仮面ライダー×スーパー戦隊 スーパーヒーロー大戦
あらすじ

地球の平和、そして人々の自由と笑顔を守るために日夜戦い続けるスーパーヒーロー、それが仮面ライダーとスーパー戦隊。
西暦2012年4月、彼らに突如として大事件が襲い掛かる。キャプテン・マーベラス / ゴーカイレッドが、歴代戦隊の悪が結集した大ザンギャックの大帝王を名乗り、何故か1号を始めとした全ての仮面ライダーたちに攻撃を仕掛け始めたのだ。これに対し、門矢士 / 仮面ライダーディケイドはライダー達をこれ以上倒されない様、なんと歴代ライダーの悪を束ねた大ショッカーの大首領として再び君臨。ゴレンジャーを始めとした全てのスーパー戦隊たちを倒し始める。そして事情を知った歴代ライダー・戦隊達も次々とこの戦いに参戦していく。
如月弦太朗 / 仮面ライダーフォーゼはその頃、月面で仮面ライダー部の仲間たちとともに遊んでいた。その時、地球へと向かう無数の流星群の様なものを目撃する。それはゾディアーツではは無く、ギガントホースを旗艦とする大ザンギャックの艦隊だった。天ノ川学園高校の校舎を破壊し、生徒たちを無差別に襲い始めた大ザンギャックを止めるために弦太朗はマーベラスと相対し、その強さに圧倒される。さらに、加勢に現れた朔田流星 / 仮面ライダーメテオがライダーハンター・シルバの銃撃を受けて倒れ、マーベラスに斬られて消滅する。そして、フォーゼもギガントホースの攻撃を受け、撤退する。駆けつけたマーベラス以外の海賊戦隊ゴーカイジャーの面々は、以前自分達が倒したはずのワルズ・ギルとアクドス・ギルが復活した事や、変わり果てたマーベラスの振る舞いを目の当たりにして驚愕する。彼らは「仮面ライダーも悪と戦うヒーローだ」と説得を試みるが、マーベラスは「ライダーはスーパー戦隊の敵だからだ」と言い残して去る。
一方、桜田ヒロム / レッドバスターを始めとする特命戦隊ゴーバスターズは、メタロイドとは異なる謎の生命体たちに市民が無差別に襲われていることを受け、出動する。街中で暴れていたのは、ドクトルGが指揮する大ショッカーの軍勢だった。彼らの前に、大首領として現れた士は圧倒的な力でゴーバスターズを追い詰める。両者の戦いのさなか、事の真偽を確かめに来たゴーカイジャーは戦隊を倒す理由として、「マーベラスがライダーを倒すからだ」と語る士に倒され、ジョー・ギブケン / ゴーカイブルーとドン・ドッゴイヤー（ハカセ） / ゴーカイグリーンだけが辛くも難を逃れる。そしてゴーバスターズもスーパークライス要塞からの攻撃を受け、撤退する。
続いて大ザンギャックは、泉比奈と行動を共にする火野映司 / 仮面ライダーオーズを次の標的に定め、駆けつけたダブルバースもろとも倒そうとする。戦闘を部下に任せて傍観していたマーベラスは、どこからか現れた海東大樹 / 仮面ライダーディエンドに目的を問いただされ、ライダーを滅ぼすことで「宇宙最高のお宝」を手に入れるのだと明かす。乱戦の果てにオーズとダブルバースは倒され、さらに比奈まで襲われるのを見た海東は、とっさに彼女を連れて大ショッカーのスーパークライス要塞に逃げ込む。要塞内では、士が天装戦隊ゴセイジャーを狙うよう軍勢に指示していた。そして海東の侵入を察知した士は戦隊討伐への参加を要求するが、海東は「僕の旅の行き先は僕が決める」と言い放って誘いを拒み、比奈とともに脱出する。
大ショッカーの追っ手から逃げる海東と比奈は、仲間を喪って打ちひしがれていたジョーとハカセに鉢合わせる。追っ手が標的をジョーたちに替えるのを見た比奈は、海東を促して彼らを助けさせる。しかしジョーは、マーベラスへの信頼と仲間を奪われた怒りから、仮面ライダーだとわかった海東に食ってかかる。ハカセはジョーをなだめ、まずは一連の出来事の原因を探ることが重要だと説く。彼らは大ショッカーが次の目標としていたゴセイジャーの元におもむくが、時すでに遅くゴセイジャーは彼らの目の前で倒されてしまう。激高して大ショッカーの軍勢に切り込んだジョーが窮地に陥ったとき、マーベラスが現れて彼を救い、「戦隊が生き残るためにはライダーを滅ぼすしかない」と語る。その一方で、大ショッカーを率いていた士もまた「ライダーが生き残るためには戦隊を滅ぼすしかない」と述べる。混乱するジョーたちに「真相を知っているのはアカレンジャーだけだ」と言い残したマーベラスは、士と激しい打ち合いを始める。海東やジョーたちは撤退し、士とマーベラスもまた一騎討ちの末にその場を退く。
ハカセはアカレンジャーがすでに倒されていることに当惑するが、一計を案じた海東が時の列車デンライナーを呼び寄せ、一同は過去の時代に向かう。存命中のアカレンジャーは彼らの話を聞き、戦隊とライダーの争いを止めることを快諾する。ところが、海東たちに同行して2012年にやってきたアカレンジャーは突如として前言を翻し、生き残っていた戦隊とともに1号率いる仮面ライダーたちと戦い始める。両ヒーローが次々と倒れていく光景に愕然とする一同の前で、仮面ライダー1号の正体が士であり、アカレンジャーを装っていたのは過去にタイムスリップして、ゴーカイチェンジしていたマーベラスであることが明らかとなる。2人とも、決戦に際して残る人員をまとめ上げるために、仲間の信頼を利用したのだ。裏切りに怒るジョーはマーベラスに、不快さをあらわにした海東は士に、それぞれ切り捨てられる。事態を見守ることしかできない比奈とハカセを残して、士とマーベラスは相打ちとなる。
2大ヒーローがほぼ全滅した有様を見たドクトルGは哄笑すると、ライダーと戦隊が共存できないというのは嘘だと告げ、すべてはショッカー・ザンギャック連合の謀略だったと明かす。ドクトルGとシルバは互いの持つ割符を組み合わせることで、スーパークライス要塞とギガントホースを合体させて最強最悪の最終兵器ビッグマシンを生み出そうとするが、不意に起き上がった士とマーベラスの銃撃に阻まれる。悪の勢力が何かを企んでいるのを初めから察知していた士たちは、あえてだまされた振りをして闘争を演じていたのだ。そして、倒され消滅したと思われたヒーローたちは、みな時空の狭間に送り込まれただけで無事だった。さらにそこへフォーゼとメテオ、そしてゴーバスターズも駆けつける。ショッカー・ザンギャック連合の怪人たちは、オーロラカーテンを利用して集結したライダーと戦隊によって次々と蹴散らされていく。巨大化して暴れまわるワルズ・ギルとアクドス・ギルには、ゴーバスターズがゴーバスターオーで立ち向かう。
乱戦のさなか、苦笑しただけでマーベラスを受け入れたジョーと異なり、友情をもてあそぶようなあまりにも酷い作戦を執った士とマーベラスをどうしても許せない海東は、自らの手で割符を完成させてビッグマシンに乗り込む。錯乱状態になった海東は、戦隊とライダーの頂点に立つ為、善悪の区別なく攻撃を加え、ギル親子を一蹴してゴーバスターオーをも追い詰める。操縦席から投げ出されて、ダメージを負ったイエローバスターに代わってフォーゼがゴーバスターオーに賢吾が持ってきた2つのアストロスイッチを持って乗り込む。かつての戦いで、仮面ライダーなでしこから貰ったロケットスイッチスーパー1を使ってロケットゴーバスターオーを誕生させ、2大ロボの戦いは宇宙に舞台を移す。シルバが滅び、ドクトルGが鳴滝の正体をさらして去ったことで、地上の戦闘には決着がついた。ゴーバスターオーはフォーゼの新たなスイッチであるドリルスイッチスーパー3の力でロケットドリルゴーバスターオーへと変化し、2大ヒーローの力を合わせた巨大ロボが放つ戦隊ライダー宇宙キックを受け、ビッグマシンは爆散する。
こうして戦いは終結し、スーパー戦隊と仮面ライダーの垣根を越えた確かな友情が結ばれた。それこそがマーベラスの語っていた「宇宙最高のお宝」なのだった。重傷を負いながらも奇跡的に生き延びた海東に士は手を差し伸べるが、海東は悪態をつきながらそれに背を向ける。しかし去り際には、ジョーと小さな笑みを交し合い、現役ヒーローである、フォーゼとゴーバスターズはこれからも共に平和を守り続けていくことを誓い合う。