Paku Alam I
Perjalanan Panjang Menuju Tahta Paku Alam

Kiprah BPH Natakusuma dalam kancah politik telah dilakukan ketika masih muda. Sekitar 1780 ia mendapat gelar Bendara Pangeran Harya (disingkat BPH), sebuah gelar pejabat senior di Kasultanan Yogyakarta. Putra Raden Ayu Srenggara ini sangat dekat hubungannya dengan Pangeran Adipati Anom (gelar putra mahkota) yang kelak menjadi Hamengkubuwana II.
Pada masa pemerintahan Hamengkubuwana II timbul intrik-intrik istana yang disulut oleh Patih Danureja II (jabatan kepala pemerintahan yang menjalankan pemerintahan sebuah negara) dan Van Braam, minister untuk Surakarta. Pertentangan antara Sultan HB II dan Patihnya membawa banyak sekali akibat. Hubungan antara Hamengkubuwana II dan Pangeran Adipati Anom yang kelak menjadi Hamengkubuwana III tidak harmonis. Untuk meredam ambisi Danureja II, Sultan mengangkat RT Natadiningrat (kelak menjadi Paku Alam II) menjadi sekretaris istana dan menyerahkan hampir semua urusan Sekretariat Negara padanya. Hal ini semakin memperuncing keadaan yang ada.
Dengan sedikit intrik, Danureja II berhasil memancing pemberontakan Bupati Madiun, Raden Rangga. BPH Natakusuma dan terutama putranya RT Natadiningrat ikut terseret dan dituduh mendalangi pemberontakan. Berkat laporan keliru yang dibuat Danureja II dan van Braam, Herman Willem Daendels, Gubernur Jenderal Belanda-Prancis di Batavia, memerintahkan pembebasan tugas RT Natadiningrat dari sekretaris istana.
Selanjutnya Daendels meminta Hamengkubuwana II untuk menyerahkan Natakusuma dan Natadiningrat ke Semarang. Akhirnya Natakusuma dan Natadiningrat diberangkatkan ke Semarang dan ditawan disana. Kemudian kedua tawanan dibawa ke Tegal dan selanjutnya ke Cirebon, dimana terjadi upaya pembunuhan terhadap mereka. Setelah dari Cirebon, Natakusuma dan Natadiningrat dipindahkan ke Batavia. Pada saat yang sama, dengan perundingan dan kekuatan 7000 pasukan Belanda-Prancis, Hamengkubuwana II dimakzulkan paksa dari tahtanya. Sebagai pengganti diangkatlah Pangeran Adipati Anom sebagai Hamengkubuwana III.
Di Batavia ternyata juga terjadi kejadian yang tak terduga. Daendels dicopot dari jabatannya dan digantikan oleh Gubernur Jenderal Jan Willem Janssens. Gubernur Jenderal yang baru ini berusaha memulihkan keadaan dengan memperbaiki kesalahan-kesalahan yang dilakukan pendahulunya. Natakusuma dan Natadiningrat tidak lagi diperlakukan sebagai tawanan kriminal. Namun ia berdua tetap belum diperbolehkan kembali ke Kesultanan Yogyakarta.
Pada jeda waktu yang tak terlalu lama terdengar berita Bala Tentara Pemerintah Kerajaan Inggris mulai masuk perairan Laut Jawa. BPH Natakusuma dan RT Natadiningrat diminta ke Bogor dan diserahkan pada adik Sekretaris Jendral Belanda- Prancis. Setelah tentara Belanda-Prancis kalah di Batavia dan Meester Cornelis (sekarang kawasan Jatinegara) serta pasukan Kerajaan Inggris menuju Bogor, Kedua bangsawan Yogyakarta dipindahkan ke Semarang dan akhirnya ke Surabaya.
Di Surabaya, Natakusuma ditemui Pejabat Kerajaan Inggris. Pemerintah Kerajaan Inggris tertarik dengan kasus pengasingannya. Setelah proses penyelidikan akhirnya Raad van Indie berpendapat kedua bangsawan tersebut hanya merupakan korban kelicikan intrik-intrik pejabat Belanda-Prancis. Inggris berpendapat bahwa BPH Natakusuma adalah orang yang tepat untuk melunakkan Hamengkubuwana II yang menentang Inggris. Kemudian ia diminta Gubernur Jawa di Semarang untuk tinggal di kota tersebut.
Di kota lumpia itu BPH Natakusuma mendapat sambutan yang baik. Ia berterima kasih kepada Inggris atas kepercayaan terhadapnya dan putranya. Inggris berharap Natakusuma bersedia menjadi mediator antara Inggris dengan Sultan Sepuh yang bertahta kembali dan menentang Inggris. Setidaknya Soedarisman Poerwokoesoemo mencatat ada dua versi yang berbeda mengenai peran Natakusuma pada tahun 1811-1812 di Yogyakarta.
Versi pertama:
Setelah kembali ke Yogyakarta BPH Natakusuma menjelaskan maksud kedatangannya pada Sultan. Sultan dalam pernyataannya menerima proposal Inggris untuk menyerahkan tahta kepada Adipati Anom dan meminta maaf kepada Inggris atas insiden pembunuhan Danureja II yang dilakukan menurut perintahnya dengan kompensasi Inggris memberi amnesti kepada Sultan. Sultan juga meminta agar sikapnya jangan dipublikasikan. Sultan menyambut sendiri Letnan Jenderal Thomas Stamford Raffles ketika datang ke Yogyakarta dan mengadakan jamuan kenegaraan.
Konflik dan intrik berdarah ternyata tidak berhenti. Kondisi yang berbalik seratus delaan puluh derajat ini menyebabkan Adipati Anom menjadi ketakutan. Kali ini konflik turut menyeret Kasunanan Surakarta dan Kadipaten Mangkunagaran. Setelah ibundanya ditahan oleh Sultan Sepuh-karena dianggap ikut memengaruhi Adipati Anom, Adipati Anom bekerja sama dengan Kapten Tan Jin Sing menemui John Crawford, residen Inggris untuk Yogyakarta. Dari hasil pertemuannya Crawford dalam suratnya kepada Raffles mengusulkan Adipati Anom di angkat lagi menjadi sultan. Dalam surat itu pula Natakusuma diusulkan menjadi Pangeran Merdika. Akhirnya diusulkan Wakil Gubernur Jenderal datang ke Yogyakarta dengan membawa pasukan untuk berperang.
Versi kedua:
Segera setelah penyerahan kekuasaan dari Belanda-Prancis kepada Inggris, Hamengkubuwana II kembali mengambil alih tahta dari putranya. Kepada pemerintah Inggris Sultan mengusulkan bebrapa tuntutan, diantaranya, pembayaran kembali uang ganti rugi daerah pesisiran yang diambil Belanda, Penyerahan makam-makam leluhur, dan diserahkannya BPH Natakusuma dan RT Natadiningrat .
Oleh Raffles Sultan Sepuh dibiarkan dalam kedudukannya dan bahkan diperkuat kedudukannya. Tuntutan Sultan untuk membebaskan kedua kerabatnya dipenuhi. Sebaliknya Sultan diminta untuk membubarkan Angkatan Bersenjata Kasultanan. Akibat campur tangan Inggris terlalu jauh dalam urusan istana, Sultan segera mengadakan perundingan dengan Sri Susuhunan di Surakarta untuk melepaskan diri dari Inggris.
Sultan secara terang-terangan menentang Inggris dengan menolak pembubaran korps prajuritnya dan memperkuat pertahanan di istana serta menambah jumlah milisi bersenjata. Natakusuma dan Kapten Tan Jin Sing-lah yang memberi tahu kepada Inggris segala rencana Sultan.
Dan akibatnya pada pertengahan Juni 1812, Admiral Gillespie datang ke Yogyakarta dengan pasukan bersenjata lengkap. Selain itu Legiun Pangeran Prangwadana (Mangkunagaran) juga diperbantukan. Segera Gillespie mengirim ultimatum kepada Sultan untuk segera merealisasikan sikapnya dengan menyerahkan tahta pada Adipati Anom dan menjadikan BPH Natakusuma menjadi pangeran merdika. Sultan dengan tegas enggan memenuhi ultimatum.
Sebuah versi mengemukakan mulai 18 Juni 1812 istana mulai dihujani meriam. Setelah mengepung tiga hari dan mengadakan serangan kilat pada hari terakhir istana dapat ditaklukkan pada 20 Juni 1812. Versi lain berpendapat mulai 20 Juni 1812 keraton mulai diserang dan pada 28 Juni 1812 istana sepenuhnya dapat dikuasai Inggris. Pada tanggal itu pula Sultan Sepuh untuk kedua kalinya diberhentikan dan sekali lagi Hamengkubuwana III ditahtakan sebagai Sultan Yogyakarta.