홋카이도 닛폰햄 파이터스
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1988년부터 2003년까지 고라쿠엔 구장의 후계인 도쿄 돔을 홈구장으로 사용했다. 이 무렵에는 니시자키 유키히로, 시바타 야스미쓰 등이 투수 왕국을 형성했고, 관객 동원 아이디어로 '커플 시트'나 '비어 시트' 등의 티켓 판매 및 곤도 사다오의 발명품이라고 볼 수 있는 '키스를 하면 무료 입장', '가장으로 오면 무료 입장', '동일 카드 3연전에 지정일 없음(예를 들어 모월 1·2·3일로 적혀 있으면 표 한 장에 대해 언제든지 입장 가능)'과 같은 이벤트를 벌였으나 16년 간 리그 우승은 한 번도 하지 못했다.
1988년 도쿄 돔 원년. 니시자키와 마쓰우라 히로아키가 최다승을 거두었고 고노 히로후미가 방어율 1위를 차지하며 팀 방어율 1위를 기록했다. 하지만 팀 타율과 득점 부문에서 최하위를 차지하며 2년 연속 3위에 안착하긴 했으나 승률은 5할을 밑돌았다. 관객 동원 수는 사상 최대인 245만 8500명을 동원했다. 오프 시즌에는 다카시로 노부히로와 히로시마의 나베야 미치오, 다키구치 미쓰노리의 1대 2 트레이드가 성사되었고 다이요에서 와카나 요시하루를 무상 트레이드로 획득했다. 감독인 다카다가 사임하고 후임으로 곤도 사다오가 취임했다.
1989년에는 니시자키가 16승을 올리지만 작년과 반대로 투수진이 부진하며 5위에 그쳤다. 시즌 도중에 요미우리의 스미 미쓰오를 무상 트레이드로 획득했고 오프 시즌에는 다나카 유키오, 하야카와 가즈오와 주니치의 후지오 야스하루, 고마쓰자키 요시히사의 트레이드가 성립되었다.
1990년 시바타 야스미쓰가 세이부와의 경기에서 노히트 노런을 기록했고 새로운 용병 맷 윈터스 및 드래프트 1순위의 사카이 미쓰지로와 경험 있는 와카나의 배터리가 활약하며 팀은 4위에 머물렀다. 하지만 승률은 5할을 확보했다.
1991년 시라이 가즈유키가 최고 출루율, 다케다 가즈히로가 최우수 구원 투수 부문에서 타이틀을 획득했다. 그러나 타선이 부진하며 5위로 마쳤다. 시즌이 끝나고 곤도가 사임했으며 후임은 도바시 마사유키가 1973년 이후로 팀에 감독으로 복귀했다.
1992년 히로시마에서 이적한 가네이시 아키히토가 팀 내 최다인 14승을 올렸고 가타오카 아쓰시가 신인이면서 레귤러로 활약했지만 에이스인 니시자키가 부진했다. 주포의 역할을 기대했던 다나카가 개막전부터 부상을 당했고 베스트 멤버가 모이지 못한 채 2년 연속 5위로 부진했고 도바시는 성적 부진의 책임을 지며 1년 만에 사임했다. 후임으로는 오사와 게이지가 3번째로 감독에 부임했다.
1993년 투수진에서는 니시자키가 부활했고 다케다와 전년도의 계투진에서 에이스였던 시라이 야스가쓰가 선발로 전환해 활약했고 가네이시는 부상의 영향으로 릴리프로 전향했다. 타선에서는 작년에 개막전 밖에 나오지 못했던 다나카와 주로 수비 전문 요원이었다가 레귤러로 발탁된 히로세 데쓰로, 윈터스와 새로운 용병 릭 슈의 활약으로 리그 우승을 차지한 세이부에 약간 뒤쳐진 2위를 차지했다. 가네이시와 다무라 후지오가 최우수 배터리 상을 수상했다.
1994년에는 46승 5무 79패라는 성적으로 최하위를 기록했다. 3연패 이상을 14번이나 기록했고 3연승 이상은 3번 밖에 없었다. 9월 29일 홈구장에서의 최종전에서 경기 종료 후 세레모니에서 오사와 감독이 팬들을 상대로 무릎을 꿇기도 했다. 관중 수는 도쿄 돔 이전 이후 처음으로 200만 명을 넘지 못했다. 오시마가 현역을 은퇴했고 오프 시즌에 기무라 다쿠야에 현금을 더하여 히로시마의 나가도미 히로시와 트레이드했다. 퇴임한 오사와의 뒤를 이어 우에다 도시하루가 감독에 취임했다.
1995년 젊은 선수들인 이와모토 쓰토무, 이마제키 마사루, 시마자키 다케시, 다구치 마사노리, 우에다 요시노리, 이데 다쓰야 등을 적극적으로 기용하며 4위에 머물렀다. 니시자키가 세이부를 상대로 노히트 노런을 기록했고 2년차 용병인 킵 그로스가 최다승을, 다나카가 타점왕 타이틀을 획득했다. 오프 시즌에 다케다, 마쓰다 신지와 다이에의 시모야나기 쓰요시, 야스다 히데유키의 트레이드가 성립되었다. 또한 다무라가 롯데에, 시라이 가즈유키가 오릭스로 각각 현금 트레이드 되었으며 고노가 FA를 선언하며 요미우리로 이적했다.
1996년 이와모토. 이마제키. 시바쿠사 히로시의 대두와 베테랑인 니시자키, 중견수 가타오카의 부활 등 투타가 맞물려 전반기에 2위인 오릭스와 5경기 차이로 선두를 달리고 있었으나 우에다 감독이 시즌 막판에 가정의 사정으로 휴양을 선언하며 갑작스레 팀을 이탈해 결과적으로 오릭스에 역전 우승을 허용하게 되었다. 그로스가 2년 연속 최다승을 올렸고 4년차인 가네코 마코토가 신인왕을 차지했다. 2군은 홈구장을 가나가와현 가와사키시의 닛폰햄 구단 다마가와 그라운드에서 지바현 가마가야시의 가마가야 파이터스 스타디움으로 이전했다.
1997년 작년 오프 시즌에 요미우리로부터 자유 계약이 된 오치아이 히로미쓰를 야쿠르트와의 경쟁에서 획득했다. 하지만 오치아이는 부진하며 실망스러운 결과를 보였다. 지난해 합계 48승을 올린 니시자키·이마제키·시바쿠사·가네이시·시마자키가 일제히 부진하며 총 20승을 올리는 데 그쳤다. 새로운 외국인 용병 나이젤 윌슨이 홈런왕을 차지했고 우에다가 오치아이의 지도 아래 처음으로 3할을 치는 등 도약했다. 결과는 리그 4위로 끝났고 2군은 이전 첫 해에 팜 일본 선수권을 제패했다. 오프 시즌에는 오랫동안 팀의 에이스 역할을 해오던 니시자키를 세이부의 이시이 다케히로, 나라하라 히로시와 트레이드했으며 가네이시가 성적 부진으로 방출되었다.
1998년 개막전 선발 투수 후보였던 그로스가 개막 직전에 부상으로 시즌 아웃된 상황에서 이와모토가 개막전에 출전해 완봉승을 거두었고 세키네 히로유키, 가네무라 사토루, 구로키 준지가 새로운 전력으로 대두했다. 이마제키와 시바쿠사도 전년도의 부진에서 탈출했고, 윌슨, 제리 브룩, 다나카, 가타오카, 니시우라 가쓰히로가 포진해있던 타선은 '빅뱅 타선'이라고 불리었다. 세이부에서 이적해 온 나라하라도 타격과 수비에서 활약하며 레귤러를 차지했고 개막 직전에 야쿠르트에서 이적한 노구치 도시히로가 주전 포수로 활약하며 전반기에 독주했으나 후반기에 페이스가 떨어지며 세이부에 역전 우승을 내주었다. 윌슨이 2년 연속 홈런왕을 차지했고 첫 타점왕을 거머쥐었다. 가네무라가 최우수 방어율, 가타오카가 최고 출루율 부문에서 타이틀을 획득했고 오치아이가 현역에서 은퇴했다.
1999년 전년까지 주로 대타로 활약했던 오가사와라 미치히로가 포수에서 1루수로 전향해 '사상 최강의 2번타자'로 대활약했다. 이와모토가 이나오 가즈히사의 뒤를 이어 2년 연속 개막전 완봉승을 거두었으나 4월 월간 MVP를 차지한 가네무라가 부상으로 시즌을 이탈했고 윌슨도 부상으로 이탈했다. 니시우라 이외에도 이와모토나 세키네, 신인인 다테야마 요시노리 이외의 투수진의 부진으로 리그 5위에 머물렀고 우에다가 감독에서 사임했다. 후임으로는 오시마 야스노리가 감독직을 맡게 되었다.
2000년 오가사와라가 최다 안타 타이틀을 차지했고 노구치가 포수로서 최다 루타를 기록했다. 우승 경쟁에 참여하기도 했으나 에이스인 이와모토의 부진으로 다이에와 세이부에 밀려 3위를 차지했다.
2001년 오가사와라가 2년 연속 최다 안타를 기록했고 루키인 나카무라 하야토가 첫 등판에 첫 완봉을 기록한 것을 포함해 시즌 3완봉(6승)을 올렸으나 초반부터 투수진이 부진했고 야수진에서도 부상자가 속출하며 7년 만에 리그 최하위를 기록했다. 관중 수는 137만 6000명까지 추락했고 가타오카가 FA로 한신에 이적했다.
2002년 관중의 증가를 도모하기 위해 여태까지 프로 야구 구단이 없었던 홋카이도 삿포로에 홈구장을 이전하는 구상이 3월 20일의 홋카이도 신문에 게재되었다. 삿포로에 준 홈구장을 계획하고 있던 세이부가 반발했지만 세이부로부터는 다른 구단과의 공식전 시합도 삿포로 돔에서 개최할 수 있다는 조건을 붙여 수락을 받았고, 이전 후에도 전체 경기를 도쿄 돔에서 계속 주최하겠다고 밝혔다. 오가사와라가 첫 수위 타자를 차지했고 3년차인 쇼다 이쓰키가 구단에서는 가네코 이후, 투수로써는 1980년의 기다 이후 최초로 신인왕을 수상했다. 그러나 팀은 5위에 그쳐 오시마 감독이 해임되었고 후임으로 트레이 힐만이 부임했다.
2003년 도쿄 돔의 마지막 시즌. 이듬해부터 새로운 거점이 될 삿포로 돔에서의 경기는 2001년 7월 31일에 열린 첫 경기 이후 10경기에서 2무 8패 밖에 기록하지 못했으나 8월 20일의 대 긴테쓰 전에서 3대 1로 첫 승리를 기록했다. 팀은 2년 연속 5위에 머물렀으나 오가사와라가 2년 연속 수위 타자와 최다 출루율을 차지했다. 8월에 홋카이도의 유력 기업의 투자로 이전 이후 구단 운영 회사가 되는 주식회사 홋카이도 닛폰햄 파이터스(株式会社北海道日本ハムファイターズ)를 설립했다. 홈구장을 삿포로 돔으로 이전했고(사무소도 도쿄 도 미나토구 롯폰기의 롯폰기 전기 빌딩에서 삿포로 돔의 사무실로 이전) 동시에 닛폰햄 구단 주식회사가 주식회사 홋카이도 닛폰햄 파이터스에 구단 운영권을 양도하며 해산해 특별 청산의 절차를 취했다. 한편 2군은 계속 가마가야 시의 파이터스 스타디움을 거점으로 하는 것으로 했고 이전 거점인 간토 지역의 팬들을 위해 연간 몇 경기를 계속 도쿄 돔에서 주최하는 것으로 결정했다. 2군의 홈구장 유지의 관계 상 가마가야 시에 '수도권 사업 그룹'을 설치하기도 했다. 또한 닛폰햄 구단 주식회사는 2005년 2월 1일 자로 특별 청산 종결의 결정이 확정되어 다음 날 첨부로 등기부가 폐쇄(법인격 소멸)되었다. 오프 시즌에 신조 쓰요시(등록명 SHINJO)을 획득했다.