日本の哺乳類一覧
クジラ偶蹄目（鯨偶蹄目）

〔在来11科（迷行の1科除く）〕
（イノシシ Sus scrofa ）
ニホンイノシシ（亜種） S. s. leucomystax 【本/固】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。
リュウキュウイノシシ（亜種） S. s. riukiuanus 【島(南)/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：徳之島/固】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。
【家】 ブタ Sus scrofa 【北・本・島(小)】 離島で野生化。また、イノシシとの雑種であるイノブタが各地でニホンイノシシと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
（ニホンジカ Cervus nippon ）
エゾシカ（エゾジカ）（亜種） C. n. yesoensis 【北/固】
ホンシュウジカ（亜種） C. n. centralis 【本/固】 奈良（奈良県奈良市一円）のシカは天然記念物。
キュウシュウジカ（亜種） C. n. nippon 【本/固】
ケラマジカ（亜種） C. n. keramae 【島(慶)/固/国内外来種】 1600年代に薩摩（鹿児島県）から移入されたキュウシュウジカが島嶼の環境に適応して特異化したものとされる。農林資源への食害あり。個体数が少なく絶滅が危惧されるが、（国内）外来種としての側面を併せ持つためか、環境省レッドリストには記載がない。なお、IUCNレッドリストではCR（絶滅寸前）、日本哺乳類学会のレッドリスト（1997年）では危急亜種。ケラマジカおよびその生息地は天然記念物。
ツシマジカ（亜種） C. n. pulchellus 【島(対)/固】 独立種とする説もある。
ヤクシカ（ヤクジカ、ヤクシマシカ）（亜種） C. n. yakushimae 【島(屋)/固】
マゲジカ（マゲシカ、マゲシマジカ）（亜種） C. n. mageshimae 【島(馬)/固】 環境省第4次レッドリストでは「馬毛島のニホンジカ」として絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）に記載。
【移】 タイワンジカ（亜種） C. n. taiouanus 【本】 観光用に放され和歌山県友ヶ島などで野生化。本土に渡れば在来亜種と交雑の恐れあり。
【移】 キョン Muntiacus reevesi 【本】 1980年ごろ、房総半島で野生化。
ニホンカモシカ（カモシカ） Capricornis crispus 【本/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：九州地方/固】 中国地方では絶滅、九州でも希少。特別天然記念物。笠堀（新潟県）のカモシカ生息地は天然記念物。
【家】 ヤギ（ノヤギ） Capra hircus 【島(南・小・尖)】 八丈小島・三宅島でも野生化。離島での環境被害甚大。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
【家】 ウシ（ノウシ） Bos taurus 【島(南)】 1918年 - 1919年にトカラ列島の諏訪之瀬島から導入された日本在来牛が、同列島の口之島で野生化。口之島牛またはトカラ牛と呼ばれる。
シロナガスクジラ Balaenoptera musculus 【海】 現生の動物中で最大。太平洋を回遊中に近海を通過するが、沿岸ではほぼ絶滅。
ナガスクジラ Balaenoptera physalus 【海】 夏に北上、オホーツク海や東シナ海に回遊。
イワシクジラ Balaenoptera borealis 【海】 夏に三陸沿岸・北海道太平洋海域に出現。
ニタリクジラ Balaenoptera brydei 【海】 太平洋側・東シナ海に回遊、五島列島から鹿児島県笠沙町沖、高知県大方町沿岸で4-10月に見られる。現・カツオクジラが種として分離されるまで、「カツオクジラ」は本種の別称だった。
カツオクジラ Balaenoptera edeni 【海】かつてはニタリクジラと同種とされた。
ミンククジラ（ナミミンククジラ、コイワシクジラ） Balaenoptera acutorostrata 【海】 春から初夏に三陸、夏に北海道沖やオホーツク海、日本海側では1年中。
ツノシマクジラ Balaenoptera omurai 【海】 1998年に山口県角島で死体が発見され、2002年に新種として発表。
ザトウクジラ Megaptera novaeangliae 【海】 小笠原諸島と南西諸島で繁殖、ベーリング海とカムチャツカ沖の餌場に回遊。
ホッキョククジラ Balaena mysticetus 【海】 北極圏周辺に生息、国内ではオホーツク海からの放浪個体が大阪湾に迷入した1例のみ。北海道などで化石は出土している。オホーツク海の個体群は絶滅危惧であり、数百頭程度。
セミクジラ Balaena japonica 【海】 絶滅危惧であり、発見は極めて稀。夏から秋にオホーツク海及び知床半島をはじめとする北海道周辺や三陸沖、冬から春にかけて伊豆半島周辺から伊豆諸島・小笠原諸島、熊野灘や奄美諸島などで見られることがある。北太平洋での全生息数は200頭以上だが、詳しい事は不明。
コククジラ Eschrichtius robustus 【海】 沿岸部を南北に回遊、日本では春と秋に太平洋沿岸を通過するが、日本海側でも確認されている。東アジア沿岸の個体数の総数は130頭前後。
マッコウクジラ Physeter marcrocephalus 【海】 三陸・熊野沖など大陸斜面のある深い海域に多い。日本近海に産する大型鯨類では最も豊富。
コマッコウ Kogia breviceps 【海】 宮城・石川県以南で漂着・観察例。
オガワコマッコウ Kogia sima 【海】 座礁例あり。日本では、熊野灘で比較的よく目撃される。
アカボウクジラ Ziphius carvirostris 【海】
タイヘイヨウアカボウモドキ Indopacetus pacificus 【海】 2002年鹿児島県で座礁、世界初の全身確認例。
オウギハクジラ Mesoplodon stejnegeri 【海】 日本海側での座礁例が多い。しばしば胃内にビニール等が発見され、座礁数増加との関係が考えられる。
ハッブスオウギハクジラ Mesoplodon carlhubbsi 【海】 太平洋側で数例の座礁記録。
コブハクジラ Mesoplodon densirostris 【海】 国内では、沖縄以外ではまれ。
イチョウハクジラ Mesoplodon ginkgodens 【海】 数例の座礁記録以外に情報がない。
ツチクジラ Berardius bairdii 【海】 夏に房総から三陸沖の大陸棚斜面海域に生息。
シロイルカ（ベルーガ） Delphinapterus leucas 【海】 北極海・オホーツク海周辺から、まれに近海に迷入。
イッカク Monodon monoceros 【海】 江戸時代に一度のみ、北極海周辺から、近海に迷入。
シャチ Orcinus orca 【海】 8-11月に北海道東岸やオホーツク海南部で、2-3月に紀伊半島沖でよく見られる。
コビレゴンドウ Globicephala macrorhynchus 【海】 太平洋側の外洋と沿岸部。
ヒレナガゴンドウ Globicephala melas 【海】12世紀ごろに日本近海（北半球）では絶滅（環境省レッドリスト）。他海洋では生存。
オキゴンドウ Pseudorca crassidens 【海】 沖縄・九州北部・和歌山の沖合いでよく見られる。
ユメゴンドウ Feresa attenuata 【海】 まれに沖縄から銚子沖で捕獲、座礁。1874年以来、1952年に80年ぶりに再発見。
カズハゴンドウ Peponocephala electra 【海】 沖縄でよく見られる。
ハナゴンドウ Grampus griseus 【海】 日本海や太平洋岸の沖合いでよく見られる。
マイルカ Delphinus delphis 【海】 北海道から九州の太平洋を回遊。
ハセイルカ Delphinus capensis 【海】  かつては、マイルカの亜種とされていた。西日本に多く、伊勢湾や土佐湾などには定住群が存在。
スジイルカ Stenella coeruleoalba 【海】 冬は紀伊半島以南、夏は北海道周辺まで、太平洋側に分布。過剰捕獲により、伊豆半島沖の個体群は壊滅。
マダライルカ Stenella attenuata 【海】 沖縄でよく見られる。スジイルカ同様、伊豆半島沖では壊滅状態。
ハシナガイルカ Stenella longirostris 【海】 小笠原海域に多い。
ハンドウイルカ（バンドウイルカ） Tursiops truncatus 【海】 冬は北九州以南の東シナ海、夏は北海道以南。
ミナミハンドウイルカ（ミナミバンドウイルカ） Tursiops aduncus 【海】かつては、同じハンドウイルカ属に属するハンドウイルカ（バンドウイルカ）の亜種とされることもあった。小笠原諸島や伊豆諸島において、ホエールウォッチングや、ドルフィンスイムの多くの場合はハンドウイルカではなく、このミナミハンドウイルカである。
カマイルカ Lagenorhynchus obliquidens 【海】 5月ごろに東北沖でよく見られる。
セミイルカ Lissodelphis borealis 【海】 春と秋に見られ、銚子以北の太平洋側では夏に見られることも。
シワハイルカ Steno bredanensis 【海】 三陸以南の太平洋、東シナ海に生息、夏には日本海にも。沖縄周辺に多い。
サラワクイルカ Lagenodelphis hosei 【海】 熱帯の外洋性、日本では漂着1例、捕獲2例。最新の1991年は和歌山県での群れの捕獲。小笠原ではさらに豊富。
ネズミイルカ Phocoena phocoena 【海】 日本海北部、銚子以北の太平洋沿岸。
イシイルカ Phocoenoides dalli 【海】 外洋性。日本海や、三陸沖など太平洋側にも分布。
スナメリ（スナメリクジラ） Neophocaena phocaenoides 【海】 能登半島・牡鹿半島以南の沿岸。瀬戸内海、有明海、伊勢湾などでよく見られる。阿波島（広島県）のスナメリクジラ回遊海面は天然記念物。各海域で減少傾向にあり、九州・大村湾や東京湾および房総半島以外の関東近辺は絶滅危惧。