Penaklukan Mesir oleh Fatimiyah
Invasi dan penaklukan Mesir > Penaklukkan Fustat

Delegasi tersebut kembali ke Fustat pada 26 Juni dengan membawa surat Jauhar. Bahkan sebelum utusan tersebut tiba, rumor menyebar bahwa militer menolak menerimanya dan memutuskan untuk berperang dan melarang penggunaan jalur di Sungai Nil. Ketika surat itu dibacakan di depan umum, secara khusus para perwira dengan keras menentangnya dan bahkan intervensi wazir Ibn al-Furat tidak dapat membujuk mereka untuk menyerah. Jauhar kemudian menyatakan ekspedisinya sebagai jihād melawan Bizantium, dan meminta ketua qāḍī memastikan bahwa siapa pun yang menghalangi jalannya adalah musuh agama dan dapat dibunuh. Di pihak Mesir, Nihrir terpilih sebagai komandan bersama Ikhsyidiyyah dan Kafuriyyah,  yang pada tanggal 28 Juni menduduki Pulau Rawdah yang mengendalikan jalur jembatan ponton yang menghubungkan Fustat dengan Giza di tepi barat sungai Nil, tempat Jauhar mendirikan kemah.
Jalannya konflik selanjutnya tidak jelas, karena sumber-sumber melaporkan dengan rincian yang berbeda.  Pertempuran pertama terjadi pada tanggal 29, tetapi Jauhar terpaksa mundur. Setelah itu, Jauhar memutuskan untuk menyeberangi sungai di tempat lain. Tergantung pada sumbernya, hal ini dilakukan dengan perahu yang disediakan oleh sekelompok Ikhsyidiyah ghilmān yang membelot, atau ditangkap oleh Ja'far bin Fallah dari armada Ikhsyidiyah yang dikirim dari Mesir Hilir untuk membantu garnisun Fustat. Dengan menggunakan perahu-perahu ini, Ibnu Fallah memimpin sebagian pasukan Fatimiyah menyeberang, meskipun lokasi tepatnya tidak diketahui. Menurut al-Maqrizi, empat komandan Ikhsyidiyah telah dikirim bersama pasukannya untuk memperkuat kemungkinan titik pendaratan, tetapi pasukan Fatimiyah berhasil menyeberangi sungai. Pada tanggal 3 Juli, kedua pasukan bentrok dan Fatimiyah menang. Tidak ada rincian yang diketahui, tetapi seluruh pasukan Ikhshidid yang dikirim dari Giza untuk melawan Fatimiyah dihancurkan. Pasukan Ikhsyidiyah lainnya kemudian meninggalkan Rawdah dan berpencar, meninggalkan Fustat dan melarikan diri hingga Suriah untuk mencari keselamatan.
Fustat berada dalam kekacauan akibat peristiwa ini, tetapi pada saat itu para da'i Fatimiyah tampil, melakukan kontak dengan kepala polisi, dan menggantungkan spanduk putih Fatimiyah di atas kota sebagai tanda penyerahan, sementara kepala polisi berbaris di jalan-jalan sambil membunyikan bel dan membawa spanduk yang menyatakan al-Mu'izz sebagai khalifah. Perlawanan pasukan telah merusak amān Jauhar dan menjadikan kota itu sah untuk dijarah menurut adat. Jauhar setuju untuk memperbarui amān, menugaskan Abu Ja'far Muslim untuk pemeliharaannya, sementara Ibn al-Furat ditugaskan untuk menyita rumah petugas yang melarikan diri.
Pada tanggal 6 Juli, Ibn al-Furat dan Abu Ja'far Muslim, didampingi oleh para pedagang terkemuka, memimpin massa melewati jembatan ponton untuk memberi penghormatan kepada Jauhar di Giza. Pada malam yang sama, tentara Fatimiyah mulai melintasi jembatan, dan mendirikan kemah sekitar 5 kilometer (3 mi) utara kota. Keesokan harinya, pembagian sedekah diumumkan, dibiayai oleh harta yang dibawa Jauhar bersamanya. Uang dibagikan kepada orang miskin oleh qāḍī tentara, Ali bin al-Walid al-Isybili. Pada tanggal 9 Juli, Jauhar memimpin salat Jumat di Masjid Amr di Fustat. Pada saat itu pengkhotbah Sunni, berpakaian dengan pakaian Bani Ali yang berwarna putih dan membaca frasa asing dari sebuah catatan, membacakan khuṭbah atas nama al-Mu'izz .