สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2
การรวมเข้ากับสาธารณรัฐประชาชนจีน

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2492 กองทัพปลดปล่อยประชาชนจีนได้ข้ามแม่น้ำแยงซีเกียงและตัดขาดการบริหารของก๊กมินตั๋งในซินเจียงใต้ สิ้นปี พ.ศ. 2492 เจ้าหน้าที่ของก๊กมินตั๋งบางส่วนลี้ภัยไปอัฟกานิสถาน อินเดีย และปากีสถาน แต่ส่วนใหญ่ยอมแพ้ต่อพรรคคอมมิวนิสต์จีน พรรคคอมมิวนิสต์จีนส่งเติ้ง ลีกุน มาเจรจากับผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่คุลยาเชิญให้เข้าเป็นส่วนหนึ่งของการประชุมเกี่ยวกับการเมืองของสาธารณรัฐประชาชนจีนในปลายปีนั้น ผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเดินทางไปสหภาพโซเวียตเมื่อ 22 สิงหาคม การเจรจาระหว่างตัวแทนสหภาพโซเวียตกับสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่อัลมา-อตาดำเนินไป 3 วัน และตกลงที่จะรวมพื้นที่ 3 ตำบลเข้ากับรัฐจีนคอมมิวนิสต์ในอนาคตราวๆ พ.ศ. 2494  พวกเขาเห็นว่านี่เป็นโอกาสดีของชาวอุยกูร์ที่จะได้เสรีภาพและเอกราชแต่กลับเสียไป ผู้แทนสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกจึงตัดสินใจที่จะเจรจากับสตาลินโดยตรงก่อนจะไปปักกิ่ง ในวันที่ 24 สิงหาคม เอห์เมตจัน กวาซิมี และคณะรวม 11 คน ขึ้นเครื่องบินที่อัลมา-อตาในคาซักสถาน ที่หมายอย่างเป็นทางการคือปักกิ่ง แต่เครื่องกลับไปยังมอสโก ในวันที่ 3 กันยายน รัฐบาลโซเวียตให้ข้อมูลแก่รัฐบาลจีนว่าเครื่องบินถูกจี้ที่ไบคาลบนเส้นทางไปปักกิ่งและคนบนเครื่องถูกฆ่าหมด ในวันเดียวกัน โมโลตอฟได้ส่งโทรเลขไปคุลยาเพื่อแจ้งไซฟุดดิน อาซีซี ผู้ที่เป็นรัฐมนตรีกระทรวงศึกษาธิการในรัฐบาลสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกและเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์สหภาพโซเวียต เกี่ยวกับการเสียชีวิตของคณะจากสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกบนเครื่องบินที่ถูกปล้นที่ไบคาลระหว่างทางไปปักกิ่ง อาซีซีได้เก็บข่าวนี้เป็นความลับจากสาธารณชนในสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก จนกระทั่งต้นเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 เมื่อร่างของผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกถูกส่งมาจากสหภาพโซเวียตในสภาพที่จดจำไม่ได้ และเมื่อกองทัพปลดปล่อยประชาชนของจีนเข้ารักษาความปลอดภัยในพื้นที่ส่วนใหญ่ของจังหวัดซินเจียง
หลังจากการสลายตัวของสหภาพโซเวียตใน พ.ศ. 2534 อดีตสมาชิกเคจีบีบางคนได้เล่าว่าผู้นำคนสำคัญของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก 5 คน ถูกฆ่าตามคำสั่งของสตาลินเมื่อ 27 สิงหาคม พ.ศ. 2492 หลังจากที่ถูกจับกุมทันทีที่ไปถึงมอสโกและถูกคุมขังอยู่สามวัน คำสั่งนี้เป็นความร่วมมือระหว่างสตาลินกับเหมา เจ๋อตุง แต่ความร่วมมือนี้ไม่ได้รับการยืนยัน ผู้นำที่เหลืออยู่ของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกรวมทั้งไซฟุดดิน อาซีซี ตกลงที่จะรวมสามตำบลในเขตของตนเข้ากับเขตปกครองตนเองซินเจียงอุยกูร์ซึ่งตั้งขึ้นแทนที่มณฑลซินเจียงใน พ.ศ. 2498 และยอมรับตำแหน่งบริหาร ผู้นำชาวคาซักบางคน เช่น ออสมาน บาตูร์ ยังคงต่อต้านจนถึง พ.ศ. 2497 ไซฟุดดิน อาซีซีเป็นประธานคนแรกของเขตปกครองตนเองที่ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 ด้วย กองทัพปลดปล่อยประชาชนเข้าถึงสนามบินอุรุมชีครั้งแรกเมื่อ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2492 ด้วยเครื่องบินของโซเวียตที่อนุเคราะห์โดยสตาลินและเข้าควบคุมซินเจียงเหนืออย่างรวดเร็ว แล้วร่วมมือกับกองทัพแห่งชาติของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเพื่อเข้าสู่ซินเจียงใต้ และเข้าควบคุมพื้นที่ 10 ตำบลของมณฑลซินเจียง ก่อนหน้านี้เมื่อ 26 กันยายน พ.ศ. 2492 ทหารของก๊กมินตั๋งราว 100,000 คนมอบตัวกับพรรคคอมมิวนิสต์จีน และอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของบูร์ฮาน ชาฮิดี ประธานมณฑลซินเจียง ซึ่งเป็นหนึ่งในไม่กี่คนที่รู้ถึงชะตากรรมที่แท้จริงของผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกในเดือนสิงหาคมที่สหภาพโซเวียต ในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2492 กองทัพแห่งชาติเข้าร่วมกับกองทัพปลดปล่อยประชาชนในฐานะกองทัพที่ 5 การสลายตัวทางการเมืองครั้งสุดท้ายของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเกิดขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 โดยจัดการปกครองในรูปของเขตปกครองตนเองที่ประกอบไปด้วย 13 เชื้อชาติในซินเจียง