本能寺の変
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6月1日、光秀は1万3,000人の手勢を率いて丹波亀山城を出陣した。（『川角太閤記』によれば）「京の森成利（蘭丸）より飛脚があって、中国出陣の準備ができたか陣容や家中の馬などを信長様が検分したいとのお達しだ」と物頭たちに説明して、午後4時ごろ（申の刻）より準備ができ次第、逐次出発した。亀山の東の柴野に到着して、斎藤利三に命じて1万3,000人を勢ぞろいさせたのは、午後6時ごろ（酉の刻）のことであった。
光秀はそこから1町半ほど離れた場所で軍議を開くと、明智秀満（弥平次）に重臣達を集めるように指示した。明智滝朗の『光秀行状記』によると、この場所は篠村八幡宮であったという伝承があるそうである。秀満、明智光忠（次右衛門）、利三、藤田行政（伝五）、溝尾茂朝が集まったところで、ここで初めて謀反のことが告げられ、光秀と重臣達は「信長を討果し天下の主となるべき調儀」を練った。また（『当代記』によれば）この5名には起請文を書かせ、人質を取ったということである。
→「§ 諏訪で御折檻」、「§ 饗応役の解任」、および「§ 変の要因」も参照
亀山から西国への道は南の三草山を越えるのが当時は普通であったが、光秀は「老の山（老ノ坂）を上り、山崎を廻って摂津の地を進軍する」と兵に告げて軍を東に向かわせた。駒を早めて老ノ坂峠を越えると、沓掛で休息を許し、夜中に兵糧を使い、馬を休ませた。沓掛は京への道と西国への道の分岐点であったが（『川角太閤記』によれば）信長に注進する者が現れて密事が漏れないように、光秀は家臣天野源右衛門（安田国継）を呼び出し、先行して疑わしい者は斬れと命じた。夏で早朝から畑に瓜を作る農民がいたが、殺気立った武者が急ぎ来るのに驚いて逃げたので、天野はこれを追い回して20、30人斬り殺した。なお、大軍であるため別隊が京へ続くもう一つの山道、唐櫃越から四条街道を用いたという「明智越え」の伝承もある。
6月2日未明、桂川に到達すると、光秀は触をだして、馬の沓を切り捨てさせ、徒歩の足軽に新しく足半（あしなか）の草鞋に替えるように命じ、火縄を一尺五寸に切って火をつけ、五本ずつ火先を下にして掲げるように指示した。これは戦闘準備を意味した。
明智軍に従軍していた本城惣右衛門による『本城惣右衛門覚書』には「（家康が上洛していたので）いゑやすさまとばかり存候」という記述があり、家臣たちは御公儀様（信長）の命令で徳川家康を討ち取ると思っていたとされ、真の目的が知らされていなかったことを示している。ルイス・フロイスの『日本史』にも「或者は是れ或は信長の内命によりて、其の親類たる三河の君主（家康）を掩殺する為めではないかと、疑惑した」という記述があり、有無を言わせず、相手を知らせることなく兵を攻撃に向かわせたと書かれている。一方で『川角太閤記』では触で「今日よりして天下様に御成りなされ候」と狙いが信長であることを婉曲的に告げたとし、兵は「出世は手柄次第」と聞いて喜んだとしている。
なお、このときに光秀が「敵は本能寺にあり」と宣言したという話が有名であるが、これは江戸時代前期の元禄年間頃に成立した『明智軍記』にある「敵は四条本能寺・二条城にあり」や、寛永18年（1641年）に成立したとされる林羅山の『織田信長譜』で、大江山の出来事として「光秀曰敵在本能寺於是衆始知其有叛心（光秀曰く、敵は本能寺にあり。これを於いて衆はその叛心有るを知る）」という記述を出典として変化した俗説である。江戸時代後期の文政10年（1827年）に頼山陽が様々な歴史書から引用して書き上げた『日本外史』では、桂川を渡る際に「吾敵在本能寺矣（我が敵は本能寺に在り）」と述べたという記述になった。しかし同時代史料には光秀の言葉は一切残っていない。
桂川を越えた辺りで夜が明けた。先鋒の斎藤利三は、市中に入ると、町々の境にあった木戸を押し開け、潜り戸を過ぎるまでは幟や旗指物を付けないこと、本能寺の森・さいかちの木・竹藪を目印にして諸隊諸組で思い思いに分進して、目的地に急ぐように下知した。
6月2日曙（午前4時ごろ）、明智勢は本能寺を完全に包囲し終えた。寄手の人数に言及する史料は少ないが、『 祖父物語』ではこれを3,000余騎としている。南門から突入した本城惣右衛門の回想によれば、寺内にはほとんど相手はおらず、門も開きっぱなしであったという。
『信長公記』によれば、信長や小姓衆はこの喧噪は最初下々の者の喧嘩だと思っていたが、しばらくすると明智勢は鬨の声を上げて、御殿に鉄砲を撃ち込んできた。信長は「さては謀反だな、誰のしわざか（こは謀反か。如何なる者の企てぞ）」と蘭丸に尋ねて物見に行かせたところ「明智の軍勢と見受けます（明智が者と見え申し候）」と報告するので、信長は「やむをえぬ（是非に及ばず）」と一言いったと云う。通説では、この言葉は、光秀の謀叛であると聞いた信長が、彼の性格や能力から脱出は不可能であろうと悟ったものと解釈されている。また異説であるが、『三河物語』では信長が「城之介がべつしんか」と尋ねてまず息子である信忠（秋田城介）の謀叛（別心）を疑ったということになって、蘭丸によって「あけちがべつしんと見へ申」と訂正されたことになっている。スペイン人貿易商アビラ・ヒロンが書いた『日本王国記』では、噂によると、信長は明智が包囲していることを知らされると、口に指をあてて、「余は余自ら死を招いたな」と言ったということである。
明智勢が四方より攻め込んできたので、御堂に詰めていた御番衆も御殿の小姓衆と合流して一団となって応戦した。矢代勝介（屋代勝助）ら4名は厩から敵勢に斬り込んだが討死し、厩では中間衆など24人が討死した。御殿では台所口で高橋虎松が奮戦してしばらく敵を食い止めたが、結局、24人が尽く討死した。湯浅直宗と小倉松寿は町内の宿舎から本能寺に駆け込み、両名とも斬り込んで討死にした。
信長は初め弓を持って戦ったが、どの弓もしばらくすると弦が切れたので、次に槍を取って敵を突き伏せて戦うも（右の）肘に槍傷を受けて内に退いた。信長はそれまで付き従っていた女房衆に「女はくるしからず、急罷出よ」と逃げるよう指示した。『当代記』によれば三度警告し、避難を促したと云う。すでに御殿には火がかけられていて、近くまで火の手が及んでいたが、信長は殿中の奥深くに篭り、内側から納戸を締めて切腹した。『信長公記』ではこの討ち入りが終わったのが午前8時（辰の刻）前とする。（続き）
近年、光秀は本能寺の現場には行かず、襲撃は部下に実行させていたとする学説が出てきた。光秀本人が本能寺を襲ったと考えられてきたのは、光秀と交流があった公家の吉田兼見の日記に「惟任日向守（光秀のこと）、信長之屋敷本応寺へ取懸」と記されていたためとみられるが、うわさを書き残した可能性も指摘され、果たして本能寺の変のときに光秀本人がどこにいたのかは、研究者の間でも議論されてきた。江戸時代前期の加賀藩の兵学者・関屋政春の著書『乙夜之書物（いつやのかきもの）』には、光秀の重臣・斎藤利三の三男で本能寺の変当時16歳で自らも変に関わった斎藤利宗が、甥で加賀藩士の井上清左衛門に語った内容が収録されているが、富山市郷土博物館主査学芸員の萩原大輔は同書を読解して、重臣の利三と秀満が率いた先発隊2千余騎が本能寺を襲い、「光秀ハ鳥羽ニヒカエタリ」と光秀は寺から約8km南の鳥羽に控えていたとし、奥書（書き入れ）に政春が息子のために書き残したもので他人に見せることは厳禁と書かれていることなどから、萩原は信頼性が高い記述であると判断している。本郷和人は、光秀が本能寺に行かなかったことについて、「十分あり得ることではないか。光秀自身が最前線に赴く必要はないし、重臣を向かわせたのも理にかなう」と話している。
一方、本能寺南側から僅か1街（約254メートル）離れた場所に南蛮寺（教会）があったので、イエズス会宣教師達がこれの一部始終を遠巻きに見ていた。彼らの証言を書き記したものが、天正11年の『イエズス会日本年報』にある。
この日、フランシスコ・カリオン司祭が早朝ミサの準備をしていると、キリシタン達が慌てて駆け込んできて、危ないから中止するように勧めた。その後、銃声がして、火の手が上がった。また別の者が駆け込んで来て、これは喧嘩などではなく明智が信長に叛いて包囲したものだという報せが届いた。本能寺では謀叛を予期していなかったので、明智の兵たちは怪しまれること無く難なく寺に侵入した。信長は起床して顔や手を清めていたところであったが、明智の兵は背後から弓矢を放って背中に命中させた。信長は矢を引き抜くと、薙刀という鎌のような武器を振り回して腕に銃弾が当たるまで奮戦したが、奥の部屋に入り、戸を閉じた。或人は、日本の大名にならい割腹して死んだと云い、或人は、御殿に放火して生きながら焼死したと云う。だが火事が大きかったので、どのように死んだかはわかっていない。いずれにしろ「諸人がその声ではなく、その名を聞いたのみで戦慄した人が、毛髪も残らず塵と灰に帰した」としめている。