Naruto
Alur cerita > Bagian II

Lihat pula: Naruto Shippuden
Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang salah satu anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk Naruto, untuk mengambil Bijuu dari tubuh mereka. Beberapa ninja dari Konoha, termasuk Tim 7, berperang melawan anggota Akatsuki dan mencari rekan mereka, Sasuke. Akatsuki berhasil menangkap tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk balas dendam. Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain, yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha, namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan, pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.
Dengan kematian Nagato yang merelakan nyawanya untuk menghidupkan kembali penduduk Konoha yang tewas, Tobi yang menyamar sebagai Madara Uchiha, mengumumkan bahwa ia ingin mendapatkan semua dari sembilan Bijuu, sehingga yang belum tertangkap hanya dua Bijuu lagi, untuk melakukan ilusi yang kuat untuk mengendalikan seluruh umat manusia. Para Kage dari lima desa ninja menolak untuk membantunya dan bekerjasama untuk menghadapi Tobi dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan perang dunia ninja keempat antara pasukan aliansi dari seluruh desa ninja melawan Akatsuki. Naruto dan Killer Bee, menolak untuk bersembunyi sebagaimana desakan para Kage. Ketika Naruto muncul di medan perang, ia berhasil menghancurkan topeng Tobi yang terungkap bahwa sebenarnya ia adalah Obito Uchiha, mantan kawan satu tim Kakashi dan orang yang memberi Kakashi mata Sharingan. Di sebuah misi bersama Tim Minato, Kakashi diselamatkan Obito dari kejatuhan batu di gua. Melihat keadaan reruntuhan batu yang menimpa Obito, ia diduga telah mati dan namanya diukir sebagai pahlawan di desa Konoha, Akan tetapi, terdapat fakta bahwa ia diselamatkan oleh Madara Uchiha yang telah tua dan memutuskan bekerjasama dengannya sejak kematian Rin. Setelah Sasuke mengetahui sejarah Konoha dari para Hokage, termasuk keadaan yang menyebabkan kehancuran klan-nya, ia memutuskan untuk melindungi desa dan bergabung kembali kepada Naruto dan Sakura untuk menghentikan rencana Madara dan Obito yang memanfaatkan Juubi. Namun, setelah Juubi dikalahkan, tubuh Madara akhirnya dirasuki oleh Kaguya Ōtsutsuki, seorang legenda leluhur ninja yang berniat untuk melenyapkan seluruh umat manusia, dan Obito mengorbankan diri untuk membantu Tim 7 untuk menghentikan Kaguya. Setelah Kaguya dikalahkan, Madara juga mati, tetapi Sasuke memutuskan untuk mengambil keuntungan dari situasi ini dan mengendalikan para Bijuu untuk mewujudkan tujuannya mengubah sistem desa. Naruto menghadapi Sasuke untuk menghentikannya, dan setelah mereka hampir saling membunuh dalam pertempuran sengit, Sasuke mengakui kekalahannya, walaupun sebenarnya mereka imbang. Setelah perang, Kakashi menjadi Hokage keenam. Lalu Sasuke dimaafkan dan ia memutuskan untuk mengembara yang bertujuan untuk melihat dunia ninja yang telah ia abaikan. Beberapa tahun kemudian, Kakashi pensiun dan Naruto menggantikan jabatannya, menjadikan Naruto sebagai Hokage ketujuh.