สาธารณรัฐเซอร์เบีย (ค.ศ. 1992–2006)
ภูมิหลัง > สหพันธรัฐ

บทความหลัก: สหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวีย
การเมืองของเซอร์เบียในสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียยังคงสนับสนุนผลประโยชน์ของชาวเซิร์บในบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาและโครเอเชีย ซึ่งประชากรเซิร์บในพื้นที่เหล่านี้ต้องการคงอยู่ในยูโกสลาเวีย ตั้งแต่ปี 1989 เซอร์เบียโดยมีสลอบอดัน มีลอเชวิช เป็นผู้นำซึ่งเคยเป็นคอมมิวนิสต์และสัญญาว่าจะปกป้องและส่งเสริมผลประโยชน์ของชาวเซิร์บในยูโกสลาเวีย ในปี 1992 เขาและประธานาธิบดีมอนเตเนโกร มอมีร์ บูลาตอวิช ได้ก่อตั้งสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวีย ผู้วิจารณ์หลายคนในระดับนานาชาติเห็นว่าเซอร์เบียเป็นชาติที่มีอิทธิพลมากที่สุดในยูโกสลาเวีย โดยที่ประธานาธิบดีมีลอเชวิชดูเหมือนจะมีอิทธิพลมากกว่าประธานาธิบดีของยูโกสลาเวีย (ประธานาธิบดีคนแรก ดอบริตซา ชอซิช ถูกบังคับให้ลาออกเนื่องจากคัดค้านมีลอเชวิช) รัฐบาลมีลอเชวิชไม่ได้มีข้อเรียกร้องทางดินแดนต่อสาธารณรัฐมาซิโดเนีย แต่อย่างไรก็ตามมีบางคนอ้างว่ามิโลเชวิชเพียงแค่สนับสนุนการกำหนดตนของชาวเซิร์บที่ประกาศตัวเองว่ายังคงอยู่ในยูโกสลาเวีย
ในระหว่างสงครามยูโกสลาเวียในโครเอเชียและบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา มีลอเชวิชสนับสนุนกลุ่มกบฎชาวเซิร์บที่ต้องการแยกตัวออกจากรัฐที่เพิ่งก่อตั้งเหล่านี้ การสนับสนุนนี้ขยายไปยังบุคคลเช่น ผู้นำชาวเซิร์บในบอสเนีย ราดอวาน การาจิช และข้อกล่าวหาจากบุคคลบางกลุ่มในระดับนานาชาติได้กล่าวหาว่ามีลอเชวิชว่าเป็นผู้ควบคุมฝ่ายกบฎชาวเซิร์บในระหว่างสงคราม และได้อนุมัติว่าเป็นการกระทำที่เป็นอาชญากรรมสงคราม
ในปี 1995 มีลอเชวิชได้เป็นตัวแทนของชาวเซิร์บในบอสเนียในการลงนามความตกลงเดย์ตันและยังคงดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเซอร์เบียจนถึงปี 1997 เมื่อเขาลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดีเซอร์เบียและกลายเป็นประธานาธิบดีของยูโกสลาเวีย มิลัน มิลูตีนอวิช เข้ามารับตำแหน่งประธานาธิบดีเซอร์เบียแทนมีลอเชวิชในปีนั้น
ตั้งแต่ปี 1996 ถึง 1999 เกิดความไม่มั่นคงทางการเมืองอย่างรุนแรงในจังหวัดปกครองตนเองคอซอวอซึ่งมีประชากรส่วยใหญ่เป็นชาวแอลเบเนีย ซึ่งนำไปสู่สงครามคอซอวอในปี 1998 จนถึงปี 1999 ในระหว่างสงครามคอซอวอ ยูโกสลาเวียได้ถูกเนโททิ้งระเบิดทางอากาศ ซึ่งรวมถึงกรุงเบลเกรด ซึ่งเป็นทั้งเมืองหลวงของเซอร์เบียและเมืองหลวงของยูโกสลาเวีย และหลังจากนั้นยูโกสลาเวียยอมตกลงที่จะสละการควบคุมจังหวัดคอซอวอให้กับสหประชาชาติ ต่อมาในวันที่ 12 เมษายน 1999 สภาสหพันธ์ของยูโกสลาเวียได้ผ่าน "การตัดสินใจเกี่ยวกับการเข้าร่วมสหภาพรัฐระหว่างรัสเซียและเบลารุส"
สงครามยูโกสลาเวียทำให้เศรษฐกิจของเซอร์เบียตกต่ำเนื่องจากการคว่ำบาตรและภาวะเงินเฟ้ออย่างรุนแรง,และความโกรธแค้นต่อการปกครองของมีลอเชวิชในตำแหน่งประธานาธิบดีของยูโกสลาเวีย สงครามและผลกระทบจากสงครามทำให้พรรคการเมืองชาตินิยมสุดโต่งของเซอร์เบียที่นำโดยวอยีสลาฟ เชเซลจ์ ซึ่งในการปราศรัยของเขาได้ส่งเสริมแนวคิดที่ว่าชาวเซอร์เบียควรที่จะอยู่ร่วมกันในรัฐเดียว เชเซลจ์มีส่วนร่วมในการรณรงค์เชื้อชาติของชาวเซิร์บเพื่อต่อต้านชาวโครแอตและชาวบอสนีแอกในระหว่างสงครามยูโกสลาเวีย เชเซลจ์ถูกจับกุมสองครั้งในปี 1994 และ 1995 โดยรัฐบาลยูโกสลาเวีย แต่ในที่สุดก็ได้กลายเป็นรองประธานาธิบดีเซอร์เบียระหว่างปี 1998 ถึง 2000 และในปี 2000 พลเมืองเซอร์เบียออกมาประท้วงการเลือกตั้งเมื่อมีลอเชวิชปฏิเสธที่จะลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดียูโกสลาเวียหลังจากการเลือกตั้ง โดยมีข้อกล่าวหาว่ามีการทุจริตในการเลือกตั้ง มิโลเชวิชถูกโค่นล้มจากตำแหน่งเมื่อวันที่ 5 ตุลาคม 2000 และลาออกอย่างเป็นทางการในวันถัดมา ต่อมาเขาถูกจับกุมในปี 2001 โดยเจ้าหน้าที่รัฐบาลกลางในข้อหาคอร์รัปชันระหว่างที่เขาดำรงตำแหน่ง แต่ไม่นานก็ถูกส่งตัวไปยังกรุงเฮกเพื่อเผชิญข้อหาก่ออาชญากรรมสงคราม
หลังจากการโค่นล้มมีลอเชวิช วอยีสลาฟ คอชตูนีตซา กลายเป็นประธานาธิบดีของยูโกสลาเวีย และในปี 2002 มิลูตีนอวิชซึ่งเป็นพันธมิตรขอมีลอเชวิชในฐานะประธานาธิบดีเซอร์เบียได้ลาออกจากตำแหน่ง ส่งผลให้สิ้นสุดการปกครองโดยพรรคสังคมนิยมเซอร์เบียที่มีอำนาจในสาธารณรัฐแห่งนี้มานาน 12 ปี จากนั้นบอริส ตาดิช จากพรรคประชาธิปไตยได้เข้ามาแทนที่มิลูตีนอวิช