日本の儒教
歴史（近世） > 江戸時代

江戸時代になると、それまでの仏教の僧侶らが学ぶたしなみとしての儒教から独立させ、一つの学問として形成する動きがあらわれた（儒仏分離）。中国と朝鮮から、朱子学と陽明学が静座（静坐）（座禅）などの行法をなくした純粋な学問として伝来し、特に朱子学は幕府によって封建支配のための思想として採用された。朝鮮の姜沆の影響を受けた藤原惺窩の弟子である林羅山が徳川家康に仕え、以来、林家が大学頭に任ぜられ、幕府の文教政策を統制した。
第5代将軍徳川綱吉は、幕府の文治政治への転換に際し儒学を重要視し、林鳳岡をしばしば召しては経書の討論を行い、また四書や易経を幕臣に講義したほか、1690年（元禄3年）、孔子廟を湯島に建立し（湯島聖堂）、そこで、林家の私塾として「学問所」が開講され朱子学が教授されるようになった。
徳川吉宗は、概念的な朱子学を遠ざける傾向があり、また、林家当主が連続して若く亡くなるなどして、一時、朱子学は低迷するものの、松平定信が老中となると、低下した幕府の指導力を取り戻すために、儒学のうち農業と上下の秩序を重視した朱子学を正学として復興させ、1790年（寛政2年）には、当時流行していた古文辞学や古学を「風俗を乱すもの」として林家の門人が学ぶことを禁ずるなど規制を図った（寛政異学の禁）。1797年（寛政9年）までには「学問所」を林家から切り離し、「聖堂学規」や職制の制定など制度上の整備を進めて幕府の直轄機関とした。これが幕府教学機関としての昌平坂学問所の成立である。林述斎は、養子として林家に入り、柴野栗山・古賀精里・尾藤二洲（寛政の三博士）らとともに儒学の教学の刷新にも力を尽くし、林家中興の祖と呼ばれた。
以下に林家の学派の主要な師弟関係を示す（太字は林家当主、添字は代数）。
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| 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 | 林羅山 1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 |  |  | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 | 林鵞峰 2 |  |  | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 | 山鹿素行 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 |   |   | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 | 林鳳岡 3 |   |   | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） | 古学（聖学） |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 |  |  | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 |  |  | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 |  |  | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 |  |  | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 |  |  | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 | 林榴岡 4 |  |  | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 | 井上蘭台 |  |  | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 | 秋山玉山 |  |  | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 | 岡島冠山 |  |  | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 | 黒沢雉岡 |  |  | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 | 松平乗薀 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 |  |  | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 |  |  | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 | 林鳳谷 5 |  |  | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 | 井上金峨 |  |  | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 | 渋井太室 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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|  |  |  |  |  |  |  |  | 折衷学 | 折衷学 | 折衷学 | 折衷学 | 折衷学 | 折衷学 |  |  | 林述斎 8 | 林述斎 8 | 林述斎 8 | 林述斎 8 | 林述斎 8 | 林述斎 8 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 |  |  | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 |  |  | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 |  |  | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 |  |  | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 |  |  | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
| 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 | 林檉宇 9 |  |  | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 | 鳥居耀蔵 |  |  | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 | 林復斎11 |  |  | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 | 佐藤一斎 |  |  | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 | 安積艮斎 |  |  | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 | 松崎慊堂 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
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| 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 |  |  | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 |  |  | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 |  |  | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 |  |  | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 |  |  | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 |  |  |
| 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 | 林壮軒10 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 | 林学斎12 |  |  | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 | 佐久間象山 |  |  | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 | 山田方谷 |  |  | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 | 塩谷宕陰 |  |  | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 | 大槻磐渓 |  |  | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 | 安井息軒 |  |  |
寛政の改革後、昌平坂学問所において、概ね3年ごとに朱子学の学識を試す試験「学問吟味」が行われるようになり、成績優秀者は役職登用の機会となるなど、朱子学は、幕政及びそれに倣う諸藩において、立身出世の途となり、林家の学派のみならず、他の学派も成長した。特に木下順庵門下には、新井白石、室鳩巣、雨森芳洲、祇園南海ら多くの人材を輩出した。将軍侍講である奥儒者の地位は江戸後期までほぼ林家が独占したが、徳川吉宗の治世では例外的に、室鳩巣が1725年から1734年まで奥儒者を務め、荻生徂徠の門人である成島信遍も奥儒者となっている。その後、成島家の司直が幕府の正史『御実紀』（『徳川実紀』）編纂などの功績から文政年間（1818-1831年）に奥儒者に任じられたのを皮切りに、同家系から養子成島筑山と養孫成島柳北も奥儒者となった。
幕府や諸藩においては官学として朱子学が中心であったが、日本では、中国本土や朝鮮と異なり科挙が採用されていなかったため、中国本土や朝鮮では順次衰退していった陽明学が命脈を保つこととなった。代表的学派として、中江藤樹が一家を構え、その弟子である熊沢蕃山が岡山藩において執政するなど各地に影響を残した。いわゆる近江商法にその影響を見る者もいる。また、1724年（享保9年）には、大坂の豪商たちは共同して学問所「懐徳堂」を設立し、初代の学主として三宅石庵が迎えられ、朱子学に混交した陽明学が教えられた。後に、この系列から中井竹山、中井履軒、富永仲基、山片蟠桃、佐藤一斎らが輩出される。このように朱子学に加え陽明学が地歩を固める中、『伝習録』等を通じ、幕末における維新思想をはじめとした各種の運動（大塩平八郎、吉田松陰、高杉晋作、西郷隆盛、河井継之助、佐久間象山、山田方谷　等） に影響を与えた。陽明学研究は江戸期を通じ進み、中国本土での清末における陽明学再評価時には、ほとんど忘れられていた陽明学左派李卓吾の『焚書』や『蔵書』が逆輸出されるほどであった。
その他、儒教と仏教が分離する一方、山崎闇斎によって神儒一致が唱えられ、垂加神道などの儒教神道が生まれた。朱子学を批判的に摂取する貝原益軒なども現れた。日本の儒教の大きな特色として、朱子学や陽明学などの後世の解釈によらず、論語などの経典を直接実証的に研究する聖学（古学）、古義学、古文辞学などの古学が、それぞれ山鹿素行、伊藤仁斎、荻生徂徠によって始められたことが挙げられる。
特に山鹿素行は朱子学を批判して幕府から処罰された。彼は古学という独自の学問体系を確立し、寛文5年（1665年）、天地からなる自然は、人間の意識から独立した存在であり、一定の法則性をもって自己運動していると考えた。この考えは、門人によって纏められ山鹿流として継承される。ただ、素行が唱えた「士道」は「諌めても改めぬ主君なら臣から去るべし」など「二君に仕えず」という従来の武士道の対極にあり、かつ「日本こそが中朝（中華）である」という孟子による儒教的世界観を完全否定する思想だったため、古学派は多くの藩で排斥された。
江戸時代中期に書かれた葉隠では、当時主流となっていた儒学的武士道を「上方風のつけあがりたる武士道」と批判しており、藩内でも禁書の扱いをうけた。この時代には一定の批判もあったが、安定期が長く続くと封建社会を支える儒教的思想が定着し、幕末ごろには兵学や武士道の実用性が失われた。
江戸時代を通して、武家層を中心として儒教は日本に定着し、水戸学などにも影響、やがて尊王攘夷思想に結びついて明治維新への原動力の一つとなった。一方、一般民衆においては、石田梅岩の石門心学などわずかな例外を除き、学問としての儒教思想はほとんど普及しなかった。
儒学の体系化と立身出世という実益により武家層へ浸透した結果、有事に備えて技術を継承する必要性から同じく体系化されていった兵学にも影響を与えた。それまでの兵学は実戦での経験を踏まえ、作戦部隊の運用や編制など現実的な内容が中心であったが、江戸時代以降は儒学の影響を受け倫理的な側面が強調されるようになった。また生存術や処世術的な意味合いだった武士道も、主君への忠義など幕藩体制を支える思想や倫理を伝授する学問へ変化した。