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전통적인 16강 리그 방식은 바둑TV에서 차용했으며, 프리챌배와 신한은행 2006 시즌을 제외하고는 변함없이 계속되었다. EVER 스타리그 2008 이후 하부리그 폐지로 24+4강 제도를 시행하다가, 다음 시즌인 인크루트 스타리그에 16강 리거에게 어드밴티지를 주기 위해 36강 제도를 차용하였으며 2011년 스타리그부터는 24+4강 제도를 부활 시켰다.
2011년 스타리그에서는 프로는 물론 아마추어까지 참가가 가능하도록 리그 구조를 완전 개편한 적이 있었다. 이 때의 아마추어 전용 리그로 "마이 스타리그"라는 명칭으로 진행되었으며 이 대회를 통해 전국에서 12명의 선수를 선발했으나 본선 예선전에서 프로 선수들을 상대로 모두 패해 탈락하고 2012년 스타리그에서는 폐지되었다.
EVER 스타리그 2008부터 사용된 24강 듀얼 토너먼트를 통해 진출한 12명의 선수와 전 시즌의 성적에 따라 우승자가 1번 시드를 받고, 준우승자가 2번 시드, 4강 진출자는 승률에 따라서 3번 시드와 4번 시드가 결정되었다.
박카스 스타리그 2009까지는 1번 시드부터 자기가 마음에 드는 선수를 지명하며, 4번 시드를 받은 선수까지 지명하며 이후 스네이크 방식으로 지명받은 선수들이 다시 지명하면서 A, B, C, D조가 만들어졌다. 그러나 조지명식의 박진감을 위해 EVER 스타리그 2009부터는 새로 조지명식 방식이 변경되었는데 비시드자 12명이 추첨을 통해 2개 자리를 뽑아 자신이 들어갈 자리를 선택하며, 이후 시드자들이 조지명식 전에 미리 지명 선수 이름을 적어 둔 골든볼을 사용할지 말지를 고르는데, 골든볼을 사용하면 지명 선수를 불러들이는 동시에 자기 조에서 내보내고 싶은 선수를 아무나 보낼 수 있으며, 골든볼을 포기하면 골든볼에 적힌 선수와 상관 없이 다른 선수를 지명해 데려올 수 있지만 그 대신 내보낼 선수를 선택할 권한은 없고, 그 선택권은 데려올 선수가 원래 속한 조의 탑 시드자에게 있다. 그리고 1번 시드자는 아무런 조건 없이 자기 조에서 내보낼 선수와 대신 그 자리에 넣을 선수를 고를 수 있다.
박카스 스타리그 2010부터는 조 지명 방식에서 조 추첨 방식으로 변경함으로써 지난 대회 시드권자들의 권한이 사라졌다가 tving 스타리그 2012 조지명식에서는 조 지명 방식과 조 추첨 방식을 혼합함으로써 시드자들의 권한이 부활하였다. 옥션 스타리그 2012 조지명식부터는 지난 대회 우승자와 준우승자만이 시드를 얻기 때문에 시드자가 C조와 D조의 시드자를 지명하고 자신의 상대를 지명할 수 있는 권한을 가졌다.
16강 조주첨식에 따라 배정된 조에서 각 선수는 다른 선수와 각각 조별 풀리그, 조 당 총 여섯 경기를 치르고 경기 결과에 따라서 한 조의 순위가 결정되며, 상위/하위 3인의 승패가 동률인 경우에는 삼자재경기를 통해 올라갈 선수를 가리게 된다. 모든 조의 진출자가 결정되면, 승자승 원칙에 따라 순위가 결정된다.
16강 순위에 따라 심판이 배석한 상황에서 추첨하게 되고 각 조 1위 선수는 다른 조의 2위 선수와 붙게 되며, 똑같이 각 조 2위 선수는 다른 조 1위 선수와 붙게 된다. 이런 방식으로 나온 대진표에 따라 8강부터는 토너먼트로 붙게 되며 3전 2선승제(분리형)를 펼치게 된다. 1주차에는 한 경기만 펼치고, 2주차에는 결과에 따라 최대 두 경기까지 펼친다. 4강에 진출하는 4명의 선수가 결정되면 4강 5전 3선승제의 경기를 통해 결승전에 진출하며, 5전 3선승제의 결승에서 이기는 선수가 우승하게 된다. 이후 우승자와 준우승자는 각각 차기 1, 2번 시드를 받게 되고 3, 4번 시드는 3, 4위전 없이 16강부터의 승률로 계산하여 승률이 높은 쪽이 3번 시드, 낮은 쪽이 4번 시드를 받게 된다.
| 리그명 | 선수 이름 | 16강 | 8강 | 4강 | 총 전적 | 승률 |
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| EVER 2008 | 없음 |  |  |  |  |  |
| 인크루트 2008 | 도재욱 | 3승 | 2승 | 1승 3패 | 6승 3패 | 66.6% |
| BATOO 08~09 | 김택용 | 3승 | 2승 | 3패 | 5승 3패 | 62.3% |
| 박카스 2009 | 정명훈 | 3승 | 2승 | 1승 3패 | 6승 3패 | 66.6% |
| EVER 2009 | 김윤환 | 2승 1패 | 2승 | 1승 3패 | 5승 4패 | 55.6% |
| 대한항공 2010 | 박세정 | 1승 2패 (재경기 3승 1패) | 2승 | 3패 | 6승 6패(재경기 적용시) | 50% (재경기 적용시) |
| 대한항공 2010 Season 2 | 윤용태 | 3승 | 2승 | 1승 3패 | 6승 3패 | 66.6% |
| 박카스 2010 | 김윤환 | 2승 1패 | 2승 1패 | 2승 3패 | 6승 5패 | 54.5% |
| 진에어 2011 | 신동원 | 2승 1패 | 2승 1패 | 1승 3패 | 5승 5패 | 50% |
| 티빙 2012 | 김명운 | 3승 | 3승 1패 | 2승 3패 | 8승 4패 | 66.6% |
| 리그명 | 선수 이름 | 16강 | 8강 | 4강 | 총 전적 | 승률 |
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| 박카스 2008 | 김택용 | 2승 1패 (재경기 2승) | 2승 | 1승 3패 | 6승 5패(재경기 적용시) | 54.5% (재경기 적용시) |
| EVER 2008 | 손찬웅 | 2승 1패 | 2승 1패 | 1승 3패 | 6승 5패 | 54.5% |
| 인크루트 2008 | 김준영 | 2승 1패 | 2승 1패 | 1승 3패 | 5승 5패 | 50% |
| BATOO 08~09 | 조일장 | 2승 1패 (재경기 2승) | 2승 1패 | 3패 | 6승 5패(재경기 적용시) | 54.5% (재경기 적용시) |
| 박카스 2009 | 문성진 | 2승 1패 | 2승 1패 | 3패 | 4승 5패 | 44.4% |
| EVER 2009 | 이영한 | 2승 1패 | 2승 1패 | 1승 3패 | 5승 5패 | 50% |
| 대한항공 2010 | 김구현 | 2승 1패 | 2승 1패 | 3패 | 4승 5패 | 44.4% |
| 대한항공 2010 Season 2 | 송병구 | 2승 1패 | 2승 | 2승 3패 | 6승 4패 | 60% |
| 박카스 2010 | 김현우 | 2승 1패 | 2승 1패 | 3패 | 4승 5패 | 44.4% |
| 진에어 2011 | 어윤수 | 2승 1패 | 2승 1패 | 3패 | 4승 5패 | 44.4% |
| 티빙 2012 | 이영호 | 1승 2패 (재경기 2승) | 3승 1패 | 3패 | 6승 6패 | 50% |
스타크래프트 II 전환 이후에는 리그 방식이 기본적으로는 브루드 워 경기의 방식과 동일하나, 8강은 5전 3선승제, 4강과 결승은 7전 4선승제로 변경되었으며 EVER 스타리그 2007 이후 5년만의 3,4위전을 도입하고 이 또한 7전 4선승제로 진행하였으나 2013 WCS 코리아 시즌 2 옥션 올킬 스타리그에서는 3,4위전을 치루지 않았다. 그리고 시드는 결승 진출자는 기본적으로 1,2번 시드를 받았으나 3,4위의 경우 아직 브루드 워 방식과는 일치하지 않았으므로, 시드는 결승 진출자만 받았다는 점을 감안한다.