ルパン三世 THE FIRST
あらすじ

第二次大戦時のフランス。考古学の権威であるブレッソン教授は、ある日記とブローチを娘と婿、孫娘に託し、逃亡させた。そしてブレッソンは自宅に侵入してきたナチス兵の凶弾に倒れたのであった。逃亡に成功した夫婦もすれ違ったナチスの車による激しい攻撃を受け、最後はトラックと衝突し夫婦は事故死してしまうが孫娘だけは奇跡的に生還。そしてナチスの車に乗っていたランベールも事故に巻き込まれ足を負傷しながらも孫娘が持っていたブローチを奪ってその場から逃走した。
時が流れ、十数年後のフランス。とある博物館で開催されている「ブレッソン回顧展」において、"ブレッソン・ダイアリー"が披露された。しかしその直後、警備員から「ブレッソン・ダイアリーをいただく」という内容のルパン三世の犯行予告状が届いた。そのため、日記を安全な場所に移されることになり、警備員が日記を持ち出そうとした時、警備員の一人であったレティシアがその警備員の異変に気づき、取り押さえた。慌てて走ってきたにもかかわらず、汗を全くかいていなかったのである。予告状を持ってきた警備員はルパンの変装だったのだ。レティシアの通報によりすぐさま駆けつけた銭形がルパンを取り押さえようとしたが、取り逃してしまう。一方で、警備員と一緒に日記を持ち出したレティシアは隠し持っていた睡眠ガスで警備員を気絶させた。実はレティシアは日記を狙って警備員になりすまして侵入していたのである。日記を手に入れたレティシアは屋上に身を潜めていたが、先回りしていたルパンに日記を奪い返されてしまった。しかしルパンもヘリコプターに乗って来た不二子にまんまと日記を奪われ、駆けつけた銭形ら警察に逮捕されてしまう。ルパンと銭形との騒動に乗じて逃走したレティシアはトランシーバーでランベールに日記の入手に失敗したことを報告するが、バックアップとして用意しておいた不二子が入手に成功したこと、例の約束はなかったことにすることを告げられ、落胆する。
銭形に逮捕されたルパンは、助けに来た次元と五ェ門の活躍により脱出に成功し、日記の奪還を目指すも、次元と五ェ門が協力を拒否したため、単独で行動することとなり、レティシアの自宅へ向かった。一方でルパンから日記を奪った不二子はランベールに日記を渡し、報酬を受けとろうとしたが、トランクに仕掛けておいた盗聴器をゲラルトに見破られ、拘束されてしまう。日記を手に入れたランベールはブローチに隠されていた鍵を使って日記の鍵穴に差し込んだが、鍵は開かなかった。実は鍵は2つ存在し、その2つを組み合わせる必要があった。
レティシアの自宅に侵入したルパンは、レティシアが考古学を学んでいることを知り、自分が"エクリプス"と呼ばれるお宝を狙っていること、レティシアが所持しているブローチと同じ型の物を所持していることを教える。レティシアは着替えの最中にルパンが現れたこと、ルパンが同じ型のブローチを持っており、鍵は2つ存在することを密告した。ランベールは例の約束をネタにルパンを自分の元へ連れてくることをレティシアに指示した。レティシアは自分が持っている情報と引き換えにルパンに協力を呼びかけ、ルパンはこれを承諾。ランベールらが乗っている飛行艇と接触する連絡船に忍び込み、飛行艇に潜入した。そして艇内の金庫をあっさりと破り、中に保管してあった日記を手に入れたルパンは日記に触れた途端、昔触れたことがあるような懐かしい感覚を感じる。日記を開くにはアルファベット8文字から成るパスワードを入れる必要があり、一度鍵を差し込むと時限装置が作動し、60秒以内にパスワードを入れなければ爆発してしまう。レティシアが誤って鍵を差し込んでしまい、一度は窮地に陥ったルパンだが、なんとか解錠に成功する。日記の中身はブレッソンが無限エネルギー発生装置である"エクリプス"に関する情報を古代ヘブライ語、アッカド語など様々な言語で記した手帳であった。ルパンが手帳を読んでいる隙にレティシアはルパンに銃口を向けるも、ルパンは予め弾を抜いており、「泥棒は嫌々やるもんじゃない」と改めて釘をさす。さらにレティシアから密告を受けていたランベール達も現場に駆けつけ、ルパンはハンスに拘束されてしまう。レティシアはランベールに約束通りルパンを連れてきたため、例の約束の件を改めてお願いした。レティシアは考古学の最高学府であるボストン大学の考古学部への進学を目指しており、計画が上手くいったあかつきには、受験を許可するという約束をランベールと交わしていたのだ。ランベールは「恩知らず」と激怒したものの、レティシアの成長を喜び、「全てが上手くいったらボストン大学でもどこでも受験するといい」と受験を許可した。しかしレティシアと入れ替わりで部屋に入ってきたゲラルトに、自分達が高く評価していた論文がレティシアが執筆した論文の盗作であったことを指摘され、「あの娘に感謝した方がいいのではないか」と告げられたことにランベールは悔しさを滲ませる。
一方、拘束されたルパンは同じく拘束されていた不二子と再会。不二子は持ち前の色気で兵士を誘惑し瞬く間に制圧、置いてあった飛行機で脱出に成功する。またルパンから日記を奪ったランベールは日記の内容を読み解き、ゲラルトの口からアドルフ・ヒトラーが南米へ逃れて生存している可能性があることを知る。ゲラルトはエクリプスを手に入れてヒトラーに献上することで、第三帝国の復活を狙っていたのである。しかしその話をレティシアに聞かれ、かつてランベールがナチスの研究機関であったアーネンエルベに所属していたことを突き止められる。ゲラルトはレティシアを始末しようとするが、間一髪でルパンと不二子に助けられる。さらに不二子から情報を得た次元と五ェ門も現場に駆けつけたが、飛行艇に車を爆破されてしまう。ルパンは飛行艇を追いかけるために、仕方なく銭形に自分の居場所を通報し呼びつけ、車の破片で作ったルパンの人形に食いついている隙にICPOのヘリコプターを奪ったが、銭形だけ付いてきてしまった。一度は協力を拒んだ銭形であったが、レティシアに懇願され、協力することとなった。ヘリコプターの給油のために立ち寄った海上油田で、ルパンは日記のキーワードがレティシアの名前であったことから、彼女の祖父がブレッソンであったこと、ブレッソンに研究資金を提供していたパートナーがルパン一世であったことをレティシアに告げる。
エクリプス遺跡に到着したゲラルト達は遺跡の入り口を塞いでいた岩を銃で破壊して奥へ進み、部屋に辿り着いた。ランベールはハンスに先に行くように指示し、ハンスは奥の部屋へ進もうとしたが、仕掛けられたトラップによって押し潰されてしまった。ゲラルトは日記無しで遺跡の攻略は不可能と判断し、一度飛行機の墜落現場へ引き上げることにした。それと同時に遺跡に到着したルパン達は、日記に書かれている事柄をヒントに、第一、第二の試練を突破していく。そして最後の試練である「死の回廊」の奥に切り刻まれたルパン一世の帽子が横たわっていた。これを見たルパンは次元から帽子を奪い取って回廊の中へ投げ入れ、レーザーの発射音と位置を見抜いた上で腕時計からワイヤーを射出し、奥へと進んでいく。途中でレーザーにワイヤーを弾かれてしまうも、回廊の天井に突き刺さっていたルパン一世のステッキを使って窮地を脱し、無事に回廊を渡りきった。試練を突破したルパンは奥の部屋にあるエクリプスの装置を発見するも、待ち伏せていたランベール達に制圧され、レティシアを連れ去られた上、エクリプスを奪われてしまう。
エクリプスを解放したランベールは兵器を起動させると、それはマイクロブラックホールの類であり、地上へ落とされると瞬く間に辺りの地表を飲み込んでいった。強大な力を得たランベールであったが、そんな彼をレティシアは批判的な眼差しで見つめる。彼女の態度に腹を立てたランベールはアーネン・エルベの本部ごとベルリンを吹き飛ばし、世界の王になることを述べるが、これに激怒したゲラルトによって射殺されてしまう。するとアーネン・エルベの本部からゲラルドへ「総統（ヒトラー）の生存が正式に確認された」との通信が入り、ゲラルトはアーネン・エルベの南米支部へ向かう。そこで待っていたのは車椅子に乗ったヒトラーとその部下であった。ゲラルトはヒトラーにエクリプスを紹介し、所持していたナチスの名銃モーゼルc96を手渡そうとしたその時、咄嗟に銃を奪ったレティシアがヒトラーに銃口を向けた上で「この世界をどうしたいのか」と問い、これに対してヒトラーは「私は選ばれた人間による美しい世界を作りたいだけだ」と答えた。その直後、ゲラルトによって取り押さえられたレティシアはヒトラーの部下によって連れて行かれた。
エクリプスに搭乗したゲラルトはヒトラーに操作方法を教えた。すると車椅子に乗っていたはずのヒトラーが急に立ち上がり始めた。またレティシアに銃口を向けていたヒトラーの部下も銃を下ろした。その正体は次元であり、南米支部は既に銭形達によって制圧されていた。また、ヒトラーの正体は変装していたルパンであり、ゲラルトが所持していたヒトラーの写真もICPOがナチスの残党の反応を見るために流した偽物であったことをルパンが告げる。これに激怒したゲラルトはルパンに襲いかかるも、ルパンは兵器を起動し、飛行艇内にマイクロブラックホールを発生させた。ルパンはその混乱に乗じてパラシュートで逃亡しようとしたが、ゲラルトに取り押さえられ、取っ組み合いの末、ゲラルトはブラックホールに飲み込まれる。第一の試練をクリアした後も懐にしまっていた目玉を使いかろうじて脱出したルパンは宝物庫から大量の金品を盗み出した不二子と遭遇。さらに次元から銭形が追いかけてくることを告げられ、レティシアに別れの言葉とボストン大学からの招待状を手渡し、「5年後にまた会おうぜ」と告げてその場を去った。実はルパンは密かにレティシアの論文を大学に送っていたのである。別れの言葉を告げるレティシアを背に、ルパン達はいつものように追いかけてくる銭形から逃げるのであった。