クローズアップ現代
問題を指摘された事項

1999年6月17日、当時復刊された『ちびくろサンボについての論争を題材とした回が放送された。この放送について、復刊を後押しした灘本昌久（当時京都産業大学教授）は「番組の最後のまとめが「人種差別反対か表現の自由か」みたいな感じになっていましたが、少し私のいいたいこととはずれます」「『ちびくろサンボ』を人種差別であると攻撃しつづけることは、黒人自身にとって不都合である」とした。また、灘本は番組が同書を擁護する側を紹介する際に演出したような「差別と表現の問題を議論しているときに、『表現の自由』をもちだす」議論の仕方を「捨てぜりふ」と酷評している。
NHKは同局の“偏向報道”を批判する「NHK報道を考へる会」という団体が提出した公開質問状への回答にて、本番組にて北朝鮮による日本人拉致問題について放送した旨の回答を行ったが、同団体は拉致問題に初めて触れたのは2000年4月4日の「対話は進むか・日朝交渉きょう再開」であり、北朝鮮による拉致被害者家族連絡会の結成から3年も経過した後のことであることを理由として、その対応の鈍さを再度批判した。この批判は『正論』2000年6月号に「NHKウォッチング」として関係記事が掲載されている。
2001年5月21日、竹林の拡大を取り上げた回を放送した。この放送に対して、竹文化振興協会は「竹林が放置されたため、竹林が拡大した」という説明とは異なり、輸入筍の増加により国内の筍栽培が打撃を受けたことや、自然拡大は筍栽培のための植林が実施されなくなった1978年以降の拡大分のみであること、竹林を管理しても竹の特性から林外まで根を伸張させる竹は発生すること、番組で紹介した伐採するボランティアばかりでなく、拡大した竹林を活用するボランティアも居ることなどを挙げて、番組の偏向を批判している
2002年11月7日「ベストセラーをめぐる攻防〜作家VS図書館〜」が放送された。これはベストセラー作家の新刊書籍を公共図書館が複数購入（複本と称する）する行為に対しての是非を検証した内容で、町田市市立図書館は放送の内容に偏りがあり、ベストセラー作家の本だけを購入しているわけではないこと、図書を借りる市民の需要に応えるためには複本の購入は必要であること、資料購入費の削減がサービス内容の劣化を招くこと、出版不況の理由を図書館に求める姿勢が誤っているというスタンスを取っていることなどを理由として、反論している。
2003年2月6日、レジオネラ菌について取り上げた回を放送した。この中で厚生労働省の管理規定に沿った運営を実施していた温泉施設で感染が発生した過程を追っていったが、高齢者向け施設太陽の郷は「"課題を限定した詳細な報道"のみでなく、"問題点をクローズアップした実証的解説"から、"日常生活に役立つ、適切な判断材料（生活情報）"を期待しているのではないでしょうか」と述べ、このケースでは行政指導に沿った運営をしていたが故に番組が「魔女狩り」の判定根拠を失ってただ不安を煽るだけの結果を招いたと分析した。更に、番組で問題にした配管内の生物膜と管理規定を再検証し、同施設で考えているレジオネラ防止策を提案した上で「厚生労働省が指導している、大容量の水質管理指導は、細菌増殖抑制の点で、適切なものとはいえません」と結論している。
2005年3月28日放映の「国旗国歌で教師処分へ卒業式」に対し、東京都教育委員会は「当初の取材申し出の趣旨である『学校の実態はどうなっているのか。なぜ、適正化を図らなければならなかったか』まで踏み込んだ内容になっているとはとうてい言えず、結果として『強制』をめぐっての都教育委員会と学校現場の教員との対立という印象を与える番組としたことについて、都教育委員会として極めて遺憾である」としてNHKに抗議している。4月5日、東京都議会の自民党会派はNHKに「様々な教育の意見の中で、あえて反対する教員の声だけを取り上げ、あたかも教職員と都教育委員会が敵対しているかのような内容や構成になっている。NHKの今回の報道内容は公正公平を基本とすべき公共放送の報道姿勢として大変遺憾なことであり、 今後、こうしたことのないよう、強く要請する次第です」とのコメントを発表した。また、自民党の柏村武昭（参議院議員、当時）は2006年6月15日の参議院総務委員会で上記番組について質問し政治的な公平や意見が対立している問題について多くの論点を明らかにすることなどを定めた放送法の規定を挙げ、「国旗・国歌に偏見を持たせるような番組づくりだ。放送法に抵触するのではないか」などと指摘した。
2007年6月21日、沖縄戦における集団自決をテーマとした「集団自決”62年目の証言〜沖縄からの報告〜」を放送した。この放送について、地方議員でつくる日本会議系の下部団体は番組のゲスト大城将保（当時沖縄国際大学講師）が反戦運動の活動家であることや、当時は裁判にて係争中の段階であり、その上自決命令を下したとされる日本軍指揮官の冤罪が明らかになりつつあるとし、原告である元日本軍指揮官側の声をほとんど取り上げなかったとして、抗議活動を行っている。なお、関連の大江健三郎・岩波書店沖縄戦裁判は原告（元日本軍兵士）側敗訴で終結した。
2008年5月7日、映画『靖国 YASUKUNI』の公開延期を取り上げた回の放送にて、取材を受けた同映画に批判的な主張を行っている人物が、「ネット社会の匿名性を正したい」という番組の女性スタッフの発言を信じ、「わたしを悪人のように表現しなかったらブログをつかっていいです。信頼しますよ」とそのスタッフと口頭で約束したにもかかわらず、実際の番組では悪人扱いをされたとして、抗議を行っている。
2008年12月9日の放送において航空自衛隊幕僚長（当時）の田母神俊雄が政府見解と異なる発言をしたことに関連した放送を行った。冒頭で、自衛隊員には様々な考え方の人物がおり、田母神のような考え方をしない隊員が大勢いる旨を予め断った上での放送であったが、チャンネル桜は内容が偏向しているとして12月末にこの回を批判する討論番組を制作した。
2009年2月25日、「売買される基地の土地沖縄」が放送された。沖縄県内の軍用地主を取材した内容だったが、沖縄防衛局は広報誌『はいさい』120号にて本来、土地価格は地価の動向を客観的に反映して決定されるにもかかわらず、地価が上昇している地点があることを強調した内容であること、地主たちが軒並み地代による不労所得に依存した低所得者であるかのような発言があったこと、米軍からのまとまった土地の返還事例がないかのような報道があったが実際にはまとまった土地が返還された事例があることなどを理由として、反論している。
2009年3月5日に同番組の取材中に外部プロダクションのカメラマンらがJR桜井線巻向駅近くに位置する遺跡の位置関係を撮影するためカメラの三脚をセットしたが、その際線路からほとんど離れていない場所に三脚を立て、走行してきた列車が気付いてブレーキをかけ列車が停止するトラブルがあった。
2009年10月8日には健康食品をめぐるトラブルについて放送した。『通販新聞』はこの放送に対して、ある業者が「剤形が誤解を与え安全性が担保できないなら"表示制度を整備すれば良い＂ということになってしまう。そうした本質的な議論に踏み込めないから『錠剤・カプセルが駄目』とお茶を濁している」と不満を漏らしていたと報じている。また、放送中より健康食品販売を行っている会社の一部には問い合わせが相次ぎ、その後業界団体の『日本健康・栄養食品協会』が番組に追従するコメントを出したとして、一連の流れを批判する記事が掲載された。
2013年5月16日放送の「揺らぐ警察」では、大阪府警察警察学校での教育における警察不祥事の対策例を採り上げたが、弁護士の清水勉は、自身のブログで「真に必要なのは警察がノルマ主義をやめる事だ。自分も取材を受けたが、放送されず焦点が意図的に外されているとしか思えない。」と、この内容を批判している。
2014年1月14日に「あふれる“ポエム”?! 〜不透明な社会を覆うやさしいコトバ〜」が放送された。取材対象となった「居酒屋甲子園」は、特定非営利活動法人居酒屋甲子園が、外食産業の活性化を目的として主催するイベントで、2013年11月の第8回大会の決勝は料理や接客ではなく、エントリーされた居酒屋の店長や店員のステージ上でのスピーチを競った。番組は「ポエム化」が「目にしたくない現実を覆い隠す道具になりかねない」と伝え、甲南大学准教授の阿部真大は「一見すると異様で騙されているようにも見えるが、彼らの労働状況を考えると『そう思わないとやっていけない』というのも事実」と述べた。同NPO法人は関係者に放送内容によって迷惑を掛けたとして謝罪文を公表し、NHKへの異議を唱えた。
2014年7月3日の「「集団的自衛権」 菅官房長官に問う」において菅官房長官の答弁の途中に音声が切れて番組終了となる異例の事態となった。国谷裕子キャスターが番組の最後をまとめる時刻になったのに議論に熱中しスタッフの終了指示を無視して質問を繰り返したのが原因である[要出典]。
2018年4月24日に、「郵便局が保険を“押し売り”!?」を放送したところ、日本郵政から複数回の抗議があり、同年10月にNHK経営委員会より上田良一NHK会長が厳重注意処分を受けるとともに、インターネット上の関連動画の削除や続編放送の延期などの対応が取られた。かんぽ生命保険の親会社である日本郵政の上級副社長(当時)は電波行政を扱う役所の元総務省の事務次官の抗議のためか、NHKの経営委員会がNHK会長を厳重注意する結果になる。会長の厳重注意の議決があるはずで、その議事録は放送法で公表が義務付けられているが議事録ではなく議事経過なるものを公表。翌年7月には次期会長指名部会が設立され、上田会長の業績評価などが行われた。議事録については後に情報開示請求を行っていた朝日新聞や産経新聞などの求めに応じて文書を開示し、その中で当時経営委員長代行の森下俊三（現・経営委員長）が「極めて稚拙」などと本番組の取材手法などを批判した内容が記載されており、これらの発言が番組への干渉を禁じた放送法に抵触する可能性も指摘されている。元NHK職員ら114人が経営委員会が会長に厳重注意した際の議事録や録音データの開示を請求し東京地裁に提訴。2024年2月20日、東京地裁はNHKに録音データの開示を命令。さらに開示義務を怠ったなどとして、NHKと森下に計228万円を支払うように命じた。