Perkembangan kanon Perjanjian Lama
Protokanonika dan deuterokanonika

Lihat pula: Apokrifa Alkitab, Protokanonika, dan Deuterokanonika
Kanon Katolik Roma dan Gereja-gereja Timur mencakup kitab-kitab yang disebut deuterokanonika, yang mana kewibawaannya ditentang oleh Akiba ben Yusuf selama perkembangan kanon Ibrani pada abad pertama; meskipun Akiba sendiri tidak menentang penggunaan pribadi kitab-kitab tersebut sebagaimana ia sendiri sering menggunakan Kitab Sirakh. Salah satu catatan awal tentang kitab-kitab deuterokanonika ditemukan dalam Septuaginta, suatu terjemahan kitab-kitab Yahudi ke dalam bahasa Yunani Koine. Terjemahan ini digunakan secara luas oleh Gereja perdana dan merupakan salah satu terjemahan yang paling sering dikutip (300 dari 350 kutipan termasuk banyak dari perkataan Yesus sendiri) dalam Perjanjian Baru ketika merujuk Perjanjian Lama. Yang lainnya, berupa versi-versi yang lebih tua dari teks-teks berbahasa Ibrani, Aramaik, dan Yunani, telah ditemukan di antara gulungan-gulungan Naskah Laut Mati dan Geniza Kairo.
Secara tradisi, penjelasan atas perkembangan kanon Perjanjian Lama menggambarkan dua kumpulan kitab-kitab Perjanjian Lama, yakni kitab-kitab protokanonika dan deuterokanonika. Berdasarkan hal ini, sebagian Bapa Gereja menerima dimasukkannya kitab-kitab deuterokanonika dengan didasarkan atas dimasukkannya kitab-kitab tersebut dalam Septuaginta (terutama Agustinus), sementara yang lainnya memperdebatkan statusnya didasarkan atas dikeluarkannya kitab-kitab tersebut dari Alkitab Ibrani (terutama Hieronimus). Michael Barber berpendapat bahwa rekonstruksi menurut waktu seperti ini sangat tidak akurat dan "kasus terhadap apokrifa tersebut terlalu dibesar-besarkan". Agustinus sekadar menginginkan sebuah versi baru dari Alkitab Latin berdasarkan teks Yunani karena pada saat itu Septuaginta digunakan secara luas di seluruh Gereja dan proses penerjemahan tidak dapat mengandalkan seseorang saja (Hieronimus) yang mana bisa saja keliru; pada kenyataannya, sebagaimana dinyatakannya dalam Kota Allah 18.44, ia memandang bahwa Alkitab Ibrani dan Septuaginta memiliki kewibawaan yang setara. Bagi kebanyakan umat Kristen perdana, Alkitab Ibrani merupakan "Kitab Suci" tetapi harus dipahami dan ditafsirkan dalam terang keyakinan Kekristenan.
Meskipun kitab-kitab deuterokanonika direferensikan oleh sebagian Bapa Gereja sebagai Kitab Suci, kalangan lainnya seperti Athanasius menyatakan bahwa kitab-kitab tersebut hanya untuk dibaca dan tidak untuk menetapkan doktrin. Athanasius memasukkan Kitab Barukh dan Surat Nabi Yeremia ke dalam daftarnya, serta mengeluarkan Kitab Ester. Menurut Catholic Encyclopedia, "status lebih rendah yang dikenakan pada kitab-kitab deuterokanonika oleh pihak otoritas seperti Origen, Athanasius, dan Hieronimus, adalah karena konsepsi kanonisitas yang terlalu kaku; suatu kitab, untuk dapat memperoleh martabat tertinggi ini, harus diterima oleh semua pihak, harus tidak ada kesangsian seturut sejarah kuno Yahudi, dan terlebih lagi harus dapat diadaptasikan tidak sekadar untuk pembangunan rohani, tetapi juga untuk 'penegasan doktrin gereja', jika meminjam ungkapan Hieronimus."
Mengikuti jejak Martin Luther, kalangan Protestan memandang kitab-kitab deuterokanonika sebagai apokrifa (non-kanonik). Menurut J. N. D. Kelly, "Perlu diperhatikan bahwa Perjanjian Lama dengan demikian diakui otoritasnya dalam Gereja... selalu menyertakan, meskipun dengan berbagai tingkat pengakuan, apa yang disebut kitab-kitab deuterokanonika atau Apokrifa."