Doomの開発
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開発の初期にチーム内の溝が現れ始めた。別のゲームを開発したいと思っていたにもかかわらず、会社のリードデザイナーかつクリエイティブディレクターであり続けたホールは、Doomに『Wolfenstein 3D』のようにプロットの欠如を望まなかった。11月の終わりに彼は、プロジェクトのプロット、裏話および設計目標を説明したデザイン文書「Doom Bible」を配布した。彼のデザインは、月面の科学者がポータルを開きそこからエイリアンが出現するというサイエンスフィクションのホラーコンセプトである。 一連のステージにわたって、プレイヤーはエイリアンがデーモンであることを発見する。地獄はまた、雰囲気がより暗くより恐ろしくなるにつれて、ステージデザインに着実に感染していく。ロメロは当初このアイデアを気に入っていたが、ジョン・カーマックはそれを嫌っただけでなく、ストーリーを作るという考えを完全に否定した：「ゲームのストーリーはポルノ映画のストーリーのようだ。期待はされているが重要ではない」。ジョン・カーマックは深いストーリーよりも技術革新に焦点を当て、Wolfensteinのステージとエピソードを捨て、高速で継続的な世界を作りたいと考えた。 トムはその考えを嫌っていたが、ロメロはカーマックに味方した。 ジョン・カーマックはデザイナーというよりリードプログラマーであったが、社内では彼が最も重要なアイディアの源泉として見られるようになった。同社はカーマックのキーパーソン保険に加入することを検討したが、他には誰も加入しなかった。
ホールは次の数週間をカーマックの技術的アイデアに合わせてDoom Bibleを作り直すことに費やし、他のチームはそれらの実装方法を計画した。彼の調整されたプロットのビジョンは、プレイヤーキャラクターをエイリアンの惑星テイテンガの大規模な軍事基地に割り当てた。ゲームの開始時に、バディと名付けられた4人のプレイヤーキャラクターの兵士の1人が他の兵士と一緒にカードゲームをしていたとき、基地の科学者が誤って地獄へのポータルを開き、そこから悪魔が流れ込み、他の兵士を殺した。彼は、デーモンが使用したゲートを通って地獄に行き、ゲートを通って戻ってきて、惑星の破壊によりプレイヤーが刑務所に送られるというストーリー展開を含む6つのエピソード構造を想定した。バディは、デーモンの侵略を特徴とするジョン・カーマックが運営する『ダンジョンズ＆ドラゴンズ』キャンペーンのホールのキャラクターにちなんで名付けられた。しかし、ジョン・カーマックと他のチームは、当時のハードウェアの限界では単一のシームレスな世界を作成することはできないと判断したため、ホールは12月に再びDoom Bibleを作り直すことを余儀なくされた。
1993年の初めにidはホールによるプレスリリースを発表し、「knee-deep in the dead（死に膝まで浸かった）」状態でデーモンを撃退し、彼らの根絶とデーモンが出現する原因の解明を試みるバディの物語を宣伝した。プレスリリースでは、ジョン・カーマックが作成した新しいゲーム機能の他にも、まだチームが制作に着手していないまたは設計すらされていないマルチプレイヤーゲーム機能などの他の機能も示した。同社はComputer Doming Worldに、Doomは「Wolfensteinの100万倍になる」と語った。初期のバージョンは、Doom Bibleに合わせて作成された。最初のステージの「プレアルファ」バージョンには、idのオフィスにある可動式の回転椅子とテーブルをベースとしたものにいる他のキャラクターが含まれていた。初期バージョンでは、スコアポイントやスコアアイテムなどの『Wolfenstein 3D』に存在する「アーケード」要素も引き継がれていたが、彼らはそれらが非現実的でありトーンに合わないと感じたため、開発の初期に削除された。複雑なユーザーインターフェース、インベントリシステム、二次的シールド保護、ライフ（残機）などの他の要素も、開発の過程で変更され、徐々に削除されていった。
しかし、間もなく、 Doom Bible全体が却下された。ロメロは「Wolfenstein」よりも暴力的でスピード感のあるゲームを望んだことから、ホールが作成したキャラクター主導のプロットを作る余地がなかった。さらに、チームは以前のゲームではデザイン文書を作成していなかったため、デザイン文書の必要性を全く感じていなかったこともありDoom Bibleは完全に破棄された。軍事基地からのスタートや、一部の場所、アイテム、モンスターなど、いくつかのアイデアは引き継がれたが、チームは面白いゲームプレイよりもリアリズムを強調していると感じたため、ストーリーは削除されデザインのほとんども削除された。武器、マップのハブシステム、モノレールなどの一部の要素は、後の『Doom』やid softwareの作品群で登場した。作業は継続され、デモは1993年の初めに「Computer Gaming World」に公開され、絶賛された。しかし、ジョン・カーマックとロメロはホールの軍事基地にインスパイアされたステージのデザインを嫌っていた。ロメロは特に、ジョン・カーマックがエンジンをすばやく動作させるために、本来は現実的なステージを求めていたが、ホールのステージ設計は退屈と感じた。彼は箱型でフラットなステージはWolfensteinのデザインに似すぎており、またエンジンが実現できるすべてをアピールすることができないと感じていた。彼は独自のより抽象的なレベルを作成し始め、完成作の第2ステージになる部分の大きなオープンエリアへの曲がりくねった階段から始まり、チームの他のメンバーはこのステージの方がはるかに優れていると感じた。
ホールは、自身のデザインに対する評価とリードデザイナーとしての影響力の低さに憤慨していたが、その後、ロメロはホールもまた『Doom』のコンセプトに全く興味を示していなかったと主張している。ホールはまた、飛行する敵など、ゲームプレイの明らかな改善と見られるものを得るためのジョン・カーマックとの戦いにどれだけの労力を費やさなければならないかについても憤慨していた。彼はオフィスでの勤務時間を減らし始めたため、ジョン・カーマックは彼をidから解雇することを提案した。ロメロはホールが収益を受け取らないことを意味するとして最初は抵抗したが、7月に彼とidの他の創設者はホールを解雇し、彼はApogeeで働くことになった。ホールの役職にはDoomが発売される10週間前の9月に、他の20代前半の従業員に比べて37歳という比較的高齢であることや彼の宗教的背景を持っていたにもかかわらず、ゲームデザイナーのサンディ・ピーターセンが就いた。チームには、3人目のプログラマであるデイブ・テイラーも加わった。ピーターセンとロメロはDoomの残りのステージを異なる目的で設計した。チームは、ピーターセンのデザインはより技術的に興味深く変化に富んでいるのに対し、ロメロのデザインはより審美的に興味深いと感じた。ロメロのステージ設計プロセスは、ステージまたはステージの一部を最初から構築し、それをプレイしてデザインを繰り返し、ステージの流れや遊びやすさに満足するまで「何千回も」プレイするというものであった。ロメロによって作成された最初のステージは、エンジンの新しい要素をアピールすることを目的として作成された最後のステージであった。『Wolfenstein 3D』と同様に、各ステージのクリア画面にはロメロが設定したステージの「標準時間（par time）」が表示される。
マルチプレイヤーコンポーネントがコーディングされた後の1993年後半には、開発チームは、ロメロが「デスマッチ」と名付けた4人対戦のマルチプレイヤーゲームをプレイし始めていた。彼は協力マルチプレイヤーモードを追加することも提案した。ロメロによれば、デスマッチモードは格闘ゲームから発想を得たという。チームは休憩時間に頻繁に『ストリートファイターII』『餓狼伝説』『龍虎の拳』をプレイしながら、 トラッシュ・トークや家具や設備の破壊に関する複雑なルールを開発した。ロメロは後に、「日本の格闘ゲームは、私達のシューティングゲームでデスマッチを作りたいという創造的な衝動を刺激したと言えるだろう」と述べた。