ヨーロッパにおける政教分離の歴史
主権国家体制の成立と政教関係の新展開 > 三十年戦争

→詳細は「三十年戦争」を参照
ドイツにおけるプロテスタント諸侯とカトリックの対立は1570年代以降再燃し、ケルン大司教職をめぐる紛争ではカトリック側が勝利した。
1608年、カルヴァン派のプファルツ選帝侯によってプロテスタント同盟（ウニオン）が結成されるとこれにオランダが協力し、翌1609年、バイエルン選帝侯を中心にカトリック連盟（リーガ）が結成されると、スペインがこれを後援してコンフェッショナリズムの様相を呈した。ユーリヒ＝クレーフェ＝ベルク連合公国の君主ヨハン・ヴィルヘルム（英語版）が1609年に死去すると公位継承問題が発生し、ブランデンブルク選帝侯のヨーハン・ジギスムントは新教に改宗してプロテスタント同盟に加盟し、カトリックの国フランスも新教陣営に加わった。これに対し、プファルツ＝ノイブルク公のヴォルフガング・ヴィルヘルムはローマ教会に入ってカトリック連盟に加盟し、神聖ローマ皇帝もこれを後押しした。この対立はユーリヒ継承戦争へ発展したが、フランス王アンリ4世の死もあって規模は拡大せず、1614年のクサンテン条約で講和した。遺領は、ユーリヒとベルクがブランデンブルク選帝侯、クレーフェなど3邦がプファルツ＝ノイブルク公によってそれぞれ分割相続された。この戦争は三十年戦争の前哨戦となったが、後述するシュタインベルクの見解にしたがえば、この戦争も「三十年戦争」も一連の戦争の一部ということになる。
神聖ローマ帝国内のカトリック、プロテスタント両勢力の対立は三十年戦争に発展した。1617年、ハプスブルク家のフェルディナント（のちの神聖ローマ皇帝フェルディナント2世）がボヘミア王に即位した。フェルディナントは幼少よりイエズス会の教育を受けた熱烈なカトリック教徒であり、プロテスタント弾圧を開始した。1618年5月23日、弾圧に抗議した急進改革派のボヘミア貴族が、皇帝顧問官マルティニツとスラヴァタおよび書記官3名を言い合いを経てボヘミア（チェコ）のプラハ王宮（フラチャニ城）の窓から突き落とすプラハ窓外投擲事件が起こった。
ボヘミアの領邦等族は対抗してフェルディナントを罷免し、新教同盟のプファルツ選帝侯フリードリヒ5世を新しいボヘミア王に迎えた。1619年、フランクフルトの帝国議会でフェルディナントが神聖ローマ皇帝に選出されると、彼はスペインと旧教連盟と組んで反乱貴族の鎮圧に向かい、ボヘミアの新教徒は処刑され、フリードリヒはボヘミアを追われた。以後、ボヘミアではカトリック化政策が断行された。このように三十年戦争の直接的な原因は宗教対立にあり、宗教戦争としてはヨーロッパ最後のものになったが、皇帝と帝国等族の対立、領邦君主と領邦等族の対立などもからみ、以下にみるように単純には宗教戦争の枠組みに収まらない複雑な経過をたどった。
三十年戦争は、おおむね以下の4つの段階に分類して説明されることが多い。なお、ジークフリート・シュタインベルクは、「三十年戦争」とは1610年頃から1660年頃までにおよぶ、ヨーロッパの勢力均衡をめぐる約50年間の抗争、つまり休戦や和平によって中断された12の戦争のうち、その間の一部をさす便宜的な名称とみなしている。
第1段階：ボヘミア（ベーメン)・プファルツ戦争（1618年 - 1623年）
第2段階：デンマーク戦争（1625年 - 1629年）
第3段階：スウェーデン戦争（1630年 - 1635年）
第4段階：フランス・スウェーデン戦争（1635年 - 1648年）
三十年戦争に当初から一貫して参戦していた国は、実際のところ神聖ローマ帝国内でもそれほど多くはなく、皇帝ハプスブルク家以外にカトリックを終始奉じていたのはバイエルンだけであったし、新教側だったはずのザクセンやブランデンブルクも当初は及び腰で、途中で皇帝側に鞍替えしたのであった。帝国外でも終始一貫して親皇帝勢力として戦ったのはスペインだけだった。プロテスタント側では常に関与していたのがオランダ共和国で、国内の戦争に忙殺されながらも主として資金援助を通じて反皇帝側を支援した。したがって、三十年戦争が「神聖ローマ帝国内の紛争として始まり、北欧諸国の参戦によって国際戦争に発展した」という説明は必ずしも正確ではなく、むしろスペインとオランダの敵対関係を最初から内包していたのであり、換言すればそれゆえにこそ戦争は長期化したのである。いずれにせよ、多くの国々がそれぞれ異なる目論見と戦略により、それぞれの方法でこの戦争に参加したのである。なお、スイス盟約者団はこの戦争において中立政策を採用したが、実際には多数のスイス人傭兵がスウェーデンの陣営で戦っていた。他国との傭兵契約同盟とスイスの中立とが矛盾したものとは考えていなかったが、アルプスの峠道の封鎖や戦争激化にともなう領土侵犯から国境を保全するため、盟約者団会議は1640年には諸邦による国境防衛軍の創設を決定し、以降は武装中立政策がとられ、それにともなって連邦的組織化が進んでいった。
三十年戦争において、対立の芽は大小合わせていくつもあったと思われる。大久保桂子の見解にしたがい、あえて単純化して主要なものを空間的に取り出すならば、以下の3つのラインがあげられる。
皇帝の本拠地ウィーンからボヘミア、東部ドイツを経てバルト海沿岸にいたるほぼ南北のライン
ライン川の上流（ライン・プファルツ）から西部ドイツを横断して低地地方の南部と北部の境界にいたるライン
北イタリアからアルプス山脈の西側、フランシュ＝コンテ、アルザスの両地方を経由して神聖ローマ帝国とフランス王国の境界にいたるライン
1.についていえば、戦略的に北への勢力拡大を図るハプスブルク家と、それを阻止しようとするバルト海沿岸諸国の対立に相当し、1620年代後半のデンマーク（デンマーク＝ノルウェー同君連合）や1630年以降のスウェーデン（「バルト帝国」）の参戦は、これを裏打ちする歴史事象である。
2.は、オランダとスペイン、フランスとオーストリアの対立が交錯するラインである。1635年のフランスの参戦はそのことを示しているが、以後はラインラントで攻囲戦や合戦が多発して激戦地となった。1631年から1632年にかけ、「北方の獅子」といわれた軍人王グスタフ2世アドルフ率いるスウェーデン軍の大遠征がザクセンから西に向かってマインツに至ったのも、この一帯の戦略的重要性を物語っている。
3.は、ミラノからブリュッセルまで1000キロメートルあまりつづく街道とほぼ重なっており、これは当時「スペイン街道（英語版）」と呼称されていた。この街道はスペインの主要補給路であり、西ヨーロッパにおけるスペイン覇権を支える生命線ともなっていた。スペインは実のところ、オランダとの戦争（八十年戦争）および三十年戦争遂行にあたっての戦費や物資の供給、兵員そのものさえ一切を「大スペイン王国」の一員たるミラノ公国とジェノヴァの商人・銀行家たちに依存していたのである。スペインの意図として同じハプスブルク一族の神聖ローマ皇帝を支援し、帝国内のカトリック勢力を維持拡大させる目的で参戦したことはもとより間違っていないが、より直接的にはスペインの存亡を握るこの街道を固守するためであった。したがって、ボヘミア新教徒の反乱がライン＝プファルツへと波及した時点で早々と参戦を決めたのである。北イタリアからフランドル地方に至るスペインの軍事回廊に強い関心を抱いたのはフランスであり、イタリア戦争をはじめ北イタリアをめぐってはヴァロワ朝の時代からハプスブルク家との抗争を繰り返してきた経緯がある。1629年、ミラノ公国とヴェネツィア共和国にはさまれた小国マントヴァ公国の公位をめぐってフランスとスペインが軍事衝突を起こし、両国の全面戦争であるマントヴァ継承戦争（英語版）へ発展した。戦争の結果、ケラスコ条約によってフランスの支持したヌベール公シャルルがマントヴァ公位に就き、イタリアにおけるオーストリアとスペインの独占状態が崩れた。
1631年、フランスとスウェーデンはベールヴァルデ条約を結んで同盟を組み、フランスがスウェーデン軍を資金的に援助して軍人王グスタフ・アドルフを後押しした。スウェーデン軍はブライテンフェルトの戦いやレヒ川の戦いをはじめとして各地で勝利を収め、前線は南下した。窮地に陥った神聖ローマ皇帝フェルディナント2世はいったん罷免された傭兵隊長のアルブレヒト・フォン・ヴァレンシュタインをふたたび皇帝軍の総司令官に任命して巻き返しを図った。両者は1632年のリュッツェンの戦いでまみえ、破竹の勢いだったスウェーデン軍はグスタフ・アドルフを失うも勝利し、宰相アクセル・オクセンシェルナはプロテスタント勢力の結集を図って南ドイツまで進軍した。一方、ヴァレンシュタインは独断で敵対勢力と和平を結んだことから皇帝の猜疑を受け、1634年には皇帝から派遣された軍隊に殺害された。スウェーデン軍は、1634年のネルトリンゲンの戦いでスペインからの援軍を受けた皇帝軍に初の大敗北を喫し、翌年には皇帝とプラハ条約を結んで講和した。この戦況の変化に危機感を抱いたルイ13世の宰相リシュリューはオクセンシェルナの要請に応えて同盟条約を更新し、1635年にはラインラントに侵攻した。フランスの登場で戦況は再び逆転し、宗教的な要素が薄れて抗争は完全に政治的性格を帯びるようになった。三十年戦争の最後の10年間は、神聖ローマ帝国は西からのフランス軍、北東からのスウェーデン軍による破壊的な侵略を受け、事態は泥沼化を呈した。膠着中の1641年頃には和平の気運が高まり、和平交渉をおこなう約束もなされたが、実際の交渉が始まったのは1645年になってからであった。この間、フランスとスペインは1643年にフランドル国境に近いフランス北部で衝突し、大会戦となった（ロクロワの戦い）。フランスはこれに大勝したが、この戦いはスペインが西ヨーロッパの覇者の地位から転落し、フランスがそれに取って代わるという、歴史的にみて重大な意味をもっていた。