日本のチョウ
概説

日本にはアゲハチョウ科、シロチョウ科、セセリチョウ科、シジミチョウ科、タテハチョウ科の5科が生息し、中南米固有のシャクガモドキ科、中南米を中心に熱帯地方に分布するシジミタテハ科は分布しない。なお現在はタテハチョウ科に含まれるマダラチョウ亜科、ジャノメチョウ亜科、テングチョウ亜科は、以前は独立の科とされていたこともあった。またシャクガモドキ科とセセリチョウ科は、それぞれ1科で独立した上科とされ、残りを含むアゲハチョウ上科の3上科とされることもあるが、ごく最近のより多くの遺伝子による分子系統解析研究ではシャクガモドキ科、セセリチョウ科もアゲハチョウ上科にふくまれるとする説が出されている。
固有種
日本の固有種は、ギフチョウ、オキナワカラスアゲハ、ヤマトスジグロシロチョウ、リュウキュウウラナミジャノメ、ヤエヤマウラナミジャノメ、マサキウラナミジャノメ、リュウキュウヒメジャノメ、ヒカゲチョウ、サトキマダラヒカゲ、ヒメウラギンヒョウモン、アサマイチモンジ、ウラキンシジミ、フジミドリシジミ、エゾミドリシジミ、ミヤマカラスシジミ、オガサワラシジミ、オガサワラセセリ、アサヒナキマダラセセリの18種とされる。また、ヒサマツミドリシジミ、キリシマミドリシジミ、フタオチョウが、それぞれ国外の個体群とは独立した別種であるとする見解もある。これを認めると21種となる。分布の内訳は、南西諸島の固有種が6（または7）種、小笠原に2種と、ほぼ半数が島に棲む蝶である。
分布境界　三宅線と渡瀬線
日本の蝶の研究は専門家だけでなく全国各地の多くの愛好家の活躍によって進められ、各地のチョウ相や、幼虫の食草といった基本的な生態は1960年代から70年代には概ね明らかにされた。木元(1979)は白水(1965)による都道府県および主な離島の計70地域の分布表を用いて区系生物地理学的観点から類似度を比較した。その結果、日本のチョウ相には概ね４つの地域性（1.北海道、2.東北地方～中部地方、3.西日本（関東地方から四国、九州、屋久島まで）、4.トカラ以南の南西諸島型）が認められるとした。そして、九州と屋久島との間（三宅線として知られる分布境界線に相当）で若干の相違があるものの九州も屋久島もともに西日本型に含まれ、さらに大きな違いが屋久島と、トカラ列島以南の間にあるとした。一方、福田(2020)は、南西諸島の蝶相は奄美大島より北と奄美大島以南とで大きく異なるとした。屋久島と奄美大島の間に位置するトカラ列島の蝶相は、金井·守山(2018)にまとめられているが、それを踏まえて福田(2020)は、蝶の分布境界線として古くから九州と屋久島の間に想定されている三宅線についても検討をしている。そして木元(1979)と同様、福田(2020)も、三宅線の北と南で蝶相に変化が認められるものの、それよりも屋久島以北と奄美大島以南とで大きく異なると結論している。なお旧北区と東洋区の分布境界線とされる渡瀬線については、海底地形をも考慮して厳密にトカラ列島の悪石島と小宝島との間とされることが多いが、より漠然と屋久島と奄美大島の間の七島灘とされることもあり、木元(1979)、福田(2020)の結論は後者の意味での渡瀬線がチョウにおいても分布境界線となっていることを示している。
環境による類別
生息環境による類別としては、とくに高山帯に棲むものが高山蝶と呼ばれる。高山蝶とは学問的に定義された用語ではなく、愛好家の間で生まれ広まった言葉で、一般に北海道の高山帯に生息する5種（アサヒヒョウモン・ウスバキチョウ・ダイセツタカネヒカゲ、クモマベニヒカゲ、カラフトルリシジミ）、本州では中部山岳地帯の高山帯に棲む9種（タカネヒカゲ、タカネキマダラセセリ、ミヤマモンキチョウ・ミヤマシロチョウ、クモマツマキチョウ、クモマベニヒカゲ、ベニヒカゲ、コヒオドシ、オオイチモンジ）とされる。高山蝶の由来として、氷期には今より低い地域にも広く生息していたが、間氷期の訪れとともに寒冷な高山に遺存したものとされ、富士山に高山蝶が生息しない理由もこれにより説明される。これら高山蝶の多くはユーラシア大陸北部や北アメリカの冷温帯から亜寒帯では平地に生息し、北極を取り巻くように広く分布（周極分布）するものもいる。
その他の、特定の環境に伴うチョウ相として、草原のチョウや雑木林のチョウが注目されている。どちらも自然に対する人間の働きかけにより維持されてきた環境であり、それがこの数十〜100年で激減し、その影響でその環境に依存してきたチョウたちも激減していることが理由である。
日本の温暖多雨な気候では、草原、草地は遷移が進めば森林に変わってしまうが、人が放牧や草刈り、火入れなど、手を入れて遷移を止めることで維持されてきた。そのような環境を好むチョウとして、オオルリシジミ、ヒメシジミ、ミヤマシジミ、アサマシジミ、ゴマシジミ、オオゴマシジミ、クロシジミ、チャマダラセセリ、ヒメチャマダラセセリ、ホシチャバネセセリ、ギンイチモンジセセリ、スジグロチャバネセセリ、ツマグロキチョウ、ヒメシロチョウ、オオウラギンヒョウモン、ギンボシヒョウモン、ジャノメチョウ、ヒメヒカゲ、ヒョウモンチョウ、ヒョウモンモドキ、コヒョウモンモドキ、ウスイロヒョウモンモドキなどがいる。雑木林は、シイやカシの常緑広葉樹林が潜在植生とされる関東地方以西では、コナラ、クヌギのような落葉広葉樹からなる薪炭林として定期的に伐採や下草刈りされて維持されてきた。日本の国蝶として人気の高いオオムラサキをはじめ、ゴマダラチョウ、スミナガシ、ヒカゲチョウ、サトキマダラヒカゲや、クヌギやコナラを食樹とするミドリシジミの仲間、ギフチョウなどが生息する。しかし第二次世界大戦後、高度経済成長期の生活や産業構造の変化、それに続く都市化や人口の高齢化により、草地や雑木林の、蝶の生息環境としての劣化、分断、消失が進み、そこに生息していた多くの種が数を減らし、生存を脅かされている。
渡り
アサギマダラは、日本全国本州の高原地帯から亜熱帯の南の島の海辺まで広く分布するが、1980年代から全国の愛好家の努力と協力により、毎年春には南から北へ秋には北から南へ季節的な移動をすることが明らかにされた。はっきりした証明はされていないが、イチモンジセセリなどでも季節的な移動を示唆する観察例がある。南西諸島では夏にはほとんど見かけないムラサキツバメの成虫が、小さな集団で冬を越していることが知られ、北から越冬のために渡ってくるのではないかと推測されている。遇産種の中にもリュウキュウムラサキやヤエヤマムラサキのように、毎年多くの個体が目撃される種類がある。
分布の北上、偶産種の定着
在来種のタテハモドキやツマグロヒョウモン、ナガサキアゲハ、モンキアゲハ、イシガケチョウ、アオタテハモドキなどが国内での分布を北へ広げていると言われている。ツマムラサキマダラ、ヒメアサギマダラ、クロテンシロチョウ、ベニモンアゲハ、クロボシシジミ、クロマダラソテツシジミ、ウスキシロチョウ、ウスアオオナガウラナミシジミは北限が台湾以南だったものが、北へ分布を拡大した結果、日本のチョウ相に加わったものである。現在は偶産種とされるカバタテハ、ルリマダラ、シロウラナミシジミ、ヤエヤマムラサキなど毎年にように発生しているものの中から今後、日本国内に定着するものが出てくることが予想される。中には、実は人間が介在したことで定着できたと推測されるケースがある。クロマダラソテツシジミの場合は、自発的に分布が広がっただけでなく、中国でソテツの植栽が増加したことで個体数が増え、南西諸島へも多く飛来するようになったとの推測がある。同様なことは、ウスキシロチョウの定着の原因として、食樹のナンバンサイカチの栽培が沖縄や奄美で流行り食樹が増えたためという推測がある。近年奄美や沖縄での記録が増えているシロウラナミシジミは幼虫がショウガ科やカンナの蕾を摂食するが、花期の長いショウガ科の外来種ハナシュクシャに大きく依存している。しかし耐寒性がないためハナシュクシャはあっても冬は寒くて蕾がつかない奄美大島では、蕾のある秋までしか生存できないと言われる。
保護
天然記念物は指定されても採集が禁止されるだけで、保護にほとんど寄与しないのに対して、国内希少野生動植物種に指定されると必要に応じて保護増殖事業計画が策定され、個体の繁殖の促進、生息地等の整備等の保護活動が行えるようになる。チョウに関しては2024年現在13種が指定されており、そのうち5種、オガサワラシジミ、ツシマウラボシシジミ、ゴイシツバメシジミ、ウスイロヒョウモンモドキ、タカネヒカゲ八ヶ岳亜種に対して保護増殖事業が策定されている。このうちオガサワラシジミは、生息地では2018年以降、目撃記録が途絶えており、保護増殖事業に先行して2005年より試みられていた域外保全も2020年に失敗に終わり、非常に危機的な状況にある。
オオムラサキについては環境省のレッドリストで絶滅危惧種にはなっていないので国内希少野生動植物種に指定はされていないが、各地でNGOや地方自治体によって保護活動が行われている。