九州横断特急
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2004年（平成16年）3月13日： 九州新幹線鹿児島ルートの部分開業に伴うダイヤ改正に伴い以下のように変更。
「あそ」と、熊本駅 - 人吉駅間を運行していた急行「くまがわ」を再編し、別府駅 - 熊本駅・人吉駅間運行の特急「九州横断特急 」を運行開始。「九州横断特急」は熊本行きが下り1本、人吉駅発着が下り3本・上り4本の計4往復設定。両数は「あそ」時代の3両から2両に減車し、ワンマン運転を開始。これにより「あそ」の列車名はいったん消滅。
「あそ」時代は豊肥本線内の上下方向に合わせ、号数は熊本発が奇数、別府・大分発が偶数となっていたが、この改正で肥薩線内の上下方向に合わせ、別府発を奇数、人吉発を偶数に変更している。
再編対象外の「くまがわ」に関しては列車名・運行区間を変えずに引き続き運行するが、特急に格上げする。
キハ185系は「九州横断特急」「くまがわ」が共通運用となり、「ゆふ」とは別運用になる。それに伴い外装が「九州横断特急」仕様に変更され、さらに内装のリニューアルも実施。
2009年（平成21年）3月14日：全車禁煙となる。喫煙ルーム内に設置の灰皿を撤去し、携帯電話室に変更。
2011年（平成23年）
3月12日：ダイヤ改正に伴い以下のように変更。
「九州横断特急」の人吉駅発着列車のうち2往復について、熊本駅 - 人吉駅間を「くまがわ」として系統分割。「九州横断特急」は人吉駅発着が下り1本・上り2本、熊本駅発着が下り3本・上り2本になる。
「あそぼーい!」に充当されるキハ183系気動車の改造工事が終わるまで、キハ185系による臨時特急「阿蘇ゆるっと博号」が運転開始。
6月4日：臨時特急「あそぼーい!」が運転開始。
10月15日・16日：「あそぼーい!」のうち1往復を博多駅発着で延長運転。以降2013年2月まで1ヶ月に1度程度、土日または3連休に延長運転を実施。
2012年（平成24年）
7月13日：九州北部豪雨により豊肥本線の一部区間が不通となったことに伴い、当面の間「九州横断特急」は熊本駅 - 人吉駅間のみの運行、「あそぼーい!」は運休となる。
7月28日：「あそぼーい!」は博多駅 - 人吉駅間1往復で運行再開。
9月3日：豊肥本線の復旧作業の進捗により以下のように変更。
「九州横断特急」は豊後竹田駅 - 宮地駅間を除いて運行再開。豊後竹田駅・宮地駅間で折り返し運転し、運休区間には代行バスが運行された。なお、豊後竹田駅折り返しの列車には40番台の号数が与えられたが、ダイヤ自体は本来の1 - 8号のものをほぼそのまま踏襲したため、例えば41号→バス→1号のような直接の乗り継ぎはできなかった。
「あそぼーい!」は9月8日より通常通り、熊本駅 - 宮地駅間2往復の運行とする。
2013年（平成25年）
3月16日：「くまがわ」を再統合する形で「九州横断特急」は4往復全て人吉駅発着となる。
8月4日：豊後竹田駅 - 宮地駅間が復旧し全区間で運行再開。同時に従来の47・7号については別府駅→熊本駅間の「九州横断特急101号」、熊本駅→人吉駅間の「くまがわ3号」に系統分割。
2016年（平成28年）
3月26日：ダイヤ改正により以下のように変更。
「九州横断特急」の熊本駅 - 人吉駅間および「くまがわ」を廃止。これにより熊本駅 - 八代駅 - 人吉駅間は定期優等列車の運行がなくなる。
「九州横断特急」「くまがわ」の代替として、熊本駅 - 人吉駅間に快速列車を5往復設定。4往復は列車名なしの快速（下り1本は八代始発）、1往復は人吉駅 - 吉松駅間運行の「いさぶろう・しんぺい」のうち1往復を熊本駅発着に延長する。
「九州横断特急」は101号・8号を廃止し、熊本駅 - 別府駅間3往復の運行に変更、同時に全列車3両編成となり車掌乗務を開始。鹿児島本線・肥薩線内の運行がなくなるため、号数を「あそ」時代と同様に熊本駅発を奇数、別府駅発を偶数に変更。
「あそぼーい！」101号・102号のダイヤ修正。
4月15日：前日発生した熊本地震により豊肥本線の一部区間が不通となったため、この日から「九州横断特急」「あそぼーい!」は全区間で運休。
これにより、熊本駅に乗り入れる在来線の定期優等列車は、消滅した。なお、2017年3月4日のダイヤ改正で、熊本駅 - 人吉駅間に特急「かわせみ やませみ」が新設、また種別上は全区間普通列車だが熊本駅 - 人吉駅間は速達運転を行っている「いさぶろう・しんぺい」の同区間が特急に格上げ、「九州横断特急」の運転再開以前に、熊本駅に乗り入れる在来線の定期優等列車が復活した。
5月3日：「あそぼーい!」は門司港駅 - 博多駅間1往復で運行再開。9月まで土曜・休日を中心に運行した。
7月9日：「九州横断特急」は阿蘇駅 - 別府駅間で運転を再開。そのうち阿蘇駅 - 宮地駅間は快速として運転、各列車とも号数に60を加算する
10月1日：「あそぼーい!」は運行区間を博多駅 - ハウステンボス駅間に変更。12月まで土曜・休日を中心に1往復運行。
2017年（平成29年）
1月6日：「あそぼーい!」は運行区間を門司港駅 - 博多駅間に戻し、6月まで土曜・休日を中心に1往復運行。
3月4日：ダイヤ改正に伴い以下のように変更。
「九州横断特急」は阿蘇駅 - 大分駅間1往復、阿蘇駅 - 別府駅間1往復の計2往復運転に変更。この時点では、運休区間の復旧の見通しは立たず。
「九州横断特急」の阿蘇駅 - 宮地駅間での快速扱いを終了し、再び全区間で特急として運行するようになる。
7月8日：「GO!GO!!キスマイクマモトオオイタキャンペーン」の一環で、「あそぼーい！」は阿蘇駅 - 大分駅・別府駅間での運転に変更、以降、豊肥本線の全線復旧まで金曜・土曜・休日を中心に運行されていた。またこの時より「九州横断特急」「あそぼーい！」は共通ダイヤとなり、「九州横断特急」は「あそぼーい！」の運休日のみ運転されるようになっていた。
9月17日：台風18号の影響で豊肥本線の一部区間が不通になったため、この日から「九州横断特急」「あそぼーい!」は運休となる。
10月2日：「九州横断特急」「あそぼーい！」運転再開。
2018年（平成30年）3月17日：ダイヤ改正に伴い「九州横断特急」「あそぼーい！」は阿蘇駅 - 別府駅間1往復の運転となる。
2020年（令和2年）
4月24日 - 6月18日：新型コロナウイルス感染症による利用客減少に伴い、この期間は「九州横断特急」「あそぼーい!」全列車運休となった。
6月19日：「九州横断特急」は運転再開。「あそぼーい!」は引き続き運休し、8月7日まで「九州横断特急」を毎日運転。
8月8日：豊肥本線の全線運行再開に伴い、豊肥本線の優等列車を以下の通りに再編。
「九州横断特急」は熊本駅 - 別府駅間で2往復（2・3・71・74号）運転。71・74号は「あそぼーい!」との共通ダイヤとし、「あそぼーい!」の運転日は運休。
「あそぼーい!」は熊本駅 - 別府駅間で土曜・休日を中心に1往復運転。号数表記は廃止。
熊本駅 - 宮地駅間に特急「あそ」（2代）を新設。ダイヤは1 - 6号の3往復設定し、3・4号は毎日、それ以外の列車は土曜・休日を中心に運転。ただし新型コロナウイルス感染症流行の影響で実際に3往復運転されたのは短期間に留まった。
2021年（令和3年）3月13日：ダイヤ改正に伴い「九州横断特急71・74号」の号数を81・84号に変更。また「あそ1・2・5・6号」は時刻表上表記がなくなる（この時点では号数変更はなし）。
2022年（令和4年）9月23日：ダイヤ改正に伴い以下のように変更。
「九州横断特急」2・3号を大分駅発着に変更。
「あそ」3・4号を1・2号に改番し、従来の1・2・5・6号が正式に廃止される。
「かわせみ やませみ」1往復を土曜・休日などに熊本駅 - 宮地駅間で運行開始。
2025年（令和7年）3月15日：ダイヤ改正に伴い以下のように変更。
「九州横断特急」は熊本駅 - 大分駅間下り3本・上り2本、熊本駅 - 別府駅間上り1本の計3往復運転となる。また停車駅から水前寺駅・武蔵塚駅・光の森駅・赤水駅・中判田駅が外れる。
「あそぼーい!」は運行区間を熊本駅 - 宮地駅間に変更の上で2往復運転となる。これにより号数表記が復活する（1 - 4号）。また停車駅は「九州横断特急」の熊本駅 - 宮地駅間と同一とする。
これに伴い「九州横断特急」と「あそぼーい!」の共通ダイヤがなくなる。
「あそ」（2代）は廃止。また「かわせみ やませみ」は定期運行がなくなり、「あそぼーい!」の運休日に限り「あそぼーい!」と同一ダイヤで運行する形となる。
キハ185系気動車で運行されていた「あそ」