横浜F・マリノス
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オズワルド・アルディレスが監督に就任。クロアチア・ザグレブからユーリッチ、インスティトゥートACコルドバからラウル・マルドナード、 ECヴィトーリアからエジミウソン、愛知学院大学から藏川洋平らが加入。ユースから石川直宏、大橋正博らが昇格。
1stステージは攻撃陣が好調で、第12節に首位に立つ。第14節のC大阪との直接対決に敗れて2位に後退するも、最終節に勝利し、C大阪が敗れたため5年ぶりのステージ優勝を決めた。
夏に城彰二が再加入し2ndステージを迎えた。柳想鉄は1stステージからの好調を維持し年間17点を挙げたのに対し、城やエジミウソンが不調に陥り、総得点は1stステージより8少ない24得点に終わった。攻撃陣の不調が影響し優勝争いに絡むことなく5位に終わる。
鹿島とのチャンピオンシップは2戦合計0-3で敗れ、優勝を逃した。
ナビスコカップ、天皇杯ともに準々決勝で鹿島に敗れる。
中村が史上最年少でMVPを受賞。
シーズン途中に吉田が大分トリニータへ移籍。シーズン終了後にユーリッチ、マルドナード、エジミウソン、藏川、三浦、柳想鐵らが退団。
鹿児島実業高校から田原豊、市立船橋高校から本橋卓巳が加入。ユースから金子勇樹、田中隼磨、坂田大輔らが昇格。9月に清水から3年ぶりに安永聡太郎が復帰。
若手中心のメンバーとなった1stステージは開幕から5試合未勝利。その後も調子が上がらず3勝2分10敗で15位。前年から続いていた得点力不足は深刻で7試合が0得点だった。
6月に左伴繁雄が社長に就任。アルディレスを解任するなどチームのテコ入れを図った。2ndステージからセバスティアン・ラザロニが監督に就任。開幕から3連勝した直後に3連敗。その後はラザロニとともに加入したブリット、ナザ、ドゥトラらのブラジル人選手や、松田、川口、小村ら守備陣の活躍により、6勝3分6敗で10位。年間順位13位で残留を決めた。リーグ戦の得点数はリーグワーストの32得点。失点数はリーグ3位の44失点。
ナビスコカップは決勝で磐田を下して初優勝。天皇杯は3回戦で京都に敗れた。
10月に川口がポーツマスFCへ移籍。シーズン終了後に小村、ブリットらが退団。城がヴィッセル神戸へ期限付き移籍。
東京ヴェルディ1969から中澤佑二、磐田から清水範久と奥大介、コンサドーレ札幌からウィル、駒沢大学から那須大亮、桐光学園から阿部祐大朗らが加入。ユースから栗原勇蔵、榎本哲也が昇格。
中澤と松田の代表センターバックコンビに加え、奥ら新戦力が活躍。1stステージは開幕から13戦無敗。第13節で磐田に勝ち点2の差で首位に立つ。しかし、第14節に鹿島に敗れて勝ち点1の差で磐田に首位を明け渡し、2位で終了。
大きな期待を集めた2ndステージは開幕から3連敗を喫して早々に優勝争いから脱落。第7節で敗れ、2勝1分4敗となった時点で成績不振を理由にラザロニを解任。下條佳明が後任となった。下條就任後は6勝2敗と立て直したが、序盤での不振が響き6位。リーグ戦の年間順位は2位。
ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は4回戦で広島に敗れた。
4月に石川がFC東京へ移籍。7月に中村がレッジーナへ移籍。10月に試合中に味方を蹴ったウィルを解雇。シーズン終了後にナザ、城が退団。
監督に岡田武史が就任。広島から久保竜彦、FC東京から佐藤由紀彦、蔚山現代から3年ぶりに柳想鐵、東京Vからマルキーニョス、浦和レッズから河合竜二が加入。ユースから山瀬幸宏らが昇格。
1stステージの開幕戦は前年王者の磐田を下すものの、リーグ戦中断前の第10節までは首位と勝ち点4差の4位。ブラジル代表のカフーが7月から加入することで契約合意していたが、チーム合流直前に契約を解除。柳想鐵が右サイドバックを務めることになった。これが功を奏して中断明けの第11節から連勝。優勝争いをしていた磐田、市原の失速もあり第14節で勝ち点1の差で首位に立つ。最終節も勝利して、3年ぶりのステージ優勝。
2ndステージは2分1敗とスタートで躓く。その後連勝を重ねて第9節で勝ち点1差で首位に立つ。しかし、その後2分2敗と失速して7位に後退。第14節は快勝して3位に浮上し、首位の磐田とは勝ち点3差ながら直接対決を残しており、得失点差では優位にたった状態で最終節を迎えた。最終節は磐田に逆転勝利し、鹿島が引き分けたため得失点差で2ndステージ優勝を決めた。前年の磐田に次ぐ両ステージ制覇の完全優勝で8年ぶり2度目のリーグ優勝を成し遂げた。
→詳細は「2003年J1・2ndステージ最終節」を参照
ナビスコカップは準々決勝で磐田に、天皇杯は準々決勝で鹿島に敗れる。
シーズン終了後、マルキーニョスが契約満了で退団。
岡田体制2年目。清水から安貞桓、市原から中西永輔、国士舘大学から山﨑雅人らが加入。
A3チャンピオンズカップ2004の日程がAFCチャンピオンズリーグ2004と重複したためA3をJサテライトリーグ中心メンバーで戦い2位。ACLはグループステージ敗退。
スーパーカップは磐田と対戦してPK戦で敗れる。
1stステージは第6節で首位の磐田に勝ち点7差まで広げられたが、第10節に磐田を直接対決で下し、第14節で磐田をかわして首位に立つと、最終節も勝利を収めて優勝。第3節以降は10勝2分と強さを見せた。また、前年の1st、2ndステージに続き、史上初の3ステージ連続優勝を達成した。
2ndステージは3勝1敗でまずまずのスタートを切ったが、以降3試合連続で引き分けるなど失速。首位浦和との勝ち点差を広げられてしまう。負傷や代表招集による主力の欠場もあり、得点が伸びず6位に終わる。
チャンピオンシップは浦和と対戦。2戦合計1-1のタイスコアとなり延長戦に突入したが決着がつかずPK戦へ突入。PK戦を4-2で勝利し、J1史上3クラブ目の連覇と3度目のリーグ優勝を達成した。
ナビスコカップは準々決勝で浦和に、天皇杯は5回戦でJFLのザスパ草津に敗れた。
中澤が日本人DF初のシーズンMVPに輝いた。
シーズン中に波戸が柏へ移籍。シーズン終了後に柳想鐵が蔚山現代、安永が柏、佐藤が清水へ移籍。
岡田体制3年目。城南一和天馬からアデマール、浦和から山瀬功治、モンテディオ山形から大島秀夫、静岡学園高校から狩野健太、桐光学園から田中祐介が加入。ユースから飯倉大樹、天野貴史が昇格。夏にSEパルメイラスからマグロン、磐田からグラウが加入。
スーパーカップは東京Vと対戦してPK戦で敗れる。
AFCチャンピオンズリーグ2005はグループステージ敗退。
通年制となり、史上初の3連覇を目指したリーグ戦は第6節終了時点で3勝2分1敗だったが、昇格組の大宮アルディージャ、川崎フロンターレに連敗。その後は負け無しで第16節で首位鹿島と勝ち点9差の3位につける。しかし、第17節でFC東京に0-4で敗れて以降6試合勝ち無しと低迷して優勝争いから脱落。アデマールや安貞桓退団後に加入したグラウが全くチームにフィットせず、久保が腰痛に悩まされ出場機会が減少したこともあり、年間を通して得点力不足が解消されなかった。最終順位は9位。得点数は優勝したガンバ大阪の半分の41でリーグワースト6位。日本代表の中澤、松田を中心とした堅守により失点数はリーグ3位タイの40。
ナビスコカップは準決勝でG大阪に、天皇杯は5回戦で川崎に敗れる。
5月にアデマールがADサンカエターノ、6月に安貞桓がFCメス、7月に遠藤が神戸へ移籍。シーズン終了後にグラウが大宮へ移籍。
岡田体制4年目。アトレチコ・ミネイロからマルケス、大分から6年ぶりに吉田孝行らが加入。ユースからハーフナー・マイク、秋元陽太が昇格。順天堂大学から小宮山尊信が特別指定選手として加入。
リーグ戦は開幕4連勝で首位に立ったが、第5節からの15試合で2勝と低迷。特に試合終盤の80分以降の失点が続き、第19節の敗戦後に岡田が辞任。後任にはコーチを務めていた水沼貴史が就任。監督交代以降は7勝1分7敗で前年と同じ9位で終了。久保や奥、マルケスら攻撃陣が不調で得点数は49。失点数はリーグ3位の43失点で、この年も日本代表DFの中澤、松田らによる堅守が目立つ結果となった。
ナビスコカップは準決勝で鹿島に、天皇杯は準々決勝でG大阪に敗れる。
シーズン中にマグロンが移籍。シーズン終了後に榎本達也が神戸、奥と久保が横浜FC、ドゥトラがスポルチ・レシフェへ移籍。中西が退団。
早野宏史が11年ぶりに監督に就任。レッドスター・ベオグラードから鈴木隆行、東京Vからマルクスらが加入。ユースから長谷川アーリアジャスール、田代真一 、斎藤陽介が昇格。野洲高校から乾貴士が加入。
リーグ戦はシーズンを通して攻撃陣の好不調の波が非常に大きく、大量得点の試合がある反面12試合で無得点だった。前年を上回る7位で終了したが、優勝争いに絡めず、目標とした3位以内にも届かなかった。得点数は54でリーグ6位（大島、坂田、山瀬功治が2ケタ得点をマーク）、失点数は35でリーグ2位。調子にばらつきのある攻撃陣に比べて日本代表DFを擁する守備陣は年間を通して安定していた。
J1では初めて横浜FCとの横浜ダービーが開催された。アウェーでの第2節は0-1で敗戦。ホームでの第19節はチーム新記録の1試合8得点を記録して8-1で勝利。なお同試合の前夜にスタジアム付近で「JUST GEDO」という名称のサポーター団体が横浜FCサポーターを暴行するという事件を起こし逮捕されている。
ナビスコカップは準決勝で川崎に、天皇杯は5回戦で清水に敗れる。
左伴が社長を退任。後任は斎藤正治。
シーズン中にマルクスが移籍。シーズン終了後に早野が退任。那須が東京V、吉田が神戸へ移籍。鈴木、上野、マルケスらが退団。
桑原隆が監督に就任。クルゼイロECからロニーとロペス、水戸ホーリーホックから小椋祥平、早稲田大学から兵藤慎剛、慶熙大学校から金根煥、帝京高校から浦田延尚、丸岡高校から梅井大輝が加入。ユースから金井貢史、水沼宏太が昇格。
リーグ戦の序盤は3位につけていたが、第9節から10試合未勝利（クラブタイ記録の公式戦6連敗も記録）と低迷。第16節で降格圏内の16位へ転落したのが決定打となり桑原を解任。統制本部長の木村浩吉が後任となった。第20節で11試合ぶりの勝利を挙げると、第22節で勝利し降格圏を脱出。最終順位は9位。2005年から続く得点力不足は解消されず、この年も中澤、松田、栗原らの日本代表経験者を中心とした堅守で勝ち切る試合が多かった。
ナビスコカップは準々決勝で、天皇杯は準決勝でいずれもG大阪に敗退。
シーズン中にロニーがG大阪へ移籍。シーズン終了後、田中隼磨が名古屋グランパス、大島がアルビレックス新潟、乾がC大阪へ移籍。ロペスが退団。
木村浩吉体制2年目。早稲田大学から渡邉千真、釜慶高校から丁東浩が加入。ユースから齋藤学、端戸仁が昇格。
リーグ戦は開幕から4試合未勝利と出遅れ、上位の鹿島、川崎、清水、名古屋にホームゲームで勝利した一方、この年にJ1に初昇格した山形に逆転負けを喫するなど終始低迷。最終順位は10位。それでもプロ1年目で13得点を挙げた渡邉、ユース組の天野、飯倉、長谷川らの若手や狩野らの中堅の活躍が見られたシーズンとなった。
ナビスコカップは準決勝で、天皇杯は4回戦でいずれも川崎に敗れる。
6月、セルティックFCに所属する中村俊輔の獲得交渉に失敗。交渉決裂の責任をとって斎藤正治が社長を辞任。嘉悦朗が後任に就いた。
シーズン終了後、木村浩吉との契約を解除。ハーフナー・マイクがヴァンフォーレ甲府、山瀬幸宏がサガン鳥栖、小宮山が川崎へ移籍。