ヴュルツブルク中央駅
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ヴュルツブルク中央駅を通る列車は以下のような系統を構成している（2009年現在）。
| 列車系統 | 列車系統 | 経路 | 運転間隔 |
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| ICE （25系統） |   | ミュンヘン – ニュルンベルク – ヴュルツブルク – カッセル – ハノーファー – ハンブルク | 60分間隔 （2つの経路を交互に） |
| ICE （25系統） |   | ミュンヘン – アウクスブルク – ヴュルツブルク – カッセル – ハノーファー – ハンブルク – ブレーメン | 60分間隔 （2つの経路を交互に） |
| ICE  （31系統） |   | ウィーン – リンツ – パッサウ – ニュルンベルク – ヴュルツブルク – フランクフルト・アム・マイン (- コブレンツ - ケルン - ヴッパータール - ハーゲン - ドルトムント） | 120分間隔 |
| ICE （41系統） |   | ミュンヘン - ニュルンベルク - ヴュルツブルク - フランクフルト・アム・マイン - ケルン - デュースブルク - オーバーハウゼン または エッセン - ドルトムント | 60分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | フランケンエクスプレス ヴュルツブルク – ノイシュタット・アン・デア・アイシュ – フュルト - ニュルンベルク | 60分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | ヴュルツブルク – アシャッフェンブルク – ハーナウ - フランクフルト・アム・マイン | 60分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | ヴュルツブルク – オスターブルケン – ハイルブロン - シュトゥットガルト | 120分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | ヴュルツブルク – バンベルク – リヒテンフェルス – ホーフ / – バイロイト | 120分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | ヴュルツブルク – バンベルク – エアランゲン – フュルト – ニュルンベルク | 120分間隔 |
| レギオナルエクスプレス |   | マインフランケン-テューリンゲンエクスプレス ヴュルツブルク – バート・キッシンゲン / – メルリッヒシュタット – ズール – アルンシュタット – エアフルト | 120分間隔 |
| レギオナルバーン |   | （シュリュヒテルン -） ヨッサ – ゲミュンデン・アム・マイン – ヴュルツブルク – シュヴァインフルト （- バンベルク） | 120 - 60分間隔 |
| レギオナルバーン |   | （カールシュタット） - ヴュルツブルク – シュタイナハ – アンスバッハ – トロイヒトリンゲン | 60分間隔 |
| レギオナルバーン |   | ヴュルツブルク – キッツィンゲン | 60分間隔 （ピーク時間帯のみ） |
| レギオナルバーン |   | ヴュルツブルク – バート・メルゲントハイム – ヴァイカースハイム – クライルスハイム | 120分間隔 |
便利な位置に所在しているため、ドイツ全土および近隣諸国からの長距離列車が常にヴュルツブルク中央駅を通過してきた。1965年にはヨーロッパ国際特急TEEのうちドイツ国内系統の2往復がヴュルツブルク中央駅に停車するようになった。1970年にはこのうち一往復がオーストリアのクラーゲンフルトへ延長され、1971年にはさらにウィーン行の一往復が加わったほか、ベルギーやオランダとの間のTEEも停車した。ヴュルツブルク中央駅に停車したTEEは以下の通り（括弧内はTEEとして停車した期間）。
「ラインプファイル」: ドルトムント - フランクフルト・アム・マイン - ヴュルツブルク - ニュルンベルク - ミュンヘン（1965年 - 1971年）
「ブラウアー・エンツィアン」: ハンブルク - ヴュルツブルク - ミュンヘン - クラーゲンフルト（1965年 - 1979年。クラーゲンフルトへは1970年以降延長）
「プリンツ・オイゲン」: ブレーメン - ヴュルツブルク - ニュルンベルク - ウィーン（1971年 - 1978年。1976年に経路変更）
「サフィール」: ニュルンベルク → ヴュルツブルク → ブリュッセル（1971年 - 1978年、片道のみ）
「エラスムス」: デン・ハーグ - ヴュルツブルク - ミュンヘン（1973年 - 1976年）
「ヴァン・ベートーヴェン」: アムステルダム → ヴュルツブルク → ニュルンベルク（1976年 - 1978年、片道のみ）
1971年にドイツ連邦鉄道が4系統のインターシティの運行を始めると、ヴュルツブルク中央駅は2号線（ハノーファー - ケルン - フランクフルト - ヴュルツブルク - ミュンヘン）と4号線（ブレーメン - ハノーファー - ゲッティンゲン - ヴュルツブルク - ミュンヘン）の相互接続駅となった。
1988年5月27日に、ハノーファー-ヴュルツブルク高速線で最初の主要な開業区間としてフルダ-ヴュルツブルク間が完成して営業を開始した。12時58分に公式にInterCityExperimentalが到着し、ヴュルツブルク中央駅への路線が厳粛に開業した。5月28日と29日には、新路線の開業が主要駅での式典で祝われ、多くのシャトル列車がフルダまで運転された。新路線を通常運行する列車としては、IC686列車「ヘレンキームゼー」が5月29日9時17分にヴュルツブルク中央駅を出発した。新路線を通常運行する最初の到着列車はIC581列車「ヴァイト・シュトス」で、10時42分着であった。
1991年の夏ダイヤから、ICEがドイツ連邦鉄道の新しい最高の列車種別として運行を開始した。この列車はハンブルク - ミュンヘン間を、ハノーファー、フランクフルト・アム・マイン、マンハイム、シュトゥットガルト経由で運転し、ヴュルツブルクは通らなかった。追加のICEの編成が納入されたことにより、1992年3月31日からハンブルクとミュンヘンの間を結ぶもう1つの系統が、従来の系統より東側を通ってフルダから南へ、バイエルン州北部のヴュルツブルクやニュルンベルクを通って運行するようになった。新型のICE2を1997年から受領したことにより、2時間に1本の分割併合編成の列車がブレーメンへと結ぶようになった。ヴュルツブルクを通過する南北方向の長距離列車は1992年には既にほとんどすべてがICEに移行していたが、東西方向の列車は長い間インターシティのままであった。ケルン-ライン＝マイン高速線が2002年に開業した後、ルール地方からニュルンベルクやミュンヘンへの2時間に1本のICEの運行に置き換えられ、現在の接続形態となった。これ以降、最高300 km/hのICE3が使用されている。ニュルンベルク-インゴルシュタット-ミュンヘン高速線が2006年12月からドイツ全国を結ぶ長距離列車網に完全に統合されてから、ヴュルツブルクにおけるICEの頻度が1時間に1本に向上され、また2本併結で運転される列車が拡大した。2007年12月のダイヤ改正により、ドルトムントとウィーンを結ぶインターシティ/ユーロシティが振り子式のICE車両 (ICE-T) に置き換えられ、これによりドイツ鉄道が保有する5種類のICE車両のうち4種類をヴュルツブルクで見ることができるようになった。
2006年12月からすべての列車が毎時30分付近に発着するようになり、長距離列車と地域列車が周期的に接続関係を構成するようになった。2007年ダイヤから、ICEの41系統が1時間おきに増発され、この系統の列車は毎正時にヴュルツブルク中央駅を発着するようになった。パターンダイヤによる列車同士の接続が毎時30分だけでなく毎正時にも実施されるようになり、シュヴァインフルトやゲミュンデン・アム・マイン方面へのレギオナルバーンの時刻がずらされて相互接続するようになったが、一方でICEの25系統と41系統の間の接続はなくなった。他のすべてのICEおよびインターシティの列車は毎時30分前後の発着のままで維持され、すべてのレギオナルエクスプレスと、トロイヒトリンゲンおよびクライルスハイムへのレギオナルバーンと接続している。ニュルンベルク方面へはこのため30分に1本の長距離列車があるが一部欠落があり、これはICEの25系統の一部の列車がニュルンベルクではなくアウクスブルクを経由するからである。ミュンヘンへのICE25系統と、ウィーンへのICE31系統は、ヴュルツブルク中央駅をおよそ5分の間隔でほぼ同時に出発していく。
パターンダイヤによる列車に加えて、他のインターシティあるいはユーロシティの列車も存在しているが、平日毎日運行されるわけではないとか、1日に1往復だけであるといった運行になっている。こうした例としてはベルヒテスガーデン、ガルミッシュ＝パルテンキルヒェン、オーベルストドルフ、ロストック、ハノーファーといった行き先がある。また夜行列車のユーロナイトでは、コペンハーゲン、ウィーン、デュッセルドルフ、ミュンヘン、また一般の夜行列車ではベルリン、シュトラールズント、ビンツといった行き先がある。
ヴュルツブルク周辺の路線網では、DBレギオの地域部門であるDBレギオ・ウンターフランケン (DB Regio Unterfranken) と、ドイツ鉄道の独立子会社である西フランケン鉄道が、高頻度の鉄道輸送を提供している。6本のレギオナルエクスプレスの系統がヴュルツブルクと近隣の大都市、ニュルンベルク、シュトゥットガルト、フランクフルト・アム・マイン、エアフルトと直接結んでおり、また4本のレギオナルバーンの系統が行政管区内の都市の緊密な連絡を確保している。ドイツ鉄道は、かつてのジルバーリンク車両 (Silverring) から置き換えて、機関車牽引の列車を通勤輸送に使用している。牽引する機関車は、111型 (DB-Baureihe 111)、112型、143型 (DR-Baureihe 243) で、2006年半ばからは146.2型も使用されている。バンベルク経由のニュルンベルク方面への列車は、2階建て車両を146.2型が牽引している。
マインフランケン-テューリンゲンエクスプレス以外のすべてのレギオナルエクスプレスと、トロイヒトリンゲンおよびクライルスハイムへのレギオナルバーンは、ヴュルツブルク中央駅に毎時30分の数分前に到着し、毎時30分の数分後に出発する。これにより、長距離列車の2つの系統と周期的な接続関係を構成している。ゲミュンデン・アム・マイン方面のレギオナルバーンは、ICEの41系統フランクフルト方面と接続しており、毎正時の数分前に出発する。シュヴァインフルト方面への列車はICEの41系統ミュンヘン方面と接続しており、毎正時の数分後に出発する。キッツィンゲンから/へのレギオナルバーンは、ICE41系統と需要方向に応じて接続する。朝にはレギオナルバーンからICEへ、夕方にはICEからレギオナルバーンへ、フランクフルトとの交通需要に合わせた接続となっている。
2006年6月8日、バイエルン鉄道 (Bayerische Eisenbahngesellschaft) は、全ヨーロッパに対してヴュルツブルク周辺の電化された路線網での地域交通の運行の宣伝を行った。これには、フランケン鉄道のシュトゥットガルトへの路線以外の、シュリュヒテルン、バンベルク、ニュルンベルク、トロイヒトリンゲンへと延びるヴュルツブルクからのすべての路線を含んでいた。ニュルンベルクへの路線を運行する列車はレギオナルエクスプレスとして、それ以外の路線はレギオナルバーンとして運行すべきとした。夕方に存在していたパターンダイヤの隙間を埋め、ラッシュ時に追加の列車を運行する、列車キロにして年間570万kmにおよぶ提案されていた増発に対する、運行の請負競争の一環であった。2007年2月9日に、追加運行の権利は現在の運営者DBレギオに認められ、これにより現在のウンターフランケンにおける市場独占の地位を防衛した。運行は2009年12月から2010年12月までの間に段階的に始まり、2021年12月で契約終了となる。