John Knox
Tahun-tahun akhir di Edinburgh (1564–1572)

Pada tanggal 26 Maret 1564, Knox kembali menimbulkan kontroversi ketika ia menikahi Margaret Stewart, putri dari seorang teman lama, Andrew Stewart, Lord ke-2 Ochiltree, seorang anggota keluarga Stuart dan kerabat jauh Ratu, Mary Stuart. Pernikahan ini tidak lazim karena Knox merupakan seorang duda berusia lima puluh tahun, sementara mempelainya baru berusia tujuh belas tahun. Hanya sedikit detail yang diketahui tentang kehidupan rumah tangga mereka. Mereka memiliki tiga anak perempuan, Martha, Margaret, dan Elizabeth.
Ketika Sidang Umum berada dalam sesi pada bulan Juni 1564, terjadi perselisihan antara Knox dan Maitland mengenai otoritas pemerintah sipil. Maitland mengatakan kepada Knox untuk menahan diri agar tidak menyulut emosi atas desakan Mary agar misa dirayakan dan ia mengutip dari Martin Luther dan John Calvin tentang ketaatan kepada penguasa duniawi. Knox menanggapi bahwa Alkitab mencatat bahwa Israel dihukum ketika mereka mengikuti raja yang tidak setia dan bahwa hal yang dibantah oleh para reformator kontinental adalah argumen yang dibuat oleh kaum Anabaptis yang menolak segala bentuk pemerintahan. Perdebatan tersebut menunjukkan pengaruhnya yang memudar terhadap peristiwa-peristiwa politik karena kaum bangsawan terus mendukung Mary.
Pada tanggal 29 Juli 1565, ketika Mary menikah dengan Henry Stuart, Lord Darnley, beberapa bangsawan Protestan, termasuk James Stewart, Earl ke-1 Moray, melakukan pemberontakan. Knox mengungkapkan keberatannya saat berkhotbah di hadapan Raja Pendamping yang baru pada tanggal 19 Agustus 1565. Ia membuat beberapa alusio tentang para penguasa yang tidak saleh yang menyebabkan Darnley meninggalkan ruangan. Knox dipanggil dan dilarang berkhotbah selama pemerintahan berada di Edinburgh.
Pada tanggal 9 Maret 1566, sekretaris Mary, David Rizzio, dibunuh oleh para konspirator yang setia kepada Darnley. Mary melarikan diri dari Edinburgh ke Dunbar dan kembali dengan kekuatan besar pada 18 Maret. Knox melarikan diri ke Kyle di Ayrshire. Di sana ia menyelesaikan bagian utama dari magnum opus-nya, Sejarah Reformasi Agama dalam Kerajaan Skotlandia. Ketika ia kembali ke Edinburgh, ia mendapati para bangsawan Protestan terpecah mengenai apa yang harus dilakukan terhadap Mary. Lord Darnley telah dibunuh dan Ratu segera menikahi tersangka utamanya, Earl dari Bothwell. Dengan dakwaan pembunuhan yang ditimpakan kepadanya, ia dipaksa turun takhta dan dipenjarakan di Kastel Loch Leven. Lord Moray menjadi wali penguasa bagi Raja James VI. Teman-teman lama Knox lainnya, Lord Argyll dan William Kirkcaldy, tetap mendukung Mary. Pada tanggal 29 Juli 1567, Knox menyampaikan khotbah dalam penobatan James VI di gereja di Stirling. Selama masa ini, Knox mengecam Mary dalam khotbah-khotbahnya, bahkan sampai menyerukan agar Mary dieksekusi. Namun, Mary tidak dihukum mati, dan ia melarikan diri pada tanggal 2 Mei 1568.
Pertempuran di Skotlandia berlanjut sebagai perang saudara. Lord Moray dibunuh pada tanggal 23 Januari 1570. Wali penguasa yang menggantikannya, Earl dari Lennox, juga menjadi korban kekerasan. Pada tanggal 30 April 1571, pengawas Kastel Edinburgh, William Kirkcaldy dari Grange, memerintahkan semua musuh Ratu untuk meninggalkan kota. Namun untuk Knox, mantan teman dan sesama budak di kapal galai, ia membuat pengecualian. Jika Knox tidak pergi, ia dapat tinggal di Edinburgh, tetapi hanya jika ia tetap menjadi tawanan di kastel. Knox memilih untuk pergi, dan pada tanggal 5 Mei ia berangkat ke St Andrews. Ia terus berkhotbah, mengajar di hadapan para mahasiswa, dan mengerjakan bukunya Sejarah. Pada akhir Juli 1572, setelah gencatan senjata diberlakukan, ia kembali ke Edinburgh. Meskipun pada saat itu kondisinya sangat rapuh dan suaranya samar-samar, ia terus berkhotbah di St Giles.
Setelah melantik penggantinya, James Lawson dari Aberdeen, sebagai pendeta St Giles pada tanggal 9 November, Knox pulang ke rumahnya untuk yang terakhir kalinya. Dengan teman-temannya dan beberapa bangsawan terbesar Skotlandia di sekelilingnya, ia meminta Alkitab dibacakan dengan suara lantang. Pada hari terakhirnya, 24 November 1572, istri mudanya membacakan surat Paulus yang pertama kepada jemaat di Korintus. Sebuah kesaksian tentang Knox diberikan oleh James Douglas, Earl ke-4 Morton, dan wali penguasa Skotlandia yang baru saja terpilih, di makamnya di halaman gereja St Giles: "Di sini terbaring seseorang yang tidak pernah takut pada daging". Setelah pembongkaran halaman gereja pada tahun 1633, lokasi persis makam Knox tidak dapat dipastikan.