ソフマップ
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高田馬場本店（1984年限り）- 貸しビル（ニュー竹宝ビル）の一室で営業していたソフトレンタル店。閉店直前にはレンタル落ちのソフトを販売していた。
高田馬場店（2004年前後限り）- 現在の西武新宿線戸山口前のビル1階で中古PC・パーツ販売買取を営業していた。
ビックカメラアウトレット×ソフマップ池袋東口店☆ - 2024年7月28日閉店。
Re Collection 池袋店 ◇※ - 2018年3月8日に、池袋東口のBIC PHOTO店舗跡にオープン。2024年7月21日閉店、7月28日に前述のアニメガ×ソフマップ池袋店として再オープン。
秋葉原地区
秋葉原本店（2007年9月9日限り）- 現在はTRADER本店。
所在地：千代田区外神田3丁目14-10
Used Windows専門館 → アミューズメント館
初代・秋葉原2号店（2003年限り） - 現在はラムタラMEDIA WORLD AKIBA店。
所在地：千代田区外神田1丁目15-2 ミオス本館ビル
Mac Collection
秋葉原3号店（2006年5月14日限り）- 現在はビートオン 秋葉原店。
所在地：千代田区外神田1丁目10-2 ソフマップビル
U-Mac → 買取＆中古モバイルPCショップ → ゲーム専門館
秋葉原5号店（2009年1月12日限り）- パソコン総合館5階に移転・統合。
所在地：千代田区外神田1丁目7-12 アポンドビル
中古総合OA館 → USED PC PRO SHOP → 中古パソコン専門店
秋葉原6号店（2006年3月26日限り）- 現在は日乃屋カレー秋葉原店。
所在地：千代田区外神田1丁目8-11 ソフマップビル
コンピュータD・I・Y DOS/Vパーツ専門店 → トレジャー館 → PCソフト専門Shop
秋葉原7号店（2006年3月26日限り）
所在地：千代田区外神田1丁目7-13 ソフマップビル1階
中古パソコンパーツセンター → 中古ノートパソコン専門館
秋葉原11号店（2011年1月10日限り）- 現在はアルタクラッセ秋葉原店。
所在地：千代田区外神田1丁目8-7 神林ビル1階
時空館 → 中古デジタル・モバイル専門店 → 中古モバイルPC専門店
秋葉原12号店
所在地：千代田区外神田4丁目5-8 松孝ビル
パソコン買取査定センター → パソコン買取・下取センター
初代・秋葉原13号店
所在地：千代田区外神田1丁目11-9 第2中栄ビル
総合アミューズメント館
2代目・秋葉原13号店（2007年9月2日限り）
所在地：千代田区外神田3丁目11-6 ソフマップビル
総合買取・下取センター コンピュータクリニック → ホームシアター専門店 デジタルシアター倶楽部
秋葉原14号店（2007年6月17日限り）
所在地：千代田区外神田3丁目15-6 小暮末広ビル1階
新品パソコンゲームソフト専門ショップ
秋葉原15号店（2005年4月6日限り）
所在地：千代田区外神田1丁目8-4 銭谷ビル地下1階
ソフト買取査定センターPart2
旧・秋葉原買取センター（2008年5月11日限り）- 秋葉原本館4階に移転・統合したが、その後DVDソフト館跡に再出店。
秋葉原モバイル館（2017年3月12日限り）
所在地：千代田区外神田4丁目2-1 丸芝ビル
ヤマギワソフトアニメ館 → 秋葉原音楽CD館
秋葉原コンピュータクリニック（2017年2月19日限り）
所在地：千代田区外神田4丁目2-7 信沢ビル
ヤマギワソフトU-SHOP
秋葉原買取センター（2017年2月28日限り）
所在地：千代田区外神田4丁目2-9
ヤマギワソフトA館 → 秋葉原DVDソフト館
秋葉原本館（市川・カンブンドー・ヤマギワ共同ビル） （2017年5月31日限り）。
2017年6月22日よりビックカメラAKIBAとして営業（6月5日より順次営業開始）
アキバ☆ソフマップ2号店（2017年6月4日限り、外神田共益ビル、旧4号店・PCゲーム・アニメ館 → PCゲーム・アニメ館）★
2号店 パソコン総合館（カクタソフマップ → リユース総合館）（2021年5月5日限り）
所在地：外神田3-13-8 東京角田ビル（旧重松角田共同ビル）
中古デジタル館 買取センター（8号店・中古パソコン専門館 / Sofmap Networld → 中古パソコン駅前店 → 5号店 中古デジタル館 買取センター）(2022年5月8日限り)
所在地：外神田1-16-9 朝風2号館ビル1階
跡地は当社子会社のじゃんぱらが「じゃんぱら D-Style秋葉原店」として移転開業した。
買取専門館（次世代ゲーム専門店 → U-Mac トレジャー → 中古Windows専門館 → 秋葉原9号店→中古パソコン2号店 → あきばU-SHOP2号店）(2022年5月8日限り)
所在地：千代田区外神田3丁目14-5 久郷ビル1
3号店 Mac Collection（新2号店・Mac Collection/CREATORS LAND → Macクリエイターズ館）（2021年5月5日限り）
所在地：外神田3-13-7 ニューカクタビル
新宿地区
新宿1号店 TVゲーム専門館（2002年10月21日限り） - 翌10月21日に新宿2号店に移転・統合。
所在地：新宿区西新宿1丁目16-4 西新宿国際通ビル
新宿4号店 ChicagoII Windows専門館（2006年5月14日限り）
所在地：新宿区西新宿1丁目18-20 第一火災西新宿ビル
新宿西口店（2014年9月23日限り）
所在地：新宿区西新宿1丁目5-1ハルク ビックカメラ新宿西口店内
新宿買取・下取センター＋クリニック（2014年9月23日限り） - 翌9月24日に新宿2号店2階に移転。
所在地：新宿区西新宿1丁目19-6 山手新宿ビル地下1階
新宿3号店 Mac&PC Collection（2017年6月11日限り、西新宿ユニオンビル）
有楽町ソフマップ（2006年5月7日限り）- 有楽町インフォス内。店舗名に「GIGA STORE」は付かなかったが、大型総合店舗扱いであった。閉店後、同年5月14日に、ビックカメラ有楽町店別館（後に有楽町店テレビ館）としてオープンしたが、2011年5月22日に同地から撤退している。
旧・池袋店（1997年7月30日限り） - サンシャインシティアルパに店舗を構えていた。当初「Trendy by Sofmap」を名乗り、PC・コンビニ・ゲームの融合を図った店舗としてオープン。その後池袋店に名称を変更した。
アニメガ×ソフマップ池袋マルイ店（池袋マルイ7階）△（2021年8月29日限り） - 2019年11月1日に文教堂から店舗を譲受し、アニメガ池袋マルイ店から店名変更。
神田店（1980年代前半限り）- 雑居ビル2階で営業していたソフトレンタル店。
渋谷店（1984年頃限り）- 渋谷区桜ケ丘のワンルームマンションで営業していたソフトレンタル店。
八重洲店（1997年限り）- 1996年3月オープン。東京駅八重洲北口に店舗を構えていた。当初「NETWORLD Trendy by Sofmap」を名乗り、池袋店と同様のコンビニ+PCの形態にネットワーク関連用品を多く取り扱う店舗であった。すぐそばにさくらやがあった事や、立地の悪さなどが影響し短命に終わった店舗である。
八王子店（2017年2月12日限り、セレオ八王子南館・ビックカメラJR八王子店3階）
町田西友店（2019年5月6日限り、旧 町田店、西友町田店 6階）※ - これまでは同店5階に入居していたが、2010年5月27日に6階に移転した。上記の町田店が開店するに伴って、店名が町田西友店へと2019年2月から変更。