会計検査院
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大日本帝国憲法
| 代 | 氏名 | 在任期間 | 主要な役職 |
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| 心得 | 安藤就高 | 1880年3月10日 - 1881年5月28日 | 大蔵少丞、 会計検査院副長 |
| 1 | 山口尚芳 | 1881年5月28日 - 1881年10月21日 | 元老院議官、 貴族院議員 |
| 2 | 岩村通俊 | 1881年10月21日 - 1884年5月7日 | 北海道庁長官、 農商務大臣 |
| 3 | 渡邊昇 | 1884年5月7日 - 1898年12月20日 | 大阪府知事、 元老院議官、 貴族院議員 |
| 兼務 | 田中光顕 | 1887年5月14日 - 1888年12月3日 | 内閣書記官長、 宮内大臣 |
| 4 | 山田信道 | 1898年12月22日 - 1900年3月12日 | 農商務大臣 |
| 5 | 内海忠勝 | 1900年3月19日 - 1901年6月2日 | 内務大臣、 貴族院議員 |
| 6 | 田尻稲次郎 | 1901年6月5日 - 1918年2月25日 | 大蔵次官、 東京市長 |
| 7 | 中隈敬蔵 | 1918年2月25日 - 1924年3月21日 | 会計検査院部長 |
| 8 | 水町袈裟六 | 1924年3月27日 - 1929年11月22日 | 大蔵次官、 日本銀行副総裁 |
| 9 | 湯浅倉平 | 1929年11月22日 - 1933年2月15日 | 内大臣、 貴族院議員 |
| 10 | 河野秀男 | 1933年2月15日 - 1938年2月16日 | 会計検査院部長、 貴族院議員 |
| 11 | 岡今朝雄 | 1938年2月16日 - 1941年10月15日 | 会計検査院部長 |
| 12 | 河本文一 | 1941年10月24日 - 1946年6月10日 | 枢密顧問官 |
| 13 | 荒井誠一郎 | 1946年6月26日 - 1947年8月26日 | 大蔵省専売局長官、 日本興業銀行副総裁 |
日本国憲法施行後
現行の会計検査院法に基づき在任した者について記載。なお、荒井誠一郎は大日本帝国憲法下の（旧）会計検査院法に基づき任命された者であり、日本国憲法下では新たに任命辞令を受けることなく（新）会計検査院法附則第5条第1項の経過措置により在任していたことから代数は「0」とし、後任の佐藤基から代数開始とする。
再任は個別の代として記載。
退任日に付した（願）は任期途中の依願退任、（亡）は死亡、（定）は検査官としての定年退官に伴う院長自然退任、（他）は経過措置に基づく自動的退任。付していないものは検査官としての任期満了に伴う院長自然退任。
院長への就任は検査官に任命された者の互選で決まり、また理論上は院長を退いて引き続き一検査官としてとどまることも可能であるため、認証官たる検査官としての任命日・免（退）官日と内閣の辞令による院長就任日・退任日は必ずしも一致しない。下表では院長としての就任日・退任日を記載する。
空席期間又は院長の海外出張時においては、院長でない検査官の1人が「会計検査院長職務代行」として職務を遂行する。代行就任の順序に関する規定は1947年5月3日から2006年1月30日までは「先任の検査官」が、2006年1月30日以降は「あらかじめ官報で公示した検査官」がそれぞれ優先となっている。
| 代 | 氏名 | 在任期間 | 出身母体等での主要な役職 |
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| 0 | 荒井誠一郎 | 1946年6月26日 - 1947年8月26日（他） | 大蔵省専売局長官、 日本興業銀行副総裁 |
| 1 | 佐藤基 | 1947年8月26日 - 1954年8月22日 | 法制局第一部長、 特許標準局長官、 新潟県知事 |
| 2 | 東谷傳次郎 | 1954年8月27日 - 1957年8月22日 | 会計検査院事務総長 |
| 3 | 加藤進 | 1957年8月27日 - 1959年8月31日 | 宮内次官、 宮内府次長 |
| 4 | 山田義見 | 1959年9月25日 - 1961年8月24日 | 大蔵次官、 日本勧業銀行副総裁 |
| 5 | 芥川治 | 1961年10月17日 - 1964年8月22日 | 参議院事務総長 |
| 6 | 小峰保榮 | 1964年8月25日 - 1966年9月21日 | 会計検査院事務総長 |
| 7 | 塚越虎男 | 1966年10月4日 - 1967年5月21日（定） | 大蔵省名古屋財務局長、 宮内庁皇室経済主管 |
| 8 | 山﨑高 | 1967年7月18日 - 1971年8月23日 | 衆議院事務総長 |
| 9 | 白木康進 | 1971年10月26日 - 1973年9月29日 | 会計検査院事務総長 |
| 10 | 白石正雄 | 1973年12月1日 - 1975年10月15日 | 大蔵省国有財産局長 |
| 11 | 佐藤三郎 | 1975年11月25日 - 1978年10月21日 | 会計検査院事務総長 |
| 12 | 知野虎雄 | 1978年10月24日 - 1980年11月29日 | 衆議院事務総長 |
| 13 | 大村筆雄 | 1980年12月2日 - 1982年11月20日 | 大蔵省国有財産局長 |
| 14 | 鎌田英夫 | 1982年11月24日 - 1985年10月22日 | 会計検査院事務総長 |
| 15 | 大久保孟 | 1985年10月25日 - 1987年3月29日（定） | 衆議院事務総長 |
| 16 | 辻敬一 | 1987年4月3日 - 1989年4月10日（願） | 行政管理事務次官（大蔵省出身） |
| 17 | 中村清 | 1989年4月11日 - 1992年10月23日 | 会計検査院事務総長 |
| 18 | 中島隆 | 1992年10月30日 - 1994年4月4日（定） | 衆議院事務次長 |
| 19 | 矢﨑新二 | 1994年4月12日 - 1996年9月27日（定） | 防衛事務次官（大蔵省出身） |
| 20 | 疋田周朗 | 1997年2月18日 - 1999年10月26日 | 会計検査院事務総長 |
| 21 | 金子晃 | 1999年12月7日 - 2001年12月4日 | 慶應義塾大学教授 |
| 22 | 金子晃 | 2001年12月7日 - 2002年7月30日（定） | 慶應義塾大学教授 |
| 23 | 杉浦力 | 2002年8月2日 - 2004年2月16日 | 総務事務次官（総理府出身） |
| 24 | 森下伸昭 | 2004年2月20日 - 2006年1月20日（定） | 会計検査院事務総長 |
| 25 | 大塚宗春 | 2006年1月27日 - 2008年2月8日（定） | 早稲田大学教授 |
| 26 | 伏屋和彦 | 2008年2月15日 - 2009年1月25日（定） | 国税庁長官 |
| 27 | 西村正紀 | 2009年4月6日 - 2011年2月16日 | 総務事務次官（行政管理庁出身） |
| 28 | 重松博之 | 2011年2月25日 - 2012年11月24日（定） | 会計検査院事務総長 |
| 29 | 山浦久司 | 2013年3月11日 - 2013年5月10日（定） | 明治大学教授 |
| 30 | 河戸光彦 | 2013年8月8日 - 2018年10月22日 (定) | 会計検査院事務総長 |
| 31 | 柳麻理 | 2018年12月7日 - 2019年8月15日 (定) | 早稲田大学教授 |
| 32 | 森田祐司 | 2019年9月3日 - 2023年9月1日 (定) | 有限責任監査法人トーマツパートナー |
| 33 | 岡村肇 | 2023年9月12日 - 2024年1月3日 (定) | 会計検査院事務総長 |
| 34 | 田中弥生 | 2024年1月12日 - | 大学改革支援・学位授与機構教授　 |