Logistik misi Pasukan Internasional Timor Timur
Organisasi

Wikinson dan Cousins setuju bahwa untuk mendukung Operasi Spitfire dan operasi-operasi selanjutnya dibutuhkan sebuah pangkalan di Darwin, yaitu sebuah kota yang terletak sekitar 720 km di tenggara Pulau Timor, di Wilayah Utara Australia. Keduanya juga menyadari kelemahan pelabuhan, bandara, fasilitas penyimpanan dan distribusi barang, serta jaringan informasi dan komunikasi kota tersebut. Namun, Darwin dinilai memiliki kelebihan karena letaknya yang cukup terpencil sehingga cenderung lebih mandiri, fasilitasnya yang lebih baik dibanding kota lain yang berukuran sama, dan hubungan baik antara militer dengan pemerintah dan warga setempat. Pada 28 Agustus, Wilkinson menunjuk Letkol Barry McManus, panglima Batalion Pendukung 9, untuk memimpin Regu Pendukung Logistik (FLSG) Operasi Spitfire dengan markas di Darwin. Ia ditempatkan di Markas Besar Komando Utara (NORCOM), sebuah pusat operasional yang bertanggung jawab merencanakan dan melaksanakan operasi di arah utara Australia (biasanya operasi pengamatan dan mata-mata). Brigadir Bruce Osborn, Direktur Jenderal Manajemen Karier di AD Australia, melakukan pencarian perwira untuk dijadikan staf FLSG dan DJFHQ. Praktik alih daya (outsourcing) dalam fungsi logistik bukan inti di ADF menyebabkan kurangnya staf militer di berbagai bidang seperti juru masak dan petugas terminal pelabuhan.
Panglima ADF Laksamana Chris Barrie menggabungkan perencanaan strategi dan operasional untuk pengerahan pasukan ke Timor Timur dibawah Markas Besar ADF tanpa melibatkan kepala staf AD, AL, dan AU. Treloar ditugaskan sebagai panglima nasional Australia, dan Wilkinson ditugaskan sebagai Panglima Komponen Logistik. Komodor Jim Stapleton menjadi Panglima Komponen Laut, dan Komodor Udara Roxley McLennan menjadi Panglima Komponen Udara. Stapleton memiliki tugas ganda, yaitu sebagai Panglima Komponen Laut di bawah perintah Cosgrove dan sebagai Komodor Flotila di bawah perintah Panglima Laut COMAST Laksamana Muda John Lord. Pasukan Amerika Serikat yang terlibat dalam misi ini ditempatkan di bawah naungan USFORINTERFET di bawah pimpinan Brigjen USMC John G. Castellaw, panglima Brigade Ekspedisi Laut 3 AS. Staf inti USFORINTERFET yang berjumlah 35 orang tiba di Darwin pada 20 September. Barrie mengumumkan organisasi operasi Australia pada 19 September:
Operasi ini disebut Operasi Stabilise dan dipimpin oleh Mayor Jenderal Cosgrove, di bawah komando saya... Baik Operasi Stabilise maupun Warden merupakan tanggung jawab militer terbesar Pemerintah Australia, atas nama rakyat Australia sejak Perang Dunia II. Dukungan logistik kami juga harus memiliki kinerja kelas dunia.
Batalion Pendukung 10 telah berdiri sejak 1 Maret 1998 dan sebagian besar bermarkas di Townsville, Queensland. Tugas utamanya adalah memberikan dukungan lini ketiga (dukungan umum) untuk operasi, dengan tugas tambahan memberikan dukungan lini keempat (logistik) di Queensland Utara. Karena variasi tugasnya ini, organisasinya terdiri dari campuran komponen siaga dan non-siaga. Misalnya, Kompi Peralatan 2 adalah satuan non-siaga yang memiliki banyak warga sipil, demikian juga dengan Kompi Pasokan Tempur 26 yang bertanggung jawab atas pasokan kelas I (makanan dan air minum), kelas III (bahan bakar, minyak, dan pelumas), dan kelas V (amunisi). Batalion ini tidak memiliki rancangan kerja untuk penempatan di luar negeri. Pada November 1999, Kepala Staf AD Australia Letjen Frank Hickling mengumumkan bahwa Batalion Pendukung 10 akan mulai dibebaskan dari tanggung jawabnya di Queensland Utara setelah November 2000. Untuk sementara waktu, batalion ini dibagi dua menjadi Batalion Pendukung 10 (INTERFET) yang akan berangkat ke Timor Timur dan Batalion Pendukung 10 (Garis Belakang) yang tinggal di Queensland Utara di bawah pimpinan Mayor Max Walker, perwira Kompi Peralatan 2.
Militer Australia belum mengalami perlengkapan yang cukup untuk misi luar negeri sebesar INTERFET; misalnya, sebanyak 4.000 jaket flak harus dipinjam dan diterbangkan dari gudang milik Amerika Serikat di Colombus, Ohio. Banyak barang memiliki stok rendah di gudang Australia maupun Selandia Baru karena mengandalkan barang yang dipasok just in time (pada saat dibutuhkan saja). Para prajurit Australia yang akan berdinas memborong keperluan seperti pisau cukur, pasta gigi, dan tabir surya di supermarket karena khawatir akan ketersediaan logistik di Timor Timur. Selain itu para prajurit juga diberi vaksin untuk ensefalitis Jepang, penyakit endemik di Timor Timur, yang melibatkan tiga suntikan dalam waktu empat minggu, dan larangan terbang selama sepuluh hari setelah suntikan terakhir.