Reformasi Katolik
Konsili Trento

Artikel utama: Konsili Trento
Paus Paulus III (1534–1549) dianggap sebagai paus Kontra-Reformasi yang pertama, dan ia juga memprakarsai Konsili Trento (Konsili Trente/Tridentina, 1545–1563), suatu komisi para kardinal yang ditugaskan untuk melakukan reformasi institusional, membahas isu-isu kontroversial seperti para uskup dan imam yang korup, penjualan indulgensi, serta penyalahgunaan finansial lainnya.
Konsili menegakkan struktur dasar dari Gereja Abad Pertengahan, sistem sakramental, tarekat-tarekat religius, dan doktrinnya. Konsili menolak segala kompromi dengan pihak Protestan, menegaskan kembali prinsip-prinsip dasar dari iman Katolik. Konsili menegakkan dogma keselamatan yang dianugerahkan oleh rahmat melalui iman dan perbuatan-perbuatan dari iman tersebut (bukan iman semata, sebagaimana yang ditekankan oleh pihak Protestan) karena "iman tanpa perbuatan-perbuatan adalah mati", seperti yang termaktub dalam Yakobus 2:22-26.
Transubstansiasi, ajaran bahwa roti dan anggur yang dikonsekrasi benar-benar diubah secara substansial menjadi tubuh, darah, jiwa, dan keilahian Kristus, juga ditegaskan kembali bersama dengan ketujuh sakramen Gereja Katolik berdasarkan Tradisi Suci. Praktik-praktik lain yang menimbulkan kemarahan para reformis Protestan, seperti ziarah, penghormatan orang kudus dan relikui, penggunaan gambar dan rupa yang diberkati, serta penghormatan Perawan Maria, mendapat penegasan kembali sebagai praktik-praktik yang terpuji secara rohani.
Dalam Kanon Trento, Konsili secara resmi menerima daftar kitab Perjanjian Lama dalam Vulgata, yang mencakup kitab-kitab deuterokanonika (juga disebut Apokrifa oleh pihak Protestan) dalam kesetaraan dengan 39 kitab yang pada umumnya didapati dalam Teks Masoret. Hal ini menegaskan kembali hasil-hasil dari Konsili Roma dan Konsili Kartago (keduanya diadakan pada abad ke-4 M), yang telah menegaskan Deuterokanon sebagai bagian dari Kitab Suci. Konsili juga menugaskan penyusunan Katekismus Roma, yang berfungsi sebagai pengajaran Gereja yang berwibawa hingga dikeluarkannya Katekismus Gereja Katolik pada tahun 1992.
Sementara landasan-landasan tradisional Gereja ditegaskan kembali, terdapat perubahan-perubahan nyata untuk menanggapi keluhan-keluhan yang secara tidak langsung bersedia diakui oleh para Kontra-Reformis adalah sahih. Di antara kondisi-kondisi yang perlu diperbaiki oleh para reformis Katolik misalnya melebarnya jurang pemisah antara kaum klerus dengan kaum awam: banyak klerikus di paroki-paroki pedesaan yang berpendidikan rendah. Seringkali para imam pedesaan tersebut tidak menguasai bahasa Latin dan tidak memiliki kesempatan untuk menerima pendidikan teologi. Bagaimana mengatasi pendidikan para imam telah menjadi salah satu fokus mendasar dari para reformis humanis di masa lalu.
Para imam paroki dipandang perlu untuk menerima pendidikan yang lebih baik dalam hal teologi dan apologetika, sementara otoritas kepausan berupaya untuk mendidik umat mengenai makna, hakikat serta nilai dari seni dan liturgi, khususnya dalam komunitas-komunitas monastik (pihak Protestan mencela kalau mereka "mengganggu"). Buku-buku catatan dan buku-buku pegangan menjadi lebih lazim digunakan, mendeskripsikan bagaimana seharusnya menjadi imam dan bapa pengakuan yang baik.
Dengan demikian, Konsili Trento berupaya untuk memperbaiki disiplin dan administrasi Gereja. Ekses-ekses duniawi dari Gereja Renaisans yang sekuler, utamanya terlihat dalam era Paus Aleksander VI (1492–1503), semakin meningkat selama era reformasi di bawah kepemimpinan Paus Leo X (1513–1522), yang kampanye pengumpulan dananya untuk pembangunan Basilika Santo Petrus dengan mendukung penggunaan indulgensi menjadi suatu pemicu utama ditulisnya 95 Tesis oleh Martin Luther. Gereja Katolik menanggapi persoalan tersebut dengan suatu kampanye yang penuh semangat untuk melakukan reformasi, yang diilhami oleh gerakan-gerakan reformasi Katolik sebelumnya yang mendahului Konsili Konstanz (1414–1417): humanisme, tradisi-tradisi devosional, legalis, dan observantin.
Melalui tindakan-tindakannya, Konsili menolak pluralisme dari Renaisans sekuler yang sebelumnya telah menodai Gereja: tata kelola tarekat-tarekat religius diperketat, disiplin ditingkatkan, dan paroki diberikan perhatian. Penunjukan uskup karena alasan-alasan politik tidak lagi dibiarkan. Di masa lalu, pemilikan tanah yang besar menyebabkan banyak uskup menjadi "uskup-uskup yang absen", yang terkadang menjadi manajer-manajer properti yang terlatih dalam administrasi. Dengan demikian, Konsili Trento memerangi "absenteisme", yang adalah praktik para uskup tinggal di kota Roma ataupun di tanah-tanah kemilikan daripada di keuskupan-keuskupan mereka. Konsili Trento juga memberikan para uskup kuasa yang lebih besar untuk mengawasi semua aspek kehidupan religius. Para prelat yang penuh semangat, seperti Uskup Agung Milan Karolus Boromeus (1538–1584), yang kelak dikanonisasi sebagai santo, memberikan teladan dengan mengunjungi paroki-paroki terpencil dan menanamkan standar yang tinggi.