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あらすじ > 宿命編（第5話 - 最終話）

山本の自殺現場の防犯カメラが使用不能であったことに違和感を覚えた野崎は、山本がテントのモニターであることを知る乃木を怪しみ、FBIの捜査官ロバートに情報提供を依頼する。そして、乃木が高校時代に丹後隼人の名でアメリカの私立のミリタリースクールに留学し、首席で卒業した情報を掴むと、再度バルカに渡ってチンギスと共同捜査を行い、カメラの映像解析から、乃木が別班の工作員と確信する。帰国した野崎は乃木の経歴を調査し、京都府舞鶴市の養護施設で少年時代を送っていたこと、島根県奥出雲町で乃木家の家紋とテントのマークが酷似していることを確認する。また野崎は公安部長の佐野雄太郎に、乃木の父・卓がテントのリーダーで、組織のマークと乃木家の家紋が類似していると報告したところ、彼から卓は元公安部外事1課と明かされる。
そのころ、乃木はウランバートルに潜伏していたアリを脅迫し、テントの創設者ノゴーン・ベキが、自分の父・乃木卓である真相に辿り着く。サウジアラビアのホテルで半生を振り返る乃木は、もう一人の人格Fから父・卓を「家族」として受け入れるか「日本を脅かす敵」として排除するかの選択を迫られる。
1億円で保釈され黒須から国防の任務を受けた太田は、アリから入手した通信暗号キーでテントのサーバー解析を試みるが、黒須を山本の仲間と疑い、パスワードロックを仕掛け自決しようとする。乃木と黒須は山本排除の証拠を示し誤解を解き、データを入手する。
別班の司令・櫻井里美は国家危機を防ぐため、経済産業省主催の風力発電事業入札会場に乃木や黒須ら6名の精鋭部隊を招集する。テントの通信記録の解析から、ロシアの反政府組織ヴォスタニアとテントのナンバー2・ノコルが、3月27日にバルカのロシア国境付近で会合すると判明し、乃木をリーダーとした別班の精鋭部隊はバルカへと渡る。そして乃木たちはヴォスタニアの兵士たちを奇襲し、彼らに成りすましてテントと接触し、ノコルを捕らえるが、乃木は突如他の別班員を狙撃し、「自分はベキの息子だ」と告白。警察が駆け付ける中でノコルは、乃木と負傷した黒須をテントのアジトへと連行する。
牢に収容された黒須は、父親のベキに会いたい一心で仲間を攻撃したと告白する乃木に激昂し、仲間や祖国を裏切った彼を糾弾するが、その時、テントのリーダー・ベキが姿を現し、乃木は40年ぶりに父と再会する。ベキは別班を裏切った証に、乃木に黒須の射殺を命じる。乃木は黒須を撃ち損じ弾切れを起こすが、乃木に銃撃された他の別班員は全員死亡し、彼らの棺が航空機に搭載されたという一報が入り、ベキは乃木を制止する。
ポリグラフ検査機（ウソ発見器）を使うノコルに別班の情報を尋問された乃木は、ベキから幼少期の話を求められ、息子と別れた状況と一致したことからDNA検査が命じられる。検査の結果、乃木はベキの息子・憂助と判明し、黒須は別の場所へと連行される。乃木は様々な知識を試されIQ137と判明すると、ベキは彼を利用するためテントの裏帳簿を開示。その裏帳簿から、テントが運営する民間軍事会社が金銭目的でテロ活動や犯罪を請け負い、その収益が複数の孤児院の運営費に充てられていたことが判明する。
孤児院の一つで院長の横領を看破し、ベキから信頼を得てノコルと同じ純白のデールを授けられた乃木は、ノコルに資源開発会社ムルーデルの経費削減を命じられる。収支報告から、乃木はテントが3年前からバルカ北西部の土地購入のため、大規模なテロを請け負うようになったと知る。
バルカ北西部の土地買収にテントの活動の秘密があると調査する乃木は、ベキから地震で発生した地割れの200メートル地下に純度99パーセントのフローライトの鉱脈を発見したことを告げられ、政府や外資よりも先に土地を入手し、採掘資源の売却益で孤児院を運営する計画を明かされる。乃木は、別班の資金調達を賄う黒須が所持する企業の機密情報を使い、テロ活動ではなく信用取引で土地買収の費用を調達することを進言し、ベキの要望に応え、資金の調達に成功する。
乃木は本当の家族となる理解を深めるため、テントの歴史を尋ねる。ベキは妻の明美との出会いからテントが創設された経緯を語り始め、過去に公安や日本を恨んだが、その復讐にテロの最終標的を日本とする意図はないと乃木に告げる。
そんな中、テントの上層部と採掘の共同出資者であるノコルの親友・ゴビだけが知るはずのフローライトの鉱脈が、バルカの国土交通省に漏洩していたことが判明する。ノコルたちは乃木の出現を境に情報が漏洩し、また、乃木が始末したはずの4名の別班員が日本でリハビリを受けていると判明したことから、乃木と黒須を縛り上げ尋問する。別班の任務としてテントに来たのかと問うベキに、Fは言うなと制止するも、乃木はそれを認める。息子の裏切りに、ベキは刀を振り下ろす。
だがベキは乃木を殺すことなく縄を斬り、拘束を解くように指示する。一同は驚き、なぜ裏切り者を助けるのかとノコルが問うと、ベキは乃木の特技から彼が味方をも欺きテントへ潜入捜査を行っていると見破り、乃木と黒須をわざと生かしていたと話す。バルカ渡航前、ベキの写真を見たジャミーンに「優しい人」と教えられたことでテントの本質を探る必要性を感じた乃木は、二重スパイとなるヒントを野崎に送り、潜入のため狙撃した別班員の治療を託していた。ベキに助力の意思を訪ねられた乃木と黒須は、テントがフローライトの採掘権を入手すればテロの請負をやめると考え、採掘権の獲得に別班として協力すると表明する。
外務大臣のワニズは、フローライトの採掘権の25パーセントを政府や技術提携したオリベ化学に分配すれば、採掘ノウハウと販売ルートを無償提供するとノコルに持ち掛ける。しかし契約が締結されると、ワニズは内通者のゴビを引き込み、政府・ベレール興産・オリベ化学の合計55パーセントの採掘権で政府主導の開発を主張する。しかし、事態を想定済みのノコルは、オリベ化学の判断を握る西岡を取り込み、合計60パーセントの採掘権を主張し権利を取り戻す。
ワニズはムルーデルとテントの関係を持ち出し、テロ組織が関与する開発を世界が認めるわけがなく、武力行使しても奪い取ると本性を現す。するとベキが現れ、バルカは宗教民族の違いを認め合い、国民に富が平等に渡るよう新たな一歩を踏み出すと宣言される。検事総長と法務大臣の力添えを得た孤児院出身のチンギスは、野崎が盗撮した西岡から裏金を受け取る映像を証拠に、ワニズを収賄教唆、強要の容疑で逮捕する。
野崎に西岡への交渉を依頼する交換条件に公安への投降を約束していたベキはテントの解体を宣言し日本に移送されるが、テントのモニターであった公安の新庄の手引きで逃亡する。ベキは40年前、バルカ内乱時に脱出用ヘリコプターを退避させた当時公安部外事課課長であった内閣官房副長官の上原史郎の邸宅を復讐のためバトラカ、ピヨと襲撃する。しかしそのことを察知した乃木は黒須をバルカに残して帰国し、上原邸に駆けつけて彼を狙撃。ベキは重傷を負いながらも、阻止した乃木に「お前は私の誇りだ」と言い残す。
上原殺害に用いようとした拳銃に弾丸が装填されていなかったと乃木から教えられたノコルは、彼は死を覚悟していたと明かす。ノコルは乃木にバルカにベキの墓を建てると語るが、乃木は「皇天親無く惟徳を是輔く」と告げ、花を手向けるのはまだ先にすると答える。そのころ上原邸は突然の火災により全焼するが、野崎は上原に対し上原邸から美術品が引き上げられ、昨夜の自邸の火災はベキたちが焼身自殺を図ったことにされているので、口裏を合わせるよう要請していた。
任務を終え乃木は神田明神に帰還すると、柚木とジャミーンに迎えられ抱き合うが、Fから別班の緊急招集の合図が出ていると教えられる。