Ninjutsu
Cabang Ninjutsu

Ada 18 ilmu dan seni berperang ninjutsu dari banyak keahlian yang dimiliki oleh ninja yang dapat dipelajari oleh umum pada saat ini. Selebihnya di luar keterampilan fisik dan penguasaan jiwa, para pendekar ini harus mempelajari latihan batin. Setelah menguasai level ini, ninja bisa sangat ahli dan bahkan dianggap sebagai orang bijak atau dukun, karena kemampuannya menyatu dengan alam dan siklus di sekitarnya. Delapan belas keahlian tersebut adalah:
Seishin teki kyoyo (pemurnian jiwa)
 ninja aliran togakure sangat mengandalkan pengenalan jati diri. Seorang ninja harus mengetahui dengan tepat komitmen dan motivasi hidupnya. Dengan pemahaman dan penghayatan terhadap proses pematangan seorang ninja bisa menjadi seorang pendekar yang bijak. Keterlibatan ninja dalam pertarungan dimotivasi oleh alasan untuk melindungi. Tidak dibenarkan jika alasannya semata-mata hanya karena uang.
Tai jutsu (bertarung dengan tangan kosong)
paduan dari ilmu daken taijutsu (pukul, tendang, tangkis), ju taijutsu (gumul, mencekik, meloloskan dari kuncian), taihen jutsu (gerak tanpa suara, berguling, melompat, cara jatuh). Keterampilan ini diperlukan pada situasi terancam atau bertahan
Ninja ken (pedang ninja)
pedang ninja adalah pedang pendek lurus bermata tunggal. Pedang adalah senjata utama ninja. Untuk menggunakan pedang dituntut dua keahlian utama yaitu ilmu menarik pedang (dengan kecepatan namun halus gerakannya) sekaligus mengayun untuk memotong.
Bo jutsu (jurus tongkat dan bilah)
ada 2 jenis tongkat, tongkat panjang sekitar 2 meter(bo) dan tongkat pendek sekitar satu meter (hanbo). Ada lagi senjata dari bilah bambu yang bila dibuka di dalamnya ada mata pedang yang sekilas tampak seperti tongkat biasa.
Shuriken jutsu (senjata lempar)
ilmu lempar berupa lempeng baja dengan mata tajam bersisi empat seperti bintang (senban shuriken) atau paku lempar (bo shuriken). Senban shuriken dilempar dengan cara dipuntir agar bisa menancap dan memberi efek gergaji. Bo shuriken dilempar bersamaan beberapa buah sehingga terlihat seperti kilatan jarum.
Yari jutsu (jurus tombak) 
tombak digunakan untuk pertarungan jarak sedang untuk menangkis dan meredam serangan lawan.
Naginata jutsu (jurus pedang bertongkat)
 pedang pendek yang gagangnya dibuat panjang seukuran tombak. Digunakan ninja untuk memotong lawan yang berada dalam jarak sedang. Bisa digunakan untuk menyerang samurai dan merobohkan tentara berkuda.
Kusari gama (jurus rantai dan bandul)
 berupa rantai sepanjang 2-3 meter yang diberi bandul pada salah satu ujungnya. Pada ujung yang lain dikaitkan pada gagang arit tradisional jepang. Rantai digunakan untuk menangkis serangan senjata lawan, sedangkan bilah arit digunakan untuk menghabisi lawan yang sudah terjerat. Senjata rantai dan bandul yang disukai oleh para ninja aliran togakure adalah kyoketsu yaitu belati lengkung yang gagangnya dipasangi tali halus dari rambut kuda dan ujung tali satu lagi diberi cincin baja besar.
Henso jutsu (ilmu menyamar dan membaur)
 ilmu ini sangat diperlukan pada saat spionase. Ninja membuat identitas palsu dan mengalihkan perhatian orang. Ninja juga bergerak tanpa bisa dilacak.
Shinobi iri (ilmu mengintai dan menyusup)
 ilmu ini mengajarkan bergerak tanpa suara dan bersembunyi di bawah bayangan.
Ba jutsu 
 seorang ninja harus bisa bertempur di atas kuda selain menunggang kuda dengan baik di segala medan.
Sui ren (ilmu tempur dalam air)
 meliputi teknik mengintai dengan cara berenang, bergerak tanpa suara dalam air, cara menggunakan perahu khusus untuk mengapung dalam air, dan teknik perkelahian dalam air.
Bo ryaku (ilmu strategi)
 ilmu taktik yang tak lazim digunakan dalam kondisi bertahan atau pertarungan terbuka. Ninja sering memanfaatkan kondisi sekitarnya untuk melaksanakan tugasnya, tanpa banyak mengeluarkan energi.
Cho ho (ilmu spionase)
 ilmu mata-mata termasuk merekrut dan memakai orang yang digunakan sebagai mata-mata.
Inton jutsu (teknik meloloskan diri dan menghilang)
 ninja pandai meloloskan diri dengan memanfaatkan keadaan alam yang ada.
Ten mon (meteorologi)
 memanfaatkan cuaca juga merupakan senjata utama ninja. Sejak kecil mereka dilatih mengendalikan cuaca dari tanda-tanda alam yang kecil.
Chi mon (geografi)
 teknik pemanfaatan lahan.