日蘭関係
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上述のとおり、ヨーロッパ諸国のなかではオランダのみが日本との通商を許されており、長崎の出島にオランダ東インド会社の商館を設置していたが、1808年（文化5年）、イギリス軍艦フェートン号がオランダ船を捕獲するために長崎に侵入、薪水などを得て退去した。これがフェートン号事件である。当時のオランダは、ナポレオン・ボナパルトの弟ルイ・ボナパルトを王とするホラント王国であり、イギリスとは戦争状態にあって、その東南アジアの植民地はイギリスによって占領されていた。この事件は、ヨーロッパにおけるナポレオン戦争の余波が東アジアの日本にまで及んだものであるが、責任をとって長崎奉行松平康英は自刃した。
アヘン戦争後の1844年（弘化元年）、オランダ国王ウィレム2世は日本に開国を勧告する国書を将軍徳川家慶あてに送ったが、翌年、幕府はこれを拒絶している。
1852年（嘉永5年）、この年にオランダ商館長となったヤン・ドンケル・クルティウスが幕府に提出した「別段風説書」には、アメリカ合衆国が砲艦外交を極東でおこなうとしてアメリカ軍船の来航を予告したが、幕閣はこれを黙殺した。翌1853年（嘉永6年）、アメリカ合衆国大統領ミラード・フィルモアの国書をたずさえて、アメリカ海軍東インド艦隊司令長官マシュー・ペリーが相模国三浦郡浦賀（現・神奈川県横須賀市浦賀）沖に来航した。1854年（安政元年）、ペリーが軍艦7隻を率いて再来航し、日米和親条約が調印されて日本が開国すると、それにつづいてイギリスやロシアとも同じ内容の条約を結んだ。オランダ商館長クルティウスは、開国政策に転じた幕府の要求に応じ、軍艦2隻（後の観光丸であるスンビン号と、後の咸臨丸であるヤパン号）の発注、幕府長崎海軍伝習所の設立、オランダ海軍士官の招聘などに関与し、これらの活躍を通じて日本側の信頼を得て1856年1月30日（安政2年12月29日）、日蘭和親条約の締結に至った。日本は、この4ヶ国との和親条約により従来の長崎とともに伊豆国賀茂郡下田（現・静岡県下田市）、箱館（現・北海道函館市）も開港されることとなった。
1855年（安政2年）、クルティウスの協力によって設立された長崎海軍伝習所は、海軍士官養成のための学校であった。そこでは幕臣や雄藩の藩士を選抜し、ペルス・ライケン、 ホイセン・ファン・カッテンディーケ 、ポンペ・ファン・メーデルフォールトらのオランダ人教師によって西洋技術、航海術、蘭学をはじめとする諸学を学ばせた。海軍伝習所で学んだ著名な人物には勝海舟、榎本武揚、五代友厚などがいる。
また同じく1855年（安政2年）には、アメリカ総領事としてタウンゼント・ハリスが下田に着任している。ハリスは翌年、通訳兼書記官としてオランダ語に通じたヘンリー・ヒュースケンを雇った。ヒュースケンはアムステルダム生まれのオランダ人で、外交折衝や日本での見聞をつづった『ヒュースケン日本日記』を遺しており、幕末外交史の貴重な資料となっている。
1857年（安政4年）、咸臨丸が南ホラント州のキンデルダイクで完成し、日本へ送られて長崎海軍伝習所の練習艦となった。この船は、のちに勝海舟、福澤諭吉、ジョン万次郎らを乗せて太平洋を横断することとなる。
1858年（安政元年）、アメリカ下田総領事のハリスが清国がアロー号事件の結果、天津条約を結んだことを利用し、日米修好通商条約の調印をはたらきかけ、老中の堀田正睦は勅許を得ようとしたが失敗に終わり、正睦に代わって大老となった井伊直弼とのあいだに交渉がもたれ、無勅許のまま調印した。イギリス、フランス、ロシアとも同様の条約が結ばれ、1858年8月17日（安政5年7月10日）オランダとのあいだに日蘭修好通商条約がむすばれた。これらは総称して「安政五カ国条約」と呼ばれる。
通商条約の締結も、クルティウスの手によるものであった。クルティウスは長崎奉行と交渉し、踏み絵の廃止を実現するなど開国後のオランダ最初の駐日外交官としても日蘭間の交渉役を続けている。この交渉の過程で日本人へオランダ語を教授するかたわら、自ら日本語の研究も進め、1857年には日本語の文法書「日本文法稿本」を作成、また、日本初の有線式実用長距離電信実験に成功し、電信技術を日本にもたらしている。
通商条約の締結により、日本とオランダの間に従来の長崎での管理貿易にかわって長崎、箱館、神奈川（のち横浜）、兵庫（のち神戸）、新潟を開港場とする自由貿易がはじまることとなった。また、既に和親条約によって出島に対する規制は大幅に緩和されていたが、通商条約を受けてオランダ商館が正式に廃止された。国別でみると、1860年段階でオランダは日本にとってイギリス、アメリカに次いで第3の貿易相手国であったがその比率は年を経るにしたがって減じていき、1865年にはフランスに追い越されている。
こうした状況は適塾でオランダ語を学んだ福澤諭吉が、1859年（安政6年）によって外国人居留地となった横浜の見物に出かけたが、そこではもっぱら英語が用いられており、看板の文字すら読めないことに衝撃を受けたエピソードにもあらわれている。
1860年（万延元年）、日米修好通商条約の批准書を交換するためアメリカ軍艦ポーハタン号は、遣米使節団一行を乗せて太平洋を横断させることとなったが、ポーハタン号の万一の場合を想定して咸臨丸も同行することとなった。これには諭吉も同乗しているが、ウェブスター辞書を購入して帰国し、そののちは幕府翻訳方に採用された。
このように開国は洋学の発展を促進したが、その一方で、開国後のインフレーションなどにより排外主義的な思想も力を得た。ほか、孝明天皇の了解を得ずに各国との間で修好通商条約を締結したため、排外思想が尊王思想とも結びついて尊王攘夷運動が起こった。さらに1861年1月（万延元年12月）、日本をこよなく愛したヒュースケンが薩摩藩士に襲われて死ぬとする事件が起きた。
攘夷派が藩政を握り、尊王攘夷運動の牙城となったのが長州藩であった。1863年6月25日（文久3年5月10日）、長州藩は攘夷を決行し、関門海峡（馬関海峡）を航行するアメリカ商船を砲撃した。これに対し、その報復として、翌1864年9月5日（元治元年8月5日）から7日（同年8月7日）にかけてイギリス・オランダ・フランス・アメリカの四国連合艦隊17隻が下関を砲撃し、陸戦隊が砲台を占拠した。これが下関戦争である。戦闘で惨敗を喫した長州藩は四国側と交渉し、下関海峡の外国船通航の自由や賠償金の支払などを条件として講和した。なお、賠償金300万ドル（225万両相当）は、長州藩には支払えないほど巨額であったことや、長州藩は幕命によって攘夷を実行したという経緯から幕府が支払うこととされた。
蘭学を学んでこの時期に活躍した人物としては、長州の大村益次郎がいる。益次郎は1846年（弘化3年）に緒方洪庵の適塾で学び、その在籍中に長崎へ1年間遊学してそののち適塾の塾頭まで進んだ。長州征討と戊辰戦争で長州藩兵を指揮し、勝利の立役者となったほか事実上の日本陸軍の創始者であり、または靖国神社の前身である東京招魂社の創建を献策した。
幕府側の人物としては、津和野藩出身の西周がいる。周は最後の将軍でもある徳川慶喜の政治顧問であり、明治にはいっては啓蒙家として活躍し貴族院議員も務めている。周が蘭学を学んだのは1841年（天保12年）の養老館においてであり、1862年（文久2年）には幕命で津田真道、榎本武揚らとともにオランダに留学し、シモン・フィッセリング（ドイツ語版）に法学を、またカント哲学、経済学、国際法などを学んでいる。「哲学」「藝術」「理性」「科學」「技術」など多くの哲学・科学関係のことばは周の考案した訳語として知られる。
戊辰戦争では、オランダで建造された開陽丸が榎本率いる旧幕府海軍の旗艦として用いられた。