ジェイアールバス関東土浦支店
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霞ヶ浦線（霞ヶ浦本線）
（本新開拓口 - 本新支所前 - 西代）※1979年4月廃止。
（姥神 - 野原 - 佐倉新田）※1979年4月廃止。
（阿波 - 須賀津）※1979年4月廃止。
（伊佐部 - 押砂）※1994年9月休止、1995年9月廃止。
（美浦トレセン前 - 小角 - 吹上）
土浦 → 美浦トレセン前 → 小角 → 吹上→ 江戸崎は2001年9月16日限りで廃止。
江戸崎 → 吹上 → 小角 → 美浦トレセン前 → 阿見坂下 → 土浦は2004年10月31日限りで廃止。
2000年7月24日限りで土浦駅 - 佐原駅 直通便を廃止。
（常陸幸田 - 西代 - 佐原駅）※2000年9月30日限りで廃止。桜東バスに路線移管。
2001年9月16日限りで土浦駅 - 美浦トレセン前止まりの系統を廃止。
2024年4月1日改正で、平日のみ土浦駅 - 美浦トレセン前間の区間便を1往復新設。約23年ぶりに設定。
（江戸崎 - 浦向 - 常陸幸田 - 阿波 - 下阿波 - 神宮寺 - 江戸崎）※2002年4月1日限りで廃止。桜東バスに路線移管。
2011年3月1日イオンモール土浦への直通便を廃止。
安中線
（木原 - 大山）※1986年8月31日限りで廃止。
（大谷 - 安中）※1991年3月休止、1992年3月廃止。
南平台線（君島線）
（霞台 - 阿見役場前）※1986年4月10日限りで廃止。
（竹来 - 竹来下）※1986年4月10日限りで廃止。
（追原辻 - 島津）※1986年4月10日限りで廃止。
（布佐橋 - 大形）※1990年3月休止、1991年3月廃止。
（土浦駅 → 美浦トレセン前）※2001年9月16日限りで廃止。美浦トレセン前 → 土浦駅は存続。
（江戸崎西高前 - 小角 - 吹上）
江戸崎西高 - 小角 - 江戸崎 2007年3月23日限りで廃止。
（土浦駅東口 - 三夜下）
土浦駅東口 - 工業団地前 2008年3月31日限りで廃止。
土浦駅発東京医大経由江戸崎行きを2023年8月1日改正で廃止。江戸崎発東京医大経由土浦駅行きは運行継続。
東京医大病院前経由、工業団地前経由、美浦トレセン始発を2023年10月1日改正で廃止。
（土浦駅 - 阿見坂下 - 曙町 - 竹来 - ガーデンシティ湖南（南平台） - 追原辻 - 君島 - 布佐橋 - 稲敷市役所 - 合同庁舎前 - 吹上 - 江戸崎総合高校前 - 江戸崎）南平台 - 江戸崎を2024年4月1日改正で廃止。土浦駅 - 南平台循環および区間便のみ運行継続（土休日は全便運休）。南平台線に名称変更。
浮島線
（浮島 - 浮島水泳場）※1982年1月31日限りで廃止。
（土浦駅 - 富士崎町 - 三夜下 - 大岩田 - 土浦三高下 - 霞ヶ浦高校前 - 阿見 - 竹来下 - 島津 - 木原 - 大谷 - 姥神 - 信太古渡 - 古渡 - 桜川庁舎 - 浮島）※2008年3月31日限りで廃止。稲敷市内区間をブルーバスに路線移管。
十余島線：一部区間を桜東バスに路線移管。
（神崎大橋 - 下総神崎）※1982年10月廃止。
（神埼農協前 - 神崎橋）※1982年10月廃止。
（神宮寺 - 高田須賀）※1990年3月休止、1991年3月廃止。
（常陸幸田 - 橋向 - 東役場前）※1995年9月30日限りで廃止。
（下阿波 - 甘田 - 水神）※1995年9月30日限りで廃止。
（脇川 - 神崎大橋 - 下橋向）※1995年9月30日限りで廃止。
美浦村竜ヶ崎線
（竜ヶ崎南高校 - 竜ヶ崎駅 - 羽原 - 正直 - 飯倉 - 布佐橋 - 美浦トレセン前 - 馬見山 - 木原）※2001年6月1日 茨城観光自動車から継承。2010年9月30日限りで廃止。なお、一部区間は関東鉄道による稲敷エリア広域バスで事実上復活している。
南筑波線
（古河駅 - 日赤入口 - 上辺見 - 女沼 - 駒羽根 - 西原山 - 久能 - 大綱 - 松本 - 若 - 常陸長塚 - 下妻上町 - 本宗道 - 吉沼 - 篠崎転向場 - 大穂支所前 - 常陸大曽根 - （テクノパーク桜） - 北柴崎 - 八竜神 - 常陸栄 - 虫掛橋 - 下虫掛）
（古河 - 古河西口）1970年10月廃止。
2001年2月19日 土浦 - 古河 直通便を廃止。バス停の名称変更（下大野十字路 → 総和郵便局前）。
2005年7月9日 テクノパーク桜への乗り入れ廃止（北柴崎 - 陽の見公園前 - 北柴崎）。
（篠崎転向場 - 下妻上町 - 松本）2006年4月1日廃止。
下虫掛 - 篠崎転向場間は2008年3月31日限りで廃止。古河駅方の古河駅 - 大綱間は古河営業所の東古河妻線として運行が継続されている。
東古河妻線（松本 - 下妻上町）2006年4月1日廃止。
東古河妻線（ユーセンター - 西町南）2013年9月1日廃止。
東古河妻線（トウペ前 -ジャパンパイル前）2013年9月1日廃止。
東古河妻線（大綱 - 松本）2016年3月26日廃止。
（土浦 - 川口町 - 亀城公園前 - 土浦一中前 - 千束町 - 田中町 - 下虫掛）
下虫掛 → 土浦は2014年4月7日廃止。土浦 → 下虫掛は2014年6月1日廃止。休校日運休のため、2014年5月30日最終運行。
山ノ荘線
（常陸寺前 - 東城寺 - ゆう・もあ村）※1997年3月廃止。
（土浦駅 - 亀城公園前 - 土浦一高前 - 土浦工業高校前 - 中並木 - 都和小学校前 - 中都公民館 - 粟野 - 永井 - 常陸寺前 - 道知 - 中都公民館）※2008年3月31日限りで廃止。
荒川沖駅東口 - （直行） - あみプレミアム・アウトレット ※関東鉄道と共同運行
2009年（平成21年）7月8日路線開業。運賃は通常片道530円(消費税率5%当時は500円)であるが、荒川沖駅からの乗車でアウトレット利用の乗客には運賃支払い時に復路分の利用券（往路利用時に乗務員に『アウトレット利用』と申告する）を渡していた。2017年11月1日より、ICカード割引を導入（大人530円→350円）。これに伴い、復路利用券の配布を終了。
2022年（令和4年）7月15日付でジェイアールバス関東のみ撤退。翌16日からは関東鉄道単独運行となり、これまでは通過していた住宅地や工業団地などの停留場を設ける形となる。
つくばセンター（TXつくば駅） → つくば学園局前 → 竹原西広場公園 → 竹園高校前 → イオンモール土浦
2009年（平成21年）5月22日路線開業。
2010年（平成22年）8月6日から1時間に1本程度に減便。
2011年（平成23年）3月1日より平日1往復に減便。およびイオンモール土浦発は竹園高校前、中央警察前、学園局前バス停を経由しなくなる。
時期不明 - バス停の名称変更（中央警察前 → 竹原西広場公園）。
2023年（令和5年）8月1日 - イオンモール土浦発つくばセンター行きの運行廃止。つくばセンター発イオンモール土浦行きは運行継続。
2023年（令和5年）10月1日 - 路線を廃止。
SuicaおよびPASMOが使用可能であった。SuicaおよびPASMOでの乗車の際、運賃が割引（つくばセンター - イオンモール土浦間 通常運賃360円→340円（消費税率5%当時は350円→320円））されていた。
【深夜バス】土浦リレー号
土浦駅東口 → 小岩田団地 → 右籾二区 → ひたち野うしく駅東口 ※土浦駅東口のみ乗車可能　※平日のみ運転
取手駅西口 → 藤代 → 龍ケ崎市駅入口 → 竜ヶ崎ニュータウン → かわはら台 → 牛久駅（牛久市） → 右籾二区 → 小岩田団地 → 土浦駅東口 ※藤代～土浦駅東口間は降車専用 ※平日のみ運転（金曜深夜および祝前日深夜は2便運行（祝前日を除く月～木曜日、土・休日は運休））、2便とも一般路線車で運行。
2007年（平成19年）10月1日 - 路線開業。
2008年（平成20年）4月1日 - 取手駅0:35発藤代行きを追加。
2008年（平成20年）7月1日 - 新たに牛久駅に停車。
2009年（平成21年）3月31日 - 取手駅0:35発藤代行きを廃止。
2009年（平成21年）5月22日 - Suica、PASMOでの支払いが可能となる。
2020年（令和2年）4月17日 - この日の深夜より当面の間運休（新型コロナウイルス感染拡大対策の影響）。
2021年（令和3年）8月2日 - この日の深夜より運転を再開。
2022年（令和4年）12月29日 - この日の深夜より再度運休。
2023年（令和5年）10月1日 - 路線を廃止。