Al-Hakim Biamrillah
Memerintah (996–1021)

Pada tahun 996, ayah al-Ḥākim, Khalifah al-'Azīz memulai perjalanan mengunjungi Suriah (yang dikuasai oleh Fatimiyah hanya dengan kekuatan senjata dan berada di bawah tekanan Bizantium). Khalifah jatuh sakit pada awal perjalanan di Bilbeis dan terbaring sakit selama beberapa hari. Dia menderita "batu dengan nyeri di perut." Ketika dia merasa bahwa ajalnya sudah dekat dia menugaskan Qadhi Muhammad bin an-Nu'man dan Jenderal Abū Muhammad al-Hasan bin 'Ammar untuk menjaga al-Ḥākim, yang saat itu baru berusia sebelas tahun. Dia kemudian berbicara kepada putranya. Al-Ḥākim kemudian mengenang kejadian tersebut:
"Saya menemukannya tanpa apa pun di tubuhnya kecuali kain dan perban. Aku menciumnya, dan dia menekanku ke dadanya, berseru: "Betapa aku berduka untukmu, kekasih hatiku," dan air mata mengalir dari matanya. Dia kemudian berkata: "Pergilah, sayangku, dan bermainlah, karena aku akan baik-baik saja." Aku menurut dan mulai menghibur diriku dengan olah raga seperti yang biasa dilakukan anak laki-laki, dan segera setelah itu Tuhan membawanya ke tempat-Nya. Barjawan [bendahara] kemudian bergegas menemui saya, dan melihat saya di puncak pohon ara, berseru: "Turunlah, Nak; semoga Tuhan melindungimu dan kami semua." Saat aku turun, dia meletakkan sorban berhiaskan permata di kepalaku, mencium tanah di depanku, dan berkata: "Salam kepada Amirul Mukminin, dengan rahmat Allah dan berkah-Nya.” Beliau kemudian membawaku keluar dengan pakaian itu dan memperlihatkanku kepada semua orang, yang mencium tanah di hadapanku dan memberi hormat kepadaku dengan gelar Khalifah."
Keesokan harinya, dia dan istana barunya berangkat dari Bilbays ke Kairo, di belakang unta yang membawa jenazah ayahnya, dan dengan kaki Khalifah yang mati menonjol dari tandu. Mereka tiba sesaat sebelum salat magrib dan ayahnya dimakamkan keesokan malamnya di samping makam pendahulunya al-Mu'īzz. Al-Ḥākim dilantik oleh Barjawan, seorang "kasim kulit putih yang ditunjuk al-'Azīz sebagai Ustad 'tutor'."
Karena masih belum jelas apakah ia akan mewarisi posisi ayahnya, keberhasilan peralihan kekuasaan ini merupakan bukti stabilitas dinasti Fatimiyah. Ayah Al-Hakim bermaksud agar sida-sida Barjawan bertindak sebagai bupati sampai al-Hakim cukup umur untuk memerintah sendiri. Ibnu 'Ammar dan Qadhi Muhammad bin Nu'man akan membantu perwalian khalifah baru.
Namun demikian, Kutama Berber mengambil kesempatan untuk memulihkan posisi dominan mereka di negara bagian tersebut, yang telah terkikis di bawah pemerintahan al-Aziz karena masuknya tentara bayaran Turki dan Daylam dari negara tersebut. Islam Timur (the Mashāriqa, "orang Timur"). Mereka memaksa al-Hakim yang masih di bawah umur untuk memecat wazir kristen 'Īsa bin Nestorius (yang dieksekusi tak lama kemudian) dan menunjuk pemimpin mereka Ibnu Ammar untuk memimpin pemerintahan, dengan gelar wāsiṭa ("perantara") dan bukan wazir penuh. Pada saat itu jabatan "sekretaris negara" sifāra juga digabungkan dalam kantor itu. Ibnu 'Ammar kemudian mengambil gelar Amīn ad-Dawla "orang yang dipercaya di kesultanan". Ini adalah pertama kalinya istilah "kerajaan" dikaitkan dengan negara Fatimiyah. Pemerintahan Ibnu Ammar dengan cepat berubah menjadi tirani Berber: ia segera mulai mengatur pemerintahan dengan orang-orang Berber, yang terlibat dalam penjarahan kas negara. Upaya suku Berber untuk mengecualikan kelompok kepentingan lain dari kekuasaan—tidak hanya orang Turki dan kontingen etnis lain dalam angkatan bersenjata, namun juga [birokrasi] sipil, yang gajinya dipotong—tidak hanya mengasingkan para Masyhariqah, namun juga membuat Barjawan khawatir. Barjawan menghubungi gubernur Fatimiyah Damaskus, Manjutakin Turki, dan mengundangnya untuk bergerak ke Mesir dan menggulingkan Ibnu Ammar. Manjutakin menerimanya, namun dikalahkan oleh pasukan Ibn Ammar di bawah pimpinan Sulaiman bin Ja'far bin Falah di Ashkelon dan ditawan. Namun Barjawan segera menemukan sekutu baru, yaitu pemimpin Kutama Jaisy bin Samsam, gubernur Tripoli, yang diberhentikan oleh Ibnu Falah dan digantikan dengan saudaranya sendiri. Jaysh dan Barjawan mengumpulkan pengikut pemimpin Berber lainnya yang tidak puas, dan melancarkan pemberontakan di Kairo pada bulan Oktober 997. Ibnu Ammar terpaksa melarikan diri, dan Barjawan menggantikannya sebagai wāsiṭa.
Pada masa dominasinya, Barjawan berhasil menyeimbangkan kedua faksi tersebut, memenuhi tuntutan Masyhariqa sekaligus menjaga Kutama juga. Dalam hal ini, dia memaafkan Ibnu Ammar dan mengembalikan gaji bulanannya sebesar 500 dinar emas. Namun, setelah pembunuhan Bajarwan pada tanggal 26 Maret 1000, Khalifah al-Hakim mengambil alih kendali pemerintahan dan melancarkan pembersihan elit Fatimiyah, di mana Ibnu Ammar dan banyak pemimpin Kutama lainnya dieksekusi. Untuk memastikan kekuasaannya sendiri, Hakim membatasi wewenang dan masa jabatan wasitas dan wazirnya, yang berjumlah lebih dari 15 orang selama sisa 20 tahun kekhalifahannya.