分子力学モデリング用ソフトの比較

本項では主に分子力学法または分子動力学法の計算に用いられるプログラムの一覧を示す。
GPU – GPUが利用可能
I – インターフェースのみ
Imp – 水の陰溶媒
MC – モンテカルロ法
MD – 分子動力学
Min – 構造最適化
QM – 量子力学的手法
REM – レプリカ交換法
| 名称 | 3D表示 | モデル構築 | Min | MD | MC | REM | QM | Imp | GPU | ライセンス |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| Abalone（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | I | Yes | Yes | プロプライエタリ 無償 |
| Acellera Ltd ACEMD | No | No | Yes | Yes | No | Yes | No | No | Yes | プロプライエタリ  無償版と商用版がある |
| ADF | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | Yes | Yes | Yes | プロプライエタリ  無償試用版あり |
| ADUN | No | No | Yes | Yes | No | No | Yes | Yes | Yes | フリー GNU GPL |
| AMBER | No | Yes | Yes | Yes | No | Yes | I | Yes | Yes | プロプライエタリ |
| Ascalaph Designer（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | I | Yes | Yes | GNU GPLと商用の混合ライセンス |
| ATB | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | No | No | プロプライエタリ 商用 教育研究用は無償 |
| Avogadro | Yes | Yes | Yes | No | No | No | I | No | No | フリー GNU GPL |
| BOSS（英語版） | No | No | Yes | No | Yes | No | Yes | No | No | プロプライエタリ |
| CHARMM | No | Yes | Yes | Yes | Yes | I | I | Yes | Yes | プロプライエタリ, 商用 |
| CHEMKIN（英語版） | No | No | No | No | No | No | No | No | No | プロプライエタリ |
| COSMOS | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | I | No | No | プロプライエタリ、商用 (GUIのない無償版あり) |
| CP2K | No | No | Yes | Yes | Yes | No | Yes | Yes | Yes | フリー GNU GPLv2 or later |
| Culgi | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | I | No | No | プロプライエタリ |
| Desmond（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | No | Yes | プロプライエタリ 無償版と商用版がある |
| Discovery Studio（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | Yes | No | プロプライエタリ 試用版あり |
| ENCAD | No | No | No | Yes | No | No | No | No | No | フリー オープンソース |
| fold.it | I | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | I | No | No | プロプライエタリ 無償版と商用版がある |
| FoldX（英語版） | I | Yes | Yes | No | No | No | No | No | No | プロプライエタリ 無償版と商用版がある |
| GPIUTMD | I | I | Yes | Yes | No | I | No | No | Yes | プロプライエタリ |
| GROMACS | No | No | No | Yes | No | Yes | I | Yes | Yes | フリー GNU GPL |
| GROMOS | No | No | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | Yes | プロプライエタリ 商用 |
| GULP | No | No | Yes | Yes | No | No | No | No | No | プロプライエタリ 教育研究用は無償 |
| HOOMD-blue | No | No | Yes | Yes | Yes | No | No | No | Yes | フリー オープンソース |
| HyperChem | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | Yes | No | プロプライエタリ 商用　フル機能評価版あり |
| ICM | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | I | Yes | No | プロプライエタリ |
| LAMMPS | No | No | Yes | Yes | Yes | Yes | I | No | Yes | フリー GNU GPLv2 |
| MacroModel（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | I | Yes | No | プロプライエタリ |
| MAPS | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | プロプライエタリ 試用版あり |
| Materials Studio（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | Yes | Yes | プロプライエタリ 試用版あり |
| MedeA | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | No | プロプライエタリ 試用版あり |
| MCCCS Towhee | No | No | No | No | Yes | No | No | No | No | フリー GNU GPL |
| MDynaMix（英語版） | No | No | No | Yes | No | No | No | No | No | フリー GNU GPL |
| MOE（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | I | Yes | No | プロプライエタリ |
| MOIL | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | No | フリー オープンソース |
| Orac（英語版） | No | No | Yes | Yes | No | Yes | No | Yes | No | フリー オープンソース |
| NAB | No | Yes | No | No | No | No | No | No | No | フリー オープンソース |
| NAMD + VMD | Yes | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | Yes | Yes | プロプライエタリ 教育研究用は無償 |
| NWChem（英語版） | No | No | Yes | Yes | No | No | Yes | No | No | フリー EDL v2.0 |
| Packmol | No | Yes | No | No | No | No | No | No | No | フリー GNU GPL |
| Prime | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | I | Yes | No | プロプライエタリ |
| Protein Local Optimization Program（英語版） | No | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | プロプライエタリ |
| Q（英語版） | No | No | No | Yes | No | No | No | No | No | 不明 |
| RedMD | I | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | フリー GNU GPL |
| SAMSON（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | Yes | No | No | プロプライエタリ 無償 |
| StruMM3D (STR3DI32) | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | No | プロプライエタリ 無償版あり(200原子まで) |
| Scigress | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | Yes | Yes | No | プロプライエタリ |
| Spartan（英語版） | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | Yes | Yes | No | プロプライエタリ 無償試用版あり |
| TeraChem（英語版） | No | No | Yes | Yes | No | No | Yes | No | Yes | プロプライエタリ 試用版あり |
| TINKER（英語版） | I | Yes | Yes | Yes | Yes | No | I | Yes | No | プロプライエタリ 無償 |
| Tremolo-X（英語版） | I | No | Yes | Yes | No | No | No | No | No | プロプライエタリ |
| UCSF Chimera（英語版） | Yes | Yes | Yes | No | No | No | No | No | No | プロプライエタリ 教育研究用は無償 |
| VEGA ZZ | Yes | Yes | Yes | I | Yes | No | No | Yes | Yes | プロプライエタリ 教育研究用は無償 |
| VLifeMDS | Yes | Yes | Yes | No | Yes | No | I | No | Yes | プロプライエタリ |
| WHAT IF | Yes | Yes | I | I | I | No | No | No | No | プロプライエタリ |
| YASARA（英語版） | Yes | Yes | Yes | Yes | No | No | Yes | No | Yes | プロプライエタリ |