Kontroversi vaksin MMR
Artikel The Lancet 1998 > Kontroversi artikel Wakefield di The Lancet

Kontroversi mulai menyeruak pada tahun 2001 dan 2002 setelah Wakefield menerbitkan beberapa artikel yang menunjukkan bahwa program imunisasi tidak aman. Artikel-artikel ini terdiri atas satu artikel tinjauan tanpa bukti baru di jurnal kecil dan dua artikel tentang penelitian laboratorium yang menunjukkan bahwa virus campak ditemukan di sampel jaringan anak yang mengalami autisme dan radang usus. Penerbitan ini mendapat sorotan luar dari media yang juga mengangkat bukti anekdot dari orang tua serta liputan politik yang mengkritik layanan kesehatan dan pemerintah. Puncaknya, masyarakat menuntut Perdana Menteri Tony Blair mengungkapkan apakah putranya yang masih kecil, Leo, divaksin. Artikel Wakefield menjadi berita sains terbesar tahun 2002 yang ditanggapi dengan 1.257 kolom berita oleh komentator non-ahli. Pada bulan Januari sampai September 2002, 32% kolom berita tentang MMR mencantumkan nama Leo Blair dan 25% lainnya mencantumkan Wakefield. Kurang dari sepertiga kolom berita mencantumkan bukti kuat bahwa vaksin MMR aman. Artikel penelitian, konferensi pers, dan videonya memicu kepanikan kesehatan besar di Britania Raya. Akibat kepanikan ini, kepercayaan masyarakat terhadap MMR jatuh dari 59% menjadi 41% usai penerbitan artikel Wakefield. Pada tahun 2001, 26% dokter keluarga merasa pemerintah gagal membuktikan tidak adanya hubungan antara MMR dan autisme dan radang usus. Dalam buku Bad Science, Ben Goldacre mengelompokkan kepanikan vaksin MMR sebagai satu dari "tiga berita sains palsu paling berkesan sepanjang masa" yang pernah diterbitkan oleh harian Britania Raya (dua berita lainnya adalah skandal Pusztai tentang tanaman modifikasi genetik, dan kebohongan Chris Malyszewicz dan MRSA).
Kepercayaan terhadap vaksin MMR naik seiring terkuaknya bukti-bukti bahwa klaim Wakefield tidak didukung oleh bukti ilmiah. Survei tahun 2003 yang melibatkan 366 dokter keluarga di Britania Raya melaporkan bahwa 77% responden akan menyarankan vaksin MMR kepada anak yang keluarga dekatnya memiliki riwayat autisme dan 3% responden mengira bahwa autisme kadang disebabkan oleh vaksin MMR. Survei serupa tahun 2004 menemukan bahwa masing-masing persentasenya berubah menjadi 82% dan 2% dan kepercayaan terhadap MMR meningkat selama dua tahun terakhir.
Salah satu faktor dalam kontroversi ini adalah hanya vaksin gabungan yang tersedia lewat program National Health Service. Per 2010, tidak satupun vaksin campak, beguk, dan rubela terpisah yang diizinkan penggunaannya di Britania Raya. Perdana Menteri Tony Blair mendukung program ini dan berpendapat bahwa vaksin cukup aman untuk putranya sendiri, Leo, tetapi atas dasar privasi menolak menyatakan apakah Leo menerima vaksin; sebaliknya, Perdana Menteri pengganti Blair, Gordon Brown, secara eksplisit membenarkan bahwa putranya telah diimunisasi. Saat mempromosikan otobiografinya, Cherie Blair membenarkan bahwa Leo menerima vaksinasi MMR.
Penerapan vaksin gabungan alih-alih terpisah mengurangi risiko anak terkena penyakit saat menunggu imunisasi lengkap. Dua suntikan vaksin gabungan lebih mudah diterima anak dan tidak membuat anak tertekan daripada enam suntikan vaksin terpisah. Kunjungan klinik tambahan yang diharuskan oleh vaksin terpisah meningkatkan kemungkinan tertundanya atau terlewatnya penyuntikan beberapa vaksin; vaccination uptake significantly increased in the UK when MMR was introduced in 1988. Para pekerja di sektor kesehatan mengkritik habis-habisan liputan media mengenai kontroversi ini karena memicu penurunan tingkat vaksinasi nasional. Tidak ada dasar ilmiah untuk mengutamakan vaksin terpisah atau menetapkan jeda waktu antara vaksin terpisah.
John Walker-Smith, salah satu penulis laporan Wakefield dan pendukung vaksin MMR, menulis pada tahun 2002 bahwa epidemiologi menunjukkan bahwa MMR aman bagi sebagian besar anak-anak, tetapi menyatakan bahwa epidemiologi adalah alat tumpul dan penelitian pun berpotensi melupakan golongan masyarakat berisiko yang benar-benar memiliki hubungan antara MMR dan autisme. Namun, apabila ciri klinis dan patologis subtipe autisme langka sudah diidentifikasi dengan baik, penelitian epidemiologi dapat menyelesaikan persoalan apakah MMR memicu subtipe autisme tersebut. Tidak ada bukti ilmiah bahwa MMR merusak sistem imun bayi dan banyak bukti yang menunjukkan sebaliknya (penguatan imun).
Pada tahun 2001, Berelowitz, salah satu penulis laporan Wakefield, mengatakan, "Saya tidak mengetahui bukti kuat yang mendukung hipotesis kaitan antara MMR dan autisme". Canadian Paediatric Society, Centers for Disease Control and Prevention, Institute of Medicine of the National Academy of Sciences,

dan National Health Service Britania Raya sama-sama menyimpulkan bahwa tidak ada bukti hubungan antara vaksin MMR dan autisme dan artikel jurnal tahun 2011 yang menjelaskan hubungan vaksin–autisme adalah "kebohongan medis paling membahayakan dalam 100 tahun terakhir".