Serangan bom atom Hiroshima dan Nagasaki
Persiapan > Penentuan target

Pada bulan April 1945, Marshall meminta Groves memberi target-target pengeboman agar disetujui dirinya dan Stimson. Groves membentuk Target Committee yang dipimpin Marshall sendiri beranggotakan Farrell, Mayor John A. Derry, Kolonel William P. Fisher, Joyce C. Stearns, dan David M. Dennison dari USAAF; dan ilmuwan John von Neumann, Robert R. Wilson, dan William Penney dari Proyek Manhattan. Target Committee mengadakan rapat di Washington tanggal 27 April; di Los Alamos tanggal 10 Mei, tempat pertemuan antara komite, ilmuwan, dan teknisi di sana; dan di Washington lagi tanggal 28 Mei, tempat pertemuan komite dengan Tibbets dan Komandan Frederick Ashworth dari Project Alberta, serta penasihat ilmiah Proyek Manhattan, Richard C. Tolman.
Target Committee mencalonkan lima target: Kokura, tempat berdirinya salah satu pabrik amunisi terbesar di Jepang; Hiroshima, tempat pemberangkatan dan pusat industri yang dijadikan markas militer besar; Yokohama, daerah perkotaan yang menjadi tempat produksi pesawat, peralatan mesin, kapal, perangkat listrik, dan penyulingan minyak; dan Kyoto, pusat industri besar. Pemilihan target memiliki syarat-syarat sebagai berikut:
Diameter target lebih besar daripada 3 mi (4,8 km) dan merupakan target penting yang terletak di wilayah perkotaan besar.
Ledakannya akan menghasilkan kerusakan yang efektif.
Target kemungkinan besar belum diserang pada Agustus 1945.
Sebagian besar kota-kota ini tak tersentuh oleh operasi pengeboman malam, dan Pasukan Udara Angkatan Darat setuju untuk menghapusnya dari daftar target sehingga penilaian keefektifan senjata dapat dibuat secara tepat. Hiroshima disebut sebagai "depot pasukan dan tempat pemberangkatan penting yang terletak di wilayah industri perkotaan. [Hiroshima] merupakan target radar yang baik dan ukurannya cukup besar sehingga sebagian besar kota mungkin rusak parah. Terdapat perbukitan di sekitarnya yang memungkinkan efek pemusatan ledakan sehingga potensi kerusakan semakin besar. Karena ada sungai, [Hiroshima] bukan target bom bakar yang tepat."
Target Committee menyatakan bahwa, "Kami menyepakati bahwa faktor psikologis dalam penentuan target merupakan hal penting. Dua faktor tersebut adalah (1) memperoleh dampak psikologis terbesar untuk melawan Jepang dan (2) membuat penjatuhan bom pertama semantap mungkin sehingga kehebatan senjata ini dapat diakui oleh dunia internasional setelah berita [tentang pengeboman ini] terbit. Kyoto pantas karena merupakan pusat industri militer yang penting sekaligus pusat pendidikan sehingga penduduknya dapat memahami kehebatan senjata ini. Istana Kekaisaran di Tokyo lebih terkenal daripada target-target lain, tetapi nilai strategisnya rendah."
Edwin O. Reischauer, pakar Jepang di Dinas Intelijen Angkatan Darat AS, konon katanya mencegah pengeboman Kyoto. Dalam otobiografinya, Reischauer membantah klaim tersebut:
... satu-satunya orang yang berhak mendapat pengakuan karena mencegah pengeboman Kyoto adalah Henry L. Stimson, Menteri Perang waktu itu, yang mengenal baik dan menyukai Kyoto sejak ia berbulan madu di sana sekian puluh tahun sebelumnya.
Pada tanggal 30 Mei, Stimson meminta Groves menghapus Kyoto dari daftar target karena memiliki warisan sejarah, agama, dan budaya, tetapi Groves hanya melihat objek militer dan industrinya. Stimson lalu berbincang dengan Presiden Harry S. Truman perihal masalah ini. Truman setuju dengan Stimson, dan Kyoto pun sementara dihapus dari daftar target. Groves berusaha memasukkan kembali Kyoto ke daftar target pada bulan Juli, tetapi Stimson bersikukuh dengan pendapatnya. Tanggal 25 Juli, Nagasaki menggantikan tempat Kyoto di dalam daftar target.

Perintah serangan diserahkan ke Jenderal Carl Spaatz pada tanggal 25 Juli dengan tanda tangan Jenderal Thomas T. Handy, pelaksana tugas Kepala Staf, karena Marshall sedang menghadiri Konferensi Potsdam bersama Truman. Pada hari itu, Truman menulis di diarinya bahwa:
Senjata ini akan digunakan untuk melawan Jepang mulai hari ini sampai 10 Agustus. Saya sudah memberitahu Menteri Perang, [Henry] Stimson, untuk menyasar objek militer, tentara, dan pelaut, bukan wanita dan anak-anak. Sekalipun orang Jepang itu barbar, kejam, tanpa ampun, dan fanatik, kita sebagai pemimpin dunia tidak boleh menjatuhkan bom yang mengerikan itu di ibu kota lama [Kyoto] maupun yang baru [Tokyo] demi kesejahteraan bersama. Dia dan saya sepakat. Target kita adalah militer.