이명박 정부
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‘과거사에 얽매이지 말고 미래로 나아가자’를 모토로 일본과의 우호적인 관계를 추구하였다. 하지만 오히려 일본 교과서의 독도 자국 영토 명기사건이 발생하면서 한일관계의 긴장이 고조되고, 미국지명위원회(BGN)에서 독도를 주권미지정지역 ‘리앙쿠르 섬’으로 명시한 상황이 밝혀졌다.
이후 대한민국 정부의 외교 총력 대응으로 일주일 만에 미국 부시 행정부에서는 한국령으로 독도의 지위를 원래대로 바꾸었다. 전문가들은 “국제사회에서 한국 편을 서거나 일본 편을 서게 하는 식의 단순한 대응은 곤란하다”면서 “역사적 맥락을 강조하며 일본의 야욕을 무력화하는 설득력있는 외교노력이 어느 때보다도 중요하다”고 평가했다.
한편 일본 방위성이 발행하는 2008년판 방위백서에 독도 영유권과 관련된 일본측 표기 문제로 한일 관계가 다시 냉각되었다. 대한민국 국방부는 9월 5일, 일본 정부가 각료회의를 열고 독도가 자국 영토라는 주장을 담은 2008년 방위백서를 의결한 것과 관련해 “한일관계 미래지향적 발전 가로막는 행위”라며 한국 주재 일본 국방무관을 불러 항의했다. 이처럼 일본 방위성은 방위백서를 2008년까지 4년 연속 “독도는 일본땅”으로 명시하면서 태도를 바꾸지 않고 있어 한일 관계의 잠재적 마찰 가능성이 우려되기도 했다.
이명박 대통령은 3번째 한일 정상회담을 열어서 한일관계의 ‘셔틀외교’를 복원하자는 의견에 합의하여 아소 다로(麻生太郞) 일본 총리는 2009년 1월 11일에서 1월 12일까지 이틀간 취임 후 처음으로 한국을 방문하였다. 당시에 아소 총리가 방한하게 되면 한일 정상간 셔틀외교가 다시 복원되는 의미를 갖고있다는 평가가 있었다. 이 회담에서 아소 다로 일본 총리는 “한일 경제연대협정이 필요”하다고 역설했다. 그러나 독도 문제와 역사 문제 등 민감한 문제는 논의되지 않아 ‘절반의 성과’에 그쳤다는 지적이 있었다.
한편, 2008년 7월 9일 일본 홋카이도 도야코 G8 정상회담 기간 중 한일 정상이 만났을 때 후쿠다 야스오(福田康夫) 총리가 중학교 사회과목을 가르치는 새 학습지도 요령해설서에 “독도 영유권을 명기할 수밖에 없다”고 전했을 때 “지금은 곤란하다, 기다려달라”라고 말한 것으로 요미우리 신문은 보도했다. 청와대는 이 사실을 부인했으며, 결국 2009년 8월에 민주당 및 일부 시민들이 이를 보도한 요미우리 신문에 대해 사실 여부 확인을 위한 손해배상과 정정보도 청구소송을 냈다.
일본의 새로운 하토야마 유키오(鳩山由紀夫) 일본 민주당 내각의 등장으로 외교 관계는 새로운 국면을 맞게 되었다. ‘한중·한일 연쇄 정상회담’에서 아시아 외교를 중시하는 하토야마 일본 총리는 “민주당 새 정권은 역사를 직시할 용기를 가지고 있다”라면서 양국의 과거사 문제에 대한 전향적인 자세를 나타냈다. 북핵문제 해결을 위한 한일간 공조에도 합의했다. 특히 한미간 합의된 ‘그랜드 바겐’ 처리 방식에 대한 지지, 재일 한국인의 참정권 문제의 해결을 위한 노력 등을 통한 한일 관개 개선 의지 등은 이전 자민당 정권과 다른 방식의 접근이라 귀추가 주목되기도 했다.
2009년 12월 14일, 일본 민주당의 오자와 이치로(小澤一郞) 간사장은 방한한 자리에서 “일본과 일본 국민으로서 사죄하지 않으면 안 될 역사적 사실이 있다”면서 한국에 대한 과거사 문제에 사과했다. 하지만 12월 25일에 일본 문부과학성이 일본의 독도 영유권을 고수한 고등학교 지리·역사 과목의 새 교과서 학습지도요령 해설서를 발표하자 정부는 ‘유감’을 표시하는 등의 일이 발생했다. 하지만 가와바타 다쓰오(川端達夫) 문부과학대신이 “다케시마(竹島)는 우리의 고유 영토로, 정당하게 인식시키는 것에 어떤 변화가 있는 것은 아니다”라고 밝히자 이에 대해 유명환 외교통상부 장관이 주한일본대사를 불러 항의하는 등 갈등이 발생했다.
정부는 2009년 5월부터 외교부, 문화재청 등 관계부처가 긴밀하게 협력하며 일본 궁내청 소장 한국도서 반환 문제를 검토해, 일본 궁내청에 보관되어 있는 조선왕조의궤 등 150종 1,205책의 도서를 반환하기로 합의했다.
2011년 8월 일본 자민당 의원 3명 등이 독도의 영유권을 주장하며 대한민국 독도를 방문하고자 입국을 시도했다. 이명박 대통령은 지진피해를 입은 일본을 성의를 다해 돕는 등 우호적인 한일관계의 발전을 위해 노력해왔음에도 불구하고 일본 정치권이 독도 영유권 주장을 내세우며 도발적인 행위를 하려는 데 분노하며 공항에서 돌려보내라고 지시했다. 이들은 사전 입국 불허 방침에 따라 출입국 심사대 앞에서 돌려 보냈졌다. 일본정부는 합법적으로 입국하는 국회의원에 이런 식으로 대응하는 것은 받아들이기 힘들다”고 밝혔다. 김포공항 안팎에는 독도지킴이범국민연합운동본부, 해병대전우회 등 30여개 단체 회원 700여명이 ‘일본 독도만행 범국민규탄대회’를 열어 일본의 독도 영유권 주장을 비판했다.
2012년 5월 7일 언론에 이명박 정부가 일본과 군사비밀보호협정(GSOMIA) 및 상호군수지원협정(ACSA) 체결을 준비중이라는 사실이 보도되었다. 미국이 한미일 삼각동맹 강화를 위해 한일간 정보교류 강화를 주문해온 배경이 있었던 것으로 알려졌다. 4월 23일 정보보호협정안에 대한 가서명이 이뤄졌으며, 6월 26일 국무회의를 통과하였다. 6월 29일 도쿄에서 신각수 주일대사와 겐바 고이치로(玄葉光一郞) 일본 외교장관은 군사비밀보호협정에 서명할 예정이었으나, 여·야의 반발에 따라 당일 긴급하게 유예 결정을 내렸다. 야당을 비롯한 협정 반대측은 영토분쟁을 겪고 있는 국가와의 정보교류협정은 적절치 않다고 주장하였으나, 정부는 이에 대해 군사정보 전반이 아닌 우리가 일본에 주기로 결정한 정보, 주로 북한 핵·미사일 정보에 한정될 것이라고 해명하였다. 또한, 우리가 미국 정찰위성 정보를 받고 있고, 휴민트에서 우위를 점하고 있음에도 불구하고 일본이 이지스함이나 조기경보기, 특수 신호정보 수집기 등을 통해 수집한 정보, 또 조총련 네트워크를 통해 수집한 대북정보 등은 우리에게 필요한 부분이 적지 않다고 설명하였다.
그러나 반대하는 여론이 우세했으며, 야당도 정보보호협정을 한국을 식민지배한 국가에 군사정보를 넘겨주는 것이라며 강력한 비판 공세를 이어갔다. 그러나 전문가 사이에서는 협정에 대한 평가가 엇갈렸는데, 반대하는 경우에는 야당과 마찬가지로 실익이 없고 일본의 군사대국화를 촉진한다는 입장이었고, 찬성하는 경우에는 절차적인 문제는 인정하나 일본 정보능력의 혜택을 받을 수 있고, 일본의 군사대국화에 대한 우려는 과장되고 비현실적이며, 지나친 반일감정에 입각한 접근은 우려스럽다는 입장이었다. 이 사태의 결과로 7월 초 김태효 청와대 대외전략기획관이 사임하고 조세영 외교부 동북아 국장이 교체되었다. 특히 김태효 대외전략기획관의 사임으로 인한 외교 공백이 지적되었다. 정부는 이후 협정을 재추진할 의사를 밝혔으나 이명박 대통령 임기 내에는 실현되지 못하였다.
이명박 대통령은 2012년 8월 10일 대한민국 국가 원수 최초로 독도를 방문하였다. 공식적인 방문 목적은 환경보전 차원의 지방순시라고 발표하였으나, 이 대통령은 이후 일본과의 외교적 관계를 염두에 둔 것임을 밝혔다. 일본 정부는 강하게 반발해 신각수 주일 한국 대사를 초치하였으며, 무토 마사토시(武藤正敏) 주한 일본 대사를 일시 귀국조치했다. 일본 언론 또한 이 사건을 집중적으로 보도하며 일본 내 거센 비판 여론을 반영했다. 반면 한국 여론은 대통령의 독도 방문에 높은 지지를 보냈다.  독도 방문의 배경으로는 당시 양국 간에 과거사 문제로 갈등이 고조되는 상황과 임기 말 레임덕이 제시되었다. 대일 외교 전문가들은 이 대통령의 독도 방문에 대해 대내적 지지율 유지를 위해 대일 외교 카드를 너무 일찍 소비한 것이며, 일본과의 불필요한 관계 악화를 초래했다고 비판하였다. 그러나 외교계 일부에서는 영토를 방문하지 못할 이유가 없고, 공세적인 태도를 보인 것이라며 긍정적인 평가가 나오기도 했다.
이명박 대통령은 독도 방문에 뒤이어 일본 천황이 한국을 방문하고자 한다면 진심으로 사과해야 한다는 취지의 발언을 하였다. 일본 노다 요시히코 총리는 이를 “이해하기 어려운 발언이고, 유감스럽다”라고 비판했으며, 일본 각료 역시 이명박 대통령의 발언을 강하게 비판하였다. 일본 언론 역시 이명박 대통령의 발언을 비판하였으며, 광복절을 전후한 이 대통령의 도발로 인해 한일 관계가 급랭했다고 분석하였다.