下山事件
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GHQが進めたレッドパージや逆コースで共産勢力が弱体化し、共産勢力による暴力や革命に対する国民の恐怖心が和らいだ後、サンフランシスコ平和条約にてGHQによる日本の占領状態が終わると、下山事件は、それまで有力であった赤色テロ説よりも、GHQによる謀殺であったという意見が主流となっていく。この流れを決定的にしたのが、作家の松本清張が「文藝春秋」1960年（昭和35年）1月号から連載を開始した「日本の黒い霧」の一章「下山国鉄総裁謀殺論」であった。なお、GHQ犯行説自体は、松本が最初に主張したわけではなく、1952年（昭和27年）6月に、“アメリカの秘密機関”が下山の殺害を実行し、その証拠として、轢断現場にはアメリカ兵の軍靴の足跡が残っており、下山の死亡時刻にはアメリカ軍の軍用トラックが轢断現場付近で目撃され、目撃した付近の住民が警察に通報したが、その目撃情報は闇に葬られたとする怪文書が、マスコミや一部労働組合に郵送されていたという。
その後は、様々な書籍等でGHQによる犯行説が主張されるようになった。松本が「日本の黒い霧」を執筆した同年には、作家の大野達三も著書『謀略』(三一書房) で、CIA東京支部による計画であったと主張しており、このように、下山謀殺に関与したGHQの部署も多数挙げられた。その関与した部署の指示によって、下山の誘拐に協力したとか、下山の遺体を運搬したなどの協力者からの証言も相次ぐようになった。GHQが下山を謀殺した目的について、松本が「下山国鉄総裁謀殺論」で展開した主張によれば、国鉄に職員の大量整理を迫っていたGHQ民間運輸局（CTS）のシャグノン中佐が、人情家で職員のことを慮りシャグノンの命令を聞かない下山に痺れを切らしていた。そこで、対共産勢力対策で下山の利用を思い立ったGHQ参謀第2部（部長チャールズ・ウィロビー少将、略称G2）対敵諜報部隊（CIC）が下山を共産勢力による殺害に見せかけて謀殺し、その弾圧に利用しようと思い立った。
その具体的な方法としては、下山は国鉄労組の内通者を金で雇って情報収集をしており、いつも三越店内の地下鉄に近いところでその内通者と会っていたが、CICはそのことを知っていたので、まず内通者を拉致したのち、内通者に会うために会合場所に現れた下山を、言葉巧みに誘い出して、日本の警察が触ることができない進駐軍ナンバーの車両で、「下山油」と染料のある赤羽のアメリカ軍修理工廠内工場に連れて行き殺害し、その後に下山の遺体を、GHQ特別列車で現場近くの「ロープ小屋」まで運搬し、一旦隠した後で、深夜になって遺体を轢断現場まで運び、後続の貨物列車に轢かせたと主張している。
G2のウィロビーが下山謀殺による共産勢力の弾圧を画策した背景としては、戦後のGHQの民主化政策によって勢力を伸ばしていた共産勢力に、その活動をこれまで推奨してきたはずのマッカーサー自身が危惧を抱く様になっていたことが起因している。1947年（昭和22年）2月には、日本共産党中央委員伊井弥四郎が最高責任者としてゼネラル・ストライキ（二・一ゼネスト）を計画していたが、マッカーサーは伊井を呼びつけるとゼネストの中止を命令している。マッカーサーはさらに、翌1948年（昭和23年）7月になると、首相の芦田均に「国家公務員法改正に関する書簡」（マッカーサー書簡）を送り、「公務員の争議権・団交権をはく奪すべき」と命じるなど、労働者の争議権の抑制、ひいては労働組合とその背後にいた共産勢力の弱体化を図っていた。
GHQのなかでも勢力争いがあり、マッカーサーの副官的地位でGHQ民政局（GS)を率いていたコートニー・ホイットニー少将とG2のウィロビーは、マッカーサーの信頼を得るために常に競い合っていたが、特にウィロビーはマッカーサーの信頼が厚いホイットニーに対抗心をむき出しにしていたという。マッカーサーが、行き過ぎた共産勢力の抑制に方針転換したことを感じ取ったウィロビーは、自分が率いるG2を使って共産勢力に対する情報収集や各種工作を行っており、下山事件もその中の一つであった。しかし、この工作は、ウィロビーのG2が独自に画策したもので、GSのホイットニーやマッカーサーに知れるとウィロビー自身の立場が危うくなるため、他殺を日本の警察が見抜いたときのことを考えて、下山が自殺したと見せかけることも必要となった。
G2の目的は、下山殺害を共産勢力の犯行との濡れ衣を着せることによる弾圧であったため、自殺に見せかけようとすることは、その目的と矛盾するようにも見えるが、G2は敢えて明らかな他殺とするよりは、自他殺不明と見せかけることとし、わざわざ替え玉を多くの人の目につくように現場付近をうろつかせ、自殺と匂わせる証言が積み重なるように仕組みながらも、偽の日本共産党による「秘密指令」を作成して赤色テロを演出した。松本は、当時日本を支配していたGHQが、こんなややこしい工作をしたもの、あくまでもGSとG2、ひいてはホイットニーとウィロビーの内輪の争いが原因であったと主張している。
GHQの関与を裏付けるような証言もあっている。国会議員佐藤栄作の秘書の大原正が、下山失踪当日の5日の午前11時に、下山らしき人物が、国鉄の公用車ではない乗用車の後部座席に左右を囲まれて乗っているのを見たという証言を読売新聞の取材で答えているが、この証言が記事になると、CICのフジイという人物が、「何を見たというのかね」「何もみなかったんだろう」などと嫌がらせのような電話を何度もしてきたという。このフジイと名乗った人物は実在しており、旧大日本帝国陸軍軍人で陸軍中野学校出身であり、戦後はその経歴を活かしてCICに勤務していた。藤井は後日になって読売新聞記者鑓水徹に、元国鉄職員の共産党員が、ナッシュ＝ケルビネーター47型で下山を拉致したなどとリークしたこともあった。
鑓水は、下山事件の殺人事件としての公訴時効直前の1963年（昭和38年）にもGHQ関与の情報を手に入れている。事件当時に下山の情報屋として、組合の情報をリークしていた元国鉄職員がいたが、その職員は国鉄を追われ、家族を置いて逃亡生活を続けていた。しかし、逃亡の間に重度の麻薬中毒者となり、ある旅館で自殺してしまった。その旅館の経営者が鑓水の知人であり、経営者は遺品の中から男が書き遺したノートを見つけると、その内容の重大さに驚いて鑓水にノートを託したという。ノートの記述によれば、自殺した男は他の3人の仲間と、下山の拉致に加担したという。男らは、とある資金提供者の依頼を受けて、顔見知りであった下山を騙して、三越から連れ出すことに成功し、下山を他の協力者が運転する車に乗せ、男らも他の車に乗って、三宅坂にあったGHQのドライブインに立ち寄った。その後、下山を乗せた車はどこかに行ってしまい、男らはGHQの施設に入って、任務は完了したと言われ、入浴を勧められて、新しい衣服ももらったが、男はにわかに恐ろしくなって、仲間を置いたままGHQ施設から脱出し、そのまま逃亡生活に入った。その後、仲間3人はそのまま台湾のアメリカ軍の施設に送られて、秘密保持のために一生帰国は許されなかったという噂を聞いている。下山拉致を依頼した資金提供者とされた人物は実在しており、後に元朝日新聞記者の矢田が取材を試みているが、拒否されている。
ソビエト連邦の関与を主張していた李は実はアメリカとの二重スパイであり、アメリカのCIC指揮下の特殊機関「キャノン機関」による下山殺害を、ソビエト連邦の仕業と見せかけるために暗躍していたという主張もある。さらに、他殺説の中心人物のひとり元朝日新聞記者の矢田は、共産勢力封じ込めのために、当時の総理大臣吉田茂がGHQと謀って、共産勢力弾圧に利用するために、初めから下山を殺害する予定で国鉄総裁に選んだという主張をしている。同じように、同じ鉄道省の官僚で後に政治家に転身し、学年では1歳年上で歳も近い下山と懇意にしていた佐藤栄作が、下山の死を利用するために国鉄総裁に選んだという主張もある。