อันดับสัตว์ฟันแทะ
การจัดจำแนกและวิวัฒนาการ > การจัดจำแนกมาตรฐาน

ชื่อกลุ่ม “สัตว์ฟันแทะ (rodentia)” เริ่มใช้โดยนักเดินทางและนักธรรมชาติวิทยาชาวอังกฤษ Thomas Edward Bowdich (ค.ศ.1821)  คำภาษาลาตินยุคปัจจุบันว่า “Rodentia” มีรากฐานมาจากคำกริยาปัจจุบัน “rodere” ซึ่งแปลว่า “แทะ” หรือ “กัดกิน”  กระต่ายป่า กระต่าย และพิกา (อันดับกระต่าย) มีฟันดัดหน้าที่เติบโตเรื่อย ๆ เช่นเดียวกับสัตว์ฟันแทะ และเคยถูกนับว่าอยู่อันดับเดียวกัน แต่ทว่าสมาชิกในอันดับกระต่ายมีฟันดัดหน้าอีกคู่บนฟันกรามบน และทั้งสองอันดับต่างมีประวัติวิวัฒนาการที่แตกต่าง เนื่องจากวงศ์วานวิวัฒนาการของอันดับสัตว์ฟันแทะ จึงทำสัตว์ฟันแทะถูกจัดอยู่ในเคลดกริเรสซึ่งรวมอันดับใหญ่  Euarchontoglires และ Boreoeutheria แผนผังเคลดด้านล่างข้อความนี้แสดงถึงความสัมพันธ์ระหว่างสมาชิกของอันดับสัตว์ฟันแทะ อ้างอิงจาก Wu และคณะ (ค.ศ. 2012) ซึ่งใช้ข้อมูลจากการศึกษาเชิงวงศวานวิวัฒนาการระดับโมเลกุลและบรรพชีวินวิทยา:
วงศ์ของอันดับสัตว์ฟันแทะที่ยังมีชีวิตอยู่ อ้างอิงจากงานวิจัยโดย Fabre และคณะ (ค.ศ. 2012)
อันดับสัตว์ฟันแทะสามารถแยกเป็น อันดับย่อย อันดับฐาน วงศ์ใหญ่ และวงศ์ วิวัฒนาการแบบขนานและวิวัฒนาการแบบเบนเข้าเกิดขึ้นบ่อยครั้งในอันดับสัตว์ฟันแทะเนื่องจากสมาชิกเหล่านี้มักที่จะวิวัฒนาการให้มีบทบาทคล้ายกัน วิวัฒนาการแบบขนานที่เกิดขึ้นมีทั้งโครงสร้างฟัน และบริเวณรอบกะโหลก (ใต้เบ้าตา) ซึ่งทำให้ยากต่อการจัดแจงเนื่องจากลักษณะที่เหมือนกันอาจจะไม่เกิดจากการมีบรรพบุรุษเหมือนกัน Brandt (ค.ศ. 1855) เป็นนักธรรมชาติวิทยาชาวเยอรมันคนแรกที่เสนอให้แบ่งอันดับสัตว์ฟันแทะเป็นสามอันดับย่อย Sciuromorpha Hystricomorpha และ Myomorpha โดยมีพื้นฐานข้อมูลมาจากการเจริญเติบโตของกล้ามเนื้อกรามบางมัดและทำให้ระบบการจัดแยกนี้เป็นที่ยอมรับในเวลานั้น Schlosser (ค.ศ. 1884) ได้ทำการวิจัยแบบครอบคลุมกับฟอสซิลของสัตว์ฟันแทะ โดยส่วนใหญ่ใช้ฟันกรามและพบว่าตรงกับการจัดเรียงอันดับสัตว์ตอนนั้น แต่ทว่า Tullborg (ค.ศ. 1899) เสนอการจัดเรียงอันย่อยของสัตว์ฟันแทะใหม่เป็น Sciurognathi and Hystricognathi โดยมีพื้นฐานข้อมูลจาก Inflection ของกรามล่าง และต่อมาแบ่งเป็นอันดับย่อยเพิ่มเติมเป็น Sciuromorpha Myomorpha Hystricomorpha และ Bathyergomorpha แมทธิว (ค.ศ. 1910) คิดค้นภูมิต้นไม้ของสัตว์ฟันแทะโลกใหม่แต่ไม่รวมกับสัตว์ฟันแทะโลกเก่าที่มีปัญหามาก การจัดเรียงอันดับย่อยของสัตว์ฟันแทะยังคงดำเนินต่อไปโดยที่ยังไม่มีข้อตกลง โดยบางผู้แต่งยังคงใช้ระบบสามอันดับย่อย ในขณะที่ผู้แต่งท่านอื่นใช้ระบบ Tullborg แบบสองอันดับย่อย
ข้อถกเถียงของการจัดอันย่อยของอันดับสัตว์แทะยังคงดำเนินต่อไปและข้อมูลจากการศึกษาเชิงวงศวานวิวัฒนาการระดับโมเลกุล (Molecular phylogenetics) ยังไม่สามารถช่วยแก้ปัญหานี้ได้ แต่ทว่าข้อมูลนี้ยืนยันว่ากลุ่มอันดับสัตว์ฟันแทะมาจากชาติพันธุ์เดียว (monophyly) และมีบรรพบุรุษ ณ สมัยพาลีโอซีน Carleton and Musser (ค.ศ. 2005) จาก Mammal Species of the World ใช้ระบบห้าอันดับย่อยที่ยังคงรอคอยการยืนยัน  Sciuromorpha Castorimorpha Myomorpha Anomaluromorpha และ Hystricomorpha โดยระบบนี้มี 33 วงศ์ 481 สกุล และ 2277 สปีชีส์
อันดับสัตว์ฟันแทะ (จากคำในภาษาละติน rodere แปลว่าแทะ)
อันดับย่อย Anomaluromorpha
วงศ์ Anomaluridae: กระรอกหางเกล็ด (scaly-tailed squirrel)
วงศ์ Pedetidae: สปริงแฮร์ (springhare)
อันดับย่อย Castorimorpha
วงศ์ใหญ่ Castoroidea
วงศ์ Castoridae: บีเวอร์
วงศ์ใหญ่ Geomyoidea
วงศ์ Geomyidae: โกเฟอร์พ็อกเก็ต (pocket gopher)
วงศ์ Heteromyidae: หนูจิงโจ้ (kangaroo rats & kangaroo mouse)
อันดับย่อย Hystricomorpha
วงศ์ incertae sedis Diatomyidae: หนูหิน
อันดับฐาน Ctenodactylomorphi
วงศ์ Ctenodactylidae: หนูกุนดี (gundi)
อันดับฐาน Hystricognathi
วงศ์ Bathyergidae: หนูตุ่นแอฟริกัน (African mole rat)
วงศ์ Hystricidae: เม่นโลกเก่า (Old World porcupine)
วงศ์ Petromuridae: Dassie rat
วงศ์ Thryonomyidae: cane rat
Parvorder Caviomorpha
วงศ์ †Heptaxodontidae: giant hutia
วงศ์ Abrocomidae: หนูชินชิยา (chinchilla rat)
วงศ์ Capromyidae: hutia
วงศ์ Caviidae: cavies รวมถึงหนูตะเภาและแคพิบารา
วงศ์ Chinchillidae: ชินชิยา (chinchilla) และบิซกาชา (vizcacha)
วงศ์ Ctenomyidae: หนูทูโคทูโค (tuco-tuco)
วงศ์ Dasyproctidae: อกูติ (agouti)
วงศ์ Cuniculidae: พาคา (paca)
วงศ์ Dinomyidae: พาคารานา (pacarana)
วงศ์ Echimyidae: หนูขนเสี้ยน
วงศ์ Erethizontidae: เม่นโลกใหม่ (New World porcupine)
วงศ์ Myocastoridae: นากหญ้า
วงศ์ Octodontidae: octodont
อันดับย่อย Myomorpha
วงศ์ใหญ่ Dipodoidea
วงศ์ Dipodidae: จอร์บัว (jerboa) และหนูกระโดด (jumping mouse)
วงศ์ใหญ่ Muroidea
วงศ์ Calomyscidae: mouse-like hamster
วงศ์ Cricetidae: แฮมสเตอร์ หนูโลกใหม่ (New World rat and mouse) มัสคแร็ต (muskrat) หนูนา (vole) เลมมิ่ง (lemming)
วงศ์ Muridae: เจอร์บิล (gerbil) หนูขนเสี้ยน หนูขนตั้งเป็นสัน (crested rat)
วงศ์ Nesomyidae: หนูปีน (climbing mouse) หนูหิน (rock mouse) หนูหางขาว (white-tailed rat) หนูมาลากาซี (Malagasy rat)
วงศ์ Platacanthomyidae: ดอร์เมาส์ขนเสี้ยน (spiny dormouse)
วงศ์ Spalacidae: หนูตุ่น (mole rat) อ้น zokor
อันดับย่อย Sciuromorpha
วงศ์ Aplodontiidae: บีเวอร์ภูเขา (mountain beaver)
วงศ์ Gliridae (also Myoxidae, Muscardinidae): ดอร์เมาส์ (dormouse)
วงศ์ Sciuridae: กระรอกรวมถึง ชิปมังก์ แพรรีด็อก มาร์มอต