Angkatan Bersenjata Pembebasan Nasional Timor Timur
Perjuangan Perlawanan

Sepanjang tahun 1980-an Gusmão, terkemuka baik FALINTIL dan gerakan perlawanan unifikasi CNNR, mulai menjauhkan diri dari partai FRETILIN dan mulai upaya untuk membuat FALINTIL non-partisan, dan untuk membuatnya sayap perlawanan bersenjata dari gerakan perlawanan terpadu. Pada 12 Mei 1983 Gusmão menyatakan konvergensi dari semua nasionalis dalam perjuangan mereka melawan pendudukan Indonesia dan oleh April 1984 Gusmão telah memproklamasikan kemerdekaan ideologis FRETILIN dari gerakan perlawanan secara keseluruhan, dan mulai kembali struktur perlawanan bersenjata gerakan . Pada minggu pertama Juni 1986, pejuang FALINTIL menyerang unit rekayasa Angkatan Darat Indonesia, menewaskan 16 orang tentara TNI. Pada tanggal 31 Agustus 1983, Angkatan Darat Indonesia mulai beroperasi militer di seluruh Viqueqe, sekitar 100 mil dari Dili. Seorang juru bicara Kedutaan Besar Indonesia di Canberra, mengatakan sekitar 3.200 tentara di empat batalyon, termasuk pasukan khusus, dikerahkan dengan tank dan transportasi pasukan lintas udara. Pada 5 Mei 1985 Gusmão mengirim Komite Sentral FRETILIN, yang beroperasi di pengasingan, pesan menginformasikan mereka tentang struktur CNNR dan dengan asumsi judul Panglima FALINTIL. Kemajuan yang signifikan dalam penyatuan gerakan perlawanan terjadi pada bulan Maret 1986 ketika FRETILIN dan UDT setuju untuk penciptaan "konvergensi nasionalis". Sementara itu, pasukan gerilya FALINTIL terus menyerang pasukan Indonesia. Diplomat di Jakarta kemudian mengakui kehilangan antara 20 dan 35 tentara Indonesia tewas dalam penyergapan FALINTIL pada bulan Juni 1986.
Pada tanggal 20 Juni 1988 Resistencia Nacional dos Estudantes de Timor-Leste (RENETIL), Perlawanan Mahasiswa Nasional Timor Timur, diciptakan di Indonesia, melaporkan langsung ke FALINTIL dan Komandan di Kepala Xanana Gusmão. Pada 31 Desember 1988 Gusmão resmi mengumumkan bahwa FALINTIL sekarang non-partisan sayap perlawanan bersenjata dari gerakan perlawanan terpadu, yang sekarang dikenal sebagai  Conselho Nacional da Resistência Maubere  (CNRM), yang Dewan Nasional Perlawanan Maubere.
Antara 23 dan tanggal 28 Mei 1990, CNRM mengadakan pertemuan luar biasa untuk tujuan restrukturisasi gerakan perlawanan seluruh. Itu selama konferensi ini yang Gusmão resmi mengundurkan diri dari partai FRETILIN, sementara Komandan-in-Chief dari FALINTIL dan presiden CNRM tersisa. Pertemuan ini juga melihat pembentukan Front Klandestin, yang muncul dari pengakuan bahwa FALINTIL, perlawanan bersenjata, telah secara signifikan dilemahkan oleh bertahun-tahun gerilya aktivitas melawan militer Indonesia. Pembentukan Front Klandestin adalah strategi untuk mengatur populasi melawan pasukan pendudukan Indonesia. Peristiwa ini melihat meningkatnya aktivitas melawan gerakan perlawanan terpadu oleh menempati pasukan, yang melihat banyak pemimpin perlawanan melarikan diri ke pegunungan atau di luar negeri, dan menyebabkan penangkapan Gusmão pada tanggal 20 November 1992. Ma ' Huno, anggota dari komite pengarah FRETILIN, menjadi pemimpin perlawanan hanya untuk ditangkap dirinya pada 5 April 1993. Nino Konis Santana menggantikan ditangkap Ma'Huno sebagai pemimpin pada 25 April 1993 dan pada bulan September semua faksi perlawanan diterima Santana sebagai pemimpin gerakan keseluruhan. Taur Matan Ruak diangkat menjadi komandan FALINTIL. Di bawah kepemimpinan Santana restrukturisasi dimulai oleh Gusmão lebih diperkuat di bawah payung CNRM dengan Santana sebagai pemimpin Dewan Eksekutif "Perjuangan", Ruak bertanggung jawab atas FALINTIL, dan seorang pria bernama Sabalae mengambil alih Front Klandestin.
Sepanjang tahun 1990-an pasukan pendudukan Indonesia meningkatkan tindakan mereka terhadap perlawanan dan faksi masalah antara FRETILIN dan organisasi perlawanan lainnya melanda CNRM, dengan anggota FRETILIN menandatangani dokumen terhadap kepemimpinan Santana. Sabalae, pemimpin Front Klandestin, menghilang pada bulan Juni 1995. Gusmão tetap pemimpin tertinggi CNRM dan Panglima FALINTIL meskipun dipenjara di sebuah penjara Indonesia. Pada tanggal 31 Mei 1997, gerilyawan Timor Timur menewaskan 16 polisi dan tentara 1 dalam penyergapan di dekat Abafala Village  Pada tahun 1998 Santana meninggal karena kecelakaan dan komandan FALINTIL, Ruak, terpilih sebagai pemimpin "Perjuangan", sementara juga yang tersisa komandan operasional FALINTIL . Pada bulan April 1998 selama Konvensi Nasional Timor Timur Hidup di Luar Negeri, yang diadakan di Portugal, yang Conselho Nacional da Resistência Timorense (CNRT), Dewan Nasional Perlawanan Timor, dibentuk, menggantikan CNRM dan memperkuat usaha-usaha sebelumnya untuk menyatukan semua faksi perjuangan perlawanan terhadap Indonesia.