テイルズ オブ ファンタジア
ストーリー

ある日、トーティスの村に住む剣士の少年クレス・アルベインは、親友チェスター・バークライトと一緒に村の南にある森へ狩りに行く。ところが、猪を仕留めた時に村で異変が起きていた。危急を告げる半鐘の音を聞いて帰って来たクレスとチェスターの目に映ったのは壊滅した村と何者かによって虐殺された村人達であり、瀕死のクレスの両親と事切れたチェスターの妹アミィの姿だった。そして2人は、村が襲われた原因が、クレスがかつて父親から誕生日のプレゼントとして貰ったペンダントにある事を知る。
クレスとチェスターは2人で両親と村人達の仇を取ることを誓い、クレスはペンダントを手に、村人たちを埋葬するチェスターと一度別れ、父の遺言に従ってユークリッドの都に住む伯父オルソンの下へ身を寄せ、村を襲った者達の手掛かりを探す。しかし、実はオルソンは村を襲った者達に脅されており、クレスを裏切り、クレスは彼等に引き渡されてしまう。オルソンはクレスを裏切った事に責任を感じたが、妻ジョアンと共に口封じのため命を奪われる。そしてクレスは、トーティスの村を襲った張本人である黒鎧騎士の隊長であるマルス・ウルドールにペンダントを奪われる。装備を奪われ地下牢に入れられたクレスは、同じように地下牢に囚われていた法術師の少女ミント・アドネードの母親であるメリルの声に導かれ、彼女の形見のイヤリングの力を借りて牢を脱出し、ミントを救出。2人で地下牢から何とか脱出するも、その道中魔物に不意をつかれたミントを庇ってクレスがその毒を浴びて意識を失ってしまう。一方、村を襲ったマルス・ウルドールは奪ったペンダントを使って、地下墓地である儀式を行おうとしていた。クレスとメリルの持つペンダントは、伝説の魔王ダオスの封印を解く為に必要な物だったのだ。
窮地に陥ったクレス一行を介抱したトリニクス・D・モリスンは、クレスとミントの両親とは知人であったと話す。モリスンの質問にペンダントが奪われた事情を告げると、モリスンは単身地下墓地へ向かってしまう。マルスの企みを阻止しようと、モリスンの家で合流したチェスターを加えて地下墓地へ向かうクレス達だったが、間に合わず、ダオスは復活してしまった。だが、実はマルスはダオスに操られていただけで、クレス達は全てダオスの仕業だった事実を知る。復活したダオスは用済みとなったマルスを殺害し、クレス達まで殺そうとするが、チェスターが捨て身でダオスの詠唱を止め、間一髪でクレスとミントはモリスンの法術で過去へ飛ばされる。
過去の世界で目覚めたクレスとミントは、転移直前に渡されたモリスンの本を頼りにダオスを倒すための旅に出る。まずユークリッド村に住む召喚術の研究者クラース・F・レスターを仲間に加え、彼の助力を得るため、風の精霊・シルフとの契約に挑戦するべくローンヴァレイへ向かう。ローンヴァレイに住む気象学者バートから契約の指輪を受け取り、谷に入ったかもしれないという娘の捜索を頼まれた3人は、瘴気に侵された谷を元に戻し、シルフとの契約を果たして少女の不在を確かめた後、シルフの言葉に従い、精霊の森で世界樹ユグドラシルに宿る精霊・マーテルと話す。マナ枯渇の危機を訴えたマーテルの言葉に、自分たちの時代で枯れかけた大木を見たことを思い出すクレス。しかし、今は何も打つ手がないため、一行は新たな契約の指輪を求めてアルヴァニスタ王国へ向かう。
アルヴァニスタ王国へ向かうその途中、立ち寄ったハーメルの町は何者かの襲撃で壊滅しており、3人は町の唯一の生存者であるリアと名乗る少女から事情を聞く。リアは襲撃者がデミテルという魔術師であること、彼がベネツィアの方へ去っていったことを告げ、クレスとミントは彼女を自分達と重ねて敵を討つことを決める。リアを加えてたどり着いたベネツィアで、デミテルが西の孤島に館を構えていることを突き止めた一行は、そこに乗り込みデミテルを討つ。その直後、リアの様子が急変し倒れてしまう。実はリアは既に死者であり、行方不明だったバートの娘であるハーフエルフのアーチェ・クラインがリアの魂を憑依させていたのだった。リアの昇天後、父に事情を話したアーチェは、クレス一行に強引に同行を申し出て、共にアルヴァニスタへ向かうことになった。
アルヴァニスタへ向かう連絡船に乗った一行は、船の中でアルヴァニスタの王子が魔族に操られているために、開戦を前にして同盟者であるミッドガルズのために動けないという不穏な噂があることを知る。そして入国後ある計画を練り、王子を魔族から解放した一行は、王からモーリア坑道の探索許可証を発行してもらい、各地にいる精霊・ウンディーネ、ノーム、イフリートと契約、モーリア坑道にいる精霊・マクスウェルとの契約にも成功。その後、王宮魔術師であるルーングロムの紹介状を手に、ヴァルハラ戦役のため各地を放浪している、この時代のモリスン家の者であるエドワード・D・モリスンと出会う。そして、エルフの長・ブラムバルドの協力を得て、モーリア坑道で見つけた指輪を里の奥にあるトレントの森で修復した一行は、クラースの念願だった月の精霊・ルナとの契約にも成功。
ダオス軍との戦闘準備に備えるミッドガルズに戻ったクレス一行は、宣戦布告に来たダオス軍の先兵に遭遇。子供を人質にエドワードとクレス一行に自害を要求するが、エドワードが子供を逃がすも致命傷を負い、クレス一行に後事を託して敵を撒き込み自爆する。結果的に自分たちが関わったことで歴史が変わり、志半ばで倒れたエドワードの代わりにクレス一行がヴァルハラ戦役に加わり、ダオス城へ乗り込んだ。しかしダオスを追い詰めたところで、時間転移で未来へ逃げられてしまったため、一行は現代に戻るための術を探すことに。ルーングロムから渡された鍵を使い、エドワードの研究室を調べた一行は、ベネツィアの沖合いに沈むという超古代都市トールのシステムを使えばクレス達の時代へ戻れるのではという結論に達する。
だが一つ問題があった。魔科学とそれを利用したダオス軍との戦闘の結果大量のマナを消費した影響で、クレス達の時代へ渡ってもユグドラシルが枯れてしまえばマナを必要とする召喚術や魔術は使えないのだ。そしてミントは、法術師の象徴・ユニコーンの力を借りてユグドラシルをよみがえらせることを思いつく。ユニコーンは白樺の森に住み、清き乙女にしか会わないという情報を得た一行は、ダオス城の近くにある白樺の森へ向かった。無事にユニコーンと出会えたミントだが、説得中に魔物が現れ、ユニコーンを襲う。危機に気づいて合流したクレス達によって魔物は倒されたが、ユニコーンは息絶える寸前だった。しかし、ミントの心に打たれたユニコーンはその角に自分の力を込め、杖としてミントに授ける。ユグドラシルをよみがえらせる術を得た一行は一旦精霊の森へ戻り、ユグドラシルに増幅した回復法術をかけ枯れる問題を一時的に解決。その後、ベネツィア沖からウンディーネの力を借りて海底のトールへ向かい、マザーコンピュータを再起動させて都市を海面に浮上させる。そしてタイムワープというシステムを使ってクレス達の元の時代へ渡り、クレスとミントが過去へ飛ばされた直後の地下墓地にてダオスとの戦闘に突入した。
ダオスを倒したと同時に突如地下墓地が崩壊し始め、ギリギリのところで脱出した一同。数日後、モリスンの家に集いクラースとアーチェに過去への帰還の前に最後の言葉を交わす一同であったが、その直後、隕石が各地に降りそそぐのを目撃。同時に、未来からの使者・ハリソンと出会う。ハリソンはダオスが50年後の未来で生きていること、伝承の存在となった勇者であるクレス一同に協力を仰ぐためにやってきたことを伝え、チェスターを仲間に加えた一行は浮上したトールのシステムを利用して未来へ渡る。
未来の世界へ渡ったクレス一行は、ハリソンに導かれ、アルヴァニスタへ向かうためベネツィアまでやってきた。そこで海上は既にダオスの勢力下にあり、連絡船が使えないと知らされる。そして、あることを思いついたハリソンによって一旦ユークリッドに戻り、この時代では既に滅んでいるミッドガルズの遺産である魔科学を研究する国営の研究所へ。そこで飛行機械レアバードの存在を知るも、研究者・スタンリーにアルヴァニスタまで行けるほどの能力はないと言われ、強化のために雷の精霊・ヴォルトを探してきて欲しいと頼まれる。スタンリーから契約の指輪を受け取った一行は、モリスン邸の裏手にある洞窟へ向かい、ヴォルトと契約を果たす。
ユークリッドへ戻った一行はヴォルトの力でレアバードとアーチェの箒を強化し、一路アルヴァニスタへ。そこでルーングロムと再会した一行は彼とアルヴァニスタ王から、ダオスが行使する時空転移を封じる方法として古代文明の資料を参考に、その時代で大戦を収めるために使用された武具を融合させて誕生する時間を操る魔剣の存在を知らされる。魔術研究室で魔剣に必要な三種の武具の具体的な話を聞き、既に持っているダイヤモンドの指輪の他、かつてトールと並ぶ超古代都市があったフリーズキールの町と炎の塔、そこにはそれぞれ氷の剣と炎の剣が眠っているという情報を得た一行はそれらを集め、融合させるために再びエルフの里の奥にあるトレントの森を目指す。過去で指輪を修復した場所に着いた一行は精霊の王・オリジンとの戦闘を経て、時間を操る魔剣エターナルソードを手に入れ、オリジンとも契約した。
その後、アルヴァニスタの調査隊が闇に包まれた町・アーリィの鉱山跡で宙に浮くダオス城を目撃したという情報から、一行はアーリィを目指す。しかし、時間の狭間にあるダオス城へは普通の方法では入れない。エターナルソードの力で時間の狭間から引き出した城へ乗り込んだ一行は、最上階でまみえたダオスから彼の素性と目的を知らされる。ダオスの目的とは別に、クレス一行はダオスが復活する過程で犠牲となった人たちのため、最終決戦に挑む。
ダオスを倒し世界に平和を取り戻した一行は、世界樹にミントの法術をかけ、マナの流出を抑制した後、エターナルソードの力でそれぞれの時代に戻っていった。そして時が過ぎ、世界樹から大いなる実りが生まれた時、マーテルはそれにダオスの亡骸を乗せ、デリス・カーラーンへ送り出したのだった。