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Star Trek Online
歴史 > ゲーム開始までの歴史

紀元前20万年頃 アイコニア帝国が滅亡（『新スタートレック』）。
紀元元年頃　ドミニオンがハークとファーストコンタクト。
14世紀頃　ハークがクリンゴンの母星クロノスを襲撃。
1992年-1996年 優生戦争（『宇宙大作戦』）。
2026年-2053年 第三次世界大戦（『スタートレック ファーストコンタクト』）。数百年後の未来からこの時代の地球を偵察しに来たナクール人の宇宙船が想定を遥かに上回る超高性能な地球の対宇宙防衛兵器により軌道上で撃ち落され、クルーはフィリップ・グリーン大佐が率いるエコテロリスト軍の捕虜になる。
2151年-2161年 『スタートレック:エンタープライズ』
2256年-　『スタートレック:ディスカバリー』
2256年　クリンゴン・モカイ家が使用したマイセリウム胞子兵器の影響で、未来で未観測だった大規模な時空異常が発生する。
2264年-2269年 『宇宙大作戦』
2270年初頭 U.S.S.エンタープライズ（スポック船長）がブヴァット・コロニーの軌道上でタイムトンネルから出現したクリンゴン・ラプターに襲撃されるが、続いて現れた未知の宇宙船（25世紀の宇宙艦隊船）と共闘して撃退に成功。ケイレブ4号星の戦いでクリンゴン帝国防衛軍が初めて遮蔽装置を実戦使用。また同戦いでクリンゴン艦隊の攻撃から僚船を庇い犠牲になるはずだった惑星連邦宇宙艦隊のコンスティテューション級U.S.S.オセアニック（NCC-1421）が、ダニエルスによる2409年へのタイムトラベルで撃沈を免れ、クルーは時間エージェントとなる。
2332年 ネクサス・リボンを調査中だった惑星連邦宇宙艦隊のヤマグチ級U.S.S.フォレスタルが消息を絶つ。
2363年-2371年 『新スタートレック』
2369年-2375年 『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』
2371年-2377年 『スタートレック:ヴォイジャー』
2379年 『ネメシス/S.T.X』
2380年 惑星連邦が量子スリップストリームドライブを完成（『Star Trek: Destiny　"Gods of Night"』）。マキに参加していた元宇宙艦隊士官ロー・ラレンが逮捕される。惑星連邦の植物学者ケイコ・オブライエンとカーデシア政府顧問エリム・ガラックの尽力により、カーデシアの食料危機問題を解決するための「アンダック計画」が成功。
2381年 ロミュラン帝国内戦（ロミュラン人対レムス人）が激化。惑星連邦領域内でのボーグの活動が活発化し、ジャン＝リュック・ピカードがボーグ対策チームの責任者に任命され、セブン・オブ・ナインも彼のチームに加わる。ロー・ラレンが刑期を終えてベイジョー軍に出仕し、ディープ・スペース・ナインの保安部長に就任。
2382年 クリンゴン帝国がロミュラン帝国へ侵攻。200年以上に渡る異種族間交配により純粋なアンドリア人の出生率が危機的に減少している事実が明らかとなり、種の保存のためアンドリア帝国が惑星連邦から脱退（『Star Trek Deep Space Nine: Andor "Paradigm"』）。
2383年 惑星キトマーの管轄権を巡って惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン帝国の間で外交危機が発生、クリンゴン帝国が軍事力を行使し惑星の支配権をもぎ取る。
2384年 コラリス3号星のオドーがラーズを「偉大なる繋がり」に誘うが拒絶される。
2385年 ジャン＝リュック・ピカードが宇宙艦隊を退役、駐バルカン惑星連邦大使に就任（『Star Trek: Countdown』）。医学的な問題の解決によりアンドリア帝国が惑星連邦に再加盟するが、原加盟国としての地位は失墜する（『Star Trek: Typhon Pact "Paths of Disharmony"』）。ビバリー・クラッシャーがU.S.S.パスツールの艦長に就任。ウォーフが宇宙艦隊を退役、クリンゴン帝国大使に就任。
2386年 データが大規模近代化改修を終えたU.S.S.エンタープライズEの艦長に就任（『Star Trek: Countdown』）。オドーがアルファ宇宙域でジェムハダーを率いるレマタクランにガンマ宇宙域への帰還を促すが拒絶される。
2387年 惑星ロミュラスが近隣星系の恒星ホバスの超新星化の影響を受け消滅（『Star Trek: Countdown』）。ロミュラン帝国のドナトラ総督が乗船していたI.R.W.ヴァルドアが行方不明になる（後にボーグに襲われ同化されていた事が判明）。オリオン・シンジケートのメンバーである不滅のハッサンが組織の首領レイマスを暗殺し、代わってエメラルドの女帝ことメラニ・ディアンがシンジケートを牛耳る。
2388年 連邦ニュースネットワークが前年の惑星ロミュラス・レムス崩壊について、バルカン政府が事前に恒星ホバスの超新星化の脅威を認識していたにも関わらずロミュラン帝国の滅亡を期待して意図的に事態を放置していた事実を暴露、バルカン政府は各方面から糾弾され、連邦加盟国の一部はバルカン星から自国大使を召還。
2390年 アルファ宇宙域にウンディーネ（生命体8472）が侵入していると思しき痕跡がU.S.S.エンタープライズE（データ艦長）により発見される。
2394年 オリオン・シンジケートが正式な属国扱いでクリンゴン帝国の傘下に入る。
2395年 ウンディーネ（生命体8472）がクリンゴン帝国への浸透工作を開始。
2399年 生命体8472の侵略に対する対応を巡って惑星連邦とクリンゴン帝国との意見対立が決定的なものとなり、惑星連邦・クリンゴン帝国間の平和条約「キトマー協定」が破棄され冷戦状態となる。惑星連邦初のトランスワープ・ハブが開通。
2400年代初頭 冷戦中ながら惑星連邦とクリンゴン帝国は協力してボーグに対抗する事で合意、宇宙船と人員を拠出し合い対ボーグ特殊部隊「バトルグループ・オメガ」を設立。
2402年 クリンゴン帝国がゴーン同盟を征服。
2405年 クリンゴン帝国が惑星連邦内のフロミ星雲コルヴァット・コロニーに艦隊を派遣して占拠し連邦市民居住者の強制退去措置を開始したため、惑星連邦も同コロニーに宇宙艦隊を派遣してクリンゴン艦隊と交戦、惑星連邦・クリンゴン帝国戦争が勃発。
2406年 チャコティ提督が宇宙艦隊情報局長に就任。
2407年 ロミュラン帝国のシーラ総督が女帝を称して戴冠式を決行。
2408年 連絡の途絶えた第236宇宙基地の調査に向かったU.S.S.エンタープライズEが待ち伏せていたウンディーネ（生命体8472）艦隊の奇襲を受け撃沈されるも、データ艦長以下クルーの大多数は生還。
歴史 > ゲーム開始後の歴史

2409年 1月、惑星連邦領ヴェガ星系にボーグ艦隊が来襲、住民の救出作戦が実行されるが多くの住民が取り残されたまま星系はボーグに征服される。デワ3号星にロミュラン共和国政府が樹立。U.S.S.エンタープライズF就航、同名の宇宙船としては史上初めてアンドリア人が艦長に任命される。2256年からクリンゴン・モカイ家の一部がタイムトラベルして来る。
2410年 オペレーション・デルタライジング始動、デルタ宇宙域を再探査。ウンディーネ（生命体8472）の大艦隊が地球およびクロノスへ侵攻、惑星連邦・クリンゴン帝国間の戦争が終結しキトマー協定が復活。8月、アンドロメダ銀河に潜伏していたアイコニア人が天の川銀河に対し侵攻を開始しアイコニア戦争が勃発するが、同年の内に講和が成立。時間冷戦の表面化。ルカリ初の深宇宙探査船L.S.S.レスカヴァが就航。ゼンケシ連合が周辺惑星の「浄化（生息する生命体の殲滅）」を開始し、アルファ宇宙域同盟およびケンタリ連合と戦争状態に突入。アルファ宇宙域ロタネヴ星系にネクサス・リボンが出現。復活したハークの大群がベイジョー星を襲撃、惑星軌道上で防衛に当たったDS9が破壊される。
2423年 ジェイク・シスコが24世紀末から25世紀初頭にのかけての戦争を扱った戦史レポート「The Needs of the Many」（スピンオフ小説『Star Trek Online: The Needs of the Many』として現実に出版されている）を発表。
26世紀前半頃 クリンゴン帝国が惑星連邦に加盟。（『スタートレック:エンタープライズ』）
2555年 プロシオン5号星の戦いで、惑星連邦を中心としたアルファ・ベータ宇宙域連合軍が異次元から現れた球体創造者（テューテリア人）の侵略軍を破る。（『スタートレック:エンタープライズ』）
28世紀前半頃 天の川銀河においてアイコニア滅亡後の20万年間で最大の恒星間組織となる「銀河連合」が発足。
2769年 タイムライン保護とタイムトラベル規制を謳った恒星間条約「時間協定」が締結される。（『スタートレック:エンタープライズ』）
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > 惑星連邦宇宙艦隊

本拠地はバルカン・セクターの地球。
初期に選択可能なプリセット種族は、地球人、バルカン人、アンドリア人、ボリア人、トリル人、ベタゾイド、ベンザイト人、ベイジョー人。
この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、クリンゴン人、フェレンギ人、テラライト人、パクレド人、カイティア人、ライジェル人・カーデシア人を作成出来るようになる。
なお各種特典の一部として、ソーリア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。
すべての宇宙艦隊船は船体表面に惑星連邦の国章を大きくペイントするようになっている。
原作シリーズとの違いとしては、組織が完全に軍隊化され事実上の惑星連邦宇宙軍となっており、艦船の種別も軍艦のものに変わっている（「探査船」だったアキラ級が「護衛艦」になっている等）。またそれに伴い艦隊の基本方針が変更され、鹵獲や捕縛など任務上必要な場合以外には敵船は撃沈し敵兵も殺害する。このため、個人携行武器はデフォルトで「殺傷」設定になっている。なお宇宙艦隊に随行する陸戦隊として、MACOが存在する（原作シリーズでも宇宙艦隊とは別に惑星連邦の地上部隊が存在していたが、本作ではこれが地球連合時代から存続しているMACOであるとされている）。
ただし、MMORPGの常として、上官から命じられる任務（ミッション）には従うことなく拒否・あるいは無期限保留することができ、また任務に成功して功績を挙げて昇進する（プレイヤーレベルが上昇する）ことはあっても、失敗して処罰・降格されることはない。また、制服や武器、果てはDutyOfficerや艦船まであらゆるアイテムを私費購入して上官の許可なく装備することができるなど、別な意味で軍隊色は薄い。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > クリンゴン帝国防衛軍

本拠地はクロノス・セクターのクロノス。
初期に選択可能なプリセット種族はクリンゴン人の他、クリンゴン帝国の勢力下にあるゴーン人、オリオン人、ノーシカン人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、トリル人・カーデシア人を作成出来るようになる。なお、ゴーン人とノーシカン人には女性キャラクターが存在しない。
なお各種特典の一部として、レシア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。
元々軍隊なので原作シリーズとの大きな差異はないが、一部の艦船が脱出ポッドを搭載するようになっている。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > ロミュラン共和国軍

本拠地はニムバス・セクターのニューロミュラス（旧デワ3号星）。
初期に選択可能なプリセット種族は、ロミュラン人とレムス人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。
2013年5月21日実装の「Legacy of Romulus」で追加された新勢力。略称は「RRF」。他の二勢力とは異なりプレイヤーキャラクターは初め軍人ではなく勢力とは無関係な一般市民であり、チュートリアルを兼ねたプロローグを終えた後で共和国軍に志願、大尉待遇で採用されるという流れになる。キャラクターの兵科は他勢力と同様にタクティカル・エンジニアリング・サイエンスに分かれているが、船の種類はウォーバードのみであり、各階級毎に選べる船も基本1種＋有料バリエーション1種のみとなっている。独自のフリートシステムが用意されておらず、ストーリーの進行によって惑星連邦かクリンゴン帝国のどちらかと同盟を結ぶ（保護下に入る）ことによって、選択した勢力に依存したフリートシステムを利用可能になる。他の二勢力よりもストーリー性が重視されており、初期に配属される数人のブリッジ・オフィサー達にはバックストーリーが設定されている。プロローグの内容の関係上、惑星連邦編やクリンゴン帝国編とは若干ゲーム中での時系列が異なる。なお船名の前に付く接頭詞は帝国で使用されている「I.R.W」ではなく、「R.R.W.」である。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > アルファ宇宙域同盟

ボーグや生命体8472などデルタ宇宙域からの侵略に備え、2409年に惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国・カーデシア連合が中心となって結成した軍事同盟。ジェノーラン・ダイソン球に置かれた同盟司令部が統括し、その下にアルファ宇宙域同盟軍を有する。結成当初は加盟国それぞれの思惑もあり一枚岩とはいかなかったが、アイコニア人による天の川銀河全体に対する軍事侵攻を受けて目的通り機能し始めた。なおこの同盟はアイコニア戦争終結後も維持されており、同盟国間で領域や資源を巡るトラブルが発生した場合は対話によって解決を図る努力がなされている。また28世紀に成立した恒星間共同体「銀河連合」の母体にもなった。
ストーリーの進行で惑星連邦対クリンゴン帝国という当初の枠組みが解消され全勢力共通の敵となる大きな勢力が登場した事により、シーズン8からプレイヤーは上述のいずれの勢力に所属していたとしてもこの同盟の一員として行動していく事になる。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > 時間艦隊

タイムラインを守るため、時間冷戦に関わりタイムトラベル技術を持つ23世紀から31世紀までの様々な種族が参加して時代を超え結成した特殊部隊。28世紀のニューキトマー星（位置はガンマ宇宙域）を囲むリング型宇宙ステーション内に置かれた時間作戦司令部が統括する。各時代へ派遣されタイムラインの保護・修正を行う事が任務。複数のナンバリング艦隊から構成されており、例えばU.S.S.ディファイアントC（後述）は第5時間艦隊に所属している。なお時間艦隊総旗艦は26世紀のU.S.S.エンタープライズJ（後述）である。
ストーリーの進行で時間冷戦がテーマとなり様々な時代を旅するエピソードが主流となった事で、シーズン11からプレイヤーは上述のいずれの勢力に所属していたとしてもこの艦隊の一員として行動していく事になる。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > 惑星連邦時間局

31世紀における惑星連邦の機関。29世紀の時間統合委員会が拡大したもの。時間冷戦（時間戦争）を戦う当事者組織の一つで、タイムラインの保護を目的として様々な時代へ時間エージェントを派遣している。29世紀頃までのタイムシップはウェルズ級のようなあくまでもタイムランの調査を目的とする船が主流だったが、時間冷戦が本格的な戦争に発展した事を受け、31世紀の時間局では他勢力のタイムシップと渡り合えるだけの十分な戦闘能力を持ったタイムシップ（クロノス級・エターナル級・ウロボロス級など）を多数保有している。
2016年7月6日実装の「Agents of Yesterday」で追加された新勢力。23世紀の惑星連邦宇宙艦隊の船長がダニエルスによって時間エージェントにスカウトされ時間冷戦（時間戦争）を戦っていくというストーリーであるため、新規に専用キャラクターを作成する必要があり、選択可能な種族も23世紀で惑星連邦の主流だった地球人・バルカン人・アンドリア人・テラライト人に限られる。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > ドミニオン（オドー艦隊）

本拠地はガンマ宇宙域のエンプレサ星（位置の詳細は不明）。
初期に選択可能なプリセット種族は、ジェムハダー。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、ジェムハダーヴァンガード（後述）を作成出来るようになる。
2018年6月5日実装の「Victory is Life」で追加された新勢力。ロミュラン共和国軍と同様、専用の初期エピソード終了後に惑星連邦（25世紀）かクリンゴン帝国かを選択し、以降はその勢力への派遣要員として活動していく。ストーリーの関係上、初期レベルが60に設定されている。
プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 > 惑星連邦宇宙艦隊（ディスカバリー）

2250年代の惑星連邦の組織。本来の任務は宇宙探査だが、クリンゴン帝国との戦争勃発により多くの構成員が戦場へ送られ、散っている。遮蔽装置を搭載した宇宙船を持つクリンゴン帝国に劣勢を強いられ、防戦一方となっている。
2018年10月9日実装の「Age of Discovery」で追加された新勢力。『スタートレック:ディスカバリー』時代（2250年代）の惑星連邦宇宙艦隊の船長となり、スターベース1撤退戦やモカイ家によって引き起こされた時空分裂危機などドラマの舞台裏で起きていた出来事を体験していく内容となっている。この勢力でプレイするためには専用キャラクターを作成する必要があり、選択可能なプリセット種族は地球人・バルカン人に限られるが、この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。なお2250年代のストーリーミッションについては、25世紀およびTOSの惑星連邦キャラクターでも「歴史シミュレーション」という体裁でプレイする事が出来る。
その他の勢力 > 旧ロミュラン諸勢力

スポックらの失策で防げなかった2387年の惑星ロミュラス消滅により、バルカン人との再統一実現どころかロミュラン人としての統一も失われてしまい、いくつかのグループに分裂した。中には惑星連邦と友好関係を築くグループもあり、ジロック大使を筆頭に引き続きバルカンとの平和的再統一を諦めていない者も多い。
その他の勢力 > 旧ロミュラン諸勢力 > ロミュラン帝国

レイター3号星に拠点を移し存続したロミュラン帝国。指導者は惑星ロミュラスの消滅を惑星連邦の責任と考え復讐を果たそうとする女帝シーラ（ナターシャ・ヤーの娘）。情報機関タルシアーが台頭して政府による統制が不可能になっており、アイコニア人と結託して様々な策謀をめぐらせている。レムス・惑星連邦との戦いに敗れタルシアーが壊滅した事、ロミュラン共和国から戦犯として手配されていた女帝シーラがアイコニア戦争後に共和国に出頭した事などから、国家として著しいダメージを受けたにも関わらず、評議員達がシーラの後釜を狙って権力争いを始めたため多くの軍人・国民が愛想を尽かしてロミュラン共和国に流出し始めている。帝国海軍では全将兵の約65％が既に共和国に亡命しており、帝国は瓦解しつつある。
その他の勢力 > 旧ロミュラン諸勢力 > レムス

ロミュラス崩壊とともに双子星のレムスも崩壊し、その後はハーコナ星系を拠点にロミュランからの独立戦争を続けていた。戦況は不利だったが、惑星連邦の援助を受けて2409年に独立を達成。その後はロミュラン共和国に合流し、主に軍事面で貢献している。また宇宙艦隊に入隊する者も現れている。
その他の勢力 > ウンディーネ（生命体8472）

アイコニア人に征服され、その復讐の先駆けとしてアルファ宇宙域への本格的な侵略を開始し、その変身能力を活かして既に何人かの惑星連邦やクリンゴン帝国の有力者と入れ替わっている。また領域内に地球を模倣した前哨基地（テラドーム）を建造済み。
その他の勢力 > ボーグ

トランスワープ・ハブにおけるU.S.S.ヴォイジャーとの攻防以降およそ30年間沈黙していたが、惑星連邦への侵略を再開。ボーグ・クイーンとは別に、「マーナス」という個人名を持つ女性ドローンを現地司令官に据えている。
その他の勢力 > ドミニオン

ガンマ宇宙域のドミニオンとアルファ宇宙域の種族とは表立って敵対関係にはない。しかし固形種を敵視するラーズがジェムハダーの残党を組織し戦争を再開しようとしている。アルファ宇宙域ではオドーと共に派遣された「100人の子供たち」の一部が集まり、オライアス3号星の地表に「新しい繋がり（New Link）」を形成しているが、惑星連邦とは相互不可侵協定を結んでいる。ボルタ人のエローンによると、オドーはガンマ宇宙域のどこかで「偉大なる繋がり（Great Link）」と共にいるらしい。ドミニオン戦争後、惑星連邦とは長く交流が途絶えていたが、2409年にドミニオン戦争当時からタイムスリップしてきたジェムハダー艦隊がDS9を占拠した事件の平和的解決に協力した事から外交関係が復活し、翌年にアイコニア人が太陽系を攻撃した際には艦隊を派遣して地球の防衛に尽力した。その後ハークを巡る騒乱の中で女性創設者グループとオドーグループの間で対立が生じるが、女性創設者がハークによって殺害された事でオドーの単独指導体制となり、その下で惑星連邦への加盟準備を開始した。
その他の勢力 > ドミニオン > ジェムハダーヴァンガード

創設者となったオドーの管理の下で製造・育成された特殊なジェムハダーの事。通常のジェムハダーよりも心身共に精強で、最精鋭と看做され多くがオドー艦隊に属し「オドーの先鋒」と呼ばれ有名を馳せている。また通常のジェムハダーと異なり単に盲目的に命令に従うだけでなく、不当な命令を拒否したり、命令を待たず自己の判断で行動するなどの能力を持つ。
その他の勢力 > カーデシア

文民指導者ギローラ・ルソルなどの活躍で惑星連邦とは比較的友好的な関係にある。しかし領域内には「真実の道」が跋扈している。カーデシア軍および中央司令部はドミニオン戦争後に解体され、カーデシア防衛隊（通称CDF）に改組されている。2409年時点のカステランはクワークの元恋人、ナティマ・ラング教授。
その他の勢力 > 真実の道

元はベイジョーとの和平に反対するカーデシアのテロ組織だったが、ドミニオン戦争後はジェムハダーの残党やドミニオン派のカーデシア人を糾合し、一大軍事勢力になっている。ガロア級などのカーデシア軍艦をジェムハダーが指揮している場合がある。指導者はかつてジャン＝リュック・ピカードを捕らえ拷問にかけたガル・マドレッド。
その他の勢力 > ヒロージェン

アルファ宇宙域に進出。24世紀ではひたすら獲物を追い掛け回すだけだったが、人質をエサに救助部隊を誘き寄せたり、人工的に造り出したワームホール内に罠を仕掛けるなど、トリッキーな「狩り」を行うようになっている。ベータ宇宙域では一部のヒロージェンがロミュランの傘下に入っている。
その他の勢力 > フェレンギ連盟

グランドネーガス・ロムの指導の下、惑星連邦と同盟関係にある。男女問わず宇宙艦隊に入隊する者も増えている。惑星連邦の領域内ではデコラ級マローダーが行き来しており、行商のような商業活動をしている。
その他の勢力 > ブリーン同盟

ドミニオン戦争後も惑星連邦との対立は続いている。デフェリ人の遺産を狙って彼らの領域を侵略したことから再び惑星連邦と交戦状態になる。
その他の勢力 > ソリア連合

時空テクノロジーを駆使してタイムラインを無視した歴史改変行動を続けている。2410年のアイコニア戦争終結後には、未来人から奪った超兵器トックス・ウタットを使用しタイムラインに反してナクール人の母星を滅ぼした。その理由は2268年にナクール人がソリア人のコロニー艦隊を襲撃して数千人の子供を虐殺した事に対する報復であったが、この2268年のナクール人による攻撃はそもそも2410年に母星を滅ぼされた事に対する報復であるという、タイムパラドックスであった（後に惑星連邦の時間エージェントの活躍により解消）。数百年間にも渡りタイムトラベルを用いて利己的に多くのタイムライン改変を行ってきた種族であるが、このタイムパラドックスへの直面が原因となり28世紀の中頃にはタイムトラベル規制に賛成の立場をとっている。
その他の勢力 > オリオン・シンジケート

ENT・TOSの時代から、奴隷売買で悪名高かった星間犯罪組織。政治的には中立だったが、「エメラルドの女帝」と呼ばれるリーダー、Melani D'ianのもとクリンゴン帝国と交渉、正式な政治勢力として傘下に加わった。なお、オリオン人PCとの直接関係はない。
その他の勢力 > デフェリ人

ブリーンと領域を接している種族。調和を何よりも尊び争いを嫌う文化を持った平和的種族で、領域内の古代遺跡を狙ったブリーンの侵略を受け惑星連邦・クリンゴン帝国に援助を求めている。なおこの古代遺跡をデフェリ人の学者はトコン帝国の物ではないかと考えていたが、後にプリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）の保存施設である事が判明した。
その他の勢力 > デヴィディア人

再び生命エネルギーを狙い、惑星連邦とクリンゴン帝国との中立地帯に出現。23世紀中頃の過去（つまり、TOSの時代）をターゲットとしている。
その他の勢力 > エラチ（ヴァーティアン）

「Legacy of Romulus」から登場する新敵対勢力。『スタートレック:エンタープライズ』シーズン1エピソード12「言葉なき遭遇（Silent Enemy）」に登場した、音声言語を持たず、痩せた長身でタコのような頭をしている種族である。母星はガンマ・ヴァーティス4号星。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊は彼らの母星の英語名にならって「ヴァーティアン」、またはロミュラン人は「エラチ」という推定仮称をつけている。異種族ヒューマノイドを自分達に似せて生物学的に改造し兵士として使役するという習性を持ち、宇宙で異種族ヒューマノイドに遭遇すると有無を言わさず襲撃して改造に適合性があるかどうかを綿密なスキャンを行って調査する。改造された者は元の人格を失ってしまうという点ではボーグと似ている。また改造に耐えられなければ死亡する上、改造が完了した者を元に戻す方法は25世紀でも発見されていない。ロミュラン帝国タルシアーと協力関係にありその強大な軍事力を提供、各地のコロニーを襲って住人を誘拐しては人体実験を行っている。一般的な宇宙船の他、『宇宙戦争』に登場したトライポッドに似た地上都市侵攻用の大型機動兵器や、蜘蛛のようなロボット兵器を使用する。後にアイコニア人に仕えている事が判明。なお本作では当初、次項で述べる第三次亜空間生命体と同種という設定になっていたが、『スタートレック:エンタープライズ』シリーズのノベル『Star Trek Enterprise: Rise of the Federation "A Choice of Futures"』において母星などの詳細設定が登場したため、それに合わせて本作での設定も変更されている。
その他の勢力 > 第三次亜空間生命体（ソラナエ）

『新スタートレック』シーズン6エピソード5「謎の第3次亜空間（Schisms）」に登場した、カスタネットを鳴らすような音で会話し、フジツボのような目に亀のような嘴を持つ種族。第三次亜空間に生息し体組成はソラノジェン分子で構成されている。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊により「ソラナエ」という推定仮称がつけられており、彼らの生息する亜空間へのゲートウェイが発見されたダイソン球は「ソラナエ・ダイソン球」と呼んでいる。アイコニア人に仕え、亜空間に存在するアイコニア人のゲートウェイ基地（ヘラルド艦隊の待機保管場所でもある）の管理を担当しており、本作ではその一つ「保管施設Z98」が登場する。
その他の勢力 > プリザーバー

天の川銀河で最初の知的生命体であり、天の川銀河のヒューマノイド種族の共通祖先。『新スタートレック』ではホログラム映像のみの登場で絶滅が示唆されていたが、本作では少数ながら保存ポッドに入っていた生存者が存在する設定になっている。しかし2410年に復讐に燃えるアイコニア人に保存施設を発見され、わずかに残っていた生存者も皆殺しにされてしまった。
その他の勢力 > アイコニア人

プリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）が最初に創り出した完璧な知的生命体。プリザーバーが種としての寿命を迎えた後にその後継者として天の川銀河全域を支配していたが、20万年前に突如滅亡を遂げ、惑星連邦の宇宙考古学では宇宙の謎の一つとなっている。24世紀の宇宙考古学では一般に「アイコニア帝国」と呼ばれているがアイコニア人自身はこのような名称を使用した事が無く、彼ら自身は政体を「The Whole」と呼んでいた。時空の位相変異を認識する事が出来ず、また特異な精神構造のためタイムトラベルに耐えられないという弱点がある。
その他の勢力 > アイコニア人 > ヘラルド

アイコニア人に仕えているヒューマノイド種族。元々はアイコニア星固有の原始生物だったが、アイコニア人によって知性化された。アイコニア人とは遺伝的に近い生物であるため外見はよく似ているが彼女達より体格が良く、地球人でいうところの眉間辺りと顔の真ん中にスペード型の呼吸孔があるのが相違点。またアイコニア人と同じく外見上の個体差が無い。一人のアイコニア人が複数のヘラルドを抱えており、主人の執事を務めたりまた仕事のサポートをする事が役目である。基本的にとても礼儀正しく温厚な性格をしている。単なる従者という訳ではなく、アイコニア人とヘラルドは種族としてパートナー同士の関係にあり、強い絆で結ばれている。20万年前のアイコニア星では、事故で負傷してしまった自分のヘラルドを献身的に介抱するアイコニア人の姿が見られる。20万年前のアイコニア滅亡後、アイコニア人の復讐を遂行する兵士となった。体はアイコニア人と同様に黒く変色しており、やはり空を飛ぶ。ただし、生存数が少ないためいわば軍における高級将校の立場で、膨大な数のアンドロイド兵士を指揮して戦う。なお作中には男性しか登場しないが、性差が無い種族なのか男性しか存在しない種族なのかは不明である。
その他の勢力 > 時間解放戦線

2769年に惑星連邦の主導で締結されるタイムトラベル規制恒星間条約「時間協定」に反対する勢力が結成した軍事同盟。テラン帝国以外の参加種族は私利私欲ではなく、惑星連邦の独善的な倫理観の押し付けからの解放や自己防衛のため、また宇宙平和を求めて戦っているが、対立している「時間艦隊」側からはテロ組織と認定されている。
その他の勢力 > 時間解放戦線 > テューテリア人

後に球体創造者（『スタートレック:エンタープライズ』のシーズン3に登場）として知られるようになる種族。クレニム人と共にアルファ宇宙域同盟に協力しアイコニアと戦ったが、アルファ宇宙域同盟が圧倒的に不利な戦況を打破するために行ったクレニム時空兵器によるタイムライン改変が失敗し、改変後のタイムラインではテューテリア人の母星は過去にボーグに同化されていた事になり、種族としてはほぼ絶滅してしまった。僅かな生存者はクレニム人の協力を得て位相変動空間へ逃れ復讐の機会を伺い、やがてデルフィック領域を生み出す球体創造者となってズィンディを操り地球を攻撃する事になる。
その他の勢力 > 時間解放戦線 > クレニム人

『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン4「時空侵略戦争（前後編）（Year of Hell, Part I・II）」に登場した時空テクノロジーに優れた種族。デルタ宇宙域で強力な帝国を築いていたが、アイコニア人から技術供与されたバードワーの侵略により2409年時点で既に帝国は崩壊し、生存者達は時空テクノロジーを使って位相変動空間に身を潜めバードワーやアイコニアの追撃をかわしている。アルファ宇宙域同盟と接触して対アイコニア戦争に参加、時空テクノロジーを提供して時空兵器船K.I.S.アノラックスを建造、戦争を勝利に導いた。しかしその後、一部のクレニム人はタイムトラベル規制に関してアルファ宇宙域同盟と意見が対立し、K.I.S.アノラックスを用いた時空侵略を開始する。
その他の勢力 > 時間解放戦線 > ナクール人

『スタートレック:エンタープライズ』シーズン4「時間冷戦（前後編）（Storm Front, Part I・II）」に登場した時間冷戦の有力種族。2410年にタイムラインに反してソリア人によって滅ぼされた母星の復活を悲願としているがその手段はタイムトラベルしか有り得ないため、惑星連邦が主導するタイムトラベル規制に反発して時間冷戦の端緒を開いた。時間冷戦におけるナクール人の暗躍の例としていくつかのショートストーリーが公式サイトに掲載されており、17世紀の日本でヒカル・スールーの祖先「すうるう吉太郎」という武士が仲間達と力を合わせて鬼（に間違われたナクール人の時間エージェント）を倒す『Steel and Karma』、19世紀のイギリスで活動した連続殺人鬼「切り裂きジャック」はナクール人の犯罪者であったとする『The Demon of Whitechapel』などがある。なお惑星連邦の時間エージェント（プレイヤー）の活躍によりタイムラインが修正された事で31世紀では母星が復活しており、ナクール人の戦いは終わりを迎えた。
その他の勢力 > 時間解放戦線 > ヴォルゴン人

『新スタートレック』シーズン3エピソード19「大いなるホリディ（Captain's Holiday）」に登場した、ライサで休暇中のジャン＝リュック・ピカード大佐に「トックス・ウタット」を求めて接触した種族。惑星連邦が開発した「トックス・ウタット」を大量破壊兵器とみなし、回収・破壊してその脅威から宇宙の平和を守るために戦っている。
その他の勢力 > 時間解放戦線 > テラン帝国

鏡像宇宙において「同盟」から独立したテラン人らが結成した勢力。リータ提督やスマイリー（マイルズ・オブライエン）の息子ジェームズ・オブライエンに率いられる。惑星連邦宇宙艦隊のものと同型の宇宙船を多数保有しており、こちら側の宇宙へ艦隊を侵入させ発光体を強奪するなどの活動を行っている。艦隊旗艦はオデッセイ級I.S.S.エンタープライズF（後述）。時間冷戦の存在を知ってからは反時間協定側に加わり、主要宇宙の征服を目論んで他の参加種族を利用している。
その他の勢力 > ルカリ

フェレンギ人の母星フェレンギナーに近いルカリ星系を故郷とするヒューマノイド種族。元々は後述のケンタリ人と同種で、惑星ケンターが環境汚染が原因で破滅の危機に陥った際に星から脱出した人々の末裔である。プロトマター（原物質）を平和利用している。初期ワープ文明で、初登場時はワープ2の探査機を建造するのがやっとで星系外へ出る技術は持っていなかった。2410年に恒星が突如として活動を停止してしまい滅亡の危機に瀕したが、アルファ宇宙域同盟とのファーストコンタクトによりこの危機を乗り切った。以降はアルファ宇宙域同盟のアドバイスを受けながら深宇宙探査の実現を目指し、時間冷戦の終結後にクリンゴン帝国から贈られた宇宙船L.S.S.コンコーディウム（元はゴーン同盟の駆逐艦）を用いて星系外へ進出、さらにルカリ初となるハイワープ船ホクーン級を完成し本格的な深宇宙探査へ乗り出す。なお母星系の近傍には、『新スタートレック』のパイロットエピソード「未知への飛翔（前後編）（Encounter at Farpoint, Part I･II）」に登場した巨大なクラゲ型の宇宙生物や、同シーズン4エピソード16「ギャラクシー・チャイルド（Galaxy's Child）」に登場した宇宙生物ゲクリの生息域がある。
その他の勢力 > ルカリ > ケンタリ

ルカリと共通の祖先を持つヒューマノイド種族。数百年前に環境汚染を全く考慮しない行き過ぎた科学技術の発展により惑星ケンターを滅亡に追いやった。絶滅したものと考えられていたが、2411年にルカリの深宇宙探査船L.S.S.レスカヴァによってゴンクラ星雲内のある惑星（ニューケンター）で文明を存続している事が確認された。ゼンケシ連合による大規模な侵略を受け、アルファ宇宙域同盟およびルカリと同盟を結んだ。
その他の勢力 > ゼンケシ連合

シーズン12「Reckoning」から登場する新敵対勢力。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』などで言及されていた、ゼンケシ星系のアブ・ゼンケシ星を故郷とするヒューマノイド種族。厳格な氏族制階級社会で、国家の統治者は専制君主である。サイが直立したような姿で、体型はゴリラのように下半身に対して上半身がかなり大きい。主腕の他に、腹部から一対の小ぶりな副腕が生えているという外見的特徴を持つ。暴力を種族文明の根幹としており、性格は非常に荒々しく好戦的である。しかし科学技術は進んでおり、兵士は高性能なボディアーマーを装備している。ハークの復活を阻止するため、その尖兵であるドランズリを根絶すべくいくつかの惑星を「浄化」（惑星に生きる生命体を全滅させる事）しており、その際にはプロトマター（原物質）を利用した大量殺戮兵器を用いる。惑星連邦とは2312年の外交会談の失敗から断続的に交戦状態となっており、特に2360年代前半の戦争は大規模なものであった。また2320年代にベイジョーを侵略した事で、ベイジョーがカーデシアに援助を求め果ては占領される原因となった。
その他の勢力 > ソーナ人

シーズン13.5から登場する新敵対勢力。『スタートレック 叛乱』に登場した、惑星連邦のマシュー・ドワティ提督の協力のもと惑星バクーの不老長寿の力を狙いU.S.S.エンタープライズEと戦った種族。ブライアーパッチ（茨の園）と呼ばれる星雲を拠点としている。本来は地球人と酷似したバクー人と同種であるが、惑星バクーを離れて不老長寿の力を得られなくなったため、外科的な処置で無理矢理に若さを保とうとしており顔の中心付近だけ皺が伸びているなど異様な姿になってしまっている。2410年、ゼンケシ連合やクリンゴンを追放されたトーグ家と同盟を組んでいる事が判明した。
その他の勢力 > ハーク

『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』シーズン4エピソード9「カーレスの剣（The Sword of Khaless）」などで言及されていた種族。ガンマ宇宙域のハヴァス・クール星系を起源とする。巨大なカマキリのような昆虫型種族で、体組成はゲルマニウムベース、体色はメタリックな緑色。地球歴14世紀頃にクリンゴン帝国の母星クロノスを襲い破壊と略奪の限りを尽くし、奪った宝物の中にはカーレスの剣も含まれていた。その後宇宙から姿を消したためクリンゴン帝国では絶滅したものと考えられていたが、ジョドコー星系などいくつかの惑星の地下で休眠状態になっていただけであった。2410年に復活し、紙魚のような形状の超高機動小型宇宙船の大群でベイジョー星系を襲撃、圧倒的な物量で惑星連邦のDS9とゼンケシのスターベースを破壊した。本来は温和で知性的な種族だが、その強靭な肉体能力を兵士として利用しようとしたドミニオンに征服され、ジェムハダー同様にテトラセルホワイトが無いと理性を保てないように改造されてしまった。やがてドミニオンによる制御も不可能となり、本能の赴くまま天の川銀河中を荒らしまわるようになった。凄惨な戦いの果てに、オドーのジェムハダーファースト・ドゥカンレックスの自己犠牲により種族全体にテトラセルホワイトが浸透し、理性を取り戻したハークは故郷に帰って行った。
その他の勢力 > ハーク > ドランズリ

ハークに使役されている巨大なサソリのような姿をした生命体。休眠中のハークの世話をする役目を担っている。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Cadet（プレイヤーレベル1～5）・Lieutenant（6～10）が搭乗可能な艦

軽巡洋艦。
Miranda class
U.S.S.リライアント、U.S.S.サラトガに代表されるクラス。ゲーム開始時に支給されるタイプ。
Shi'Kar class
ミランダ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.シカー。
サービス開始以来25世紀の艦としてデザインされていたが、2022年6月のアップデートで24世紀半ばの艦としてデザインし直された。
Centaur class
U.S.S.ケンタウロスに代表されるクラス。
Constitution class
U.S.S.エンタープライズ(TV版)に代表されるクラス。GameStopでコレクターズエディションを購入した場合の特典。長らく課金アイテムであったが、アップデートでダイリチウムで入手できるようになった(課金アイテムバンドルにも引き続き含まれる)。
軽護衛艦。
Federation NX class Starship Replica
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。歴史学者ジェフリー・パチェッリの協力を得て、ユートピアプラニシア造船所が企画・建造した地球連合宇宙艦隊NX級のレプリカ。船体外縁部に脱出ポッドを搭載しているなどシステムは最新のものだが、企画スタッフのこだわりにより鹵獲兵器はトラクタービームではなくグラップラーを装備している。また企画の一環として当時使用されていた制服も復刻された。オリジナルは、NX-01エンタープライズ、NX-02コロンビアに代表される。
軽科学船。
Oberth class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。シールド性能等を一時的に強化出来る特殊なプラズマ・マニフォルドを搭載している。
シャトル・ランナバウト・宇宙戦闘機など。なお、艦載機（Carrier Pets）としてCarrier・Escort Carrier・Flight-Deck Cruiserに搭載、宇宙戦闘に参加させることも可能な艇もある。
Type-8
「新スタートレック」以降に搭乗する人員輸送用のシャトル。艦載可能。なお、艦載機として使用できないレアアイテム「Type-8 Starfleet Shuttlecraft」も存在する。
Danube class
U.S.S.リオグランデに代表されるクラス。艦載可能。
Captain's Yacht
艦長専用艇。プレイ開始から400日が経過したプレイヤーに対してプレゼントされる。艦載機としての使用は不可。
Delta class
デルタ・フライヤーを量産化したシャトル。艦載機としての使用は不可（艦載機としてのデルタ・フライヤーが別に存在する）
Class F
「宇宙大作戦」に登場する旧世代シャトル。艦載機としての使用は不可。
Tal'Kyr Support Craft
課金アイテム艦「D'Kyr Science Vessel」付属の小型艇。艦載可能。
Yellowstone Class Runabout
艦載可能。
Type-10 Shuttlecraft
艦載可能。
Aeon Timeship
艦載機としての使用は不可。
Peregrine Attack Fighter
Stalker Stealth Fighter
課金アイテム艦「Caitian Atrox Carrier」に搭載される超高性能戦闘機（他のCarrierには搭載不可）。
Ferengi Na'Far
連邦・クリンゴン・ロミュランで使用可能。
Voth Heavy Fighter
連邦・クリンゴン・ロミュランで使用可能。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Lieutenant Commander（プレイヤーレベル10～19）が搭乗可能な艦

巡洋艦。
Constitution class （Refit）
U.S.S.エンタープライズA（劇場版）に代表されるクラス。
Excalibur class
コンスティテューション級（Refit）をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.エクスカリバー（NCC-94547）。
Vesper class
エクセルシオール級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ヴェスパー（NCC-92109）。
護衛艦。
Saber class
U.S.S.イェーガーに代表されるクラス。
Rapier class
セイバー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.レイピア（NCC-94004）。
Ushaan class
セイバー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ユーシャーン（NX-93771）。
科学船。
Nova class
U.S.S.イクワノックス、U.S.S.ロードアイランドに代表されるクラス。
Aurora class
ノヴァ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.オーロラ（NCC-91270）。
Quasar class
ノヴァ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.クエーサー（NX-93071）。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Commander（プレイヤーレベル20～29）が搭乗可能な艦

重巡洋艦。
Cheyenne class
U.S.S.アワニーに代表されるクラス。
Stargazer class
コンステレーション級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.スターゲイザー（NCC-2893）の後継艦、U.S.S.スターゲイザーA（NCC-2893-A）。
Dakota class
シャイアン級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ダコタ（NX-91211）。
上級重巡洋艦。
Excelsior Class
U.S.S.エクセルシオールに代表されるクラス。
C-STOREで有償購入できる重巡洋艦。
Constellation Class
U.S.S.スターゲイザーに代表されるクラス（詳細は後述）。
重護衛艦。
Akira class
U.S.S.サンダーチャイルドに代表されるクラス。
Oslo class
ノルウェー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.オスロ（NCC-79719）。
Zephyr class
スチームランナー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ゼファー（NX-92880）。
科学調査船。
Olympic class
U.S.S.パスツールに代表されるクラス。「オリンピック級」か「ホープ級」かの議論のあったクラスだが、「オリンピック級」が正式な名称とされた。
Hope class
ネームシップはU.S.S.ホープ（NX-90320）。
Horizon class
ネームシップはU.S.S.ホライゾン（NX-94441）。
上級科学調査船。
Nebula Class
U.S.S.サザーランド、U.S.S.ファラガットに代表されるクラス。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Captain（プレイヤーレベル30～39）が搭乗可能な艦

巡洋探査船。
Galaxy class
U.S.S.ギャラクシー、U.S.S.エンタープライズDに代表されるクラス。
Celestial class
ギャラクシー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.セレスティアル（NCC-92247）。
Envoy class
ギャラクシー級とソヴェリン級の中間のようなデザイン。ネームシップはU.S.S.エンヴォイ（NCC-94002）。
戦術護衛艦。
Defiant class
U.S.S.ディファイアント、U.S.S.ヴァリアントに代表されるクラス。「護衛艦」と呼称されているが、実態は「戦艦」である。
Vigilant class
ディファイアント級をリニューアルしたデザインのクラス。ディファイアント級の成功を受けて開発された宇宙艦隊初の公式「戦艦」。ネームシップはU.S.S.ヴィジラント（NCC-94794）。
Gallant class
ディファイアント級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ギャラント（NX-93881）。
長距離科学船。
Intrepid class
U.S.S.ヴォイジャー、U.S.S.ベレロフォンに代表されるクラス。
Cochrane class
イントレピッド級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.コクレーン（NX-95400）。
Discovery class
イントレピッド級をリニューアルしたデザインのクラス。イントレピッド級の成功を受けて開発された。ネームシップはU.S.S.ディスカバリー（NCC-85527）。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Rear Admiral（プレイヤーレベル40～49）が搭乗可能な艦

強襲巡洋艦。
Sovereign class
U.S.S.エンタープライズEに代表されるクラス。
Noble class
試作艦NX-91001を経て完成された、ソヴェリン級強化改良型の最初のクラス。ネームシップはU.S.S.ノーブル（NCC-91288）。
Majestic class
ソヴェリン級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.マジェスティック（NX-93500）。
Imperial class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.インペリアル（NX-95700）。
上級護衛艦。
Prometheus class
U.S.S.プロメテウスに代表されるクラス。
Phoenix class
プロメテウス級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.フェニックス（NX-95560）。
Cerberus class
プロメテウス級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ケルベロス（登録番号はグラフィックの表示バグのため不明）。
Hephaestus class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。
偵察科学船。
Luna class
U.S.S.タイタンに代表されるクラス。
Sol class
ルナ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ソル（NCC-89931）。
Polaris class
ルナ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ポラリス（NCC-92515）。
Comet class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.コメット（NCC-95524）。
宇宙巡洋艦。Exploration Cruiserの上位タイプ。ソヴェリン級より大型で、ソヴェリン級とイントレピッド級を合わせたようなデザイン。
Avenger class
ネームシップはU.S.S.アヴェンジャー（NCC-95792）。
Vanguard class
ネームシップはU.S.S.ヴァンガード（NCC-94996）。
Emissary class
ネームシップはU.S.S.エミッサリー（NCC-96003）。
Nomad class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.ノーマッド（NCC-95789）。
Odyssey Class
正式サービス開始2周年記念イベント内の限定クエスト報酬。ネームシップはU.S.S.オデッセイ（NCC-97000）。
高速護衛艦。円盤部は機動戦士ガンダムに登場したアッガイの頭部に似ている。
Hermes class
ネームシップはU.S.S.ヘルメス（NCC-95208）。
Gryphon class
ネームシップはU.S.S.グリフォン（NCC-94996）。
Dervish class
ネームシップはU.S.S.ダーヴィッシュ（NX-98010）。
Maelstrom class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.メイルシュトローム（NCC-95812）。
深宇宙科学船。イントレピッド級に似ているが、船体の下部にデフレクター盤を搭載したモジュールがぶら下がっている。
Trident class
ネームシップはU.S.S.トライデント（NCC-95581）。
Oracle class
ネームシップはU.S.S.オラクル（NCC-95527）。
Destiny class
ネームシップはU.S.S.デスティニー（NX-95600）。
Nimbus class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.ニンバス（NCC-95777）。
プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 > 惑星連邦宇宙艦隊 > Vice Admiral（プレイヤーレベル50～）が搭乗可能な艦

大型巡洋戦艦。
Galaxy class （Refit）
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。「新スタートレック」のラストエピソードに登場した仮想未来のU.S.S.エンタープライズDと同じタイプで、3基のワープナセル・フェイザーランス・フェイザーキャノン・遮蔽装置を装備。巡洋艦系統の宇宙艦隊船の中で唯一、デュアルキャノン系の武装を装備出来る。
改造巡洋探査船。
Galaxy class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。円盤部分離機構搭載型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。
改造長距離科学船。
Intrepid class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。アブレイティブ・アーマー（展開式装甲）装備型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。
改造戦術護衛艦。
Defiant class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。遮蔽装置搭載型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。
改造上級重巡洋艦。
Excelsior Class （Refit）
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。U.S.S.エンタープライズBに代表される。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。
改造上級科学調査船。
Nebula Class （Refit）
Magellan Class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。アクティブ・タキオン・センサー搭載型。単独でタキオン探知グリッドを展開し遮蔽船を発見可能。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。
多方向上級護衛艦。
Prometheus class
Phoenix class
Cerberus class
Hephaestus class
艦載機運用能力を持つ戦闘に特化した大型艦。
Armitage class
Akira class
Oslo class
Zephyr class
Thunderchild class
宇宙空母。
Caitian Atrox Carrier