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種痘
ワクチン

古くから西アジアや中国では、天然痘患者の膿を健康人に接種して軽度の天然痘を起こさせて免疫を得る人痘法が行なわれていた。中国清代の乾隆帝時代刊行された『医宗金鑑』（1742年）に様々な人痘法が記されており、これが長崎へ伝わり、秋月藩医緒方春朔による人痘法の実践（後述）につながった。だが数%の重症化する例もあり、安全性は充分でなかった。1796年にイングランドの医師エドワード・ジェンナーは、ウシが飼育されている家や地域では牛痘にかかると天然痘にならないという伝聞に着目した。これの膿を用いた安全な牛痘法を考案し、これが世界中に広まり、天然痘の流行の抑制に効果を発揮した。ワクチンという言葉もこの時用いられたものである。
「Vaccinia virus、ワクチニアウイルス（ワクシニアウイルス）」と呼ばれ、ラテン語のVacca（ワッカ = 雌牛）が名の由来であり、ワクチン（vaccine）、ワクチン接種（vaccination）の語源になっている。
しかし、のちの研究で牛痘ウイルスと天然痘ウイルスには免疫交差の作用がないことが判明した。実際には牛痘の膿に混じっていた別のウイルスによるものであり、したがってジェンナーが天然痘ワクチンを生み出せたのは偶然によるものだった。由来については長年不明だった。しかし、1902年の天然痘ワクチン試料のDNAの解析によって、馬痘ウイルス (horsepox virus) と99.7%類似していることが示され、馬痘ウイルスもしくはその近縁種であったことが判明している。ワクチニアウイルス研究の第一人者であるデリック・バックスビー（Derrick Baxby）は、馬痘ウイルス由来を支持し、馬痘ウイルスに感染し馬の踵の部分にできる炎症で脂肪の「馬のグリース」が由来だとした。馬のグリースに接触し感染した人に免疫ができていることを、実際に天然痘を接種し証明した。しかし、馬痘ウイルスが馬を自然宿主としているのか、他の動物から馬に感染したのかは未だに不明である。
日本への伝来と普及

日本では江戸時代後期の1789年、長崎で医術を学んだ秋月藩医の緒方春朔が大庄屋・天野甚左衛門の子供たちに人痘法で接種して成功させた。これはジェンナーが考案した牛痘を用いる方法ではなく、天然痘の瘡蓋（かさぶた）の粉末にして鼻孔に吹き入れる方法に、緒方自身が改良を加えたものだった。
1810年、ロシアに拉致された中川五郎治が、帰国後に牛痘を用いた種痘法を伝えた。文政7年（1824年）、田中正右偉門の娘イクに施したのが日本初の種痘術である。この頃、蝦夷地（現在の北海道）では天然痘の大流行が3度起っており、このとき彼が種痘を施したとみられる。しかし五郎治は種痘法を秘術とし、ほとんど伝えなかったため、知る者は少数であった。彼の入手した種痘書は江戸幕府の訳官・馬場佐十郎によって文政3年（1820年）に和訳されている。
その後、種痘の技術は箱館（現在の北海道函館市）の医師、高木啓蔵、白鳥雄蔵などにより、秋田、さらには京都に伝達された。これとは別に1813年に同じくロシアから帰国した安芸国の漂流民・久蔵が種痘法を覚え、種痘苗をガラスの器に入れて持ち帰った。彼は、その効果を広島藩や藩主の浅野斉賢に進言しているが一笑され、接種に至らなかった。
また、1831年には柴田方庵が長崎で、フィリップ・フランツ・フォン・シーボルトの門人たちやオランダ軍医オットー・モーニッケに最新の西洋医学を学び、各地に広めた。
日本への伝来と普及 > 明治維新後

その後の1870年、明治維新後の新政府もまた種痘医の免許制度を定め、種痘の推進および痘苗の頒布を行うこととし、当時種痘が盛んであった大村藩出身で、洪庵の弟子の長与専斎を責任者とした。長与は「再帰牛痘苗」の製造に成功し痘苗の安定供給の道を拓き、「牛痘種継所」を設けて日本各地へ配布できるシステムを整備した。
政府は1874年に定期の種痘を定めた文部省告示「種痘規則」を布達、1876年に「天然痘予防規則」が制定され、1909年の「種痘法」によって国民に定着した。1884年（明治18年）には、東京神田の医師角倉賀道は私費を投じて日本最大級の牧場を開設、天然痘ワクチンの増産に務めた。このような民間の活動が全国的なムーブメントとなって撲滅への礎となった。
種痘法（明治42年法律35号）は1909年4月14日公布、1910年1月1日施行、全文20条で、その規定内容は、定期種痘および臨時種痘の実施、市町村の定期種痘の実施義務、種痘を受けるべき者の保護者の義務、医師の種痘証、痘瘡経過証、違反者に対する罰則である。なお関係法規として、種痘法施行規則（明治42年内務省令26号）、種痘施術心得（明治42年内務省告示179号）、種痘法第八条ニ依ル符号記入方（明治42年司法省令22号）、伝染病研究所痘苗、血清等販売規程（大正4年文部省令13号）、痘苗及血清其他細菌学的予防治療品製造取締規則（明治36年内務省令5号）があり、植民地においては特別法規が実施された。
1948年（昭和23年）施行の予防接種法では計3回の定期接種が義務付けられ、初回を「生後2箇月～12箇月に至る期間」、第2期を「小学校入学前6箇月以内」、第3期を「小学校卒業前6箇月以内」と定めていた。これは、1970年代に若干の時期の見直しが図られるまで継続した。接種を受けた者は7日後に検診を受け、接種箇所に発赤・腫脹・膿疱等の病変がみられなかった場合には「不善感」（免疫の効果がついていない）とみなされ、直ちに再接種を受ける事が義務付けられていた。再接種後も再度不善感となった場合は、再々接種を免除された。初回接種では殆どの者に免疫が無いので善感し接種部位には大きい瘢痕が残る場合が大半であったが、第2期・第3期に於いては前回接種時の免疫が残っていて不善感を繰り返して免除となる事例が散見された。定期接種廃止時期から計算すると3回の接種を受けた世代は1963年（昭和38年）度生まれまで、2回の接種を受けた世代は1969年（昭和44年）度生まれまでであるが、再接種により善感した場合でも前回接種時の免疫の残り方によっては局所の病変が軽微で瘢痕形成に至らない場合も多かった。上記理由により、複数回の接種を受けた世代でも必ずしもその回数分の瘢痕が残っているとは限らず、瘢痕の個数から世代を特定する事は困難である。
天然痘の撲滅が確認されたのは1980年（昭和55年）であるが、1976年（昭和51年）6月19日に予防接種法が改正されており、それ以降日本では基本的に接種は行われておらず、1975年（昭和50年）度生まれが定期接種を受けた最後の世代である。したがって1974年（昭和49年）7月（昭和49年度初期）以降の生まれの場合、種痘を受けていない人も存在することになる。
日本への伝来と普及 > 接種法と接種部位の変遷

日本に種痘が伝搬して以降1947年頃までは、基本的に右上腕の4箇所にランセットで十字型に傷を付け、そこに痘苗を植え込む「切皮法」によっていた。1948年頃から前掲の写真にある二又針で右上腕の1箇所のみに傷を付ける「乱刺法」に変更された。いずれの方法でも接種後数日で接種箇所に膿疱を生じ、約30日後に痂皮となり、痂皮が脱落した後に通常は直径1 - 3 cm程度の目立つ瘢痕が残り終生消えない。
1950年代 - 60年代頃には、主に女性の美容上の観点から、時として直径3 cmにも及ぶ醜い瘢痕が上腕の目立つ箇所に残るのが嫌われ、できる限り露出する機会の少ない右肩に接種される傾向が多く見られた。しかし肩はケロイドの好発部位であり、同時期に同様の理由からBCGを左肩に接種されてケロイドとなる例が多発し問題視され、右肩に接種された種痘においてもBCGの半数程度の頻度ではあるが時折ケロイドを形成した例があった。顕著な事象としては左肩に接種された種痘により13 cm ×7 cm大のケロイドを生じた例が報告されている。これらの結果を受けて1970年代になると接種部位を右上腕三角筋下部付近に下げる傾向が見られるようになったが、基本的には上腕中央より上部に接種するのが通例であった。
尚、1958年（昭和33年）施行の予防接種実施規則によれば、初回の接種部位は「右上腕伸側又は右肩部」、第2期以降の接種部位は「左上腕伸側」と定められていたがこれは徹底が図られておらず、前述の美容上の観点から瘢痕が目立たない箇所への接種を求められる風潮が強かった為に、第2期以降も右肩部にある初回接種時の瘢痕に近接して接種する事例が非常に多かった。左上腕部に瘢痕が残っている者が極めて稀なのは、上記の実情による。ただし、実施規則を無視されて初回接種の瘢痕が左肩にあった場合は第2期以降も左肩部に集中して接種された事例も散見される。いずれにしても、複数回の接種は初回接種時の瘢痕部位付近に集中させて、反対側の腕又は肩には全く瘢痕が残っていない事例が非常に多く見られる。
前掲1点目の瘢痕の写真は1969年生まれの女性の左上腕から肩部に見られるもので、下側の跡が1970年の初回接種痕だが、極端に下部、上腕の肘から上5分の2程度の部位に接種された非常に稀な例である。また、同写真の肩前部の跡は定期接種最末期の1975年の第2期接種痕だが、末期に至ってもケロイド防止の為に肩への接種を避ける方針が徹底されていなかった事が判る。種痘・BCGのいずれも非常に明瞭な瘢痕が残っており、体質により瘢痕の残り方に差異がある事を示す顕著な例である。
日本への伝来と普及 > 瘢痕の特徴

1967年以前に実施されていたBCG皮内注射法による瘢痕との相違は、BCGでケロイドを生じなかった場合、瘢痕全体が陥没し、瘢痕面自体は平滑で色調も均一であるのに対し、定型的な種痘瘢痕では瘢痕外縁部のみが陥没して周囲の正常な皮膚よりも濃い色を呈し、瘢痕中心部分は肥厚して光沢を放ち、周囲の皮膚よりむしろ薄い色を呈する点（画像参照）と、BCGは基本的に左上腕に接種され、右上腕に接種された例は極めて稀である点で区別できる。ただし、種痘を左上腕に接種された例は少ないながらも一定数確認されている。また、2000年代頃から「種痘の跡で年齢がバレる」等の話題がインターネット上で取り上げられるようになり、主に女性にとっては悩みの種となっている。なお、美容整形外科のホームページ等でも施術例として「種痘の跡を切除」という内容があるので、種痘の跡にコンプレックスを感じている女性は一定数いるものと推察される。
日本への伝来と普及 > 種痘後脳炎

種痘は天然痘の撲滅に貢献した。だが、種痘後に脳炎を起こす事例が頻発し、「種痘後脳炎」と呼ばれるようになった。1940年代後半には医師の間では広く知られるようになっており、その被害規模は無視できない数にのぼり、1947年と1948年の強力痘苗だけに限定しても、犠牲者はおよそ600人と推計されており、天然痘のこの2年間の患者数405人を超えていた。医原病である。
さらに犠牲者のほとんどは乳幼児であり、子供を失ったり、脳の正常な機能は失われてしまい障害者となってしまった子供を抱えたりした被害者は、接種を強制した日本の行政から何ら援助も保障も提供されなかった。
1970年6月には、種痘後に脳症となる被害者が新聞で取り上げられるようになり、半年間で200人を超える規模と報道された。国立予防衛生研究所は、1970年代においてもジェンナーが種痘ワクチンを開発して以来、製造法が進歩していないことを指摘。さらに製造過程で多数の雑菌が入り込んでいる状況も指摘している。
また、1970年には、北海道小樽市の種痘後遺症被害者が日本の行政機関を相手取り、損害賠償の訴訟を起こした。同時期に立ち上がった「全国予防接種事故防止推進会」の精力的な活動も幸いして、「種痘禍」は報道機関でも取り上げられ、その実態が国民に広く知られるようになった。1972年の夏頃に種痘の集団接種は一部地域で中止され、同時に希望者のみの個別接種方式の導入と接種年齢見直しが図られた。
現在の種痘接種

天然痘が撲滅されたことから一般には行われていないが、生物兵器の対策として、現在も軍隊で主に海外派遣される隊員に対しては集団接種が行われることがある。自衛隊の場合は、2002年から2005年にかけて、イラクへ派遣される自衛隊員に対して集団接種が行われた。なお、免疫力の低下した人やアトピー性皮膚炎の既往がある場合は天然痘様の症状を起こすことがあるため接種は禁忌であり、また接種後しばらくは外部に接触しないように留意する必要がある。
関連書籍

『北天の星』（吉村昭） ISBN 4-06-264840-7 五郎治が主人公の小説。
『花渡る海』（吉村昭） ISBN 4-12-001434-7 久蔵が主人公の小説。
『雪の花』（吉村昭） 福井藩にて種痘に情熱を捧げた笠原良策（白翁）の小説。2025年に『雪の花 -ともに在りて-』として映画化。
『陽だまりの樹』（手塚治虫） 幕末を舞台にした漫画作品。お玉が池種痘所の設立についても詳細に描かれている。
アン・ジャネッタ他『種痘伝来――日本の〈開国〉と知の国際ネットワーク』岩波書店、2013年12月19日。ISBN 978-4-00-025936-1
香西豊子『種痘という〈衛生〉- 近世日本における予防接種の歴史 -』東京大学出版会、2019年12月25日。ISBN 978-4-13-026609-3
右上腕三角筋下部に接種を受けて残った瘢痕（1974年接種の跡）。直径2 cm程度の定型的な種痘瘢痕である。この部位への接種によりケロイド化のリスクは低くなるが、袖の短い服装では容易に露出してしまい、一部の女性にとっては悩みの種となっている。
右肩付近に接種された種痘の跡が肥厚性瘢痕となったもの。瘢痕ケロイドにまでは至らなかったものの、接種後数十年を経てなお赤みを帯びて盛り上がっており掻痒感を伴う。
定型的な種痘瘢痕。これは1973年に通常はBCGの接種部位である左上腕下部に種痘接種を受けた跡だが、皮内注射法時代のBCG瘢痕とは明らかに異なる外観を呈する。
天然痘の予防接種を促すポスター
近藤宮子

近藤宮子（こんどう みやこ、1907年3月21日 - 1999年4月8日）は、日本の唱歌作詞家。唱歌「チューリップ」、「こいのぼり」作詞者。
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マカダミア
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メルボルン
メルボルンオリンピック
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ら行

ライフセービング
レイテ沖海戦
わ行

ワン・ネイション
マナート・L・エベール

| マナート・リンカーン・エベール Mannert Lincoln Abele |
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生誕:  1903年7月11日 マサチューセッツ州 クインシー
死没:   (1942-07-30) 1942年7月30日（39歳没） 太平洋、キスカ島近郊
所属組織:  アメリカ海軍
軍歴:  1920 - 1942
最終階級:  海軍少佐
戦闘:  第二次世界大戦
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マナート・リンカーン・エベール（Mannert Lincoln Abele, 1903年7月11日 - 1942年7月30日）は、第二次世界大戦時のアメリカ海軍軍人。最終階級は少佐。
1920年8月海軍に入り、1922年6月に少尉候補生となる。1926年6月3日、アナポリスを卒業して少尉に任官し、1929年からコネチカット州ニューロンドンの海軍潜水艦基地で潜水艦乗組員として訓練を受けた。この間結婚し、後にグラニオンの捜索を行うことになる三人の息子をもうけている。
アメリカ合衆国が第二次世界大戦に突入すると、1942年4月11日ガトー級潜水艦グラニオン(USS Grunion, SS-216)の艦長に任命され、戦死する7月30日まで勤めた。
エベール指揮するグラニオンは1942年7月、最初の哨戒任務をアリューシャン列島西方で行い、同月中旬二隻の300トン級警備艇を撃沈。三隻目にも大きな損害を与えるなど着々と戦果をあげたが、下旬にダッチハーバーへの帰還命令を受け帰還途上の30日キスカ島沖で日本汽船鹿野丸を雷撃、航行不能に追い込むが止めの一撃を与えるべく浮上中に反撃を受け撃沈される。この際エベールは他の乗員とともに行方不明となった。以後発見されることはなく、この攻撃で戦死したものと思われる。エベールは行方不明のまま戦死の扱いとなり海軍殊勲章を受章。同時に戦死した乗員70名は全員がパープルハート章を受賞した。彼の栄誉をたたえ、アレン・M・サムナー級駆逐艦の30番艦がその名を命名された。同艦は沖縄戦で桜花によって戦没している。
息子3人の捜索により2006年にグラニオンの戦没が確認され、これによってエベールの戦死も確定した。
大坂のどか

| おおさか のどか 大坂 のどか |
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本名:  大坂 のどか
生年月日:   (1987-03-23) 1987年3月23日（37歳）
出生地:   日本・徳島県阿南市
身長:  162 cm
血液型:  A型
職業:  女優
ジャンル:  舞台、テレビドラマ、映画、CM
活動期間:  2008年 -
公式サイト:  Claudia (芸能事務所)
主な作品
 テレビドラマ 『家族喜哉』 映画 『BBOY TO BUSINESS SELO』 『ふきだまりの女』 
 
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大坂 のどか（おおさか のどか、1987年3月23日 -2024年7月没）は、日本の女優。本名同じ。スリーサイズは86-58-90。
徳島県阿南市出身。Claudia所属。2005年に徳島県立小松島高等学校卒業。高校卒業後は大阪スクールオブミュージック専門学校に通った。
人物・人柄

幼い頃からミュージカルを始めたことがきっかけで演じてみたいと興味を持ち、女優を目指すことになる。映画、舞台など様々な分野で活躍できるように日々稽古に精進している。
趣味は映画鑑賞や料理のほか、ダンス(総合)歴は16年、ピアノ歴は15年という特技を持つ。
高校時代は徳島県阿南市南部の新野町から小松島市にある高校まで片道約1時間の汽車通学を行っていた。
在学中は小松島市内の飲食店ガストでウエイトレスのバイトをしていた。
上京してからはドラゴンボールにハマり、DVDを毎日見ていた。
経歴

2007年4月、上京してオザワオフィスに所属する。
2008年7月、東京MX『ガリンペイロex』特撮ヒロインに応募するも落選。
2008年7月27日、自分で考えた結果、事務所をClaudiaに移籍することをブログで発表。
2008年8月15日、反町隆史主演のテレビドラマロト6で3億2千万円当てた男第7話にレースクイーン役で出演。初のドラマ出演を果たす。
2008年10月、テレビドラマ『ギラギラ』にホストクラブの客人役で出演。
2008年11月21日、中居正広の金曜日のスマたちへ大谷貴子さんの再現ドラマ本人役で出演。
2009年4月、本当にあった怖い話 第十四夜 神隠し 第二話「暗い道」に主演。のちにDVD化された。また、この年あった夕刊フジ公式サイト「ZAKZAK」の大型アイドル企画ZAK THE QUEENにも参加するが、ファーストステージで姿を消す。
2009年7月、映画「BTOB SELO」にヒロイン役リエに出演。
2009年6月、ケーブルテレビのJ:COM神奈川の朝番組「モーニングスプラッシュ」にスプラッシュガールで出演。本人にとっては初の生放送となる。
2010年2月、ANA旅ガール徳島代表に選出される。
2010年3月、MINTIA GARLS徳島代表に選ばれる。徳島県代表として、鳴門炙り金時をアピールした。
2010年4月、舞台「桃色書店へようこそ」出演。
2010年12月、DMM.comのCMに出演。
2011年8月、舞台「ミラクルスーパーマーケット」に出演。
2012年1月、舞台「ニンギョヒメ」に出演。俳優いしだ壱成と共演する。
2012年5月、テレビ東京系列の深夜番組「極女ヂカラ」に出演。
2012年6月、映画「ふきだまりの女」に出演。DVを受ける女性という難しい役柄をこなす。
2012年6月20日から石井宏明作の舞台「Memory ~ようこそ松竹梅荘へ~」で初の主演を務めた。
2012年8月は8日から13日にかけて両国で行われた舞台「SAORI ～想い出の六畳一間～」で主演し、22日から26日はやるせなす石井康太とともに「登校日へ行こう」という舞台に出演。短期間での複数舞台公演をこなした。
出演 > ドラマ

家族喜哉（2006年11月27日 - 2007年1月26日、毎日放送） - レギュラー
ロト6で3億2千万円当てた男（2008年、テレビ朝日）
ギラギラ（2008年、テレビ朝日）
本当にあった怖い話 第十四夜 神隠し 第二話「暗い道」（2009年、フジテレビジョン）
出演 > バラエティ・情報番組

ちちんぷいぷい（毎日放送）
中居正広の金曜日のスマたちへ（2008年11月21日、TBSテレビ） - 再現映像で出演
モーニングスプラッシュ（2009年6月、J:COM かながわセントラル） - スプラッシュガールで出演
極嬢ヂカラ（2012年5月 - 、テレビ東京） - 再現映像で出演
卍くりぃむvs芸能人卍　卍爆笑どっきり大作戦卍（2009年10月10日、日本テレビ） - アニマルパブスタッフ 役
逢える美女図鑑（2012年1月 - 、BeeTV）
出演 > 映画

prologe（2009年）
BBOY TO BUSINESS SELO（2009年） - ヒロイン 役
ふきだまりの女（2012年）
出演 > 舞台

明日への扉（2007年、骨髄バンク推進キャンペーン）
森は生きている（2007年8月2日 - 5日、ライズプロデュース）
魔弾の射手（2008年4月10日 - 20日、新国立劇場オペラ） - 助演
桃色書店へようこそ（2010年4月、楽映舎 / アイファクトリー）
ミラクルスーパーマーケット（2011年8月2日 - 9日、覇天候）
SAKURA（2011年10月5日 - 10日、エアースタジオ） - 春 役
ソラリネ。#1.5「ニンギョヒメ」（2012年1月10日 - 15日、ソラリネ。） - ネット 役
ソラリネ。#3「ニンギョヒメ」（2012年5月16日 - 20日、ソラリネ。） - ネット 役
Memory ～ようこそ松竹梅荘へ～（2012年6月20日 - 24日、アクタールーツ公演） - 主演：美結 役
SAORI ～想い出の六畳一間～（2012年8月8日 - 13日、劇団空感エンジン） - 主演：さおり 役
登校日へ行こう（2012年8月22日 - 26日、覇天候）
出演 > CM

DMM.com（2010年12月、デジタルメディアマート）
ゼクシィ（リクルート）
出演 > 雑誌

めざましマガジン（フジテレビ発行フリーペーパー）
月刊カメラマン（モーターマガジン社）
レディスバイク（クレタパブリッシング）
Mac Fan（毎日コミュニケーションズ）
出演 > 写真集・ポスター

大坂のどか等身大ポスターほか11点（2008年12月15日、iDOL-TV）。
出演 > キャンペーン

パシャヨメフィギュア イメージガール（2008年8月30日 - 31日、バンダイ）。
ANA旅ガール徳島代表（2010年2月、全日本空輸）
MINTIA GIRLSガール徳島代表（2010年3月、アサヒフードアンドヘルスケア）
南雲忠一

| 南雲 忠一 |
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生誕:  1887年3月25日  日本 山形県米沢市
死没:   (1944-07-06) 1944年7月6日（57歳没）  日本 サイパン島
所属組織:   大日本帝国海軍
軍歴:  1908年 - 1944年
最終階級:   海軍大将
墓所:  鎌倉市の円覚寺黄梅院
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南雲 忠一（なぐも ちゅういち、1887年（明治20年）3月25日 - 1944年（昭和19年）7月6日）は、日本の海軍軍人。海兵36期。太平洋戦争初期から中期にかけて第一航空艦隊および第三艦隊（南雲機動部隊）司令長官を務めた後、サイパンの戦いで自決。死後一階級特進により、最終階級は海軍大将。正三位勲一等功一級。
生涯

1887年3月25日、山形県南置賜郡米沢信夫町（現在の米沢市）で、郡役所書記の父・南雲周蔵と母・志んの次男として生まれる。6人兄弟姉の末子であった。父の周蔵は旧米沢藩士であり、藩では御扶持方（中士階級）でもあった。
米沢尋常中学興譲館を経て、1905年（明治38年）海軍兵学校36期に入校。海軍兵学校では三号、二号生徒でそれぞれ学術優等賞を授与された。1908年（明治41年）、海兵36期を191人中8番の成績で卒業。海軍少尉候補生となり、巡洋艦「宗谷」乗組。
1918年（大正7年）12月1日、海軍大学校の甲種学生18期生となる。1920年（大正9年）海大甲種第18期を次席で卒業。1920年（大正9年）12月1日 海軍少佐に昇進。
生涯 > 艦隊派

1930年（昭和5年）頃、南雲は艦隊派（軍縮条約反対派）の論客として知られ、山本五十六や井上成美と対立し、その政治的な活動（艦長の連判をとって、艦長の総意として連合艦隊司令長官に上申した）は外部にも知られていた。
1930年に開催されたロンドン軍縮会議の後、南雲は山下知彦らと同郷の先輩である左近司政三を含む条約派に辞職を迫り、後の大角人事に関係している。
1931年（昭和6年）10月10日、軍令部第一斑第二課長に就任。第二課長時代、伏見宮博恭王軍令部総長の赤坂園遊会で酒に酔い、外国武官や家族達300名の前で池に放尿したことがあり、目撃した中瀬泝（軍令部第七課）は仰天したという。
南雲が条約派の堀悌吉を予備役に追いやり、堀と親睦が深かった山本五十六は第二次ロンドン海軍軍縮会議予備交渉に参加中でそれを阻止出来ず、南雲を許さなかったという主張もあるが、海軍報道部部員として海軍次官時代の山本に3年間接した松島慶三は、当時の南雲にそのような実力があったか疑問であり、また山本もそこまで狭量の人物ではなかったと語っている。軍令部の権限拡大を図った｢軍令部令及び省部互渉規定改正」では、海軍省軍務局第一課長の井上成美と激しく対立し、酒気を帯びて井上に対し｢貴様なんか殺すのは何でも無いんだぞ。短刀で脇腹をざくっとやればそれっきりだ｣と発言した。
1932年（昭和7年）、五・一五事件を受けて南雲が作成した『五・一五事件の解決策』と題する文書には、被告の死刑または無期を避けること、ロンドン条約に統帥権干犯の疑義を生じさせた重要責任者に適当な処置をとることなどを求めている。ただしこの文書がどのように使用されたかは不明である。
1933年（昭和8年）頃、南雲は、日本のロンドン海軍軍縮条約からの脱退を求め、連合艦隊の各艦長、航空隊司令らの署名を集めた。この署名は加藤寛治の使嗾があったという見解もある。この署名は最終的に海軍大臣・大角岑生に提出された。この署名の写しは伏見宮博恭王に提出され、伏見宮は懸念を示し、加藤及び当時の連合艦隊司令長官・末次信正に注意を与えている。
1935年（昭和10年）5月、土佐沖で戦艦戦隊と有地十五郎少将が指揮する第二水雷戦隊との演習があった際、南雲が艦長を務める戦艦「山城」と軽巡洋艦「神通」が衝突しかけた。板倉光馬（戦艦扶桑勤務だが、扶桑が赤痢患者発生のため不参加となって山城艦橋で観戦）によれば、連合艦隊兼第一艦隊参謀長・近藤信竹が取り舵をするよう連呼、すると南雲は「参謀長には指揮権はない！」と大喝、「山城」は面舵に転舵して両艦は衝突を免れたという。
1936年（昭和11年）7月、板倉光馬（重巡洋艦青葉航海士）は同期生9名と佐世保の料亭でクラス会を開き、混雑していたため芸者を借りようと、奥座敷で飲んでいた南雲ら高級将校達の元に行った。南雲は板倉を一喝したが、その後は板倉ら若手将校達を宴会の席に招いてはしゃいでいたという。
1938年（昭和13年）11月15日、第三戦隊司令官に任命。正木如虎参謀の手記では、南雲は部下への教育は厳しかったが、基地では芸者が5-10人も面会に訪れ、また雲水が押しかけることもあり、司令官としては異色だったという。着任当初、信号兵に艦隊運動の命令だけを出して南雲司令官に報告したところ「現場を確かめろ（実際の二番艦の動きを見ろ）」と叱責されたという。また、南雲は酒豪で喫煙家だったが、旅行に同行した者が酒が苦手で喫煙しないと「たまの禁煙はかえって体にいいだろう」と自身も酒も飲まず、煙草も吸わなかったという。
生涯 > 第一航空艦隊司令長官 > 南方作戦

1941年（昭和16年）4月10日、南雲は第一航空艦隊司令長官に補職され、皇居で親補式をおこなう。この人事は前海軍大臣・吉田善吾と連合艦隊司令長官・山本五十六によって決められた。候補には小沢治三郎もいたが、慣例により、年功序列で南雲に決まった。山本は扱いづらい小沢より航空参謀をつければ制御しやすい南雲を司令官に選んだという意見もある。参謀長は草鹿龍之介少将。南雲長官は航空に関しては素人であり、草鹿参謀長は航空参謀・源田実中佐を評価し献策を入れたため、一航艦を「源田艦隊」と呼ぶ声まであった。源田は、第一航空艦隊では南雲が訓練においても自ら操艦の指示を出したことが、雷撃隊の技量向上に貢献したと述べている。
第一航空艦隊は真珠湾攻撃の研究と実行を命じられたが、南雲は懐疑的であり、機動部隊によるハワイ作戦は投機的すぎるとして南方作戦優先を主張していた。9月中旬の海軍大学校で行われた図上演習で、日本軍は戦果をあげたものの空母3隻が撃沈判定となり、連合艦隊参謀長宇垣纏少将の判定で撃沈は取り消された。山本五十六は南雲の肩を抱き、「ああいうことは人によっていろいろ意見があるからね、かならず起るということはないよ」と南雲を励ましている。1941年（昭和16年）11月上旬、連合艦隊司令部や各艦隊司令長官が集まった最後の会議で、山本は日米交渉が成立した場合、直ちに反転せよと命じた。南雲は「出動後に引き帰すことは、実際問題として無理です。それは士気にも大きな影響があります」と述べ、航空隊指揮官からも「出かかった小便を途中でとめるようなもので出来ない」との意見が出た。すると山本は「百年兵を養うは、一日の用にあてるためだ。もし、この命令の実施が不可能な者は、ただちに辞表を出せ」と声を荒らげた。真珠湾攻撃までの道のりは燃料について問題があったが、それを解決するため軍務局の暗黙の了解を得て、南雲は自身の責任において軍紀違反である過剰な燃料の搭載を行い解決した。
真珠湾奇襲の重責を担った南雲は機動部隊出撃後に、「エライことを引き受けてしまった、きっぱり断ればよかった、出るには出たがうまく行くかしら」などと草鹿に内心を語っている。草鹿が励ますと、南雲は「君は楽天家だね。羨ましいよ」と微笑したという。草鹿自身は、南雲が作戦の行く末を非常に心配している事を知り、これが長官と参謀長の違いでもあろうと語っている。ただし、南雲は「しかし、いったん引き受けたからには、全力を尽くす覚悟である」とも述べている。
→詳細は「真珠湾攻撃」を参照
真珠湾攻撃時には思いのほか海が荒れ、草鹿と源田は雷撃隊の発艦を危ぶんで爆撃隊のみの発進を決定しかけた。すると雷撃機搭乗員が空母「赤城」艦橋に押し寄せて猛烈に抗議、南雲は「お前たち、このローリングでも魚雷をかかえたまま、みごと発艦できるか」と隊員たちに聞き「やれます!」との返事に対して了承、草鹿参謀長に「参謀長、いいではないか、出してやろう」と言った。
1941年（昭和16年）12月8日、太平洋戦争劈頭のハワイ真珠湾攻撃でアメリカの戦艦4隻を撃沈、2隻を大破させ、アメリカ太平洋艦隊を行動不能にする大戦果をあげた。帰還した攻撃隊隊長・淵田美津雄中佐から南雲と草鹿が報告を受けた。敵の反撃の可能性があることを知った南雲は動揺した。南雲ははじめから反復攻撃は行わないと決心しており、攻撃後は三川軍一（第三戦隊司令官）から再攻撃の具申があったが、南雲は草鹿の進言もあり予定通り離脱した。第二航空戦隊司令官山口多聞少将は「第二撃準備完了」と信号を送ったが、意見具申を勧められると山口は「南雲さんはやらないよ」と言って意見申請はしなかった。連合艦隊司令部では、山本五十六大将に参謀の数名が「再度の攻撃を第一航空艦隊司令部に催促するべし」と進言したが、山本は「南雲はやらんだろう」「機動部隊指揮官（南雲）に任せよう」と答え、再度の攻撃命令を発しなかった。山本は空母の喪失を引き換えにしても戦争を終わらせるダメージを与えたかったが、草鹿によれば、南雲にはその真意が知らされていなかったという。
連合艦隊命令は｢在布哇敵艦隊ヲ奇襲撃破ス｣であり、再度の攻撃や石油タンク等を攻撃しなかったのは命令通りである。軍令部は開戦と同日に行われるフィリピン、マレー半島、香港などへの上陸作戦を成功裏に終えるための米艦隊主力減殺を本作戦の主目的としていたため、南雲を一撃のみで損害を避けた見事な作戦指導と評価した。航空参謀の源田実中佐は、機動部隊指揮官の南雲中将が真珠湾攻撃で最も多くの批判を受けている事について「南雲中将の責任感の強さが誤解を生んでいるのではないか」と語っている。
12月26日、大本営（昭和天皇臨席）にて、軍令部総長・南雲長官・淵田美津雄中佐等はハワイ奇襲当時の実況を奏上した。その後、第一航空艦隊は南下し、ニューギニア、オーストラリア、インド洋を転戦し連合軍の主要根拠地を覆滅しながらの大航海をした。ラバウル・カビエン攻略支援、ポートダーウィン攻撃、ジャワ海掃討戦などで活躍し、太平洋の制空権を獲得した。
4月初旬、インド洋作戦に参加。座礁事故を起こした「加賀」を除いた空母5隻（赤城、蒼龍、飛龍、翔鶴、瑞鶴）を中心にインド洋に進出し、セイロン沖海戦では空母「ハーミーズ」を撃沈し、トリンコマリー港を爆撃する戦果を挙げた。同海戦では、兵装転換中に英軍重巡洋艦の出現で、攻撃隊の装備を魚雷→爆弾→魚雷と変更する混乱があった。インド洋作戦では索敵機が機位を失い、索敵機の回収に必要な電波を発したことで艦隊位置を敵に暴露することになったため、南雲や幕僚は偵察に必要以上の兵力を割くことをためらうようになった。
南雲の指揮する第一航空艦隊は、インド洋作戦までに多くの戦果を挙げながら航空機の被害は軽微であり、艦艇の被害は一隻も出さなかった。史上類のない連続的勝利を記録し、南雲艦隊は世界最強の機動部隊となるが、連戦連勝から疲労と慢心が現れていた。連合艦隊司令部幕僚は、南雲と草鹿に批判的であり、山本五十六に南雲の交代を要望したが、「それでは南雲が悪者になる」と却下された。第二航空戦隊司令官山口多聞少将は、「長官は一言も云わぬ、参謀長先任参謀等どちらがどちらか知らぬが億劫屋揃である」と連合艦隊参謀長宇垣纏中将に語っている。
第一航空艦隊は作戦ごとに護衛艦艇を他の艦隊から借りて機動部隊を編成しており、部隊が艦隊として建制化されておらず、臨時編成であったことから部隊としての思想統一や訓練に関して南雲は苦しんで建制化を求め、連合艦隊も軍令部もその必要は認めていたが、ミッドウェー海戦の敗北後の第三艦隊まで実現しなかった。1942年（昭和17年）4月10日、艦隊編制改訂で、隷下部隊として第十戦隊（軽巡洋艦「長良」と駆逐艦12隻）が新設されたが、まだ固有編制だけで作戦を行うことができず、6月のミッドウェー海戦では、第一艦隊第三戦隊第二小隊（戦艦「霧島」「榛名」）・第二艦隊第八戦隊（重巡「利根」「筑摩」）に護衛されていた。
生涯 > 第一航空艦隊司令長官 > ミッドウェー海戦

→詳細は「ミッドウェー海戦」を参照
第一段階作戦の完了にともない、第一航空艦隊が日本に帰還すると、連合艦隊司令部の立案したハワイ攻略も視野においたミッドウェー作戦が知らされる。南雲以下第一航空艦隊司令部や第二艦隊司令長官・近藤信竹は休養と軍艦の補修、艦・航空搭乗員双方の人事異動にともなう訓練期間の必要性や、第五航空戦隊の戦力回復を待つよう要請したが、山本五十六は却下した。第五航空戦隊（翔鶴・瑞鶴）が一時的に引き抜かれ、南洋部隊（指揮官井上成美中将/第四艦隊司令長官）指揮下に入る。第五航空戦隊はミッドウェー作戦までに南雲の指揮下に戻るはずであったが、5月の珊瑚海海戦で「翔鶴」が大破、「瑞鶴」も多数の航空機と搭乗員を失い、ミッドウェー作戦不参加となった。南雲指揮下の空母は第一航空戦隊と第二航空戦隊の4隻のみとなる。
本作戦の主目標は、ミッドウェー島攻略にあるのか、敵機動部隊の撃滅にあるのか、はっきりしておらず、連合艦隊は敵機動部隊撃滅を重視する発言をしていたが、軍令部は主目標を攻略にあると示し、大本営命令においても攻略が主目標と指示されていた。第一航空艦隊の草鹿参謀長と第二艦隊の白石参謀長は軍令部で作戦計画の説明を受けたが、ドーリットル空襲の直後だったため、哨戒基地の前進によって米空母による本土再空襲を阻止するものと抵抗なく解釈し、ミッドウェー作戦の主目的は同島攻略との強い先入観を得たという。
連合艦隊司令部は、このミッドウェー島攻撃は奇襲に成功することを前提に作戦を立案していた。本計画における一航艦司令部の心配は、攻撃開始日が決まっているので奇襲のための機動の余地がないことと、空母はアンテナの関係から受信能力が十分でなく、敵信傍受が不十分となり、敵情がわかりにくいことであった。そのため、一航艦参謀長の草鹿少将は、連合艦隊が敵情を把握して作戦転換を指示することを連合艦隊参謀長の宇垣参謀長に取りつけた。連合艦隊は付近に敵空母の疑いを感じ、情勢が緊迫してきたと判断しながら、甘い状況判断の放送を東京から全部隊に流したまま、自己判断を麾下に知らせなかった。南雲司令部は、敵の緊急信の増大や敵の動きが活発になったとの情報を伝えられたが、船団部隊が出撃直後に敵潜水艦に発見されたという報告は受けていなかったため、何を意味するものか判断できず、日本の企図は察知されていないものとして、敵空母についても所在ではなく、攻略後に反撃に出てくるかを考えており、中央から放送される状況判断も南雲らの判断を裏付けるものだった。4日に日本の別部隊によるダッチハーバー空襲が実施され、また、船団部隊が発見されたことが南雲司令部に伝えられ、日本側の作戦企図が暴露した事を知ったが、南雲司令部は、同日夜半まで敵に発見されなかったので翌朝のミッドウェー島攻撃は奇襲になると判断した。
1942年（昭和17年）6月5日午前1時30分、第一航空艦隊はミッドウェー島基地への空襲を開始した。ミッドウェー島基地攻撃隊の出撃後、米艦隊迎撃に備え待機させるように山本五十六連合艦隊司令から指示されていた攻撃隊に対し、南雲は「敵情変化なければ二次攻撃隊は第四編制（指揮官加賀飛行隊長）をもって本日実施予定」と予令したという説がある。一方、南雲司令部の航空参謀吉岡忠一中佐、航海参謀雀部利三郎中佐、加賀の飛行長天谷孝久、艦攻先任分隊長牧秀雄は、この予令について知らないと証言している。
どちらにしても、この予令では作業の開始まで指示されていないが、作業員がある程度の準備を勝手に行う可能性はある。予令に関しては戦後確認できる戦闘詳報に記載されているが、これは吉岡参謀が作成した戦闘詳報から功績調査用に書き直されたもので吉岡参謀の作成したものは残されていない。この予令が実在したとすると、第一次攻撃隊の発進直後に、敵艦隊に備えて艦上待機を命じられていた第二次攻撃隊をミッドウェー基地攻撃に向けると各艦に信号した事、第四編制では上空警戒機は各空母3機ずつと少なくなる事から、南雲司令部の作戦計画はミッドウェー基地への奇襲が成立するという判断があったという意見もある。
第一次攻撃隊隊長の友永丈市大尉からの「第二次攻撃の要あり」の打電を受け、南雲は米艦隊迎撃のために待機していた攻撃隊の兵装転換を指示した。草鹿参謀長は、「山本の望みは南雲も幕僚もよく知っていた。事実状況が許す限りそうした。しかしミッドウェー基地の敵航空兵力がわれわれに攻撃を開始し敵空母も発見されていない状況でいるのかどうかわからない敵に半数を無期限に控置しておくのは前線指揮官にとして耐えられないことだった。後で問題だったとしてもあの当時の状況では南雲の決定は正当だった」と語っている。しかし、7時40分、南雲に7時25分発の利根4号機からの敵艦隊発見の報が届き、7時45分に兵装転換一時中止の命令を出す。この発見の報を受け、飛龍の第二航空戦隊司令官山口多聞少将は、すぐに発艦準備のできる二航戦の艦爆隊（陸用爆弾の装備を進めていたもの）を発進させるように意見具申した。しかし、南雲はミッドウェー島攻撃を終え、艦隊上空に帰還した第一次攻撃隊約100機の着艦収容を優先させ、攻撃隊を雷装に転換することに決めた。航空参謀・吉岡忠一少佐によれば、この判断は司令部で何の問題もなく決まったという。草鹿参謀長によれば、南雲長官は命中率からみて雷撃のほうがはるかに有利なために兵装転換を判断したという。
8時30分に南雲が敵艦隊攻撃を決意した結果、第一航空戦隊の計15機の艦攻の再雷装と第二航空戦隊の待機機体の対艦兵装への装備開始。それを格納庫内で進めると同時に飛行甲板にミッドウェイ空襲隊を着艦させるという慌ただしさであった。
第一航空艦隊はミッドウェー島基地航空隊の空襲を撃退し、米軍機動部隊から発進したTBD デバステーター雷撃機の攻撃も連続で全て撃退した。南雲は鈍重な旗艦「赤城」の操艦を艦長・青木泰二郎に代わって自ら行い、魚雷6本を回避している。ただし、海戦後に作成された戦闘詳報によると、ミッドウェーで赤城が受けた魚雷は、TBFアベンジャー雷撃機からの2本（4本投下され内1本は自爆、1本は遠くを通過）と、B-26マローダー双発爆撃機からの1本のみである。航空参謀の源田中佐によれば、赤城への雷撃を回避する操艦を自ら指揮する南雲長官を見て、見事な指揮ぶりに感心させられたと述べている。
しかし、攻撃隊の兵装転換が終わる前に、米軍機動部隊の艦載機による急降下爆撃を受け、主力空母3隻（赤城、加賀、蒼龍）が炎上した。南雲は炎上する「赤城」に残ろうとしたが、草鹿らの説得で艦橋前面の窓から脱出、軽巡洋艦「長良」（第十戦隊旗艦、木村進少将）に移動した。残った「飛龍」も撃破されて自沈（第二航空戦隊司令官山口多聞少将戦死）、空母4隻を失い敗北した。その後も南雲は夜戦を実施する気勢であったが、敵空母3、4隻の報告を受けあきらめて退避した。
一航艦司令部の幕僚は、南雲以下全員で自決すべきと先任参謀・大石保が代表して上申したが、草鹿参謀長はそれを却下し、南雲に対しても説得してなだめた。南雲は、ミッドウェー海戦の報告書に、未熟なパイロットは昼間の着艦も危なっかしく、経験者の一部も技量が低下していたこと、事前に合同訓練が実施できなかったこと、編隊爆撃訓練も実施できなかったことなどを問題点として挙げている。
生涯 > 第三艦隊司令長官

1942年（昭和17年）7月14日、第三艦隊司令長官に就任。連合艦隊長官山本五十六大将は、南雲と草鹿のミッドウェー海戦における責任を追及せず、復仇の機会を与えるとして、一航艦の後継となる空母部隊である第三艦隊の長官と参謀長に、それぞれ南雲と草鹿を就任させるように取り計らった。しかし、それ以外の幕僚は全て降ろされ、また士官も転出させられた。
通信参謀中島親孝によれば、第三艦隊の南雲司令部は先任参謀・高田利種が計画や作戦指導の中心だったという。
第三艦隊司令長官時代、旗艦翔鶴艦内を風呂上りの浴衣・草履・頭に手拭い姿で歩いていたところ、下士官に「貴様は本艦（翔鶴）を何と心得ている。世界最高の航空母艦だ、貴様何ちゅう態度をしているんだ」と咎められる。南雲は逆に一喝し、この下士官を自室に招くと「貴様のような張り切った甲板係りがいると思えば私も安心だ」とビールを薦めた。翌日、飛行甲板に翔鶴全乗組員を集め「私は第三艦隊司令長官南雲忠一でございます。帽子を取るとこういう顔」と挨拶している。
第三艦隊は空母六隻（第一航空戦隊《翔鶴、瑞鶴、瑞鳳》、第二航空戦隊《飛鷹、隼鷹、龍驤》）と第十一戦隊の金剛型戦艦2隻（比叡、霧島）、巡洋艦4隻（第七戦隊《熊野、鈴谷》、第八戦隊《利根、筑摩》）、長良を旗艦とする第十戦隊の駆逐艦16隻、合計29隻の大艦隊の予定であった。
1942年（昭和17年）8月、米軍がガダルカナル島に上陸してガダルカナル島の戦いが始まり、8月23日に南雲は第三艦隊の現有戦力（空母3隻《翔鶴、瑞鶴、龍驤》、戦艦2隻《比叡、霧島》、巡洋艦2隻《利根、筑摩》、駆逐艦8隻）を率いて支援に向かった。当時南雲艦隊は第二艦隊司令長官・近藤信竹中将の指揮下にあり、打ち合わせすら行っていなかったので両艦隊の行動は混乱していた。南雲は南下し空母決戦を決意していた。24日敵の爆撃があり第二次ソロモン海戦が開始し25日南雲は索敵し発見した空母へ攻撃隊を出撃させた。南雲艦隊は龍驤から戦闘機15機を攻撃に向けたため戦闘機9機で敵攻撃隊迎撃にあたることになり、龍驤は魚雷を受けて沈没した。南雲艦隊は空母「エンタープライズ」を大破させたがこれは徹夜の修理で航行し戦線離脱した。また南雲艦隊は搭乗員の4割を失った。
10月26日、第三艦隊が敵偵察機から爆撃を受け南太平洋海戦が発生した。敵空母部隊を発見できず南下、北上を繰り返していた際、連合艦隊司令部からの南下命令を受けた。この後南雲は反対していた参謀長・草鹿龍之介を説得して南下した。艦爆隊石丸豊大尉が米空母「ホーネット」の甲板に体当たりし行動不能に追い込み、空母「エンタープライズ」を中破、戦艦1隻、巡洋艦1隻、駆逐艦1隻損傷という戦果をあげる。しかし南雲艦隊も米艦載機SBDドーントレス急降下爆撃機の攻撃で空母「翔鶴」（旗艦）、「瑞鳳」、巡洋艦「筑摩」が中破する。「翔鶴」が通信能力を喪失した為、艦隊指揮に支障がでるようになり全艦隊で戦場を一時離脱する。駆逐艦「嵐」（第四駆逐隊司令駆逐艦、司令有賀幸作大佐）に通信を代行させるが、その後受信機は回復し送信のみを代行させている。
その後、健在な空母「瑞鶴」を敵艦隊に向かわせ秋月型駆逐艦2番艦「照月」（第61駆逐隊司令駆逐艦）への移乗と旗艦の「瑞鶴」への変更を進めるが、敵艦隊攻撃の指揮が続いたため受信機能の高い「翔鶴」を降りるのが長びき、退艦が航空攻撃終了後の19時半頃となり前線到着が遅れた。その間、前進部隊指揮官・近藤信竹が指揮下の角田覚治少将率いる第二航空戦隊を急遽機動部隊に編入させたので11時40分に2航戦に対して敵艦隊攻撃を命令している。2航戦の空母「隼鷹」の航空攻撃で「ホーネット」は完全に行動不能となり、最終的に近藤直率の第二艦隊が撃沈している。日本海軍は空母3隻・戦艦1隻・巡洋艦2隻・駆逐艦1隻を撃沈したと誤認し、大本営発表を行った。
11月11日、佐世保鎮守府司令長官に就任。前任の谷本馬太郎中将が病死したための任命だった。第三艦隊司令長官は南雲から小沢治三郎中将に交代。南雲と小沢は共に水雷出身で、第11駆逐隊司令、第八戦隊司令官、海軍水雷学校長、第三戦隊司令官、海軍大学校長、第三艦隊司令長官等々、南雲（海兵36期）→小沢（海兵37期）の順番で着任している。互いに良い飲み相手であり、南雲が別の料亭で飲んでいた小沢を呼び出し、小沢が芸者を引き連れてやってくる関係だった。
11月17日、南雲中将と高木武雄中将は昭和天皇に拝謁。南雲は天皇に軍状を奏上した。機動部隊指揮官として、『一、彼は既に準備整へり、戦略的奇襲困難となる。敵を軽視するは不可/二、敵の戦法は合理的なり。各種戦訓を取入れ手を換え品を換へて行ふ。我も対抗方策を講ずる必要あり。(中略)七、敵は輪形陣にて高角砲威力大、我高角砲は馬鹿にされる。』等々の戦訓所見を述べている。
1943年（昭和18年）6月21日、呉鎮守府司令長官に任命。ケ号作戦（1943年（昭和18年）2月）に参加して大破した陽炎型駆逐艦12番艦「磯風」が呉工廠に帰還した際、南雲は視察に訪れ、「これほど損傷した艦を見捨てもせず連れ帰ってくれた」と乗組員を賞賛した。さらに磯風乗組員（士官、下士官兵問わず）と彼らの妻に、山口県湯田温泉へ2泊3日の慰安旅行を贈った。（磯風は3月に呉工廠に入り、7月に出発している）
1943年（昭和18年）10月20日第一艦隊司令長官。第一艦隊は1944年（昭和19年）2月25日に解隊されたため、南雲は最後の第一艦隊司令長官となった。