สงครามกัมพูชา–เวียดนาม
หลังจากนั้น > ข้อตกลงสันติภาพปารีส

เมื่อ 14 มกราคม พ.ศ. 2528 ฮุนเซนขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีของสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาและเริ่มเจรจาสันติภาพกับแนวร่วมเขมรสามฝ่าย ระหว่าง 2-4 ธันวาคม พ.ศ. 2530 ฮุนเซนได้พบปะกับสีหนุในฝรั่งเศสเพื่อเจรจาเกี่ยวกับอนาคตของกัมพูชา การเจรจาเกิดขึ้นอีกครั้งระหว่าง 20 – 21 มกราคม พ.ศ. 2531 แต่การเจรจาล้มเหลว ก้าวต่อไปของการฟื้นฟูสันติภาพกัมพูชา ฝ่ายสาธารณรัฐประชาชนและแนวร่วมเขมรสามฝ่ายได้พบปะกันเป็นครั้งแรกในการประชุมจาการ์ตาอย่างไม่เป็นทางการเมื่อ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2531 ซึ่งพระนโรดม สีหนุเสนอให้มีการสงบศึก ให้สหประชาชาติเข้ามาดูแลสันติภาพ ถอนทหารเวียดนามออกไป และรวมกองกำลังทุกฝ่ายเข้าเป็นกองทัพเดียวกัน เวียดนามได้เสนอให้มีการตกลงเป็นการภายในระหว่างฝ่ายต่าง ๆ ของกัมพูชา แล้วจึงไปตกลงกับประเทศและองค์กรภายนอกที่เกี่ยวข้อง แต่ไม่สามารถตกลงกันได้
ในการประชุมจาการ์ตาครั้งที่ 2 รัฐมนตรีต่างประเทศของออสเตรเลียได้เสนอแผนสันติภาพกัมพูชา โดยให้มีการสงบศึก การเจรจาสันติภาพและการจัดตั้งรัฐบาลแห่งชาติเพื่อรักษาอธิปไตยของหัมพูชา จนกว่าจะมีการเลือกตั้ง ต่อมา ระหว่าง 29 – 30 เมษายน พ.ศ. 2532 ฮุน เซนได้จัดตั้งให้มีการประชุมสมัชชาแห่งชาติเพื่อแก้ไขรัฐธรรมนูญและเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นรัฐกัมพูชา เพื่อสะท้อนถึงอธิปไตยของประเทศ กำหนดให้ศาสนาพุทธเป็นศาสนาประจำชาติ และรับรองสิทธิส่วนบุคคลของประชากร
การเจรจาสันติภาพยังคงดำเนินต่อไป โดยการประชุมสันติภาพปารีสเกี่ยวกับกัมพูชาครั้งแรกจัดขึ้นใน พ.ศ. 2532 หลังจากการถอนทหารเวียดนาม ต่อมาในวันที่ 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2533 ได้จัดการประชุมจาการ์ตาครั้งที่สามและจัดตั้งสภาสูงสุดแห่งชาติกัมพูชา เพื่อรับรองอำนาจอธิปไตยของกัมพูชา ในระยะแรกสมาชิกสภาสูงสุดมี 12 คน สภานี้เป็นตัวแทนกัมพูชาในสหประชาชาติตั้งแต่ พ.ศ. 2534 ในเวลาเดียวกัน ฮุน เซนได้เปลี่ยนชื่อพรรคปฏิวัติประชาชนกัมพูชามาเป็นพรรคประชาชนกัมพูชา
ในวันที่ 23 ตุลาคม พ.ศ. 2534 สภาสูงสุดแห่งชาติกัมพูชา เวียดนามและอีก 15 ประเทศ ที่เข้าร่วมในการประชุมนานาชาติว่าด้วยเรื่องกัมพูชา ได้ลงนามในข้อตกลงสันติภาพกัมพูชา ซึ่งถือเป็นจุดสิ้นสุดของสงครามกลางเมืองที่ยาวนาน หลังจากนั้น ได้ตั้งอันแทคซึ่งจะเป็นที่ปรึกษาชองรัฐบาลกัมพูชาในการจัดการเลือกตั้งที่เป็นประชาธิปไตย ในวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534 พระนโรดม สีหนุได้เสด็จกลับกัมพูชาเพื่อเข้าร่วมการเลือกตั้ง และซอน เซน ตัวแทนเขมรแดงได้มาถึงในอีกไม่กี่วันต่อมา ในวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534 เขียว สัมพัน เดินทางมาถึงพนมเปญเช่นกัน แต่ในวันที่เขียว สัมพันมาถึง ได้มีผู้ที่โกรธแค้นมาประท้วงและขว้างปาสิ่งของใส่ และเขียว สัมพันได้ขอความคุ้มครองจากสถานทูตจีนและได้เดินทางออกจากกัมพูชาไป
ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2535 อันแทคได้เดินทางมาถึงกัมพูชาและเริ่มปฏิบัติหน้าที่ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2535 เขมรแดงได้ประกาศจัดตั้งพรรคสามัคคีแห่งชาติกัมพูชา และไม่เข้าร่วมการเลือกตั้ง ปฏิเสธการปลดอาวุธตามข้อตกลงปารีส และเพื่อป้องกันไม่ให้ชาวเวียดนามเข้าร่วมการเลือกตั้ง เขมรแดงได้เริ่มการสังหารหมู่ชาวเวียดนามปลายปี พ.ศ. 2535 กองทัพเขมรแดงได้บุกเข้าจังหวัดกำปงธมแต่ก็ถูกกองกำลังรักษาสันติภาพผลักดันออกไป
การเลือกตั้งในวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 พรรคฟุนซินเปกชนะการเลือกตั้ง พรรคประชาชนกัมพูชาได้อันดับสอง ฮุน เซนประกาศไม่ยอมรับผลการเลือกตั้ง สิน สองประกาศแยกจังหวัดทางตะวันออกของกัมพูชาซึ่งสนับสนุนพรรคประชาชนกัมพูชาออกไป ในที่สุด พระนโรดม รณฤทธิ์ได้ตกลงที่จะจัดตั้งรัฐบาลผสมกับพรรคประชาชนกัมพูชา ในวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2536 สภาร่างรัฐธรรมนูญได้รับรองรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ พระนโรดม รณฤทธิ์เป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 1 และฮุน เซนเป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 2 ในวันที่ 23 กันยายน พ.ศ. 2536 ได้ฟื้นฟูราชวงศ์ในกัมพูชา โดยพระนโรดม สีหนุขึ้นครองราชย์ในฐานะประมุขรัฐ ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2537 รัฐบาลกัมพูชาประกาศให้เขมรแดงเป็นกลุ่มนอกกฎหมาย และประกาศให้การสังหารหมู่ในสมัยกัมพูชาประชาธิปไตยเป็นการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ เขมรแดงได้สลายตัวไปโดยสมบูรณ์ใน พ.ศ. 2541