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子音は、音韻論上区別されているものとしては、現在の主流学説によれば「か・さ・た・な・は・ま・や・ら・わ行」の子音、濁音「が・ざ・だ・ば行」の子音、半濁音「ぱ行」の子音である。音素記号では以下のように記される。ワ行とヤ行の語頭子音は、音素 u と音素 i の音節内の位置に応じた変音であるとする解釈もある。特殊モーラの「ん」と「っ」は、音韻上独立の音素であるという説と、「ん」はナ行語頭子音 n の音節内の位置に応じた変音、「っ」は単なる二重子音化であるとして音韻上独立の音素ではないという説の両方がある。
/k/, /s/, /t/, /h/（清音）
/ɡ/, /z/, /d/, /b/（濁音）
/p/（半濁音）
/n/, /m/, /r/
/j/, /w/（半母音とも呼ばれる）
一方、音声学上は、子音体系はいっそう複雑な様相を呈する。主に用いられる子音を以下に示す（後述する口蓋化音は省略）。
|  |  | 唇音> 両唇音 | 舌頂音> 歯茎音 | 舌頂音> そり舌音 | 舌背音> 硬口蓋音 | 舌背音> 軟口蓋音 | 舌背音> 口蓋垂音 | 咽喉音> 声門音 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 破裂音 | 破裂音 | p  b | t  d |   |   | k  ɡ |   |   |
| 鼻音 | 鼻音 | m | n |   | ɲ | ŋ | ɴ |   |
| はじき音 | はじき音 |   | ɾ | ɽ |   |   |   |   |
| 摩擦音 | 摩擦音 | ɸ | s  z |   | ç | ɣ |   | h |
| 接近音 | 接近音 | (β̞) |   |   | j | ɰ |   |   |
| 側面音 | はじき音 |   | ɺ |   |   |   |   |   |
| 側面音 | 側面接近音 |   |  l |   |   |   |   |   |
| --- | --- |
ɕ ʑ: 歯茎硬口蓋摩擦音
|  | 歯茎音 | 歯茎硬口蓋音 |
| --- | --- | --- |
| 無声音 | t͡s | t͡ɕ |
| 有声音 | d͡z | d͡ʑ |
基本的に「か行」は [k]、「さ行」は [s]（[θ] を用いる地方・話者もある）、「た行」は [t]、「な行」は [n]、「は行」は [h]、「ま行」は [m]、「や行」は [j]、「だ行」は [d]、「ば行」は [b]、「ぱ行」は [p] を用いる。
「ら行」の子音は、語頭では [ɺ]、「ん」の後のら行は英語の [l] に近い音を用いる話者もある。一方、「あらっ？」というときのように、語中語尾に現れる場合は、舌をはじく [ɾ] もしくは [ɽ] となる。
標準日本語およびそれの母体である首都圏方言（共通語）において、「わ行」の子音は、上で挙げた同言語の「う」と基本的な性質を共有し、もう少し空気の通り道の狭い接近音である。このため、[u] に対応する接近音[w] と、[ɯ] に対応する接近音[ɰ] の中間、もしくは微円唇という点で僅かに [w] に近いと言え、軟口蓋（後舌母音の舌の位置）の少し前よりの部分を主な調音点とし、両唇も僅かに使って調音する二重調音の接近音といえる。このため、五十音図の配列では、ワ行は唇音に入れられている（「日本語」の項目では、特別の必要のない場合は [w] で表現する）。外来音「ウィ」「ウェ」「ウォ」にも同じ音が用いられるが、「ウイ」「ウエ」「ウオ」と2モーラで発音する話者も多い。
「が行」の子音は、語頭では破裂音の [g] を用いるが、語中では鼻音の [ŋ]（「が行」鼻音、いわゆる鼻濁音）を用いることが一般的だった。現在では、この [ŋ] を用いる話者は減少しつつあり、代わりに語頭と同じく破裂音を用いるか、摩擦音の [ɣ] を用いる話者が増えている。
「ざ行」の子音は、語頭や「ん」の後では破擦音（破裂音と摩擦音を合わせた [d͡z] などの音）を用いるが、語中では摩擦音（[z] など）を用いる場合が多い。いつでも破擦音を用いる話者もあるが、「手術（しゅじゅつ）」などの語では発音が難しいため摩擦音にするケースが多い。なお、「だ行」の「ぢ」「づ」は、一部方言を除いて「ざ行」の「じ」「ず」と同音に帰しており、発音方法は同じである。
母音「い」が後続する子音は、独特の音色を呈する。いくつかの子音では、前舌面を硬口蓋に近づける口蓋化が起こる。たとえば、「か行」の子音は一般に [k] を用いるが、「き」だけは [kʲ] を用いるといった具合である。口蓋化した子音の後ろに母音「あ」「う」「お」が来るときは、表記上は「い段」の仮名の後ろに「ゃ」「ゅ」「ょ」の仮名を用いて「きゃ」「きゅ」「きょ」、「みゃ」「みゅ」「みょ」のように記す。後ろに母音「え」が来るときは「ぇ」の仮名を用いて「きぇ」のように記すが、外来語などにしか使われない。
「さ行」「ざ行」「た行」「は行」の「い段」音の子音も独特の音色であるが、これは単なる口蓋化でなく、調音点が硬口蓋に移動した音である。「し」「ち」の子音は [ɕ] [ʨ] を用いる。外来音「スィ」「ティ」の子音は口蓋化した [sʲ] [tʲ] を用いる。「じ」「ぢ」の子音は、語頭および「ん」の後ろでは [d͡ʑ]、語中では [ʑ] を用いる。外来音「ディ」「ズィ」の子音は口蓋化した [dʲ] [d͡ʑʲ] および [zʲ] を用いる。「ひ」の子音は [h] ではなく硬口蓋音 [ç] である。
また、「に」の子音は多くは口蓋化した [nʲ] で発音されるが、硬口蓋鼻音 [ɲ] を用いる話者もある。同様に、「り」に硬口蓋はじき音を用いる話者や、「ち」に無声硬口蓋破裂音 [c] を用いる話者もある。
そのほか、「は行」では「ふ」の子音のみ無声両唇摩擦音 [ɸ] を用いるが、これは「は行」子音が [p] → [ɸ] → [h] と変化してきた名残りである。五十音図では、奈良時代に音韻・音声でp、平安時代に[ɸ]であった名残で、両唇音のカテゴリーに入っている。外来語には [f] を用いる話者もある。これに関して、現代日本語で「っ」の後ろや、漢語で「ん」の後ろにハ行が来たとき、パ行(p)の音が現れ、連濁でもバ行(b)に変わり、有音声門摩擦音[ɦ]ではないことから、現代日本語でも語種を和語や前近代の漢語等の借用語に限れば（ハ行に由来しないパ行は近代以降のもの）、ハ行の音素はhでなくpであり、摩擦音化規則で上に挙げた場合以外はhに変わるのだという解釈もある。現代日本語母語話者の直感には反するが、ハ行の連濁や「っ」「ん」の後ろでのハ行の音の変化をより体系的・合理的に表しうる。
また、「た行」では「つ」の子音のみ [t͡s] を用いる。これらの子音に母音「あ」「い」「え」「お」が続くのは主として外来語の場合であり、仮名では「ァ」「ィ」「ェ」「ォ」を添えて「ファ」「ツァ」のように記す（「ツァ」は「おとっつぁん」「ごっつぁん」などでも用いる）。「フィ」「ツィ」は子音に口蓋化が起こる。また「ツィ」は多く「チ」などに言い換えられる。「トゥ」「ドゥ」（[tɯ] [dɯ]）は、外来語で用いることがある。
促音「っ」（音素記号では /Q/）および撥音「ん」（/N/）と呼ばれる音は、音韻論上の概念であって、前節で述べた長音と併せて特殊モーラと扱う。実際の音声としては、「っ」は [-k̚k-] [-s̚s-] [-ɕ̚ɕ-] [-t̚t-] [-t̚ʦ-] [-t̚ʨ-] [-p̚p-] などの子音連続となる。ただし「あっ」のように、単独で出現することもあり、そのときは声門閉鎖音となる。また、「ん」は、後続の音によって [ɴ] [m] [n] [ŋ] などの子音となる（ただし、母音の前では鼻母音となる）。文末などでは [ɴ] を用いる話者が多い。