永禄の変
事件後の推移

三好氏による義輝の弑逆は世間を憤慨させた。とくに、義輝の殺害を知った諸大名の憤りは激しかった。変の翌日には、若狭の武田義統が義輝の死を越前の朝倉義景に連絡していることから、義輝の死はすぐに諸国へ伝わったことがわかる。
越後の上杉輝虎（謙信）は義輝の死を知ると、「三好・松永の首を悉く刎ねるべし」と神仏に誓ったほどであった。
河内の畠山氏の重臣・安見宗房も「前代未聞で是非も無いこと。（略）無念の至りだ」と怒りをあらわにし、上杉氏の重臣である河田長親と直江景綱に弔い合戦を持ちかけている。
越前の朝倉義景の重臣らも同様に、「誠に恣の行為で、前代未聞、是非なき次第で沙汰の限りだ」と怒りをあらわにしている。
上記より、平時には薄らいでいた将軍への意識が、かつての永禄への改元を超える足利将軍家の存亡の危機として、諸大名に喚起されたとする見方もある。このとき、織田信長や朝倉義景、武田義統など、親義輝派の大名らが糾合されつつあったが、上杉氏は武田氏や後北条氏、本願寺と対立しており、織田氏も三好氏と同盟する美濃斎藤氏との戦いが続き、六角氏は観音寺騒動による家中の動揺で出兵できなかった。
朝廷は政変を一時的に追認したものの、三好・松永の義輝殺害に強い怒りを感じ、その死に悼惜した。公家の山科言継は義輝の殺害を、「言葉がない。前代未聞の儀なり」と日記に記している。また、正親町天皇に仕えていた女官も同様に、「言葉もないことだ」と嘆き悲しんでいる。
6月7日、朝廷は義輝に従一位・左大臣の栄位を追贈した。これは、義輝の父祖と同様、室町幕府の歴代将軍に与えられてきたものであった。また、正親町天皇はこの日より、政務を3日間停止して、義輝に弔意を示した。
6月9日、義輝の葬儀が将軍家の菩提寺である等持院において、雨の中行われたが、相国寺以外の五山十礼の寺院が参列せず、山科言継がこれを嘆いている。このとき、三好側は葬儀を阻害することもなく、滞りなく行われた。また、正親町天皇は義輝の妹・入江殿（烏丸光宣室）に対して、弔問の勅使を遣わし、自身の弔意を伝えている。
7月7日、朝廷は内裏において、永禄の変によって生じた穢れを祓う儀式を行った。
7月28日、義輝の弟である興福寺一条院門跡の覚慶（還俗後は足利義昭）が、細川藤孝や一色藤長ら兄の遺臣らの手引きによって、密かに寺から脱出した。兄の死後、覚慶は松永久秀によって、興福寺内で幽閉・監視されていた。覚慶は近江の矢島に移ってここを在所として（矢島御所）、ここで還俗し、越後の上杉謙信や安芸の毛利元就らに書状を出した。
8月27日、久秀の弟で丹波の支配を行っていた内藤宗勝が戦死し、三好方は丹波を失ってしまった。義昭は各地の大名らに上洛の支援を求め、反三好側の陣営はにわかに活発になった。
同月、妙満寺が義輝のために千部経の仏事を催行すると、三好側は「御大義、是非に及ばず」として褒詞を下し、惣領の三好義継が寄宿免除（寺に兵の駐屯を禁ずる）の特権を与えた。ほかにも、三好側は義輝を弔うため、相国寺などに仏事料として田地を寄進している。だが、それらは義輝の鎮魂のためではなく、支配層から一般庶民にいたるまでが義輝の死を嘆き、三好氏への怒りを示したことを見て、三好側が世間の反発を和らげるために行ったと考えられる。
10月26日、朝廷は御小袖が収められた唐櫃を義継に下賜し、松永久秀と広橋国光に引き渡された。御小袖は将軍家重代の家宝であるとともに、天皇を守護する将軍の象徴として神聖視されたものであり、それが三好氏に渡されたということは、朝廷が義継を将軍家の継承者と認め、三好氏に天下を委ねたに等しかったとする見方もある。
11月16日、三好長逸は三好宗渭や岩成友通とともに飯盛山城に入り、義継に失態続きの久秀を見放すように迫った。これは阿波三好氏の三好康長と打ち合わせた上で行われたものであった。義継は要求に応じざるを得ず、松永久秀・久通父子は三好方から追放された。これにより、久秀の地位は岩成友通に受け継がれ、三好本宗家は三好三人衆が当主・義継を支える新体制になった。だが、久秀と久通は追放された後、足利義昭を旗頭とする織田信長や畠山秋高、武田義統、上杉輝虎（謙信）、朝倉義景の陣営に入った。
12月11日、正親町天皇は関白・近衛前久に内々に改元を諮っているが、これは義継ら三好氏による改元費用負担を頼ったものとされる。だが、この頃になると、三好氏の間では内紛が始まっており、その結束も綻びを見せていた。
永禄9年（1566年）2月、三好方と松永久秀、畠山秋高方との間で戦いが始まった。三好方は京都や堺、芥川山城、飯盛山城を確保したが、全体的には劣勢になった。
4月21日、義昭が義栄の先を越す形で、朝廷から従五位下・左馬頭に叙任された。左馬頭は次期将軍が就く官職であり、朝廷が義栄より先に義昭を任じたことは、義昭を正統な後継者として認識していた可能性が高い。義継や三好三人衆はこの劣勢を覆すため、義栄を庇護する阿波三好氏との連携に踏み切った。
6月、義栄は阿波の諸将に擁されて、阿波から淡路の志知に進み、四国一円に軍勢催促を行った。これにより、阿波三好氏の宿老・篠原長房が先陣として2万5千の兵を率いて渡海し、兵庫浦へ上陸、西宮に布陣した。
8月29日、矢島にいた義昭は、六角氏が叛意を見せたことや、三好側が矢島を襲撃するという風聞も流れていたこともあって、妹婿でもある武田義統を頼り、若狭とへ移った。だが、若狭国内が安定していなかったため、9月29日に義昭は朝倉義景を頼り、若狭から越前に向かった。
他方、8月29日に信長が義昭のために上洛の兵を起こし、美濃の国境に兵を進めた。だが、斎藤龍興が細川藤孝の仲介で織田方との和議を結んでいたにもかかわらず、閏8月8日に織田軍を攻撃したため、信長は美濃を通過できなくなってしまった（河野島の戦い）。斎藤氏と六角氏の離反がほぼ同時に起きているのは、三好方による巻き返しの調略があったとみられている。信長は美濃を通過できず、さらにはその先の近江も不穏となったため、撤退せざるを得なくなった。
9月23日、義栄が畿内へと渡海し、父の義維、弟の義助とともに摂津の越水城に入城した。
12月7日、義栄は摂津の越水城から富田荘の普門寺に移った。その後、篠原長房が越水城に入城し、畿内における活動拠点とした。
だが、在京する幕臣の中には、義輝の殺害に対する反発や義栄への非協力的な動きがあり（特に行政実務を担う奉行衆にこの動きが強く、一部は義昭の生存を知って越前に向かう）、義栄が上洛できる環境にはなかったとする指摘もある。そのため、三好三人衆や長房は京都周辺にあった幕臣の所領の安堵と引換に、義栄陣営への取り込みを図っていた。
永禄10年（1567年）2月10日、上京の真如堂で義輝追善の六斎踊が挙行され、京の内外はもとより、摂津や近江からも貴賤を問わず多くの男女が集まり、2,800人が鉦鼓を鳴らし、総勢7、8万人の群衆が義輝の死を悼んだ（『言継卿記』永禄10年2月10日条）。また、同年10月7日にも真如堂で安芸から来た600人が義輝の奉公衆や女房衆に扮し、行列を組んで風流踊を行っている（『言継卿記』永禄10年10月7日条）。今谷明は、「町の人々が義輝を追悼する踊りによって三好三人衆政権への抵抗を示した」と解釈している。
2月16日、義継が久秀のもとに逃げる、つまり義昭陣営に与するという事件が起きた。その理由としては、義栄が三好方に迎え入れられたことにより、義継が三好三人衆らに冷遇され、彼らからの離反をそそのかされたことにあった。また、三好本宗家の内紛が分家格の阿波三好氏によって解決されたことにより、義継はその主導権を失い、不満を募らせていたとも考えられている。
4月6日、義継と久秀が大和の信貴山城に入城し、4月12日には多聞山城に入城した。これに対し、三好三人衆は大和の筒井順慶の協力を得て、4月18日に1万余の軍勢で大和に出兵した。そして、4月24日には義継・久秀の軍勢と三好三人衆・筒井氏の軍勢が興福寺内において、鉄砲を撃ち合った。両軍は東大寺に陣取り、南都において市街戦を繰り広げた。
10月10日、久秀は東大寺に布陣する三好三人衆の陣に夜襲をかけ、これを打ち破った。その際、東大寺大仏殿が兵火によって焼失した（東大寺大仏殿の戦い）。
11月3日、朝廷は勧修寺晴右と山科言継を摂津の富田に下向させた。一方、義栄も側近の畠山維広、三好三人衆方の伊勢貞助らを入京させ、将軍宣下の準備を進めたが、朝廷からの献金に応じられず、将軍宣下を拒否された。
永禄11年（1568年）2月6日、義栄は朝廷に対し、将軍宣下のための費用を献上した。そして、2月8日に義栄は朝廷から征夷大将軍に任じられ、室町幕府の第14代将軍となった。
7月、義昭が織田信長を頼って、越前から美濃の立政寺に赴いた。かくして、義昭は信長と合流し、擁立されることになった。義昭が越前に滞在中、信長は義昭からの上洛要請を忘れず、それを果たすため、永禄10年には松永久秀と結び、近江の山岡氏や大和の柳生氏にも働きかけていた。また、信長は美濃での戦いを有利に進め、永禄10年8月には斎藤氏の居城・稲葉山城を落とし、翌11年には北伊勢も攻略するなど、着々と準備を進めていた。
義昭の上洛への行動が本格化するなか、8月17日に三好長逸ら三好三人衆は近江に赴き、六角義賢と面会して「天下の儀」に関して話し合い、味方に引き入れた。だが、義昭を擁する信長や三好義継、畠山秋高らの陣営に比べると、明らかに劣勢であった。
9月7日、信長が尾張・美濃・伊勢の軍勢を率い、美濃の岐阜から京都へと出発した。他方、織田軍の進撃に対し、六角義賢がこれを迎撃したが、箕作城と観音寺城を信長に落とされ、近江において瞬く間に敗れ去った。
そして、三好三人衆も畿内において信長に抗戦したが、その進撃を止めることができなかった。信長の先陣が摂津に侵攻すると、29日に長逸は芥川山城を退去した。長逸が退去したのち、30日に信長が芥川山城に入城し、義栄の在所である富田などを焼き払った。この頃、義栄が腫物を患って病床にあり、こうした状況では軍勢も士気が上がらず、長房は信長とは戦わずに兵力を温存する形で、義栄とともに阿波へと撤兵することにした。
10月14日、義昭は信長による畿内平定を受けて、信長の供奉を受けて上洛し、六条の本圀寺に入った。そして、10月18日に義昭は朝廷から将軍宣下を受けて、室町幕府の第15代将軍に就任した。
また、義昭は朝廷に対し、義栄の将軍宣下の関係者の処分を要求したため、近衛前久と高倉永相・永孝父子は大坂本願寺を頼って逃亡し、勧修寺晴右は蟄居となり、水無瀬親氏は阿波に下った。これに対し、先に越前に下って義昭の元服の加冠役を務めた二条晴良は義昭の後押しによって、前久の関白解任後、次の関白に任じられた。
三好長慶像（絹本著色、笑嶺宗訢賛、聚光院蔵、重要文化財）
足利義輝像紙形（土佐光吉筆、京都市立芸術大学芸術資料館蔵）
三好義継像（京都市立芸術大学芸術資料館蔵）
足利義栄像（阿南市立阿波公方・民俗資料館蔵）
松永久秀
織田信長