เดอะ เมทริกซ์ รีโหลดเดด สงครามมนุษย์เหนือโลก
โครงเรื่อง

หกเดือนภายหลังจากเหตุการณ์ในเดอะเมทริกซ์ มอร์เฟียสได้รับข้อความจากกัปตันไนโรบีแห่งยานโลกอสให้ประชุมฉุกเฉินยานทุกลำของไซออน ไซออนได้ยืนยันการส่งสัญญาณครั้งสุดท้ายของยานโอซิริสว่าพวกเซนติเนลกำลังขุดอุโมงค์มาทางไซออนและจะมาถึงภายใน 72 ชั่วโมง ผู้บังคับการล็อคสั่งให้ยานทุกลำกลับไปที่ไซออนเพื่อรับการโจมตี แต่มอร์เฟียสขอให้ยานลำหนึ่งอยู่ต่อเพื่อติดต่อกับออราเคิล ในขณะที่คาดูเซียสได้รับข้อความจากออราเคิล ลูกเรือคนหนึ่ง เบน เผชิญหน้ากับสมิท ซึ่งเผยว่าการเจอกันครั้งที่แล้วของเขากับนีโอได้ตัดการเชื่อมต่อของเขากับเมทริกซ์และทำให้เขากลายเป็นโปรแกรมอันตรายและยึดครองร่างของเบน จากนั้นสมิทจึงใช้โทรศัพท์ออกจากเมทริกซ์และเข้าควบคุมร่างจริงของเบน
ที่ไซออนมอร์เฟียสประกาศข่าวการรุกคืบของเครื่องจักรกับชาวเมือง ในเมทริกซ์นีโอพบกับบอดี้การ์ดของออราเคิล เซอเรฟ ซึ่งนำทางเขาไปพบกับเธอ หลังจากตระหนักว่าออราเคิลคือส่วนหนึ่งของเมทริกซ์ นีโอถามว่าเขาจะไว้ใจเธอได้อย่างไร เธอตอบว่านี่เป็นการตัดสินใจของเขา ออราเคิลแนะนำนีโอไปยังเดอะซอร์ซ (The Source) ของเมทริกซ์โดยขอความช่วยเหลือจากคีย์เมคเกอร์ (Keymaker) ในขณะที่ออราเคิลกลับไปสมิทก็โผล่มาบอกกับนีโอว่าหลังจากที่พ่ายแพ้ไปเขาปฏิเสธที่จะถูกลบและตอนนี้ได้กลายเป็นโปรแกรมอันตราย เขาแสดงความสามารถในการโคลนตัวเองโดยใช้ผู้คนในเมทริกซ์คนอื่นๆรวมถึงพวกสายลับด้วยกัน เขาพยายามจะดูดกลืนนีโอแต่พลาดท่าและเกิดการต่อสู้กันระหว่างนีโอกับพวกโคลนของสมิท นีโอสามารถป้องกันตัวเองได้แต่ถูกบังคับให้ต้องล่าถอยจากจำนวนโคลนที่เพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ
นีโอ มอร์เฟียส และทรินิตี้ ไปหาเมโรวินเจี้ยน ซึ่งกำลังคุมขังคีย์เมคเกอร์ไว้ เมโรวินเจี้ยนโปรแกรมอันตรายที่มีเป้าหมายของตนเองอยู่ปฏิเสธที่จะปล่อยตัว ภรรยาของเขาเพอร์เซโฟนที่หาทางแก้แค้นสามีที่นอกใจได้นำทางทั้งสามไปหาคีย์เมคเกอร์ จากนั้นมอร์เฟียส ทรินิตี้ และคีย์เมคเกอร์หนีไปได้ในขณะที่นีโอยันลูกสมุนของเมโรวินเจี้ยนไว้ มอร์เฟียสกับทรินิตี้พยายามหลบหนีไปกับคีย์เมคเกอร์ที่กำลังถูกไล่ล่าโดยสายลับหลายคนรวมทั้งหัวหน้าลูกสมุนของเมโนวินเจี้ยน เดอะทวิน หลังจากไล่ล่าอยู่นานทรินิตี้หลบหนีไปได้ มอร์เฟียสเอาชนะเดอะทวิน และนีโอช่วยมอร์เฟียสกับคีย์เมคเกอร์จากสายลับจอห์นสัน
ลูกเรือของเนบูคาเนซซา วิจิแลนซ์ และโลกอสช่วยนีโอกับคีย์เมคเกอร์ไปหา The Source โดยลูกเรือของโลกอสต้องทำลายโรงไฟฟ้าและลูกเรือของวิจิแลนซ์ต้อบปลดระบบไฟฟ้าสำรองเพื่อป้องกันระบบเตือนภัยไม่ให้ทำงานเพื่อที่จะให้นีโอเปิดประตูไปหา the Source ได้ นีโอซึ่งเคยมองเห็นนิมิตที่ทรินิตี้ตายจึงขอให้เธออยู่บนยานเนบูคาเนซซา
โลกอสทำสำเร็จในขณะที่วิจิแลนซ์ถูกทำลายโดยเซนติเนลได้ฆ่าทุกคนบนยานหมด ทรินิตี้จึงทำหน้าที่แทนวิจิแลนซ์เพื่อทำภารกิจให้สำเร็จ อย่างไรก็ตามสายลับจอห์นสันขวางเธอไว้จึงเกิดการต่อสู้กัน ในขณะที่มอส์เฟียส นีโอ และคีย์เมคเกอร์พยายามไปให้ถึง The Source พวกสมิทก็ดักโจมตี คีย์เมคเกอร์ปลดล็อคประตูไปหา The Source แต่พวกสมิทยิงเขาจนตายในขณะที่กำลังปิดประตู
นีโอพบกับโปรแกรมที่เรียกว่าดิอาร์คิเทค (The Architect) ผู้สร้างเดอะเมทริกซ์ The Architect อธิบายว่าตัวนีโอก็คือโปรแกรมและเป็นส่วนหนึ่งของเมทริกซ์ ซึ่งตอนนี้เป็นเวอร์ชันที่หก นีโอถูกกำหนดให้หยุดยั้งการล่มของระบบซึ่งเกิดขึ้นอีกครั้งเนื่องจากแนวคิดเรื่องทางเลือกของมนุษย์ในนั้น เช่นเดียวกับห้าครั้งที่ผ่านมานีโอมีตัวเลือกว่าจะกลับไปยัง The Source เพื่อรีบูตเดอะเมทริกซ์และเลือกผู้รอดชีวิตเพื่อสร้างไซออนอีกครั้งเช่นเดียวกับที่คนก่อนๆทำ หรือว่าทำให้เดอะเมทริกซ์ล่มและฆ่าทุกๆคนที่เชื่อมต่ออยู่ ซึ่งหมายถึงการสูญพันธ์ุของมนุษยชาติเมื่อไซออนถูกทำลาย นีโอรับรู้ถึงสถานการณ์ของทรินิตี้จึงเลือกที่จะช่วยทรินิตี้แทนที่จะกลับไปยัง The Source
ทรินิตี้ถูกยิงในขณะที่เธอและสายลับทอมสันตกลงมาจากตึก ก่อนที่เธอจะกระแทกพื้นนีโอก็จับตัวเธอไว้ได้ จากนั้นเขาก็เอากระสุนออกมาและบีบหัวใจช่วยชีวิตเธอ พวกเขากลับไปยังโลกจริงที่ซึ่งเซนติเนลโจมตีอยู่ เนบูคาร์เนซซาถูกทำลายแต่ลูกเรือหนีออกมาได้ทัน นีโอแสดงพลังในการหยุดพวกเครื่องจักรด้วยพลังความคิดแต่แล้วก็หมดสติหลังจากนั้น ลูกเรือถูกรับขึ้นไปยังยานอีกลำหนึ่ง เดอะแฮมเมอร์ กัปตันโรแลนด์เผยว่ายานลำอื่นถูกทำลายไปเนื่องจากมีใครบางคนไปเปิด EMP เร็วเกินไป และพวกเขาพบผู้รอดชีวิตเพียงคนเดียว นั่นคือเบนที่ถูกสมิทเข้าควบคุมร่างอยู่