X-ファイルのエピソード一覧
第7シーズン（1999年 - 2000年）

→詳細は「en:The X-Files (season 7)」を参照
| No>  | # | タイトル | 監督 | 脚本 | 放送日 | プロダクション コード | 合衆国視聴者数 （百万） |
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| 140 | 1 | "第六の絶滅 Part.1" "The Sixth Extinction" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 1999年11月7日 (1999-11-07) | 7ABX03 | 17.82 |
 脳に異常が起き、精神病院に入院したモルダーを助けるため、スカリーは単身コートジボワールの海岸に打ち上げられた宇宙船と思われるものを調査する。一方意識が朦朧としているモルダーが助けを求めたのは「ゲッセマネ」登場のクリッチュガウだった。
| 141 | 2 | "第六の絶滅 Part.2" "The Sixth Extinction II: Amor Fati" | マイケル・ワトキンス | デイヴィッド・ドゥカヴニー & クリス・カーター | 1999年11月14日 (1999-11-14) | 7ABX04 | 16.15 |
 オープニングのスローガンは「Amor Fati」。ラテン語で「Love of fate（運命の恋）」の意味。
| 142 | 3 | "ハングリー" "Hungry" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン | 1999年11月21日 (1999-11-21) | 7ABX01 | 16.17 |
 人間の脳を食うミュータントの葛藤を描く。ハンバーガー屋で、人間の脳が抉り出される世にも恐ろしい殺人事件が発生。一方、その犯人であるミュータントは自分の衝動と戦い続ける。
| 143 | 4 | "ミレニアム" "Millennium" | トーマス・J・ライト | ヴィンス・ギリガン & フランク・スポトニッツ | 1999年11月28日 (1999-11-28) | 7ABX05 | 15.09 |
 同じクリス・カーター製作総指揮のテレビドラマ『ミレニアム』(1996年 - 1998年)のクロスオーバーエピソード。FBIに協力する組織として『ミレニアム』から派遣された人物フランク・ブラック（同テレビドラマの主人公）が出演する。
| 144 | 5 | "ラッシュ" "Rush" | ロバート・リーバーマン | デヴィッド・アマン | 1999年12月5日 (1999-12-05) | 7ABX06 | 12.71 |
 警官殺害の容疑をかけられた高校生。彼の身辺を調査しても手がかりはなし。重要な証拠も保管室から消えてしまう。保管室の防犯カメラの映像をチェックしていたモルダーは、目にとまらない速さで動く何かが保管室に入り込んだのを見つけた。
| 145 | 6 | "ゴールドバーグ" "The Goldberg Variation" | トーマス・J・ライト | ジェフリー・ベル | 1999年12月12日 (1999-12-12) | 7ABX02 | 14.49 |
 タイトルのゴールドバーグ（英語版）はアメリカの風刺画家の名前。ルーブ・ゴールドバーグ・マシンが劇中に登場し、それをモルダーが因果に例えている。一人の男性がマフィアとポーカーで勝負。大勝ちした男性に逆切れしたマフィアは男性をビルの屋上から投げ落とすが、男性は世にも奇妙な偶然が重なって助かってしまう。実はこの男性、かつて飛行機の『13番席』に座って墜落事故にあってから、一切の不幸を受け付けなくなってしまったのだ。しかし、この男性が幸福になればなるほど、同じアパートに住む少年の病は重くなっていく。ついに覚悟を決めた男性は、マフィアやモルダーたちの追跡を逃れながら少年を救う事を決意し行動を開始した。
| 146 | 7 | "オリソン" "Orison" | ロブ・ボウマン | チップ・ヨハンセン | 2000年1月9日 (2000-01-09) | 7ABX07 | 15.63 |
 婦女連続殺人犯として終身刑を言い渡されたファスターが脱走した。脱獄状況に不審を抱いたモルダーは、刑務所に戒告に来ていたオリソン牧師に疑いをかける。
| 147 | 8 | "偉大なるマリーニ" "The Amazing Maleeni" | トーマス・J・ライト | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 2000年1月16日 (2000-01-16) | 7ABX08 | 16.18 |
 1人の売れないマジシャンが主人公。マリーニ（英語版）だなんて芸名を名乗ってみても、せっかく来た仕事で観客から茶々を入れられてしまうというお粗末な結果に終わってしまう。そんなマリーニ氏が、ある日ステージで一世一代の大マジックを見せると宣言。なんと、自分の首を360度グルリと廻して見せたのだ。お陰でステージは大盛況、大喜びしたスタッフがギャラを持ってくるが、何とマリーニ氏の首が目の前でポロリと取れてしまう。
| 148 | 9 | "神のお告げ" "Signs and Wonders" | キム・マナーズ | ジェフリー・ベル | 2000年1月23日 (2000-01-23) | 7ABX09 | 13.86 |
 鍵のかかった車内で大量の蛇にかまれた死体が発見された。モルダーとスカリーは被害者が所属していたカルト教団を捜査する。二人は教祖が犯人だと確信するが、教祖も蛇にかまれ重体となってしまう。
| 149 | 10 | "存在と時間 Part.1" "Sein und Zeit" | マイケル・ワトキンス | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2000年2月6日 (2000-02-06) | 7ABX10 | 13.95 |
 カリフォルニアでアンバーリンという少女が、寝室から忽然と姿を消した。行方不明事件がサマンサと何らかの関わりがあるものと信じるモルダーは捜査に乗り出す。捜査を進めるモルダーのもとに母ティナが自殺したとの知らせが届く。
| 150 | 11 | "存在と時間 Part.2" "Closure" | キム・マナーズ | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2000年2月13日 (2000-02-13) | 7ABX11 | 15.35 |
 オープニングのスローガンは「Believe to Understand」（信は理解なり）。アンバーリン誘拐事件の捜査の過程で幼児殺害犯が逮捕される。ところがアンバーリンの死体もサマンサの死体も発見されない。モルダーは霊能者とともにサマンサの足跡を追い妹の死を確信する。
| 151 | 12 | "X-コップス" "X-Cops" | マイケル・ワトキンス | ヴィンス・ギリガン | 2000年2月20日 (2000-02-20) | 7ABX12 | 16.56 |
 ドキュメンタリー番組『全米警察24時 コップス』の取材を受ける警官が、満月のロサンゼルスで事件に遭遇。誤ってモルダーとスカリーを逮捕してしまう。『コップス』取材班は同じく事件を追うモルダーとスカリーに密着取材を行う。
| 152 | 13 | "ファースト・パーソン・シューター" "First Person Shooter" | クリス・カーター | ウィリアム・ギブスン & トム・マドックス | 2000年2月27日 (2000-02-27) | 7ABX13 | 15.31 |
 コンピュータゲームのキャラクターである女戦士マトレーヤが仮想世界で人間を殺す事件が起こる。調査を委託されたモルダーとスカリーは、事件の謎を解くため自らもバーチャル兵士となってゲームに参加するが、犯人であるマトレーヤに苦戦する。
| 153 | 14 | "呪い" "Theef" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 2000年3月12日 (2000-03-12) | 7ABX14 | 11.91 |
 有名な医師が自宅で首を吊って死んだ。モルダーは現場の状況から黒魔術が行われたのではないかと推測する。
| 154 | 15 | "旅" "En Ami" | ロブ・ボウマン | ウィリアム・B・デイヴィス | 2000年3月19日 (2000-03-19) | 7ABX15 | 11.99 |
 自らの余命が長くないことを知ったCSマンは全ての病の治療法をスカリーに託すため共に旅に出る。
| 155 | 16 | "キメーラ" "Chimera" | クリフ・ボール | デヴィッド・アマン | 2000年4月2日 (2000-04-02) | 7ABX16 | 12.89 |
 高級住宅地で何一つ不自由なく暮らす主婦が行方不明になった。カラスが現れ、鏡が割れたという証言を聞いたモルダーは魔術によって邪悪な存在が呼び出されたのではないかと推測する。
| 156 | 17 | "宿縁" "all things" | ジリアン・アンダーソン | ジリアン・アンダーソン | 2000年4月9日 (2000-04-09) | 7ABX17 | 12.18 |
 偶然目にしたカルテにスカリーはかつての不倫相手の名前を見つけ、心臓病で入院している彼を見舞う。自分への強い想いをどう受け止めていいか分からないスカリーの前に謎の女が現れ仏堂へと導く。そこの仏堂でスカリーは不思議な幻影を目撃する。
| 157 | 18 | "ブランドX" "Brand X" | キム・マナーズ | スティーヴン・マエダ & グレッグ・ウォーカー | 2000年4月16日 (2000-04-16) | 7ABX19 | 10.81 |
 世界的なタバコメーカー、モーリー社が裁判にかけられ、同社に不利な発言をする予定だった研究員がFBIの厳重な警護の中で死亡する。FBIは他殺を疑うが、現場には一切の証拠が無く捜査が行き詰まる。やがて、モーリー社がタバコの品種改良に用いていた遺伝子操作によって、タバコ虫が凶悪な存在へと変貌していたことが明らかになる。ヘビースモーカーの老人役でトビン・ベルが出演。
| 158 | 19 | "ハリウッドA.D." "Hollywood A.D." | デイヴィッド・ドゥカヴニー | デイヴィッド・ドゥカヴニー | 2000年4月30日 (2000-04-30) | 7ABX18 | 12.88 |
 劇中劇でモルダー役を演じるのは、デイヴィッドの友人ギャリー・シャンドリング、スカリー役はデイヴィッドの妻であるティア・レオーニ。
| 159 | 20 | "ファイトクラブ" "Fight Club" | ポール・シャピロ | クリス・カーター | 2000年5月7日 (2000-05-07) | 7ABX20 | 11.70 |
 同じ容貌と同じ性格をもった二人の女。彼女たちがめぐり合うと嵐のような騒動が巻き起こる。
| 160 | 21 | "三つの願い" "Je Souhaite" | ヴィンス・ギリガン | ヴィンス・ギリガン | 2000年5月14日 (2000-05-14) | 7ABX21 | 12.79 |
 「ランプの魔神」の眷属である女は主人の三つの願いを聞きいれるものの、曲解して願いをかなえるため、主人が不幸になってしまうという欠点があった。モルダーが所有者になった時、恣意的な解釈をしないよう細かい条件を考えるところへ、スカリーが「問題を自分で解決してこそ意味があるのじゃない」と諭され、女自身の幸せを願うものに変える。ラスト付近の「無人の街」は実際に町をワンブロック借り切って早朝に撮影した。
| 161 | 22 | "レクイエム" "Requiem" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 2000年5月21日 (2000-05-21) | 7ABX22 | 15.26 |
 7年前、異星人による誘拐事件がおきたベルフールでUFOの墜落事件が発生。モルダーとスカリーは調査に向かうが空振りに終わる。そんな時、X-ファイル課にビリー・マイルズから連絡が入った。彼は、スカリーがモルダーのパートナーとなって最初の事件の関係者だった。当時UFOによる誘拐を経験したビリーだが、今度は父親が謎の失踪を遂げたという。現地に急行した2人は、かつてエイリアンに誘拐された人々が、再び行方不明になっていることを知る。一方CSマンはクライチェックを現場へ向かわせUFOの回収を目論むがCSマンに恨みを抱くクライチェックはモルダーらに協力を申し出る。調査に向かうモルダーとスキナー、ところがスキナーの目の前でモルダーがUFOに誘拐されてしまう。