芙蓉部隊
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5月3日、沖縄本島の第32軍は八原博通高級参謀の反対にもかかわらず、牛島満司令官の決断により総攻撃を開始した。第五航空艦隊司令官宇垣纏中将はその援護のため、九州及び台湾の陸海軍全航空戦力を投入することを決定し、同日菊水五号作戦を発令した。芙蓉部隊は三次に分けて18機出撃したものの連日の作戦による酷使、被弾損傷がたたり、発進中止と引き返しが多発した。沖縄本島にようやく到達した8機も激しい対空砲火による被弾もあり、飛行場に投弾できたのはわずか1機で、大沢少尉、宮本上飛曹の二式艦上偵察機が鹿屋近郊まで帰還しながら墜落し両名とも戦死した。陸軍爆撃隊は重爆撃機9機と双発軽爆撃機10機で飛行場夜間爆撃を敢行し、火災5か所、爆発5か所の戦果を挙げ、飛行場制圧の目的を達したと報告し、その後の出撃した陸海軍の特攻隊の援護の役割を果たしている。
5月5日0時の出撃は悪天候のため14機中10機が引き返したが、彗星4機が北飛行場と伊江島飛行場を爆撃、未帰還は1機。宇垣より全力出撃の命令ありながら、機体の不調で引き返す機が続出し効果が上がらない芙蓉部隊は、翌6日は天候が回復したのにもかかわらず、機体整備に終日費やすこととなり、搭乗員らはバレーボールなどを楽しみ気分転換をおこなった。中途からの帰還機が多いのは陸軍飛行隊も同様で、5月4日に制空隊と通常攻撃隊62機が出撃したが、そのうち1/3がエンジン不調などで引き返しており、第6航空軍司令官菅原道大中将は頭を痛めている。
→詳細は「沖縄戦 § 日本軍総攻撃」、および「菊水作戦 § 菊水五号作戦」を参照
菊水六号作戦で、大本営は敵航空基地制圧のため、特攻機桜花を滑走路に突入させ大穴をあけて使用不能に追い込むといった奇策を講じることとし、5月10日夜間から翌日黎明にかけて、芙蓉部隊彗星10機、海軍一式陸上攻撃機14機、瑞雲6機、陸軍重爆撃機6機、が数段の構えで中・北飛行場を爆撃、最後に桜花が滑走路に突入後、陸軍四式戦闘機疾風15機が銃撃して敵飛行場制圧を図る計画であった。この作戦で、芙蓉部隊は出撃した全機が生還したが、滑走路に命中弾を与えたのはわずか1機に終わった。芙蓉部隊の攻撃は失敗に終わったが、陸軍の重爆撃機と海軍の陸上攻撃機は爆撃に成功し（未帰還陸軍重爆撃機1機）、北飛行場に9か所の火災を発生させ、中飛行場滑走路全部に有効な命中弾を与えたという戦果報告を行っている。しかし、肝心の桜花は敵戦闘機の妨害のため射出できず、疾風による飛行場銃撃も十分な効果を挙げることなく作戦は失敗した。
昨日の攻撃で十分な成果を挙げることができなかった美濃部は、爆撃の効果をあげるため、10機の彗星を時間差で異方向から突入させて敵航空基地の防御網を混乱させ、使用爆弾も接地後直ちに爆発する瞬発信管と、一定時間経過後爆発する時限信管を混合し飛行場制圧の効果を上げるという新戦法を考案した。5月11日に新戦法を実践するため10機の彗星を出撃させたが、天候不良と故障機続出で失敗に終わり、彗星1機が不調で墜落し白井中尉、松木一飛曹が戦死したのに対して、成果はたった1機が中飛行場に投弾できたに過ぎなかった。5月12日の黎明に第5航空艦隊司令部より「1KFGB天信電令作第169号」が打電されたが、この命令書に軍の公式命令では初めて「芙蓉部隊」という部隊名が登場した。これまで自らは「芙蓉隊」ないし「芙蓉部隊」と呼称しながら、対外的には「関東空部隊」と呼称されてきたが、この日以降は、海軍の通達などの各公式書面や海軍功績調査部に送付される戦闘詳報にも「芙蓉部隊」と記載されるようになり、名実ともに「芙蓉部隊」が正式な部隊名となった。芙蓉部隊はこの命令に基づき。種子島、屋久島の南に配置されたレーダーピケット艦の索敵攻撃を実施したが、敵ピケット艦隊とは接触できなかった代わりに彗星1機が敵潜水艦を発見して爆撃した。搭乗員は多量の油が浮くのを確認、おおむね撃沈確実と報告している。（該当のアメリカ側潜水艦の被害記録なし）
芙蓉部隊による爆撃が十分な効果を上げられなくなった原因としては、故障や損傷により引き返す機が増加したのに加えて、菊水作戦当初は美濃部考案の作戦計画の通り、芙蓉部隊の零戦と彗星は、夜間、黎明に超低空で敵基地に接近、零戦は機銃で敵地上機を掃射し、彗星は低空での急降下爆撃投弾による必中攻撃を目指していたが、実戦は美濃部の目論見通りとはならず、零戦による敵航空基地への夜襲は、想定外の激しい対空砲火により、損害に対して効果が乏しいと判断、美濃部が夜襲部隊編成を構想して以来もっとも拘りを持っていた零戦による夜襲は、早々に断念せざるを得なくなり。彗星による急降下爆撃も、敵対空砲火が濃密な高度2,000m以下での爆撃を諦めて、一部の決死隊が低空進入して敵対空砲火を引き付けているうちに、主力は高度4,000mで敵基地周辺に侵入後急降下し、高度3,000mで投弾するという戦術に切り替えざるを得ず、投弾高度が高すぎることにより、爆撃精度が低下したことが考えられた。日本海軍航空隊の急降下爆撃の投弾高度については、海軍航空隊搭乗員の教育、訓練を担当していた横須賀海軍航空隊による「800m以上（の投弾）にては命中率著しく低下する」という急降下爆撃の投弾高度の分析をもとに、海軍航空本部は「（急降下爆撃）基準投下高度を700mとし、本高度をもって訓練するを適当と認む」と、急降下爆撃基準投弾高度を700mと定め、さらに太平洋戦争に突入すると、それまでの戦訓により「高度2,000mから角度45度以上の急降下で突入、高度400mで投弾」と理想的な投弾高度を引き下げたのに対し、敵の対空砲火を避けるためとはいえ、芙蓉部隊の投弾高度は明らかに高すぎた。アメリカ海軍においても急降下爆撃の投弾高度は1,000 ft（304m）から2,000 ft（609m）とされていた。超低空からの必中攻撃で多くの未帰還機を出した4月中と比べると、3,000mからの爆撃が主となった5月以降は、芙蓉部隊機の出撃機数に対する損失率は減少しており、美濃部の対策が奏功することとなったが、3,000mからの投弾では、海軍航空本部や横須賀海軍航空隊の分析通り正確な爆撃は困難で、命中率が高い三式一番二八号ロケット爆弾は射程500mに過ぎず、3,000ｍからの爆撃には使用できなかった。また、アメリカ軍飛行場作業員に対する心理戦と称して、高高度からの搭載機銃による銃撃も試みているが、有効射程外からの銃撃の効果は不明であった。
5月13日、旗艦の空母バンカーヒルが菊水六号作戦で出撃した特攻機により沈没寸前の深刻な損傷で脱落し、旗艦を空母エンタープライズへ移した第58任務部隊司令マーク・ミッチャー中将は、これ以上の特攻機による艦艇の損失を防ぐため、高速空母部隊を北上させて艦載機による九州の特攻機基地攻撃を行った。エンタープライズには夜間戦闘機で編成されたVF(N)-90飛行隊が配備されており、エンタープライズから出撃した夜間戦闘機隊は夜通し日本軍航空基地周囲を哨戒飛行し、日本軍機を発見すると追い回したため、夜間戦闘専門部隊を標榜しながら芙蓉部隊は出撃することができなかった。しかし、美濃部は、硫黄島の戦いのときと同様に、かねてから考案していた対敵機動部隊戦術を実践する好機と考え、上空に張り付いているエンタープライズの夜間戦闘機の目を盗んで、どうにか偵察任務の彗星を6機を発進させることに成功した。偵察任務の彗星のなかで甘利洋司少尉機が敵空母を発見したが、位置を打電した直後にF6Fに撃墜された。甘利はミッドウェー海戦で重巡洋艦利根の零式水上偵察機4号機で「敵らしきもの10隻見ゆ」と敵機動部隊発見の打電をした偵察員であったが、戦争中に2度も「空母発見」の再重要電を送信し海中に没することとなった。しかし、芙蓉部隊はこの貴重な情報を活かすことができず、爆装した彗星2機零戦3機を攻撃隊として再び夜間戦闘機の目を盗んで出撃させたが、彗星2機は発進後にエンタープライズのF6F-5Nに発見され、うち1機は佐世保まで敵夜間戦闘機に追い回され、福岡まで退避して雁の巣の福岡第一飛行場に燃料不足で不時着して大破し、残り1機も搭載しているロケット弾を投棄して退避を余儀なくされた。零戦3機は無事に出撃できたが、敵空母に接触することができずに帰還している。
宇垣は、第58任務部隊を攻撃するため、5月14日黎明に500kg爆弾を搭載した零戦の特攻機28機を出撃させたが、その中の6機が第58任務部隊を発見し突入した。その中の富安俊助中尉操縦の零戦が、エンタープライズに雲を利用しながら巧みに接近し雲中から様子をうかがっていたが、エンタープライズが左に変針したのを確認すると、雲底から突如として現れ、曲技飛行のスプリットSのマニューバで背面飛行のまま40～50度の急角度で急降下し飛行甲板上の前部エレベーターに突入した。500kg爆弾は5層の甲板を貫通し最下層で炸裂し、前部エレベーターの残骸は空中130mに吹き上げられた。火災も発生したが弾薬や燃料の誘爆はなかったので13分後に鎮火した。しかし、エレベーター部分に大穴があき、飛行甲板は歪み、もはや飛行機の発着は不可能な程の深刻なダメージを被った為、16日に修理のためにアメリカに回航されそのまま終戦まで復帰することはなかった。ミッチャーはバンカーヒルに続いて旗艦エンタープライズを特攻で破壊されることとなり、旗艦を空母ランドルフへ移さざるを得なくなった。
菊水六号作戦までの芙蓉部隊を含む日本陸海軍航空機によるアメリカ軍航空基地に対する夜間攻撃は、度々、大爆発や大火災などの戦果報告はあっているものの、飛行場機能に支障をきたす様な損害を与えることはできていなかった。この頃には、海兵隊は夜間戦闘機を含む戦闘航空隊15、爆撃航空隊2、アメリカ陸軍飛行隊は、P-61“ブラックウィドー”を装備した夜間戦闘機隊を含む戦闘航空隊10、爆撃航空隊16を沖縄本島や伊江島の航空基地に進出させており、戦力は充実する一方であった。海兵隊の夜間戦闘機を含む戦闘機部隊は、沖縄の航空基地から出撃すると、フランク(四式戦闘機)やジャック(雷電)などの日本軍新鋭機の護衛戦闘機を制しながら、多数の特攻機を撃墜していた。
この頃の芙蓉部隊機は洋上航法の負担軽減と燃料節約の意味合いから高度3,000ｍから4,000ｍで飛行していたが、この高度ではアメリカ軍のレーダーには確実に捉えられ、またアメリカ軍夜間戦闘機の絶好の迎撃高度にあたり、アメリカ軍夜間戦闘機との接触頻度が上昇し撃墜される機も出ていた。しかし芙蓉部隊の任務はあくまで“進攻爆撃”であり、夜間戦闘機部隊と言いながら空戦の訓練も十分には行ってなかったにも拘らず、跳梁する夜間戦闘機に苛立つ美濃部は、ある日、屋久島上空でP-61を目撃したという津村国雄上飛曹の報告を聞くや、「なぜ斜銃を撃たなかった!?」と叱責している。しかし、津村は相手が鈍重な重爆撃機ならともかく、夜間戦闘機とは名ばかりで、実際は攻撃機的な運用しかしていない芙蓉部隊の彗星であれば、アメリカ軍の強力な夜間戦闘機相手では返り討ちにあう確率が高いと考えてあえて攻撃しなかったという。
第58任務部隊は旗艦のエンタープライズが撃破されると沖縄方面に引き返したので、艦載夜間戦闘機の跳梁はなくなったが、特攻に苦しめられていたアメリカ軍がその対策として、B-29を日本の都市や工業地帯への絨毯爆撃から、九州の特攻基地攻撃の戦術爆撃に転用しており、引き続き、鹿屋もほかの九州の各基地と同様に連日B-29から激しい爆撃を加えられていた。B-29の戦力の75％、延べ2,000機がこの特攻機基地攻撃に振り向けられたため、一時的ではあったが、本土の大都市や工業地帯の爆撃による被害が軽減されている。B-29の他にも、沖縄から出撃したB-24などの爆撃機や、硫黄島から出撃したP-51などの戦闘機も連日来襲した。
海軍航空隊は第三三二海軍航空隊や第三五二海軍航空隊といった一部の戦闘機部隊が来襲するアメリカ軍爆撃機の迎撃を行なったが、海軍航空隊はB-29迎撃に不慣れであったので、B-29迎撃は陸軍航空が主力となり、陸軍戦闘機による対空特攻も行われた。4月18日に太刀洗飛行場に来襲した112機のB-29のうちの1機「ゴナ.メイカー」機に、飛行第4戦隊で編成された特別攻撃隊「回天制空隊」の指揮官山本三男三郎少尉搭乗の二式複座戦闘機屠龍が体当たりし撃墜した。5月7日にも同じ第4戦隊の村田勉曹長機が「エンパイアエクスプレス」機に特攻してこれを撃墜している。陸軍の戦闘機隊がB-29を相手に特攻も交えて防空戦を戦っているなかで、海軍の第五航空艦隊の航空機の多くは、地上での機体の損害を軽減させるため、大型機を後方に下げて、戦闘機などの小型機を分散配置しており、芙蓉部隊の戦闘機も迎撃には参加せず擬装され隠匿されていたため、戦力が分散していた芙蓉部隊を含む第五航空艦隊は、九州に接近してきた第58任務部隊に対して、強力な反撃を加えることができなかった。同様な経過を辿った3月17日からの九州沖航空戦では、第五航空艦隊の全力反撃により5隻の空母を撃破するという戦果を挙げていたが（日本軍は空母5戦艦2重巡1不詳1轟撃沈と判断）、今回は反撃力の不足から、戦果はエンタープライズ1隻撃破に終わり（日本軍は特空母1炎上と判断）、第五航空艦隊司令部は、このままでは九州の日本軍航空基地に反撃力がないとアメリカ軍に見透かされ、本土侵攻の時期が早まりかねないと危機感を抱くこととなった。
第五航空艦隊の宮崎隆先任参謀は、今回の戦闘経過を分析して以下の所見を述べている。
今回の敵機動部隊補足攻撃の成果があがらなかったのは、敵機動部隊の発見が遅れて、しかも九州方面に来襲する可能性は低いと判断したことと、我が航空兵力が分散後退配備されており、集中使用が困難であった
我が戦力が分散していたので、戦果も挙がらなかったが、損害も少なかった
兵力の分散配備を改め、第1戦法必成上2段配備の必要があると認めて、兵力の配備基準を定める
鹿屋への空襲激化やこの度の敵機動部隊の九州接近を鑑みて、第五航空艦隊は5月13日付で以下の兵力の配置換えを命じた。
昼間索敵隊　彩雲は鹿屋と松山　紫電は鹿屋
夜間哨戒機　飛行艇は詫間　陸攻は大部と美保と一部鹿屋
夜間攻撃隊　銀河と四式重爆撃機飛龍（海軍指揮下で運用）は美保と大分又は大村
夜間戦闘機隊（芙蓉部隊を含む）　岩川または志布志
その他　従前通り
この兵力配置換え検討以前から、岩川基地は特攻機用の秘匿基地として整備工事が進んでおり、この配置換え命令によって、西条海軍航空隊分遣隊の、神風特別攻撃隊白菊隊と、芙蓉部隊が使用することとなった。美濃部は5月中旬に第五航空艦隊司令部の命令に従って、芙蓉部隊を鹿屋から約27kmに離れた岩川に移動させた。
岩川に移動した芙蓉部隊に、5月15日付けの辞令で、美濃部の海軍兵学校で2期後輩にあたる座光寺一好少佐が着任することとなったが、美濃部の待遇については発令がなかったので、この異動の意図を訝しんだ美濃部は、第五航空艦隊司令部に辞令の意図を確認した。第五航空艦隊司令部からは「君はマラリアで弱っているから、しばらく休め」という答えが返ってきたため、美濃部は病気を理由に自分を外し芙蓉部隊で特攻を推進させる気ではと疑った。しかしこの辞令は、美濃部がソロモンで罹患していたマラリアのぶり返しで、時折40度の高熱で人事不省になるなど、床に臥すことが多くなっていることを知り、指揮能力を懸念した第五航空艦隊司令部が交代要員を望み、人事局も美濃部がマラリアで疲労していることをかねてから気にかけており、座光寺に転勤命令を出したというのが真相であった。座光寺も美濃部に藤枝に下がって休養してもらうつもりで岩川に着任したが、その配慮を知らなかった美濃部は頑として聞き入れず、思い余って食事改善のときと同じように、第五航空艦隊司令官の宇垣に直談判し、引き続き岩川で指揮を執るのは美濃部であるということを認めてもらった。座光寺は美濃部の要請を受け入れ副官格として藤枝で訓練の指揮を執ることとなった。
大本営は、第32軍の沖縄南部への撤退と特攻作戦の援護のため、残された航空戦力を集中してアメリカ軍航空基地を攻撃することとし、5月24日に開始された菊水七号作戦では陸軍の義烈空挺隊による沖縄本島の飛行場への空挺特攻作戦（義号作戦）を決行した。参謀本部は、義烈空挺隊輸送機として九七式重爆撃機12機、飛行場夜間爆撃機として四式重爆撃機12機、九九式双発軽爆撃機10機の投入を命じ、海軍の宇垣は義号作戦を援護するため、一式陸上攻撃機17機、銀河13機、それに護衛として夜間戦闘機12機（芙蓉部隊以外の所属機）の投入を決定した。義号作戦とそれに伴う夜間爆撃は、過去最大規模での沖縄のアメリカ軍航空基地への夜間攻撃となった。
海軍も従来に増して航空基地攻撃に力を入れており、多数の陸上攻撃機の投入に加えて、より爆撃効果をあげるため、爆撃機に時限爆弾を搭載させて出撃させている。陸軍においても、事前に陸軍大臣の阿南惟幾大将や参謀本部第1部長宮崎周一中将が鹿児島に来訪するなど、沖縄戦最大規模のアメリカ軍航空基地への夜間攻撃となる本作戦に陸海軍ともに大きな期待を寄せ、可能な限りの航空戦力が投入されることとなったが、これまで航空基地攻撃を行ってきた芙蓉部隊には出撃の命令が出ることはなく、芙蓉部隊は5月15日～24日までたっぷりと時間をかけて岩川基地に移動し、攻撃当日の24日には竣工式や今後の作戦会議などを開催していた。さらに美濃部は、鹿屋からの移動で疲労した隊員を労って按摩の手配をし、夜には美濃部の提案で蛍狩りを酒の肴に酒宴を愉しむなど、沖縄のアメリカ軍航空基地を巡って最大の死闘が繰り広げられていたにもかかわらず、芙蓉部隊にとって実質的な休養日となった。
日本陸海軍は各アメリカ軍航空基地に対し、6回にも及ぶ重爆撃機と陸上攻撃機による夜間爆撃を加えたのち、義烈空挺隊員が搭乗する九七式重爆撃機6機が北飛行場、2機が中飛行場に強行着陸をはかったが、7機が対空砲火により撃墜され、残り1機が北飛行場滑走路上への胴体着陸に成功した。胴体着陸した機体の中から10名～11名の完全武装の空挺隊員が飛び出してくると、アメリカ軍と激しい銃撃戦をしながら、地上にあるアメリカ軍航空機に手榴弾と焼夷弾を投げつけ、燃料集積所を破壊した。激しい戦闘により、アメリカ軍機9機が破壊炎上、29機が損傷、70,000ガロンのガソリンが焼き払われ、アメリカ兵20名が死傷したが空挺隊員は翌朝までに全員戦死した。北飛行場は修理のため翌朝8時まで使用不可となった。帰還した陸軍の重爆撃機搭乗員は、読谷飛行場が大混乱に陥り、次から次にアメリカ軍航空機が炎上していたと報告しているが、重爆撃機搭乗員の報告を裏付けるように、アメリカ軍従軍記者もこの読谷飛行場の状況を「地獄さながらの混乱」と記述している。中飛行場も打撃を被っており、第五航空艦隊司令部は、嘉手納飛行場は使用できないので沖合の空母に着艦せよというアメリカ軍の無線を傍受している。また北飛行場で対空砲火を被弾した重爆撃機のうちの1機が高射砲に体当たりして、高射砲を操作していたアメリカ軍海兵隊員8名が戦死した。
沖縄の航空基地攻撃に投入された海軍の陸上攻撃機は、伊江島の飛行場も爆撃し60名のアメリカ兵を死傷させるなど大きな戦果を上げているが、この攻撃は、第八〇一海軍航空隊と第七〇六海軍航空隊で編成された出水部隊の一式陸上攻撃機6機によるもので、そのなかの竹野敦少尉が操縦する315号機と板倉保信上飛曹が操縦する133号機の緩降下爆撃による戦果であった。ようやく日本軍は、一時的な効果とは言え、今まで芙蓉部隊や陸軍の重爆撃機でできなかったアメリカ軍飛行場機能に支障が出る規模の打撃を与えることに成功した。アメリカ軍もこの予想外のコマンド攻撃に衝撃を受けており、米国戦略爆撃調査団報告書において「連合軍飛行場への自殺（特攻）攻撃」と紹介され「相当な成果をあげた」と評価されるなど、主要な軍の公式戦史、報告書、アメリカ軍機関紙星条旗新聞、従軍記者の報告、司令官レベルの将官の伝記などに詳細に記述されている。
沖縄のアメリカ軍飛行場を巡る最大の激戦ののち、休養十分の芙蓉部隊に第5航空艦隊から出撃命令が下されたが、攻撃目標は義烈空挺隊や同じ海軍の出水部隊が大損害を与えた飛行場ではなくアメリカ軍艦隊とされた。岩川基地からの初出撃となった5月25日未明は、曇天で夜間攻撃には絶好であり、敵機動部隊の索敵と攻撃のために彗星15機と零戦4機が屋久島南方200マイルに出撃した。出撃する隊員の前にはぼたもちの他に、硫黄島の戦いで美濃部が特攻を命じた時と同じように別杯が並んでいた。美濃部は別杯を前にした搭乗員らに「攻撃はすべて命令した通り、諸君らの健闘を祈る。」と発破をかけたが、美濃部が考案した対機動部隊の攻撃法とは、「黎明銃爆特攻隊を準備し、最後は人機諸共に（空母の）甲板上に滑り込んで、甲板上の敵艦載機を履き落とす」という特攻作戦であり、実質的な特攻出撃を命じられた初陣の搭乗員らは、出されたぼたもちに手を付ける気になれず出撃した。この日は敵艦を発見することができず全機帰還することとなり、義号作戦の敵飛行場制圧の効果を活かすことはできなかったが、夜明け前の着陸となったのにもかかわらず初陣の搭乗員も含めて全機無事に着陸することができ、新基地岩川が十分使用できると実証できたのが唯一の収穫となった。
翌5月27日未明には前夜に引き続き敵機動部隊への索敵攻撃と上空哨戒のほかに対潜掃討という多様な任務を帯びて彗星8機と零戦4機が出撃。機動部隊索敵攻撃の彗星は昨日に引き続き敵艦を発見できず帰還、その中で機位を失ったと思われる彗星1機が未帰還となった。潜水艦攻撃任務の零戦4機は、上田一飛曹の零戦が浮上中の敵潜水艦を発見、芙蓉部隊の零戦は爆装することはないため、上田は急速潜航する潜水艦に向けて20ミリ機銃を撃ちこんだが、海中の潜水艦に対して機銃で致命傷を与えることは無理であり、海中深く潜航する潜水艦に対して打つ手はなかった。
菊水八号作戦は5月27日から開始された。28日、悪天候を押して芙蓉部隊の彗星2機が沖縄に到達、1機が三十一号光電管爆弾を北飛行場に投下、全機生還した。5月下旬には、すでに沖縄戦は末期的状況に入りつつあり、連合艦隊の指揮下で特攻や敵航空基地攻撃を行ってきた陸軍飛行隊第6航空軍が、すでに沖縄への航空作戦に予定以上の航空兵力を投入し、これ以上沖縄に航空兵力を投入しても、兵力を無駄に消耗するのみと判断して、連合艦隊司令長官が豊田副武大将から小沢治三郎中将に交代した際を見計らって連合艦隊の指揮下から脱して、決号作戦準備のため航空戦力の温存を図ることにした。5月28日に芙蓉部隊と時を同じくして、第6航空軍は伊江島飛行場を4機の双発軽爆撃機で攻撃したが、これが陸軍による沖縄の敵航空基地への最後の航空攻撃となり、この後は陸軍重爆撃機は効果の薄い敵航空基地攻撃を諦めて、沖縄の地上部隊へ補給物資の空中投下任務を命じられている。この空中投下により沖縄の地上部隊の手元に届いた補給物資は少なかったが、兵士らにわずかではあるが希望を与える効果はあったという。現実的判断で沖縄に見切りをつけた陸軍に対し、艦船のほとんどを失った海軍は、地上戦が中心となる本土決戦には消極的で、沖縄での航空決戦を継続していくこととしている。このころには、沖縄での航空決戦を主導してきた軍令部1部長兼大本営海軍部参謀富岡定俊少将も、「沖縄でアメリカ軍に大打撃を与えて和平交渉の場に引きずり出す」という沖縄航空決戦による「一撃講和」は困難になったとは認識していたが、敵の消耗を企図する出血作戦として、枯渇していた航空戦力では効果の薄い特攻、通常攻撃による艦船攻撃、敵航空基地攻撃に航空戦力を投入し続けることとした。芙蓉部隊も未帰還機が増える一方でありながら、この後も海軍の方針に従って沖縄への出撃を継続している。