立教大学
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理工学分野では、理学部の研究グループがJAXAのプロジェクトに参画し、小惑星探査機「はやぶさ2」に搭載した光学航法カメラの開発・運用や、2023年9月に打ち上げられたX線分光撮像衛星（XRISM）の観測装置を開発するなど宇宙関連の研究開発を進めている。理学部物理学科には宇宙物理学を専門にしている教員が多く在籍し、「素粒子・原子核」分野と「宇宙物理」の分野では、世界トップレベルの研究を行っている。論文の被引用数も多く、質の高い研究力によって世界における立教大学のプレゼンス向上に大きく貢献している。理学部の別の研究グループでは、2020年に日本曹達株式会社との共同研究で、温室効果ガスとして知られる二酸化炭素を選択的に吸着する新規の多孔性物質（MOF：Metal-organic Frameworks）の開発に成功した。燃料電池車などに搭載する水素貯蔵ボンベにも応用が可能で、世界的に高い評価を受ける研究を行っている。同年には、理化学研究所や物質・材料研究機構などとの共同研究により「偽造不可能なマイクロ光認証デバイス」を開発した ほか、生命理学科教授の末次正幸が2017年に開発した、細胞を使わずに長いDNAを効率的に合成する世界初の技術「セルフリー長鎖DNA合成技術」が、バイオ医薬の分野で革新的変化をもたらす研究として、「バイオインダストリー奨励賞」を受賞した。本技術を実用化する目的で大学発バイオベンチャー企業が設立された。（#大学発ベンチャーを参照）
2021年には「金属クラスターを用いた近赤外-可視光変換」に世界で初めて成功し、太陽電池や光触媒の効率を向上させる実用的な光アップコンバージョン材料としての利用が想定されるなど、産業界への貢献が大きく期待される成果を上げている。2023年には、神戸大学との共同研究で、人工光合成技術において希少金属を使用しないCO2変換法を開発し、カーボンニュートラル実現に向けてブレイクスルーとなる技術革新の成果を上げた。
また、新型コロナウイルスの変異株の感染メカニズムを解明するため、理化学研究所のスーパーコンピュータ「富岳」を用いたシミュレーションに、理学部の研究グループが取り組んでいる。2020年度には「富岳」の優先的な試行的利用として「新型コロナウイルス関連タンパク質に対するフラグメント分子軌道 (FMO) 計算」を行い、研究成果を公開するなど活躍している。
理学部全体としても、理化学研究所や産業技術総合研究所といった国内トップクラスの研究機関と密に連携を図る「連携大学院制度」を導入している。産官学連携により研究を高度化・多様化させながら、次代の研究者である学生を育成している。理学部生命理学科では、日本の鳥類研究の権威で日本野鳥の会会長を務める上田恵介が教えた。2016年に山階芳麿賞を受賞し、2020年には日本動物行動学会「日高賞」を受賞した。大学院理学研究科生命理学専攻博士後期課程では、世界で初めて動物が言葉を話すことを解き明かした、動物言語学の第一人者である鈴木俊貴を輩出している。
大学院理学研究科では、順天堂大学大学院医学研究科と協定を締結し、医学物理士養成プログラムである医学物理学副専攻を設置している。
立教大学の理系教育の淵源は、1859年（安政6年）に来日したジョン・リギンズとウィリアムズが、初代米国総領事タウンゼント・ハリスの支援のもと長崎奉行の要請から開設した聖公会の長崎私塾に遡り、数学を含む英学を教えた。リギンズは英学教育を行いながら、ベンジャミン・ホブソンの『物理学』や『医学』、アレキサンダー・ウィリアムソンの『植物学』、ウィリアム・ミュアヘッド（英語版）の『地文学』などを始めとする科学書を、歴史書や地理書とともに多数流通させ、ウィリアムズもこれらを日本人に頒布した形跡が認められている。1874年（明治7年）に築地で開校した立教学校（第一次）では日本獣医学の祖である時重初熊（駒場農学校〈現・東京大学農学部〉教授）が学んだ。1883年（明治16年）に創設された立教大学校では、代数幾何学、動物学、理科学、地質学、植物学、化学、天文学など多彩な理系・自然科学科目を教え、文系・人文科学、社会科学科目とともにヨーロッパ中世以来のリベラル・アーツの伝統を色濃く引き継ぐ、アーツ・サイエンス教育を実施した。札幌農学校（現・北海道大学）で教授を務め、演武場（現・札幌市時計台）の時計運用を開始した工藤精一も数学を講じた。こうした学校創設以来の長い伝統を有し、現在の理学部へと続いている。1890年（明治23年）設立の立教学校（第2次）では、日露戦争でバルチック艦隊の発見を通報し勝利に貢献した三六式無線電信機を開発した木村駿吉（海軍大学校教授、木村芥舟の三男）が教頭として教えたほか、秘密特許第1号の無煙火薬製造法を発明した市岡太次郎（海軍大学校教授、日本海軍技師）も教鞭を執り、数学の泰斗である浅越金次郎（商船学校教授）も講じた。立教大学の前身の一つである大阪・英和学舎では、1884年（明治17年）に、日本の近代昆虫学の基礎を築いた先覚者で「日本昆虫学の祖」と称される松村松年（北海道帝国大学名誉教授）が学んだ。松村は昭和に入り立教学院校友会及び立教学院後援会で顧問を務めた。
大学には現在、工学部は設置されていないが、戦時期に文部省の方針もあり、1944年に理工系教育強化のため「立教理科専門学校」を開設。この理科専門学校は、曾禰武（立教大学教授、後の開成中学校・高等学校校長）が主幹となって創設され、数学科に藤原松三郎、化学科に久保田勉之助、地質学科に矢部長克と、各学界の泰斗を招聘し、曾禰は物理学科を担当し同校の教頭を務め、理学部の礎を築く。翌年には「立教工業理科専門学校」と改組し、工科も合わせた教育機関となった。戦後の1948年には、医学部創設のための前段として設置された理学部へと改組し受け継がれた。理学部の創設には、理化学研究所の仁科芳雄と並び「日本の現代物理学の父」といわれる杉浦義勝が中心メンバーとして尽力し、初代学部長となり、同年には理論物理学研究室も発足した。ほどなくして湯川秀樹と坂田昌一の共同研究者であった武谷三男も着任し、日本の素粒子物理学界をリードしていく。武谷は1957年には、総長であった松下正寿が誘致した原子力研究所（2001年原子炉運転停止、廃止措置中）の設立にも尽力し、研究所長には中川重雄が就いた。武谷、中川とともに、原子力に関する日本最初の教科書である『原子力―教養の科学』を執筆し、長きに渡って原子力と平和利用の研究に従事した田島英三（立教大学名誉教授）は、1956年に教授職と兼務で原子放射線の影響に関する国連科学委員会（UNSCEAR）初代科学担当官に就き、日本人として初の国連職員を務めている。

また、大学には農学部も設置されていないが、明治期の第2次立教学校（1890年10月－、現・立教大学）では、創立から聖公会と関わりが深い札幌農学校（現・北海道大学）出身の農学者である河村九淵が教えた。その後、河村は立教学校の姉妹校である聖公会系の奈良英和学校で校長を務めたのち、熊本農業学校（現・熊本県立熊本農業高等学校）初代校長に就任するが、後に農聖と称される松田喜一を育てている。奈良英和学校では札幌農学校（現・北海道大学）第1期生でクラーク博士の「Boys, be ambitious （青年よ、大志を抱け）」の言葉を後世に残す上で大きな役割を担った大島正健も校長を務めた。また、前述の立教理科専門学校（1944年開設）の設立構想を提出した際には、農学部の設立構想も提出されている。
藤原松三郎（日本の数学界の泰斗）
矢部長克（日本の地質学・古生物学の創始者）
武谷三男（日本の理論物理学の泰斗）／息子とともに