熊本市
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2000年（平成12年）国勢調査を基準にすると、熊本都市圏の10%都市圏の人口は102万人、1.5%都市圏の人口は146万人である（熊本都市圏参照）。
「平成の大合併」初期において、周辺7町から熊本市との合併を話し合う法定協議会設置の住民発議が起きた。政令指定都市の人口要件緩和措置から、合併は政令市化の道筋となる可能性があったが、当時、熊本県では政令市化に伴う権限委譲に消極的であり、また、熊本市ではくまもと未来国体開催に伴う財政悪化問題があった。3町では合併の是非を問う住民投票において反対派が大差で勝ち、7町議会でも合併案件は相次ぎ否決されて、この時点での熊本市の政令市化はならなかった。
ところが、交付金削減に伴う周辺自治体の財政難、自治体人口・10%都市圏人口ともに下回っていた新潟市・静岡市・浜松市などが合併・政令市化したこと、近い将来の九州新幹線開業による都市間競争への対策、そして、将来の道州制導入において州都を目指す熊本市の立場から、10%都市圏とほぼ同じ範囲の「101万人熊本都市圏」（3市12町1村 - 設定時）を対象として、「熊本都市圏及び政令指定都市についての研究会」が関係自治体などで結成された。最近の動きを以下に記載する。
下益城郡富合町では、度重なる政争や協議の結果2007年（平成19年）1月に法定合併協議会が設置され、2008年（平成20年）10月6日に熊本市と合併した。
城南町でも2007年（平成19年）3月、合併反対を掲げていた町長が選挙で敗れ、以前熊本市との合併を進めていた前町長が4年の時を経て再当選したことから、再び熊本市など周辺自治体との合併に向けて動き出すことになった。2007年（平成19年）秋の住民説明会を経て、11月に住民アンケートの実施を行った結果、全投票者数の7割が合併に賛成し、さらにそのうちの半数以上が熊本市との合併を求めたため、2008年（平成20年）2月7日に任意合併協議会が設置された。その後、法定協設置を経て、2009年（平成21年）6月28日の住民投票で合併賛成が多数との結果となり、同年7月10日の臨時町議会で廃置分合案が可決された。
上益城郡益城町では町長選で合併絶対反対を表明していた現職を破り、熊本市を含めた合併協議に応じると公約していた候補が当選。その後長らく合併に関する動きは見られなかったが、2007年（平成19年）12月に熊本市との間で合併・政令市に関する研究会を立ち上げ、さらに2008年（平成20年）4月、熊本市との間で任意協議会を設置することが決定した。また、以前は単独町制維持を公言していた益城町商工会が熊本市との合併政令市実現賛成に回ることを表明し、熊本商工会議所と一緒に「熊本都市圏経済研究会」を設置するなど、急速に熊本市に接近しつつあった（しかし、2009年（平成21年）4月の住民投票の結果、反対票が賛成を上回り、益城町は協議会から離脱した）。
鹿本郡植木町でも2007年（平成19年）9月以降、一部議員・住民などから熊本市への合併を求める動きが再浮上し、町長は熊本市と共同で合併政令市勉強会を設置し、調査結果を基に2008年（平成20年）1月から住民説明会が行われた。この結果を受け、2008年（平成20年）3月に熊本市と植木町の間で「熊本市・植木町合併問題調査研究会」の設置が決まり4月に1回目の会合が開かれた。その後法定協設置を経て、2009年（平成21年）6月28日の住民投票で合併賛成が多数との結果になり、同年7月9日の臨時町議会で廃置分合案が可決された。
2009年（平成21年）4月から6月にかけて相次いで行われた合併の賛否を問う住民投票の結果、前述のように益城町との合併の道は断たれたが、植木町、城南町との合併は濃厚となった。同年7月13日に熊本市議会での廃置分合案が可決。同年9月14日には熊本県議会でも廃置分合案が可決し、2町との合併により政令指定都市昇格条件となる人口要件70万人程度を満たし（3市町合わせた人口は約73万人）、2010年（平成22年）3月23日に合併。これにより、北九州市、福岡市に次ぐ、九州で3番目の政令市誕生へ前進した。
そして2011年（平成23年）10月18日、2012年（平成24年）4月1日より政令指定都市へ移行することが閣議決定された。
2009年（平成21年）12月22日 熊本市行政区画等審議会において、市内の行政区を5区または6区とする2つの案を提示した。区役所は市役所や植木町役場など既存のものを出来るだけ活用するが、一部の行政区では区役所を新設する必要もあると示した。
5区制案
編入された旧植木町と旧城南町を熊本市に組み込み、中央・東・西・南・北に人口10 - 18万人程度の5区割とする。
5区の場合、区役所建設にかかる費用は、約38億円と見込まれている。
6区制案
旧植木町の単独区と、旧富合町と旧城南町を一緒とした区と、旧熊本市内を4区割とした計6区割とするが、人口3 - 18万人とばらつきがあり審議会からは批判の意見が相次いだ。
6区の場合、区役所建設にかかる費用は、約48億円と見込まれている。
2010年（平成22年）2月22日 熊本市行政区画等審議会において、住民アンケートの結果を踏まえた案として、当初の5区案または6区案のほかに、ほぼ同規模の人口で近年政令市に移行した岡山市や相模原市のように少ない区割りで「3区案」や「4区案」の検討も必要ではないかという意見を示した。
2010年（平成22年）3月29日 熊本市行政区画等審議会において、市内の行政区を5区とし、3種類の案を提示した。5区案以外を推す委員もいたが少数となったため今回から除外した。
5区制1案 - 審議会が初めから提示した案で、旧植木町と旧城南町を熊本市に組み込み、中央・東・西・南・北に分割する。
5区制2案 - 旧植木町の単独区と、旧熊本市西部と旧富合町と旧城南町を一緒とした区と、旧熊本市内を北部・中央・東部に分割する。
5区制3案 - 5区制1案に類似しているが、各区の境界線を変更したもの。
2010年（平成22年）4月6日 熊本市行政区画等審議会において、市内の行政区を人口バランスが約10 - 18万人とほぼ均等にとれていることを理由に、審議会が最初に示した原案（前回の5区制1案）どおりとし、4月13日に幸山政史市長にこの区割り案を答申した。
A区 - 区域は旧植木町と旧熊本市北部とし、区役所は植木総合支所とする。
B区 - 区域は旧熊本市西部とし、区役所は西部市民センターとする。
C区 - 区域は旧熊本市中心部とし、区役所は熊本市役所内とする。
D区 - 区域は旧熊本市東部とし、区役所は税務大学校熊本研修所の隣接地とする。
E区 - 区域は旧富合町と旧城南町と旧熊本市南部とし、区役所は富合総合支所とする。
2010年（平成22年）5月21日の臨時議会で、区役所の整備費などを盛り込んだ2010年（平成22年）度一般会計補正予算案を賛成多数で可決した。これにより、政令市移行後の区割りは5区案で正式決定した。
区役所から離れた地域になる清水、花園、託麻、幸田の各市民センターの機能を総合支所並に格上げし、また、城南の総合支所機能を今後も継続することを求める案が議題に上った。
2010年（平成22年）9月6日から27日まで、区名の一般公募が行なわれた。
2010年（平成22年）10月19日、熊本市行政区画等審議会において、区名候補の一般公募で特に多かった各区上位2案と、その他の応募案の中から委員の投票で選ばれた各区3案、合わせて各区5案ずつが選定された。
2011年（平成23年）1月17日、熊本市行政区画等審議会はそれぞれの区名を北区・西区・中央区・東区・南区に決定し幸山市長に答申した。
2011年（平成23年）2月4日、熊本市政令指定都市推進本部会議は審議会答申の通り、区名を決定した。（ただしこれは「市の方針」であり、この時点では政令指定都市への移行も、区の名称・区域も正式決定されたものではない）
2011年（平成23年）8月29日、熊本県知事、熊本県議会議長、熊本市長、熊本市議会議長、熊本市政令指定都市推進協議会会長らが片山善博総務大臣（当時）に政令の改正を要望した。
2011年（平成23年）10月18日、熊本市を2012年（平成24年）4月1日に指定都市とする政令の改正が閣議決定され、21日に政令が公布された。全国では相模原市に続いて20番目、九州では北九州市・福岡市に次いで3番目となる。
2011年（平成23年）12月16日、熊本市議会において区の名称（北区・西区・中央区・東区・南区）とその区域が正式に決定された。