Sejarah Malaysia
Prasejarah

Artikel utama: Prasejarah Malaysia
Kapak genggam batu dari hominoid awal, kemungkinan Homo Erectus, telah ditemukan di Lenggong. Mereka berasal dari 1,83 juta tahun yang lalu, bukti tertua tempat tinggal hominid di Asia Tenggara. Bukti paling awal dari tempat tinggal manusia modern di Malaysia adalah tengkorak berusia 40.000 tahun yang digali dari Gua Niah di Sarawak saat ini, yang dijuluki "Tengkorak Dalam". Itu digali dari parit dalam yang ditemukan oleh Barbara dan Tom Harrison (seorang etnolog Britania) pada tahun 1958. Ini juga merupakan tengkorak manusia modern tertua di Asia Tenggara. Tengkorak itu mungkin milik seorang gadis remaja berusia 16 hingga 17 tahun. Para pemburu pertama mengunjungi Mulut Barat Gua Niah (terletak 110 kilometer (68 mil) barat daya Miri) 40.000 tahun yang lalu ketika Borneo terhubung dengan daratan Asia Tenggara. Pemandangan di sekitar Gua Niah lebih kering dan lebih terbuka daripada sekarang. Secara prasejarah, Gua Niah dikelilingi oleh kombinasi hutan tertutup dengan semak belukar, taman, rawa, dan sungai. Para pemburu dapat bertahan hidup di hutan hujan melalui berburu, memancing, dan mengumpulkan moluska serta tanaman yang dapat dimakan. Situs pemakaman Mesolitikum dan Neolitikum juga telah ditemukan di daerah tersebut. Daerah di sekitar Gua Niah telah ditetapkan sebagai Taman Nasional Niah.
Sebuah studi tentang genetika Asia menunjukkan gagasan bahwa manusia asli di Asia Timur berasal dari Asia Tenggara. Kerangka lengkap tertua yang ditemukan di Malaysia adalah Manusia Perak berusia 11.000 tahun yang digali pada tahun 1991. Kelompok pribumi di semenanjung dapat dibagi menjadi tiga etnis, Negrito, Senoi, dan proto-Melayu. Penghuni pertama Semenanjung Malaya kemungkinan besar adalah Orang Negrito. Para pemburu Mesolitikum ini kemungkinan merupakan nenek moyang dari Semang, kelompok etnis Negrito yang memiliki sejarah panjang di Semenanjung Malaya.
Suku Senoi tampaknya merupakan kelompok komposit, dengan kira-kira setengah dari garis keturunan DNA Mitokondria ibu menelusuri kembali ke nenek moyang Semang, dan sekitar setengah dari migrasi leluhur kemudian dari Indochina. Para ahli berpendapat bahwa mereka adalah keturunan dari ahli pertanian berbahasa Austroasiatik awal, yang membawa bahasa dan teknologi mereka ke bagian selatan semenanjung sekitar 4.000 tahun yang lalu. Mereka bersatu dan bergabung dengan penduduk asli.
Proto Melayu memiliki asal usul yang lebih beragam dan telah menetap di Malaysia pada 1000 SM sebagai akibat dari ekspansi Austronesia. Meskipun mereka menunjukkan beberapa hubungan dengan penduduk lain di Maritim Asia Tenggara, beberapa juga memiliki nenek moyang di Indochina sekitar waktu Maksimum Glasial Terakhir sekitar 20.000 tahun yang lalu. Antropolog mendukung gagasan bahwa Proto-Melayu berasal dari tempat yang sekarang disebut Yunnan, Tiongkok. Hal ini diikuti oleh penyebaran Holosen awal melalui Semenanjung Malaya ke Kepulauan Melayu. Sekitar 300 SM, mereka didorong ke daratan oleh Deutero-Melayu, orang Zaman Besi atau Zaman Perunggu yang sebagian diturunkan dari Suku Cham Kamboja dan Vietnam. Kelompok pertama di semenanjung yang menggunakan peralatan logam, Deutero-Melayu adalah nenek moyang langsung dari Melayu Malaysia saat ini, dan membawa serta teknik pertanian yang canggih. Orang Melayu tetap terfragmentasi secara politik di seluruh kepulauan Melayu, meskipun budaya dan struktur sosial yang umum dimiliki bersama.