รายชื่อคลองในกรุงเทพมหานคร
ฝั่งพระนคร

คลองบางซื่อ จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงคันคลองประปา แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาบริเวณใกล้กับท่าน้ำเกียกกาย ไปทางทิศตะวันออกในพื้นที่เขตบางซื่อและเขตดุสิต ตัดกับคลองเปรมประชากรและคลองประปา หลังจากนั้นลำคลองมีลักษณะตรงเข้าไปในพื้นที่เขตพญาไทและเขตดินแดง ก่อนไปบรรจบกับคลองลาดพร้าวในพื้นที่เขตห้วยขวาง ในอดีตคลองบางซื่อสามารถใช้สัญจรทางน้ำได้ตลอดทั้งสาย ปัจจุบันชาวบ้านที่อาศัยอยู่ริมคลองยังคงใช้เรือสัญจรไปมาอยู่บ้างในระยะทางใกล้ ๆ เนื่องจากมีแนวคลองประปากีดขวางและการสัญจรทางบกสะดวกขึ้นมาก สภาพของคลองในปัจจุบันมีความกว้างประมาณ 12-20 เมตร แต่น้ำมีสีขุ่นดำและมีสภาพเน่าเสีย
คลองประปา เป็นคลองขุด เริ่มต้นจากแม่น้ำเจ้าพระยาที่ อำเภอเมือง จังหวัดปทุมธานี ไหลเป็นเส้นแบ่งเขตอำเภอปากเกร็ด และอำเภอเมือง จังหวัดนนทบุรี กับเขตดอนเมือง เขตหลักสี่ และเขตจตุจักร กรุงเทพมหานคร จากนั้นไหลเข้าสู่เขตบางซื่อ เขตดุสิต ไปจดคลองสามเสนที่เขตพญาไท
คลองสามเสน จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปลายคลองบางกระสัน  เชื่อว่าเป็นคลองที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ มิใช่ฝีมือมนุษย์ขุดขึ้น
คลองเปรมประชากร จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงคลองบางซื่อ
คลองผดุงกรุงเกษม จากปากคลองทางเหนือ ถึงปากคลองทางใต้
คลองบางลำพู จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปากคลองมหานาค
คลองโอ่งอ่าง จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปากคลองมหานาค
คลองตลาด จากปากคลองทางทิศเหนือ ถึงปากคลอง
คลองหลอด เชื่อมคลองคูเมืองเดิมออกไปบรรจบกับคลองรอบกรุง มี 2 คลอง คือ คลองหลอดวัดราชนัดดา  และ คลองหลอดวัดราชบพิธ
คลองวัดเทพธิดา จากคลองตลาด ถึงคลองโอ่งอ่าง
คลองวัดราชบพิธ จากคลองตลาดถึงคลองโอ่งอ่าง
คลองมหานาค จากคลองบางลำพู ถึงคลองผดุงกรุงเกษม
คลองบางกะปิ จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงเขตเทศบาลนครกรุงเทพฯ (หลักเขตที่ 6)  แยกจากคลองแสนแสบฝั่งซ้าย โดยเริ่มต้น แยกจากคลองแสนแสบฝั่งซ้าย ไหลไปทางทิศเหนือ ก่อนไปบรรจบกับคลองสามเสน คลองบางกะปิสายปัจจุบันแต่เดิมเป็นคลองที่ใช้สำหรับสัญจรทางน้ำ ในปัจจุบันไม่ได้ใช้สัญจรแล้ว ลำคลองในปัจจุบันกว้างประมาณ 10-12 เมตร สภาพน้ำในคลองเน่าเสีย เนื่องจากมีคนมักง่ายชอบทิ้งขยะลงคลอง โดยล่าสุดทางกรุงเทพมหานครได้ติดป้ายสาปแช่งผู้ที่ทิ้งขยะลงคลองบางกะปิ โดยสาปแช่งให้ผู้ที่ทิ้งขยะลงคลองจงมีแต่ปัญหาและอุปสรรคตลอดเวลา
คลองแสนแสบ ขุดขึ้นเพื่อเชื่อมแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำบางปะกง
คลองท่าวาสุกรี จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา เป็นคลองสายสั้น ๆ ที่ผ่านในบริเวณท่าวาสุกรี และวัดราชาธิวาสวิหาร แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาบริเวณข้างๆท่าวาสุกรี และไหลไปทางถนนสามเสน ตลอดแนวคลองขนานไปกับรั้วท่าวาสุกรี และไปสิ้นสุดที่มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา คลองท่าวาสุกรีมีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า"คลองท่อ" ลำคลองมีความกว้างประมาณ 6-12 เมตร สภาพน้ำในคลองขึ้นอยู่กับระดับน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยา ปัจจุบันยังคงมีปลาเล็กปลาน้อยอาศัยอยู่ในคลอง (ซึ่งในบางครั้งอาจมีปลาบางชนิดที่หลงมาจากแม่น้ำเจ้าพระยาเข้ามาอาศัยอยู่ในคลองด้วย) และเป็นที่อยู่อาศัยของตะกวดและตัวเงินตัวทองอีกด้วย
คลองหัวลำโพง จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงคลองเตย ในอดีตเป็นคลองสายสำคัญสายหนึ่ง โดยเป็นคลองที่ขุดขึ้นในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่4 เมื่อปี พ.ศ. 2400 โดยขุดจากคลองผดุงกรุงเกษม ไปทางทิศตะวันออก และไปบรรจบคลองเตยและคลองพระโขนง โดยนำดินที่ขุดคลองดังกล่าวมาถมสร้างเป็นถนนขนานไปกับคลอง นั่นคือ ถนนตรง หรือ ถนนพระรามที่ 4 ในปัจจุบัน ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ขยายถนนพระรามที่ 4 และเป็นผลทำให้คลองหัวลำโพงที่ขนานอยู่ริมถนนต้องถูกถมทิ้งเพื่อขยายถนน ซึ่งทำให้ถนนพระรามที่ 4 มีขนาดกว้างใหญ่อย่างที่เห็นในปัจจุบันนี้ ส่วนคลองหัวลำโพงในปัจจุบันปรากฏให้เห็นเพียงแค่ช่วงระหว่างคลองเตยถึงคลองพระโขนงเท่านั้น
คลองสวนหลวง จากคลองนางหงษ์ ถึงคลองหัวลำโพง
คลองอรชร จากคลองบางกะปิ ถึงคลองหัวลำโพง ปัจจุบันถูกถมเป็นถนนอังรีดูนังต์
คลองราชดำริ จากคลองบางกะปิ ถึงถนนพระราม4
คลองไผ่สิงห์โต จากคลองราชดำริ ถึงคลองหัวลำโพง
คลองสีลม จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงคลองหัวลำโพง
คลองสาทร จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงคลองหัวลำโพง
คลองขื่อหน้า จากคลองบางกะปิ ถึงคลองสามเสน
คลองวัดใหม่ จากคลองบางซื่อ ถึงวัดใหม่ทองเสน
คลองข้างกรมช่างแสง จากคลองบางซื่อ ถึงโรงเรียนทหารสื่อสาร
คลองบางกระบือ จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปลายคลองวัดน้อย
คลองวัดน้อย จากคลองเปรมประชากร ถึงปลายคลองบางกระบือ
คลองบางทองหลาง จากคลองสามเสน ถึงถนนองครักษ์
คลองส้มป่อย จากคลองสามเสน คลองบางกะปิ ถึงถนนราชวัตรเก่า ถนนเพชรบุรี
คลองอั้งโล่ จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงโรงพยาบาลวชิระ
คลองวัดส้มเกลี้ยง จากแม้น้ำเจ้าพระยา ถึงถนนขาว
คลองวัดราชาธิวาส จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงถนนสามเสน
คลองบ้านญวน จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงถนนสามเสน
คลองบางขุนพรหม จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถนนวิสุทธิกษัตริย์ ถึงถนนวิสุทธิกษัตริย์ หลังโรงเรียนนายร้อยทหารบก
คลองวัดมงกุฏกษัตริย์ (คือ มกุฏกษัตริย์) จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงหลังวัดมงกุฏกษัตริย์
คลองวัดโสมนัสวิหาร จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงถนนจักรพรรดิพงษ์ หลังวัดโสมนัสวิหาร
คลองวัดตรีทศเทพ จากคลองบางลำพู ถึงหลังวัดตรีทศเทพ และจากคลองบางลำพู ถึงข้างวัดตรีทศเทพ
คลองบ้านหล่อ จากคลองบางลำภู ถึงถนนวิสุทธิกษัตริย์
คลองวัดปริณายก จากคลองบางลำพู ถึงหลังวัดปริณายก
คลองจุลนาค จากคลองมหานาค ถึงถนนนครสวรรค์
คลองวัดคอกหมู  จากคลองมหานาค ถึงหลังวัดสุนทรธรรมทาน (วัดแค)
คลองวัดสมณานัมบริหาร (คือวัดญวน) จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงถนนพิษณุโลก และจากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงหลังวัดสมณานัมฯ
คลองลำปรัก จากคลองวัดสมณานัมฯ ถึงคลองวัดขื่อหน้า
คลองวัดรังษี จากคลองบางลำพู ถึงถนนดินสอ
คลองวัดบวรนิเวศน์ จากคลองบางลำพู ถึงถนนบ้านแขก
คลองนางชี จากคลองมหานาค ถึงสะพานแม้นศรี
คลองวัดเทพศิรินทร์ จากคลองผดุงกรุงเกษม ถึงถนนพลับพลาไชย
คลองศาลเจ้าเก่า จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงถนนทรงวาด
คลองวัดปทุมคงคา จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงวัดปทุมคงคา
คลองวัดสระบัว จากคลองบางกะปิ ถึงถนนพระรามที่ 1
คลองนางหงษ์ จากคลองบางกะปิ ถึงคลองวัดสระบัว
คลองข้าวัดใหม่ จากคลองบางกะปิ ถึงถนนพระรามที่ 1
คลองพญาไท จากคลองบางกะปิ ถึงถนนเพชรบุรี
คลองสวนน้อย จากคลองบางกะปิ ถึงตำบลพญาไท
คลองซุง เป็นคลองสายสั้นๆในเขตบางซื่อ อยู่ในบริเวณเชิงสะพานพระราม 6 ฝั่งพระนคร เป็นคลองที่ขุดขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 เพื่อใช้สำหรับพักท่อนซุงที่ขนโดยเรือมาตามแม่น้ำเจ้าพระยาก่อนลำเลียงขึ้นรถไฟ โดยขุดจากแม่น้ำเจ้าพระยา ลึกเข้าไปประมาณ 500 เมตร โดยแนวคลองขนานไปกับทางรถไฟสายใต้ คลองซุงมีความกว้างประมาณ 12-16 เมตร ยาวประมาณ 500 เมตร สภาพน้ำในคลองสะอาด  คลองซุงเคยถูกการทางพิเศษแห่งประเทศไทยถมไปครั้งหนึ่งเมื่อปี พ.ศ. 2557 เพื่อสร้างทางพิเศษประจิมรัถยา ปัจจุบันได้ถูกขุดขึ้นมาใหม่ โดยยังคงมีสภาพน้ำในคลองที่สะอาดเช่นเดิม แต่มีขนาดเล็กลงจากเดิมครึ่งหนึ่ง
คลองฆ่าเด็ก เป็นคลองน้ำเสียที่ไหลมาจากจุดบรรจบคลองบางซ่อน คลองวัดเสาหินและคลองสาธารณประโยชน์ ไหลลงมาทางทิศใต้ และไปบรรจบคลองบางโพ เหตุที่ได้ชื่อว่าคลองฆ่าเด็ก เพราะในสมัยก่อนเคยมีคดีฆ่าเด็กชายวัย 4-5 ขวบและนำศพมาทิ้งไว้ในคลองดังกล่าว แต่ตำรวจไม่สามารถจับกุมผู้ก่อเหตุได้ คลองฆ่าเด็กมีความกว้างประมาณ 3-4 เมตร
คลองบางกระสัน จากคลองบางกะปิ ถึงคลองสามเสน
คลองเตย จากปากคลองหัวลำโพง ถึงปลายคลอง เป็นคลองที่แยกออกจากฝั่งซ้ายของคลองพระโขนงที่เขตพระโขนง โดยต่อเป็นแนวเดียวกับคลองหัวลำโพง ซึ่งขุดมาจากคลองผดุงกรุงเกษม บริเวณสถานีรถไฟกรุงเทพ (หัวลำโพง) โดยคลองเตยเป็นชื่อเรียกคลองในช่วงตั้งแต่ตลาดคลองเตย จนถึงคลองพระโขนง
คลองหัวลำโพงเก่า จากตรงตรอกสะพานสว่าง ถึงถนนสี่พระยา คลองช่องนนทรี
คลองช่องนนทรี จากถนนสี่พระยา ถึงเขตเทศบาลนครกรุงเทพฯ ระหว่างหลักเขตที่ 9-10  เป็นเกาะกลางของถนนนราธิวาสราชนครินทร์ เป็นคลองที่แยกมาจากแม่น้ำเจ้าพระยา ในพื้นที่เขตยานนาวา ผ่านแยกพระรามที่ 3 - นราธิวาส จากนั้นลำคลองทั้ง 2 ฝั่งขนานไปกับถนนนราธิวาสราชนครินทร์ ตัดกับถนนจันทน์เก่า เข้าสู่พื้นที่เขตสาทร ลำคลองยังคงขนานไปกับถนนนราธิวาสฯ จากนั้นตัดกับถนนสาทร เข้าสู่เขตบางรัก คลองสายนี้จึงไปสิ้นสุดที่แยกนราธิวาส ซึ่งเป็นช่วงที่ถนนนราธิวาสฯ ตัดกับถนนสุรวงศ์ คลองช่องนนทรีมีความกว้างช่วงปากคลองประมาณ 20 เมตร ส่วนช่วงที่เลียบไปกับถนนนราธิวาสฯ มีความกว้างประมาณ 6-8 เมตร สภาพน้ำในคลองช่วงปากคลองสะอาด ส่วนสภาพน้ำในคลองช่วงเลียบถนนนราธิวาสฯ มีสภาพเน่าเสียเป็นบางช่วง
คลองสาทร ขุดแยกจากแม่น้ำเจ้าพระยา บริเวณใกล้วัดยานนาวาไปบรรจบคลองหัวลำโพง ซึ่งในปัจจุบันถูกถมเป็นถนนพระรามที่ 4
คลองข้างบ้านหมอเฮย์ จากคลองสีลม ถึงคลองสาธร
คลองข้างป่าช้าจีน จากคลองสาธร ถึงป่าช้าจีน
คลองวัดยานนาวา จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปลายคลอง
คลองกรวย จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงเขตเทศบาลกรุงเทพฯ ระหว่างหลักเขตที่ 10-11
คลองบางขวาง จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงเขตเทศบาลนครกรุงเทพฯ ระหว่างหลักเขตที่ 10-11
คลองบ้านใหม่ จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงเขตเทศบาลนครกรุงเทพฯ หลักเขตที่ 10-11
คลองสวนหลวง จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปลายคลอง
คลองวัว จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงสุเหร่าแขก
คลองบางคอแหลม จากแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงปลายคลอง
คลองถนน เริ่มจากการไหลขึ้นมาทางทิศเหนือของปลายคลองบางบัว โดยจุดเริ่มต้นของคลองถนนอยู่ที่จุดตัดกับคลองบางเขน จากนั้นไหลไปทางทิศเหนือผ่านถนนแจ้งวัฒนะ จากนั้นไหลไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ไปสิ้นสุดบริเวณสะพานใหม่โดยมีแนวคลองที่ตรงต่อเนื่องไปคือคลองสอง ปัจจุบันคลองถนนไม่มีการสัญจรทางน้ำแล้วเนื่องจากการสัญจรทางบกสะดวกขึ้นและสภาพน้ำในคลองเน่าเสีย
คลองกะจะ เป็นคลองที่คาดว่าน่าจะเป็นคลองสายต่อจากคลองสามเสน เนื่องจากปากคลองของทั้ง 2 คลองในด้านออกคลองแสนแสบนั้นมีที่ตั้งเยื้องๆกัน สำหรับคลองกะจะนี้แยกจากคลองแสนแสบฝั่งขวา ลำคลองไหลผ่านพื้นที่เขตสวนหลวง เขตห้วยขวาง เขตบางกะปิ และเขตสะพานสูง ก่อนไปออกคลองหัวหมาก คลองกะจะมีความกว้างประมาณ 6-14 เมตร
คลองกุ่ม เป็นคลองที่แยกออกจากฝั่งซ้ายของคลองแสนแสบเชื่อมต่อไปยังบึงเสรีไทยและบึงกุ่ม ซึ่งตั้งอยู่ในเขตบึงกุ่ม
คลองคูเมืองเดิม เป็นคลองคูเมืองออกแม่น้ำเจ้าพระยาทั้ง 2 ด้าน คือ ด้านเหนือที่ท่าช้างวังหน้า ด้านใต้ที่ปากคลองตลาด
คลองจั่น เป็นคลองที่แยกออกจากฝั่งซ้ายของคลองแสนแสบ และเป็นเส้นแบ่งเขตการแกครองระหว่างแขวงคลองจั่น เขตบางกะปิ กับ แขวงวังทองหลาง และแขวงพลับพลา เขตวังทองหลาง ที่มาของชื่อคลองจั่น คือ ในสมัยก่อนบริเวณคลองจั่นด้านที่เชื่อมกับคลองแสนแสบมีต้นจั่นจำนวนมาก ผู้คนจึงเรียกคลองนี้ว่าคลองจั่น
คลองชวดใหญ่ เป็นคลองสายหนึ่งในเขตห้วยขวางที่มีขนาดใหญ่ แยกจากคลองสามเสนฝั่งซ้าย ไหลขึ้นไปทางทิศเหนือผ่านถนนพระราม 9 จากนั้นโค้งไปทางทิศตะวันออกและไปบรรจบคลองลาดพร้าว คลองชวดใหญ่ในอดีตสามารถใช้สัญจรทางน้ำได้ ลำคลองในปัจจุบันกว้างประมาณ 8-16 เมตร สภาพน้ำในคลองเน่าเสีย เนื่องจากรับน้ำมาจากคลองลาดพร้าวและคลองแสนแสบซึ่งเป็นคลองน้ำเสียโดยตรง
คลองทรงกระเทียม เป็นคลองสาขาของคลองลาดพร้าว แยกจากคลองลาดพร้าวบริเวณใกล้ ๆ กับวัดลาดพร้าว ผ่านโรงพยาบาลเปาโลสยาม ถนนโชคชัย 4 ถนนนาคนิวาส ถนนประดิษฐ์มนูธรรม ไปบรรจบกับคลองจั่น ในปัจจุบันลำคลองกว้างประมาณ 6-13 เมตร มีสภาพตื้นเขิน เมื่อฝนตกมักจะเกิดน้ำท่วมเสมอ
คลองน้ำแก้ว เป็นคลองสายรองที่แยกมาจากคลองพญาเวิก ไหลผ่านถนนรัชดาภิเษก ถนนลาดพร้าว ก่อนไปบรรจบคลองลาดพร้าว คลองน้ำแก้วมีความกว้างประมาณ 4-8 เมตร สภาพน้ำในคลองเน่าเสีย เป็นเส้นแบ่งเขตระหว่างเขตดินแดงและเขตห้วยขวาง กับเขตจตุจักร กรุงเทพมหานคร
คลองพญาเวิก เป็นคลองในพื้นที่เขตดินแดงและเขตจตุจักร แยกออกจากคลองบางซื่อ ไหลไปทางทิศเหนือก่อนไปสิ้นสุดที่ถนนลาดพร้าว คลองพญาเวิกมีความกว้างประมาณ 3-7 เมตร สภาพน้ำเน่าเสีย
คลองบางเขน เป็นคลองที่แยกมาจากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออกขึ้นไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือและทิศตะวันออก ในช่วงแรกลำคลองมีลักษณะเป็นคลองคดเคี้ยวคล้ายกับคลองพระโขนง หลังจากนั้นลำคลองมีลักษณะตรงมากขึ้น ตัดผ่านคลองสายสำคัญได้แก่ คลองบางเขนใหม่ คลองประปา คลองลาดโตนด และคลองเปรมประชากร ก่อนจะไปบรรจบกับคลองบางบัว ปัจจุบันคลองบางเขนเป็นเส้นแบ่งเขตการปกครองระหว่างตำบลสวนใหญ่ ตำบลบางเขน อำเภอเมืองนนทบุรี จังหวัดนนทบุรี กับแขวงวงศ์สว่าง เขตบางซื่อ กรุงเทพมหานคร และระหว่างแขวงทุ่งสองห้อง แขวงตลาดบางเขน เขตหลักสี่ กับแขวงลาดยาว เขตจตุจักร กรุงเทพมหานคร
คลองบางเขนใหม่ เป็นคลองที่แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งพระนคร เขตบางซื่อ จากนั้นไหลขึ้นไปทางทิศเหนือและไปบรรจบกับคลองบางเขน ปัจจุบันลำคลองกว้างประมาณ 10-16 เมตร ปัจจุบันใช้สำหรับการระบายน้ำจากคลองบางเขนเมื่อเกิดน้ำท่วม นอกจากนี้ คลองบางเขนใหม่ยังเป็นคลองที่ใช้สำหรับแข่งเรือยาวประเพณีของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ในช่วงเดือนพฤศจิกายนของทุกปี
คลองบางซ่อน เป็นคลองในเขตบางซื่อ แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งขวา ไหลผ่านถนนประชาราษฎร์สาย 1 ไปบรรจบท้ายคลองวัดเสาหิน ในขณะเดียวกันคลองวัดเสาหินนี้ก็มีชื่อเรียกว่าคลองบางซ่อนเหมือนกัน จึงถือว่าคลองวัดเสาหินก็เป็นคลองบางซ่อนช่วงที่ 2 โดยไหลไปบรรจบกับคลองบางเขน ส่วนคลองบางซ่อนช่วงที่ 1 (ช่วงแยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาไปบรรจบคลองวัดเสาหิน) ก็มีชื่อเรียกอีกชื่อคือ คลองกระดาษ คลองบางซ่อนมีความกว้างในปัจจุบันประมาณ 10-13 เมตร ช่วงท้ายคลองน้ำเน่าเสีย
คลองบางตลาด เป็นคลองในจังหวัดนนทบุรีและกรุงเทพมหานคร แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออกที่จังหวัดนนทบุรี โดยไหลไปทางทิศตะวันออก ผ่านโรงพยาบาลชลประทาน สำนักงานชลประทานที่ 11 ถนนติวานนท์ ถนนเลี่ยงเมืองปากเกร็ด จากนั้นแนวคลองขนานไปกับถนนสามัคคี จากนั้นตัดกับคลองประปา เข้าสู่พื้นที่เขตหลักสี่ กรุงเทพมหานคร และไปสิ้นสุดที่คลองเปรมประชากร ลำคลองกว้างประมาณ 8-13 เมตร โดยคลองนี้เป็นเส้นแบ่งเขตระหว่างตำบลท่าทรายและตำบลบางเขน อำเภอเมืองนนทบุรี กับตำบลบางตลาด อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี
คลองบางนา โดยเริ่มจากการแยกมาจากแม่น้ำเจ้าพระยา บริเวณใกล้ ๆ กับกรมสรรพาวุธทหารเรือ ไหลผ่านถนนทางรถไฟสายเก่า ถนนสุขุมวิท ไหลผ่านถนนลาซาล (สุขุมวิท 105) จากนั้นไหลตรงเข้าไปทางทิศตะวันออก ก่อนจะเป็นเส้นแบ่งระหว่างเขตบางนา กรุงเทพมหานคร กับอำเภอบางพลี จังหวัดสมุทรปราการ หลังจากนั้นไหลผ่านถนนศรีนครินทร์ ก่อนจะไหลไปทางทิศเหนือ และไหลผ่านถนนบางนา-ตราด และไปสิ้นสุดที่จุดตัดระหว่างคลองเคล็ดและคลองสาหร่าย คลองบางนาในปัจจุบันนี้มีความกว้างต่ำสุดที่ 2 เมตร และมีความกว้างสูงสุดประมาณ 12-14 เมตร ลำคลองในปัจจุบันตื้นเขินและมีสภาพน้ำเน่าเสีย ไม่สามารถใช้สัญจรทางน้ำหรือใช้อุปโภคบริโภคได้อีก
คลองบางบัว เป็นคลองที่เชื่อมระหว่างคลองลาดพร้าวกับคลองถนน โดยคลองสายนี้มีจุดเริ่มต้นจากการไหลต่อเนื่องมาจากปลายคลองลาดพร้าว ซึ่งอยู่ระหว่างสะพานเสนานิคม 1 กับสะพานถนนประเสริฐมนูกิจ จากนั้นไหลผ่านกรมทหารราบที่ 11 รักษาพระองค์ ถนนพหลโยธิน และไปสิ้นสุดที่จุดตัดคลองบางเขน โดยมีคลองที่ไหลต่อเนื่องขึ้นไปคือคลองถนน คลองบางบัวมีความกว้างประมาณ 17-25 เมตร สภาพน้ำในคลองเน่าเสีย ในอดีตใช้สำหรับการสัญจรทางน้ำ
คลองบ้านม้า เป็นคลองสายสำคัญในพื้นที่ฝั่งตะวันออกของกรุงเทพมหานคร เริ่มต้นโดยแยกมาจากคลองประเวศบุรีรมย์ จากนั้นตัดกับคลองบึง (คลองบ้านม้าสายเก่า) ไหลไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ไหลผ่านถนนศรีนครินทร์ ตั้งแต่ไหลผ่านบริเวณนี้เป็นต้นไปมีชื่อเรียกว่า "คลองหัวหมาก" จากนั้นไหลขึ้นไปทางทิศเหนือและทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ไหลผ่านถนนศรีนครินทร์อีกครั้ง และไหลผ่านทางหลวงพิเศษหมายเลข 7 (มอเตอร์เวย์) ไปทางทิศเหนือและทิศตะวันตก จากนั้นตัดกับคลองกะจะ และไหลไปทางทิศเหนือ ตั้งแต่ช่วงนี้มีชื่อเรียกอีกชื่อว่า "คลองลำสาลี" ก่อนจะหักไปทางทิศตะวันตก และไหลโค้งไปทางทิศตะวันออกและทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ช่วงนี้มีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า "คลองหัวหมากน้อย" จากนั้นจึงกลับมาเป็นคลองบ้านม้าเช่นเดิม ก่อนลอดผ่านถนนรามคำแหงและเลียบไปกับถนนศรีบูรพา และไปออกคลองแสนแสบ คลองบ้านม้ามีความกว้างตลอดสายประมาณ 5-22 เมตร สภาพน้ำในคลองสะอาดร้อยละ 60 และเน่าเสียร้อยละ 40 ปัจจุบันยังคงมีชาวบ้านที่เป็นชาวไทยพุทธและไทยมุสลิมอาศัยอยู่ริมคลองนี้อยู่บ้าง ในอดีตใช้สำหรับการสัญจรทางน้ำและใช้ในการอุปโภคบริโภค
คลองประเวศบุรีรมย์  เป็นคลองขุด ต่อจากคลองพระโขนงไปเชื่อมกับ แม่น้ำบางปะกง จังหวัดฉะเชิงเทรา
คลองพระโขนง เชื่อมกับคลองด่าน ออกสู่แม่น้ำบางปะกง จังหวัดฉะเชิงเทรา
คลองพลับพลา เป็นคลองสำคัญในพื้นที่เขตวังทองหลาง แยกจากคลองแสนแสบฝั่งซ้าย ไหลไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ไหลผ่านด้านหลังของสถานีตำรวจนครบาลวังทองหลาง จากนั้นไหลผ่านถนนประดิษฐ์มนูธรรม และไปออกคลองลาดพร้าว คลองพลับพลาในอดีตมีความกว้างประมาณ 4-8 เมตร สภาพน้ำในคลองสะอาด ต่อมาทางกรุงเทพมหานครได้เข้ามาขุดลอกและขยายคลอง เนื่องจากคลองแคบและตื้นเขิน ทำให้ในปัจจุบันมีความกว้างประมาณ 8-11 เมตร โดยสภาพน้ำในคลองยังคงสะอาดเช่นเดิม
คลองรอบกรุง ขุดขนานไปกับแนวคูเมืองเดิม เริ่มจากริมแม่น้ำตอนบางลำพู วกไปออกแม่น้ำข้างใต้ บริเวณเหนือวัดสามปลื้ม
คลองลาดพร้าว เป็นคลองในพื้นที่เขตห้วยขวางและเขตจตุจักร กรุงเทพมหานคร มีจุดเริ่มต้นแยกจากคลองแสนแสบ ไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือและทิศเหนือ ตัดกับทางน้ำสำคัญคือ ลำรางยมราช คลองพลับพลา คลองบางซื่อ คลองทรงกระเทียม คลองน้ำแก้ว และคลองเสือน้อย ไปสิ้นสุดบริเวณระหว่างสะพานถนนเสนานิคม 1 กับสะพานถนนประเสริฐมนูกิจ โดยมีแนวคลองที่ตรงต่อเนื่องไปคือคลองบางบัว ช่วงตั้งแต่วัดลาดพร้าวขึ้นไปจนถึงคลองบางบัวนั้นเดิมมีชื่อเรียกว่า "คลองวังหิน" แต่ปัจจุบันทางการได้เรียกรวมเป็นส่วนหนึ่งของคลองลาดพร้าว
คลองลำพังพวย เป็นคลองในพื้นที่เขตบึงกุ่ม เขตบางกะปิ และเขตวังทองหลาง เป็นคลองที่ยาวมาก และกินอาณาเขตถึง 3 เขต โดยคลองลำพังพวยนี้เป็นคลองที่รับน้ำมาจากคลองแสนแสบเมื่อเกิดน้ำท่วม ตามแนวพระราชดำริโครงการแก้มลิง ของพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เพื่อนำไปเก็บกักไว้ที่บึงลำพังพวย เขตบึงกุ่ม
คลองวัดบึงทองหลาง  เป็นคลองขุดที่เชื่อมระหว่างคลองจั่น ที่เป็นคลองสาขาของคลองแสนแสน กับคลองตาหนัง ในบริเวณหน้าวัดและหลังวัดบึงทองหลาง   ไปเชื่อมกับคลองจั่นอีกครั้ง
คลองเจ้าคุณสิงห์ เชื่อมกับคลองแสนแสบ ที่เป็นจุดกั้นระหว่างเขตบางกะปิ กับเขตวังทองหลาง
คลองวัดศรีบุญเรือง เป็นคลองในพื้นที่เขตบางกะปิ โดยไหลแยกมาจากคลองแสนแสบบริเวณหน้าวัดศรีบุญเรือง ไหลผ่านถนนรามคำแหง ก่อนไปออกคลองบ้านม้า คลองวัดศรีบุญเรืองมีความกว้างประมาณ 7-11 เมตร สภาพน้ำในคลองสะอาด ในอดีตใช้สัญจรทางน้ำ
คลองวัดเสาหิน เป็นคลองน้ำเน่าที่แยกมาจากคลองบางเขน ไหลผ่านถนนวงศ์สว่าง ก่อนไปสิ้นสุดที่ท้ายคลองบางซ่อน คลองวัดเสาหินนี้เป็นคลองสายต่อของคลองบางซ่อน จึงมีบางคนเรียกคลองนี้ว่า คลองบางซ่อน เช่นกัน คลองมีความกว้าง 3-5 เมตร
คลองสามวา เป็นคลองซึ่งเชื่อมระหว่างคลองหกวา กับคลองแสนแสบ ปากคลองฝั่งเหนืออยู่ในพื้นที่ของอำเภอลำลูกกา จังหวัดปทุมธานี ผ่านเขตคลองสามวา และไปบรรจบคลองแสนแสบ ที่เขตมีนบุรี กรุงเทพมหานคร มีคลองซอยหลัก 8 คลองแบ่งเป็นสองฟากคือ คลองหนึ่งตะวันออก คลองหนึ่งตะวันตก คลองสองตะวันออก คลองสองตะวันตก คลองสามตะวันออก คลองสามตะวันตก คลองสี่ตะวันออก และคลองสี่ตะวันตก
คลองหลอแหล เป็นคลองในพื้นที่เขตสะพานสูง โดยแยกจากบึงแห่งหนึ่งบริเวณถนนเสรีไทย ไหลลงมาทางทิศใต้ ตัดกับคลองแสนแสบ ผ่านถนนรามคำแหง ก่อนไปสิ้นสุดในบริเวณที่เรียกว่า "สามแยกคลองหลอแหล" ที่มีคลองหลอแหล คลองบางเลา และคลองบัวคลี่ มาบรรจบกัน คลองหลอแหล สันนิษฐานกันว่า ชื่อคลองนั้นมาจากคำว่า "รอนแรม" จนในเวลาต่อมาเพี้ยนเป็น "หลอแหล" ปัจจุบันลำคลองกว้างประมาณ 11-17 เมตร สภาพน้ำในคลองสะอาด ในอดีตคลองนี้เคยมีตลาดน้ำชื่อดังในชื่อ"ตลาดน้ำคลองหลอแหล" แต่ต่อมาตลาดน้ำแห่งนี้เริ่มซบเซา และปิดกิจการไปเมื่อประมาณ 20 ปีที่ผ่านมา