裸子植物
下位分類

レピドプテリス （ペルタスペルマ類）の復元画。
ウムコマシア （コリストスペルマ類）の復元画。
ウィリアムソニア （ベネチテス類）の復元画。
カイトニア （カイトニア類）の復元画。
近年の分子系統解析の結果から、現生裸子植物は単系統であることは確実視されている。そして現在では現生裸子植物の系統関係は、ソテツ類とイチョウ類は姉妹群となり、残るマツ目、グネツム目、ヒノキ目がクレードをなし、それら2つの系統が姉妹群をなすとする系統関係が有力である。
初期の裸子植物はシダ種子類（シダ種子植物、シダ状種子植物、Pteridospermatophyta、英: seed ferns）と呼ばれるが、これは人為的にまとめられた群で、現生種子植物、現生裸子植物、被子植物のそれぞれの祖先群を含む多系統群である。石炭紀からペルム紀にかけてのシダ種子類はカラモピティス目、ブテオキシロン目、リギノプテリス目、メズロサ目、カリストフィトン目の5群が認識されているが、これも人為分類である。シダ種子類はほかに Dicranophyllales, Nilssoniales, Fredlindiales, Matatiellales, Hamshawviales, Alexiales, Hlatimbiales、そして Axelrodiales といった目を含むこともある。このうち、Hamshawviales、Axelrodiales、Fredlindiales の3目は生殖器官や葉の構造がイチョウ目、グネツム目、ベネチテス目などと類似していることから類縁性が指摘されているが、他の群については類縁性を示す特徴は不明である。また、歴史的にはグロッソプテリス類、ペルタスペルマ類、コリストスペルマ類、カイトニア類もシダ種子類として扱われていたが、現在は生殖器官や栄養器官の特徴が明らかになっているものに関しては独立した分類群として扱われることが多い。
以下に McLoughlin (2020) および 西田 (2017)によって挙げられる裸子植物の化石目を示す。
| 目名 | 含まれる属 | 時代 | 特徴 |
| --- | --- | --- | --- |
| ハイドラスペルマ目 Hydraspermales |  エルキンシア Elkinsia  Sphenopteridium  ハイドラスペルマ Hydrosperma | 後期デボン紀から前期石炭紀 |  前胚珠と前花粉を作る。 |
| カラモピティス目 Calamopityales |  カラモピティス Calamopitys  Stenomyelon | 前期石炭紀 |  単純な構造の栄養器官。  三角形の中原型原生中心柱～真正中心柱。  櫛の歯状皮層（スパルガヌム皮層）を持つ。 |
| ブテオキシロン目 Buteoxylonales |  ブテオキシロン Buteoxylon  Tantalosperma | 後期デボン紀から前期石炭紀 |  中原型原生中心柱を持つ。  T字型の葉柄維管束。 |
| リギノプテリス目 Lyginopteridales |  リギノプテリス Lyginopteris  Tetrastichia  Tristichia  Sphenopteris（の一部）  ラゲノストマ Lagenostoma  Sphaerostoma  Conostoma  Gnetopsis  Crossotheca  リギノラキス Lyginorachis  ゲノモスペルマ Genomosperma  Heterangium | 後期デボン紀から後期石炭紀 |  外原型の有髄原生中心柱～中原型から内原型の真正中心柱。  二次木部は多髄質。  皮層の厚膜組織は網目状に交錯し、dictyoxylic stem となる。  種子はキューピュール上に生じ、ハイドラスペルマ型生殖を行う。 |
| メズロサ目 （メデュロサ目、メドゥロサ目） Medullosales |  メズロサ Medullosa （メデュロサ、メドゥローサ）  Sutcliffia  Quaestra  Myeloxylon  アレトプテリス Alethopteris  Macrotaeniopteris  Neuropteris  Odontopteris  パキテスタ Pachytesta  ベルナウルチア Belnaultia  Trigonocarpus  Codonotheca  Halletheca  ベルナウルチア Bernaultia | 前期石炭紀からペルム紀 |  中心柱は多様だが、多くは多条に見える中原型の真正中心柱。  中心柱外周にある分柱の維管束が内外両方向に二次組織を形成し、内側の組織が厚くなる。  皮層外層には櫛の歯状皮層がある。  茎に対し巨大な葉柄基部を持つ。  種子は大型で、キューピュールを欠き、葉の先端や葉軸上に単生する。 |
| カリストフィトン目 Callistophytales |  カリストフィトン Callistophyton  Dicksoniites  カロスペルマリオン Callospermarion  Idanodictyon | 後期石炭紀から前期ペルム紀 |  2つの機能を持つ花粉を作る。  節ごとに2枚の苞葉に包まれた腋芽を作る。 |
| コルダイテス目 （コルダボク目） Cordaitanthales (Cordaitales) |  コルダイテス（コルダボク属） Cordaites  コルダイアントゥス Cordaitanthus  Cordaixylon  Cordaicarpus  Shanxioxylon  Myeloxylon  Mitrospermum  Poroxylon  Amyelon | 前期石炭紀から後期ペルム紀末 |  真正中心柱で、多木質材。  穂状の生殖器官をつける。  帯状の葉を持つ。 |
| ヴォルツィア目  （ヴォルチア目、ボルチア目） Voltziales |  ヴォルツィア（ボルチア）  Voltzia  ユトレクチア Utrechtia  ツキジア Thucydia  エンポリア Emporia  マジョニア Majonia  ウルマンニア Ullmannia  バルテリア Barthelia  フェルグリオクラドゥス Ferugliocladus  ブリアリア Buriaria  Ernestiodendron  Glyptolepis  レバキア Lebachia | 後期石炭紀からジュラ紀 |  多木質材。  原始的な球果を作る。  針葉を持つ。 |
| パリシア科（目） Palissyaceae (Palissyales) |  パリシア Palissya  Stachyotaxus  Knezourocarpon | 後期三畳紀から前期白亜紀 |  長さ10 cm 程度の箆状の種鱗複合体をつける球果を持つ。  胚珠を套衣が包んでいる。 |
| ケイロレピス科 Cheirolepidiaceae(Hirmeriellaceae) |  Hirmeriella (=Cheirolepidium)  Pararaucaria  Frenelopsis  Classopollis（花粉化石）  Brachyphyllum | 三畳紀から白亜紀 |  気嚢を１つのみ持つ花粉を作る。  覆瓦状に螺旋配列する鱗片葉を持つ。  球果には楔形の種鱗を持つ種鱗複合体が螺旋状に配列する。 |
| グロッソプテリス目 Glossopteridales |  グロッソプテリス Glossopteris  Gangamopteris  Arberia  Austroglossa  デンカニア Denkania  ディクティオプテリディウム Dictyopteridium （ディクチオプテリディウム）  Homevaleia  エレトモニア Eretmonia  Ediea  Lidgettonia  Vertebraria | ペルム紀から前期三畳紀 |  多木質材。  栄養葉上に大胞子葉を持つ。  ゴンドワナ要素。 |
| チェカノウスキア目 （チェカノフスキア目） Czekanowskiales (Leptostrobales) |  チェカノウスキア Czekanowskia  レプトストローブス Leptstrobus （レプトストロブス） | 後期三畳紀から白亜紀 |  基部から数回分枝する線状の葉身をもつ葉をつける。  カプセルと呼ばれる2弁状の胚珠保護器官（大胞子葉）を持つ。 |
| ペルタスペルマ目 Peltaspermales |  レピドプテリス Lepidopteris  Autunia  Peltaspermum  Callipterianthus  Dichophyllum  Raminervia | 後期石炭紀からジュラ紀 |  楯形をした大胞子葉の裏側に数個の胚珠が直接着生する。  大胞子葉は軸に螺生する。 |
| コリストスペルマ目 Corystospermales  (Umkomasiales) |  ウムコマシア Umkomasia  ディクロイディウム Dicroidium  レクソキシロン Rhexoxylon  Jeffersoxylon  Kykloxylon  Pteruchus  Pachypteris  Komlopteris | 後期ペルム紀末から古第三紀始新世 |  1個ずつキューピュールに包まれる胚珠をもつ。  少なくとも2回羽状に分岐した軸状の大胞子葉末端に珠孔を基部に向けて反転させるようにしてキューピュールが頂生する。 |
| ドイレア目 Doyleales |  ドイレア Doylea | 前期白亜紀 |  真の種皮の外側にさらに3つの壁が覆う構造をした種子を作る。 |
| ギガントプテリス目 Gigantopteridales |  ギガントプテリス Gigantopteris  ギガントノミア Gigantonomia  エンプレクトプテリス Emplectopteris  ギガントノクレア Gigantonoclea  バイコエンプレクトプテリス Bicoemplectopteris  トリコエンプレクトプテリス Tricoemplectopteris  ギガントテカ Gigantotheca  ギガントプテリディウム Gigantopteridium | ペルム紀 |  羽状から網状脈を持つ大型葉。  細長い羽片の裏側縁に沿って胚珠が一つずつ列を作る。  カタイシア植物群。 |
| ペントキシロン目  （ペントズィロン目） Pentoxylales |  ペントキシロン Pentoxylon  ニパニオフィルム Nipaniophyllum  Carnoconites  Sahnia | 三畳紀から白亜紀 |  多髄質材。  多条中心柱。  椀形のキューピュールが密生してできた頭状の雌性生殖器官。 |
| ベネチテス目 （キカデオイデア目） Bennettitales (Cycadeoidales) |  ウィリアムソニア Williamsonia  ウィリアムソニエラ Williamsoniella  ウィーランディエラ Wielandiella （ウィーランジエラ）  キカデオイデア Cycadeoidea  ベネチテス Bennettites  Cycadeoidella  Monanthesia  Pterophyllum  Otozamites  Anomozamites  プチロフィルム Ptilophyllum  ザミテス Zamites  ニルッソニオプテリス Nilssoniopteris | 後期ペルム紀末から古第三紀漸新世 |  多髄質材。  多数の葉跡が入る大型の葉を持つ。  シンデトケイリック型気孔。  花様の生殖器官を持つ。 |
| ペトリエラエア目 （ペトリエラ目） Petriellales |  ペトリエラエア Petriellaea  Kannaskoppia  Rochipteris | 三畳紀から白亜紀? |  葉が二又分枝を数回繰り返す。  葉跡は2本ある。  カイトニア類に似たキューピュールに胚珠が保護される。 |
| カイトニア目 Caytoniales |  カイトニア Caytonia  サゲノプテリス Sagenopteris  Caytonanthus  Reymanownaea  Ruflorinia | 中期三畳紀から白亜紀 |  握りこぶし状のキューピュールに多数の胚珠を含む。  先端の丸い披針形の羽片を持つ掌状複葉。 |
| Erdtmanithecales |  Erdtmanitheca  Eucommiidites（花粉化石） | 三畳紀から白亜紀 |  雄性生殖器官は小さな球形の球果状で、先端に花粉嚢がある多数の小胞子葉を中心から放射状につける。  種子は断面が三角形の卵形で、顕著に伸びた珠孔を持つ。 |