ความสัมพันธ์กัมพูชา–ไทย
สมัยอยุธยา > สมัยอยุธยาตอนกลาง (พ.ศ. 1991–2231)

อยุธยาได้รับความบอบช้ำจากสงครามช้างเผือกและสภาพบ้านเมืองอยู่ในสภาพระส่ำระสาย เขมรมักฉวยโอกาสแต่งทัพลอบโจมตีตลบหลังอยุธยาอยู่หลายครั้งโดยเฉพาะระหว่างที่อยุธยาเกิดศึกสงครามกับพม่าและเชียงใหม่เช่นเมื่อครั้ง พ.ศ. 2100 แม้จะไม่ประสบผลสำเร็จแต่เขมรก็ได้กวาดต้อนชาวอยุธยากลับไปเขมรเป็นจำนวนมาก และเมื่อ พ.ศ. 2101 เขมรได้ยกทัพมาตีอยุธยาอีกครั้งแต่ไม่สำเร็จ เมื่อถึงวันสงกรานต์ขี้นปีใหม่ เขมรได้ยกทัพผ่านทางทะเลจากเมืองเขมรเข้าปล้นโจมตีเมืองเพชรบุรีผ่านช่องทางตำบลคลองกระแชงและประตูบางจานจนอยุธยาเสียเมืองเพชรบุรีให้แก่เขมรทั้งยังถูกเขมรกวาดต้อนชาวเมืองและกระทำทารุณไว้อย่างมาก
ภายหลังที่อยุธยาประกาศอิสรภาพไม่ขึ้นแก่หงสาวดีได้และสภาพบ้านเมืองเข้มแข็งเป็นปึกแผ่น เขมรก็กลับยอมอ้อนน้อมเป็นมิตรไมตรีต่ออยุธยาโดยฝ่ายอยุธยาไม่ทันฉุดคิดว่าเขมรอาจคิดทรยศในภายหลังได้ แม้ว่าเขมรส่งกำลังทหารร่วมรบอยุธยาในศึกพม่าและเชียงใหม่ในรัชสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชแต่กลับกระด้างกระเดื่องไม่ถวายบังคมแสดงความจงรักภักดีต่อพระมหาอุปราช (สมเด็จพระนเรศวรมหาราช) จึงถูกว่ากล่าวติเตียน เขมรจึงประกาศตัดความสัมพันธ์กับอยุธยาตั้งแต่คราวนั้น
เมื่อ พ.ศ. 2111 ระหว่างที่ข้าศึกพม่ากับเชียงใหม่ประชิดกรุงศรีอยุธยาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2110 เดือนสิบสองนั้น เขมรก็ได้แต่งทัพลอบเข้าตีหัวเมืองตะวันออกของอยุธยาจนฝ่ายอยุธยาต้องเข้าปราบปรามเขมรจับเป็นเชลยศึกได้เป็นจำนวนมาก ต่อมาภายหลังเขมรก็ลอบเข้าตีอยุธยาอีกครั้งเมื่อคราวอยุธยาติดศึกพม่ากับเชียงใหม่ในปี พ.ศ. 2113
ถึงรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสด็จขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระเจ้ากรุงศรีอยุธยา พระองค์ทรงเคืองแค้นว่าเขมรนั้นไม่มีสัจธรรมและคิดไม่ซื่อต่ออยุธยา เมื่อยามอยุธยาเข้มแข็มก็ยอมอ่อนน้อมเป็นพระราชไมตรีแต่ยามอยุธยาเกิดศึกเมื่อใดพอเห็นทีว่าฝ่ายอยุธยาจะเพลี่ยงพล้ำเสียท่าให้แก่ข้าศึก เขมรกลับฉวยโอกาสแต่งทัพเข้าต่อรบตลบหลังอยุธยาเสียทุกครั้ง จนกระทั่งปี พ.ศ. 2126 ฤดูแล้ง ราชสำนักอยุธยาจึงยกทัพหลวงไปตีเมืองละแวกเพื่อมิให้เกิดเสี้ยนหนาม จับได้ตัวพญาละแวก (สมเด็จพระบรมราชาที่ 4 (นักพระสัตถา)) กับพระศรีสุริโยพรรณ (พระศรีสุพรรณมาธิราช) พระราชอนุชา และชาวเขมรได้เป็นจำนวนมาก แม้พญาละแวกร้องขอวิงวอนให้ไว้ชีวิตสำนึกผิดที่ได้กระทำความชั่วช้าแก่อยุธยามาแต่หนหลังแต่อยุธยาก็ไม่ได้โอนอ่อนไว้ชีวิตตามคำวิงวอน
สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงทราบดีว่าเขมรย่อมไม่ซื่อสัตย์แก่ผู้ใดเลยจึงมีพระบรมราชโองการสั่งให้ตั้งพระราชพิธีปฐมกรรม ณ เมืองละแวก โปรดให้ตัดศีรษะพญาละแวกแล้วเอาโลหิตสด ๆ มาชำระพระบาทเสียให้ทรงหายแค้น แล้วโปรดให้นายทัพนายกองของอยุธยาคุมพระศรีสุริโยพรรณและชาวเขมรเข้ามายังกรุงศรีอยุธยาก่อน พระองค์ประทับอยู่ ณ เมืองละแวกเป็นเวลา 7 วันเศษแล้วจึงเสด็จกลับและยังโปรดให้ชาวเขมรเหล่านั้นเป็นอิสระมิได้ทรงลงพระราชอาญาในภายหลังด้วยเหตุว่ามิได้มีพฤฒิกรรมอย่างพญาละแวก ปรากฏใน พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา ว่า:–
เราได้ออกวาจาไว้แล้วว่า ถ้ามีชัยแก่ท่าน เราจะทำพิธีปฐมกรรมเอาโลหิตท่านล้างบาทาเสียให้จงได้ ท่านอย่าอาลัยแก่ชีวิตเลย จงตั้งหน้าหาความชอบในปรโลกนั้นเถิด บุตรภรรยาญาติประยูรวงศ์นั้น เราจะเลี้ยงไว้ให้มีความสุขดุจแต่ก่อน ตรัสเท่านั้นมีพระราชบริหารแก่มุขมนตรี ให้ตั้งการพิธีปฐมกรรมโดยสาตร พระโหราธิบดีชีพ่อพราหมณ์ ก็จัดแจงการนั้นเสร็จ จึงเชิญเสด็จพระพุทธเจ้าอยู่หัวเสด็จขึ้นบนเกย เจ้าพนักงานองครักษ์เอาตัวพระยาละแวกเข้าใต้เกย ตัดศรีษะเอาถาดทองรองโลหิตขึ้นไปชำระพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระโหราธิบดีลั่นฆ้องชัย ชีพ่อพราหมณ์เป่าสังข์ประโคมดุริยดนตรีถวายมุรธาภิเษกทรงอาเศียรภาพโดยสาตรพิธีเสร็จเสด็จเข้าพลับพลา
อย่างไรก็ตามหลักฐานร่วมสมัยของชาวต่างชาติ เช่น เอกสารของอันโตนิโอ เด มอร์กา (Antonio de Morga) เอกสารของชาวสเปนชื่อบลัส รุยซ์ (Blas Ruiz de Hernán González) และชาวโปรตุเกสชื่อดิโอโก้ เวโลโซ (Diogo Veloso) ระบุว่าพญาละแวกไม่ได้ถูกปฐมกรรมแต่ได้หลบหนีไปยังอาณาจักรล้านช้างและสวรรคตระหว่างทางก่อนที่จะถึงเวียงจันทร์ ส่วน พงศาวดารเขมร ระบุว่าพญาละแวกหลบหนีไปได้และสิ้นพระชนม์ที่ด้วยไข้ป่าในภายหลังที่เมืองสตึงแตรง