Domestikasi hewan
Seleksi positif

Charles Darwin mengenali beberapa sifat yang membedakan spesies domestik dari nenek moyang mereka yang liar. Dia juga merupakan orang pertama yang mengenali perbedaan antara seleksi buatan, yaitu ketika manusia secara sadar memilih sifat-sifat yang diinginkan, dengan seleksi tak sadar, yaitu ketika suatu organisme berevolusi dan mengalami perubahan sifat sebagai hasil dari seleksi alam atau sebagai akibat dari seleksi sifat-sifat lain.
Hewan domestik memiliki variasi warna mantel dan morfologi tengkorak, ukuran otak yang mengecil, telinga yang terkulai, serta perubahan pada sistem endokrin dan siklus reproduksinya. Eksperimen domestikasi rubah perak menunjukkan bahwa seleksi sifat jinak pada rubah dalam beberapa generasi dapat menghasilkan perubahan perilaku, morfologis, dan fisiologis. Selain menunjukkan bahwa sifat fenotipe domestik dapat muncul melalui seleksi perilaku, dan sebaliknya, perilaku domestik dapat muncul melalui seleksi sifat fenotipe, percobaan ini menyediakan penjelasan tentang bagaimana proses domestikasi hewan dapat dimulai tanpa rencana dan tindakan manusia yang disengaja. Pada dasawarsa 1980-an, seorang peneliti menggunakan serangkaian penanda perilaku, kognitif, dan fenotipe yang terlihat, seperti warna mantel, untuk menghasilkan rusa Dama domestik dalam beberapa generasi. Hasil serupa untuk seleksi sifat jinak dan rasa takut juga ditemukan pada cerpelai dan burung puyuh jepang.
Perbedaan genetik antara populasi domestik dan liar dapat dibingkai dalam dua pertimbangan. Pertimbangan pertama membedakan sifat-sifat domestikasi yang dianggap penting pada tahap awal domestikasi dengan sifat-sifat perbaikan yang muncul sejak berpisahnya populasi liar dan domestik. Sifat-sifat domestik umumnya menetap pada semua hewan domestik dan dipilih pada permulaan proses domestikasi, sedangkan sifat-sifat perbaikan hanya muncul pada sebagian hewan domestik, meskipun sifat-sifat tersebut dapat menetap pada ras hewan tertentu atau pada populasi regional. Pertimbangan kedua adalah apakah sifat-sifat yang terkait dengan sindrom domestikasi dihasilkan dari relaksasi seleksi alam pada saat hewan keluar dari lingkungan liar atau dari seleksi positif yang dihasilkan dari preferensi manusia, baik secara sengaja maupun tidak sengaja. Beberapa studi genomik tentang dasar genetik sifat-sifat tertentu diasosiasikan dengan sindrom domestikasi telah menjelaskan kedua masalah ini. Ahli genetika telah mengidentifikasi lebih dari 300 lokus genetik dan 150 gen yang diasosiasikan dengan variabilitas warna mantel. Pengetahuan tentang mutasi gen yang diasosiasikan dengan warna menunjukkan korelasi antara waktu munculnya variabel warna mantel pada kuda dengan waktu domestikasi mereka. Penelitian lain menunjukkan bahwa bagaimana seleksi yang diinduksi oleh manusia bertanggung jawab atas variasi alel pada babi. Wawasan-wawasan ini menunjukkan bahwa meskipun seleksi alam telah meminimalkan variasi mantel sebelum domestikasi, manusia secara aktif memilih warna mantel yang baru segera setelah warna tersebut muncul pada populasi yang dikelola.
Pada 2015, sebuah penelitian mengamati lebih dari 100 urutan genom babi untuk memastikan proses domestikasi mereka. Proses domestikasi diasumsikan telah diinisiasi oleh manusia dengan melibatkan beberapa individu dan mengandalkan isolasi reproduksi antara hewan liar dan domestik. Namun, penelitian ini menemukan bahwa asumsi isolasi reproduksi dengan hambatan populasi tidak didukung. Penelitian tersebut juga menunjukkan bahwa babi didomestikasi secara terpisah di Asia Barat dan Tiongkok; babi di Asia Barat diperkenalkan ke Eropa dan mereka disilangkan dengan babi hutan. Sebuah model yang cocok dengan data memasukkan persilangan antara babi domestik dengan populasi babi liar yang sekarang sudah punah pada Pleistosen. Penelitian ini juga menemukan bahwa meskipun babi domestik melakukan persilangan balik dengan babi liar, genom babi domestik memiliki tanda-tanda seleksi yang kuat pada lokus genetik yang memengaruhi perilaku dan morfologi mereka. Penelitian tersebut menyimpulkan bahwa seleksi sifat-sifat domestik oleh manusia mungkin menetralkan efek homogenisasi aliran gen dari babi hutan ke babi domestik dan menciptakan pulau-pulau domestikasi dalam genom. Proses yang sama juga berlaku untuk hewan domestik lainnya.
Tidak seperti spesies domestik lainnya yang terutama dipilih untuk sifat-sifat yang berhubungan dengan produksi, anjing pada awalnya dipilih karena perilakunya. Pada tahun 2016, sebuah penelitian menemukan bahwa hanya ada 11 gen tetap yang menunjukkan variasi antara serigala dan anjing. Variasi-variasi gen ini kemungkinan kecil merupakan hasil dari evolusi alami, dan mengindikasikan dampak dari seleksi morfologi dan perilaku selama domestikasi anjing. Gen-gen ini telah terbukti memengaruhi jalur sintesis katekolamin, dengan sebagian besar gen memengaruhi respons lawan-atau-lari (yaitu seleksi untuk kejinakan) dan pemrosesan emosional. Pada umumnya, anjing memiliki rasa takut dan agresi yang lebih rendah dibandingkan dengan serigala. Beberapa gen ini diasosiasikan dengan agresi pada beberapa ras anjing, yang menunjukkan pentingnya mereka baik dalam domestikasi awal dan dalam pembentukan ras.