Perang Aceh
Operasi tempur > Pasifikasi

Pada tahun 1898 Van Heutsz diproklamasikan sebagai gubernur Aceh, dan bersama letnannya, yang kemudian Perdana Menteri Belanda Hendrikus Colijn, akhirnya menaklukkan sebagian besar Aceh. Mereka mengikuti saran Hurgronje, dengan membentuk uleebelang yang kooperatif yang akan mendukung mereka di pedesaan dan mengisolasi perlawanan dari basis pendukung mereka di pedesaan. Belanda merumuskan strategi baru melawan pemberontakan  peperangan dengan mengerahkan unit bersenjata ringan Marechaussee dan menggunakan taktik bumi hangus. Van Heutsz menyerang Kolonel Gotfried Coenraad Ernst van Daalen dengan mematahkan sisa perlawanan.
Pada tahun 1903, pemimpin utama perlawanan sekuler Aceh termasuk Sultan Alauddin Muhammad Da'ud Syah II, Tuanku Raja Keumala, Mahmud dan Muda Perkasa menyerah. Selama kampanye tahun 1904, Kolonel van Daalen menghancurkan beberapa desa, menewaskan sedikitnya 2.922 warga Aceh, di antaranya 1.149 wanita dan anak-anak selama kampanye tahun 1904. Kerugian Belanda berjumlah 26 , dan Van Daalen dipromosikan. Episode kekejaman militer Belanda terjadi pada periode ini. Foto-foto pembantaian Belanda bulan Juni 1904 di desa Kuta Reh yang diambil oleh orang Alas pada saat ekspedisi militer Belanda di wilayah Gayo dan Alas di Aceh, misalnya, menunjukkan bahwa pembunuhan terhadap kelompok besar orang warga sipil terjadi pada beberapa kesempatan. Pada akhir tahun 1904 sebagian besar wilayah Aceh berada di bawah kendali Belanda, dan mempunyai pemerintahan pribumi yang bekerja sama dengan negara kolonial. Belanda mengkonsolidasikan kendali mereka atas Aceh dengan menerapkan kebijakan toleransi beragama sebagai cara untuk menghalangi rakyat Aceh melakukan perjuangan bersenjata. Menurut Sejarawan Adrian Vickers, selama keseluruhan Perang Aceh, 50.000 hingga 60.000 warga Aceh meninggal karena kekerasan dan penyakit, sekitar 2.000 tentara Eropa dan pribumi sekutu tewas dalam pertempuran, dan lebih dari 35.000 tentara dan buruh meninggal karena penyakit. Kehancuran seluruh komunitas juga menyebabkan 10.000 warga Aceh mengungsi ke negara tetangga Malaya.
Di Belanda pada saat itu, Van Heutsz dianggap sebagai pahlawan, diberi nama 'Penenang Aceh' dan diangkat menjadi gubernur jenderal seluruh Hindia Belanda pada tahun 1904. Sebuah monumen yang masih ada untuknya didirikan. di Amsterdam, meskipun gambar dan namanya kemudian dihapus, untuk memprotes warisan kekerasannya. Pemerintahan Belanda membela tindakan mereka di Aceh dengan mengutip keharusan moral untuk membebaskan masyarakat dari penindasan dan praktik terbelakang yang dilakukan oleh penguasa pribumi independen yang tidak memenuhi norma-norma internasional. Perang Aceh juga mendorong aneksasi Belanda atas negara-negara merdeka lainnya di Bali, Maluku, Kalimantan dan Sulawesi antara tahun 1901 dan 1910.
Akan tetapi, pengaruh kolonial di wilayah dataran tinggi terpencil di Aceh tidak pernah besar, dan perlawanan gerilya terbatas yang dipimpin oleh para ulama tetap bertahan hingga tahun 1942. Tidak dapat untuk mengusir Belanda, banyak ulama yang secara bertahap menghentikan perlawanannya. Wilayah Gayo tetap menjadi pusat perlawanan hingga tahun 1914. Seorang intelektual Sayyid Ahmad Khan menganjurkan penghentian "jihad" melawan Belanda.