stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
Kebebasan beragama di Indonesia
Reformasi (1998–sekarang) > Peran negara dan hukum > Pernikahan beda agama

Pasal 28 B (1) UUD 1945 menyebutkan bahwa "Setiap orang berhak membentuk keluarga dan melanjutkan keturunan melalui perkawinan yang sah." Dalam pelaksanaannya, pernikahan diatur dengan UU No. 1 tentang Perkawinan (UPP). Pasal 2 UPP menimbulkan polemik karena tidak mengakui adanya pernikahan di luar hukum masing-masing agama Permohonan uji materi pasal 2 UPP ditolak oleh Mahkamah Konstitusi (2015) dengan alasan bahwa Negara Indonesia "berdasarkan Ketuhanan Yang Maha Esa" sehingga "tindakan atau perbuatan yang dilakukan oleh warga negara mempunyai hubungan yang erat dengan agama dan salah satunya adalah perkawinan". Pemerintah Indonesia saat itu mendukung penolakan karena khawatir akan munculnya "kerawanan dan gejolak sosial di tengah masyarakat" yang menolak pernikahan beda agama. Pemerintah memandang bahwa pernikahan berhubungan erat dengan agama dan hak konstitusional tiap individu tidak bisa dilakukan dengan sebebas-bebasnya tetapi ada batasan-batasan untuk menghormati hak konstitusional orang lain, sesuai dengan Pasal 28 J (22) UUD 1945. Menteri Agama Lukman Hakim Saifuddin menambahkan bahwa tidak diakuinya pernikahan beda agama merupakan ketentuan dari ajaran agama itu sendiri. Sementara itu, lima orang mahasiswa dan alumnus FH UI (2014) menganggap UU Perkawinan mengandung unsur “pemaksaan” dan bertentangan dengan UUD 1945 yang menjamin kebebasan beragama dan berkeyakinan.
Pada tanggal 20-4-1985, Ketua MA melalui surat bernomor KMA/72/IV/1981 yang ditujukan kepada Menag dan Mendagri RI memohon dalam membantu pelaksanaan pernikahan beda agama, mengingat masyarakat Indonesia yang majemuk sehingga pernikahan agama tidak dapat dihindari serta untuk mencegah perkawinan tidak resmi. Pada tahun 1986, MA melalui Putusan MA No. 1400 K/Pdt/1986 mengarahkan Kantor Catatan Sipil untuk mencatat pernikahan pasangan beda agama Andi Vonny Gani P dan Andrianus Petrus Hendrik Nelwan. Pada bulan Mei 2006, Sudhar Indopa, pegawai Kantor Catatan Sipil DKI Jakarta, menyatakan bahwa larangan pernikahan beda agama berasal dari agama dan bukan dari negara, sehingga kantor catatan sipil tidak dapat mencatat perkawinan tersebut.
Pernikahan beda agama dianggap haram dan tidak sah oleh MUI melalui Fatwa Mui Nomor: 4/Munas Vii/Mui/8/2005 serta didukung oleh NU dan Muhammadiyah. PHDI juga tidak mengakui pernikahan beda agama dengan berlandaskan aturan dalam agama Hindu, sedangkan Konghucu melalui MATAKIN menyatakan bahwa pemberkatan pernikahan hanya dapat dilakukan bila kedua mempelai beragama Konghucu, tetapi tetap menghormati dan memberikan surat keterangan pernikahan jika ada umatnya yang menikah berbeda agama. Sementara itu, agama Kristen melalui PGI menilai bahwa UU Pernikahan telah mengabaikan hak seseorang untuk menikah sehingga berpotensi menimbulkan penyimpangan moral. Katolik melalui KWI juga menganggap bahwa negara telah melampaui kewenangannya dengan terlalu jauh mencampuri urusan warga negaranya dengan Tuhan. Walubi menyebutkan bahwa agama Buddha tidak memberikan aturan ketat mengenai pernikahan beda agama meskipun diusahakan seiman.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran negara dan hukum > Larangan mengucapkan selamat Natal

Informasi lebih lanjut: Fatwa Natal
Fatwa tanggal 7 Maret 1981 dikeluarkan oleh MUI di bawah kepemimpinan Prof. Dr. KH. Abdul Malik Karim Amrullah atau Buya Hamka dengan alasan umat muslim pada saat itu sering menyetarakan perayaan Natal (kelahiran Yesus atau Nabi Isa) dengan perayakan Maulid Nabi Muhammad. Sebagian umat muslim bahkan ikut dalam perayaan dan kepanitiaan Natal. Pada tahun 2012, Ketua MUI KH. Ma'ruf Amin kembali menegaskan agar umat Islam tidak memberikan ucapan Selamat Natal dan mengikuti Natalan bersama karena akan merusak aqidah dan keimanan umat Islam. Namun, ucapan Selamat Tahun Baru masih diperbolehkan. Selain itu, umat Islam diharapkan untuk menghormati perayaan Natal dengan cara tidak mengganggu umat kristiani yang merayakan. Wakil Ketua Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Lukman Hakim Saifuddin, berpendapat bahwa fatwa 1981 hanya tentang mengikuti ritual Natal, pengucapan Selamat Natal merupakan upaya memelihara kerukunan beragama dan tidak memasuki wilayah keimanan. Pernyataan tersebut juga dikritik oleh tokoh-tokoh muslim seperti Zuhairi Misrawi (NU), Salahuddin Wahid, dan Jusuf Kalla. Tokoh Kristen Theophilus Bela berpendapat bahwa MUI telah lama mengeluarkan fatwa-fatwa antipluralisme serta anti-toleransi. Pelarangan ini menimbulkan perdebatan hingga aksi pemasangan spanduk pelarangan ucapan Selamat Natal pada berbagai kota di Indonesia. Pada tahun 2014, Ketua Umum MUI Pusat, Din Syamsuddin, menyatakan bahwa memberikan ucapan selamat Natal tidak haram dan tidak diatur dalam fatwa MUI yang dikeluarkan pada tahun 1981. Sementara itu, FPI melalui Muchsin Alatas (2014) menyatakan bahwa pelarangan tersebut bukan merupakan kebencian umat Islam kepada umat Kristiani.
Fatwa MUI 1981 juga digunakan untuk melarang penggunaan pakaian Sinterklas oleh umat Islam, terutama karena adanya keresahan para ulama di Jawa Timur dan Aceh. Hal ini didukung oleh Ketua PP Muhammadiyah Prof. Yunahar Ilyas (2014). Pada tahun 2014, penolakan terhadap instruksi pemakaian jilbab dan atribut muslim lain menjelang Ramadhan 2014 terjadi di Bali karena adanya anggapan upaya islamisasi dan berhubungan dengan pelarangan penggunaan pakaian Sinterklas dan atribut Natal lainnya. Pada tahun tersebut juga terjadi pelarangan penggunaan jilbab pada sekolah-sekolah di Bali yang dianggap sebagai suatu tantangan terhadap umat Islam.
Majelis Permusyawaratan Ulama (MPU) Banda Aceh (2013) juga mengharamkan ucapan ‘Salam Natal’ dan perayaan tahun baru karena tidak ada dalam ajaran Islam dan bukan terkait masalah toleransi. Selain Natal dan Tahun Baru, perayaan hari valentine juga diharamkan.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran negara dan hukum > Perlindungan oleh negara

Pada pertengahan tahun 2016, seorang siswa kelas XI SMK Negeri 7 Semarang penganut aliran Kepercayaan yang awalnya ditetapkan tidak naik karena nilai agama Islamnya kosong, dengan mediasi LBH APIK dan Wali kota Semarang Hendrar Prihadi, dinyatakan naik ke kelas XII dan mulai bersekolah kembali sejak 31 Agustus 2016. Pada tahun 2017, terdapat kasus kewajiban berjilbab bagi siswi non-muslim yang diterima bersekolah di SMP Negeri 3 Genteng atas anjuran Pelaksana Tugas (Plt) Kepala Sekolah Teguh Lumekso. Hal tersebut menadapat perhatian serius dari Bupati Banyuwangi Abdullah Azwar Anas yang memerintahkan untuk membatalkan aturan tersebut. Namun, Sekretaris Jenderal Federasi Serikat Guru Indonesia, Retno Listyarti, menyebutkan bahwa aturan serupa juga ditemukan juga di Sumatera Barat dan Kabupaten Bima.
Pada tanggal 10 Desember 2016, Wali kota Bandung, Ridwan Kamil, memberikan sanki tegas kepada ormas Pembela Ahlus Sunnah (PAS) yang memaksa pembubaran KKR di Bandung (6-12-2016). Sebelumnya, KKR dibubarkan dengan alasan panitia KKR belum memenuhi kelengkapan prosedur serta dianjurkan untuk tidak beribadah di luar gereja, tetapi hal tersebut dibantah oleh panitia yang menyatakan bahwa mereka telah melengkapi segala persyaratan yang diperlukan untuk peribadatan pada siang maupun malam harinya.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran individu dan masyarakat

Brian J. Grim menyatakan bahwa selain peraturan dan tindakan yang dilakukan oleh pemerintah, aksi yang dilakukan oleh individu maupun kelompok juga berpengaruh terhadap kebebasan keberagamaan dalam masyarakat.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran individu dan masyarakat > Proselitisme

Lihat pula: Proselitisme
Proselitisme sering kali dipandang sebagai upaya islamisasi atau kristenisasi yang dilakukan kelompok agama minoritas terhadap masyarakat mayoritas, misalnya kegiatan dakwah di Tengger yang mayoritas beragama Hindu. Masyarakat atau kelompok tertentu tidak jarang memprotes kegiatan yang diduga sebagai proselitisme, misalnya pembangunan Rumah Sakit Siloam di Padang (2013-2014) dan Solo (2015-2016) yang dianggap sebagai upaya kristenisasi. Menurut MUI, pemilik Rumah Sakit ini, yaitu James T. Riady, pernah menyatakan ingin mengkristenkan desa-desa miskin di Indonesia. Wali kota Padang, Fauzi Bahar, menuduh Gubernur Sumatera Barat, Irwan Prayitno, sebagai dalang di balik demonstrasi masyarakat Minangkabau, terutama karena Irwan Prayitno berasal dari PKS yang dikenal sebagai partai dakwah. Sementara itu, Wali kota Solo, F.X. Hadi Rudyatmo, dianggap tidak mendengarkan aspirasi warga yang menolak pembangunan Rumah Sakit Siloam karena mengkhawatirkan dampak lingkungan dan alasan akidah.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran individu dan masyarakat > Mayoritas dan minoritas

Lihat pula: Mayoritarianisme dan Oklokrasi
Hubungan antara kelompok agama mayoritas dan minoritas di Indonesia secara keseluruhan atau pada daerah-daerah tertentu beberapa kali mengalami ketimpangan, terutama pada wilayah yang pemeluk agama mayoritasnya memiliki paham radikal. Ketegangan antara mayoritas dan minoritas mulai meningkat pada masa Orde Reformasi karena peran serta pemerintah tidak setegas selama masa Orde Baru yang menekan aliran-aliran agama berpaham radikal.
Selain itu, pemerintah terkesan membiarkan pertumbuhan kelompok-kelompok agama garis keras yang bahkan bertujuan melengserkan dasar negara Pancasila dengan paham agama yang mereka anut. Perselisihan yang terjadi pada daerah-daerah umumnya berupa penolakan kelompok agama mayoritas terhadap pembangunan tempat ibadah atau pelaksanaan ibadah umat minoritas, yang terkadang bahkan diikuti kekerasan. Beberapa pemerintah daerah juga terlibat dan mendukung penekanan yang dilakukan kelompok agama mayoritas terhadap minoritas.
Aksi kekuasan mayoritas di tingkat nasional terjadi pada demonstrasi yang diakhiri kericuhan pada tanggal 4 November 2016 ("Demonstrasi 411") yang melibatkan ormas-ormas Islam berdemonstrasi ke Jakarta untuk menuntut Basuki Tjahaja Purnama agar diproses hukum karena dituduh telah melakukan pelecehan terhadap ayat Al-Qur'an. Hal tersebut dipicu tulisan Buni Yani melalui media Facebook yang mengomentari pidato Pilkada Basuki. The Guardian dan South China Morning Post menganggap pemerintahan Basuki sebagai gubernur di Jakarta sebagai anomali karena ia merupakan bagian dari dua kelompok minoritas, yaitu etnis Tionghoa yang beragama Kristen. Beberapa media luar negeri lain, seperti theThe New York Times, juga mengungkapkan bahwa peristiwa ini merupakan peristiwa politik yang dilatarbelakangi agama karena ketakutan kelompok mayoritas akan kehilangan kekuasaan yang selama ini dipegang oleh mereka. Penetapan Basuki sebagai tersangka oleh kepolisian menyebabkan Indonesia menjadi sorotan dunia internasional yang menunggu bukti terjaminnya pluralisme di Indonesia dan bahkan mempertanyakan kebenaran terjaminnya pluralisme pada masa Orde Baru. Sementara itu, peristiwa Bom Samarinda (13 November 2016) yang terjadi sekitar seminggu setelah Demonstrasi 411 dianggap MUI sebagai pengalihan isu terhadap kasus Basuki. Komentar tersebut dicerca berbagai lapisan masyarakat karena kasus pengeboman gereja Kristen tersebut menyebabkan seorang balita meninggal dan tiga lainnya mengalami luka bakar. Selain itu, sebagian masyarakat juga mempertanyakan mengapa kasus Bom Samarinda tidak ramai ditanggapi sebagaimana Demonstrasi 411, terutama oleh para ulama dan pelaku demo 411. Sebelumnya juga terjadi teror bom pada beberapa tempat, seperti Sekolah Kristen Gloria di Surabaya dan Gereja Katolik Gembala Baik di Kota batu paska-demonstrasi 411.
Reformasi (1998–sekarang) > Peran individu dan masyarakat > Kerusuhan antar agama

Berikut ini merupakan daftar kerusuhan dengan latar belakang agama yang terjadi di Indonesia selama masa Orde Reformasi.
| Tanggal | Lokasi | Permasalahan | Korban materi | Korban jiwa |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| 19-21 Januari 1999 | Ambon-Poso | Kerusuhan Ambon 1999 antara umat Islam dan Kristen. | ? | ? |
| 11-12 September 2011 | Ambon | Kerusuhan Ambon 2011 diduga antara umat Islam dan Kristen. | ? | 7 orang |
| 17 Juli 2015 | Tolikara | Penyerangan umat GIDI (Kristen) terhadap pendatang (Islam). | 1 buah masjid, pasar | 1 orang |
| 13 Oktober 2015 | Aceh Singkil | Penyerangan umat Islam terhadap umat Kristen. | 3 gereja | 1 orang |
| 29-30 Juli 2016 | Tanjung Balai | Penyerangan umat Islam terhadap umat Buddha dan Konghucu akibat desakan komunitas muslim setempat untuk menurunkan patung Buddha di Vihara Tri Ratna semenjak tahun 2010, serta dipicu protes warga etnis Tionghoa akibat suara adzan yang terlalu keras. | 2 vihara, 8 kelenteng, 1 yayasan sosial | 0 |
Reformasi (1998–sekarang) > Terorisme yang menyangkut agama

Informasi lebih lanjut: Terorisme di Indonesia
Munculnya gerakan terorisme di Indonesia semenjak awal periode Reformasi, seperti kasus bom Mataram dan Poso serta bom malam Natal 2000, Bom Bali 2002, Bom Bali 2005, Bom McDonald's Makassar 2002, Bom Palu 2005, Bom Solo 2011, Bom Vihara Ekayana di Jakarta (2013), bom Medan 2016, bom Samarinda 2016, Bom Singkawang 2016, dan sebagainya dikaitkan dengan Jamaah Islamiyah dan ormas-ormas Islam lain seperti Jamaah Ansharut Tauhid (JAT). Meskipun banyak pihak yang menolak kaitan antara Islam dan terorisme, atau mencoba memberikan bukti terorisme yang dilakukan non-muslim, hal tersebut tidak mencegah timbulnya Islamofobia di Indonesia. Misalnya di Bali, munculnya sentimen terhadap Islam paska Bom Bali menyebabkan terjadinya pengawasan ketat terhadap pendatang, penolakan RUU APP, penolakan pembangunan mushola dan masjid, penolakan pendirian bank syariah, sertifikasi halal, dan penolakan pemakaian jilbab.
Menurut Prof. Didin Hafidhuddin, radikalisme dianggap sebagai pangkal dari terorisme meski tidak semua radikalis merupakan teroris. Ia menyatakan bahwa radikalisme diduga memiliki dua ciri, yaitu mudah memberikan cap kafir kepada kelompok lain dan memahami jihad secara sempit dalam arti perang semata. Namun, lanjut Prof. Didin Hafidhuddin, penggunaan istilah "terorisme berbasis agama" adalah kurang tepat karena dapat menimbulkan kesan pembenaran bahwa radikalisme yang merupakan akar terorisme diajarkan dalam agama.
Berdasarkan pernyataan mantan petinggi Jamaah Islamiah (JI) Abdul Rahman Ayub, jaringan teroris saat ini melakukan perekrutan anggota melalui dunia maya. Usaha pihak-pihak tertentu dalam menyebarkan berita kebohongan mengenai agama Islam (dikenal dengan sebutan "hoax Islami") kerap kali menyebabkan terjadinya cyberbullying. NU, melalui sekelompok anggotanya yang disebut Cyber Warriors, mencoba menghadang propaganda Islam radikal dan teroris di internet, antara lain dengan pembuatan meme dan melalui twitter.
Aksi teror juga menimpa Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, pada awal tahun 2016. Bupati Dedi dianggap sebagai penista dan perusak akidah agama Islam karena banyak membangun patung dan mengedepankan budaya Sunda di Purwakarta, yaitu lebih mengedepankan salam menurut budaya Sunda (sampurasun) dibandingkan salam secara Islam. Selain memperoleh tuntutan hukum atas kasus penistaan agama, Dedi juga memperoleh ancaman melalui media sosial dan secara fisik.
Reformasi (1998–sekarang) > Survei

Pada 16 November 2016, Setara Institute melakukan penelitian dan penilaian terhadap 94 kota di Indonesia dalam hal mempromosikan dan mempraktikkan toleransi beragama. Penelitian yang dilakukan sejak Agustus hingga Oktober 2015 ini mengukur tingkat toleransi beragama dari masing-masing kota dari empat variabel utama, yakni regulasi pemerintah, tindakan pemerintah, regulasi sosial atau peristiwa dan juga demografi agama. Hasilnya kota-kota yang dianggap memiliki tingkat toleransi beragama tertinggi meliputi Pematang Siantar, Salatiga, Singkawang, Manado, Tual, Sibolga, Ambon, Sorong, Pontianak, dan Palangkaraya. Sementara itu, kota-kota dengan tingkat toleransi beragama terendah meliputi Bogor, Bekasi, Banda Aceh, Tangerang, Depok, Bandung, Serang, Mataram, Sukabumi, Banjar dan Tasikmalaya.
Dalam paparan hasil pantauan Wahid Institute yang dilakukan selama Januari hingga Desember 2013, Majelis Ulama Indonesia (MUI) menduduki peringkat pertama sebagai pelaku pelanggaran toleransi dalam beragama. Menurut Kalau Subhi Azhari, salah satu peneliti Wahid Institute, hal ini dikarenakan MUI sering mengeluarkan fatwa-fatwa yang cenderung intoleran. Peringkat kedua ditempati oleh Front Pembela Islam (FPI) yang sebelumnya menduduki peringkat pertama. Selain MUI dan FPI, pelaku intitusi lain yang masuk ke dalam pantauan Wahid Institute di antaranya Forum Umat Islam (FUI) dengan 8 kasus, Aliansi Ormas Islam dengan 5 kasus, 3 kasus dikoleksi oleh JAT, perusahaan dan Aliansi Anti Ahmadiyah. Sementara dua kasus pelanggaran oleh GARIS, GP Ansor, Kampus, MMI, MTA, Muhammadiyah, dan LSM Muslim. Sisanya satu kasus oleh BASSRA, FBR, FKUM Pasar Minggu, Formasat Tasik, FUIB, GEMPA, Gerakan Masyarakat Peduli Kerukunan, UNS Solo, Pengelola Website, Solidaritas Indonesia Anti Penindasan, KUIB, LDII, Lembaga Kajian, dan Ormas Almanar. Namun, hasil penelitian tersebut ditepis oleh Ketua MUI Ahmad Cholil Ridwan yang menyatakan bahwa fatwa dibuat atas dasar ayat-ayat Al-Qur'an dan Hadist serta berfungsi untuk menyelamatkan umat Muslim dari kesesatan.
Reformasi (1998–sekarang) > Kebebasan beragama di berbagai wilayah > Kebebasan beragama di Jawa Barat

Riset oleh Setara Institute (2015) menyimpulkan Kota Bogor sebagai kota yang paling intoleran di antara 94 kota administratif yang menjadi sampel, antara lain disebabkan penanganan kasus GKI Yasmin, pemerintah memfasilitasi kegiatan kelompok intoleran (Aliansi Nasional Anti Syiah atau ANNAS), dan dikeluarkannya Surat Edaran Nomor: 300/321-Kesbangpol tentang larangan perayaan Asyura oleh Wali Kota Bogor, Bima Arya Sugiarto. Hal tersebut menyebabkan sejumlah warga Bogor yang bernaung dalam Yayasan Satu Keadilan menyomasi wali kotanya untuk menarik kembali surat edaran tersebut. Terkait survei tersebut, Bima Arya berkata bahwa mereka punya cara tersendiri dalam mengelola keberagaman dan kebersamaan di Kota Bogor.
Sementara itu, Kabupaten Purwakarta dinilai sebagai kabupaten yang menghargai kebebasan beragama bagi penduduknya serta menjadi salah satu calon penerima penghargaan sebagai daerah paling toleran oleh Dewan HAM Perserikatan Bangsa-bangsa. Pada Kongres Nasional Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (Jakarta, 23-2-2016), Komnas HAM memberikan penghargaan kepada Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, atas perannya dalam menegakkan hukum di wilayahnya. Dedi Mulyadi membentuk "Satgas Toleransi" dalam usaha membendung massa intoleran, mendirikan sekolah ideologi yang menanamkan nilai-nilai Pancasila, dan mengeluarkan Surat Edaran Nomor 450/2621/Kesra tentang Jaminan Melaksanakan Ibadah Berdasarkan Keyakinan. Sementara itu, FPI dan Manhajus Solihin menyebut Purwakarta sebagai darurat akidah, dengan salah satu alasannya karena Dedi Mulyadi mengubah Assalamualaikum menjadi Sampurasun. Ketua Umum PBNU Said Aqil Siroj menghimbau masyarakat Purwakarta untuk tidak menghiraukan tundingan tersebut dan berkomentar untuk membubarkan ormas yang sudah memprovokasi hingga dianggap meresahkan.
Reformasi (1998–sekarang) > Kebebasan beragama di berbagai wilayah > Kebebasan beragama di Sumatera Utara

Di Sumatera Utara terjadi beberapa kasus diskriminasi dan persekusi terhadap umat Islam. Misalkan kasus penghancuran Masjid Al-Khairiyah dan Madrasah Al-Khairiyah. Kasus ini pernah dilaporkan kepada pihak kepolisian dan hingga kini tidak ada kejelasan. Bahkan, terdakwa tidak pernah ditahan. Selain itu, ada juga kasus pelarangan pembangunan Masjid Al-Munawar di Desa Sarula, Kabupaten Tapanuli Utara, oleh aparat desa setempat. Bupati dan Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB) sudah memberi izin prinsip dan syarat dalam surat keputusan bersama (SKB) dua menteri yang sudah terpenuhi. Tetapi, karena ada tekanan dari pihak non-Muslim, lurah tidak mau memberi rekomendasi. Dan, hingga sekarang pembangunan masjid pun terbengkalai.
Pada tahun 2011 terjadi kasus penyerangan 300 warga bersenjata tajam terhadap jamaah di Masjid Al-Barokah di Kampung Melayu, Desa Amplas, Selambo, Kecamatan Percut Sei Tuan, Kabupaten Deli Serdang. Termasuk, pembakaran rumah warga sipil di sekitar masjid, hingga saat ini tidak pernah ada upaya bantuan dari pemerintah untuk membangun kembali.
Di Medan terjadi kasus penghancuran Masjid Raudatul Islam oleh pihak pengembang. Pengembang beralasan penghancuran tersebut karena adanya rekomendasi dari Wali Kota Medan. Di Kabupaten Asahan terjadi pembakaran dua masjid pada Maret 2013. Salah satunya, Masjid Nur Hikmah di Kecamatan Aek Kuasan, Asahan. Menurut pihak kepolisian, masjid terbakar karena dibakar oleh orang gila.
Di Kabupaten Karo, terjadi kasus penghinaan terhadap syariat Islam. Seorang siswi SD Negeri 8 Brastagi di Kabupaten Tanah Karo diusir oleh oknum guru karena siswi tersebut menggunakan jilbab. Siswi bernama Dini itu diperbolehkan belajar asal melepaskan jilbabnya.
Reformasi (1998–sekarang) > Kebebasan beragama di berbagai wilayah > Kebebasan beragama di Yogyakarta

Setelah beberapa kasus kekerasan yang terjadi di Indonesia, seperti Cikeusik, Temanggung, dan Jawa Timur, Aliansi Jogja untuk Indonesia Damai (Aji Damai) mendeklarasikan "Yogya Kota Toleran" bersama tokoh lintas agama DIY pada tanggal 3 Maret 2011. Menurut koordinator pelaksana, Subkhi Ridho, Yogyakarta sebagai kota budaya dan kota pendidikan pantas menjadi teladan toleransi keberagamaan di Indonesia. Namun, berbagai kasus kekerasan dan intoleransi agama menyebabkan Yogyakarta dinilai sebagai Kota Intoleran, misalnya penyerangan umat Katolik di Sleman (2014 dan 2016), penutupan Lembaga Rausyan Fikr (2014) akibat MUI Yogyakarta mengeluarkan fatwa sesat atas permintaan Front Jihad Islam (FJI), pengusiran dan penganiayaan, penyerangan dan penutupan gereja yang sudah atau belum memiliki IMB, penolakan perayaan keagamaan, pembubaran diskusi, pengrusakan situs makam dan kelenteng, dan sebagainya.
Berdasarkan dokumentasi Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika (ANBTI) di Universitas Gadjah Mada (2016), Kabupaten Gunungkidul merupakan wilayah yang tingkat intoleransinya paling tinggi. Menurut Najib Azca (2014), sosiolog dan peneliti Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian (PSKP) UGM, pada tahun 2000-an banyak eksmujahid Poso dan Ambon membangun komunitas di Yogyakarta. Ia menyatakan bahwa, "Mereka dulu giat menyerang minoritas dalam Islam, seperti Syiah dan Ahmadiyah, tapi sekarang sudah menyasar nonmuslim." Pada Desember 2016, Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk menurunkan baliho mereka yang menampilkan mahasiswi berjilbab atas desakan Forum Umat Islam (FUI). Sementara itu, Rektor Universitas Sanata Dharma menyatakan akan menolak tuntutan FUI untuk menurunkan baliho mereka yang juga menampilkan mahasiswi berjilbab, karena selain tidak ingin kewenangan universitas Katolik tersebut diatur oleh ormas tertentu, penampilan mahasiswi berjilbab merupakan bentuk penghargaan terhadap semua mahasiswa muslim yang berkuliah di kampus tersebut.
Serikat Jurnalis untuk Keberagaman (Sejuk) memandang Sultan Hamengkubawana X membiarkan tindakan intoleransi yang terjadi dan mendesak pengusutan serta penangkapan pihak yang melakukan kekerasan. Bahkan, Masyarakat Anti-Kekerasan Yogyakarta (Makaryo) mendesak agar Penghargaan Pluralisme yang diberikan oleh oleh Jaringan Antar-Iman (JAI) kepada Sultan (Mei 2014) untuk dicabut. Sultan Hamengkubuwana X (2014) menyadari bahwa penegakan hukum yang lemah merupakan penyebab permasalahan intoleransi di Yogyakarta, tetapi ia kesulitan "menggunakan otoritas tertingginya sebagai kepala daerah untuk mendesak Kepala Kepolisian Daerah DIY menuntaskan kasus-kasus intoleransi secara hukum".