นีโม...ปลาเล็ก หัวใจโต๊...โต
โครงเรื่อง

มาร์ลิน เป็นปลาการ์ตูนที่อาศัยอยู่ในดอกไม้ทะเลบริเวณเกรตแบร์ริเออร์รีฟ คอรัล ภรรยาของเขาและไข่ปลาส่วนใหญ่ของพวกเขาโดนปลาสากโจมตี เหลือเพียงไข่ปลาที่เสียหายใบเดียว มาร์ลินตั้งชื่อว่า นีโม
หลายปีต่อมา มาร์ลินนั้นมีนิสัยปกป้องนีโมเกินเหตุ ในวันเปิดเทอมวันแรกของนีโม มาร์ลินทำให้นีโมอับอาย และทั้งสองทะเลาะกัน ระหว่างที่มาร์ลินกำลังคุยกับครูของนีโม นีโมก็ว่ายเข้าใกล้เรือเร็วที่อยู่ใกล้ ๆ อย่างท้าทาย ทำให้เขาถูกจับโดยนักประดาน้ำสองคน มาร์ลินไล่ตามเรืออย่างสิ้นหวังและพบกับ ดอรี ปลาขี้ตังเบ็ดฟ้าที่ป่วยเป็นโรคความจำเสื่อมระยะสั้นเฉียบพลัน โดยเธอเสนอตัวช่วยเหลือมาร์ลิน ทั้งคู่เผชิญหน้าปลาฉลามสามตัวที่สาบานว่าจะไม่กินปลา มาร์ลินค้นพบหน้ากากของนักประดาน้ำที่ตกลงมาจากเรือ เขาบังเอิญทำมันไปกระแทกโดนดอรี ทำให้เธอเลือดกำเดาไหล กลิ่นเลือดของเธอทำให้ปลาฉลามตัวหนึ่งบ้าคลั่ง ขณะที่พวกเขากำลังหนี พวกเขาบังเอิญไปทำให้ทุ่นระเบิดเก่าทำงาน ซึ่งทำให้มาร์ลินและดอรีหมดสติไป
นีโมถูกจับใส่ลงในตู้ปลาของห้องทำฟันของทันตแพทย์ในซิดนีย์, ออสเตรเลีย เขาพบกัน "แก๊งตู้ปลา" ประกอบด้วย บับเบิลส์ ปลาขี้ตังเบ็ดเหลือง, พีช ดาวทะเล, ฌาคส์ กุ้งพยาบาล, โบล์ต ปลาปักเป้าฟันสี่ซี่, เกอร์เกิล ปลารอยัลแกรมมา, เด็บ ปลาสลิดหิน และหัวหน้ากลุ่ม กิลล์ ปลาโนรีเทวรูป นีโมรู้ว่าเขาจะถูกมอบให้กับดาร์ลา หลานสาวของทันตแพทย์ ซึ่งเคยทำปลาตัวก่อนหน้านี้เสียชีวิต กิลล์วางแผนหลบหนีที่เสี่ยงอันตราย โดยให้นีโมที่สามารถใส่เข้าไปในท่อกรองของตู้ปลาได้ ติดใบพัดด้วยก้อนกรวด บังคับให้ทันตแพทย์ใส่ปลาลงในถุงพลาสติกในขณะที่เขาทำความสะอาดตู้ปลา เปิดโอกาสให้พวกเขากลิ้งออกไปนอกหน้าต่างและลงไปในท่าเรือ นีโมพยายามทำตามแผน แต่ก็ล้มเหลวและเกือบถูกฆ่า
มาร์ลินและดอรีตื่นขึ้นมาโดยปราศจากอันตราย แต่หน้ากากก็ตกลงไปในร่องลึก พวกเขาดำลงไปและเผชิญหน้ากับ ปลาตกเบ็ด ที่ไล่ตามพวกเขา ดอรีจำที่อยู่เขียนไว้บนแว่นได้แล้ว พวกเขาก็หนีไป ดอรีและมาร์ลินได้รับการบอกทางจากฝูงปลาเฉี่ยว แต่มาร์ลินไม่สนใจคำแนะนะของพวกเขา เขาเชื่อว่าเป็นเส้นทางอื่นนั้นปลอดภัยกว่า พวกเขาสะดุดเข้าไปในดงแมงกะพรุน และโดนหนามของมัน ทำให้พวกเขาหมดสติไป พวกเขาตื่นขึ้นในกระแสน้ำของออสเตรเลียตะวันออก ร่วมกับกลุ่มของเต่าทะเล ประกอบด้วย ครัชและสเควิร์ต ลูกชายของเขา มาร์ลินบอกพวกเขาเกี่ยวกับภารกิจของเขา และเรื่องราวถูกส่งต่อข้ามมหาสมุทรไปยังซิดนีย์โดยที่ ไนเจล นกกระทุง บอกเรื่องนี้ให้กับแก๊งตู้ปลา ด้วยแรงบันดาลใจจากความกล้าหาญของพ่อ นีโมจึงพยายามอีกครั้งเพื่อขัดขวางตัวกรองและประสบความสำเร็จ และในไม่ช้าตู้ปลาก็ถูกปกคลุมไปด้วย สาหร่ายสีเขียว
มาร์ลินและดอรีออกจากกระแสน้ำของออสเตรเลียตะวันออก และถูกกลืนโดยวาฬสีน้ำเงิน ดอรีพยายามสื่อสารกับวาฬ พวกเขาถูกพ่นออกจากรูพ่นน้ำของวาฬที่ท่าเรือซิดนีย์ พวกเขาพบกับไนเจล โดยเขาช่วยทั้งคู่หนีจากฝูงนกนางนวลและพาพวกเขาไปที่ห้องทำฟันของทันตแพทย์ ทันตแพทย์ได้ติดตั้งตัวกรองไฮเทคตัวใหม่ ขัดขวางการหลบหนีของแก๊งตู้ปลา เมื่อดาร์ลาเดินทางมาถึง นีโมแกล้งตายเพื่อเอาตัวรอด และเมื่อมาร์ลิน, ดอรีและไนเจลเดินทางมาถึงห้องทำฟัน ไนเจลสร้างความปั่นป่วน ทำให้ดาร์ล่ากลัว และทำให้ห้องทำฟันตกอยู่ในความโกลาหล มาร์ลินเห็นนีโมแกล้งตาย เชื่อว่านีโมตายแล้ว หลังจากทันตแพทย์โยนไนเจล (พร้อมกับมาร์ลินและดอรี) ออกไป กิลล์ช่วยนีโมหลบหนีผ่านท่อระบายน้ำที่นำไปสู่มหาสมุทร
มาร์ลินผู้สิ้นหวังกล่าวอำลาดอรีและเริ่มเดินทางกลับบ้าน การจากไปของมาร์ลินทำให้ดอรีสูญเสียความทรงจำ นีโมเดินไปถึงมหาสมุทรและพบกับดอรี แต่เธอจำเขาไม่ได้ อย่างไรก็ตาม ความจำของเธอกลับมาอีกครั้งหลังเธออ่านว่า "ซิดนีย์" บนท่อระบายน้ำ ดอรีและนีโมรวมตัวกับมาร์ลินอีกครั้ง แต่เรือลากอวนจับเธอพร้อมกับฝูงปลากะรัง นีโมจึงเข้าไปในอวน และเขากับมาร์ลินสั่งให้ปลาทุกตัวว่ายลง แรงรวมของพวกปลาทำลายอวนของเรือ ทำให้พวกมันหนีไปได้ มาร์ลินและนีโมคืนดีกัน
หลังจากกลับบ้านที่แนวปะการัง มาร์ลินมีความมั่นใจมากขึ้น ในขณะที่ดอรียังคงเป็นเพื่อนกับเหล่าฉลาม มาร์ลินและดอรีเห็นนีโมเดินทางไปโรงเรียน
ที่ห้องทำฟัน ที่กรองตู้ปลาเสียและเหล่าแก๊งค์ถูกจับใส่ถุงแล้วหนีลงในท่าเรือ พวกเขายังคงติดอยู่ในถุงและไตร่ตรองว่าจะทำอย่างไรต่อจากนี้