대한민국–일본 관계
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대한민국 제3공화국 § 한일 관계  문서를 참고하십시오.
1965년에 한일기본조약(또는 한일협정)이 타결되기까지, 한국과 일본은 1951년부터 14년간 총 7차례에 걸쳐 회담을 가졌다. 제3공화국 정부는 미국의 압력과 경제개발의 자금 충당이 동기가 되어, 지지부진 하던 회담을 재개하였다. 야당과 학생운동권에서는 일본의 사죄 없는 한일협상은 굴욕외교라며 시위를 벌였고, 조약 조인 이후에도 시위가 격화되자 정부는 위수령을 발하기도 하였다. 이러한 야당과 국민들의 반발이 거센 가운데 ‘한-일 양국의 국교관계에 관한 조약’이 조인되고(1965년 6월 22일), 비준서가 교환(12월 18일)됨으로써, 한일 양국의 정부는 수교를 하였다. 양국은 또한 "일본에 거주하는 대한민국 국민의 지위 및 대우에 관한 협정", "어업에 관한 협정", "재산과 청구권(請求權)에 관한 문제의 해결과 경제협력에 관한 협정", "문화재 및 문화협정에 관한 협정"을 체결하였다. 이 조약들로 한국은 일본으로부터 받은 대일 청구권 자금이 적절했는지 논란이 있어 왔다. 양국 간의 수교로 양국의 대사가 교차 임명되고, 일본의 장관급 인사가 한국을 공식 방문하였다. 미국은 협상의 진전을 위해 독도의 공동소유를 제안하기도 하였으나, 한국은 이를 일축하였다.
미국은 이승만 정권 시절부터 일본과 외교관계를 다시 재개하라는 압력을 한국에 가하였다. 제3공화국 정부는 실패를 거듭해왔던 한일협정 타결에 역점을 두고 1961년 겨울부터 일본과의 협상을 추진하였다. 1961년 10월 20일 재개된 제6차 회담은 급속히 진전되었다. 이는 미국의 압력과 경제 개발을 하는데 지원자금을 충당하는 의미도 있었다. 그러나 일본의 사죄가 없이 한일외교를 재개하려는 것에 대개 야당에서는 굴욕외교라 주장하였고, 장택상, 윤보선, 허정, 박순천, 함석헌 등 야당 지도자들은 굴욕외교 반대라는 명목으로 시위를 하였다. 1964년 6월에는 한일굴욕외교 반대 명분으로 전국 대학생의 시위가 발생했다. 1964년 6월 초, 한국 정부가 총리 김종필을 일본에 파견하자 당시 한일협정에 대해 "굴욕적 한일회담 반대투쟁" 내걸고 시위가 일어나면서 연이어 1964년 6월 3일 서울에서 대규모 시위가 일어났다. 시내 곳곳에서는 학생 시위대와 경찰, 군인 사이에서 격렬한 싸움이 벌어졌다. 이때 정부에선 비상계엄령을 발표후 대학에 휴교령이 내려지고, 언론검열, 집회금지, 영장 없이 체포 구금 등이 이루어졌다. 6·3 항쟁의 주동자로 구속되었던 인물 중에는 고려대학교의 총학생회장이자 훗날 17대 대통령이 되는 이명박 등도 있었다.
학생시위가 수그러들지 않자 박정희는 1965년 8월 25일 저녁 중앙청 제 1회의실에서 전국 방송을 통해 특별담화를 발표하였다. 담화에서 그는 학생들의 국회해산과 조약무효를 주장하는 것과 데모 만능 풍조를 비판하였고, 시위를 독려하며 데모학생을 영웅시하는 교육자 등을 비판하였으며 구 정치인을 학생데모에 의존하여 정부를 전복하려던 반동분자라고 강경한 어조로 비판하였다. 이어 1965년 8월 26일 아침, 경찰력만으로는 치안유지가 불가능하다는 서울시장 윤치영의 건의를 받아들여 서울시 일원에 위수령을 선포하여 학생시위를 진압하였다. 8월 27일 시위 사태에 대한 문책성 인사로 문교부 장관 윤천주와 서울대학교 총장 신태환을 경질하고 후임에 법무부 차관 권오병과 교수 유기천을 각각 임명했다. 한편, 이 사건으로 한일회담을 추진해오던 공화당 의장 김종필이 사임하였다.
위와 같은 각계의 반발에 불구하고 박정희는 한일 외교를 재개해 나갔다. 결국 1965년에 한일협정을 체결하였다. 대한민국과 일본 양국은 1965년 12월 18일 오전 10시반 중앙청 제1회의실에서 두 나라의 국교정상화를 최종적으로 매듭짓는 기본조약 및 협정에 의한 비준서를 교환했다. 1951년 10월 20일에 제1차 한일 회담이 열린 이래 14년 1개월 28일간에 걸친 양국 간의 교섭을 거쳐 이날 양국 대표는 비준서 교환 의식을 끝냄으로써 두 나라의 수교는 1905년 을사조약을 체결한지 60년 만에 다시 한일협정이 이루어지게 되었다.
한일협정외에도 1965년 6월에 양국은 "일본에 거주하는 대한민국 국민의 지위 및 대우에 관한 협정", "어업에 관한 협정", "재산과 청구권(請求權)에 관한 문제의 해결과 경제협력에 관한 협정", "문화재 및 문화협정에 관한 협정"을 체결하였다. 특히 기본조약 제2조에 의해 일본은 한국에 대한 과거 일본의 침략적인 모든 조약과 협정을 법적으로 무효화시켰고, 한·일간의 불행한 과거를 청산했다. 재산 및 청구권에 관한 해결 내용은 일본이 한국에 10년간 무상(無償)으로 3억 달러를 지불하는 동시에 정부간 차관으로 2억 달러를 연리(年利) 3.5%, 7년 거치(据置) 20년 상환의 조건으로 10년간에 제공하며, 1억 달러 이상의 상업차관(商業借款)을 제공키로 약속되었다. 이 합의는 양국간의 경제협력의 계기를 마련하였다. 또한 일본정부는 60만 재일교포에 대한 법적지위 및 처우 문제의 역사적 배경을 고려하여 이들과 이들 자손에게 일본 영주권을 획득할 권리를 부여했고, 이들이 일본의 국법을 위반하여 중형에 처해지지 않는 한 이들이 일본으로부터 강제퇴거 및 송환당하지 않도록 이들의 주거보장을 약속했을 뿐만 아니라, 교육·생활보호 및 국민건강에 있어 일본국민과 동등하게 대우할 것을 원칙적으로 합의했다. 이 협정으로 인해 재일교포의 생활을 안정시키고 한국정부의 법적·외교적 보호를 받게 되었다. 또 어업협정은 평화선(平和線)을 12해리의 한국의 배타적인 어업관할 수역(水域)으로 대치했으며, 한국의 인접수역에 있어 어업자원의 보존·개발, 어민의 권익보장, 양국간의 어업협력을 내용을 했다.
한일협정 과정에서도 보상금 8억 달러라는 보상금을 놓고도 적은 액수라는 비판이 있었다. 한일협정의 내용 중 대일 청구권 자금으로 불리는 식민지 지배에 대한 보상이 적절했는가에 대해 논란이 있다. 일각에선 이 협정에 대해 ‘굴욕 외교’라는 비판을 하고 있다. 여러 가지 문제로 인해 결렬되어 오랫동안 결론이 나지않던 한일 협정은 완전타결을 보았다. 그를 통해 받은 대일 청구권 자금은 후일 한국 경제를 도약시키는 밑거름이 되기도 했으나, 지금까지도 일본군 위안부 및 일제에 의해 징병 혹은 징용당한 사람들에 대한 보상은 적절치 않았다는 주장이 있다. 청구권문제와 함께 어업문제, 문화재반환문제도 한국측의 지나친 양보가 국내에서 크게 논란이 되었다. 현재 일본측에서는 한일 협정을 통해 모든 보상을 마쳤다는 공식 입장을 표명 중이다. 이에 대해 일본군 위안부 피해자들은 현재까지 주한 일본 대사관 앞에서 시위를 계속하고 있다. 한일 수교의 조건으로 이승만은 20억 달러를 요구했고, 장면은 28억 5천만 달러를 요구했다. 필리핀은 14억 달러를 받았다. 한편 북한은 계속해서 일본에게 과거사 배상금을 요구하고 있으나 아직까지도 전혀 배상을 받지 못하고 있다. 한일협정 체결 5개월 전 독도밀약이 있었고, 이 밀약은 독도가 우리땅임을 사실상 포기한 것이라는 비판이 있다.
1965년 12월 18일, 일본의 시나 에쓰사부로 외무대신이 방한하였고, 일본 정부는 북한계 한인 3명에 일본 재입국을 허가하였다. 1966년 1월 14일, 김동조 주한 초대 대사가 쇼와 천황에게 신임장을 제정하였다. 1월 17일, 재일한인의 법적지위협정이 발효되었다. 2월 6일, 일본은 10명의 북한행 민간사절단을 승인하였고, 2월 15일 한일어업공동위 준비회의가 개최되었다. 2월 25일, 한일어업공동위원회 제1차 정기회의가 개최되었다.
딘 러스크 당시 미국 국무장관은 1965년 5월 17일 미국을 방문한 박정희에게 독도 문제 해결을 위해 한국과 일본이 독도에 등대를 설치해 공동 소유하는 방안을 제의했으나 “있을 수 없는 일”이라고 일축하였고 미국의 한일간 외교장관 회담 제의에 대해서도 “일본이 우리 입장을 받아들인다면 별도 회담 없이도 문제가 해결될 것이고 받아들이지 않는다면 회담이 무의미하다”고 발언하였다. 하지만 1965년 1월 이미 독도밀약을 맺었다. 그 해 6월 22일 독도를 공동규제수역으로 규정하는 한일어업협정을 발표했다.