亡国のイージス
原作あらすじ

はたかぜ型ミサイル護衛艦「いそかぜ」とたちかぜ型ミサイル護衛艦「うらかぜ」から成る海上自衛隊第3護衛隊群第65護衛隊は、訓練のため呉地方隊を出港し、太平洋の訓練海域へ向かっていた。「いそかぜ」は大規模改修が行われてミニ・イージスシステムが搭載され、TMD対応イージス艦の一番艦となったばかりだった上、幹部がほぼ全員交代しており、練度が低い状態だったが、海上訓練指導隊 (FTG) から受け入れ監査を受けなければならなかった。「いそかぜ」先任伍長の仙石は、イージスシステムの経験者として異動してきた如月一士や、独身者揃いの幹部たちの不自然な様子に気づく。如月も、自らの「目的」のためとは言え、同僚や仙石たちに接近する。特に仙石に対しては絵画を通じて心を開いていく。
そのころ、『辺野古ディストラクション』後に米軍から奪われた特殊兵器「GUSOH」（通称：ネスト、あれ）は、防衛庁情報局 (DAIS) の監視も虚しく7人の工作員の手で持ち出されてしまう。
予定通り、由良基地で溝口三佐以下FTG隊員を受け入れるが、彼らの不自然さに、「いそかぜ」の下士官たちも気が付いていく。そんな中、オセアニア航空202便（ボーイング747）の墜落事故が発生。「いそかぜ」は墜落現場に赴いて救助活動を行い、奇跡的に生存していた女性を救出するが、やがてその女性は死亡する。しかし、「いそかぜ」には不可解な事故が続発。女性も、生き返って艦内に潜入した噂まで出る始末だった。ついに、菊政二士が訓練中に事故死し、艦内に動揺が広がる中、演習続行が決断される。仙石はクルーを守るべく竹中副長ら幹部に食って掛かり、ついに宮津艦長と溝口三佐から「真相」を聞く。
DAISの人間である溝口三佐らは、FTGを装って「いそかぜ」に乗艦し、艦内に潜伏している北朝鮮工作員「ホ・ヨンファ」の影響下にある工作員：如月を捕える任務を帯びていた。艦内に隠れていた女性も溝口の部下だった。ヨンファは宮津艦長の息子：隆史に接近し、それをヨンファ捕縛の好機ととらえたDAISにより、隆史は死に追いやられたという。
「真相」を知った仙石は、戦闘配置が命じられる中で如月を問い詰め、PlayStationに偽装された通信機を破壊するが、逆に気絶させられてしまう。その後の混乱の中で、先任海士長だった田所が殺害され、さらに如月は艦を爆破し始める。仙石は機関室に爆弾を仕掛けた如月を見つけると、激しく詰問するが、艦長らの「真相」とはまったく異なる説明を如月から聞くこととなる。溝口こそがホ・ヨンファであり、潜伏した女：ジョンヒも高練度の工作員で、28名の幹部全員がグルである。自分は「いそかぜ」反乱を阻止すべくDAISから送り込まれた工作員であると。
仙石は混乱するが、入れ替わるように機関室に乱入したヨンファの部下たちは如月を捕え、発煙筒を艦内にばら撒いていく。宮津艦長は「最後の命令」として総員離艦を命ずるが、仙石は土壇場で救命筏から海に飛び込み如月が爆破して生み出した破孔を通じ「いそかぜ」に戻る。宮津やヨンファたちが残る「いそかぜ」は「うらかぜ」をハープーンで撃沈し、「いそかぜ」撃沈命令を受け対艦攻撃を試みた航空自衛隊のF-15JをもSM-2ERを用いて撃墜すると、自衛艦隊宛に「自衛艦隊からの離脱を宣言する。本艦の全ミサイルは東京首都圏に設定されている。その弾頭、通常に非ず」と叛乱を宣言する。
東京を射程に収めた「いそかぜ」が東京湾方面へ航行する中、梶本首相率いる政府は『大戦中の米軍の機雷不発弾処理のため』として東京湾を封鎖する。一般市民に被害を出さない解決法は、「解毒剤」である特殊焼夷弾（Tプラス）で「いそかぜ」を破壊するか、艦内部から制圧するかの二つしかなかった。宮津の要求は、GUSOHやDAISの存在の公表、DAISが隆史を暗殺したことの公表などであった。
午前9時、政府首脳との2回目の通信で、梶本首相は宮津を懐柔しようとDAISの存在や暗殺を否定する。そこで宮津はCICに如月を呼び寄せるが、如月は組織のためではなく「生き甲斐を守るために戦う」と話す。政府首脳にも宮津にも衝撃が走り、ヨンファが如月を殺害しようとした瞬間、「いそかぜ」閉鎖区画に潜入していた仙石が爆発を起こし、工作員の一人からマシンガンを奪う。仙石は艦内放送で、幹部とは違う海曹としての「いそかぜ」への愛着を語ると、応急指揮所を介してCICの二酸化炭素消火装置作動警報を起動。CICが混乱に陥った隙をついて如月は脱走に成功し、二人は合流する。
一方、第1護衛隊群旗艦として僚艦と共に「いそかぜ」を監視するはるな型ヘリコプター搭載護衛艦「ひえい」は、「いそかぜ」の照明を使ったモールス信号を解読し、仙石と如月が潜入していることを発見する。梶本首相らはTプラスによる爆撃を計画するが、DAISの渥美は時間稼ぎをし、二人とDAIS対テロ特殊要撃部隊「920SOF」による「いそかぜ」制圧作戦を立案する。最終的に、渥美は首相を説得し「亡国の危機」解決のため作戦実行の許可を得ることに成功。3回目の通信で、首相は要求を全て飲む旨を宮津に伝える。そして渥美が宮津と話し、隆史の暗殺への関与を認めるが、その会話から15時に作戦が実施されることを仙石と如月は理解する。
しかし、ヨンファも同様に作戦実施を見抜き、制圧作戦は露見して失敗、逆に「いそかぜ」からの短魚雷攻撃により水中から突入を試みた920SOFは壊滅する。救助を求める政府と、受け入れを迷う宮津の双方をヨンファは嘲笑う。そしてヨンファがGUSOH発射を試みる中、突如海自のヘリが現れる。ヘリから「うらかぜ」元艦長の阿久津が発した「シーマンシップ」という言葉に宮津は激しく動揺する。葛藤の中、宮津は阿久津の乗るヘリを撃墜すべくCIWSの発射スイッチに手をかけるが、竹中に制止される。同じタイミングで、仙石と如月はCIWSを使用不能にする。
やがて工作員たちとの戦闘が始まる。「いそかぜ」はTプラス使用を防ぐため沿岸へ移動を開始する。ヨンファとジョンヒ、宮津と竹中の関係にもやがて亀裂が入る。如月はついにジョンヒを倒す。仙石と如月は、盗聴器から竹中とヨンファの口論を聞き、GUSOHがVLSの第7セルに収められたSM-2ERに装填されたことを知る。ヨンファは先回りしてGUSOHを回収し専用容器『ネスト』に格納するが、宮津と、次に如月と相撃ちになり、双方に重傷を負わせる。
仙石は如月を治療するためVLS管制室に救急セットを取りに行くが、そこで宮津艦長と再会する。宮津は残存の隊員に対し先任伍長である仙石の指揮下に入ることを艦内放送で命じる。一切の対話を拒否して「いそかぜ」を晴海に向け、GUSOHを開放するつもりのヨンファは、部下に命じて舵や機関関連設備を破壊し「いそかぜ」を暴走させていた。仙石は残存の幹部たちに、退艦を命じる。仙石はヨンファとの直接対決に臨むが阻止できず、ヨンファは『ネスト』を頭上で開放する……が、何も起こらなかった。
茫然となった二人は再び対決し、仙石も重傷を負うが、ヨンファは転落死する。Tプラスを搭載した航空自衛隊のF-15Jによる「いそかぜ」攻撃が迫る中、仙石は手旗信号で「グソー存在せず、艦暴走せり」とDAISの偵察衛星に観測されることを期待しつつ外部に伝え、攻撃は阻止された。退艦が進む中、なおも暴走する「いそかぜ」に残る宮津艦長は、最後の決断として如月に代わって機関室の爆弾を起爆し、艦を自沈させる。
事件後、事件は「事故」として闇に葬られ、仙石は退職して兄が営むスーパーで働いていた。妻子とも関係が修復されつつあり、絵を仕事にし始めた仙石は、死亡したとされる如月の消息を訪ねる。再会した二人は、海に護衛艦を見つけると、新しい未来を信じて大きく手を振るのだった。