Metal Gear Solid
Plot

Pada tahun 2005, enam tahun setelah jatuhnya Zanzibarland. Unit pasukan khusus yang diperkuat secara genetis, FOXHOUND, telah menyita sebuah pulau terpencil di Kepulauan Fox, Alaska dengan kode nama "Shadow Moses", lokasi fasilitas pembuangan senjata nuklir. FOXHOUND mengancam untuk menggunakan mecha yang berkemampuan nuklir, Metal Gear REX, melawan pemerintah A.S. jika mereka tidak menerima sisa-sisa Big Boss dan uang tebusan sebesar $ 1 miliar dalam waktu 24 jam. Solid Snake dipaksa keluar dari pensiun oleh Kolonel Roy Campbell untuk menyusup ke pulau tersebut dan menetralisir ancaman tersebut.
Snake memasuki fasilitas melalui ventilasi udara dan menempatkan sandera pertama, Kepala DARPA Donald Anderson. Anderson mengungkapkan bahwa Metal Gear REX dapat dinonaktifkan dengan kode peledakan detonasi rahasia, namun meninggal karena serangan jantung. Keponakan Kolonel Campbell Meryl Silverburgh, disandera di sel yang berdampingan, membantu melarikan diri dari Snake. Snake menempatkan sandera lain, presiden ArmsTech Kenneth Baker, namun dihadapkan oleh anggota FOXHOUND Revolver Ocelot. Pertarungan mereka terganggu oleh seorang ninja cyborg misterius yang memotong tangan kanan Ocelot. Baker memberi pengarahan Snake pada proyek Metal Gear dan menyarankannya untuk menghubungi Meryl, yang dia beri kartu PAL yang mungkin mencegah peluncurannya, tapi dia juga meninggal karena serangan jantung mendadak.
Selama codec, Meryl setuju untuk bertemu di daerah pembuangan hulu ledak dengan syarat bahwa Snake menghubungi perancang Metal Gear, Dr. Hal "Otacon" Emmerich. En route, Snake menerima panggilan anonim codec yang memperingatkannya tentang penyergapan tank. Snake menangkis serangan dari Raven Vulcan dan berlanjut ke tempat pertemuan, di mana ia menempatkan Otacon. Ninja muncul kembali dan Snake menyadari itu adalah mantan sekutunya Gray Fox, yang diyakini telah meninggal. Otacon setuju untuk membantu Ular jarak jauh menggunakan kamuflase khusus untuk mendapatkan informasi dan persediaan.
Snake bertemu Meryl dan menerima kartu PAL. Saat mereka menuju pangkalan bawah tanah, Meryl dikuasai oleh Psycho Mantis psikis dan menarik pistolnya ke Snake. Dia melucuti dia dan mengalahkan Mantis, yang memberi tahu Ular bahwa dia memiliki "tempat yang besar" di dalam hatinya. Setelah mereka mencapai lorong bawah tanah, Sniper Wolf menyergap mereka, melukai Meryl, dan menangkap Snake. Liquid menegaskan kecurigaan Snake bahwa mereka adalah saudara kembar. Setelah disiksa oleh Ocelot, Snake bingung untuk menemukan tubuh Anderson di selnya, tampaknya sudah mati berhari-hari. Dia kabur, berjalan naik ke menara komunikasi, dan menangkis serangan helikopter dari Liquid. Saat ia muncul ke lapangan salju, ia dihadapkan lagi oleh Sniper Wolf. Dia membunuhnya, menghancurkan Otacon, yang tergila-gila padanya.
Snake berlanjut ke hanggar REX dan disergap lagi oleh Raven. Setelah Snake mengalahkannya, Raven mengatakan kepada Snake bahwa "Anderson" sebenarnya adalah FOXHOUND menyamarkan artis Decoy Octopus. Hanggar Infiltrating Metal Gear, Ular sengaja mendengar Cairan dan Ocelot mempersiapkan urutan peluncuran REX dan menggunakan kartu PAL, namun ini secara tidak terduga mengaktifkan REX. Liquid mengungkapkan bahwa dia telah meniru penasihat Snake Master Miller dan bahwa FOXHOUND telah menggunakan Ular untuk memfasilitasi peluncuran REX. Dia dan Ular adalah produk proyek Les Enfants Terribles, sebuah program pemerintah tahun 1970 untuk mengkloning Big Boss. Dia juga mengungkapkan kepada Snake alasan sebenarnya pemerintah untuk mengirimnya: Ular secara tidak sadar membawa virus "FoxDie" yang berjejer yang menyebabkan serangan jantung di anggota FOXHOUND pada kontak, yang memungkinkan pemerintah untuk mengembalikan REX yang tidak rusak.
Sebagai Liquid, di REX, pertempuran Ular, Grey Fox muncul, menghancurkan radion REX, dan terbunuh. Ular menghancurkan REX dan mengalahkan Liquid, kemudian lolos dengan Meryl atau Otacon melalui terowongan bawah tanah, dikejar oleh Liquid dalam sebuah Jeep. Setelah kecelakaan kendaraan mereka, Cair menarik pistol ke Ular tapi mati dari FoxDie. Kolonel Campbell, yang sebentar digulingkan dari komando, membatalkan pemogokan nuklir untuk menghancurkan bukti operasi tersebut, dan memerintahkan agar Snake terdaftar sebagai orang yang terbunuh dalam tindakan untuk menghentikan pemerintah AS mencarinya. Naomi Hunter, yang menyuntikkan Ular dengan virus FoxDie, mengatakan kepadanya bahwa dia memiliki jumlah waktu yang tidak pasti sebelum membunuhnya. Ocelot memanggil Presiden A.S.; Dia adalah agen ganda yang misinya mencuri disket Baker dari Spesifikasi Metal Gear.