馬淵澄夫
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2009年の第45回衆議院議員総選挙では、自民党に復党し同党公認で立候補した森岡正宏に比例復活すら許さず、3選。同年9月に発足した鳩山由紀夫内閣において、前原誠司国土交通大臣の下、国土交通副大臣に任命された。2010年6月発足の菅直人内閣においても、国土交通副大臣に再任。
2010年9月、菅直人第1次改造内閣で前原誠司国交相が外務大臣に横滑りしたため、後任の国土交通大臣に副大臣から昇格する形で任命された。あわせて内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策）及び「海洋に関する施策を集中的かつ総合的に推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当する国務大臣も兼務する。
国交相就任後の2010年11月、民主党政権下で建設中止の方向性が出されていた群馬県の八ッ場ダムについて「私が大臣のうちは『中止の方向性』という言葉には言及しない。予断を持たず（ダムの）検証を進め、その結果に従う」と述べ、前任の前原誠司国交相が表明した建設中止の方針を事実上、撤回した。
八ツ場ダムは洪水予防の前提である利根川流域の基本高水の数値データを裏づける資料が存在しないことが明らかになり、下流の周辺地域での水需要についても実態よりも過大な見積もりがなされていた。これについて馬淵は副大臣の時から「何らかの糸口で見直せないか調べていた」という。大臣となって再検証をするにあたり、「今後この中止の方向性という言葉は言及しないんだということをはっきりと申し上げなければ、それこそ、この検証そのものが何らかの恣意的な方向に向いてしまいはしないかということを考え、こう申し上げた」、「建設を要望される方もいらっしゃいます。反対される方もいらっしゃいます。これを私は、押しなべて皆さん方に納得できる形で検証を進めるべきだと思っております」と述べており、「『中止の方向性』という言葉には言及しない」という発言は、公平な検証を行うために必要であり、建設そのものを推進する、または中止するという意図を持っているわけではないとしている。
また、前原の表明した建設中止の方針を受け、下流の6都県が2010年度分の事業負担金88億円の支払いを留保した。負担金は地元住民が求める生活再建に充てられており、支払いがストップされると2011年1月には予算が枯渇し、水没予定地から移転する地元住民への生活再建事業が遅れるなどの懸念があった。
しかし、馬淵が「『中止の方向性』という言葉には言及しない」と発言したことにより、2010年12月2日に6都県の知事が支払いに応じると表明、代替地や道路などの整備がストップする事態は避けられた。
同年9月に発生した尖閣諸島中国漁船衝突映像流出事件において、映像を流出させたのが国土交通省の外局である海上保安庁の職員であったため、第176回国会において衆議院に不信任決議案が、参議院に問責決議案がそれぞれ提出され、不信任決議案は11月15日に否決されたが、問責決議は11月27日に可決された。翌年1月の菅直人第2次改造内閣発足に伴い、問責決議を受けた馬淵国交相、仙谷由人内閣官房長官は事実上更迭される形で退任した。その後、民主党広報委員長に就任。
2011年3月の東日本大震災発生を受け、3月26日付で内閣総理大臣補佐官（東北地方太平洋沖地震による災害及び原子力発電所事故対応担当）に任命され、政府と東京電力の合同組織である福島原子力事故対策統合本部の中で、「放射線遮へい/放射性物質放出提言対策チーム」（のちに「中長期対策チーム」と名称変更）の政府側代表者として、放射性物質の飛散を抑制する飛散防止剤のサイト全域への散布、原子炉のカバリング工事など将来の封じ込めまでを視野においた対策を行った。
4月6日からは上記チームと並行して、「スラリー計画」というプロジェクトの責任者も務めることとなった。これは近藤駿介が作成し、首都圏全域が避難対象になると推測した「福島第一原子力発電所の不測事態シナリオの素描（最悪のシナリオ）」を受け、同じ原子力委員だった尾本彰が作成した、被害を最小に食い止めるためのミッションである。
「最悪のシナリオ」によれば、原子炉が一つでも水素爆発を起こすと、サイト内のすべての原子炉が連鎖的に暴走するおそれがあった。「スラリー計画」は、それを防ぐために、最初の水素爆発が起きた段階で砂と水のスラリー（固体と液体が交じり合った流動体）を遠隔地からポンプ車を使って流し込み、原子炉を固めて放射性物質の放出を封じ込めようというものだった。
ただし、発足当時はこの「スラリー計画」のプロジェクトは秘匿され、表向きは「余震対策プロジェクト」と説明された。工程表にその名が記されるようになったのは、5月17日になってからである。6月11日には実際に福島第一原発のサイト内に入域し、カバリング工事やスラリー計画の実施状況の確認、地下水汚染防止のための地中壁の境界の確認、4号機使用済み燃料プールの耐震補強工事の実施状況の確認を行った。
その際、国会議員・政府の人間として初めて高線量下の原発建屋に足を踏み入れた。これについて馬淵は「日々厳しい作業環境を乗り越えて従事する現場の皆さんの安全を確保しながら、対処策を検討し提言していくのが私たち中長期チームの役割でもあります。だから、何よりも現場での確認が重要」、「自ら足を運び現場の状況を確かめ、その命令の重みを自覚し、作業への感謝を伝えなくてはならないと考えていた」、「政治家が「危険だから行けない」というのは作業を指示している立場として発してはならない言葉だと思っていた」と述べている。
同年6月27日、菅直人内閣総理大臣から補佐官を退任し、経済産業副大臣に就任するよう要請を受けるが、「原発事故対応補佐官として事態収束に取り組んできた自分が、それ以外の経産省の役目を受けるわけにはいかない」「今までの基準で原発の安全宣言を出し、自治体に再開要請した経産省の政策を容認できない」という理由で固辞し、首相補佐官を退任した。
これにより、汚染水対策として馬淵らが計画し、準備段階にまで入っていたベントナイトスラリーウォール（ベントナイトを材料とした粘土壁）により四方を囲む遮水壁を建設する計画は頓挫した。元々、1000億円かかると見られる費用をめぐり「資本市場への混乱を招く」と東京電力が渋っていた計画であったが、馬淵退任の6月27日は奇しくも、東電の株主総会の前日であった。
2011年6月18日、地元・奈良県で開いた国政報告会で民主党代表選挙への立候補に意欲を示し、消費税増税に反対する意向を表明した。7月29日に立候補する意向を固める。8月24日のラジオ番組で、8月3日に成立した原子力損害賠償支援機構法について「党代表、首相になればすぐに見直し、東電の法的整理に踏み込む」と述べた。8月26日、民主党代表選への立候補を正式に表明し、翌27日に立候補を届け出た。28日の討論会では復興増税に反対、原発事故には国の責任で対応するよう主張した。
8月29日の民主党代表選挙において、1回目の投票では24票を獲得したが、これは5候補中最少の票数であった。出陣式では「増税すべきでなく、決選投票になった場合は、私の政策に近い海江田さんに投票していきたい」と述べ、海江田万里と野田佳彦による決選投票では海江田に投票したが、投票中にNHKが「馬淵前国交相は今日午前の出陣式で、決選投票になった場合は海江田経産相以外の候補者に投票するよう陣営に呼びかけた」と誤って報道したため、決選投票の結果に影響した可能性があると指摘されている。
2012年7月、衆議院災害対策特別委員長に就任。同年10月、民主党政策調査会長代理に就任。