在日米軍
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在日米軍が起こす事件・事故の数は、防衛施設庁が提出した資料によると、1952年から2007年までに公務内外で在日米兵が起こした事件事故件数は20万件、日本人が巻き込まれて死亡した人数は1,076人である。2010年に公開された外務省文書によれば、復帰前も1965年の時点で年間1000件に上っていた。また、1985年から2004年までに在日米軍の起こした事件・事故で軍法会議にかけられた者は1名で、懲戒処分者は318人である。これについて日本共産党の赤嶺政賢衆院議員は「多数の事件・事故が起きているのに（二十年間で）軍事裁判はたったの一件。米軍の犯罪は野放しにされている」と述べた。
1951年、浅草の国際劇場向かい側にあった在日朝鮮人経営の旅館で、オーナーと口論の末、投石などを受けて米兵数名が死傷する事件が発生した。事件に先立って、3月2日には密入国者を中心とした朝鮮人408名が、建国して間もない大韓民国に強制送還されており、これを不服とした在日朝鮮人の間には、アメリカやイギリスを中心とした連合国の占領軍に強い不満があった（浅草米兵暴行事件）。
1954年から1964年にかけて、在日米軍軍政下の沖縄では米軍による沖縄住民のボリビアへの強制移住が行われた。沖縄住民の約3,218名がこの期間に在日米軍沖縄軍政府によりボリビアへ強制移住させられ、今日までに生存できた被強制移住者達は、その子孫を含めても806名に過ぎないことが判明している（沖縄住民ボリビア強制移住）。
1955年、嘉手納村の通信基地付近の原野で、何度も強姦された形跡のある当時6歳の幼女の惨殺遺体が発見された。幼女は石川市（現うるま市）の6歳の幼稚園児であることが判明。遺体は下腹部から肛門にかけて刃物で切り裂かれていた。この事件は在日米軍兵による沖縄軍事支配下での通称「由美子ちゃん事件」として知られている
1957年、8月3日、茨城県の当時同県にあった在日米軍水戸補助飛行場から離陸した米軍機が離陸後、超低空飛行を行い、滑走路から500m離れた道路を自転車で走行していた親子に後方の車輪が接触、母親（当時65歳）は首と胴体をまっぷたつに切断されて即死した。息子（当時24歳）も重傷を負った。在日米軍は、当初遺族に対し異常気象の熱気流による偶発的な事故と釈明したが、7日地元の市議会は操縦者の中尉（当時27歳）によるいたずらによるものと判定した（米軍機母子殺傷事件）。さらに同年、群馬県相馬が原演習場で、一緒にいた日本人農夫の証言に依ると金属類を拾いに来ていた地元住民農婦の坂井なか（当時46歳）を、ある在日米軍兵士が故意に空の薬莢をばらまいておいて、片言の日本語で「ママ、だいじょうぶ。ブラス（薬莢）たく。」などと手招きし近くに呼び寄せた上で、約10mの距離に近づいた時に「Get out of here!（ここからでてけ！）」と叫んで射殺した。殺人事件ではなく傷害致死事件で処理する密約が日米間で合意されていたことがのちに判明する（ジラード事件）。
1958年9月7日午後2時頃、埼玉県入間市にあった在日米軍ジョンソン基地所属の兵士（当時19歳）が走行中の西武池袋線の下り電車に向けてカービン銃を発砲し、基地内へバンド演奏に行く途中だった乗客、武蔵野音楽大学生（当時21歳）が射殺された（ロングプリー事件）。
1959年6月19日、沖縄の米軍那覇サイト（現在の那覇空港）でMIM-14ナイキ・ハーキュリーズミサイルが誤射事故を起こし、沖合に着水。死者1名、負傷者6名。当時はミサイル誤射のみが発表されたが、2017年になって、NHKスペシャル「沖縄と核」でこのミサイルが核弾頭を搭載した核ミサイルだった事が報道され、「もし核爆発が起きていたら那覇は吹き飛んでいた」という当時の整備兵の証言も伝えられた。
同年12月4日、新潟日赤センター爆破未遂事件摘発。日本から朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）に向けた在日朝鮮人の帰還事業を阻止するため、大韓民国（韓国）の工作員が在日米軍基地を利用して日本に侵入したとされる。
1970年1月15日、神奈川県相模原市に居住する女性が絞殺され、農業用水路に投げ込まれた。同月20日、相模原警察署はキャンプ座間憲兵隊の協力で陸軍三等軍曹の逮捕状を請求。身柄を憲兵隊に預けた。
1970年1月19日、沖縄市那覇市内で自宅にいた女性が銃撃を受けて負傷する事件が発生。同月20日、付近の米軍住宅地域内で無許可でライフルの練習をしていた少年3人が逮捕された。
1970年12月20日午前1時半ごろ、沖縄市で、具志川市（現うるま市）に住む男性が京都ホテル前の24号線（現国道330号）を横断中、米人車にはねられ軽傷を負った。ちょうど糸満町（現糸満市）での女性れき殺後間もなかったことから、米憲兵とコザ署による事故調査を見ようと、中の町歓楽街の飲み客ら大勢の人が集まった。「女性の二の舞になるな」など罵声（ばせい）が飛ぶ中、米憲兵が威嚇発砲した。これにより住民の米軍への不満が一気に爆発。1000人に膨れ上がっていた群集は、米憲兵車や米人乗用車をひっくり返しガソリンをかけて放火した。その後も、沿道に駐車中の米軍ナンバーなどの米人車を次々に焼き打ちした（コザ暴動）。
1977年9月27日、海兵隊の偵察機（RF-4BファントムII）が厚木基地からの離陸直後にエンジン火災を発生。乗員2名は脱出して無事だったが、機体は横浜市緑区（現青葉区）の住宅地に墜落し、日本人の住民3名が死亡、6名が負傷（横浜米軍機墜落事件）。
1995年9月4日に、在日米軍海兵隊員2名と在日米軍海軍軍人1名の計3名が12歳の女子小学生を拉致し暴行した上、集団強姦（輪姦）した。実行犯である3人が日米地位協定の取り決めによって引き渡されなかったことが問題になった（沖縄米兵少女暴行事件参照）。
1996年1月、沖縄北谷町の国道で泥酔した普天間基地所属在日米軍海兵隊員が運転する車が交通事故を引き起こし、日本人母子3人が死亡した。また、2月には北中城村で、5月には石川市で米兵絡みの同様の交通死亡事故が相次いで起きている（在日米軍兵飲酒運転過失致死事件）。
1998年、飲酒運転した海兵隊員が18歳の女子高生が運転するバイクに衝突し、ひき逃げして死亡させた（米兵女子高生ひき逃げ過失致死事件）。
2002年11月2日、海兵隊少佐が駐車した車両内でフィリピン人女性に暴行を加え、強姦しようとしたが抵抗されたため未遂に終わり、さらに女性の携帯電話を強奪し投げ捨て損壊した強制わいせつ、器物損壊事件、強姦未遂事件が発生した（沖縄米兵強制わいせつ未遂事件）。
2002年4月横須賀で、空母「キティホーク」乗組員の在日米軍兵が在日オーストラリア人女性を強姦した。加害者は逮捕される前になぜか“名誉除隊”で帰国し逃走した。依然刑事処分を受けていない。また逆に被害者が、日本の神奈川県警察による事情聴取の段階で6人の警察官たちからセカンドレイプを受け、事件から8年間は人とご飯を食べられないなどのPTSD（心的外傷後ストレス障害）に苦しんできた。
2004年8月13日午後2時15分頃、在日米軍普天間基地所属の大型輸送ヘリコプターCH-53Dが訓練中にコントロールを失い、沖縄国際大学1号館北側に接触、墜落、炎上した。搭乗していた乗員3名は負傷したが、1号館内にいた大学職員20数名、他民間人に負傷者は出なかった。この墜落事故により同大学は電話・インターネット回線等を切断され、また接触した1号館はローターによる損傷と炎・ススによる被害を受け、またその周辺の木々も焼かれてしまった(沖国大米軍ヘリ墜落事件）。
2006年1月3日午前6時半頃、神奈川県横須賀市で、空母「キティホーク」1等航空兵で非番だった兵士（犯行時21歳）が、通勤途上で路上を歩いていた女性パート（当時56歳）に道を尋ねるふりして近づき、バッグを奪おうとしたところ抵抗されたので女性の顔面を殴打、近くの雑居ビルに引きずり込みさらに約10分間にわたり女性を殴る蹴るして内臓破裂で失血死させ、現金約1万5000円を奪った強盗殺人事件が発生。防犯ビデオ映像を基に神奈川県警察が在日米軍に照会し、米軍が調査した結果、容疑者の身柄を拘束、日本側への起訴前の身柄引き渡しに同意した。
2008年2月、キャンプ・コートニー所属の38歳の海兵隊員二等軍曹 (当時38歳) は、10日日曜日の夜に自分の車の中で14歳の沖縄の少女を駐車車両内で強姦した容疑で逮捕された（米海兵隊員14歳沖縄少女強姦事件）。
2013年8月5日に、キャンプ・ハンセン内の山林に空軍救難ヘリが墜落、乗員4人全員死傷。日本の消防に救急車が要請されながら現地では敷地内への入場を拒まれた。この墜落事件を受けて翌月3日、沖縄県の又吉進知事公室長は、ワシントンD.C.のアメリカ合衆国国務省で同省や国防総省当局者と米軍普天間飛行場移設問題をめぐり会談し、先の米空軍ヘリの墜落事故などを受け「沖縄の米軍基地に対する考え方はむしろ厳しくなっている」と楽観論を戒めている。
2016年5月19日、同年4月28日頃にうるま市の当時20歳女性を殺害・遺棄した疑いで当時32歳の元海兵隊員米軍属男性を逮捕（うるま市女性殺害事件）。
2021年5月29日、ミサイル駆逐艦ベンフォールド乗組員の大尉(リッジ・アルコニス)が、富士宮市内で道路の対向車線を越えて道路脇のそば屋駐車場に侵入、居合わせた日本人2人が死亡、1人が軽傷を負った。2022年に東京高裁で禁錮3年の実刑判決を受け、服役中にアメリカに移送され、無条件釈放となった。釈放運動に協力し、米国政府中枢に働きかけていた上院議員マイク・リーは、2023年1月13日にXで日本に対し、米国と大尉家族に対する謝罪要求をしている。
機密解除された米国の公文書によると、2008年5月17日までに、日本は在日米軍関係者の犯罪について、1953年に「重要な案件以外、日本側は裁判権を放棄する」密約に合意し、その後5年間に起きた約13000件の事件のうち、実際に裁判を行ったのは約400件で、97%の裁判権を放棄していたことが判明した（在日米軍裁判権放棄密約事件）。また、1958年、日米安全保障条約改定にあたり、米側は岸信介首相に、密約が結ばれている裁判権放棄を公的に表明するよう要求したが、国民からの批判を恐れ、岸は認めなかった。