พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส
การสำเร็จราชการแทนพระองค์ > การเดินทางสู่บราซิล

บทความหลัก: การย้ายราชสำนักโปรตุเกสไปที่บราซิล
เจ้าชายฌูเอาทรงพยายามถ่วงเวลาอย่างเต็มที่โดยทรงแสร้งจนนาทีสุดท้ายว่าโปรตุเกสจะยอมจำนนต่อฝรั่งเศสแต่โดยดี ไปจนถึงทรงแนะนำพระเจ้าจอร์จที่ 3 แห่งสหราชอาณาจักร ให้ทรงประกาศสงครามหลอก ๆ ระหว่างประเทศทั้งสอง แต่ที่จริงพระองค์กลับไม่ทรงกระทำตามแผนการระบบภาคพื้นทวีป (การสกัดกั้นอังกฤษ) ของจักรพรรดินโปเลียนแต่อย่างใด สนธิสัญญาลับฉบับใหม่ได้ถูกจัดทำขึ้นโดยอังกฤษให้การรับรองว่าจะช่วยเหลือโปรตุเกสหากราชวงศ์ของเจ้าชายฌูเอาจะต้องหลบหนีในที่สุด สัญญาฉบับนี้เป็นประโยชน์ต่อฝ่ายอังกฤษมาก เนื่องจากอังกฤษมีข้อผูกพันเพียงแค่การช่วยเหลือรัฐบาลที่ชอบด้วยกฎหมายและเป็นมิตรกับตนเองมาตลอดเท่านั้น และอังกฤษยังสามารถรักษาอิทธิพลเหนือโปรตุเกสและแสวงหาผลตอบแทนมหาศาลจากการค้ากับจักรวรรดิระหว่างทวีปอย่างโปรตุเกสได้ต่อไปอีกด้วย โปรตุเกสจำต้องเลือกว่าจะเข้าข้างฝ่ายใดระหว่างฝรั่งเศสหรืออังกฤษ และความลังเลที่จะติดสินใจให้เด็ดขาดก็ทำให้โปรตุเกสตกอยู่ในสถานะอันเสี่ยงต่อสงครามไม่เฉพาะกับมหาอำนาจชาติใดชาติหนึ่งเท่านั้น แต่กับทั้งสองชาติ ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2350 มีข่าวรายงานว่ากองทัพฝรั่งเศสได้เคลื่อนทัพเข้ามาใกล้ และในวันที่ 16 พฤศจิกายน กองเรือรบอังกฤษเข้ามาเทียบท่าที่กรุงลิสบอนด้วยกำลังทหาร 7,000 นายพร้อมคำสั่งให้พาราชวงศ์โปรตุเกสลี้ภัยไปยังบราซิล หรือถ้ารัฐบาลยอมจำนนต่อฝรั่งเศสก็ให้โจมตีและยึดเมืองหลวงให้ได้ ราชสำนักแบ่งเป็นสองฝ่ายระหว่างพวกนิยมอังกฤษกับพวกนิยมฝรั่งเศส หลังจากการพิจารณาอย่างรวดร้าวภายใต้แรงกดดันของทั้งสองฝ่าย เจ้าชายฌูเอาก็ทรงตัดสินพระทัยยอมรับการอารักขาจากอังกฤษและลี้ภัยไปยังบราซิล
กองทัพฝรั่งเศสที่นำโดยนายพลฌ็อง-อ็องด็อช ฌูว์โน ได้รุกคืบเข้ามาโดยประสบความยากลำบากอยู่บ้าง แต่ก็มาถึงประตูเมืองลิสบอนในวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2350 เมื่อถึงตอนนี้ เจ้าชายฌูเอาพร้อมด้วยพระราชวงศ์ทั้งหมด และขุนนางผู้ติดตาม เจ้าหน้าที่ของรัฐ และข้าราชบริพารกลุ่มใหญ่ พร้อมทั้งสัมภาระที่หลากหลายอันได้แก่งานศิลปะและหนังสือที่มีค่า เอกสาร และสมบัติอื่น ๆ ได้อยู่บนเรือเรียบร้อยแล้ว ทรงปล่อยให้รัฐบาลอยู่ภายใต้การสำเร็จราชการแทนพระองค์และทรงแนะกองทัพว่าอย่าปฏิบัติตนเป็นปฏิปักษ์ต่อผู้รุกราน การออกเดินทางอย่างรีบเร่งท่ามกลางพายุฝนที่โหมกระหน่ำนั้นได้ทำให้เกิดความอลหม่านในกรุงลิสบอน เนื่องจากประชาชนรู้สึกตกตะลึงอย่างมากและไม่อยากเชื่อว่าเจ้าชาย พระราชินี และพระราชวงศ์กำลังจะละทิ้งพวกเขา บันทึกเรื่องเล่าของฌูเซ อากูร์ซีอู ดัช เนวิช ได้บรรยายความรู้สึกของเจ้าชายผู้สำเร็จราชการไว้ว่า
พระองค์มีพระประสงค์ที่จะตรัสออกมาแต่ไม่สามารถทำได้ พอมีพระประสงค์จะขยับพระองค์ พระวรกายก็สั่นและย่างพระบาทไม่ออก พระองค์ทรงพระดำเนินผ่านหุบเหวลึกและทรงมีจินตนาการถึงอนาคตที่มืดมิดและไม่แน่นอนดั่งมหาสมุทรที่ทรงกำลังจะเดินทางข้ามไป ประเทศชาติ เมืองหลวง ราชอาณาจักร ข้าทาสบริวาร พระองค์ต้องสละสิ่งเหล่านี้อย่างกะทันหัน ด้วยความหวังอันริบหรี่ที่จะได้กลับมาเห็นสิ่งเหล่านี้อีกครั้ง และทั้งหมดนี้เป็นเหมือนหนามที่ทิ่มแทงพระราชหฤทัยของพระองค์
เพื่ออธิบายพระองค์เองต่อประชาชน เจ้าชายฌูเอามีพระบัญชาให้ติดป้ายประกาศตามถนนสายต่าง ๆ โดยระบุว่าการเดินทางของพระองค์เป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้แม้ว่าได้ทรงพยายามทำทุกวิถีทางเพื่อรักษาความเป็นปึกแผ่นและความสงบสุขของราชอาณาจักรแล้วก็ตาม ข้อความในประกาศแนะนำให้ทุกคนอยู่ในความสงบและไม่ต่อต้านผู้รุกรานเพื่อจะได้ไม่มีการนองเลือดไปโดยเปล่าประโยชน์ เนื่องจากการเสด็จออกเดินทางอย่างเร่งรีบ เจ้าชายผู้สำเร็จราชการ, สมเด็จพระราชินีนาถมารีอา, เจ้าชายเปดรู เจ้าชายแห่งไบรา (ต่อมาคือ พระเจ้าเปดรูที่ 4 แห่งโปรตุเกสและจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล) และเจ้าชายมีเกลแห่งโปรตุเกส (ต่อมาคือ พระเจ้ามีเกลแห่งโปรตุเกส) ทั้งหมดจึงประทับอยู่ในเรือลำเดียวกัน นี่เป็นการตัดสินใจที่ประมาทถ้าพิจารณาถึงอันตรายในการเดินทางข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกในสมัยนั้น และเป็นการเสี่ยงต่อการสืบราชสันตติวงศ์หากเรือพระที่นั่งเกิดอับปางกลางมหาสมุทร ส่วนพระนางการ์โลตา โคอากีนากับเหล่าเจ้าหญิงประทับบนเรือพระที่นั่ง 2 ลำอื่น จำนวนของผู้ตามเสด็จไปพร้อมกับเจ้าชายฌูเอายังคงเป็นที่ถกเถียง ในศตวรรษที่ 19 มีการกล่าวว่ามีผู้ตามเสด็จถึง 30,000 คน ในยุคหลังประเมินกันว่ามีผู้ตามเสด็จระหว่าง 500 ถึง 15,000 คน ข้อสรุปหลังนี้น่าจะเป็นไปได้มากที่สุดในการจุผู้คนในกองเรือรบ 15 ลำ ซึ่งรวมลูกเรือด้วย ถึงกระนั้นเรือก็ยังคงแออัดมากเกินไป ปึไดรรา อี กอชตา ได้พิจารณาข้อมูลการประเมินต่าง ๆ แล้วสรุปว่าจำนวนผู้ตามเสด็จที่เป็นไปได้มากที่สุดอยู่ระหว่าง 4,000 ถึง 7,000 คนรวมทั้งลูกเรือ
หลายครอบครัวถูกพรากจากกัน แม้กระทั่งเจ้าหน้าที่ระดับสูงหลายคนยังจับจองที่นั่งบนเรือไว้ไม่ได้และถูกทิ้งไว้เบื้องหลัง การเดินทางครั้งนี้ไม่สงบนัก เรือหลายลำอยู่ในสภาพที่ไม่ปลอดภัยและความแออัดบนเรือได้ทำให้กลุ่มขุนนางถูกบั่นทอนเกียรติลง โดยส่วนใหญ่ต้องนอนเบียดกันในที่เปิดหรือตรงดาดฟ้าท้ายเรือ สุขลักษณะก็ไม่ดี เกิดการระบาดของเหา หลายคนไม่ได้เปลี่ยนเสื้อผ้า หลายคนป่วย เสบียงอาหารก็มีน้อยทำให้ต้องแบ่งสรรปันส่วนกันไป นอกจากนี้ กองเรือดังกล่าวต้องใช้เวลาสิบวันในเขตเส้นศูนย์สูตรภายใต้ความร้อนที่แผดเผาเพราะแทบไม่มีลมช่วยพัดใบเรือ ทำให้อารมณ์ของคนเริ่มขุ่นมัวและมีเสียงบ่นพึมพำ กองเรือรบยังต้องเผชิญพายุอีกสองลูกและในที่สุดก็กระจัดกระจายกันบริเวณหมู่เกาะมาเดรา ในช่วงกลางของการเดินทาง เจ้าชายฌูเอาทรงเปลี่ยนพระทัยและตัดสินพระทัยเดินทางสู่เมืองซัลวาดอร์ในรัฐบาเยีย คงด้วยเหตุผลทางการเมือง กล่าวคือ เพื่อให้ผู้ที่อาศัยอยู่ที่นั่นรู้สึกพอใจขึ้นหลังจากที่ซัลวาดอร์ได้สูญเสียสถานะเมืองหลวงของอาณานิคมไป ในขณะที่เรือพระที่นั่งที่มีเหล่าเจ้าหญิงประทับอยู่ได้เดินทางไปตามเส้นทางเดิมสู่รีโอเดจาเนโร