任天堂の歴史
ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）

→詳細は「ニンテンドーDS」および「Wii」を参照
2004年、岩田聡は任天堂の組織を再編し、それまで存在していた4つの研究開発部門を廃止し、新たに4つの部門を設立した。この中で、宮本が引き続き率いる任天堂情報開発本部（EAD）は存続し、8つのチーム（EAD 1から8）に分割され、それぞれが独立してゲーム開発を行う体制となった。それ以前の研究開発1部と2部に所属していた社員は情報開発本部に統合された。
また、ハードウェア開発を担当する2つの部門が設立された。統合開発本部（IRD）は据置型ゲーム機を、研究開発本部（RED）は携帯型ゲーム機を担当した。さらに、企画開発本部（SPD）が設立され、情報開発本部チームよりも小規模なタイトルの開発や、京都本社外に拠点を置く社内チームによる外部第一パーティー開発の監督を行った。この組織構造は2015年まで続いた。
任天堂のE3 2004プレスカンファレンスで、岩田が「Revolution」というコードネームを持つゲームキューブの後継機を発表した。この後継機は最終的に「Wii」と命名された。Revolutionの開発はゲームキューブの発売直後に始まり、「小型で静かで手頃な価格」のコンソールとして設計された。グラフィック性能を優先したものではなかった。岩田は、ゲーム機にとってグラフィックは重要ではなく、そのタイトルのゲームプレイこそが「ゲーム革命」を引き起こすと主張した。
任天堂はまた、E3でニンテンドーDSという携帯型ゲーム機を発表した。このシステムは上下に配置された2つの画面でゲームを表示することができ、一方または両方の画面を使用可能である。使用しないときは折りたたむことが可能である。このDSは以下の特徴を持つと発表された。Wi-Fiを利用して近くの15台のデバイスと無線で通信可能である、新しい3Dグラフィックスエンジンをサポートする、近くのデバイスがゲームを実行している場合は無線接続を通じて所有していないゲームのマルチプレイヤーモードがプレイ可能である、近くのデバイスからメッセージを受信可能である、そしてゲームボーイアドバンスのカートリッジもプレイ可能である。また、マイクが搭載されており、DSのゲームと音声でやり取りできる機能も詳細に説明された。トニー・スミスは『The Register』で、この新しい接続性の特徴が「任天堂がゲーム機を超え、一般的な若者向けの通信デバイスを目指していることを示唆している」と記した。任天堂によれば、100の開発会社がこのDS向けにゲームを開発する契約を結んでいるという。
2004年9月、任天堂はニンテンドーDSを11月21日にアメリカで発売すると発表した（価格は$149.99）。その後、日本、2005年第1四半期にはヨーロッパとオーストラリアで発売される予定だった。『IGN』は、アメリカでの発売は同国での消費者の期待が大きかったためであり、2004年のアメリカのホリデーシーズンを活用する狙いだったと報じた。また、DSはゲームボーイアドバンスのゲームをプレイできるものの、リンクケーブル用のポートが含まれていないため、ゲームボーイアドバンスのシステムリンクを使ったマルチプレイヤーモードは利用できないことも明らかにされた。ニンテンドーDSには、周囲のDS同士でテキストやイラストを送受信できるメッセージングアプリ『PictoChat』がすべてのデバイスにプリインストールされており、このアプリが先述の無線通信機能として発表された。任天堂はシステム向けに20本のゲームを開発中であると述べた。
任天堂はニンテンドーDSを10代から20代の若者向けに位置づけ、この新しい層が同デバイスを従来の子供向けと認識しないよう努めた。アメリカではDSの発売前に、性的ニュアンスを含むテレビコマーシャルが一連の広告として放送され、「Touching is Good（タッチすることは良い）」というタグラインが用いられた。
任天堂はニンテンドーDSの予約注文数の多さに圧倒された。2004年11月2日、同社はシステムの追加予約を停止した。11月15日に報じられたところによると、200万台のハンドヘルドが予約された一方で、任天堂は発売時点で100万台しか用意していなかった。この時点で、中国の2つの工場がDSの生産に割り当てられていたが、11月16日に任天堂は需要に対応するため第3の工場を追加したと報じられた。
DSは7本のローンチタイトルと共に発売された。そのうち2本は任天堂が開発したもので、『Metroid Prime Hunters: The First Hunt』（2006年のゲーム『メトロイドプライム ハンターズ』のデモ版）と、スーパーマリオ64をリメイクした『スーパーマリオ64DS』である。その直後、ソニーが2004年12月に日本でPlayStation Portableを発売し、ハンドヘルド分野での競争が始まった。
2005年5月14日、任天堂は一般顧客が利用可能な初の小売店舗「Nintendo World Store」をニューヨークのロックフェラーセンターに開設した。この店舗は2階建てで、ゲームキューブ、ゲームボーイアドバンス、ニンテンドーDSのゲームが多数プレイ可能なキオスクが設置されていた。また、任天堂の歴史を感じられる展示ケースには、花札なども含まれていた。オープンを祝うため、ロックフェラープラザでブロックパーティーが開催された。
2005年5月17日、E3で任天堂はRevolutionのデザインを公開したが、最終的なモーション操作対応コントローラはまだ披露されなかった。同社はこのコンソールが2006年に発売されると発表したが、これは2005年末に発売されたXbox 360やPlayStation 3の後になることが注目された。RevolutionはWi-Fiを介したオンラインゲームを提供し、ゲームキューブのゲームもプレイ可能であるとされた。岩田は、システムは「大きな予算よりも大きなアイデアが勝る場所になる」と述べた。Neal Ronaghanは後に『Nintendo World Report』で、振り返ってみるとこれはシステムのモーション操作対応ゲームを指していた可能性が高いと記した。同社はDSとRevolutionの計画について、任天堂の伝統的なユーザー層だけでなく、より広いカジュアルゲーマー層をターゲットにしたゲームを作ることを目指していると述べた。
また、ゲームボーイミクロも発表された。これはより小型化され、より明るい画面を持つGBAのバージョンで、フェイスプレートが簡単に取り外され、異なるデザインに交換可能な特徴があった。ミクロはその秋に発売されるとされた。
2005年9月16日、東京ゲームショウにおいて、任天堂はRevolutionのコントローラのデザインを公開した。このコントローラは後にWiiリモコンと命名され、リモコンのような形状をしており、取り付け可能なジョイスティックと併用することができた。このジョイスティックは後にWiiヌンチャクと呼ばれることになった。コントローラは、テレビのリモコンのように縦に持つことも、従来型のゲームコントローラのように横に持つことも可能であった。任天堂はこれが従来のゲーマーとカジュアルゲーマーの双方に理解されやすいように設計されているとし、内蔵されたジャイロスコープによりゲーム内で動きを操作できるようにすると述べた。『The Register』は、このコントローラが任天堂がソニーやマイクロソフトとの競争から離れ、「ハードコアゲーマー向けに強く訴求されるであろうコンソール」から距離を置く方向を示しているように見えると記した。
2006年1月、任天堂はニンテンドーDSの新バージョンであるニンテンドーDS Liteを発表した。このバージョンはハンドヘルドの発売以来開発されていたもので、オリジナルモデルよりも3分の2小型化され、20%軽量化されており、画面もより明るくなっていた。また、画面の明るさは4段階から調整可能である。DS Liteは2006年3月2日に日本で発売され、アメリカでは6月11日、ヨーロッパでは6月23日に発売された。
2006年4月、任天堂はRevolutionを正式名称「Wii」として発売することを発表した。この名前は、コンソール全体と同様に、カジュアルな観客にアピールすることを意図しており、発表当初は任天堂ファンの間で非常に物議を醸した。『IGN』のルーカス・トーマスは2011年の記事で「任天堂は、2006年のE3ショーの何か月も前にこの名前を発表することで、名前の奇妙さが論争を巻き起こすと賢明に予測していた」[...]「もしE3ショーの場で発表していれば、この名前がシステムの他のすべてをかき消してしまっただろう」と述べた
テレビを見たことがない人、映画を見たことがない人、本を読んだことがない人を知っていますか？もちろんいないですよね。ではもう一つ質問します。家族の中に、もしかしたら誰か、ビデオゲームを一度もプレイしたことがない人を知っていますか？きっといるはずです。どうしてこうなのでしょうか？私たちが真のマスメディアとみなされたいなら、業界として成長したいなら、この状況を変えなければなりません。
2006年5月、任天堂はE3でのプレスカンファレンスにおいて、Wiiを年末までに発売すると発表した。同時に、モーションコントロールを活用したいくつかのゲームを公開した。これには『Excite Truck』（2006年）、『Wii Sports』（2006年）、『スーパーマリオギャラクシー』（2007年）が含まれていた。ルーカス・トーマスは、これらのゲームのE3デモについて「手軽であり、本質的に異なる」モーション操作の実装を示しており、それがWiiの「驚きに満ちたコンセプト」に対するゲームコミュニティの懐疑心を和らげたと記した。さらに彼は、同年のソニーのプレスカンファレンスが「悪評高い失敗」をしたことが、任天堂のE3でのポジティブな評価につながったとも述べた。
2006年5月25日、レジナルド・フィサメィがNintendo of Americaの社長兼CEOに昇進した。同部門の前任社長である君島達己は取締役会会長兼CEOに昇格した。さらに同年7月7日、任天堂は韓国のソウルに新しい現地法人「任天堂コリア」を設立し、大元メディアに代わって韓国での任天堂製品の公式ディストリビューターとなった。
2006年8月初旬、任天堂とマイクロソフトが特許侵害訴訟の標的となったことが明らかになった。Anascape Ltd.という企業は、両社のゲームコントローラで使用されているアナログ技術が自社の特許に違反していると主張し、損害賠償を求めるとともに、問題の技術を使用したコントローラの販売中止を要求した。マイクロソフトはAnascapeと和解したが、任天堂は裁判に持ち込み、初審で敗訴して2,100万ドルの損害賠償金を支払うよう命じられた。その後、任天堂は控訴し、2010年4月23日に連邦巡回控訴裁判所がこの判決を覆した。2010年11月、Anascapeが最高裁に上訴したが、却下された。
2006年9月、任天堂はWiiコンソールの発売詳細を発表し、Wiiメニューと呼ばれるGUIの機能を披露した。このシステムは11月にアメリカで初めて発売され、その後12月に日本、オーストラリア、ヨーロッパで順次発売された。コンソールは非常に速く売れ、任天堂にとって大きな突破口となった。ゲームキューブで失われたペースを取り戻し、その予想外の成功は任天堂がターゲットにした拡大されたユーザーデモグラフィックによるものとされた。このWiiの成功を受けて、2010年にはソニーとマイクロソフトがPS3およびXbox 360向けに、任天堂と同じ幅広い層をターゲットにした各種アドオンをリリースした。
2007年、任天堂はゲームキューブ向けのファーストパーティゲームの製造を停止した。
2007年9月、Nintendo of Americaは公式インターネットフォーラム「NSider Forums」を無期限で閉鎖した。同社ウェブサイトの大規模なリニューアルの一環であった。数カ月間にわたり、Nintendo of Americaのオンライン部門の削減に伴い、NSiderのチャット時間が短縮されたほか、8月に毎年開催されていたキャンプハイラルイベントが景品抽選に置き換えられていた。この間、任天堂はファンに独自のフォーラムを運営することを奨励した。また、任天堂ヨーロッパのフォーラムセクションも1週間後にサイトの改編に伴い公式に閉鎖されたが、同年6月から「セキュリティ問題」を理由にオフライン状態だった。2007年12月、任天堂は技術サポート専用のフォーラムを開設した。
2007年10月、任天堂はオーストラリア現地法人の新しいマネージングディレクターとしてローズ・ラピンを発表した。彼女は任天堂の子会社の責任者として初の女性であり、オーストラリアで任天堂が事業を開始する前、Mattelのセールスおよびマーケティングディレクターとして働いていた。発表時までその役職を務めていた。
2008年11月1日、任天堂は日本でニンテンドーDS Liteのアップデート版であるニンテンドーDSiを発売した。この機種はニンテンドーDS Liteのすべての機能を備えつつ、システムの内側と外側にカメラを搭載し、新しい機能が追加されている。このDSiは任天堂が製造した初の携帯型ゲーム機で、ダウンロード可能なゲームコンテンツをシステムに導入できる仕様となっている。ニンテンドーDSiは2009年4月2日にオーストラリアとアジアで、4月3日にヨーロッパで、4月5日に北米で発売された。
2010年6月15日、E3で、岩田聡がDSの後継機であるニンテンドー3DSを発表した。このシステムはDSの一般的なデュアルスクリーンデザインを継承しているが、ゲーム内で立体視による3D映像を表示できるとされた。特殊な3Dメガネを使用せずに3D映像を楽しめる仕様であり、3D効果の深度はスライダーで調整可能だった。スライダーを完全にオフにすると従来の2D映像を表示する。この3D効果は7歳以上の利用者のみに推奨されており、若年層が使用すると眼精疲労や頭痛を引き起こす可能性があるとして注意が示された。
発表では、ジャイロセンサーやモーションセンサーが搭載されていること、システムに3つのカメラが内蔵されていることが述べられた。1つは3DSの前面（開いた状態で）、残りの2つは背面に設置されており、これらを使用して撮影した写真は3Dで表示可能であった。このE3では、ミニゲームやデモを含む70本のゲームが披露され、開発中であると発表された。
2010年9月、任天堂はニンテンドー3DSが2011年2月26日に日本で最初に発売されることを発表した。価格は25,000円だった。