森友学園問題
文書改竄問題

2017年(平成29年)2月24日の第193回国会衆議院予算委員会第15号で、財務省本省理財局の佐川理財局長は、「昨年六月の売買契約の締結に至るまでの財務局と学園側の交渉記録につきまして、委員からの御依頼を受けまして確認しましたところ、近畿財務局と森友学園の交渉記録というのはございませんでした。」「面会等の記録につきましては、財務省の行政文書管理規則に基づきまして保存期間一年未満とされておりまして、具体的な廃棄時期につきましては、事案の終了ということで取り扱いをさせていただいております。したがいまして、本件につきましては、平成二十八年六月の売買契約締結をもちまして既に事案が終了してございますので、記録が残っていないということでございます。」「当日、その日かどうかは別にしても、速やかに事案終了で廃棄をしているということだと思いますので、記録は残ってございません。」と答弁した。この時点では、佐川理財局長はその交渉記録などがまだ廃棄されていないことを知らなかったとされる。また、決裁文書に添付されている書類については伝わっていなかった。
この時から2017年4月下旬にかけて、財務省理財局において、決裁文書の書き換え・決裁文書の添付書類の抜き取り・保存期間が過ぎた文書の廃棄が行われる。
のちの財務省の調査報告書では、"3月20日(中略)遅くともこの時点までには、理財局長も決裁文書の書き換えを行っていることを認識していたものと認められる。"とある。
この頃の国会で野党議員は、細かい交渉記録が残っているか繰り返し質問しており、中には財務省理財局・財務省近畿財務局に交渉記録が残っていることを確証を持って質問しているような発言もある。そして佐川理財局長は、その細かい交渉記録が残っているかを確認することを拒んでいる。また、細かい記録の情報開示にあまり前向きでない姿勢が発言から読み取れる。
2017年4月5日、背任容疑で財務省近畿財務局の職員が刑事告発され、大阪地検特捜部はそれを受理する。
2017年3月に参議院から森友学園への国有地売却に関する会計検査を要請されていた会計検査院は、4月下旬に財務省近畿財務局から提出された「貸付決議書」と国土交通省から提出された「貸付決議書」の内容が違うことに気付いた。会計検査院が財務局に照会したところ、「財務省が提出したものが決議書であり、国土交通省から提出されたものはドラフト（草稿）である」との説明を受ける。そして会計検査院は、財務省近畿財務局から提出された貸付決議書を正本として扱い、また、問題にしなかった。
2017年5月19日、NPO法人「情報公開クリアリングハウス」は、情報公開をめぐる訴訟の証拠として東京地方裁判所に森友学園の国有地取得に関して財務省に残る交渉記録の電子データについて証拠保全の申し立てを行う。
2017年7月5日、太田充が理財局長になる。佐川宣寿は国税庁長官になる。
2018年3月2日、朝日新聞は、財務省が作成した土地取引に関わる決裁文書が契約当時の文書と国会議員らに開示した文書とで内容が異なることを一面トップで伝え、「学園側との交渉についての記載や、「特例」などの文言が複数箇所でなくなったり、変わったりしている」とし、文書が「（森友学園）問題発覚後に書き換えられた疑い」があると報じた。
安倍総理や内閣が財務省に指示をして"書き換え"させたのではないかとマスコミや野党は疑った。
3月2日から調査をしていた国土交通省航空局は、3月5日10時、田端浩国土交通審議官経由で杉田和博内閣官房副長官に、森友学園問題に関する決裁文書の中の貸付決議書(公文書)が"書き換え"られた疑いがあると報告した。また、国土交通省航空局は13時に財務省理財局にも同じ内容を伝え、15時に航空局が持っている貸付決議書の写しを財務省に渡した。杉田官房副長官は矢野康治財務省官房長に、徹底的な調査を行うよう改めて指示。矢野官房長から理財局に指示が伝達された。3月6日、杉田官房副長官は官房長官と安倍総理にこのことを報告した。
3月9日、近畿財務局職員が7日に自殺していたことが報道される。これによって、マスコミや野党は内閣と財務省への批判をより強めていく。
同日、この報道のあと、佐川宣寿国税庁長官は辞任(自己都合退職)した。また、3月9日付で減給20%3ヶ月の懲戒処分を受けた。矢野官房長の財務金融委における答弁によると、退職金額は約4999万円となるが、これから減給20%3ヶ月分の約66万円が減額される。ただし、退職手当の支給は1ヶ月以上留保され、減給20%3ヶ月ではなく、のちの停職3ヶ月の処分に相当する額を減額された。
3月12日、調査をしていた財務省は、森友事案に関する14件の決裁文書の"書き換え"が事実であることを国会に報告した
。また、麻生財相は「理財局の一部の職員が書き換えた」ものであり、最終責任者は当時の理財局長だった佐川前国税庁長官であるとメディアに説明した。この"書き換え"においては、平沼赳夫・鳩山邦夫両衆議院議員の秘書が「近畿財務局から森友学園に示された概算貸付料が高額であり、何とかならないか」などの問い合わせを行っていたことや、籠池が関与していた日本会議についての説明の記述、安倍昭恵や平沼、中山成彬、日本維新の会女性局（三木圭恵、杉田水脈、上西小百合）などが森友学園に来訪していた事などが文書から削除されていた。
3月14日の参院予算委員会で、太田理財局長は「書き換えられた文言を見る限り、それまでの国会での答弁が誤解を受けることとならないようにするために行われたと見られます。」と説明した。
野党やマスコミは、2017年2月17日の安倍総理の「私や妻が関係していたなら総理大臣も国会議員も辞める」との発言に合わせるために改ざんしたのではないかと疑った。この頃から、森友学園問題全体というよりは財務省がなぜ改竄を行ったかが焦点となっていった。また、マスコミや野党だけでなく与党や内閣も財務省職員を批判するようになり、財務省は板挟みになっていく。
2018年3月16日、自由民主党内に財務省公文書書き換え調査プロジェクトチーム（PT）が発足し、柴山昌彦、金田勝年、武見敬三、西田昌司、萩生田光一、青山繁晴ら11名がメンバーに就任。同日富山一成理財局次長から聴取を行った。
3月16日の衆院財務金融委員会で太田充理財局長から、"書き換え"について「佐川前局長の関与の度合いは大きかったのではないかというふうに考えてございます。知っていたか、知っていなかったかといえば、それは知っていたというふうに思ってございます。」との答弁がなされたことなどを受け、20日、二階俊博自由民主党幹事長、森山裕自由民主党国会対策委員長、井上義久公明党幹事長、大口善徳公明党国会対策委員長の間で会談が持たれ、井上幹事長の提案に賛同が集まる形で佐川前局長の証人喚問を行うことや、迫田英典前々理財局長の招致を行わないこと等が決定された。安倍昭恵夫人、夫人付であった政府職員の証人喚問については「必要ない」（公明党・大口善徳）と拒否する姿勢を示した。また、この自公会談では野党が求める麻生財相の辞任については話題にもならなかったという。
財務省は、文書の差分が存在するのはドラフト(バージョン違い)だと説明し、"書き換え"と表現し、"改竄"(不当に書き改めること)とは表現していなかった。また、内閣や会計検査院も"書き換え"と表現してきたが、2018年3月26日、第196回国会参議院予算委員会第13号で、安倍総理は、「それは改ざんではないのかと言われれば、これは当然改ざんという指摘を受けてもこれは私はやむを得ないのではないかと、このように思っております。」と発言した。野党、マスコミ、政府に批判的な者は、書き換えを改竄(不正)と呼び、政府に改竄だと認めるよう求めていた。この頃から、内閣は"改竄"とも表現するようになった。
ただし、のちに検察は(#検察による不起訴処分の項目参照)財務省職員を文書変造の罪などの疑いで捜査するが、「虚偽の内容の文書が作られたことを認めることは困難」として、全員を不起訴にしている。
財務省による調査が行われていた最中、4月18日に福田淳一財務事務次官が麻生財務相に対し「職責を果たすのが困難になった」として辞意を表明し、矢野康治官房長が事務次官の代行となった。福田淳一は女性記者にセクハラをした疑惑が12日からかかっていた。
2018年6月4日、財務省は、森友学園案件に係る決裁文書の改ざん等に関する調査報告書をとりまとめた。"書き換え"の経緯や目的が明らかになったことから、この頃から財務省も"改竄"と表現している。この報告書では、改竄の目的は国会審議において森友学園案件が大きく取り上げられる中で、更なる質問につながり得る材料を極力少なくすることであり、財務省の職員たちが連日の国会審議への対応のほか、説明要求や資料要求への対応により疲弊していたことが背景にあったと述べている。また、P43に、当時の近畿財務局統括国有財産管理官の配下職員について"一定の作業に従事していたものの、本省理財局からの指示に明確に反発して幹部職員にも相談していた経緯を踏まえ、責任は問わないこととする。"との記述がある。この幹部職員とは近畿財務局管財部長と近畿財務局管財部次長と思われる。
また、この報告書を取りまとめた、財務省職員の服務に関する業務を担当する大臣官房秘書課の伊藤豊秘書課長(当時)は、2018年10月、自殺した職員の妻に、改ざんを行った者について「炎上している国会をさらに炎上させたくないっていう、間違いですけど、そういう動機ではあったとは思います。」と話している。
2018年7月20日、政府は再発防止策として、「公文書管理の適正の確保のための取組について」を閣僚会議決定。この決定には、"一旦決裁が終了した後の決裁文書の修正は認めないこと、修正が必要な場合は、新たな決裁を取り直すことを再確認しルール化する。"と書いている。決裁文書の修正についてこれまでルール化されていなかった(規則がなかった)。
2022年2月10日、内閣府大臣官房公文書管理課長は、「公文書管理の適正の確保のための取組について」（平成30年７月20日行政文書の管理の在り方等に関する閣僚会議決定）に基づき、「決裁終了後の決裁文書の修正について」という通知(課長通知)を出した。この通知では、決裁の修正手続に関する文書取扱規則のモデル規定を提示し、各行政機関の文書取扱規則をモデルと同様に改定し適切な運用をすることを求めている。