ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
สุขภาพ > ภูมิแพ้

ความเสี่ยงของการเปลี่ยนแปลงยีนที่รู้จักกันดีก็คือการก่อสารก่อภูมิแพ้
ดังนั้น การทดสอบสารภูมิแพ้จึงเป็นเรื่องปกติสำหรับผลิตภัณฑ์อาหาร ที่ต้องผ่านการทดสอบตามกฎควบคุม
และองค์กรต่อต้าน GMO เช่น European Green Party และกรีนพีซมักจะเน้นกล่าวถึงความเสี่ยงนี้
แต่ว่างานปฏิทัศน์ในปี 2548 ที่ทบทวนการทดสอบสารภูมิแพ้พบว่า "ยังไม่มีโปรตีนเทคโนโลยีชีวภาพในอาหารที่ก่อให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้"
ทั้ง ๆ ที่เจ้าหน้าที่ควบคุมดูแลก็บังคับให้อาหารดัดแปร มีการทดสอบตรวจดูสารภูมิแพ้ก่อนที่จะวางตลาด
ผู้สนับสนุน GMO ให้ข้อสังเกตว่า เพราะว่ามีการบังคับให้ทดสอบความปลอดภัย ความเสี่ยงการปล่อยพันธุ์พืชที่มีสารก่อภูมิแพ้หรือสารพิษใหม่ ๆ จะน้อยกว่ากระบวนการเพาะพันธุ์พืชธรรมดา ที่ไม่บังคับให้มีการทดสอบเลย
นอกจากนั้นแล้ว พันธุวิศวกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ น้อยกว่าการเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา ซึ่งเป็นการเปลี่ยนพันธุ์พืชแบบไม่สามารถทำให้เฉพาะเจาะจง
และนักพิษวิทยาก็ตั้งข้อสังเกตด้วยว่า "อาหารธรรมดาไม่ใช่ไม่เสี่ยง (เพราะว่า) สารก่อภูมิแพ้มีอยู่ในอาหารธรรมดาทั้งชนิดที่มีอยู่แล้วและทั้งที่เกิดขึ้นใหม่ ๆ
ยกตัวอย่างเช่นมีการวางตลาดลูกกีวีในประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศยุโรปในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1960 ซึ่งในขณะนั้นไม่ปรากฏสารก่อภูมิแพ้ใด ๆ แต่ว่า ทุกวันนี้ มีคนที่แพ้ผลไม้ชนิดนี้"
นอกจากนั้นแล้ว การแปรพันธุกรรมยังสามารถกำจัดสารก่อภูมิแพ้ ซึ่งอาจจะลดความเสี่ยงการแพ้อาหาร
เช่นในปี 2546 มีการทดสอบถั่วเหลืองพันธุ์ลดสารภูมิแพ้ แล้วพบว่า ไม่มีสารก่อภูมิแพ้สำคัญ ๆ ในถั่วแปรพันธุกรรมที่พบในถั่วธรรมดา
วิธีการเดียวกันก็ทดลองแล้วในหญ้า สกุล Lolium ซึ่งปกติมีละอองเรณูที่เป็นเหตุสำคัญของโรคเยื่อจมูกอักเสบจากภูมิแพ้ ในกรณีนี้ มีการสร้างหญ้าดัดแปรพันธุกรรมที่สืบลูกหลานได้ โดยไม่มีสารก่อภูมิแพ้หลัก ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการสร้างหญ้าปราศจากสารก่อภูมิแพ้นั้นเป็นไปได้
บริษัท GMO ได้ระงับผลิตภัณฑ์ GMO ที่พบว่าทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ ก่อนที่จะวางตลาด
เช่นในต้นคริสต์ทศวรรษ 1990 บริษัท Pioneer Hi-Bred (ปัจจุบันเป็น Dupont Pioneer) พยายามปรับปรุงสารอาหารในถั่วเหลืองเพื่อเลี้ยงสัตว์โดยเติมยีนจากต้นบราซิลนัต
แต่เพราะว่ามีคนที่แพ้ถั่ว บริษัทจึงได้ทดสอบการเกิดภูมิแพ้ทั้งแบบ in vitro (คือในสถานการณ์เทียม) ทั้งแบบเจาะผิวหนังทดสอบ
แล้วพบว่า ถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรมทำให้เกิดภูมิแพ้
บริษัทจึงระงับการพัฒนาผลิตภัณฑ์นั้น
ต่อมาในปี 2548 องค์กร Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (องค์การวิจัยทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมแห่งเครือจักรภพ) แห่งประเทศออสเตรเลียได้พัฒนาถั่วลันเตาต้านทานโรคขึ้น แต่พบว่าทำให้เกิดภูมิแพ้ในหนู
ดังนั้น องค์กรจึงได้ระงับงานที่ทำกับพืชพันธุ์นี้อย่างทันที
กรณีเหล่านี้ ได้ใช้เป็นหลักฐานว่า การแปรพันธุกรรมสามารถก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่ไม่คาดหวังและเป็นอันตรายในอาหาร แต่ก็ใช้เป็นหลักฐานด้วยว่า การทดสอบความปลอดภัยสามารถป้องกันระบบเก็บส่งอาหารได้
ในเหตุการณ์เรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด Starlink ปี 2543 ผลิตภัณฑ์ข้าวโพดในซูเปอร์มาร์เก็ตและร้านอาหารในสหรัฐอเมริกา เกิดปนเปื้อนด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่มีโปรตีนของแบคทีเรียบาซิลลัสทูริงเยนซิส (Bt) คือ โปรตีน Cry9C
แล้วต่อมาก็พบในประเทศญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ด้วย
ข้าวโพดชนิดนี้ความจริงได้รับอนุมัติเฉพาะให้เป็นอาหารสัตว์เท่านั้น ด้วยเหตุว่า Cry9C สามารถดำรงอยู่ในระบบย่อยอาหารได้นานกว่าโปรตีนชนิดอื่น ๆ ของ Bt ซึ่งทำให้เกิดความเป็นห่วงเรื่องความเป็นสารภูมิแพ้ของผลิตภัณฑ์
เหตุการณ์เริ่มขึ้นในเดือนกันยายน 2543 เมื่อองค์กรตรวจสอบอาหาร (Genetic ID) ที่จัดตั้งโดยกลุ่มต่อต้าน GMO ตรวจพบข้าวโพด Starlink ในผลิตภัณฑ์ของบริษัท Taco Bell ในซูเปอร์มาร์เก็ต จึงมีผลให้บริษัทเรียกคืนผลิตภัณฑ์ แล้วในที่สุดบริษัทต่าง ๆ ในสหรัฐอเมริกาก็เรียกคืนผลิตภัณฑ์ของตนทั้งที่ตรวจพบ Starlink ทั้งที่เรียกคืนเป็นการระวังล่วงหน้า ทั้งหมดรวมกันกว่า 300 ผลิตภัณฑ์
บริษัท Aventis จึงได้เลิกขายข้าวโพดชนิดนี้โดยสมัครใจเองในเดือนตุลาคม 2543
ในปี 2545 อาหารที่สหประชาชาติและประเทศสหรัฐอเมริกาส่งไปช่วยประเทศต่าง ๆ ในแอฟริกากลางก็พบว่าปนเปื้อนด้วยข้าวโพด StarLink เหมือนกัน อาหารช่วยเหลือจึงถูกปฏิเสธ
ตั้งแต่ปี 2544 ก็มีการจับตรวจโปรตีนของ Starlink Bt ได้ต่อมาเรื่อย ๆ จนกระทั่งถึงปี 2547 จึงไม่พบโปรตีนนี้อีกในระบบเก็บส่งอาหารของสหรัฐ
ในปี 2548 องค์กรต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม GeneWatch UK และกรีนพีซ ก่อตั้งทะเบียนการปนเปื้อนด้วยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (GM Contamination Register)
ในช่วงที่มีการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ ศูนย์ควบคุมโรคสหรัฐ (Centers for Disease Control) ประเมินรายงานเกี่ยวกับปฏิกิริยาภูมิแพ้ต่อข้าวโพด StarLink แล้วตัดสินว่าไม่มีปฏิกิริยาภูมิแพ้เกิดขึ้น