両統迭立
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安和2年（969年）、冷泉は皇太子守平（のちの円融天皇）に譲位した。譲位の宣命では、師貞を皇太子に立てることがはっきりと命じられていた。円融は、のちの鎌倉時代の花園や後醍醐と同様の“中継ぎ”の天皇とされたのである。そのため、后が皇子を生んでも皇位を継ぐ見込みのないと思われた円融には藤原兼通（師輔の次男）の娘媓子のみが入内していた。
しかし、花園や後醍醐のケースと異なり、冷泉と円融のケースでは、父村上、母安子、外祖父師輔がいずれもすでに没しており、皇位継承をコントロールする親権者が存在しなかった。さらにこの時期、師輔の弟師尹、兄実頼が相次いで死去し、次代の外戚の地位をめぐって実頼・師輔・師尹の子どもたちの世代の貴族たちが相争う状況が生じていた。円融もこのような権力の空白状況のなかで、新皇統を確立する可能性のある候補者として注目される。天禄3年（972年）に師輔の長男であった摂政の藤原伊尹が急逝すると、師輔の次男である兼通と三男である兼家が後継を争った。その際、元服したばかりの円融は兼通が持ってきた亡き母・安子の書きつけに従って兼通を関白に任じた。栗山圭子は安子が亡くなる際に、伊尹や兼家が冷泉のみを庇護して他の皇子女を庇護しなかったことを憂慮して守平（後の円融）らを中宮権大夫であった兼通に託し、兼通もその遺命に従って円融らを庇護した結果、冷泉-伊尹・兼家と円融-兼通の皇統を巡る対立構図が生まれ、円融の事実上の唯一の外戚となった兼通が関白に任ぜられたとする。伊尹・兼家から「一代主」とみなされた円融と一族の中では冷遇されていた兼通は協力して独自の皇統を創始する意欲を持っていたとみられる。兼通は程なく没したものの、こうした動きをみた他の有力貴族も娘を円融に入内させる動きを見せ、藤原頼忠（実頼の長男）の娘遵子、藤原兼家の娘詮子ら、円融は皇后となり皇太子を産むにふさわしい身分の妻と有力な外戚の後ろ盾を得ることができた。円融も最初に皇后とした媓子の没後、皇子懐仁親王を産んだ詮子をさしおいて、皇子のいない遵子を皇后に立てるなど、貴族たちを手玉に取るような行動にも出ている。
この行動は、兼家・詮子父子の憤激を招き、詮子の内裏退出と兼家一家の政務ボイコットという事態に至った。円融と兼家は対立の末にひとつの妥協点を見出した。円融が譲位する代わりに、懐仁を皇太子に立てるというものである。円融は子息の皇位継承を確実なものにして“中継ぎ”の立場を脱することに成功し、兼家は外孫を皇太子にすることに成功した。両者にとって大きなメリットのある妥協であった。このときの譲位の宣命には、懐仁を皇太子に立てることと、頼忠を関白に留任させることが明記されている。
こうして永観2年（984年）、円融は皇太子師貞に譲位した。次の皇太子には懐仁が立てられた。即位した師貞（花山天皇）は、外祖父伊尹がすでに死去し、外戚関係にない頼忠が関白の地位にあることを踏まえ、伊尹の五男義懐と乳母子の藤原惟成を相談役として、関白に政務を委任することなく積極的に親政を行った。新立荘園の停止、貨幣流通の促進、物価の公定などの新政策が次々に打ち出された。さらに関白である以上は当然のこととして太政大臣を兼ねていた頼忠は、太政大臣は一上となることができない慣行のため、練達の左大臣源雅信が一上として太政官の実務を切りまわすことを阻止できず、その権威をさらに失墜させた。
しかし、花山は父の血を受け継いだのか、性格に異常なところがあった。それは特に女性関係に現れた。特定の女性に執着して異常に深く寵愛しながら、やがて飽きて別の女性に寵愛を移す、ということが繰り返された。寛和2年（986年）、当時花山の寵愛をほしいままにしていた女御藤原忯子（為光の娘）が病死した。忯子は妊娠中であったが、出産準備のため実家に戻ろうとしたのを花山が無理に引き止めたため体調を崩して死に至ったものである。花山の悲しみは尋常ではなく、出家遁世を考えるほどであった。花山の幼なじみであった藤原道兼（兼家の三男）の教唆もあって花山はついに出家を決意、夜陰に乗じて内裏を抜け出し、道兼に付き添われて山科の元慶寺（花山寺）に赴き剃髪した。出家により花山は自動的に退位したことになった。道兼の行動はもちろん父兼家と示し合わせてのものであり、花山が元慶寺へ向かう道筋は兼家が派遣した武士たちにより警備されており、道兼が花山とともに出家させられそうになったときは武士たちが実力で救出する手はずになっていた。兼家自身は天皇不在の内裏に深夜参入し、大急ぎで譲位の手続きを進めて翌朝には皇太子懐仁（一条天皇）を践祚させた。兼家は新天皇の外祖父として頼忠に代わって摂政となった。
まだ7歳の一条に当然皇子はなくかつ円融の唯一の皇子であったこと、花山にも皇子がいなかったことから、皇太子は冷泉の息子たち（花山の弟たち）から選ぶほかなく、兼家の娘超子が産んだ冷泉の第2皇子居貞親王が皇太子となり、ここに両統迭立の状況が出現した。居貞は一条より4歳年上であり「老東宮」などと揶揄された。兼家は天皇と皇太子の外祖父を一身に兼ね、絶大な権力を掌握した。円融も幼帝の父として一定の政治的影響力を獲得し“院政”的な状況を生み出した。
永祚2年（989年）に兼家が死去し、翌正暦2年（990年）に円融も死去して、円融即位直後の“親権者不在”の状況が再現した。違ったのは、一条の母詮子がなお健在だったことである。兼家の跡は長男道隆が継ぎ、娘定子を后位に空席がないにもかかわらず強引に皇后に立てるなど、一時は強力な権力を振るったが、長徳元年（995年）に病死、跡を継いだ道兼も道隆に1ヶ月ほど遅れて病死し、道隆の嫡男伊周と兼家の四男道長が跡目を争った。結局、詮子の支持を受けた道長が最終的な勝利を手にし、内覧の地位に就いた。道長はその後、伊周の起こした不祥事に乗じて伊周を大宰権帥に左遷し、娘彰子を一条の皇后としている。また、あえて関白に就任せず、内覧のまま左大臣にとどまることで関白の権限と一上の権限を一手に握り、権力を盤石のものとした。
政局がもっぱら一条を中心として展開してゆくなかで、皇太子居貞は孤立しており、皇統としての冷泉流の劣勢はあきらかだった。狂気の父冷泉はもちろん、政治に関心を失い、信仰にのめりこむ一方で、遊興と漁色にふけることも忘れない兄花山もまったく頼りにならなかった。居貞は藤原済時（師尹の長男）の娘娍子と道隆の娘原子を妻としていたが、済時と道隆は長徳元年に揃って死去してしまい、居貞は有力な外戚の後ろ盾を得ることもできなかった。しかも原子は長保4年（1002年）に子どもを遺さずに死去してしまった。また、一条がわずか11歳で入内した彰子が皇子を産むのを待ち続けた結果、居貞は皇太子のまま25年も即位を待たされることになった。
寛弘8年（1011年）、一条は死に臨んでようやく皇太子居貞（三条天皇）に譲位した。次の皇太子には、彰子が産んだ一条の第2皇子敦成親王が立てられた。この立太子も一条の譲位の宣命により命じられたものである。次代の天皇の外祖父の地位を確保した道長は三条の早期の譲位を望み、両者の折り合いは悪かった。一方で、道長は娘妍子を三条の皇后にしようとして、長年連れ添った娍子を尊重する三条とさらに軋轢を生じさせた。結局、定子と彰子の2人を同時に皇后としていた一条の先例にならい、娍子と妍子を揃って皇后とすることになったが、道長の強大な勢威と三条の権力基盤の弱さを反映して、まず妍子を立后させ、その後に娍子を立后させることになっただけでなく、妍子の立后の儀式には多くの貴族たちが積極的に協力したのに対し、娍子の立后の儀式には道長の妨害工作もあって貴族たちのサボタージュが続出し、三条やその側近たちを憤激させた。
やがて三条が眼病を患うと、道長ははっきりと三条に譲位を勧めるようになり、視力の低下で政務や日常生活にも支障をきたすようになった三条は、長和5年（1016年）には皇太子敦成（後一条天皇）に譲位せざるを得なくなった。三条の強い意向により、皇太子には娍子を母とする三条の第1皇子敦明親王が立てられた。三条は、譲位の宣命に敦明の立太子を命じる旨を明記して、道長の反対をあらかじめ封じ込めることを忘れなかった。
敦明は皇太子にはなったものの、やはり父同様に道長からの圧迫と政界での孤立に悩むことになった。寛仁元年（1017年）に三条が死去すると、敦明はついに皇太子の辞退を決意した。これは単なる逃避行動ではなく、政治的取引であった。敦明は、皇太子の地位と引き換えに、太上天皇に准じた待遇を得て、さらに道長の娘婿となることを交換条件として提示し、道長に承諾させたうえで皇太子を退いている。この約束は遵守され、敦明には上皇に准じて「小一条院」の院号と年官年爵などが与えられ、上皇同様に院庁も設置されている。また道長の娘寛子が小一条の女御となった。代わって皇太子に立てられたのは、後一条の同母弟（彰子の息子）であり、やはり道長の外孫である敦良親王（のちの後朱雀天皇）である。こうして、道長の権威と権力が朝廷を圧するなかで両統迭立は終焉し、皇統は円融の子孫に一本化された。