上場廃止
特別注意銘柄

旧名称は特設注意市場銘柄。初めに東京証券取引所にて2007年11月に設立された制度。カネボウ事件をきっかけに、リスクを含意する「灰色銘柄」を区別することで、SOX法に見られる一連の投資家保護の流れを汲み、また落ち度のある企業側にも、上場廃止未満の猶予を与えることを目的とする。上場会社が上場廃止基準に抵触する恐れがあり、審査の結果上場廃止までに至らないが、内部管理体制に改善の必要性が高いと判断した場合、この上場会社の銘柄を特別注意銘柄に指定することができる。
東京証券取引所が2013年8月9日に、名古屋証券取引所が同年9月13日にそれぞれ実施した有価証券上場規程改正後に指定された企業が、体制整備すら未了のまま1年経過後の審査を迎えたり、指定継続の決定を受ける企業や、指定解除審査において、内部管理体制等の改善が認められるものの、事業の継続性や収益性等の問題（例：指定解除直後から連続して経常損失となっていたり、指定解除後も継続企業の前提の注記が解消されないなど）により、今後において整備された内部管理体制等が維持され、適切に運用されるかどうかについて継続的な確認する必要な事例がある事から、東京証券取引所では2024年1月15日に、札幌証券取引所と福岡証券取引所では同年3月8日に、名古屋証券取引所では同年4月26日にそれぞれ有価証券上場規程等の一部改正を実施し、同日から特別注意銘柄に名称が変更された。
各証券取引所における設立日と規程改正日は以下の通りである。
| 証券取引所 | 設立日 （改善期間3年） | 1回目の規程改正日 （改善期間1年、 改善されていないものの 今後の改善が見込まれる場合のみ 改善期間が6ヶ月延長） | 2回目の規程改正日 （改善期間1年、 東証・札証・福証は 事業の継続性・収益性が確保されていると 認められない場合は 経過観察期間入り） |
| --- | --- | --- | --- |
| 東京証券取引所 | 2007年11月1日 | 2013年8月9日 | 2024年1月15日 |
| 札幌証券取引所 | 2008年4月1日 | 2013年9月13日 | 2024年3月8日 |
| 名古屋証券取引所 | 2009年11月9日 | 2013年9月13日 | 2024年4月26日 |
| 福岡証券取引所 | 2008年4月1日 | 2013年9月13日 | 2024年3月8日 |
指定の決定には以下の基準がある。以下の基準は2024年4月1日以降に指定が決定される場合の基準である。
上場会社が以下に掲げる上場廃止基準に該当するおそれがあると証券取引所が認めた後、当該する上場廃止基準に該当しないと証券取引所が認めた場合
支配株主との取引の健全性の毀損
上場契約違反等
反社会的勢力の関与
公益・投資者保護
上場会社が以下に掲げる事項に該当する場合
上場会社が有価証券報告書等に虚偽記載を行った場合
上場会社の財務諸表等に添付される監査報告書等において、公認会計士等によって「不適正意見」又は「意見の表明をしない」旨が記載された場合（「意見の表明をしない」旨が記載された場合であって、当該記載が天災地変等、上場会社の責めに帰すべからざる事由によるものであるときを除く）
四半期累計期間（第2四半期を除く）に係る四半期財務諸表等に期中レビュー報告書が添付される場合であって、当該期中レビュー報告書に「否定的結論」又は「結論を表明しない」旨が記載された場合
上場会社が適時開示に係る規定に違反したと証券取引所が認めた場合
上場会社が企業行動規範の「遵守すべき事項」に係る規定に違反したと証券取引所が認めた場合
上場会社が適時開示・企業行動規範に係る改善報告書を提出した場合において、改善措置の実施状況及び運用状況に改善が認められないと証券取引所が認めた場合
名古屋証券取引所上場企業において、上場会社の指定解除から3事業年度（指定解除日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度から3事業年度）が経過する日までに内部管理体制の改善が再度必要と認めた場合
指定の決定は、東証上場企業の場合は日本取引所自主規制法人が、名証上場企業の場合は名古屋証券取引所自主規制グループがそれぞれ審査を行った上で決定される。監理銘柄（審査中）に指定されている上場企業が指定される場合は、監理銘柄（審査中）を解除の上で指定される。過去に指定を受け、かつ指定解除された上場会社が指定基準に再度該当した場合は再度指定される。
指定された上場会社は、通常の取引銘柄と区別されて売買取引が行われる。上場契約違約金も同時に徴求される（重複上場の場合は各証券取引所から個別に徴求される）。
東京証券取引所の場合における上場契約違約金の計算方法は、2020年2月7日以降は上場時価総額について、上場契約違約金の徴求の対象となる規則違反に関する事項について上場会社が情報開示を最初に行った日の前日の最終価格と直前の月末の上場内国株券等の数を用いて計算する（東京証券取引所の場合は、2022年4月2日までのJASDAQ上場企業は上場時価総額により2000万円もしくは2400万円。以前は各市場で一律1000万円）。2022年4月4日以降における東京証券取引所における上場契約違約金は、プライムは旧：一部、スタンダードは旧：二部、グロースは旧：マザーズをそれぞれ継承する。但し、指定以前に改善報告書の微求により上場契約違約金の徴求を受けた上場会社や、上場会社の財務諸表等に添付される監査報告書等において意見不表明等が記載されたために指定された上場会社は、特設注意市場銘柄の指定に伴う上場契約違約金は徴求されない。但し、2022年4月3日時点でJASDAQに上場していた企業で、指定の原因となった行為が2022年4月3日以前に行われていた場合は、同年4月4日施行の「コーポレートガバナンス・コードの一部改訂に係る有価証券上場規程等の一部改正について」（有価証券上場規程施行規則令和4年4月4日改正付則第4項の規定）により、従来の上場契約違約金ではなく、旧：JASDAQ上場当時の上場契約違約金が微求される。名古屋証券取引所の場合は年間上場料の20倍となる。
上場契約違約金の支払期限は、特別注意銘柄に指定された当日から翌月末日までとなっている。上場契約違約金を期日までに支払なかった場合は、完済の日まで、100円に付き1日4銭の延滞損害金が請求される。
東京証券取引所上場銘柄において、特別注意銘柄に指定されたと同時に徴求される上場契約違約金は下表の通りである。
| 上場時価総額 | プライム | スタンダード | グロース |
| --- | --- | --- | --- |
| 50億円以下 | 1920万円 | 1440万円 | 960万円 |
| 50億円を超え250億円以下 | 3360万円 | 2880万円 | 2400万円 |
| 250億円を超え500億円以下 | 4800万円 | 4320万円 | 3840万円 |
| 500億円を超え2500億円以下 | 6240万円 | 5760万円 | 5280万円 |
| 2500億円を超え5000億円以下 | 7680万円 | 7200万円 | 6720万円 |
| 5000億円を超えるもの | 9120万円 | 8640万円 | 8160万円 |
| 上場時価総額 | 2022年4月3日時点で JASDAQに上場していた東京証券取引所上場企業 （「有価証券上場規程施行規則 令和4年4月4日改正付則第4項の規定」に該当する場合のみ） |
| --- | --- |
1000億円以下: 2000万円
1000億円を超えるもの: 2400万円
指定された上場企業は、上場契約違約金の微求の他にも以下のペナルティが課される。
上場維持基準を2022年4月4日以降に新規上場した企業と同じ基準を適用（2022年4月4日時点で指定を受けている東証上場企業、同日以降に指定された東証上場企業、名証プレミア上場企業、名証メイン上場企業のみ）
指定以前に経過処置における「上場維持基準の適合に向けた計画書」を提出した企業は、指定されたと同時に経過処置における「上場維持基準の適合に向けた計画書」は無効となる。
上場維持基準（2022年4月4日以降に新規上場した企業と同じ基準）に抵触した場合、上場維持基準に適合するための取組み及びその実施時期を記載した計画を事業年度末日から3か月以内に開示しなければならない。指定された日の前事業年度において上場維持基準に抵触しなかったものの、かつ前事業年度末から3か月以内に特設注意市場銘柄に指定されたために前事業年度において上場維持基準に抵触した場合は、上場維持基準に適合するための取組み及びその実施時期を記載した計画を事業年度末日から3か月以内に開示しなければならない。
上場維持基準に抵触した場合における改善期間は指定された日に属する事業年度の翌事業年度（例：12月期決算の東証グロース上場企業が2022年6月16日に指定され、2022年12月31日時点において流通株式時価総額が上場維持基準に抵触した場合は改善期間は2023年12月31日までとなる。12月期決算の東証グロース上場企業が2023年1月28日に指定され、2022年12月31日時点において時価総額が上場維持基準に抵触した場合は改善期間は2024年12月31日までとなる）までとなる他、指定された事業年度の翌事業年度において上場維持基準に不適合となった場合は上場廃止となる。
2024年1月15日以降に東京証券取引所から指定された企業において、1回目の審査期間中に上場維持基準における改善期間内にあるときは、1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されていると認められる場合でも経過観察期間に入りと同時に指定継続となる。経過観察期間において上場維持基準における改善期間にある場合も同様となる。
2022年4月4日時点で特設注意市場銘柄の指定を受けている上場企業や同日以降に指定された上場企業が指定が解除された場合でも、上場維持基準は2022年4月4日以降に新規上場した企業と同じ基準を継続して適用する。
指定期間中において市場変更を行う事は、上場維持基準抵触により名証プレミア→名証メインへ市場変更される場合を除き事実上不可
東京証券取引所と名古屋証券取引所では2020年2月7日以降、特別注意銘柄（2024年1月14日までは特設注意市場銘柄）の指定を受け、かつ指定解除された上場企業が市場変更を行う場合は、通常の新規上場申請手続及び新規上場審査と同様の変更申請の他にも、実効性確保措置に関連して策定された改善措置が適切に履行されているかの審査も実施される（当該審査は市場変更申請当日から最近5年間に特別注意銘柄（2024年1月14日までは特設注意市場銘柄）の指定を受けていた上場企業が対象。例：2017年10月12日に指定解除された企業が市場変更を行う場合、2020年2月7日から2022年10月11日までの間に市場変更申請を行う場合は当該審査を受けなければならない）。また、市場変更に関わる審査も、市場変更申請から3か月以上を要する。2015年2月7日以降に指定された企業が市場変更や他の証券取引所との重複上場を行ったのは東芝とユー・エム・シー・エレクトロニクスの2社しかない。
東京証券取引所では、2024年1月15日以降に特別注意銘柄の指定を受け、指定から1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されていると認められるものの、事業の継続性・収益性が確保されていなかったり、上場維持基準に抵触したために指定継続並びに経過処置期間の指定の決定を受けた企業が市場変更申請（プライム→スタンダード、スタンダード→グロース）を行う場合は、市場変更審査において新規上場基準に適合した場合、内部管理体制等を適切に整備・運用されており、事業の継続性・収益性が確保されていることが認められるものとして市場変更日に指定が解除される。但し、1回目に提出した内部管理体制確認書の審査や経過処置期間による審査により指定解除された企業が指定解除後に市場変更を行う場合は、2024年1月14日以前に指定された企業と同様に、実効性確保措置に関連して策定された改善措置が適切に履行されているかの審査を受けなければならない。
株価指数の除外
東証株価指数構成銘柄、JPX日経インデックス400銘柄、JPX日経中小型株指数銘柄、東証スタンダード市場TOP20銘柄、東証グロース市場Core指数銘柄が指定された場合、指定から4営業日後に各指数から除外
東証マザーズ指数銘柄が2022年4月4日時点で指定されている場合、2022年4月最終営業日に東証マザーズ指数から除外。東証グロース市場250指数銘柄（2023年11月5日までは東証マザーズ指数。2023年4月27日までは東証グロース市場に上場している全銘柄が対象、同年4月28日以降は東証グロース市場に上場している銘柄の内、時価総額上位250銘柄が対象）が2022年4月4日以降に指定された場合、指定から4営業日後に東証グロース市場250指数から除外
特設注意市場銘柄に指定されたために2022年4月4日以降に東証株価指数銘柄から除外され、かつ指定解除された東証プライム上場企業は、東証株価指数の再追加を受ける事は出来ない。
改善状況報告書の提出
東京証券取引所では2024年1月15日以降（2024年1月14日時点で指定されている上場企業も含む）に、名古屋証券取引所では2024年4月26日以降（2024年4月25日時点で指定されている上場企業も含む）に指定解除された企業は、指定解除されてからの5年間、内部管理体制等の整備・運用状況を記載した改善状況報告書の提出を求められた場合は、当該項目を記載した改善状況報告書の提出をしなければならない。
また、内部管理体制の改善計画や改善計画の進捗状況を開示しなければならない。改善報告書の微求を受けた上場会社で、内部管理体制の改善計画の開示から6か月後に速やかに改善計画の進捗状況を開示した場合には、改善状況報告書を提出したものとみなされる。さらに、指定から1年後に1回目となる内部管理体制の状況等について記載した「内部管理体制確認書」の提出を行わなければならない。内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）によって指定継続となった場合や1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されている場合であっても、事業の継続性・収益性が確保されていると認められない場合や上場維持基準不適合により経過観察期間入り（指定継続）となった企業は、指定の継続を決定した日の属する事業年度（当該指定の継続を決定した日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度）の末日から起算して3か月以内に「内部管理体制確認書」を再提出しなければならない。内部管理体制確認書」の作成は、1回目・2回目とも「新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部）記載要領」に準じて作成する。
内部管理体制確認書では、以下の様に読み替えられる。
「上場申請」（新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部））→「確認書提出」（内部管理体制確認書）
「新規上場申請者」「既上場会社」「申請会社」（新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部））→「確認書の提出会社」「指定会社」（内部管理体制確認書）
「新規上場申請のための有価証券報告書（Iの部）」（新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部））→「有価証券報告書」（内部管理体制確認書）
「新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部）」（新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部））→「確認書」（内部管理体制確認書）
内部管理体制確認書では、新規上場申請のための有価証券報告書（IIの部）の記載事項の他にも、以下の事項も記入しなければならない。提出に際しても、確認書本体及び別冊（確認書提出後に記載内容に変更又は追加すべき事項が生じた場合に、記載内容を変更又は追加したもの）は、表紙に代表者の記名押印がなされた原本で提出しなければならない。添付資料は電磁的記録で提出するが、提出書類一覧（提出する添付資料を記載したうえで代表者による記名押印をしたもの）の原本も同時に提出しなければならない。「内部管理体制確認書」の虚偽記載や記入漏れが発覚した場合は、有価証券報告書の虚偽記載と同等に扱われる。
特設注意市場銘柄指定となった経緯等について
上記の項目は、事案概要（不正・誤謬等の概要）・原因・改善措置・改善措置の実施状況を記載する。改善措置の実施状況に関しては、確認書提出後に上場管理部の実査等により詳細に確認することになる。この際、記載内容と実態に乖離がみられた場合（当該改善措置を適切に実施していると記載していたにもかかわらず、実際には実施されていなかった場合）は、その後の審査において厳しく勘案する場合がある。
確認書提出日から溯る5年間における公開買付等の状況
確認書提出日から溯る3年間におけるトラブルやクレーム等の状況
上記の項目は、指定された上場企業がリコールや製品回収等を行った場合はその内容や件数も記入しなければならない。指定された上場企業が大規模なリコール・製品回収・無償交換等を行った場合、その概要、リコールや製品回収後の顛末、再発防止策も記入しなければならない。
確認書提出日から溯る3年間における組織変更
確認書提出日から溯る1年間の管理部門における出向状況
適時開示体制の整備に向けた取組み
決算発表予定日及び決算発表日並びに決算発表早期化への取組みの内容（決算には四半期、中間決算も含む)
上記の項目は、確認書提出日から溯る3年間の決算発表予定日及び決算発表日を記載する。決算発表予定日から遅延して決算を発表した場合は、その理由も記入しなければならない。
確認書提出日から溯る5年間に適時開示上において受けた措置
上記の項目は、確認書提出日から溯る5年間において適時開示規則に基づく開示等（四半期開示を含む）の訂正（開示遅延及び開示失念を含む）を行った場合、当該不適正開示について、開示日、訂正開示日、訂正内容、訂正発見の経緯及び再発防止策を記載する。
適時開示体制を対象としたモニタリングの整備
確認書提出日から溯る2年間における役員及び役員に準ずる者の指定会社株式の売買の状況
上記の項目は、確認書提出日から溯る2年間における役員及び役員に準ずる者による指定された上場企業株式の売買の状況(売買日、売買の別、株数、価格、指定された上場企業における売買に当たっての実際の手続きの内容)について記載する。
確認書提出日から溯る5年間に指定会社株式の売買において受けた課徴金納付命令や注意喚起
上記の項目は、確認書提出日から溯る5年間において、指定された上場企業株式の売買（指定された上場企業による自己株式の買付を含む）において金融庁より受けた課徴金納付命令や金融商品取引所より受けた注意喚起の内容（時期、指導や指摘の内容）、当該状況に至った原因及び再発防止策について記載する。
確認書提出日から溯る3年間における法令違反等の状況
上記の項目は、確認書提出日から溯る3年間における行政指導・処分等（国税局、税務署及び労働基準監督署からのものも含む）、法令違反及び不祥事等（情報漏洩を含む）の内容について、また、その後のこれら法令違反に対する対応等を記載する。
確認書提出日から溯る3年間の役員及び役員に準ずる者
上記の項目は、確認書提出日から溯る3年間（代表取締役については5年間）の役員及び役員に準ずる者の氏名及び経歴(生年月日、最終学歴、指定された上場企業入社前の全職歴、指定された上場企業における主な職歴及び担当業務、確認書提出日から溯る10年間の賞罰等)を記載する。他の企業や団体等から移籍している場合には具体的な移籍の経緯・理由について、他の企業・団体等の役職員等を兼職している(子会社及び関連会社との兼職は除く)場合には兼職先名、兼職先での業務内容(兼職先で役員に就任している場合には常勤・非常勤の別など具体的な兼職の内容、指定された上場企業における常勤役員については、兼職の経緯･理由)について、退任している場合には退任年月、退任の経緯・理由についても記載する。
確認書提出日から溯る2年間の取締役会の開催状況、取締役会の運営実務
大株主の最近3年間における所有株式数及び持株比率の推移
上記の項目は、提出日における大株主(上位15名程度)の最近3年間における所有株式数(他人名義のものを含む)及び持株比率の推移を、IIの部記載要領」の表の形式で記載する。なお、重要な変動があればその理由(記載可能な場合に限る)を注記する。
確認書提出日から溯る3年間の国税庁及び税務署からの調査について
上記の項目は、確認書提出日から溯る3年間における企業集団の国税局及び税務署からの調査の状況について、調査の有無、調査時期、調査内容、法令違反、行政指導等の状況及びその後の対応等を記載する。
継続企業の前提に関する注記について
上記の項目は、直近の事業年度末において継続企業の前提に重要な疑義が生じている場合は、当該疑義を解消するための事業計画（資金計画も含む）及びその進捗状況について記載する。
減損損失の計上方法及び管理方法
最近5年間に計上した減損損失
引当金の計上方法及び管理方法
最近5年間に計上した引当金
製造原価について
2013年8月9日に実施された有価証券上場規程改正前は、2回まで「内部管理体制確認書」の再提出が可能であった（改善期間3年。例：6月1日に指定を受けた上場会社で、かつ指定が継続された場合は毎年6月1日に「内部管理体制確認書」の再提出を行わなければならない）、1回目並びに2回目に提出した「内部管理体制確認書」の審査でも上場廃止とはならなかった。
2013年8月9日に実施された有価証券上場規程改正後は1回しか再提出が認められず（改善期間1年。改善されていないものの、今後の改善が見込まれる場合のみ改善期間が6ヶ月延長される）、1回目の「内部管理体制確認書」提出日の6か月後の当日に再提出を行わなければならない（例：6月1日に最初の「内部管理体制確認書」を提出し、かつ指定が継続された場合は12月1日に「内部管理体制確認書」の再提出を行わなければならない）。改正後は、前述の通り1回目に提出した「内部管理体制確認書」による審査結果によっては上場廃止となる。「内部管理体制確認書」による審査結果は、1回目の提出時が1ヶ月〜6ヶ月、再提出時が1ヶ月〜7ヶ月と異なる（後述）。指定から1年後の当日や指定継続から6か月後の当日が休業日であった場合、「内部管理体制確認書」の提出日は最初の営業日となる。一方で、1回目の内部管理体制確認書提出前に「指定中に、上場会社の内部管理体制等について改善の見込みがなくなったと取引所が認める場合」に該当したために、1回目の内部管理体制確認書提出を迎えることなく上場廃止となった企業もある（後述）。
また、指定期間中に上場維持基準に抵触（東証旧市場並びに名証旧市場名称では債務超過などの上場廃止基準に該当）する場合もある他、指定期間中や指定解除後も、他の事由（経営破綻、株式公開買付け、公益・投資者保護、有価証券報告書提出遅延など）により上場廃止となった企業もある。
「内部管理体制確認書」の審査結果によって上場廃止となった場合や、指定期間中に「内部管理体制確認書」の審査結果以外の事由（上場維持基準不適合、経営破綻、株式公開買付け、公益・投資者保護、有価証券報告書提出遅延など）により上場廃止となったは場合は、整理銘柄への指定と同時に特設注意市場銘柄の指定は取り消される。「内部管理体制確認書」の審査結果による指定解除や上場廃止は、特設注意市場銘柄の指定と同様、東証上場企業の場合は日本取引所自主規制法人による審査結果によって、名証上場企業の場合は名古屋証券取引所自主規制グループによる審査結果によって決定される。
2020年11月1日以降に新規上場申請を行った企業において、新規申請書類や上場審査の書類に重大な虚偽記載を記載した場合が発覚した場合は、1年以内に宣誓書違反による再審査を受け、上場維持か上場廃止の最終判断が下されることになるため、特設注意市場銘柄の指定対象外となる。
東京証券取引所では、2024年1月15日に実施された有価証券上場規程改正後は、1年以内に内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合は改正前と同様に1回しか再提出が認められず（改善期間1年）、1年以内に内部管理体制等が適切に整備されていると認めるものの、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）や1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されている場合であっても、事業の継続性・収益性が確保されていると認められない場合や上場維持基準不適合により経過観察期間入り（指定継続）により指定継続となった企業は、指定継続を決定した日の属する事業年度（当該指定の継続を決定した日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度）の末日から起算して3か月以内に内部管理体制確認書を再提出しなければならない（例：2025年11月1日に指定継続決定となった企業の決算日が3月31日の場合、2026年3月31日から6月30日の間に「内部管理体制確認書」の再提出を行わなければならない。2026年5月1日に指定継続決定となった企業の決算日が6月30日の場合、2027年6月30日から9月30日の間に「内部管理体制確認書」の再提出を行わなければならない）。1回目の内部管理体制確認書の審査により経過観察期間入り（指定継続）した企業は、経過観察期間による審査で指定継続となった場合は、指定継続の度に内部管理体制確認書を再提出しなければならない。「内部管理体制確認書」による審査結果は有価証券報告書などの財務諸表による審査も加味されるため、1回目が指定から1年後に到来する日の属する事業年度の末日以降3カ月以上、再提出時が再提出直後から3か月以上と異なる。指定から1年後の当日が休業日であった場合、「内部管理体制確認書」の提出日は最初の営業日となる。
2024年1月14日まで東京証券取引所から、同年4月25日までに名古屋証券取引所から特設注意市場銘柄に指定された上場会社は、内部管理体制に問題がないと認められた場合はこの銘柄の指定が解除され、通常の取引銘柄に復帰できるが、問題がある場合は指定継続もしくは上場廃止となり、指定継続となった前述の通り指定から1年6ヶ月後に2回目となる「内部管理体制確認書」を再提出しなければならない。指定継続となった上場企業は、再提出した「内部管理体制確認書」の審査結果により、指定解除（上場維持）か上場廃止の最終判断が下される。
2024年1月15日以降に東京証券取引所から、同年3月8日以降に札幌証券取引所と福岡証券取引所から特別注意銘柄の指定を受けた上場会社は、1年以内に内部管理体制等が適切に整備され、運用されていると認める場合かつ、事業の継続性・収益性が確保されていると認められる場合、全ての上場維持基準に適合（東証のみ）や上場廃止基準に抵触しない（札証・福証のみ）場合は指定が解除され、通常の取引銘柄に復帰できるが、1年以内に内部管理体制等を適切に整備・運用されていないと認められる場合は上場廃止となる。1年以内に内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）、1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されている場合であっても、事業の継続性・収益性が確保されていると認められない場合上場維持基準不適合（東証のみ）や上場廃止基準に抵触（札証・福証のみ）の場合は指定継続となる。1年以内に内部管理体制等が適切に整備されていると認めるものの、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）や1年以内に内部管理体制等が適切に整備・運用されている場合であっても、事業の継続性・収益性が確保されていると認められない場合や上場維持基準不適合により経過観察期間入り（指定継続）により指定継続となった上場企業は、指定継続を決定した日の属する事業年度（当該指定の継続を決定した日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度）の末日から起算して3か月以内に内部管理体制確認書を再提出しなければならない。1回目に提出した内部管理体制確認書の審査結果によって内部管理体制等が適切に整備・運用されていると認める場合であっても、継続性・収益性が確保されていると認められない場合、上場維持基準不適合（東証のみ）や上場廃止基準に抵触（札証・福証のみ）した上場企業は指定継続となると同時に、後述の経過観察期間に入る。内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）によって指定継続となった企業は、再提出した「内部管理体制確認書」によって審査が行われ、指定解除（上場維持）・指定継続（経過観察期間入り）・上場廃止の最終判断が下される。
2024年4月26日以降に名古屋証券取引所から特別注意銘柄の指定を受けた上場会社は、1年以内に内部管理体制等が適切に整備され、運用されていると認める場合は指定が解除され、通常の取引銘柄に復帰できるが、1年以内に内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合は指定継続となる。1年以内に内部管理体制等が適切に整備されていると認めるものの、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）により指定継続となった上場企業は、指定継続を決定した日の属する事業年度（当該指定の継続を決定した日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度）の末日から起算して3か月以内に内部管理体制確認書を再提出しなければならない。再提出した「内部管理体制確認書」によって審査が行われ、指定解除（上場維持）か上場廃止の最終判断が下される。2024年4月26日以降に指定解除された上場企業（2024年4月25日時点で指定されていた企業も含む）が指定解除から3事業年度（指定解除日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度から3事業年度）が経過するまでの間に、内部管理体制の改善が必要と認めた場合は再度指定される他、再度内部管理体制等が適切に整備・運用されていると認められない状態となった場合において、明らかに改善の見込みがないと認める場合は上場廃止となる。