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竹内文書
概要

平群真鳥の子孫であるとされる竹内家に、養子に入ったと自称する竹内巨麿（たけうちきよまろ/たけのうちきよまろ）が、1928年（昭和3年）3月29日に文書の存在を公開した。昭和10年代以降加筆されたという説もある。写本の多くは戦前に焼失し失われているが、南朝系の古文献を再編したとされる写本もある[要出典]。
当時竹内は皇祖皇太神宮天津教を興し、同宮の神職であった。元々の竹内文書は、彼の天津教と直接関係はないが、竹内文書の内容と、さらに新宗教天津教の教理が加えられたものが、同宗教団体の教典に位置づけられている。書物だけではなく、下記に述べる神宝の類まで包括して「竹内文献（たけのうちぶんけん）」ということが多い。
内容

竹内文書では神武天皇からはじまる現在の皇朝を「神倭朝（かむやまとちょう）」と呼び、これ以前に「上古25代」（または「皇統25代」）とそれに続く「不合朝（あえずちょう）73代」（73代目は神武天皇のことである）があり、さらにそれ以前に「天神7代」があったとしている。
ちなみに上古21代天皇は、「伊邪那岐身光天津日嗣天日天皇」といい、イザナギ（『古事記』では伊邪那岐命、『日本書紀』では、伊弉諾神）にあたるとし、その2子のうち1子が「月向津彦月弓命亦ノ名須佐之男命」すなわちツクヨミ（『古事記』では月読命、『日本書紀』では月弓尊）であり、スサノオ（『日本書紀』では素盞嗚尊・素戔嗚尊、『古事記』では建速須佐之男命・須佐乃袁尊）の別名とされている。
その他次のような記述がある。
「イスキリス・クリスマス（イエス・キリストとされる）の遺言」という「イスキリス・クリスマス。福の神。八戸太郎天空神。五色人へ遣わし文」で始まる文書がありそれによると十字架上で死なずに渡来（ゴルゴダの丘で処刑されたのは、弟のイスキリと記する）、1935年（昭和10年）8月初に竹内巨麿が青森県の戸来村（現在の新郷村）で発見した十来塚（竹内巨麿が村長に書くようにいった）が「イスキリス・クリスマス」の墓であるすなわちキリストの墓とし、モーセの十戒は実は表十戒であり、裏十戒・真十戒を含む原文の記された石を天津教の神宝として天津教が所有し、天皇が、来日したモーセに授け、モーセの墓が石川県の宝達志水町に存在している。釈迦をはじめ世界の大宗教教祖はすべて来日し、天皇に仕えたことになっている。
世界には五色人（ごしきじん。黄人（きひと、日本人を含むアジア人）、赤人（あかひと、ネイティブアメリカンやユダヤ人等に少し見られる）、青人（あおひと、肌が青白い。現在、純血種ほとんどなし）、黒人（くろひと、インドの原住民族やアフリカ人等）、白人（しろひと、白い肌やプラチナ、ブロンドの髪をしたヨーロッパ人））が存在していた。
皇祖皇太神宮が全世界の中心である。注：現在茨城県に存在する神宮は、遷宮したもの。
3000年以上前の上古2代天皇の時代に16人の弟妹たちが全世界に散らばり、彼らの名前は今も地名として残っているという。その中には「ヨハネスブルグ」「ボストン」「ニューヨーク」といった名前が見られるが、これらの都市が建設されたのはかなり新しい時代である。
約3000年前の不合朝64代の時代に皇子31名と皇女43名が巡幸し、長である万国巡知彦尊が知勇大力で外敵を制圧したのが「桃太郎」の起源だという。
不合朝69代神足別豊鋤天皇の代にミヨイ、タミアラが陥没した（このミヨイ、タミアラの文字は、1940年10月の『天国棟梁天皇御系図宝の巻き前巻・後巻』児玉天民著が初出である）とムー大陸（1938年6月号の雑誌『神日本』（中里義美主宰）の「陥没大陸ムー国」が日本での初期紹介）やアトランティス大陸を思わせる記述がある。
ヒヒイロカネについての記述がある。また、文書とともに伝えられてきたとされる鉄剣がヒヒイロカネ製であるとしていた。
富山県（富山平野）呉羽山の羽根飛登行所は日本国内専用、つまり国内線の空港、石川県羽咋市にある羽根飛行場は世界各地を回るための国際線用だった。太古の昔に空飛ぶ船があり、天皇がそれに乗って万国を巡行していたという。
富山県の立山町にはUFOの目撃者が異常に多い尖山（とがりやま、とんがりやま）という古代日本のピラミッドが存在する（標高559m）。「神代の万国史」に挿入された巻頭写真の説明には、「トンガリ山は上古第二十四代天仁仁杵身光天皇（アメノニニギノスメラミコト）の神殿のアトである」と書かれている。これは神殿「アメトツチヒラミツト」で、天皇はそこから「天の浮舟」（あめのうきふね：UFO）に乗り、全世界を飛行したとされている（サンデー毎日ピラミッド特集、北日本新聞、名古屋タイムズ（1984年6月））。
文献批判 > 山崎鐵丸

山崎鐵丸は、川浦操の竹内文書紹介論文「長慶天皇の山陵に就いて」（1927年4月5日『國學院雑誌』33巻4号）をみた後「竹内家の記録に就いて」（1927年8月『國學院雑誌』33巻8号）において文献批判を行なった。
文献批判 > 狩野亨吉

狩野亨吉は、1935年（昭和10年）『日本医事新報』から鑑定を依頼され、7枚中5枚を鑑定し、偽造と回答した。鑑定したのは以下の5文書の写真である。
『長慶太神宮御由来』
『長慶天皇御真筆』
『後醍醐天皇御真筆』
『大日本天皇同太古上々代御皇統譜神代文字之巻 大臣紀氏竹内平群真鳥宿禰書字真筆』
『大日本国太古代上々代神代文字之巻』
狩野は、「第一次天津教事件」より以前に、天津教の関係者が撮影した古文書の鑑定依頼を受けていたが、そのときは断った。しかし、軍部に天津教の主張を受け入れる者が出てきたことから、その影響力に驚き、鑑定することになった。
1936年（昭和11年）狩野は、『思想』（岩波書店）同年6月号で「天津教古文書の批判」を発表し、古文書が偽書であることを証明した。
狩野亨吉は、1942年（昭和17年）に検察側証人として言語学者の橋本進吉とともに出廷証言する。
文献批判 > 熊沢天皇

南朝の熊沢天皇と名乗った熊沢寛道は、1947年（昭和22年）の選挙で、竹内文書が信雅王が伝承した品や宝物と一緒に盗まれたと言った。それは熊沢の支持者の吉田長蔵が福島県双葉郡葛尾村の光福寺（後に観福寺、南朝方の寺）から明治中期に虚無僧の斎藤慈教により盗まれ1920年（大正9年）に竹内巨麿が古物商から買い取ったと言ったことによる。
天津教をめぐる事件

1930年（昭和5年）12月7日～19日、『東京日日新聞』に批判記事。警視庁が詐欺罪容疑で竹内巨磨、前田常蔵、高畠康寿を取り調べする。不起訴。
1932年（昭和7年）、内務省特高警察が竹内巨磨を拘引、不敬の言動により同年6月、神宝拝観禁止、神社の鳥居を撤去。
1935年（昭和10年）12月28日、神宝が秦真次の手により東京市・靖国神社の遊就館の松田常太館長に託された。
1936年（昭和11年）2月13日朝、茨城県多賀郡磯原町にて竹内巨麿（1937年7月7日まで水戸警察で拘留）と磯原館という旅館の吉田兼吉が不敬罪、文書偽造行使罪、詐欺罪容疑で逮捕された。同年、4月17日検察書類送致、同月30日、竹内巨麿、神宝を水戸地方裁判所に移す旨の受託書を書く。
1937年（昭和12年）12月11日、逮捕者15名中竹内巨麿のみが不敬罪で起訴される。
1942年（昭和17年）3月16日、一審不敬罪有罪判決。上告。上告代理人弁護士は田多井四郎治、宮本正美、特別弁護人鵜澤總明（後の極東国際軍事裁判の日本弁護団長）
1944年（昭和19年）12月12日、大審院（現最高裁判所）無罪判決、結審。判決では、「この問題は裁判所の権限を超えた宗教問題である」、あるいは「単なる証拠不十分である」として無罪が宣告される。
1950年（昭和25年）1月、連合国軍最高司令官総司令部（GHQ/SCAP）から天津教は解散指定される。
焼失と疑惑

この裁判にあたり、皇祖皇太神宮から「神宮神祠不敬被告事件上告趣意書」が、神宝を含む竹内文書約4,000点と史跡の現地調査の報告書などとともに、提出された。無罪判決となるも、提出物は裁判が終了してもすぐに返還がかなわず、それら原本は太平洋戦争中の空襲により『吉備津彦命兵法之巻』などを焼失したとされている。戦後、巨麿の子、竹内義宮がその写本を伝えている。
竹内文書による歴代天皇

天神代[全7代]
01元無極躰主王 大御神(モトフミクライノミノヌシ_オオミカミ)
在位：記載無し
02中未分主 大神尊(ナカナシワカレヌシ_オオカミ)
在位：年歴無数
03天地分主尊 大神(アメツチワカレヌシノ_オオカミ)
在位：224億320,016歳
04天地分大底主 大神(アメツチワカシオオソコヌシ_オオカミ)
在位：記載無し
05天一天柱主 大神躰光神 天皇(アメハジメアメハシラノシ_オホカミ_ミヒカリノカミ_スミラミコト)
在位：160億萬歳
06国万造主 大神身光 天皇(クニヨロズツクリノシ_オホカミ_ミヒカリノ_スミラミコト)
在位：110億500萬歳
07-1天御光 太陽貴王日 大御神大光日 天神(アメノミヒカリ_オホヒナカキオヒ_オホミカミオホヒカリヒ_アマツカミ)
在位：360億年
07-2天御光 太陰貴王女 大神(アメノミヒカリ_オホインナカキオ_メオホカミ)
在位：3億年
上古廿五代
01天日豊本葦牙気皇主 身光大神 天皇(アメヒノムトアシカビキミノシノ_ミヒカリオオカミ_スミラミコト)[天日豊本葦牙気皇主]
在位：160億60万年[21世]
02造化気万男 身光 天皇(ツクリノシキヨロヅオ_ミヒカリノ_スミラミコト)[造化気万男]
在位：320億年[33世]
03天日豊本黄人皇主神 天皇身光神(アメノヒノムトヒノヒノミノシカミ_スミラミコトミヒカリノカミ)[天日豊本黄人皇主神]
在位：270億5万年[24世]
04天之御中主神 身光 天皇(アメノミナカノシノカミ_ミヒカリ_スミラミコト)[天之御中主神]
在位：250億年[22世]
05天八下王 身光 天皇(アメノヤクダリオ_ミヒカリ_スミラミコト)[天八下王]
在位：100億20万年[22世]
06天目降美 身光神 天皇(アメノメクダリミ_ミヒカリノカミノ_スミラミコト)[天目降美]
在位：110億年[22世]
07天相合美 身光 天皇(アメアヒアハスミド_ミヒカリ_スミラミコト)[天相合美]
在位：100億23,003年[21世]
08天八百足日 身光 天津日嗣天皇(アメヤオタルヒ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[天八百足日]
在位：120億年[20世]
09天八十万魂 身光 天津日嗣天皇(アメノヤソヨロヅタマ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[天八十万魂]
在位：160億年[22世]
10高皇産霊 身光 天津日嗣天皇(タカミムスビ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[高皇産霊]
在位：110億100万年[20世]
11神皇産霊 身光 天津日嗣天日天皇(カンムスビ_ミヒカリ_アマツヒツギアメヒノスミラミコト)[神皇産霊]
在位：100億50万年[20世]
12宇麻志阿志訶備比古遅 身光 天津日嗣天皇(ウマシアシカビヒコジ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[宇麻志阿志訶備比古遅]
在位：80億年[18世]
13天之常立男 身光 天津日嗣天日天皇(アメノトコタチオ_ミヒカリ_アマツヒツギアメヒノスミラミコト)[天之常立男]
在位：90億年[19世]
14国之常立 身光 天津日嗣天日天皇(クニノトコタチ_ミヒカリ_アマツヒツギアメヒノスミラミコト)[国之常立]
在位：200億年[22世]
15豊雲野根 身光 天津日嗣天皇(トヨクモヌネ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[豊雲野根]
在位：100億年[18世]
16宇比地煮 身光 天津日嗣天皇(ウヒヂニ_ミヒカリ_アマツヒツギノスミラミコト)[宇比地煮]
在位：190億年[16世]
17角杙 身光 天津日嗣天日天皇(ツヌグヒ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[角杙]
在位：100億年[11世]
18大斗能地王 身光 天津日嗣天日天皇(オホトノヂオ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[大斗能地王]
在位：125億5年[10世]
19面足日子 身光 天津日嗣天日天皇(オモダルヒコ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[面足日子]
在位：110億年[15世]
20惶根王 身光 天津日嗣天日天皇(カシコネオ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[惶根王]
在位：110億年[13世]
21伊邪那岐 身光 天津日嗣天日天皇(イザナギ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[伊邪那岐]
在位：100億年[16世]
22天疎日向津比売 身光 天津日嗣天日天皇(アマサカリヒムカツヒメ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[天照大神]
在位：170億年[11世]
23天之忍穂耳 身光 天津日嗣天日天皇(アメノオシホミミ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[天之忍穂耳]
在位：130万年[7世]
24天仁仁杵 身光 天津日嗣天日天皇(アメニニギ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[天仁仁杵]
在位：131万年[5世]
25天津彦火火出見 身光 天津日嗣天日天皇(アマツヒコホホデミ_ミヒカリ_アマツヒツギ_アメヒノスミラミコト)[天津彦火火出見]
在位：163万7,890年[8世]
不合朝（あえずちょう、72代続く。詳細は当該記事を参照）
神倭朝（かむやまとちょう、記紀の記すところの神武天皇の神武王朝に始まり7世紀には慶応時代末までの朝廷 (日本) に接続しその後も今上天皇まで続く王朝、すなわち現在通常に皇統として解されている範囲を指す）
影響

歴史学者の長谷川亮一は、ムー大陸の実在を主張したジェームズ・チャーチワードらの沈没大陸説の影響を指摘している。
岡田光玉が始めた新宗教・真光系諸教団に影響を与えた。
オウム真理教を創始した麻原彰晃は「竹内文書」と出会ったことから、終末思想ハルマゲドンを定着させていった。1985年6月、麻原は竹内文書を論拠とした酒井勝軍の日本ピラミッド説を検証するために岩手県の五葉山に向かい、地元の古老から五葉山山頂で酒井がハルマゲドンの黙示を神受され、20世紀末にハルマゲドンが起きて「神仙民族」だけが生き残り、天皇とは違う指導者が日本から出現すると聞いたと雑誌「ムー」1985年11月号で発表した。
二龍松

二龍松（にりゅうのまつ）は、三河国（愛知県東部）に伝わる変身譚。
概要

石川鴻斎の『夜窓鬼談』によると、三河国にある長興寺に以下のような伝承が伝わっている。
長興寺の門前に生えていた「二龍松」と呼ばれる一対の松の木が2人の童子に姿を変え、住職に硯と紙を求めた。住職が童子たちに硯と紙を与えると童子たちは大層喜び、漢詩とおぼしき文章を走り書きで紙に記し「これでこの寺に災いが降りかかることは無いだろう」と言って再び、松の木に戻った。残された書き付けは寺に安置され、長らく人々の崇敬を集めた。
江戸前期の怪談本『古今百物語評判』にも「参州加茂郡長興寺門前の松童子にばけたる事」として記述されており、それによると松の木の童子たちが書いた文章は以下のように記されている。
山岡元隣著・山岡元恕編『古今百物語評判』より「参州加茂郡長興寺門前の松童子にばけたる事」
ステゴサウルス

ステゴサウルス（学名：Stegosaurus [ˌstɛɡəˈsɔːrəs]、「屋根のあるトカゲ」の意）は、後期ジュラ紀の草食性で四足歩行（英語版）の装盾類恐竜の属であり、背中にある特徴的な凧形の直立した皮骨板（プレート）と尾のサゴマイザー（スパイク）が特徴。本属の化石はアメリカ西部とポルトガルで発見されており、ポルトガルでは1億5500万年前から1億4500万年前のキンメリッジアンからチトニアンの地層で発見されている。アメリカ西部の上部モリソン層に分類されている種のうち、S. stenops、S. ungulatus、S. sulcatus の3種のみが広く認識されている。ステゴサウルスの化石は80体以上発見されている。ステゴサウルスは、アパトサウルス、ディプロドクス、カマラサウルス、アロサウルスなどの恐竜と共存していたとされ、アロサウルスはステゴサウルスを捕食していた可能性がある。
彼らは大きく体格のよい草食性四足歩行動物で、背中は丸く、前肢は短く、後肢は長く、尾は空中に高く伸びていた。幅広く直立した皮骨板と先端にサゴマイザーが付いた尾という特徴的な組み合わせのため、ステゴサウルスは恐竜の中でも最もよく知られている種類の一つである。この皮骨板とサゴマイザーの配列の機能は、研究者らによる多くの推測の対象となってきた。今日では、サゴマイザー付きの尾は捕食者から身を守るために使用された可能性が高く、皮骨板は主にディスプレイ用に使用され、二次的に体温調節機能を果たしていたと考えられている。ステゴサウルスは、脳と体の質量の比率が比較的低かった。首部が短く頭部が小さかったため、低地の茂みや灌木を食べていた可能性が高い。ステゴサウルス・ウングラトゥス（Stegosaurus ungulatus）という種は、知られている剣竜類の中でも最大級の種で、最大の標本は全長約7.5メートル、体重は5トンを超えた。
ステゴサウルスの化石は、ダイナソー・リッジ（英語版）国定公園でオスニエル・チャールズ・マーシュらによる「化石戦争」の際、初めて特定された。最初に発見された骨格は断片的で、骨は散在しており、姿勢や骨の配置など、これらの動物の本当の姿がよく理解されるまでには何年もかかった。書籍や映画で人気があったにもかかわらず、ステゴサウルスの骨格は20世紀半ばまで主要な自然史博物館の定番にはならなかった。多くの博物館では、完全な骨格が不足していたため、複数の異なる標本を組み合わせ複合展示する必要があった。ステゴサウルスはよく知られている恐竜の1つで、映画、郵便切手、その他多くのメディアで取り上げられてきた。
歴史と命名 > 化石戦争とステゴサウルス・アルマトゥス

化石戦争で発見されている多くの恐竜の1つであるステゴサウルスは、アーサー・レイクス（英語版）によって最初に産出され、コロラド州モリソン（英語版）北部にあるレイクスの YPM 採石場 5 で収集されたいくつかの尾椎、皮骨板、およびいくつかの頭蓋骨の要素で構成されていた。これらの最初の化石（YPM 1850）は、1877年にイェール大学の古生物学者オスニエル・チャールズ・マーシュによって記載され、ステゴサウルス・アルマトゥス（Stegosaurus armatus）のホロタイプとなった。マーシュは当初、この化石は水棲のカメのような動物のものだと考えており、その皮骨板が動物の背中の上に平らに敷かれ、屋根の屋根板（英語版）（タイル）のように重なり合っているという初期の考えから、この化石に「屋根（板）のあるトカゲ」という意味の学名を付けた。いくつかのより完全な標本がステゴサウルス・アルマトゥスのものと考えられてきたが、骨の準備と分析により、このタイプ標本は実際には疑わしいことが判明した。これは、ステゴサウルスの様なよく知られた属のタイプ種にとって理想的な状況ではない。そのため、動物命名法国際審議会は、タイプ種をよりよく知られている種であるステゴサウルス・ステノプス（Stegosaurus stenops）に置き換えることを決定した。マーシュはまた、竜脚類ディプロドクスの歯冠と歯を含むいくつかの化石を誤ってステゴサウルス・アルマトゥスに言及し、竜脚類の四肢骨とアロサウルスの脛骨を YPM 1850 の下に置いた。
化石戦争の一方、エドワード・ドリンカー・コープは、1878年にコロラド州ガーデン・パーク（英語版）の「Cope's Nipple」付近のコープ採石場3から発見された断片的な化石に基づき、別の剣竜類としてヒプシロフス・ディスクルス（Hypsirhophus discurus）と命名した。後世の研究者の多くはヒプシロフスをステゴサウルスのシノニムと見做したが、Peter Galton (2010) は椎骨の違いに基づき異なる種であると示唆した。コープの収集家である F. F. Hubbell も、1877年か1878年にコモ・ブラフ（英語版）での発掘作業中にステゴサウルスの部分的な骨格を発見した。これは現在、アメリカ自然史博物館のステゴサウルスの骨格復元模型（AMNH 5752）の一部となっている。
アーサー・レイクスは、1879年8月にワイオミング州オールバニ郡のコモ・ブラフで、モリソン層の後期ジュラ紀の地層で、数体の大型ステゴサウルスの化石を発見した。化石の大部分は採石場13から産出したもので、その中にはレイクスとウィリアム・ハーロウ・リード（英語版）が同年に収集し、マーシュが命名したステゴサウルス・ウングラトゥスのタイプ標本（YPM 1853）も含まれていた。本標本は採石場で発見された多くの標本のうちの1つで、部分的な頭蓋骨、いくつかの椎骨、坐骨、部分的な四肢、いくつかの皮骨板、および4つのサゴマイザーで構成されていたが、タイプ標本と共に保存されていた標本に基づき8つのサゴマイザーが参照された。タイプ標本には、この種の名の由来となった「有蹄屋根のあるトカゲ」を意味する蹄も保存されていた。1881年、彼は腰骨だけに基づき3番目の種であるステゴサウルス・"アフィニス"（Stegosaurus "affinis"）と命名したが、その後化石は失われ、この種は裸名とされた。1887年後半マーシュは、コモ・ブラフで発見されたステゴサウルスのさらに2つの種を記載した。ステゴサウルス・デュプレックス（Stegosaurus duplex）はリード採石場11からの部分的な脊椎、部分的な骨盤、部分的な左後肢（からなる YPM 1858）に基づいているが、この種は現在ステゴサウルス・ウングラトゥスと同一種であると考えられている。もう一方の種ステゴサウルス・スルカトゥス（Stegosaurus sulcatus）は、1883年に産出された左前肢、肩甲骨、左大腿骨、いくつかの椎骨、およびいくつかの皮骨板と装甲要素（USNM V 4937）に基づき命名された。ステゴサウルス・スルカトゥスには、種の判別に用いられる肩部にあったと推測されている大きなスパイクが保存されていることが最も注目されている。
ステゴサウルスに関する最大の発見は、1885年に、完全な頭蓋骨、喉付近の小骨、関節した皮骨板など、これまで発見されていなかった要素を含む、ほぼ完全な関節が繋がっている状態の骨格が発見されたことである。Marshall P. Felch は1885年から1886年にかけ、コロラド州キャノン・シティ（英語版）近郊の町ガーデン・パークの採石場にあるモリソン層の地層からこの骨格を発見した。Felch は、まず骨格をラベルの付いたブロックに分け、別々に準備することで、この骨格を巧みに発掘した。骨格は1887年にマーシュに送られ、同年にマーシュはそれをステゴサウルス・ステノプス（「狭い顔の屋根のあるトカゲ」）と名付けた。まだ完全に準備されていないが、ほぼ完全な関節が繋がったステゴサウルス・ステノプスのタイプ標本により、マーシュはステゴサウルスの骨格復元を完成される上の最初の試みを完了することができた。この最初の復元は、ステゴサウルス・ウングラトゥスの欠損部分をステゴサウルス・ステノプスから補ったもので、1891年にマーシュによって出版された。（1893年にリチャード・ライデッカーが誤ってマーシュの復元をヒプシロフスと表記し再出版した。）。
歴史と命名 > 初期の骨格復元模型と皮骨板の解釈

ステゴサウルス・ステノプスの骨格はワシントンD.C.の国立自然史博物館に寄託され、1915年から展示されている。博物館用に、1887年にコモ・ブラフの採石場13で収集されたステゴサウルス・ステノプスのいくつかの標本で構成された複合骨格標本が作られた。最も完全なものは USNM 6531。ステゴサウルス・ウングラトゥスのタイプ標本（YPM 1853）は、1910年にリチャード・スワン・ルルによってイェール・ピーボディ自然史博物館で初めて展示された剣竜類の骨格標本に組み込まれた。当初は一対の皮骨板が肋骨の基部より上に広く配置されていたが、1924年に背中の正中線に沿って皮骨板が2列交互に配置された形で再設置された。アメリカ国立自然史博物館によって同採石場から回収された尾椎と追加の大きな皮骨板（USNM 7414）を含む追加の標本は、YPM 1853 と同じ個体のものである。
1901年に Frederick Lucas によってステゴサウルス・マルシ（Stegosaurus marshi）が記載された。Lucas は同年の後半にこの種を新属ホプリトサウルス（英語版）に再分類した。Lucas はまた、ステゴサウルスの生前の外観の問題を再検討し、皮骨板が背中に沿って2列に対になって配置され、肋骨の基部の上に並んでいるという結論に達し、チャールズ・R・ナイト（英語版）に、彼の新しい解釈に基づいたステゴサウルス・ウングラトゥスの生息時の復元図の製作を依頼した。しかし翌年、Lucas は皮骨板がおそらく互い違いの列で並んでいたと考えるようになったとした。1910年、リチャード・スワン・ルルは、ステゴサウルス・ステノプスに見られる交互のパターンは、おそらく死後に骨格が移動したためであると解釈した。また彼は、順が対の状態の皮骨板で描かれた史上初のステゴサウルス骨格の製作をピーボディ自然史博物館で主導した。1914年、チャールズ・W・ギルモアは、現在では完全に準備されたホロタイプを含むステゴサウルス・ステノプスのいくつかの標本が背中の頂点近くに皮骨板が交互に並んだ状態で保存されており、化石化中に皮骨板が体に対して移動した証拠がないことを指摘し、ルルの解釈に反論した。ギルモアと Lucas の解釈は一般的な復元の標準となり、ピーボディ博物館のルルの模型はこれを反映して1924年に変更された。
ステゴサウルスは恐竜の中でも最も特徴的な種類の1つと考えられているが、断片的な化石標本ばかりだったため、20世紀前半には博物館で殆どステゴサウルスの展示が見られなくなっていた。1918年まで、世界で唯一のステゴサウルスの模型は、ピーボディ自然史博物館にあるマーシュのステゴサウルス・ステノプスのタイプ標本で、1910年に展示されていた。しかし、この模型は、1917年にピーボディ博物館の旧建物が取り壊されると共に解体された。この歴史的に重要な標本は、1925年にピーボディ博物館の新館がオープンする前に再展示された。1918年には、ステゴサウルスの2番目の模型が完成した。これは、ステゴサウルス・ステノプスを描いた最初の模型である。この模型は、アメリカ国立自然史博物館のチャールズ・W・ギルモアの指揮の下で作成された。主に USNM 6531 の複数の骨格を組み合わせたもので、1918年以来、付近でレリーフ展示されていたステゴサウルス・ステノプスのタイプ標本に厳密に従うように設計されていた。老朽化した台座は2003年に解体され、2004年に最新のものに置き換えられ、同時に姿勢が変更された。ステゴサウルスの3番目の骨格標本（ステゴサウルス・ステノプス）は、1932年にアメリカ自然史博物館で展示された。Charles J. Long の指揮の下で展示されたアメリカ自然史博物館の標本は、他の標本に基づくレプリカで埋められた部分的な化石からなる複合標本であった。博物館のジャーナルに新しい標本について述べた記事で、バーナム・ブラウンは、ステゴサウルスの腰に「第二の脳」があるという一般的な誤解について説明（および反論）した。1920年から1922年にかけ恐竜国定公園から産出されたステゴサウルス・ウンガルトゥスの標本を使用した別の複合標本が、1940年にカーネギー自然史博物館に展示された。
歴史と命名 > 初期の骨格復元模型と皮骨板の解釈 > 皮骨板の配置

ステゴサウルスに関する書籍や記事の主要なテーマの一つは、皮骨板の配置である。この議論は恐竜復元の歴史において大きな議論となっている。長年に渡り、4つの皮骨板の配置が提案されてきた。
皮骨板は背中に沿って平らに横たわり、屋根板のような鎧であった。これがマーシュの最初の解釈であり、これが「屋根のあるトカゲ」という名に繋がった。より完全な皮骨板が発見されるにつれ、その形状から、平らに横たわっているのではなく、端に立っていることが分かった。
1891年までにマーシュは、皮骨板が一列に並んだ、より一般的なステゴサウルスの画像を発表した。これはかなり早い段階で廃止された（皮骨板が皮膚に埋め込まれる仕組みがよくわかっていなかったため、またこの配置では皮骨板が重なりすぎると考えられたためと思われる）。この復元は、1980年代に Stephen Czerkas によって、イグアナの背骨の棘の配置に基づいている。
ナイトの1901年の復元図や1933年の映画「キングコング」のように、皮骨板は背面に沿って2列に並んでいた。
交互に並ぶ2列の皮骨板。1960年代初頭までに、この考え方は広く受け入れられるようになった（現在もそうである）。主な理由は、皮骨板が部分的に連結されたままのステゴサウルス・ステノプスの化石の一部にこの配置が見られるためである。この配置はキラリティーであるため、標本を明確な仮説である左右対称と区別する必要がある。
歴史と命名 > 第二の恐竜ラッシュ

化石戦争の終結後、アメリカ東部の多くの主要機関がマーシュとコープの描写や発見に触発され、独自の恐竜化石コレクションを収集した。この競争は、アメリカ自然史博物館、カーネギー自然史博物館、フィールド自然史博物館によって最初に開始され、各博物館は西部に探検隊を派遣して独自の恐竜コレクションを作成し、化石展示室に骨格を展示した。アメリカ自然史博物館は1897年に初めて探検隊を派遣し、コモ・ブラフのボーン・キャビン採石場で、様々だが不完全なステゴサウルスの標本をいくつか発見した。これらの化石は未記載であり、1932年に組み立てられた。組み立てられたのは主にボーン・キャビン採石場の標本 AMNH 650 と 470 の合成物である。アメリカ自然史博物館の標本は鋳造され、フィールド博物館に展示されているが、同博物館では第二次恐竜ラッシュの期間中にステゴサウルスの骨格を採集していなかった。一方、ピッツバーグのカーネギー博物館は、1902年から1903年にかけワイオミング州カーボン郡のフリーズアウトヒルズで最初に多くのステゴサウルスの標本を収集した。化石には頭蓋骨より後の化石数個しか含まれていなかったが、1900年代から1920年代にかけ、カーネギーのチームが恐竜国定公園で、過去最大の数十体分のステゴサウルスの標本を発見した。採石場で発見された最も完全な骨格である CM 11341 は、1940年に他のいくつかの標本とともにステゴサウルスの複合標本の基礎として使用され、標本が完成した。カーネギーの作業員によって頭蓋骨（CM 12000）も発見されたが、これは知られている数少ない頭蓋骨の1つである。アメリカ自然史博物館とカーネギー自然史博物館の両方の資料は、ステゴサウルス・ウングラトゥスについて言及されている。
歴史と命名 > 再発見

恐竜ルネッサンスと博物館や一般大衆による恐竜への関心の復活の一環として、ステゴサウルスの化石が再び参照されたが、完全に説明されているものは殆どなかった。1937年、Frank Kessler という高校教師がガーデン・パークでの自然散策案内時に、再び重要な発見があった。Kessler はデンバー自然科学博物館（英語版）に連絡し、博物館は古生物学者の Robert Landberg を派遣した。Landberg はデンバー自然科学博物館の作業員とともに骨格を発掘し、70%の完全なステゴサウルスの骨格の他、カメ、ワニ、孤立した恐竜の化石を採石場で発見した。この採石場は「The Kessler Site」というニックネームが付けられた。鉄鋼労働者の Phillip Reinheimer は、1938年にデンバー自然科学博物館でステゴサウルスの骨格を展示した。この骨格は、1989年にデンバー自然科学博物館の博物館学芸員が博物館の化石展示室の改修を開始し、追加のステゴサウルスの化石を探すために探検隊を派遣するまで展示されたままであった。この探検隊は、The Kessler Site 付近で Bryan Small によってほぼ完全なステゴサウルスの発見に成功し、彼はこの新しい遺跡の名付け親となった。「スモール採石場（Small Quarry）」ステゴサウルスの関節した完全性により、ステゴサウルスの背中の皮骨板とサゴマイザーの位置、および以前にフェルチがステゴサウルス・ステノプスのホロタイプで初めて発見した耳小骨の位置とサイズが明らかになったが、ステゴサウルス・ステノプスのタイプと同様に、化石は「ロードキル」状態で平らになっていた。ステゴサウルスの骨格は、もともと1979年にコロラド州モファット郡で収集されたアロサウルスの骨格と並べて展示されている。
1987年、コロラド州メサ郡のラビット・バレー（英語版）にあるダイナソー・ジャーニー博物館（英語版）の近郊で、Harold Bollan によって40%完全なステゴサウルスの骨格が発見された。この骨格は「ボラン・ステゴサウルス（Bollan Stegosaurus）」というニックネームが付けられ、ダイナソージャーニー博物館のコレクションに収められている。ジェンセン・ジェンセン（英語版）採石場では、小型個体の背板数枚を含む関節した胴体が回収され、2014年に簡単に記載されたが、標本は数年前に採集され、現在もブリガム・ヤング大学で準備中である。2007年には、ポルトガルの後期ジュラ紀ロウリニャ層（英語版）から発見されたステゴサウルスの標本が記載され、記載者によってこの標本はおそらくステゴサウルス・ウンガルトゥス（Stegosaurus cf. ungulatus）とされた。この標本は、知られている限りでは数少ないステゴサウルスの骨格の1つであるが、歯、椎骨13個、四肢の一部、頸板、および頭蓋骨以外の様々な要素のみが含まれている。
ソフィー・ステゴサウルス（Sophie the Stegosaurus）は、85%が完全な状態で、360個の骨を含む、最も保存状態の良いステゴサウルスの標本である。ソフィーは、2003年にワイオミング州シェル（英語版）近郊のレッド・キャニオン牧場の採石場で Bob Simon によって最初に発見され、2004年にアータール恐竜博物館（英語版）の作業員によって発掘され、その後博物館のスタッフによって整備され、地主の娘にちなんでサラというニックネームが付けられた。この骨格は私有地で発掘されたもので、購入可能であった。ロンドン自然史博物館は、Jeremy Herrmann を始めとする個人の寄付者と協力して資金を集め、標本の購入を手配した。この標本には、新しい公式博物館コレクション標本番号 NHMUK PV R36730 が与えられ、Herrmann の娘に因みソフィーというニックネームが付けられた。模型となった骨格標本は2014年12月に展示され、2015年に科学的に記載された。性別不明の若い成体で、全長5.8メートル、体高2.9メートルである。1990年代にワイオミング州ハウ採石場で行われた発掘調査で、サウリア博物館はステゴサウルス科の部分的な骨格をいくつか発見したが、詳細に説明されているのはソフィーだけである。「ビクトリア」として知られるこの遺跡で産出された骨格の1つは、ほぼ関節した状態の多くの椎骨を含め、非常によく保存されており、「ビッグ アル II（Big Al II）」というニックネームのアロサウルスの骨格の隣にある。
特徴

四足歩行（英語版）であるステゴサウルスは、丸い背中に沿って垂直に伸びる特徴的な二列の凧形の皮骨板と、尾の端近くで水平に伸びる二対の長いサゴマイザーにより、最も簡単に識別できる恐竜の属の1つ。ステゴサウルス・ステノプスは全長6.5メートル、体重が3.5トンに達し、一方ステゴサウルス・ウングラトゥスは全長7メートル、体重が3.8トンに達した。大型の個体は全身7.5メートル、体重5.0から5.3トンに達したと推定される。
ステゴサウルスについて知られている情報のほとんどは、成体の化石から得られたものだが、近年では幼体の化石も発見されている。1994年にワイオミング州で発見された1体の幼体の標本は、全長4.6メートル、体高2メートル、体重1.5から2.2トンであったと推定されている。また、ワイオミング大学地質学博物館（英語版）に展示されている。
特徴 > 頭蓋骨

細長い頭蓋骨は、体に比べ小さかった。頭蓋骨には小さな前眼窩窓があった。これは現代の鳥類を含むほとんどの主竜類に共通する鼻と目の間の穴だが、現生のワニ類では失われている。頭蓋骨の位置が低いことから、ステゴサウルスは低木の植物（シダなど）を食べていた可能性がある。この解釈は、前歯がなく、角質の嘴または角鞘に置き換わっていた可能性が高いことからも裏付けられる。下顎には下向きと上向きの平坦な延長部があり、横から見ると歯が完全に隠れていたと思われる。生前は、これがカメのような嘴を支えていたと考えられる。嘴が顎のほとんどに沿って伸びていたため、これらの種には頬が存在しなかった可能性がある。このような広範な嘴は、おそらくステゴサウルスや、通常は嘴が顎の先端に限られていた鳥盤類の中でも他の進化した剣竜類に特有のものだったと考えられる。他の研究者は、これらの隆起は他の鳥盤類の類似の構造の改変版であり、嘴ではなく肉質の頬を支えていた可能性があると解釈している。剣竜類の歯は小さく、三角形で、平らだった。摩耗面から、剣竜類が食物をすり潰していたことを示唆している。
体の大きさにも関わらず、ステゴサウルスの脳函は小さく、犬の脳函ほどの大きさしかなかった。1880年代、オスニエル・チャールズ・マーシュは、ステゴサウルスの脳函の保存状態が良かったため、脳の大きさの目安となる脳腔の鋳型、すなわちエンドキャストを作製することができた。エンドキャストは、脳が非常に小さいことを示し、当時知られているすべての恐竜のエンドキャストの中で最も小さいものであった。体重が4.5トンを超える動物の脳は80グラム以下であるという事実は、すべての恐竜が知能がなかったという古くからの一般的な考えの一因となったが、この考えは現在ではほぼ否定されている。ステゴサウルスの実際の脳の解剖はほとんど分かっていないが、脳自体は恐竜にしては小さかった。また、大きさはクルミ程度で、ヒトの45分の1程しかなかった。重さは28グラムと推定されている。
特徴 > 骨格

ステゴサウルス・ステノプスでは、仙骨より前方の脊椎に27個の骨があり、仙骨の椎骨の数は様々で、殆どの亜成体では4個、尾椎は約46個である。仙骨前部は頸椎と背椎に分かれており、頸椎は約10個、背椎は17個である。合計数はヘスペロサウルスより1個、ファヤンゴサウルスより2個多いが、ミラガイアでは17個の頸椎と不明な数の背椎が保存されている。最初の頸椎は軸椎で、環椎と繋がっており、癒合している場合が多い。後方に行くほど、頸椎は比例して大きくなるが、サイズ以外で大きな変化はない。最初の数個の背椎を過ぎると、骨の中心部分は前後方向にさらに細長くなり、横突起は背側でさらに隆起する。ステノプスの仙骨には4つの仙椎が含まれるが、背椎の1つも構造に組み込まれている。またいくつかの標本では、尾椎も仙尾骨として組み込まれている。ヘスペロサウルスには仙背骨が2つあり、癒合した仙骨は4つだけであるが、ケントロサウルスでは仙骨に背仙骨と仙尾骨の両方を含む7個もの椎骨がある可能性がある。ステノプスは46個の尾椎を保存しており、最大49個になる。尾椎の系列に沿って、椎体と神経棘は両方とも小さくなり、神経棘は尾の35番目で消失する。尾の中央付近で、神経棘は分岐し、つまり上部近くで分割された。
保存状態の良い骨格が多数存在するステノプスは、四肢を含む体のすべての部位を保存している。肩甲骨は亜長方形で、頑丈な棘が付いている。常に完全に保存されているわけではないが、肩峰（英語版）はケントロサウルスよりもわずかに大きかった。棘は比較的真っ直ぐだが、後方に向かって湾曲している。棘の背面には小さな突起があり、上腕三頭筋の基部として機能していたと考えられる。肩甲骨と関節した烏口骨は亜円形である。後足にはそれぞれ3本の短い趾があり、前足にはそれぞれ5本の趾があったが、内側の2本の指にのみ鈍い蹄があった。指節の式は 2-2-2-2-1 で、前肢の最も内側の指には2本の骨があり、次の指にも2本の骨がある。四肢はすべて、つま先の後方のパッドで支えられていた。前肢はずんぐりとした後肢よりもずっと短いため、珍しい姿勢になった。尾は地面からかなり離れていたようだが、ステゴサウルスの頭部は比較的低い位置にあり、おそらく地面から1メートル以内であった。
特徴 > 皮骨板

ステゴサウルスの最も顕著な特徴は、17から22 枚の独立した皮骨板（プレート・骨板・剣板とも）と棘である。これらは、現在ワニや多くのトカゲに見られるものと似た、高度に変化した皮骨だった。これらは動物の骨格に直接付着しているのではなく、皮膚から発生していた。最も大きな板は腰の上にあり、幅60センチメートル、高さ60センチメートルを超えるものもあったほどである。前半身の形は五角形で、後半身の形は三角形だった。
2010年にステゴサウルスの種について発表された論文で、ピーター・ガルトン（英語版）は背中の皮骨板の配置は種によって異なっていた可能性があり、横から見たときの皮骨板のパターンが種の判別に重要だった可能性があると示唆した。ガルトンは、ステノプスの皮骨板は対ではなく、2列に交互に関節していたと指摘した。また、後半身からは1列になっていたという説もある。また、ステノプスの皮骨板は発見数が少なく、関節したものは無かったため、この種の配置を特定するのはより困難だった。しかし、ステノプスのタイプ標本には尾から発見された2枚の平らな棘のような皮骨板が保存されており、形も大きさもほぼ等しいが互いに鏡像になっていることから、少なくともこれらが対になって配置されていたことが示唆される。多くの皮骨板は明らかにホモキラリティーであり、同等の大きさと形の皮骨板が2枚見つかったことはないが、皮骨板は個体間で相関関係にあることがわかっている。ヘスペロサウルスの皮骨板の保存状態の良い外皮の印象は、長く平行で浅い溝のある滑らかな表面を示している。これは、皮骨板がケラチンの鞘で覆われていたことを示している。
分類と種

曲竜類のスパイクと装甲と同様に、剣竜類の皮骨板とサゴマイザーは、基盤的な装盾類の特徴である低い竜骨を持つ装甲から進化した。Galton（英語版） (2019) は、インドの前期ジュラ紀（シネムーリアンからプリンスバッキアン）下部コタ層（英語版）から発見された装盾類の皮骨板を曲竜類の化石であると解釈し、この発見は曲竜類とその姉妹群である剣竜類の両方がおそらく前期ジュラ紀に起源を持つことを示していると主張した。
これまでに発見された剣竜類の大部分は、後期ジュラ紀から前期白亜紀に生息していたステゴサウルス科に属し、ポール・セレノによって、ファヤンゴサウルスよりもステゴサウルスに近いすべての剣竜類として定義された。この分類群は広範囲に分布しており、生息範囲は北半球、アフリカ、そしておそらく南アメリカにまで及んでいた。ステゴサウルスは、ステゴサウルス科内のステゴサウルス亜科と呼ばれる系統群とされることが多く、通常はウエルホサウルスとヘスペロサウルスという分類群も含まれる。以下のクラドグラムは、Raven et al. (2023) による "preferred tree" 系統解析の結果を示しており、ステゴサウルス亜科が剣竜類と寛脚類の中での位置を示している。
2017年、Raven と Maidment は、ほぼ全ての既知の剣竜類の属を含む系統解析を発表した。彼らのデータセットはその後数年間で分類群が追加され、拡張されてきた。中国の河口層群（英語版）の剣竜類の化石に関する2024年の記載では、Li et al. は Raven と Maidment のデータセットの修正版を使用し、剣竜類の系統関係を分析した。
分類と種 > 種

当初記載された種の多くは、無効であるか、それ以前に命名された種のシノニムであると考えられており、よく知られている種が2つ、あまり知られていない種が1つ存在している。モリソン層の地層ゾーン2から6で確認されたステゴサウルスの化石が発見されており、地層ゾーン1からはステゴサウルスのものと思われる追加の化石もある。
ステゴサウルス・ステノプス（Stegosaurus stenops）は、「狭い顔の屋根のあるトカゲ」を意味し、1887年にマーシュによって命名され、ホロタイプは1886年にコロラド州キャノン・シティの北にあるガーデン・パークで Marshall Felch によって産出された。これはステゴサウルスの中で最もよく知られている種である。主な理由は、その化石に少なくとも1つの完全な関節した骨格が含まれているからである。この種は、比例して大きく幅広い皮骨板と丸い尾の皮骨板を持っていた。関節標本は、皮骨板が交互にずらした2列に配置されていたことを示している。ステノプスは、成体と幼体の少なくとも50の部分骨格1つの完全な頭蓋骨、および4つの部分的な頭蓋骨から知られています。他の種よりも背が低く、6.5メートルであった。コロラド州、ワイオミング州、ユタ州のモリソン層で発見された。
ステゴサウルス・ウングラトゥス（Stegosaurus ungulatus）は、1879年にマーシュによって命名され、「有蹄屋根のあるトカゲ」を意味し、ワイオミング州コモ・ブラフ（ロバーズ・ルースト付近の採石場12）で発見された。ステノプスのシノニムである可能性がある。全長7メートルで、ステゴサウルスの中で最も大きい種であった。ポルトガルで発見され、後期キンメリッジアンから前期チトニアンのものとされるステゴサウルスの断片的な標本が暫定的に本種に割り当てられている。ステゴサウルス・ウングラトゥスは、後肢が長いこと、基部が広く先端が狭い比較的小型の尖ったプレートがあること、尾のサゴマイザーの直前に小さく平らな棘のような皮骨板がいくつかあることで、ステノプスと区別できる。これらの棘のような皮骨板は、同一だが左右対称のペアが少なくとも1つ存在することから、対になっていたと思われる。ステゴサウルス・ウングラトゥスは、他の種よりも脚（大腿骨）と寛骨が長かったと思われる。ステゴサウルス・ウングラトゥスのタイプ標本は8本のサゴマイザーが付いて発見されたが、それらは元の位置から離れて散らばっていた。これは、この動物が4対の尾のサゴマイザーを持っていたことを示していると解釈されることが多い。完全な、または関節した尾のサゴマイザーを持つ標本は見つかっていないが、8本のサゴマイザーが一緒に保存されている追加の標本も見つかっていない。追加の一対のサゴマイザーは別の個体のものである可能性があり、標本とともに他の追加の骨は発見されなかったものの、元の場所でさらに発掘が行われれば、これらが見つかる可能性がある。他の採石場から産出した標本（現在アメリカ自然史博物館の複合骨格 AMNH 650 の一部を構成している）は、尾椎に刻み目があることからウングラトゥスとされているが、尾の突起が4本しか残っていない。ウングラトゥスのタイプ標本（YPM 1853）は、1910年にリチャード・スワン・ルルによってイェール・ピーボディ自然史博物館で初めて展示された剣竜の骨格標本に組み込まれた。当初は一対のプレートが肋骨の基部より上に広く配置されていたが、1924年に背中の正中線に沿ってプレートが2列交互に配置された形で再設置された。アメリカ国立自然史博物館によって同じ採石場から産出された尾椎と追加の大きな皮骨板（USNM 7414）を含む追加の標本は、YPM 1853 と同個体のものである。
国立自然史博物館に展示されているステノプスのタイプ標本
ステゴサウルス・スルカトゥス（Stegosaurus sulcatus）は、「溝のある屋根のトカゲ」を意味し、1887年にマーシュによって部分的な骨格に基づき記載された。伝統的にアルマトゥスのシノニムと考えられてきたが、近年の研究ではそうではないことが示唆されている。スルカトゥスは主に、非常に大きな基部を持ち、異常に大きな溝のある棘によって区別される。タイプ標本に関連付けられた棘は、当初は尾のサゴマイザーであると考えられていましたが、その基部が対応する尾椎よりもはるかに大きいため、実際には肩または腰に存在した可能性がある。2008年に Maidment らによって発表された論文では、この棘はステゴサウルスには全く属さず、別の属のものである可能性があり、不確定種と見做された。ピーター・ガルトンは、その特徴的な棘のために有効な種として見做されるべきだと示唆した。
2008年、Susannah Maidment らは、ステゴサウルスの分類に大幅な変更を提案した。彼らは、ステノプスとウングラトゥスをアルマトゥスと同一種とし、ヘスペロサウルスとウエルホサウルスをステゴサウルスに分類し、それらのタイプ種をそれぞれステゴサウルス・ムジョシ（Stegosaurus mjosi）とステゴサウルス・ホムヘニ（Stegosaurus homheni）とすることを提唱した。彼らはステゴサウルス・ロンギスピヌス（Stegosaurus longispinus）については疑わしいと考えていた。したがって、彼らのステゴサウルスの概念には3つの有効な種（アルマトゥス、ホムヘニ、ミジョシ）が含まれ、北アメリカとヨーロッパの後期ジュラ紀からアジアの前期白亜紀までの範囲になる。しかし、この分類体系は他の研究者によって採用されず、Maidment と Thomas Raven が共同執筆した2017年の系統分類分析では、ヘスペロサウルスとステゴサウルスの同一性が否定されている。2015年、Maidment らは、ガルトンがアルマトゥスを疑問名として認定し、タイプ種としてステノプスに置き換えたことを受け、自らの提案を修正した。
2024年、Li らは、中国甘粛省の上部河口層群（2000～2004年頃発見）で発見された、前期白亜紀のアプチアンからアルビアンの剣竜類の部分骨格である標本 GSAU 201201 について記載した。この標本は、肋骨が付いた関節した頸椎3個、胴椎3個、肋骨13個、上腕骨、尺骨、橈骨の一部を含む右前肢、および皮骨板1枚で構成される。化石資料の一部の特徴はウエルホサウルスやステゴサウルス・ステノプスとは異なっているが、Li らは新標本をステゴサウルスと見做した。河口層群は他に、曲竜類のタオヘロン（英語版）の化石も発見されている。
分類と種 > 疑わしい種と新参異名

ステゴサウルス・アルマトゥス（Stegosaurus armatus）は、「装甲屋根のトカゲ」を意味し、最初に発見された種であり、1877年にマーシュによって命名された以前のタイプ種。部分的な骨格が知られており、30を超える断片的な標本が割り当てられている。しかし、タイプ標本は非常に断片的であり、尾、腰、脚の一部、脊椎の一部、および1枚の断片的な皮骨板（この皮骨板の存在がステゴサウルスの名の由来となった）のみで構成されていた。その他の皮骨板やサゴマイザーは発見されず、アルマトゥスの前半分全体が保存されていたわけではなかった。タイプ標本が非常に断片的であるため、より優れた標本に基づく他種との比較が極めて困難であり、現在では一般的には疑問名と見做されている。このため、2013年の動物命名法国際審議会の裁定により、ステゴサウルスのタイプ種はステノプスに置き換えられた。
ステゴサウルス・"アフィニス"（Stegosaurus "affinis"）は、1881年にマーシュによって命名され、失われた恥骨からのみ知られている。マーシュは新種を区別するのに十分な骨の記載しなかったため、この学名は裸名と見做されている。
ディラコドン・ラティセプス（Diracodon laticeps）は、1881年にマーシュによって顎骨の断片に基づき記載された。バッカーは1986年にラティセプスをステノプスの上位同物異名として復活させたが、この標本は判別に適しておらず、ステゴサウルスにのみ関連しているため、疑問名であると指摘する者もいる。
ステゴサウルス・デュプレックス（Stegosaurus duplex）は、「2つの神経叢を持つ屋根のトカゲ」を意味し、1887年にマーシュによって命名された。バラバラになった骨は実際には1879年に Edward Ashley によってコモ・ブラフで産出された。マーシュは当初、各仙骨（股関節）の椎骨に肋骨があるという事実に基づき、ウングラトゥスと区別した。これはウングラトゥスの解剖学的構造とは異なると彼は主張したが、ウングラトゥスの仙骨は実際には発見されていなかった。マーシュはまた、デュプレックスには皮骨板がなかった可能性があると示唆した。標本には皮骨板やサゴマイザーが保存されていなかったが、実際には近くに1つのサゴマイザーがあった可能性があり、現場地図の再調査により、標本全体が非常にバラバラで散らばった状態で発見されたことが判明した。デュプレックスは現在ではウングラトゥスのシノニムと一般に考えられており、標本の一部は実際に1910年にピーボディ博物館のウングラトゥスの骨格標本に組み込まれていた。
分類と種 > 再分類された種

ステゴサウルス・マルシ（Stegosaurus marshi）は、1901年に Lucas によって記載され、1902年にホプリトサウルス（英語版）と改められた。
ステゴサウルス・プリクスク（Stegosaurus priscus）は、1911年にノプシャによって記載され、レクソヴィサウルスに割り当てられた後、現在はロリカトサウルスのタイプ種となっている。
ステゴサウルス・ロンギスピヌス（Stegosaurus longispinus）は、大部分が失われた断片的な頭蓋骨から派生した骨格に基づき、1914年にチャールズ・W・ギルモアによって命名された。現在ではアルコヴァサウルスのタイプ種となっているが、ミラガイアとされていたこともある。
ステゴサウルス・マダガスカリエンシス（Stegosaurus madagascariensis）は、マダガスカルから発見されており、歯のみからなる。1926年に Piveteau によって記載された。マダガスカリエンシスの歯は剣竜類、獣脚類のマジュンガサウルス、ハドロサウルス類、さらにはワニ類のものと様々に考えられていたが、現在では曲竜類の可能性があると考えられている。
ステゴサウルス・ホムヘニ（Stegosaurus homheni）は、1973年に董枝明によって部分的な頭蓋骨以降に基づき記載された、中国の白亜紀の剣竜類であるウエルホサウルス・ホムヘニ（Wuerhosaurus homheni）の別の分類方法である。2008年に Maidment らによってステゴサウルスに分類されたが、依然としてホムヘニは独立した属であると考える者もいる。
ステゴサウルス・ムジョシ（Stegosaurus mjosi）は、ワイオミング州ジョンソン郡のモリソン層から発見された部分的な頭蓋骨と不完全な頭蓋骨以降の骨格に基づき、2001年にカーペンターらによってヘスペロサウルス・ムジョシ（Hesperosaurus mjosi）として記載された。この種は2008年以降、Maidment らによって主にステゴサウルスと分類されたが、より多くの化石が発見されて以来、ヘスペロサウルスへの分類が主流となっている。