ジョホールバルの歓喜
グループリーグ展開 > 日本（B組）

日本は、ダブルセントラル方式の1次予選第4組で5勝1分けとし、オマーンを抑えて1位通過し、最終予選に進んだ。
日本はグループBに入り、東アジアの韓国、中東のアラブ首長国連邦（UAE）、中央アジアのウズベキスタン・カザフスタンと同組になった。日韓両国は1994年アメリカ大会予選の最終節で日本がイラクと引き分けた結果、勝点で並び、得失点差で韓国が出場権を得るというドラマ（いわゆるドーハの悲劇）を経験していたが、今回は2002年にアジア初のワールドカップを共催する国同士で、1つの出場権を争うことになった。本大会出場経験のない日本は、「開催国枠での初出場」という不名誉な記録を避けるため、今回は自力での出場権獲得が悲願となっていた。ウズベキスタンとカザフスタンは1991年にソビエト連邦より独立、1994年にヨーロッパサッカー連盟（UEFA）からアジアサッカー連盟（AFC）に転籍し、今回のワールドカップ予選からアジア地区で戦うことになった。
| 日程 |  韓国 KOR |  日本 JPN |  アラブ首長国連邦 UAE |  ウズベキスタン UZB |  カザフスタン KAZ |
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| 第1節 9月6・7日 | H 〇 3-0 KAZ 3 (1W) | H 〇 6-3 UZB 3 (1W) | - 0 | A ● 3-6 JPN 0 (1L) | A ● 0-3 KOR 0 (1L) |
| 第2節 9月12日 | H ○ 2-1 UZB 6 (2W) | - 3 (1W) | H ○ 4-0 KAZ 3 (1W) | A ● 1-2 KOR 0 (2L) | A ● 0-4 UAE 0 (2L) |
| 第3節 9月19・20日 | - 6 (2W) | A △ 0-0 UAE 4 (1W1D) | H △ 0-0 JPN 4 (1W1D) | A △ 1-1 KAZ 1 (1L1D) | H △ 1-1 UZB 1 (2L1D) |
| 第4節 9月27・28日 | A ○ 2-1 JPN 9 (3W) | H ● 1-2 KOR 4 (1W1D1L) | A ○ 3-2 UZB 7 (2W1D) | H ● 2-3 UAE 1 (3L1D) | - 1 (2L1D) |
| 第5節 10月4日 | H ○ 3-0 UAE 12 (4W) | A △ 1-1 KAZ 5 (1W2D1L) | A ● 0-3 KOR 7 (2W1D1L) | - 1 (3L1D) | H △ 1-1 JPN 2 (2L2D) |
| 第6節 10月11日 | A △ 1-1 KAZ 13 (4W1D) | A △ 1-1 UZB 6 (1W3D1L) | -  | H △ 1-1 JPN 2 (3L2D) | H △ 1-1 KOR 3 (2L3D) |
| 第7節 10月18日 | A ○ 5-1 UZB 16 (5W1D) | - 6 (1W3D1L) | A ● 0-3 KAZ 7 (2W1D2L) | H ● 1-5 KOR 2 (4L2D) | H ○ 3-0 UAE 6 (1W2L3D) |
| 第8節 10月25・26日 | - 16 (5W1D) | H △ 1-1 UAE 7 (1W4D1L) | A △ 1-1 JPN 8 (2W2D2L) | H ○ 4-0 KAZ 5 (1W4L2D) | A ● 0-4 UZB 6 (1W3L3D) |
| 第9節 11月1・2日 | H ● 0-2 JPN 16 (5W1D1L) | A ○ 2-0 KOR 10 (2W4D1L) | H △ 0-0 UZB 9 (2W3D2L) | A △ 0-0 UAE 6 (1W4L3D) | - 6 (1W3L3D) |
| 第10節 11月8・9日 | A ○ 3-1 UAE 19 (6W1D1L) | H ○ 5-1 KAZ 13 (3W4D1L) | H ● 1-3 KOR 9 (2W3D3L) | - 6 (1W4L3D) | A ● 1-5 JPN 6 (1W4L3D) |

9月7日、ホーム国立競技場で初戦ウズベキスタン戦が行われ、三浦知良の4ゴールなどで大量6得点を挙げるも、後半3点を返される内容に不安を残した。約2週間後の9月19日、アブダビでアウェイのUAE戦が行われ、気温40度の酷暑の中、スコアレスドローとなった。試合終盤には、触れなくてもゴールインであったろう井原正巳のヘディングシュートを、オフサイドポジションに居た小村徳男が押し込もうと触れてしまい、ノーゴールになってしまう場面もあった。
9月28日、2連勝でB組首位にたつ韓国をホーム国立競技場に迎えた。加茂周監督は16日前にブラジルから日本への帰化が認められたFW呂比須ワグナーをさっそく初招集し先発起用した。日本は後半22分、山口素弘のループシュートで先制するも、後半39分に徐正源、42分に李敏成にゴールを許し、1-2で逆転負け。先制点の6分後にFW呂比須を下げDF秋田豊を入れた加茂監督の采配が消極的と批判された。韓国との勝点差は5に広がり、UAEにも抜かれてグループ3位に後退した。
第5・6節は中央アジアでのアウェイ2連戦となったため、日本はカザフスタンでの第5節のあとに帰国はせず、そのままウズベキスタンに向かうスケジュールが取られた。10月4日、アルマトイでのカザフスタン戦は、秋田のヘディングで先制すると、守備固めを選らんで失敗した韓国戦の反省から攻撃的なシフトを継続。しかし追加点のチャンスを逃すと、後半ロスタイムに同点ゴールを決められて引き分け、2試合続けて逃げ切りに失敗した。韓国との勝点差は7に開き、1位通過の可能性はほぼ消滅した。日本サッカー協会は現地で緊急会合を行い、4時間半後に加茂監督を更迭し、ヘッドコーチの岡田武史を監督に昇格すると発表した。
10月11日、タシケントでのウズベキスタン戦でもリズムを取り戻せず、前半30分には今最終予選初となる先制点を取られる。攻撃は空回りし敗色濃厚となる中、３トップに加えDF秋田も前線に上げてパワープレーを試みると、後半44分、呂比須のヘディングをGKがキャッチミスし、幸運なゴールで引き分けに持ち込んだ。土壇場での劇的な同点を「ひょっとする」と前向きに感じた岡田監督だったが、それに反して選手たちが試合後にロッカールームで泣いてる姿を見て、「こいつらもこんなに苦しんでるのに、自分だけが逃げる訳にいかない」と、ウズベキスタン戦1戦のみの指揮との考えを改め、予選終了まで続けて指揮する決意をする。10月18日にUAEが連敗したことで勝点差が1に縮まり、UAEとのグループ2位争いが現実的な目標となった。
10月26日、ホームのUAE戦を迎え、岡田監督はベテランMF北澤豪を招集し、システムを3バックから4バックに変更。呂比須が前半4分に先制ゴールを挙げるも、前半37分に追いつかれ引き分けた。この結果、勝点16を得ていた韓国のグループ1位およびW杯本戦出場が決定。残り2試合を日本が連勝してもUAEも連勝すれば勝点を上回れないため、自力でのプレーオフ進出が消滅した。国立競技場にブーイングが鳴り響き、試合後、会場周辺で一部の日本サポーターが暴徒化し、選手用バスに生卵やパイプ椅子を投げつける騒動が起きた。
11月1日、ソウルでのアウェイ韓国戦、日本は既にワールドカップ出場を決め、主力DFの洪明甫を累積警告で欠いた韓国守備陣を試合開始から翻弄し、前半1分に名波浩、前半37分に呂比須がゴールを決め2-0と快勝、勝点を10とする。翌日、UAEがホームで最下位ウズベキスタンと引き分けたため、日本が勝点で2位に浮上し、自力でのプレーオフ進出が復活した。
11月8日、グループB最終戦、ホームのカザフスタン戦はFWの呂比須と三浦を累積警告による出場停止で欠き、北澤と同じドーハ組の中山雅史と高木琢也を招集。このふたりのゴールなどで5-1と快勝、崖っぷちから立ち直り、第3代表決定戦への出場権を得た。
最終予選B組の最終順位は以下のとおり。
| 順位 | チーム | 勝点 | 勝 | 分 | 負 | 得失差 | 総得点 |
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| 1 |  韓国 | 19 | 6 | 1 | 1 | +12 | 19 |
| 2 |  日本 | 13 | 3 | 4 | 1 | +8 | 17 |
| 3 |  アラブ首長国連邦 | 9 | 2 | 3 | 3 | -3 | 9 |
| 4 |  ウズベキスタン | 6 | 1 | 3 | 4 | -5 | 13 |
| 5 |  カザフスタン | 6 | 1 | 3 | 4 | -12 | 7 |
勝点は勝利3、引き分け1、敗戦0。勝点が同じ場合、まず得失点差、次いで総得点の優劣で順位を決した。