東大寺
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東大寺は近隣の興福寺と共に治承4年12月28日（1181年1月15日）の平重衡による南都焼討の兵火で壊滅的な打撃を受け、大仏殿を初めとする多くの堂塔を失った。この後、東大寺は本格的に復興が行われることとなり、後白河法皇は当時61歳の僧・俊乗房重源（ちょうげん）を大勧進職に任命し、大仏や諸堂の再興に当たらせた。重源の精力的な活動及び平家に代わり政権を握った源頼朝の援助により再建は着々と進み、文治元年（1185年）には後白河法皇らの列席の下、大仏開眼法要が、次いで建久元年（1190年）には上棟式が行われた。建久6年（1195年）には再建大仏殿が完成、源頼朝らの列席の下、落慶法要が営まれた。
その後、戦国時代の永禄10年（1567年）10月10日、三好三人衆と松永久秀による東大寺大仏殿の戦いの兵火により、大仏殿を含む東大寺の主要堂塔はまたも焼失した。天正元年（1573年）9月、織田信長は東大寺を戦乱に巻き込むことと乱暴狼藉を働く者に対しての厳罰を通達する書状を出している。
信長亡き後に天下人になった豊臣秀吉は、天正14年（1586年）に、焼損した東大寺大仏に代わる新たな大仏の造立を発願し、京都に方広寺大仏（京の大仏）が造立されたが、秀吉は東大寺大仏再建への着手は行わなかった。南都を焼き討ちした平氏政権を倒した源頼朝が、早急に東大寺大仏再建への援助を行ったこととは対照的である。方広寺大仏は東大寺大仏に代わる大仏として発願されたため、豊臣秀頼の代には、寺号を「東大寺」とする（方広寺を東大寺の継承寺院とする）ことも企図され、朝廷との協議がなされた。この件は、大坂の陣に敗れた豊臣氏の滅亡で立ち消えとなった。
東大寺は破損した大仏に応急処置として、溶けた大仏の頭部に新たに銅板で仮の頭を作成して付け、仮の大仏殿もなんとか建てていたが、慶長15年（1610年）に暴風で仮大仏殿は倒壊した。以降、大仏は露座のまま放置されることになった。
豊臣氏が滅亡し、江戸幕府の全国支配が確立してからも、幕府による東大寺大仏再建の企図は直ぐにはなされなかった。一方で方広寺の大仏（京の大仏）・大仏殿の修繕工事には積極的に江戸幕府が関与している。これは朝鮮通信使の旅程に方広寺が組み込まれており、日本側の体面保持・国威発揚の意図があったものとされる（1719年の第9回朝鮮通信使が、方広寺は秀吉の造立した寺であること、また秀吉の朝鮮出兵における朝鮮の戦死者の耳鼻を埋葬した耳塚が門前にあることを理由に、方広寺訪問を拒絶しトラブルに発展したことを契機として、方広寺は朝鮮通信使の旅程から外された）。
寛文2年（1662年）の寛文近江・若狭地震で方広寺大仏が損壊した際も（地震発生前から、経年劣化などで既に大仏は損壊していたとする説もある)、銅像から木像に改められてしまったが、江戸幕府の主導で早急に再建がなされた。
平家の南都焼討による東大寺大仏・大仏殿の焼失の際は早急に再建がなされたが、永禄10年（1567年）の東大寺大仏・大仏殿の焼失後はその再建が遅々として進まなかった。その原因について、江戸時代には方広寺に往時の東大寺大仏・大仏殿に匹敵する規模のそれが既に造立されており、僧や民衆の間で東大寺大仏・大仏殿を復興させようとする機運（世論）が高まりにくかったという点がある。しかし1600年代後半に、東大寺の僧公慶が立ち上がり、東大寺大仏の修理と大仏殿の復興を行おうと勧進を始めると、多くの人々からの喜捨を受けて、まず大仏の修理から行われることになった。修理は元禄4年（1691年）に完成し、翌年には大仏開眼供養が行われた。公慶は続いて大仏殿の再建に着手しようと江戸幕府第5代将軍徳川綱吉やその母の桂昌院に謁見し、多額の寄進を受けた。こうしたこともあって大仏殿は宝永6年（1709年）に遂に完成した。
現存する3代目の東大寺大仏殿は、高さと奥行きは天平時代とほぼ同じだが、間口は天平創建時の11間からおよそ3分の2の7間に縮小されている。3代目東大寺大仏殿は従前の大仏殿とは外観が大きく異なる点が多い（堂外から大仏の御顔を拝顔できるようにする観相窓の採用、観相窓上部の唐破風の設置など）。同時代に存在していた方広寺2代目大仏殿の設計図は今日現存しているが、それと現存する3代目東大寺大仏殿を見比べると、間口（建物の横幅）が減じられていること以外はほぼ建物の外観が瓜二つであることが分かる。これは東大寺2代目大仏殿の焼失から百数十年が経過し、それの技法に倣うことは難しいが、同時代には方広寺2代目大仏殿が京都に存在しており、公慶など東大寺大仏殿再建に当たった者達が、それの意匠・技法を参考にしたためではないかと考えられている。またその根拠として以下もある。東大寺大仏殿内部に設けられている売店の上方の壁に、江戸時代の東大寺大仏殿再建にあたり作成された設計図面である、巨大な『東大寺大仏殿建地割板図』が飾られている。上記は経年劣化のため図面が読めなくなっていたが、赤外線撮影による調査を行った所、大仏殿の計画が間口11間から7間に縮小する以前の、当初設計図面であることが判明した。上記図面は現存の東大寺大仏殿の意匠・構造よりも、より方広寺大仏殿のそれに近似しており、建築史学者の黒田龍二は「（東大寺大仏殿建地割板図は）方広寺大仏殿を参考に東大寺大仏殿再建のための雛形として描かれたと考えるのが妥当である」としている。また現在の方広寺本尊の盧舎那仏座像は往時の大仏の1/10の大きさの模像とされるが、それの光背の意匠は、現存の東大寺大仏の光背の意匠と極めて近似しているので、大仏の光背の意匠についても、方広寺大仏のそれに倣ったものではないかとする説もある。
2代目東大寺大仏殿の焼失後に「2代目東大寺大仏殿焼失→初代方広寺大仏殿造立・焼失→2代目方広寺大仏殿造立→3代目東大寺大仏殿造立」と年数がさほど空くことなく、大仏殿が日本に存在し続けていたことは、大仏殿造立の技法が継承される上で好事となった。また単に技法が継承されるだけでなく、新たな技法の確立や建築意匠の改良もなされ、3代目東大寺大仏殿の柱材について、寄木材(鉄輪で固定した集成材)となっているが、この技法は2代目方広寺大仏殿で確立されたものとされ、東大寺大仏殿にも取り入れられたとされる。豊臣秀吉による方広寺初代大仏殿造営時に、日本各地の柱材に適した巨木を多く伐採してしまったため、森林資源が枯渇したようであり、苦肉の策と言える。
なお今回の復興でも講堂、食堂、東西の七重塔などは再建されることはなかった。今は各建物跡に礎石や土壇が残されているのみである。
宝永6年（1709年）から寛政10年(1798年)までは、奈良（東大寺）と京都（方広寺）に、大仏・大仏殿が双立していた。江戸期においては方広寺大仏の方が、規模（大仏の高さ、大仏殿の高さ・面積）で上回っていた。これは先述のように豊臣秀吉が発願したもので、秀吉の造立した初代大仏、豊臣秀頼の造立した2代目大仏、江戸時代再建の3代目大仏と、新旧3代の大仏が知られるが、それらは文献記録（『愚子見記』『都名所図会』等)によれば、6丈3尺（約19m）とされ、再建され現存の東大寺大仏の高さ（14.7m）を上回り、大仏としては日本一の高さを誇っていた。『東海道中膝栗毛』では弥次喜多が大仏を見物して威容に驚き「手のひらに畳が八枚敷ける」「鼻の穴から、傘をさした人が出入りできる」とその巨大さが描写される場面があるが、そこで描かれているのは、東大寺大仏ではなく、方広寺大仏である 。なお初版刊行の1802年には、後述のように大仏・大仏殿は既に焼失している 。
江戸時代中期の国学者本居宣長は、双方の大仏を実見しており、東大寺大仏・大仏殿について「京のよりはやや(大仏)殿はせまく、（大）仏もすこしちいさく見え給う」「堂（大仏殿）も京のよりはちいさければ、高くみえてかっこうよし[東大寺大仏殿は方広寺大仏殿よりも横幅（間口）が狭いので、視覚効果で高く見えて格好良いの意]」「所のさま(立地・周囲の景色)は、京の大仏よりもはるかに景地よき所也
」という感想を、在京日記に残している。一方、方広寺大仏については「此仏（大仏）のおほき（大き）なることは、今さらいふもさらなれど、いつ見奉りても、めおとろく(目驚く)ばかり也」と記している。
方広寺の3代目大仏は寛政10年（1798年）まで存続していたが、落雷で焼失した。
明治時代となり神仏分離が行われると、鎮守社の手向山八幡宮は東大寺から独立した。
『東大寺辞典』によれば現存する塔頭は18院であるが、この中には寺籍のみあって、独立した堂宇をもたないものもある。真言院、知足院のほか、大仏殿の北東に龍松院、龍蔵院、持宝院、宝厳院、大仏殿東側に宝珠院、中性院、上之坊、観音院、南大門西側、東大寺福祉療育病院に隣接して北林院、地蔵院、正観院がある。惣持院、清涼院は勧進所に所在、上生院、新禅院、金殊院は寺籍のみ残っている。