Kereta api Jayakarta
Pengoperasian

Pada awalnya, terdapat layanan kereta api yang melayani lintas Jakarta–Surabaya melalui jalur selatan Jawa, yaitu kereta api Jayabaya Selatan, yang juga merupakan sempalan dari kereta api Gaya Baru Malam Selatan.
Jayabaya Selatan merupakan penjenamaan ulang dari kereta api Gaya Baru Malam Selatan Lebaran yang kemudian berubah menjadi kereta api Gaya Baru Malam Selatan Utama. KA GBMS Lebaran mulai beroperasi pada dekade 1980-an sebagai layanan khusus musim libur, yakni dengan kelas Bisnis. Pada tahun 1990, KA GBMS Utama dioperasikan secara reguler dan berubah nama menjadi kereta Api Jayabaya, kemudian kereta api ini menjadi kereta api Jayabaya Selatan setelah peluncuran kereta api Jayabaya Utara.
Akan tetapi, pengoperasian kereta api Jayabaya Selatan dihentikan pada 2007 karena tingkat okupansi penumpang yang rendah, sejak saat itu relasi tersebut hanya dilayani kereta api Gaya Baru Malam Selatan.
Pada tahun 2016, PT KAI melakukan penambahan layanan kereta api di lintas tersebut dengan nama KLB Ekonomi PSE–SGU yang dioperasikan pada libur akhir pekan dan hari keagamaan. Layanan ini beroperasi menggunakan rangkaian kereta kelas ekonomi new image buatan PT. INKA keluaran 2016.
Mulai 15 Juni 2017, PT KAI meluncurkan kereta api Gaya Baru Malam Selatan Premium sebagai kereta api tambahan saat musim mudik lebaran 2017. Karena memiliki tingkat okupansi penumpang yang tinggi, kereta api tersebut dioperasikan secara reguler serta dilakukan perubahan nama kereta api menjadi Jayakarta. Kereta api Jayakarta mulai beroperasi pada tanggal 28 September 2017, bertepatan ulang tahun PT Kereta Api Indonesia yang ke-72 Tahun di Stasiun Pasar Senen.
Pada masa-masa awal pengoperasiannya, kereta api Jayakarta melayani pemberhentian di Stasiun Surabaya Gubeng, Stasiun Sepanjang, Stasiun Mojokerto, Stasiun Jombang, Stasiun Kertosono, Stasiun Nganjuk, Stasiun Madiun, Stasiun Paron, Stasiun Walikukun (arah Surabaya), Stasiun Solo Balapan, Stasiun Klaten, Stasiun Yogyakarta, Stasiun Kutoarjo, Stasiun Kebumen (arah Surabaya), Stasiun Karanganyar (arah Surabaya), Stasiun Kroya, Stasiun Purwokerto, Stasiun Bumiayu, Stasiun Prupuk, Stasiun Cirebon, Stasiun Jatibarang, Stasiun Jatinegara (arah Jakarta), Stasiun Pasar Senen dan Stasiun Jakarta Kota (terminus).
Untuk mengurangi kepadatan di Stasiun Pasar Senen, PT KAI mengubah mekanisme perjalanan beberapa kereta api yang berdampak pada pemanjangan rute kereta api Jayakarta hingga Stasiun Jakarta Kota mulai 29 Mei 2019.
Sekitar 1 Desember 2019, operasional kereta api Jayakarta ini sempat dipindahkan ke Daerah Operasi VIII Surabaya dari Daerah Operasi I Jakarta dengan rangkaian kereta dimutasi ke Sidotopo (SDT) dari Jakarta Kota (JAKK) untuk memenuhi operasional Kereta api Songgoriti di rute Surabaya-Malang waktu masih diberlakukan Grafik perjalanan kereta api (GAPEKA) tahun 2019. Di Tahun 2020 perubahan operasional pada Kereta api Jayakarta ini dipindahkan kembali ke Daerah Operasi I Jakarta dari Daerah Operasi VIII Surabaya berserta rangkaian dimutasi kembali ke Jakarta Kota (JAKK) dari Sidotopo (SDT), sebagai bagian dari pertukaran layanan operasional dengan kereta api Gayabaru Malam Selatan.
Seiring dengan meningkatnya okupansi Kereta api Jayakarta, titik keberangkatan kereta api Jayakarta dikembalikan ke Stasiun Pasar Senen dari sebelumnya Stasiun Jakarta Kota. Karena Depo Kereta Jakarta Kota (JAKK) menerima tambahan rangkaian kereta dari depo kereta Semarang Poncol (SMC), maka kereta api ini beroperasi dengan rangkaian panjang bersama Kereta api Kertajaya, dan Gumarang mulai 10 Februari 2021, bertepatan dengan hari perubahan grafik perjalanan kereta api 2021.
Dengan berlakunya Gapeka 2021, Kereta api Jayakarta Premium yang semula berhenti di Stasiun Yogyakarta dipindahkan perhentiannya di Stasiun Lempuyangan, guna memudahkan pelayanan penumpang pada kereta api dengan rangkaian panjang.