Kontroversi yang melibatkan Ganjar Pranowo
Kasus sengketa Semen Indonesia

Artikel utama: Aksi Petani Kendeng
Ganjar dianggap kurang komunikatif di dalam menanggapi kasus sengketa Semen Indonesia dengan warga Rembang. Sejak 2015, upaya penolakan terhadap pembangunan pabrik semen di pegunungan Kendeng telah dilakukan warga dengan menempuh jalur hukum dan melakukan unjuk rasa mulai dari pendirian tenda di lokasi proyek, long march sejauh 150 km ke Semarang, hingga aksi simbolik menyemen kaki di depan Istana Negara, Jakarta. Gugatan warga Kendeng untuk membatalkan izin pabrik semen dikabulkan setelah Mahkamah Agung (MA) pada 2 Agustus 2016 mengeluarkan putusan Peninjauan Kembali (PK) yang membatalkan Surat Keputusan (SK) tentang Izin Lingkungan Kegiatan Penambangan oleh PT Semen Gresik di Kabupaten Rembang. Walaupun putusan PK telah melarang penambangan dan pengeboran di atas cekungan air tanah di wilayah pegunungan Kendeng, Ganjar pada 9 November 2016 mengeluarkan "adendum" atau SK baru dengan mengubah nama PT Semen Gresik Tbk menjadi PT Semen Indonesia Tbk. Menurutnya, putusan pengadilan belum memberi penjelasan soal keberadaan pabrik apakah akan dilanjutkan atau tidak sehingga pendirian pabrik Semen Indonesia akan diteruskan karena tidak ada perintah penutupan. Menanggapi unjuk rasa warga yang mendesak pabrik dihentikan setelah MA mengabulkan gugatan warga, Ganjar menyatakan pihaknya bersedia menghentikan pabrik Semen Indonesia di Rembang asalkan kebijakan itu disetujui pemerintah pusat. Namun, Presiden Joko Widodo menyebut penyelesaian persoalan pabrik merupakan tanggung jawab pemerintah provinsi dan menyatakan pemerintah pusat tidak memiliki kewenangan terkait penerbitan izin untuk pabrik semen milik perusahaan pemerintah.
Wahana Lingkungan Hidup Indonesia (Walhi), salah satu penggugat izin lingkungan dalam rilis tertulisnya menyebut Ganjar selaku Gubernur Jawa Tengah "mempermainkan hukum demi kepentingan industri". Direktur Eksekutif Walhi Nur Hayati mengatakan, Ganjar telah melakukan siasat mengelak dari kewajiban mematuhi hukum dan putusan pengadilan saat warga taat dan menghormati hukum. Menurutnya, "Gubernur mengeluarkan kebijakan yang berisiko tinggi bagi rakyat dan lingkungan hidup dengan mengabaikan suara rakyat, khususnya para petani yang selama ini dengan jiwa dan raganya mempertahankan tanah, air dan sumber-sumber kehidupannya." Pada 19 Desember 2016, ratusan warga Kendeng kembali berdemonstrasi menuntut penutupan pabrik semen di Rembang karena kecewa dengan sikap Ganjar yang seolah mengalihkan perkara dengan mempersoalkan daftar nama warga yang terdapat nama Ultraman dan Power Rangers. Seiring meluasnya desakan warga kepada gubernur agar membatalkan izin lingkungan pembangunan pabrik sesuai putusan MA, Gus Nuril Arifin, pemimpin Pondok Pesantren Abdurrahman Wahid Soko Tunggal, yang pernah menemui warga pendemo di lokasi proyek, menyebut Ganjar tak perlu malu pada perusahaan yang mendirikan pabrik karena menghentikan operasi pabrik semen di Rembang. "Diberi kekuasaan untuk merusak alam, ini tidak konsekuen janji. Kebijakan munafik dan tak boleh diteruskan."
Pada 17 Januari 2017, Ganjar mengeluarkan SK yang membatalkan adendum yang pernah ia keluarkan sebelumnya. Ia memutuskan menunda proses pendirian pabrik Semen Indonesia di Rembang sampai diterbitkan SK izin yang telah disesuaikan dengan putusan PK MA. Namun, izin baru "dengan sedikit perubahan wilayah" kembali diterbitkan pada 23 Februari 2017. Dianggap sebagai preseden buruk bagi penegakan hukum di Indonesia, Lembaga Bantuan Hukum (LBH) Semarang mengecam penerbitan izin baru tersebut. Direktur LBH Semarang, Zainal Arifin menyebut izin lingkungan baru cacat hukum dan "bentuk arogansi gubernur".