三木清
生涯

兵庫県揖保郡平井村小神（後の龍野市、現・たつの市揖西町）にて父親、三木英吉、母親しんの長男として1897年（明治30年）1月5日に誕生する。生家は農業を家業としており清の祖父の代に米穀商を営んでいたため、村の「米屋」として知られており資産家の部類に入る家柄であった。後に四人の弟と、三人の妹が生まれる。弟の内の一人は中国文学者の三木克己である。
1903年（明治36年）に平井村の尋常小学校に入学した。村の資産家の子弟であり学業成績が良好だったため教師から大変可愛がられた。旧制龍野中学校に1909年（明治42年）4月に入学した。中学3年のとき東京高等師範学校を卒業し旧制龍野中学校に国語教師として赴任してきた寺田喜治郎から徳冨蘆花の『自然と人生』を副読本として与えられ、これがきっかけとなって文学書を多読し文学に熱中した。
1914年3月に卒業する。第一高等学校から京都帝国大学に進み、西田幾多郎に師事する。大学在学中は西田のみならず東北帝国大学から転任してきた田辺元や左右田喜一郎らからも多くの学問的影響を受けた。また、谷川徹三、林達夫、小田秀人らとの交友がはじまり彼らの影響で和歌を多く詠んだ。特に谷川徹三とは懇意にしており、詩を作るといつも谷川に見せて批評してもらっていた。長田桃蔵の娘・多喜子に好意を寄せていたが多喜子は谷川の妻となった。1920年4月に猶予されていた徴兵検査をうけ、結果は第二乙種であった。同年、卒業論文として『批判哲學と歴史哲學（カント哲學への瞥見）』

をまとめ大学卒業後は大学院に進学しながら、第三高等学校 (旧制)、龍谷大学（第三高等学校では無く大谷大学であるという説もある ）で教鞭をとる。
1921年4月教育招集され三ヶ月間姫路の歩兵第十聯隊で軍隊生活を送る。
1922年には波多野精一の推薦と岩波茂雄の資金的な支援を受けてドイツに留学する。ハイデルベルク大学でハインリヒ・リッケルトのゼミナールに参加し、歴史哲学を研究した。1923年秋にはマールブルク大学に移り、マルティン・ハイデッガーに師事する。ニコライ・ハルトマンの講義にも出席した。ハイデッガーの助手カール・レーヴィットからの影響でフリードリヒ・ニーチェやセーレン・キェルケゴールの実存哲学への興味を深めた。1924年8月にはパリに移り、大学に席を置かず、フランス語の日用会話の勉強をした。この間パスカル研究を開始。
1925年帰国し、翌年6月には処女作『パスカルに於ける人間の研究』を発表した。同月、母しんが死去する。
1927年には法政大学法文学部哲学科主任教授となった。三木は母校である京都帝大への就職を望んだものの叶わなかった。その理由について、谷沢永一と荒川幾男は、女性問題のためにアカデミズム側から締め出しを食ったからとしている。これは、京都市陶磁器試験場初代場長藤江永孝の未亡人富佐との大学院生時代の交際が問題視されたと言われる。富佐の家は学生の集まる一種のサロンになっており、苦学生の支援をよくしていた。一方、永野基綱は
と説明しており、原因については意見が分かれている。
同年12月に創刊された岩波文庫とも深い関わりがあり、巻末の公約である『読書子に寄す』の草稿は三木によって書かれたものである。1928年3月に東畑喜美子と結婚する。同年、小林勇が岩波書店を追われた際、これを援助するために満鉄から依頼された講演のための旅費1500円をすべて渡した。小林は自らの元手にこの1500円を足して鉄塔書院を起こした。この名をつけたのは幸田露伴である。
同じく1928年10月に羽仁五郎らと雑誌『新興科学の旗のもとに』を起こして、たんなる党派的な教条にとどまらないマルクス主義の創造的な展開も企てたが、1930年、日本共産党に資金提供をしたという理由によって逮捕され、転向をおこなった。法政大学を退職。この際の有罪判決によって公式には教職に就けなくなった三木は、活動の場を文筆活動に移していった。
1930年10月に一人娘の洋子が生まれる（後に東京大学文学部の初めての女性教官永積洋子（ながづみ ようこ、近世通交貿易史専攻の教授）になる。清の妻・喜美子は東畑精一の妹であるが、洋子の幼時である1936年8月に死亡。
その後、ジャーナリズムで活動する日々が続くが、1930年代後半には、後藤隆之助ら近衛文麿の友人たちが中心になって組織した昭和研究会に積極的に参加し、その哲学的基礎づけ作業を担当した。三木はその際、協同主義という一種の多文化主義的な立場を掲げた。これは軍部、特に陸軍の独走によって硬直する日中関係に対する日本の側からの新政策につながるものとして、海軍から期待を集めたものの、中国の側からの知的応答もなく、現実的な力を持たないうちに短期間に色あせた。三木が投獄されたのは治安維持法違反であるから戦後存命であれば、それだけで戦後左翼の英雄となり得る可能性はあった。しかし、治安維持法にて投獄されている期間に、プロレタリア科学研究所哲学研究部主任を解任されており、存命であれば足かせになった可能性はある。
戦後刊の『三木清著作集』には、三木が昭和研究会でとりまとめた『新日本の思想原理』『新日本の思想原理 続編 ー協同主義の哲学的基礎ー』は未収録。その後刊行した『三木清全集第17巻』に『新日本の思想原理』『新日本の思想原理 ー協同主義の哲学的基礎ー』の両方が収録されている。
遠山茂樹・今井清一・藤原彰共著『昭和史（旧版）』（岩波新書、1959年）には、昭和研究会の革新メンバーとして、三輪寿壮、蠟山政道、笠信太郎など5人の名前は挙げておきながら、三木の名前だけは挙げていない。改訂された『昭和史（新版）』には、有馬頼寧、風見章、三輪寿壮、蠟山政道、笠信太郎、佐々弘雄とともに三木の名前も挙げられている。
戦時体制下では自由な言論活動には従来以上に徹底的な弾圧が加えられるようになる。そうした中で理性とヒューマニズムを貫くために、体制の内側から体制の方向を切り替えようとする改良主義的な立場を取った。その立場から、昭和研究会に協力することになった。三木が昭和研究会の文化研究会に参加することになったのは以下の事情による。支那事変によって世界における日本の地位が大きく変わったことに対して、昭和研究会内に世界政策研究会が発足する。この研究会は各界の権威者からヒアリングすることから始められた。そうした中、三木が1937年（昭和12年）11月に中央公論に発表した『日本の現実』が酒井の目にとまり、昭和研究会で三木が『支那事変の世界的意義』と題した講演を行った。この講演の中で三木が昭和研究会の中に思想・文化に関する研究会の設立を提案した。三木の提案は昭和研究会に受け入れられ文化研究会が設立され、委員長に就任するよう酒井から要請があり三木が受諾し昭和研究会へ参加することになった。三木が昭和研究会に参加した時期については、遅くとも1937年6月であるという説もある。三木は文化研究会で多くの項目について、委員の報告および討論の結果を整理して総合報告書として『新日本の思想原理』というパンフレットを作成し1939年1月に発刊し高い評価を受けた。また、このパンフレットは中国語にも訳された。この成果を受け文化研究会では、『新日本の思想原理』の続編となる『新日本の思想原理 続編 ー協同主義の哲学的基礎ー』を同年9月にまとめた。
総力戦体制に対する抵抗と関与という両義的な態度は、同時代の転向知識人がかかえる二面性であるが、三木はその典型であった。すでに軍部と皇道右翼によってマルクス主義はもちろん、自由主義者もまた、自立的な社会的活躍の余地を奪われていた。そのような政治的に非常に息苦しい状況にあって、総力戦体制の効率化、合理化は、一面では、体制派の主流に対するある種の批判的意見表明を可能にする最後の可能性と見えていた。三木は昭和研究会が大政翼賛会に取り込まれて解散に向かうことに対して最後まで抵抗をした。しかし、昭和研究会は軍部や保守勢力によって敵視され、不本意にも解散を余儀なくされたため、やがてその流れは大政翼賛会のなかに取り込まれていく。そのことにより、総力戦動員の合理性に託して、何らかの社会変革を遂行するという知識人の当初の期待は、単なる戦争協力へと変質していくことになる。1939年11月、小林いとと再婚する。1940年には末弟の健が中国で戦死する。1943年に相生の母の生家の増井家に嫁していた妹のはるみが病死する。1944年3月22日に妻のいとが逝去する。
1930年代末から1940年代にかけては、語学力を生かしてヨーロッパの最先端の知的成果を取り入れながら、マルクス主義をより大きな理論的枠組みのなかで理解し直す『構想力の論理』を企てていたが、未完に終わる。さらに最後には親鸞の思想に再び惹かれている。
1945年、治安維持法違反

の被疑者高倉テルが脱走した際に三木の疎開先である埼玉県鷲宮町を訪れた。そこで服や金を与えたことを理由に検事拘留処分を受け東京拘置所に送られ、同6月に豊多摩刑務所に移された。この刑務所は衛生状態が劣悪であったために、三木はそこで疥癬を病み、それに起因する腎臓病の悪化により、終戦後の9月26日に独房の寝台から転がり落ちて死亡しているのを発見された。48歳没。終戦から一ヶ月余が経過していた。遺体を収めた棺は2日後、布川角左衛門が借りた荷車を用いて東畑精一に引き取られ、高円寺の三木の自宅に運ばれた

。
中島健蔵が三木の通夜の当日に、警視庁への拘引から7月下旬まですぐ近くの監房にいて詳しく様子を見たという青年から聞いた話として記しているところによると、疥癬患者の使っていた毛布を消毒しないで三木に使わせたために疥癬に罹患したという。
同じ刑務所にいた中村武彦が看守から聞いたところによると、三木の罪状は取るに足らない微罪であったため、検事も刑務所もここで死なれては困るからと終戦後は早々に出す意向であったが、妻に先立たれて家族がおらず、身柄引受人が誰もいない為に釈放が難航した。そうこうしているうちに疥癬が悪化して、猛烈な痒みで転げまわって常に寝台から落ちるため、看守からも放置され全身が汚物まみれになって、悪臭の中死んでいったという。
三木の通夜の席で、三木や尾崎秀実、戸坂潤と親交のあった松本慎一が「政治犯即時釈放を連合軍に嘆願しよう」と提案したが、その提案が唐突過ぎ、また場所柄もふさわしくなかったために、用意した嘆願書の草案を取り出すことができなかった。
前述の中村は、三木と同囚であった神山茂夫も中西功も、三木の近くの房にいて、革命は近いと豪語しながらも、彼には、なんら手を差し伸べなかった。すぐに引き取れば助かったものを、同志や弟子たちも引き取りにも差し入れにも現われなかったために、彼は死んだのであり、彼らが見殺しにしたも同然であるにもかかわらず、日本帝国主義は許せない、などと憤るのは偽善であると、批判している。
GHQは三木の獄死を知り大きなショックを受けた
。司令部は内務省に状況説明を求めたが終戦時の機密文書焼却のため失われており、改めて取りまとめが行われた。
敗戦からすでに一ヶ月余を経ていながら、政治犯が獄中で過酷な抑圧を受け続けている実態が判明し、占領軍当局を驚かせた。旧体制の破綻について、当時の日本の支配者層がいかに自覚が希薄であったのかについての実例である。この件を契機として治安維持法の急遽撤廃が決められた。そもそも三木が獄中に囚われていたことを親しい友人たちですら知らされずにいたことも当時の拘禁制度の実態を表している。
三木清の法名は、真実院釋清心。なお蔵書は法政大学に所蔵されている。
父親の英吉（三木清の祖父である清助の死後、名を継いで清助と名乗っていた）は1956年に亡くなっている。
1997年、龍野市から名誉市民の称号が与えられた。