Allen Lawrence Pope
Sidang pengadilan, penahanan dan pembebasan Allen Pope

Allen Pope kemudian dihadapkan ke pengadilan militer dan disana sempat berdebat dengan para saksi yang dihadirkan oleh oditur militer. Pope kemudian dijatuhi hukuman mati namun naik banding sedangkan Harry Rantung diganjar hukuman 15 tahun. Kabarnya ia ditahan di sebuah villa di Kaliurang dekat Yogyakarta dan penerbang ini sempat mengajari para penjaganya dengan teknik bela diri judo.
Setelah John F. Kennedy menjadi Presiden Amerika Serikat, hubungan Amerika Serikat dengan Presiden Soekarno mengalami perbaikan. Presiden Soekarno sendiri mengatakan bahwa hanya dialah presiden AS yang mengerti jalan pikirannya. Pemerintah Amerika Serikat berusaha juga untuk membebaskan Allen Pope. Jaksa Agung Amerika Serikat Robert Kennedy diutus ke Jakarta untuk menemui Presiden Soekarno dengan membawa surat Kepresidenan yang isinya agar Pope dibebaskan. Di samping itu, istri Pope yang cantik juga diterbangkan secara khusus dari Amerika Serikat untuk menghadap Soekarno. Konon, Presiden Soekarno menerima dengan penuh keramahan. Rupanya kekaguman Presiden Soekarno kepada wanita dimanfaatkan Amerika Serikat untuk membujuk Presiden.
Menurut Harry Rantung, suatu hari menjelang subuh pada Februari 1962, dia dan Pope yang berstatus sebagai terpidana didatangi beberapa anggota Corps Polisi Militer (CPM) bersenjata lengkap. Keduanya diminta ikut. Pope diminta mengemasi milik pribadinya, sedangkan Rantung diperintahkan ikut saja tanpa perlu membawa apa-apa. Di luar penjara ternyata sudah menunggu sebuah panser dan kemudian setelah mereka naik, mereka bergerak kencang menuju arah yang mereka tidak tahu. Anggota CPM tidak berbicara sepatah katapun. Rantung bicara kepada Pope tentang situasi yang akan mereka alami. Dengan tenang Pope menjawab bahwa dirinya tidak tahu, tetapi dia mengira bahwa mereka tidak akan berani berbuat apa-apa kepada kita, karena mengetahui bahwa pemerintahnya sudah mengirimkan utusan khusus.
Setelah setengah jam perjalanan, kemudian panser berhenti dan mereka dipersilahkan turun. Ternyata mereka dibawa ke Bandara Kemayoran. Di pintu masuk ruang tunggu VIP, beberapa orang asing menunggu di antaranya terlihat Duta Besar Amerika Serikat dan stafnya di Jakarta. Sebuah pesawat Lockheed Constellation sudah siap. Dalam perpisahannya, Pope memeluk Rantung dan dengan mata berkaca-kaca dia mengatakan pasti kita akan berjumpa lagi. Beberapa tahun kemudian, Rantung mengaku pernah menerima undangan dari Pope yang saat itu bekerja di sebuah perusahaan penerbangan di California, semuanya gratis. Harry Rantung sendiri, setelah pembebasan bekerja di Kedutaan Besar Amerika Serikat di Jakarta dan mendapat pensiun dari kedutaan. Konon, untuk itu pemerintah Indonesia mendapat kompensasi di antaranya proyek jalan raya by pass di Jakarta.
Selama beberapa bulan Allen Pope disembunyikan oleh Departemen Luar Negeri Amerika Serikat dan kemudian pulang ke Miami serta hidup dengan istri dan keluarganya namun tidak lama kemudian istrinya meminta cerai. Alasan istrinya adalah kekejaman yang keterlaluan, Pope dikatakan "ringan tangan". Pihak berwenang menekan istrinya agar tidak membawa-bawa CIA di depan hakim dalam sidang perceraian mereka. Perempuan yang mengisi hidup Pope di Saigon itu hanya bisa mengatakan bahwa suaminya berubah. Sejak pulang dari Indonesia, setiap malam Pope selalu meletakkan pistol siap tembak di bawah bantalnya. Ia mengkhawatirkan keselamatan dirinya dan anak-anaknya.
Kembali Pope bertualang, Allen Pope dikabarkan jatuh ke tangan CIA dengan menandatangani kontrak di perusahaan penerbangan Southern Air Transport. Tidak jelas kabar Pope sekarang setelah semua perusahaan penerbangan CIA dikabarkan dilikuidasi dan dijual. Tetapi kehadiran Pope di Indonesia telah memberikan pengalaman betapa masalah keamanan dalam negeri juga dapat menimbulkan "kerepotan" bagi Angkatan Udara.