Pendudukan Jepang di Hindia-Belanda
Adminstrasi Jepang

Berharap bahwa para administrator Belanda akan tetap dipegang oleh Jepang untuk menjalankan koloni, sebagian besar orang Belanda menolak untuk pergi. Sebaliknya, mereka dikirim ke kamp penahanan dan penggantinya dari Jepang atau Indonesia ditempatkan pada posisi senior dan teknis. Pasukan Jepang menguasai birokrasi sektor infrastruktur dan layanan pemerintah seperti pelabuhan dan layanan pos. Selain 100.000 warga sipil Eropa (dan beberapa warga Tiongkok) yang diinternir, 80.000 tentara Belanda, Inggris, Australia, dan Sekutu AS dikirim ke kamp tawanan perang dengan tingkat kematian antara 13 dan 30 persen. Kelas penguasa Indonesia (terdiri dari pejabat lokal dan politisi yang pernah bekerja untuk pemerintah kolonial Belanda) bekerja sama dengan otoritas militer Jepang yang pada gilirannya membantu menjaga elit politik lokal tetap berkuasa dan mempekerjakan mereka untuk memasok kebutuhan industri, bisnis, dan angkatan bersenjata Jepang yang baru datang. Kerja sama Indonesia memungkinkan pemerintah militer Jepang untuk fokus pada pengamanan perairan dan udara di kepulauan besar tersebut dan menggunakan pulau-pulaunya sebagai pos pertahanan terhadap serangan Sekutu (yang diasumsikan kemungkinan besar berasal dari Australia).
Jepang membagi Indonesia menjadi tiga wilayah terpisah; Sumatera (bersama Malaya) ditempatkan di bawah Angkatan Darat ke-25, Jawa dan Madura di bawah Angkatan Darat ke-16, sedangkan Kalimantan dan Indonesia bagian timur dikuasai oleh Armada Selatan ke-2 Angkatan Laut Kekaisaran Jepang (IJN) yang berpangkalan di Makassar. Angkatan Darat ke-16 bermarkas di Jakarta dan Angkatan Darat ke-25 bermarkas di Singapura hingga April 1943, ketika komandonya dipersempit menjadi hanya di Sumatera dan markas besarnya dipindahkan ke Bukittinggi.
Di Jawa, Angkatan Darat ke-16 berencana mengelola Jawa sebagai satu entitas kesatuan. Namun pihak militer tidak membawa cukup administrtor yang handal untuk membentuk badan terpisah. Sejumlah besar penduduk Jepang di Jawa, yang bisa memberi nasihat kepada pemerintah, dibawa ke Australia ketika perang pecah, sementara sekelompok pejabat sipil terbunuh dalam Pertempuran Laut Jawa. Permasalahan ini diperparah oleh fakta bahwa hanya sedikit orang Indonesia yang bisa berbahasa Jepang. Pada bulan Agustus 1942 pemerintahan secara resmi dipisahkan dari komando tentara. Pemerintahan militer (gunsei) dikepalai oleh kepala staf  Angkatan Darat ke-16 (gunseikan). Wakilnya mengepalai bagian terpenting pemerintahan, Departemen Urusan Umum (Jepang: 総務部), yang bertindak sebagai sekretariat dan mengeluarkan kebijakan. Ada tiga Gunseikan untuk Jawa selama pendudukan:
Imamura Hitoshi
Harada Kumakichi
Yamamoto Moichiro
Sumatera juga punya Gunseikan. Di wilayah yang dikuasai angkatan laut, rencananya wilayah tersebut akan diubah menjadi koloni permanen yang dikelola oleh birokrat sipil Jepang, namun tetap berada di bawah angkatan laut. Oleh karena itu, IJN membawa serta pegawai sipilnya. Kepala administrator sipil (sōkan) bertanggung jawab langsung kepada Komandan Armada Area Barat Daya. Di bawah Sōkan ada tiga departemen administrasi yang bermarkas di Makassar, Banjarmasin, dan Ambon.