Militer Australia dalam konfrontasi Indonesia–Malaysia
Operasi darat > Semenanjung Malaysia, 1964

Meskipun awalnya tidak langsung sepakat untuk mengirim pasukan ke Kalimantan, pada April 1964 Pemerintah Australia setuju untuk mengizinkan pasukannya digunakan untuk melindungi Semenanjung Malaysia dari serangan. Mereka juga mengumumkan akan mengutus seorang insinyur konstruksi skuadron ke Kalimantan, serta menyediakan dua kapal laut penyapu ranjau, empat helikopter dan dukungan lain selain unit yang sudah ditempatkan sebelumnya. Sementara itu, pada bulan Juni, Barisan Anti-Pesawat ke-111 dikerahkan ke Butterworth di bagian utara Malaysia untuk menjaga landasan sewaktu-waktu Indonesia tiba-tiba melakukan serangan udara. Batalion Tiga Resimen Tentara Australia (3 RAR), yang berbasis di Kamp Terendak di Malaka, digunakan untuk menjaga dua pangkalan kecil laut dan udara di dekat Labis dan Pontian pada September dan Oktober 1964. Hal ini tampaknya menunjukkan eskalasi serius dalam konflik akan segera terjadi.
Setelah permintaan langsung dari Pemerintah Malaysia pada Januari 1965, Australia akhirnya setuju untuk mengerahkan batalion infanteri ke Kalimantan. Unit mereka tiba di Kalimantan pada awal tahun 1965. Skuadron 1 Resimen Udara Khusus tiba di bulan Februari dan diikuti oleh 3 RAR di bulan Maret. Insinyur juga dikerahkan ke Kalimantan, dimana mereka melakukan pekerjaan di bidang engineering dan tugas-tugas pembangunan, sementara artileri juga ikut dikerahkan. Pemerintah Malaysia kemudian meminta batalion kedua, namun hal ini ditolak karena Australia tidak memiliki sumber daya yang dibutuhkan untuk hal itu.
Selama fase awal perang, pasukan Inggris dan Malaysia hanya berusaha mengontrol perbatasan Malaysia-Indonesia, dan untuk melindungi warga dari serangan tentara Indonesia. Namun, pada saat batalion dari Australia telah dikerahkan, Inggris memutuskan untuk mengambil lebih banyak tindakan agresif, melintasi perbatasan untuk memperoleh informasi dan memaksa Indonesia untuk tetap bertahan di sisi mereka dari perbatasan, di bawah nama sandi Operasi Claret. Pertempuran sering terjadi di medan hutan pegunungan, yang dalam kondisi iklim rentan. Sejumlah fitur yang menjadi ciri khas operasi militer saat itu, termasuk penggunaan yang luas dari basis kompi yang terletak di sepanjang perbatasan, operasi lintas-perbatasan, penggunaan helikopter untuk pergerakan pasukan dan perbekalan, serta peran manusia dan sinyal intelijen dalam membantu menentukan pergerakan musuh.
Kelompok 3 RAR dikerahkan ke Kalimantan pada Maret 1965 dan bertugas di sana sampai akhir Juli. Mereka tercatat melakukan sejumlah operasi di kedua sisi perbatasan. Selama periode ini, 3 RAR adalah salah satu dari 12 batalion di Borneo Malaysia, dan dioperasikan di Sarawak sebagai bagian dari Brigade Barat. Batalion itu menjalankan posisi defensif dan melakukan patroli untuk mendeteksi penyusup. 3 RAR juga menggelar 32 operasi rahasia "Claret" dimana satu atau dua peleton memasuki wilayah Indonesia untuk menyergap pasukan Indonesia. Batalion itu terlibat dalam empat kontak senjata besar dengan pasukan Indonesia dan banyak lagi yang skalanya lebih kecil—termasuk dua penyergapan besar di Sungai Koemba, yang lain di Kindau dan Babang antara Mei dan Juli—semua berakhir sukses. Operasi ini menimbulkan korban signifikan di pihak Indonesia, menjadikan 3 RAR dapat dengan mudah mendominasi daerah perbatasan, serta memberikan peringatan dini terhadap serangan ke Sarawak dan memberikan kontribusi bagi keberhasilan lebih luas untuk pasukan Inggris dan persemakmurannya. Tim 3 RAR menyelesaikan tugasnya pada Agustus 1965 dan kembali ke Kamp Terendak. Tiga anggota mereka tewas akibat ranjau darat selama di Kalimantan.
Selama di Sarawak, 3 RAR didukung oleh artileri dari Barisan Artileri Australia ke-102, yang juga dioperasikan untuk mendukung sejumlah batalion Inggris di Brigade Barat. Barisan itu telah dikerahkan ke Sarawak dari basisnya di Terendak di Malaysia pada akhir April 1965, dan ikut bergabung dalam Resimen ke-4 Inggris. Mereka menggunakan meriam L5, yang secara tidak langsung melakukan serangan api dalam sejumlah operasi Claret di lintas-perbatasan. Pada Oktober 1965, 3 RAR kembali ke Australia, dan digantikan di Terendak oleh Barisan Artileri Australia, meskipun tidak pernah digunakan dalam operasi.
Batalion ke-4 Tentara Australia (4 RAR) tiba di Malaysia pada September 1965 untuk menggantikan 3 RAR, yang kembali ke Australia. Setelah masa pelatihan, batalion dikerahkan ke Sarawak pada April 1966 dimana ia beroperasi dari empat basis kompi di daerah Bau. Waktu itu, perang mulai mereda setelah perundingan perdamaian antara Malaysia dan Indonesia telah dimulai. Seperti 3 RAR, 4 RAR juga melakukan operasi lintas-perbatasan dan bentrok dengan pasukan Indonesia dalam sejumlah kesempatan. Namun, hal itu tidak begitu berarti, dan batalion itu utamanya beroperasi di wilayah Malaysia dimana mereka menghadang jalur dari perbatasan Indonesia. Malaysia dan Indonesia sepakat untuk berdamai pada 11 Agustus, lalu 4 RAR dan unit lainnya di Kalimantan menghentikan operasi pada hari berikutnya. Batalion kembali ke Kamp Terendak pada 30 Agustus. Mereka kehilangan lima anggota di Kalimantan, meskipun hanya satu orang yang tewas saat bertugas.
Australia juga mengerahkan dua skuadron dari resimen udara khusus (SASR) selama konflik, menandai awal operasional dari resimen itu. Skuadron 1 melakukan pengintaian patroli di Sarawak pada Februari hingga Juli 1965, dan menggelar operasi lintas-perbatasan antara Mei dan Juli. Mereka kehilangan jiwa satu anggota mereka pada 2 Juni, ketika Lance-Kopral Paul Denehey ditanduk oleh gajah. Skuadron 2 tiba di Kalimantan pada Januari 1966 untuk waktu empat bulan. Meski saat itu dalam ketegangan operasi Claret, mereka juga melakukan pengintaian patroli dan operasi lintas-perbatasan. Kedua skuadron tercatat melakukan 45 patroli di kedua sisi perbatasan, hingga keduanya ditarik pada bulan Juli. Dua anggota skuadron tenggelam saat mencoba menyeberangi sungai selama patroli pada 20-21 Maret. Patroli SASR juga menimbulkan korban di pihak Indonesia, meskipun Indonesia sering melakukan pengintaian.