日本のテレビアニメ作品一覧 (2000年代 後半)
2006年（平成18年） > 2006年 4月 - 6月

| 開始日 - 終了日 | 作品名 | 制作会社 | 主放送局・系列 | 話数 |
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| 4月1日 - 6月24日 | 学園ヘヴン BOY'S LOVE HYPER! | 東京キッズ | AT-X | 全13話 |
| 4月1日 - 9月30日 | 格闘美神 武龍 REBIRTH | トムス・エンタテインメント | TX | 全25話 |
| 4月1日 - 9月30日 | サルゲッチュ 〜オンエアー〜 | XEBEC | TXN | 全26話 |
| 4月1日 - 6月24日 | Soul Link | ピクチャーマジック | AT-X | 全12話 |
| 4月1日 - 2007年3月31日 | ふしぎ星の☆ふたご姫 Gyu! | ハルフィルムメーカー | TX | 全52話 |
| 4月1日 - 2010年 | フラカッパー | オフィス蒼 | UHF | 全78話 |
| 4月1日 - 2007年3月25日 | ぽかぽか森のラスカル | 日本アニメーション | UHF | 全52話 |
| 4月1日 - 9月30日 | 妖怪人間ベム -HUMANOID MONSTER BEM- | スタジオコメット | ANIMAX | 全26話 |
| 4月1日 - 6月24日 | 吉永さん家のガーゴイル | スタジオ雲雀、トライネットエンタテインメント | UHF | 全13話 |
| 4月2日 - 9月24日 | アクビガール | タツノコプロ | UHF | 全26話 |
| 4月2日 - 9月24日 | ARIA The NATURAL | ハルフィルムメーカー | TXN | 全26話 |
| 4月2日 - 2007年3月25日 | おねがいマイメロディ 〜くるくるシャッフル!〜 | スタジオコメット | TVO | 全52話 |
| 4月2日 - 2007年3月25日 | 牙 -KIBA- | マッドハウス | TX | 全51話 |
| 4月2日 - 9月24日 | スクールランブル 二学期 | スタジオコメット | TX | 全26話 |
| 4月2日 - 7月2日 | 涼宮ハルヒの憂鬱 | 京都アニメーション | UHF | 全14話 |
| 4月2日 - 2007年3月25日 | デジモンセイバーズ | 東映アニメーション | CX | 全48話 |
| 4月3日 - 9月25日 | うたわれるもの | OLM | UHF | 全26話 |
| 4月3日 - 9月25日 | シムーン | スタジオディーン | TXN | 全26話 |
| 4月3日 - 6月19日 | 女子高生 GIRL'S-HIGH | アームス | UHF | 全12話 |
| 4月3日 - 9月25日 | Strawberry Panic | マッドハウス | UHF | 全26話 |
| 4月3日 - 2010年3月26日 | ぜんまいざむらい | A-1 Pictures、ノーサイド | NHK教育 | 全214話 |
| 4月3日 - 2009年3月27日 | 味楽る!ミミカ（実写+アニメ） | デジタル・メディア・ラボ | NHK教育 | 全225話 |
| 4月3日 - 2007年3月26日 | 妖逆門 | RADIX ACE ENTERTAINMENT | TXN | 全51話 |
| 4月4日 - 9月26日 | エア・ギア | 東映アニメーション | TX | 全25話 |
| 4月4日 - 9月26日 | 桜蘭高校ホスト部 | ボンズ | NTV | 全26話 |
| 4月4日 - 9月5日 | ガラスの艦隊 | GONZO、サテライト | ABC | 全26話 |
| 4月4日 - 2010年3月25日 | 銀魂 | サンライズ | TXN | 全201話 |
| 4月4日 - 9月19日 | ハローキティ りんごの森のファンタジー | サンリオ | TX | 全13話 |
| 4月4日 - 9月26日 | ひぐらしのなく頃に | スタジオディーン | UHF | 全26話 |
| 4月4日 - 6月21日 | 魔界戦記ディスガイア | OLM | UHF | 全12話 |
| 4月4日 - 9月26日 | ラブゲッCHU 〜ミラクル声優白書〜 | RADIX ACE ENTERTAINMENT | TXN | 全25話 |
| 4月4日 - 6月20日 | 錬金3級 まじかる?ぽか〜ん | REMIC | UHF | 全24話 |
| 4月5日 - 9月27日 | いぬかみっ! | セブン・アークス | TXN | 全26話 |
| 4月5日 - 9月20日 | ウィッチブレイド | GONZO | CBC | 全24話 |
| 4月5日 - 6月14日 | THE FROGMAN SHOW（『秘密結社鷹の爪』『古墳GALのコフィー』） | 蛙男商会 | EX | 全11話 |
| 4月5日 - 2008年3月28日 | しばわんこの和のこころ | スリー・ディ、メビウス・トーン | NHK総合 | 全80話 |
| 4月5日 - 9月27日 | スパイダーライダーズ 〜オラクルの勇者たち〜 | ビィートレイン | TXN | 全26話 |
| 4月5日 - 2008年3月26日 | とっとこハム太郎 は〜い! | トムス・エンタテインメント | TXN | 全77話 |
| 4月5日 - 9月27日 | .hack//Roots | ビィートレイン | TXN | 全26話 |
| 4月5日 - 2007年3月28日 | NANA-ナナ- | マッドハウス | NTV | 全47話 |
| 4月5日 - 6月21日 | プリンセス・プリンセス | スタジオディーン | EX | 全12話 |
| 4月5日 - 9月13日 | 吉宗 | 銀画屋、AICスピリッツ、ゴンジーノ | UHF | 全24話 |
| 4月5日 - 6月28日 | RAY THE ANIMATION | OLM | HBC、TBC、CBC、RKB | 全13話 |
| 4月6日 - 9月14日 | ああっ女神さまっ それぞれの翼 | AIC | TBS | 全24話 |
| 4月6日 - 9月28日 | ゼーガペイン | サンライズ | TX | 全26話 |
| 4月6日 - 10月21日 | xxxHOLiC | Production I.G | TBS | 全24話 |
| 4月6日 - 6月22日 | リングにかけろ1 日米決戦編 | 東映アニメーション | EX | 全12話 |
| 4月7日 - 2008年3月28日 | きらりん☆レボリューション | SynergySP、G&G | TX | 全102話 |
| 4月7日 - 6月30日 | 西の善き魔女 Astraea Testament | ハルフィルムメーカー | UHF | 全13話 |
| 4月8日 - 2007年2月24日 | 彩雲国物語（第1期） | マッドハウス | NHK-BS2 | 全39話 |
| 4月8日 - 6月24日 | 夢使い | マッドハウス | UHF | 全12話 |
| 4月8日 - 9月30日 | ロックマンエグゼBEAST+ | XEBEC | TXN | 全26話 |
| 4月9日 - 7月2日 | ひまわりっ! | アームス | UHF | 全13話 |
| 4月9日 - 10月29日 | MUSASHI -GUN道- | ACCプロダクション | BS-i | 全29話 |
| 4月10日 - 2007年3月23日 | 新星輝デュエル・マスターズ フラッシュ | SynergySP | TX | 全24話 |
| 4月10日 - 9月4日 | ブラック・ジャック21 | 手塚プロダクション | YTV | 全17話 |
| 4月11日 - 6月27日 | BLACK LAGOON | マッドハウス | UHF | 全12話 |
| 4月12日 - 7月19日 | 姫様ご用心 | ノーマッド | WOWOW | 全12話 |
| 4月13日 - 10月26日 | ザ・サード 〜蒼い瞳の少女〜 | XEBEC | WOWOW | 全24話 |
| 4月13日 - 6月22日 | 獣王星 | ボンズ | CX | 全11話 |
| 4月13日 - 7月13日 | 砂沙美☆魔法少女クラブ | AICスピリッツ | WOWOW | 全13話 |
| 4月13日 - 9月28日 | チビナックス | CREATIVE OFFICE CUE、電通北海道 | STV | 全24話 |
| 4月15日 - 7月29日 | TOKKO 特公 | AICスピリッツ、グループ・タック | WOWOW | 全13話 |
| 4月29日 - 11月4日 | ツバサ・クロニクル（第2期） | ビィートレイン | NHK教育 | 全26話 |
| 5月1日 - 2日（特別番組） | 機動戦士ガンダムSEED DESTINY　スペシャルエディション 砕かれた世界 | サンライズ | MBS |  |
| 5月6日 - 11月4日 | タマ&フレンズ 探せ!魔法のプニプニストーン | グループ・タック、同友アニメーション | ANIMAX | 全26話 |
| 5月15日 - 6月19日 | 蟲師（第2期） | アートランド | BSフジ | 全6話 |
| 5月18日 - 8月10日 | 神様家族 | 東映アニメーション | ANIMAX | 全13話 |
| 5月18日 - 8月17日 | 機神咆吼デモンベイン | Viewworks | WOWOW | 全12話 |
| 6月16日 - 2009年3月27日 | NEWS23 蛙男劇場 | 蛙男商会 | TBS | 全40話 |
| 6月29日 - 9月14日 | ハチミツとクローバーII | J.C.STAFF | CX | 全12話 |
| 6月29日 - 9月14日 | 貧乏姉妹物語 | 東映アニメーション | EX | 全10話 |
↑  番組は全300回放送
1 2  未放送2話含む
↑  全12回放送
↑  総集編含む