Kekristenan di Indonesia
Kekerasan dan diskriminasi

Sunat paksa dan konversi paksa orang Kristen terjadi selama konflik Muslim-Kristen 1999–2002 di Maluku, bersamaan dengan serangan terhadap gereja-gereja di seluruh Indonesia. Tentara, khususnya satuan pasukan khusus Kopassus, dituduh membantu penyerangan di Maluku, dan tanggapan resmi terhadap serangan ini kurang, sedangkan kekuatan penuh hukum digunakan terhadap orang-orang Kristen yang terlibat dalam balas dendam. Eksekusi tiga warga Katolik di Sulawesi pada tahun 2006 menimbulkan kekhawatiran lebih lanjut bahwa negara Indonesia lebih menyukai Muslim sambil menghukum minoritas Kristen.
Bahkan setelah meredanya konflik Maluku, orang-orang Kristen menjadi korban serangan di bawah umur, tetapi biasa, oleh organisasi Muslim ekstrimis seperti Front Pembela Islam (FPI). Pada tahun 2005, masyarakat Indonesia dikejutkan oleh pemenggalan tiga siswi sekolah Kristen, yang dilakukan oleh ekstremis Muslim di Sulawesi.
Pada tanggal 8 Februari 2011, penonton sidang menyerang terdakwa, jaksa dan hakim, dan perusuh Muslim merusak gereja-gereja Protestan dan Katolik, sekolah, dan properti lainnya di Temanggung, Jawa Tengah sebagai protes bahwa jaksa hanya menuntut agar pengadilan menghukum Antonius Bawengan sampai lima tahun penjara (hukuman maksimum yang diizinkan oleh hukum) karena dugaan penistaan terhadap Islam melalui selebaran yang dibagikan. Seorang ulama Muslim setempat diduga menuntut agar Antonius menerima hukuman mati. Hakim segera menjatuhkan hukuman lima tahun penjara kepada Antonius. Penduduk Muslim setempat dilaporkan melindungi seorang imam Katolik dan berusaha meminimalkan kerusakan. Ulama setempat kemudian dijatuhi hukuman satu tahun penjara karena menghasut kerusuhan Temanggung. Kerusuhan Temanggung terjadi dua hari setelah 1.500 Muslim Sunni menyerang Muslim Ahmadiyah di Cikeusik, Banten, menewaskan tiga orang.
Di sisi lain, juga pada Februari 2011, seorang pemimpin dan pengikut FPI setempat masing-masing menerima hukuman paling lama 5,5 bulan dan dibebaskan berdasarkan waktu yang dijalani setelah anggota kelompok memukul kepala pendeta HKBP dengan papan kayu dan menikam seorang sesepuh HKBP di bagian perut. Rencana penyerangan lewat mobil tersebut terjadi di Bekasi, Jawa Barat saat para korban sedang berjalan menuju kebaktian gereja dan terkait dengan penolakan umat Islam setempat terhadap pembangunan gereja. Sementara aktivis hak asasi manusia lokal menyatakan kekecewaannya dengan hukuman yang minimal, tidak ada kerusuhan yang terjadi. Sebelumnya, pada 2010, ratusan anggota FPI menyerang jemaah saat kebaktian HKBP di Bekasi, memukuli banyak perempuan. Polisi berada di lokasi tetapi hanya memberikan sedikit perlindungan.
Pada awal Ramadhan Agustus 2011, sekelompok umat Islam menyerang dan membakar tiga gereja di Kuantan, Senggingi, dan Riau. Polisi, yang tidak memberikan alasan apa pun atas pembakaran tersebut, mengatakan bahwa pembakaran itu dilakukan demi menjaga kedamaian Ramadhan bagi umat Islam.
Keputusan bersama menteri tahun 2006 tentang rumah ibadah (ditandatangani oleh Departemen Agama dan Departemen Dalam Negeri) mengharuskan sebuah kelompok agama untuk mendapatkan persetujuan dari setidaknya 60 rumah tangga di sekitar sebelum membangun sebuah rumah ibadah. Keputusan ini telah sering digunakan untuk mencegah pembangunan tempat ibadah non-Muslim dan telah dikutip oleh organisasi Muslim radikal untuk berbagai serangan terhadap non-Muslim.
Pada 9 Mei 2017, Gubernur Jakarta Basuki Tjahaja Purnama yang beragama Kristen divonis dua tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Jakarta Utara setelah dinyatakan bersalah melakukan tindak pidana penodaan agama.
Pada 13 Mei 2018 tiga gereja menjadi sasaran bom bunuh diri di Surabaya.
Pada tanggal 28 November 2020, sekitar 10 orang, diduga dari Mujahidin Indonesia Timur, membunuh empat orang Kristen dan membakar sebuah pos Bala Keselamatan dan rumah-rumah orang Kristen di Sulawesi Tengah, Indonesia. Tiga dari korban tewas dengan digorok lehernya, dan korban lainnya dibunuh dengan cara dipenggal. Di sisi lain, polisi nasional Indonesia telah membantah bahwa serangan tersebut bermotif agama, meskipun polisi berjanji untuk mulai mengejar para pelaku.