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国鉄113系電車
改造車 > 国鉄時代の改造車 > 113系800番台

1986年に福知山線宝塚 - 福知山間および山陰本線福知山 - 城崎（現在の城崎温泉）間の電化開業に伴い、ローカル列車に113系が充当されることとなった。国鉄が大船・吹田・鷹取・小倉の各工場と広島車両所・幡生車両所（名称はいずれも当時のもの）で0番台に対してドアの半自動化（手動）など、700番台に準じた寒冷地対策（耐寒耐雪仕様）を施工したグループが800番台である。800番台を名乗るが、パンタグラフ取り付け部低屋根化改造は行われていない。大船工場(AU75冷房改造も実施)と小倉工場はクモハ112・113の先頭車取付改造のみ実施)
この時期には国鉄の財政事情も厳しくなっており、各地から集めた余剰車を改造することとなった。種車となる113系0番台の捻出は、京阪神の新快速への117系100番台の投入による113系の捻出、京阪神緩行線への205系の投入と103系の関西本線転出による113系の捻出、中央東線の165系の紀勢本線転用による113系の捻出を行うなど、複雑な転属により行われた。
編成は輸送需要を考慮して2M2Tの4両編成、2Mの2両編成が組成され、2両編成の先頭車化改造車はクモハ113形・クモハ112形に区分された。国鉄時代には4両編成9本・2両編成14本の64両が改造された。2両編成はモハユニットに運転台を増設することで賄われているほか、一部は冷房改造が併施された。工法は既に115系や485系などで実績のある、あらかじめ配線・配管などを含めた完成済みの運転台ブロック（運転台ユニット）を製作し、既存構体に接合するブロック接合工法で施工した。
種車は大部分がグローブ型ベンチレーターを持つ最初期に製造された車両で、寒冷地には不向きであったが、冬季の雪や冷風の吸い込みを抑えるためのカバー取り付け（車両前後方向の吸気口が塞がれ、開口面積が半分程度にされた）が行われたのみで使用された。また、種車の関係で非冷房車の率が比較的高く、800番台化改造時に冷房搭載が行われた車両も電源用MGは廃車となった特急型電車の食堂車から70 kVAのMGが調達されている。クハ111形の前面形状もバラバラであった。なお、非冷房で残された車両は後の分割民営化後に冷房改造され、車両毎の形態差が複雑化することになる。
寒冷地仕様として戸閉機構の半自動化（次項）、客用出入口ドアレールに凍結防止ヒーターの設置、妻面の主電動機冷却風取入口に開閉カバーを設置した（夏期は外部から、冬季は室内から取り入れ）。さらに、スノープラウ、耐雪ブレーキの取り付け、予備笛の追加と既存のものにカバーの追加、床下機器の防雪対策を施工した。
戸閉機械も本来半自動用でないTK4形の改造品を搭載しており、当初からの半自動対応車よりも開閉し難くなったことから、客用扉の取っ手は持ちやすいよう従来より大型のものが設置された（同様の工事を受けた103系仙石線用改造車や105系可部線用改造車に倣っている）。2両編成のクモハ112形にはトイレが新設され、汚物処理装置が全車に装備されたが、電動車で床下にスペースがなかったことから、水タンクは車内トイレ脇に設置された。
元番号とは関係なく、改造順に801 - の番号が付された。クハ111形は他番台のような向きによる番台区分はされず、CPなしの東（奇数）向き先頭車は奇数番号、CP付の西（偶数）向き制御車は偶数番号とされた。福知山運転所に配置され、4両編成の一部は改造後、車両不足を補うため日根野電車区に貸出され、紀勢本線を中心に運用されたこともある。全車JR西日本に承継された。後にJR西日本では七尾線電化に伴う415系800番台への改造に関連して113系800番台の追加改造が行われている。
国鉄投入分
改造車 > JR東日本の改造車

国鉄から大量に継承したが、新形式の投入に伴い現在は全車両が定期運用を退いている。
改造車 > JR東日本の改造車 > AU712形による冷房改造車

国鉄時代、非冷房車は新造車と同じAU75系冷房装置（重量約750 kg）によって冷房改造されていたが、非冷房車は冷房搭載を前提とした設計ではなかったため、搭載には構体の補強および電源用三相交流引き通し増設の工事が伴い、多額の改造費用と工期を要していた。113系では幕張電車区に所属していた房総地区の車両には大量の非冷房車が残っており、対応が急がれた。1000'番台冷房準備車はAU75による冷房改造を実施したが、初期車は1988年以降、屋根上にAU712形集約分散式冷房装置を2基搭載し、重量を分散することで補強を不要とする冷房改造に移行した。
最初に施行された3両（クハ111-1007・モハ113/112-1014）は、AU75形冷房車との混結となるため、冷房電源はモハ112形のMG交換による容量増強で対応していたが、その他の車両は編成単位で改造が行われた。このため、改造費用と工期を削減する目的として屋根上に別取付のSC24形インバータ (定格容量28 kVA・VVVF制御による補助電源装置) を同時に取付けたタイプで登場した。施工されたAU712形冷房装置は三菱電機が原設計と製造を担当しており、冷房能力24.42 kW ≒ 21,000 kcal/hの装置を各車2基搭載し、AU712形の重量は約335 kg/1基、SC24形インバータの重量は350 kg（実測値）である。
多くの車両は車両更新工事と同時に行われたが、一部の車両は車両更新工事または特別保全工事施行後に冷房改造が行われた。
1992年に対象車両の改造が完了したが、これらの車両は車齢が高い上にAU712形の冷却能力が低いのが欠点であり、特別保全工事車は1996年以降E217系の投入により早期に廃車され、その他の車両も2004年以降国府津区にE231系が投入されたことにより捻出された状態の良い113系で置き換えられ、2006年中に全車廃車となった。
改造車 > JR東日本の改造車 > オールロングシート車

1989年から1992年にかけて、混雑の激しい東海道本線と横須賀・総武快速線の一部車両において、クハ・サハ111形のトイレ対向部以外の座席をすべて撤去し、ロングシートに交換された。これにより床面積が大幅に増加し、輸送力が向上した。新設された座席は211系や415系のロングシート車に準じたバケット構造（座席に体形にあった定員分の凹みを設け、より快適な着座感を期待するほか定員着席を誘導する構造）とされ、サービス維持と着席定員低下防止が図られた。改造時に車両更新を併施した車両も存在したが、シートピッチ拡大車は改造の対象からは除外された。
両線で対象とする号車が異なり、東海道本線の田町電車区（後の田町車両センター、現在の東京総合車両センター田町センター）では11両編成中の普通車9両（7編成で計63両）が、横須賀・総武快速線の大船電車区（現・鎌倉車両センター）では11両編成中のグリーン車前後各2両の4両（11編成で計44両）が改造された。なお、田町所属編成は後に国府津電車区（現・国府津車両センター）へ転属している。
E217系の増備により、大船電車区所属車のうち状態の良い車両更新車は国府津電車区に転じたほか、モハ113/112-1125、-1127は小山電車区に転属し、E231系投入まで使用されその後廃車された。国府津電車区でも廃車や編成替えによって徐々にロングシート統一編成が崩れていったが、追加改造はなされなかった。これらは他線転用の対象にもならず、本系列が東海道本線から撤退した2006年に消滅した。
国府津電車区配属車
平成3年に改造されたクハ111-218・237・527・550はシルバーシートステッカーは未取付だった
大船電車区配属車
改造車 > JR東日本の改造車 > モヤ113形

異常時の対応や車両故障時の応急処置など、乗務員のための巡回訓練用車両としてモハ113形から改造された職用車。車内は後位側（東海道本線基準で熱海側）半分の座席が撤去されてミーティング用スペースと視聴覚教育用のAV機器が設置された。車外は側面に訓練車であることを示す白帯2本と「訓練車」の文字が追加された。
当初、1991年に0番台モハ113-68がモヤ113-1に改造されたが、1995年に同じく0番台で、経年の浅いモハ113-192改造のモヤ113-2と交代で廃車された。モヤ113-2は2005年まで使用されたが廃車され、形式消滅している。
改造車 > JR東日本の改造車 > 前面強化改造

1992年に113系のクハ111-1038が成田線久住 - 滑河間の大菅踏切で踏切事故に遭い、乗務していた運転士が変形した運転台に挟まれて殉職した（成田線大菅踏切事故）。JR東日本はこの事故を受け、衝突からの乗務員保護のために先頭部にステンレス板（一部鉄板の例もあり）を追加する工事を進めた。
代替車両として国府津電車区からクハ111-231が幕張電車区に転属され、幕張区から国府津区にサハ111-1048が転属されてK編成に組み込まれた。
この種の工事は国鉄時代から行われていたが、同事故以降はより耐性を高めるため、それ以前や他のJRよりも徹底した、独自のメニューに移行した。下部のアンチクライマー（板状の物体）は1枚から4枚（ジャンパ連結器収め部分は2枚）に増強され、窓下の手すりは撤去されて衝撃吸収板が設置された。本来、アンチクライマーは正面衝突時に噛み合うことで他車への乗り上げを防ぐものであるが、ここでは障害物に対する意味合いが強い。年内に全ての非施行車を強化するため、各電車区でも工事が行われた。このうち横須賀・総武快速線の大船電車区と幕張電車区（いずれも現在の鎌倉車両センターと幕張車両センター）の両区での施行車には、塗装を省略してステンレス地に帯テープを貼付されたのみで出場した車両も存在したが、工場入場時に塗装が行われ、短期間で消滅した。
なお、前照灯が白熱電球であった車両は改造と同時にシールドビームへの交換が行われたため、工事の完了によって白熱電球装備車も消滅している。
改造車 > JR東日本の改造車 > 車両更新工事

JR東日本では発足当初、国鉄時代から行われていた特別保全工事によって車両延命を行ってきたが、これを一層徹底した施工内容による延命工事に移行した。施工当初は1967 - 1972年製の車両を対象に1988 - 1993年まで実施されたが、後に1972年以降に製造された車両も追加された。113系では幕張区の0・1000番台初期車、幕張・大船区の1000'番台の一部、東海道本線で使用されるサハ111-1000番台が中心に施行され、後に国府津区の113系0'番台も一部施行された。
おもな施工項目は
屋根鋼板の補修とポリウレタン樹脂系塗屋根化
雨樋取替
外板取替（屋根・腰板部・窓周辺など）
側窓枠取替
外板塗装更新
空気配管取替と除湿装置取付
主回路配線引替
ジャンパ連結器の引替と片栓車の両栓化
引戸の取替（上レール・下レール座・戸車取替）
室内化粧板とカーテン取替
腰掛脚台、蹴込板とモケット取替（フットライン入り）
握り棒、荷物棚のステンレス化と吊手の取替
各ゴム類の黒ゴム化（戸先・戸当り・Hゴム・押えゴム）
側扉ガラス支持方法の変更（Hゴム方式から金属押えゴム方式：一部車両はドア自体を金属押え方式のものに交換）
これらは多くの工場が担当しており、化粧板の柄や腰掛モケットが微妙に異なるなど、仕様に差異が見られ、大井工場施工車の一部には袖仕切が設置されている。1994年にE217系が登場すると車両更新工事は中止され、置き換えられた。
改造車 > JR東日本の改造車 > リニューアル車

1999年より、幕張電車区（現幕張車両センター）配置の1000'番台後期車・1500番台を対象にリニューアル工事が行われた。内容は、コンプレッサーをレシプロ式からスクリュー式へ交換、座席の交換および車椅子スペースの設置、台車の軸箱の密封コロ軸受への改造、補助電源装置のMGからSIVへの交換などが挙げられる。編成番号は、4両編成はS221 - S225、6両編成はS61 - S71が与えられた。これらの編成は後年に列車番号表示機がLED化された。なお、モハ112-1252・1517はリニューアル工事は施工されていないが、補助電源装置やコンプレッサーが変更されている。
幕張区の車両のみではクハ111が不足するため、以前から配置されていた0'番台先頭車 (-231・-249) もリニューアルが施行された。この他に、廃車対象ながら状態が良かった小山電車区所属（旧大船電車区所属）の-1138・-1455の2両を転属させた他、幕張区の1000'番台車両更新車と国府津電車区の未更新車 (-244・-552・-1602・-2146) との交換が行われた。-2146は2000番台として唯一リニューアル工事が施工された。
2001年3月までに6両編成×11本・4両編成×5本の86両が改造された。
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| S61 | 1448 | 1504 | 1504 | 1501 | 1501 | 244 | 1999.10.12 | 大船 | 2011.3.24 |  |
| S62 | 1450 | 1253 | 1253 | 1254 | 1254 | 249 | 1999.10.28 | 大井 | 2011.5.11 |  |
| S63 | 1453 | 1264 | 1264 | 1262 | 1262 | 1503 | 2000.1.27 | 大船 | 2009.10.8 |  |
| S64 | 1605 | 1521 | 1521 | 1519 | 1519 | 1505 | 2000.1.28 | 大井 | 2009.10.22 | M112+M113-1521は2000年2月2日施工 |
| S65 | 1601 | 1511 | 1511 | 1508 | 1508 | 2146 | 2000.3.29 | 大船 | 2010.8.27 |  |
| S66 | 1603 | 1514 | 1514 | 1507 | 1507 | 1133 | 2000.3.29 | 大井 | 2009.11.28 |  |
| S67 | 1451 | 1523 | 1523 | 1513 | 1513 | 1137 | 1999.3.29 | 大井・大船 | 2010.11.25 | M112+M113-1523は2000年3月30日施工 |
| S68 | 1606 | 1524 | 1524 | 1522 | 1522 | 1506 | 2000.5.30 | 大井 | 2010.6.10 |  |
| S69 | 1442 | 1512 | 1512 | 1510 | 1510 | 231 | 2000.10.2 | 大井 | 2010.5.11 |  |
| S70 | 552 | 1259 | 1259 | 1258 | 1258 | 1501 | 2000.11.22 | 鎌倉 | 2010.11.12 |  |
| S71 | 1444 | 1257 | 1257 | 1263 | 1263 | 1129 | 2001.3.29 | 鎌倉 | 2011.9.30 | 2010年に4連化（S222編成に改番） |
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| S221 | 1449 | 1260 | 1260 | 1134 | 1999.3.29 | 大船 | 2010.4.28 |  |
| S222 | 1454 | 1263 | 1263 | 1129 | 1999.3.23 | 大船 | 2010.10.31 | S71編成のモハを編入し6連化 |
| S223 | 1443 | 1250 | 1250 | 1128 | 1999.4.23 | 大船 | 2011.9.16 |  |
| S224 | 1602 | 1261 | 1261 | 1504 | 2000.8.11 | 鎌倉 | 2011.8.31 |  |
| S225 | 1455 | 1515 | 1515 | 1138 | 2001.1.9 | 大井 | 2009.12.4 |  |
改造車 > JR東日本の改造車 > 房総地区向け方向転換・編入改造

クハ111形の方向転換
1988年、国府津電車区所属のクハ111-173が方転改造（偶数方）され幕張電車区に配属された。1991年にクハ111-183が改造、1992年にクハ111-200が改造。予備車として国府津電車区所属のクハ111型ATS-P型取り付けによる代走を務め1993年に幕張電車区に転属。
このグループでは-576が1997年に廃車になったが、-569は訓練車として国府津区に復帰し2005年まで活躍。-575は幕張区で訓練車扱いで2006年まで活躍。一時的に営業車として運用に入ったこともある。
クハ115形からの編入
1988年、房総地区の短編成化および列車増発に備え、JR東日本ではクハ115形からの改造編入（271 - 275・570 - 574）を行った。サハ111形300番台と同じく扉の半自動扱いのための取手などもそのままであった。これらの車両は車両更新工事や冷房改造が施行されることなく1994年までに全車廃車となった。
改造車 > JR東日本の改造車 > トイレ部分の側面方向幕撤去

1996年ごろから横須賀・総武快速線および東海道線で運用されているクハ111、サハ111のトイレ部分のみ方向幕が使用停止になった。これはトイレ部分の方向幕の盗難やいたずらが頻繁に起こったためである。施行後は幕部分は白、またはオレンジの紙が貼られ、機器裏蓋部分は残したものとステンレスの塞ぎ金物を詰めたものがあった。なお、対象車が房総ローカルに転用された場合は、方向幕は復元されている。
改造車 > JR東海の改造車

後継形式の投入に伴い、2007年度中に全車廃車された。
改造車 > JR東海の改造車 > 東海道線名古屋地区向け短編成化改造

1988年3月改正で名古屋地区のフリークエントサービス充実化のため、短編成化で列車の増発を図ることになった。このため神領電車区（現在の神領車両区）、大垣電車区（現在の大垣車両区）に配置されている113系2000番台6両編成を3両編成×2本に改造する工事が1987年から1989年まで行われた。
転用にあたり、以下のように編成替えが行われた。モハ113形では運転台ユニットの設置によりクモハ113形への先頭車化改造が行われ、クハ111形では奇数向きへの方向転換が行われた。
3両での走行のため、モハ113形は奇数向きに運転台が設置され、クモハ113形2000番台に改造された。種車はすべて2000番台であるが、車両番号は改造順に2001から振られた。設置された運転台は既存の2000番台先頭車に準じて新造されたものであるが、接合部に干渉した運転台直後の窓は設置されていないため、側面の印象はATC搭載車に近い。助手席側のワイパーは手動式で運転室の行先表示機設定器は未取付となった。
上記の改造により偶数向きクハが不足するため、奇数向きクハから8両が改造された（この書体のクハ111が8両）。種車にはCPが設置されず、方転改造時もCP設置が省略されたため、新区分番台「クハ111形2200番台」として区別された。車両番号は改造順に2201から振られた。改造内容は車間渡りの変更で、引き通し線の交換が行われた。2205はクハ111-2165からの改造で、種車時代よりトイレ付であったが、それ以外の車両へのトイレ設置は見送られた。
改造工事の最中の1988年夏に211系5000番台が投入されたことにより、一部は東海道本線静岡地区への転用が開始され、1989年3月時点では静岡運転所（現在の静岡車両区）と大垣電車区に8編成ずつが配置された。1990年3月には大垣電車区に311系が投入されたのに伴い大垣の8編成が静岡に移動し、以後全車が静岡地区での運用となった。
当初はトイレの有無によって運用が分けられており、トイレ搭載車は大垣駅や米原駅までの長距離運用 にも充当されたほか、東海道線 - 身延線、御殿場線への直通列車や御殿場線内の運用にも3連という身軽な編成を生かし使用された。しかし、1999年12月ダイヤ改正で313系投入に伴い、豊橋駅以西での113系運用が廃止されたため、大・、米原乗り入れは消滅。東海道線 - 身延線、御殿場線への直通列車も313系ワンマン対応車投入に伴い捻出された115系によって置き換えられた（ただし、御殿場線内の運用は残存）。末期には長距離運用がなくなったため、トイレの有無は関係なく一括で運用され、313系2000番台の投入に伴い、2007年までに全編成が廃車された。
改造車 > JR東海の改造車 > 偶数向きクハ111形の方転改造

1999年の313系投入に伴い、JR東海では多数の113系初期車が廃車となり、車齢の若い2000番台車の転配が行われた。この際、静岡運転所では奇数向きクハが1両不足したため、大垣区から転属した2000番台偶数向きクハ1両を奇数向きに方向転換。新区分番台「2300番台」とした。なお、車号の下2桁は元番号から引き継がれた。
この車輌は1979年に静岡運転所に新製投入された2000番台車4両編成1本のうちの1両で、1989年に大垣電車区に転属。10年振りに復帰し改造された。改造内容は車間渡りの変更。CPは残存（ただし、使用停止）。トイレは後述の通り、使用停止であったために便所流し管が撤去された。
本車両も2007年に廃車されて区分消滅となっている。
改造車 > JR東海の改造車 > C-AU711形による冷房改造車

非冷房車を数多く抱えていたJR東海では、冷房化率向上の早期実現のため、国鉄時代からの集中式AU75形に代わる容量可変形インバータクーラーによる0番台非冷房車の冷房改造が開始された。最初は1987年度に115系1000番台3両の分散形インバータ冷房改造が試作され、結果が良好なことから1988年度より本格的な改造が開始された。施工された冷房装置は集約分散式のC-AU711形、冷房能力20.93 kW ≒ 18,000 kcal/hの装置を各車2基搭載したものである。重量はAU75形の約750 kgからC-AU711形では295 kg/1台まで軽量化されており、重量の分散によって車体補強などの関連工事が省略された。
冷房電源は、編成単位で非冷房であった場合はモハ112形の20 kVAのMGが存置され、編成中のクハ111形1両に冷房電源専用の直流600 Vを出力する静止型コンバータ (SCV・4両分の給電能力を有する90 kW) が新設された。AU75冷房付電動車と編成を組むクハ111形は、モハ112形の大容量MGから給電された。冷房風道は、AU75形搭載車とは異なり、室内灯取付位置に沿って線路方向に2本入る形となり、既設の扇風機もそのまま使用された。蛍光灯は、冷房風道横の取付座に増設された。
改造にあたり、冷房付電動車と編成を組むクハ111形は元番号のまま、SCV搭載のクハ111形は元番号+6000、その他は元番号+5000と区分された。また、冷房機の外観は全て同じであるが、MGから給電（三相交流440 V・60 Hz）を受けるものはC-AU711C形、SCVから給電（直流600 V）を受けるものはC-AU711B形と区別されていた。また、側面行先方向幕は取り付けられなかった。運転台後部の通風器の取り替え（大型→通常の吸出式または押込式）も行われなかった。
SCV搭載車は全て大垣区に集められ、MG給電車のほとんどは静岡区に所属した。一部のクハ111形は汚物処理装置未取付のままトイレを使用していた。対象車は全車初期車であり、313系投入によって2001年3月までに全車が廃車された。
改造車 > JR東海の改造車 > ATS-P搭載車

静岡運転所配置の4両編成のうち、0'番台や2000番台で構成された17本がT編成と呼ばれ、国鉄末期の1986年11月から民営化後も東海道本線東京口でJR東日本車と併結運転を行ってきた。
1993年10月から東京 - 小田原間でATS-Pが使用開始されるのに伴い、1992 - 1994年にかけて、先頭車にはJR東日本と同様のATS-P取付改造が施工された。これに合わせて編成全車も110 km/h運転対応のブレーキ力向上が同時に施工されている。改造施工車は、早期に改造されたものは未改番だったが、1994年2月までに奇数向きクハ111形は700番台（2000番台車は2700番台）、それ以外の車両は600番台（2000番台車は2600番台）に改番されている。なお、車号は百の位を6、7に変更したのみなので元番号と順番が入れ替わる車両が発生している。
後述の通り、トイレは偶数向きクハ111形のみの使用と改められ、奇数向きクハ111形のトイレは業務室扱いとして閉鎖された。一部の編成では東急車輛製造でATS-Pの取付が行われた。
改造内容はブレーキ力増強、焼結合制輪子・ライニングの使用。
上記の通り、他社管内での運用が主で、伊東線および伊豆急行線全線でも2本併結の8両で運用された。入庫は下り東京 - 静岡間（323M, 後に325M）、出庫は上り静岡 - 横浜間（360M）とされ、横浜で折り返し伊東行（537M）となり、翌日は伊東線・伊豆急行線で終日運用され、その翌日に熱海から東海道線運用に入っていた。なお、伊東線・伊豆急行線での運用の際は方向幕に「伊豆急下田」が含まれていないため、「普通」表示となっていた。
1998年3月改正では、国府津電車区（現在の国府津車両センター）に横須賀・総武快速線からの転用車を使用して付属編成が増強されたことに伴い、捻出された一部は静岡地区内での運用が増加した。2000年には後述のように3本がT編成を解かれ、先頭車が元番号に戻された。
2002年12月改正では、伊豆急行200系増備に伴い、伊東線・伊豆急行線内運用が消滅。出庫列車（360M）の終着駅が国府津駅に変更された。
2004年10月改正ではE231系の投入により国府津の113系の置き換えが開始され、さらにJR東日本 - JR東海乗り入れ列車の大幅削減に伴い、東京口での運用が終了。一部編成は貸出扱いとして残ったが、12月までに全て返却された。その後は列車番号表示機の撤去およびATS-P使用停止の小改造を受け（耐用年数の関係からブレーキ力戻しや元番号への復帰はせず）、ローカル用編成と共通運用で自社内で使用された。しかし、東京地区での過酷な運用のため老朽化が著しく、他の113系より一足早く2006年初旬から廃車が開始され、2007年までに全車廃車となった。
後年、偶数向きクハ111形のトイレ部分の行先表示器がJR東日本車と同様に撤去され、その部分には当て板が施されている。
改造車 > JR東海の改造車 > ATS-P撤去車

1999年以降、静岡運転所の113系で自社内ローカルで使用される編成は、上記の3両編成16本のほか、6両編成5本が誕生したが、4両編成が5本に減少した。不足分はT編成が補ってきたが、2000年になって神領電車区から6両編成1本が転属。これを4両2本に変更したが先頭車が不足するため、捻出されたT編成から先頭車を転用することになったが、ブレーキ力改造車は未改造車との編成内での混結はできないため、ブレーキ力を戻す改造が行われた。後にさらに6両編成2本を4両編成4本に変更するため、T編成2本の先頭車が追加で改造された。
改造内容は、ブレーキ力戻しのほか、ATS-P車上子の撤去に伴い、元番号に復帰した。運転室内のATS-P表示灯、列車番号設定機は残されていたが、「ATS-P型使用停止」のシールが貼られた。この改造により、余剰となった中間車（モハ113/112-633・634・647）は2001年4月に廃車となった。
改造車 > JR東海の改造車 > 小断面トンネル対応車

2001年に中央本線塩尻 - 中津川間へ臨時列車として113系が入線することとなった。同区間の南木曽駅以北には断面の小さなトンネルが存在するため、モハ112形のパンタグラフの折り畳み高さが4000 mmに抑えられるC-PS24A形への交換が施工された。モハ112形2000番台4両が改造され、元番号に+6000した「8000番台」となった。2008年までに全車が廃車されている。
なお、一部文献で「身延線入線のため」とする資料が存在するが、誤りである。
改造車 > JR東海の改造車 > トイレ使用停止車

JR東海では1992年から113系は1編成にトイレは1箇所とした。このため以下のように変更した。
偶数向き奇数向き関係なく汚物処理装置装備車のみトイレ使用可能とする
静岡運転所T編成は、偶数向きクハ111形のみの使用と改め、奇数向きクハ111形のトイレは使用停止（汚物処理装置装備車の同装置は残存）。
同装置未装備車のトイレは施錠して使用停止とする。（扉に「業務用」のステッカー貼付）
使用停止車は便所使用知らせ灯も撤去（撤去後はカバーにて埋め込み）
これに伴い汚物処理装置装備車が不足する大垣区では、静岡区の同装置装備車との交換転配が行われた。静岡区ではトイレ使用可能車を捻出するため、トイレなし2100番台3両と汚物処理装置未装備車の0'番台1両をT編成に組み込み、奇数向きトイレ使用可能車を4両をローカル用に転用。同時に前述のATS-P型取り付けを考慮し、編成に含まれていた1000番台初期車を0'番台車に置き換えを実施した。なお、C-AU711D形搭載のクハ111の中で編成両方とも汚物処理装置未装備車が存在したが、偶数向きのみ使用可能とし、汚物処理装置は装備されなかった。
改造車 > JR東海の改造車 > 運転室背面窓拡大工事

クハ111-0'番台、2000番台は運転席、助手席部分の窓が小さく、客室からの前面展望および車掌乗務時の客室展望が良くなかった。このため、1991 - 1994年にかけて対象全車にこの工事が行われた。なお、Hゴム押さえであったガラス支持は拡大時に金属押さえに変更し、拡大時に支障となる機器は移設された。ATS-P取付車は設定器を助士席窓下部に取り付けたため、併せて助士席の椅子が撤去された。なお、クモハ113は先頭車改造時に施行されている。窓面積はクハ111改造車より大きい。
改造車 > JR東海の改造車 > 延命工事

1994年から特別保全工事と同等の延命工事を2000番台車を対象に施行した。
目立つ部分では
側扉ガラス支持方法の黒ゴム化
化粧板が211系と同様の白系に交換
客室内貫通引き戸が311系同様の窓面積が大きなものに交換
床敷物の交換（ベージュ）
座席モケット、座布団の交換（色は紺色のまま）
1999年にかけて多数の車両で施行された。このうち静岡区所属の0'番台車クハ111-225・547にも同様の工事が施工されている。
改造車 > JR東海の改造車 > その他

113系に限らずJR東海の車両と共通で行われた改造。
床下機器のグレー塗装化
固定窓を支持するHゴムの黒ゴム化
床敷物の交換（ベージュ）※一部のみ
クロスシートへの枕カバー取り付け
二段窓の下段部分固定化
シルバーシートの設置（モケットはシルバーに変更）
改造車 > JR西日本の改造車

京阪神地区で多く使用されていたが、後継形式の投入に伴い、廃車が進んでいる。また複雑な改造や転用も多い。京阪神地区での110 km/h運転に伴う高速化改造が行われ、山陰本線京都口や舞鶴線・小浜線の電化、広島地区等への運用拡大が行われる一方、一部線区では輸送力適正化のため先頭車化改造による短編成化・ワンマン化も実施されている。
改造車 > JR西日本の改造車 > 延命N・NA工事

特別保全工事にアコモデーションの改良を含めた延命工事として、延命N工事が施工された。製造から30年の使用を目指し、特別保全工事時代の施工内容のほか、客室内のアコモデーションの改良が追加工事である。1987年度から1998年度にかけて、0番台の一部と700番台の大半を対象に368両に施工された。
おもな施工項目は
化粧板の交換
座席モケットの交換
客室内貫通扉の交換
荷物棚の焼付け塗装
蛍光灯・吊革の増設
国鉄時代に特別保全工事を受けた車両に対しては、アコモデーション改良のみ追加した延命NA工事が施工された。重複する部分は省略された。
改造車 > JR西日本の改造車 > WAU102形による冷房化改造

JR移行後も残る非冷房車の冷房化を推進するため、1988年よりWAU102形による簡易的な冷房改造が実施された。JR東海のC-AU711形による冷房改造と同じ発想で、編成によって給電方法が2通り用意された点も同一である。
JR西日本では集約分散式3機/両のものが採用され、冷房付電動車と編成を組むクハ111形はモハ112形の大容量MGから給電。編成単位で非冷房であった場合は編成中のクハ111形1両に三相交流440 V静止形インバータ (SIV) 新設とされた。なお、非冷房時代に設置されていた扇風機は存置され、クハ111形の運転台後部の通風器の取り替え（大型→通常の吸出式または押込式）も行われなかった。
改造による車両番号の変更は無い。AU75系よ比べて冷却能力が劣るなどの問題に加えて、老朽化のために廃車が進行しており、最後に下関総合車両所に残ったクハ111形 (-811・-812) 2両も2016年1月に廃車された。
改造車 > JR西日本の改造車 > WAU202形による冷房化改造

非冷房車の割合が高く、早期の置き換え予定もなかった800番台を対象に、WAU102形と並行してバス用冷房を応用した冷房改造が実施された。1991年までにクモハ113形+クモハ112形2両編成3本（後の5800番台ワンマン車）とクハ111形3両（823 - 825）の9両が改造されている。
当初装置のほぼ全てが車内に搭載され、冷房電源は暖房同様に架線の直流1,500 Vを直接取り込んで利用するものとされた。しかし車内の機器占有面積が多く、後期に施工されたクハ111形3両では室外機部分が屋根上搭載に変更され、クモハ113形+クモハ112形の3本も1992・1993年にかけて室外機部分の移設がなされた。クハ111形3両は1999・2001年に、5800番台となったクモハ113形+クモハ112形のうち-5807・-5809は2009年2月、最後に残ったクモハ113-5803+クモハ112-5803は2010年度にそれぞれ廃車された。
改造車 > JR西日本の改造車 > 高速化改造

1991年から最高速度120 km/h運行対応の221系が投入されたこともあって各線の快速・新快速がスピードアップするのに伴い、1992年より向日町運転所（後の京都総合運転所、現・吹田総合車両所京都支所）・宮原運転所（後の宮原総合運転所、現・網干総合車両所宮原支所）・網干電車区（現・網干総合車両所）・日根野電車区（現・吹田総合車両所日根野支所）に配置されていた全ての113系に対し、最高速度を100 km/hから110 km/hへ引き上げる工事が行われた。
モーターは継続使用され、高速域からの減速力を強化するために台車への増圧装置および応荷重装置の取付け（2000・2700番台は整備）、制輪子の交換などが行われた。台車ばねについては特に改造前と変化がない。
改造後は原番号に+5000した番号が付与されたが、一部電動車についてはブレーキ力増強のためブレーキてこ比が2.56から4.19に変更され、番号も6000・6500・7750番台に分けられている。
施工車は未施工車と区別するために以下の通りに改番された。
改番方法
元番台…改造内容→改番方法＝結果
0番台
高速化→0+5000＝5000番台
てこ比改造→5000+1000＝6000番台
700番台
高速化→700+5000＝5700番台
てこ比改造→5700+50＝5750番台
800番台
高速化→800+5000＝5800番台
2000番台
高速化→2000+5000＝7000番台
てこ比改造→7000+500＝7500番台
2700番台
高速化→2700+5000＝7700番台
てこ比改造→7700+50＝7750番台
改造車 > JR西日本の改造車 > 113系800番台の3両編成化に伴う改造

1991年の七尾線電化に伴う113系の415系800番台への改造（後述）と並行して、福知山線用113系800番台3両編成化も同時に行われ、以下のような編成組み換えが行われた。クモハ113を失ったクモハ112と編成を構成するため、415系改造対象から漏れたクハ111+モハ113は800番台に追加改造を施した上で3連化した。
モハ・クハ共に追番で付番されたため、モハ113-800番台の番号が増加したほか、クハ111は奇数向車が増加したため先頭車の偶数奇数の原則も守られなくなった。
1991年になると、2両編成で残った非冷房車3本は、前述のWAU202形冷房装置を搭載の上、さらに上り向きクハ111-800番台を追加改造のうえ、3両化した。
対象車は全て偶数向き・非冷房であったことから奇数向きに方転の上、前述のWAU202形冷房装置を搭載。CPも撤去されたほか、WAU202形冷房装置の機器室確保のためトイレとトイレ前の座席は撤去された。これらの転用の際、非冷房のままであったモハ112/113-802・クハ111-804は転用されずに廃車となった。
クハ111-819は、1994年の一時期、元のライトの位置に103系のシールドビーム化のようなアダプターを取り付けてシールドビームが4灯取り付けられ、前面幕がLEDに改造された。しかし、同年9月にシールドビーム2灯化改造され、前面幕も字幕式に戻された。この際のシールドビーム2灯化は、外見の違和感がなくなるように0’番台以降のものと同じ形状にするのではなく、白熱灯用ライトケースに口径差を解消するリング状の枠を取付けてシールドビーム灯を設置する方式である。この改造は他にクハ111-808、820、821、806が施工された。なお、クハ111-806については高速化改造を受けてクハ111-5806に改番された。
改造車 > JR西日本の改造車 > 113系800番台の追加改造

1995年には当時奈良電車区に配置されていた113系が運用廃止により余剰となった。この中からクハ111形3両が800番台に転用された。
対象車は全て偶数向きでWAU102形冷房装置搭載。偶数向きでクモハ112形の前部に連結され4両編成化された。このためクハ111+モハ113+クモハ112+クハ111という編成が誕生した。改造されたクハ111はカセット式汚物処理装置装備車だったが、クモハ112形に循環式汚物処理装置が搭載されていたことからトイレは使用停止となった。
1996年、山陰本線園部 - 福知山間の電化に伴い、クモハ113を含む3本がクハ111形の取り外しとワンマン運転対応改造、半自動ドアのスイッチ化（700番台と異なり、窓埋めはされず）、電気連結器の設置を受けて同線に投入（配置車庫は変わらず）された。直後、高速対応工事が行われ、800番台番号に5000が加えられて「5800番台」となっている。
前後して残った3両編成の一部が4両編成に組み換えられ、車両需給の都合でクモハ112を含む4連1本が一時的に広島地区に転用されたり、全電動車やクハ111+クハ111+モハ113+クモハ112といった編成も発生した。しばらくはこの状態で推移したが、2000 - 2001年にかけて、モハ113+クモハ112が2両編成の再配置とワンマン運転のために3800番台に改造されて消滅。
この際クモハ112に組み込まれていたクハ111はモハ113形に運転台機器を提供・廃車となった。最終的には純粋な4両編成3本（クハ111-807+モハユニット-804+クハ111-808、クハ111-809+モハユニット-805+クハ111-810、クハ111-817+モハユニット-809+クハ111-818。全て国鉄時代に改造されて以来変化なし）と編成相手の電動車が3800番台に改造されたために保留車となったクハ111形2両（822・828）のみが残っていた。しかし、転用先がなく、車齢も高かったことから2004年に廃車され、当初の改造目的通りの使用がされていた車両とモハ113形、モハ112形の形式が消滅した。
本グループで最後まで残ったクハ111形は2両（811・812）で、いずれも2016年1月に廃車された。この2両は国鉄時代に4両編成として投入され、後に湘南色に変更の上、京都総合運転所に転属。高速化改造されなかったため専ら草津線専用で運用していたが、1999年に編成単位で下関車両管理室に転属した車両で、編成を組んでいたモハユニット-806は2002年に115系0番台のモハユニットに置き換えられて廃車されている。後に115系0番台のモハユニットも廃車され、115系6000番台のモハユニットに置き換えられた。なおこのモハユニットは2008年に高速化解除が行われ、原番号に復帰した。
改造車 > JR西日本の改造車 > モハ113形800番台の電装解除

1991年、福知山線で発生した衝突事故でクモハ112-801が事故廃車されたのに伴い、ユニットを失った1両（モハ113-818）が1992年電装解除を受けて改造。本グループ初のサハ111形が発生した。
改造時に高速対応工事が施工されたため、+5000の5800番台となった。網干電車区（現在の網干総合車両所）に配属された。サハ111形は全て押込型通風器で製造されたため、唯一のグローブ型通風器のサハ111となったが、半自動機能は使用されないため、800番台改造時に取り付けられたドアの取手は撤去された他、トイレも設置されていない。223系投入によって2004年に廃車され、区分消滅している。
改造車 > JR西日本の改造車 > 113系800番台の高速化改造

福知山地区で運用される113系は高速化改造の対象外とされた。しかし他線区で運用される800番台については上述の高速化改造の対象となった。
網干区に転用されたユニットは基本番台（→5000番台）に組み込まれ、東海道線系統で使用。半自動は使用しなかったが、ドアの取っ手はそのまま残された。
京都所へは4連1本が転用され、L編成として湖西線や草津線を中心に運用されていた。ともに223系投入に伴い廃車されている。
改造車 > JR西日本の改造車 > 半自動ドアボタン設置改造

嵯峨野線で運用される向日町運転所（現・吹田総合車両所京都支所）の113系は冬季寒冷な亀岡盆地を走行するにも関わらず乗降ドアの半自動設備がなく、車内保温において問題があった。このため1991年に、この区間で運用される113系2000番台（→7000番台）の全車に対して押しボタン式の半自動装置が設置され、同時に耐雪ブレーキの増設も実施された。
後年、後述する体質改善工事を開始した際に、湖西線系統で運用されている5700番台との運用持ち替えが行われ、嵯峨野線運用に加わった5700番台にも押しボタン式の半自動装置が設置された。5700番台車はドアボタン取り付け位置の関係から戸袋窓の幅が狭くなるまたは埋められており、外観の印象が変わった。
7000番台の半自動ドアボタン設置車
7000番台半自動ドアボタン設置車の車内
5700番台の半自動ドアボタン設置車
5700番台半自動ドアボタン設置車の車内
改造車 > JR西日本の改造車 > トイレ撤去車

北陸本線・東海道本線・山陽本線京阪神地区（以下琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線）と湖西線では、トイレは編成中西（偶数）向き先頭車のもののみが使用されるようになっていたため、1991年より東（奇数）向き先頭車の不要トイレが撤去された。
まず施行されたのがトイレ付きで製造されたクハ111-2100番台。その後、カセット式汚物処理装置未装備の0'・700番台車のほか、初期車のクハ111-5177も改造された。当初はトイレを撤去した跡は客室とされ、窓と座席が設置された。なお、初期改造車に設置された窓は新たに製造されたユニット構造（別組立て・後取付け）のもので、位置も番台にかかわらず2000番台のトイレなし車に準じた場所に設置されたため、車両によっては違和感の残る仕上がりとなっている。非ユニット窓のクハ111-5177は撤去跡のみユニット窓となり、異端車となった。なお、体質改善40Nリニューアル工事を受けた車両はトイレなしクハ111の体質改善車と同様の仕上がりとなった。
1995年から内部の設備のみおよび汚物処理装置や便所流し管を撤去し、仕切りは「業務用室」として扉を施錠した状態で存置する方式に変更された車両も登場。その他は便所設備のみ封鎖した。サハ111-5000番台もトイレ使用が停止され、最終的に車内全ての奇数向先頭車がトイレ使用停止となり、偶数向のみ使用となった。同時に偶数向き車両で汚物処理装置未装備の車両は、併せて汚物処理装置の取り付けが実施された。また、内部の設備のみ撤去した車両、便所設備のみ封鎖した車両のうちクハ111-5253・5256・5260の3両は、体質改善40Nリニューアル工事を施行の際便所跡は客室に変更。トイレなしクハ111の体質改善車同様の仕上がりとなった。
トイレが撤去された先頭車（5700番台）。車端部の窓のみ他より若干小さい。
トイレ撤去跡。ボックス席が設置されたが、通常よりやや手前側に寄り、ロングシートが短くなっている。なお、写真の戸袋窓は半自動ボタン設置に伴い閉塞されたもの。
「業務用室」化された車両の車内。トイレ扉の取っ手が無くなっている。
（参考）通常のトイレ部分。
改造車 > JR西日本の改造車 > パンタグラフ増設車

JR西日本の113系は山陰本線（嵯峨野線）、湖西線、草津線、福知山線での運用があり、冬季において架線に霜が付着することが問題になっていた。よって霜取用に同区間で運用される113系の一部のモハ112、クモハ112のパンタグラフを1基増設する工事が1992年から行われた。
モハ112-7023・7028・7069・7081は嵯峨野線充当車両。後に後述の嵯峨野線転用改造時にモハ112-5714・5717が施行。
モハ112-5751・5752・5753・5755・5756・5757が宮原総合運転所（現・網干総合車両所宮原支所）配置時に、湖西線、草津線運用のため改造。
のちに-5752・-5755が老朽化のため廃車。-5751・-5757ブレーキてこ比戻しで-50番の上、京都総合運転所（現・吹田総合車両所京都支所）に転属している。
クモハ112-802・803・805・811は福知山線運用のため改造。後に803は山陰本線向けに転用。802・805・811は福知山線向けワンマン車として3800番台改造。3814は後述の福知山線転用時に改造。
現在では、モハ112が京都支所に配置され、上記の線区で運用。
クモハ112は3800番台が廃車。福知山電車区に5304（304→）・5309（309→）の2両が残る。
改造車 > JR西日本の改造車 > 電気連結器取付と撤去による改番

山陰本線園部 - 福知山間電化開業（1996年3月）より、編成の増解結が園部駅で行われることとなるため、京都配置の山陰線用車両に対して、1994年度から自動解結装置と電気連結器の取付がTc車に実施された。施工車は改番が行われ、7500番台が奇数向き（7100番台改造）、7600番台が偶数向き（7000番台改造）である。
後年これらの編成に体質改善工事が実施されると、湖西線・草津線用5700番台との差し替えが行われた。山陰本線用となった5700番台には自動解結装置と電気連結器の取付が実施されたが、改番は行われていない。一方でTc車7500・7600番台は約半数が装置の撤去を行われ、原番号に復帰した。装置撤去の対象車は以下の通り。
改造車 > JR西日本の改造車 > クモハ113・112形300番台（→5300番台）

1996年3月の山陰本線園部 - 福知山間の電化に伴い、2両編成での運転のためモハ113・112形の先頭車化改造により1995年から1996年にかけて改造された。宮原電車区に所属していた0番台新製冷房車（0'番台）の電動車ユニットからの改造で、車両番号は300番台に区分された。種車の百の位が「3」であったことから300番台となったともいわれている。
2両編成6本が改造され、301・306・308が欠番となっている。本来は300番台を9編成用意する計画であり、301はモハ113/112-323、306はモハ113/112-333、308はモハ113/112-336が改造種車となる予定であったが、阪神大震災の影響により車両転配計画が変更され、不足する3編成が800番台2両編成のワンマン化改造で賄われたためである。
先頭車化改造では、工事費低減のため廃車となったクハ111形の前頭部が接合された。ワンマン運転を考慮して最前部の客用扉が運転台の方向に640 mm移設され、Hゴムの固定窓が2枚並ぶ形態となった。前照灯は全車ともシールドビーム灯で統一されている。塗装は湘南色であるが、ワンマン車であることを識別できるようクリーム色の帯が入れられた。
4両編成の7500・7600番台と同じく、電気連結器の設置、客用扉のドアボタンによる半自動化が行われ、クモハ112形には800番台と同様にトイレが設置された ほか、クモハ112形304、309は車体前部にもパンタグラフが増設され2基搭載となった。
改造前は京阪神快速用として全車とも高速化改造やブレーキてこ比変更を受けており、300番台への改造直前に6000番台からブレーキてこ比が戻され5000番台に、続いて高速化が解除され0番台に戻っていた。307・309の2編成は300番台への改造と同時に高速化解除とブレーキてこ比復元が行われたため、6000番台（6335・6337）からの改造となった。
800番台（後の5800番台）と共に福知山電車区に配置され、編成番号はS編成となった。改造が早かったため、山陰本線電化完成までの間岡山地区で使用された実績もある。貸出は2編成で4両で使用されたがト、イレ使用可能が2個所なったため、中間に連結されたクモハ112ではトイレの使用が停止扱いだった。
300番台への改造から間もない1996年に再び高速化改造が施工され、全車共に番号に+5000の5300番台に改番された。ブレーキてこ比の変更は行われていない。
1999年から2000年にかけて、5304・5302の2本で体質改善40Nリニューアル工事が施工された。他の体質改善車と異なり、内装は従来のボックスシートが存置されるなど原型を留めている。
クモハ112-5307（原型車）
クモハ113-5309（原型車）
クモハ112-5302（リニューアル車）
クモハ113-5302（リニューアル車）
5300番台原型車の車内。
5300番台原型車の運転台付近。運転台仕切りの形状が独特。
5300番台原型車のトイレ付近。対面はボックスシートのまま。
5300番台リニューアル車の車内。座席配置は原型のまま。
5300番台リニューアル車の運転台付近。
5300番台リニューアル車のトイレ付近。対面は他の体質改善車と同じく車椅子スペースとなっている。貫通扉が独特。
運転台
改造車 > JR西日本の改造車 > 800番台ワンマン化改造車（→5800番台）

1996年の山陰本線園部 - 福知山間の電化用としては、800番台の2両編成3本においてもワンマン化改造が行われた。クモハ113・112形300番台と同じくワンマン運転機器の設置、客用扉のボタン式半自動化、電気連結器の設置、一部車両へのパンタグラフの増設が行われた。
冷房装置は床置き式のWAU202形となっており、車端部に機器室が設けられ、屋根上に熱交換器が設置されている。冷房電源はDC-DCコンバータが各車に設置されており、クモハ112形の補助電源用20 kVAのMG（MH97-DM61A）は存置されている。
塗装も300番台と同様の湘南色にクリーム色の帯入りとなっているが、扉位置の移設はされていない。ワンマン化改造に伴う改番は行われなかった が、登場後まもなく高速化改造が施工され、5800番台に改番された。
300番台（後の5300番台）と共に福知山電車区に配置され、編成番号はS編成となった。
ワンマン改造後も6両生き残っていた5800番台のうち4両（-5807・-5809）は、2009年2月に廃車となり、2両 (-5803) （国鉄時代の1986年に小倉工場でモハ112,113-81種車に改造）だけが福知山線全線電化によって登場した800番台の"残党"として5300番台全車と共に現存していたが、6月25日に吹田工場に回送された 後、7月13日に岡山へ回送された。
5800番台の車内。天井両脇に吹き出し口と冷房風洞が設置されている。
5800番台の運転台付近。機器が車内側に張り出している。
クモハ112形5800番台の車端部。左がトイレ、右が冷房機器室で、同じだけの面積を占有している。貫通扉は手前に開くタイプ。