Anne, Ratu Britania Raya
Raja William dan Ratu Mary

Segera sesudah naik takhta, Raja William dan Ratu Mary menyerahkan daerah pertuanan Earl Malborough kepada John Churchill dan mengangkat Pangeran George menjadi Adipati Cumberland sebagai ganjaran atas kesetiaan mereka. Anne mohon diizinkan mendiami Istana Richmond dan diberi tunjangan hidup dari kas negara seperti yang diterima para anggota parlemen. Raja William dan Ratu Mary tidak mengabulkan pemohonan pertama, dan berusaha sekalipun gagal untuk menampik permohonan kedua. Keputusan pasangan penguasa tersebut membuat hubungan Anne dan Marry merenggang. Anne kian kesal ketika Raja William tidak mengizinkan Pangeran George untuk aktif berkiprah dalam angkatan bersenjata. Raja William dan Ratu Mary khawatir kebebasan finansial akan melemahkan pengaruh mereka atas diri Anne dan memungkinkan Anne membentuk faksi politik tandingan. Sejak saat itu, atas permintaan Anne, ia dan Sarah Churchill, Istri Adipati Marlborough, mulai saling menyapa dengan nama panggilan Nyonya Morley untuk Anne dan Nyonya Freeman untuk Sarah bila hanya sedang berdua, dengan maksud agar hubungan persahabatan mereka terasa lebih egaliter. Karena curiga Adipati Marlborough diam-diam bersekongkol dengan para pendukung mantan Raja James (kaum Yakobit), Raja William dan Ratu Mary mencopotnya semua jabatannya pada bulan Januari 1692. Untuk menunjukkan dukungan terbuka kepada Adipati dan Istri Adipati Marlborough, Anne mengajak Sarah menghadiri sebuah acara ramah-tamah di istana, dan menolak permintaan kakaknya untuk mengeluarkan Sarah dari struktur kepengurusan rumah tangganya. Istri Adipati Marlborough kemudian dikeluarkan dari struktur kepengurusan rumah tangga kerajaan oleh Lord Chamberlain (kepala pengurus rumah tangga istana). Anne dengan berang meninggalkan rumah negara yang didiaminya selaku kerabat istana, dan pindah ke Wisma Syon, rumah Adipati Somerset. Hak Anne untuk didampingi pengawal kehormatan dicabut. Orang-orang kalangan istana dilarang mengunjunginya, dan para pamong praja diperintahkan untuk tidak mengindahkannya. Pada bulan April, Anne melahirkan seorang anak laki-laki yang berpulang beberapa menit sesudah persalinan. Mary datang membesuk, tetapi alih-alih menghibur, ia malah kembali mengomeli adiknya karena bergaul dengan Sarah. Sejak saat itu, Mary dan Anne tidak pernah lagi bertatap muka. Pada tahun itu juga, Anne pindah ke Wisma Berkeley di Piccadilly, London. Pada Bulan Maret 1693, di Wisma berkeley, Anne melahirkan seorang bayi perempuan yang sudah telanjur mati dalam kandungan.
Ratu Mary mangkat akibat terserang penyakit cacat pada tahun 1694, dan Raja William selanjutnya memerintah sendiri. Anne pun menjadi putri mahkota, karena anak yang mungkin saja lahir dari perkawinan Raja William dengan perempuan lain nantinya menempati jenjang yang lebih rendah daripada Anne dan keturunannya dalam daftar ahli waris takhta, sehingga Anne secara terbuka kembali rujuk dengan Raja William. Sang Raja mengembalikan semua hak Anne, mengizinkannya tinggal di istana St James, dan menghadiahkan perhiasan-perhiasan mendiang Ratu Mary kepadanya, tetapi tidak melibatkannya dalam pemerintahan dan tidak mengangkatnya menjadi pemangku bilamana hendak bepergian ke luar negeri. Tiga bulan kemudian, Raja William mengizinkan Adipati Marlborough kembali memegang semua jabatannya yang semula. Dengan pulihnya kedudukan Anne di istana, Wisma Berkeley pun ramai dikunjungi orang-orang istana yang sebelumnya menjauh dari Anne dan suaminya.
Menurut pengakuan mantan Raja James II, pada tahun 1696, Anne pernah mengirim surat meminta restu untuk menjadi calon pengganti Raja William, dan berjanji akan mengembalikan hak waris takhta kepada keturunan James bila tiba saat yang tepat. Mantan Raja James II menolak memberi restu. Mungkin sekali Anne berusaha memantapkan posisinya selaku putri mahkota dengan cara mencegah kemungkinan munculnya klaim langsung dari James.