ミステリー・ディスク
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ザッパは1969年8月のインタビューで、The History and Collected Improvisations of The Mothers Of Inventionと題した10枚組アルバムを年内に発表すると語った。彼はこのアルバムにMOIの音源だけでなく、彼がミュージシャンとしての道を歩み始める前の1950年代に録音したものや、MOIが結成される前の1960年代前半にカリフォルニア州クカモンガ（現ランチョ・クカモンガ）で行なった初期の音楽活動の未発表音源も収録するつもりだった。しかし、この計画は主に経費が理由で実現しなかった。Mystery Disc 1とMystery Disc 2には、The History and Collected Improvisations of The Mothers Of Inventionに収録される予定だった曲も幾つか含まれたとされている。以下、ライコディスク（RCD 40573）のライナーノーツと参考文献に基づいて、内容を概説する。
ザッパの作曲家としての初仕事になった西部劇映画"Run Home Slow"（1965年）の主題曲'Theme From Run Home Slow'は、1964年にロサンゼルスのOriginal Soundのスタジオで11人編成のオーケストラとザッパ（ギター）によって録音された。なお1996年に発表された編集アルバム『ロスト・エピソード』には、同じ顔ぶれによって録音された'Run Home Slow Theme'が収録されたが、ステレオ録音である、冒頭部分でトロンボーンとピアノが演奏されている、ギター・ソロがない、トランペットの演奏が異なる、などの違いがあり、異なる音源であると推測されている。
'Original Duke of Prunes'は'Theme From Run Home Slow'と同じ顔ぶれによって録音された。後にザッパはこの曲に詞をつけて、'The Duke of Prunes'としてMOIのアルバム『アブソリュートリー・フリー』（1967年）で発表した。
ザッパは1960年にレコーディング・エンジニアのポール・バフ（Paul Buff）に出会い、バフが50年代後半にクカモンガに設立したパル・レコーディング・スタジオ（本稿ではパル・スタジオと略する）で、バフから技術を学びながら共同または単独で様々なレコーディングを行なっていた。そして"Run Home Slow"の音楽を担当して得た報酬を資金源に、1964年7月にバプからパル・スタジオを買い取ってスタジオZと改名して、8月1日に再出発させた。'Opening Night at "Studio Z" (Collage)'は、再出発のパーティーでの録音のコラージュで、出席したドン・グレン・ヴリート、ジム・シャーウッド、レイ・コリンズなどの声が収録された。
'The Village Inn'と’Steal Away'はクカモンガから80マイルほど離れたサン・ビレッジ（Sun Village）にあるビレッジ・イン（The Village Inn）で1965年の初頭に録音された。当時、ザッパは週末にビレッジ・インで演奏して一晩につき7ドルを受け取った。ベース・ギターを演奏したジョニー・フランクリンは、ザッパがアンテロープ・バレー・ハイ・スクールに在学中に結成したザ・ブラックアウツ（Tha Black-Outs）のメンバーだった。ビレッジ・インとフランクリンは、MOIのアルバムRoxy & Elsewhereに収録された'Village of the Sun'で取り上げられた。
'I Was a Teen-age Malt Shop'と'The Birth of Captain Beefheart'は1964年12月にスタジオZで録音された。'I Was a Teen-age Malt Shop'はザッパが当時書いていたロックン・ロールのオペラの主題曲。ヴリートが題を読み上げ、ザッパ（ピアノ）、ジム・シャーウッド（ギター）、ヴィック・モーテンセン（ドラムス）による演奏が続く。'The Birth of Captain Beefheart'は、ザッパとヴリートが共同で制作していたSF映画"Captain Beefheart Vs. The Grunt People"の科白である。この制作では、ザッパが台本を書いてヴリートが主役のCaptain Beefheartを演じていた。
'Metal Man Has Won His Wings'は、ザッパがヴリート（ボーカル）、モーテンセン（ドラムス）、Janschi（リズム・ギター）と結成したザ・スーツ（The Soots）の演奏。1964年にパル・スタジオで録音された。
'Power Trio from The Saints N' Sinners'は、ザッパがレス・パップ（ドラムス）、ポール・ウッズ（ベース・ギター）と結成したThe Muthersが、1964年もしくは1965年の週末に、オンタリオで演奏していた時の録音。
'Bossa Nova Pervertamento'は、1965年3月25日にスタジオZでザッパがThe Muthersのパップ、ボビー・サルダナ（ベース・ギター）と行なったセッションを録音したもの。
'Excerpt from The Uncle Frankie Show'は、ザッパがポモナ・カレッジのラジオ局のKSPCで放送する為にスタジオZで制作した音声の抜粋。録音はおそらく1964年10月であろうと推測されている。当時、彼は在校生のふりをして、このラジオ局に出入りしていた。
'Charva'はザッパが1964年にスタジオZでボーカル、ピアノ、ドラムスを全て自分で担当して録音した。彼が晩年に編集したアルバム『ロスト・エピソード』（1996年）には、同じ録音をモノラル編集したものが収録された。
'Speed-Freak Boogie'は、ザッパが1963年にパル・スタジオでダグ・ムーン（リズム・ギター）と録音したもの。ムーンが刻むリズムが一定の速度を保っているのに対して、ザッパのリード・ギタ―は速度を上げて再生されている。この技法はMOIのアルバム『アンクル・ミート』（1969年）に収録された'Nine Types of Industrial Pollution'でも用いられた。
'Original Mothers at The Broadside (Pomona)'は、コリンズが在籍していたザ・ソウル・ジャイアンツがザッパをギタリストとして迎えて、彼等が活動の拠点にしていたポモナのブロードサイドというバーで録音した。
'Party Scene from Mondo Hollywood'は1967年に公開された記録映画”Mondo Hollywood”のパーティーの場面の録音である。この映画はハリウッドのヒッピー文化を捉えたモンド映画で、監督のロバート・カール・コーエンがMOIの初代マネージャーのマーク・チェカの友人だったことから、MOIの出演が実現した。
'Original Mothers At Fillmore East'、'Harry, You're A Beast'、'Don Interrupts'、'Piece One'、'Jim/Roy'、'Piece Two'、'Agency Man'、'Lecture From Festival Hall Show'は、1968年10月25日にBBC交響楽団の13名の団員を迎えてロンドンのロイヤル・フェスティバル・ホールで行なわれたMOIのコンサートの音源である。これらのうち、'Original Mothers At Fillmore East'と'Lecture From Festival Hall Show'以外は、ザッパが病没した1993年の3月にBarking Pumpkin Recordsより発表されたAhead Of Their Timeに収録されたが、本作に収録されたものはいずれも異なる編集が施されている。
'Wedding Dress Song/The Handsome Cabin Boy'は、『ロスト・エピソード』に収録された音源と同一で、1968年2月から4月までの間に、ニューヨークのアポストリック・スタジオで録音された。
'Black Beauty'は1969年2月にフロリダ州マイアミビーチで録音されたもので、異なる編集版がYou Can't Do That on Stage Anymore, Vol. 5（1992年）に'Underground Freak-Out Music'として収録された。
'Skweezit Skweezit Skweezit'は1969年2月16日にコネティカット州ストラトフォードで録音されたものと推測されており、異なる編集版がFiner Moments（2012年）に'Squeeze It, Squeeze It, Squeeze It'として収録された。
'Chucha'と'Harmonica Fun'は1969年2月にフロリダ州マイアミのスタジオで録音された。'Chucha'ではローウェル・ジョージがリード・ボーカルを担当。'Harmonica Fun'と同一の音源がさらに長く編集されたものが、Finer Moments（2012年）に'You Never Know Who Your Friends Are'として収録された。
'The Story of Willie The Pimp'は1969年、'Mothers at KPFK'はおそらく1968年の録音。前者はアニー・ザナスというグルーピーがザッパに自分の父親の話をする内容。後者はロサンゼルスのラジオ局であるKPFKにMOIのメンバーが出演した時の放送である。