イシターの復活
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本作では塔内は127の部屋に分かれており、それぞれに固有の名前がある。鉤括弧書きはルーム名の日本語訳例。
TOP OF THE TOWER - 「塔の頂上」
ここからゲームが始まる。前作「ドルアーガの塔」の最終面を継承した面構成になっている。
DRUAGA'S GRAVE - 「ドルアーガの墓」
前作でギルに倒されたドルアーガの墓標がある。墓標には "R.I.P." と刻まれている。また音楽もドルアーガの塔でドルアーガとの対決時に使用された音楽のアレンジバージョンになる。
OBSERVATORY - 「展望台」
TREASURE STORAGE - 「宝物庫」
BANQUET AREA - 「宴会場」
JEWELY STORAGE - 「宝石庫」（"JEWELRY STORAGE" の誤り）
EMPTY GALLERY - 「からっぽの画廊」
FOOD STORAGE - 「食糧庫」
SHUNNED CAVERN - 「避けられた洞窟」
LOCKED ROOM - 「閉ざされた部屋」
STORAGE CHAMBER - 「貯蔵庫」
SLAVE PEN - 「奴隷部屋」
SOLARIUM - 「サンルーム」
SECRET CHAMBER - 「秘密の部屋」
KITCHEN - 「厨房」
フォークが落ちている
CHIEFTAIN'S ROOM - 「盗賊の頭の部屋」
PLAY ROOM - 「娯楽室」
SPOILS ROOM - 「略奪品の部屋」
ENPTY CISTERN - 「空の貯水槽」
REST ROOM - 「休憩室」
SMALL DOME - 「小さなドーム」
THE STAIRCASE - 「階段」
WATCH TOWER - 「見張り台」
PANTRY - 「食器部屋」
ADEPTS' ROOM - 「達人の部屋」
LARGE HALL - 「大広間」
WATER LINE - 「水路」
PARTY ROOM - 「パーティールーム」
DINING ROOM - 「食堂」
COLOSSEUM - 「コロシアム」
TRAINING YARD - 「訓練場」
GILの最大HP値を100にする宝箱が配置されている。
PUPILS' ROOM - 「弟子の部屋」
GREEN COURT - 「緑の宮殿」
緑色の敵の巣窟。
UNDEAD GRAVEYARD - 「不死人の墓地」
KNIGHTS' CHAMBER - 「騎士の部屋」
壁の中に開発スタッフの内藤智が隠れている。「KNIGHT = 内藤」とかけた洒落である。Detect Monsterを使用すれば見える。
INVIOLATE AREA - 「聖域」
JUNCTION - 「合流点」
一部のルートを除き、全面クリアを目指すプレイヤーが通る面。ルームネームはそれが語源。
CHAPEL OF EVIL - 「悪の礼拝堂」
TEMPLE OF CHAOS - 「混沌の神殿」
SACRED CHAMBER - 「神聖な部屋」
SHRINE OF EVIL - 「悪の社」
ホワイトボードのような御神体(?)がある。
SPECTER CELL - 「亡霊の巣窟」
CAVE OF GRAMARYE - 「魔術の洞窟」
PRIEST'S QUARTER - 「神官の宿舎」
CHANTRY - 「礼拝堂」
HOLY OF HOLIES - 「至聖所」
KIの最大MP値を800にする宝箱が配置されている。
INTRICATE PATH - 「込み入った小道」
TRAP CEILING - 「罠の天井」
PRIVATE ALTER - 「秘密の祭壇」（"PRIVATE ALTAR" の誤り）
GOBLIN'S LAIR - 「ゴブリンの巣」
PASSWAY - 「抜け道」
CROSS POINT - 「交差点」
「KEI CROSS」という文字を象った地形になっている。CROSSには、遠藤の同僚である黒須一雄と、バンド「カシオペア」のアルバム「CROSS POINT」とをかけている。
FORGOTTEN ROOM - 「忘れられた部屋」
TROPHY ROOM - 「トロフィーの部屋」
トロフィーが落ちている。
UPWARD PASSWAY - 「上り坂の通路」
THIEF'S HIDEOUT - 「泥棒の隠れ家」
壁に穴が開いている箇所があるが、入ることはできない。
TRAP DOOR ROOM - 「罠の扉の部屋」
有効な鍵と扉の位置、その行き先が来る度に変わる。
ALCHEMIST'S ROOM - 「錬金術師の部屋」
黒いポーションが置いてある。ギルが取得すると、毒と麻痺の状態になる。
BOUDOIR - 「貴婦人の寝室」
MUSEUM - 「美術館」
『ゼビウス』に登場した敵戦闘機「テラジ」の絵が飾られている。
LIBRARY - 「図書館」
本が落ちている。ギルのみ取得することができるが、効果はなし。
MAZY QUARTER - 「迷路区域」
DORMITORY - 「寄宿舎」
QUOX'S LABYRINTH - 「クオックスの迷路」
前作に登場したドラゴン・クオックスの顔の形をした迷路になっている。
GILの最大HP値を400にする宝箱が配置されている。
LOUNGE - 「談話室」
AUDIENCE HALL - 「謁見の間」
COMMON HALL - 「公共の広間」
FIRE ESCAPE - 「非常口」
"EXIT" という標識の付いた扉があるが、入ることはできない。
プレイステーション版の「裏イシター」では、上記 "EXIT" ドアの鍵があり入ることができる。
QUEEN'S ROOM - 「女王の部屋」
ATTENDANTS' ROOM - 「従者の部屋」
CLOSET CHAMBER - 「物置部屋」
SERVANTS' HALL - 「使用人の間」
ANTECHAMBER - 「控えの間」
THRONE ROOM - 「玉座の間」
KING'S ROOM - 「王の部屋」
RED COURT - 「赤の宮殿」
赤い敵の巣窟。
DRAGON'S LAIR - 「ドラゴンの巣」
前作『ドルアーガの塔』に登場したドラゴン・クオックスが寝ている。
BOULDER PASSAGE - 「玉石の廊下」
ADMINISTRATION - 「管理人室」
SECRET CORRIDOR - 「秘密の回廊」
KIの最大MP値を2500にする宝箱が配置されている。
FORBIDDEN HALL - 「禁断の大広間」
落とし穴があり、Find Secret Passage を使用すれば見える。呪文を使わなくとも、スタート地点の前にある壁にカイを押しつけ、（ギルを画面下いっぱいの所に向かわせる→カイがギルに追いつく）を2回繰り返した後、まっすぐ右へ行くと落とし穴に落ちる。
LABORATORY - 「実験室」
"DRINK ME!" というメッセージ付きの怪しげな薬が落ちている。ギルが取得すると、コンティニューしたときギル体力の上限値が400減る（取得直後は影響なし）。ルイス・キャロルの小説作品『不思議の国のアリス』に由来するが、稼動当時は『ドラゴンズレア』の中に登場する毒物による罠に由来するものと誤解された。
ARMORY - 「兵器庫」
WEAPON STORAGE - 「武器庫」
ギルがかつて使用していた剣が落ちている。以下、落ちている装備は全て幻影らしい（点滅していて拾えない）。
ARMOR STORAGE - 「鎧の倉庫」
ギルがかつて使用していた鎧が落ちている。
SHIELD STORAGE - 「楯の倉庫」
ギルがかつて使用していた楯が落ちている。
有効な鍵の位置が毎回変わる。また当ルームの扉は入る時と出る時で接続先が異なる。このような扉は 106.HALL OF WARRIORS にも存在する。
HELM STORAGE - 「兜の倉庫」
ギルがかつて使用していた兜が落ちている。
CURSED ROOM - 「呪われた部屋」
DEAD END - 「行き止まり」
一本道の行き止まりで、開発スタッフの遠藤雅伸がデスクの前で倒れている。「死んだ（DEAD）遠藤（END）」とかけた洒落である。
REMAINS - 「遺跡」
CALVARY PRISON - 「髑髏の監獄」
英語でCalvaryはイエス・キリストが磔にされたゴルゴダの丘のことだが、語源となったラテン語Calvariaは髑髏（どくろ）を意味する（en:Calvary）。
ARCADE PASSWAY - 「屋根付きの回廊」
ローパー族の巣窟だが、BGMが通常曲となっている。
MAZE PASSAGE - 「迷路」
CONDEMNED WARD - 「死刑囚の監房」
ローパー族は存在しないが、BGMがローパーのテーマとなっている。
ARCHED HALLWAY - 「アーチのある玄関」
ANCIENT RUIN - 「古代の遺跡」
COMMON CHAMBER - 「共用部屋」
VANGUARD ROOM - 「前衛兵士の部屋」
壁の中にブラックリザードが埋まっている。Detect Monsterを使用すれば見える。
COMMAND POST - 「司令所」
GUARD ROOM - 「衛兵の部屋」
HARNESS STORAGE - 「馬具倉庫」
壁に虫（BUG：バグ）が張り付いている箇所がある。「馬具 = バグ」倉庫だから。
JAILER CHAMBER - 「看守の部屋」
BARRACKS - 「兵舎」
CHIEF'S QUARTER - 「指揮官詰所」
BLUE COURT - 「青の宮殿」
青い敵の巣窟。
HALL OF WARRIORS - 「闘士の広間」
CRYPT - 「地下礼拝堂」
入ってきた扉からしか出られないが、その扉を開ける有効な鍵の位置は毎回変わる。
BARREL VAULT - 「樽の貯蔵室」
「かまぼこ型天井の地下通路（筒型ヴォールト）」とも訳せるが、部屋の形状は貯蔵庫風。
TORTURE CHAMBER - 「拷問部屋」
手枷、足枷、鞭の拷問道具が壁にかかっている。
MAZE VESTIBULE - 「迷宮の入口」
FIRST CELL - 「第1の小部屋」
SECOND CELL - 「第2の小部屋」
THIRD CELL - 「第3の小部屋」
秘密のはしごがある。呪文 Detect Magic Ladder を使うと見えるが、この呪文を使っても使わなくても、はしごのある位置にカイとギルが２人で行くと 124.UNDER THE MOAT へ行ける。
FOURTH CELL - 「第4の小部屋」
STORE ROOM - 「備品庫」
EXERCISE FIELD - 「運動場」
多数のシルバーハイパーナイトが配置されており、呪文と地形を利用することで、経験値を非常に効率的に稼ぐことができる。
GUEST CHAMBER - 「客人の部屋」
LEADER'S ROOM - 「リーダーの部屋」
STABLE - 「馬小屋」
壁に梯子がかけられている。横倒しになっており、使うことはできない。
CHARIOT HANGER - 「戦車格納庫」（"CHARIOT HANGAR" の誤り）
COMMON ROOM - 「談話室」
WAITING ROOM - 「待合室」
PORTCULLIS - 「落とし格子門」
経験値稼ぎに向いている面で、ゴールデンハイパーを倒しまくることで大量の経験値が得られる。鍵が見えたらその先にランドアーチンがいる。
UNDER THE MOAT - 「濠の下」
前のルームに戻るための鍵が壁の中に埋まっており、Detect Monsterを使用すれば見える。取ることが可能だが、これを使用するとバグ面に飛ばされてクリア不能になる。
プレー開始時いきなり狭い袋小路でスライムとブルーウィスプに襲われる。アクションゲームが得意ではない人や壁の中の鍵を取りたい人は、113.THIRD CELL からこの面に来る直前に Time Stop をかけておくと楽にプレーできる。
SECRET STAIRCASE - 「秘密の階段」
WATER DUCT - 「送水管」
ROOM 27 "WATER LINE" に通じている。このドアは一方通行であり、27.WATER LINE からこの面に来ることはできない。
落とし穴があり、Find Secret Passage を使用すれば見える。この落とし穴に入る直前（本当に一瞬前）に Big Burn を使うと、127.ENTRANT HALL のランドアーチンを自動的に片付けることができる。また、同様に Time Stop を使えばルーム内の全ての敵の動きをあらかじめ止めておく事ができ（マジシャンは開始最初の一瞬以降出現しなくなる）、 Duo Dimension を使えばルーム移行の瞬間に鍵が手に入る。
異常な数のウーズが配置されており、全ルーム中で敵の配置数が最も多い。
ENTRANT HALL - 「入口広間」（"ENTRANCE HALL" の誤り）
MAIN GATE - 「正門」
このゲームの目的地。ルーム名が与えられているがここは塔内の部屋ではなく、塔の外。