Johannes Suryo Prabowo
Keunikan Penugasan di Timor Timur

Hampir seluruh prajurit TNI AD pada generasinya pernah bertugas di Timor Timur, namun Suryo Prabowo memiliki keunikan tersendiri selama penugasannya di Timor Timur, karena dia adalah Prajurit TNI dengan pangkat tertinggi (Kolonel Czi) yang terakhir meninggalkan Timor timur tanggal 30 Oktober 1999, dan Prajurit TNI tertinggi (Brigadir Jenderal TNI) yang pertama kali tiba di Negara Baru, Republik Demokratik Timor Leste (RDTL) tanggal 20 Mei 2002.[butuh rujukan]
Keunikan lainnya adalah ketika baru beberapa bulan menjabat Wadanrem 164/WD, atas pengajuan dari DPRD Provinsi Timor Timur, menjelang usianya ke 44 tahun, Suryo Prabowo dilantik menjadi Wakil Gubernur KDH tkt-I Provinsi Timor Timur. Namun belum sampai setengah tahun, pada tanggal 28 Oktober 1998, beberapa saat sebelum pangkatnya dipromosikan menjadi Brigadir Jenderal TNI, karena satu dan lain hal yang berseberangan dengan Pemerintahan Presiden B.J. Habibie, dia mengajukan pengunduran dirinya sebagai Wakil Gubernur Timtim. Pengunduran diri seorang Perwira TNI dari jabatannya sebagai Wagub Timtim ini merupakan peristiwa yang langka dan baru pertama kali terjadi di Indonesia.
Akibat dari pengunduran dirinya sebagai Wagub Timtim, dia kehilangan jabatan. Namun situasi itu tidak mengurangi semangat pengabdian dan kecintaannya sebagai Prajurit TNI, dan satu tahun kemudian secara ‘sukarela’ Suryo Prabowo ditugaskan kembali ke Timor Timur bersama Yonif Linud 700 mendampingi Brigjen Pol J.D. Sitorus dalam organisasi ITFET menggantikan Penguasa Darurat Militer Timor Timur Mayjen TNI Kiki Syahnakri. Saat itu ITFET bertugas bersama Satgas Pasca Pelaksanaan Penentuan Pendapat di Timor Timur (P4TT) mengawal transisi penyerahan Timor Timur kepada UNTAET (United Nations Transitional Administration in East Timor). Posisi di ITFET inilah yang menempatkan Suryo Prabowo menjadi Prajurit TNI terakhir yang meninggalkan Timor Timur. Dalam beberapa kesempatan disampaikan, bahwa sebagai pelaku sejarah dia, tidak mengetahui persis harus bangga atau sedih, ketika harus meninggalkan Timor Timur, sambil membawa Bendera Merah Putih terakhir yang diturunkan dalam upacara militer sederhana, yang dihadiri oleh perwakilan dari UNTAET dan INTERFET (International Force for East Timor) tanggal 30 Oktober 1999 pukul 09.00. Upacara penurunan bendera ini mengakhiri kedaulatan Indonesia atas Timor Timur. Tetapi yang disadari benar olehnya adalah, politik memang kejam, dan keputusan politik sering berakibat pada terjadinya korban jiwa yang begitu besar pada penduduk sipil yang tidak berdosa, dan mengakibatkan begitu banyak Prajurit TNI yang gugur tanpa penghormatan semestinya yang seharusnya diberikan oleh pimpinan negara. Sejak itu pula di Indonesia konflik kepentingan yang diwarnai dengan kekerasan dan ide separatisme menjadi tontonan dan bacaan sehari-hari di media massa, dan ini pula yang menjadikan salah satu alasan mengapa setelah menyelesaikan pengabdiannya sebagai Prajurit TNI dia enggan berpolitik seperti yang lazim dilakukan oleh para purnawirawan TNI.
Hampir dua tahun kemudian, Brigjen TNI J. Suryo Prabowo ditugasi untuk memimpin anvance team Satgaspam Paspampres yang terdiri dari Prajurit TNI dari ketiga angkatan, yang tiba di Dili beberapa saat sebelum, dan selama kunjungan Presiden RI Megawati Soekarno Putri menghadiri upacara kemerdekaan Republik Demokratik Timor Leste tanggal 20 Mei 2002, di Dili. Satgaspam tersebut diantaranya melibatkan KRI Mandar dan KRI Kambani dengan "heli on board" sebagai kapal medis dan logistik serta KRI Badik, dan KRI Hiu. Posisinya sebagai Dansatgaspam VVIP inilah yang menjadikan dia perwira tinggi TNI yang pertama kali berada di wilayah RDTL ketika resmi menjadi negara merdeka.