การผ่าศพทางนิติเวชศาสตร์
บาดแผลที่ปรากฏ

การผ่าศพทางนิติพยาธิ เป็นการผ่าศพเพื่อเน้นไปทางด้านบาดแผลภายนอกร่างกาย แต่ไม่ได้หมายความว่านิติพยาธิแพทย์สามารถละเลยรายละเอียดเกี่ยวกับสภาพร่างกายและอวัยวะภายในได้ การผ่าศพตลอดจนการตัดชิ้นเนื้อเพื่อตรวจทางกล้องจุลทรรศน์ (อังกฤษ: Microscopic Examination) ยังคงมีความจำเป็นมากสำหรับการผ่าศพ ถึงแม้ว่าส่วนใหญ่ผู้ตายมักจะตายในขณะเกิดเหตุ บาดแผลต่าง ๆ มักไม่ทันมีการเปลี่ยนแปลงทางกล้องจุลทรรศน์ แต่ยังมีผู้ตายในกรณีอื่น ๆ เช่น ผู้ที่ตายอย่างกะทันหันและไม่คาดคิด หรือผู้ป่วยตายในระหว่างการควบคุมของเจ้าพนักงาน ซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นการตายตามธรรมชาติและการตัดชิ้นเนื้อทางกล้องจุลทรรศน์จะเป็นข้อมูลอันสำคัญในการวินิจฉัยถึงสาเหตุการตอยของผู้ป่วย
อีกกรณีหนึ่งซึ่งพบมากขึ้นในปัจจุบันคือ กรณีที่ญาติผู้ตายร้องเรียนว่า "แพทย์ผู้ทำการรักษาให้การรักษาพยาบาลไม่เหมาะสม เป็นเหตุให้ผู้ป่วยถึงแก่ความตาย" ทำให้การตายนั้นกลายเป็นคดีความ เข้าข่ายที่ต้องให้นิติเวชแพทย์เป็นผู้ตรวจสอบ ทั้ง ๆ ที่สาเหตุของการตายเป็นการตายจากโรคทางธรรมชาติ ส่วนใหญ่ผู้ตายที่ตายผิดธรรมชาติ มักตายในขณะเกิดเหตุหรือหลังเกิดเหตุในเวลาสั้น ๆ และนิติพยาธิแพทย์จะเน้นทางด้านบาดแผลเป็นสำคัญในการตรวจและผ่าศพทางนิติเวชศาสตร์ ประวัติหรือเรื่องราวต่าง ๆ จากที่เกิดเหตุจึงค่อนข้างสั้น และในหลาย ๆ กรณีสามารถตรวจสอบได้ง่ายเมื่อเห็นสถานที่เกิดเหตุ เช่นศพของหญิงสาวผูกคอตาย ตรวจสอบในสถานที่เกิดเหตุ พบผู้ตายใช้เชือกไนลอนแขวนคอตายที่ขื่อเพดานในห้องนอน โดยประตูหน้าต่างภายในห้องนอนปิดสนิท ไม่มีร่องรอยของการงัดแงะ เครื่องปรับอากาศยังคงทำงานเป็นปกติ ในห้องมีสภาพเรียบร้อย ไม่มีร่องรอยการดิ้นรนต่อสู้ และมีจดหมายลาตายเขียนด้วยลายมือผู้ตายอ้างเหตุฆ่าตัวตายอยู่บนโต๊ะ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญที่ทำให้แพทย์ผู้ทำการตรวจสอบเชื่อถือได้ว่า ผู้ตายผูกคอตายเองไปกว่า 80% แล้ว เมื่อร่วมกับการผ่าศพทางนิติเวชศาสตร์ ไม่พบมีบาดแผลใดใดปรากฏในร่างกาย นอกจากแผลของการรัดด้วยเชือกที่บริเวณลำคอ การบาดเจ็บภายในลำคอก็พบน้อยมาก สามารถสันนิษฐานเบื้องต้นได้ว่าผู้ตายผูกคอตนเอง
อาจกล่าวได้ว่า การผ่าศพทางนิติพยาธิเริ่มตั้งแต่ที่เกิดเหตุ (อังกฤษ: Forensic Autopsy Begins at Crime Scene) นอกจากนั้นการดูศพตั้งแต่ที่เกิดเหตุ ยังทำให้แพย์สามารถดำเนินการป้องกันหรือรักษาสภาพบางส่วนของศพเป็นพิเศษได้ เช่นเมื่อมีเหตุทะเลาะวิวาทจนเป็นเหตุให้ยิงกันตาย และผู้ตายมีส่วนร่วมในการยิงกันด้วย แพทย์ผู้ทำการชันสูตรควรรักษาสภาพของมือที่ใช้ยิงเป็นกรณีพิเศษ เช่นใช้ถุงพลาสติกห่อหุ้มมือข้างที่ใช้จับอาวุธปืน ไม่ให้มีการปนเปื้อน และไม่ให้มีการพิมพ์ลายพิมพ์นิ้วมือก่อนจะทำการตรวจเขม่าดินปืนเป็นต้น หรือในรายที่เกิดการข่มขืนและฆ่า แพทย์ก็ควรห่อหุ้มมือทั้ง 2 ข้างของผู้ตายในลักษณะที่จะรักษาสิ่งที่อาจจะอยู่ในมือผู้ตายเช่นเศษชิ้นเนื้อในเล็บ รอยกัดและรอยขีดข่วน ซึ่งแพทย์สามารถนำใช้เป็นวัตถุพยานในการยืนยันการกระทำความผิดได้ รวมทั้งการห่อศพด้วยความระมัดระวัง ไม่ให้สิ่งที่ติดอยู่กับศพสูญหายไป หรือปนเปื้อนสิ่งที่ไม่ได้ติดมากับศพในที่เกิดเหตุมาปนเปื้อนในภายหลัง
การที่นิติพยาธิเน้นทางด้านบาดแผล ทำให้ต้องเน้นไปถึงเสื้อผ้าเครื่องนุ่งห่มของผู้ตายด้วย เนื่องจากเสื้อผ้าที่ห่อหุ้มร่างกายจะช่วยรองรับอาวุธหรือวัตถุที่ก่อให้เกิดบาดแผลก่อน ร่องรอยของอาวุธอาจจะปรากฏบนเสื้อผ้าแทนที่จะไปปรากฏบนบาดแผลก็ได้ นอกจากนั้นบาดแผลที่ทะลุผ่านเสื้อผ้ากับบาดแผลที่ไม่ทะลุผ่านเสื้อผ้าก็มีความหมายต่างกันเช่น ถ้าเป็นการฆ่าตัวตาย บาดแผลจะเกิดที่ส่วนของร่างกายตามที่ผู้ตายได้เลือกสรรแล้ว และมักไม่ทะลุผ่านเสื้อผ้าของตนเองเช่น การกรีดข้อมือเพื่อฆ่าตัวตาย การยิงขมับด้วยอาวุธปืน เป็นต้น
ความแตกต่างอีกประการหนึ่งระหว่างพยาธิและนิติพยาธิคือ พยาธิแพทย์มักไม่ต้องเกี่ยวข้องกับการประเมินระยะเวลาในการตายของผู้ตาย เนื่องจากผู้ตายส่วนใหญ่จะตายในโรงพยาบาลและทราบเวลาตายที่แน่นอน หลังตายก็สามารถเก็บศพไว้ในตู้เย็นเพื่อเป็นการรักษาสภาพและอุณหภูมิของศพ โอกาสของพยาธิแพทย์ที่จะได้รับศพที่มีการเปลี่ยนแปลงจากการเน่าสลายตัวแทบจะไม่มี ส่วนนิติพยาธิแพทย์จะต้องพบศพที่เน่าสลายตัวทุกรูปแบบ และจำเป็นต้องพยายามประเมินระยะเวลาตายให้ได้ใกล้เคียง เพื่อประโยชน์ในการสืบสวนสอบสวนของเจ้าพนักงานต่อไป