鬼畜系
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新潟少女監禁事件が発覚。9歳の少女が約9年間、無職で引きこもりの犯人に子供部屋で監禁されていた。検察官は被告人について「鬼畜に劣る悪行」「非人道的で、血の通った人間の行為とは思えない」「極悪非道である」と論告で糾弾した。
西鉄バスジャック事件が発生。犯人は2ちゃんねるの荒らしであった。当時の2ちゃんねるの管理人であった西村博之（ひろゆき）は、報道番組のインタビューで「うそはうそであると見抜ける人でないと（掲示板を使うのは）難しい」と答えている。
『危ない28号』第3巻「特集／危険物特集号」の記事を参考にして作られた爆弾による連続爆発事件が起こる。結果、同誌は全国18都道府県で有害図書に指定されたとされる。同年『危ない28号』の廃刊が決定する（最終巻となった第5巻は1999年11月に刊行）。
『BURST』9月号に青山正明の遺稿「イメージの治癒力──『諦観』と『リズム』でハイな毎日を」と生前最後のインタビュー記事「シャバはいいけどシャブはいけません──帰って来た? 天才編集者 青山正明」掲載。
12月 - 佐川一政『まんがサガワさん』（オークラ出版）刊行。
12月16日 - 映画『バトル・ロワイアル』公開。R-15指定。
Ogrish.comが開設。Rotten.comと並んで2000年代を代表する精神的ブラクラサイトであった。
3月2日 - 電波系アダルトゲーム『さよならを教えて 〜comment te dire adieu〜』（CRAFTWORK）発売。統合失調症の世界観を再現した狂気的な展開が伝説化する。
5月 - 村田らむ『こじき大百科―にっぽん全国ホームレス大調査』（データハウス）刊行。人権団体からの抗議で発禁・絶版・自主回収となる。
6月 - 多田在良編集『激しくて変』（光彩書房）刊行。宮崎勤事件の影響で長く休筆していた鬼畜漫画家の早見純が新作「復活祭」で再デビューする。
附属池田小事件が発生。
6月17日 - 『危ない薬』『危ない1号』の編著者・青山正明が自殺。40歳没。
7月11日 - 『サウスパーク』で最も悪名高いエピソードのひとつ『カートマン・レクターの鬼畜晩餐会』放送。
8月30日 - 2ちゃんねるから分派した画像掲示板「ふたば☆ちゃんねる」開設。リョナ板「二次元グロ」が有名。
『BURST』9月号で木村重樹・吉永嘉明・園田俊明の鼎談「青山正明追悼座談会」掲載。
雑誌『AERA』11月19日号に速水由紀子の記事「新人類世代の閉塞 サブカルチャーのカリスマたちの自殺]」掲載。青山正明、ねこぢる、hideの自殺や『別冊宝島 死体の本』『完全自殺マニュアル』に触れつつ、新人類の行く末について案じる。
12月 - 村崎百郎が『アウトロー・ジャパン』（太田出版）創刊号に「非追悼 青山正明──またはカリスマ・鬼畜・アウトローを論ずる試み」を寄稿。
ラットキラー事件。当時16歳の少年が2ちゃんねるで犯行予告を行い、新宿駅東口で刃物を振り回して男性を人質にとり、人質強要行為処罰法違反容疑などで逮捕された。
福岡猫虐待事件。2ちゃんねるのペット大嫌い板（現生き物苦手板）で、猫を虐待する様子を実況中継していた男が逮捕された事件である。なお、2017年にも類似した事件が起こっており、2020年代の現在においても動物虐待を行ったとするレスが書き込まれることがある。
北九州監禁殺人事件が発覚。
7月6日 - 日韓ワールドカップ韓国対トルコ戦の報道が韓国寄りだとして、2ちゃんねらーによる反フジテレビ運動が起きる。
いわゆる「自殺系サイト」が流行し、集団自殺が社会問題となる。そうした時勢を反映してか、前年から同年にかけて、『自殺サークル』や『集団自殺ネット』、『完全自殺マニュアル』を映画化した『自殺マニュアル』等、集団自殺をテーマにした作品が急増した。
スーパーフリー事件が発覚。
プチエンジェル事件が発生。なお、プチエンジェルとは児童売春クラブの会社名である。事件は不可解な点が多く、ネット上で都市伝説化している。
『BURST』9月号「死体写真―生と性の間に横たわる死の体験者たちと未体験者の視線」特集。死体写真家の釣崎清隆によるカラー写真に加え、写真週刊誌に載った尾崎豊や岡田有希子などの死体写真を掲載。その他、法医学書、反戦写真集、昭和初期の風俗本、死体ジャケット60選など古今東西の死体写真を横断的に紹介している。また同誌は2004年8月号でも本格的な「死体」特集を再び行っている。
10月1日 - 2ちゃんねるの分派である「ふたば☆ちゃんねる」の非公式姉妹サイトとして英語圏最大の匿名画像掲示板「4chan」開設。
同年、練炭自殺が流行し、社会問題となる。
6月 - 佐世保小6女児同級生殺害事件が発生。加害者とされる女子児童が2ちゃんねる上でカルト的な人気となる祭り状態が起こり、実際に不謹慎ゲームを制作する者や加害者のコスプレをする者などが現れた。なお加害者は『バトル・ロワイアル』のファンであったことから、テレビ業界や映画業界などで自主規制が更に強化されることになる。
9月 - 90年代の鬼畜ブームの空気を詰め込んだ雑誌『SIDE FREAK』（三才ブックス）が創刊されるも、発売予定の第2号が刊行されず創廃刊。
10月12日頃 - 2ちゃんねるのスピンオフとしてダークウェブ圏最大の匿名掲示板「Onionちゃんねる」（通称・Tor板）開設。ありとあらゆるアングラネタが取り扱われ、エロいのとアングラ板ではクラッキング・違法薬物・児童ポルノなどの危ない情報が平然と並べられていた。
11月 - 吉永嘉明『自殺されちゃった僕』（飛鳥新社）刊行。同僚の青山正明、友人のねこぢる、最愛の妻の3人に相次いで先立たれた『危ない1号』副編集長が綴る慟哭の手記。プロデュースは赤田祐一。2008年10月に幻冬舎アウトロー文庫から再刊された（解説は精神科医の春日武彦）。
この年、アダルトビデオメーカーのバッキービジュアルプランニングが一連の強姦致傷事件（通称・バッキー事件）を起こす。
奈良小1女児殺害事件が発生。犯人の自宅からは、児童ポルノビデオ約百本、児童ポルノ雑誌約五十冊、スクール水着に女児の下着や服などを詰め込んで作った人形のようなものが見つかっている。
3月 - 出演者のほとんどが出会い系サイトを通じて知り合った小中高生の未成年であり、鬼畜なSMプレイが中心の援助交際ビデオ「関西援交・上玉援交シリーズ」制作者が、児童ポルノ禁止法違反などで摘発を受け逮捕される。逮捕された制作者は反社会的勢力ではなく素人のサラリーマンに過ぎなかったが、シリーズは160巻超を数えるなど裏ビデオ史上最大のヒット商品となった。
北海道・東京連続少女監禁事件が発生。
7月 - 「人間の欲望を裏側から描き出す鬼畜系体験マガジン」がキャッチコピーのサブカル雑誌『裏BUBKA』（コアマガジン）が7月号をもって廃刊。廃刊の理由は「日光の猿を撲殺して食う企画が社内で問題視されたから」とも言われる。かつてのライバル誌『裏モノJAPAN』編集部の仙頭正教は「猿を編集部まで持ってきて、後でバーベキューをしようということで冷蔵庫に入れていたんです。そしたら全然そのことを知らない派遣社員の女の子が冷蔵庫を開けて騒ぎになって、こんな事がバレたら会社が潰れるということで、編集部ごと潰してしまったんです」と語っている。
『マンガ嫌韓流』が発売され、2ちゃんねる上で祭りとなる。いわゆる「ヘイト本」の最初の事例であるとされる。
『たかじんのそこまで言って委員会』のネット局がこの頃から拡大する。
ばるぼら＋加野瀬未友責任編集『ユリイカ』8月臨時増刊号で「総特集＝オタクVSサブカル! 1991→2005ポップカルチャー全史」特集。ばるぼらと加野瀬未友の対談「オタク×サブカル15年戦争」が掲載されたほか、90年代サブカルに関連して近藤正高「カミガミの黄昏〈一九九三年〉以前・以後」、屋根裏「悪趣味と前衛が支えたアングラ」、オクダケンゴ「平成大赦（仮）-平成サブカルチャー年表-」などの記事が収録されている。
3月 - 吉永嘉明『自殺されちゃった僕たち』が『実話GON!ナックルズ』で連載開始（2008年11月号まで全32回）
『STUDIO VOICE』12月号で「90年代カルチャー完全マニュアル」特集。村崎百郎インタビュー「今こそ『鬼畜』になれ! 『アングラ／サブカル』が必要なわけ」掲載。
クラブきっず事件発生。
桜井誠が在日特権を許さない市民の会を設立。2000年代後半から2010年代前半にかけてヘイトスピーチが激化することとなった。
ファシズム活動家の外山恒一は、しばき隊の野間易通との「サブカル」論争においてこう指摘した。
私が在特会を多少は評価するのは、その行動の根底に、私自身が現代社会において他の大半の問題よりも圧倒的に重要だと考えているPC(ポリティカル・コレクトネス)的風潮への反発のメンタリティが存在しているには違いないからである。PCは簡単に反論しがたい“正義”なので、“善良な市民”的“お行儀の良さ”から逸脱しなければ刃を向けることは難しく、PC的風潮への異議申し立てはどうしてもこういう在特会のような“野蛮”な連中が先陣を切っちゃうことになるよなあと、もどかしさを伴いつつ思うし、その意味では在特会の“ヒドすぎ”ぶりを肯定せざるをえないと感じてもいる。〔……〕サブカルチャーが反政治的であったのに対し、サブカルは単に没政治的なのだ。サブカルには、サブカルチャーが抱え込んでいたラジカルなニヒリズムがない。
もっともぼくの認識では、日本のネット文化は最初からまあ、〝右傾してた〟とまでは云わんけど、〝監視社会化のツール〟でしかなかったよ。それは理由もはっきりしてて、ネットが普及したのは世界的にも日本国内的にも90年代後半でしょ。要するに、監視社会化が進んだのは世界的には9・11以後つまりネットの普及が進んだ後だったけど、日本国内ではそうではないんだ。日本版の〝9・11〟である95年の〝オウム事件以後〟に、つまり急速な監視社会化が先に始まって、その後でネット社会化が始まった。そんなもん、最初から監視社会化のツールとしてしか機能しませんよ。〔……〕
137ページ下段の東発言はすごく腑に落ちた。「出版はリベラル知識人が圧倒的に強い。そうなると右派は、小林よしのりのようにマンガに行くか、在特会のようにネットに行くか、いずれにせよ周縁から出発するしかない。その結果、リベラル層はネットに対して親和性が低くなり、出版が強いうちはよかったものの、時代が進むにつれて後手に回らざるをえなくなった」っていう。
さっきも云ったように80年代の粉川哲夫とか以来、左翼のネットというかIT方面への進出は右派より圧倒的に早かったはずなんだけど、いつのまにか逆転してて、それはたしかに東がここで云ってるようなメカニズムでそうなったのかもしれない。
12月12日 - 動画共有サービス「ニコニコ動画(仮)」開始。
8月 - 強盗や誘拐の共犯者などを募る目的で2004年頃から利用されていた闇サイト「闇の職業安定所」で知り合った男3人組がOL殺人事件を起こす（闇サイト殺人事件）。
11月30日 - ニコニコ動画に牛丼屋店員による悪ふざけ動画が投稿される（テラ豚丼事件）。後のバイトテロの先駆け。
監督やスタッフによる出演者への性的虐待やパワハラが後に問題となった『童貞。をプロデュース』が公開。
障害者差別などを芸風としているアングラ芸人・スパルタ教育（現・まん☆だん太郎）のネタがYouTubeやニコニコ動画にアップロードされ炎上し、本人は後に謝罪したものの、その後もライブで同様の差別的なネタを続けていた。本来は表に出ないアングラなネタが動画サイトなどで拡散され、問題となった最初期の事例である。
前衛集団Chim↑Pomが、被爆地である広島市の上空において、飛行機雲で「ピカッ」という文字を描き問題となる。
4月23日 - 日本語版Twitterリリース。
6月8日 - 秋葉原通り魔事件発生。
2006年6月から7月にかけてウクライナのドニプロペトロウシクに住む若者らが約1ヶ月の間に快楽目的で21人を殺害した。2008年末には殺人行為を記録したビデオがインターネット上に流出し、そのうち「ウクライナ21」と称される動画は動画共有サイトに完全な状態で流出した（この前後に日本では「検索してはいけない言葉」という言葉が定着している）。その後、ウクライナ21に触発された模倣犯が「アカデミーマニアックス」事件を起こす。
日本文化に影響を受けて4chanで作られた海外製アダルトゲーム『かたわ少女』発表。