国土交通省直轄ダム
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近畿地方整備局管内では管理中ダム10基（取水ダム含む）、施工・ダム再開発事業・再生事業中3基の計13基を管理・施工している。ただし河川法第17条の兼用工作物として管内最大の直轄ダムである九頭竜ダム（九頭竜川）は電源開発と、淀川大堰（淀川）は水資源開発公団（現在の独立行政法人水資源機構）との共同事業として建設されている。
管内に大阪市、京都市、神戸市などの大都市と西日本最大の河川・淀川を擁する関係上、淀川水系の河川開発は最重要であった。古くは行基の頃より手掛けられた淀川の治水は1900年（明治33年）より実施された淀川改良工事で新淀川開削のほか琵琶湖の水位を調整する南郷洗堰（淀川）が建設され、さらに琵琶湖河水統制事業が1943年（昭和18年）より実施されて治水のほか水力発電、灌漑を目的に1952年（昭和27年）完成する。ところが1953年（昭和28年）台風13号が淀川、由良川に過去最悪となる水害を起こし、根本的な河川改修が求められた。この結果淀川水系改修基本計画が定められ淀川本流に天ヶ瀬ダムが建設されたほか瀬田川洗堰（淀川）の改築、木津川や桂川といった大支流に多目的ダムを建設する計画が立案された。その後淀川水系の河川開発は大阪市など関西圏の人口増加や阪神工業地帯の拡充による水道需要の急増に伴い、水資源開発に重点が移ったことから1962年（昭和37年）に水資源開発促進法に拠る淀川水系水資源開発基本計画が策定され、旧建設省が計画していた高山ダム（名張川）は水資源開発公団に事業を移管させた。以後、淀川水系の多目的ダム事業は水資源開発公団が主体で行い、青蓮寺（青蓮寺川）、室生（宇陀川）、一庫（一庫大路次川）、布目（布目川）、比奈知（名張川）、日吉（桂川）の各ダムが建設された。また1972年（昭和47年）琵琶湖総合開発特別措置法制定により建設省・水資源開発公団・滋賀県および琵琶湖沿岸市町村が一体的に参加した琵琶湖総合開発事業が実施され、琵琶湖の多目的ダム化が図られた。これに関連し1971年（昭和46年）の淀川水系工事実施基本計画に伴い、琵琶湖に関連する河川での多目的ダム事業が計画され、丹生ダム（高時川）や大戸川ダム（大戸川）が計画された。琵琶湖の湖水流出は瀬田川洗堰で調節されるが、国直轄管理下で操作するためいわゆる「琵琶湖の水止めたろか」と滋賀県が止めることはできない（当該項目参照）。
淀川と同時期に総合開発が実施された河川としては紀の川がある。紀の川の水を奈良盆地へ導水する吉野川分水計画は奈良県300年来の悲願であったが、水利権を巡る下流の和歌山県との対立は激化し単独での事業遂行は不可能だった。戦後1949年（昭和24年）に農林省（現在の農林水産省）主導による十津川・紀の川総合開発計画で新宮川（熊野川）の水を紀の川へ導水、さらに紀の川の水を奈良盆地に導水して奈良・和歌山両県の水需要を満たす計画が立案。同事業は1950年（昭和25年）の国土総合開発法に基づく吉野熊野特定地域総合開発計画に組み入れられ、新宮川・紀の川間導水の要である猿谷ダム（熊野川）を皮切りに農林省直轄ダムとして大迫（紀の川）、津風呂（津風呂川）、山田（野田原川）の各ダムが完成し奈良県の悲願である吉野川分水が達成された。ところが1959年（昭和34年）の伊勢湾台風で紀の川流域は水害による大きな被害を受け、治水目的の多目的ダム建設が急務となり紀の川本流に大滝ダムが計画されることになる。
このほか九頭竜川水系は九頭竜ダムを核にした電源開発と北陸電力による奥越電源開発計画が競合していたが、伊勢湾台風や第二室戸台風による九頭竜川の洪水を機に建設省が九頭竜ダム計画に参入。電源開発との共同事業で1968年（昭和43年）に完成させるが、1965年（昭和40年）9月の奥越豪雨は笹生川ダム（真名川）の治水機能を喪失させ、当時の大野郡西谷村（現在の大野市）に壊滅的被害を与えた。このため支流真名川の総合開発も計画され1977年（昭和52年）真名川ダムが完成する。その後九頭竜川中流部の治水・利水を目的に九頭竜川鳴鹿大堰（九頭竜川）が完成し、福井市などへの利水も強化された。こうした中発生した2004年（平成16年）の平成16年7月福井豪雨において、真名川流域では真名川ダムの洪水調節で下流域への洪水被害をほぼ皆無に抑えた反面、強固な反対運動で足羽川ダム事業が凍結していた足羽川流域では福井市内で堤防が決壊するなど死者を出す大きな被害を生じ、同じ降水量にもかかわらず対照的な結果をもたらした。福井豪雨以後ダム建設再開要望が福井市など流域市町村より高まり、穴あきダムとして足羽川支流の部子川に建設する新ダム計画となった。前原誠司国土交通大臣（当時）はダム事業再検証対象としたが、2012年（平成24年）にダムは事業継続となる。加古川水系は農林水産省による広域農業水利事業により鴨川ダム（鴨川）、呑吐（どんど）ダム（志染川）など農林水産省直轄ダムが支流に建設されていたが、治水・利水を目的として水系初の直轄ダムである加古川大堰（加古川）が1988年（昭和63年）に完成した。
管内におけるダム事業と移転住民の摩擦では大滝ダムが特に知られる。1962年（昭和37年）より計画に着手したが吉野郡川上村で399戸487世帯が移転対象となり激しい反対運動が繰り広げられ、さらに試験的に貯水を行う試験湛水中に川上村白屋地区で地すべりが発生。対策工事などで運用を開始するまで51年を費やし、日本の長期化ダム事業の代表格となった。また建設省が施工し京都府に管理が移管された大野ダム（由良川）は蜷川虎三京都府知事（当時）の奔走により補償交渉が妥結するという状況であった。一方で水没戸数が大野郡和泉村（現在の大野市）で529戸と大滝ダムを上回る規模の九頭竜ダムでは、施工を担当した電源開発が「補償交渉終了まで工事は実施しない」という方針を打ち出し、大滝ダムとは対照的にわずか2年で補償交渉を妥結に導いた。この原則は「九頭竜補償方式」と名づけられ以後電源開発によるダム事業の大原則となる。そして2005年（平成17年）に国土交通省の諮問機関である淀川水系流域委員会が答申した計画5ダム（丹生、大戸川、余野川、川上、天ヶ瀬ダム再開発）の事業中止答申は流域自治体に大きな影響を与え、国土交通省は一旦5事業を中止する意向を示したものの流域自治体が反発。その後嘉田由紀子滋賀県知事によるダム事業見直し政策などで状況は二転三転し淀川水系の河川開発は混乱を来たした。結果5ダムのうち余野川と丹生が中止（後述）、大戸川・川上・天ヶ瀬ダム再開発事業は事業が継続している。また関西国際空港関連事業として大阪府が水利権を有していた紀の川大堰（紀の川）では、当時の橋下徹大阪府知事が2009年（平成21年）に水利権を返上している。
施工中のダムとしては足羽川ダム、大戸川ダムのほか九頭竜ダムなどの貯水容量再配分などによる治水安全度向上を軸とした九頭竜川上流ダム再編事業が施工中である。なお、管内における一級河川のうち北川、円山川、揖保川、大和川水系には直轄ダムが建設されていない。大和川を除く3水系は本流にダムが建設されていないが、支流に補助多目的ダムが福井県や兵庫県、奈良県により建設、施工されている。また淀川水系の主要な支流のうち、木津川本流にはダムが建設されていない。ダム管理上の新たな問題点として天ヶ瀬ダムでは自殺者が急増したことにより一時緊急的にダムの立入を禁止し、現在はダムの夜間訪問が禁止されている。自殺防止対策として飛び降り防止柵や青色照明灯を導入するなどの対策により、2011年（平成23年）度における自殺者はゼロとなっている。
| 所在 | 水系 | 河川 | ダム | 型式 | 高さ | 総貯水容量 | 着工 | 完成 | 分類 | 水特法 | 備考 |
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| 福井 | 九頭竜川 | 部子川 | 足羽川ダム | 重力 | 96.0 | 28,700 | 1983 | 2026 | 治水 | 指定 |  |
| 福井 | 九頭竜川 | 九頭竜川 | 九頭竜ダム | ロックフィル | 128.0 | 353,000 | 1962 | 1968 | 兼用 |  | 再生事業中 |
| 福井 | 九頭竜川 | 九頭竜川 | 九頭竜川鳴鹿大堰 | 堰 | 5.7 | 667 | 1989 | 2003 | 特定 |  |  |
| 福井 | 九頭竜川 | 真名川 | 真名川ダム | アーチ | 127.5 | 115,000 | 1965 | 1977 | 特定 |  |  |
| 滋賀 | 淀川 | 淀川 | 瀬田川洗堰 | 堰 | - | 27,500,000 | 1900 | 1905 |  |  | 1961年改築 貯水容量は琵琶湖 |
| 滋賀 | 淀川 | 大戸川 | 大戸川ダム | 重力 | 67.5 | 21,900 | 1978 | 未定 | 治水 | 指定 |  |
| 京都 | 淀川 | 淀川 | 天ヶ瀬ダム | アーチ | 73.0 | 26,280 | 1955 | 1964 | 特定 |  | 2023年再開発 |
| 大阪 | 淀川 | 淀川 | 淀川大堰 | 堰 | - | - | 1971 | 1984 | 兼用 |  |  |
| 兵庫 | 加古川 | 加古川 | 加古川大堰 | 堰 | 6.0 | 1,960 | 1979 | 1988 | 特定 |  |  |
| 奈良 | 新宮川 | 池津川 | 池津川取水ダム | 重力 | 16.8 | - | - | 1956 |  |  |  |
| 奈良 | 紀の川 | 紀の川 | 大滝ダム | 重力 | 100.0 | 84,000 | 1962 | 2013 | 特定 | 9条等指定 |  |
| 奈良 | 新宮川 | 熊野川 | 猿谷ダム | 重力 | 74.0 | 23,300 | 1950 | 1957 |  |  |  |
| 和歌山 | 紀の川 | 紀の川 | 紀の川大堰 | 堰 | 7.1 | 2,900 | 1978 | 2009 | 特定 |  |  |