ボルシア・ドルトムント
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クラブの経営危機により前任者らは去ったが、クラブに残ったミヒャエル・ツォルクや、CEOに就任したハンス・ヨアヒム・ヴァツケらが中心となって経営再建を進めることになった。また、2008年に引退したラーシュ・リッケンがユースチームを担当し、チームは若手育成中心の体制となった。
2006-07シーズン、トマーシュ・ロシツキーをアーセナルへ、ヤン・コレルをASモナコへ放出。リーグ戦での不振によりファン・マルワイクは前半戦終了を待たずに解任された。最終的に9位で終えるも一時は残留争いに巻き込まれた。
2007-08シーズンはDFBポカールで準優勝しUEFAカップの出場権を得たものの、国内リーグでは1999-2000シーズン以来の二桁順位となる低迷が続いたが、平均観客動員はブンデスリーガで1位、欧州主要リーグ全体でもレアル・マドリードやマンチェスター・ユナイテッドFCに続く3位となる7万3000人弱を記録している（ホームスタジオの最大観客数8万3000人）。シーズン限りでクリスティアン・ヴェアンスが現役引退。
2008年夏、1.FSVマインツ05を躍進させたユルゲン・クロップ監督を招聘した。新加入のDFネヴェン・スボティッチがブレイクを果たし、リーグ2位の37失点と鉄壁を誇った守備陣を支えた。25節から7連勝で順位を上げ、UEFAヨーロッパリーグ出場権まであと一歩の6位に入った。ホームでは8勝9分と無敗で、シーズンを通しての敗戦数5はリーグ最少だった。
2008-09シーズン終了後にFWアレクサンダー・フライが母国のFCバーゼルに復帰したが、CSDコロコロで36試合出場34得点を挙げたパラグアイ代表FWルーカス・バリオスを獲得するなど、戦力維持に努めた。
2010年夏、エクストラクラサ・レフ・ポズナン所属の得点王ロベルト・レヴァンドフスキやセレッソ大阪所属のJ2得点王香川真司など各リーグで得点力の高かった選手らを獲得。レヴァンドフスキや香川をはじめイルカイ・ギュンドアン、ケヴィン・グロスクロイツ、マリオ・ゲッツェらがブレイクし主力の多くが23歳以下、スタメンの平均年齢が22～24歳という若いチームが完成、その勢いで序盤から安定的に勝ちを積み重ねたチームは2010-11シーズン前半戦終了時点でブンテスリーガ史上第2位となる勝ち点43を達成し首位で折り返し、圧倒的な強さで9シーズンぶり7度目の優勝を飾った。
2011年11月のチームの収支報告では、収入は前のシーズンの1億100万ユーロから大きく増えて1億5000万ユーロに、利益はチーム史上最高額の950万ユーロを記録した。一時は1億4000万ユーロ近くまで膨れ上がった負債額も、5600万ユーロと大幅に減らしている。
2011-12シーズン、チャンピオンズリーグはグループ最下位で敗退、リーグ戦も低調なスタートとなるも、その後はブンデスリーガ新記録となるリーグ戦28試合無敗・勝ち点81を記録し、優勝を争うバイエルン・ミュンヘンとの直接対決を香川の活躍で2戦2勝と制するなど圧倒的な強さを見せ、2シーズン連続8回目の優勝を達成した。さらに、DFBポカール決勝でもバイエルンを破りクラブ創設史上初の国内2冠を達成した。
2012-13シーズン、前年度の二冠達成メンバーの主力であった香川真司がマンチェスター・ユナイテッドのアレックス・ファーガソンに獲得されたことにより空いた穴を、マルコ・ロイスを獲得して埋めたがリーグではバイエルンの独走優勝を許し3連覇を逃し、DFBポカールも準決勝で敗退してしまった。一方でチャンピオンズリーグは、グループリーグでレアル・マドリード、マンチェスター・シティといった強豪と同組となるもグループ1位で突破。決勝トーナメントでも準決勝でレアル・マドリードを下し決勝に進出するも、決勝でバイエルンに敗れ16シーズンぶりのCL制覇を逃しチームは3シーズンぶりの無冠に終わってしまった。
2013-14シーズン、マリオ・ゲッツェがバイエルンに移籍したが、シャフタール・ドネツクでリーグ得点王となったアルメニア代表MFヘンリク・ムヒタリアン、ASサンテティエンヌからガボン代表FWピエール＝エメリク・オーバメヤンを獲得した。リーグでは前年に引きつづき2位。UEFAチャンピオンズリーグ 2013-14では、決勝トーナメントに進出するも、準々決勝でレアル・マドリードに1勝1敗、2戦合計2-3で敗れ、ベスト8敗退となった。
2014-15シーズン、バイエルン二冠のため、ドルトムントがリーグ2位として出場したDFLスーパーカップでは2-0で勝利した。ロベルト・レヴァンドフスキがバイエルンに移籍したが、トリノFCからセリエA2013-14シーズン得点王のチーロ・インモービレ、ヘルタからアドリアン・ラモスを獲得し、マンチェスター・ユナイテッドから香川真司が2シーズン振りに復帰した。対戦相手に戦術が研究され尽くしたことや、放出したレヴァンドフスキの穴を埋められず、新戦力が軒並み不振に陥ったことで、リーグ戦では前半戦を最下位で折り返すなど混迷を極め、シーズン途中にしばしばクロップの解任論が出ていた[要出典]。しかし、ウインターブレイク後の後半戦から、右サイドのオーバメヤンをCFにコンバートし、右サイドにムヒタリアン、左サイドにロイス、中央に香川を配置したファンタスティック4の攻撃陣が機能して、チームは息を吹き返して徐々に順位を上げていく。シーズン中の2015年4月15日、本拠地であるジグナル・イドゥナ・パルクで記者会見を開き、ユルゲン・クロップ監督の今季限りでの退任を発表した。クロップとの契約は2013年10月の時点で、期間を2018年まで延長していたが、今季の状況を受けハンス・ヨアヒム・ヴァツケ (CEO) などと会談、最終的にそれを途中解除の形での辞任となった。後半戦での最下位からのV字回復によって最終的にリーグ戦は7位に終わり、CL出場権は逃したもののEL出場権を獲得。チャンピオンズリーグでは決勝トーナメント初戦でユヴェントスに合計スコア1-5で敗れベスト16で敗退した。DFBポカールでは、準決勝でバイエルンをPK戦の末に破って決勝進出するものの、ヴォルフスブルクに敗れて優勝を逃した。シーズン終了後にセバスティアン・ケールが現役引退。
クロップは、2008年にドルトムントの監督に就任して以降、「ゲーゲンプレッシング」と呼ばれる特徴的なプレッシングと選手の平均年齢が若いことを踏まえ、走力と速度を活かす戦術を創りあげ、その結果、7年間で3つのタイトル（ブンデス2度、ポカール1度）を得る結果をもたらすなど、チームの｢復興｣を印象づける功労者といえる存在だった。しかし、クラブの厳しい財政事情により、成長し活躍する選手を強豪チームに売却するというクラブの方針から、チームのやりくりには都度工夫を強いられた。
2015-16シーズンより元1.FSVマインツ05監督トーマス・トゥヘルが監督に就任した。契約期間は2015年7月1日より3年間。昨シーズン後半戦に活躍した主力選手の多くが残留した。移籍市場ではゴンサロ・カストロ、ユリアン・ヴァイグル、アドナン・ヤヌザイらを獲得した。また、昨年まではゲーゲンプレスをベースにしていたが、4-3-3をベースに4-2-3-1、4-4-2、3バックなどさまざまなシステムを使用した。UEFAヨーロッパリーグでは、決勝ラウンドでポルト、トッテナムを下し躍進をしたが、ベスト8でユルゲン・クロップ率いるリヴァプールに敗退。
2016-17シーズン、夏の移籍市場ではフンメルス、ギュンドアン、ムヒタリアンといった主力が移籍した。一方でセバスティアン・ローデ、マルク・バルトラ、マリオ・ゲッツェ、アンドレ・シュールレを獲得した。加えてラファエル・ゲレイロ、ウスマン・デンベレ、エムレ・モルといった若い選手も補強した。2017年4月12日、チャンピオンズリーグの試合の前に発生した爆発事件によってDFマルク・バルトラが負傷する事態に見舞われるも香川真司の活躍もあってASモナコを相手に2-3と健闘を見せたが敗退した。DFBポカール優勝もトゥヘル監督は2016-17シーズンをもって退任した。
2017-18シーズンは元アヤックス監督のピーター・ボスが監督に就任した。夏の移籍市場ではマフムド・ダフード、エメル・トプラク、マクシミリアン・フィリップらを獲得した。2月4日、ライプツィヒ戦で、相手クラブや幹部らを侮辱する垂れ幕が、ドルトムントサポーターにより大量に掲げられた。これによりドイツ連盟は、18日ホームでのヴォルフスブルク戦でスタンド全体の無観客試合と罰金10万ユーロを科して、クラブ側が受け入れを発表した。序盤は好スタートをきったものの徐々に失速し、ボス監督が成績不振により解任。後任には前ケルン監督のペーター・シュテーガーが就任した。就任時には8位だったクラブを4位へ押し上げ、UEFAチャンピオンズリーグ 2018-19の出場権を獲得し、シーズン終了後に退任した。
2018-19シーズンよりリュシアン・ファーヴルが監督に就任した。夏の移籍市場ではトーマス・デラネイ、アブドゥ・ディアロ、マリウス・ヴォルフ、アクラフ・ハキミ、アクセル・ヴィツェルなどを獲得した。ヴィツェル、ディアロら新戦力が早々とチームにフィットして守備が安定、また攻撃もトップ下で新境地を開拓した主将ロイスを中心に、途中出場から驚異的なペースで得点を重ねるパコ・アルカセルや期待の若手ウインガーのジェイドン・サンチョがブレイクし、攻守が噛み合ったチームは15勝3分1敗の首位でリーグを折り返し、チャンピオンズリーグでもアトレティコ・マドリードに4-0で勝利するなどしてグループステージを首位通過と前半戦は好成績を残した。冬の移籍市場では香川真司をベシクタシュへレンタルし、クリスチャン・プリシッチのチェルシーへの完全移籍が決定した。後半戦も勢いを保っていたが、2月5日のDFBポカールラウンド16・ヴェルダー・ブレーメン戦でロイスが負傷して1ヶ月間離脱する間に、リーグでは3戦連続引き分け、CLはラウンド16でトッテナムに0-3で敗れるなど一転して全く勝てなくなった。ロイス復帰後も他の故障者が増えてパフォーマンスが落ち、CLも敗退し、リーグも第28節のバイエルン戦に0-5で完敗すると、直後のルールダービーも敗れて2位となり、そのまま2位でシーズンを終えた。
2019-20シーズン、夏の移籍市場ではマッツ・フンメルスが3年ぶりに復帰した他、トルガン・アザール、ユリアン・ブラント、ニコ・シュルツといった国内の有望な若手を獲得し大型補強を展開。一方ディアロをパリ・サンジェルマンへ、ローデをフランクフルト、シュールレをスパルタク・モスクワに放出した。冬の移籍市場ではエムレ・ジャンの他、レッドブル・ザルツブルクでブレイクを果たしたアーリング・ハーランドを獲得した。CLはグループステージでバルセロナ、インテルが同居する「死の組」を引いたがインテルを上回って2位で通過。ラウンド16でPSGと対戦。ホームでの1stレグをハーランドの2得点で2-1で勝利したが、アウェーでの2ndレグで0-2と敗戦。2戦合計で2-3と逆転され敗退した。
2021-22シーズンよりマルコ・ローゼが監督に就任。しかし、それでもバイエルンとの差は縮まらず、無冠に終わりローゼは1年でドルトムントを追われた。
2022-23シーズン、ハーランドがマンチェスター・シティへ移籍。宿敵バイエルンの失速もありリーグ首位で最終節を迎えた。勝てば優勝であったがまさかの引き分けに終わり得失点差でバイエルンの11連覇を許してしまった。スタンドを埋め尽くしたファン・サポーターから、試合終了後も悲願のリーグ制覇を成し遂げられなかった選手たちを鼓舞する大きな拍手とチャントが鳴り響いた。
2024年1月9日、クラブが財政破綻していた2005年からCEOに就任し財政状況を立て直したハンス＝ヨアヒム・ヴァツケ（ドイツ語版）CEOが2025年を以って退任することが発表された。
2023-24のUEFAチャンピオンズリーグではPSG、ACミラン、そして久々のチャンピオンズリーグ出場となったニューカッスル・ユナイテッドが合間見える死の組に参戦し、パルク・デ・プランスで行った第1節はPSGに0-2での敗北を喫し続く2節のACミラン戦では0-0のスコアレスドローに終わったが、3節のニューカッスル・ユナイテッド戦では1-0での勝利、さらに4、5節のミランとニューカッスルとのリターンマッチではどれも勝利を収め、死の組での3連勝を記録し他のクラブに比べて一歩早く決勝トーナメント参加が決まった。消化試合となったPSG戦では1-1での引き分けに終わり、死の組での1位通過を収めた。決勝トーナメントに入ると、PSVアイントホーフェンとのラウンド16の試合となるが、1stlegで1-1の引き分けとなるが、続く2ndlegでは新加入選手ジェイドン・サンチョのゴールもあり、0-2で勝利。そして準々決勝はスペイン勢のアトレティコ・マドリードと戦うことが決定した。2ndlegは1-2と惜しくも敗戦したが、ホームで行う2ndlegでは4-2の大逆転劇を巻き起こし、合計5-4で勝利したことで11シーズンぶりのベスト4となった。さらに準決勝にてPSG相手に合計スコア2-0で勝利し、11季ぶりに決勝進出を果たした。しかし、決勝ではレアル・マドリードに0-2で敗戦。1996-97シーズン以来となるCL制覇とはならなかった
2024-25シーズンよりクラブOBでありアシスタントコーチだった、ヌリ・シャヒンが監督に就任した。夏の移籍市場ではニクラス・フュルクルクをウェストハムへ、レンタルでセバスティアン・ハラーをレガネスへ、ユスファ・ムココをニースへ、サリフ・エズジャンをヴォルフスブルクへ放出した。一方、ブライトンからパスカル・グロスを、ホッフェンハイムから昨季16ゴール取ったマクシミリアン・バイアーを、昨季2位と躍進したシュツットガルトから主将のヴァルデマール・アントン、28ゴールを挙げて得点ランキング2位となったセール・ギラシを、マンチェスターシティから買取義務付きレンタルでヤン・コウトをそれぞれ獲得した。