アフター6ジャンクション2
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22時台のオープニングパートの流れは『アトロク』時代とほぼ同じで、「アフター」（基本として第4週を除く火曜日は宇多丸・それ以外はパートナー）「6」（基本として第4週を除く火曜日は日比・それ以外は宇多丸）「ジャンクション!2!」（宇多丸とパートナー）の順にタイトルコールを挿入。木曜日では熊崎が出演しない場合に、古川耕がタイトルコールに加わる。
90分枠での23時の時報直後・115分枠での月 - 水曜の23時台オープニングパート終了後には、基本としてサウンドステッカー（事前収録の音源）を挿入。この音源ではMummy-Dが番組メールアドレスのアナウンスを担当しているが、木曜日の「LIVE & DIRECT」開始直前など、挿入しない場合もある。
関東ローカル番組として放送を開始したため、『アトロク』をネット局で聴取していたリスナーなどへの配慮から、『アシタノカレッジ』の放送中にYouTubeで実施していたスタジオ動画のライブ配信を全編にわたって継続。『アシタノカレッジ』と同様に、ライブ配信中はチャット用の投稿フォームを開放している。このため、『アトロク』時代には「ラジオでお聞きの方も、radikoでお聞きの方もこんばんは」というフレーズを用いていたオープニングの挨拶に、「YouTubeで御覧の方」が加わった。さらに、『アシタノカレッジ』に続いて、本番の終了から30分ほど後からはライブ配信のアーカイブ動画を公開している。また、2023年12月6日（水曜日）から2025年初頭まで、試験的にTwitchでも水曜日放送分のスタジオ動画のライブ配信を行っていた（廃止の理由については番組内では触れられていないが、2025年4月19日より、一つのアカウントでのダイジェストとアップロードに関して、合計100時間のストレージ制限を設ける仕様変更が行われる予定であることが関係しているとみられる）。なお、通常の「生配信」では、TBSラジオ第6スタジオの様子を1台のムービーカメラで撮影。ただし、ゲストがスタジオ以外の場所からのリモート方式で出演する場合には、リモート動画を映したモニターの画面を「生配信」の動画へ組み込むことがある。逆に、スタジオ出演者の顔や姿が「生配信」向けの動画へ写り込むことを本人が希望しない場合には、動画に映らないスペースから声だけで出演できるように配慮。「LIVE & DIRECT」では、スタジオライブの様子を、上記のカメラとは別の場所に設置したカメラで撮影することもある。
オープニングパートの終了後と22時台のコーナー終了後には、事前収録の提供クレジット音源を挿入。『アトロク2』の開始時点では、西原商会が月曜日と木曜日、Audibleが「アトロク・ブック・クラブ」（『アトロク』の火曜分で2022年2月から編成されていた連動企画）を放送する月曜日にスポンサーに付いている。また、木曜日の「LIVE & DIRECT」には、2024年1月から戸田建設がスポンサーに付いている。その一方で、スポンサーが付かない場合にも、『アトロク』と同じく「各社の提供でお送りします」というナレーション音源を流している。ちなみに、『朗読・斎藤工 深夜特急 オン・ザ・ロード』には複数のスポンサーが付いていたが、同番組の終了を機に提供を終了。なお、『深夜特急』の放送後にヒッチハイク方式で流されていた興和（医薬品メーカー）による20秒間のCMは、月 - 木曜日の『アトロク2』と金曜日の『渚のキャッ火ラジオ』（『深夜特急』金曜分の後番組として2024年2月より放送されている、お笑いタレントのナ酒渚（元・尼神インター）が単独でパーソナリティを務める事前収録形式の番組）の放送後に流す形で継続している。
radiko以外のインターネット向け配信で制約の多い「LIVE & DIRECT」および、（コーナースポンサーを含めた）関東ローカル向けのCMの放送中には、YouTubeにおけるスタジオ動画と音声のサイマル配信を停止。「LIVE & DIRECT」を編成している木曜日には、宇多丸が同コーナーをYouTubeで配信しない旨を、オープニングパートの「メニュー（放送概要）紹介」であらかじめ明言している。その一方で、「LIVE & DIRECT」でスタジオに迎えたアーティストと宇多丸のトークがエンディングパートまで続く場合には、動画の配信を停止したまま「生配信」を終了させることがある。また、「両者によるクロストークがエンディングの間際まで続いた影響で、宇多丸が翌週分の『LIVE & DIRECT』の予告を生放送で伝えられない」という事態も発生している。
「BEYOND THE CULTURE」「CULTURE ONE-SHOT」の音楽関連特集で楽曲を流している間や、「TBSラジオ推薦曲」を流している間にもサイマル配信を停止。ゲストを迎える特集において、スタジオからの動画をゲストの肖像権との兼ね合いで配信できない場合には、YouTubeで音声のみ配信している。このような事情から、スタジオ動画の配信を始める前には、宇多丸とパートナー全員の撮り下ろし写真を用いた「メインビジュアル」・「CM／楽曲／特定のコーナーは配信されません　radiko配信も合わせてお楽しみください」というメッセージ・radikoでの配信ページへ接続できるQRコードを組み合わせた静止画を表示。配信対象外のCMや楽曲の放送中には、『アフター6ジャンクション2』のタイトルロゴの下に「CM・楽曲放送中　radikoでは全編配信中!!」という字幕と上記のQRコードを入れた静止画を出している。
『アトロク』で関東ローカル向けに放送していた交通情報および、交通情報に続いてパートナーがTBSラジオの第6スタジオから伝えていた関東地方向けの天気予報については、定時の放送枠を編成しない。TBSラジオが平日に20時台から翌朝の4時台まで交通情報の定時放送を休止していることによる措置だが、長距離にわたる渋滞が首都圏の高速道路を中心に予測される時期（ゴールデンウイーク・年末年始・お盆）の直前に『アトロク』で実施していた「渋滞特集」（他の時間帯の交通情報を担当している「TBSラジオキャスター」のスタジオ解説による特集）など、交通情報に関する特集を『アフター6ジャンクション2』（『アトロク2』）でも状況に応じて「CULTURE ONE-SHOT」内で放送している。また、前述の特集に限らず、『アトロク』内で交通情報を担当していたTBSラジオキャスターを、『アトロク2』内のコーナーにゲストで迎えることがある。
2023年4月に『アシタノカレッジ』から『アトロク』へ移されていたフロート番組については、全曜日とも放送の時間帯を変更せずに、同年10月2日から『Session』へ内包。『Session』の一部の曜日で19時台の同時ネットを実施するネット局では、当該番組の放送を事実上継続している。
日比の進行で2022年10月以降の毎月第3水曜日に『アトロク』内で放送されていた『SDGsジャンクション』については、毎月第3火曜日の午前中に収録したうえで、当日の『アトロク2』本番終了の直後（2024年1月までは23:30→2月以降は23:55）から「TBSポッドキャスト」で配信。『アシタノカレッジ』内の22:17頃に宿直のニュースデスクが担当していた定時ニュース（最終版の「TBSニュース」）は、『アトロク2』で編成していない。TBSラジオではニュースデスクの宿直体制を『アトロク2』の開始後も維持しているが、『アトロク』時代と同様に、ニュース速報や気象・鉄道関連の情報（首都圏エリアのみ）が入った場合には原則としてパートナーが対応している。ただし、重大なニュース（震度5弱以上の地震速報・北朝鮮からのミサイル発射に伴うJアラート発令など）が放送中に発生した場合には、ニュースデスクから速報を伝えている。
宇多丸によれば、YouTubeの「生配信」を始めたことを機に、日本以外の国・地域からもメッセージが相次いで寄せられているという。もっとも、番組開始の当初は、生配信のチャット画面へ表示されたメッセージを本人やパートナーが放送中に随時紹介するまでに至っていない。その一方で、「新概念提唱型投稿コーナー」や「LIVE & DIRECT」に関連しないリスナーからのメッセージを生放送で紹介できる時間帯は『アトロク』時代より短く、90分枠時代にはオープニングパート内と22時台の終盤（23時の時報までの数分間）に事実上限られていた。木曜日の本番後に収録している「放課後ポッドキャスト」では、このような事情を踏まえて、曜日を問わず放送中に紹介できなかったメッセージから一部を番組の中盤で取り上げている。『アトロク2』でも、115分枠の生放送へ移行してからは、リスナーからのメッセージを23時台にも紹介。
2024年6月3日（月曜日）放送分からは、115分枠での放送を始めてからのタイムテーブル（前述）の大枠を維持しながら、宇多丸曰く「TBSラジオでは平日最後の生放送番組に当たる『アトロク2』を、さらに聴きやすくするためのプチリニューアル」を試験的に実施。宇多丸とパートナーは、オープニングの挨拶に「本日も一日、お疲れ様です」という一言を入れているほか、「それでは、明日（木曜日のみ週末）も良いカルチャーを」というフレーズで生放送を締めくくっている。また、同じ曜日における次の放送で予定している企画を告知する時間帯を、エンディングパートから23時の時報直前に繰り上げ。月 - 水曜日には当日の「BEYOND THE CULTURE」の聴きどころ、木曜日には当日の「MOVIE WATCHMEN」における課題作品の概要を、宇多丸曰く「雑誌の見出し」のような趣向でオープニングパートの冒頭（タイトルコールの前）に紹介するようになった。6月の第2週以降は、当該週で放送を予定している「特集」（「BEYOND THE CULTURE」）／「週間映画時評ムービー・ウォッチメン」（「MOVIE WATCHMEN」）と「カルチャー・ワンショット」（「CULTURE ONE-SHOT」）／「LIVE & DIRECT」の概要をまとめた一覧表の画像を、「今週のお品書き」と称して毎週月曜日の本番前にinstagram上の番組公式アカウントで公開している。
2024年の11月には、宇多丸曰く「生放送でのリスナーをさらに増やすべく、新しい企画の『トライ・アンド・エラー』に臨みたい」との理由で、第3週（18 - 21日放送分）を「アトロクチャレンジウィーク」に設定。21日（木曜日）以外の3日間は、「CULTURE ONE-SHOT～THE FREE～」（カルチャーに関する直近のトピックスから注目度がとりわけ高い話題などを通常の「CULTURE ONE-SHOT」より「自由」に取り上げるゾーン）を「CULTURE ONE-SHOT」の時間帯に設定したほか、「アトロク 秋のプレゼン・ウォーズ!」（11月6日＝水曜日の「BEYOND THE CULTURE」内で実施）で番組スタッフから寄せられていた投稿企画案の一部を「新概念提唱型投稿コーナー」で試験的に採用している。さらに、当日の「BEYOND THE CULTURE」内の特集にまつわるプレゼント付きのリスナー向けキーワードクイズを、メールでの応募を条件に23時台の冒頭で出題。正解を記したメールの送信者から、（「番組公式メールアドレスでの受信の早さ」という意味での）先着順で若干名にプレゼントを贈ることになった。このような事情から、「チャレンジウィーク」の期間中には、当日の企画のラインアップをオープニングパートでまとめて紹介。20日までのエンディングパートでは、クイズの正解とプレゼント対象者のラジオネームを宇多丸から発表する関係で、「OKくれ!」を休止している。