南京事件
南京市内へ日本軍突入と南京市陥落後 > 捕虜の殺傷（民間人も誤認殺害） / 便衣兵としての敗残兵虐殺

ハーグ陸戦条約の規定では戦意を喪失し組織的な行動能力を失った敗残兵に対しては降伏を勧告し捕虜として待遇する必要があった。戦時国際法であるハーグ陸戦条約（1907年改定後）を、日本は1911年12月13日、中華民国は1917年5月10日に批准していた。しかし、日中戦争時に、日本の軍部が戦時国際法（ハーグ陸戦条約）を遵守・履行しなくても良いと解釈できる命令を出した記録が残っている。
また、自軍の補給にも窮していた日本軍は制圧当初から全体として捕虜を殺害する方針で臨んでいた。南京攻略戦に参加した第16師団の旅団長佐々木到一は当時の状況について次のような回想を残している。
この日、我が支隊の作戦地域内に遺棄された敵屍は一万数千に上りその外、装甲車が江上に撃滅したものならびに各部隊の俘虜を合算すれば、我が支隊のみにて二万以上の敵は解決されている筈である。（中略）午後二時ごろ、掃蕩を終わって背後を安全にし、部隊を纏めつつ前進、和平門にいたる。その後、俘虜続々投稿し来たり数千に達す、激昂せる兵は上官の制止を肯かばこそ、片はしより殺戮する。多数戦友の流血と十日間の辛惨を顧みれば、兵隊ならずとて「皆やってしまえ」と言いたくなる。白米はもはや一粒もなし、城内には有るだろうが、俘虜に食わせるものの持ち合わせなんか我が軍には無い筈だった。
この証言のような状況は他の部隊でも同様に発生していたと見られる。捕虜を取らないとするのは第16師団の方針であり、12月13日に処理（殺害）された投降兵・敗残兵は第16師団のみで23,000人を超えた。
12月14日、南京陥落を喜ぶ日本国内の世論の熱狂や昭和天皇による祝賀の「御言葉」の下賜があり、松井石根司令官が、12月17日に中支那方面軍の南京入城式を挙行する旨を、現地軍に通達した。現地部隊は敗残兵の掃討まで時間が足りないことを主張したが、12月17日の入城式の挙行は強行されることとなった。この結果、入城式の日程に合わせて12月14日から17日にかけて残敵の掃討が徹底的に行われることになった。
第16師団以外のもの含め、日本軍各部隊が行った敗残兵・便衣兵の「掃討」では時期や部隊によって温度差があり、「良民」と「便衣兵」の選別が多少行われていた場合もあった。しかし、十分な調査を行うような人員が存在しなかったためその選別は非常に荒っぽいものとなった。秦郁彦はこの「良民」と「便衣兵」の選別について「選り分けるといっても、軍帽による日焼けの線（面ずれ）や目付で識別し、家族らしいものに泣きつかれると放してやる式のおよそ非科学的なやり方だったから、末端兵士の気分しだいで連行はふえも減りもしたようだ。こうした気まぐれな選別が、安全区の住民に与えた衝撃と恐怖感は想像に余りある」と述べている。
南満州鉄道株式会社に務めていた小川愛次郎は南京における日本軍の軍紀退廃・虐殺について1938年7月27日、日本の外務大臣宇垣一成に宛てた「時局の動向と収拾策（講和大綱）」と題する意見書の中で次のように述べている。
虐殺放火が盛に行われた。南京陥落直後丈でも市民中の男子の狩り出されて機関銃の掃射を蒙ったもの万を以て数うべく、市街火災の多くは占領後日本兵の放火である。之等は、日清役（日清戦争）当時は捕虜を所謂「可然（しかるべく）処分」したり、又旅順大虐殺事件の如き、又満州事変後の匪賊討伐で賊の逃込んだ部落を焼払うと謂うが如き、、全く軍規の廃頽から来て居る。
南京攻略戦とその後の占領に携わった日本の現地軍は上海派遣軍と第10軍であったが、上海派遣軍の第16師団、第9師団、第13師団山田支隊、第10軍の第6師団、第114師団について、それぞれの指揮下の部隊がどのように敗残兵・市民の殺害を行ったかについては、秦郁彦が整理している。
| 部隊 | 総数 | 対応 | 出典 | 適用 |
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| 第114師団歩兵第66連隊第1大隊 | 1,657 12、13日に雨花門（中国語版）外で収容 | 処断 1,657 13日午後 | 第114師団歩兵第66連隊第1大隊戦闘詳報 | 雨花台事件 |
| 第6師団歩兵第45連隊第2大隊 | 約5,500 14日午前、下関で収容 | 釈放 14日午後 | 第6師団戦時旬報 |  |
| 第16師団歩兵第33連隊 | 3,096 10日 - 14日、紫金山北方から下関附近、太平山、獅子山附近の戦闘間 | 処断 3,096 | 歩兵第33聯隊戦闘詳報 |  |
| 第16師団歩兵第38連隊第10中隊 | 7,200 14日、堯化門（中国語版）附近 | 収容 7,200 17日、18日頃、南京へ護送 | 歩兵第38聯隊戦闘詳報 |  |
| 国崎支隊（歩兵第41連隊基幹） | 120 3日 - 15日 | 不明 120 | 第9旅団戦闘詳報 |  |
| 歩兵第41連隊第12中隊 | 2,350 14日夕、江興洲 | 釈放 2,350 | 第12中隊戦闘詳報 |  |
| 第16師団歩兵第20連隊第4中隊 | 328 14日、安全区（中国語版）東方 | 処断 328 | 第4中隊陣中日誌 | 「銃殺ニシテ埋葬ス」 |
| 第9師団 | 約7,000 13日 - 14日 | 処断 約7,000 | 第9師団作戦記録概要 |  |
| 第9師団歩兵第7連隊 | (6,670) 安全区掃蕩間 | 処断 (6,670) | 歩兵第7聯隊戦闘詳報 |  |
| 戦車第1大隊第1中隊 | (320) 14日、掃蕩間 | 処断 (70) | 第1中隊戦闘詳報 | 戦争処置 |
| 第3師団歩兵第68連隊第1大隊 | 8 | 不明 8 | 第1大隊戦闘詳報 |  |
| 第3師団歩兵第68連隊第3大隊 | 25 | 不明 25 | 第3大隊戦闘詳報 |  |
| 第16師団歩兵第9連隊第2大隊 | 19 | 不明 19 | 第2大隊戦闘詳報 |  |
| 集計（公式文書） | 約27,000 | 収容 7450、釈放 7850、不明 172、処断 約12,000 |  |  |
| 部隊 | 総数 | 対応 | 出典 | 適用 |
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| 山田支隊（歩兵第65連隊基幹） | 8,000 14日 幕府山附近で収容された14,000のうち非戦闘員6,000は釈放 | 逃亡 7,000、処断1,000 14日夜、4,000が逃亡、残余は観音門へ連行 | 『戦史叢書』 | 幕府山事件 |
| 第16師団第30旅団 | 約2,000 24日 - 翌年1月5日、安全区内の兵民分離 | 収容 約2,000 | 『佐々木少将私記』 | その他入院中の500は収容 |
| 第16師団第19旅団歩兵第20連隊第12中隊及第3機関銃中隊 | 200 - 300 | 処断 200 - 300 | 『小戦例集』、『牧原日記』 |  |
| 第16師団第30旅団歩兵第33連隊 | 数百 16日、17日、紫金山北方 | 処断 数百 | 『佐々木少将私記』 | 　 |
| 第16師団第30旅団歩兵第38連隊 | 数百 16日、17日、紫金山北方 | 処断 数百 | 『佐々木少将私記』 | 掃蕩戦間の処分 |
| 第16師団第30旅団 | 数千 24日 - 翌年1月5日、南京近郊、不逞の徒 | 処断 数千 | 『佐々木少将私記』 | 下関にて処分 |
そして、これらの捕虜となった中国軍兵士への殺害のうち、軍服を脱いで逃げた敗残兵を捕獲した際に、民間人を装って戦闘行為を行う便衣兵であるから合法的な殺人であると見なして、虐殺した事案がみられた。例えば12月14日-16日の安全区において、日本軍が元中国兵を約6500-6700名ほど摘発し処刑したのもその様な考えを根拠とする。便衣兵、つまり兵士が民間人を装って行う戦闘行動は、当時の戦時国際法ではハーグ陸戦条約第23条(ヘ)の趣旨から禁止される。当時の国際法学者立作太郎は昭和19年に、民間人の敵対行為は原則禁止されるし、戦時犯罪として「概ね死刑に処し得べきもの」であり、正規軍人が民間人に偽装した場合は交戦者としての特権を失うと述べている。一方、北岡伸一は、この軍服を脱いだ敗残兵を便衣兵として殺したことについて、戦時国際法上、間違った解釈・行動であるとす批判している。また、戦前の国際法学者信夫淳平も便衣兵について同じ解釈を示している。（後述する、「捕虜への人道的配慮の欠如・中国への復讐心 / 敗残兵を便衣兵と見なしたことへの疑問」を参照）。
一方で、日本軍が中国兵を人道的に扱った例として、旧中国政府施設の野戦病院を継承した欧米人が中国軍負傷兵を治療することを、ある期間、日本軍が許したことを、ニューヨークタイムズの記事と当時の日本の雑誌の写真から説明する例がある。