รายชื่อสงครามในประเทศไทย
สมัยอยุธยา > อยุธยาตอนกลาง (1991 - 2231)

สงครามตีเมืองทวาย (สมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 3) สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 3 เสด็จไปตีเมืองทวายซึ่งตั้งแข็งเมืองต่อกรุงศรีอยุธยาและทรงได้รับชัยชนะ
สงครามมะละกา เมื่อ พ.ศ. 2043 สมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 ทรงส่งกองทัพทั้งทางบกและทางเรือไปทำสงครามกับมะละกาถึงสองครั้ง โดยเข้าโจมตีชายฝั่งตะวันออกและตะวันตก แม้ไม่ประสบผลสำเร็จแต่ก็ทำให้มะละกาได้ตระหนักถึงอำนาจของอยุธยาที่มีอิทธิพลเหนือหัวเมืองในคาบสมุทรภาคใต้ โดยมีเมืองนครศรีธรรมราชทำหน้าที่เป็นศูนย์กลาง ใช้เป็นฐานในการควบคุมหัวเมืองต่าง ๆ ในคาบสมุทรแห่งนี้ กษัตริย์มะละกาผู้ปกครอง ปัตตานี ปาหัง กลันตัน และเมืองท่าที่ตั้งอยู่ชายฝั่งทั้งหมดต้องส่งบรรณาการต่อกษัตริย์อยุธยาทุกปี
สงครามล้านนา (สมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2) พระเมืองแก้ว กษัตริย์เมืองเชียงใหม่แห่งอาณาจักรล้านนา ยกทัพมาตีกรุงสุโขทัย สมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 ได้ทรงออกทัพขึ้นไปป้องกันทางเหนือ จนกองทัพเชียงใหม่แตกกลับไป พระองค์ได้ทรงยกกองทัพขึ้นไปตีล้านนาอีกหน คราวนี้ทรงตีเมืองลำปางได้
สงครามเชียงกราน ในรัชสมัยของสมเด็จพระไชยราชาธิราช ได้เกิดสงครามไทยกับพม่า เมื่อปี พ.ศ. 2081 เมื่อพระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ แห่งกรุงหงสาวดี ได้ยกกองทัพมาตีเมืองเชียงกราน อันเป็นหัวเมืองชายแดนทางทิศตะวันตกของกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระไชยราชาธิราชทรงยกทัพไปตีกลับคืนมา ในการทัพครั้งนี้ พระองค์นำทหารอาสาชาวโปรตุเกสไปด้วย อาสาชาวโปรตุเกสมีความชำนาญในการใช้ปืนไฟ และได้เริ่มใช้ปืนไฟ ในการรบเป็นครั้งแรก กองทัพไทยสามารถยึดเมืองเชียงกรานกลับคืนมาได้
สงครามล้านนา (สมัยสมเด็จพระไชยราชา) เกิดการผลัดแผ่นดินขึ้นที่เชียงใหม่ พระเมืองเกษเกล้าถูกลอบปลงพระชนม์ บรรดาท้าวพระยาเมืองลำปาง เมืองเชียงราย และเมืองพานได้ ยกกำลังเข้ายึดเมืองเชียงใหม่ได้ แล้วพร้อมใจกันแต่งตั้งพระนางมหาเทวีจิรประภา พระอัครมเหสีพระเมืองเกษเกล้า ขึ้นครองเมืองเชียงใหม่ สมเด็จพระไชยราชาธิราชทรงยกกองทัพไปถึงเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. 2081 พระนางมหาเทวีจิรประภาได้ออกมาถวายการต้อนรับ และขอเป็นไมตรีกับกรุงศรีอยุธยา ซึ่งในขณะนั้นพระนางมหาเทวี ฯ ทรงเกรงอานุภาพของพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ ซึ่งได้ขยายอาณาเขตมาจรดเขตของเชียงใหม่ จึงได้ยอมอ่อนน้อมต่อฝ่ายพม่า สมเด็จพระไชยราชาธิราช ทรงพิจารณาเห็นว่า ถ้าปล่อยให้สถานการณ์เป็นไปเช่นนี้ ในอนาคตพระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ จะเข้ามารุกรานกรุงศรีอยุธยา พระองค์จึงได้ยกทัพเข้าตีเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. 2088 โดยได้ตีนครลำปาง และนครลำพูน พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้พระยาพิษณุโลกเป็นทัพยกไปเชียงใหม่ พระนางมหาเทวี ฯ จึงเห็นสถานการณ์เช่นนั้นแล้ว จึงทรงต้อนรับพระยาพิษณุโลก และทรงยอมเป็นประเทศราชของกรุงศรีอยุธยา
สงครามพระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ (สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ)   ในปี พ.ศ. 2091 หลังจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิขึ้นครองราชย์ได้เพียงเจ็ดเดือน การเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญครั้งนี้เป็นที่กระฉ่อนไปทั่ว จนทราบไปยังพระกรรณพระเจ้าหงสาวดีตะเบ็งชะเวตี้ กษัตริย์พม่าทรงพระราชดำริว่า ทางกรุงศรีอยุธยาผลัดเปลี่ยนแผ่นดิน เห็นเป็นโอกาสที่จะแผ่อำนาจมายังกรุงศรีอยุธยา จึงได้ยกกองทัพใหญ่มาทางด่านเจดีย์สามองค์ เมืองกาญจนบุรี (บางพงศาวดารบอกว่า พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ได้เสด็จมาทอดพระเนตรกำแพงเมืองอยุธยาก่อนหน้านี้มาครั้งหนึ่งแล้ว เพื่อประเมินกำลังศึก) โดยตั้งค่ายหลวงที่ตำบลกุ่มดอง  ทัพพระมหาอุปราชาบุเรงนองตั้งที่เพนียด ทัพพระเจ้าแปรตั้งที่บ้านใหม่มะขามหย่อง ทัพพระยาพะสิม ตั้งอยู่ที่ตำบลทุ่งวรเชษฐ์  ในวันอาทิตย์ ขึ้น 6 ค่ำ เดือน 4 พ.ศ. 2092  สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ เสด็จออกไปดูลาดเลากำลังศึก ณ ทุ่งภูเขาทอง พร้อมกับสมเด็จพระศรีสุริโยทัย พระราเมศวร และพระมหินทร์  สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงช้างนามว่าพลายแก้วจักรพรรดิ ได้กระทำยุทธหัตถีกับพระเจ้าแปร  ช้างพระที่นั่งเสียที สมเด็จพระสุริโยทัยจึงทรงไสช้างนามว่าพลายสุริยะกษัตริย์ เข้าขวางช้างข้าศึก เพื่อป้องกันสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ และได้ทำยุทธหัตถีกับพระเจ้าแปร  พระเจ้าแปรได้ทีจึงฟันสมเด็จพระสุริโยทัยด้วยของ้าว สิ้นพระชนม์บนคอช้าง พระราเมศวรและพระมหินทร์ ได้ขับช้างเข้ากันพระศพกลับเข้าพระนคร  ในการต่อสู้กับข้าศึกในขั้นต่อไป สมเด็จพระมหาจักรพรรดิโปรดให้นำปืนใหญ่นารายณ์สังหาร ลงเรือสำเภาแล่นไปตามลำน้ำโจมตีข้าศึกที่ตั้งล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่ อำนาจการยิงของปืนใหญ่ทำให้ฝ่ายพม่าล้มตายเป็นอันมาก ประกอบกับเป็นเวลาใกล้ฤดูฝน และเสบียงอาหารร่อยหรอลง อีกทั้งทางฝ่ายพม่าได้ข่าวว่า มีกองทัพไทยจากหัวเมืองเหนือยกมาสนับสนุน เกรงว่าจะถูกตีกระหนาบ จึงปรึกษากับแม่ทัพนายกองจะยกทัพกลับ แม่ทัพทั้งหลายเห็นควรจะยกทัพกลับทางด่านเจดีย์สามองค์ (กาญจนบุรี) แต่พระเจ้าตเบ็งชเวตี้เห็นว่าทางที่ยกมานั้น  ทรงทำลายเสบียงอาหารเสียหมดแล้ว ถ้ายกไปทางนี้จะประสบปัญหาขาดแคลน และจะถูกทหารไทยยกมาซ้ำเติมลำบากอยู่  จึงทรงให้ยกทัพขึ้นไปทางด่านแม่ละเมา (ตาก) เพื่อตีทัพของพระมหาธรรมราชาด้วยไพร่พลนั้นน้อยนัก และจะได้แย่งเสบียงมา เมื่อปะทะกับกองทัพของพระมหาธรรมราชาและพระราเมศวร ไล่ติดตามไปจนเกือบถึงเมืองกำแพงเพชร ฝ่ายพม่าได้ทำอุบายซุ่มกำลังไว้ทั้งสองข้างทาง พอกองทัพกรุงศรีอยุธยาถลำเข้าไป จึงได้เข้าล้อมไว้ จับได้ทั้งพระมหาธรรมราชา และพระราเมศวร สมเด็จพระมหาจักรพรรดิต้องทรงขอหย่าศึก และไถ่ตัวคืนโดยแลกกับช้างชนะงาสองเชือกคือ พลายศรีมงคล กับพลายมงคลทวีป จากนั้นกองทัพม่าก็ถอยกลับไปยังหงสาวดี ส่วนการพระศพสมเด็จพระสุริโยทัยนั้นเมื่อเสร็จศึกสงครามแล้วโปรดให้ตั้งการพระราชพิธีพระราชทานเพลิง ณ สวนหลวง และให้สถาปนาที่พระราชทานเพลิงเป็นพระอารามเพื่ออุทิศ พระราชกุศลพระราชทาน แด่สมเด็จพระอัครมเหสี ประกอบด้วยพระเจดีย์ พระวิหาร แล้วพระราชทานนามพระอารามอันเป็นพระราชานุสรณ์แห่งสมเด็จพระสุริโยทัยแห่งนี้ว่า วัดสบสวรรค์ ในปัจจุบันชื่อ วัดสวนหลวงสบสวรรค์
สงครามเขมร (สมัยพระเฑียรราชา) พ.ศ. 2099 ในเดือน 12 สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงให้แต่งทัพไปตีเมืองละแวก พระยาองค์ (โอง) สวรรคโลก (เชื่อว่าเป็นคนเดียวกับพระยาสวรรคโลกที่กำจัดขุนวรวงศาธิราช) เป็นทัพหลวง ยกทัพ30,000คน ให้พระมหามนตรีถืออาชญาสิทธิ์ พระมหาเทพถือวัวเกวียน ให้พระยาเยาวเป็นแม่ทัพเรือ แต่ลมพัดไม่เป็นใจทัพเรือจึงตามทัพบกไม่ทัน พระยารามลักษณ์แม่ทัพบกได้เข้าตีเขมรในตอนกลางคืน แต่เสียทีถอยหนีมาถึงทัพใหญ่ ในศึกนี้เสียพระยาองค์ (โอง) สวรรคโลกกับไพร่พลอีกจำนวนมาก
สงครามช้างเผือก (สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ) พระเจ้าบุเรงนอง ผู้ครองราชย์เป็นกษัตริย์แห่งหงสาวดีต่อจากพระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ ทราบเรื่องช้างเผือก จึงส่งราชทูตเชิญพระราชสาส์นมาขอพระราชทานช้างเผือกสองเชือก สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงให้เหตุผลเชิงปฏิเสธเพราะทรงเห็นด้วยกับพระราเมศวร พระยาจักรี และพระสุนทรสงคราม พระเจ้าบุเรงนองจึงถือสาเหตุนั้น ยกกองทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา เมื่อพ.ศ. 2106 ด้วยกำลังพลสองแสนคน จัดเป็นทัพกษัตริย์หกทัพ ได้เตรียมทัพเรือพร้อมปืนใหญ่กับจ้างชาวโปรตุเกสอาสาสมัคร 400 คน เป็นทหารปืนใหญ่ ให้เมืองเชียงใหม่สนับสนุนเสบียงอาหาร โดยลำเลียงมาทางเรือ เปลี่ยนเส้นทางเดินทัพมาทางด่านแม่ละเมา เข้าตีหัวเมืองฝ่ายเหนือของไทยมาตามลำดับเพื่อตัดกำลังที่จะยกมาช่วยกรุงศรีอยุธยา ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาเตรียมตัวป้องกันพระนคร โดยคาดว่าพม่าจะยกกำลังมาทางด่านเจดีย์สามองค์ ทำให้พระเจ้าบุเรงนองตีเมืองกำแพงเพชร สวรรคโลก สุโขทัย พิชัย และพิษณุโลกได้ ครั้นลงมาถึงเมืองชัยนาท กองทัพพม่าก็ได้ปะทะกับกองทัพกรุงศรีอยุธยาของพระราเมศวร แต่ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาต้านทานไม่ได้ต้องถอยกลับเข้ากรุงศรีอยุธยา กองทัพพม่าได้เข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ แล้วระดมยิงปืนใหญ่เข้าในพระนครทุกวัน จนราษฎรได้รับความเดือดร้อนและเสียขวัญ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ต้องเสด็จไปเจรจากับพระเจ้าบุเรงนอง ที่พลับพลาบริเวณตำบลวัดหน้าพระเมรุ กับวัดหัสดาวาส ยอมเป็นไมตรี โดยได้มอบช้างเผือก 4 เชือก พร้อมกับพระราเมศวร พระยาจักรี และพระสุนทรสงครามให้แก่พม่า โดยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงต่อรองขอดินแดนของอยุธยาทั้งหมดที่พระเจ้าบุเรงนองยึดไว้คืน พระเจ้าบุเรงนองก็ถวายคืนแต่โดยดี จากนั้นพม่าก็ถอยกลับไปหงสาวดี
การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่หนึ่ง (สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ - สมเด็จพระมหินทราธิราช) เป็นส่วนหนึ่งของความขัดแย้งระหว่างอาณาจักรพม่าและอาณาจักรอยุธยา อันเป็นผลมาจากความต้องการของพระเจ้าบุเรงนองซึ่งต้องการได้กรุงศรีอยุธยาเป็นประเทศราช และอาจถือได้ว่าเป็นผลสืบเนื่องมาจากสงครามช้างเผือก ในปี พ.ศ. 2106 ที่ทรงตีกรุงศรีอยุธยาไม่สำเร็จ ความขัดแย้งภายในกรุงศรีอยุธยาระหว่างสมเด็จพระมหาจักรพรรดิกับเจ้าเมืองพิษณุโลก หลังจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิสวรรคต สมเด็จพระมหินทราธิราชก็ขึ้นครองราชย์และทรงบรรชาการรบแทน พระยาจักรี ซึ่งมีพระทัยฝักใฝ่พม่า ได้นำไปสู่ความพินาศของกรุงศรีอยุธยาในปี พ.ศ. 2112 และพระยาจักรีก็ถูกแต่งตั้งเป็นสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช จนกระทั่งหลังการสิ้นพระชนม์ของสมเด็จพระมหาธรรมราชา สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงประกาศอิสรภาพให้กับอาณาจักรอยุธยาในอีก 15 ปีต่อมา
การตีกรุงศรีอยุธยาของเขมร เมื่อปี พ.ศ. 2113  พระยาละแวกหรือสมเด็จพระบรมราชา กษัตริย์เขมร ซึ่งเคยเป็นเมืองขึ้นของไทยมาก่อน ตั้งแต่ครั้งสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 เห็นไทยบอบซ้ำจากการทำสงครามกับพม่า ได้ถือโอกาสยกกำลังเข้ามาซ้ำเติมกรุงศรีอยุธยา โดยยกกองทัพมีกำลัง 20,000 คนเข้ามาทางเมืองนครนายก เมื่อเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้วได้ตั้งทัพอยู่ที่ตำบลบ้านกระทุ่มแล้วเคลื่อนพลเข้าประชิดพระนคร โดยได้เข้ามายืนช้างบัญชาการรบอยู่ในวัดสามพิหาร และวางกำลังพลรายเรียงเข้ามาถึงวัดโรงฆ้อง ต่อไปถึงวัดกุฎีทอง และนำกำลังพล 5,000 คน ช้าง 30 เชือก เข้ายึดแนวหน้าวัดพระเมรุราชิการามพร้อมกับให้ทหารลงเรือ 50 ลำแล่นเข้ามาปล้นพระนครตรงมุมเจ้าสนุก สมเด็จพระมหาธรรมราชาเสด็จออกบัญชาการรบป้องกันพระนครเป็นสามารถ กองทัพเขมรพยายามยกพลเข้าปล้นพระนครอยู่ 3 วัน แต่ไม่สำเร็จจึงยกกองทัพกลับไปและได้กวาดต้อนผู้คนชาวบ้านนาและนครนายกไปยังประเทศเขมรเป็นจำนวนมาก ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2117 ในขณะที่กองทัพไทยในบังคับบัญชาของสมเด็จพระธรรมราชาธิราชกับพระนเรศ ยกกองทัพไปช่วยพระเจ้าหงสาวดี ไปตีเมืองศรีสัตนาคนหุต พระยาละแวก ถือโอกาสยกกองทัพมาตีกรุงศรีอยุธยาอีกโดยยกมาทางเรือ การศึกครั้งนี้โชคดีเป็นของไทย กล่าวคือขณะที่กองทัพไทยยกไปถึงหนองบัวลำภู สมเด็จพระนเรศวรมหาราชประชวรเป็นไข้ทรพิษ พระเจ้าหงสาวดีโปรดให้กองทัพไทยยกกลับกรุงศรีอยุธยา กองทัพไทยกลับมาได้ทันเวลาที่กรุงศรีอยุธยาถูกโจมตีจากกองทัพเรือเขมร ซึ่งขึ้นมาถึงกรุงศรีอยุธยาเมื่อเดือนอ้าย พ.ศ. 2118 และได้ตั้งทัพชุมนุมพลอยู่ที่ตำบลขนอนบางตะนาวศรี และลอบแฝงเข้ามาอยู่ในวัดพนัญเชิง และใช้เรือ 3 ลำเข้าทำการปล้นชาวเมืองที่ตำบลนายก่าย ไทยใช้ปืนใหญ่ยิงไปยังป้อมค่ายนายก่าย ถูกข้าศึกล้มตายเป็นอันมาก แล้วให้ทหารเรือเอาเรือไปท้าทายให้ข้าศึกออกมารบพุ่ง จากนั้นก็ล่อหลอกให้ข้าศึกรุกไล่เข้ามาในพื้นที่การยิงหวังผลของปืนใหญ่ เมื่อพร้อมแล้วก็ระดมยิงปืนใหญ่ถูกทหารเขมรแตกพ่ายกลับไป
การรบกับเขมรที่​ไชยบาดาล ในปี พ.ศ. 2121 พระยาจีนจันตุ ขุนนางจีนของกัมพูชา รับอาสาพระสัฎฐามาปล้นเมืองเพชรบุรี แต่ต้องพ่ายแพ้ตีเข้าเมืองไม่ได้จะกลับกัมพูชาก็เกรงว่าจะต้องถูกลงโทษ จึงพาสมัครพรรค พวกมาสวามิภักดิ์อยู่กับคนไทย โดยสมเด็จพระมหาธรรมราชาทรงชุบเลี้ยงไว้ ต่อมาไม่นานก็ลงเรือสำเภาหนีออกไป เวลานั้นสมเด็จพระนเรศวรมหาราชมีพระชนมายุได้ 24 พรรษา ตระหนักในพระทัยดีว่า พระยาจีนจันตุเป็นผู้สืบข่าวไปให้เขมร พระองค์จึงเสด็จลงเรือกราบกันยารับตามไป เสด็จไปด้วยอีกลำหนึ่งตามไปทันกันเมื่อใกล้จะออกปากน้ำ พระยาจีนจันตุยิงปีนต่อสู้ สมเด็จพระนเรศวรจึงเร่งเรือพระที่นั่งขึ้นหน้าเรือลำอื่นประทับยืนทรงยิงพระแสงปืนนกสับที่หน้ากันยาไล่กระชั้นชิดเข้าไปจนข้าศึกยิงมา ถูกรางพระแสงปืนแตกอยู่กับพระหัตถ์ก็ไม่ยอมหลบ พระเอกาทศรถเกรงจะเป็นอันตราย จึงตรัสสั่งให้เรือที่ทรงเข้าไปบังเรือสมเด็จพระเชษฐาก็พอดีกับเรือที่ทรงเข้าไป บังเรือสมเด็จพระเชษฐาก็พอดีกับเรือสำเภาของพระยาจีนจันตุได้ลมแล่นออกทะเลไป เนื่องจากเรือรบไทยเป็นเรือเล็กสู้คลื่นลมไม่ไหวจำต้องถอยขบวนกลับขึ้นมาตามลำน้ำพบกับสมเด็จพระมหาธรรมราชาที่คุมกำลังทหารลงเรือหนุนตามมาที่เมืองพระประแดง ทรงกราบทูลเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นให้ทรงทราบ แล้วเคลื่อนขบวนกลับสู่พระนคร พระปรีชาสามารถในการรบเป็นที่ประจักษ์หลายครั้งหลายคราว ครั้นยิ่งนานวันความกล้าแกร่งของพระนเรศวรยิ่งเพิ่มขึ้นเป็นเงาตามตัว ความสามมารถในการเป็นผู้นำปรากฏให้เห็นอย่างชัดเจน จนกระทั่งได้รับความนับถือยกย่องโดยทั่วไป แต่การทำสงครามกับเขมรก็ยังไม่จบสิ้น ทั้งนี้เพราะเขมรยังคงเชื่อว่าสยามยังอ่อนแอสามารถที่จะเข้ามาปล้นชิงได้อยู่ พ.ศ. 2123 กษัตริย์กัมพูชาได้ให้พระทศราชาและพระสุรินทร์ราชาคุมกำลังประมาณ 5,000 ประกอบไปด้วยช้าง ม้า ลาดตระเวนเข้ามาในหัวเมืองด้านตะวันออก แล้วเคลื่อนต่อเข้ามายังเมืองสระบุรีและเมืองอื่นๆ หมายจะปล้นทรัพย์จับผู้คนไปเป็นเชลย ประจวบเหมาะกับพระนเรศวรเสด็จลงมาประทับอยู่ที่กรุงศรีอยุธยาพอดี เมื่อทรงทราบข่าวศึกก็ทรงทูลขอกำลังทหารประจำพระนคร 3,000 คน ทั้งที่มีกำลังพลน้อยกว่าเขมรแต่สมเด็จพระนเรศวรก็สามารถวางกลศึกหลอกล่อ กระทั่งสามารถโจมตีทัพของเขมรให้แตกหนีกลับไปได้ในที่สุด
การรบที่เมืองคัง เป็นผลมาจากการสวรรคตของพระเจ้าบุเรงนอง พระมหากษัตริย์พม่า ทำให้เจ้าประเทศราชไทยใหญ่กระด้างกระเดื่องต่อพม่า พม่าต้องการปราบปรามเพื่อไม่ให้เป็นตัวอย่างแก่ประเทศราชอื่น ๆ พระเจ้านันทบุเรงทรงต้องการให้มีการแข่งขันในการรบ จึงทรงจัดให้เจ้านายพม่าและสมเด็จพระนเรศวรเข้าตีเมืองคังคนละวัน เจ้านายพม่าทั้งสองไม่สามารถเข้าตีเมืองได้ จนถึงวันที่สาม สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้เส้นทางลับเข้าตีเมืองจนสำเร็จ
สงครามหลังจากการประกาศอิสรภาพ พ.ศ. 2127 ฝ่ายพระมหาอุปราชาทราบข่าวว่า สมเด็จพระนเรศวรกวาดต้อนคนไทยกลับจึงได้ให้สุรกรรมาเป็นกองหน้า พระมหาอุปราชาเป็นกองหลวงยกติดตามกองทัพไทยมา กองหน้าของพม่าตามมาทันที่ริมฝั่งแม่น้ำสะโตง ในขณะที่ฝ่ายไทยได้ข้ามแม่น้ำไปแล้ว และคอยป้องกันมิให้ข้าศึกข้ามตามมาได้ ได้มีการต่อสู้กันที่ริมฝั่งแม่น้ำ สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้พระแสงปืนคาบชุดยาวเก้าคืบ ยิงถูกสุรกรรมาแม่ทัพหน้าพม่าตายบนคอช้าง กองทัพของพม่าเห็นแม่ทัพตาย ก็พากันเลิกทัพกลับไป เมื่อพระมหาอุปราชาแม่ทัพหลวงทรงทราบ จึงให้เลิกทัพกลับไปกรุงหงสาวดี พระแสงปืนที่ใช้ยิงสุรกรรมาตายบนคอช้างนี้ได้นามปรากฏต่อมาว่า "พระแสงปืนต้นข้ามแม่น้ำสะโตง" นับเป็นพระแสงอัษฎาวุธ อันเป็นเครื่องราชูปโภค ยังปรากฏอยู่จนถึงทุกวันนี้ เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จกลับถึงเมืองแครง ทรงพระราชดำริว่าพระมหาเถรคันฉ่องกับพระยาเกียรติพระยารามได้มีอุปการะมาก สมควรได้รับการตอบแทนให้สมแก่ความชอบ จึงทรงชักชวนให้มาอยู่ในกรุงศรีอยุธยา พระมหาเถรคันฉ่องกับพระยามอญทั้งสองก็มีความยินดีพาพรรคพวกเสด็จเข้ามาด้วยเป็นอันมาก ในการยกกำลังกลับครั้งนี้สมเด็จพระนเรศวรทรงเกรงว่า ข้าศึกอาจยกทัพตามมาอีกถ้าเสด็จกลับทางด่านแม่ละเมา มีกองทัพของนันทสูราชสังครำตั้งอยู่ที่เมืองกำแพงเพชรจะเป็นอุปสรรคต่อการเดินทาง พระองค์จึงรีบสั่งให้พระยาเกียรติ พระยาราม นำทัพเดินผ่านหัวเมืองมอญลงมาทางใต้ มาเข้าทางด่านเจดีย์สามองค์ เมื่อกลับมาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้ว สมเด็จพระมหาธรรมราชาก็พระราชทานบำเหน็จรางวัลแก่พวกมอญที่สวามิภักดิ์ ทรงตั้งพระมาหาเถรคันฉ่องเป็นพระสังฆราชาที่สมเด็จอริยวงศ์ และให้พระยาเกียรติ พระยารามมีตำแหน่งยศได้พระราชทานพานทองควบคุมมอญที่เข้ามาด้วย ให้ตั้งบ้านเรือนที่ริมวัดขมิ้นและวัดขุนแสนใกล้วังจันทร์ของสมเด็จพระนเรศวร แล้วทรงมอบการทั้งปวงที่จะตระเตรียมต่อสู้ข้าศึกให้สมเด็จพระนเรศวรทรงบังคับบัญชาสิทธิขาดแต่นั้นมา
การรบกับพระยาพะสิม ปี พ.ศ. 2127 หลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรทรงประกาศอิสรภาพได้ 7 เดือน พระเจ้านันทบุเรงจึงจัดทัพสองทัพให้ยกมาตีไทย ทัพแรกมีพระยาพสิม (เป็นพระเจ้าอาของพระเจ้าหงสาวดี) คุมกำลัง 30,000 นาย โดยยกมาทางด่านเจดีย์สามองค์ ทัพที่สองมีเจ้าเมืองเชียงใหม่ชื่อมังนรธาช่อราชอนุชา ยกทัพบกและเรือมา จากเชียงใหม่มีกำลังพล 100,000 นาย กองทัพพระยาพสิมยกเข้ามาถึงเมืองกาญจนบุรี (ถึงก่อนทัพเจ้าเมืองเชียงใหม่) สมเด็จพระนเรศวรทรงให้พระยาจักรียกทัพเรือไปยิงปืนใหญ่ดักข้าศึกแถวๆเมืองสุพรรณบุรี ทัพพม่าถูกปืนใหญ่แตกพ่ายหนีไปอยู่บนเขาพระยาแมน เจ้าพระยาสุโขทัยยกทัพไปเขาพระยาแมน เข้าตีทัพพระยาพสิมแตกพ่ายหนีกระเจิง เจ้าพระยาสุโขทัยจึงสั่งให้ตามบดขยี้ข้าศึกจนถึงชายแดนเมืองกาญจนบุรี หลังจากทัพพระยาพสิมแตกพ่ายหนีกลับไปได้สองอาทิตย์ กองทัพพระยาเชียงใหม่ได้เดินทัพมาถึงชัยนาท โดยที่ไม่ทราบข่าวการพ่ายแพ้ของพระยาพสิมจึงส่ง แม่ทัพและทหารจำนวนหนึ่งมาตั้งค่ายที่ปากน้ำบางพุทรา ทางสมเด็จพระนเศวรมีรับสั่งให้พระราชมนูยกทัพไปตีข้าศึกที่ปากน้ำบางพุทรา เมื่อไปถึงพระราชมนูเห็นว่ากำลังน้อยกว่ามาก (พม่ามีอยู่ 15,000 คน ไทยมี 3,200 คน) จึงแต่งกองโจรคอยดักฆ่าพม่าจนเสียขวัญถอยกลับไปชัยนาท สุดท้ายทัพพม่าจึงถอยกลับไป
การรบที่บ้านสระเกศ พ.ศ. 2128 พระเจ้าเชียงใหม่ยกกองทัพมาแก้แค้นตั้งอยู่ที่บ้านสระเกษในแขวงเมืองวิเศษชัยชาญ สมเด็จพระนเรศวรกับพระเอกาทศรถยกทัพไปถึงตำบลป่าโมก ก็พบกับกองทัพพม่าซึ่งลงมาเที่ยวรังแกราษฎรทางเมืองวิเศษชัยชาญ จึงได้เข้าโจมตีจนทัพพม่าล่าถอยไป พระเจ้าเชียงใหม่จึงจัดกองทัพยกลงมาอีก สมเด็จพระนเรศวรจึงดำรัสสั่งให้พระราชมนูคุมกองทัพขึ้นไปลาดตระเวนดูก่อน กองทัพพระราชมนูไปปะทะกับพม่าที่บ้านบางแก้ว สมเด็จพระนเรศวรเสด็จขึ้นไปถึงบ้านแห จึงมีดำรัสให้ข้าหลวงขึ้นไปสั่งพระราชมนูให้ทำเป็นล่าทัพกลับถอยลงมา แล้วพระองค์กับพระอนุชาก็รุกไล่ตีทัพพม่าแตกพ่ายทั้งทัพหน้าและทัพหลวงจนถึงค่ายที่ตั้งทัพของพระเจ้าเชียงใหม่ที่บ้านสระเกษ ทัพของพระเจ้าเชียงใหม่จึงแตกกระจัดกระจายไป เมื่อได้ค่ายที่บ้านสระเกศแล้วสมเด็จพระนเรศวรทรงติดตามพระเจ้าเชียงใหม่ขึ้นไปถึงนครสวรรค์ ทรงทราบข่าวว่าพระเจ้าเชียงใหม่นี้หนีไปอาศัยอยู่กับพระมหาอุปราชาที่เมืองกำแพงเพชรแล้ว หากติดตามไปอาจเสียทีพระมหาอุปราชาได้ จึงได้วางกำลังส่วนหนึ่งเป็นหน่วยลาดตระเวนเอาไว้ที่เมืองนครสวรรค์ แล้วยกทัพลงไปสมทบที่ปากน้ำบางพุทธา และถวายรายงานพร้อมคาดการณ์ว่าข้าศึกไม่น่าจะยกพลมาถึงกรุงศรีอยุธยาก่อนฤดูแล้ง ต่อมาสมเด็จพระมหาธรรมราชามีรับสั่งให้เลิกกองทัพเสด็จกลับพระนคร
พระแสงดาบคาบค่าย ปีพ.ศ. 2129 พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงยังไม่เข็ดหลาบในความพ่ายแพ้ จึงประชุมกองทัพจำนวน 250,000 นาย คนยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา ในช่วงต้นเดือนยี่ข้าวในนายังเกี่ยวไม่เสร็จ สมเด็จพระนเรศวรจึงรับสั่งให้เจ้าพระยากำแพงเพชรยกทัพออกไปป้องกันชาวนาที่กำลังเกี่ยวข้าว พอทัพพม่าของพระมหาอุปราชายกทัพมาถึงก็ให้ทัพม้าเข้าตีจนทัพเจ้าพระยากำแพงเพชรแตกพ่ายหนีเข้าเมือง สมเด็จพระนเรศวรทรงพิโรธอย่างมาก เพราะไทยไม่เคยแตกพ่ายแพ้ต่อข้าศึกอาจทำให้ทหารขวัญเสีย พระองค์และสมเด็จเอกาทศรถเสด็จลงเรือพระที่นั่งออกไปรบทันที (สมเด็จพระเอกาทศรถทรงถูกกระสุนปืนแต่ไม่เป็นอะไร เพียงแค่ฉลองพระองค์ขาดเท่านั้น) ผลปรากฏว่าทรงยึดค่ายคืนมาได้ สมเด็จพระนเรศวรมีรับสั่งประหารชีวิตเจ้าพระยากำแพงเพชร แต่โชคดีที่พระบิดาสมเด็จพระมหาธรรมราชาทรงขอชีวิตเอาไว้ การศึกครั้งนี้พม่าหมายมั่นจะตีกรุงศรีอยุธยาให้ได้ แต่ด้วยความแข็งแกร่งของทหารไทยจึงรักษาที่มั่นเอาไว้ได้เสมอ เสด็จออกปล้นค่ายพม่าซึ่งเป็นทัพหน้าของหงสาวดี ข้าศึกแตกพ่ายถอยหนี พระองค์จึงไล่ตีมาจนถึงค่ายหลวงของพระเจ้าหงสาวดี เสด็จลงจากม้าคาบพระแสงดาบแล้วนำทหารปีนบันไดขึ้นกำแพงข้าศึก แต่ถูกพม่าใช้หอกแทงตกลงมาข้างล่างหลายครั้งจึงเสด็จกลับพระนคร พระแสงดาบนี้มีนามว่า พระแสงดาบคาบค่าย ในพงศาวดารกล่าวว่า พระเจ้าหงสาวดีทรงทราบการกระทำอันห้าวหาญของสมเด็จพระนเรศวรจึงตรัสว่า ถ้าพระนเรศวรออกมาอีกจะต้องจับพระองค์ ให้ได้ถึงแม้ว่าจะใช้ทหารมากมายเพียงใด จึงวางแผนให้ลักไวทำมูนำทหารจำนวน 10,000 นาย ไปดักจับ สมเด็จพระนเรศวรทรงออกไปปล้นค่ายหลวงพม่าอีก พม่าจึงใช้ทหารจำนวนน้อยเข้าล่อให้พระองค์ไล่ตี เข้ามาจนถึงบริเวณที่ลักไวทำมูซุ่มรออยู่ ลักไวทำมูจะเข้ามาจับพระองค์ สมเด็จพระนเรศวรจึงใช้พระแสงทวนแทงลักไวทำมูตายทันที แต่พระองค์ยังถูกล้อมอยู่และสู้กับทหารพม่า จำนวนมากนานร่วมชั่วโมง จนทัพไทยตามมาทันจึงเสด็จกลับพระนครได้ สุดท้ายกองทัพหงสาวดีบอบช้ำจากการสู้รบกับไทยอย่างมากจึงถอยทัพกลับไปเช่นเดิม
พระมหาอุปราชายกทัพมาครั้งแรก สมเด็จพระนเรศวรเสวยราชย์ได้ 8 เดือนก็เกิดข้าศึกพม่าอีก เหตุที่จะเกิดศึกครั้งนี้คือเจ้าฟ้าไทยใหญ่เมืองคังตั้งแข็งเมืองขึ้นอีก พระเจ้าหงสาวดีตรัสปรึกษาเสนาบดี เห็นกันว่าเป็นเพราะเหตุที่เจ้าเมืองคังได้ทราบว่าปราบกรุงศรีอยุธยาไม่สำเร็จ จึงตั้งแข็งเมืองเอาอย่างบ้างตราบใดที่ยังไม่ปราบกรุงศรีอยุธยาลงได้ ถึงแม้จะปราบเมืองคังได้ เมืองอื่นก็คงแข้งข้อเอาอย่าง แต่ในเวลานั้นพระเจ้าหงสาวดีทรงอยู่ในวัยชราทุพพลภาพ ไม่ทรงสามารถจะไปทำสงครามเอาได้ดังแต่ก่อน จึงจัดกองทัพขึ้นสองทัพ ให้ราชบุตรองค์หนึ่งซึ่งได้เป็นพระเจ้าแปรขึ้นใหม่ ยกไปตีเมืองคังทัพหนึ่งให้พระยาพสิม พระยาพุกามเป็นกองหน้า พระมหาอุปราชาเป็นกองหลวงยกลงมาตีกรุงศรีอยุธยาอีกทัพหนึ่ง พระมหาอุปราชายกออกจากกรุงหงสาวดีเมื่อเดือน 12 พ.ศ. 2133 มาเข้าทางด่านพระเจดีย์สามองค์ เพื่อตรงมาตีพระนครศรีอยุธยาทีเดียว ฝ่ายทางกรุงศรีอยุธยาครั้งนี้ รู้ตัวช้าจึงเกิดความลำบาก ไม่มีเวลาจะต้อนผู้คนเข้าพระนครดังคราวก่อนๆ สมเด็จพระนเรศวรทรงเห็นว่าจะคอยต่อสู้อยู่ในกรุงอาจไม่เป็นผลดีเหมือนหนหลัง จึงรีบเสด็จยกกองทัพหลวงออกไปกับสมเด็จพระเอกาทศรถ ในเดือนยี่ เมือเสด็จไปถึงเมืองสุพรรณบุรีได้ทรงทราบว่าข้าศึกยกล่วงเมืองกาญจนบุรีเข้ามาแล้ว จึงให้ตั้งทัพหลวงรับข้าศึกอยู่ที่ลำน้ำท่าคอย พอกองทัพพม่ายกมาถึงก็รบกันอย่างตะลุมบอน พระยาพุกามแม่ทัพพม่าคนหนึ่งตายในที่รบ กองทัพพม่าถูกไทยฆ่าฟันล้มตายเป็นอันมาก ที่เหลือก็พากันพ่ายหนี ไทยไล่ติดตามไปจับพระยาพสิมได้ที่บ้านจระเข้สามพันอีกคนหนึ่ง พระมหาอุปราชาเองก็หนีไปได้อย่างหวุดหวิด เมื่อกลับไปถึงหงสาวดีพวก แม่ทัพนายกองก็ถูกลงอาญาไปตามๆ กัน พระมหาอุปราชาก็ถูกภาคทัณฑ์ให้ทำการแก้ตัวในภายหน้า
สงครามยุทธหัตถี ในปี พ.ศ. 2135 พระเจ้าหงสาวดี นันทบุเรง โปรดให้พระมหาอุปราชา นำกองทัพทหารสองแสนสี่หมื่นคน มาตีกรุงศรีอยุธยาหมายจะชนะศึกในครั้งนี้ สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงทราบว่า พม่าจะยกทัพใหญ่มาตี จึงทรงเตรียมไพร่พล มีกำลังหนึ่งแสนคนเดินทางออกจากบ้านป่าโมกไปสุพรรณบุรี ข้ามน้ำตรงท่าท้าวอู่ทอง และตั้งค่ายหลวงบริเวณหนองสาหร่าย เช้าของวันจันทร์ แรม 2 ค่ำ เดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2135 สมเด็จพระนเรศวรมหาราชและสมเด็จพระเอกาทศรถทรงเครื่องพิชัยยุทธ สมเด็จพระนเรศวรทรงช้างนามว่า เจ้าพระยาไชยานุภาพ (พลายภูเขาทอง) ส่วนพระสมเด็จพระเอกาทศรถ ทรงช้างนามว่า เจ้าพระยาปราบไตรจักร (พลายบุญเรือง) ช้างทรงของทั้งสองพระองค์นั้นเป็นช้างชนะงา คือช้างมีงาที่ได้รับการฝึกให้รู้จักการต่อสู้มาแล้วหรือเคยผ่านสงครามชนช้าง ชนะช้างตัวอื่นมาแล้ว ซึ่งเป็นช้างที่กำลังตกมัน ในระหว่างการรบจึงวิ่งฝ่ากองทัพพม่าจนมาถึงช่วงกลางของทัพพม่า มีเพียงทหารรักษาพระองค์และจาตุรงค์บาทเท่านั้นที่ติดตามไปทัน สมเด็จพระนเรศวรทอดพระเนตรเห็นพระมหาอุปราชาทรงพระคชสารอยู่ในร่มไม้กับเหล่าเท้าพระยา จึงทราบได้ว่าช้างทรงของสองพระองค์หลงถลำเข้ามาถึงกลางกองทัพ และตกอยู่ในวงล้อมข้าศึกแล้ว แต่ด้วยพระปฏิภาณไหวพริบของสมเด็จพระนเรศวร ทรงเห็นว่าเป็นการเสียเปรียบข้าศึกจึงไสช้างเข้าไปใกล้ แล้วตรัสถามด้วยคุ้นเคยมาก่อนแต่วัยเยาว์ว่า "พระเจ้าพี่เราจะยืนอยู่ใยในร่มไม้เล่า เชิญออกมาทำยุทธหัตถีด้วยกัน ให้เป็นเกียรติยศไว้ในแผ่นดินเถิด ภายหน้าไปไม่มีพระเจ้าแผ่นดินที่จะได้ยุทธหัตถีแล้ว" พระมหาอุปราชาได้ยินดังนั้น จึงไสช้างนามว่าพลายพัทธกอ ซึ่งเป็นช้างที่มีขนาดใหญ่เข้าชนเจ้าพระยาไชยานุภาพเสียหลัก สมเด็จพระนเรศวรทรงตรัสให้กำลังใจเจ้าพระยาไชยานุภาพ พระมหาอุปราชาทรงฟันสมเด็จพระนเรศวรด้วยพระแสงของ้าว แต่สมเด็จพระนเรศวรทรงเบี่ยงหลบทัน จึงฟันถูกพระมาลาหนังขาด จากนั้นเจ้าพระยาไชยานุภาพชนพลายพัทธกอเสียหลัก สมเด็จพระนเรศวรทรงฟันด้วยพระแสงของ้าวถูกพระมหาอุปราชาเข้าที่อังสะขวา สิ้นพระชนม์อยู่บนคอช้าง ส่วนสมเด็จพระเอกาทศรถทรงฟันมางจาชโร เจ้าเมืองจาปะโรเสียชีวิตเช่นกัน ทหารพม่าเห็นว่าแพ้แน่แล้ว จึงใช้ปืนระดมยิงใส่สมเด็จพระนเรศวรได้รับบาดเจ็บ ทันใดนั้น ทัพหลวงไทยตามมาช่วยทัน จึงรับทั้งสองพระองค์กลับพระนคร พม่าจึงยกทัพกลับกรุงหงสาวดีไป นับแต่นั้นมาก็ไม่มีกองทัพใดกล้ายกมากล้ำกรายกรุงศรีอยุธยาอีกเป็นระยะเวลาอีกยาวนาน
สงครามตีเมืองทวายและตะนาวศรีศึกทวายและตะนาวศรีนั้น เป็นการรบในระหว่างคนต้องโทษกับคนต้องโทษด้วยกัน กล่าวคือ ทางกรุงศรีอยุธยพาพวกนายทัพที่ตามเสด็จไม่ทันในวันยุทธหัตถีนั้น มีถึง 6 คนคือ พระยาพิชัยสงคราม พระยารามกำแหง เจ้าพระยาจักรี พระยาพระคลัง และพระยาศรีไสยณรงค์ สมเด็จพระนเรศวรรับสั่งให้ปรึกษาโทษ ลูกขุนปรึกษาโทษให้ประหารชีวิต สมเด็จพระวันรัต สังฆปรินายกมาถวายพระพรบรรยายว่า การที่แม่ทัพเหล่านั้นตามเสด็จไม่ทัน ก็เพราะบุญญาภินิหารของพระองค์ สมเด็จพระนเรศวรที่จะได้รับเกียรติคุณเป็นวีรบุรุษที่แท้จริง ด้วยเหตุว่าถ้าพวกนั้นตามไปทันแล้วถึงจะชนะก็ไม่เป็นชื่อเสียงใหญ่หลวงเหมือนที่เสด็จไปโดยลำพัง เมื่อเห็นว่าสมเด็จพระนเรศวรทรงเลื่อมใสในคำบรรยายข้อนี้แล้ว สมเด็จพระวันรัตก็ทูลขอโทษพวกแม่ทัพเหล่านี้ไว้ สมเด็จพระนเรศวรก็โปรดประทานให้ แต่พวกนี้จะต้องไปตีทวายและตะนาวศรีเป็นการแก้ตัว จึงให้เจ้าพระยาจักรีเป็นแม่ทัพคุมพลห้าหมื่นไปตีตะนาวศรี พระยาพระคลังคุมกำลังพลหมื่นเหมือนกันไปตีทวาย ส่วนแม่ทัพอื่นๆ ที่ต้องโทษก็แบ่งกันไปในสองกองทัพนี้คือพระยาพิชัยสงครามกับพระยารามคำแหงไปตีเมืองทวายกับพระยาพระคลัง และให้พระยาเทพอรชุนกับพระยาศรีไสยณรงค์ไปตีเมืองตะนาวศรีกับเจ้าพระยาจักรี ส่วนทางหงสาวดีนั้น เมื่อพระเจ้าหงสาวดีเสียพระโอรสรัชทายาทแล้วก็โทมนัส ให้ขังแม่ทัพนายกองไว้ทั้งหมด แต่ภายหลังทรงดำริว่าไทยชนะพม่าในครั้งนี้แล้วก็จะต้องมาตีพม่าโดยไม่ต้องสงสัย ก่อนที่ไทยไปรบพม่าก็จะต้องดำเนินการอย่างเดียวกันกับที่พม่ารบกับไทย กล่าวคือ จะต้องเอามอญไว้ในอำนาจเสียก่อนและเป็นการแน่นอนว่าไทยจะต้องเข้ามาตีทวายและตะนาวศรี ด้วยเหตุนี้จึงให้แม่ทัพนายกองที่ไปแพ้สงครามมาครั้งนี้ไปทำการแก้ตัวรักษาเมืองตะนาวศรีและเมืองทะวาย เป็นอันว่าทั้งผู้รบและผู้รับทั้งสองฝ่าย ตกอยู่ในฐานคนผิดที่จะต้องทำการแก้ตัวทั้งสิ้น ในการรบทวายและตะนาวศรีครั้งนี้แม่ทัพทั้งสองคือ เจ้าพระยาจักรีและพระยาคลัง ทำการกลมเกลียวกันเป็นอย่างยิ่ง ถึงแม้สมเด็จพระนเรศวรจะได้แบ่งหน้าที่ให้ตีคนละเมือง ก็ยังมีการติดต่อช่วยเหลือกันและกัน ในที่สุดแม่ทัพทั้งสองก็รบชนะทั้งสองเมืองและบอกเข้ามายังกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระนเรศวรได้โปรดเกล้าฯ ให้พระยาศรีไสยณรงค์อยู่ครองเมืองตะนาวศรี ส่วนทางเมืองทะวายนั้นให้เจ้าเมืองทวายคนเก่าครองต่อไป ชัยชนะครั้งนี้เป็นอันทำให้แม่ทัพทั้งหลายพ้นโทษ แต่ทางพม่าแม่ทัพกลับถูกทำโทษประการใดไม่ปรากฏ แต่อย่างไรก็ดี การที่ชัยชนะทวายและตะนาวศรีครั้งนี้ ทำให้อำนาจของไทยแผ่ลงไปทางใต้เท่ากับในรัชสมัยพ่อขุนรามคำแหงมหาราช
การปราบปรามเขมรและฟื้นฟูหัวเมืองเหนือ ปลายปี พ.ศ. 2136 สมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพหลวงไปตีกรุงกัมพูชา มีชัยชนะจับนักพระสัฏฐาเจ้ากรุงกัมพุชาได้ให้ประหารชีวิตเสียในพิธีปฐมกรรม แล้วกวาดต้อนครอบครัวเขมรมาเป็นเชลยเป็นอันมาก ครั้นเสด็จกลับมาถึงพระนครจึงดำรัสสั่งให้ตั้งหัวเมืองเหนือที่ได้ทิ้งให้ร้างเมื่อเวลาทำสงครามกู้อิสรภาพอยู่ 8 ปีนั้น ให้กลับมามีเจ้าเมืองกรมการปกครองดังแต่ก่อน ทรงตั้งข้าราชการที่มีบำเหน็จความชอบให้ไปเป็นผู้ปกครองคือ พระยาชัยบูรณ์ข้าหลวงเดิมที่ได้ทรงใช้สอยทำศึกมาแต่แรกนั้น ให้เป็นเจ้าพระยาสุรสีห์ไปครองเมืองพิษณุโลก ให้พระศรีเสาวราชไปครองเมืองสุโขทัย ให้พระองค์ทองไปครองเมืองพิชัย ให้หลวงจ่า (แสนย์) ไปครองเมืองสวรรคโลก แล้วเข้าใจว่าส่งครอบครัวเขมรที่ได้มาคราวนั้นไปอยู่ที่หัวเมืองเหนือโดยมาก
การตีหัวเมืองมอญ ปี พ.ศ. 2137 พระยาลาว เจ้าเมืองเมาะตะมะ เกิดวิวาทกับเจ้าพระยาพะโร เจ้าเมืองเมาะลำเลิง พระยาพะโรกลัวพระยาลาวจะมาตีเมาะลำเลิงจึงให้สมิงอุบากองถือหนังสือมาขอบารมีสมเด็จพระนเรศวรเป็นที่พึ่ง ขอพระราชทานกองทัพไปช่วยป้องกันเมือง สมเด็จพระนเรศวรจึงยอมรับช่วยเหลือพระยาพะโรทันที มีดำรัสสั่งให้พระยาศรีไศลออกไปช่วยรักษาเมืองเมาะลำเลิง ซึ่งแต่บัดนี้ไปได้ยอมมาสวามิภักดิ์เป็นประเทศราชของไทย ฝ่ายข้างพระยาลาวเจ้าเมืองเมาะตะมะ ก็ไปขอความช่วยเหลือทางหงสาวดีบ้าง ทางหงสาวดีให้พระเจ้าตองอูยกทัพมาช่วย แต่กองทัพไทยกับมอญเมาะลำเลิงได้ตีทัพพระเจ้าตองอูแตกไป