Perang Jawa (1741–1743)
1741 > Pengepungan Semarang dan kekalahan Belanda

Pasukan Tionghoa dari Tanjung segera tiba di Semarang dan mengepung kota tersebut dengan bantuan dari pasukan yang sebelumnya dikirim untuk menghancurkan mereka. Visscher takut pasukannya tidak cukup, sehingga ia meminta bala bantuan dari Pakubuwono II. Pakubuwono II bersedia mengirim satuan artileri, tetapi sebenarnya satuan tersebut dimaksudkan untuk membantu pasukan Tionghoa. Pasukan Tionghoa dan Jawa telah mencapai tembok kota Semarang, dan pada awal Juni Visscher memerintahkan ekspedisi balasan berjumlah 46 pasukan Eropa dan 146 pasukan Nusantara dan dibantu oleh tentara Jawa di bawah Gubernur Semarang Dipati Sastrawijaya. Ekspedisi dilancarkan terhadap pasukan Tionghoa dan Jawa yang berkumpul di luar perbukitan Bergota. Di luar tembok kota, pasukan Jawa langsung berkhianat setelah merusak persediaan artileri yang ada, sementara kelompok Nusantara lainnya meninggalkan ekspedisi tersebut begitu mereka berhadapan dengan pasukan Tionghoa. Setelah membunuh beberapa pasukan Tionghoa, tentara Belanda kembali ke benteng.
Pada hari berikutnya, Belanda menyita seluruh rumah orang Tionghoa, termasuk rumah Ang Khoo. Ketika senjata dan amunisi ditemukan di rumahnya, Ang Khoo menyatakan bahwa barang-barang tersebut adalah sisa-sisa dari perang sebelumnya pada 1718. Tidak memercayai Ang Khoo, Belanda menangkapnya dan Yong Khoo, lalu memerintahkan mereka dirantai dan dipenggal; Visscher kemudian memerintahkan eksekusi semua etnis Tionghoa. Pada tanggal 14 Juni, Visscher memerintahkan agar permukiman orang-orang Tionghoa di luar benteng diratakan dengan tanah. Meskipun orang Tionghoa unggul dalam jumlah, mereka tidak mencoba melancarkan serangan terakhir.
Dengan semakin banyaknya pemberontakan yang terjadi di Jawa bagian timur, kompeni didekati oleh Pangeran Cakraningrat IV dari Madura, yang menawarkan diri untuk bersekutu dengan Belanda jika mereka mendukung upayanya untuk mendirikan kerajaannya sendiri di wilayah tersebut; Cakraningrat IV, yang dulunya adalah pejuang yang hebat bagi Mataram, merasa tersinggung dengan Pakubuwono II karena tidak diajak ikut musyawarah perang, sehingga ia siap untuk mengobarkan perang melawan pasukan sang Sunan. Setelah Belanda setuju, Cakraningrat IV memutuskan hubungannya dengan Mataram dan mengembalikan istrinya (saudari Pakubuwono II) ke Kartosuro. Sepanjang bulan Juni dan Juli, pasukan Cakraningrat IV berupaya untuk membunuh seluruh etnis Tionghoa, pertama dimulai di Madura kemudian menyebar ke Tuban, Surabaya, Jipang, dan Gresik. Pada 12 Juli, seluruh orang Tionghoa di wilayah Surabaya dan Gresik telah melarikan diri atau dibunuh.
Pada 9 Juli, Pakubuwono II memerintahkan eksekusi Pangeran Tepasana dan adik laki-laki lainnya, yang dituduh sebagai informan Velsen; keluarga mereka, termasuk putra Tepasana yang masih kecil, Raden Mas Garendi, diasingkan. Tak lama sesudah itu, pada bulan Juli, Pakubuwono II secara terbuka menunjukkan dukungannya kepada para pemberontak Tionghoa dengan melancarkan penyergapan. Pada 20 Juli, pasukannya memasuki garnisun Belanda di Kartasura dengan berpura-pura membantu mempersiapkan serangan terhadap orang Tionghoa. Begitu masuk, tentara Jawa melepaskan tembakan dan mengejutkan Belanda; meskipun diserang secara mendadak dan kehilangan tiga puluh lima orang dalam serangan awal, Belanda berhasil bertahan selama tiga minggu. Namun, setelah pasukan Tionghoa ikut bertempur, garnisun itu pun jatuh, Velsen dihukum mati, dan tentara lainnya yang masih hidup diberi pilihan (atau dipaksa) untuk masuk Islam atau dibunuh. Mereka menyunat pasukan Belanda yang selamat, sementara pasukan Jawa menangkap anak-anak dan perempuan Belanda sebagai rampasan perang setelah mengeksekusi pemimpin Belanda. Sementara itu, pasukan Khe Pandjang dipukul mundur dari Bekasi dan bergabung dengan 1.000 prajurit di bawah pimpinan Kapten Ismail untuk merebut Tegal.
Pada 25 Juli, pengganti Visscher, Abraham Roos (yang ditugaskan pada akhir Juni karena Visscher dianggap tidak stabil secara mental) tiba di Semarang dengan 170 pasukan. Ia mengamati bahwa kompeni hanya mengendalikan benteng, permukiman Eropa, dan tumpuan pantai. Setelah kedatangan Roos, pemerintah Belanda mulai mengirim lebih banyak bala bantuan, yang pada akhirnya berjumlah sedikitnya 1.400 tentara Belanda dan 1.600 tentara Nusantara.
Pada November 1741, benteng kompeni di Semarang tengah dikepung oleh 3.500 tentara Tionghoa dan 20.000 tentara Jawa, yang dipersenjatai dengan 30 meriam, sementara di pihak kompeni hanya terdapat 3.400 tentara Belanda dan Nusantara. Dengan keunggulan senjata api dan taktik Belanda, pasukan Pakubuwono II tercerai-berai; pengepungan tersebut akhirnya gagal dan Belanda kemudian melancarkan ekspedisi militer yang berhasil merebut kembali Jepara.