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天皇
称号 > 日本国内における称号 > 称号の由来

「天皇」は、字音仮名遣では「てんわう」と表記する。「てんわう」が中世までに連声により「てんのう」に変化したとされる。漢音で「てんこう」と読まず呉音で読む。一般的には呉音は古い読み方とされるが、四天王で知られる「天王」との関連も考えられる。中国では秦の始皇帝が、秦の統一後に、皇帝と名乗る以前の大王時代に支配者の新しい名称を求めて例示された「天皇・地皇・泰皇」中に「天皇」号があるが泰皇を改定して「皇帝」号を創始した（『史記』始皇帝本紀）。この記事を参照して、第2回遣隋使国書「天子」使用で煬帝から無礼とされたことから、天を含み王がない号として天皇号を選んだとの吉田孝の説がある。後に、中国の唐の高宗は 道教から「天皇」と称した。（上元元年〈674年〉8月）、『旧唐書』には、「皇帝を天皇と称し、皇后を天后と称す」（巻5）とある（『新唐書』（巻3）にもあり）。死後は皇后の則天武后によって 「天皇大帝」 の諡（）が付けられた（683年）。中国ではこの時のみ天皇号が使われ、以後使われていない。また、歴代皇帝・皇后への諡号奉上と同時に行われていることや高宗在位中の上元2年（675年）に死去した皇太子李弘への諡号が「孝敬皇帝」（『唐大詔令集』巻26）であることからも、天皇・天后は皇帝・皇后の称号そのものを変更したものでは無く、高宗と武后個人に対する尊称であったと考えられている。
古い訓読みでは、すべらぎ（須米良伎）、すめらぎ（須賣良伎）、すめろぎ（須賣漏岐）、すめらみこと（須明樂美御德）、すめみまのみこと（皇御孫命）などと称した。
「スメル」については、『岩波 古語辞典』では、「すめら」（皇）の項で、サンスクリット「sume:ru」（須弥山）と音韻・意味が一致し、モンゴル語「sümer」（須弥山）と同源であろうとしている。また、「統べる」の転訛と見る説があったが、上代特殊仮名遣からこれは否定されている。他には、清浄さから神聖さを想起させる「澄める」の転訛と見て、光り輝いて煌めくさまを表す「皇」の訓としたとする説があり注目されているが、現在も判然としていない。古事記では穴穂部皇子の別名を須売伊呂杼（すめいろど）と記しており、日本書紀の用明天皇紀で豊国法師を連れて内裏に入る場面では穴穂部皇子を「皇弟（すめいろど）皇子」と表記している。欽明天皇紀には「住迹（すみと）皇子」ともある。遥か上代であるが、古事記が記すヤマトタケルの子孫の系譜には「須売伊呂」で始まる人名が現れる。古事記のコノハナノサクヤビメの神話では「天皇命」を「すめらみこと」と読む箇所があり、他には神功皇后に降伏する新羅国王の言葉にのみ「天皇命」が現れ、住吉三神との関連が窺われる。岩波文庫の校注にある通り、『日本書紀』では景行天皇以後は天皇の子女を称するのに「命」に代わって「皇子」「皇女」を用いており、崇神天皇は奈良盆地の東西の隅に墨坂神と大坂神を祭っている。
万葉集の歌謡には「天皇」の表記が12例知られ、このうち7例が「オオキミ」、5例が「スメロキ」と訓ませている。それぞれの文意の比較から、「オオキミ」は今上天皇、「スメロキ」は「天皇」の他に「皇祖神」、「皇神祖」、「皇祖」に対しても「スメロキ」と訓ませているため、過去の歴代天皇や皇祖神に対して用いられていることがわかっている。また舒明天皇と斉明天皇の時代に中皇命（なかつすめらみこと、斉明天皇または間人皇女か）という人物の歌が収められている。万葉集には「皇神（スメガミ）」を詠んだ歌もあり、立山や志賀島など、海や山を領する神を指す。岩波文庫の『日本書紀』武烈天皇の補注では「スメは起源的には港や山などの土地を本来的に領有支配することをいう語であったろう」とするが、海や山に限ることから「隅（すみ）神」と考えるのが自然であろう。領有支配は「知」という語であり「やすみしし（八隅知之）」の枕詞につながる。
なお、“スメラミコト”という呼称に関して注目される文章に天平7年（735年）に唐の玄宗が帰国する遣唐副使中臣名代に託したとされる天皇宛の勅書がある。実際の執筆者は玄宗の重臣であった張九齢によるものであるが、その宛名は「日本国王主明楽美御徳」となっている。「主明楽美御徳」は“スメラミコト”の漢字表記であると考えられるが、先行して出されであろう日本側からの国書の段階で君主を「天皇」ではなく「国王」と表記して“スメラミコト”と称していたと推測される。もしも日本側で「天皇」と称していたのを唐側で「国王」に書き換えたとすれば、元の日本側の国書には「天皇」と“スメラミコト”という同義語の自称を併記していたことになって却って不自然だからである（なお、玄宗は「主明楽美御徳」を日本国王の姓名もしくは名前と理解していた可能性はある）。大宝律令や養老律令では蕃国（新羅や渤海）には「天皇」と称する規定が存在しているが、唐に対しては天皇が「国王」“スメラミコト”と称していた可能性が高い。
称号 > 日本国内における称号 > 推古朝説

推古朝説を最初に唱えたのは、戦前の津田左右吉である。その根拠として津田は、奈良の法隆寺金堂の薬師如来坐像の光背の銘に「池辺大宮治天下天皇」（用明天皇、在位585 - 587）とある点を挙げた（「天皇考」）。同銘にはほかにも「大王天皇」、「小治田大宮治天下大王天皇」（いずれも推古天皇、在位592 - 628）の文言があり、また銘文から薬師像は推古天皇と聖徳太子が「丁卯年」（607年）に完成させたとする。
しかし、福山敏男は美術的な様式から同じ金堂内の623年製造銘の釈迦三尊像より新しいと推定され、製造は後世であり、野中寺の弥勒像銘（666年）が金石文では天皇号の確実な初見だという説を唱えた。さらに日本ではじめて薬師像が出現するのは天武朝からであるとし、法隆寺金堂の薬師像銘も天武朝以降のものであると推定した。
推古天皇8年（600年）第1次遣隋使では「オホキミ（またはアメキミ）」号を使用し、推古天皇16年（607年）第2次遣隋使国書で「日出處天子致書日沒處天子」と日中とも「天子」として煬帝を怒らせ、それへの隋からの返書は「皇帝問倭皇」と日本書紀にあり、日中とも「皇」が入っていることを除けば、皇帝が蕃夷の首長に下す形式である。それへの日本からの返書の国書に「東天皇敬白西皇帝」云々と日本書紀にあり、隋の返書に従って相手を「皇帝」と改め、自分は「倭皇」の「皇」だけを取り入れて「天皇」と改めた。前回国書の対等書式とは違う身分が上の貴人に差し出すへりくだった形式となっていて外交姿勢を改めたことになる。
ただし、「東天皇」は後の編纂時に改定されたもので「大王」か「天王」だったという説と、そのまま天皇号の始まりとする両説がある。舒明天皇2年（630年）の第1次遣唐使は詳細不明だが、2年後に彼らを送ってきた唐使高表仁に「天皇」を名乗り会見が行われなかった記録が日本書紀にある。唐側は「天皇」を記さず、「王子」または「王」と礼を争ったと記す。白雉5年（654年）の遣唐使・高向玄理らから倭国の詳しい情報を得て唐も「天皇」を容認し、斉明天皇5年（659年）には高宗が遣唐使に天皇の平安を尋ねたという記録が日本書紀が引く伊吉博徳の書にある。
称号 > 日本国内における称号 > 天武朝説

考古学的には、 明日香村飛鳥池遺跡出土の天皇木簡が最も古く一緒に出土した木簡から天武朝（ - 686年10月1日〈朱鳥元年9月9日〉）の時期のものと判定されている。
| 文書・銘 | 年代 | 抜粋 | 出典 | 備考 |
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| コノハナノサクヤビメの神話 | - | 故是以至于今天皇命等之御命不長也 | 古事記（712年成立） | 読みは「すめらみこと」序文を除けば「天皇」の初出。 |
| ヤマトタケルの孫で 継母の父の名 | 311年? | 須賣伊呂大中日子王 | 古事記 | 系譜が不合理。 |
| 神功皇后への新羅国王の言葉 | 362年? | 自今以後随天皇命而為御馬甘 | 古事記 | 読みは「すめらみこと」で天皇の命令の意味か。「天皇命」は中下巻を通じてここのみ。新羅の記録はない。 |
| 雄略天皇の別の称号 | 479年 | 天王以昆支王五子中第二末多王幼年聰明勅喚内裏 | 日本書紀（720年成立） | 読みは「すめらみこと」。 |
| 穴穂部皇子の別名 | 587年 | 次三枝部穴太部王亦名須賣伊呂杼 | 古事記 | 日本書紀では「皇弟」または「住迹（すみと）」と表記。 |
| 遣隋使の言葉 | 600年 | 俀王姓阿毎字多利思北孤 號阿輩雞彌 | 隋書（636年成立） | 日本書紀に派遣自体の記録がない。 |
| 遣隋使国書 | 607年 | 日出處天子致書日沒處天子無恙 | 隋書 | 日本書紀に国書の記録がない。 |
| 法隆寺金堂薬師如来像光背銘 | 607年 | 池辺大宮治天下天皇 | 法隆寺金堂薬師如来像 | 実物が存在。 |
| 隋使裴世清の国書 | 608年 | 皇帝問倭皇 | 日本書紀 |  隋書に国書の記録がない。 |
| 遣隋使国書 | 608年 | 東天皇敬白西皇帝 | 日本書紀 | 隋書に国書の記録がない。 |
| 法興寺丈六 釈迦像光背銘 | 609年 | 多知波奈土與比天皇 | 元興寺伽藍縁起 並流記資財帳 （746年成立） | 実物が失われている。 |
| 天皇記 | 620年 | （書物の題名自体に「天皇」を含む） | 日本書紀 | 実物がない。 日本書紀以外に記録がない。 |
| 唐使高表仁への大伴馬養の言葉 | 632年 | 聞天子所命之使到于天皇朝迎之 | 日本書紀 | 旧唐書、新唐書に類似の記録があるが「天皇」の語は日本書紀以外に記録がない。 |
| 天寿国繡帳 | 7世紀 | 斯帰斯麻宮治天下天皇 悲哀嘆息白畏天皇前日啓 | 上宮聖徳法王帝説 （成立年不明） | かろうじて現存。 |
| 遣唐使と会見した高宗の言葉 | 659年 | 天子相見問訊之日本國天皇平安以不 | 日本書紀が引く伊吉博徳の書 | 高宗の言葉は日本書紀以外に記録がないが、新唐書にこの会見時と思われる記録がある。 |
| 野中寺弥勒菩薩像銘文 | 666年 | 栢寺智識之等詣中宮天皇大御身労坐之時 | 野中寺弥勒菩薩像 | 実物が存在。 |
| 木簡 | 677年 | 天皇聚露忽謹 | 飛鳥池工房遺跡出土 |  |
天皇の称号を諡号として各国で最初に付せられた人物は、以下の通り。
唐の第3代皇帝高宗は、在位の途中の上元元年（674年）8月に皇帝の称号を「天皇」に、皇后の称号を「天后」に、同時にセットで変更した。崩御後も、天后である則天武后によって天皇の称号を贈られ、諡号を「天皇大聖大弘孝皇帝」と記録された。
日本の第40代天武天皇は、通説では日本で初めて天皇と称された人物で、唐の高宗を模倣したとされる。ただし在位中のいつから天皇と称したのかは明らかでなく諸説がある（遅くとも天武6年〈677年〉12月には天皇号が使用されていた）。その孫の文武天皇の時、大宝律令で天皇の号が法制化され、天武天皇以降、およびその系譜を遡って天皇の諡号が贈られた。
南漢の初代皇帝劉龑は、崩御後、諡号を「天皇大帝」と記録された。
天皇の称号を存命中に自ら付した人物は、以下の通り。
太平天国の洪秀全は、在位中に「太平天皇」を自称した。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 上古

倭国では首長のことを、国内では大王「おおきみ」（治天下大王）あるいは天王と呼び、対外的には「倭王」「倭国王」「大倭王」等と称された。大王号の時には姓名を持っていて、姓を「倭」、名を「大王」と称していた、という説がある。600年、隋国に倭国使が大王名を姓「アメ」、名を「タラシヒコ、オオキミ」と表明していて、天皇号の確定で氏名が無くなる前の過渡的な状態だとしている（『隋書』600年条）。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 古代

律令制において、「天皇」という称号は「儀制令」に定められている。養老令の儀制令天子条において、祭祀においては「天子」、詔書においては「天皇」、華夷（「華」を中国とし「国外」と解する説と「華」を日本とし「国内外」と解する説がある。）においては「皇帝」、上表（臣下が天皇に文書を奉ること）においては「陛下」、譲位した後は「太上天皇（だいじょうてんのう）」、外出（大内裏の中での移動）時には「乗輿」、行幸（大内裏の外に出ること）時には「車駕」という7つの呼び方が定められているが、これらはあくまで書記（表記）に用いられるもので、どう書いてあっても読みは風俗（当時の習慣）に従って「すめみまのみこと」や「すめらみこと」等と称するとある（特に祭祀における「天子」は「すめみまのみこと」と読んだ）。
天皇の死没は崩御といい、在位中の天皇は今上天皇（）と呼ばれ、崩御の後、追号が定められるまでの間は大行天皇（）と呼ばれる。配偶者は「皇后」。一人称は「朕」。臣下からは「至尊」とも称された。
神武天皇から持統天皇までの41代の漢風諡号が奈良時代の淡海三船によって一括撰進された事が鎌倉時代の『釈日本紀』に引かれた平安時代の『日本書紀私記』に記述されている。これは三船が中央で勤務していた天平宝字6年頃のことで、元明天皇と元正天皇も含むと一般的に考えられている。この「諡号」とは、一人一人の名前であって、たとえば神武天皇といった時の前半の「神武」の部分が諡号である。後半の「天皇」という称号とは関係ない。諡号は生前の行動を賛美する意味を含んでおり、こうした諡号は仁和3年（887年）に光孝天皇に諡られたのを最後に中絶した。以降の天皇には在所や山稜名からつけられた「追号」が諡られるのを原則としている。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 中世

天皇の没後の称号は、康保4年（967年）に崩御した村上天皇に天皇号がおくられたのを最後に、正暦2年（991年）の円融天皇の没後以降は、追号・諡号に付属する呼称は、「天皇」ではなく「院」が用いられるようになった。院はもともと譲位した太上天皇の邸宅並びに尊称を意味したが、平安時代以降、天皇が譲位する前に崩御することがまれになったため、院号が没後の称号として定着した。例外としては文治3年（1187年）に在世中に崩御した安徳天皇は天皇号のついた諡号が諡られている。
在世中に「天皇」と文書で記されるのは即位宣命の際に「天皇」と書いて「すめらみこと」と読む場合等に限られ、通常ははばかって「禁裏」、「禁中」、「主上」等と表記された。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 近世

本来太上天皇の称号であった院号が、次第に将軍、大名、庶民にまで拡大すると、没後の天皇号としてふさわしくないと考えられるようになった。江戸時代の儒学者中井竹山は「院号は、諸侯大夫より士庶人迄も用ゆる事なれば、帝号に極尊の意かつてなし、勿体なき事なるべし」（『草茅危言』）と述べ、「元号＋天皇」とおくるべきだと主張した。安永8年（1779年）に没した後桃園天皇に対し、摂政九条尚実は諡号と天皇号および山陵を復活させようとしたが、この際には江戸幕府は再興を認めなかった。
天保11年（1840年）に光格上皇が没すると、仁孝天皇は天皇号の再興を公家に諮問し、幕府の許可を得た。ついで諡号の選定を行い、翌天保12年（1841年）に「光格天皇」の名をおくっている。その後の幕府との交渉で、院号ではなく天皇号を贈ることと、諡号に関しては幕府に問い合わせを行い、追号の場合は決定できない際に幕府に問い合わせるという方針が定まった。以降の仁孝天皇・孝明天皇も「諡号」と「天皇号」を組み合わせたものとなっている。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 前近代における呼称

在位中の天皇は、帝、御門（）、禁裏（）、内裏（）、禁中（）、御所（）などと呼ばれた。「みかど」とは本来、御所の御門のことであり、禁裏・禁中・内裏・御所は御所そのものを指す言葉である。これらは天皇を直接名指すのをはばかった婉曲表現である。陛下（階段の下にいる取り次ぎの方まで申し上げます）も同様である。
また、主上（、しゅじょう）という言い方も使われた。天朝（てんちょう）は天皇王朝を指す言葉だが、転じて朝廷、または日本国そのもの、もしくはまれに天皇をいう場合にも使う。すめらみこと、すめろぎ、すべらき、などとも訓まれ、これらは雅語として残っていた。また「皇后」は「中宮」ともいうようになった。
当代の天皇は「当今の帝（）」などとも呼ばれた。譲位した太上天皇は「上皇」と略称され、「仙洞」や「院」などともいった。出家すると太上法皇（略称：法皇）とも呼ばれた。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 明治以降

大日本帝国憲法3頁目。明治天皇の諱、睦仁の署名（御名）と共に、「天皇御璽」という御璽が捺印されている（御名御璽）。
「韓国併合ニ関スル条約」に関する李完用への全権委任状。文中に「大日本國皇帝陛下」と書かれている。
大日本帝国憲法（明治憲法）において天皇の呼称は初めて「天皇」に統一された。ただし、外交文書などではその後も「日本国皇帝」が多く用いられ、日本国内向けの公文書類でも同様の表記が何点か確認されている。そのため、完全に「天皇」で統一されていたわけではない。
→詳細は「日本国皇帝」を参照
口語ではお上、主上（、しゅじょう）、聖上（、せいじょう）、当今（）、畏き辺り（）、上御一人（）、などの婉曲表現も用いられた。
また、天皇は陸海軍（大日本帝国陸軍・大日本帝国海軍）の統帥権を有することから「大元帥（大元帥陛下）」とも称され、主に軍内部および大元帥としての天皇を報道するマスメディア等において用いられた。
称号 > 日本国内における称号 > 称号の変遷 > 現在

日本国憲法上の正式称号は単に「天皇」であるが、詔書や勲記、褒状などの文書においては「日本国天皇」と表記されることもある。
憲法学界においては、象徴天皇と歴史上の天皇との連続性について、二つの学説が対立している。歴史的存在としての天皇を存続させたものと捉える「宣言的規定説（＝連続説）」と、無から新たに「天皇」と称する存在を創造したものと捉える「創設的規定説（＝断絶説）」である。後者の見解によると、神話由来の第124代天皇だった昭和天皇が、国民由来の「天皇」の初代になったということになる。
なお、今後も「○○（＝時の元号）天皇」という形式の追号になると確定しているわけではない。すなわち、明治天皇・大正天皇・昭和天皇の過去3代がそうだからといって、平成、令和の天皇が同様に「平成天皇」「令和天皇」になるとは限らないのである。元号法の制定議論時の大平正芳首相（当時）の国会答弁によれば、追号とはあくまで皇室の儀式として贈られるものであり、法定された元号に縛られることなく天皇が自由に決めることが可能である。
称号 > 日本国外における呼称 > 英語圏における呼称

天皇は、英語で「emperor」、「the Emperor of Japan」と称され、在位中の天皇は「The Current Emperor」と称される。ただし、英語で公式に初めて「the Emperor of Japan」と称された人物は、江戸時代末期・幕末期当時で、孝明天皇ではなく、時の執権者の第十二代将軍徳川家慶であった。1852年のミラード・フィルモアアメリカ合衆国大統領の親書の宛て名には、「His Imperial Majesty, the Emperor of Japan」と記されている。かつて、「Mikado」（帝、御門）と一般的に称されていた時期もあった。
称号 > 日本国外における呼称 > ドイツ語圏における呼称

ドイツやオーストリア等の地域においては、皇帝を意味する「Kaiser」（カイザー）と称されている。また一部地域においては、「Keyser」（ケイゼル）と読まれることもある。本項目のドイツ語版の記事名は「Tennō」であるように日本固有の存在としての天皇を強調する場合はTennōと呼ぶこともある。
称号 > 日本国外における呼称 > 中国における呼称

現在の中華人民共和国政府などの公的機関では、「天皇陛下」、「日本天皇陛下」などの「陛下」の敬称付で呼ばれるのが通常である。
称号 > 日本国外における呼称 > 朝鮮半島と天皇の呼称

→「日朝関係史」、「皇帝」、および「日本国王」も参照
朝鮮半島の歴代王朝は長期間にわたり中国歴代王朝の冊封国として存在しており、華夷思想では「天子」・「皇帝」とは世界を治める唯一の者、すなわち中国歴代王朝の皇帝の称号であった。そのため、「倭国王」「日本国王」等の称号で呼んでいた。清の冊封体制から離脱し大韓帝国となると初めて日本の天皇を「皇帝」と称した。その後の韓国併合による大日本帝国統治下では「天皇」の称号が用いられた。第二次世界大戦後、大韓民国独立後は英語で天皇を意味する「Emperor」の訳語を踏襲せず、「日本国王」（日王）「Japanese King」という称号を用いてこれに倣い「皇室」を「王室」、「皇太子」を「王世子」と呼んでいた。現在では「天皇」と言う称号が以前より一般的になりつつあるが、「皇室/王室」、「皇太子/王世子」に関しては同等に用いている。但し産経新聞ソウル支局長黒田勝弘に拠れば、2006年9月の悠仁親王誕生時、韓国日報を例外に殆どの韓国マスコミは「天皇」等の「皇」の字を嫌い、代わりに「王」の字を格下げの意味で用いたという。
金大中は大統領在任当時、諸国の慣例に従って「天皇」という称号を用いる様にマスコミ等に働きかけたが、マスコミはそれに従う者と従わない者に二分した。大韓民国政府としては1998年から「天皇」の称号を使用するようになったが、次の大統領盧武鉉は天皇という称号が世界的かどうか確認していないため「天皇」と「日王」どちらを用いるべきか準備ができていないと従来の方針を転換する姿勢を示した。大統領李明博は「天皇」の称号を用いている。しかし、マスメディアを始めとする民間では「日王」を使用している。民間における「日王」の呼称の使用については21世紀初頭頃に「天皇」や「日皇」に改めるべきであるとの議論もなされたが、「日王」に統一することとなり現在に至っている。李明博は2009年9月15日にインタビューを受けた際、「日本天皇」という表現を繰り返し用いた。
韓国人ジャーナリスト崔碩栄によると、韓国では80年代後半まで新聞などで天皇表記が確認でき、「日王」表記が始まったのは、韓国が民主化した1987年以降で90年代に入ると天皇の表記は姿を消したと指摘している。
歴史

『国史大辞典』は「天皇」の称号に相当する人数が、学問上確定できないとしている。
天皇がいつどのように成立したかは、現在の学界では学説が多様に分かれている。ただし、天皇の前身をなす大王が遅くとも5世紀の初めには、のちの畿内の地の政権の王として存在したことは中国の史書からも認められる。古墳時代から勢力圏を拡大し、はじめは毛野・吉備・出雲・筑紫その他の各地の有力豪族と並立する一地方政権であったのが、やがて7世紀末から8世紀初頭にかけ律令体制を整えるまでのある時期に、他の諸政権との連合体から広い範囲にわたる統一政権に成長した、といったことは推認されている。この統一の時期・範囲は研究者によって意見がわかれる。
歴史 > 神代と天皇の発祥

皇室の系図は『古事記』『日本書紀』を始めとする史書に基づいて作られ、その起源は神武天皇元年（紀元前660年）に即位した神武天皇、更にはその始祖である天照大御神に始まるとされている。最初に葦原中国に降臨したのは高皇産霊尊と天照大御神の孫である天孫瓊瓊杵尊である。
紀元前663年、長髄彦を神武天皇が打ち破り（神武東征）、神武天皇が統治することになったとされる。太平洋戦争（大東亜戦争）敗戦までの日本では、神武天皇以降の史書の記述を真実の歴史とする考えが支配的であり、国定教科書では神武天皇元年を紀元元年とする神武天皇紀元（皇紀）が採られていた。一方、戦後の1950年代から1960年代にはに戦前の皇国史観への反動で津田左右吉の学説やマルクス主義史学が流行し、欠史八代の存在の否定や騎馬民族征服説などの王朝交替論等の記紀の内容を否定する学説が盛んに唱えられ、古代天皇は革命で打倒すべき古代専制君主・専制国家である天皇制の原型とされた。そのような風潮の中で関晃によって唱えられた畿内政権論は古代天皇は専制君主というマルクス主義史学の前提を否定するものとして当時の学会では猛攻撃を受けたが、古代日本国家における天皇の権力はそれほど強大ではなく畿内豪族が伝統的に大きな力を持ち両者の合作により国家権力の発揚が目指されていたことが明らかにされた。今日ではマルクス主義史観的な古代天皇専制君主論、専制国家論は否定されている。また欠史八代の天皇についても、宮都・天皇陵の記述や婚姻氏族の存在などを根拠とした欠史八代実在説もあって、未だ決着を見ていない（すべてが新しく作られたわけではなく、ある段階で始祖神武天皇から崇神天皇にいたる地位継承が名前のみ伝えられていたものを後世、皇統譜に加えたとの見解もある）。歴史学的に証明できる天皇、皇室の起源は、ヤマト王権の支配者・治天下大王（大王「おおきみ」）が統治していた古墳時代辺りまでともされるが、記紀から推定される河内湖の存在などから、神武天皇の実在を主張する説もある。
近年の紀年研究は神武天皇即位を二世紀後半とする見解が多い。「日本書紀」の神武天皇が難波に着いた時の記述は大阪湾が潟になっている古代の地形の変化を描写しておりそれは西暦100年までの頃とする見解や紀元前後の開聞岳の噴火が神武東征のきっかけとなったとの見解もある。
3世紀中葉以降に見られる前方後円墳の登場は日本列島における統一的な政権の成立を示唆しており、この時に成立した王朝が皇室の祖先だとする説や、神話に描かれる素戔鳴尊が弥生時代に朝鮮半島から北九州に渡来した皇室の始祖で、この6世孫の神武天皇が東征して大和を開いたとする説、弥生時代の北九州または近畿地方にあった邪馬台国の卑弥呼を天照大御神と見て、その系統を皇室の祖先とする説、皇室祖先の王朝は4世紀に成立したとする説、など多くの説が提出されており定まっていない。
一般に実在が確かであるとされている最初の天皇は「はつくにしらすすめらみこと」と「記紀」に記されている第10代天皇の崇神天皇であるとするのが定説である（稲荷山古墳出土鉄剣銘に471年の時点で鉄剣の主の系譜の初代オホヒコの名が記されている。オホヒコが初代天皇とされる崇神天皇の人物であることは単なる偶然ですまされない）。
ヤマト王権の首長であった大王が天皇の起源であることは間違いなく、ヤマトは大和国の中の地名ヤマトに起源がありおそらく山（三輪山）のト（ふもと）の意味であろうとも言われる。また後世、日本全体のことを表す「秋津洲（あきつしま）」「磯城島（しきしま）」「倭」などは元々、大和平原にあった村の名前であったという指摘もある。
寺沢薫は日本書紀には崇神天皇の磯城瑞籬宮、垂仁天皇の纒向珠城宮、景行天皇の纒向日代宮とあり、古事記ではミマキイリヒコイニエノミコト（崇神天皇）の師木水垣宮、イクメイリヒコイサチノミコト（垂仁天皇）の師木玉垣宮、オオタラシヒコオシロワケノスメラミコト（景行天皇）の纒向日代宮があったとあり、纒向は師木（磯城）に包括されるから崇神天皇の磯城瑞籬宮は纒向水垣宮であったとも考えられる。実在すると言われる初期三代の都宮が纒向に造営されたという伝承をもつこと自体に重大な示唆が含まれていると指摘し近年注目の集まる纏向遺跡と初期天皇（ヤマト王権大王）の関係性について言及している。
歴史 > 古代の天皇 > 古墳時代

ヤマト王権の首長は前方後円墳を築いた勢力の盟主的地位から発生したとも言われており、前方後円墳の形成とヤマト王権の連続性は一定程度評価され得る
。
５～６世紀の巨大古墳は王墓に間違いなく、帝紀に記される王墓の所在地もそれなりの根拠を有しており、古墳研究の第一人者の白石太一郎によれば崇神天皇以降の王墓記載は信憑性が高いという。
歴史 > 古代の天皇 > 倭の五王

→詳細は「倭の五王」を参照
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稲荷山古墳出土鉄剣（国宝）埼玉県立さきたま史跡の博物館展示。左は表面、右は裏面。「獲加多支鹵大王」は雄略天皇を指していると考えられる。
中国の史書における倭王の最古の記述は、南北朝時代の劉宋王朝に朝貢した「倭」の王たちである。中国の史書『宋書』夷蛮伝・倭国条（倭国伝）には、5世紀に冊封された倭の五王（讃・珍・済・興・武）についての記述が残っている。これら五王を『日本書紀』などの天皇系譜から「讃」→履中天皇、「珍」→反正天皇、「済」→允恭天皇、「興」→安康天皇、「武」→雄略天皇等に比定する説や仁徳天皇・履中天皇から雄略天皇までの天皇に比定する諸説がある。これらの五人の倭国王については珍と済など続柄関係が不明な部分もあるが、中国側は同じ「倭」姓の一族と扱っていることから倭の五王が父系の同一氏族集団であったことは明らかとされている。
これら五王は、朝貢の見返りに、中国王朝から「倭国王」に封じられ、またしばしば安東将軍または安東大将軍に任じられて（百済以外の）朝鮮半島における軍事的権威も付与されて、対外的にはこれらの称号を名乗っていたと推定される。国内向けの王号としては、熊本県と埼玉県の古墳から出土した鉄剣・鉄刀銘文に「治天下獲加多支鹵大王」「獲加多支鹵大王」とあり（通説では獲加多支鹵大王はワカタケルで雄略天皇の和風諡号とする）、「治天下大王」または「大王（おおきみ）」が用いられていたと考えられている。
『宋書』には、次のような倭王・武の上表文が引用されている。
皇帝の冊封をうけたわが国は、中国からは遠く偏って、外臣としてその藩屏となっている国であります。昔からわが祖先は、みずから甲冑をつらぬき、山川を跋渉し、安んじる日もなく、東は毛人を征すること五十五国、西は衆夷を服すること六十六国、北のかた海を渡って、平らげること九十五国に及び、強大な一国家を作りあげました。王道はのびのびとゆきわたり、領土は広くひろがり、中国の威ははるか遠くにも及ぶようになりました。
わが国は代々中国に使えて、朝貢の歳をあやまることがなかったのであります。自分は愚かな者でありますが、かたじけなくも先代の志をつぎ、統率する国民を駈りひきい、天下の中心である中国に帰一し、道を百済にとって朝貢すべく船をととのえました。
ところが、高句麗は無道にも百済の征服をはかり、辺境をかすめおかし、殺戮をやめません。そのために朝貢はとどこおって良風に船を進めることができず、使者は道を進めても、かならずしも目的を達しないのであります。
わが亡父の済王は、かたきの高句麗が倭の中国に通じる道を閉じふさぐのを憤り、百万の兵士はこの正義に感激して、まさに大挙して海を渡ろうとしたのであります。しかるにちょうどその時、にわかに父兄を失い、せっかくの好機をむだにしてしまいました。そして喪のために軍を動かすことができず、けっきょく、しばらくのあいだ休息して、高句麗の勢いをくじかないままであります。いまとなっては、武備をととのえ父兄の遺志を果たそうと思います。正義の勇士としていさおをたてるべく、眼前に白刃をうけるとも、ひるむところではありません。
もし皇帝のめぐみをもって、この強敵高句麗の勢いをくじき、よく困難をのりきることができましたならば、父祖の功労への報いをお替えになることはないでしょう。みずから開府儀同三司の官をなのり、わが諸将にもそれぞれ称号をたまわって、忠誠をはげみたいと思います。
倭王武の上表文にある「渡りて海の北」を平らげたとあるのは朝鮮半島のことである。
倭の五王は先進文化と鉄資源を求めて少なくとも朝鮮半島南部に進出しており、この事実は四世紀末の朝鮮半島の事情を記した広開土王碑文によって確認できる。倭の五王は主として高句麗に対抗するために半島の支配権の中国による公認を求めていたのだが、高句麗王や百済王が大将軍号を得たのに対し倭の五王は一ランク下の将軍号（安東将軍）と倭国王しか認められず、最後の武がようやく「安東大将軍」を得ることができた。武王は478年を最後に中国への遣使をやめて中国皇帝の権威に頼らない、稲荷山古墳鉄剣銘や江田船山古墳鉄剣銘に見られるような日本独自の「天下」としての秩序を形成していったのである。
雄略天皇が崩御すると皇位継承者の不足が問題となった。雄略天皇がライバルとなる皇位継承者の多数を殺害してしまっていたからである。清寧天皇没後にはかつて雄略が殺害した市辺押磐皇子の遺児が播磨で発見され顕宗・仁賢として即位したが、武烈天皇に至りこの皇統は絶えてしまった。
大連・大伴金村らのヤマト王権の群臣らは越前三国にいた応神天皇五世孫の男大迹（おおど）王を迎えて継体天皇として即位した。この継体天皇の即位に対し、戦後になって継体天皇は前王家とは血縁関係はなく、王朝を簒奪したものだとする王朝交替説が唱えられた。
継体天皇の中間系譜は鎌倉時代の『釈日本紀』に引用される『上宮記』に残されている。この『上宮記』逸文を検討した黛弘道は用字などからこの系譜が『日本書紀』より古いものと判断している。継体天皇の出身である若野毛二俣王家は安康・雄略朝の有力な外戚であり、かつ有力な皇族として存在していたことから、継体が越前または近江から来て王権を簒奪した豪族であったという説は誤りであろうとされている。
歴史 > 古代の天皇 > ヤマト王権の連続性

和田萃はヤマト王権～律令国家の本拠地は一貫してヤマトにあったとし、「倭屯田（やまとのみた）」を取り上げて論じている。大宝田令にある大倭国の三十町の屯田は大化前代の倭屯田の系譜を引くとされ、天平年間の大倭国正税帳などから十市郡と城下郡（および城上郡）に存在したことがわかり、『古事記』には景行天皇の代に定めたとされ、現大王の地位に付属する王位の象徴であったという。これが律令国家天皇制につながるためヤマト王権から律令国家へと王権が連綿とつながっていることがわかり、また「ヤマト」が磯城郡・十市郡を中心とする三輪山のふもとの地を指していたこともわかるという。 
また石上神宮のホクラはヤマト王権が地方豪族から献上させた剣や神宝を保管する武器庫であったが、系譜としては三世紀の卑弥呼の刀と鏡につながることが、四世紀の七支刀が現在にまで伝わることから推測できるとし、世襲や王権が確立していなかったとしてもヤマト王権、古代天皇には連続性が読み取れるとされる。
歴史 > 古代の天皇 > 飛鳥時代（蘇我氏の台頭）

蘇我稲目は宣化天皇の時に大臣として突如登場した。稲目は欽明天皇の時にも大臣に再任され、自身の二人の娘を欽明天皇の妃に入れて、蘇我氏は以後大きな権力をもった。
一方でヤマト王権には６世紀前半から後半にかけて成立した大和及び周辺の在地豪族から選ばれた大夫（まえつきみ）という群臣による合議があり、皇位継承の決定権を有していた。
蘇我稲目の子、蘇我馬子は仏教の受容を巡り対立していた物部守屋を滅ぼすと政権を掌握し、自身に批判的だった崇峻天皇さえも暗殺してしまう。崇峻天皇暗殺の後に群臣推挙を経て蘇我氏系で女帝の推古天皇が即位した。
推古朝には蘇我馬子と聖徳太子により冠位十二階、憲法十七条などの制度が整備された。天皇号の成立もこの頃のこととされている。
この時期、隋の煬帝に対して「天子」と自称したと『隋書』に見える。
舒明天皇が崩御すると皇后の宝皇女が中継ぎの女帝として皇極天皇として即位した。皇極は蘇我蝦夷を大臣としたが、その子蘇我入鹿が実質上の権力を握り専横が目立つようになった。皇極二年には山背大兄王が蘇我入鹿が差し向けた勢力に襲われ自刃した。
このような事態に中大兄皇子と中臣鎌足らが共謀して宮廷クーデターを起こし、蘇我氏本宗家を滅ぼした（乙巳の変）。
中大兄皇子は孝徳朝、斉明朝を通じ政権の中枢にあり新しい国家体制の建設を進めた。
歴史 > 大化の改新から摂関政治まで

百済戦役の中、斉明天皇が筑紫朝倉宮で没すると中大兄皇子は即位しないまま全権を握ったが、白村江において唐・新羅連合軍に壊滅的な大敗を喫した。大唐帝国の侵攻に危機感を募らせた天智天皇は朝鮮式山城を築くとともに中央集権化と近江令の編纂を開始した。この近江令が後世の大宝令に受け継がれ、後世の国家整備の始原として天智天皇は聖君と高い評価を受け、皇位継承の正当性を裏付ける「不改常典」は天智天皇に由来するとされた。
天智天皇が崩御すると天智天皇の弟である大海人皇子と天智天皇の子で近江朝を継承した大友皇子の間で内乱（壬申の乱）が発生し、勝利した大海人皇子が天武天皇として即位した。天武天皇は近江朝の国家体制を受け継ぎ、浄御原令などを編纂し氏族の「氏上」制や八色の姓を定め、後世の『記紀』に繋がる『帝紀』と『上古諸事』を記させ、皇太子には草壁皇子を立てた。
天武天皇が崩御すると草壁皇子も即位することなく逝去した。混乱を避けるために天武の皇后が持統天皇として即位した。
天皇を中心とした国家の枠組みが整い始めたのは、大化の改新からさらに四半世紀経った天武朝以後である。大化の改新によって後の天智天皇である中大兄皇子が実権を握って以降、中国（唐）の法令体系である律令を導入した結果、天皇を中心とした政府・国家体制を構築しようとする動きが活発となっていった。それらの試みは様々な曲折により一気に進展はしなかったが、最終的には、天武天皇及びその後継者によって完結することとなった。特に天武天皇は、軍事力により皇位を奪取したことを背景として、絶対的な権力を行使した。この時代に詠まれた柿本人麻呂らの和歌には、「大君は神にしませば」と天皇を神とする表現が見られている。
律令制下で天皇は太政官組織に依拠し、実体的な権力を振るったが、この政治形態は法令に則っていたため、比較的安定したものだった。主要な政策事項の実施には、天皇の裁可が必要とされており、天皇の重要性が確保されていた。
元明天皇の時代には平城京に遷都した（以降、平安遷都まで奈良時代）。
奈良時代の皇位継承は、「天武天皇‐草壁皇子‐文武天皇‐首皇子（聖武天皇）」という直系皇位継承による既定路線がありそれを補佐するために中継ぎの女帝（女性天皇）が即位した（持統、元明、元正）。聖武天皇の娘である阿倍野内親王が孝謙天皇として即位し、のち重祚して称徳天皇となると仏教に傾倒し僧道鏡を重用して宇佐八幡神託事件を起こした。『続日本紀』は称徳天皇について「道鏡に乗ぜられ、財政難をまねき刑罰も厳しくなりみだりに人を殺した」と酷評している。
称徳天皇が没すると藤原永手らは天智天皇の孫であり、聖武天皇の娘である井上内親王を妻にしていた皇親（皇族）長老の白壁王を即位させた（光仁天皇）。これを受けて井上内親王は一旦皇后についたが後、子の他戸親王とともに幽閉されてその後おそらく暗殺された。
新しい皇太子には白壁王と百済系の和新笠の間に生まれた山部皇子（のち桓武天皇）が立てられたことにより、女帝を介して＜天武‐草壁‐文武‐聖武＞と伝えられた天武系の皇統はここに断絶し天智系の皇統に移った。
歴史 > 平安時代と摂関政治

しかし、平安時代初期の9世紀中後期頃から、藤原北家が天皇の行為を代理・代行する摂政・関白に就任するようになった。特に天安2年（858年）に即位した清和天皇はわずか9歳で、これほど幼齢な天皇はそれまでに例がない。このような幼帝の即位は、天皇が次第に実権を失っていたことを示すもので、こうした政治体制を摂関政治という。
摂関政治の成立の背景には、国内外の脅威がなくなったことにともなって政治運営が安定化し、政治の中心が儀式運営や人事などへ移行していったことにある。そのため、藤原北家（摂関家）が天皇の統治権を代行することが可能となったと考えられる。また、摂関家の権力の源泉としては、摂関家が天皇の外祖父（母方の祖父）としての地位を確保し続けたことにあるとされている。
もっとも、このような一連の現象は、逆に言えば、天皇という地位が制度的に安定し、他の勢力からその存立を脅かされる可能性が薄らいだことの反映でもある。この頃、関東では桓武天皇5代の皇胤平将門が親族間の内紛を抑え、近隣諸国の紛争に介入したところ、在地の国司と対立、やがて叛乱を起こして自ら「新皇」（新天皇）と名乗ったといわれ、朝廷の任命した国司を追放し、関東7か国と伊豆に自分の国司を任命した（平将門の乱）。
摂関政治についてはかつては藤原氏の摂政・関白が天皇の意向を無視して政治を私物化したものというような否定的な見解が大勢であったが、1961年に出された土田直鎮「摂関政治に関する二、三の疑問」から見直しが始まり、近年では天皇と摂関を対立的に捉えるのではなく総体として捉える視点が必要となってきている。
また文徳天皇以降は天皇は京外に出なくなり、摂関政治が始まるころになると天皇は内裏からもほとんど出なくなり、平安宮内の八省院や中和院にいく時でさえ「行幸」と呼ばれるようになり、天皇は官僚群に囲まれ、人前には出ない存在となっていった。
文徳天皇の孫の陽成天皇は素行に問題があったとされ廃位となり、変わって大叔父にあたる皇族最長老だった光孝天皇が公卿らの合議と群臣推戴というプロセスを経て即位した。中世には光孝天皇以前は上古とされ、先例は光孝天皇以降を調べるものとされた。
光孝天皇が重篤となると臣籍降下していた源定省が皇籍復帰し親王となり宇多天皇として即位した。関白・藤原基経は帝からの詔にある「阿衡」を不服とし、天皇の勅答を撤回させて己の力を誇示した（阿衡事件）が、基経が死去すると宇多天皇は意欲的に国政に関与し、改革を行い後に「寛平の治」と呼ばれた。
宇多天皇は藤原基経の嫡男・藤原時平と学者出身の菅原道真を重用し、『寛平の御遺誡』にも両者を重用するよう示して醍醐天皇に譲位した。醍醐天皇の下で時平は左大臣、道真は右大臣にまで昇進したが、道真が自分の娘を醍醐天皇の異母弟斉世親王の妃としたことなどから疑われて道真は太宰権師（だざいのごんのそち）に左遷され二年後にその地で没した。道真はその後、怨霊（のち北野天満宮祭神）になったと信じられ皇太子保明親王、慶頼王が相次いで薨去し、清涼殿に落雷が落ちて大納言藤原清貫が胸を裂かれ死亡し、その他多くの死者やけが人が出る（清涼殿落雷事件）と、醍醐天皇は直後から病に伏し朱雀天皇に譲位した七日後に崩御した。
醍醐天皇や村上天皇は後の世の故実・先例の手本とされ、また摂政・関白を置かなかったことから後に「延喜・天暦の治」と呼ばれるようになった。
歴史 > 院政期

平安後期に即位した後三条天皇は、摂関家を外戚に持たない立場だったことから、摂関の権力から比較的自由に行動することができた。そのため、記録荘園券契所の設置など、さまざまな独自の新政策を展開していった。後三条天皇は、譲位後も上皇として政治の運営にあたることを企図していたという説がある。
後三条天皇の子息の白河天皇は自らは退位して子息の堀河天皇・孫の鳥羽天皇をいずれも幼少で即位させた。これは、父の後三条天皇の遺志に反し、異母弟の実仁親王と輔仁親王を帝位から遠ざけるため、当時の天皇の父・祖父として後見役となる必要があったためである。さらにその結果として、次第に朝廷における権力を掌握したため、最終的には専制君主として朝廷に君臨するに至った。
この院政の展開により、摂関家の勢力は著しく後退した。院政を布いた上皇（院）は、多くの貴族たちと私的に主従関係を結び、治天の君（事実上の君主）として君臨したが、それは父としての親権と貴族たちの主人としての立場に基づくもので、天皇の外祖父ゆえに後見人として振る舞った摂関政治よりもいっそう強固なものであった。
治天の君は、自己の軍事力として北面武士を保持し、平氏や源氏などの武士とも主従関係を結んで重用したが、このことは結果的に、武力による政治紛争の解決への道を開くことになり、平氏政権の誕生や源氏による鎌倉幕府の登場につながった。政治的には、院政期に権門勢家が国家からの自立の度合いを深めるに従い、皇室という一権門の代表に滑り落ちた。理念面では、歴代の天皇が神や仏といった超越者の力によって失脚に追い込まれるという説話や主張が度々見られるようになる。仏法に敵対した罪によって地獄に堕ちたという逸話も広く知られている。殊に、後白河天皇のように、聖代の帝王と対比して仮借ない批判を投げつけられた者もいる。即位灌頂により地位の正当化を弁証せざるを得ない程に、仏教の流布を背景にした相対化と脱神秘化が生じていた。また上皇の地位は天皇ほど律令に左右されず、恣意的な行動が可能なため、治天の私生活は乱れ、公的にも暴政に陥った。
この間、清和天皇の子孫である清和源氏の源頼朝が以仁王の令旨を奉じ平清盛を倒し後白河法皇を救い出すために挙兵し、鎌倉幕府を樹立した。
後鳥羽上皇はさらに西面武士を設置したが、承久の乱の敗北により廃止された。承久の乱以後は、朝廷は独自の軍事力を失って、幕府に対して従属的な立場に立たされることになり、時には幕府の命令で天皇が任免される事態にまで至った。
時に、両統迭立の時代になると、神孫為君の論理に安住出来なくなり、徳治と善政を標榜するようになる。花園天皇は「皇胤一統」の論理に寄りかかる事を戒め、君主としての徳の涵養を力説している。また同じく儒教精神から、後鳥羽上皇のように『承久記』や『六代勝事記』によって激しく批判、失脚の正当化がされる事はあっても、天皇という制度が否定される事は個々の天皇に対して激しい攻撃がなされた中世期にあってもなかった。それは、儒教的徳治論の核心をなしていた易姓革命思想は、皇位継承者の中でも徳の高い人物が就くべき、徳のある人物が政治を行うべきという論理に姿を変えて日本に定着する事になった。
院政はこの後江戸時代まで続くが、実体的な政権を構成したのは、白河院政から南北朝時代の後円融院政までの約250年間とされている。後円融上皇の崩御後、わずかに残っていた朝廷の政治的権力も足利義満の手で、ほとんどすべて幕府に接収され、貴族たちも多くは室町殿と主従関係を結んで幕府に従属し、院政は支配する対象自体を失い朝廷も政府としての機能を失った。
歴史 > 鎌倉時代

中世の国家体制については、一般的には天皇・公家の後退と武家の伸張によって特徴付けられるが、公家と武家が両々相俟って国家を維持したとする権門体制論も提出されているなど学説も多様である。荘園制の普及にもかかわらず律令体制下の公領（国衙領）がなお根強く残されていたことから、鎌倉幕府の成立前後までは上皇がかなりの権力を振るう余地はあった。
鎌倉に幕府を立てた源頼朝は後白河上皇の意向を尊重しながらも交渉をしながら政権運営を進めていた。鎌倉幕府三代源実朝は後鳥羽上皇との協調関係を確立し安定した朝廷・幕府関係を築き、実朝の次の将軍後継者には後鳥羽上皇の皇子を宮将軍として迎える話が進んでいた。しかし、1219年の正月に将軍実朝が鶴岡八幡宮にて暗殺されると朝廷・幕府関係に暗雲が立ち込めるようになり、後鳥羽上皇と北条義時の対立から承久の乱が勃発した。
この乱は朝廷の全てが関わったわけではなく後鳥羽上皇の少数の側近貴族達が関わっただけで、当時の常識から鎌倉方が本気で攻めてくるとは思っていなかった後鳥羽上皇方は無為無策のまま敗北してしまった。
承久の乱（承久3年〈1221年〉）以降の天皇の権力的な側面の失墜は著しく、蒙古襲来に当たっての外交的処理や唐船派遣などの外国貿易など、いずれも鎌倉幕府の主導の下に行われており、武家一元化の動向を示していた。武家の進出のため公家の家門の分裂が起こることも多くなった。皇室もまず大覚寺統と持明院統に分裂し、さらにおのおのが再分裂した（南北朝時代）。
承久の乱で権威を失った皇室は、早い段階で権威回復を遂げたとされる。後嵯峨上皇が院評定制を定めて以降、徳政評定と雑訴沙汰の分離に代表される亀山上皇の弘安徳政、記録所の充実に代表される伏見天皇の永仁徳政、訴訟制度の効率化を進めた後宇多院政、暦応雑訴法制定や「政道興行」に代表される光厳上皇の貞和徳政など、鎌倉時代後期から南北朝時代初期（北朝）の朝廷では徳政と呼ばれる政治・訴訟制度改革が盛んになり、鎌倉期や南北朝期の朝廷（北朝）は種々の制約を受けながらも、依然として国政機関としての実体を保つことができた。
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| 「 |  此頃都ニハヤル物 夜討 強盗 謀（にせ）綸旨  （中略）  天下一統メズラシヤ 御代ニ生テサマザマノ 事ヲミキクゾ不思議ナル  京童ノ口ズサミ 十分ノ一ヲモラスナリ | 」 |
—『二条河原落書』 
大覚寺統傍流の後醍醐天皇は、幕府から退位を強要されると笠置山に籠り抵抗するが幕府に捕らえられ隠岐に流された。しかし、この間、後醍醐天皇の意向を受けた護良親王、楠木正成らの挙兵により反幕府勢力が拡大すると後醍醐天皇は隠岐から脱出し伯耆国船上山に籠って全国の兵に倒幕を呼び掛けた。後醍醐天皇の呼びかけに応じた足利尊氏が六波羅を陥し、鎌倉も新田義貞に攻められて得宗北条高時は自害して鎌倉幕府は滅亡した。後醍醐天皇は新しく中央集権的な天皇親政（建武の新政）を試みたが、二条河原の落書が風刺した世相の混乱もあり、建武の新政（建武の中興）は足利尊氏の離反によって終止符を打たれた。
歴史 > 南北朝時代・室町時代

建武の新政の崩壊の後、太上天皇となっていた光厳上皇は、弟の光明天皇を践祚させ、治天の君として院政を始めた。また、足利尊氏が光明天皇から征夷大将軍に任命され、室町幕府が開かれた。しかし、密かに京都を出奔した後醍醐上皇は皇位の回復を宣言し、南北両朝が並立することとなった。
南北朝時代とはいえ、京都を抑え、武家（室町幕府）を味方に付ける北朝が終始優勢をほこった。北朝では、幕府の実質的頂点であった足利直義の協力を得ながら、光厳上皇による徳政が進められ、元弘の乱以降の混乱からの政治的・文化的復興が図られた。しかし、観応の擾乱に起因する正平の一統によって、一時的に北朝が消滅。さらに、光厳上皇をはじめとする北朝の皇族が南朝によって拉致されてしまった。そこで、幕府と旧北朝の貴族らは、上皇らの救出を諦め、継体天皇の先例をもとに、光厳上皇第3皇子である後光厳天皇を践祚させて北朝を復活させた。
幽閉中の光厳上皇は、後光厳天皇践祚に反発して出家し、帰京後に崇光上皇を持明院統正嫡に定めて、長講堂領などの持明院統伝来の財産の大半を崇光上皇に譲渡した。この崇光上皇の直系子孫が、旧宮家の宗家である伏見宮家であるが、後光厳天皇系統と崇光天皇系統（伏見宮家）に北朝天皇家（持明院統）が分裂し、その後後小松天皇が伏見宮家から持明院統伝来の財産を没収するなど、北朝内部の対立が激化していく。
正平の一統後の朝廷（北朝）は、著しい権威失墜を招き、足利義満を頂点とする公武統一政権が誕生した。そして、明徳3年（1392年）、足利義満の独断に近い状態であったが、北朝が南朝を吸収することで南北朝時代は終焉を迎えた。
なお、はるか後の明治時代になって、この時代の北朝と南朝のいずれが正統であるかという議論（南北朝正閏論）が起こっており、現在の皇室は北朝の子孫であり、明治時代まで北朝正統であったものの、江戸時代以降、尊皇攘夷思想を背景として南朝正統の考えが広まり、明治44年（1911年）以降、世論の煽りを受けて出された「明治天皇の勅裁」を根拠に、南朝が正統となった。
また、室町幕府3代将軍足利義満は、自分の子義嗣を皇位継承者とする皇位簒奪計画を持ったとする説もあるが、今日の研究では概ね否定されている。義満の死後、朝廷が義満に太上（だいじょう）天皇の尊号を贈ろうとした際には、室町幕府4代将軍義持が固辞している。
さらに足利義満は明との交渉に際し「日本国王」を名乗ったが、これは先に南朝の征西大将軍懐良親王が明に説得されて「日本国王」を名乗っていたものを踏襲したものであった。
称光天皇の崩御により、伏見宮家出身の後花園天皇が、後小松上皇の猶子として即位したことで、後光厳天皇系統と崇光天皇系統の対立が収束。後花園天皇は良好な公武関係を構築し、積極的に政務を展開。正平一統後に失墜した権威を回復させた。
将軍足利義教は鎌倉公方の足利持氏と関東管領上杉憲実との対立に端を発した永享の乱が起きると後花園天皇に「治罰綸旨」の発給と「錦御旗」の下賜を願い出て乱の平定に当たったが、天皇権威の復活を恐れた義教はこの事実を京都ではひた隠しにしたという。
応仁の乱が発生すると、朝廷は再び財政の窮乏に悩まされることとなった。応仁の乱で民が苦しむ中、奢侈に耽る将軍足利義政に対し後花園天皇は「残民争ひて採る首陽の蕨 処々炉を閉ぢ竹扉を鎖す 詩興の吟は酣なり 春二月満城の紅緑誰がために肥ゆる」という詩を贈って諫めたという。天皇には「よろず民うれへなかれと朝ごとにいのるこころを神やうくらむ」という御製も残されている。
戦国時代末期には京での天皇や公家の窮乏は著しかったとされているが、有力戦国大名や織田政権・豊臣政権が天皇・公家を政治的・経済的に意識的に庇護したことによってその後も制度として継続する。