日本におけるCOVID-19ワクチンの接種
ワクチンの確保

6月5日 - 加藤勝信厚生労働大臣（当時）は、2021年前半までにコロナワクチンの量産体制を整備していくと表明し、2020年度第2次補正予算1455億円でワクチンの開発企業に対し生産体制の整備を前倒しして進めるための費用を補助する方針を示した。
6月14日 - 安倍晋三内閣総理大臣（当時）は、ネット番組で「早ければ年末にワクチンを接種できるよう米モデルナ社や英アストラゼネカ社と交渉している」と述べた。
6月16日、アメリカ合衆国連邦政府のワクチン戦略「ワープスピード作戦」担当高官は、ワクチンについて「最優先は米国民の保護。余剰分を他国が手に入れるのは妨げない」と述べた。
7月31日、政府がアメリカの製薬企業・ファイザーと、2021年6月末までに新型コロナウイルスワクチン6,000万人分（1億2,000万回分）の供給を受けることに合意した。
8月、安倍首相が辞任を表明し、9月16日に菅義偉が首相に就任した（菅義偉内閣2020年9月16日 - 2021年10月4日）。
10月29日、政府がアメリカの製薬企業・モデルナと、武田薬品工業による国内での流通のもと 2021年上半期に4,000万回分、2021年第3四半期に1,000万回分の供給を受けることについて両者と契約を締結。
12月2日、新型コロナウイルスのワクチン接種を無料にする予防接種法の改正案が参議院本会議で可決され、成立した。これにより新型コロナ感染症の予防接種にかかる費用は国が負担することになる。また、接種による健康被害で製造販売業者が損害賠償を求められた場合は、国が肩代わりして損失を補償する。当該ワクチンの接種は蔓延を予防するため緊急の必要があるとする「臨時接種」に位置づけられ、強制ではないが、接種を受けることに努めなければならない努力義務が課された。
12月10日、政府がイギリスの製薬企業・アストラゼネカと2021年初頭から1億2,000万回分のワクチンの供給（そのうち約3,000万回分については2021年の第一四半期中に供給）を受ける契約を締結。
1月18日、菅義偉内閣総理大臣（当時）は、河野太郎規制改革担当大臣（当時）をワクチン接種の担当閣僚「新型コロナウイルスワクチン接種推進担当大臣」に任命した。続く1月19日には、2月中旬にワクチンを承認した後、2月下旬より安全性調査に参加する医療従事者から接種を始め、以降医療従事者、65歳以上の高齢者、高齢者施設や障害者施設で働く人、持病のある人を優先的に接種した後、5月より一般の人への接種を始め、7月までに16歳以上の全国民を対象に接種を進める想定スケジュールが政府により発表された。
1月27日、国内メーカーがアストラゼネカの日本国内向けワクチン9,000万回分（4,500万人分）の製造を行うと発表された。ワクチンの原液はJCRファーマ（兵庫）がつくり、容器への充填などの製品化は第一三共（東京）やKMバイオロジクス（熊本）などが行う。
1月27日、日本での各自治体でのワクチン接種に先立ち神奈川県川崎市の川崎市立看護短期大学の体育館で、川崎市と厚生労働省による、ワクチン接種訓練が行われた。
1月30日、東京都練馬区が、2021年春以降開始のワクチン接種に向けて、小規模診療所でのワクチン接種を主体とし、公共施設での大規模接種を組み合わせた「練馬区モデル」を発表し、厚生労働省は先行事例として、全国の自治体に情報提供した。京都府京都市や栃木県佐野市など全国各地の自治体で、この「練馬区モデル」を導入する方針を固めた。その後、2021年5月から、全国各自治体で接種が本格的に開始されるようになると、都市部を中心に多くの自治体で、個別接種を中心とし、一部に集団接種を組み合わせた方式が採用されている。
2月12日、日本国内向けのアメリカのファイザー製ワクチンの第1便が、ファイザーの製造工場のあるベルギーから千葉県の成田国際空港に、旅客機による貨物便（ボーイング787-9）で到着した。輸送はCOVID-19流行以前から定期就航しているANAが担当した。第2便は2月21日に、第3便は3月1日に、第4便は3月8日に成田に到着している。（2月12日～3月8日の）4回の空輸で最大約236万回分、約118万人分が確保された。4月5日到着の第11便では、輸送量の増加のため機材がさらに大型化（ボーイング777-300ER）された。
2月14日、ファイザーのワクチンが薬事承認され、 2月17日に日本国内初となる新型コロナウイルスワクチンの接種が、医療従事者に対する先行接種として始まった。
4月12日、高齢者への接種が開始された。
4月23日、菅総理は記者会見で、「7月末を念頭に各自治体が（高齢者への）2回の接種を終えることができるよう、政府を挙げて取り組む」と述べた。
4月27日、菅首相は東京・大阪に新型コロナウイルスワクチンの大規模接種センターを設置する方針を決め、岸信夫防衛大臣に設置を指示した。東京の設置会場について千代田区の大手町合同庁舎3号館を使用し、両会場とも自衛隊の医官や看護官を中心に業務にあたり5月24日からの運用を目指す方針で、主な接種対象は東京・神奈川・埼玉・千葉の1都3県の高齢者とする。
4月30日、日本国内向けのモデルナ製ワクチンの第1陣が、ベルギーから関西国際空港にJAL機で到着した。
5月3日、防衛省は大阪に設置する新型コロナウイルスワクチンの大規模接種センターの会場について、大阪府立国際会議場とすることを発表した。主な接種対象は大阪・京都・兵庫の2府1県の高齢者とする。
5月14日、政府がアメリカ合衆国の製薬企業・ファイザーと、2021年第3四半期（7月〜9月）に約5,000万回分のワクチンの追加供給を受ける契約を締結。
5月21日、アストラゼネカとモデルナのワクチンを薬事承認した。モデルナの接種対象は18歳以上とし、アストラゼネカは接種後ごくまれに血栓が生じる事例が報告されており、承認後も当面接種は見送られた。
5月23日、大阪の防衛省運営の大規模会場で、自衛官や民間看護師など接種業務対象者にモデルナ製ワクチンの国内初接種を行う。
5月24日、東京・大阪の防衛省運営の大規模接種会場などで65歳以上の高齢者に対するモデルナ製ワクチンの接種開始。
5月24日、ジョンソン・エンド・ジョンソン（ヤンセンファーマ）のワクチンが薬事承認された。ただし、申請時点では、ファイザー・モデルナ・アストラゼネカのような日本政府との供給契約は結んでいない。
6月1日、ファイザーのワクチンの接種対象が、これまでの16歳以上から12歳以上に拡大された。
6月9日、菅首相は党首討論で、「10月から11月にかけて必要な国民には全て終えることを実現したい」と述べた。
7月20日、厚生労働省がモデルナ製ワクチンについて、5,000万回分の追加契約を締結した。
7月23日 – 8月8日、1年間延期されていた2020年東京オリンピックと、8月24日 – 9月5日に2020年東京パラリンピックが開催された。約93,000人の選手・役員が来日した際、地元住民と隔離された場所（バブル）にいることを条件に検疫が免除された。これらのバブルに出入りする約30万人の現地スタッフやボランティアのグループには2万人分のワクチンしか割り当てられなかったため、大会中とチームの帰国後の両方でCOVID-19が蔓延することが懸念された。大会前の日本のワクチン接種率は15.2%と低く、オリンピック期間中は東京に緊急事態宣言が出されていた。
7月30日、アストラゼネカのワクチンが、ワクチンの供給不足により原則40歳以上を対象に公費接種のワクチンに追加された。 5月21日にモデルナ製と同時に薬事承認されたが、ごくまれに血栓症が起こることから国内では使われてこなかった。
8月3日、モデルナのワクチンの接種対象が、これまでの16歳以上から12歳以上に拡大された。
8月26日、厚生労働省はモデルナ製ワクチンの一部に異物混入が同月16日以降相次いで見つかったことをうけ、異物混入が疑われるロットの同社製ワクチン約163万回分の使用見合わせを発表。9月1日、モデルナ社による調査の結果、異物は製造機器の組立て時の不具合により混入したステンレスの破片であったことが分かり、問題のロットの製品は企業により自主回収されることとなった。また、回収対象のロットとは別のロットの製品に、ゴム片が混入しているものが見つかっているが、製造や採取の過程で蓋のゴムの一部が混入したと考えられる場合は、接種の継続は可能だとしている。
9月7日、厚生労働省はアメリカの製薬企業・ノババックスから技術移管を受けてワクチンの日本国内製造・流通を予定する武田薬品工業と日本国内での薬事承認を前提に1億5,000万回分のワクチン供給を受ける契約を締結した。
10月8日、厚生労働省がファイザー製ワクチンについて、2022年1月から1億2,000万回分の追加供給を受ける契約を締結した。
11月11日、ファイザーの18歳以上の3回目接種（追加接種）が薬事承認され、 12月1日に接種が開始された。
12月16日、モデルナの18歳以上の3回目接種（追加接種）が薬事承認された。
1月21日、ファイザーの5 - 11歳用ワクチンが薬事承認され、3月から接種が始まった。
2月14日、厚生労働省はファイザー製のワクチンについて、1億2,000万回分に加えて1,000万回分を追加購入することで合意した。
3月25日、ファイザーの3回目接種（追加接種）が12歳以上に拡大された。
4月11日、厚生労働省はアストラゼネカ製ワクチンの1億2000万回分の契約のうち、4000万回分をキャンセルした。残る8000万回分のうち4300万回分はCOVAXを通じて途上国などの海外に供与している。国内では、約20万回分を全国の自治体に配送し、mRNAワクチンでアレルギー反応が出る人などが接種を受けていたが、ごくまれに血栓症の報告があるため、接種回数は4月10日までの8か月間でおよそ12万回にとどまっていた。2022年6月、国内において最後の配分が行われ、9月30日に接種が終了した。
4月19日、ノババックスのワクチンを薬事承認し、5月から接種が始まった。ノババックス製は、インフルエンザや帯状疱疹のワクチンなどで幅広く使わてきた「組み換えたんぱくワクチン」であり、mRNAワクチンでアレルギー反応を起こす人や、新しい技術に懐疑的な人の選択肢になるとされている。国内では武田薬品工業が製造販売し、政府は1億5000万回分の契約を結んだ。
4月下旬から、いくつかの自治体でモデルナ製ワクチンが有効期限切れのため廃棄されている。ファイザー製ワクチンの希望者が多いことや、若年層の3回目の接種が進んでいないことが理由とされる。
5月25日、4回目の接種が開始された。
6月20日、ジョンソン・エンド・ジョンソンのワクチンを薬事承認した。なお、同ワクチンの接種については公費負担の対象とはせず、希望する場合には原則自己負担での接種となる。ジョンソン・エンド・ジョンソン製ワクチンは、アストラゼネカ製ワクチンと同じウイルスベクターワクチンであり、ごくまれに血栓症の発症が報告されている。
8月30日、ファイザーの5 - 11歳用ワクチンの3回目接種（追加接種）が薬事承認された。
9月上旬、小児（5 - 11歳）のワクチン接種に努力義務が適用された。
9月12日、モデルナとファイザーのオミクロン株（BA.1）対応2価ワクチンが薬事承認され、9月20日に接種が開始された。2回目までを接種した人の追加接種用として使われる。
10月5日、ファイザーの乳幼児（生後6か月 - 4歳）用ワクチンが薬事承認され、10月下旬に接種が始まった。10月24日から11月下旬にかけておよそ700万回分のワクチンが自治体に配送される。
10月5日、ファイザーのオミクロン株（BA.5）対応2価ワクチンが薬事承認され、10月13日に接種が開始された。
11月1日、モデルナのオミクロン株（BA.5）対応2価ワクチンが薬事承認され、11月28日の週から接種が開始された。
10月21日、12歳以上の5回目接種が開始され、少なくとも5か月としていた前回の接種からの間隔が3か月に短縮された。
12月13日、モデルナのワクチン（従来株）及びオミクロン株（BA.1及びBA.5）対応2価ワクチンの追加免疫の対象者が、12歳以上に拡大された。
12月16日、品質が保たれることがデータで示されたとして、ファイザー（6か月 - 4歳用、5 - 11歳用、12歳以上用）の2価（起源株/オミクロン株）ワクチンの有効期限が12ヶ月から18か月に延長され、印字より長い期限で取り扱うよう自治体に連絡が出された。過去にも有効期限は何度が延長されており、モデルナは6か月→7か月→9か月、ファイザー（従来株）は6か月→9か月→12か月→15か月になっている。
2月11日、モデルナの従来株対応1価ワクチンについて、予防接種法に基づく接種が終了した。オミクロン株対応2価ワクチンについては引き続き接種を受けられる。
2月28日、ノババックスのワクチンについて、薬事承認上の追加免疫の対象者を12歳以上に拡大された。ファイザー社の５～11歳用オミクロン株(BA.4-5)対応2価ワクチンが薬事承認された。
3月31日、ファイザーの従来株対応1価ワクチンについて、予防接種法に基づく追加接種が終了した。初回接種（1回目・2回目）やオミクロン株対応2価ワクチンについては引き続き接種が受けられた。
5月、2023年度の接種が始まり、基礎疾患がある人や高齢者など重症化リスクのある人や医療従事者が対象になった。ワクチンは、従来株ワクチンとオミクロン株対応2価ワクチンが使用された。
9月、秋開始接種は、生後6か月以上のすべての人が対象となったが、高齢者や基礎疾患がある重症化リスクの高い人にのみに「努力義務」「接種勧奨」が適用された。ワクチンは、流行の主流となっていたオミクロン株の派生型「XBB.1.5」対応の1価ワクチンが使用された。
3月末、「臨時接種」による全額公費負担が終了した。秋開始接種の接種者は、全対象者の22.7％、高齢者の53.7％の約2800万人にとどまり、1500万回分以上が廃棄される見込みとなった。2021年2月の接種開始から、これまでに約9億2840万回分を契約し、そのうち2億4415万回分の6653億円分のワクチンが廃棄の対象になった。厚労相は、「その時々の状況によって必要なワクチンを購入した。無駄とは考えていない」と述べている。臨時接種終了に伴い、自治体は、ワクチン保管用の冷凍庫の譲り先や売却先を探すなどした。また、「新型コロナワクチン接種証明書アプリ」のサービスが終了した。
4月、高齢者を対象とした年1回秋冬に接種する原則有料の定期接種（B類）に移行した。高齢者以外は、予防接種法に基づかない接種（任意接種）として自己負担で接種可能となった。またそれに伴い、健康被害救済制度の取扱いが変わった。ワクチンは、最新のWHOの推奨株を使用し、他疾病ワクチンとの同時接種が可能となる。