兵庫県の二級水系一覧

兵庫県の二級水系一覧では、兵庫県を流れる水系のうち、兵庫県が管理する二級水系を記述する。2004年4月1日現在、92水系、350河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、瀬戸内海沿岸を大阪府境から西へ、日本海沿岸を京都府境から西へ、淡路島の河川を島の北端から時計回り、の順番に並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
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| 蓬川 | 2.416 |  | 1 | 尼崎市 | よもがわ |
| 武庫川 | 65.709 |  | 46 | 尼崎市、西宮市 |  |
| 新川 | 2.381 |  | 1 | 西宮市 |  |
| 東川 | 5.289 |  | 2 | 西宮市 |  |
| 洗戎川 | 1.855 |  | 1 | 西宮市 | あらいえびすがわ |
| 夙川 | 4.125 |  | 1 | 西宮市 | しゅくがわ |
| 堀切川 | 0.812 |  | 1 | 西宮市 |  |
| 宮川 | 3.070 |  | 1 | 芦屋市 |  |
| 芦屋川 | 4.542 |  | 1 | 芦屋市 |  |
| 高橋川 | 1.410 |  | 3 | 神戸市東灘区 |  |
| 天上川 | 2.509 |  | 2 | 神戸市東灘区 |  |
| 住吉川 | 3.600 |  | 2 | 神戸市東灘区 |  |
| 西獺川 | 2.460 |  | 1 | 神戸市東灘区 | にしうそがわ |
| 天神川 | 2.875 |  | 1 | 神戸市東灘区 |  |
| 石屋川 | 2.682 |  | 2 | 神戸市東灘区 |  |
| 高羽川 | 2.035 |  | 1 | 神戸市東灘区 |  |
| 都賀川 | 1.790 |  | 3 | 神戸市灘区 |  |
| 西郷川 | 2.322 |  | 4 | 神戸市灘区 |  |
| 西谷川 | 2.520 |  | 1 | 神戸市中央区 |  |
| 生田川 | 1.790 |  | 7 | 神戸市中央区 |  |
| 鯉川 | 1.725 |  | 3 | 神戸市中央区 |  |
| 宇治川 | 2.265 |  | 2 | 神戸市中央区 |  |
| 新湊川 | 4.665 |  | 5 | 神戸市長田区 |  |
| 妙法寺川 | 6.975 |  | 3 | 神戸市須磨区 |  |
| 千森川 | 1.925 |  | 2 | 神戸市須磨区 |  |
| 一の谷川 | 0.690 |  | 1 | 神戸市須磨区 |  |
| 塩屋谷川 | 3.460 |  | 2 | 神戸市垂水区 |  |
| 福田川 | 7.410 |  | 2 | 神戸市垂水区 |  |
| 山田川 | 3.835 |  | 1 | 神戸市垂水区 |  |
| 朝霧川 | 2.690 |  | 1 | 明石市 |  |
| 明石川 | 20.985 |  | 6 | 明石市 |  |
| 谷八木川 | 3.505 |  | 1 | 明石市 |  |
| 赤根川 | 4.305 |  | 1 | 明石市 |  |
| 瀬戸川 | 4.110 |  | 2 | 明石市 |  |
| 喜瀬川 | 8.380 |  | 1 | 播磨町 |  |
| 泊川 | 1.420 |  | 1 | 加古川市 |  |
| （加古川） | 96.000 | 1730 | 130 | 加古川市、高砂市 | 一級水系 |
| 法華山谷川 | 15.947 |  | 2 | 加西市、加古川市、 高砂市 | ほっけさんたにがわ |
| 天川 | 18.720 |  | 2 | 高砂市、姫路市 |  |
| 西浜川 | 1.941 |  | 1 | 姫路市 |  |
| 八家川 | 4.480 |  | 1 | 姫路市 | やかがわ |
| 市川 | 77.554 |  | 26 | 姫路市 | いちかわ |
| 野田川 | 3.635 |  | 2 | 姫路市 |  |
| 船場川 | 11.572 |  | 2 | 姫路市 |  |
| 夢前川 | 39.667 |  | 9 | 姫路市 | ゆめさきがわ |
| 汐入川 | 3.380 |  | 1 | 姫路市 |  |
| 大津茂川 | 18.608 |  | 4 | 太子町、 姫路市 |  |
| （揖保川） | 70.000 | 810 | 47 | 姫路市 | 一級水系 |
| 富島川 | 2.295 |  | 2 | たつの市 |  |
| 亀の尾川 | 0.977 |  | 1 | 相生市 |  |
| 大谷川 | 1.348 |  | 1 | 相生市 |  |
| 苧谷川 | 4.455 |  | 5 | 相生市 | おこくがわ |
| 佐方川 | 1.715 |  | 2 | 相生市 |  |
| 千種川 | 72.155 |  | 57 | 赤穂市 |  |
| 大津川 | 6.735 |  | 7 | 赤穂市 |  |
| （円山川） | 68.000 | 1300 | 97 | 豊岡市 | 一級水系 |
| 竹野川 | 21.218 |  | 8 | 豊岡市 |  |
| 須井川 | 2.300 |  | 1 | 豊岡市 |  |
| 安木川 | 1.900 |  | 1 | 香美町 |  |
| 佐津川 | 13.509 |  | 2 | 香美町 |  |
| 上計川 | 1.500 |  | 1 | 香美町 | あげがわ |
| 香住谷川 | 2.109 |  | 1 | 香美町 |  |
| 矢田川 | 34.691 |  | 13 | 香美町 |  |
| 長谷川 | 1.745 |  | 1 | 香美町 |  |
| 西川 | 1.700 |  | 1 | 香美町 |  |
| 岸田川 | 23.852 |  | 15 | 新温泉町 |  |
| 大栃川 | 2.291 |  | 1 | 新温泉町 |  |
| 結川 | 2.150 |  | 1 | 新温泉町 | むすぶがわ |
| 長谷川 | 0.373 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 茶間川 | 1.800 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 楠本川 | 3.600 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 浦川 | 4.549 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 砂川 | 0.600 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 老松川 | 0.400 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 佐野川 | 2.500 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 生穂川 | 3.150 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 大谷川 | 1.560 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 志築川 | 2.200 |  | 2 | 淡路市 |  |
| 岩戸川 | 4.960 |  | 1 | 洲本市 |  |
| 洲本川 | 8.084 |  | 9 | 洲本市 |  |
| 天川 | 1.690 |  | 1 | 洲本市 |  |
| 本庄川 | 6.850 |  | 3 | 南あわじ市 |  |
| 塩屋川 | 5.250 |  | 1 | 南あわじ市 |  |
| 津井川 | 5.700 |  | 1 | 南あわじ市 |  |
| 三原川 | 11.127 |  | 20 | 南あわじ市 |  |
| 鳥飼川 | 4.749 |  | 4 | 洲本市 |  |
| 都志川 | 8.536 |  | 3 | 洲本市 |  |
| 山田川 | 4.000 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 覗川 | 1.000 |  | 1 | 淡路市 | のぞきがわ |
| 郡家川 | 15.927 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 新川 | 3.790 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 室津川 | 2.240 |  | 2 | 淡路市 |  |
| 育波川 | 2.509 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 富島川 | 1.910 |  | 1 | 淡路市 |  |
| 野島川 | 3.755 |  | 1 | 淡路市 |  |