カブトガニ類
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World Spider Catalog に掲載される化石鋏角類一覧表「A summary list of fossil spiders and their relatives」（最終更新日：2020年1月15日）によると、現存4種と化石100種以上の広義のカブトガニ類が記載されており、化石種の中で80種以上は狭義のカブトガニ類に属する。
広義のカブトガニ類よりも基盤的な真鋏角類オファコルスとダイバステリウム、および Dekatriata に含まれるとされる Winneshiekia と Houia は、便宜上にハラフシカブトガニ類として広義のカブトガニ類に含まれる場合もある。分類学的位置が議論的で再検証が必要とされる Borchgrevinkium は、Lamsdell (2013) によって暫定的に広義のカブトガニ類としてまとめられる。
狭義のカブトガニ類はほぼ全ての種類がカブトガニ亜目（Xiphosurida）に分類され、そこから2下目2上科5科に細分される。他にもカブトガニ亜目以外の属を含んだKasibelinuridae科はあるが、単系統群をなしていないため再定義が必要と指摘され、それを敢えて採用しない文献もある。
現生種はカブトガニ科に分類され、形態的差異から2亜科3属4種に区別される。人工交雑による実験では、アメリカカブトガニ Limulus polyphemus（アメリカカブトガニ亜科 Limulinae）とアジア産カブトガニ類（カブトガニ亜科 Tachypleininae）では受精が成立せず、アジア産3種の間では交雑卵から孵化する例が見られた。アジア産の3種はマルオカブトガニ Carcinoscorpius rotundicauda（マルオカブトガニ属 Carcinoscorpius）とそれ以外の2種（カブトガニ属）に分けられるが、カブトガニ Tachypleus tridentatus に対してマルオカブトガニよりもミナミカブトガニ Tachypleus gigas の方が生殖的隔離が進んでいることから、マルオカブトガニをカブトガニ属に含める説もある。一方で2012年に発表されたカブトガニ科の分子系統解析では、カブトガニとミナミカブトガニで単系統群を形成し、マルオカブトガニがその姉妹群となるという結果が得られている。
次のリストの中で特記されない限り、分類体系・シノニム・地質時代とも、狭義のカブトガニ類 Xiphosura sensu stricto は Lamsdell (2020) に、その他の広義のカブトガニ類は Dunlop et al. (2020) に基づく。属より上位の分類群は太字、絶滅群は「†」、ジュニアシノニムは「=」、伝統的にハラフシカブトガニ類 Synziphosurina に分類されたものは「*」で示す。
Xiphosura sensu lato （オルドビス紀 - 現世）：広義のカブトガニ類。Dekatriata を除いた側系統群。
Prosomapoda （Dekatriata を除く）
（属）Anderella †（石炭紀）*
（属）Borchgrevinkium †（デボン紀）
（属）Camanchia †（シルル紀）*
（属）Legrandella †（デボン紀）*
（属）Maldybulakia (=Lophodesmus)†（デボン紀）
ヴェヌストゥルス属 Venustulus †（シルル紀）*
（属）Willwerathia †（デボン紀）*
ウェインベルギナ科 Weinberginidae †（デボン紀）*
ウェインベルギナ属 Weinbergina †（デボン紀）*
Planaterga （Dekatriata を除く）
（属）Bembicosoma †（シルル紀）*
（属）Bunaia †（シルル紀）*
（科）Pseudoniscidae †（シルル紀）*
（属）Cyamocephalus †（シルル紀）*
（属）Pseudoniscus (=Neolimulus)†（シルル紀）*
（科）Bunodidae †（シルル紀）*
（属）Bunodes (=Exapinurus)†（シルル紀）*
リムロイデス属 Limuloides (=Hemiaspis)†（シルル紀）*
（属）Pasternakevia †（シルル紀）*
Xiphosura sensu stricto （オルドビス紀 - 現世）：狭義のカブトガニ類。
（属）Pickettia †（デボン紀）
（属）Patesia †（デボン紀）
（科）Kasibelinuridae †（オルドビス紀 - デボン紀）：カブトガニ亜目 Xiphosurida を除いた側系統群。
（属）Kasibelinurus †（デボン紀）
ルナタスピス属 Lunataspis †（オルドビス紀）：既知最古の狭義のカブトガニ類。
カブトガニ亜目 Xiphosurida （石炭紀 - 現世）
（上科・科未定）
（属）Albalimulus †（石炭紀）
（属）Sloveniolimulus †（三畳紀）
（属）Xiphosuroides †（石炭紀）
ヒメカブトガニ下目 Bellinurina †（石炭紀 - ペルム紀）
（科）Bellinuridae (=Euproopidae , Liomesaspididae )†（石炭紀 - ペルム紀）
（属）Anacontium †（ペルム紀）
（属）Andersoniella †（石炭紀）
（属）Alanops †（石炭紀）
（属）Anacontium †（ペルム紀）
（属）Belinurus (=Bellinurus, Steropsis, Koenigiella, Macrobelinurus, Parabelinurus)†（石炭紀）
ユウプループス属 Euproops (=Prestwichia, Prestwichianella)†（石炭紀）
（属）Koenigiella †（石炭紀）
（属）Liomesaspis (=Palatinaspis)†（石炭紀 - ペルム紀）
（属）Patesia †（石炭紀）
（属）Prestwichianella †（石炭紀）
（属）Pringlia †（石炭紀）
（属）Prolimulus †（石炭紀）
（属）Stilpnocephalus †（石炭紀）
カブトガニ下目 Limulina （石炭紀 - 現世）
（属）Bellinuroopsis (=Neobelinuropsis)†（デボン紀）
（科）Rolfeiidae †（石炭紀）
（属）Rolfeia †（石炭紀）
（上科）Paleolimuloidea †（石炭紀 - ジュラ紀）
コダイカブトガニ科 新称として Paleolimulidae (=Moravuridae )†（石炭紀 - ジュラ紀）
（属）Moravurus †（石炭紀）
（属）Norilimulus †（石炭紀）
パレオリムルス属 Paleolimulus †（石炭紀 - ペルム紀）
（属）Xaniopyramis †（石炭紀 - ペルム紀）
カブトガニ上科 Limuloidea （石炭紀 - 現世）
（属）Valloisella †（石炭紀）
オーストロリムルス科 Austrolimulidae (=Dubbolimulidae )† （石炭紀 - 三畳紀）
オーストロリムルス属 Austrolimulus †（三畳紀）
（属）Batracholimulus †（三畳紀）
（属）Boeotiaspis †（石炭紀）
（属）Dubbolimulus†（三畳紀）
（属）Limulitella (=Limulites)†（三畳紀 - ジュラ紀）
（属）Panduralimulus †（ペルム紀）
（属）Psammolimulus  †（三畳紀）
（属）Shpineviolimulus †（ペルム紀）
（属）Tasmaniolimulus †（三畳紀）
（属）Vaderlimulus †（三畳紀）
カブトガニ科 Limulidae （三畳紀 - 現世）：現存する唯一の科。
（属）Allolimulus †（ジュラ紀）
（属）Casterolimulus †（白亜紀）
（属）Crenatolimulus †（ジュラ紀 - 白亜紀）
（属）Heterolimulus †（三畳紀）
メソリムルス属 Mesolimulus †（三畳紀 - 白亜紀）
（属）Keuperlimulus †（三畳紀）
（属）Psammolimulus †（三畳紀）
（属）Tarracolimulus †（三畳紀）
（属）Victalimulus †（白亜紀）
（属）Volanalimulus †（三畳紀）
（属）Yunnanolimulus †（三畳紀）
アメリカカブトガニ亜科 Limulinae 以下の現生種の属和名も
アメリカカブトガニ属 Limulus （白亜紀 - 現世）
アメリカカブトガニ Limulus polyphemus（現世）
カブトガニ亜科 Tachypleininae （三畳紀 - 現世）：生殖口蓋の内肢は退化的。
カブトガニ属 Tachypleus （三畳紀 - 現世）
カブトガニ Tachypleus tridentatus（現世）
ミナミカブトガニ Tachypleus gigas（現世）
マルオカブトガニ属 Carcinoscorpius （現世）
マルオカブトガニ Carcinoscorpius rotundicauda（現世）