ファイ・ブレイン 神のパズル
各話リスト

話数のカウントは公式サイトに従う。
| 話数 | サブタイトル | 脚本 | 絵コンテ | 演出 | 作画監督 | 放送日 |
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| 第1話 | 迷宮にひそむ契約 | 関島眞頼 | 佐藤順一 | 遠藤広隆 | 佐々木洋平 | 2011年 10月2日 |
| 第2話 | 賢者の報酬 | 樋口達人 | 遠藤広隆 | 京極尚彦 | 安彦英二 | 10月9日 |
| 第3話 | 天才少年の憂鬱 | 加藤陽一 | 今泉賢一 | 久保太郎 | 緒方美枝子 | 10月16日 |
| 第4話 | 密室の少女 | 野村祐一 | 大原実 | 松村玲 | 松田芳明 | 10月23日 |
| 第5話 | 悪夢からの招待状 | 樋口達人 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司 | 10月30日 |
| 第6話 | 光への復活 | 小林英造 | 京極尚彦 | 京極尚彦 | 松井章 | 11月6日 |
| 第7話 | ノノハの称号 | 関島眞頼 | 大原実 | 松村玲 | 松田芳明 | 11月13日 |
| 第8話 | カニ! 温泉! パズル王! | 野村祐一 | まついひとゆき | 阿宮正和 | 佐々木洋平、伊藤裕次 | 11月20日 |
| 第9話 | 落ちたリンゴと道の続き | 樋口達人 | 松尾衡 | 小俣真一 | 緒方美枝子 | 11月27日 |
| 第10話 | 女王の国へようこそ | 小林英造 | 吉田光春 | 吉田光春 | 芳川弥生 | 12月4日 |
| 第11話 | 女王様の逆襲 | 根元歳三 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司 | 12月11日 |
| 第12話 | 再会のパズルタイム | 根元歳三 | 松村玲 | 松村玲 | 松田芳明 | 12月18日 |
| 第13話 | 決別の塔 | 関島眞頼 | 京極尚彦 | 京極尚彦 | 安彦英二 | 12月25日 |
| 第14話 | 友情の資格 | 野村祐一 | 高柳哲司 | 阿宮正和 | 松井章 | 2012年 1月8日 |
| 第15話 | 蒼（あお）い太陽、緋（あか）い月 | 小林英造 | 小野勝巳 | 小野勝巳 | 佐々木洋平、伊藤裕次 | 1月15日 |
| 第16話 | 断罪の迷宮（ラビリンス） | 樋口達人 | 松尾衡 | 高島大輔 | 緒方美枝子、日向正樹 | 1月22日 |
| 第17話 | 真実 | 根元歳三 | 高本宣弘 | 前園文夫 | 松田芳明 | 1月29日 |
| 第18話 | 光への反逆 | 関島眞頼 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司 | 2月5日 |
| 第19話 | 裏切りの証明 | 野村祐一 | 吉田光春 | 吉田光春 | 芳川弥生、中島裕一 | 2月12日 |
| 第20話 | 加速する挑戦者 | 樋口達人 | 松尾衡 | 阿宮正和 | 安彦英二 | 2月19日 |
| 第21話 | 光る涙 | 根元歳三 | 小野勝巳 | 青柳宏宜 | 松井章 | 2月26日 |
| 第22話 | 志を継ぐもの | 小林英造 | 高本宣弘 | 前園文夫 | 松田芳明 | 3月4日 |
| 第23話 | 残された選択肢 | 根元歳三 | 吉田光春 | 阿宮正和 | 佐々木洋平、伊藤裕次 | 3月11日 |
| 第24話 | 永遠の存在 | 関島眞頼 | 高柳哲司 | 齊藤徳明 | 緒方美枝子、宮田奈保美 | 3月18日 |
| 第25話 | パズルタイムの始まりだ! | 樋口達人 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司、佐々木洋平 | 4月1日 |
1月1日は特番のため休止。3月25日はセンバツ高校野球のため休止。
2012年11月18日に放送予定だった第7話の再放送は緊急特番のため11月25日に延期。以下1週間ずつ繰り下げ。
| 話数 | サブタイトル | 脚本 | 絵コンテ | 演出 | 作画監督 | 放送日 |
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| 第1話 | オルペウス・オーダー | 関島眞頼 | 小野勝巳 | 小野勝巳 | 佐々木洋平、伊藤裕次 | 2012年 4月8日 |
| 第2話 | 心の闇 | 樋口達人 | 高柳哲司 | 曽我準 | 山本航、富山大輔 | 4月15日 |
| 第3話 | ぺろりんぽろりんのワナ | 野村祐一 | 高本宣弘 | 三好正人 | 松井章 | 4月22日 |
| 第4話 | 騎士たちの夜 | 根元歳三 | 高柳哲司 | 阿宮正和 | 荒尾英幸 | 4月29日 |
| 第5話 | 迷えるガリレオ | 小林英造 | 青柳宏宜 | 青柳宏宜 | 今岡大、外谷章 | 5月6日 |
| 第6話 | 決闘はパズルの調べ | 樋口達人 | 佐藤順一 | 高田淳 | 田辺謙司 | 5月13日 |
| 第7話 | 約束 | 根元歳三 | 重田敦司 | 重田敦司 | 青木あさ子 | 5月20日 |
| 第8話 | ほわわんをあげたい | 野村祐一 | 高柳哲司 | 曽我準 | さとう陽、山本航 | 5月27日 |
| 第9話 | 笑顔の真実 | 関島眞頼 | 小野勝巳 | 小野勝巳 | 伊藤裕次、松浦里美 | 6月3日 |
| 第10話 | パズルタイムが始まらない! | 小林英造 | 佐藤順一 | 佐藤和磨 | 緒方美枝子、岡田由起子 | 6月10日 |
| 第11話 | ノノハだって解きたい! | 根元歳三 | 高柳哲司 | 牧野吉高 | 松井章 | 6月17日 |
| 第12話 | ミノタウロスの誘惑 | 樋口達人 | まついひとゆき | 阿宮正和 | 荒尾英幸、杉光登 | 6月24日 |
| 第13話 | 禁断の果実 | 樋口達人 | 青柳宏宜 | 青柳宏宜 | 今岡大、外谷章 | 7月1日 |
| 第14話 | 帰ってきた悪魔 | 根元歳三 | 遠藤広隆 | 曽我準 | たかぎじゅん、山本航 | 7月8日 |
| 第15話 | つぐない | 小林英造 | 重田敦司 | 重田敦司 | 佐々木洋平、伊藤裕次 中島利洋 | 7月15日 |
| 第16話 | 憎しみの欠片（ピース） | 関島眞頼 | 高本宣弘 | 川西泰二 | 服部一郎 | 7月22日 |
| 第17話 | ピノクルの覚悟 | 根元歳三 | 小野勝巳 | 小野勝巳 | 松井章、中村千秋 | 7月29日 |
| 第18話 | その男、ヘルベルトにつき | 野村祐一 | 佐藤順一 | 安藤健 | 荒尾英幸、山崎淳 谷友子 | 8月5日 |
| 第19話 | 覚醒 | 樋口達人 | 遠藤広隆 | 牧野吉高 | 今岡大、外谷章 | 8月12日 |
| 第20話 | 愚者のパズル再び | 根元歳三 | まついひとゆき | 林明偉 | 石井ゆみこ、岩田芳美 池田早香、岩田幸大 | 8月19日 |
| 第21話 | 悲しき道化師 | 関島眞頼 | 青柳宏宜 | 青柳宏宜 | 伊藤裕次、外谷章 佐々木洋平 | 8月26日 |
| 第22話 | 盤上の支配者 | 小林英造 | 重田敦司 | 重田敦司 | 松井章、中村千秋 伊藤裕次、中島利洋 | 9月2日 |
| 第23話 | 神の誤算 | 樋口達人 | 小野勝巳 | 江島泰男 | 服部一郎、緒方美枝子 石井かおり | 9月9日 |
| 第24話 | 閉じた世界 | 関島眞頼 | 佐藤順一 | 安藤健 | 荒尾英幸、山崎淳 | 9月16日 |
| 第25話 | 無限のパズルを解き放て! | 根元歳三 | 遠藤広隆 | 遠藤広隆 牧野吉高 | 佐々木洋平、伊藤裕次 今岡大、中村千秋 重田敦司 | 9月23日 |
| 話数 | サブタイトル | 脚本 | 絵コンテ | 演出 | 作画監督 | 放送日 |
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| 第1話 | レイツェル… | 関島眞頼 | 遠藤広隆 | 牧野吉高 | 佐々木洋平、中島利洋 | 2013年 10月6日 |
| 第2話 | 君は何も知らない | 小林英造 | 尾崎隆晴 | 尾崎隆晴 | 伊藤祐次、中島利洋 | 10月13日 |
| 第3話 | それでも俺は信じる | 松井亜弥 | 木村哲 | 牧野吉高 | 石川智美、中島利洋 | 10月20日 |
| 第4話 | おいしいものを食べればだいたいのことは解決する | 中瀬理香 | 重田敦司 | 重田敦司 | 浜津武広、小山知洋 中島利洋 | 10月27日 |
| 第5話 | そんな気がする | 根元歳三 | もりたけし | 南川達馬 | 緒方美枝子、中島利洋 | 11月3日 |
| 第6話 | レイレイはネコ友 | 小林英造 | 尾崎隆晴 | 尾崎隆晴 | 川田剛、中村真由美 諏訪可奈恵、中島利洋 | 11月10日 |
| 第7話 | あなたもお花いかが? | 樋口達人 | 重田敦司 | 重田敦司 | 伊藤祐次、浜津武広 中島利洋 | 11月17日 |
| 第8話 | 永遠にさようなら | 関鳥眞頼 | もりたけし | 村野佑太 | 芳川弥生、吉原幸之助 中島利洋 | 11月24日 |
| 第9話 | 行きましょう、あの場所へ | 根元歳三 | 牧野吉高 | 牧野吉高 | 浅井昭人、福元敬子 佐々木洋平、中島利洋 | 12月1日 |
| 第10話 | 本当の夢は何だ? | 中瀬理香 | 尾崎隆晴 | 尾崎隆晴 | 緒方美枝子、服部一郎 中島利洋 | 12月8日 |
| 第11話 | 今、誰かを思ってた | 松井亜弥 | 木村哲 | 村野佑太 | 吉原幸之助、中島利洋 | 12月15日 |
| 第12話 | などと言うと思ったか? | 立原正輝 | もりたけし | 安藤健 | 田辺謙司、中島利洋 | 12月22日 |
| 第13話 | こいつは底が浅すぎる | 小林英造 | もりたけし | 左藤洋二 | 伊藤祐次、伊藤秀樹 中島利洋 | 12月29日 |
| 第14話 | あのころの僕たちなら | 樋口達人 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司、伊藤裕次 中村千秋、岩田景子 中島利洋 | 2014年 1月5日 |
| 第15話 | おなかいっぱいの世界をつくりたいの | 根元歳三 | 山崎みつえ | 伊藤秀樹 | 服部一郎、小山知洋 中島利洋 | 1月12日 |
| 第16話 | 旅が終わる | 関鳥眞頼 | 牧野吉高 | 牧野吉高 | 岡田淳、宮谷里沙 佐々木洋平、中島利洋 | 1月19日 |
| 第17話 | ファイ・ブレインとなれ | 根元歳三 | 尾崎隆晴 | 尾崎隆晴 | 石井久美、中島利洋 | 1月26日 |
| 第18話 | 私、パズルが解けなくてもいい | 樋口達人 | 高柳哲司 | みなみやすひろ 宮原秀二 | 福世真奈美、楡木哲郎 斉藤和也、吉田尚人 村田憲秦、中島利洋 | 2月2日 |
| 第19話 | 見ててくれたから | 中瀬理香 | 重田敦司 | 笹原嘉文 | 伊藤祐次、伊藤秀樹 浅井昭人、中島利洋 | 2月9日 |
| 第20話 | 星100個のジンに乾杯 | 松井亜弥 | 山崎みつえ | 鈴木輪流郎 | 服部一郎、緒方美枝子 小山知洋、中島利洋 | 2月16日 |
| 第21話 | カイト、君の負けだ | 小林英造 | 重田敦司 | 重田敦司 | 重田敦司、中島利洋 | 2月23日 |
| 第22話 | だから、君が迷うな | 立原正輝 | もりたけし | 亀井治 | 鈴木竜也、佐々木洋平 中島利洋 | 3月2日 |
| 第23話 | ふたりで! | 樋口達人 | 牧野吉高 | 牧野吉高 | 伊藤祐次、宮谷里沙 鈴木竜也、佐々木洋平 中島利洋 | 3月9日 |
| 第24話 | 欠けていても | 根元歳三 | 遠藤広隆 | 馬引圭 外山草 | 浅井昭人、石井久美 服部一郎、楡木哲郎 中島利洋 | 3月16日 |
| 第25話 | 生きているのがムチャクチャ楽しい | 根元歳三 | 遠藤広隆 | 遠藤広隆、重田敦司 牧野吉高 | 佐々木洋平、鈴木竜也 伊藤祐次、宮谷里沙 中島利洋 | 3月23日 |
12月31日午前10時に放送した第7話の再放送では、緊急地震速報と地震情報を画面に表示していたため、字幕が表示されない場面があった。