Joseph Ratzinger sebagai Prefek Kongregasi bagi Ajaran Iman
Respon terhadap skandal pelecehan seksual

Karena Kardinal Ratzinger adalah Prefek Kongregasi bagi Doktrin Iman (CDF), pelecehan seksual terhadap anak di bawah umur yang dilakukan oleh para pastor adalah tanggung jawabnya untuk menyelidikinya sejak tahun 2001, ketika tuduhan tersebut diberikan kepada CDF oleh Paus Yohanes Paulus II. Sebelum diberi tuduhan ini, Kardinal Ratzinger secara teoritis mengetahui rahasia semua kasus pelecehan seksual di dalam Gereja. Sebagai Prefek CDF, Hukum Kanonik mengarahkan para Uskup untuk melaporkan kasus pelecehan seksual yang melibatkan para imam di keuskupannya kepada Kardinal Ratzinger. Namun, karena ketidakjelasan Hukum Kanonik, bahkan di dalam Gereja, tidak diketahui apakah arahan ini benar-benar diikuti.[butuh rujukan]
Sebagai bagian dari implementasi norma-norma yang disahkan dan diumumkan pada tanggal 30 April 2001 oleh Paus Yohanes Paulus II, pada tanggal 18 Mei 2001 Ratzinger mengirimkan surat kepada setiap uskup di Gereja Katolik. Surat ini mengingatkan mereka akan hukuman berat yang akan dihadapi oleh mereka yang mengungkapkan rincian rahasia sehubungan dengan penyelidikan atas tuduhan kejahatan gerejawi berat tertentu terhadap para imam, termasuk pelecehan seksual, yang merupakan yurisdiksi Kongregasi. Surat tersebut memperpanjang masa hukuman atau statuta pembatasan untuk kejahatan-kejahatan ini menjadi sepuluh tahun. Namun, ketika kejahatan tersebut adalah pelecehan seksual terhadap anak di bawah umur, "resep tersebut mulai berlaku sejak anak di bawah umur tersebut mencapai usia delapan belas tahun." Pengacara yang bertindak untuk dua orang yang dituduh korban pelecehan di Texas mengklaim bahwa dengan mengirimkan surat tersebut kardinal berkonspirasi untuk menghalangi keadilan. Catholic News Service melaporkan bahwa "surat tersebut mengatakan bahwa norma-norma baru mencerminkan "kompetensi eksklusif" tradisional CDF mengenai delicta graviora—bahasa Latin yang berarti "pelanggaran yang lebih berat". Menurut para pakar [[Hukum Kanonik (Gereja Katolik)|hukum kanon] di Roma, menyerahkan kasus-kasus pelecehan seksual yang dilakukan oleh pastor terhadap anak di bawah umur kepada CDF adalah hal baru. , beberapa kejahatan serius yang dilakukan para pastor terhadap moralitas seksual, termasuk pedofilia, ditangani oleh kongregasi tersebut atau pendahulunya, Holy Office, namun hal ini tidak terjadi dalam beberapa tahun terakhir." Pemberlakuan norma-norma tersebut oleh Paus Yohanes Paulus II dan surat berikutnya oleh Prefek CDF saat itu diterbitkan pada tahun 2001 di Acta Apostolicae Sedis yang merupakan lembaran resmi Takhta Suci, sesuai dengan Kitab Hukum Kanonik 1983 , dan disebarluaskan setiap bulan ke ribuan perpustakaan dan kantor di seluruh dunia.
Pada tahun 2002 Ratzinger mengatakan kepada Catholic News Service bahwa "kurang dari satu persen pastor bersalah atas tindakan semacam ini." Para penentang melihat hal ini sebagai mengabaikan kejahatan orang-orang yang melakukanmengatasi pelecehan; yang lain melihatnya hanya sekedar menunjukkan bahwa hal ini tidak boleh mencemari para imam lain yang menjalani kehidupan terhormat. Tak lama setelah terpilih,[meragukan] dia memberi tahu Kardinal Francis George, Uskup Agung Chicago, bahwa dia akan mengurus masalah ini.'
Menurut Kardinal Uskup Agung Wina Christoph Schönborn, berbicara di televisi Austria pada bulan Maret 2010, Ratzinger pada tahun 1995 mendesak Paus Yohanes Paulus II untuk melakukan penyelidikan khusus terhadap Hans Hermann Groër, pendahulu Schönborn sebagai Uskup Agung, setelah Groër dituduh menganiaya biksu muda. Namun pejabat Kuria lainnya meyakinkan John Paul bahwa media telah membesar-besarkan kasus ini, dan penyelidikan hanya akan menciptakan lebih banyak publisitas buruk.