Perang Saudara Afganistan (1989-1992)
Latar belakang > Serangan antar kelompok mujahidin

Menurut laporan yang diterbitkan selama tahun 1980-an, Gulbuddin Hekmatyar mengembangkan reputasi untuk menyerang pasukan perlawanan lainnya, terutama Ahmad Shah Massoud, dan menyerang atau memblokir persediaan makanan dan senjata mereka serta karavan organisasi bantuan. Menurut penulis Steve Coll, Hekmatyar menyerang Ahmad Shah Massoud begitu sering sehingga Amerika Serikat (yang mendukungnya melalui Pakistan) khawatir dia mungkin menjadi pabrik rahasia KGB yang misinya adalah menabur gangguan dalam perlawanan anti-komunis. Laporan menunjukkan bahwa komandan Hekmatyar menyelamatkan orang-orang dan senjata mereka untuk menetapkan Hezb-e Islami Gulbuddin sebagai organisasi yang dominan setelah Soviet pergi.
Pada tahun 1989, pasukan Hekmatyar sekali lagi melakukan serangan terhadap pasukan Ahmad Shah Massoud, kali ini menargetkan Massoud dan pemimpin senior Syura-e Nazar – aliansi militer dan politik Massoud yang terdiri dari 130 komandan utara. Sementara mereka tidak dapat membunuh atau melukai Massoud, pasukan Hekmatyar menyiksa hingga mati 30 anak buah Massoud, beberapa di antaranya adalah teman dekat Massoud. Para penyintas menggambarkan penyiksaan sebagai mencabut mata mereka, memotong telinga dan hidung mereka, dan memotong perut mereka hingga terbuka. Massoud akibatnya memerintahkan operasi untuk memburu para pembunuh. Shura-e Nazar mampu menangkap para pembunuh, tetapi bukannya pembunuhan balas dendam, Massoud mengirim mereka ke Peshawar untuk mengadili mereka di depan pengadilan. Pengadilan menjatuhkan hukuman mati kepada mereka.
Ahmad Shah Massoud demi persatuan Afganistan menyatakan: "Pesan saya kepada para tentara Hekmatyar adalah bahwa tanpa front persatuan kita tidak dapat berhasil, kita tidak dapat mencapai apa pun di Afganistan." Roy Gutman dari Institut Perdamaian Amerika Serikat menganggap Massoud " satu-satunya pemimpin Afganistan dengan visi terpadu".
Selama periode ini (1987–89) baik Massoud maupun Hekmatyar sering saling bertikai dan saling membunuh perwira, dan retorika Massoud jarang diimbangi dengan tindakan. Pada tahun 1988, misalnya, pasukan Massoud menyerang loyalis Hekmatyar di Provinsi Badakhshan. Pada tahun 1989 Massoud menangkap dan mengeksekusi salah satu petugas lokal Hekmatyar, Jamal Agha, yang dia tuduh telah membunuh sejumlah komandan Jamiat-e-Islami: Mohammad Izzatullah, Mohammad Islamuddin, Mulla Abdul-Wadoud, dan Payinda Mohammad.
Namun, para pendukung Hekmatyar menuduh Massoud telah membunuh para komandan ini untuk memusatkan otoritasnya di jajaran Jamaat dan menjebak Jamal, yang mereka klaim memiliki hubungan baik dengan para korban. Hal ini dinyatakan oleh pendukung Hezb-e Islami Gulbuddin Mohammad Tanwir Halim dalam bukunya yang diterbitkan pada tahun 2013. Namun, versi cerita ini tidak didukung dan Hekmatyar secara luas tidak populer dalam kasus apa pun atas pembunuhan kejinya, meskipun ini belum tentu benar atas pembunuhannya. komandan beberapa di antaranya seperti Abdul-Rauf Safi, Abdul-Sabour Farid dan mungkin Jamal menikmati hubungan yang baik dengan kelompok lain. Massoud kemudian menunjuk Abdul-Rauf Safi sebagai komandan Kabul. Pendukung Hekmatyar juga menuduh Massoud pengkhianatan karena gencatan senjata dengan pasukan Soviet dan dalam hal ini mereka mendapat dukungan dari pemimpin Jamaat, Mohammad Eshaq yang juga mengkritik Massoud untuk gencatan senjata dengan Soviet selama paruh kedua pendudukan. Tampaknya Massoud mencoba membentuk basis independen dari Pakistan, dan dalam usaha ini dia membuat kesepakatan dengan pemerintah yang secara tradisional memusuhi mujahidin, termasuk India dan Soviet. Selama tahun 1990-an Massoud akan menguatkan aliansi dengan Rusia (negara penerus Uni Soviet) dalam konfliknya melawan pasukan Taliban. Hekmatyar memanfaatkan ini untuk menyerang Massoud, yang dia sebut "penguasa Panjshir" dan pengkhianat.
Namun, tuduhan pengkhianatan oleh kedua belah pihak tampaknya tidak masuk akal. Koordinator Pakistan, Mohammed Yousaf, tidak menentang versi Massoud tentang kisah Jamal meskipun Pakistan memusuhi Massoud, dan bagaimanapun hal itu telah menjadi fait accompli. Demikian pula, pemimpin mujahidin Palestina Abdullah Azzam mengklaim bahwa Massoud adalah seorang pejuang legendaris, meskipun Azzam sangat jarang mengkritik pemimpin mujahidin mana pun untuk menghindari gesekan.