足利義政
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文明5年（1473年）に山名宗全と細川勝元が相次いで死去したために、山名氏と細川氏との間では和睦が結ばれたが、他の大名は引き続き戦いを続けていた。文明8年（1476年）閏5月、日野勝光が和睦の斡旋を行おうとしたが失敗に終わった。しかも、勝光は翌6月に急死してしまい、代わりに妹にして義尚の実母である日野富子が政務に関与するようになる。富子の政務への関与は原則としては義政の立場を超越しないという前提があったが、義政が政務への関心を失っていく中で、その範疇は広がっていくことになった。7月には義政が勝光に代わって和睦の斡旋に動き始めることになる。11月には花の御所が京都市街の戦火で焼失、小川殿に移ったが、富子と義尚が小川殿へ移ると、義政は富子の居所を造営した。
翌文明9年（1477年）3月に西軍最大の勢力を持つ、大内政弘に対する討伐命令が撤回され、10月に正式に赦免された。他の大名も次々と赦免を受け、赦免を受けていない大名も含めて全ての大名の兵が11月には京都を離れた。これによって応仁の乱は終わったが、尋尊が「日本国は悉く以て以て（将軍の）御下知に応ぜざるなり」と嘆いたように、幕府権力は低下した。土岐成頼に連れられて美濃に下った足利義視も翌文明10年（1478年）に伊勢貞職を上洛させて謝罪したことで、7月10日に赦免を受けた。
文明11年には義尚が判始めを行い、政務をとることとなったが、義政は権限をほとんど手放さなかった。判始の義尚の花押は実際には義政による代筆とする説もある。そのため、義尚は奇行に走るようになり、翌年・翌々年と髻を切って出家しようとする騒ぎを起こすこととなる。更に富子と義尚の関係も次第に悪化していくことになる。
文明13年（1481年）、義政は富子から逃れるように長谷の山荘（聖護院坊）に移り、翌文明14年（1482年）から東山浄土寺の敷地であった場所に東山山荘（東山殿）の造営を本格化させる。元々、義政は義視に将軍職を譲った後は祖父の義満の北山山荘に倣った山荘を造営してそこから後見する構想を抱いており、文正元年（1466年）には東山恵雲院（現在の京都市左京区南禅寺北ノ坊町付近）を予定地として定めて準備を進めていたが応仁の乱などで中止となっていた。しかし、諸大名からは石の献上はあっても、費用の取り立ては思うようにいかず、京都がある山城国の公家領・寺社領からの取り立てで補うこととなった。造営の責任者に公人奉行の飯尾元連、政所執事伊勢貞宗、政所執事代布施英基（後に松田数秀に交替）が任じられ、費用徴収の督促に山城国守護に任ぜられた伊勢貞陸（貞宗の子）や侍所所司代浦上則宗が命じられるなど、室町幕府の公式な事業として位置づけられている。祖父義満が建てた金閣を参考にした銀閣が著名であるが、庭園も足利将軍家から崇敬された夢窓疎石ゆかりの西芳寺が参考にされるなど、将軍家の先例が重視されている（西芳寺以外にも興福寺など庭園で知られた他の寺院でも調査が行われている）。京都や奈良の大寺院に対しても様々な負担を命じられて各地でトラブルが発生した。興福寺では庭木や人夫の提供に難渋していた折に庭石の調査のために義政傘下の河原者が派遣されることになり、これに憤慨した学侶達（学侶六方・六方衆）が一乗院の指示であるとして河原者を襲撃して京都に追い返した（『大乗院社寺雑事記』長享3年2月10・13日条・『政覚大僧正記』長享3年2月20日条）。この知らせを聞いた義政は激怒して直ちに一乗院領である山城国西院荘を没収した（『後法興院記』長享3年2月24日条）。近衛政家の取成しで視察を改めて実施することで事態は収拾されたものの、大寺院である興福寺に対しても容赦のない姿勢を取る義政に他の寺院はなすすべはなかった。等持院では、強引な庭石の運び出しによって、壁や回廊が破損し（『蔭涼軒日録』文明16年11月19日条）、東寺でも度重なる辞退にも関わらず松田数秀の命令を受けた河原者に運び出されるなど（『東寺百合文書』ワ函79所収『二十一口方評定引付』文明18年3月18日条）、騒然となった。『蔭涼軒日録』文明18年7月2日条には、筆者の亀泉集証が鹿苑寺領から庭石10個を運び入れるように義政に命じられ、何とか命令を回避できないかと一条冬良に愚痴ったことを記している。義政の側近として相国寺（鹿苑寺は相国寺の別院）を任されていた亀泉集証ですら義政の山荘造営を巡る命令に難渋していたのである。
文明14年（1482年）11月、義政は古河公方・足利成氏と和睦し、20年以上に渡った京都と関東の対立を終結させた（都鄙和睦）。既に上杉氏との和睦を実現させていた成氏は上杉房定（越後守護・関東管領上杉顕定の実父）や上杉政憲（堀越公方重臣・幕府御部屋衆一色政熈の兄弟）らを通じて和平を試みていたが、義政は伊豆国を堀越公方足利政知に譲ることを条件に成氏の赦免を認めたのである。
文明15年（1483年）6月、建物がある程度完成した東山山荘に移り住み、以降は義政は「東山殿」、義尚を「室町殿」と呼ぶこととなった。また、文明17年（1485年）3月には将軍の象徴とされていた大鎧「御小袖」を安置するための空間（御小袖間）が義尚の御所である小川殿に造営されている。だが、実際には義尚は多くの分野で義政の承認が無ければ裁許を行うことが出来なかった。
その頃、義尚が畠山義就支援に転換しようとすると、義政はこれに猛反発して朝廷に義就治罰の綸旨を出させている。文明16年（1484年）年9月には義政自らが義就親征を検討するが、義尚の説得もあって文明18年（1486年）3月には義政も赦免に同意することになり、7月29日に行われる義尚の右近衛大将就任の拝賀の儀を理由に赦免されることになった。ただし、この義就赦免に反発した管領畠山政長は7月に管領を辞任してしまい、後任となった細川政元も拝賀が終わるとその日のうちに辞任してしまう（在任期間9日間）。政元はその後も幕府の重要儀式があるときにはその時のみ管領に在職したが、「管領の常設」という意味ではこれが終焉となる。またこの直前には侍所所司京極経秀の家中で内紛が発生し、6月18日に所司代を務める重臣多賀高忠が自害に追い込まれる。所司・所司代の後任は任命されることなく、以降の侍所は幕府奉行人である開闔が侍所の実質的な長となる。文明18年（1486年）に管領と侍所所司が事実上機能を停止したことは、室町幕府の職制における大きな転換点を意味していた。
文明16年（1484年）には赤松政則と浦上則宗の対立を仲介して和解へ導き、文明17年（1485年）4月には後土御門天皇直々に御料所からの年貢の滞りの相談を受けて自腹で5000疋を用立てて皇室の財政難を救うなど、依然として影響力の大きさを示していた。だが、5月に義尚の側近奉公衆と義政の側近奉行衆が武力衝突する事件が起き、12月には義尚の内諾を得た奉公衆が東山山荘造営の責任者の1人でもあった政所執事代布施英基を殺害するなど、義政と義尚の対立は激化する。そのため、6月15日に義政は臨川寺三会堂において月翁周鏡を戒師として出家して法諱を道慶、道号を喜山とすると共に、事実上政務から離れることを決め、翌文明18年（1486年）12月には改めて政務からの引退を表明した。
しかし、対外関係と禅院関係（所領問題や公帖の発給）については最後まで義政は権限を手放そうとせず、伊勢貞宗や亀泉集証の補佐を受けて自身で裁許した（ただし、義尚が若くして亡くなっているために、結果的に権限移譲が完了しなかった可能性は考慮する必要もある）。例えば、和泉守護が堺南荘の代官を得て支配に乗り出そうとした際、領主である崇寿院の依頼を受けて同荘を崇寿院の直務支配にすることを決定している。更に幕府権威回復のために義尚が六角討伐を行うと、幕府軍（義尚の側近や奉公衆）らによる現地の寺社本所領の兵粮料所化による事実上の押領が行われ、却って被害を受けた寺社などの荘園領主達からは義政の政務への関与による救済が期待される状況となってしまった。そのため、義政は度々政務に介入することとなった。
長享2年（1488年）2月、義尚が焼失した花の御所を室町殿の場所ではなく、高倉殿の場所に再建しようと計画したところ、義政は「我が家は代々室町を称してきた、花の御所は室町になければならない」を断固拒絶した（『蔭涼軒日録』長享2年2月11日条）。義満は義満・義教と継承した足利将軍家と室町殿の由緒に拘り、将来にわたって引き継ぐことを強い信念としていた。