防衛不祥事
日本 > 2000年代

2000年9月 - ボガチョンコフ事件。
2001年
6月 - 航空自衛隊のF-4EJが島松射爆撃場で機関砲が暴発。
12月 - 陸上自衛隊上富良野駐屯地の会計隊会計班長(のち懲戒免職処分)が、自衛隊から納入業者への支払いを指示する「国庫金振り込み明細表」を偽造し、11回にわたって国庫金を自分の口座などに約1880万円を入金させたなど横領した事件。旭川地裁は、有印公文書偽造・有印公文書行使及び業務上横領の罪で懲役3年の実刑判決を下し、刑が確定。
2002年2月 - 防衛庁が情報公開法に基づく資料請求者の身元を本人に無断で調査しリスト化。「市民グループ」「元自衛官」「マスコミ」等とまとめ、該当者については「反基地運動の象徴」「反戦自衛官」と注釈を付けていた事も発覚（海幕3等海佐開示請求者リスト事案）。当時の長官官房長と文書課長が更迭され、事務次官が減給処分、陸海空幕僚長も内規に基づく注意処分を受ける。
2003年2月 - 海上自衛隊補給艦から米補給艦への給油量取り違え事案。海上自衛隊の補給艦「ときわ」が、インド洋で米海軍補給艦および駆逐艦に給油を行い、給油量を正しく申告したにもかかわらず、海上幕僚監部が給油量を誤って記載し報告していた。後日、海幕は米海軍の報道発表と防衛庁側の発表との給油量の食い違いを認識したにもかかわらず、当時の海幕防衛部防衛課長が意図的に防衛庁長官および内部部局に報告をせず、事実を隠蔽した。2007年、外部からの指摘を受け防衛省が調査し発覚した。当時の海幕防衛課長を停職10日の懲戒処分相当(既に退職)とし、海上幕僚長以下海上幕僚監部課員10人を懲戒処分した。
2003年8月 - 沖縄・自衛官爆死事件。航空自衛隊那覇基地に所属する空曹長が非番中に爆死する事故が発生。捜査で多量の武器・弾薬を収集していたことが発覚した。
2004年
10月 - 護衛艦たちかぜ暴行恐喝事件 たちかぜ自衛官いじめ自殺事件。21歳1等海士が立会川駅で飛び込み自殺し、遺書には家族への感謝の言葉が書かれ、30代2等海曹Sへの批判と虐待の示唆も書かれており「日常的な殴る蹴るの暴行」「ガス銃 電気銃で撃つ」「視聴済みアダルトビデオを高額で買い取らせる」などの行為が書かれていた。Sはリーゼントで髪を固めサングラスを着用するなど暴力団員のような格好をしていたり艦内にエアガン ガスガンを不法に持ち込み重要精密機械があり立ち入り制限地区でゲームに興じたことが裁判で発覚。その後暴行恐喝アンケート隠蔽事件が発生。2014年5月 国が遺族に賠償を命じる判決が確定。2014年9月 海上幕僚監部はいじめ自殺事件に関わる調査書類を破棄するよう指示した当時の事案関係者34名を停職や減給の懲戒処分に処したことを発表。内部告発を行った三等海佐に対しては小野寺前防衛相が処分に対する否定的見解を表明していたこともあり処分の対象とはならなかった。
2005年
2005年前後 - ファイル共有ソフトの使用によるコンピュータウィルス感染と情報漏洩。この事件は、当時日本が購入を検討していたF-Xについて、アメリカ議会調査局が報告書で懸念していると記載されていた。
5月 - 5月31日付の読売新聞朝刊に、中国海軍の潜水艦が事故のため南シナ海で航行不能と報じられた。これに伴い、2008年3月25日陸上自衛隊警務隊は記者に情報を提供した情報本部の1等空佐を自衛隊法違反（防衛秘密の漏洩）で東京地検に書類送検。1佐は懲戒免職となり起訴猶予処分。
11月 - 航空自衛隊浜松基地で3等空曹が指導役の隊員から再三にわたる暴言や暴行の上「反省文100枚、でなければ辞表だ」と強要されるパワーハラスメントを受け、うつ病で自殺。上司も放置したとして2008年に遺族から防衛省と共に提訴され、2011年7月、請求8千万円に対し3千万円の賠償を命じられる判決が確定。
2006年
1月30日 - 防衛施設庁談合事件。この事件を受け防衛施設庁は、翌年防衛省に統合される形で廃止される。
2月 - 護衛艦あさゆきの関係者所有とみられるPCから海上自衛隊の暗号資料など極秘文書が流出。防衛庁は暴露ウイルス対策として自衛隊より私物PC持込排除を行った。
5月 - イラク派遣中の陸上自衛隊第9次復興支援群の准陸尉が、9mm拳銃の実弾を宿営地外で紛失したにもかかわらず、それを隠蔽していたことが発覚。イラク派遣部隊初の懲戒処分（停職）を受ける。
9月 - 航空自衛隊北部航空警戒管制団の女性士長が、勤務中の男性三曹から呼び出された上、性的暴力を受けたりし、その後基地幹部に訴え出たものの、逆に退職を強要されたため在職中の2007年5月に札幌地方裁判所に提訴。原告の隊員は提訴後の2009年3月任期満了後の継続任用拒否によって退官。2010年7月29日に同地裁は、「上下関係などを利用した性的暴行で、また、上官らが露骨に退職に追い込もうとした」として、組織的なセクシャルハラスメントと認定し、約580万円の支払いを命じた。控訴せず一審判決が確定。
5日 - 海上自衛隊大湊地方総監部に停泊中のミサイル艇が20mm機関砲を誤射し、総監部庁舎が一部破損。また一部が近隣の住宅地に着弾。ミサイル艇隊司令など5名が懲戒処分を受ける。
8日 - 玖珠駐屯地武器亡失事件。第4師団総動員で捜索するも発見には至らず。事故調査の過程でずさんな武器庫管理の実態が明らかとなり、森勉陸上幕僚長を含む多数の隊員が処分される。
6月～9月 - 自衛官による薬物事案が相次いで発生したことを受け、全隊員に対する薬物検査を実施。以後の採用及び入隊時の身体検査にも薬物検査が行われるようになり、防衛省は毎年6月を薬物撲滅強化期間として取締を強化する。
11月 - 真駒内駐屯地で第11後方支援連隊輸送隊所属の1等陸士（当時20歳）が徒手格闘訓練中に死亡。2010年に遺族が提訴。2013年4月に国に対して総額約6500万の支払いを命じる判決が確定。
2007年
1月 - イージス艦情報漏洩事件。12月に漏洩源である3等海佐が逮捕される。容疑者は日米相互防衛援助協定等に伴う秘密保護法違反罪での立件（同法施行後初の違反者）となった。
6月7日 - 陸上自衛隊情報保全隊がイラク戦争当時反戦運動団体の集会を監視し、参加者の発言などを記録していたことが判明。監視対象にされていた住民達が提訴し、結果2016年2月、違法性が認定され一般市民の1人への賠償が命じられる。
6月22日 - 陸上自衛隊1等陸佐が野外炊具1号を納入する伸誠商事の役員から金銭を受け取った見返りとして同社に便宜を図った疑いで逮捕の後懲戒免職。
11月28日 - 山田洋行事件。防衛事務次官・守屋武昌と妻が収賄容疑で逮捕される。山田洋行の専務からゴルフ旅行などの接待を受けた見返りに防衛装備品の調達で便宜を図った疑い。
2008年
2月19日 - イージス艦衝突事故。
6月12日 - 第37普通科連隊でレンジャー訓練中、疲労のため座り込んでしまった陸士長が教官の1等陸曹から「立て」などと怒鳴られた上、平手打ちを数回受け、目に障害の残る重傷を負う。1曹は12月に傷害罪で罰金40万円の略式命令、2011年4月に停職7日間の懲戒処分。陸士長は2009年8月に賠償を求めて提訴し、2011年5月、請求額の9割を受け取る内容で防衛省と和解。
8月 - さわぎり事件。自殺した乗組員の遺族が防衛省を提訴。自殺と上官の言動に因果関係があった旨が認定され、防衛省に賠償命令が下される。
10月13日 - 海上自衛隊第1術科学校特別警備課程（特別警備隊員養成部門）で7月と9月に、別隊への異動が決定していた隊員に対し「餞別の対集団格闘訓練」が行われ9月に異動予定だった隊員は急性硬膜下血腫で死亡。審判役の2等海曹が2009年8月に業務上過失致死で罰金刑。防衛省の事故調査委員会は「不必要で危険度も高かった」として2等海曹を停職20日とした他19人に懲戒処分、赤星慶治海上幕僚長に注意処分。
10月15日 - 医療機器汚職。防衛医科大学校病院眼科部長が、「ヤマト樹脂光学」（破産）社長から病院への医療機器導入で便宜を図った見返りに現金250万円を受け取っていた事、他にも前任者の当時から不適切な関係が続いていた事が判明。収賄容疑で逮捕の後、2009年3月に自衛隊員倫理規定違反で懲戒免職。刑事処分としても有罪判決が下される。
10月16日 - 硫黄島航空基地で勤務する一等海曹が歓迎会で泥酔した後、転倒して負傷。この海曹を本州まで緊急輸送するため海上自衛隊のP-3Cが出動した。P-3Cの燃料代は108万円ほどかかった。
10月31日 - 田母神論文問題。田母神俊雄航空幕僚長が民間の懸賞論文に応募し最優秀賞を受けたが、応募作は政府統一見解に真っ向から反する内容だったことが発覚。文民統制に逆らうものであるとして幕僚長を解任される。
11月25日 - 航空自衛隊第1術科学校で校長のセクシャルハラスメントが発覚。8月下旬に女性隊員の身体を触るなどしていたという。航空幕僚監部付へ更迭の後停職処分を受け依願退職。なお、この更迭人事は当初官報にのみ記載されており防衛省から公表されていなかったことが後に指摘されたため、これを不祥事の隠蔽にあたると判断した時の防衛大臣・浜田靖一はこれ以降、1佐以上の人事発令については不定期異動を含めすべて公表するよう指示した。
2009年
7月 - 練馬駐屯地内における薬物汚染。所属隊員が大麻取締法違反で逮捕（後に懲戒免職）されたことを受け、駐屯地の隊員2000名の尿検査を実施したところ、4名から大麻の陽性反応を検出（うち2名が懲戒免職）。また、多賀城駐屯地で懲戒免職となった隊員は入隊前から薬物の使用歴があったことも判明。後日、この隊員に乾燥大麻を譲渡した小学生時代からの友人も同法違反の罪で逮捕。
8月 - 自衛隊鹿児島地方協力本部募集所長の1等陸尉が、火箱芳文陸上幕僚長も含めた全陸上自衛官14万人分の「隊員出身地カード」（隊員の本籍・家族構成・続柄・所属部隊等が記載）の内容を無許可でCD-Rに複写して部外者（先物取引業者）に売却していた事が判明。行政機関個人情報保護法違反容疑で警務隊に逮捕される。同年12月、鹿児島地裁で1尉に懲役2年、情報を購入した業者に懲役10ヶ月の実刑判決が下され、1尉は懲戒免職処分。