石山寺
境内

本堂（国宝） - 正堂（しょうどう）と礼堂（らいどう）を合の間で繋いだ複合建築である。本堂は南側の傾斜地に南向きに建てられており、礼堂部分が懸造となっている。 懸造の本堂は、清水寺、長谷寺など、観音菩薩を祀る寺院に多い。現存する本堂は三代目で、奈良時代の草創期に建てられたものは桁行五丈、梁間二丈であったが、天平宝字5年（761年）から翌天平宝字6年（762年）に造東大寺司によって桁行七丈、梁間四丈に改築され、これに10世紀末までに懸造の礼堂が増築されていたことが絵画資料から分かっている。この建物が承暦2年（1078年）1月2日の火災で焼失し、永長元年（1096年）に再建され、慶長7年（1602年）に淀殿の寄進で合の間と礼堂が改築され現在の形式となる。正堂は永長元年（1096年）の再建の姿を良く残す滋賀県下最古の建築である。構造は桁行五間、梁間二間の身舎（もや）に一間の庇を廻し、全体で正面七間、奥行四間（「間」は長さの単位ではなく、柱間の数を示す建築用語）である。身舎が内陣となっており、慶長年間（1596年 - 1615年）に新設された宮殿が設けられている。宮殿内部に如意輪観音を祀るが、隆起した硅灰石が本尊の台座となっている。合の間は間口七間奥行一間で、正堂と礼堂を繋いでいる。内部に天井はなく、見上げると正堂の軒が残っている。合の間の東端は「紫式部源氏の間」と称され、執筆中の紫式部の像が安置されている。礼堂は桁行七間、梁間三間の身舎に、合の間と接する北面を除く三方に庇を廻し、全体で正面九間、奥行四間で、さらに三方に縁をめぐらす。また東側一間は吹さらしである。屋根は檜皮葺きで正堂と礼堂それぞれを寄棟造としたうえで、二つの屋根を貫くように南北に大屋根が掛けられて南端は礼堂上部で千鳥破風となる。本堂の正面は南面であるが、南面は懸造となっているため参拝者は東面の階段を登り礼堂の縁を回って礼堂に入るようになる。
蓮如堂（重要文化財） - 近世以降は浄土真宗本願寺派の蓮如上人を祀る堂となっているが、もともとは三十八所権現社の拝殿であった。三十八所権現社本殿の南側に位置する懸造の堂である。『石山要記』には寛弘3年（1006年）の藤原道長の御願文に見えると記されているが、現存するものは慶長7年（1602年）に淀殿により再建された。平面は桁行五間、梁間四間で、北面一間が広縁となっており三十八所権現社本殿と向かいあっている。堂の入口は東面の妻入（棟の向く方向が入口という意味）であり、東側一間が吹さらしとなっている。同じように懸造で妻入りの拝殿は醍醐寺の清瀧宮拝殿（国宝）があり、本殿との位置関係など共通する部分が多い。堂の西側一間が内陣の体裁となっており、蓮如像などを祀る。屋根は入母屋造で文化8年（1811年）に桟瓦葺になっている。小屋裏の構造から元は檜皮葺きなど軽い屋根であったと思われる。
観音堂 - 宝暦年間（1751年 - 1764年）に京都の三井某老尼によって建立。当時は礼堂と呼ばれていた。西国三十三所観音霊場のそれぞれの札所の本尊を模した33体の観音像を祀る。
毘沙門堂（滋賀県指定有形文化財） - 兜跋毘沙門天などを祀る堂。棟札から安永2年（1773年）に和歌山の藤原正勝が施主となり建てられたのが分かる。大棟梁は大津の高橋六右衛門と治郎兵衛が、大工は大坂の大西清兵衛が担当している。大坂で木材を調達して加工・彫刻し、現在地で組み立てられた。建物は方三間であるが、外部からは桁行三間、梁間二間に見え、内部に入ると堂奥より4分の1ほどに柱が4本建つ特異な平面である。堂奥側が須弥壇になっているが、手前の柱に渡された虹梁や組物に特徴がある。屋根は宝形で瓦葺。
御影堂（重要文化財） - 石山寺開創の祖師、弘法大師、良弁僧正、淳祐内供を祀る。『石山要記』によれば、元は三昧堂もしくは法華堂と呼ばれ法華三昧の道場であったが、淳祐の住居であった普賢院が倒壊した際に御影を移し御影堂としたもの。現存の建物は室町時代とされているが、須弥壇の意匠などから推測されるのみで確証はない。また享保年間（1716年 - 1736年）に大きな改装を施されている。平面は方三間の一間四面堂（一間身舎の四方に庇をめぐらす）で、背面に張り出し（簡易な囲い）、背面以外の三方に縁をまわす。後世の改装により四天柱のうち前面二本が抜き取られており代わりに大虹梁を入れている。大虹梁の上部には抜き取られた柱の頂部が残されている。本来四天柱の内部だったであろう内陣は奥の中央一間に移されている。屋根は宝形の檜皮葺きで頂部に宝珠が載る。
第一梅園「薫の苑」
淳祐内供供養塔
石山寺硅灰石（国の天然記念物） - 石山寺の名の由来となった岩。石灰岩が変成してできた珪灰石。世界的にも珍しく、日本の地質百選に選ばれている。
良弁の杖桜 - 良弁が付き刺した杖が育った桜という。
三十八所権現社（重要文化財） - 祭神：神武天皇から天智天皇までの38代の歴代天皇。本堂のすぐ東側にある鎮守社。『石山要記』は良弁が勧請したとの推測を記すが定かではなく、文治年間（1185年 - 1190年）の『灌頂記』に見えるとしている。現存する文献などから慶長7年（1602年）に淀殿により再建された。三十八所は観音二十八部衆と法華十羅刹女としているが、『近江輿地志略』では般若十六善神と薬師十二神将、法華十羅刹女と記す。建物は大きな一間社流造で全体的に装飾の少ない意匠である。現在はほぼ剥落してしまっているが、全体に彩色が施されていたことが分かる。屋根は檜皮葺き。
経蔵（重要文化財） - 本堂北東にある小規模な校倉造で、石山寺一切経や校倉聖教などの文化財を収容してきた建物。建立時期は伝わっていないが、意匠などから16世紀後期と考えられる。校木を桁行と梁行で高さをずらさずに組み上げている。校倉造では滋賀県最古の建築である。屋根は瓦葺で、全国的にも校倉造では珍しい切妻造となっている。
安産の腰掛石 - 経蔵の床下にある。
紫式部供養塔（重要美術品） - 石造の宝篋印塔であるが、その傘が三重となっている珍しい作りとなっている。鎌倉時代中期の造。
鐘楼（重要文化財） - 寺伝では源頼朝の寄進と伝わるが、細部様式などから鎌倉時代後期と考えられる。二階建てで平面は上下層とも桁行三間、梁間二間で、上層には縁がまわされる。下層は白漆喰塗りの袴腰、上層は東西中央に扉があり、それ以外は連子窓である。内部には銘が無いが、平安時代とみられる梵鐘（重要文化財）が吊られている。下層から撞木を引いて撞く珍しい作りである。屋根は入母屋造で檜皮葺き。
宝蔵
めかくし石（重要美術品） - 石造宝塔。
若宮 - 祭神：天照皇大神、弘文天皇。弘文天皇が壬申の乱の後、この地に葬られたという。
多宝塔（国宝） - 寺伝では源頼朝が、平治の乱の後に石山寺が兄の源義平を平清盛から匿ってくれたことへのお礼で寄進したと伝わる。墨書より建久5年（1194年）建立とわかる。年代の明らかなものとしては日本最古の多宝塔である。下層は方三間で、内部の四天柱内に須弥壇を据え、快慶作の大日如来像（重要文化財）を安置する。また、柱や長押に仏画や彩色が施されている。上層は12本の円柱に四手先組物が載り、深い軒を受ける。屋根は檜皮葺き。
源頼朝供養塔 - 南北朝時代の造。
亀谷禅尼供養塔（重要文化財） - 亀谷禅尼は中原親能の妻で頼朝の次女の乳母である。南北朝時代の造。
茶室「芭蕉庵」
月見亭 - 石山寺の尾根の東の突端部にある亭。瀬田川や琵琶湖を望む景勝地にあり、ここから見る月は「近江八景 石山の秋月」の図で有名である。寺伝では保元年間（1156年 - 1158年）に後白河天皇が行幸した際に建立されたのがそもそもの始まりと伝わる。現存するものは貞享4年（1687年）の再建。建物は桁行一間、梁間一間であるが、東西方向にやや長い平面である。東寄りの正方形の方一間部分は床を上げて舞台状にしている。建具などは無く吹さらし。懸造となっているが、袴腰があるため明確ではない。屋根は寄棟造で、上部は茅葺、下部は杮葺きであったが、2017年（平成29年）に茅葺は板葺に葺き替えられた。
心経堂 - 1990年（平成2年）建立。花山法皇西国三十三所復興一千年記念で建てられた。
第二梅園「東風の苑」
豊浄殿 - 宝物館。毎年春と秋に「石山寺と紫式部展」が開かれる。
源氏文庫
第三梅園
牡丹園
源氏苑
紫式部像
光堂 - 2008年（平成20年）に石山を発祥の地とする東レによって寄進された。懸造。
天智天皇の石切場 - ここから切り出された石が、大和国飛鳥にある川原寺中金堂の礎石として使われているのが分かっている。
西国三十三所石仏群
庭園「無憂園」
八大龍王社
源義平供養塔 - 義平が平治の乱の後に隠れていたという「かくれ谷」にある。
閼伽井屋
那須与一地蔵堂 - 那須与一が信仰していたという地蔵尊を祀る。
龍蔵権現社 - 宝治元年（1247年）に勧進沙門祐円によって再興されるが天明年間（1781年 - 1789年）に朽損し、明和年間（1764年 - 1772年）に再建。
密蔵院 - 塔頭。島崎藤村ゆかりのお堂。1893年（明治26年）に藤村が20歳の時に約2か月滞在している。東大門の前にあったが後に現在地に移された。
吉祥院 - 塔頭。
明王院 - 塔頭。2024年（令和6年）1月29日から2025年（令和7年）1月31日まで、紫式部を主人公とした大河ドラマ『光る君へ』の大河ドラマ館が開館。
くぐり岩
池
比良明神影向石 - この地を訪れた良弁がこの石に座っていた比良明神と出会ったという。
世尊院 - 塔頭。
公風園白耳亭
法輪院 - 塔頭。
大湯屋 - 妻を正面とする切妻造の建物。残っている湯屋は全国でも少なく、貴重である。
大黒天堂 - 大黒天を祀る。明治時代後期の建立と伝わる。建物は妻入で桁行五間、梁間は正面三間、背面四間で正面に一間の向拝が付く。奥側一間の中央に内陣を据え、それ以外の床は畳敷きとなっている。屋根は瓦葺で、正面は入母屋造、背面は切妻である。
金龍龍王社 - 石山寺の守護神。
拾翠園
淳浄館
宝性院 - 塔頭。 石山寺事務所。
宿直屋
東大門（重要文化財） - 寺伝では源頼朝によって建久元年（1190年）に建立されたとされる。細部の様式などから本堂の礼堂が建立されたのと同時期の慶長年間（1596年 - 1615年）に、淀殿によって新築に近い大幅な修理がなされたと考えられる。三間一戸（桁行三間で、中央の一間が開口という意味）の八脚門（本柱の前後に4本ずつ控え柱が建つという意味）で、両脇に仁王像を置く。屋根は入母屋造で瓦葺き。東大門の南50メートルの場所に石山貝塚（大津市指定史跡）がある。
庭園「朗澄律師大徳遊鬼境」 - 1999年（平成11年）築。
東大門
鐘楼
御影堂（開山堂）
御影堂内陣
毘沙門堂
三十八所権現社本殿
大黒天堂
月見亭
経蔵
蓮如堂
多宝塔細部
石造宝塔と石庭
宝篋印塔
宝篋印塔（後方の塔は重要文化財）
宝篋印塔
宝篋印塔
無憂園
東大門の金剛力士（仁王）像
天照皇大神を拝し弘文天皇を祭る若宮
心経堂
紫式部供養塔と芭蕉句碑
島崎藤村ゆかりの密蔵院
三鈷の松
くぐり岩