ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น
ยุคศักดินา > ยุคคามากูระ (ค.ศ. 1185–1333)

บทความหลัก: ยุคคามากูระ
หลังจากการเก็บสะสมรวบรวมอำนาจของมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ เขาเลือกที่จะปกครองญี่ปุ่นร่วมกับราชสำนักเกียวโต แม้ว่าโยริโตโมะจะตั้งรัฐบาลของเขาขึ้นที่คามากูระในภูมิภาคคันโตทางตะวันออกของญี่ปุ่น อำนาจของเขาจะต้องผ่านความเห็นชอบตามกฎหมายโดยราชสำนักเกียวโตในหลายโอกาส ใน ค.ศ. 1192 จักรพรรดิประกาศให้โยริโตโมะเป็น "เซอิไทโชกุน" (征夷大将軍, seii tai-shōgun, "จอมทัพปราบอนารยชน") หรือย่อเหลือเพียง "โชกุน" รัฐบาลของโยริโตโมะถูกเรียกว่าเป็น "รัฐบาลบากูฟุ" (幕府, bafuku, "สำนักพลับพลา") ซึ่งหมายถึงกระโจมที่ทหารของเขาตั้งค่าย ญี่ปุ่นอยู่ภายใต้ระบอบการปกครองทหารเป็นส่วนใหญ่จนถึง ค.ศ. 1868
ราชสำนักให้ความชอบธรรมของการจัดตั้งรัฐบาลโชกุน แต่รัฐบาลโชกุนเป็นผู้ปกครองโดยพฤตินัยของประเทศ ราชสำนักทำหน้าที่ทางราชการและศาสนา ขณะที่รัฐบาลโชกุนให้การต้อนรับการเข้าเยี่ยมของสมาชิกชนชั้นขุนนาง สถาบันเก่าแก่ยังคงอยู่ไม่เสื่อมถอยในสภาพที่อ่อนแอโดยมีเกียวโตเป็นเมืองหลวง ระบบนี้ตรงกันข้ามกันกับ "กฎนักรบอย่างง่าย" ของยุคมูโรมาจิในยุคถัดไป
โยโรโตโมะจู่โจมโยชิสึเนะที่ตอนแรกได้รับการอุปถัมภ์โดย ฟูจิวาระ โนะ ฮิเดฮิระ หลานชายของคิโยฮาระ และผู้ปกครองดินแดนทางตอนเหนือของฮนชูโดยพฤตินัย ใน ค.ศ. 1189 หลังการเสียชีวิตของฮิเดฮาระ ผู้สืบทอดของเขา ยาซูฮิระ พยายามประจบสอพลอโยริโตโมะโดยการโจมตีบ้านพักของโยชิสึเนะ แม้ว่าโยชิสึเนะจะถูกฆ่า โยริโตโมะยังคงบุกครองดินแดนของตระกูลฟูจิวาระเหนือ ภายหลัง โยชิสึเนะกลายเป็นบุคคลตำนานที่ปรากฏในผลงานทางวรรณกรรมนับไม่ถ้วนในฐานะวีรบุรุษในอุดมคติที่เสียชีวิตอย่างเศร้าโศก
หลังการเสียชีวิตของโยริโตโมะใน ค.ศ. 1199 รัฐบาลโชกุนเริ่มอ่อนอำนาจลง โดยภรรยาของโยริโตโมะ โฮโจ มาซาโกะ เป็นผู้กุมอำนาจที่แท้จริงของรัฐบาลอย่างลับ ใน ค.ศ. 1203 บิดาของเธอ โฮโจ โทกิมาซะ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนในขณะนั้น บุตรของโยริโตโมะ มินาโมโตะ โนะ ซาเนโตโมะ ด้วยเหตุนี้ โชกุนจากตระกูลมินาโมโตะกลายเป็นหุ่นเชิดให้กับผู้สำเร็จราชการแทนจากตระกูลโฮโจที่ครองอำนาจแท้จริง
ผู้สืบทอดของโยริโตโมะได้ยกเลิกระบอบที่โยริโตโมะได้ริเริ่มนั้นเป็นการกระจายอำนาจจากศูนย์กลางและมีความเป็นศักดินาในเชิงโครงสร้าง ซึ่งแตกต่างจากระบอบรัฐริตสึเรียวก่อนหน้า โยริโตโมะเป็นผู้เลือกอำมาตย์เพื่อปกครองแคว้นภายใต้ตำแหน่งที่เรียกว่า "ชูโงะ" หรือ "จิโต" จากข้าราชบริพารใกล้ชิดของเขา (โกเกนิง) รัฐบาลโชกุนคามากูระอนุญาตให้ข้าราชบริพารมีกองทัพและบังคับใช้กฎหมายในแคว้นของตนตามอัธยาศัย
ใน ค.ศ. 1221 จักรพรรดิโกะ-โทบะที่ทรงสละราชสมบัติยุยงให้เกิดสงครามปีโจกีว การกบฏต่อรัฐบาลโชกุนเพื่อนำอำนาจทางการเมืองห้วนกลับสู่ราชสำนัก การกบฏไม่สำเร็จและนำไปสู่การขับไล่ของโกะ-โทบะไปเกาะโอกิพร้อมกับจักรพรรดิสององค์ที่เหลือ จักรพรรดิสึจิมิกาโดะ และ จักรพรรดิจุนโตกุ ที่ถูกขับไล่ไปแคว้นโทซะและเกาะซาโดะตามลำดับ รัฐบาลโชกุนยังคงเก็บสะสมอำนาจทางการเมืองมากขึ้นไปอีกเพื่อให้เทียบเท่ากับราชสำนักเกียวโต
มีการเรียกระดมพลกองทัพซามูไรทั่วประเทศใน ค.ศ. 1274 และ ค.ศ. 1281 เพื่อเผชิญหน้ากับการรุกรานเต็มรูปแบบสองครั้งนำโดย กุบไล ข่าน จากจักรวรรดิมองโกล แม้ว่าข้าศึกที่เพียบพร้อมด้วยอาวุธที่เหนือกว่าจะมีจำนวนมากกว่า ซามูไรสู้รบกับกองทัพของมองโกลจนไม่สามารถเดินหน้าต่อได้จนถูกพายุไต้ฝุ่นที่เรียก "คามิกาเซะ" ทำลายกองทัพมองโกล แม้รัฐบาลโชกุนจะได้รับชัยชนะจากการรุกราน ความเสียหายทางการเงินที่เกิดขึ้นจากการป้องกันนั้นมากเกินจนไม่สามารถมอบค่าตอบแทนให้ข้าราชบริพารสำหรับบทบาทของพวกเขาในชัยชนะครั้งนี้ นี่เป็นผลที่ตามมาอย่างถาวรด้านความสัมพันธ์ระหว่างรัฐบาลโชกุนและชนชั้นซามูไร ความไม่พึงพอใจของซามูไรเป็นข้อพิสูจน์จุดจบของรัฐบาลโชกุนคามากูระ ใน ค.ศ. 1333 จักรพรรดิโกไดโงะก่อการกบฏโดยหวังว่าจะช่วยคืนอำนาจเต็มรูปแบบคืนสู่ราชสำนัก รัฐบาลโชกุนส่งนายพล อาชิกางะ ทากาอูจิ ในการคลี่คลายสถานการณ์ แต่ทากาอูจิและผู้ติดตามของเขาตัดสินใจร่วมมือกับกำลังของจักรพรรดิโกไดโงะและโค่นล้มรัฐบาลโชกุนคามากูระ
แม้ว่าญี่ปุ่นจะเข้าสู่ยุคแห่งความเจริญรุ่งเรืองและการเติบโตอย่างก้าวกระโดดของประชากรที่เริ่มขึ้นในช่วง ค.ศ. 1250 ในพื้นที่ทุรกันดาล การใช้เครื่องมือเหล็กและปุ๋ยส่งผลให้เกิดการพัฒนาเทคนิคการชลประทานและการปลูกพืชเหลื่อมฤดูซึ่งทั้งสองนำไปสู่ความสามารถในการผลิตที่เพิ่มขึ้นและเพิ่มจำนวนหมู่บ้านในถิ่นทุรกันดาล เมืองต่าง ๆ เติบโตจากทุพภิกขภัยและโรคระบาดที่น้อยลง เช่นเดียวกันกับศาสนาพุทธซึ่งเป็นศาสนาหลักของขุนนางมูลนาย ถูกนำมาเผยแผ่ในวงกว้างโดยพระที่มีชื่อเสียงอย่างโฮเน็ง (ค.ศ. 1133–1212) ผู้ก่อตั้งนิกายสุขาวดีในญี่ปุ่น และ พระนิจิเร็ง (ค.ศ. 1222–1282) ผู้ก่อตั้งนิกายนิจิเร็ง ขณะที่มีการเผยแพร่นิกายเซนอย่างกว้างขวางในหมู่ชนชั้นซามูไร
ม้วนภาพการบุกครองของมองโกล (โมโกชูไรเอโกโตบะ)
ภาพวาดโบราณแสดงกองกำลังรบซามูไรของจักรวรรดิมองโกล
ซามูไร มิตสึอิ ซูเกนางะ (ขวา) เอาชนะ กองทหารบุกครองมองโกล (ซ้าย)
ตระกูลชิราอิชิ