特定都区市内
設定区域一覧

現在本特例が適用されているのは、札幌市・仙台市・横浜市・名古屋市・京都市・大阪市・神戸市・広島市・北九州市・福岡市の計10都市と東京23区内。
駅の設定は基本的に各市の市域内。ただし、（JRが定める）中心駅へJR線だけで行くために一旦市外に出なければならない駅の扱いは駅により異なる。神戸市に所在する道場や福岡市内の筑肥線各駅は除外されている。一方で山陽新幹線新神戸と相鉄線直通列車羽沢横浜国大は含まれている。また横浜市内の矢向や大阪市内の新加美、広島市内の矢野などから中心駅への経路には、特定都区市内に指定された市以外の市町を挟むが、便宜上他市町の駅も含める。この場合、乗車券の券面にこれら除外駅や含まれる駅を表記（横浜市内の場合は、「横浜市内・川崎・鶴見線内」、または「横浜市内・川崎」と表記）する場合がある（旅規187条3項）。
当該都区市内での新線開業や新駅開業、市町村合併による市域拡大の場合は、当該の新駅が既存のJR線内に当該都区市内のみで接続する場合に限り、当該都区市内ゾーンへの組入れが行われている。
1983年の筑肥線「博多 - 姪浜」間廃止までは、廃止区間の中間駅に加えて姪浜・今宿・周船寺の各駅も福岡市内の駅に入っていたが、廃止に伴い3駅は除外された。
京葉線の新木場・葛西臨海公園両駅の場合は、1988年の開業当初は都区内では「独立」したJR線のため東京都区内ゾーンに組み入れられなかったが、その後1990年に東京まで延伸開業した際に、同時に開業した八丁堀などの途中駅とともに東京都区内ゾーンに組み入れられた。
1997年（平成9年）3月8日の片町線（学研都市線）「京橋 - 片町」間廃止に伴い、片町駅が除外された。また、同日のJR東西線開業に伴い、尼崎駅を除く同線の各駅を大阪市内駅に追加。
上記の追加に伴い、市外乗車「塚本 - 尼崎 - 加島」間および大阪駅と北新地駅との乗り継ぎの特例が設定される。
仙台市内に属する仙台を除く仙山線の駅は、設定当初は北仙台1駅のみだったが、市域拡大と新駅開業に伴い2022年現在では臨時駅を含めて下図の12駅と増加している。なお、臨時駅である西仙台ハイランド・八ツ森両駅も2014年（平成26年）3月15日に廃止されるまで含まれていた。
2003年（平成15年）12月1日の可部線「可部 - 三段峡」間廃止に伴い、河戸から小河内までの各駅が除外された。
2017年（平成29年）3月4日の可部線「可部 - あき亀山」間開業に伴い、河戸帆待川・あき亀山両駅を広島市内駅に追加。
2019年（平成31年）3月16日におおさか東線「新大阪 - 放出」間開業に伴い、久宝寺駅を除く同線の各駅を大阪市内駅に追加。
上記の追加に伴い、市外乗車「新加美 - 久宝寺 - 加美」間の特例が設定される。
2019年（令和元年）11月30日に相鉄・JR直通線（神奈川東部方面線） 鶴見 - 羽沢横浜国大間開業に伴い、羽沢横浜国大駅を横浜市内駅に追加。
上記の追加に伴い、市外乗車「鶴見 - 武蔵小杉」間の特例が設定される。
各設定区域には、「鉄道・航路旅客運賃・料金算出表」において事務管理コードが設定されている。
本特例が適用されている都区市内に所在する各駅の駅名標の右上または左上には、それを示す記号（下表にて列挙する各カテゴリの先頭の四角マーク）が付いている。
| 記号 | 設定名称 （中心駅） | 路線・区間 | 路線図 オレンジ色の線は新幹線を表す |
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|  | 札幌市内 （札幌駅） |  函館本線：ほしみ - 森林公園間  千歳線：上野幌 - 白石間  札沼線：桑園 - あいの里公園間 |  |
|  | 仙台市内 （仙台駅） |  東北本線：南仙台 - 岩切間  仙石線：あおば通 - 中野栄間  仙山線：仙台 - 奥新川間 |  |
|  | 東京都区内 （東京駅） |  東海道本線 京浜東北線・東海道線：東京 - 蒲田間  横須賀線：東京 - 品川 - 西大井間  山手線：全線全駅  赤羽線（埼京線・池袋 - 赤羽間）：全線全駅  中央本線（中央線快速・中央・総武緩行線）：神田 - 代々木間、新宿 - 西荻窪間  総武本線 総武快速線：東京 - 新小岩  中央・総武緩行線：秋葉原 - 小岩間  京葉線：東京 - 葛西臨海公園間  東北本線 京浜東北線：田端 - 赤羽間  宇都宮線：上野 - 尾久 - 赤羽間  埼京線：赤羽 - 浮間舟渡間  常磐線：日暮里 - 金町間 |  （緑線の部分が東京山手線内） |
|  | 東京山手線内 （東京駅） |  東海道本線 東海道線・京浜東北線：東京 - 品川間  東北本線 宇都宮線：東京 - 上野間  京浜東北線：東京 - 田端間  山手線：全線全駅  中央本線（中央線快速・中央・総武緩行線）：神田 - 代々木間  総武本線（中央・総武緩行線）：秋葉原 - 御茶ノ水間 |  （緑線の部分が東京山手線内） |
|  | 横浜市内 （横浜駅） | 便宜上、横浜市外である川崎・尻手・八丁畷・川崎新町・小田栄・浜川崎・武蔵白石・昭和および扇町を含む。 横浜市内と市外にまたがり所在地表記が横浜市外（鎌倉市）となる大船を除く。 市外乗車（鶴見 - 新川崎 - 武蔵小杉）の特例が存在する。 東海道本線 東海道線：川崎 - 戸塚間  京浜東北線：川崎 - 横浜  相鉄線直通列車：（武蔵小杉） - 鶴見 - 羽沢横浜国大間  根岸線：横浜 - 本郷台間  鶴見線：全線全駅  南武線 本線：川崎 - 矢向間  南武支線：尻手 - 浜川崎間（全線全駅）  横浜線：東神奈川 - 長津田間 |  |
|  | 名古屋市内 （名古屋駅） |  東海道本線・名古屋地区：南大高 - 名古屋間  中央本線：新守山 - 名古屋間  関西本線：名古屋 - 春田間 |  |
|  | 京都市内 （京都駅） | 便宜上、京都市内と市外にまたがり所在地表記が京都市外（亀岡市）となる位置に移転した保津峡（山陰本線）を含む。  東海道本線 琵琶湖線・JR京都線：山科 - 桂川間  山陰本線 嵯峨野線：京都 - 保津峡間  奈良線：京都 - 桃山間 |  |
|  | 大阪市内 （大阪駅） | 便宜上、大阪市外である南吹田・高井田中央・JR河内永和・JR俊徳道・JR長瀬および衣摺加美北（おおさか東線）を含む。 市外乗車（塚本 - 尼崎 - 加島間、加美 - 久宝寺 - 新加美間）及び大阪駅と北新地駅との乗り継ぎの特例が存在する。 東海道本線 JR京都線：東淀川 - 大阪間  JR神戸線：大阪 - 塚本間  大阪環状線：全線全駅  桜島線：全線全駅  関西本線（大和路線）：加美 - JR難波間  阪和線：天王寺 - 杉本町間  片町線（学研都市線）：放出 - 京橋間  JR東西線：京橋 - 加島間  おおさか東線：新大阪 - 新加美間 |  |
|  | 神戸市内 （神戸駅） | 神戸市北区にある道場（福知山線）を除く。 新神戸駅と在来線との乗り継ぎの特例が存在する。 東海道本線 JR神戸線：甲南山手 - 神戸間  山陽本線 JR神戸線：神戸 - 舞子間  和田岬線：兵庫 - 和田岬間  山陽新幹線：新神戸 |  |
|  | 広島市内 （広島駅） | 便宜上、広島市外である海田市および向洋（山陽本線）を含む。 山陽本線：瀬野 - 五日市間  呉線：矢野 - 海田市間  可部線：全線全駅  芸備線：井原市 - 広島間 |  |
|  | 北九州市内 （小倉駅） |  鹿児島本線：門司港 - 折尾間  日豊本線：西小倉 - 朽網間  筑豊本線：若松 - 折尾間  日田彦山線：城野 - 呼野間 |  |
|  | 福岡市内 （博多駅） | 福岡市西区にある姪浜・下山門・今宿・九大学研都市および周船寺（筑肥線）を除く。 鹿児島本線：福工大前 - 南福岡間  香椎線：西戸崎 - 土井間 |  |