Selector infected WIXOSS
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不本意で自身のルリグとなった伊緒奈である「イオナ」を持つことになったるう子は、なるべく戦わないようにしつつも別れたタマと会いたいという気持ちからイオナのカードを常に携帯し、いざという時のセレクターバトルに備えていた。
一衣とユヅキと完全に復縁し、共に出歩いていた最中にかつて遊月とセレクターバトルで敗北したルリグ「エルドラ」を持つちよりと出会う。彼女から戦いを挑まれるるう子達だったが、拒否しセレクターバトルの事実を話す。だがちよりが常に携帯しているノベライズ版『WIXOSS』と全く同じ内容であり、ちよりは「ルリグになる」という明確な目標を持つに至るのであった。
その一方でセレクターバトルで3敗し顔に大きな傷を負わされるという形で破滅した晶はしばらく行方を眩ませた後、自宅に引き籠もっていた。だが、そこへ読者モデルの関係者から「彼女の頼みだ、読者モデルに復帰してくれないか」と声をかけられる。車の中へ誘い込まれ、中で待っていたのは傷を隠すメイクと伊緒奈の体を持ったウリスであった。ウリスにセレクターの真実と伊緒奈のその後を聞かされた後に読者モデルの復帰を勧められ、最初は拒絶するもその後も手紙で誘われ続け、結局誘いに乗った晶はそこでウリスの言葉により読者モデルの復帰を決めた。そして晶はルリグ「ミルルン」を得てセレクターに復帰し、るう子とイオナを叩き潰すと決意する。ウリスに利用されている立場であるとも知らず。
晶が読者モデルに復帰した上にセレクターとして復帰したことはるう子も一衣とユヅキから聞かされたことで知る。そしてるう子は買い出しの際に晶と出会い、そこでバトルとなる。だが、るう子は気の進まないままのイオナとの共闘であることと、なにより友達となったタマとの共闘ではないということから戦いに楽しみを見出せなくなっており、スランプ状態に陥っていた。結果晶との戦いで苦戦を強いられ、中断となったため決着は付かなかったがその後晶に侮辱され、どこまでも落とすと宣言されるのであった。
後に晶のことでるう子達3人は話し合い、戦いに関する方針を決め、自己犠牲はやめようと話を付ける。その帰り道、ウリスとちよりがセレクターバトルを行おうとしていたのを見たるう子達はそのまま2人の戦いを観戦することになる。そこでウリスのルリグとなったタマを目撃することになった。タマもまた戦いを楽しむことができなくなっており、るう子はそのことを悟り、戦いの最中にタマに謝罪する。戦いが終わってから「タマを返して」とウリスに頼むるう子だったが、ウリスから「返してほしければ勝負だ」と言われ、タマから「バトルしちゃダメだ」と止められる。結局ウリスと戦うことはできず、タマと再び離れ離れになった。
その後、ちよりとノベライズの話になり、小説版の執筆者に会おうという話になった。その最後、イオナから「セレクターバトルは支配者である繭の人形遊びに過ぎない」という言葉を得る。そして一衣と遊月との別れ際、るう子はイオナに一衣と遊月への強い不快感を示される。イオナはるう子達の友情を重んじる姿勢を見続けるうちに苛立ちを募らせると共に心境の変化を起こしていたのであった。
後日、るう子達はノベライズの作者・ふたせ文緒の自宅を訪れる。そこでセレクター関連の更なる真実を聞き出そうとするが、「知りたければ勝負だ」と勝負を挑まれる。るう子と一衣は躊躇するが、既に2敗しているちよりがバトルを挑もうとしたため、るう子がバトルを挑む。そこでも実力を出せないるう子だったが、ふたせがるう子とイオナを強力な攻撃で煽り、るう子が驚くのを見たことでイオナの感情が爆発。るう子に感情に任せた言葉を次々と投げ付け、最後には「このままじゃタマも助けられない」とすら発言する。その言葉でるう子は復活し、「みんなを救う」と決意を固め、スランプから脱出。その直後イオナが本来存在しない「レベル5」へとグロウし、るう子はその力でふたせに勝利した。るう子はイオナを認めるが、イオナはるう子の力と自身の感情に任せた発言に驚くのみであった。
戦いの後、ふたせは自らがかつてルリグであったことを話し、その中で「黒の少女」、「白の少女」の存在を証言。そしてイオナに「黒の少女は君ではないか」と疑いをかける。かつてルリグだったふたせが再びセレクターをやっていることをるう子達は疑問に思うが、それに対しふたせは小説の新しい展開が思いつかず、次の展開を書くために繭に会うためであると答えた。その際に彼女のルリグである「アン」と共に「願いは叶ったと思うようになってからが始まり」であることと他人の体になり他人の願いを叶えるということの恐ろしさについて話し、励まそうとするちよりに「現実は物語ではない、友情や誓いなど意味をなさない」と激しい怒りと苛立ちを露わにした。そして再びふたせは勝負を仕掛けようとするが、ちよりは何も言えず、一衣からも断られるのであった。直後、るう子はアンから「セレクターバトルを必要とする者もいる」と忠告を受ける。
セレクターバトルのさらなる恐ろしい本質を知ったことと、他人の夢のために再び夢限少女になろうとする者を見たことでちよりは多大なショックを受けるが、るう子はそういう者を知ったゆえに「みんなを救う」という目標をより強固なものとした。ところが直後イオナが体調不良に陥る、という不可解な事態に直面する。その事態に対しるう子と一衣はすぐにるう子の自宅に向かい看病しようとするが、ルリグが体調を崩すというありえない事態ゆえにイオナの正体についての話になる。イオナの正体について、るう子はかつてタマに隠し事をし結果離れ離れになった経験から無理強いせず、仲良くなってから聞き出すことに決めた。そして改めて3人で「誰も犠牲にならないやり方でセレクターバトルを終わらせる」決意を固めた。
その後一衣はユヅキの頼みを受け彼女をるう子の家に預け一人で帰宅するが、そこへ晶が現れ戦いを挑まれる。一衣はその戦いをキッパリと断り、ミルルンも「セレクターバトルは出来ない」と晶に告げるが彼女は突然錯乱した上に一衣を襲撃し、一衣は晶に誘拐されてしまう。そしてるう子は一衣の携帯電話からの晶の呼び出しを受けイオナとユヅキと共に彼女の待ち構える学校へ向かい、到着してなおも一衣に暴行する晶に勝負を挑むが「勘違いしてないか」と言われ、そこへウリスが現れる。晶は「言われた通りにした」とウリスに懐くが彼女は粗雑なやり方に怒りを露わにし、その場の全ての者に人の心を壊すことを愛する本性を明かしるう子に勝負を挑む。るう子とイオナはその狂気に満ち溢れた態度を見て戦いを受けるしかないと判断した。
そしてそのウリスとの戦いの中でイオナはタマが繭に生み出された原初のルリグである「白の少女」であることを確信し、自身も同じく繭から生み出された原初のルリグである「黒の少女」であることと繭がどうしてセレクターバトルを始めたのかを語り始める。
繭は天窓からしか外が見えない部屋に幽閉され外界との関わりを一切断たれており、自分と似た少年少女がいることどころか自分が誰なのかすら知らずに過ごしていた。その中でなぜか友達にまつわる本とWIXOSSのデッキが運ばれ、それを仮想の友達と遊んでいるうちに「生き方を選択することのできる」外界の者たちを憎悪し始め、セレクターバトルを思いついたのであった。
また、その中でイオナは「レベル5」にグロウした中で友達というものがどういうものなのかを叩き込まれており、やがてバトルより大事な物があることに気付き心境の変化を素直に受け入れることを決めていたことをるう子に話す。そしてるう子とその仲間達は心を一つにし憎悪に満ちたゲームを終わらせる決意を固めるう子はウリスを倒そうとするが、るう子達と共に全てを聞いたことで破壊欲を刺激されボルテージが最高潮に達していたウリスはタマを「レベル5」にグロウさせその力でるう子達を圧倒。るう子はセレクターバトルで初めて黒星を付けられてしまい、一衣の救出はできてもタマを連れ戻すことまではできなかった。
後日、ちよりはまたしてもるう子らに勝負を申し込む。困惑するるう子達だったが直後に晶が現れちよりに勝負をけしかけ、エルドラの勧めもありちよりが勝負を引き受けようとしたために無理矢理彼女を連れ出した。一衣は「ルリグになることが願いだから、願いが逆流しても極端な被害はないはず」とちよりと戦うことを決め、その戦いに勝利した。結果ちよりはセレクターバトル関連の記憶を失い、るう子達を怪しがり彼女らの元から逃げ出してしまうがエルドラはいずれ自ら友達になって欲しいと頼むだろうと発言し、明るい振る舞いの中で消滅した。
その後ウリスを探するう子達はユヅキとイオナが謎めいたセレクターバトルの反応を偶然探知したその場所へ急ぐ。だが、その途中に一衣の知らないメールアドレスを持つ者から「浦添伊緒奈はここにいる」という地図入りのメールが送られる。そこへ急ぎ、ウリスを見つけたと思った一行だったがそこにいたのはウリスではなく本物の浦添伊緒奈であった。しばらく本物の伊緒奈とイオナの過去話を聞いた後になぜこんなことになっているのかの話になるが、導き出せる結論は「ウリスが夢限少女になり、その際にタマが伊緒奈の体になることを拒否した」というものであった。
本物の伊緒奈と別れた後、るう子は自らが夢限少女となりタマもいるであろう白窓の部屋に行き、そこで繭と話を付けて全てを終わらせるという案を出す。その案に一衣は反対し、ユヅキも怒るがイオナは「私がるう子を守る」と後押しした。その発言を受けたるう子はイオナの名を嬉しそうに呼ぶが、直後に「本当の名前はイオナじゃない、私達で新しい名前を付けようよ」と提案する。そこで一衣らから好きな言葉を聞かれたイオナは「全てを隠してくれる、冷たくて優しい『雪』が好きだった」と発言し、その言葉からるう子はイオナを「ユキ」に改名した。
改名後、一衣の知らないメールアドレスを持つ者の正体の話になるが、そのメールアドレスはユヅキの物でありそのことから花代であることが露見した。るう子達は花代の元へ赴き、そこで彼女と現状を話すが花代は「遊月の願いを叶えるために香月に近付き、遊月の願いを叶えたが香月に自分自身も惚れてしまった」と話し、ユヅキを裏切りたくないと苦悩していることを涙ながらに明かす。だがその話を香月が偶然耳にしており、入れ替わりの事実が香月に明らかになってしまう。花代は動揺したまま香月の前から逃げ出し、結果花代は「願いを叶えられなかった夢限少女は消える」というペナルティにより命の危機に陥る。
花代を救う手段を話し合うるう子達だったが、どの案も花代救出に間に合わせるには難しくユヅキはどんどん精神的に追い詰められていく。だがユキは「3勝する必要はない」「私がタマに呼びかければ、るう子の願いは叶えられるはず」と発言する。その言葉を受けたるう子と一衣は自分達でセレクターバトルをし、るう子が勝利を収める。そしてユキの呼びかけに応じたタマと共に夢限少女の誓いを果たし、るう子はユキと共に白窓の部屋へ足を踏み入れた。
るう子達は繭を発見してからすぐに説得に取り掛かるも繭の姿勢とウリスの出現からバトルを避けることができなくなり、繭とウリスとの最終決戦となる。るう子達は繭に対人戦の経験が無いことを生かし彼女を翻弄するバトルスタイルを取るが、戦いの途中に突如ユキの体が透け始める。ユキは伊緒奈が元に戻ったことで彼女の願いをかなえられない状態になっており、消滅の危機に瀕していたのであった。この状況に動揺するるう子だったが突如として「ユキをタマの所まで連れて行って」というタマの言葉がバトル空間に響き渡り、その言葉を聞いたるう子はタマを探すことを最優先しバトルから逃げ出した。
るう子がタマを探す最中、ユキはるう子に繭との戦いの中で「繭はタマを戦いに出すつもりではなかったが、彼女が死亡したことでタマが解放された」ということを悟ったと話す。その考えをるう子に追いついた繭は肯定し、その場でレベル5にグロウさせたウリスで痛恨の一撃を喰らわせ、るう子達は絶体絶命となるがそこへタマが現れる。タマの要求を受けたるう子はタマとユキが一つになったレベル5のルリグ「マユ」を誕生させ、一気に形勢逆転し繭に勝利した。ウリスは処刑されるかのように消滅し、繭はるう子の姿勢に心を打たれ憎しみから解放され無数の蝶となって消滅した。最後に、小さな蝶が飛び立ちその瞬間二人は、「羽ばたいて、あなた達は本当の空へ...」と繭の意味深な言葉を聞く。
繭に勝利した後、るう子はマユの消滅と共に崩壊する白窓の部屋でマユと夢限少女の誓いを改めて交わすが、その願いは「（もともとルリグとして生まれたタマたちを含めて）ルリグになった者たちを全て人間にして欲しい」というものであった。こうして全てのルリグにされた人間は元に戻り、憎悪に満ちたゲームは終わりを告げた。最後は日常を過ごするう子達の姿が描かれた後、タマ（ユキ）に似た制服姿の少女を一瞬見るるう子とその少女がどこかの屋上で笑顔を浮かべる姿が映し出され、物語は幕を下ろす。