機動戦士ガンダムSEED
あらすじ

→「コズミック・イラ § 第1次連合・プラント大戦（C.E.70-72）」も参照
C.E.70年、プラントと「地球連合」において発生した戦争は、農業用プラント・ユニウスセブンに核ミサイルが撃ち込またことで激化。物量で勝る地球連合軍の勝利で終わると予想されていた戦争は、膠着状態に陥り11か月が経過していた。
C.E.71年、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、中立国オーブのコロニー・ヘリオポリスで平和に暮らしていた。しかし、このコロニー内では連合軍による5機のMSの開発と新造戦艦の建造が極秘裏に行われており、その情報を得たザフトのクルーゼ隊は独断で奪取作戦を開始する。日常は一変しコロニーは戦場へと変わり果てた。キラは逃げ惑ううちにMS工場へと辿り着き、連合兵とザフト兵の激しい銃撃戦に鉢合わせしてしまう。その中には、幼少の頃の親友のアスラン・ザラがいたのだった。
思わぬ場所でキラと再会したアスランは、戸惑いながらもMS「イージスガンダム」を奪取。キラは居合わせた連合の技術士官マリュー・ラミアスに促されるまま、残された機体「ストライクガンダム」に搭乗し脱出を図る。しかし、待ち構えていたクルーゼ隊のMS・ジンとの戦闘に巻き込まれてしまう。最初はパイロットですらないマリューがアスランとの銃撃により腕を負傷した状態で操縦しており、徐々に窮地に追い込まれていくも、キラは絶体絶命の際に強引に操縦を代わり、未完成だった機体のOSを瞬時に書き換えるという離れ業をこなし、ジンを撃破する。
キラは無事脱出していた友人達と再会するが、戦闘はまだ続いていた。ストライクガンダムはキラにしか扱えないことから、マリューはコロニーからの脱出を成功させるためにも彼に出撃を要請する。キラも友人達を守るため、否応なくストライクガンダムに搭乗し、ザフトと戦っていく。宇宙での戦いを経て地球に降下し、連合軍の本部であるアラスカを目指すアークエンジェル。
だが、降り立った地に待ち構えたアンドリュー・バルドフェルドをはじめとする敵との戦いとそれによって知った絶滅戦争への可能性から、キラは次第に戦争に対する疑念を感じ始める。また、アスランも戦場にてオーブの姫であるカガリ・ユラ・アスハと出会い、衝突しつつも和解。プラントへの核攻撃やその報復として地球に投下されたニュートロンジャマーを始めとする負の連鎖を語り、次第に惹かれあって行く。その一方で、クルーゼ隊の隊長であるラウ・ル・クルーゼはザフト強硬派でありアスランの父でもあるパトリック・ザラと接近していく。
地上においてザフトとの攻防を繰り広げるアークエンジェル。その最中にアスランたちとの戦いでブリッツの搭乗者であるニコル・アマルフィが戦死。キラとアスランの関係に亀裂が生じ、激戦の末にストライクとイージスは相打ちとなる。キラやその仲間であるトール・ケーニヒらを失いつつもアークエンジェルは連合軍本部であるアラスカJOSH-Aに到着。一方、アスランとの激戦で負傷したキラはマルキオ導師の計らいでプラントの有力者の令嬢ラクス・クラインの元にいた。この時プラントの内政はパトリックが実権を握るに至っており、彼は大作戦「オペレーション・スピットブレイク」を地球連合本部を一網打尽にする掃討作戦として強行した。仲間がいるであろうアラスカ攻撃の報せを受けたキラはこれに動じ、それに呼応したラクスはザフトの最新鋭モビルスーツである「フリーダムガンダム」(フリーダム)をキラに託す。
アラスカはザフトの総攻撃によって壊滅の危機にあり、これに違和感を覚えたムウ・ラ・フラガは、成り行きによって地球連合軍(大西洋連邦)が超兵器「サイクロプス」を用いてザフトの地上軍攻撃と、組織内の不用者の処分を兼ねた自爆作戦を画策していると知る。ムウからその事実を伝えられたマリューはアラスカからの脱出を試みるが、ザフトの追撃が厳しく窮地に追い込まれる。そこへフリーダムを受け取ったキラが降り立ち、アークエンジェルを救援。マリューから内情を聞かされ、連合ザフト双方の兵員に撤退勧告を行う。だが、サイクロプスは起動しアラスカは崩壊。脱出に失敗した双方の兵員から莫大な死傷者を発生させる。これに業を煮やしたザフトはオペレーション・スピットブレイク本来の目標であったパナマを攻撃するが、戦争はエスカレートし、投降者までも殺害する絶滅戦争へと突入していく。
プラントではアラスカの作戦失敗の責を問われたパトリックが、ラクス・クラインのフリーダム強奪協力を理由に対地球穏健派議員を拘束。さらにはアスランに新型モビルスーツ「ジャスティスガンダム」(ジャスティス)を受領させ、奪取されたフリーダムとその目撃者の抹殺を命じる。こうした一連の流れで指名手配を受けていたラクスの父、前議長シーゲル・クラインは銃殺され、逃げのびたラクスも地下に潜伏しプラント市民へ反戦放送を行う。また、ラクスはアスランと遭遇し、彼に戦いの正義を問いかけるのだった。
アラスカからの脱出に成功したアークエンジェルは友軍を犠牲にする連合軍の戦いに疑念を感じ、オーブへと落ち延びる。だが、そのオーブも連合軍の軍需産業複合体のトップであるムルタ・アズラエルの謀略によって侵攻が開始される。自国戦力やフリーダム、修復されたストライク、味方となったバスターガンダム(バスター)、ラクスの問いかけとカガリの存在からザフトを離反したアスラン、ジャスティスらによって連合軍と激突するオーブであったが、防衛線は突破されていき、オーブは残存兵力の一部や後継者であるカガリらを戦艦クサナギに載せて脱出させた後、戦場となったオノゴロ島を自爆。オーブの権力者であったウズミ・ナラ・アスハたちがここで死亡する。
宇宙へと脱出したアークエンジェル、クサナギはプラント国内でレジスタンスと化していた穏健派(クライン派)のエターナルとも合流(三隻同盟)。廃棄されたコロニー地帯メンデルに潜伏するが、ザフトのクルーゼ隊やアズラエルを擁する連合軍のドミニオンに追撃され、一進一退の攻防を繰り広げる。キラはそこでメンデルが自身の故郷であること、その出生の秘密やクルーゼとの因縁を知る。また、クルーゼは自身の出生から世界を憎悪し絶滅戦争へ誘導していた事が判明する。クルーゼの計らいもあり、一連の戦いで核分裂技術の再利用を可能にするニュートロンジャマーキャンセラーを入手したアズラエルは、これを核ミサイルに転用するよう強行採決。ザフトの前線防衛基地の一つであるボアズは核攻撃によって陥落し、ザフトは防衛線を本国コロニー近隣の衛星要塞ヤキン・ドゥーエまで後退させる。
これに激怒したパトリックは最終兵器であるジェネシスの使用を決断。プラント本国への攻撃のため、核ミサイルを携え攻め入った連合軍、そして戦闘の停止を望む三隻同盟との三つ巴の戦いが開始される。ザフトはジェネシスの一斉射で地球連合軍を薙ぎ払い、さらに追撃で月面の連合軍基地であるプトレマイオス・クレーターを破壊。さらに次の照準を地球に定める。これに激怒したムルタ・アズラエルはプラントへの再核攻撃を命令するが、武力介入した三隻同盟によってこれが阻まれる。そして激戦の末、アズラエルは乗艦ドミニオンとともに死亡した。
それでも地球への照準を止めないジェネシスを停止させるために戦うキラの前に、ザフトのモビルスーツ「プロヴィデンスガンダム」(プロヴィデンス)とクルーゼが立ちはだかる。フリーダムとプロヴィデンスは激突し、クルーゼはキラに人類の負の側面を訴えかけるが、キラはこれを退けプロヴィデンスを撃破。爆発に飲み込まれ、フリーダムが大破する。時を同じくしてジャスティスの自爆によってジェネシスも破壊された。また、時を同じくしてザフト内ではパトリックが部下に射殺され、こうした混乱に乗じて拘束されていた穏健派議員が連合側に対し停戦を呼び掛ける。
クルーゼとの戦いで傷ついたキラは宇宙を漂う。そこへ脱出に成功したカガリとアスランが、ストライクルージュに乗って彼の元へ向かった。