Genosida Timor Timur
Serbuan awal

Sejak awal penyerbuan pada Agustus 1975 dan seterusnya, Angkatan Bersenjata Republik Indonesia terlibat dalam pembunuhan massal warga sipil Timor Leste. Pada awal masa pendudukan, radio FRETILIN menyiarkan pernyataan berikut ini: "Tentara Indonesia membunuh tanpa ampun. Perempuan dan anak-anak ditembak di jalanan. Kita semua akan dibunuh.... Ini adalah permohonan bantuan internasional. Tolong lakukan sesuatu agar penyerbuan ini berhenti." Seorang pengungsi asal Timor menyaksikan "pemberontakan [dan] pembunuhan berdarah dingin terhadap perempuan dan anak-anak dan pemilik toko Tionghoa". Uskup Dili saat itu, Martinho da Costa Lopes, mengatakan, "Para tentara yang mendarat mulai membunuh semua orang yang mereka jumpai. Ada banyak tubuh bergelimpangan di jalanan. Di mana-mana kami hanya melihat tentara sedang membunuh, membunuh, membunuh." Dalam satu insiden, sekitar lima puluh laki-laki, perempuan, dan anak-anak, termasuk wartawan lepas asal Australia Roger East, dibariskan menghadap tebing di luar kota Dili dan ditembak; semua jasad jatuh ke laut. Banyak pembantaian terjadi di Dili. Saksi disuruh melihat dan menghitung keras-keras setiap kali ada orang yang dieksekusi. Kurang lebih 2.000 penduduk Timor dibantai pada dua hari pertama penyerbuan Dili. Selain pendukung Fretilin, pendatang Tionghoa juga dieksekusi; lima ratus orang dibunuh pada hari pertama.
Pembunuhan massal berlanjut tanpa henti ketika militer Indonesia memasuki daerah pegunungan Timor Leste yang dikuasai Fretilin. Seorang pemandu asal Timor yang bekerja untuk perwira senior Indonesia memberitahu mantan Konsul Australia untuk Timor Portugis, James Dunn, bahwa pada bulan-bulan pertama pertempuran, TNI "membunuh sebagian besar orang Timor yang mereka temui." Pada Februari 1976, setelah menguasai desa Aileu di selatan Dili dan memukul mundur pasukan Fretilin, tentara Indonesia menembaki sebagian besar penduduk desa, konon menembak semua orang di atas usia tiga tahun. Anak-anak kecil yang dibiarkan hidup dibawa ke Dili menggunakan truk. Ketika Aileu jatuh ke tangan TNI, jumlah penduduknya sekitar 5.000 jiwa. Ketika pekerja sosial Indonesia mengunjungi Aileu bulan September 1976, jumlah penduduknya tinggal 1.000 jiwa. Pada Juni 1976, TNI yang terpukul oleh serangan Fretilin melancarkan balas dendam terhadap kamp pengungsi besar yang dihuni 5.000 sampai 6.000 orang Timor di Lamaknan, dekat perbatasan Timor Barat. Setelah membakar beberapa rumah, tentara Indonesia membantai kurang lebih 2.000 laki-laki, perempuan, dan anak-anak.
Pada Maret 1977, mantan konsul Australia, James Dunn, menerbitkan laporan yang merincikan tuduhan militer Indonesia telah membunuh antara 50.000 sampai 100.000 warga sipil Timor Leste sejak Desember 1975. Jumlah ini konsisten dengan pernyataan pemimpin UDT, Lopez da Cruz, pada 13 Februari 1976 bahwa 60.000 warga Timor Leste tewas sepanjang perang saudara enam bulan sebelumnya dan 55.000 orang tewas pada dua bulan pertama penyerbuan oleh Indonesia. Perwakilan pekerja sosial Indonesia di Timor Leste membenarkan jumlah tersebut. Laporan Gereja Katolik pada akhir 1976 juga memperkirakan jumlah korban tewas antara 60.000 sampai 100.000 jiwa. Angka ini juga diperkuat oleh statistik pemerintah Indonesia. Dalam wawancara tanggal 5 April 1977 dengan Sydney Morning Herald, Menteri Luar Negeri Adam Malik mengatakan bahwa jumlah korban tewas sebanyak "50.000 jiwa atau mungkin 80.000 jiwa".
Pemerintah Indonesia mengklaim bahwa aneksasi Timor Leste bertujuan mewujudkan persatuan antikolonialisme. Buku panduan Departemen Luar Negeri Indonesia tahun 1977, Decolonization in East Timor, menghormati "hak penentuan nasib sendiri yang sakral" dan mengakui APODETI sebagai perwakilan mayoritas rakyat Timor Leste yang sesungguhnya. Deplu mengklaim bahwa FRETILIN populer karena "sering mengancam, memeras, dan meneror". Menteri Luar Negeri Indonesia, Ali Alatas, menegaskan kembali sikap tersebut dalam memoar tahun 2006 yang berjudul The Pebble in the Shoe: The Diplomatic Struggle for East Timor. Menurut pemerintah Indonesia, pembagian pulau menjadi timur dan barat "disebabkan oleh penindasan kolonial" oleh kekuatan imperial Portugal dan Belanda. Karena itu, menurut pemerintah Indonesia, aneksasi provinsi ke-27 adalah salah satu langkah untuk mempersatukan kepulauan Nusantara yang telah dimulai sejak 1904-an.