อ่าวโทยามะ
ระบบนิเวศ

ในอ่าวบางจุดที่ลึก 300 เมตรลงไปอุณหภูมิของน้ำจะเย็นซึ่งเป็นเอกลักษณ์ของทะเลญี่ปุ่นโดยมีอุณหภูมิ 1 ถึง 2 องศาเซลเซียสบริเวณน้ำเย็นนี้จะมีปลาน้ำเย็นอาศัยอยู่ ในชั้นผิวน้ำที่ตื้นกว่า 300 เมตรขึ้นไปน้ำทะเลจุดนี้จะอบอุ่นเนื่องจากมีกระแสน้ำสึชิมะที่เป็นกระแสน้ำอุ่นจะไหลเข้าสู่อ่าวฉะนั้นปลาจำนวนมากที่อยู่อาศัยในแหล่งน้ำอุ่นทางตอนใต้ก็สามารถอยู่อาศัยในอ่าวนี้ได้ด้วยเช่นกัน จากปัจจัยเหล่านี้ทำให้อ่าวโทยามะเป็นที่อยู่ของปลามากกว่า 500 ชนิดเป็นจำนวนเกินครึ่งของปลาทั้งหมดที่อาศัยอยู่ในทะเลญี่ปุ่นจาก 800 ชนิดอ่าวโทยามะนี้ถูกกล่าว่าเป็น "ตู้ปลาจากธรรมชาติ" เนื่องจากมีปลาและสัตว์น้ำให้จับเป็นจำนวนมาก ระบบนิเวศของอ่าวยังมีการพบเจอปลาทะเลลึกหลากสายพันธ์ เช่น ปลาออร์ ปลาเครสต์ฟิช ปลาเครสต์ฟิชยูนิคอร์น และหมึกสาย นอกจากปลาที่กล่าวมาแล้วยังมีการพบปลาสำคัญหลายชนิด เช่น ปลาฉลามอาบแดด ปลาฉลามวาฬ และปลาสเตอร์เจียน
นับตั้งแต่ทศวรรษ 2000 เป็นต้นมาสปีชีส์ของสายพันธ์ุปลามีการเปลี่ยนแปลงไปโดยปลาอลาสก้า พอลล็อคไม่มีรายงานการพบเห็นอีกเลย ปลาอีโต้มอญและปลาซาวาระมีแนวโน้วเพิ่มขึ้นการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้เป็นผลมาจากอุณหภูมิน้ำทะเลที่เพิ่มสูงขึ้น
หุบเขาที่อยู่ส่วนลึกของอ่าวเป็นแหล่งอยู่อาศัยของสิ่งมีชีวิตอย่างดีมีสัตว์ทะเลจำพวกหอยและกุ้ง ในบรรดาสัตว์ทะเลกุ้งแก้วเป็นสัตว์ที่จับเชิงพาณิชย์เฉพาะที่อ่าวโทยามะเท่านั้น ยังมีกุ้งอีกหลายสายพันธุ์ที่อยู่ในอ่าวเช่น กุ้งโทยามะ เป็นชื่อของกุ้งที่ถูกตั้งชื่อตามอ่าวโทยามะซึ่งเป็นสถานที่ค้นพบ อ่าวโทยามะได้รับแร่ธาตุที่ไหลมาจากแม่น้ำคุโรเบะหรือการละลายของหิมะจากเทือกเขาฮิดะทำให้พัดพาตะกอนสารอาหารลงสู่อ่าวแปรสภาพให้ที่นี่กลายเป็นแหล่งประมงที่อุดมสมบูรณ์มีปลานานาชนิดมาวางไข่เพาะพันธุ์
ชายฝั่งของอ่าวโทยามะซึ่งทอดยาวตั้งแต่เมืองโทยามะไปจนถึงเมืองอูโอซุเป็นระยะทาง 15 กิโลเมตรเป็นพื้นที่ริมทะเลที่มีชื่อเสียงมาจากหมึกโฮตารุเรืองแสงพื้นที่ชายฝั่งและนอกชายฝั่งประมาณ 1,260 ม. ถูกกำหนดให้เป็นอนุสาวรีย์ธรรมชาติในปี 1922 จนถึงวันที่ 29 มีนาคม ค.ศ. 1952 สถานที่แห่งนี้ถูกตั้งชื่อว่า "Firefly Squid Group Yukai Surface" และได้รับการยกระดับเป็นอนุสาวรีย์ธรรมชาติพิเศษ แต่หมึกโฮตารุไม่ได้ถูกจัดเป็นอนุสาวรีย์ธรรมชาติเนื่องจากหากหมึกถูกจัดเป็นอนุสาวรีย์ธรรมชาติจะส่งผลกระทบต่ออุตสาหกรรมการจับปลาเพื่อการบริโภคดังนั้นซึ่งกำหนดให้ผิวน้ำทะเลเป็นอนุสาวรีย์ธรรมชาติแทน
นอกจากอ่าวโทยามะแล้วในอ่าวนานาโอะยังพบแหล่งอยู่อาศัยของโลมาปากขวดอินโดแปซิฟิกซึ่งฝูงโลมาเหล่านี้อาศัยอยู่บริเวณตะวันตกของอ่าว โดยรอบอ่าวมีแหล่งโบราณสถานหลายแหล่งมีจุดสำคัญ ๆ คือ แหล่งคิตาไดและแหล่งมาวากิหลังฐานจากแห่งโบราณสถานเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าในพื้นที่คาบสมุทรโนโตะมีการล่าวาฬและโลมามาตั้งแต่ยุคโจมงจนกระทั้งสิ้นสุดลงในยุคโชวะ
เชื่อว่าสิงโตทะเลญี่ปุ่นซึ่งปัจจุบันสุญพันธ์ไปแล้วเคยอาศัยอยู่บริเวณอ่าวแห่งนี้และมีการค้นพบซากกระดูกวาฬตามแหล่งแนวชายฝั่ง
ในส่วนลึกของอ่าวมีบริเวณที่ยังไม่ได้สำรวจอยู่มากสำนักงานวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมารีน-เอิร์ธญี่ปุ่นกำลังวิจัยเกี่ยวกับเรื่องดังกล่าว ในช่วงหลายปีที่ผ่านมามีรายงานการค้นพบปลาทะเลน้ำลึกหลายชนิดซึ่งเป็นผลลัพท์จากการสำรวจทะเล ในปี 2000 ได้มีการค้นพบที่อยู่ของสัตว์หายากที่มีชื่อว่าพรีดาโทรี ทูนิเคต (Predatory Tunicate) เป็นสิ่งมีชีวิตไม่มีกระดูกสันหลังที่ดูเหมือนลูกโป่งนี้ทำให้ครั้งนี้เป็นการค้นพบอาณาจักรสัตว์ขนาดใหญ่แห่งหนึ่งของโลก นับแต่มีการค้นพบสิ่งมีชีวิตชนิดนี้ได้ถูกรวบรวมนำมาจัดแสดงที่พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำอูโอซุ
บริเวณรอบชายฝั่งของอ่าวมีสภาพอากาศที่อบอุ่นเมื่อเทียบกับเส้นละติจูดที่อยู่ในเขตค่อนหนาวอันเนื่องมาจากอิทธิพลของกระแสน้ำสึชิมะเป็นผลให้มีป่าใบกว้างไม่ผลัดใบซึ่งสามารถพบได้ทั่วไปบริเวณทางตอนใต้ของเขตอบอุ่นรอบ ๆ อ่าว
ในนครอูโอซุมีป่าโบราณอายุหลายพันปีถูกฝังอยู่ใต้พื้นดินและยังคงสภาพสมบูรณ์ไม่เน่าเปื่อยเชื่อว่าป่าที่ถูกฝังอยู่ใต้ดินในเมืองอูโอซุนั้นมีอายุมาประมาณ 2,000 ปีก่อนที่โลกจะอุณหภูมิสูงขึ้นทำให้ะระดับน้ำทะเลเพิ่มสูงขึ้นด้วยเช่นกัน ส่งผลให้ชายฝั่งที่มีป่าจมลงสู่ทะเลและถูกดินตะกอนทับถม และยังมีป่าที่อยู่ใต้ทะเลบริเวณนอกชายฝั่งของเมืองนีวเซ็งซึ่วมีอายุประมาณ 10,000 ปีทำให้สามารถสันนิษฐานได้ว่าพื้นที่จุดนั้นเคยเป็นไหล่ทวีปบนบกมาก่อน
ปลาออร์
ปลาอากานามาดะ
ปลาเทงกูโนตาจิ
ปลาหมึกยักษ์
กุ้งโทยามาเอบิ
กุ้งชิราเอบิ
หมึกหิ่นห้อย (หมึกโฮตารุ)
โอกูจิโบยะ
วาฬซึจิกูจิระ
วาฬโอกิฮากูจิระ