長崎県の二級水系一覧
大村湾・佐世保湾への流入河川

| 水系名 | 読み | 支流 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河口・合流点所在地 | 備考 |
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| 高地川 | こうちがわ | － | 1.677 | 3.50 | 西海市西海町丹納郷・川内郷 |  |
| 木場川 | こばがわ | － | 2.512 | 8.80 | 西海市西海町大田原郷・八木原郷 |  |
| 鳥加川 | とりかがわ | － | 1.858 | 6.30 | 西海市西彼町鳥加郷 |  |
| 大明寺川 | だいみょうじがわ | 本流 | 3.878 | 19.52 | 西海市西彼町喰場郷・下岳郷 |  |
| 大明寺川 | だいみょうじがわ | 中山川 | 2.985 | (5.20) | (右)西海市西彼町喰場郷 |  |
| 大明寺川 | だいみょうじがわ | 殿井手川 | 0.562 | (1.70) | (左)西海市西彼町喰場郷 |  |
| 大江川 | おおえがわ | － | 3.172 | 6.15 | 長崎市琴海大平町・琴海形上町 |  |
| 手崎川 | てさきがわ | － | 2.585 | 5.91 | 長崎市長浦町 |  |
| 戸根川 | とねがわ | － | 2.929 | 7.09 | 長崎市琴海戸根町・琴海村松町 |  |
| 村松川 | むらまつがわ | － | 1.550 | 5.40 | 長崎市琴海村松町 |  |
| 西海川 | にしうみがわ | 本流 | 3.313 | 12.00 | 長崎市琴海村松町 |  |
| 西海川 | にしうみがわ | 谷口川 | 1.808 | (4.25) | (右)長崎市西海町 |  |
| 子々川川 | ししがわがわ | － | 2.239 | 3.00 | 時津町子々川郷 |  |
| 時津川 | とぎつがわ | － | 3.502 | 6.00 | 時津町浦郷 |  |
| 長与川 | ながよがわ | 本流 | 8.879 | 19.80 | 長与町斉藤郷・岡郷 |  |
| 長与川 | ながよがわ | 南田川内川 | 1.507 | (1.17) | (右)長与町吉無田郷 |  |
| 長与川 | ながよがわ | 高田川 | 2.591 | (8.00) | (左)長与町高田郷 |  |
| 伊木力川 | いきりきがわ | 本流 | 1.827 | 9.65 | 諫早市多良見町舟津 |  |
| 伊木力川 | いきりきがわ | 山川内川 | 1.914 | (0.20) | (右)諫早市多良見町山川内 |  |
| 喜々津川 | ききつがわ | 本流 | 5.660 | 12.30 | 諫早市多良見町木床・化屋 |  |
| 喜々津川 | ききつがわ | 中里川 | 1.561 | (1.90) | (左)諫早市多良見町中里 |  |
| 喜々津川 | ききつがわ | 丸尾川 | 1.180 | (0.90) | (右)諫早市多良見町囲 |  |
| 久山川 | くやまがわ | － | 3.613 | 4.2 | 諫早市久山町 |  |
| 西大川 | にしおおかわ | － | 1.798 | 5.1 | 諫早市貝津町 |  |
| 東大川 | ひがしおおかわ | 本流 | 9.109 | 25.96 | 諫早市貝津町・大村市溝陸町 |  |
| 東大川 | ひがしおおかわ | 楠原川 | 3.847 | (1.9) | (左)諫早市土師野尾町 |  |
| 東大川 | ひがしおおかわ | 今村川 | 3.159 | (6.4) | (右)大村市溝陸町 |  |
| 東大川 | ひがしおおかわ | 真崎川 | 2.916 | (1.9) | (今村川左)諫早市真崎町 |  |
| 鈴田川 | すずたがわ | 本流 | 5.770 | 18 | 大村市陰平町・久原 |  |
| 鈴田川 | すずたがわ | 小川内川 | 2.955 | (1.8) | (右)大村市小川内町 |  |
| 鈴田川 | すずたがわ | 稲河内川 | 2.259 | (1.8) | (右)大村市岩松町 |  |
| 鈴田川 | すずたがわ | 針尾川 | 2.122 | (2.2) | (右)大村市岩松町 |  |
| 内田川 | うちだがわ | － | 2.583 | 4.02 | 大村市片町・西本町 |  |
| 大上戸川 | だいじょうごがわ | 本流 | 3.555 | 7.1 | 大村市水主町・杭出津 |  |
| 大上戸川 | だいじょうごがわ | 藤の川 | 1.196 | (2.04) | (右)大村市諏訪 |  |
| 郡川 | こおりがわ | 本流 | 15.938 | 54.69 | 大村市黒丸町・寿古町 |  |
| 郡川 | こおりがわ | 南河内川 | 2.228 | (6.2) | (左)大村市中岳町 |  |
| 郡川 | こおりがわ | 佐奈河内川 | 2.924 | (9.9) | (右)大村市今富町 |  |
| よし川 | よしかわ | － | 1.895 | 3.66 | 大村市松原本町 |  |
| 江の串川 | えのくしがわ | 本流 | 3.316 | 11.77 | 東彼杵町里郷 |  |
| 江の串川 | えのくしがわ | 瀬滝川 | 0.200 | (0.77) | (右)東彼杵町里郷 |  |
| 串川 | くしかわ | － | 0.509 | 3.10 | 東彼杵町里郷・平似田郷 |  |
| 千綿川 | ちわたがわ | 本流 | 3.179 | 27.46 | 東彼杵町瀬戸郷・千綿宿郷 |  |
| 千綿川 | ちわたがわ | 塩鶴川 | 0.455 | (4.19) | (右)東彼杵町瀬戸郷 |  |
| 彼杵川 | そのぎがわ | 本流 | 6.784 | 25.36 | 東彼杵町彼杵宿郷 |  |
| 彼杵川 | そのぎがわ | 川内川 | 3.043 | (7.90) | (右)東彼杵町三根郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 本流 | 19.352 | 81.44 | 川棚町百津郷・下組郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 野々川川 | 2.971 | (2.40) | (右)波佐見町湯無田郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 井石川 | 3.103 | (5.80) | (左)波佐見町湯無田郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 中尾川 | 2.513 | (1.52) | (井石川右)波佐見町井石郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 田別当川 | 2.176 | (3.82) | (右)波佐見町湯無田郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 金屋川 | 1.969 | (3.12) | (左)波佐見町金屋郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 村木川 | 2.815 | (10.25) | (右)波佐見町稗木場郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 皿山川 | 2.677 | (2.47) | (村木川右)波佐見町稗木場郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 川内川 | 2.176 | (3.82) | (左)波佐見町川内郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 長野川 | 2.775 | (3.85) | (右)波佐見町長野郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 志折川 | 1.825 | (2.73) | (右)波佐見町志折郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 猪乗川 | 3.297 | (4.40) | (左)川棚町八反田郷 |  |
| 川棚川 | かわたながわ | 石木川 | 4.553 | (11.86) | (左)川棚町石木郷 |  |
| 宮村川 | みやむらがわ | － | 5.163 | 13.34 | 佐世保市長畑町・南風崎町 |  |
| 金田川 | きんだがわ | － | 4.118 | 5.00 | 佐世保市広田 |  |
| 小森川 | こもりがわ | 本流 | 9.822 | 28.26 | 佐世保市広田・早岐 |  |
| 小森川 | こもりがわ | 江永川 | 2.321 | (2.20) | (左)佐世保市江永町 |  |
| 小森川 | こもりがわ | 日出川 | 0.897 | (1.47) | (右)佐世保市口の尾町 |  |
| 小森川 | こもりがわ | 鷹巣川 | 2.446 | (1.76) | (左)佐世保市下の原町 |  |
| 早岐川 | はいきがわ | － | 3.026 | 4.40 | 佐世保市早岐 |  |
| 日宇川 | ひうがわ | 本流 | 5.550 | 14.76 | 佐世保市白岳町・沖新町 |  |
| 日宇川 | ひうがわ | 山口川 | 0.041 | (0.80) | (右)佐世保市黒髪町 |  |
| 日宇川 | ひうがわ | 黒髪川 | 0.354 | (0.70) | (右)佐世保市黒髪町 |  |
| 日宇川 | ひうがわ | 犬尾川 | 1.476 | (2.60) | (右)佐世保市日宇町 |  |
| 日宇川 | ひうがわ | 西龍川 | 1.418 | (1.84) | (右)佐世保市白岳町 |  |
| 福石川 | ふくいしがわ | － | 1.952 | 1.89 | 佐世保市干尽町 |  |
| 佐世保川 | させぼがわ | － | 5.220 | 14.69 | 佐世保市島地町・平瀬町 |  |