公明党
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新進党分裂後、小沢が率いた自由党を除く党派は民主党に結集したが、公明党との合流については創価学会との相性がネックになって合流話は持ちかけられなかった。分党時に新党平和および黎明クラブを結成した旧公明党グループの双方（さらに自由党所属の公明党グループ5名を含む）は再び公明に合流し、1998年11月7日に「公明党」として再結成を果たす。再結成時の代表は神崎武法が就いた。この時期の公明党に秋波を送っていたのは自民党で、1998年4月28日、自民党は機関紙『自由新報』にかつて掲載した池田と学会員との内紛に関する記事について謝罪文を掲載した。
7月の第18回参議院議員通常選挙で自民党が大敗し、ねじれ国会下で再び公明党がキャスティング・ボートを握った。同年秋の臨時国会では自民党は法案ごとに各党の協力を得ながら乗り切る。こうした背景から自民党と公明党の連立構想が沸き上がるが、公明党は以前自民党と鋭く対立していた手前、いきなり二党のみによる連立には反対であった。そこで、野党の中で孤立しつつあった自由党を交えた三党での連立交渉を始める。こうして1999年1月にまず成立したのが自自連立である。
公明党内部では、連立政権参加に対する反対論がくすぶっていたが、自自両党による衆議院比例区の定数削減議論に参加するため、公明党は7月に連立参加を決定し、10月5日に小渕恵三第2次改造内閣が発足する。しかし翌2000年2月に定数削減の法案が成立して以降、小沢は自自両党の合流を巡って小渕と対立し、自由党は連立を離脱する。その後、自由党の連立離脱反対派が結成した保守党が2003年に自民党へ合流するに至り、自公二党の連立政権（自公連立政権）が誕生するに至った。
2009年の第45回衆議院議員総選挙では10議席減の21議席で惨敗、1955年の結党以来初めて衆議院第1党を失った自民党とともに、公明党としては10年ぶりに再び下野した。代表の太田昭宏も落選したため、後任の代表には参議院議員の山口那津男が就任した。2012年の第46回衆議院議員総選挙では31議席を獲得し、圧勝した自民党とともに再度政権与党に返り咲き、第2次安倍内閣より自公連立政権が復活した。2010年の第22回参議院議員通常選挙では比例区の得票数・獲得議員数がみんなの党を下回ったが、2013年の第23回参議院議員通常選挙では比例区の得票数が全政党中2位に浮上。2014年の第47回衆議院議員総選挙では小選挙区で全員が当選するなどして現行制度下で最多の35議席を獲得。
2016年の第24回参議院議員通常選挙では選挙区7人が当選、参院選における選挙区で獲得した議席として、結党以来歴代最多の圧勝をおさめ、衆参両院で自公をはじめとする改憲勢力が、日本国憲法改憲の発議が可能な、圧倒的多数となる3分の2を確保することに大きく貢献するなど、現在も国会でキャスティング・ボートを握る政党のひとつである。
しかしながら、2017年の第48回衆議院議員総選挙では、自公両党で319議席を獲得し圧勝したものの、公明党自体は総選挙直前に誕生した旧民主党・民進党系の立憲民主党と希望の党の新党の間に埋没する形となったことも影響し、下野した第45回衆議院議員総選挙以来8年ぶりに、小選挙区（神奈川県第6区）で落選者が発生し小選挙区8議席、比例代表も定数削減のあおりを受け特に北関東ブロック・南関東ブロックを中心に得票を減らし21議席に終わり、合計29議席となり、目標としていた公示前議席維持の35議席を下回った。
2019年7月の第25回参院選では、公認候補者を擁立した7つの選挙区（埼玉・東京・神奈川・愛知・大阪・兵庫・福岡）において、前回に続き全勝。比例でも7議席を獲得し、合わせて14議席を獲得。これは前回・2016年に並ぶ最多議席となった。自公連立政権の与党は併せて改選定数124の過半数（63）を超える計71議席を獲得したが、改選議席（77）からは6減らした。非改選議員を含めた参院全体では自民・公明の連立与党、それに改憲に前向きな野党の日本維新の会と無所属を加えた「改憲勢力」の非改選議席は79と参議院における全議席の3分の2である85議席を超えず、日本国憲法改憲の発議が可能な圧倒的多数となる3分の2を確保できなかった。
2021年10月の第49回衆議院議員総選挙では、小選挙区の公認候補9名全員と比例区23名の当選を果たし、公示前から3議席増の32議席を獲得した（比例代表：得票数 7,114,282、得票率 12.38%）。自由民主党（261議席）、立憲民主党（96議席）、日本維新の会（41議席）に次ぐ第4党となり、自公両党では過半数の293議席を獲得して圧勝した。
2022年7月の第26回参議院議員通常選挙では、選挙区の公認候補7名全員と比例区6名の当選を果たし、公示前から1議席減の13議席を獲得した（比例代表：得票数 6,181,431.938、得票率 11.66%）。非改選との合計で27議席となり、自由民主党（119議席）、立憲民主党（39議席）に次ぐ第3党となった。自公両党では76議席を獲得して圧勝した。しかし、比例獲得票が目標の800万票を大幅に下回る618万票になるなど、支持層の高齢化による組織力の衰えも指摘された。
2023年4月の第20回統一地方選挙では、現在の公明党が再結成された1998年以降で最多となる12人の落選者を出した。山口は選挙結果について「日本維新の会の新人が積極的に立候補し、大量得票した。一方で投票率がそれほど上がっているわけではなく、既存の勢力が割を食った」と述べた。特に練馬区議会議員選挙では前回選と同じ11人を擁立したが、当落線上に公明候補7人が並び、うち4人が落選した。合計得票は3万5000票弱で、前回から約5000票減っており、支持層の高齢化による組織力の弱まりが改めて指摘された。
2024年9月、8期務めた山口那津男が代表を退任し、幹事長の石井啓一が新たな代表に就いた。党代表の交代は15年ぶりであり、執行部に中堅・若手議員を登用し、党内の新陳代謝を図る。石井の代表就任に伴い、「希望の未来は、実現できる。」との党キャッチコピーを発表した。
しかし、同年10月の第50回衆議院議員総選挙では自公連立与党に対する逆風が直撃し、公明党は公示前から8議席を失う24議席の獲得に留まり、埼玉14区から立候補した石井も落選する事態となった。現職の公明党代表が落選したのは2009年の衆院選以来となる。また、これまで確保していた大阪府内の小選挙区4議席も日本維新の会に議席を奪われてすべて失ったうえ、比例区でも票が伸び悩み、この選挙で躍進した国民民主党に比較第4党の座を奪われた。中田智之の主張によれば、この選挙で自公連立与党が掲げた住民税非課税世帯への給付などの政策は「高齢者の買収では!?」との批判を招いたという。投開票日翌日の同月28日、石井は大敗の責任をとって代表を辞任する意向を固め、同月31日の中央幹事会で正式に辞任を表明した。石井の後任代表は任期途中での辞任のため、党規約により代表選は実施せず、11月7日の中央幹事会での推薦により決定され、同月9日の臨時党大会で承認されこととなった。一方で選挙翌日に石井代表は、同じく選挙で大敗した自民党総裁の石破茂と会談し、自公連立政権の維持を目指すことを確認している。
後任の代表として11月2日、副代表で第1次石破内閣では国土交通大臣を務めた斉藤鉄夫を充てる方針を固め、同月7日の中央幹事会の推薦を経て、同月9日開催の臨時党大会で斉藤の新代表就任が正式に承認された。また、浜四津敏子の退任以降は廃止されていた代表代行のポストが「代表と同格」の立場として14年ぶりに設置され、副代表で参議院議員の竹谷とし子が就任した。2025年の参院選を視野に、創価学会女性部から人気の高い竹谷を起用することで党再建の起爆剤とする狙いがあるとされる。中央幹事会会長には引退した北側一雄に代わり、副代表の赤羽一嘉が起用された。