長崎県の市町村旗一覧
廃止された市町村旗

| 市郡 | 町村 | 市町村章 | 制定有無 | 制定日 | 廃止日 | 旗の色 | 備考 |
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| 西彼杵郡 | 高島町 |  | あり | 1969年 | 1996年12月2日 | 地色は藤色であり、紋章は白色が指定されている |  |
| 壱岐郡 | 郷ノ浦町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 壱岐郡 | 勝本町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 壱岐郡 | 芦辺町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 壱岐郡 | 石田町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 下県郡 | 厳原町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 下県郡 | 美津島町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 下県郡 | 豊玉町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 上県郡 | 峰町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 上県郡 | 上県町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 上県郡 | 上対馬町 |  | なし | なし | 2004年3月1日 | - |  |
| 福江市 |  |  | なし | なし | 2004年8月1日 | 地色は白色であり、紋章は赤色が指定されている |  |
| 南松浦郡 | 富江町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 玉之浦町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 三井楽町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 岐宿町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | 地色は緑色であり、紋章は赤色が指定されている |  |
| 南松浦郡 | 奈留町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 若松町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 上五島町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | 地色は緑色であり、紋章は黄色が指定されている |  |
| 南松浦郡 | 新魚目町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 有川町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 南松浦郡 | 奈良尾町 |  | なし | なし | 2004年8月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 香焼町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 伊王島町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 高島町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 野母崎町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 三和町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 外海町 |  | なし | なし | 2005年1月4日 | - |  |
| 諫早市 |  |  | あり | 1940年10月28日 | 2005年3月31日 | 地色は白色であり、紋章は濃紺色が指定されている |  |
| 西彼杵郡 | 多良見町 |  | なし | なし | 2005年3月31日 | - |  |
| 北高来郡 | 森山町 |  | なし | なし | 2005年3月31日 | - |  |
| 北高来郡 | 飯盛町 |  | なし | なし | 2005年3月31日 | - |  |
| 北高来郡 | 高来町 |  | なし | なし | 2005年3月31日 | - |  |
| 北高来郡 | 小長井町 |  | なし | なし | 2005年3月31日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 西彼町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 西海町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 大島町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 崎戸町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 大瀬戸町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 北松浦郡 | 吉井町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 北松浦郡 | 世知原町 |  | なし | なし | 2005年4月1日 | - |  |
| 平戸市 |  |  | なし | なし | 2005年10月1日 | 地色は白色であり、円は紫色・紋章は黄色が指定されている | 初代の市旗である |
| 北松浦郡 | 田平町 |  | なし | なし | 2005年10月1日 | - |  |
| 北松浦郡 | 生月町 |  | なし | なし | 2005年10月1日 | - |  |
| 北松浦郡 | 大島村 |  | なし | なし | 2005年10月1日 | 地色はコバルトブルー色であり、紋章は黄金色、その周辺は白色が指定されている |  |
| 南高来郡 | 国見町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | 地色は茶色であり、紋章は橙色が指定されている |  |
| 南高来郡 | 瑞穂町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 吾妻町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 愛野町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 千々石町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 小浜町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 南串山町 |  | なし | なし | 2005年10月11日 | - |  |
| 南高来郡 | 有明町 |  | なし | なし | 2006年1月1日 | - |  |
| 松浦市 |  |  | あり | 1955年12月26日 | 2006年1月1日 | 地色は青色であり、紋章は白色が指定されている | 初代の市旗である |
| 北松浦郡 | 福島町 |  | なし | なし | 2006年1月1日 | - |  |
| 北松浦郡 | 鷹島町 |  | なし | なし | 2006年1月1日 | - |  |
| 西彼杵郡 | 琴海町 |  | なし | なし | 2006年1月4日 | - |  |
| 南高来郡 | 加津佐町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 口之津町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 南有馬町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 北有馬町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 西有家町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 有家町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 南高来郡 | 布津町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | 地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている |  |
| 南高来郡 | 深江町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 北松浦郡 | 宇久町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 北松浦郡 | 小佐々町 |  | なし | なし | 2006年3月31日 | - |  |
| 北松浦郡 | 江迎町 |  | なし | なし | 2010年3月31日 | - |  |
| 北松浦郡 | 鹿町町 |  | なし | なし | 2010年3月31日 | - |  |