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행성을 통일하면 플레이어의 종족은 종족의 국가가 제국이 됨을 선포하고 우주선을 개발할 수 있게 되어 태양계로 진출할 수 있게 된다. 플레이어는 물론 우주선도 직접 설계할 수 있다. 모성을 뛰쳐나와 다른 행성으로 이주하거나 다른 행성의 종족과 싸울 수 있게 되며 식민지화할 수도 있다. 문명 단계에서 더욱 진보된 모습의 의복을 설정할 수 있게 되며 강철 날개, 나사를 몸에 박는 것 등 트랜스휴머니즘적인 디자인이 추가된다.
확장팩 《우주 대모험》이 설치되어 있으면, 우주 단계까지 진행하고 대모험 튜토리얼을 클리어 할 시 대모험 창조기 기능을 사용 가능하게 한다. 그리고 우주로 나갔을 때 함장의 이름을 설정할 수 있게 되고 이 개체가 다른 대모험을 달성하는 데 종족의 대표로서 플레이하게 된다. 다른 종족과 관계를 증진하기 위해 임무를 받으면 종종 대모험 관련 임무를 받게 되기도 한다.
플레이어는 더 이상 신이나 한 종족의 대표가 되는 것이 아니라 우주선의 함장으로서 다른 제국과 외교관계를 형성하거나, 직접 전장에 뛰어들거나, 제국을 지키는 요원이 될 수 있다. 세포 단계부터 문명 단계까지 어떤 길을 따라왔느냐에 따라 아래 중 하나의 직업이 결정된다. 카드 색상 순서는 상관하지 않으며, 아래 색상의 수에 따라 달라지기에 각 단계에서 어떤 지속효과가 우주 단계에서 가장 효과적인가를 계산하고 적절히 배합하게 된다. 또한 각 직업마다 고유 능력이 있으며, 이것이 플레이어 종족의 제국 이념(철학)이기도 하다.
| 녹색 | 파란색 | 붉은색 | 직업 | 직업 능력 |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| 3 | 0~1 | 0~1 | 무당 | 고향 행성으로 곧바로 귀환할 수 있음 |
| 0~1 | 3 | 0~1 | 무역업자 | 다른 제국과의 무역 진행상황을 빠르게 진전시킬 수 있음 |
| 0~1 | 0~1 | 3 | 전사 | 행성에서 해적을 소환하여 약탈시킬 수 있음 |
| 2 | 2 | 0 | 외교관 | 행성의 모든 우주선과 포탑을 일시 정지시킴 |
| 2 | 0 | 2 | 광신도 | 타 제국의 행성을 즉시 자신의 행성으로 점령 (패널티 있음) |
| 0 | 2 | 2 | 과학자 | 행성의 모든 구조물 파괴 (패널티 있음) |
| 2 | 1 | 1 | 생태학자 | 행성의 모든 동식물 개체를 납치 |
| 1 | 2 | 1 | 음유시인 | 전쟁 중인 다른 제국들과의 관계를 일시적으로 중립으로 변경 |
| 1 | 1 | 2 | 기사 | 자신의 우주선과 똑같은 다른 작은 우주선 하나를 소환 |
| 0 | 0 | 0 | 방랑자 | 아무 능력 없음 (종족이 우주 단계부터 시작할 경우) |
우주 단계는 스포어에서 창조 콘텐츠를 제외하고 가장 방대하고 많은 콘텐츠를 지닌 단계이다. 이로 인해 종종 "샌드박스"(sandbox) 모드로도 불리는데, 왜냐하면 플레이어는 거의 모든 것을 조종할 수 있기 때문이다. 한정된 목표만 플레이어에게 주어지던 이전 단계보다 우주 단계에서는 하고 싶은 다양한 것을 할 수 있는 자유를 준다. 실제로 우주 단계는 다른 단계에서보다 더 많은 기능을 지원하며, 식민지 건설 및 행성 기후 조작, 행성 조형, 생명체 창조 및 변경, 행성의 크리처 근처에 모노리스를 설치하여 지적 생명체로 진화시키기 등을 할 수 있으며 이러한 행위는 게임 컨텐츠의 대부분을 차지한다.
스파이스는 우주 단계에서도 유용한 자원으로 기능한다. 스파이스는 붉은색, 노란색, 녹색, 파란색, 분홍색, 보라색으로 총 6가지 색상이 있으며, 붉은색이 가장 싸고 흔하며 보라색으로 가면 갈수록 가장 희귀하고 높은 값을 가진다. 게임 시스템상으로 항성이 청색 항성에 가까울 수록 행성의 테라포밍은 더 힘들어지지만 더욱 희귀한 스파이스가 생길 확률이 증가한다. 한 행성당 한 가지의 색의 스파이스를 생성한다. 플레이어는 언제나 붉은색 스파이스를 뿜는 행성에서 시작하며, 다른 색상의 스파이스는 다른 행성에서 채굴하여 다른 제국에 팔 수 있다. 스파이스를 채굴하면 식민지 저장고에 저장되며, 플레이어의 우주선이 직접 다가가서 회수하는 시스템으로 이루어져 있다. 스파이스의 가격은 시세에 따라 달라지기도 하며, 스파이스의 색상에 따라 달라지기도 한다. 수요와 공급에 따라, 어떠한 한 제국이 특정 색상의 스파이스를 가지고 있지 않으면 해당 색상의 스파이스는 비싼 가격에 팔리게 되며, 행성에서 스스로 생성할 수 있는 스파이스의 색상을 팔게 될 시 항상 최저가로 팔게 되는 등, 경제 시스템이 구축되어 있다.
플레이어는 또한 행성을 테라포밍 할 수 있는데, 행성에는 '개발 점수'(Terrascore)가 있으며 이는 0점부터 3점까지 총 4단계가 있다. 이 점수는 'T'로 줄여져 불려지며 플레이어 모행성의 개발 점수는 언제나 3점으로 시작하고, 은하계에는 생명체가 살 수 없는 T0 행성이 대부분이다. T0 행성들은 너무 가까워 온도가 너무 높거나, 너무 차가워 온도가 너무 낮은 행성들이 대부분을 차지한다. 설령 행성이 생명체 거주가능 영역에 위치해 있더라도 T0 행성이 등장할 수 있다. 이러한 행성은 주로 대기가 너무 많이 밀집되어 있거나, 대기가 너무 적어 생명체가 살 수 없는 행성이다. 플레이어는 적절한 재정을 투입하여 테라포밍 도구를 구입할 수 있는데, 이를 통해 행성을 개발할 수 있다. 플레이어의 우주선은 T0 행성에 식민지를 건설할 수는 있지만, 돔 형태의 보호막이 생성되고 행성에 건물을 건설할 수 없으며 이동수단을 만들 수 없게 된다. 따라서 식민지로 인해 경제적인 이익을 얻을 수도 없게 된다. T1 행성부터는 건물을 건설하고 이동수단을 생성할 수 있지만, 동식물이 채워지지 않으면 여전히 개발이 진행되지 않은 것으로 간주되어 스파이스 채굴을 할 수 없게 된다. 개발 점수에 따라서 식민지의 개수 및 도시에서 건설할 수 있는 건물의 수가 달라지기 때문에, 플레이어들은 가능하면 개발 점수를 높이게 된다.
개발 단계에서, 본래 이 행성 개발 점수 기능은 10단계까지 존재했고  0점인 행성은 절대로 개발할 수 없었다. 더불어 플레이어 종족의 생태에 따라 좋은 기후와 나쁜 기후가 존재했다. 예를 들면, 물속에서 사는 종족은 바다가 많은 행성을 선호하게 될 것이고, 뜨거운 곳에서 나타난 종족은 뜨거운 행성을 선호하게 될 것이다. 하지만 그 반대인 기후를 선호하는 종족은 그러한 행성을 선호하지 않을 것이며 이에 따라 그러한 행성들의 행성 개발 점수는 낮아질 것이다. 그러므로 플레이어의 종족 특성에 따라 개발 점수가 다르게 표시되는 것으로 설계되어있었으나, 실제 발매된 게임에서는 몹시 간소화되고 삭제되었다.
플레이어는 우주 단계에서 여러 가지 소과제를 달성하여 배지를 획득할 수 있는데, 배지를 획득하면 획득할수록 플레이어의 제국은 더 발전하여 더 다양한 기능을 제공할 수 있게 된다. 그 중에는 크리처를 창조하거나 지표면에 있는 크리처를 변경하여 견본을 만들 수 있는 기능이 있기도 하다. 이러한 기능은 인터뷰에서도 소개되었다.
우주에는 다양한 보물이 있으며, 해당 보물들을 찾아서 은하계를 탐험할 수도 있다. 보물들은 종종 비싼 값에 팔리며, 화석, 보석, 스포어 세계관의 역사가 담긴 유물 등이 존재한다. 그 중 두루마리는 종족의 철학을 담아 놓은 고서와 같으며, 가장 가격의 변동이 심한 것으로 설정되어 있다. 판매할 때 상대 종족의 철학과 똑같은 두루마리일 경우 수요가 높은 것으로 판단하여 높은 값에 팔리는 것으로, 반대되는 철학일 경우 낮은 값에 팔리는 것으로 설정되어 있다. 또 이와 같은 탐사를 통해 행성을 꾸밀 수 있는 행성 조형 도구나 행성 색칠 도구를 획득할 수 있다. 우주에서는 보물뿐만 아니라, 원시 행성계 원반, 블랙홀, 쌍성계 등 특이한 천체를 발견할 수 있으며, 이에 나아가서 "동화나라 행성"이라 불리는 독특한 행성을 발견할 수도 있다. 이러한 행성은 대부분 개발 점수가 3점으로 측정되어 있으며 톱니바퀴, 큐브 등 독특한 형태의 지형을 형성하고 있다. 이와 같은 탐사 기록은 '수집품'으로 간주된다.
우주 단계를 플레이하다 보면, 플레이어 종족의 제국은 여러가지 위험에 처하게 된다. 제국의 소도시는 우주 해적이나 적대적인 다른 제국으로부터 공격받을 위험이 있으며, 한 동물 개체군의 바이러스가 퍼져 생태계의 대멸종이 예상되면 식민지의 시민들이 플레이어에게 전갈을 보내 도움을 청한다. 이와 같은 모든 위기는 플레이어의 우주선이 직접 가서 상대해야 한다.
우주 단계의 중반부터 플레이어는 은하의 중심부 근처를 지키고 있는 강력한 제국인 그록스(Grox)에 대한 존재를 알게 되고, 결국 게임의 후반에 마주하게 된다. 우주 단계의 최종 목적은 은하의 중심부에 접근해 종족의 영적 성장을 이루는 것이기에 그록스와 동맹을 맺거나 전쟁을 하여 이기는 방법 중 하나로 플레이하게 된다.
게임의 엔딩은 은하계의 중심에 다다른 플레이어 종족의 우주선이 '스티브'라는 이름을 가진 우주선을 만나게 된다. '태양계의 3번째 행성으로 오라'고 부탁한다. 스티브의 부탁을 듣게 되면 42개의 생명발생장치를 받게 된다. 이는 《은하수를 여행하는 히치하이커를 위한 안내서》의 패러디인데, 해당 작품에서 "42"는 '삶, 우주 그리고 모든 것에 대한 궁극적 질문의 해답'을 나타내는 숫자이기 때문이다. 스티브의 말대로 우주 단계에서 은하의 가장 긴 팔 부근에 태양이라는 이름을 가진 항성계를 발견할 수 있고, 그 안에 지구가 존재하는 이스터 에그가 있다. 또한 지구의 스파이스 위치는 지구에 존재하는 화산과 같다. 이것으로 스포어의 배경은 우리 은하임을 알 수 있으며, 게임에서 항상 등장하던 스파이스는 화산이라는 것을 알 수 있다. 영어가 아닌 다른 언어로 설정한 채로 엔딩을 보게 될 시 스티브는 심리시로 대화하게 된다.