ประเทศอินโดนีเซีย
ความหลากหลายทางชีวภาพ และปัญหาสิ่งแวดล้อม

สิ่งมีชีวิตหายากในหมู่เกาะอินโดนีเซีย, เรียงตามเข็มนาฬิกา: กาฝากยักษ์ (Giant padma), อุรังอุตัง, นกปักษาสวรรค์ใหญ่, และ มังกรโคโมโด
ด้วยขนาด ภูมิอากาศ และสภาพทางภูมิศาสตร์ของหมู่เกาะของอินโดนีเซียส่งผลให้เป็นหนึ่งในดินแดนที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมากสุดองโลก และเป็นหนึ่งใน 17 ประเทศที่มีความหลากหลายขนาดใหญ่ที่ระบุโดย Conservation International พืชและสัตว์คือส่วนผสมของสายพันธุ์เอเชียและออสตราเลเซียน หมู่เกาะซุนดาเชลฟ์ (สุมาตรา ชวา บอร์เนียว และบาหลี) ครั้งหนึ่งเคยเชื่อมโยงกับเอเชียแผ่นดินใหญ่และมีสัตว์เอเชียมากมาย สปีชีส์ขนาดใหญ่ เช่น เสือโคร่งสุมาตรา, แรด, อุรังอุตัง, ช้างเอเชีย และเสือดาว ครั้งหนึ่งเคยมีอยู่มากมายทางตะวันออกของเกาะบาหลี แต่ได้ลดลงอย่างมากด้วยฝีมือมนุษย์ และบางชนิดได้สูญพันธุ์แล้ว เช่น เสือโคร่งบาหลี หลังจากการแยกตัวจากผืนแผ่นดินทวีปมาเป็นเวลานานบริเวณ สุลาเวสี นูซาเต็งการา และมาลูกูได้พัฒนาพันธุ์พืชและสัตว์ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะตนจนกลายเป็นแหล่งท่องเที่ยวชั้นนำ ปาปัวเป็นส่วนหนึ่งของผืนดินของออสเตรเลียและเป็นที่อยู่ของสัตว์และพืชพันธุ์ที่มีลักษณะเฉพาะซึ่งสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับประเทศออสเตรเลีย รวมทั้งนกกว่า 600 สายพันธุ์
อินโดนีเซียเป็นประเทศที่สองรองจากออสเตรเลียในแง่ของจำนวนสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น โดย 36% ของนก 1,531 สายพันธุ์ และ 39% ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม 515 สายพันธุ์ถือเป็นสัตว์เฉพาะถิ่น อินโดนีเซียทะเลเขตร้อนล้อมรอบชายฝั่งทะเล 80,000 กิโลเมตร (50,000 ไมล์) และมีระบบนิเวศทางทะเลและชายฝั่งที่หลากหลาย รวมทั้งชายหาด เนินทราย ปากน้ำ ป่าชายเลน แนวปะการัง หญ้าทะเล โคลนชายฝั่ง ที่ราบน้ำขึ้นน้ำลง สาหร่าย และระบบนิเวศของเกาะเล็ก ๆ อินโดนีเซียเป็นหนึ่งในประเทศที่มีความหลากหลายของปะการัง โดยกว่า 1,650 สายพันธุ์สามารถพบได้ในภาคตะวันออกของอินโดนีเซียเท่านั้น
นักธรรมชาติวิทยาชาวอังกฤษ อัลเฟรด รัสเซล วอลเลซ บรรยายถึงเส้นแบ่ง (เส้นวอลเลซ) ระหว่างการกระจายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตสายพันธุ์เอเชียและออสตราเลเซียนของอินโดนีเซีย ตามแนวขอบของ Sunda Shelf ระหว่างกาลิมันตันและสุลาเวสี และตามช่องแคบลอมบอกที่ลึกระหว่างลอมบอกและบาหลี พืชและสัตว์ต่าง ๆ ทางตะวันตกของแนวเส้นนี้มักเป็นสายพันธุ์เอเชีย ขณะที่ทางตะวันออกจากลอมบอก มีความเป็นออสเตรเลียมากขึ้นเรื่อย ๆ จนถึงจุดแนวเวเบอร์ ในหนังสือของเขาในปี 1869 วอลเลซได้บรรยายถึงสายพันธุ์ต่าง ๆ มากมายที่มีลักษณะเฉพาะในพื้นที่นี้ บริเวณหมู่เกาะระหว่างแนวของเทือกเขากับนิวกินีปัจจุบันเรียกว่าวอลเลเซีย
ด้วยขนาดประชากรที่เพิ่มสูง และการเติบโตของอุตสาหกรรมอย่างรวดเร็วทำให้เกิดปัญหาสิ่งแวดล้อมที่ร้ายแรง ปัญหาเกิดจากการบริหารที่อ่อนแอและการมีทรัพยากรไม่เพียงพอ ปัญหาต่าง ๆ ได้แก่ การทำลายพื้นที่พรุ การตัดไม้ทำลายป่า (ทำให้เกิดหมอกควันปกคลุมทั่วเอเชียตะวันออกเฉียงใต้) การใช้ประโยชน์ทรัพยากรทางทะเลมากเกินไป มลพิษทางอากาศ การจัดการขยะและน้ำเสียที่ด้อยคุณภาพ มีส่วนทำให้อินโดนีเซียอยู่ในอันดับต่ำ (อันดับที่ 116 จาก 180 ประเทศ) ในดัชนีผลการดำเนินงานด้านสิ่งแวดล้อมปี 2020 ถือว่าต่ำกว่าค่าเฉลี่ยทั้งในระดับภูมิภาคและระดับโลก
ในปี 2018 ป่าไม้ครอบคลุมพื้นที่ประมาณ 49.7% ของพื้นที่ประเทศ ลดลงจาก 87% ในปี 1950 เริ่มต้นในปี 1970 และต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน การผลิตไม้ซุง พื้นที่เพาะปลูกและเกษตรกรรมต่าง ๆ มีผลต่อการตัดไม้ทำลายป่าส่วนใหญ่ในอินโดนีเซีย ทำให้อินโดนีเซียเป็นแหล่งปล่อยแก๊สเรือนกระจกที่ใหญ่ที่สุดในโลก นอกจากนี้ยังคุกคามการอยู่รอดของสิ่งมีชีวิต องค์การระหว่างประเทศเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) ระบุว่าสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม 140 สายพันธุ์ถูกคุกคาม และอีก 15 สายพันธุ์กำลังเสี่ยงขั้นวิกฤติต่อการสูญพันธุ์ รวมถึงนกบาหลี อุรังอุตังสุมาตรา และแรดชวา