Ponyo on the Cliff
Alur cerita

Fujimoto, seorang ahli sihir yang dahulunya adalah seorang manusia, hidup di bawah laut bersama putrinya Brunhilde dan banyak adik perempuannya, yang merupakan makhluk mirip ikan mas dengan wajah manusia. Saat dia dan saudara-saudaranya sedang jalan-jalan bersama ayah mereka dengan kapal selam bersirip empat, Brunhilde menyelinap pergi dan mengapung di punggung ubur-ubur. Setelah bertemu dengan kapal pukat ikan, dia terjebak dalam toples kaca dan hanyut ke pantai kota nelayan kecil di mana dia diselamatkan oleh seorang anak laki-laki berusia lima tahun bernama Sōsuke. Saat memecahkan toples dengan batu, Sōsuke melukai jarinya. Brunhilde menjilat darahnya, menyembuhkan lukanya hampir seketika. Sōsuke menamainya Ponyo dan berjanji untuk melindunginya. Sementara itu, Fujimoto yang putus asa mencari putrinya yang hilang dengan panik, yang dia yakini telah diculik. Dia memanggil roh gelombangnya untuk menyelamatkannya, membuat Sōsuke patah hati dan bingung dengan apa yang terjadi.
Ponyo menolak membiarkan ayahnya memanggilnya dengan nama lahirnya, menyatakan keinginannya untuk menjadi manusia bernama Ponyo. Dia secara ajaib mulai berubah menjadi manusia, kekuatan yang diberikan kepadanya oleh darah manusia Sōsuke yang dia jilat. Fujimoto memaksanya kembali ke bentuk aslinya dan pergi memanggil ibu Ponyo, Gran Mamare. Sementara itu, Ponyo, dengan bantuan dari saudari-saudarinya, melepaskan diri dari ayahnya dan secara tidak sengaja menggunakan sihirnya untuk menjadikan dirinya manusia. Banyaknya sihir yang dilepaskannya ke laut menyebabkan ketidakseimbangan di alam, menyebabkan sebuah tsunami. Ponyo kembali ke Sōsuke, yang kagum dan gembira melihatnya. Ibunya, Lisa, mengizinkannya tinggal di rumah mereka. Lisa pergi setelah tsunami mereda untuk memeriksa penghuni panti jompo tempat dia bekerja, berjanji pada Sōsuke bahwa dia akan kembali ke rumah sesegera mungkin.
Gran Mamare tiba di kapal selam Fujimoto. Ayah Sōsuke, Kōichi, melihatnya bepergian dan mengenalinya sebagai Dewi Pengasih. Fujimoto memperhatikan bulan tampak keluar dari orbitnya dan satelit-satelit berjatuhan seperti bintang jatuh, gejala ketidakseimbangan berbahaya alam yang ada saat ini. Gran Mamare meyakinkannya, dan menyatakan jika Sōsuke bisa lulus ujian, Ponyo bisa hidup sebagai manusia dan keseimbangan alam akan pulih. Fujimoto, masih khawatir, mengingatkannya bahwa jika Sōsuke gagal dalam ujian, Ponyo akan berubah menjadi buih laut.
Hari selanjutnya, Sōsuke dan Ponyo menemukan bahwa hampir seluruh daratan di sekitar rumahnya telah dikelilingi oleh lautan. Karena Lisa tidak mungkin pulang, keduanya memutuskan untuk menemukannya. Dengan sihir Ponyo, mereka membuat perahu pop pop Sōsuke lebih besar untuk melintasi perairan, melihat kehidupan laut dari periode Devonian Akhir dan lebih banyak orang di atas kapal. Saat mereka mencapai hutan, namun, Ponyo lelah dan tertidur, dan perahu perlahan kembali ke ukuran aslinya. Sōsuke menyeret Ponyo ke pantai, di mana dia menemukan mobil Lisa yang ditinggalkan. Saat mereka terus berjalan, Ponyo secara misterius kembali ke bentuk ikannya. Sementara itu, Lisa dan penghuni panti jompo untuk sementara bisa menghirup dalam air karena Gran Mamare. Ponyo dan Sōsuke bertemu Fujimoto, yang memperingatkan bocah itu tentang ketidakseimbangan alam, memintanya untuk mengembalikan Ponyo padanya. Meskipun mereka berusaha melarikan diri, mereka ditangkap, dan Fujimoto membawa mereka ke panti jompo yang dilindungi.
Sōsuke bertemu kembali dengan Lisa dan bertemu Gran Mamare, dengan siapa Lisa baru saja melakukan percakapan pribadi yang panjang. Gran Mamare bertanya padanya apakah dia bisa mencintai Ponyo apakah dia ikan atau manusia; Sōsuke menegaskan bahwa dia melakukannya. Dia kemudian memberi tahu putrinya bahwa jika dia memilih untuk menjadi manusia untuk selamanya, dia harus melepaskan kekuatan sihirnya. Ponyo setuju, dan dia terselimuti dalam gelembung yang diberikan kepada Sōsuke, yang diperintahkan untuk menciumnya untuk menyelesaikan transformasi Ponyo, saat keseimbangan alam dipulihkan. Kapal-kapal yang sebelumnya terdampar kembali ke pelabuhan. Fujimoto menghormati pilihan putrinya, setelah memutuskan dia bisa mempercayai Sōsuke. Ponyo kemudian dengan gembira melompat tinggi ke udara dan mencium Sōsuke, menyelesaikan transformasinya sebagai manusia.