スーパーマリオブラザーズ3
スーパーマリオアドバンス4 > システム面

バグが修正されている。
完全な一人用ゲームとなったため、『マリオブラザーズ』のミニゲームの対戦がなくなった。代わりにゲームセレクトで『マリオブラザーズ』のメインが遊べる。「マリオ&ルイージ」モードを選択すると、残り人数やアイテムがマリオとルイージに個別に用意され、クリアかミスをするごとに2人を交互に操作する事になる（このため、1台のGBAを交替で使いまわしての多人数プレイは一応可能）。今作では、片方のプレイヤーがミスした時やコースクリアした時に加えて、一度クリアしたコースでポーズをして途中で抜け出した時でも交代になる。2人で同じワールドを攻略していくことのほか、今作では新たに二手に分かれて攻略していくことも可能となった。また、GBAを本体だけの場合、同じGBAでマリオとルイージを交互に操作することができる。操作するキャラクターの残り人数が0になるとゲームオーバーとなる。また、マップ画面でマリオとルイージの間で残り人数の受け渡しが可能となった。一方がゲームオーバーした際にも、もう一方から受け取ることで復帰できる。ただし『スーパーマリオアドバンス2』と異なり、後述のカードe+を使わない限り2人に能力差は表れない。
一部の地形、マップのルート、一部の背景、出現する敵キャラクターやその性質が変化した。主に難易度を引き下げる方向に調整されている。
後述のマントマリオの追加により、リメイクを含め現時点でシリーズ最多となる8種の変身パターンを収録。
仕様の微調整
『スーパーマリオワールド』と同じようにチビマリオの時にファイアフラワーやスーパーこのはを取ると、いきなりファイアマリオやしっぽマリオに変身するようになった。
キノピオの家やスペードパネルを利用後のマスの色はコレクション版では白だったが、GBA版はファミコン版の色と同じになっている。キノピオの家は肌色に、スペードパネルは赤色になる。
Nマークスペードパネルが1度に出現する数が3つに増え、キノピオの家やスペードパネルなどの施設を利用することでも条件を満たしていると出現するようになった。
『スーパーマリオワールド』と同じように物を持ったまま水に潜ると浮力が発生する。
レミーのボールにファイアボールを当ててもダメージを与えられるようになった（旧作ではすり抜ける）。
クッパ戦の落下攻撃で下半身にも当たり判定が存在するようになった為、落下攻撃は避けなければならない。
錨で事前に飛行船を止められなくなった。一度ミスをするか完全クリア後に城に入ってポーズ画面でモドルを押して飛行船に逃げられてからでないと使えない。
これまでのクリアしたときのタイムボーナスが全て1秒につき50点だったが、GBA版は通常コースは50点、ブンブンのいるコースは100点、コクッパのコースは200点、クッパのコースは500点になった。
陸上で踏める敵（クリボーなど）であれば水中でも踏める。
マリオ（ルイージ）の残り人数の最大が99までだったのが、999まで増やせるようになった。
マップアイテムでストックできる数が28→36になった。また、ページ送りはなくなって、4ページ全て見える状態となった。
半身が水に漬かった状態ではダッシュが出来ない。
しっぽ攻撃で巨大ブロックを叩けたり、巨大レンガブロックを壊せるようになった。
『スーパーマリオワールド』と同じように土管などで画面が切り替わっても持っているものが消えない。ゴールに持ち込むとコインになるため隠れキノピオの出現条件が易しくなったと言える。
投げた甲羅などがコインに触れた場合、そのコインを入手した事になる。
『スーパーマリオワールド』と同じように無敵状態で敵を連続して倒すと徐々に得点が増えて1UPもする。
逆さトゲゾーを踏めるようになった。
タヌキマリオの地蔵アタックでプチパックンなどを倒せるようになった。
タヌキマリオの地蔵アタックでスイチューカを倒せなくなった。
『スーパーマリオアドバンス2』と同じようにつる等を登って行くときにBボタンを押し続けると速くなる動作が追加された。
Pメーターの仕様変更。ファミコン版とコレクション版では、しっぽとタヌキの状態で1度空を飛ぶとPメーターは一定時間満タンの状態で継続されていたが、GBA版では空が飛べる状態ですぐ地上に着地すると、Pメーターが徐々に減少するようになるが、減少する前にすぐに再び空を飛べば、Pメーターが満タンの状態で継続されるようになった（つまり、足場を移りながら進むことで、より長く空をとぶことができる）。
ゲームオーバーになった後のコンティニューの仕様が変更。ファミコン版とコレクション版ではクリアしたアクションコースが未クリアの状態にリセットされて各ワールドの最初からで、開通されているものがある場合は開通された状態で再開となっていたが、GBA版はアクションステージはクリアした状態のままで継続されて、ゲームオーバーになった場面からすぐ再開できるようになった。また、「マリオ&ルイージ」モードで、片方のプレイヤーがゲームオーバーになっても、ゲームオーバーになったプレイヤーがクリアしていたアクションステージはクリアした状態のままで継続されて、リセットされなくなった。
セーブの仕様変更
セーブデータが3つに変更されている。
いつでもゲームを中断できる中断セーブが導入された。中断セーブで一時中断出来るが、1度再開すると中断データが消えてしまい、中断セーブせずにやめると最後にセーブしたところからやり直しになる。
通常のセーブは砦などのボスのいるコースをクリアすることでセーブでき、全てのコースをクリアすればポーズメニューでいつでもセーブ出来る。セーブ後は進行状況をそのままで再開でき、中断セーブせずにゲームを終了した場合は最後にセーブされた状態からやり直すことが出来る。
クリア後は笛を使わずにワールドセレクトを行うことが可能（ワールド9を除く）となり、一度クリアしたアクションコースを再挑戦できるようになった（クリアしたコースはクリアしたキャラのマークが付く）。さらに、全コースをクリアすれば砦や飛行船やハンマーブロスなどのコースも再挑戦でき、全ワールドにあったキノピオの家やスペードパネルなどの施設を何度でも利用することが出来、コースを再挑戦する時にポーズメニューからマップ画面に戻ることができるようになった。
コースをプレイしたときの映像を、リプレイとして各セーブデータごとに2つまで保存出来る（ステージ開始からクリアするかミスするまで）。保存されるリプレイは最後にプレイしたコースとなる。ただし、リプレイを保存してもセーブデータをセーブしないと保存したことにならない。また、リプレイは時間制限になっており、長時間でゴールした場合は保存されないことがある。
スペードパネルで絵柄を合わせると、別のスペードパネルがハートマークのスロットステージに変化する。そのスロットステージはスーパースターがスーパーこのはに変わっていて、スーパーこのはの絵柄を完成させると7UPになる。これに成功すると以降のハートマークがクラブマークに変わり、スーパースターが『スーパーマリオブラザーズ3』の「3」に変わりこれを合わせると10UPする。そしてクラブからダイヤに変わり、これまでに取った図柄によってすべて同じ図柄になり、スーパースター、スーパーこのは、「3」と連続して取っていれば無条件で10UPにする事が出来る。ただし途中で失敗したり、ダイヤで図柄を揃えると他のすべてのパネルがスペードに戻り、最初からやり直しとなる。なお、完全クリアするとスペードパネルを何回でもプレイすることができる。こちらもクリアするとマークが変化するが、失敗したりダイヤをクリアするとスペードに戻る。