ジュラシック・パークIII
ストーリー

前作『ロスト・ワールド/ジュラシック・パーク』から4年後。恐竜達を生み出してきたサイトBことイスラ・ソルナ島はジョン・ハモンドの尽力により、恐竜の自然管理保護区域に指定されると同時に人間の立ち入りが禁止となっていた。その島の付近をパラグライダー体験を行う1隻のボートの姿があった。
8年前のジュラシック・パーク事件からすっかり注目を浴びているアラン・グラント博士であったが、相変わらず本業である化石発掘は資金難に陥っていた。ある後援会でジュラシックパークの恐竜について質問されたグラントだったが、彼にとって8年前の体験は忌まわしい恐怖の記憶であり、そもそも件の島の「恐竜」たちは、あくまで恐竜の血を吸った後に琥珀に閉じ込められた蚊から抽出されたDNAと、両生類などの現生の他種の生物達のDNAを融合させて人為的に生み出された「キメラ生物」に過ぎず、決して恐竜そのものではないと切り捨ててみせた。また、以前は好きだった恐竜も、当時の恐怖の体験から決してそうではなくなってしまっていたのである。その後、モンタナ州で発掘中に"カービー・エンタープライズ"の社長を名乗るポール・カービーとその妻のアマンダと出会い、そこで彼らから2人の結婚記念日に恐竜を空から見たいので、イスラ・ソルナ島の上空を回るツアーのガイドして欲しいと依頼される。当初は恐竜達のいる島へは二度と行かないと頑なに拒否していたが、島には絶対に着陸しないことと望むがままの報酬を与えるという条件に心が動き、助手のビリーと共に同行することに決める。飛行機の中にはカービー夫妻と共にポールの部下のユデスキー、ナッシュ、クーパーが同乗していた。何事もなく島に辿り着いたところでグラントはガイドを始めるも、全員彼のガイドは聞かずに着陸のスタンバイを始める。当初の話と違うことに戸惑いを覚えた彼はポールを問い詰めるも後ろからクーパーに殴られて気絶、その間に着陸されてしまう。アマンダを筆頭に単独行動を始めたメンバー達にすぐに飛行機に戻るよう指示するも、既に遅かった。巨大な肉食恐竜の咆哮が響き渡り、以前の事件からティラノサウルスのものかと思われたその声はグラントが知る恐竜の咆哮音ではなく、ティラノサウルスよりもさらに巨大で危険な肉食恐竜・スピノサウルスの存在を知ることになる。
スピノサウルスの襲撃に遭い離陸は失敗した上、クーパー・ナッシュと次々に仲間が食い殺されていく。スピノサウルスから必死で逃げる一行だが、今度は前方からティラノサウルスに遭遇してしまう。幸か不幸か、対峙した2頭の巨大肉食恐竜同士は一行そっちのけで死闘を始め、その間にどうにか逃げる事が出来た。闘いはティラノサウルスの先制攻撃の噛み付きを凌いだスピノサウルスが、体格差と大きな腕を利用してティラノサウルスの首をへし折って勝利を収める。とりあえずの安全が確保できたところで、グラントはポールを殴りつけて事の真相を白状させた。カービー夫妻の本当の目的は結婚記念日のレクリエーションではなく、一人息子のエリックを救出することであった。2ヶ月前にイスラ・ソルナ島付近でアマンダの友人とパラグライダー中に行方不明になったという。しかも2人は一昨年離婚していた。アメリカ大使館やコスタリカ政府にエリックの救出を要請するも飛行・上陸は禁止されているとの事で埒が明かず、やむ無く自身らで島に直接出向くことにしたと白状する。そこで、恐竜の島に世界で1番詳しいであろうグラントを呼び出したのである。ところが、グラントが8年前の事件で訪れたのは「サイトA」にあたるイスラ・ヌブラル島であり、「サイトB」のイスラ・ソルナ島へは一度も足を踏み入れたことなどなかった。2人の無責任で身勝手な行動、更には約束の報酬すら実際は支払われる望みがない事が分かり、完全に呆れ果てたグラントとビリーは島からの脱出の準備を始める。カービー夫妻はエリックを見つけ出すまで島を出る気はないと頑なに拒否するが、8年前の当事者であるグラントから恐竜を甘く見るなと言わんばかりの警告を受ける。「息子さんを探すのはあなた方の自由だ。私達と共に行動するのもよし。どちらにせよ、生きて帰れるだなんて思わない方がいい。」
荷物をまとめて出発してから数時間後。パラグライダーが墜落した跡を発見して、アマンダは泣き崩れる。ポールがそれを慰めるのだが、ここで予想だにしなかった緊急事態が起きてしまう。墜落場所のすぐ傍にあったのは巣営地。しかも、1つや2つどころではない夥しい卵の数々。見覚えのあるその姿にグラントは戦慄する。これはヴェロキラプトルの卵だ。完全管理されていた8年前のサイトAとは違い、サイトBのヴェロキラプトル達は自然繁殖していたのである。危険な記憶が鮮明に蘇ったグラントはすぐにここから離れるよう指示する。
歩いて数時間で巨大な廃墟に辿り着く。そこはまさにハモンドのジュラシック・パーク計画の中枢とも言える、恐竜生成工場の跡地だった。そこで一行はヴェロキラプトルの襲撃を受け命からがら逃げ出すが、ユデスキーがヴェロキラプトルに捕まり殺されてしまう。一行と逸れたグラントもヴェロキラプトルの群れに囲まれて絶体絶命のピンチかと思いきや、何者かがガス手榴弾を放り投げてヴェロキラプトル達をひるませグラントを救う。彼を救ったのは、なんと自分たちが探していたエリックだった。年端も行かぬ少年が2ヶ月も恐竜達の棲む島で生き抜いてきたことにグラントは動揺を隠せなかったが、エリックは乗り捨てられたトラックの荷台に身を隠しながら生き延びており、採取したティラノサウルスの尿を利用してヴェロキラプトルなどの小型肉食恐竜を寄せ付けなかったと語る。ただし、ティラノサウルスの尿もさらに強大なスピノサウルスには効果がないという。夜が明けて離れ離れになっていた一行は合流したが、家族の再会を喜ぶ時間もなく再びスピノサウルスに襲撃される。命からがら逃げ出したのも束の間、ビリーの様子がおかしいことを問い詰めたグラントは、ビリーの鞄の中からヴェロキラプトルの卵が出てきたことに困惑する。そして、ヴェロキラプトルが自分達を襲撃してきた理由が闇雲ではなく、盗まれた卵を取り戻す為であったと知る。ビリーもグラントと同じく研究の資金難に陥っており、卵をインジェン社に売りつけることで更なる研究費用を得ようと画策していたのである。完全にビリーに失望したグラントは卵を放棄しようとした。だが、もしもまたヴェロキラプトルが襲ってきたら？と考え、放棄をやめる。
かつてインジェン社が使ったものと思しきボートが川に係留されているのを確認し、ボートの元へと霧に包まれた廃墟を進む一行。だが、グラントは廃墟の作りとその作りに適した生物が頭を過り戦慄した。そんな暇も与えられず、一行は霧の中から現れた翼竜プテラノドンの群れの襲撃を受け、巣へと連れ去られたエリックを救うためにビリーが犠牲となってしまう。そこは、プテラノドン専用の巨大な鳥籠状の檻だったのである。
グラントは、失望のあまりビリーに「お前はここを造ったインジェン社の連中と何ら変わりない」と叱責したことを後悔する。海岸を目指すべくボートを駆り出してしばらくして、またしても一行は川の中から現れたスピノサウルスの襲撃に遭う。ボートが破壊され沈没する中、グラントはポールが持参していた衛星電話を使って、かつての相棒で元恋人のエリーに辛くも電話をかけ、サイトBにいることを告げる。1人ボートから脱出に成功したポールは自ら囮りになりスピノサウルスをおびき寄せる。その最中にグラントが撃った閃光弾とボートのガソリンが引火し、スピノサウルスの撃退に成功する。
休憩した一行は海の波音を聞きつけ海岸へと足を急がせるも、そこにはヴェロキラプトルの群れが一行を待ち伏せしていた。卵を彼らの元へ返せば助かるかもしれないと考えたグラントは、アマンダに卵を差し出させ、その隙にかつてビリーがヴェロキラプトルの発声器官の化石で作った笛を吹く。するとヴェロキラプトル達は何かに答えるかのような反応を見せて卵を咥えて去って行った。ほどなくヘリコプターのローターらしき音が聞こえてきた。その音の先に現れたのは、グラントとの通話から事情を察したエリーが夫の伝で救出のために呼び寄せたアメリカ海兵隊であった。
ヘリに乗り込むと、そこには死亡したと思われていたビリーが重傷を負いながらも先に救出されていた。グラントはビリーとの再会を喜び、同時にカービー一家にも絆が戻った。そして、ヘリで帰路に着いた彼らのすぐ横を檻から脱走したプテラノドン達が新しい世界を求めて滑空していった。