フレッシュプリキュア!
あらすじ

数多くあるパラレルワールド（並行世界）の1つで、妖精たちが住むスウィーツ王国。そこの長老ティラミスが何らかの邪悪な気配を察知する。そこでティラミスはその阻止を「伝説の戦士」と呼ばれるプリキュアに託すことを考えプリキュアの森へ赴く。そして祈りを捧げ、プリキュアに変身する力を与える妖精ピックルンの封印を解く。目覚めた4体のピックルン（ピルン・ブルン・キルン・アカルン）は、プリキュアを探し求め次元を越え四つ葉町へと飛び立つ。さらにティラミスはプリキュアに覚醒した人物をさがすため、同国の王子タルトと妖精の赤ちゃんシフォンも四つ葉町へと向かわせる。
ティラミスの予想は的中し、国民が国によって管理された夢も希望もないもう1つのパラレルワールド・管理国家ラビリンス。そこの総統メビウスが全パラレルワールドの征服を目論んでいた。そして、メビウスはそれに必要なインフィニティと呼ばれる無限メモリーの入手をイース・ウエスター・サウラーの三幹部に命じる。3人は四つ葉町郊外にある森の中に占い館と称する洋館をアジトに構え、そして偽名（イース→東せつな・ウエスター→西隼人・サウラー→南瞬）を使い不幸のゲージに不幸の液を集める行動を始める。
四つ葉町にあるクローバータウンストリート（旧称：四つ葉町商店街）に到着したピルンは四つ葉中学校2年生の桃園ラブを見つける。ラブは他人を思いやる優しい性格でダンスが大好きな女の子。好きなダンスユニットはトリニティで、特にリーダーのミユキには強い憧れを持っている。ある日森に迷い込んでラブは偶然占い館を見つけ、そこでイースに運勢を占ってもらい顔見知りになる。占い後、イースは「あの子は敵になる」と予言する。案の定ラブがトリニティのダンスイベントを観覧していたとき、突然イースが乱入し怪物ナケワメーケを使役して人々に襲い掛かる。ラブは逃げ遅れたミユキを救うべく立ちはだかるが、自身もピンチに陥ってしまう。しかしピルンが彼女の携帯電話に乗り移り、プリキュアに変身するアイテム・リンクルンに変わる。それでラブは「愛の戦士」キュアピーチに覚醒してナケワメーケを撃破する。その後彼女の幼なじみで鳥越学園に通い読者モデルもこなす蒼乃美希と、ラブと美希から「ブッキー」と呼ばれ白詰草女子学院に通い動物好きで少々引っ込み思案な山吹祈里の2人もナケワメーケに遭いピンチに陥る。しかし美希はブルンの力で「希望の戦士」キュアベリーに、祈里はキルンの力で「祈りの戦士」キュアパインに覚醒して撃破し、戦闘後2人ともピーチと共闘することを誓う。そして3人はタルトから「ラビリンスの野望を阻止できるのはプリキュアだけ」と聞いて了承し、それを打ち砕くため「フレッシュプリキュア」を結成する。そしてラブはミユキから助けてくれたお礼としてダンスレッスンを受けることになり、さっそく美希と祈里を誘ってダンスユニット「クローバー」を結成しプリキュアとダンスの両立に勤しむことになる。
暫くするとイースがリンクルンを奪うべく商店街へ赴き、せつなとしてラブと再会する。だがラブはそれを気にせず親友になるが、美希はせつなに疑念を抱いていた。その後3人はシフォンからピックルンが4体あることを聞き、即ちプリキュアもあと1人いることに気付く。3人はアカルンと4人目のプリキュアをさがすべく町内を奔走するも、ラブたちを尾行していた三幹部が4人目の覚醒を阻止すべく立ちはだかり争奪戦となるがその合間にアカルンが行方不明となる。戦闘後、3人はミユキの側にアカルンが現れたため4人目のメンバーだと確信する。
そんな矢先イースはナキサケーベのカードをメビウスより授かり、それから誕生させた怪物ナキサケーベを使役する。ナケワメーケより強力だが「使用者の寿命が縮む」というリスクも伴う。しかし、プリキュアの打倒を固執するイースはそれを使役してラブたちに襲いかかる。だが3人もシフォンと絆を深めてピックルンを出現させ、それより生まれたキュアスティック（ピーチロッド・ベリーソード・パインフルート）を用いて応戦する。そんな中ナキサケーベに襲われていたミユキを目撃した3人はやむを得ず目の前で変身して正体を明かし、戦闘後彼女にこれまでの経緯を話しメンバーに誘う。イースはナキサケーベの使役に伴う苦痛に耐えながら「メビウスさまのためなら自分の命が無くなってもいい」と述べるが、ピーチに「本当はそう思っていない！」と見透かされる。そしてイースは次第に度重なる使役で疲労困憊となるが、心配するラブを「うっとうしい！」と振り払う。ついにカードを使いきり後がなくなったイースは自身とせつなが同一人物だと3人に明かし「お前らを倒すために近づいた！」と非情な言葉をぶつけ、それを聞いたラブはショックのあまり部屋に引きこもってしまう。一方、メビウスは任務失敗に終わったイースの制裁として側近のクラインにイースの管理データの変更（寿命の終焉）を命じる。イースもその旨をクラインから転送された手紙で知り、ウエスターとサウラーに「やり残したことを終わらせてくる」と告げラブと決着すべく占い館を出る。一方のラブも美希と移動ドーナツ屋店主のカオルちゃんの助言で奮起し「せつなを改心させる！」と決心して占い館へ向かい、ついに2人が森で出会い決闘が始まる。その後決闘に駆けつけた美希・祈里・タルトは「ラブがイースを倒すためではなく、改心させるために戦っている」と理解し、それに気づいたイースも次第に心が揺れ始める。戦闘後イースは「本当はお前たちのような幸せな人生が羨ましかった！」と吐露するが、変更された寿命を迎えてしまい絶命してしまう。ラブ・美希・祈里が悲しみにくれていたそのとき、シフォンの力で呼び寄せられたアカルンがイースの体内に入る。そしてイースはアカルンの力で3人がさがしていた4人目のプリキュアこと「幸せの戦士」キュアパッションに覚醒し、同時にせつなとして転生も果たす。しかしせつなはラビリンスを別離した苦悩や自身が犯した罪に苛まれ、プリキュアとして戦うのを躊躇いラブたちの前から姿を消す。だがさがしにきたラブたちの友情や食事に誘った桃園家を見て「幸せ」の素晴らしさを感じ、また「自分の罪を償いたい！」という気持ちが芽生えラビリンスを離反し戦うことを決める。せつなはラブたちに「みんなと精一杯、頑張るわ！」と共闘を誓い、3人も快く親友かつ仲間として迎え入れる。そして桃園親子の計らいで桃園家に同居することになり、四つ葉中学校へも編入しラブとクラスメイトになる。
4人目のプリキュアも見つかり一件落着かと思いきや、4人目候補と伝えていたミユキに報告を忘れる失態を犯してしまう。ラブたちは事後報告ながらもせつなが4人目と彼女に伝え、それを聞いた彼女も安堵する。そこでラブはせつなにクローバーの加入を促すが、彼女に「ダンスなんて分からないしできない」と拒否されてしまう。しかしせつなは当初同じ立場だった祈里の話を聞いて考えを改め、3人とともにダンスすることを決める。ここに4人のクローバーが始動する。
それによりタルトとシフォンは目的の「プリキュアをさがす役目」を完遂したためティラミスの命でラブたちに別れを告げ王国へ帰郷する…が、別れに解せない4人がついてくる事態に。タルトたちは国民と両親、フィアンセのアズキーナと再会し、その後ティラミスにシルコアマの森でクローバーボックスの入手を命じられる。任務完遂後タルトはティラミスにそれを託され、また「ラビリンスの猛攻を阻止する役目」も命じられたためラブたちとともに四つ葉町へ帰る。
ラブたちとの生活にも慣れたせつなだったが、ラビリンスを離反したことに解せないウエスターの執拗な説得やサウラーの報復、さらに送り込まれた最高幹部であるノーザ（北那由他）の唆しに遭う。しかし、3人と培ってきた強固な友情によりそれらを打破し事なきを得る。その後、不幸のゲージが満杯になったと同時にシフォンがあてもなく漂うようになる。シフォンの異変に気づいたティラミスは四つ葉町へ赴き、ラブたちとタルトに「シフォンは王国の予言書に記されていた『世界の命運を握る、四つ葉の赤子』かつ『インフィニティの正体』」と明かす。それを知ったノーザたちもソレワターセの実から誕生させた怪物ソレワターセを使役してシフォンを奪いにかかるが、ラブたちもクローバーボックスを用いて応戦するなど激しい攻防戦となる。その後パッションのパッションハープにより異空間に隠蔽されていた占い館を発見し不幸のゲージもろとも破壊するが、ノーザの草笛によりシフォンが強制的にインフィニティに覚醒され強奪されてしまう。
インフィニティを手に入れたメビウスは全パラレルワールドの総攻撃を開始し、それを知ったラブたちは急いでスウィーツ王国に向かうがすでに国王をはじめティラミスや国民たちはラビリンスの管理下に置かれていた。しかし唯一難を逃れたアズキーナを救出し四つ葉町へ戻るが、ついに魔の手は地球にまでおよび始める。業を煮やしたラブはラビリンスに乗り込むことを3人に同意を求めるが、せつなが「またイースに戻ってしまうかも…」と躊躇う。それを聞いた3人は「せつなは独りじゃない！」と励まし、彼女も3人の言葉に安堵し賛同する。今回は一筋縄ではいかないと悟った4人は心残りが無いよう両親たちにプリキュアだと明かし、ラビリンスへ向かうことを報告する。最初は理解を得られず反対されるが「必ず全員で帰ってくること！」を条件に許可を得る。そして、家族や商店街の人々の声援を受け四つ葉町を出発する。
ピーチたちはついにラビリンスに乗り込み、幹部らと激しい死闘を繰り広げる。その後ウエスターとサウラーがメビウスに捨て駒と見なされデリートホールで抹消されそうになるが、シフォンの力で生還を果たしプリキュアたちに新たな生物ホホエミーナを使役して加勢する。一方、ピーチたちはソレワターセの実を食べて最終形態化したノーザ、命令に従わなくなった国民たちを見て危惧したクラインが戦闘形態化したドラゴン・クライン、その2人が合体した怪物ノーザ・クラインに苦戦していたが、ラビリンスの管理から解放された国民たちの声援を受ける。彼らの思いが通じ、4人は伝説にもない奇跡のプリキュア「キュアエンジェル」に変身を遂げノーザ・クラインを撃破する。そして、ついにメビウスが姿を現す。
ピーチ・ベリー・パイン・パッションの4人、そしてタルトとアズキーナの2匹、さらにメビウスに謀反したウエスターとサウラーの2人は四つ葉町、スウィーツ王国およびラビリンスを含むパラレルワールドの平和と奪われたシフォンを取り戻すべくメビウスとの最終決戦に挑む。そこでメビウスは6人と2匹に「わたしは国民が造ったコンピュータだ。しかしわたしに頼りきりの国民を危惧し自我に目覚め、そして国民を管理下に置いた」と驚愕の事実を暴露する。メビウスは容赦ない攻撃でひれ伏せようとするが、ピーチ一行もそれに怯まずそれ以上の反撃で攻め立て勝利を物にする。しかし、負けを悟ったメビウスが自爆に踏み切り一行も道連れにされ万事休す。だが、その直前に全員の力でシフォンをインフィニティの覚醒から解いて彼女のワープで生還を果たす。そして、ついに全パラレルワールドと四つ葉町に平和が訪れる。その後、6人と3匹は四つ葉町へ帰り家族と商店街の人々からあたたかく迎えられる。数日後せつなはダンス大会後にラビリンスを復興すべく帰郷することを3人に告げ、そして優勝を手土産に隼人と瞬とともに四つ葉町を後にする。一方のタルト・シフォン・アズキーナもラブたちとの記念写真を持ってスウィーツ王国へ帰郷した。
ラブ、美希、祈里はせつなたちやタルトたちと過ごした日々を思い出の1ページに刻み、それぞれフレッシュな未来を完璧になるよう信じて、しあわせゲットな毎日を送るのであった。