Henry III dari Inggris
Pemerintahan kemudian (1258–72) > Perang Baron Kedua

Artikel utama: Perang Baron Kedua
De Montfort kembali ke Inggris pada bulan April 1263 dan mengadakan sebuah dewan baron pemberontak di Oxford untuk mengikuti agenda anti-Poitevin yang baru. Pemberontakan pecah tak lama setelah itu di Marches Welsh dan, pada bulan oktober, Inggris menghadapi kemungkinan perang saudara antara Henry, didukung oleh Edward, Bigod dan baron konservatif, dan de Montfort, de Clare dan kaum radikal. De Montfort berbaris ke timur dengan tentara dan London bangkit dalam pemberontakan. Henry dan Éléonore terjebak di Menara London oleh para pemberontak; Ratu berusaha untuk melarikan diri ke Sungai Thames untuk bergabung dengan tentara Edward di Windsor, tetapi terpaksa mundur oleh kerumunan London. De Montfort menawan pasangan itu, dan meskipun ia mempertahankan sebuah fiksi keputusan atas nama Henry, pemberontak tersebut benar-benar mengganti pemerintahan kerajaan dan rumah tangga dengan orang-orang mereka sendiri yang dipercaya.
Koalisi de Montfort segera mulai terpecah, Henry mendapatkan kembali kebebasan bergerak dan kekacauan baru menyebar ke seluruh Inggris. Henry mengajukan banding ke Louis dari Prancis untuk arbitrase dalam sengketa tersebut, seperti yang telah ditetapkan dalam Perjanjian Kingston; de Montfort pada awalnya memusuhi gagasan ini, tetapi karena perang menjadi lebih mungkin lagi, ia memutuskan untuk menyetujui arbitrase Prancis juga. Henry pergi ke Paris secara pribadi, disertai oleh perwakilan de Montfort. Awalnya argumen de Montfort goyah, tetapi pada bulan Januari 1264, Louis mengumumkan Mise Amiens, mengutuk pemberontak, menegaskan hak Raja dan membatalkan Ketentuan Oxford. Louis memiliki pandangan yang kuat tentang hak-hak raja atas para baron, tetapi juga dipengaruhi oleh istrinya, Marguerite, adinda Éléonore, dan oleh Paus. Meninggalkan Éléonore di Paris untuk mengumpulkan bala bantuan tentara bayaran, Henry kembali ke Inggris pada bulan Februari 1264, dimana kekerasan sedang berlangsung dalam menanggapi keputusan Prancis yang tidak populer.
Perang Baron Kedua akhirnya pecah pada bulan April 1264, ketika Henry memimpin sebuah pasukan ke wilayah de Montfort di Midlands, dan kemudian maju ke tenggara untuk kembali menduduki rute penting ke Prancis. Menjadi putus asa, de Montfort berbaris mengejar Henry dan dua pasukan bertemu di Pertempuran Lewes pada tanggal 14 Mei. Meskipun memiliki keunggulan numerik, pasukan Henry kewalahan. Saudaranya Richard ditangkap, dan Henry dan Edward mundur ke wilayah biara dan menyerahkan diri pada hari berikutnya. Henry dipaksa untuk mengampuni baron pemberontak dan mengembalikan Ketentuan Oxford, meninggalkannya, seperti yang dijelaskan sejarawan Adrian Jobson, "hampir seperti boneka".
De Montfort tidak dapat mengkonsolidasikan kemenangannya kelainan yang meluas terjadi di seluruh negeri. Di Prancis, Eleanor membuat rencana untuk melakukan invasi ke Inggris dengan dukungan Louis, sementara Edward berhasil melarikan diri di bulan Mei dan membentuk pasukan baru. Edward mengejar pasukan de Montfort melalui Marches, sebelum menyerang timur untuk menyerang bentengnya di Kenilworth dan kemudian beralih lagi pada pemimpin pemberontak itu sendiri. De Montfort, disertai oleh Henry yang tertawan, tidak mampu mundur dan Pertempuran Evesham terjadi. Edward menang dan mayat de Montfort dimutilasi oleh para pemenang; Henry, yang mengenakan baju besi yang dipinjam, hampir terbunuh oleh pasukan Edward selama pertempuran sebelum mereka mengenal Raja dan mengantarnya ke tempat yang aman. Di tempat-tempat pemberontakan yang sekarang tanpa pemimpin diseret, dengan beberapa pemberontak berkumpul di Kenilworth, yang Henry dan Edward ambil setelah pengepungan yang lama pada tahun 1266. Kantong tahanan yang tersisa dipecat, dan pemberontak terakhir, bersembunyi di Pulau Ely, menyerah pada bulan Juli tahun 1267, menandai berakhirnya perang.