Tentara Pembebasan Suriah
Tuduhan Jenayah Perang

Pada tanggal 20 Maret 2012, Human Rights Watch mengeluarkan surat terbuka kepada pihak oposisi (termasuk FSA), menyerukan mereka untuk berhenti melakukan penculikan, penyiksaan dan eksekusi yang melanggar hukum. "Komisi Penyelidikan Internasional Independen mengenai Republik Arab Suriah" yang disponsori PBB telah mendokumentasikan kejahatan perang di Suriah sejak dimulainya perang saudara. Dikatakan bahwa pemberontak telah melakukan kejahatan perang, namun kejahatan tersebut "tidak mencapai tingkat keparahan, frekuensi dan skala" yang dilakukan oleh pasukan negara.
Pada tahun 2012, FSA dituduh mengeksekusi sejumlah tahanan yang diklaim sebagai tentara pemerintah atau Shabiha, dan orang-orang yang diklaim sebagai informan.  Seorang komandan pemberontak di Damaskus mengatakan bahwa selama berbulan-bulan unitnya telah mengeksekusi sekitar 150 orang yang diketahui oleh "dewan militer" sebagai informan. Ia menjelaskan: "Jika seseorang dituduh sebagai informan, ia akan diadili oleh dewan militer. Kemudian ia akan dieksekusi atau dibebaskan". Nadim Houry, peneliti Timur Tengah untuk Human Rights Watch berpendapat bahwa "Membunuh siapapun dengan sengaja, bahkan seorang Shabiha, ketika dia berada di luar pertempuran adalah kejahatan perang, tidak peduli betapa buruknya orang tersebut". Pada 10 Agustus 2012, sebuah laporan mengindikasikan bahwa Human Rights Watch sedang menyelidiki pasukan pemberontak atas pembunuhan tersebut. FSA sendiri menyatakan bahwa mereka akan mengadili para pejuang yang melakukan pembunuhan di luar hukum tersebut.
Pada tahun 2012, para saksi juga melaporkan pemberontak melakukan 'pengadilan demi kuburan' di mana seorang tersangka tentara pemerintah diadili di samping kuburan yang telah dibuat sebelumnya dan dieksekusi di tempat oleh anggota brigade FSA Amr bin al-Aas. Seorang pemberontak mengatakan: "Kami membawanya langsung ke kuburannya dan, setelah mendengar pernyataan para saksi, kami menembaknya hingga mati".
Batalyon Daoud, yang beroperasi di daerah Jabal-al-Zawiya, dilaporkan menggunakan tentara yang ditangkap dalam pemboman proksi pada tahun 2012. Hal ini melibatkan mengikat tentara yang ditangkap ke dalam mobil yang berisi bahan peledak dan memaksanya pergi ke pos pemeriksaan tentara, di mana bahan peledak tersebut akan dikirim, diledakkan dari jarak jauh.
Pada tahun 2012, PBB mencatat beberapa tuduhan yang masuk akal bahwa pasukan pemberontak, termasuk FSA, merekrut anak-anak untuk dijadikan tentara. Salah satu komandan pemberontak mengatakan bahwa putranya yang berusia 16 tahun tewas dalam pertempuran dengan pasukan pemerintah.
Dalam sebuah video yang diunggah ke Internet pada awal Agustus 2012, seorang perwakilan FSA mengumumkan bahwa, sebagai respons terhadap keprihatinan internasional, unit-unit FSA akan mengikuti pedoman Konvensi Jenewa untuk perlakuan terhadap tahanan dan akan menjamin makanan, perhatian medis, dan area penahanan bagi para tawanan dari zona pertempuran. Ia juga mengundang para pekerja Palang Merah untuk memeriksa fasilitas penahanan mereka. Pada tanggal 8 Agustus, setelah video menunjukkan pemberontak FSA melakukan eksekusi singkat, komandan FSA membagikan 11 poin kode etik yang menyatakan bahwa semua pejuang harus menghormati hak asasi manusia.
Garis waktu beberapa kejahatan perang terkemuka yang dilakukan oleh kelompok yang dianggap sebagai bagian dari FSA:
Pada tanggal 22 Mei 2012, Brigade Badai Utara menculik 11 peziarah Lebanon yang datang dari Iran. Empat dari mereka tewas dalam serangan udara oleh Angkatan Udara Suriah dan sisanya dibebaskan tanpa cedera.
Pada tanggal 20 Juli 2012, wakil menteri dalam negeri Irak, Adnan al-Assadi, mengatakan bahwa penjaga perbatasan Irak telah menyaksikan FSA mengambil alih sebuah pos perbatasan, menahan seorang letnan kolonel Angkatan Darat Suriah, dan kemudian memotong lengan dan kakinya sebelum mengeksekusi 22 warga tentara Suriah.
Pada tanggal 21 Juli 2012, pengemudi truk Turki mengatakan bahwa truk mereka dicuri oleh anggota FSA ketika mereka merebut sebuah pos perbatasan. Mereka mengatakan bahwa beberapa truk dibakar dan yang lainnya dijual kembali kepada pengemudinya setelah barang-barangnya dijarah.
Laporan PBB tentang kejahatan perang menyatakan bahwa eksekusi FSA terhadap lima tentara Alawi di Latakia, pasca Juli 2012 adalah kejahatan perang.  Laporan tersebut menyatakan, "Dalam hal ini, FSA melakukan kejahatan perang berupa eksekusi tanpa proses hukum."
Pada 13 Agustus 2012, serangkaian tiga video muncul yang menunjukkan eksekusi tahanan oleh pasukan pemberontak, di provinsi Aleppo.  Dalam salah satu video, enam pekerja pos dilempar dari gedung pos utama di Al-Bab hingga tewas oleh pejuang FSA. Orang-orang bersenjata itu mengaku bahwa mereka adalah shabiha.
Pada tanggal 9 September 2012 FSA meledakkan bom mobil di dekat Rumah Sakit al-Hayat dan Rumah Sakit Pusat di Aleppo. Menurut media pemerintah Suriah, sedikitnya 30 orang tewas dan lebih dari 64 orang terluka. FSA mengklaim bahwa tentara telah menduduki gedung rumah sakit dan menggunakannya sebagai markas.
Pada tanggal 10 September 2012, brigade Hawks of Syria milik FSA mengeksekusi lebih dari 20 tentara Suriah yang ditangkap di pangkalan militer Hanano.
Pada tanggal 2 November 2012 Batalyon al-Siddiq FSA menculik dan mengeksekusi aktor terkemuka Suriah Mohammed Rafeh, mengklaim bahwa dia adalah anggota shabiha dan membawa senjata dan tanda pengenal militer.
Pada bulan Mei 2013, sebuah video yang diposting di internet menunjukkan seorang pemberontak memotong organ dari mayat seorang tentara Suriah dan memasukkannya ke dalam mulutnya, "seolah-olah dia sedang menggigitnya". Dia menyerukan pemberontak untuk mengikuti teladannya dan meneror sekte Alawi, yang sebagian besar mendukung Assad. Humans Rights Watch (HRW) mengkonfirmasi keaslian rekaman tersebut, dan menyatakan bahwa "Mutilasi tubuh musuh adalah kejahatan perang".  Pemberontak tersebut adalah Khalid al-Hamad, yang dikenal dengan nama samaran "Abu Sakkar", seorang komandan Brigade Independen Omar al-Farouq. BBC menyebutnya sebagai cabang dari Brigade Farouq FSA, sementara HRW mengatakan "tidak diketahui" apakah brigade tersebut merupakan bagian dari FSA. Insiden tersebut dikutuk oleh Kepala Staf FSA dan Koalisi Nasional Suriah mengatakan bahwa Abu Sakkar akan diadili. Abu Sakkar mengatakan mutilasi itu adalah balas dendam. Ia mengklaim telah menemukan video di ponsel tentara tersebut yang menunjukkan tentara tersebut melakukan pelecehan seksual terhadap seorang wanita dan kedua putrinya, serta video lain yang menunjukkan loyalis Assad memperkosa, menyiksa, memotong-motong dan membunuh orang, termasuk anak-anak. Ia lebih lanjut menyatakan bahwa jika perang terus berlanjut, “seluruh rakyat Suriah” akan menjadi seperti dia. Dia dibunuh di barat laut provinsi Latakia pada tanggal 6 April 2016 oleh Tentara Suriah, saat berafiliasi dengan Front Al-Nusra yang terkait dengan al-Qaeda.
Pada bulan Desember 2012, militan menculik Tim Berita NBC yang terdiri dari enam jurnalis di sekitar kepala koresponden luar negeri NBC Richard Engel. Engel awalnya menyalahkan militan pro-rezim Shabiha, namun ternyata pelakunya kemungkinan besar adalah kelompok pemberontak yang berafiliasi dengan FSA, Brigade Falcons Idlib Utara.
Sejak Juli 2013, Front al-Nusra, kadang-kadang berkoordinasi dengan kelompok bersenjata lainnya, melakukan serangkaian pembunuhan terhadap warga sipil Kurdi di al-Youssoufiyah, Qamishli dan al-Asadia (al-Hasakah). Selama penggerebekan oleh ISIS, al-Nusra, Front Islam dan kelompok FSA, para pejuang membunuh seorang pria Kurdi Yazidi di al-Asadia yang menolak masuk Islam.
Setelah mereka merebut kota Jarabulus dari ISIS pada bulan September 2016, milisi oposisi dari Divisi Sultan Murad menerbitkan foto-foto mereka menyiksa empat tawanan perang anggota YPG, yang ditangkap oleh kelompok pemberontak, menurut klaim YPG, saat mencoba untuk mengungsi warga sipil.
Kelompok Tentara Kemenangan FSA telah menahan warga sipil, termasuk anak-anak, sebagai tahanan, terutama dari Latakia.  112 dari mereka dibebaskan pada bulan Februari 2017 sebagai bagian dari pertukaran tahanan.