功山寺挙兵
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12月15日深夜、高杉晋作らは功山寺にて挙兵した。
高杉は吉田松陰より「生きている限り、大きな仕事が出来ると思うなら、いつまででも生きよ。死ぬほどの価値のある場面と思ったら、いつでも死ぬべし」と教えられていた。この教えが高杉に周囲の反対を押し切ってまで無謀な挙兵を決行させたと言われ、死を覚悟した高杉は白石正一郎の末弟である大庭伝七に遺書を託している。
功山寺に集結したのは伊藤俊輔率いる力士隊と石川小五郎率いる遊撃隊と、義侠心から参加した侠客のわずか84人だけであった。
挙兵決行日は当初12月14日に定められていたが、説得や準備に手間取り翌日にずれ込んでしまった。
なおこの日の天候は吉良邸討入時と同じく、下関では珍しい大雪であったとされる。
紺糸威の少具足を身に付け桃形の兜を首に下げた格好の高杉は、兵を引き連れ功山寺へ赴き五卿への面会を請うた。
五卿を奉じる脱藩浪士がこれを取り次ぎ、寝所から三條実美が現れる。
高杉は三條へ挙兵を告げ出陣の盃を欲した。
三條実美は冷酒を注いでこれを与えた。
高杉は注がれた盃を飲み干し、「是よりは長州男児の腕前お目に懸け申すべく」と挨拶をして立ち上がった。
三條は高杉の決起を止めるつもりであったが、話を切り出すタイミングが掴めずそのまま行かせてしまったという。
高杉の決起について、共に行動した当事者の伊藤博文が、後にその詳細を以下の様に語っている。
其頃遊撃隊と遊撃隊と唱へて、来島に従ふて京都へ行つて帰つた残物の集まりがあつて、其の頭領株は、今日居る河瀬真孝で、高杉は彼等と段々言ひ合つて、到頭戦端を開くと云ふことになつた。慥か十二月十六日と思つて居るが、雪が降つて居た。吾輩は一寸馬関へ居つた。所で、其晩に高橋熊太郎と云ふ浪人を高杉が使に寄越して、今夜事を挙げるから是非帰つて来いと云ふて来た。それから長府へ帰つてみた所が、諸隊との談判が中々困難だ。例の遊撃隊だけは纏まつて居る。河瀬等が皆な高杉に同意をして居るから、それだけの人数は挙げてやると云ふことになつた。君も力士隊を持て居るから、一緒にやらう。宜しからうと云うので、吾輩の隊は功山寺と云ふ寺の隣りの寺であつたが、其所に御堀の隊と一緒に置いたのだが、帰つて力士隊の奴等に今夜出るのだから、兵糧の準備などをしろと言付けて置て、さうして高杉が遊撃隊の方に居るから、其所へ行て居つた。所が、奇兵隊等の方では、もう少し待て、共にやらうと云ふ論がある。高杉はどうしても待てぬと云ふ。結局其の議論が著かぬ。それでも高杉はああ云ふ流儀の男で、是非やらうと云ふ。宜しい。其所で河瀬や吾輩は宜しい。吾々もやらうと云ふ論になつて、夜半時分であつたらう。是れから出ようと云ふことになつて、陣揃えをしろと云ふことで、さうして三条さんなどが功山寺に泊つて居らるるから、御暇乞をしようと云ふことで、高杉さんとそれから、河瀬も、松原音蔵も来て居たかと思うが、何でも四五十人で三条さんの所へお暇乞に出た。所が今の宮内大臣をして居る土方と、水野丹後と云ふ御家老みたような者が居つた。それ等がもう夜半過ぎだから、眼を擦り擦り起て来る。三条さんは眠てござるので御起し申さうと云ふことで、其間に酒を一杯飲まそうと云つて。重箱の端に煮豆の食残りがある。それを出して飲で居る中に、三条さんが起て来られた。そこで吾々は此俗論を傍観して居る訳に参らぬから、兵を挙げて馬関へ出て、之を取て根拠地とし、俗論党と戦ふと云ふので、それで御暇乞を申すと云ふて、御暇乞をして庭へ下た所が、兵隊が整列して居る。それで吾輩は功山寺に御暇乞に出ようと云ふ前に、自分の陣屋へ行つて兵量の準備をしろと言付けて置いたから、這入らうとすると、門が閉めてあつて這入らせぬ。誰であつたか一人内から出て来て大変です、御堀さんが銃器も何も皆な取上げて門外へ一人でも出る奴は斬ると云ふことですから、御帰りになつては大変でございますと云う。そうかと云ふて、己れだけは行くと云ふので、右の通り高杉と共に三条さんの所へ上がつて出た所が、遊撃隊だけは揃つて居る。大砲が一挺あつた。森重健蔵が大砲方で後方から来る。吾々は馬に乗つて、高杉が総大将だ。さうした所が、雪が非常に積て居る。其所へ福田良介がやつて来て、雪の中に座つて、高杉に向ひ、今日だけは是非御止りを願ひたい。どうもさう云ふ訳には行かぬと問答をして居ると、森重が後方から総督お進みになつたら宜からうと、大きな声を出した。其はづみにずつと先へ出て仕舞つた。さうして何でも三十人か四十人居つたらうか、吾輩の力士隊の奴等へ墻を踏越て、忍んで出で、吾輩等に追付たのが、十五六人も居つたらう。夫から夜の未明に馬関へ行つた。」（徳富蘇峰編述『公爵山県有朋伝　（上中下）』山縣有朋公記念事業会、1933年）
高杉の決起を事前に察知した長府藩は困惑していた。挙兵した高杉らが目指すのは長府藩内の長州藩下関新地会所である。功山寺から馬関へは長府藩領を通行する事となる。
長府藩の毛利元周らは概ね正義派に同情的であったが、正義派・俗論派の争いは長州本藩の騒動であり、またこの時期萩に赴いた長府・清末両支藩藩主は萩藩政府により、五卿の九州行きと諸隊恭順の為に働く事を命じられていた。
そんな中、長州本藩に叛旗を翻す高杉らの領内通行を認めることは出来なかった。
長府藩は高杉の元へ家老を送り、挙兵中止を要請し長府藩領は通行不可であると伝える。これを聞いた高杉は最初激怒したが、長州支藩である長府藩の立場を考慮し、新地会所へは船で向かうと家老に告げた。
ただし実際は船は使われず、高杉と決起群は長府藩領を陸路で通過した。
長府藩側はこれらの動きについて察知したが、妨害しなかった。
高杉らは五卿に決死の覚悟を伝え決起した。しかしこの15日、萩より帰還した長府藩主毛利元周は、萩政府の命で五卿と諸隊へ九州行きを承認し、世帯へ萩藩政府へ恭順するよう言い諭した。
そして五卿も、本日（15日）より十日の猶予をもって九州へ移動することを約束した書状を月形へ渡した。
また五卿は、十日の猶予の間に一人二人が萩に赴き、藩主父子に別れの挨拶をすることを月形に伝えた。
これまで親身に付き従ってくれた諸隊に報いるため、最後に藩主と面会し正義派の復権を求める為であったとされる。
同日、福岡藩士喜多岡勇平は萩の天樹院を訪れ、野山獄に繋がれた正義派高官の前田楢崎の罪を赦し、重役へ登用するよう再び請願した。
また同日、総督府巡見使の先発・尾張藩士長谷川敬が萩に到着した。
12月16日、高杉らは馬関新地へ到着し会所を襲撃した。
高杉らは会所襲撃は食料金銭を取れれば良く、人を殺すのは悪いと考え空砲を撃った。
馬関総奉行の根来親祐（根来上総）らもすぐに降伏し、会所は遊撃隊が占拠した。
遊撃隊隊士は根来に、俗論派と見做す役人を引き渡すよう強く求めた。
根来が引き渡した際の処置を尋ねると、斬首して晒首にすると息巻く。
根来は、海を隔てて征長軍と対峙している時に、内輪揉めをする場合ではないと遊撃隊隊員を叱責して下がらせ、役人には萩へ帰還するよう言った。
役人は萩への道中に暗殺されるかもしれず、会所に留まりたいと言った。
根来は先ほどの遊撃隊隊士を呼び寄せ、役人は駕篭で萩まで送るが暗殺しないよう言い聞かせ、隊士は決して暗殺はしないと約束し、その通りになった。
流血は避けられたものの、会所襲撃を察知した長府藩が事前に密告をした後であり、会所側は既に金穀を移動させていた。
楷書に金を宛てにしていて軍資金がない高杉らに同情した根来親祐は、幾ばくかの金銭を与えたが80人以上の人員の経費を賄うことは出来なかった。
そのため伊藤俊輔が、高杉と親しい馬関の豪商入江和作らの元を走り回り二千両の大金を借りだした。
他にも馬関周辺の住民は決起した高杉らに好意的で、120人ほどの志願兵が馬関会所に来たという。そしてその後も志願兵は増える一方であったという。
会所を掌握した後、高杉は18名（20名説もあり）からなる決死隊を組織し、三田尻の海軍局に向かい「丙辰丸」など軍艦3隻を奪取しようとした。
決死隊は3班各6人に別れ、3隻の軍監に乗り付けた。
高杉は決起を告げ、俗論派政府打倒のため立ち上がることを迫った。
この後の経緯は不明な部分があるが、12月26日前後には説得が功を奏し、長州海軍の3隻はすべて正義派の隷下となった。
（丙辰丸と庚申丸の奪取には至らなかったものの癸亥丸艦長福原清介の説得には成功したという異説もある）。
このように高杉は功山寺で決起し、馬関の会所ならびに海軍局を襲撃したが、どちらもほぼ無抵抗で占領を許し死亡者を出さなかった。現場では正義・俗論の両派とも武力衝突による流血を回避した。