キラ・ヤマト
劇中での活躍 > 機動戦士ガンダムSEED DESTINY

戦争が終わった後は、ラクスと共にオーブに渡り、カガリより貸与されたオーブ本島近海の島にあるアスハ邸でマルキオ導師と孤児たちと共に日々を過ごし、マリューやバルトフェルド、母カリダと一緒に暮らしていた。戦争による心の傷は深く、世捨て人同然に過ごしていた。ここまでがDESTINY開始までの経緯であり、前作より2年間このような生活をしていたという。
ザラ派残党によるテロ事件が起き、ユニウスセブンの破片が世界中に落下した時、ラクスとともに海辺で空を見上げていた。津波で建物が流されたためにオーブ本島に移住し、ラクスと共に慰霊碑へと訪れた際にシン・アスカと偶然出会っている。
その後、ラクスの命を狙った謎のコーディネイター部隊からの襲撃が起こり、キラはラクスたちを守るために再びフリーダムに乗ることを決意する。その後、オーブにも大西洋連邦との同盟に向けた不穏な動きが始まる。カガリもユウナ・ロマ・セイランと政略結婚させられることになるが、キラはフリーダムで結婚式に闖入し、カガリをアークエンジェルに連れ去る。アークエンジェルはそのままオーブを後にし、行方をくらます。
世界の情勢を見守る中、プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルがラクスの偽者（ミーア・キャンベル）を立てて、彼女を用いたプロパガンダを展開していることをニュースで知り、ラクス暗殺未遂の一件、またその時襲撃部隊が使用したMSがザフトの最新鋭の機体（アッシュ）であったことと関連して、高潔な為政者と評判の高いデュランダル議長に対して疑念を覚える。
オーブが地球軍の一国としての立場でザフトと戦うのを止めようとして、オーブ軍が合流した地球軍とザフト軍艦・ミネルバとの間の戦闘に武力介入し、両陣営に対してフリーダムの圧倒的な戦闘力を見せ付けて戦闘停止を働きかける。しかしこの介入の結果、議長の誘いを受けてザフトに復隊し、ミネルバに配属されていたアスランとの対立が深まり、後に再会して話し合うもついに噛み合わず、対立が今後決定されるままアスランと決別してしまう。
ラクスがプラントの様子を見てくると言った際には彼女の身を案じて強く反対したが、行かせて欲しいとお願いされる。その後にラクスとバルトフェルドが乗っているシャトルが墜とされそうになるが、そこにキラは駆けつけ、多くのモビルスーツを撃破し、僕も同行するとラクスに発言するが、彼女はキラ不在の間のカガリらを心配して押し留める。それでも渋るキラにラクスは必ず帰ってきますあなたの元へ、バルトフェルドは俺が命懸けで守ると約束した為、アークエンジェルとともに地上に残る。
アスランとの二回目の対立がクレタ海域での戦いにて行われ、アスランは再度戦闘に介入したキラに襲い掛かり、対するキラはカガリの気持ちに少しも理解を示そうとしないアスランに怒りをぶつけて彼のセイバーを破壊した。その後ベルリンでは、ステラ・ルーシェの搭乗するデストロイを止めるべく出撃するが、ステラを説得して止めようと割って入ったシンと小競り合いになる。ステラも一度はシンの説得により戦闘を止めたものの、目の前でネオを撃墜したフリーダムが視界に入ったことによる恐怖で再び暴走。やむを得ずキラは発射寸前のデストロイのビーム砲を攻撃して発射を止め、機体の誘爆によってステラは戦死する。これによりフリーダムは決定的にシンの怒りを買うことになった。
ザフトのエンジェルダウン作戦において、カガリおよびムラサメ隊を無事オーブへ届けることを最優先としたキラは、海へと退却するアークエンジェルを守るために殿（しんがり）を務め、単騎ミネルバ隊に応戦した。しかし、事前に対フリーダム戦の研究とシミュレーションを重ねた上で、インパルスの特性を徹底的に活用して向かってくるシンのトリッキーな戦術と不殺である戦い方を見極められて、最後は逃走される前にビームブーメランで大きく作った隙を狙らわれ、遂には撃墜されてしまう。フリーダムの原子炉を封鎖したためコックピットは助かり、キラは海中で辛うじてカガリに救助される。その後、キラの撃墜をきっかけにザフトを脱走したアスランとアークエンジェルの医務室で再会し、再度和解を果たしている。
宇宙でラクスが危機に陥った時は、彼女を助けるべくカガリに借りたストライクルージュを性能面でかつての自分が乗っていた扱いやすいストライク仕様にしてブースターを付けて駆けつけている。エターナル艦内でラクスから新たな乗機・ストライクフリーダムを受け取ると今までのストライクやフリーダムと同様にOSを瞬時に調整して出撃、わずか2分で追撃するザフト軍を全て退ける。ザフトによるオーブ侵攻戦の最中、宇宙から戦場に降り立ち、シンのデスティニーに追い詰められていたカガリのアカツキの危機を救う。その際、新しい機体の能力を遺憾なく発揮し、デスティニーを圧倒する戦闘力を見せる。特にデスティニー戦はシンのインパルスに先代フリーダムを撃墜された反省から戦法をコックピットを狙わない弱点を突かれて負けた敗因を克服し、敵のデスティニーがフェイズシフト装甲で実弾が通用しないことを利用し、積極的にコックピットに実弾のレールガンを命中させ挑発していて、シンが激高し「これがビームだったら、もう終わってるって、そう言いたいのかよ、あんたは！」と発言している。さらにデスティニーのビームライフル攻撃に対して胸部ビーム砲を発射してぶつけて迎撃している。
シンのデスティニーが補給のため一時撤退時も、ザフト軍主力量産機のグフイグナイテッド数機をまとめて戦闘不能にして撃退しオーブ防衛に貢献している。
シンのデスティニーが補給のために一時撤退した直後に、補給後にすぐデスティニーが再出撃してきてレイのレジェンドまで加わり、似た機体形状や同じ遺伝子を持つパイロットの雰囲気で、すぐにクルーゼのプロヴィデンスの再来であることを感じ取った。
デスティニーとレジェンドの挟撃により両機ともストライクフリーダムとは互角であるが、さすがに2機同時相手ではキラの腕をもってしても対処しきれず危機に陥るが、ケガをおして出撃したアスランのインフィニットジャスティスの加勢により窮地を脱する。その後戦闘終了と共に無理が祟りアスランが気絶した事により墜落しかけたインフィニットジャスティスを拾い上げ、無事にアークエンジェルに戻りアスランに治療を受けさせた。
オーブでの戦闘が終結すると、アークエンジェルはオーブ軍に正式に編入され、彼はアークエンジェルクルーの中では最も高い階級となる准将として任官を受ける。アークエンジェルは議長が行おうとしているデスティニープランを阻止するべく、再び宇宙に上がる。月の自由都市・コペルニクスにてラクスやアスラン、メイリン・ホークと束の間の休息中、ミーアから救いを求めるメッセージを受け取り、罠と知りながらも指定された場所へと赴く。待ち伏せしていた刺客は全て退けたものの、ミーアはラクスを庇って撃たれ、その場で彼女の死を見届ける。
レクイエム中継用コロニーの一つを攻撃した際にイザークらと共闘している。
最終決戦のメサイア攻防戦ではオーブ軍、ザフトクライン派と共に、デュランダルへと挑む。戦闘の最中、立ち塞がるレイの中に、キラはクルーゼと同じものを感じ取る。クルーゼと同じ憎しみ・怒りを向けてくるレイに対し対話と応戦を繰り返し、「その命は君だ、彼じゃない」と諭し動揺したレジェンドを戦闘不能に追い込む。
その後、ザフト軍宇宙要塞「メサイア」に決定打を与えた後で突入し、デュランダルと銃口を向け合う形で対峙し、互いの主張を戦わせた。両者は共に道を譲らなかったが、キラの言葉に明日を欲したレイがデュランダルを撃つ。その場に現れたタリア・グラディスからマリューへの伝言を託され、駆けつけたアスランと共に崩壊するメサイアから脱出した。
『FINAL PLUS』や『小説版』ではラクスと共にオーブへ訪れ、メサイア攻防戦を経て成長したシンとオノゴロ島の慰霊碑にて再会、和解している。
メサイア戦終了後、オーブ軍准将であると同時にザフト軍白服の資格も与えられて、プラントに渡っている。