Pemberontakan Trunajaya
Pasukan-pasukan terlibat

Karena tidak memiliki tentara tetap, sebagian besar pasukan Mataram ditarik dari tentara yang dibangun oleh para vasal raja, yang juga menyediakan senjata dan perbekalan. Mayoritas prajurit tersebut adalah para petani yang diwajibkan oleh penguasa setempat (Jawa: sikep dalem). Selain itu, tentara tersebut termasuk sejumlah kecil prajurit profesional yang ditarik dari para penjaga istana oleh Warok yang didatangkan dari Ponorogo. Tentara ini menggunakan meriam, senjata api kecil termasuk senapan sundut (Jawa: senapan, dari Belanda snaphaens) dan karabin, kavaleri, dan benteng. Sejarawan M. C. Ricklefs mengatakan pengalihan teknologi militer Eropa kepada orang Jawa "cukup mendesak", dengan bubuk mesiu dan senjata buatan Jawa setidaknya pada 1620. Orang-orang Eropa dipekerjakan untuk melatih pasukan tentara Jawa dalam penanganan senjata, keterampilan kepemimpinan militer, dan teknik konstruksi. Namun, terlepas dari pelatihan ini, para petani wajib militer dari tentara Jawa sering kali kurang disiplin dan melarikan diri selama pertempuran. Pasukan Mataram berjumlah "jauh lebih besar" daripada pemberontak berjumlah 9.000 di Gegodog pada September 1676, jatuh menjadi hanya "rombongan kecil" setelah jatuhnya ibu kota Plered pada Juni 1677, dan meningkat menjadi lebih dari 13.000 saat bergerak menuju ibu kota Trunajaya di Kediri pada akhir 1678.
VOC memiliki tentara profesionalnya sendiri. Setiap prajurit VOC memiliki pedang, senjata ringan, peluru, membawa kantong dan sabuk, bom asap, dan granat. Mayoritas prajurit tetap VOC adalah orang Indonesia, dengan sejumlah kecil prajurit dan marinir orang Eropa, semuanya berada di bawah komando perwira Eropa. Sementara dalam pengertian teknologi, pasukan VOC tidak lebih unggul dari rekan-rekan pribumi mereka, mereka umumnya memiliki pelatihan, disiplin, dan peralatan yang lebih baik daripada tentara pribumi Indonesia. Pasukan VOC juga berbeda dalam hal logistik: pasukannya bergerak selangkah demi selangkah diikuti oleh karavan panjang gerobak yang membawa perbekalan. Ini memberi mereka keuntungan atas pasukan Jawa, yang sering bertahan hidup dengan mengumpulkan atau mencuri makanan saat bepergian melalui pedesaan dan sering menghadapi kekurangan pasokan. Pasukan VOC berjumlah 1.500 pada 1676, tetapi kemudian ditambah oleh sekutu Bugis di bawah kepimpinan Arung Palakka. Rombongan pertama dari 1.500 orang Bugis tiba di Jawa pada akhir 1678, dan per tahun 1679 terdapat 6.000 prajurit Bugis di Jawa.
Sama dengan perang lainnya, tentara Trunajaya dan sekutunya juga menggunakan meriam, kavaleri, dan benteng. Ketika VOC merebut Surabaya dari Trunajaya pada bulan Mei 1677, Trunajaya melarikan diri dengan dua puluh meriam perunggunya, dan meninggalkan 69 meriam besi dan 34 meriam perunggu. Pasukan Trunajaya terdiri dari orang Jawa, Madura, dan Makassar. Ketika para pemberontak menyerbu Jawa pada 1676, mereka berjumlah 9.000 dan terdiri dari para pengikut Trunajaya dan para pejuang Makassar. Kemudian, pemberontakan tersebut diikuti oleh para bangsawan Jawa dan Madura lainnya. Khususnya, penguasa Giri, salah satu penguasa spiritual Islam yang paling menonjol di Jawa, bergabung pada awal 1676. Ayah mertua Trunajaya, Raden Kajoran, kepala dari keluarga Kajoran yang berpengaruh, bergabung setelah kemenangan Trunajaya di Gegodog pada September 1676, dan paman Trunajaya, Pangeran Sampang (kelak Cakraningrat II) bergabung setelah jatuhnya ibu kota Mataram pada Juni 1677.