국가정보원 여론 조작 사건
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7월 19일 김용판의 1차 공판준비기일은 서울중앙지법 형사21부(재판장 이범균) 심리로 열렸다. 김용판은 국정조사가 끝나는 8월 21일 이후로 재판을 연기해달라고 요청하였다. 김용판은 공소사실에 대한 입장을 밝히지 않았다. 검찰은 재판을 일부러 끌려는 것이라고 말하였다. 재판부는 김용판에게 1주일 내로 공소사실에 대한 입장을 제출하라고 요구하였다.
8월 14일은 김용판의 2차 공판준비기일이었다. 김용판은 국회 청문회에는 출석하지 않고 공판준비기일에만 출석하였다. 이날 공판에서는 권은희 전 수서경찰서 수사과장, 이광석 수서경찰서장 등에 대한 검찰측의 증인신청이 채택되었다. 김용판에 대한 첫 번째 공판기일은 8월 23일 오후 2시로 잡혔다.
8월 23일 김용판의 1차 공판이 열렸다. 김용판은 변호인을 통해 압수수색 재검토 지시는 김기용 전 경찰청장이 하였다고 말하였다. 검찰은 국정원 직원이 업무용 노트북에서 파일 187개를 복구할 수 없도록 삭제하고 이를 국정원 본부에 보고하였다고 밝혔다. 그리고 김용판이 국정원 직원의 요청에 따라 분석범위를 제한했고 아이디와 닉네임, 찬반, 이정희 후보 비방등은 국정원 직원의 요청범위가 아니라며 찾고 나서도 발표에서 제외한 사실을 지적하였다. 그리고 국정원이 경찰청의 중간수사발표 11분후 보도자료를 내놓아 국정원이 공조한 흔적을 언급했다. 검찰은 복구된 파일은 국정원 직원이 받은 이메일의 첨부파일로 임시파일으로 생성된뒤 자동으로 삭제되어 국정원 직원이 복구할 수 없도록 삭제하지 못하였다.
8월 30일 김용판의 2차 공판이 열렸다. 권은희는 증인으로 출석하여 김용판이 화를 내며 압수수색 영장을 신청하는 것을 막았다고 증언했다. 또한 김병찬 서울경찰청 수사2계장이 '피고발인이 동의한 파일만 분석해야 한다'며 김하영을 증거분석에 참여시키려해 항의했다고 말하였다.또 김병찬 수사2계장이 사회 혼란이 온다는 이유로 증거분석 자료를 송부해주지 않아 수사에 큰 차질을 빚었다고 증언했다. 또 김용판 당시 서울지방경찰청장이 2012년 12월 중간수사결과 발표 직전 이광석 수서경찰서장에게 전화하여 '분석결과 아무것도 나온 것이 없다. 내가 책임진다, 발표하자'라고 말했다고 전해들었고 아이디와 닉네임 40개를 받아 검색하여 선거개입 댓글과 게시글을 찾아낸 사실을 이광석 서장이 보고받자 '서울청이 나를 죽이려 하는 구나'라고 말했다고 증언하였다.
검찰은 국가정보원 관련자들의 통화내역을 법원에 제출하였다. 차문희 2차장은 직속상관인 원세훈 원장과 새누리당 소속 서상기 정보위원장에게 통화를 했고 국가정보원의 서울경찰청 담당 연락관 안모씨는 서울경찰청 수사책임자 여러명과 통화를 했다. 연락관 안모씨는 박원동 국장에게, 박원동 국장은 차문희 전 차장에게 연락을 한 사실을 확인했다. 박원동 3차장은 박근혜 후보 종합상황실장을 당시 지낸 권영세 현주중대사와 김용판에게 연락하였다.
9월 17일에는 김용판의 4차 공판이 열렸다. 이광석 당시 서울수서경찰서장이 증인으로 출석하였다. 이광석은 강남권 경찰서를 담당한 국정원 직원 신 모가 사건이 터진 이후부터 중간수사발표일까지 10차례 자신에게 수사진행상황을 전화로 물어왔다고 증언했다. 이광석은 서울경찰청장(김용판)과 서울경찰청 수사과장, 경찰청 지능과장이 자신에게 전화를 걸어 김하영에 대한 압수수색 신청 영장 보류를 요청했다고 증언했다. 또한 조작이 있을 것이라고 생각하지 못하여 믿고 발표했다고 증언했다. 또한 인터넷 사이트와 아이디를 제출받았다면 그런 발표를 하지 않았을 것이라고 말했다. 검찰은 서울경찰청이 허위의 중간수사발표를 한 증거로 허위로 작성된 예상 질의·답변서를 공개하였다. 김용판은 자신을 변호하기 위해 2013년 1월 김하영의 휴대전화 압수수색 영장을 신청한 뒤 검찰로부터 받은 수사지휘서를 공개하였는데 이는 경찰의 기밀문서여서 검찰은 입수 경위를 밝힐 것을 요구하였다.
10월 10일에는 김용판의 6차 공판이 열렸다. 검찰은 서울경찰청이 12월 18일과 19일 수서경찰서에 보낸 분석 결과에 대해 공개하였다. 검찰은 서울경찰청이 수서경찰서에 인터넷 접속 기록에 대한 분석 내용을 보낼때 하이퍼링크 기능도 설정하지 않아 실제 국정원 직원이 방문한 사이트를 확인하기 어렵게 보냈고, 임시인터넷파일은 인코딩을 하지 않은 코드상태로 보냈다고 밝혔다. 김용판측은 목록에 있는 인터넷 주소를 복사해 인터넷 브라우저에 들어가보면 된다고 반론하였다. 검찰은 다른 의미있는 자료는 보내지 않았다는 것이 본질이라고 재반론하였다.
이날 검찰은 김병찬 서울경찰청 수사2계장이 사건당시 국정원과 통화를 했다고 공개하였다. 이는 서울경찰청의 전체 간부가 중간수사발표 이전 국가정보원과 통화한 것이 된다.
10월 18일 열린 김용판에 대한 8회 공판에서 검찰은 분석관들의 검찰 진술과 CCTV를 통해 발견된 모든 자료를 수서경찰서에 넘겨야 한다는 의견이 묵살된 사실, 수사결과 보고서에 서명하기를 분석관들이 꺼렸던 사실을 공개했다.
10월 24일 공판에서는 김용판 전 서울지방경찰청장에 대한 재판 증인들이 말을 맞춘 정황이 드러났다. 또한 경찰 수사 과정에서 정부 홍보글 퍼나르기가 묵살된 사실이 드러났다.
11월 14일 김용판에 대한 공판이 열렸다. 재판부는 21일 마지막 증인신문과 12월 12일 공판기일을 가진 뒤 12월 19일 선고하기로 했다.
마지막 결심공판은 12월 26일 열렸다. 검찰은 징역 4년을 구형했다. 김용판은 증거 분석 범위에 대한 발표이기 때문에 잘못이 없다고 주장했다.
2014년 2월 6일 선고에서 재판부는 권은희의 진술이 사실과 맞지 않는다, 수기 보고는 보안 목적에서 그렇게 할 수 있는 일이다 등의 근거로 무죄를 선고하였으나 사실관계를 확인할 수 없는 부분에 대해서 잘못 판단하거나, 쟁점에 대해 판단을 회피하는 등의 오류가 나타났다는 지적이 있다. 내선전화 기록을 확인하지 않고 휴대전화 기록만으로 전화가 없었다고 단정하여 권은희의 다른 진술의 신빙성을 낮게 보거나, 12월 17일 브리핑에 대해 분석관과 김용판의 주장대로 당시 분석관이 판단했다고 하는 '임의제출에서 제출자가 말한 분석범위에 따라 발표했다'와는 발표내용이 일치하는지 판단하지 않았다. 휴대전화 여론조사에 따라 김용판이 유죄라고 보는지 무죄라고 보는지 여론조사를 실시한 결과 국민의 55%가 유죄라고 판단하고, 25%가 무죄 라고 판단하는 것으로 조사됐다.
6월 5일 김용판은 항소심에서 무죄를 선고받았다. 선고문에서 선거 전 발표 당시까지는 국정원이 선거에 개입했는지 명확히 밝혀지지 않았으므로, 수사결과의 축소 또는 은폐로 볼 수는 없다고 밝혔다. 한편 법원은 이날 ‘국가정보원 여론 조작 사건’과 관련된 증거를 삭제한 혐의로 기소된 서울청 사이버범죄수사대 증거분석팀장 심성원 경감을 법정구속됐다. 서울중앙지법 형사11단독 우인성 판사는 증거인멸 혐의로 기소된 박모 경감에 대해 징역 9월을 선고하고 법정구속했다(2013고단3139).