B. J. Habibie
Masa kepresidenan > Akhir jabatan

Menurut pihak oposisi, salah satu kesalahan terbesar yang ia lakukan saat menjabat sebagai Presiden ialah memperbolehkan diadakannya referendum provinsi Timor Timur (sekarang Timor Leste). Ia mengajukan hal yang cukup menggemparkan publik saat itu, yaitu mengadakan jajak pendapat bagi warga Timor Timur untuk memilih merdeka atau masih tetap menjadi bagian dari Indonesia. Pada masa kepresidenannya, Provinsi Timor Timur memperoleh kemerdekaan dari Indonesia dan memilih menjadi negara terpisah yang berdaulat bernama Timor Leste pada Agustus 1999. Pemisahan diumumkan pada tanggal 30 Agustus 1999.
Kasus inilah yang mendorong pihak oposisi yang tidak puas dengan latar belakang Habibie semakin giat menjatuhkannya.[butuh rujukan]
Ketika Habibie menjadi salah satu kandidat dalam pencalonan dan pemilihan presiden oleh MPR pada tahun 1999, pencalonannya ditentang oleh sebagian besar anggota DPR. Dirinya ditentang karena dianggap masih merupakan bagian dari rezim Orde Baru. Penentangan ini datang dari anggota DPR dari partai pengusungnya yaitu Partai Golongan Karya, dan dari anggota DPR lainnya.  Kondisi ini juga membuat laporan pertanggung jawaban Habibie sebagai presiden mengalami penolakan pada Sidang Umum MPR tahun 1999. Karena penolakan ini, Habibie mengundurkan diri dari pencalonannya sebagai presiden.
Pandangan terhadap pemerintahan Habibie pada era awal reformasi cenderung bersifat negatif, tapi sejalan dengan perkembangan waktu banyak yang menilai positif pemerintahan Habibie. Salah satu pandangan positif itu dikemukakan oleh L. Misbah Hidayat dalam bukunya Reformasi Administrasi: Kajian Komparatif Pemerintahan Tiga Presiden.
Visi, misi dan kepemimpinan presiden Habibie dalam menjalankan agenda reformasi memang tidak bisa dilepaskan dari pengalaman hidupnya. Setiap keputusan yang diambil didasarkan pada faktor-faktor yang bisa diukur. Maka tidak heran tiap kebijakan yang diambil kadangkala membuat orang terkaget-kaget dan tidak mengerti. Bahkan sebagian kalangan menganggap Habibie apolitis dan tidak berperasaan. Pola kepemimpinan Habibie seperti itu dapat dimaklumi mengingat latar belakang pendidikannya sebagai doktor di bidang konstruksi pesawat terbang. Berkaitan dengan semangat demokratisasi, Habibie telah melakukan perubahan dengan membangun pemerintahan yang transparan dan dialogis. Prinsip demokrasi juga diterapkan dalam kebijakan ekonomi yang disertai penegakan hukum dan ditujukan untuk kesejahteraan rakyat. Dalam mengelola kegiatan kabinet sehari-haripun, Habibie melakukan perubahan besar. Ia meningkatkan koordinasi dan menghapus egosentisme sekotral antarmenteri. Selain itu sejumlah kreativitas mewarnai gaya kepemimpinan Habibie dalam menangani masalah bangsa. Untuk mengatasi persoalan ekonomi, misalnya, ia mengangkat pengusaha menjadi utusan khusus. Dan pengusaha itu sendiri yang menanggung biayanya. Tugas tersebut sangat penting, karena salah satu kelemahan pemerintah adalah kurang menjelaskan keadaan Indonesia yang sesungguhnya pada masyarakat internasional. Sementara itu pers, khususnya pers asing, terkesan hanya mengekspos berita-berita negatif tentang Indonesia sehingga tidak seimbang dalam pemberitaan.