신세기 에반게리온
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2015년, 어머니 이카리 유이의 사망 이후 홀아버지에게 버림받고 '선생님'과 함께 살던 14세 소년 이카리 신지가 네르프의 총사령관인 아버지 겐도의 부름으로 제3신동경시로 불려온다. 신지는 에반게리온 초호기를 조종하는 '서드 칠드런'(Third Children)으로 인류를 위협하는 사도와 맞서 싸우라고 강요받는다. 아버지와의 서먹하고 소원한 관계 때문에 신지는 상사인 카츠라기 미사토와 함께 살게 된다.
신지는 새로운 환경에 적응하는 데 어려움을 겪는다. 같은 학교에 다니는 프로토타입 에반게리온 영호기의 파일럿인 아야나미 레이는 다른 사람들과 전혀 접촉하지 않는 폐쇄적인 생활을 하고 있지만, 자기보다도 친아버지인 겐도와 가깝게 지내는 모습을 보고 일종의 질투심까지 느낀다. 제일중학교의 다른 학생들도 신지의 사회화에 도움이 안 되는 것은 마찬가지다. 파일럿으로서 자신을 의심하고 있을 때, 신지의 첫 출동 때 여동생 스즈하라 사쿠라가 중상을 입은 일로 스즈하라 토우지가 신지를 때리는 일이 일어나자 신지는 가출해 네르프와 제3신동경시를 떠나려 한다. 그러나 떠나기 직전, 토우지와 아이다 켄스케, 미사토를 다시 만난 신지는 에바 파일럿으로서 자신의 역할의 중요성을 확신하고 남게 된다. 이 과정에서 토우지와 켄스케가 신지와 친해진 건 물론이다.
독일에서 에반게리온 이호기 파일럿 ‘세컨드 칠드런’(Second Children) 소류 아스카 랑그레이가 도착하고, 역시 미사토와 함께 살게 된다. 아스카의 넘치는 자의식과 급한 성격은 미사토·신지 그리고 신지의 새 친구들인 토우지·켄스케와 마찰을 빚는다. 하지만 세 칠드런 아스카, 레이, 신지는 전투에서는 서로간의 불협화음에도 불구하고 팀을 이루어 사도의 내습을 성공적으로 방어해낸다. 특히 장래 "축복받은 부부"가 되는 아스카와 신지는 제7사도 이스라펠전에서의 합동 훈련과 제8사도 산달폰전에서 신지가 아스카를 구해준 이후 차츰 마음을 열어간다.
미사토의 전 애인인 카지 료지도 아스카와 함께 일본으로 오는데, 카지는 네르프로 들어와 겐도에게 태아 상태로 환원된 제1사도 아담의 샘플을 넘긴다. 카지는 공식적으로는 네르프 감사부 소속의 요원이지만 동시에 일본 정부와 제레를 위해 간첩 행위를 하는 삼중 스파이이다. 카지는 에반게리온 파일럿 적격자를 찾아내는 것으로 알려졌던 ‘마르두크 기관’(Marduk→마르둑)이 유령 회사라는 것을 알아낸다. 사실 신지를 비롯한 에바 칠드런들 뿐 아니라 신지가 재학 중인 제일중학의 반 친구들도 잠정적 에바 파일럿이었던 것이다. 또한 카지는 세컨드 임팩트의 원인이 된 첫 번째 사도 아담이 네르프 지하에 존재한다는 것을 미사토에게 알려준다.
제12사도 레리엘의 공격 도중, 신지는 디랙의 바다에 빠져 사도의 내부에 수 시간동안 갇히게 된다. 이 안에서 신지는 에바 초호기에 영혼이 들어 있는 어머니의 환상을 본다. 그리고 초호기는 저절로 기동해 레리엘을 내부에서부터 찢어내고 탈출한다.
네르프 미국 지부의 에바 4호기 실험이 실패, 미국 지부가 폭발로 소멸하고 미국은 에바 3호기를 일본에 떠넘긴다. 그러나 첫 기동 시험에서 3호기는 제13사도 발디엘에게 납치되어 사도화한다. 신지는 3호기를 파괴하라는 명령을 받지만 그 파일럿을 위험에 처하게 하고 싶지 않다며 거부한다. 그러자 겐도는 ‘더미 플러그’(dummy-plug)를 사용하여 초호기를 강제로 폭주시켜 원격 조종하고 3호기를 잔인하게 찢어발긴 뒤 엔트리 플러그까지 부숴 버린다. 3호기의 파일럿은 신지의 절친 토우지였고, 토우지는 신지 덕분에 발디엘의 지배에서 자유롭게 되지만, 그 대가로 왼쪽 다리를 잃어야 했다.
이 경험을 겪은 뒤, 신지는 제3신동경시와 네르프를 떠나 다시는 에바를 조종하지 않겠다고 마음먹는다. 그러나 제14사도 제루엘이 도시에 습격하고, 레이와 아스카가 무력화되자 카지와 문답을 나누던 신지는 다시 마음을 고쳐 먹는다. 신지와 초호기는 사도에게 압도당하여 위기에 빠지지만, 다시 폭주한 초호기가 사도를 제압하고 무참하게 뜯어 먹는다. 이때 에바 싱크로율이 400%로 지나치게 높아진 신지는 초호기 내부 LCL로 녹아들어 버린다. LCL 속에서 다시 한번 내면과 마주한 신지는 30일 뒤 육체가 재구성되어 돌아온다.
사도전에서 패배하고 신지가 파일럿으로서의 전과 면에서 자신을 앞지르자 아스카는 신지를 부러워하기는커녕 자존심에 심한 고통을 받는다. 제15사도 아라엘이 습격하자 아스카는 이를 자신의 존재가치를 증명할 최후의 기회로 생각하였지만, 사도의 정신공격을 받은 아스카는 자기 내면의 흠결과 트라우마를 마주하게 된다. 이 충격으로 아스카는 더 이상 에바 이호기를 조종할 수 없게 된다. 위성궤도에 존재하는 아라엘을 재래 무기로 격퇴할 방법이 없자, 레이의 에바 영호기가 네르프 본부 지하의 아담에게 꽂혀 있던 롱기누스의 창을 뽑아 투척하여 격퇴한다. 이 때문에 제레의 계획에 있어 엄청난 중요성을 지닌 롱기누스의 창은 달 궤도를 떠돌게 된다.
한편, 제레는 계획의 수행에 있어 겐도의 의도를 의심하고, 압박을 위해 네르프 부사령관이자 겐도의 협력자인 후유츠키 코조를 납치한다. 후유츠키는 붙잡힌 상태로 과거 게히른 시절과 유이, 겐도와의 첫 만남, 리츠코의 어머니인 아카기 나오코의 자살을 회상한다. 지금까지 네르프-제레-일본 정부 사이에서 3중 스파이 노릇을 하던 카지는 네르프가 자신이 찾는 진실에 가장 가깝다고 판단하여 후유츠키를 구출하고, 곧이어 어느 알 수 없는 곳에서 제레에게 총살당한다. 카지의 죽음을 알게 된 미사토는 오열한다.
제16사도 알미사엘이 내습하고, 에바를 침식하는 사도를 어찌할 방법이 없어 레이는 영호기와 함께 자폭한다. 그런데 자폭하여 죽었을 레이가 바로 얼마 뒤 다시 나타나 영문 모를 소리를 하고, 아카기 리츠코는 미사토와 신지에게 레이가 신지의 어머니 유이의 복제인간이라는 사실을 밝힌다. 영혼과 의식이 이식되어 있지 않은 수많은 레이 복제인간들은 더미 플러그용으로 사용되며, 진짜 레이의 예비 신체로 사용되어 온 것이다. 어머니 나오코와 불륜 관계였던 이카리 겐도와 자신 역시 불륜 관계였던 리츠코는 겐도에게 배신감을 느끼고, 미사토와 신지가 보는 앞에서 모든 복제인간을 파괴한다.
제16사도전에서 역시 아무것도 하지 못한 아스카는 신지와 말다툼 도중 신지가 무심코 밝힌 카지의 죽음을 알게 되고 충격을 받아 손목을 그어 자살을 기도한다. 아스카는 죽기 직전 네르프 직원에게 격리되어 303 병실에 수용된다. 영혼까지 잃어버려 폐인이 된 아스카를 대신하기 위해 제레는 피프스 칠드런 나기사 카오루를 파견한다. 신지는 늘 친절하게 대해주는 카오루와 곧 친해져 친구가 된다. 그런데 카오루는 다름 아닌 제17사도 타브리스였고, 카오루는 제1사도 아담과 융합하기 위해 에바 이호기를 조종하여 아담이 존재하는 네르프 본부 최하층 터미널 도그마로 내려간다. 그러나 카오루는 그 거인이 엉뚱하게도 아담이 아니라 릴리스라는 것을 알게 되고, 뒤를 따라온 신지의 초호기에 순순히 붙잡혀준다. 신지는 카오루가 자신보다 훨씬 더 훌륭한 사람이기 때문에 카오루가 살아남아야 한다고 생각하여 주저하지만, 결국 초호기의 손으로 카오루를 짓이겨 죽이고 만다. 자기 손으로 친구를 죽였다는 충격에 신지는 정신붕괴 상태에 빠진다.