知恩院
境内

知恩院の境内は、三門や塔頭寺院のある下段、御影堂（本堂）など中心伽藍のある中段、勢至堂、法然廟などのある上段の3つに分かれている。このうち、上段が開創当初の寺域であり、中段、下段の大伽藍は江戸時代になって江戸幕府の全面的な援助で新たに造営されたものである。
御影堂（国宝） - 本堂、大殿とも呼ばれる。知恩院境内は下段、中段、上段の3段に整地されており、本堂はそのうちの中段に南面して建つ。寛永10年（1633年）の焼失により、寛永16年（1639年）に徳川家光によって再建された。法然ゆかりの吉水草庵があった場所であるとされている。宗祖法然の像を本尊として安置することから御影堂（みえいどう）と呼ぶ。知恩院で最大の堂宇であることから、大殿（だいでん）とも呼ばれる。入母屋造本瓦葺き、間口44.8メートル、奥行34.5メートルの壮大な建築で、江戸幕府造営の仏堂としての偉容を示している。建築様式は外観は保守的な和様を基調としつつ、内部には禅宗様（唐様）の要素を取り入れている。柱間は桁行（正面）11間、梁間（奥行）9間で、手前の梁間3間分を畳敷きの外陣とし、その奥の桁行5間・梁間5間分を内陣とする。内陣の左右はそれぞれ手前の梁間3間分を「脇陣」、奥の梁間2間分を「脇壇前」と呼ぶ。堂内もっとも奥の梁間1間分は、中央の桁行5間を後陣、左右の桁行各3間を脇壇とする。内陣の奥には四天柱（4本の柱）を立てて内々陣とし、宮殿（くうでん）形厨子を置き、宗祖法然の木像を安置する。江戸幕府の造営になる、近世の本格的かつ大規模な仏教建築の代表例であり、日本文化に多大な影響を与えてきた浄土宗の本山寺院の建築としての文化史的意義も高いことから、2002年（平成14年）に三門とともに国宝に指定されている。屋根の上、中央に屋根瓦が少し積まれているが、これは完璧な物はないことの暗喩だとされる。2007年（平成19年）から屋根の修復作業が行われた。法然上人像は毎年12月25日に御身拭式が行われているが、2011年（平成23年）12月25日には御影堂大修理に伴い、御身拭式の後、遷座式が執り行われ修理の間のみ法然上人御堂と改称していた集会堂に安置された。2020年（令和2年）4月13日に落慶遷座法要が行われ、法然上人像は8年4ヶ月ぶりに御影堂に戻った。外陣に掲げられている勅額「明照」は大正天皇の宸筆であり、1915年（大正4年）に制作された。
阿弥陀堂 - 御影堂の向かって左に東面して建ち、阿弥陀如来坐像を安置する。1910年（明治43年）再建。宝永7年（1710年）に現在地に移されるまでは勢至堂の前に建てられていた。正面に掲げられている勅額「大谷寺」は後奈良天皇の宸筆である。
多宝塔「七百五十万霊塔」 - 1958年（昭和33年）建立。
法然上人像
写経塔
経蔵（重要文化財） - 御影堂の東方に建つ宝形造本瓦葺き裳階（もこし）付きの建物。三門と同じ元和7年（1621年）に建立された建物で、徳川秀忠の寄進による宋版大蔵経六千巻を安置する輪蔵が備えられている。2010年（平成22年）9月25日に、経蔵の礎石に乗用車が衝突し、礎石の一部が剥落する事故があった。事故のあった場所は、当時、彼岸回向のために来寺する信徒の駐車場として開放されていた。
宝仏殿 - 1992年（平成4年）建立。御影堂の南側に北面して建つ寄棟造の仏堂。内部には阿弥陀如来立像と四天王像を安置する。
九重石塔
池
納骨堂 - 1930年（昭和5年）建立。
大鐘楼（重要文化財） - 宝仏殿裏の石段を上った小高い場所に建つ。延宝6年（1678年）再建。ここにある梵鐘（重要文化財）は日本有数の大鐘で、寛永13年（1636年）の鋳造である。この鐘楼で除夜の鐘を突く模様は年末のテレビ番組でたびたび紹介されている。
四脚門（京都府指定有形文化財）
武家門 - 集会堂の入口にある門。
集会堂（しゅえどう、重要文化財） - 寛永12年（1635年）に徳川家光により再建。かつては衆会堂と呼ばれていた。1872年（明治5年）の京都博覧会の会場となっている。2011年（平成23年）12月に床面を広げる増床工事が行われた。
新玄関（重要文化財）
大庫裏（おおぐり、重要文化財） - 雪香殿とも呼ばれる。寛永年間（1624年 - 1645年）再建。
小庫裏（こぐり、重要文化財） - 月光殿とも呼ばれる。寛永年間（1624年 - 1645年）再建。
大方丈（おおほうじょう、重要文化財） - 御影堂の右手後方に建つ。寛永18年（1641年）に建立された檜皮葺き・入母屋造りの華麗な書院建築で、54畳敷きの鶴の間を中心に狩野派の筆になる豪華な襖絵に彩られた多くの部屋が続く。洛中随一の名書院とされる。
方丈庭園（国の名勝） - 江戸時代初期の寛永10年（1633年）に作庭が始まった。
南庭 - 池泉回遊式庭園の南池「心字池」は小堀遠州と縁のある僧玉淵によって造られたとされる。
北庭 - 池泉回遊式庭園の北池がある。
徳川家光御手植の松 - 現在の松は三代目である。
唐門（勅使門、重要文化財） - 寛永18年（1641年）建立。
小方丈（こほうじょう、重要文化財） - 大方丈のさらに後方に建つ。大方丈と同じ寛永18年（1641年）に建立された建物で、襖には狩野派の絵が描かれているが、大方丈に比べ淡彩で落ち着いた雰囲気に包まれる。
庭園「二十五菩薩の庭」 - 阿弥陀如来が西方極楽浄土から25名の菩薩を従えて来迎する様を石と植込みで表現したもの。
茶室「葵庵」
権現堂 - 1974年（昭和49年）再建。小方丈のさらに奥に建つ小規模な仏堂。1956年（昭和31年）に焼失したため立て直された。内部には知恩院の造営に関わった徳川三代（徳川家康・秀忠・家光）の位牌と肖像画を安置する。
北門
寺務棟
御廟（京都府指定有形文化財） - 法然上人の死後、門弟たちの手によって勢至堂の東に建てられたもので法然の遺骨を納めている。賜蓮堂とも呼ばれる。現在の建物は慶長18年（1613年）に常陸国土浦藩主松平信一の寄進を得て改築されたもの。知恩院にあって、喧騒から隔離された祈りの空間となっている。
御廟拝（京都府指定有形文化財）殿 - 宝永7年（1710年）建立。
御廟唐門（京都府指定有形文化財）
勢至堂（重要文化財） - 本地堂。境内東側、急な石段を上った先の小高い場所にある。法然の住房であった大谷禅房があった地であり、知恩院発祥の地である。入母屋造本瓦葺き。寺内の建物では最も古く、室町時代の享禄3年（1530年）の再建で知恩院最古の建築物である。当初は御影堂であったが、新しく御影堂が建てられてからは勢至堂となった。内陣厨子内に安置する本尊勢至菩薩坐像は鎌倉時代の作で、2003年（平成15年）に重要文化財に指定されている。勢至菩薩を本尊とする堂は他にほとんど例を見ないが、浄土宗では法然を勢至菩薩の生まれ変わりとしており（法然の幼名は「勢至丸」であった）、法然の本地仏として造立されたものと思われる。勅額「知恩教院」は後奈良天皇の宸筆である。
山亭 - 霊元天皇の第13皇女・吉子内親王の御殿を宝暦9年（1759年）に下賜されて移築したもの。明治時代に大改修を受けている。当初は勢至堂の客殿であった。
山亭庭園 - 大方丈前から石段を上った山腹に位置し、京都市街を一望できる眺望のよい場所にある。庭園は江戸時代末期造営の枯山水庭園である。
千姫の墓 - 特異な形をしている。
濡髪大明神 - 白狐の化身・濡髪童子を祀る。
位牌堂 - 与板大仏と呼ばれた釈迦牟尼仏の仏頭が安置されている。
鐘楼
表門
蓮華堂
一心院 - 知恩院の境内にあるが、浄土宗捨世派の本山である。知恩院とは本末関係にはない。
湯川秀樹の墓
宗学研究所
黒門（京都府指定有形文化財） - 慶長年間（1596年 - 1615年）に山岡道阿弥により伏見城から移築・寄進された。
鎮守八幡社（鎮守堂）（京都府指定有形文化財）
舞殿
茶室「真葛庵」
友禅苑 - 宮崎友禅ゆかりの池泉回遊式庭園で、1954年（昭和29年）に改修された。
池
茶室「華麓庵」 - 1968年（昭和43年）築。裏千家ゆかりの茶室。
茶室「白寿庵」 - 当山第86世中村康隆猊下の白寿を記念して移築された。
三門（国宝） - 総門（新門）を通り、緩い坂道を上った先に三門が建つ。元和5年（1619年）9月に徳川秀忠の命で三門と経蔵の造営が始められ、元和7年（1621年）秋にはほぼ完成した。平成大修理時に上層屋根の土居葺板という部材から元和7年（1621年）の墨書が発見され同年の建立と判明した。形式は五間三戸二階二重門、入母屋造、本瓦葺で西面する。「五間三戸」は正面柱間が5つで、うち中央3間が通路になっているもの。「二重門」は2階建てで、1階・2階の両方に軒の張りだしがあるものをいう。高さ24メートルの堂々たる門で、東大寺南大門より大きく、現存する日本の寺院の三門（山門）の中で最大の二階二重門である。組物（軒の出を支える構造材）を密に並べた「詰組」とすること、粽（ちまき）付きの円柱を礎盤上に立てること、上層の垂木を扇垂木とすることなど、細部の様式は禅宗様であり、禅寺の三門に似た形式とする。門の上層内部は釈迦如来像と十六羅漢像を安置し、天井には龍図を描くなど、やはり禅寺風になっている。なお、山門ではなく三門と呼ばれているがそれは、「空門（くうもん）」「無相門（むそうもん）」「無願門（むがんもん）」という悟りに通ずる三つの解脱の境地を表わす門・三解脱門（さんげだつもん）という意味である。
日本三大門のひとつに数える説がある三門をくぐると「男坂」と呼ばれる急な階段がある。本堂などの建つ「中段」に至る。 右手にはなだらかな階段、「女坂」がある。
和順会館 - 1972年（昭和47年）築。
浄土宗宗務庁
京都華頂大学
華頂短期大学
華頂短期大学附属幼稚園
華頂女子高等学校
南門（京都府指定有形文化財） - 知恩院と円山公園の間にある。
古門
総門（新門）（京都府指定有形文化財） - 東大路通に面している。