天皇
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慶長20年（1615年）、江戸幕府将軍徳川秀忠と大御所徳川家康、そして前関白二条昭実によって禁中並公家諸法度が制定された。この第一条では天皇の務めの第一は『貞観政要』、『群書治要』、『禁秘抄』の和漢の帝王学と我が国の固有文化である和歌を学び修めることが第一であると規定されている。禁中並公家諸法度は江戸時代を通じて一度も改正されず、徳富蘇峰が「治国平天下の学問を為さず、ただ花鳥風月の学問を為し給うべしとの意」と評したように、かつては天皇を政治から遠ざけるものだという解釈で知られていた。しかし1980年代以降の研究では、このような見方には再検討が加えられている。第一条はかつて順徳天皇が著し、歴代の天皇が家訓として用いてきた『禁秘抄』をほとんど抜粋したものであり、天皇や公家にとっては目新しいものではなかった。
政治の実権こそはなかったものの、江戸時代の歴代天皇は即位時の天曹地府祭で「大日本国大王」と署名したように日本の国王・帝王であるという意識を持っていた。また廃絶した多くの朝儀の再興、特に神事（宮中祭祀）の再興を悲願とし、天下泰平、海内静謐とともに朝廷再興を伊勢神宮、内侍所に天皇自らが毎朝祈っていた（毎朝御拝）。また改元にあたって元号を決定する最終的権限を持っていたことを始め、将軍や大名の官位も同様に全て天皇から任命されるものであった。これは幕府側にとっても同様であり、徳川家光の命で寛永16年から17年にかけて完成した「東照大権現縁起」では将軍は「天下の政を佐け」「君を守り国を治める」として、天皇を守り補佐する存在であると位置づけている。江戸時代後期においても老中松平定信・故実家伊勢貞丈・国学者本居宣長・儒学者中井竹山・蘭学者杉田玄白らは、いずれも征夷大将軍の権力は、本来日本の主である天皇から委任されたものであるとする大政委任論の考え方を記しており、この考え方は広く認められていた。一方で江戸時代中期に幕政に強い影響をあたえた新井白石や荻生徂徠は異なる考え方を持っていた。武家が天下を握っているのは朝廷の政治より優れているからであり、革命もしくは革命に近い形で日本の統治権は幕府にうつっており、その根拠は天皇ではなく徳川家康の徳に由来するものであるとしている。しかし白石や徂徠にしても天皇が将軍の上位者であり主君であることは認識しており、大名が朝廷から官位を受ける朝臣の立場にあることは問題であると考えていた。白石と徂徠は幕府独自の官位や勲等制度を設けて大名らを将軍の家臣に再構成するべきであるとしたが、実行には移されなかった。
幕府は徳川将軍家の権威強化と幕府の祖徳川家康の神格化に天皇の権威を利用した。家康は「東照大権現」の神号を受け、霊廟である東照社には宸筆による勅額を授けてもらい、東照宮へ格上げした。また伊勢例幣使の復興と引き換えに天皇から奉幣を行う日光例幣使を定めた。
一方で幕府は天皇の領地である禁裏御料をはじめとして、資金的な援助を行ったため、幕府の援助無しでは朝廷は成り立たなかった。禁裏御料は当初1万石、元和9年（1623年）と、宝永2年（1705年）に1万石ずつ加増され、最終的に3万石となった。朝廷内を関白と議奏・武家伝奏の両役によって管理する体制を作り、その人事権を握ることで朝廷への統制権を握った。さらに京都所司代は御所近くに禁裏付武家を配置し、御所内の役人の監督にあたった。禁裏付武家は従五位下クラスの旗本であったが、従一位か正二位クラスである武家伝奏を呼びつけることができるなど大変強い権限を持っていた。
後陽成天皇と後水尾天皇は幕府としばしば対立した。幕府は後水尾天皇に秀忠の娘和子を入内させたものの、この婚儀を巡っても天皇と幕府の間で問題が発生している。一時は融和が図られたものの、寛永6年（1629年）に発生した紫衣事件は、朝廷の保持していた寺社への統制権を幕府が剥奪するものであった。この対応に激怒した後水尾天皇は幕府や朝廷の大部分にも無断で女一宮に譲位し、奈良時代以来の女性天皇明正天皇が即位した。以降後水尾は上皇・法皇として4代に渡って院政を行っていくこととなる。一方で寛永14年（1637年）に明正天皇が成人するにあたって、摂政にかえて関白を置き、神事や節会の執行を天皇に任せようとした。ところが京都所司代板倉重宗の猛反発により、関白設置の話は流れ、明正天皇は成人後も神事や節会の執行を行うことはなかった。このため明正天皇は在位中に四方拝や小朝拝を行うことはなかった。宝暦12年（1762年）には江戸時代二人目の女性天皇後桜町天皇が即位しているが、明正天皇の例を先例として関白でなく摂政が置かれた。また同様に四方拝の場を設けるだけで出御することなく、新嘗祭にも出御しなかった。江戸時代の女性天皇は男性の皇位継承者が成長するまでの「つなぎ」役であり、生涯独身であり、菩提寺である泉涌寺にも肖像画が収められないと言う扱いであった。また月経の際は「血穢」であるため、神事である大嘗会や新嘗祭などに参加することはできなかった。藤田覚は江戸時代の女性天皇を、政務も行えず、神事も十分に行えない「半天皇」であったと評している。
明正天皇は寛永20年（1643年）に弟の後光明天皇に譲位したが、承応3年（1654年）に急死した。後光明天皇は弟の高貴宮を猶子としていたが幼少であったため、高松宮（のち花町宮、のち有栖川宮）を継いでいた弟の後西天皇が即位した。在位中には京都大火、京都大地震などの天変地異が相次ぎ、寛文3年（1663年）に後西天皇は己の不徳とし高貴宮、後の霊元天皇へ譲位した（天人相関説）。
即位した霊元天皇は朝儀復興に意欲的であったが、儀式の復興には幕府の援助が不可欠であり、多額の費用を拠出することになる幕府の承諾は困難であった。このため幕府との関係を重視する近衛基熙との関係が悪化した。天和3年（1683年）には、霊元天皇の強い要請を受けた幕府が五宮朝仁親王（後の東山天皇）の立太子礼に同意した。これは貞和4年（1348年）の直仁親王立太子以来335年ぶりの出来事であり、皇太子の諸儀式に別途支出を行わないことを条件に承認したものであった。貞享4年（1687年）には東山天皇の即位に伴い291年ぶりとなる大嘗祭の開催を強行した。再興にあたっては、費用の拠出を求めないという条件で幕府の承認を得たため、儀礼の多くが省略化され、朝廷内でも批難された。このため東山天皇は近衛基熙や幕府と協調して霊元の院政を抑制したが、宝永6年12月17日（1710年）に病死したため、次の中御門天皇の代には霊元が再び院政を執ることとなった。正徳2年（1712年）には将軍徳川家宣が病死し、幼少の子鍋松が将軍となった。幕府は幼君の権威を強化するため、霊元の協力を乞うようになった。霊元は鍋松に「家継」の名を授け、皇女八十宮吉子内親王を降嫁させることを決定している。またこの時期には新井白石の提案により、中御門天皇の弟直仁親王が新たな世襲宮家閑院宮家を創設している。
中御門天皇の曾孫にあたる後桃園天皇が若くして没したため、閑院宮家から光格天皇が皇位を継いだ。光格天皇も朝儀復興に熱心であり、京都御所の復古的再建や、大嘗祭・新嘗祭・伊勢神宮神嘗祭・石清水八幡宮臨時祭・賀茂社臨時祭の復興を実現した。また寛政3年（1791年）には光格天皇は父親の閑院宮典仁親王に太上天皇の尊号を贈ろうとした。しかし老中松平定信は、天皇の実父に対する尊号は先例がないとして反対し、これを撤回させた（尊号一件）。
しかしこの事件後、巷間では朝廷側が定信を論破したという実録物が多数流布し、世間においても朝廷への支持が高まっていることを示すものとなった。
江戸時代の禁裏御所は比較的に民衆に開かれており、臨時や恒例行事の時は御所に入って行事を見学できた。節分には内侍所にまで参詣でき、多くの人が賽銭を払って追儺の大豆を賜ることができ多くの参詣人で賑わったという。また明正天皇の即位式にも多くの庶民が拝見し、桜町天皇の即位式からは「切手札」という入場券が発行された。地方から上京した人々がつてを頼って御所を拝観することもしばしばであり、江戸時代の天皇や御所が民衆に比較的開かれた存在であったことが明らかになっている。
天明の大飢饉では幕府の無策に失望した近畿一円から集まった七万人もの庶民が御所を周回して天皇に救いの祈りを捧げるという御所千度参りが発生し光格天皇の求めにより庶民救済の救い米が京都町奉行から出されるという事件も起きた。
幕末になり鎖国体制を敷いていた我が国に異国船が頻繁に襲来するようになり対外的危機が深刻化すると時の孝明天皇はこの事態を非常に憂慮し神仏に対し国と民の平和を守るよう祈願祈祷を行い、幕府に対しても「天下泰平」「庶民安堵」となるよう対策と対応を迫るようになった。
この異国に対する幕府の対応、特にアメリカとの条約に対する問題が孝明天皇の逆鱗に触れたことなどが全国の庶民にまで広がりやがて倒幕、明治維新への動きへと繋がっていくのである。