พระเจ้าอาฟงซูที่ 6 แห่งโปรตุเกส
อภิเษกสมรส การสูญเสียพระราชอำนาจและสวรรคต

ในวันที่ 2 สิงหาคม ค.ศ. 1666 พระเจ้าอาฟงซูอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงมาเรีย ฟรานซิสกาแห่งเนมัวส์ พระราชธิดาในดยุคแห่งซาวอย หลังการอภิเษกสมรส พระเจ้าอาฟงซูไม่เสด็จไปพบพระนางเลย พระเจ้าอัลฟองโซแทบไม่เคยย่างพระบาทไปพบพระมเหสีเลยสักครั้ง ขณะที่เจ้าชายเปโดร พระอนุชาเสด็จมาไต่ถามสุขทุกข์หลายครั้ง พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาจึงหันมาสนิทสนมกับพระอนุชาของพระสวามีแทน และบางคนกล่าวว่าทรงสนิทสนมมากเกินไป
แต่เนื่องจากพระเจ้าอาฟงซูและพระมเหสียังไม่ทรงมีบุตร ทำให้หลายคนต่างถกเถียงเรื่องนี้ ทำให้พระเจ้าอาฟงซูจำต้องแก้ไขเหตุการณ์นี้ มีรายงานว่าพระองค์จะให้ข้าราชบริพารคนสนิทในที่ประทับของพระองค์มีเพศสัมพันธ์กับพระราชินีแทนพระองค์เอง และถ้าพระนางทรงพระครรภ์ก็จะสามารถกำจัดพระราชอำนาจของพระอนุชาได้ ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1667 พระเจ้าอัลฟองโซทรงเชื้อเชิญพระนางมาเรีย ฟรานซิสกามาเยือนที่พระตำหนักในกลางดึก โดยมีข้าราชบริพารคนสนิทสองคนอยู่ด้วย ซึ่งผิดหลักธรรมเนียมโบราณที่ว่า เมื่อพระเจ้าแผ่นดินมีพระราชประสงค์ที่จะหลับนอนกับพระมเหสี พระองค์จะต้องเป็นฝ่ายไปประทับที่ตำหนักของพระมเหสี โดยมีเหล่านางสนองพระโอษฐ์อยู่ใกล้ๆ แต่แผนการของพระองค์ต้องล้มเหลวเพราะพระราชินีสงสัยว่าพระสวามีมีแผนการบางอย่างในพระทัย พระนางจึงปฏิเสธที่จะเสด็จไปยังที่ประทับของพระสวามี เป็นเหตุให้พระเจ้าอัลฟองโซทรงกุมดาบ พร้อมพระพักตร์แดงก่ำด้วยความโกรธ พระองค์สาบานว่า หากพระราชินีไม่เสด็จมาด้วยความสมัครใจภายในยี่สิบสี่ชั่วโมง พระองค์จะเสด็จไปลากพระราชินีมาที่แท่นบรรทมด้วยพระองค์เองหรือไม่ก็มีรับสั่งให้มหาดเล็ก 4 คนไปกุมตัวพระนางมายังที่ประทับ
ในที่สุดพระนางมาเรีย ฟรานซิสกาก็สิ้นความอดทน วันที่ 22 พฤศจิกายน ค.ศ. 1667 พระนางจึงเสด็จไปประทับที่คอนแวนต์แห่งหนึ่ง และส่งข่าวไปทูลพระเจ้าอาฟงซูทราบว่าพระนางถือว่าการอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะ เนื่องจากไม่มีความสัมพันธ์ทางเพศเกินขึ้นหลังจากการอภิเษกสมรสผ่านไป 16 เดือน ทันทีที่พระเจ้าอัลฟองโซทรงได้รับหนังสือฉบับนั้น พระองค์ก็เสด็จไปคอนแวนต์เพื่อจับกุมพระราชินี แต่เจ้าชายเปโดรพร้อมด้วยทหารได้เสด็จมาและทรงปฏิญาณว่าจะปกป้องพระราชินีทุกวิถีทาง ทำให้พระเจ้าอาฟงซูจำต้องเสด็จกลับไป ขณะถึงพระราชวังพระองค์ได้ถูกจับกุมเป็นนักโทษและยอมรับในการไต่สวนว่าพระองค์ไร้สมรรถภาพ บิชอปแห่งลิสบอนจึงประกาศให้การอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะ
เมื่อพระราชินีทรงมีหนังสือถึงสภานิติบัญญัติ โดยทรงขอเสด็จกลับภูมิลำเนาพร้อมสินเดิมก่อนอภิเษกสมรส สมาชิกสภาทุกคนได้เดินทางมาแลละขอร้องไม่ให้พระนางจากแผ่นดินนี้ พวกเขาขอร้องให้พระนางอภิเษกสมรสกับเจ้าชายเปโดรและประทับอยู่ในฐานะพระราชินีของตน ซึ่งทุกคนต่างชื่นชมในความสามารถของพระนางที่กระทำการรัฐประหารด้วยสติปัญญา จากนั้นสมาชิกสภาได้ไปขอร้องให้เจ้าชายเปโดรอภิเษกสมรสกับพระราชินี ซึ่งพระองค์ก็ยินดีแต่ทรงปฏิเสธที่จะครองราชย์ตราบใดที่พระเชษฐายังมีพระชนม์ชีพอยู่ พระองค์จะทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์เท่านั้น พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาและเจ้าชายเปโดรได้ก่อรัฐประหารรัฐบาลของลูอิส เดอ วาสคอนเซลอส เคานท์ที่ 3 แห่งคาสเตโล เมลฮอร์ นายกรัฐมนตรีคนสนิทของพระเจ้าอัลฟองโซ
พระเจ้าอาฟงซูที่ 6 ทรงถูกกักกันอย่างสมพระเกียรติ พอพระองค์ทราบว่าการอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะและพระมเหสีอภิเษกสมรสใหม่กับเจ้าชายเปโดร พระองค์ตรัสว่า "อา...ดีแล้ว! ไม่มีอะไรให้สงสัยเลยว่า อีกไม่ช้าน้องชายที่น่าสงสารของข้าจะต้องเสียใจเหมือนกับข้า ที่เกลือกกลั้วกับนังผู้หญิงฝรั่งเศสน่าเบื่อคนนี้"
เจ้าชายเปโดรได้ดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินและได้อภิเษกสมรสกับพระราชินีมาเรีย ฟรานซิสกา และได้เนรเทศพระเจ้าอัลฟองโซไปยังเกาะเตอเชราในหมู่เกาะอะโซเรสเป็นเวลา 7 ปี และต่อมาได้เสด็จกลับมายังแผ่นดินใหญ่ เจ้าชายเปโดรทรงให้พระเชษฐาเสวยสุราอย่างหนัก ดัวยหวังว่าพระเชษฐาจะสวรรคตจากการดื่มสุรา อย่างไรก็ดี วันหนึ่งพระเจ้าอัลฟองโซได้ปฏิญาณว่าจะไม่ทรงแตะต้องเครื่องดื่มมึนเมาอีก สร้างความขุ่นเคืองแก่คณะรัฐบาลมาก เอกอัครราชทูตแห่งซาวอยเขียนเล่าว่า ผู้ตวบคุมพระเจ้าอาฟงซูที่นับถือบาทหลวงคณะเยสุอิต พูดถึงการฟื้นฟูสุขภาพของพระเจ้าอาฟงซูว่า "เป็นเรื่องน่าเศร้าอย่างเห็นได้ชัด"
ทว่าสุดท้ายพระเจ้าอาฟงซูกลับสวรรคตด้วยพระกระยาหารมิใช่สุรา พระองค์มีพระวรกายใหญ่มากขึ้น พระองค์แทบจะเสด็จออกจากพระแท่นไม่ไหว จากรายงานบางฉบับบอกว่า การเสด็จดำเนินกลายเป็นเรื่องทุกข์ทรมาน หลังจากทรงถูกจองจำเป็นเวลา 15 ปี พระองค์ก็สิ้นพระชนม์เดือนกันยายน ปีค.ศ. 1683 เนื่องจากเส้นพระโลหิตในสมองแตก ขณะมีพระชนมายุ 40 พรรษา ณ พระราชวังหลวงซินทรา ซินทรา ประเทศโปรตุเกส