東武伊勢崎線
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平成に入ると、それまで増加傾向にあった輸送人員がピークを迎えたが、ラッシュ時の北千住駅は乗換客により混雑を極め、依然として危険な状態が続いていた。そこで北千住駅での乗換客を減らすべく、1988年（昭和63年）に浅草う回乗車制度が、1990年（平成2年）に押上う回乗車制度が導入された。これにより、北千住駅を経由する定期券を所持していれば、浅草駅・業平橋駅を経由しても都心に行き来出来るようになった。押上う回乗車制度が導入された時に行われたダイヤ改正に合わせて、業平橋駅に10両編成が入線出来る地上ホームが新設された。
朝ラッシュ時の混雑率は190%程度で推移する状況が続き、更なる輸送力の増加と北千住駅の抜本的改造が求められた。これが一段落したのが1997年（平成9年）であり、北千住駅の立体化と越谷駅までの複々線化が完工し、私鉄最長の複々線を持つ路線となった。複々線は2001年（平成13年）に北越谷駅まで延ばされ、その距離は18.9 kmに及ぶ。これらの事業は特定都市鉄道整備事業計画に認定されたもので、総事業費は840億円であった。複々線が完成した2001年のダイヤ改正では、朝ラッシュ時における竹ノ塚駅 - 北千住駅間の上り列車で毎時45本が運行されるようになった。この一路線の一時間あたりの運行本数は関東私鉄において最大であった。
また、2003年（平成15年）には押上駅を介して営団地下鉄半蔵門線（現・東京メトロ半蔵門線）・東急田園都市線との直通運転を開始し、10両編成の優等列車が初めて都心へ直通するようになった。この直通運転に際して曳舟駅 - 押上駅間が新規に建設されたが、正式には曳舟駅 - 業平橋駅（現・とうきょうスカイツリー駅）間の複々線化として扱われており、押上駅は業平橋駅と同一駅扱いとしてみなされるようになった。この事業も特定都市鉄道整備事業計画に認定されたもので、総事業費は843億円であった。業平橋駅の地上ホームはこのダイヤ改正で廃止され、跡地に東京スカイツリータウンが建設された。
半蔵門線との直通開始により日中でも10両編成が運転されるようになったが、浅草駅発着の準急を基軸とした従来のダイヤを継承していたため、半蔵門線直通列車は少数に抑えられていた。しかし、2006年（平成18年）のダイヤ改正は種別名変更を伴うほどの大規模な白紙改正となり、半蔵門線直通列車の急行を基軸としたダイヤに刷新した。一方で日中は久喜駅と太田駅で一般列車の運用が分断され、特に太田駅 - 伊勢崎駅間で運用される普通列車は全列車がワンマン運転となり、3両編成に減車された。特急列車は従来のダイヤを継承したが、1日1往復の特急「りょうもう」を除いて浅草駅 - 伊勢崎駅間の直通列車は廃止された。
2013年（平成25年）のダイヤ改正で、東急東横線が東京メトロ副都心線と直通運転を開始したことに伴い、東横線と日比谷線の直通運転が終了となり、日比谷線の車両運用に余裕が生じたため、日比谷線との相互直通区間が日光線南栗橋駅まで延長された。朝ラッシュ時の混雑率も140%程度まで緩和したため、このダイヤ改正で上り区間急行列車の増解結運用が廃止された。また太田駅 - 伊勢崎駅間で運用されるワンマン列車のうち、一部が館林駅まで直通するようになった。
1990年（平成2年）
6月1日：特急「きぬ」・「けごん」で「スペーシア」100系電車が運用開始。
9月25日：業平橋駅地上ホーム運用開始。押上う回乗車制度を導入。ダイヤ改正を以下の内容で実施。
曳舟駅発着の全列車を業平橋駅発着に延長。
朝ラッシュ時運転の上り準急列車の10両編成運転区間を業平橋駅 - 曳舟駅間と東武動物公園駅 - 館林駅間で拡大。下りは回送の措置が継続される。
1991年（平成3年）
浅草駅に当路線内で初めて発車メロディが導入。曲名は『Passenger』。
2月1日：急行「りょうもう」で200系電車が運用開始。
12月9日：ダイヤ改正を以下の内容で実施。
平日ダイヤの北春日部駅 - 南栗橋駅間の下り終電を最大約15分繰り下げて、北千住駅23:52発とする。種別を準急に変更。
平日ダイヤの北越谷駅 - 北春日部駅間の下り終電を最大約37分繰り下げて、北千住駅0:38発とする。
平日ダイヤの竹ノ塚駅 - 北越谷駅間の下り終電を約19分繰り下げて、北千住駅0:40発とする。
平日ダイヤに浅草駅0:23発、北春日部駅行きの準急を新設。始発駅を0時台に出発する優等列車はこれが初めての設定となる。
1992年（平成4年）9月21日：羽生駅 - 川俣駅間複線化。これにより浅草駅 - 館林駅間が全て複線化。ダイヤ改正により、羽生駅発着の全列車を館林駅発着に延長。
1993年（平成5年）10月8日：綾瀬川 - 元荒川間（越谷駅 - 北越谷駅間の橋梁）の下り線高架化。
1994年（平成6年）
8月2日：ダイヤ改正により、土曜日の8両・10両編成を6両編成に短縮（当時、土曜日は平日ダイヤで運行）。下り準急列車の8両編成運転開始。
11月2日：綾瀬川 - 元荒川間（越谷駅 - 北越谷駅間の橋梁）の上り線が高架化。
1995年（平成7年）2月16日：ダイヤ改正を実施。日中に設定されていた東武宇都宮駅発着の準急を南栗橋駅発着に短縮。
1996年（平成8年）7月23日：北千住駅の日比谷線ホームが高架化。ダイヤ改正を実施。
1997年（平成9年）
3月25日：草加駅 - 越谷駅間複々線化。北千住駅が4面7線に立体化される。白紙ダイヤ改正を以下の内容で実施。
準急が新越谷駅に停車。
区間準急を新設。
日中の浅草駅発着の普通を廃止。
北千住駅の上り方（地上ホーム）に引き上げ線を新設し、一部の業平橋発着列車を北千住発着に変更。
草加駅発着の普通が廃止され、越谷駅発着に変更。同時に北越谷駅発着を早朝・深夜をのぞき越谷駅発着に変更。
日中の日比谷線直通列車が毎時8本に増発。越谷駅発着が毎時4本、東武動物公園駅発着が毎時4本となる。
北春日部駅 - 大袋駅間の上り初電を約7分繰り上げて、北春日部駅5:00発とする。
北越谷駅 - 谷塚駅間の上り初電を約8分繰り上げて、北越谷駅5:06発とする。
北春日部駅行きの下り終電の種別を準急から区間準急に変更。大袋駅、武里駅、一ノ割駅の下り終電が最大約16分繰り下げ。
業平橋駅 - 館林駅間で下り準急列車と区間準急列車の10両編成運転開始。同時に夕ラッシュ時の運転開始。
土曜日を平日ダイヤから日曜日・休日ダイヤへ変更。
3月31日：浅草う回乗車制度・押上う回乗車制度を廃止。
1999年（平成11年）3月16日：ダイヤ改正を実施。りょうもう号の最高速度が110 km/hに向上し、種別を特急に変更。
2001年（平成13年）3月28日：越谷駅 - 北越谷駅間高架複々線化。ダイヤ改正を以下の内容で実施。
越谷駅発着の普通が廃止され、北越谷駅発着に変更。
10両編成の運転を日中時間帯や土休日に拡大。
土休日ダイヤに浅草駅23:37発、南栗橋駅行きの準急を新設。北春日部駅 - 南栗橋駅間の下り終電を最大約15分繰り下げる。
2003年（平成15年）3月19日：押上駅 - 曳舟駅間開業（正式な扱いは業平橋駅 - 曳舟駅間の複々線化完成）。ダイヤ改正を以下の内容で実施。
日光線南栗橋駅から営団（現・東京メトロ）半蔵門線・東急田園都市線中央林間駅までの相互直通運転開始。
通勤準急を新設。平日朝ラッシュ時の上り列車に4本、平日夕ラッシュ時の下り列車に19本設定される。
区間準急は曳舟駅 - 北千住駅間が通過となり、半蔵門線直通の種別に変更される。ただし平日ダイヤに設定されていた浅草駅0:23発の下り列車に限り、曳舟駅 - 北千住駅間を各駅に停車する。
日中の伊勢崎駅発着に設定していた準急Aが廃止。これにより、一般列車が東武動物公園駅以北各駅停車に統一。
日中の日比谷線直通列車が毎時6本に減便。北越谷駅発着が毎時3本、東武動物公園駅発着が毎時3本となる。
日中の準急と各駅停車が緩急接続する駅を草加駅とせんげん台駅に統一。
朝ラッシュ時に10両編成で運転される準急浅草駅行きの後部4両を切り離す駅を曳舟駅から北千住駅に変更。
業平橋駅発着列車が廃止。
5000系が館林駅以南から撤退、浅草駅 - 館林駅間での通勤型車両による列車の最高速度が従来の95 km/hから100 km/hに向上。
2005年（平成17年）5月9日：女性専用車両を館林駅 - 押上駅間で導入。
2006年（平成18年）3月18日：9年ぶりの白紙ダイヤ改正を以下の内容で実施。運転系統や種別体系が大きく変化した。
東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線との相互直通運転区間を久喜駅まで延長。
種別名を変更。浅草駅発着は、有料の急行が特急に、準急が区間急行になる。半蔵門線直通は、通勤準急が急行に、区間準急が準急になる。
全ての区間準急が浅草駅 - 北千住駅間の各駅に停車するようになり、浅草駅発着の種別に変更される。
区間快速を新設。日中の快速が区間快速に格下げ。
北千住駅の下り方（地上ホーム）に引き上げ線を新設し、浅草駅 - 北千住駅間の普通列車運転開始。
日中の半蔵門線直通列車が毎時3本から毎時6本に増発。久喜駅発着が毎時3本、南栗橋駅発着が毎時3本となる。
日中の浅草駅発着の普通が復活。
日中の浅草駅発着の普通・区間準急が全て曳舟駅で半蔵門線直通急行・準急と接続するようになる。
日中の久喜駅での系統分割ダイヤを開始。一般列車で同駅を跨ぐ際には対面乗り換えとなる。
夕ラッシュ時の半蔵門線直通列車が毎時4本から毎時6本に増発。種別を急行に統一。
太田駅 - 伊勢崎駅間の普通列車でワンマン運転を開始し、3両編成に短縮。これに伴い、1日1往復の特急「りょうもう」を除いて浅草駅 - 伊勢崎駅間直通列車が消滅。
館林駅 - 伊勢崎駅間において5000系完全撤退、全線での通勤車最高速度100 km/h化。
東武動物公園駅 - 館林駅間の下り終電を約32分繰り下げて、浅草駅23:02発とする。
2009年（平成21年）6月6日：ダイヤ改正を以下の内容で実施。
土休日ダイヤの押上駅 - 曳舟駅間の下り終電を約20分繰り下げて、押上駅0:12発とする。
土休日ダイヤの北越谷駅 - 北春日部駅間の下り終電を約10分繰り下げて、浅草駅23:57発とする。
一般列車の4両編成運用が廃止。
2010年（平成22年）
1月 8000型通勤型車両が太田駅以南のツーマン運転列車から撤退。
3月17日：西新井駅に当路線内の中間駅で初めて発車メロディを導入。
2011年（平成23年）
3月11日：東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）発生。東京メトロ日比谷線・東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線・野岩鉄道会津鬼怒川線・会津鉄道会津線との相互直通運転および特急列車を含む全列車が運休。
3月12日：8時57分頃に北千住駅 - 東武動物公園駅間で、11時15分頃に全線で運転再開。
3月14日：東北地方太平洋沖地震による発電所の停止に伴う電力供給逼迫のため、東京電力が輪番停電（計画停電）を実施。これに伴い、この日から曳舟駅 - 押上駅間で運休し、東京メトロ日比谷線・東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線・野岩鉄道会津鬼怒川線・会津鉄道会津線との相互直通運転及び特急の運転が休止。
3月20日：野岩鉄道会津鬼怒川線・会津鉄道会津線との相互直通運転が再開。
3月22日：特急スペーシア「きぬ」の運転が再開。
3月28日：東京メトロ日比谷線との相互直通運転が再開。
4月2日：曳舟駅 - 押上駅間で運転再開し、東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線との相互直通運転が再開される。特急「りょうもう」の運転が再開される。
4月11日：東北地方太平洋沖地震の余震とみられる巨大地震が発生したため、曳舟駅 - 押上駅間で運休し、東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線・野岩鉄道会津鬼怒川線・会津鉄道会津線との相互直通運転および特急の運転を休止。
2012年（平成24年）
3月17日：業平橋駅をとうきょうスカイツリー駅に改称。同時に、浅草駅・押上駅 - 東武動物公園駅間に「東武スカイツリーライン」の路線愛称を付け、伊勢崎線を含む全路線全駅に駅ナンバリングを導入。ダイヤ改正を実施し、一部の特急がとうきょうスカイツリー駅に停車するようになる。
5月22日：押上駅に「スカイツリー前」の副駅名を導入。
2013年（平成25年）
3月16日：ダイヤ改正を以下の内容で実施。
快速・区間快速がとうきょうスカイツリー駅に停車。
東京メトロ日比谷線との相互直通運転区間が日光線南栗橋駅まで延長。
館林駅 - 太田駅間の一部列車でワンマン運転を開始。
朝ラッシュ時の区間急行を8両編成に短縮。これに伴い、館林駅・北千住駅での増解結作業と久喜駅 - 館林駅間の10両編成運用廃止。
日中の半蔵門線直通列車の行先を変更。久喜駅発着が毎時4本、南栗橋駅発着が毎時2本となる。
日中の日比谷線直通列車の運転区間を延長。東武動物公園駅発着が毎時4本、南栗橋駅発着が毎時2本となる。
日中の浅草駅 - 久喜駅間の区間準急を浅草駅 - 竹ノ塚駅間の普通に格下げ。
夕ラッシュ時の日光線方面の区間急行を浅草駅 - 東武動物公園駅間の区間準急に格下げ。
土休日ダイヤの浅草駅 - 北千住駅間の下り終電を約14分繰り上げて、浅草駅0:09発とする。
3月26日：浅草駅 - 館林駅間の全駅に発車メロディを導入。
10月19日：新伊勢崎駅 - 伊勢崎駅間高架化。
2015年（平成27年）7月24日：足利市駅で列車接近メロディを導入。曲は森高千里の『渡良瀬橋』。
2016年（平成28年）5月29日：竹ノ塚駅付近の下り急行線が高架化。
2017年（平成29年）
4月1日：松原団地駅を獨協大学前駅に改称し、副駅名「草加松原」を付与。
4月21日：ダイヤ改正を以下の内容で実施。
特急「リバティきぬ」・「リバティけごん」・「リバティ会津」・「リバティりょうもう」で「リバティ」500系電車が運用開始。
特急「スカイツリーライナー」・「アーバンパークライナー」を新設。
全ての特急がとうきょうスカイツリー駅に停車。
快速と区間快速、ならびに1往復のみ設定されていた新栃木駅発着の区間急行（後述参照）を廃止。これに伴い6050系の浅草駅乗り入れが終了するとともに、東武スカイツリーライン（浅草駅 - 東武動物公園駅間）から日光線南栗橋駅以北へ乗り入れる特別料金不要の定期列車が全廃となる。
東武動物公園駅 - 久喜駅間の下り終電を約17分繰り下げて、東武動物公園駅0:09発とする。