園城寺
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金堂（国宝） - 園城寺全体の、そして中院の中心となる堂宇。園城寺は文禄4年（1595年）に豊臣秀吉により闕所とされ、堂塔が破却された。金堂は織田信長の焼き討ちで壊滅した比叡山延暦寺の復興の一助として延暦寺西塔に移築され、釈迦堂（転法輪堂）とされた。現在の金堂は、園城寺再興を許可した豊臣秀吉の遺志により、高台院が慶長4年（1599年）に寄進したものである。慶長4年（1599年）2月に着工し、翌慶長5年（1600年）3月には完成している。七間四方、入母屋造、檜皮葺の和様仏堂。堂内は外陣、内陣、後陣に区切られ、内陣の中央五間は床を外陣より一段下げて四半瓦敷きにした天台宗本堂の古式を伝えている。建物全体は和様で統一され、木割太く、全体に低めで軒の出深く、重厚さの中に柔らかさを持つ、典型的な桃山形式の仏堂である。本尊は弥勒菩薩。用明天皇の時代に百済より渡来し、天智天皇の念持仏となり、園城寺草創の際に天武天皇が本尊として安置したと伝えられているものである。
鐘楼（重要文化財） - 慶長7年（1602年）再建。金堂の左手前にあり、近江八景の一つ「三井の晩鐘」で知られる梵鐘（滋賀県指定有形文化財）を吊る。この梵鐘は音色の良いことで知られており、日本の音風景100選に選ばれNo.58「三井の晩鐘」として登録されている。また、平等院鐘、神護寺鐘と共に日本三名鐘に数えられている。この梵鐘は慶長7年（1602年）に長吏准三宮道澄が弁慶の引摺鐘の跡継ぎとして鋳造したもので、乳（鐘上部に付けられる突起）が合計百八個あり、近世以降多く造られる百八煩悩に因んだ乳を持つ梵鐘として在銘最古とされている。
天狗杉（大津市指定天然記念物） - 樹齢約千年。相模坊道了が、同郷の了庵慧明が相模国に最乗寺を建立したと聞くと天狗に変化し、この杉の頂部から相模国に飛び立ったという。
閼伽井屋（あかいや、重要文化財） - 金堂の西に接して建つ小堂で、格子戸の奥にある岩組からは霊泉が湧出している。この泉は、天智天皇・天武天皇・持統天皇の三帝が産湯に用いたことから御井や三井と呼ばれ、それがもととなって当寺は御井寺、次いで三井寺と呼ばれるようになった。現在の建物は、この霊泉の履屋として慶長5年（1600年）に金堂と同じく高台院によって建立された。桧皮葺で、三間二間の向唐破風造。随所に桃山風の装飾を施した優美な建造物である。また、正面上部の蟇股には左甚五郎作の龍の彫刻があり、この龍が毎夜琵琶湖に現れて暴れていたので甚五郎が龍の目に五寸釘を打ち込んだという伝説がある。
庭園「閼伽井石庭」 - 日本最古の庭園だとされている小さな石庭。
熊野権現社 - 熊野権現を祀る。平治元年（1159年）に白河天皇の皇子・行慶大僧正によって三井修験道の鎮神として創建された。その後、三間社流造の社殿として応永5年（1398年）、文亀元年（1501年）、慶長6年（1601年）と度々建て替えられている。現在の建物は天保8年（1837年）の再建である。
智証大師像 - 石像。
教待堂 - 教待和尚を祀る。
光浄院 - 金堂の北方に位置する子院。
客殿（国宝） - 勧学院客殿より1年あとの慶長6年（1601年）に元光浄院の住持であった山岡景友により再建される。規模、意匠など勧学院客殿と似る。桁行七間、梁間六間、一重入母屋造、正面軒唐破風付の総杮葺き。内部の一之間、二之間の障壁画および襖絵は狩野山楽や狩野派の筆によるもので重要文化財に指定されている。寝殿造りの流れをくむ主殿造とされる。広縁の奥には付書院、出書院と呼ばれる造り付けの机を設けた上段の間が突出しており、このような小部屋を持つ書院は光浄院客殿のみとされる。
庭園（国の名勝・史跡） - 客殿に南面して広がる池泉観賞式庭園。池が客殿の広縁の真下まで食い込み客殿と一体化した、池上建築に似た構成を取る。池中に石橋を架けた亀島や夜泊石を設け、山畔には立石を組んだ枯滝を配する。
護摩堂 - もとは十八明神社の拝殿で、ここに移築したもの。
表門
霊鐘堂 - 昭和初年に古鐘堂の古材をいかして改築されたもの。霊鐘「弁慶の引摺鐘」（重要文化財、奈良時代）を安置している。藤原秀郷（俵藤太）が三上山の百足退治の礼に竜宮から持ち帰った鐘を三井寺に寄進したとの伝承が残されている。その後、山門との争いで弁慶が奪い比叡山へ引き摺り上げて撞くと、「イノー・イノー」（関西弁で「帰りたい」の意）と響いたため、弁慶が怒って鐘を谷底へ投げ捨てたという。鐘に付いた傷跡や割れ目はその時のものと伝えられている。文永4年（1267年）に比叡山延暦寺より当寺に戻された。また、「弁慶の汁鍋」という大鍋も置かれている。
一切経蔵（重要文化財） - 室町初期の禅宗様経堂。毛利輝元の寄進により、慶長7年（1602年）に周防国山口の国清寺（現・洞春寺）の経蔵を移築したもの。一間四方だが裳階付きのため三間四方二層に見える宝形造、桧皮葺。内部中央には、高麗版の一切経を納める八角形の輪蔵があり、中心軸で回転するようになっている。また、天井から円空仏7体が発見されている。
三重塔（重要文化財） - 鎌倉時代末期から室町時代初期の建築。奈良県の比蘇寺（現・世尊寺）にあった東塔を慶長2年（1597年）に豊臣秀吉が伏見城に移築したものを、慶長6年（1601年）に徳川家康が当寺に寄進したもの。1層目の須弥壇には、木造釈迦三尊像が安置されている。軒深く、三重の釣合いよく、相輪の水煙など、中世仏塔の特徴をよく表している。
善法院 - 境内最西にあった子院。かつての円満院宮の院家。
庭園跡（国の名勝・史跡） - 1934年（昭和9年）に国の名勝・史跡に指定されたが、1941年（昭和16年）の豪雨による土砂崩れで埋没した。しかし、指定は解除されていない。重森三玲が作成した実測図が残る。
覚勝院 - 子院。
微妙寺 - 別所。正暦5年（994年）に現在の長等公園の山上に慶祚阿闍梨によって創建された。湖国十一面観音菩薩霊場第1番札所。
本堂 - 安永5年（1776年）再建。1979年（昭和54年）に現在地に移転。
天台大師像 - 石像。
宗務本所
筒井浄妙塚 - 観音堂がある伽藍札所から平地に下ってきた階段の右脇にある。ここは治承4年（1180年）に以仁王と源頼政が平氏軍と戦った橋合戦で活躍した僧兵の筒井浄妙の坊があった場所である。筒井浄妙は祇園祭後祭の山の一つである浄妙山で知られている。
水観寺 - 別所。長久元年（1040年）に明尊大僧正によって創建された。西国薬師四十九霊場第48番札所。園城寺境内の道を挟んだ向かい側には三尾神社があり、正面に三尾神社の西門がある。
本堂（滋賀県指定有形文化財） - 明暦元年（1655年）再建。1988年（昭和63年）に現在地に移転。
弁天堂 - 本堂に接続している。1988年（昭和63年）に現在地に移転。
庫裏
護法社 - 元は金堂の東にあったが享保10年（1725年）から享保19年（1734年）にかけて現在地（かつて唐院があった場所）に移転した。
護法善神堂（千団子社、大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。園城寺の守護神である護法善神（鬼子母神）像を祀る。
唐門（大津市指定有形文化財） - かってはこの前に拝殿があった。
放生池
石造橋（重要美術品、大津市指定有形文化財） - 享保10年（1725年）再建。
表門（大津市指定有形文化財）
財林坊 - 護法社の預坊。
本地堂（大津市指定有形文化財） - 享保19年（1734年）に現在地に移築。護法善神の本地仏である聖観音菩薩を祀る。
庫裡 - 享保12年（1727年）再建。
客殿 - 享保12年（1727年）再建。
預坊表門（大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。
門番所（大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。
釈迦堂（食堂、重要文化財） - 本尊は清凉寺式釈迦如来。大門を入って金堂に至る道の右側にある。桁行七間、梁間四間、入母屋造、桧皮葺の簡素な構造である。天正年間（1573年 - 1593年）造営の京都御所の清涼殿を下賜されて元和7年（1621年）に移築されたものと伝えられる。文政年間（1818年 - 1831年）に唐破風の向拝が増築されている。随所に古い手法を残す室町時代の建築で、中世の食堂の形式をよく伝えている。
弁財天社 - 八臂弁財天を祀る。天和3年（1683年）に唯覚坊周舜によって建立される。その後文久元年（1861年）に再建されて、1932年（昭和7年）に妙厳院慶純の発願により修復された。
弁天池
大門（重要文化財） - 仁王門とも呼ばれる。三間一戸、入母屋造、檜皮葺の楼門。もとは近江国の常楽寺（滋賀県湖南市）にあった室町時代の宝徳4年（1452年）に建てられた仁王門であるが、豊臣秀吉によって伏見城に移築されていた。それを慶長6年（1601年）に徳川家康が当寺に寄進したもの。大門の両脇には運慶作と伝えられる仁王像が安置されている。組物などに群青、緑などの彩色があり、蟇股や木鼻などの彫刻文様、斗栱など組物には室町中期の特色がよく表れている。
円満院 - 大門の北方に位置する。円満院門跡とも称し、かつては天台宗寺門派三門跡の一つであった。江戸時代の初期に現在地に移転する。寛和3年（987年）村上天皇の第三皇子・悟円法親王によって創建された。江戸時代の画家円山応挙ゆかりの寺としても知られる。宸殿（重要文化財）は、慶長年間造営の御所のうち、東福門院の御局といわれる建物を移築したもので、仁和寺の金堂などと共に江戸時代初期の寝殿造宮廷建築の遺作として重要なものである。宸殿にあった障壁画の「住吉社頭図」6面（重要文化財）と「風俗図」4面（重要文化財）は1974年（昭和49年）・1975年（昭和50年）に文部省買上げとなり、現在は京都国立博物館に所蔵されている。その他、円満院には円山応挙の「七難七福図」をはじめ7件の重要文化財が所蔵されていたが、現在はいずれも寺外に流出している。太平洋戦争後に天台寺門宗から独立した。