เดอะ เมทริกซ์ เรฟโวลูชั่นส์ ปฏิวัติมนุษย์เหนือโลก
โครงเรื่อง

นีโอและเบนนอนหมดสติอยู่ในห้องพยาบาลของยานแฮมเมอร์ ในเมทริกซ์นีโอติดอยู่ที่สถานีรถไฟใต้ดินที่ชื่อว่า Mobil Ave (คำที่เกิดจากการสลับตัวอักษร Limbo) ดินแดนเปลี่ยนผ่านระหว่างเมทริกซ์และเมืองเครื่องจักร เขาพบกับครอบครัวของโปรแกรมรวมทั้งเด็กหญิงที่ชื่อซาติ พ่อของเธอบอกกับนีโอว่ารถไฟใต้ดินนี้ถูกควบคุมโดยเทรนแมน โปรแกรมที่ภักดีต่อเมโรวินเจี้ยน เมื่อนีโอพยายามขึ้นรถไฟไปพร้อมกับครอบครัวนี้ เทรนเมนปฎิเสธและเอาชนะเขาได้
เซอเรฟตัวแทนออราเคิลติดต่อมอร์เฟียสและทรินิตี้ซึ่งได้แจ้งข่าวพวกเขาเกี่ยวกับนีโอที่ติดอยู่ เซอเรฟ มอร์เฟียส และทรินิตี้เข้าไปยังคลับเฮลซึ่งพวกเขาเผชิญหน้ากับเมโรวินเจี้ยนโดยบังคับให้เขาปล่อยตัวนีโอ นีโอไปพบกับออราเคิลซึ่งเผยว่าสมิทตั้งใจทำลายทั้งเมทริกซ์และโลกจริง เธอบอกว่า”ทุกสิ่งที่มีจุดเริ่มต้นนั้นมีจุดจบ” และว่าสงครามจะสิ้นสุดลง หลังจากนีโอออกไปสมิทกลุ่มหนึ่งก็เข้ายึดครองร่างของซาติและเซอเรฟ  ออราเคิลยอมให้ถูกยึดครองร่างแต่โดยดี จากนั้นสมิทก็ได้รับพลังการมองเห็นอนาคตของออราเคิล แต่ยังไม่ชัดเจนว่าเธอหายไปตลอดกาลหรือไม่
ในโลกจริงลูกเรือของเนบูคาเนซซาและแฮมเมอร์เจอยานของไนโอบี โลกอส และทำให้ยานใช้งานได้อีกครั้ง พวกเขาสอบสวนเบนซึ่งบอกว่าเขาจำไม่ได้ว่าเกิดอะไรขึ้นก่อนหน้านี้ ในขณะที่กัปตันวางแผนป้องกันไซออน นีโอขอยานลำหนึ่งเพื่อเดินทางไปยังเมืองเครื่องจักร ไนโอบีซึ่งเคยเจอกับออราเคิลได้มอบยานโลกอสให้เขาไป นีโอออกเดินทางพร้อมกับทรินิตี้ เบนซึ่งซ่อนตัวอยู่ในโลกอสจับทรินิตี้เป็นตัวประกัน นีโอรู้ว่าเบนถูกสมิทควบคุมร่างอยู่จึงเกิดการต่อสู้กันขึ้น เบนเผาตาของนีโอด้วยสายไฟฟ้าทำให้เขาตาบอดถาวร นีโอค้นพบความสามารถให้การรับรู้อะไรก็ตามที่เป็นส่วนหนึ่งของซอร์ซโคัดของเครื่องจักรในโลกจริงเป็นการเรืองแสงสีทอง เขาเห็นและฆ่าเบน ทรินิตี้ขับยานไปยังเมืองเครื่องจักร
ไนโอบีและมอร์เฟียสรีบกลับไปยังไซออนบนยานแฮมเมอร์เพื่อช่วยพวกมนุษย์ปกป้องเมือง อู่เรือไซออนเต็มไปด้วยพวกเซนติเนล กัปตันมิฟูเน่ที่ได้รับบาดเจ็บสาหัสสั่งให้คิดส์เปิดประตูให้แฮมเมอร์ เมื่อยานมาถึงก็ได้ปล่อย EMP ออกมาทำให้พวกเซนตินัลตรงนั้นหยุดทำงานลง แต่ระบบป้องกันที่เหลืออยู่ของไซออนก็ด้วยเช่นกัน  พวกมนุษย์ถูกบังคับให้ต้องล่าถอยและรอคอยการโจมตีครั้งต่อไปโดยคิดว่านี่จะเป็นที่มั่นสุดท้ายของพวกเขา
ใกล้กับเมืองเครื่องจักร โลกอสถูกกระหน่ำด้วยการระดมยิงทำให้ยานตกและทรินิตี้บาดเจ็บสาหัส นีโอเข้าไปยังเมืองเครื่องจักรและเผชิญหน้ากับบอสเครื่องจักร นีโอเตือนว่าสมิทวางแผนยึดทั้งเดอะเมทริกซ์และโลกจริงและเสนอจะหยุดสมิทเพื่อแลกเปลี่ยนกับสันติสุขของไซออน บอสเครื่องจักรตกลงจากนั้นเซนติเนลก็หยุดโจมตีไซออน
เครื่องจักรจัดการเชื่อมต่อเพื่อให้นีโอเข้าไปยังเมทริกซ์ ภายในเมทริกซ์สมิทที่มีพลังของออราเคิลก้าวออกมาและพูดว่าเขามองเห็นชัยชนะในอนาคตของเขากับนีโอ หลังจากการต่อสู้อันยืดเยื้อ นีโอตระหนักว่าไม่มีวิธีอื่นใดอีกที่จะเอาชนะได้และทำให้ตัวเขาเองถูกเข้ายึดครองร่าง เมื่อเชื่อมต่อกับเดอะซอร์ซ บอสแมชชีนส่งคำสั่งลบโปรแกรมสมิทผ่านทางร่างของนีโอในโลกจริง ทำให้โคลนนีโอ/สมิทและโคลนสมิทคนอื่นๆถูกทำลาย ลบสมิททิ้งไปในที่สุด พวกเซนติเนลถอนตัวจากไซออน มอเฟียสกับไนโอบีสวมกอดกัน แล้วนีโอเห็นภาพของเมืองเครื่องจักรเป็นครั้งสุดท้ายในขณะที่ร่างของเขาถูกพวกเครื่องจักรพาไป
เดอะเมทริกซ์ถูกรีบูต อาร์คิเทคพบกับออราเคิลในสวนสาธารณะ พวกเขาเห็นด้วยว่าสันติสุขจะคงอยู่ตราบนานเท่าที่จะนานได้ และว่าพวกมนุษย์ที่ปรารถนาจะได้รับโอกาสออกจากเดอะเมทริกซ์ เมื่อถูกถามถึงชะตากรรมของนีโอ ออราเคิลบอกซาติว่าเธอคิดว่าพวกเขาจะเจอนีโออีกครั้ง ซาติบอกว่าเธอสร้างพระอาทิตย์ขึ้นที่ขอบฟ้าเพื่อเป็นเกียรติแก่นีโอ เซอเรฟถามออราเคิลว่าเธอรู้หรือไม่ว่านี่จะเกิดขึ้น เธอตอบว่าเธอไม่รู้แต่เธอเชื่อ