宗教団体法
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明治政府が神道を国家宗教とする祭政一致体制を志向した背景には、江戸幕府における仏教の役割の重要性があると指摘されている。すなわち、仏教寺院が地方分権的な政治的支配機構の一翼を担っていたため、幕藩体制を打破するためには、民衆の生活に浸透した仏教寺院の宗教的・政治的権威を消失させ、これに代わる宗教的・政治的権威を確立する必要があったとされる。幕府は、「宗門人別帳」の制度を通じて、幕府の統治方針と相容れない宗教（例えば、キリスト教、日蓮宗不受不施派、一向宗など）を徹底的に弾圧するとともに、キリシタンを仏教に改宗させるために、寺院にその檀徒であることを証明させて奉行所に提出させる「寺請」制度によって、宗門人別帳の制度を補完していた。さらに、幕府は、「一家一寺の制」（一家が単一の檀那寺の檀家となること）や、「離檀」（檀那寺から離脱すること）の禁止によって、仏教寺院に民衆の監視を担わせることとし、これによって、民衆は、宗教の自由のみならず移転の自由をも制限され、仏教寺院の権威が高められることとなった。幕府は、仏教寺院に行政機関としての役割を担わせることの見返りとして、仏教寺院に対して、「朱印地」や「黒印地」などの寄進地や、寺社の境内外を「除地」として免税措置を与えるなどの経済的保護を与えていた。他方で、仏教寺院の役割が幕府にとって重要であればあるほど、仏教寺院に対する幕府の統制が強化されることとなり、「本末制度」を主軸とする統制が行われていた。こうした統制の結果、江戸時代の仏教界は、後に廃仏毀釈につながる民衆の反感を醸成する堕落・形骸化に甘んじていた側面があったことは否定できないとされている。
明治政府が発足すると、政府は、「祭政一致」の布告（明治元年太政官布告第153号）を行い、地方分権化された諸勢力を打倒することとなった。政府は、まず、神祇行政を所轄する機関として、明治元年1月に、太政官制の三職七科に「神祇科」を設け、次いで、同年2月には三職八局への官制変更に伴い、神祇科を「神祇事務局」に改組した。さらに、明治2年閏4月には、「神祇官」として太政官から独立し（明治2年太政官布告第331号）、かつ、太政官の上位に位置付けられることとなった。
この間、神祇行政においては、諸国の神社や神主を政府の直接管理に移行し（明治元年太政官布告第153号）、他方で、寺院については寺領を没収（上地）して経済的支柱を奪った。さらに、神仏分離に関する布達（明治元年太政官布告第196号、神仏分離令）によって、大衆の廃仏毀釈運動が誘発されるとともに、神社の格付け・序列化を行って、全ての神社を中央集権的に再編成した。また、神官の世襲制を神社の私物化であるとして否定し、神職を官吏として任命することが行われた（明治4年太政官布告第235号）。かくして、官吏である神官が祭式を行い、国家が経営する宗教としての神社神道が確立することとなった。
また、戸籍法制の近代化の過程で、宗門人別帳の制度は廃止され、「宗門改め」に代わって神社が氏子の戸籍上の変動を補助的に管理するために、戸籍の区割ごとに一つの神社を設定し（「郷社定則」（明治4年太政官布告第321号）、「大小神社氏子取調規則」（明治4年太政官布告第322号））、「氏子調べ」によって住民を把握することが企図されたが、戸籍法制にとっては屋上屋を架すものにすぎなかったことから、「氏子調べ」は、明治6年5月には廃止され、失敗に終わった。
明治4年7月に行われた太政官制の大改正に伴い、同年8月には神祇官が廃止され、「神祇省」へと改組されることとなった（明治4年太政官布告第398号）。しかしながら、神祇省も1年足らずで廃止され、明治5年（1872年）3月には、新たに「教部省」が設置された（明治5年太政官布告第82号）。当時の政府は、文明開化政策による海外との交通、外来文化の移入、これらに伴う自由主義思潮の広がりのほか、キリスト教への嫌悪感や、キリスト教に対する仏教界との利害の一致などから、仏教界から神祇行政に対する批判にそれなりの考慮をすることが必要となっていた。そこで、政府は、祭祀と宣教とをともに所轄していた神祇省を解体し、宣教は教部省に担わせ、祭祀は太政官式部寮に移管することとした（明治5年太政官布告第92号）。その後、教部省には、宣教の担い手として「教導職」が設けられたが、その内訳は、神社の祭主・宮司だけではなく、真宗五派及びその他諸宗派の僧侶、旧藩主、公卿等で構成されていた。教導職は、国家神道の宣教の担い手ではあったが、同時に、宗教統制の手段として機能することが企図されていた。すなわち、この時期には、金光教、天理教、丸山教などに対する介入が頻発していたが、その理由は、これらの布教にあたる教祖又は幹部が教導職の資格を有していないという理由からであった。他方、教導職であるからといって、自由に布教することが許されていたわけではなく、説教の内容は、「説教取締」（明治5年教部省番外）によって厳しく制限されていた。さらに、教導職は、神道、仏教それぞれの「管長」によって統括されることとなった。神祇官・神祇省のもとでは、寺格に関係なく地方官が住職任命権を掌握し、本山の末寺支配権は制限されていたが、教部省のもとでは、教導職管長を設けることによって、直接的統制から管長を介在させた間接的統制へと変化させたのであった。もっとも、教院における仏教の布教が禁止されていたことから、真宗各派が教院から離脱することとなり、教部省の機能は事実上停止することとなった。また、信教の自由が欧米からもたらされると、もはや教部省を存続させることは困難となり、明治8年（1875年）5月には大教院が廃止され（明治8年教部省達書乙第4号）、明治10年（1877年）1月には教部省も廃止された（明治10年太政官布告第4号）、教部省の所掌業務は、内務省に新設された社寺局へと移管された（明治10年内務省達乙第2号）。この間、明治8年（1875年）には、「信教の自由保障の口達」（明治8年太政官達第200号）が発出されていたものの、他方において、同年には、讒謗律（明治8年太政官布告第110号）や、新聞紙条例（明治8年太政官布告111号）が制定されていたほか、教導職自体も内務省社寺局に移管されて存続した。もっとも、仏教各宗派から教導職の廃止を求める動きが起きるとともに、「神社は宗教にあらず」とする動きも起きたことから、結局、明治17年（1884年）8月には、教導職も廃止されることとなった（明治17年太政官布告第19号）。そして、教導職の廃止と同時に、「管長制度」が施行されることとなり、管長は、自己の教団に関する教規・宗制を定め、教師・住職の任免・教育に関する事項を規定し、内務卿の認可を得なければならないこととなった（明治17年太政官布告第19号）。
かくして、政府は、教派神道及び仏教各宗派に対する管長による直接的な統制に一応の終止符を打ったものの、他方において、天皇の宗教的権威を高め、神社制度を拡充することはますます進展させていた。このように、独特な「政教分離」と国家神道の浸透とを国家の基本構造として確立したのが、明治22年（1889年）の大日本帝国憲法の制定であった。大日本帝国憲法第28条は、信教の自由を保障しているものの、「安寧󠄀秩序ヲ妨ケス及󠄁臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於󠄁テ」という限定のもとで、すなわち、宗教は、全て神社神道に従属したものとして取り扱われ、信教の自由は、神権天皇制と折り合いをつけることができる限りにおいて保障されたにすぎなかった。
政府は、神道及び仏教については、既存の単行法規の積み重ねによって掌握してきたが、キリスト教の布教活動の掌握には必ずしも積極的ではなかった。その理由は、キリスト教をどんな形であれ統制の対象とすることが、キリスト教を公然と認めることとなるというジレンマからであった。さらに、キリスト教を規律の対象とすることによって、条約改正交渉において日本に不利益が及ぶことも懸念されていた。後者の条約改正交渉に関する懸念については、明治27年（1894年）の日英通商航海条約の締結によって解消されたことから、政府は、明治32年（1899年）7月の「宗教ノ宣布者及堂宇会堂説教所ノ類設立廃止等ノ場合届出ニ関スル件」（明治32年内務省令第41号）によって、キリスト教を対象とする管理統制へと踏み出した。また、後に、明治38年司法次官通牒民刑第117号によって、キリスト教に対する税制上の優遇措置の途が開かれることとなるが、キリスト教を教派神道や仏教と同列に置きながら、その宗教活動を一網打尽にすることが企図されていた。
政府が法人格の付与と法人による財産管理の整備、租税の免除、教師に対する兵役の免除という「アメ」と引き換えに、統一的な法律によって詳細な統制を加えることが可能であると考えた背景としては、次の2点が指摘されている。第一に、キリスト教界において、信教の自由と国家神道（天皇の神聖不可侵性）との関係に関する考え方が一枚岩ではなかったという点である。井上哲次郎が「教育と宗教の衝突」においてキリスト教批判をした際の論争の結果、キリスト教界における主流派は、キリスト教的良心を忠君愛国に従属させる方向へと進んだ。第二に、仏教界の一部（東本願寺を中心とする大日本仏教徒同盟会）などに、「公法人」化への志向があったという点である。管長制度によって、仏教界はある種の自治権を得ていたものの、管長制度の曖昧さから、本末関係、檀徒信徒問題、教師の資格等に関して、政府が介入する余地が残存していた。それゆえ、管長制度における自治権の徹底化を要求するよりも、むしろ、「仏教公認論」を主張して、国家との結びつきを強め、積極的な保護を引き出そうとしていた。
その後、民法（明治29年法律第89号）が制定されると、民法34条は、祭祀、宗教、慈善、学術、技芸、その他の公益に関する社団又は財団であって、営利を目的としないものは、主務官庁の許可を得て、法人とすることができると規定していたが、寺院・仏堂等の古来の宗教団体については、別に特別の法律を制定することとして、民法施行法（明治31年法律第11号）28条において、民法中法人に関する規定は、当分の内、神社、寺院、祠宇及び仏堂には適用しないと規定されていた。