Kaisar Go-Daigo
Restorasi Kemmu

Artikel utama: Restorasi Kemmu
Setelah Keshogunan Kamakura tumbang, klan Akamatsu dan klan Kusunoki menjemput Go-Daigo untuk kembali menduduki tahta kekaisaran di Kyoto. Go-Daigo menyatakan tahta Kaisar Kōgon tidak sah dan menurunkannya dari tahta. Kaisar Go-Daigo kembali bertahta dan memulai pemerintahan baru yang dikenal sebagai masa Restorasi Kemmu. Sebagai pewaris tahta, Kaisar Go-Daigo tidak menunjuk keluarga almarhum kakaknya, Kaisar Go-Nijō yang juga berasal garis utama keturunan Daikaku-ji. Anak keturunan sendiri dijadikannya sebagai pewaris tahta, padahal Kaisar Go-Daigo tidak dilahirkan dari garis keturunan utama. Keputusan yang diambil Kaisar Go-Daigo mengundang ketidakpuasan di dalam kelompok pendukung garis keturunan Daikaku-ji yang seharusnya berpihak pada dirinya.
Di atas permukaan, Restorasi Kemmu berusaha menghidupkan kembali kejayaan zaman kuno. Kekuasaan sepenuhnya berada di tangan kaisar. Pemerintahan dijalankan bangsawan istana, sedangkan kalangan samurai dihapus. Kebijakan pemerintah menyebabkan ketidakpuasan rakyat di daerah, khususnya kalangan samurai. Penyebabnya antara lain adalah pembaruan yang dilakukan tergesa-gesa, ketidakpuasan atas tanggapan pemerintah mengenai tuntutan hak atas tanah, ketidakadilan dalam pembagian hadiah balas jasa, dan rencana pembangunan istana baru untuk kaisar. Di Kyoto terjadi aksi corat-coret bernada protes yang menjelek-jelekkan kaisar dan pemerintah. Corat-coret tersebut dipasang di daerah Nijō yang terletak di tepian Sungai Kamo, dekat istana kaisar.
Pada tahun 1335, Ashikaga Takauji berangkat untuk memadamkan Pemberontakan Nakasendai walaupun tidak mendapat izin kaisar. Setelah selesai, Takauji menduduki Kamakura dan menolak perintah kaisar untuk pulang. Dengan caranya sendiri, Takauji menyita tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto. Tanah tersebut dibagi-bagikan sebagai hadiah bagi samurai anak buahnya. Kaisar Go-Daigo lalu mengirim Nitta Yoshisada dan pasukannya untuk menghabisi Takauji, tetapi justru dikalahkan pasukan Ashikaga dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita. Pada akhirnya, Kyoto jatuh di tangan Ashikaga Takauji, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei.
Setelah berdamai dengan pihak Ashikaga, Kaisar Go-Daigo menyerahkan Tiga Harta Suci kepada Kaisar Kōmyō. Setelah itu, Kaisar Go-Daigo melarikan diri dari Kyoto. Istana Selatan (Nanchō) didirikannya di Yoshino sebagai tandingan dari Istana Utara (Hokuchō) yang ada di Kyoto. Masa kekaisaran terbelah dua menjadi Istana Selatan dan Istana Utara disebut zaman Nanboku-cho.
Kaisar Go-Daigo menyatakan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō sebagai barang palsu. Para pangeran dikirimnya ke daerah-daerah untuk menunjukkan bahwa Kaisar Go-Daigo adalah kaisar yang sah, tetapi gagal mengubah keadaan dan jatuh sakit. Pada 15 Agustus 1339, Pangeran Noriyoshi yang kembali ke Yoshino mewarisi tahta sebagai Kaisar Go-Murakami. Keesokan harinya, Go-Daigo mangkat di usia 51 tahun.
Kaisar Go-Murakami yang berkedudukan di Istana Sementara Sumiyoshi, mengadakan upacara mendoakan arwah Kaisar Go-Daigo di kuil Shōgonjōdo-ji, Provinsi Settsu. Kuil tersebut adalah milik klan Tsumori yang bertugas turun-temurun sebagai pengurus Sumiyoshi Taisha (kuil Shinto yang mendukung Istana Selatan). Di pihak yang berseberangan, Ashikaga Takauji mendirikan kuil Tenryū-ji di Kyoto untuk berdamai dengan arwah Kaisar Go-Daigo yang dihormatinya.