名探偵コナン
あらすじ > ベルモット編（24巻‐48巻）

小五郎、蘭、コナンは新出医院を訪れ、そこで院長は殺害されてしまう。コナンは事件の真相に辿り着くが、犯人が仕掛けたトリックにより、それを知らずにトリックを作動させ院長の命を奪う引き金を引いてしまった関係者に深い傷を負わせないために、犯人とコナンとの密約で偽証することになる。そのことを新出院長の息子の新出智明も知ることになる。
コナンと風邪気味の灰原は、ジンの愛車である黒いポルシェ356Aを見つけ、盗聴器と発信機を仕掛け、盗聴によって組織のメンバー・ピスコによる暗殺計画を知り、それを阻止するために計画が行われる杯戸シティホテルへ向かう。しかし、大勢の中に紛れた正体不明のピスコによって標的が殺害されてしまう。コナンはピスコの正体を容疑者の中から掴もうとするが、灰原が何者かによって拉致されてしまう。酒蔵に監禁された灰原はコナンの指示で白乾児を飲み元の体へ戻り、煙突から脱出したが、ジンとウォッカによって見つかってしまう。ジンによって銃撃を受けるものの、間一髪煙突の中へ再び戻り逃亡するが、元の幼児化した姿へ戻ってしまう。そこへ灰原の正体を見破ったピスコが現れ、灰原を殺害しようとするが、コナンが駆けつけ推理を披露した後2人は脱出する。その後ピスコの前にジンが現れ、ピスコは失態を指摘され、ボスの命令を受けたジンにより射殺される。その後、事件現場にいた外国人女優のクリス・ヴィンヤードが組織の仲間のコードネーム・ベルモットであることが判明する。
帝丹高校の学園祭が近づき、校医となった新出は生徒に演劇を教える一方、コナンは蘭に正体が新一ではないかと疑われている。そんな中、コナンは鍾乳洞の中で強盗団と遭遇し、重症を負う。コナンは蘭の血を輸血し一命を取り留めるが、蘭にはコナンの正体をほぼ確信されてしまう。それに気づいたコナンは服部と相談し、蘭に真相を話すことを考えるが、灰原に釘を指され、ある作戦を立てる。学園祭当日、殺人事件が発生するが、コナンに変装した灰原、一時的に元の体に戻った新一が同時に現れ、事件は解決する。こうして蘭のコナンへの疑いを晴らすことに成功した。その後、新一は蘭をレストランに誘い告白しようとするが、殺人事件が発生してしまう。事件を解決した新一だったが、コナンの姿に戻ってしまう。新一のことを待っていた蘭の前に現れたコナンは新一から"待っててほしい"と伝言があったと告げる。
ゲームセンターを訪れていた、コナン・蘭は、カタコトの日本語を話す外国人の帝丹高校新人女性英語教師のジョディ・サンテミリオンと出会う。そこで彼女達は殺人事件に遭遇する。事件解決後の夜、ジョディは何者かと電話をしている。自分が追っている標的が爪にかかったこと、その標的は「容姿を変えて学校に通っている人物」であること、標的名を「Rotten apple(腐ったリンゴ)」とすることを電話で相手に伝えていた。
バスに乗っていたコナンはジョディ、新出と遭遇するが、灰原は組織の気配を感じ怯え出す。そんな中、バスがジャックされる。乗客の中の誰かに紛れたベルモットはコナンがどのように行動するのかを観察し、一方で灰原はその気配に怯え続ける。事件解決後、犯人を確保する過程で、ジョディは犯人に「A secret makes a woman woman…」(女は秘密を着飾って美しくなるんのよ…)と告げた。バスを停車させ、バスジャック犯の爆弾から逃れるため乗客たちは避難するが、組織の脅威を感じ居場所がないと感じた灰原は1人中に留まっていた。するとコナンが爆発寸前に灰原を救出し、灰原に「自分の運命から逃げるな」と言葉をかけた。事件解決後、乗客のうちの1人であった赤井秀一と何者かとの不審なやり取りの中で誰かを追尾していたことが明かされる。
アニマルショーを見に来ていたコナンは、ジェイムズ・ブラックという外国人男性と出会う。その後ジェイムズは誘拐されてしまい、ジェイムズが残したメッセージを元に警察と協力し追跡する。誘拐犯の車が走行中、隣に赤井が運転する車が現れ、犯人に不気味な笑みを浮かべたため、その威圧感に犯人たちは怯える。その後コナンの作戦により犯人を確保し、ジェイムズの救出に成功する。事件解決後、ジェイムズと赤井は合流し、不審な会話をしていた。
ある日、コナンは小五郎が関わった事件の調書が全て警視庁から盗まれていることを知り、博士の家を尋ねていた。しかし、その調書はその後警視庁に送り返されてきていたという。このことにコナンはこのことを不信感を抱く。また、杯戸シティホテルでのピスコの暗殺計画についてピスコの他に仲間がいたと推測し、その仲間は休業している外国人女優のクリス・ヴィンヤードではないかと睨んだ。これを聞いてた平次は、怪しい女の外国人がコナン達の周りにいないかと尋ね、博士がジョディのことを言うと、コナンと平次はジョディを調べるため彼女の自宅へ向かった。しかし、そこで殺人事件に遭遇する。事件解決後、平次はカタコトの日本語を話すジョディに対し、日本語が下手なフリをしているのではないかと指摘する。その後、コナンは、怪しい人物が他に2人いることを思い浮かべていた。
ある日、ソフト開発を引き受けたシステムエンジニアの板倉卓が行方不明になり、依頼者3人が小五郎の探偵事務所を訪れた。依頼者の会話の中から板倉が組織と関わっていることを知り、コナンは彼の居場所を突き止める。しかし、板倉は既に死亡しており、コナンは依頼者3人を容疑者として殺人事件として捜査を進める。また、板倉が残したフロッピーに入っている日記に組織のことが書かれていると推測したコナンは、そのフロッピーを手に入れようとする。
事件解決後、推理ショーを利用してフロッピーを手に入れたコナンは博士の家へ向かい、中身を確認する。日記の内容から板倉はあるソフトを開発するよう組織から強要されていたことを知る。コナンは板倉になりすまして、板倉の死亡をまだ知らないウォッカと、板倉が開発したソフトを渡すという嘘の取引の約束を電話で取り付ける。その後、トラブルや事件に巻き込まれるものの、コナンは取引現場へと辿り着く。コナンは物陰に隠れながらウォッカの様子を伺っていたが、そこへジンが現れ、取引が罠であることを悟る。そして、次第にコインロッカーの奥へと進み捜索を始め、コナンはロッカーの中へ隠れる。ジンは手当たり次第にロッカーを明けて中を確認していくが、コナンのロッカーを開けようとしたところで、手を止め、捜索を中断する。朝になって灰原がコナンを迎えにくる。帰る途中、赤井が板倉死亡のニュースを聞きながら灰原の姿を眺めていた。
コンビニにやってきた蘭・ジョディは、そこでアルバイトをしている蘭の友人・七川絢が、店長から在庫と売り上げが合わないことから、商品を盗んでいるのではないかと疑われ怒鳴られているのを目撃する。七川は冤罪であるとそれを否定し、それを証明するため蘭は推理を始める。蘭は真相に辿り着く一方、ジョディは過去の記憶を回想していた。回想では、少女と、ぐったりしている少女の父親と、ベルモットが部屋におり、ベルモットは少女に「A secret makes a woman woman…」(女は秘密を着飾って美しくなるのよ…)と告げた。事件解決後、蘭と園子はジョディの家を訪れるが、そこで蘭は、コナンや蘭が映った何枚もの写真を発見し、ジョディを怪しむ。
コナンと小五郎の元に、船上で行われる「季節外れのハロウィンパーティー」の招待状が届く。差出人は「Vermouth」と書かれていた。その内容は殺人を仄めかすような内容のため、小五郎は参加することになる。一方でコナンに届いた招待状は、新一宛になっているにも関わらず、中身の手紙の出だしはコナン宛となっていた。Vermouthはバームースという酒であり、日本では一般的に「ベルモット」と呼ばれていることから、差出人はベルモットであると予測し、正体がバレていると察したコナンは灰原の反対を押し切り、パーティーに参加することを決意する。その後、小五郎はパーティーが行われる船へ乗船した。一方で風邪を引いていた灰原の元に電話が入り、新出の提案で、彼と一緒に病院へ行くことになる。そこへジョディが博士の家に現れ、灰原を車に乗せて連れ出す。その様子を見ていた新出はジョディの追跡を行う。季節外れのハロウィンパーティー会場では殺人事件が発生。乗船していた平次が推理を披露するが、犯人はベルモットと名乗る人物に脅迫されて事件を起こしたと言う。一方で、ジョディは車を停止させ、新出と対面する。そこで、院長が殺害された事件について話を始める。犯人が仕掛けたトリックにより、それを知らずにトリックを作動させ院長の命を奪う引き金を引いてしまった関係者の話をし、調書もその内容に合わせて偽造されていることをジョディが話すと、新出は知らない様子だった。するとジョディが「忘れまいと何度も口ずさんだ父の敵の言葉」として「A secret makes a woman woman… 」(女は秘密を着飾って美しくなるのよ…)と口ずさんだ。そして新出に対し、ベルモットと言い放った。すると、変装をとき、本来の姿ベルモットが姿をあらわにした。ベルモットはシェリーの捜索のため、米花町に潜伏し、新出医院に通院していた。頃合を見計らって新出智光を殺害して彼に成り済ます算段だったが、新出は家族と事故を起こし、車ごと海に沈む様子を目撃する。これを機にベルモットは新出に変装していた。そして、シェリーが灰原であると気づき抹殺しようと企んでいた。しかし、新出の事故はジョディが所属しているFBIによる偽造で、新出は安全な場所へ避難していた。ジョディの正体はジョディ・スターリングであり、FBIの捜査官であったのだ。そして、ベルモットがジョディの父親を殺害しており、ベルモットが「A secret makes a woman woman… 」と言い残した少女は、幼少期のジョディであった。そしてジョディは、なぜ年を取らないのかという疑問をベルモットに投げかけた。その後、ベルモットとの直接対決でジョディはピンチになるものの、灰原がピンチを救う。ジョディが連れ出した灰原は、コナンの変装だったのだ。しかし、そこへ本物の灰原が現れ、コナンはベルモットによって時計型麻酔銃で眠らされてしまう。灰原はベルモットに殺害されそうになるが、ジョディの車のトランクに潜んでいた蘭に救われる。さらにそこへFBI捜査官であった赤井が現れ、事態を打開しようとするが、ベルモットはコナンを連れ去り逃亡する。逃亡後、ベルモットは組織のボスとメールでやり取りをするが、コナンはベルモットが打ったメールアドレスの録音が送信される仕掛けていると言い、ボスの元へ連れて行くよう要求する。ベルモットは催眠ガスを放ち2人とも意識を失う。ベルモットはコナンが目を覚ますよりも先に逃亡する。ベルモットはジンに連絡を取るが、そこで新一について聞かれると知らないと嘘をついた。それは、1年前のニューヨークでベルモットは新一と蘭に命を救われており、そのため新一と蘭に危害を加えることはできなかったということがあったからだ。
後日、灰原はジョディから承認保護プログラムを受け別人として安全に生活をすることを勧められる。しかし、ある子供の「逃げてばっかじゃ勝てない」という言葉を思い出し、それを拒否して今まで通り生活を続けることを決意した。
コナンは、以前のベルモットとの接触で聞いた組織のメールアドレスのプッシュ音が気になっていた。小五郎の依頼で絶対音感を持つ人物と出会い、ボスのメールアドレスが七つの子のプッシュ音となっていることが判明する。そこからメールアドレスを推測すると、「＃969＃6261」となることが判明する。コナンはボスに近づこうとするが、灰原に釘をさされる。また「ただでさえ信じがたい人物が浮かび上がってくる」とも発言した。