小葉植物
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現生属は旧来ヒカゲノカズラ属 Lycopodium、フィログロッスム属 Phylloglossum、イワヒバ属 Selaginella、ミズニラ属 Isoëtes、スティリテス属 Stylitesの5属に分けられていたが、のちにスティリテス属がミズニラ属に内包され、また分子系統解析の結果からヒカゲノカズラ属 Lycopodium s.l.はヒカゲノカズラ属 Lycopodium、ヤチスギラン属 Lycopodiella、コスギラン属 Huperziaに分けられた。この分類では特異な形質を持つフィログロッスム属がコスギラン属に内包されてしまうため、フィログロッスム属を維持するためにより細分化された。
大分類は主に『岩波生物学辞典 第5版』に基づく。化石植物の分類は諸説あり、分類体系によってその分類は大きく異なる。以下は大きくはKenrick & Crane (1997)、Gensel & Berry (2001)に基づき、ミズニラ目の分類はDiMichele & Bateman (1996) により追記した。現生属はPPG I (2016)分類体系に基づく。
†Hicklingia
†Huia
†Gumuia
†Adoketophyton
†Discalis
†Rebuchia
†Zosterophyllum myretonianum
†ゾステロフィルム綱 †Zosterophyllopsida
† Zosterophyllum dicaricatum
†サウドニア目 Sawdoniales
†Thrinkophyton
†サウドニア科 Sawdoniaceae
†Anisophyton
†Konioria
†クレナチカウリス Crenaticaulis
†Serrulacaulis
†Deheubarthia
†サウドニア Sawdonia
†バリノフィトン科 Barinophytaceae （Hao & Xue (2013)では独立した綱に置く）
†バリノフィトン Barinophyton
†Protobarinophyton
†ゴスリンギア科 'Gosslingiaceae '
†ゴスリンギア Gosslingia
†Oricilla
†Tarella
†Family Hsuaceae
†Hsua
†Nothia
ヒカゲノカズラ綱 Lycopsida , Lycopodiopsida
†ドレパノフィクス目 Drepanophycales
†ドレパノフィクス科 Drepanophycaceae
†アステロキシロン Asteroxylon
†バラグワナチア Baragwatathia
†ドレパノフィクス Drepanophycus
†Halleophyton
†Sengelia
? †Hueberia
ヒカゲノカズラ目 Lycopodiales
ヒカゲノカズラ科 Lycopodiaceae
†Lycopodites
ヤチスギラン亜科 Lycopodielloideae
Lateristachys
ヤチスギラン属 Lycopodiella
ミズスギ属 Palhinhaea
イヌヤチスギラン属 Pseudolycopodiella
ヒカゲノカズラ亜科 Lycopodioideae
Austrolycopodium
マンネンスギ属 Dendrolycopodium
アスヒカズラ属 Diphasiastrum
Diphasium
ヒモヅル属 Lycopodiastrum
ヒカゲノカズラ属 Lycopodium
Pseudodiphasium
Pseudolycopodium
スギカズラ属 Spinulum
コスギラン亜科 Huperzioideae
コスギラン属 Huperzia
ヨウラクヒバ属 Phlegmariurus
フィログロッサム属 Phylloglossum
†古生リンボク目 Protolepidodendrales
†Minarodendron
†Zhenglia
†プロトレピドデンドロン Protolepidodendron
†レクレルキア Leclercqia
†プレウロメイア目 Pleuromeiales
†プレウロメイア Pleuromeia
†ナトルスティアナ Nathorstiana
リンボク目 Lepidodendrales （DiMichele & Bateman (1996)ではミズニラ目に含まれる。
†Parataxon 'Ulodendrineae '
†Paralycopodites
†Oxroadia
†パウロデンドロン Paurodendron
†Suborder Dichostrobiles
†シギラリア上科 Sigillarianae
†フウインボク（シギラリア） Sigillaria
†Superfamily Monomegasporae
†Family Diaphorodendraceae
†Diaphorodendron
†Synchysidendron
†リンボク科 Lepidodendraceae
†Hizemodendron
†リンボク（レピドデンドロン） Lepidodendron（リンボクの担根体に対する器官属をスティグマリア Stigmaria、胞子嚢穂に対する器官属をレピドストローブス Lepidostrobusという）
†レピドフロイオス Lepidophloios（レピドフロイオスの種子様構造に対する器官属をレピドカルポン Lepidocarponという）
ミズニラ目 Isoëtales
ミズニラ亜目 Isoëtineae
†Chaloneria
ミズニラ科 Isoëtaceae
†Isoetites
ミズニラ属 Isoëtes（Stylitesを内包する）
イワヒバ目 Selaginellales
イワヒバ科 Selaginellaceae
†Selaginellites
イワヒバ属 Selaginella
なお、Hao & Xue (2013)によるゾステロフィルム綱の分類は以下の通りである。
†ゾステロフィルム綱 †Zosterophyllopsida
? †Guangnania
? †Yunia
†ゾステロフィルム目 Zosterophyllales
†Family Distichophytaceae
†Distichophytum
ゾステロフィルム科 Zosterophyllaceae
†Nothia
†Gumuia
†Hicklingia
†Ramoferis
? †Wenshania
†ゾステロフィルム Zosterophyllum（Z. myretonianum, Z. ramosumなど。Z. llanoveranumはゴスリンギア目）
†ゴスリンギア目 Gosslingiales
†Konioria
Family Discaliaceae
†Discalis
†ゴスリンギア科 Gosslingiaceae
†Crenaticaulis
†ゴスリンギア Gosslingia
†Oricilla
†サウドニア Sawdonia
ヒカゲノカズラの胞子嚢穂
レピドストローブス Lepidostrobus の横断面。
コンテリクラマゴケ Selaginella uncinata の匍匐シュートと下方に伸びる担根体。
ゾステロフィルム Zosterophyllum（ゾステロフィルム綱）の化石
サウドニア Sawdonia ornata（ゾステロフィルム綱）の化石
アステロキシロン Asteroxylon（ドレパノフィクス科）の化石
アスヒカズラ Diphasiastrum complanatum（ヒカゲノカズラ科）の胞子嚢穂
フウインボク Sigillaria sp. （リンボク目）の幹化石 Stigmaria
ミズニラ Isoëtes japonica（ミズニラ科）