Sejarah Iran
Revolusi dan Republik Islam Iran (1979) > Pemerintahan Khomeini (1979 – 1989) > Perang Iran–Irak (1980 – 1988)

Artikel utama: Perang Iran-Irak
Kala krisis politik dan sosial tengah melanda Iran, pemimpin Irak, Saddam Hussein, mencoba mengail untung dari kekacauan akibat Revolusi Islam, kelemahan militer Iran, dan penentangan revolusi terhadap pemerintah Barat. Militer Iran yang pernah begitu kuat telah bubar selama revolusi, dan dengan lengsernya Syah, Hussein berambisi untuk menempatkan dirinya pada kedudukan sebagai orang kuat baru di Timur Tengah, dan berupaya memperluas akses Irak ke Teluk Persia dengan merebut wilayah-wilayah yang sebelumnya pernah dituntut Irak dari Iran pada masa pemerintahan Syah.
Wilayah terpenting bagi Irak adalah Khuzestan yang tidak saja membangga-banggakan populasi Arabnya yang substansial, melainkan juga ladang-ladang minyaknya yang kaya. Dengan mengatasnamakan kepentingan Uni Emirat Arab secara sepihak, pulau Abu Musa dan pulau-pulau Tunb pun turut disasarnya. Dengan ambisi-ambisi sedemikian dalam benaknya, Hussein merancang sebuah penyerbuan berskala besar atas Iran, membual bahwa angkatan bersenjatanya mampu mencapai ibu kota Iran dalam tiga hari. Pada 22 September 1980, angkatan darat Irak menginvasi wilayah Iran di Khuzestan, memicu pecahnya Perang Iran–Irak. Serangan mendadak itu benar-benar mengejutkan Iran yang tengah dilanda revolusi.
Sekalipun angkatan bersenjata Saddam Hussein beberapa kali berjaya di awal, angkatan bersenjata Iran mampu menghalau angkatan darat Irak mundur kembali ke Irak menjelang 1982. Khomeini berupaya mengekspor revolusi Islamnya ke arah barat menuju Irak, khususnya bagi mayoritas kaum Arab Syiah yang tinggal di negara itu. Perang terus berlanjut enam tahun lagi sampai pada 1988, tatkala Khomeini, dengan kata-katanya sendiri, "menelan racun" dan menyepakati sebuah gencatan senjata yang diperantarai Perserikatan Bangsa Bangsa.
Berlaksa-laksa warga sipil dan personil militer Iran yang tewas tatkala Irak menggunakan senjata kimia dalam peperangan. Irak didukung secara finansial oleh Mesir, negara-negara Arab di Teluk Persia, Uni Soviet dan negara-negara anggota Pakta Warsawa, Amerika Serikat (sejak 1983), Prancis, Inggris, Jerman, Brazil, serta Republik Rakyat Tiongkok (yang juga menjual persenjataan kepada Iran).
Ada lebih dari 100.000 korban yang jatuh di pihak Iran akibat senjata kimia yang dipergunakan Irak selama perang delapan tahun itu. Total korban perang di pihak Iran diperkirakan mencapai jumlah antara 500.000 sampai 1.000.000. Hampir semua perwakilan internasional terkait membenarkan bahwa Saddam mempergunakan perang kimia untuk melumpuhkan serbuan lautan manusia dari Iran; perwakilan-perwakilan ini satu suara membenarkan bahwa Iran tidak pernah mempergunakan persenjataan kimia selama perang.
Mulai dari 19 Juli 1988 dan bertahan sekitar lima bulan pemerintah secara sistematis menghukum mati ribuan tahanan politik di seluruh Iran. Peristiwa ini umumnya dikenal sebagai eksekusi tahanan politik Iran 1988 atau Pembantaian Iran 1988. Yang menjadi target utama adalah anggota-anggota Organisasi Mujahidin Rakyat Iran, walaupun sejumlah kecil tahanan politik dari kelompok-kelompok kiri lainnya semisal Partai Tudeh Iran (Partai Komunis) juga turut menjadi korban. Perkiraan jumlah korban tereksekusi berkisar dari 1.400 hingga 30.000 jiwa.