モクレン属
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モクレン科の中で、ユリノキ属の2種（ユリノキとシナユリノキ）はモクレン科の他の種とは明瞭に異なる特徴を多くもつ。ユリノキ属以外の種は、全縁の葉、内向または側向する葯、果実は裂開する袋果であるなどの共通点をもつ。これらの種は成長様式（仮軸成長または単軸成長）、葉の芽内形態（葉の折りたたまれ方）、花の位置（頂生または偽腋生）、花の性表現、葯の裂開方向、雌しべ群の柄の有無、果実の形状および裂開様式、1心皮あたり胚珠数、などの点で多様であり、この多様性に基づいてさまざまに分類されてきた。
20世紀後半には、モクレン科の中でユリノキ属以外の種は、モクレン属（Magnolia）、オガタマノキ属（Michelia）、モクレンモドキ属（Manglietia）、Kmeria、Pachylarnax、Elmerilliaなどいくつかの属に分けられることが多かった（下表1a, b）。この中で多くの種がモクレン属に分類され、モクレン属はしばしば複数の亜属や節に分けられていた。分類体系は安定しておらず、研究者によってかなり異なるものが提唱されていた。極めて多くの属（15–16属）に分ける分類体系（下表1c, d）や、全てモクレン属にまとめる分類体系（下表1e）もあった。
| a>  Dandy (1978) | b>  Nooteboom (1987) | c>  Law (2000) | d>  Xia (2012) | e>  Figlar (2006) |
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|  属 Magnolia 亜属 Magnolia 節 Rytidospermum 節 Oyama 節 Lirianthe 節 Gwillimia 節 Magnolia 節 Theorhodon 節 Gynopodium 節 Maingola 亜属 Yulania 節 Yulania 節 Buergeria 節 Tulipastrum 属 Alcimandra  属 Talauma  属 Aromadendron  属 Pachylarnax  属 Kmeria  属 Parakmeria  属 Manglietia  属 Michelia  属 Elmerrillia  属 Tsoongiodendron |  連 Magnolieae 属 Magnolia 亜属 Magnolia 節 Rytidospermum 節 Oyama 節 Lirianthe 節 Gwillimia 節 Magnolia 節 Theorhodon 節 Gynopodium 節 Maingola 節 Alcimandra 亜属 Yulania 節 Yulania 節 Buergeria 節 Tulipastrum 亜属 Talauma 節 Talauma 節 Blumiana 節 Aromadendron 節 Manglietastrum 属 Pachylarnax 属 Kmeria 属 Manglietia 連 Michelieae 属 Michelia 属 Elmerrillia |  連 Magnolieae 亜連　Magnoliinae 属 Magnolia 属 Talauma 属 Dugandiodendron 属 Aromadendron 属 Parakmeria 属 Kmeria 属 Woonyoungia 亜連　Manglietiinae 属 Manglietia 属 Manglietiastrum 属 Pachylarnax 亜連　Alcimandriinae 属 Alcimandra 連 Michelieae 属 Elmerrillia 属 Michelia 属 Paramichelia 属 Tsoongiodendron |  連 Magnolieae 属 Houpoea 属 Oyama 属 Lirianthe 属 Magnolia 属 Pachylarnax 属 Parakmeria 属 Talauma 属 Dugandiodendron 属 Kmeria 属 Woonyoungia 属 Manglietia 連 Michelieae 属 Yulania 属 Michelia 属 Elmerrillia 属 Aromadendron 属 Alcimandra |  属 Magnolia 亜属 Magnolia 節 Auriculata 節 Macrophylla 節 Rytidospermum 亜節 Rytidospermum 亜節 Oyama 節 Gwillimia 亜節 Gwillimia 亜節 Blumiana 節 Magnolia 節 Talauma 亜節 Talauma 亜節 Dugandiodendron 亜節 Cubenses 節 Kmeria 節 Manglietia 亜属 Yulania 節 Yulania 亜節 Yulania 亜節 Tulipastrum 節 Michelia 亜節 Elmerrillia 亜節 Michelia 亜節 Aromadendron 亜節 Maingola 亜属 Gynopodium 節 Manglietastrum 節 Gynopodium |
20世紀末以降には分子系統学的研究が行われるようになり、上記のような分類体系の変遷にも関わってきた。初期の分子系統学的研究では不明確な部分も多かったが、2020年頃には葉緑体DNAおよび核DNAの多量のデータに基づく研究が報告されている（下図8）。これらの研究ではいずれも高い統計的信頼度で系統関係が示されているが、葉緑体DNAと核DNAでは系統仮説の間には一致しない点がある（下図8）。
上記のような分子系統学的研究から、ユリノキ属を除くモクレン科内におよそ15個の系統群の存在が示されている（上図8）。この系統関係は、これまでの属や亜属の分類体系（上表1）とは一致せず、またこれら系統群は形態的特徴でそれぞれ共通するが、必ずしも形態的特徴で明瞭に系統群を分けることはできない（下表2）。そのため、2022年現在ではユリノキ属を除くモクレン科の種は全てモクレン属にまとめられることが多く、その中で節（属と種の間の分類階級）のレベルで区分することが提唱されている（下表3）。この広義のモクレン属には、230–340種ほどが知られる。
| 節 | 分枝 | 芽内形態 | 葉 | 葉柄の 托葉痕 | 花 | 花の性 | 雄性期の 雄しべ | 葯 | 胚珠数 /心皮 | 果実 |
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| トキワレンゲ節 | 同時 | 二つ折り | 常緑 | あり | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 楕円形 |
| Splendentes 節 | 同時 | 二つ折り | 常緑 | なし | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 球形から楕円形 |
| ネッタイモクレン節 | 同時 | 二つ折り | 常緑 | あり | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 球形から楕円形 |
| Tuliparia 節 | 同時 | 二つ折り | 落葉、偽輪生 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 穂状 |
| Macrophylla 節 | 同時 | 二つ折り | 落葉、偽輪生 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 卵形 |
| ヒメタイサンボク節 | 同時 | 二つ折り | 常緑 | ほとんどなし | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 卵形 |
| モクレンモドキ節 | 同時 | 二つ折り | 常緑、偽輪生 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 4–10 | 多様 |
| オオヤマレンゲ節 | 先発 | 二つ折り | 落葉 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 残存 | 内向 | 2 | 楕円形 |
| ホオノキ節 | 同時 | 二つ折り | 落葉、偽輪生 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 早落 | 内向 | 2 | 円柱形 |
| Kmeria 節 | 同時 | 二つ折り | 常緑 | あり | 頂生 | 単性 | 早落 | 内向 | 2 | 亜球形 |
| Gynopodium 節 | 同時 | 扁平状 | 常緑 | なし | 頂生 | 両性 | 残存 | 内向 | 2–8 | 楕円形から卵形 |
| Tulipastrum 節 | 先発 | 二つ折り | 落葉 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 残存 | 側向 | 2 | 円柱形 |
| ハクモクレン節 | 先発 | 二つ折り | 落葉 | 部分的 | 頂生 | 両性 | 残存 | 側向 | 2 | 円柱形 |
| Maingola 節 | 先発 | 二つ折り | 常緑 | ほとんどなし | 頂生 | 両性 | 残存 | 側向 | 2–5 | 卵形から円柱形 |
| オガタマノキ節 | 先発 | 二つ折り | 常緑 | 多様 | 偽腋生 | 両性 | 残存 | 側向 | 2–10 | 楕円形から円柱形 |
表3. モクレン属の分類体系の1例
モクレン属 Magnolia L., 1753
トキワレンゲ節 Magnolia sect. Gwillimia DC, 18179a. トキワレンゲの花
トキワレンゲ（Magnolia coco; 図9a）、Magnolia albosericea、Magnolia bidoupensis、Magnolia championii、Magnolia delavayi、Magnolia hodgsonii、Magnolia liliifera、Magnolia odoratissima、Magnolia siamensis など約28種。東南アジアに分布。
Magnolia sect. Splendentes Dandy ex J.A.Vázquez, 1994
Magnolia chimantensis、Magnolia lenticellata、Magnolia portoricensis、Magnolia splendens など約27種。西インド諸島から南米に分布。
ネッタイモクレン節 Magnolia sect. Talauma (Juss.) Baill., 18669b. Magnolia ovata の果実
Magnolia amazonica、Magnolia dixonii、Magnolia dodecapetala、Magnolia gilbertoi、Magnolia mexicana、Magnolia ovata（図9b）など約96種。メキシコ、西インド諸島から南米に分布。
Magnolia sect. Tuliparia Spach, 18399c. Magnolia fraseri の花
Magnolia fraseri（図9c）のみ。北米東南部に分布。
Magnolia sect. Macrophylla Figlar & Noot., 20049d. Magnolia macrophyla の花
Magnolia macrophylla（図9d）など6–8種。北米東南部からメキシコに分布。
ヒメタイサンボク節 Magnolia sect. Magnolia
タイサンボク、ヒメタイサンボク、Magnolia guatemalensis、Magnolia iltisiana、Magnolia pacifica、Magnolia schiedeana、Magnolia sharpii、Magnolia tamaulipana など約27種。北米東南部から中米に分布。
モクレンモドキ節 Magnolia sect. Manglietia (Blume) Baill., 18689e. Magnolia fordiana の花
モクレンモドキ（Manglietia insignis）、Magnolia aromatica、Magnolia chevalieri、Magnolia conifera、Magnolia dandyi、Magnolia decidua、Magnolia duclouxii、Magnolia fordiana（図9e）、Magnolia kwangtungensis、Magnolia lucida、Magnolia sumatrana など約41種。東南アジアに分布。
オオヤマレンゲ節 Magnolia sect. Oyama Nakai, 1933
オオヤマレンゲ、Magnolia wilsonii など約5種。東アジアに分布。
ホオノキ節 Magnolia sect. Rytidospermum Spach, 1839
ホオノキ、コウボク（Magnolia officinalis）、Magnolia tripetala など約5種。北米東部と東アジアに分布。
Magnolia sect. Kmeria (Pierre) Figlar & Noot., 2004
Magnolia kwangsiensis など約3種。中国からインドシナ半島に分布。
Magnolia sect. Gynopodium Dandy, 19489f. Magnolia yunnanensis の花
Magnolia kachirachirai、Magnolia lotungensis、Magnolia nitida、Magnolia omeiensis、Magnolia sinica、Magnolia yunnanensis（図9f）など約8種。東南アジアに分布。
Magnolia sect. Tulipastrum (Spach) Dandy, 19509g. キモクレン
キモクレン（Magnolia acuminata; 図9g）のみ。北米東部に分布。
ハクモクレン節 Magnolia sect. Yulania (Spach) Dandy, 1950
モクレン（シモクレン）、ハクモクレン、タムシバ、コブシ、シデコブシ、Magnolia amoena、Magnolia biondii、Magnolia cylindrica、Magnolia dawsoniana、Magnolia sargentiana、Magnolia sinostellata、Magnolia sprengeri、Magnolia zenii など約16種。東アジアに分布。
Magnolia sect. Maingola Dandy, 1948
Magnolia elegans、Magnolia cathcartii など約12種。東南アジアに分布。
オガタマノキ節 Magnolia sect. Michelia (L.) Baill., 1868
オガタマノキ、カラタネオガタマ、Magnolia baillonii、キンコウボク（Magnolia champaca）、Magnolia ernestii、Magnolia foveolata、Magnolia laevifolia、Magnolia macclurei、Magnolia martini、ミヤマガンショウ（Magnolia maudiae）、Magnolia montana、Magnolia odora、Magnolia tsiampacca など約61種。東アジアから東南アジア、南アジアの一部に分布。