ประวัติศาสตร์เยอรมนี
การปฏิรูปศาสนาและสงครามสามสิบปี > สงครามสามสิบปี

บทความหลัก: สงครามสามสิบปี
แม้สนธิสัญญาสันติภาพเอาคส์บวร์คจะให้เสรีภาพแก่นิกายลูเทอแรน แต่ภายหลังไม่นานลัทธิคาลวิน (Calvinism) ก็เข้าแทนที่นิกายลูเทอแรนในหลาย ๆ แคว้น และเรียกร้องสิทธิของนิกายตน และสนธิสัญญาสันติภาพเอาคส์บวร์คก็ให้เสรีภาพกับนิกายลูเทอแรนและพวกเจ้าครองแคว้นเท่านั้น ประชาชนที่ต้องถูกหลัก Cuius regio, eius regio บังคับอยู่นั้นไม่ได้มีเสรีภาพเลย ในเยอรมนีก็เกิดสองขั้วศาสนา คือพวกคาทอลิกทางใต้ (บาวาเรีย เวือทซ์บวร์ค ฯลฯ) พวกลูเธอรันทางเหนือเป็นส่วนใหญ่ และพวกคาลวินในบางแคว้น เช่น พาลาติเนต (Pfalz) เฮ็สเซิน (Hesse) และบรันเดินบวร์ค (Brandenburg)
ใน ค.ศ. 1606 บรรดาแคว้นที่เป็นคาลวินรู้สึกไม่ปลอดภัย จึงตั้งสันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัล (League of Evangelical Union) นำโดยเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกฟรีดริช ฝ่ายคาทอลิกนำโดยดยุกมัคซีมีลีอานแห่งบาวาเรีย (Maximilian, Duke of Bavaria) ตั้งสันนิบาตคาทอลิกใน ค.ศ. 1609 จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ที่ 2 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ทรงเป็นคาทอลิกที่เคร่งครัดและต้องการจะทำลายล้างนิกายอื่นให้สิ้น พระองค์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียด้วย ซึ่งชาวโบฮีเมียก็ไม่พอใจจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิอยู่แล้วตั้งแต่สงครามฮุสไซต์ ใน ค.ศ. 1618 ชาวโบฮีเมียจับผู้แทนพระองค์โยนออกนอกหน้าต่างของอาคารหลังหนึ่ง เรียกว่าการโยนบกที่กรุงปราก (Defenestration of Prague) สงครามสามสิบปี (Thirty Years' War) จึงเริ่ม
จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียก่อนราชาภิเษก กบฏโบฮีเมียจึงให้เจ้าชายฟรีดริชเป็นกษัตริย์แทนใน ค.ศ. 1619 ทำให้ในบรรดาเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกมีพวกโปรแตสแตนต์มากกว่า อันตรายว่าพระเจ้าแฟร์ดีนันด์จะไม่ได้เป็นจักรพรรดิ จึงทรงรีบราชาภิเษกก่อนที่บรรดาเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกจะทราบข่าวว่าเจ้าชายฟรีดริชเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียแทนที่พระองค์ เกิดกบฏของพวกโปรเตสแตนต์ลุกลามในโบฮีเมียและออสเตรีย สเปนส่งทัพมาช่วยเพราะหวังจะได้ยึดแคว้นพาลาติเนต จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์เอาชนะเจ้าชายฟรีดริชในการรบที่ภูเขาขาว (White Mountain) ใน ค.ศ. 1620 ความพ่ายแพ้ของเจ้าชายทำให้สันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัลล่มสลาย แคว้นพาลาติเนตถูกสเปนยึด เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกฟรีดริชหลบหนีไปเนเธอร์แลนด์ จักรพรรดิทรงออกพระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืน (Edict of Restitution) ใน ค.ศ. 1629 เพื่อยึดดินแดนที่เคยเป็นคาทอลิกตามสนธิสัญญาสันติภาพเอาคส์บวร์คคืน
สงครามนี้ควรจะเป็นแค่กบฏของโบฮีเมียและพาลาติเนต แต่พระเจ้าคริสเตียนที่ 4 แห่งเดนมาร์ก ทรงเป็นลูเธอรันและต้องการจะยึดเมืองต่าง ๆ ทางเหนือของเยอรมนีเพื่อจะคุมการค้าในทะเลนบอลติก จึงนำทัพบุกใน ค.ศ. 1625 จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ส่งวาลเลนสไตน์ (Albretch von Wallenstein) และทิลลี (General Tilly) ไปปราบทัพเดนมาร์ก ยึดแคว้นโปรเตสแตนต์ต่าง ๆ ได้ และบุกยึดเดนมาร์ก พระเจ้าคริสเตียนจึงยอมแพ้
พระเจ้ากุสตาฟที่ 2 อดอล์ฟ (Gustaf II Adolf) แห่งสวีเดนทรงยกทัพมาช่วยพวกลูเธอรันใน ค.ศ. 1630 ด้วยความช่วยเหลือของคาร์ดินัล ริเชอลิเออ (Cardinal Richelieu) แห่งฝรั่งเศสที่ต้องการโค่นอำนาจพระจักรพรรดิ พระเจ้ากุสตาฟทรงเอาชนะทิลลีได้ที่ไบร์เทนฟิลด์ (Breitenfield) ใน ค.ศ. 1631 วาลเลนสไตน์มาสู้กับพระเจ้ากุสตาฟที่ลืตเซน (Lützen) ปลงพระชนม์พระเจ้ากุสตาฟใน ค.ศ. 1632 จนนำไปสู่สนธิสัญญาปรากในค.ศ. 1635 เลื่อนการบังคับใช้พระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืนไปอีก 40 ปี เพื่อให้เจ้าครองโปรแตสแตนต์เตรียมตัว ซึ่งฝรั่งเศสไม่พอใจ เพราะจักรพรรดิทรงมีอำนาจมากขึ้น
ฝรั่งเศสจึงประกาศสงครามใน ค.ศ. 1636 แต่ก็ถูกสเปนดักไว้ทุกทาง แต่ก็ยังเป็นโอกาสให้สวีเดนเอาชนะทัพจักรวรรดิได้ สวีเดนและฝรั่งเศสชนะออสเตรียที่เลนส์ (Lens) และสเปนที่โรครัว (Rocroi) นำไปสู่สนธิสัญญาสันติภาพเว็สท์ฟาเลิน (Peace of Westphalia) ในค.ศ. 1648
สนธิสัญญาสันติภาพเว็สท์ฟาเลินเป็นสนธิสัญญาสันติภาพที่ยุติสงครามศาสนาในยุโรป มีข้อตกลงหลายประการ ที่เกี่ยวกับเยอรมนีมีดังนี้
ใช้หลัก Cuius regio, eius regio ตามสนธิสัญญาสันติภาพพเอาคส์บวร์ค เพิ่มนิกายคาลวินมาอีกหนึ่ง แต่คนที่ศาสนาไม่ตรงกับแคว้นจะประกอบพิธีกรรมได้ในที่ที่จัดหรือในบ้าน
สวีเดนได้พอเมอเรเนียตะวันตก (Western Pomerania) เมืองบรีเมนและแวร์ดัง คุมปากแม่น้ำโอเดอร์และเอ็ลเบอ
ดยุกแห่งบาวาเรียได้เป็นเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกคนที่แปด
แคว้นพาลาติเนตแบ่งเป็นพาลาติเนตบน (Upper Palatinate) ยกให้บาวาเรีย พาลาติเนตเหลือเพียงพาลาติเนตล่าง (Lower Palatinate) ยังคงเป็นเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเหมือนเดิม
แคว้นบรันเดินบวร์คได้ขยายดินแดนเพิ่ม