Masa Bersiap
Fase

Beberapa fase dibedakan selama periode Bersiap, masing-masing dengan tingkat kekerasan dan kekacauan yang berbeda.
Bersiap sebagian besar terjadi di pulau Jawa. Pasukan Inggris mendarat di Sumatra pada bulan Oktober 1945. Mantan tahanan sipil di Sumatra ditempatkan di kamp-kamp besar di pedalaman yang jarang penduduknya. Mereka dibawa ke pesisir ke kota Padang, Medan, dan Palembang. Pada akhir November, semua kamp tahanan Jepang di Sumatra telah dibersihkan. Di Sumatra, Jepang bekerja sama dengan Inggris dan kaum republikan Indonesia tidak terlalu militan dibandingkan di Jawa, karena Inggris tidak pernah masuk ke pedalaman dan lebih suka melewati daerah dengan medan yang sulit seperti Aceh dan Batak. Situasi di sana, meskipun terjadi kerusuhan di Medan dan Padang, relatif damai pada akhir tahun 1945. Kekerasan Bersiap yang kacau tidak terjadi di pulau lain mana pun di Indonesia.
Bersiap dimulai segera setelah proklamasi kemerdekaan Indonesia dan sebelum kedatangan angkatan bersenjata pertama Inggris dan Belanda. Rumah-rumah dan toko-toko orang Tionghoa dijarah dan keluarga mereka dibunuh. Milisi dibentuk di seluruh pulau Indonesia, di Sulawesi Utara, pemuda membentuk milisi BPMI. Pada bulan Oktober, para pemimpin Republik mencoba mengorganisasi milisi-milisi ini menjadi paramiliter formal yang disebut TKR, namun, upaya ini diperlambat oleh sekutu.
Pada tanggal 18 September 1945 sekelompok mantan tawanan yang dipimpin oleh Tn. W.V.Ch. Ploegman mengibarkan bendera Belanda di Hotel Yamato tempat mereka menginap. Tindakan ini membuat marah pemuda Surabaya yang tidak bersenjata. Beberapa orang tewas.
Pada tanggal 23 September 1945, Kapten Belanda P.J.G. Huijer yang masuk ke Surabaya dengan izin dari Laksamana Helfrich (Panglima pasukan Belanda di Hindia Belanda), dan Jenderal Van Oyen (Panglima KNIL), mengklaim bahwa mereka diperintahkan oleh Mountbatten untuk meminta Jenderal Nagano (Divisi IJA ke-16) menyerah. Mereka sebenarnya tidak memiliki izin dari Inggris. Pasukan Jepang berparade di lapangan udara dan meletakkan senjata mereka, termasuk tank, senjata anti-pesawat, artileri, transportasi dan amunisi, kemudian mundur ke Semarang. Milisi TKR Indonesia yang baru dibentuk turun ke lapangan udara dan menyita senjata. Huijer ditangkap oleh TKR pada tanggal 9 Oktober dan diserahkan ke konsulat Inggris. Peristiwa ini merupakan awal dari banyak konflik di wilayah Surabaya.
Pada fase kedua Bersiap (15 September – 14 Oktober 1945), kelompok-kelompok Pemuda lokal yang terdesentralisasi mulai mengorganisasi dan memperoleh senjata. Tentara Jepang pertama dianiaya dan sikap terhadap warga sipil Belanda dan Eurasia menjadi bermusuhan. Propaganda Indonesia juga menjadi agresif. Kekejaman yang dilakukan oleh pasukan revolusioner terhadap orang Indo-Eropa dimulai. Perkelahian antara Pemuda dan pemuda Indo pecah, yang mengakibatkan pemboikotan makanan bagi orang Indo (5 Oktober), yang kemudian mengakibatkan perkelahian yang lebih keras. Pada bulan Oktober, razia (serangan) dimulai dan laki-laki Indo ditangkap dan dibunuh. Pada tanggal 12 Oktober, pemerintah Revolusioner memerintahkan penangkapan semua laki-laki dan anak laki-laki Indo. Di Surabaya, 42 orang Indo dibunuh di ruang bawah tanah Simpang Club dan beberapa ratus orang disiksa di Penjara Kalisosok di Werfstraat. Setelah seorang penjaga penjara Ambon memberi tahu Inggris tentang rencana untuk meracuni para tahanan (9 November), mereka diselamatkan (10 November) oleh seorang komandan Indo dan unit Gurkha. Pada akhir September, pasukan Inggris dari India mulai tiba. Inggris mencoba tetap netral dan meminta kerja sama dengan pemimpin Republik. Jepang juga menyatakan netralitas dan hanya akan bereaksi jika diganggu.
Brigade Infanteri India ke-49 tiba di Surabaya pada tanggal 25 Oktober 1945 di bawah Brigadir Mallaby. Pada awalnya, Inggris diterima dengan baik oleh komandan TKR Mustopo dan Gubernur Jawa Timur Raden Soerjo, dan dikerahkan dalam unit-unit kecil di seluruh kota. TKR diinstruksikan untuk mendukung Inggris dalam mengamankan tahanan Jepang dan menyelamatkan tawanan sekutu. Pada pagi hari tanggal 27, sebuah pesawat Sekutu menyebarkan selebaran yang menuntut agar orang Indonesia menyerahkan senjata mereka atau ditembak. Ultimatum dari Jenderal Hawthorne ini, menyebabkan pemberontakan di Surabaya oleh puluhan milisi pemuda yang menyebabkan pertempuran pada tanggal 10 November dan fatwa jihad (perang suci) terhadap orang-orang barat.
Pada bulan Oktober 1945, sebuah fatwa jihad yang mendukung perang di Surabaya digaungkan di Aceh oleh ulama populer Daud Beureu'eh. Beberapa kontingen milisi dari Sulawesi dan daerah Indonesia lainnya terlibat dalam perang Surabaya. Pasukan Belanda yang kecil akan mendarat di Kutaraja, dari Oktober hingga awal November, tetapi akan mundur ke Medan karena suasana semakin tidak bersahabat. Uleëbalang yang pro-Belanda berharap Belanda akan kembali, dan dibiarkan terekspos ketika mereka tidak kembali. Belanda akan membiarkan Aceh tidak tersentuh selama sisa Revolusi, situasi ini akan mengubah perang saudara di Aceh secara meyakinkan di kalangan ulama yang pro-Republik.
Tahap ketiga (pertengahan Oktober hingga akhir November 1945) dianggap sebagai yang paling keras. Di Surabaya dan Malang, pasukan Indonesia berhasil melucuti senjata militer Jepang. Pria dan anak laki-laki Eropa dan Indo-Eropa dikurung, diikuti oleh wanita dan anak perempuan. (Militer Inggris kemudian memutuskan untuk mengevakuasi 10.000 orang Indo-Eropa dan tahanan Eropa dari pedalaman Jawa Tengah yang bergejolak). Perjalanan bagi penduduk yang dianggap anti-revolusioner—orang Indonesia Kristen, Tionghoa Indonesia, orang Eropa, dan Indo-Eropa—menjadi mustahil. Angkatan bersenjata Inggris mencoba untuk menguasai, tetapi menghadapi perlawanan hebat, khususnya di bagian tengah Jawa. Surabaya menjadi tempat pertempuran sengit. (lihat Pertempuran Surabaya)
Republik berhasil mereformasi paramiliter TKR menjadi angkatan bersenjata resmi: Tentara Republik Indonesia (TRI), yang diorganisasi oleh Mayjen Oerip Soemohardjo, mantan mayor KNIL. Organisasi baru ini berhasil membubarkan sebagian besar milisi. Akan tetapi, banyak milisi besar masih tetap berada di luar TRI hingga reorganisasi besar-besaran pada tahun 1947 yang dimungkinkan oleh gencatan senjata yang disponsori Perserikatan Bangsa-Bangsa sebelum perundingan Renville.
Tahap keempat (Desember 1945 hingga Desember 1946) dianggap sebagai akibat dari pertempuran Bersiap yang paling berat. Di Jakarta, tempat ratusan kelompok Pemuda otonom berada, bulan-bulan terakhir tahun 1945, menurut Cribb, adalah "waktu yang mengerikan dari penjarahan, perampokan, penculikan, dan pembunuhan acak yang teratur di mana orang Eropa dan Indo-Eropa menghilang bahkan dari jantung kota, untuk ditemukan mengambang di kali (kanal) beberapa hari kemudian". Di Bandung, serangan Republik terhadap warga sipil yang diduga pro-Belanda mencapai puncaknya pada bulan November dan Desember, dengan 1.200 orang tewas di sana. Warga sipil yang diduga pro-Belanda sebagian besar termasuk penduduk asli Indo-Eropa, Indo-Tiongkok, penduduk asli Kristen (misalnya Manado dan Ambon) dan bangsawan pribumi, yang membuat periode Bersiap menjadi campuran kacau perang saudara, konflik agama, dan revolusi sosial. Pembunuhan lain di antara kelompok yang diduga revolusioner juga terjadi, dengan seorang nasionalis dan menteri terkemuka Indonesia, Oto Iskandar di Nata diculik dan dibunuh pada tanggal 19–20 Desember 1945 oleh Laskar Hitam. Sementara itu, di Aceh, antara Desember 1945 hingga Maret 1946, para uleëbalang terkemuka di Aceh dan keluarga mereka akan dipenjara atau dibunuh, yang menyebabkan dominasi ulama pro-Republik menggusur para elit uleëbalang.
Di seluruh Jawa, kekerasan terus berlanjut hingga Maret 1946. Pada Maret 1946, pasukan Republik yang berangkat menanggapi ultimatum Inggris agar mereka meninggalkan Bandung dengan sengaja membakar sebagian besar bagian selatan kota, yang dikenal sebagai "Bandung Lautan Api". Komandan Indonesia berupaya keras untuk mengorganisasi unit-unit tempur tidak teratur dan mengkonsolidasikan pasukan mereka di Jawa. Nasution di Jawa Barat dan Sudirman di Jawa Tengah mengalami kesulitan mengendalikan banyak angkatan bersenjata yang berbeda dan mengecualikan pasukan kriminal dari barisan mereka, tetapi pada akhirnya mereka berhasil. Tekanan dari Inggris memaksa politisi Belanda untuk memulai negosiasi dengan pimpinan Republik, yang mengarah pada Perjanjian Linggarjati, yang akhirnya gagal.
Pasukan Indonesia mulai mengevakuasi pasukan militer Jepang dan tahanan sipil Eropa dan Eurasia. Pada bulan Maret 1946, Tentara Kerajaan Belanda mulai memasuki negara itu untuk memulihkan ketertiban dan perdamaian. Pada bulan Juli 1946, pasukan Jepang terakhir dievakuasi dan semua pasukan Inggris ditarik pada akhir tahun, meninggalkan militer Belanda yang bertanggung jawab dan secara de facto mengakhiri periode Bersiap. Jawa dan Sumatra sekarang dibagi menjadi wilayah yang dikuasai Republik dan Belanda. Kekerasan dan peperangan terus berlanjut.