ประวัติศาสตร์โซมาเลีย
รัฐบาลเฉพาะกาลแห่งชาติ

หลังจากนั้น รัฐบาลเคนยาและ Intergovernmental Authority on Development (IGAD) ร่วมกันผลักดันให้เกิดการสร้างกระบวนการสันติภาพในโซมาเลีย โดยสนับสนุนให้เกิดการเลือกตั้งประธานาธิบดีและจัดตั้งรัฐบาล จนกระทั่งในเดือนตุลาคม 2547 นายอับดุลลาฮี ยูซุฟ อะห์เมด ได้รับเลือกตั้งให้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของรัฐบาลรักษาการโซมาเลีย และได้จัดตั้งสถาบันสหพันธรัฐรักษาการ  ขึ้นที่ประเทศเคนยา โดยประกอบด้วยสมาชิกสภา จำนวน 275 คน ซึ่งเป็นองค์ประกอบของสมัชชาสหพันธรัฐรักษาการ อย่างไรก็ตามสถานการณ์ความไม่สงบในกรุงโมกาดิชูยังคงมีอย่างต่อเนื่อง และในปี 2549 TFG ย้ายที่ตั้งของรัฐบาลกลับมายังโซมาเลียที่เมืองไบโดอา และยึดเป็นฐานที่มั่น
เมื่อ TFG ย้ายกลับมาตั้งถิ่นฐานในโซมาเลีย TFG ได้ขอรับการสนับสนุนกองกำลังจากเอธิโอเปียเพื่อรักษาความมั่นคงของรัฐบาลและเสถียรภาพของรัฐ การกระทำดังกล่าวสร้างความไม่พอใจให้แก่หลายฝ่าย โดยเฉพาะกลุ่ม Islamic Court of Union (ICU) ที่สนับสนุนการปกครองตามหลักกฎหมายอิสลาม และมีอิทธิพลมากที่สุดในประเทศ ทำให้กลุ่มต่อต้าน TFG ได้รวมตัวกันจัดตั้งกลุ่มพันธมิตรปลดปล่อยโซมาเลีย เพื่อตอบโต้การที่ TFG อนุญาตให้เอธิโอเปียรุกล้ำเข้ามาในดินแดนโซมาเลีย
ในปี 2549 สงครามระหว่าง ARS ที่ได้รับการสนับสนุนจากประเทศมุสลิม และTFG ภายใต้การสนับสนุนจากกองกำลังเอธิโอเปีย หรือเรียกว่ายุทธการไบโดอา จึงเกิดขึ้น โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อขับไล่กองกำลังเอธิโอเปียออกไปจากโซมาเลีย อย่างไรก็ตาม TFG และกองกำลังเอธิโอเปียเป็นฝ่ายชนะ และสามารถเข้ายึดกรุงโมกาดิชูซึ่งเป็นเมืองหลวงและฐานที่มั่นของ ARS ได้สำเร็จ หลังจากนั้นคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ จึงได้รับรองข้อมติ UNSC ที่ 1744 (2007) อนุมัติให้สหภาพแอฟริกาจัดตั้งภารกิจของสหภาพแอฟริกาในโซมาเลีย เพื่อสนับสนุนเสถียรภาพทางการเมืองของโซมาเลีย โดยมีอาณัติในการสนับสนุนการเจรจาและความปรองดองแห่งชาติ ตลอดจนคุ้มครองและรักษาความปลอดภัยให้แก่ผู้นำทางการเมือง ผู้นำชนเผ่า ผู้นำทางศาสนา และผู้แทนจากภาคประชาสังคม
ต่อมารัฐบาลเคนยาและองค์กร Intergovernmental Authority for Development ได้ร่วมกันพยายามผลักดันให้เกิดการสร้างกระบวนการสันติภาพในโซมาเลีย จนกระทั่งวันที่ 9 มิถุนายน 2551 ทั้งสองฝ่ายได้ลงนามความตกลงสันติภาพจิบูตีร่วมกัน โดยมีสหประชาชาติเป็นคนกลาง และในเดือนมกราคม 2552 เอธิโอเปียได้ถอนกำลังทหารออกจากโซมาเลีย
ผลของยุทธการไบโดอาทำให้มีผู้บาดเจ็บและเสียชีวิตจำนวนมาก และขั้วอำนาจของ ARS ได้แตกออกเป็น 2 ฝ่าย คือ ฝ่ายสนับสนุนให้มีการประณีประนอมกับ TFG นำโดยชีค ชารีฟ ชีค อาห์เมด ซึ่งเป็นอดีตผู้นำ ICU และฝ่ายต่อต้าน TFG นำโดยชีค ฮัสซัน ดาฮีร์ อาเวส์
ในช่วงปลายปี 2551 นายอับดุลลาฮี ยูซุฟ อะห์เมด ได้ลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดี หลังจากนั้น TFG และ ARS ได้ร่วมกันจัดตั้งรัฐบาลขึ้นในเดือนมกราคม 2552 โดยเห็นชอบให้เพิ่มสมาชิกสภาจากฝ่าย ARS อีก 275 คน ดังนั้น รัฐสภาจึงมีสมาชิกจำนวนทั้งสิ้น 550 คน และรัฐสภาใหม่ได้คัดเลือกให้ชารีฟ ชีค อาห์เหม็ด ขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2552 นอกจากนี้ ได้แต่งตั้งให้นายโอมาร์ อับดีราซิด อาลี ชาร์มาร์กี บุตรชายของนายอับดุลลาฮี ยูซุฟ อะห์เมด ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีโซมาเลีย
อย่างไรก็ตาม เสถียรภาพของ TFG ยังคลอนแคลน เนื่องจากกองกำลังเอธิโอเปียซึ่งเป็นกำลังพลส่วนมากได้ถอนกำลังออกจากพื้นที่ คงเหลือเฉพาะกองกำลังของสหภาพแอฟริกาที่ช่วยรักษาความมั่นคงและฟื้นฟูประเทศ ความอ่อนแอของรัฐบาลทำให้กลุ่มอิสลามหัวรุนแรงกลับมามีอำนาจ ประกาศใช้กฎหมายอิสลาม และบุกยึดพื้นที่ทางตอนใต้ของโซมาเลีย และเมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม 2552 กลุ่มอิสลามหัวรุนแรงได้เข้ายึดพื้นที่ส่วนใหญ่ของกรุงโมกาดิชูได้สำเร็จ แต่ยังไม่สามารถล้มรัฐบาลได้
อิตาเลียนโซมาลีแลนด์
นายพลโมฮัมเหม็ด ไซอัด บาร์รี ประธานคณะปฏิวัติและประธานาธิบดีในระบอบเผด็จการ
ทหารเซียร์ราลีโอนที่สหภาพแอฟริกาส่งมาปฏิบัติภารกิจในโซมาเลีย