二級水系
主な二級河川を本川（本流）とする水系一覧

| 地域 | 都道府県 | 水系数 | 河川数 | 河川総延長 (km) | 流域面積 (km2) | 主要水系名及び湖沼 |
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| 北海道・東北 | 北海道 | 230 | 467 | 4,273.8 | 27,652.0 | 佐呂間別川水系 阿寒川水系 安平川水系 北海道の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 青森県 | 77 | 152 | 1,000.4 | 5,350.0 | 奥入瀬川水系 赤石川水系 堤川水系 青森県の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 岩手県 | 45 | 106 | 976.1 | 5,090.0 | 閉伊川水系 久慈川水系 気仙川水系 岩手県の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 宮城県 | 30 | 70 | 347.2 | 1,296.0 | 七北田川水系 砂押川水系 定川水系 宮城県の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 秋田県 | 21 | 51 | 451.1 | 1,457.0 | 馬場目川水系 塙川水系 水沢川水系 秋田県の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 山形県 | 17 | 59 | 269.9 | 739.0 | 日向川水系 新井田川水系 五十川水系 山形県の二級水系一覧を参照 |
| 北海道・東北 | 福島県 | 36 | 160 | 1,389.5 | 3,409.0 | 木戸川水系 夏井川水系 鮫川水系 福島県の二級水系一覧を参照 |
| 関東 | 茨城県 | 17 | 59 | 175.8 | 696.0 | 大北川水系 花貫川水系 十王川水系 茨城県の二級水系一覧を参照 |
| 関東 | 栃木県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 関東 | 群馬県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 関東 | 埼玉県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 関東 | 千葉県 | 60 | 137 | 1,086.7 | 3,842.0 | 夷隅川水系 栗山川水系 小櫃川水系 千葉県の二級水系一覧を参照 |
| 関東 | 東京都 | 10 | 15 | 95.7 | 120.0 | 目黒川水系 古川（渋谷川）水系 呑川水系 東京都の二級水系一覧を参照 |
| 関東 | 神奈川県 | 23 | 84 | 516.8 | 1,225.0 | 酒匂川水系 早川水系 帷子川水系 神奈川県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 新潟県 | 143 | 395 | 1,545.2 | 3,710.0 | 胎内川水系 加治川水系 柿崎川水系 新潟県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 山梨県 | 3 | 9 | 20.2 | 114.0 | 本栖湖 西湖 精進湖 |
| 中部 | 長野県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 中部 | 富山県 | 30 | 101 | 476.5 | 1,100.0 | 片貝川水系 早月川水系 白岩川水系 富山県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 石川県 | 60 | 164 | 898.7 | 2,505.0 | 犀川水系 浅野川水系 大聖寺川水系 石川県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 福井県 | 22 | 41 | 252.8 | 1,231.0 | 大味川水系 笙の川水系 南川水系 福井県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 静岡県 | 83 | 265 | 1,222.4 | 2,799.0 | 太田川水系 都田川水系 栃山川水系 静岡県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 愛知県 | 55 | 147 | 719.7 | 2,313.0 | 天白川水系 境川水系 日光川水系 愛知県の二級水系一覧を参照 |
| 中部 | 岐阜県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 中部 | 三重県 | 74 | 193 | 792.8 | 1,722.0 | 員弁川水系 安濃川水系 阪内川水系 三重県の二級水系一覧を参照 |
| 近畿 | 滋賀県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 近畿 | 京都府 | 37 | 89 | 409.1 | 886.0 | 伊佐津川水系 野田川水系 竹野川水系 京都府の二級水系一覧を参照 |
| 近畿 | 大阪府 | 17 | 40 | 191.0 | 539.0 | 石津川水系 芦田川水系 大津川水系 大阪府の二級水系一覧を参照 |
| 近畿 | 兵庫県 | 92 | 350 | 1,693.6 | 3,685.0 | 市川水系 武庫川水系 夢前川水系 兵庫県の二級水系一覧を参照 |
| 近畿 | 奈良県 | 0 | 0 | 0 | 0 | － |
| 近畿 | 和歌山県 | 85 | 316 | 1,423.9 | 2,999.0 | 有田川水系 日高川水系 日置川水系 和歌山県の二級水系一覧を参照 |
| 中国 | 鳥取県 | 42 | 113 | 397.4 | 744.0 | 蒲生川水系 勝部川水系 由良川水系 鳥取県の二級水系一覧を参照 |
| 中国 | 島根県 | 72 | 159 | 847.1 | 2,068.0 | 益田川水系 三隅川水系 浜田川水系 島根県の二級水系一覧を参照 |
| 中国 | 岡山県 | 22 | 64 | 269.7 | 772.0 | 笹ヶ瀬川水系 倉敷川水系 里見川水系 岡山県の二級水系一覧を参照 |
| 中国 | 広島県 | 47 | 136 | 627.8 | 1,551.0 | 沼田川水系 黒瀬川水系 八幡川水系 広島県の二級水系一覧を参照 |
| 中国 | 山口県 | 108 | 437 | 2,213.1 | 4,844.0 | 錦川水系 阿武川水系 木屋川水系 山口県の二級水系一覧を参照 |
| 四国 | 徳島県 | 39 | 129 | 430.6 | 762.0 | 勝浦川水系 海部川水系 牟岐川水系 徳島県の二級水系一覧を参照 |
| 四国 | 香川県 | 79 | 275 | 1,008.4 | 1,399.0 | 綾川水系 香東川水系 財田川水系 香川県の二級水系一覧を参照 |
| 四国 | 愛媛県 | 182 | 410 | 1,247.0 | 2,071.0 | 蒼社川水系 加茂川水系 国領川水系 愛媛県の二級水系一覧を参照 |
| 四国 | 高知県 | 97 | 268 | 1,245.3 | 2,489.0 | 奈半利川水系 国分川水系 鏡川水系 高知県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 福岡県 | 52 | 149 | 875.5 | 1,841.0 | 那珂川水系 御笠川水系 紫川水系 福岡県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 佐賀県 | 60 | 174 | 504.9 | 742.0 | 有田川水系 塩田川水系 伊万里川水系 佐賀県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 長崎県 | 222 | 358 | 1,081.9 | 2,318.0 | 浦上川水系 八郎川水系 川棚川水系 長崎県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 熊本県 | 81 | 148 | 637.8 | 1,994.0 | 坪井川水系 水俣川水系 氷川水系 熊本県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 大分県 | 93 | 211 | 985.7 | 1,893.0 | 臼杵川水系 駅館川水系 八坂川水系 大分県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 宮崎県 | 53 | 237 | 1,243.0 | 3,616.0 | 耳川水系 一ツ瀬川水系 広渡川水系 宮崎県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 鹿児島県 | 160 | 310 | 1,760.5 | 4,682.0 | 甲突川水系 万之瀬川水系 天降川水系 鹿児島県の二級水系一覧を参照 |
| 九州・沖縄 | 沖縄県 | 51 | 75 | 355.8 | 903.0 | 比謝川水系 国場川水系 浦内川水系 沖縄県の二級水系一覧を参照 |
（備考）灰色欄で表示されている自治体は二級水系が存在しない自治体。換言すれば当該自治体にある河川は全て一級水系に所属する河川となり、堰止湖がある山梨県を除く内陸県が該当する。奈良県には例外的に県内も流域とする二級水系が3水系存在する（銚子川水系、日置川水系、日高川水系）が、県内部分はいずれも指定区間外であるためカウントしていない。