ペンギン
分類

系統樹の目間は Hackett et al. (2008)、目（科）内は Baker et al. (2006)より。
ペンギン目は海鳥・渉禽類（の一部）からなるクレード water birds の一員である。姉妹群は外洋性の海鳥のミズナギドリ目である。
ペンギン目は現生科に関しては単型である、つまり、ペンギン科のみが属す。
従来は1種とされてきたイワトビペンギン Eudyptes chrysocome sensu lato の3亜種は、遺伝子の比較により別種とする主張がある。キタイワトビペンギン Eudyptes moseleyiのみを分化し、ヒガシイワトビペンギンをミナミイワトビペンギン Eudyptes chrysocomeの亜種とする主張もある。
従来は種または亜種とみなされてきたハジロコビトペンギン Eudyptula albosignata は、コビトペンギンに含められ、さらにコビトペンギンの他の亜種と共に、亜種の地位も否定された[要検証]。
かつてはロイヤルペンギンとマカロニペンギン、ハシブトペンギンとキマユペンギンを同種とする説もあったが、遺伝的差異は別種に相当する。
以下の分類はClements Checklists ver. 2015・IOC World Bird List(v 7.1)、和名はイワトビペンギン類を除いて山階(1986）、英名はIOC World Bird List(v 7.1)に従う
オウサマペンギン属 Aptenodytes
Aptenodytes forsteri コウテイペンギン Emperor penguin
Aptenodytes patagonicus オウサマペンギン King penguin
イワトビペンギン属 Eudyptes
Eudyptes chrysocome ミナミイワトビペンギン Southern rockhopper penguin
Eudyptes chrysolophus マカロニペンギン Macaroni Penguin
Eudyptes moseleyi キタイワトビペンギン Northern rockhopper penguin
Eudyptes pachyrhynchus キマユペンギン Fiordland penguin
Eudyptes robustus ハシブトペンギン Snares Penguin
Eudyptes sclateri マユダチペンギン Erect-crested penguin
Eudyptes schlegeli ロイヤルペンギン Royal penguin
コビトペンギン属 Eudyptula
Eudyptula minor コビトペンギン Little penguin
キンメペンギン属 Megadyptes
Megadyptes antipodes キンメペンギン Yellow-eyed penguin
ジェンツーペンギン属 Pygoscelis
Pygoscelis adeliae アデリーペンギン Adelie penguin
Pygoscelis antarctica ヒゲペンギン Chinstrap penguin
Pygoscelis papua ジェンツーペンギン Gentoo penguin
ケープペンギン属 Spheniscus
Spheniscus demersus ケープペンギン African penguin
Spheniscus humboldti フンボルトペンギン Humboldt penguin
Spheniscus magellanicus マゼランペンギン Magellanic penguin
Spheniscus mendiculus ガラパゴスペンギン Galapagos penguin
オウサマペンギン
A. patagonicus
キンメペンギン
M. antipodes
ジェンツーペンギン
P. papua
歴史上のペンギン分類には大きく分けて、いずれかの海鳥の仲間だとする説と、他に類縁のない独特のグループだとする説とがあった。
Nitzsch (1840) はペンギンを、アビ類・カイツブリ類・ウミスズメ類と共に Pygopodes に分類した。ほぼ同じグループを Garrod (1873; 1874) は Anseres、Reichenow (1882) は Urinatores と呼んだ。
Gray (1849) はやや異なり、海鳥・水鳥の大半を含む Anseres に含めた。
それらに対し、Huxley (1867) はペンギンを、他の海鳥から分離し Spheniscomorphae とした。Sclater (1880) は、独立したペンギン目 Impennes とした。Stejneger (1885) は、独立したペンギン上目Impennes とした。Menzbier (1887) は、鳥類を4グループに分けたうちの1つ Eupodornithes をペンギンに当て、ペンギンは爬虫類の祖先の段階で他の鳥類とは分かれていたと示唆した。
Furbringer (1888); Gadow (1893); Pycraft (1898); Boas (1933) などは、（現在知られているとおり）ペンギンはミズナギドリ目に最も近いとした。それ以降は、ペンギンは目をなし、ミズナギドリ目に近縁だとする説が主流となった。ただし、独立したグループを形成するという説も後々まで残った。
Verheyen (1961) はペンギン目を、ミズナギドリ目・ウミスズメ目（ペリカン科・ウミスズメ科・アビ科）と共に Hygrornithes 上目に分類した。
Bock (1982) はペンギン目を、新顎上目・古顎上目に並ぶ第3の上目であるペンギン上目 Impennes に分類した。
Sibley & Ahlquist (1990) はペンギン目を廃し、現在の water birds 全体を拡大したコウノトリ目に含めた。ペンギン科はグンカンドリ科・アビ科・ミズナギドリ科（現在のミズナギドリ目）と共にミズナギドリ上科に含めた。
Clarke et al. (2003) はペンギン科とペンギン目を系統的に再定義し、ペンギン科は現生ペンギンの最も新しい共通祖先の子孫、ペンギン目はペンギンの祖先が飛翔能力を失ってからの子孫とした。
さらに彼らは、ペンギンの祖先が他の現生鳥類から枝分かれして以降の子孫として Pansphenisciformes も定義した。ただし、化石が発見されている最古のペンギンもすでに飛翔能力を失っており、Pansphenisciformes とペンギン目は現状では同じである。
ペンギン科（Clarke et al. の意味での）に含まれる化石属は発見されておらず、ペンギン科には現生属のみが含まれる。ただし、ケープペンギン属の化石種2種 S. megaramphus と S. urbinai がペンギン科に含まれる。
ペンギンの絶滅属については、以下の系統が求まっている（属分類と矛盾する部分は簡略化している）。ただし遺伝子による系統に比べれば分岐は不確実である。
Simpson (1946) は化石ペンギンを4亜科、現生ペンギンをペンギン亜科 Spheniscinae、計5亜科に分類していた。
パレオスフェニス亜科 Palaeospheniscinae - パレオスフェニスクス Palaeospheniscus
パラプテノイディテス亜科 Paraptenodytinae - パラプテノディテス Paraptenodytes, アルスロディテス Arthrodytes
パレユーディプテス亜科 Palaeeudyptinae - パレユーディプテス Palaeeudyptes
アンスロポルニス亜科 Anthropornithinae - アンスロポルニス Anthropornis, デルフィノルニス Delphinornis, ジャイアントペンギン Pachydyptes
その後 Marples (1952) はアンスロポルニス亜科をパレユーディプテス亜科に統合した。しかし系統解析では、Simpson や Marples の枠組みは否定されている。