劇場版マクロスΔ
劇場版マクロスΔ 絶対LIVE!!!!!! > ストーリー（絶対LIVE!!!!!!）

→前作のストーリーについては「§ ストーリー（激情のワルキューレ）」を参照
2068年、ウィンダミアと新統合政府の和平交渉が進められるなか、ワルキューレはウィンダミアの王都ダーウェントで停戦記念ライブを開催する。そしてフレイアはワルキューレメンバーやΔ小隊、空中騎士団とともに故郷レイブングラス村に帰り、村人たちに暖かく迎え入れられ楽しいひとときを過ごす。しかしそこへ、異星人の排斥を叫ぶ村人の一団が現れて場を荒らしだす。空中騎士団のボーグ・コンファールトは彼らと同じく地球人に対するわだかまりを抱えながらも、国王ハインツの意思に従ってワルキューレの護衛に回り、神官のヨハン・ウインリーが仲裁に入ることで、ひとまず争いは避けられる。その夜、フレイアは祖母や両親たちから受け継がれてきた大切なリンゴ畑をハヤテに案内し、ハヤテもパイロットだった亡き父ライトとの思い出を語る。ウィンダミアに伝わる伝説の歌を歌うフレイアに、ハヤテは自分の思いを告白し、フレイアは自分を10日しか咲かないリンゴの花にたとえて躊躇しつつも、ハヤテの思いに応えようとする。
そのとき、謎の歌声とともに改造マクロス級「バトル・アストレア」が出現し、同艦に搭載された無人可変戦闘機（ゴースト）部隊が襲撃を開始する。爆撃により村とリンゴ畑が火の海と化すなか、ワルキューレは歌で敵の生体フォールド波に対抗し、Δ小隊と空中騎士団、旗艦を発進させたハインツが迎撃にあたるが、美雲に似た「闇の歌い手」の歌で強化された敵の猛攻に追いつめられてゆく。そこへ、ミラージュの祖父マクシミリアン・ジーナス（マックス）が艦長を務めるケイオス・リスタニア支部所属「マクロス・ギガシオン」が駆けつけ、ワルキューレとΔ小隊、ボーグたちを収容してウィンダミアを離脱する。
ギガシオンの医務室でハヤテたちは、村人を守るために遺跡のバリアを起動させ、感覚器官「ルン」を激しく輝かせて全身が結晶化したヨハンの最期に立ち会う。ヨハンは、特務諜報員だったライトが「星の歌い手」の細胞をウィンダミアのために奪還しようと尽力したことをハヤテに語り、ルンを輝かせて歌うことの代償にみずからの命を削っていたフレイアには「なんのために生き、なんのために歌うのか」を考えるように告げる。
ウィンダミアとラグナを制圧した組織「ヘイムダル」の指導者イアン・クロムウェルは、新統合政府に多大な影響を及ぼしケイオスに指示を与える存在「レディM」が、プロトカルチャーの進んだテクノロジーを制限・独占することで人類を裏から支配してきたと主張し、これを排除して人類を解放すると宣言する。もうひとりの「星の歌い手」の細胞を組み込んだ量子AIシステム「セイレーンデルタシステム」から生まれたヴァーチャロイド「闇の歌い手」を利用し、球状星団の遺跡すべてを制圧することで全銀河への侵攻をもくろむヘイムダルを阻止すべく、マックスはレディMからのオーダーを皆に伝える。
ギガシオンは反攻拠点である元ゼントラーディの工場衛星にたどりつく。Δ小隊は新たにボーグを隊員に加え、ワルキューレの歌に共鳴して性能を向上させるフォールドクォーツを増設した機体、VF-31AX カイロスプラスの訓練に入るが、天才パイロットであるマックスとの模擬戦で惨敗を喫する。ハヤテとボーグのいがみ合いを制止しつつも自身の才能に劣等感を抱くミラージュに対し、マックスは「エースの才能はない」と断じる。ハヤテは、燃える畑で拾っていたリンゴの実をフレイアに届け、長い時間をかけても種から畑をよみがえらせようと励ますが、そのために寿命の異なる種族としての違いに直面することになり、ミラージュやワルキューレのメンバーは、悩むふたりを後押しする。
ギガシオンのブリッジに戻ったマックスとΔ小隊の隊長アラド・メルダースは、潜入していたヘイムダルのロボット兵器に襲われる。なんとかこれを破壊するもののアラドは重傷を負い、ギガシオンの居場所と亜空間に存在するレディMこと「レディ・メガロード-01」の座標を敵に把握される。ほどなくして敵ゴーストの編隊が襲来し、セイレーンデルタシステムがワルキューレを学習することで、「闇の歌い手」は5人のヴァーチャロイド・ユニット「Yami_Q_ray（ヤミキューレ）」となる。その歌により球状星団の各惑星にプロトカルチャーシステムが出現し、全銀河につながるスーパーフォールドゲートが形成される。侵入した敵を迎撃するハヤテの危機に際して、極限まで高まったフレイアの生体フォールド波が共鳴し、ハヤテは感覚拡張を起こして意識を暴走させながらも善戦する。しかし、そのために激しくルンを輝かせたフレイアは結晶化が全身に広がり、立つこともままならなくなるほどに衰弱する。
爆発する工場衛星から離脱し、他の艦隊と合流したギガシオンは、惑星アルヴヘイムの遺跡に開かれるゲートを利用してウィンダミアへと攻め込む作戦に臨む。作戦開始直前、フレイアは治療室を抜け出しワルキューレとして歌おうとしながらも、ハヤテに死への恐怖を吐露して葛藤に苦しむ。それを聞いたハヤテは、自分と一緒に生きてほしいと願ってフレイアを抱きしめる。
銀河各地にゲートが開き戦乱が勃発するなか、「オペレーション・ヨルムンガンド」を始動したギガシオン率いる艦隊はゲートを突破し、ウィンダミアへとたどり着く。亜空間へつながるゲートを開いてメガロード-01を出現させ、主砲ハイパーマクロスキャノンでこれを消し去ろうとするアストレアに対して、アラドの任命によりミラージュが隊長を務めるΔ小隊がフォールドジャミングで歌の効果を封じ、ギガシオン率いる艦隊がマクロスキャノンを一斉に発射するが、ジャミングに対応したセイレーンデルタシステムに強化された次元バリアに防がれる。惑星自転の影響で射線に入ったウィンダミアの地表もろともメガロード-01を葬ろうとする主砲の発射を阻止するには、ワルキューレの歌でカイロスプラスの出力を上げて次元バリアを突破し、アストレア内部のシステムを破壊するしかない。いつかあらゆる戦いを終わらせて皆で一緒に生きるというハヤテの言葉に呼応して、フレイアはリンゴの種を入れたペンダントを身につけ、ワルキューレメンバーと合流する。自分にとって生きるとはワルキューレとして歌うことだというフレイアは、皆と一緒に「絶対生きたい」と叫ぶ。ワルキューレの5人は思いをひとつにして熱唱し、ハヤテも歌に支えられながらワルキューレを守って飛ぶ。激戦のなか、ミラージュはリーダーとしての才能を開花させ、それを見たマックスはブリッジで指揮を執るアラドに艦長の座を譲り、パイロットとして出撃する。そしてハヤテはマックスとΔ小隊に背後を任せ、アストレアへと突撃する。次元バリアに阻まれたハヤテに向けて、フレイアたちはウィンダミアに伝わる伝説の歌を歌う。その歌を感じ取ったウィンダミア人たちも合わせて歌い、それぞれのルンがまるで花のように輝きだす。セイレーンデルタシステムの内部でも大きな変化が生じてYami_Q_rayの闇フレイアも同じ歌を歌いだし、ハヤテはついにバリアを突破してアストレアのブリッジに突入する。艦にひとり残ったクロムウェルの手により主砲が放たれる寸前、ギガシオン率いる艦隊の砲撃が命中して照準は外れ、発射時の誘爆によりアストレアは爆沈する。ハヤテは、「星の歌い手」の細胞から生まれた新たな命を宿したセイレーンデルタシステムの中枢部を保護して生還する。
ウィンダミアの大地に降りてゆくギガシオンのステージで目を覚ましたフレイアに、ハヤテはセイレーンデルタシステムから取り上げた、頭にルンをもつ赤子の姿を見せる。そしてハヤテに抱きかかえられたフレイアの眼前には、歌いつづけるウィンダミア人たちの「ルンの花」がリンゴの花のように美しく輝く光景が広がる。それからしばらく語りあったのち、フレイアはハヤテと口づけを交わし、安らかな眠りにつく。
時は流れ、白い花を咲かせたリンゴ畑で、ハヤテとルンをもつ子供が仲睦まじく過ごしているところで物語は終わる。