สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2
กองทัพแห่งชาติ

กองทัพแห่งชาติของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่สอง จัดตั้งขึ้นเมื่อ 8 เมษายน พ.ศ. 2488 ทหารประกอบด้วยทุกเชื้อชาติ ยกเว้นจีน
การรบกับจีนและมองโกลได้ช่วยปรับปรุงการจัดกองทัพ เมื่อทหารคาซักภายใต้การนำของออสมาน บาตูร์รบชนะก๊กมินตั๋งใน พ.ศ. 2490 บาตูร์ได้เป็นผู้นำทหารชาวคาซัก
กองทัพอากาศประกอบด้วยเครื่องบิน 2 เครื่องที่ถูกก๊กมินตั๋งยึดที่คุลยาเมื่อ 31 มกราคม พ.ศ. 2488 ทั้งหมดถูกทำลาย บางส่วนถูกซ่อมแซมและนำกลับมาใช้โดยทหารโซเวียตในสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เครื่องบินเหล่านี้เข้าร่วมในการรบระหว่างกบฏอิลีและก๊กมินตั๋งที่ชิเฮลีและจิงเฮในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488
การรบครั้งนี้สิ้นสุดลงโดยสามารถยึดที่มั่นของก๊กมินตั๋งและบ่อน้ำมันในดูชานซี ระหว่างการรบ เครื่องบินของก๊กมินตั๋งถูกยึดโดยกองทัพแห่งชาติที่บริเวณแม่น้ำมานาซี ทางเหนือของอูรุมชี  ซึ่งทำให้ในเมืองเต็มไปด้วยความหวาดกลัว การรุกรานเมืองหลวงของซินเจียงถูกยกเลิกเพราะแรงกดดันโดยตรงจากมอสโกต่อผู้นำกบฏอิลีที่ยอมเริ่มเจรจาสันติภาพกับก๊กมินตั๋งตามคำสั่งของมอสโก ตามมาด้วยสุนทรพจน์ของเจียงไคเช็กทางสถานีวิทยุของจีนให้แก้ปัญหาวิกฤติซินเจียงด้วยสันติภาพ การเจรจาสันติภาพนี้ดำเนินการโดยสหภาพโซเวียตและเริ่มที่อูรุมชี เมื่อ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2488
กองทัพแห่งชาติมีทหารราว 25,000 - 30,000 คน หลังจากมีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับเจียงไคเช็กเมื่อ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2489 จำนวนทหารลดลงเหลือ 11,000 - 12,000 คน และถูกจำกัดให้ตั้งสถานีได้เฉพาะในพื้นที่สามตำบลในซินเจียงเหนือ คืออิลี ตาร์บาคาไต และอัลไต กองทัพแห่งชาติต้องถอนตัวออกจากซินเจียงใต้ ออกจากเขตเมืองเก่อักชู และเปิดเส้นทางจากอูรุมชีไปยังกัชการ์ ซึ่งเป็นการเปิดโอกาสให้ก๊กมินตั๋งส่งทหาร 70,000 นายและผลักดันกลุ่มกบฏไปยังเทือกเขาปาร์มี
กลุ่มกบฏนี้แตกไปเมื่อ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2488 ในบริเวณซาริโกลของตักดุมบาช ปาร์มี กบฏภายใต้การนำของซาดิก ข่าน โคยา ชาวอุยกูร์ ที่มาจากการ์กิลิก และการาวาน ชาห์ ชาวคาซักจากการิโกลี เข้ายึดครองในบริเวณแนวชายแดนระหว่างอัฟกานิสถาน อินเดีย และสหภาพโซเวียต กลุ่มกบฏทัชกุรคันโจมตีทหารก๊กมินตั๋งระหว่างเฉลิมฉลองการรบชนะทหารญี่ปุ่นที่แมนจูเรีย ทหารก๊กมินตั๋งในซาริโกลีรอดชีวิตน้อยและหนีไปอินเดียระหว่างที่กลุ่มกบฏโจมตี ที่ตั้งดั้งเดิมของกลุ่มกบฏอยู่ที่ตาการ์มาในเทือกเขาปาร์มีใกล้กับชายแดนสหภาพโซเวียต ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2488 กลุ่มกบฏทัชกุรคันไปยังอีกิซ-ยาร์ตามถนนสู่ยังกิฮิสซาร์ ในขณะที่กลุ่มกบฏอีกกลุ่มไปยังโอยตัก, บอสตัน-เตเรก และทัชมาลิก ตามถนนสู่กัชการ์
สิ้นปี พ.ศ. 2488 กลุ่มกบฏที่ทัชกุรคันรุกรานกัชการ์และยาร์คันเมื่อ 2 มกราคม พ.ศ. 2489 ในขณะที่ข้อตกลงสันติภาพเริ่มต้น มีการลงนามระหว่างกบฏอูรุมชีและตัวแทนก๊กมินตั๋ง ภายใต้การจัดตั้งของสหภาพโซเวียต กลุ่มกบฏเข้ายึดคูมา การ์กิลิก และโปสกัม เมืองสำคัญที่ควบคุมการสื่อสารระหว่างซินเจียง ทิเบต และอินเดีย ในวันที่ 11 มกราคม กองทัพก๊กมินตั๋งเข้าโจมตียาร์คัน ยึดบริเวณอักซูคืนได้ การโจมตีทำให้จีนสามารถควบคุมกลุ่มกบฏได้ในฤดูร้อนของ พ.ศ. 2489
ทหารของกลุ่มกบฏเหลือรอดไม่กี่ร้อยคน ผู้รอดชีวิตเข้ายึดภูเขาปาร์มี กองทัพแห่งชาติไม่มีการดำเนินการใดๆระหว่าง พ.ศ. 2489 – 2492 จนกระทั่งกองทัพปลดปล่อยประชาชนเข้าสู่ซินเจียง เติ้ง ลิชุน ผู้ช่วยของเหมา เจ๋อตุงมาถึงดุลยาเมื่อ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2492 เพื่อเจรจากับผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เกี่ยวกับอนาคตของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เติ้งส่งโทรเลขถึงเหมาเกี่ยวกับกองทัพของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกในวันต่อมา โดยระบุว่า มีทหาร 14,000 คน ส่วนใหญ่ใช้อาวุธของเยอรมัน มีรถบรรทุกทหาร 120 คัน ม้า 6,000 ตัว มีผู้ช่วยจากสหภาพโซเวียตอยู่ในกองทัพและดูแลเครื่องบิน 14 ลำ ใช้สำหรับทิ้งระเบิด ในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2492 กองทัพแห่งชาติได้รวมเข้ากับกองทัพปลดปล่อยประชาชนในฐานะกองทัพที่ 5 แห่งซินเจียง