スカイマーク
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2000年（平成12年）
5月31日：東証マザーズ上場。資本金38億3905万円となる。
7月：本社を東京都港区浜松町二丁目4番1号世界貿易センタービル3階に移転。羽田空港に自社カウンターを設置。福岡空港での運航支援業務、出発前点検業務を直営化。
9月：全日本空輸（ANA）に委託していた航空機の整備およびグランドハンドリング業務を自社での実施に移行。
2002年（平成14年）
4月18日：東京/羽田 - 鹿児島線就航（2006年4月21日限りで一時撤退）。
5月：東京/羽田 - 福岡間の航空郵便輸送業務に参入。同区間の輸送便1日13往復のうち1往復について、当月から2003年3月までの契約分を受注。
2003年（平成15年）
3月7日：東京/羽田 - 韓国・ソウル/仁川間が週末国際チャーター便として就航（その後打ち切り）。
4月25日：ANAの撤退を受け、東京/羽田 - 徳島・青森線就航（青森線は2003年11月末、徳島線は2006年4月13日限りで運休）。
10月：西久保愼一が社長に就任。第三者割当増資を実施し、資本金66億4796万円となる。
2004年（平成16年）
10月：本社を東京都港区浜松町一丁目30番5号浜松町スクエア12階に移転。
11月：インターネットプロバイダーのゼロ株式会社を吸収合併。
2005年（平成17年）
3月：減資を実施し、資本金21億6315万円となる。1:200の大幅な株式分割を実施。CIを導入。ロゴマーク・機体塗装を一新。東京/羽田 - 大阪/関西線就航（ - 2006年3月31日）。
4月：東京/羽田 - 大阪/関西線で日本航空（JAL）とコードシェアを開始。
7月1日：東京/羽田 - 沖縄/那覇線を夏期季節運航深夜便で就航（沖縄/那覇初就航）。
8月23日：北九州空港開港日の翌2006年3月16日に東京/羽田 - 北九州線の参入予定を表明。しかし空港ターミナルビル側から駐機スペース不足を理由に乗り入れを拒否される。
9月：第三者割当増資を実施し、資本金36億6313万円となる。
10月12日：羽田 - 札幌/新千歳線に2006年4月に参入すると発表するとともに、羽田 - 大阪/関西、徳島、鹿児島線の3路線の運休を決定。
12月：8号機として新機材ボーイング737-800型機初号機（JA737H）を受領。
旧塗装の機体。現在よりも星の数が多く、1つ1つが小さく描かれている。また、胴体に「SKYAMARK AIRLINES」と描かれている。
2005年3月以降に使用されている新塗装の機体。それまで書かれていた「AIRLINES」の文字は省かれた。星の数は1つになり、それまでよりも大きく描かれている。
2006年（平成18年）
2月16日：神戸空港開港により、大阪/神戸 - 東京/羽田線就航。同路線でJALとのコードシェア開始を発表（2006年4月 - 5月）。
4月28日：東京/羽田 - 札幌/新千歳線就航。国土交通省から業務改善報告書を提出の上で運航を認可されるという異例の「条件付き」での認可となった。
9月：東京/羽田 - 沖縄/那覇線を通年運航化。
10月1日：スカイマークエアラインズ株式会社（英文名 Skymark Airlines Co., Ltd.）からスカイマーク株式会社（英文名 Skymark Airlines Inc.）に商号変更。
2007年（平成19年）
2月：欠航時振替サービス等の実施。
4月：機内誌『SKYMARK』を創刊。
5月15日：大阪/神戸 - 札幌/新千歳線へ2010年を目途に就航する意向を発表。
6月13日付けの日本経済新聞によると、2007年4月 - 6月期の経常利益は、同社では数千万円の赤字を見込んでいたが、ようやく6900万円の黒字を出すことに成功した。さらに8月14日付の日本経済新聞によると、実際には同期の最終利益が3億7300万円の黒字となった。旅客需要が年間で最も少ない4月 - 6月期の最終損益が黒字になったのは創業以来初めてである。ただし、これは円安、ドル高による為替利益によるものが大きい。
7月13日：大阪/神戸 - 沖縄/那覇線就航（夏季季節運航）。
8月9日：東京/羽田 - 旭川線を2008年春ごろに就航する計画を発表。
11月14日：中部国際空港への就航を発表。
2008年（平成20年）
4月25日：東京/羽田 - 旭川線就航（ - 2011年10月29日）。
11月：第三者割当増資を実施し、資本金47億7746万円になる。
12月1日：本社を東京国際空港整備場地区に移転。
2009年（平成21年）
3月7日：福岡 - 沖縄/那覇線就航。
4月1日：新千歳 - 旭川線就航（2011年10月29日限りで運休）。
9月：ボーイング767-300ER型機5号機（JA767D）をリースバック。これによりボーイング767が全機退役し、保有機材がボーイング737-800に統一される。
9月の中間決算では、売上高は210億円と前年を下回ったが、営業利益、経常利益、純利益はいずれも20億円程度の黒字となり、これらの利益は日本の航空会社の中では一番大きかった。経費削減などの営業努力が結実する結果となり、世界金融危機で赤字に苦しむJALやANAと好対照の結果となった。
12月25日：大阪/神戸 - 沖縄/那覇線を通年運航化。
2010年（平成22年）
2月1日：大阪/神戸 - 福岡線就航（2010年4月11日限りで運休）。
3月11日：操縦室内記念撮影問題により国土交通省の抜き打ち立ち入り検査・業務改善勧告を受ける。
4月16日：大阪/神戸 - 茨城線就航。
4月20日：作業員の男性が格納庫の扉に挟まれて死亡する事故が発生。
6月24日：茨城空港に隣接する百里基地での航空自衛隊の行事などで、大阪/神戸 - 茨城線の運航の制限がかけられることを考慮して、同年9月から運休すると発表。
7月9日：大阪/神戸 - 新千歳 - 旭川線就航。
7月20日：大阪/神戸 - 茨城線を同年9月1日から運休し、同年10月1日に再開させると発表。
8月10日：東京/羽田 - 北九州線、北九州 - 沖縄/那覇線就航（北九州 - 沖縄/那覇線は2010年10月31日、東京/羽田 - 北九州線は2012年9月30日限りで運休）。
9月1日：鹿児島 - 大阪/神戸、奄美線で再就航（奄美初就航、奄美路線は同年10月30日までの期間限定）。
9月6日：2011年2月に名古屋/中部 - 茨城線、名古屋/中部 - 札幌/新千歳線、中部 - 東京/羽田線の就航を発表。
9月17日 - 9月27日：東京/羽田 - グアム間に国際チャーター便を運航。
10月1日：羽田 - 熊本線（大阪/神戸経由）就航（2014年3月31日限りで運休）。その後10月31日より直行化。
11月8日：2011年秋の成田発着国内線開設予定を発表。2011年春に2014年度受領予定でエアバスA380を国際線用機材としての契約を本締結する予定を公表 。
12月1日：JALの退職者を計470人採用すると発表。スカイマークは2014年度に計画している国際線参入に対応するため、国際線勤務の経験があるパイロットや客室乗務員を大量採用する。
12月16日：大阪/神戸 - 長崎線就航。
2011年（平成23年）
2月1日：名古屋/中部 - 札幌/新千歳線、名古屋/中部 - 茨城線、名古屋/中部 - 東京/羽田線、茨城 - 札幌/新千歳線就航（名古屋/中部 - 茨城線・名古屋/中部 - 東京/羽田線は、2011年5月31日限りで運休）。
2月18日：エアバスA380型機の購入契約を締結。
3月27日：鹿児島 - 奄美線で夏ダイヤ（3月 - 10月）のみ運航再開。
6月1日：名古屋/中部 - 沖縄/那覇線就航。
9月15日：沖縄/那覇 - 宮古線就航。
10月30日：成田 - 旭川線、成田 - 札幌/新千歳線就航（成田 - 旭川線は2014年3月31日限りで運休）。
12月8日、成田 - 沖縄/那覇線就航。
2012年（平成24年）
2月1日：成田 - 福岡線就航（2013年11月4日限りで運休）。
3月7日：大阪/神戸 - 成田線就航（2012年11月15日限りで運休）。
3月25日：大阪/関西 - 東京/羽田線、大阪/関西 - 札幌/新千歳線、大阪/関西 - 沖縄/那覇線就航（大阪/関西 - 東京/羽田線は同年4月30日限りで運休）。
5月1日：本社を東京国際空港新整備場地区に移転。
7月1日：成田 - 鹿児島線、大阪/関西 - 旭川線、茨城 - 沖縄/那覇線就航。
7月20日：北九州 - 那覇線の運航再開（ 2012年8月30日限りで運休）。
2013年（平成25年）
2月1日：福岡 - 新千歳線就航（季節便）。
3月14日 - 3月24日：成田 - グアム間に国際チャーター便を運航。
3月31日：関西国際空港発着路線から撤退。
4月20日：仙台 - 札幌/新千歳線、仙台 - 福岡線就航。
7月1日：東京/羽田 - 旭川線運航再開、沖縄/那覇 - 大阪/神戸 - 茨城線の直行化（羽田 - 旭川線は2014年3月31日限りで運休）。
7月10日：成田・大阪/神戸・沖縄/那覇 - 石垣線就航（成田・大阪/神戸 - 石垣線は2014年3月29日限りで運休）。
11月22日：東京証券取引所の市場をマザーズから1部に変更。
12月20日：東京/成田・大阪/神戸・茨城 - 米子線就航。
2014年（平成26年）
2月28日：新機材エアバスA330-300型機の初号機（JA330A・JA330B）を受領。
3月30日：東京/羽田 - 沖縄/那覇 - 石垣線就航。
4月1日：東京/羽田・札幌/新千歳・沖縄/那覇 - 米子線、大阪/神戸 - 仙台線就航。
4月18日：名古屋/中部 - 茨城線の運航再開。福岡 - 茨城線就航。
6月14日：東京/羽田 - 福岡線でエアバスA330-300型機の運航開始。
7月：発注していたエアバスA380の購入をキャンセルする交渉をしていることが明らかとなる。29日までにエアバス社より購入契約の解除を通告される。
8月1日：東京/羽田 - 札幌/新千歳線でエアバスA330-300型機の運航開始。
8月9日：仙台 - 沖縄/那覇線就航（同年9月15日までの季節運航）。
10月25日：成田国際空港発着路線から撤退。
11月21日：日本航空（JAL）に支援要請を行っていることが報道される。
11月25日：太田昭宏国土交通大臣が、JALとの提携要請報道を受け、閣議後の記者会見で「日本航空が他の航空会社と業務提携を行う場合には、航空法及び「日本航空の企業再生への対応について」いわゆる「8.10ペーパー」に基づいて、競争性を確保するということ等を始めとして、羽田空港の発着枠なども関連して参りますので、健全な競争環境の確保の観点から、厳しく判断します」と発言し、日本航空との単独提携に難色を示した。
12月10日：国土交通大臣の発言を受け、全日本空輸（ANA）とも羽田空港発着便の共同運航を柱とした提携を申し入れることと、投資ファンドによる出資協議が報道される。
12月16日：A380の違約金問題に関してエアバス社が英国商事裁判所に対して訴訟準備開始を通知。