任天堂の歴史
ゲームボーイアドバンスとゲームキューブの時代（2001年-2004年）

→詳細は「ゲームボーイアドバンス」および「ニンテンドー ゲームキューブ」を参照
任天堂は2001年3月21日に日本でゲームボーイアドバンスを発売し、その後6月に北米とヨーロッパで発売した。このシステムは従来のゲームボーイシリーズよりも大きな画面を持ち、ゲームボーイカラーよりも多くの色を表示できた。ゲームボーイアドバンスは、ゲームボーイおよびゲームボーイカラー用カートリッジとの下位互換性を持ち、未発売のDolphin用アクセサリーと同様に、「リンクケーブル」を使用してゲームキューブに接続し、対応するゲームキューブ作品においてセカンドディスプレイとして利用可能だった。北米ではゲームボーイアドバンスは発売当初から非常に成功し、初月で約50万台を売り上げ、当時任天堂で最速の販売台数を記録した。
2000年代初頭、セガは1998年に発売され財政的に失敗したドリームキャスト家庭用ゲーム機の影響を受け、ゲーム機の製造を中止した。以降、セガはゲームの開発および販売に専念し、任天堂向けに開発会社のゲームをリリースするようになった。中でも注目すべきは、2002年にゲームボーイアドバンス向けに発売された任天堂ハード初の『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』シリーズである『ソニックアドバンス』である。
任天堂の主要な競争相手はソニーとなったが、両社は新たにマイクロソフトとも競争することになった。マイクロソフトは2001年に家庭用ゲーム機Xboxを発売した。
ゲームキューブは、2001年9月14日に日本、2001年11月に北米、2002年5月にヨーロッパで発売された。システムは発売当初は好調であり、任天堂はPlayStation 2やXboxを上回るスタートだったと述べたが、その後の数か月間の売上は予想を下回った。これは、初期のライブラリに同梱されていた『ルイージマンション』が期待外れと見なされたことや、システムのゲームラインナップが少なかったことが一因であった。さらに、ゲームキューブには内蔵のDVDプレイヤーが搭載されておらず、PS2にはDVD再生機能が含まれていた。一方で、DVDを再生できるゲームキューブの特別版『Panasonic Q』は、日本限定で発売された。
2002年1月、荒川實がNintendo of Americaの社長を辞任し、後任として君島達己が任命された。2002年5月、山内溥が任天堂の社長を退任し、その後任として岩田聡が任命された。
ゲームキューブは技術的な進歩を遂げていたにもかかわらず、サードパーティは全般的に同機種を避け続けた。任天堂はシステム発売に向けた準備期間中、ソフトウェア開発キット（SDK）をサードパーティの開発者に提供するのが遅れた。後にGavin Laneは『Nintendo Life』にて、ゲームキューブが苦戦した理由として、任天堂が過去のハード所有者という高年齢層を抱えながらも、引き続き若年層を対象にしていたことを挙げた。一方、ソニーは「子供じみたものから距離を置きたいと願う不安な十代」をうまく取り込むことで、PS2の成功を遂げたと分析した。また、ゲームキューブ版『ゼルダの伝説 風のタクト』（2002年）のアニメ調のグラフィックや、本体に付属した持ち運び用のハンドルも、ゲームキューブが子供向けのものであるという印象を強め、サードパーティが敬遠する理由の一つとなった。
ゲームキューブは競合他社のコンソールと比較して、顕著な差別化要素に欠けていたが、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』（2001年）や『スーパーマリオサンシャイン』（2002年）といった独占タイトルが称賛された。『メトロイドプライム』（2002年）は、Retro Studiosが完成させた初のゲームであり、それまでいくつもの未完成プロジェクトに取り組んでいた同スタジオを破産から救った。任天堂はリスクを冒して同スタジオに『メトロイド』シリーズの開発を託し、『プライム』は成功を収めた。同作は後に複数の出版物により「史上最高のゲームの一つ」と評価された。これによりRetro Studiosの将来は確保され、同スタジオは『メトロイドプライム2 ダークエコーズ』（2004年）の開発に着手した。
2002年9月、任天堂は、『スーパードンキーコング』等の開発を手掛けたレアの株式の49%をマイクロソフトに売却した。これにより、レアはXbox向けにゲームを開発することになった。この動きは、セカンドパーティの開発に依存しないという任天堂の戦略の一環であった可能性が高い。代わりに、HAL研究所のような子会社をより有効活用し、山内溥が構築を始めた金融的な「戦費」を用いてサードパーティの開発に資金を提供するという方針に転換した。レアはまた、2001年と2002年の任天堂の利益にほとんど貢献していなかった。業界評論家やレアのデザイナーであるマーティン・ホリスは、後に任天堂がスタジオを売却した決定を批判した。その理由として、レアがオリジナルのXboxおよびXbox 360でリリースした作品が期待外れであるか、任天堂が貴重な資産を手放したと考えているからである。
任天堂の積極的なビジネス手法は、2002年10月に欧州委員会により問題視された。同委員会は、任天堂が少なくとも1990年代初期に遡る反競争的行為として価格カルテルを行っていたと判断した。この結果、任天堂に対し1億4900万ユーロもの巨額の罰金が科されることになった。これは同委員会の歴史の中でも最大級の独占禁止法違反に対する罰金であった。
この時代において、任天堂は携帯型ゲーム市場での売上によって支えられていた。同社は携帯型ゲーム市場を「実質的に独占」していた。2003年1月、ゲームボーイアドバンスの改良版である『ゲームボーイアドバンスSP』が発表され、日本では2月、アメリカでは3月に発売された。一方、フィンランドの技術企業ノキアが開発した携帯型ゲーム機N-Gageが2003年10月に発売され、ゲームボーイアドバンスと競合しようとしたが、商業的には失敗に終わった。
2003年夏、任天堂はゲームキューブの生産を一時停止した。同社は倉庫に蓄積されていた在庫を販売する必要があったためである。同時期、岩田聡社長は、2002年の業界全体のビデオゲーム売上の減少に対応するため、「ますます高度化し、時間がかかるゲーム」制作をやめる方針を発表した。また、Xboxとの競争も始まっていた。  
Nintendo of Americaは、2003年のホリデーシーズン向けにゲームキューブの販売に1億ドルを投入し、価格を99.99ドルに引き下げた。これはXboxやPS2の179.99ドルよりも大幅に安価であった。しかし、この変更にもかかわらず、ゲームキューブは当時任天堂で最も売上が売れないゲーム機となり、PS2には大きく差をつけられた。PS2は1億1800万台を売り上げたのに対し、ゲームキューブは2100万台にとどまった。
サードパーティ開発会社カプコンは、任天堂と「比較的緊密な関係」を築いてきた歴史を持つ。同社は『バイオハザード4』（2005年）を発売時にゲームキューブ独占タイトルとした。この作品は、2002年12月にカプコンが発表した「カプコン5」の一つであり、カプコンが発表した5つのゲームがゲームキューブ独占タイトルになると約束されたものだった。しかし、Luke Plunkettは『Kotaku』において、2003年1月になってこの約束が「任天堂への企業の善意によるものではなく、広報の誤解による結果」であることが明らかになったと述べた。カプコンはバイオハザード4以外の4つのゲームがマルチプラットフォームを計画していると表明した。最終的にはバイオハザード4もPS2で発売された。
2003年、任天堂は米中科学者ウィ・イェンと共同で、iQueという会社を設立した。この会社は、任天堂の公式ゲームを中国本土内で製造および販売するための合弁事業であった。2000年、中国の文化部が国内でゲーム機の販売を禁止していた。この結果、国内のビデオゲーム販売は偽造コンソール上で動作する海賊版ゲームに占められるようになった。任天堂は自社ゲームの海賊行為に対抗するため、iQueを設立し、中国独占のゲーム機である『iQue Player』向けに合法的なゲームを販売するため政府と協力した。しかし、『iQue Player』で発売されたゲームはわずか14タイトルにとどまり、販売面でも海賊行為への対抗という面でも成功を収めることはなかった。しかし、iQueは現在も中国で任天堂のゲームを販売している。2011年までに文化部による禁止はほとんど形骸化し、ソニーやマイクロソフトは他国と同様に自社のゲーム機を販売し始めた。
同じく2003年、レジナルド・フィサメィ（後のNintendo of Americaの社長兼CEO）が、同社のアメリカ部門において営業およびマーケティング担当上級副社長として入社した。それ以前は、パンダエクスプレス、ピザハット、プロクター・アンド・ギャンブルなどの企業でマーケティングチームに所属していた。