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近藤滋
来歴 > 大阪大学時代

2009年8月、近藤は大阪大学大学院生命機能研究科教授に就任し、パターン形成研究室を率いる。ゼブラフィッシュにおいて黄色と黒色の色素細胞が相互反応して模様が変化することを解明し、2012年の『サイエンス』に論文が掲載される。同年、科学技術政策研究所（NISTEP）の「科学技術への顕著な貢献2012」（ナイスステップな研究者）に選出される。一方で2010年度から反応拡散波が骨の形態形成にも影響していないか研究を始めている。
学会活動では日本分子生物学会の2013年年会（第36回）の年会長を務め（#人物や#ガチ議論も参照）。2014年度からは同学会の理事に就任。一方2013年には『波紋と螺旋とフィボナッチ』が出版され、2014年にはビートたけしと『新潮45』で対談。2015年にはテレビ番組「所さんの目がテン」に出演している。校務では2016-2017年度に大阪大学大学院生命機能研究科の第8代目研究科長を務めている。
研究では動物の形態形成について分子レベルの研究を進め、骨の形成に潜むチューリング・パターンに挑む。2015年から2019年は新学術領域研究として「3D MORPHOLOGIC 生物の3D形態を構築するロジック」の領域代表を、2019年からは基盤研究A「細胞が材料を組み立てて体を「建築」する仕組みの解明」の研究代表者を務める。また、東洋紡バイオ財団の研究助成では選考委員長を務めている。
2024年12月1日、大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の所長に就任。近藤は2024年度で大阪大学を退職予定で、2025年1月17日に最終講義「好きな科学をするための、勇気と覚悟とたのしさについて」が予定されている。
特記事項 > 人物

趣味は熱帯魚、ヨット、ダイビング[要曖昧さ回避]。山口智子のファン。漫画やアニメ、ゲームの話題を交えて話をするのが得意と自負している。1990年代後半に国立遺伝学研究所でレクチャーをした際、数式を板書し終わった時に聴衆が皆寝てしまっていたことにショックを受け、伝え方を工夫するようになったという。マウリッツ・エッシャーのだまし絵についても精通しており、『日経サイエンス』2018年8月号のエッシャー特集では近藤の記事が掲載された。
研究室サイトにおけるブログに加え（節「#生命科学の明日はどっちだ!?」参照）、Twitterで学会の模様を実況したり、研究者向けの議論サイトを開設する（節「#ガチ議論」参照）など、インターネットを活用している。2013年の日本分子生物学会では年会長を務め、Nature編集部や複数の文科省職員、マスメディアも招いた研究倫理のシンポジウムを3日間に渡り開催し、研究室のボスに発言しにくい研究者界隈の現状を憂い、山中伸弥や大隅良典といった大物研究者の写真に落書きをするコーナーも設けているなど、ユニークな取り組みを展開した。
特記事項 > 本庶佑との関係

修士課程、博士課程と近藤は本庶佑の研究室で過ごしており、「自分は一流であるから一流の研究ができる」はずということを当たり前に感じる場だったという。また、スイス留学中に本庶から「戻ってきて免疫の研究をやってほしい」と声を掛けられ、帰国している。京都大学講師だった時には、自宅でチューリング・パターンを実証するためにタテジマキンチャクダイの飼育と観察をしていたこと、およびその成果を日本分子生物学会でポスター発表することを近藤は本庶に黙っていた。ポスター発表が発覚して本庶の部屋に呼び出された際に近藤は「趣味」と言い訳したが、とても怖かったと述懐している。
後年「免疫をやると言うから呼び寄せたのにもかかわらず、魚なんぞにうつつを抜かし……」と事あるごとに言われながらも、タテジマキンチャクダイが表紙を飾ったネイチャーは医化学教室に長年飾られ、2002年に本庶が企画を務めたワークショップでは近藤も招待講演に呼ばれている。近藤が日本分子生物学会年会で大物研究者の顔写真に落書きをする企画をした際には、最初に本庶に許可を取りに行って快諾されており、そのおかげもあってほかの研究者への依頼もスムーズに進んだという。
特記事項 > 生命科学の明日はどっちだ!?

学研メディカル秀潤社が発刊していた『細胞工学』に、2011年から連載記事「こんどうしげるの生命科学の明日はどっちだ!?」を連載。2013年に同社から出版された近藤の単著『波紋と螺旋とフィボナッチ ― 数理の眼鏡でみえてくる生命の形の神秘 ―』（ISBN 978-4780908695）は、この連載が元になっている。なお、連載は2016年3月の同誌最終号まで続いた。
近藤は大阪大学の近藤の研究室（パターン形成研究室）のサイトにも「生命科学の明日はどっちだ」と題してブログを公開しており、『細胞工学』における「生命科学でインディ・ジョーンズしよう（前編、後編）」といった記事は、ブログにも掲載されている。本庶佑が2018年のノーベル生理学・医学賞を受賞した際には、本庶とのエピソードが新聞に取り上げられた。また、当時の天皇に謁見したエピソードなど、いくつかの記事は講談社のサイト「gendai ismedia」にも転載されている。
特記事項 > ガチ議論

年会長を務めた2013年の日本分子生物学会第36回年会の企画として、「日本の科学を考えるガチ議論」というサイトを設立。近藤は2017年3月まで代表者を務め、同年4月以降は宮川剛が代表を務める。これは日本分子生物学会とは直接の関係はなく、年会以後はScience Talksのサポートで運営されており、2019年現在は「【帰ってきた】ガチ議論」というサイト名になっている。
2013年に近藤は「捏造問題にもっと怒りを」というトピックを作成。このサイトは通称「ガチ議論サイト」と呼ばれており、研究不正についての疑義が多数寄せられ、『ネイチャー』の記者も参考にしたという（11jigenや匿名Aによる論文大量不正疑義事件も参照）。また、2015年には文部科学省の政策「選択と集中」について、同省の官僚にインタビューを実施。同省の官僚も本サイトに出入りしていると言われる。
特記事項 > キリンの斑論争

昭和初期に物理学者である平田森三は濡れた地面が乾燥してひび割れる時にできる模様に着目。キリンの模様もこれと同じではないかと雑誌『科学』に寄稿した。これは生物学者の反発を生み、「キリンの斑論争」として紛糾した。この騒動は平田の師である寺田寅彦により鎮静化した。
平成に入ってから1996年の『科学』で物理学者の佐々真一がチューリング・パターンであることに言及。翌年の1997年に同誌上で近藤はチューリング・パターンや反応拡散波について解説を加えるとともに、マスクメロンの模様が平田の指摘するひび割れの模様そのものであると補足した。2014年に岩波書店から出版された『キリンの斑論争と寺田寅彦』には、平田や寺田の記事とともに近藤の記事も掲載されている。
主な受賞歴

1997年 - ベックマン奨励賞
2012年 - 科学技術への顕著な貢献 2012（ナイスステップな研究者）研究部門（科学技術政策研究所）
2020年 - 第2回小林賞（小林財団）
著書 > 単著

『波紋と螺旋とフィボナッチ ― 数理の眼鏡でみえてくる生命の形の神秘 ―』学研メディカル秀潤社、2013年9月、 ISBN 978-4780908695。
文庫版 - 『波紋と螺旋とフィボナッチ』KADOKAWA〈角川ソフィア文庫〉、2019年3月、ISBN 978-4044004590。
『いきもののカタチ ― 多彩なデザインを創り出すシンプルな法則 ―』学研プラス、2021年10月、ISBN 978-4054067615。
『エッシャー完全解読 ― なぜ不可能が可能に見えるのか ―』みすず書房、2024年12月、ISBN 978-4622097310。
著書 > 共著・編著

北野宏明、近藤滋、黒田真也、金子邦彦『システムバイオロジー』浅島誠、黒岩常祥、小原雄治 編、岩波書店〈現代生物科学入門 第8巻〉、2010年1月、ISBN 978-4000069687。
NHK「サイエンスZERO」取材班、近藤滋、笹井芳樹 編著『細胞「私」をつくる60兆個の力』NHK出版〈NHKサイエンスZERO〉、2011年、ISBN 978-4140815144。
著書 > 分担執筆

「キリンの斑論争と現代の分子発生学」『キリンの斑論争と寺田寅彦』松下貢 編 岩波書店〈岩波科学ライブラリー220〉、2014年1月、ISBN 978-4000296205。
「生物の形態形成と反応拡散系」『動物学の百科事典』日本動物学会 編、丸善出版、2018年、ISBN 978-4621303092。坂下美咲との共著。
『動物の体色がわかる図鑑』秋山豊子 監修、グラフィック社、2022年7月、ISBN 978-4766136272。
その他著作 > 連載記事

「こんどうしげるの生命科学の明日はどっちだ!?」『細胞工学』第30巻第5号、2011年 - 第35巻第3号、2016年、ISSN 0287-3796。
「フィボナッチの呪いを祓う」『みすず』第64巻第6号、2022年7月 - 第65巻第2号、2023年3月
その他著作 > 解説記事

「エンゼルフィッシュの縞模様の研究 - 研究を楽しむということ」『実験医学』第15巻第1号、1997年1月、81-84頁。
「動物の皮膚に存在する化学反応の波 ― 形態形成の謎を解くチューリングの波 ―」『生物物理』第37巻第2号、1997年4月、78-80頁。
「キリンの斑論争と現代の分子生物学」『科学』第67巻第11号、岩波書店、1997年11月、821-825頁。
「振動現象による空間的な周期性（繰り返し構造）の形成」『細胞工学』第22巻第12号、2003年、1331-1336頁。
「創発夏の学校《講義1》生物のパターン形成と振動現象」『計測と制御』第43巻第8号、2004年8月、594-598頁。
「発生における位置情報形成の原理」『蛋白質核酸酵素』第50巻第6号、2005年、791-797頁、CRID 1521699230107888768。
「話題提供「生物学における理論の有用性」」『数理解析研究所講究録』第1698巻、2010年7月、152-161頁、CRID 1050001202301781632、二階堂愛と共同文責。
「キリンをシマシマに変える話」『日本香粧品学会誌』第42巻第3号、2018年、157-161頁。
「特集 形態形成の統合的理解 Ⅰ.形態の要素をつくるしくみ パターン形成から3D形態形成の理解へ」『生体の科学』第73巻第4号、2022年、300-304頁。
（座談会）
「遺伝子仕掛けか? タンパク仕掛けか? ― 概日時計の仕組みとリズム発振 ―」『細胞工学』第30巻第12号、2011年、1244-1247頁、NAID 40019125038。（近藤孝男、影山龍一との座談会）
その他著作 > 一般向け記事

「チューリングの卵 生物の模様の秘密」『生命誌』第3巻第11号、1995年、JT生命誌研究館。
“難しいことはわからんが再現実験を支持する、という一般市民の方へ”. 日本分子生物学会. (2014年7月7日) 2019年9月22日閲覧。
「2次元と3次元を旅する自然界のエッシャーたち」『日経サイエンス』2018年8月号。
“生命科学者、天皇陛下に一本取られる 陛下の夕食会に参加して”. ブルーバックス. 講談社. (2018年4月29日) 2019年9月22日閲覧。
“「研究費をばらまけ」と言ってはいけない本当の理由”. ブルーバックス. 講談社. (2018年10月17日) 2019年9月22日閲覧。
“奄美の海底にミステリーサークル出現！ 生命科学者が「謎」を解く 図面もなしで美しい模様を描く秘密”. ブルーバックス. 講談社(2018年10月14日) 2019年9月22日閲覧。
（対談・対話）
『生物のかたちと数理 : 近藤滋氏との対話 平成12年度教育改善推進費(学長裁量経費)研究報告 別冊自然学・人間学の教育の体系化 今西錦司生誕百年記念事業』加藤和人、横山俊夫 編、京都大学霊長類研究所、2001年3月、NCID BA56722488。
「達人対談 シマウマにはなぜ縞があるのか? シマ模様の達人 近藤滋 大阪大学大学院 生命機能研究科教授vs.ビートたけし」『新潮45』第33巻第6号、2014年6月、276-287頁、NAID 40020058704。
「総長と若手研究者の対話 「模様」と「まばたき」の不思議 生命システムの謎にせまる」『大阪大学 News Letter』2014年12月、3-6頁。（Web版. 2019年9月26日閲覧。）
研究業績 > 学位論文

『IL-2受容体の構造と機能に関する研究』京都大学〈博士論文（甲第3965号）〉、1988年3月23日、NAID 500000035849。
研究業績 > 代表的な論文

Kondo, S. and Asai, R. (1995).“A reaction-diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus”. Nature 376: 765-768. doi:10.1038/376765a0
Horikawa, K. Ishimatsu, K. Yoshimoto, E. Kondo S. and Takeda H. (2006).“Noise-resistant and synchronized oscillation of the segmentation clock”. Nature 441: 719-723. doi:10.1038/nature04861
Yamaguchi, M., Yoshimoto, E. and Kondo, S. (2007).“Pattern regulation in the stripe of zebrafish suggests an underlying dynamic and autonomous mechanism”. PNAS 104(12):4790-4793. doi:10.1073/pnas.0607790104
Inaba, M., Yamanaka, H. and Kondo, S. (2012).“Pigment pattern formation by contact-dependent depolarization”. Science 335(6069):677. doi:10.1126/science.1212821
Aramaki, T., Kondo, S. (2018).“Method for disarranging the pigment pattern of zebrafish by optogenetics”. Developmental Biology. doi:10.1016/j.ydbio.2018.12.019
研究業績 > 競争的資金

（科研費 領域代表者）
2015-2019年度 - 新学術領域研究(研究領域提案型)「生物の3D形態を構築するロジック」
（科研費 研究代表者）
1995-1996年度 - 奨励研究A「培養細胞を用いた、免疫グロブリン遺伝子のクラススイッチの分子機構に関する研究」
1996-1998年度 - 萌芽的研究「熱帯魚の皮膚に縞を作るメカニズム(反応拡散波)の分子的実体を遺伝学的手法で解明する」
1996年度 - 国際学術研究「抗体のクラススイッチの分子機構解明に関する共同研究」
1998-2000年度 - 基盤研究B「動物の体に位置情報を作り出すメカニズムの研究」
2000-2001年度 - 萌芽的研究「プレコストムスを用いた皮膚のパターン形成因子の探索」
2000-2004年度 - 特定領域研究「分節パターンを決定する反応拡散波-数理モデルを用いたアプローチ-」
2004-2008年度 - 学術創成研究費「生体パターン形成原理の実験的ならびに数理解析的解明」
2005-2009年度 - 特定領域研究「動物の皮膚模様形成原理の分子レベルでの全容解明」
2010-2012年度 - 基盤研究B「動物皮膚模様の人為的な再構成技術の確立」
2010年度 - 挑戦的萌芽研究「骨の形態形成にチューリング波が関与している可能性」
2010-2014年度 - 新学術領域研究「到達距離が異なる複数の相互作用が生み出すマクロな構造」
2015-2019年度 - 新学術領域研究(研究領域提案型)「生物の3D形態を構築するロジック」
2015-2019年度 - 新学術領域研究(研究領域提案型)「細胞シートから3次元の分岐構造を作る原理の解明」
2015-2019年度 - 新学術領域研究(研究領域提案型)「3D形態ロジックの国際共同研究を加速するバーチャル研究所」
2019-2021年度 - 挑戦的研究(萌芽)「イセエビ幼生が平面構造から3D形態へ変化する原理の解明」
2019-2021年度 - 基盤研究(A)「細胞が材料を組み立てて体を「建築」する仕組みの解明」
2020-2024年度 - 研究種目学術変革領域研究(A)「コラーゲン針状結晶の組み立てによる魚類ヒレの形成研究代表者」
（科研費 研究分担者）
1994-1996年度 - 国際学術研究「細胞間接触を介するBリンパ球プログラム死および分化の制御についての研究」代表：鍔田武志
1994-1996年度 - 一般研究A「クラススイッチ遺伝子再構成の分子機構」代表：本庶佑
1995-1996年度 - 国際学術研究「ヒト免疫グロブリンV_H遺伝子群の構成と進化」代表：松田文彦
2000-2004年度 - 特定領域研究「モデル多細胞生物発生の遺伝子システムの全体像解明と計算機モデル化」代表：小原雄治
2000-2001年度 - 基盤研究B「ゼブラフィッシュのストライプパターン形成の分子機構」代表：川上浩一
2020-2024年度 - 学術変革領域研究(A)「形態形成の原理の解明と工学への展開」代表：井上康博
（科学技術振興機構（JST）戦略的創造研究推進事業CREST）
2012-2017年度「動物の形態形成の分子メカニズムの探求と形を操る技術の創出」研究代表者
（領域 - 『生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出』、領域代表 - 山本雅）
出演

ガリレオX「シマシマの謎 動物の模様を“数学”で解く?」（BSフジ、2012年10月14日）
所さんの目がテン!「生き物の模様の不思議」（日本テレビ、2015年5月3日）
ヒューマニエンス～40億年のたくらみ～]「“数字” 世界の秘密を読み解くチカラ」（NHK BSプレミアム、2022年11月15日）
タテジマキンチャクダイ。縞模様のうち2本に分岐している部分は成長に連れて移動し、本数が増えていく。その現象は波として表現できる。
近藤はゼブラフィッシュを対象とし、色素細胞の相互作用で模様ができることを解明。研究室では大量のゼブラフィッシュが飼育されていた。
ゼブラフィッシュは体が小さいため、骨の形成の研究に近藤はエンゼルフィッシュも用いた。
近藤は恩師かつ上司であった本庶佑との関係を、「ちょっと複雑な、しかし、悪くない関係」と呼んでいる。
キリンの斑（まだら）模様はチューリング・パターン。
マスクメロンの表面は「平田模様」。
エヴァンゲリオン (架空の兵器)

汎用人型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン（はんようひとがたけっせんへいき じんぞうにんげんエヴァンゲリオン）は、日本のアニメーション作品『新世紀エヴァンゲリオン』および『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』とその派生作品に登場する架空の兵器（人造人間）である。略称は、エヴァンゲリオン、EVA。
機体解説

使徒と呼ばれる生命体の殲滅を目的として製造された汎用人型決戦兵器である。ロボットではなく人造人間と呼称され、アダムもしくはリリスと呼ばれる「生命の起源」を人類がコピーして作った巨大な生命体を、本来の力を抑え込むための拘束具を兼ねた装甲板で人型になるように覆ったものである。A.T.フィールドを展開する使徒に対して、人類が保有する唯一の対抗手段とされる。
語源は「福音」を意味するギリシア語のエウアンゲリオン（εὐαγγέλιον, euangelion）に由来する。またその頭3文字を取った略称Evaは、聖書の創世記に登場する最初の女性である「エバ（イヴ）」にもかけられている。
機体番号表記については日本国内で建造されたEVA零-弐号機（弐号機は、設計・部品建造を日本で行い、ドイツでは組み立てのみを行った）は漢数字（大字）で、日本国外で建造されたEVA3号機-13号機はアラビア数字で表記するという設定が存在しており、脚本や漫画版、スーパーロボット大戦シリーズなどでは一貫して、これに則した表記がなされている。一方、漫画『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』やゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』、『スーパーロボット大戦F完結編』、バンダイから発売されたプラモデル、超合金魂や、海洋堂から発売されたリボルテックでは「3号機」を「参号機」と表記している。
特徴 > 操縦系

人間が愛情を抱くときに使うとされるA10神経を介した神経接続によるコントロールシステムを採用している。稼働状況は機体とパイロットの「シンクロ率」により左右される。機体が受けたダメージはパイロットにフィードバックされ、痛みを感じたり負傷したりする。しかも、最悪の場合死に至る事がある。神経接続やシンクロ率は発令所から操作でき、例えば第18話ではシンクロ率のカットが指示されている。また、第19話ではパイロットの意志で発令所からのコントロールを受け付けないように一部の機能をロックしていた。
パイロットは細長いカプセル状のコクピット容器エントリープラグ内部のプラグインテリアに搭乗する。プラグはEVAの首の付け根から脊髄に挿入され、先端にはEVAの中枢神経に接続するための神経接続用探査針があり、この探査針を介してEVAとパイロットの神経系の同調がなされる。プラグは緊急脱出装置を兼ねており、緊急時には挿入口から射出されロケットモーターで離脱、パラシュートにより着地する。プラグ内はL.C.L.と呼ばれる液体で満たされており、それが外部を映すスクリーン、神経接続の媒介物質、衝撃緩和液として機能する。また、パイロットはL.C.L.を肺に取り込むことで体に直接酸素を供給される（液体呼吸の項を参照）。なお凍結中の零号機には、巨大な十字架の付いた停止信号（凍結）プラグが挿入されていた。
パイロットの座るシートの両脇には機体制御や射撃管制に用いる2本のコントロールレバーが設けられている。このグリップを引き起こして展開することで機体を高機動モードに切り替えることができる。シート後方には巨大なディスクドライブが搭載され、操縦に関するシステムや、自爆プログラムやダミーシステムも書き込まれている。シート前方の下部にはエントリープラグの内壁に接するような形状の安定フィンがあり、インテリアはシンクロ率に応じてプラグ内を前後するようになっている。プラグの容量的には複数人が入ることも可能だが、パイロット本人以外の存在はシンクロに影響する（第3話、第8話）。
操縦の際、パイロットは脳と機体を神経接続するインターフェイス・ヘッドセットを頭部に装着し、シンクロ補助や生命維持などのシステムが内蔵されたプラグスーツを着用する。プラグスーツを着用せずにEVAに搭乗・出撃するシーンでもインターフェース・ヘッドセットは装着している（第1話、第19話。第13話では実験のため両方とも非着用）。
特徴 > パイロット

搭乗者は、原則として母親のいない（母親の魂がEVAのコアに同化している）14歳の子供に限定して選出される。EVAにはそれぞれ固有パルスのパターン（パーソナルパターン）があり、パイロットもそれに似たパターンの保持者でなければならない。違うパターンの保持者が搭乗した場合、09システム（オーナインシステム）と比喩されるように、起動確率は0.000000001%であるため、起動する可能性は“ゼロではない”が、ほぼないと言ってよい。
EVAのコア内には通常、パイロットとEVAをリンクさせるための介在としてパイロットの母親の魂が入っている。開発過程において、魂までコピーできなかったEVAを操縦するにあたり、パイロットが魂の役割となった。しかしながら通常パイロットだけでは、EVA＝神の肉体と魂たる人間とでは格差がありすぎるために上手く動かせず、きちんとした性能を発揮できない。そして開発の初期段階にEVAと接触実験を行った碇ユイと惣流・キョウコ・ツェッペリンはいずれも事故を起こし、前者は肉体ごと初号機と同一化して消失、後者は魂の大部分を弐号機内に奪われ、魂が不完全になったキョウコは発狂・自殺してしまう。しかしながら、これらのEVAのコア内に残された魂を介在とし、彼女らの子をパイロットにすることで、EVAとパイロットとの格差はなくなり、初めて安定した接続が可能となった。EVAのパイロットが原則として1体につき1人しかいないのはこの事情による。なお渚カヲルは例外で、アダムから作られてかつ魂がない、または引きこもっている機体ならば自由に操ることができる。
零号機と初号機はパーソナルパターンが酷似しており、第14話ではパイロットを交換しての起動実験が行われた。レイと初号機のペアに問題はなかったものの、シンジと零号機のペアは実験中に暴走事故を起こし失敗した。この実験の成果からレイのパーソナルを人工的に再現しエヴァにパイロットがいると思い込ませるダミーシステムが開発され、第18話で戦闘を拒否したシンジに代わって初号機を操縦し第13使徒バルディエルを殲滅した。ただし第19話では初号機にレイが搭乗して出撃しようとするものの初号機にシンクロを拒絶され失敗、ダミーシステムを搭載したダミープラグによる起動も同様に失敗している。劇場版で登場した量産機は、渚カヲルのパーソナルデータを用いたダミープラグを使用していた。弐号機に関しては、第10話でレイがアスカに代わって弐号機で出撃する旨の発言をしているが、第14話に「弐号機の互換性が効かない」というセリフがあり実際には稼働させられないらしい。漫画版では第1話でレイが初号機に乗ってサキエルと交戦している。
特徴 > 動力

背部に接続されたアンビリカルケーブルからの電力供給で稼働する。予備電源を内蔵しており、ケーブルからの電力供給を失ってもフルで1〜3分程度、ゲインを利用すれば5分の活動が可能。また肩に外付けの大型バッテリーを装着することにより、ケーブルなしでの稼働時間を延長することができる。なお初号機は第19話で第14使徒ゼルエルを捕食しS2機関を獲得したが、第23話ではケーブルを装着して出撃している。
特徴 > 性能

使徒と同様、A.T.フィールドを展開することができる。A.T.フィールドは機体周囲を取り巻くバリアの一種であり、機体への物理的干渉のほか強力なものになると第10使徒サハクィエルや第17使徒タブリスのように電磁波すら通さなくなる。至近距離ではA.T.フィールド同士を中和させることによって防御壁を無効化できる。EVAが使徒に対して唯一有効な対抗策とされるのはこのため。
以上のように物理面に影響を及ぼすA.T.フィールドは防御以外にも攻撃手段として用いられている描写もみられる。劇場版では弐号機が戦略自衛隊の航空機に対しての攻撃手段としてカッターのように用いている。ゲームソフト『新世紀エヴァンゲリオン2』のF型装備では武装や推進部をA.T.フィールド自体を動力として活用している。
人型の汎用機体なので、刀剣や銃火器など人間の使う武器と同様の武装を装備できる。
全身が装甲に覆われているが、この装甲の真の目的は防具ではなく拘束具としてEVAの暴走を阻止することである。
対使徒戦のみならず通常の人間同士の戦闘でも圧倒的な戦力であることに加え、その製造・運用には莫大な利権が生じることから、世界各国が製造権・保有権を巡って争っており、劇中で3号機・4号機は米国が製造権を主張して半ば強引に製造していたことが示されている。新劇場版ではEVAの保有数や技術転用を規制する国際条約「バチカン条約」が登場した。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 零号機（EVA-00 PROTO TYPE）

搭乗者：
綾波レイ
碇シンジ（機体相互互換試験のみ）
機体色：山吹色→青（改）
眼：単眼
コア（魂）：作中では言及無し
初登場話数：第5話
最初に製作されたプロトタイプで、当初は肩部ウェポンラックなどの装備もされていない。起動実験中に暴走事故を起こしたため凍結されていたが、第5話で凍結解除。第6話でヤシマ作戦に投入され、初号機を荷粒子砲から庇って大破した。その後の修復に伴って弐号機と同じ形状の装甲板と肩部ウェポンラックを取り付け機体色も青に変更する改装を施され、第11話の第9使徒マトリエル戦から再び実戦投入される。この実戦用形態は商品化される際などは零号機（改）と呼ばれ、第1話よりオープニングフィルムに登場している。肩部ウェポンラックにブースターが搭載されている（ただしこれは高所からのショック吸収用で、飛翔能力は無い）。第23話の第16使徒アルミサエル戦において使徒の物理的浸食を受け、使徒もろとも自爆し第3新東京市と共に完全に破壊された。
制作元については、第22話において赤木ナオコが「アダムより人の造りしもの」として脊椎と頭部、腕部だけのプロトタイプの零号機を紹介したこと、劇場版25話においてキール・ローレンツが「唯一、リリスの分身たるEVA初号機」と発言していることからアダムより作られたとする説と、アダムと呼ばれていたものが実はリリスであったことからリリスより作られたとする説がある。
コアについては、現在までに公表された設定資料中には明言したものはない。ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、コアに魂が入っておらず、レイがシンクロに長期間を要したのはそれが理由であると解説されている。ただしその改良版であるPSP版ではこの理由について「レイに母親が存在しないこと」「コアのシステムが未完成であること」とされており、零号機のコアの魂の有無には言及されていない。
頭部と脊椎のみの失敗作がNERV本部の地下（ターミナルドグマ）に大量廃棄されている。
改装前の山吹色の由来は、海軍飛行実験部所属機や東海道・山陽新幹線のドクターイエローなど、試作段階や試験用の機体、事業用車両などにこの色が多く使われることによる。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 初号機（EVA-01 TEST TYPE）

搭乗者：
碇シンジ
綾波レイ（機体相互互換試験、第14使徒ゼルエル戦のみ）
機体色：紫
眼：双眼
コア（魂）：碇ユイ
初登場話数：第1話
EVAシリーズの中でリリスより製作された唯一の機体。EVAシリーズのテストタイプ。搭乗者の生命に危機が迫ると、たとえバッテリー切れの状態であっても突如コアが反応して搭乗者の意思に関係無く暴走し、その際自らの力で顎部ジョイントを破壊し口を開け、咆哮を挙げる。第19話にて第14使徒ゼルエル戦の最中、覚醒した初号機が使徒を捕食してS2機関を取り込んでからは、無限の活動時間を得る。
初起動は第3使徒サキエル戦であるが、起動前にエントリープラグ未挿入の状態であるにもかかわらず、腕を動かして落下物からシンジを守る。初シンクロ時にプラグスーツの補助なしに41.3%と高シンクロ率を示すも、左手首を折られ、右眼を光の槍に貫かれて中破、その後暴走し（1度目の暴走）、左手首の自己再生、使徒のA.T.フィールドを侵蝕・中和などの圧倒的戦闘力を見せつけて使徒を殲滅した。第4使徒シャムシエル戦では初のEVA専用火器を使用するも効果はなく、ミサトの制止を振り切って活動限界時間一杯までのプログレッシブ・ナイフでの接近戦闘にて辛くも殲滅、第5使徒ラミエル戦は一度は敗北するもののヤシマ作戦にて零号機と共に殲滅、旧東京市都心の第28放置區域でミサトの援護により、暴走したJ.A.（ジェットアローン）を制止、第7使徒イスラフェル戦は弐号機が作戦に加わり、両機体の動きを同調させるユニゾン特訓の末、使徒を殲滅。第9使徒マトリエル、第10使徒サハクィエルは、戦列に復帰した零号機と3機で殲滅、第12使徒レリエル戦では、敵の本体である影に取り込まれてディラックの海を彷徨うが、シンジの生命維持に危険が迫ったことで碇ユイの魂が目覚め、2度目の暴走を起こして上空に浮かぶレリエルの影を引き裂いて殲滅し帰還した。
第13使徒バルディエル戦では、トウジの乗るエヴァとの戦闘を拒んだシンジに業を煮やしたゲンドウが彼のエントリープラグにダミーシステムを起動し、バルディエルを3号機ごと無惨に解体・殲滅、そのことにショックを受けたシンジが怒りのあまり初号機の機体内に篭城してゲンドウに謝罪を要求するも、ゲンドウの命令でL.C.L.の圧縮濃度を限界まで上昇させられて強制排除された。この事件以降、シンジが搭乗を拒否したため、第14使徒ゼルエル戦では代わりにレイが搭乗するも、ユイの魂がシンジ以外を拒絶、以前はシンクロ可能であったレイやダミープラグすらも受け付けなくなったが、第14使徒ゼルエル戦での戦闘で弐号機、零号機の無惨な結果を目撃し、加持に諭されたシンジは再び初号機に搭乗、左腕を失いつつも敵を追い込むもついに電源が切れて停止したが、シンジの声に反応するかのように再起動し3度目の暴走、再起動した際シンクロ率が400%を超え、ゼルエルの腕を引きちぎり、その腕を自らの左腕へ変換した後、ゼルエルのA.T.フィールドを破壊、ゼルエルを捕食しS2機関を獲得、この戦いで初号機は覚醒を果たし、他のEVAとは一線を画す存在へと変化した。その後、再度の暴走を警戒したゼーレの命令により使用を凍結されたが、第16使徒アルミサエル戦で物理的融合されそうな零号機を救出するため、ゲンドウが独断で凍結解除を発令したことで戦闘へと復帰、第17使徒タブリス戦では、タブリス（渚カヲル）が外部から操る弐号機と交戦、弐号機の撃退後、タブリス（渚カヲル）を殲滅する。
劇場版第25話では戦略自衛隊がシンジと初号機との接触を絶つためにケージに注入した硬化ベークライトに拘束され搭乗できなくなっていたが、弐号機が量産機に捕食されている際に無人のまま起動し、ベークライトを破壊してシンジを搭乗させ、ジオフロント内に出現、劇場版第26話では、弐号機の無残な姿を見たシンジに触発され暴走（4度目の暴走）、背に四枚の十字翼型A.T.フィールドを展開し、A.T.フィールドを背負ったままシンジのデストルドーにより地球の衛星軌道上にあったロンギヌスの槍を召喚、その状態をゼーレに利用されてサードインパクトを引き起こし、そのまま人類補完計画を発現させてしまったが、シンジがその世界を望まなかったため、初号機は同化したリリスから分離して地球を包み込むほどの巨大な12枚の赤い翼を展開、リリスと黒き月を崩壊させ、自らが持つロンギヌスの槍と量産機が持って共鳴させていたロンギヌスの槍のコピーをすべて破壊し、人類補完計画を破局させた後、搭乗していたシンジを地球に残し、石化して宇宙へと旅立った。
ゼルエル戦において暴走し四つん這いになって瀕死のゼルエルに這い寄っていくシーンがあるが、これは監督が「餓鬼をイメージして描いて欲しい」とアドバイスしたためである。
アニメ版ではレイが搭乗したのは機体相互互換試験および対ゼルエル戦で出撃しようとした時のみだが（後者は初号機にシンクロを拒絶されている）、貞本義行による漫画版では第1話でレイが搭乗して出撃、シンジとミサトを救うシーンがある。
暴走時などに発する声は、林原めぐみの声を加工したものを使用している。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 弐号機（EVA-02 PRODUCTION MODEL）

搭乗者：
惣流・アスカ・ラングレー
渚カヲル（第弐拾四話のみ）
機体色：赤
眼：四眼
コア（魂）：惣流・キョウコ・ツェッペリン
初登場話数：第8話
アダムより製作された、エヴァンゲリオンの量産化を前提として開発された、いわば先行量産機。アスカの言葉を借りるなら「本物のエヴァンゲリオン」と呼べる機体である。
フルパワー時には頭部拘束具が一部展開、素体の4つ目を露わにする。
NERVドイツ第3支部で組み立てられ、第8話においてNERV日本本部に移送中、第6使徒ガギエルの攻撃を受けたためアスカの判断で起動、初戦を勝利で飾った。その後、他の2体と共に使徒殲滅に当たっていたが、第13使徒バルディエル戦では一瞬の躊躇をつかれ敗北、第14使徒ゼルエル戦においては一切の攻撃が通じず両腕と頭部を切断されて大破、この連敗とその両者を倒したのが双方とも初号機であったことによりアスカのプライドに綻びが生じ、シンクロ率が下がり始め、修理はされたものの、第15使徒アラエル戦においてアスカが精神的ダメージを受けたためさらにシンクロ率が低下、第16使徒アルミサエル戦では起動すらできない状態となり、その後廃人と化したアスカの代わりにやってきたフィフスチルドレンにして第17使徒タブリス=渚カヲルの力により無人で起動、彼に従いセントラルドグマへ侵入するが、追ってきた初号機と戦闘になり、初号機によって首筋と頭にプログ・ナイフを突き刺されて活動を停止させられた。
劇場版第25話ではアスカを保護するべくエントリープラグに載せてジオフロント内の地底湖底に配置される。そこに戦略自衛隊の爆雷攻撃が行われたことがアスカに死の恐怖からくる生への執着を蘇らせる。それに弐号機内のアスカの母の魂が呼応し、母の存在を感じたアスカは復活、周囲の戦略自衛隊を壊滅させたがアンビリカルケーブルは切断されてしまう。そのあと弐号機殲滅に投入されたS2機関搭載の量産型EVAシリーズ9機に対して内部電源の3分30秒でほぼ全てを撃破する活躍をみせたが、1機が放ったロンギヌスの槍（コピー版）がA.T.フィールドを貫通、頭部に直撃し同時に制限時間の活動限界を迎えてしまう。身動きの取れない弐号機は再起動したEVAシリーズに鳥葬のごとく内臓を食い尽くされ、アスカの「（量産機を）殺してやる…！」という強烈な意思が暴走（覚醒）を引き起こしかけるも、最後は8本の槍によって串刺しにされ完全に沈黙する。
テレビシリーズでは山下いくとがデザインを担当し、劇場版では本田雄が再デザインしたため微妙に外観が異なっている。分冊百科「エヴァンゲリオン・クロニクル」ではこの違いを第17使徒タブリス戦で負った損傷の修復に伴うものとしている。
漫画版では渚カヲルがアルミサエル戦で乗機とする（アスカの精神崩壊がアラエル戦直後にされたため）。レイの零号機と同様にアルミサエルの浸食を受けるが、カヲルの力により同化は免れる。この戦いでデュアルソーに物理融合したアルミサエルによって左足を切断されている。
デザインの着想はシューティングゲームのPCエンジン版『超兄貴』に登場する「エル&トポ」から得られている。デザイナーは「常にEVAにはダイバーのようなイメージをもっている」とのこと。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 3号機（EVA-03 PRODUCTION MODEL）

搭乗者：鈴原トウジ
機体色：黒
眼：双眼
コア（魂）：不明
初登場話数：第18話
アダムより製作された。米国NERV第1支部製。頭部以外は弐号機と同じで、頭部は角が無い以外は初号機と似ている（プラモデルの説明書にあるラフスケッチには、初号機の後頭部にある部分と似た物体が描かれている）。
米国支部から日本本部へ移送中に第13使徒バルディエルに寄生され（積乱雲に潜んでいたとされる）、松代で起動実験中に使徒として覚醒、第3新東京市に向けて活動を開始する。零号機、弐号機を活動不能に陥れるが、ダミープラグによって暴走した初号機との戦闘の末、原形を留めないほどに破壊される。最後にトウジが閉じ込められたエントリープラグは、初号機によって握り潰される。搭乗していたトウジの結末は、テレビシリーズでは左脚切断の重傷、漫画では死亡と展開が異なるが、これはテレビシリーズプロデューサーの大月俊倫が番組製作前に出した、「どんな内容でも構わないが、子供が死ぬようなアニメだけは見たくない」という要望を受けてのものである。
ただ、大月は3号機の登場シーンを、オンエアから2年経った1997年になっても見ておらず、存在も知らなかったため、新宿で打ち上げに参加した際、バンダイからリリースされたプラモデルシリーズの中に見知らぬ「黒いエヴァンゲリオン（＝3号機）」があるのに気付いて、「誰が許可したんだ、こんなもの」「なんで、こんなのあるんだ」「メーカーが勝手にこんなん作りおって」などと憤慨したという。
ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、条件を満たすことでトウジが3号機のパイロットとして戦列に加わる。その後も条件によっては使徒に寄生されずに最後まで運用される。また、いくつかのシナリオでは、スタート時点から3号機パイロットとなっている。N64版では、ゲームモードによっては選択・使用が可能。スーパーロボット大戦シリーズに登場する場合は、イベントによってはバルディエルを浄化して正式運用される場合もある。ただし、初登場した『スーパーロボット大戦F完結編』では、バルディエルとしての3号機ではないが、敵として登場する。『スーパーロボット大戦α』での武装は後述のプラモデル化された際に付属した武器の数と種類が同一である。
なお、プラモデル（LMHGシリーズ）では、使徒侵食前の3号機と、使徒侵食後の3号機（第13使徒バルディエル）版があり、腕パーツと一部パーツ以外は共通となっている。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 4号機（EVA-04 PRODUCTION MODEL）

第17話で存在が言及されるのみ。アダムより製作されたが、米国NERV第2支部での試験中、S2機関の暴走により、周りの関連研究施設と共に消滅する。
テレビシリーズでは言及のみで外観描写は無かったが、プラモデル化の際に設定された。形状は3号機と同一であり、カラーリングはシルバー。ゲームなどに登場する4号機に関しては後述。
EVAシリーズ（『新世紀エヴァンゲリオン』） > 量産機（5号機 - 13号機）（EVA-05 - 13 MASS PRODUCTION MODEL）

搭乗者：ダミープラグ（KAWORU.01）
機体色：白
眼：無し
コア（魂）：不明
初登場話数：劇場版第25話
アダムより製作された、通常「EVAシリーズ」と呼称される9体の量産型機。カヲルがベースとなったダミープラグにより稼動する。S2機関を搭載しており、活動時間に限界は無い。収納展開が自在な翼を背面に内蔵しており、自力飛行が可能。携帯武器は諸刃の剣（脚本では槍となっている）であるが、これはロンギヌスの槍のレプリカを変形させたもので必要に応じて本来の姿に戻る。前述の理由により内部電源が不要になったことに加えロンギヌスの槍を得物として持つためプログレッシブ・ナイフなどの存在価値が薄いゆえにウェポンラックを装備していないのも特徴である。
眼の無いウナギのような頭部が特徴。また、エントリープラグ挿入口や全体的なデザインが他のEVAと異なっている。これは零〜4号機を山下いくとがデザインしたのに対し、量産機のデザインは本田雄が手掛けたことによる。再起動や捕食、再生など、EVA初号機の暴走状態と非常に酷似した行動パターンを持つ。
劇場版第25話では、ジオフロント内の戦略自衛隊を壊滅させた弐号機に対抗するために輸送機から投下され弐号機と交戦。弐号機の圧倒的な戦闘力の前に次々と一旦は撃破されていったが、弐号機の活動限界間際に9号機が放ったロンギヌスの槍によって弐号機の頭部を串刺しにする。動けない弐号機に対し全機再起動、再生した量産機は弐号機を鳥葬のごとく捕食した後、全機で上空からロンギヌスの槍を突き刺し葬る。第26話では、レイと同化したリリスからのアンチA.T.フィールドにより、リリス（＝レイ）と同化、頭部にいびつに歪んだレイの顔が表出する。その後、初号機を依代にし、サードインパクトを誘発させ各機自らのコアにロンギヌスの槍を突き刺しS2機関を共鳴、およびアンチA.T.フィールドを展開。地球上の人間、全てのA.T.フィールドを無力化し、人類全てをL.C.L.へと還元させるが、初号機によって量産機のロンギヌスの槍は全て破壊される。その後量産機は全て活動を停止、石化し地上へと降下する。
見た目での区別はつかないが、脚本や絵コンテでは9体の量産機はそれぞれ全て機体番号で区別されている。製作地は、5、6号機がドイツ、8号機が中国である。
弐号機によって破壊された順番は9号機（頭部を潰され背骨を折られる）、11号機（プログ・ナイフを頭部に突き刺される）、7号機（プログ・ナイフで右手を切断され首をへし折られる）、6号機（諸刃の剣で袈裟懸けに斬られる）、12号機（諸刃の剣で腹部から上下に切断される）、8号機（諸刃の剣で左足を切断される）、10号機（ニードルガンで頭部を刺される）、5号機（喉元を握りつぶされ13号機と同時にみぞおちを貫通される）、13号機（5号機越しにコアを鷲掴みにされる）である。
漫画版ではSTAGE:81より登場。劇場版第25話同様、復活したアスカの駆る弐号機と死闘を繰り広げる。しかし戦闘力は劇場版を上回っており、劇場版では全機とも一度撃破されているが、漫画版では弐号機を劣勢に追い込んだだけでなく弐号機の機能停止までに三機生き残っている。また再生能力も遥かに強力になっており、初号機と弐号機に与えられたダメージを短時間で完全に回復させている。最終話ではシンジの遺志により再生された世界にも石化した量産機が残っており「何物なのか何故そこにあるのか学者にも誰にも判らない」とされている。
量産型のプラモデルは2種類存在しており、通常版は頭部パーツが2種類の形状の交換式で武器は諸刃の剣、「最終戦仕様」版は頭部の口が開閉可能なギミックがあり武器がロンギヌスの槍（コピー）である、という違いがある。
EVAシリーズ（『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』）

4部作のタイトルは「ヱヴァンゲリヲン」であるが、作中における機体の正式名称は「エヴァンゲリオン」である。また本作では、局地仕様である封印監視特化型限定兵器の仮設5号機や、ヒト型ですらないMark.04シリーズが存在し、EVANGELIONというカテゴリ自体には「汎用ヒト型決戦兵器」という意味合いは含まれておらず、一部の機体の仕様名称となっている。
『新世紀エヴァンゲリオン』におけるコアは本作ではコアユニットと呼称されており、設定がテレビシリーズとは異なっている。このコアユニットは機体から分離可能であり、封印時には取り外される。また『新世紀エヴァンゲリオン』ではEVAにコアが存在する事実は第14使徒戦まで一部の人間を除いて知らされていなかったが、本作ではシンジの初号機初起動時にはコアユニットの言及がある。
『破』以降では、パイロットの意志でEVAに備わったリミッターを解除し、パイロットへの負担と引き換えにさらなる力を引き出すコマンドである裏コードが登場した。頭上に光輪が出現し飛行や光線を発射する能力を獲得する覚醒という状態も登場した。
当初は内部電源での活動時間は5分（フル・ゲイン利用の区別は言及なし）でアンビリカルケーブルからの電源供給が途絶えるとモニターに活動限界までの残り時間が表示されていたが、『Q』ではケーブルを接続せずに活動していても残り時間の表示はない。WILLE所属のEVAは内部電源が10%まで減ると警告表示と共にパワーセーブモードに切り替わり旧世紀版や『破』までのように時間切れと共に動けなくなるというわけではなくなっているほか、スペアと呼ばれる器具で右手首から内部電源の充電をする描写がある。NERV所属のEVAはアンビリカルケーブルを含めた電力供給に関する描写がなく、『シン』ではWILLE所属のEVAも活動限界に関する描写はない。
『Q』にて、EVAのパイロットとなった少年少女たちはエヴァの呪縛を受けるという新設定が登場した。これにより、頭髪以外の身体の変化が新陳代謝を含めてなくなる・リリンの近寄れないL結界密度の高い場所でも活動できるようになるなどの影響がある。
EVAシリーズ（『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』） > 零号機（新劇場版）

正式名称：汎用ヒト型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン 試作零号機（EVANGELION PROTO TYPE-00）
（改装後）：汎用ヒト型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン 試作零号機（改）（EVANGELION PROTO TYPE-00'）
所属：特務機関NERV日本本部
搭乗者：綾波レイ
機体色：山吹色
眼：単眼
基本的なデザインは『新世紀エヴァンゲリオン』と同様だが、改装・就役後もカラーリングが変更されないまま、2号機と同じ肩部ウェポンラックと胸部アーマーが装備された。第10の使徒戦でN2弾頭装備のミサイルを抱えて特攻するも撃破出来ず、全身を焼かれ立ち尽くしているところを第10の使徒に膝から上を捕食され、レイごと取り込まれてしまう。ただし不要な頭部は吐き捨てられた。
EVAシリーズ（『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』） > 初号機（新劇場版）

正式名称：汎用ヒト型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン 試験初号機（EVANGELION TEST TYPE-01）
所属：特務機関NERV日本本部
搭乗者：碇シンジ
機体色：バイオレット
眼：双眼、三眼（擬似シン化第2形態）
細部のデザインやカラーが変更された以外は『新世紀エヴァンゲリオン』と同じ。シンジの身に危険が迫ると暴走する点も同じだが、レリエルに相当する使徒が登場しない関係で、作中の暴走回数は2回となっている。新武装としてガトリング砲を用いるが、第5の使徒に有効な打撃は与えられなかった。また第6の使徒戦のモニターから、固有波形パターンは「Blue**A'」であることがわかる。第10の使徒戦では、「世界がどうなっても綾波だけは助ける」というシンジの意志の下、擬似シン化第1覚醒形態へと変化。シンジにコントロールされた状態で秘めた能力を開放した。その際は拘束具の蛍光グリーンの部分が赤に変色し、頭上に天使の輪のような光輪（エンジェル・ハイロウ）が出現。A.T.フィールドで形成した左腕を変化させての攻撃や、両目から光線を放つなど使徒のような攻撃を見せ、使徒のコアから零号機のコアをレイごと摘出した。プラグ深度は180以上にも達しており、リツコをして「人の域を超えた」と言わしめた。まもなく、レイの姿を取った巨大なヒト型（サルベージされた零号機のコアを基点に、形象崩壊した使徒の体液が集まったもの）と融合し、セカンドインパクト時に出現した4体の光の巨人と酷似した三眼の光の巨人「擬似シン化第2形態」へ到達してサードインパクトを発生させかけたが、月面から降下してきたMark.06が投げたカシウスの槍によって初期段階で阻止され、ニア・サードインパクトに留められた。その後、シンジとレイをエントリープラグ内に取り込んだまま活動を停止、凍結される。
その後は封印の棺に入れられ、大気圏外にコア化状態で封印されていたが、反NERV組織WILLE（ヴィレ）が奪取作戦を展開、封印から14年が経過しても完全に覚醒状態が治まったわけではなく、作戦中危機に陥ったアスカのシンジへの叫びに呼応するかのようにMark.04Bに向けて光線を発射・撃破し、改2号機を支援した。接収後は取り込まれ身体を失ったシンジの身体をサルベージした後、WILLEの空中戦艦AAAヴンダーの主機として組み込まれた。この時点でのシンジとの深層シンクロテスト結果は0.00%であり、シンジが搭乗しても起動することはないとリツコが述べているものの、作戦中の再起動を危惧したWILLE上層部の判断により、シンジの首にDSSチョーカー（EVAの覚醒を感知すると、パイロットを殺して覚醒状態を解除させる首輪）が付けられた上に、検体としての扱いを受けることになった。
南極での戦闘でヴンダーが大破した後、ゲンドウと第13号機によって初号機は回収される。この時初号機は赤色にコア化しており四肢は切断されている。シンジが搭乗を希望するにあたって、『Q』で0%とされたシンクロ率は、実は0に限りなく近い値無限大であったとされた。シンジの操縦でゲンドウの第13号機と対峙するも打ち勝てず、両者の精神対話の後「エヴァの要らない世界にする」というシンジの意思を受け継いだ碇ユイによってゲンドウとユイは自らガイウスの槍(WILLEの槍)を身体に貫き、消滅した。