名探偵コナン 14番目の標的
ストーリー

湖のほとりで母の妃英理を見付けた蘭は、思わず彼女のそばへ駆け寄ろうとするが、英理は大声で蘭を止める。するとどこからともなく銃声が聞こえ、英理が地面に倒れこんでしまう。そんな夢を見た蘭は、不安から英理に電話をかける。それを笑う英理だったが、蘭が夢の中の母が今より少し若く見えたことを伝えると、表情を曇らせる。
一方、コナンは少年探偵団と航空博物館に向かうことになり、阿笠博士を待つ間に歩美は占いゲームでコナンの恋を占う。表示された「Aの予感」にコナンは困惑する（Aはキスを意味する古い隠語）。
1週間後、公園にてジョギングしていた目暮警部が何者かにボウガンで狙撃される事件が発生。現場には紙で作られた西洋の短剣らしきものが残された。また、英理は自身の法律事務所に送られてきたチョコレートに毒が仕込まれており、命に別状こそなかったものの、入院を余儀なくされる。事務所の郵便受けには紙製の花が入っていた。さらには、阿笠家にて博士がバイク上の何者かにボウガンで狙撃される。コナンは犯人を追うが取り逃してしまい、現場には剣のようなものが残されていた。
コナンは数々の遺留品から、これらの襲撃事件がトランプの札に倣って名前に「十三」から「一」までが入る人間が順に襲われていることと、その犯行が小五郎に関連した人物を狙っていることを突き止める。目暮はその情報から、仮出所したばかりの村上丈を犯人だと考えた。コナンと蘭は白鳥刑事から、かつて取り調べから逃げようとした村上が英理を人質にとり、小五郎が拳銃を発砲したが、その弾丸が英理の足をかすめたことがあったと聞く。村上の確保には成功したものの、人質にかまわず発砲したことが問題となり、ほどなく小五郎は警察を退職したのであった。蘭はこの事件が両親の別居に至った原因であると考え、新一の声で電話をしてきたコナンに小五郎への信頼が揺らいだことを訴えるが、コナンは「小五郎が英理を撃ったのは事実でも、それが真実とは限らないのではないか」と諭す。
目暮は「十」のつくプロゴルファー・辻弘樹に事件のことを知らせ、忠告するが、辻はヘリコプターのフライトを止めようとしない。仕方なく小五郎と目暮も同乗することを条件にフライトの許可を出し、コナンもひそかに同乗する。やがて、米花町上空を飛行中に辻が目の不調を訴え、ヘリは墜落の危機に陥る。コナンの助けを借りての不時着によって惨事こそ免れたものの、辻は次の大会を欠場することとなった。原因は辻がフライト前に使用する目薬が散瞳剤にすり替えられていたことであった。さらにスペードの10のカードが発見される。
小五郎が「九」のつく知人に心当たりがなかったため、「八」の標的たりうる、ソムリエの沢木公平を訪ねる。沢木はレストランを任せてもいいという打診を受け、新たに開業する海洋娯楽施設「アクアクリスタル」に行くのだと語り、コナンたちはそこのオーナーとして、「九」のつく旭勝義の名前を目にする。小五郎は旭とも面識があったものの、些細な依頼を受けた程度に過ぎず、知人ではなかった。しかし、犯人もそう考えるかは不明であり、沢木を護衛する必要もあったことから、コナンたちも同行する。
現地に到着した一行は、他の招待客である小山内奈々、仁科稔、宍戸永明、ピーター・フォードと出会い、彼らもそれぞれ名前に「七」、「二」、「六」、「四」の数字を持っていた。さらに白鳥の名前に「三」が入っていることと、「一」はここにはいない工藤新一ではないかという推測も語られる。招待客に事情を説明して村上との関係を聞いたところ、仁科と宍戸は仕事で村上に取材した経験を語る。奈々は3か月前、接触こそなかったもののバイクの運転手を転倒させる自動車事故を起こして逃走していたが、そのことを黙っていた。
旭が不在の中、奈々が旭から贈られたマニキュアでワインのコルクに落書きをして遊んでいると、フォードが足元に旭名義で沢木宛のメモを見つける。そのメモに従って赴いたワインセラーにはブービートラップが仕掛けられており、ボウガンが発射される。気付いたコナンが叫び、沢木が避けたため命中はしなかったが、村上の存在を確信した一行は脱出を決意する。
しかし、建物は入口も非常口も塞がれていたうえ、一行は海中を漂う旭の遺体を発見する。コナン以外の男性陣が手分けして脱出口を探していると、建物の電気が落とされ、マニキュアに仕込まれていた夜光塗料を目印に奈々が刺殺される。遺体から右利きの人間による犯行と判断したコナンは、博士の襲撃犯も右利きだったが村上は左利きだったことに気付き、一連の事件の犯人が村上ではなく招待客の中にいると確信する。さらに電気が落とされた際、犯人が床に置いたジュース缶を蹴り飛ばしていたことから、衣服の裾についた染みによって犯人を特定する。一行にミネラルウォーターを配ることで犯行の動機を確認したコナンは、犯人を追い詰めるための証拠を探し、発見する。
ところがそこで爆発が起こって海水が流入し、一行のいる海中レストランが水没する。泳げない仁科は小五郎が助けるが、蘭だけが浮上してこない。コナンがペットボトルに空気を入れて潜ると、蘭は展示中の自動車に足を挟まれ、抜け出せずにいた。コナンはペットボトルの空気で蘭の窮地を救うが、自身も足を挟まれてしまう。窒息しかけたところへ蘭が口づけをし、今度はコナンへ直接空気を渡す。それによって息を吹き返したコナンは、なんとか足を引き抜き、改めて蘭を「伸縮サスペンダー」を使って救う（これ以降、コナンの上半身の服装が長袖のYシャツのみになる）。
一行は爆破された箇所から泳いで外へ脱出するが、仁科が溺れてしまう。沢木が人工呼吸を買って出るが、コナンは小五郎の声で白鳥がやるように命じ、小五郎を眠らせて推理ショーを始める。犯行は、自身や標的の名前に数字が入っていると気付いた犯人が村上の経歴などを利用して起こしたもので、目暮たちを襲ったのはカムフラージュであり、真の標的は辻や旭、奈々だったうえ、犯人が仁科に対して海中レストランを爆破することで水死させようとしたことと人工呼吸を装って窒息死させるつもりだったことも明かし、それらの真犯人として沢木を挙げる。証拠として、奈々を襲撃した際に紛れ込んだ彼女の落書き入りのコルクをポケットから出させ、さらに新一のカードであるスペードのエースを持っていることを指摘された沢木はエースを出し、犯行を認める。
動機は味覚障害であり、沢木が唐辛子を味見していたところを目撃していたコナンは、沢木のミネラルウォーターにだけ塩を混ぜてそのことを確かめていた。奈々が誘発した交通事故に遭った沢木はまもなく味覚障害を発症しており、視覚と嗅覚で仕事をこなすも矜持から引退を決意したうえ、医者に事故だけでなくストレスが原因の可能性もあると言われたため、奈々と合わせてストレスの原因となった仁科、旭、辻への復讐を決意すると、小五郎と不在で会えなかった村上との遭遇を機に彼の利用を考え、まもなく殺害していた。なお、宍戸とフォードは単なる数合わせに過ぎず、特にフォードにおいては小五郎や村上とも無関係であった。
目暮たちは沢木の逮捕に動くが、彼はアクアクリスタルを崩壊させるために仕掛けた爆弾を爆発させ、衰弱によって抵抗できない蘭を人質にとり、ヘリポートへの逃走を図る。建物の全壊が始まり、目を覚ました小五郎、コナン、目暮、白鳥は宍戸たちを避難させ、沢木を追う。崩落の危険と、武器を持って人質を取る沢木の存在からヘリコプターが着陸せず、立ち往生していた沢木のもとへコナンたちが追いつき、白鳥が拳銃を構えるが、腕に自信のない彼は発砲できない。沢木はこれから再度辻の殺害に向かい、その後蘭を道連れにして死ぬと笑い、白鳥の拳銃をコナンを介して自身に渡すよう要求する。窮地の蘭に拳銃を構えたコナンは、かつて小五郎が英理に発砲した真意を悟り、同じ行動を起こす。足を怪我した人質は逃走の障害にしかならないため、小五郎はわざと英理の足を撃ったのだった。コナンの姿に新一の面影を見た蘭、誤解していた白鳥もこの「真実」に思い至った後、小五郎が沢木を捕まえて投げ飛ばす。
目暮が沢木を殺人容疑及び傷害や拉致などの現行犯で逮捕しようとしたところで建物がさらに崩壊し、沢木が海へ落下しかける。目暮の手に支えられた沢木は「離せ！死なせろ!!」と死を望むが、「死なしゃしねぇ!!てめぇに、自分の犯した罪の重さを分からせてやる!!」と小五郎に手を掴まれて責められ、救出を経て目暮に拘束された。救出後、「おじさん、ヘリコプター恐怖症治ったみたいだね！」とコナンに言われた直後に小五郎が完全に怯えて顔が青くなり、「うわああーっ、降ろしてくれーっ!!」と悲鳴を上げた。救急車で搬送される蘭は沢木の持っていたスペードのエースを握りしめ、「新一が守ってくれたのかもしれない」と語るが、それを聞いたコナンは「エース」=「A」=「キス」によって助けられたのは自分であることを実感する。
数週間後、英理の家に招かれたコナンと蘭は、かつて小五郎が英理の足を撃った真意を英理自身が知っていた事、怪我を押して作った料理を小五郎が酷評した事が別居の原因である事を英理から聞かされ、英理が極めて料理下手だったことを思い返すのだった。