Chrono Cross
Alur > Cerita

Latar permainan ini adalah kepulauan tropis El Nido. Kepulauan ini dihuni penduduk asli, pendatang di daratan utama, dan makhluk bernama Demi-human. Cerita dimulai dengan Serge, seorang warga El Nido, yang terbawa ke dunia lain. Di dunia tersebut, dirinya telah meninggal karena tenggelam sepuluh tahun lalu. Serge kemudian berjumpa dengan seorang pencuri bernama Kid. Dalam petualangannya, Serge merekrut banyak rekan untuk membantunya. Suatu saat, Serge menemani Kid untuk menyelinap ke Manor Viper dan mencuri Kobaran Api Beku. Di sana, Serge mengetahui bahwa sepuluh tahun yang lalu, semesta terbagi ke dalam dua dimensi—satu tempat dia hidup, dan yang lainnya tempat dia telah tiada. Serge kemudian berkelana antar dimensi dengan mantra Azimat Astral milik Kid.
Di Benteng Dragonia, Lynx menggunakan sebuah artefak Dragonia bernama Air Mata Naga untuk bertukar tubuh dengan Serge. Kid tidak menyadari pertukaran tersebut sehingga dirinya tetap bertukar pikiran dengan Lynx. Lynx yang berada dalam tubuh Serge kemudian menikam Kid, sedangkan Serge yang asli hanya bisa melihat tak berdaya. Dengan kekuatannya, Lynx mengirim Serge ke dunia ajaib Pusaran Fana. Setelahnya, Lynx membawa Kid dan mencuci otaknya agar meyakini Serge adalah musuh. Dengan bantuan Harle, Serge keluar dari dunia tersebut. Dengan tubuh barunya, dia menjadi orang asing di dunia asalnya. Rekan yang pernah direkrutnya pun meninggalkannya. Serge juga menjadi tidak dapat berpindah dimensi. Dia kemudian memutuskan untuk mencari cara mendapatkan tubuh lamanya kembali serta mempelajari tentang terbaginya semesta sepuluh tahun lalu secara lebih mendalam. Dalam perjalanannya, Serge mendapatkan rekan-rekan baru.
Serge melanjutkan petualangannya ke laguna terlarang bernama Laut Mati, sebuah gurun dengan reruntuhan futuristis yang tak tersentuh oleh waktu. Di tengah gurun tersebut, dia bertemu dengan seorang pria bernama Miguel dan apa yang diyakini sebagai Kobaran Api Beku dunia asal. Miguel mengatakan bahwa dirinya diminta oleh entitas bernama FATE untuk menjaga Laut Mati. Dirinya ditemani penampakan Crono, Marle, dan Lucca dari Chrono Trigger kemudian menjelaskan bahwa keberadaan Serge membuat masa depan dunia asalnya menjadi hancur di tangan Lavos. Superkomputer FATE kemudian menghancurkan tempat tersebut untuk mencegah Serge mendapatkan Kobaran Api Beku.
Setelah dapat masuk kembali ke dunia lain, Serge bersekutu dengan Dragon Akasia melawan Porre dan menemukan Air Mata Naga versi dunia tersebut. Dengan Air Mata Naga, Serge dapat kembali ke wujud aslinya. Dia lalu pergi ke Laut Eden, padanan Laut Mati dari dunia asalnya. Di dalamnya, terdapat fasilitas penelitian fana dari masa depan yang disebut Chronopolis. Di tengah fasilitas tersebut, dia bertemu dengan Lynx dan Kid. Serge kemudian melawan Lynx dan FATE. Dengan hancurnya FATE, keenam Naga El Nido dapat mengambil Kobaran Api Beku dan berkumpul di sebuah bangunan besar yang berdiri di atas dasar laut bernama Menara Terra. Kid sendiri mengalami koma, sedangkan Harle terbang menggunakan naga dan memisahkan diri dari tim. Serge kemudian bergabung kembali dengan timnya serta merawat Kid yang koma.
Serge kemudian mendapatkan pedang Masamune yang terasuki dari Chrono Trigger dan berhasil memurnikannya. Dengan kekuatan spiritual Masamune, Kid sembuh dari komanya. Serge lalu menggunakan relikui naga dan pecahan-pecahan Air Mata Naga untuk menciptakan Element yang dipercaya dalam mitos, Chrono Cross.
Di Menara Terra, Serge bertemu dengan nabi waktu Belthasar dari Chrono Trigger. Dirinya ditemani penampakan Crono, Marle, dan Lucca kemudian menjelaskan bahwa fasilitas penelitian waktu Chronopolis telah menciptakan El Nido ribuan tahun lalu setelah Chronopolis terhempas ke masa lalu akibat bencana dari eksperimen yang gagal. Munculnya objek fana asing dalam sejarah menyebabkan planet tertarik ke dalam penyeimbangnya dari dimensi lain. Inilah Dinopolis, kota para Dragonia—keturunan para Reptite dari Chrono Trigger dalam semesta paralel. Hal ini menyebabkan banyak pihak saling berperang, dan akhirnya Chronopolis ditaklukan Dragonia. Manusia lalu menangkap kepala pencipta mereka yang sekaligus perwujudan dapat mengendalikan alam, Dewa Naga.
Chronopolis membagi perwujudan ini menjadi enam dan menciptakan sistem Element. FATE kemudian melakukan terraform untuk membentuk sebuah kepulauan, serta menghapus ingatan sejumlah staf Chronopolis dan mengirim mereka untuk menghuni dan memenuhi surga baru yang ia ciptakan. Ribuan tahun setelahnya, seekor macan jahat menerkam Serge yang baru berusia tiga tahun. Ayah Serge, Wazuki, membawa putranya dengan menggunakan perahu untuk mendapatkan bantuan di Marbule. Namun, badai magnet hebat yang berasal dari Schala mengakibatkan perahunya terhempas. Schala sendiri merupakan putri Kerajaan Zeal yang dulu pernah terbawa ke tempat bernama Kegelapan Terlampaui Waktu dan kini mulai menggabungkan diri dengan Lavos, antagonis utama Chrono Trigger. Badai ini membatalkan pertahanan Chronopolis sehingga ayah Serge dapat meraih Kobaran Api Beku di sana. Kobaran Api Beku ini menyembuhkan Serge, namun merasuki Wazuki. Sebuah sirkuit bernama Prometheus di Chronopolis lalu menunjuk Serge sebagai "Arbiter", sekaligus mencegah FATE menggunakan Kobaran Api Beku dengan ekstensinya. Para naga yang menyadari situasi ini menciptakan naga ketujuh tersembunyi dalam badai yang diberi nama Harle. Harle ditugaskan para naga untuk menghasut Lynx sehingga mau mengambilkan mereka Kobaran Api Beku.
Setelah Serge kembali ke rumah, FATE mengirim Lynx untuk membunuh Serge. FATE berharap kunci Arbiter akan terlepas setelah kematian Serge. Sepuluh tahun setelah kejadian tersebut, Belthasar mengirim Kid untuk menyelamatkan Serge dengan kembali ke masa lalu dan membagi dimensi. Dengan hidupnya Serge, FATE kini tidak dapat lagi mengakses Kobaran Api Beku. FATE juga menyadari bahwa suatu hari Serge akan melintas ke dunia lain untuk menangkapnya. Karena itulah, Lynx bertukar tubuh dengan Serge untuk menipu pemeriksaan biologis Chronopolis yang diperlukan untuk mengakses Kobaran Api Beku. Belthasar mengungkapkan peristiwa ini adalah bagian dari rencana bernama Proyek Kid yang telah dia susun.
Serge kini pergi ke puncak Menara Terra dan mengalahkan Dewa Naga. Serge kemudian pergi ke pantai tempat pembagian dimensi terjadi. Di sana, Serge kembali bertemu dengan penampakan Crono, Marle, dan Lucca. Mereka kemudian menjelaskan rencana Belthasar yang ingin agar Serge membebaskan Schala dari penggabungan dirinya dengan Lavos. Karena jika tidak dicegah, mereka akan berevolusi menjadi "Pelahap Waktu", sebuah makhluk yang dapat menghancurkan ruang waktu. Lucca menjelaskan Kid sendiri adalah klon dari Schala yang dikirimkannya ke masa kini untuk berperan dalam Proyek Kid. Dengan menggunakan Telur Waktu yang diberikan oleh Belthasar, Serge memasuki Kegelapan Terlampaui Waktu, menaklukkan Pelahap Waktu, memisahkan Schala dari Lavos, serta menyatukan kembali dimensi.
Berkatnya, Schala merenungkan evolusi dan perjuangan dalam hidup. Dia juga mengembalikan Serge ke dunia asalnya, dengan catatan akan kehilangan ingatan atas seluruh petualangan. Dia tampak menuliskan pengalamannya dalam buku harian, mencatat bahwa dirinya akan selalu mencari Serge di kehidupan ini dan seterusnya. Tulisan tersebut ditandainya dengan judul Schala "Kid" Zeal. Hal ini menyiratkan bahwa Schala dan Kid telah bergabung dan menjadi utuh kembali. Sebuah foto pernikahan Kid dengan seorang lelaki tak dikenal diletakkan di meja yang sama dengan buku harian tersebut. Adegan lalu menayangkan Kid dalam dunia nyata yang sedang mencari seseorang di kota modern. Adegan ini dimaksudkan agar pemain percaya akan adanya Kid mereka sendiri yang mungkin sedang mencari mereka. Akhiran cerita yang ambigu ini membuat peristiwa dalam kehidupan para karakter setelah akhir permainan ini dapat mengikuti interpretasi masing-masing.