ウェーコ包囲
物議

正面入口を制圧したATFドア部隊に配属された捜査官のローランド・バレステロスは、最初の銃撃がブランチ・ダビディアン側の犬を無力化させるためにATF犬部隊から来たと考えているとテキサス・レンジャーズやウェーコ警察に語ったが、その後の裁判ではブランチ・ダビディアンが最初に撃ったと主張した。ブランチ・ダビディアンは、ATFのドア部隊がドアに発砲し、自分たちは自衛のため応射したと主張した。オースティン・クロニクル紙の記事には「火事のずっと前、ダビディアン達はドアに残っている証拠について討議していた。包囲中、FBIとの電話会話でコレシュの主な仲間スティーブ・シュナイダーは「正面入口から見つかった証拠が弾丸の数そして何が起きたかを明確に示すだろう」とFBI捜査官に語った」と書かれている。包囲中にマウント・カルメルに入った弁護士ディック・デゲリンは、右手の入口ドアの板金が内側に突き出ており中へと入ってくる弾丸によって穴ができたのは明白だと裁判で証言した。またデゲリンは、右側の入口ドアだけに弾丸の穴があって左側の入口ドアは無傷だったとも証言した。裁判で政府側は左のドアだけを提示して右手のドアは無くなっていたと主張しており、左側のドアには出入り両方の弾丸によって作られた多数の弾丸の穴がついていた。テキサス・トルーパーの軍曹は、包囲を終えた直後に行方不明のドアをバンに積み込む男性2人を目撃したが、物自体は見えなかったと証言した。ブランチ・ダビディアン側の不法死亡訴訟の主任弁護士マイケル・カデルは「左側のドアがその状態にあるという事実は、右側のドアが火災によって焼失しなかったことを伝えている。故意に誰かによって失われた」と説明した。カデルはこの主張を裏付ける証拠を提示しておらず、これまでに一切証明されていない。ただし、消防調査官は火災で鋼鉄製の右ドアが同じ左ドアよりもはるかに大きな被害を受けた可能性は「極めて低い」もので、両方のドアが一緒に見つかった筈だと述べている。右のドアは行方不明のままなのだが、瓦礫（件のドアも含む）が除去されるまで現場全体が法執行当局によって厳重に監視されていた。
ヘリコプターは、麻薬研究所がマウント・カルメルにあるという虚偽の理由でアラバマ州とテキサス州兵から動員された。1993年2月28日の朝に出された逮捕状には薬物関連の告発が無かった。事件の公式記録は、ヘリコプターは単に牽制として使用されただけで、乗組員は9mm口径の拳銃だけを所持しており、そこからの発砲は行われなかったと常に述べている。
襲撃の数週間前、自称カルト専門家にしてデプログラマー（洗脳を解く療法士）のリック・ロスがコレシュに関してNBCやCBSといった主要放送局に登場した。ロスは後に、自分の役割がダビデとコレシュについて当局に助言することや、包囲を終わらせるためにどのような行動を取るべきかを助言するものだったと説明した。彼はATFから相談を受けたとしており、1993年3月4日にFBIに連絡して「一般的なカルトの知識、特にブランチ・ダビディアンの人々に関して自分が聴収される」ことを要求した。FBIは、包囲中にロスに助言を求めたのではなく、聴収を行なって彼から情報を受け取ったと報告している。ロスはまた、3月27日と3月28日にFBIに電話して交渉戦略に関する助言を提供し、FBIには「コレシュが彼らの信じるような導きの預言者ではないことを信者に納得させるため、コレシュの過ちと人生の失敗について教団施設の信者たちに知らせることでコレシュを窮地に追いやる」ことを示唆した。ATFはまた1993年1月にもコレシュの情報についてロスに連絡を取った。複数の作家が、ウェーコに関する政府の意思決定に関するCult Awareness Networkの役割を文書化した。幾つかの研究は「ロスのような自称カルト専門家、カルト啓発ネットワーク(CAN)のような反カルト組織、そしてBreault のように影響を受けないブランチ・ダビディアンの脱退者がコレシュの危険なカルト指導者という非常に否定的なイメージを普及させる上で重要な役割をどのように果たしたのか」を示している、とマーク・マクウィリアムズは指摘する。「自己執着、病的な自己中心癖、反社会的、冷酷」として描かれたコレシュは、信者を大量自殺の運命に追いやる宗教狂信者か、独自の怪しい個人利得のために宗教を操った詐欺師として特徴づけられることが多かった」という。この紛争解決の支援に取り組んだ宗教学者のフィリップ・アーノルドとジェームズ・テイバーによれば「もしもFBIが宗教にもっと寛大で、ロスの疑わしい考察と学術的専門知識とをもっと区別できてさえいれば、この危機が悲劇的な結末を迎える必要もなかった」という。
2014年のザ・ニューヨーカー誌記事では、先の宗教学者両名がコレシュに暴力的な決着が関わらない黙示録の代替解釈を説得する必要があることをFBIに伝えた、と書かれている。彼らは音声テープを作ってコレシュに向けて流し、それは彼を説得させているようだった。しかし、FBIが待機したのは制圧開始前の僅か3日間だった（この代替解釈から着想を得た原稿をコレシュが完成させて平和的に出てくるまでは推定2週間とされていた）。スチュアート・A・ライトの記事はFBIが包囲をどのように誤って処理したかを論じており「FBIが51日間の包囲で無血解決に持っていけなかった事よりも大きな失当行為の例はない」と述べた。この作戦に関するライトの主な懸念事項としては、平和的な交渉により紛争解決に至りそうだった時にFBI当局者（特にディック・ロジャース）が過激さと性急さを増して振る舞ったこと等が挙げられる。FBIの事情聴収でロジャースが語った内容と、司法省の報告書にある彼の発言には食い違いが見られるという。
批評家は、最終制圧時にCSガスが安全でない方法で建物に注入され、火災を引き起こした可能性があることを示唆している。火災3か所のうち2つは、CSガスが送り込まれた場所から離れた建物内で発生したが、生存者のデビッド・ティボドーは1999年に建物の損壊がガスを拡散させていたと主張して「彼らは壁を壊し始め、窓を壊し、CSガスを拡散した」と述べた。さらにガスグレネードの使用に関しても論争となった。司法長官リノは、この制圧で火工装置を使用しない指示を特別に出していた。1993年から1999年にかけて、FBIの報道官は制圧中に一切の火工装置の使用を（宣誓の下でも）否定した。しかし、火災直後に火工製のFlite-Rite CSガスグレネードが瓦礫の中で発見された。1999年、FBI報道官は自分達がグレネードを使用したことを認めざるを得なかった。しかし彼らが主張するには、内部の燃焼プロセスを通してCSガスを分配するこれらの装置は、40ヤード(35m)離れた場所の水で満たされたピット溝を貫通しようと早朝に使用されたもので、建物内部で起きた火災とは異なるとの事だった。FBIによると、グレネードが発射されてから約3時間後に火災が始まったと主張している。1994年にFBIの文書が調査のため議会に引き渡されたとき、火工装置の使用を一覧にしたページが行方不明だった。特定指示書にもかかわらず火工使用の開示が6年間もされなかったため、リノが調査を要請した。FBI高官は、100人ものFBI捜査官が火工品の使用について知っていたが1999年まで誰も声を上げなかった、とニューズウィーク誌に語った。事件から1か月も経たない5月12日、テキサス州当局がこの現場をブルドーザーで地ならししたため、法医学的証拠のさらなる収集は不可能となった。
FBIは建物の壁に監視装置を埋め込み、それが掴んだいくつかの会話が政府の主張するダビディアンが火事を起こした証拠とされている。録音は不完全で理解するのがその何倍も難しく、作られた2つの転写は多くの点で違いがあった。地元紙 (San Antonio Express-News) によると、FBIの4月19日のテープがブランチ・ダビディアン裁判中に法廷で再生された時、FBIの音声専門家が聞きとったと主張する内容を聞きとれた人は殆どいなかった。テープは「雑音でいっぱいで、たまに声が認識できた。[中略]言葉は微かだった。法廷室の傍聴者には聞こえたと言う人もいれば、分からなかったという人もいた」という。ブランチ・ダビディアンは火災に関する不穏な警告を幾度か発していた。これは彼らの将来の行動を暗示したものかもしれないし、違うかもしれないが「他に潜在的な発火源がない」点がブランチ・ダビディアンによってこの火災が起こされたという法廷結論の根拠となった。これは火工品の使用をFBIが認める前のことだが、その後の特別顧問局による1年間の調査でも同じ結論に達し、それ以上の追加調査はされなかった。1999年、ブランチ・ダビディアンの生存者による民事訴訟が相次いだ際に、火災生存者のグレアム・クラドックが事情聴収を受けた。彼は、幾人かのブランチ・ダビディアン信者が装甲車に轢かれないよう燃料の1ガロン(3.8 L)缶約1ダースを動かすのを見ており、建物の外で燃料を注ぐという話を聞いており、火災発生後に別の何者かによる「火をつけろ」みたいな内容が聞こえた、と主張した。『The Branch Davidians of Waco』は、火災発生自体が事前に計画済みでブランチ・ダビディアンの神学論と一致していることを証明しようとした。そこでは証拠として、包囲中にFBIが記録した会話、グレアム・クラドックほか生存者たちの証言、包囲開始1ヶ月前のディーゼル燃料購入を挙げている。
FBIはコレシュの自殺可能性について相反する報告を受け、彼が自殺するか否か確信が持てなかった。コレシュとシュナイダーが自分達には集団自殺の計画がないと交渉人に繰り返し否定していること、教団施設から出てきた人々がそういった準備を見たことがないと言っていること、などの証拠はFBI達に集団自殺の可能性はないと確信させた。もしも彼が自殺を遂げた場合、信者数名がコレシュの後を追う可能性があった。アラン・A・ストーンの報告によると、包囲中にFBIは誤った精神医学的視点を用いてブランチ・ダビディアンの対応を評価し、自殺しないというコレシュの声明に過度に依存した。ストーンによると、この誤った評価が教団施設で集団自殺を計画しているか否かについてFBIがコレシュや他の人達に適切な質問をしないことに繋がったという。より適切な質問は「圧倒的な力を見せて我々が施設を囲む包囲網を狭め、CSガスを使用してあなた方に出てくることを強制したらどうしますか?」だという。以下はストーンの記述である。
連邦法執行機関の戦術手法は、伝統的に相手側を犯罪者の一団または武装団または一般的に加害者と見なしている場合がある。だがブランチ・ダビディアンは異例な集団で、誇り高くもかき乱されて絶望的な精神状態にあった。彼らは神の子羊としてダビデ・コレシュに捧げられた。彼らは黙示録的な結末でその身を盾にしてて死ぬことも厭わず、その代行として自身や子供を殺すことも厭わなかった。しかし、彼らは精神に落ち込んだ自殺者でも冷血な殺人犯でもなかった。彼らは信仰の証しとして死の危険に備えていた。そうした行動の心理（ブランチ・ダビディアンにとっては宗教的意義と一緒）は、単に無視されたわけではないとしても「包囲網を狭める」というFBIの戦略責任者によって誤って評価された。圧倒的な力を見せつけることが、戦術家の想定した筋書き通りに機能しなかった。それがブランチ・ダビディアンに降伏を誘発させることはなく、デビッド・コレシュに集団自殺の命令を誘発させたかもしれないものだった。