国鉄50系客車
運用

1978年（昭和53年）3月、筑豊本線・芸備線において運用が開始された。同年7月からは常磐線（仙台地区）でも運用が開始された。その後も引き続き、大都市周辺の幹線・亜幹線を中心に朝夕の輸送力列車を重点に運用され、線区によっては10両前後の長大編成も珍しくなかった。全車が出揃った1983年（昭和58年）4月時点で配置区は34区所にも及んだ。
この時点においても老朽化の進んだ旧型客車が大量に残存していたが、1982年（昭和57年）11月のダイヤ改正によって急行型電車および気動車に多くの余剰が発生したことから、追加の新造は中止された。
1984年（昭和59年）2月のダイヤ改正では、郵便荷物輸送の縮小に伴って北陸本線、鹿児島本線などで電車化が推進されたほか、翌年の改正で東北本線南部においても715系投入を含めた電車化が推進されて、中・短距離の輸送力列車中心に運用されてきた運用方法は転換期を迎える。さらに非電化区間の気動車化も進められ、余剰化した本系列は旧型客車の置き換えに転用されて、比較的長距離の普通列車にも使用されるようになる。それらの転配で電気暖房車が電暖未使用の区所に移動される動きもあった。同時に短編成化も進み、朝夕以外は3 - 5両程度と機関車牽引列車としては非効率であり、ランニングコストの高い運用が常態化する。また配置区の集約も行われ、奥羽本線・羽越本線など一部で広域運用も見られた。
1985年（昭和60年）3月14日のダイヤ改正で、それまでキハ58系気動車で運行されていた予讃本線・土讃本線・中村線（現・土佐くろしお鉄道中村線）経由高松 - 中村間夜行普通列車731D・764Dのうち、下り列車が運行区間を高知まで短縮の上、本系列による221列車として置換えられた（上りの764Dは廃止）。これは本系列では唯一、定期の夜行列車に使用された例である。
客車列車自体が減少していた時期で、異例な置換えでもあったが、新聞輸送の需要から下りのみ存続となった本列車は1988年（昭和63年）4月10日のダイヤ改正で再び気動車となり、本系列による定期夜行列車運用は3年あまりで終了した。
1986年（昭和61年）11月のダイヤ改正では、さらなる急行列車の削減によって捻出された電車および気動車に当系列が置き換えられたため、わずか車齢5年前後の当系列にも本格的な余剰車が発生し、これらは津軽海峡線での運用を見越して冷房化・固定窓化などの改造を施工した上で函館運転所に転出した。
国鉄時代は事故廃車もなく、1987年（昭和62年）の国鉄分割民営化の際には、旅客車として製造されたすべての車両が東海旅客鉄道（JR東海）を除くJR旅客鉄道各社に承継されたが、JR各社は当初から国鉄が実施した動力近代化計画を継承して客車列車を廃止する方針だったことから、動力分散方式の後継車両が増備できるまでの暫定的な車両として継承されたにすぎなかった。なお、本来の用途が廃止されたマニ50形とスユニ50形は、少数が事業用として継承された以外は、ほとんどが廃車になった。
民営化後は、前述のように国鉄末期以降は各地で「短編成・高頻度」型のフリークエント・ダイヤへの転換が相次ぐと、折り返し駅での機回し作業の必要がない電車・気動車への転換が進み、客車列車の本数は著しく減少した。また、急行列車の大幅な縮小によって余剰となった急行形車両が普通列車に転用されたため、早々と余剰車が発生する事態になった。さらには、民営化の際に貨物輸送が別会社（JR貨物）に転換したことで、「朝夕には客車列車を、昼間には貨車を牽引させて機関車を効率的に使用する」という客車列車最大のメリット手法が事実上消滅した。
JR化翌年の1988年（昭和63年）には、四国配置車に早くも大量の余剰車が発生する状況になり、他社においても余剰化が進行した。一部の車両がキハ141系・キハ33形への改造に充てられたものの、基本構造の違いのため改造費用が高額になったことから、ほとんどの車両は転用されずに1989年（平成元年）から淘汰されるようになり、製造後7年から12年という短期間で500両以上の車両が廃車された。これらの車両はほとんど老朽化しておらず、単にフリークエントダイヤにそぐわなくなったことと非冷房だったための廃車だったが、当時は中古車両を海外譲渡するシステムが確立されておらず、早々と解体になった。
平成に入って急速かつ大量に淘汰が進んだのは、山陰本線にて、京都 - 園部間の電化と気動車への置換えが行われたことが大きな要因である。民営化当初は京都 - 福知山間、豊岡 - 下関間で多数の客車が運用されていた。1988年（昭和63年）10月1日の山陰本線・京都口ダイヤ改正により園部 - 福知山間は全廃されて、京都 - 園部間は草津線との運用も兼ねて朝夕の一部が残存したが、1989年（平成元年）3月の改正で山陰本線は12系客車化・草津線は電車化された。1990年（平成2年）3月には、京都口電化に伴う気動車の転属により、豊岡 - 益田間〈鳥取 - 出雲市間・浜田 - 益田間の一部を除く〉、1991年（平成3年）3月は益田以西の朝夕の一部を除いて気動車化され、50系客車が多数運用を離脱している。
1992年（平成4年）3月14日には播但線・朝夕運用の姫新線と山陰本線益田以西の普通列車がすべて気動車化された。同年4月1日には高徳線の普通列車が全列車気動車化されことにより、JR四国管内での本系列の定期運用は消滅した。同年6月上旬は鳥取 - 米子 - 出雲市に1往復ずつ残っていた50系客車も12系客車への置換えにより、JR西日本管内の定期運用も消滅した。両社では民営化から5年で本系列が消滅したことになる。
東日本地区でも1993年（平成5年）3月18日に羽越本線新津 - 酒田間の普通列車がすべて電車または気動車に、同年7月20日に同線酒田 - 秋田間の普通列車がすべて701系に置き換えられ、同年12月1日には奥羽本線山形 - 秋田間・追分 - 青森間・八戸線の本系列、および12系客車を使用した普通列車がすべて701系と気動車に置換えられた。
1994年（平成6年）に入ると12月3日のダイヤ改正で東北本線のうち一ノ関 - 盛岡間、男鹿線、函館本線の普通列車がすべて電車・気動車化され、この時点で51形一般仕様車は営業運転を終了した。1995年（平成7年）4月20日には日豊本線、同年11月30日に磐越西線、1996年（平成8年）3月30日には東北本線の盛岡以北でも本系列の運用が終了したことにより、本州地区における本系列の一般仕様車の定期運用が消滅した。
1997年（平成9年）3月22日のダイヤ改正では、山陰本線から急行「だいせん」の快速区間を除き12系客車の普通列車運用が終了し、1999年（平成11年）10月2日に「だいせん」も気動車化されたことで、JRグループでの客車による普通列車は、津軽海峡線の快速「海峡」とJR九州管内の一部のみとなった。本系列の運用が残存していた九州地区では、1995年（平成7年）4月20日のダイヤ改正以降、筑豊地区での運用は朝夕ラッシュ時の2往復のみに縮小された。その後、1999年（平成11年）12月4日に行われた久大本線普通列車の完全気動車化によって、本系列の運用範囲は鹿児島本線の門司港 - 折尾間と筑豊本線の若松 - 飯塚間のみとなった。
その後、2001年（平成13年）10月6日に筑豊本線の折尾 - 桂川間（福北ゆたか線）が交流電化されたことにより、本系列の運用は終了することになった。直方車両センター配置の本系列14両は12系客車12両とともにすべて廃車となり、本系列の一般仕様車はこれを最後にすべて廃車となった。
一般仕様車の全廃後は快速「海峡」が本系列最後の定期列車であったが、2002年（平成14年）11月30日で列車自体が廃止されて定期運用は消滅。その後はJR北海道の「ノロッコ号」やJR九州の「SL人吉」といった観光を主目的とした不定期列車での運用が20年以上続いている。
鉄道車両の置き換えは老朽化の進んだ旧形車両を新形車両に代替するのが通例であるが、本形式は一部の例外を除いて冷房装置がなく、夏季の車内環境が劣悪だったことや、短編成化によって高コストになったことから本形式は先んじて淘汰が進んだ。西日本や四国では製造から10年前後、本形式よりも20年ほど前に製造された冷房車両（キハ58系など）に置き換えられて、昭和30年台に製造されたキハ20系列と並んで廃車・解体されていった。時代背景が異なるものの、本形式よりはるかに接客設備が劣っていた70系客車でさえ転属や改造を行なって20年以上使用されたことを考慮すると、日本の鉄道史でも特異な例といえる。