おのみちバス
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市内沿岸部を貫く国道2号線（在来線）を中心に沿い「東行」「西行」と称し、尾道駅を経由または発着し連続運行をしている。東行きは市境付近の高須地区を経由する。
15・14・13/21 尾道駅-尾道国際ホテル前-尾商入口-合同庁舎入口-鳴滝登山口
鳴滝登山口で三原方面のバス（トモテツバス）に接続。
かつて三原市交通局と共同で尾道駅 - 三原駅間を運行していた名残で、鳴滝登山口で乗り継ぐ場合は乗り継ぎ券を発行し、尾道駅 - 三原駅間は通算運賃が適用されていたが、2024年3月31日をもってこの制度は廃止された。
登山口止まりになってしまったため尾道市域にありながら三原側のバスしか停まらない「選果場前」「福地浜」2バス停が存在する。
10・2/22 尾道駅-尾道国際ホテル前-尾商入口-尾商正門前-合同庁舎前-尾道商業高校（復路は尾商正門前・合同庁舎前を通らない）
12・2/20 尾道駅-尾道国際ホテル前-尾商入口-吉和小前-木曽病院前-平原市営住宅前-JA尾道総合病院前（循環）
40・21・1/13・14・15 尾道駅-渡場通り-長江口（千光寺山ロープウェイ乗り場）-防地口-浄土寺下-尾道造船前-山波-（山波以東は以下の経路）
15 -ベイタウン-JA産直前-高須車庫
15 -ベイタウン-JA産直前-防災センター-東尾道駅
14 -ベイタウン-組合会館前-フジグラン前-高須車庫-東尾道駅
ベイタウン尾道（尾道総合卸売センター）内を経由する。
13 -大田橋-高須新涯-高須車庫
13 -大田橋-山本病院前-池の浦-東尾道駅
1-1/19 尾道駅-渡場通り（海岸）-市役所前-浄土寺下（海岸）-尾道造船前-山波-ベイタウン-JA産直前-高須車庫（平日のみの運行）
2009年7月31日まではそれぞれの路線名がついていたが三美園地区の尾道中学校・高等学校が向島地区へ移転したことをきっかけに路線名称を統合した物で、それぞれの地区への経路はそのままである。どの路線も長江通り（広島県道363号栗原長江線）を経由するが、道路は全般にわたり狭隘で中型車の運用が目立つ。
このうち栗原循環線は元々は亀川までの旧市街地を循環する市内線であったが新尾道駅の開業と共に路線が延長された。路線延長の際は中国バスとの路線権利の関係で一部の便のみしか新駅まで延長されなかったが、現在では全便乗り入れている。
三美園線
5/51 尾道駅- (長江経由) -新尾道駅-北久保-プレス工業前-三美園
5-1/50 尾道駅-（市役所前経由）-北久保-プレス工業前-三美園
新尾道・栗原循環線
52→3 尾道駅-栗原本通り-亀川-新尾道駅-亀川-長江口-尾道駅（尾道駅を起終点とする循環・両方向運行）
新尾道・合同庁舎線
22 新尾道駅-亀川-栗原本通り-尾道国際ホテル前-尾商入口-尾商正門前-合同庁舎前-尾道商業高校
平日朝に0.5往復だけ（尾道商業高校行きのみ）の路線である。
中野・如水館線
5/53 尾道駅-長江口-亀川-新尾道駅-松岡団地口-三成-木梨口-遊亀橋-木頃本郷-中野-如水館前
千光寺公園線
5/59 尾道駅-長江口-千光寺公園（-栗原本通り-尾道駅）
観光名所への路線であるが本数は少ない。通常は終点から長江口へ折り返すが、観光シーズンには増発の上、交通規制の関係で栗原本通りから尾道駅へ向かう。
びんご運動公園線
5/54 尾道駅-長江口-亀川-新尾道駅-びんご運動公園
日曜・祝日に0.5往復だけ（運動公園行きのみ）の路線であるが、運動公園でプロ野球などのイベントが行われる際には多数増便される。尾道工業団地線（びんご運動公園北門行き）が開設されたためびんご運動公園へはそちらが便利となる。
新高山地区に作られた尾道市民病院への大切な足となる路線。基本は尾道駅と市民病院への往復運転であるが、近隣のふくしむらへの循環運転や後述の尾道工業団地線・駅前向東線・尾道学園線と瀬戸田線も乗り入れる。
1/10 尾道駅-長江口-浄土寺下-新高山-市民病院-ふくしむら（循環）-市民病院
久山田地区にある尾道市立大学へ向かう路線。尾道バイパス-平原台-JA尾道総合病院を経由する便もあるが数は少ない。
急行便の設定があるが、各停の平原台を経由しない門田トンネル便のことを指すもので、元々は本数も利用も少なかったが、2010年春の改正時に雨天通学時に運行する臨時便に代わって学休便として増便され、学生から通学便として広く認知されるようになった。更に2011年春の改正時に尾道駅からの直通便も設定された、同線で初となる桜土手経由であるが途中バス停には停車しない、因島線・市内本線用の大型車で運用されることが多い。
3/31 尾道駅-栗原本通り-新尾道駅-（川上／門田トンネル／門田トンネル・JA尾道総合病院）-尾道市立大学前-陽光台
3/32 尾道駅-（直通便　桜土手-門田トンネル）-尾道市立大学前
3/30 新尾道駅-亀川-栗原小学校北-川上-尾道市立大学前（休日運休）
2013年4月1日に開設、東尾道駅と向島にある尾道学園を市民病院経由で結ぶ。在来国道2号線経由のため東尾道駅-市民病院間の経路は尾道工業団地線と大きく異なる。その後、東尾道駅-市民病院間は廃止された。
01/0 市民病院-尾道大橋-二番潟-尾道学園・向島支所（休日運休）
「兼吉」（「尾道渡船」向島側乗船場）より、島内各所および対岸の岩子島を結ぶ。しかし平日には二十数本、土曜は数本まで減便、日・祝日は運休するので利用には注意が必要である。兼吉バス停では、大林宣彦監督の映画「あした」で使用されたオープンセットが移築され待合所として使用されている。
向東線
0/02 向島支所-駅前渡船-（兼吉）-二文堂-歌桟橋-古江浜-潮見が浜
月曜から金曜のみ朝夕に3往復、1/11 尾道駅前-尾道大橋-二文堂-歌桟橋-古江浜-潮見が浜便が運行されている、市民病院経由便も設定される。
江の浦線
0/03 向島支所-駅前渡船-（兼吉）-高見小学校前-江の浦（2013年ごろに洋らんセンター経由は廃止）
旧市営バス吉和車庫時代には、尾商-尾道駅前-尾道大橋-二番潟-東西橋-江の浦といった入出庫系統が存在した事があった。吉和車庫時代は回送に公営渡船（現在の尾道渡船）を利用していた時期もある。
向島西循環線
04 向島支所-駅前渡船-道越-（岩子島）-向島農協前-向島支所（左回りのみ運転）
尾道学園線
0/01 向島支所-尾道学園-二番潟-尾道大橋-市民病院
2013年4月1日時刻改正により、島内ターミナルが「兼吉」から「向島支所・駅前渡船（向島側乗船場）」に変更となり、併せて向東線（潮見が浜線）立花線（江の浦線）岩子島線（向島循環線）へと名称変更された。岩子島線は循環線を維持するものの、道越を先回りする終日片方向運転となる。兼吉には向東線と立花線の一部の便が経由するのみとなり、それも平日に限られる。さらに市民病院・兼吉線も尾道学園線に改組され兼吉には立ち寄らなくなった。
2009年4月1日に開設された新規路線。元々は2007年2月に東神観光バス尾道営業所が日東電工尾道事業所の従業員送迎用貸切バスを受諾したのが始まり。その後おのみちバス、鞆鉄道、中国バスが参入し、一般路線化したものである。なお一般路線化を前提に日東電工が工業団地内にバスロータリーを造り尾道市に寄贈している。なお路線は元々送迎バスの性格を持っているため、上り下りの便で運行間隔に偏りがあったり、日東電工の社員寮が沿線にある地域を主に開設されている。
41・40/4 びんご運動公園北門-尾道工業団地-木梨口-三成-松岡団地口-竹屋口-（新尾道駅）-福祉センター前-尾道駅（2020年3月28日まで中国バスとの共同運行だった）
びんご運動公園北門発着便のみ新尾道駅を経由する。
40/15 尾道工業団地-木梨口-三成-松岡団地口-竹屋口-福祉センター前-尾道駅-山波-JA産直前-高須車庫
40/15 尾道工業団地-木梨口-三成-松岡団地口-竹屋口-福祉センター前-尾道駅-山波-大田橋-高須車庫
80/8 尾道工業団地-木梨口-三成-三美園-市民病院-東尾道駅-バイパス東口
尾道工業団地-木梨口-三成-三美園-市民病院-向東農協前（2010年3月末日をもって運行廃止）
90/9 尾道工業団地-木梨口-三成-西藤口-松永駅南口-松永（鞆鉄道との共同運行）
因島大橋開通後の因島への足で、本四バス開発と因の島運輸との共同運行である。因島市は尾道市に合併されたが、回数券や乗降バス停の取り扱い等は従前と同じく他路線と一部異なる。また、しまなみライナー （尾道 - 今治線）の廃止に伴い、しまなみライナー（福山・広島 - 今治線）の今治方面と尾道方面を因島大橋で乗り継ぐ際には割引運賃が適用される。2008年6月1日の道路交通法改正以降、シートベルトが設置されていないバスは緩和措置の適用を受け、しまなみ海道を60km/h以下で走行している。車内には60km/h以上で走行すると点灯する警告灯（黄色）が運転席後部の、旅客から見える部分に設置されている。おのみちバス担当便は固定であるが、因島側の本四バス開発と因の島運輸は毎年担当便を入れ替え、売上等に偏重の出ないようにしている。新尾道駅発着便および駅前渡船経由・安郷発着便は2014年9月1日ダイヤ改正で廃止されている。
7/70 尾道駅-尾道大橋-二番潟-尾道学園前-因島大橋（大浜PA）-鬼岩-（因島）土生港前
2010年4月1日運行開始。広島県立瀬戸田病院の尾道市への移管（尾道市立市民病院付属瀬戸田診療所）にともない、平日の一部の便は尾道市民病院を経由するように設定された。また瀬戸田地区への観光への便として往復割引も設定されている。生口島内は尾道発降車、尾道行乗車のみで、島内相互の利用はできない。2011年5月6日より平原台のJA尾道総合病院を発着する便も平日の一部のみ作られ、尾道市民病院は休日も経由するようになった。また瀬戸田側の停留所も生口橋入口、高校前（広島県立瀬戸田高等学校）、林公民館が追加された。
20・1/12 JA尾道総合病院-尾商入口-尾道国際ホテル前-尾道駅-市民病院-（尾道大橋）-二番潟-尾道学園前-向島BS-因島重井バスストップ-生口橋入口-高校前-林公民館-瀬戸田診療所-サンプラザ前-耕三寺-瀬戸田港
生口島内のバス停は本四バス開発の島内路線のものを利用するが、かつて同線を運行した本四バス開発は参入しない、単独運行のため尾道駅-向島BS間全てのバス停に停車する。
運行開始当初は平日7便（内6往復が市民病院経由、JA尾道総合病院発が4便、着が3便）、土休日4便（内3往復が市民病院経由、JA尾道総合病院発着は無し）であったがその後全便市民病院経由になり平日5往復（うち2往復がJA尾道総合病院発着）、土休日3往復（JA尾道総合病院発着無し）まで減便されている。
尾道駅 - 耕三寺間に往復割引券（1,700円）が設定される、通常片道運賃は980円（瀬戸田港までは1,000円）。