京阪本線
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1989年（平成元年）
4月1日：花と緑の博覧会への広報協力として「花号」「緑号」「水号」を運行（翌年9月まで）。
9月27日：ダイヤ改正。約45年ぶりに五条駅に急行が終日停車。宇治線直通急行が三条駅（鴨東線開業後は出町柳駅） - 淀駅・樟葉駅間の準急に置き換えられる。
鴨東線開業（10月5日正午）までは、三条駅 - 出町柳駅間が試運転扱いだった。同時にすべての特急が7両編成となる。
10月1日：プリペイドカード「Kカード」を導入、各駅で利用可能になる。
10月5日：鴨東線が開業し同線と直通運転開始。特急に8000系1編成投入。
1990年（平成2年）3月24日：枚方市駅付近高架化（交野線含めた全面完成は1993年3月25日）。京阪線ダイヤ改正。準急の守口市駅停車時間帯が大幅に拡大（昼間以降の全列車）。
1991年（平成3年）6月1日：ダイヤ改正。
1993年（平成5年）
1月27日：野江駅 - 土居駅間6駅のホームを8両編成対応に延長する工事が完成。
1月30日：京阪線ダイヤ改正。平日朝ラッシュ時の淀屋橋行き特急6本が中書島駅に停車。
1994年（平成6年）5月1日：全駅で終日禁煙を実施。
1995年（平成7年）
1月17日：阪神・淡路大震災が発生。全線で一時運転見合わせ。午前8時ごろから運転を再開。特急は終日運休。
6月19日：ダイヤ改正。
10月21日：京阪線全駅（鴨東線・宇治線・交野線も含む）の自動改札化が完了。
1996年（平成8年）
2月1日：京阪線全駅（鴨東線・宇治線・交野線も含む）で定期券入出場確認システム導入。同時に入場券に入場時間制限が設けられた。
9月：京橋第1第2高架橋（天満橋駅3番線から中之島線を跨ぐ高架橋）の橋脚16本の耐震補強工事が竣工。
11月16日：八幡市駅 - 淀駅間の淀車庫付近が高架化（車庫は地上のまま）。
1997年（平成9年）
3月22日：ダイヤ改正。平日朝ラッシュ時の淀屋橋行き特急6本が中書島駅に加えて枚方市駅に停車。
3月31日：JR東西線との交差部にある京橋第8高架橋（42本）・守口市駅の京都方の守口第3、第5高架橋（17本）・天野川との交差部にある枚方上手高架橋（38本）の耐震補強工事竣工。
4月25日：京都市内の地下線が、京都府「福祉のまちづくり百選」に選ばれる。
11月28日：淀車庫第3期工事（京阪本線の南側への拡張工事）が竣工。
12月19日：京阪線全駅に「車いす用渡し板」を配備。
1998年（平成10年）
9月30日：プリペイドカード「Kカード」の発売を、同日をもって終了。翌日以降も利用は可能。
1999年（平成11年）
4月1日：京阪線で「スルッとKANSAI」対応カードが利用可能になる。
11月20日：寝屋川市駅付近の高架化により、淀屋橋駅 - 寝屋川市の田井踏切までの15.3kmが完全立体交差化。
2000年（平成12年）7月1日：ダイヤ改正。宇治線宇治駅 - 京阪本線三条駅間直通列車を平日朝の三条行き2本を残して廃止。丹波橋駅・中書島駅に終日特急が停車。
2002年（平成14年）
3月31日：寝屋川信号所 - 寝屋川市駅京都側までの高架工事が竣工。
6月22日：長居陸上競技場で開催された2002 FIFAワールドカップの試合にあわせて、23日にかけての深夜に臨時列車を運行。
12月2日：朝ラッシュ時の淀屋橋行き特急8本に女性専用車を導入（同年10月1日から試行・京都方先頭車の出町柳駅 - 天満橋駅間）。
2003年（平成15年）9月6日：白紙ダイヤ改正を以下の内容で実施。改正を前に駅案内サインや放送（車内含む）の更新、時刻表レイアウトの変更など、大がかりなものとなった。
平日の通勤時間帯にK特急が設定される（停車駅はダイヤ改正以前の特急を踏襲）。
枚方市駅・樟葉駅が特急停車駅となる。
日中10分間隔運転に変更。大阪方では昼間に特急6本・準急12本・普通6本の運転体系とする。
宇治線宇治駅 - 京阪本線三条駅間直通列車を全廃。
平日に交野線直通のK特急「おりひめ」（朝に下り2本）、準急「ひこぼし」（夕方に上り7本）が運転開始。
女性専用車の設定を朝のK特急全列車に拡大（淀屋橋駅 - 出町柳駅間、ただし「おりひめ」を除く）。
日中の急行・京阪間直通普通の運転を取りやめ。
京都側の準急を廃止。
2004年（平成16年）8月1日：PiTaPa導入。
2006年（平成18年）4月16日：ダイヤ改定。中之島線建設工事に伴い天満橋駅の線路を切り替え。淀駅下りホームを仮設ホームに移転。日中は急行（淀屋橋 - 枚方市）・区間急行（天満橋 - 萱島）を運転、準急を休止し、普通を京阪間直通に統一。女性専用車の設定時間帯を拡大（平日朝のK特急に加え一部の特急にも設定）。交野線直通の準急「ひこぼし」を5本に減便。
2007年（平成19年）
1月27日：ダイヤ改定。
6月16日：京阪線・大津線・鋼索線に早期地震警報システムを導入。
6月17日：京阪線の列車運行管理システムを更新。駅の案内放送内容の更新・充実、向谷実作曲の発車メロディ導入など。
2008年（平成20年）10月19日：五条駅を清水五条駅に、四条駅を祇園四条駅に改称。高架工事中の淀駅を除き、京阪線・交野線・宇治線の発車標（駅列車案内表示器）をLED化。以下の内容で中之島線開業に伴うダイヤ改定。同線と直通運転開始。
快速急行など新種別を設定。種別数を増やし、時間帯により異なる停車駅を明確化。K特急を快速特急に改称し、運転時間帯を縮小。
平日も特急を終日運転（枚方市・樟葉駅に特急が終日停車）。
昼間時の特急は毎時6本中4本（京阪間直通）を特急車使用、2本を淀屋橋駅 - 枚方市駅間の運転とし、枚方市駅で中之島駅発着の快速急行と連絡する体系とした。
日中に京阪間直通準急を毎時4本設定。これに伴い京阪間直通普通を毎時6本から2本に削減、4本は淀屋橋駅 - 萱島駅間の運転に変更。
平日の交野線直通列車が通勤快急「おりひめ」（朝の下り2本）、快速急行「ひこぼし」（深夜の上り3本）となる。
急行は早朝と深夜のみの運転となる。
2009年（平成21年）9月12日：淀駅下りホーム高架化などにより、京阪線ダイヤを一部改定。1987年6月以来22年3か月ぶりに大津線と同時改定。これにより京阪線の発車標のLED化を完了。
2010年（平成22年）10月1日：列車防護無線装置の使用開始。
2011年（平成23年）5月28日：淀駅上りホーム高架化。これに伴い一部区間で営業キロ程を見直し、御殿山駅を0.1km出町柳方に、淀駅を0.3km出町柳方に改キロ。以下の内容でダイヤ改定を実施。
日中の特急をすべて京阪間直通に統一。日中の快速急行廃止の代替として、特急と中之島線直通列車を京橋駅で接続することにより、中之島線 - 京都方面への所要時間を快速急行利用時と比較して3分短縮。快速特急の特急への変更とあわせて、特急10分間隔運転の時間帯を大幅に拡大。
淀屋橋駅 - 樟葉駅間を中心に、日中にも毎時4本急行が復活。
日中の準急は淀屋橋駅発着から中之島駅発着へ変更すると同時に、毎時4本から毎時2本に減便。
日中の中之島駅発着の区間急行の運転を取りやめ、中之島駅 - 萱島駅間・出町柳駅間運転の普通に鞍替え（両者とも毎時2本ずつ）。従来からの淀屋橋駅 - 出町柳駅間運転の普通（毎時2本）も引き続き運転。
通勤快急「おりひめ」を1本、快速急行「ひこぼし」を2本減便し両列車とも1本の運転に。
2012年（平成24年）8月14日：集中豪雨で規定以上の降雨量・全線で始発より運休。橋本駅 - 八幡市駅間の大谷山曲線で土砂崩れ。寝屋川車庫構内が一時冠水。644本が運休した。
2013年（平成25年）
3月16日：淀駅1番線使用開始・淀車庫入出庫線整備。これに伴いダイヤ変更を実施。内容は以下のとおり。
日中の運転パターン（急行・準急・普通）を以下のとおりに変更。
急行を毎時4本→3本に削減（運転区間は従来どおり）。
準急を中之島発着から淀屋橋発着に変更のうえ、本数を毎時2本→3本に増発。
普通をすべて中之島発着に変更のうえ萱島行きと出町柳行きをそれぞれ毎時3本ずつ運転。一部の駅で日中の停車本数が変更（萱島駅毎時8本→9本、寝屋川市駅、香里園駅、枚方公園駅毎時10本→9本、枚方市駅、樟葉駅毎時16本→15本）。
平日夕ラッシュ時の樟葉行き急行と深夜の樟葉行き準急を淀行きに延長（一部は急行に変更）。
土曜・休日ダイヤの淀屋橋発淀行き急行の一部を樟葉行きに短縮。
通勤快急「おりひめ」、快速急行「ひこぼし」を廃止し交野線直通列車を全廃。
平日8時台に運転されている通勤準急2本を守口市停車の準急に変更。
9月16日：台風18号により京都府下全域に特別警報が発表され、始発より運休。特別警報解除後に運転再開するも、木津川の増水で樟葉駅 - 淀駅間で運転見合わせで運休117本、遅延385本が発生。
12月20日：東福寺駅 - 三条駅間を軌道法に基づく軌道から鉄道事業法に基づく鉄道に変更。
2015年（平成27年）
日時不明：京都地下線（七条以北）の地下線路内の照明をLED照明に更新。
2月9日：日本製の新型「軌道検測車」を導入、スイス製の軌道検測車から更新。
12月5日：三条駅 - 深草駅間でK-ATSを使用開始。
2016年（平成28年）
3月15日：特急停車駅など17駅に「旅客案内ディスプレイ」を設置、2017年度まで京阪線全駅に設置予定。
3月19日：以下の内容でダイヤ改定を実施。
快速特急「洛楽」の定期運行を土曜・休日ダイヤで開始。
昼間時間帯の急行を準急に置き換え。
一部普通列車の運行区間短縮。
一部特急列車の所要時間短縮。
昼間時間帯の特急との連絡駅を変更（準急：樟葉駅・丹波橋駅・三条駅、普通：京橋駅・枚方市駅）。
3月31日：深草駅の新橋上駅舎が使用開始。
2017年（平成29年）
2月4日：深草駅 - 淀駅間でK-ATSを使用開始。
2月25日：以下の内容でダイヤ改定を実施。
快速特急「洛楽」の定期運行を平日ダイヤでも開始。
土・休日朝の快速急行（淀屋橋発出町柳行き）を急行に変更の上で、平日朝にも運転開始。
平日夕ラッシュ時の快速急行の始発駅を中之島駅から淀屋橋駅へ変更。
萱島駅 - 枚方市駅間で普通を増発。
3月30日：小金川踏切道（樟葉駅 - 橋本駅間）を廃止。
5月1日：京阪本線（鴨東線・中之島線・宇治線・交野線含む）で使用する、電気の購入先を関西電力から新電力のエネットに変更。
8月20日：ダイヤ改定。8000系特急車に有料座席指定特別車両「プレミアムカー」を導入、平日朝に全車両座席指定「ライナー」を運行開始。
10月：宇治川橋梁の補強工事を開始、2018年6月上旬完了予定。
11月30日：京阪線全駅に「旅客案内ディスプレイ」の設置を完了。
2018年（平成30年）
6月18日：大阪府北部地震が発生。京阪線で624本が運休。
7月30日：午前7時57分、萱島駅付近で走行中の電車のパンタグラフ破損事故発生。停電で電車内のエアコン停止により乗客21名が体調不良で救急搬送されたほか、運休116本遅延126本。原因は高温で架線が伸び垂れ下がった事とパンタグラフが通常より高く上がった複合要因。
8月25日：淀駅 - 枚方市駅間でK-ATSを使用開始。
9月4日：台風21号の接近に伴い「計画運休」を初めて実施。
9月15日：以下の内容でダイヤ改定を実施。
「ライナー」の停車駅を特急と統一のうえ増発、平日夜の上り列車にも設定。
「プレミアムカー」の運転本数と運転時間帯を拡大。急行運用を廃止。
平日朝に特急・快速急行を増発。土休日朝に特急を増発。
9月30日：台風24号の接近に伴い2回目の計画運休を実施。