古畑任三郎のエピソード一覧
第3シーズン

| 通算回 | エピソードタイトル | 初回放送日  | 犯人役（メインゲスト） | 演出 | 視聴率 | 時系列 |
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| 第28回 | 若旦那の犯罪  | 1999年4月13日 | 市川染五郎 （松本幸四郎） | 河野圭太 | 25.5% | 第33回より後 |
落語家の気楽家雅楽（市川染五郎）は人気も華もあり、多くの客を笑わせる腕もあるが、古典落語に対する知識が乏しく、新作を作る能力が無かった。そこで、古典落語に精通し、新作に定評があるが、人気や腕がなくいまだ二つ目の兄弟子・気楽家苦楽（モロ師岡）のネタ帳を盗み、自らが演じる。それに気付いた苦楽に責められると、苦楽の頸動脈を斬り殺害。雅楽は事前に落語家協会の真打昇進リストを盗み出しており、苦楽がリストに自分の名前がないことを知って将来を悲観して自殺したように見せかけた。しかし、苦楽の死体が煮干しを握りしめていることに気付いた古畑は、自殺に疑問を持つ。さらに、苦楽が死んだと兄弟弟子に聞かされたとき、雅楽はいつ死んだか聞き返さなかった。傍らにいた古畑はこれをきっかけに彼を追い詰めてゆく。  15分拡大放送。西園寺が今泉と同等のレギュラー化。解決編で事件に関与していない第三者が同席していた稀有な回。雅楽の落語イベントのスタッフとして、第26回の「古畑任三郎VS SMAP」にも登場したコンサートスタッフが登場する。
| 第29回 | その男、多忙につき 忙しすぎる殺人者 | 1999年4月20日 | 真田広之 | 鈴木雅之 | 24.5% | 第26回より前で第33回より後 |
メディアプランナー・由良一夫（真田広之）は、議員・岩田大介（佐渡稔）から、由良から受けた自身のスキャンダルへの対応アドバイスが失敗に終わった事で、新事業の融資から手を引くと言われ、ホテルの一室で自殺に見せかけて殺害する。朝早く事件に駆り出された古畑は、灰皿に残った燃えカスと撃ち抜かれたTVのチューナーに疑問を感じる。前の晩、被害者が何度もマッサージのサービスに間違い電話をしていたということで、その番号から本当にかけたかったのは由良の部屋ではないかと考える。しかし、由良は被害者と面識はなく、殺害された時間は秘書（磯野貴理子）とずっと電話で話していたと証言する。今泉がホテルの10周年記念イベントを開催しているとの言動が、古畑にとっての解決のヒントとなる。  全作品中で唯一エンディングクレジットが中央に表示された。古畑が犯行を証明するために使った図とホテルの照明が左右に配置されていたためである。佐渡稔は第9回のディレクター役に続き、二度目のゲスト出演となった。
| 第30回 | 灰色の村 古畑、風邪をひく | 1999年4月27日 | 松村達雄 岡八郎 | 河野圭太 | 22.1% | 第32回の直後（1999年4月） |
出張から帰る途中、古畑は風邪をひき、療養のため長野県の雛美村にある旅館『雛形』へ立ち寄り一泊することになる。村には古畑達の他にも、日下部薫子（あめくみちこ）と言う女性が宿泊していたが、彼女は東京の村越デパートの営業責任者と偽り、村の地酒である「雛乃誉」を売り込むための費用と称して、多額の金（約1500万円）を騙し取っていた。その事実を知った村長の荒木嘉右衛門（松村達雄）は、薫子を呼びつけ、村人たちで取り囲み叱責するも、薫子が開き直ったため、激昂し日本刀で斬殺する。嘉右衛門を「お館様」と呼んで敬愛する村人達は、村役場助役の鵜飼（岡八郎）が中心となって、彼を守るため薫子が存在した痕跡を全て消そうと、村人全員にお達しを出していた。殺害前日の晩に偶然会った薫子に一目惚れしていた今泉が必死で彼女を捜索するが、薫子のアリバイを村中で聴取しても薫子の存在そのものが抹消されており、捜査は難航する。しかし今泉が薫子の剥がれた爪を保管していたことから矛盾を発見し、村民総出での犯罪隠蔽を疑い始め、捜査を開始することになる。  犯人役は松村達雄だが、OPでは岡八郎も同格にクレジットされている。また、当時はまだ岡八朗ではなく岡八郎名義だった。あめくみちこが第11回中浦たか子のマネージャー役に続き2回目のゲスト出演。解決編前の視聴者への挑戦のラストカットで、当時田村が出演していたエーザイのCMのキャッチコピーである「スカイナーで早くよくなれ」(商品名は民放なので具体名は出さずに"薬飲んで"に変更)がネタとして使用されている。
| 第31回 | 古畑、歯医者へ行く アリバイの死角 | 1999年5月4日 | 大地真央 | 佐藤祐市 | 26.0% |  |
古畑は、友人（次回に登場する安斎亨）の紹介で歯科医・金森晴子（大地真央）の元を訪れ、歯痛の治療をしてもらおうと歯科クリニックの待合所で順番待ちをしていた。その時、診療室の治療を受けていたのは金森の元恋人・山村淳一（陰山泰）。彼は長く付き合っていた金森を捨て、こともあろうに、金森の元で働く歯科助手・瀬川エリ（伊藤裕子）に乗り換えたのだった。もう過去にはこだわっていない風を装いながら、金森は殺害計画を実行に移していく。そして、金森のクリニックから歩いて5分の場所にあるオフィスビルのトイレで、山村の射殺死体が発見された。金森の言動・金森の口から香るハッカの匂いなどから何かおかしいと感じた古畑は、金森を追い詰めていく。  唯一男装して犯行した回。第27回に続き花田が再登場。事件発生前の時点で古畑が、第26回の事件でSMAP（架空）を逮捕したのが自分である事を、金森晴子に明かしている。古畑が犯人（金森）のアリバイ工作に利用されていた事が判明する稀有な回。
| 第32回 | 再会 古い友人に会う | 1999年5月11日 | 津川雅彦 | 河野圭太 | 27.8% | 第30回より前で第31回の直前 |
小説家の安斎亨（津川雅彦）は、若い妻・香織（三浦理恵子）が自分担当の雑誌編集者・斎藤秀樹（細川茂樹）と浮気しているのを知っていた。それに対して見て見ぬ振りをしている安斎は、以前古畑から預かったゴールデン・レトリバーの万五郎（第1シーズン第1話の犯人・小石川ちなみが飼っていた犬）に何かを躾け続けていた。ファックスによる招待状を受け取った古畑は、学生時代からの古い友人である安斎の別荘を訪れ歓待を受けるが、安斎も、香織も、古畑にFAXを送った覚えはないという。安斎に仕事場の離れに誘われ、ゲームに興じていた古畑は妻の香織と斎藤の不倫現場を目撃する。そして西園寺の推理から、安斎が妻を当日の夜に殺害するのではという疑念を抱き始め、安斎の殺害行為を事前に食い止めようと知恵を絞り始める。  この話は、企画当初は最終回に持ってくる予定の回であったことを解決編前のトークで古畑が明かしている。シリーズ中、唯一未遂で終わる。登場人物の年齢と、その同級生である古畑の生年月日から3rd seasonは2003年前後の出来事だと推測される。第1回で登場した小石川ちなみ（中森明菜）の愛犬まんごろうが再登場する。第22回で登場した犯人、若林仁（風間杜夫）が編集長を務めていた文芸雑誌「月刊カドマツ」が登場する。なおCS放送の日本映画専門チャンネルは2023年3月までは放送していたが、2023年5月以降は権利上の都合により放送できなくなり、30周年記念の再放送でもこの回は放送されなかった。
| 第33回 | 絶対音感殺人事件  | 1999年5月18日 | 市村正親 | 佐藤祐市 | 24.6% | 第28回より前で第29回よりも前 |
楽団・甲陽フィルハーモニーの人気有名指揮者である黒井川尚（市村正親）は、愛人のビオラ奏者・滝川ルミ（街田しおん）との別れ話のもつれから、灰皿でルミを殴り殺す。古畑とのやり取りで危険を感じた黒井川は、ルミに思いを寄せていたクラリネット奏者の石森（橋本さとし）に殺人の嫌疑を向けるように細工をする。しかし新曲アルバムの録音現場を訪れた古畑は、録音させているオーケストラの中に石森を加え、石森の左手薬指の怪我を聞き分けた黒井川の絶対音感を突破口にして、彼を追い詰めていく。  第31回に続き花田が再登場。更に第26回・第28回にも登場したステージスタッフが回想内で登場する。また捜査中、古畑が口ずさむ音が後のエピローグで明らかになる。
| 第34回 | 哀しき完全犯罪  | 1999年5月25日 | 田中美佐子 | 河野圭太 | 23.7% |  |
囲碁の女流棋士・小田嶋さくら（田中美佐子）の夫は同じく棋士の佐吉（小日向文世）。さくらを口うるさく束縛し、妻としての立場に徹するよう望んだ佐吉が、彼女のテレビ出演まで止めさせようとしていたため、ある日さくらは、自宅で佐吉を懐中電灯で撲殺する。さくらは買い物から帰ってきたら佐吉が何者かによって殺されていたと警察に通報。西園寺は佐吉のトロフィーがなくなっていたことなどから、トロフィーを盗もうとした佐吉の熱狂的なファンによる仕業と断定。しかし古畑は几帳面で料理も得意なはずの佐吉が作ったという麻婆豆腐が美味しくないことに気づき、大雑把なさくらがアリバイ工作のために作ったのではないかと疑う。  この回の解決編前のトークは、視聴者から寄せたハガキの質問に回答するパターンになっている。
| 第35回 | 頭でっかちの殺人 完全すぎた殺人 | 1999年6月1日 | 福山雅治 | 河野圭太 | 26.2% | 1999年4月15日 |
事故により車椅子生活を送る化学者・堀井岳（福山雅治）は、研究所の同僚で学生時代からの親友・等々力（板尾創路）が堀井の元恋人・片桐恵（戸田菜穂）と婚約したことから等々力の殺害を決意する。彼は遠隔装置付きの爆弾で等々力を爆殺し、その容疑が恵に向くように仕組んだ。しかし、古畑は堀井の発言から彼が犯人であることを確信する。論理的で冷徹な堀井にてこずる古畑だが、堀井が唯一予測できなかった親友の行動が完全犯罪を解く手がかりとなる。  唯一爆弾を使い殺害した回だが、その事故後の現場捜査の模様は触れていない。第8回に続き酢豚ネタが出てくる。
| 第36回 | 追いつめられて 雲の中の死 | 1999年6月8日 | 玉置浩二 | 佐藤祐市 | 23.8% |  |
西洋美術研究家・臺修三（玉置浩二）は、妻・もえ子（もたいまさこ）とともに飛行機で日本へ向かっていた。妻に雑誌を取ってくるよう言われた臺は、旅先から付けてきた不倫相手の市川由美子（川合千春）に出会ってしまう。化粧室に強引に連れ込まれた臺は、妻にばれるのを恐れ2人が写ったプリクラを捨てさせようと絡み合ううちに、飛行機の揺れで、由美子の頭を角に打ち付け死なせてしまう。プリクラだらけのライムグリーンの化粧バッグを手に化粧室を出たところを少年（安達心平）に目撃された臺は、西園寺による乗客の犯人捜しに肝を冷やすが、グレムリンを見たと妄言を吐く今泉に副機長と間違われたことを悪用し、幾度となく難を逃れながら成田到着を待つ。  全編飛行機内（のセット）でのシーン。死因は事故。花田の双子の兄が初登場。なお古畑が事件に全く参加しない。またOPと解決編前のトークでは第34回に続き、視聴者から寄せたハガキの質問に回答するパターンになっている。
| 第37回 | 最も危険なゲーム・前編 最後の事件 | 1999年6月15日 | 江口洋介 | 河野圭太 | 23.2% |  |
深夜の街。何者かに追われている男・牟田（小原雅人）は、公園に逃げ込んだところを、スーツを着た男・山本（山崎一）に拳銃で射殺される。牟田は動物愛護団体SAZ (Save Animals of Zoo) のメンバーで、団体がテロ活動を行っていたことを明らかにしようと密かに証拠が記された手帳を持ち出していたため殺された。SAZの雇われリーダー・日下光司（江口洋介）は、牟田が手帳の入ったバッグを電車の中に置き忘れていたことを知り、偽のトレインジャック事件を起こそうと計画する。その計画とは、ジャック事件の身代金を遺失物保管所にあったバッグに入れさせ、バッグを取り返す、というものだった。計画は順調に進み、成功するかのように思われたが、私用で鉄道会社に来ていた古畑によって次第に計画の矛盾点が指摘されていく。焦った日下は自らも公安部を名乗り、古畑と駅の管理センター局長・武藤田（佐々木功）とともに、身代金の受け渡し場所に向かうことになる。  唯一の前後編エピソード。OPトークで今までのエピソードの犯人全員の写真が背景として飾られている。殺人は発生しているが、メインの事件に直接の繋がりはない。山崎一が第7回・大宮十四郎のマネージャー役に続いて2回目のゲスト出演。ED後に解決編前トーク式で古畑が次週に続くセリフを喋りこの回は終了する。
| 第38回 | 最も危険なゲーム・後編 最後の事件 | 1999年6月22日 | 江口洋介 | 河野圭太 | 28.3% |  |
第37回の後編。第37回前編と同様にOPトークで今までのエピソードの犯人全員の写真が背景として飾られている。。第33回に続き花田再登場。第11回、第21回、第25回に続き赤い洗面器の男の話が出てくる。また解決編前のトークについては古畑任三郎#シリーズ構成の放送項を参照。
平均視聴率 25.1%（視聴率はビデオリサーチ調べ、関東地区・世帯）