スター・ウォーズ/クローン・ウォーズ (テレビアニメ)
あらすじ

『スターウォーズ・エピソード2/クローンの攻撃』で銀河共和国と分離主義勢力が惑星ジオノーシスで衝突して以来、クローン戦争の戦火は銀河各地に拡大した。ジェダイが指揮するクローン・トルーパーによって構成される銀河共和国軍と、バトル・ドロイドによって組織されたドロイド連合軍（分離主義勢力）は各地で激戦を繰り広げる。そして戦争を少しでも自陣営に有利にする為、共和国と分離主義勢力は戦闘の他各地で活発な外交交渉をも敢行。それらの影響は各惑星に裏切り・暗殺等様々な形で現れるのだった。
そんな時、アナキン・スカイウォーカーの元に14歳のトグルータの少女が現れる。名前はアソーカ・タノ。彼女はジェダイ・マスターヨーダの意向でアナキン・スカイウォーカーのパダワンとなった。アナキンは当初アソーカを弟子と認めなかったが、様々な戦いを通して、彼女が自分と同じ性格の持ち主であると知る。そして彼女を認め、以後行動を共にするようになる。アソーカも戦争を通じ様々なことを学び、アナキンや彼の副官を務めるクローン・キャプテン・レックス、彼の配下にある第501大隊の個性豊かなクローン・トルーパーたちと信頼関係を深めた。さらに、パドメ・アミダラなどの議員や政治家、他の惑星の住民らとの交流を通して、戦争の光と闇に触れていく。
クローン戦争が2年目に突入する頃、アサージ・ヴェントレスがシディアスの命令によりドゥークー伯爵に裏切られ、分離主義勢力を脱退。賞金稼ぎとして新たな仲間と共に分離主義勢力や犯罪者たちと戦い、時にはジェダイに協力するようになる。一方、フォースの力により密かに生き延びていた元シス卿ダース・モールが、彼を探していた弟・サヴァージ・オプレスの手で完全に蘇る。モールはオビ＝ワン・ケノービとダース・シディアス暗殺を目的にシャドウ・コレクティヴと呼ばれる犯罪組織を立ち上げる。この組織は共和国と分離主義勢力の双方の敵となる第三勢力として戦争に参戦した。この第三勢力を脅威と見たダース・シディアスは自ら行動を起こし、モールとサヴァージを襲撃。サヴァージを殺害してモールを捕虜として捕らえる。しかし、シャドウ・コレクティヴの手でモールはシディアスから救い出され、彼の指導のもとで銀河各地て勢力を広げていった。
アソーカはアナキンと共に各惑星で繰り広げられる戦いに身を投じ、ジェダイとしても指揮官としても成長していく。最初はアソーカを「お嬢ちゃん」と呼んでいたクローンたちも、彼女の実力を認め「コマンダー（指揮官）」と呼んで信頼するようになる。また、アソーカは戦場となる惑星に住む住民や敵である分離主義者の支配する惑星に住む住民との交流を通して、どちらが善でありどちらが悪なのか、戦争をする意味やジェダイの戦う意味について疑問を持つようになる。一方でレックスも、軍から逃亡して家族を持った脱走兵のクローンとの交流や共和国を裏切ったジェダイ・マスターとの闘いを通して戦争の意味や戦争が終わった後のクローンの存在意義について疑問を持つようになる。
戦争は銀河全域を巻き込み、どの陣営も大きく消耗していた。そんな中、アソーカ・タノがジェダイ聖堂襲撃の犯人に仕立て上げられ逮捕される。アナキンやキャプテン・レックスなど彼女の無実を信じる者もいたが、ジェダイ評議会は彼女の追放を宣告。軍事裁判にて死刑判決を受ける直前であったが、そのときアナキンが真犯人である別のジェダイを逮捕したことで無実が証明される。しかし、この冤罪事件を通してジェダイ評議会を信用できなくなったアソーカは評議会とアナキンから離れてもう一度、ゆっくりと自分自身について考えるためにアナキンの引き留めにも応じずジェダイ聖堂から去っていった。
アソーカが脱退したの後もアナキンは第501大隊を率いて各地で戦いを繰り広げていた。そんな時、第501大隊に所属するクローン兵の一人がジェダイを殺害する事件が起こる。自分を見失ったかのような行動を起こしたクローン兵を調査するためレックスは自身の補佐を務めていた第501大隊所属のクローン・ARCトルーパー・ファイブスと調査を開始する。しかし、この事件からある計画の発覚を恐れたダース・シディアスは妨害工作を開始。最終的に異常を起こしたクローンは死亡し、計画の真相にたどり着いたファイブスも殺されてしまう。しかし、レックスはファイブスの残した最期の言葉から秘密裏に事件を追うことを決める。
戦争終結まで数週間と迫ったころ、アウター・リム包囲作戦が始まり、分離主義勢力は徐々に追い詰められていた。一方でクローン・トルーパーたちも銀河外縁部に戦場が広がったことにより部隊を各地に分散させる必要があり、戦力が散り散りなったことで苦戦を強いられていた。戦力を分散させられたクローン軍への救援としてジェダイ評議会は外縁部各地にジェダイ騎士を派遣していた。アナキンも数々の戦いで奇抜な作戦を実行し、第501大隊を率いて各地で勝利をもたらす戦果を挙げていた。一方で、外縁部に派遣されることでアナキンはジェダイの掟に反して密かに婚約したパドメ・アミダラと疎遠となる。アナキンは2人の夫婦としての関係を知る数少ない協力者である副官のキャプテン・レックスの協力もあり、戦場での僅かな休息の時に密かにパドメと連絡を取り合っていた。アナキンやレックスは口裏を合わせ周囲を騙し抜いていたが、師であるオビ＝ワンはアナキンとパドメの関係性に気付き始めていた。
そんなとき、ジェダイを脱退したアソーカがアナキンとオビ＝ワンに救援を求めてきた。それは、ダース・モールがマンダロリアの戦士たちと共にマンダロアの首都を占拠したという知らせだった。彼女の助けになりたいアナキンであったが、同時期にコルサントが襲撃され、アナキンとオビ＝ワンはコルサントへ戻る必要があった。アナキンは自らの副官であるレックスをコマンダーに昇格させ、アソーカを軍事顧問として同行させることにした。アナキンからプレゼントされたライトセーバーを手にアソーカはマンダロアでモールとの決戦に挑む。
コマンダー・レックス率いる第501大隊は共和国とマンダロアとの間に100年以上保たれていた和平条約を破棄して首都を襲撃。後に30年以上先の未来でも歌として語り継がれることになるマンダロア包囲戦が開戦した。第501大隊のクローン兵たちは銀河最強の戦士と言われるマンダロリアンと互角に渡り合い、次々と制圧していく。一方、軍事顧問として同行していたアソーカはモールとの接触に成功。そこでアソーカはモールがマンダロアを占領した本当の目的が「アナキン・スカイウォーカーを誘き出して殺害し、ダース・シディアスの計画を破綻させる」計画だったことを聞かされる。アソーカはその話を信じずモールと対決。死闘の末、モールの逮捕に成功する。第501大隊もマンダロア首都を完全に制圧し、マンダロアでの戦闘は終結した。そして、モールを第501大隊のヴェネター級クルーザーに幽閉し、コルサントへ護送する最中、レックスの元にダース・シディアスからオーダー66の指令が下る。アソーカはかつての仲間であるクローンたちから攻撃され逃亡するが、レックスが完全に洗脳される間際に残した「ファイブスを探せ」という言葉や彼が残していたファイブスに関連する事件の資料をヒントにクローンに埋め込まれた「バイオ・チップ」の謎を突き止めることに成功する。そして、レックスを捕まえてバイオ・チップを取り除き、オーダー66の呪縛から解き放たれたレックスは、アソーカと協力して脱出の方法を探す。一方、モールはアソーカに陽動役として逃がされる。船の機関部を破壊したモールは船の墜落から脱出するため格納庫を目指す。アソーカとレックスもクローンたちを一人も殺さずに気絶させながら格納庫を目指すが、たどり着いた格納庫で立ちはだかったのは3年間を共に戦い抜いた仲間であるクローン・ARCトルーパー・ジェシーと第501大隊であった。
墜落する船の中、自分たちの命と引き換えに2人を殺害しようとするジェシーと第501大隊のクローンたちを前にして、アソーカとレックスは生き残るために辛く悲しい選択を迫られることになる。