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普天間基地移設問題
これまでの経緯 > 日米会談での普天間返還提案とSACO中間報告 > 嘉手納飛行場統合案

嘉手納弾薬庫地区の次に浮上したのが、嘉手納飛行場への統合案であった。
日本側の検討
日本側から眺めると、本案は次のような経緯を辿って棄却された。後年守屋昌武などが内情に触れつつ概要を明かしている。県内での移設先を検討するに当って、政治的問題として、大田昌秀知事・吉元政矩副知事の連携で県内の自治体首長が次々と革新系に交代し、県南で保守が維持している自治体が嘉手納町と浦添市だけであったということがあった。このため、県内の政治的事情を考えれば、橋本政権内では合意に困難が予想される「新設」は選択肢から消えていた。大田県政は基地返還のアクションプログラムという計画を独自に作成しており、その中でも嘉手納は2015年までに撤去したい旨を記していたが、基地としては最後まで残ることになっていた。そのため、政府は嘉手納への統合案を検討するに至る。
しかし、嘉手納統合案には技術的な問題点として、ヘリと固定翼機の共同運用の問題があった。一方、当時、橋本は総理大臣としては初めて自衛隊の制服組のトップを官邸に招いて定期的に話を聞く機会を設けており、当時の統合幕僚会議議長は航空自衛隊の戦闘機パイロット出身である杉山蕃だった。橋本は共同運用の可能性について検討するように杉山に指示し、陸自のヘリパイロット、空自の戦闘機パイロット、飛行場管制官が集められ検討に入り、出した結論は「共同運用は可能」だった
アメリカ側の検討
しかし、アメリカ軍は下記の3点の理由から上記の日本側の結論に反対した。
低速のヘリと高速の戦闘機を管制官が同時に管制するのは負担が大きい
移設が実行されれば平時でもヘリ、戦闘機が各々60～70機ずつ訓練を行う飛行場となる。有事には増援などにより2～3倍の機体が集結すると考えられ、それを嘉手納一ヵ所で賄う事は不可能。
嘉手納は当時から騒音が問題視されており、P-3Cの駐機場を移転したり、防音壁を設置したりしていた。普天間の機体を収用すれば嘉手納、北谷両町にとっては更に劣悪な環境となる。
なお、アメリカ側の具体的検討の一部は後年日本でも報じられており、そこからも当時のアメリカ軍の考え方や背景を知ることが出来る。1996年7月、在日米軍作戦部（J3）は嘉手納統合案の研究に絡めて、普天間の固定翼機を含めた基地機能の移設を目標に据えた技術評価を実施している。作業は4軍から操縦士と技術者を集めて実施した。『琉球新報』は2009年になってこの技術評価を入手している。それによれば嘉手納統合に代わる移設候補地は下記のようになっていた。
嘉手納弾薬庫地区（新設）
キャンプ・シュワブ（新設）
伊江島への移転（既設）
県外自衛隊基地への移転（既設）
現状の基地能力については次のように評価されている。
普天間：平時71機。戦時最大230機。
嘉手納：平時108～113機。戦時最大390機。
候補地に期待する許容飛行回数は、下記のようになっている。
夜間飛行（18時～6時）回数：55％増
全飛行回数：35%増
候補地の評価基準は下記の5項目となっていた。
滑走路：約1600m
駐機場：約28ha
格納庫・整備施設
事故、火災等の救難装備
民間機やほかの軍用機からの安全性確保
結果、県外の自衛隊基地が移設先として最高得点を得、キャンプシュワブや伊江島は戦闘機の発着が出来ないため評価にはマイナスに響いたと言う。嘉手納弾薬庫は滑走路長以外の条件を満たさなかった。なお、嘉手納統合案については海兵隊は移転可能との意見を出したが、嘉手納に駐留する空軍の第18航空団は否定的意見だった。
後年、滑走に距離を要する固定翼機部隊は岩国などへの移転が決まった。また、基地の位置については琉球新報は触れていないが、この後、それを有力な理由として、後述していくように県外移設は（軍事的評価としては）何度も否定的見解に晒されていくことになる。
これまでの経緯 > 日米会談での普天間返還提案とSACO中間報告 > キャンプ・ハンセン案

1996年5月27日に開催したSACOで日米は作業班の設置を決め、嘉手納統合案などと平行してキャンプ・ハンセンおよびキャンプ・シュワブに対する検討を実施することとした。
キャンプ・ハンセン移転案については下記の点が問題視されている。
平坦な地形ではないため工事が難航する
上記の点から経費面で問題
森林伐採による赤土流出の可能性がある。
現状でも夜間ヘリ訓練で騒音問題が発生している
地元の反発はこれらの候補地でも同様であり、『朝日新聞』によればキャンプ・ハンセンでは6月27日、キャンプ・シュワブでは7月8日以降集会や議会による決議などが相次いだ。
これまでの経緯 > 日米会談での普天間返還提案とSACO中間報告 > 橋本首相による海上ヘリポート構想の表明

嘉手納案が消えた際、次に守屋達が考えたのが陸上から離れ、米軍の使用水域を活用したキャンプ・シュワブ沖の活用案であったと言う。
海上に移設する案は造船業界が1996年夏頃から根回しをはじめた。アメリカ側でも嘉手納案などが暗礁に乗り上げたためそのデッドロックを解くため解決策を模索し、ペリー国防長官、キャンベル国防次官補代理、モンデール駐日大使等が集まった会合で最終確認され、軍部の了解を取り付けた、本案はこのような根回しを経て9月13日のSACO作業部会でアメリカ側から提案されたが、まだ水面下での動きであった。『日経新聞』は橋本が8月頃、自らQIP工法（下記別項で詳述）の採用を提案したと報じている。当初は秘書官室止まりの話に過ぎなかったが、少数の官邸スタッフで練った上でアメリカ側に非公式に打診した。アメリカ側は検討の上提案の形で日本側に回答したのだと言う。なお、防衛庁はこの時点で兵員輸送や住宅など陸上の付属施設の点で難題が多いと慎重姿勢だったと言う。
船橋洋一によれば根回しを行ったキャンベルが一週間もの時間を要したため、事前に提案を知らされていた橋本は「米側決定に時間がかかりすぎるのでイライラしていた」という。そのようになった背景として船橋は下記を挙げている。船橋は「軍がらみの問題はホワイトハウスには上げるなとの暗黙の圧力があった」と言う米政府高官の言葉も紹介している。
クリントン政権の軍嫌悪
大統領選挙中に難題を抱えたくないというクリントン政権の思惑
事態が急展開したのは再び橋本の発言によってであった。橋本は9月17日、沖縄での講演にて海上ヘリポート構想について明らかにした。以降、この発想が世間一般でも広く知られるようになった。
なお、ヘリポートの位置であるが、これも当初からキャンプ・シュワブ沖と明言があったわけではない。しかし、新任の防衛庁長官であった久間章生は、1996年11月16日「現在地からそう遠くてもいけない。騒音問題もある。キャンプ・シュワブ沖合がかなり有力になるのではないか」と述べている。
1996年12月2日にはSACO最終報告が提出された。その中で「代替施設となる海上ヘリポートの機能としては1,300メートルの撤去可能な滑走路を備えることを挙げている。
これまでの経緯 > SACO最終報告の3案

3案の技術的な内容の出典は主に『日経コンストラクション』「普天間基地の代替移設問題 日米政府が海上ヘリポートで合意 施工法は「浮体桟橋工法」か「メガフロート」か」（1997年2月14日）による。
SACO最終報告に先立ち、日本政府は1996年10月に関係省庁の専門家で構成するグループ、および学識経験者を中心とするグループ、TAG（Technical Advisory Group 技術支援グループ）を設置し、施工法について研究を行った。TAGの座長は横浜国立大学教授だった合田良実であり、初会合は10月18日防衛庁で開催されている。研究結果は最終報告に先立ち公表された。海上ヘリポートに求められた土木的な条件は次のようなものであり、これを民間団体や企業に提示して技術提案を募り、その内容を検討した。
具体的な場所は想定しない（最終報告では沖縄本島東岸沖と曖昧にされた）
滑走路の長さは1500m
沖縄本島周辺の100年確率波浪などに対して安全性、耐久性を確保すること
想定水深は5m、25mの2案。
なお、いずれの案も水深が問題となるが、これは基地をどの程度沖合いに展開するか（或いは出来るか）と関係する。陸上から離れるメリットは騒音被害を極限化できる点にあり、関西国際空港などの海上空港が建設された目的のひとつは公害問題への対策にあった。
下記のような検討を経て、最終報告では杭打ち桟橋、ポンツーン方式メガフロート、セミサブ方式メガフロートの3案が現実的に実現可能として併記された。
なお、最終報告に基づき、続いての建設計画の作成は日米合同のFIG（Futenma Implementation Group 普天間実施委員会）にゆだねられた。FIGはSSC（Security Subcommittee 日米安全保障高級事務レベル協議）の監督下にあり、日米合同委員会（日米地位協定25条での設置機関）と共に、1997年12月までに計画を作成するように求められている。
これまでの経緯 > SACO最終報告の3案 > 杭打ち桟橋工法（QIP工法）案

英称はQuick Installation Platformと言う。日本語ではこの当時、「浮体桟橋」と表現する記事が多かった。大手ゼネコンが参加する「沖縄海洋空間利用技術研究会」が研究していた。『日経ビジネス』によれば同研究会は元々は那覇軍港の海上移設を検討する目的で1994年に発足したものであった。海底に固定した鋼管杭により、滑走路や建築物の基礎となる上部工を支持する構造。Quickの名にあるように、急速施工を目指している。
施工はまず鋼板製のフローティングモジュールを工場等で製作し、次いで海上の設置場所まで曳航する。モジュールには予め支えにする鋼管杭の何割かを取り付けておき、設置場所でジャッキによりおろして海底に固定する。その後、今度は杭を更に伸ばしてモジュールを海面よりも上に持ち上げる。これらの作業が終わった後に残りの鋼管杭を取り付け、隣接するモジュールとの接続作業（当時は溶接を想定）を実施する。
本工法は当時既に実績が多く、アメリカラガーディア空港の拡張工事（19万平方メートル）で採用。基本計画の作成から設計に1年半、施工には3年程度と見積もられた。費用は100万平方メートル規模で2000億円（想定水深25m）。陸上とは連絡橋を用いて行き来する。
『日経ビジネス』によれば、海上ヘリポートで使用を想定したユニットの大きさは70m×30mでメガフロートに比較すると小さい。最初に打ち付ける杭が13本、ユニットに予め装着し、最初の段階のジャッキアップに使用し最後に固定する杭が8本、ユニット当り計21本を使用する。研究で目標とした要求に応えるにはユニットは400個以上が必要となる。ユニットの厚さは1.8mで、格納庫は中に置かず、全て上部に建設する。研究会副会長の大内仁は「設計技術、安全基準の評価が進み、実用化が最も進んだ工法」と自賛している。
当時指摘された建設面でのデメリットとしては杭が海底環境に与える影響があった。メガフロート派からもその点を突かれたが、研究会では杭は直径1～1.5mの鋼管であり、断面積は空港全体の0.7乃至1%程度であり、『日経ビジネス』では「撤去時には振動を与えながら杭を抜くため、穴は砂で埋まってしまう」と説明している。
1996年10月には1995年に基本合意された那覇軍港の浦添移転計画に連動して、浦添沖での設置を検討していることが報じられた。防衛庁筋は「那覇空港を離着陸する民間機の本島西側の航空ルートに米軍空域は重ならない」「MOB（後述）に比べ安価」といったメリットを挙げていたが、アメリカ側は「攻撃に対する耐久度が脆い」と難色を示していた。その他、浦添沖にはアメリカ軍の訓練水域は無く、普天間返還の日米合意条件である「沖縄の他の米軍施設・区域にヘリポートを建設」から逸脱する内容でもあった。更に、浦添市が反対を明確にしているという事情もあった。結局、浦添沖でのQIP案は放棄され、SACO最終報告で沖縄本島東岸沖となる。
これまでの経緯 > SACO最終報告の3案 > メガフロート（ポンツーン方式）案

日本でポンツーン方式を初めて提案したのは1990年に設立された造船、鉄鋼、建設など96社で構成する「マリンフロート推進機構」であった。1995年4月には運輸省などの支援を受けて造船、鉄鋼など17社からなる「メガフロート技術研究組合」が発足し、3ヵ年で本方式のメガフロートを実現するための研究に着手した矢先に、基地移設問題が出てきた。研究会はこの時既に神奈川県横須賀市沖に、長さ100m、幅20m、厚さ2mの鋼製の浮体ユニットを展開し実験を開始している。
海上ヘリポートとして提案した内容としては長さ1500、幅500m、厚さ15m。構造物の内部は居住区やヘリ格納庫などに使用する。設計には1年、施工には4年半かかると見積もられた。使用する鋼材は90万トン。1トン当たりの建設費は20万円であった。本方式の場合防波堤を併用するため強度はセミサブ式に比べて低いもので良い。防波堤は撤去可能な構造とするため内部に砂を充填したタイプとし、延長2000m程度とされている。防波堤の建設費は2000mの場合で水深1m当たり6000万～1億円。本案も連絡橋を用いる。『日経ビジネス』によれば、1ユニットのサイズは縦300m、横60m程度を想定し、これを40～50個程度接合してデッキとする。また、組合の追浜事務所長木下義隆が洋上でのユニット接合を「造船会社が得意とする厚板接合の応用」と説明したことを紹介している（なお、1997年7月に技術組合が実施していた横須賀沖での洋上接合実験は成功した）。
『日経コンストラクション』によれば、当時指摘されたデメリットは水深の深い場所では防波堤の建設が困難になっていくことである。また、『日経ビジネス』は鋼構造物は長期耐久性に配慮が必要であり、濡れた状態で空気に暴露されるため最も腐食が進行しやすいスプラッシュゾーン（飛沫帯。潮の満ち引きで海中に没したり、海面に出たりする部分）の防食対策として、チタンクラッド材を張る方法を開発していたことを紹介している。
また、『日経ビジネス』によればQIP派より指摘された問題点として、
揺れの問題が大きく、居住性が損なわれる可能性がある
メガフロートでは防波堤設置による海底、潮流への影響が心配される。
本体施設と海面に隙間がないので、下に日光が入りにくい。
などがあった。揺れの問題については米軍筋からも疑問が呈され、「いくら防波堤があるとは言え、台風が来れば海面は揺れるし、橋の通行が不能になれば軍事基地の用をなさない」と使用上の制約に難色を示している。
これに対しては次のような反論が紹介されている。
防波堤があっても潮流が無くなるわけではなく、プランクトンは生息可能
魚は物陰に寄る習性があり、実験施設では沢山の魚が集まっている
同様の問題について、メガフロート技術研究組合の支持母体、共同研究団体であるマリンフロート推進機構は2000年に出版した浮体構造物技術書の中で次のような内容を説明している。それによれば、横須賀沖で2段階のフェーズで実施したポンツーン式の実用実験では人が不快感として感知し、居住性を損なうような揺れは全く観測されず、動揺で研究が必要とされていたのは浮体の全長に匹敵するような超長周期波との共振や弾性変形による高周波微少振動などであったと言う。そして、「これらの研究・開発により、構造解析や挙動解析といった基本的な分野での研究はおおむね終了したものと考えられる。今後は浮体構造物の性能向上、例えば波浪動揺の減少や防波堤の簡易化など、コスト面で競争力のある浮体構造物の追求が検討の中心となる」と総括している。
これまでの経緯 > SACO最終報告の3案 > メガフロート（セミサブ式）案

本方式は関西国際空港1期工事の工法を検討していた1970年代後半に提案されたことがあるが、当時コストと耐久性についての技術的課題が未解決であったため棄却された経緯がある（別節で詳述）。「メガフロート技術研究組合」は海上ヘリポート提案に当たって本案も提案した。長さ、幅はポンツーン方式と同じで厚さは12m。内部の利用法もポンツーン方式と同じである。メガフロートとしてはポンツーン方式より先に考案されたが、波浪を防波堤で遮断しないため構造物の強度が必要になる。メリットとしては水深の深い場所でも建設が可能なことである。
コスト面ではポンツーン、QIPより割高で、両工法に比較して2倍以上とされている。また、陸上との連絡方式は船舶となる。スプラッシュゾーンの面積がポンツーン型に比して大きくなり、腐食、メンテナンスリスクが増大する。しかも、チタンクラッド材は高価なことが欠点であった。このため、研究組合に参加していた住友重機械工業は大型のセミサブ式メガフロートの長期耐久性を向上するため、上部デッキから海面に達するスカートを設け、内部の閉鎖空間に窒素ガスを充填することを考案し、特許も取得した。
メガフロート全般に言えることとして、荒天時の波浪など外界の圧力により構造物が微妙に変形する際、繰り返し荷重を受けてクラッドが剥離に至る危険もあった。研究組合に参加していた新日鐵はこの問題の解決に努力し、2000年代に接着面に液体などを充填する旨の特許を出願している。
これまでの経緯 > その他の提案

SACO中間報告などを前提に日本政府でヘリポート検討が進められるのと並行して、民間からも様々な提案が行われた。
これまでの経緯 > その他の提案 > 重力着底型プラットフォーム案

英略称SBSP。大林組により1996年10月、防衛庁に提案された。水深100mまで対応可能。コンクリート製の重力式基礎を海底に設置し、海面上に鋼製脚を伸ばしてデッキを上に載せ連結する。当時既に海底油田での施工実績があった。建設費は長さ900m、幅90mのヘリポートを想定した場合約1500億円（『財界人』1997年7月号では2000億円）とされた。本案の陸上との連絡方式も船舶である。メリットとしては大規模な基礎工事が不要であり、波の影響を受けにくく、コストや環境の面でも有利であり、メガフロートよりも安価に出来ると説明された。工事期間は2年から2年半で、波に強い特性から防波堤は不要である。
本案は北海油田開発基地の建設実績を持つノルウェーのアーケル・ノルウェージャパン・コンストラクターズ社（本社はオスロ）との技術提携を元に作成した。
これまでの経緯 > その他の提案 > 埋め立て案

太田建設から両国政府に提案された。社長であり沖縄商工会議所会頭の太田範雄は軍事専門誌に記事を載せている。想定地はキャンプ・シュワブ沖、正確には宜野座村北部から名護市南部にかけてである。人工島はキャンプ・シュワブの訓練水域に設置し、沖合いの空港部分と陸上との連絡部からなる逆L字型である。陸上との連絡部分はキャンプ・シュワブ内に設置し、有事の際にも十分機能を持つものとしている。その北側には普天間と同じくSACO中間報告で返還計画に組み入れられた那覇軍港と牧港補給地区（キャンプ・キンザー）も移設する案であった。
那覇軍港は面積が56haほどあるが水深は10mに満たず、大型艦の停泊・旋回に難があった。1974年に日米政府で返還が合意されていたが、移設作業が進まなかった。しかし、1995年の日米合同委員会決定を経て、1996年のSACO報告では牧港に程近い浦添市沖へ35haに縮小しての移設が合意されたばかりであった。太田案ではこれも辺野古に移設することで那覇の振興に繋げる考えであった。なお、牧港補給地区の面積は245haである。
計画概要は次のようなものである。
設定する上での自然条件
海岸から1.5km～2.0kmの位置に水深0.5m程度の珊瑚礁が広がり、それらの陸側は水深3.0～5.0m程度の浅い珊礁になっている。
風向・風速は年間を通じて北～北東の風が35％の出現率である。風速10m/s以上の風向きの頻度は、南西～北北南または南東～南が多い。風速については陸上の1.2～2.8倍である。
波浪は、リーフ内の海水の出入りのために宜野座側のリーフの切れ目に集中して海水の入れ替えが行われている。
久志湾内は、内陸部で発生した赤土の流入により、かなりのヘドロが堆積している。
計画設定値
計画面積は計525haである。内訳は次の通り。
空港機能：300ha（『日経コンストラクション』ではヘリポート250haとなっている）
港湾機能：80ha
ストックヤード：145ha
上述の説明や記事された記事の添付図から明らかでもあるが、形態は後年のロードマップで確定したV字型滑走路ではない。具体的には下記のようになっている。
3700mの滑走路1本が設けられ、並行してヘリポート数ヶ所と整備、管理施設等が配置されている。
荷揚げ岸壁はコンテナヤードとバラもの荷揚げ部分に分けて設置する。接岸場所は水深確保が容易であるように外洋に設定する。
港湾内の海水は潮の干満に従って入れ替わり、潮流の妨げにならないようにする。
軍港両岸、飛行場北岸に倉庫、屋外荷物集積場を配置し、牧港補給基地の代替移設場所に供する。
付帯事項
次のような趣旨が述べられている。
辺野古地区の漁民（約60人）が大浦湾を経由して海洋に出るのは不便なため、陸地とキャンプ地の間に水路を設ける。幅は200mであり、両岸は架橋する。
交通事故防止のため、沖縄自動車道からキャンプ・シュワブにアクセス道を設けることで、米軍車両が一般道を通行しないで済むように計る。
滑走路は軍民共用とし、花卉園芸商品、農水産物等の日本本土への移出に使用する。
沖縄県のアクション・プログラムの実現する2015年以降は完全民間空港、貿易港として使用する。
セミサブ式メガフロートは瞬間風速80mに達する沖縄近海では不適であり、漁場荒廃の恐れもある。また県内への経済波及効果も無い。埋立計画の方が費用も安価であり、県内業者で施工可能である。
本計画は周辺の海底から土砂を吸い上げる干拓作業であるので、赤土流出によって周辺海域を汚染することは無い。
架橋と埋立による連絡路の他に辺野古崎の埋立地とを結ぶ地下道を設置し、軍用物資の搬入と避難路を兼ねるようにする。なお、大浦湾所在のリーフは魚介類が豊富な漁場であるため、計画から外すように考慮している。太田案の工事費は約6000億円である。
以上が計画内容である。太田建設は当時沖縄の新興建設会社で、1970年代から80年代にかけて、勝連半島沖、平安座島での石油備蓄法に基づく民間石油備蓄基地建設に当たった実績がある。なお、比較的水深の深い埋め立てであった関西国際空港の場合、水深は20m前後であった。防衛事務次官の村田直昭は1997年1月16日、「地元全体の意見が出てくれば無視する訳にはいかない」とコメントした。
なお、太田は目的のひとつに「普天間基地に現存する海兵隊の基地機能を嘉手納空軍に移設集中することによって、嘉手納基地の機能強化されることを防止」することを挙げている。また、地元から計画案を提出した意図については、過去の沖縄史では他律的に運命を決められてきたのに対して、当時の副知事であった吉本の「沖縄が主導権を握るべきだ」という言葉を挙げて、積極策を採って基地問題解決に対処するための一策という趣旨を述べている。
結局のところ、メガフロートが開発途上の技術で実績が少なかったこと、地元経済に配慮する必要性が唱えられたため、（太田案そのままではないが）工法としては埋め立てが優勢となっていく。
これまでの経緯 > その他の提案 > 名護市の計画

普天間基地の移設候補地に浮上する以前、名護市が計画していたものに「名護湾ウォーターフロント開発構想」がある。ニュー沖縄研究会は「民間による共用を前提として推進されるのならば名護市の長年の夢が実現する」と述べ、開発構想に基地移転計画を包含し、返還後の大規模開発計画を立てた案を考案した。
構想は奥間や伊江までを含んだ広範な内容だが、その内辺野古、宜野座、金武の一帯については「サンライズリゾート拠点」と位置づけされている。スポーツによる健康増進、治療をテーマとした長期滞在型のリゾート地が計画され、沖合いに2000m級の滑走路を持つコミューター機の乗り入れを前提とした空港人工島が建設される他、沿岸も埋立、整形することになっている。本構想も太田案と同じく軍事雑誌に掲載されている。このように、名護周辺の埋立自体は基地移設以前から地元で構想されていた。
これまでの経緯 > 建設・造船業界の動向

メガフロート各派にとっては、本プロジェクトの受注は悲願であった。経済誌の中にはこの動きに着目して報じたものもある。代替ヘリポートの工法選定では、関西国際空港工事の際に引き続いて工法の選定にしのぎが削られたと言う。
かつての関西国際空港の場合、メガフロートの活用は1970年代には造船工業会により提案され、1985年頃1期工事の計画に当たって、折からの長期不況にあった造船各社、および鉄鋼各社はセミサブ式を推した。その後の1994年頃の2期工法計画の際には、ポンツーン式を推していた。2期の時にポンツーンとしたのは、周囲に防波堤を築き、コスト面でも有利な同方式ならゼネコンやマリコンの協力も得られるとの計算が働いていたとされる。この争いは政官財をあげての大騒ぎとなった。しかし、1期に続いて2期でも工法は埋立方式が選定された。メガフロートが漏れた理由は下記に纏められる。
実績が無かったこと（『エコノミスト』『財界人』は共に最大の理由としている）
政治家への食い込みが少なかったこと
また、埋立方式を推していたゼネコン、マリコン各社も不同沈下や埋立工期の短縮、ヘドロや残土処理のため、多くの技術開発に努力していたと言う事実もあった。
→詳細は「関西三空港の経緯と現状」を参照
そうした経緯があるだけに、運輸省が音頭をとった「メガフロート技術研究組合」の熱の入れ方は半端ではなかったと言う。今回の場合は組合の発足した1995年7月、運輸大臣であった亀井静香が第7次空港整備計画（期間：1996～2000年）にてメガフロート工法を積極的に取り入れる方針を明らかにし、翌1996年9月には亀井や同じく運輸相を務めた経験のある平沼赳夫などを中心とする「メガフロート実用化推進議員連盟」も発足していた。
造船業界での中核企業は三菱重工業（同社会長の相川賢太郎は「メガフロート技術研究組合」の理事長を務めていた）や、日立造船である。また、川崎重工業の会長であった大庭浩はメガフロートの実用化を目的として1990年に設立され、産業横断的に99社が参加しているマリンフロート推進機構の会長であった。『エコノミスト』誌によれば、セミサブ式はコスト面の問題から最初に外れ、QIPとポンツーンの一騎討ちになっていたと報じている。また、ある造船工業会の幹部は「造船業界は納期と工期をきちんと守る。過去にゼネコンが手がけた大型公共事業のように建設費が途中から増えたり、完成時期が延びたりすることは無い」と述べた。QIPとポンツーン式の事業費はほぼ同額と見積もられていたが、最終的な総事業費はポンツーン式の方が安くなるとの見通しを示したと言う。
一方、普天間問題と言う採用の機会が突然沸いてきたことによる準備不足もあった。メガフロート技術研究組合は鉱工業技術研究組合法の制約から、具体的な営業活動が出来なかった。そのため他の案と異なりこの時点までは地元と公に話し合う場すら無い状態であった。そこで、1997年1月31日、メガフロートに関わる大企業18社は「超大型浮体総合システム研究会」を発足し、営業活動の母体とすることとした。
『日経産業新聞』によれば、この頃地元からメガ派に出ていた提案としては下記が挙げられる。
75haの浮体基地内に100万トンの淡水を備蓄し、近隣市町村の水不足に水道事業を展開
水深300mの深水層から低温清浄で栄養分の多い海洋深層水を取水し、基地の冷房やエビなどの養殖に役立てる
また、『日経産業新聞』によれば超大型浮体総合システム研究会側から地元への提案としては次のような内容を研究していた。
研究会の目算であるメガフロート案全体工費3000～4000億円の内、1000～1500億円は防波堤部分であり、地元施工が見込める
300m級の乾式ドックを地元に建設し浮体ブロックを建造委託し、爾後は「離島苦」解消に資するためフェリー修繕技術の指導を行って産業振興に資する
一方、『財界人』『選択』などによれば、海洋土木企業が参加するQIP派では「沖縄海洋空間利用技術研究会」の幹事を新日鉄が務め、ゼネコン各社と日商岩井が主体となっていた。異色のメンバーとしてはレイセオンがおり、『選択』にはミサイルの売込みなどを通じ防衛業界とは太いパイプがあるなどと書かれている。1997年当時、レイセオンジャパンの社長は元第7艦隊司令官のロバート・フォーリー（Sylvester Robert Foley, Jr. 在任1978年5月31日–1980年2月14日）退役海軍大将であり、QIP組にとり心強い支柱と言われていた。なお、鉄鋼業界についてはメガフロートで鋼材のサプライヤーと見込まれるのは勿論のこと、桟橋構造であるQIP工法でも多数の杭を打ち、その合計は1万トンに上るといった面があったため、QIPでもある程度の需要が見込めた。
また、「沖縄海洋空間利用技術研究会」と「メガフロート技術研究組合」の両方に参加する企業も何社もあり、ゼネコンでも鹿島などは防波堤技術でメガ陣営に協力をしているため、単純にメガ派とQIP派に峻別できる訳ではなかった。
このヘリポートは将来のビジネス展開においても天王山と見られていた。メガフロートの用途は空港以外にも様々な内容が考えられており、官公庁は過去の実績を重視するため、ヘリポートに採用された工法が将来においても有利と見られていたからである。
しかし『エコノミスト』によれば、共通するリスクもあった。それは現地が海上ヘリポート自体に反発を抱いていると報道されていたことである。それを無視してPRを行った場合、工法のイメージに傷がつく可能性もあった。
また、特に造船業界が警戒していたのは地元に利益が還流できる埋立方式であった。埋立方式のメリットとしては地元への利益配分以外に下記が挙げられている。
耐用年数100年を謳っていたメガフロートなどに対して恒久利用が可能である
漁業などへの補償のシステムが確立している
従って政治判断が働けば不利であることは造船業界でも認識されていた。それは1997年9月の防衛庁による基本案表明（下記）にて、セミサブ式のメガフロートが除外され、5年後にQIPと共にポンツーン方式も棄却されたことで現実のものとなり、造船業界は再び建設業界に破れたと言われることとなる。
これまでの経緯 > 研究者の動向

当時日米両国は『International workshop of VLFS』など幾つかの研究者の集まりを通じて浮体構造物関係技術の紹介に熱心であった。『International workshop of VLFS』は元々、アメリカでの移動式海上基地（後のMOB）への関心の高まりに伴って1991年にハワイ大学で最初の会合（VLFS'91）が開催された。元がMOBのために開かれたような性格があり、5年ぶり2回目となった葉山での開催（VLFS'96）でもMOB関係の発表が行われている。このような経緯から普天間問題の頃には国内の研究者向けにある程度の情報は入って来ており、VLFS'96は経済誌からも注目されている。なお、MOB関係の発表では国防総省の許諾があった旨が述べられているが、これらは動揺解析など一般的な浮体構造の研究内容ばかりであり、尚且つ日本側の受け皿は主に運輸省傘下の機関であった。自衛隊、防衛施設庁の専門誌が扱うような、攻撃に対する耐久性について掘り下げた研究は発表されていない。
なお、韓国政府は2000年代には「世界平和の島」として済州島を指定し、平和推進事業を進めていたが、先行ケースの視察のため同国海軍基地建設やアメリカ軍に反対する研究者が来沖し、普天間を視察している。
これまでの経緯 > キャンプ・シュワブ移設案の登場、基本案の提示

政府関係者から暗示するようなコメントは出ていたものの、SACO最終報告では海上ヘリポートの建設地として、沖縄本島東海岸沖としか明記されなかった。しかし、1997年1月には名護市辺野古のキャンプ・シュワブ地域が移設候補地とされた。
なお、アメリカ側も海上ヘリポートを含めた検討作業を実施しつつ、日本との交渉に臨んでいた。アメリカ軍は1960年代にも辺野古崎付近に基地建設を計画し、1966年には久志湾全体を埋め立てて3000mの滑走路2本を持つ基地新設を計画したことがある。SACO協議の時点で日本側に参考として提示していた。その時の調査内容も参考にしていた。国防総省は1996年に調査を実施し、1997年9月に『DoD Operational Requirement and Concept of Operations for MACAS Futenma Relocation, Okinawa, Japan (Final Draft)』(『日本国沖縄における普天間海兵隊航空基地の移設のための国防総省の運用条件及び運用構想最終版』) として纏めた。この調査の中でランウェイの方向について1966年の調査を引用して7/25とするべき旨が触れられている。荷役設備の必要性についても言及されており、沖縄県は情報収集の一環として基地対策室を通じてこの文書を入手している。
1997年9月、防衛庁は普天間飛行場移設対策本部を設けた。1997年11月5日、日本政府はヘリポート計画の概要を基本案にまとめ地元に提示した。この際、工法はQIPとポンツーン式が併記され、これに先立ちセミサブ式はコスト上の問題から外されている。ヘリポートに備えられる機能は下記の通り。地元に提示した文書は移設対策本部の手になる『海上ヘリポート基本案について』と題され、パンフレットも作られた。下記に主要事項を列挙する。
海上ヘリポートの規模：長さ約1500m、幅約600m程度
滑走路：（長さ約1300m、幅約45m）
その他の施設：管制塔、格納庫、駐桟場、整備施設、倉庫等、所要の施設
配置部隊：現在普天問飛行場に所在する部隊のうち、ヘリコプター部隊及ひその運用に関連する部隊が移註する
駐機数：普天間と同規模（約60機 当時の配備機としてUH-1、AH-1、CH-53、CH-46を列挙）
移駐人員：約2500名程度
騒音対策：約1.5km沖の環礁内に設置するため最も近い住宅地でもWECPNL70以下
これまでの経緯 > 北部振興資金

1999年11月22日、稲嶺惠一知事は基地の移設先を正式に辺野古沿岸域に決定。稲嶺と副知事は、基地の15年使用期限や名護市を中心とする北部市町村振興策の要望などを政府へ提出した。同年12月27日、名護市長の岸本建男はこれを受けて記者会見し、「代替施設の受け入れを容認する」と表明。しかし7つの条件を満たす具体策が明らかにならなければ、移設容認を「撤回する」と述べた。
政府は15年の使用期限について明確な回答を避けたものの、北部振興策については速やかに閣議決定を行うとした。そして青木幹雄内閣官房長官は、北部振興事業について、概ね10年間で1,000億円の特別の予算措置を確保するとし、北部振興基金として2000年より取り組むとした。この北部振興費は2000年度より政府予算に100億円が組み込まれることとなり、実行された。
2006年この振興費に対して、守屋武昌防衛事務次官が振興策について、基地受け入れを負担する自治体に対し、国が地域振興で対応するものと理解していると「北部振興策と普天間移設はセット」の見解を出す。翌2007年7月、小池百合子防衛相が北部振興凍結を示唆する。しかし12月、普天間飛行場移設措置協議会で事業の凍結解除が決定された。
2000年度から始まった北部振興策は、約10年間で1,000億円の予定であったが、2009年度の前半執行分までの合計で、結果として770億円が投じられた。
これまでの経緯 > 名護市の住民投票

当初、代替施設建設に当該地である名護市長の比嘉鉄也や名護市議会も反対していたが、北部地域振興策などが提起されるに従い、当該振興策を条件に建設容認へと市長・市議会の意見も変化していった。
一方、基本案の表明に先立つ9月頃から基地反対派による住民投票実現への動きが活発化し始めた。両派の動きが活発化する中で、比嘉によれば知事である大田の言動は「優柔不断」になっていったと言う。なお、当時の比嘉の現状認識は「『一義的には国と名護市の問題である』と言い続けて、県は国と市の仲介役でありながら、ほとんど形式的であり、逃げていくような格好に私は見えました。そういうことでは、（中略）基地の返還とか、整理、統合、縮小という問題の展望は、全然開けないわけですね。だから、私は住民投票でも何でもいいから、名護市ができる範囲内のことは早く終わってしまった方が、基地問題を前進させる上で一番いいと思いました。」と言う。なお、比嘉は歴史的な南北の経済格差を助長しているとして大田県政に批判的であった。
従って住民投票条例の制定に際しても比嘉は妨害をしなかった。当時、名護市議会は与党が優勢で否決しようと思えば可能であり、そのことを知った中央政界からも官房長官を務めた梶山などが要望してきたと言う。しかし、比嘉の見立てでは市政の混乱が増すだけであると判断し、条例自体は制定に至る。
名護市条例に基づく「名護市における米軍のヘリポート基地建設の是非を問う市民投票（名護市民投票）」は1997年12月21日に行われた。投票率は82.45%、内訳は反対票16639票（52.85%）、賛成票14267票となり、反対票が半数強を占めた。
これまでの経緯 > 比嘉名護市長の受入れ、辞意表明

比嘉は元々住民投票の結果に拘泥するつもりはなかったが、結果を見て「そんなに負けてはいない」と思ったという。そして投票から2日余りが過ぎた12月24日早朝、比嘉は自宅に支持団体の副会長をしていた仲泊弘次を密かに呼び、「大田知事に会って、『知事が受け入れに対して、賛成だろうと反対だろうと、どちらの考えでもかまわない。受け入れの責任は、自分が一切もってかまわないから。その際、表明の席上に、ただ隣に腰掛けてくれていればいい。泥は地元・名護市長がかぶるから』という話をしたい」と発言した。この時点で辞意については言明していなかったが、杯を交わした後、同じく自宅に呼んでいた助役の岸本建男を前に「ここにいる岸本建男を、私の後継者として次の市長に立ててくれないか。」と希望し、仲泊がそれに了解した後、比嘉はマスコミの包囲を避けて上京し、官邸に向かった。
辞意を橋本に伝えた際、橋本は同じく上京していた知事の大田と引き合わせようとしたが、大田は「県庁や、支持政党などと話し合いをやらないといけない」と述べ、又吉辰雄政策調整官に手を引かれて退室し、会おうとしなかった。これを目の当たりにした橋本は怒ったが、そこへ比嘉は正式に辞意を決意した旨を伝え、「義理むすからん　ありん捨らららん　思案てる橋の　渡りぐりしや」という琉歌を渡した。橋本は歌の意味を知ると涙を流し、比嘉が名護市の振興だけでなく、本島北部、離島を含めての振興策を閣議決定するように希望すると、「分かった」と答えた。その場に居た自民党幹事長代理の野中広務は、比嘉から市長任期が8ヶ月残っていることを聞き出すと慰留したが、比嘉は「私も、日本の海軍にいましたから、責任の取り方は知っています。しかし必ず意中の人を立てて選挙には勝ちます」と固辞した。
こうして12月25日、比嘉は、海上ヘリポート基地受け容れと市長職の辞任を同時に表明した。
比嘉の辞任を受けて1998年2月8日を投票日として市長選挙が行われた。岸本は予定通り立候補した。ただし公約では、岸本は基地移設につき「沖縄県知事の決定に従う」とし、受け容れを明言していたわけではなかった。選挙終盤の2月6日には、知事の大田が住民投票結果を理由として反対の姿勢を表明した。岸本陣営に居た比嘉は「どうせ知事は反対するんだな」と見通しを立てており、管子の「備えをもって時をはかり、時をはかって事を起こす」故知に習い、ヤンバルへの愛郷心から「振興策を取ろう」という方針で支持者の女性を集めて市内をデモ行進して盛り上げを図った。選挙の結果、岸本は市長に当選した。
これまでの経緯 > 稲嶺県知事による県内移設容認

上述のように、沖縄県では知事の大田が1998年2月6日に建設反対を表明した。このため、政府はその後県知事と首相との会談を設定せず、結果として振興策は凍結された。これにより、県内の特に経済界の県知事に対する不満は強まった。1998年11月15日の沖縄県知事選挙では、自民党政権は従来革新陣営を支持して来た公明党の取り込みに成功し、自民推薦の稲嶺惠一が当選した。稲嶺新知事は「建設後15年間は軍民共用の空港、その後の返還・民間専用空港化」を条件として建設を容認する公約を掲げた。当該公約では、施設の概要を「撤去可能なヘリポート」ではなく「『県民の財産になる施設』として恒久的な滑走路を持つ飛行場」とした。
なお、当時官房副長官を務めていた鈴木宗男は、この知事選で政府側より稲嶺陣営に官房機密費3億円が流れ、選挙支援に使われた旨を2010年夏に証言してた。鈴木は当時の官房長官秘書官にも金額を確認したという。しかし当時機密費を預かる責任者の官房長官であった野中、および知事候補であった稲嶺は否定している。
これまでの経緯 > 稲嶺県知事による県内移設容認 > 陸地・埋立混成案

埋立案を巡る動きでは人工島案で太田建設が先行したが、続けての動きは基本案が表明された翌年の、1998年春頃から顕在化してきた。これはアメリカ最大の（世界最大の）総合建設大手であるベクテルと伊藤忠商事、及び国内ゼネコンと沖縄の大手建設会社（東京新聞記者の半田滋によれば國場組）が組んだものである。
案の概要としては辺野古沖の珊瑚礁リーフの内側200-300haを埋め立てて2400mの滑走路を建設、陸地部分にも基地施設を建設する。総工費は2000-3000億円とされている。ネックとしては当時顕在化したばかりのジュゴン生息海域と言う材料を元に自然保護団体が反対運動を行う可能性があったこと、および集落に近いことである。後者については近隣の丘陵部にニュータウンを建設して集落を移転する案を提唱しており、過去成田空港や小松空港でこの策を実施した例が紹介されている。
『Themis』誌によれば本案に先立ち、大田が知事であった1998年4月に、アメリカ本社の副社長と日本支社代表が副知事を尋ね、「沖縄で見込まれる大規模な公共事業に参入していきたい」と申し入れ、国際貿易による振興策を唱えていた大田県政に対して、自由貿易を基礎とする沖縄経済の将来像をまとめた報告書を渡している。稲嶺が立候補した際にもベクテルは関心を示し「陸上部に軍民共用空港を造る」という稲嶺の案はベクテルの提案とアドバイスを基にしていると言う（選挙公約では滑走路は2500m。いずれにせよSACO報告での1500mより引き伸ばされていることを守屋昌武は指摘している）。以降、QIPと沖合いポンツーン式とで入り乱れた状態となる。稲嶺当選後の1999年8月には、知事後援会の政策委員会が、辺野古地区が最も適しているとの見解を打診し、想定工法としてはベクテルの示した混成案に高い評価を与えていると言う（後援会については『琉球新報』も触れている）。アーミテージは公式に評価する意見を表明し、別の高官は「メガフロート案はもう最良の案ではなくなっている」と非公式に日本政府に伝えてきていたと言う。政治的な面としてはベクテルを通じて国防総省、国務省に太いパイプが存在するという強みがあった。Themisによればベクテル案は沖縄県だけでなく、米軍の意向も反映した案であるため、重要度が高いのだと言う。そのため、外務省、防衛庁にはベクテルの混成案で解決を図ろうと動く向きもあった。
これまでの経緯 > FIG再開、および普天間飛行場代替施設に関する協議会の開催

日米政府による具体的な基地建設についてはFIGが検討の場として設けられていたのは上述したが、4回ほど開催した後名護の反対運動が顕在化したため、1997年半ば以降は開かれていなかった。その後1999年11月、稲嶺は移設先を正式に辺野古崎沿岸に決定、名護市長の岸本も知事決定に対応し移設を受け容れ、それに伴い（振興策も含めた）基地建設が閣議決定された。これに伴い、政府－沖縄間の3者協議の場として北部振興協議会、移設先・周辺地域振興協議会が設置され、次に述べる代替施設協議会同様、2000年8月より会合が開始されている。
日本政府は沖縄サミット直後の2000年8月25日、沖縄県、名護市などとの間の協議機関として「普天間飛行場代替施設に関する協議会」を開催し、各案の比較検討を開始した。協議会の議事は公開する方針が早々に決められている。一方で、協議会の設置と共に、海上派と埋立派についた双方の地元団体が活発な誘致合戦を再開したことも報じられている。その後アメリカ側の運用所要などと調整を図るため、協議会の進捗と歩調を合わせる為政府間協議の場であるFIGも2000年10月20日に3年ぶりに再開された。なお、沖縄選出の社民党議員・照屋寛徳による質問で15年使用期限問題についてどちらの協議機関で決めるのか質されたが、外相の河野洋平は「日米間の話し合いだと思う」以上の言質を与えなかった。
これまでの経緯 > FIG再開、および普天間飛行場代替施設に関する協議会の開催 > 類似例と運用所要

第3回移設協議会で幾つかの埋立空港の水深が参考に取り上げられ、第5回移設協議会で名護市長の要望により、幾つかの類似例を見学することが提案され、第6回でその結果が報告された。見学先には民間空港で埋立方式のケースとユーザーが米軍である基地が入っている。中でもこの両方の条件を満たし、地元で計画を巡って政治問題化している面でも類似例となっているのが、岩国飛行場であった。埋立が可能と判断されたのは1978年であるが、同飛行場の沖合移設工事は1998年より約10年の工期を以って開始されており、タイミングとしては普天間移設問題と時期が重なりつつも、この時点で既に先行していた。工事を計画したのは移設協議会の政府側メンバーでもある防衛施設庁だった。また、移設協議会にて埋立工法の検討資料作成を委託された日本海洋開発建設協会は1990年代末にミチゲーションの研究を行って各地の埋立工事への反映を図っていたが、岩国飛行場でも計画に環境再生が取り入れられている。
また、防衛施設庁は専門誌で岩国の移設工事について書いているが、アメリカ軍の飛行場に対する技術的要求（運用所要）は「舗装工事はコンクリート舗装を基本とし、併せて運用開始後は運用停止を伴うような大規模な補修工事を必要としないような構造とすること」であったと言う。一方で埋立海域は軟弱な沖積層であるため、沈下などを正確に見越すために、工事にはそれなりの技術が必要であることも認めていた。
これまでの経緯 > FIG再開、および普天間飛行場代替施設に関する協議会の開催 > 辺野古沖案の決定

協議会では当初、海上ヘリポート案につきぴポンツーン式メガフロート案も候補として残っていたが、「軍民共用空港」を実現するには不適であると結論され、QIPと埋立を比較した結果、2002年7月29日、第9回代替施設協議会にて、辺野古崎沖西南のリーフ付近を中心とした地域に、埋立て工法で計画することが決まった。
主要計画概要
面積:184ha
長さ:2500m（滑走路2000m）
幅:730m
工期:約9.5年
本工法が採用された背景に政治的な事情があることは既に述べたが、技術的理由については最後まで残ったQIP工法との比較で下記のように説明されている。
現状の技術水準で安定かつ十分な実績がある
維持管理費は護岸の点検や頻度が陸上の飛行場や港湾施設と同等である
施設の安全対策の面でも陸上の飛行場と同等である
QIP工法の場合、本体に与える損傷度合、復旧においても優れている
建設費が安い（埋立工法3300億円、QIP工法6700億円）
維持管理費が安い（埋立工法年約0.8億円、QIP工法約3.1億円）
なお代替施設協議会は発展解消し、代替施設建設協議会に衣替えされた。
埋め立て工法に決まったことで、全国の砂利、土運船業界にとっては朗報であった。この時計画された埋立土量約1770万立方メートルはかつての関西国際空港1期事業の約10分の1ではあったが、中部国際空港と比較すると約3分の1程度であり、事業費では神戸空港並であったからである。中部、神戸両空港に加えて関西国際空港2期工事などが当時進行していた大型海洋土木工事であり、本工事が発注されれば規模はそれらより小さいとは言え、これらに続く仕事となるからであった。土運船業界から見た技術的ネックは建設地がリーフ上で浅い場の工事である一方、沖縄県内に有力な土源が無いことであった。このため土源としては鹿児島県種子島や長崎県五島列島などが有力視され、土砂の輸送には自航可能なタイプ、特に中部国際空港に投入した当時最新鋭のファーストジョイント船型の大型土運PB船（Pusher Barge 3000立方メートル）が採用されるという予想が業界紙で立てられている。
その間の政治情勢として、名護市長の岸本は自・公推薦で2002年2月3日に再選されていた。
これまでの経緯 > 2001年の政権交代（アメリカ）

当時の日本の首相であった森喜朗は前任者の小渕恵三の意向を強く意識した政権運営を行っており、沖縄サミットにて大統領のビル・クリントンが中東和平交渉のため出席を渋っていたものを沖縄に招致することに成功し、沖縄での演説にて沖縄の基地負担に言及させることにも成功した。その後、2001年にアメリカでは共和党へ政権交代し、ジョージ・W・ブッシュが大統領に就任したが、森は辞任直前の3月に渡米して会談し、基地問題についても触れている。この頃アメリカは、米軍再編にて、予め難航が予想されていた欧州や中東の方に注力していたが、共和党政権の基地問題の姿勢には当初は大きな方針変更はなかった。日本では森の辞任後、自派より小泉純一郎が首相となったが、小泉は地盤の選挙区に米軍基地を抱えており、基地問題への関心は前任者達に引き続いて持っていたとされる。2001年9月のアメリカ同時多発テロ事件以降は方針が修正され、米軍再編は本土防衛にウェイトが置かれた。
これまでの経緯 > 在日米軍基地再編協議（DPRI）

ブッシュ政権の下国防長官に任命されたドナルド・ラムズフェルドは、ジェラルド・R・フォード政権にても1975年から国防長官を務めた経験があり、軍人出身である事も相まってそれなりに過去の日米同盟について経緯を理解していた。ラムズフェルドは「地球規模での米軍見直し（GPR）」を策定していたが、それを受ける形で2002年12月、2プラス2で日米の役割や兵力構成について協議（DPRI）することが確認され、欧州などで先行して実施されていた海外駐留米軍の再編成（トランスフォーメーションとも称された）の具体的な計画策定が、在日米軍関係でも着手された。それまで普天間飛行場の移設が主体であった基地の整理縮小の過程に、更に31MEUを除く海兵隊歩兵部隊の沖縄からの配置転換が加わったが、それはこの在日米軍再編協議によってである。
再編協議自体は2005年2月に発表された「共通の戦略目標」や、2005年10月の中間報告を経て、2006年5月に最終報告を出すまで3年半に渡り継続された。この過程では中間報告で日米の分担を明確にした「役割、任務、能力」などが示され、日本国内のみならず、太平洋軍全体の部隊配置や指揮機構も大幅に変更される。この内容は2006年にアメリカ軍が公表したQDRにも反映された。その意味では、普天間飛行場の移設は巨大なパッケージの一部に過ぎない。
これまでの経緯 > 稲嶺・ラムズフェルド会談

上述のように続けられてきた協議が、いわゆる自民党政権時の「現行計画」に落ち着くことになったのはこの会談がきっかけである。これは、政治的立場を超えて様々なマスコミ、当事者の著述物で引用された。
再編協議中の2003年11月、ラムズフェルドは沖縄県を訪問し、稲嶺と会談を行った。
この中で、ラムズフェルドは在日米軍の意義や役割について稲嶺に説き、具体的な基地問題の解決策については言及を避け、話を途中で切り上げようとした。稲嶺は退席しかけたラムズフェルドを引き止め、稲嶺が基地負担について説明を始め、引き続き基地の整理縮小を求めた。このやりとりの最中、ラムズフェルドの感情は目に見えて悪化したことなども報じられたが、一方でラムズフェルドは受け入れ国の理解が必要であるとも考える人物であり、屋良朝博によれば会談終了後、側近に「沖縄には海兵隊が何人いるのか」と尋ね、「1万人くらいでどうだ」と、海兵隊地上部隊を含めた沖縄の米軍基地の整理縮小策を考えるように示唆したと言う。
これまでの経緯 > 現地調査、要素技術開発

米軍再編協議やヘリ墜落事故があった2003～2005年頃においても、作業は着々と進められていた。現地の出先機関である那覇防衛施設局で行っていた活動は次のようなものである。
環境影響評価
2004年4月28日、環境影響評価方法書を作成し、その後縦覧した。
護岸構造の検討
水理模型実験を含む護岸構造の検討。この一環で埋め立て海域を縁取る形で63本のボーリングを実施する計画があり、一旦着手したが、反対派は県外から人材を募るなどして作業を妨害し、ボーリング作業は実施できなかった。
現地技術調査
代替施設の護岸構造の検討に必要な地形（深浅測量）、海象、気象および地質調査
また、代替施設とは米軍施設の建設であり、「アメリカ軍が要求する性能を満たす」ことに配慮しなければならない。要求仕様の他、実施の過程でも日本単独での建設工事と異なる体制となっている部分がある。
これに関連して、那覇防衛施設局は既にSACO関連工事などでアメリカ側と共同工事を実施する経験を積みつつあった。工事に当たって特徴的な点は次のようなものであったと言う。通信施設工事（楚辺通信所等）では、アメリカの建設業者から30人程度の職人を呼び寄せて工事を実施している案件があった。楚辺の場合は日米双方で実施する初めての現場であり、アメリカ政府は優秀なプログラムマネージャーを配置してきた。同マネージャーとの設計調整にはかなりの期間をかけており、工事が着手されるとセキュリティ、作業時間、品質管理などについて毎日チェックを怠らず、特に品質管理への考え方について認識を新たにする面があったという。建物の型枠後にはワシントンから検査官が来日して確認に当たった。また職人については、駐留米軍相手の工事が多い那覇防衛施設局であってもアメリカ人を職人として監督業務を実施するのが初めての経験になる部署もあった。その点で問題となったのは言葉の違い、単位の違い、施工の段取り、工事範囲の捉え方などであり、共通するのは図面の読み取りであったという。日本側のカウンターパートとしては各種工事監督官、施工管理者、防衛施設協会から派遣された専属技術員などであった。
また、防衛施設庁は2000年代に入ってから、幾つかの海上土木技術に関心を示している。
これまでの経緯 > 米軍ヘリ墜落事件

2004年4月、環境アセスメントの手続きが開始された。同年8月に普天間基地配備のCH-53ヘリコプターが大学に墜落するという沖国大米軍ヘリ墜落事件が発生した。大学が夏休み中だったことから幸い大学側の死傷者はなかったが、沖縄全体で普天間基地早期返還要求が強まることになった。墜落から間もない9月、那覇防衛施設局は上記のように辺野古沖建設予定地で環境アセスメントのためのボーリング調査に着手したが、移設反対運動や台風接近等天候不良のため中断され、調査が強行されることはなかった。
2005年、移設作業の進行遅滞を理由に政府は移設案の変更の検討を始めた。10月29日、日米安全保障協議委員会において在日米軍及び関連する自衛隊の再編に関する勧告を承認した日米両国は移設先を辺野古崎沿岸部に変更することで合意した。この合意案は、辺野古崎（住宅地域から距離約1キロメートル）に長さ1600メートルの滑走路を設置し、飛行場施設等のための埋立地をL字型に配置するもの（辺野古沿岸案）であり、稲嶺の公約の軍民共用空港ではないため、稲嶺は当該案の受け容れを拒否、岸本もこれに従い同案の受け容れを拒否した。
2006年1月22日、岸本が健康問題から2期限りで次の選挙に出馬せず名護市長を退任すると、岸本の後継を名乗り自・公推薦で基地建設容認派が推す島袋吉和が当選した。島袋は当初公約では、前年10月の案（辺野古沿岸案）を拒否していた。