ไวรอยด์
การจัดจำแนก

ปัจจุบันเชื้อไวรอยด์ถูกจัดจำแนกออกมามากกว่า 30 species โดยองค์กรกลุ่มคณะกรรมการ “International Committee on Virus Taxonomy (ICTV)” ได้จัดจำแนกไวรอยด์ออกเป็น 2 วงศ์ (family) คือ Avsunviroidae (ออกเสียงว่า “เอฟซันไวรอยดีย์”) และ Pospiviroidae (ออกเสียงว่า “โพ-สปิไวรอยดีย์”) ตามคุณสมบัติต่างดังต่อไปนี้; ลักษณะโครงสร้างทุตยภูมิของเชื้อ, การปรากฏหรือไม่ของ central conserved region และ hammerhead ribozyme activity, องค์ประกอบเซลล์พืชที่ไวรอยด์ใช้ในการเพิ่มปริมาณ, กลไกการเพิ่มปริมาณและเอ็นไซม์ที่เกี่ยวข้อง, Host range หรือชนิดของพืชอาศัย โดยวงศ์ Avsunviroidae จะถูกจำแนกออกเป็น 3 สกุล (genus) ได้แก่ Avsunviroid, Pelamoviroid และ Elaviroid ในขณะที่วงศ์ Pospiviroidae ถูกจัดจำแนกออกเป็น 5 สกุล ได้แก่ Pospiviroid, Hostuviroid, Cocadviroid, Apscaviroid และ Coleviroid
ไวรอยด์ในวงศ์ Avsunviroidae มีโครงสร้างที่แตกต่างจากวงศ์ Pospiviroidae เนื่องจากไม่มีบริเวณ central conserved region ซึ่งเป็นลำดับเบสอนุรักษ์ที่จะปรากฏอยู่บริเวณกลางจีโนม ทำให้ลักษณะโครงสร้างทุติยภูมิมีความแตกต่างจากวงศ์ Pospiviroidae นอกจากนี้ไวรอยด์ในวงศ์ Avsunviroidae จะเพิ่มปริมาณเชื้อในคลอโรพลาสต์ (chloroplast) ของพืชอาศัยด้วยกลไกที่เรียกว่า “symmetric rolling-circle mechanism” โดยจะอาศัยโปรตีนและเอ็นไซม์ส่วนใหญ่จากคลอโรพลาสต์ โดยทั่วไปแล้วจำนวนชนิดพืชอาศัยของไวรอยด์ในวงศ์นี้ค่อนข้างแคบมาก
ในขณะที่ไวรอยด์ในวงศ์ Pospiviroidae จะมีโครงสร้างทุติยภูมิเป็นแบบ “rod-like structure” โดยมีลำดับเบสอนุรักษ์ที่เรียกว่า “central conserved region” ปรากฏอยู่บริเวณกลางจีโนม ไวรอยด์ในวงศ์นี้จะเพิ่มปริมาณเชื้อในบริเวณนิวเคลียสของเซลล์พืชโดยจะอาศัยโปรตีนและเอ็นไซม์ที่อยู่ในนิวเคลียสด้วยกลไกที่เรียกว่า “asymmetric rolling-circle mechanism” ชนิดพันธุ์ไวรอยด์ที่มีรายงานส่วนใหญ่จะเป็นสมาชิกในวงศ์นี้ นอกจากนี้จำนวนชนิดพืชอาศัยของไวรอยด์ในวงศ์นี้จะกว้างกว่าวงศ์ Avsunviroidae มาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในไวรอยด์ในสกุล Pospiviroid, Hostuviroid, Cocadviroid และ Apscaviroid
Family Pospiviroidae
Genus Pospiviroid ; type species: Potato spindle tuber viroid ; 356–361 nucleotides(nt)
Tomato chlorotic dwarf viroid; (TCDVd); accession AF162131, genome length 360nt
Mexican papita viroid; (MPVd); accession L78454, genome length 360nt
Tomato planta macho viroid; (TPMVd); accession K00817, genome length 360nt
Citrus exocortis viroid; 368–467 nt
Chrysanthemum stunt viroid; (CSVd); accession V01107, genome length 356nt
Tomato apical stunt viroid; (TASVd); accession K00818, genome length 360nt
Iresine 1 viroid; (IrVd-1); accession X95734, genome length 370nt
Columnea latent viroid; (CLVd); accession X15663, genome length 370nt
Genus Hostuviroid; type species: Hop stunt viroid; 294–303 nt
Genus Cocadviroid ; type species: Coconut cadang-cadang viroid ; 246–247 nt
Coconut tinangaja viroid; (CTiVd); accession M20731, genome length 254nt
Hop latent viroid; (HLVd); accession X07397, genome length 256nt
Citrus IV viroid; (CVd-IV); accession X14638, genome length 284nt
Genus Apscaviroid ; type species: Apple scar skin viroid ; 329–334 nt
Citrus III viroid; (CVd-III); accession AF184147, genome length 294nt
Apple dimple fruit viroid; (ADFVd); accession X99487, genome length 306nt
Grapevine yellow speckle 1 viroid; (GVYSd-1); accession X06904, genome length 367nt
Grapevine yellow speckle 2 viroid; (GVYSd-2); accession J04348, genome length 363nt
Citrus bent leaf viroid; (CBLVd); accession M74065, genome length 318nt
Pear blister canker viroid; (PBCVd); accession D12823, genome length 315nt
Australian grapevine viroid; (AGVd); accession X17101, genome length 369nt
Genus Coleviroid ; type species: Coleus blumei viroid 1 ; 248–251 nt
Coleus blumei 2 viroid; (CbVd-2); accession X95365, genome length 301nt
Coleus blumei 3 viroid; (CbVd-3); accession X95364, genome length 361nt
Family Avsunviroidae
Genus Avsunviroid; type species: Avocado sunblotch viroid; 246–251 nt
Genus Pelamoviroid; type species: Peach latent mosaic viroid; 335–351 nt
Genus Elaviroid; type species: Eggplant latent viroid; 332–335 nt