Tokugawa Yoshinobu
Perang Boshin (1867-1869)

Artikel utama: Perang Boshin
Keshogunan Tokugawa di bawah pimpinan shogun yang kuat dan bijaksana membuat cemas aliansi Domain Satsuma, Domain Chōshū, dan Domain Tosa yang menentang keshogunan. Dengan slogan Sonno Joi ("Hormati Kaisar, usir kaum barbar!") ditambah ketakutan shogun baru sebagai "Kelahiran Kembali Ieyasu" yang selanjutnya akan merebut kekuasaan pemerintahan dari tangan kaisar, aliansi tiga domain, Satsuma, Chōshū, dan Tosa berupaya untuk mengakhiri keshogunan, masing-masing dengan cara sendiri. Domain Tosa terutama bersikap lebih moderat, mencari kompromi dengan pengunduran diri Yoshinobu dari jabatan shogun dan dibentuknya sebuah dewan nasional pemerintahan baru yang beranggotakan berbagai daimyo. Demi mencapai tujuan tersebut Daimyo Tosa Yamanouchi Toyonori, bersama penasihatnya Gotō Shojiro mengajukan petisi yang meminta Shogun Yoshinobu mengundurkan diri.
Pada tanggal 9 November 1867, Yoshinobu mengajukan pengunduran dirinya kepada kaisar dan secara resmi mengundurkan diri sepuluh hari kemudian. Kekuasan pemerintahan dikembalikannya kepada kaisar. Ia kemudian menarik diri dari Kyoto ke Osaka. Meski mendukung pembentukan dewan pemerintahan beranggotakan para daimyo, politisi garis keras dari Domain Satsuma dan Domain Chōshū menentang pengangkatan Yoshinobu sebagai pemimpinnya. Secara diam-diam mereka memperoleh dekret kekaisaran yang isinya menyerukan penggunaan kekuatan militer terhadap Yoshinobu (dekret ini kemudian terbukti palsu), dan memindahkan pasukan Satsuma dan Chōshū secara besar-besaran ke Kyoto. Sebuah pertemuan diadakan di istana kekaisaran Kyoto. Hasil pertemuan meminta Yoshinobu dilucuti dari semua gelar dan tanah kepemilikannya, meskipun shogun tidak mengambil tindakan dapat ditafsirkan sebagai agresi atau kriminal. Pihak yang menentang justru tidak diikutsertakan dalam pertemuan itu. Yoshinobu menentang tindakan sepihak tersebut dan bermaksud menyampaikan protes ke istana. Pasukan dalam jumlah besar diberangkatkannya ke istana kaisar di Kyoto atas desakan pihak Domain Aizu, Domain Kuwana, dan domain-domain lainnya, sekaligus mempertimbangkan keberadaan sejumlah besar pasukan dari Satsuma dan Chōshū di Kyoto.
Setelah tiba di gerbang masuk kota Kyoto, pasukan Tokugawa dilarang masuk. Mereka diserang oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Peristiwa ini merupakan awal dari Pertempuran Toba-Fushimi yang merupaan bentrokan bersenjata pertama dalam Perang Boshin. Meskipun pasukan Tokugawa unggul dalam jumlah, moral pasukan jatuh setelah melihat panji-panji kekaisaran dikibarkan oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Di tengah berlangsungnya pertempuran, Yoshinobu menyelinap dari markas besarnya di Osaka dan berangkat ke Edo. Ia memasukkan dirinya ke dalam kurungan secara sukarela, dan menyatakan dirinya tunduk kepada istana. Kesepakatan damai akhirnya tercapai setelah Tayasu Kamenosuke, kepala keluarga berusia muda dari sebuah percabangan keluarga Tokugawa diadopsi dan diangkat sebagai kepala keluarga Tokugawa. Pada 11 April 1868, Istana Edo jatuh ke tangan tentara kekaisaran, dan kota ini terhindar dari perang habis-habisan.
Bersama dengan Kamenosuke (yang nantinya mendapat nama Tokugawa Iesato), Yoshinobu pindah ke Shizuoka, tempat Tokugawa Ieyasu pendiri Keshogunan Tokugawa menghabiskan masa pensiun berabad-abad sebelumnya. Iesato diangkat sebagai daimyo Domain Shizuoka yang baru dibentuk, tapi kehilangan gelar ini beberapa tahun kemudian, ketika sistem domain dihapus di Jepang.
Banyak dari hatamoto juga pindah ke Shizuoka, sebagian besar dari mereka tidak berhasil menemukan cara yang memadai untuk menghidupi diri sendiri. Akibatnya, banyak dari mereka membenci Yoshinobu, beberapa di antaranya menginginkan kematiannya. Yoshinobu menyadari hal ini dan begitu takut dibunuh pembunuh gelap. Ia tidur berpindah-pindah tempat setiap malamnya untuk membingungkan calon pembunuh.