천안함 피격 사건
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제3의 부표 논란: 한주호 준위가 함수도 함미도 아닌 제3의 부표에서 수색 작업을 벌이다 사망했다는 주장이 제기되었다. KBS 단독 보도에 따르면 제3의 부표는 함수에서 북서쪽으로 1.8 km 떨어진 용트림 바위 앞 지점에 빨간색 부표가 설치된 곳으로, 작업 당시 대원들의 증언, UDT 동지회 추모회가 열렸을 때의 추도사("부표가 있는 곳에서 추도사를 읽겠습니다"라는 발언) 등을 증거로 제시했다. 이 제3부표에서 함께 수색 작접을 한 UDT 동지회 대원들은 자신들이 발견한 대형 구조물이 천안함 함수인 줄 알고 작업했다고 진술했으나 실제 함수는 다른 곳에 있었음이 밝혀져서 해당 구조물이 무엇인지 대해서도 논란이 일어났다. 이에 대해 국방부가 강하게 항의하자 KBS는 해군의 반박 의견을 보도했다. 국방부는 대원의 증언은 착오나 거짓이며 추모회는 장소를 착각하고 열었던 거라고 반박했다. UDT 동지회는 보도에 대한 항의나 반박을 하지 않았다. 제3부표는 함수가 처음 발견된 곳이며 조류로 인해 함수가 현재 위치로 이동했다는 반론도 제기되었다. 또한 한주호 준위의 영결식장에 월터 샤프 한미연합사령관이 방문하여 유가족에게 직접 흰색 봉투를 전달한 것도 논란이 되며 한미연합훈련 관련설, 미군 개입설 등이 제기되었다. 박영선 민주당 의원은 봉투를 금일봉이라 주장했으나 국방부는 위로의 편지가 담겨 있었다고 반박했다.
공무원들에 대한 교육: 6월 23일 정부는 "전국 공무원들을 대상으로 4대강 사업과 천안함 사건에 대한 대대적인 교육을 실시하라"는 내용의 공문을 지자체와 각 부처에 발송해 비난을 받았다.
네티즌 반응: 천안한 사건에 대해서 인터넷 상에 다양한 주장들이 제기되었다. 경찰은 천안함 사건과 관련된 허위사실을 주장한 네티즌을 불구속 입건했다.
초등학교 동영상 상영 요청: 2010년 9월, 서울 성동경찰서의 지시로 경찰 내부 교육자료로 쓸 목적으로 만든 천안함 침몰 홍보 동영상을 일선 초등학교들이 반대에도 불구하고 2개 초등학교에서 상영하였다. 해당 동영상을 제작한 인터넷신문 '코나스'는 동영상 내용이 공식발표와 공개된 사실로만 제작되어 안보교육자료로 문제가 없다고 주장했다.
천안함 보고서 만화 논란: 국방부가 9월 13일 발간한 최종 보고서에 기재된 만화의 내용중 "확실한 증거 없이는 기사 함부로 쓰지마라. 잘못했다간 한 방에 가는 수가 있다"라는 내용이 있어 기자들에게 보내는 경고 메시지가 아니냐는 비판을 받았다.
조현오의 발언 논란: 2010년 8월 대통령 이명박이 내정한 조현오 경찰청장이 천안함 유족들이 '동물'처럼 울부짖었다는 발언으로 파문이 일었다. 조현오는 후에 유족들을 찾아가서 사과하였으나, 일부 유족들은 "찾아오지도 않고 유족들을 경찰청으로 불러들인 것은 진정성이 없다"며 사과를 받아들이지 않았다.
KBS 추적60분 편집, 징계 논란: 2010년 11월 17일 방송된 KBS 추적 60분에서 어뢰 추진체 안에서 발견된 가리비에 대한 문제 제기와 국방부가 가리비를 제거한 것에 대한 이의가 제기된 내용, 그리고 천안함에 탑재돼있던 무기가 어떤 상황인지 알기 위해 취재를 요청하자 국방부가 이를 공개하겠다고 해놓고도 이후 이를 의도적으로 폭발처리한 정황을 잡은 내용 등을 방송할 예정이었으나 상부에 의해 삭제 지시가 들어왔고, 제작진이 이를 수용하지 않자 추적 60분 방송 취소를 하기 위한 이중 편성에 들어갔다. 결국 제작진은 이를 수용하였고 해당 내용은 삭제 후 방영되었다. 이후 추적60분 제작진은 중징계에 해당되는 경고를 내렸다. 징계에 대한 근거로 방송심의에 관한 규정 9조(공정성), 14조(객관성) 조항을 들었다. 그러나 그 조항이 매우 모호하며 포괄적이라 입맛에 맞게 해석할 수 있다는 지적이 제기되었다. 이에 대해 전국언론노조 KBS본부는 비판적 언론 보도에 재갈을 물리려는 시도라며 일제히 반발했다. 이후 방송통신위원회는 뇌격에 의해 천안함이 침몰했다는 결론 자체가 오류로 해석될 여지가 있으며 방송심의규정의 ‘공정성’과 ‘객관성’ 등의 조항을 위반했다는 이유로 PD수첩 제작진에 대한 경고 징계를 결정했다. 이에 대해 PD들은 반발했다. 천안함편을 제작한 강윤기 PD는 "우리가 검증한 것은 여러 측면에서 종합한 것인데 무조건 틀리다는 식으로 주장하는 반면, 정부 발표는 전혀 문제점을 지적하지 않았다"고 지적했다. 같이 취재했던 심인보 기자도 "정부의견과 발표에 반하면 제재대상이 될 수 있다는 것으로 언론에 탐사보도를 하지 말라는 것과 같은 얘기이며, 단순히 정부의 발표와 다른 결론을 얘기하는 인상을 줬다는 것만으로 일방적인 판단을 내린 것에 불과하다"고 반발했다
북한 검열단 파견 관련: 천안함 사건이 자신들과 관련 없다고 주장하는 북한은 자신들의 검열단을 파견해 조사를 해야한다고 주장했다. 북한 국방위는 "검열단 앞에 함선침몰이 우리와 연계되어 있다는 물증을 내놓아야 하며, 물증에는 단 한점의 사소한 의혹도 없어야 함을 미리 상기시킨다"고 주장했다. 북한의 김영춘 인민무력부장은 "남측의 말대로 조사 결과가 객관적이고 과학적이라면 우리 겸열단을 받아들이지 못할 이유가 없다"고 주장했다. 이에 대해 대한민국은 "천안함 사태가 북한의 소행으로 밝혀졌다"며 "이에 대한 시인과 사과, 책임자 처벌, 재발 방지 대책 등 책임 있는 조치부터 취하라"고 비판했다.
시의원 아내 발언 논란: 아프리카TV에서 망치부인이라는 이름으로 방송하는 모 서울시의원 부인의 발언이 구설수에 올랐다. 그는 "미국이 북한에 '(한국의) 훈련 때 반발하지 않고 이명박 대통령 체면을 세워주면 이득을 챙길 수 있게 해주겠다'는 거래가 있었다"라고 주장했으며 이어 "미국은 (한국이) 약식으로 훈련을 하고 마치 대대적 승리를 한 것처럼 뻥튀기를 하기로 북한과 약속한 것"이라고 주장했다. 또한 "이명박 정부가 천안함 폭침이 북한의 소행이란 것을 인정받기 위해 한·미 FTA를 (미국에) 다 줘가며 추진하고, G20 개최로 (국민의) 눈을 가린다"라며 천안함 사건과 미국, 북한과의 거래 가능성을 제기했다.
해경의 좌초 보고: 2011년 8월 22일 해경 501함정 부함장이었던 유종철 해경 경위는 천안함 문제 제기로 기소된 신상철 서프라이즈 대표에 대한 서울중앙지법 형사36부 첫 공판에서 이같이 말했다. 유 경위는 해경의 천안함 사고보고서에 최초상황이 ‘좌초’로 기재된 것을 알고 있냐는 질문에 “알고 있다”고 답했다. 그는 또 ‘좌초됐으니 가서 구조하라고 한 것이냐’는 질문에도 “그렇다”고 답했다. 그는 이어 “전문으로 (좌초라는 전달이) 왔다”며 “구조하러 가는 중에 ‘좌초’라고 연락을 받았다”고 말해 ‘좌초’라고 적시된 전문이 존재함을 최초로 공개했다. 그는 또 ‘좌초’의 의미에 대해 단순히 배의 침몰 상태 또는 모든 침몰 사고일 경우가 아니라 “암초에 걸린 해난사고일 때 좌초라는 말을 쓴다”고 밝혔다.
북한의 천안함 공격 사전통보 가능성: 박선영 (1956년) 자유선진당 의원은 2011년 2월 11일 뉴시스와의 전화통화에서 "중국 대북 정보 계통의 고위층 인사로부터 북한이 천안함 사고를 일으키기 하루 전에 중국에 알려줬다는 말을 들었다. 더 구체적으로 말하자면 북한은 중국에 천안함을 명시하지는 않고 '한국을 상대로 손을 좀 볼 것이다. 작은 작전을 하나 하겠다'고 말했고 그 다음날 천안함 사건이 터졌다더라"고 주장했다.
늑장 대응 논란: 이명박 대통령은 국가안전보장회의를 사고발생 11시간 후인 다음날 8시에 소집하여 늑장 대응 논란이 일었다. 제2연평해전에서 김대중 대통령이 약 5시간만에 열었던 것과 비교해도 너무 늦은 소집이라는 의견이 있었고 한편으로는 즉시 소집했어야 했다는 비판이 있었다.