特別永住者
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一般永住者とは異なる枠の「特別永住者」が発生した経緯を概説する。
1895年の台湾編入や1910年の日韓併合により、台湾人や朝鮮人などは日本国籍となった。同じ「帝国臣民」ではあるが、内地戸籍にある内地人と台湾戸籍にある台湾人、朝鮮戸籍にある朝鮮人とでは戸籍の相互の移動は、原則として認められていなかった。内地人と台湾人、朝鮮人が同等に権利が認められいたかについては、制度ごとに扱いが異なり、例えば衆議院議員選挙の参政権については、属人的に台湾人、朝鮮人に対し否認されていたわけではなく、衆議院議員選挙法が台湾、韓国に施行されないことにより属地的に否認されており、従って内地人でも朝鮮に居住する場合は、衆議院議員選挙権がなく、逆に朝鮮人でも内地に居住すれば衆議院議員選挙権があった。
1945年、ポツダム宣言の受諾による日本敗戦と第二次世界大戦の終結により、在日旧植民地出身者が、1952年4月28日まで、法律上なお日本国籍を保持していたことに端を発する。
1945年（昭和20年）末からGHQ指令による非日本人の送還が始まり、12月には清瀬一郎らの主張により、戸籍法の適用を受けない者（旧植民地に戸籍法が適用されず、台湾戸籍又は朝鮮戸籍に掲載されていた。）の参政権を「当分ノ内停止」する内容の、衆議院議員選挙法改正法が制定された。同様の条文は、1946年に制定された参議院議員選挙法や東京都制・府県制・市制・町村制のそれぞれの一部を改正する法律や1947年制定の地方自治法にも同様の内容の規定が盛り込まれている。この「戸籍法の適用を受けない者の参政権を当分の間停止する」規定は現行の公職選挙法附則第2項や地方自治法附則第20条にほぼそのまま残っている。
終戦直後にはおよそ200万人の朝鮮人が居住していたとされるが、そのうちの150万人前後は1946年3月までに日本政府の手配で帰還している（うち、徴用で来日したものは245人が残留）。
1946年、GHQ・日本政府は植民地出身者を「日本国籍を保有するとみなされる」とし、地方の法律・規則に服すこと、1947年には、日本学校に通学することを義務づけ、これにより都道府県は、朝鮮学校閉鎖令を出したが、これに反発した在日朝鮮人が阪神教育事件（1948年）を起こしている。
1947年5月2日に、最後のポツダム勅令として制定された外国人登録令第11条により「台湾人のうち内務大臣の定める者及び朝鮮人は、この勅令の適用については、当分の間、これを外国人とみなす」とされ、これにより日本の居住する植民地出身者は外国人登録申請の義務が課せられた。また、外国人は、連合国軍総司令官の承認を受けて本邦に入る場合を除き、本邦に入ることが禁止された。ここでの本邦は、内務大臣の指定する地域を除くとされ、具体的には、 外國人登錄令施行規則（昭和22年内務省令第28号）により、朝鮮台湾等が、外国人登録令での本邦から除外された。その結果朝鮮半島から日本列島への移動は、原則禁止された。なお、外国人登録令は、基本的には外国人登録について規定するが、入国管理に関する法令で通常は規定する外国人の退去強制についての規定も含んでいる。
1948年、韓国・北朝鮮は、それぞれ連合国軍政から独立した。1948年4月3日に済州島四・三事件が起こり、在朝鮮アメリカ陸軍司令部軍政庁支配下にある南朝鮮（現在の大韓民国）政府が、島民の動きに南朝鮮労働党が関与しているとして、島民全人口の20%にあたる6万人を虐殺、島内の70%が焼き尽くされた。この事件に続いて同年10月19日、麗水・順天事件が起こり反乱軍のみならず8000人の民間住民が虐殺された。これらの虐殺事件の際にも、済州島や全羅南道から、多くの韓国人が日本に不法入国した（1955年までに1万2500人）。
これらの事件について、韓国政府は長い間タブー視し、事件の全容が明らかになったのは、民主化宣言後の1990年代以降である。但し、日本は1952年のサンフランシスコ平和条約発効まで、国際法上の朝鮮半島の領有権を喪失していなかったため、「不法入国」という表記は正しくないという説もあるが、既に朝鮮半島の実効支配権を失っており、またポツダム宣言には朝鮮の自由と独立などに言及したカイロ宣言の条項履行対象が記載されており、日本の朝鮮半島領有権喪失は既定路線となっていた。当時の日本国政府や新聞では、この時期に朝鮮半島から密航してくる者を「不法入国者」としており、日本政府も取締りを行っている。
1949年には、当時の吉田首相が、在日朝鮮人は100万人程おり、その半数は不法入国で、日本で犯罪を犯す者も多く、日本の復興に全く貢献していないので、「日本の経済復興の貢献する能力を有すると思われる朝鮮人」以外は、日本が費用を持つので母国たる朝鮮半島に帰還して欲しいという「在日朝鮮人に対する措置（1949年）」文書をマッカーサーへ提出している。
1950年6月から1953年7月にかけては、朝鮮戦争が勃発し、半島全土が荒れ地となる。
1952年、サンフランシスコ講和条約発効により日本が国家主権を回復すると、同時に日本領土の最終画定に伴う朝鮮の独立を承認した。これにともない日本政府は「朝鮮人は講和条約発効の日をもって日本国籍を喪失した外国人となる」という通達を出し、旧植民地出身者は名実共に日本国籍を失った。
日本国籍を失った在日韓国朝鮮人は法律で「在留資格及び在留期間が決定されるまでの間、引き続き在留資格を有することなく本邦に在留することができる」とされた。また韓国政府は、日本の要請があっても在日韓国・朝鮮人の送還を拒否している。
こうした終戦以降の一連の日本国政府の対応について、旧植民地出身者の国籍は『選択可能』にするのが、当時の国際基準であったにもかかわらず、通達によって一方的に国籍を剥奪した、都合良く「日本国籍保有者」「外国人」の扱いを使い分けた、と批判する研究者もいる。もっとも、この通達は国際的な承認を得たサンフランシスコ講和条約第2条（領土の放棄または信託統治への移管）に伴うものであると、最高裁判所で解釈されている。
なお、平和条約第11条に「日本国は、連合国軍戦争犯罪法廷の裁判を受諾し、日本国で拘禁されている日本国民にこれらの法廷が課した刑を執行するものとする」と定めていることから、巣鴨刑務所に戦犯として拘禁されていた29人の朝鮮人と1人の台湾人が「平和条約発効と同時に日本国籍を喪失したので、同条約11条にいう日本国民には該当せず、拘束を受けるべき法律上の根拠はない」として1952年6月14日に人身保護法による釈放請求裁判を提起したが、1952年7月30日に最高裁判所は「戦犯者として刑が科せられた当時日本国民であり、その後引き続き平和条約発効の直前まで日本国民として拘禁されていた者に対しては、日本国は平和条約第一一条により刑の執行の事務を負い、平和条約発効後における国籍の喪失または変更は、右義務に影響を及ぼさない」と判決が下され、刑期満了又は仮釈放まで服役することになった。
1955年、当時の小泉純也法務政務次官は国会において、在日朝鮮人らは、母国に帰りたいという者が一人もいないと言える状態で、一方半島からは手段・方法を選ばず、命がけでどんどん密航をしてきており、日本が彼らを強制送還をしようとしても、韓国政府はこれを受け入れない為、日本に入れっぱなし状態であり、朝鮮戦争で密航してきた者等を収容していた大村収容所も人員が一杯で、入国管理局だけでは手に負えない状況であることを答弁している。
また1959年の朝日新聞によれば、在日韓国・朝鮮人は日本政府や連合国の手配を拒んで自ら残留したものである。また同年には、朝鮮戦争にともない、日本でも北朝鮮政府支持者と韓国政府支持者との紛争が多発した（新潟日赤センター爆破未遂事件）。
1965年、日韓基本条約締結に伴い締結された在日韓国人の法的地位（協定永住）について定めた日韓両国政府間の協定（日韓法的地位協定）により、在日韓国人に「協定永住」という在留資格が認められた。これは国外退去に該当する事由が他の外国人と比べて大幅に緩和されたもので、資格は2代目まで継承できることとし、3代目以降については25年後に再協議することとした。
1977年からは在日本大韓民国民団(民団）主導で「差別撤廃・権益擁護運動」が開始され、在日韓国人の参政権獲得運動も始まった。当時、民団は「日本語を使い、日本の風習に従う社会同化は義務」としていた。
1991年、入管特例法により3代目以降にも同様の永住許可を行いつつ、同時に韓国人のみが対象となっていた協定永住が朝鮮籍、台湾籍の永住者も合わせて特別永住許可として一本化された。また、この時の「九一年日韓外相覚書」には「地方自治体選挙権については、大韓民国政府より要望が表明された」と明記された。
2012年に改正出入国管理法が制定されて外国人登録証明書は在留カードに代わったが、現在でも日本政府は朝鮮籍を「朝鮮半島出身者およびその子孫等で、韓国籍をはじめいずれかの国籍があることが確認されていない者」と定義している。
特別永住に関する事務や、特別永住者証明書を所持する者の住居地に係る届出等の事務は、地方自治法の第一号法定受託事務として、市町村長または特別区長が処理するとされ、手続きは市町村・特別区の役所の窓口で行う。
→「日本における外国人参政権」も参照