Paus Fransiskus
Hubungan dengan pemerintah Argentina > Perang Kotor

Artikel utama: Perang Kotor
Bergoglio menjadi subjek tuduhan terkait penculikan dua pastor Yesuit oleh Angkatan Laut Argentina, Orlando Yorio dan Franz Jalics, pada Mei 1976, selama Perang Kotor Argentina. Dia mengkhawatirkan keselamatan para pastor dan telah mencoba mengubah pekerjaan mereka sebelum penangkapan mereka; namun, bertentangan dengan laporan, dia tidak pernah mencoba mengeluarkan mereka dari ordo Yesuit. Pada tahun 2005, Myriam Bregman, seorang pengacara hak asasi manusia, mengajukan tuntutan pidana terhadap Bergoglio, sebagai atasan di Serikat Yesus Argentina, menuduhnya terlibat dalam penculikan tersebut. Keluhannya tidak menjelaskan bagaimana Bergoglio terlibat; Juru bicara Bergoglio dengan tegas membantah tuduhan itu. Pengaduan tersebut akhirnya diberhentikan. Para pastor disiksa, tetapi ditemukan hidup lima bulan kemudian, dalam keadaan terbius dan setengah telanjang. Yorio menuduh Bergoglio secara efektif menyerahkan mereka ke regu pembunuh dengan menolak memberi tahu pihak berwenang bahwa dia mendukung pekerjaan mereka. Yorio, yang meninggal pada tahun 2000, berkata dalam sebuah wawancara tahun 1999 bahwa dia percaya bahwa Bergoglio tidak melakukan apa pun "untuk membebaskan kami, bahkan sebaliknya". Jalics awalnya menolak untuk membahas pengaduan tersebut setelah pindah ke pengasingan di sebuah biara Jerman. Namun, dua hari setelah pemilihan Paus Fransiskus, Jalics mengeluarkan pernyataan yang mengkonfirmasikan penculikan tersebut dan menghubungkan penyebabnya dengan seorang mantan rekan awam yang menjadi gerilya, ditangkap, kemudian bernama Yorio dan Jalics saat diinterogasi. Minggu berikutnya, Jalics mengeluarkan pernyataan klarifikasi kedua: "Salah jika menyatakan bahwa penangkapan kami dilakukan atas inisiatif Pastor Bergoglio (...) faktanya, Orlando Yorio dan saya tidak dikecam oleh Pastor Bergoglio."
Bergoglio memberi tahu penulis biografi resminya, Sergio Rubin, bahwa setelah pemenjaraan para pastor, dia bekerja di belakang layar untuk pembebasan mereka; Syafaat Bergoglio dengan diktator Jorge Rafael Videla atas nama mereka mungkin telah menyelamatkan nyawa mereka. Bergoglio juga memberi tahu Rubin bahwa dia sering melindungi orang dari kediktatoran di properti gereja, dan pernah memberikan surat identitasnya sendiri kepada seorang pria yang mirip dengannya, sehingga dia dapat melarikan diri dari Argentina. Wawancara dengan Rubin, tercermin dalam biografi El jesuita, adalah satu-satunya saat Bergoglio berbicara kepada pers tentang peristiwa tersebut. Alicia Oliveira, mantan hakim Argentina, juga melaporkan bahwa Bergoglio membantu orang melarikan diri dari Argentina selama kekuasaan junta. Sejak Fransiskus menjadi Paus, Gonzalo Mosca dan José Caravias telah menceritakan kisah jurnalis tentang bagaimana Bergoglio membantu mereka melarikan diri dari kediktatoran Argentina.
Oliveira menggambarkan calon paus ini sebagai "sedih" dan "sangat kritis terhadap kediktatoran" selama Perang Kotor. Oliveira bertemu dengannya pada saat itu dan mendesak Bergoglio untuk berbicara—dia mengatakan kepadanya bahwa "dia tidak bisa. Itu bukan hal yang mudah untuk dilakukan." Artis dan aktivis hak asasi manusia Adolfo Pérez Esquivel, 1980 Peraih Hadiah Nobel Perdamaian, berkata: "Mungkin dia tidak memiliki keberanian seperti pastor lain, tetapi dia tidak pernah bekerja sama dengan kediktatoran. …Bergoglio bukanlah kaki tangan kediktatoran." Graciela Fernández Meijide, anggota dari Majelis Permanen Hak Asasi Manusia, juga mengatakan bahwa tidak ada bukti yang menghubungkan Bergoglio dengan kediktatoran. Dia mengatakan kepada surat kabar Clarín: "Tidak ada informasi dan Keadilan tidak dapat membuktikannya. Saya berada di APDH selama tahun-tahun kediktatoran dan saya menerima ratusan kesaksian. Bergoglio tidak pernah disebutkan. Sama seperti di CONADEP. Tidak seorang pun menyebut dia sebagai penghasut atau apa saja." Ricardo Lorenzetti, Presiden Mahkamah Agung Argentina, juga mengatakan bahwa Bergoglio "sama sekali tidak bersalah" atas tuduhan tersebut. Sejarawan Uki Goñi menunjukkan bahwa, pada awal tahun 1976, junta militer masih memiliki citra yang baik di masyarakat, dan skala represi politik tidak diketahui sampai lama kemudian; Bergoglio memiliki sedikit alasan untuk menduga bahwa penahanan Yorio dan Jalics dapat berakhir dengan kematian mereka.
Ketika Bergoglio menjadi Paus, foto dugaan dia memberikan roti sakramen kepada diktator Jorge Rafael Videla menjadi populer di jejaring sosial. Kabar ini juga disebar oleh surat kabar Página/12. Foto itu segera terbukti palsu. Terungkap bahwa pastor yang wajahnya tidak terlihat di foto itu adalah Carlos Berón de Astrada. Foto itu diambil di gereja "Pequeña Obra de la Divina Providencia Don Orione" pada tahun 1990, bukan selama Perang Kotor, dan setelah pengampunan presiden Videla. Foto tersebut diproduksi oleh agensi AFP dan awalnya diterbitkan oleh surat kabar Crónica.