สงครามพระเจ้าอลองพญา
เหตุการณ์ต่อเนื่อง > ความขัดแย้งในกรุงศรีอยุธยา

หลังจากที่พม่าได้ถอยกลับไปแล้ว กรุงศรีอยุธยาจึงเข้าสู่ความขัดแย้งทางการเมืองภายในราชสำนักอีกครั้งหนึ่ง เจ้าพระยาพระคลังได้รับพระราชทานอภัยโทษปล่อยตัวออกจากคุกในวันที่ 29 เมษายน มีพระราชโองการให้เจ้าพระยาพระคลังไปบวช เพื่อชดใช้ความผิด ต่อมาไม่นานจึงกลับเข้ารับราชการอีกครั้ง ในเดือนแปดข้างขึ้น (มิถุนายน พ.ศ. 2303) สมเด็จพระเจ้าอุทุมพร ซึ่งได้ออกจากสมณเพศมาช่วยราชการศึกทัพพม่านั้น เสด็จมาเข้าเฝ้าสมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์พระเชษฐา ทอดพระเนตรพระเจ้าเอกทัศน์ทรงวางพระแสงดาบถอดพาดพระเพลาอยู่ พระเจ้าอุทุมพรจึงเสด็จลงเรือพระที่นั่งไปวัดโพธิ์ทองคำหยาด ในวันที่ 14 กรกฎาคม เพื่อทรงออกผนวช แล้วเสด็จมาดำรงฐานะสมณเพศที่วัดประดู่อีกครั้งหนึ่ง ขุนนางข้าราชการผู้ให้การสนับสนุนแก่พระเจ้าอุทุมพร ได้ออกบวชเป็นพระสงฆ์ตามพระเจ้าอุทุมพรไปเป็นจำนวนมาก ทำให้ขุนนางฝ่ายพระเจ้าเอกทัศน์กลับขึ้นมามีอำนาจในราชสำนักอยุธยาอีกครั้ง ต่อมาสมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้กรมหมื่นพิทักษ์ภูเบศร์เป็นแม่กองซ่อมแซมพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ ที่ถูกปืนใหญ่ของพม่าเสียหาย
ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2304 ชาวมอญอพยพที่นครนายกจำนวน 600 คน เป็นกบฏขึ้น ยกออกไปตั้งที่เขานางบวช แขวงเมืองนครนายกเป็นที่มั่น พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้พระยาสีหราชเดโช ยกทัพกรุงศรีอยุธยาจำนวน 2,000 คน ออกไปปราบกบฏมอญ ฝ่ายกบฏมอญมีอาวุธเพียงแค่ท่อนไม้เป็นอาวุธ สามารถต้านทัพจากกรุงฯได้  พระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้พระยายมราช และพระยาเพชรบุรี (เรือง) นำทัพ 3,000 คนออกไปอีกครั้ง และพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัดได้ทรงจัดให้ข้าราชการของพระองค์เข้าร่วมด้วย จึงสามารถปราบกบฏมอญเขานางบวชลงได้สำเร็จ
เมื่อทัพพม่าของพระเจ้าอลองพญาถอยกลับไปแล้ว พม่าเข้ายึดครองเมืองทวายได้ แต่เมืองมะริดและตะนาวศรีนั้นกลับคืนเป็นของสยาม พระเจ้าเอกทัศน์ทรงแต่งตั้งเจ้าเมืองตะนาวศรีคนใหม่ ในพ.ศ. 2304 มีกองกำลังพม่า 3,000 คน มอญ 3,000 คน เข้าโจมตีเมืองทวาย เจ้าเมืองทวายขอกำลังช่วยเหลือจากกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้พระยาตะนาวเจ้าเมืองตะนาวศรีคนใหม่ ซึ่งมีเชื้อสายแขกมลายู นำกำลังไปช่วยเมืองทวาย แต่พระยาตะนาวเตรียมทัพไม่ทันการฝ่ายเมืองทวายสามารถขับไล่มอญพม่าออกไปได้เสียก่อน
ฝ่ายกรมหมื่นเทพพิพิธซึ่งได้ถูกเนรเทศลงเรือกำปั่นฮอลันดาไปยังนครสิงขัณฑ์เมืองแคนดีเกาะลังกา ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2302 นั้น ปีต่อมาพ.ศ. 2303 ขุนนางลังกาและพระสงฆ์สยามนิกายสมคบคิดกับฮอลันดาวางแผนลอบปลงพระชนม์พระเจ้ากิตติศิริราชสีห์แห่งลังกา และวางแผนยกกรมหมื่นเทพพิพิธขึ้นเป็นกษัตริย์ลังกาแทน แต่พระเจ้ากิตติศิริราชสีห์ล่วงรู้ถึงแผนการ จึงเนรเทศกรมหมื่นเทพพิพิธออกจากลังกา กรมหมื่นเทพพิพิธพร้อมทั้งพระวงศ์เสด็จประพาสรอนแรมในมหาสมุทรอินเดีย จนกระทั่งเสด็จกลับคืนสู่เมืองท่ามะริดของสยามในพ.ศ. 2305 พระเจ้าเอกทัศน์ทรงพระพิโรธ มีพระราชโองการให้กักตัวกรมหมื่นเทพพิพิธไว้ที่เมืองตะนาวศรีมิให้มากรุงศรีอยุธยา ในขณะเดียวกัน พ.ศ. 2306 หลังจากที่พระเจ้ามังลอกสิ้นพระชนม์ ขุนนางพม่าชื่อว่า หุยตองจา หรืออูดองส่า ได้กบฏต่อพม่าเข้ายึดอำนาจในเมืองทวาย สังหารเจ้าเมืองทวายที่พม่าได้แต่งตั้งไว้ พร้อมทั้งถวายเครื่องบรรณาการเข้ามาสวามิภักดิ์เป็นขัณฑสีมาของกรุงศรีอยุธยา ทำให้สยามมีอำนาจปกครองทวายมะริดตะนาวศรีทั้งหมดอีกครั้งหนึ่ง จนกระทั่งเมื่อมังมหานรธาเข้ายึดทวายมะริดตะนาวศรีได้ทั้งหมด ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2308
ในพ.ศ. 2305 จอร์จ ปีโกต (George Pigot) เจ้าเมืองมัทราสของอังกฤษ ส่งพ่อค้าชาวอังกฤษชื่อว่า วิลเลียม โพว์นีย์ (Willam Powney) มาเข้าเฝ้าสมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ เป็นตัวแทนอังกฤษในการมาฟื้นฟูความสัมพันธ์กับสยาม วิลเลียม โพว์นีย์ ถวายสิงโต ถวายม้าอาหรับ และนกกระจอกเทศแด่พระเจ้าเอกทัศน์ นายโพว์นีย์เจรจาขอให้กรุงศรีอยุธยาอนุญาตให้อังกฤษเข้ามาตั้งสถานีการค้าที่เมืองท่ามะริด แต่การริเริ่มความสัมพันธ์ระหว่างอังกฤษและสยามนั้น ต้องหยุดชะงักไปจากการเสียกรุงฯในพ.ศ. 2310 อีกห้าปีต่อมา