เภสัชกรรมสมัยกลาง
ความรุ่งเรืองในซาเลอโน

แต่เดิมที่การแพทย์และเภสัชกรรมเป็นไปเพียงตามตำราโบาราณและคำสอนของศาสนาที่อาศัย "ศรัทธา " เป็นหลักในการรักษานั้น การค้นพบสิ่งใหม่ของนักบวชในช่วงหลังประกอบกับทัศนคติต่อพวกนอกศาสนาของประชาชนทำให้เปิดโอกาสการพัฒนาความรู้ของชาวตะวันตกมากขึ้นและช่วยเปิดโอกาสการเรียนรู้ความรู้ที่หายสาบสูญไปและวิทยาการใหม่จากชาวอาหรับ  ผ่านซิซิลีและ[[สเปน] ซิซิลีเคยเป็นศูนย์กลางของอารยธรรมอาหรับเนื่องจากเสียเมือง Syracuse ให้แก่อาหรับ ในสเปนเมืองคอร์โดวากลายเป็นศูนย์กลางอารยธรรมอาหรับตะวันตกในราวคริสต์ศตวรรษที่ 10 และเมืองซาเลอโนที่มีบทบาทสำคัญในฐานะเป็นเมืองส่งผ่านความรู้กรีก-อาหรับ
ในคริสต์ศตวรรษที่ 8 ได้มีการก่อตั้งโรงเรียนการแพทย์ในเมืองซาเลอโนขึ้นโดยฆราสาส ซึ่งถือเป็นโรงเรียนการแพทย์โรงเรียนแนกในยุโรปยุคกลาง และส่งผลให้ซาเลอโนเป็นแหล่งของความรู้โดยอิทธิพลของอาหรับ อาทิ Antidotarium ในฉบับของ Donnolo เป็นต้น จนกระทั่งเมื่อคอนสแตนตินแห่งแอฟริกาได้มาเยือนเมืองซาเลอโน ได้เกิดความรู้ใหม่ๆและได้มีการแปลบทความภาษาอาหรับเป็นภาษาละตินครั้งแรก แม้แต่หนังสือสิ่งพิมพ์ของวงการการแพทย์ก็ได้รับอิทธิพลจากงานแปลของคอนสแตนตินเช่นกัน หนังสือทางเภสัชกรรมที่ได้รับการแปลและมีชื่อเสียงเล่มหนึ่งคือ Antidotarium magnum ซึ่งเป็นหนังสือที่เรียบเรียงเกี่ยวกับสูตรตำรับยาอาหรับกว่า 140 คำรับ ในฉบับของ Nicolai ได้มีการแปลเพิ่มขึ้นในอีกหลายภาษาและเป็นหนึ่งในตำราทางเภสัชกรรมที่สำคัญของมหาวิทยาลัยปารีส และยังมีอิทธิพลต่องานด้านเภสัชกรรมจนกระทั่งคริสต์ศตวรรษที่ 18
ภายหลังที่จักรวรรดิโรมันตะวันตกสูญสิ้นอำนาจแล้ว การแพทย์ของยุโรปตะวันตกได้ถอยหลังสู่สมัยโบราณซึ่งมีเฉพาะบาทหลวงที่มีบทบาทในการรักษาเท่านั้น อย่างไรก็ดี ความเจริญทางการแพทย์ได้ถ่ายทอดสู่ยุโรปผ่านพ่อค้าชาวอาหรับผู้สืบทอดความรู้จากกรีกและโรมัน ]ได้รับวิทยาการความรู้ทางการแพทย์กรีก-อาหรับผ่านภาษาละติน  บัณฑิตชาวสเปนต่างสนใจในการแปลความรู้ของอาหรับ ทำให้เกิดการซึมซับและเรียนรู้อารยธรรมอาหรับอย่างกว้างขวาง และเป็นประเด็นการอภิปรายของนักปราชญ์ทั่วไปในวิทยาลัย อย่างไรก็ดี รากฐานของความรู้ย่อมมาจากอารยธรรมกรีก วิทยาศาสตร์ของกรีกได้กลับสู่ดินแดนยุโรปอีกครั้งด้วย 3 วิธีคือ ผ่านการค้าขายในบริเวณอิตาลีตอนใต้, ผ่านจักรวรรดิไบแซนไทน์ และผ่านชาวอาหรับ จนเป็นรากฐานในอารยธรรมยุคเรอเนซองส์
ในราวคริสต์ศตวรรษที่ 12 - 14 เภสัชกรรมในยุโรปเริ่มแยกออกจากการแพทย์มากขึ้น มีบันทึกเรื่องราวของเภสัชกรของฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1178 ว่า เภสัชกรย่อมเป็นผู้ที่มีความรู้เรื่องยามากกว่าแพทย์ เริ่มมีการตั้งร้านยาเอกชนขึ้นหลายแห่ง อาทิ การตั้ง Apothecary Shop ณ เมืองโคโลญ ประเทศฝรั่งเศส เมื่อปี ค.ศ. 1225 ซึ่งส่วนใหญ่ร้านยาเหล่านั้นก็อยู่ในความดูแลของพระ เนื่องจากพระเป็นผู้รวบรวมตำรายาไว้มากและถ่ายทอดความรู้เหล่านี้ต่อประชาชนทั่วไปน้อย
ระบบการแพทย์ยุโรปแยกเวชกรรมและเภสัชกรรมออกจากกันอย่างเด่นชัดในสมัยสมเด็จพระจักรพรรดิฟรีดริชที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ทรงประกาศกฎหมายเกี่ยวกับวิชาชีพเภสัชกรรม เมื่อ ค.ศ. 1240 เรียกว่า "Magna Charta of the Professional of Pharmacy" ห้ามมิให้ผู้ใดดำเนินธุรกิจร้านยาเว้นแต่ได้รับอนุญาตจากรัฐ กำหนดให้วิชาชีพเภสัชกรรมเป็นวิชาชีพอิสระ และต้องไม่มีความสัมพันธ์เชิงธุรกิจกับแพทย์เพื่อป้องกันการเอาเปรียบประชาชน
ต่อมาชาวยุโรปได้เริ่มมีแนวคิดในการจัดทำเภสัชตำรับฉบับทางการขึ้น เริ่มต้นในเมืองฟลอเรนส์ ซึ่งยึดถือเภสัชตำรับฉบับ Nuovo Receptario เรียบเรียงขึ้นในภาษาอิตาลี ถือเป็นเภสัชตำรับมาตรฐานสำหรับร้านยาในเมืองมาตลอดตั้งแต่ปี ค.ศ. 1498 เป็นต้นมา เภสัชตำรับดังกล่าวเกิดจากความร่วมมือระหว่างสมาคมร้านยาและสมาคมทางการแพทย์ ซึ่งเป็นหนึ่งในความร่วมมือของสองวิชาชีพแรกในโลก หนึ่งในคณะจัดทำเภสัชตำรับที่สำคัญได้แก่บาทหลวงโดมินิแคน (Dominican) ผู้มีบทบาททางการเมืองในเมืองฟลอเรนส์ในขณะนั้น
การจำหน่ายยาและเครื่องเทศในช่วงยุคกลางนับว่าเป็นหนึ่งในธุรกิจที่ผลกำไรงาม ในอังกฤษธุรกิจเหล่านี้ผูกขาดโดยสมาคมร้านของชำ ซึ่งมีอิทธิพลเหนือร้านยาทั่วไปในอังกฤษ ภายหลังความพยายามกว่าหลายปี ร้านยาได้เป็นพันธมิตรกับสภาแพทย์ พระเจ้าเจมส์ที่ 1 แห่งอังกฤษทรงได้รับคำชักชวนจากฟรานซิส เบคอน นักปราชญ์และนักการเมืองสมัยนั้น พระองค์จึงมอบเงินทุนเพื่อก่อตั้งบริษัทในปี ค.ศ. 1617 ซึ่งจัดตั้งในรูปแบบบริษัทอิสระในชื่อว่า "Master, Wardens and Society of the Art and Mystery of the Apothecaries of the City of London" ซึ่งขัดแย้งกับสมาคมร้านของชำ บริษัทนี้ถือเป็นองค์กรแรกของเภสัชกรในประเทศที่ใช้ภาษาอังกฤษ