X-ファイルのエピソード一覧
第5シーズン（1997年 - 98年）

→詳細は「X-ファイル シーズン5」を参照
| No>  | # | タイトル | 監督 | 脚本 | 放送日 | プロダクション コード | 合衆国視聴者数 （百万） |
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| 98 | 1 | "帰還 Part.1" "Redux" | R・W・グッドウィン | クリス・カーター | 1997年11月2日 (1997-11-02) | 5X02 | 27.34 |
 第4シーズン最終話「ゲッセマネ」からの連続エピソード。自殺を偽装したモルダーはスカリーの癌の治療法を探るべく国防総省に侵入する。それを目撃したクリッチュガウは息子の治療薬を入手するためにモルダーを極秘の施設へと導く。国防総省からペンタゴンの巨大な倉庫にはいったモルダーはそこでスカリーの治療薬らしきものを発見する。
| 99 | 2 | "帰還 Part.2" "Redux II" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 1997年11月9日 (1997-11-09) | 5X03 | 24.84 |
 CSマンはモルダーをシンジゲートに引き込むためにスカリーの治療法を教え、サマンサに引き合わせる。CSマンの行動に不信感をつのらせるシンジケートメンバーは部下にCSマンの暗殺を命じた。
| 100 | 3 | "アンユージュアルサスペクツ" "Unusual Suspects" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン | 1997年11月16日 (1997-11-16) | 5X01 | 21.72 |
 ローン・ガンメン結成と彼らがモルダーと最初に出会うエピソード。
| 101 | 4 | "迂回" "Detour" | ブレット・ダウラー | フランク・スポトニッツ | 1997年11月23日 (1997-11-23) | 5X04 | 22.88 |
 フロリダ州北部の広大な森林地帯で、二人の測量士が作業中に何者かに襲われ行方不明になる。そして後日、狩猟で森に来ていた父子が同様に襲われ、父親が行方不明に。FBIの研修へ向かう道中、偶然現場の近くを通りかかったモルダーは事の顛末を聞き興味を憶える。独断でスカリーを連れて地元警察と捜査を始める中、深夜、子供が再び何者かに襲われるという事件が発生する。探索の為森に入るものの、次々にメンバーが何者かに襲われていく。
| 102 | 5 | "プロメテウス" "The Post-Modern Prometheus" | クリス・カーター | クリス・カーター | 1997年11月30日 (1997-11-30) | 5X06 | 18.68 |
 全編モノクロ処理された、人造人間をめぐるエピソード。元ネタは『フランケンシュタイン』。ムタト役は、スペンダー捜査官役のクリス・オーウェンズである。作中クローズアップされるシェールの唄う曲は「Walking in Memphis」（アルバム「IT'S A MAN'S WORLD」に収録）である。ラスト付近に登場するのはソックリさん。
| 103 | 6 | "クリスマス・キャロル" "Christmas Carol" | ピーター・マークル | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 1997年12月7日 (1997-12-07) | 5X05 | 20.91 |
 スカリーに奇妙な電話がかかってきた。亡き姉の声で「彼女はあなたを必要としている」と告げる。発信元のシム家には幼い頃の姉そっくりな養女エミリーがいた。姉の子ではないかと疑うスカリーはその子のDNA鑑定を行う。
| 104 | 7 | "エミリー" "Emily" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 1997年12月14日 (1997-12-14) | 5X07 | 20.94 |
 NA鑑定の結果はエミリーはスカリーの子供だと判明した。スカリーはエミリーの養父母の不信な死亡事件をはじめ、何者かにエミリーが狙われている事、不治の病に侵されていることを知り、彼女の出生には重大な機密が隠されていると確信する。
| 105 | 8 | "狐狩り" "Kitsunegari" | ダニエル・サックハイム | ヴィンス・ギリガン & ティム・マイナー | 1998年1月4日 (1998-01-04) | 5X08 | 19.75 |
 第66話でモルダーに逮捕された殺人鬼プッシャーが脱獄した。彼の裁判にかかわった判事が殺され日本語で「狐狩り」とメッセージが残されていた。モルダーは再びプッシャーを追う（狐とは、モルダーのファーストネーム・フォックスを指している。つまり、モルダーを殺すという予告を意味する）。
| 106 | 9 | "分裂" "Schizogeny" | ラルフ・ヘメッカー | ジェシカスコット & マイク・ウォレーガー | 1998年1月11日 (1998-01-11) | 5X09 | 21.37 |
 ミシガン州の果樹園で農夫が地中に引きずり込まれるという不審な死を遂げた。警察は農夫の息子ボビーに疑いの目を向けるが、モルダーは違うと推理する。がしかしボビーは学校のクラスメイトに「お前も殺すぞ」と脅してしまう。
| 107 | 10 | "ドール" "Chinga" | キム・マナーズ | スティーヴン・キング & クリス・カーター | 1998年2月8日 (1998-02-08) | 5X10 | 21.33 |
 ニューイングランド地方の片田舎。とある町のスーパーで突然、客全員が顔を掻き毟り、従業員がナイフを自分の顔に突き刺して自殺するという怪事件が起きる。休暇中に訪れ、偶然事件に遭遇したスカリーは、地元警察と協力して捜査を開始する。地元で魔女と噂される女とその娘の周囲で、不気味な殺人事件が次々と発生する。
| 108 | 11 | "キル スウィッチ" "Kill Switch" | ロブ・ボウマン | ウィリアム・ギブソン & トム・マドックス | 1998年2月15日 (1998-02-15) | 5X11 | 18.04 |
 高名なインターネットプログラマーが銃撃戦に巻き込まれ死亡した。それは彼らが組んだプログラムの反乱だった。
| 109 | 12 | "吸血" "Bad Blood" | クリフ・ボール | ヴィンス・ギリガン | 1998年2月22日 (1998-02-22) | 5X12 | 19.25 |
 人や牛が全身の血を抜かれて死亡する事件が発生。モルダーは吸血鬼の仕業と睨み捜査を行うが、最終的に捜査ミスを問われることとなる。モルダーとスカリーは各々の視点で事件を振り返る。
| 110 | 13 | "ペイシェントX" "Patient X" | キム・マナーズ | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 1998年3月1日 (1998-03-01) | 5X13 | 20.21 |
 かつてスカリーが異星人に誘拐されたスカイランド・マウンテンで大量の焼死体が発見された。ロシアでも同様の事件が起こっており、シンジケートも対応に苦慮していた。異星人に否定的になっていたモルダーはUFOによる誘拐経験者カサンドラに引き合わされる。しかしある夜、カサンドラやスカリーら誘拐経験者は引き寄せられるようにダムに集う。
| 111 | 14 | "赤と黒" "The Red and the Black" | クリス・カーター | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 1998年3月8日 (1998-03-08) | 5X14 | 19.98 |
 オープニングのスローガンは「Resist or Serve（抵抗か服従か）」。赤は劇中に登場する便箋、黒はブラック・オイルをそれぞれ意味する。
| 112 | 15 | "旅人" "Travelers" | ウィリアム・グラハム | ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 1998年3月29日 (1998-03-29) | 5X15 | 15.06 |
 X-ファイル課創設前の1990年、モルダーは元捜査官のデールズに話を聞きに行く。モルダーの名を叫び死んだ男性のことと、彼のそばにあった内臓を抜かれた死体に興味を持ったからだ。デールズは赤狩りの時代に行われていた政府の異種移植実験と、国務省時代のモルダーの父について話す。モルダーがX-ファイルの存在を知るエピソード。
| 113 | 16 | "マインド・アイ" "Mind’s Eye" | キム・マナーズ | ティム・マイナー | 1998年4月19日 (1998-04-19) | 5X16 | 16.53 |
 麻薬密売人の殺害現場にいた盲目の女が逮捕された。盲目ゆえに犯行の立証は難しいと思われたが、彼女は犯人しか知らない情報を供述し、起訴されることに。だがモルダーは納得せず、捜査を続行する。
| 114 | 17 | "万霊節" "All Souls" | アレン・コールター | 原案: ビリー・ブラウン & ダン・エンジェル 脚本: フランク・スポトニッツ & ジョン・シャイバン | 1998年4月26日 (1998-04-26) | 5X17 | 13.44 |
 智天使の4人の娘の魂を悪魔が狙う。
| 115 | 18 | "アンダーカバー" "The Pine Bluff Variant" | ロブ・ボウマン | ジョン・シャイバン | 1998年5月3日 (1998-05-03) | 5X18 | 18.24 |
 テロリストグループが危険な生物兵器を手に入れた。テロ集団に潜入捜査するモルダーに危機が迫る。
| 116 | 19 | "幻妖" "Folie a Deux" | キム・マナーズ | ヴィンス・ギリガン | 1998年5月10日 (1998-05-10) | 5X19 | 17.63 |
 平凡な営業マンが社員を人質に会社に立てこもった。彼は社長が化け物で社員をゾンビに変えていると言う。彼は突入した特殊部隊に射殺され、事件も精神異常者の幻覚ということで落着すると思われたが、実はモルダーにも彼の言う化け物が見えていたのだった。
| 117 | 20 | "ジ・エンド" "The End" | R・W・グッドウィン | クリス・カーター | 1998年5月17日 (1998-05-17) | 5X20 | 18.76 |
 オープニングのスローガンは「The End」。スナイパー役をマーティン・フェレロが演じている。