신칸센 변형로보 신카리온
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속삼가가 속 스기 하야토가 훗카이도에 가족 여행 때문에 짐 준비를 하고 있다.하야토는 자기 방의 옷장에서 아버지 호쿠토가 어린 시절에 " 초진화 속도""장거리 해저 터널"등을 그린 노트를 발견하는데, 그 중 1페이지가 찢겨져서 있는 것을 신기하게 생각한다. 홋카이도로 향하는 도중 세이칸 터널을 통과할 때 노트의 얘기, 아버지도 철도를 좋아하는 소년이었음을 하야토는 확신한다. 라야 마 고원 스키장을 찾은 하야토는 라이브 이벤트에서 부르는 미쿠와 재회한다. 속삼 가족과 담소하는 미쿠는 이전 출현했지만 이내 자취를 감춘 "고질라 같은 모습의 괴물체"가 스키장 근처에 다시 오는 것을 확인한다. 하야토와 호쿠토는 "눈의 고지라"으로 명명된 괴물체에 대응하기 위해 홋카이도 지부에 급행하다 신 카리온에서 출격하는데, 그 강대한 힘에 압도되고 하야토가 고질라가 쏜 빔 상태의 빛의 입자의 직격탄을 맞아 각은 하야토를 구할 수 있도록 손을 뻗어 빛의 입자로 진입한다. 한편 그 무렵, 오미야 지부에서는 신카리온을 떠나서 고향에 돌아온 아키타·츠라누키, 시노부가 모아졌고 세이류를 포함한 4명으로 모의 실험 장치 검사를 받지만 누구도 신형 신 카리온에는 적합하지 않았다.
정신을 잃었다 하야토는 홋카이도 지부의 의무실에서 깨어나지만 옆 침대에는 낯선 소년이 잠들어 있었다. 후타바와 히비키로부터 상황 설명을 받은 하야토는 그 낯선 소년이 현장 근처에서 발견된 것, 회수된 923 닥터 옐로우가 무인도 있다는 것을 알게. 하야토는 오미야 지부에서 급행한 4명과 가래 나무, 미루우 지와 대면하지만 마음대로 시뮬레이터를 사용한 사례의 소년이 적합자임이 발각한다. 신형 신카리온은 누구인가를 묻는 아키타들에게 홍수는 코끼리와의 전쟁 3개월 후에 우주의 거대 인공물이 지구에 가고 있음이 발각된 것에서 개발 중이던 "ALFA-X"의 개발을 서두르고 있던 것과, 지금부터 몇달 전에 홋카이도 신칸센 연신을 위한 터널 굴착 공사 중 발견된 지하 공간에서 완성된 ALFA-X가 발견되고, 동시에 초진화 연구소 오미야 지부의 ALFA-X개발 데이터에 실행 데이터가 추가 기재한 것을 밝히고 만일에 대비해서 ALFA-X의 운전사를 찾을 필요가 있었다고 설명했다. "ALFA-X"에 적합한 소년의 신원을 찾으려는 하야토는 그 어조가 여동생인 하루카에 닮았다는 사실을 알고 아버지·각 도의 어린 모습임을 깨닫는 난감하다. 중학 수험을 앞두면서"철도 좋아합니다"임에 망설였다 소년 호쿠토는 그 사실을 토로, 그 미혹을 하야토에 긍정된 일로 마음을 허용한다. 갖고 있던 노트에 "철도 노선의 꿈"을 그리고 1쪽을 찢어 하야토에게 건넸다. 그래도 속내는 망설이던 하야토이었지만 어머니 사쿠라에서 " 믿고 기다려"이라고 격려했다.
홍수의 설명했다"우주의 거대 인공물"의 정체는 메트로폴리탄 바른 엽란.우주로 흩어진 키트라르자스의 일파 '발할란'의 본거지로, 리더 나하네가 이끄는 시공간을 조종하는 '빛의 입자'를 가진 종족으로, 빛의 열차에서 변형되는 빛의 기계신 '발돌'을 가지고 있었다.오다와라역 부근에 빛의 열차가 출현해 N700A·800·트리니티가 출격하지만, 「빛의 입자」의 힘으로 과거의 시대·장소에 전송 되어 버려 연락 불능 상태가 된다.이어서 이와테현내에 블랙 신카리온 오거가 출현, E5·E6·E3·H5·블랙 신카리온 쿠레나이와 류지가 탑승하는 923 닥터 옐로우가 출격하지만, 이쪽도 「빛의 입자」의 힘으로 다른 시대·장소로 전송되어 버린다.
하야토가 소년 호쿠토를 찾자 ALFA-X의 앞에 있었다. 소년 호쿠토는 세이칸 터널의 존재에 의해 자신이 과거로부터 온 것, 자신이 하야토의 아버지인 것을 파악하고 있었다. 그리고 하야토와 가족들을 슬프게 하지 않기 위해서라도 자신은 원래의 세계로 돌아가길 원하고 이를 위해 ALFA-X를 타야겠다고 결심한다. E5 MkII와 ALFA-X는 빛의 열차와 발하랑이 다가오는 도쿄역으로 급행하지만 다시 빛의 입자의 힘으로 다른 시대와 장소로 전송된다.하지만 이는 나하네나 뒤에서 조종하던 소쿄쿠에게도 계산 밖이자 나하네의 측근 오하네프에 의해 즉각 소환되지만 하야토 자신은 다른 차원의 일을 떠올리지 못했다. 발할랑 속에서 하야토는 나하네와 대치하고 있고, 나하네는 지구에 소망을 이룰 힘이 있다는 메시지를 받았다며 인류로부터 지구를 빼앗을 것을 선언한다.직후 ALFA-X는 조종되어 E5 MkII에 대해서 공격을 개시, 소년 호쿠토는 스스로의 노트를 찢어버리는 것으로 「신카리온 그 자체」의 존재를 지우고 하야트를 구하려고 하지만 하야토에게 설득되어 단념한다.여전한 E5 MkII의 궁지는 달려온 겐브의 E5에 의해 구원된다.
한편으로 쌍격의 앞에는 거대 괴물체화한 토라메가 가로막는다. 무슨 생각이냐고 묻는 뱟코에게 소우격은 신카리온과의 최종 결전 후 우주로 흩어진 키트라르자스에 대해 지구를 떠나야 했던 문제는 해소됐다는 메시지를 보냈고, 그에 가장 먼저 답한 사람이 바로 발하랑이었음을 답한다. 발할랑은 발돌의 완성을 위해 미래의 기술을 원하고 있고, 이에 대해 소격은 개발중인 ALFA-X의 존재를 제공하고, 발할랑은 원하는 기술이 "미래 완성될 ALFA-X"에 탑재되어 있다고 답했지만 충분한 양의 "빛의 입자"는 남아있지 않으며, 우연히 그 무렵 땅속에 묻혀있던 방대한 "빛의 입자"를 인류가 계속 파낸 후 "발랑 X-X"를 인류가 다시 한번 파내려가고 있다.
나하네는 발도르를 불러들여 ALFA-X를 수중에 넣고, 빛의 열차로 변형해 도쿄역으로 향한다. 대응할 수 있는 신카리온이 없는 도쿄역에서는 중앙 요격 시스템을 전개, 빛의 열차는 중앙 요격 시스템 안으로 유도된다. 한편 하야토들은 발하랑 속에 남아 있었으나 검은 입자의 영향으로 망각했던 다른 차원의 사건들을 떠올리며 사라진 다른 신카리온들도 다른 차원에 있는 것이 아닌가 추측했다. 발하랑 상공의 빛 집합체를 파괴하면 신카리온 전기가 귀환하면 일제히 중앙 요격 시스템을 목표로 한다. 재차 변형한 발들에 대해 전기(電機)가 필살기를 사용하지만 통용되지 않았다.
그 찰나, 블랙 신카리온 오우거 도쿄역에 내습. 타고 있던 것은 소쿄쿠로부터 기체를 탈취한 뱟코이며, 도착 즉시 블랙 신카리온 쿠레나이과 오버크로스 합체하여 그 공격으로 ALFA-X의 해방에 성공한다. ALFA-X가 해방되자마자 E5 MkII와 오버크로스 합체하며 일기가성으로 돌아섰지만 빛의 입자에 의해 지켜진 발들은 견고했다. 하야토는 반대로 빛의 입자를 이용해 발도르를 쓰러뜨릴 생각을 하고, 스자크에서 전송된 검은 입자를 이용해 빛의 입자를 증폭시키고, 끝내는 알티메트그랑크로스로 발도르를 격파한다.
싸움이 끝나자 소년 호쿠토는 자취을 감추고 있었다. 어른 호쿠토와의 재회를 기뻐하는 하야스기 일가. 하야토의 옆에는 소년 호쿠토로부터 건네받은 노트의 한 페이지가 남아 있었다.