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毛利輝元
生涯 > 信長の死・秀吉との講和

6月2日、高松城攻防戦の最中、信長が京において明智光秀によって討たれる、いわゆる本能寺の変が発生した。
6月3日、いち早く情報を得た秀吉は、光秀の謀反による信長の死を秘密にしたまま毛利氏との講和を模索し、安国寺恵瓊に働きかけた。輝元ら毛利側は秀吉から毛利氏の諸将のほとんどが調略を受けていると知らされ、疑心暗鬼に陥り、講和を受諾せざるを得なかった。
6月4日、備中高松城は講和により開城し、城主の清水宗治らは切腹した。また、中国地方の毛利氏支配領域に関しては、秀吉が当初割譲を要求していた美作・備中・伯耆・出雲・備後の五国から、美作・備中・伯耆の三国を割譲することで妥協された。ただし、この時に結ばれたのは当面の戦闘を中止するとした停戦協定に過ぎず、輝元と秀吉の講和ではないとする見方もある。輝元は信長の突然の横死、清水宗治の犠牲と引き換えに危機を脱する形となった。
秀吉はその日のうちに撤退し、毛利方が本能寺の変報を入手したのはその翌日の5日であったことが、紀伊の雑賀衆からの情報であったことが輝元の従兄弟・吉川広家の覚書（案文）から確認できる。この時、元春などから秀吉を追撃すべきという声もあがったが、隆景が誓紙を交わした以上は講和を遵守すべきと主張したため、輝元も追撃を断念した。だが、兵力からいっても､毛利氏の追撃は無理であったのが実情である。
6月9日、信長の死を知った義昭は隆景に対し、帰京するために備前・播磨に出兵するように命じたが、輝元は講和を遵守して動かなかった。毛利氏は上方の情報収集は行ったが、領国の動揺を鎮めることで精一杯であり、進攻する余裕はなかった。
6月13日、秀吉が山崎の戦いで光秀を破ると、輝元は秀吉に戦勝を祝うため、安国寺恵瓊を使者として派遣した。だが、輝元は秀吉の戦勝を祝したものの、講和交渉では譲らず、美作と伊予では羽柴方との戦闘を継続した。
また、秀吉と柴田勝家が覇権を巡って火花を散らし始めると、輝元は双方から味方になるよう誘いを受けた。この間、義昭が勝家から自身の帰京の約束を取り付けると、毛利氏に勝家を支援させるように動き始めたが、輝元は両者の抗争を静観し続けた。
天正11年（1583年）3月、勝家が近江に出陣すると、輝元とともに秀吉を挟撃しようとし、義昭にすすめて輝元に出兵を督促させた。これを受け、4月に義昭は毛利氏に対して、柴田方に加勢し、秀吉を攻撃するように命じた。だが、輝元は「どちらが勝利するか判断できない」という元春や隆景らの意見を重視し、両者との通交を維持して情勢を見極める方針を打ち出した。
同月、秀吉が賤ヶ岳の戦いで勝家に勝利すると、秀吉は毛利氏に対して強硬な姿勢を取り、再侵攻をほのめかすようになった。秀吉が恵瓊に宛てた5月7日付の書状では、輝元に美作・備中・伯耆の三国を割譲することなどを条件に講和を迫り、もしこれを拒否した場合は毛利氏を滅ぼす、という旨が記されており、輝元は決断を迫られた。
輝元は恵瓊から説得を受けたものの、元春や隆景が領地の割譲に反対し、国境の画定交渉は難航した。加えて、割譲を求められた美作・備中・伯耆の三国では、毛利氏配下の国人たちが領有地域からの退去に抵抗し、その説得のためには安易な妥協はできなかった。美作では、毛利氏配下の草刈氏や中村氏が宇喜多勢の侵攻を撃退しており、輝元自身は秀吉との軍事衝突に突入しても互角に戦えると判断していた。だが、恵瓊は秀吉と戦闘に入った場合、9月16日付の書状では「十に七・八は負ける」と判断しており、輝元に軍事衝突を避けるように説得し続けた。
天正12年（1583年）1月、秀吉は毛利氏との講和交渉が進まない事に激怒し、明け渡し対象の毛利氏諸城の攻撃を示唆したばかりか、また講和の条件を美作・備中・伯耆の三国の割譲ではなく、当初の美作・備中・伯耆・出雲・備後の五国割譲に立ち戻ると脅した。前年10月に輝元は叔父の小早川元総と従兄弟の吉川経言を毛利氏の人質として提出していたが、これは秀吉からすれば毛利氏の一時しのぎとしてみなされていなかった。
このとき、秀吉は徳川家康や織田信雄との関係が悪化しており、輝元が軍を率いて上洛し、背後から毛利勢が襲ってくるのではないかという心配にも駆られていた。秀吉は毛利氏が参戦するのを恐れ、小牧・長久手の戦いの間もずっと、宇喜多秀家や因幡衆に警戒させていた。毛利氏もまた、この小牧・長久手の戦いに対してはどちらかといえば中立的立場であり、積極的な介入は行っていない。
同年（1584年）8月、輝元は秀吉に内通したとして、家臣の杉原景盛を誅伐した。
11月、秀吉と家康・信雄との講和が成立し、秀吉はさらに強大な勢力を持つようになった。輝元は秀吉が東海から引き上げて西国へと転向し、毛利氏領国へ侵攻することを恐れるようになった。また、同年秋には備前・美作での戦闘は終結し、毛利氏配下の国人たちは退去しつつあった。
12月26日、秀吉の養子・羽柴秀勝と、輝元の養女（内藤元種の娘）の婚礼の儀が、大坂城内において行われた。
天正13年（1585年）1月、輝元は秀吉との国境画定に応じ、毛利氏は安芸国、備後国、周防国、長門国、石見国、出雲国、隠岐国7ヶ国に加え、備中・伯耆両国のそれぞれ西部を領有することとなった（中国国分）。輝元は祖父以来の領地の多くを認められ、その所領の総石高は120万余石となり、徳川家康や織田信雄らと並ぶ大名となった。
こうして、輝元は秀吉と正式に講和し、天正4年から続いた毛利氏と織豊政権の戦いはようやく終結した（京芸和睦）。
生涯 > 豊臣政権への協力と臣従 > 紀州攻め

天正13年3月、秀吉は根来衆などを討伐するため、紀州攻めを行った。このとき、輝元は秀吉に協力し、毛利水軍を紀州へと派遣している。
生涯 > 豊臣政権への協力と臣従 > 四国攻め

天正13年5月、輝元は秀吉の長宗我部氏に対する四国攻めに協力し、その先陣として、小早川隆景らの軍勢を伊予に派遣した。毛利氏の兵力は3万から4万に及んだという。
輝元はかつて信長に対抗するため、長宗我部元親と同盟を結んでいたが、秀吉との講和により解消されていた。また、伊予には毛利氏と長らく友好関係にあった河野氏がおり、土佐一条氏の侵攻に対して援軍を出したこともあった。そのため、秀吉の四国遠征に協力することは、長宗我部氏のみならず河野氏との断交も意味していた。
だが、毛利家中には深刻な問題が発生していた。それは秀吉に割譲した領地を支配していた毛利氏配下の国人たちに対して、新たな給地をどうするかという問題であった。輝元はこの問題を解決するため、秀吉の四国攻めに協力したのであった。
四国攻めの結果、8月に元親は降伏し、長宗我部氏の領地は土佐一国となり、割譲された阿波・讃岐・伊予に関して国分が行われた。その結果、伊予から河野氏が除封され、輝元配下の隆景、 小早川秀包、安国寺恵瓊、来島通総、得居通幸らに宛がわれた。
また、この間に秀吉が朝廷から関白に任命され、豊臣政権が成立した。
生涯 > 豊臣政権への協力と臣従 > 九州攻め

天正14年（1586年）8月、輝元は秀吉の島津氏に対する九州攻めにも参加した。
これは島津氏が大友氏の本領・豊後へと侵攻し、秀吉の出した惣無事令に違反したことにあった。だが、毛利氏は大友氏に対抗するため、島津氏とはこの九州攻めより以前から友好関係を保っており、軍事同盟が成立していた。また、義昭がその間を仲介し、本能寺の変後も義昭の使者として柳沢元政が下向しており、輝元自身も元政宛ての書状で「薩州こなた手合せの儀肝入」と記している。つまり、秀吉の九州攻めに参加するということは、皮肉にも宿敵であった大友氏を助け、良好な関係にあった島津氏と戦うということであった。
輝元は4月に秀吉から出陣要請を受けると、8月に自身は安芸より、月末には小早川隆景が伊予国より、吉川元春が出雲国よりそれぞれ九州に向けて進発した。そして、輝元は豊後へ到着し、豊臣軍の先陣を任され、毛利勢は島津勢と交戦した。だが、島津氏の兵は精強であり、先陣は敗戦を重ねた。
12月4日、義昭が一色昭秀を薩摩の島津義久のもとに送って、秀吉との講和を勧めている。これは毛利氏の意向を受けたものであり、毛利氏はもともと大友氏との関係から、島津氏と同盟していたこともあって、全面的な闘争を望んでおらず、それゆえ義昭を介す形で意向を伝えたと考えられる。
天正15年（1587年）3月、曲直瀬玄朔が秀吉の計らいで、罹病した輝元を診療して快癒させている。
5月、島津氏が降伏し、6月に秀吉は九州国分を行った。その中で、秀吉は毛利氏の領国の転換を行おうとし、備前・伯耆・備後・伊予を収公して、豊前・筑前・筑後・肥後を代わりに与えようとした。だが、輝元が祖父の治世の早い時期に進出した備後が含まれていたことから納得せず、秀吉は伊予以外の収公を断念し、隆景を伊予から筑前・筑後に移すことを提案した。
隆景は戦乱で荒廃した筑前・筑後を与えられても公役を果たすことはできないことや、自身が毛利氏から離れることが輝元を見捨てることに繋がると、この案にも反対した。結局、同年に筑前一国と筑後・肥前は隆景に宛てがわれ、隆景は毛利氏の経営から離れることとなった。
他方、九州攻めの最中、天正14年11月15日に吉川元春が病死し、輝元を支えてきた毛利両川の体制が崩れることとなった。嫡子の元長もまた、天正15年6月15日に病死したため、その弟の広家が吉川氏を継いだ。
生涯 > 豊臣政権への協力と臣従 > 上洛と秀吉への臣従

天正16年（1588年）7月19日、輝元は小早川隆景や吉川広家など主な家臣を連れて大坂に到着し、浜の町の布屋に入った。このとき、義昭の使者・真木島昭光が訪れ、輝元に金屏風一隻、樽二十荷、肴十折、帷子二十が贈与された。
その後、同月22日に京都に到着した輝元は曲直瀬道三の屋敷に向い、饗応を受けている。この時に輝元から道三に祝儀として銀子100枚、妻の介石には銀子30枚が遣わされている。24日には秀吉と聚楽第で対面した。
そして、同月25日に輝元は内裏に参内し、後陽成天皇から天盃を頂戴され、従四位下・侍従に任官した。さらに28日には参議に転任した。これにより、輝元は清華家の家格を持つ大名として扱われ、朝臣として秀吉の創出した公儀の序列に入った。また、秀吉から豊臣姓と羽柴の名字を下賜され、羽柴安芸宰相と称されるとともに、完全に秀吉に臣従した。
8月27日、輝元は帰国のため、秀吉の聚楽第を訪問した。
9月10日、輝元は宇喜多秀家に招待され、大坂の屋敷を訪問した。この場には秀吉も臨席した。その後、同日に輝元は安国寺恵瓊や細川幽斎（藤孝）を供として、義昭のもとを訪れると、義昭から多年の忠功を感謝され、懐旧談にも及んだという。
9月12日、輝元は大坂を出航し、安芸へと帰還した。
生涯 > 広島城築城

天正17年（1589年）4月以降、輝元は当時の交通の要衝である太田川の三角州（当時の名称は五箇村）に、広島城の築城を開始した。
広島城は、輝元が上洛時に見聞した聚楽第や秀吉の居城・大坂城に感化されて築城されたものである。また、この城は豊臣政権の強い影響下で築城されたという見解もある。他方、この城は太田川の三角州を開拓することにより毛利氏領国の首都機能を集約する意図があったとされ、輝元の意向で築城されたものであって豊臣政権の影響下で築城されたものではないとする説もある。
天正18年（1590年）2月、秀吉が後北条氏に対する小田原征伐で関東へと赴くと、輝元はその留守を預かり、京都警固を務めた。
天正19年（1591年）3月、輝元は秀吉より知行目録を与えられ、112万石の所領を安堵された。
また、同月には広島城が概ね完成し、輝元は長年の毛利氏の居城であった吉田郡山城から広島城に移った。秀吉の聚楽第や大坂城を模したこの城は、毛利氏領国の首都機能を集約し、輝元の権威を象徴するものとなった。
生涯 > 文禄・慶長の役と五大老就任

文禄元年（1592年）2月、輝元は秀吉の朝鮮出兵に応じ、朝鮮へ渡海するために広島城を出発した。その後、4月に小西行長が先陣として朝鮮に入ると、諸将もそれに続き、輝元率いる3万の軍勢は六番隊として朝鮮に入り、5月に星州に布陣した。
6月、輝元は開寧に陣を進め、五番隊と連携して日本軍連絡線の守備に就いた。開城陥落後、諸将は漢城で軍議を開き、各方面軍による八道国割と呼ばれる制圧目標を決め、輝元は七番隊として慶尚道を制圧することとなった。毛利軍は同月の茂渓の戦いや8月の第一次星州城の戦い、9月の第二次星州城の戦いなど、慶尚道において朝鮮軍と激戦を繰り広げた。
文禄2年（1593年）3月、日本と朝鮮の援軍たる明との間で講和交渉が進められると、8月に輝元は朝鮮から帰国した。
文禄4年（1595年）7月、秀吉の甥で関白・豊臣秀次が高野山で切腹させられる、いわゆる秀次事件が発生した。この事件は、輝元と秀次がかつて交わしたという誓約が発端となっているとされてきた。しかしながら、小瀬甫庵の『太閤記』に記されているような輝元と秀次が誓紙を交わしたとする確証は存在しない、とする反論がある。
同年8月、輝元は秀次事件を克服しようと考える秀吉より、徳川家康らとともに五大老に任じられた。このとき、輝元と秀次との誓約が先の事件の発端となったため、御掟五ヶ条が発令され、諸大名間の縁組・誓約（同盟）が全面的に禁止された。
同年10月18日、長らく実子がいなかった輝元に嫡子・秀就が誕生した。だが、輝元は従兄弟である秀元（穂井田元清の子）をすでに養子としており、秀吉からも輝元の後継者として認められていたため、その処遇が問題となった。
慶長2年（1597年）2月、秀吉は明との和平交渉が決裂したことで再度の朝鮮出兵を命じ、西国諸将に動員令が発せられ、7月より戦闘が開始された。このとき、輝元は壱岐まで下向するも、病身のため、10月に秀吉の命により帰還した。そのため、養子の秀元が輝元の名代として、朝鮮に渡海した。この時の兵力は文禄の役と同じ3万であり、秀元もまた輝元と同様に各地で奮戦している。
生涯 > 隆景と秀吉の死・毛利家中の問題処理

慶長2年6月12日、残された両川となっていた小早川隆景が死去した。小早川家臣は養子の小早川秀秋に仕えることをよしとせず、毛利本家に帰参した。しかし、これらの者の中には帰参したはいいが、毛利家中では外様視されてしまうことを嫌い、出奔する者も多く出た。隆景の重臣であった鵜飼元辰も出奔を企てたため、輝元は元辰を殺害した。
また、隆景の死後、三原など毛利本家に返還される所領の処理も問題となった。加えて、輝元は実子の秀就が生まれたため、秀就を後継者とする代償として、養子の秀元に領地を分け与えなければならなかった。
慶長3年（1598年）8月1日、秀吉はこの問題の処理のため、秀元の給地を出雲・石見（石見銀山を除く）の二国とし、隆景の遺領には吉川広家を移す意向を示した。だが、この裁定の直後、秀吉の病状が悪化したため、実行には移されなかった。またこの日、秀吉は輝元の嫡子・秀就と宇喜多秀家の娘の縁組を指示している。
8月9日、輝元は秀吉により、家康や前田利家、宇喜多秀家らとともに伏見城に招かれた。その際、秀吉は自分の死後の国内体制について指示し、東国は家康、西国は輝元、北国は利家、五畿内は五奉行と割り振った。また、秀吉は輝元の嫡子・秀就と秀家の娘の縁組を再度指示するとともに、輝元に秀家を後見するように託した。
8月18日、秀吉が大坂城で死去した。輝元ら五大老や五奉行は誓紙の交換を重ね、秀吉の遺児・豊臣秀頼への忠誠を誓った。だが、秀吉の死後、諸大名の間で政治的抗争が激化し、秀吉没後に決められていた集団指導体制は否定され、多数派工作が展開されていった。
8月28日、輝元は五奉行のうち石田三成ら四奉行に対し、「五大老の内、秀頼への謀反ではなくとも、五奉行の意見の同意しないものがあれば、自身は五奉行に味方して秀頼に奉公する」、とした旨の起請文を出した。輝元は、家康と五奉行が敵対すると考えていた。そのため、輝元は家康と五奉行と不和になった場合に際して、起請文通りに五奉行と連携するため、上方方面に兵を集結させていた。
9月3日、輝元・家康ら五大老と三成ら五奉行は起請文を交わし、「何事に関しても一切の誓紙を交わさない」と定めて多数派工作を禁じ、諸大名の対立はひとまず沈静化した。とはいえ、家康と五奉行の対立は依然として続き、五奉行は強大な軍事力を持つ家康に対抗するため、家康に次ぐ実力を持つ輝元を味方に引き入れようとした。そして、それは秀元の処遇・隆景の遺領問題を輝元有利に決着させるため、秀吉の裁定を見直す方向に繋がった。
その後、豊臣政権の取次であった三成は、秀元に吉川広家の所領である伯耆・出雲・隠岐を与えて、広家を宙に浮いていた小早川隆景の遺領に移す案を作成した。輝元は吉川氏の勢力を削減する意図をもっていたため、瀬戸内海の要所である三原を広家に与えることに難色を示して代替地を備中にする意向を示し、秀元も長門を与えられることを希望したが、所領を移される広家は元よりこの提案内容に反発し、三者三様の反対をした。にもかかわらず、慶長4年（1599年）1月に三成は広家の代替地の決定を先送りする形で、この案を押し切った。
生涯 > 石田三成の失脚・家康による毛利家中介入

慶長4年閏3月、五大老の前田利家が死亡すると、福島正則、加藤清正ら七将が三成を襲撃した。三成は襲撃を逃れ、伏見城内の自邸に逃げ込んだ後、輝元と連絡を取るようになった。その間、三成は輝元に対して、大坂の喉元を抑えるため、尼崎方面に陣を構えるように要請している。
結局、この事件は三成が佐和山城で隠居することで解決したが、この処分の決定には輝元と、同じく五大老の一人・上杉景勝による調整があった。無論、輝元と景勝の両名で決定できるわけではなく、五大老筆頭たる家康との調整も必要であった。
同月21日、輝元は家康と起請文を交わして、そのなかで家康を兄、輝元を弟とし、事実上屈服した。だが、三成が失脚すると同時に、家康は自身と敵対する大名の勢力削減を狙い、その矛先は輝元にも向けられた。
4月、家康は秀吉の遺命という大義名分を掲げ、三成が押し切った毛利氏所領に関する決定の見直しを行い、秀元に長門及び周防の一部を分配するよう輝元に迫った。だが、輝元は自己の権力強化を目指していたため、家康の強制とはいえ、それは受け入れ難いことであった。
6月、家康の介入により、秀元には長門、周防吉敷郡、安芸、周防、備後の旧穂井田元清領が与えられ、広家の所領をそのままに、隆景の遺領は輝元に返還されることになり、輝元・秀元・広家ともにこの案を受け入れた。秀元に与えられた領地は伯耆・出雲・隠岐の三国の石高には若干及ばなかったが、秀元は父の遺領を引き継げたため納得し、毛利家中における秀元の処遇問題は解決した。
しかし、毛利氏の内部には、家康が家中の問題に介入し、それを許したという遺恨が生まれた。輝元もまた、自らを頂点とする一元的な支配体系の構築を目指してきただけあって、家中の問題を自分の思い通りにできなかったことを屈辱に感じた。そして、輝元は家康の権力増大を食い止める必要性を感じ、それが翌年の決起に繋がっていった。
生涯 > 西軍総大将として・関ヶ原の戦い > 西軍決起と大坂城入城

慶長5年（1600年）5月、家康は上杉景勝が上洛を拒否したことを理由に、これを秀頼に対する謀反として、会津へ出兵した。家康が前年9月に大坂城に入城して以降、豊臣政権は家康が運営しており、輝元も景勝討伐に対して賛同せざるを得なかった。とはいえ、輝元は景勝と石田三成襲撃事件の解決を2人で調整したことにより、強く結びついていたと考えられている。
6月16日、家康は諸将を引き連れて会津へと出陣したが、輝元はその直前に広島へと向けて帰国した。輝元は広家と恵瓊を出陣させたが、恵瓊は近江に赴き、三成や大谷吉継と会談し、家康に対する決起を決めた。そして、恵瓊は大坂に戻り、輝元の意向と称して会津への出兵を差し止めた。
7月、三成が挙兵の意志を示した。この時、三成は吉継の進言に従い、自身は総大将に就かず、家康に次ぐ実力を持つ輝元を西軍の総大将として擁立しようと画策する。そして、輝元は7月12日付の書状で、五奉行のうち前田玄以、増田長盛、長束正家から上坂を求められた。
7月15日、輝元は三奉行からの書状を受け取るとすぐ広島を出発し、7月19日には大坂城西の丸に入城した。醍醐寺三宝院門跡・義演の記した日記『義演准后日記』7月19日条よると、その兵力は6万であったという。
それより2日前の17日、秀元は家康が居を置き政務を執っていた大坂城西の丸を占拠しており、城内から家康の留守居役を追い出していた。大坂の徳川方勢力の動きを封じ、秀頼を手中に収めることは西軍決起の計画の最重要行動の一つであったが、これは輝元の判断なしで秀元が行える行為ではなく、輝元は17日の時点で在坂していたか、あるいは事前に秀元に対して指示を出していたことになる。
また、この17日には、大坂方の諸将が「内府ちがひの条々」を全国の諸大名に発し、家康に対して宣戦布告した。輝元はこれに合わせ、宇喜多秀家と連署状を諸大名に発し、前田利長らを味方に誘った。この書状において、家康が誓詞に背いて恣の所業を行い、ほかの大老や奉行を次々倒そうとする中で、どう秀頼を守ることができようかと訴えた。
輝元は上坂すると、諸将より西軍の総大将に推挙され、盟主として全軍の指揮を執ることとなった。輝元は大坂城西の丸を拠点としたが、会津出兵以前に家康が居住していた西の丸に入城したことは、輝元が豊臣政権の事実上の第一人者の地位についたことを示していた。また、輝元は嫡子・秀就を豊臣秀頼のいる本丸に入れ、児玉元兼や国司元蔵らとともに侍らせた。これにより、輝元らの勢力は豊臣公儀の正当性を得た「公儀の正規軍」となった。
そして、輝元ら大坂の諸将は作戦を議して、輝元は大坂城で秀頼を擁護し、宇喜多秀家や石田三成らが近畿や伊勢、濃尾方面に軍を出陣させ、これらを平定することになった。また、家康が西上してきた際には、輝元が大坂より出陣し、西軍の全軍を指揮して迎撃すると定められた。だが、輝元は関ヶ原の戦いの終結まで、大坂城から出陣することはなかった。
生涯 > 西軍総大将として・関ヶ原の戦い > 四国・九州での展開

輝元は関ヶ原の本戦に至るまで、四国から九州北部にかけての侵略を広範囲にわたり計画・実行し、軍勢を展開した。輝元は西国の統治者を自負しており、反徳川として決起するに際し、西国の大名らに自陣への参加を呼びかけ、従わない大名には懲罰権を発動する形で攻撃を企画したのであった。
九州に向けては、当時広島城に滞在していた大友吉統を、吉統の旧領である豊後国に派遣し、大友軍は東軍の黒田氏や細川氏の九州留守居軍と戦闘を行った。また、西軍方の毛利吉成（もとは森氏で、輝元の毛利氏とは別族）が伏見城の戦いでの損害により兵力を欠くこともあり、黒田方から防衛するためとして、輝元の旧領であった豊前国の吉成領を占領した。
四国では、蜂須賀至鎮が東軍に参陣したことから、その父・家政の身柄を押さえ、蜂須賀氏の領国・阿波に毛利氏の軍勢を差し向け、徳島城を占領させた。また、東軍方で領主不在であった伊予国の加藤嘉明領と藤堂高虎領では、故・小早川隆景の旧臣であった国人を促し、蜂起させる。加藤領には毛利軍が侵攻し、交戦した（三津浜夜襲）。藤堂領で蜂起した国人は、藤堂氏に鎮圧されている。
生涯 > 西軍総大将として・関ヶ原の戦い > 関ヶ原本戦の敗北と大坂城退去

7月18日、西軍は丹波・但馬の軍を同調しなかった細川幽斎が守る丹後田辺城に向かわせ、19日には宇喜多・島津・小早川の軍を発し、家康方の上方における根拠地・伏見城を攻めさせた。さらに、23日に輝元は毛利氏の軍一万を伏見城攻撃に参加させ、8月1日にこれを落城させた。
8月5日、輝元は秀元と広家、恵瓊ら毛利軍を出陣させ、伊勢国安濃津城を攻撃したのち、9月10日に南宮山に着陣した。一方、同月1日に家康も江戸を出発して西上し、12日に岐阜に到着した。
輝元は大坂城にとどまっている間、家康の西上を阻止するために軍を南宮山に布陣させるとともに、離反者の情報を懸命に収集した。西軍の大名には離反のうわさが飛び交っており、輝元は恵瓊からその報告を受けていた。また、輝元は小早川秀秋が東軍に内通しているという報告も知らされていたが、最後まで対処できなかった。
一方、西軍が負けると判断していた吉川広家は黒田長政を通じて、毛利勢の本戦不参加を条件に、毛利氏の所領安堵などの交渉を行った。そして、9月14日に広家や家老の福原広俊が毛利氏の証としての人質を徳川方に差し出し、徳川方の本多忠勝や井伊直政は両人に対し、「家康が輝元を疎かにしないこと、領国をすべて安堵すること」を約束した起請文を提出している。このとき、広家は毛利氏の諸将と協議せず、密約を結んだといわれている。
9月15日、関ヶ原で西軍と東軍が激突したが、西軍は広家や秀秋らの裏切りによって敗北し、戦いは一日で終結した。南宮山に布陣していた毛利の大軍勢は広家ら吉川軍に抑えられ、福原広俊が秀元の出馬を諫めたりしたため、傍観するほかなく、東軍と一戦も交えずに大坂に向けて撤退した。
秀元ら毛利勢は南宮山から伊吹山に入ると、17日に伊吹山を発ち、東軍が攻撃中の佐和山城のふもとを通過して、18日に瀬田を通過し、大坂に帰還した。この間、毛利勢は退却中にも、東軍と一戦も交えなかった。関ヶ原で激戦を繰り広げた東軍には、無傷で退却する毛利勢を攻撃する余力はなかった。そして、毛利勢は輝元のいた大坂城西の丸には入らず、大坂の町中に駐屯した。
西軍の敗退後、秀元や立花宗茂、島津義弘らは大坂城で籠城して戦い、家康に一矢報いるべきだと主張した。輝元には豊臣秀頼を擁して、大坂城で籠城して戦うという選択肢が残されていた。また、大阪には無傷で帰還した毛利勢や、本戦に参加しなかった軍勢も多数存在した。無傷のまま温存された毛利勢は、合戦で疲弊した東軍にとって大きな脅威であった。家康としては、輝元が秀頼を奉じて大坂城に籠城し、抵抗を続けることを恐れており、輝元を城から退去させる必要に迫られた。
そのため、家康は輝元に対して、9月17日に両者の良好な関係を望むとの書状を送り、大坂城からの退去を促した。輝元もまた、9月19日に家康に返書を送り、所領安堵に関してどうなるかを聞いている。9月22日付の起請文では、輝元が所領安堵を条件に、大坂城西の丸からの退去する旨を記している。
そして、9月25日に輝元は所領安堵の起請文を受け取ると、秀元らの主戦論を押し切り、大坂城西の丸から退去し、木津の毛利屋敷に入った。その後、輝元は四国・九州の毛利勢も順次撤退させている。
生涯 > 防長減封と出家

9月27日、輝元と入れ替わる形で、家康が大坂城西の丸に入城した。また、9月30日には、輝元は福島正則と黒田長政より、家康から身上保証が約束されている承認している旨を告げられた。だが、家康の大坂城入城後、輝元の花押が押された書状が多数押収され、輝元が西軍と関わりないとの広家の弁解とは異なり、実際には総大将として西軍を指揮していたことが明らかとなった。
10月2日、家康は広家の説明が事実ではなかったことを理由として、輝元と交わした所領安堵の約束を反故にし、「毛利氏は改易し、領地は全て没収する」とした。そして、家康は輝元を改易した上で、改めて広家に周防・長門の2ヶ国を与えて、毛利氏の家督を継がせようとした。
しかし、広家は本家を見捨てることができず、10月3日に輝元が西軍の首謀者でないことを改めて弁解するとともに、周防・長門2ヶ国は輝元に与えるよう嘆願した。井伊直政もまた、家康に起請文を破ることへの不義を訴えたため、家康も輝元の処遇を考え直した。
10月10日、家康の命により、毛利氏の所領は山陽・山陰8ヶ国から周防・長門2ヶ国の29万8千石に減封され、輝元が保持していた祖父以来の領地も多くが失われた（防長減封）。結局、輝元が隠居することにより、秀就が周防・長門2ヶ国を安堵される形で決着し、毛利氏の改易は避けられた。
同月、輝元は剃髪し、法名を幻庵宗瑞（げんあん そうずい）と称した。そして、嫡男の秀就に家督を形式的に譲り、秀就が初代の長州藩主となった。しかし、実際にはこれ以後も法体のまま、輝元が実質的な当主として藩に君臨し続けており、秀就との二頭体制が敷かれた。
生涯 > 支配体制の転換

輝元は豊臣期末には自らを頂点とし、佐世元嘉や二宮就辰、榎本元吉、堅田元慶、張元至ら様々な出自を持つ5人の輝元出頭人が領国統治を主導するという、一元的支配を構築しつつあった。輝元は文禄の役以降、上方にいることが多く、国許の統治を元嘉ら輝元出頭人に担わせていた。
だが、江戸時代になると、輝元が本国に在国し、一方の秀就は江戸に在国ということが多くなるという二頭体制により、江戸幕府との折衝が豊臣期よりも重要性が増した。そのため、支配機構も変化を余儀なくされ、国許に在国して輝元を支える役職と、藩主・秀就に随従する役職の二元構造に移った。
慶長6年（1601年）8月27日、輝元は側近の一人・張元至を、秀就の乳母との密通を理由として切腹させた。だが、元至と密通したとされる乳母はその事実を強く否定しており、この密通事件は事実でなく、元至を排除するための名目であったとされる。輝元は関ヶ原の敗戦によって権威を低下させていたが、輝元に代わって当主になる人間はほかにおらず、そのために輝元出頭人を身代わりとすることを選び、また後継者である秀就に対する輝元出頭人の影響力を排除するため、元至を粛清せざるを得なかった。
事件の結果、秀就の周辺から輝元出頭人が排除され、秀就の母の兄弟や、次期当主の守役を務めていた五奉行系の家により、秀就の側近は独占された。輝元は来るべき秀就政権の安定化に向けて、旧勢力に軸足を移す形となった。
本国では、輝元出頭人の筆頭でもあった佐世元嘉が政務を司ったが、藩政の主導権は輝元のいる上方にあり、元嘉の担う役割は低下した。また、上方では、輝元出頭人の榎本元吉に加え、福原広俊、井原元以が政務にあたったが、江戸幕府との調整が重視される時代になると、関ヶ原の敗戦時に講和交渉を担当した福原広俊が筆頭格となり、上方においても輝元出頭人の権力が低下した。
慶長8年（1603年）10月以降、輝元が在国するようになると、国許での政務は佐世元嘉、榎本元吉、井原元以が担った。だが、幕府との交渉は福原広俊が担い、益田元祥も広俊に準じる存在となっていった。そして、慶長12年（1607年）頃、元嘉は財政再建の失敗を理由に更迭された。
こうして、輝元は豊臣期末に目指した専制体制を、自らの手で終わらせることにした。そして、輝元出頭人への権力集中を通じた輝元の専制体制から、毛利氏一門や譜代家臣、旧有力国人層らの上に、輝元と秀就が立つという支配体制に転換した。
生涯 > 財政の再建・家臣団の処遇

輝元は上方に留まりながらも、防長減封の直後に発生した先納貢租の返還問題、家臣団の処遇に関して対応した。
減封の決定した慶長5年10月の時点において、毛利氏領国での同年分の貢租は徴収済みであった。そのため、減封により毛利氏の領国を離れた安芸、備後、出雲、隠岐、伯耆、備中における先納貢租に関しては、合戦後に配置された各藩主やその代官から返還督促に悩まされた。特に、福島正則は輝元に対し、合戦後の毛利氏の処分軽減に尽力した恩義があるとして、返還を強く迫った。
正則の使者は輝元から色よい返事がもらえるまでは帰れないと留まったが、輝元は様々検討しても、解決策を見いだせなかった。そのため、芸備両国を離れて防長両国に移住した毛利側の領主から収納分を徴発することによって、慶長6年3月までに2万石を返還し、不足分は秋の収納をもって返還することとされた。輝元は、返還を待ってもらえなければ、正則の尽力によって存続できた毛利氏が破綻するとして懇願している。
また、関ヶ原の合戦前の毛利氏領の石高は119万石であったが、防長2ヶ国で30万石にされたことで、家臣の領地もそれに応じて削減しなければならなかった。防長2ヶ国において、毛利家中に留まることを選んだ家臣らの領地は5分の1に減知されたが、家の維持が困難になることもあったので、一律に5分の1にはされず、削減比率には軽重がつけられた。
例として、一門の毛利元康、安芸の有力国人・天野元嘉、阿曽沼氏らは5分の1になっているが、備後の有力国人・三吉氏は10分の1以下にされている。中規模家臣では、減知率が縮小しており、また加増された家もある。このような比率の差に関しては、輝元との親疎や、輝元からの期待感を反映したものと考えられる。
他方、減知された家臣の中には、不満を抱いて毛利氏から出奔する者もいた。だが、実際には、家の規模を維持するため、他大名への仕官を選択したものと考えられる。実際、出奔した家臣の中にはのちに帰参した者もおり、『萩藩閥閲録』といった由緒書などには「やむなく家中を離れた」と記されている。
出奔する家臣が大勢出る中で、輝元は上方に留まりながらも、混乱に対処しなければならなかった。輝元は出奔する家臣の続出により、自身や毛利氏が侮られることや、家康の機嫌を損ねることを恐れていた。そのため、輝元は国許を統括する佐世元嘉を通して、問題の対処にあたっている。
他方、輝元は有能な者は家中に留めておく必要があるが、そうでない者は財政再建の支障になると考え、ある程度の出奔者はむしろ好ましいと考えていたようである。実際、出奔した家臣らは備中の出身者が多く、輝元との関係が薄かったため、本拠を捨ててまで毛利家中に残る忠誠心はなかった。輝元としても、出奔者を引き留めるよりも、その知行を残留した譜代家臣らに与える方が有効と考えていた。
輝元はまた、連年にわたって課された幕府普請役の対応によって、家臣が疲弊していたことから、その不満を解消し、財政基盤を強化する必要にも迫られていた。また、減封後の家臣数は全体の石高縮小比率に比べて減少しておらず、領地に比して家臣団が過大であった。
慶長12年以降、検地惣奉行の三井元信によって、「三井検地」と呼ばれる検地が行われた。この検地は慶長16年（1611年）まで行われ、藩の地方支配や財政の規矩の大枠を構成するものとなった。
慶長15年（1610年）、領内検地により、幕閣とも協議し、公称高（表高）36万9,411石に高直しを行ない、この表高は支藩を立藩した時も変わることはなかった。
三井検地によって、毛利家中から離反者がほとんど見られなくなり、また藩が幕府の普請を表面上は問題なく務めたことから、家臣団統制、幕府への対策として成功したと考えられる。
生涯 > 萩城の建設

慶長8年8月、輝元は防長減封後、初めての帰国を許された。その際、家康が輝元の帰国許可を出すにあたって、領内の任意の場所に居城を築くことを指示され、居城をどこにするか早急に検討を迫られた。
同年10月4日、輝元は周防山口に帰国し、覚王寺を仮の居所と定めた。輝元は領内の諸城の構築強化に努め、国境の築城も進んだため、居城の選定に着手した。減封後は暫定的に山口の高嶺城を居城としていたが、高嶺城は海辺に面していない点が近世城郭としては欠点であったため、別の候補地も探し、11月には防府の桑山を候補に選定したが、桑山は砂山で石垣を積み上げることが困難であり、節所もないことから決定には至らなかった。その後、築城の有力候補として、阿武川の河口に位置し日本海にも面している長門国の萩に白羽の矢が立ったが、山陽道への往来が困難であり、位置が領内の北端に位置している点が欠点と考えられた。ここに至って、輝元は築城地の選定に幕府の意見を求めることとした。
慶長9年（1604年）1月、輝元は福原広俊を江戸に派遣し、広俊は既に江戸にいた国司元蔵と共にまず毛利氏の取次を務める本多正純のもとに赴き、防長両国の絵図を示し、候補である周防国山口の高嶺、防府の桑山、長門国萩の指月山のいずれを居城とすべきか意見を求めた。正純は国の地勢や方角について詳しく広俊に質問した上で比較し、暫定的居城の高嶺城では駄目なのかと問うと、広俊はその通りだと答えたため、桑山には節所がないこともあり、正純は所柄の良い指月山を勧めた。その上で、本多正信の意見も聞くように勧め、もし城地の選定について妨害する者がいたとしても我等父子がいるため安心するようにと述べた。その後、広俊と元蔵は本多正信、村越直吉に意見を聞き、最後に堅田元慶も連れて城昌茂に意見を聞いた結果、萩の指月山に居城を築くことに決まった。
そして、輝元は萩城の縄張りを再三固辞する吉川広家に強く依頼して、2月18日に縄張初を行い、築城がある程度進んだ11月10日に輝元は山口から萩城に移り住み居城とした。だが、萩城の普請は輝元の入場後も続けられ、翌年の慶長10年（1605年）には城の東門の取入、舟入の南喰違の石垣、北の浜辺の石垣等が完成する。幕府は築城の規模を極めて小さくするように指示していたが、最終的に萩城は広島城に匹敵するほどの大規模な城郭となった。
慶長10年7月2日、輝元は家中統制の必要もあり、熊谷元直と天野元信らを萩城の建築中の3月に発生した五郎太石事件に絡んで粛清した。この事件は熊谷元直・天野元信ら両名と益田元祥との萩城の建設における争いが発端であるが、これにより城の建設が遅れたたほか、2代将軍となった徳川秀忠を祝うための輝元の上洛まで遅れることとなった。輝元は4月に上洛したものの、築城作業の遅延が幕府の不興を買うことを恐れ、6月に萩城に戻ると、7月には両名を追討するに至った。
生涯 > 大坂の陣 > 冬の陣

慶長19年（1614年）8月、方広寺の大仏殿鐘銘問題を契機として、江戸幕府と豊臣氏の緊張が高まった。豊臣側は豊臣恩顧の大名に参陣を呼びかけたが、輝元をはじめ呼びかけに応じた大名はいなかった。
慶長19年（1614年）10月11日、輝元は家康が大坂城攻撃のため駿府を出陣すると、本多正純が家康の出陣を輝元に報じ、毛利氏領内での舟留めと不審な往来船の船改めを要請した。輝元は直ちに了承して舟留めと船改めを実行し、10月24日には幕府奏者番の城昌茂に報告するとともに、万事幕府奉行衆の指図通りに行動すると述べた。しかし、九州から東上する船の内、どの船をどの程度の厳重さで舟留めすべきかが不明瞭であったため、輝元は駿府にいた宍戸元続と神村元種に対し、そのことを本多正純に入念に問い質し、可能であれば正純の墨付を入手するように命じた。
10月23日、家康が二条城に入ると、本多正純は10月24日に輝元へ奉書を送り、毛利氏の出陣を要請した。
11月3日、輝元は毛利秀元の留守を預かる毛利元鎮や椙杜元縁等に対し、秀元から出陣について申し下しがあれば留守衆の内の半分を東上させる一方で、椙杜元縁、西元由、三沢七郎兵衛など残る半分を留守居として長府に在番させ、もし万が一長府を維持できない変事があれば萩に引き上げること等を命じた。さらに11月5日には、秀元領内の廻船を一艘残らず周防国三田尻に回航させること、船子も有り次第に用立てること等を命じている。
11月9日、周防国岩国の吉川広家は輝元の側近である井原元以に上方の情勢を伝え、輝元の出陣を促した。翌11月10日に輝元は益田元祥と山田元宗に国許の差配を任せ、11月11日に萩を出陣し、周防国三田尻から海路で東上した。また、11月10日に徳川秀忠が伏見に到着すると、秀忠に従う酒井忠世、土井利勝、安藤重信は江戸にいる秀就と秀元に出陣を要請し、毛利氏は国許と江戸の両面から大坂城攻撃に加わることとなった。
11月14日夜、輝元は備前国児島郡下津井に、11月17日未明には摂津国兵庫に到着し、直ちに兵庫到着を本多正信・正純父子や、家康の軍に従軍する平川孫兵衛に報じた。また、萩の益田元祥と山田元宗には、自身の兵庫到着や家康の住吉着陣、秀就と秀元も近日に大坂に到着することを報じ、不足する兵粮と軍用金を急ぎ送るよう求めている。さらに、輝元は従軍する家臣等に黒印の掟を布告し、陣中の法度を厳とした。
しかし、輝元は長い航海の疲労からか病にかかってしまったため、井原元以を家康の陣中に遣わし、病により軍務がままならないことを謝した。家康は近日中に西上する秀就に大坂城攻撃を委ね、輝元は国許の仕置きなどをするように答え、秀就の到着を急がせることを促した。
11月21日、輝元は次男・就隆を名代として宍戸元続と共に家康に面会させ、同日夕刻には秀就へ西上を督促する書状を送った。また、11月22日には留守居の繁沢元氏、益田元祥、山田元宗に対し、秀就が到着次第帰国すると報じた。
この頃、家康は大坂城の堀の水位を減少させて攻撃しやすくするために、摂津国西成郡江口に堰を築いて淀川を塞き止め、淀川の支流の伝法川に舟橋を架けるよう、輝元に対して要請した。
11月22日、要請を受けた輝元は留守居の繁沢元氏、益田元祥、山田元宗に使者を送って、普請に必要な兵糧と銀子を昼夜兼行で急送するように命じ、11月23日には後から東上した吉川広家と繁沢元景を江口に派遣し、工事を監督させた。さらに11月24日には、輝元自ら普請を督するために摂津国西宮へ陣を進めた。
11月29日、本多正純は宍戸元続を通じて、家康の意向により河内国茨田郡守口へ陣を進めるように要請したが、輝元はそのまま西宮へ滞陣を続けた。また、京都所司代の板倉勝重が江口普請場へ乱暴狼藉の禁令出すと、12月3日に輝元も現場の吉川広家、繁沢元景、毛利元倶に対し、西宮で他所の者と紛争し狼藉に及んだ者を捕らえた事例を伝え、よくよく乱暴狼藉を制止するよう命じた。
12月6日、秀就と秀元が大坂に到着し、茶臼山の家康や西宮の輝元と面会した後に大坂に着陣した。秀就が到着したため、12月8日に家康は柳生宗矩を使者として輝元に衣服等を贈って滞陣の労を謝し、帰国して療養することを勧めた。
12月10日、輝元は茶臼山の家康を訪ねて帰国の挨拶をした後に宍戸元続を伴って帰途につき、12月18日には周防国三田尻に到着した。輝元は秀元の命により東上する椙杜元縁に対して三田尻での面談を要請したが、元縁が病で面会に応じられなかったため、12月21日に輝元は秀元が吉川広家や福原広俊と衝突することを戒める訓諭を書状にしたためて元縁に与えた。
一方、大坂に残る毛利軍はその後もさほど戦闘を行わないまま、12月20日には徳川方と豊臣方の講和が結ばれ、大坂冬の陣は終結した。
生涯 > 大坂の陣 > 夏の陣

慶長20年（1615年）4月17日、輝元は本多正純から届いた奉書によって、徳川方と豊臣方が手切れとなった際には摂津国の兵庫、西宮、尼崎付近へ出陣する準備を命じられると、直ちに秀元を毛利軍の先鋒とし、宍戸元続、毛利元倶、毛利元宣、毛利元鎮らを従軍させると決定した。
4月18日、家康が二条城に入り、4月21日には秀忠が伏見城に入ったことで、本多正純は毛利氏への出陣を要請した。これにより、4月28日に先鋒としてまず秀元が出陣し、5月4日に秀就は吉川広正や宍戸元続をはじめとする毛利氏の主力を率いて周防国三田尻を出航したが、秀就は大坂城陥落には間に合わなかった。しかし、家康はそもそも毛利氏へ出陣命令を出すことが遅れたことが原因であるとして、これを不問としている。
大坂夏の陣においては、内藤元盛（佐野道可）、烏田通知、幸田匡種、笠井重政など、豊臣方に加わった毛利氏旧臣がいたが、輝元の母方の従兄弟で重臣の内藤元盛が「佐野道可」と名乗って大坂城に入城したのは、輝元や秀就、秀元、宍戸元続らの謀であるとする説がある。
大坂夏の陣後、5月に元盛が京都郊外で捕縛されると、取調べの担当である大目付の柳生宗矩から輝元の命によって元盛が大坂城に入城した疑惑を問い詰められたが、元盛は独断で入城したと主張し、21日に自刃したことにより毛利氏への嫌疑は不問となった。その後、元盛の息子である内藤元珍と粟屋元豊が家康に謁見し、元盛とは無関係であるとの釈明を認められて帰国したが、輝元は帰国した二人を自害させた上、元珍の息子・元宣を幽閉した。つまり、輝元はこの佐野道可事件を、逆に家中統制に利用している。
生涯 > 家中融和と吉見広長の追討

大坂の陣の後、輝元は大坂の陣の軍役や江戸城などの手伝普請、江戸藩邸の建設でかさむ借財や、関ヶ原以後に生じた家中の分裂を解消すべく腐心した。
元和2年（1616年）7月19日、輝元は家中融和の策として、一人娘の竹姫を吉川広正と婚姻させた。
また、元和3年（1617年）11月には繁沢元景の媒酌により次男・就隆と秀元の長女・松菊子を婚約させ、元和7年（1622年）7月28日に正式に婚姻させた。
元和4年（1618年）8月25日、輝元は清水元親らに命じて、かねてから対立していた吉見広長を追討・殺害した。広長の死より、源範頼以来続いた源氏の名門・吉見氏が事実上滅亡した。
広長は毛利家中での処遇に不満を持ち、関ヶ原の戦い後に独立大名化や他大名への仕官を図って、慶長9年（1604年）から元和3年（1617年）までの13年間に渡って毛利氏を出奔していたが、大坂の陣の後に許されて帰参していた。広長は、益田元祥が幕府より独立大名として処遇するという勧誘を受けていたことから、逆に自ら幕府に接近しようとしたと考えられている。
他方、輝元は広長の出奔を理由として、慶長10年に吉見氏に対して厳しい処分を下し、広長の父・吉見広頼は同心していなかったとして隠居料を安堵したが、家臣らに対しては広長補佐の役割を果たさなかったとして追放処分を科し、あわせて防長二国への入国禁止、違反した場合は成敗するとまで言い渡していた。また、吉見氏を毛利氏に吸収するため、慶長17年（1612年）に吉川広家の次男である彦二郎（後の毛利就頼）に広頼の娘を娶らせて吉見氏を相続させるなど、両者の対立が深刻化していた。
輝元は広長との不和に対して、幕府から家中騒動の嫌疑を掛けられ、ひいては毛利氏の改易に繋がることを恐れていた。そのことが、輝元に広長の追討に踏み切らせることに繋がった。輝元は一度裏切った者は絶対に許さないという冷酷さを以て、家中統制を行った。
生涯 > 最後の上洛

元和5年（1619年）8月、輝元は健康の悪化も顧みず、5月に上洛していた将軍・秀忠に面会して大坂の陣以来の毛利氏に対する好意を謝すため、合わせて今後のことも宜しく依頼するため、あえて上洛に踏み切った。
輝元は病をおして萩城を発ち、8月13日に大坂、8月16日に京に入り、妙伝寺を宿所とした。輝元が入京すると、幕府の年寄衆は直ちに使者を送って輝元の無事の上洛を祝し、8月19日には高力忠房が秀忠の使者として輝元の宿所を訪ね、老躯を推して上洛し祝着である旨を伝え、土井利勝も秀忠との謁見は長旅の疲労を癒してからで良いと内々に伝達した。
8月25日、輝元は土井利勝の宿所を訪ねて饗応を受けてから、秀忠の宿所である二条城に登城した。登城の際には、秀忠の勧めにより玄関まで輿で乗り付け、神尾守世、柳生宗矩、曲直瀬玄朔らに手を引かれて参入し、秀忠の前では本多正純に手を引かれ、土井利勝の取り持ちで秀忠に謁見した。秀忠は輝元と会ってゆるゆると懐旧談をするつもりであったが、輝元の病状が思いのほか良くないことから懐旧談をするのは取り止め、懇ろに遠路上洛した輝元を労うと共に養生するよう輝元に伝えた。なお、輝元登城の際に秀忠がこのような特別な計らいをしたのは、京に滞在中の輝元がしばしば曲直瀬玄朔の薬を服用し、他人との面会を謝絶して秀就や秀元に代理をさせていたためである。
8月28日、土井利勝が上使として来訪すると、輝元は秀忠の計らいや土井利勝の懇意への感謝を述べ、秀就、秀元、就隆、吉川広正の今後を頼むと共に、遠国のことであるのでもし毛利家について不審に思う点があれば内証に尋ねて欲しいと依頼した。
こうして、輝元は上洛の目的を果たし、9月1日に京を発って帰国したが、この時の上洛が輝元の生涯で最後の上洛となった。
また、秀忠への謁見は隠居するにあたり、将軍家への挨拶を済ませる意味合いも持っていた。
生涯 > 家督譲渡

元和7年（1621年）11月3日、輝元は秀就に対し、松平忠輝の改易や福島正則の減転封等の事例から幕府による改易に備えて、20箇条に及ぶ長文の訓戒状を送った。主な内容としては、秀就の行状を戒めて孝行を勧め、毛利家中の者や他家の者、特に将軍や幕府に対する態度こそが肝要と心得て毛利家の存続を図るように求めるものであり、秀就も訓戒状の趣旨を承服し、即日に自筆の返書を出している。
元和9年（1623年）9月10日、江戸から帰国した秀就が萩城に入城すると、輝元は家督譲渡の儀式を行い、正式に秀就へと家督を譲渡した。このとき、輝元は病気療養中であり、同年の秀忠・家光の上洛に際しては、吉川広正をその名代として派遣した。
この元和9年の家督継承儀式により、対内的にも輝元から秀就への家督継承が完了した。だが、輝元はその後も毛利氏当主としての権限を一定は行使しており、その死まで輝元と秀就の二頭体制は続いた。
生涯 > 最期

寛永元年（1624年）9月1日以降、輝元は腹中が詰まる病気にかかった。前年に将軍職を譲って大御所となった秀忠と、将軍・家光の父子は、輝元の病状を憂いて、10月2日に江戸在府中の秀元に帰国を許可し、輝元の見舞いと領国の政治の補佐を命じた。
秀就も輝元の病状を心配して、10月4日に国許の繁沢元景、益田元祥、清水景治に対し、「秀就と就隆は江戸を離れられないため、ただ気遣いをするのみであるが、輝元の養生について相談した秀元が帰国を許可されたため、ひとまずは安堵している」と述べている。
この時の輝元の病も元和5年に京から帰国した際と同様に、榎本元吉が進上した霊薬によって、10月上旬には回復し、食事も元通りとなったが、輝元の体調はこれ以降めっきり衰えることとなった。
寛永2年（1625年）2月、輝元の体調の衰えを心配した秀就は、輝元の見舞いのため、児玉元恒を萩に派遣した。
3月10日、児玉元恒が萩へ到着し、輝元を見舞うと、輝元は大いに喜んだ。輝元の見舞いを終えた元恒は、再び江戸へと戻った。
しかしその後、輝元は腰に腫物ができるなど病状が悪化し、4月27日酉の刻（午後6時頃）に隠居所である萩の四本松邸で死去した。享年73（満72歳没）。
生涯 > 没後

寛永2年（1625年）4月29日、輝元死去の2日後、輝元の病状悪化の報が江戸の秀就のもとに届き、秀就は再び児玉元恒を萩に派遣し、輝元の隠居所に詰めて時々刻々の輝元の様子を伺うよう命じた。
さらに、秀就は秀忠と家光に対して、自らも帰国して秀元と共に輝元の看病に当たりたいと嘆願し、5月2日に帰国の許可と見舞いの品々を与えられて直ちに帰国の途についたが、帰国した秀就は既に輝元が死去していたことを知り深く悲しんだ。
5月8日、江戸に輝元の訃報が届いたが、秀就は既に帰国の途についていたため、就隆が直ちに繁沢元景、益田元祥、榎本元吉らに返書を書き、訃報を受けとり落胆した旨を伝えている。
5月13日、輝元の葬儀が萩の平安寺において執り行われ、輝元の法名を「天樹院殿前黄門雲巌宗瑞大居士」と称した。遺骨は輝元の隠居所に丁重に埋葬し、一寺を建立して「天樹院」と称した。
5月19日、輝元の訃報を知った秀忠と家光は、榊原職直と多賀常長を上使として萩に派遣した。秀忠は香典として銀子300枚、家光も銀子500枚を贈り、弔意を述べた。なかでも、秀忠は輝元とは年来の誼があり、残念であると述べている。これに対して、秀就は繁沢元景を使者として江戸に派遣し、老中の酒井忠勝と稲葉正勝等に贈り物をして丁重に謝辞を述べた。
6月2日、かつて毛利家を出奔して、輝元に帰参を許された長井元房が殉死した。元房の墓は輝元夫妻と同じ場所に建てられた。
大正14年（1925年）3月16日、輝元は従二位を追贈された。
経歴

永禄8年（1565年）
2月16日： 元服に際し、室町幕府の将軍・足利義輝の諱一字を賜り、輝元と名乗る。また、屋形号を許される。
元亀元年（1570年）
3月23日： 右衛門督に任官、従五位下に叙位。
元亀4年（1573年）
2月9日： 右馬頭に遷任。
天正4年（1576年）
11月24日：足利将軍家の桐紋の使用を許可される。
天正16年（1588年）
7月25日： 豊臣輝元として従四位下に昇叙し、侍従に任官。28日、参議に転任。清華家の家格に列す。安芸宰相、あるいは羽柴安芸宰相と称せられる。
文禄4年（1595年）
1月6日： 従三位に昇叙し、権中納言に転任。安芸中納言、または羽柴安芸中納言と称される。
この年、豊氏五大老の一員となる。
慶長3年（1598年）
4月18日： 権中納言を辞任。
慶長5年（1600年）
10月： 出家し、幻庵宗瑞と称す。
元和9年（1623年）
9月10日： 正式に秀就へ家督譲渡。
大正14年（1925年）
3月16日： 贈従二位。
墓所

輝元の墓は、山口県萩市堀内の沙麓山天樹院跡に、正室である南の大方の墓と並んで建っている。輝元の墓は高さ2.1m、南の大方の墓は高さ1.8mと大型で、いずれも花崗岩製の五輪塔形である。
山口県萩市旧天樹院にある毛利輝元の墓所
毛利輝元夫妻の墓
墓所内にある輝元の火葬場跡
系譜

父：毛利隆元（1523-1563） - 毛利元就の長男
母：尾崎局（1527-1572） - 内藤興盛の娘で、大内義隆の養女
弟：毛利徳鶴丸（生没年不詳） - 輝元の弟。母は尾崎局。夭折
姉妹：津和野局 （?-1571） - 輝元の姉妹。母は尾崎局。吉見広頼正室。元亀2年（1571年）10月没
正室：南の大方（1558-1631） - 宍戸隆家の娘
側室：二の丸殿（1572-1604） - 児玉元良の娘
長男：毛利秀就（1595-1651） - 長州藩初代藩主
長女：竹姫（1600-1644） - 吉川広正室、婚姻日は元和2年（1616年）7月。正保元年9月10日 （1644年10月10日）に周防国岩国において死去、法名は高玄院殿超誉珠栄大姉、墓所は岩国市横山
次男：毛利就隆（1602-1679） - 徳山藩初代藩主
側室：於松（?-1641） - 羽根山城守元泰の四女。寛永18年12月13日（1642年1月13日）に萩において病死、法名は妙華院殿清久芳純大姉、墓所は萩市雲渓院
側室：於千、改名して千代（1550-1658） - 井上河内守就正の娘。万治元年10月29日（1658年11月24日）に萩において病死、法名は東泰院殿隣宗受清大姉、墓所は萩市雲渓院
側室：於鶴（?-1677） - 花房太郎左衛門尉某の娘。延宝5年9月18日（1677年10月14日）に萩において病死、法名は正法院殿三融日諦大姉、墓所は萩市大照院
側室：於さな（?-1644） - 伊井、のちに児玉小左衛門真友の娘。正保元9月3日（1644年11月3日）に萩において病死、法名は覚身院殿妙伝尊尼公
養子
男子：毛利秀元（1579-1650） - 毛利元就の子・穂井田元清の長男。長府藩初代藩主
女子：古満（こま）姫（?-1651） - 宍戸元秀の次女。小早川秀秋室、秀秋死後は興正寺門跡准尊室。慶安4年9月29日（1651年11月12日）に京都において死去、法名は長寿院殿釈尼妙専大姉、墓所は京都大谷
偏諱を与えた人物

毛利輝元が名前の一字を与える際、多くは偏諱である「元」の字を与えている。しかし、少数例として先祖である大江広元に由来すると思われる「広」、祖父・毛利元就や嫡男・毛利秀就に由来すると思われる「就」、由来は不明ながら「元」の次に授与例が多い「規」など、他の字を与えている例も存在しており、以下に一覧を記載する。