ストライクウィッチーズ
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単行本は角川コミックス・エース（KADOKAWA）から刊行。
| タイトル> ストライクウィッチーズ 蒼空の乙女たち | 発売日> ストライクウィッチーズ 蒼空の乙女たち | ISBN> ストライクウィッチーズ 蒼空の乙女たち |
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 コンプエースVol.3からVol.5まで連載、かずみ善幸著。  扶桑皇国本土を舞台に、新型ストライカー開発に関わる新人ウィッチ達の活躍が描かれる予定だったが、わずか3話目にて打ち切りとなる。打ち切りとなった理由は「角川の方針にあわなかった」ためであると、作者であるかずみが自身のブログで述べている。
ストライクウィッチーズ 天空の乙女たち
 月刊コンプエース2008年3月号から2009年1月号まで連載、たなか友基著。  「2008STRIKE AGAIN!」「2008再始動!」として、テレビアニメ企画の進行に合わせ連載を開始した。  芳佳がウィッチ候補生として横須賀で訓練を受ける物で、直接501部隊に入隊したTVアニメ版とはストーリーが繋がらないパラレルワールド作品となっている。第2巻では舞台はTVアニメと同じ501部隊に移るものの、芳佳を追ってきた横須賀の面々との絡みが中心になっている。
| ストライクウィッチーズ 天空の乙女たち1 | 2008年7月26日 | ISBN 978-4-04-715083-6 |
| ストライクウィッチーズ 天空の乙女たち2 | 2008年12月26日 | ISBN 978-4-04-715152-9 |
ストライクウィッチーズ キミとつながる空
 娘TYPE Vol.3からVol.10まで連載、京極しん著。  テレビアニメ第2期の企画の進行に合わせ連載を開始した。  第1期と第2期をつなぐストーリーで、501部隊の解散後に各地に散ったウィッチたちのその後が描かれる。アニメ版以外のメディアで設定が紹介されたウィッチがゲストとして登場し、元501部隊のメンバーと絡むという構成になっている。
| ストライクウィッチーズ キミとつながる空 | 2010年9月25日 | ISBN 978-4-04-715539-8 |
ストライクウィッチーズ キミと絆のカタチ
 月刊コンプエース2010年7月号掲載、うろたん著。  テレビアニメ第2期の企画の進行に合わせ連載を開始した。  第1期より過去のストーリーで、まだ寄り合い所帯の色が濃い501部隊を精神的にまとめていく美緒の姿を、ペリーヌの視点を通して描く。  2010年10月の単行本発売もアナウンスされていたが、2010年8月号にて休載の告知が掲載されてから再開されず、第1話が掲載されたのみで事実上の打ち切り。
ストライクウィッチーズ零（ゼロ）1937 扶桑海事変
 娘TYPE Vol.13から2012年1月号まで連載、にんげん著。  二巻では限定版も発売され、トイズワークスにいてんご坂本美緒（12歳Ver.）が付属した。  扶桑海事変前後の扶桑皇国を舞台に美緒の過去を描く。  『ストライクウィッチーズ零 1939 皇国の魔女』は続編だが、そちらは第2話まで掲載後、休載が続き事実上の打ち切りになっている。
| ストライクウィッチーズ零 1937 扶桑海事変 | 2011年7月30日 | ISBN 978-4-04-715739-2 |
| ストライクウィッチーズ零 1937 扶桑海事変2 | 2012年2月10日 2012年1月26日（限定版） | ISBN 978-4-04-120123-7 ISBN 978-4-04-900814-2（限定版） |
ストライクウィッチーズ零（ゼロ）1939 皇国の魔女
 娘TYPE 2012年5月号・6月号まで連載、にんげん著。  『ストライクウィッチーズ零（ゼロ）1937 扶桑海事変』の続編。  2012年7月号にて「しばらく休載します」との知らせが掲載されてから再開されることなく、事実上の打ち切り。

ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ!
 4コマnanoエースVol.1からVol.18（2012年8月号増刊）まで連載、藤林真著。  501部隊の日常をコミカルに描いた4コマ漫画である。アニメ版と比べてキャラが著しく崩壊しており、ネウロイもほとんど登場しない。  本作以降も「○○部隊発進しますっ!」を銘打った続編が掲載されている。
| ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ!1 | 2012年3月3日 | ISBN 978-4-04-120189-3 |
| ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ!2 | 2012年10月26日 | ISBN 978-4-04-120505-1 |
ストライクウィッチーズ劇場版 501部隊発進しますっ!
 4コマnanoエース2013年1月号増刊から10月号増刊まで連載、藤林真著。  劇場版のストーリーをパロディ化した4コマ漫画である。ストーリー序盤のヴェネツィアの戦いの場面までが描かれていたが、4コマnanoエース休刊後は月刊少年エースに移籍し、2013年12月号より連載を再開していたが2016年2月号をもって最終回を迎え連載を終了した。
| ストライクウィッチーズ劇場版 501部隊発進しますっ!1 | 2014年3月20日 | ISBN 978-4-04-121050-5 |
| ストライクウィッチーズ劇場版 501部隊発進しますっ!2 | 2016年2月26日 | ISBN 978-4-04-103939-7 |
ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルト
 コンプエース編集部が編集する公式のアンソロジーコミック。収録作品の一つである「小ぃサーニャα（たちきヤマト著）」が、4コマnanoエースにてVol.1より連載した。 
| ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルト | 2010年9月25日 | ISBN 978-4-04-715524-4 |
| ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルト〜いっしょにできること〜 | 2011年2月26日 | ISBN 978-4-04-715627-2 |
| ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルト〜みんなでできること〜 | 2011年7月30日 | ISBN 978-4-04-715755-2 |
| ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルト〜もっといっしょにできること〜 | 2011年12月26日 | ISBN 978-4-04-120086-5 |
ストライクウィッチーズ 片翼の魔女たち
 月刊コンプエース2011年5月号から2012年8月号まで連載、しのづかあつと著。  テレビアニメ第1期より少し前の時系列からのワイト島分遣隊を描いた作品で、まとまりがないワイト島分遣隊の精神的支柱になってゆくウィルマの活躍を描く。
| ストライクウィッチーズ 片翼の魔女たち1 | 2012年1月26日 | ISBN 978-4-04-120087-2  |
| ストライクウィッチーズ 片翼の魔女たち2 | 2012年9月26日 | ISBN 978-4-04-120365-1 |
ストライクウィッチーズ 小ぃサーニャ
 月刊コンプエースで連載、たちきヤマト著。  ひょんなことから小さくなったサーニャと501部隊のコミカルパロディ漫画。元々は非公式の同人作品だったものが、公式漫画として登用された作品。  ロゴは本来のものと似ているが、文字の角が丸くなっていたり、中央を飛ぶウィッチのシルエットがSDサーニャになっている等「かわいさ」を表現したものになっている。
| ストライクウィッチーズ 小ぃサーニャ1 | 2012年2月26日 | ISBN 978-4-04-120172-5 |
| ストライクウィッチーズ 小ぃサーニャ2 | 2013年2月26日 | ISBN 978-4-04-120623-2 |
ストライクウィッチーズ 小ぃさいズ
 月刊コンプエース2013年5月号より2016年2月号まで連載、たちきヤマト著。  劇場版と同時間軸を舞台に501部隊の使い魔が人型となってしまったコミカルパロディ漫画である。
| ストライクウィッチーズ 小ぃさいズ | 2014年9月10日 | ISBN 978-4-04-102108-8 |
| ストライクウィッチーズ 小ぃさいズ2 | 2016年2月26日 | ISBN 978-4-04-103929-8 |
ストライクウィッチーズ オーロラの魔女
 娘TYPE2013年11月号より2014年12月号まで連載、京極しん著。  サーニャと出会う前のエイラとニパとの交流を描いた作品である。
| ストライクウィッチーズ オーロラの魔女1 | 2014年9月10日 | ISBN 978-4-04-102031-9 |
| ストライクウィッチーズ オーロラの魔女2 | 2015年3月10日 | ISBN 978-4-04-102884-1 |
ストライクウィッチーズ 第501統合戦闘航空団
 月刊少年エース2013年12月号より2016年3月号まで連載、水崎弘明著。  テレビアニメ第1期を第一話から最終回までを忠実にコミカライズされている。
| ストライクウィッチーズ 第501統合戦闘航空団1 | 2014年3月26日 | ISBN 978-4-04-121049-9 |
| ストライクウィッチーズ 第501統合戦闘航空団2 | 2014年9月10日 | ISBN 978-4-04-102109-5 |
| ストライクウィッチーズ 第501統合戦闘航空団3 | 2015年3月10日 | ISBN 978-4-04-102110-1 |
| ストライクウィッチーズ 第501統合戦闘航空団4 | 2016年2月26日 | ISBN 978-4-04-103938-0 |
ストライクウィッチーズ 紅の魔女たち
 月刊コンプティーク2014年3月号より2015年10月号まで連載、しのづかあつと著。  「赤ズボン隊」を擁する第504統合戦闘航空団と、そこへ新たに加入したドミニカ・S・ジェンタイルの活躍を描く。
| ストライクウィッチーズ 紅の魔女たち1 | 2014年9月10日 | ISBN 978-4-04-102111-8 |
| ストライクウィッチーズ 紅の魔女たち2 | 2015年3月10日 | ISBN 978-4-04-102112-5 |
| ストライクウィッチーズ 紅の魔女たち3 | 2015年11月10日 | ISBN 978-4-04-103583-2 |
ストライクウィッチーズ エーリカ・ハルトマン1941
 月刊コンプエース2016年5月号から11月号まで連載、槌居著。
| ストライクウィッチーズ エーリカ・ハルトマン1941 | 2016年9月26日 | ISBN 978-4-04-104794-1 |
ブレイブウィッチーズ 第502部隊発進しますっ!
 ヤングエースUP 2016年10月18日より2017年6月27日連載、藤林真著。  コメディ漫画『○○部隊発進しますっ!』シリーズのブレイブウィッチーズ版。
| ブレイブウィッチーズ 第502部隊発進しますっ! | 2017年7月4日 | ISBN 978-4-04-105891-6 |
ブレイブウィッチーズ 第502統合戦闘航空団
 単行本書き下ろし？2016年12月15日より2018年1月25日まで発売、櫛灘ゐるゑ著。
| ブレイブウィッチーズ 第502統合戦闘航空団1 | 2016年12月15日 | ISBN 978-4-04-104666-1 |
| ブレイブウィッチーズ 第502統合戦闘航空団2 | 2018年1月25日 | ISBN 978-4-04-104667-8 |
ブレイブウィッチーズ　公式コミックアラカルト
 コンプエース編集部が編集する公式のアンソロジーコミック。ストライクウィッチーズ 公式コミックアラカルトとの関係は薄い？ 
| ブレイブウィッチーズ 公式コミックアラカルト | 2016年12月26日 | ISBN 978-4-04-104886-3 |
ノーブルウィッチーズ 第506統合戦闘航空団
 月刊コンプエース2017年7月号から2018年11月号まで連載、南房秀久ストーリー原案、槌居著。
| ノーブルウィッチーズ 第506統合戦闘航空団1 | 2017年12月25日 | ISBN 978-4-04-106305-7 |
| ノーブルウィッチーズ 第506統合戦闘航空団2 | 2018年4月26日 | ISBN 978-4-04-106834-2 |
| ノーブルウィッチーズ 第506統合戦闘航空団3 | 2018年10月26日 | ISBN 978-4-04-107603-3 |
ブレイブウィッチーズPrequel オラーシャの大地
 娘TYPE 2017年3月号より2017年4月号、コミックNewtype 2017年4月7日から2018年10月19日まで連載、築地俊彦ストーリー原案、月並甲介著。
| ブレイブウィッチーズPrequel オラーシャの大地1 | 2017年11月24日 | ISBN 978-4-04-106299-9 |
| ブレイブウィッチーズPrequel オラーシャの大地2 | 2018年11月26日 | ISBN 978-4-04-107591-3 |
ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ!続
 ヤングエースUP 2018年12月11日より2019年7月2日まで連載、藤林真著。  劇場版よりさらに先の時間軸となっている。
| ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ!続 | 2019年7月26日 | ISBN 978-4-04-108243-0 |
ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ! ROAD to BERLIN
 ヤングエースUP 2021年1月10日から2月10日まで連載（2話まで掲載後、更新未定で実質打ち切り）、藤林真著。