ความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย
การพยายามแก้ปัญหาของภาครัฐ

ปฏิบัติการปราบปรามการก่อการกำเริบของทางการมีระบบราชการที่ล่าช้าและการขาดความเป็นมืออาชีพเป็นอุปสรรค รวมทั้งมีการละเมิดสิทธิมนุษยชนและความไม่ไว้วางใจรัฐบาล นโยบายการตอบสนองต่อความไม่สงบของนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร ทำให้เหตุการณ์บานปลายยิ่งขึ้น รัฐบาลวางกำลังตำรวจและทหารรวม 24,000 นายในภาคใต้ ในปี 2547 กองทัพภาคที่ 4 ตั้งกองบัญชาการส่วนหน้าเพื่อประสานงานปฏิบัติการทางทหารในภาคใต้ ปีเดียวกันมีการประกาศกฎอัยการศึกทั่วจังหวัดปัตตานี ยะลาและนราธิวาส ทำให้เจ้าหน้าที่มีอำนาจจับกุมบุคคลโดยไม่มีหมายศาล และสามารถค้นและกักขังโดยไม่ต้องแจ้งข้อหาได้ มีการเปลี่ยนตัวผู้บัญชาการถึง 3 ครั้งระหว่างปี 2547–49 นอกจากนี้ยังมีการขัดขากันเองของหน่วยงานในกองทัพภาคที่ 4 และการวางกำลังแบบอยู่กับที่ จึงมีผลทำให้ยกชนบทให้แก่ผู้ก่อการกำเริบ ในปี 2548 รัฐบาลตั้งคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ เพื่อส่งเสริมสันติภาพและความปรองดองโดยเฉพาะอย่างยิ่งในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ และมีการเสนอแนะนโยบายและวิธีดำเนินงานหลายอย่าง แต่รัฐบาลไม่รับทำ
หลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 รัฐบาลสุรยุทธ์ จุลานนท์ กล่าวขอโทษต่อประชาชนภาคใต้ ปรับปรุงความสัมพันธ์กับประเทศมาเลเซีย และเสนอการปฏิรูปหลายอย่าง แต่มีการปฏิบัติจริงเพียงเล็กน้อย รัฐบาลให้ตั้งศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ใหม่ แต่กว่าหน่วยงานดังกล่าวจะเข้ามามีบทบาทเข้มแข็งในการประสานงานปฏิบัติการข่าวกรองและยุทธวิธีก็ปลายปี 2552–ต้นปี 2553 หลายรัฐบาลตั้งแต่รัฐบาลทักษิณมาจนถึงรัฐบาลอภิสิทธิ์ให้ความสำคัญกับการแก้ปัญหาความไม่สงบต่ำ
มีการจัดอาสาสมัครป้องกันหมู่บ้านเพื่ออารักขาครูในพื้นที่ แต่อาสาสมัครดังกล่าวติดอาวุธเบา และไม่มีเครื่องป้องกัน นอกจากนี้ ทหารพรานซึ่งมาจากภาคตะวันออกเฉียงเหนือเสียมาก มีการชั่งใจในการเลือกเป้าหมายต่ำและมักก่อวิสามัญฆาตกรรมและการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างอื่น อาวุธปืนมักเป็นอาวุธที่ปลดประจำการแล้ว
พล.อ.อนุพงษ์ เผ่าจินดา ผู้บัญชาการทหารบก สั่งเพิ่มทหารและการลาดตระเวน ทำให้การก่อเหตุที่สูงสุดในปี 2550 ค่อย ๆ ลดลง ในปี 2554 ทางการมีกำลังความมั่นคงในพื้นที่ 60,000 นาย โดยรวมทหารพราน 10,000 นาย จนถึงปีนั้น รัฐบาลใช้งบประมาณเพื่อพยายามแก้ปัญหาในพื้นที่ 145,000 ล้านบาท ในปี 2550 กองทัพใช้วิธีกักขังหมู่ผู้ต้องสงสัยกว่า 2,000 คน ในคดีความมั่นคงกว่า 7,400 คดีนั้น ปิดคดีไม่ได้กว่า 77% และชาวบ้านที่ถูกตำรวจจับจนถึงปี 2554 นั้นมีเพียง 19% ที่ถูกตั้งข้อหา ศาลสั่งปล่อยตัวผู้ต้องขังกว่า 90% ด้านกองทัพใช้วิธีกักขังซึ่งอาจนานถึง 12 ถึง 18 เดือน แล้วหลังปล่อยตัวไม่ได้รับให้กลับภูมิลำเนาเดิม
รัฐบาลอภิสิทธิ์อัดฉีดงบประมาณพัฒนาห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ปี 2552–2555 เป็นจำนวน 63,000 ล้านบาท อย่างไรก็ตาม รัฐบาลมีนโยบายลงโทษ "พื้นที่สีแดง" คือ จะให้งบประมาณแก่พื้นที่ที่มีอัตราความไม่สงบต่ำ นอกจากนี้ยังมีองค์การนอกภาครัฐระบุว่างบพัฒนาหายไป 20% และหลายคนเสนอว่างบประมาณอาจไปสนับสนุนฐานเสียงพรรคประชาธิปัตย์
วันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2564 พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ได้ลงนามคำสั่งนายกรัฐมนตรี กำหนดให้นายกรัฐมนตรีโดยความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี แต่งตั้งคณะกรรมการผู้แทนพิเศษของรัฐบาลในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (คผบ.จชต.) ประกอบด้วย ประธาน 1 คน และคณะกรรมการ 5 คน ซึ่งมี 5 ด้าน ได้แก่ 1. ด้านความมั่นคง 2. ด้านการต่างประเทศ 3. ด้านการศึกษา 4. ด้านเศรษฐกิจ และ 5. ด้านสังคมพหุวัฒนธรรม มีวาระการดำรงตำแหน่ง 3 ปี
วันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2564 นายกรัฐมนตรีได้เห็นชอบให้ พล.อ.ชัยชาญ ช้างมงคล รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม เป็นประธานคณะกรรมการผู้แทนพิเศษของรัฐบาลในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้
วันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2564 นายกรัฐมนตรีได้เห็นชอบอนุมัติแต่งตั้งคณะกรรมการผู้แทนพิเศษของรัฐบาลในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ทั้งหมด 5 รายชื่อ ประกอบด้วย
1. พล.อ.พรศักดิ์ พูลสวัสดิ์ ด้านความมั่นคง 2. รศ.ดร.ปณิธาน วัฒนายากร ด้านการต่างประเทศ 3. นายเชื่อง ชาตอริยะกุล ด้านเศรษฐกิจ 4. นายการุณ สกุลประดิษฐ์ ด้านการศึกษา 5. นายดลเดช พัฒนรัฐ ด้านสังคมพหุวัฒนธรรม
งบประมาณแผ่นดินเพื่อการแก้ปัญหาและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (หน่วย: ล้านบาท)