名探偵コナン 天国へのカウントダウン
ストーリー

コナンは、阿笠博士や少年探偵団と西多摩市でのキャンプからの帰り道に、ツインタワービルの見物へ向かう。車中での暇潰しにと、何も見ずに30秒を当てるゲームを行うが、歩美のみが成功する。前日の夜に、灰原が公衆電話をかけていた場面を目撃していた元太は、彼女に相手を尋ねるが、電話をかけたこと自体を否定される。ビルに着くと、入口に小五郎、蘭、園子の姿があった。ツインタワービルのオーナー・常盤美緒は小五郎の大学の後輩であり、オープン前に特別に招待されていたのである。コナンたちは美緒の秘書・沢口ちなみと専務の原佳明にビルを案内してもらい、最新のゲーム等を楽しむ。その後、広大な富士山が一望できるA棟最上階のパーティー会場で出迎えてくれた美緒から、パーティーに出席する日本画の巨匠であり美緒の絵の先生でもある如月峰水、市議会議員の大木岩松、ビルの設計者・風間英彦を紹介される。各々がビルからの景色を楽しんでいる中、玄関前にジンの愛車である黒のポルシェ356Aが停まっていたことを知ったコナンは黒ずくめの組織がビルへ干渉する理由をいぶかる。その夜、ビルにあるスイートルームの一室で大木が何者かに刺殺される。遺体の横には2つに割られた猪口が置かれていた。
コナンと少年探偵団は大木殺害事件の調査を始める。風間は聴取に応じてくれたが、如月には子供が警察の真似をするなと一喝されてしまう。翌日、新しいゲームの感想を聞かせてほしいと元より招かれていた原のマンションを訪れるが、彼はすでに遺体となっていた。その場にも割れた猪口が置かれていたため、警察は連続殺人として捜査を進める。原はチョコレートケーキを切り分けているところを犯人に襲われており、手には銀のナイフが握られていた。また、死亡推定時刻は如月が少年探偵団と会っている時間帯だったため、彼のアリバイが成立する。警察は常磐財閥が事件に大きく関係していると考え、美緒にオープンパーティーの延期を要請するが、美緒は中止どころか、パーティーにコナンたちまでも招待する。
その一方で、博士も灰原が深夜に電話をかける場面を目にする。阿笠は灰原を信用しながらも、恐怖から黒の組織へ寝返った可能性も否定できないとコナンに話すが、灰原が電話をかけていたのは、組織に殺害された姉・宮野明美が生前ひそかに借りていた部屋の番号であった。姉を偲び、わずか10秒足らずの留守電の声と会話をしていたのだと孤独感を吐露する灰原に対し、コナンは「お前は独りじゃない」と告げ、探偵団の面々を示す。灰原が近況報告をした録音はすぐさま削除したものの、折悪しく明美の隠れ家を突き止めたジンとウォッカが居合わせており、灰原（シェリー）がオープンパーティーに参加することを知られてしまう。
パーティーのためビルに向かう折、コナンと灰原が今回の被害者たちや殺人犯が黒の組織の関係者である可能性を検討していると、園子が髪をウェーブにして現れる。それを見たコナンは、髪型を変えた園子がシェリーこと、元の姿の灰原に似ていることに気づく。パーティーでは余興として、キャンプの帰りに行われたのと同じ30秒を当てるゲームが催される。景品は展示されていたフォード・マスタングで、これは小五郎が的中させる。続いて如月の富士山の絵を紹介するため照明が落とされるが、明かりがつくと絵の前に美緒がつるされており、死亡が確認される。彼女のネックレスにはピアノ線につながったフックが付けられており、絵が下がるのと反対につり上げられる仕組みとなっていた。またしても現場に猪口が置かれていたが、今回は割られていなかった。
コナンが事件を解き明かした直後、黒の組織によって仕掛けられた爆弾が、地下の電気室と発電機室、地上40階のコンピューター室で爆発する。電源は破壊されたが、VIP用の展望エレベーターのみは別電源となっており稼働していた。最大積載量が少ないため、女性と子供・老人のみが順にエレベーターで1階まで降り、搭乗を拒否した如月も含め、それ以外の人物は非常階段で60階まで降り、連絡橋からB棟へ避難することになる。
コナンは蘭や園子とともに最後まで残るが、エレベーターで下りる途中、ジンが園子をシェリーと誤認し、狙撃しようとしていることに気づく。コナンの機転で銃弾は回避され、取り乱した園子を見たジンは別人であることに気づき狙撃を中断するが、エレベーターは停止してしまう。エレベーターから脱出したのは連絡橋のある45階で、コナンたちはそこからB棟へ避難しようとするが、避難する人々のなかにシェリーを発見できず、シェリーが上に残っていると考えた組織によって2つの連絡橋が落とされ、コナンと蘭は取り残されてしまう。2人は消防用のホースを使ってビルの外側にぶら下がり、火元より下の階の窓から再突入することによって脱出に成功する。
少年探偵団と、阿笠に監視を頼んだ人物の姿が見当たらず、コナンが探偵団に連絡を取ると、彼らは60階の連絡橋の前で立ち往生していた。コナンはB棟からターボエンジン付きスケートボードで連絡橋を飛び越える。スケートボードは落ちてしまったが、コナン自身は探偵団との合流に成功する。
コナンは警察に避難用のヘリコプターを頼み、探偵団の3人を先に屋上へ行かせ、自身は灰原とともにパーティー会場へ戻る。そこには大木と美緒を殺害した犯人である如月がいた。美緒のネックレスは外しやすいように細工を施したうえで如月が贈ったもので、暗がりの中でこれを外した後、つけ直してやる振りをしてあらかじめフックをとりつけてある別のネックレスをつけたのだった。如月は原の殺人に関してアリバイがあるが、これは如月が原を殺害するのに訪れた際、すでに別人に殺されていたのを発見し、連続殺人に仕立て上げ他の容疑からも外れるために、後から猪口を置いていた。動機は富士山画家である彼が長年通い、3年前からは仕事場を兼ねた家まで建てた丘からの富士の眺めを、ツインタワービルによって阻害されたことであった。割られた猪口はビルで分断された富士山を表しており、美緒のときは連続殺人であることを示すために猪口だけは置いたが、富士の絵を美緒の体で遮っていたため割る必要がなかった。犯行を暴かれた如月は服毒を図るが、コナンが麻酔銃で阻止する。
警察のヘリコプターが屋上へ着陸しようとするが、組織による放火で阻まれる。コナンたちはパーティー会場で鎮火を待つつもりだったが、そこには大量の時限爆弾が仕込まれていた。ヘリポートの鎮火より先に爆発してしまうため、コナンは展示してあったマスタングで、A棟より背の低いB棟の屋上にある、開閉式ドーム付きのプールへ飛び移る方法を思いつく。パーティー会場では十分な速度まで加速することはできないが、コナンは爆風の勢いを利用してそれを補おうとする。そのためには爆発と同時に窓の外へ飛び出す必要があったが、車に乗り込むとタイマーが見られない。光彦はキャンプの帰りに正確に時間を当てた歩美に計測してもらうことを提案する。元太は彼女が余興の際は外していたことを懸念するが、歩美はコナンが側にいればできると言う。灰原が30秒までタイマーを見ながら読み上げ、以後を歩美に引き継いで車に飛び乗ることになったが、実行の段になると、灰原は30秒を切り、歩美が数えはじめても計測をやめようとしない。自身が犠牲となるつもりでこの方が正確だと嘯く灰原だったが、元太が駆けつけて灰原を強引に車に乗せる。車は眠ったままの如月も含めた6人を乗せてタイミングよく窓から飛び出すものの、その勢いで灰原が車から投げ出されてしまう。しかし光彦が彼女の手をつかみ、車外にぶら下げる形で保持する。しかしそのままでは灰原が装飾用の柱にぶつかってしまうところだったが、コナンがとっさに歩美にかぶせていたヘルメットをキック力増強シューズを使って柱にぶつけて破壊し、全員無事に着水に成功する。
ジンとウォッカはシェリーがパーティーに来なかったと判断する。彼らの本来の目的は原の殺害と、原がハッキングした組織のデータの破壊であったためシェリーには拘泥せず、楽しみは後にとっておくとほくそ笑んで去る。
灰原は光彦と元太に礼を述べ、歩美から「コナンの側にいると心臓が高鳴り、その鼓動で時間がわかる」と告げられたコナンに対しては「吉田さんを泣かせたら許さない」と冗談めかして言い、彼らとの絆を確かめるのだった。