サバ州における州外からの襲撃
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元マレーシア首相であるマハティール・ビン・モハマドはサバ州政府に対し、テロリストの侵入を防ぐため水上の村落に居住している住民を別の場所に再定住させるよう提案した。彼は不法入国者が水上の村落をボートからの上陸地点として利用していること、2013年のラハダトゥ対立では治安部隊が水上村落の家屋に隠れたテロリストから攻撃を受け、村民とテロリストの区別が困難だったことなどを問題点として挙げた。また、彼が首相時代に掲げたマレーシアの目標であるワワサン2020のように、もはや水上村落の時代ではなく、海上の村に定住する生活様式は現代のマレーシアでは不適切だと述べた。
サバ州のパパール選挙区から当選した国会議員であるロスナー・シーリン（英語版）は、キャンプがサバ州最大の覚醒剤の巣窟になる可能性を指摘し、またキャンプでは衛生設備や廃棄物処理システムが不十分であるため近隣住民は社会問題や健康問題に晒されていると述べ、キナルト（Kinalt）の難民キャンプを閉鎖か移転するよう政府に呼びかけた。また、彼女はキャンプについて以下のように述べている。
サバ人民統一党（英語版）（PBRS）総裁のジョセフ・クルップ（英語版）は2013年の新聞によると、2012年にモロ・イスラム解放戦線（MILF）とフィリピン政府の間に平和協定が締結されたことを根拠に、モロの人々は祖国フィリピンへの帰還を恐れるべきではないと述べた。また、モロの故郷であるミンダナオ島は現在では平和になりかつ豊富な天然資源があることを挙げ、モロは故郷に戻り祖国で機会をつかむべきだと語った。さらに、クルップは不法移民の問題は至急解決すべきだと述べる一方で移民そのものについては以下のように述べ、PBRSは不法移民に身分証と市民権を与えて有権者として認定するIC計画に反対であると示した。
2002年、サバ州進歩党（英語版）は不法移民減少を成功させるためには、ミンダナオ島サンボアンガとサバ州サンダカン間のフェリー航路を停止しなければならないと主張した。党首であり元サバ州首相でもある楊德利（英語版）はフィリピン政府が故意に自国民の送還を妨げている可能性を示唆しており、身分証を持たない送還者の受け入れを拒否しているフィリピン政府の対応を改めさせるためにはフェリー航路の停止は必要な措置であると述べた。彼はまたフェリーから来た外国人が不法滞在することを懸念している。実際、内務省副大臣である曹智雄（Chor Chee Heung）によればフェリーで観光ビザを利用した入国者数が43,321人であるのに対し出国者数は3万人をわずかに上回るだけであり、残りの約1万人は不法移民問題を悪化させている。
2007年の新聞でも同様に入国者に比べて出国者が少ないという問題が指摘されている。サバ州議会議員であるAu Kam Wahは未出国者が超過滞在して不法移民化していると述べ、フェリー航路を廃止すべきだと主張した。また、航路の廃止はサンダカン・サンボアンガ間の航空路で補えるだろうと述べた。
2014年10月、アフマド・ザイード・ハミディ（英語版）内務相はサバ州の全ての無国籍の児童に対し、学校教育を受けるための出生証明書を与えると発表した。だが、与党連合・国民戦線（英語版）（BN）と野党の指導者双方から不法移民問題の悪化などを引き起こしかねないとして再考するよう求められた。サバ州の政治家では、サバ州副首相であり元州首相でもあるパイリン・キティガン（英語版）、ダレル・レイキン(Darell Leiking)議員、元州首相の楊德利が再考を求めるなどしてこの提案に反対した。一方、サバを拠点とする別の野党の指導者であるジェフリー・キティガン（英語版）は、外国人には異なる出生証明書を発行するよう求めた。
サンダカンのカムンティン(Kamunting)選挙区から選出されたサバ州立法議会（英語版）議員であるチャールズ・O・パン(Charles O Pang)は、無国籍の児童に出生証明書を与えるのは教育システムに負担がかかるだろうと考えている。彼の意見を報じたニュー・サバ・タイムスの記事によると、サバ州の調査で州内にはインドネシア系の無国籍児童が約36,000人居住していると推定されており、彼らがパーム油のプランテーションで働いていることは周知の事実だという。また、フィリピン系の無国籍児童はインドネシア系よりずっと多いと推定されている。同記事によればサバ州に来る人々のほとんどはより良い暮らしを求めているだけだが、一方で不法入国者の流入は問題を引き起こすという意見をパンは否定しなかった。また、納税者であるマレーシア人にとって無国籍児童に多額の費用を費やすのは不公平だとも報じられた。
1986年の新聞によると、国際連合難民高等弁務官事務所(UNHCR)はフィリピン人難民問題の恒久的解決に取り組んでいた。サバ州支部が設立された1977年から1986年までの間にフィリピン人難民問題に1200万ドルを費やし、その内270万ドルは子供の難民の教育に費やされた。2014年の報道によれば、王立サバ州不法移民調査委員会（英語版）（RCI）は多額の財政支出が州内の移民のために使われており、2007年から2012年に医療費として使われた分は回収を試みられたものの2014年の時点では回収されていなかったと公表した。また、RCIの報告書の中でサバ州保健省のマリア・スライマン（Maria Sulaiman）博士は不法移民の感染症が増加した結果として支出が増加し、医官などの物資供給に対応するための資金が増加していると述べた。
また、サバ州での盗電は主にフィリピン人難民と不法移民が不法占拠している地区で起きている。
南フィリピンを拠点とするアブ・サヤフによる拉致事件は、サバ州東部の先住民スルック(Suluk)族（タウスグ族（英語版））の共同体が営んでいる海藻産業に悪影響を与えた。
キウル(Kiulu)選挙区から選出されたサバ州議員ジョニストン・バンクァイ(Joniston Bangkuai)は不法移民問題が新たな局面を迎えたと述べ、次のように言った。
サバ州国民登録局(NRD)の局長イスマイール・アフマド(Ismail Ahmad)は、無国籍児童に発行する出生証明書はマレーシア国民やサバ州民であると保障するものではなく、単に出生場所の記録や管理目的に使用するものだと述べた。
それに加えて、2014年時点で本物の国民にのみマレーシアの出生証明書を発行する手段の1つとしてDNA検査が行われている。
2014年11月、ナジブ・ラザク首相は無国籍児童に対し、マレーシア国民に発行する出生証明書とは色の異なる出生記録文書を発行すると公表した。
2014年12月、与党連合・国民戦線(BN)に属するサバ州の政党UPKO（英語版）はRCIの完全な調査報告書を入手した後、不法移民流入問題の解決策を労働委員会に提出すると報道された
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2014年11月、マレーシアの新聞はスールー王国のスルタンを自称する人物がサバ州の地元民や半島マレーシアから来た人々にダトゥク（英語版）の称号を与えていると報じ、政府は自称スルタンの活動を調査すべきだと主張した
統一マレー国民組織(UMNO)のサバ州指導者の多くはサバ州首相ムサ・アマン（英語版）の発表した不法移民問題に対する抜本的対処を称賛した。
一方で、タムパルリ(Tamparuli)選挙区のサバ州議員ウィルフレッド・ブムブリン（英語版）はRCIが設立されたのは政府の意図ではなく民衆からの強い圧力によるものだと述べており、与党連合・国民戦線(BN)はRCI設立を称賛すべきではないという意見も報じられた。
駐マレーシアフィリピン大使J・エデュアルド・マラヤ (J. Eduardo Malaya)がマレーシアにいるフィリピン系不法移民の児童は教育を受けるに値すると発言すると、それに対してサバ団結党（英語版） (PBS)はフィリピン政府にはサバ州民の窮乏に責任があると主張し、PBS幹事長は以下のように述べた。
人民正義党員でペナンパン(Penampang)選挙区選出の議員であるダレル・レイキン(Darell Leiking)もまたモシトゥン幹事長と同様、サバ州のフィリピン人の問題についてマレーシアに負担をかけるのではなく、マニラがより大きな責任を持つべきだと考えている。彼はフィリピン政府がサバ州に領事館を設立するのを拒んだのは、サバ州がフィリピン領土でないと公認することになるからではないかと推測した。そして、フィリピン政府はサバ州が自治州であり、サバ州にいる自国民の利益のためには領事館を設立する必要があるという事実を認めるべきだと促した。
サバ州政府は社会問題や治安上の問題の原因となっているフィリピン人の不法定住問題を解決するために、適切な制御や管理を行えるよう不法移民を別の場所に定住させようと取り組んでいる。
2016年11月10日、フィリピン大統領ロドリゴ・ドゥテルテとマレーシア首相ナジブ・ラザクはプトラジャヤの首相官邸で会談した。ドゥテルテ大統領は会談前に優先事項はサバ州の領土問題ではないと述べ、アブ・サヤフによる誘拐が頻発し増加傾向にあることをあげマラッカ海峡で起きている事象に議論を集中させると語った。また、フィリピン外相パーフェクト・ヤサイ・ジュニアは両者が会談でサバ州の領土問題を扱わないことに合意したと述べた。この会談で、両国はサバ州のフィリピン人を段階的に送還することに合意し、サバ州コタキナバルにフィリピン領事館を設置すべきか議論した。また、会談後にドゥテルテ大統領は段階的に送還している間に学校や病院などを支援する意思があることを述べた。
11月24日の時点では学校と病院を建設するという提案の受け入れについてサバ州政府はまだ議論が必要な段階であったが、一方でドゥテルテ大統領が国外追放を待っているフィリピン人一時拘留者の受け入れに同意したことについては感謝の意を示した。
2016年11月のサバ州安全保障会議によれば、1990年以来約55万人の身分証を持たない移民が州から追放もしくは自主的に退去してきたが、そのほとんどはフィリピン人だった。
また、サバ州政府は外国人管理委員会(the Main Comittee on Management of Foreigners)を通じて、マレーシア連邦政府にサバ州の難民配置計画を町や工業開発地域ではなくより適した別の場所へ移すよう提言した。
2017年3月、シンジケートが関与している偽造身分証明書の作成が発覚した後、サバ州内では不法移民への執行が強化された。
ミンダナオ島開発局（英語版）(MinDA)事務官のアブドゥル・カイル・アロント（英語版）は2017年2月1日にサバ州とイスラム教徒ミンダナオ自治地域(ARMM)間の越境貿易を再開する予定であると発表した。
彼はまた、BIMP-EAGA（英語版）への参加を増やすことでミンダナオ島をフィリピンの玄関口として機能させるために働くことを誓い、また海上基地を強化することで治安を改善するため、フィリピン軍の予算を増やすようはたらきかけていることを語った。
州都コタキナバル近郊、ガヤ島（英語版）沿岸に浮かぶモロの大集落（2007年12月5日）
1964年、北ボルネオ（サバ州）まで部隊を輸送した空母シドニーと、到着後に小型船に乗り換えたオーストラリア兵。マレーシアへの防衛支援プログラムの一環として、インドネシアとの衝突ならびにフィリピン海賊による襲撃の可能性に対抗するため派遣された。
これ以上の侵入を防ぐためセンポルナ付近の海上、特にバジャウ族（英語版）の村を重点的にパトロールしているマレーシア海上警察（英語版）。
ESSCOMの一環としてサバ州東沿岸で歩哨に立っている、コルトM4を装備したマレーシア軍の兵士。