ボーダーダウン
ステージ構成

1～5面は各面前半、後半、ボス戦の3エリアに分割されている。前半または後半エリアでミスをした場合、通常はボーダーを1つ下げられてそのエリアのスタート地点からの再開となるが一定場面まで進行していた場合は1つ下のボーダーの次のエリアからのスタートとなる（G前半エリアの終盤ならY後半エリアのスタート地点から再スタート）。ボス戦ではボーダーが1つ下がりその場復活となる。
| 面 | タイトル （上段がアーケード版、下段はリミックス） | 解説 | ボス |
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| 1 | MARS ON THE GREEN TABLE (1G) THE YELLOW SUNSET (1Y) RED WITCH TEARS DARKNESS (1R) | “R.A.I.N.システム”と“アンタレス”の接続実験を兼ねた戦闘シミュレーション。接続そのもののテストであるため自機はそれぞれ単機で出撃しており、各ボーダーは出撃した時間帯が異なる設定となっている。 | コロナ・コロネット |
| 1 | ...AND IT IS REPEATED (1G) PHANTOM (1Y) SIMULATION GAME (1R) | “R.A.I.N.システム”と“アンタレス”の接続実験を兼ねた戦闘シミュレーション。接続そのもののテストであるため自機はそれぞれ単機で出撃しており、各ボーダーは出撃した時間帯が異なる設定となっている。 | コロナ・コロネット |
| 2 | VESTA MINING CAMP -GATE NO.014- (2G) VESTA MINING CAMP -GATE NO.021- (2Y) VESTA MINING CAMP -GATE NO.019- (2R) | 複数機体の同時制御演習。資源採掘用小衛星で発生した暴走事故の再現シミュレーションで、坑道や採掘ラインの内部に進入するため狭い場面が多い。同時制御のため他の自機も出撃しているのだが、ルートが違うため他の自機は見えない。 | ソウル・スクイザー |
| 2 | THE FIRST CASE (2G) VESTA MINING CAMP (2Y) SOUL SQUEEZER (2R) | 複数機体の同時制御演習。資源採掘用小衛星で発生した暴走事故の再現シミュレーションで、坑道や採掘ラインの内部に進入するため狭い場面が多い。同時制御のため他の自機も出撃しているのだが、ルートが違うため他の自機は見えない。 | ソウル・スクイザー |
| 3 | FLEET GAME -CASE GREEN- (3G) FLEET GAME -CASE YELLOW- (3Y) FLEET GAME -CASE RED- (3R) | 艦隊を仮想敵としたシミュレーション戦闘で、3機同時で攻略する。GREENは艦隊周辺を遊撃、YELLOWは艦隊を襲撃後離脱、REDは艦隊に突撃し、旗艦を内部から破壊する。このステージから背景に他の自機の行動が見えるようになる（例としてGREENの攻略中、旗艦を破壊したREDが脱出する様子が見える）。母艦破壊後R.A.I.N.システムが暴走し、幻覚の中でアンタレスは同士討ちを始める。つまり、このステージのボスは他のボーダーで出撃している2機の自機である。ボスは追加装備を装着しているように見えるが、R.A.I.N.システムの暴走で見える幻覚であり、実際には何もつけていない。 | TYPE“G” (3Y, 3R) TYPE“Y” (3G, 3R) TYPE“R” (3G, 3Y) |
| 3 | BATTLESHIP RENDEZVOUS (3G) BREAKTHROUGH (3Y) DESTROY THE CORE!! (3R) | 艦隊を仮想敵としたシミュレーション戦闘で、3機同時で攻略する。GREENは艦隊周辺を遊撃、YELLOWは艦隊を襲撃後離脱、REDは艦隊に突撃し、旗艦を内部から破壊する。このステージから背景に他の自機の行動が見えるようになる（例としてGREENの攻略中、旗艦を破壊したREDが脱出する様子が見える）。母艦破壊後R.A.I.N.システムが暴走し、幻覚の中でアンタレスは同士討ちを始める。つまり、このステージのボスは他のボーダーで出撃している2機の自機である。ボスは追加装備を装着しているように見えるが、R.A.I.N.システムの暴走で見える幻覚であり、実際には何もつけていない。 | TYPE“G” (3Y, 3R) TYPE“Y” (3G, 3R) TYPE“R” (3G, 3Y) |
| 4 | THE RUINED COLONY (4G) TRAP (4Y) LOST TEMPLE (4R) | このステージから実戦となる。暴走しコロニーに衝突した機動兵器“オシリス”を破壊する作戦に参加する。GREEN、YELLOW（リミックスではYELLOW、RED）では、後半でオシリスとの直接戦闘がある。 | パラサイトイシス |
| 4 | TRANCEPORT NETWORK IN A COLONY (4G) BORDER LINE (4Y) A HUGE DECOY (4R) | このステージから実戦となる。暴走しコロニーに衝突した機動兵器“オシリス”を破壊する作戦に参加する。GREEN、YELLOW（リミックスではYELLOW、RED）では、後半でオシリスとの直接戦闘がある。 | パラサイトイシス |
| 5 | THE HEAVENLY TOWER (5G) MERCILESS ANGELS DANCE (5Y) ZIGGURAT (5R) | オシリスは囮であった。軌道エレベーター“ジッグラト”の中央制御部に集結している敵勢力の元へ急行する。大型F・A“ギガバラナス”破壊後、再度R.A.I.N.システムが暴走しステージ3と同じ幻覚が出現、ジッグラトの中央制御部を自ら破壊してしまう。 | ギガバラナス |
| 5 | THE PLOT (5G) ORBITAL ELEVATOR (5Y) ONE-WAY TICKET (5R) | オシリスは囮であった。軌道エレベーター“ジッグラト”の中央制御部に集結している敵勢力の元へ急行する。大型F・A“ギガバラナス”破壊後、再度R.A.I.N.システムが暴走しステージ3と同じ幻覚が出現、ジッグラトの中央制御部を自ら破壊してしまう。 | ギガバラナス |
最終ステージであるSTAGE6は、それまでに通ってきたボーダーによって内容が変化し、6A、6B、6C、6Dの4種類が用意されている。STAGE5クリア時点でステージノルマ達成が一定回数以上だと、それまでプレイした時間が一番多いボーダーによって6B、6C、6Dに分岐、ノルマ達成数が規定回数に満たないと6Aに分岐する。
6Aと6B、6Cと6Dは、実質的には同じステージである。それぞれのエンディングから推察されるストーリーの時系列は5面以降から分岐して 6A→6B 若しくは6C→6D の順。
| 面 | タイトル | 解説 | ボス    |
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| 6A 6B | CRUSHING BLOW (6A) BLOOM (6B) | 軌道エレベーターが崩壊してゆく中、落下する宇宙港中央に残る大型F・Aを破壊する。 | ミスフォーチュンロートス |
| 6C 6D | ...THEY FLY LIKE A BIRD (6C) RED RAIN (6D) | 三度発生したR.A.I.N.システムの異常によりパイロットへの負荷が限界に達し、ついにアンタレスはシステムから強制切断される。軌道エレベーター崩壊後の荒廃した火星上空で、アンタレスはいまだ飛び続けていた。このステージの自機はシステムから切断された後も飛び続けるアンタレスであり、切断後残されたパイロットの脳データが操縦しており、完全な無人機と化している。これに対してボスはアンタレスを撃破するために火星連合が出撃させた同系機であり、これを操縦しているのは先ほどまでのステージで自機であるアンタレスを操縦していたボイド・フランクである。 | ANTARES-XX“レッドワスプ” |