マレーシア航空
就航都市

表記なし : 自社機材乗り入れ路線
＊ : ワンワールドパートナー加盟（または加盟予定）路線
| マレーシア航空　就航都市 （2024年現在）　 |
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| 国 | 都市 | 空港 | 備考 |
東南アジア
|  マレーシア | クアラルンプール | クアラルンプール国際空港 | メインハブ空港 |
|  マレーシア | クチン | クチン国際空港 | 準ハブ空港 |
|  マレーシア | コタキナバル | コタキナバル国際空港 | 準ハブ空港 |
|  マレーシア | ペナン州 | ペナン国際空港 |  |
|  マレーシア | ランカウイ島 | ランカウイ国際空港 |  |
|  マレーシア | ジョホールバル | スナイ国際空港 |  |
|  ブルネイ | バンダルスリブガワン | ブルネイ国際空港 |  |
|  インドネシア | ジャカルタ | スカルノ・ハッタ国際空港 |  |
|  インドネシア | デンパサール | ングラ・ライ国際空港 |  |
|  インドネシア | スマトラ島 | クアラナム国際空港 |  |
|  インドネシア | スラバヤ | ジュアンダ国際空港 |  |
|  フィリピン | マニラ | ニノイ・アキノ国際空港 |  |
|  シンガポール | シンガポール | シンガポール・チャンギ国際空港 |  |
|  タイ | バンコク | スワンナプーム国際空港 |  |
|  タイ | プーケット県 | プーケット国際空港 |  |
|  タイ | ムアンチエンマイ郡 | チェンマイ国際空港 | 2024年8月15日から就航予定 |
|  ベトナム | ハノイ | ノイバイ国際空港 |  |
|  ベトナム | ホーチミンシティ | タンソンニャット国際空港 |  |
|  ベトナム | ダナン | ダナン国際空港 | 2024年9月24日から就航予定 |
|  カンボジア | プノンペン | プノンペン国際空港 |  |
|  ミャンマー | ヤンゴン | ヤンゴン国際空港 |  |

東アジア
|  日本 | 東京 | 東京国際空港（羽田空港） | 2022年8月14日より就航したが クアラルンプール線は2023年9月17日以降運休し、 コタキナバル線を2025年2月24日から 東京/成田から振替運航再開見込み |
|  日本 | 東京 | 成田国際空港 | コタキナバル線羽田振替で余剰枠を 2025年2月3日からクアラルンプール線増便に転用見込み |
|  日本 | 大阪 | 関西国際空港 |  |
|  韓国 | ソウル | 仁川国際空港 |  |
|  台湾 | 台北 | 台湾桃園国際空港 |  |
|  香港 | 香港 | 香港国際空港 |  |
|  中国 | 北京 | 北京首都国際空港 |  |
|  中国 | 上海 | 上海浦東国際空港 |  |
|  中国 | 広州 | 広州白雲国際空港 |  |
|  中国 | 厦門 | 厦門高崎国際空港 |  |

南アジア
|  ネパール | カトマンズ | トリブバン国際空港 |  |
|  バングラデシュ | ダッカ | シャージャラル国際空港 |  |
|  インド | デリー | インディラ・ガンディー国際空港 |  |
|  インド | バンガロール | ベンガルール国際空港 |  |
|  インド | チェンナイ | チェンナイ国際空港 |  |
|  インド | ハイデラバード | ラジーヴ・ガンディー国際空港 |  |
|  インド | ムンバイ | チャットラパティー・シヴァージー国際空港 |  |
|  インド | コーチ | コーチン国際空港 |  |
|  スリランカ | コロンボ | バンダラナイケ国際空港 |  |
|  モルディブ | マレ | マレ国際空港 | 2024年8月１日から再就航 |

西アジア
|  カタール | ドーハ | ハマド国際空港 | カタール航空との戦略的パートナーシップにより A350によるダブルデイリー運航 |
|  サウジアラビア | ジェッダ | キング・アブドゥルアズィーズ国際空港 | 国教的にイスラム教徒が多く聖地メッカ巡礼のため ハッジチャーターを運航することがある |
|  サウジアラビア | メディナ | プリンス・モハンマド・ビン・アブドゥルアズィーズ国際空港 |  |

ヨーロッパ
|  イギリス | ロンドン | ロンドン・ヒースロー空港 | A350によるデイリー運航 |
|  フランス | パリ | パリ＝シャルル・ド・ゴール空港 | 2025年3月22日から9年ぶりに A350にて週4便で再開予定。 |

オセアニア
|  オーストラリア | シドニー | シドニー国際空港 |  |
|  オーストラリア | アデレード | アデレード空港 |  |
|  オーストラリア | メルボルン | メルボルン空港 |  |
|  オーストラリア | パース | パース空港 |  |
|  オーストラリア | ブリスベン | ブリスベン空港 |  |
|  ニュージーランド | オークランド | オークランド国際空港 |  |

休・廃止路線
|  インドネシア | ジョグジャカルタ特別州 | アジスチプト国際空港 |  |
|  タイ | ムアンクラビー郡 | クラビー空港 |  |
|  フィリピン | セブ島 | マクタン・セブ国際空港 |  |
|  日本 | 名古屋 | 中部国際空港 |  |
|  日本 | 福岡 | 福岡空港 |  |
|  台湾 | 高雄 | 高雄国際空港 |  |
|  中国 | 昆明 | 昆明長水国際空港 |  |
|  中国 | 武漢 | 武漢天河国際空港 |  |
|  中国 | 海口 | 海口美蘭国際空港 |  |
|  中国 | 福州 | 福州長楽国際空港 |  |
|  中国 | 南京 | 南京禄口国際空港 |  |
|  中国 | 重慶 | 重慶江北国際空港 |  |
|  中国 | 深圳 | 深圳宝安国際空港 | 2017年8月17日より就航開始予定 |
|  中国 | 成都 | 成都双流国際空港 | 2017年10月17日より就航開始予定 |
|  中国 | 天津 | 天津浜海国際空港 | 2017年度中に就航予定 |
|  パキスタン | カラチ | ジンナー国際空港 |  |
|  アラブ首長国連邦 | ドバイ | ドバイ国際空港 |  |
|  サウジアラビア | ダンマーム | キング・ファハド国際空港 | ドバイ経由便 |
|  クウェート | クウェート | クウェート国際空港 |  |
|  レバノン | ベイルート | ラフィク・ハリリ国際空港 |  |
|  イタリア | ローマ | フィウミチーノ空港 |  |
|  ドイツ | フランクフルト | フランクフルト空港 |  |
|  オランダ | アムステルダム | アムステルダム・スキポール空港 |  現在KLMオランダ航空によるコードシェア便で運航 |
|  オーストラリア | ケアンズ | ケアンズ国際空港 |  |
|  オーストラリア | ダーウィン | ダーウィン国際空港 |  |
|  アメリカ合衆国 | ニューアーク | ニューアーク・リバティー国際空港 | ストックホルム経由便 |
|  アメリカ合衆国 | ニューヨーク | ジョン・F・ケネディ国際空港 | （＊） |
|  アメリカ合衆国 | ロサンゼルス | ロサンゼルス国際空港 | 成田経由便　2014年4月30日をもって運航休止 以降、日本航空、アメリカン航空、 キャセイパシフィック航空によるコードシェア便運航 |
|  アメリカ合衆国 | サンフランシスコ | サンフランシスコ国際空港 | （＊） |
|  カナダ | バンクーバー | バンクーバー国際空港 | 香港経由便 |
|  南アフリカ共和国 | ヨハネスブルク | O・R・タンボ国際空港 |  |
|  南アフリカ共和国 | ケープタウン | ケープタウン国際空港 |  |
|  アルゼンチン | ブエノスアイレス | エセイサ国際空港 | ケープタウン経由便 |

以前は国際線の特別な路線は経由便として世界最長路線となるケープタウン経由ブエノスアイレス線を運航していたが、2012年2月1日をもって運休となった。以前はアフリカやアメリカなどにも路線を保有していたが、経営再建によりアジア路線重視の方向に転換し、運休路線へは今後コードシェアなどでサービスを提供続けるとしている。
国内線ではコタキナバル（サバ州）、ペナン島（ペナン州）、クチン（サラワク州）、ジョホールバル（ジョホール州）への路線を中心に、主要都市を網羅している。