電車でGO! プロフェッショナル仕様
収録路線・車両

※車両形式の横に列車種別または列車名が表記されていないものは、その路線では普通列車（各駅停車）のみ収録されている。
秋田新幹線（奥羽本線・田沢湖線）
E3系「こまち」
485系 特急「こまくさ」
701系 普通・快速「かまくら」
701系5000番台
キハ110系300番台 臨時特急「秋田リレー」
PS版の『2』の秋田駅→大曲駅間に加えて、3000番台にあった大曲駅→盛岡駅間が延長され、PS版で秋田新幹線（奥羽本線秋田駅→大曲駅間と田沢湖線全区間）の全区間ならびに奥羽本線秋田駅→大曲駅間（狭軌区間）の運行ができるようになった。
秋田駅南側にある車両基地は南秋田運転所（→秋田車両センター→現：秋田総合車両センター南秋田センター）ではなく「秋田車両基地」と紹介しているほか、大釜駅の東側にある立体交差は「東北自動車道」と紹介しているが、実際には谷地跨線橋であり、実際の東北自動車道は谷地跨線橋からひとつ先の立体交差である。
「こまち」は3本収録されており、4号（レベル1）が雫石駅停車、12号（レベル2）が雫石駅通過、22号（レベル5）が速達タイプ（角館駅・田沢湖駅・雫石駅通過）である。また車内アナウンスに英語放送が流れるようになった。
「こまち」は盛岡駅の停止位置0 mで「Good」か「Great!」になっていると連結ゲームをプレイすることができる。ボーナスの増え方は『2高速編 3000番台』と同じ。
「こまち」の場合、当時の実際のダイヤとゲーム内における時間の誤差を修正するため、大曲駅・盛岡駅の停車時間が長く、前者には約25分、後者には約45 - 49分も停車している。
秋田新幹線以外の奥羽本線横手・山形方面の電車は狭軌の線路で運転することになる。
普通盛岡行きは大地沢信号場で列車交換を行う。「こまち」は志度内・大地沢の2つの信号場では列車交換は行われない。
東北新幹線
E1系「Maxやまびこ」
E2系+E3系「やまびこ・こまち」
E4系「Maxやまびこ」
200系（H編成）「やまびこ」
200系+E3系「やまびこ・こまち」
これまでボーナス扱いだった東北新幹線の単独運転が最初から選択できるようになり、ATC制限速度を越えても減点されるだけで、一発でゲームオーバーになることはない。またATC実施予告では、速度制限標識同様に指示速度表示が点滅するようになった。
体験できる最高速度は、240 km/h・245 km/h・275 km/hの3種類でダイヤによって異なる。
E2系・200系（原型編成・リニューアル編成）は、E3系の運転後からのみプレイ可能となっている（E3系の単独運転はない）。
200系は、条件に応じてクリームに緑帯の原型編成とリニューアル編成のどちらかになる。
運転区間外ではあるが、新花巻駅以降の秋田新幹線・東北新幹線は全て仙台駅・大宮駅・上野駅・東京駅に停車し、白石蔵王駅・那須塩原駅・宇都宮駅・小山駅を通過するが、そのほかの停車・通過駅はダイヤによって異なり、下表の通りとなる（表中の数字は後述の「運転可能列車詳細一覧」の「番号」に対応）。
| 番号 | 新花巻 | 北上 | 水沢江刺 | 一ノ関 | くりこま高原 | 古川 | 仙台 | 福島 | 郡山 | 新白河 | 大宮 | 上野 | 東京 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 01 | ○ | → | ○ | ○ | → | → | ○ | → | → | → | ○ | ○ | ○ |
| 04 06 | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | → | ○ | ○ | ○ |
| 05 | ○ | ○ | → | → | → | → | ○ | → | → | → | ○ | ○ | ○ |
07: ○
| 10 | ○ | → | → | → | → | → | ○ | → | → | → | ○ | ○ | ○ |
HK100形 普通・快速
115系
181系 特急「とき」
485系 臨時特急「はくたか」
485系3000番台 特急「はくたか」
583系 臨時寝台急行「シュプール野沢・苗場」
681系 特急「はくたか」
681系2000番台 特急「はくたか」
『2』の直江津駅→六日町駅間に加えて、JR上越線区間である六日町駅→越後湯沢駅間が延長され、ほくほく線（+上越線の一部+信越本線の一部）の全区間の運行できるようになった。681系2000番台はノンストップ運転に変更されている。
本来は『2』で越後湯沢駅までの区間を制作する予定だったが、何らかの事情により六日町駅までに短縮されたことがスタッフの開発日記に記されていた。
『2』の特急「はくたか」は、犀潟駅通過時に2番線を通過していたため、駅手前で分岐制限45 km/hがかかっていたが、今作では特急を含むすべての通過列車は1番線を通過するため、手前で分岐制限はかからなくなった。その代わり、犀潟駅通過後にほくほく線の線路へ転線するための分岐制限60 km/hがかかるようになった。
なお犀潟駅は快速・普通以外停車せず、六日町駅には特急「はくたか」以外の列車が停車する。
HK100形は3本収録されているが、レベル1が快速越後湯沢行き、レベル2が普通六日町行き、レベル5が塩沢駅停車の普通越後湯沢行きである。
隠し列車で出現する各駅停車の信越本線115系は唯一、黒井駅を停車するダイヤとなっている。
『2』の快速は虫川大杉駅を通過していたが、今作の快速は停車する。また当駅では、『2』では2番線（副本線）通過のため速度制限60 km/hがかかっていたが、今作では1番線（本線）停車のため速度制限はかからなくなった。
『2』と同様、信号場において列車交換を行う場合がある。ただし、『2』は快速越後湯沢行き上級路線において前駅までに各停車駅の早着秒数が12秒以上で発生しており、列車交換を行う場合は主信号機は「減速」→「減速」→「停止」と変化した。また快速においては、信号場通過の際に、列車交換の有無に関わらず、待避線通過（速度制限60 km/hがかかる）となっていたが、本作では列車交換を行う列車と場所が最初から決まっている。列車交換を行うのは、臨時寝台急行「シュプール野沢・苗場」越後湯沢行き（赤倉）、普通六日町行き（儀明・赤倉）、特急「はくたか」11号越後湯沢行き（薬師峠）、特急「はくたか」15号越後湯沢行き（赤倉）の4本である。
なおレベル1・5では列車交換イベントがなく、レベル2では2回このイベントが起こる。
主信号機の変化も「減速」→「場内注意」→「出発停止」に変更されており、列車交換を行わない列車はすべて本線通過となり、速度制限はかからなくなった。
103系
205系
初代の渋谷→東京間に加えて、東京駅→上野駅間を延長しているが基本的に東京駅までとなっている。上野駅までの運転が可能なダイヤは、渋谷駅8時58分発のリフレッシュ工事中のダイヤのみであり、田町駅より京浜東北線の線路を利用しての運転となっている。なお『3000番台』で追加された東京駅→新宿駅間（外回り）は収録されていない。
初代とは違い、本作以降はATCを使用した運転となる。
北行
103系 普通・快速
209系 普通・快速
『2』の区間を収録しているが、『3000番台』で追加された北行での横浜駅→品川駅間の区間は収録されていない（横浜駅→上野駅間も未収録）。
『2』とは違い、本作ではATCを使用した運転となる。
ダイヤのひとつはシリーズで初めての夜間運転ができる。
南行
103系
209系
初代の区間を収録している。
初代とは違い、本作ではATCを使用した運転となる。
113系
151系 臨時特急「第1こだま」※
185系 特急「踊り子」
211系
215系 快速「アクティー」
251系 特急「スーパービュー踊り子」
新しく追加された今作オリジナルの路線。京浜東北線の南行の区間と同じだが、それとは別の線路で運転することになる。
品川駅→横浜駅間では京浜東北線の各駅を通過するごとに（画面表示などはないが）計時が行われ、信号現示が変化することがある。
臨時特急「第1こだま」の運転のみ、横浜到着後に京都駅→大阪駅間も続けて運転可能。横浜駅→京都駅間は省略。
路線名は「東海道線」になっているが、車内アナウンスでは「東海道本線」と案内される。
キハ40系
キハ58系 急行「丹後」
キハ40系+キハ58系
キハ181系 特急「あさしお」
DD51 普通・臨時快速「丹後」
PS版の初代と同じ区間であるが、PS版では省略されていた嵯峨駅※→丹波口駅間の運転が可能になった（アーケード版とSS版と同様の仕様）。
※初代では「嵯峨嵐山」となっていたが、電化前の駅名「嵯峨」に修正されている。
この路線の信号は3つのランプになっていることで、信号現示の減速と警戒は出ないようになっている。
路線名は「JR嵯峨野線」になっているが、車内アナウンスでは「山陰本線」と案内される。
103系
113系5000番台快速
117系 新快速
153系 新快速
201系
205系
207系
221系 新快速・臨時快速「嵯峨野ホリデー」
223系1000番台 新快速
485系 特急「雷鳥」・特急「スーパー雷鳥」・特急「白鳥」
485系3000番台 特急「雷鳥」
583系 寝台急行「きたぐに」
681系 特急「サンダーバード」
キハ58系急行「たかやま」
初代と同じだが、建物などが追加・修正された上で収録されている。なお『3000番台』にあった大阪駅→神戸駅間は未収録となっている。
快速は実際の停車駅に変更され、京都駅 - 高槻駅間各駅停車と、同区間長岡京駅のみ停車の快速の2種類となった。
153系を使用した新快速のみ、高槻駅を通過する一方で、当時通過していた新大阪駅には停車する。
臨時快速「嵯峨野ホリデー」のダイヤは嵯峨野線ホーム（31番のりば）から出発し、梅小路駅（現：京都貨物駅）を通過し、向日町駅で渡り線を通って本線に合流する。したがって、西大路駅は通過しない。
特急「サンダーバード」8号は、乗務可能列車の中で唯一、デフォルトの天候が雷雨となっている。
路線名は「JR京都線」になっているが、車内アナウンスでは「東海道本線」と案内される。
急行「たかやま」は19時台後半から20時台前半にかけての運転だが、夕方の空となっている。
103系 普通・区間快速
221系 大和路快速
223系0番台 関空/紀州路快速・関空快速・関空特快「ウイング」
381系「やまとじライナー」
内容はPS版『2』と同じであるが、PS版『2』発売直後に行われた1999年（平成11年）5月10日ダイヤ改正に対応するなどの改良を施して収録されている。
関空快速37号は、天王寺駅の停止位置0 mで「Good」か「Great!」になっていると連結ゲームをプレイすることができる。
「やまとじライナー」2号は現実では19時台後半の運転であるが夕方の空である。
415系
415系+415系1500番台 快速
485系 特急「にちりん」・特急「ソニック」
715系
787系 特急「にちりんシーガイア」
811系 快速
813系
883系 特急「ソニック」
ED76 寝台特急「はやぶさ」
キハ40系
こちらも内容はPS版『2』と同じであるが、改良して収録されている。
本作発売前の1999年（平成11年）7月2日に枝光駅 - 八幡駅間が新線に切り替えられ、新たにスペースワールド駅が開業していたが、路線データはPS版『2』のものをそのまま使用している。
快速は811系と415系の2種類あるが、前者は枝光駅を通過し、後者は停車する。
「はやぶさ」では車内販売と車内電話がない旨が車内放送で流れるようになっているが、実際は翌朝に車内販売があり（収録されている当日=夜の車内販売はない）、車内電話もロビーカーに設置されていた。