Negara Islam Irak dan Syam
Pelanggaran HAM dan kejahatan perang > Penindasan agama dan kelompok minoritas

Lihat pula: Penindasan etnis Asiria oleh NIIS, Penindasan etnis Yazidi oleh NIIS, dan Arabisasi
NIIS memaksa orang-orang di wilayahnya untuk menjalani hidup sesuai hukum syariah versi NIIS. Ada banyak laporan mengenai penggunaan ancaman hukuman mati, penyiksaan, dan mutilasi untuk memaksa perpindahan agama ke Islam, dan pembunuhan sejumlah ulama karena menolak berbaiat kepada Negara Islam. NIIS menargetkan tindakan kekerasannya terhadap Muslim Syiah, Alawi, Asiria, dan Kristen Armenia, Yazidi, Druze, Shabak, dan Mandea.
Para pejuang NIIS menargetkan sekte minoritas Alawi di Suriah. Negara Islam dan kelompok-kelompok jihadis lainnya kabarnya memimpin serangan terhadap desa-desa Alawi di Kegubernuran Latakia, Suriah, bulan Agustus 2013.
Amnesty International menyatakan bahwa NIIS bertanggung jawab atas pembersihan etnis terhadap etnis dan kelompok minoritas agama tertentu di Irak utara dalam "skala yang belum pernah terjadi sebelumnya". Aksi mereka membuat kaum minoritas "terancam terhapus dari peta Irak". Dalam laporan khusus yang dirilis tanggal 2 September 2014, NIIS "secara sistematis menargetkan permukiman Muslim non-Arab dan non-Sunni, membunuh atau menculik ratusan, mungkin ribuan, orang dan memaksa lebih dari 830.000 orang mengungsi dari wilayah yang didudukinya sejak 10 Juni 2014". Di antara orang-orang tersebut terdapat kaum Kristen Asiria, Syiah Turkmen, Syiah Shabak, Yazidi, Kaka'i, dan Mandea Sabea yang sudah hidup bersama selama berabad-abad di Provinsi Nineveh, sebagian besar wilayahnya diduduki oleh NIIS.
Beberapa kasus pembunuhan warga sipil dari kalangan agama dan etnis minoritas oleh NIIS terjadi di desa dan kota Quiniyeh (70–90 orang Yazidi tewas), Hardan (60 orang Yazidi tewas), Sinjar (500–2.000 orang Yazidi tewas), Ramadi Jabal (60–70 orang Yazidi tewas), Dhola (50 orang Yazidi tewas), Khana Sor (100 orang Yazidi tewas), Hardan (250–300 orang Yazidi tewas), al-Shimal (puluhan orang Yazidi tewas), Khocho (400 orang Yazidi tewas dan 1.000 diculik), Jadala (14 orang Yazidi tewas), dan Beshir (700 orang Turkmen Syiah tewas). Kasus pembunuhan lainnya terjadi di dekat Mosul (670 tahanan Syiah di penjara Badush tewas) dan penjara Tal Afar, Irak (200 orang Yazidi tewas karena menolak pindah agama). PBB memperkirakan bahwa 5.000 etnis Yazidi dibunuh oleh NIIS saat sebagian wilayah Irak utara dicaplok kelompok tersebut bulan Agustus 2014. Pada akhir Mei 2014, 150 anak laki-laki Kurdi dari Kobani berusia 14–16 tahun diculik dan disiksa, menurut laporan Human Rights Watch. Di kota Ghraneij, Abu Haman, dan Kashkiyeh, 700 anggota suku Al-Shaitat yang beraliran Sunni dibunuh karena merencanakan pemberontakan terhadap NIIS. PBB melaporkan bahwa pada bulan Juni 2014, NIIS telah membunuh puluhan ulama Islam Sunni yang menolak berbaiat kepada kelompok tersebut.
Umat Kristen yang ingin tetap tinggal di wilayah pendudukan NIIS diberi tiga pilihan: pindah agama ke Islam, membayar jizyah, atau dibunuh. Sesuai pernyataan NIIS, "Kami menawarkan mereka tiga pilihan: Islam; kontrak dzimmi yang mencakup pembayaran pajak jizyah; bila menolak, jalan keluarnya hanyalah pedang." NIIS telah menerapkan aturan serupa bagi umat Kristen di Raqqa, kota yang dulunya sangat liberal di Suriah.
Pada tanggal 23 Februari 2015, menanggapi serangan besar-besaran Kurdi di Kegubernuran Al-Hasakah, NIIS menculik 150 orang Kristen Asiria dari pedesaan dekat Tal Tamr (Tell Tamer) di Suriah timur laut setelah melancarkan serangan di kawasan tersebut.
Kampanye NIIS di permukiman Kurdi Dan Yazidi di Irak dan Suriah diduga merupakan bagian dari rencana Arabisasi yang terorganisasi. Misalnya, seorang pejabat Kurdi di Kurdistan Irak mengklaim bahwa kampanye NIIS di Sinjar merupakan bagian dari program Arabisasi.