Teologi Paus Pius IX
Tiga Puluh Delapan Ensiklik

Artikel utama: Daftar ensiklik Paus Pius IX
Dalam rekor 38 ensiklik, Paus Pius mengambil posisi mengenai isu-isu Gereja. Mereka termasuk:
Qui pluribus (1846) tentang iman dan agama; Praedecessores nostros (1847) tentang bantuan untuk Irlandia; Ubi primum 1849 pada Dikandung Tanpa Noda; Nostis et nobiscum 1849 tentang Gereja di Negara Kepausan; Neminem vestrum 1854 tentang penganiayaan berdarah terhadap orang-orang Armenia; Cum nuper 1858 tentang perawatan ulama; Amantissimus 1862 tentang pemeliharaan gereja; Meridionali Americae 1865 tentang Seminari Pendeta Pribumi; Omnem solicitudinem 1874 tentang Ritus Yunani-Ruthenian; Quod nunquam 1875 tentang Gereja di Prusia. Pada tanggal 7 Februari 1862 ia mengeluarkan konstitusi kepausan Ad universalis Ecclesiae yang mengatur tentang syarat-syarat untuk masuk ke ordo keagamaan yang di dalamnya sumpah khidmat ditentukan. Berbeda dengan para paus pada abad ke-20, Pius IX tidak menggunakan ensiklik untuk menjelaskan iman secara rinci, namun untuk menunjukkan area masalah dan kesalahan dalam Gereja dan di berbagai negara.
Ensikliknya pada bulan Desember 1864 Quanta cura berisi Silabus Kesalahan, sebuah lampiran yang mencantumkan dan mengutuk 80 proposisi sebagai bid'ah, banyak di antaranya mengenai topik politik, dan dengan tegas mengukuhkan masa kepausannya dalam menentang sekularisme, rasionalisme, dan modernisme dalam segala bentuknya. Dokumen tersebut menegaskan bahwa Gereja adalah masyarakat sejati dan sempurna yang sepenuhnya bebas, diberkahi dengan hak-haknya sendiri yang pantas dan abadi, yang diberikan kepadanya oleh Pendiri Ilahinya, yang tertinggi di atas otoritas sekuler mana pun. Kekuasaan gerejawi dapat menjalankan wewenangnya tanpa izin dan persetujuan pemerintah sipil. Gereja mempunyai kuasa untuk mendefinisikan secara dogmatis bahwa agama Gereja Katolik adalah satu-satunya agama yang benar. Setelah berabad-abad didominasi oleh Negara dan kekuatan sekuler, Paus kemudian membela hak Gereja atas kebebasan berekspresi dan berpendapat, bahkan jika pandangan tertentu dilanggar. persepsi dan kepentingan kekuatan sekuler, yang di Italia pada saat itu mencoba mendominasi banyak aktivitas Gereja, pengangkatan uskup, dan bahkan pendidikan para pendeta di seminari.
Silabusnya masih kontroversial pada saat itu. “Paus yang pengaruh dan negaranya dipandang menurun, bahkan berakhir sebelum Silabus, sekaligus menjadi pusat perhatian sebagai musuh kemajuan yang kuat, orang yang memiliki kekuasaan tak terbatas dan pengaruh berbahaya.” Kekuatan anti-Katolik memandang dokumen kepausan sebagai serangan terhadap kemajuan, sementara banyak umat Katolik senang melihat hak-hak mereka didefinisikan dan dipertahankan dari gangguan pemerintah nasional. Umat Katolik Eropa menyambut baik gagasan bahwa gereja-gereja nasional tidak tunduk pada otoritas negara, sebuah gagasan yang telah lama dipraktikkan di Prancis, Spanyol, dan Portugal di bawah berbagai versi Galikanisme. Umat Katolik Amerika, yang melihat kesamaan pandangan kepausan tentang peran Negara dalam urusan Gereja dengan pandangan para pendiri, bersukacita atas definisi hak-hak duniawi dalam bidang pendidikan, perkawinan dan keluarga.