John Knox
Revolusi dan akhir dari perwalian (1559–1560)

Dua hari setelah Knox tiba di Edinburgh, ia melanjutkan perjalanan ke Dundee di tempat sejumlah besar simpatisan Protestan berkumpul. Knox dinyatakan sebagai buronan, dan wali penguasa Ratu memanggil orang-orang Protestan ke Stirling. Khawatir akan kemungkinan pengadilan singkat dan eksekusi, kaum Protestan melanjutkan perjalanan ke Perth, sebuah kota bertembok yang dapat dipertahankan jika terjadi pengepungan. Di gereja St Yohanes Pembaptis, Knox menyampaikan khotbah yang berapi-api dan sebuah insiden kecil memicu kerusuhan. Massa berdatangan ke dalam gereja, dan gereja itu pun segera hancur. Massa kemudian menyerang dua biara (Blackfriars dan Greyfriars) di kota tersebut, menjarah emas dan perak serta menghancurkan patung-patung mereka. Mary dari Guise mengumpulkan para bangsawan yang setia kepadanya dan sebuah pasukan kecil Prancis. Ia mengirim Earl dari Argyll dan Lord Moray untuk mengajukan persyaratan dan menghindari perang. Ia berjanji tidak akan mengirim pasukan Prancis ke Perth jika kaum Protestan meninggalkan kota tersebut. Kaum Protestan setuju, tetapi ketika wali penguasa Ratu memasuki Perth, ia mengepung kota itu dengan tentara Skotlandia yang digaji oleh Prancis. Hal ini dianggap sebagai pengkhianatan oleh Lord Argyll dan Lord Moray, yang kemudian berpindah haluan dan bergabung dengan Knox, yang kini bermarkas di St Andrews. Kepulangan Knox ke St Andrews menggenapkan nubuatnya yang dibuat di kapal galai bahwa suatu hari nanti ia akan berkhotbah lagi di gerejanya. Ketika ia berkhotbah, pengaruhnya sama seperti di Perth. Orang-orang terlibat dalam vandalisme dan penjarahan. Pada bulan Juni 1559, massa Protestan yang dihasut oleh khotbah John Knox menyerbu katedral; bagian dalam bangunan dihancurkan. Katedral ini mengalami kemunduran setelah serangan tersebut dan menjadi sumber bahan bangunan bagi kota. Pada tahun 1561, katedral ini ditinggalkan dan dibiarkan runtuh.
Dengan bala bantuan Protestan yang tiba dari daerah-daerah sekitar, wali penguasa Ratu mundur ke Dunbar. Pada saat itu, kemarahan massa telah meluas ke seluruh Skotlandia bagian tengah. Pasukan Ratu sendiri berada di ambang pemberontakan. Pada tanggal 30 Juni, para bangsawan Protestan yang dikenal sebagai Lords of the Congregation (Para Lord dari Kongregasi) menduduki Edinburgh, meskipun mereka hanya dapat bertahan selama sebulan. Tetapi bahkan sebelum kedatangan mereka, massa telah menghancurkan gereja-gereja dan biara-biara. Pada tanggal 1 Juli, Knox berkhotbah dari mimbar Gereja St Giles, yang paling berpengaruh di ibu kota. Lords of the Congregation menegosiasikan penarikan diri mereka dari Edinburgh melalui Pasal-Pasal Leith yang ditandatangani pada tanggal 25 Juli 1559, dan Mary dari Guise menjanjikan kebebasan hati nurani.
Knox tahu bahwa wali penguasa Ratu akan meminta bantuan dari Prancis, sehingga ia bernegosiasi melalui surat menggunakan nama samaran John Sinclair dengan William Cecil, penasihat utama Elizabeth, untuk mendapatkan dukungan dari Inggris. Knox berlayar secara diam-diam ke Lindisfarne, di lepas pantai timur laut Inggris pada akhir Juli, untuk menemui James Croft dan Sir Henry Percy di Berwick-upon-Tweed. Knox tidak berhati-hati dan berita tentang misinya segera sampai ke Mary dari Guise. Ia kembali ke Edinburgh dan memberi tahu Croft bahwa ia harus kembali kepada kawanannya, dan menyarankan agar Henry Balnaves pergi kepada Cecil.
Ketika pasukan Prancis tambahan tiba di Leith, pelabuhan Edinburgh, kaum Protestan merespons dengan merebut kembali Edinburgh. Kali ini, pada tanggal 24 Oktober 1559, kaum bangsawan Skotlandia secara resmi menggulingkan Mary dari Guise dari perwalian tersebut. Sekretarisnya, William Maitland dari Lethington, membelot ke pihak Protestan dengan membawa keahlian administrasinya. Sejak saat itu, Maitland mengambil alih tugas-tugas politik, membebaskan Knox untuk berperan sebagai pemimpin agama. Untuk tahap akhir revolusi, Maitland menyerukan patriotisme Skotlandia untuk melawan dominasi Prancis. Setelah Perjanjian Berwick, dukungan dari Inggris akhirnya tiba dan pada akhir Maret, sejumlah besar pasukan Inggris bergabung dengan pasukan Protestan Skotlandia. Kematian Mary dari Guise yang tiba-tiba di Kastel Edinburgh pada 10 Juni 1560 membuka jalan untuk berakhirnya perseteruan, penandatanganan Perjanjian Edinburgh, dan penarikan pasukan Prancis dan Inggris dari Skotlandia. Pada tanggal 19 Juli, Knox mengadakan Kebaktian Syukur Nasional di St Giles.