日本人
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崎谷満によれば、最初に日本列島に到達し、後期旧石器時代を担ったのは、4万-3万年前にやってきたD-M64.1系統である。D-M64.1は日本に多く見られる系統であり、アイヌ88%（但しサンプル数は16人のみ）、沖縄県約40%（4% - 56%)、本州約35% (31% - 39%)で、日本国外では韓国で平均して2%ほどの男性に観察されるほか、中国、ミクロネシア、ティモール島などで散発的に観察されている。遠縁のD-F6251が多数のチベット人で見られるほか、少数のウイグル人、モンゴル人、アルタイ人、イ（彝）人、ミャオ（苗）人、ヤオ（瑶）人、漢人などでも確認されている。D-CTS11577系統の下位系統は5万年以上前に分岐し、日本列島に至り誕生したのがD-M64.1であり、アルタイ-チベット付近にとどまったグループがD-F6251であると考えられる。
渡来時期については諸説あるが、後期旧石器時代及び新石器時代のヨーロッパ（クロマニョン人）、そして少数の現代ヨーロッパ人、ベルベル人、アルメニア人、ネパール人でわずかに見られるC-V20と姉妹系統のC-M8系統もかなり古い時代に日本列島に入ってきたと考えられる。崎谷満はC-M8の祖型はイラン付近からアルタイ山脈付近を経由し朝鮮半島経由で日本に到達したとしている。他にも華南から海流に乗って日本列島に到達した南方経由説、樺太から北海道に流入後、日本列島各地へ流入した説など様々な意見がある。渡来年代についてはD-M64.1より早い4万年以上前という説もあり、C-M8が日本列島最古層という可能性もある。現代日本人男性の約20人に1人（5%）がこのC-M8系統に属していると見られ、韓国・朝鮮及び中国でも散発的に観察されている。
C-M217系統は現在、カザフ人、モンゴル人、エヴェンキ人等のアルタイ系諸族、極東ロシア（ニヴフ人、コリャーク人等）及び北アメリカ大陸北西部の原住民（例えば北部アサバスカ諸語話者等）に多い。崎谷はC2系統は細石刃石器を用い、ナウマンゾウを狩っていたと考えている。ただし、C-M217系統も渡来時期については諸説あり、朝鮮民族や漢民族などの周辺民族にも一定頻度見られることから、後述のO-M122系統やN系統やQ系統等と共に渡来してきた可能性もある。ちなみにアルタイ系民族（チュルク系民族、モンゴル系民族、ツングース系民族）で高頻度なC-M217系統はC-M407という若いサブクレードに属すものを除けばほぼ全てC-L1373系統であるが、日本人や漢民族、朝鮮民族などで観察されるC2系統はC-F1067系統が大半で、C-L1373はわずかである。（C-M217に属す日本人130人中111人即ち85.4%がC-F1067 > C-CTS3297に属すのに対して、わずか19人即ち14.6%がC-F1396に属し、河北省邯鄲市漢族730人のサンプル中79人がC-F1067に属すのに対してわずか13人がC-L1373に属し、韓国ソウルで採取された573人のサンプル中70人がC-F1067に属すのに対してわずか5人がC-L1373に属し、韓国大田で採取された133人のサンプル中14人がC-F1067に属すのに対してC-L1373に属す人が1人も観察されなかった。) また現代の日本で観察されるハプログループC-M217に属すY-DNAは幾つもの異なる下位系統に属しており、一概にC2系統といっても、そのルーツや渡来時期は複数存在したことが想定される。現代日本人に於けるC2-M217の頻度については、各研究によって差があり、少ないものでは2%、3%ほど、多いものでは6%、7%ほどとなっている。
O-M119系統は台湾の原住民の男性に非常に多いので、新石器時代の台湾または対岸の中国本土沿岸部が起源であろうと推測されている。崎谷満はオーストロネシア語族との関連があると想定している。台湾に近いにもかかわらず、日本列島の男性ではO1aは全体の約1%（0%～3%）に過ぎない。中国復旦大学・黄穎、李輝、高蒙河らの研究によれば、中国春秋時代・百越(粤)のY染色体は、O-M119系統である。
O-F2320系統の下位系統の一つであるO-M95は現代の東南アジアの男性に多いが、元々は新石器時代の中国から拡散していったと見られている。O1a-M119と同様、現代日本人の全体の約1%（1%～4%）がこのO-F2320系統に属していると見られる。
O-M176系統について、崎谷満は従来の研究結果とは異なる主張を提示し、長江文明の担い手だと考えている。今までの研究結果とは逆にO-M176系統が移動を開始したのは約2800年前で、長江文明の衰退に伴い、O-M176は南下し、百越と呼ばれ、残りのO-M176は西方及び北方へと渡り、中国東北部、朝鮮半島から日本列島へ渡ったと崎谷満は主張している。O-M176系統は中国江南から水稲栽培を持ち込んだと考えられ、日本列島への流入は弥生人と関連し、則ちO-M176系統の到来と共に縄文時代から弥生時代へ移行しはじめたと考えられる。O-M176系統は日本列島のほか、朝鮮半島や中国東北部の一部でも比較的多く見られる。しかし、池橋宏はO-M176が長江文明の地域である中国南部に殆ど発見されていないことと、日本列島の一部地域の土層から稲のプラントオパールがみつかってはいるが、これが必ずしも長江から移動を意味するものではなく、稲の品種や技術が人々の間で伝来したと考えられると主張した。
O-M122系統について崎谷は、その一部は縄文時代～弥生時代にミレット農耕をもたらしたが、大部分は弥生時代よりも更に後、特に4世紀から7世紀頃に中国大陸及び朝鮮半島から到来した渡来人による流入が多かったであろうとしている。O-M122は現代の中国人（約53.48%）、朝鮮民族（42.1%、44.3%）に於ける最多の系統であり、現代のタイ（29.3%）、ベトナム（37.5%）、フィリピン（30.8%）等に於いても首位を争う程の高頻度で観察されている。
N-M231系統はウラル系民族に高頻度で、日本では約2%（0%-7.7%）の男性に見られるが、具体的な渡来経路などは明らかでない。N1(xN-M128,N-P43,N-M46/N-Tat)が青森で採取された26人のサンプルのうち2人のサンプル（即ち7.7%）に観察され、遼河文明の遺跡人骨からもN1(xN-M128,N-P43,N-M46/N-Tat)が高頻度で見つかっており、かつ三内丸山遺跡と遼河文明の関連性が指摘されている。なお、現代日本で観察されているN-M231の下位系統は、主に中国で観察されているN-M128とN-M1819とN-CTS962、並びに韓国・朝鮮を中心として中国等でも観察されているN-Y23747/N-F4063であり、ウラル系民族等北アジアの男性に多く見られるN-F1419/M2017とN-P43ではないため、現代日本で見られるハプログループNはハプログループO2-M122やハプログループC2-M217やハプログループQ-M242等と共に渡来してきた可能性もある。（総人口に占める割合を取って見ても、O2-M122、C2-M217、N-M231、Q-M242はどれも日本人よりも中国人と韓国・朝鮮人に占める割合の方が大きい。ちなみに漢族や日本人に比較的多く見られるN-M128はネネツ人、ガナサン人、マンシ人、ハンティ人等東寄りのウラル系民族に多く見られるN-P43とは今より約10480年前に、朝鮮民族に比較的多く見られるN-F4063はフィンランド人、サーミ人、エストニア人等西寄りのウラル系民族に多く見られるN-F1419とは今より約12500年前にそれぞれ最も近い共通祖先をもっていると推定され、更に、これら全ての系統の最も近い共通祖先であるN-F1206は今より約17600年前の者と推定されている。）Wangら、2023のモデルでは古代ユーラシア人のmtDNA Rの分岐である東アジアのmtDNA pre-F*に関連した人口と相互作用したy 染色体N-M231の枝に属するWatahikiら、2024で言及されている日本の人口のy 染色体N-M231の東アジアの性質は、後述する脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著した論文から観察できます。DNAに関しては、男性は母親から約51％を受け継ぎ、父親からはわずか49％を受け継ぎますため、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著したYangら、2020のモデルでは、後李文化の博山遺跡のy染色体N-F2905に属する古代男性標本が中国の長江流域の湖北省だけの同時にY染色体O-M119やO-M134やO-IMS-JST002611に属する標本たちに同等なDNAの約49%を持っていました（後李文化が河姆渡文化の土器といくつかの特徴を共有した「陶釜」という丸底土器を主体を持中に马家浜文化の形成に貢献しました）、後李文化の小荊山遺跡にはPCA上の博山遺跡の古代標本の近くにクラスター化されたY 染色体N-F2905に属する1つの古代標本があり、小荊山遺跡にも、y 染色体N-L729（N-F1206）に属する4つの標本で正確な遺伝的系統を形成する1つの古代標本があった、さらに、X染色体の組換え中に男性の減数分裂に参加したy 染色体N-L729に属する祖先が存在する場合のように、これはy染色体N-M231のすべてのタイプに関連した小荊山遺跡の個人たちの集団の相対的な均一性を示してあり、全体的にこれらの小荊山遺跡の個人たちが中国の福建省の亮島遺跡の古代標本のDNAとおおよそ類似したDNAの100%を持つものとしてモデル化できます。y染色体N-M1819はWangら、2023のモデルでは台湾の「選択された」オーストロネシアのタイヤル族のy染色体との主な類似性が示されました、さらに、中国の河南の省龍山文化の平粮台遺跡のy染色体N-M1819に属する古代男性標本のy染色体には中東の要素もウスト・イシム人に関連した要素もありませんでしたが、その代わりに、古代平粮台遺跡で後期石家河文化のタイプに属した、すなわち良渚文化の瑶山遺跡から報告された翡翠の加工技術を組み合わせたタイプに属した翡翠のアーティファクト発見されたことを考慮して、平粮台遺跡のy染色体N-M1819に属する古代男性標本がPCAには澎湖諸島の翡翠のアーティファクトや炭化米を発見された锁港遺跡のY染色体O-F871*やO-M175*に属する古代標本たちと良渚文化の影響を受けて稲作を取り入れた昙石山文化の古代標本たちで遺伝的系統たちを形成しました。Rootsiら、2007に記載されている日本、フィジー諸島などに分布する「祖先パラグループN*」については（比較のために、Hammerら、2006では、y 染色体 NO*/Nの両方に属する標本が徳島と九州に存在していました）、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著したWangら、2021のFigure2Bの日付指定可能なモデルやFigureS3Dの同等の時間スケールを持つ最初のモデルでは、38100年前の系統と38000年より少し若い系統の17%と18%が広西のY 染色体O-M188>O-M7に属する古代独山の標本に分離されていて、古代独山の標本は宝剑山「縄文人と同様に東アジア人との遺伝的類似性を示す」広西の宝剑山の古代標本に貢献し、古代独山の標本に関連した広西のmtDNA B4a1eはフィジー諸島の人口のmtDNA B4a1a1nと突然変異を共有しています、さらに、「古代のゲノムと現生人類の進化の道筋」では、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが南シナ海の島々などを含む農業革新の独立した中心地を設置ましたが、その代わりに、最終モデルでは、若いy染色体N-M231のに属するの博山の古代標本の独立した遺伝的要素が古代独山や亮島や奇和洞遺跡に代表されるY染色体O-M122やO-M119やO-M268に属する標本たちに関連した人口と共存し続け、Y染色体O-M122やO-M119やO-M268に属する標本たちに関連した人口の分裂前にわずかに分離しましたが、他のモデルによると、分裂後に得られた集団たちと個別に相互作用し続けました。
Q-M242系統はアメリカ大陸の先住民族及びシベリアの一部の先住民族（ケット人、セリクプ人、コリャーク人、チュクチ人等）で多く見られるハプログループである。東アジアでは北方漢族男性（約4%～5%）で比較的多く見られ、日本ではわずか約0.40%の男性に観察されている。