Konfrontasi Indonesia–Malaysia
Konflik > Awal pertikaian

Motif Sukarno untuk memulai konfrontasi masih menjadi bahan perdebatan. Mantan Menteri Luar Negeri Indonesia, Ide Anak Agung Gde Agung, berpendapat bahwa Sukarno sengaja meredam keberatan Indonesia atas pembentukan negara Malaysia saat Indonesia tengah fokus mengklaim Irian Barat. Setelah kemenangan diplomatik Indonesia dalam sengketa Irian Barat, Sukarno terdorong untuk memperluas dominasi Indonesia terhadap negara-negara tetangga yang lebih lemah. Sebaliknya, Sukarno diduga terpaksa mengalihkan perhatian terhadap konflik luar negeri baru karena adanya tekanan dari PKI dan akibat ketidakstabilan politik di Indonesia.
Pada akhir 1950-an, Sukarno berpendapat bahwa Malaysia adalah negara boneka Inggris, sebuah eksperimen neokolonial, dan perluasan Malaysia akan meningkatkan kontrol Inggris di wilayah tersebut, yang berdampak pada keamanan nasional Indonesia. Sukarno dengan tegas menentang rencana dekolonisasi Inggris, termasuk pembentukan Federasi Malaysia, yang menyatukan Semenanjung Malaya dan Borneo Inggris. Sukarno menuduh Malaysia sebagai negara boneka Inggris yang bertujuan untuk memberlakukan imperialisme dan kolonialisme baru di Asia Tenggara, serta membatasi ambisi Indonesia untuk menjadi kekuatan regional di kawasan tersebut.
Ada pula yang berpendapat bahwa kampanye Sukarno menentang pembentukan Malaysia dilatarbelakangi oleh keinginannya untuk memisahkan Malaya, Kalimantan Utara, Sarawak, dan Singapura sebagai satu negara tersendiri, sehingga tidak mau tunduk terhadap usulan Inggris untuk melakukan dekolonisasi dengan menyebutnya sebagai neokolonialisme yang dilakukan oleh negara Inggris sebagai salah satu cara untuk melebarkan hegemoni Inggris di kawasan tersebut. Di saat bersamaan, Filipina mengklaim Borneo Utara bagian timur sebagai miliknya, dengan alasan bahwa koloni Borneo tersebut memiliki hubungan sejarah dengan Filipina melalui Kesultanan Sulu.
Meskipun Sukarno tidak secara langsung mengklaim wilayah Borneo bagian utara untuk digabungkan ke dalam Kalimantan Indonesia, ia melihat pembentukan Malaysia sebagai hambatan bagi Maphilindo, sebuah gagasan persatuan iredentis nonpolitis yang mencakup Malaya, Filipina, dan Indonesia. Presiden Filipina, Diosdado Macapagal, awalnya tidak menentang gagasan ini dan bahkan memprakarsai Persetujuan Manila. Meskipun tidak terlibat dalam pertikaian tersebut, Filipina menunda pengakuannya atas Malaysia sebagai penerus negara Malaya. Akibatnya, Malaysia memutuskan hubungan diplomatik dengan Filipina.
Indonesia bersikukuh bahwa pembentukan Malaysia memungkinkan Inggris untuk mempertahankan hak istimewa terkait penggunaan pangkalan militernya di Singapura, dan dengan demikian makin memperkuat pertahanan Inggris di Asia Tenggara, yang dianggap sebagai ancaman tersirat. Subandrio, Menteri Luar Negeri Indonesia, menjelaskan kepada Duta Besar Amerika Serikat, Howard P. Jones, bahwa kebijakan konfrontasi ini berkaitan dengan Malaya, bukan Malaysia, dan merupakan reaksi Indonesia atas kebijakan anti-Djakarta dan dukungan terhadap aksi pemberontakan yang diterapkan oleh Malaya dan Inggris pada tahun 1958.
Pada bulan April 1963, penyusupan mata-mata dan serangan pertama yang tercatat terjadi di Borneo. Pasukan penyusup yang berlatih di Nangabadan dibagi dua dan dipersiapkan untuk melancarkan operasi pertama. Pada tanggal 12 April 1963, sekelompok penyusup menyerang dan merebut kantor polisi di Tebedu di Divisi 1 Sarawak, kira-kira 64 km dari Kuching dan 3,2 km dari perbatasan dengan Kalimantan. Kelompok lainnya menyerang desa Gumbang, di sebelah barat daya Kuching, pada akhir bulan yang sama. Hanya sekitar separuh dari mereka yang kembali. Dari perspektif militer, konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia bisa dikatakan dimulai setelah penyerangan Tebedu.
Sebelum pernyataan resmi konfrontasi Indonesia terhadap Malaysia pada 20 Januari 1963, Komisi Cobbold telah melaporkan mengenai kelayakan pembentukan negara Malaysia pada tahun 1962, dengan menyimpulkan bahwa adanya dukungan yang cukup besar di koloni Borneo untuk pembentukan negara Malaysia. Namun, lantaran meningkatnya penentangan dari Indonesia dan Filipina terhadap rencana pembentukan Malaysia, fase negosiasi baru diusulkan untuk mendengarkan keberatan dari kedua negara tersebut. Untuk menyelesaikan sengketa ini, negara-negara calon anggota Federasi Malaysia bertemu dengan perwakilan Indonesia dan Filipina di Manila pada tanggal 30 Juli 1963. Beberapa hari sebelum pertemuan tersebut, pada 27 Juli 1963, Sukarno melanjutkan retorikanya yang semakin memanas, menyatakan bahwa ia akan "mengganyang Malaysia." Dalam pertemuan di Manila, Filipina dan Indonesia secara resmi sepakat untuk menerima pembentukan Malaysia jika mayoritas penduduk Borneo Utara dan Sarawak mendukungnya dalam referendum yang diselenggarakan oleh PBB.
Sebelum pertemuan di Manila, Pemerintah Malaya telah menetapkan tanggal 31 Agustus sebagai tanggal pembentukan negara Malaysia (kelak diperingati sebagai hari kemerdekaan Malaya). Namun, dalam negosiasi di Manila, pemerintah Malaya dibujuk oleh pemerintah Indonesia dan Filipina untuk menunda peresmian Malaysia hingga tanggal 15 September 1963, ketika putusan PBB telah dikeluarkan. Setelah perundingan di Manila, Perdana Menteri Malaya, Tunku Abdul Rahman, mengumumkan bahwa negara Malaysia akan terbentuk pada 16 September 1963, terlepas dari hasil putusan PBB.
Borneo Utara dan Sarawak, yang memperkirakan bahwa putusan PBB akan mendukung pembentukan Malaysia, memproklamirkan diri sebagai bagian dari Malaysia pada tanggal 31 Agustus 1963, sebelum putusan PBB dipublikasikan. Pada 14 September, putusan PBB diterbitkan, yang memberikan dukungan bagi pembentukan negara Malaysia. Malaysia secara resmi berdiri pada 16 September 1963. Indonesia langsung bereaksi dengan mengusir Duta Besar Malaysia dari Jakarta. Dua hari kemudian, perusuh yang diorganisir oleh PKI membakar Kedutaan Besar Inggris di Jakarta. Ratusan perusuh merusak Kedutaan Besar dan rumah diplomat Singapura di Jakarta . Di Malaysia, mata-mata Indonesia ditangkap, dan massa menyerbu Kedutaan Besar Indonesia di Kuala Lumpur.