反ユダヤ主義
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→「ホロコースト」および「強制収容所」を参照
1941年3月、ヒトラーがユダヤ人と共産主義者の絶滅を命じた。
6月、ドイツはバルバロッサ作戦によってソ連侵攻を開始した。SS長官ヒムラーは共産主義者とユダヤ人の除去を目的として、アインザッツグルッペンを編成した。アインザッツグルッペンは軍事制圧が完了すると、人種別の住民登録を行い、ユダヤ人は外縁部で銃殺された。しかし、大量銃殺は兵士に精神的重圧をもたらし、またレースラー少佐や帝国弁務官ローゼはユダヤ人の大量銃殺に抗議した。やがてドイツ占領化のロシアやユーゴスラヴィアでは、トラックの排気口からの一酸化炭素を車内に送り込むガストラックが導入された。
また、ヒムラーは同6月にSS中佐ルドルフ・フェルディナント・ヘスにアウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所の建設を命じた。ヘスは陸軍の消毒剤ツィクロンBの使用を考案し、死体焼却炉も建設した。ヘスは「人道的な配慮」から、収容者に害虫駆除の処置を受けると思わせるよう、カポに脱衣場で自分の衣服の番号を覚えておくように言い渡し、また砂石でできた石鹸を収容者に渡した。フランス、ハンガリー、ポーランドのユダヤ人、ジプシーが収容されたアウシュヴィッツでは、ユダヤ人医者、化学者、音楽家は保護され、オーケストラも組織された。1944年10月6日、死体焼却炉のユダヤ人作業部隊が、ウニオーン弾薬工場で働いていた女性ユダヤ人が持ち帰った爆薬を集めて作った小さなダイナマイトによって死体焼却炉三号機を爆破し、4人のSS隊員を殺害した。ジプシーは人種的には「アーリア人」だったが「非社会的存在」であったため、2万人が収容された。ヘスはジプシーを気に入り「家族収容所」を特設したが、1944年夏にヒムラーがジプシー全員の処分を命じた。
1941年10月-11月、ドイツのユダヤ人7万人が東方移送されるが輸送の故障で数ヶ月休止された。ユダヤ人はウッチ、リガ、ベラルーシのミンスク・ゲットーに収容された。ミンスクでは、ベラルーシ総弁務官のヴィルヘルム・クーべが収容者にはアーリア人が含まれていると友人ローゼに憤慨しているが、1942年7月28・29日に約1万人のユダヤ人が殺害された。
1941年12月、ポーランドで最初の絶滅収容所ヘウムノ強制収容所が作動した。ヘウムノのガス室は可動式荷台で、一度に40人ずつガス殺害し、死体は近隣の森に処分され、犠牲者は15万から25万とされる。
1942年1月20日のヴァンゼー会議でラインハルト・ハイドリヒ警察大将は「ヨーロッパのドイツ勢力圏におけるユダヤ人問題の全面的解決のために組織的及び実務的及び物質的観点からみて必要なあらゆる準備を行う」こと、および「ユダヤ人問題の最終的解決を実行するための組織的・実際的・物質的準備措置に関する全体的計画」を委任されたと宣言し、ボヘミアとモラヴィア保護領を含め帝国領からユダヤ人は一掃され、東方で労働奉仕を行うが自然淘汰されるだろう、生き残りについてはしかるべき処理すると述べた。また「アーリアの血」混入割合については、プロイセン貴族が富裕ユダヤ人と婚姻関係を結んできた歴史もあり、ドイツ有力者のなかにもユダヤ人の祖父母を有する者が多数存在したため、会議に出席していたヴィルヘルム・シュトゥッカート内務省次官はセム化50%以上の混血者も生かして、避妊処置を施すという案を出し、ヨーゼフ・ビューラーポーランド総督府代表はポーランドは「感染の中心源」なので優先してほしいと提言した。
1942年3月にベウジェツ強制収容所、同5月にソビボル強制収容所、同7月にトレブリンカ強制収容所の三大絶滅収容所が作動開始した。三大絶滅収容所はポーランド地区親衛隊及び警察指導者オディロ・グロボツニクが管轄し、ウクライナの補佐役集団の下、大量殺害が遂行された。収容者は建前上「労働収容所」また「ユダヤ自治領」に移送されることになっており、収容所には「自治区入り口」「シナゴーグ」といった標識が掲げられていた。ユダヤ人の衣類は、ドイツ人の貧民層に配布されるために回収された。ベウジェツではガス室が6つあり、一日に5千人を処理できた。ソビボルではユダヤ人が反乱を起こして、数人の看守を殺害した。ユダヤ人、ロシア人戦争捕虜を含めて犠牲者は25万人とされる。トレブリンカにはガス室が10数個あり、ユダヤ人犠牲者は70万人とされる。
マイダネク収容所は労働キャンプだったが、1942年夏にガス室が設置され、ツィクロンBも使われ、犠牲者は12万5千人とされていた、最新の調査では、マイダネクの死亡者は相当少ない事が判明しており、（ニュルンベルク裁判時はマイダネクだけで150万人が殺害されたと検察側は主張していた）2023年12月現在の時点で7万8千人程度（ユダヤ人は6万人程度）と大幅に下方修正して推定されている。マイダネクはニュルンベルク裁判時から約95パーセント減っている。テレージエンシュタット強制収容所には過去の功績が認められたユダヤ人が収容され、国際赤十字社の視察団に公開して、人道的な扱いをしていると印象づけるために用いられた。ヒムラーは1943年10月にSS指導者を前に、諸君は死体の山積みを見てきたが、いくつかの弱い例外を除いて「皆、まともな人間であり続けた」「これによってわれわれは屈強なる人間になった」と述べた。
ドイツと同盟したブルガリアは総人口5万人の内2万人をドイツに引き渡したが、政治家や聖職者によって抗議され一部しか実行されなかった。ドイツ占領下のギリシャでもユダヤ人は収容所に送られた。ルーマニアには70万人のユダヤ人がいたが、旧ルーマニア王国領内のユダヤ人は保護された一方で、1918年に併合されたベッサラビア州とブコビナ州のユダヤ人30万人は占領下ソヴィエト内のトランスニストリアに移動され、ポグロムの犠牲となった。ハンガリーでは1938年、厳格な反ユダヤ法が導入されたが、ホルティ提督はドイツの内政交渉を嫌った。1944年3月、ドイツのハンガリー統治が始まり、アイヒマンが現地入りした。1944年4月から6月にかけて45万人のユダヤ人が移送され、7月にはブダペストのユダヤ人20万人が移送予定だったが、連合軍のノルマンディー上陸によって実現されなかった。
オトマル・フォン・フェアシューアは1943年に「ドイツの人種帝国の最高指導者」のヒトラーについて「遺伝生物学および優生学のデータから国家の行動の指導原理をつくった最初の政治家」と称賛した。
神学者カール・バルトはナチスを批判したが、1944年7月に「われわれは概してユダヤ人が好きではない。それゆえに人類への普遍的な愛を彼らに傾けることは容易ではない」と講演で述べた。
計画されたが実現されなかったものとしては、スラブ人政策やユダヤ人をマダガスカル島に移送するマダガスカル計画などがある。スラブ人政策については、ポーランド占領直後の1939年11月に東部占領担当官アルファート・ヴェッツェル博士は、ポーランドの非ドイツ人をゲルマン化するために、組合、クラブ、ポーランド料理店、カフェ、劇場、映画館を閉鎖し、ポーランド語新聞や書物、ラジオの禁止を計画し、さらに1942年4月にロシアには「原始的なヨーロッパ亜種」しか受け入れないし、ドイツ人とは隔離して支配するとした。司法相オットー・ティーラックは、ゲルマン的類型を示す人間以外のポーランド人とロシア人は純粋単純に絶滅させると意図した。また、17歳から45歳までのイギリス人男性を全員大陸に移住させる計画や、フランスに対してはブルゴーニュとブルターニュを保護国として切り離し残りを「ガリア」として「15世紀の国境線」を再現すると計画した。これはフランス革命への憎悪のためとされる。
こうしてナチスによる「ユダヤ人問題の最終的解決」を目的としたユダヤ人政策によって、ヨーロッパの各地のユダヤ人が絶滅収容所等で大量虐殺の被害にあった。これは「ホロコースト」と呼ばれている。
1945年3月19日、ヒトラーはドイツの軍事施設の破壊を命じ、シュペーアに「よきものは滅びる運命にある」と述べた。