Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Penyerangan

Menurut sebuah laporan yang disusun oleh para akademisi Islam lokal, pada pagi hari sebelum serangan, beberapa penduduk desa mengungsi di markas militer TNI di Kawua. Mereka menyatakan bahwa Kapolsek Lage memaksa mereka untuk kembali ke rumah, dengan bersikeras bahwa situasi telah aman.
Selama hujan lebat pada tanggal 28 Mei 2000, listrik di desa Muslim Sintuwulemba diputuskan, diduga oleh militan yang menyerang. Anggota bertopeng dari milisi Kristen mengepung desa, yang dihuni terutama oleh petani kakao Jawa transmigran yang sebelumnya tinggal di Sulawesi Selatan, dan menangkap perempuan dan anak-anak di desa dan beberapa pria dewasa. Sekitar 70 orang dewasa atau remaja laki-laki lari untuk berlindung di kompleks pesantren Walisongo, tempat mereka diserang dan dibunuh dengan senjata api kecil dan parang.
Selain mereka yang tewas di pesantren, orang lain yang ditangkap dilaporkan diikat dan dipaksa untuk berjalan dua kilometer ke sungai Poso di bagian selatan kota, tempat banyak tawanan tewas, termasuk anak-anak dan bayi, dan ada laporan setelahnya bahwa Sungai Poso tersumbat oleh mayat-mayat. Banyak wanita yang masih hidup kemudian melaporkan bahwa mereka telah diperkosa oleh militan kristen dan juga melihat kerabat mereka yang diserang secara seksual. Seorang warga perempuan mengingat bahwa dia menyaksikan 9 kerabatnya yang dibunuh oleh para militan kristen, termasuk anak bungsunya di kelas tiga SD. Warga laki-laki lainnya, yang selamat dari serangan di pesantren, kepada wartawan mengatakan bahwa dia ditangkap lagi empat hari kemudian dan dibawa ke sungai untuk dieksekusi dan berhasil melarikan diri sekali lagi.
Kesaksian untuk Human Rights Watch menunjukkan bahwa modus operandi para militan mirip dengan kota-kota lain yang dihuni oleh warga Muslim; lebih lanjut 8 warga Muslim menghilang dari desa Tabalu setelah penyerang menyuruh penduduk setempat berkumpul dan berjalan ke kelurahan Kasiguncu. Setidaknya 14 transmigran Muslim dari Lombok dan Jawa kemudian menghilang setelah diculik dari kota lain oleh sekitar 100 militan kristen bertopeng yang telah memerintahkan penduduk setempat berkumpul di balai desa. Para saksi menggambarkan bahwa para militan memiliki daftar nama orang untuk diculik dan beberapa truk untuk mengangkut mereka.
Beberapa warga Tabalu mengakui mengenali beberapa militan kristen yang rupanya adalah pemuda dari desa-desa terdekat dari Tangkura dan Sangginora, dan bahkan beberapa dari kelurahan mereka sendiri yang menyamar dalam pakaian hitam dan masker ski. Beberapa warga menggambarkan bahwa para militan dipersenjatai dengan bambu runcing dan panah Ambon, ketapel kuat yang dapat menembakkan logam tajam, di antara proyektil lainnya.
Tercatat hingga 4.000 rumah yang dilaporkan dibakar di sejumlah desa, dan para militan kristen secara khusus menargetkan rumah keluarga Muslim. Hal ini menciptakan sebuah gerakan pengungsi yang signifikan dari warga Muslim, baik kehilangan tempat tinggal atau takut akan serangan lainnya, ke sebagian daerah Muslim di dalam atau di sekitar Palu dan kamp-kamp pengungsi didirikan di stadion sepak bola lokal Palu, Stadion Gawalise, oleh berbagai kelompok Muslim lokal. Pada pertengahan tahun 2008, beberapa penduduk desa Sintuwulemba yang mengungsi akibat kekerasan masih menduduki rumah yang telah dibakar dengan sanitasi yang sedikit dan tidak memadai.