東本願寺
境内

阿弥陀堂（重要文化財） - 本堂。禅宗様を取り入れた仏堂で、本尊・阿弥陀如来立像を安置する。屋根は瓦葺きの単層入母屋造。建築規模は、間口52m・奥行き47m・高さ29mである。床面積比で御影堂の半分以下しかないが、全国屈指の規模の仏堂である。現在の建物は、1880年（明治13年）起工、1895年（明治28年）の完成である。堂内は、内陣・外陣・参拝席に分かれている。内陣の本間中央に須弥壇を設け、その壇上の宮殿内に本尊・阿弥陀如来（木像・立像）が安置される。また、本間右側の壇上には「聖徳太子御影」の絵像が、本間左側の壇上には「源空上人御影」の絵像が奉掛される。内陣の「本間」から右側の余間を「北余間」と呼び、その床上に内側から「龍樹大士御影」・「天親菩薩御影」・「曇鸞和尚御影」の絵像が、左側の「南余間」の床上に「道綽禅師御影」・「善導大師御影」・「源信僧都御影」の絵像が奉掛される。なお、北余間には元々亀山天皇の天牌が奉安されていた。内陣の襖絵は羽田月洲と岸竹堂によって描かれている。
渡廊下（重要文化財） - 阿弥陀堂と御影堂を繋いでいる。「造り合い廊下」とも呼ばれ、明治の東本願寺再建に関連した毛綱、大橇、鼻橇、尾神嶽（尾神岳）雪崩被災のジオラマが展示されている。
→展示物のうち、大橇、鼻橇、ジオラマについては「雪崩 § 雪崩災害の歴史」を参照
御影堂（ごえいどう、重要文化財） - 境内のほぼ中心に位置する和様で建てられた、宗祖親鸞の坐像である「御真影」を安置する建物。屋根は瓦葺きの重層入母屋造。外観が二重屋根であるため二層建築に見えるが、下部は裳階であり単層建築である。建築規模は、間口76m・奥行き58m・高さ38mで、建築面積は東大寺大仏殿を上回る。現在の建物は、1880年（明治13年）起工し、1895年（明治28年）の完成である。堂内は阿弥陀堂と同じく、内陣・外陣・参拝席に分かれている。内陣は横に7つの室に分かれていて、中央の間を「内陣本間」と呼ぶ。「内陣本間」側から、左側の余間を「十字の間」・「九字の間」・「飛檐の間」と呼び、同じく右側の余間を「六軸の間」・「新六軸の間」・「御簾の間」と呼ぶ。「内陣本間」の中央に須弥壇上を設け、その上に「御厨子」を置き、「御真影」を安置する。「内陣本間」の左右壇上には歴代門首の絵像が奉掛される。平時は「十字の間」の床（とこ）上の中央に「帰命尽十方無碍光如来」の十字名号を奉掛し、その両脇に宗祖親鸞と現門首を除く「大谷派御歴代」の絵像を二幅に分けて奉掛する。「九字の間」の床上には、「南無不可思議光如来」の九字名号が奉掛される。報恩講などの法要時は、奉掛される絵像やその配置などが変更になる。内陣の障壁画と襖絵は幸野楳嶺と望月玉泉によって描かれている。御影堂は1889年（明治22年）4月より「大師堂」と呼ばれていた。その由来は、1876年（明治9年）に明治天皇から親鸞に対して「見真大師」の大師諡号が贈られたためである。だが、1981年（昭和56年）に「宗憲」が改正された際、「見真大師」号が削除され、同時に大師堂の呼称が取りやめられて御影堂の呼称に復された。
式務所
研修道場
和敬堂
同朋会館 - 真宗同朋会運動の一環である「真宗本廟奉仕」の参加者のための研修宿泊施設。1958年（昭和33年）11月に着工、翌年11月に完成。「仏祖崇敬の念を篤くする」「無上仏道を聞き開く」「同信同行の交りを深める」の3つの願いに立って、真に私自身の人間性を回復することを目的とする。
高廊下
参拝接待所 - 東本願寺（真宗本廟）の総合窓口である。1934年（昭和9年）に「志納所」に替えて建てられた。「真宗本廟収骨（須彌壇収骨）」「本山読経」「帰敬式」の申込・受付の他、本尊・蔵版の授与、懇志の受付などの窓口業務を行なう。1998年（平成10年）には「蓮如上人五百回御遠忌」の記念事業として、参拝接待所北側地下に「真宗本廟視聴覚ホール」を増設した。また参拝接待所と視聴覚ホールの間に「展示ギャラリー」を併設している。
大寝殿（重要文化財) - 明治元年（1868年）再建。公式行事や儀式などに使用される。座敷の奥は全面上段となっており、床の間の壁や襖、帳台構えなどには竹内栖鳳筆の「風竹野雀」「歓喜」「古柳眠鷺」（全て1934年（昭和9年））が描かれている。
大玄関（重要文化財）- 慶応3年（1867年）再建。東本願寺境内最古の現存建造物である。
宮御殿（重要文化財）- もとは慶応3年（1867年）に建てられた大宮御所の一部である。1880年（明治13年）に下賜されたが部材のまま置いていたところ、1901年（明治34年）になって現在地に建てられた。
黒書院（重要文化財）- 1911年（明治44年）再建。障壁画は加藤英舟らによるもの。
桜下亭（重要文化財）- 1909年（明治42年）に、前年に引退した現如上人（大谷光瑩）の隠居所として建てられた東京の霞ヶ丘別邸の一部を1939年（昭和14年）に移築したもの。内部の襖は岐阜別院にあった円山応挙の襖絵を移設したもの。
白書院（重要文化財）- 1911年（明治44年）に親鸞聖人六百五十回御遠忌に際して再建。来賓の接待などに使用される。帳台構えや違い棚を設けた書院造で、建築技師の亀岡末吉らによる独創的な彫刻で飾られた欄間や、幸野楳嶺の子息の幸野西湖や、森本東閣、伊藤鷺城ら京都画壇の画家による障壁画で装飾されている。
能舞台（重要文化財）- 1880年（明治13年）に建てられたもので、1937年（昭和12年）に現在地に移築した。鏡板に描かれている松は幸野楳嶺によるもの。
庫裏
内事部洋館（重要文化財）- 1923年（大正12年）武田五一の設計。真宗大谷派門首の居宅。現役の居宅であるため非公開。
内事部日本館（重要文化財）- 1923年（大正12年）内田仙司が棟梁を務めた。非公開。
菊の門（勅使門、重要文化財） - 門扉に菊の紋があることから菊の門と呼ばれているが勅使門とも呼ばれる。慶長9年（1604年）に徳川家康が寄進したが幾たびか火災で焼失した。1911年（明治44年）の親鸞聖人六百五十回忌迄の再建に間に合うよう、名古屋の信者2名が勅使門（菊の門）の寄進を申し出た。勅使門の設計は亀岡末吉、施工は名古屋南久屋町の鈴木幸右衛門、金物製作は京都の中村猪之助、塗工は京都の三上治三郎という当代の第一人者が担当した。工事は1909年（明治42年）から開始され予定通り1911年（明治44年）2月に完成した。菊の紋は明治維新後に皇室の御紋章と定められたので宮内省にお伺いをしたところ、岩倉具定宮内大臣より江戸時代から使用されていたことを認められ、使用が特別に許可されたいきさつがある。
玄関門（重要文化財） - 1911年（明治44年）再建。
東本願寺出版建物（旧議事堂、重要文化財）
宗務所
通用門
内事門（長屋門）（重要文化財）
鐘楼（重要文化財） - 1894年（明治27年）再建。梵鐘は2010年（平成22年）造。
阿弥陀堂門（重要文化財） - 1911年（明治44年）再建。切妻造・檜皮葺きの四脚門。正背面に唐破風を設ける。境内で京都駅に一番近く、段差の無いバリアフリーの門である。江戸時代中頃に「唐門」の名称で建てられる。
築地塀（重要文化財）
総合案内所 - 案内所としての機能の他に、休憩所や喫煙所、「東本願寺お買い物広場」などが入っている。2009年（平成21年）、御影堂修復事業の一環として改修される。境内の諸施設を統合管理する「防災センター」が併設されている。
手水舎（重要文化財）
御影堂門（重要文化財） - 1911年（明治44年）再建。高さ約28mの入母屋造・本瓦葺き・三門形式の二重門。「真宗本廟」の扁額を掲げる。京都三大門（他に東福寺、知恩院）の1つである。上層（非公開）には、釈迦如来坐像を中央に、脇侍として向って右側に弥勒菩薩立像、左側に阿難尊者立像の三尊が安置され、浄土真宗の正依の経典「浄土三部経」の1つである『仏説無量寿経』の会座をあらわす。また、その手前には仏舎利が安置される。天井画は竹内栖鳳によって飛天舞楽図が描かれる予定であったが、結局描かれることはなかった。しかし、原寸大の下絵が残されている。2013年（平成25年）1月、御影堂門の修復が開始され、2015年（平成27年）12月に完了した。
しんらん交流館 - 2015年（平成27年）に開設された教化センター。花屋町通を挟んで境内の北にある。「しんらん交流館定例法話」や「東本願寺日曜講演」が開催される。所在地は下京区諏訪町通六条下る上柳町199。（位置情報）
京都教務所
渉成園（国指定名勝） - 別名は枳殻邸。境内の東にある飛地境内である。池泉回遊式庭園。1936年（昭和11年）、国の名勝に指定される。（位置情報）
御影堂門
阿弥陀堂
阿弥陀堂門
菊の門
鐘楼
参拝接待所
手水屋形