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後醍醐天皇
評価（同時代） > 足利直義からの評価

足利直義は、観応2年頃に、南朝方に与した際の関係を用いて、北畠親房と南北朝の講和交渉を行った。その際の往復書簡が「吉野御事書案」である。このとき、直義は後醍醐について「後醍醐が佞臣達を贔屓したので、事は大乱に及んだ」「光明は後醍醐から正式に三種の神器を譲られた上に、武家方は両統迭立の原則を守って光明の皇太子に成良親王を立て、皇位継承について十分配慮したにもかかわらず、後醍醐は独断で吉野に潜幸したのだから、武家方が天下を奪ったという批難は当たらない」と後醍醐の行動を批難している。
また、和睦の条件として公家一統を主張した親房に対し、「建武の新政の失敗を考えれば、それが無理なことは明らかであり、諸国の武士がそれを望むかどうかよく考えていただきたい」と答え、当時の武士、しかも武家方のナンバー2であり、後醍醐から多くの恩賞を賜った直義であっても、建武の新政は失敗であったと述べている。
評価（同時代） > 北畠親房からの評価

→「神皇正統記」も参照
北畠親房は、慈円と共に中世の歴史家の双璧とされる顕学であり、後醍醐天皇の側近「後の三房」の一人に数えられ、後醍醐天皇崩御後には南朝を主導し、南朝准三宮として皇后らに次ぐ地位にまで上り詰めた公卿である。主著『神皇正統記』で、後醍醐天皇崩御を記した段では「老体から溢れ出る涙をかきぬぐうこともできず、筆の流れさえ止まってしまった」と、実子の北畠顕家が戦死した段落以上に力を込めて、自身の嘆きを記した。「三房」の一人とされる北畠親房の真の主は、後醍醐天皇の父の後宇多上皇であり、「後醍醐天皇に仕えた」と強調される考えが妥当でなく、北畠親房が後醍醐天皇に辛辣なのはそのためであるという意見もある。
親房は、『神皇正統記』で、総合評価としては、後醍醐天皇を最も優れた天皇の一人だとした。たとえば、真言密教への帰依が深いだけではなく、それ以外の宗派、たとえば禅宗なども手厚く保護し、中国から来た禅僧でも参内させたことを高く評価している。親房が特に賞賛するのは学問的能力で、和漢の道に通じていたという面において、中比（中古）以来、後醍醐に匹敵する天皇はいないという。また、後宇多上皇が治天の君を辞して、後醍醐が初めて親政を開始した時の政治について、優れた訴訟処理を行ったので、天下の民が後醍醐を敬った、と主張している。
とはいえ、親房は後醍醐天皇の政策を支持している訳ではなかった。特に、『神皇正統記』では、建武政権の人事政策について、後醍醐天皇があまりに足利兄弟と武士全体に対し好意的に過ぎ、皇族・貴族の所領までもが武士の恩賞とされてしまったことが批判の的となっている。また、上横手雅敬が指摘するように、奥州合戦（文治5年（1189年））以降、恩賞として官位を配る慣例は絶えていたが、後醍醐天皇はこれを復活させ、足利尊氏を鎮守府将軍・左兵衛督・武蔵守・参議に叙したのを皮切りに、次々と武士たちへ官位を配り始めた。このことも、親房から、「公家の世に戻ったと思ったのに、まるで武士の世になったみたいだ、と言う人までいる」と、猛烈な抗議の対象となった。親房がイメージしていた「公家一統」の世は、『神皇正統記』の「公家の古き御政にかへるべき世」であり、後醍醐の「新政」とは対立する立場であった（実際に親房は建武政権下で冷遇されており、その政治力を強く発揮したのは後村上天皇の時代であった）。
加えて、『太平記』によれば、建武2年（1335年）に尊氏が鎌倉に下向したまま召還命令に従わなかったことに対し、後醍醐が「たとひ其の忠功莫大なりとも、不義を重ねば逆臣たるべき条勿論也」として、直ちに追伐の宣旨を下そうとした際、親房ら公卿が「尊氏が不義、叡聞に達と雖も、未だ其の実を知らず。罪の疑わしきを以って功の誠あるを棄てられん事は仁政にあらず」と諫言しているが、これは親房が尊氏を弁護したのではなく、むやみに尊氏を厚遇しておきながら、安易にまたこれを破棄しようとしている後醍醐の朝令暮改ぶりに対して、「このままでは世論の信頼を失う可能性がある」というニュアンスで為された発言であった。
ところが、現実主義者・マキャベリストである親房は、政治思想上は後醍醐天皇を声高に批判しつつも、その裏で政治実務上は後醍醐天皇の政策を活用した。南朝の地方指揮官たちは、後醍醐天皇の政策を引き継ぎ、配下の武士に官位を授与する独自の裁量を与えられた。親房自身も、東国武士への官位推薦状を発することもあった（ただし、小田治久ら殆どの東国武士の再三の官位要求には、任官叙位の先例故実を根拠として、全く要求に応じておらず、結果的に親房の関東経営は失敗した）。
後醍醐とは思想的に対立することも多かった親房にとって、後醍醐の思想はやはり受け入れられないものであった。そのため、後醍醐自身は召し上げることの無かった足利尊氏の「尊」の字をついぞ親房は用いることは無く、『神皇正統記』では一貫して「高氏」と記している。また、後醍醐が亡くなり親房自身が南朝の主導者となった後は、後村上天皇の綸旨にも見えるように、親房の指針によって南朝全体で尊氏を「高氏」と呼ぶようになった。
評価（同時代） > 北畠顕家からの評価

→詳細は「北畠顕家上奏文」を参照
北畠親房の子である南朝公卿・鎮守府大将軍の北畠顕家もまた、後醍醐天皇へ上奏した『北畠顕家上奏文』（延元3年/暦応元年5月15日（1338年6月3日））で、後醍醐への批評を残している。7条しか残存しないためその全容は明らかではないが、少なくとも残る箇所に関しては後醍醐天皇の政治への実質的な全否定である。
この諫奏状は、陸奥国司として奥州平定に苦心した顕家自身が奥州の地で苦労して学び、見聞きしたことに基づき、血の滲むような厳しい批判を展開している。
現存する7条を要約すると、「首都一極集中を止め地方分権を推進し各方面に半独立の大将を置くこと」「租税を下げ贅沢を止めること」「恩賞として官位を与える新政策の停止」「公卿・殿上人・仏僧への恩恵は天皇個人への忠誠心ではなく職務への忠誠心によって公平に配分すること」「たとえ京都を奪還できたとしても行幸・酒宴は控えること」「法令改革の頻度を下げること」「佞臣の排除」といったものになる。現存第1条は、後醍醐天皇の全国支配の統治機構に言及したものとして特に注目できる。また、残る6条のうちの半数が、人事政策への不満に集中していることも特徴である。
佐藤進一は、同時代人からの評価を知る上で『二条河原の落書』と並ぶ重要史料とし、後醍醐天皇を独裁的君主とする自身の説から、顕家の建武政権批判に原則的に同意した。
評価（同時代） > 後醍醐方の公家からの評価

後醍醐方の公家達は、万里小路宣房や千種忠顕などの後醍醐の寵臣を除き、概ね建武政権に批判的であった。そのため、建武3年（1336年）2月29日には、洞院公賢を始めとした公卿層が、「延元」への改元を主張した。後醍醐は改元に消極的であったが、公卿達は「後醍醐が立てた『建武』の年号を降ろすことで、新政を批判することになる」として積極的に改元を働きかけた。また、同年正月には、後醍醐の寵臣である万里小路宣房と千種忠顕が相次いで出家に追い込まれており、これも後醍醐の新政への批判が相次いだためであった。そのため、後醍醐はこの後に、これまでの「新政」に手を染めておらず、むしろ「新政」に批判的であった親房を宣房や忠顕らに代わって登用することで、公卿層の批判を抑えようとした。
評価（同時代） > 史書における評価

『梅松論』には「記録所と決断所を置いたと言っても、近臣が密かに訴えて判決を捻じ曲げてしまい、天皇の決定を示す綸旨が朝に変じて暮れに改まるような状況であり、諸人の浮き沈みは掌を返すようである」とか「武士たちは建武政権が益無しと思い始め、武家が公家に恨みを含み、公家と武家が水火の陣となった」とある。
成立までに多くの人が携わったと言われる『太平記』では、建武政権が「政道正しからず」と述べられており、これは当時生きていた人々の一般的な認識であったと言える。
評価（同時代） > 庶民からの評価

後醍醐の政治は、武家や公家のみではなく、都市民や地方民にも批判された。都市民の批判として有名なものは「二条河原の落書」である。この落書の内容は、「御代に生てさまさまの、事をみきくそ不思議共、京童の口すさみ、十分一そもらすなり」という言葉で結ばれているように、当時の都市民の共通認識であった。
地方民の批判として有名なものは、建武元年（1334年）夏に若狭国の太良荘の農民が訴えた申状である。これは直接には荘園領主の当時に対して年貢が重くなったことを訴えたものであるが、この時期に年貢が重くなったのは、後醍醐が大内裏の造営等のために諸国に収入の20分の1を徴収する税をかけたことと関係しており、地方の人にとっても建武政権が期待外れであったことを示している。
評価（同時代） > 北朝公家からの評価

連歌を完成した中世最大の文人であり、北朝において摂政・関白・太政大臣として位人臣を極めたどころか、准三宮として皇后らに准ずる地位にまで上った二条良基は、敵対派閥でありながら、生涯に渡り後醍醐天皇を尊敬し続けた。これは、『建武年中行事』を著した有職故実研究の大家・朝儀復興者としての後醍醐天皇を評価したものであるという。
中院通冬（極官は北朝大納言）は、後醍醐天皇崩御の速報を聞くと、「信用するに足らず」と半信半疑の念を示した（『中院一品記』延元4年8月19日条）。その後、室町幕府・北朝から公式な訃報を伝えられると、「天下の一大事であり、言葉を失う事件である。この後、公家が衰微することはどうしようもない。本当に悲しい。あらゆる物事の再興は、ひとえに後醍醐天皇陛下の御代にあった。陛下の賢才は、過去［の帝たち］よりも遥かに高く抜きん出たものであった。いったい、［陛下の崩御を］嘆き悲しまない者がいるであろうか」と評した（『中院一品記』延元4年8月28日条）。
また、歴史物語『増鏡』（14世紀半ば）の作者も、北朝の有力廷臣であるにもかかわらず、後醍醐天皇を賛美した。その正体は、前述した二条良基とする説が比較的有力である他、和田英松による二条為明説や、田中隆裕による洞院公賢説など、諸説ある。
一方、三条公忠（極官は北朝内大臣）は後醍醐天皇に批判的であり、「後醍醐院のなさった行いは、この一件（家格の低い吉田定房の内大臣登用）に限らず、毎事常軌を逸している（毎度物狂（ぶっきょう）の沙汰等なり）、どうして後世が先例として従おうか」と評した（『後愚昧記』応安3年（1370年）3月16日条）。
なお、北朝に対しては8月19日に南北両朝と関係のあった興福寺（大乗院・一乗院）から、室町幕府経由で奏聞があった。北朝では、後伏見法皇が崩御されたときに当時の後醍醐天皇が廃朝を行った例はあったものの、崇徳・安徳・後鳥羽・土御門・順徳など遠方で崩御した天皇のために諒闇を行った例はないということを理由に当初は何も行わない方針であった。『師守記』の暦応二年八月十九日条でも、光厳院とその周辺においては、後醍醐を崇徳以下の配流された天皇と同様に考えていたことがわかる。しかし、室町幕府は直ちに7日間の雑訴停止を決めた上に、朝廷に対しても廃朝を行うように武家執奏を行った。また、後醍醐天皇は光明天皇の外祖父にあたるという論もあり、最終的には四条隆蔭を上卿として廃朝・固関を行い、光明天皇は錫紵を着て外祖父に対する服喪を行った。この時の幕府の申し入れに対し、公家側は強い不満を抱いた。
北朝の治天の君であった光厳上皇は、政治的に対立してきた後醍醐天皇の国政レベルでの喪葬儀礼には反対していたが、義父であると共に同じ夢窓疎石を崇敬してきた者として、彼個人と室町幕府が主導する形での追善仏事が天龍寺にて行われている。これは後醍醐の怨霊化を防ぐと共に、持明院統（北朝）代々の流儀に縛られて実施が困難であった禅宗様式での追善仏事を無関係な後醍醐の追善の場で行おうという思惑も含まれていたとみられている。
評価（研究史） > 『太平記』史観による暗君像

『太平記』（1370年ごろ完成）の巻1「後醍醐天皇御治世の事附武家繁昌の事」（流布本）では、後醍醐天皇は初め名君として登場し、「天に受けたる聖主、地に報ぜる明君」と賞賛される。ところが、巻12から13で、元弘の乱で鎌倉幕府を打倒して建武の新政を開く段になると、今度は一転して完全なる暗君として描写されるようになる。例として、恩賞の配分に偏りがあったり、無思慮に大内裏造営を計画したり、地頭・御家人に重税を課したり、唐突な貨幣・紙幣発行を打ち出したり、武士の特権階級である御家人身分を取り上げたりと、頓珍漢な政策を繰り返し、さらに側近の公卿千種忠顕や仏僧文観が権勢に驕り高ぶり奢侈を極めるなど、人々の反感を買っていく。しかも、賢臣の万里小路藤房は後醍醐天皇にこうした悪政を諌めたが、全く聞き入れられなかったので、建武政権に失望し、僧侶となって遁世した、という物語が描かれる。
亀田俊和の主張によれば、このような「『太平記』史観」が後世を呪縛し続け、後醍醐天皇と建武政権への評価を固定的なものにしてしまったのだという。
その他にも、南北朝時代の作品で後醍醐天皇の暗君像に関与したものとして、『梅松論』、風刺文『二条河原の落書』といった文書等々を挙げることができる。
評価（研究史） > 南朝正統史観・大義名分論からの批難

江戸時代になると、『太平記』史観を受け継いだ朱子学者・歴史家から、再び後醍醐天皇は厳しく批難された。新井白石『読史余論』（正徳2年（1712年））、三宅観瀾『中興鑑言』（江戸時代中期）、頼山陽『日本外史』（文政10年（1827年））など当時の主要政治書・歴史書は、ほとんど『太平記』通りの批判的評価を後醍醐天皇に与えた。観瀾と山陽は大義名分論（臣下はいかなる状況であっても盲目的に主君に服従すべきという江戸時代的儒学思想）の有力な論客であり、「忠臣」楠木正成を称揚し、南朝正統史観を広めた立役者であるが、彼らでさえ揃って後醍醐に「不徳の君主」の烙印を押した。
なぜ南朝正統史観でも後醍醐が批判されるという事態が起きたのかについて、亀田俊和は次のように説明する。南朝正統史観は「南朝正統」と名前があることから後醍醐天皇の政治的手腕が賛美されたと誤解されることがあるが、実は「南朝の正統性」「大義名分論」「忠臣論」と「後醍醐天皇の政権評価」は全くの別物として扱われていた。むしろ、後醍醐天皇が「暗愚で不徳の君主」であるからこそ、それでもなお正統であるがゆえに、この暗君に生死を賭し一身を捧げて仕えなければならなかった「忠臣」の「悲劇」が、判官贔屓の形で人々の共感を呼んだのだという
。こうして、後醍醐天皇が開いた南朝が正統とされ、南朝の忠臣が賛美されればされるほど、その対比として逆に後醍醐自身はさらに暗君として批難されるという、皮肉な状況となってしまった。
評価（研究史） > 近代実証主義からの批難

明治時代に入り、正式に南朝が正統であると政府から認められると、民間では大義名分論が主流であったが、逆に研究者の間では実証を重んじる気風が生まれ、日本史の多くの分野では研究に進展が見られた。ところが、建武政権・南北朝時代の政治研究については『太平記』史観からほとんど変化がなく、東京帝国大学や京都帝国大学の日本史研究者から、一貫して後醍醐天皇は批難された。久米邦武が臣下の無理解も指摘し、中村直勝が貨幣鋳造政策にやや好意的であるといった部分的な変化はあるものの、久米も中村も基本的には後醍醐天皇を酷評している。田中義成も黒板勝美も恩賞政策を中心に後醍醐批判を展開し、その内容はほぼ『太平記』と同じである。
評価（研究史） > 平泉澄の皇国史観

このように、江戸時代的大義名分論からも、実証主義歴史学からも、後醍醐天皇愚君説が掲げられる中、1930年代、例外的に後醍醐を再評価した異端児が皇国史観の代表的研究者であった平泉澄である。
平泉は、『建武中興の本義』（1934年）において、建武政権の良い点については、多くの史料をあげ論証していき、特に『太平記』以来の定説である恩賞不公平説を退けた。亀田俊和の主張では、恩賞不公平説を反証する際に用いられた実証的手腕は、2016年時点の研究水準から見ても納得できるものであるという。
ところが、建武政権の失敗については、「腐敗」した人民と「逆賊」足利尊氏に全ての責任を一方的になすりつけた。その妥当性はともかく、実はそれまでにはなかった視点という意味では、研究の新規性はある。
亀田は、平泉の皇国史観では前近代的な大義名分論が復活したことにより、全体的な研究水準はかえって後退してしまった、とする。しかも、「逆賊」足利尊氏を排撃する余り、建武政権と室町幕府の倫理的な断絶性が強調されたため、実証的には弱い面があった。その上、このわずか10年余り後、1945年の第二次世界大戦の日本敗戦によって、平泉は公職を追放されて存在そのものがタブーとなり、独創的・画期的な部分もあったとはいえ、後世に影響力をほとんど持たなかった。
評価（研究史） > マルクス主義歴史学からの批難

戦後すぐの1940年代後半には、松本新八郎らによってマルクス主義からの批判が試みられ、建武政権は反革命路線・復古主義を取った失政と否定的に評価された。
評価（研究史） > 佐藤進一の宋朝皇帝型独裁君主説

第二次世界大戦後、1960年代には、佐藤進一を中心として、後醍醐天皇は中国の皇帝を模倣した独裁者・専制君主であったという人物像が提唱され、建武政権についても、その政策は時代の流れや現実の問題を無視したものだったと否定的に評価された。佐藤進一の学説は定説として20世紀後半の南北朝時代研究の大枠を作り、こうした人物像や政権への否定的評価は、2010年代に入っても高校の歴史教科書（山川出版社『詳説日本史　日本史B』2012年など）で採用されるなど、高校教科書的な水準では定説としての地位は失っていない。しかし、後述するように、1990年代末からの新研究の潮流では複数の研究者から強い疑義が提出されている。
後醍醐天皇独裁君主説では、建武の新政の解釈と評価は、おおよそ以下のようなものとなる。
建武の新政は表面上は復古的であるが、内実は中国的な天皇専制を目指した。性急な改革、恩賞の不公平、朝令暮改を繰り返す法令や政策、貴族・大寺社から武士にいたる広範な勢力の既得権の侵害、そのために頻発する訴訟への対応の不備、もっぱら増税を財源とする大内裏建設計画、紙幣発行計画のような非現実的な経済政策など、その施策の大半が政権批判へとつながっていった。武士勢力の不満が大きかっただけでなく、公家たちの多くは政権に冷ややかな態度をとり、また有名な二条河原の落書にみられるようにその無能を批判され、権威をまったく失墜した。
評価（研究史） > 網野善彦の「異形の王権」論

佐藤進一の進歩的暗君説を極限にまで発展させて、独自の説と言えるまで特異な論を為したのが、網野善彦による「異形の王権」論である。
網野は『異形の王権』（1986年）で、後醍醐天皇を「ヒットラーの如き」人物と評し、「異形」の天皇と呼んだ。そして、後醍醐天皇が「邪教」の仏僧文観や「悪党」楠木正成を従え、「異類異形の輩」や非人といった、本来は正道から外れた階層を取り込むことで強大な力を得たと主張する。また、元徳元年（1329年）に後醍醐が行った祈祷が「聖天供」（大聖歓喜天浴油供）であったことについて、大聖歓喜天は像頭人身の男女が抱き合う像で表されることを指摘し、「極言すれば、後醍醐はここで人間の深奥の自然――セックスそのものの力を、自らの王権の力としようとしていた、ということもできるのではないだろうか」と述べ、これをもって「異類異形」の中心たる王に相応しい天皇としている。そしてまた、当時は下剋上の空気の中、天皇の位が「遷代の職」（世襲ではなく人々の間を移り変わる職）である「天皇職」と化しつつあり、天皇家以外の者が「天皇職」に「補任」される（就任する）可能性もあるような巨大な危機が迫っていた、と主張する。そして、花園と後醍醐の二人はそれをいち早く嗅ぎ取り、花園は道義を身につけることで、後醍醐は異形異類の力や貨幣の力といった「魔力」を身につけることで天皇家の危機に対抗しようとしたが、建武の新政後、後醍醐はたちまち現実の「きびしい復讐」に直面し、その後は佐藤進一の定説通りの没落をしたのだとする。
森茂暁は、網野説について、宗教面での実証的史料を掘り起こしたことや、硬直しつつあった後醍醐天皇観に新風を与えたことについては評価し、その密教修行にも異形と言ってよい面があることは認める。しかし、文観を異端僧とするのは政敵の僧侶からのレッテル張りではないかと疑問を示し、また『建武記』には「異形の輩」の侵入を禁じる文があるのだから、どちらかといえば後醍醐は「異形の輩」なるものとは距離を置いていたのではないか、と指摘している。また、亀田俊和は、網野説は建武政権を失政と捉え、その失敗を後醍醐天皇の個人的性格に求める点では、結局のところ『太平記』史観と変わるものがない、と指摘している。
評価（研究史） > 森茂暁の実証的研究

戦後、建武政権の実証的研究は大きく進んだ。建武政権に対する歴史観そのものは、『太平記』・佐藤進一・網野善彦説を基本的に踏襲している。
とはいえ、著書の一つ『後醍醐天皇 南北朝動乱を彩った覇王』（2000年）の中で、『太平記』史観とは違い、森は建武政権について3つの点に大きな歴史的意義を与えている。
一つ目には、建武政権の発足によって日本の中心が京都と明示されたことである。武士の本拠は鎌倉にすべしという弟の足利直義からの強い主張をはねのけ、尊氏もまた京都を室町幕府の拠点に定めた。この文化・政治・経済・流通の中心に足利将軍家が身を置くことで、足利氏政権がただの武家政権ではなく全国を統治する機構にまで成長することができたのである。
二つ目は、全国支配を視野に入れて法務機関の雑訴決断所に一番一区制を導入したことである（二番は東海道担当など）。これは後醍醐天皇以前の統治者には見られない発想であり、おそらくこの後醍醐の全国支配機構が以降の日本の全国政権の統治制度の基本になったのではないかと指摘し、「日本の国土に名実ともに成熟した全国政権を誕生させるうえで、建武の新政は重要な役割を果たした」と述べる。
三つ目は、鎌倉幕府では限定的な役割しか持たなかった守護を、その力を正しく認め、守護・国司併置制を採用することでその権限を増やし、室町幕府の守護制度に繋がる端緒を作ったことである。
総評として、森は後醍醐天皇に対し、（森自身はこのような性急で強い語を用いないものの）優れた革命家・早すぎた天才というような形の評価を与えた。つまり、森は鎌倉幕府→建武政権→室町幕府の間になめらかな連続性を認めることには消極的なものの、後醍醐天皇が停滞していた鎌倉幕府の政治に対し「突破口」としての役割を果たし、次代の室町的世界が成立する上での歯車を回したことについては評価した。またその政治構想もそれまでに言われていたほど悪いものではなく、60年ほど遅れて多くの部分が三代将軍の足利義満の頃に室町幕府の手で実現されたとした。
評価（研究史） > 市沢哲・伊藤喜良の建武政権論再考 > 概要

後醍醐天皇研究に視点の転換をもたらした3本の重要な論文は、市沢哲の「鎌倉後期公家社会の構造と「治天の君」」（1988年、『日本史研究』314）・「鎌倉後期の公家政権の構造と展開――建武新政への一展望――」（1992年、『日本史研究』355）および伊藤喜良の「建武政権試論―成立過程を中心として―」（1998年、『行政社会論集』第10巻第4号）である。
市沢の論文によって、建武政権の諸政策は、鎌倉時代後期の朝廷の訴訟制度改革と密接な連続性があることが示された。また、伊藤の論文によって、それまで消極的にしか扱われてこなかった建武政権の諸機関が、実際には建武政権の中核であると見なされるようになり、建武政権の諸改革は挫折の過程ではなく、発展の過程であると認識されるようになった。
評価（研究史） > 市沢哲・伊藤喜良の建武政権論再考 > 市沢：鎌倉後期公家社会の構造と「治天の君」

1988年、市沢は、後醍醐が進めた中央集権政策が、後醍醐個人の性格によるものや時代の流れから浮き出た特殊なものだったとする佐藤・網野説を否定した。つまり、鎌倉時代後期に朝廷の訴訟制度改革が行われたことで、治天の君（院（上皇）も天皇も含む）の権力に頼る事例が多くなり、後醍醐個人の思想・性格とは関係なく、そうした時代の流れが中央集権的な君主の誕生を促したのだとした。かつて後醍醐の特徴とされた抜擢人事も、別に後醍醐に限ったことではなく、対立する持明院統でも行われていたことも指摘した。
市沢が鎌倉時代後期の朝廷訴訟の事例を検証したところ、13世紀末ごろには貴族の家系が増えたために、家督・所領相続の訴訟が多くなってきた。また家系が増えたために貴族人口に対して割り当てられる官位・官職も少なくなり、この争奪戦も問題になっていた。貴族社会において、分家化の進行の圧力と抑制の圧力が拮抗し、衝突が訴訟問題として顕在化するようになったのである。
こうした訴訟の裁許者（判決を下す人物）として力があったのは治天の君である。古くは、「治天の君」という地位そのものに大した権威はなく、治天の君自身がしばしば強大な土地権利所有者であるため、その土地権利に拠る権力に基づいて土地紛争の訴訟を解決したのだと思われていた。しかし、市沢は、実際には土地問題以外の紛争でも治天の君が裁許を主導していることを指摘し、古説に疑問を示した。土地裁判についても、どちらかといえば土地の支配構造（歴史学用語で「職の体系」）の外からそれを庇護・調整する存在であったという。さらに、興福寺などの権門（巨大な権勢を有した半独立勢力）は独自の訴訟機構を有したが、その権威が弱まった時に、治天の君の名で権門の判決にテコ入れをして、権門を助けることがあった。また、南北朝時代には、権門から朝廷への起訴経路ができるが、これも鎌倉時代後期に権門ごとに担当奉行が割り当てられたことの発展型なのではないか、という。朝廷での訴訟問題が増えるにつれ、治天の君が果たす役割も大きくなっていった。
したがって、13世紀末から14世紀初頭という後醍醐天皇が生まれ育った時代には、天皇・上皇はただの土地所有者だった訳ではなく、その「治天の君」という地位そのものに、訴訟問題解決において、相当に強大な権威と権力があった。
さて、皇統が亀山→後醍醐ら大覚寺統と、それに対立する持明院統に分裂した両統迭立というのは、後嵯峨上皇が継承者を指定しないまま崩御しないため起こった偶発的事象であり、そこに強制力はなく、本来ならば自然に解消されるはずの事態である。これが何故が続いたかというと、当時の公家社会の分裂が、皇統の分裂を維持したからである。
たとえば、当初、大覚寺統有利で早期に終結しそうだったのに、持明院統が巻き返した背景には、有力公家の西園寺家内部での分裂が関わっていた。分裂が維持されると、二条派と京極派に分かれた御子左家や、その他にも山科家など、中小規模の公家もどちらの皇統に付くかで分裂するようになり、これが皇統の分裂を後押しさせた。女院領を各統が分割で相続したため、それぞれが荘園領主としても最大の存在となったことも、分裂を加速させた。
こうなれば、両統間で武力的な争いが起こり、普通はそこで解決するはずである。だが、当時最も大きな武力を持っていたのは鎌倉幕府であり、両統の戦いを抑止していたため戦いは起こらず、かえって両統の分裂が深刻化していくことになった。
「治天の君」という地位自体に訴訟解決の権能が備わっていたところに、両統の力が拮抗するようになると、皇統間で治天の君が変わるたびに、裁判の当事者のどちらが有利になるかが変わる、といった事態が起こるようになった。一度下した裁許に対しても、他統によって覆される事例まで出てくるようになり、後醍醐天皇と花園上皇の間で争った例もある。
また、両統は抗争に勝利するため、激しい人材獲得競争を繰り広げた。家格を越えた抜擢人事というと、後世の人間からは、建武政権の印象から後醍醐ら大覚寺統の特徴と思われがちだが、実際は対立する持明院統もほぼ等しく行っていたという。たとえば、後伏見上皇は日野俊光を、光厳天皇も日野資名を抜擢している。これは、同時代人の印象でもそうであったと思われ、『増鏡』の作者は、「久米のさら山」で、抜擢登用された人材について両統等しく記している。
訴訟問題に関する治天の君の権力は大きくなる一方なのに、皇統の交代によってそれに揺れが生じると、矛盾のひずみが大きくなっていった。これを解決するには、相手の皇統を倒すしかないが、その前にまず両統迭立の維持を支持する幕府を倒す必要がある。このようにして見ると、後醍醐に限らず、誰かがいつかは討幕をしなければ解決しない問題だった。ここに、当時たまたま、悪党という幕府に抵抗することを厭わない武士（楠木正成など）が発生していた。つまり、後醍醐天皇は討幕が必要であり、かつそれが可能な時代に、在位していた治天の君だっただけで、別に後醍醐個人が時代から外れた存在だった訳ではない。むしろその逆で、時代の流れこそが後醍醐に討幕を促したのである、という。
評価（研究史） > 市沢哲・伊藤喜良の建武政権論再考 > 市沢：鎌倉後期の公家政権の構造と展開――建武新政への一展望――

1992年、市沢はまず、佐藤進一説の問題点として、佐藤は平安時代後期の朝廷政治と建武政権の朝廷政治を比較しているが、中間の鎌倉時代の朝廷政治を無視していることを指摘した。直前の鎌倉時代後期の朝廷政治の研究も行わなければ、建武政権が本当に特異な政権だったのかどうかはわからない。
鎌倉時代後期は、都市領主、つまり京都など畿内に住みながら日本各地の荘園（土地）に利権を持つ大貴族・大寺社らが私兵を手駒に使って戦わせる戦争の時代だった。貴族社会の分家化や、武士の守護・地頭による押領によって、都市領主間の抗争が活発した。これらの抗争は、一つ目には既存の支配体制の強化、二つ目には他領主からの略奪によって起きた。
たとえば、正応3年（1290年）から翌年まで、紀伊国（和歌山県）荒川荘で高野合戦と呼ばれる戦いが起きた。これは真言宗高野山が、別の荘園の領主である三毛心浄の軍勢を送って荘園の支配体制を強化しようしたところ、それを察知した土着の豪族の源為時が先手を打って戦いを始めたものと見られる。為時は高野山の動きを山門（天台宗比叡山延暦寺）に訴えたので、宗教間の代理戦争の様相も呈した。他領主からの略奪としては、後宇多上皇が四辻宮から荘園の接収をしようとし、両者は同地にいわゆる「悪党」（悪人という意味ではなく、既存の支配体制の枠組みから外れた武士・豪族たち）と呼ばれる軍事力を送って戦いを繰り広げた。
とはいえ、軍事力による抗争はあくまで最終手段であり、できれば話し合いで解決したいという考え自体は誰もが持っていたと思われる。このように、武力抗争が活発化することで、かえって訴訟制度の重要性が公家社会で再認識され、抗争を回避・解決するために、制度の整備・改革が進められたと考えられる。
また、市沢は、裁判の当事者たちが、自分たちの主張に箔をつけるために、治天の君による勅を求める事例が多くなることを、前の論文に続き改めて指摘した。さらに、訴訟でしばしば「徳政」という語が用いられていることを論じた。当時の徳政とは、天人相関説による思想で、為政者が悪いことをすると天変地異が起こり、良いことをすると災害が治まる、という考え方である。つまり、訴訟問題を解決することが、治天の君にとっての徳政であり、朝廷での最重要課題だと考えられていたのである。土地の支配構造の変化に伴い、「治天の君」という超越的な立場を利用して、新たな秩序を創造することこそが、天皇家に求められる役割になった。
建武政権で、後醍醐がまず行った行動に個別安堵法（元弘三年六月十五日口宣案）というものがある。この通達やそれに続く法令が言う所は、綸旨（天皇の私的命令文）によってそれぞれの領主に土地の権利を保証し、訴訟・申請の裁許も綸旨を必要とすると定めるものである。かつて、佐藤進一は、これを後醍醐の絶対的権力への執着欲と見なし、建武政権の異常性を示すものと考えた。ところが、上で見たように、実は鎌倉時代後期、治天の君権力によって土地問題に裁許を下すという発想は、既に後醍醐以前からあり、しかもそれは都市領主の側から求められたものだった。つまり、後醍醐の政策は、領主たちの要望に応えて、時代の流れに沿ったものだったのである。
しかし、このような「治天の君」権力の強化が、鎌倉時代後期には、逆に両統の分裂の矛盾を大きくすることになっていった。皇統の分裂は、誰かがいつかは解決しなければならない問題であり、こうした訴訟問題における要請が後醍醐の行動を促したと考えられる。
また、佐藤が「平安時代以来の秩序を破壊した」と主張する建武政権の他の政策についても、市沢は、平安時代ではなく、鎌倉時代後期の政治を考えれば、実は順当なものであることを指摘した。
たとえば佐藤は、知行国主（国司より上位で、特定の国を事実上支配する大貴族・大寺社）がそれまで特定の家に結び付けられていたのを、後醍醐が建武政権で新たな守護・国司制を作ったことで破壊したと主張した。しかし、実は鎌倉時代後期、両統迭立以来、天皇の皇統が変わるたびに知行国主が変わることが多く、既に特定の国＝特定の家のものという認識は崩れていた。その点を考えると、後醍醐の守護・国司制はそこまで急進的な改革だった訳ではない。
また、佐藤は、後醍醐が「官司請負制の破壊」という政策を行ったと主張した。つまり、特定の官職が特定の家に結び付けられていたのを、宋朝型官僚制の影響を受けて破壊し、官司は全て後醍醐の支配下にあるという観念論的独裁政治を行ったのだという。しかし、市沢が調べてみたところ、官司請負制の破壊は全面的なものではなく、職務に能力が必要とされないものだけであった。つまり、官務・局務といった書記官や事務官など、能力が問われる職については、小槻氏など従来からの官僚的氏族がそのまま担当した。逆に、馬寮など、特に職務がなく、利益を受け取るだけの恩賞的な官職については、後醍醐は恩賞代わりに自由に配分した。しかも、これは後醍醐に特有なものではなく、13世紀半ばごろから、恩賞的な官職については特定の家に結びつかないことが徐々に増えていく傾向にあった。また、こうした鎌倉時代中期からの恩賞的官職の分配を左右できる力が、鎌倉時代後期の治天の君権力の強化に繋がったとも考えられる。
結論として、後醍醐・建武政権の中央集権政策は特異なものではなく、鎌倉時代後期の朝廷の訴訟制度改革の中で、領主たちの求めに応じて生じた「治天の君」権力の強化の流れとその政策を、順当に発展させたものであるという。また、鎌倉幕府は武士の惣領の選定に原則干渉できなかったのに、室町幕府には相続法がなく、惣領選定に強い権力を有した。市沢によれば、これは、鎌倉時代後期の治天の君権力（朝廷政策）→建武政権の中央集権政策→室町幕府の中央集権政策というように受け継がれたものであり、したがって、建武政権と室町幕府の間にもその政策に連続性が見られるという。
評価（研究史） > 内田啓一の反「異形の王権」論

後醍醐天皇を宗教的・人格的な異常者と見なす網野善彦の「異形の王権」論に対しては、仏教美術研究者の内田啓一から疑問が提出された。内田は、『文観房弘真と美術』（2006年、法藏館）と『後醍醐天皇と密教』（2010年、法藏館）を発表し、網野説は根拠を欠き疑わしいことを指摘した。
内田はまず、後醍醐の仏教政策面での最大の腹心である文観房弘真の美術と経歴を調べた。文観は、網野によって、性的儀礼を信奉する武闘派の怪僧と定義された人物である。しかし、内田によればこのような人物像は敵対派閥による中傷文書と、『太平記』および後世の文書でしか確認できない。同時代の史料や美術作品に当たれば、文観は高徳の僧侶であり、さらに学僧としても画僧としても中世で最大級の業績をあげた人物であるという。また、文観は真言律宗の系譜の上では、後醍醐の祖父の亀山が帰依した叡尊の孫弟子に当たる。そして、真言宗の系譜の上では、後醍醐の父が帰依した道順の高弟であるから、文観と後醍醐の結びつきも突飛なものではなく、自然な流れであると考えられる。
網野らが幕府呪詛の像とした般若寺本尊の文殊像も、内田によれば、叡尊から続く真言律宗の伝統様式で作られており、銘文も定型句であり、そこに大げさな意味は見いだせない。また、『太平記』や網野は、後醍醐が正妃である中宮西園寺禧子の御産祈祷に偽装して、幕府へ呪詛の祈祷を行ったとする。しかし、安産祈祷で用いられた「聖天供」という儀式は仏教的にいえばあくまで息災法（除災や快癒を祈る祈祷）の儀式であり、幕府調伏の祈祷だとか性的儀礼だとかの、いかがわしい意味はとても考えにくいという。
内田は、後醍醐・文観が異形の人物であるという説を否定するとともに、後醍醐の親子関係にも焦点を当てた。佐藤や網野の説としては、後醍醐は朝廷の異端児であり、まともな父の後宇多上皇とは敵対したとされていた。しかし、実際に後醍醐の宗教活動を見てみると、灌頂（密教における授位の儀式）で、父の後宇多もかつて身につけたことがある「犍陀穀糸袈裟」（国宝）を使用するなど、父の足跡を辿っていることが多い。つまり、後宇多を敬愛し、その宗教政策を受け継いでいることを指摘した。また、異端かどうかについても、父の後宇多は、高野山の奥の院にこもったり、密教僧として弟子を取ったりなど大きな活動をしているが、後醍醐はそこまではしておらず、むしろ密教修行者としては父より穏健派であるという。
評価（研究史） > その後

市沢・伊藤説ははじめそれほど注目を浴びなかったが、21世紀に入ると、鎌倉時代後期と室町時代初期の研究が進んだ結果、後醍醐天皇の諸政策は前後の時代と連続性が見られることが指摘されるようになった。これらは、市沢・伊藤説の想定と合致するものであった。
たとえば、2013年、亀田俊和は、室町幕府で初代執事高師直が行った改革の目玉である執事施行状というものが、後醍醐天皇が発案した（あるいは側近が発案して後醍醐が積極的に主導した）雑訴決断所施行牒というものを改良したものではないか、と主張した。これらは、土地を与える指示に、関連文書を添付することで、大元の指示に誤りがないか検査を行うと共に、不法占拠が行われている土地の引き渡しに、国からの強制執行権をもたせて、弱小な寺社や武家でも安全に土地が得られるようにした制度である。無論、これも無から出来た訳ではなく、鎌倉幕府によって局所的・部分的に用いられていた制度を、後醍醐が全国的・本質的なシステムとして構築し直したものである、とした。
その他の研究成果についても、2016年に『南朝研究の最前線 : ここまでわかった「建武政権」から後南朝まで』（日本史史料研究会/呉座勇一編、洋泉社）によって一般向けに書籍の形で紹介されることになった。
2007年、河内祥輔は、『太平記』で「一回目の討幕計画」とされていた、いわゆる正中の変という事件が、歴史的には本当に冤罪だったという説を示した。後醍醐は関東申次（朝廷と幕府の折衝役）の娘の西園寺禧子を中宮（正妃）としており、幕府とは友好関係にあった、とした（ただし、大覚寺統で幕府と友好的であったのは後宇多であり、実際に後醍醐と幕府の友好関係を表す史料は無い）。相次ぐ御産祈祷なども、禧子との間に皇子さえ誕生すれば、幕府と戦わずとも自身の系統を存続させられるため、融和路線の一環ではないか、とした。2012年には、三浦龍昭によって、建武政権成立後も、後伏見皇女珣子内親王との婚姻や、娘の懽子内親王と光厳上皇との婚姻政策などで持明院統への懐柔政策を図っていたことが指摘された。2018年には、保立道久が、建武政権成立後3日目という早期の時点から、土地の安堵や禅宗政策などを通じて、持明院統との和解・統合の政策を実施していたことを指摘した（#禅律国家構想）。
呉座勇一もまた、「執念」「不撓不屈の精神」「独裁者」「非妥協的な専制君主」といった人物像は『太平記』以前には見られず、『太平記』とそれ以降に作られた後世のイメージであり、実際は少なくとも当初は鎌倉幕府との融和路線を目指していた協調的な人物であるというのが、後醍醐の歴史的実像であろうとしている。なぜこのような人物像が作られたかというと、その方がわかりやすいからだという。結果論として、後醍醐は武力で鎌倉幕府を倒し、しかも子孫を含めれば室町幕府と60年近い戦いを繰り広げることになる。融和路線を敷いていたのに、そこから様々な紆余曲折があって大戦に至った、というのは、結果を知っている後世の人からしてみると、直感的に理解しにくい。それよりも不撓不屈の好戦的な人間が、即位当初から討幕を計画していたという設定の方が、話としては理解しやすいため、それが広まってしまったのではないかという。
2018年、『太平記』研究者の兵藤裕己は、後醍醐天皇を主題にした書籍を岩波新書から著した。兵藤は、政治面については、1960年代の佐藤進一説をほぼそのまま用い、綸旨万能主義と宋朝型独裁君主制が挫折して云々という説明をする。その一方で、兵藤は、専門書でしか出されていなかった内田啓一の業績を一般向けに紹介し、後醍醐天皇や腹心の文観房弘真が異形の人間であるという中傷の解消に努めた。また、『太平記』では人格的に下劣に描かれる文観・寵姫阿野廉子らだが、兵藤によれば、これらの部分は玄恵らによる後世の改変が入っていると見られ、信用をおけないという。兵藤はまた、後醍醐という（人物そのものというよりは）人物像が、水戸学や明治政府、現代社会においてどのような影響を及ぼしたのかについても議論した。一方で、後醍醐の「新政」については、後醍醐が「新政」のモデルとした宋と14世紀の日本の政治的現実の違いを明らかにし、
天皇親政（王政）の理想は、一四世紀の日本の政治的現実をまえに、けっきょく『二条河原落書』が揶揄するような混乱をもたらすものでしかなかった。
後醍醐天皇の『新政』にたいする不満は、既得権益を奪われた権門層のみならず、建武政権の恩恵を受けなかった広汎な武士層にも及んだ。
後醍醐天皇の政治手法は、中国ふうの士大夫を自任する一部の中下層貴族には、「正理に叶ふ」と指示されたろうが、大方の公家からすれば、およそ「物狂の沙汰」としかいいようのない治世である。
とし、「新政」が失敗であったことを論じている 。
2020年には、中井裕子が、人格面から後醍醐の再評価を行った。森茂暁らの古い説では、傍系である後醍醐は父の後宇多から冷遇されて鬱屈した少年時代を過ごし、それで性格が捻じ曲がって討幕を考えるようになったのだと説明されていた。しかし、中井が、『実躬卿記』『道平公記』など当時の日記を当たったところ、実際には、後醍醐は父帝の後宇多を含めて親族からは愛情をかけて育てられており、後宇多とはしばしば私生活でも政治上でも協調して行動していたという。
一方で、深津睦夫は「吉田定房奏状」の存在を明らかにした。これは後醍醐の討幕計画を諌めた書であるが、その成立年次は、初稿が元応2年（1320年）6月、改稿が翌年冬と推定されることから、後醍醐は後宇多院から政務を譲られる前には既に討幕の意思を持っていたとした。ただし、河内祥輔はこの奏状の存在については戦前より小野壽人や村田正志らが指摘しているとした上で、元応年間説は正中の変が討幕運動であることを前提とした説で、正中の変が冤罪ならば倒幕を諫める奏状の作成時期としては相応しくないとして元弘の変の直前に作成されたとした。更に跋文の文中から筆者が「旅宿」にて書き直しをしたと記していることから、戦前以来の通説である吉田定房筆者説も彼が元弘の変の前後にずっと京都に滞在していたという点から考えられず、日野俊基や万里小路藤房ら元弘の変で処罰を受けた公家の方が筆者として相応しいとする。更に跋文には筆者が初稿が禁中にあったがその後「仙洞」の手に渡ってしまったという風説を聞いたことを記しており、これを1年余りの間に元弘の変で後醍醐が隠岐に流されて持明院統に皇統が移り、初稿が持明院統の仙洞（上皇・法皇）の手に渡ったことを示すとしている。その場合には、初稿の作成は1年余りの間に元弘の変を跨ぐことになる元徳2年（1330年）6月か翌元弘元年（1331年）6月に作成されたものになる。
評価（研究史） > 研究者からの否定的評価（21世紀以降）

亀田俊和は総体的に見た場合、初期の室町幕府は先代鎌倉幕府の体制を模倣しており、独自の政治構造の創出に至っていなかったと結論付けている。中井裕子は、後醍醐天皇の政策がすでに前代からみられることが明らかになっており、後醍醐天皇が特異な存在という評価は見直されるべき、と述べている。
本郷和人は、後醍醐天皇が「院政を否定」して天皇親政を実現したことで、「英明な天皇」だと高く評価される傾向にあるが、後醍醐天皇は条件が整わなくて上皇になれなかったのであり、上皇として権力を握りたかったのだと指摘しており、また、後醍醐天皇の天皇親政は、後宇多上皇ら歴代上皇たちによって築かれた「徳政」を受け継いでおらず、「徳政」が断絶したことも指摘している。さらに、本郷和人は、明治以来の歴史学が大化の改新、建武の新政（建武の中興）、明治維新を三大画期と評価したことで後醍醐天皇が「英明な天皇」とされているが、むしろ「徳政」をよりよく実行してきた後宇多上皇や花園上皇が天皇家の歴史の中でも極めて優秀だと論じている。さらに、本郷和人は、後醍醐天皇が「英明な天皇」だから討幕に成功したのではなく、鎌倉幕府の内部がガタガタであり、きっかけさえあれば潰れる状況であり、後醍醐天皇のような人物でも討幕に成功できたのだと論じている。
亀田俊和は、後醍醐天皇の政権発足直後から、矛盾する論旨や偽物の論旨が大量に発給されたことで、新政権が大混乱に陥ったことは広く知られていると、著書に記している。また、亀田俊和は『二条河原落書』で「此頃都ニハヤル物、夜討、強盗、謀綸旨、（中略）本領ハナルル訴訟人」と後醍醐天皇が風刺されたのも史実であると、著書に記している。
呉座勇一は、後醍醐天皇の討幕計画の杜撰さは以前から指摘されており、後醍醐天皇の政治的資質の欠如を論じる研究者がいると、著書に記している。
本郷恵子は、花園天皇が謙虚に宋学を学び善政を追求していたのに対し、後醍醐天皇が宋学から学んだ徳は「肥大した自我」そのものであると、痛烈に批判している。また、建武政権で設けられた「窪所」という組織が鎌倉幕府の「問注所」の「問注」の草書が「窪」に似ているために言葉遊びで定められたという説を紹介し、驕りと鈍感力が見られると批判し、後醍醐天皇は伝統的公家政権のパロディに過ぎないとしている。建武政権の家格・先例にとらわれない人事についても、それらが有効に機能することなどなかったと論じている。また、後醍醐天皇は二人の天皇・二つの朝廷を生み出すことで、天皇の権威を決定的に下落させたと論じている。
側近

近衛経忠
万里小路宣房
北畠親房
吉田定房
日野資朝
日野俊基
千種忠顕
坊門清忠
四条隆資
洞院実世
文観
円観
諡号・追号・異名

天皇の諡号や追号は通常死後におくられるものであるが、後醍醐天皇は、生前自ら後醍醐の号を定めていた。たとえば、輪王寺銅鋺延元元年付には「当今皇帝……後醍醐院自号焉」とあり、崩御3年前の延元元年/建武3年（1336年）時点で既に後醍醐の名が広く知られていた。これを遺諡といい、白河天皇以後しばしば見られる。なお「後醍醐」は分類としては追号になる（追号も諡号の一種とする場合もあるが、厳密には異なる）。
20世紀時点での通説としては、後醍醐は延喜・天暦の治と称され天皇親政の時代とされた醍醐天皇・村上天皇の治世を理想としており、そのため醍醐に後を付けて後醍醐にしたのだとされていた。一方、21世紀に入り、河内祥輔は、父の後宇多天皇も生前から追号を「後宇多」と定めていたことを指摘し、宇多天皇が子の醍醐天皇のために書き残した遺訓の『寛平御遺誡』にあやかって、『寛平御遺誡』の名声を通じて自身が後宇多の後継者であることを示したかったのではないか、という説を唱えている。
崩御後、北朝では崇徳院・安徳天皇・顕徳院・順徳院などのように徳の字を入れて院号を奉る案もあった。平安期に入ってから「徳」の字を入れた漢風諡号を奉るのは、配流先などで崩御した天皇の鎮魂慰霊の場合に限られていたが、結局生前の意志を尊重して南朝と同様「後醍醐」としたという（一条経通『玉英記抄』「凶礼」暦応2年9月8日条）。あるいは、その院号は治世中の年号（元徳）からとって「元徳院」だったともいう。
后妃・皇子女 > 概要 > 正妃を手厚く扱う

后妃・皇子女の数は諸説あるが、実在が確実な后妃は8人、皇子は8人、皇女は8人である（#確実な后妃・皇子女の一覧）。
とりわけ、正妃である中宮（のち皇太后）の西園寺禧子が一貫して絶大な寵愛と寵遇を受けた。元徳2年（1330年）11月23日、後醍醐天皇は、腹心の文観に無理を言って、禧子に当時の真言宗最高の神聖儀式である「瑜祇灌頂」を受けさせたため、禧子は聖界においても日本の頂点に立ったが、これほどの地位を与えられた妃は史上先例がない。この前月、後醍醐は自分も瑜祇灌頂を受けており、法服をまとった後醍醐天皇の著名な肖像画は、この時の後醍醐側を描いたものである。禧子の側でも後醍醐に深い愛情を寄せ、そのおしどり夫婦ぶりは『増鏡』などに取り上げられた。和歌が得意な夫妻はたびたび歌を贈り合い、3組が勅撰和歌集・准勅撰和歌集に入集している。
后妃8人というのは同時にいた訳ではなく、この数にまでなったのは、多くの妻が早逝したからという面が大きい。後醍醐自身、数えで52歳、満年齢で50歳という、当時としてもそこまで長い人生ではないが（父帝・祖父帝の宝算は50代後半）、3人の正妃全員に先立たれている。皇太子時代の最初の正妃である二条為子は応長元年（1311年）もしくはその翌年に薨去（享年不明）、天皇としての最初の正妃である禧子は元弘3年（1333年）に崩御（享年30代前半か）、その次に中宮になった珣子内親王は延元2年/建武4年（1337年）に崩御（享年数え27歳）している。
後醍醐は正妻を最も大切にする人物で、正妻に対しては常に、前例のほぼないほどの手厚い寵遇で尽くした。たとえば、後醍醐は即位して後、5年以上前に亡くなった最初の正妃である為子に、従三位を追贈した（『増鏡』「秋のみ山」等）。江戸時代後期の有職故実家である栗原信充によれば、天皇の妃ではなく、皇太子時代の妃が従三位を追贈されるという例はきわめて珍しく、後醍醐の為子への格別な想いのほどが窺えるのではないか、という。また、後醍醐は為子の死後20年以上経った後、建武の新政を開くと、二条派の大歌人だった為子の代表歌に倣う歌を詠んでいる（#白菊）。2人目の正妃である皇太后禧子については別段で述べた。3人目にして最後の正妃である中宮珣子に対しても、立后時に歴史的な秀歌2首を贈った（『新拾遺和歌集』冬・622/『新葉和歌集』冬・501、『新千載和歌集』神祇・982/『新葉和歌集』神祇・594）。さらに、珣子の妊娠・出産時には、歴代最高となる66回の御産祈祷を開催している。
また、側室もないがしろにせず、皇太子時代に早逝したと思われる遊義門院一条局を除けば、実在が確実な側室は全員が女御（中宮の次位の后）もしくは女御に相当する位階の従三位に叙されている（#確実な后妃・皇子女の一覧）。
なお、北朝で書かれた軍記物語『太平記』1巻では、南朝の後村上天皇の生母である阿野廉子が、禧子から帝の寵を奪った稀代の悪女とされているが、このような記述は『太平記』1巻以外には見られず、他の現存資料と一致しない。『太平記』内部でも4巻などでは後醍醐と禧子の仲睦まじさが描かれており、廉子悪女説は物語としても設定が破綻している。史実ではないことが描かれた理由として、『太平記』研究者の兵藤裕己は、一つ目には、編纂者が文学的効果を狙って白居易の漢詩「上陽白髪人」を下敷きに創作したことと、二つ目には、現行の『太平記』の1巻・12巻・13巻には、建武政権批判を意図して、室町幕府からの改竄が加えられていると見られることを指摘している。
后妃・皇子女 > 概要 > 好みの異性

後醍醐の好みは高い知性を持つ女性で、特に和歌の才能と官僚的能力に惹かれたと見られる。
皇后の西園寺禧子は、勅撰集に14首・准勅撰集に1首が入集した勅撰歌人である。また、『増鏡』で禧子の他に特に深い寵愛を受けたと描かれるのは、最初の正妃である二条為子と、側室の二条藤子および阿野廉子である。二条為子は、勅撰集に71首が入集した二条派の代表的歌人で、後二条天皇の典侍などを務め、書や漢学にも通じていたことから、『昭慶門院御屏風押色紙和歌』奥書で「名誉の女房」（「偉大な女性」）とまで称えられたほどの人だった。二条藤子も勅撰歌人（8首）で、禧子の中宮宣旨（筆頭女官）を務めた。阿野廉子も禧子の中宮内侍を務めた上級女官で、最晩年の3年ほどは「新待賢門院令旨」を発して南朝の国政に関わる政治家だった。廉子は歌人としては正規の勅撰集に入集こそしなかったものの、准勅撰集には20首が撰ばれている。
后妃・皇子女 > 確実な后妃・皇子女の一覧

この一覧では、実在がほぼ確実な后妃・皇子女のみに絞って掲載する。実在が確実な生涯の后妃の数は8人、皇子は8人、皇女は8人である。皇子女の数が計16人というのは、南朝系図としては比較的古く信頼性の高い『帝系図』（#『帝系図』による一覧）と一致する。
皇太后（初め中宮）：藤原（西園寺）禧子（後京極院、? - 1333年） - 西園寺実兼女
第四皇女（1314年 - ?） - 早逝？
第五皇女：懽子内親王（宣政門院、1315年 - 1362年） - 光厳天皇後宮
中宮：珣子内親王（新室町院、1311年 - 1337年） - 後伏見天皇皇女
第七皇女（1335年 - ?） - 備考：『新葉和歌集』に幸子内親王という歌人がおり、近世系図類では幸子を珣子との皇女に当てるものがある
准三宮：藤原（阿野）廉子（三位局、新待賢門院 1301-1359） - 阿野公廉女、洞院公賢養女
第六皇女：祥子内親王（1322年? - ?） - 斎宮
第五皇子：恒良親王（1325年 - ?） - 後醍醐天皇皇太子
第六皇子：成良親王（1326年 - 1344年） - 征夷大将軍・光明天皇皇太子
第七皇子：義良親王（後村上天皇、1328年 - 1368年）
第八皇女：惟子内親王（1336年以後? - ?） - 南朝の女院・歌人である新宣陽門院と同一人物とする説が比較的有力
女御：藤原（二条）栄子（安福殿） - 二条道平女
皇太子妃：藤原（二条）為子（権大納言局、贈従三位為子、? - 1311年?） - 二条為世女
第一皇子：尊良親王（1306年? - 1337年） - 中務卿・一品親王・上将軍
第三皇女：瓊子内親王（? – ?） - 『新葉和歌集』に尊良との贈答歌があるほか、勅撰集に多数入選
第四皇子：宗良親王（尊澄法親王、1311年 - 1385年?） - 天台座主・中務卿・征夷大将軍
後宮：藤原氏（遊義門院一条局、? - 1308年?） - 西園寺実俊（橋本実俊）女
第二皇子：世良親王（1307年? - 1330年）
第二皇女：欣子内親王（1308年? - ?）
後宮：出自不詳（民部卿三位、? - 1329年?）- 元亀山上皇後宮、のち吉田定房室になったとする説もある
第一皇女：姚子内親王？（1307年? - ?） - 母を民部卿三位とするのは『本朝皇胤紹運録』によるものだが、第二皇女の欣子と第三皇女の瓊子の上にもう一人皇女がいたはずであるため、便宜上ここに掲載。
第三皇子：護良親王（尊雲法親王・大塔宮、1308年 - 1335年） - 梶井門跡・天台座主・征夷大将軍
後宮：藤原（二条）藤子（宣旨三位・権大納言三位局・霊照院、? - 1351年） - 二条為道女
第八皇子：懐良親王（鎮西宮・筑紫宮、1329年? - 1383年） - 征西大将軍・明日本国王
皇子・皇女の順序については、『増鏡』は、尊良親王を第一皇子、世良親王を第二皇子、二条為子の皇女（瓊子内親王）を第三皇女としている（『増鏡』「秋のみ山」「春の別れ」）。また、腹心である北畠親房が著した『神皇正統記』では、義良親王（後村上天皇）は第七皇子であるとされている。『帝系図』（応安4年（1371年））では、欣子内親王が第二皇女で、祥子内親王が第七皇女。
后妃・皇子女 > 後宮の変遷

前節の実在が確実な后妃・皇子女のみによって、後宮の変遷を書くと、
親王時代（1305年 - 1308年）：二条為子・遊義門院一条局・民部卿三位
皇太子時代その1（1308年 - 1311年?）：二条為子（側室なし）
皇太子時代その2（1313年 - 1318年）：西園寺禧子（側室なし）
中宮禧子冊立から建武の新政まで（1319年 - 1333年）：西園寺禧子・二条藤子・阿野廉子
禧子崩御・藤子出家後（1334年 - 1337年）：珣子内親王・阿野廉子・二条栄子
珣子崩御後（1337年 - 1339年）：阿野廉子・二条栄子