ราชวงศ์ที่สิบสามแห่งอียิปต์
พระมหากษัตริย์ > ฟาโรห์พระองค์อื่น ๆ

หลังจากปล่อยให้ความเข้มงวดที่กลุ่มป้อมปราการทางตอนใต้ให้เสื่อมโทรมลง ในที่สุดอียิปต์ก็ถอนกองทหารรักษาการณ์ออกไป และหลังจากนั้นไม่นาน ป้อมปราการก็ถูกยึดครองโดยนิวเบียแห่งคุช ซึ่งได้ผงาดขึ้นมาอีกครั้ง ในทางตอนเหนือ อียิปต์ล่างก็ถูกชาวฮิกซอสซึ่งเป็นชาวเซมิติกจากอีกซีกหนึ่งของคาบสมุทรไซนายเข้ามายึดครอง กษัตริย์อิสระกลุ่มหนึ่งได้ก่อตั้งราชวงศ์ที่สิบสี่ ซึ่งสถาปนาขึ้นในบริเวณดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำไนล์ฝั่งตะวันตกในช่วงราชวงศ์ที่สิบสาม และต่อมา ตามคำกล่าวของมาเนโธ ผู้รุกรานจากตะวันออกที่เรียกว่าชาวฮิกซอสได้เข้ายึดอียิปต์ "โดยไม่ได้เข้าโจมตีแต่อย่างใดเลย" และหลังจากเอาชนะผู้ปกครองของแผ่นดินได้ พวกเขาจึงเผาเมืองของเราอย่างไร้ความปรานี ทำลายเทวสถานของเทพเจ้าเป็นผุยผง .." การปกครองของพวกเขาที่เรียกว่าราชวงศ์ที่สิบห้าได้ถูกเข้ามาแทนที่ราชวงศ์ที่สิบสามและราชวงศ์ที่สี่ในพื้นที่ส่วนใหญ่ของอียิปต์
อย่างไรก็ตาม การค้นพบทางโบราณคดีล่าสุดที่เอ็ดฟู อาจจะบ่งชี้ได้ว่าราชวงศ์ที่สิบห้าของชาวฮิกซฮส อาจจะมีอยู่แล้วอย่างน้อยในช่วงกลางราชวงศ์ที่สิบสามในรัชสมัยของฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 ในเอกสารที่ตีพิมพ์เมื่อเร็วๆ นี้ชื่อว่า อียิปต์และเลวานไทน์ นาดีน โมลเลอร์, เกรกอรี มาโรวาร์ดและ เอ็น. อาเยิร์ส ได้ถกเถียงเกี่ยวกับการค้นพบซากอาคารการปกครองที่สำคัญของสมัยราชอาณาจักรกลางในช่วงต้นราชวงศ์ที่สิบสองในพื้นที่เทลล์ เอ็ดฟู ทางตะวันออกของอียิปต์บน ซึ่งมีสภาพที่ถูกใช้งานอย่างต่อเนื่อง เข้าสู่สมัยช่วงระหว่างกลางที่สองตอนต้นจนถึงช่วงราชวงศ์ที่สิบเจ็ด ซึ่งซากปรักหักพังนั้นได้ถูกรายล้อมล้อมโดยยุ้งฉางขนาดใหญ่ ในการทำงานภาคสนามโดยนักไอยคุปต์ในปี ค.ศ. 2010 และ ค.ศ. 2011 ซึ่งภายในซากอาคารจากช่วงราชวงศ์ที่สิบสอง และในอดีตก็ถูกใช้ในราชวงศ์ที่สิบสามเช่นกัน ได้นำไปสู่การค้นพบห้องโถงขนาดใหญ่ที่อยู่ติดกัน ซึ่งค้นพบแล้วว่ามีการตราประทับ 41 ชิ้นซึ่งแสดงภาพแกะสลักของผู้ปกครองชาวฮิกซอสพระนามว่า คยาน และอีก 9 ตราประทับพระนามฟาโรห์จากราชวงศ์ที่สิบสามพระนามว่า โซเบคโฮเทปที่ 4 การหลงเหลือของตราประทับดังกล่าวแสดงให้เห็นว่า รัชสมัยฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 และฟาโรห์คยานน่าจะอยู่คาบเกี่ยวช่วงเวลาเดียวกัน และอาจจะหมายความว่าราชวงศ์ที่สิบสามไม่ได้ควบคุมอียิปต์ทั้งหมดถึงรัชสมัยของฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 ที่ทรงขึ้นครองอำนาจแล้ว และมีความทับซ้อนกันอย่างมากระหว่างราชวงศ์ที่สิบสามและสิบห้า เนื่องจากฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 ทรงเป็นเพียงผู้ปกครองในช่วงกลางราชวงศ์ที่สิบสาม ถึงแม้ว่าจะทรงเป็นฟาโรห์ที่ทรงมีพระราชอำนาจมากที่สุดพระองค์หนึ่งก็ตาม ดังนั้นคำกล่าวของมาเนโธที่ว่าราชวงศ์ที่สิบห้าของชาวฮิกซฮสได้แทนที่ราชวงศ์ที่สิบสามอย่างรุนแรงนั้นอาจจะเป็นเรื่องชวนเชื่อของชาวอียิปต์ในภายหลัง แต่อำนาจของราชวงศ์ที่สิบสามน่าจะล่มสลายลงทั่วอียิปต์ในช่วงทศวรรษสุดท้ายของราชวงศ์ และชาวฮิกซอสในบริเวณสามเหลี่ยมปากแม่น้ำก็ได้เข้ายึดครองเมืองเมมฟิสและสิ้นสุดราชอาณาจักรของราชวงศ์ที่สิบสาม อย่างไรก็ตาม การวิเคราะห์ดังกล่าวและข้อสรุปที่ได้จากการวิเคราะห์ได้ถูกปฏิเสธโดยโรเบิร์ต พอร์ตเตอร์ นักไอยคุปต์วิทยา ผู้ซึ่งโต้แย้งว่า ฟาโรห์คยานทรงขึ้นมาปกครองช้ากว่ารัชสมัยของฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 มาก (เกิดเป็นช่องว่างประมาณ 100 ปีระหว่างทั้งลำดับของฟาโรห์ทั้งสองพระองค์) และตราประทับของฟาโรห์ได้ถูกนำมาใช้อีกนานหลังจากที่พระองค์เสด็จสวรรคตเสียชีวิต ดังนั้น ตราประทับของฟาโรห์โซเบคโฮเทปที่ 4 อาจจะไม่ได้ยืนยันว่า พระองค์เป็นทรงมีพระชนม์ชีพร่วมสมัยกับฟาโรห์คยาน
ฟาโรห์เมอร์เนเฟอร์เร ไอย์ทรงเป็นผู้ปกครองอียิปต์พระองค์สุดท้ายจากราชวงศ์ที่สิบสาม ซึ่งได้รับการยืนยันจากวัตถุโบราณทั้งในอียิปต์ล่างและอียิปต์บน และหลังจากรัชสมัยของพระองค์ มีผู้สืบทอดพระราชบัลลังก์ของพระองค์นามว่า ฟาโรห์เมอร์โฮเทปเร อินิ ที่จะปรากฏหลักยืนยันเพียงแค่ในเฉพาะบริเวณอียิปต์บนเท่านั้น