Pupuk
Pupuk organik

Artikel utama: Pupuk organik
Pupuk organik mencakup semua bahan yang dihasilkan dari makhluk hidup dan bisa digunakan untuk menyuburkan tanaman, seperti kotoran hewan, kotoran cacing, kompos, rumput laut, guano, dan bubuk tulang. Kotoran hewan merupakan limbah yang sering kali menjadi masalah lingkungan, sehingga penggunaan kotoran hewan sebagai pupuk dapat menguntungkan secara lingkungan dan pertanian. Tulang hewan sisa penyembelihan hewan bisa dijadikan bubuk tulang yang kaya kandungan fosfat.
Pupuk Organik dibuat dari bahan-bahan organik atau alami. Berdasarkan bentuknya pupuk organic dapat dikelompokkan menjadi pupuk organik padat dan pupuk organik cair. Beberapa orang juga mengelompokan pupuk-pupuk yang ditambang seperti dolomite, fosfat alam, kiserit, dan juga abu (yang kaya K) kedalam golongan pupuk organik. Beberapa pupuk organik yang diolah pabrik misalnya adalah tepung darah, tepung tulang, dan tepung ikan. Pupuk organik cair antara lain adalah compost tea, ekstrak tumbuh-tumbuhan, cairan fermentasi limbah cair peternakan, fermentasi tumbuh-tumbuhan, dan lain-lain.
Bahan organik penyubur tanah yang digunakan dalam budidaya secara organik, antara lain:
Pupuk hijau, meliputi tanaman: turi, lamtoro, sesbania, orok-orok dan tanaman legum/kacang-kacangan.
Kotoran ternak, berasal dari ternak yang dibudidayakan secara organik. Factory farming diperbolehkan setelah mengalami proses pengomposan minimal 2 minggu.
Kompos sisa tanaman, dibolehkan bila berasal dari pertanaman organik, anatara lain: jerami dan sekam padi, bonggol jagung, serbuk gergaji, kulit kacang, kulit kopi, dan lain lain. Jenis pupuk kompos adalah : Pupuk kompos aerob, Vermikompos, Pupuk organik cair, Pupuk bokashi.
Urine ternak (slurry), berasal dari ternak yang dibudidayakan secara organik dan digunakan apabila telah mengalami proses fermentasi dan diencerkan. Factory farming diperbolehkan setelah mengalami proses fermentasi.
Kompos media jamur merang dibolehkan bila media dan jerami berasal dari pertanaman padi organik. Media jamur merang berupa campuran serbuk gergaji dan bahan organik lain seperti jerami yang merupakan sumber kalium.
Kompos limbah organik sayuran dibolehkan bila berasal dari pertanaman sayuran organik. Kompos dari limbah organik sayuran limbah pasar dan rumah tangga harus bebas kontaminan logam berat.
Azolla sumber nitrogen alami dan proses dekomposisinya cepat, 80% hara yang dikandung dilepaskan dalam waktu 8 minggu setelah tanam.
Blue green algae (ganggang hijau biru), sumber nitrogen alami, bersimbiosis dengan mikroba penambat N2 bebas.
Molase/tetes bahan organik yang ditambahkan dalam pembuatan kompos padat/cair sebagai sumber makanan dan energi mikroorganisme.
Pupuk hayati (biofertilizers), substansi yang mengandung mikroorganisme dengan fungsi tertentu untuk meningkatkan ketersediaan hara bagi tanaman. Sebaiknya menggunakan mikroorganisme lokal dan bukan hasil rekayasa genetika (GMO).
Rhizobium mikroorganisme penambat N2 udara yang bersimbiosis dengan akar tanaman legum.
Bakteri pengurai/decomposer, bukan hasil rekayasa genetika (GMO), bakteri pengurai (dekomposer) terutama berasal dari setempat/lokal.
Zat pengatur tumbuh (ZPT) alami bukan berasal dari bahan ZPT sintetis.
Pupuk organik memiliki kandungan hara yang lengkap. Bahkan didalam pupuk organik juga terdapat senyawa-senyawa organik lain yang bermamfaat bagi tanaman, seperti asam humik, asam fulfat, dan senyawa-senyawa organik lain. Namun, kandungan hara tersebut rendah. Berdasarkan pengalaman beberapa orang, tidak ada pupuk organik yang memiliki kandungan hara tinggi atau menyamai pupuk kimia.