงินทุนอีก 1 ล้านดอลลาร์ (ประมาณ 35.2 ล้านบาท) เพื่อให้กับโปรเจ็กต์ที่ประสบผลสำเร็จ
โรคเขตร้อนที่ถูกละเลย (Neglected tropical diseases ตัวย่อ NTD) - พร้อมกับ WHO รัฐบาลกลางแห่งสหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักร สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ และธนาคารโลก มูลนิธิได้รับรองปฏิญญาลอนดอนว่าด้วยโรคเขตร้อนที่ถูกละเลย (London Declaration on Neglected Tropical Diseases) ที่จะ "ทำลาย กำจัด และควบคุมอย่างเข้มงวดขึ้นซึ่งโรคจำเพาะ 17 อย่างโดยปี 2558 และ 2563" ที่งานประชุมวันที่ 30 มกราคม 2555 ที่กรุงลอนดอน สหราชอาณาจักร บิลเองเป็นคนวิ่งเต้นจัดงานประชุมโดยนำหัวหน้าบริษัทขายยาที่ใหญ่ที่สุดในโลก 13 บริษัทมาประชุมกัน และมูลนิธิก็ได้กำหนดงบประมาณ 363 ล้านดอลลาร์ (ประมาณ 11,318 ล้านบาท) โดยจ่ายเป็นเวลา 5 ปี สำหรับปฏิญญา ในวันที่ 3 เมษายน 2557 ที่เป็นวันครบรอบ 2 ปีของปฏิญญา บิลได้ไปงานประชุมที่นครปารีส ซึ่งผู้ร่วมงานได้ทบทวนความก้าวหน้าต่อโรคเขตร้อนที่ละเลย 10 อย่าง แล้วมูลนิธิก็สัญญางบประมาณอีก 50 ล้านดอลลาร์ (ประมาณ 1,624 ล้านบาท) พร้อมกับเงินบริจาคอีก 50 ล้านจากมูลนิธิทุนการลงทุนกับเด็ก และอีก 120 ล้านจากธนาคารโลก