โปเกมอน สเปเชียล
เรื่องย่อ > โปเกมอน สเปเชี่ยล : โกลด์ ซิลเวอร์  คริสตัล

หลังจากผ่านการต่อสู้ของศึก4จักรพรรดิมา1ปี การผจญภัยครั้งใหม่ก็เริ่มขึ้น"โกลด์" เด็กหนุ่มซึ่งอาศัยอยู่ในเมืองวาคาบะ เขตภูมิภาคโจโต พร้อมด้วย
ฮิโนอาราชิ(บาคุทาโร่)คู่หูออกตามล่า"ซิลเวอร์"ที่ขโมยวานิโนโกะไปจากห้องทดลองของดร.อุทสึหงิ รวมทั้งเครื่องรวมภาพโปเกม่อนจากดร.ออร์คิด ในระหว่างที่ผจญภัยอยู่ในโจโตนั้นก็ได้ต่อสู้กับสมุนที่เหลืออยู่ของแก็งค์ร็อกเก็ตซึ่งอยู่ในการควบคุมของชายสวมหน้ากาก ซึ่งรอการคืนชีพขึ้นมาอีกครั้งหลังจากศึกตัดสินที่ชิลฟ์คัมปานี
ที่เมืองฮิวาดะ โกลด์ได้พบ"สึคุชิ"ชายผู้มีหน้าตาคล้ายผู้หญิงที่กำลังตามหาพรรคพวกที่หายสาบสูญไปที่โบราณสถานแอลฟ์ ด้วยความพลั้งเผลอทำให้ฝูงอันโนนที่หลับใหลมานานนับตั้งแต่สมัยดึกดำบรรพ์ได้ตื่นขึ้นและอาละวาดใส่พวกแก็งค์ร็อกเก็ตจนหนีไปได้ในที่สุด
วันหนึ่งโกลด์ได้รับไข่ใบหนึ่งจากดอกเตอร์อุทสึหงิหลังจากนั้นไข่ใบนั้นก็แตกออกปรากฏโทเงปี้ออกมา ดอกเตอร์อุทสึหงิจึงให้โกลด์มุ่งหน้าไปหา2ผู้เฒ่าเลี้ยงเด็ก 2 ผู้เฒ่าเลี้ยงเด็กได้ช่วยฝึกฝนโกลด์ให้รู้เรื่องพื้นฐานในการโปเกม่อนแบทเทิลโดยการใช้เทคนิคเป็นส่วนใหญ่ เมื่อรู้ข่าวว่ามิคังซึ่งเป็นเจ้าของโทเงปี้ซึ่งเป็นลูกของโทเงติค2ตัวของเธอได้เกิดประสบอุบัติเหตุในขณะเดินทางที่เมืองเอ็นจู จึงมอบหมายให้โกลด์ไปช่วยมิคังพร้อมกับให้เครื่องหมายราชาเป็นรางวัล เมื่อไปถึงเมืองเอ็นจูก็พบซิลเวอร์กำลังช่วยมิคังอยู่ในหอคอยซึสึแต่เพราะสมุนของหน้ากากน้ำแข็งชามูและคาสึมาขวาง โกลด์จึงให้เด็นริวของมิคังพามิคังไปยังที่ปลอดภัยแล้วเกิดการต่อสู้ขึ้น แต่ชามูและคาสึหนีไปได้ซะก่อน
ต่อมาเกิดปัญหาเกียราดอซในทะเลสาบฮิคาริเกิดอาละวาดอย่างรุนแรงเพราะมีการเพิ่มจำนวนมากจนเกินไปโดยมีชายสวมหน้ากากอยู่เบื้องหลัง โกลด์กับซิลเวอร์จึงได้มาขัดขวาง แต่ไม่สำเร็จซ้ำถูกหน้ากากน้ำแข็งแช่แข็งแล้วทิ้งลงทะเลสาบ
ที่เมืองโทคิวะได้มีการคัดหาบุคคลมาทำหน้าที่เป็นหัวหน้าโรงยิมโทคิวะหลังจากที่ห่างหายไปนาน เร้ดนั้นสามารถเอาชนะใจคณะกรรมการได้แต่เร้ดก็ขอถอนตัวไปเพราะร่างกายตกอยู่ในสภาพที่บอบช้ำเพราะถูกฤทธิ์ของกุญแจน้ำแข็งของคันนะเมื่อปีก่อน จึงให้กรีนมาเป็นผู้นำโรงยิมโทคิวะแทน กรีนแนะนำให้เร้ดมุ่งหน้าไปที่บ่อน้ำร้อนศักดิ์สิทธิ์ที่เขาชิโรงาเนะซึ่งมีนัทสึเมะซึ่งถูกกุญแจน้ำแข็งของคันนะล็อกไว้เหมือนกับเร้ดรออยู่ นัทสึเมะได้บอกถึงภัยร้ายที่จะต้องเกิดขึ้นให้กับเร้ดและมอบช้อนชี้ชะตาให้เพื่อนำทางไปยังบ่อน้ำพุร้อนที่รักษาได้ชะงัดกว่าแต่เนื่องจากมันค่อนข้างที่จะอันตรายให้กับเร้ด
อีกไม่นาน ดอกเตอร์ออร์คิดกับดอกเตอร์อุตสึหงิได้มอบสมุดเครื่องรวมภาพโปเกม่อนเล่มที่3ให้กับ"คริสตัล"ซึ่งเป็นผู้เชี่ยวชาญการจับ เพราะว่าเครื่องรวมภาพโปเกม่อนของโกลด์กับซิลเวอร์นั้นยังไม่คืบหน้าดีนัก ส่วนเยลโล่ว์นั้นถูกคุณอานักตกปลาไหว้วานให้ไปโจโตพร้อมกับปิก๊ะ แต่ใน
ขณะเดินทางนั้นเกิดน้ำวนขึ้นอย่างรุนแรงพร้อมกับการปรากฏตัวของ"ลูเกีย"โปเกม่อนนกยักษ์ที่ปรากฏตัวขึ้นเมื่อปีก่อนในศึก4จักรพรรดิ โกลด์ ซิลเวอร์และคริสตัลจึงได้ทำการต่อสู้แต่เกิดมีมือที่3ชิงจับลูเกียไปได้ซะก่อน
ต่อมาได้มีการจัดแข่งขันขึ้นที่ที่ราบสูงเสะคิเอระหว่างผู้นำโรงยิมทั้งในเขตคันโตและโจโตขึ้นโดยมีเป้าหมายคือเพื่อเป็นตัวอย่างของโปเกม่อนแบทเทิ่ลที่บุคคลทั่วไปสามารถดูได้ และหาตัวหน้ากากน้ำแข็งที่เป็นหัวหน้าของแก็งค์ร็อกเก็ตคนปัจจุบัน
มิคัง vs ทาเคชิ : มิคัง ชนะ
อาคาเนะ vs คาสึมิ : คาสึมิ ชนะ
ฮายาโตะ vs อันสึ : ฮายาโตะ ชนะ
มัตสึบะ vs แมททิส : เสมอ
สึคุชิ vs นัทสึเมะ : นัทสึเมะ ชนะ
ชิจิม่า vs กรีน : กรีน ชนะ
ยานางิ vs เอริกะ : ยานางิ ชนะ
ทว่า สนามลีกได้เกิดการปรากฏตัวของสมุนแก็งค์ร็อกเก็ตและหน้ากากน้ำแข็งที่ได้เสร็จจากการจับโฮโอและลูเกียแล้ว บรรดาผู้นำโรงยิมได้ร่วม
มือกันบุกเข้าไปปราบ
อิบูกิ vs คาสึระ : คาสึระ ชนะ
ส่วนผู้นำโรงยิมที่ได้รับการยอมรับจากโปเกม่อนในตำนานคือคาสึมิ,แมททิสและคาสึระได้ต่อสู้กับหน้ากากน้ำแข็ง หน้ากากน้ำแข็งได้จับตัวกันเทสึไปและขโมยสูตรลับที่ใช้สร้าง"บอลจับเวลา"ไป ในการต่อสู้กับโฮโอและลูเกียคาสึมิได้รับบาดเจ็บจนไม่สามารถสู้ต่อไปได้ จึงให้ซุยกุนเลือก "คริส" เป็นเจ้านายด้วยความสมัครใจ ส่วนหน้ากากน้ำแข็งได้ต่อสู้กับโกลด์และเอาชนะโกลด์ได้ทว่าความลับที่ถูกซ่อนก็ถูกเปิดเผยออกมาว่าตัวจริงของหน้ากากน้ำแข็งคือผู้เฒ่ายานางินั่นเอง
ในขณะเดียวกันเร้ดก็ได้ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับพากรีนมุ่งหน้าไปยังที่ที่ช้อนชี้ชะตานำทางไปก็ได้พบชิบะและเคียว ชิบะได้เล่าเรื่องราวของโปเกม่อนข้ามเวลา"เซเรบี้"และความสามารถของมันให้กับเร้ดและกรีนฟังและแนะนำทางให้ไปที่ป่าอุบาเมะซึ่งเป็นสถานที่ที่บอกเกร็ดเล็กๆของเซเรบี้ให้ฟัง
ที่ป่าอุบาเมะบลูได้พบกับคารินและอิสึกิซึ่งเป็นเด็กสวมหน้ากากเหมือนกัน คารินได้บอกว่าในวันนี้จะเป็นวันที่หน้ากากน้ำแข็งจะจับเวลาได้ในที่สุด และได้เกิดการต่อสู้กลางอากาศขึ้น เร้ดได้คู่กับฟรีซเซอร์ กรีนคู่กับธันเดอร์ ส่วนบลูได้คู่กับไฟร์ ต่อสู้กับ คารินที่ได้คู่กับโฮโอ ส่วนซิลเวอร์ที่ร่างกายสะบักสะบอมเพราะถูกเล่นงานได้ต่อสู้กับอิสึกิที่จับคู่กับลูเกีย ผลที่ได้คือซิลเวอร์ได้เอาชนะอิสึกิไปได้
เร้ด กรีน และบลูที่ไม่สามารถต่อกรกับโฮโอและลูเกียได้รับการช่วยเหลือจากมาซากิโดยการส่งกองทัพโปเกม่อนของผู้คนที่ชื่นชอบโปเกม่อนมาเป็นกำลังเสริมจึงทำให้เกิดพลังอันยิ่งใหญ่ที่จะทำลายพันธนาการของโฮโอและลูเกียได้
ในที่สุดการต่อสู้ที่แท้จริงก็ได้เริ่มขึ้นหน้าประตูศาลเจ้า เซเรบี้โปเกม่อนข้ามเวลาได้ถูกยานางิจับได้และได้เข้าไปในกระแสเวลา เพื่อที่จะช่วยเหลือโกลด์ออกมาจากประตูมิติ เยลโล่ว์ยอมเปิดเผยตนเองว่าตนเป็นผู้หญิงให้ทุกคนได้เห็นและใช้ปีกสีรุ้งกับปีกสีเงินช่วยโกลด์ออกมา โกลด์ ซิลเวอร์และคริสตัลได้ร่วมมือกันต่อสู้กับยานางิ แต่โกลด์ขอจัดการด้วยตนเองและมอบปีกสีรุ้งกับปีกสีเงินให้กับซิลเวอร์และคริสตัล ในตอนสุดท้ายโกลด์สามารถเอาชนะยานางิได้ในที่สุด