両統迭立
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後宇多は、あくまでも邦良を自分の正統な後継者と考えており、後醍醐の即位は邦良が成人するまでの“中継ぎ”でしかなかった。後宇多は、徳治3年、後二条の死去の8日後、愛息に先立たれた悲しみのなかでしたためた処分状のなかで次のように述べる。
処分
（中略。大覚寺統の所領群を列挙し、その集積過程などを記す。）
右、寺院・御所・和漢文書等、一紙を残さず、中務卿尊治親王に譲与するところなり。後二条院長嫡として相承すべきのところ、不慮に崩御す。御悲嘆尽きるなし。去る秋仙院早世、この秋天子晏駕、眼前無常のこと、いかでか繋風を得ん。長く一事の俗塵を抛ち、いよいよ無為の真境に入らん。利生の方便にあらず。治世の要術は、口に世事を言うべからず、意に世事を憶うべからず。よって親王に処分するところなり。一期ののち、ことごとく邦良親王に譲与すべし。尊治親王子孫においては、賢明の器・済世の才あらば、しばらく親王として朝に仕え君を輔けよ。天下の謳歌、虞舜・夏禹のごとくんば、皇祖の冥鑒に任すべし。僭乱の私曲あるなかれ。後二条院の宮をもって実子のごとくすべし。ゆめゆめ保護せしめよ。ことに孝行を存じ、朕が志をなすべし。
徳治三年閏八月三日　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　御判
 — 『鎌倉遺文』23,369号「後宇多上皇譲状案」
つまり、後醍醐の子孫は皇位継承権を原則として有さないこと、後醍醐は邦良を自分の実子と思って待遇することなどが記され、そのことは関係者にも周知された。当時の持明院統の関係者が残したメモには、後醍醐の地位が「一代主」と表現されている。後醍醐は、天皇としての権威を十全に主張できない立場にあった。持明院統における花園も同様に“中継ぎ”の立場にあったが、伏見の意向で、花園は兄後伏見の猶子として持明院統の「嫡嗣」と呼ばれ、さらに後伏見の子の量仁が花園の猶子とされて、花園を持明院統の嫡流に組み込む、いわば“顔を立てる”配慮がなされていた。その温厚な人柄もあって、花園は自らの置かれた立場を従順に受け入れ、むしろ量仁の養育に力を注いだ。しかし、後醍醐は自らの立場に強い不満をいだき、激しく反発した。元亨元年に後宇多が後醍醐に治天の政務を譲ったのは、後醍醐の強要によるものではないかと推測する研究者（網野善彦、森茂暁）もいるほどである。
一方、処分状は、後醍醐の子孫から天皇や親王（法親王ではなく俗人の親王）を出すことをほんのわずかな可能性ではあるが許容しているが、それは、古代中国の伝説的な聖天子である舜や禹と同等の帝王としての徳を後醍醐が備えている、と万民が認めたときに限られたものであり、ほとんど易姓革命と同じことであって、実現不可能な条件と言える。なお、この「可能性」を強調して、後宇多の意図を、天皇後醍醐・皇太子邦良の体制をできるかぎり長期化させ、量仁の立太子・践祚を遅延させることに求めようとする説（河内祥輔）もある。いわば、後二条流皇統をメインの皇統、後醍醐流皇統をサブの皇統として、大覚寺統の内部で皇位を独占し、将来的には持明院統を廃絶に追い込むことが意図されているというのである。しかし、仮にこの説に従うとして、後宇多のこのような意図の実現には、河内自身が認めているように、後醍醐と邦良の綿密な協調が不可欠であり、それは後宇多が親権者として両者のうえに君臨していなければ維持することは難しい。しかも、後宇多自身、後二条流皇統の維持に最大限の努力を払っていた。後宇多が院政を停止する直前の元亨元年2月に邦良が病に倒れると、3月19日に同母弟の邦省親王を内裏で元服させた。まもなく邦良は健康を回復したものの、この措置は、邦良の身に万一の事態があってその系統が断絶しても、それに代えて邦省を後二条流皇統の嫡流と定め、後醍醐流皇統に優先させる意図が後宇多にあったことを推測させる。後年になって、邦省はこのときに自分が後二条の「第二の皇胤」と位置づけられたと主張している。元亨4年6月に後宇多が死去すると、はたして後醍醐と邦良の関係はたちまち険悪となる。
自らの立場に納得できない後醍醐の感情は、政務を掌握してからのきわめて精力的な政策展開にも表現されている。これまで歴代の治天が進めてきた訴訟処理機構の整備や迅速な訴訟処理、有為な人材の登用などは当然であるが、後醍醐は、沽酒法（米価・酒価公定令）、洛中への地口銭賦課などの経済政策にも取り組み、さらには洛中酒鑪役賦課令、神人公事停止令、関所停止令などを発して、それまで治天の権限の及ばなかった領域へも積極的に手を伸ばして朝廷自体の権力基盤の拡大をも目指した。
しかし、このような新政策は、当然、既得権を侵害される貴族・大寺社の抵抗や全国統一政権としての性格を強めつつあった幕府の規制を受けて充分な成果を挙げることはできなかった。また、後醍醐は朝廷内部で孤立しており、手足となって働く人材が不足していた。後嵯峨の治世以来整備されてきた朝廷の訴訟処理機構で伝奏や奉行などの役職に就き実務を担う家柄（名家の家柄）を確立させてきた貴族たちは、すでにいずれかの皇統に組織されてそれぞれ主従関係を結んでいた。持明院統に仕える貴族たちが後醍醐に協力しなかったのはもちろん、大覚寺統に仕える貴族たちも多くは「一代主」でしかない後醍醐よりも嫡流の邦良に仕えることを選んだ。後醍醐に仕えたのは、学問や芸能、信仰などを通じて後醍醐と個人的なつながりのあった者や、新たに名家の家柄への上昇を目指す低い家格の家系の出身者が中心だった。
「一代主」の立場を甘受することもできず、自らが理想とする政策を充分に実現することもできなかった後醍醐は、唯一の突破口として武力により既存の政治秩序を根こそぎ破壊する道を選ぶことになる。当時、相続に関して父母の遺言は絶対的な効力を持っており、幕府や朝廷の法廷でも容易にそれを覆すことはできなかったほどである。後宇多の定めた皇位継承プランを尋常の手段で変更することは難しかった。まして、両統迭立が幕府の方針として明確にされている以上、後醍醐の攻撃対象に幕府も含まれることになるのは必然的だったと言える。
後醍醐の第1次の武力倒幕計画が密告により発覚したのは、元亨4年9月のことだった。後宇多の死去が同年6月であるから、まるで父の死亡を待っていたかのようなタイミングである。この年は12月に正中と改元されたので、これを正中の変と呼ぶ。計画は事前に幕府に漏れ、参画した者はある者は殺害され、ある者は逮捕されたが、幕府の対応は微温的であり、朝廷関係者では、後醍醐の側近日野資朝が佐渡に配流されただけで後醍醐は罪を問われなかった。
後醍醐と不和になっていた邦良は、正中の変以後、後醍醐を早期に譲位させるようたびたび幕府に請願していたが、正中4年（1326年）に死去してしまう（27歳）。持明院統の嫡子量仁のほか、後二条が死去した際に立太子の機会を逸した恒明、邦良の同母弟邦省、後醍醐の第1皇子尊良親王らが次の皇太子の座を争い、最終的には幕府の裁定で量仁（14歳）が皇太子に指名された。邦良も幼い男子を遺しており、彼らも将来は後醍醐の強力なライバルとなり得る立場にあって、後醍醐の「一代主」としての立場は幕府の権威のもとでますます明確となり、後醍醐の倒幕志向もますます強まることになった。
第2次の武力倒幕計画も元徳3年（1331年）にやはり密告により事前に発覚した。今回は幕府の対応は素早くまた強硬だった。後醍醐は予定を早めて武装蜂起（元弘の乱）に踏み切ったが、幕府は関係者の逮捕に着手するとともに、大軍を動員して鎮圧に乗り出し、後醍醐も逮捕されることを避けて京都を脱出し自ら叛乱軍に加わった。京都を制圧した幕府は、本人不在のまますぐに後醍醐を廃位し、皇太子量仁（19歳、光厳天皇）を践祚させた。この年8月、京都脱出の直前に後醍醐は元弘と改元しているが、幕府はこの改元も認めず、もとの元徳の元号をそのまま使用させた。まもなく後醍醐は捕虜となり、承久の乱の先例に従って謀反人として隠岐に配流された。計画に参画した皇子たちや貴族たちも死刑を含む厳罰に処された。
光厳の践祚とともに後伏見の院政が再開された。後伏見がまず着手したのは次の皇太子の人選である。大覚寺統は邦良の早世と後醍醐の謀反とで壊滅状態にあり、持明院統が皇位を独占することも不可能ではなかったが、後伏見は幕府の意向もあって両統迭立の原則にあくまで忠実だった。邦良の未亡人である禖子内親王（後宇多天皇の皇女）を大覚寺統の家長に擬して、彼女に次期皇太子の推薦を要請したのである。禖子は、後醍醐の冷遇のもとで12歳になるまで元服もできず、正式な命名もされていなかった邦良の第1王子を推薦した。王子は持明院統により康仁と命名され、同時に親王とされた。禖子も大覚寺統の家長にふさわしく女院（崇明門院）の地位を与えられて上皇に准じる立場に就けられた。崇明門院の後見のもと、康仁が皇太子となり、持明院統の支援で大覚寺統は再建されたのである。
元弘の乱が失敗に終わったあとも、幕府の追及を逃れた後醍醐の皇子護良親王、楠木正成らのゲリラ的抵抗運動は続き、規模的にも地域的にも次第に純然たる叛乱へと拡大していった。正慶2年（1333年）には後醍醐が隠岐を脱出して伯耆に滞在し、自ら叛乱に参加する態度を示すとともに、広く各地の武士団に叛乱への参加を呼びかけた。幕府は名越高家と足利尊氏を総大将とする大軍を動員して近畿地方に増派し、叛乱の鎮圧をはかったが、高家は京都に着いてまもなく緒戦で戦死し、尊氏は後醍醐の呼びかけに応じて叛乱軍に参加した。北条氏に次ぐ家格と勢力を誇る有力御家人である足利氏が幕府から離反した影響は甚大で、叛乱は瞬く間に全国に波及、鎌倉幕府は短時日でもろくも崩壊してしまった。
権力の空白を埋めたのは、まだ伯耆にいた後醍醐である。後醍醐は、京都に帰還するよりも早く伯耆から命令を発して、元弘の乱以後の朝廷の政治的行為をすべて取り消した。後伏見の政務が停止され、光厳が廃位されたのはもちろん、後醍醐はそもそも元徳3年に自分が廃位された事実自体を認めず、隠岐に配流されていた間も自分はずっと天皇に在位していたという立場をとり、従って光厳の即位と在位も“なかったこと”にされた。後宇多の遺言はなお有効であり、いったん自らの退位を認めてしてしまえば、治天として政務を執る資格も子孫に皇位を伝える資格も失われかねないことを後醍醐はよく承知していたのである。光厳にはいちおう上皇の称号と待遇が与えられたが、それは通例の前天皇に対する優遇措置ではなく、あくまでも皇太子の地位を辞退したことに対する褒賞であることが明示された。光厳から将来治天として政務を執る資格を奪う措置であった。後伏見は前途を悲観して出家している。康仁も皇太子を廃され、親王の称号までも奪われた。正慶2年の年号も元弘3年と改められた。翌元弘4年（1334年）には後醍醐の皇子恒良親王（12歳）が皇太子に立てられ、持明院統の皇統としての地位は完全に否定され、3世代、50年以上にわたった両統迭立はここに終焉した。