スプリンターセル ブラックリスト
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かつてアメリカ国家安全保障局内の秘密組織「サード・エシュロン」に所属する「スプリンターセル」であったサム・フィッシャーは、親友ヴィクター・コステの民間軍事会社「パラディン9（ナイン）」　で働いていた。
ある晩サムはコステと共に訪れたグアムで謎のテロ組織「エンジニア」によるアンダーセン空軍基地の襲撃に遭い、コステが入院する。
「エンジニア」は司令官殺害も含めた襲撃時の映像をインターネット上に公開し、「世界各国に駐留するアメリカ軍の即時撤退を求める。それが行われない場合はアメリカ合衆国全土に向けた大規模テロ「ブラックリスト」を実行する」と予告した。事件後、サムはコールドウェル大統領により大統領直属の特殊作戦部隊「フォースエシュロン」のリーダーに任命され、「エンジニア」によるアメリカ合衆国全土に向けた大規模テロ「ブラックリスト」を阻止する為にステルス航空機「パラディン」を拠点に行動を開始する。
情報提供者であるアンドリー・コビンはCIAと取引を行い、セーフハウスに匿われていた。サムは手続き通りにセーフハウスから撤収させようとしたが、地元民兵がセーフハウスを制圧してしまう。セーフハウスにはCIA職員の遺体があり、コビン本人は警察署にいたところをサムが救出した。パラディンへ連行後、コビンは尋問の中でアンダーセン空軍基地襲撃の為に「エンジニア」に武器を売った事を告白する。さらに、コビンの情報から「エンジニア」と繋がる一連の訓練キャンプの存在が浮かび上がった。サムはその内の最大とされるミラワキャンプを引き受け、残りのキャンプは全て「デブグル」が攻撃する事となった。サムがミラワキャンプの奥で見つけたビデオカメラには、グアムで捕らえられたアメリカ空軍兵士が「エンジニア」のリーダーであり元MI6のマジード・サディークによって殺害される場面が収録されていた。しかしこの訓練キャンプ自体が罠であり、デブグルは「エンジニア」の待ち伏せによって壊滅的な被害を受け、その時の様子がインターネット上に公開されてしまう。
グリムとブリッグスはアメリカ合衆国全土に向けた大規模テロ「ブラックリスト」である「アメリカンコンサンプション」の標的がダラスだと主張していたが、サムの仲間のハッカー・チャーリーの報告から真の標的はシカゴと判明した。サムがシカゴに到着して早々ネイビー・ビアで人質事件が起きる。だがそれは陽動作戦であり、「エンジニア」はその隙に現地の水処理施設に兵器化したペスト菌を投じようとしていた。投入の妨害に成功したサムは全て「エンジニア」の足跡を追っている事に過ぎないと感じたサムは南米のテロブローカーのレザ・ノーリを追う事に決めた。ノーリの屋敷に潜入した彼はパニックルームまで詰める事に成功したが、ノーリ暗殺の為に送り込まれたイラク軍の特殊部隊の急襲を受ける。ノーリは保護と引き換えにサディークへ送った連中の情報を渡す事をサムに約束する。
サムはノーリの情報から集められた傭兵達のパスポート情報からロンドンの廃工場を突き止める。潜入したサムは工場の奥で「ブラックリスト」にイランが関与し、次の計画を示す資料を発見し、通信端末OPSATで「パラディン」へ転送する。更に輸送を待つ化学兵器の積荷を発見。リスクを冒して化学兵器が入った容器に追跡装置を仕掛けた。しかし、容器から漏れたVXガスを吸い込んでしまいサディークに捕まってしまう。サムは助けに来たブリッグスにサディーク追跡を命じるが、ブリッグスはサムの生命を優先する。そうしているうちにサディークに逃げられてしまう。任務終了後、サムは指示を無視したブリッグスに激怒し任務から降ろすと言い渡す。VXガスはアメリカに向けて輸送されるが、追跡装置を通じてチャーリーに筒抜けだった。
サムの入手した情報によりコールドウェル大統領は「ブラックリスト」の起点としてイランを指し示す情報を発表した。世論はイランへの戦争支持の気運が高まっていた。しかしグリムは情報を疑い、イランの特殊部隊本部に潜入してそれが本物かを確かめることを提案する。イランに潜入したサムは、特殊部隊の将軍アリ・ロハニを脅して話を聞き出し、施設へ導かれるが、そこで待ち伏せを受ける。チャーリーのハッキングにより電力を一時的に失った混乱の隙を付き突破に成功し、データサーバーを発見する。この情報によりイランは「ブラックリスト」を支援していない事が証明された。敷地内から脱出するサムを迎えたのは任務から外したはずのブリッグスであった。サムとブリッグスは追跡を受け、グリムは二人を救う為、サムの制止を振り切りUAVを使用し、追跡車両から二人を救う。新しい情報により戦争への熱は冷めた。だが、刻一刻と化学兵器はアメリカに迫っていた。
イランで使用されたUAVは操作不能による事故として処理された。だが、アメリカ合衆国全土に向けた大規模テロ「ブラックリスト」である「アメリカンフリーダム」は迫っていた。VXガスはフィラデルフィアへ到着する。「エンジニア」は地下鉄網に対してVXガスを使用し都市全体に拡散しようと目論む。サムとブリッグスは直ちに車両基地に潜入し、「エンジニア」への攻撃を開始する。2人は手分けして5つの化学兵器を停止させる。最後の1つが仕掛けられた列車に乗り込んだサムは現場の「エンジニア」を追跡し、装置を停止させる。そこには「エンジニア」の司令官がいた。司令官は逃走の末、駅構内で人質を取るが偶然居合わせた鉄道警察官が司令官、サムに銃を向ける。司令官がサムに注意を向けた瞬間、警察官が発砲。司令官は死亡し、サムはその場に駆けつけた鉄道警察隊により拘束されてしまう。
7日の猶予があった「ブラックリスト」は加速を始める。「フォースエシュロン」はグアンタナモに出頭したノーリがもたらした情報に翻弄された末、サディークが「フォースエシュロン」のチームメンバーの家族構成から全てを把握している事も判明する。また、チャーリーのミスにより、メキシコのカルテルにも存在が露見してしまう。
アメリカ合衆国全土に向けた大規模テロ「ブラックリスト」である「アメリカンフューエル」が迫っていた。タンカーの乗員の変更等の情報を入手し、「パラディン」をタンカーへと向かわせるが、SMIのセキュリティホールをついた「スタックスネット」の改良版がSMIと「パラディン」をハッキング。「パラディン」は機体を急降下させられ、パイロットは気絶する。コビンが巨大軍用輸送機に明るかったため、臨時のパイロットとして運用された。機体を軽くする為に輸送ヘリ、一部備品を放棄。更に通信機器も損傷する。チャーリーは予備用PCから攻撃に使用されたウイルスの解析に成功する。無事に「パラディン」は制御を確保し、「フォースエシュロン」壊滅の危機は去った。だが、同じウイルスが湾岸地域に連なる製油所のセキュリティを停止するべく拡散されてしまい、「パラディン」が通信機器の回復に手間取っている間に「アメリカンフューエル」は実行され、タンカーがサビーン・パスの液化天然ガスターミナルに追突したことで大規模な爆発が発生する。サムは「シールズ」や消防隊と協力して復旧に当たる。そこには「エンジニア」の司令官がおり、これも陽動だということが判明する。
そして、デンバーにある政府存続バンカーの占拠を狙っていたサディークの目論見通り、コールドウェル大統領は「政府存続計画」の発動を宣言する。これにより真の「ブラックリスト」である「アメリカンブラッド」が発動を開始。「エンジニア」は国防長官レスター・ゴランツのいるバンカーを占拠し、コールドウェル大統領と交渉を開始した。大統領は「フォースエシュロン」に警戒解除を命じ、バンカーに近づけば「パラディン」を撃ち落とす事を明言する。サムはチームと共に命令拒否をしたパイロットを任務から外し、コビンをパイロットにデンバーへと飛び立つ。サムとブリッグスはバンカーへと潜入する。サディークは政府及び軍事関連の重要ファイルをダウンロードし、西側諸国を脅かそうと考えていた。そこへわざと捕らえられたブリッグスがサディークと対面する。拷問を受けサディークに屈した国防長官がファイルをダウンロードしようとした時、ブリッグスは隙を突き国防長官を「第5の自由」を行使し殺害し、「アメリカンブラッド」は失敗に終わる。怒りに駆られるサディークだったが、ブリッグスと要人を人質に近くに待機している「パラディン」を利用し逃亡を図ろうとする。しかしその中にはアメリカ軍兵士になりすましているサムの姿もあった。サムは銃を突き付けていた「エンジニア」を倒し、自分に注意を引きつけ、隠れていた「フォースエシュロン」のスナイパーによって「エンジニア」達を排除する。ブリッグスもサディークを捕らえようとするが負傷してしまう。サムは滑走路でサディークを撃破する。サディークはサムに自分を殺害すれば殉教者として名を残し、逮捕すれば「エンジニア」の背後にいる「12のグループ」を暴露し、アメリカを果てしない戦乱に巻き込むと嘲笑う。サムは「第5の自由」の行使を決断する。