ぷよぷよBOX
登場キャラクター

→詳細は「魔導物語及びぷよぷよシリーズの登場人物」を参照
各「復刻盤」では、それぞれのメガドライブ版と同じキャラクターが登場する。ただし、先述通り「ぷよぷよ 復刻盤」ではハーピーとウィッチのぷよ消えパターンの演出が原作のような独自のもの（音符や星）ではなく通常のキャラクターと同じ消え方となっていたり、パノッティの敗北アニメーションでは涙のぶつかる効果音がカット、「ぷよぷよ通 復刻盤」ではマスクドサタン戦の背景が独自のものに変更されて1階延長戦と共通になるなど、一部の演出が変更されている。
「ぷよBOX」モードでは『ぷよぷよ』から『ぷよぷよ〜ん』までのナンバリング4作品に登場したほぼすべての対戦キャラクターが登場するが、対人戦時のキャラクター選択や専用ボイスはないため、基本的に1人用モードでコンピュータが操る敵キャラクターとして登場するのみとなっている。また、『ぷよぷよ』シリーズでは本作が初登場となる敵キャラクターもいる。一部のキャラクター（主に『ぷよぷよ〜ん』でコスチュームがリニューアルされたキャラクター）は衣装が異なるバージョンが別キャラクター扱いで収録されている他、ドッペルゲンガーや同族モンスターなどの扱いでグラフィックを改変したバージョン違いのキャラクターを登場させているケースもある。対戦中の顔グラフィックは『ぷよぷよ通』で使われていたものが多く流用されているが、『ぷよぷよSUN』以降の作品にしたキャラクターは新たに顔グラフィックが『通』風に描き下ろされている。
本作より追加されたキャラクターは、ドッペルゲンガーシェゾ、ブラックキキーモラ、ダークウィッチ、サキュバス、ビーストドラコ、やきナスグレイブ、むほほ、グレイウルフ、バーニングソウル、メロウ、ウッドハンター、つじぎりモール。追加敵キャラクターのほとんどは既存キャラクターの色違いで、『魔導物語』や『わくわくぷよぷよダンジョン』など『ぷよぷよ』シリーズ以外の作品からの出典であるが、一部本作オリジナルのキャラクターも存在する。
下記の表では、以下の記号で割り当ての区別を行う。
○→原作に登場しており、本作のスタイルに割り当てられている。
△→本作のスタイルに割り当てられているものの、原作では一部の機種のみに登場している場合やサブキャラクターとしての登場に留まっている。
☆→本作のスタイルに割り当てられているものの、原作には登場していない。
下記の表の「登場最低レベル」の欄は、甘口コース・中辛コース・辛口コースのうちその敵キャラが登場する（可能性のある）最低レベルのコースを示す。
『よ〜ん』以外のスタイルと『よ〜ん』スタイルの両方があるキャラについては、「／（スラッシュ）」の左側に『よ〜ん』以外のスタイル、右側に『よ〜ん』スタイルの登場最低レベルを示す。
基本的に「甘口」の記載は中辛・辛口コースでも登場（つまり全コースで登場）、「中辛」の記載は辛口コースでも登場するが、一部の敵キャラについては甘口コースでしか登場しない、中辛コースでしか登場しないものもあり、その場合は「甘口※」「中辛※」と記載する。
| 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> キャラクター名 /スタイル | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> 初代 | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> 通 | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> SUN | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> よ〜ん | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> 登場最低レベル | 『ごちゃまぜぷよぷよ』登場キャラクターおよびスタイル一覧> 備考 |
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| アルル・ナジャ |  |  |  | ○ | 辛口 | プレイヤーキャラクターだが、 『よ〜ん』スタイルに限り敵キャラクターとしても登場する。 |
| カーバンクル |  |  | ○ |  | 辛口 |  |
| スケルトン-T | ○ |  |  |  | 甘口 | 甘口コースではステージ1固定で登場。 |
| ナスグレイブ | ○ |  |  |  | 甘口 |  |
| マミー | ○ |  |  |  | 甘口 |  |
| ドラコケンタウロス | ○ |  |  | ○ | 甘口／辛口 |  |
| すけとうだら | ○ |  |  |  | 中辛 |  |
| スキヤポデス |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| ハーピー |  |  | ○ | ○ | 中辛／辛口 |  |
| さそりまん | ○ |  |  |  | 中辛 |  |
| パノッティ | ○ |  |  | ○ | 甘口／中辛 |  |
| ゾンビ | ○ |  |  |  | 中辛 |  |
| ウィッチ |  |  | ○ | ○ | 甘口／辛口 | 『SUN』スタイルは甘口コースでは中間ボス(ステージ8)。 |
| ぞう大魔王 | ○ |  |  |  | 辛口 |  |
| シェゾ・ウィグィィ |  |  | ○ | ○ | 甘口／辛口 | 『SUN』スタイルは甘口コースでは中間ボス(ステージ9)、 『よ〜ん』スタイルは辛口コースの中間ボス(ステージ27)。 |
| ミノタウロス | ○ |  |  | △ | 中辛／辛口 |  |
| ルルー |  | ○ |  | ○ | 中辛※／辛口 | 『通』スタイルは中辛コースの中間ボス(ステージ19)、 『よ〜ん』スタイルは辛口コースの中間ボス(ステージ29)。 |
| サタンさま | ○ |  |  | ○ | 甘口※／中辛※ | 『初代』スタイルは甘口コースの最終ボス(ステージ10)、 『よ〜ん』スタイルは中辛コースの最終ボス(ステージ20)。 |
| おおかみおとこ |  | △ |  |  | 甘口 |  |
| スキュラ |  | △ |  |  | 中辛 |  |
| インキュバス |  |  | ○ | △ | 甘口／辛口 |  |
| コカトリス |  | △ |  |  | 中辛 |  |
| ウィル・オー・ウィスプ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| トリオ・ザ・バンシー |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| のみ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| ももも |  | ○ |  |  | 中辛 |  |
| バロメッツ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| ミニゾンビ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| うろこさかなびと / セリリ |  | ○ |  | ○ | 中辛／辛口 | 原作に基づき、 『通』スタイルと『よ〜ん』スタイルで名前が異なる。 |
| のほほ |  |  | ○ | ○ | 中辛／辛口 |  |
| ふたごのケットシー |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| ふふふ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| アウルベア |  | ○ |  |  | 辛口 |  |
| サムライモール |  | ○ |  |  | 中辛 |  |
| パララ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| まもの |  | ○ |  |  | 中辛 |  |
| パキスタ |  | ○ |  |  | 甘口 |  |
| ドラゴン |  | ○ |  | ○ | 中辛／辛口 | 原作に基づき、 『通』スタイルと『よ〜ん』スタイルでグラフィックが大きく異なる。 |
| マスクドサタン |  | ○ |  |  | 辛口 | 辛口コースの最終ボス(ステージ30)。 |
| ちょっぷん |  |  | ○ |  | 中辛 |  |
| キキーモラ |  |  | ○ | ○ | 中辛／辛口 |  |
| コドモドラゴン |  |  | ○ |  | 中辛 |  |
| ハニービー |  |  | ○ |  | 中辛 |  |
| ラグナス・ビシャシ |  |  | ○ | △ | 中辛※／辛口 | 『SUN』スタイルは中辛コースの中間ボス(ステージ16)。 |
| アーちゃん |  |  |  | ○ | 甘口 |  |
| チコ |  |  |  | ○ | 辛口 | 辛口コースの中間ボス(ステージ26)。 |
| ドッペルゲンガーアルル | ☆ |  |  | ○ | 中辛※／辛口 | 『初代』スタイルは中辛コースの中間ボス(ステージ18)、 『よ〜ん』スタイルは辛口コースの中間ボス(ステージ28)。 |
| ドッペルゲンガーシェゾ | ☆ |  |  |  | 中辛※ | 中辛コースの中間ボス(ステージ17)。 |
| ダークウィッチ | ☆ |  |  |  | 中辛 |  |
| サキュバス | ☆ |  |  |  | 辛口 |  |
| ビーストドラコ |  |  | ☆ |  | 中辛 |  |
| ブラックキキーモラ |  |  |  | ☆ | 辛口 |  |
ミニゾンビ、ウィル・オー・ウィスプ、ナスグレイブ、サムライモール、マミー、バロメッツ、ふたごのケットシー、おおかみおとこ、アーちゃん、スキヤポデス、やきナスグレイブ、ハニービー、コドモドラゴン、むほほ、グレイウルフ、ゾンビ、バーニングソウル、のみ、トリオ・ザ・バンシー、スキュラ、ウッドハンター、つじぎりモール、メロウ、コカトリス、まもの、ドラゴン、サキュバス
ウィッチ、キキーモラ、ちょっぷん、パノッティ、ラグナス、インキュバス、ミニゾンビ、ぞう大魔王
ナスグレイブ、マミー、ゾンビ、おおかみおとこ、サムライモール、ハニービー、アーちゃん、マンドレイク
ももも、のほほ、パキスタ、パララ、ふふふ、さそりまん
ドラコ、スケルトンT、アウルベア、ハーピー、セリリ、すけとうだら、ぞう大魔王、ミノタウロス、シェゾ、ルルー、サタン（最終ボス）