แม่น้ำท่าจีน
ลำน้ำสาขา

จังหวัดสมุทรสาคร
คลองพิทยาลงกรณ์ และ คลองสรรพสามิต เป็นคลองเชื่อมกับแม่น้ำเจ้าพระยา ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันออกของแม่น้ำท่าจีนที่ตำบลบางหญ้าแพรก อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร ไหลผ่านเขตบางขุนเทียน กรุงเทพมหานคร ออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยาที่อำเภอพระสมุทรเจดีย์ จังหวัดสมุทรปราการ
คลองมหาชัย หรือ คลองสนามชัย ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันออกของแม่น้ำท่าจีนที่ตำบลมหาชัย อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร ไหลผ่านเขตบางขุนเทียน ออกสู่คลองด่าน (คลองบางหลวงน้อย) ที่เขตจอมทอง กรุงเทพมหานคร ออกคลองบางกอกใหญ่ เชื่อมแม่น้ำเจ้าพระยา
คลองสุนัขหอน หรือ คลองแม่กลอง ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันตกของแม่น้ำท่าจีนที่ตำบลท่าจีน อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร ไหลผ่านอำเภอบ้านแพ้ว ออกสู่แม่น้ำแม่กลองที่อำเภอเมืองสมุทรสงครามและอำเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม
คลองดำเนินสะดวก ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันตกของแม่น้ำท่าจีนที่อำเภอบ้านแพ้ว จังหวัดสมุทรสาคร ไหลผ่านอำเภอบ้านแพ้ว อำเภอดำเนินสะดวก จังหวัดราชบุรี ก่อนเชื่อมแม่น้ำแม่กลองที่ประตูน้ำบางนกแขวก อำเภอบางคนที จังหวัดสมุทรสงคราม
คลองบางยาง ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันตกของแม่น้ำท่าจีนที่อำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร ก่อนเชื่อมคลองดำเนินสะดวกที่อำเภอบ้านแพ้ว จังหวัดสมุทรสาคร
คลองภาษีเจริญ ปากคลองจะอยู่บริเวณฝั่งตะวันออกของแม่น้ำท่าจีนที่ตำบลดอนไก่ดี อำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร ไหลผ่านอำเภอกระทุ่มแบน เขตหนองแขม เขตบางแค เขตภาษีเจริญ ออกสู่คลองบางกอกใหญ่และคลองบางขุนศรี ที่เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพมหานคร เชื่อมแม่น้ำเจ้าพระยา
จังหวัดนครปฐม
คลองบางแก้ว เป็นคลองธรรมชาติ อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี มีสองสาขาคือ แยกซ้ายไปเชื่อมกับห้วยหลายสายจนถึงแม่น้ำแม่กลอง มีลำรางสระอ้อเป็นทางเชื่อม ต่อจากนั้นจึงเป็นคลองบางระกำ และต่อกับลำห้วยต่าง ๆ จนถึงแม่น้ำแม่กลอง ส่วนแยกขวาไปรวมกับคลองเจดีย์บูชา
คลองมหาสวัสดิ์ อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี เป็นคลองที่ขุดในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เชื่อมแม่น้ำนครชัยศรีกับคลองบางกอกน้อยที่บริเวณวัดชัยพฤกษมาลา เขตตลิ่งชัน กรุงเทพมหานคร มีความยาว 30 กิโลเมตร กว้าง 10 วา ขนานไปกับทางรถไฟสายใต้
คลองเจดีย์บูชา อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี เป็นคลองขุดในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ปากคลองอยู่เหนือตลาดท่านาเล็กน้อย ยาวประมาณ 12 กิโลเมตร จากอำเภอนครชัยศรีถึงอำเภอเมืองนครปฐม ขนานกับทางรถไฟสายใต้ คลองบางช่วงมีลำรางอยู่ก่อนแก้ว มีคลองบางแก้วมาบรรจบช่วงใกล้ถึงองค์พระปฐมเจดีย์ ออกสู่แม่น้ำแม่กลองที่อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี
คลองโยง อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี เชื่อมแม่น้ำนครชัยศรีกับคลองอ้อมนนท์และคลองบางกอกน้อยที่อำเภอบางใหญ่ จังหวัดนนทบุรี
คลองบางพระ อยู่ทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำนครชัยศรี เป็นคลองธรรมชาติ ไหลผ่านหลายตำบล เชื่อมต่อแม่น้ำแม่กลองกับแม่น้ำนครชัยศรี เดิมปากคลองบางพระจะไหลไปบรรจบแม่น้ำแม่กลองที่บริเวณอำเภอท่าเรือ จังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งเป็นเส้นทางสัญจรที่สำคัญในสมัยโบราณ แต่ปัจจุบันปากคลองถูกตัดขาด และเปิดให้รับน้ำจากคลองประปาที่ไหลมาจากเขื่อนแม่กลอง
คลองพิสมัย อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี ระหว่างตำบลบางหลวง อำเภอนครชัยศรี กับอำเภอบางเลน เป็นคลองขุดยาวประมาณ 4 กิโลเมตร พระองค์เจ้าพิสมัยทรงริเริ่มให้ขุด ใช้ประโยชน์ในทางการเกษตร
คลองทวีวัฒนา และ คลองนราภิรมย์ อยู่ฝั่งขวาของแม่น้ำนครชัยศรี ปากคลองอยู่ที่ตำบลนราภิรมย์ อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม ไหลผ่านฝั่งซ้ายอำเภอบางเลน และอำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม กับฝั่งขวาที่อำเภอไทรน้อย อำเภอบางใหญ่ และอำเภอบางกรวย จังหวัดนนทบุรี เข้าเขตกรุงเทพมหานครที่เขตทวีวัฒนา ก่อนออกสู่คลองภาษีเจริญที่เขตหนองแขม กรุงเทพมหานคร
คลองท่าสาร-บางปลา เป็นคลองธรรมชาติ อยู่ทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำนครชัยศรี บริเวณหน้าวัดบางปลา หมู่ที่ 6 ตำบลบางปลา อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม ผ่านอำเภอดอนตูม อำเภอกำแพงแสน เข้าเขตจังหวัดกาญจนบุรี ก่อนจะออกสู่แม่น้ำแม่กลองที่อ่าวท่าสาร บริเวณบ้านท่าเรือ ตำบลตะคร้ำเอน อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี คาดว่ามีมาตั้งแต่สมัยทวารวดี ชาวบ้านใช้ลำคลองเป็นเส้นทางสัญจรทางน้ำ เป็นเส้นทางการรบในอดีต และเป็นแหล่งน้ำสำหรับการดำเนินชีวิตของชาวชุมชนทั้งการอุปโภคบริโภคและการประกอบอาชีพเกษตรกรรม ทั้งนี้ เมื่อคลองทอดผ่านหมู่บ้านใดนักเรียกชื่อตามหมู่บ้านนั้น เช่น จากอ่าวท่าสารมาเป็นคลองท่าสาร เมื่อมาถึงบ้านหมอสอเรียกว่า ลำหมอสอ ถึงบ้านห้วยปลากดเรียกว่า ห้วยปลากด ถึงบ้านรางเกตุเรียกว่า รางตาบุญ บ้านบ้านยางขาคีมเรียกว่า ห้วยยาง ผ่านบ้านยางเรียกว่า คลองบ้านยาง ผ่านแหลมกระเจาเรียกว่า คลองแหลมกะเจา ผ่านลาดสะแกและบ้านเกาะแรดเรียกว่า คลองลาดสะแก
คลองบางภาษี อยู่ฝั่งขวาของแม่น้ำท่าจีน บริเวณวัดบางภาษี ตำบลคลองนกกระทุง อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม ซึ่งเดิมเป็นเขตตำบลบางภาษี อำเภอบางปลา ก่อนแบ่งออกเป็นสองตำบล และเปลี่ยนจากอำเภอบางปลาเป็นอำเภอบางเลนในปัจจุบัน ก่อนจะขนานไปกับเส้นแบ่งเขตการปกครองระหว่างฝั่งซ้าย อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม กับฝั่งขวา อำเภอไทรน้อย จังหวัดนนทบุรี และอำเภอลาดบัวหลวง จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ก่อนจะออกสู่คลองพระยาบรรลือ
คลองพระพิมล เป็นคลองชลประทาน อยู่ฝั่งขวาของแม่น้ำท่าจีน ปากคลองอยู่ที่ประตูน้ำพระพิมล ตำบลบางเลน อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม ผ่านคลองบางภาษี เข้าเขตจังหวัดนนทบุรีที่ตำบลขุนศรี อำเภอไทรน้อย แล้วออกสู่คลองบางบัวทอง
จังหวัดสุพรรณบุรี
คลองพระยาบรรลือ เป็นคลองชลประทาน อยู่ฝั่งขวาของแม่น้ำสุพรรณบุรี ปากคลองอยู่ที่ประตูระบายน้ำพระยาบรรลือ ตำบลบางตาเถร อำเภอสองพี่น้อง จังหวัดสุพรรณบุรี บางช่วงขนานไปกับฝั่งทิศเหนือ ตำบลหลักชัย อำเภอลาดบัวหลวง จังหวัดพระนครศรีอยุธยา กับฝั่งทิศใต้อำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม ซึ่งเป็นเส้นแบ่งเขตการปกครอง ก่อนจะเข้าเขตจังหวัดพระนครศรีอยุธยาโดยตรงที่ปากคลองบางภาษี ตำบลสามเมือง และออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยาที่ประตูน้ำสิงหนาท ตำบลไม้ตรา อำเภอบางไทร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา