ふるさと納税
導入後の動き > 自治体の手続きミス

ふるさと納税において全国の自治体で手続きミスが発生している。ミスは大きく下記の2つに大別される。
寄附金控除の適用漏れ - 自らの自治体の住民に対し、住民税計算の中で寄附金控除を適用していなかったもの。当該自治体にて再計算し税額の更正が行なわれる。
ワンストップ特例の通知漏れ - 寄付を受け取りワンストップ特例の申告（寄附金税額控除に係る申告特例申請書）を受理した自治体が、寄付者が居住する自治体へその内容の連携（通知）を漏らしたもの。居住する自治体（課税する自治体）側は当該住民が寄付を行なった事を認知出来ず、控除が適用されない。住民自らが確定申告によって更正申告を行なう必要がある。
報道された手続きミスは以下のとおり。
2018年
1月24日、宮城県仙台市は、確定申告不要の「ワンストップ特例制度」を2017年（平成29年）度中に利用して他の地方自治体に「ふるさと納税」を行った仙台市民のうち271人に係る個人住民税（市・県民税）について、総額で394万2,700円少なく課税してしまっていたことを明らかにした。同市の説明によると、この271人分についてはいずれも住所や金額などを訂正する必要が生じていたが、訂正前の旧情報を削除せずに二重計上、寄附金額を合算して控除額を計算していた。同市では該当者に対し、同月下旬に正確な税額通知書を送付すると表明した。
5月12日、東京都渋谷区は、2017年のふるさと納税寄付4278人（総額約3億6400万円）に対して、税額控除の適用をしていなかったと発表した。
5月22日、岐阜県岐阜市は、2017年のふるさと納税寄付1253人に対して、税額控除の適用を忘れるミスがあったことを公表した。
6月12日、千葉県市原市は、「ワンストップ特例制度」を利用して同市に対してふるさと納税を行った全国88自治体からの寄付者125人について、税額控除のために必要な処理が為されていなかった。システムを取り扱う同市職員が入金確認後に行うべき確認済みの入力処理を失念したことが原因で、同月7日と8日に寄付者から「控除されていない」との指摘があり発覚した。合わせて約166万円の住民税が控除されなかった。同市では該当寄付者に対し電話にて内容説明と謝罪を行い、その後に該当寄付者の居住自治体に対し改めて住民税控除の処理対応を依頼すると表明した。
2019年
5月23日、北海道北斗市は、2018年分のワンストップ特例通知が未送信であったことを公表した
5月27日、北海道洞爺湖町は、2018年分のワンストップ特例通知が未送信であったことを公表した。
5月29日、長野県下條村は、2018年分のワンストップ特例通知が未送信であったことを公表した。
6月5日、千葉県白井町は、千葉県外の8市町に納税した住民66人、寄付額計166万8千円分に適用漏れがあったと発表。
6月6日、沖縄県東村は、2018年に全国から当自治体に寄付し、ワンストップ特例の申告を行なった746人に対し、寄付者の住む市町村へ通知を発信していなかった事を表明した。
6月7日、埼玉県宮代町は、2018年に当町へ寄付しワンストップ特例の申請を行なった者について、それを居住地の自治体へ発信していなかったことを発表。
2021年
1月21日、埼玉県松伏町は、2018年分と2020年分の住民税計算において、寄附金税額控除の適用漏れがあったことを公表した。
2022年
5月27日、宮城県は、401人分のワンストップ特例制度の事務手続きを誤り、2021年に県に寄付した人のうち96人が控除を受けられない状態になっていることを明らかにした。県が寄付を受けた人が居住する自治体へ個別に連絡を取り、305人は特例制度が適用されることが確認出来ているとのこと。
5月31日、鳥取県米子市は、69件分（計113万6千円）のワンストップ特例の申請で、データを発信していなかったことを公表。
6月17日、徳島県美馬市は、2021年に当市へ寄付した174名分のワンストップ特例情報を、寄附者の住所地の市区町村へ送信できていなかったことを公表。
2023年
6月5日、静岡県袋井市は、18人分の手書きの確定申告書をデータ化する際、税額控除が課税システムに反映されていなかったことを公表。
6月6日、北海道訓子府町は、2022年に当町へ寄付した者の一部でワンストップ特例の寄附者データが未送信だったことが判明したと公表。
6月6日、山形県朝日町は、2022年に同町へ寄付しワンストップ特例を利用した28都府県83名88件分（納税総額124万3500円）のデータを居住自治体へ送信せず、税控除されていなかったと発表した。
6月12日、京都府長岡京市は、2022年に「さとふる」オンラインワンストップ特例制度を利用した者69名（対象自治体56、寄附額 156万9千円）について、居住自治体への送信が行われていなかったと発表した。
6月21日、岐阜県関市は、ワンストップ特例申請のうち、2022年10月1日から6日に受け付けた分がシステムへ入力していなかったと発表。対象者は59名（計105万1千円）。その内45名は居住自治体において住民税の税額更正が行われるが、14名は間に合わず、各自で確定申告することを求める。
6月28日、和歌山県白浜町は、ワンストップ特例申請のうち、2022年1月1日から3日に「さとふる」経由でオンライン申請を行なった44名が、居住自治体へデータ連携出来ていなかったと発表した。
6月30日、熊本県熊本市で、市民5人に対し控除額計算を誤り、本来より高い住民税を課していたことが判明。これは確定申告を手書きの申告書で提出していた者に対して、市役所側で文字が潰れて読み取れず計算間違いに至ったもの。国税庁はe-Taxでの申告を呼びかけている。
8月30日、北海道庁は、全道179自治体のふるさと納税返礼品に関する調達費用や返礼割合の情報を、2020年度から道内105の自治体と共有していたと発表。本来は他自治体へは開示しないもの。道内の自治体から他都府県へも情報漏洩があったと見られる。鈴木直道北海道知事は、定例記者会見において謝罪した。
8月30日、茨城県行方市は、ワンストップ特例制度を利用した全国からの寄付者25人、計29万2千円について、市・県民税の控除が適用されなかったと発表した。対象者には寄付金の返還か改めて確定申告を行うかの希望を取り、確定申告を希望した1名以外の24名28万4千円については寄附金全額を返還する。返礼品の返還は求めない。
2024年
5月27日、岡山中央総合情報公社は、事務受託していた岡山県内の8市町村（真庭市、美作市、鏡野町、美咲町、奈義町、久米南町、西粟倉村、新庄村）の住民1711人、計721万円分の住民税額を誤っていたと発表。ワンストップ特例制度による寄付分が住民税から控除されていなかった。
5月27日、島根県飯南町は、ワンストップ特例制度を利用した同町民40名について、住民税から寄付分の控除ができていなかったと発表した。
5月29日、和歌山県紀美野町は、前年9月1日～12月31日に一部のふるさと納税ポータルサイト経由で送られたワンストップ特例申請を、居住自治体へデータ送付出来ていなかったと発表した。対象者は144名・101自治体。同町は各自治体へ税額更正を依頼し、それに応じてもらえなかった30名には寄付額（計51万7千円）を返金した。
6月4日、福岡県宗像市は、ワンストップ特例申請のうち「さとふる」経由でオンライン申請を行なった分を、居住自治体へデータ送付出来ていなかったと発表した。対象者は232名・164自治体、寄付額642万5000円分。各自治体へ税額更正を依頼し、178人は住民税が更正された。54人は更正されず寄付者本人に確定申告を求める。
6月27日、沖縄県石垣市は、ワンストップ特例申請のうち「さとふる」経由でオンライン申請を行なった分を、居住自治体へデータ送付出来ていなかったと発表した。対象者は876人・325自治体。同市から各自治体へ税額更正を依頼し、708人・277自治体が更正可能、168人・48自治体は更正できなかった。
9月11日、北海道網走市は、ワンストップ特例申請のうち、1月4日に受け付けた分がシステムへ取り込まれていなかったと発表。対象者は73名・92件・61自治体。寄附金総額133万2千円。