デルタ航空
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デルタ航空は、1987年3月に日本への乗り入れを開始した。旧社時代は成田国際空港からポートランド、ロサンゼルス、ニューヨーク、アトランタへ、名古屋飛行場からポートランド・ロサンゼルスへ運航しており、短期間だが福岡 - ポートランド線を運航していたこともあった。しかし、2001年9月11日のアメリカ同時多発テロの直後、成田 - アトランタ便を除いたアジア路線から一時撤退した。
その後のノースウエスト航空との統合により、成田でのハブ機能を引き継いだ。2013年時点では外国航空会社として同空港で最多の運航便数を誇り、その数は日本航空（JAL）、全日本空輸（ANA）に次いで3番目で、外資系エアラインでは最多となっていた。
名古屋/中部発着のデトロイト線では、デルタが運航する日本路線としては初めて、日本の特定地域の特産物を取り入れた限定機内食（松阪牛使用）の提供をビジネスクラス以上の乗客を対象に実施するなど、近年では日本人向けの機内サービス向上に努力していると評価されていた。
また、旧ノースウエスト航空の以遠権を生かすことで、成田国際空港をハブ空港の一つとし、アジア圏へのネットワークを形成していた。かつては関西国際空港からマニラ、台北、高雄、クアラルンプール、ジャカルタ、中部国際空港からマニラへ向かう以遠権ルートもあった。
日本の国内線でコードシェア便相手を確保できなかった（JALはワンワールド、ANAはスターアライアンスに加盟しており、スカイチームには日本の航空会社は加入していないため、国内での地方空港からの旅客を取り込めないでいる） ことや、アメリカ本土とアジア各国を結ぶ路線が増加したことから、日本経由の路線を減らす方針であると発表していた。2011年には成田空港で週196便運航していたが、2018年に入ってからは、1月8日にグアム便、5月6日に唯一の直行便だったサイパン便とパラオ便を運休し、7月には上海/浦東便から撤退し、成田空港発は週53便まで減った。また、富里市に同社が所有していたラディソン成田・機内食工場・研修施設を2016年秋に売却し、ホテルを除き閉鎖されている。
その一方、成田空港内にある格納庫の賃貸借契約に2014年10月1日からの使用開始で合意し、12月1日より「成田テクニカルオペレーションセンター」を開設。同空港をアジア地域の拠点として活用する動きとされた。
2015年頃、スカイマークが民事再生法を申請し、債権者集会で再建案を決議することが決定した。当初は国交省が支持したANAホールディングスを中心とする案が有力であったが、ANA側が提示した再建案ではスカイマークが民事再生法申請前に運航していたエアバス機（A330）と発注していたA380が排除されていた。債権者であるエアバスとイントレピッドが反発し、イントレピッドはデルタを担ぎ出した。デルタ航空にしてみれば、欲しかった日本市場での航空会社を傘下にでき、日本に加盟航空会社が無いスカイチームへの加盟させれる可能性があったので、ANAとデルタが相対する構図となった。しかし、ANAはエアバスにA380など機材の購入を持ちかけて支持を取り付け、デルタはスカイマーク再建計画で敗北した。
上記のような騒動後、2015年末頃に日米航空交渉の目途がつき、羽田空港の昼間発着枠が新規割り当てされる可能性が出てきたが、デルタは従来の成田国際空港の地位低下を危惧し、羽田空港発着枠を新規に割り当てる際、成田空港発着枠への移行を要求した。
2016年1月13日、東京/成田 - ミネアポリス線の運航を廃止する可能性があることが報道されたが、同年2月18日に日米航空交渉が合意に達し、2016年10月末からの冬期スケジュールから、アメリカ線の羽田発着枠は、昼間時間帯に日米双方5便、深夜早朝時間帯に双方1便の1日計12便で合意された。これを受けデルタは、「羽田空港の昼間の発着枠の部分的な開放に合意したことを非常に残念に思います。羽田空港では引き続き競争が制限され、厳しく規制された空港となると思われます」という立場を公表 した。しかし羽田就航をあきらめたわけではなく、アメリカ運輸省（DOT）に対し、ロサンゼルス・ミネアポリス・アトランタ線の新規枠での就航希望を申請したと発表し、2016年7月20日、アメリカ運輸省によりデルタのロサンゼルス線とミネアポリス線の割当が決定された。
デルタは今回の羽田発着枠の配分で、依然日本国内に提携航空会社をもたないデルタが自社以外のアメリカ系の航空会社（すなわちJALと提携するアメリカン航空・ハワイアン航空、ANAと提携するユナイテッド航空）よりも不利になると主張した。アメリカン・ハワイアン・ユナイテッドは日本路線からJAL・ANAが展開する国内線およびアジア路線のネットワークに容易に接続でき、JAL・ANAもまた国内線から太平洋路線を介してAA・HA・UAが展開する米州路線に接続できる。しかし、成田を拠点とし日本国内のネットワークが貧弱なデルタは、自社が成田と羽田の2つの「東京」空港で運航を強いられた場合、重要な顧客層の流れはデルタの既存の成田発着便から地理的優位性の高い競合他社の羽田発着に移るとみなした。そのため、2016年秋から、成田 - ニューヨーク/JFK線とその接続便の成田 - 関西線、成田 - バンコク線を運休（事実上撤退）した。
かつてノースウエスト航空は関西からもアメリカ本土路線（ロサンゼルス、デトロイト、シアトル）や接続するアジア路線を運航していた。当社との経営統合に際して再開したシアトル線も運休し、一時関空からはホノルル線のみとなっていたが、2019年4月2日より、夏ダイヤ限定で関西 - シアトル線の運航を再開した。これは香港 - シアトル線運休の代替で、シアトルのハブ機能強化によるものであった。
2019年5月16日、2020年東京オリンピックに対応した、2020年夏期スケジュールの羽田空港発着枠新規配分で、シアトル・デトロイト・アトランタ・ポートランド・ホノルルの5路線の仮承認をアメリカ運輸省から受けた。成田撤退の方針は変わらず、成田 - シンガポール線を同年9月22日、成田 - マニラ線も2020年4月に運休し、ノースウエスト航空時代から続いた成田発日本以遠路線からの撤退を同年8月9日に発表した。これにより、デルタのアジア・太平洋路線におけるハブ空港は、同じスカイチームの創設メンバーでジョイントベンチャーを協業している大韓航空の拠点である韓国・ソウル/仁川へ移行するとした。
2019年10月2日、デルタ航空国際事業部門社長のスティーブ・シアーが、「今のところ（羽田移管後に）成田に戻る計画はない」と記者会見で述べながらも、他社から請け負う機材整備している「成田テクニカルオペレーションセンター」や顧客管理など一部の部門は成田に残すとしたが、羽田移管後に日本でのハブ運航は行わないとの認識を示している。
2020年3月28日、同社が運航する成田便は、シアトル発のDL167便（到着最終便）とアトランタ行きのDL296便（出発最終便）を最後に全便が撤退し、成田が開港した1978年に、旧ノースウエスト航空で乗り入れを開始してから約42年の歴史が幕を閉じることとなった。これに伴って、米国外唯一の成田の「デルタ・スカイクラブ」ラウンジも閉鎖した。一方、羽田の「デルタ・スカイクラブ」ラウンジを第3ターミナル4階の東京国際空港ターミナル（TIAT）ラウンジを改修し、東京五輪に合わせ開業予定がコロナにより延期後、2022年7月29日に開業した。
また、関西発着（通年運航のホノルル、夏季のシアトル）及び中部-ホノルル線について、2020年夏スケジュールでは運航を予定していたものの、結果として同年以降運航されていない。一方、自動車産業の関係者に利用されていた中部-デトロイト線は、2021年に週1往復で再開したが、2023年3月に事実上の運休となった。関西からは日本航空がロサンゼルス、ユナイテッド航空がサンフランシスコへ毎日運航しているものの、中部は当社のみならず、アメリカ本土への直行便そのものを失った。
2025年4月から羽田-ミネアポリス線、2025年5月から羽田-シアトル線の機材をA330-900neoからA350-900に変更し、ホノルル線を除いて、日本路線の機材がA350-900に統一される。