Sejarah Maluku
Perusahaan Hindia Timur Belanda > Kedigdayaan

Di Ambon-Lease, penghasil cengkih menuntut penjualan dengan harga yang lebih tinggi. Karenanya, seperti di Banda, penghasil setempat juga mencoba menjual rempah kepada pihak ketiga. Untuk mencegahnya, VOC menggunakan kekerasan yang akhirnya timbul menjadi serangkaian perang di Pulau Ambon dan Seram, dikenal sebagai Perang Ambon yang terjadi antara 1624 hingga 1658. Salah satu dari Perang Ambon adalah Perang Ambon Ketiga yang terjadi pada 1636–1637 ketika warga Kristen Ambon memberontak karena terkena akibat pelayaran hongi dan mendapatkan perlakuan buruk dari VOC. Pada masa Perang Ambon ini, banyak tawanan perang yang dijadikan budak.
Pada 1650, Gubernur Ambon Arnold de Vlaming mengusulkan pembatasan penanaman cengkih agar hanya ditanam di Huamual, Seram untuk menekan jumlah produksi cengkih. Penolakan rakyat terhadap usulan tersebut serta hak ekstirpasi timbul menjadi Perang Huamual antara Huamual dan VOC-Ternate yang terjadi hingga 1656 dan menyebar ke Buru hingga 1658. Sejak berakhirnya perang ini, penanaman cengkih dibatasi hanya di Ambon, Haruku, Saparua, dan Nusalaut (Ambon-Lease), sementara pala hanya boleh ditanam di Banda. Hal ini mewujudkan monopoli perdagangan rempah VOC, meski melibatkan perdamaian bersenjata. VOC benar-benar menjadi kekuatan Eropa paling utama di Maluku setelah Tidore dengan bantuan VOC memaksa Spanyol sepenuhnya meninggalkan Maluku pada 1663, didukung juga oleh ancaman Ming terhadap Manila. Salah satu siasat VOC untuk memperkuat kekuasaannya adalah dengan membayar ganti rugi pemusnahan tanaman dalam penerapan hak ekstirpasi secara langsung kepada penguasa setempat. Hal ini menjadi salah satu pemicu Perang Huamual sebelumnya dan secara tidak langsung memperkuat kedudukan para penguasa tersebut. Meskipun demikian, ekstirpasi tidak selalu dilakukan oleh pegawai VOC karena dianggap sangat berbahaya. Karenanya, banyak pulau yang sering dilewati dan penyelundupan pun tetap berlanjut dalam jumlah kecil. Rakyat setempat pun tetap dapat mengelabui VOC dengan menanam rempah di pulau-pulau yang tidak diketahui VOC.
Pada abad ke-18, kekuasaan VOC dicirikan oleh campur tangan dalam urusan politik kerajaan-kerajaan Maluku. Meskipun demikian, dukungan VOC dalam bentuk dukungan militer dan keuangan yang diberikan secara khusus kepada para raja secara tidak langsung memperkuat kedudukan dan pengaruh raja dalam kerajaannya sendiri. Campur tangan VOC dilatarbelakangi oleh pecah kongsi antara VOC dan Ternate pada 1680 yang disebabkan oleh dukungan VOC terhadap pengkristenan yang dianggap menyakitkan hati bagi orang-orang Ternate. Hal ini memicu persekutuan erat antara VOC dan Tidore yang berhasil membonekakan Sultan Amsterdam kala itu. VOC juga membantu Tidore dalam meredam pemberontakan. VOC pun tercatat menurunkan Sultan Tidore pada 1779, memicu pemberontakan oleh Pangeran Nuku yang berpusat di Waru, Seram. Monopoli rempah VOC mengalami kemunduran pada akhir abad ke-18. Rempah tidak lagi menjadi barang dagangan yang terpenting, digantikan oleh kopi dan teh. Berbagai usaha penyelundupan juga berhasil dilakukan hingga Prancis berhasil memiliki perkebunan cengkihnya sendiri di Réunion, Mauritius, Cayenne, dan Karibia.