マルエーフェリー
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第七太洋丸（貨客船） (鹿児島 - 奄美航路)
1956年11月27日竣工、大洋造船建造。
235.88総トン、垂線間長35.66m、型幅6.20m、型深さ3.20m、ディーゼル1基、機関出力350ps、航海速力11.105ノット、旅客定員86名。
あけぼの丸（初代・貨客船） (鹿児島 - 奄美航路)
1958年9月6日竣工、大洋造船建造。
467.29総トン、全長51.58m、型幅8.20m、型深さ3.80m、ディーゼル1基、機関出力1,000ps、航海速力12ノット、旅客定員80名。
波之上丸（2代・貨客船）（鹿児島航路・東京航路・神戸航路）
1962年3月20日竣工、佐野安船渠建造。
2,244.90総トン、全長91.15m、型幅12.80m、型深さ5.70m、ディーゼル1基、機関出力4,050ps、航海速力17ノット、旅客定員449名。
1975年フィリピンに売船、"Tacloban City"に改名。
ふじ（クルーズ客船）
1965年8月13日竣工、三菱重工業下関造船所建造。
2,800.58総トン、全長91.77m、型幅13.30m、型深さ6.20m、ディーゼル1基、機関出力4,900ps、航海速力18.40ノット、旅客定員近海1,216名・沿海1,798名。
主に創価学会のチャータークルーズに使用、神戸航路にも就航。1977年フィリピンに売船、"Iligan City"に改名。
さくら（東京航路）
1962年10月15日竣工、新三菱重工神戸造船所建造、1971年買船・就航。もと日本産業見本市協会・大阪商船三井船舶「さくら丸」。
12,612総トン、全長157.0m、幅21.0m、深さ11.9m、ディーゼル1基。機関出力9,800ps、航海速力16.5ノット、旅客定員952名。
チャータークルーズ船としても使用。1983年中国に売船、「紫羅蘭」"Zi Luo Lan"に改名。
あまみ丸 (2代)
1968年3月18日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団共有。
1,565総トン、全長83.0m、幅12.0m、深さ5.5m、ディーゼル1基1軸、機関出力3,900ps、航海速力17.0ノット、旅客定員457名。
後年は奄美海運で就航、1987年フィリピンに売船。
にほん丸
1970年3月6日竣工、三菱重工業下関造船所建造。
2,998総トン、全長106.3m、幅13.9m、深さ6.2m、ディーゼル2基2軸、機関出力8,800ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,895名。
主に創価学会向けチャータークルーズに使用。1976年フィリピンに売船、"Manila City"に改名。
ひかり（鹿児島航路→阪神航路）
1972年6月13日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1987年ルミナス観光に売船、「ルミナス神戸」に改造。
3,379.54総トン、全長111.35m、型幅13.90m、型深さ6.20m、ディーゼル2基、機関出力10,000ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,161名。
新さくら丸（東京航路）
1973年5月31日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1979年12月フィリピンに売船、"Dona Virginia"に改名。
4,998総トン、全長143.4m、幅16.8m、深さ7.2m、ディーゼル2基、機関出力16,000ps、航海速力22.5ノット、旅客定員1,288名。
神戸丸（阪神航路→鹿児島航路）
1974年4月19日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1985年中国に売船、大島運輸初のRORO貨客船。
4,929.06総トン、全長143.43m、型幅16.80m、型深さ9.60m、ディーゼル1基、機関出力8,000ps、航海速力22.50ノット、旅客定員1,020名。
エメラルドあまみ（鹿児島航路）
1975年9月9日竣工、新潟鉄工所建造。引退後、減トン改修を行い「フェリーあまみ（初代）」として奄美海運が用船。
4,447.62総トン、全長117.10m、型幅19.00m、型深さ13.20m、ディーゼル2基、機関出力16,800ps、航海速力20.30ノット、旅客定員896名。
あけぼの丸（2代）（鹿児島航路）
1977年11月17日竣工、臼杵鉄工所佐伯造船所建造、船舶整備公団との共有船。1989年9月引退、フィリピンへ売却、Super ferry19と改名。
4,999.24総トン、全長137.51m、型幅20.20m、型深さ7.60m、ディーゼル2基、機関出力15,600ps、航海速力20.5ノット、旅客定員674名。
波之上丸 (3代)（東京航路→鹿児島航路）
1980年5月29日竣工、福岡造船建造、船舶整備公団との共有船。1994年6月に引退し日本国外へ売却。
4,886.01総トン、全長140.50m、型幅20.50m、型深さ11.90m、ディーゼル2基、機関出力15,600ps、航海速力20.5ノット。
旅客定員790名、トラック47台、乗用車32台、10ftコンテナ189個
あかつき（阪神航路）
1981年7月10日竣工、東和造船建造。1992年7月、フィリピンに売船。
4,997.28総トン、全長140.50m、型幅20.50m、型深さ11.90m、ディーゼル2基、機関出力10,400ps、航海速力20.0ノット。
旅客定員1,032名、8tトラック45台、4tトラック2台、乗用車32台、10ftコンテナ189個。
サンシャインふじ（クルーズ客船）
1983年10月26日竣工、三菱重工業下関造船所建造。特定宗教団体のチャータークルーズを念頭に建造、多客期には定期航路にも投入された。
7,262総トン、全長127.00m、型幅17.00m、型深さ9.00m、ディーゼル2基、機関出力10,400ps、航海速力19.50ノット、旅客定員1,211名。
ありあけ（初代）（東京航路）
1986年7月8日竣工、臼杵鉄工所佐伯造船所建造。船舶整備公団との共有船。
荷役用のガントリークレーンを装備、数次にわたる改造で総トン数と外観が変化した。
4,997→5,433→6,530総トン、全長147.50m、型幅23.00m、型深さ13.70m、ディーゼル1基、機関出力13,500ps、航海速力19.0ノット。
旅客定員200名、トラック45台、乗用車53台、10ftコンテナ189個。
1995年9月に引退しフィリピンへ売却。スーパーフェリー9（英語版）として就航していたが、2009年9月6日午前3時（現地時間）ごろ、ダバオからマニラへの航路（ジェネラル・サントス・イロイロ経由）に就航中、サンボアンガ沖で沈没。
フェリーあけぼの (初代)（鹿児島航路）IMO: 8905373 /MMS: 374150000 
1989年9月27日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団との共有船。2003年2月に引退し、韓国の清海鎮（チョンヘジン）海運へ売却、「オハマナ（朝鮮語版）」号として就航。その後セウォル号沈没事故により会社清算され、競売複数回入札により2015年1月韓国内船舶仲介取引業者が落札。
2015年夏頃に新潟県が主体となって計画された第三セクター「日本海横断航路」事業における運航船舶として調達しようとしたが、同年10月韓国から日本への回航後に約1年の韓国における係留による性能劣化のため同事業における運用に適さない判断により受領拒否した。
しかし韓国仲介業者が契約不履行と提訴し、日本側の契約内容未解釈との仲裁判断により日本側は一部売買代金及び和解金を支払っているが、船舶所有権は韓国側仲介業者が有し、船舶自体は神田造船所に係留されている。
フェリーあかつき（「ニューあかつき」から改称、阪神航路→鹿児島航路）IMO: 9045895/MMSI: 370441000
1992年竣工、同年7月就航、2008年7月引退。6,412総トン、最大速力23.78ノット。旅客定員800名。
1992年7月、「ニューあかつき」として阪神航路に就航。2003年2月、「フェリーあかつき」に改名のうえ鹿児島航路に転配。
2008年7月、「フェリーあけぼの」（2代）就航にともない引退。
引退後は船籍をパナマに変更し谷山港に係船ののちギリシャの船会社に売却したが、金融危機により同社が倒産したため約半年間係留。
2009年に日本のSHKグループが購入。「ゆうとぴあ4」へ船名を変更のうえ、グループ内の上海下関フェリー（2014年に蘇州下関フェリーに社名変更）で2009年10月4日から下関 - 蘇州航路に週2便の貨物船として2019年まで運航。
ありあけ (2代)（東京航路）
1995年1月竣工、同年9月就航。7,910総トン、航海速力24.0ノット（最大24.93ノット）。
フェリーなみのうえ（鹿児島航路）
1994年6月竣工、6,586総トン、速力21.5ノット、旅客定員804名。
「フェリー波之上」（2012年9月就航）と入れ替わりで2012年10月1日那覇発で退役し韓国の清海鎮海運へ売却。
客室追加などの改修を受けた後「SEWOL（セウォル）」として就航していたが、2014年4月16日午前、仁川から済州島への航路に就航中に観梅島沖で沈没（セウォル号沈没事故）。
フェリーなみのうえは日本で退役後、韓国へ渡りセウォルとなった
クルーズフェリー飛龍21（東京航路）IMO: 9135250/MMSI: 355319000
旅客定員92名（1等、2等寝台、2等/有村産業運用時は272名）。
積載数：トラック131台、乗用車89台、コンテナ（10t）108個。
以前は有村産業の名古屋-大阪-那覇-先島-台湾航路に就航していたが、同社の航路廃止に伴う係留後、「ありあけ」（2代）座礁事故の代替として購入。
2014年に、経年による代替船「琉球エキスプレス2」に置き換えられた。
右舷側にのみ旅客用タラップと貨物用ランプウェイを装備しているため、接岸荷役作業は右舷側のみ。
2015年に韓国の大仁フェリーへ売却し、仁川-大連間の韓中航路に就航。
たかちほ（RO-RO船、東京航路）
3,891総トン、全長131.16m、幅20.0m、型深出力8.99m、13,500PS、航海速力19.9ノット。ヤマニシ建造。
2007年5月1日、「フェリーたかちほ」から船名変更。運航業務は（株）新日本海事の委託。2015年11月15日引退。
琉球エキスプレス（阪神 - 沖縄航路）
旅客定員240名（1等、2等寝台、2等洋室、2等）。
積載数：トラック94台、乗用車72台、コンテナ(10ft)92個。
鉄道建設・運輸施設整備支援機構と共有。2017年10月9日引退。
バリアフリー対応船。供食設備は自動販売機（レトルト・インスタント食品などを販売）のみとなっている。
旅客定員は前船「ニューあかつき」から70%削減された。
琉球エキスプレス 6（RO-RO船、大阪航路）
元北星海運所属、日藤海運運航の内航RO-RO船旧「日龍丸」（2001年竣工）。
鉄道建設・運輸施設整備支援機構、南西海運と共有船。
2019年3月9日大阪南港発より就航。同船就航により阪神航路全体で2隻体制に拠る定曜日サービスを開始。
大阪 - 志布志 - 那覇と北九州航路で土曜大阪発、月曜那覇発/火曜北九州発、木曜那覇発として定期運航。2022年12月末引退。
第八太洋丸 - 貨物船（鹿児島航路/与論まで）
第十一太洋丸 - （鹿児島航路）
興島丸 - 貨物船
波之上丸（初代） - （鹿児島航路）
あまみ丸（初代） - （鹿児島航路）
晴海丸 - 貨物船
にしき丸 - 貨物船
太平丸 - 貨物船