สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระ
เหตุการณ์ในรัชสมัย > คณะบาทหลวงฝรั่งเศสถูกฟ้องร้อง และพวกเข้ารีตถูกจำคุก > เหตุการณ์สืบเนื่อง

ตั้งแต่นั้น สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระ และเสนาบดีได้ประชุมปรึกษาโต้เถียงเรื่องศาสนาอยู่หลายเดือนแต่ไม่สามารถหาข้อยุติได้ ทรงมีพระราชโองการตั้งกระทู้สอบสวนมูลเหตุคดีต่างๆ กล่าวโทษคณะบาทหลวงฝรั่งเศส และกำหนดข้อห้าม 4 ข้อซึ่งคณะบาทหลวงฝรั่งเศสต้องปฏิบัติตาม ดังนี้
ไม่ให้เขียนหนังสือคาทอลิกเป็นภาษาสยามและภาษาบาลี
ไม่ให้ประกาศศาสนาคาทอลิกแก่ชาวสยาม ชาวมอญ และชาวลาว
ไม่ให้ชักชวนคนสามชาตินี้เข้าศาสนาคาทอลิกเป็นอันขาด
ไม่ให้โต้แย้งศาสนาของชาวสยาม
แล้วโปรดให้ เจ้าพระยาพระคลัง ว่าความไต่สวนมูลคดี ระหว่างที่คณะบาทหลวงฝรั่งเศสถูกสอบสวนคดีความจนยืดเยื้อนั้น ฝ่ายราชสำนักก็ได้จับกุมพวกเข้ารีตเรื่อยมา บ้างอพยพหนี บ้างถูกติดคุก แม้แต่คณะบาทหลวงฝรั่งเศสก็ยังถูกข้าหลวงจากราชสำนักก่อกวนบีบคั้นจนได้รับความเดือดร้อนอยู่เสมอ
เมื่อวันที่ 19 ตุลาคม พ.ศ. 2273 ข้าหลวงจากราชสำนักเข้าริบหนังสือสอนศาสนาที่แต่งเป็นภาษาไทย แต่ริบได้แค่บางเล่มล้วนไม่ได้เกี่ยวกับศาสนา ส่วนหนังสือเกี่ยวด้วยศาสนาไทยถูกคณะบาทหลวงฝรั่งเศสนำไปเผาไฟทิ้ง ขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ข้าหลวงคนโปรดของกรมพระราชวังบวรฯ (เจ้าฟ้าพร) ให้คนมาตามบาทหลวงฝรั่งเศสแล้วบอกว่า เมื่อครั้งไต่สวนมูลคดีนั้น การที่พระสังฆราชฝรั่งเศสขออนุญาตจะกลับไปยังกรุงฝรั่งเศสเป็นเหตุให้สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระ และกรมพระราชวังบวรฯ ทรงกริ้วอย่างมาก จึงแนะให้เอาดอกไม้ธูปเทียนไปถวายเพื่อให้หายกริ้ว พระสังฆราช และคณะบาทหลวงฝรั่งเศสจึงไปขึ้นศาลไต่สวนคดีของเจ้าพระยาพระคลังพร้อมดอกไม้ธูปเทียนหมายจะถวายต่อสมเด็จพระที่นั่งท้ายสระเพื่อให้ทรงหายกริ้ว จึงกล่าวถ้อยความสำนึกผิด ไม่ได้คิดทุจริตแต่อย่างใด และจะยินยอมปฏิบัติตามข้อห้าม 4 ข้อตามพระราชโองการ เจ้าพระยาพระคลังจึงให้เสมียนแต่งหนังสือทัณฑ์บนให้คณะบาทหลวงฝรั่งเศสอ่านแล้วลงนามยินยอม แต่คณะบาทหลวงฝรั่งเปลี่ยนใจจะไม่ยอมทำตาม ขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) เห็นว่าพอมีทางจะกราบทูลกรมพระราชวังบวรฯ (เจ้าฟ้าพร) ได้ จึงเอาหนังสือทัณฑ์บนไปพับเป็นเหตุให้ผู้อื่นไม่สามารถอ่านข้อห้าม 4 ข้อนั้นได้ แล้วเจ้าพระยาพระคลังถามมูลเหตุการถวายดอกไม้ธูปเทียนก็กล่าวชมเชยสรรเสริญว่าคณะบาทหลวงฝรั่งเศสทำให้พระราชไมตรีระหว่างกรุงสยามและกรุงฝรั่งเศสจะได้ติดต่อกันอีก
ไม่กี่วันต่อมา เจ้าพระยาพระคลังกราบทูลกล่าวโทษขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ต่อสมเด็จพระที่นั่งท้ายสระ จึงทรงมีรับสั่งให้นำตัวขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ไปไต่สวนคดีด้วยเหตุที่คณะบาทหลวงไม่ยอมลงนามในหนังสือทัณฑ์บน สาเหตุเพราะขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) คนเดียว ขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ได้ให้การแก้ตัวว่า หากนำหนังสือทัณฑ์บนออกอ่านเปิดเผยแล้ว พระสังฆราช และคณะบาทหลวงฝรั่งเศสคงจะร้องคัดค้านปฏิเสธข้อความตามหนังสือทัณฑ์บนนั้น หากกระทำเช่นนี้ พระสังฆราช และคณะบาทหลวงฝรั่งเศสจะมีความผิดโทษประหารชีวิต และต้องขาดพระราชสัมพันธไมตรีที่มีต่อพระเจ้ากรุงฝรั่งเศส สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระทรงฟังถ้อยคำแก้ตัวแล้วก็ทรงนิ่งเฉย เหตุเพราะกรมพระราชวังบวรสถานมงคล (เจ้าฟ้าพร) เสด็จมาช่วยขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) มิเช่นนั้นขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) คงต้องถูกลงพระราชอาญาเฆี่ยนอย่างแน่ แล้วเจ้าพระยาพระคลังยังกล่าวโทษเพิ่มอีกว่า ขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ได้รีดไถเอาเงินจากคณะบาทหลวงอีกด้วย (แต่เจ้าพระยาพระคลังได้รีดไถเอาเงินจากคณะบาทหลวงไปแล้วถึง 150 เหรียญ มีความผิดร้ายแรงกว่าขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) เสียอีก)
ต่อมา ขุนชำนาญชาญณรงค์ (อู่) ขอร้องพระสังฆราชฝรั่งเศสว่าอย่าขัดขวางพระราชโองการอันมีข้อห้าม 4 ข้อ แต่พระสังฆราชฝรั่งเศสไม่ยินยอม กล่าวว่าจะเป็นการผิดศาสนาและขัดพระราชไมตรี ข้าราชการของเจ้าพระยาพระคลังก็พยายามเคี่ยวเข็ญพระสังฆราชฝรั่งเศสให้ลงนามหนังสือทัณฑ์บนแต่ก็ถูบไล่กลับไปทุกครั้ง
หลังจากสมเด็จพระที่นั่งท้ายสระทรงตั้งเจ้าพระยาพระคลังคนใหม่ เจ้าพระยาพระคลังผู้นี้กราบทูลว่าพระสังฆราชฝรั่งเศสเป็นกบฏ เอาคำสั่งสอนมิจฉาทิฐิเที่ยวสอนให้แพร่หลาย และดูหมิ่นศาสนาพุทธ พวกเข้ารีตก็เพิ่มขึ้นทุกวัน จะขอพระบรมราชานุญาตขับไล่พระสังฆราชและมิชชันนารีฝรั่งเศสออกจากแผ่นดินกรุงศรีอยุธยาให้หมดสิ้น สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระทรงดำรัสถามเจ้าพระยาจักรีให้ทูลตามความพอใจและจริงใจได้
เจ้าพระยาจักรีจึงกราบทูลว่า :-
พวกสังฆราชฝรั่งเศส และพวกมิชชันนารีได้เข้ามายังพระราชอาณาจักรก็โดยที่พระเจ้าแผ่นดินพระองค์ก่อน ๆ  ก็ได้เคยโปรดปรานพวกสังฆราชและมิชชันนารีฝรั่งเศสอยู่เสมอ การที่พวกสังฆราชและมิชชันนารีเที่ยวเทศนาสั่งสอนการศาสนานั้น ก็ด้วยพระเจ้าแผ่นดินพระองค์ก่อน ๆ ได้พระราชทานพระราชานุญาตไว้ มาจนบัดนี้ก็ได้โปรดพระราชทานพระราชานุญาตอยู่อย่างเดิม การที่หาว่าพวกสังฆราชและมิชชันนารีทำความผิดนั้นก็ไมาได้ยินใครพูดเลย เพราะคนจำพวกนี้เป็นคนที่เรียบร้อยไม่ทำการเอะอะอย่างใด และทำความดีโดยแจกยาจนคนไทยเราทั้งเจ้าพนักงานและพระสงฆ์ ก็ได้รักษาโรคหายเพราะยาของพวกมิชชันนารีก็มาก จำนวนคนที่เข้ารีตมีจำนวนเล็กน้อยที่สุด เพราะฉะนั้นไม่ควรสงสัย หรือหาความใส่พวกมิชชันนารีนี้เลย
กรมพระราชวังบวรสถานมงคล (เจ้าฟ้าพร) ทรงได้ฟังเช่นนั้นก็ทรงกราบทูลสมเด็จพระที่นั่งท้ายสระว่าเจ้าพระยาจักรีกราบทูลโดยสติปัญญาเฉียบแหลม และทรงเห็นพ้องด้วย
สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระมีรับสั่งว่า :-
ถ้าฉะนั้นต้องเอาเรื่องของคนทั้งหลายมากวนเราทำไม เมื่อการเป็นอยู่ดังนี้แล้ว ก็ปล่อยให้พวกเข้ารีตได้มีความสุขเสียบ้างเถิด และใครอย่าเอาเรื่องนี้มาพูดอีกต่อไป
แม้สมเด็จพระที่นั่งท้ายสระทรงรับสั่งเช่นนี้แต่เจ้าพระยาพระคลังคนใหม่กลับไม่ยอมปล่อยพวกเข้ารีตออกจากที่คุมขัง กลับรีดไถเรียกเงินพวกเข้ารีตสูงถึงคนละ 600 เหรียญเป็นค่าไถ่ออกจากคุก พวกเข้ารีตไม่มีทุนทรัพย์จะไถ่ตัวเองจึงต้องติดคุกไปตลอดจนสิ้นรัชกาลสมเด็จพระที่นั่งท้ายสระ และพระสังฆราชฝรั่งเศสก็ไม่มีเงินพอที่จะจ่ายค่าประกันตัวแก่พวกเข้ารีตแก่เจ้าพระยาพระคลังได้