スティーブン・ジョーンズ
911陰謀論 > 世界貿易センターの破壊

2005年9月22日、約60人が参加するBYUセミナーで、ジョーンズは2001年の9月11日のアメリカ同時多発テロ事件における航空機突入によるワールドトレードセンターと7 WTCの崩壊について見解を発表した。ジョーンズは、主流の崩壊理由に反して、さまざまな証拠が、ビルの崩壊はテルミットによる制御された爆破解体を示していると主張した。彼が引用した証拠としては、崩壊の速度と崩壊の対称性、およびビルから噴出した粉塵の特徴であった。後に、粉塵から見つかった灰色や赤色の欠片をナノテルミットの痕跡として特定し、テルミット反応生成物（酸化アルミニウムと鉄に富む微小球）も粉塵から発見されたと主張した。彼は、制御された解体理論を検証するために、さらなる科学的調査と政府によるすべての関連データの公開を求めた。セミナーの直後、ジョーンズは「なぜWTCの建物は崩壊したのか（Why Indeed Did the WTC Buildings Collapse?）」というタイトルの研究論文を発表したが、物理学部のWebサイトの彼のページでは、BYUはこの論文に責任を負わないとコメントしていた。
その後、ジョーンズはWTC崩壊の調査について、アイダホ州立大学、ユタバレー州立大学、コロラド大学ボルダー校、デンバー大学、ユタアカデミーオブサイエンス、ソノマ州立大学、カリフォルニア大学バークレー校とデイビス校、およびオースティン大学のテキサス校の講義で紹介した。
2006年9月7日、ジョーンズは大学当局の要請によりBYUのウェブサイトから自分の論文を削除し、有給休暇を取得した。大学は、ジョーンズの研究の「推測が強まった告訴的な性質」に関する懸念と、おそらくジョーンズの研究が「適当な科学的発表の場で公表されなかった」ことを、彼を審査の対象とした理由として挙げた。審査は、BYU行政、物理数理科学部、および物理学部の3つの段階で行われることになっていたが、結局BYUは審査を中止することとなった。また、ジョーンズの同僚の何人かは、彼の9/11に関する仕事をさまざまな程度に擁護した。検閲計画（Project Censored）は、2007年の主流メディアの検閲された記事として彼の9/11の研究を挙げた。
大学当局がジョーンズに有給休暇を取らせるという対応は、アメリカ大学教授協会と教育における個人の権利財団から批判を呼んだ。どちらの組織も長い間、学問の自由に関するBYUの対応を批判してきた。ジョーンズは「審査を歓迎」したので、「自分で論文を読むことを人々に奨励する」ことを望んだが、学校は審査を放棄し、ジョーンズは2007年1月1日付で引退することを選択した。
ジョーンズは主要メディアからインタビューを受けており、メディアに多数出演した。ジョーンズは結論を出す際に注意を促した。あるインタビューで、ジョーンズは攻撃とその後の特徴のない建物の完全な破壊に関する政府の理論に直接的に疑問を投げかけ、「アフガニスタンの洞窟にいる19人のハイジャック犯と数人がこれを単独で上手くやり通したとは信じていません」と述べた。彼の名前はしばしば9/11の陰謀論についての報告で言及されるようになった。
ジョーンズは、WTCが爆破解体されたことを示唆する論文をいくつか発表したが、その中でも2005年の論文「WTCが実際に崩壊した理由（Why Indeed Did the WTC Buildings Collapse?）」はこの主題に関する最初の論文であり、その内容と科学的厳密さに対する主張の両方について論争の的とみなされた。その初期の批判者としては、BYUの工学部のメンバーが含まれていた。彼が意見を公にした直後に、BYUの物理数学科学学部と構造工学部は、ジョーンズの見解から距離を置いた声明を発表した。彼らはジョーンズの「仮設と証拠の解釈は学者と実務家によって疑問視されていた」と指摘し、それらが「厳密な技術的審査を保証する関連した科学的議論を行う場に提出された」かどうかに疑問を表明した。2006年4月7日には、ジョーンズはさらなる提示と擁護を、スノー・カレッジ付近のユタ科学芸術アカデミーの仲間の前で行った。ジョーンズは、この論文はD.R.グリフィンの本「9/11 and American Empire：Intellectuals Speak Out」が掲載される前に査読を受けたと主張した。この論文は、"2001年9月11日の調査全体を網羅する"ことを目的として、ジョーンズによって共同設立及共同編集されたジャーナル「9/11研究」に掲載された。さらに、この論文は、陰謀論者のデイビット・レイ・グリフィンとピーター・デール・スコット編集のエッセイにも掲載された。査読プロセスの有効性に関して懐疑論が生じたときは、陰謀論者はさらにいっそう表向きの隠蔽を仮定することで反論した。
2008年4月、ジョーンズは他の4人の著者と共に、ベンサムオープン土木工学ジャーナルに「世界貿易センターの破壊に関する政府の公式報告との14の合意」という題名のレターを発表した。2008年8月、ジョーンズは、ケビン・ライアン（Kevin Ryan）およびジェームズ・ゴーリー（James Gourley）とともに、「世界貿易センターの環境異常：エネルギー物質の証拠」と題された論文を環境保護論者誌（The Environmentalist）に査読付き記事として発表した。
2009年4月、ジョーンズはニールス・ハリット（Niels H. Harrit）と他の7人の著者とともに、公開化学物理誌（The Open Chemical Physics Journal）上で「9/11 ワールドトレードセンター崩壊の粉塵から発見された活動的な熱的物質」という題名の論文を発表した。一方で、ジャーナル編集者である爆発物とナノテクノロジーの専門家であるマリー・ポール・ピレニ教授は辞任した。彼女はデンマークの科学ジャーナルVidenskabから、記事の内容に対する専門的な評価を求めるメールを受け取っていたが、そのピレニによると、記事はピレニの許可なしに公開されたということであった。そのこともあり、その後、出版社であるベンサムサイエンス出版社の信頼性に関して多くの懸念が生じることとなった。これには、SCIgen で生成された査読済み記事を公開したこと（SCIgenは、IEEEおよびシュプリンガーにも論文を載せることに成功している）と、管理者級の複数人が辞任となったこと、そしてスパムを介して無関係の分野の研究者の論文投稿を促したこと、ということも含まれていた。ジョーンズが公開化学物理学誌に投稿した研究論文の査読審査に関して、デビッド・グリスコム（David Griscom）は自分は査読者の1人だったと明らかにした。ジョーンズは、共同執筆した論文の「解明の議論と応援」に対する謝辞の中で、グリスコムと9/11を研究している複数の科学者に言及した。なお、自身を査読者として明らかにしジョーンズから大胆にも正面から歓迎を述べられる 約4年前、グリスコムは証拠に基づいた9/11の研究を擁護する書簡を発表していたが、ジョーンズはそのときその編集者であった。
2016年8月、欧州物理ニュース（Europhysics News）は、「15年経過した観点から：高層ビルの崩壊の物理学について」という特集を掲載した。これは、WTC7とWTCタワーの崩壊についての米国政府（NIST）の公式見解に強く挑戦したものであったが、推測に関して免責事項が付けてあり査読付きの記事ではなかった。論文は、ジョーンズ、ロバート・コロル（Robert Korol）、アンソニー・スザンボチ（Anthony Szamboti）、そしてテッド・ワルター（Ted Walter）によって執筆されていた。