平成
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平成生まれの子供たちの間で卵・小麦・牛乳などの食物アレルギーで急性反応のアナフィラキシーショックで死亡する例があるなど食物アレルギーを持つ子供が急増して学校給食のアレルギー対策の必要がある安全性の問題が誕生した。
2005年（平成17年）に世界貿易機関 (WTO) のたばこの規制に関する世界保健機関枠組条約に加盟して、平成期には若年層を中心に男性の喫煙率と全体の喫煙率が低下したが、若い女性を中心に女性の喫煙率が上昇して、未成年者の喫煙や受動喫煙が問題となる。
世界一だった日本人の平均寿命（日本人女性や男性、沖縄県の男性の平均寿命）が、21世紀になって1位から転落し若干悪化するなどの変化があった（自殺の急増や食生活の変化などが要因と考えられる）。
日本脳炎の子どもへのワクチン接種の副作用問題が起きる。
明治維新から1990年代までドイツ語が医学部の必修科目だったが2000年代にフランス語・ロシア語・中国語も可能となりドイツ語重視が廃止させる。1980年代生まれの丸田佳奈など若い世代特に平成生まれの産婦人科女性医師が急増する。
妊婦の血液で胎児がダウン症かどうか診断する出生前診断があり、羊水検査や母体血清マーカーや新型出生前診断の是非が議論となる。
水産庁は国民1人が1日当たりに食べる魚介類の量が若年層を中心に10年間で20%以上減少するなどの魚離れ対策として、魚を手軽に食べられるように骨抜きにするなどの工夫をした加工食品を、ファストフードを参考にしてファストフィッシュとしてロゴマークを付けて普及させることとした。
東日本大震災以降に、マイコプラズマ肺炎の流行が問題となる。
禁治産者制度に代わり、知的障害者や認知症など責任能力がない弱者の財産を管理する成年後見人制度が、2000年（平成12年）に導入される。
1997年（平成9年）に臓器移植法案（臓器の移植に関する法律）が成立して脳死についての議論が起きる。2010年（平成22年）7月17日に15歳未満からの臓器提供を可能にした改正臓器移植法が施行された。尊厳死や延命治療の是非も問題となる。
2005年（平成17年）に障害者自立支援法が成立して、障害者雇用促進法が遵守されていない障害者の雇用問題と障害者福祉が課題となった。2011年（平成23年）に障害者虐待の防止、障害者の養護者に対する支援等に関する法律が成立して、2012年（平成24年）10月1日に施行された。
代理出産や非配偶者間人工授精 (AID) の精子ドナーや卵子ドナーなど不妊治療の是非が議論となった。
日本人労働者の不足からEPA（経済連携協定）を締結したインドネシア・フィリピン・ベトナムなどの女性外国人労働者の受け入れが推進されたが、介護福祉士を目指す国家資格試験の日本語能力が障害となって、不合格問題と帰国問題が起きる。
精神医療では2004年（平成16年）に発達障害者支援法が成立してアスペルガー症候群が認知されるようになった。精神分裂病が偏見をなくすために2002年（平成14年）8月に、日本精神神経学会の決議により統合失調症に病名が変更された。依存症の問題では、若者を中心とするインターネット依存症や、男性が主体となっているギャンブル依存症が社会問題となる。
胃瘻などの延命治療や安楽死の是非が問題となる。
山本孝史参議院議員などの呼びかけによって自殺対策基本法や癌対策基本法が成立する。
1990年代、性行為で感染する感染症のエイズが日本に上陸してエイズ患者が増加して、輸血による薬害エイズ事件が発生した。
フィブリノゲン問題と呼ばれるC型肝炎ウイルス (HCV) に汚染された血液製剤フィブリノゲンを原因とするB型肝炎ウイルスやC型肝炎ウイルスに感染する薬害肝炎問題があり、さらに血友病患者が感染した前述の薬害エイズ事件も発生して訴訟が起きた。
妊娠中に母子感染すると危険なトキソプラズマ症やサイトメガロウイルスが問題となる。不妊症の夫婦が急増して不妊治療費の公的助成が推進されて、不育症患者の治療が2012年（平成24年）から公的保険の適用となる。子宮癌や乳がんが認知されて検診が進められたが、産婦人科での女性患者へのドクターハラスメントや女性患者の裸を盗撮する男性医師が問題となる。
家畜に感染する牛海綿状脳症や人に感染する伝達性海綿状脳症が問題となる。
2002年（平成14年）に、皇族の高円宮憲仁親王が激しい運動中に心室細動を原因とする心不全で薨去した影響から2004年（平成16年）に一般人による除細動のための自動体外式除細動器 (AED) の使用が認められ広く普及した。
ポリオなどの予防接種によるワクチン問題として、ワクチンの予防接種の義務化や生ワクチンと不活化ワクチンの導入や副作用の問題が発生した。
2003年（平成15年）に感染症の重症急性呼吸器症候群 (SARS) が世界的に流行する。新型インフルエンザの流行問題として、平成21年に日本における2009年新型インフルエンザと2009年新型インフルエンザの世界的流行があり、H5N1亜型やトリインフルエンザが発生する危険性が問題となった。
2012年（平成24年）に乳幼児を中心に肺炎になるRSウイルスが流行する。
過酷な労働時間から勤務医不足の問題と勤務医より開業医が報酬と労働時間が優遇されている格差の問題が発生した。都市の医療機関より地方の医療機関の方が医師数が少ない医療格差の問題と産婦人科医と外科医が減少する問題が発生をした。
内臓脂肪型肥満（内臓肥満・腹部肥満）に高血糖・高血圧・脂質異常症のうち2つ以上を合併した状態を指すメタボリックシンドロームという概念が広まり医師による健康診断が行われるようになった（メタボ問題）。ヘルシーメニューのタニタ社員食堂が注目された。
医療費無料化が少子高齢化で老人医療費無料化から子どもの医療費無料化にシフトした。
生活保護者の急増や、生活保護者の不正受給が問題となった。
外科などでの手術での医療事故が問題となる。
歯医者の数が急増して、歯医者の供給が過剰となり、歯医者の年収が大幅に低下した。歯学部は不人気となり、歯医者の価値が低下した。薬学部が4年制から6年制となった。
1996年（平成8年）にO抗原が157番の大腸菌で特に腸管出血性大腸菌のO157が話題となり、その後はノロウイルスによる食中毒事件が医療問題となった。
救急車の出動などで発生する救急医療が問題となる。緊急事態や重度患者以外の軽症患者や無関係の通報で日本の救急車を出動させる迷惑行為である119番通報や、1991年（平成3年）4月23日に救急救命士法が制定されて、救急車内の救急救命士が制度化された。
認知症やアルツハイマー病などの痴呆老人が急増して問題となり、高齢化対策が必要となった。
2002年（平成14年）に医療改革で 健康保険の本人の医療費の3割負担が導入された。
2009年（平成21年）にハンセン病問題の解決の促進に関する法律が施行されて日本のハンセン病問題が解決した。
2011年（平成23年）4月27日に、焼肉酒家えびすでユッケなどを食べた客の病原性大腸菌「O111」による食中毒事件が発生して、厚生労働省は生レバーの飲食店での客への提供を全面禁止にする方針を決定した。
産科医不足や婦人科医や小児科医が不足する問題が起きた。
女性の更年期障害が注目された。
平成20年代に薬事法違反ではない脱法ハーブや脱法ドラッグ（危険ドラッグ）による事件や事故や健康への影響が問題となる。国家が認定した健康食品のトクホ（特定保健用食品）や、それを信じるフードファディズムが話題となる。医師の南雲吉則が実践して唱えた若返り長寿になる食生活として1日夕食1食による粗食と断食による健康方法がブームとなる。
2012年（平成24年）に印刷会社の元従業員などが胆管癌を相次いで発症していることが問題となり、厚生労働省が原因の化学物質の調査に乗り出す。
2012年（平成24年）に予防接種を受けなかった30代男性を中心に配偶者の妊婦に感染すると胎児の発育や健康が危険となる風疹が流行する。
平成20年代から、医療費（社会保障費）抑制のため厚生労働省によって後発医薬品（ジェネリック薬品）の普及が進められるようになった。
平成20年代にSFTSウイルス（重症熱性血小板減少症候群ウイルス）で日本でも死者が出た。