商船三井さんふらわあ
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【F】フェリー部門 【C】貨物航路部門
2001年（平成13年）
3月12日 - 商船三井フェリー株式会社を設立。
7月1日 -【F】ブルーハイウェイラインの大洗〜苫小牧フェリー航路・貨物航路を継承し営業開始。
2002年（平成14年）
2月18日 - 日本のフェリー事業者で初めてISMコード認定を取得。
6月2日 -【F】朝便の「さんふらわあ おおあらい」「さんふらわあ えりも」引退。
6月3日 -【F】大洗〜苫小牧航路、東日本フェリーとの共同運航開始。
朝・深夜発の2便体制を夕方・深夜発に変更。
東日本フェリー「ばるな」（3代目）を裸傭船、商船三井フェリー75%・東日本フェリー25%の運航分担とする。
2003年（平成15年）
7月 - 自動車船を除く不定期船部門を商船三井内航に移管。
10月 -【C】東京〜博多航路にて日本海運（現・NX海運）とのRO-RO船共同運航を開始。
11月 -【C】RO-RO船「さんふらわあ はかた」就航。
12月 -【C】RO-RO船「さんふらわあ とうきょう」就航。
2004年（平成16年）
1月 -【C】東京〜博多航路のデイリーサービスを開始。
2月3日 - ISO 14001を取得。
2005年（平成17年）
1月26日 -【F】東日本フェリーから傭船の「ばるな」を「さんふらわあ さっぽろ」（2代目）に改名。
4月1日 -【F】「さんふらわあ さっぽろ」（2代目）のオーナーズルームを「スイートルーム」として一般提供開始。
4月11日 -【F】深夜発便の供食を「イートインフロアサービス」として自販機中心のサービスとし、レストランを朝・昼・夜のセット販売提供のみに縮小する。
2006年（平成18年）
10月17日 -【F】大洗〜苫小牧航路の東日本フェリーとの共同運航解消と運航一本化を合意。
12月15日 -【F】高速バスとフェリーのセット割引切符「パシフィック・ストーリー」発売。
2007年（平成19年）
1月2日 -【F】東日本フェリーが大洗〜苫小牧航路より撤退し単独運航となり、運航船舶が旧東日本フェリー船で統一される。
夕方便「へすていあ」が商船三井フェリーへ移管。
深夜便の「さんふらわあ みと」「さんふらわあ つくば」を東日本フェリーの「ニューれいんぼうべる」「ニューれいんぼうらぶ」と交換。
深夜便のレストラン営業を終了、自販機のみによる供食とする。
1月30日 -【F】「へすていあ」を「さんふらわあ ふらの」（初代）に改名。
3月6日 -【F】「ニューれいんぼうべる」を「さんふらわあ しれとこ」に改名。
3月21日 -【F】「ニューれいんぼうらぶ」を「さんふらわあ だいせつ」に改名、旧東日本フェリー船のさんふらわあ船名への統一を完了。
3月31日 -【C】東京〜苫小牧航路を廃止。
4月1日
【F】スイートルームを除く船室等級の呼称を変更。（二等「エコノミールーム」、二等寝台「カジュアルルーム」、一等「スタンダードルーム」、特等「デラックスルーム」）
親会社・商船三井のロゴ変更に合わせ社名ロゴを「MOL商船三井フェリー」に変更。
6月1日 -【C】九州急行フェリーを合併、追浜 - 苅田航路を継承。
2010年（平成22年）
4月1日 -【F】カジュアルルームにレディースルームを設置。
11月8日 -【C】追浜〜苅田航路のうち「むさし丸」の関東側発着地を追浜から東京港に変更し東京 - 苅田航路を開設。
2011年（平成23年）
3月11日 -【F】東日本大震災の津波による大洗港被災に伴い、大洗〜苫小牧航路を運休。
3月13日〜22日 -【F】東日本大震災の自衛隊災害派遣輸送のため苫小牧→青森間の臨時便を10便運航。
3月25日〜6月5日 -【F】東京〜苫小牧間で貨物輸送のみの臨時運航を実施。この内4月10日 - 30日の下り3便は青森に寄港。
6月6日 -【F】夕方便より大洗〜苫小牧の運航を再開。
2013年（平成25年）4月13日 - 【C】東京〜博多航路で松山港への寄港を追加。
2014年（平成26年）5月7日 -【C】追浜〜苅田航路を休止、苅田航路の関東側発着地を東京に一本化。
2015年（平成27年）7月31日 -【F】大洗から苫小牧へ向かっていた「さんふらわあ だいせつ」にて、苫小牧港の沖合約50kmの海上で車両甲板から火災が発生。消火作業をしていた乗員1名が行方不明となり、後に遺体で発見された。他の乗員乗客は全員避難し、他のフェリーなどに乗り移り無事だった。
2016年（平成28年）2月3日 -【F】火災事故で運航を休止していた「さんふらわあ だいせつ」が苫小牧発の夕方便より再就航。
2017年（平成29年）
5月11日 -【F】「さんふらわあ ふらの」（初代）引退。
5月13日 -【F】夕方便新造船「さんふらわあ ふらの」(2代目)が大洗発便で就航。商船三井フェリーとして初の新造船となる。
新船室等級を導入。（二等「ツーリスト」・二等寝台「コンフォート」・一等「スーペリア」・特等「プレミアム」「スイート」）
10月22日 -【F】「さんふらわあ さっぽろ」（2代目）引退。
旧船室等級のうち「エコノミールーム」「スタンダードルーム」の設定を終了。
10月25日 -【F】夕方便新造船「さんふらわあ さっぽろ」(3代目)就航。
10月26日 -【F】翌年2月19日にかけて「さんふらわあ さっぽろ」(3代目)が推進系統の不具合のため長期運休。
2018年（平成30年）
5月5日 -【F】夕方便レストランの昼食営業を終了、バイキング営業から軽食販売に変更。
10月1日 -【F】夕方便レストランの夕食営業をバイキング式からメイン料理選択制のハーフビュッフェ式とサイドメニュー単品販売に変更。
2019年（平成31年/令和元年）
2月28日 -【C】RORO船「ぶぜん」が東京〜苅田航路に就航、3隻体制で週4便から6便に増便し直行便主体に再編。上り週1便のみ宇野港に寄港とする。。
4月1日
【C】東京〜博多航路を再編、週3便の下り便を御前崎港・上り便を大分に寄港とする。
【F】大洗〜苫小牧航路の運賃と適用期間設定を4段階制から5段階制に改定、夕方便プレミアム客室利用者への食事無料提供を終了。
4月15日 -【F】大洗〜苫小牧航路のフェリー4隻にて国内のフェリーでは初めてモリタテクノス製の圧縮空気泡消火システムの運用を開始。
5月17日 -【C】東京〜苅田航路新造船「すおう」就航、みやこ丸引退。
2020年（令和2年）
1月1日 - 海洋汚染防止条約によるSOx規制に適合する低硫黄C重油への切替に伴い、フェリー運賃を改定、貨物燃料油価格変動調整金の基準を紙パルプ価格から規制適合C重油価格に変更。
2月14日 -【F】夕方便レストランでの昼食軽食販売を喫茶営業に変更。1月10日にさんふらわあ ふらの、2月14日にさんふらわあ さっぽろが喫茶営業に移行。
3月5日 -【F】新型コロナウイルスの感染拡大に伴い、夕方便レストランでの夕・朝食バイキング提供を休止し定食提供に変更。
5月1日 -【F】新型コロナウイルスの感染拡大に伴い、深夜便デラックスルームの販売を停止。
2021年（令和3年）
2月 -【F】夕方便のレストラン朝食営業でバイキング提供を再開。
4月5日 -【F】夕方便のレストラン夕食営業をバイキング式に変更。
4月26日 -【F】大洗港にて「さんふらわあ しれとこ」を用い世界初の大型船自動着岸システムの実証実験を実施。
8月7日 -【C】東京～苅田航路週1本を坂出港への寄港を開始。
2022年（令和4年）
6月 - 【F】ONE PIECEとのコラボキャンペーンを開始、本年以降毎年夏季に展開。
12月15日 -【F】船内Wi-Fiインターネットサービスを廃止。
2023年（令和5年）
2月13日 - フェリーさんふらわあとの合併計画を発表。
6月5日 - 新会社の社名「株式会社商船三井さんふらわあ」（英：MOL Sunflower Ltd.）を発表。
9月30日 - 【C】東京～苅田・博多航路での乗用車無人航走サービスを終了。