Manuel de Arriaga
Berpolitik

Sebagai seorang anggota Partai Republiken Portugal, ia bersama dengan acinto Nunes, Azevedo e Silva, Bernardino Pinheiro, Teófilo Braga dan Francisco Homem Cristo adalah seorang anggota parlemen yang aktif selama era bertahtanya Raja Luís I. Selain itu ia juga ikut terlibat dalam debat-debat yang bertemakan reformasi pendidikan, kode klasifikasi hukuman dan penjara dan juga reformasi elektoral. Pada waktu itu, kaum republiken yang doktriner telah digantikan oleh partai lain yang berafiliasi dengan kelompok freemason atau asosiasi Carbonari yang baru lahir. Selain itu ia juga terpilih menjadi Deputi untuk Funchal (1883-1884) dan Lisboa (1890-1892). Dikenal sebagai seorang yang pragmatis, ia aktif memperjuangkan tujuan-tujuan kaum republiken sambil menjaga hubungannya dengan gereja, tidak seperti rekan-rekannya sesama kaum republiken. Namun diwaktu yang sama ia juga agresif dan kritis terhadap apa yang dilihatnya sebagai "kelesuan pemerintahan monarki, pemborosan dan kemewahan keluarga kerajaan. Namun, ia dengan gigih mengecam ketidakberesan dalam pemerintahan, terutama ketika beberapa menteri mentransfer dana dari kas pemerintah ke tangan swasta.
Seiring dengan didirikannya Republik Portugal paska Revolusi 5 Oktober, mahasiswa muda Partai Republik di Coimbra memasuki era [pendirian] Senat, dan merusak Aula dan perabotan yang digunakan dalam upacara Doktoral dan merusak lukisan raja-raja Portugis terakhir. Untuk "menghalangi kebobrokan lainnya, Dr. António José de Almeida (Republik sejak jam pertama) mengundang Dr. Manuel de Arriaga menjadi rektor Universitas Coimbra dan memberinya cuti pada tanggal 17 Oktober 1910 dalam sebuah upacara tanpa adanya sentimen akademis, yang mana sudah cukup untuk meredam semangat siswa”.
Selama era Pemerintahan Sementara, Arriaga menjadi Jaksa Agung Portugal yang tampil perdana dengan cara seperti itu sebagai seorang paladin propaganda Partai Republik dan sebagai salah satu orang Portugis yang lebih pedas.
Sebagai seorang figur senior dalam rezim republiken, ia kemudian terpilih menjadi Presiden pada 24 Agustus 1911 (ia tidak pernah berkampanye maupun mencalonkan diri sebagai calon presiden.) Arriaga mencatat peristiwa itu sebagai beban berat dalam hidupnya karena ia merasa tidak mampu untuk menjalankan tugasnya meskipun ia menerima keputusan bahwa ia adalah Presiden Portugal "demi kebaikan negara". Calon presiden lainnya adalah Dr. Bernardino Machado (yang kelak juga akan menjadi Presiden Portugal), namun António José de Almeida-lah yang mencalonkan Arriaga pada akhir masa jabatan Pemerintahan Sementara Teófilo Braga. Seperti yang diyakini Almeida, Arriaga "adalah salah satu dari sedikit, atau bahkan satu-satunya, orang di Partai yang bekerja dengan baik dengan semua orang dan yang tidak berbicara buruk dihadapan Tuhan".
Bagi Arriaga, jabatan Presiden yang ia ampu bukanlah jabatan bergengsi; meskipun ia adalah Presiden yang dipilih, dan mendapatkan jatah rumah dinas di Horta Seca, rumah dinas itu memerlukan biaya renovasi, sewa, anggaran sekretaris pribadi bahkan tidak ada anggaran transportasi. Kesemua biaya itu kemudian ditanggung oleh Arriaga sambil dibantu oleh anaknya. Setelahnya, Arriaga pindah untuk menempati Istana Belém, namun ia tidak menempati bangunan utamanya melainkan ia menempati bagian Pátio das Damas. Peristiwa itu terjadi dalam sebuah periode waktu dimana ketika pecahnya tujuan-tujuan kaum republiken banyak berdiri faksi-faksi politik. António José de Almeida mendirikan partai Evolusionis, , Brito Camacho mendirikan partai Persatuan Republiken, sedangkan  Afonso Costa meneruskan Partai Republiken yang berganti nama menjadi Partai Demokrat. Dalam bagian ini, Arriaga menunjuk seorang politikus dan jurnalis yang bernama João Chagas untuk memimpin pemerintahan pertamanya. Dalam buku autobiografinya, Arriaga diceritakan tentang bagaimana ia berharap agar tidak menjadi faktor lainnya terhadap terpecahnya kaum republiken, terutama pada saat terdapat kebutuhan untuk bekerja sama; ini adalah periode yang sulit secara historis, karena kekesalan atas "pertanyaan agama", agitasi sosial yang terus-menerus, dan ketidakstabilan partai politik (terkait dengan "strategi Machiavellian" dari beberapa politisi) yang bergejolak selama masa pertumbuhan Republik Pertama. Arriaga sering gagal dalam menahan ketegangan itu dan sering menghadapi revolusi menentang republik seperti Serangan Royalis di Chaves yang dipimpin oleh Kapten Paiva Couceiro. Selama waktu itu juga, terjadi gonta-ganti pemerintahan, terjadi delapan pergantian jabatan Perdana Menteri, kekacauan di jalanan, reaksi kekerasan terhadap gereja, serta gerakan monarki kontra-revolusioner. Akhirnya, ia mengundang Dr. António José de Almeida untuk memimpin pemerintahan, namun ia menolak, dan memilih Afonso Costa dari Partai Republik, yang akan memerintah terus-menerus hingga tahun 1917. Dibenci, namun ditakuti, ia memerintah dan bahkan berusaha untuk memulihkan pemerintahannya. beberapa ketertiban dan ekonomi ke rekening publik. Meskipun Afonso Costa mampu mengurangi defisit, ketidakstabilan dan konflik antar Pihak tetap ada, yang menjadi semakin kritis karena politik dalam negeri dan meningkatnya ketegangan internasional pada tahun 1914 (yang pada akhirnya memicu Perang Dunia I).
Arriaga menyesalkan kejadian-kejadian tersebut, dan mengutarakan niatnya untuk mengundurkan diri kecuali jika koalisi atau pemerintahan non-partai dapat dibentuk untuk menyelesaikan permasalahan amnesti dan bisa memisahkan gereja dan negara. Namun, pemerintahan berikutnya tidak akan segera menyelesaikan masalah ini; pada tanggal 22 Februari 1914 amnesti diberikan bagi mereka yang tidak dituduh melakukan tindakan kekerasan, dan sebelas pemimpin kelompok subversif dibebaskan, tetapi Undang-Undang Pemisahan tetap tidak direvisi.