直通運転
日本における直通運転 > 日本における直通運転の事例 > JRと私鉄・第三セクター

地下鉄が関係するものについては後述
| 事業者名 | 路線名 | 境界駅 | 事業者名 | 路線名 | 備考 |
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| JR北海道 | 函館本線 | 五稜郭駅 | 道南いさりび鉄道 | 道南いさりび鉄道線 | 道南いさりび鉄道の車両のみ |
| JR東日本 | 大湊線 | 野辺地駅 | 青い森鉄道 | 青い森鉄道線 | JR東日本の車両のみ |
| JR東日本 | 花輪線 | 好摩駅 | IGRいわて銀河鉄道 | いわて銀河鉄道線 |  |
| JR東日本 | 東北本線 | 盛岡駅 | IGRいわて銀河鉄道 | いわて銀河鉄道線 |  |
| JR東日本 | 東北本線 | 名取駅 | 仙台空港鉄道 | 仙台空港線 |  |
| JR東日本 | 東北本線 | 槻木駅 | 阿武隈急行 | 阿武隈急行線 | 阿武隈急行の車両のみ  |
| JR東日本 | 磐越西線 - 只見線 | 西若松駅 | 会津鉄道 - 野岩鉄道 - 東武鉄道 | 会津線 - （野岩鉄道）会津鬼怒川線 - （東武）鬼怒川線 - 日光線 | 会津鉄道の車両のみ  |
| JR東日本 | 鹿島線 | 鹿島サッカースタジアム駅 | 鹿島臨海鉄道 | 大洗鹿島線 |  |
| JR東日本 | 山手（貨物）線 - 東北本線（宇都宮線） | 栗橋駅 | 東武鉄道 | 日光線 - 鬼怒川線 | 「日光・きぬがわ」ほか特急列車のみ |
| JR東日本 | 川越線 - 埼京線（東北本線支線 - 赤羽線 - 山手（貨物）線） - 東海道本線（品鶴線 - 東海道貨物線） | 大崎駅 | 東京臨海高速鉄道 | りんかい線 |  |
| JR東日本 | 川越線 - 埼京線（東北本線支線 - 赤羽線 - 山手（貨物）線） - 東海道本線（品鶴線 - 東海道貨物線） | 羽沢横浜国大駅 | 相模鉄道 | 相鉄新横浜線 - 相鉄本線 |  |
| JR東日本 | 東海道本線 - 伊東線 | 伊東駅 | 伊豆急行 | 伊豆急行線 |  |
| JR東海 | 御殿場線 | 松田駅 | 小田急電鉄 | 小田原線 | 小田急の車両による特急「ふじさん」のみ |
| JR東日本 - JR東海 | 東海道本線 | 三島駅 | 伊豆箱根鉄道 | 駿豆線 | JR東日本の車両による特急「踊り子」のみ |
| JR東日本 | 総武本線（総武快速線） - 中央本線（中央線快速） | 大月駅 | 富士山麓電気鉄道 | 大月線 - 河口湖線 | JR東日本の車両のみ |
| JR東日本 | 上越線 | 六日町駅 | 北越急行 | ほくほく線 | 北越急行の車両のみ |
| JR東日本 | 信越本線 | 犀潟駅 | 北越急行 | ほくほく線 | 北越急行の車両のみ |
| JR東日本 | 信越本線 | 直江津駅 | えちごトキめき鉄道 | 妙高はねうまライン |  |
| JR東日本 | 飯山線 | 豊野駅 | しなの鉄道 | 北しなの線 | JR東日本の車両のみ |
| JR東日本 | 信越本線 | 篠ノ井駅 | しなの鉄道 | しなの鉄道線 | しなの鉄道の車両のみ |
| JR西日本 | 城端線 | 高岡駅 | あいの風とやま鉄道 | あいの風とやま鉄道線 | JR西日本の車両のみ |
| JR西日本 | 七尾線 | 津幡駅 | IRいしかわ鉄道 | IRいしかわ鉄道線 |  |
| JR西日本 | 越美北線 | 越前花堂駅 | ハピラインふくい | ハピラインふくい線 | JR西日本の車両のみ |
| JR東海 | 中央本線 | 高蔵寺駅 | 愛知環状鉄道 | 愛知環状鉄道線 | JR東海の車両のみ |
| JR東海 | 関西本線 | 河原田駅 | 伊勢鉄道 | 伊勢線 |  |
| JR西日本 - JR東海 | （参宮線 - ）紀勢本線 | 津駅 | 伊勢鉄道 | 伊勢線 |  |
| JR西日本 | 山陰本線 | 福知山駅 | 京都丹後鉄道 | 宮福線 - 宮豊線 | 特急「はしだて」のみ  |
| JR西日本 | （東海道本線 - ）山陽本線（JR神戸線） | 上郡駅 | 智頭急行 | 智頭線 |  |
| JR西日本 | 山陰本線 - 因美線 | 智頭駅 | 智頭急行 | 智頭線 |  |
| JR西日本 | 因美線 | 郡家駅 | 若桜鉄道 | 若桜線 |  |
| JR西日本 | 福塩線 | 神辺駅 | 井原鉄道 | 井原線 | 井原鉄道の車両のみ |
| JR西日本 | 岩徳線 | 川西駅 | 錦川鉄道 | 錦川清流線 | 錦川鉄道の車両のみ |
| JR四国 | 土讃線 | 後免駅 | 土佐くろしお鉄道 | ごめん・なはり線 |  |
| JR四国 | 土讃線 | 窪川駅 | 土佐くろしお鉄道 | 中村線 - 宿毛線 | 特急列車のみ |
| JR四国 | 予土線 | 若井駅 | 土佐くろしお鉄道 | 中村線 | JR四国の車両のみ |
| JR九州 | 鹿児島本線 | 八代駅・川内駅 | 肥薩おれんじ鉄道 | 肥薩おれんじ鉄道線 |  |
| JR九州 | 豊肥本線 | 立野駅 | 南阿蘇鉄道 | 高森線 | 南阿蘇鉄道の車両のみ |
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20  第三セクター側の路線が元国鉄・JRの路線であり、特定地方交通線や整備新幹線開業による並行在来線などの理由で経営分離されたもの。  ↑  函館駅までの1駅だけ函館本線へ乗り入れる。  ↑   花輪線方面への乗り入れはJR東日本の車両のみ。  盛岡方面の1本のみ「花輪線 - 好摩駅 - いわて銀河鉄道線 - 盛岡駅 - 東北本線」という形態で、東北本線日詰駅まで乗り入れる。  ↑  仙台空港アクセス線。  ↑  阿武隈急行線の一部区間は元国鉄。  ↑   会津鉄道は元JR東日本。  磐越西線・野岩鉄道・東武鉄道への乗り入れは快速「AIZUマウントエクスプレス」のみで、特に磐越西線への乗り入れは臨時の延長運転のみ。  会津鉄道と野岩鉄道の境界駅は会津高原尾瀬口駅。  野岩鉄道と東武鉄道の境界駅は新藤原駅。  ↑  鹿島サッカースタジアム駅は臨時駅である。大洗鹿島線の列車が隣駅の鹿島神宮駅まで乗り入れており、事実上同線の一部となっている。  1 2   東京臨海高速鉄道・相鉄の車両は互いの路線を運行できない。  東京臨海高速鉄道りんかい線から埼京線・川越線は一体的に運行されており、駅ナンバリングも連番となっている。  相鉄車の池袋駅以北の乗り入れは板橋駅まで回送列車で入線するが、それ以外の列車では通常は行われない。  JR東日本車は相鉄のかしわ台車両センターでの留置・滞泊が設定されている（後述する東急車とは異なり、JR東日本車の相鉄線内での留置・滞泊場所は同所のみである。またJR東日本車のかしわ台駅発着列車はすべて回送で設定）。  ↑  相鉄線直通列車。  ↑  普通列車は伊東線 - 伊豆急行線のみで、東海道本線へ乗り入れるのは特急列車のみ。また、JR東日本の車両による普通列車の直通列車は運転されない。  ↑  総武本線への乗り入れは特急「富士回遊」のみ。  ↑  「上越線 - 六日町駅 - ほくほく線 - 犀潟駅 - 信越本線」という形態で運行。  ↑  特急「しらゆき」はJR東日本の車両のみ。普通列車はえちごトキめき鉄道の車両のみ。  ↑  休日は運転されない。  ↑  特急「能登かがり火」「花嫁のれん」はJR西日本の車両のみ。  ↑  越前花堂駅 - 福井駅間の1区間のみ乗り入れる。  ↑  愛知環状鉄道線の一部区間は元JR東海だが、直通運転は第三セクター化後に2005年日本国際博覧会（愛・地球博）をきっかけに開始された。  ↑  普通列車は伊勢鉄道の車両のみで、関西本線四日市駅まで2駅だけ乗り入れる。紀勢本線方面へはJR東海の車両のみが乗り入れ、「関西本線 - 河原田駅 - 伊勢線 - 津駅 - 紀勢本線」という形態で運行されている。JR西日本への乗り入れは特急「南紀」のみ。参宮線への乗り入れは快速「みえ」のみ。  ↑  普通列車は智頭急行の車両のみで、因美線にのみ乗り入れる。山陽本線への乗り入れは智頭急行の車両による特急「スーパーはくと」とJR西日本の車両による特急「スーパーいなば」のみ。東海道本線方面への乗り入れは特急「スーパーはくと」のみ。  ↑  2020年3月14日ダイヤ改正でJR西日本の車両の乗り入れが廃止され、それ以降は若桜鉄道の車両のみ。  ↑  岩国駅までの2駅だけ岩徳線へ乗り入れる。  ↑  土佐くろしお鉄道の車両の乗り入れは後免駅 - 高知駅間。高知駅 - 土佐山田駅間の運用もある。  ↑  中村線は元JR四国。  ↑  若井駅 - 窪川駅間の1区間のみ乗り入れる。  ↑  肥後大津駅までの2駅だけ豊肥本線へ乗り入れる。