天外魔境II 卍MARU
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セーブファイル数が増えている（PCE版では5箇所。ただし『天の声バンク』などにバックアップすることが可能）。
PS2・GC版：メモリーカード1枚につき30個。
DS版：ソフト1つにつき8箇所。
PBC版：メモリースティック1枚に、プレイ中断データひとつと5箇所のセーブデータ（PCE版と同様のセーブファイル）が、PSP用セーブデータとして一箇所にまとめて管理される。セーブデータを読み込んだあと、プレイ中断データを読み込まないという選択をすると、PCE版同様の方式でプレイできる。
GA版：「バックアップRAM」に保存できるセーブデータ（PCE版と同様のセーブファイル）が5箇所用意されているほか、それとは別でGA向け「セーブデータ」（バックアップRAM含め、ゲームの状況を自由に保存できる）が5つまで作成できる。前者のセーブデータ（バックアップRAM）のみを利用することで、PCE版同様の方式でプレイできる。なお、後者のセーブデータはPS3・PSP間でコピーすることができない。
mini版：「ゲーム内セーブデータ」に保存できるセーブデータ（PCE版と同様のセーブファイル）が5箇所用意されているほか、それとは別でmini独自の機能として「カンタンセーブ」（ゲーム内セーブデータ含め、ゲームの状況を自由に保存できる）が4つまで作成できる。前者のゲーム内セーブデータのみを利用することで、PCE版同様の方式でプレイできる。
PBC・GA・mini版を除き、「つづきから」でセーブデータの詳細を見ることができない（仲間の段など、一部データは確認可能。その代わりか、PS2・GC版ではセーブした日付が表示される）。
PS2・GC・DS・PBC・GA版ではタイトルの「卍 MARU」が「MANJI MARU」に変わっている（“卍”がハーケンクロイツと混同されることを避けるため[ 要出典 ] ）。また本編中では、フォントの「卍」はそのまま使われているが、デモなどの「卍」は変更・削除されている。mini版はオリジナルのまま。
オープニングデモで「FAR EAST OF EDEN」の次に表示される「卍MARU」が、PS2・GC・DS版では「MANJI MARU」に変更され、PBC・GA版では何も表示されない。
オープニングデモで「卍」のデザインが縮小していく部分が、PS2・GC版ではデモの尺を短くしてカットされ、DS版では「火の紋章」に、PBC・GA版では真っ白な画面（長方形の形に縮小し、暗転）に変更されている。
馬瀬村の庄屋2階の女性のセリフ「ちょっとね 頭が××××らしいのよ」がPS2・GC・DS版では「カン違いが ものすごいらしいのよ」に、PBC・GA版では「ちょっとね 勘違いがすごいらしいのよ」に差し替えられている。mini版はオリジナルのまま。
長篠町の農夫のセリフ「根の一族にキンタマ食われたんじゃねぇのか!!」がPS2・GC版では「根の一族に急所でもとられたんじゃねぇのか!!」に、DS版では「根の一族にタマタマ食われたんじゃねぇのか!!」に、GA版では「根の一族に大事なものとられちゃうぞ」に、mini版では「根の一族に××食われたんじゃねぇのか!!」に差し替えられている。PBC版はオリジナルのまま。
mini版では、福島村の子どものメッセージの文言が「ボケじじい」から「ごろうじん」に変更されている。PS2・GC・DS・PBC・GA版はオリジナルのまま。
PS2・GC・DS・PBC・GA版では弁天様の胸に浮き上がっていた乳首の影が消えたほか、このうちPS2・GC・DS版は会話後の宿泊がカットされた。mini版はオリジナルのまま。
すべての移植版において、敵キャラクター「闇の乙姫」の乳首のグラフィックが削除されている。
装備品である「抗夫の腹巻」がPS2・GC・DS版では「鉱山腹巻」に変更されている。ただしPBC・GA・mini版ではオリジナルのまま。
馬鹿野城にあった「酒」が、PS2・GC版では「甘酒」、DS版では「梨水」、PBC・GA版では「水」に変更されている（実際は村人の小便が混ざっているが酒も混ざっている。それが分かる前の段階で未成年である卍丸らが飲むこともできるために変更されたものと思われる）。しかし鹿野村の村人の台詞ではマントーに没収されたものは「酒」のままになっている。mini版ではオリジナルのまま。
浜田村において村人が食べた豚は、人間が豚の姿に変えられたものだが、PS2・GC・DS・PBC・GA版ではそれが「死霊銀バエ」が豚にされたことになっている。しかし当該のテキストしか変更されていないため他の人物の台詞との間で矛盾が発生している。mini版ではオリジナルのまま。
神戸村の墓を調べると表示された、他のメーカーのゲームキャラクターのパロディである「麻里魚」（マリオ）、「呂戸」（ロト）、「亜土留」（アドル）という名前がPS2・GC版では削除、DS・PBC・GA版では変更されている。mini版ではオリジナルのまま。
PS2・GC・DS・PBC・GA版では絹が吹雪御前を惨殺するシーンにおいて腕をちぎる、顔を半壊させるという残虐表現が抑えられている。mini版ではオリジナルのまま。
PS2・GC版：新規に作画されたアニメーションによって構図や演出が変更されており、見えない力で締め付けているような、PCE版とはまったく異なる表現となっている。
DS版・PBC・GA版：PCE版のグラフィックを使用しているが、腕がちぎられる寸前のグラフィックで止まり、腕が引っ張られて袖の布が破れるにとどまる（そのシーンに伴う出血は規制されていない）。その後の腕の断面が見えるシーンでは、当該部分のドットが全面的に描き換えられ、傷や布の破れが緩和されている。また、PBC・GA版では同シーンにおけるスクロール描写が削除されており、アニメーションの進行に若干の影響を与えている。
PS2・GC・DS・PBC・GA版では7本目の暗黒ランを斬り、秋芳洞を出た後のホテイ丸のセリフがカットされている。mini版ではオリジナルのまま。
PS2・GC・DS版ではテキスト・音声ともに「ジーザス!!ガッデム!!」のみで、そのあとの「サノバビッチ!!」がなくなっている。
PBC・GA版はテキストで「ジーザス!!ガッデム!!」と表示されるのみで、「ジーザス!!ガッデム!!サノバビッチ!!」という音声セリフは丸ごと無音になっている（PCE版のプログラムをエミュレートしているので、一括りの音声データ単位でしか処理できなかったため）。
ポケモンショックを原因とした規制にあわせて、画面の点滅表現を変更している。
PS2・GC版は画面のポリゴン化や新規制作されたアニメーションにあわせて、点滅表現そのものを各個に変更。
DS・PBC・GA・mini版はPCE版のグラフィックを再現しているが、点滅する画面範囲の制限や、画面切り替え速度の抑制、点滅そのものの削除などで対処しており、GA・mini版は特に顕著である。
マントー2の音声にあった千葉によるアドリブがカットされている。
縁切洞における地獄釜の肉助の台詞で異なるテイクのものが使用されており、しゃべり方や演技が違う。
DS版のみ、百貫丸の台詞で異なるテイクのものが使用されており、しゃべり方や演技が違う。
4人の火の勇者のテーマ曲について、CD音源と内蔵音源の2種類が存在していたが、音源が統一されたことにより一種類となっている。ただし、PS2・GC版は卍丸のテーマのみ2種類が用意されている（内蔵音源版にはアレンジが施されている）。
菊五郎のテーマ曲「ナルシストのテーマ」について、PCE版で菊五郎が最初に登場する際に流れる鳴り始めの部分が切れているものをアレンジャーに渡して編曲してしまった[要出典]ため、アレンジ版の曲ではすべて鳴り始めが切れた状態となっている。