変形労働時間制
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第三十二条の三
使用者は、就業規則その他これに準ずるものにより、その労働者に係る始業及び終業の時刻をその労働者の決定に委ねることとした労働者については、当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、次に掲げる事項を定めたときは、その協定で第二号の清算期間として定められた期間を平均し一週間当たりの労働時間が第三十二条第一項の労働時間を超えない範囲内において、同条の規定にかかわらず、一週間において同項の労働時間又は一日において同条第二項の労働時間を超えて、労働させることができる。



一　この項の規定による労働時間により労働させることができることとされる労働者の範囲

二　清算期間（その期間を平均し一週間当たりの労働時間が第三十二条第一項の労働時間を超えない範囲内において労働させる期間をいい、三箇月以内の期間に限るものとする。以下この条及び次条において同じ。）

三　清算期間における総労働時間

四　その他厚生労働省令で定める事項
1988年（昭和63年）の改正法施行により新設され、2019年（平成31年）4月の働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律（整備法）施行による改正で要件が改められた。フレックスタイム制は、一定の期間（清算期間）の総労働時間を定めておき、労働者がその範囲内で各日の始業及び終業の時刻を選択して働くことにより、労働者が仕事と生活の調和を図りながら効率的に働くことを可能とし、労働時間を短縮しようとする制度である。整備法においては、子育てや介護、自己啓発など様々な生活上のニーズと仕事との調和を図りつつ、効率的な働き方を一層可能にするため、フレックスタイム制がより利用しやすい制度となるよう、清算期間の上限の延長等の見直しを行ったものである。なお、フレックスタイム制の運用に当たっては、使用者が各日の始業・終業時刻を画一的に特定することは認められないことに留意すること（平成30年9月7日基発0907第1号）。
労使協定には、以下の事項を定めなければならない（施行規則第25条の2）。当該労使協定は、清算期間が1か月を超えるものである場合においては、当該労使協定に有効期間の定めをするとともに、当該労使協定を所轄労働基準監督署長に届出なければならない（第32条の3第4項）。第32条の3第4項の規定に違反した使用者は、30万円以下の罰金に処せられる（第120条）。
フレックスタイム制により労働させることができることとされる労働者の範囲
フレックスタイム制の対象となる労働者の範囲を特定するものである（昭和63年1月1日基発1号）。
清算期間 及びその起算日
フレックスタイム制において、労働契約上労働者が労働すべき時間を定める期間を定めるものであり、その長さは、仕事と生活の調和を一層図りやすくするため、平成31年4月の改正法施行により、それまでの「1か月以内」から「3か月以内」に延長された（平成30年9月7日基発0907第1号）。
清算期間における総労働時間
フレックスタイム制において、労働契約上労働者が労働すべき時間を定めるものであり、この時間は、清算期間を平均し1週間の労働時間が法定労働時間の範囲内となるような定めをすることを要し、その計算方法は、1か月単位の変形労働時間制の場合と原則として同様である（昭和63年1月1日基発1号）。
平成31年4月の改正法施行により、完全週休2日制の下で働く労働者（1週間の所定労働日数が5日の労働者）についてフレックスタイム制を適用する場合においては、曜日のめぐり次第で、1日8時間相当の労働でも清算期間における法定労働時間の総枠を超え得るという課題を解消するため、完全週休2日制の事業場において、労使協定により、所定労働日数に8時間を乗じた時間数を清算期間における法定労働時間の総枠とすることができるようにした（第32条の3第3項）。この場合において、次の式で計算した時間数を1週間当たりの労働時間の限度とすることができる（平成30年9月7日基発0907第1号）。
8×（清算期間における所定労働日数）÷（清算期間における暦日数）/7
特例事業における法定労働時間の総枠の計算について、清算期間が1か月以内の場合は従来通り週44時間を用いるが、清算期間が1か月を超える場合は特例事業で合っても特例の適用はなく週40時間となる（規則第25条の2）。
標準となる1日の労働時間
フレックスタイム制の下において、年次有給休暇を取得した際に支払われる賃金の算定基礎となる労働時間等となる労働時間の長さを定めるものであり、単に時間数を定めれば足りる。なお、フレックスタイム制の下で労働する労働者が年次有給休暇を取得した場合には、当該日に標準となる一日の労働時間労働したものとして取り扱うこととするものである（昭和63年1月1日基発1号）。
労働者が労働しなければならない時間帯（コアタイム）を定める場合には、その時間帯の開始及び終了の時刻
労働者がその選択により労働することができる時間帯（フレキシブルタイム）に制限を設ける場合には、その時間帯の開始及び終了の時刻
実施には労使協定を締結し、就業規則その他これに準ずるものに、始業及び終業の時刻をその労働者の決定に委ねる旨を記載しなければならない。始業時刻または終了時刻の一方についてのみ労働者の決定に委ねるのでは足りない。コアタイム・フレキシブルタイムも第89条でいう「始業及び終業の時刻」に関する事項であるので、それらを設ける場合には、就業規則においても規定すべきものである。なお、フレキシブルタイムが極端に短い場合、コアタイムの開始から終了までの時間と標準となる一日の労働時間がほぼ一致している場合等については、基本的には始業及び終業の時刻を労働者の決定にゆだねたこととはならず、フレックスタイム制の趣旨に合致しない（昭和63年1月1日基発1号）。
清算期間を3か月以内に延長することにより、清算期間内の働き方によっては、各月における労働時間の長短の幅が大きくなることが生じ得る。このため、対象労働者の過重労働を防止する観点から、清算期間が1か月を超える場合には、当該清算期間を1か月ごとに区分した各期間（最後に1か月未満の期間を生じたときには、当該期間）ごとに当該各期間を平均し1週間当たりの労働時間が50時間を超えないこととした。また、フレックスタイム制の場合にも、使用者には各日の労働時間の把握を行う責務があるが、清算期間が1か月を超える場合には、対象労働者が自らの各月の時間外労働時間数を把握しにくくなることが懸念されるため、使用者は、対象労働者の各月の労働時間数の実績を対象労働者に通知等することが望ましい（第32条の3第2項、平成30年9月7日基発0907第1号）。加えて、清算期間が1か月を超える場合であっても、1週平均50時間を超える労働時間について月60時間を超える時間外労働に対して5割以上の率で計算した割増賃金の支払が必要であることや、法定の要件に該当した労働者について労働安全衛生法に基づき医師による面接指導を実施しなければならないことは従前と同様であり、使用者には、長時間労働の抑制に努めることが求められる（平成30年9月7日基発0907第1号）。
フレックスタイム制を採用した場合に法定時間外労働となるのは、以下の1．及び2．に示す労働時間である。なお、完全週休2日制の場合の清算期間における労働時間の限度の特例に留意すること（平成30年9月7日基発0907第1号）。
清算期間が1か月以内の場合
従前のとおり、清算期間における実労働時間数のうち、法定労働時間の総枠を超えた時間が法定時間外労働となるものであること。具体的な計算方法は、次の式によること。
（清算期間における実労働時間数）-（週の法定労働時間）×（清算期間における暦日数）/7
清算期間が1か月を超え3か月以内の場合
次の両項を合計した時間が法定時間外労働となるものであること。
清算期間を1か月ごとに区分した各期間（最後に1か月未満の期間を生じたときには、当該期間）における実労働時間のうち、各期間を平均し1週間当たり50時間を超えて労働させた時間。具体的な計算方法は、次の式によること。
（清算期間を1か月ごとに区分した期間における実労働時間数）-50×（清算期間を1か月ごとに区分した期間における暦日数）/7
清算期間における総労働時間のうち、当該清算期間の法定労働時間の総枠を超えて労働させた時間（ただし、上項で算定された時間外労働時間を除く。）
清算期間における実際の労働時間が総労働時間として定められた時間より多かった場合、総労働時間として定められた時間分のみ賃金を支払い、超過時間分を次の清算期間に繰越することは、賃金の全額払いの原則（第24条）に違反するので認められない。一方、清算期間における実際の労働時間に不足があった場合、総労働時間として定められた時間分の賃金を支払って不足時間分を次の清算期間に繰越することは、法定労働時間の総枠の範囲内であれば差し支えない（昭和63年1月1日基発1号）。清算期間が1か月を超える場合において、フレックスタイム制により労働させた期間が当該清算期間よりも短い労働者については、当該労働させた期間を平均して1週間当たり40時間を超えて労働させた時間について、第37条の規定の例により、割増賃金を支払わなければならない（第32条の3の2）。
法律や労使協定の定めにより、休憩を一斉に取らせることが必要な場合（第34条）、コアタイム中に休憩時間を定めるようにしなくてはならない。