復活の日
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1983年12月、イギリスの原子力潜水艦ネレイド号は東京湾に入り、ドローンで東京の偵察を行う。ドローンから送られてきた映像は、どこも白骨死体が累々広がる死の世界だった。ラトゥール博士は採集した空気サンプルを研究のために持ち帰りたいとマクラウド艦長に訴える。最初は隔離が不可能だと却下した艦長も、放射能遮蔽の安全性を逆手に反論され、渋々認めざるを得なかった。
1982年2月、東ドイツのクラウゼ博士は米国から盗み出した研究中のMM-88の毒性と脅威を知り、ウイルス学の権威に渡してワクチン開発を依頼するためサンプルを仲介者に託す。この仲介者は実は盗まれたウイルスを回収する目的で米陸軍が差し向けた工作員で、逮捕のため突入した兵士と撃ちあいになりクラウゼは死亡。工作員たちはセスナ機に乗り猛吹雪の中低空で逃走中アルプスに墜落。サンプルを収めた容器も粉々になり、ウイルスが雪の中に散乱した。
3月、米ソ冷戦は雪解けに向かいつつあり、タカ派のランキン大佐にとって面白くない。一方、細菌学者のマイヤー博士は自分が作成に携わったMM-88というウイルスが東側に渡ったという懸念に、頭を抱えていた。ランキンの来訪にマイヤーはMM-88を奪還できたかと問うが、ランキンには工作員の消息さえ掴めていなかった。MM-88は極低温下では活動を休止しているが、気温が上がると活発化して爆発的に増殖するモンスターウイルスだった。マイヤーは元々毒性がなかったMM-88にランキンが各大学で作らせた研究成果を合わせて耐性や毒性をつけ、BC兵器として完成させていたことを問い詰める。その事実をマイヤーが告発しようとしていることを知ったランキン大佐は、軍の息のかかった精神病院にマイヤーを隔離する。
4月に入り北半球に春が訪れたが、その直後からカザフスタンでは放牧中の牛が大量死し、イタリアでは嬰児と幼児を中心に感染が広まっていく。かつてのスペインかぜに倣って「イタリア風邪」と通称された疾患は全世界に広まりつつあった。イタリア風邪の猛威の状況は、南極にも知らされていたが「まもなく収束する」という希望的観測に辰野をはじめ昭和基地の南極観測隊の隊員たちは冷ややかだった。隊長の中西は、各国の観測所と連絡を取り合い事態の把握に努めるが、ウガンダでは象も罹患したという情報に驚愕する。観測隊員で地震予知学者の吉住は、南極へ出発する前に辰野の妻の友人で恋人の則子から妊娠と別れを切り出されたことを思い出していた。その頃、看護婦として患者の対応に追われていた則子は疲労が祟り、吉住との子を流産してしまう。世界各地で勃発する暴動に、米国大統領リチャードソンは事態を重く見て閣僚たちと対応策を練るが、爆発的な感染にワクチン精製が追いつかず、そのワクチンもイタリア風邪の分析したものではなかった。タカ派の米軍統合参謀本部議長・ガーランド将軍は示威目的で自動報復システム（ARS）の起動を進言するが、そこへホットラインを通してソ連首相がイタリア風邪で病死したという知らせが届く。
恐るべき致死率のイタリア風邪は、各国主要都市を次々に壊滅させていく。7月には日本で戒厳令が発令され、死者が3,000万人を超えた。8月には日本と南極の通信も途絶え、辰野ら家族を日本に残す隊員たちの動揺は増すばかりである。そんな中、ニューメキシコ州からとある少年の通信が昭和基地に届くが、無線機の扱いを知らない（デスクマイクの送信ボタンを押したままロックさせてしまい、受信状態に戻せない）彼の通信は銃声で終わった。解決の糸口が見えない中、上院議員バークレイは遺伝子操作によってウイルスを開発する「フェニックス計画」の存在とMM-88が盗み出された事実をリチャードソンに暴露し、マイヤーを救出する。ガーランドはランキン大佐を解任し、再びARSの起動を進言するが、リチャードソンは再び拒絶する。情報を公開すべきと主張するマイヤーと極秘にするというリチャードソンは対立するが、そこへリチャードソンの妻も感染したという知らせが届く。
9月、死屍累々となった病院を飛び出した則子は、辰野の家で息絶えた辰野の妻と虫の息の息子を見つけ、モーターボートで外海に飛び出した。辰野の息子の叫びは南極に届くことはなかったが、その頃辰野の動揺は頂点に達し、妻子の写真を抱え南極の大地に姿を消した。リチャードソンは政敵バークレイと過去を語り合う中、南極にあるパーマー基地の存在を思い出す。基地の健在を知ったリチャードソンはバークレイの死を見届け、最後の大統領令として、南極に残る各国基地の越冬隊だけが最後に残された人類であると無線を通じてアメリカ隊に語り、外出や侵入者を許すなと命令した。無線を終えた直後に現れたガーランド将軍は、なおもARSの作動を進言し、リチャードソンの死をきっかけに独断でホワイトハウス地下の司令センターに赴き、ARSを作動させる。
11月、新たに発足した南極政府の会議におもむくため、中西隊長と吉住はパーマー基地を目指す途中、ノルウェー基地で口論の果てに発生した銃撃戦から唯一まぬがれていた、臨月間近の女性隊員マリトを保護する。米軍のコンウェイ提督とソ連のボロジノフ博士は互いの遺恨を忘れて南極会議の中心に立ち、ノルウェー基地の吉住からは子供の無事誕生が伝えられた。子供はノルウェー語で「日の出」を意味する「Gry（グリー）」と名付けられた。
しかし、男性に対する女性の割合があまりにも少なすぎることからレイプ事件が起き、女性は貴重な資源として南極政府は性交渉を管理することとなる。さらにソ連の原子力潜水艦T-232が救助を求めて寄港するが、艦内に感染者を抱えていた。寄港を許可できないと退けるボロジノフ博士に対し、艦長代理のスミノルフ少尉は上陸を強行しようとする。その窮地に現れた英国の原子力潜水艦ネレイド号はソ連の原潜を撃沈すると、航海を続けるために去ろうとするが、感染者が出ていないことを確認されて上陸を許可される。
ここで場面は1983年12月に戻る。ネレイド号が東京から帰還し、乗員たちを新たに加えた南極政府はクリスマスを迎えた。マリトと再会した吉住は彼女への好意を意識するが、マリトはクジで選ばれた別の男性と一夜を過ごす。2人が窓の外で見たのは、雪で地蔵を作る吉住の姿だった。
MM-88の脅威はなおも健在であり、ラトゥール博士がそのサンプルと向き合う中、吉住の研究から新たな脅威の種が見つかった。それは、まもなくワシントンD.C.の近郊でマグニチュード8級の巨大地震が発生するというものだった。遠く離れた南極とは無関係と思われたが、マクラウドはARS（全自動報復装置 (Automatic Reaction System)）の作動を確認しており、核攻撃と誤認して報復用のICBMが発射される。そしてソ連にもARSがあり、しかもソ連のICBMはパーマー基地をも照準しているのだ。発射を阻止するための決死隊の人選が行われ、カーターはこんなものは馬鹿げていると志願し、吉住は自分が選ばれたと嘘をついて同行を申し入れる。カーターは吉住の理解しがたい行動に暴力をもって説得しようとするが、吉住の決意は変わらなかった。基地に帰った吉住は、仲間からの粋な計らいにより、マリトと最後の一夜を過ごす。
ラトゥール博士はウイルスに放射線照射を行いワクチンとして有望な毒性の無い変異株を作り出した。女性を中心とした一団は砕氷船で避難する。カーターと吉住はラトゥール博士から渡された試作品を接種し、ネレイド号で大西洋からポトマック川をさかのぼってホワイトハウスに潜入する。すでに前震は始まっており、地下にある司令センターに向かう途中カーターは重傷を負い動けなくなる。吉住はARSのコントロールパネルがある司令センターについに到着したが、ガーランドの死骸に足止めされて一瞬間に合わず、ついにICBMが発射される。ソ連の報復システムも攻撃を開始し世界中で核が爆発。パーマー基地も粉砕され、世界は二度目の死を迎える。
数年後、ワクチンが効いたのか核爆発の放射線がウイルスに変化をもたらしたのか、ただ1人生き残った吉住は、アメリカ大陸を徒歩で縦断していた。精神を病み死者の声を聞いても歩みを止めなかった吉住は、やがてチリ南端にある湖畔へたどり着く。そこは、核攻撃から避難していたマリトやラトゥールたちの作った集落だった。