三井グループ
三井グループとも親密な企業

アルプスアルパイン（旧アルプス電気） - 三井グループと緊密。
ANAホールディングス - メインバンクは三井住友銀行（旧三井銀行）。三井不動産とも共同事業を行っている。また、前身となる日本ヘリコプター輸送（現：全日本空輸）の設立の際に三井物産（旧第一物産）や三井住友銀行（旧住友銀行）が発起人として関わっている。
オーケー食品工業 - 三井物産と日本製粉が支援を行っている中堅食品メーカー
オリエンタルランド - 三井不動産が京成電鉄（三和グループのみどり会に加盟。）と共に設立。現在は京成電鉄の持分法適用関連会社として京成グループに名を連ねている一方、三井不動産は保有率を下げているが、2018年11月現在で第二位の保有率である。また、東京ディズニーランド・東京ディズニーシー内には三井住友銀行（旧三井銀行→さくら銀行、以下同）の出張所がある。
鹿島建設 - メインバンクは三井住友銀行（旧住友銀行）。三井不動産とも緊密。
キヤノン - 芙蓉グループ。2016年12月に旧・東芝グループの東芝メディカルシステムズ（現：キヤノンメディカルシステムズ）との資本提携を設立。
極東証券 - 90年10月に三井グループ主要各社に資本協力を経て資本増強を行った事がある。また、それ以前に主力行である三井住友銀行（旧三井銀行）と業務提携を締結していた。
倉敷紡績（クラボウ）
西部ガス - 三井住友銀行、三井生命保険、三井住友海上（旧大正海上火災→三井海上）等の三井系企業数社が主要株主として出資。
相模鉄道（相鉄）- 神奈川県基盤の大手私鉄。小田急電鉄による敵対的買収を、三井銀行の後ろ盾により免れた経緯がある。ちなみに小田急は三菱グループ。
ナイキジャパン - メインバンクは三井住友銀行（旧三井銀行）。トヨタグループとも親密。
ENEOSホールディングス - 三菱グループならびに旧日産コンツェルン系列でもある。かつて共同石油（現：JX金属）と合弁で設立した物産共石（現：ENEOSリテールサービス）を設立。また、かつての子会社であった旧甲陽建設工業（現：JXエンジニアリング）の場合、旧三井銀行と旧三井信託銀行がそれぞれ主力行・準主力行となっていた。その他、タツタ電線（大輪会に加盟。）三井住友銀行が融資団の一員であり、旧日本鉱業（現JX金属）は三井物産の共同出資で東邦チタニウム（2016年現在はJXHDおよびJX金属が支配株主）を、また三井金属とパンパシフィック・カッパーを、それぞれ2社合弁で設立している。また諸事情により融資枠の入れ替えを行うこととなり、旧さくら銀行に旧中央信託銀行（後の中央三井信託銀行～現：三井住友信託銀行）から主力取引行が変更されたため、同様の理由で保有株式も肩代わりしている。
ENEOS - 親会社のJXTGホールディングス同様諸事情により融資枠の入れ替えを行うこととなり、旧さくら銀行に旧中央信託銀行（後の旧中央三井信託銀行～現三井住友信託銀行）から主力取引行が変更されたため、同様の理由で保有株式も肩代わりしている。また、三井物産はJX日鉱日石エネルギー（当時）、丸紅とLPG事業を統合しENEOSグローブを発足した他、前身のひとつ東燃ゼネラル石油には主要株主の一社に名を連ねていた。
SBI新生銀行 - 三井農林の主力行。このほか、トヨタ自動車へ取引金融機関以外の金融機関の一社として資本参加している。
広州汽車集団
広汽トヨタ自動車 - トヨタ自動車と中華人民共和国の広州汽車の合弁事業開始以降は、トヨタ製の車両を自社ブランドで販売している。
シャープ - 三和グループの三水会に加盟（みどり会には未加盟。）。2018年10月に東芝グループの東芝クライエントソリューション（現・Dynabook）との資本提携を設立。
SUBARU（旧富士重工業）- 2019年9月にトヨタ自動車の関連会社化。また、トヨタグループ入り以前の2005年から業務提携を行っている。
セディナ（旧セントラルファイナンス）- 三井グループ内ではSMFG・SMBC・物産と関係が強い。また、住友色濃厚であった旧ダイエー系のカード会社・オーエムシーカード、および実質住友系のカード会社・クオークの両社と3社合併、新CI導入により商号と社名ロゴを変更し現在に至る。
セブン&アイ・ホールディングス - 傘下のイトーヨーカ堂は、古くから旧三井銀行と縁が深い。三井物産とも物流などの面で提携し、共同でショッピングモールの開発も行っている。
セブン銀行 - 三井住友銀行（旧さくら銀行）が主要株主の一社に名を連ねている。
ゼネラル・エレクトリック - 2000年1月に日本ニユクリア・フユエル（現・グローバル・ニュークリア・フュエル・ジャパン）と日立製作所（三和グループ〈三水会およびみどり会に加盟。〉・芙蓉グループ・第一勧銀グループ）と東芝とアメリカ合衆国のゼネラル・エレクトリックの資本提携を設立。
セントラル警備保障 - かつて三井業際研究所に加盟していたが2015年現在脱退しているため二木会・三井広報委員会・三井業際研究所・綱町三井倶楽部・月曜会・三井文庫のいずれにも非加盟。ただし、三井物産と上場子会社・もしもしホットラインが主要株主に残る。
ソニー - 三井住友銀行が（旧三井銀行時代から）メインバンク。草創期の会長に三井銀行元会長の万代順四郎が、またその後も社外取締役に小山五郎（三井銀行元会長）や岡田明重（三井住友銀行元会長）など、歴代の旧三井銀行出身者が就任していたことがある。また、三井住友銀行と共にソニー銀行を設立した。
東京電力ホールディングス - 三井住友銀行が旧三井銀行以来からの融資団（旧興銀・旧三菱銀ほか）の主要メンバー。
野村グループ - 三井グループ各社の主幹事を務めている。三和グループのみどり会に加盟、傘下の野村證券は大輪会に加盟。
パラマウント・グローバル（旧CBSコーポレーション→旧バイアコムCBS） - アメリカ合衆国のCBSはTBSホールディングスと独占包括業務提携を結んでおり、テレビ事業子会社のTBSテレビによるニュース映像利用の他に、ニュース番組を系列のBS-TBS、TBSニュースバードで放送されている。
日野自動車 - 2001年4月にトヨタ自動車の子会社化。また、トヨタグループ入り以前の1966年から業務提携を行っている。
ダイハツ工業 - 2016年8月にトヨタ自動車の完全子会社化。また、トヨタグループ入り以前の1967年から業務提携を行っている。なおメインバンクは旧三和銀行であり、三和グループの三水会およびみどり会に加盟している。
中国第一汽車集団
天津一汽夏利汽車 - トヨタ自動車と中華人民共和国の第一汽車の合弁事業開始以降は、トヨタ製の車両を自社ブランドで販売している。
リソルホールディングス - 旧ミサワリゾートを野村プリンシパル・ファイナンス（野村グループ系列）と三井不動産がミサワホームホールディングスから買収したことから。現在は野村プリンシパル・ファイナンスの株主異動（ゲームソフト大手のコナミが保有株式の一部を肩代わり）により三井不動産が筆頭株主となっている。
闘魚 - 2019年8月に三井物産とmildomを設立。
日本経済新聞社 - 日本経済新聞（日経）は元々三井物産から「中外物価新報」として創刊されたのが起源であり、1940年（昭和15年）に当時の三井財閥から独立するまで、三井物産を始めとする三井系各社と緊密な関係を保っていた。また、2011年12月には日経とTBSホールディングスがコンテンツ開発などで業務提携を行い、そのパートナーとして、テレビ東京や三井物産なども協力するなど、三井グループとの関係が再度深くなっている。
東京ドーム - 2021年1月に三井不動産の連結子会社となり、そして4月に三井不動産が株式80%を保有する完全子会社となる。なおメインバンクは旧第一勧業銀行（現：みずほ銀行）であり、第一勧銀グループ・みずほグループに加盟している。またプロ野球セ・リーグに所属する読売ジャイアンツ（巨人）の本拠地である関係上から、巨人の親会社である読売新聞グループ本社も20%の株式を出資している。