統合幕僚長
統合作戦司令官新設による統合幕僚長の職務変更

→詳細は「統合作戦司令部」および「統合作戦司令官」を参照
統合幕僚長は、アメリカ合衆国の場合と例示・比較し、文民の最高司令官であるアメリカ合衆国大統領と国防長官の最高軍事補佐機関であるスタッフとしての統合参謀本部議長の職務と、最高司令官の命令を武官として最高の立場で指揮するラインとしての統合軍司令官の機能を併存させている。そのため、大規模災害や有事の際に、内閣総理大臣や防衛大臣への補佐と各部隊への指揮という2つの任務に忙殺され対応できない可能性も指摘されるようになった。2012年（平成24年）11月の「東日本大震災への対応に関する教訓事項（最終とりまとめ）」においても、補佐と指揮は両立し得たものの、統合幕僚監部の業務増大に伴う様々な機能強化が必要とされ、運用部副部長の設置等の対応があげられている。
2010年代半ばには、運用機能の更なる強化手法として、統合幕僚監部から隷下の運用部を切り離すなどして、新たに統合幕僚監部とは別の常設の「統合司令部」を創設、「統合司令官」のポストを新設してこれに部隊運用に行わせ、統合幕僚長を大臣補佐に専念させる構想が検討され始めた。
2022年（令和4年）6月6日、中国の海洋進出により台湾有事の可能性が高まっていること、宇宙・サイバー・電磁波などの安全保障の新領域へ対応するために、新たに統合司令部を創設して新設する統合司令官を部隊運用に専念させることへの本格的な検討に入ったと報じられた。
そして2022年（令和4年）12月16日に閣議決定された防衛力整備計画（旧・中期防衛力整備計画）において、常設の統合司令部が設立される方針が示された。報道によれば規模は400人程度（ただし、設立当初は240人程度）とされ、2024年（令和6年）度中の設立を目指して調整しているとされている。設置場所としては、陸海空の各自衛隊がそれぞれの拠点の近くに統合司令部を置きたいという狙いもあって、陸上総隊司令部が置かれる朝霞駐屯地や、航空総隊司令部や在日米軍司令部がある横田基地、自衛艦隊司令部や米海軍第7艦隊の事実上の母港である横須賀海軍施設がある横須賀基地を候補地とする見方もあったが、市ヶ谷に置かれる方針が決定している。
2024年（令和6年）5月10日、統合作戦司令部や統合作戦司令官の設置を盛り込んだ防衛省設置法等の一部を改正する法律（令和六年法律第二十四号）が成立した。2025年（令和7年）3月末までに統合作戦司令官 / 統合作戦司令部が設置されることに伴い、統合幕僚長の職務から部隊運用に関する権限が分離し、防衛大臣や内閣総理大臣の補佐に注力できることになる。
アメリカ軍とのカウンターパート比較
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アメリカ軍とのカウンターパート比較（統合作戦司令部設置後）
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|   |   | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 |   |   |
|   |   | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 | 統合作戦 司令官 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 | インド太平洋軍 司令官 |   |   |
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