牟岐線
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1913年（大正2年）4月20日：阿波国共同汽船が徳島駅 - 小松島駅間を開業。鉄道院が借り上げ。
1916年（大正5年）12月15日：中田駅開業。阿南鉄道が中田駅 - 古庄駅間を開業。
1917年（大正6年）9月1日：阿波国共同汽船の鉄道路線が国有化。小松島軽便線となる。
1922年（大正11年）9月2日：軽便線の呼称を廃止。小松島軽便線を小松島線に改称。
1934年（昭和9年）9月20日：小松島線 徳島駅 - 二軒屋駅間に富田浦駅、地蔵橋駅 - 中田駅間に丈六駅開業。
1936年（昭和11年）
3月27日：牟岐線 羽ノ浦駅 - 桑野駅間が開業。
7月1日：阿南鉄道の中田駅 - 古庄駅間を国有化し牟岐線に編入。羽ノ浦駅 - 古庄駅間の旅客営業を廃止。赤石駅を阿波赤石駅に改称。機関車3両、蒸気動車1両、ガソリンカー4両、客車8両、貨車12両を引継ぐ。
1937年（昭和12年）6月27日：牟岐線 桑野駅 - 阿波福井駅間が開業。
1939年（昭和14年）12月14日：牟岐線 阿波福井駅 - 日和佐駅間が開業。
1940年（昭和15年）9月1日 金磯駅を仮停車場に変更。
1941年（昭和16年）8月10日：富田浦駅、丈六駅休止。
1942年（昭和17年）7月1日：牟岐線 日和佐駅 - 牟岐駅間が開業。
1945年（昭和20年）7月30日：アメリカ軍のグラマン戦闘機2機により那賀川橋梁走行中の列車が機銃掃射を受け30名を超える死者をだす（那賀川鉄橋空襲）
1950年（昭和25年）3月25日：昭和天皇の戦後巡幸があり、お召し列車が牟岐駅 - 徳島駅間で運行。
1959年（昭和34年）10月1日：赤河内駅を北河内駅に改称。
1961年（昭和36年）4月1日：貨物支線の羽ノ浦駅 - 古庄駅間が廃止。牟岐線を徳島駅 - 牟岐駅間、小松島線を中田駅 - 小松島駅間に変更。
1962年（昭和37年）7月18日：南小松島駅 - 阿波赤石駅間の金磯駅廃止。準急「むろと」運転開始。
1964年（昭和39年）
7月11日：由岐駅 - 木岐駅間に（臨）田井ノ浜駅開業。
10月1日：羽ノ浦駅 - 阿波中島駅間に西原駅開業。
1965年（昭和40年）9月14日 - 台風24号の接近に伴い阿南市一帯に集中豪雨、桑野駅 - 新野駅間など6箇所で道床が流されるなどの被害
1966年（昭和41年）
3月5日：準急「むろと」を急行に格上げ。
11月1日：阿波富岡駅を阿南駅に改称。
1973年（昭和48年）10月1日：牟岐線 牟岐駅 - 海部駅間が開業。旅客営業のみ。
1982年（昭和57年）11月15日：中田駅 - 阿南駅間の貨物営業廃止。
1984年（昭和59年）2月1日：貨物営業廃止。
1985年（昭和60年）3月14日：小松島線 中田駅 - 小松島駅間が廃止。
1986年（昭和61年）11月1日：徳島駅 - 二軒屋駅間に阿波富田駅開業。
1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により四国旅客鉄道（JR四国）に承継。
1988年（昭和63年）4月10日：急行「むろと」を「阿波」に改称。ワンマン運転開始。
1990年（平成2年）
11月3日：二軒屋駅 - 地蔵橋駅間に文化の森駅開業。
11月21日：高速化（最高運転速度110km/h）工事が完成し、特急「うずしお」3往復乗り入れ開始、海部駅までは下り1本、上り2本の運転となる。急行「阿波」廃止。
1992年（平成4年）3月26日：阿佐海岸鉄道阿佐東線との直通運転開始。
1998年（平成10年）3月14日：特急「剣山」が牟岐線および阿佐海岸鉄道阿佐東線乗り入れ開始。
1999年（平成11年）3月13日：特急「うずしお」を系統分割し特急「むろと」運転開始。
2002年（平成14年）7月1日：「阿波室戸シーサイドライン」の愛称使用開始。
2005年（平成17年）7月23日：牟岐線初のトロッコ列車運転。
2007年（平成19年）10月21日：牟岐線初のリバイバル列車「急行むろと」号が運転される。
2008年（平成21年）3月15日：阿佐海岸鉄道阿佐東線への直通運転を中止。特急「ホームエクスプレス阿南」運転開始。
2009年（平成21年）12月1日：阿佐海岸鉄道阿佐東線への直通運転を再開。
2010年（平成22年）3月13日：ホーム嵩上工事完成。全線で1500・1200型気動車の運転が可能となる。
2011年（平成23年）3月12日：特急「剣山」の阿佐海岸鉄道阿佐東線への直通運転が廃止される。
2014年（平成26年）3月15日：特急「剣山」の系統分割により、牟岐線の牟岐発着特急3往復が全て徳島発着「むろと」になる。
2019年（平成31年）3月16日：ダイヤ改正により、パターンダイヤを導入し、徳島駅 - 阿南駅間で普通列車が8本増発。また、阿南駅 - 牟岐駅・海部駅間の普通列車が減便、特急「むろと」が1往復になり（改正前は3往復）、特急「ホームエクスプレス阿南」が廃止。牟岐駅発着の阿佐海岸鉄道との朝2往復の相互直通運転も廃止となり、全ての列車が海部駅で乗り換えとなった。阿南駅以南の減便対策として、JR四国から徳島バスへの働きかけにより、同日から徳島バスが同社高速バス路線「室戸・生見・阿南 - 大阪線」のうち、それまで認められていなかった阿南駅停留所 - 甲浦停留所相互間での乗降を可能とする。
2020年（令和2年）
7月18日：阿波海南駅 - 海部駅間でDMV関連工事を行うため、牟岐駅 - 海部駅間を運休しバス代行輸送を開始。
8月11日：JR四国が阿波海南駅 - 海部駅間の鉄道事業廃止届を国土交通省に提出。
9月29日：9月3日に行った四国運輸局による聴取の結果、阿波海南駅 - 海部駅間の廃止予定日繰り上げが認められたことから、JR四国が阿波海南駅 - 海部駅間の鉄道事業廃止繰上届を国土交通省に提出。
10月1日：新型コロナウイルス感染症（COVID-19）蔓延の影響による乗客減に伴い、この日から当面の間、下り最終列車の徳島23時39分発の阿南行き普通列車が運休。
10月31日：阿波海南駅 - 海部駅間の鉄道事業廃止。代行バスは11月30日まで引き続き牟岐駅 - 阿波海南駅 - 海部駅間にてJR四国が運行。
11月1日：阿波海南信号場（阿波海南駅より変更） - 海部駅間が阿佐海岸鉄道阿佐東線に編入される。
12月1日：JR四国による代行バスが牟岐駅 - 阿波海南駅間に短縮。阿佐海岸鉄道による代行バス運行が阿波海南駅 - 海部駅 - 甲浦駅間で開始。
2021年（令和3年）
2月1日：牟岐駅 - 阿波海南駅間でのバス代行輸送を終了し、列車の運転を再開。
3月13日：ダイヤ改正により、運休となっていた徳島23時39分発の阿南行き普通列車が廃止となり、最終列車の時間が繰り上がったことで、当線における日付を越えて運行する列車がすべて消滅。
2022年（令和4年）
4月1日：上記徳島バスの高速バス「室戸・生見・阿南 - 大阪線」に牟岐線との「並行モード連携モデル」が導入され共同経営を開始。阿南駅 - 浅川駅相互間において有効なJRの乗車券類で阿南駅停留所 - 浅川停留所相互間のバス利用が可能となる。
11月27日：1200形気動車による阿佐海岸鉄道のDMV（デュアル・モード・ビークル）をデザインしたラッピング車両が約1年間の期間限定で運行開始。
2023年（令和5年）5月20日：上記徳島バスの高速バス「室戸・生見・阿南 - 大阪」線に海部高校前バス停（阿波海南駅至近）が新設されることに伴い、共同経営区間が阿南駅 - 阿波海南駅間に拡大。
2025年（令和7年）3月15日：ダイヤ改正により特急「むろと」の運行を終了。これにより当路線から定期運行の優等列車が消滅された。