アーマード・コアVI ファイアーズオブルビコン
ストーリー

恒星間航行が一般的となり、人類の版図が大幅に拡大された時代。脳を焼かれ人型ロボット兵器アーマード・コアの操縦以外の機能を失なったとされる第四世代型強化人間C4-621はモスボール保管されていたが、ハンドラー・ウォルターにより封印を解かれ辺境の開発惑星ルビコン3へと送り込まれることなる。ルビコン3において傭兵として活動する際にはアリーナにランクが登録された傭兵である必要があるため、C4-621らは撃破されたACからライセンスを盗みだし、独立傭兵レイヴンの身分に偽装しルビコン3で活動することとなる。この潜入行の目的はウォルターがC4-621に説明したところによると、ルビコン3にはコーラルなるエネルギー資源が大量に埋蔵されており、これを確保し莫大な利益を得ることであり、その利益があればC4-621は強化手術の副作用を緩和する医療へのアクセスを得て通常の暮しに戻れるのだと。C4-621は独立傭兵として活動するためにオールマインドなる傭兵支援システムへと登録することとなる。
そのとき、ルビコン3においてはコーラルのエネルギー資源としての開発を目論む星外企業のアーキバスおよびベイラム、ルビコン土着勢力のルビコン解放戦線に加えて、惑星ルビコン3を封鎖し人類社会からの隔離を目的とする惑星封鎖機構が交戦を繰り返していた。コーラルは資源として有用ではあるものの危険性も高く、50年前にはアイビスの火と呼ばれる大災害が発生しており、この被害はルビコン3だけではなく周辺星系にまで広がっていたのであった。そのような状況のなかで各勢力からの依頼をこなしルビコン3での活動の橋頭堡を得たウォルターおよびC4-621はウォッチポイントデルタなる施設を襲撃する。このとき、施設を破壊したことの影響によりルビコンの火に似たコーラル爆発災害が発生し、C4-621も巻き込まれることとなるが、その中でルビコニアンを自称するエアなる存在からコンタクトを受けることとなる。
エアは以後レイヴンことC4-621のオペレーターを自称し、C4-621のコーラル集積地点への到達を支援することとなる。エアの正体はコーラルが変異して知性をもった生命体であり、はじめてコンタクトに成功した人間であるC4-621を人類とコーラルの共生のパートナーたりうると考えていたのだ。その後あらたにC4-621はルビコンの火の生き残りを自称するシンダー・カーラの協力を取り付けコーラルが集積されると予想される中央氷原へと進出することとなるが、アーキバス、ベイラムらの企業勢力もこうした情報を聞き付け相次いで中央氷原への侵攻を開始する。こうした情勢のなかで危機感を強めた惑星封鎖機構は通常惑星重力圏内では運用されない兵力である強襲艦を投入するなど攻勢を強化する。こうした状況のなかでC4-621は企業勢力の傭兵として惑星封鎖機構の展開兵力への襲撃を繰り返しこれを大幅に消耗させる。追い詰められた惑星封鎖機構はコーラル集積地点を防衛するため、旧ルビコン調査技研が開発したコーラル駆動兵器アイスワームを稼動させる。
アイスワームの強力な戦闘能力を前にして、アーキバス、ベイラムおよびカーラら含むRaDは一時的な協力関係を締結し共同して惑星封鎖機構に対することとなる。C4-621らの活躍によりアイスワームは撃破され、また前後して企業勢力らが惑星封鎖機構への総攻撃を行ないこちらも成功したことにより、惑星の封鎖は解除され惑星封鎖機構は星外へと撤退することとなる。また、アイスワームを撃破したことにより、アイスワームが防衛していた地点が集積コーラルへと至る地下通路の入口であることが各勢力に周知されることとなり、C4-621もコーラルを目指して地下へと突入する。
こうした状況下でアーキバスグループは惑星封鎖機構の遺棄兵器を組織的に鹵獲するなど兵力の増強に務め、ベイラムとのコーラル到達レースを有利に展開するようになり、最終的にはベイラムの戦闘部隊はアーキバスにより徹底的に撃破されベイラムはルビコン3関連事業から撤退する。状況が終局へと至りつつあることを認識したウォルターはC4-621にたいして「自分自身の感覚に従う」ように指示をする。このときからC4-621らは企業の傭兵であることをかなぐり捨て、アーキバスを出し抜きその展開兵力を排除し、コーラル防衛兵器を撃破しコーラル集積地点へと到達する。
一方アーキバスはC4-621を厄介なコーラル防衛兵器の排除に用いることを画策しており、C4-621によって一部の兵力がすりつぶされることも当初から想定していた。コーラル防衛兵器を排除したC4-621およびハンドラー・ウォルターを奇襲により捕獲し、「再教育」により手駒にしようと試みるのであった。結果としてコーラル到達競争を制したアーキバスはコーラル吸上機構であるバスキュラープラントなる巨大構造物を修復し、この上層に吸い上げたコーラルを集積させる。アーキバスによるコーラル採掘事業およびエネルギー事業は成立したかに見えた。しかしウォルターはこうした事態をも想定しており、C4-621用の脱出ACを用意しており、そこにメッセージを遺していた。ウォルター、カーラらはオーバーシアーなる組織の一員であり、組織の目的はコーラルの状況を監視すること、そしてコーラルが増殖しすぎることを防ぎ、必要とあらばルビコン3ごとその全てを焼き払うことなのだという。自身の真の目的を伝えたウォルターはC4-621自身に判断を任せ、「火を点けろ、燃え残った全てに」の言葉を残す。
ここでC4-621を操るプレイヤーは、「ウォルターの指示通りにコーラルを焼き払う」か、「エアと共に人類とコーラルの共生の可能性を追及する」かのいずれを選択することができる。
コーラルを焼き払うことを選択した場合は、ルビコン解放戦線の残存兵力を排除した上でカーラと共にコーラル焼却作戦を遂行することとなるが、ここでそれを望まないエアが敵として立ち塞がる。エアは戦いのなかでC4-621こそがルビコンの戦火そのものであったと語る。エアを撃破したC4-621はルビコン3ごとコーラルを焼き払い、ルビコン3は完全なる廃星と化した。以後C4-621はいずこかへと姿を消し、未曾有の大災害「レイヴンの火」を引き起こした世界の敵として歴史に名を残すこととなる。
エアと共に歩むことを選択した場合は、カーラらを排除、殺害したC4-621はルビコン解放戦線と共闘しアーキバスの戦力を襲撃しこれを壊滅に追い込む。カーラによるバスキュラープラント攻撃手段を封じたC4-621であったが、ここで企業によって洗脳をうけたウォルターの襲撃を受けることとなる。ウォルターの洗脳は不完全であり、企業の命令だからというだけではなく、あくまで自身の目的を完遂するためにC4-621へと挑む。C4-621はウォルターを撃破するが、その時にはウォルターもC4-621にエアという友人が出来ていたことに気付くのであった。結果的にルビコンの解放者となったC4-621とエアは、人とコーラルの共生の可能性を目指すこととなる。
ゲームはセーブデータ(機体のデータなど)を保ったまま周回することが可能となっており、二つのエンディングを両方見た場合、三周目以降さらに新たな選択肢が生じる。この中で、オールマインドが集積されたコーラルを宇宙全体に解き放つコーラルリリースなる計画を目論んでいることが判明し、C4-621およびエアはその協力者となる。この選択肢をとった場合集積コーラル到達からの展開が変化し、オールマインドとC4-621の共同作戦によりアーキバス、オーバーシアーの双方が排除されることとなり、オールマインドのコーラルリリースが実施されるかに見えた。しかし、余りにも強力なC4-621の戦闘能力に対して危機感を抱いたオールマインドはC4-621を計画に対するイレギュラーであると考え、コーラルリリースに先立ってこれを殺害し自らに取り込もうと試みる。
C4-621とオールマインドの交戦はC4-621の勝利に終わりオールマインドは機能を停止する。C4-621とエアはそのままコーラルリリースを実行する。C4-621およびエアはコーラルと一体化し星々へと伝播し偏在する存在となり、所在各地においてアーマード・コアという闘争のための身体を手に入れる。斯くしてコーラルは解き放たれ賽は投げられた。