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下山事件
警察の捜査 > 捜査結果発表の差し止め > 捜査本部への捜査結果公表中止指示

8月1日には捜査本部での合同捜査会議が開催された。7月7日の捜査会議では他殺を疑っていた刑事の方が多かった捜査一課であったが、この会議においては発言者全員が自殺であると断言した。また、東京地検に協力し他殺説で捜査していた捜査二課二係の吉武も「他殺の裏付捜査をしてきたが、労働組合関係、共産党関係、朝鮮人関係、資金関係、女性関係などの捜査において、風評程度の話はあったが他殺を疑わせるようなことは何も出なかった」と他殺の裏付けとなるものは何もなかったと述べている。捜査本部ではこれらの捜査結果から以下のような結論を出した。
現場を中心とした基本捜査では“犯罪のにおい”はまったくない。
事件の前日に下山総裁が休憩した現場近くの末広旅館を中心とした、三越本店－浅草－五反野の間に目撃者があり、それらは時間的にもつながりがあり、その人物はすべて単独であった。
死体の状況は従来の鉄道自殺者の検証経験からして異例なものでない。
数か所に「生前傷」と認められる皮下出血があるが、これは死の瞬間直前のものかもしれない。
自殺者の統計からみると、中年者の発作的自殺は、ほとんどが遺書を残していない。
さらに東大法医学教室の古畑判定に対しても以下の理由で退けている。
出血は微量としたが、実際にはかなりの出血が認められた。
仮に出血が少なかったとしても、轢断死体の場合は急激なショックのために少ないことが多い。
これは、東大法医学教室で司法解剖を執刀したのが、これが初めての解剖の執刀となる桑島であったことに対する反発もあり、捜査本部の刑事たちは「我々には“学”はない。しかし、過去数百件の捜査経験がある」と各々が口にしていたという。
8月3日には、捜査本部は「死後轢断」を主張している東大法医学教室を坂本刑事部長公舎に招いて合同会議を開催した。捜査一課からは、慶応義塾大学などから異論も出ている東大古畑の「死後轢断」説を妄信する必要はないという意見もあったが、捜査本部としては、東大法医学教室の権威や、東京地検も東大法医学教室の鑑定を支持していることもあって、さすがに無視するわけにもいかず、自殺との捜査結果を公表するにあたって東大側の見解を確認しようということになった。
この会議には警視庁からは坂本刑事部長、堀崎一課長と各係長、松本二課長と各係長、塚本鑑識課長、東京地検からは山内刑事部長、布施首席検事以下担当検事3人、東大法医学教室からは古畑、桑島、秋谷といった、この事件捜査の主要関係者のほぼ全員が参加していた。さらには東大からは精神科医内村祐之教授の代理人も参加していた。これは、精神科医の権威下田からの意見書や下山周辺よりの聞き込みに基づき、捜査一課は1935年（昭和10年）からの下田の日記を調査して、精神状態の分析を行い、下山の自殺は精神的な問題が原因であると判断しており、その見解を説明するために東大側の精神科医も呼んだものであった。自殺説と他殺説で対立していると散々喧伝されてきた当事者が一堂に会した会議であり、紛糾も予想されたが、意外にも会議は円滑に進み、警察捜査本部から、犯罪行為による他殺とは考えられないとする根拠が次々と説明されていったが、東京地検からは何の反論もなく、東大の古畑ですら「解剖所見としては「死後轢断」という状態であったが、自殺ということもあり得る」と述べており、警察捜査本部による自殺という捜査結果の発表に、表立っての反対はない状態まで会議は進んだ。
しかし、会議の終了まぎわになって、坂本に警視総監の田中から電話が入った。坂本は会議を中座すると警視庁に戻り、田中と一緒にどこかに出かけてしまった。しばらくして捜査本部に帰ってきた坂本は、集まっていた捜査本部の面々に「駄目だ」と呟くと、頭を抱え込んでしまった。ただならぬ坂本の状態に捜査本部は重苦しい空気につつまれたが、そこで捜査三課長の浦島が「おい、こんなことでは部長が初老期うつ憂症になるぞ。しっかりしろ、元気を出せ」と坂本を激励している。しかし、捜査本部による自殺という捜査結果の公表は見送られることとなった。この、捜査結果公表直前に待ったをかけた人物については、捜査一課の主任刑事であった関口はGHQであると考えていた。GHQの対敵諜報部隊（CIC）のアメリカ軍人が頻繁に捜査本部に出入りしており、捜査一課が自殺として捜査を進めていると、露骨に面白くない顔をされたという。これはCICが東京地検に便乗して、左翼勢力による他殺として捜査を進めさせ、レッドパージに利用しようという意図があったとされる。
捜査一課課長の堀崎によれば、前日にGHQ参謀第2部の公安課（PSD）の課長プリアム大佐に、自殺発表の許可をとっていたのにもかかわらず、なぜか翌日の3日になって同じPSDから発表の差し止めが命じられたという。この経緯はずっと謎であったが、1970年（昭和45年）になって、当時PSDに勤務していたハリー・シュバックが、このときに坂本に自殺発表の差し止めを命じたのは自分であったと雑誌「週刊新潮」の取材で答えている。このシュバックの証言について、直接、捜査結果公表の差し止めを命じられた坂本は、明言を避けながらも真実である可能性を示唆し、産経新聞の取材に対し、捜査結果発表の中止については、GHQよりの圧力は否定しなかったうえで、最終的には自らの判断で発表を中止したとしている。
発表を差し止めた組織については異論もあり、毎日新聞の下山事件取材担当責任者で、のちに取材結果を著書「生体れき断」にまとめた毎日新聞記者平正一は、捜査結果の発表に待ったをかけたのは日本政府だと主張している。その根拠としては、当時自殺説の立場で報道していた毎日新聞であったが、ある日、官房長官の増田から、毎日新聞の下山事件担当記者に呼び出しがかかり、警視庁キャップの若月五郎と今井太久弥が行くと、増田は以下の様に言ってきたという。
下山、三鷹と続き、国鉄の大量首切りによる労働攻勢が激しい折、あなた方の言うように下山さんが自殺だったとしたら、この左翼攻勢はどうなりましょう。あなた方は考えてみたことがありますか？
（中略）
あなた方の報道で、左翼攻勢の突破口を与え、国民生活を再び混乱に陥れたら、あなたの新聞の責任は大きいと思いますがね。そうお考えになったことはありませんか？
これは、明らかに日本政府が、下山の自殺報道を止めさせようとする圧力であり、結局、毎日新聞がこの圧力に屈することはなかったが、平はマスコミを呼びつけてここまでやる日本政府であれば、警察に発表を止めさせることぐらいは平気でやるのではないかと考えていた。
警察の捜査 > 捜査結果発表の差し止め > 捜査継続決定

8月3日に捜査結果の発表が予定されていることは、特にプレスリリースがあったわけではないが、マスコミ各社はその情報を掴んでおり、肩透かしを食らった結果となった。そのため警視総監の田中が異例の警視総監談話を発表し「一部にこの事件の合同捜査会議が開かれ下山氏の怪死事件が自殺に決定したと報じられたが、そのような事実はない」「この事件は極めて複雑多岐な事件と考えられるし、警視庁も目下の捜査段階では自・他殺いずれとも決定はできない。従って捜査は引き続き続行し、特に背後関係、新しい聞き込みに重点をおいて、あくまでも真相の究明に努力する」という趣旨で捜査を続行すると述べている。なお、田中の本事件に対する捜査方針は当初から一貫しており、それは下記の通りであった。
警視総監である私としては、自殺の線をおす一課と他殺をおす二課が、それそれの方針で進むことをむしろ奨励した。特に東大の古畑教授の鑑定によって他殺の疑いが濃くなってから、私は、捜査二課を督励して、捜査費用を惜しまず他殺のデータを集めるよう命じた。
ここで、さらに日本政府が捜査に介入してくる。9月15日に首相官邸で下山事件の捜査報告会が開催され、政府からは増田官房長官と副官房長官、国鉄からは副総裁から昇格した加賀山総裁、警察からは坂本刑事部長、堀崎捜査一課長、松本捜査二課長、金原係長、関口主任刑事が参加したが、坂本が報告をしているのを増田が遮って「もういいから帰れ、オレが県の警察部長をやった経験から、アレは他殺に絶対まちがいない」と激高したという。坂本は「そんな馬鹿げたことはない、捜査は全て自殺の線を示している」と反論したが、増田は全く聞き入れなかったので、坂本は怒りのあまり部屋を飛び出した。この日、首相官邸には斎藤昇国家地方警察本部長官がたまたま居合わせたので、斎藤は両者を取り持つと、日を改めての報告会を設定した。増田は戦前の内務省官僚時代に警察部長を務めたことは事実であるが、ノイローゼで4か月で更迭されており、そのことを知っていた坂本は憤懣遣る方無かったが、やむなく斎藤に従うこととした。
自殺説でまとまっていた捜査一課も、GHQや日本政府による捜査介入や圧力によって他殺を前提とした国鉄各機関区の捜査に回されたこともあった。しかし、捜査一課の刑事たちは何をするかもわからず、「なんのために機関区に行くんだ？」と捜査本部に確認すると、「とにかく、機関区の関係者のリストでもなんでも作れ」と命じられている。結局、捜査一課の刑事たちは2～3日間もの間、各機関区に通うこととなったが、全く成果はなかった。捜査の目的は不明であったが、平塚は人員整理のあとの国鉄労組の暴動を抑止する意味もあったのではないかと推定している。
このように、明らかにGHQと日本政府は、共産勢力封じの口実として「他殺捜査継続が望ましい」と考えており、結局、田中の宣言通り捜査は継続されることとなった。捜査は継続されたものの、体制は大幅に縮小された。特に地取り捜査の目途を付けていた捜査一課は、数名の捜査員を引き続き聞き込みに当たらせ、事件現場付近の通行者の証言の確認を行わせていたが、これも9月中には終わり、捜査一課はこの事件の捜査を終えることとなった。この後、一旦は自殺発表を容認した東京地検や捜査二課二係が、引き続き他殺の線で、「下山油」や血痕の捜査を続けていくこととなった。
捜査一課の捜査完了以降は、東京地検や捜査二課二係による「下山油」の捜査を中心とした他殺説の捜査の進展は全く見られなかった。捜査二課二係長の吉武はその手ごたえの無さを後年に以下のように振り返っている。
下山事件というのは、追っても、追っても犯罪のにおいがしなかった。
そして12月に入ると、吉武が上野警察署次席に転勤の内示が出た。捜査二課二係と懇意にしてきた朝日新聞の矢田は、これは捜査一課長の堀崎が、一課が決定した自殺説の決着が覆されるだけでなく捜査本部の解散もできなくなるため、大きな危機感を感じて、裏から手を廻して吉武を配転させたなどと考えていた。また、他殺としての捜査継続を強く希望していた日本政府は、官房長官の増田を通じて警視総監の田中を料亭に呼び出すと、同席していた旧内務省OBや警視庁OBで組織されていた「桜田会」のメンバーと、安井誠一郎東京都知事と共に、吉武の配転を止める様に圧力をかけたという。「桜田会」のメンバーにはG2と親密な者も多数おり、この圧力はG2の意向を代弁しているのは明らかであったが、田中がそのような圧力に屈することはなく、吉武は辞令通り配転となった。
この配転について、後年にジャーナリストの佐藤一が吉武本人に、下山事件が原因であったのか単刀直入に確認したところ、吉武は「そんなことありゃしませんですよ。第一、（下山）油を追ってみたって、犯罪のニオイはまったくしてこないんですからね。これは、あの血痕と同じですよ」「私の転勤に、下山事件はからんでいません。もうあの時期は、他殺の情報もあまりなくなっていて、松本（清張）氏のいうような事態じゃなかったんですから」と、陰謀論を一蹴し、転勤した理由を、刑事部長の坂本や捜査二課長の松本と、ある事件によってケンカになったからだと話している。佐藤は坂本に吉武の発言の裏取りに行ったが、坂本も同じような回答であった。吉武と坂本が言葉を濁したある事件とは、下山事件と同じころに発覚して政治問題化していた「五井産業事件」で、吉武は五井産業の社長と懇意にしており、捜査情報を漏洩したという疑惑をかけられていた。そのほとぼりを覚ますために、捜査二課長の松本が、坂本に吉武の配転を申し出たものであった。
上記の吉武の回想の通り、捜査二課二係による下山事件の捜査も完全に暗礁に乗り上げており、その後の吉武の配転によって、捜査二課二係の5人のみという細々とした捜査態勢で、下山油や染料の捜査が続けられた。結局、捜査本部の正式な解散も、捜査結果の公表もついに行われることはなかった。
警察の捜査 > 「下山白書」の流出

捜査が暗礁に乗り上げる中、1949年（昭和24年）12月15日、警視庁下山事件特別捜査本部が作成した内部資料「下山国鉄総裁事件捜査報告」（通称「下山白書」）が流出し、1950年（昭和25年）1月に『文藝春秋』と『改造』誌上に掲載された。警視庁記者クラブは、事件白書のようなものは記者クラブで共同発表すべきものとして抗議し、漏洩元を調査して回答せよと警視庁に要求した。これに対し刑事部長の坂本は「あれは正式なものではない、事実関係は調査の上回答する」とした。その後、国家公務員法第100条違反の機密漏洩事件として徹底的な捜査が行われた。流出先として疑われたのが、共同通信社の警視庁担当記者山崎稔であり、山崎と懇意にしていた刑事は徹底的に調べられた。
捜査一課は『改造』の編集長小野田政（のちの産経新聞出版局長）に出頭命令を出し執拗に事情聴取を行った。小野田によれば、「下山白書」流出のきっかけは、小野田が世論もマスコミも自殺説と他殺説で二分されている状況を見て、真相を知るためには捜査資料を手に入れる必要があると考えて、共同通信社社会課部長高田秀二に相談したところ、高田が小野田の提案を快諾して、自社の警視庁担当の記者に具体的な入手方法を指示している。そうして入手した「下山白書」は共同通信社から『文藝春秋』と『改造』に渡されて、それぞれの紙面に掲載された。事情聴取を受けた小野田はこのような事情を語ることはなく、「取材源の秘匿」の原則を盾に突っぱね続けた。事情聴取した刑事は「正直に言わないと、窃盗罪であなたを逮捕することができる」「逮捕状も用意している」と脅迫してきたが、小野田はそれにも屈しなかった。結局、小野田は同級生であった警視庁監察官高橋幹夫（のちの警察庁長官）に連絡をとり、マスコミの「取材源の秘匿」の権利を説明して、無罪放免になったという。これらの捜査の結果、坂本は捜査資料の漏洩を認めて、1月31日に記者会見で「機密漏洩の容疑者は捜査一課にいる」と言明した。その頃、捜査一課は銀座のミュンヘンというバーで発生した、男性の同性愛者同士の殺人事件の捜査をしており、下山事件の捜査は終了していたが、下山白書流出の犯人捜しだけは監察官が継続して行った。監察官の捜査の結果、捜査一課2号室の主任刑事関口が関与を疑われて、浅草警察署に配転となった。
矢田によれば、「下山白書」の流出は、警視庁記者クラブの調査で、氏名不詳の警視庁幹部が、世間では他殺説が叫ばれている中で、警視庁の方針通り自殺説に世論を導きたいという意向で捜査資料を流出することを決め、自殺説と他殺説で激しい論争を繰り広げている朝日新聞、毎日新聞、読売新聞という主要新聞ではなく、全国ネットでニュースを流すことができる共同通信社に白羽の矢を立て、警視庁担当の山崎記者に「下山白書」を貸与したという。山崎は主要部分を写すと、一旦警視庁幹部に「下山白書」を返却した。こうして流出した「下山白書」であったが、山崎が膨大な資料を3,000字程度に要約して各新聞社に流したため、インパクトが薄く、大手新聞社を始め各新聞社は小さく扱うか黙殺して、警視庁幹部の目論見とは異なり大きな話題とはならなかった。しかし『文藝春秋』と『改造』がこのニュースの重大性に気が付き、3,000字では詳しい内容はわからないので「下山白書」の写しの提供を求めた。共同通信社の山崎はその求めに応じて、施錠すらされていなかった捜査一課の金庫から「下山白書」の写しを持ち出して両社に渡したという。
本報告書は自殺と結論づける内容となっているが、矢田や他殺説の尖峰である作家の松本清張などは、報告書の内容に矛盾点や事実誤認を指摘している。特に矢田は報告書に書かれている目撃証言のうち、1964年（昭和39年）時点で消息が明らかであった目撃者数名に直接聴き取りを行い、いくつかの証言に捜査一課刑事による改竄や創作が盛り込まれていると主張した。ただし、矢田は自著『謀殺・下山事件』にて「報告書はフィクションでいっぱい」などと記述しているが、実際に矢田が聞き取りできた当時の目撃者は、死亡や消息不明等の理由により一部に限られ、さらにその中でも「下田白書」に記述してある目撃証言から、何等かの誇張や修正をされていると主張している目撃者は、矢田の著作によればわずか5人に過ぎない。そもそも事件15年以上経過した後では、その記憶が少しずつ変容してくるのは当然で、逆に、事件当時には、各新聞社が五反野に臨時の取材本部を設けて、何度も目撃者に対して取材を繰り返していたのにも関わらず、その証言には「下山白書」の記載と大きな違いは無かったので、記憶が鮮明であった事件当時の証言の方が信頼できるという見方もある。
警察の捜査 > 迷宮入り

警視庁捜査一課の捜査完了後に、捜査二課二係青木警部補班5人により継続されていた捜査も、1950年（昭和25年）7月までに何の成果も得られないまま終了し、警視庁の捜査資料はほぼ全て検察に引き継がれた。検察は最後まで他殺と考えて捜査を継続しており、1964年（昭和39年）6月26日の衆議院法務委員会で日本共産党の衆議院議員志賀義雄の質問に対し、最高検察庁刑事部長竹内壽平が「私の承知しております限りでは、今日でも他殺説が有力である、他殺の容疑が濃厚であるという立場に立ちまして、そう信ずればこそ捜査を放棄せずに、今日まで鋭意可能な限りの捜査をいたしてまいったのでございます」と回答したうえに、殺人事件としての時効が迫っていることの指摘に対しては「いままでもこういう重要事件で犯人未検挙のまま公訴時効を経過した事例も絶無ではございませんが、ほんとうに申しわけない、遺憾千万であるというこの一語に尽きます」と述べている。結局この後も捜査が進展することはなく、同年7月6日、殺人事件である場合の公訴時効が成立した。
この様に、各界を巻き込んだ大論争に発展した重大事件につき、その捜査の結論を警察組織として公表しなかったことについて、捜査指揮の責任者であった坂本は後年に以下のように振り返っている。
あのころ私の立場としては万全の捜査を、という観点から、自・他殺の黒白をはっきり打ち出さず、1課の捜査で自殺と断定されたあとも2課に捜査を継続させたわけです。そのうちに東大の鑑定結果で、死後轢断（他殺説）という報告書が出ましたが、当時は轢死体についての（法医学上の）定説がなく、学問上の論争にまでなりました。そのため、警察が学問上の争いに水を差すような発表（自殺説）をして、警察不信の念を起こしてはまずいと判断し、論争が決着し、国民的同意が得られる時代が来るまで、待った方がよいと思って、正式発表に踏み切らなかったわけです。この点についてはGHQとの関わりが一切なかったと言えば嘘になりますが、意図的な捜査は絶対なかったと言い切れます。
そして、事件後しばらく経ってから生体轢断と死後轢断の研究が進み、法医学界において、下山の遺体の局部出血の症状が、生体轢断でも発生しうるという認識が広がるようになると「捜査報告書の内容（自殺説）がようやく真実として受け止められる時代が来た」と感じ入ったとも語っている。さらに、その後の1991年（平成3年）の産経新聞の取材に対して「いつかは法医学の進歩が古畑さんの誤りを正してくれるものと信じていた」とも語っている。
このように、警察の政治的中立性を重視するあまり、自殺と他殺のはっきりした決着をつけないままで捜査をうやむやに終わらせてしまったことや、「下山油」や「ロープ小屋」の血痕など、下山事件には「秘密」とされてしまった事象が、多数残されたような形になってしまったため、いたずらに謎が謎を生む奇怪な現象が延々と続いてくこととなった。真摯に捜査を行った刑事も、政治に翻弄された警視庁幹部を批判しており、捜査一課の平塚も「当時のエライ人たちは、下山事件をどう判断したのかわからねぇが、捜査は神聖だということを強調したい」と述べている。
下山事件後には、より凄惨な三鷹事件、松川事件が発生し、下山事件では捜査介入までやり、他殺説を煽ったGHQや日本政府の目論見もあって、国民の多くが、共産勢力が下山殺害を契機として、もう手の施しようがないほどにその勢力が拡大強化され、革命がいつ起こるかわからないというような漠然とした不安を抱く様になった。この世論の動きに乗っかって、GHQや警察が治安対策を強化することを敏感に感じていた日本共産党は、「ここで実力行使を行えば、戦う労働者は一網打尽になってしまう。その手にのるな」と考えて「ストライキ反対」を呼びかけるなど、国鉄の人員整理に対して、激しい実力行使には打って出てこなかった。国電ストライキでは中央闘争委員会を出し抜いて実力行使に出た国労の現場職員も、下山事件により大いに気勢をそがれた形となった。連日、国労や共産党が事件に関与したような報道がなされると、全国で組合脱落者が続出し、職場単位での組合執行部の総辞職が相次いだ。解雇辞令を抵抗せずに受理する整理対象職員も次第に増えていき、第一次人員整理への反対闘争は急速に崩壊していった。第二代国鉄総裁に就任した加賀山は、引き続き国労との交渉を断固拒否し、第二次整理通告（＝解雇通告）を行ったが、特に抵抗もなかった。国鉄労組や共産勢力は国民世論にも配慮し、実力行使など強硬な抵抗をすることもできず、結局わずか3％の職員が整理通告の拒否をしただけで、なし崩し的に94,312人もの人員整理は完了した。
国鉄労組内も、日本共産党系と民主化同盟（全国産業別労働組合連合の前身）系が激しい主導権争いをしていたが、人員整理と、その後の三鷹事件への関与を疑われて、副委員長の鈴木市蔵らの有力メンバーが解雇された共産党系が急激に力を失っていた。人員整理前は日本共産党系12人、民主化同盟系14人と拮抗していた委員数であったが、三鷹事件で鈴木ら共産党系の中央闘争委員が解雇通告がされたあとの7月22日に、国際会議の長期外遊から帰国した委員長の加藤は中央闘争員会を開催すると、解雇通告されていた共産党系の鈴木ら中央闘争委員の国労からの追放を決定した。これで国労から日本共産党系の勢力が排除されて、その性格が一変することになった。これは、上記の通り、下山事件に端を発した「国鉄三大ミステリー事件」に対する国民世論に配慮した結果であり、結局は下山の死が、日本の労働運動の流れを変えたとの評価もある。下山を引き継ぎ「行政機関職員定員法」の人員整理を成し遂げた二代目国鉄総裁加賀山は、下山事件を以下の様に振り返っている。
下山さんの尊い犠牲を境にして、日本の社会は大きく転換し急角度で上昇をはじめた。その意味では下山事件のもつ意味は大きいし、（昭和）24年は戦後史のうえでエポックメーキングな年になったと言える。
自殺説と他殺説 > 自殺説

上記の通り、警察は組織として公式な捜査結果を公表することはなかったが、事件後しばらく経った1953年に警視庁が編纂した『警視庁史』においては「自殺説」の見地で本事件を記述している。また、捜査にあたった警察関係者の見解としては、捜査の指揮をとった警視庁刑事部長坂本智元が、上述した後年の回想の通り自殺説の立場をとっている。警視庁捜査一課で実際に捜査に携わった主任刑事の関口由三も、1969年（昭和44年）に雑誌『新評』に「下山国鉄総裁“自殺”の証拠」という記事を寄稿して、自殺説を強く主張した。同じく捜査一課の名刑事平塚八兵衛も、下山失踪第一報後の妻からの聞き取りやその後の捜査によって「奥さんのこの証言をはっきり調書にとっておけば、他殺だなんて議論がでてくるわけがない。家族が一番よく知っているわけだよ」と、他殺説を一蹴している。他殺説の急先鋒であった作家松本清張も平塚に取材したことがあり、日比谷公園の中にあった飲食店で平塚の説明を聞いた松本は「やっぱり自殺ですね」と話していたが、後日に前言を翻して、著書『日本の黒い霧』で他殺説を主張していたので、平塚は呆れて「新聞や雑誌の材料だけで、やれ他殺とか、捜査のやり方がおかしいとか論じて、ホシ（犯人）が捕まるなら刑事なんかいらねえよ。とんでもねえ話だよ」と批判している。
東京地検については、主任検事の布施が他殺を疑っており、捜査一課の捜査が実質的に終わった後も、捜査二課二係と協力して下山油や染料の捜査を継続しているが、木内曽益最高検察庁次長検事は東京地検の捜査資料を見て「やっぱり自殺だったのかね」と述べている。
政権与党である民主自由党は他殺説であったが、事件関与を疑われていた日本共産党は自殺説を強調していた。これは政権与党が、戦闘的な極左勢力による犯行と決めつけ、反共活動に利用しようとする意図を感じていたからであった。同じ左翼系政党の日本社会党の衆議院議員猪俣浩三も、昭和24年9月20日の衆議院法務委員会で、東大法医学教室の死後轢断の鑑定を信頼して他殺の立場をとる検察に対し、その鑑定結果に対して具体的な疑問点を指し示しながら、他殺と決めつけるには、はなはだ根拠が不完全ではないかと問い詰めている。しかし、日本共産党については、この後も、執拗に事件に関与したという疑いをかけられ続けたことから、1959年（昭和34年）のしんぶん赤旗で、中央委員の伊井弥四郎が「アメリカと日本の反動勢力」による犯罪の可能性があると発言するなど、他殺説に転向し、2008年（平成20年）においても、しんぶん赤旗では、「真相は不明ながら、GHQによる謀略である可能性が濃厚」と記述されている。一方で、政権与党内でも、運輸大臣として下山と最も関係が深かった大屋晋三は、「あれは自殺だよ」と述べている。
国鉄労組副委員長で下山ら国鉄経営と直接対峙し、下山殺害への関与を疑われていた鈴木市蔵は、後に出版した事件当時の回顧録で、他殺か自殺かの推定については直接の言及は避けているが、国労の人員整理への反対闘争が、国労内の勢力争いによって腰砕けになっている状況を熟知していたので「謀殺という場合、国鉄人員整理の必要からは、下山総裁をあえて亡き者にしなければならぬ事情は、既に無くなっていた」「組合内の対立、抗争の実態は誰よりも国鉄当局が知り尽くしている。さらに言うならば吉田内閣すらその事実を知っている」として、事件当時において、下山謀殺の必要性など全くなく、それは政府や国鉄当局も含めた周知の事実であったと振り返っている。
事件発生直後から毎日新聞は自殺を主張（毎日新聞が自殺証言のスクープを出したため）。同紙記者平正一は取材記録を収めた『生体れき断』1964年を出版。大規模な人員整理を進める責任者の立場に置かれたことによる、初老期うつ憂症による発作的自殺と推理した。
1976年には、佐藤一が自殺説の集大成と言える『下山事件全研究』を出版。佐藤は松川事件の被告として逮捕・起訴され、14年間の法廷闘争の末に無罪判決を勝ち取った人物であり、下山事件も連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）あるいは日本政府による陰謀＝他殺と当初は考え、東京大学学長南原繁総長、東京都立大学沼田稲次郎名誉教授、京都大学桑原武夫名誉教授に作家の松本ら下山事件を他殺と考えていた有志で結成した「下山事件研究会」の事務を引き受けていた。しかし、調査を進める過程で次第に他殺説に疑問を抱き、発作的自殺説を主張するようになる。日本でもジャーナリズムが過熱していく中で、下山事件はいつしか世間の興味を引く様に、面白おかしく陰謀論が流布されるようになり、自殺説を主張すると、頭がおかしいか、アメリカCIA手先だなどと中傷されるようになっていたが、それでも佐藤はめげることなく、他殺の根拠とされた各種の物証に関して、地道な調査に基づいて反論を加えた。
「下山事件研究会」の中心メンバーであった松本に加え、徳川夢声や坂口安吾など、当時活躍していた作家のなかでは他殺説を主張する者も多かったが、井上靖は自殺と考えており、「週刊朝日」1960年（昭和30年）1月23日号のなかで他殺説の徳川と対談しているが、坂口は自殺と考えた理由を「妻女は初めは自殺と考えたようだが、その後時間を経るに従って他殺と主張するようになった」「これは後に色んな情報が入ったからであって、最初のカンの方が正しかったのではないか」や「警察が非常に老練な刑事のカンを重視して自殺と判断した」ことをその理由にあげている。そして下山の自殺については、近江絹糸争議で女子工員に自殺者が出たのを例に出して、「特殊な事件には、理解できない自殺者が出る」「何か申し開きしたらいいと思うのに、わけのわからない自殺をしてしまう」と指摘している。井上は、事件翌年の1950年の「文藝春秋」7月号から、下山事件をモチーフにした小説「黯い潮」を連載しており、1954年（昭和29年）には日活で映画化された。
冤罪事件の被害者を支援してきた山際永三は「我々，冤罪に関わる人間が，一つのリトマス試験紙にしているのが下山事件なんです。下山事件は他殺だっていう人は私らの仲間ではないんです」とまで言い切っている。そして、他殺説の有力な論客松本に対しては「松本清張さんは何でも GHQのせいにしちゃうんですね」と批判し、下山事件は自殺であったと断言している。
自殺説と他殺説 > 自殺説 > 自殺説の主張 > 生体轢断について

鑑定に持ち込まれる轢死遺体の殆どが、事故死や自殺の「生体轢断」の遺体であり、他殺後に轢断された「死後轢断」の法医学的な知見やデータは殆どない。そのため、轢死遺体を事故死・自殺の「生体轢断」と比較して、他殺による「死後轢断」と判断するのは極めて困難である。
最初に現場で下山の遺体を検視した東京都監察医務院の八十島信之助医師によれば、八十島はこれまで100体以上の轢死体を検視してきたが、その殆どが生活反応が著しくなく、下山の遺体もこれまで見てきた100体以上の遺体と特に変わるところはなかった。また他の殆どの遺体と同様に、下山の遺体にも死班が見られなかったことから、死亡してあまり時間が経過していないため、この場で死んだ（つまり自殺）と判断した。もし他の場所で殺害され運搬されてきたのであれば、死班が見られたはずである。八十島は現場で常識的には轢死（自殺）と考えるのが妥当と判断したが、下山の社会的地位や今後の影響も考えて、現場では自他殺不明と鑑定して、司法解剖に回すことにしたという。
慶應義塾大学法医学教授中館久平によれば、下山の遺体の様に、他には生活反応が見られないのに、睾丸に生活反応が見られるのは、轢死体にはよくあることで、列車に轢かれて骨盤に大きな衝撃が加えられると、人体の構造上、睾丸が出血するのは当然として、下山は「生体轢断」されたものと鑑定しており、元産経新聞記者佐々木嘉信の取材によれば、1970年代の医師国家試験の受験テキストにおいては、中館の説が定説として記述されていたという。中館は自殺説にかなりの自信を持っており、「黒を白と言いくるめたようなもので、他殺だったら、私はいつでも教授を辞めるよ」「一部のジャーナリストは、戦後の三大事件として、三鷹事件、下山事件、松川事件をあげているが、下山事件は単なる自殺で、まったく一個人の私事に過ぎない。これを大事件などというのは、まったくナンセンスである」とまで言い切っている。
下山事件後の研究において、日本法医学会会長、日本法医学会理事長を歴任した東北大学名誉教授赤石英は、「動物実験の結果、生きていて轢断されても出血が認められない場合がある。生前の損傷であるにもかかわらず、死後のものと誤った判断が下されるおそれがあるので十分注意を要する」という見解を学会で発表しており、赤石が実際に検視した轢死体でも全く生活反応のないものがあったという。また、下山事件の4か月後に新潟県で、下山の遺体と同様に轢断部に出血（生活反応）が見られない轢死体が発見され、新潟県警は下山事件と同様に他殺を疑ったが、新潟大学医学部法医学教室教授山内峻呉教授の鑑定により自殺と断定された。山内は当時を振り返って「死体の散らばり具合まで、下山事件によく似ていた」と語っている。2024年度（令和6年度）の神戸大学大学院医学系研究科・医学部医学科の医学史・医学概論の講義資料においては「鉄道車輛による人身事故は、自動車よりもはるかに強大なエネルギーが人体に加わるため、一層高度の損傷が生じ、轢断部の生活反応は不明確であることが多い」と、轢死遺体の生活反応の有無が必ずしも、轢断時の生死を判断する証拠とはなり得ないとされている。
北海道大学法医学教授錫谷徹は、下山の司法解剖の鑑定書やその他資料を詳細に検証し、著書「死の法医学 下山事件再考」を執筆した。錫谷によれば、下山の遺体は胸部と腹部が激しく損傷していたが、これは下山（遺体を含む）が線路に寝そべった姿勢では決して生じない損傷であり、この遺体の損傷から推測される状況としては、下山は立った状態で機関車の前端に衝突して、その際に胸部や腹部に激しい損傷が生じ、その後は線路上に倒れて轢断されたものであると断じている。そして立ったまま機関車に衝突したのであるから、必然的に衝突時に下山は生きて自ら（もしくは過失で）接触したものであり、これを殺害した後の遺体で再現するのは「空想に近い」と一蹴している。1986年（昭和61年）に産経新聞が、アメリカ国立公文書記録管理局で下山の遺体の新たな写真を発見し、錫谷に意見を求めると「この右肩の轢断創からのぞいている心臓、扁平にひしゃげた胸部。これらは胸のほぼ全面に平坦な鉢体が激突した証拠なんだよ。もし、下山さんが殺された後、線路の上に寝かされてから轢かれたのなら、こんな胸が扁平にならないし、心臓も飛び出さない」と自分の自殺説の正しさを改めて強調している。
下山の遺体が上着が脱げてほぼ裸体になっていたことについては、轢死体の多くが裸体かほぼ裸体で発見されることが多いというのが、当時の経験ある法医学者や国鉄関係者の一致した認識であったという。これは、機関車底部の突起物などで衣服が次々とはぎ取られていくからであり、下山の遺体も、線路上で80ｍ以上にも渡って衣服が点々としており、特殊な例ではなかった。
自殺説と他殺説 > 自殺説 > 自殺説の主張 > 下山の替え玉説について

他殺説で主張される下山替え玉説については、下山が当日着用していた衣服を事前に準備しておくか、もしくは拉致した下山の衣服をはぎ取って替え玉に着用させる必要があるが、前者については、下山は背広2着、ネクタイ5本を日替わりで着用しており、その組み合わせを事前に予想して準備しておくのは困難であるし、ワイシャツと靴下については多数あるものの中で、その日の朝に下山自身が決めて着用しており、それを知っているのは妻と運転手の大西だけで、事前に準備しておくことは不可能である。また後者については、下山と思しき人物の目撃情報は、失踪直後から機関車に轢かれる直前の午後23時30分ごろまで断続的にあっており、下山を着替えさせる時間はなかった。特に事前に殺害していたのであれば、遺体を着替えさせるのはさらに時間がかかるのでなおさらである。目撃証言のなかには、家族や国鉄の側近しか知らないような下山の癖を、下山と思しき人物がやっているのを見たというものもあり、替え玉がここまで下山になり切るのは不可能である。平塚も綿密な捜査結果から、現場付近をうろついていた人物を下山と断定、替え玉説を一蹴し「考えてもみな、他殺ならてめえの殺される場所を、わざわざ下見にいく馬鹿はいないだろ」と一笑に付している。
事件当日に下山と思しき人物の目撃証言については、一部で下山と人相が異なっていたり、眼鏡をかけていなかったりと替え玉を疑わせるような証言もあるが、警視総監の田中によれば、そのような目撃談はごく一部で、80数名の目撃者の殆どが、複数の人物写真のなかから、自分の目撃した人物を下山であると正確に選んでおり、全員が揃って替え玉に引っかかったとは考えられない。
他殺説主張者からは、捜査一課の聴取に口裏を合わせて、下山の替え玉に協力したかのような疑いをかけられている末広旅館であるが、実際には、女将を始め家族は散々誹謗中傷されて精神的に病んでしまい、客足は激減して商売は立ち行かなくなり、結果的に旅館は廃業となった。妻であった女将に先立たれた元経営者（形式的な代表者は女将）も当時を振り返り、無責任な報道を繰り返したマスコミに怒りを吐露しており、そこまでして警察や真犯人に協力する理由はない。証言内容についても、女将は警察から聞き込みをうけた同日に、同じ話を毎日新聞の記者に行っており、後に警察がその証言内容を捏造した可能性は少ない。また、末広旅館の経営者は元特別高等警察官で、女将を事情聴取した捜査一課には元同僚の顔見知りもいたので、口裏合わせに協力したなどと言われているが、他殺で捜査を続け、末広旅館の女将の証言を疑っていた捜査二課二係にも元特別高等警察官が所属していた。そもそも、元経営者は1921年（大正10年）から1933年（昭和8年）までの12年間しか警察に在籍しておらず、その後は父親の逝去を機に、民間会社に転職してその後末広旅館を開業しており、事件発生時では警察を辞めて民間人となった期間の方が長く、警官と親密な関係であったとは言い難い。元警察官という肩書を警察や本人が隠していたとも一部で言われているが、それは事実誤認で、事件当時のマスコミの取材で元経営者自らが話しており、周知の事実であった。
末広旅館に下山が滞在した証拠として、現場検証で回収された毛髪のなかに、下山のものに似た毛髪があったことが挙げられる。一方で、旅館に数時間滞在したはずの下山の指紋が一切検出されなかったことで、替え玉ではなかったのかとの指摘がされることもあるが、そもそも、当時の捜査技術では、指紋の検出は現代ほどの精度はなく、特に日本家屋での指紋検出は困難を極めていた。下山の遺体の本人確認のために、警察は下山の指紋を職場や家庭で散々探したが、なかなか見つけることができず、ようやく職場の下山の机のなかにあったガラス瓶から1個の指紋が検出できただけであった。従って、下山の自宅同様に、日本家屋の末広旅館で下山の指紋が残っている可能性が高かったのは、水を飲んだ茶碗だけであったが、現場検証が行われたのは、下山滞在から数日後であり、茶碗は既に水洗いされていたので指紋は検出できなかった。
下山失踪当日の午後15時30分には公開捜査に切り替えられて、NHKの臨時ラジオニュースで下山行方不明が報じられ、午後16時には、国家警察本部、警視庁などによる、隣接県にまたがる広域捜査が開始、下山の服装や人相などの資料を持った多数の警察官が下山を探していたが、現場付近では午後23時30分過ぎまで下山と思しき人物がうろついており、これが下山の替え玉であれば、長時間に渡って警察官や、ラジオを聞いた地元住民に発見される危険性を敢えて冒していることになってしまう。
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東大法医学教室による「死後轢断」の鑑定に加えて、「下山油」の存在が他殺説の拠り所とされており、他殺説主張者からは自殺を完全否定する自殺説の泣き所とまで評価されている。東大法医学教室や朝日新聞記者矢田の主張では、下山の衣服に付着していた「下山油」は機関車には使用することはない植物油の糠油であり、下山は他の場所で殺害され、その際に「下山油」が衣服に付着したとされている。しかし、事件当時は鉱物油の品質が悪く、植物性の油と混合して性状を安定させるのが常態で、国鉄の蒸気機関車取り扱いマニュアルにも記載され、国鉄の各機関区にも植物性の油は常備されており、東大法医学教室が糠油のサンプルを収集した事業所のなかにも2か所の国鉄機関区が含まれていた。また、下山を轢断した機関車の整備担当であった国鉄整備士は、捜査一課の事情聴取に対して、事件当日に轢断した機関車に「潤滑油第5種（鉱物油）と大豆油（植物油）を半々で混合した混合油を給油した」と証言している。捜査当初は、東大法医学教室や矢田に加えて、東京地検や警視庁捜査二課二係も、その状況を無視して、「下山油」は国鉄で使用しないはずの糠油であるという誤った認識で、調査を続けていたが、警視庁捜査二課二係については、捜査の最終段階では糠油に拘ることはなく、室蘭の製鉄所の油まで調査を行ったが、下山油の捜査は何の成果も得ることはなく終了している。また、東大生産研究所第4部による、東大法医学教室の「下山油」鑑定結果の再検証では、「下山油」が糠油であるとは断定できないことや、先に下山の衣服を鑑定していた警視庁捜査第一課からは、東大法医学教室や矢田が主張しているほどの大量の油が付着していた事実はないなどの反論もされている。
事件現場はもともと視界が悪く、鉄道自殺が多い場所として有名であった。そこで地元住民が自殺を抑止するような立て札を立てようとしたが、国鉄としてそのような立て札を立てられるのは困るということで、その当時鉄道局長だった下山が、地元の住民との交渉に当たっており、下山は事件現場が自殺の名所と認識していた。また、下山は東京帝国大学のボート部に所属しており、練習場となっていた荒川放水路沿岸の事件現場付近には思い入れがあったことや、事件現場から遠く離れていない柴又の料理屋が行きつけであるなど、事件現場付近の土地勘は十分にあった。
元朝日新聞記者矢田の著書『謀殺・下山事件』初版出版時点の1973年でも、「自分が事件に関与した」や警察の捜査以外で「下山を目撃した」という証言は数多くあり、これらが全て真実だとすると、事件当日に下山が10人いたことになってしまう。そのため、証言を集めた当の矢田自身も「やっぱり首をかしげてしまう」と感想を述べていたほどで、証言の信ぴょう性は極めて低いものと思われる。そしてこういった証言は、下山事件他殺説の書籍が出版される度にさらに増えていくこととなっている。同様に、下山が殺害されたとの証言があったり、何らかの根拠に基づいて殺害現場と推定されている場所についても、ソビエト連邦の大使館内、赤羽にあったアメリカ軍東京兵器補給廠の施設内、葛飾区小菅の工場街のどこか、鈴木金属の工場、荒井工業の工場など多数挙げられており、信憑性は疑問視される。
他殺説主張者からは、下山がGHQに命じられた人員整理に抵抗したので、GHQから邪魔者扱いされて謀殺されたとも言われているが（詳細については#GHQ説参照）、そもそも国鉄の人員整理はGHQの指示により、下山が国鉄総裁就任前に施行された「行政機関職員定員法」で決まっていたものであって、下山に抵抗する余地などはなく、実際に下山は、7月2日の国労中央闘争委員会との会談では「これは占領軍の命令だから仕方がない」と言って交渉を打ち切っている。交渉を一方的に打ち切られた国労副委員長の鈴木も、下山の頑なな態度を見て「彼（下山）が人員整理に反対であったという証明はどこにもない」と後になって振り返っている。CTS局長のシャグノンが下山に迫っていたのは、人員整理の迅速さであったが、これはあくまでもシャグノンの独断であり、別に下山がGHQの方針に逆らっていたなどというわけではない。それに下山がGHQの方針に逆らっていたとしても、殺すまでもなく更迭すればいいだけである。
他殺説主張者からは、下山を謀殺したGHQが、真相隠しのために警察に捜査中止の圧力をかけたなどと言われているが、事実は全くの逆で、捜査の結果、自殺と公表しようとした捜査本部に待ったをかけたのがGHQもしくはその意向をくんだ日本政府であり、さらにはGHQと日本政府は捜査を継続するように警視庁に圧力をかけ続け、やむなく警視総監の田中は捜査継続を命じている。その後は、捜査陣容は縮小されたものの、捜査二課二係によって、事件翌年の1950年（昭和25年）7月まで1年間に渡って継続捜査が行われたが、何の成果も得られないまま警察の捜査は終了し、その後も検察庁が、警視庁からほぼすべての捜査資料を引き継ぐと、何の圧力を受けることもなく、殺人事件としての時効まで捜査を続け、その意欲を最高検察庁刑事部長が国会で証言するほどであったが、他殺を証明できるものは何も出てこなかった。
自殺説と他殺説 > 他殺説

日本政府は、首相の吉田以下、政治的な思惑もあって他殺と考えていた。特に日本政府の中で強硬に他殺を主張していたのが、官房長官の増田であった。当時の第3次吉田内閣のほぼ全閣僚が他殺と考えていたが、唯一、運輸大臣の大屋だけが「あれは自殺だよ」と反論したところ、増田は大屋に対して「そんなことを言っては大変だぞ。人命を軽く扱って、君はデカ（刑事）の経験でもあるのか？帝人のほうではうまくやっているらしいが、国務大臣はなりたてだし、つまらんことを言うもんじゃないよ」と叱りつけている。他殺説を信じる増田の圧力は内閣外にも及んでおり、上記の通り、増田は自殺説を紙面で展開していた毎日新聞を呼びつけて圧力をかけ、さらには、他殺捜査に有利になるよう、警視庁の人事にも介入しようと画策し、捜査本部にも「他殺捜査継続が望ましい」と圧力をかけている。
当時の日本政府の思惑は明らかで、この事件を共産勢力の抑制へ繋げようと考えており、法務総裁の殖田俊吉も下山事件に対し「共産党がこの種の暴力行為を行うとは信じない。しかし、万一このようなことがあれば、国民がこれに対抗するであろう」という談話を公表したが、慎重に言葉を選びながらも日本共産党に対する敵意をむき出しにしていた。首相の吉田も他殺と考えており、1951年1月25日に、日本国との平和条約の打ち合わせのために来日したジョン・フォスター・ダレス特使と会談したが、その際に下山事件の話となり、「1949年夏におきた国鉄総裁の暗殺事件は、韓国人によるものだと政府は断定したが､韓国へ逃亡したと思われる犯人を捕まえることはできなかった」と述べている。
GHQのG2部長チャールズ・ウィロビー少将も他殺と信じており、増田と同様に自殺説を展開するマスコミに不快感を示し、警視庁の捜査にも介入し、事件に関するいかなる論評も、捜査が他殺説に基づいて継続中であると公表するような圧力もかけた。さらに他殺説を証明するような有力な証言には秘密の賞金を出すことも検討している。ウィロビーは日本政府も他殺と考えていることを知っており、増田との面談の際に、警察に圧力をかけて他殺の方向で捜査を継続させていることを報告し、これで吉田首相も喜んでいると確信していると話している。しかし、この吉田とウィロビー自身が、後に下山の殺害に関与したと疑われることとなった。（詳細は#他殺説で事件への関与が疑われている組織 参照）
警察は他殺説で捜査を続けた捜査二課二係も事件翌年には捜査を終了していたのに対し、検察は殺人事件としての時効直前まで捜査を継続し、時効完成後も、事件当時の東京地検主任検事布施健（ロッキード事件時には検事総長）は、終生に渡って他殺と考え、独自に調査を続けて、作成した資料は700ページにもなった。
下山に近しい国鉄関係者の多くも他殺と考えていた。組織として他殺と考えていた国鉄は、1949年12月末まで事件に関する情報提供を懸賞金付きで広く求めていた。しかし、期限内に有益な情報の提供はなかった。副総裁であった加賀山は他殺を信じて疑わず、国鉄を退職して国会議員に転身した1959年（昭和34年）に、雑誌『日本』において、下山は左翼陣営に赤色テロで殺害されたという記事を寄稿した。（詳細は#赤色テロ説参照）他に、事件前日に下山と歓談した、のちに第6代の国鉄総裁となった磯崎叡や、失踪直前まで一緒だった下山の専属運転手大西も自殺を否定している。
他殺説の中で最も著名なのは松本清張が『日本の黒い霧』の中の一篇として著した「下山国鉄総裁謀殺論」である。清張は当時日本を支配していたGHQのアメリカ陸軍対敵諜報部隊（CIC）が事件に関わったと推理した。（詳細は#GHQ説参照）松本と同様に、作家の中では他殺説を信じる者が多かったようである。徳川夢声は下山との面識もあり、快活で自殺をするような人物ではないという印象から、下山怪死の第一報を聞いた時に他殺と直感し、その後の報道で確信し、犯人は国鉄労組内にいたと考えていた。ある雑誌に下山事件を他殺とする推理の記事を寄稿したところ、国鉄関係者から「あなたの推理は、ちょっとした事実誤認があるだけで、あとはその通りです」と褒められたという。徳川と懇意にしていた坂口安吾も他殺説であったが、坂口は下山は女性関係で殺害されたと考えていた。
本事件が時効を迎えると、松本をはじめとする有志が「下山事件研究会」を発足し、資料の収集と関係者からの聞き取りを行った。同研究会ではGHQの関与した他殺の可能性を指摘した。研究会の成果は、みすず書房から『資料・下山事件』として出版された。
大新聞の中では、朝日新聞と読売新聞が他殺説を報じた。朝日新聞記者の矢田喜美雄は、下山事件に深く関わり、東大法医学教室や東京地検と共に他殺説の立場から民間人ながら捜査にも関与したので、新聞記者仲間からは“下山男”という異名がつけられたほどであった。そして、1973年（昭和48年）、長年の取材の成果を『謀殺・下山事件』に収め、自殺説を否定するとともに取材の過程でGHQ内の防諜機関に命じられて死体を運んだとする人物に行き着いたとして、その人物とのやりとりを記載している。この本の出版記念会には下山の未亡人が駆け付けたほどに、下山の家族からも信頼されていた。
1999年（平成11年）に、『週刊朝日』誌上で「下山事件-50年後の真相」が連載されたが、同記事に関係した諸永裕司著『葬られた夏』や森達也著『下山事件（シモヤマ・ケース）』など、他殺説の立場での下山事件関係の書籍が次々と出版された。特にノンフィクション・冒険小説作家柴田哲孝は、親族から祖父が下山事件に関与したのではないかとの話を聞いたのをきっかけに、熱心な取材によって『下山事件-最後の証言-』を出版、同書は2006年の日本推理作家協会賞「評論その他の部門」を受章し、その後も精力的に下山事件関連書籍を執筆、21世紀になってからの下山事件他殺説を先導している。（詳細は#亜細亜産業説参照）
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下山の妻は、下山の失踪直後には、警察の事情聴取に対して、自殺と考えていたと話していたが、その後の東京地検金沢清検事からの事情聴取に対しては、「下山はいい家柄の出である」「健康状態は良好だった」「家庭内で異常はみられなかった」「極度におびえている様子はなかった」「仕事上の失敗はなかった」「遺体に不審点がある」という理由で自殺を否定している。この妻からの聴取によって東京地検は「自殺の決意、或るいは精神異常による自殺を確定的に裏付ける事実はない」と判断している。1989年（平成元年）に週刊新潮が下山の家族に追跡取材しているが、下山の子息の一人が既に故人となっていた母親を振り返って「オフクロは死ぬまで他殺を信じて疑わなかった」と述べている。そのため、下山家では下山の命日は他殺説での死亡日となる7月5日としていた。
下山の遺体の胃は空っぽであり、東大法医学教室の、数時間から十数時間食べ物を口にすることなく空腹で死亡したとの鑑定に対して、下山の妻や家族は、下山は幼い時から胃酸過多に悩まされて、空腹状態が続くと腹痛となることから、常に食べ物を口にしており、そんな下山が、死亡日当日に昼と夜の2食を自分の意思で抜かしたことは考えられないと指摘している。事件当日朝も、下山は普段と同じ朝7時に起床し、何ら変わったところはなく家族と朝食を食べ、朝食の席での話題は、名古屋大学に通学している長男が今夜帰省することで、下山は「今夜は、久しぶりに帰ってくるんだな」と嬉しそうに語りながら、味噌汁、お新香、半熟卵とご飯2膳を平らげるなど食欲も旺盛であった。そのため、下山は拉致された後に長時間に渡って、食べ物も与えられず監禁されていたのではと推定している。
国鉄副総裁の加賀山は、下山の死亡直前の状況について「状態は自殺しなければならん状態でもなんでもないんです。追いこまれていたわけでもない。やることはやる、断固と7月5日に（人員整理を）発表するということで、これは下山君百も承知なんです。もうニッチもサッチもいかないという状態じゃ絶対ない」と語っている。また、7月2日深夜に下山邸にシャグノンが押しかけて叱責されたときも、その後に加賀山に電話をした下山は、全く意に介するような感じもなく、笑いながらその時の様子を話して聞かせてくれたという。職員課長として、人員整理の最前線で下山と苦楽を共にしていた磯崎も「死の前夜、冷や酒で乾杯した時の上機嫌ぶりも忘れられない。また機関車課長や運転局長を経て総裁になった下山さんは、時に1人で機関庫に行き機関士たちと話しこむほどの機関車好きだった。そんな下山さんが自分の血で機関車を汚し、機関士に迷惑をかけるようなことをするはずがない」と語って自殺を否定している。
海外協会理事長、民族文化研究所所長鎌田沢一郎は、戦前より下山と交流があったが、太平洋戦争中の1943年（昭和18年）2月5日の衆議院本会議で首相の東條英機が、砂鉄にアルミニウムの粉を加えて着火すると砂鉄が純鉄に精製されるという日本式製鉄法で、日本が戦争中に鉄不足に陥ることはないと発言し、それを周囲が褒めたたえているのを見ていた下山が「あれは駄目ですよ。アルミニウムと酸化鉄を混ぜて火をつけると非常な高温となり、酸化アルミニウムと純鉄になるというのは昔からの常識で、別に奇想天外な発明でも何でもありません。アルミニウムの方が鉄よりも遥かに貴重で高価なのが問題で、この明瞭な科学的事実があるのに何であんなに大騒ぎするのか」と鎌田に呆れたように話したという。鎌田は、戦時中で東條への批判は厳しく取り締まられている時代であったのに、技術者らしく、東條ら当時の国会議員の非化学性を弾圧を恐れることもなく批判する下山の気骨に感心している。そのような下山の人物面を熟知していた鎌田は「普段の下山氏を知っている私としては決して自殺とは思えない」と主張し続けた。
下山は幼いころから、稚内から鹿児島までの駅名や時刻表を丸暗記していたほどの鉄道マニアで、日本国有鉄道に入社してからも機関車を愛していたので、自殺の手段に鉄道を選ぶはずはない。他殺説を主張する『下山事件（シモヤマ・ケース）』を出版した作家の森達也は、2004年に日本交通文化協会の要請で下山事件の公演を行ったが、聴衆には下山の次の国鉄総裁となった加賀山の子息や、下山存命時に国鉄に在籍していたOBも多数いた。公演後に森は国鉄OBの老人たちから囲まれて「貴方の本音を聞きたい。下山は自殺なのか、他殺なのか？」と質問され、「他殺と思います」と答えている。それを聞いていた国鉄OBたちは「国鉄の男は線路では絶対に死なない。なぜならその行為が、どれほど同僚や部下たちに迷惑をかけるか知っているからだ」としみじみと語ったという。
下山の千代田銀行本店（現：三菱UFJ銀行東京営業部）の貸金庫には、百円札の札束3束（3万円）、ドル紙幣5枚、株券、自宅の登記済証という貴重品の他に春画が1枚入っていた。それを知った下山の実弟は「自殺を決意して貸金庫に入った兄なら、性格からも身辺整理の意味からこんなものを残すはずがない」と断言している。
下山は、かねてよりいずれ公務員を辞して参議院選挙に出馬したいとの意向を周囲に語っていた。ただ下山は、同じ鉄道官僚出身で議員になった佐藤栄作と違い政治的バックボーンを持たなかったため、議員当選のためには「元国鉄総裁」という肩書が必要だったのではないかと推測される。つまり、下山は国鉄で大合理化さえ達成すれば役目は終わり、その後は国鉄を辞して参議院選挙に立候補し、元国鉄総裁というネームバリューと佐藤栄作や民主自由党のバックアップによって当選して参議院議員になるという計画があったとされ、事件直前に出版された雑誌『エコノミスト』1949年7月1日号の記事で「ラッキーボーイ」と呼ばれていた。明るい未来が約束されていたはずであった下山が自殺するはずがない。