X-ファイルのエピソード一覧
第9シーズン（2001年 - 02年）

→詳細は「en:The X-Files (season 9)」を参照
| No>  | # | タイトル | 監督 | 脚本 | 放送日 | プロダクション コード | 合衆国視聴世者 （百万） |
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| 183 | 1 | "リターン・トゥ・ウォーター Part.1" "Nothing Important Happened Today" | キム・マナーズ | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2001年11月11日 (2001-11-11) | 9ABX01 | 10.6 |
 モルダーが突然失踪し、ドゲットたちのカーシュに対する捜査もスキナーによって止められてしまう。そんな中、環境保護庁の職員が車ごと水没し溺死したという新聞記事がX-ファイル課に届き、何らかの繋がりがあると睨んだドゲットは捜査を開始する。職員の遺体の足首には、人の指の跡が付いていた。
| 184 | 2 | "リターン・トゥ・ウォーター Part.2" "Nothing Important Happened Today II" | トニー・ワームビー | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2001年11月18日 (2001-11-18) | 9ABX02 | 9.4 |
 ドゲットの前にかつて海兵隊時代に共にいた女、シャノンが姿を現す。彼女は自らをノエルと同じバイオ兵士の試作第1号であるといい、高い潜水能力を有していた。彼女は水道水に含まれる消毒剤クロラミンを加工し世の女に無敵兵士を生み出させようという政府の実験を明らかにするため、計画を進める者たちを水に引き込み溺死させていた。一方ローン・ガンメンは死んだ環境保護庁職員のもとに死後電話がかかってきていることを突き止める。電話の主はある実験をしている貨物艦艇の艦長で、実験の内容をFBIに公表してほしいという。艦に向かったドゲットたちの前に立ちふさがったのは、無敵兵士のノエル・ローラーだった。
| 185 | 3 | "ダイモニカス" "Dæmonicus" | フランク・スポトニッツ | フランク・スポトニッツ | 2001年12月2日 (2001-12-02) | 9ABX03 | 8.7 |
 人里離れた農家で老夫婦の死体が発見された。妻の腹には蛇が縫い込められ、夫の遺体と向かい合わせに座らされた状態は、なんらかの儀式を思わせた。さらにテーブルの上にはラテン語で「悪魔」を意味する文字が残されていた。モニカは邪悪な超自然的な存在が人間を操っていると主張。現実的なドゲットは精神病患者の犯行と主張する。
| 186 | 4 | "4-D" "4-D" | トニー・ワームビー | スティーヴン・マエダ | 2001年12月9日 (2001-12-09) | 9ABX05 | 8.9 |
 オープニングのスローガンは「erehT tuO si hturT ehT」。これは通常のスローガンを逆に書いたもの。モニカが喉を切られ、ドゲットも銃撃される。しかし、モニカは丁度その時刻、自宅でドゲットと会っていた。ドゲットが参加していたはずの張り込み捜査も行なわれていなかった。それは快楽殺人者の特殊な能力による犯行を示唆していた。
| 187 | 5 | "蠅の王" "Lord of the Flies" | キム・マナーズ | トーマス・シュノーズ | 2001年12月16日 (2001-12-16) | 9ABX06 | N/A |
 スタントまがいのお笑い映像を撮影していた高校生グループの一人が撮影中に死亡した。検視をしたスカリーは、被害者の陥没した頭蓋骨の中で脳を食い尽くした大量のハエを発見。地元の昆虫学者はフェロモンによりハエが異常に興奮し殺人に駆り立てられた可能性を指摘する。
| 188 | 6 | "トラスト・ノー・ワン" "Trust No 1" | トニー・ワームビー | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2002年1月6日 (2002-01-06) | 9ABX08 | N/A |
 オープニングのスローガンは「They're Watching（彼らは監視している）」政府機関に所属するという謎の人物が、無敵戦士の情報を提供したいとFBIにコンタクトを取ってきた。モルダーと直接会うことが条件なのだが、彼をこれ以上傷つけたくないスカリーは受けるべきか悩む。
| 189 | 7 | "ジョン・ドー" "John Doe" | ミシェル・マクラーレン | ヴィンス・ギリガン | 2002年1月13日 (2002-01-13) | 9ABX07 | 8.7 |
 メキシコの片田舎で記憶喪失となってしまったドゲットは麻薬の運び屋の仕事を持ちかけられる。
| 190 | 8 | "境界" "Hellbound" | キム・マナーズ | デヴィッド・アマン | 2002年1月27日 (2002-01-27) | 9ABX04 | 7.8 |
 元服役囚の男性が、生きながら皮を剥がれるという残忍な手口で殺された。過去の類似事件を調べていたスカリーは、1960年代に迷宮入りしているファイルを発見。遺体の切断面が今回のものと一致することに気付く。
| 191 | 9 | "神託 Part.1" "Provenance" | キム・マナーズ | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2002年3月3日 (2002-03-03) | 9ABX10 | 9.7 |
 UFOカルト教団に潜入捜査していたFBI捜査官がウィリアムを殺そうとする。その男性の所持品の中にUFOの破片があった。スカリーは息子を守るためウィリアムをローン・ガンメンに託す。
| 192 | 10 | "神託 Part.2" "Providence" | クリス・カーター | クリス・カーター & フランク・スポトニッツ | 2002年3月10日 (2002-03-10) | 9ABX11 | N/A |
 ウィリアムがUFOカルト教団に誘拐された。FBIを信じず独自に捜査を続けたスカリーが見たものはUFOの発進によって壊滅したカルト教団だった。
| 193 | 11 | "オードリー" "Audrey Pauley" | キム・マナーズ | スティーヴン・マエダ | 2002年3月17日 (2002-03-17) | 9ABX13 | N/A |
 交通事故にあったモニカは脳死状態となり、回復の見込みはないと診断された。しかしその時、モニカは病院を模した別の建物の中にいた。困惑するモニカの前に、一人の女が現れる。
| 194 | 12 | "化体" "Underneath" | ジョン・シャイバン | ジョン・シャイバン | 2002年3月31日 (2002-03-31) | 9ABX09 | 7.3 |
 13年前にドゲットが逮捕した殺人犯・ファッスルがDNA判定の結果、無罪を勝ち取る。納得のいかないドゲットは、スカリーに再鑑定を依頼する。一方、ファッスルがいた刑務所では謎の殺人事件が起きていた。
| 195 | 13 | "数秘術" "Improbable" | クリス・カーター | クリス・カーター | 2002年4月7日 (2002-04-07) | 9ABX14 | 9.1 |
 オープニングのスローガンは「Dio ti ama」。これはイタリア語で「God loves you（神はあなたを愛している）」の意味。カジノで女が殺された。モニカはそれが数字に支配された男性の犯行だと考え、調査により近年起こった殺人事件もその男性の犯行だと証明される。モニカは次の犠牲者の手がかりを得るために数秘術を行う占い師のもとを訪ねる。
| 196 | 14 | "モンスター" "Scary Monsters" | ドワイト・リトル | トーマス・シュノーズ | 2002年4月14日 (2002-04-14) | 9ABX12 | N/A |
 第8シーズンのエピソード「孤立」で産休に入ったスカリーの代理としてX-ファイル課担当であったレイラ・ハリソンが再登場。彼女が偶然目を通した猫の奇妙な死骸は、自ら体をかきむしる様にして絶命しており、興味を覚えたレイラはこれがX-ファイルであるとしてこの事件を持ち込む。ドゲット・モニカ・レイラの三人でとある雪山の山荘に向かうが、そこに住む少年の想像力が不気味なモンスターを生み、三人は様々な恐ろしい体験を味わうことになる。
| 197 | 15 | "英雄に捧ぐ" "Jump the Shark" | クリフ・ボール | ヴィンス・ギリガン & ジョン・シャイバン & フランク・スポトニッツ | 2002年4月21日 (2002-04-21) | 9ABX15 | N/A |
 ローン・ガンメン最後の戦い。スピンオフ作品『ローン・ガンメン』に登場していたキャラクターも登場し、第6シーズンの「ドリームランド」で登場したモリス・プレッチャーも再登場。『ローン・ガンメン』とも繋がっており、本編はその『ローン・ガンメン』最終回以降の話となっており、実質最終エピソードになっている。
| 198 | 16 | "ウィリアム" "William" | デイヴィッド・ドゥカヴニー | 原案: デイヴィッド・ドゥカヴニー & フランク・スポトニッツ & クリス・カーター 脚本: クリス・カーター | 2002年4月28日 (2002-04-28) | 9ABX17 | 9.3 |
 体中に火傷を負った男性がX-ファイル課に侵入し拘束された。モルダーと同じDNAを持つその男性は異星人の陰謀を暴く鍵を求めてX-ファイル課に侵入したのだった。ドゲットは彼こそがモルダーその人ではないかと疑うが、その正体はジェフリー・スペンダーだった。スペンダーは異星人の血を引くスカリーの息子にマグネタイトを注射し、なんの変哲もないただの「人間」にする。それは自分を異星人の実験台に提供した父、CSマンへの復讐でもあった。
| 199 | 17 | "解放" "Release" | キム・マナーズ | 原案: ジョン・シャイバン & デヴィッド・アマン 脚本: デヴィッド・アマン | 2002年5月5日 (2002-05-05) | 9ABX16 | 7.8 |
 ドゲットの息子が殺された事件の真相が明らかになる。密告によりドゲットは赴いた廃屋で女の死体を発見した。FBIアカデミーでスカリーの教え子ヘイズは検死の際、恐るべき洞察力で殺害状況を分析、犯人を特定しただけでなく、ドゲットの息子ルーク殺しとの関係性も断言する。ドゲットはヘイズに協力を依頼し息子殺しの真犯人を捕らえようとする。ドゲットの元妻をロバート・パトリックの妻であるバーバラ・パトリックが演じている。
| 200 | 18 | "サンシャイン・デイズ" "Sunshine Days" | ヴィンス・ギリガン | ヴィンス・ギリガン | 2002年5月12日 (2002-05-12) | 9ABX18 | 10.4 |
 1969年のホームドラマ『ゆかいなブレディー家』を模した謎の住宅を見付けた若者二人が、家の近くに「落下」して死亡する事件が起こる。ドゲットは仮定から導き出せる矛盾の無い推理として、部屋に侵入した被害者が屋根を突き破りながら飛び上がり、そのまま落下して死亡したと言う。当初はドゲットの仮説に懐疑的だったモニカだったが、スカリーが被害者の解剖時不思議な現象を体験し調査を進めるにつれ、家主のオリバーは本物の念動力の使い手であることが判明。遂にスカリー、モニカ、スキナーらは科学を根底から覆す、超常現象の証拠を発見する。一方、ドゲットはオリバーの能力を認めながらも、彼が何か隠し事をしていると、発表には消極的であった。
| 201 | 19 | "真実 Part.1" "The Truth" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 2002年5月19日 (2002-05-19) | 9ABX19 | 13.0 |
 長い間姿を消していたモルダーが、マウント・ウェザー地下施設で軍人を殺した容疑で、軍事裁判にかけられることに。メンバーは、モルダーの無実を証明しようと必死になる。
| 202 | 20 | "真実 Part.2" "The Truth II" | キム・マナーズ | クリス・カーター | 2002年5月19日 (2002-05-19) | 9ABX20 | 13.0 |
 モルダーを助けたい一心で、法廷にきたギブソンとドゲット、そしてレイエスの証言のあと、思わぬ事実が発覚。政府がノエル・ローラーのものだとしていた遺体は別人だった。