ガメラ 大怪獣空中決戦
あらすじ

海上保安庁一等航海士・米森良成が乗り組む巡視船「のじま」は、太平洋上でプルトニウム輸送船「海竜丸」護衛の任に当たっていた。海竜丸とのじまはフィリピン海溝の東、ミンダナオ島南西沖約200キロメートルの地点までさしかかり、日本まであと少しというところだったが、そこで海竜丸からのじまに「座礁した」との緊急連絡が入る。6,000メートル以上の水深がある海域であるにもかかわらず海竜丸が座礁した原因は謎の巨大漂流環礁で、しかもその環礁は勝手に海竜丸から離れていった。やがてその謎の環礁によるものと思わしき原因不明の海難事故が多発したことから、海上保険会社による合同調査が開始され、米森と八洲海上保険の草薙はその調査に加わる。環礁は黒潮の流れに乗ってだんだん日本に近づいていると考えられ、米森たちは大まかな現在位置と推定される南西諸島沖の海域に向かう。やがて米森たちは環礁を発見して上陸調査を行うが、そこで不思議な石版と大量の勾玉を発見する。さらに、この環礁が生物であるということが明らかになる。
同じころ、福岡市動植物園に勤務する鳥類学者の長峰真弓は、長崎県警察の刑事・大迫力の訪問を受け、九州の五島列島・姫神島で、島民が「鳥や！鳥や！」という無線を最後に消息を絶つという事件が発生したことを告げられる。姫神島では最近大きなヒナが発見されたということで、長峰の師である九州大学の平田などの研究者が調査に訪れていた。姫神島を訪れた長峰と大迫などの警官隊だったが、そこには無残な姿と化した集落が広がっていた。この光景を目の当たりにした長峰は、これは生物ではなく人為的なものによるものと大迫に語るが、集落においてペリットを発見する。それは非常に大きなものであり、中には平田のペンと、誰のものとも知れぬ壊れた眼鏡が含まれていた。長峰と大迫たちはこのような事態を引き起こした存在を追って島の奥地にまで足を運ぶが、そこで巨大な怪鳥が飛び立つところを発見する。姫神島の島民や研究者たちを全滅させたのもこの怪鳥の仕業だった。事態がただごとではないことを悟った長峰と大迫がヘリコプターで追跡するうち、怪鳥が3匹いることが判明する。さらには、すぐ横に怪鳥が来た際、長峰がとっさにカメラのフラッシュを焚きながら連写したところ、ひるんで離れたことから、強い光を苦手とする性質があることも判明する。
怪鳥について、政府は貴重な生物であるとして捕獲を計画する。長峰は推測だけで捕獲するのはリスクが大きすぎると反対するが、なかば黙殺されるかたちで捕獲が決定される。長峰が中心となって怪鳥を誘い込んで捕獲する作戦が立案され、大迫が福岡ドームを利用することを思いつき、その中心に餌となる大量の肉が用意され、周りを囲むように巨大なライトが設置される。島から飛び立った怪鳥が近寄ったところで一斉にライトを照射してドーム内に誘導し、餌にありつかせることには成功するが、ドームの天井が閉まり切らないうちに麻酔銃を放ったため、1匹は命中してその場に卒倒するものの、もう1匹は空へ取り逃がす。麻酔が外れた最後の1匹はまっすぐに長峰と自衛隊に突進するが、とっさにライトを付けたためひるみ、その隙に麻酔銃を集中射撃し仕留めることに成功する。同じころ、帰巣する1匹を自衛隊のヘリコプターが追跡していたとき、博多湾に例の環礁、すなわち巨大生物が現れる。向かってくる怪鳥の1匹を石油コンビナートに叩きつけて倒した巨大生物は、そのまま博多に上陸すると、周りの建物を破壊しながらドームに向かっていく。攻撃をしようにも、相手が明確な攻撃行動を見せないため、自衛隊も手の出しようがない。さらに、ドームに着いた巨大生物はそのままドームからいっさい離れようとしない。予期せぬ事態に周囲は大混乱に陥り、その隙を突いた2匹の怪鳥はみずからを閉じ込めていた鉄格子を強力な光線で切断して脱出する。巨大生物も手足から白い煙を噴射すると、円盤のような姿となって、高速回転しながら怪鳥を追って飛び去っていく。
古代の石版に記された「最後の希望・ガメラ、時の揺りかごに託す。災いの影・ギャオスと共に目覚めん」という碑文から、政府は巨大生物をガメラ、怪鳥をギャオスと呼称する。政府はギャオスの捕獲にこだわる一方で、ギャオスよりも体格的に大きいガメラを危険視し、ガメラの排除を決定。自衛隊はギャオスを追うガメラを駿河湾上空で81式短距離地対空誘導弾によって撃墜して富士山麓に墜落させると、次いで74式戦車部隊による直接攻撃に加え、F-4EJ改編隊による空爆も行うが、途中でギャオスが出現したことで攻撃を一時中止した隙を突き、ガメラは再び飛び去った。その直前、ガメラは木曽山脈で逃げ遅れた子供を助けようとした長峰と米森をギャオスの襲撃から身を挺して守っており、敵ではないことが判明する。さらに長峰が後輩に頼んでギャオスの遺伝子を解析した結果、ギャオスは染色体を一対しか持たず、しかもその染色体は無駄がない完全なものという明らかに人為的な生物であること、雌雄同体の性質を持ち単為生殖が可能な生物であることが分かる。それは、このままギャオスを放置し続ければ、人間などを餌にして爆発的な勢いで繁殖するという恐ろしい事実を示していた。
ガメラに仲間が1体葬られるものの、ギャオスはガメラを敵視する自衛隊の攻撃を助力にその妨害を逃れると、富士山の山麓で急速に成長を遂げて成体へと変貌を遂げる。成体となったギャオスは餌となる人間を求めて遂に東京の市街地に出現、走行中の中央線車両を捕獲し、取り残された乗客を貪り食らう大惨事を引き起こした。
ここにきてようやく政府はギャオス捕獲を中止し、指定地域の住民避難を完了させた後に自衛隊の地対空ミサイルによる攻撃を行うが、光を克服したギャオスは自衛隊のミサイルを感知すると巧みに誘導して東京タワーを破壊させ、そこに営巣した。これを受けて、政府はギャオスとの総力戦を決定。株式市場のパニック売り、ダウ平均の暴落、空港の閉鎖、避難を図る人々が殺到したことによる各種交通機関の混雑といった経済的・社会的混乱が広まる中、東京都民の避難を開始した。
真っ二つに折れた東京タワーに営巣するギャオスの監視を続けていた自衛隊は、いよいよ総攻撃に移ろうとしていた。しかしギャオスの産卵直後、突如大きな地震が起こる。ギャオスが見下ろし鳴き声を上げた次の瞬間、傷の癒えたガメラが地中から出現する。プラズマ火球を発射し、巣や卵を東京タワーごと破壊するもののギャオスは飛翔して逃れ、ガメラも追撃して互いに一歩も譲らない激しい空中戦を展開する。ギャオスの超音波メスを受けたガメラは市街地に墜落し、地上でふたたび激しい戦闘を繰り広げる。今度は一転してガメラがギャオスを圧倒し、肘からエルボークローを生やしてギャオスにぶつける。ふたたび空へ飛び上がるガメラのあとを、翼を折りたたみ、槍状の姿になったギャオスが高速で追う。自衛隊の追尾が及ばない高度にまで飛び上がり、両者はそのまま宇宙へと飛び出す。ガメラはギャオスの脚に噛み付くと、そのままジェット噴射を止めて、ギャオスもろとも落下しはじめる。ガメラは噛みついたまま離さず、最終的にギャオスはみずからの片足を超音波メスで切断し離脱する。ガメラはそのまま扇島の石油コンビナートへと落下・墜落し、コンビナートを炎上させる。ギャオスも追い打ちをかけるように超音波メスで炎上するコンビナートに攻撃したあと、その場に降り立った。長峰たちとともにこれまでの戦いを見てきた浅黄も、父とともにその場に駆け付ける。そして、彼女の持つ勾玉を通じてガメラの復活を祈る思いが力となり、周りの巨大な炎がまたたく間に集束していき、ガメラが復活する。
ギャオスが超音波メスを放とうと口にエネルギーを溜め込んだところへ、ガメラは先ほどの爆発で生じた炎のエネルギーを利用して、渾身の火球を放つ。同時にギャオスも超音波メスを放つが反れ、火球がギャオスの頭部に命中してギャオスは死亡、頭部を失ったギャオスの体も倒れこんで大爆発を起こす。その様子を見た米森たちはようやく、安堵と歓喜の表情を見せる。勝利を収めたガメラはみずからとのシンクロで負傷した浅黄を治すと、そのまま海へと去って行く。その様子をながめながら、長峰や米森は「ギャオスが太古の昔、仮に渡りを行っていたとしたら、世界中にギャオスの卵があってもおかしくない」という可能性を示唆する。驚きを隠せない草薙に長峰たちは「可能性の域を出ません、ですが備えは必要不可欠です。今度もガメラが現れてくれるとは限らないから」と話すが、浅黄は「ガメラはきっと来る」と確信するのだった。