อีวานเกเลียน มหาสงครามวันพิพากษา
การวางเนื้อเรื่อง

ยามที่พระเจ้าทรงสร้างโลก ได้กำหนดให้เผ่าพันธุ์เทวทูตเป็นผู้ที่จะหยั่งรากเมล็ดพันธุ์แห่งชีวิตลงบนดาวเคราะห์นี้โดยมี อาดัม เป็นบิดาแห่งเทวทูตทั้งปวง จนกระทั่งเมื่อสี่พันล้านปีก่อน ดวงจันทร์สีดำที่ภายในมี ลิลิธ ได้ตกลงสู่โลก เกิดเป็นการล้างโลกครั้งที่หนึ่งหรือที่เรียกว่าเฟิร์สอิมแพก พระเจ้าทรงตั้งกฎว่าจะมีสิ่งมีชีวิตทั้งสองเผ่าพันธุ์อยู่บนดาวเคราะห์ดวงเดียวกันไม่ได้ เนื่องจากหากอาดัม ผลไม้แห่งชีวิต รวมกับลิลิธ ผลไม้แห่งปัญญาแล้ว จะวิวัฒนาการเป็นสิ่งมีชีวิตที่มีอำนาจทัดเทียมพระเจ้าเสียเอง เพื่อป้องกันเหตุการณ์นี้ พระเจ้าจึงสร้างกลไกที่เรียกว่า หอกลองกินุส เพื่อยับยั้งการเจริญของเผ่าพันธุ์ใดเผ่าพันธุ์หนึ่ง แต่ทว่า หอกลองกินุสที่มากับลิลิธได้สูญหายหรือบุบสลายไประหว่างที่ตกสู่โลก หอกลองกินุสของอาดัมจึงหยุดยั้งอาดัมไว้ และอาดัมก็หลับไหลอยู่ภายในดวงจันทร์สีขาวที่ฝังอยู่ขั้วโลกใต้ตั้งแต่นั้นมา ลิลิธกลายเป็นมารดาผู้ให้กำเนิดวงศ์มนุษย์บนโลก
ในปี 1947 มีการค้นพบหนังสือโบราณจำนวนหลายม้วนในพื้นที่ทะเลเดดซี มีทั้งคัมภีร์ศาสนาที่เขียนโดยมนุษย์และคัมภีร์อื่นที่ไม่ได้ทำขึ้นโดยน้ำมือมนุษย์ องค์กรลับนามว่า เซเลอ (SEELE) ในประเทศเยอรมนี ได้เก็บคัมภีร์อย่างหลังนี้เอาไว้เองและซ่อนเป็นความลับจากสาธารณะชน เซเลอพบว่าม้วนคำภีร์ดังกล่าวบันทึกเรื่องราวของดวงจันทร์สีดำ ดวงจันทร์สีขาว ผลไม้แห่งชีวิต และหอกลองกินุส รวมถึงคำพยากรณ์การมาถึงของเทวทูต เซเลอผลักดันโครงการทางวิทยาศาสตร์ต่างๆมากมายในนามสหประชาชาติ โดยมีเป้าหมายซ่อนเร้น
มีการพบดวงจันทร์สีดำของลิลิธใต้เมืองฮาโกเนะ ประเทศญี่ปุ่น และค้นพบดวงจันทร์สีขาวของอาดัมอยู่ที่ทวีปแอนตาร์กติกา ภายในดวงจันทร์สีขาวมียักษ์ที่ถูกผนึกด้วยหอกลองกินุสอยู่ พวกเขาได้ตั้งชื่อยักษ์ตนนี้ว่า อาดัม หอกลองกินุสถูกดึงออกและส่งไปอิสราเอล สหประชาชาติเริ่มก่อสร้างฐานใต้ดินที่สองในแอนตาร์กติกาจนแล้วเสร็จในปี 1999 ผลการศึกษาร่างกายอาดัมพบว่าอาดัมมีดีเอ็นเอเหมือนมนุษย์ถึง 99% ซึ่งทำให้เกิดทฤษฎีว่าอาดัมคือมนุษย์คนแรก ในปีเดียวกันนี้ ดร.คัตสึรางิ มิตาโตะ ได้เสนอทฤษฏีซุปเปอร์โซเลนอยด์ ที่จะใช้สร้างอุปกรณ์ที่ผลิตพลังงานได้ตลอดกาลไม่มีวันหมด
สิงหาคม 2000 เรือสหประชาชาติบรรทุกหอกลองกินุสมายังฐานใต้ดินที่สองพร้อมคณะผู้สังเกตการณ์ของเซเลอ ผู้สังเกตการณ์เดินทางกลับในวันที่ 12 กันยายน หลังจากนั้นเพียงหนึ่งวัน ระหว่างการทดลองคอนแทกกับอาดัม อาดัมแผ่สนามพลังหักล้างเอ.ที. ร่างและจิตใจของนักวิจัยเหล่านั้นกลายเป็น LCL อาดัมตื่นขึ้นอย่างสมบูรณ์และเปิดประตูแห่งกัฟ ทีมนักวิจัยยิงหอกลองกินุสสู่ร่างอาดัมแต่หยุดไม่ได้ อาดัมฆ่าทีมวิจัยทั้งหมด  S² Engine จ่ายพลังงานให้แก่อาดัมมากจนอาดัมกลายร่างเป็นยักษ์แห่งแสงขนาดมหึมา ร่างอาดัมเกิดการระเบิดขึ้นอย่างรุนแรงและหลอมละลายน้ำแข็งในขั้วโลกใต้ไปแทบทั้งหมด อาดัมกลายสภาพเป็นตัวอ่อนขนาดจิ๋ว ตัวอ่อนของอาดัมถูกเซเลอนำไปเก็บซ่อน จิตของอาดัมถูกแบ่งแยกออกจากร่าง
สหประชาชาติออกแถลงการณ์ต่อชาวโลกว่า การระเบิดที่เกิดขึ้นเป็นผลมาจากอุกกาบาตตกลงสู่ทวีปแอนตาร์กติกา และขนานนามเหตุการณ์ครั้งนี้ว่า "เซคัลด์อิมแพก" การหลอมละลายน้ำแข็งที่ขั้วโลกใต้ส่งผลให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้นอย่างมาก เกิดภัยพิบัติและสงครามขึ้นมากมาย หนึ่งสัปดาห์หลังการระเบิด ในวันที่ 20 กันยายน 2000 กรุงโตเกียวเดิม (โตเกียว-1) ถูกทิ้งระเบิดปรมาณูจนพินาศย่อยยับ สงครามยุติลงในวันวาเลนไทน์ 2001 ภัยพิบัติและสงครามในครั้งนี้คร่าชีวิต 1/3 ของประชากรโลก รัฐบาลญี่ปุ่นได้ดำเนินการสร้างโตเกียว-2 ไว้ที่เมืองมัตสึโมโตะในฐานะเมืองหลวงแห่งใหม่ แล้วเสร็จในปี 2003
สหประชาชาติก่อตั้งองค์การเกเฮียร์น (ต่อมาคือเนิร์ฟ) เพื่อพัฒนาอีวานเกเลียน ชีวจักรกลที่โคลนจากตัวอย่างของอาดัมเทวทูตตนแรก (ยกเว้น EVA-01 ซึ่งถูกสร้างจากท่อนล่างของลิลิธ) และพัฒนาซุปเปอร์คอมพิวเตอร์เมไจ ตลอดจนสร้างเมืองจีโอฟรอนซ์และนีโอโตเกียว-3 เพื่อรับมือกับเทวทูตทั้ง 17 ตนตามคำพยากรณ์ คณะกรรมการเนิร์ฟ(เซเลอ)และเก็นโดอ้างต่อบุคลากรของเนิร์ฟว่าหากเทวทูตสัมผัสกับยักษ์อาดัมที่อยู่ภายในเซ็นทรัลด็อกจะเกิดการล้างโลก สิบปีต่อมาเทวทูตหลายตนบุกโจมตีเนิร์ฟสาขาญี่ปุ่นโดยไม่ทราบแหล่งที่มา