SARS-CoV-2
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최초 감염 확진된 사람이 우한화난수산물도매시장의 노동자였기 때문에 식품으로 판매하는 동물이 병원소나 매개체로 의심된다. 결국 동물과 더 큰 접촉에 노출된 셈이다. 야생 동물 판매 시장이 2003년에 사스 전염병에도 원인을 제공한 것으로 비판 받았는데, 그런 시장은 신종 병원체의 배양소로 간주된다. 해당 발병 때문에 중국의 야생 동물 거래 및 소비에 대한 일시적 금지 조치가 촉발되었다. 그러나 일부 연구자들은 화난 수산물 시장이 인간에 대한 바이러스 전파의 근원이 아닐 수도 있다고 암시했다.
배열된 유전체의 충분한 수로 해당 바이러스과의 변이 내력에 대한 계통수를 재구성하는 게 가능하다. 2003년 사스 전염병의 기원을 향한 연구의 결과로 관박쥐과의 관박쥐속에서 대부분 유래한 수많은 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스 WIV1(en:Bat SARS-like coronavirus WIV1)의 발견이 일어났다. 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus) 종은 수많은 아종이 있는데, 그 중에서 중국적갈색관박쥐에서 2015년 7월 분리된 bat-SL-CoVZXC21과 2017년 2월 분리된 bat-SL-CoVZC45의 출판된 온 두 유전자 배열은 2019년 신종 코로나바이러스와 88% 유사성을 보이고, 2019년 신종 코로나바이러스는 이 두 변종의 공통 조상(Common ancestor)에게서 기원해 그 조상에게 없던 TRS-1 (ACGGAT) 돌연변이를 일으킨 자매 변종(Sibling Variety)이다.
천산갑은 중국 법에 따라 보호되지만, 중의학으로 인한 천산갑의 밀렵과 거래(en:Pangolin trade)는 흔하게 잔존해 있다. 앞서 2019년에 발행된 메타유전학 연구에서는 가장 많이 분포하는 병원체(the most widely distributed pathogens)인 센다이바이러스(en:Sendai virus) 다음으로, 4 속(en:Genus)을 다 아우르는 코로나바이러스아과가 말레이천산갑 표본에 넓게 분포하는 것으로 드러났다. 그러나 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 1.81인 Viruses 저널의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)라는 논문은 2019년 신종 코로나바이러스 최초 발견 시점인 2019년 12월 23일보다 앞선 2019년 10월 24일에 발행된 것으로서 2019년 신종 코로나바이러스를 확실히 포함하지 ‘않고’, 다만 그 외의 코로나바이러스아과(Coronavirus family) 전체와 센다이바이러스(en:Sendai virus)에 대한 알려지지 않은 잠재적 병원소로서 보내는 일반적 주의일 뿐이다. 그래서 변인 통제(Control variable)가 기본인 공통 과학(General Science) 실험 설계에 맞지 않게 센다이바이러스(en:Sendai virus)를 포함한 혼합 표본(Mixed sample) 검사를 수행한 상태에서 해당 논문에서 언급도 하지 않는 2019년 신종 코로나바이러스가 벌써 거기 있었다는 주장은 공신력이 떨어진다.
네이처지는 “화난 농업대학 일부 연구진 Shen and Xiao는 네이처지의 요청에 즉각 반응하지는 못했지만, 화난 농업대학의 일부 연구진 Liu Yahong은 1월 7일 기자 회견(Press conference)에서 곧 발행될 예정이나(would be published soon) 공식적으로 아직 발행되지 않은(but is yet to be formally published) 결과에서 천산갑 표본 내 어떤 바이러스가 2019년 신종 코로나바이러스와 99% 유사하다는 주장을 폈는데, 과학자들은 해당 팀이 천산갑에게 그 유사 바이러스가 있다는 장소 등 세부 사항을 제공하기를 희망했다. 면역학자이자 계산 생물학자인 Kristian Andersen은 사실이라고 믿을 수도 있다며, 발행된 보고와 자료를 고대한다.”라는 전언을 소개하고 있다. 그러나 학술 문헌도 아닌 ‘기자 회견이나 전언’ 말고, 1월 11경에도, 추후 드러난 것과 무관하게 2019년 신종 코로나바이러스 발병에 대한 천산갑의 역할이 아직 미정(the role of pangolins in the 2019-nCoV outbreak is still up in the air, regardless of what’s subsequently revealed)이라는 진술을 볼 때, 적어도 기자 회견이나 전언 시점인 1월 7일 추후에 해당하는 1월 11경까지는 아직, 네이처지 내 학술 문헌상 발행이 되지 않았다는 것은 추론할 수 있다. 이와 같이 또다른 출판 전 논문(en:Preprint)은 메타유전 자료상 재조합을 했더니, RaTG13의 숙주가 천산갑이기 때문에 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주도 천산갑이라는 내용이다. 그러나 사실 동료 평가(Peer review)도 거치지 않은 Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019의 주장과 달리 RaTG13의 숙주에 관한 학계의 통설은 RaTG13의 숙주는 천산갑이 아닌, 중간관박쥐(Rhinolophus sinicus)라는 것이고, Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019이 기재된 en:bioRxiv는 고유 영향력 지표(Eigenfactor)상 계수되지도 않는 출판 전 논문(en:Preprint)의 집결소이다. 2020년 2월 3일 네이처지의 A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin 논문에서 중간관박쥐가 숙주인 RaTG13가 SARS-CoV-2와 96% 유사하다는 주장도 있었으나, 해당 논문의 방법론 부분에서도 스스로 밝히고 있는 그대로 표본 크기를 미리 결정하는 데 사용한 통계적 방법이 존재하지 않고, 해당 실험은 임의 통제되지 않았으며, 실험과 결과 평가 중 해당 연구자 할당에서 맹검을 하지 않았기 때문에 여러 측면에서 비출 때의 정확한 계산 결과라 할 수 없고 해당 연구자가 분명히 결과에 영향력을 미칠 수 있다. 게다가 다음과 같은 이유에서 RaTG13는 2019년 신종 코로나바이러스와 유사성이 없다. 미국 국립 알레르기 감염병 연구소(en:National Institute of Allergy and Infectious Diseases)가 지원하는 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에도 RaTG13뿐만 아니라 2019년 신종 코로나바이러스의 정보도 망라돼 있는데도, 정작 그 데이터베이스에 기초한 2019년 신종 코로나바이러스와 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)에서는 RaTG13가 상위권에 들지 못해서 사실 2019년 신종 코로나바이러스와 RaTG13의 유사성이 떨어진다는 것을 충분히 알 수 있다. 구체적으로 해당 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에 따르면, 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)상 2019년 신종 코로나바이러스는, 실제로 RaTG13가 아니라 중국적갈색관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21과 88% 일치하고, 중간관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주인 BtRs-BetaCoV/YN2018C, BtRs-BetaCoV/YN2018B와 85% 일치한다.
실제로 네 문단 위에서 언급되었던 Viruses 저널의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica) 논문 그 어디에도 2019년 신종 코로나바이러스와 가장 일치도가 높은 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21은 전혀 나오지 않고, 대신 다른 균주들만 나온다. 그 중 해당 논문과 A preliminary comparative genomics of the 2019-nCoV라는 자료에 기재된 코로나바이러스아과의 숙주 정보는 다음과 같다.
델타코로나바이러스속
붉은해오라기(Night heron): NC_016994의 숙주
말레이천산갑: Contig 715, Contig 1748의 숙주
참새: ISU690-4, ISU690-7, ISU42824의 숙주
메추라기(Coturnix japonica): G032/2015의 숙주
붉은귀직박구리(Red-whiskered bulbul): UNKNOWN-NC_011547의 숙주
되지빠귀(Turdus hortulorum): UNKNOWN-FJ376621, UNKNOWN-NC_011549의 숙주
분류 미상
말레이천산갑: 델타코로나바이러속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 47, Contig 731; 델타코로나바이러속의 종백숙부 종(Great Uncle’s Sibling Species)인 Contig 368; 델타코로나바이러속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 729, Contig785; 알파코로나바이러스속의 종고조 종(Great-Great Grandfather’s Sibling Species)인 Contig 223; 알파코로나바이러스속의 종백숙부 종(Great-Grandfather Grandchild Species)인 Contig 330; 알파코로나바이러스속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 1528, Contig 286; 베타코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 1420; 베타코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 174; 감마코로나바이러스속의 사촌 종(Cousin Species)인 Contig 1292; 감마코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 1551; 알파코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 424의 숙주
베타코로나바이러스속
인간(Human): 4408의 숙주
개(Dog): K37의 숙주
야크(Yak): YAK/HY24/CH/2017의 숙주
소(Cattle): ICSA21-LBA, 4-17-25의 숙주
단봉낙타(Camelus dromedarius): HKU23-265F의 숙주
물소(Bubalus bubalis): Buffalo coronavirus B1-24F의 숙주
박쥐(Bat): 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)의 수많은 아종, Rm1의 숙주
흰코사향고향이(Paguma larvata): SZ3의 숙주
돼지(Swine): TJF의 숙주
감마코로나바이러스속
칠면조(Turkey): GQ427176의 숙주
닭(Chicken): KU556807, KX185057, JQ977697의 숙주
위에서 살펴볼 수 있듯이 해당 논문 그 어디에도 베타코로나바이러스속 중 어느 균주에도 백화사(白花蛇)와 말레이천산갑이 '2019년 신종 코로나바이러스'의 숙주로 작용하고 있다는 내용이 전혀 나오지 않는다. 오히려 말레이천산갑은, 2019년 신종 코로나바이러스와 유전자가 88% 일치하는 자매 변종(Sibling Variety)인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21과 무관하게, 분명히 델타코로나바이러스속 혹은 유전적 친연 관계가 '먼' 분류 미상의 분류에 속하는 다른 바이러스의 숙주인 것으로 나온다. 말레이천산갑이 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주라는 사실과 그와 '다른' 속에 속하는 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주인지 여부 자체는 분명히 별개의 문제이다. 발행된 학술 문헌 본문에 나오지도 않는 내용을 가지고 불안을 조장할 필요는 없다.
마지막으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 16.345로서 31971위 중 30위이면서 동료 평가(Peer review)된 네이처지(Nature Magazine)에 기자 회견이나 전언이라기보다는 학술 문헌으로 실린 Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor에도 따르면, Sarbecovirus 아속에서도 일부 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)인 bat-SL-CoV에 의한 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 불필요하다 해도 무방하다고 언급하고 있다.
따라서 요약하자면 신종 코로나바이러스의 조상은, 유사 유전자 식별과 계통수상 공신력 있게 발행된 학술 자료의 일치상으로 평가할 때, 중국적갈색관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주로서 88% 일치하는 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21에 가장 가깝고, 천산갑이 숙주인 RaTG13이 아니며, 이와 더불어 학술적으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor)가 높은 네이처지(Nature Magazine)의 발행된 학술 문헌까지 종합할 때에는 2019년 신종 코로나바이러스가 bat-SL-CoV 변종이기 때문에 bat-SL-CoV에 따른 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 굳이 불필요하다 해도 무방하다고 판단하는 게 훨씬 더 정확하다. 다만 천산갑은 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주가 아닌 대신, 코로나바이러스아과 중 '다른 속'에 속하는 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주이므로 이런 다른 이유로써 일반적 주의가 필요할 뿐이다. 참고로 천산갑이 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주는 아니더라도, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주에는 해당되기 때문에 천산갑을 한의학이나 중의학에서 약재로 섭취하는 습관은, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스 바이러스 중, 혹시 인수 공통 감염병이 있을[출처 필요] 경우에, 그 외 병원체에 대한 감염을 부추기는 행동이라 할 수 있다.