Shigi Qutuqu
Di bawah Jenghis Khan

Selama kurultai (terj. har. majelis) besar pada tahun 1206, Temüjin, yang baru diberi gelar Jenghis Khan, menunjuk sejumlah komandan terkemukanya untuk menduduki jabatan tinggi di negara Mongol yang baru. Dua di antaranya, Muqali dan Bo'orchu, dihargai lebih daripada yang lain, dengan mendapat perlindungan hukum dan komando atas sayap pasukan Mongol. Shigi Qutuqu tersinggung dengan penghargaan tersebut, dengan Sejarah Rahasia mencatat pernyataannya sebagai berikut : "Apakah Bo'orchu dan Muqali lebih berjasa daripada yang lain? Apakah mereka memberikan lebih banyak kekuatan daripada yang lain? Jika dilihat dari penghargaannya, tampaknya saya tidak lebih berjasa [daripada mereka]!"
Respon dari Jenghis Khan, sebagaimana yang tercatat dalam Sejarah Rahasia, adalah menginstruksikan Shigi Qutuqu untuk "menghukum para pencuri dan meluruskan kebohongan" dengan mendokumentasikan semua rincian hukum, termasuk yang berkaitan dengan pembagian penghargaan, dalam sebuah köke debter (terj. har. kitab biru). Jenghis Khan mempercayakan yurisdiksi hukum di seantero negara Mongol kepada Shigi Qutuqu, sehingga menjadikan Shigi Qutuqu sebagai jarghuchi (terj. har. hakim) pertama bersama saudara seayah dari Jenghis Khan Belgutei, yang diangkat menjadi Menteri Negara. Para sejarawan modern menganggap bahwa catatan tersebut bias: Ratchnevsky berpendapat bahwa Sejarah Rahasia, yang berusaha untuk menunjukkan bahwa Jenghis Khan dipengaruhi oleh orang-orang di sekitarnya, "jelas melebih-lebihkan wewenang dari Shigi Qutuqu", sementara Atwood percaya bahwa Sejarah Rahasia mencampuradukkan kurultai tahun 1206 dengan penunjukan yang dilakukan setelahnya. Meskipun demikian, Shigi Qutuqu pada suatu saat memang ditugaskan untuk mengelola hukum Mongol, kemungkinan dengan membuat semacam yurisprudensi, seperti yang kemudian dicatat oleh Rashid al-Din. Shigi Qutuqu kemungkinan tidak menyusun catatan tersebut sendirian, tetapi mengawasi para juru tulis yang juga dibimbing oleh Tatar Tong'a.
Shigi Qutuqu berpartisipasi dalam kampanye Mongol pertama melawan dinasti Jin. Setelah Kaisar Xuanzong kabur ke Kaifeng, kota Zhongdu pun jatuh ke tangan Mongol setelah sebuah pengepungan panjang pada tanggal 31 Mei 1215. Walaupun kota tersebut dijarah secara menyeluruh, Jenghis Khan secara pribadi mengutus Shigi Qutuqu untuk mengamankan dan menyita harta dari dinasti Jin. Atas kejujurannya dalam mencatat harta sitaan tersebut, Shigi Qutuqu sangat dipuji oleh Jenghis Khan—sebuah peristiwa tidak hanya dicatat dalam Sejarah Rahasia dan oleh Rashid al-Din, tetapi juga dalam Shengwu qinzheng lu pada akhir abad ke13. Sejarah Yuan, yang disusun pada tahun 1370, mencatat bahwa Shigi Qutuqu menduduki jabatan administratif pasca pendudukan Tiongkok Utara, dengan kewenangannya meliputi penunjukan pejabat yang lebih rendah.
Memimpin baris depan kekaisaran selama invasi Mongol terhadap Kekaisaran Khwarazmia di Asia Tengah, Shigi Qutuqu menjadi komandan selama Pertempuran Parwan, kekalahan pertama bagi Mongol dalam kampanye militernya. Kekalahan tersebut dijelaskan secara rinci oleh Rashid al-Din dan pembuat kronik asal Persia lain seperti Minhaj-i Siraj Juzjani dan Ata-Malik Juvayni, serta secara ringkas oleh kronik-kronik Mongol, seperti Sejarah Rahasia, Shengwu qinzheng lu, dan Sejarah Yuan. Menurut pembuat kronik asal Persia, Shigi Qutuqu menjarah dan membakar kota Ghazni bersama sekitar 10.000 orang tentara dan terlibat dalam penaklukan Nishapur, sebelum membantu mengepung Merv. Shigi Qutuqu kemudian diutus bersama sekitar 30.000 orang tentara untuk mengalahkan pangeran Khwarazmia Jalal al-Din Mangburni yang memberontak pada awal tahun 1221, tetapi pasukan Shigi Qutuqu berhasil dipukul mundur oleh pasukan Jalal al-Din setelah pertempuran sengit selama dua hari. Shigi Qutuqu pun lolos dari potensi kematian yang menyakitkan di tangan pasukan Jalal al-Din. Berita kekalahan Mongol kemudian memicu sebuah pemberontakan di kota Herat, yang sebelumnya telah ditaklukkan dan kemudian dihancurkan.
Setelah mendengar kekalahan dari putra angkatnya, Jenghis Khan menutupi kesedihannya dengan kemarahan dan berencana membalas kekalahan tersebut bersama tiga putra tertuanya—Jochi, Chagatai, dan Ögedei. Ia mengkritik pilihan medan perang dari Shigi Qutuqu, dan mencatat bahwa ia menganggap bahwa putra angkatnya telah terlena oleh kemenangan terus-menerus. Pada Pertempuran Indus, setelah Jenghis berhasil mengalahkan Jalal al-Din, Shigi Qutuqu ditunjuk untuk menjaga para prajurit Khwarazmian yang berhasil ditangkap.