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普天間基地移設問題
これまでの経緯 > 辺野古沖現行案の合意

2006年4月、固定翼機の飛行ルートが住宅地を避け、極力海上のみになるよう滑走路2本をV字型に配置、立地を埋め立てする案（現行案）で防衛庁長官・額賀福志郎と名護市長の島袋が合意した。2006年5月には米軍再編協議（DPRI）の最終報告「再編実施のための日米のロードマップ」が日米両国政府間で合意され、この案はその中に包含される形で承認された。移転先は「普天間飛行場の能力を代替する」ものであり、「即応性の維持が優先」されることになっていた。このロードマップは2009年5月13日に国会承認され、在日米軍再編の中核となるものとされた。
辺野古岬と、大浦湾・辺野古湾の水域を結ぶ形でV字型に2本の滑走路を設置する。滑走路はそれぞれ1600メートル、2つの100メートルのオーバーランを有する。
代替施設の建設は、2014年までに完成させる。
移設は、代替施設が完全に運用上の能力を備えた時に実施される。
滑走路建設の工法は原則として、埋立てで行う。
第3海兵遠征軍（3MEF）のうち、指揮部隊、第3海兵師団司令部、第3海兵後方群司令部、第1海兵航空団司令部及び第12海兵連隊司令部の8000名の隊員と9000名の家族は部隊の一体性を維持するような形で2014年までに沖縄からグアムに移転する。
日本はグアムの施設及びインフラ整備のため、 28億ドルの直接的な財政支援をふくめた60.9億ドルを提供する。
嘉手納以南の統合及び土地の返還は、海兵隊司令部要員・家族の移転完了に懸かっている。
一方、稲嶺は県を外す形で国・名護市合意がなされたことに反発、同合意の受け容れを拒否した。稲嶺は2期8年のあいだ県知事であったが、その間の各種の交渉にあっても、稲嶺の主張する15年期限等の条件は米国が容認するものではなく、辺野古での海兵隊飛行場施設案の具体化のみが進行した。結局、稲嶺条件は日米両当局から何の具体的考慮もされることなく、知事の任期切れを迎えた。
2006年11月の県知事選挙では、仲井眞弘多が、普天間基地の危険性早期除去を主眼とし、「現行案のままでは賛成できない」という公約を明らかにして当選した。
基地建設容認派が推す仲井眞が当選したことにより、辺野古沿岸を埋め立てる現行案（滑走路V字型配置案）によって施設案の具体化が進められた。進行中の環境アセスメント手続きも、当該案によっている。一方、2007年1月、島袋名護市長は建設位置を当該案よりも沖合いに移動させるよう主張、仲井眞知事も「名護市の意向を尊重する」として、建設位置を可能な限り沖合に移すことを要求したが、米国側は日米合意済みの案どおりの実施を主張した。同年4月、那覇防衛施設局は環境アセスメントのための現況調査に着手、8月には環境アセスメント方法書の県への提出、12月、沖縄県環境影響環境評価審査会は方法書の再提出を要求、2008年3月には方法書の確定、4月に環境アセスメント準備書の公告縦覧開始、10月に準備書に対する知事意見書の提出まで進んだ。
これまでの経緯 > 辺野古案反対派の選挙における躍進

2008年6月の沖縄県議会議員選挙では、辺野古案に反対を公約とする候補が県議会議席過半数を占め、同7月の県議会で辺野古案に反対する内容の決議がなされた。ただし、同決議は全会一致ではなく賛成多数だった（県政野党の多数による）ため、国政への影響は小さいものとされた。
2009年8月の第45回衆議院議員総選挙でも、沖縄県では、民主党、社会民主党、国民新党の国政野党（当時）が県外・国外移設を掲げ、県内の全選挙区において辺野古案に反対する議員が当選する一方、辺野古案を容認する候補者（自由民主党、公明党）は全員落選し、辺野古案に理解を示す沖縄県選出国会議員は2010年7月に任期切れで選挙を迎える自民党の島尻安伊子参議院議員1人だけとなった。
2010年1月24日の名護市長選挙では、辺野古移設反対派が推す稲嶺進（鳩山政権の連立与党および日本共産党、沖縄社会大衆党、政党そうぞう推薦）が、移設容認派で現職の島袋吉和（自民党、公明党推薦）を破り、初当選した。2010年9月12日に行われた名護市議会議員選挙では、辺野古移設に反対する稲嶺市長派の議員が過半数を獲得した。
これまでの経緯 > 2009年の政権交代（アメリカ）

アメリカでは2009年に民主党に政権交代があり、大統領はバラク・オバマが就任した。しかし、国防長官は共和党政権時代からのロバート・ゲーツが留任し、国務長官はSACOで普天間問題が初めて協議された際の、クリントン政権で大統領夫人であったヒラリー・クリントンという布陣であった。そのため、東アジアでの米軍再編については後述の日本と異なり、大きな議論も無く、現行案を継承している。
春原剛が『日経新聞』に書いたところによればオバマ政権は対日政策、なかんずく沖縄対策にも配慮した布陣を敷いたと言う。具体的には下記の通り。メアの起用は琉球新報も注目している。
ジェフリー・ベイダー：大統領補佐官（国家安全保障会議アジア上級部長）
国務省出身で対中政策を専門
ジェイムズ・スタインバーグ：国務副長官
長期外交ビジョンの策定
カート・キャンベル：国務次官補（東アジア・太平洋担当）
民主党知日派。SACO時もクリントン政権下で日本側と接触
ウォレス・グレグソン：国防次官補（アジア・太平洋安全保障担当）
海兵隊出身
マイケル・シファー：国防次官補代理（東アジア担当）
民主党知日派
ケヴィン・メア：国務省日本部長
前職日本沖縄総領事
また、前政権からの留任としてウィリアム・バーンズ国務次官（政治担当）が居た。以後日米のマスコミなどが本問題についてオバマ政権の意向や動きを把握する際は、上記の人物への取材にも拠っていくことになる。
これまでの経緯 > 2009年の政権交代（日本） > 第45回衆議院議員総選挙まで

元来、民主党は2004年9月に「普天間米軍基地の返還問題と在日米軍基地問題に対する考え」を発表し、普天間飛行場の即時使用停止を柱とする「普天間米軍基地返還アクション・プログラム」を策定していた。2005年の総選挙のマニフェストでは、「在沖縄海兵隊基地の県外への機能分散をまず模索」すると記載し、普天間基地の早期返還を主張していた。また2008年に策定された民主党沖縄ビジョン2008においても、「普天間米軍基地返還アクション・プログラム」の策定をふたたび提唱するとともに、県外移転、最終的には国外移転を求める考えを明らかにした。
第45回衆議院議員総選挙は2009年8月に行われた。この際、民主党は米軍再編や基地問題について見直すことを公約とした。この時の選挙活動でも、普天間基地の海外移設を目指す意思を表明し、代表の鳩山由紀夫も7月19日に那覇市で開催された集会において、移設先は「最低でも県外」にすると宣言した。また、すでに選挙後連立を組むことを表明していた社民党は、マニフェストにおいて「普天間基地の閉鎖・返還を求め、辺野古への新基地建設など、基地機能の強化に反対」し、「グアム移転協定」の廃棄を求めていた。
選挙の結果、民主党は勝利し、社民党・国民新党との連立政権（鳩山由紀夫内閣）が成立した。3党連立政権合意書には普天間問題は明記されなかったが、選挙戦において民主党や社民党の責任者から、普天間基地の現行移設案に対する反対論が繰り返し述べられた。一方、自民党もマニフェスト違反と追及したが、それに対し、岡田克也外務大臣は「公約というのはマニフェストです。ですから、総理も、望ましいという言われ方はしました。私たちも、それは県外、国外移転ができれば望ましいという思いは強くあります。しかし、あえてマニフェストの中では普天間という言葉も書きませんでしたし、「米軍再編や在日米軍基地のあり方についても見直しの方向で臨む。」という表現にとどめたわけですから、そこは違うということを、我々の公約というのはこのマニフェストですから、私たちの思いの話と公約、マニフェストの話、それをあえて混同して、そして質問されるのは私はおかしいと思います。」と普天間移設問題はマニフェストではないと説明したものの、事実上の政権公約として捉えられたことが、後に連立政権を揺るがす大きな問題となった。
なお、中央や県の政局が上記のように進む中、県北の経済団体は衆議院選挙中の2009年8月20日、2006年のロードマップで日米合意された案を前提として一般社団法人CSS（キャンプ・シュワブ・サポート）を発足させた。名護市がオブザーバとして参加を表明していたため、発足前には移設に反対する市民団体から名護市に批判的な質問が寄せられた。理事長に就任した荻堂盛秀は「大企業だけが工事を請け負い、地元は基地負担だけを負うというわけにはいかない。もうけるためではなく、地域に還元するための組織だ」と述べた。
これまでの経緯 > 2009年の政権交代（日本） > 鳩山由紀夫内閣発足

先述のとおり、連立政権発足時の三党合意には普天間問題は明記されなかった。この時点では日米関係における喫緊の課題はインド洋における給油問題であり、移設問題は最重要課題とは捉えられていなかったのである。
しかし、政権発足後、徐々に移設問題の重要さが認識されていった。最も早く県外移設の困難さを指摘したのは防衛大臣の北澤俊美であり、9月17日にはその旨発言している。また外務大臣の岡田克也も当初は県外移設を模索していたが、アメリカ側との交渉を重ねるにつれ、次第に海外移設が困難であるとの意見に傾き、10月23日には「事実上、県外というのは選択肢として考えられない状況である」と言明した。外務・防衛両省は年内決着を図ることとし、アメリカ側と接触を行った。
さらに、2011年にウィキリークスに公開された米国側の公電によれば、外務省の官僚は軒並み、鳩山政権の主張に同意しないように、その頭越しに米国側に働きかけていた。鳩山政権発足直後の9月18日、齋木昭隆アジア大洋州局長は、訪日したキャンベル国務次官補に向かって、日米対等の関係を訴える民主党政権をこのように批判した。「既に対等なのに何が念頭にあるのか分からない」「民主党は官僚を抑え、米国に挑戦する大胆な外交のイメージを打ち出す必要を感じたようだ」「愚か」「やがて彼らも学ぶだろう」。また、藪中三十二事務次官は、キャンベルに「国内には日本が対等に扱われていない、という感覚があり、民主党はそれを政治的に利用した」と言った。そして普天間基地問題については、高見沢将林・防衛政策局長が10月12日、キャンベル国務次官補らとの非公式の昼食の席で、「米側が早期に柔軟さを見せるべきではない」と述べた。また、日本政府の国連代表部で政務担当を務める参事官ら3人の外務官僚は、米国在日大使館の政務担当者に対して「米政府は普天間移設問題では民主党政権に対して過度に妥協的であるべきではなく、合意済みのロードマップについて譲歩する意思があると誤解される危険を冒すべきでもない」と言った。
一方、国政与党でも社民・国民新両党は県内移設案に対する否定的方針を明らかにし、県内移設の際には連立離脱をほのめかすとともに、独自に海外移設を模索し始めた。岡田外相は嘉手納飛行場との統合案を模索したが、アメリカと地元側の両方から拒否された。鳩山首相は県外への移設を目指すとしながらも、「辺野古（案）も生きている」と、県内移設の可能性を排除しなかった。
沖縄県では失望と不満が高まり、11月には沖縄県政野党（民主・共産・社民・社大・そうぞう）主導による県内移設反対の県民大会が行われ、主催者発表で2万1000人（ただし、警察・情報関係者等への取材では8000～1万人以下）が参加した。11月27日、沖縄県議会与党の自民県連は年内に解決しない場合には県外移設に転じることを表明した。
11月13日に行われた日米首脳会談で鳩山首相はオバマ大統領に対し、" Trust me."（私を信じて）と述べ、2010年12月末までの移設問題の解決を約束し、「ハイレベル（閣僚級）のワーキンググループを設置」を提案した。しかし、翌11月14日、オバマ大統領が「（ワーキンググループは）日米合意を履行するためのもの」とする会見を行ったところ、鳩山首相は「日米合意が前提ならワーキンググループを作る必要がない」として、日米合意に拘束されないと発言した。12月に開催されたワーキンググループ会合で社民党・国民新党の反発を恐れた鳩山側が翌年6月の参院選後の解決を伝達し、具体的な移設先の交渉は行われなかった。これらの鳩山の対応に米国政府の失望感は強く、日本側が日米首脳会談の開催を申し入れても、米国側は「立ち話程度なら」という消極的な態度を示した。日米関係の悪化を懸念する岡田克也外務大臣は問題の年内解決を主張すると、鳩山由紀夫総理大臣は「何でそんなことを言うんだ」と不快感を漏らし、12月10日、官房長官の平野博文は住民を基地から遠い場所に移動させる案を示すなど閣内不一致が表面化した。
これまでの経緯 > 2010年 県外移設の断念と鳩山由紀夫内閣総辞職

2010年1月22日、衆院予算委員会で鳩山は「昨年末までに結論を出していたらどうなっていたかと考えたとき、5月末まで（に決める）という形にして、今は良かったと思う」と述べ、結論の先送りを正当化した。2010年1月24日の名護市長選挙では、辺野古への移設反対を公約とする稲嶺進が当選した。これに対して平野博文官房長官は「そのことを斟酌しなければならない理由はない」と発言し「理解は求めなくてはいけないが、合意が取れないと物事を進められないものなのか。日本の安全保障にかかわってくる問題だ」と述べ、沖縄県民の同意の必要性はないとの認識を示した。2月24日には沖縄県議会は県内移設反対・県外国外への移設を求める旨の決議が全会一致でなされた。
この頃になると、マスメディアなどで「鳩山首相のブレーン」と称される人物が連日日替わりで紹介され、思い思いの案や見通しを口にするようになり、議論は極度に錯綜していった。この前後にブレーンとして名前が上がった人物は、寺島実郎、田岡俊次、孫崎享、橋本晃和、岡本行夫、小川和久などがいる。鳩山は3月5日に政府案をまとめること約束したが実現できず、また、3月18日に政府案をまとめることを約束したがまたしても実現できなかった。3月下旬になると、3月末までに政府案をまとめるとの約束を果たすことができず、自身で目標を設定したにも関わらず、「いつまでに全部やらなきゃいけないという話ではない。今月中じゃなきゃならないとか、別に法的に決まっているわけではない」と述べ、政府案の成立に期限を設けると発言した自身の発言を全て反故にした。
2010年3月、移設先の有力な候補地として徳之島が検討されていることが報道された。同島の3自治体の首長はいずれも移設反対の立場であり、4月18日には同島で移設反対の島民大会が行われ、1万5千人（主催者発表）が集まった。また、4月28日には鳩山が徳之島出身の元衆院議員・徳田虎雄と会談し、移設案への協力を要請した。一方、4月25日には沖縄県でも県外・国外移設を求める県民大会が行われた。主催者は9万人が参加したと発表したが、実際の参加人数については政府筋より疑問も出されており、都内のある警備会社が航空写真を元に計量したところ、視認可能なのは1万1569人、木陰などに隠れている人を加えても9万人には程遠いとの結果を得たという。ただ、そもそも徳之島案は米側が容認しなかった。元々この問題において、どのような決着を図るにしろ、地元の合意が前提と米側が執拗に歴代政権に念を押してきたのは、太平洋戦争終戦後、米側占領下になった徳之島において本土復帰を求める地元住民の強い抵抗を受けた事が1つの根拠になっており、国防総省は強行策以外において徳之島の現地合意は取れないと判断していた。
3月31日、鳩山は自民党総裁の谷垣禎一との党首討論において、「五月の末までに必ず政府の考え方を、政府の方針というものを沖縄を初め日本の国民の皆様方にも理解を求め、さらにはアメリカの皆様方にも理解を求めたものをつくる」と、5月末決着を改めて強調し、「その腹案を持ち合わせている」とした。しかし「腹案」の内容は明かされず、閣僚が「腹案」と理解しているものにもニュアンスの差が見られた。各閣僚と対談した仲井眞は「『腹案』って本当にあるのか。皆言うことがばらばらで」と不信感をあらわにした。ちなみに、首相退陣後の2012年3月12日に鳩山に行われた『日経ビジネスONLINE』からの取材に対しては、（党首討論の際）「何も考えていないんじゃないか」と言われるから、『腹案がある』と言った」と、「腹案」がその場凌ぎの見栄であったものと疑わせる旨の告白を発している。
5月4日、鳩山は沖縄を訪問して仲井眞と会談し、日米同盟の関係の中で抑止力を維持する必要があるとして、「（選挙前に掲げた）すべてを県外にというのは現実問題として難しい」として事実上の県外全面移設の断念を明らかにした。また、かねてから問題となっていた徳之島についても「沖縄にも、徳之島にも、普天間移設で負担をお願いできないかとお詫びしてまわっている」とし、徳之島が分散移設の建設候補先であることを明らかにした。また、2009年7月19日の「最低でも県外」発言は当時の党代表としての発言であり、民主党の公約ではなかったとした。また、地元住民との対話集会で「（沖縄の基地負担の軽減について）オバマ大統領として、あるいは米国がどこまで理解しているか、まだ判断がつかない」と述べ、決着が遅れている責任は米国にあるとの見解を示した。
5月12日、アメリカ国防総省で日米間実務者協議が開催された。この席で日本側は辺野古周辺への移設を中心とし、キャンプ・シュワブ沿岸地域にくい打ち桟橋（QIP：Quick Installation Platform）方式で滑走路を建設する具体的な計画を初めて提示した。一方アメリカ側はくい打ち桟橋式が環境に良いとは限らない点、さらに桟橋はテロによる攻撃に脆弱である点を指摘した上で、地元と連立与党の合意が必要であると強調した。
5月21日、 辺野古地区の行政委員会は現行計画の環境アセスメントのやり直しを必要としない範囲や振興政策実施を条件とした移設容認を決議した。
5月23日、首相の鳩山由紀夫は沖縄を訪問して知事の仲井眞弘多と会談し、自公政権時代に合意した辺野古移設で米国政府と合意文書を交わす方針を説明した。これにより、自身の掲げた「最低でも県外」という公約は達成されないこととなった。仲井眞は辺野古移設の方針について「大変遺憾」「極めて厳しい」と述べた。
5月28日、日米両政府は米軍普天間飛行場移設に関する共同声明を発表し、移設先を名護市のキャンプシュワブ辺野古崎地区とこれに隣接する水域とした。鳩山は、この日米合意の閣議決定に反対し署名を拒否した福島瑞穂を罷免した。これにより、社会民主党は5月30日の幹事長会議で連立を離脱し、政権離脱することを決定した。離脱した社民党は参議院での首相問責決議案に賛成すると発表し、改選を控えた民主党参議院議員も同調する動きを見せた。政局の迷走は地元の振興活動にも影響を与え、辺野古現行案を前提としていた地元の社団法人CSSは、移転計画が進まないことを理由に一時休業を決定した。
6月2日、鳩山首相は民主党両院議員総会を開き、基地問題による社民党離脱と自らの資金問題による混乱の責任をとるとして辞任を発表した。
5年後の2015年5月3日、鳩山元首相はテレビ番組『西部邁ゼミナール』（TOKYO MX）に出演し、自らの真意を語った。
これまでの経緯 > 2010年 県外移設の断念と鳩山由紀夫内閣総辞職 > 菅直人政権

後継首相となった菅直人は「普天間基地の移設・返還と一部海兵隊のグアム移転は、何としても実現しなければならない。先月末の日米合意を踏まえつつ、同時に閣議決定でも強調されたように、沖縄の負担軽減に尽力する覚悟」と2010年5月28日の日米合意を遵守する考えを示した。また、第22回参議院議員通常選挙のマニフェストには米軍基地見直しが明記されないことになり、民主党の方針は大きく転換し、沖縄県選挙区では候補者の擁立を避けた。また2010年沖縄県知事選挙においても候補擁立を見送っている。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要

2009年から2010年5月までに政府や地元自治体、社民党・国民新党が提案した移設先は、辺野古陸上・勝連半島沖・嘉手納飛行場・大村航空基地・鹿屋航空基地・徳之島・馬毛島・硫黄島・グアム島（既に移転計画があるものを全面移転に拡大する）・テニアン島（地元が移転を容認した）などがあるが、いずれの案も正式な計画として合意されなかった。
『読売新聞』によれば、アメリカ政府側は、日本政府が提示した様々な「移設案」に対し「新たな案の詳細や実現可能性を示さず、グーグルの地図ぐらいしか出してこない」「some kind of a joke（何かの冗談）」と評しているという。
以下、鳩山内閣期に日米両政府間、あるいは日本政府・与党やその関係者の間で、何らかの形で検討された案を、報道などに現れた範囲で列挙し、説明を加える。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 九州移設案（新田原・築城基地移設案）

これは正確には鳩山内閣が誕生する直前期の2009年7月末に、鳩山代表が周囲に語ったと報道されたものである。宮崎県内の航空自衛隊新田原基地と、福岡県の航空自衛隊築城基地を候補として検討したという。ただ、報道を聞いた岡田克也幹事長は否定している。鳩山政権が誕生し、移設問題が紛糾する翌年5月ごろに、やはりこれら2つの基地を含む「九州ローテーション案」なるものが鳩山周囲のブレーンらによって提唱されているが（後述）、両者の関連は定かでない。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 嘉手納基地統合案

普天間基地の航空機を近傍の嘉手納基地（アメリカ空軍が使用中）に統合する案。
1990年代のSACOでの検討や、県民、自治体からの反対論は別記の通り。軍事・技術的観点からも、元米太平洋軍海兵隊司令官で在沖四軍調整官を務めたヘンリー・スタックポール（Henry C. Stackpole）が2005年、本案に対し「固定翼とスピードの異なるヘリ部隊の嘉手納統合は、事故などトラブルの増加につながる」「宜野湾市民の危険を、嘉手納、北谷町、沖縄市に移すだけだ」と警告するなど、従来からの指摘が引き続きなされている。また、2006年のロードマップでの推進が決まった後になっても、自民党内にも嘉手納統合を主張する者がいる。河野太郎もその一人だが、「克服するべき課題」としてヘリと固定翼の共同運用問題や嘉手納での騒音問題が存在することは認めている。
下地幹郎は過去本案を主張していたが、2009年2月にグアム移転協定が署名されたことを受け、同年夏の第45回衆議院議員総選挙の際には、「自分の考え方を捨てて取り組む」と述べて出馬した。政権交代で与党入りしたことで再度提起を行ったが、防衛相に就任した北沢はこの段階で否定的であった。2009年10月には、外相の岡田が度々統合案に言及し、物議を醸した。しかし地元の強い反対にあい、岡田も断念、現行案に傾いていった。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > キャンプハンセン移転案

嘉手納統合案、グアム移転案、海上ヘリポート案のいずれにも否定的な軍事評論家の小川和久が主張した。小川は一時期鳩山ブレーンとも報じられ、自ら鳩山に提案したという。小川によれば最初に普天間移設が問題化した1996年頃から考えていた案であり、当時東海大学が発行した研究誌で計画概要を知ることが出来る。2005年には『地域政策』誌での対談などで披露し、2010年には『この1冊ですべてがわかる 普天間問題』として持論を出版している。
いずれも内容は中部訓練区域（CTA：Central Training Area）の西側をなすキャンプ・ハンセン内に普天間の機体を収容するための飛行場を新設するもの。県内に仮の駐機場所を設定し、一時的な退避を行えば普天間からの移動は1ヶ月で済むと主張している。なお、小川案では最終的に嘉手納飛行場も軍民共用化を目指すため、滑走路は3600mなどとも述べられている。小川はキャンプ・シュワブ沖の埋立にも反対しているが、理由として守屋が『中央公論』2010年1月号に寄稿した記事などを援用し、地元建設業者の利権と海の環境問題を挙げている。しかし、日米両国ともこの案を具体的な検討対象とはしていない。
なお、小川は自民党政権時代に国会に参考人招致され、安全保障関係のいくつかの委員会や防衛大学校での講義も行ったことがある。小川は県内移設自体は必要条件とみなし、日米安保に依存しない場合国防費が数倍に跳ね上がる旨を主張している。
なお、キャンプ・ハンセン移転案および類似した案として、嘉手納弾薬庫地区への移転案はSACO時代に検討対象となっているが当該項で記述した経緯によって棄却された。
なお、この時問題になったこととして、森林伐採による赤土流出や水資源の問題がある。例えば、嘉手納弾薬庫地区の場合、嘉手納弾薬庫用地の一部を返還して建設された倉敷ダムがあり、1995年に完成したばかりであった。その後中部にはやや北側に「沖縄東部河川総合開発事業」として多目的ダムが2箇所建設され、建設に当って演習場の返還がなされている。漢那ダムについては水面は米軍との共同使用地域である旨協定された。『ダム技術』誌などによれば両ダム自体の建設に当って環境への配慮が盛り込まれている。
倉敷ダム:水面積4.7平方キロメートル（470ha）。
山城ダム：集水面積2.7平方キロメートル（270ha）。
漢那ダム：集水面積7.6平方キロメートル（760ha）。漢那福地川に計画。予備調査1973年開始。1993年完成。2002年83.9haを日本に返還。
億首ダム：集水面積14.6平方キロメートル（1460ha）。億首川に計画（金武ダムの再開発)。1993年計画に追加。2009年着工予定。
また、漢那ダム北東、キャンプ・ハンセンとキャン・シュワブの境界付近一帯には宜野座ダム、宜野座大川ダム、鍋川ダム、潟原ダムなどが点在し、中部演習区域の多くがこれらの集水域となっている。
一方金武（億首）ダム北西、キャンプ・ハンセン中部、金武町内には喜瀬武原ダムがある。反対に、本島西部側に流れる川に建設されたものとして、恩納村内、キャンプ・ハンセン西北部には戸袋川ダム、恩納ダムがある。小川の案である嘉手納並の延長の滑走路の建設はこの水源地帯にて実施する。
なお、アメリカ陸軍工兵隊の出先機関が利水目的で建設を行ったのに始まり、本土復帰後最も重要な社会資本として、30年以上に渡ってダム建設が行われ続けた。本土のような大河川が無い沖縄の水事情は元来悪く、1980年代に至っても渇水により給水制限に悩まされる例があったものの、2000年代に入って漸く断水だけは回避できる状態に達した。しかし、沖縄県は観光客の増加による振興策を掲げ、また出生率の高さから沖縄県では2030年代まで人口の増加基調が続くと予測されている。海水淡水化施設の整備も行われたが2006年の統計でも水需要の1%程度を賄う造水量でしかない。そのため、建設を担当する内閣府沖縄総合事務局は、沖縄では本土以上に水資源の確保に努力しなければならず、その手段は専らダムであると考えている旨が『ダム技術』誌にて述べられている。沖縄県企業局の考え方も内閣府と軌を一にしている。
日本の環境アセスメントの泰斗として知られる島津康男は、本案について戦略的環境アセスメントの制度上からは興味を示しているものの、森林地帯であるキャンプ・ハンセンへの移設というアイデアについては「著者には海上の埋立てを回避し、すべてを陸上にという前提があるが、自然環境保全・地元建設業の参入可能性を想定してか、不明のところあり」と述べ、嘉手納の軍民共用化についても那覇空港が拡張工事を行っていることを挙げて整合性を問題視している。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 関西国際空港移転案

→「橋下徹 § 米軍基地」も参照
ロイターニュースの竹本熊文によれば、本案が最初に世に出たのは2009年10月17日の朝日新聞の匿名コラム「経済気象台」であった。その後11月2日に下地幹郎が衆院予算委員会にて岡田へ質問した。移転先の大阪府知事の橋下徹は11月30日、個人的見解と断った上で受け入れの意思を表明し「政府から正式な提案があれば議論に応じる」と述べた。
下地はこの案を2005年頃から温めていた。
内容としては発着回数と滑走路本数、駐機スポット等に余裕があり、市街地から離隔した人工島に立地する関西国際空港を活用するものである。下地案では更に赤字地方空港への一部発着便の移転を並行して実施する。
移転先を関空とした場合のメリットはロイターなどにより下記が伝えられている。
物流への影響が懸念材料だったが、2005年に中部国際空港が開港したため、関空の活用可能性が増した
開港以来の営業不振の継続
海上島にあるため軍事訓練に活用されても、近隣住民への安全懸念が少ない
日本列島の中心にあり、朝鮮半島有事に対しては距離的に有利
また、府政情報室府民課は、府民からの意見の中には新たな観光資源としての期待もあった旨を述べている。
元々与党議員の下地が提起したこともあり、ロイターは政府・与党内での根回しの動きを伝え、岡田、前原は内々に賛意を示したと報じている。
当時鳩山は12月中の解決を模索していた。しかし、本案が正式な案として検討されることはなく、前原は「政府から指示がないため答えることができない」「1度地名を出すと大変な話なので」などと明言を避けた。J-CASTは「大手マスコミは黙殺した」と報じている。下地は2010年1月にも同様に米軍再編で空母艦載機部隊を受け入れ先となっていた岩国市長との会談で、普天間を関空に移転する自案を紹介している。その後も本案の検討は無く、2010年5月に鳩山は県外移設断念に至った。
なお、橋下は鳩山が辺野古移設の意思を表明した後の2010年5月18日、「日米で合意しているのだから、V字滑走路案にするべきだ。決まったことを履行してから沖縄の負担を軽減するためのロードマップ第2弾を日米で考えればいい」と述べた後、台湾の交流団体と会談に臨んだ。5月27日の知事会では再び「大阪は基地を負担していないので、真っ先に汗をかかなければならない」などと述べた。この発言を聞いた福岡県知事で知事会長の麻生渡は、「大阪は訓練の移転を受けたいと言っている。まずは大阪に条件を示すのが筋だ」と述べた。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 馬毛島案

2009年12月4日、防衛省内で移設候補地の一つとして鹿児島県の種子島の沖に浮かぶ馬毛島が挙がっていることが分かった。この前に北沢防衛相は島の地権者と接触し、省内に調査を指示していた。しかし米側の「物資や兵員を空輸する滑走路とヘリポート、地上部隊、訓練施設の機能が近接していなければ基地機能を満たさない」という立場から当初から否定的な見方が強く、政府内でも「実現性は極めて低い」との発言があった。さらに地元住民の反発も根強く、市民団体から鹿児島県議会に反対表明を求める陳情書が提出された。実際に同島が米軍厚木基地の訓練の移転先として検討された際には、地元の反発で頓挫していた。島全体を所有する建設会社から受け入れ容認論も挙がったものの、西之表市市長も反対を表明したことからこの案は立ち消えとなった。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 伊江島案・下地島案

防衛省は2009年10月に移設先としての可能性を検討するための現地調査を伊江・下地両島でおこなっている。同年12月末には、民主党幹事長の小沢一郎が両案を選択肢に入れる意向を表明し、社民党党首の福島瑞穂も下地島への移転に言及した。伊江島には1600mの滑走路を持つ伊江島空港、下地島には3000mの滑走路を持ち、民間機パイロットの訓練地となっている下地島空港が存在し、軍事関係者からは度々その価値が言及されている。なお、国民新党で地元選出議員の下地幹郎も本案を推している。なお、中国の軍事関係者にも日米側が戦力の前進配備を行う可能性を指摘している者が居る。
これに対し、知事の仲井眞は翌2010年1月9日、両案について「全く考えていない」と否定的な見解を示した。
『産経新聞』は、2010年4月末に訪米した民主党の議員団が、上院議員のダニエル・イノウエに対し、伊江島案について「地元は賛成している」と嘘の情報を伝えていたことが判明したと報じている。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 自衛隊基地への移設案

防衛省側から出された代替基地案で、新規に海兵隊基地を建設するのではなく、既存の自衛隊基地との共用化が提案された。その際、共用化される対象として最も有力であったのが海上自衛隊大村航空基地である。大村航空基地は、佐世保基地に近く、佐世保は海兵隊が使用する強襲揚陸艦の母港でもあるため、有事の際の出動にも適していた。ただし、海兵隊の訓練に適した地域が近隣に所在せず、この案は見送られた。佐賀に近い大分を地盤とする社民党幹事長の重野安正などは佐賀県連の定期大会で反対し、国外移設を推している。
なお、政府内での検討とは独立して、鳩山ブレーンとされていた孫崎享や田岡俊次が大村基地への移設を軸にした案を鳩山に提案している。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 勝連沖埋立案

2005年、政治学者で大阪大学大学院助教授（当時）のロバート・D・エルドリッヂ（元在沖縄米軍海兵隊外交政策部次長）が提案した移設案である。エルドリッヂ案は、勝連半島沖に人工島を作り、大規模施設を建築して、那覇空港の航空自衛隊および米軍嘉手納基地のF-15部隊を移して自衛隊管理下の基地に基地機能を集約した「勝連構想」を提案。しかし、うるま市を含め、勝連沖案は海兵隊だけでなく、自衛隊を巻き込む構想であり調整がさらにややこしく、結局、2006年の日米合意には反映されなかった。
また、2009年2月、鳩山由紀夫（当時は民主党幹事長）及び沖縄県選出議員に政策提言を行っていたため、その後、鳩山政権時の平野博文官房長官や沖縄商工会議所名誉会頭の太田範雄等が自身の案としてメディア等に喧伝していた。
勝連構想では、うるま市の浜比嘉島の沖合いおよそ1300メートルの場所を埋め立てて人工島を造成した上で、3600メートルの滑走路を2本整備し、軍港と自衛隊基地を建設し、自衛隊の管理下で日米が共同利用する。その規模は普天間基地のおよそ2倍、宮城島と平安座島を合わせた大きさに匹敵する。航空自衛隊と海上自衛隊の那覇基地、米陸軍の那覇軍港、米海兵隊のキャンプ・キンザ―、普天間飛行場を新基地に移転・集約する案だった。詳細は、エルドリッヂが公開した政策提言「沖縄の基地問題への実行性のある、包括的かつ長期的な解決および日米同盟の真の強化へ（Special Policy Recommendation Toward a Viable, Comprehensive, Long-term Approach to the Okinawa Basing Issue and the True Strengthening of the Alliance）」で確認できる。
エルドリッヂは、第2の解決策として、中国軍機やロシア軍機に対するスクランブル（対領空侵犯措置）を行う航空自衛隊の戦闘機を那覇基地から宮古島市の下地島空港に移転させてから、海兵隊を普天間基地から那覇基地に移動させる案も提唱している。航空自衛隊にとっての那覇基地の問題点として、尖閣諸島から遠すぎることと那覇空港との軍民共用による運用制約を挙げている。尖閣から遠い那覇基地からの緊急発進は、飛行機と操縦者に疲労をもたらしている。中国との有事の際に、「故障」した中国の民間機が滑走路の真上に居座ったら、航空自衛隊の戦闘機は離陸できなくなってしまう。宮古島分屯基地には対空レーダーが配備されているが、中国軍による海や空の行動に鑑みて、自衛隊のプレゼンスを拡大する必要性を指摘している。尖閣により近い下地島空港に戦闘機部隊を移転すれば、南西諸島の上空にある国防の「穴」を閉じることができ、中国軍に対する抑止力が向上する。海兵空陸任務部隊（MAGTF）の完結性は維持したまま、テナントとして日本の基地の一部を利用することになる。海兵隊が運用する基地が１つ減るため、米軍の透明度の向上、財政上の節約や合理化、地元との政治摩擦の削減、海兵隊と陸上自衛隊第15旅団の相互運用性の向上といった利点がある。世界や地域の両国の敵に対して、「日米同盟は強い」という極めて重要な戦略的なメッセージを発信できると述べている。海抜４メートルにある那覇基地には津波リスクがあることも指摘しており、日本、アメリカ、沖縄にとってwin-win-winだが、勝連構想ほど良くないとも述べている。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > グアム・テニアン島案

民主党衆議院議員の川内博史、社民党党首の福島瑞穂などが主張し、北マリアナ知事が受け入れに前向きな姿勢を示したと報じられたが、日米両政府で具体的な検討はなされなかった。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > キャンプ・シュワブ陸上案

国民新党が主張した案（ただし同党はテニアン島案の可能性も探る立場であった）で2010年2月に党の案として推すことを固めた。過去折に触れては何度か浮上しその度に棄却されてきた経緯がある。
なお、過去メガフロートの旗振り役であった亀井静香も今回は国民新党の一員としてキャンプ・シュワブ陸上案を主張していたが、現行の埋立案には建設業者の利権批判の面から引き続き冷淡であり、自党の陸上案について「米国は（土木）利権に関係ないからな。だから（米国は）辺野古沖に、それほどこだわらないと思うんですよ。」と述べた（メガフロート案については別記）。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > メガフロート案

洋上に浮かべたメガフロート上に滑走路を建設する移設案は現行計画の策定に当たって一度は放棄されたが、本案を推す意見表明も度々なされている。中には、鳩山内閣が「ゼロベース」からの議論を掲げたことを逆手にとって採用を提言したものもある。自民党政権時代防衛大臣を務めた石破茂は対案の一つとして本案（セミサブ式）の再検討を提案している。
なお、亀井と同じく過去メガフロートの旗振り役であった平沼赳夫は2010年に自民党を離党し、たちあがれ日本の結党に参加したが、選挙のために現行案を否定し、その他にも軽率な振る舞いばかりであった旨を指摘するなど、鳩山の批判に留めた。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 辺野古杭打ち桟橋案

2010年に入り、辺野古現行案への回帰が有力になる中、「埋立による環境への影響が小さい」という理由で政府内で検討された。鳩山が4月24日に漏らした「埋立は自然への冒涜」という発言が発端になったとされるが、具体的に発展することはなかった。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 徳之島案

ヘリ部隊の大半を鹿児島県徳之島に移設する案。上述のように、2010年入りしてからは鳩山政権がもっとも有力な選択肢として模索したものである。平野博文官房長官を中心に、前年末から密かに検討がなされ、地元有力者との接触を図っていた。翌年になって表沙汰となったが、ヘリ部隊と地上部隊の主要基地であるキャンプ・シュワブとの距離が180キロ離れることから米側は当初から難色を示した。日本政府は一方で地元村長や徳之島において影響力の強い元衆議院議員徳田虎雄らに要請を行ったが、いずれも芳しい成果は得られず、断念に追い込まれた。
毎日新聞の取材に対して、鳩山は徳之島案は最後の唯一残された案であったが、2010年4月19日に外務省幹部から渡された極秘文書「普天間移設問題に関する米側からの説明」に徳之島では米軍のマニュアルの基準にあわずふさわしくないという説明があり県外移設を断念したものの、後に川内博史によりマニュアルがないことが確認され、また役所側はその後極秘文書のあるべき写しを破棄したと答えた。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 腹案

鳩山が2010年3月31日の党首討論で存在すると主張し、政局と絡めて話題となった。徳之島案のことを指していたと考えられるが、詳細は不明。鳩山は日米合意を受け入れた後、腹案について以下のように語っている。
また鳩山は2013年2月20日の記者会見で、「ヘリコプターを搭載する船を数隻建造し、普天間のヘリを移す案」などをアメリカ側に提案するよう北沢防衛相に話したが、アメリカ側には伝えられなかったとしている。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 九州ローテーション案

米軍ヘリ部隊の訓練を、九州の築城、新田原、鹿屋などの各自衛隊基地に順番に移転させる案。2010年5月頃に鳩山ブレーンを自称する橋本晃和が「腹案」の中身であるとしてTV、雑誌メディアで言及し、一部で大きく報じられた。しかし、政府内で具体的に検討された形跡はない。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > その他

高度成長時代の開発計画の失敗によって、広大な未利用地が存在する北海道の苫小牧東の名前などが元防衛事務次官の守屋武昌により挙げられている。防衛副大臣の榛葉賀津也は佐賀空港移転案（大村湾移転案に別記）と共に「手記の話だろ。無責任なつぶやきなど聞く必要はない」と否定し平野も同調している。しかし、実際に守屋が受けたインタビューでは検討を試みたが戦略的に無理である旨結論したという経緯を語っており、当時もインタビュー時も苫小牧東については自身で明確に否定している。
これまでの経緯 > 鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要 > 無条件撤去論

これは政府内で検討されたものではないが、基地の無条件撤去論も、左翼・革新勢力を中心に存在し、鳩山政権下でも根強く主張された。日本共産党の志位和夫委員長は訪米し、2010年5月7日、ケヴィン・メア国務省日本部長、多国間核安全部のジョナサン・サンボアとの会談で、「普天間問題解決の唯一の道は、移設条件なしの撤去しかない」と主張した。しかし双方の見解は平行線に終わった。
基地自体の撤去を主張する論者からは、県外・国外への代替案も、基地自体は存続するという意味で批判対象となる。新社会党の片山貴夫は、グァム・テニアンへの代替施設案に対し、「暴力団」同然の米軍基地に移転案を出すこと自体が問題であるとして、「軍事基地をどうしても必要とするというのであれば、アメリカ本土に持って帰ってもらえばよいのです。」という批判を行った。しかし、こうした論が政治日程に上ることはなかった。
これまでの経緯 > 2012年の政権交代（日本） > 第2次安倍政権

2012年（平成24年）12月26日に、自民党・公明党の連立政権である第2次安倍内閣が成立。普天間飛行場の県内・辺野古移設を引き続き進めた。2013年の第23回参議院議員通常選挙でも、辺野古移設を公約としたが、沖縄県選挙区で自民党公認を受けた安里政晃候補は党本部に反して県外移設を訴えた。党本部は正式な公約とは認めなかったが、安里が県外移設を訴えることは黙認した。
しかし参院選の結果、安里は県外移設派の糸数慶子（社大党）に敗れたが、全国的には自民党は大勝し、衆議院に加え、参議院でも与党の安定多数を回復した。自民党は従来、沖縄県選出の所属議員が県外移設を主張することを黙認していたが、ここに来て石破茂幹事長始め党幹部は、県外移設を主張する党所属国会議員の國場幸之助、比嘉奈津美、宮崎政久および党沖縄県連に対し、辺野古移設を受け入れるよう迫った。また、11月24日には辺野古移設賛成派の「基地統合縮小実現県民の会」（中地昌平会長）が「県民大会」を開き、7万人を越す賛同を得たと発表した。結果として、11月24日には宮崎が、11月25日には國場と比嘉が従った。12月1日には沖縄県連も辺野古移設受け入れを容認し、翁長政俊県連会長は公約を違えたことを理由に会長の職を辞した。自民党は従わない場合の離党勧告や除名処分を明言する強硬姿勢を取り、『沖縄タイムス』は石破を琉球処分官になぞらえ強く批判した。
こうして第2次安倍内閣は自民党内の慎重・反対論を封じると、12月25日、普天間飛行場の県内移設実現に向け、安倍晋三内閣総理大臣は沖縄県知事の仲井眞弘多と会談し、日米地位協定に関し環境面を補足する協定を締結するための日米協議開始などの基地負担軽減策を示した。仲井真は「驚くべき立派な内容だ」と評価して移設先である名護市辺野古沖の埋め立て申請を承認する方針を固め、同年12月27日午前にこの申請を承認した。
2014年1月19日投開票の名護市長選挙では、仲里利信元県議会議長・元自民党沖縄県連顧問が辺野古移設反対の稲嶺進を支援した。仲里は先に離党届を出していたが、自民党はこれを認めず、追って除名処分とした。名護市長選挙では移設反対の稲嶺が再選されたが、4月にオバマ米大統領が来日すると、安倍首相はオバマ大統領との会談で改めて「（辺野古移設の）強い意志を持って早期かつ着実に工事を進めていく」と述べた。また4月25日発表の日米共同声明では、普天間基地のキャンプ・シュワブへの移設と、長期的に持続可能な米軍のプレゼンス（駐留）を前提とした上での沖縄の負担軽減を表明した。4月27日投開票の沖縄市長選では自公推薦、民主・維新・そうぞう支持の桑江朝千夫が勝利した。菅義偉官房長官は、11月の県知事選に向け「与党にとって弾みになった」と述べた。
普天間基地飛行場の運用停止2019年2月までの運用実現を目指す方針を菅官房長官2014年9月17日に那覇市内で記者団に表明。沖縄県が2013年末から5年以内の運用停止を要望してきたことを踏まえ起点は2014年2月と考えていると述べた。
11月16日投開票の沖縄県知事選挙で、現職の仲井眞弘多は落選し、辺野古移設反対を公約した翁長雄志が当選した。しかし、菅官房長官は「（辺野古）移設は粛々と進めていく」「辺野古移設の賛成、反対の投票ではなかった」と述べた。12月14日投開票の第47回衆議院議員総選挙では、辺野古移設反対派が県内4小選挙区全てを制した。ただし、自民党候補も全て重複立候補した比例区で当選した（他に維新の党から立候補した下地幹郎も比例区当選）。
これまでの経緯 > 2012年の政権交代（日本） > 第三者委員会による検証

沖縄県は普天間基地移設のために仲井眞弘多前知事が出した辺野古沿岸部の埋め立て承認の検証を行う第三者委員会を設置し、2015年7月16日に第三者委員会は翁長雄志知事へ報告書を提出した。
報告書は、仲井眞弘多前知事が出した承認は法的に瑕疵があり取り消し可能、としている。
また第三者委員会の大城委員長が所属していた沖縄弁護士会は2014年1月15日に、当時の仲井眞弘多知事が出した辺野古埋立承認を反対する声明を発表している。
これまでの経緯 > 辺野古埋め立て承認の翁長雄志知事による取消し

2015年（平成27年）10月13日、翁長雄志知事は第三者委員会の報告書を根拠に辺野古埋め立て承認を取消した。日本政府は取消し撤回の是正指示に翁長知事が応じなかったため、不作為による違法を主張して福岡高裁那覇支部に提訴した（#国による県に対する違法確認訴訟参照）。
また10月20日には宜野湾市の市民12人が「辺野古の埋め立て承認取り消しで基地が固定化し住民の生存権を脅かす」として沖縄県と翁長雄志知事へ承認取り消しの無効確認を求め那覇地裁に提訴した。
これまでの経緯 > 2018年の埋め立て開始と2019年沖縄県民投票

2018年（平成30年）12月14日午前11時ごろから埋め立て海域への土砂投入が開始された。これにより原状回復は極めて不可能となった。岩屋毅防衛大臣は「普天間飛行場の一日も早い全面返還」に向け、工事を進める考えを示した。
2019年2月24日には埋め立てに対する賛否を問う2019年沖縄県民投票が行われ、有効票数の71.74％が反対の意思表示を示したが、投票結果に法的拘束力はなく、3月25日には新たな区画への土砂投入が開始された。2019年6月には、2017年の衆議院選挙期間中に自民党議員（西銘恒三郎、国場幸之助、宮崎政久）が辺野古移設の関連工事を受注した業者から献金を受けていた事が分かった
これまでの経緯 > 2020年自民党総裁選における発言

2020年9月12日に実施された、日本記者クラブ主催の、自民党総裁選立候補者による討論会では、移設問題について、次のような発言があった。
菅義偉：国と国との約束。世界で一番危ないといわれる飛行場があるわけで、危険除去のために県内に移そうと決まってきた。地元の知事も市長も同意してくれた。普天間の危険状況を考えた時に、辺野古移設は進めていくべきだ。
石破茂：なぜ辺野古になったのかといえば、あそこしか受け入れてくれるところがなかったから。軟弱地盤などきちんと科学的に検証する。埋め立てをやめるとは言っていないが、日米での共同使用はどうなった。管理権は自衛隊が持てるのではないか。普天間の負担を軽減することが（検討の）主眼だ。
これまでの経緯 > 沖縄県による不承認処分

2021年11月25日、沖縄防衛局が提出した設計変更に対し、玉城デニー沖縄県知事が不承認の処分を行った。沖縄防衛局は12月7日、行政不服審査法に基づき、不承認の取り消しを求める審査請求を斉藤鉄夫国土交通相に提出した。2022年3月10日までに、日下部治東京工業大学名誉教授が、防衛省の採用した方法は適切だとする鑑定書を作成し、4月8日、斉藤国土交通大臣により、不承認処分の取消しがなされた。5月30日、沖縄県は、防衛省の設計変更申請を承認するよう斉藤国土交通大臣が県に出した是正指示は違法だとして、総務省の第三者機関である国地方係争処理委員会に審査を申し出た。7月12日、国地方係争処理委員会は国の違法性を問う沖縄県の申し出を却下した。8月12日、沖縄県の玉城デニー知事は、斉藤鉄夫国土交通大臣を相手どって、国の設計変更申請に対する県の不承認を取り消した大臣の裁決は違法として、裁決の取り消しを求める訴えを福岡高裁那覇支部に起こし、9月2日、福岡高裁那覇支部（三浦隆志裁判長）は県の訴えを退けた一審・那覇地裁判決を支持し、控訴を棄却する判決を言い渡した。移設計画をめぐる国と県の訴訟は14件起こされ、今回の訴訟が最後となる。県は最高裁に上告するか検討する。。
国による県に対する違法確認訴訟 > 訴え提起に至る経緯

2016年3月、国と県が双方に対する訴訟を全て取り下げた上で、県が提訴するとする和解が成立したが、県は履行しなかった。国は、前知事自体の埋立承認に法的瑕疵がないにもかかわらずそれが取り消した点等が違法であるとして、承認取消し撤回を行わない不作為に対し「是正の指示」を行った。県がこれに従わなかったため、国（国土交通大臣）が同年7月22日に翁長知事を提訴した。内容は、沖縄県知事が指示に従って取消処分の取消しをしないという不作為の違法の確認を求めるものである。
国による県に対する違法確認訴訟 > 判決

福岡高等裁判所那覇支部（裁判長・多見谷寿郎）は、同年9月16日、承認の取消し処分を撤回しないのは「違法」であるとする初の司法判断を下した。判決は、仮に県の再審査が誤っていたとしても「有効に取り消せる不条理を招く」として承認という行政処分の重さを重視、外交・国防政策については、知事の審査権は及ぶものの、地方公共団体の所管事項ではなく、「国と地方の役割分担の原則」に基づき、「国の説明が具体的な点で不合理が認められない」限り、国の判断を尊重すべきであるとした。また、在沖縄海兵隊や沖縄の地政学的重要性についても国の主張に沿った見解を示し、国の環境対策も合理的であり、辺野古移設は基地負担軽減に繋がるものであるとし、仲井眞前知事の承認に瑕疵はなく、違法とはいえず、それを取り消すことは「許されない違法」で、法定受託事務の履行義務を放棄したものである。是正指示に従わないことも「不作為の違法にあた」る。さらに訴訟を提起して「自らの違法状態を解消」するよう努めなかったことも疑問視。国の主張を全面的に認めるものであった。翁長は、判決を不服として最高裁判所に上告。
2016年12月20日、最高裁第2小法廷（裁判長・鬼丸かおる）は、県の上告を棄却し、埋め立て承認の取り消しを撤回しない翁長の対応を違法と認定。国の勝訴が確定した。辺野古移設を巡り、初めて司法判断が下された。国の勝訴確定を受けて、アメリカ合衆国国務省のジョン・カービー報道官は、歓迎すると声明を発表し、「米国と日本は、普天間飛行場の辺野古移設計画を守る立場に変わりない」ことを改めて強調した。翁長は処分の撤回を速やかに進めることを表明、菅義偉官房長官は、「世界一危険といわれる普天間飛行場の危険性除去と閉鎖・返還は絶対やらなければならない」ことを指摘し、処分の撤回がなされ次第、工事を再開する考えを示した。
海兵隊の存在意義

根本的な問題として、海兵隊の存在意義や必要性の問題がある。これについても、相反する立場から見解が出されている。