An Invisible Thread
Alur

Sylar sedang mencoba melawan Nathan Petrelli, Anggota Kongres New York, untuk bertemu dengan Presiden, akan tetapi seorang sniper, Danko secara tiba-tiba menembak bius yang melumpuhkan Nathan. Danko mempertanyakan Sylar yang tidak mau menuruti kemauannya, lalu Danko murka dan melempar pisau ke belakang kepala Sylar. Seketika Danko menghubungi anak buahnya karena menduga telah mengenai titik lemah di kepala Sylar. Akan tetapi, Sylar bangkit dan menyatakan ia telah memindahkan titik lemah di kepalanya sehingga ia tidak mati sebab memiliki kekuatan perubah bentuk. Kemudian Sylar mengubah diri menjadi Danko dan menembak anak buahnya sebagai perangkap. Danko dianggap telah memberontak, sebab Sylar mengubah diri menjadi seorang anak buahnya dan ikut menangkap Danko.
Sementara itu, mobil yang dikendarai Noah Bennet memasuki sebuah pengalihan jalur. Angela Petrelli mengalami mimpi bahwa putranya, Nathan, sedang dalam bahaya namun Matt Parkman akan menyelamatkannya. Noah menyadari bahwa jalan telah sengaja ditutup. Ia menyarankan Claire Bennet dan Angela turun di tengah jalan supaya tidak turut ditangkap. Claire pergi menemui Nathan untuk memperingatkan Presiden tentang Sylar, sedangkan Angela berusaha mencari Matt Parkman.
Ketika Claire telah sampai di kantor Nathan, ia merasa ragu tentang diri Nathan. Claire mencurigai bahwa Sylar telah mengubah diri menjadi Nathan. Claire merasa bersalah terhadap 'Nathan' setelah mendengar ucapan tentang perjalanan mereka. Akan tetapi Claire tidak menyadari bahwa Sylar telah menyamar sebagai Nathan sampai ia mendapati keanehan ketika 'Nathan' menulis tanda tangan menggunakan tangan kiri.
Hiro Nakamura yang berhasil menghentikan waktu meski berakibat fatal, memutuskan untuk menyelamatkan para tahanan di Gedung 26. Ia dengan Ando memasuki Gedung 26 dan mendapati para tahanan dalam ruangan khusus, kemudian berusaha menyelamatkan mereka dengan menukar tubuh para tahanan dengan para staf. Ando terkejut ketika melihat telinga Hiro berdarah, kemudia Hiro merasakan pening. Mohinder Suresh yang termasuk dari para tahanan menjelaskan bahwa tubuh Hiro menolak kekuatannya, sehingga Hiro akan mati jika terlalu memaksakan kekuatannya. Hiro berkeras bahwa ia tidak merasakan sakit apapun.
Danko berada dikurung dalam Gedung 26 di mana Noah yang juga telah ditangkap. Danko menyatakan bahwa ia dapat bekerjasama dengan Noah untuk melumpuhkan Sylar melalui sebuah tranquilizer. Mereka berdua dilepaskan dari tempat itu sewaktu Hiro sedang menghentikan waktu. Danko diam-diam berusaha menyuntik Noah dengan tranquilizer, tetapi Hiro menghentikan waktu dan menyuntik Danko. Seketika Hiro terjatuh akibat memaksakan kekuatan memanipulasi waktu. Noah berusaha menghubungi Claire untuk memastikan bahwa yang ia temui bukan Sylar melainkan Nathan, tetapi Noah menyadari bahwa Sylar yang sedang menjawabnya melalui kekuatan perubah bentuk. Sylar menjadikan Claire sebagai tawanan dan mengendalikan tubuh Claire seperti mainan, sambil menyatakan bahwa ia bisa menjadi First Lady apabila Sylar berhasil mengubah bentuk menjadi presiden.
Peter Petrelli mendapati Nathan yang tersadar dan keduanya memutuskan pergi mencari Sylar dan Claire. Nathan dan Peter dihentikan ketika berusaha memasuki kantornya. Seorang pihak keamanan menyatakan bahwa 'Nathan' telah berada di dalam ruangan beberapa waktu sebelumnya. Liam Samuels sebagai pihak keamanan diberitahu oleh Nathan bahwa Sylar harus dihentikan serta Peter harus menyerap kekuatan perubah bentuk milik Sylar. Ketika ditanya siapakah dia yang sebenarnya, Nathan menyatakan bahwa ia adalah salah satu dari "mereka".
Angela berhasil mendesak Matt untuk menolongnya menyelamatkan Nathan, Matt sempat menolak sebab ia harus pergi ke Gedung 26 untuk menghentikan Danko namun Angela meyakinkan Matt bahwa Nathan tidak akan selamat dari bahaya tanpa bantuannya. Dalam kantor Nathan, Claire dihempaskan oleh kekuatan Sylar lalu Nathan dan Peter bertarung menghadapi Sylar. Setelah pertempuran, Claire hanya mendapati Peter yang berhasil menyerap kekuatan perubah bentuk lalu keduanya pergi menemui Noah. Sementara itu, Nathan dihempaskan oleh Sylar ke dalam kantornya, kemudian dia melukai leher Nathan dan membunuhnya. Sylar menyamar sebagai Nathan kemudian sebagai Chief Aid untuk bertemu Presiden. Sewaktu memasuki mobil limosin presiden, ia mengulurkan tangan untuk berjabat tangan dengan presiden, akan tetapi, Sylar tidak mengetahui bahwa Peter telah mengubah diri sebagai Presiden sehingga membongkar penyamaran Sylar lalu menyuntikkan tranquilizer padanya.
Ketika Angela dan Matt berhasil melewati keamanan untuk pergi ke kantor Nathan, Angela menjerit tak percaya bahwa Nathan telah mati. Noah yang membawa tubuh Sylar kepada keduanya memberikan jalan keluar dari permasalahan ini bahwa Matt dapat mempergunakan kekuatan memanipulasi pikiran untuk mengubah memori Sylar supaya menganggap bahwa ia yang sebenarnya adalah Nathan lalu kekurangan pada alam bawah sadar Nathan dapat diisi melalui kekuatan Sylar memahami sejarah dari sebuah objek tertentu. Matt menyangkal saran Noah namun Angela meyakinkan Matt bahwa satu-satunya cara yang dapat menutup Gedung 26 hanyalah dengan bantuan Nathan saja. Matt menghapus segala ingatan pada diri Sylar dan menyatakan bahwa Sylar adalah Nathan Petrelli. Tiba-tiba tubuh Sylar berubah menjadi Nathan. Noah, Angela, dan Matt bersepakat untuk merahasiakan kematian Nathan.
Claire, Noah, Angela, Peter, 'Nathan', Mohinder, Matt, Ando dan Hiro berkumpul di hadapan tubuh 'Sylar' yang terbakar, yang sebenarnya adalah tubuh James Martin yang berubah bentuk. Setelah itu mereka memutuskan untuk berpencar dengan jalan mereka masing-masing. Angela dan Noah memutuskan mendirikan kembali perusahaan yang bernama "The Company".