NPB12球団ジュニアトーナメント
プロ指名された参加選手

太字は所属したジュニアチームと指名された球団が同一の選手。
| ドラフト指名年度 | 選手 | 指名球団（指名順位） | 出場チーム | トーナメント出場年 |
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| 2011年 | 髙城俊人 | 横浜（2巡） | ソフトバンクJr. | 2005年 |
| 2011年 | 近藤健介 | 日本ハム（4巡） | ロッテJr. | 2005年 |
| 2011年 | 柿原翔樹 | オリックス（育2巡） | ソフトバンクJr. | 2005年 |
| 2012年 | 今井金太 | DeNA（育1巡） | 広島Jr. | 2006年 |
| 2013年 | 松井裕樹 | 楽天（1巡） | 横浜Jr. | 2007年 |
| 2013年 | 森友哉 | 西武（1巡） | オリックスJr. | 2007年 |
| 2013年 | 田口麗斗 | 巨人（3巡） | 広島Jr. | 2007年 |
| 2013年 | 砂田毅樹 | DeNA（育1巡） | 日本ハムJr. | 2007年 |
| 2014年 | 小野郁 | 楽天（2巡） | ソフトバンクJr. | 2008年 |
| 2014年 | 淺間大基 | 日本ハム（3巡） | ヤクルトJr. | 2008年 |
| 2014年 | 香月一也 | ロッテ（5巡） | ソフトバンクJr. | 2008年 |
| 2014年 | 髙濱祐仁 | 日本ハム（7巡） | ソフトバンクJr. | 2008年 |
| 2014年 | 戸川大輔 | 西武（育1巡） | 日本ハムJr. | 2008年 |
| 2014年 | 木村聡司 | 広島（育2巡） | 中日Jr. | 2008年 |
| 2015年 | 髙山俊 | 阪神（1巡） | ロッテJr. | 2005年 |
| 2015年 | 佐藤優 | 中日（2巡） | ロッテJr. | 2005年 |
| 2015年 | 川越誠司 | 西武（2巡） | 日本ハムJr. | 2005年 |
| 2015年 | 船越涼太 | 広島（4巡） | ロッテJr. | 2005年 |
| 2015年 | オコエ瑠偉 | 楽天（1巡） | 巨人Jr. | 2009年 |
| 2015年 | 網谷圭将 | DeNA（育1巡） | ロッテJr. | 2009年 |
| 2016年 | 藤平尚真 | 楽天（1巡） | ロッテJr. | 2010年 |
| 2016年 | 九鬼隆平 | ソフトバンク（3巡） | オリックスJr. | 2010年 |
| 2016年 | 浜地真澄 | 阪神(4巡) | ソフトバンクJr. | 2010年 |
| 2016年 | 今井順之助 | 日本ハム（9巡） | 中日Jr. | 2010年 |
| 2017年 | 安田尚憲 | ロッテ（1巡） | 阪神Jr. | 2011年 |
| 2017年 | 櫻井周斗 | DeNA（5巡） | ヤクルトJr. | 2011年 |
| 2017年 | 西浦颯大 | オリックス（6巡） | ソフトバンクJr. | 2011年 |
| 2017年 | 西巻賢二 | 楽天（6巡） | 楽天Jr. | 2011年 |
| 2017年 | 西川愛也 | 西武（2巡） | オリックスJr. | 2011年 |
| 2017年 | 楠本泰史 | DeNA（8巡） | 横浜Jr. | 2007年 |
| 2018年 | 根尾昂 | 中日（1巡） | 中日Jr. | 2012年 |
| 2018年 | 藤原恭大 | ロッテ（1巡） | オリックスJr. | 2012年 |
| 2018年 | 林晃汰 | 広島（3巡） | 阪神Jr. | 2012年 |
| 2018年 | 石橋康太 | 中日（4巡） | ロッテJr. | 2012年 |
| 2018年 | 田宮裕涼 | 日本ハム（6巡） | ロッテJr. | 2012年 |
| 2018年 | 渡邊佳明 | 楽天（6巡） | 横浜Jr. | 2008年 |
| 2018年 | 内山太嗣 | ヤクルト（育1巡） | 楽天Jr. | 2008年 |
| 2019年 | 石川昂弥 | 中日（1巡） | 中日Jr. | 2013年 |
| 2019年 | 及川雅貴 | 阪神（3巡） | ロッテJr. | 2013年 |
| 2019年 | 小林珠維 | ソフトバンク（4巡） | 日本ハムJr. | 2013年 |
| 2019年 | 津留崎大成 | 楽天（3巡） | ロッテJr. | 2009年 |
| 2019年 | 郡司裕也 | 中日（4巡） | ロッテJr. | 2009年 |
| 2019年 | 樋口龍之介 | 日本ハム（育2巡） | 横浜Jr. | 2006年 |
| 2019年 | 岸潤一郎 | 西武（8巡） | オリックスJr. | 2008年 |
| 2020年 | 高橋宏斗 | 中日（1巡） | 中日Jr. | 2014年 |
| 2020年 | 元謙太 | オリックス（2巡） | 中日Jr. | 2014年 |
| 2020年 | 来田涼斗 | オリックス（3巡） | オリックスJr. | 2014年 |
| 2020年 | 田上奏大 | ソフトバンク（5巡） | オリックスJr. | 2014年 |
| 2020年 | 内星龍 | 楽天（6巡） | 阪神Jr. | 2014年 |
| 2020年 | 嘉手苅浩太 | ヤクルト（6巡） | 阪神Jr. | 2014年 |
| 2020年 | 木下幹也 | 巨人（育4巡） | 巨人Jr. | 2014年 |
| 2020年 | 木澤尚文 | ヤクルト（1巡） | ロッテJr. | 2010年 |
| 2020年 | 佐藤輝明 | 阪神（1巡） | 阪神Jr. | 2010年 |
| 2020年 | 五十幡亮汰 | 日本ハム（2巡） | ヤクルトJr. | 2010年 |
| 2020年 | 佐藤奨真 | ロッテ（育4巡） | ヤクルトJr. | 2010年 |
| 2020年 | 若林楽人 | 西武（4巡） | 日本ハムJr. | 2010年 |
| 2020年 | 池谷蒼大 | DeNA（5巡） | 中日Jr. | 2011年 |
| 2021年 | 池田陵真 | オリックス（5巡） | オリックスJr. | 2015年 |
| 2021年 | 秋山正雲 | ロッテ（4巡） | ヤクルトJr. | 2015年 |
| 2021年 | 吉野創士 | 楽天（1巡） | ロッテJr. | 2015年 |
| 2021年 | 有薗直輝 | 日本ハム（2巡） | ロッテJr. | 2015年 |
| 2021年 | 花田侑樹 | 巨人（7巡） | 広島Jr. | 2015年 |
| 2021年 | 鴨打瑛二 | 巨人（育5巡） | ソフトバンクJr. | 2015年 |
| 2021年 | 大津綾也 | 巨人（育10巡） | 日本ハムJr. | 2015年 |
| 2021年 | 松浦慶斗 | 日本ハム（7巡） | 日本ハムJr. | 2015年 |
| 2021年 | 髙木翔斗 | 広島（7巡） | 中日Jr. | 2015年 |
| 2021年 | 羽田慎之介 | 西武（4巡） | 西武Jr. | 2015年 |
| 2021年 | 野口智哉 | オリックス（2巡） | オリックスJr. | 2011年 |
| 2021年 | 池田来翔 | ロッテ（2巡） | ロッテJr. | 2011年 |
| 2021年 | 豊田寛 | 阪神（6巡） | 横浜Jr. | 2009年 |
| 2022年 | 黒川凱星 | ロッテ（育4巡） | ロッテJr. | 2016年 |
| 2022年 | 門別啓人 | 阪神（2巡） | 日本ハムJr. | 2016年 |
| 2022年 | 相澤白虎 | 巨人（育5巡） | 西武Jr. | 2016年 |
| 2022年 | 山浅龍之介 | 中日（4巡） | 楽天Jr. | 2016年 |
| 2022年 | 蛭間拓哉  | 西武（1巡） | 西武Jr. | 2012年 |
| 2022年 | 澤井廉 | ヤクルト（3巡） | 中日Jr. | 2012年 |
| 2022年 | 中村貴浩 | 広島（育2巡） | ソフトバンクJr. | 2012年 |
| 2023年 | 藤田悠太郎  | ソフトバンク（7巡） | ソフトバンクJr. | 2017年 |
| 2023年 | 杉山遙希 | 西武（3巡） | 巨人Jr. | 2017年 |
| 2023年 | 前田悠伍 | ソフトバンク（1巡） | オリックスJr. | 2017年 |
| 2023年 | 武田陸玖 | DeNA（3巡） | 楽天Jr. | 2017年 |
| 2023年 | 田上優弥 | 巨人（育4巡） | DeNA Jr. | 2017年 |
| 2023年 | 度会隆輝 | DeNA（1巡） | ヤクルトJr. | 2014年 |
| 2023年 | 辻本倫太郎 | 中日（3巡） | 日本ハムJr. | 2013年 |
| 2023年 | 村田賢一 | ソフトバンク（4巡） | 巨人Jr. | 2013年 |
| 2023年 | 石原勇輝 | ヤクルト（3巡） | 広島Jr. | 2013年 |
| 2024年 | 石塚裕惺 | 巨人（1巡） | ロッテJr. | 2018年 |
| 2024年 | 田中陽翔  | ヤクルト（4巡） | ヤクルトJr. | 2018年 |
| 2024年 | 宇野真仁朗 | ソフトバンク（4巡） | 巨人Jr. | 2018年 |
| 2024年 | 宗山塁 | 楽天（1巡） | 広島Jr. | 2014年 |
| 2024年 | 庄子雄大 | ソフトバンク（2巡） | DeNA Jr. | 2014年 |
| 2024年 | 加藤響  | DeNA（3巡） | DeNA Jr. | 2014年 |
| 2024年 | 江原雅裕 | 楽天（4巡） | ソフトバンクJr. | 2012年 |
| 2024年 | 竹田祐 | DeNA（1巡） | オリックスJr. | 2011年 |