下山事件
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事件発生の1週間前から下山を含む政府首脳や国鉄関係者に対する脅迫が相次いでいおり、前日7月4日の午前11時頃には、鉄道弘済会本部に「今日か明日、吉田（首相）か下山か、そのどちらかを殺す」との予告電話があった。なお、その電話を受けたのは鉄道弘済会職員宮崎清隆であったが、宮崎は、戦前・戦中は中国大陸で憲兵として軍務に従事し、戦後に鉄道弘済会に就職しているが、事件への関与が疑われている亜細亜産業とも関係があったとされ、下山の謀殺に関与したのではと疑うものもいる。（詳細は#亜細亜産業説参照）脅迫のなかには具体的なものもあり、日暮里駅のトイレには「5・19下山罐」という落書きがされていたが、事件後にこの落書きは5日の19時に（殺害した）下山を罐（ドラム缶）に入れたことを示しているのではと考えられた。同様に田端機関区の社内電話から東京鉄道局労働組合事務所に「5日の夜7時に下山総裁が自動車事故で死んだ」という奇怪な電話が入っている。この落書きをした人物と電話をした人物が同一なのかも不明である。
日本共産党から転向した鍋山貞親の情報によれば、極左の秘密結社から政府要人と国鉄重役には暗殺の懸賞金がかけられており、首相の吉田には50万円、国鉄総裁の下山と副総裁の加賀山には吉田に次ぐ30万円の懸賞金がかけられていたという。この情報は鍋山から官房長官の増田に伝えられ、下山の警備を強化しようと検討している矢先に下山は不審な死を遂げており、極左秘密結社の関りが疑われる。
下山自身も自分や国鉄幹部の同僚に迫る危険を敏感に感じていたようであり、失踪前々日の7月3日に門司鉄道局長に電話をしているが、「鉄道電話が分断されて、不通になる危険も予想されるので、いまのうちに言っておくがね、君も、君の身代わりを2～3人作っておいた方が安全だね」と話している。門司鉄道局長はこの発言の意味が解らず一度聞きなおしたほどであったが、下山怪死後に、7月5日に予定されていた第１次の解雇通告に対抗して、極左勢力がテロ行為をする危険性が高いので、国鉄幹部は身辺を警戒するようにという下山なりの警告であったと理解した。
下山の所持品のなかから、ロイド眼鏡、ネクタイ、ジッポーライター、シガレットケース、シガレットホルダー、シャープペンシルなど発見できなかった物が多くあった。一部は下山を轢断した機関車で遠くに運ばれてしまったなどで発見できなかった可能性もあるが、それにしては数が多すぎるという指摘もある。そのため、下山は他の場所で殺害され、その際に所持品は現場に残されたか、散逸してしまったと推定された。東京地検の本事件主任検事の布施も、多くの所持品が見つからなかったことを、下山が他殺されたという推理のもっとも大きな理由の一つに挙げている。
下山の着衣に付着していた「下山油」は東大法医学教室秋谷の鑑定によれば糠油であるが、糠油と染料の組み合わせは皮革の捺染で用いられる。当時皮革捺染は東京の北東部、特に荒川沿いに集中しており現場付近にも捺染工場が複数存在した。下山はそれらいずれかの工場内に連行され、暴行殺害の後自殺に偽装するため現場に遺体が遺棄された可能性が高い。一方で松本は、検出された色素は青みがかった緑色が一番多かったが、これはアメリカ軍の兵器の塗装によく使われていたオリーブドラブであり、下山は事件当時、赤羽にあったアメリカ軍修理工廠内で殺害された証拠であると主張している。ただし、オリーブドラブは青みがかった緑色などではなく、文字通りオリーブの実の色から派生した色で、一般的に黒と黄の塗料を1対1で調合して作られ、JISの色彩規格では「暗い灰みの緑みを帯びた黄」とされており、完全に松本の事実誤認である。
流出した捜査資料である「下山白書」の目撃証言は、朝日新聞記者矢田の調査によれば、捜査一課によって一部の目撃証言が都合のいいように変えられている。その中では轢断現場周辺で目撃された人物の人相が明らかに下山と相違しており“替え玉”の存在を明らかにするような証言も含まれていた。また、三越での目撃証言では、一部の目撃証言が白書に記載されていないが、その中には、下山と思しき人物が3～4人の連れと一緒であったという拉致を示唆するような証言も含まれていた。
下山事件の結論を左右したとまで言われた旅館「末広旅館」の女将の証言については、異常なほど詳細であり、東京地検は不自然さを感じていた。「末広旅館」の経営者は太平洋戦争前は特別高等警察の警察官で、下山事件の捜査を担当していた警視庁の幹部とは面識があり、事前に警察と申し合わせていた可能性がある。また、ノンフィクション・冒険小説作家柴田哲孝によれば、柴田の祖父が下山の殺害に関与したという亜細亜産業に勤務していたが、その祖父に「末広旅館」の女将から年賀状が届いていたと柴田の母から聞いたとしており、亜細亜産業と「末広旅館」に何らかの関係があったと指摘している。ただし、「末広旅館」の女将が年賀状を送っていたのは、亜細亜産業ではなく、あくまでも柴田の祖父個人であることは注意が必要である。
「末広旅館」の女将の証言については、警察と口裏を合わせたという疑いの他に、女将が完全に替え玉に騙されていたという指摘もある。「末広旅館」に現れた下山の替え玉は、下山の近親者や側近しか知らないような靴を履くときの癖まで再現して見せたが、下山はヘビースモーカーであったのにもかかわらず、「末広旅館」に滞在中は煙草を吸わなかったという致命的なミスをおかしている。しかし、これはミスではなく、替え玉は煙草の吸殻に付着した唾液から血液型を特定されるのを防ぐために喫煙しなかったとも考えられる。実際に、後年に捜査一課が捜査したBOACスチュワーデス殺人事件では、容疑者の外国人神父が唾液から血液型を特定されることを熟知しており、取り調べ中に出されたお茶に一切手を付けなかった。完璧に下山の背格好や癖まで再現しながら、喫煙だけはしなかったことから、かえってそれは意図的であったと考えられ「末広旅館」に現れたのは下山の替え玉であった可能性が高い。
上記の通り下山事件を取材し、『謀殺・下山事件』を出版した矢田は、その取材の過程で、下山の殺害計画に加担したり遺体を運搬するのを手伝ったという証言をいくつか得ている。そのためか、捜査本部解散後、下山事件の後日談のような記事を執筆した際に、「おまえは生かしてはおけない。お前に限らず予告のあった者はこの世から抹殺される運命にあるのだ」という脅迫状が送られてきた。同様な脅迫状は下山事件の記事を掲載した、他の新聞や雑誌にも送られ、朝日新聞には矢田が下山事件の記事を紙面に掲載するたびに送られてきたという。同じく、読売新聞で下山事件を取材していた記者の鑓水徹が、取材を続けて事件の核心に迫ると、何度も脅迫を受ける様になり、後年に子息に語ったところでは、目の前に凶器をちらつかされながら、物書きの活動を止めるように迫られることもあった。鑓水は家族のことを考えて下山事件を追うことを止めたという。
他殺説を主張して、下山事件に関連する著書もある作家の大野達三によれば、後年になって、当時CICに所属していた日系アメリカ人二世兵士のジャッキー・芳沢から「下山は日本の政財界の汚職の情報を握っていたから殺された」「下山を殺した犯人は日本の右翼グループだ」「CICは警視庁捜査二課の小林と協力して2人の容疑者を逮捕した。従ってCICは下山殺害には無関係だ」という話を聞いたという。矢田がこの証言の裏取りのために小林に会って話を聞いたが、小林は心当たりがない様子であったため、矢田は「小林は犯人を逮捕したものの、何らかの理由で釈放しなければならなくなった。しかし、これをしゃべれない秘密が今もある」と想像し、「ジャッキー・芳沢の話が嘘だとは思えない」「まさに歴史のナゾである」と主張している。