マニラ大虐殺
事件経緯 > フィリピン人の抵抗 > ゲリラ活動の激化

フィリピン奪還を目指していたマッカーサーは、この日本軍に対するフィリピン人の反感を巧みに利用することとした。日本軍の捕虜にはならずミンダナオ島に潜伏していたウェンデル・フェルティグ（英語版）大佐など、フィリピンに潜伏していたアメリカ兵たちに指示して、潜水艦で大量の武器を送り込むとゲリラとして組織化した。アメリカ統治時代からフィリピンには多数のゲリラ組織があったが、国家意識が希薄で全部が祖国愛で活動していたというわけではなく、マッカーサーが帰ってきたときの自分たちの立場を考えて、ゲリラ活動をやっていれば得するだろうという打算で活動している組織も多かった。なかには、アメリカに反感を持っているが打算で抗日活動を行っている組織もあった。
フィリピンの対日武装勢力は二つに大別できる組織からなり、ともに大きな団体となっていた。ひとつは、かつてのアメリカ極東陸軍の将兵ら（通称をアメリカ極東陸軍の頭字語USAFFEからユサッフェ・ゲリラという）であり、他方は、フクバラハプと呼ばれるフィリピン国内の農民革命運動や労働運動者たちであった。この2組織は必ずしも協力関係にあったわけではなく、あるときフクバラハプ側がユサッフェに対して同盟を組もうと迫ったが、逆にユサッフェはこれを拒絶してフクバラハプに攻撃を仕掛けたりもしていた。ユサッフェは、アメリカ極東陸軍の正式区分だった全10管区を引き継ぐ形で軍管区司令部を設置し、総兵力約22000名によるゲリラ戦を展開した。ユサッフェ・フクバラハプの2集団とは別に中小のゲリラ集団が各地に点在しており1943年に大本営陸軍部がまとめた「最近ニ於ける比島事情」には100以上の組織と27万人のゲリラが報告されている。ゲリラ以外でもミンダナオ島に居住するモロ族は、スペインやアメリカの支配に対しても激しく抵抗しており、日本軍も鎮圧のために派遣した1個中隊が壊滅的な損害を被るなど、実質的には統治できなかった種族もあった。
アメリカ軍がレイテ島に侵攻してくる前には30万人以上の武装ゲリラが存在して日本軍と戦闘をしており、日本軍が掌握できていたのはフィリピンのわずか30%に過ぎなかった。前年の1943年の時点でも、連日のように道路・橋や電話線の破壊、移動中の部隊への襲撃が相次ぎ「昼間ですら歩けない」とさえ言われた。そして、ゲリラ支配地域に入ってしまった日本兵や日本人住民は多くが殺害されて、頭部や性器など重要器官を切断された遺体となって発見された。明治時代から日本人の入植が進み、太平洋戦争前から日本人学校まであったパナイ島では、2,000人の日本軍守備隊と日本人住民に対して、ゲリラの人数は最大で20,000人に達しており、日本が支配している地域は、島最大の都市イロイロ市付近だけで、他は全てゲリラの支配圏となっていた。パナイ島の日本人漁民十数名がゲリラの支配地域であるギマラス島に向けて漁に出たことがあったが、一人も帰ってくることはなく、のちに日本軍が漁民の遺体を発見したときには見るも無残な状態であった。パナイ島のゲリラは全員がマチェットを持っており、日本人を殺害するとバラバラに切り刻んでいたという。その後、パナイ島にもアメリカ軍が上陸してきたが、大量のゲリラに圧倒されていた日本軍と多くの婦女子を含んだ日本人住民は山に逃げ込み、追い詰められた日本軍と日本人住民は集団自決をはかって多くの死者を出している。
ゲリラといっても、アメリカ軍の指揮・命令を受けていたユサッフェはフィリピン人のアメリカ陸軍正規兵であるフィリピン・スカウト（英語版）と同じ扱いであって、アメリカ本国から階級の昇進や任免まで行われていた。兵器についても、自動小銃や短機関銃を大量に供給され、火器装備は90%を超えており、支配者である日本軍より火力に優れているといった有様になっていた。特にゲリラ勢力が強いセブ島では、ゲリラは、開戦前から石油技師として在住していたためフィリピンに土地勘のあったアメリカ軍将校ジェームズ・M・クッシング（英語版）中佐に指揮されており、組織的な軍事作戦を展開し、市街地にも迫撃砲で砲撃してくるので、陸軍の守備隊が海軍航空隊にゲリラ勢力への空爆を要請するなど、戦争をしているのと何ら変わらない状況となっていた。クッシングのゲリラ部隊に対して日本軍は懸命の掃討作戦を行い、クッシングを脱出不能にまで追い込んだが、その時に海軍乙事件が発生し、連合艦隊参謀長福留繁中将らがクッシングのゲリラ部隊に捕えられた。ゲリラ側は福留らの引き渡しの条件としてクッシングの解放を求め、日本軍討伐隊は止む無く取引に応じて福留らを引き取った。その際にクッシングは福留らの持っていた機密書類を手に入れ、それをアメリカ本国に送って後の戦いを有利に進めることができた。
アメリカ正規兵扱いのユサッフェゲリラであったが、全員が軍服を着用しているのではなく、むしろ一般市民に溶け込むような活動を行っていた。また、これらゲリラの戦闘部隊を多くのフィリピン人が食料や情報を提供して支援していたが、日本軍にはゲリラや協力者と一般市民を見分ける手段はなかった。また、日本軍に友好的と思われていた部落が日本軍の部隊を宴会に招き、饗宴の途中で突然ゲリラが襲撃してきて、油断していた日本軍がだまし討ちされたという事例も発生しており、多くの戦友や一般の邦人をゲリラに殺害されて、その報復として日本軍のゲリラ討伐が激しくなっていったという指摘もある。ゲリラ活動が激しかったバタンガス州でゲリラ討伐を行った兵士によれば、多くの戦友がゲリラに殺害されており、自らもフィリピン人に殺される夢を見るほどに追い詰められていたという。そのため、連日ゲリラ討伐としてフィリピン人を殺害しており、その兵士にとって戦争はアメリカ軍との戦闘ではなく「ゲリラ討伐」というフィリピン人殺害であった。
ゲリラとの戦闘が激化するにつれて、ゲリラ捜索が強化され、マニラ市内でも憲兵がゲリラの疑いがあるといって多くのフィリピン人を逮捕拘束した。ゲリラの容疑者とされたフィリピン人の多くは身に覚えがなかったが、憲兵隊の捜査は強引で杜撰なものであった。1944年9月にマニラでゲリラ容疑者として逮捕されたフィリピン人ホセ・ポルカピリオは、他に逮捕された多くのフィリピン人と一緒に、目のところに2つの穴が開いている黒い袋を頭から被っているフィリピン人協力者の前に立たされたが、その協力者が1人1人首実検し、ゲリラであると指さされると問答無用にゲリラとみなされて、ポルカピリオもゲリラと指さされてそのまま拘束されたという。ポルカピリオはマニラの都心イントラムロスのサンチャゴ要塞（英語版）にあった地下牢に連れていかれ、連日水責め、棍棒での殴打、柔道技での暴行、生爪をはがして120ボルトの電流を流すなどの激しい拷問を受けてゲリラであるとの自供を強要された。そこで自供をすると裁判もなく憲兵に斬首されたが、ポルカピリオは拷問に耐え抜いて釈放された。しかし、地下牢から解放された容疑者は10人のうち1人に過ぎず、また、この地下牢に拘束されていたゲリラ容疑者は、マニラで市街戦が始まると放置されてそのまま餓死することとなってしまい600人が犠牲になった。憲兵隊の暴虐はフィリピン人の心に深く刻まれ、戦後しばらくの間は「KENPEITAI」という言葉が、日本軍に対する恐怖と暴虐の象徴として広く認知されていた程であった。ポルカピリオは当時の多くのフィリピン人の想いとして「アメリカから独立し、東洋の力で東洋の文化を育てたいという強い哲学があった。西洋の力で制圧されたくなかった。そのリーダーシップを日本がとって欲しかった」「もし日本が残虐行為をしなかったら、アメリカはフィリピンに戻ってこれなかった」と語っており、強引なゲリラ捜索は却ってフィリピン人の反日感情を高めてしまった。
レイテ島の戦いなどで日本軍が敗北すると、フィリピンゲリラの活動はさらに活発化し、日本軍部隊への攻撃や破壊工作が激化していた。日本軍はゲリラ討伐に明け暮れることとなったが、マニラ近郊でもサン・パブロでは、アメリカ軍が侵攻してくる前の1月中旬に日本軍が武装ゲリラの攻撃を受けて約20数名の死傷者を出していた。そこで振武集団は命令ではなく戦訓として、「米軍迎撃の際は、軍背後及び周辺を無人地帯化すべし」と通知した。この通知によって、ルソン島南部のバタンガス州に配置されていた歩兵第17連隊においてはより具体的に「対米戦に先立ちゲリラを粛清する」という命令が出されていた。その趣旨としては、「現状をもって推移すれば対米戦を待たずに自滅に至る」との説明があり、「住民にしてゲリラに協力するものはゲリラとみなし粛清せよ。責は兵団長が負う」とも徹底された。
粛清の対象は男性の成人だけにはとどまらなかった。ゲリラ討伐命令を出した第17連隊長の藤重正従大佐は、戦後のBC級軍事裁判にて責任逃れすることなくその事実を認めたが、「小銃を持つ女が自分の部隊にかなりの損害を加えた例が少なくなかった」「自分が車に乗ってる時、子供が自分に手榴弾を投げた。自分は部隊に、もし、武器を所持した女子供から攻撃されたときは、もちろん彼等をやっつけなければならないと命令した」と供述しており、女性や子供もゲリラの疑いがあれば殺害するように命じたことを認めている。女性も討伐対象となる中で、憲兵リパ（英語版）地区の分遣隊長が部下の士気高揚のために「敵が上陸するまで女は我慢しろ。上陸したら強姦してもかまわん。ただし済んだ女は必ず殺せ」と訓示するなど、一部で非行行為を煽る者まで現れた。それでも、軍律が保たれている間は、実際に暴行に出るものはごく一部に限られていたが、リパ地区でもアメリカ軍の侵攻で守備隊が敗北すると、日本軍の組織が崩壊して、死を意識した敗残兵による性的暴行が横行することとなった。
ルソン島にアメリカ軍が迫る頃には、日本軍はフィリピン人に対して疑心暗鬼に陥っており、戦後に虐殺の罪を裁くために開廷されたマニラ軍事裁判にて、第14方面軍司令官山下奉文大将のアメリカ軍人の弁護人が「事実上、地方のすべての住民が、彼等(日本人)に対して銃をとり、昼間、彼等に微笑を送るおだやかなフィリピン人が、夜になると、彼等を裏切って彼等に危害を加えるように思ったのは不思議ではない」と述べた程であった。