ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น
ยุคมูโรมาจิ > การค้านัมบัง

ภายใต้ภาวะอนาธิปไตยเช่นนี้ เรือพาณิชย์ต้องเปลี่ยนเส้นทางเดินเรือและเทียบท่าใน ค.ศ. 1543 บนเกาะทาเนงาชิมะของญี่ปุ่นทางตอนใต้ของคีวชู พ่อค้าชาวโปรตุเกสสามคนที่อยู่บนเรือเป็นชาวยุโรปกลุ่มแรกที่ได้เยือนญี่ปุ่น และไม่นานพวกเขาก็นำสินค้าใหม่ ๆ เข้าสู่ญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกอย่างปืนคาบศิลา จวบจนถึง ค.ศ. 1556 "ไดเมียว" ใช้ปืนคาบศิลากว่า 300,000 กระบอกในกองทัพของพวกเขา ชาวยุโรปยังนำศาสนาคริสต์มาเผยแพร่ซึ่งต่อมามีชาวคริสต์กว่า 350,000 คนในญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1549 ผู้เผยแพร่ศาสนาคณะเยสุอิต ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เทียบเท่าบนเกาะคีวชู
หลังเกิดการแลกเปลี่ยนทางการค้าและทางวัฒนธรรมระหว่างญี่ปุ่นและตะวันตก มีการทำแผนที่ญี่ปุ่นทางตะวันตกเป็นครั้งแรก ใน ค.ศ. 1568 โดยนักทำแผนที่ชาวโปรตุเกส ฟือร์นังดู วาซ ดูราโด
ชาวโปรตุเกสสามารถค้าขายและสร้างอาณานิคมที่พวกเขาสามารถแปลงผู้ศรัทธาศาสนาใหม่เป็นคริสต์ศาสนิกชนได้ สถานะสงครามกลางเมืองในญี่ปุ่นเป็นผลดีอย่างยิ่งต่อชาวโปรตุเกส รวมถึงกลุ่มคนที่อยากโน้มน้าวเรือดำโปรตุเกสและเส้นทางการค้าของชาวโปรตุเกสไปสู่นครของตนเอง โดยแรกเริ่ม ชาวโปรตุเกสอาศัยอยู่บนผืนแผ่นดินของ มัตสึระ ทากาโนบุ, ฟิรังโด (ฮิราโดะ) และแคว้นบุงโงะของ โอโตโมะ โซริง แต่ใน ค.ศ. 1562 พวกเขาย้ายไปโยโกเซอูระที่ซึ่งไดเมียวปกครองอยู่ โอมูระ ซูมิตาดะ เสนอตนให้เป็นขุนนางคนแรกที่จะเป็นคริสต์ศาสนิกชน และได้ชื่อคริสต์ใหม่ ดอม บาร์ตูลูเมว (Dom Bartolomeu) ใน ค.ศ. 1564 เขาเผชิญกับกบฏโดยนักบวชศาสนาพุทธและโยเกเซอูระถูกทำลาย
ใน ค.ศ. 1561 กองกำลังของ โอโตโมะ โซริน โจมตีปราสาทในโมจิด้วยความช่วยเหลือของชาวโปรตุเกสที่มอบเรือสามลำที่บรรทุกลูกเรือกว่า 900 คนและปืนครกมากกว่า 50 กระบอก การโจมตีครั้งนี้ถือได้ว่าเป็นการกระหน่ำยิงครั้งแรกโดยเรือต่างชาติบนเกาะญี่ปุ่น บันทึกการต่อสู้ทางเรือระหว่างชาวยุโรปและชาวญี่ปุ่นเกิดขึ้นครั้งแรกใน ค.ศ. 1565 ในสงครามอ่าวฟูกูดะ ไดเมียว มัตสึระ ทากาโนบุ โจมตีเรือพาณิชย์ที่ท่าเรือฮิราโดะ การเผชิญหน้าครั้งนี้ส่งผลให้นักค้าชาวโปรตุเกสต้องหาท่าเรือที่ปลอดภัยสำหรับเรือซึ่งพาพวกเขาไปสู่รบในนางาซากิ
ใน ค.ศ. 1571 ดอม บาร์ตูลูเมว หรือเป็นที่รู้จักในชื่อ โอมูระ ซูมิตาดะ รับประกันผืนดินเล็ก ๆ ในหมู่บ้านประมงขนาดย่อมที่เป็นของเยซูอิทส์ผู้แบ่งหมู่บ้านออกเป็นหกส่วน พวกเขาสามารถใช่ผืนดินตรงนี้ได้เพื่อรองรับชาวคริสต์ที่ถูกขับไล่จากดินแดนอื่น ๆ รวมถึงนักค้าชาวโปรตุเกส เยสูอิทส์ได้สร้างโบสถ์เล็กและโรงเรียนภายใต้ชื่อ "เซาเปาโล" เหมือนกับในกัวและมะละกา จวบจนถึง ค.ศ. 1579 หมู่บ้านประมงมีผู้อยู่อาศัย 400 ครัวเรือนและชาวโปรตุเกสบางคนสมรสกัน โอมูระ ซูมิตาดะ (ดอม บาร์ตูลูเมว) กลัวว่านางาซากิอาจตกอยู่ในเอื้อมมือของทากาโนบุที่เป็นปฏิปักษ์ เขาจึงตัดสินใจที่จะรับประกันเมืองให้แก่ชาวเยสูอิทส์โดยตรงใน ค.ศ. 1580 หลังจากนั้นไม่กี่ปี เยสูอิทส์ตระหนักได้ว่าถ้าพวกเขาเข้าใจภาษาญี่ปุ่นจะช่วยทำให้พวกเขาสามารถแปลงผู้คนเป็นศาสนาคาทอลิกได้มากยิ่งขึ้น เยสูอิทส์อย่าง João Rodrigues เขียนพจนานุกรมญี่ปุ่น ด้วยเหตุนี้ ภาษาโปรตุเกสจึงเป็นภาษาตะวันตกภาษาแรกที่มีพจนานุกรมภาษาดังกล่าวที่ตีพิมพ์ในนางาซากิใน ค.ศ. 1603
โอดะ โนบูนางะ ใช้เทคโนโลยีและปืนยุโรปเพื่อเอาชนะไดเมียวคนอื่น ๆ การรวมอำนาจของเขาเริ่มยุคอาซูจิ–โมโมยามะ (ค.ศ. 1573–1603) หลังโนบูนางะถูกลอบสังหารใน ค.ศ. 1582 โดย อาเกจิ มิตสึฮิเดะ ผู้สืบทอดของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ รวมประเทศให้เป็นหนึ่งใน ค.ศ. 1590 และริเริ่มการบุกครองเกาหลีสองครั้งที่ล้มเหลวใน ค.ศ. 1592 และ ค.ศ. 1597 ก่อนการบุกครอง ฮิเดโยชิพยายามว่าจ้างให้เรือใบขนาดใหญ่ของโปรตุเกสสองลำเข้าร่วมการบุกครองนี้ด้วยแต่ชาวโปรตุเกสปฏิเสธ
โทกูงาวะ อิเอยาซุ สำเร็จราชการแทนลูกของฮิเดโยชิ โทโยโตมิ ฮิเดโยริ และใช้ตำแหน่งของเขาในการรับแรงสนับสนุนทางการเมืองและการทหาร เมื่อสงครามเกิดขึ้น อิเอยาซุพิชิตตระกูลที่เป็นปฏิปักษ์ต่อเขาในยุทธการที่เซกิงาฮาระใน ค.ศ. 1600 ใน ค.ศ. 1603 รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะในเอโดะประกาศใช้มาตรการต่าง ๆ รวมถึง บุเกะโชฮัตโตะ ซึ่งเป็นประมวลจรรยาบรรณที่ใช้ควบคุมไดเมียวที่ปกครองตนเอง และนโยบายแยกอยู่โดดเดี่ยว "ซาโกกุ" ("ประเทศปิด") ใน ค.ศ. 1639 ที่กินเวลากว่า 2 ศตวรรษครึ่งของความเปราะบางทางการเมืองอันเป็นหนึ่งเดียวหรือยุคเอโดะ (ค.ศ. 1603–1868) ซึ่งนโยบายนี้สิ้นสุดจากอิทธิพลของชาวโปรตุเกสหลังพำนักอยู่ในดินแดนญี่ปุ่นกว่า 100 ปี และความมุ่งหมายที่จะจำกัดการปรากฏอยู่ของอำนาจทางการเมืองต่างชาติ