オウム真理教
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逮捕後の取調で麻原は「目の見えない私がそんな事件をやれるでしょうか…」と語り、95年5月27日に取調室を出る際には「武士は言い訳しないものだ」と武士道のようなことを呟いた。麻原は私選弁護人の横山昭二を解任し、11月に東京地方裁判所は渡辺脩、安田好弘ほか12人の国選弁護団を選任した。東京地検は、死者26人を数える一連の17事件の容疑で麻原彰晃こと松本智津夫を起訴した。裁判は検察側立証だけで25年かかるとも予測され、検察は裁判の迅速化を図るため、違法薬物密造の4事件について起訴を取り下げる異例の対応をとった。同年末、麻原の「どうすれば、私の真実を明らかにできますか」との問いに、安田好弘弁護士は法廷での空中浮揚を提案、麻原は初公判に向けて修行を重ねたが、「エネルギーが看守に体を触られて消えてしまう」として浮揚できなかった。麻原は弁護人との接見でスピッツの歌「空も飛べるはず」を歌うこともあった。
1996年（平成8年）4月24日初公判で、麻原は各事件の罪状認否について「いかなる不自由、不幸、苦しみに対して一切頓着しない、聖無頓着の意識。これ以上のことをここでお話しするつもりはありません」と述べただけだった。麻原は「寝たきり老人になります」「私がやっていることはレジスタンス」と述べたり、拘置所は洞窟に似ていて、絶好の瞑想の機会を得ていると述べた。
10月4日の公判で、広瀬健一は、逮捕後も帰依心は揺るがなかったが、被害者の調書を読んでぐらついたと述べ、「（麻原は）本当は自分の力（無力）に気づいている」「直視して、真実を見極めてもらいたい」と述べた。翌月、広瀬への反対尋問が始まると、「この裁判は異常」「ここは劇場じゃないか。死刑なら死刑でいい！」と麻原は発言し、退廷となった。
岡崎が坂本事件での麻原の殺害（ポア）指示を証言すると、麻原は「完全に嘘だ」「裁判長を出せ」と大声で妨害、退廷となった。早川も端本も坂本弁護士事件での麻原による殺害指示を証言した。
1996年10月18日第13回公判で、検察側証人としてリムジン謀議を証言した井上嘉浩被告への反対尋問を弁護団が開始すると、麻原は「アーナンダ（井上）は私の弟子であり、偉大な成就者である。このような人に反対尋問すると、尋問する者だけでなく、それを見聞きする者も害を受け、死ぬこともある。この事件についてはすべて私が背負うこととします。」と尋問中止を求めた。安田弁護士は、麻原を説得、反対尋問を続けた。しかし、反対尋問では、麻原の事件への関与がより印象づけられ、麻原は弁護団に不信感を強めた。井上の7回の証言中、麻原は「地獄に落ちるぞ」「何のために村井が死んだか考えろ。お前が喋らなければそれで済んだじゃないか」などと繰り返し井上に聞こえるように囁いた。この夜、拘置所に帰った麻原は「俺の弟子は…」「くそー」と泣き叫びながら、チーズを壁に投げつけたり、早朝まで独り言を言った。10月21日早朝、「早く、精神病院に入れてくれ」と叫び、扉を足で蹴るなどしたため、保護房に収容された。2日後、独居房に戻ったが、その翌日、「ここから出せ」と刑務官に頭から体当たりし、再び保護房に収容された。11月には職員に「ここから出れるんですか?」と質問を繰り返した。弁護団は接見を21回求めたが、麻原は14回拒否した。接見で麻原は、鼻水や涙を流しながら錯乱していたり、反応も心もとなく、以降は、たまに言葉が通じたが、1997年以降は弁護団は麻原と意思疎通できなくなった。
1997年4月24日第34回公判で麻原は英語を交えてはぐらかすように意見陳述し、一連の事件では全て殺害を指示したことはなく、弟子たちが暴走してやったと、責任を弟子に転嫁し、無罪を主張した。
地下鉄サリン事件：弟子たちが起こしたもので、自分はサリン散布を止めたが、弟子に負けた。
坂本堤弁護士一家殺害事件:「非常に小さな罪で、しかも実行者が5人か3人の小事件であり、一人一人を対応するならば三年か四年の刑」で、自分は殺害指示していない。
薬剤師リンチ殺人事件：元信者Oが別の信者の母親を性的に誘惑し、財産を乗っ取ろうとし、麻原をナイフで殺そうとしたので、弟子たちが殺した、殺害は指示していない。
男性信者殺害事件：殺害を指示していない、新実も嘱託殺人（被害者からの依頼）だから無罪。
同年6月17日の林郁夫公判では、麻原は初めて証人として出廷したが、英語で小さな声で答えたり、宣誓書への指印を拒否した。林が「（石井久子が「麻原は間違っていた」と法廷で陳述したことを引いて）あなたの態度は、石井被告の心にも及ばない」と言うと、麻原は「いい加減にしろよ！お前のエネルギーは足から出ているのがわからないのか！」と言い、林は「まだそんなことを言っているんですか！そんな大きな声が出るなら、証言すればいい！」と捲し立てた。検察官が証言の意思を聞くと、麻原は「林自体、アメリカだから…」と呟くだけで、退廷となった。
1998年5月、林郁夫、無期懲役判決（控訴せず確定）。同年10月23日、岡崎一明初の死刑判決（2005年確定）。
1999年9月22日豊田・廣瀬・杉本公判で、麻原は宣誓文を書いて宣誓手続きが終わった。「ボツリヌス菌はオウム真理教にはないです」、遠藤が大腸菌を培養していたが、「遠藤がオウム真理教、日本を統治したかったのかもしれませんね。私の奥さんを巻き込んで、88年か89年かな、遠藤と佐伯（岡崎）が肉体関係があって」、地下鉄サリン事件は井上が持ち込み、村井も否定的だったとし、「地下鉄サリン事件の話を聞いたことは、私はないです。」。このほか、1985年か86年に麻原が行った空中浮遊は第三次世界大戦のきっかけとなっているとし、弁護人に脳波でその映像を送信したと称した。自分は徳川慶福、徳川慶喜の直系であり、天皇家直系の藤原で、統一教会の文鮮明と血縁関係にあり、韓国、朝鮮、イラン、ユダヤ各王の関係者が選挙の後押しをしたから、落選するはずがなかったと述べた。
同年9月30日、横山真人死刑判決（2007年確定）
1999年11月10日豊田亨・杉本繁郎公判で、麻原は、前に大腸菌と言ったのは間違いで、ブドウ状球菌だとし、「私は宇宙全体を動かす生命になってますが、動かす脳が破壊されているから、動かせなくなっています」と言い、英語や小声で話した。杉本繁郎が直接尋問で「もういい加減目を覚まして、現実を見つめたらどうですか」と言うと、麻原は「もうちょっと、黙ってた方がいいと思うけど。石井とか知子とかに黙って、LSDを最初に使ったこと、わかってんだよ！」と答え、杉本は「結局何も答えられないんですか。最終解脱者の能力はどうしたんですか。（略)私はあなたを信じて、大馬鹿者だったと思っている。そういう気持ち、わかりますか！」と泣きながら発言した。その後、豊田亨が「何も言わないつもりでしたが、今日のあなたの態度を見て考えが変わりました。（略)質問にも答えないで。あなたの裁判を見ていると、流れるがまま、長引くまま、逃避しているとしか思えない」「地下鉄サリン事件は村井と井上が起こしたと言った。つまり止める力もないわけです」と述べると、麻原は沈黙した。
2000年6月6日、井上嘉浩に無期懲役判決（2004年控訴審で死刑判決、2010年死刑確定）。同年6月29日、林泰男に死刑判決（2008年確定）。同年7月17日、豊田亨と広瀬健一に死刑、杉本繁郎に無期懲役判決（いずれも2009年確定）。同年7月25日、端本悟に死刑判決（2007年確定）、同年7月28日、早川紀代秀に死刑判決（2009年確定）。2002年7月29日、新実智光死刑判決（2010年確定)。同年10月11日、遠藤誠一死刑判決（2011年確定）。
2003年4月24日、検察は論告求刑公判で、麻原は13事件の首謀者で、死刑を求刑した。弁護側は2003年10月31日の最終弁論で「事件は弟子たちの暴走で、麻原被告は無罪」と主張し、結審した。2003年10月29日、中川智正死刑判決（2011年確定）。
2004年（平成16年）1月30日、土谷正実死刑判決（2011年確定）。
同年2月27日、麻原彰晃に死刑判決。国選弁護団は即日控訴し、辞任した。この日、麻原は拘置所で「なぜなんだ、ちくしょう」と叫んだり、夜間に布団の中で「うん、うん」とうなったり、笑うなどした。新たに私選弁護人松井武と松下明夫の2人がついたが、麻原は長く面会拒否し、7月の初面会でも意思疎通ができなかった。10月、弁護人は、精神鑑定申立および1回目の公判停止の申立を行うが、 高裁は斥ける。2005年1月、控訴趣意書の提出期限が8月31日まで延長することが認められる。7月、弁護人は医師の意見書を添付して2回目の公判停止の申立を行うが、高裁は斥ける。しかし、高裁は、弁護側が提出した医師の意見書を配慮し、精神鑑定の実施を伝えた。ところが、弁護側は、提出期限の2005年8月31日、控訴趣意書を持参したが、精神鑑定に関する申し入れが拒否されたとして提出しなかった。9月2日、高裁は控訴趣意書の即時提出を弁護団に要請した。9月、高裁は、精神科医西山詮医師に鑑定を依頼する。12月、高裁の裁判官が、麻原と面会する。他方、2006年（平成18年）1月-2月、弁護団は独自に鑑定を実施、野田正彰などの精神科医は麻原の訴訟能力を疑問視した。
2006年2月20日に高裁に提出された西山鑑定書によれば、麻原の奇行については「自分の公判では不規則発言を繰り返すが、元弟子の公判での証言は多弁。立場によって使い分けて」おり、精神病の兆候ではなく、1997年7月以降は独房での独り言以外には言葉を発しなくなったが、2004年2月の死刑判決の後に錯乱したり、10月には野球の投球フォームをして「甲子園の優勝投手だ」と話したり、食事は介助を受けていないことから、「意思発動に偏りがあるのは不自然で、沈黙は裁判からの逃避願望で説明できる。黙秘で戦うのが９６年以降の被告の決心」で、訴訟能力はあると結論づけた。高裁はこの鑑定書への意見書の提出を2006年3月15日までとした。弁護側は反論書を3月15日に提出、3月21日には高裁に3月28日に控訴趣意書を提出すると伝える。しかし高裁は、前日の3月27日に控訴棄却を決定。 弁護人は、翌日に控訴趣意書を提出し、3月30日には控訴棄却に対する異議申立を行うが、高裁は棄却した。弁護側は、麻原の訴訟能力が無く、控訴趣意書の提出遅れは「やむを得ない事情」があったとして最高裁へ特別抗告を行ったが、2006年9月15日、最高裁は、西山鑑定書の信用性は十分で、原審の判断は正当で、弁護団は控訴趣意書を作成したと明言しながらも再三にわたる提出勧告に反し提出せず、弁護人と申立人（麻原）との意思疎通不能は遅延の正当な理由とはならない、と棄却した。これにより、控訴審が実施されないことが確定した。
法学者白取祐司は、2006年3月28日に提出された控訴趣意書は準備不足で、被告人との意思疎通が困難でも、控訴審を開かせるべきだったと批判した。滝本太郎弁護士は、2005年8月に控訴趣意書を提出していれば2審は始まっていた、これはチキンゲームだったと述べる。二審弁護人らは、日弁連から「控訴趣意書を長期間提出せず、死刑という重大判決を確定させ、被告の裁判を受ける権利を失わせた」と懲戒（戒告）処分を受けた。
弁護団は2010年と2013年に二度の再審請求を行ったが、最高裁が特別抗告を退け、再審を認めないことが確定した。
2011年2月、麻原への帰依を続けていた土谷正実は、裁判で「国家権力の陰謀」が判明すると期待していたが、逆に麻原の嘘が暴露され、しかも麻原が証言しなかったことから「弟子を放置して逃げた」との思いが強まり、さらに、麻原は土谷の証言を理解し、裁判長の反応も気にしており、精神疾患の兆しはなく、「詐病に逃げた」と思うようになって、帰依心が崩れたとし、麻原には事件について正直に述べてほしい、と語った。
オウム裁判は、地裁では7年10カ月をかけて257回の公判を行い、証人は522人召喚され、1258時間の尋問時間のうち1052時間を弁護側が占め、検察側証人に対しては詳細な反対尋問が行われ、さらに麻原には特別に12人の国選弁護人がつけられ、その費用は4億5200万円だった。
2018年1月に一連のオウム裁判が終結した事に伴い、同年3月14日に確定死刑囚13人のうち一部の死刑囚がこれまで拘置されていた東京拘置所から、日本各地の死刑執行施設のある拘置所（札幌拘置支所を除く）へ分散する形で収容された。法務省側は「適切に処遇し、共犯分離を図るのが目的」と説明しているが、一連のオウム裁判が終了し証人として出廷することもなくなり、死刑囚の心理面への配慮と、東京拘置所側の負担軽減を図るためとみられた。これによりオウム事件確定死刑囚の死刑執行時期に対する関心が強くなった。
2018年7月3日、上川陽子法務大臣はオウム裁判確定死刑囚のうち、麻原彰晃こと松本智津夫・早川紀代秀・井上嘉浩・新実智光・土谷正実・中川智正・遠藤誠一の死刑執行命令書に署名、同月6日に東京拘置所で松本・土谷・遠藤、大阪拘置所で井上・新実、広島拘置所で中川、福岡拘置所で早川に対しそれぞれ死刑が執行された。続く同月24日、上川法務大臣は残る確定死刑囚の宮前一明（旧姓：岡﨑）、横山真人、小池泰男（旧姓：林）、豊田亨、広瀬健一、端本悟の死刑執行命令書に署名、同月26日に東京拘置所で豊田・広瀬・端本、宮城刑務所で小池、名古屋拘置所で宮前・横山に対しそれぞれ死刑が執行された。これによりオウム裁判に関する確定死刑囚の処断が終了した。
麻原らの死刑執行直後の週刊新潮2018年7月19日号では、これまで知られていなかった女性信者殺害事件が報じられたが、立件されないまま、時効となった。と言ってこのように、明るみにならぬ事件などと言った未解決事件も未だ残っており、教団関係での行方不明者は50人を超える。前述通りその13人らがその2018年7月にようやく死刑執行されたことによりオウム事件は、刑事上では収束した。