全国JOCジュニアオリンピックカップ水泳競技大会
会場

4競技それぞれ異なる会場を使用する。
競泳競技は、東京辰巳国際水泳場（以下辰巳）完成前まで、夏季大会が代々木オリンピックプール（以下代々木）、春季大会が東京スイミングセンターで主に開催されていた。辰巳完成後は、夏季・春季ともに原則として辰巳に固定開催されていた（第35回春季大会（2013年）は辰巳改修工事のため、例外的に新潟県長岡市のダイエープロビスフェニックスで開催）。第46回大会から東京アクアティックセンターで夏季・春季ともに原則として固定開催。なお、夏季は長水路、春季は短水路で行われる。
水球競技は、春季大会は東京体育館で開催されていたものが、第27回（2004年）より千葉県国際総合水泳場にて固定開催されている。なお、夏季大会は持ち回り開催となっていたが、第36回（2013年）より東和薬品RACTABドーム（当時なみはやドーム）、第42回（2019年）より京都アクアリーナに固定。
飛込競技は、辰巳完成前まで代々木で開催され、完成後は第30回（2007年）まで固定開催された。その後持ち回りを経て第36回（2013年）以降は大阪プールに固定。春季大会は辰巳とダイエープロビスフェニックスを交互に使用した後、第46回（2023年）より日環アリーナ栃木に固定。
アーティスティックスイミング競技は持ち回り開催だったが、第44回より横浜国際プールに固定。。
| 回 | 年度 | 競泳> 夏季 | 競泳> 春季 | 水球> 夏季 | 水球> 春季 | 飛込> 夏季 | 飛込> 春季 | AS |
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| 1 | 1978 | 代々木オリンピックプール | トピレックスイムクラブ VIPスイミングクラブプール |  |  |  |  |  |
| 2 | 1979 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 3 | 1980 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 4 | 1981 | 島根県松江プール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 5 | 1982 | 代々木オリンピックプール | 日本サイクルスポーツセンター |  |  |  |  |  |
| 6 | 1983 | 富山市民プール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 7 | 1984 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 8 | 1985 | 大阪プール | 日本サイクルスポーツセンター |  |  |  |  |  |
| 9 | 1986 | 東京体育館屋内プール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 10 | 1987 | 水戸市民プール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 11 | 1988 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 12 | 1989 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 13 | 1990 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 14 | 1991 | 代々木オリンピックプール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 15 | 1992 | 奈良県営プール | 東京スイミングセンター |  |  |  |  |  |
| 16 | 1993 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 17 | 1994 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 18 | 1995 | 岡山県水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 19 | 1996 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 20 | 1997 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 21 | 1998 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 22 | 1999 | 横浜国際プール | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 23 | 2000 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  |  |  |  |  |
| 24 | 2001 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 敷島公園水泳場 | 東京体育館 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 富山県総合体育センター |
| 25 | 2002 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 青木町公園総合運動場 | 東京体育館 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 日本サイクルスポーツセンター |
| 26 | 2003 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 江津市民プール | 東京体育館 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 千葉県国際総合水泳場 |
| 27 | 2004 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 敷島公園水泳場 | 千葉県国際総合水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 大宮公園水泳場 |
| 28 | 2005 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | なみはやドーム | 千葉県国際総合水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 名古屋レインボープール |
| 29 | 2006 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  | 広島ビッグウェーブ |
| 30 | 2007 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 児島マリンプール | 千葉県国際総合水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 |  | なみはやドーム |
| 31 | 2008 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | なみはやドーム | 千葉県国際総合水泳場 | 千葉県国際総合水泳場 |  | 児島マリンプール |
| 32 | 2009 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | 横浜国際プール |  | DPフェニックス |
| 33 | 2010 | 東京辰巳国際水泳場 | （中止） | 広島ビッグウェーブ | （中止） | 浜松市総合水泳場 |  | DPフェニックス |
| 34 | 2011 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | なみはやドーム | 千葉県国際総合水泳場 | 大阪プール |  | 富山県総合体育センター |
| 35 | 2012 | 東京辰巳国際水泳場 | DPフェニックス | 大阪プール | 千葉県国際総合水泳場 | 千葉県国際総合水泳場 |  | アクシオン福岡 |
| 36 | 2013 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） |  | 日本ガイシアリーナ |
| 37 | 2014 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | 東京辰巳国際水泳場 | 宮城県総合プール |
| 38 | 2015 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | DPフェニックス | アクアウィング |
| 39 | 2016 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | 東京辰巳国際水泳場 | 三重交通Gスポーツの杜鈴鹿 |
| 40 | 2017 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | 東京辰巳国際水泳場 | 札幌市平岸プール |
| 41 | 2018 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 東和薬品RACTABドーム （旧なみはやドーム） | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | DPフェニックス | 盛岡市立総合プール |
| 42 | 2019 | 東京辰巳国際水泳場 | （中止） | 京都アクアリーナ | （中止） | 丸善インテック大阪 （旧大阪プール） | （中止） | 金沢プール |
| 43 | 2020 | （通信大会） | （通信大会） | （分散大会） | 千葉県国際総合水泳場 | （分散大会） | 東京辰巳国際水泳場 | （分散大会） |
| 44 | 2021 | 東和薬品RACTABドーム | 東京辰巳国際水泳場 | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | 丸善インテック大阪プール | 日環アリーナ栃木 | 横浜国際プール |
| 45 | 2022 | 東京辰巳国際水泳場 | 東京辰巳国際水泳場 | 京都アクアリーナ | 柏崎アクアパーク | 丸善インテック大阪プール | 東京辰巳国際水泳場 | 横浜国際プール |
| 46 | 2023 | 東京アクアティクスセンター | 東京アクアティクスセンター | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | Asue大阪プール (旧丸善インテック大阪プール) | 日環アリーナ栃木 | 横浜国際プール |
| 47 | 2024 | 東京アクアティクスセンター | 東京アクアティクスセンター | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | 草津市立プール （インフロニア草津アクアティクスセンター） | 日環アリーナ栃木 | 横浜国際プール |
| 48 | 2025 | 東京アクアティクスセンター | 東京アクアティクスセンター | 京都アクアリーナ | 千葉県国際総合水泳場 | Asue大阪プール | 日環アリーナ栃木 | 草津市立プール |