세르비아 크라이나 공화국
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크로아티아 내 세르브계 인구 밀집 지역은 1980년대 후반 슬로보단 밀로셰비치가 이끄는 세르비아 민족주의운동의 주요 관심 지역으로 떠올랐다. 1986년 9월 세르비아와 세르브인의 지위에 대한 세르비아 과학 예술 아카데미 각서 비망록이 세르비아 신문에 일부 유출되었다. 이 비망록에서는 코소보의 상황이 대량학살이라고 주장하고 유고슬라비아 연방에 대해 일련의 불만을 나열하고 크로아티아 정부의 세르브인 차별 문제에 대해 불평했다. "크로아티아 내 세르브인이 지금처럼 위협을 받은 시절은 크로아티아 독립국 시기정도 밖에 없다"는 주장도 내세웠다. 밀로셰비치 충성파가 반관료제적 혁명을 일으켜 보이보디나와 몬테네그로 정부가 붕괴되고 1989년에는 코소보와 보이보디나의 자치주 지위가 폐지되면서 긴장이 더욱 고조되었고 밀로셰비치는 유고슬라비아의 대통령직 8표 중 4표를 얻으며 대통령직 내 모든 결정을 막을 수 있는 힘을 가지게 되었다. 또한 1989년에는 크로아티아에서 세르비아의 압력으로 세브르계 민족주의자 집회가 여러 차례 열렸다. 1989년 7월 8일에는 크닌에서 대규모 민족주의 집회가 열렸는데 이 집회에서 유고 인민군의 크로아티아 개입을 위협하는 현수막과 체트니크의 상징물이 전시되어 크로아티아 국민들은 이에 놀랐다. 1990년 선거에서 친독립파의 승리로 크로아티아 내 소수민족인 세르브계가 밀로셰비치의 지지를 받고 있었기 때문에 상황이 더욱 긴장되었다. 당시 세르브인은 크로아티아 인구의 약 12.2%(581,663명)을 차지했다.
1990년 4월 크로아티아의 대통령으로 선출된 프라뇨 투지만이 독립 크로아티아의 건설을 향해 노골적으로 나아가자 세르브인은 프라뇨의 투지만에 대해 점점 더 반대했다. 1990년 5월 30일 요반 라슈코비치의 세르브인 민주당(SDS)은 크로아티아 의회와의 모든 관계를 단절했다. 이듬해 6월 크닌에서 세르브인 민주당이 주도하는 세르브계가 북달마티아와 리카 지방의 자치단체 연합의 설립을 선포했다. 1990년 8월에는 세르브계가 크로아티아로부터의 분리독립을 표출하기 위해 남부 전역의 도로에 통나무 바리케이드를 쌓는 통나무 혁명을 시작했다. 이 때문에 달마티아 해안 지역과 나머지 지역이 분리되어 크로아티아가 사실상 둘로 분열되었다. 1990년 12월 제헌된 크로아티아의 헌법에서는 세르브인이 "구성원"에서 이탈리아인, 헝가리인과 같은 "국가 내 소수민족"으로 격하되었다. 나중에 일부에서는 크로아티아가 여전히 유고슬라비아 사회주의 연방공화국의 법적 통치 아래 있었으므로 크로아티아 신헌법이 1974년 유고슬라비아 헌법과 모순된다고 주장해 세르브인의 독립국을 정당화했으나 이는 크로아티아 헌법보다 3개월 전에 먼저 공표된 세르비아 헌법에서도 1974년 연방 헌법에 위배되는 여러 조항이 포함되어 있다는 사실을 무시한 주장이었다.
크로아티아 내 세르브인은 1990년 7월 크로아티아 독립에 대한 반대를 조율하기 위해 세르비아 민족위원회를 수립했다. 이들은 크로아티아가 유고슬라비아에서 분리독립 할 수 있다면 세르브인도 크로아티아에서 분리독립을 할 수 있다는 입장이었다. 크닌 남부의 치과의사인 밀란 바비치가 위원회 의장으로 선출되었다. 2004년 ICTY 재판에서 바비치는 "[1990년~1992년] 당시, 특히 자신의 정치 입문 당시 크로아티아에서 세르브인에게 자행된 크로아트인의 대량학살에 대한 위협이 임박했다고 반복적으로 언급하는 세르비아의 선전에 강한 영향을 받고 오도되어 크로아트인에 대한 증오와 적대심을 부추기는 분위기가 조성되었다"고 말했다. 세르브계 크로아티아인 반군은 크닌의 경찰서장인 밀란 마르티치의 지휘 아래 여러 준군사조직 민병대를 조직했다.
1990년 8월 크라이나에서 크로아티아 내 세르브인의 "주권과 자치" 문제에 대한 주민투표가 열렸다. 이 결의안 투표는 세르브인에게만 국한되었으며 99.7%라는 압도적인 찬성으로 통과되었다. 이후 크로아티아 정부는 세르브계가 크로아티아의 법적 영토 내에서 이탈할 헌법적 근거가 없으며, 하나의 민족으로 제한할 권리도 없다고 밝히며 이 결의안은 불법이자 무효라고 선언했다.
바비치 행정부는 1990년 12월 21일 크라이나 세르브인 자치주(SAO 크라이나)의 수립을 선언했다. 1991년 3월 16일에는 크라이나에서 "SAO 크라이나가 세르비아 공화국에 합류해 세르비아, 몬테네그로 및 유고슬라비아를 보존하고자 하는 타 국가와 함께 유고슬라비아 잔류에 대해 찬성하십니까?"라는 질문의 주민투표가 열렸다. 99.8%의 찬성으로 주민투표가 통과되었고 크라이나 의회는 "SAO 크라이나의 영토는 세르비아 공화국의 통일된 국가 영토의 한 구성체"라고 선언했다. 1991년 4월 1일 크라이나는 크로아티아로부터 분리독립을 선포했다. 크로아티아 동부의 기타 세르브계 다수 거주 지역도 SAO 크라이나에 합류했으며 자그레브 정부에 대한 세금 납부를 중단하고 자체 통화 체계, 군사 연대, 우편 서비스를 시작했다.
1991년 5월 19일 크로아티아의 독립에 대한 국민투표가 열려 투표를 제외한 수많은 세르브인을 제외한 유권자들은 다른 유고슬라비아 국가와의 국가연합 대신 독립을 선택해 83%의 투표율로 93%의 압도적인 찬성으로 통과되었다. 1991년 6월 25일 슬로베니아와 크로아티아가 동시에 유고슬라비아로부터 독립을 선포했다. 유고슬라비아 인민군이 짧게 발생한 슬로베니아 전쟁에서 슬로베니아의 독립 저지에 실패한 한편, 반란을 일으킨 세르브계 크로아티아인과 크로아티아 보안군 사이에서도 바로 충돌이 발생해 양 측에서 수십 명이 사망했다. 세르브인은 세르비아와 몬테네그로 출신으로만 구성된 유고슬라비아 인민군 잔존 세력의 지원을 받아 무기를 받았다. 많은 크로아트인이 공포에 고향을 떠나거나 세르브계 반군에게 쫓겨 강제로 고향에서 쫓겨났다. 유럽 연합과 유엔은 휴전과 평화 정착을 논의했으나 실패했다.
1991년 8월경 ICTY의 주장에 따르면 세르브계 크로아티아인 지도자들이 "크로아티아 공화국 영토의 약 1/3에서 대다수의 크로아트인 및 기타 비세르브계 주민을 강제로 제거하여 새로운 세르브인이 지배하는 국가 영토로 만들러는" "공동범죄집단" 계획을 세웠다. 이후 밀란 바비치가 전범 재판에서 한 증언에 따르면 1991년 여름 (밀로셰비치의 지휘 아래 있는) 세르비아 비밀경찰이 "국가안보국과 크라이나 경찰, 세르비아 국가안보국의 지휘를 받는 부대의 병렬적 지휘구조"체계를 수립했다. 세르비아 비밀경찰이 후원한 부차크의 늑대나 흰 독수리와 같은 준군사조직도 이 지휘체계의 핵심 구성 요소였다.
1991년 8월 들어 전면전으로 확대되었다. 이후 몇 달간 크로아티아의 1/3에 해당하는 넓은 영토가 세르브계 반군이 장악했다. 크로아트인은 여러 살해 사태가 나는 가운데 도망치거나 쫓겨나면서 큰 고통으로 이어졌고 인종 청소로 이어졌다. 대부분의 전투는 1991년 8월에서 12월 사이에 일어나 약 8만명의 크로아트인이 추방되었고 이 중 일부는 사망했다. 그 외에 더 많은 사람들이 슬라보니아 동부에서 전투로 사망하거나 난민이 되었다(크로아티아-세르비아 국경을 따른 지역의 영토는 당시 SAO 크라이나의 영토가 아니었으며 이 분쟁의 주요당사자는 유고슬라비아 인민군이었다). 추방된 크로아트인 및 기타 비세르브인의 총 수는 17만명(ICTY 추정)에서 최대 25만명(휴먼 라이츠 워치 추정)으로 추산된다.
1991년 하반기 크로아티아는 군대를 조직하기 시작했고 주요 방어 세력이었던 지역경찰은 반란을 일으킨 세르브계 크로아트인을 지원하는 유고슬라비아 인민군에게 제압당했다. 세르비아 크라이나 공화국은 내륙에 있었지만 곧 크로아티아 영토 깊숙히로 진격하기 시작했다. 또한 크로아티아의 해안 마을인 자다르에 포격을 가해 인근 주민 80명을 살해하고 해안-91 작전에서 크로아티아 북부와 남부를 잇는 마슬레니차 다리를 손상시켰다. 또한 시베니크 전투에서 유고슬라비아 인민군은 시베니크까지 진격을 시도했으나 방어군이 공격을 성공적으로 격퇴했다. 도시 중앙 극장도 유고 인민군의 포격을 받았다. 부코바르 시가지는 유고 인민군의 공격으로 완벽하게 황폐화되었다. 수 개월간 유고 인민군의 공격을 막아내던 부코바르 시가지가 함락되면서 부코바르 전투가 끝났다. 부코바르 방어군과 민간인 2천명이 사망하고 800명이 실종되었으며 22,000명이 강제 추방되었다. 부상자들은 부코바르 병원에서 인근 오브차라로 이송되어 처형당했다.