การเพาะเลี้ยงวงศ์ปลาแซลมอน
ปัญหา > ผลกระทบต่อปลาแซลมอนธรรมชาติ

ปลาแซลมอนเลี้ยงอาจหนีไปจากกรงตาข่ายได้
ถ้าไม่ใช่ปลาท้องถิ่น มันก็จะแข่งขันแย่งชิงอาหารและที่อยู่กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ
ถ้าปลาเลี้ยงเป็นปลาท้องถิ่น มันก็อาจผสมพันธุ์กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ
ซึ่งอาจลดความหลากหลายทางพันธุกรรม ภูมิต้านทานโรค และการปรับตัวได้
ในปี 2004 ปลาแซลมอนและปลาเทราต์ 500,000 ตัว ได้หนีไปจากกรงทะเลในนอร์เวย์
รอบ ๆ สกอตแลนด์ ปลา 600,000 ตัวได้หลุดออกไปจากกรงในช่วงเกิดพายุ
ชาวประมงพาณิชย์ที่มุ่งจับปลาแซลมอนธรรมชาติก็จับปลาแซลมอนเลี้ยงได้บ่อย
ช่วงระยะหนึ่งที่หมู่เกาะแฟโร ในบรรดาปลาที่จับได้ทั้งหมด ถึง 20-40% เป็นปลาแซลมอนเลี้ยงที่หนีมา
ในปี 2017 ปลาแซลมอนแอตแลนติกเลี้ยงที่ไม่ใช่ปลาท้องถิ่น 263,000 ตัวได้หนีจากรงตาข่ายในทะเลรัฐวอชิงตัน
sea lice (ในไฟลัมย่อย Crustacea) โดยเฉพาะสปีชีส์ Lepeophtheirus salmonis และหลายพันธุ์ในสกุล Caligus รวมทั้ง C. clemensi และ C. rogercresseyi อาจก่อโรคถึงตายทั้งในปลาแซลมอนเลี้ยงและปลาธรรมชาติ
sea lice เป็นปรสิตภายนอก (ectoparasite) ที่กินหนอง เลือด และหนัง และมาเกาะผิวหนังของปลาแซลมอนธรรมชาติในระยะพัฒนาการต่าง ๆ คือ free-swimming planktonic nauplii และ copepodid larval โดยอาจคงอยู่หลายวัน
ฟาร์มปลาแซลมอนที่เลี้ยงในกรงตาข่ายภายในทะเลเปิด 
(open-net salmon farm)
อาจเป็นจุดรวม sea lice อย่างมหาศาล
ถ้าลูกปลาธรรมชาติผ่านมาในบริเวณน้ำกร่อยที่มีฟาร์มเช่นนี้มาก ลูกปลาก็จะติดปรสิตแล้วไม่สามารถรอดชีวิตได้
ปลาที่โตแล้วอาจรอดชีวิตจากปรสิตที่มีมากเช่นนี้ แต่ลูกปลาที่ยังเล็ก ผิวบาง ซึ่งกำลังอพยพไปสู่ทะเลก็จะเสี่ยงตายมาก
รายงานปี 2007 (Krkosek et al) ระบุว่า ทางชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกของแคนาดา อัตราการตายของปลาแซลมอนชมพูเนื่องกับ sea lice ในที่บางแห่งอาจสูงเป็นปกติถึง 80%
ต่อมาปีเดียวกันโดยเป็นปฏิกิริยาต่อรายงานการสูญพันธุ์ปี 2007 ตามที่ว่า นักวิทยาศาสตร์ของสำนักงานการประมงรัฐบาลกลางแคนาดาสองท่านได้ตีพิมพ์ข้อความวิจารณ์รายงานโดยติดชื่อที่แปลว่า ทัศนคติเรื่องปลาแซลมอนชมพูและ Sea Lice: หลักฐานทางวิทยาศาสตร์ไม่สนับสนุนสมมติฐานการสูญพันธุ์ 
ต่อจากงานศึกษาเหล่านั้น ปลาแซลมอนชมพูก็ได้เพิ่มขึ้นในกลุ่มเกาะบร็อตตัน (Broughton Archipelago) ตามชายฝั่งรัฐบริติชโคลัมเบีย
และก็มีการโต้แย้งในวรรณกรรมวิทยาศาสตร์ของนักวิทยาศาสตร์การประมงของรัฐบาลกาลางแคนาดาอีกกลุ่มหนึ่งที่สรุปว่า ไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ที่พบในปลาแซลมอนเลี้ยงกับจำนวนปลาแซลมอนชมพูที่กลับไปสู่หมู่เกาะบร็อตตัน
โดยกล่าวถึงทฤษฎีสูญพันธุ์ปี 2007 ว่า "ข้อมูลถูกเลือกใช้และข้อสรุปก็ไม่ตรงกับการกลับมาของปลาแซลมอนเมื่อเร็ว ๆ นี้"
งานวิเคราะห์อภิมานของข้อมูลที่มีอยู่ปี 2008 แสดงว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนลดการรอดชีวิตของปลาธรรมชาติพันธุ์เดียวกัน
ซึ่งเป็นจริงสำหรับปลาแซลมอนแอตแลนติก ปลาเรนโบว์เทราต์ ปลาแซลมอนชมพู ปลาแซลมอนชัม และปลาแซลมอนโคโฮ
การรอดชีวิตบ่อยครั้งลดลงมากกว่า 50%
แต่งานศึกษาเหล่านี้เป็นการวิเคราะห์โดยสหสัมพันธ์ และมีสหสัมพันธ์ก็ไม่ได้หมายความว่าเป็นเหตุ โดยเฉพาะเมื่อปลาแซลมอนธรรมชาติก็ได้ลดลงเช่นกันในรัฐออริกอนและแคลิฟอร์เนียซึ่งไม่เลี้ยงปลาแซลมอน
แม้งานเหล่านี้จะพยากรณ์การล้มของการกลับมาของแซลมอน แต่จำนวนปลาแซลมอนธรรมชาติที่จับได้ในแคนาดาปี 2010 ก็เป็นเหตุการณ์ประวัติศาสตร์
งานศึกษาปี 2010 ที่ใช้ข้อมูลจำนวน sea lice บวกกับข้อมูลผลิตปลาจากฟาร์มแซลมอนในหมู่เกาะบร็อตตันเป็นครั้งแรกไม่พบสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ในฟาร์มกับการรอดชีวิตของปลาแซลมอนธรรมชาติ
ผู้เขียนสรุปว่า การล้มของกลุ่มประชากรในปี 2002 ไม่ได้เป็นเพราะ sea lice
คือ แม้ sea lice ในฟาร์มปลาในช่วงที่ลูกปลาธรรมชาติออกสู่ทะเลในปี 2000 จะมีจำนวนมากกว่าปี 2001
จำนวนปลาแซลมอนที่กลับมาวางไข่ในปี 2001 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2000) ก็ได้ทำประวัติ/สถิติ เทียบกับการล้มจำนวนประชากรถึง 97% ในปี 2002 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2001)
ผู้เขียนให้ข้อสังเกตว่า งานศึกษาที่ทำเบื้องต้นไม่ได้ตรวจสอบเหตุทางแบคทีเรียหรือไวรัสในเหตุการณ์ แม้จะมีรายงานว่ามีเลือดออกที่โคนครีบซึ่งเป็นอาการที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อโดยไม่เกี่ยวกับการติด sea lice เมื่อเกิดในห้องทดลอง
ปลาแซลมอนธรรมชาติจะกลับสู่น้ำจืดจากทะเลเพื่อวางไข่
และลูกปลาจะออกสู่ทะเลเมื่อโตขึ้น
ปลาโดยมากกลับสู่แม่น้ำที่เกิดแม้จะมีบางส่วนที่หลงเข้าแม่น้ำอื่นไปบ้าง
มีความเป็นห่วงเรื่องความหลากหลายทางพันธุกรรมเกี่ยวกับการกลับมาวางไข่ของปลา
ความฟื้นสภาพได้ของกลุ่มประชากรจะขึ้นอยู่กับปลาบางส่วนที่สามารถรอดชีวิตจากสิ่งแวดล้อมที่รุนแรง เช่น อุณหภูมิร้อนหนาวสุด ๆ
ผลของการเลี้ยงปลาต่อความหลากหลายทางพันธุกรรมก็ไม่ชัดเจนเช่นกัน