จักรพรรดินโปเลียนที่ 1
จากกงสุลเอกกลายเป็นจักรพรรดิ

นโปเลียนได้เริ่มการปฏิรูปนับตั้งแต่ระยะเริ่มแรกของการปกครองในระบอบกงสุล ไม่ว่าจะเป็นเรื่องของการศึกษา กระบวนการยุติธรรม การคลัง และระบบราชการ ประมวลกฎหมายแพ่งที่ฌ็อง-ฌัก-เรฌิส เดอ ก็องบาเซแร็สเป็นผู้เรียบเรียงขึ้นนั้น เป็นที่รู้จักในนามของกฎหมายนโปเลียน แห่งปี 1804 และยังมีผลบังคับใช้ในประเทศต่าง ๆ ทั่วโลกในปัจจุบัน อย่างไรก็ดี กฎหมายแพ่งดังกล่าวนั้นมีรากฐานมาจาก กฎหมายในหมวดต่าง ๆ รวมถึงขนบธรรมเนียมหลากหลายจากระบอบปกครองในสมัยโบราณ ซึ่งนโปเลียนได้รวบรวมขึ้นใหม่
ผลงานทางราชการของนโปเลียนมีต่อเนื่องมาจนกระทั่งถึงปี 1814 เขาได้จัดตั้งโรงเรียนมัธยม ธนาคารแห่งชาติฝรั่งเศส ระบบเงินฟรังก์แฌร์มินาล ที่ว่าการอำเภอ สภาที่ปรึกษาของรัฐ ริเริ่มการรังวัดพื้นที่ทั่วอาณาจักรฝรั่งเศส และจัดตั้งสมาคมเครื่องราชอิสริยาภรณ์แห่งชาติ (L'ordre national de la Légion d'honneur)
ในปี1800 นโปเลียนได้นำทัพบุกออสเตรียและยึดครองได้สำเร็จ ทำให้ออสเตรียที่พ่ายต่อทัพของนโปเลียนที่ยุทธการเมืองมาเร็งโก และต่อทัพของฌ็อง วิคตอร์ มารี โมโรที่เมืองโฮเฮนลินเดอร์ ต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาลูเนวิลล์ ในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 1801 ซึ่งทำให้อังกฤษยอมลงนามในสนธิสัญญาอาเมียงในเดือนมีนาคม 1801 ในกาลต่อมา ถ้าหากแม้อำนาจของนโปเลียนถูกสั่นคลอนภายหลังก่อรัฐประหาร ชัยชนะในยุทธการที่มาเร็งโกก็ทำให้สถานะของนโปเลียนแข็งแกร่งขึ้นมาก
เขาส่งทหาร 70,000 นายไปยังนิคมแซ็ง-ดอแม็งก์ในทะเลแคริบเบียน ภายใต้การบังคับบัญชาของนาลพล ชาลล์ เลอแคลฺ เพื่อฟื้นฟูอำนาจของฝรั่งเศส หลังจากประสบความสำเร็จมาพอสมควร โดยเฉพาะจากการจับตูแซงต์ ลูแวร์ตูร์ (ผู้ซึ่งเสียชีวิตที่ฟอร์ เดอ จัวย์ ที่อำเภอดูบส์ วันที่ 7 เมษายน 1803) กองทัพของเขาก็ถูกทำลายโดยการระบาดของไข้เหลือง เมื่อเห็นดังนี้ นโปเลียนจึงยอมขายรัฐลุยเซียนาให้แก้สหรัฐอเมริกา ดินแดนขนาดใหญ่ทางตอนเหนือของทวีปอเมริกาเหนือ
เมื่อวันที่ 24 ธันวาคม 1800 (วันคริสต์มาสอีฟ) ได้มีการลอบวางระเบิดนโปเลียนที่ถนนซังต์-นิเคส ในกรุงปารีส ขณะที่ขบวนรถม้าของเขากำลังมุ่งหน้าไปโรงโอเปร่า รถม้าของกงสุลเอกได้ควบผ่านพ้นจุดเกิดเหตุไปอย่างรวดเร็ว ระเบิดเกิดปะทุขึ้นช้ากว่าที่คาดทำให้กระจกรถม้าแตกกระจายเท่านั้น แต่สถานที่เกิดเหตุที่กลายเป็นซากปรักหักพังเต็มไปด้วยความโกลาหล มีผู้เสียชีวิตกว่าสิบคน โฌแซ็ฟ ฟูเช ซึ่งดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีมหาดไทยในสมัยนั้น ได้พิสูจน์ว่าอาชญากรรมดังกล่าวเป็นฝีมือกลุ่มฝักใฝ่กษัตริย์ ในขณะที่นโปเลียนเชื่อว่าเป็นฝีมือของพวกฌากอแบ็ง การประหารดยุกแห่งอ็องแกงเป็นหนึ่งในผลพวงตามมา
ในปี 1802 นโปเลียนรื้อฟื้นระบบทาสในอาณานิคมขึ้นอีกตามคำขอของภริยา อันได้แก่โฌเซฟีน เดอ โบอาร์แน  หญิงชาวเบเกจากหมู่เกาะ มาร์ตีนีก การฟื้นฟูดังกล่าวทำให้ระบบเศรษฐกิจที่ล้มเหลวของอาณานิคมโพ้นทะเลทางตะวันออกของมหาสมุทรอินเดียกระเตื้องขึ้น ต้องรอถึงปี 1848 กว่าความพยายามในการเลิกทาสอย่างเด็ดขาดจะประสบความสำเร็จ
หลังจากที่นโปเลียนได้ขยายอิทธิพลไปถึงสวิส ที่ได้จัดตั้งสถาบันกระจายอำนาจในปัจจุบัน และไปยังเยอรมนี กรณีพิพาทของมอลตาก็เป็นข้ออ้างให้อังกฤษประกาศสงครามกับฝรั่งเศสอีกครั้งในปี 1803 รวมทั้งหนุนหลังฝ่ายฝักใฝ่ระบอบกษัตริย์ที่ต่อต้านนโปเลียน นโปเลียนได้ตอบโต้ด้วยแนวคิดในการบุกอังกฤษ และเพื่อข่มขวัญฝ่ายฝักใฝ่กษัตริย์ที่อาจจะกำลังลอบวางแผนโค่นล้มเขาอยู่ กงสุลเอกสั่งประหารดยุกแห่งอ็องแกง เจ้าชายแห่งราชวงศ์บูร์บง
การประหารเกิดขึ้นที่เมืองแวงแซนน์ชานกรุงปารีส ภายหลังการไต่สวนที่ถูกจัดฉากให้ดูเป็นไปตามกระบวนการ (ซึ่งก็พบว่าเจ้าชายไม่มีความผิด) มีเพียงอังกฤษเท่านั้นที่ทักท้วง ส่วนรัสเซียและออสเตรียนั้น สงวนท่าทีไม่ยอมทัดทาน ทำให้เกิดเสียงเล่าลือเกี่ยวกับนโปเลียนว่าเป็น รอแบ็สปีแยร์บนหลังม้า (ที่เกาะเซนต์เฮเลนา นโปเลียนยอมรับความผิดนี้ แม้ว่าตาแลร็องจะมีส่วนพัวพันด้วยก็ตาม) หลังจากได้ก่อความผิดนี้ต่อสาธารณรัฐ และเพื่อไม่ให้กงสุลเอกขึ้นชื่อว่าก่อคดีสังหารบุคคลในราชวงศ์ซ้ำซ้อน นโปเลียนจึงได้สถาปนาตนเองขึ้นเป็นจักรพรรดิเมื่อวันที่ 2 ธันวาคม 1804
ถ้าจะว่ากันไปแล้ว จักรวรรดิฝรั่งเศสเกิดขึ้นจากคำขอของวุฒิสภา นักประวัติศาสตร์สตีเฟน อิงลุนด์เชื่อในแนวความคิดที่ว่า การสถาปนาตนขึ้นเป็นจักรพรรดิของนโปเลียนนั้นเป็นไปเพื่อปกป้องสาธารณรัฐ หากนโปเลียนถูกโค่น กลุ่มคนต่างๆ จะล่มสลายไปกับเขาด้วย จักรพรรดิได้กลายมาเป็นสถาบัน ตอกย้ำความยั่งยืนของความเชื่อในการปกครองระบอบสาธารณรัฐ หากนโปเลียนตาย นั่นคือการสูญเสียผู้สืบทอดตำแหน่งที่มีหน้าที่ปกป้องประเทศจากความโกลาหล และนั่นหมายถึงความสูญเสียของสิ่งที่ได้มาจากการปฏิวัติฝรั่งเศส (ความเสมอภาค อิสรภาพ และ ความยุติธรรม) การที่เงินเหรียญของทางการฝรั่งเศสจารึกคำว่า จักรพรรดินโปเลียน - สาธารณรัฐฝรั่งเศส นั้น มิใช่คำพูดเสียดสีแต่อย่างใด
การปกครองของสาธารณรัฐฝรั่งเศส ได้กลายมาเป็นระบอบจักรวรรดินิยม ในภายหลังเท่านั้น เพื่อปกป้องสิ่งที่ได้มาจากการปฏิวัติฝรั่งเศส