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鳥羽・伏見の戦い
背景 > 小御所会議

同日夕刻開かれた小御所会議で、徳川慶喜の辞官納地に関して討幕・公儀政体派両陣営が激しく意見を対立させた。この会議では京都所司代・京都守護職の免職も当初の議題に含まれていたが、会議中に桑名藩主・松平定敬は京都所司代を自ら辞職し、会津藩主・松平容保も同様に京都守護職を辞したため、会議は徳川慶喜の地位に対するもののみとなった 。冒頭で司会の公家・中山忠能が「大政奉還に際し、先ず一点、無私の公平で、はじめに王政の基本を定める公議を尽くすべき」旨を述べ、公卿の間で「内府公（内府は内大臣。慶喜のこと）は政権を返上したが、おこなった目的の正邪が弁じ難いため、実績で罪科を咎めるべきだ」との意見がみられると、前土佐藩主・山内容堂が大声を発して議論をはじめ「速やかに内府公（慶喜公）のほうから朝議にご参与していただくべきだ」と主張。公卿・大原重徳に「内府公（慶喜）が大政奉還したのは忠誠から出た行動かどうか知れないため、しばらく朝議に参与させない方がよい」と反論されると山内は抗弁し、「今日の（会議参加者の）ご挙動はすこぶる陰険なところが多い。そればかりではなく、凶器をもてあそんで、諸藩の武装させた兵どもに議場を守らせ、わざわざ厳戒態勢をしくにいたっては陰険さが最もはなはだしく、くわしい理由すら分からぬ。王政復古の初めにあたっては、よくよく公平無私な心でなにごとも措置されるべきでござろう。そうでもございますまいば、天下の衆心を帰服させられもすまい。元和偃武から300年近くも天下泰平の世を開かれたのは徳川氏ではござらぬのか。なのに或る朝なれば突然理由もなく、大いなるご功績のあらせられる徳川氏ともあろうおかたをおそれおおくも排斥いたすとはいったい何事なのか。これぞ恩知らずというものではないか。いま内府公（慶喜公）がご祖先からご継承された覇権をも投げうたれ、ご政権をご返上なされたのは政令一途であらせられるからに違いなく、金甌無欠の国体を永久に維持しようとしたものであらせられます。かの忠誠のほどは、まことこのわたくしなどにも、感嘆をこらえがたいほどだ。しかも、内府公（慶喜公）のご英明の名は、すでに天下にとどろいているのではないのか。一刻でも早く、すみやかに内府公（慶喜公）のほうへ朝議にご参与していただき、台慮（貴人の考え）を開陳していただき遊ばされるべきだ。しかるに、２、３の公卿のかたがたはいったいどんなご見識をもってこんな陰険な暴挙をなされる。わたくしにはすこぶる理解しがたい。恐らくではありますが、幼い天皇をだきかかえ、この国の権勢を盗もうとたくらむ悪意でもおありになるのではございますまいか。まこと天下に戦乱の兆しを作るくわだてと申すべきでござろう」と一座を睥睨すると、意気軒高に色を成し主張した。越前藩主・松平春嶽も「王政を施行する最もはじめのときにあたって、刑罰の名をとって、道徳の方を捨ててしまうのは、はなはだよろしくない。徳川氏にあらせられては200余年の太平の世を開かれた。幕府による天下泰平の功績はこんにちのわずかな罪を償うに余りありましょう。皆さまもよくよく、土佐殿（山内容堂公）のお言葉をお聞きになるべきです」と、山内に歩調をあわせた大論陣を張った。会議に参加していた福井藩士・中根雪江による『丁卯日記』によると、薩摩藩士・大久保利通が「幕府が近年、正しい道に背いたのははなはだ重罪なだけでなく、このたびの内府公（慶喜公）の処置につきまして、わたしが正否を問いますと、尾張侯（徳川慶勝）、越前侯（松平春嶽）、土佐侯（山内容堂）、おさんかたの無理にお立てになった説をうのみにすべきではございません。事実をみるに越したことはない。まず内府公（慶喜公）の官位をけなしてみまして、所領を朝廷へ収めるよう命じまして（辞官納地）、わずかなりとも不平不満の声色がなく、真実をみることができましたならば、すみやかに参内を命じ、会議に参加していただけばよろしい。もしそれと違って、一点でも要求受け入れを拒んで、あるいはふせぐ気配があったなら、政権返上（大政奉還）はうそいつわりの策略であります。さすれば、実際に官位剥奪のうえ領地も削り、内府公（慶喜公）の罪と責任を天下に示すべきであります」といい、公家・岩倉具視は大久保の説に追従しまわりにも採用するようしきりに勧めながら「内府公（慶喜公）の正邪を分かつには、空論で分析をもてあそぶより、実績を見るに越したことはない」と弁論をきわめ、山内や春嶽とおのおの正論と信じるところを主張しあって、会議は決着しなかった。この後、会議は休憩に入るが、休憩中に薩摩藩士・西郷隆盛が「短刀一本があれば片が付く」と刀を示した。この西郷の言葉を聴いてから休憩室に入った岩倉は「山内容堂がなおも固く前と同じ論陣を張るなら、私は非常手段を使って、ことを一呼吸の間に決するだけだ」と心に期し、広島藩主・浅野長勲へ土佐藩士・後藤象二郎を説得するよう依頼した。浅野はその様にはからうと「私は岩倉卿の論が事理の当然とします。いま（広島藩士）辻維岳に命じ、後藤を説得させていますから、しばらくお待ちください。後藤がうなずきませんでしたら、私は飽くまでも土佐殿（山内容堂）に抗弁してやめませんから」と岩倉へ伝えた。五藩重臣の休憩室で、後藤は大久保へ山内説に従わせようとしていた。しかしすでに同じ休憩室にいた辻が、浅野の指令をうけて「岩倉説に抗弁すると主君（山内容堂）に不利な結果になる」と遠回しに後藤を諭していたこともあり、大久保はなんらききいれることがなかった。後藤はそれまで主君・山内の説どおり、「会議参加者一同が陰険なふるまいをやめ、公正にことを決める」よう一所懸命に全員を諭しつづけてきていたが、主君が間接的に命をおびやかされている事を悟ると、今度は山内と春嶽の方を向いて「さきほど殿が申されたまこと立派なご説法は、さも内府公（慶喜公）がはかりごとを企てていらっしゃることをご承知の上で、隠そうとなさっているかのごとく嫌疑されております。願わくばどうかもう一度お考え直されますように」といった。明治天皇がすでに席に着き、会議参加者もあつまって議論が再開されると、山内は腹心の後藤にも裏切られ心が折れてしまい、敢えてもう一度論戦を始めようとしなかった。再開された議決では岩倉・大久保らの説に決まり、有栖川宮熾仁親王が天皇の裁可を得た。
こうして朝廷は、内大臣・慶喜へ官位返上と、領地からくる収入を天皇家へ献上するよう命じた。
最終的には岩倉や大久保らの意見が通ったが、会津藩・桑名藩など、親徳川派の譜代藩はこの処分に不満を募らせ一触即発の剣幕となる。これら不穏な動静に対し、西本願寺・徳如上人が御所警固のため、六条侍および僧を参集させ尊王近衛団を結成。さらに征討総督宮の護衛、錦旗守備、諜報活動を行った。
背景 > 旧幕府側で高まる主戦論

旧幕府軍（王政復古の大号令で幕府の廃止が宣言されているため）の拠点となっていた大坂城では、会津藩士と桑名藩士だけでなく幕閣にも主戦論が高まったため、12月中旬に旧幕府軍は京坂の要地に軍隊を展開した。西国街道の西宮札の辻に小浜藩兵500人、京街道の守口に伊勢亀山藩兵200余人、奈良街道の河堀口に姫路藩兵200余人、紀州街道の住吉口に紀州藩兵若干名を配した。また、枚方と淀には注進に備えて騎兵を置き、真田山と天王寺に陣営を築き、大坂、大坂城外14カ所の柵門、十三川の渡口、守口、枚方、山崎、八幡、淀を幕府陸軍で固め、伏見には幕府陸軍と新選組を配し、叛旗を翻す姿勢を取った。
12月23日と24日にかけて朝廷において、[要出典]大坂城に移り音信不通となった[要出典]慶喜について会議が行われた[要出典]。参与の大久保利通は慶喜の謀叛と主張し、ただちに「領地返上」を求めるべきだとした。これに対し春嶽は、旧幕府内部の過激勢力が慶喜の去就を妨害をしていると考え、それでは説得が不可能として今は「徳川家の領地を取り調べ、政府の会議をもって確定する」という曖昧な命令にとどめるべきとした。岩倉も春嶽の考えに賛成し、他の政府首脳もおおむねこれが現実的と判断したため、この命令が出されることに決した。再度春嶽と慶勝が使者に立てられ、慶喜に政府決定を通告。[要出典]慶喜は近日中に上京し、何故不審な行動をとったのか直接説明するよう命ぜられた。
背景 > 旧幕府側で高まる主戦論 > 関東中での浪人による騒擾事件

11月から12月にかけ、薩摩藩士・鯉渕四郎ら数十人は相模国へいくと、荻野山中藩主・大久保教義が甲府城の勤番のために留守にしていた荻野山中陣屋へ放火し、武器や軍用金を強盗した。薩摩浪人・竹内啓（武蔵国出身）ら数十人は下野国へいくと、薩摩藩と称し大平山、岩舟山、出流山（出流山事件）などによって尊王・討幕と称する集団での騒擾行為をおこなった。また一群の浪人らは上総国、下総国、常陸国水戸へ赴いたが消息をつかめなくなった。薩摩浪人・上田修理らの一群は、甲府城を焼こうとして八王子にやってきたが、江川太郎左衛門の配下に逮捕された。
旧幕府方は壬生藩、館林藩、足利藩ら諸藩に命じ賊徒を追討させ、宇都宮藩には真岡陣屋を警護させた。足利藩兵は関東取締出役・宮内左右平の兵とともに、竹内啓らの賊徒を撃破し、捕縛・斬刑した。12月18日、旧幕府方は歩兵一中隊を戸塚へ派遣して、また似た様な暴行をしている浪人らを追討させた。
背景 > 旧幕府側で高まる主戦論 > 江戸薩摩藩邸の焼討事件

12月23日夜、薩摩藩の支藩・佐土原藩士の一隊は三田の庄内藩屯所を銃撃し、詰め合いの者を殺傷した。さらに同日江戸城二の丸附近も炎上し、これらの工作活動に堪りかねた江戸幕府は薩摩藩上屋敷の浪人処分を決定した。25日、旧幕府は薩摩藩に浪人たちの引き渡しを求めたが薩摩側が拒絶したため、庄内藩らによる江戸薩摩藩邸の焼討事件が勃発した。
27日(1868年1月21日)、薩摩・長州・土佐・安芸四藩が、天皇観閲の下、京都御所・建春門前で軍事演習を披露。[要出典]
背景 > 旧幕府側で高まる主戦論 > 江戸城・二の丸御殿の炎上

23日、江戸城の二の丸が火事になった。これは放火だとすると噂が広まり、二の丸御殿は天璋院の住まいだったため、大奥の女中が薩摩藩士と共謀して犯行したに違いないとか、同藩士が天璋院を誘拐しようと攪乱行為を働いているせいだとか、嫌疑が薩摩のみへ一気に集まった。『徳川慶喜公伝』が引用するところ、『史談会速記録』「落合直亮談話」の中で、旧薩摩藩士・市来四郎が、江戸城二の丸放火は同藩陪臣（倍々臣）伊牟田尚平のせい、としているとする。もろもろの役人（公務員）もあちこちで起きてきているあまたの暴行は薩摩浪人の所業だとついに探知するにいたった。役人らは大いに心を戒めると城門の警備を厳格にしだし、歩兵・騎兵・砲兵の３兵隊を曲輪内に集め非常時だと知らせながら、幕府陸軍へ命じて新橋、喰違、水道橋、昌平橋、和泉橋、下谷新橋を守らせ、往来を禁止した。また、永代橋、大橋、両国橋、東橋、一石橋、日本橋、江戸橋、鐙之渡、湊橋、豊後橋を諸大名の分担で守らせた。これらの戒厳令の敢行は、各警備隊がいずれも浪人を監視するためのものだったが、ひとりも浪人を逮捕したり処刑したりする成果は挙げられなかった。
背景 > 旧幕府側で高まる主戦論 > 薩摩が薩土密約の履行を促す

28日(1868年1月22日)同日、土佐藩士山田喜久馬、吉松速之助らが伏見の警固につくと、西郷隆盛は土佐藩士・谷干城へ薩長芸の三藩へは既に討幕の勅命が下ったことを示し「薩土密約に基づき、乾退助を大将として国許の土佐藩兵を上洛させ参戦」させるよう促した。谷は大仏智積院の土州本陣に戻って、執政・山内隼人（深尾茂延、深尾成質の弟）に報告。慶応4年1月1日(1868年1月25日)、谷はこれを伝えるため、下横目・森脇唯一郎を伴って京を出立し早馬で土佐へ向う。
谷は大仏智積院の土州本陣に戻って、執政・山内隼人（深尾茂延、深尾成質の弟）に報告。慶応4年1月1日(太陽暦1月25日)、谷は下横目・森脇唯一郎を伴って京を出立、1月3日(太陽暦1月27日)、鳥羽伏見で戦闘が始まり、1月4日(太陽暦1月28日)、山田隊、吉松隊、山地元治、北村重頼、二川元助らは藩命を待たず、薩土密約を履行して参戦。その後、錦の御旗が翻る。1月6日(太陽暦1月30日)、谷が土佐に到着。1月9日(太陽暦2月2日)、乾退助の失脚が解かれ、1月13日(太陽暦2月6日)、深尾成質を総督、乾退助を大隊司令として迅衝隊を編成し土佐を出陣、戊辰戦争に参戦した。
背景 > 徳川宗家による外交事務代行

「徳川家（徳川宗家）の政体（江戸幕府）」は大政奉還の後から、日本政府の外交事務は「徳川家の政体（幕府）」と「天皇家の政体（朝廷）」のどちらで取り扱うのかと、各外国公使から頻繁に問い合わせられていた。慶喜はみずからがかねてからの志であった大政奉還をした以上「天皇家の政体（朝廷）」が日本政府として外交事務をつかさどるべきだと考えていたが、これまで日本の公儀としてあらゆる政治的実務をつかさどってきたのは「徳川家の政体（幕府）」であった一方、「天皇家の政体（朝廷）」側にはまだその準備がまだ整っておらず、外交上の実務経験や心構えも不足しているからには、いますぐ外交事務をおこなうのは難しいだろうと天皇家を思いやっていた。慶喜には、水戸徳川家代々の「尊王の大義」で母方（有栖川宮家）の主家に当たる天皇家を立てる必要があり、その尊王主義の手前、新政体が発足間もない天皇家側にはまだ政治的能力がないと直接正直に外国公使らへ打ち明けて語るのも難しい事情があった。また、慶喜は、彼と同様の認識であった明治天皇（当時16歳）の摂政・二条斉敬から内々に、「ただいま朝廷（天皇家の政体）では外国人らを接受することはできそうにないので、徳川家（徳川宗家）には気の毒だが、大政を奉還される前のとおり、外国公使らを応接して下さい」との外国公使・接受代行の依頼を受けていた。そんななか二条城を出て、大坂城に入った慶喜は、12日大坂城黒書院へフランス、イギリス、イタリア、アメリカ、プロイセン、オランダ各国公使らを集め、各国との条約の締結や外交事務は、唯一の公式政権として徳川宗家が一時的に取り扱う旨を説明した。
この頃、フランス公使・レオン・ロッシュが「徳川家（徳川宗家）が政権をお持ちになっているあいだ、フランス側は飽くまで貴家へお味方させていただくつもりですが、政権を奉還（大政奉還）なさった以上は、これまで通りお味方させていだくのは難しいかと存じ上げます」と、旧幕府側へ申し出た。このため、幕閣の一人として諸外国と直接外交を行ってきていたもと老中・外国事務取扱（外交官）の丹波亀山藩主・松平信義が、「いまご当主（徳川宗家主、慶喜）が外国の助けを失っては一大事でございます」と、慶喜に朝廷（天皇家の政体）からの外交権委任状をフランス側へ示す事を勧めた。実際は徳川宗家当主で（前）内大臣・慶喜が内々に（まだ当時16歳で十分な実務能力を持たない）明治天皇の摂政・二条斉敬から依頼を受け、日本政府側として外交事務を一時代行する予定だったが、松平信義が勧めている委任状の内容は「天皇家（朝廷）からの委任で」徳川宗家が外交事務をつかさどる、とわずかな事務手続き上の偽りを含んでいた。慶喜はこの委任状の事務手続き状の偽り（摂政個人からの内々の依頼と、天皇家の政体からの公式の外交権委任として勅許があった事実の違い）を厳格にみて、松平信義にそのような文書を朝廷からわざわざ取り付けたりロッシュへ渡したりすることを許さなかった。しかし、松平信義はロッシュの説得にはやむを得ない措置と考え、密かに作った自作の外交権委任状を外国人へ示した。
背景 > 大阪城での官吏の大憤激

28日(1868年1月22日)、江戸薩摩藩邸の焼討事件の報が大坂に届く[要出典]と、慶喜の周囲では「薩摩討つべし」の声が高まる。
慶喜は大阪城で物情の鎮静化につとめていたが、小御所会議（王政復古クーデター）での辞官納地の通達以来、幕臣の激昂が甚だしくなっており、そこでさらに薩摩藩士が家康以来徳川宗家（将軍家）の本拠で主城を構えていた江戸で市中への放火等の騒擾事件（江戸薩摩藩邸の焼討事件）を起こすと、庄内藩士らによる治安維持のための鎮圧戦が始まった。
老中・板倉勝静は江戸薩摩藩邸の焼討事件について憂慮し、「焼き討ちする様な事は以ての外だ。上方（京阪地方）も江戸もひたすら静まっていて、薩摩藩につけいる隙を与えないことが肝要でござる」と慎重姿勢を崩さなかった。しかし大阪城のなかでは上司も下士も今にも暴発しそうな勢いが誰にもほぼ制御できなくなり、老中で丹波亀山藩主の松平信義は「令状を出して、大阪を徘徊する薩摩人（鹿児島人）１人を斬るごとに15金を与えよう」との公議を出すに至った。慶喜はこれを聴くと、無謀な議論で、血気の小勇（蛮勇）にすぎないと、幕命による大阪からの鹿児島人抹殺の企てを制止した。
背景 > 徳川慶喜への再入京の朝命

京都から越前藩士・中根雪江や尾張藩の者ら４、５人が大阪へきて、朝命（天皇家の政体・朝廷からの指令）によって、慶喜へ再び京都へくるよう勧めた。慶喜は「では軽装（少数のお供だけを連れての朝議参内）で京都へ行こう」と考えたが、会津藩・桑名藩やほかの旗本の者らがこの慶喜の台慮（貴人の思い）をききいれず反対し、「薩摩藩を討つ好機会なので、十分な兵力を持って京都へ行き、是非とも君側の奸を清めましょう」と主張した。このとき、官僚で最も身分が高い者で老中からそれ以下の官職にあたる大目付や目付までほとんど半狂乱のありさまで、もし慶喜が薩摩藩征討（討薩）を肯定しなければ配下が一体なにをしだすか想像もできない状態で、しかも官僚から兵士らまでみなが完全に討薩を心から固く決意している気配だった。当時の大小目付部屋の光景は驚くべきもので、居並ぶ武者のみながあぐらをかき口角泡を飛ばしながら討薩論に熱中しているありさまは、ほとんどどこからも手の下しようもない状態だった。
このとき慶喜は風邪をひいており、寝巻（寝間着、寝衣）のまま寝床（布団）の中にいたところへ老中・板倉勝静がやってくると、将校から兵士までの討薩を望む士気の激昂は凄まじいもので、このまま何もせずには到底いられない旨、また「いくら少数のお供を除けばおひとりで京都へ行かれたいとはいえ、所詮、大君（日本最大の大名）であらせられるからには、万が一の為に御身をお守り申しあげる大勢の兵隊を帯びねば到底その様な事は叶いますまい」とくりかえし慶喜を説き伏せた。慶喜はそのとき読みかけの『孫子』の一節を示しながら「『彼を知り己を知れば百戦あやうからず』とこの本にある。そこで試しに聞くのだが、今わが幕府に西郷隆盛に匹敵すべき人物はいるか」と板倉に問うと、板倉はしばらく考えてから「おりません」と答えた。慶喜が続けて「では大久保利通ほどの者はどうか？」と問うと、板倉はまた「おりません」といった。慶喜はさらに吉井友実ら薩摩藩で名のある数人を挙げ「この人々に拮抗しうる者はいるか」とつぎつぎ尋ねてみると、板倉はまたまた「おります」とは言えなかった。このため慶喜は「こんなありさまでは、もしわが軍が薩摩藩側と戦っても必勝を期し難いだけでなく、遂にはいたづらに朝敵の汚名をこうむるだけではないか。決してわが方から戦を挑むことなきよう」と板倉へ無謀な開戦を制止した。それでも、板倉と若年寄・永井尚志らはしきりに将校・兵士らの激憤状態を慶喜へ説明し、「もし上様（慶喜）が飽くまで討薩の命令をゆるして下さらなければ、おそれ多くも、上様を刺し違えたてまつってでもわが軍隊は脱走しかねない勢いなのでございます」といった。慶喜は「まさかおのれを殺すまではしまいが、わが方の兵が脱走しそうなのは勿論だ。そうなったらいよいよ国が乱れるもとであろう」と、自軍の制御が十分に及んでいないのをひたすら嘆いていた。こうして江戸薩摩藩邸の焼討事件以後、なおさら大阪城のなかの将校・兵士らの憤激は到底制御することが不可能になった。
慶喜が薩摩藩への義憤に逸る大阪城配下の兵隊の大勢を抑え続けられなくなり、「なんじらのなさんと欲するところをなせ」「いかようとも勝手にせよ」と放任すると、将校・兵士らは『討薩表』を慶喜の名で書くと旗本・竹中重固が薩摩藩側へ持って行った。
こうして朝廷から御所への参内を命じられた慶喜は、慶応4年（1868年）元日『討薩表』と共に2日から3日にかけて[要出典]京都へ向け近代装備を擁する約1万5千の[要出典]軍勢を進軍させた。さきども進軍の間、朝命のとおり軽装で上京するつもりで出兵が本意ではなかった慶喜はこのとき風邪をひいてずっと寝巻で布団の中にいて、はじめからおわりまで大阪城の中から出ず、甲冑・軍装などの軍服も着ずに、ただ嘆息していた。後年、慶喜は回想談中で、自身はもとから朝命どおり軽装（連れても少数のお供だけ）で御所へ参内するつもりだったことともあわせ、当時の大阪城の配下がことごとく「なにがなんでも討薩の命令を」と大憤激し、全軍の総指揮官としての自分には彼らの進軍を抑えきれなくなってしまったありさまは、自身の為に御所までの道を開ける先供の制止にあらゆる手を尽くしたが最早どんななすすべもなく、形の上でそういう結果に立ち至ってしまったもの、と語っている。
アメリカ合衆国（米国）弁理公使（駐日アメリカ合衆国大使）・ロバート・ヴァン・ヴォールクンバーグはの老中・板倉勝静、酒井忠惇、松平信義 (丹波亀山藩主)らへ正式な外交文書を送り、そのなかで旧幕府側は条約に基づく米国人保護を依頼されると共に、旧幕府は現在誰と戦争をしているのか」「旧幕府側に反抗しているのは島津忠義だけか、それとも味方や協力者がいるのか」と米国政府側から問われると、これへ返信した老中・板倉勝静と酒井忠惇は連署による公文書で「当今わが国（日本国）に政変があり、やむを得ず兵力を用いるときは賊徒・不臣である島津忠義の一藩（薩摩藩）を除くためで、同藩がどこへ潜伏しどんなはかりごとを企んでいるかも測り難い。旧幕府が兵力を用いる際、条約批准済みの外国人は保護し、その方法も厳重に手配するので安心して欲しい。事態の鎮静化までにはなるだけ遠行等もなきようお心づきを頼み入ります」と、不測の事態による武力衝突時には、飽くまで徳川方へ反抗し謀略を企んでいる島津忠義の率いる薩摩藩一藩との間のもの、との政府公式見解を出した。武備を鞏めての進軍は明らかに朝廷に対する威圧行為であった。
旧幕府軍主力の幕府陸軍歩兵隊及び桑名藩兵、見廻組等は鳥羽街道を進み、会津藩、桑名藩の藩兵、新選組などは伏見市街へ進んだ。旧幕府軍の本営は淀本宮(淀姫社)に置かれ、総督は松平正質、副総督は塚原昌義であった。
慶喜出兵の報告を受けて朝廷では、2日に旧幕府側の援軍が東側から京都に進軍する事態も想定して、橋本実梁を総督として柳原前光を補佐につけて京都の東側の要所である近江国大津（滋賀県大津市）に派遣することを決めるとともに、京都に部隊を置く複数の藩と彦根藩に対して大津への出兵を命じた。だが、どの藩も出兵に躊躇し、命令に応えたのは大村藩のみであった。渡辺清左衛門率いる大村藩兵は3日未明には大津に到着したが、揃えられた兵力はわずか50名であった。
経過 > 旧幕府軍北上

1月2日、旧幕府軍は大坂を発ち京都へ向けて北上した。会津藩兵等は船で淀川を上ってその日のうちに伏見に上陸した。その他の部隊は陸路で北上し、淀で宿営した後、翌3日に鳥羽街道方面と伏見方面の二手に分かれて行軍した。伏見では以前から奉行所に新選組や一部の歩兵部隊が駐留しており、伏見到着後、それらの部隊と合流した。
経過 > 新政府軍による淀占領

1月5日午後、淀城下は鳥羽街道方面から後退してきた旧幕府軍部隊と伏見街道方面から後退してきた旧幕府軍部隊が合流し、過密状態であった。旧幕府軍は淀城を拠点にして新政府軍を迎え撃つべく、淀藩に旧幕府軍部隊を入城させるよう求め、滝川具挙が代表となって淀藩と交渉を行なった。淀藩の稲葉家は譜代であり、藩主稲葉正邦は当時老中であったため、当然入城が認められるものと期待されていた。しかし藩主が江戸在府のため不在である中、稲葉家の家臣達は、稲葉正邦の義兄で尾張藩の前藩主である徳川慶勝からの中立の要求や新政府軍からの圧力もあり開門を拒絶した。そこで旧幕府軍は淀からも撤退し、淀小橋、淀大橋を焼いた後、八幡、橋本方面へ後退した。橋が焼け落ちたため新政府軍は舟で宇治川を渡河し淀に入った。淀藩は新政府軍に対して開城し、淀は新政府軍によって占領された。
経過 > 近江方面

一方、旧幕府軍では伊勢方面から京都に向けて援軍として騎兵1個中隊と砲兵1個大隊が発進していたが、3日夜になって大津に潜入していた偵察から既に大津には新政府軍が入っているとの報告が入った。これは大村藩兵50名のことであったが、旧幕府軍の援軍は大津に新政府軍が結集していると誤認して大津から京都を目指す事を断念し、石部宿から伊賀街道を経由して大坂に向かうことになった。4日になると、朝廷から改めて命令を受けた佐土原藩・岡山藩・徳島藩の兵が大津に入り、彦根藩もこれに合流した。これによって5藩合わせて700名となり、6日は更に鳥取藩兵と参謀役の木梨精一郎（長州藩）を大津に派遣するも、新政府軍側が危惧したこの方面からの旧幕府軍の侵攻は発生しなかった。
近江方面の戦況について、大久保は5日付の蓑田伝兵衛宛の書状で、井伊直弼などを輩出した譜代の大藩である彦根藩の旧幕府からの離反に皮肉を込めつつも、彦根藩が味方に付いたことで背後（近江側）の不安がなくなり、旧幕府軍の支配下にあった大坂から京都への物資の流入が止まったとしても、近江から京都への兵糧米の確保が可能になったと記している。また、東久世通禧も後になって大村藩が素早く大津を押さえたことで、旧幕府軍からの京都侵攻とこの戦いで未だに態度を決しかねていた諸藩部隊の新政府からの離反を防いだこと、同藩が大津にある彦根藩の米蔵にある米の新政府への借上げを交渉したことなどをあげて、大村藩の功労が格別であったことを述べている。
経過 > 朝廷による征討大将軍の任命

同日、朝廷では仁和寺宮嘉彰親王を征討大将軍に任命し、錦の御旗と節刀を与え、新政府軍を官軍として任じた。なお、この錦旗となる旗は岩倉と薩摩藩が事前に作成しており、戦闘の際にその使用許可を朝廷に求めた事から「薩長が錦旗を偽造した」とする説もあるが、朝廷の許可を得て掲げられた事は確かであり、天皇の許可を経たのかは定かではないものの朝廷はそれを錦の御旗であると認めている。
また朝廷から薩摩藩に、黒谷にある会津藩邸の制圧の命が下る。薩摩兵は大砲を以て黒谷を攻撃した為、洛中は一時騒擾が起きた。尾張藩の徳川慶勝には二条城接収の命が下り、6日に接収している。入京していた因幡藩や柏原藩などの諸藩の兵も参戦を表明し、官軍となった薩長側に合流を始める。
5日、伏見方面の旧幕府軍は淀千両松に布陣して官軍を迎撃した。一進一退の乱戦の末に旧幕府軍は敗退し、鳥羽方面の旧幕府軍も富ノ森を失う。そこで現職の老中でもあった稲葉正邦の淀藩を頼って、淀城に入り戦況の立て直しをはかろうとした。旧幕府軍は、官軍を足止めするため伏見の町一帯に放火すると、淀城へ向かった。しかし淀藩は朝廷及び官軍と戦う意思がなく、城門を閉じ銃口を向け旧幕府軍の入城を拒絶した（ただし、藩主である正邦は当時江戸に滞在しており、藩主抜きでの決定であった）。入城を拒まれた旧幕府軍は、さらに大坂寄りの男山・橋本方面へ撤退し、旧幕府軍の負傷者・戦死者は長円寺へ運ばれた。また、この戦闘で新選組は古参の隊長であった井上源三郎ら隊士7名が戦死した。
経過 > 橋本の戦い

5日夜、勅使四条隆平は西国街道上の山崎関門(梶原台場)へ赴き、山崎一帯の津藩兵を指揮する藤堂采女を説得して寝返らせ、これらの津藩兵を官軍とした。
6日、旧幕府軍は石清水八幡宮の鎮座する男山の東西に分かれて布陣した。西側の橋本は遊郭のある宿場で、そこには土方率いる新選組の主力などを擁する旧幕府軍の本隊が陣を張った。東に男山、西に淀川、南に小浜藩が守備する楠葉台場を控えた橋本では、地の利は迎え撃つ旧幕府軍にあった。旧幕府軍は木津川と男山に挟まれた科手、山上に石清水八幡宮のある男山、その東側の山麓にある八幡に、桶や俵に砂を詰め畳を立てかけた胸壁を作って野戦陣地を構築し、やや後方の橋本にも砲台を築いていた。幕府陸軍歩兵小隊4個、砲2門、京都見廻組、遊撃隊、会津兵、桑名兵らが守備に当たった。
早朝、淀大橋が焼け落ちていたため新政府軍の多くは木津川を舟で渡河し、一部の部隊は徒渉した。渡河中の新政府軍への攻撃はなく、少数の監視兵との戦闘があったのみで新政府軍は容易に木津川左岸に展開した。午前8時、新政府軍は右翼隊、中央隊、左翼隊の三方面に分かれて攻撃前進した。八幡に展開していた旧幕府軍の右翼の抵抗は軽微で新政府軍が攻撃すると町に火を放って退却した。しかし科手、および正面の男山の陣地を守る旧幕府軍の抵抗は頑強で新政府軍の右翼および中央の攻撃は進展しなかった。しかし、新政府軍の左翼隊が前進すると旧幕府軍が包囲され、また新政府軍の砲弾が旧幕府軍の陣地内の民家に命中して爆発炎上すると動揺が生じた。旧幕府軍は後退して橋本の砲台に入ると、そこで体勢を立て直し、多数の砲で砲撃して新政府軍との間で激しい砲戦となった。
しかし、午前11時頃、橋本から淀川を挟んで対岸にあたる山崎の一帯を守備していた津藩兵が高浜砲台(高浜船番所)から旧幕府軍へ砲撃を加えた。先述の通り津兵は勅使四条隆平の説得によって新政府軍に寝返っており、四条隆平は津兵の砲撃を監視して朝廷に報告した。旧幕府軍は津藩を味方と思っており、思いもかけない淀川対岸からの砲撃を受けた旧幕府軍は戦意を失って総崩れとなった。楠葉台場からは右岸へ向けて反撃の砲撃が行われたが、左岸にも新政府軍が現れた。陸路からの攻めに弱かった楠葉台場も放棄された。この戦いで、京都見廻組の長であった佐々木只三郎が重傷を負い、後に死亡した。竹中重固、滝川具挙、会津藩家老の田中土佐ら指揮官は枚方に陣を敷いて新政府軍を迎え撃とうとしたが敗走する旧幕府軍部隊を引き止めることはできず、更に守口まで後退した。そして慶喜からの撤退命令によって大坂へ退き、大坂城に入城した。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > 慶喜一行の大阪城脱出

慶喜には初めから戦意がなく、将校・兵士らが北進のあとも、一度も大阪城を出ず、この数日、風邪をひいていて寝巻のまま、ほとんど布団のなかにいた。鳥羽・伏見の戦いが開戦した報せを聴くと、慶喜は万事休すと決心し、ことさらに内にこもっていた。4日、開戦の報せにともなって、帰京する福井藩士・中根雪江へ託し、慶喜は直書を尾張藩主・徳川慶勝、福井藩主・松平春嶽、土佐藩主・山内容堂、紀州藩主・徳川茂承、宇和島藩主・伊達宗城、熊本藩主・細川護久らへ連名で送って、「奏聞（天皇へ申し上げること。慶喜の先供として入京したと伝えること）の次第はあっても、輦轂の下（天皇のおひざ元）で武器・防具は動かさぬよう、かねて兵隊らへ申し諭しておいたのに、相手からすでに発砲されてしまったからにはこの後の形勢は心配である。くれぐれも鳳輦（天皇ののりもの。間接表現でうやまった天皇のこと）を守護していただくよう、厚くお頼み申す」と書いた。やがて錦旗が掲げられたのを聴くと、慶喜はますます驚いて「あわれ、自分は朝廷に対し歯向かう意思などつゆばかりも持っていないのに、賊名を負うにいたったのは悲しい事だ。最初に、たとえ家臣の刃にたおれても命のかぎり会桑（会津藩、桑名藩）をさとし帰国させておけば、ことここに至ることはなかったろうに。部下がわが命令をきかない腹立たしさで、『いかようにとも勝手にせよ』と言い放ってしまったことこそ一期の不覚だ」と悔恨の念に堪えず、いたく憂鬱になった。
6日、慶喜は大阪城で会津藩士・神保修理に「事ここに至っては、もはやどうしようもありません。速やかにご東帰なさり、落ち着いて善後策をめぐらされるべきです」との建言を受け、若年寄・永井尚志もこの議論に賛同した。初めに大阪城へ戻ったとき、たとえ暴発しつつある藩屏に刺し殺されようとも会津藩・桑名藩へ諭して各々帰国させ、その後みずからは再び朝命の通り御所へ参内し『今は一己の平大名にすぎないため、願わくば前々通りお召し使い下されるべきです。朝廷の御為には粉骨砕身つかまつります』と天皇家（朝廷）へ懇願すればよかったと後悔していた慶喜は、元日、討薩に勢いづく会桑二藩を諭し得ず『なんじらのなさんとするところをなせ』『いかようにとも勝手にせよ』と言い放ってしまい、つづけて鳥羽・伏見の戦いが発生した事を一期の失策と考えていた。慶喜はこの後悔のさなか、神保による建言を聴いたため、寧ろその説を利用して、徳川宗家の居城・江戸城へ帰って堅固に天皇家（朝廷）へ恭順謹慎しようと決心したが、心に秘めてそうは人には語らなかった。試しに諸有司・諸隊長らを大阪城・大広間に招集し、「この上はどうすべきか」と尋ねると、いずれも血気にはやる輩のみで、みな異口同音に「少しでも早くご出馬遊ばされるべきです」というのみだった。慶喜は彼らを良きほどにあしらい置いて、老中・板倉勝静と若年寄・永井尚志を別室に招き、恭順の真意は漏らさずに、ただ東帰の事について告げた。板倉・永井両人が「ともかくも一旦ご東帰の方がよろしいかと」と言ったため、慶喜はいよいよそうしようと決心し、再び大広間へ出て形勢をみると、依然として藩屏が慶喜へ出馬をしきりに迫ってきた。このため慶喜は「では、これから打ち立つぞ。みなの者、用意せよ」と命じると、一同は喜び踊っておのおのの持ち場へ退いていった。この隙に、慶喜は老中・板倉勝静、会津藩主・松平容保、桑名藩主・松平定敬ら4、5人の者を従え、ひそかに大阪城の後門から抜け出た。城門では衛兵に咎められるかもしれないといたく気を遣っていたが、「ご小姓でござる」といつわって通ったので衛兵も騙され、別に怪しみもしなかったのは、慶喜自身が後年、回想録『昔夢会筆記』で語るところ「誠に幸運だった」という。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > 大阪湾で開陽丸を探す

1868（明治元）年1月6日夜、こうして慶喜らは大坂湾天保山でただちにのりこむつもりで船をさがしたが、以前は泊まっていたはず徳川宗家の軍艦・開陽丸がなく、今は薩摩藩の軍艦を追跡している為だった。。そこでアメリカ合衆国の艦艇に東帰を依頼しようとしたが、あまりに突然なので、まずフランス公使に紹介してもらうのがよいだろうと旗本・山口直毅をお使いにレオン・ロッシュのもとへ遣わすと、ロッシュは快く承諾して紹介状をくれた。慶喜一行がロッシュの紹介状を携えアメリカ合衆国の艦艇に赴くと、フランス公使の紹介があったためか極めて優遇してくれ、酒・肴を出しもてなしてくれた。このときイギリス軍艦がきて、しきりに開陽丸の周囲を乗り回し、艦内を偵察するかのごとくだったため軍艦頭並（副艦長）・澤太郎左衛門が「イギリス艦艇は、高貴な人がこちらにおわすらしいのを疑って、探りを入れているのに違いありません。しばらく隠れておられ給わりますよう」というので、慶喜らはしばらく船室に閉じこもっていた。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > 船中でのやりとり

慶喜は東帰する開陽丸船中でも、紀州沖あたりで板倉勝静へ「予は、さきに会津藩・桑名藩の二藩や旗本などがどれほど騒ぎたっても、泰然として動かず、一歩も天皇の下を去るべきではなかった。だが大勢に抗する事ができず、『なんじらのなさんと欲するところをなせ』と放任し、遂に鳥羽・伏見の変を引き起こしたのは、くれぐれも失策だった。予は江戸へ着いたら、飽くまで天皇家へ恭順謹慎し朝廷からの裁きを待つ決心なので、なんじらもその心づもりであるべきだ」と語りきかせた。板倉は「仰せの事もその通りでございますが、関東役人の見込みのほども承らなければ、まだ、にわかにはお請け致すのも難しい事でございます」と論じたてたものの、慶喜は断然として一向に恭順を主張した。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > 徳川慶喜の逃亡

1月8日の夜、開陽丸が大阪湾を出発、紀州大島をへて5、6里のころ、北西からの風が起きて刻一刻と猛烈になり、船は風に流された。船は普段の航路をとれなくなったため、蒸気をとめると由良に寄港しようとしたが、風任せに沖合へ流された。暴風雨がやっとおさまった10日の暁ころ、一行の船は八丈島の北、5、6里の沖に漂っていた。船中の人々はだからといって安心もできず、その日の夕方にはなんとか事なきを得て浦賀湾に入りえた。慶喜は金200両をあたえ船員をねぎらった。11日には艦艇が品川沖に入った。慶喜は12日未明を待って、浜御殿に上陸し、午前11時頃には騎馬で江戸城の西丸に入った。
幕臣・勝海舟の日記によると、「11日開陽丸が品川沖に錨を下すと、使い（の船）が有り、あかつきころに（上様、慶喜公一向は）浜の海軍所に至った。そこで私は始めて伏見の顛末を聴いた。会津候（松平容保公）、桑名候（松平定敬公）ともに、上様のお供のなかにいらっしゃった。私は詳しいことを問おうとしたが、一同の顔色は土のごとくで、互いに目配せをするばかりで口を開く者はいなかった。わずかに板倉閣老（ご老中・板倉勝静翁）から鳥羽・伏見の戦いの概略を聞くことができた」と、ひどく沈んだ様子の、江戸上陸時の慶喜一行の状況だった。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > 親子内親王による徳川宗家の存続嘆願

慶喜は大阪城で既に、天皇へ恭順謹慎と決心していたが、本心は秘めてひとに語っていなかった。このため人々はみな、東帰は再挙の為だとばかり思い込んでいた。慶喜は開陽丸の船中ではじめて老中・板倉勝静へその本心を告げたが、板倉以外の人は、慶喜の心にある尊王の本心を誰も知らなかった。
そこで慶喜が江戸城に帰ると、ただちに和宮親子内親王の侍女・錦小路から、「さる3日、上洛（朝廷へ参内）のところ、薩長勢が無謀に君側を支えていたのでやむをえず両藩との戦に及んだが、朝廷では反逆の色があるかのよう聞し召されたので、ひとまず東帰つかまつりました」と親子内親王へ言上した。親子内親王はすでに9日、老中・稲葉正邦と会津藩士の手からもたらされた討薩表を読んでいたので、ほぼ戦が起きた事を知っていたが、「さきの内府（内大臣。慶喜）公が、もし朝敵の名を受けるべきおこないをしたなら、そんな書（言上書）はみとうない」といった。家定の正室・天璋院はこの日の午後4時ころ慶喜と対面し、鳥羽・伏見の戦いから帰ってきた次第をきかせられ、かつ、親子内親王と慶喜のあいだに入ってうまくとりなした。慶喜は15日の正午に親子内親王と会うと、くわしく大政奉還からの顛末を述べて「去年の冬、時勢を察して大政奉還の建白を奏聞いたしましたところ、朝廷はこれを聞し召され、諸侯も招集にこたえて追々京都へ参ったので、広く公論を尽くし、そこで以前から心におもっていた皇国に仕えたてまつるべき志を申そうと考えていました。12月9日、いきなり尾張藩、越前藩（福井藩）、土佐藩、広島藩、薩摩藩の5藩が御所の門を閉めると守備の兵隊で固め、朝廷は即刻のご変革を仰せ出されました。尾張と越前がお使いとして二条城にくると、私へ内大臣の官位を辞退するようにいい、かつ天皇家は200万石の土地収入をわが徳川宗家からいただくので、そのあまりは私へさしあげますとのご沙汰がありました。これをきくとわが家臣一同が沸騰して、兵端を開こうとする勢いになってしまいました。よって部下の鎮撫のために一旦下阪（大阪へ移動）し、少々は静まったのですが、正月の元日に尾張殿（徳川慶勝）と越前殿（松平春嶽）が下阪し、前のご沙汰にかさねて、はやく土地収入を天皇家へ朝貢するようご催促がありました。かつ、上京して（京都へきて）して下さいといわれたので、同3日に先手が進発し4つ塚の御所の門に至ったのですが、薩摩勢が何者だと咎めたので、徳川氏が上洛する先供であると答えると、徳川なら入京を止められていると言い張られ、問答しているうち、薩長勢が発砲の挙に及びました。やむをえないので戦争に及んだのですが、ゆくりなくも朝敵の汚名をこうむり、しかも朝廷は大阪城へ薩長をつきそいとして勅使をくだされるむねを伝え聞いていたので、このままではなおも一層部下が沸騰するだろうことをおもい、大阪城を尾張藩殿と越前殿へあずけ、ひとまず江戸へ帰ってきたのです」と説明した。翌16日、天璋院が「なにがし（慶喜公）は退隠つかまつるべきなので、（徳川宗家の）相続人は田安（御三卿・田安徳川家の徳川家達）で然るべきではないか。またこのたびのことにつき、徳川家のために宮（親子内親王）から朝廷へお詫びあらせられたい」などというと、親子内親王は「（宗家の）相続人の選定は表立ってのことなので、公然と老中の詮議をへてから朝廷へ奏上させるべきでしょう。哀訴嘆願のことにいたっては、心をこめ力を尽くして周旋しましょう」といった。
小松宮彰仁親王が京都を進発しすでに桑名城を収奪し、すでに箱根にまで侵攻していると江戸城にきこえていたので、17日親子内親王は天璋院とともに慶喜に対面し、相談のあと朝廷への嘆願のために女性の使いを京都に遣わすべきことと定まり、21日に上臈・土御門藤子が、親子内親王から母方の親族である橋本実麗と橋本実梁父子への書と、３通の慶喜からの嘆願書をたずさえ、江戸を出発した。慶喜の嘆願書は親子内親王へ宛てた手紙でお詫びを頼んでいる形式で、正月20日に書かれた「慶喜相続以来、あいかわらず尊王の道を心がけていたが、このほどの事件、一時の行き違いとは申しながら朝廷に対して恐れ入りたてまつるところでございます。ついてはそれがし（私）は退隠つかまつり、宗家の跡式（家督と財産の相続関係）はこちらでよく選んで申しあげさせていただきます。けれども、道端のうわさでは、朝廷からこちら（江戸、東日本）へご軍隊を差し向けられていらっしゃるかのよう伝聞いたしております。ただいま述べたようなことがございましたならば、臣子の情から、あるいは騒乱を生じて叡慮を悩ましたてまつったことともなりますので、なにとぞそれがしの心底の（尊王の大義に至誠一貫の）ほどをご照察あそばされ、なおこのうえ当家（徳川宗家）が無事に永続し、あいかわらず天皇家への忠勤を尽くすことのできますよう、御所の方へよろしくご周旋をお願いもうしあげます」との内容だった。親子内親王から橋本実梁へ宛てては「叡慮のほども伺い申さずに願い出でるはおそれおおいことではありますが、心痛にたえかねお願いを試みます。さる3日、召により慶喜が上洛のところ、不慮の戦争となり、朝敵の汚名をこうむったのでひとまず帰府（江戸へ帰還）したところ、ご征伐のため、官軍をさしむけられたるようにうけたまわり、当家（徳川宗家）の浮沈はこのときなりと心痛がいたします。慶喜からうけたまわったおもむきは、委細を藤子（土御門藤子）から申し入れるとおりでごじます。何分、双方からうけたまわらずには理非がわかりかねます。このたびの一件はともかくも重々不行き届きのことゆえ、慶喜一身をどのようにも仰せつけられ、なにとぞ家名はたちゆくよう幾重にも願いたく存じます。後世まで当家（徳川宗家）が朝敵の汚名をのこすようなことは、私の身にとって実に残念に存じます。私へのご憐憫とおぼしめされ、汚名をそそぎ家名が相立つようわが身命にかえて願いあげます。なにがなんでも官軍をさしむけられ、お家のお取り潰しになってしまえば、私も当家（徳川宗家）の滅亡を見つつ生き永らえているのは残念で、きっと覚悟をいたすべき所存です。私の一命は惜しいと申しませんが、朝敵と共に身命をすてるのは朝廷へ恐れ入ることと、誠に心痛が致しております。私の心中をご憐憫あらせられ、願いのとおり家名をたてていただけるよう、私については申すまでもなく、一門・家僕（家の使い）の者どもも深く朝恩を仰ぐことと存じ申し上げます」と書かれていた。橋本実麗へ宛てたものも同じ趣旨だった。
藤子が出発しようとするとき、慶喜は藤子を親しくよびよせ、鳥羽・伏見の戦いからの始末を語ると「予（慶喜）の進退は天皇家（御所）からの仰せに従う。切腹との仰せなら切腹もいたす」といった。藤子が京都についたときすでに実梁は桑名にいたので、藤子はそこまでひきかえし、親子内親王の手紙をさしだすとみずからも陳情した。実梁は感動して、みずからの手紙を藤子へ託し、京都の万里小路博房から朝議をさせた。議定の岩倉具視、倉橋泰聡、長谷信篤らが議論し、藤子に手紙を託して江戸へかえらせた。手紙は親子内親王へ宛てて「このたびのことは実に容易ならざる儀だが、（鳥羽・伏見の戦いの条理を明白にし（慶喜の）謝罪の道さえたてば、朝敵であるところの徳川家の血食（子孫が続き先祖の祭りごとを絶やさない事）については、宮（親子内親王）の厚い思し召しがあらせられるようにうかがわれるので、そうならば朝廷ではそのむねご承知いたしました」との内容だった。藤子はこの朝命をたずさえて2月末、江戸へ帰った。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > フランス公使ロッシュからの再戦の勧めと慶喜の謝絶

12日の午前11時頃、フランス公使レオン・ロッシュと同国書記官兼通訳官・メルメ・カションらが登城し大君（慶喜）との謁見を請い、しきりに「軍艦・武器・費用のたぐいはすべてフランスから便宜をはかって供給いたします」と、鳥羽・伏見の戦いで旧幕府軍と交戦した薩摩藩らの新政府軍を討つよう、言葉を尽くして慶喜へくりかえし再戦を説いた。慶喜は「わが国の風儀として、朝廷の命令で兵を指揮するときはどんな法令でもことごとく行われる。たとえ実際には今の日の公卿や大名の様なやからから申し出て命じられたことであっても、勅命といわれると、間違えたり背いたりするのは難しい国風がある。そうであればいま薩摩藩らの新政府軍と戦い、こちらが勝利を得たとしても、万が一にも万が一、天皇をも過って討ってしまえば、末代まで朝敵の悪名はまぬがれがたい。こう考えれば、きのうまでわが徳川宗家に志を尽くしてきた大名らが、いまみな勅命に従おうとしている理由も明らかであろう。よしんば、従来の情義によってわが家に加担する者がいるのだといっても、そうしてしまっては国内各地に戦争が起こり、300年前のような戦乱の世にまいもどってしまい、みなが天の裁きを待つほかなくなってしまう。そもそも東日本へ帰ってきてから、予（自分）の心はすでに決まっており、いささかも動揺していない。だが重臣から末々の役人までも、予の心を察する者は多くない。ただ多くの者たちは、無罪の予が汚名を受けたと憤って、勅命をゆがめている者を深く憎み、ややもすればこの国を紛争地域としてしまう心配もしていない。わが家、中興の祖から今で260年あまり、いやしくも天朝の代官として武士庶民の父母となり国を治めてきた功績を、どうして一朝の怒りに任せなにもかもなきものとしてしまうべきだというのだ。このうえ、なおも予の本意(恭順)に背いて、わたくしの意地を張って兵を動かそうとする者は、わが家代々の霊位にとってすでに忠臣ではない。ましてや皇国にとっては逆賊たるべきだ。予は朝から晩までこのことを臣下に申し諭しておるのだ」とひたすら天皇家の政体（朝廷）への恭順を主張した。このとき、幕府側にはフランスの助けを借りて薩長への憤りを晴らそうとする者が多かったので、慶喜は、はじめはロッシュらと同じ場に陪席していた老中・小笠原長行を退席させ、通弁御用（外交官・通訳）塩田三郎だけを残しロッシュと１対１で対座すると、日本の国体は他国とことなるゆえんを懇々とロッシュへ説き聴かせた。慶喜が「そういうわけで、予（慶喜）はたとえ自分の首が斬られようとも、天皇へ向かって弓を引く事はできない」というと、ロッシュも遂に感服して、「そういうことであらせられますならば、大君陛下の思し召し次第に遊ばされるのがよろしいかと存じます」というに至った。慶喜は、その場で小笠原を退席させたのは、この国家機密に関わる情報漏洩防止のためだったという。
このころ慶喜に仕える幕臣の渋沢栄一は、慶喜の実家にあたる水戸藩主の跡継ぎで慶喜の実弟・徳川昭武（当時14歳）のお供をし、訪欧使節団の一員としてパリ万国博覧会に出席、つづけてフランス国内で滞在留学していた。ロッシュは江戸城での慶喜への拝謁後、フランス母国に帰って渋沢らと直接会うと、渋沢らへ「どうもご一新（明治維新）ということにはなったが、つまりは薩摩藩と長州藩が力を合わせたからとうとうああいうことになったのだ。大君（慶喜公）がどういう思し召しか私には拝察できないが、隠退なされたのは少しお弱いようだ。あんなこと（大政奉還に続けて起きた鳥羽・伏見の戦いでの大阪城撤退や、以後の無血開城での恭順）をなさらずとも、もう少し強くご主張をなされば、決してあんな場合にならずとも行けたのに。それがああなってしまったのは、どうにも残念な事だ。だが、決してあのままで日本が無事に治まるものではない。さらにいろいろな騒動が起きるだろう……」と語った。
経過 > 徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順 > イギリス公使パークスの内戦協力拒絶

新政府軍は鳥羽・伏見から遠征すると東征を開始しし、東征軍先鋒参謀の長州藩士・木梨精一郎と大村藩士・渡辺清の両名が、続く戦闘で生じることが予想される新政府軍側の傷病者の手当てや病院の手配などを横浜のイギリス公使館（駐日英国大使館）へ申し込んだ。この時、イギリス公使・ハリー・パークスは「ナポレオン・ボナパルトさえ処刑されずセントヘレナ島への流刑に留まったのに、恭順・謹慎を示している無抵抗の大君殿下（徳川慶喜）を攻撃する事は、万国公法（国際法）に反する」と激昂し、新政府軍との面談を中止した。またパークスは慶喜が西洋諸国へ亡命するのも万国公法上、問題ないと話した。東征大総督府の下参謀で薩摩藩士・西郷隆盛は、このパークスの発言を伝え聞いて、愕然とした。
結果

慶喜は、緒戦での敗退の報とともに、新政府軍が錦の御旗を掲げた事を知った。これにより「徳川家と薩摩藩の私戦」という慶喜が描いていた構図は崩れた。開戦に積極的でなかった慶喜は自身が朝敵とされる事を恐れ、表では旧幕府軍へ大坂城での徹底抗戦を説いた。
総大将が逃亡したことにより旧幕府軍は継戦意欲を失い、大坂を放棄して各自江戸や自領等へ帰還した。際して会津藩軍事総督の神保長輝は戦況の不利を予見しており、ついに錦の御旗が翻るのを目の当たりにして慶喜と容保に恭順策を進言したとされ、これが慶喜の逃亡劇の要因を作ったともいわれる。だが長輝にとっても、よもや総大将がこのような形で逃亡するとは思いもしなかったという向きもある。陣営には長輝が残ることとなったが、元来、主戦派ではなかったため、会津藩内の抗戦派から睨まれる形となり敗戦の責任を一身に受け、後に自刃することになる。
1月7日、朝廷において慶喜追討令が出され、旧幕府は朝敵とされた。
9日、新政府軍の長州軍が空になった大坂城を接収し、京坂一帯は新政府軍の支配下となった。
1月中旬までに西日本諸藩および尾張・桑名は新政府に恭順する。
21日、新政府軍はそれまで幕府領だった大和国（現在の奈良県）に、軍事基地兼役所として大和鎮台を設置した。欧米諸国は25日には局外中立宣言しており、朝廷はまだ国際的に承認された唯一の公式政権として承認していなかったと知る事ができる。旧幕府は国際的に承認された唯一の公式政府としての地位を失った。
2月1日、大和鎮台は改称して大和鎮撫総督府とされ、有栖川宮熾仁親王を大総督とする東征軍が進軍を開始する。併せて各地に「裁判所総督」兼「鎮台総督」（司令官）が任命されていった。
旧幕府方は1万5000人の兵力を擁しながら5000人の新政府軍に緒戦にして敗れたが、旧幕府軍の敗北の原因について『会津戊辰戦史』では、統一した命令を出す将帥がいなかったため各部隊がバラバラに戦闘して勝手に退却してしまったこと、丹波口や西国街道など複数の方面から進軍しなかったため、大軍が狭い鳥羽街道に密集して混乱し烏合の衆となってしまったこと、京都の情勢をよく理解していなかったため、戦わずに入京出来るつもりで行軍したが、その前に戦闘を仕掛けられて狼狽してしまったこと、の3点を挙げている。
また同書では、もしも一部の兵を割いて丹波口や西国街道からも進軍していれば、旧幕府軍の混乱を回避し、新政府軍の兵力を分散することができ、津藩の寝返りも防止できたはずであると指摘している。
両軍の損害は明田鉄男編『幕末維新全殉難者名鑑』によると、新政府軍112名(薩摩藩72名、長州藩38名、土佐藩2名)、旧幕府軍278名(徳川家100名、会津藩123名、桑名藩11名、大垣藩10名、浜田藩5名、新選組29名)となっている。
しかしながら外国公使の局外中立布告は4月に至っても解除されず、江戸開市事務総督を兼ねていた横浜裁判所総督の東久世通禧は4月13日、各国公使に書簡を送り、慶喜征討軍を引き上げることを条件に局外中立の令を廃止するよう求めた。
史跡

「幕末の戦闘ほど世に悲しい出来事はない　それが日本人同族の争でもあり　幕軍・官軍のいずれもが正しいと信じたるままそれぞれの道へと己等の誠を尽した　然るに流れ行く一瞬の時差により或るは官軍となり又或るは幕軍となって士道に殉じたので有ります　　ここに百年の歳月を閉じ　其の縁り有る此の地に不幸賊名に斃れたる誇り有る人々に対し今慰霊碑の建つるを見る　在天の魂依って瞑すべし　昭和四十五年春」
戊辰戦争に至る背景 > 攘夷戦争を巡って > 江戸幕府の「異国船打ち払い令」と『新論』の広まり

江戸時代末期の1824年（文政7年）に常陸国水戸藩で外国人上陸事件・大津浜事件が起きた。江戸幕府代官・古山善吉、蘭学者の通訳・吉雄忠次郎、天文方・高橋作左衛門らと共に、薪や水を求めて上陸したイギリス捕鯨長・ジョンギブソンらの対応にあたった哲学者（思想家、水戸学者）の水戸藩士・会沢正志斎（会沢安）は、数十年にわたる彼の西洋史研究や、周辺諸国の殆どが欧米列強に植民地化されてきている国際認識から「イギリス人は通商（自由貿易）が目的だと語り、いたるところで友好的に近づいているが、国の強弱を確かめると、弱い国には兵力で攻め込み、強い国にはキリスト教で民衆をたぶらかして国を奪っている」「キリスト教圏の西洋諸国に対抗し、日本を強国にするべきだ」との危機感を深めた。翌1825年（文政8年）2月、江戸時代を通じ出島に限定した保護貿易政策をとってきた江戸幕府は、オランダ・清・朝鮮王国の船や明らかな遭難船を除いて、陸に近づく正体不明の外国船へ沿岸警備の役人から発砲するよう命じる異国船打払令（無二念打払令）を発布し、これまで大津浜事件と同じよう、上陸した外国人へ丁寧に退去を求めながら、どの外国船にも食料と水などを供給する微温的国防政策から転換することになった。同年、会沢は日本再興のための国事改革マニフェスト『新論』を著すと、「欧米列強の力の源である国民の精神的統一と国家への忠誠をうみだしているのはキリスト教による一般民衆の教化である」と分析した上で「日本でも、臣下から君主への「忠」（君臣の忠）と親子における「孝」（親子の孝）のパラレルな関係のもとに、これら忠孝道徳をうみだす源泉である太陽の女神・アマテラスこと天皇家の始祖を祭ると共に、この始祖を広く日本国民共通の始祖と捉え直し、今はまだ令制国連邦として各大名らの高度自治のなかで分裂・対立・孤立している国内諸藩民を「国体」（国家の本体）によってまとめ、早急に全国の国防を基礎づけなければならない」と論じた。会沢は250年の天下泰平になずんだ江戸の平和のもとで、単に武士道精神の復興、農兵の導入、沿岸警備隊や火薬廠の建設、参勤交代費を節減して雄藩を強化する事など具体的な国事改革論を提出するだけでなく、近代日本を造る「国家」の単位を、改めて定義した「国体」概念ではじめて提出したのである。この書は会沢から第8代水戸藩主・徳川斉脩（おくり名・哀公）へ献上されたが、哀公は同書を一読後、幕府への献上を認めなかった。また哀公は同書の出版時にも匿名とするよう会沢へ警告した。この書は既存の幕藩体制の秩序を強化する幕政改革論で、決して倒幕や王政復古への展望をもつものではなかった。しかしすぐそこに列強からの植民地化が迫る危機感を「尊王攘夷」の精神として全国へ啓蒙する強烈な檄文でもあったため、既存の幕藩体制をおおかれすくなかれ批判する側面がある以上、現政体を飽くまで維持しようとする保守主義の立場からはいささか進歩主義的にすぎるとみられる内容でもあった。その後、30年間『新論』は出版されなかった。しかし会沢の弟子や同僚らが密かに筆写し世に出回ると、国内知識人のネットワークを通じて同書を読み、感動した諸国の志士らが会沢らに学ぶため常陸国水戸（会沢らの暮らしていた現茨城県水戸市の城下町）を訪れるようになった。佐賀藩士・大隈重信『大隈伯昔日譚』によると、「勤皇の大義」を説く水戸学派の学説は大隈はじめ同藩士・江藤新平や大木喬任らから輸入され、そのうち、会沢の『新論』は「佐賀藩の一部の侍や庶民が最も貴重とするところとなっていた」という。