Ali bin al-Fadl al-Jaysyani
Pemberontakan melawan Abdullah al-Mahdi Billah

Pada titik ini, Ibnu al-Fadl secara terbuka meninggalkan kesetiaan kepada Abdullah al-Mahdi Billah, yang telah mengungkapkan dirinya dan mendirikan Kekhalifahan Fathimiyah di Ifriqiyah pada tahun 909. Alasan pasti untuk kecaman Ibnu al-Fadl tidak diketahui; mungkin ambisi pribadi, menyusul banyak keberhasilannya, atau kekecewaan terhadap al-Mahdi. Al-Mahdi jelas berharap bahwa gerakan yang membawanya ke kekuasaan di Ifriqiyah akan segera menyapu ke arah timur menuju Mesir, di mana pasukannya akan bergabung dengan pendukung Yaman-nya. Karena alasan ini, ia telah mengirim kepada umat beriman Yaman sebuah surat yang mendokumentasikan keturunannya dari Ja'far ash-Shadiq, imam umum terakhir yang diakui oleh Syiah Dua Belas dan Isma'ili. Surat ini menimbulkan banyak keresahan dan perselisihan, karena tidak hanya silsilah yang diklaim itu jelas-jelas salah, tetapi al-Mahdi bersusah payah untuk mengklarifikasi bahwa meskipun dia adalah 'yang diharapkan' mahdī, pemerintahannya tidak akan membawa akhir zaman, tetapi hanya mewakili mata rantai lain dalam garis imam yang akan terus berlanjut tanpa henti ke masa depan, dengan demikian bertentangan dengan semua harapan milenialis yang diberikan kepada dirinya. Sejarawan Michael Brett bahkan menyarankan bahwa, karena Ibnu al-Fadl dan Ibnu Hawsyab secara eksplisit dikatakan telah bertemu di Yaman untuk pertama kalinya pada tahun 905/6, kisah misi bersama mereka mungkin merupakan sebuah penemuan, meskipun ia juga menekankan bahwa isu doktrinal yang dipertaruhkan tidak jelas. Sejarawan Farhad Daftary melabeli Ibnu al-Fadl sebagai seorang 'Qaramitah', yang menunjukkan penentangannya terhadap klaim al-Mahdi, seperti halnya para Qaramitah asli pada tahun 899. Bahkan, Ibnu al-Fadl melangkah lebih jauh dengan menyatakan dirinya sebagai mahdī sejati.
Ketika Ibnu Hawsyab menolak tuntutan rekannya untuk bergabung dengannya dan mengkritik tindakannya, Ibnu al-Fadl berbaris melawan Ibnu Hawsyab. Shibam dan Jabal Dhukhar direbut, dan setelah beberapa pertempuran, Ibnu Hawsyab diblokade di Jabal Maswar. Setelah delapan bulan pengepungan, pada bulan April 912, Ibnu Hawsyab mencari syarat, dan menyerahkan putranya Ja'far sebagai sandera. Ja'far dikembalikan setelah setahun dengan kalung emas sebagai hadiah. Ibnu al-Fadl meninggal pada tanggal 28 Oktober 915 di Mudhaykhirah karena penyakit yang tidak diketahui; legenda Isma'ili kemudian mengklaim bahwa ia diracuni oleh agen al-Mahdi yang menyamar sebagai dokter.
Kematiannya, menyusul kematian mantan rekannya Ibnu Hawsyab pada bulan Desember tahun sebelumnya, meninggalkan kekosongan kekuasaan yang dengan cepat dieksploitasi oleh penguasa Yu'firi As'ad bin Ibrahim, yang telah mengakui kedaulatan Ibnu al-Fadl dan telah dibiarkan mengendalikan Sana'a. Pada bulan Januari 916, As'ad mulai merebut kembali benteng-benteng yang direbut oleh Isma'ili pada tahun-tahun sebelumnya. Putra dan penerus Ibnu al-Fadl, Fa'fa (atau Gha'fa), tidak dapat menghentikan kemajuannya, dan pada tanggal 6 Januari 917, pasukan Yu'firi menyerbu Mudhaykhirah, menangkap dua putra dan tiga putri Ibnu al-Fadl sebagai tahanan. Setelah kembali ke Sana'a, As'ad mengeksekusi dua bersaudara dan dua puluh pengikut mereka, dan mengirim kepala mereka ke khalifah Abbasiyah di Bagdad. Berbeda dengan berakhirnya wilayah Isma'ili di selatan, komunitas di utara yang didirikan oleh Ibnu Hawsyab masih bertahan hingga saat ini.