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店に使用されているロゴマークはモンスターボールをかたどったマークに、3種類のポケモンが配されている（但しメガトウキョー以降の新規出店店舗やリニューアルした店舗は原則2種類となっているが、オーサカDXは新規出店で3種類、トウキョーベイはリニューアル後も3種類となっている）。
ロゴマークに使われるポケモンは各店舗によって多少異なり、その店が開店した時期にも大きく左右される。ロゴマークの変更例は主に各店舗の移転時のほか、季節営業店だったサッポロでたびたび変更されていた。また、2013年10月12日の『ポケットモンスター X・Y』発売に合わせ、全店舗のロゴマークが一斉に変更され、2016年11月18日の『ポケットモンスター サン・ムーン』発売に合わせ、メガトウキョー・ヒロシマ・キョウト・スカイツリータウン・サッポロをのぞく各店舗でロゴマークが一斉に変更された。なお、サッポロは12月1日の移転に合わせる形でロゴマークの変更を先延ばしにした。そして、2019年11月15日の『ポケットモンスター ソード・シールド』発売に合わせ、ナゴヤ・フクオカ・ヨコハマ・サッポロ・トウホク・トウキョーベイの各店舗でロゴマークが再度一斉に変更され、メガトウキョー・オーサカも2020年2月15日にロゴマークを変更した。2022年11月18日の『ポケットモンスター スカーレット・バイオレット』発売に合わせ、メガトウキョー・オーサカの2店舗でロゴマークを変更した。2023年12月14日の『ポケットモンスター スカーレット・バイオレット』の有料追加コンテンツ『ゼロの秘宝』の「後編・藍の円盤」配信に合わせ、ナゴヤ・フクオカ・ヨコハマ・サッポロ・トウホク・オーサカDXの各店舗でロゴマークを変更した。
各店舗のロゴマークに使用されているキャラクターは以下の通り。ピカチュウはこれまで全店で必ず使用されてきたが、シブヤは初めてピカチュウが使用されないロゴマークを用いる店舗となっている。
ピカチュウ・ニョロゾ・ヒトカゲ（1998年4月25日 - 2007年7月16日）
ピカチュウ・ポッチャマ・ヒトカゲ（2007年7月20日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・ケロマツ・ヒトカゲ（2013年10月12日 - 2014年12月7日）
ピカチュウ・メガリザードンY（2014年12月12日 - 2020年2月14日）
ピカチュウ・ザシアン（2020年2月15日 - 2022年11月17日）
ピカチュウ・ミライドン（2022年11月18日 - ）
ピカチュウ・ゼニガメ・ニャース（1998年11月14日 - 2010年11月23日）
ピカチュウ・ニャース・ポカブ（2010年11月26日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・ニャース・ハリマロン（2013年10月12日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・ニャース・モクロー（2016年11月18日 - 2020年2月14日）
ピカチュウ・ザマゼンタ（2020年2月15日 - 2022年11月17日）
ピカチュウ・コライドン（2022年11月18日 - ）
ピカチュウ・ミズゴロウ・チコリータ（2002年10月11日 - 2008年7月15日）
ピカチュウ・ヒコザル・チコリータ（2008年7月19日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・チコリータ・フォッコ（2013年10月12日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・チコリータ・ニャビー（2016年11月18日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・チコリータ・ヒバニー（2019年11月15日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・チコリータ・ホゲータ（2023年12月14日 - 2024年9月8日）
ピカチュウ・セレビィ（2024年10月12日 - ）
ピカチュウ・アチャモ・ワニノコ（2003年11月1日 - 2011年2月25日）
ピカチュウ・ミジュマル・ヤナップ（2011年3月3日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・アチャモ・ハリマロン（2013年10月12日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・アチャモ・モクロー（2016年11月18日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・アチャモ・サルノリ（2019年11月15日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・アチャモ・クワッス（2023年12月14日 - ）
ピカチュウ・ゴンベ・キモリ（2005年3月5日 - 2008年10月5日）
ピカチュウ・マナフィ・ナエトル（2008年10月10日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・ナエトル・ケロマツ（2013年10月12日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・ナエトル・アシマリ（2016年11月18日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・ナエトル・メッソン（2019年11月15日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・ナエトル・クワッス（2023年12月14日 - ）
ピカチュウ・ミルタンク（2002年7月1日 - 9月30日、2002年夏営業時マーク）
ピカチュウ・アチャモ・キモリ・ミズゴロウ（2003年7月1日 - 10月31日、2003年夏営業時マーク）
ピカチュウ・ミュウ・ニャース（2005年11月17日 - 2006年4月9日、2005年冬営業時マーク）
ピカチュウ・タマンタ・マナフィ（2006年7月1日 - 2006年10月29日、2006年夏営業時マーク）
ピカチュウ・イーブイ・ポッチャマ（2009年3月6日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・ポッチャマ・フォッコ（2013年10月12日 - 2016年11月27日）
ピカチュウ・アローラ地方のロコン・アシマリ（2016年12月1日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・アローラ地方のロコン・メッソン（2019年11月15日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・アローラ地方のロコン・ニャオハ（2023年12月14日 - ）
ピカチュウ・ビクティニ・ツタージャ（2011年12月4日 - 2013年10月11日）
ピカチュウ・ビクティニ・ハリマロン（2013年10月12日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・ビクティニ・モクロー（2016年11月18日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・ビクティニ・サルノリ（2019年11月15日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・ビクティニ・ニャオハ（2023年12月14日 - 2025年2月16日）
ピカチュウ・ビクティニ（2025年3月14日予定 - ）
ピカチュウ・ハリマロン・マーイーカ（2013年11月22日 - 2016年11月17日）
ピカチュウ・ハリマロン・ニャビー（2016年11月18日 - 2019年11月14日）
ピカチュウ・ハリマロン・ヒバニー（2019年11月15日 - 2024年3月3日）
ピカチュウ・デンリュウ・マリル（2024年4月12日 - ）
ピカチュウ・赤いギャラドス（2015年6月26日 - ）
ピカチュウ・ホウオウ（2016年3月16日 - ）
ピカチュウ・レックウザ（2016年7月6日 - ）
ピカチュウ・ミュウ（2018年3月14日 - ）
ピカチュウ・サルノリ・ニャース（2019年9月20日 - 2023年12月13日）
ピカチュウ・ホゲータ・ニャース（2023年12月14日 - ）
ミュウ・ミュウツー（2019年11月22日 - ）
ピカチュウ・ミロカロス（2020年11月20日 - ）
ピカチュウ・ウインディ（2022年8月11日 - ）