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タンパク質設計
タンパク質の構造と機能の基礎となるモデル > エネルギー関数

合理的タンパク質設計のためには、ターゲットフォールドの下で安定する配列を、他の低エネルギーの競合状態を好む配列から区別しなければならない。そのため、タンパク質設計には、ターゲット構造にどれだけうまく折りたためるかによって配列をランク付けし、スコアリングできる正確なエネルギー関数が必要である。しかし同時に、これらのエネルギー関数は、タンパク質設計における計算上の課題を考慮しなければならない。設計を成功させるための最も困難な要件の1つは、計算機計算上の正確さと単純さを兼ね備えたエネルギー関数である。
最も正確なエネルギー関数は、量子力学的シミュレーションに基づくものである。しかし、このようなシミュレーションは時間がかかりすぎるため、通常、タンパク質設計には実用的ではない。その代わりに、多くのタンパク質設計アルゴリズムでは、分子力学シミュレーションプログラムを改造した物理ベースのエネルギー関数、知識ベースのエネルギー関数（英語版）、またはその両方を組み合わせたハイブリッドのいずれかを使用している。最近の傾向としては、より多くの物理ベースの位置エネルギー関数を使うようになってきている。
AMBERやCHARMMのような物理ベースのエネルギー関数は、通常、量子力学シミュレーションや、熱力学、結晶学、分光学などの実験データから導出される。これらのエネルギー関数は通常、物理エネルギー関数を単純化し、ペアワイズ分解可能にしている。つまり、タンパク質の立体配座の総エネルギーは、各原子ペア間のペアエネルギーを加算することで計算できるため、最適化アルゴリズムにとって魅力的なものとなっている。物理ベースのエネルギー関数は、一般的に、原子間の引力-反発レナード-ジョーンズ項と、非結合原子間のペアワイズ静電クーロン項をモデル化する。
統計的ポテンシャルは、物理ベースのポテンシャルとは対照的に、計算速度が速く、複雑な効果を暗黙的に説明することができ、タンパク質構造の小さな変化にも影響されにくいという利点がある。これらのエネルギー関数は、構造データベース上の出現頻度からエネルギー値を導き出したものである。
ただし、タンパク質の設計には、分子力学的な力場では制限されるような要件がある。分子動力学シミュレーションで主に使われてきた分子力学力場は、単一配列のシミュレーションに最適化されているが、タンパク質設計では多くの配列の多くの立体配座を探索する。そのため、分子力学力場は、タンパク質設計に合わせて調整する必要がある。実際には、タンパク質設計のエネルギー関数には、統計項と物理ベース項の両方が含まれていることが多くある。たとえば、最も使われているエネルギー関数の一つであるRosettaエネルギー関数には、CHARMMエネルギー関数に由来する物理ベースエネルギー項と、回転異性体確率や知識ベースの静電気などの統計エネルギー項が組み込まれている。一般的に、エネルギー関数は研究所間で高度にカスタマイズされており、すべての設計に合わせて特別に調整されている。
タンパク質の構造と機能の基礎となるモデル > エネルギー関数 > 効果的なエネルギー関数の設計課題

水は、タンパク質を取り巻く分子のほとんどを構成しており、タンパク質の構造を決める推進力となっている。したがって、水とタンパク質の間の相互作用をモデル化することは、タンパク質設計において極めて重要である。ある時点でタンパク質と相互作用する水分子の数は膨大であり、それぞれの水分子は多数の自由度と相互作用パートナーを持っている。その代わり、タンパク質設計プログラムでは、そのような水分子のほとんどを連続体としてモデル化し、疎水性効果と溶媒和分極の両方をモデル化している。
個々の水分子は、時に、タンパク質コアや、タンパク質-タンパク質またはタンパク質-リガンドの相互作用において、重要な構造的役割を果たすことがある。このような水のモデル化に欠点があると、タンパク質-タンパク質間の界面の最適配列を誤って予測する可能性がある。別の方法として、水分子を回転異性体に加えることができる。
最適化問題として

タンパク質設計の目的は、ターゲット構造に折りたたまれるタンパク質の配列を見つけることである。したがって、タンパク質設計アルゴリズムは、ターゲットフォールドに対する各配列のすべての立体配座を探索し、タンパク質設計エネルギー関数によって決定される各配列の最低エネルギー立体配座に応じて配列をランク付けする必要がある。このように、タンパク質設計アルゴリズムへの典型的な入力は、ターゲットフォールド、配列空間、構造の柔軟性、およびエネルギー関数であり、出力はターゲット構造に安定して折りたまれると予測される1つ（または複数の）配列である。
しかし、候補タンパク質配列の数は、タンパク質残基の数とともに指数関数的に増加する。たとえば、長さ100のタンパク質配列が20100個あるとする。さらに、アミノ酸側鎖の立体配座が少数の回転異性体に限定されるとしても（「構造の柔軟性」参照）、これにより、各配列の立体配座数は指数関数的に増加する。したがって、100残基のタンパク質において、各アミノ酸がちょうど10個の回転異性体を持つと仮定すると、この空間を探索する探索アルゴリズムは、200100以上のタンパク質の立体配座を探索しなければならない。
最も一般的なエネルギー関数は、回転異性体とアミノ酸タイプの間のペアワイズ項に分解できるため、問題を組み合わせ問題として計算し、強力な最適化アルゴリズムを用いて解決することができる。このような場合、各配列に属する各立体配座の総エネルギーは、残基位置間の個別項とペアワイズ項の和として定式化できる。設計者が最良の配列のみに関心がある場合、タンパク質設計アルゴリズムは、最低エネルギー配列の最低エネルギー配座のみを必要とする。このような場合には、各回転異性体のアミノ酸の同一性を無視し、異なるアミノ酸に属するすべての回転異性体を同じように扱うことができる。タンパク質鎖の残基位置 i にある回転異性体を ri とし、回転異性体の内部原子間の位置エネルギーを E(ri) とする。E(ri, rj) を、残基位置 j における ri と回転異性体 rj の間の位置エネルギーとする。そして、最適化問題を最小エネルギー (ET) の立体配座を見つけることの1つと定義する。
()
ET を最小化する問題は、NP困難な問題である。問題のクラスがNP困難であるにもかかわらず、実際には、タンパク質設計の多くの事例は、ヒューリスティックな方法によって正確に解決したり、十分に最適化することができる。
アルゴリズム

タンパク質設計問題に特化したいくつかのアルゴリズムが開発されている。これらのアルゴリズムは、大きく2つのクラスに分類でき、実行時間の保証はないが解の質を保証するデッドエンド削除などの厳密アルゴリズムと、厳密アルゴリズムよりも高速だが結果の最適性が保証されていないモンテカルロ法などのヒューリスティックなアルゴリズムがある。厳密アルゴリズムは、最適化プロセスがタンパク質設計モデルに従って最適解を生成することを保証する。したがって、これらが実験的に検証されたときに厳密アルゴリズムの予測が失敗した場合、エラーの原因は、エネルギー関数、許容される柔軟性、配列空間、またはターゲット構造（たとえば、設計できない場合）に起因すると考えられる。
いくつかのタンパク質設計アルゴリズムを以下に示す。これらのアルゴリズムは、タンパク質設計問題の最も基本的な定式化である式（1）のみに対応しているが、設計者がタンパク質設計モデルに改良や拡張を導入することで最適化の目標が変化した場合、例えば、許容される構造的な柔軟性（タンパク質の主鎖の柔軟性など）の改善や、洗練されたエネルギー項の追加などを含め、モデリングを改善するタンパク質設計の拡張機能の多くは、これらのアルゴリズムの上に構築されている。例えば、Rosetta Designでは、洗練されたエネルギー項や、最適化アルゴリズムとしてモンテカルロ法を用いた主鎖の柔軟性などが組み込まれている。OSPREYのアルゴリズムは、デッドエンド削除アルゴリズムとA*探索アルゴリズムをベースに、主鎖と側鎖の連続的な動きを取り入れている。このように、各アルゴリズムは、タンパク質設計に利用できるさまざまな種類のアルゴリズムについて、優れた展望を提供している。
2020年7月、科学者たちは、新規タンパク質の進化的設計の開発のために、ゲノムデータベース（英語版）を利用した人工知能（AI）ベースのプロセスを報告した。彼らはディープラーニングを用いて設計ルールを特定した。
アルゴリズム > 数学的な保証付き最適化アルゴリズム > デッドエンド削除

詳細は「en:Dead-end elimination」を参照
デッドエンド削除 (dead-end elimination、DEE) アルゴリズムは、大域的最低エネルギー配座（global lowest energy conformation、GMEC）の一部ではないことが証明できる回転異性体を削除することにより、問題の探索空間を反復的に縮小する。各反復において、デッドエンド削除アルゴリズムは、各残基位置で可能なすべての回転異性体のペアを比較し、別の回転異性体 ri よりも常に高いエネルギーを持つことが示すことができ、したがってGMECの一部ではない各回転異性体 r′i を除去する。
E(r_{i}^{\prime })+\sum _{j\neq i}\min _{r_{j}}E(r_{i}^{\prime },r_{j})>E(r_{i})+\sum _{j\neq i}\max _{r_{j}}E(r_{i},r_{j})
また、デッドエンド削除アルゴリズムに対する他の強力な拡張として、ペア削除基準（英語版）や一般化デッドエンド削除基準（英語版）がある。このアルゴリズムはまた、証明可能な保証付きで連続的な回転異性体を扱えるようにも拡張されている。
デッドエンド削除アルゴリズムは、各反復において多項式時間で実行されるが、収束を保証するものではない。ある一定の反復回数の後、デッドエンド削除アルゴリズムがそれ以上の回転異性体を刈り込まない場合、回転異性体を合併するか、別の探索アルゴリズムを使用して残りの探索空間を探索する必要がある。このような場合、デッドエンド削除は、探索空間を縮小するための事前フィルタリング・アルゴリズムとして機能し、A*、モンテカルロ、線形計画法、FASTERなどの他のアルゴリズムを使用して残りの探索空間を探索する。
アルゴリズム > 数学的な保証付き最適化アルゴリズム > 分枝限定法

詳細は「分枝限定法」を参照
タンパク質設計の立体配座空間は、タンパク質残基を任意の順序で並べ、残基内の各回転異性体で木が分岐するような木構造で表現することができる。分枝限定アルゴリズム（branch and bound algorithms）は、この表現を用いて立体配座木を効率的に探索する。各分岐で、分枝限定アルゴリズムは、立体配座空間を結合し、有望な分岐のみを探索する。
タンパク質設計のための一般的な探索アルゴリズムは、A*探索アルゴリズム（A* search algorithm）である。A*は、各部分木のパスに対して、展開された各回転異性体のエネルギーを（保証付きで）下限とする下限スコアを計算する。おのおのの部分立体配座は優先キューに追加され、各反復において、最も低い下限値を持つ部分的パスがキューから取り出されて展開される。このアルゴリズムは、完全な立体配座が列挙されると停止し、その立体配座が最適であることを保証する。
タンパク質設計のA*スコア  f は、 f=g+h の2つの部分から構成される。g は、部分立体配座ですでに割り当てられている回転異性体の正確なエネルギーである。h は、まだ割り当てられていない回転異性体のエネルギーの下限値である。それぞれは、以下のように設計されている。ここで、d は部分立体配座の最後に割り当てられた残基のインデックスである。
g=\sum _{i=1}^{d}(E(r_{i})+\sum _{j=i+1}^{d}E(r_{i},r_{j}))
h=\sum _{j=d+1}^{n}[\min _{r_{j}}(E(r_{j})+\sum _{i=1}^{d}E(r_{i},r_{j})+\sum _{k=j+1}^{n}\min _{r_{k}}E(r_{j},r_{k}))]
アルゴリズム > 数学的な保証付き最適化アルゴリズム > 整数線形計画法

詳細は「線型計画法#線型計画法」および「整数計画問題」を参照
ET を最適化する問題（式（1））は、整数線形計画（integer linear program、ILP）として簡単に定式化できる。最も強力な定式化の一つは、最終解における回転異性体とエッジの存在を表すために二値変数を使用し、各残基に対して回転異性体を正確に1つ、各残基のペアに対して1つのペアワイズ相互作用を持つように解を制約するものである。
\ \min \sum _{i}\sum _{r_{i}}E_{i}(r_{i})q_{i}(r_{i})+\sum _{j\neq i}\sum _{r_{j}}E_{ij}(r_{i},r_{j})q_{ij}(r_{i},r_{j})\,
ここに次を仮定する。
\sum _{r_{i}}q_{i}(r_{i})=1,\ \forall i
\sum _{r_{j}}q_{ij}(r_{i},r_{j})=q_{i}(r_{i}),\forall i,r_{i},j
q_{i},q_{ij}\in \{0,1\}
CPLEX（英語版）に代表されるILPソルバーは、タンパク質設計問題の大規模な事例に対して、正確な最適解を計算することができる。これらのソルバーは、問題の線形計画緩和（英語版）（linear programming relaxation）を使用し、qi と qij が連続した値をとることができ、ブランチ・アンド・カット（英語版）アルゴリズム（branch and cut）を組み合わせて、最適な解を求めて立体配座空間のごく一部を探索するものである。ILPソルバーは、側鎖配置問題の多くの事例を解決することが示されている。
アルゴリズム > 数学的な保証付き最適化アルゴリズム > 線形計画法双対問題に対するメッセージ伝搬法に基づく近似法

ILPソルバーは、シンプレックス法やバリアベース法などの線形計画法（LP）アルゴリズムに依存して、各分岐でLP緩和を実行する。これらのLPアルゴリズムは、汎用の最適化手法として開発されたものであり、タンパク質設計問題（式（1））に最適化されたものではない。そのため、問題のサイズが大きくなると、LP緩和がILPソルバーのボトルネックになる。最近では、タンパク質設計問題のLP緩和の最適化のために、メッセージ伝搬アルゴリズム（message-passing）に基づくいくつかの代替案が設計された。これらのアルゴリズムは、整数計画の双対問題または主問題の両方を近似することができるが、最適性の保証を維持するためには、タンパク質設計問題の双対を近似するために使用するのが最も有効である。なぜなら、双対を近似することで、解を見逃さないことを保証するからである。メッセージ伝搬法に基づく近似法には、ツリー再重み付け最大積メッセージ伝搬アルゴリズム（tree reweighted max-product message passing）や、メッセージ伝搬線形計画アルゴリズム（message passing linear programming）などがある。
アルゴリズム > 保証のない最適化アルゴリズム > モンテカルロ法とシミュレーテッドアニーリング法

モンテカルロ法は、タンパク質設計に最も広く用いられているアルゴリズムの一つである。もっとも単純な形式では、モンテカルロアルゴリズム（Monte Carlo）がランダムに残基を選択し、その残基でランダムに選択された（任意のアミノ酸の）回転異性体が評価される。タンパク質の新しいエネルギー Enew は、古いエネルギー Eold と比較され、新しい回転異性体が次のとおり確率的に受け入れられる。
p=e^{-\beta (E_{\text{new}}-E_{\text{old}}))},
ここに、 β はボルツマン定数であり、温度 T は、初期ラウンドでは高く、局所的な最小値を乗り越えるためにゆっくりアニーリング（annealing）されるように選択できる。
アルゴリズム > 保証のない最適化アルゴリズム > FASTER

FASTERアルゴリズムは、決定論的基準と確率論的基準を組み合わせて、アミノ酸配列を最適化する。FASTERは、最初にDEEを使って、最適解に含まれない回転異性体を排除する。次に、一連の反復ステップにより、回転異性体の割り当てを最適化する。
アルゴリズム > 保証のない最適化アルゴリズム > 確率伝播法

タンパク質設計のための確率伝播法（belief propagation）では、アルゴリズムは、各残基が近隣する残基の各回転異性体の確率について持っている確率を記述したメッセージを交換する。このアルゴリズムは、反復ごとにメッセージを更新し、収束するまで、または一定の反復回数まで反復する。タンパク質設計において収束は保証されていない。ある残基 i が隣接残基 j のすべての回転異性体 (rj に送るメッセージ mi→ j(rj は次のように定義される。
m_{i\to j}(r_{j})=\max _{r_{i}}{\Big (}e^{\frac {-E_{i}(r_{i})-E_{ij}(r_{i},r_{j})}{T}}{\Big )}\prod _{k\in N(i)\backslash j}m_{k\to i(r_{i})}
max-productとsum-productの両方の確率伝播が、タンパク質設計の最適化に使用されている。
タンパク質設計の応用と事例 > 酵素の設計

新規酵素の設計は、計り知れない生物工学や医用生体工学への応用が期待されるタンパク質設計の一つである。一般に、タンパク質構造の設計と酵素の設計は異なり、これは、酵素の設計では触媒機構に関わる多くの状態を考慮する必要があることによる。しかし、タンパク質の設計は、de novo酵素設計の前提条件であり、それは少なくとも触媒の設計には、触媒機構を挿入できる足場が必要というためである。
21世紀の最初の10年間で、de novo酵素設計と再設計は大きく進展した。David Bakerらは、3つの主要な研究で、逆アルドール反応、ケンプ離脱反応、およびディールス・アルダー反応のための酵素をde novo設計した。さらに、Stephen Mayoらは、ケンプ離脱反応において最も効率的な既知の酵素を設計するための反復法を開発した。また、Bruce Donaldの研究室では、計算機的タンパク質設計を使用して、グラミシジンS（英語版）を生成する非リボソームペプチド合成酵素のタンパク質ドメインの1つの特異性を、その天然基質フェニルアラニンから荷電アミノ酸を含む他の非同族基質に切り替えることに成功し、再設計された酵素は野生型に近い活性を持っていた。
タンパク質設計の応用と事例 > 親和性のための設計

タンパク質間相互作用は、ほとんどの生物学的プロセスに関与している。アルツハイマー病、多くのがん（TP53など）、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染症など、治療が最も困難な疾患の多くは、タンパク質間相互作用が関係している。したがって、このような疾患を治療するためには、相互作用のパートナーの1つに結合し、その結果、疾患の原因となる相互作用を破壊するタンパク質またはタンパク質様治療薬を設計することが望ましい。そのためには、パートナーとの親和性を持つタンパク質治療薬を設計する必要がある。
タンパク質の安定性を支配する原理は、タンパク質間の結合を支配するため、タンパク質間相互作用は、タンパク質設計アルゴリズムを用いて設計することができる。しかし、タンパク質間相互作用設計では、一般的なタンパク質設計にはない課題がある。最も重要な課題の1つは、一般に、タンパク質間の界面はタンパク質コアよりも極性が高く、結合には脱溶媒和と水素結合形成のトレードオフが伴うことである。この課題を克服するために、Bruce Tidorらは、静電的寄与に着目して抗体の親和性を改善させる方法を開発した。その結果、研究で設計された抗体の場合、界面の残基の脱溶媒和コストを下げることで、結合ペアの親和性が高まることを発見した。
タンパク質設計の応用と事例 > 親和性のための設計 > 結合予測のスコアリング

結合は、遊離タンパク質の最低エネルギー立体配座（EP および EL）と、結合した複合体の最低エネルギー立体配座（EPL）との間のトレードオフを伴うため、タンパク質設計エネルギー関数を結合予測スコアリングに適用する必要がある。
\Delta _{G}=E_{PL}-E_{P}-E_{L}.
K*アルゴリズムでは、自由エネルギー計算に配座エントロピーを含めることで、アルゴリズムの結合定数を近似する。K*アルゴリズムでは、遊離および結合複合体の最低エネルギー配座（P、L、PLの集合で示される）のみを考慮して、各複合体の分配関数を近似する。
K^{*}={\frac {\sum \limits _{x\in PL}e^{-E(x)/RT}}{\sum \limits _{x\in P}e^{-E(x)/RT}\sum \limits _{x\in L}e^{-E(x)/RT}}}
タンパク質設計の応用と事例 > 特異性のための設計

タンパク質は多数のタンパク質と相互作用する可能性があるため、タンパク質間相互作用の設計には高い特異性が求められる。設計を成功させるには選択的結合剤（selective binder）が必要である。したがって、タンパク質設計アルゴリズムは、オンターゲット結合（またはポジティブデザイン）とオフターゲット結合（またはネガティブデザイン）を区別できなければならない。特異性のための設計の最も顕著な例の一つは、Amy Keatingらによる、20のbZIP（英語版）ファミリーのうち19のbZIPに特異的な結合ペプチドの設計である。これらのペプチドのうち8つは、競合するペプチドよりも意図したパートナーに特異的であった。さらに、ポジティブデザインとネガティブデザインは、Andersonらが新薬に抵抗性を示す薬物標的の活性部位の変異を予測するためにも用いられた。ポジティブデザインは野生型の活性を維持するために、ネガティブデザインは薬物の結合を阻害するために使用された。また、Costas Maranasらが最近行った計算的再設計では、Candida boidinii 由来のキシロースレダクターゼの補因子特異性をNADPHからNADHに実験的に切り替えることが可能であった。
タンパク質設計の応用と事例 > タンパク質リサーフェシング

タンパク質リサーフェシング（protein resurfacing）は、タンパク質の全体的な折りたたみ、コア、および境界領域をそのまま維持しながら、タンパク質の表面を設計することである。タンパク質リサーフェシングは、タンパク質と他のタンパク質との結合を変更するのに特に役立つ。タンパク質リサーフェシングの最も重要な応用例の一つは、NIHワクチン研究センターでの広域中和HIV抗体を選択するためのRSC3プローブの設計である。最初に、gp120 HIVエンベロープタンパク質と、以前に発見されたb12抗体との結合界面の外側にある残基が設計のために選択された。次に、進化的情報、溶解性、野生型との類似性、およびその他の考慮事項に基づいて、間隔を空けた配列を選択した。次に、Rosetta Designソフトウェアを使用して、選択した配列空間で最適な配列を発見した。その後、RSC3を用いて、長期に渡ってHIVに感染している非進行者の血清中から広域中和抗体VRC01を発見した。
タンパク質設計の応用と事例 > 球状タンパク質の設計

球状タンパク質は、疎水性のコアと親水性の表面を持つタンパク質である。球状タンパク質は、複数の立体配座を持つ繊維状タンパク質とは異なり、安定した構造をとることが多くある。球状タンパク質の三次元構造は、繊維状タンパク質や膜タンパク質に比べて、X線結晶構造解析や核磁気共鳴分光法によって容易に決定することができる。そのため、球状タンパク質は他の種類のタンパク質よりも、タンパク質設計において魅力的である。成功したタンパク質設計の多くは、球状タンパク質を用いている。RSD-1もTop7も、球状タンパク質のde novo設計である。2012年には、さらに5つのタンパク質構造がBakerグループによって設計、合成、検証された。これらの新しいタンパク質は、生物学的な機能を果たさないが、その構造は、機能的な活性部位を組み込むために拡張可能なビルディングブロックとして機能することを目的としている。これらの構造は、二次構造を特定する配列部分間の接続ループの分析に基づいた新しいヒューリスティックスを用いて、計算機的に発見された。
タンパク質設計の応用と事例 > 膜タンパク質の設計

いくつかの膜貫通型タンパク質の設計が成功しており、その他に多くの膜関連ペプチドやタンパク質もともに成功している。最近、Costas Maranasらは、大腸菌由来の外膜ポリンType-F（OmpF）の細孔径を任意のサブナノメートルサイズに再設計し、それらを膜に組み込んでオングストロームスケールの精密な分離を実行する自動化ツールを開発した。
タンパク質設計の応用と事例 > その他の応用

タンパク質設計で最も望ましい用途の一つは、特定の化合物の存在を感知するタンパク質であるバイオセンサーである。バイオセンサーの設計では、トリニトロトルエン（TNT）などの非天然分子用のセンサーを設計する試みもなされている。最近では、KuhlmanらがPAK1のバイオセンサーを設計した。
参照項目

分子設計ソフトウェア（英語版）
タンパク質工学
タンパク質構造予測ソフトウェア（英語版）
分子動力学モデリング用ソフトウェアの比較（英語版）
推薦文献

Donald, Bruce R. (2011). Algorithms in Structural Molecular Biology. Cambridge, MA: MIT Press
Sander, Chris; Vriend, Gerrit; Bazan, Fernando; Horovitz, Amnon; Nakamura, Haruki; Ribas, Luis; Finkelstein, Alexei V.; Lockhart, Andrew et al. (1992). “Protein Design on computers. Five new proteins: Shpilka, Grendel, Fingerclasp, Leather and Aida”. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 12 (2):  105–110. doi:10.1002/prot.340120203. PMID 1603799.
Jin, Wenzhen; Kambara, Ohki; Sasakawa, Hiroaki; Tamura, Atsuo & Takada, Shoji (2003). “De Novo Design of Foldable Proteins with Smooth Folding Funnel: Automated Negative Design and Experimental Verification”. Structure 11 (5):  581–590. doi:10.1016/S0969-2126(03)00075-3. PMID 12737823.
Pokala, Navin & Handel, Tracy M. (2005). “Energy Functions for Protein Design: Adjustment with Protein–Protein Complex Affinities, Models for the Unfolded State, and Negative Design of Solubility and Specificity”. Journal of Molecular Biology 347 (1):  203–227. doi:10.1016/j.jmb.2004.12.019. PMID 15733929.
Top7（英語版）タンパク質は、これまで自然界では見られなかった折りたたみ方に設計された最初のタンパク質の一つである
FSD-1（青、PDB ID: 1FSV）は、世界初の完全なタンパク質のde novo計算設計である。ターゲットフォールドは、Zif268（赤、PDB ID: 1ZAA）の構造のうち、33-60残基のジンクフィンガーである。設計された配列は、既知のタンパク質配列とほとんど配列相同性がなかった。
一般的なタンパク質設計プログラムでは、回転異性体ライブラリを使用して、タンパク質側鎖の立体配座空間を単純化する。このアニメーションは、Penultimate Rotamer Libraryに基づいて、イソロイシンアミノ酸のすべての回転異性体を繰り返す。
さまざまな位置エネルギー関数の比較。最も正確なエネルギーは、量子力学的計算を用いたものであるが(左端)、これらはタンパク質の設計には遅すぎる。一方で、極端なヒューリスティックなエネルギー関数は、統計項に基づいており、非常に高速である(右端)。その中間に位置するのが、物理的な根拠を持ちながら、量子力学シミュレーションほどの計算量を必要としない分子力学エネルギー関数である。
水を介した水素結合は、タンパク質-タンパク質結合において重要な役割を果たしている。このような相互作用の1つは、HIV広域中和抗体VRC01（緑）の重鎖の残基D457、S365と、HIVエンベロープタンパク質GP120（紫）の残基N58およびY59の間に見られる。
このアニメーションは、タンパク質設計探索の複雑さを示している。この探索は通常、すべての残基で考えられるすべての可能な変異から得られるすべての回転異性体の立体配座を比較する、この例では、残基Phe36およびHis106は、それぞれアミノ酸TyrおよびAsnに変異することができる。PheとTyrは、回転異性体ライブラリにそれぞれ4つの回転異性体を持ち、AsnとHisはそれぞれ7つと8つの回転異性体を持つ（Richardson's penultimate rotamer libraryより）。アニメーションは、すべての（4＋4）×（7＋8）＝120の可能性を繰り返す。表示されている構造はミオグロビンである（PDB ID: 1mbn）。
セレナータ (トスティ)

『セレナータ』または『セレナーデ』、『セレナード』（伊：La Serenata）は、フランチェスコ・パオロ・トスティ作曲の歌曲である。作詞はジョヴァンニ・アルフレード・チェザーレオによるものである。
歌詞

| イタリア語（原詞） | 日本語訳 |
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Vola, o serenata  la mia diletta e sola  e，con la bella testa abbandonata,  posa tra le lenzuola:  o serenata，vola.  o serenata，vola.  Splende pura la luna,  l'ale il silenzio stende,  e dietro i veli dell'alcova bruna,  la lampada s'accende;  pura la luna splende.  Vola, o serenata，vola.  Oh，la!    Vola, o serenata  la mia diletta e sola  ma，sorridendo ancor mezzo assonata,  torna fra la lenzuola  o serenata, vola!  L'onda sogna sullido,  e'l vento su la fronda,  e ai baci miei ricusa ancor un nido  la mia signora bionda.  Sogna sullido l'onda.  Vola, o serenata, vola.  Oh，la!: ゆけよ　おお　セレナータ  ぼくのすきな娘はたったひとり  美しい頭をもたせかけて  シーツの中で休んでいる  おお　セレナータ　ゆけよ  おお　セレナータ　ゆけよ  月は美しく輝き  静寂はその翼を広げている  そしてあの暗い寝室のカーテンの後ろには  灯かりがついているのだ  美しく月は輝いている  ゆけよ　おお　セレナータ　ゆけ  おお、あそこへと    ゆけよ　おお　セレナータ  ぼくのすきな娘はたったひとり  だけど　ほほえみながら半分夢見心地で  シーツの中へと戻っていく  おお　セレナータ　ゆけよ  波は浜辺で夢を見るし  風は梢の上で夢を見る  ぼくのキスにも心開いてくれないのか  ブロンドのぼくの愛する人は  浜辺で夢を見る　波は  ゆけよ　おお　セレナータ　ゆけ  おお、あそこへと
直観主義型理論

直観主義型理論（ちょっかんしゅぎかたりろん、英:  intuitionistic type theory）とは、数学の代替基盤を目指して論理学・哲学者のペール・マルティン＝レーフによって開発された型理論を言う。構成的型理論（constructive type theory）、またはマルティン＝レーフの型理論（Martin-Löf's type theory）とも呼ばれる。1972年に最初のバージョンが発表された。直観主義型理論には複数のバージョンがある。
マルティン＝レーフは当初非可述的な定義が可能な型理論を構築していたが、ジャン＝イヴ・ジラール（Jean-Yves Girard）によってパラドックスを起こすことが指摘され一時頓挫した（ジラールのパラドックス）。その後、パラドックスを起こさない可述的なバージョンが発表された。ただし、すべてのバージョンは、依存型を使用した構成的論理のコア設計を維持している。
設計方針

マルティン＝レーフは、この型理論を数学における構成主義の原理に基づいて設計をおこなった。構成主義は、「証拠」を含んだ存在証明を必要とする。すなわち、「１０００より大きい素数が存在する」という証明においては、１０００よりも大きくかつ素数である特定の数を確定しなければならない。直観主義型理論は、BHK解釈（Brouwer–Heyting–Kolmogorov interpretation）を内部化するという設計方針を達成している。興味深い点として、証明（proof）が、調査、比較、そして操作できる数学的対象になるというところがある。
直観主義型理論の型構築子（type constructor）は、論理演算子（logical connective）と一対一で対応するように作られている。例えば、含意と呼ばれる論理演算子（ A\implies B）は、関数型（ A\to B）に対応する。この対応はカリー＝ハワード同型対応と呼ばれる。かつての型理論もこの同型対応に従っていたが、現在のマルティン＝レーフの型理論は依存型（dependent type）を導入することによって述語論理をそのように拡張した最初のものである。
型理論

直観主義型理論は３つの有限型を持つ。その有限型は５つの異なる型構築子（type constructor）を組み合わせたものである。集合論とは異なり、型理論は第一階述語論理のような論理学をベースに構築されてはいない。だから、それぞれの型理論の特徴は、数学と論理学両方の特徴としての役割を果たす。
型理論に親しんでいないが、集合論を知っているという人に対する簡単な要約は次のとおりである。集合が元を含むのと同じように型は項（term）を含む。項は一つそしてただ一つだけの型に属する。 2+2 や  2\cdot 2のような項は計算（簡約）すると4のようなカノニカルな項（canonical term）になる。さらに知りたい場合は型理論の記事を参照せよ
判断（judgement）

直観主義型理論の形式定義は判断（judgement）を用いて書かれる。例えば、"if  A is a type and  B is a type then  \textstyle \sum _{a:A}B is a type" の中には "is a type", "and", そして "if ... then ..." という判断が混ざっている。 \textstyle \sum _{a:A}B という表現は判断ではない。それは定義されている型である。
型理論の実装

さまざまな形式の型理論が、多数の証明支援系の基盤の形式システムとして実装されている。多くがマルティン＝レーフのアイディアに基づいている一方、多くは別の特徴、さらなる公理、もしくは異なる哲学的背景が追加されている。具体的には、NuPRLシステムは、計算型理論（computational type theory）に基づいており、Coqは（余）帰納的構成計算（calculus of (co)inductive constructions）に基づいている。依存型は、ATS、Cayenne、Epigram、Agda、Idrisなどのプログラム言語の設計にも使用される。
型理論のバージョン

ペール・マルティン＝レーフはいくつもの型理論を構成したが、その発表の時期は、それらが記述された査読前論文が専門家（ジャン＝イヴ・ジラールやGiovanni Sambin）に受理されることになったときよりだいぶ後のさまざまな時期に発表された。以下のリストは、印刷された形態で記述された全ての理論を列挙することを試みたものであり、それらを互いに区別するための重要な特徴を素描している。これら理論の全ては依存積（dependent product）、依存和（dependent sum）、分離和（disjoint union）、有限型（finite type）、そして自然数を持つ。全ての理論は、依存積に対するη-簡約が追加されたMLTT79を除いて、依存積か依存和のどちらかに対するη-簡約を含まない同じ簡約規則を持つ。
石田城

| logo石田城 （長崎県） |
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 大手門（県指定史跡）
別名:  福江城
城郭構造:  海城
天守構造:  なし（本丸二重櫓で代用）
築城主:  五島盛徳
築城年:  1863年（文久3年）
主な城主:  五島氏
廃城年:  1872年（明治5年）
遺構:  櫓・門・塀 石垣・堀・土塁・五島氏庭園
指定文化財:  県指定史跡 国の名勝（石田城五島氏庭園）
再建造物:  長崎県立五島高等学校 五島観光歴史資料館 五島市福江文化会館
位置:  北緯32度41分36.5秒 東経128度50分47.5秒﻿ / ﻿北緯32.693472度 東経128.846528度﻿ / 32.693472; 128.846528
地図:   石田城 
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石田城（いしだじょう）は、長崎県五島市池田町にあった日本の城。城跡は長崎県指定史跡。城内に残る五島氏庭園は国の名勝に指定されている。福江城とも記される。続日本100名城の1つ。
概要

幕末の1863年に福江藩最後の藩主五島盛徳が完成させた五島氏の居城。現在は五島市の中心街に位置しているが、築城当時は四方を海に囲まれる出城となっていた海城であった。幕末期の海上防衛や異国船の来訪に備えるため、城内には台場（砲台）が設けられていた。松前城とともに幕末の城郭として貴重なものである。
本丸、二ノ丸、北ノ丸からなり、内堀、外堀がめぐらされた。天守はなかったが、本丸の二重櫓がその代用とされた。城の裏門である蹴出門（けだしもん）は、部品や木材の交換を重ねながらも現存する。また、土塀の一部や石橋も現存している。石垣は野面積み工法を多用しており、自然石も積み上げられている。
沿革

1614年（慶長19年）に、五島氏の当時の居城・江川城が焼失。代わって1637年（寛永14年）に石田陣屋を藩庁にした。五島氏は築城を幕府に願い続けたが、藩の財政難もありなかなか実現しなかった。しかし幕末の1849年（嘉永2年）、異国船を監視し、海上防衛に備えるとの目的で、五島盛成の代に築城が認められた。盛成は海辺への築城に際し、福江川河口に、今日でいう灯台にあたる常夜灯「常灯鼻」を1846年（弘化3年）に建設、さらに波の影響から城を守るため、陸へと続く導水堤（防波堤）を1848年（嘉永元年）に完成させていた。日本初の海城である高松城に続いての海城の築城には財政難や海沿い特有の問題もあり、竣工までに14年の歳月を要したが、富江藩などからの資金援助もあり、1863年（文久3年）、第11代藩主・盛徳の代になり、ようやく念願であった居城（現代日本で最も新しく完成した城）が完成された。
その後、本丸跡に長崎県立五島高等学校、北の丸跡に五島観光歴史資料館や五島市福江文化会館が建てられ、二の丸跡には五島氏庭園が往時の姿を今に伝えている。
2017年（平成29年）4月6日、続日本100名城（187番）に選定された。
五島氏庭園

二の丸の位置に現在も残っており、一般公開されている。見学は有料。盛成により構想が練られたといわれている。安政5年（1858年）から2年の歳月をかけ、盛成の隠居所として造られた。鹿苑寺（金閣寺）を模した林泉式庭園という回遊式の庭園である。京都の僧、善章に造らせた。庭石と築山はすべて鬼岳の溶岩を用いた特徴的なものである。植栽にビンロウジュ、ソテツ、オオタニワタリ、キンモクセイなど南方の植物を配している点も特徴である。「心」の文字をかたどった池は、心字が池と呼ばれている。
国の名勝に指定された理由として、「江戸期の日本庭園の地方伝播の具体例」「城郭内の庭園は現存例が少ない」「作庭時期が文献に明記されている」「建物が庭園とともに保存されている」などが挙げられている。
常灯鼻（2013年6月撮影）
秋山十郎兵衛

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: その他の同名の人物については「秋山十郎兵衛 (曖昧さ回避)」をご覧ください。
|  凡例秋山 十郎兵衛 |
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時代:  戦国時代 - 江戸時代初期
主君:  武田信玄→勝頼→徳川家康
氏族:  秋山氏
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秋山 十郎兵衛（あきやま じゅうべえ）は、戦国時代の武田氏の武将で秋山氏の出自だが、秋山 十郎兵衛と言われる武将は複数人確認できる。
概要

秋山 十郎兵衛とされる人物は複数人確認できる。
秋山万可斎 - 甲州征伐で小山田信茂と共に処刑される。
秋山十郎兵衛 - 長篠の合戦にて死亡。
秋山十郎兵衛 - 忍者とされる。
概要 > その他

秋山氏
石黒哲男

| いしぐろ てつお 石黒 哲男 |
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本名:  石黒 哲男
生年月日:   (1968-05-17) 1968年5月17日（56歳）
出生地:   日本・愛知県名古屋市守山区
血液型:  A型
活動期間:  2012年 - 2015年 （ラジオパーソナリティとして）
配偶者:  あり
主な出演番組
 『石黒哲男のドラゴンズエンタメかわら版』
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石黒 哲男（いしぐろ てつお、1968年5月17日 - ）は、プロ野球・中日ドラゴンズ球団職員。ファンサービス部所属。別名・MIK。
来歴

大学時代にラジオ局でイベントのアルバイトをしていたのをきっかけに1992年に株式会社中日ドラゴンズに入社。最初の4年間は営業部に所属し、試合のチケットの販売にあたっていた。1996年より広報部に所属。16年間勤務してきたが、2012年1月付で新設されたファンサービス部へ異動。。同年8月より、名古屋市中区を放送エリアとするコミュニティFM「MID-FM761」にて『石黒哲男のドラゴンズエンタメかわら版』のメインパーソナリティとなる。
公式ブログ

彼の名を有名にしたのは球団公式ブログである。2006年3月22日より球団公式サイト内にてブログを開始。前述の異動により広報部を離れるため、公式ブログは後任に引き継ぎ、エンタメブログを新設している。
出演 > ラジオ

石黒哲男のドラゴンズエンタメかわら版（2012年8月6日 - 2015年3月30日、MID-FM761）
石川県道136号能登市之瀬停車場線

| 石川県道 |
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（旧）石川県道136号 能登市之瀬停車場線
路線延長: ?.??km
制定年: 1960年（昭和35年）
廃止年: 2003年（平成15年）
起点: 石川県輪島市市ノ瀬町 のと鉄道能登市ノ瀬駅前
終点: 輪島市市ノ瀬町
接続する 主な道路 （記法）:    石川県道1号七尾輪島線
■テンプレート（■ノート ■使い方） ■PJ道路
石川県道136号能登市之瀬停車場線（いしかわけんどう136ごう のといちのせていしゃじょうせん）は、石川県輪島市にあった一般県道（石川県道）である。2003年（平成15年）1月14日に廃止となった。
以下、廃止時点の内容を記す。
概要

起点ののと鉄道能登市ノ瀬駅前から西へ進むと、終点の石川県道1号七尾輪島線に突き当たる。
概要 > 路線データ

起点：石川県輪島市市ノ瀬町（＝のと鉄道能登市ノ瀬駅 前）
終点：石川県輪島市市ノ瀬町（＝石川県道1号七尾輪島線交点）
歴史

1960年（昭和35年）10月15日 - 認定
2003年（平成15年）1月14日 - 廃止
地理 > 接続道路

石川県道1号七尾輪島線（石川県輪島市市ノ瀬町：終点）
石田壽一

| いしだ としかず 石田 壽一 |
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生誕:  1958年??月??日（昭和33年）  日本 東京都
出身校:  日本大学 東京大学大学院
職業:  建築学者
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石田 壽一（いしだ としかず、1958年（昭和33年） - ）は、日本の建築学者。東北大学大学院工学研究科都市・建築学専攻都市・建築デザイン学講座都市デザイン教授。博士（工学）。
略歴

東京都生まれ。
1980年　日本大学理工学部建築学科卒業。
1992年　オランダ・デルフト工科大学研究員。
1995年　東京大学大学院工学系研究科建築学専攻博士課程単位取得満期退学。
1996年～1997年　九州芸術工科大学助手。
1997年～2002年　九州芸術工科大学芸術工学部助教授。
2003年　九州大学芸術工学研究院助教授。（九州芸術工科大学が九州大学芸術工学研究院に移行したため）
2004年～2008年　九州大学芸術工学研究院環境計画部門環境計画設計講座教授。
2009年　東北大学大学院へ転勤。（教授）
2010年　東北大学大学院SSD(Sendai School of Design)教授。（PBLスタジオ：環境軸、国際軸担当）
主な作品

九州大学USIサテライト ルネット
受賞歴

1999年　SDレビュー1999　鹿島賞
2000年　International Competition for Amphibious Living Design Category 2 Urban and Architectural Design
2007年　グッドデザイン賞　建築環境部門/公共建築
2009年　日本建築学会賞　教育賞（共同受賞） - 「デザイン教育の先駆的試み－国際建築ワークショップ－」：阿部仁史、石田壽一、小野田泰明、本江正茂、堀口徹、中田千彦、槻橋修
2011年　SDレビュー2011　入選
著書

低地オランダ―帯状発展する建築・都市・ランドスケープ 、丸善、1998.6
オランダにおける「ホフィエ(都市福祉施設)」の空間構成に関する研究報告  2001年度～2002年度
湘南電気鉄道

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種類:  株式会社
本社所在地:   日本 神奈川県横浜市中区黄金町2丁目12
設立:  1925年（大正14年）12月27日
業種:  鉄軌道業
事業内容:  旅客鉄道事業、バス事業、旅館 他
代表者:  取締役会長 脇道誉
資本金:  11,350,000円（払込額）
発行済株式総数:  227,000株（内優先株12,000）
主要株主:  京浜電気鉄道 70,384株  東京横浜電鉄 24,003株  京浜湘南証券 10,176株  大倉組 9,600株  東京交通企業 6,580株  池袋乗合自動車 3,870株 （1939年9月現在）
特記事項：1940年（昭和15年）11月1日現在。
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湘南電気鉄道（しょうなんでんきてつどう）は、大正末期に設立され、昭和初期に営業していた日本の電気鉄道会社。社名に「湘南」を含むが、運行エリアは相模湾沿岸のいわゆる湘南地域ではなく、横浜から三浦半島地域への輸送を行っていた。
京浜急行電鉄の前身となった鉄道事業者の一つである。バス事業も行っており、京浜急行電鉄直営を経て京浜急行バスへ受け継がれている。
概要

湘南電気鉄道は、1917年（大正6年）に免許申請が出され、1925年（大正14年）に会社が設立された。1930年（昭和5年）4月に黄金町 - 浦賀間、金沢八景 - 湘南逗子間で営業運転を開始した。翌1931年12月には黄金町 - 日ノ出町間が開業し、京浜電気鉄道と連絡、横浜駅への乗り入れを果した。さらに1933年4月には品川 - 浦賀間で京浜電気鉄道と相互に直通運転を開始した。しかし横須賀線の延伸による競合などにより合理化を迫られ、1941年11月に資本関係があった京浜電気鉄道、湘南半島自動車との三社合併を行い、湘南電気鉄道は解散した。合併後の京浜電鉄が現在の京急の前身となった。
開業当時は湘南電車と通称された。この元祖『湘南電車』の通称は、合併による湘南電気鉄道の社名消滅及び太平洋戦争（大東亜戦争）終了後の1950年の国鉄による東海道本線長距離電車列車の愛称である「湘南電車」の登場・普及に伴い、歴史的呼称になった。
沿革 > 三浦半島の鉄道敷設計画

鉄道院副総裁や南満洲鉄道総裁を歴任した野村龍太郎を中心に、横浜から南へ伸びて三浦半島を一周する電気鉄道敷設が計画され、1917年（大正6年）に免許申請が出された。
当初の計画は三浦半島を一周する本線および三崎と鎌倉に伸びる2つの支線で、免許も取得した。三浦半島一周路線の東半分と三崎への支線の一部が現在の本線・久里浜線に（当初の計画は浦賀から三浦方面へ延びるものであったが、現在の久里浜線はその手前で分岐している）、北側の一部が逗子線となった。なお、三浦半島一周路線の西半分と鎌倉への支線の免許は、後年の京急時代に失効している。
「湘南電気鉄道」の「湘南」とは大正時代の会社設立当時、路線予定地であった逗子や葉山などが「湘南」と呼称されていたことによるもの。「湘南」という呼称は、幕末から明治にかけて大磯から相模川西側の相模湾沿岸部を指したが、大正期には東側の逗子、葉山まで広がっていった。
沿革 > 京浜電気鉄道の出資により路線開通

1923年に免許が下りたものの、関東大震災で建設中の路線崩壊などの被害を受け、打撃を受けた湘南電気鉄道設立準備会社は開通前に倒産の危機に見舞われた。その際に資金援助（出資）したのが京浜電気鉄道（当時、高輪 - 神奈川間）で、出資の条件に京浜と湘南電鉄の相互乗り入れを決め、1925年（大正14年）に会社設立にこぎつけ、1930年（昭和5年）黄金町-浦賀間と金沢八景-湘南逗子間の一挙全線開通に至った。
会社設立時には、本線は桜木町-浦賀の計画だったが、開通時には桜木町駅への延伸と、日ノ出町へ延伸して京浜と連絡という二つの可能性が残されていた。黄金町-横浜間は「関東大震災で被災した横浜駅を移設中であり、今の京急横浜駅付近は貨物線用地で手前に仮駅とし寸断されていたことや現行路線の建設を行うもトンネル工事に時間がかかったため、黄金町駅を暫定ターミナルとした。また黄金町からは、1930年7月から直通運転を開始する翌年12月までは、京浜が免許取得した連絡バスで横浜-黄金町間の連絡を行い、湘南電鉄もほぼ同区間でバスを、しかもそれは当時としては珍しく、ワンマン運転をしていたという。
1931年の日ノ出町延伸後は、京浜と一体として運用され、現在の京急の原型がここに誕生した。軌間は京浜との直通運転のため、当初計画の3フィート6インチ（狭軌、1,067mm）から変更して標準軌が採用された（1926年（大正15年）9月認可）。京浜は東京電車鉄道（後の東京市電）との相互乗り入れのため1904年（明治37年）に軌間を標準軌から4フィート6インチ（馬車軌間、1,372mm）に改軌しており、1925年（大正14年）3月からは高輪 - 北品川間の線路を東京市電と共用していた。しかし地方鉄道法により湘南電鉄全線と京浜の横浜-日ノ出町間がこの軌間を認められなかったため、京浜側が1933年（昭和8年）4月の品川 - 浦賀間直通運転に合わせて標準軌に戻した。
架線電圧も湘南電鉄が1500Vに対し、京浜が600Vと差があった。1936年には急行運転区間を品川 - 上大岡間に拡大するのに伴い、黄金町 - 上大岡間の電圧が600Vに下げられたが、大東急時代の1945年（昭和20年）12月（横浜 - 上大岡間）と1947年（昭和22年）12月（品川 - 横浜間）に1500Vに昇圧している。
湘南電鉄では開発にも力を入れ、沿線の中小バス事業者を買収してバス路線網を確立するとともに（後述）、浦賀から竹岡までの航路を開設し、東京湾横断の船舶事業も行っていた。
沿革 > 地下鉄乗り入れ計画の頓挫と五島慶太による買収

湘南電気鉄道と直通することを選択し、都心乗り入れを断念した京浜電気鉄道は、1936年に湘南電気鉄道と共に東京地下鉄道（現在の東京メトロ銀座線浅草駅 - 新橋駅間を建設・運営）と合弁する協定を結び、翌1937年に京浜地下鉄道を設立。東京地下鉄道から新橋 - 品川の未成線を譲受し、湘南電気鉄道・京浜電気鉄道・京浜地下鉄道・東京地下鉄道の相互乗り入れによる浦賀 - 浅草の直通運転を計画した。集電装置はパンタグラフと集電靴のハイブリッド方式を予定していた。
しかしこの合弁に先立ち、東京地下鉄道は東京高速鉄道（現在の東京メトロ銀座線新橋駅 - 渋谷駅間を建設・運営）との相互乗り入れによる直通運転の契約を結んでいた。京浜地下鉄道と結ぶことで約束を反故にしようとした東京地下鉄道に対し、東京高速鉄道側は猛反発し、東京地下鉄道の筆頭株主となっていた京浜電気鉄道の株式を買い集めた。
1939年に京浜電気鉄道・湘南電気鉄道の代表者であった望月軍四郎が持株を東京高速鉄道に譲渡したことで、京浜電気鉄道・湘南電気鉄道は東京高速鉄道の傘下に入った。実際に京浜電気鉄道・湘南電気鉄道の経営に乗り出したのは東京高速鉄道の代表者であった五島慶太であった。このため、五島の本拠地ともいえる東京横浜電鉄が京浜電気鉄道・湘南電気鉄道の実質的な親会社となった。
沿革 > 京浜電気鉄道への合併と大東急入り

1941年11月1日に経営合理化のため、湘南電気鉄道は京浜電気鉄道に合併された。
同年11月25日に五島慶太が京浜電気鉄道の社長に就任。翌1942年8月には京浜電気鉄道は、小田急電鉄とともに東京横浜電鉄に合併されて東京急行電鉄となり、いわゆる「大東急」を構成する一社となった。