日本の哺乳類一覧
コウモリ目（翼手目）

〔在来5科〕
（クビワオオコウモリ Pteropus dasymallus ）
エラブオオコウモリ（亜種） P.d.dasymallus 【島(南)/絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）】 天然記念物。
ダイトウオオコウモリ（亜種） P.d.daitoensis 【島(南)/絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）/希少】 天然記念物。
オリイオオコウモリ（亜種） P.d.inopinatus 【島(南)】
ヤエヤマオオコウモリ（亜種） P.d.yayeyamae 【島(南)】
オガサワラオオコウモリ Pteropus pselaphon 【島(小)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固/希少】 天然記念物。
オキナワオオコウモリ Pteropus loochoensis 【島(沖)/絶滅（環境省レッドリスト）/固】 19世紀に3-4頭の採取記録。
コキクガシラコウモリ Rhinolophus cornutus 【北・本・島(対・南)】
オリイコキクガシラコウモリ（亜種） R.c.orii 【島(奄)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固/希少】
オキナワコキクガシラコウモリ Rhinolophus pumilus 【島(南)/固 】
オキナワコキクガシラコウモリ（亜種） R.p.pumilus 【島(南)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固/希少】
ミヤココキクガシラコウモリ（亜種） R.p.miyakonis 【島(宮古島)/絶滅（環境省レッドリスト）/固】
ヤエヤマコキクガシラコウモリ Rhinolophus perditus 【島(先)/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）/固】 石垣島・西表島。
キクガシラコウモリ Rhinolophus ferrumequinum 【北・本・島(対)】日本に分布するものをニホンキクガシラコウモリ R.f.nippon という亜種とする場合もある。
カグラコウモリ Hipposideros turpis 【島(南)/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：与那国島、波照間島】 ほぼ固有種だが、タイ南部にも飛び地的に分布。
（ヒメホオヒゲコウモリ Myotis ikonnikovi 【北・本】）
ヒメホオヒゲコウモリ（亜種） M.i.ikonnikovi 【北】
シナノホオヒゲコウモリ（亜種） M.i.hosonoi 【本/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：紀伊半島、中国地方】
ウスリホオヒゲコウモリ Myotis gracilis 【北/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）】 かつてはヨーロッパホオヒゲコウモリ Myotis mystacinus の亜種 M. m. gracilis とされた（2007年版レッドリストでは M. gracilis として記載）。
（カグヤコウモリ Myotis frater ）
カグヤコウモリ（亜種） M.f.kaguyae 【北・本/固】
モモジロコウモリ Myotis macrodactylus 【北・本】
（ドーベントンコウモリ Myotis daubentonii ）
ウスリドーベントンコウモリ（亜種） M.d.ussuriensis 【北】
クロホオヒゲコウモリ Myotis pruinosus 【本/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）/固】
ヤンバルホオヒゲコウモリ Myotis yanbarensis 【島(奄・徳・沖)/絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）/固/希少】 1997年発見、1998年新種認定。
（ノレンコウモリ（タイリクノレンコウモリ） Myotis nattereri ）
ホンドノレンコウモリ（亜種） M.n.bombinus 【北・本/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）】
クロアカコウモリ Myotis formosus 【島(対)/絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）/固】
シナアブラコウモリ Hypsugo pulveratus　【島(奄)】 2018年奄美大島で初確認
オオアブラコウモリ Hypsugo savii 【北・本・島(対)/情報不足（DD）（環境省レッドリスト）】 6例のみ。いずれも大陸からの迷行と思われる
モリアブラコウモリ Pipistrellus endoi 【本/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）/固】
アブラコウモリ（イエコウモリ） Pipistrellus abramus 【本・島(対・南)】 史前帰化動物。本種を日本固有種とし、アジア大陸に分布するものを P.javanicus という別種とする説もある。
オガサワラアブラコウモリ Pipistrellus sturdeei 【島(小)/絶滅（環境省レッドリスト）】 19世紀末に母島で採取された1例のみ。
コヤマコウモリ Nyctalus furvus 【本/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）】4例のみ。ヨーロッパヤマコウモリ Nyctalus noctura と同一種とする場合もある。
ヤマコウモリ（ニホンヤマコウモリ） Nyctalus aviator 【北・本・島(対・南)/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）】
（ヒメホリカワコウモリ Eptesicus nilssonii ）
ヒメホリカワコウモリ（キタクビワコウモリ）（亜種） E.n.parvus 【北】
クビワコウモリ Eptesicus japonensis 【本/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）/固】
ヒナコウモリ Vespertilio superans 【北・本】
ヒメヒナコウモリ Vespertilio murinus 【礼文島/情報不足（DD）（環境省レッドリスト）】日本では、2002年の北海道礼文島での1例があるのみ。大陸からの迷行と思われる。
チチブコウモリ Barbastella leucomelas 【北・本/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：本州、四国】
ニホンウサギコウモリ Plecotus sacrimontis 【北・本/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：近畿地方以西/固】 かつてはウサギコウモリ Plecotus auritus の亜種 P.a.sacrimontis とされた。
リュウキュウユビナガコウモリ（コユビナガコウモリ） Miniopterus fuscus 【島(南)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/希少】 かつては本州にも生息していたと考えられる。1933年、紀伊半島での記録あり。
ユビナガコウモリ Miniopterus fuliginosus 【本・島(対)】
（コテングコウモリ Murina ussuriensis ）
ニホンコテングコウモリ（亜種） M.u.silvatica 【北・本・島(対)】
（テングコウモリ Murina leucogaster ）
ニホンテングコウモリ（亜種） M.l.hilgendorti 【北・本】M. hilgendorti として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは M. hilgendorti で掲載）。
クチバテングコウモリ Murina tenebrosa 【島(対)/情報不足（DD）（環境省レッドリスト）/固】 1962年に対馬で発見、1970年新種記載。標本は1点のみ。
リュウキュウテングコウモリ Murina ryukyuana 【島(奄・徳・沖)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固/希少】 1997年発見、1998年新種認定。
オヒキコウモリ Tadarida insignis 【北・本/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）】 日本で最大の食虫性コウモリ。
スミイロオヒキコウモリ Tadarida latouchei 【島(奄美大島・口永良部島)/情報不足（DD）（環境省レッドリスト）】 2例のみ。