stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
国鉄キハ40系気動車 (2代)
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「みすゞ潮彩」

2007年7月1日から山陰本線新下関 - 仙崎間で運行された観光列車「みすゞ潮彩」用にキハ47形0・1000番台を改造したもの。外装には列車名にもなった童謡詩人・金子みすゞの生きた時代にちなんだアール・デコ調の装飾が施され、側面は、指定席車は運転室側の乗降扉が埋められて三角形や八角形の窓がはめ込まれ、海側の窓配置が大幅に変わった一方で、自由席車は海側・山側とも従来どおりである。
指定席車の客室は全席海側を向いた座席となるなど大幅に変更されている。一方、自由席車は一般的なキハ47形のリニューアル車の内装とほぼ同じであるが、トイレが洋式に改造されている。改造費用の8,000万円は山陰本線沿線の自治体である下関市と長門市が負担した。車番は「瀬戸内マリンビュー」の続番であるが、こちらは前面の貫通扉が存置され一般車との連結も可能である。
「みすゞ潮彩」は2017年1月29日に運行を終了し、「○○のはなし」に再改造された。
キハ47 1107・46 → キハ47 7003・7004
キハ47 7004（「みすゞ潮彩」運用時）
キハ47 7003（同左）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「天空の城 竹田城跡号」

2014年4月26日、「天空の城 竹田城跡号」ラッピング列車として運行を開始した。当初は改造のない単なるラッピング車両だったが、床を木目調として窓向きの座席を配置し、観光情報を映すモニターを設置するなどのリニューアルが行われ、2015年3月20日より運行を開始している。
2019年5月6日に「天空の城 竹田城跡号」としての運行が終了し、新たな観光列車「うみやまむすび」としてリニューアルされることが発表された。
キハ40 2007 天空の城 竹田城跡号（2015年8月29日）
天空の城 竹田城跡号 車内（2015年8月29日）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「花嫁のれん」

2014年7月7日、キハ48形2両を改造し、七尾線観光特急列車「花嫁のれん」として2015年10月から運行されることが発表され、同年10月3日から運行を開始した。車種はキハ48 4とキハ48 1004で、落成は2015年8月26日である。特急用車両であるが、台車そのものは従来のDT22/TR51系のままで、最高速度も従来と変わらず95 km/hである。
花嫁のれん 
 （2016年5月29日）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「ベル・モンターニュ・エ・メール」

2015年1月22日、キハ40形1両を改造して城端線・氷見線にコンセプト列車として北陸デスティネーションキャンペーンまでに運行を開始することが発表され、同年10月10日から運行を開始した。列車名は「ベル・モンターニュ・エ・メール」（愛称：べるもんた）となった、車種はキハ40 2027で、落成は2015年9月10日である。
ベル・モンターニュ・エ・メール（べるもんた）（2023年6月17日）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「ノスタルジー」

キハ47 47・1036を改造した車両。「郷愁」をテーマに、座席を青いモケットとするなど国鉄時代をイメージした内外装に改装している。また、栓抜きの取り付けや窓向きの座席を設置するなど観光列車向けの設備とする改造もなされている。
2016年の登場当初の外装色は国鉄一般色を模したものとなっていたが、2020年に国鉄急行色を模したものに変更された。
2016年から津山線の定期普通列車で使用されているほか、臨時快速「みまさかノスタルジー」としても運用される。
なお、後にキハ40 2134も同色に塗装変更されているが、キハ47形と異なり車内の改造はなされていない。またキハ47形の国鉄急行色化以降も、キハ40形については国鉄一般色のまま運用されている。
ノスタルジー（国鉄一般色時代）
ノスタルジー（国鉄急行色への変更後）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「○○のはなし」

キハ47 7003・7004は2017年1月29日に「みすゞ潮彩」の運行が終了したのち再改造され、同年8月5日から新下関 - 東萩間を運行する新たな観光列車「○○のはなし」の運行に使用されている。1号車（元自由席車）も2+1列の大型テーブル付きボックスシートに改められて指定席化され、海側の窓が大型化されている。2号車（元指定席車）は座席配置等に大きな変更はないものの、売店スペースがオープンカウンターになり、全体的に木目を強調したデザインに改められている。
2024年1月13日から同年3月3日までの土曜・日曜・祝日に山口線新山口-津和野間で1日1往復の運行を予定している。車内では週ごとに沿線の魅力に関する「はなし」をするイベントを実施する（下りのみ）。
キハ47 7004（「○○のはなし」）
キハ47 7003（「○○のはなし」）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「あめつち」

2017年8月17日に｢山陰デスティネーションキャンペーン（山陰DC）｣（2018年7月から同年9月に開催）に合わせ、キハ47形2両編成の観光列車「あめつち」が発表された。2018年2月28日に詳細デザインが発表され、デザインに映画監督の錦織良成（島根県出雲市出身）・スタジオジブリのアニメーション美術監督である吉田昇（島根県松江市出身）が協力している。2018年7月1日に運行開始した。車種はキロ47 7005とキロ47 7006で、番号の新旧対照は下記のとおりである。
あめつち
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「うみやまむすび」

元「天空の城 竹田城跡号」のキハ40 2007を改造した「うみやまむすび」は宝箱をイメージしたデザインの車両で、2019年より城崎温泉駅を中心に普通列車として運行されている。車内は2人掛けの転換クロスシートと窓向きの3人掛けカウンター席があり、全席自由席となっている。
うみやまむすび
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「etSETOra」

「etSETOra」は「瀬戸内マリンビュー」からの再改造車で、2020年10月3日より運行開始。全車グリーン車指定席に改造され、車番は「キロ47-7001+キロ47-7002」となった。車内にはバーカウンターや窓と並行の座席が設置。景色を楽しめられる構造となった。また、トイレはバリアフリー化された。
キハ47 7001・7002→キロ47 7001+キロ47 7002
etSETOra
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR西日本 > 「SAKU美SAKU楽」

2022年3月17日、キハ40形1両を改造し、｢岡山デスティネーションキャンペーン（岡山DC）｣（2022年7月から同年9月に開催）で、同年7月より運行を開始すると発表された。種車はキハ40 2049で、改造工事は後藤総合車両所にて行われ、6月12日に岡山気動車区まで配給輸送され、同月14・15日の2日間でラッピングが施工された。
また、同月23日に津山まなびの鉄道館で車両展示され、7月1日から運行を開始した。
臨時快速「SAKU美SAKU楽」
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR四国 > 「伊予灘ものがたり」

キハ47 501・1501を、2014年7月に予讃線で運行を開始した「伊予灘ものがたり」用に改造してキロ47 1401とキロ47 1402としたもの。種車は2両とも2011年3月31日付で廃車された後、多度津工場で保管されていたが、車籍が復活した。2021年末に老朽化に伴い運行を終了し、2022年6月30日付で廃車された。後継車の2代目「伊予灘ものがたり」はキハ185系の改造車である。
キロ47 1401
キロ47 1402
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「はやとの風」

2004年の九州新幹線（鹿児島ルート）部分開業に伴い新設された観光特急「はやとの風」用に、キハ140 2066とキハ147 1045の2両を改造した。車体中央部の窓を床面から屋根にまで達する大きなものに取り替えて展望スペースを設けたほか、座席を回転式リクライニングシートに交換、内装には難燃性の木材を使用している。塗装はロイヤルブラック1色とされ、各所にロゴをちりばめている。その後、「指宿のたまて箱」用改造車と同じく、上下振動の抑制を図るため、台車の枕ばねに減衰力制御弁付きの可変減衰上下動ダンパを、車体に4つの加速度センサーと制御装置をそれぞれ搭載した が、台車そのものは従来のDT22/TR51系（コイルバネ台車）のままで、最高速度も従来と変わらず95 km/hである。
2006年には追加でキハ47 8092が改造され、キハ147 1045を方向転換したうえで同車と2両編成を組むようになり、キハ140 2066は多客時の増結用となった。なお、キハ47 8092は指定席用で、内装も従来車に比べて明るい白木仕上げに変更されている。
2012年3月にはキハ140 2066が「指宿のたまて箱」仕様に再改造され、同列車の増結用ならびに両列車の共通予備車となった。
2022年3月21日をもって「はやとの風」としての運行を終了し、「ふたつ星4047」に再改造された。
キハ140 2066
キハ147 1045
キハ47 8092
中央部の拡大された窓
キハ147 1045・車内
キハ47 8092・車内
キハ147 1045・座席
キハ47 8092・座席
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「いさぶろう・しんぺい」

日本三大車窓のうちの1つを有する肥薩線人吉駅 - 吉松駅間では1996年より観光列車「いさぶろう・しんぺい」が運転されており、キハ31形の簡易お座敷改造車が使用されていたが、2004年3月の九州新幹線新八代駅 - 鹿児島中央駅間部分開業に合わせてキハ140 2125がリニューアル改造されて投入された。
外板塗色は九州新幹線の800系「つばめ」にも使用している古代漆色（深赤）で、座席は木製ベンチ風のボックスシートとしている。また、車体中央部に窓を拡大した展望スペースが設けられているのは「はやとの風」用車両と同じ。トンネル内を照らすため、尾灯の脇に前照灯を増設している。
多客時の増結用として、2004年10月にキハ47 1082がキハ47 9082に改造された。同車は機関と変速機は換装されがたが、窓の拡大はされていない。2009年7月には「いさぶろう」「しんぺい」を3両編成で運転するためキハ47 8159（機関・変速機換装済み）にも同様の改造を行った。同車にはバリアフリー対応トイレの設置、車椅子スペースの設置が追加で行われている。キハ140 2125については「かわせみ やませみ」との共通予備車となった。
2017年11月3日、肥薩線坂本 - 葉木間の踏切でのトレーラーとの衝突事故により、キハ140 2125が損傷した。
2020年7月の熊本豪雨で肥薩線の八代駅 - 吉松駅間が長期不通となった以降は鹿児島本線の臨時列車などに使用された。キハ140 2125は2022年に「ふたつ星4047」へ改造された。2023年10月4日の団体臨時列車を最後に「いさぶろう・しんぺい」としての運行を終了し、「かんぱち・いちろく」に再改造された。
キハ140 2125
キハ47 9082
キハ47 8159
「いさぶろう」・「しんぺい」（2009年7月4日 真幸駅）
キハ47 9082・車内
キハ47 9082・座席
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「指宿のたまて箱」

2011年の九州新幹線鹿児島ルート全線開通に伴い設定された指宿枕崎線の観光特急列車「指宿のたまて箱」用で、キハ47 8060とキハ47 9079の2両が改造されている。外部塗装は海側（下り方向に向かって左側）側面と前面の海側半分が白色、山側（下り方向に向かって右側）側面と前面の山側半分が黒色としている。車内は回転式リクライニングシートで、一部は窓側を向いた1人掛けで、書棚やベビーサークルなども設置されている。また、沿線の浦島太郎伝説にちなみ、ドアが開いた際には玉手箱の煙に見立てたミストが連結面寄りの噴出口から噴射される。また、レールの継目部での上下振動を低減するため、台車の枕ばね（コイルばね）に併設されていた従来のオイルダンパを、減衰力制御弁付きの可変減衰上下動ダンパに換装し、その減衰力を車体に搭載した4つの加速度センサーと制御装置で検知した上下振動加速度を元に計算した減衰力指令値により制御することにより、上下振動を抑制している。
2012年3月には、「はやとの風」用だったキハ140 2066が、再改造のうえ「指宿のたまて箱」用の増結車となった。
キハ47 8060
キハ47 9079
キハ140 2066
キハ47 9079・運転席
ミスト噴射中
海側の窓側を向いた座席
2人掛け座席
キッズチェア・ソファー席
コンパートメント席
ソファー席
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「かわせみ やませみ」

2017年3月4日に運行を開始した、肥薩線観光特急「かわせみ やませみ」用に、キハ47 8087および、キハ47 9051を改造した。 人吉駅側の1号車（キハ47 8087）は青を基調とした「かわせみ」車両、熊本駅側の2号車（キハ47 9051）は緑を基調とした「やませみ」車両で、車内には885系にも使用されている座席を使った回転リクライニングクロスシートや、景色を眺められるカウンター席と子ども椅子、複数人でも楽しめるようにボックスシートが設置されている。また、2号車には通常の座席よりも幅の広い「やませみベンチシート」やソファー席も設置されている。2号車の熊本側にビュッフェ（サービスコーナー）が、1号車の人吉側に多目的トイレと展望コーナーが設置されている。このほか、前照灯が増設され、ドアが片側2箇所から1箇所に削減されたり、車端部にオブジェを設置するなどの改造が行われた が、車番は変更されていない。
キハ47 8087（かわせみ）
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「或る列車」

→詳細は「或る列車」を参照
2015年8月8日に運行開始した「或る列車」に使用される車両で、2012年にJR四国から譲渡された元徳島運転所所属のキハ47 176・1505（いずれも2011年4月30日廃車）を小倉総合車両センターで改造したもので、形式車番はそれぞれキロシ47 9176・3505となり、キハ40系列で初めてシ（食堂車）となった。なお、「キロシ」の形式記号は国鉄時代を通じても初の形式記号である。列車は9176が1号車、3505が2号車である。2両とも種車が廃車済車両であるため、2015年7月18日付の新製扱いである。配置は長崎支社長崎鉄道事業部佐世保車両センターであり、同支社では2002年以来の配置となった。
世界的に著名な鉄道模型愛好家の原信太郎が製作した模型をベースに、原の次男で原鉄道模型博物館副館長である原健人の監修のもと、水戸岡鋭治がデザイン・設計を担当している。改造費用は1両約3億円、2両計で約6億円で、九州旅客鉄道（JR九州）の社長・青柳俊彦は「ななつ星とほぼ同じ」と、水戸岡は「ちょっとお金を使いすぎてしまった」 と発言しており、「指宿のたまて箱」用の車両の改装費用と比べても高額となったいっぽうで台車等は古い形式のものを使用している。
車両前面の列車種別表示器上に前照灯を追加し、乗降扉は各車2箇所から、キロシ47 9176は前位側に1箇所、キロシ47 3505は後位側1箇所に変更し、側面には車外スピーカーを増設した。エンジンはコマツ製SA6D125HE-1に換装され、クラッチも交換された。最高速度は走行装置の制限のため95km/hのままで変更はない。そのほかの各車の改造内容は以下のとおり。
キハ47 176 → キロシ47 9176
キハ47 1505 → キロシ47 3505
キロシ47 3505
キロシ47 9176
キロシ47形 出入口
増設された発電専用エンジン
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「ふたつ星4047」

→詳細は「ふたつ星4047」を参照
2022年9月23日に運行開始した「ふたつ星4047」に使用される車両で、前述の「はやとの風」の2両（キハ47 8092・キハ147 1045）と「いさぶろう」・「しんぺい」の1両（キハ140 2125）を組み合わせた3両編成である。車番は3両とも「4047」に改められている。
キハ47 4047
キシ140 4047
キハ147 4047
ジョイフルトレイン・観光列車への改造車 > JR九州 > 「かんぱち・いちろく」

→詳細は「かんぱち・いちろく」を参照
2024年4月26日に運行開始した「かんぱち」・「いちろく」に使用される車両で、「いさぶろう・しんぺい」の2両（キハ47 8159・キハ47 9082）とキハ125形1両を組み合わせた3両編成である。3両全ての形式名が2R形に改められ、全車がグリーン車に格上げされている。
会社別概況 > 国鉄時代

キハ40系は1977年より888両が製造され、北海道から九州までの各地に投入された。最初の投入は1977年2月の北海道用キハ40形、および福知山地区の山陰本線京都口用キハ47形であった。キハ48形の投入は1979年からである。
1987年の民営化では、1983年に指宿枕崎線の脱線事故で事故廃車となったキハ40 2055を除く887両が全旅客鉄道6社へ継承された。
会社別概況 > JR北海道

キハ40形ワンマン車（キハ40 711）の車外放送、石北本線4665D
（石北本線金華駅、2011年1月2日）
JR北海道は、キハ40形100番台150両とキハ48形7両（300番台4両・1300番台3両）の計157両を継承した。
キハ48 301 - 303を除くすべての車両には、ワンマン運転対応・機関換装・冷房装置搭載など、線区の事情に応じた改造が実施され、改番が行われた。キハ400形・キハ480形を除く各車共通の改造点としては、電磁ブレーキ制御用のKE67形電気連結器の撤去と、ワンマン運転時および客用扉の半自動扱い時に共通で使用する、KE67形電気連結器の増設 が挙げられる。
キハ48 301 - 303の3両は、片側の座席が1人がけクロスシートに交換されている。その後、2012年6月1日のダイヤ改正で札沼線（学園都市線）の一部区間が電化されたため運用から外され、3両ともミャンマー国鉄に売却されて300番台は廃区分となった。
なお、老朽化した本系列の置き換えとしてH100形が2020年3月から順次道内各線区で営業運転を開始しており、本系列の淘汰が進められている。観光用車両を除き2025年3月までに運用を終了する（予定）。
→「JR北海道H100形気動車」も参照
会社別概況 > JR東日本

JR東日本は、キハ40形117両（500番台92両・1000番台7両・2000番台18両）・キハ47形28両（0番台3両・500番台12両・1000番台2両・1500番台11両）・キハ48形74両（500番台41両・1500番台33両）の計219両を継承した。
民営化後に高出力車のキハ100系・110系が導入されたため、収容力は大きいが機関出力の小さいキハ40系気動車は比較的平坦でワンマン運転に適さない線区の配置となったさ。他社に比べて数は少ないが、線区の事情に応じたワンマン運転対応工事や座席の変更の他、冷房装置の搭載、機関の直噴化改造や換装も実施されている。秋田地区の男鹿線用車と新潟地区の羽越・磐越西線で運用される車両には、更新時に混雑対策としてロングシート化とデッキ仕切りの撤去も実施された。なお、秋田車両センター（現・秋田総合車両センター南秋田センター）のキハ40形にはデッキの仕切りがある車両とない車両が混在している。
八戸線で運用されていたキハ40 516 - 518とキハ48 539・556 - 559は（垂れ流し）トイレが撤去され、器材室に変更され、ドアに「器材室」「トイレは他の車両です」と表示されていた。形式もしくは番号の変更を伴う改造は、前述のキハ40形1000番台2両とジョイフルトレイン・観光列車への改造にともなう8両のみである。
同社では1998年6月から2006年4月にかけてキハ40形13両とキハ48形2両の計15両が余剰により廃車となっている。2002年に廃車されたキハ40 511は会津鉄道に譲渡の上で展望気動車「風覧望（ふうらんぼう）」（AT-400形401）に改造され、本系列初の譲渡例となった。
2011年3月11日の東日本大震災による津波により、キハ48 502・1512（石巻線女川駅停車中の1639D）、キハ48 552・1544（気仙沼線松岩 - 最知間の2942D） が流出し大破、廃車になっている。
また、女川駅隣接の温泉施設「ゆぽっぽ」に1両（旧キハ40 519）が保存され、車内を畳敷きとした上で休憩室として利用されていたが、こちらも津波で流され大破している。
製造から40年が経過して老朽化が顕著になったことから、2017年から新型車両の導入で本格的な淘汰が進められ、ジョイフルトレイン以外の車両は2021年3月をもって全車運用を終了している。
キハ47形 首都圏色（2017年）
キハ48形 五能線色（2020年）
急行色に塗装変更されたキハ40形（2014年）
急行色に塗装変更されたキハ48・47形（2014年）
キハ40形 国鉄一般形気動車標準色風塗装（2011年）
キハ48形 石巻線マンガッタンライナー（第1編成）
女川駅に停車していた2両が駅舎ごと流された。
流失前の旧キハ40 519（2007年）
会社別概況 > JR東海

JR東海は、キハ40形14両（500番台2両・2000番台12両）、キハ47形5両（0番台2両・1000番台3両）、キハ48形40両（0番台3両・500番台18両・1000番台2両・1500番台17両）の計59両を継承した。
冷房装置の搭載は1988年に試験的に実施した後、1990年度からは床下搭載型のAU27形とAU28形によって本格的に実施され、1991年度に全車の改造を完了した。
車体の塗色は1990年頃まで国鉄色である首都圏色（朱色5号）であったが、1990年頃から順次アイボリー地に湘南色（緑とオレンジ）のラインを入れたJR東海色に塗り替えられた。2011年からキハ40 3005・キハ40 6309・キハ48 3812・キハ48 6812・キハ48 6502の5両は旧国鉄一般形気動車標準色風の塗色になった。最終配置はキハ40 6309のみ美濃太田車両区で、残りの4両は伊勢車両区である。
機関換装は1989年以降に少数に実施した後、1997年度からは本格的に実施され、1999年度までに全車の施工を完了した。なお、機関換装にあわせて全車を改番している。
ワンマン運転対応は、1991年のJR東海交通事業城北線開業に伴い同線用に貸し出されたキハ40 2057・2112に実施された後、翌年には武豊線のワンマン化に伴いキハ48形にも実施され、その後ワンマン運転線区の拡大により全所属車の半数以上が改造されたが、キハ47形はワンマン運転対応されなかった。
キハ48 5803と6810は2004年の台風23号による高山本線の線路被害のため打保駅で2年以上孤立したが、搬出されて運用に復帰したもので、車内には「高山本線復帰車両」のプレートが取り付けられた。
2015年の武豊線直流電化に伴い、同線のキハ25形およびキハ75形を「主に高山線・太多線に転用する」と発表され、順次置き換えられた。その後、2013年3月には、2014年度から2015年度にかけてキハ25形の2次車52両を投入し、国鉄時代に製造された当系列を置き換える方針を発表した。太多線の運用はキハ11形とともに2015年3月に、高山本線の運用も2015年6月で終了した。
また、伊勢車両区での検査期限切れ間近な車両との入れ替えのため、2014年12月4日付で美濃太田車両区からキハ48形2両（3812・6809）が、2015年3月21日付で同2両（3809・6810）が転属した。また、キハ40 5501、キハ48 6501・6812（国鉄一般形気動車標準色）が7月4日に回送され、7月6日付で転属した。これにより、2015年7月にキハ40 3005、キハ48 3812・6812の国鉄一般形気動車標準色3両での運転も行われた。
2016年3月26日のダイヤ改正にて運用が終了し、2016年3月30日をもって全廃となった。置き換えられた車両は、ミャンマーへ譲渡された。
2015年3月23日にキハ47・48形の7両（キハ47 5001・5002・6001・6003、キハ48 3814・5511・5513）が名古屋臨海鉄道東港へ回送された。さらに、7月7日にはキハ40 6308・6312、キハ48 5501・5508・5804の5両 が、7月27日にはキハ40 5802・6307、キハ48 5803・5806・6808の5両が、7月29日には、キハ40 6309、キハ48 3815・5810・6517・6815の5両が笠寺に回送され、同日中に東港・東名古屋港を経て、名古屋港大江埠頭に搬送された。この他にも譲渡が行われ、2015年度にはキハ40系46両がミャンマーへ譲渡されている。
会社別概況 > JR西日本

JR西日本は、キハ40形63両（すべて2000番台）、キハ47形189両（0番台108両・500番台3両・1000番台75両・1500番台3両）、キハ48形5両（0番台3両・1000番台2両）の、JR各社で最多の計257両を継承した。
最初の廃車は、2009年の急行「つやま」廃止に伴う2010年のキハ48形3両である。その後2020年代に入って2両が廃車となり、2023年時点ではは252両を保有している。JR西日本が保有する一般形気動車の半分以上が本系列であるが、現在も置き換え計画はなく、後継のキハ120形とともに中国・北陸地方の非電化区間の主力として使用されている。
形式と番台の変更を伴う改造は、キハ40形・キハ47形の座席のロングシート化による改番とキハ47形の両運転台化によるキハ41形への改形式、イベント用列車への改造に伴うもののみであるが、1989年度からキハ40形の全車とキハ47形の大半にワンマン運転対応化改造が実施されている。また、全車両に体質改善工事が施工されたため、外観に変化が見られる。近年では、岡山地区の車両を中心に、前照灯のLED化改造が実施されている。
また、民営化に前後して様々な地域色が登場したが、2009年からは塗装工程の簡略化のため、朱色5号への塗装変更が進められ、一般車の地域色は見られなくなった。
近年（2024年頃）、運転台助士側のジャンパ栓準備用窪みにKE93形ジャンパ栓納め設置改造が実施されている。更に踏み込んで運転士側のKE53形ジャンパ栓納めと放送回路用のKE66片栓ジャンパ栓撤去を施工された車輌も確認されている。
キハ47 1061 体質改善車内（2021年12月30日）
キハ47 1061 運転台（2021年12月30日）
キハ47 3015 ワンマンIC改対応運賃箱 （2021年12月30日）
会社別概況 > JR四国

JR四国は、キハ40形（2000番台）11両とキハ47形42両（0番台19両・500番台5両・1000番台13両・1500番台5両）の計53両を継承した。JR四国では、「伊予灘ものがたり」用改造車を除いて形式と番号の変更を伴う改造や機関換装は実施されていないが、接客設備の改善として1988年に53両全車に対し冷房装置の設置、1989年にキハ40形全車に対してワンマン化とトイレの撤去、1993年までにキハ47形のトイレ下に汚物処理装置の取り付けが実施されている。また、2008年2月から、徳島運転所配置のキハ47形2両の車体色が新製時の首都圏色（朱色5号）に変更されている。
2025年度以降、新たに開発される新型車両への置き換えに伴い、全廃される予定。
キハ40 2109・2107 JR四国標準色（2008年10月18日 オレンジタウン - 造田間）
キハ47 110・120 JR四国標準色（2008年10月18日 オレンジタウン - 造田間）
国鉄色に変更されたキハ47 114・1086（2010年6月14日 阿波池田駅）
会社別概況 > JR九州

JR九州は、キハ40形2000番台36両、キハ47形0番台61両、500番台2両、1000番台41両、1500番台2両の計142両を継承した。2012年にJR四国で廃車されたキハ47形2両（0番台1両・1500番台1両）を譲り受けている。廃車は、1993年の日豊本線竜ヶ水駅の土石流災害で被災したキハ40形2両のみだったが、2019年より置き換えが開始され、新型車両の導入により改番していない車両の廃車が進んでいる。2023年時点で106両を所有し、九州島内各地で運用されている。
本系列に対して初めて冷房改造が行われたのが九州であった。民営化後も1987年から1989年にかけて全車に対して冷房改造が実施された。国鉄時代はバス用の装置を転用したサブエンジン式のAU34、民営化後はAU34を改良したAU600Kを搭載した。現在は屋根上の通風器が撤去されている。ワンマン改造は、大多数に対し施行済みであるが、線区の事情に応じて内容が異なる。また、機関出力向上は1990年から数種の方法で行われており、それぞれ新形式または新番台区分となった。
JR九州キハ47形（一般仕様車）
キハ47形8076 アクアライナー（香椎線）色
キハ40形8099 日南線色
キハ47形9048 追加設置の機関直結冷房
キハ47形9048 LED方向幕
キハ47形9031 LED方向幕
運用 > 北海道地区

北海道地区では1977年2月から3月にかけてキハ40形100番台が旭川機関区と苗穂機関区に8両ずつ初配置され、同年8月1日より苗穂機関区配置車が札沼線（札幌駅 - 新十津川駅間）で、9月1日からは旭川機関区配置車が石北本線（旭川駅 - 上川駅間）でそれぞれ営業運転を開始している。
電化区間の割合が低く、輸送量の少ない区間の多い北海道では、多くの区間で本系列が普通列車の主力として使用される。キハ54形など、他形式を常用する区間でも臨時で運用される例や、電化の有無にかかわらず気動車を運用することで、運用コストの最適化を図るため、電化区間でありながら使用される函館本線・室蘭本線のような事例もある。
2000年7月14日に根室本線尺別駅で発生した脱線転覆事故のため、キハ40 750が2000年7月19日に廃車となった。
2023年11月24日（同25日更新）の北海道新聞電子版で、JR北海道は翌2024年度末でキハ40形の定期運行を廃止する考えである旨が報道された。なお、同記事は観光列車用に改造されたいくつかの車両はその後も残る予定としている。
2025年3月以降、JR北海道では、以下の線区で定期運用がある。
室蘭本線（苫小牧駅 - 岩見沢駅間）
日高本線
運用 > 関東地区 > 烏山線

関東地区では烏山線のキハ10系・20系置き換えのためキハ40形2000番台10両が投入されたのが最初で、1979年6月2日より烏山線での運用を開始した。
キハ40形1000番台のうち1006は東北地方に転用され、それ以外の8両は引き続き烏山線で使用されていた。塗装はオリジナルの烏山線色であったが、2011年4月15日に開通88周年を迎える烏山線の「烏山線全線開通88周年記念事業」として1003および1007をそれぞれ2010年12月および2011年4月から旧国鉄一般気動車色（朱色4号+クリーム4号、標準色）に塗装変更され、1004および1005はそれぞれ2012年12月および2013年6月から登場時の塗色である旧国鉄首都圏色（朱色5号）に塗装変更された。これらは郡山総合車両センターで施行している。
2014年に烏山線に量産試作車が導入されていたEV-E301形蓄電池車の量産車導入により、2017年3月3日に運用が終了し、1009は錦川鉄道に、1002・1005・1007の3両は那須烏山市の那珂川清流鉄道保存会にそれぞれ譲渡され、その他は廃車となった。
東北に転属した1006は、小牛田運輸区、新庄運転区を経て1999年から秋田車両センター→秋田総合車両センター南秋田センターに配置された。奥羽本線や男鹿線で使用され、2016年1月に塗色を男鹿線色から首都圏色（朱色5号）に変更。それ以降は「国鉄メーク」気動車として五能線などで使用され、2021年3月12日の同系列運用終了まで運行した。その後、他のキハ40形2000番台2両と共に、小湊鉄道へ譲渡のため7月19日から21日にかけて千葉貨物まで甲種輸送されている。
キハ40形 烏山色（2007年）
運用 > 関東地区 > 水郡線

水郡線向けには1979年から1982年にかけてキハ40形10両（2021 - 2026・2138 - 2141）が水戸運転区に新製投入された。普通列車を中心にキハ28・58系、キハ45系とともに運用されていたが、1990年に担当運輸区が水戸から常陸大子（水郡線営業所）に移管されたことに伴いキハ40形7両（2022・2023・2026・2138・2139・2140・2141）が転入した。1990年よりご当地色へ塗り変えられる。
1991年よりキハ48形が入線すると併せて新型のキハ110系が導入され運用の一部を置換。1993年10月に新潟からキハ110系が転入したため同年12月から定期運用が終了して配置がなくなった。その後1994年にキハ48 534・548の2両が、翌1995年にキハ40 503が転入し、1999年3月に水郡線の定期運用を終了した。
運用 > 関東地区 > 高崎地区

1980年に高崎地区用としてキハ40形5両（2085 - 2089）が高崎第一機関区（高崎運転所→現・高崎車両センター高崎支所）に新製配置された。主に足尾線で運用されたほか、キハ35系が主体の八高線で運用されることもあった。
足尾線は1989年にわたらせ渓谷鐵道へ転換され、八高線でも1991年までにキハ40系の運用はなくなった。キハ40 2087は1991年8月にキハ40 1008へ改造されて烏山線へ転用された ほか、2000番台4両も各地のキハ40系運用線区に転用された。
運用 > 信越地区

羽越本線
信越本線
磐越西線
只見線（平成23年7月新潟・福島豪雨に伴う管轄運輸区の分離）
米坂線
飯山線（飯山線営業所）
1981年に美濃太田よりキハ40形5両 (554 - 558) が転入したのを皮切りに、1982年にはキハ40形2両（593・594）およびキハ48形2両（559・1550）が新製配置され、キハ28形・58形やキハ52形などと共通運用が行われた。1980年代後半には新潟へキハ40形5両 (554 - 558) が転出し、それに代わって新潟からキハ40形5両 (583 - 587) が一時的に転入したが、1988年頃にそれぞれの転出元へ戻っている。これらの車両は他所から転入したキハ28形・58形の冷房改造車と交代し、1992年にそれぞれ八戸、南秋田、弘前へ転属した。その後は他支社の車両が臨時列車として入線している。
しなの鉄道北しなの線（旧信越本線）
定期列車では飯山線直通列車の長野 - 豊野間のみ。
小海線（小海線営業所）では定期列車での運用実績は存在しないが、小牛田運輸区より借用の車両（びゅうコースター風っこ）を使用した臨時列車での運用実績がある。
キハ40形 イメージアップ新潟色（2007年）
キハ47形 新潟色（2008年）
運用 > 中部地区

高山本線や紀勢本線などで使用され、59両がJR東海に継承された。このうち紀勢本線・参宮線向けには1980年3月にキハ40形が投入され、伊勢運転区に配置されている。
鈴鹿サーキットでのF1グランプリ開催に伴う臨時列車でも運用実績があり、定期運用では見られない6両編成で運転された。武豊線および東海道本線大府 - 名古屋間での運用は1999年に終了し（同時に旧配置の名古屋車両区から美濃太田車両区と伊勢車両区に転属）、すべてキハ75形に置き換えられた。名松線では1989年のワンマン化以降、基本的に運用されなかった。
2014年4月時点で美濃太田車両区にキハ40形7両・キハ47形5両・キハ48形24両の計36両が、伊勢車両区にキハ40形7両とキハ48形16両の計23両が配属されていたが、2016年3月26日のダイヤ改正にて運用が終了し、2016年3月30日にすべて廃車された。
運用 > 北陸地区 > 敦賀地区

敦賀第一機関区（後の敦賀運転所）には国鉄時代よりキハ40・48形の配置があり、湖西線・北陸本線の交直デッドセクション区間や小浜線・舞鶴線での運用が存在した。1991年9月の米原駅 - 長浜駅間直流化や七尾線電化に伴う電車化で気動車の余剰が発生したため、キハ48形0番台・1000番台は1991年に小郡（現・下関総合車両所新山口支所）へ転出し、そのうち5・6・1003の3両が2003年に岡山へ転出、6・1003は2010年3月31日付で廃車となった。
運用 > 北陸地区 > 城端線・氷見線

城端線・氷見線では2020年時点では金沢総合車両所富山支所（旧：高岡鉄道部）に配置されたキハ40・47形が使用されている。運用範囲は城端線・氷見線のほか、あいの風とやま鉄道線（旧・北陸本線）の高岡駅 - 富山駅間にも乗り入れる。
沿線の氷見市が漫画家・藤子不二雄Aの出身地であることから、『忍者ハットリくん』のラッピング列車も運転されている。
氷見線を走行するキハ47形
キハ40 2136 忍者ハットリくんラッピング車 (A) （2013年6月25日 高岡駅）
運用 > 北陸地区 > 七尾線

七尾線では2015年より観光列車「花嫁のれん」へ改造されたキハ48形が運用されている。運用区間は金沢駅 - 和倉温泉駅間で、金沢駅 - 津幡駅間はIRいしかわ鉄道線（旧北陸本線）に乗り入れている。
運用 > 関西地区 > 山陰本線京都口・北近畿地区

関西地区では福知山機関区（後の福知山運転所）に最初のキハ47形16両が配置され、1977年2月25日より山陰本線京都口の京都駅 - 福知山駅間で営業運転を開始した。山陰本線京都口では通勤形のキハ35系も使用されていたが、冬季の暖房効果が不十分で乗客からも不評とされたため、キハ35系はキハ47形の投入により置き換えられた。
1979年には福知山線向けにもキハ47形が投入され、従来のキハ10系・20系・55系を同年2月末までに置き換え、福知山線の普通・快速列車用気動車はキハ47形に統一された。1986年11月改正での福知山線全線電化では快速が一旦廃止、普通列車の気動車・客車列車も電車化されて103系・113系に置き換えられた。
国鉄時代より豊岡機関区にもキハ40系の配置があり、JR化後は1999年の舞鶴線電化を機に豊岡鉄道部に配置が集約されて福知山への配置は無くなった。豊岡鉄道部は後に福知山電車区豊岡支所となっている。
2016年時点では山陰本線（豊岡 - 鳥取間）、播但線（寺前 - 和田山間）で運用されるほか、京都丹後鉄道宮豊線にも不定期で乗り入れることがあった。
キハ47形の福知山線列車（下滝駅、1986年10月30日）
キハ47 10 播但線色（2007年1月6日 浜坂駅）
キハ41 2003（2022年11月21日 和田山駅）
運用 > 関西地区 > 関西本線・南近畿地区

1980年には亀山機関区（後の亀山鉄道部）にもキハ40・47形が配置され、関西本線や紀勢本線などで運用を開始した。1989年の片町線全線電化などを経て亀山へのキハ40系の配置が無くなった。
運用 > 関西地区 > 加古川線

加古川線ではJR西日本移行時点でキハ20形、キハ23形、キハ30・35形、キハ37形が使用されていたが、1987年度にキハ47形2両が姫路より転入した。1989年には野村駅（後の西脇市駅） - 谷川駅間ワンマン化用にキハ40形5両が転入し、キハ20形を置き換えた。
1990年までに山陰本線京都口や片町線の電化で余剰となったキハ40系が転入し、キハ23・30・35形を置き換えている。1998年からはキハ40系の更新工事やキハ47形のワンマン化を開始し、1999年には非ワンマンのキハ37形が置き換えられ、2000年3月改正で加古川線全列車がワンマン化された。
1998年のゴールデンウィークには山陰地区の境線で運用されている「鬼太郎列車」のキハ40 2115が関西地区に貸し出され、5月2日・3日は加古川線の定期列車に併結されたほか、5月4日・5日には東海道・山陽本線（JR神戸線）の三ノ宮駅 - 有年駅間で臨時快速列車として運転された（宮原操車場 - 三ノ宮駅間も回送列車で入線）。JR神戸線の運転ではキハ40 2115と加古川色のキハ40 2134を併結した2両編成となり、複々線区間は新快速と同じ外側線を走行した。
1998年秋に一般公募のイラストを側面に描いて、キハ40 2133が恐竜をデザインした「きょうりゅう号」、キハ40 2134が川魚やトンボをデザインした「せいりゅう号」となり、1998年10月4日から2003年まで運転された。
2003年以降は姫路鉄道部と加古川鉄道部の間で更新車を姫新線に、未更新車を加古川線に集約するよう配置車両の交換が行われ、姫路色で転入したキハ40系も加古川線内で運用された。キハ40系は2004年10月19日の加古川線電化により同線での運用を終了した。
加古川色のキハ37形・キハ40形と境線より貸し出しの「鬼太郎列車」（1998年5月2日）
加古川線イラスト列車「せいりゅう号」のキハ40 2134
運用 > 関西地区 > 播但線・姫新線姫路口

播但線・姫新線の姫路口では姫路鉄道部のキハ40・47形が運用されたが、1998年の播但線寺前電化後の姫路所属車は姫新線のみの運用となった。2006年にはキハ40 2091がのじぎく兵庫国体のキャラクター「はばタン」のラッピング車となった。
キハ40系は姫路駅 - 上月駅間の高速化事業により2010年までにキハ122・127形に置き換えられたが、「はばタン」ラッピング車を含むキハ40形3両が残存した。キハ40形は2012年3月16日をもって姫新線姫路口での定期運用を離脱した。
キハ40 2091 「はばタン」列車
運用 > 中国地区 > 岡山地区

岡山地区では1978年に同地区のキハ10系置き換え用としてキハ47形10両が岡山気動車区に配置され、同年6月28日より吉備線・津山線・姫新線・伯備線で営業運転を開始した。キハ47形10両のうち5両はトイレのない1000番台である。
津山線では1997年11月29日ダイヤ改正での急行「砂丘」廃止を受けてキハ40系による快速「ことぶき」が岡山駅 - 津山駅間で運転を開始した。同改正では同じく岡山駅 - 津山駅間で急行「つやま」がキハ58系で運転されたが、キハ58系の老朽化により2003年にキハ40系に置き換えられ、いわゆる「遜色急行」となった。「つやま」用には山口地区からデッキ付きのキハ48形が転用されて2両編成で運用された。急行「つやま」は2009年に廃止された。
2025年時点では姫新線（津山 - 中国勝山間）、津山線、吉備線(桃太郎線)で運用される。
キハ40 2007 津山鉄道部ワンマン車色・旧塗装（1997年）
急行「つやま」のキハ48形
運用 > 中国地区 > 山陰地区

山陰地区では1979年に西鳥取運転区（後の鳥取鉄道部西鳥取車両支部、現後藤総合車両所鳥取支所）にもキハ47・40形が配置され、同年3月14日より因美線・津山線で営業運転を開始した。
境線では沿線の境港市が漫画家・水木しげるの出身地であることから、水木しげるロードが整備された1993年より境線用キハ40形に『ゲゲゲの鬼太郎』のキャラクターをラッピングした「鬼太郎列車」が運行されている。2018年にはキハ40 2115が5代目「鬼太郎」ラッピング車となった。
2016年時点では山陰本線（城崎温泉 - 西出雲間）、因美線（鳥取 - 那岐間）、境線で運用される。2020年3月13日までは若桜鉄道若桜線へ乗り入れる運用もあったが、翌14日からはWT3000形・WT3300形に統一された。
キハ47 146（2007年3月14日）
キハ47 1016 加古川線色、山陰地区転用後（2006年3月26日）
運用 > 中国地区 > 広島・山口地区

広島・山口地区では2020年時点で下関総合車両所新山口支所（旧：山口鉄道部）にキハ40・47形が配置されており、芸備線・岩徳線・山口線・山陰本線等で使用されている。一般車の運用範囲は、2016年時点で芸備線（三次 - 広島間）、岩徳線、山口線、山陰本線（益田 - 幡生間）、山陽本線（幡生 - 下関間）である。
呉線では2005年より観光列車「瀬戸内マリンビュー」が、2020年からは後継の「etSETOra」が運行されている。「etSETOra」の運用範囲は呉線に加えて山陽本線の尾道駅 - 三原駅にも乗り入れる。山口地区では山陰本線の観光列車「みすゞ潮彩」と後継の「○○のはなし」が新下関駅発着で運転された。
運用 > 四国地区

四国地区では1980年8月から高知気動車区（後の高知運転所）に、翌1981年11月からは松山気動車区（後の松山運転所）にキハ47形が投入され、このうち松山区の配置車は予讃本線（現・予讃線）で運用を開始している。
2016年以降は以下の路線で運用される。
高徳線
鳴門線
牟岐線（徳島 - 桑野間）
徳島線（徳島 - 穴吹間）
2009年10月の編成両数見直しや1500形の投入によって、2010年3月までに徳島運転所のキハ47形10両（111・116・117・502 - 505・1087・1502・1503）が廃車された。2011年には同6両（115・501・1088・1121・1501・1504）が廃車され、同2両（176・1505）がJR九州に譲渡された。2012年には松山運転所のキハ47形3両（172・175・1119）が、2013年には徳島運転所のキハ47形3両（1085・1089・1112）が、2014年には同2両（1090・1132）が廃車された。2016年3月25日のダイヤ改正翌日には、松山運転所所属の車両は「伊予灘ものがたり」のキロ47形2両を除き、全車徳島運転所に転属された。2016年3月には松山運転所のキハ47形1両 (1117) と徳島運転所のキハ47形2両（1118・1120）が、2018年3月には徳島運転所のキハ47形2両（113・144）がそれぞれ廃車された。2019年3月には徳島運転所のキハ40形1両 (2146) が、2020年1月には徳島運転所のキハ40形1両 (2109) がそれぞれ廃車された。2022年に松山運転所のキロ47形2両が廃車された。2022年4月1日時点では徳島運転所にキハ40形（2000番台）9両とキハ47形11両（0番台10両・1000番台1両）の計20両が配置されている。
以前は牟岐線の阿南以南や鳴門線では車種独占となっていたが、2010年頃以降は新型車両の導入やホーム嵩上げの進行により、運用が減っている。キハ47形はワンマン設備がないことから優先的に廃車となり、現在は朝夕の通勤時間帯中心の運用である。牟岐線の阿南 - 海部間では、2019年3月15日を最後に乗り入れを終了したが、2022年の改正で阿南～桑野間の運用が復活した。また、2011年3月12日から2019年3月15日までは、阿佐海岸鉄道阿佐東線でも運用されていた。
2016年3月25日までは予讃線・内子線（松山駅 - 内子駅 - 八幡浜駅間および伊予市駅 - 伊予長浜駅 - 伊予大洲駅間）でも運用されていた。翌26日からは、同区間を走行する本系列は伊予灘線を経由する「伊予灘ものがたり」に使用されるキロ47形のみであったが、2021年度末で運用終了となったため、愛媛県内の運用がなくなった。
牟岐線阿波橘駅に停車するキハ47形
運用 > 九州地区

九州地区では1979年にキハ47形10両が鹿児島地区の指宿枕崎線向けに投入され、同年3月23日より運用を開始した。熊本地区では人吉機関区に配置されたキハ47形14両が1979年3月28日より肥薩線（八代駅 - 人吉駅間）・湯前線で運行を開始し、同年4月15日からは鹿児島本線（熊本駅 - 出水駅間）・豊肥本線（熊本駅 - 竜田口駅間）・三角線にも運行区間が拡大している。
長崎地区でも1980年6月よりキハ40・47形が長崎機関区に新製配置された。同時期には早岐機関区にもキハ47形26両が新製配置されている。1982年には長崎機関区のキハ40 2062がキハ58 56とともに小倉工場で青20号とクリーム1号のツートンカラーの試験塗装に変更され、長崎本線・佐世保線・松浦線・大村線で運用された。
国鉄時代の本系列唯一の廃車はキハ40 2055である。同車は1983年6月の指宿枕崎線沿線の集中豪雨の際、野元トンネル北側坑口付近の線路内に流入した土砂にトンネル内から乗上げ、乗客らの避難後さらに周辺の土砂が積み重なったため、そのまま現場で解体され同年7月付で廃車された。
2016年以降は以下の路線で運用される。
日田彦山線
後藤寺線
筑豊本線（桂川 - 原田間）
日豊本線（小倉 - 城野間〈日田彦山線直通列車〉）
長崎本線（佐賀 - 久保田間 〈唐津線直通列車〉）
唐津線
筑肥線（山本 - 伊万里間）
ふたつ星4047 (武雄温泉→江北 → 長崎間および、長崎→千綿→武雄温泉間)
長崎本線 (江北 - 長崎間)
佐世保線 (江北 - 早岐間)
鹿児島本線（熊本 - 八代間〈肥薩線・三角線直通列車〉）
豊肥本線（熊本 - 豊後竹田間）
三角線
肥薩線（普通・快速列車）　*肥薩線は運行休止中
久大本線（日田・庄内 - 大分間）
豊肥本線（大分 - 豊後荻間）
鹿児島本線（鹿児島中央 - 鹿児島間）
日豊本線（宮崎 - 都城〈吉都線直通列車〉、国分 - 鹿児島間）
肥薩線（普通列車〈吉都線直通列車含む〉）
指宿枕崎線（普通列車、指宿のたまて箱）
吉都線（肥薩線・日豊本線直通列車含む）
日豊本線（宮崎 - 西都城間）
吉都線
日南線
日田彦山線を走行するキハ47形
譲渡・貸出 > 日本国内 > 東海交通事業

東海交通事業（2024年10月よりJR東海交通事業）には、1991年12月1日の城北線部分開業（勝川駅 - 尾張星の宮駅間）用としてJR東海のキハ40 2057・2112が貸し出された。貸出にあたってはJR東海名古屋工場でワンマン化改造と塗装変更が行われた。
1993年3月の城北線勝川駅 - 枇杷島駅間全通時にキハ11形に置き換えられ、キハ40形はJR東海に返却された。返却後のキハ40形は機関換装でキハ40 6004・6008に、続いてワンマン化の区別のためキハ40 6304・6308に改番された。
東海交通事業に貸し出されたキハ40形（味美駅、1992年）
譲渡・貸出 > 日本国内 > 会津鉄道

→詳細は「会津鉄道AT-400形気動車」を参照
2002年からJR東日本会津若松運輸区で余剰となっていたキハ40 511を日本宝くじ協会の寄贈による宝くじ号として会津鉄道が譲り受け、新潟トランシスで改造したもので、AT-400形 AT-401として2003年4月に使用開始された。
企画当初には2階建車両も模索されたが、キハ40形からの改造として現実的な一部ハイデッキ構造の展望車となった。同じ新潟トランシスが改造に携わった、JR東日本のキハ40系のジョイフルトレインに通じる意匠であり、共通の手法や部品が見られる。定員は48名。「風覧望」（ふうらんぼう）の愛称でトロッコ車のAT-351（2009年まではAT-301）と2両編成で「お座トロ展望列車」として行楽期を中心に運転されている。
会津若松方の1エンド側を展望構造に改造しており、戸袋の位置を逆（車端側）にしたうえで客扉を車体中央寄りへ移設、その前位をハイデッキとした。運転台は低い位置に移設され、通路側は上半ガラスのパーティションとなった。前面は2枚の大形平面ガラスで視界を確保しているが、ハイデッキ部はシアターシート（床を階段状にして後方席からの展望を確保する構造）ではなく、1位側には排気管の立ち上がり部がある。
後位は、当初は2人がけの回転リクライニングシートが通路両側に配置され、若干の立席スペースも設けられていたが、2016年にそれまで連結していたAT-100形お座敷気動車が廃車になったことに伴い、お座敷席に改造された。また、2エンド側の運転台にはほとんど手が入れられておらず、ケースにまとめられた角形の前照灯・尾灯が新たに腰部に追加され、上部種別幕が埋められた程度で、本来の前照灯もそのままである。客室窓はすべて大型化、固定化されている。トイレは車椅子対応となり、元の窓は埋め込まれた。
JR東日本所有時に冷房装置（AU26J-A × 2基）の搭載、屋根上水タンクの撤去などなされているほか、下回りはほぼJR東日本仕様のキハ40形500番台に準ずるが、機関はカミンズ製NH14R形（300 PS / 2,000 rpm、JR東日本DMF14HZ形と同等品）に換装された。機関本来の出力は350 PSだが、液体式変速機がDW9形のままであるため300 PSで使用している。定期運行以外では、導入直後に阿武隈急行に入線したことがあるほか、訓練や貸切運転などでは両運転台構造を生かした単行運転もされている。
運行路線は以下のとおり。運用の詳細はお座トロ展望列車を参照。
会津鉄道会津線
只見線
野岩鉄道会津鬼怒川線（湯めぐり号）
東武鬼怒川線（湯めぐり号）
AT-401（2010年5月 会津田島車両基地）
客室前部
客室（お座敷改造前）
お座トロ展望列車
阿武隈急行での運転時の様子（2003年7月 角田駅 ）
譲渡・貸出 > 日本国内 > 道南いさりび鉄道

→詳細は「道南いさりび鉄道 § 車両」を参照
2016年3月26日の北海道新幹線開業に伴い江差線が転換された道南いさりび鉄道では、開業時にJR北海道からキハ40形1700番台9両（1793・1796・1798・1799・1807・1810・1812・1814・1815） が譲渡された。うち2両（1793・1799）は、貸切列車としても用いられる「ながまれ号」用として、塗装変更と内装の改造が行われた が、他の車両も同社オリジナル塗装への変更が行われている。
キハ40 1793「ながまれ号」
キハ40 1814
譲渡・貸出 > 日本国内 > 錦川鉄道

2017年3月に烏山線での運用が終了したキハ40形1000番台のうち、キハ40 1009を錦川鉄道が譲受し、内装をレトロ調に改装し、同年9月16日に錦川清流線で運行を開始した。外装はJRマークを始め烏山線時代のものを引き継いでいる。同社のワンマン運転の規則上、本形式で初めてサイドミラーを装着している。
キハ40 1009