シン・ゴジラ
あらすじ

11月3日8時30分ごろ、東京湾羽田沖で無人状態のプレジャーボートが発見された後、大量の水蒸気が噴出し、アクアトンネル構内では突然の浸水に走行中の車輌が巻き込まれる。政府は、熱源が海中で発見されたため、原因を海底火山の噴火か大規模な熱水噴出孔の発生と見て対応を進め、湾内を封鎖する。内閣官房副長官矢口蘭堂は、インターネット上の一般人による目撃報告や配信動画などから、いち早く事故の背景にある巨大生物の存在を推測するが、周囲はそれを一笑に付す。しかし、浮島沖海上で水蒸気煙が唐突に収束したのち、海面から出現した巨大生物の尻尾部分がテレビ報道されたことで、政府は対処方法を検討する。さらに自重で潰れるため上陸は不可能という専門家の意見とは裏腹に、巨大生物は多摩川河口から大田区内の呑川を這いずるように遡上して蒲田に上陸し、街を破壊しながら北進を始める。
相手は生物であること、陸上で行動可能であることを前提として捕獲か駆除かを検討した結果、政府による対処方針は駆除と決定。その大きさや性質が不明であり、生半可な攻撃では駆除は困難であると予想され、無制限に火器を使用できる防衛出動での自衛隊出動を模索。半ば超法規的にではあるが害獣駆除を目的とした戦後初の防衛出動が要請される。巨大生物は当初こそ蛇行と後脚で進行していたものの、品川区北品川品川湊の船着場付近で急速な進化（変態）と巨大化を遂げ、八ツ山橋方面へ二足歩行を開始する。しばらく歩行した後に停止、そこへ自衛隊の対戦車ヘリコプター隊が攻撃位置に到着するが、射線上に逃げ遅れた住民が発見され、攻撃は中止される。直後に巨大生物は突如、再び蛇行に切り替えて京浜運河から東京湾へ姿を消すが、一連の行動による被害は上陸から2時間強で死者・行方不明者100名以上にもなっていた。
政府は海上自衛隊を出動させて足取りを探る一方で巨大生物の再襲来に備え、矢口を事務局長とした「巨大不明生物特設災害対策本部」（巨災対）が官邸内に設置される。被害地域では未知の放射性元素の検出や軽微な放射線量の上昇が確認され、その空間線量分布図が巨大生物の移動ルートと一致したことから、放射線源は巨大生物と判明する。米国からは大統領次席補佐官および大統領特使が極秘裏に来日し、巨大生物の正体は太古から生き延びていた深海海洋生物が、不法に深海の生息地域に海洋投棄された大量の放射性廃棄物の影響下でも生き残る耐性を有するように適応進化した「ゴジラ」（GODZILLA）と呼称される未発表の生物であることや、その研究をしていた牧悟郎という老人の学者が行方不明であることを伝え、牧の遺品である解析表などを日本側に提供する。巨災対は、ゴジラが体内の生体原子炉から活動エネルギーを得ており、そこから生じる熱はメーンの冷却機能としている血液流によって発散しているため、体内の血液流を強制停止すればゴジラは生命維持のために自らスクラム停止・急激な冷却を行い、活動停止するはずであると結論づけ、血液凝固促進剤の経口投与によってゴジラを凍結させる「矢口プラン」（仮称）の具体検討を始める。
4日後の11月7日、前回よりもさらなる進化を遂げ、倍近い大きさに成長したゴジラが相模湾に出現した後、鎌倉市稲村ヶ崎辺りに再上陸、横浜市や川崎市を縦断して川崎市武蔵小杉に至る。Jアラートを通して住民に避難を呼びかけるとともに、自衛隊は事前に策定していたいくつかの上陸パターンに応じた迎撃作戦の中から、多摩川を絶対防衛線、多摩川河川区域を主戦場とした、ゴジラの都内進入を阻止するための総力作戦「タバ作戦」を発動する。陸と空から投入できる全ての火力を持って挑むも傷一つ付けることができずに都内に侵入されてしまい作戦は失敗、ゴジラは大田区・世田谷区・目黒区へ侵入する。
作戦失敗を受けて政府は在日米軍へ日米安保に基づく駆除協力の要請を検討し始めるが、すでに要請を待たずして米国は独自に大使館防衛を理由に爆撃機をグアムから日本に向かわせたとの通知を受け、米国に駆除協力を正式に要請する。港区にまで進行してきたゴジラに対し、飛来した米軍のB-2爆撃機3機は地中貫通爆弾MOPIIによる絨毯攻撃爆撃を始め、ゴジラに初めて傷を負わせることに成功するが、その直後にゴジラは口腔からの熱焔放出を開始し、それを熱線に変化させるとB-2のうち1機を撃墜。残った2機はゴジラの背部に回り込んで爆撃を続行するが、ゴジラは投下されたMOPIIに対して背部から複数の熱線を放射して全弾爆破したうえ、B-2もすべて撃墜する。その後、ゴジラは港・千代田・中央3区の市街地を破壊。都心に壊滅的状態までの被害と高濃度の放射能汚染をもたらしたうえ、都民に約300万人の死傷者を出してしまう。さらに、首相官邸から立川広域防災基地へ避難するところであった総理大臣を含めて11人が乗ったヘリコプターも熱線によって撃墜され、総理を含めた閣僚11名が死亡する。一方、ゴジラは東京駅構内線路上で突然活動を停止する。
高濃度の放射能汚染と壊滅的な被害を受けた都心から官邸機能が立川広域防災基地内の災害対策本部予備施設に移管し、内閣総理大臣臨時代理も立てられ、矢口は巨大不明生物統合対策本部の副本部長および特命担当大臣に任命される。米軍の爆撃で得られたゴジラの組織片の分析より、今後ゴジラは無性生殖により個体増殖してネズミ算式に群体化する可能性や、個体進化により小型化や有翼化して大陸間を超えて拡散する可能性などが示唆されたほか、2週間後には活動を再開することが予測される。活動を再開すれば米本土への上陸も有り得るとのデータを受け取った米国は、国連での外交工作を行い、国連安保理はゴジラの処理の管轄を米国がするとともに、ゴジラの処分に熱核兵器の使用を決議、多国籍軍による核攻撃プランの策定が開始される。同時に、人道的配慮によって住民360万人の疎開が行われる。
巨災対は熱核攻撃ではなく矢口プランによるゴジラ停止の完遂を切望するが、ゴジラの細胞膜の分子構造には元素変換能力があり、熱核エネルギー変換生体器官を内蔵した混合栄養生物であると推測され、血液凝固剤を無力化される懸念が生じてしまう。その直後、それまで謎だった牧の解析表の解読の糸口が見つかり、解読・解析結果からゴジラの細胞膜の活動を抑制する極限環境微生物の分子構造が得られる。それを抑制剤として血液凝固促進剤と併せて経口投与することで、性質を維持して活動凍結することが可能な状態にまで漸く漕ぎ着けるに至った。国連軍の熱核攻撃開始が間近に迫る中、矢口プランは「ヤシオリ作戦」と改名され、日米共同作戦として開始される。まず、無人運転の列車を使った爆弾（N700系新幹線を使用した無人新幹線爆弾、E231系およびE233系を使用した無人在来線爆弾）でゴジラを覚醒させ、次にエネルギー消耗のみを狙った米軍の無人攻撃機群による攻撃を、ゴジラのエネルギー切れによる熱線放射が不能になるまで続かせる。熱線が途切れたところを付近の高層ビルをゴジラに向けて爆破・倒壊させ、ゴジラを転倒させる。そこへ建設機械部隊とコンクリートポンプ車隊が接近し、ポンプ車のアームより累計数百キロリットルの血液凝固促進剤をゴジラの口内に経口投与する。途中、ゴジラの不意討ちでの熱線放射による部隊の犠牲を伴いながらも、これらの繰り返しにより、ようやくゴジラの凍結に成功する。
その後、都心を汚染したゴジラの新元素の放射性物質は半減期が20日と非常に短く、約2 - 3年で人体への影響はなくなると判明したことから復興の希望も見えかけたが、熱核攻撃カウントダウンは「一時停止」のままであり、ゴジラが活動を再開した場合はその58分46秒後に熱核攻撃が行われることとなる。矢口はそれらを世界中からの懸念解消のために全て呑んだ上で、凍結したゴジラを見つめながら改めてこれからの事態収束の決意をする。一方、東京駅脇に凍りついたまま立ちつくすゴジラの尻尾の先端部には、背びれを持つ人型の小柄な生物数体が生じかけたまま静止していた。
呑川の遡上場面の地点（産業道路呑川新橋、北緯35度33分39.45秒 東経139度44分16.66秒﻿ / ﻿北緯35.5609583度 東経139.7379611度﻿ / 35.5609583; 139.7379611）
パニックシーンが撮影されたJR蒲田駅東口、北緯35度33分44.71秒 東経139度43分02.52秒﻿ / ﻿北緯35.5624194度 東経139.7173667度﻿ / 35.5624194; 139.7173667
北品川襲来場面の地点（旧品川湊、北緯35度37分16.96秒 東経139度44分31.47秒﻿ / ﻿北緯35.6213778度 東経139.7420750度﻿ / 35.6213778; 139.7420750）
住民が避難した品川神社として撮影された市谷亀岡八幡宮、北緯35度41分31.98秒 東経139度44分02.89秒﻿ / ﻿北緯35.6922167度 東経139.7341361度﻿ / 35.6922167; 139.7341361
巨災対の当初の設置場所として撮影された東京臨海広域防災公園内オペレーションルーム、北緯35度38分07.71秒 東経139度47分39.06秒﻿ / ﻿北緯35.6354750度 東経139.7941833度﻿ / 35.6354750; 139.7941833
2度目の上陸場面の地点（鎌倉由比ヶ浜海岸、北緯35度18分36.04秒 東経139度32分39.79秒﻿ / ﻿北緯35.3100111度 東経139.5443861度﻿ / 35.3100111; 139.5443861）
鎌倉市内の北上場面の地点（横須賀線扇ガ谷ガード、北緯35度19分38.03秒 東経139度32分54.85秒﻿ / ﻿北緯35.3272306度 東経139.5485694度﻿ / 35.3272306; 139.5485694）
タバ作戦の戦車隊砲撃場面の地点（多摩川丸子橋緑地、北緯35度35分03.79秒 東経139度40分15.37秒﻿ / ﻿北緯35.5843861度 東経139.6709361度﻿ / 35.5843861; 139.6709361）
タバ作戦の指揮所が設置された多摩川浅間神社のテラス、北緯35度35分13.79秒 東経139度40分07.48秒﻿ / ﻿北緯35.5871639度 東経139.6687444度﻿ / 35.5871639; 139.6687444
都心襲来後に巨災対が移転した立川災害対策本部予備施設、北緯35度42分44.06秒 東経139度24分24.10秒﻿ / ﻿北緯35.7122389度 東経139.4066944度﻿ / 35.7122389; 139.4066944