โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์
เหตุการณ์สำคัญ

วันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2537 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ ณ สถานที่ปฏิบัติธรรมของวัดไร่ขิง
วันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2537 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาฤกษ์อาคารเรียนหลังแรก บริเวณมหาวิทยาลัยมหิดล ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม
พ.ศ. 2538 โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้ย้ายมาบริเวณมหาวิทยาลัยมหิดลจนกระทั่งปัจจุบัน
วันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2543 ประกาศพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์เป็นโรงเรียนวิทยาศาสตร์แห่งแรกของประเทศไทย มีสถานภาพเป็นองค์การมหาชน เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
วันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2544 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมชมการจัดการเรียนการสอนของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์
วันที่ 16  สิงหาคม พ.ศ. 2546 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาฤกษ์ อาคารหอพัก และทรงเปิดอาคารเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ 3
วันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2548  สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเปิดอาคารศูนย์วิทยบริการ ห้องฉายภาพยนตร์เสมือนจริงดาราศาสตร์ 3 มิติ และอาคารศูนย์กีฬา
วันที่ 24 พฤศจิกายน  พ.ศ. 2548 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปเป็นองค์ประธานทรงเปิดงานการจัดแสดงโครงงานวิทยาศาสตร์ระดับนานาชาติในประเทศไทย ครั้งที่ 1 ณ โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงรับฟังการบรรยาย และเสด็จทอดพระเนตรการเสนอโครงงานในรูปแบบโปสเตอร์ของนักเรียน  พระองค์ได้ทรงซักถามนักเรียนทุกโครงงานด้วยความสนพระทัย ยังความปลื้มปีติให้แก่นักเรียน ครู ผู้จัดงาน และผู้เข้าเฝ้าฯ ทั้งชาวไทยและต่างประเทศโดยถ้วนหน้า เป็นกำลังใจให้นักเรียน ครู และผู้จัดงาน มีความมุ่งมั่น ตั้งใจที่จะรังสรรค์ผลงานของโรงเรียนให้ก้าวหน้ามากยิ่งขึ้น
วันที่ 11 มิถุนายน พ.ศ. 2552 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเปิดหอประชุมพระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (ปัญญา อินฺทปญฺโญ) อดีตเจ้าอาวาสวัดไร่ขิง พระอารามหลวง ห้องประชุมศาสตราจารย์ ดร.สิปปนนท์ เกตุทัต ห้องประชุม ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ ดร.ณัฐ ภมรประวัติ ห้องประชุมดร.โกวิท วรพิพัฒน์ ซึ่งห้องประชุมเหล่านี้ได้ตั้งชื่อตามผู้มีอุปการคุณต่อโรงเรียนเพื่อเป็นต้นแบบให้นักเรียนในการแสดงออกถึงการตอบแทนต่อผู้มีพระคุณ และทรงร่วมกิจกรรมปฏิบัติการ เรื่อง "การสืบเสาะทางวิทยาศาสตร์ และธรรมชาติของวิทยาศาสตร์"
วันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2553 ในช่วงเวลาเช้ามืด ได้เกิดเหตุวางเพลิงอาคาร 2 ของโรงเรียน ห้องสมุดชั้น 1-2 เสียหายทั้งหมด ในส่วนชั้น 3 และอาคารใกล้เคียงเสียหายบางส่วน โรงเรียนได้ประกาศปิดการเรียนการสอนเป็นเวลา 7 วัน โดยมีกำหนดเปิดเรียนใหม่อีกครั้งในวันที่ 14 มิถุนายน
วันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2553 นักเรียนโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์เดินทางเข้าหอพักเพื่อเตรียมพร้อมเปิดเรียนในวันที่ 14 มิถุนายน ในค่ำวันนั้น นริศรา ชวาลตันพิพัทธ์ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ, หม่อมหลวงปนัดดา ดิศกุล ผู้ว่าราชการจังหวัดนครปฐม, สุชาดา กีระนันทน์ ประธานกรรมการบริหารโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ เดินทางไปให้กำลังใจคณะครู อาจารย์ เจ้าหน้าที่และนักเรียนโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ให้ทุกคนทำหน้าที่ของตนเองอย่างเต็มที่เพื่อรักษามาตรฐานของโรงเรียนและร่วมมือกันปฏิบัติตามอุดมการณ์ที่โรงเรียนได้ปลูกฝังเพื่อประโยชน์ของประเทศชาติสืบไป ภายในเวลา 1 สัปดาห์ที่ผ่านมา โรงเรียนได้ปรับสภาพห้องต่าง ๆ ภายในโรงเรียนให้เป็นห้องเรียนชั่วคราว ปรับห้องประชุมดร. โกวิท วรพิพัฒน์ ให้เป็นห้องสมุดชั่วคราว ได้รับบริจาคหนังสือและโต๊ะเรียนจากหลายองค์กร อาทิ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล พร้อมทั้งได้สั่งซื้อหนังสือใหม่จากศูนย์หนังสือจุฬา ได้รับพระราชทานหนังสือหลักสูตรสอวน. และหนังสือวิทยาศาสตร์จากต่างประเทศจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทั้งนี้ได้รับงบฉุกเฉินจากทางกระทรวงศึกษาธิการและได้รับเงินบริจาคจากสมาคมผู้ปกครองและศิษย์เก่าโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ การดำเนินการดังกล่าวเกิดจากความร่วมมือของคณะกรรมการบริหารโรงเรียน คณะครูอาจารย์เจ้าหน้าที่ และศิษย์เก่าโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์เพื่อให้โรงเรียนกลับมาอยู่ในสภาวะปกติโดยเร็วที่สุด
วันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2554 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเปิดงานการนำเสนอโครงงานวิทยาศาสตร์ของนักเรียน ระดับนานาชาติ ครั้งที่ 7 ซึ่งจัดขึ้นระหว่างวันที่ 11 ตุลาคม ถึง 15 ตุลาคม พ.ศ. 2554 โดยโรงเรียนวิทยาศาสตร์ทั้งในและต่างประเทศเข้าร่วมงานรวม 47 โรงเรียน จำแนกเป็นโรงเรียนจากต่างประเทศ 29 แห่ง ในประเทศ 18 แห่ง มีการนำเสนอโครงงานภาคโปสเตอร์ 158 โครงงาน ภาคบรรยาย 101 โครงงาน ส่วนกิจกรรมอื่น ๆ ประกอบไปด้วย กิจกรรม Science Show, Science Labs, Science and Mathematics Rally, Robotic Show, Astronomy night รวมทั้งการแสดงศิลปวัฒนธรรมประจำชาติของนักเรียนที่เข้าร่วมงานจากแต่ละประเทศ การศึกษาดูงานนอกสถานที่ด้านวิทยาศาสตร์ ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และการเยี่ยมชมโบราณสถานซึ่งเป็นศิลปวัฒนธรรมไทย
วันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2563 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงร่วมงานฉลองครบรอบ 30 ปี มหิดลวิทยานุสรณ์ ณ โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ โดยมี ผู้ว่าราชการจังหวัดนครปฐม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ อธิบดีผู้พิพากษาภาค 7 ผู้บัญชาการมณฑลทหารบกที่ 11 ผู้บังคับการตำรวจภูธรจังหวัดนครปฐม คณะกรรมการโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ ผู้บริหาร ครู เจ้าหน้าที่ ทั้งอดีตและปัจจุบัน ผู้ปกครอง นักเรียนเก่า และนักเรียนปัจจุบัน เฝ้าฯ รับเสด็จ
วันที่ 27 มกราคม พ.ศ. 2568 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนิน เป็นองค์ประธานเปิดงานมหกรรมวิทยาศาสตร์นานาชาติครั้งที่ 20 หรือ The 20th International Students Science Fair 2025 ณ มหิดลสิทธาคาร มหาวิทยาลัยมหิดล จังหวัดนครปฐม ซึ่งโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้รับเกียรติจาก International Science Schools Network (ISSN) ภาคีเครือข่ายโรงเรียนวิทยาศาสตร์ชั้นนำระดับโลก ให้เป็นเจ้าภาพจัดงาน ระหว่างวันที่ 26 – 31 มกราคม 2568 ภายใต้ธีม “The 20th Chapter: Exploring a Visionary Future in Sustainability, Humanity, and Technology” ซึ่งเป็นวาระแห่งการเฉลิมฉลองการจัดงาน ISSF เป็นครั้งที่ 20 (20th Anniversary of ISSF) ในการนี้ทรงร่วมรับฟังการบรรยายพิเศษจาก  Prof. Akira Yoshino และ  Prof. Yifang Wang  พร้อมกันนี้ ทรงรับฟังการนำเสนอผลงานของนักเรียนโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ และทอดพระเนตรการแสดงของ MWIT Symphony Orchestra ซึ่งเป็นการแสดงดนตรีในรูปแบบของออร์เคสตราครั้งแรกของโรงเรียน