宝石の国
あらすじ

「古代」といわれるほどの過去に「にんげん」が存在したと伝えられる遠い未来の世界。そこでは、遠い昔に6度の流星飛来のために海中に没した地上の生物の中から、「微小生物」に食われて無機物となり、長い年月を経て、宝石の体を持つ人型の生物が生まれており、28体の宝石たちは、月から襲来して宝石たちを拐っていく月人（つきじん）との戦いを繰り返しながら、残された陸地で指導者である金剛先生の元で長い時間を寄り添って暮らしていた。
宝石の中で一番年下のフォスフォフィライトは硬度が低く脆い上に、不器用なため何の仕事もできず、役割のないことに不満に感じながらも根拠のない自信をもって明るく過ごしていたが、遂に金剛先生から博物誌作成の仕事を与えられる。フォスが意にそぐわぬ仕事にしぶしぶながらも任に就いて間もなく、仕事中の夕暮れ時に月人の襲撃を受け、夜の見回りを役割とするシンシャに助けられる。周囲に害を与える毒液を分泌するという体質故に仲間から離れて過ごし、月に拐われることさえ望むほどのシンシャの深い孤独を知ったフォスは「君にしかできない仕事を見つける」と宣言し約束とする。
勢いで結んだ約束を果たす目処も立たないまま悪戦苦闘の日々を過ごしていたフォスは、ある日、月人が学校に落としていった巨大な殻を持つ生物に飲み込まれ、溶かされて殻の一部とされてしまう。そしてダイヤモンドの奔走とシンシャの知恵により復元され無事復活すると、自身を飲み込んだ生物と話せるようになっていた。
殻の中にいた生物はアドミラビリス族のウェントリコスス王と名乗り、故郷の海に帰りたいとフォスを誘う。フォスと海に入った王は一族に伝わる「にんげん」が「月人・宝石・アドミラビリス」の先祖だと話す。実は王はフォスを謀っており、月人に捕らわれていた弟アクレアツスと引き換えにフォスを月人に引き渡し、その際の襲撃でフォスは両足を失ってしまう。しかし、アクレアツスが月人を撃退し、月に一族ごと捕らわれ、人質にされていたという事情を知ったフォスは王を赦す。感謝したウェントリコススは、弟の貝殻の一部からアゲートの詰まった角を与えて、フォスを陸に帰した。
戻ったフォスは足を欠損したことでアドミラビリスのことや聞いた話の記憶をも失っていた。失った足の代わりに貝殻とアゲートをつけたフォスは皆が驚くほどの俊足となり、念願の見張りの仕事を許可されたが、一緒に組んだアメシストが月人に襲われ危機に陥る。
アメシストは宝石の中で最強のボルツと金剛先生に救出されるが、敵を前に動けなかったフォスはひどく落ち込む。間もなく冬が訪れ、宝石たちは皆そろって冬眠に入る。しかし、フォスは戦うことのできなかった自分への悔しさで眠らずにいた。
フォスは鍛錬を兼ねて冬の番をしているアンタークチサイトの仕事を手伝うが、流氷の囁きに騙されて両腕を奪われる。失った腕を補うための素材を求めて、フォスとアンタークは緒の浜に赴く。試しに金と白金の合金をつけてみると、合金はフォスの意志と関係なく動き出し、彼を包み込んで閉じ込める。そこへ月人が襲来し、アンタークは満身創痍となりながらも撃退するが、フォスを救出しようとした隙を突かれて破壊され、拐われてしまった。
この事件はフォスの心に深い傷を負わせ、以降フォスは何度も、アンタークが目の前で崩れ去る悪夢を見ることになる。合金を制御できるようになったフォスは月人を容易に撃退する力を手に入れたが、悪夢を見るために眠ることもできず、罪悪感から逃れられないまま、アンタークの仕事を代わりに淡々とこなす冬を過ごした。
春になり、冬眠から目覚めた宝石たちはフォスの変貌に驚く。戦闘力の増したフォスは、ダイヤとコンビを組んでいたボルツに望まれ試しに組むことにしたが、見回り中に巨大な新種の月人が学校を襲ってきて大騒動となり、フォスたちは苦戦する。しかし、月人は金剛先生の前で打って変わっておとなしくなり、その際に金剛が月人に「しろ」と親し気に声をかけたのを聞いたフォスは、金剛と月人の関係に疑問を持つ。シンシャから、両者の関係に全員薄々気付いていると言われたフォスは、月人についてもっと知りたいと思うようになる。
フォスは久しぶりに目覚めた古参のパパラチアに月人と話がしてみたいと打ち明け、慎重にやるように忠告を受ける。月人研究担当のアレキサンドライトからは月人について徹底的に学ぶ。金剛を見極めようと観察するフォスは、金剛が戦いの最中に自身のかけらで月人を撃退したのを目撃し、身を削ってまで月人と戦っていることを知って混乱する。新たに図書係であったゴーストクォーツと組んだフォスは、彼の賛同もあって月人を理解するために直接的な接触を試みようとする。
月人と接触することに気を取られ、戦闘中に動作不良になったフォスを助けようとしたゴーストは、月人の猛攻によって表面を剥がされて拐われ、内蔵されていた別の宝石があらわれる。アンタークに続き、短期間にふたりのパートナーを自分のせいで月人に奪われたフォスは錯乱してゴーストの中にいた宝石をアンタークと呼び、合金が自身を砕いてしまう。宝石たちの奮闘で落ち着きを取り戻したフォスは、ゴーストの中にいた宝石に別の名を付けることを提案し、金剛は彼をカンゴームと名付ける。そのままカンゴームと組むことになったフォスだったが、見回り中に襲撃してきた月人からカンゴームを庇い、頭部を奪われ不可動状態に陥った。カンゴームはフォスの体に、フォスとは逆に首から下を月人に奪われたラピスラズリの頭部を接続する提案をする。
金剛はフォスにラピスラズリの頭部接合を許可する。医療担当のルチルによって施術されたフォスだったが、そのまま眠り続けることになる。102年後、長い眠りから覚めたフォスは、その日の夜、夢でラピスと邂逅し彼の知識を与えられる。こうしてまた変貌を遂げたフォスは、ウェントリコススの子孫ウァリエガツスと出会い、足の欠損とともに失っていた記憶である「にんげん」の伝説を再び教えられる。フォスはその真実について金剛に問いただすが、「答えられない」と教えてもらえない。フォスは真実を知るため月に行くことを決心し、カンゴームの協力を得て、わざと月人に拐われることで月に向かう。
月に着いたフォスは、月人の代表者であるエクメアから思わぬ歓待を受けて戸惑い、拐われた宝石たちが粉にされ、地面に撒かれていることを教えられ愕然とする。エクメアは金剛の正体が人間に作られた機械であると明かす。金剛は祈ることで月人を無に還す役目を持つが果たしておらず、宝石を誘拐し、粉にして撒いたことも、刺激を与えて祈りを促すためだったと語る。
フォスは金剛が月人のために祈れば宝石たちが脅かされることはなくなると考え、宝石たちが離反したと見せかける事で刺激を与えようと計画する。これを受け入れたエクメアは、監視のためフォスの左目を合成真珠に代え、宝石たちのもとに送り帰す。フォスは月から無事に帰ってきた初めての宝石として仲間から祝福を受け、計画のために彼らの月への興味をかきたてていくが、金剛はフォスに対し怪しむどころか、平然として動じる様子も見せない。フォスは計画に入れる仲間たちの目処がたったあとにシンシャを誘うが、期待に反して断られてしまう。約束の夜、フォスたちの前に迎えの月人が現れる。
計画に乗った宝石たちを連れ、フォスは月へと戻った。しかしフォスの思惑は外れ、この裏切り行為に傷ついたのは金剛ではなく、それぞれが愛する者に置き去られた宝石たちだった。この事態に金剛は宝石たちを集めると、システム上の制限を受けながらも自分の正体と学校の成り立ちについて明かす。また、現在の状況は自身の身勝手から作り上げられた歪で稚拙なものであり、皆を救い出そうとするフォスの目的は正しいとして、宝石たちが全員月に向かうよう促した。しかしユークレースは金剛と新たに対等な関係を築く道を提案し、最終的に金剛も承諾する。
月ではエクメアの処置により、パパラチアが完全な形で復活した。しかし粉にされた仲間のうち、硬度5以下のものを復活させる技術は無く、アンタークが戻らないと知ったフォスは、そのショックから精神に変調をきたし始め、見かねたカンゴームは自分をアンタークとして偽装させるようエクメアに要求する。しかしその意思がゴーストの存在に縛られてのものであることをエクメアに見抜かれ、自由を求めて瞳の光彩に残ったゴーストを取り除く処置を受ける。
エクメアは、宝石たちが金剛を慕い、守ろうとするのは、無思慮な人間による破壊を免れるべく「愛の装甲」と呼ぶべき機能を備えているためだと語る。フォスは仲間の復活の対価として金剛に夜襲をかけることになるが、自我を確立し始めたカンゴームに補佐役を断られ、イエロー、パパラチアと共に地上の宝石たちと交戦。フォスはボルツと闘いながら、争いの原因は金剛にある、みんなのためだと説得するが、ボルツはその言葉を卑怯だと返す。イエローは闘いを放棄し、フォスを庇ったパパラチアはシンシャの毒を浴び、フォスはボルツに体を両断されて倒れる。ユークレースはフォスを理解し、受け入れようと言葉をかけるが、その時月人を引き連れたカンゴームが現れフォスの頭を砕き、3人を回収して去ってしまった。
カンゴームの行動は周囲を気遣ってのものだったが、エクメアは心配のあまり強く叱責する。二人はすでに互いを想い合う恋人同士となっていた。一方フォスは自分の立場に悩み、自壊するほど情緒不安定となる。イエローは無気力に陥り、パパラチアは復活の目途が立たずにいた。
フォスはカンゴームと再会し、救出を感謝するが、カンゴームからはこれまでの関係を否定され、また仲間を振り回し、傷つけているとして思い上がりや傲慢さを指摘される。責任を感じたフォスは他の仲間に謝罪し、次は武器を持たずに一人で金剛を説得に行くと告げる。
宝石たちが訪れたことで活力を得た月人たちは、新しい文化や研究の成果を上げつつあった。エクメアとカンゴームは結婚式をあげ、以降カンゴームは月人の「姫」として豪奢な暮らしを送るようになる。エクメアと愛情を確認しあったカンゴームは、ともに無に行くことを決意する。
粉にされた宝石たちの復活も進みつつある中、フォスは単独非武装で地上を訪れるが、警戒したボルツに体を割られ、捕らわれの身となる。フォスは檻の中から金剛に祈りを懇願し、その願いは初めて資格認証を突破するが、金剛は自らに致命的な不具合があり、祈ることができないと告げる。フォスは再度祈りを乞おうとするが、思わず差し伸べた手を攻撃と見なされ、ボルツの鞭で粉々にされてしまう。フォスの身体は安全のためだとしてシンシャの提案によりバラバラにされ埋められる。220年後、フォスのことが忘れられた時に金剛はフォスを組み立てた。フォスは金剛に祈れと迫る。
フォスは金剛の合掌を押さえつけて強制的に祈らせ、月人たちはようやく無に行けると沸き立つ。エクメアは金剛が今まで祈らなかった理由を、故障により力の制御ができず、ひとたび祈れば月人だけでなく、アドミラビリスや宝石も無に帰してしまうためであり、宝石への執着が故障の原因であり、また金剛に自我を発生させたと語った。
祈りは成就するかと思われたが、あと一歩のところで異常を察した宝石たちが冬眠から目覚めて駆け付け、フォスはかろうじてその場を脱出、そこへパパラチアがあらわれ、自分の体と引き換えにフォスを月に帰らせる。エクメアはフォスの修復にあたり、宝石たちによりバラバラにされ埋められていた200年の記憶を重点的に修復するよう命じる。修復されたフォスは錯乱状態になり、金剛はまだ自分を愛しているので必ず祈る、次は邪魔をする宝石たちをすべて粉にすると狂気じみた言動をする。錯乱状態で復活したフォスは、ダイヤモンドを唆して焚きつけ、アレキサンドライトとベニトアイトを伴って地上へと向かった。
宝石たちが新しく決めた金剛の誕生日を祝ったその夜、フォスたちは地上を訪れた。ダイヤモンドたちはそれぞれの敵と対決、相討ちとなる。そのころ、カンゴームは醜く成り果てたフォスを人間のようであると嘲笑し、エクメアに人間を作ることをやめて正解だと言う。エクメアはカンゴームに金剛を祈らせるためにフォスを利用し、秘かに人間として仕立て上げるよう操作していたことを告白し、金剛の致命的な故障を乗り越えるため、フォスには人間を超えてもらうと語る。
地上に降りたフォスは生き残った宝石たちを次々に砕き、シンシャをも自らの手にかける。フォスは改めて金剛に祈ってほしいと訴えるが、不具合を理由に断られると、金剛をも襲う。金剛は「一心に幸福を祈りなさい」の言葉を残して壊れる。地上に来たエクメアはフォス以外すべての宝石を回収して帰還。月では宝石を月人化する機械が開発され、宝石たちと金剛は自ら望んで月人となり、月と地上の戦いはここに終わりを告げた。かつて宝石だった者たちは、富に満ちた月で享楽に溺れる日々を謳歌する。
かつて金剛が持っていた能力は、フォスが受け取った目を通じてインストールされるが、完全移行までは1万年かかる。フォスは完全な神となるまでの間、かつて人類が迎えた破滅の記憶を見続けながら、苦しみの1万年を過ごすことになった。1万年後、さらに変貌を遂げたフォスのもとに月人たちが集まり平伏する。万能の存在となったフォスは「初めからずっとひとりだった」と語り、月人の悲願だった「すべてを無にする」を祈りの力で叶える。全ての生物は消え失せフォスひとりが残された。
無数の月日が流れたある日、フォスは地上に新たに生まれた岩石生命体を発見。複数の岩石生命体と交流するうち、フォスは自分の中に「人間」が残存していることに気付き慄然とする。そこへ金剛の兄が現れる。兄はフォスの体に人間は残存していないと分析。わずかに残ったフォスフォフィライトの破片は月人からフォスの本来の純粋さがあるから残すよう命じられているという。兄はフォスと岩石たちに人間が消滅するまでの歴史を語る。それから3万年後、水星が太陽に飲み込まれる。地上の気温も急上昇するが、月人が用意した脱出ポッドが起動。兄や岩石たちが乗り込むが、フォスは人間の根絶という目的のため乗船を拒否。兄はフォスからフォスフォフィライトの破片を抜き取り外宇宙へ脱出する。
フォスは軽やかな気持ちで太陽系とともに燃え尽きる。抜き取られたフォスの破片は粉々になったが、その一つが生命を宿していることに気づいた皆は「一番小さい弟」として迎えいれる。脱出ポッドは燃料切れで近くの星に不時着する。さらに時は流れ、兄と石ころたちは移住した星で平穏に暮らしていた。小さなフォスは宇宙に散った自分の分身が彗星となり「だれかのきぶんをあかるくしてるといいな」と願う。