わんだふるぷりきゅあ!
ストーリー

舞台は人間と動物が仲良く暮らす町・アニマルタウン。主人公の犬飼こむぎはフレンドリィ動物病院&サロンで飼われているメスのパピヨン犬である。こむぎは私立湾岸第二中学校に通う少女・犬飼いろはのことが大好きであるが、人間ではない故に彼女といつも一緒にいられないことに寂しさを感じていた。
ある日こむぎといろはは海浜公園へと散歩に出かけ、そこで光を放つ丸い石を見つける。そこに謎の黒い怪物が「ガルガルー！」と叫びながら突如現れ周囲が騒然となる。逃げ遅れた少年と犬を助けるために自ら囮になったいろはであるが、その怪物に追いつかれ万事休す。恐怖で足が震えるこむぎであったが、いろはを助けるため意を決して怪物の前に飛び出す。その時だった、先程見つけた石がワンダフルパクトに生成されこむぎは人間へ変態する。そのままキュアワンダフルと名乗るプリキュアに変身し怪物と対峙するが、その怪物の苦しみを察知し優しく抱擁すると浄化され小さな羊に似た姿に戻っていく。戦闘後こむぎは人間になれたことに感激する一方、いろはは摩訶不思議な状況に驚愕の声をあげる。しかしいろははこむぎと会話できることに驚きが払拭され、彼女とともに歓喜する。その後、こむぎは怪物を叫び声からガルガルと名付ける。
こむぎが助けた羊に似た生物は執事のメエメエと名乗り、2人に「自分はニコガーデンと呼ばれる異世界出身で、自分以外にもガルガルにされたニコアニマルたちがいる」と伝える。メエメエはこむぎに救助を依頼するが、彼女は「いろはと一緒じゃなきゃイヤ！」と主張し躊躇う。2人のやり取りを聞いたいろはは両親に事情を話したいとメエメエに相談するが、彼は「プリキュアやニコガーデンの存在は秘密」と口止めを命じる。家に帰宅したいろはは人間になったこむぎを両親にどう説明するか悩んでいたが、見るとこむぎは犬に戻っていた。翌朝、こむぎは犬でも人間の言葉を話せるようになる。再びガルガルが現れ、こむぎはワンダフルへ変身し対峙する。孤軍奮闘する彼女を見たいろはは「こむぎと一緒に戦いたい！」と願った瞬間、どこからともなく鏡石の破片が現れワンダフルパクトに変化する。いろははそれを使い2人目のプリキュア・キュアフレンディに覚醒する。そして、ワンダフルに加勢してガルガルを抱擁しニコアニマルへと戻す。戦闘後2人はお互いプリキュアになれたことを歓喜し、メエメエにニコガーデンの住民たちを助けると誓う。その後2人はキラニコトランクでニコガーデンへ赴き、メエメエから「ここはニコさまが造られた動物たちの楽園」と説明を受ける。
アニマルタウンへ戻った2人は同じ中学校の同級生・兎山悟に会い、彼から街の異変について問われる。隠し事が苦手ないろははあたふたしながら何とかごまかすが、悟は「何かを隠している」と疑念する。その後、彼がガルガルに襲われているのを見た2人は「ほっとけない！」と決心しプリキュアに変身して正体を明かす。今までと違うガルガルに苦戦する2人であるが、悟のアドバイスで見事浄化する。そこに現れたのは額に宝石があるウサギで、2人はメエメエに報告すべくニコガーデンへ向かう。彼によるとウサギはキラリンアニマルで「ニコアニマルの特別な存在」と説明を受ける。そこに悟も同行しており、彼を見たメエメエは憤りを覚え激昂する。しかし、悟の決意を耳にしたメエメエは信頼できる人物と確信しニコガーデンの救済を依頼する。彼もそれを快諾し、こむぎ・いろはとともにガルガルからニコガーデンを取り戻すことを誓う。その後こむぎといろははお気に入りのリードから生成されたフレンドリータクトが原因で喧嘩となり軋轢が生じてしまうが、お互い本音をぶつけ和解し一層強い絆が結ばれる。そこで2人は友情の証としてチーム「わんだふるぷりきゅあ」を結成した。
アニマルタウンにコスメショップ・Pretty Holicが開店し、2人は一番乗りする。そこで猫屋敷まゆという少女に出会い、最近引っ越してきたことと湾岸第二中へ転入することを知る。いろははまゆが時おり不安げな顔することが気になり、引っ越しのお祝いとしてお散歩バッグをあげ彼女との親睦を深める。学校も新学期を迎えいろはは悟と同じクラスになり、そこにまゆも転入する。まゆは人見知りで恥ずかしがり屋な性格で友達ができるか不安に感じており、自己紹介のときも緊張していた。結果的に自己紹介は失敗しかけるも、いろはの助け舟が入ったことにより、愛猫・猫屋敷ユキについて熱弁することで無事乗り切った。一方でこむぎも学校へ行くことを羨望していたが、奇跡を起こすと言われるニコダイヤの力でいろはたちのクラスに編入する。
こむぎとまゆが学校にも慣れた頃、見晴山へガルガルの調査に行ったいろはたちが気になるまゆの元に謎の美少女が現れる。まゆは美少女から「これ以上関わらないで」と謎の言葉を言われ困惑する。一方で、見晴山で暴れていたガルガルの正体であったキラリンベアーから3人目のプリキュアの存在が明かされる。同時にユキがまゆの元から時々姿を消すようになり、まゆは心配になる。その後まゆはフクロウのガルガルに襲われるが謎のプリキュアに助けられ、その言動から先日会った美少女と同一人物である事に勘づく。謎のプリキュアはワンダフルたちの前にも姿を見せキュアニャミーと名乗る。一方でまゆは犬飼宅へ泊まった際こむぎが犬のままで喋り、そして彼女が人間へ変態したのを見て混乱し、その後こむぎといろはがプリキュアに変身しニワトリのガルガルと戦うのを目撃し驚愕する。しかし駆けつけた悟からの説明を聞いて事情を酌んで納得し、戦闘後2人に助力することを誓い協力者となる。
まゆの加入に歓喜するいろはだったが、こむぎが人間態で母・陽子と会話したことで事態が急変する。何とかバレぬよう暗躍してきたが、こむぎとメエメエが喋っているのを陽子と父・剛に見られ万事休す。いろはは黙っていたことを謝るが、2人はこむぎと会話できることに歓喜し事なきを得る。その後2人はメエメエからニコガーデンの事情を聞いて納得し、こむぎといろはを応援すると理解を示す。一方でニャミーの手掛かりは一切皆無であったが、ガルガルに対峙していたワンダフルたちの前にユキが突如現れ、そして猫のままで喋り彼女たちを驚愕させる。その後シャイニーキャッツパクトを用いて人間へと変態し、さらにニャミーへと変身して正体を明かす。それによりまゆが出会った謎の美少女の正体が人間の姿になったユキであること、ニャミーの行動原理が「まゆの守護」であることが判明する。ユキがニャミーと知ったこむぎといろはは歓喜しメンバーに誘うが、彼女は「まゆを危険にさらした2人」と嫌悪感を抱き頑なに拒否する。
ユキはまゆにこれ以上危険な目に遭わせられないと考え「犬飼家には関わらないで」と告げる。それを聞いたまゆは「勝手に決めないで！」と反論し、2人の間に軋轢が生じる。その後まゆはガルガルの気配を察し現場へ向かい、そこでガルガルの攻撃によって小さくなったニャミーを発見する。2人は追ってきたガルガルに追いつめらるが、まゆが「ユキを守りたい！」と発したと同時に鏡石が光り出し、持っていたコンパクトも光り出しシャイニーキャッツパクトが生成される。彼女はそれで4人目のプリキュア・キュアリリアンへと覚醒し、ガルガルをキラリンハムスターへと戻す。戦闘後ユキはまゆに「一緒にいたい」と伝え、彼女もそれを受け入れ抱擁し仲直りする。後日2人は覚醒後初めてニコガーデンへ赴きメエメエから協力を依頼されまゆは快諾するが、ユキは頑なに拒否する。しかし偶然会ったキラリンコジカのガルガル時の苦悩話を聞いたのと、ガルガル戦にてリリアンに助けてもらったことで心境が変化する。そして、リリアンとの共闘の誓いにより現れたアミティーリボンタンバリンで彼女と一緒にガルガルを浄化したことで「仲間も悪くない」と認識する。戦闘後、メエメエに湾岸第二中への編入を条件に協力を承諾する。それを聞いたまゆは歓喜し、4人の新たな生活が始まった。その後ユキが学校へ編入したのを機に、ニャミーとリリアンでチーム「ニャンダフルプリキュア」を結成した。同時にユキは3人と同じクラスになったが、こむぎといろはには過去の対立もありメンバー加入後もよそよそしく接していた。しかし、自身のピンチで2人に助太刀されたのを機に仲間意識が芽生え、名前で呼ぶようになる。
プリキュアたちの活躍でキラリンアニマル9体全員が救出され、ニコガーデンも完全に修復された。その時、いろはの家に角の付いた謎の卵が現れ、メエメエとキラリンアニマルにニコさまの卵と断定される。メエメエは自ら卵を育てようとしたが、卵は何度ニコガーデンに連れ戻しても自動的にいろはの家に転移してしまうため、そのままいろはたちに託される。やがてニコが卵から孵って復活し、プリキュアたちの今までの活躍に感謝を述べると共に、ニコガーデンの動物たちを闇に染めた元凶がガオウという人物であることを伝える。ニコの復活と同時にガオウも本格的に動き出し、2人の敵幹部・ザクロとトラメを生み出す。2人はプリキュアたちと対峙し、自分たちがかつて人間に絶滅させられたオオカミの怨霊であることを明かすと共に、ガルガルの卵に力を注いで強化した怪物・ガオガオーンを誕生させる。プリキュアたちはガオガオーンに歯が立たず敗退してしまう。ニコはこむぎたちがガオウたちを止められなければプリキュアの力を没収して自ら立ち向かうつもりであったが、プリキュアたちの諦めない姿勢とメエメエの説得、ニコガーデンのアニマルたちの声援を受け、力を貸すことを決意。プリキュアたちはニコからダイヤモンドリボンキャッスルを与えられ、ダイヤモンドリボンスタイルへとパワーアップし、ガオガオーンの浄化を果たした。この1件の後、ニコは「やりたいことがある」として犬飼家に居候することを決める。これを機に4人1組の新たな「わんだふるぷりきゅあ」が結成された。
ワンダフルたちに的確なアドバイスを送る悟は、いろはに恋心を抱いていた。3年前ケガを負っていたロップイヤーをフレンドリィ動物病院に連れていき、そこで彼女に一目ぼれしたのがきっかけであった。いろはにはまったく気づかれていないが、まゆとユキには七夕のお祭りで見せた仕草で感づかれる。それを知ったまゆは「この恋を紡いで2人の仲を結んでつなげたい」と応援するが、時たまいろはの前で茶化すなど彼を困らせていた。「犬飼さんに迷惑がかかる」との理由から告白を躊躇う悟だったが、ある日いろはが常連客の男性と親しく話しているのを見て嫉妬を覚える。そんな彼を見たまゆは「いろはちゃんに告白しよう！」と鼓舞し、ニコもニコガーデンでの求愛の特訓に誘う。2人の後押しで一念発起した悟は特訓を受けいざいろはに告白すると決意するが、メエメエが口を滑らせて雰囲気をぶち壊してしまう。不穏な空気を感じたメエメエは「今のは冗談」とやり過ごそうとしたが、それに悟が否定しつかさずいろはに「きみが好きだ！」とついに告白する。それを聞いたいろはは唐突な出来事で赤面しその場から逃げてしまう。混乱するいろはにまゆが「兎山くんはずっと好きだった」と代弁し、一方の悟も2人が出会うきっかけとなったあの時のロップイヤー・大福から「果報は寝て待て」と励まされる。翌日いろははやきもきした気持ちで学校へ向かうがそこには普段と変わらない悟がおり、そして彼から「昨日のことは忘れて。今まで通り友達でいよう」と告げられる。彼の言動でますます困惑するいろはであったが、ユキから「今度はいろはが悟に思いを伝える番」と後押しされる。そんな中、悟がザクロに拉致されてしまう。助けに向かうフレンディの脳裏に悟と過ごした日々が走馬灯のように流れ、そして「悟くんじゃなきゃダメ！」と再認識して奮起し見事奪還する。戦闘後、いろはは悟に「特別なワンダフル」と返して告白を受け入れる。ついに悟の恋が成就し、2人は晴れて恋人同士となる。
いろははこむぎとの絆は揺るぎないものと思っていた矢先、犬飼宅に飼い主を失ったペットを保護するボランティア員の結城綾子が尋ねる。結城からこむぎをかつてマロンと名付けて飼っていた人物がいると知り、それを聞いたいろはは青天の霹靂となる。その理由は、2年前こむぎを飼う時に陽子から「前の飼い主が現れたら返す」が約束であった。しかしいろははこむぎとの離別が堪えきれず、そこで前の飼い主・栗原と面会し涙ながらにこむぎの譲渡を直談判する。その後栗原は人間態のこむぎから感謝を述べられ動揺するが、言動からすぐマロンと察する。そして、彼はこむぎの謝意といろはの熱意を酌み「マロンを…いや、こむぎをお願いします」といろはに譲ることを快諾する。これで離別の危機は脱し2人は歓喜する。
ハロウィンの日、仮装する人々でにぎわうアニマルタウンに見知らぬオオカミの男性が現れ、こむぎはそのオオカミが気になって追いかけるが、彼こそ力を取り戻し復活したガオウであった。こむぎはガオウによりガオガオーンにされかかるが、いろはの呼びかけにより元に戻る。同時にニコが人間の姿となって助けに入る。ガオウは必ず人間への復讐を果たすとプリキュアたちに宣戦布告する。
プリキュア達の活躍により、行方不明になっていたニコアニマル達も全員が救出され、ニコガーデンに帰還することが出来た。ガオガオーンを呼び出せなくなったトラメは、「一緒に遊びたい」というトラメの本心を察したプリキュア達の誘いを受け、自らプリキュア達と追いかけっこで遊ぶ。トラメはプリキュア達と友達になり、人間への恨みが消えたことでこの世から去っていく。ザクロはあくまで恋い慕うガオウに従いつつも、プリキュア達との交流やアニマルタウンでの体験を経て、人間への復讐という目的に疑問を抱くようになる。
ガオウはザクロやオオカミのガオガオーン達を引き連れ、年明けを迎えたアニマルタウンへ本格的な侵攻を開始する。プリキュア達がザクロやガオガオーン達と戦っている間、ニコはガオウと対峙するも、ガオウにニコダイヤの力を奪われるが、ニコが一矢報いてガオウの仮面が割れる。実は今までプリキュア達と戦っていたガオウの正体は、本物のガオウの親友であった人間の青年・スバルであり、過去のアニマルタウンについて記された日誌の著者本人だった。スバルはオオカミ達と仲良くなり、最後まで人間とオオカミの共存を村人達に訴えるも聞き入れられず、オオカミたちを殲滅されてしまい、人間への憎悪を抱えたまま亡くなっていたが、現代にガオウの姿で蘇り、人間への復讐のために活動していた。ガオウの正体を知っていたザクロはプリキュア達と和解し、スバルを止めるために共闘する。スバルはアニマルタウンをオオカミ達が生息していた時代の環境に変貌させた上で、ニコの力と鏡石の力を使ってガオウの復活を図るが、ニコからそれが叶わないことを知らされると鏡石を破壊し、ニコダイヤの力で巨大なオオカミの怪物に変貌する。プリキュア達を攻撃するも、ワンダフルを負傷・昏倒させたことでガオウの最期と重ねてしまい錯乱状況に陥る。悟は自分の無力さを悔しがるが、鏡石の力で人間の姿になった大福と共に「プリキュアの力になりたい」という願いを確かめ合い、戦闘形態へと変身する。こむぎは程なくして意識を取り戻し、プリキュア達は悟と大福の協力を得てスバルに接近し、彼を説得した上でプリキュア・エターナルキズナシャワーで生前の人間の姿に戻す。スバルの前に一匹の青いオオカミが現れるが、彼こそ本物のガオウであり、鏡石の力で人間の言葉を話せるようになっていた。スバルとガオウはお互いの気持ちを伝え合い、ザクロと共にこの世から旅立っていく。アニマルタウンに平和が戻ったが、ニコとメエメエはニコガーデンに帰る事になる。それに伴い、ワンダフルパクトとシャイニーキャッツパクトも失われ、いろは達はプリキュアへの変身能力を失い、こむぎ・ユキ・大福は人間に変身する事も言葉を喋る事もできなくなった。
いつもの日常に戻ったいろは達だが、こむぎ達と言葉を交わせなくなった事に寂しさを感じていた。しかし、鏡石の力でこむぎ・ユキ・大福は再び言葉を話せるようになった。更にメエメエが再び人間界に来訪し、時々であればニコガーデンとの行き来を許可された事を伝える。
こうして、こむぎ達の「わんだふる」な日々はこれからも続いていくのであった。