Zulkifli Lubis
Komandan Intelijen Pertama

Pertengahan tahun 1944, Zulkifli Lubis diajak oleh Rokugawa (bekas komandan Seinen Dojo) ke Malaysia dan Singapura. Disana ia berkenalan dengan Mayor Ogi, yang wajahnya mirip dengan orang Barat dan pandai berbahasa Prancis. Perwira intelijen Jepang yang tinggal satu kamar dengan Zulkifli Lubis itu sering bercerita mengenai pengalamannya melakukan kegiatan intelijen di Vietnam. Zulkifli Lubis beruntung karena ia adalah satu-satunya orang Indonesia yang berada di kota Singa itu memperoleh kesempatan untuk mempelajari dunia intelijen dalam praktik dengan bimbingan dari Rokugawa. Zulkifli dan Rokugawa senantiasa melapor kepada komandan Jepang untuk wilayah Asia Tenggara di Singapura. Di Singapura inilah Fujiwara Kikan, sebuah badan rahasia Jepang untuk Asia Tenggara yang tersohor beroperasi. Ketika kemudian Zulkifli Lubis berada di Kuala Lumpur. Ia memperoleh kesempatan mengenai dunia intelijen lebih mendalam. Rokugawa mengajari Zulkifli mengenai bagaimana caranya mengetahui jumlah penduduk dalam satu kota atau mengetahui apakah rakyat itu anti atau pro Jepang.
Setelah belajar intelijen di luar negeri, Zulkifli kembali ke tanah air. Ia melibatkan diri dalam rencana Jepang untuk membentuk kelompok-kelompok intelijen di berbagai tempat di Jawa sebagai pasukan gerilya untuk menghadapi pasukan Sekutu jika kelak mendarat. Setelah Jepang menyerah, Sekutu pun mendarat dan tidak mendapat perlawanan yang berarti sebagaimana mestinya dari kelompok intelijen yang diorganisir oleh Zulkifli Lubis.
Setelah proklamasi kemerdekaan, Zulkifli Lubis dipercayakan sebagai pimpinan pusat Badan Keamanan Rakyat yang diketuai oleh Kaprawi dan dibantu oleh Sutalaksana (Ketua I), Latief Hendraningrat (Ketua II), Arifin Abdurrachman dan Machmud. Disinilah ia mulai mempersiapkan pembentukan badan intelijen yang diberi nama Badan Istimewa. Zulkifli Lubis, Sunarjo, Juwahir dan GPH Djatikusumo membidani lahirnya badan itu. Sekitar 40 orang bekas Giyugun dari seluruh Jawa bergabung dalam badan itu.
Zulkifli Lubis juga membentuk Penyelidikan Militer Chusus (PMC) pada akhir tahun 1945, Sutopo Yuwono termasuk di dalamnya. PMC bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soekarno. Badan ini mengirim eksepedisi ke Sumatra, Kalimantan, Maluku dan Nusa Tenggara. Penyelundupan senjata dari Singapura pun dilakukan. Kegiatan ini dilakukan PMC di Sumatra dan Kuala Enoch atau Kuala Tungkal. Penyelundupan itu juga dilakukan untuk membantu operasi di Kalimantan di bawah pimpinan Muljono dan Tjilik Riwut.
Pada bulan April 1946, cabang PMC di Purwakarta mendapat reaksi yang sengit dari pihak tentara, karena dianggap melakukan serangkaian penangkapan dan penyitaan yang semena-mena. Keberatan itu muncul pula di berbagai daerah lain dan menyebabkan PMC dibubarkan oleh Markas Besar Tentara Keamanan Rakyat pada tanggal 3 Mei 1946. Kemudian beberapa bulan berikutnya, Zulkifli dan Sutjipto (pemimpin Penyelidik Umum Militer) terlibat dalam Peristiwa 3 Juli 1946, yaitu percobaan perebutan kekuasaan yang dimotori oleh Mayor Jenderal Sudarsono, Kepala Divisi III Yogyakarta. Sutjipto tertangkap, akan tetapi sebaliknya Zulkifli Lubis berhasil lolos.
Akibat kecerdikan Zulkifli Lubis, ia bisa menghapus jejak setelah melakukan aksi dan mendapat pemberian grasi Presiden Sukarno atas keterlibatannya dalam Peristiwa 3 Juli 1946. Zulkifli Lubis kemudian mendapat kepercayaan membentuk Badan Rahasia Negara Indonesia (Brani) dan menjadi ketuanya. Untuk merekut anggota Brani dan, Zulkifli menggunakan sebagian besar pelajar, bekas Seinen Dojo maupun Yugeki di antaranya Bambang Supeno, Kusno Wiwoho, Dirgo, Sakri, Suparto dan Tjokropranolo.