X-ファイルのエピソード一覧
第6シーズン（1998年 - 99年）

→詳細は「en:The X-Files (season 6)」を参照
| No>  | # | タイトル | 監督 | 脚本 | 放送日 | プロダクション コード | 合衆国視聴者数 （百万） |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |

| 118 | 1 | "ビギニング" "The Beginning" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 1998年11月8日 (1998-11-08) | 6ABX01 | 20.34 |
 映画『X-ファイル ザ・ムービー』から続く。X-ファイル課は再開されることになったものの、担当は彼らはではなく、なんとジェフリー・スペンダーとモルダーの元同僚で恋人同士だったダイアナ・ファウリーであった。別部署に飛ばされたモルダー達の上司にはカーシュ副長官が当てられ、超常現象に懐疑的なカーシュはX-ファイルからは手を引くように圧力をかける。一方、同時期にブラックオイルに感染したある作業員が自宅にて体内で異星人が誕生したことで内側から抉り出されるようにして殺され、その後様子を見に来た同僚も異星人に惨殺されるという事件が発生。予想外の事態に必死に内密に事を運ぼうとするシンジゲート。そしてモルダーは独自にこの事件を知り調査を開始する。その頃、シンジゲートによって異星人捜査の為にある少年が利用されようとしていた。彼こそ人の心が読めるという超能力を持った少年ギブソン・プレイズであった。
| 119 | 2 | "迷走" "Drive" | ロブ・ボウマン | ヴィンス・ギリガン | 1998年11月15日 (1998-11-15) | 6ABX02 | 18.5 |
 ネバダ州で暴走車から救出された人質の女が救出直後に死亡した。スカリーは感染症を疑い調査を開始。一方、モルダーは警官を振り切った暴走犯の人質にされてしまった。
| 120 | 3 | "トライアングル" "Triangle" | クリス・カーター | クリス・カーター | 1998年11月22日 (1998-11-22) | 6ABX03 | 18.2 |
 オープニングのスローガンは「Die Wahrheit ist irgendwo da drausen」。これは通常のスローガン「The Truth is Out There」（真実はそこにある）をドイツ語にしたもの。バミューダ・トライアングルで漂流していたモルダーは、ある船に救助された。その船は60年前に同海域で突然消息を絶った豪華客船クイーン・アン号だった。彼はタイムトラベルしていたのであった。その頃、現在の時間の中でモルダーが行方不明になった事を知ったスカリーはローン・ガンマンと共にFBI内を駆け回って糸口を探そうとする。最初スキナーに助けを求めるが断られ、カーシュのオフィスに行くとCSマンと会っている所に出くわしてしまう。さらにX-FILE課に行きスペンダーにも助けを求めるがカーシュとCSマンに密告され裏切られる。スペンダーが居なくなった後、ダイアナにかかってきた電話をスカリーが出て応対するが、その内容はスカリーの行動を告げるもので、ダイアナがシンジケートの一員であることを示唆するような内容だった。最終的にスキナーが協力し、スカリーが嬉しさのあまりスキナーにキスする。このエピソードでは監督であるクリス・カーターが一つのフィルム約10分程度のものを連続撮影して4つ繋げて1つの話にするという試みがなされた。そのため、映像の中ではシーンが途切れることなく連続して放送されているカメラ・ワークを見ることができる。
| 121 | 4 | "ドリームランド Part.1" "Dreamland" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 1998年11月29日 (1998-11-29) | 6ABX04 | 17.48 |
 エリア51の職員から匿名の情報提供があり現地へ向かうモルダーとスカリー。入り口で職員のモリスから尋問を受けていると頭上をUFOらしき物体が通り過ぎた。次の瞬間、モルダーとモリスの魂が入れ替わってしまった。
| 122 | 5 | "ドリームランド Part.2" "Dreamland II" | マイケル・ワトキンス | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 1998年12月6日 (1998-12-06) | 6ABX05 | 17.01 |
 元に戻る方法を模索するスカリー。陰謀に携わる者の悲哀を知るモルダー。一方のモリスはモルダーとして新たな人生を楽しく生きようとしていた。
| 123 | 6 | "クリスマス・イブの過ごし方" "How the Ghosts Stole Christmas" | クリス・カーター | クリス・カーター | 1998年12月13日 (1998-12-13) | 6ABX08 | 17.31 |
 クリスマス・イブの夜、心霊スポットとして有名な屋敷で、老夫婦の幽霊がモルダーとスカリーを手玉に取り、様々なイタズラをしかけていく。
| 124 | 7 | "愛児" "Terms of Endearment" | ロブ・ボウマン | デヴィッド・アマン | 1999年1月3日 (1999-01-03) | 6ABX06 | 18.69 |
 出産を間近に控えたある妊婦が、夜中に悪魔のような謎の化け物に襲われて無理やり子供を奪われてしまう。夢かと思われたが実際カーペットには大量の血が付着し、現実に起こった事件であると判明する。新婦の兄がX-ファイル課に提出した捜査依頼書を入手したモルダーは本来の業務をスカリーに押しつけて勝手に現地に行って捜査を開始する。この捜査依頼書はスペンダーが受け取ったそばからシュレッダーにかけたものをモルダーがゴミ箱を漁って紙に貼り付けて復元した。
| 125 | 8 | "レイン・キング" "The Rain King" | キム・マナーズ | ジェフリー・ベル | 1999年1月10日 (1999-01-10) | 6ABX07 | 21.24 |
 雨乞い師の行くところ必ず雨が降る。という力を利用して詐欺をやっている、通称レイン・キングと呼ばれる男性がいるので、そいつを捕まえてほしいという依頼を受けたモルダーとスカリー。疑いながらも、彼らの目の前でなんと本当に雨乞い師のところ一帯に雨が降る、という状況に出くわす。ところがそれは雨乞い師の力ではなかった。
| 126 | 9 | "S.R.819" "S.R. 819" | ダニエル・サックハイム | ジョン・シャイバン | 1999年1月17日 (1999-01-17) | 6ABX10 | 15.65 |
 ジムで倒れ、病院で目覚めたスキナーに一本の電話が入る。それは、「お前にはあと24時間の命しかない」と機械音声で伝える死の宣告であった。スカリーはスキナーの症状から毒を盛られたと推測、彼の血液から未知の物質の増殖を発見する、その正体は新技術で開発されたナノマシン。スキナーはクライチェックによってナノマシンを体内に注入されていた。この話の冒頭ではモルダーが天井に向かって鉛筆を投げ刺している。
| 127 | 10 | "ティトノス" "Tithonus" | マイケル・ワトキンス | ヴィンス・ギリガン | 1999年1月24日 (1999-01-24) | 6ABX09 | 15.83 |
 相変わらず身元調査の仕事をさせられるモルダーとスカリー。淡々と仕事をこなすスカリーに対して、机に足を投げ出して電話するなどやる気のないモルダー。モルダーは「上手くいけばトイレ掃除の仕事を回してもらえる」などと冗談を飛ばしているとスカリーがカーシュから呼び出される。FBIニューヨーク支局の捜査官は犯罪現場写真家の老人フェリッグが、人の絶命の瞬間をカメラに収め続けていて、彼が殺人を犯しているのではないかと疑い、スカリーに捜査への協力を依頼する。スカリーはニューヨークへ向かい調査を始めるが、モルダーはX-FILEがらみと疑い事件を勝手に嗅ぎ回る（カーシュに届いたメールを入手するなど）。その後の調査により、フェリッグが名を変えてアメリカ各地を転々としていた事、そして百年以上も前から指名手配になっていた事が判明する。
| 128 | 11 | "ファイト・ザ・フューチャー Part.1" "Two Fathers" | キム・マナーズ | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 1999年2月7日 (1999-02-07) | 6ABX11 | 18.81 |
 これまでの陰謀を巡る戦いにひとつの決着をつける話。このパート1は、C.S.マンのある人物への一連の流れの回想を聞かせるという形で描かれる。「ペイシェントX」でUFOに連れていかれたカサンドラが発見される。しかしながら彼女はすでに宇宙人と人間のハイブリッドの第1号として生まれ変わってしまっていた。
| 129 | 12 | "ファイト・ザ・フューチャー Part.2" "One Son" | ロブ・ボウマン | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 1999年2月14日 (1999-02-14) | 6ABX12 | 16.57 |
 シンジゲートが誕生するきっかけとなった、ロズウェル事件以来彼らが裏で行ってきた「異星人入植計画」の全貌が明かされる。ハイブリッドであるカサンドラが誕生してしまったことで、事態は急変し入植計画を急ぐシンジケート。そしてその先には思いもよらない結末が待っていた。
| 130 | 13 | "アグア・マラ" "Agua Mala" | ロブ・ボウマン | デヴィッド・アマン | 1999年2月21日 (1999-02-21) | 6ABX14 | 16.91 |
 第5シーズンに登場したX-ファイルの創始者である、アーサー・デールズの依頼を受けて、フロリダ州に向かったモルダーとスカリー。そこはハリケーンに襲われている真っ只中であった。デールズによれば、このハリケーンの最中に知り合いの海洋学者が得体の知れないものに襲われて消息を絶った、というものであった。捜査を進めながら、二人はとあるコンドミニアムに避難するが、そこにはまだ何人か住人たちが残っていた。そんな状況下で彼らは深海生物と思われる何ものかに襲われる。
| 131 | 14 | "月曜の朝" "Monday" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン | 1999年2月28日 (1999-02-28) | 6ABX15 | 16.74 |
 モルダーのデジャ・ヴ。一人の女が繰り返される月曜日から抜け出そうと試む。
| 132 | 15 | "スイート・ホーム" "Arcadia" | マイケル・ワトキンス | ダニエル・アーキン | 1999年3月7日 (1999-03-07) | 6ABX13 | 17.91 |
 新興住宅地アルカディア・フォールスで奇怪な失踪事件が起こる。モルダーとスカリーは潜入捜査の為、主を失い現在は空き家となった家に夫婦として入居する。アルカディアの住人たちは好意的であるものの、そこの規則は異常なほどに細かく厳しいものであった。その規律の中心には「住民組合会長」なる者が居る。
| 133 | 16 | "絶滅種" "Alpha" | ピーター・マークル | ジェフリー・ベル | 1999年3月28日 (1999-03-28) | 6ABX16 | 17.67 |
 中国からカリフォルニア州に運ばれてきた絶滅したはずの犬。それは人間以上の知能を持ち、自らを捕らえた人間たちに復讐を開始する。「I WANT TO BELIEVE」のポスターが復活。
| 134 | 17 | "電界" "Trevor" | ロブ・ボウマン | ジム・ガットリッジ & ケン・ハウリュー | 1999年4月11日 (1999-04-11) | 6ABX17 | 17.65 |
 ミシシッピ州の刑務所で屋外の独房に入れられていた囚人が、竜巻に巻き込まれ結果的に脱獄することとなった。かれは竜巻により多量の電磁波を浴び、物体をすり抜ける能力を身につけていた。
| 135 | 18 | "ミラグロ" "Milagro" | キム・マナーズ | 原案: ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ 脚本: クリス・カーター | 1999年4月18日 (1999-04-18) | 6ABX18 | 15.2 |
 傷痕を一切残さず心臓だけが摘出される、という世にも恐ろしい連続殺人事件が発生。フードを深く被った容疑者に襲われ、男の子が心臓をえぐり取られ殺害されたのだ。そんな中、何者かがモルダーのオフィスに封筒を滑り込ませていった。差出人不明の封筒には、炎に包まれた心臓を手に持ったレリーフの小さなペンダントが入っていた。やがて、捜査線上にモルダーの家の隣室に引っ越してきた若い作家、フィリップ・パジェットが浮上する。
| 136 | 19 | "アンナチュラル" "The Unnatural" | デイヴィッド・ドゥカヴニー | デイヴィッド・ドゥカヴニー | 1999年4月25日 (1999-04-25) | 6ABX20 | 16.88 |
 オープニングのスローガンは「In the Big Inning」（ビッグ・イニング）。1974年、エックスリーという伝説的な選手が黒人野球チームに属していた。人種差別主義者から彼を守るため、警察官デールスが護衛を担当する。チームに同行したデールスはエックスリーの正体を見てしまう。
| 137 | 20 | "荒野の三人" "Three of a Kind" | ブライアン・スパイサー | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン | 1999年5月2日 (1999-05-02) | 6ABX19 | 12.94 |
 ラスベガスで開かれている秘密兵器会議を探っていたローン・ガンメン。かつてXに誘拐された科学者スザンヌ・モデスキーをカジノで見かけ、彼女を救うため、スカリーを巻き込んで活動を開始する。
| 138 | 21 | "トリップ" "Field Trip" | キム・マナーズ | 原案: フランク・スポトニッツ 脚本: ジョン・シャイバン & ヴィンス・ギリガン | 1999年5月9日 (1999-05-09) | 6ABX21 | 15.38 |
 ハイキングに行ったカップルが、数日後、白骨死体となって発見された。モルダーは、発見現場が不思議な光が発見されているブラウン山であることから異星人に関わる事件だと睨む。現場へ向かうと、洞窟の中で死んだはずのカップルを発見。二人は強い光に誘導され、異性人に拉致されていたという。その後、再び強い光が洞窟の中に差し込み、モルダーはその中へ突き進む。
| 139 | 22 | "創世記" "Biogenesis" | ロブ・ボウマン | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 1999年5月16日 (1999-05-16) | 6ABX22 | 15.86 |
 コートジボワールでナバホ語が書かれた遺物が発見されるが、それをアメリカに持ち込んだ大学教授が殺害される。モルダーはその捜査で遺物の写真を手にすると、激しい頭痛に襲われ、他人の心が読めるようになるのだった。