高度好塩菌
分類

高度好塩性古細菌は16S rRNA遺伝子塩基配列による系統解析が行われる以前は、生息pH、菌の形状、低張液への耐性、糖脂質の種類などによって分類されていた。分類は整然としていたが、分子生物学的手法が用いられることにより、かつては6属と考えられていた分類が30属以上にまで増加し、分離株も多くなると同時に系統樹は複雑になっていった。2018年1月現在、学名として正式に発表されている高度好塩性古細菌は以下の60属250種である。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiologyに発表されておらず、16S rRNA遺伝子塩基配列登録時に属種名が付けられているものがあるが、これは学名として正式なものではない。古細菌の命名法については国際細菌命名規約を参照のこと。また、2015年にGuptaらにより、Halobacteria綱の再分類に関して報告され、2016年にHalobacteria綱は3目3科となったが、この分類は表現型、16S rRNA遺伝子およびrpoB' 遺伝子解析による系統解析との矛盾もある。2016年に、再度Guptaらにより、再分類案が提唱されているが上記同様の矛盾や、Halogranum属がHaloferacaceae科、Halorubraceae科の2科に渡っているなど問題が多い。
Archaea ドメイン
Euryarchaeota 門
Halobacteria 綱
Haladaptatus 属 [Hap .]
Haladaptatus cibarius
Haladaptatus litoreus
Haladaptatus pallidirubidus
Haladaptatus paucihalophilus (Type species)
Halalkalicoccus 属 [Hac .]
Halalkalicoccus jeotgali
Halalkalicoccus paucihalophilus
Halalkalicoccus tibetensis (Type species)
"Halalkalicoccus subterraneus" (Antonie Van Leeuwenhoek. 2019 Feb 1. doi: 10.1007/s10482-019-01241-3. [Epub ahead of print])
Halanaeroarchaeum 属 [Haa .]
Halanaeroarchaeum sulfurireducens (Type species)
Halapricum 属 [Hpr .]
Halapricum salinum (Type species)
Halarchaeum 属 [Hla .]
Halarchaeum acidiphilum (Type species)
Halarchaeum grantii
Halarchaeum nitratireducens
Halarchaeum rubridurum
Halarchaeum salinum
Halarchaeum solikamskense
Haloarchaeobius 属 [Hab .]
Haloarchaeobius amylolyticus
Haloarchaeobius baliensis
Haloarchaeobius iranensis (Type species)
Haloarchaeobius litoreus
Haloarchaeobius salinus
Haloarcula 属 [Har .]
Haloarcula amylolytica
Haloarcula argentinensis
Haloarcula hispanica
Haloarcula japonica
Haloarcula marismortui
Haloarcula quadrata
Haloarcula salaria
"Haloarcula sebkhae" (Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Jan 10. doi: 10.1099/ijsem.0.003211. [Epub ahead of print])
Haloarcula tradensis
"Haloarcula taiwanensis"
Haloarcula vallismortis (Type species)
Halobacterium 属 [Hbt .] (Type genus)
Halobacterium jilantaiense
Halobacterium noricense
Halobacterium litoreum
"Halobacterium piscisalsi" (subjective junior synonym of Halobacterium salinarum)
Halobacterium ruburm
Halobacterium salinarum (Type species)
Halobaculum 属 [Hbl .]
Halobaculum gomorrense (Type species)
Halobaculum magnesiiphilum
Halobaculum roseum
Halobellus 属 [Hbs .]
Halobellus clavatus (Type species)
Halobellus inordinatus
Halobellus limi
Halobellus litoreus
Halobellus ramosii
Halobellus rarus
Halobellus rufus
Halobellus salinus
Halobiforma 属 [Hbf .]
Halobiforma haloterrestris (Type species)
Halobiforma lacisalsi
Halobiforma nitratireducens
Halobium 属 [Hbm .]
Halobium palmae (Type species)
Halobium salinum
Halocalculus 属 [Hcl .]
Halocalculus aciditolerans (Type species)
Halococcus 属 [Hcc .]
Halococcus agarilyticus
Halococcus dombrowskii
Halococcus hamelinensis
Halococcus morrhuae (Type species)
Halococcus qingdaonensis
Halococcus saccharolyticus
Halococcus salifodinae
Halococcus salsus
Halococcus sediminicola
Halococcus thailandensis
Halodesulfurarchaeum 属 [Hda .]
Halodesulfurarchaeum formicicum
Haloferax 属 [Hfx .]
Haloferax alexandrinus
Haloferax chudinovii
Haloferax denitrificans
Haloferax elongans
Haloferax gibbonsii
Haloferax larsenii
Haloferax lucentense
"Haloferax lmassiliensis"
Haloferax mediterranei
Haloferax mucosum
Haloferax namakaokahaiae
Haloferax prahovense
Haloferax sulfurifontis
Haloferax volcanii (Type species)
Halogeometricum 属 [Hgm .]
Halogeometricum borinquense (Type species)
Halogeometricum limi
Halogeometricum pallidum
Halogeometricum rufum
Halogranum 属 [Hgn .]
Halogranum amylolyticum
Halogranum gelatinilyticum
Halogranum rubrum (Type species)
Halogranum salarium
Halohasta 属 [Hht .]
Halohasta litorea (Type species)
Halohasta litchfieldiae
Halolamina 属 [Hlm .]
Halolamina litorea
Halolamina pelagica (Type species)
Halolamina rubra
Halolamina salifodinae
Halolamina salina
Halolamina sediminis
Halomarina 属 [Hmr .]
Halomarina oriensis (Type species)
Halomarina rubra
Halomarina salina
Halomicroarcula 属 [Hma .]
Halomicroarcula limicola
Halomicroarcula pellucida (Type species)
Halomicroarcula salina
Halomicrobium 属 [Hmc .]
Halomicrobium katesii
Halomicrobium mukohataei (Type species)
Halomicrobium zhouii
Halonotius 属 [Hns .]
"Halonotius aquaticus" (Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Feb 21. doi: 10.1099/ijsem.0.003309. [Epub ahead of print])
Halonotius pteroides (Type species)
Haloparvum 属 [Hpv. ]
Haloparvum alkalitolerans
Haloparvum sedimenti (Type species)
Halopelagius 属 [Hpl .]
Halopelagius inordinatus (Type species)
Halopelagius fulvigenes
Halopelagius longus
Halopenitus 属 [Hpt .]
Halopenitus malekzadehii
Halopenitus persicus (Type species)
Halopenitus salinus
Halopiger 属 [Hpg .]
Halopiger aswanensis
Halopiger djelfimassiliensis
Halopiger goleimassiliensi
Halopiger salifodinae
Halopiger thermotolerans
Halopiger xanaduensis (Type species)
Haloplanus 属 [Hpn .]
Haloplanus aerogenes
Haloplanus litoreus
Haloplanus natans (Type species)
"Haloplanus rallus"  (Int J Syst Evol Microbiol.  2018 Aug 21. doi: 10.1099/ijsem.0.002970. [Epub ahead of print])
Haloplanus ruber
Haloplanus salinarum
Haloplanus salinus
Haloplanus vescus
Haloprofundus 属 [Hpd .]
"Haloprofundus halophilus" (Antonie Van Leeuwenhoek. 2018 Oct 13. doi: 10.1007/s10482-018-1186-6)
Haloprofundus marisrubri (Type species)
Haloquadratum 属 [Hqr .]
Haloquadratum walsbyi (Type species)
Halorhabdus 属 [Hrd .]
Halorhabdus tiamatea
Halorhabdus utahensis (Type species)
Halorhabdus rudnickae
Halorientalis 属 [Hos .]
Halorientalis brevis
"Halorientalis hydrocarbonoclasticus" (Extremophiles. 2017 Nov;21(6):1081-1090. doi: 10.1007/s00792-017-0968-5. Epub  2017 Oct 9.)
Halorientalis persicus
Halorientalis regularis (Type species)
Halorubellus 属 [Hrb .]
Halorubellus litoreus
Halorubellus salinus (Type species)
Halorubrum 属 [Hrr .]
Halorubrum aethiopicum
Halorubrum aidingense
Halorubrum alkaliphilum
Halorubrum aquaticum
Halorubrum arcis
Halorubrum californiense
"Halorubrum chaoviator"
Halorubrum cibi
Halorubrum coriense
"Halorubrum depositum" (Curr Microbiol. 2018 Jan 10. doi: 10.1007/s00284-018-1432-1)
Halorubrum distributum
Halorubrum ejinorense
Halorubrum ezzemoulense
Halorubrum gandharaense
"Halorubrum glutamatedens" (Curr Microbiol. 2018 Oct 13. doi: 10.1007/s00284-018-1583-0)
Halorubrum halodurans
Halorubrum halophilum
Halorubrum kocurii
Halorubrum lacusprofundi
Halorubrum laminariae
Halorubrum lipolyticum
Halorubrum litoreum
Halorubrum luteum
Halorubrum orientale
Halorubrum pallidum
Halorubrum persicum
Halorubrum rubrum
Halorubrum rutilum
Halorubrum saccharovorum (Type species)
Halorubrum salinum
Halorubrum salsamenti
Halorubrum sodomense
Halorubrum tebenquichense
Halorubrum terrestre
Halorubrum tibetense
Halorubrum trapanicum
Halorubrum trueperi
Halorubrum vacuolatum
Halorubrum xinjiangense
Halorubrum yunnanense
Halorussus 属 [Hrs .]
Halorussus amylolyticus
Halorussus rarus (Type species)
Halorussus ruber
Halorussus salinus
Halosiccatus" 属 [Hsc .]
Halosiccatus urmianus (Type species)
Halosimplex 属 [Hsx .]
Halosimplex carlsbadense (Type species)
Halosimplex litoreum
Halosimplex pelagicum
Halosimplex rubrum
Halostagnicola 属 [Hst .]
Halostagnicola alkaliphila
Halostagnicola bangensis
Halostagnicola kamekurae
Halostagnicola larsenii (Type species)
Halostella 属 [Hsl .]
Halostella salina (Type species)
Haloterrigena 属 [Htg .]
Haloterrigena daqingensis
Haloterrigena hispanica
Haloterrigena jeotgali
Haloterrigena mahii
Haloterrigena limicola
Haloterrigena longa
Haloterrigena saccharevitans
Haloterrigena salina
Haloterrigena thermotolerans
Haloterrigena turkmenica (Type species)
Halovarius 属 [Hvr .]
Halovarius luteus (Type species)
Halovenus 属 [Hvn .]
Halovenus aranensis (Type species)
Halovenus rubra
Halovenus salina
Halovivax 属 [Hvx .]
Halovivax asiaticus (Type species)
Halovivax cerinus
Halovivax limisalsi
Halovivax ruber
"Natrarchaeobius" 属 [Xxx .] (Syst Appl Microbiol. 2019 Jan 8. pii: S0723-2020(18)30438-7. doi: 10.1016/j.syapm.2019.01.001. [Epub ahead of print])
"Natrarchaeobius chitinivorans" (Type species)
"Natrarchaeobius halalkaliphilus"
Natrialba 属 [Nab .]
Natrialba aegyptiaca
Natrialba asiatica (Type species)
Natrialba chahannaoensis
Natrialba hulunbeirensis
Natrialba magadii
Natrialba taiwanensis
Natribaculum 属 [Nbl .]
Natribaculum breve (Type species)
Natribaculum longum
Natrinema 属 [Nnm .]
Natrinema altunense
Natrinema ejinorense
Natrinema gari
Natrinema pallidum
Natrinema pellirubrum (Type species)
Natrinema salaciae
Natrinema soli
"Natrinema thermophila" (Sci Rep. 2018 May 17;8(1):7777. doi: 10.1038/s41598-018-25887-7.)
Natrinema versiforme
Natronoarchaeum 属 [Nac .]
Natronoarchaeum mannanilyticum (Type species)
Natronoarchaeum persicum
Natronoarchaeum philippinense
Natronoarchaeum rubrum
Natronobacterium 属 [Nbt .]
Natronobacterium gregoryi (Type species)
Natronobacterium texcoconense
"Natronobiforma" 属 [Xxx .] (Syst Appl Microbiol. 2018 Jul;41(4):355-362. doi: 10.1016/j.syapm.2018.04.002. Epub 2018 Apr 27. Erratum in: Syst Appl Microbiol. 2018 Dec 11)
"Natronobiforma cellulositropha" (Type species)
Natronococcus 属 [Ncc .]
Natronococcus amylolyticus
Natronococcus jeotgali
Natronococcus occultus (Type species)
Natronococcus roseus
Natronolimnobius 属 [Nln .]
Natronolimnobius aegyptiacus
Natronolimnobius baerhuensis (Type species)
Natronolimnobius innermongolicus
Natronomonas 属 [Nmn .]
Natronomonas gomsonensis
Natronomonas moolapensis
Natronomonas pharaonis (Type species)
Natronorubrum 属 [Nrr .]
Natronorubrum aibiense
Natronorubrum bangense (Type species)
Natronorubrum sediminis
Natronorubrum sulfidifaciens
Natronorubrum texcoconense
Natronorubrum tibetense
Salarchaeum 属 [Sar .]
Salarchaeum japonicum (Type species)
Salinarchaeum 属 [Saa .]
Salinarchaeum chitinilyticum
Salinarchaeum laminariae (Type species)
Salinigranum 属 [Sgn .]
Salinigranum rubrum (Type species)
Salinigranum salinum
Salinirubellus 属 [Srb .]
Salinirubellus salinus (Type species)
Salinirubrum 属 [Srr .]
Salinirubrum litoreum (Type species)
Salinirussus 属 [Srs .]
Salinirussus salinus (Type species)
Saliphagus 属 [Spg .]
Saliphagus infecundisoli (Type species)
2013年10月、QuiらによりHalosarcina属はHalogeometricum 属に移行された。
"Halosarcina" 属 ["Hsn" .]→Halogeometricum 属
"Halosarcina limi"→Halogeometricum limi
"Halosarcina pallida"→Halogeometricum pallidum
また、上記以外にも種名を記載した論文があるが、IJSEM誌の規定（国際細菌命名規約）を満たしていない。
"Halorubrum sfaxense"→寄託なし、近縁種との比較実験が乏しい
"Candidatus Halobonum tyrrellensis→未同定。Draft genome解析のみ。
"Candidatus Haloectosymbiotes riaformosensis"→未培養。好塩繊毛虫Platynematum salinarumの外部共生菌。
"Halorubrum tropicale" V5株→ドラフトゲノム解析。
"Haloarcula rubripromontorii" SL3株→ドラフトゲノム解析。
"Halobacterium hubeiense" JI20-1株→ゲノム解析終了。未同定。
"Haloferax massiliensis" Arc-Hr株→MALDI-TOF MS spectrum解析、G+C含量、16S rRNA遺伝子解析。同定不十分。
Guptaらによる分類（属名のみ表記）
Halobacteriales 目
Halobacteriaceae 科 (Type genera: Halobacterium)
Haladaptatus, Halalkalicoccus, Haloarchaeobius, Halarchaeum, Halobacterium, Halocalculus,  Halorubellus, Halorussus,  "Halosiccatus", Halovenus, Natronoarchaeum, Natronomonas, Salarchaeum.
Haloarculaceae 科 (Type genera: Haloarcula)
Halapricum, Haloarcula, Halomicroarcula, Halomicrobium, Halorientalis, Halorhabdus, Halosimplex.
Halococcaceae 科 (Type genera: Halococcus)
Halococcus.
Haloferacales 目
Haloferacaceae 科 (Type genera: Haloferax)
Halabellus, Haloferax, Halogeometricum, (Halogranum), Halopelagius, Haloplanus, Haloquadratum, Halosarcina.
Halorubraceae 科 (Type genera: Halorubrum)
Halobaculum,  (Halogranum), Halohasta, Halolamina, Halonotius, Halopenitus,  Halorubrum, Salinigranum.
Natrialbales 目
Natrialbaceae 科 (Type genera: Natrialba)
Halobiforma, Halopiger, Halostagnicola, Haloterrigena, Halovarius, Halovivax, Natrialba, Natribaculum, Natronobacterium, Natronococcus, Natronolimnobius, Natronorubrum, Salinarchaeum.