琵琶湖汽船
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それぞれ、就航順に記述。湖南汽船創業時に在籍した船舶は太字で記述（このうち、特記以外は全て1926年12月末までに退役）。細字で記述のうち、特記以外は全て1945年度中までに退役。
※両社により就航し、1926年12月末までに退役済みの船舶は、太湖汽船#船舶を参照。
第3太湖丸 - 1883年9月建造。元・真宗丸。1887年、大阪鉄工所にて鉄船に改造。1929年4月、竹生島沖で沈没。
堅田丸 - 1885年買収。1894年11月、湖南汽船に売却。
第6太湖丸 - 1904年3月建造。1933年9月、改造および太湖丸に改名。
八景丸 - 1907年8月建造、35総トン。
多景島丸 - 1909年9月建造。122.7総トン。1933年7月、高島郡沖で座礁。1934年9月、室戸台風により海津港で沈没（翌年1月修理）。1943年4月、木津川船渠に売却。
白石丸 - 1913年8月建造。178.7総トン。1950年4月廃船。
日吉丸（2代） - 1920年6月建造、76.7総トン。1937年11月、機関換装および改修。1953年4月船底補強。1955年4月機関換装。1977年3月、一部を改造した渉湖丸として就航。1982年中に退役。
みどり丸（初代）
八景丸 - 1907年8月建造、35.0総トン。1945年9月、近畿土木事務所に売却。
舞子丸 - 1923年9月建造。166.4総トン。1943年4月、木津川船渠に売却。
竹生島丸（2代） - 1925年6月建造、262.1総トン。1950年度中に退役。
沖の島丸 - 1926年12月建造、143.1総トン。1944年1月、突風のため雄琴沖で沈没（同年3月引き揚げ）。1949年4月廃船。
第2湖水丸 - 1926年12月建造。1930年6月退役。
第5太湖丸 - 1926年12月建造。1935年9月廃船。
桃太郎丸 - 1927年3月建造。1930年2月、白鳥丸に改名。同年3月改造。1934年9月、室戸台風により海津港で沈没（同年12月修理）。1945年9月、暴風雨のため新唐崎港で沈没（同月引き揚げ）。1946年4月、進駐軍により接収。1963年12月廃船。
※汽船
凌波丸（初代） - 11総トン。
第2凌波丸（初代） - 11総トン。
山田丸 - 12総トン。
第2山田丸 - 10総トン。
鳩湖丸 - 9総トン。1907年7月解体。
明凌丸 - 10総トン。
湖龍丸 - 12総トン。
末広丸（初代） - 27.6総トン。
矢走丸 -
保安丸 - 1888年4月建造。
山田丸 - 1894年4月、島の関造船所で建造。
石場丸 - 1894年4月買収。
凌波丸（2代目） - 1898年4月、島の関造船所で建造。1934年5月廃船。
末広丸（2代目） - 1900年4月、島の関造船所で建造。
第2凌波丸（2代目） - 1902年7月、島の関造船所で建造。1930年4月解体。
寿丸 - 1904年1月建造。
志賀浦丸 - 1905年3月、島の関造船所で建造。1934年5月廃船。
第2江坂丸 - 1905年3月買収。1911年7月解体。
漣丸 - 1906年4月、島の関造船所で建造。26.3総トン。1949年度中に退役。
長崎丸 - 1906年8月、島の関造船所で建造。1960年度中に退役。
淡海丸 - 1908年3月、島の関造船所で建造。36.3総トン。1950年3月機関換装。1960年4月廃船。
都丸 - 1908年8月、島の関造船所で建造。33.5総トン。1949年6月機関換装。1962年7月廃船。
御幸丸（みゆき丸） - 1909年2月、島の関造船所で建造。46.4総トン。1947年3月、1953年3月、1955年4月改修。1981年度中に退役。
浪花丸 - 1909年8月、島の関造船所で建造。34.9総トン。1965年度中に退役。
瀬田川丸 - 1910年8月、島の関造船所で建造。34.4総トン。1953年11月廃船。1953年度中に退役。
石山丸 - 1911年3月、島の関造船所で建造。36.0総トン。1948年9月改修。1954年2月機関換装。1963年度中に退役。
阪本丸 - 1911年7月、島の関造船所で建造。35.1総トン。1943年6月改修。1955年2月改装。同月、さざなみ丸に改名。同年3月廃船。
立木丸 - 1912年5月、島の関造船所で建造。35.8総トン。1946年7月、上架中に類焼し廃船。
唐崎丸 - 1912年12月、島の関造船所で建造。1915年12月転籍。42.9総トン。1955年9月廃船。
南郷丸 - 1920年6月、島の関造船所で建造。36.5総トン。1951年7月機関換装。1962年5月廃船。
琵琶湖丸 - 1920年8月、島の関造船所で建造（発注先は相澤造船所（大阪））。54.4総トン。1937年3月改修。1951年11月廃船。
比叡丸 - 1922年7月、島の関造船所で建造。59.9総トン。1936年11月および1951年7月改修。1967年度中に廃船。
湖南丸 - 1925年6月建造、56.5総トン。1951年6月廃船。
平安丸 - 1926年3月、島の関造船所で建造（発注先は神戸製鋼所播磨造船工場）。84.1総トン。1948年2月改修。1983年度中に退役。
明治丸 - 1926年9月、島の関造船所で建造（発注先は神戸製鋼所播磨造船工場）。90.0総トン。1948年度中に退役。
大正丸 - 1926年12月、島の関造船所で建造（発注先は神戸製鋼所播磨造船工場）。90.0総トン。1949年3月改修。1953年7月機関換装。同月、いぶき丸に改名。1984年度中に退役。
京阪丸
弁天丸 - 1935年4月竣工。112.3総トン。出力130馬力。大阪鉄工所建造。
八幡丸 - 1937年8月、島の関造船所で建造。59.8総トン。1962年8月係船、翌年5月廃船。
玻璃丸（はりまる）
金波 - 1956年3月建造。19.6総トン。1967年3月売却。
銀波 - 1956年4月建造。19.8総トン1968年10月売却。
からさき丸 - 1956年4月建造。43.2総トン。1981年度中に退役。
こがね - 1957年3月建造。33.6総トン。1986年度以降に退役。
きんし - 1957年3月建造。33.2総トン。1981年度中に退役。
金亀 - 1957年3月建造。25.3総トン。1981年度中に退役。
金秋 - 1960年4月建造（日本旅客船公団と共有）。45.5総トン。1981年度中に退役。
勢多 - 1962年3月建造（特定船舶整備公団と共有）54.7総トン。1983年度中に退役。
みやこ - 1963年3月建造（特定船舶整備公団と共有）55.0総トン。1981年度中に退役。
みどり丸（2代） - 1964年3月建造（特定船舶整備公団と共有）280.8総トン。1969年6月、浜大津港入港のさい岸壁に衝突。1986年度以降に退役。
※小型船など
晴嵐丸 - モーターボート。1925年9月建造し瀬田川航路に就航。1933年9月、宇治川汽船に譲渡契約。
夕照号 - モーターボート。1926年2月建造。1933年9月、宇治川汽船に譲渡契約。
秋月号 - モーターボート。1926年7月建造。1933年9月、宇治川汽船に譲渡契約。
石光 - 小型船。1944年11月建造。
緑線3号 - モーターボート。1950年3月建造。（※）
夕照 - モーターボート。1950年3月建造。（※）
豊公丸 - 小型船。1953年3月購入。1956年9月廃船。
金鈴 - モーターボート。1953年5月建造。（※）
金星 - モーターボート。1953年5月建造。（※）
（プロペラ船） - 1954年2月、京阪電鉄より2隻購入。1953年度中に1隻、翌年に1隻退役。
コメット号 - モーターボート。1959年9月建造。（※）
とびうお1号 - 水中翼船。1962年8月就航。4.6総トン。1981年度中に退役。
とびうお2号 - 水中翼船。1962年9月就航。9.2総トン。1981年度中に退役。
ひえい - ウォータージェット船。1977年4月就航。4.9総トン。1986年度以降に退役。
ホーバーマリンボブスター - 1978年4月就航。
インターラーケン - 1979年7月、杢兵衛造船所にて建造。71.1総トン。1986年度以降に退役、船体はmegumi（めぐみ）に再利用。
なにわ2号 - 1983年9月、大阪南港に搬入。35.0総トン。大阪水上バスにて運用中。
なにわ3号 - 1983年9月、大阪南港に搬入。35.0総トン。大阪水上バスにて運用中。
なにわ5号 - 1983年9月、大阪南港に搬入。35.0総トン。大阪水上バスにて運用中。
なにわ1号
（※）モーターボートは、1954年度末時点4隻在籍。1965年度末までに1隻、1966年度末までに2隻、1967年度末までに1隻、1968年度末までに全て退役。
大津港に入港する「ミシガン」
紺屋関港跡（大津なぎさ公園内） - 大津市
山田港跡 - 草津市
杉江善右衛門の記念碑（山田港跡付近） - 草津市
「ビアンカ」（大津港）
「ランシング」（大津港）