日吉大社
境内

西本宮本殿（国宝） - 祭神：大己貴神。崇神天皇7年創建。天正14年（1586年）再建。慶長2年（1597年）改修。上七社（山王七社）。かつて床下にある下殿で仏事が行われた。檜皮（ひわだ）葺きで、屋根は日吉造という日吉大社特有の形式。正面から見ると入母屋造に見えるが、背面中央の庇（ひさし）部分の軒を切り上げ、この部分が垂直に断ち切られたような形態（縋破風）になっているのが特色。
西本宮拝殿（重要文化財） - 天正14年（1586年）再建。
西本宮楼門（重要文化財） - 天正14年（1586年）再建。楼門の軒下四隅には神猿が彫られている。
大宮竈殿社 - 祭神：奥津彦神、奥津姫神。下七社。
包丁塚
宇佐宮本殿（重要文化財） - 祭神：田心姫神。仁和年間（885年 - 889年）創建。慶長3年（1598年）再建。上七社（山王七社）。西本宮本殿、東本宮本殿と同様、屋根は日吉造である。
宇佐宮拝殿（重要文化財） - 慶長3年（1598年）再建。
宇佐若宮 - 祭神：下照姫神。中七社。
宇佐竈殿社 - 祭神：奥津彦神、奥津姫神
気比社 - 祭神：仲哀天皇。下七社。
宝蔵 - 校倉造。
白山姫神社本殿（重要文化財） - 祭神：白山姫神。慶長3年（1598年）再建。上七社（山王七社）。
白山姫神社拝殿（重要文化財） - 慶長6年（1601年）再建。
剱宮社 - 祭神：瓊々杵命。下七社。
小白山社 - 祭神：大己貴命
八坂社 - 祭神：素盞嗚神
北野社 - 祭神：菅原道真
忍耐（しんぼう）地蔵
恵毘須社 - 祭神：事代主神
救済（おたすけ）地蔵
神輿収蔵庫 - 上七社それぞれの神輿が7基（全て重要文化財）が展示されている。現在の山王祭で使用される神輿はこれらではない。
三宮宮遥拝所 - 八王子山の麓にある。
牛尾宮遥拝所 - 八王子山の麓にある。
三宮神社本殿（重要文化財） - 祭神：鴨玉依姫神荒魂。慶長4年（1599年）再建。上七社（山王七社）。八王子山の山頂付近にある。
三宮神社拝殿（重要文化財） - 慶長4年（1599年）再建。本殿と接続している。懸造。
牛尾神社本殿（重要文化財） - 祭神：大山咋神荒魂。天喜元年（1053年）創建。文禄4年（1595年）再建。上七社（山王七社）。八王子山の山頂付近にある。
牛尾神社拝殿（重要文化財） - 文禄4年（1595年）再建。本殿と接続している。懸造。
牛御子社 - 祭神：山末之大主神荒魂。中七社。牛尾神社の拝殿内に祀られている。
金大巌（こがねのおおいわ） - 黄金の大巌とも。大山咋神が降り立ったという磐座。日吉大社の原点である。
奥総社 - 祭神：天神地祇。伝教大師最澄像を祀る。かつての神宮寺の跡地である。最澄の父・三津首百枝が子の誕生を祈った場所でもある。八王子山のさらに奥にある。
東本宮本殿（国宝） - 祭神：大山咋神。天智天皇7年（668年）創建。文禄4年（1595年）再建。上七社（山王七社）。日吉造。牛尾神社の里宮でもある。1868年（明治元年）から1928年（昭和3年）までは祭神が大己貴神（大物主神）であったため、「大神（おおみわ）神社本殿」と呼ばれていた。かつては現在地の北西にあった。建築形式は西本宮本殿に似る。
東本宮拝殿（重要文化財） - 文禄5年（1596年）再建。
大物忌神社（大津市指定有形文化財） - 祭神：大年神。中七社。東本宮本殿の背後にある。
稲荷社 - 祭神：宇賀之御魂神
二宮竈殿社 - 祭神：奥津彦神、奥津姫神。下七社。
神饌所
新物忌神社 - 祭神：天知迦流水姫神。中七社。
亀井霊水 - かつての閼伽井。
樹下神社本殿（重要文化財） - 祭神：鴨玉依姫命。天仁2年（1109年）創建。文禄4年（1595年）再建。上七社（山王七社）。三宮神社の里宮でもある。本殿の真下に霊泉の井戸がある。樹下神社本殿・拝殿の並びは東本宮本殿・拝殿・楼門の並びに対して直交している。樹下神社はかつては十禅師社と呼ばれていた。十禅師とは瓊々杵命のことで、瓊々杵命が国之常立神から数えて十代目の子孫であることから名付けられたものであるが、なぜそれが樹下神社の別称なのかは不明。
樹下神社拝殿（重要文化財） - 文禄4年（1595年）再建。
内御子社 - 祭神：猿田彦神
樹下若宮 - 祭神：玉依彦神。下七社。
神輿庫
東本宮楼門（重要文化財） - 天正・文禄年間（1573年 - 1596年）再建。
須賀社 - 祭神：素盞嗚神奇魂
巌滝社 - 祭神：市杵島姫命、湍津島姫命。下七社。
猿岩 - 猿の霊石ともいう。猿の形をした岩である。
氏神神社 - 祭神：鴨建角身命、琴御館宇志麿（日吉社社家始祖）。下七社。
氏永社 - 祭神：祝部希遠（日吉社社家の生源寺家祖）
八柱社 - 祭神：五男三女神。中七社。
正覚院稲荷大明神 - 祭神：荼枳尼天
日吉大社境内古墳群 - 古墳時代後期の円墳が約70基ある。
石造仏塔 - 西本宮楼門の西にある。
橋殿橋 - 橋は途中で途切れている。
祇園石 - 牛頭天王が宿る磐座。
大威徳石 - 大威徳明王が宿る霊石。
参集殿
社務所
行者社（行者堂）
神猿舎
神馬舎
惣社 - 山王ニ十一社を祀る。
合祀社 - 子安社、子立社
日吉会館
猿塚 - 日吉大社境内古墳群のうちの一つ。
日吉三橋 - 天正年間（1573年 - 1593年）に豊臣秀吉が寄進したと伝えらている。木橋が現在の石橋に架け替えられたのは寛文9年（1669年）。大正6年（1917年）8月、日吉三橋として指定文化財となる。
大宮橋（重要文化財） - 西本宮（大宮）へ向かう参道にかかる花崗岩製の石橋反橋。
走井橋（重要文化財） - 大宮橋のすぐ下流にかかるお祓いをするための石橋反橋。
二宮橋（重要文化財） - 東本宮（二宮）へ向かう参道にかかる花崗岩製の石橋反橋。
走井祓殿社 - 祭神：瀬織津比咩、速開都比咩、気吹戸主、速佐須良比咩
走井杉
早尾神社 - 祭神：素盞嗚神。中七社。境内入口の南側に祀られている。参道を挟んだ向かいには求法寺があり、当社入口の正面階段前には六角地蔵堂がある。
境外
大政所（宵宮場） - 御旅所。日吉大社の東にある。山王祭の行事「宵宮落とし」の舞台となる。
産屋神社 - 祭神：鴨別雷神。中七社。延暦寺の里坊・止観院と大政所の間にある。
流護因社 - 祭神：護因法師。産屋神社の左にある。
鼠社 - 祭神：大国主命。園城寺には延暦寺を攻撃したネズミ（僧の頼豪が化けた鉄鼠）を祀る十八明神社（ねずみの宮）があり、この社はそのネズミを封じ込めたものであるという。止観院の南にある。
日吉東照宮 - 祭神：徳川家康、日吉大神、摩多羅神。比叡山坂本ケーブルのケーブル坂本駅の南にある。
本殿（重要文化財） - 寛永11年（1634年）に本殿と拝殿を石の間で連結する権現造の様式で改築されたもので、これは日光東照宮に先立ち、その原型になったとされている。
石の間（重要文化財）
拝殿（重要文化財）
透塀（重要文化財）
唐門（重要文化財）
唐崎神社 - 祭神：女別当命。大津市唐崎にある。
西本宮拝殿（重要文化財）
西本宮楼門（重要文化財）
東本宮 本殿（国宝）の後部。削がれた屋根が日吉造の特徴を示している。
東本宮拝殿（重要文化財）
東本宮 楼門（重要文化財）
左から宇佐若宮、剣宮社、小白山社、八坂社、北野社、白山姫神社拝殿
宇佐宮拝殿（重要文化財）
宇佐宮本殿（重要文化財）
白山姫神社拝殿、本殿（重要文化財）
白山姫神社本殿（重要文化財）
樹下神社拝殿（重要文化財）
樹下神社本殿（重要文化財）
三宮神社(左)・牛尾神社
二宮橋（重要文化財）
大宮橋（重要文化財）
走井橋（重要文化財）
三宮神社拝殿（重要文化財）
牛尾神社拝殿（重要文化財）
金大巌