Muchdi Purwoprandjono
Sidang pembunuhan dan pembebasan Munir Said Thalib

Pada bulan Agustus 2008, Muchdi diadili di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan dengan tuduhan meminta dan merencanakan pembunuhan aktivis hak asasi manusia Munir Said Thalib pada bulan September 2004. Pembunuhan tersebut dilakukan oleh seorang pilot Garuda yang sedang tidak bertugas dan diduga agen BIN bernama Pollycarpus Budihari Priyanto. Dalam persidangan sebelumnya, Direktur Utama Garuda Indra Setiawan mengaku telah bertemu dengan Muchdi dan menerima permintaan lisan dan tertulis dari BIN untuk menugaskan Pollycarpus dalam penerbangan yang dilakukan Munir dari Jakarta ke Singapura.
Bukti menunjukkan terjadi 41 panggilan telepon antara Pollycarpus dan Muchdi pada hari-hari menjelang pembunuhan tersebut. Budi Santoso, mantan direktur BIN, mengatakan kepada polisi pada bulan Oktober 2007 dan Mei 2008 bahwa Pollycarpus dan agen BIN Kawan memberitahunya bahwa Muchdi memerintahkan mereka untuk membunuh Munir. Lebih lanjut Budi mengatakan, dirinya sudah sering melihat Pollycarpus di dalam kantor Muchdi di Markas BIN. Saat Muchdi diadili, Budi tak hadir sebagai saksi. Jaksa berpendapat bahwa Muchdi menyimpan dendam terhadap Munir, karena terungkapnya penculikan tahun 1997-98 yang dilakukan aktivis tersebut menyebabkan Muchdi kehilangan jabatannya sebagai Panglima Kopassus. Pengacara Muchdi menjawab bahwa Muchdi kehilangan jabatannya karena jatuhnya Soeharto dan bukan karena tindakan Munir. Sejumlah aktivis menilai pembunuhan Munir didalangi pejabat yang lebih tinggi dari Muchdi.
Tentara, intelijen, dan preman hadir dalam persidangan Muchdi, sehingga menimbulkan keluhan bahwa ini adalah upaya untuk mengintimidasi hakim, jaksa, dan saksi. Beberapa saksi tidak hadir, dan saksi lain yang sebelumnya telah memberikan pernyataan yang memberatkan kepada polisi menarik kesaksian mereka di persidangan. Ketegangan terlihat di persidangan ketika janda Munir, Suciwati, mendesak Muchdi untuk mengatakan yang sebenarnya. Dia menjawab dengan membentaknya, “Diam, kamu!” sebelum dia keluar.
Muchdi dibebaskan pada 31 Desember 2008. Pada Juni 2009, Mahkamah Agung menolak permohonan kasasi. Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) mengatakan penyelidikan, penuntutan dan persidangan Muchdi memiliki cacat, dan merekomendasikan penyelidikan polisi baru. Presiden Joko Widodo berjanji untuk menyelesaikan kasus ini tetapi belum ada tindak lanjut.
Sebelum dibebaskan, Muchdi mengatakan pihak-pihak yang mendorong persidangannya adalah antek imperialisme asing yang berupaya menggoyahkan ketahanan nasional Indonesia. Dia mengklaim tujuan jangka panjang mereka adalah melemahkan institusi keadilan, politik, ekonomi dan agama di Indonesia. Ia mengatakan, lembaga Belanda yang mengusut pembunuhan Munir tidak bisa dipercaya karena Belanda pernah menjajah Indonesia dan melakukan pelanggaran HAM. Dia mengatakan, satu-satunya lembaga negara di Indonesia yang belum disusupi kepentingan asing adalah lembaga peradilan.
Pasca pembebasan Muchdi, tiga buah papan ucapan selamat bermotif bunga diantar ke kediamannya Jakarta Selatan. Ketiganya berasal dari PT Bayu Buana Gemilang, perusahaan niaga gas bumi tempat putra dan putrinya bekerja. Muchdi merayakan pembebasannya dengan mentraktir 40 anak yatim piatu pada jamuan makan malam syukuran di rumahnya di lingkungan Kebayoran Baru. Mengomentari putusan tersebut, ia mengatakan, “Ini adalah anugerah bagi bangsa Indonesia.”
Pada tahun 2016, Muchdi mengatakan aktivis hak asasi manusia Indonesia yang menyerukan agar kasus Munir diselesaikan hanya sekedar mengeksploitasi kasus tersebut untuk mendapatkan dana dari Belanda.