Marshall Applewhite
"Jalan Keluar Final"

Pada Oktober 1996, kelompok tersebut menyewa sebuah rumah di Rancho Santa Fe, California. Pada tahun tersebut, mereka merekam dua pesan video di mana mereka menawarkan penonton mereka sebuah "kesempatan terakhir untuk mengevakuasi Bumi". Pada waktu yang sama, mereka mengetahui kedatangan Komet Hale–Bopp. Applewhite percaya bahwa Nettles menaiki sebuah pesawat luar angkasa yang membuntuti komet tersebut, dan bahwa ia berencana untuk bertemu dengan mereka. Ia mengatakan kepada pengikut-pengikutnya bahwa kendaraan tersebut akan mengantarkan mereka menuju ke tujuan utama mereka, dan bahwa terdapat sebuah konspirasi pemerintah untuk menutupi hal tersebut. Selain itu, ia menyatakan bahwa pengikutnya yang telah meninggal juga akan diangkut oleh kapal tersebut, sebuah kepercayaan yang menyerupai doktrin pengangkatan pretribulasi Kristen. Tidak diketahui bagaimana ia mempelajari komet tersebut atau mengapa ia percaya bahwa komet tersebut diikuti oleh makhluk luar angkasa.
Pada akhir Maret 1997, kelompok tersebut mengisolasikan diri mereka dan merekam pesan perpisahan. Banyak anggota memuji Applewhite dalam pesan-pesan terakhir mereka; Davis mendeskripsikan pernyataan mereka sebagai "regurgitasi injil Do". Applewhite merekam sebuah video pendek sebelum kematiannya, ia menyebut bunuh diri sebagai "Jalan Keluar Final" kelompok tersebut dan mengatakan, "Kami dalam seluruh kejujuran benci dunia ini". Lewis berspekulasi bahwa Applewhite memutuskan bunuh diri karena ia telah mengatakan bahwa kelompok tersebut akan naik pada saat waktu hidupnya dan dengan demikian menyatakan penggantinya tidak layak.
Sarjana keagamaan Catherine Wessinger berpendapat bahwa bunuh diri tersebut dimulai pada tanggal 22 Maret. Sebagian besar anggota mengambil barbiturat dan alkohol dan kemudian ditempatkan di tas bagian atas. Mereka mengenakan sepatu Nike dan seragam hitam dengan menggunakan lencana bertuliskan "Heaven's Gate Away Team". Sebuah tas berisi beberapa dolar dan formulir identifikasi ditempatkan di samping sebagian besar jenazah. Kematian terjadi selama tiga hari; Applewhite adalah satu dari empat orang terakhir yang meninggal. Tiga asisten membantunya melakukan bunuh diri, kemudian mereka membunuh diri sendiri. Sebuah petunjuk anonim membantu sekelompok sheriff untuk mencari rumah tersebut; mereka menemukan 39 jenazah pada tanggal 26 Maret. Ini adalah bunuh diri berkelompok terbesar yang pernah terjadi di A.S. Jenazah Applewhite ditemukan sedang duduk diatas tempat tidur pada kamar tidur utama di rumah tersebut. Pemeriksa medis menyatakan bahwa ketakutannya terhadap kanker adalah hal yang tak mendasar, tetapi ia menderita aterosklerosis koroner.
Kematian tersebut memicu sirkus media, dan wajah Applewhite dipilih menjadi sampul Time dan Newsweek pada tanggal 7 April. Pesan terakhirnya secara luas disiarkan; Hugh Urban dari Universitas Negeri Ohio mendeskripsikan penampilannya dalam video tersebut sebagai "bermata liar [dan] agak mengkhawatirkan". Applewhite kemudian disatir dalam sebuah episode sitkom animasi Amerika Family Guy, yang digambarkan sebagai seorang karakter yang membujuk remaja agar menjadi kultus dan meracuni mereka.