뉴욕 타임스
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nytimes.com 이 설립된 이후 The New York Times는 편집장 Joseph Lelyveld의 지휘하에 Drudge Report 에서 클린턴-르윈스키 스캔들을 보도하는 기사 게시를 거부하면서 저널리즘적 주저함을 유지했다 . nytimes.com 편집자들은 경비원 Richard Jewell을 센테니얼 올림픽 공원 폭탄 테러 의 용의자로 잘못 지명 하고 웨일즈 공주 다이애나의 죽음을 인쇄판보다 더 자세히 다루는 것을 포함하여 여러 차례 인쇄 편집자들과 충돌했다. New York Times Electronic Media Company는 닷컴 충돌로 인해 부정적인 영향을 받았다. The Times는 9.11 공격을 광범위하게 다루었다. 다음날 인쇄본에는 66개의 기사가 실렸는데, 300명이 넘는 파견 기자들의 작품이었다. 저널리스트 주디스 밀러(Judith Miller)는 2001년 탄저병 공격 당시 백색 가루가 들어 있는 패키지를 받았고 , 이로 인해 The New York Times 의 불안감이 더욱 커졌다. 2002년 9월 밀러와 군사 특파원 마이클 R. 고든은 타임즈에 이라크가 알루미늄 튜브를 구입했다고 주장하는 기사를 썼다. 이 기사는 조지 W. 부시 당시 대통령이 인용 해 이라크가 대량살상무기를 만들고 있다고 주장했다. 핵물질을 생산하기 위해 알루미늄 튜브를 이론적으로 사용하는 것은 논쟁의 대상이었다. 2003년 3월, 미국은 이라크를 침공하여 이라크 전쟁을 시작했다.
New York Times는 저널리스트 Jayson Blair의 기사 36개가 표절된 것으로 밝혀져 논란을 불러일으켰다. 스캔들 이후 당시 편집장 하웰 레인즈(Howell Raines) 와 편집장 제럴드 M. 보이드(Gerald M. Boyd) 에 대한 비판이 쏟아져 나왔고, 부편집장은 레인즈가 DC 에 쓴 기사에서 블레어 총리의 출처에 대해 질문하지 않았다고 비난한 시청에서 최고조에 달했다. 2003년 6월 Raines와 Boyd는 사임했다. Arthur Ochs Sulzberger Jr.는 Bill Keller를 편집장으로 임명했다. 밀러는 이라크 전쟁에 대해 국가의 대량 살상 무기 프로그램을 다루는 언론 매체로 계속 보도했다. 켈러와 당시 워싱턴 지국장이었던 질 아브람슨(Jill Abramson)은 비판을 가라앉히려고 시도했지만 실패했다. 보수 언론은 알카카 무기시설에서 폭발물이 사라졌다는 내용을 보도한 타임스를 비난했다. 2005년 12월 국가안보국(National Security Agency)의 영장없는 감시를 공개한 기사는 조지 W. 부시 행정부의 추가비판과 상원의 애국법 갱신 거부에 기여했다. Plame 사건에서 중앙 정보국(CIA) 조사에 따르면 Miller는 당시 부통령 Dick Cheney의 비서실장 Scooter Libby를 통해 Valerie Plame 의 신원을 알게 되었고 그 결과 Miller가 사임하게 되었다.
대불황 기간 동안 New York Times는 서브 프라임 모기지 사태 와 기밀 광고 감소로 인해 심각한 재정적 어려움을 겪었다.  Rupert Murdoch 의 Dow Jones & Company 인수를 통한 The Wall Street Journal 의 활성화로 인해 The New York Times Company는 뉴스 룸 예산을 줄이기 위한 조치를 제정하기 시작했다. 회사는 멕시코 억만장자 카를로스 슬림으로부터 2억 5천만 달러 (2023년 3억 5378만6707.88달러에 해당)를 빌려야 했고 2010년 까지 100명이 넘는 직원을 해고했다. 뉴욕 주지사 엘리엇 스피처(Eliot Spitzer)는 저널리즘 매체로서 웹사이트의 정당성을 더욱 강화했다. The Times 의 경기 침체 로 인해 온라인 유료화에 대한 논의가 다시 시작되었다. New York Times는 2011년 3월에 페이월을 구현했다. Abramson은 Keller의 뒤를 이어 [76] Times 의 보도 에 대한 기업 및 정부 불법 행위에 대한 특유의 조사를 계속했다. 새로 임명된 CEO 마크 톰슨(Mark Thompson )의 야망과 충돌한 후, Abramson은 Dean Baquet을 그녀의 후임자로 지명한 Sulzberger Jr.에 의해 해고되었다.
2016년 대선을 앞두고 뉴욕타임스는 힐러리 클린턴 이메일 논란과 우라늄 원(Uranium One) 논란을 격상시켰다. 국가 안보 특파원 마이클 S. 슈미트는 2015년 3월 힐러리 클린턴이 국무장관으로서 개인 이메일 서버를 사용했다는 기사를 처음 썼다. 도널드 트럼프의 당황한 승리는 타임스 구독 증가에 기여했다. 뉴욕타임스는 보수정치행동회의에서 타임스와 같은 출판물을 '국민의 적'이라고 언급 하고 신문과 CNN 에 대한 경멸을 트위터에 올린 트럼프로부터 전례 없는 분노를 느꼈다. 2017년 10월, The New York Times는 언론인 Jodi Kantor 와 Megan Twohey가 수십 명의 여성이 영화 제작자이자 The Weinstein Company 공동 회장인 Harvey Weinstein을 성추행으로 고발했다고 주장하는 기사를 게재했다. 조사 결과 웨인스타인은 사임하고 유죄 판결을 받았고,  웨인스타인 효과를 촉발했으며,  미투 운동 의 촉매제로 작용했다. New York Times Company는 공개 편집자 자리를 비우고 11월에 복사 데스크를 없앴다. Sulzberger Jr.는 2017년 12월 사임을 발표하고 그의 아들인 AG Sulzberger를 출판사로 임명했다.
외교적 관계와 부정적 관계 모두 트럼프의 관계는 설즈버거의 임기를 특징으로 한다. 2018년 9월, 뉴욕 타임스는 자칭 트럼프 행정부 관리가 나중에 국토안보부 참모총장인 마일스 테일러 로 밝혀진 익명의 에세이인 " 나는 트럼프 행정부 내부의 저항세력의 일부입니다 "를 게재했다. 2019년 5월까지 트럼프가 타임스를 비난한 사례가 거의 300건으로 확대된 적개심은 트럼프가 연방 기관에 2019년 10월 뉴욕 타임즈 와 워싱턴 포스트 구독을 취소하라고 알리면서 최고조에 달했다. 트럼프의 세금 신고서는 세 차례에 걸쳐 별도의 조사 대상이 되었다.  코로나19 팬데믹 기간 동안 타임즈는 데이터 서비스와 그래프를 구현하기 시작했다. 2020년 5월 23일, The New York Times 의 첫 페이지에는 미국 내 코로나19로 사망한 10만 명 중 일부인 10만 명에 가까운 미국 사망자, 계산할 수 없는 손실만 소개되었다. 타임즈 의 첫 페이지는 소개된 이후로 이미지가 부족했다. 2020년부터 New York Times는 온라인 게임을 개발하고 TV 시리즈를 제작하는 등 더욱 광범위한 다각화에 중점을 두었다. New York Times Company는 2022년 1월에 The Athletic을 인수했다.
2024년 폴리티코(Politico)는 뉴욕타임스가 AG 설즈버거(AG Sulzberger)가 정한 정책을 바이든 행정부에 대한 부정적인 보도에 가담한다는 방침을 갖고 있다고 보도했고, 타임스 기자의 말을 인용해 바이든은 어떤 인터뷰도 하지 않았으며 자신의 나이에 대한 모든 힘든 보도를 조용히 격려했다고 밝혔다. Politico는 이 신문이 "대통령에 대한 독특한 집착을 갖고 있으며, 출판사 AG Sulzberger와 기타 최고 편집자들이 타고난 권리라고 믿는 좌식 인터뷰를 신문에 제공하는 것을 대통령이 거부한 것에 대해 분노하고 있다"고 설명했다.