พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส
การสำเร็จราชการแทนพระองค์

ในขณะเดียวกันสมเด็จพระราชินีนาถทรงปรากฏพระอาการอันเป็นสัญญาณถึงความวิปลาสเพิ่มขึ้น ในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2335 คณะแพทย์จำนวน 17 คนได้วินิจฉัยและออกประกาศลงในเอกสารของสำนักพระราชวังว่า สมเด็จพระราชินีนาถไม่ทรงสามารถประกอบราชกิจในการบริหารราชอาณาจักรได้ และไม่มีความหวังที่พระอาการประชวรของพระนางจะดีขึ้น ในตอนแรกเจ้าชายฌูเอาทรงลังเลที่จะสืบต่อพระราชอำนาจของพระมารดาโดยทรงปฏิเสธความคิดที่จะให้พระองค์เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์อย่างเป็นทางการ นี่เป็นการเปิดทางให้สมาชิกขุนนางหลายคนจัดตั้งรัฐบาลโดยพฤตินัยผ่านทางสภา มีกระแสข่าวลือว่าเจ้าชายฌูเอามีพระอาการวิปลาสเช่นกันและอาจทรงถูกกีดกันไม่ให้ขึ้นครองราชย์ กฎหมายเกี่ยวกับการสำเร็จราชการแผ่นดินที่ใช้กันมานานระบุไว้ว่า ถ้าผู้สำเร็จราชการเสียชีวิตหรือไร้ความสามารถที่จะปกครองอาณาจักรไม่ว่าจากเหตุผลใด โดยที่บุตรยังมีอายุต่ำกว่า 14 ปี (ซึ่งสอดคล้องกับสถานการณ์ของเจ้าชายฌูเอาในขณะนั้น) รัฐบาลจะได้รับการบริหารโดยผู้ปกครองของบุตรเหล่านั้นหรือโดยภริยาของผู้สำเร็จราชการ (หากผู้ไม่มีการแต่งตั้งผู้ปกครองอย่างเป็นทางการ) ซึ่งในกรณีของเจ้าชายฌูเอาก็ได้แก่เจ้าหญิงแห่งสเปน ตอนนี้ความหวาดกลัว ความแคลงใจ และการสมรู้ร่วมคิดได้กลืนกินโครงสร้างสถาบันสูงสุดของชาติไว้หมดแล้ว
ในเวลานั้น ข่าวการปฏิวัติฝรั่งเศสได้สร้างความสับสนและความหวาดกลัวแก่บรรดาราชวงศ์ต่าง ๆ ที่กำลังมีอำนาจอยู่ในยุโรป การสั่งสำเร็จโทษพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 แห่งฝรั่งเศสในวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2336 โดยคณะปฏิวัติได้เร่งให้เกิดการตอบสนองจากนานาประเทศอย่างรวดเร็ว ในวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2336 ได้มีการลงนามในอนุสัญญาฉบับหนึ่งระหว่างโปรตุเกสกับสเปน และในวันที่ 26 กันยายน โปรตุเกสก็ดำเนินการเป็นพันธมิตรกับบริเตนใหญ่ ข้อตกลงทั้งสองกำหนดให้มีความช่วยเหลือซึ่งกันและกันเพื่อต่อต้านฝรั่งเศสสมัยปฏิวัติ และนำทหารโปรตุเกส 6,000 นายเข้าสู่สงครามพิเรนีส (พ.ศ. 2336-2338) ซึ่งเริ่มต้นด้วยการเข้ารุกรานดินแดนรูซียงของฝรั่งเศส และจบลงด้วยความปราชัยโดยกองทัพปฏิวัติฝรั่งเศสสามารถยึดครองภาคตะวันออกเฉียงเหนือของสเปนได้ เหตุการณ์นี้ได้สร้างปัญหาที่ละเอียดอ่อนทางการทูตเนื่องจากโปรตุเกสจะไม่สามารถทำสนธิสัญญาสันติภาพกับฝรั่งเศสได้หากไม่ยุติความเป็นพันธมิตรกับอังกฤษซึ่งมีส่วนพัวพันกับผลประโยชน์ต่าง ๆ ในดินแดนโพ้นทะเล ดังนั้นโปรตุเกสจึงต้องแสวงหาความเป็นกลางซึ่งก็เป็นไปอย่างเปราะบางและตึงเครียด
หลังจากพ่ายแพ้สงครามพิเรนีส สเปนได้ยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับโปรตุเกสและหันไปสร้างสัมพันธไมตรีกับฝรั่งเศสภายใต้สนธิสัญญาบาเซิล ด้วยอังกฤษมีแสนยานุภาพเกินกว่าฝรั่งเศสจะโจมตีโดยตรงได้ ฝรั่งเศสจึงวางแผนที่จะจัดการโปรตุเกสซึ่งยังคงเป็นพันธมิตรกับอังกฤษแทน ในปี พ.ศ. 2342 เจ้าชายฌูเอาทรงเข้ารับหน้าที่บริหารประเทศอย่างเป็นทางการในฐานะเจ้าชายผู้สำเร็จราชการในพระนามของพระราชมารดา ในปีเดียวกันนายพลนโปเลียน โบนาปาร์ตได้ก่อรัฐประหารในฝรั่งเศสและบีบบังคับสเปนให้ยื่นคำขาดแก่โปรตุเกสให้ยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับอังกฤษและให้ยอมอ่อนน้อมต่อผลประโยชน์ของนโปเลียน เมื่อเจ้าชายฌูเอาทรงปฏิเสธ ความเป็นกลางของประเทศจึงไม่อาจอยู่รอด กองทัพสเปนและฝรั่งเศสเข้ารุกรานโปรตุเกสในปี พ.ศ. 2344 เกิดเป็นสงครามออเรนจ์ (War of the Oranges) ความพ่ายแพ้จากสงครามทำให้โปรตุเกสยอมลงนามในสนธิสัญญาบาดาโคซ และตามมาด้วยสนธิสัญญามาดริด ซึ่งโปรตุเกสต้องยกเมืองโอลีเบนซาให้สเปน และต้องยกอำนาจเหนือดินแดนอาณานิคมบางแห่งให้ฝรั่งเศส เพราะผลประโยชน์ที่ขัดแย้งกันระหว่างประเทศต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง การเคลื่อนไหวอย่างคลุมเครือและการทำข้อตกลงลับจึงเป็นลักษณะเด่นของสงครามนี้ โปรตุเกสในฐานะผู้เล่นที่อ่อนแอที่สุดไม่สามารถหลีกเลี่ยงการต่อสู้อันต่อเนื่องนี้ได้ ในขณะเดียวกัน เจ้าชายฌูเอาต้องทรงเผชิญหน้ากับศัตรูในประเทศของพระองค์เอง เจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนา พระมเหสีของพระองค์ซึ่งทรงมีความจงรักภักดีต่อสเปนบ้านเกิดของพระนางมากได้ทรงริเริ่มแผนการถอดถอนพระสวามีออกจากตำแหน่งเพื่อยึดพระราชอำนาจมาไว้ในพระหัตถ์ของพระนางเอง ซึ่งก็เป็นความพยายามที่ล้มเหลวในปี พ.ศ. 2348 ทำให้สมเด็จพระราชินีนาถต้องเสด็จออกจากราชสำนักไปประทับที่พระราชวังหลวงเกลุช ส่วนเจ้าชายผู้สำเร็จราชการก็เสด็จไปประทับที่พระราชวังหลวงมาฟรา