交響詩篇エウレカセブン ポケットが虹でいっぱい
ストーリー

これはもうひとつの宇宙、もうひとりのレントンとエウレカの物語。
突如、南太平洋に出現した、謎の生命体イマージュと、人類との間に戦争が始まって、約半世紀もの月日が流れていた。恐怖と憎悪が世界を覆い、人々は希望を失っていた。
ワルサワの基地で暮らす少年レントンと少女エウレカ、そしてKLFの幼生ニルヴァーシュ。彼らにとって大切な大人だったドミニク先生は、別れも言わずに彼らの前から姿を消す。
ワルサワでの研究が「ドーハの悲劇」という未曾有の災厄を招き、ドミニクが犠牲になったことをレントンは後に知る。その後、突如現れた人民解放軍によってエウレカが拉致される。レントンは泣き叫ぶエウレカを助けることが出来ず、初めて味わう大人の暴力に屈し、ただただ無力な自分に打ちのめされる。
その後、研究の中心メンバーだったチャールズ・サーストンとレイ・サーストンの子として、レントンは壮絶ないじめに遭う荒んだ日々を過ごす。成長したレントンは、同じくKLFに成長したニルヴァーシュを相棒に凄まじいまでの適性を発揮して、空軍パイロットに抜擢されていた。
西暦2054年、人民解放軍第303独立愚連隊の戦闘母艦・月光号に配属されたレントンは、ホランド隊長の指揮の下、サウス・ダコタの軍基地にある最重要機密回収の特務に就く。作戦中、暴走したニルヴァーシュに導かれ、レントンはイマージュの群れが取り囲んだ基地の中に生き別れとなっていたエウレカを発見する。
だが、エウレカはなぜか、何かに怯える様子で、レントンとの再会を涙ながらに喜びながらも、共に行くことを拒絶する。崩れた基地から大空に投げ出されたエウレカに反応してニルヴァーシュが変化を遂げ、凄まじいエネルギー波を放ってイマージュの群れを消滅させる。
月光号に帰投しようとするレントンにホランドは、作戦目的である軍の最重要機密がエウレカであるという事実を告げるのだった。
人類は絶望的状況に追い詰められていた。選ばれた2万人の人類を地球外に脱出させる「メガロード計画」と並行し、起死回生の手段として推し進められていた「神の鉄槌計画」は、その実行責任者であるデューイ・ソレンスタム少将の暗殺という非常事態に陥っていた。やむなく計画は、人民中央政府首相ブラヤ・マッティングリーに引き継がれる。定年退職を間際に控えていたブラヤの元妻コーダ・ラベルは、少将暗殺事件の調査に駆り出される。
腹心の秘書官マリア、その夫で公安局長のユルゲンスと共に暗殺現場に残されたダチュラという薬品の注射器を手がかりとして事件を追うコーダは、「ドーハの悲劇」の英雄として持て囃されていたデューイが自らの性癖を満たすため戦災孤児の少年少女を囲い、逮捕状が出ていたという醜聞を知る。
その後、コーダたちの元に、エウレカを回収した第303独立愚連隊が命令に違反して逃亡したという知らせが届き、さらに叛乱の首謀者であると目されていたホランド・ノヴァクが遺体で発見される。コーダは第303独立愚連隊が戦災孤児の少年少女たちによって構成され、デューイ、ホランドを暗殺し、エウレカを回収強奪したのが“彼ら”であると確信する。
月光号で治療を受けるエウレカと久しぶりに語り合うレントンは、エウレカから彼女の正体がイマージュの送り込んだスパイロボットで、寿命も尽きかけているという事実を告げられる。
その後、スクランブルで発進したレントンは、人民解放軍の最新鋭艦を屠るホランドを目の当たりにして絶叫する。捕らえられたレントンは、自分以外の部隊全員がグルになってはめたことを知る。「なぜだ」と問うレントンに、ホランドの名を騙る男は「自分が何歳に見える？」と問う。
ワルサワに赴いたコーダは、モリタから研究所に集められた40人の17歳の戦災孤児たちが“ある実験”に参加させられ、その際「別宇宙」のパラレルワールド（テレビシリーズの世界）にまで到り、そこで生きる同一人物に当たる者たちの年齢・姿に急速成長してしまう。
その後、生還したものの姿は急速成長したままの上、帰還後も常人の3倍の速度で成長する後遺症を負い、成長抑制剤であるダチュラでそれを抑えて辛うじて生きながらえていることを知る。
そんな“彼ら”が自らを「ネバーランドの子供たち」と称していたこと、そして対イマージュ戦術の研究を行っていたワルサワ研究所がイマージュの送り込んだスパイロボットの少女たちを拷問にかけて情報を引き出そうとするうちにカルト化し、「神話再生計画」という目的のために「ドーハの悲劇」を引き起こしたのだと知る。
超重力子破壊を引き起こし、地球上に数秒間ブラックホールを作り出したその現象は、科学者たちが「アゲハ神話」という物語を元に再現したのだとモリタは語る。
超物理学の専門家を訪ねたコーダは、アゲハ神話はイマージュが人類に「世界再製」のスイッチを押させるために用意した“手引き書”であるという仮説を聞く。「ネバーランドの子供たち」は自らが巻き込まれた実験である「神話再生計画」を再び実行し、時の止まった世界ネバーランドに行こうとしていたのだった。
ホランドの要求に反発し、頑なに協力を拒んで拘束されるレントン。エウレカは、ホランドたちがレントンに自白剤を投与して強制的に計画に協力させようとしていることを聞いてしまう。再び軍の追撃部隊に遭遇する月光号。その混乱に紛れてエウレカはレントンを救出し、逃げるよう促す。
一方、月光号は体調不良で倒れたタルホ艦長に代わり、ホランドが指揮を執らざるを得ず、彼が出撃できないため苦戦を強いられる。レントンは自分を残して逃げろというエウレカに怒り、エウレカを連れてニルヴァーシュに搭乗すると、苦戦する月光号を救うため、追撃部隊を瞬く間に壊滅させる。
エウレカのために手を汚す決意を固めたレントンは、月光号をロックオンしてホランドを脅迫し、彼らの計画を聞き出す。ホランドはレントンに取引を持ちかけ、レントンは協力することを約束する。
だが、レントンの取った行動は部隊内で波紋を呼ぶ。レントンを不問に付したホランドに不信感を抱くハップはストナーと謀り、エウレカが偽物だという確証を得るため彼女の襲撃を企てる。
イマージュの群れが南極に向けて集結しつつあった。それに呼応するかのように、世界各地に配備されたKLFのアーキタイプが暴走を起こし始める。それは月光号内でも起こりつつあった。
異変を察知したエウレカは暴走しかけたニルヴァーシュを止めるため格納庫に赴くが、ハップたちに襲撃される。エウレカを助けるためハップに殴りかかったレントンは腹部を撃たれ、ハップとストナーは怒ったニルヴァーシュに殺害される。暴走の止まったニルヴァーシュは幼生に退行し、血まみれで倒れるレントンに寄り添う。格納庫にエウレカの絶叫がこだまする。
もって3日という重体に陥ったレントンをよそに、月光号は“ピンクの髪の女”ことアネモネを訪ねるためヴォダラ宮へと向かう。だが、そこにいたのは、黒いKLFの幼生ジ・エンドを連れた老婆だった。その老婆がアネモネだと確信し、彼女を人質にとったエウレカはホランドたちに、レントンを病院に搬送するよう要求する。同じ頃、集中治療室に横たわるレントンのもとに、ジ・エンドと共に亡くなったはずのドミニクが現れる。
折しもブラヤは人類存亡をかけ、太陽光を収束した光学兵器で南極に集結したイマージュ中枢を攻撃するという、「神の鉄槌作戦」を敢行しようとしていた。
コーダはそれこそがイマージュの思惑通りであると中止を提案するが、ブラヤはもはや退くに退けない状態であると拒む。事態が緊迫する中、アネモネの所在を察知したイマージュがヴォダラ宮を襲撃する。イマージュが迫る中、アネモネは若返った姿となって時間を停止させ、エウレカに決断を促す。同じくドミニクはレントンに決断を促る。
新たな神話を紡ぐ決断をしたエウレカとレントンに呼応し、ニルヴァーシュが異常な成長を遂げる。 レントンを乗せた新たなニルヴァーシュは、イマージュを難なく退ける。レントンはエウレカを連れ、ブラヤの攻撃が迫る南極に向けて飛ぼうとする。それを追ってホランドはデビルフィッシュを操縦してレントンを追撃する。神話の行方をかけ、レントンとホランドの壮絶な死闘が繰り広げられる。