Manonga Napitupulu
Karier di angkatan laut > Anggota DPR dan penugasan selanjutnya

Beberapa bulan sebelum Napitupulu menjabat sebagai Komandan KDMM, Presiden Soekarno mengeluarkan Dekrit Presiden yang mengubah struktur ketatanegaraan Indonesia. Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) yang sebelumnya terbentuk melalui pemilihan umum legislatif Indonesia 1955 dibubarkan dan digantikan oleh Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong (DPR-GR) yang berisi anggota-anggota yang ditunjuk secara langsung oleh presiden. Napitupulu ditunjuk oleh Soekarno untuk mewakili angkatan laut dalam Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong dan ia bersama dengan anggota-anggota lainnya dilantik pada tanggal 25 Juni 1960.
Karena DPR-GR berada di bawah Majelis Permusyawaratan Rakyat Sementara (MPRS), Napitupulu juga merangkap sebagai anggota MPRS dan memiliki keanggotaan dalam komisi DPR-GR dan MPRS. Dalam kedua lembaga tersebut, Napitupulu menjadi anggota komisi D yang mengurus masalah produksi.
Selama bertugas di Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong, Napitupulu juga mengembat jabatan sebagai Kepala Operasi di Markas Besar Angkatan Laut dari tahun 1961 hingga 1962. Dalam kapasitasnya tersebut, Napitupulu terlibat dalam Operasi Jayawijaya, sebuah operasi lanjutan setelah Operasi Trikora yang melibatkan pendaratan dan penerjunan pasukan besar-besaran ke wilayah Irian Barat untuk merebut wilayah tersebut dari tangan Belanda. Namun, operasi tersebut dibatalkan karena upaya diplomasi yang dilakukan oleh Indonesia berhasil membuat Belanda menyerahkan Irian Barat ke Indonesia.
Napitupulu juga menjalani pendidikan lanjutan selama bertugas sebagai wakil rakyat. Ia sempat berkuliah di Fakultas Hukum Universitas Indonesia pada tahun 1962, namun tidak tamat karena ia ditugaskan untuk mengkuti pendidikan staf dan komando di Akademi Angkatan Laut Uni Soviet [en]. Napitupulu berangkat ke Uni Soviet pada bulan Oktober 1962 dan menjalani pendidikan selama beberapa bulan di negara tersebut. Ia mengakhiri pendidikan pada tahun 1963 dan pangkatnya kemudian dinaikkan menjadi kolonel beberapa hari sebelum ia pulang ke Indonesia.
Napitupulu mengakhiri masa jabatannya sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong melalui keputusan presiden pada tanggal 5 September 1963 dan digantikan oleh Letnan Kolonel Pelaut Soedarsono pada tanggal 30 Januari 1964. Pada tahun 1965, Napitupulu diangkat menjadi Wakil Kepala Staf Komando Pertahanan Antar Daerah Sumatera (Wakaskoandahan Sumatera) yang bermarkas di Medan. Pada masa tersebut, terjadi upaya kudeta melalui Gerakan 30 September yang melibatkan sejumlah perwira militer. Sebagai salah satu kepala militer di wilayah tersebut, Napitupulu memimpin penumpasan gerakan tersebut. Pada awal tahun 1967, namanya juga sempat masuk ke dalam bursa calon gubernur Sumatera Utara, namun ia tidak lolos sebagai calon gubernur.
Usai bertugas sebagai Wakaskoandahan Sumatera, Napitupulu ditempatkan sementara sebagai perwira menengah yang diperbantukan pada Markas Besar Angkatan Laut. Beberapa waktu kemudian, pada tahun 1968, pangkatnya dinaikkan menjadi bintang satu (komodor) dan  ia kembali ke Sumatera untuk menjalani penugasan sebagai Kepala Staf Komando Kawasan Maritim Barat.
Dari Sumatera, Napitupulu dipindahkan ke Kalimantan pada tahun 1970 untuk menjabat sebagai Panglima Daerah Angkatan Laut V/Kalimantan. Pada saat itu, kampanye untuk pemilihan umum legislatif Indonesia sedang berlangsung dan Napitupulu diminta oleh Kepala Staf Angkatan Laut untuk berkampanye mendukung Golongan Karya. Istrinya juga diusulkan oleh organisasi istri tentara Dharma Pertiwi sebagai calon anggota Dewan Perwakilan Rakyat untuk Golkar, namun Napitupulu menolak usulan tersebut dan memintanya fokus dalam urusan organisasi dan keluarga saja. Napitupulu mengakhiri masa jabatannya sebagai Panglima Daerah Angkatan Laut pada tahun 1972 dan memasuki masa persiapan pensiun.