พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส
สืบราชบัลลังก์

สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระราชมารดาของเจ้าชายฌูเอาเสด็จสวรรคตในวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา ครองสิริราชสมบัติรวมระยะเวลา 39 ปีด้วยพระอาการสติวิปลาสเกือบตลอดรัชกาล ซึ่งทรงดำรงพระชนม์ชีพยืนยาวที่สุดในบรรดากษัตริย์โปรตุเกสนับตั้งแต่สถาปนาราชอาณาจักรโปรตุเกส การสวรรคตของพระนางเป็นการเปิดทางให้แก่ผู้สำเร็จราชการในการขึ้นครองราชสมบัติ แต่พระองค์ทรงเริ่มปกครองในฐานะกษัตริย์ตั้งแต่วันนั้น พระองค์ไม่ทรงได้อุทิศพระองค์ในฐานะกษัตริย์โดยทันทีและทรงได้รับการสรรเสริญเท่านั้นในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2361 ด้วยงานเฉลิมฉลองอย่างใหญ่โต ขณะที่พระราชกรณียกิจหลากหลายได้ประดามาล่วงหน้าก่อนแล้ว สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โคอากีนาผู้ทะเยอทะยาน ทรงริเริ่มวางแผนการลับเพื่อต่อต้านความสนใจของประชาชนชาวโปรตุเกสในขณะที่ทรงประทับอยู่ในยุโรป และในเวลาอันสั้นหลังจากการมาถึงของพระนางในบราซิล ทรงทำการก่อตั้งและสนับสนุนกองทหารสเปนและนักชาตินิยมในดินแดนรีโอเดลาปลาตา(ปัจจุบันคือ อาร์เจนตินาและอุรุกวัย) ด้วยทรงปรารถนาในการเพิ่มพระราชอำนาจของพระนางเอง บางครั้งทรงปรารถนาเป็น ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์แห่งสเปน บางครั้งทรงปรารถนาเป็น สมเด็จพระราชินีนาถแห่งราชาธิปไตยใหม่ที่ประดิษฐานโดยการสนับสนุนจากอาณานิคมสเปนในทวีปอเมริกาใต้ บางครั้งทรงปรารถนาที่จะถอดถอนพระสวามีออกจากราชบัลลังก์ นี่แสดงให้เห็นว่าการอภิเษกสมรสของพระเจ้าฌูเอาซึ่งมีความหมายที่เป็นไปไม่ได้ ทั้ง ๆ ที่ทรงแสดงท่าทีที่อดทนอดกลั้น และทรงพยายามบังคับให้ทั้งสองพระองค์ปรากฏพระองค์ร่วมกันในที่สาธารณะ ในขณะที่พระนางการ์โลตาทรงได้รับการสนับสนุนจากผู้เห็นใจจำนวนมาก แผนการของพระนางมักล้มเหลวอย่างไม่แตกต่าง ทั้ง ๆ ที่พระนางทรงประสบความสำเร็จในการแทรกแซงอิทธิพลของพระสวามีโดยทรงมีส่วนร่วมโดยตรงในการเมืองอาณานิคมของสเปน นำไปสู่การเข้ายึดครองเมืองมอนเตวิเดโอในปี พ.ศ. 2360 และการผนวกแคว้นคิสพลาตินาในปี พ.ศ. 2364
ในช่วงเวลาเดียวกัน ก็ได้เกิดปัญหาขึ้นคือการจัดหาพระชายาแก่องค์รัชทายาทของพระองค์ ซึ่งในอนาคตคือ จักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ยุโรปในขณะนั้นได้พิจารณาเกี่ยวกับบราซิลว่าเป็นดินแดนห่างไกล, ล้าหลังและไม่ปลอดภัย ดังนั้นมันไม่ง่ายเลยที่จะจัดหาคู่สมรสที่เหมาะสม หลังจากปีแห่งการเสาะหา ราชทูต เปดรู ฌูเซ โจอาคิม วิโต เดอ เมเนเซส เคาทินโฮซึ่งดำรงยศเป็นมาควิสแห่งมาเรียลวา ท้ายที่สุดได้เสนอให้ผูกสัมพันธ์กับหนึ่งในราชวงศ์ที่ทรงอำนาจที่สุดในยุโรป นั่นก็คือ ราชวงศ์ฮับส์บูร์กในจักรพรรดิแห่งออสเตรีย หลังจากได้มีการรับประกันจากราชสำนักออสเตรียด้วยสิทธิต่าง ๆ มากมาย, แสดงพิธีการที่เอิกเกริก และการแบ่งสรรปันส่วนทองคำแท่งและเครื่องเพชรจากชนชั้นสูง เจ้าชายเปดรูทรงอภิเษกสมรสกับอาร์ชดัชเชสมาเรีย ลีโอโพลดีนาแห่งออสเตรีย พระราชธิดาในจักรพรรดิฟรานซ์ที่ 1 แห่งออสเตรียกับเจ้าหญิงมาเรีย เทเรซา แห่งเนเปิลส์และซิซิลีส์ในปี พ.ศ. 2360 จักรพรรดิและรัฐมนตรีของพระองค์ คลีเมนซ์ ฟาน แมทเทอร์นิตช์ ได้พิจารณาการเจริญสัมพันธไมตรีครั้งนี้ว่า "เป็นแผนการที่เป็นประโยชน์ระหว่างยุโรปและโลกใหม่" เสริมสร้างความแข็งแกร่งยิ่งขึ้นในรัชกาลแห่งราชาธิปไตยของทั้งสองซีกโลกและได้นำออสเตรียเข้ามามีอิทธิพลในซีกโลกใหม่
ขณะที่สถานการณ์ในโปรตุเกสยังไม่มีความสงบสุข จากการว่างกษัตริย์และการถูกทำลายล้างจากสงครามคาบสมุทร และเป็นผลกระทบให้เกิดผู้คนอดอยากจำนวนมากและการอพยพย้ายถิ่นฐานออกไปจำนวนมาก จากการขับไล่การรุกรานของฝรั่งเศสครั้งสุดท้ายจากเมืองใหญ่ได้กลายการอารักขาโดยอังกฤษ ซึ่งควบคุมโดยนายพล วิลเลียม คารร์ เบเรสฟอร์ด ผู้ซึ่งปกครองด้วยกำปั้นเหล็ก ตั้งแต่พระเจ้าฌูเอาทรงสืบราชบัลลังก์ ชาวโปรตุเกสพยายามบีบบังคับให้พระองค์เสด็จกลับ เริ่มชักนำให้เกิดการจลาจลของพวกเสรีนิยม และการก่อตั้งองค์กรลับต่าง ๆ ด้วยเป้าหมายที่นำมาซึ่งการประชุมคอร์เตสโปรตุเกส (Portuguese Cortes) ซึ่งเป็นภาษาในยุคกลางหมายถึงตัวแทนของแคว้นต่าง ๆ ในโปรตุเกส ที่ซึ่งไม่ได้มีการพบปะกันอีกนับตั้งแต่พ.ศ. 2241 เหมือนกับพวกเสรีนิยมที่สร้างความวุ่นวายในบราซิล ในปี พ.ศ. 2360 เกิดกบฏเปร์นัมบูกันในเมืองเรซีฟี เป็นการเคลื่อนไหวของกลุ่มนิยมสาธารณรัฐที่ซึ่งทำการก่อตั้งรัฐบาลขึ้นเองในรัฐเปร์นัมบูกูและการกบฏก็ขยายวงกว้างไปทั่วบราซิล แต่ในที่สุดก็ถูกปราบลงอย่างราบคาบ กลับไปที่โปรตุเกส ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2363 ได้เกิดการปฏิวัติเสรีนิยม พ.ศ. 2363 ที่เมืองโปร์ตู และได้ทำการก่อตั้งรัฐบาลเองที่ควบคุมโดยคณะผู้ยึดอำนาจการปกครอง และได้ส่งผลกระทบในลิสบอน ที่ซึ่งมีการเข้าพบ "นายพลเพื่อจุดประสงค์พิเศษ" (General Extraordinary) และ "กลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ" (Constituent Cortes) หรือ Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes ได้จัดตั้งรัฐบาล และได้มารวมกันเพื่อทำการเลือกคณะผู้แทนโดยปราศจากการขอพระราชวินิจฉัยจากพระเจ้าฌูเอา การเคลื่อนไหวครั้งนี้ได้รับการสนับสนุนจากหมู่เกาะมาเดย์รา, อะโซร์สและครอบงำไปถึงกาว-ปาราและรัฐบาเยียในบราซิล นำมาด้วยการลุกฮือของกองทัพในนครริโอเดอจาเนโร
ในวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2364 กลุ่มคอร์เตสได้มาประชุมกันที่ลิสบอนและมีพระราชกฤษฎีกาให้จัดตั้งสภาผู้สำเร็จราชการแผ่นดินเพื่อใช้อำนาจในพระนามของพระเจ้าฌูเอา ได้ปล่อยตัวนักโทษทางการเมืองจำนวนมากและเรียกร้องให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับ ในวันที่ 20 เมษายน พระเจ้าฌูเอาทรงเรียกประชุมขุนนางที่กรุงรีโอเพื่อทำการเลือกผู้แทนพระองค์ไปยังกลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ แต่ในวันต่อมาเกิดการประท้วงที่จตุรัสและผู้ประท้วงถูกปราบปรามอย่างรุนแรง ในบราซิลได้มีความคิดเห็นส่วนใหญ่ต้องการให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับโปรตุเกสซึ่งหมายความว่าจะต้องละทิ้งบราซิลความเป็นเอกราชของบราซิลและลดสถานะของบราซิลให้กลับเป็นอาณานิคมของโปรตุเกสดังเช่นกาลก่อน ภายใต้กระแสความกดดัน พระเจ้าฌูเอาทรงดำเนินทางเป็นกลางโดยทรงส่งมกุฎราชกุมารเปดรู พระโอรสไปยังลิสบอนเพื่อให้เป็นผู้พระราชทานรัฐธรรมนูญและก่อตั้งรัฐบาลใหม่ขั้นพื้นฐาน อย่างไรก็ตามองค์มกุฎราชกุมารที่ซึ่งมีพระดำริในทางเสรีนิยมได้ปฏิเสธแผนการของพระราชบิดา วิกฤตการณ์ได้ทวีความรุนแรงยิ่งขึ้นและเป็นการยากที่จะหวนกลับไปสู่ระบอบเก่า พระเจ้าฌูเอามีพระบรมราชโองการสถาปนาให้มกุฎราชกุมารเปดรูเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ที่บราซิลและพระองค์เองได้เสด็จออกจากบราซิลเพื่อไปลิสบอนในวันที่ 25 เมษายน หลังจากทรงประทับในบราซิลมาเป็นเวลา 13 ปี แผ่นดินที่ซึ่งพระองค์ทรงดำริถึงทุกเมื่อเสมอมา