Sejarah Maluku
Portugis dan Spanyol > Kedigdayaan Portugis

Penyalahgunaan kekuasaan sering dilakukan kapten-kapten Portugis. Meskipun demikian, terdapat dua kapten Portugis yang sangat berpengaruh dalam sejarah Maluku. Hubungan buruk Portugis dengan raja-raja setempat memuncak pada masa pemerintahan Kapten Tristão de Ataide. Campur tangan Portugis dalam urusan kerajaan menimbulkan perlawanan bawah tanah yang berakhir dengan penangkapan Tabarija, Sultan Ternate, dengan tuduhan pengkhianatan, dilanjutkan dengan pengasingan ke Goa. Penyalahgunaan kekuasaan de Ataide selama menjabat ini menimbulkan kerusuhan di Maluku hingga ia digantikan oleh António Galvão pada 1536 yang dikenal dengan masa tenang. Galvão menghasilkan kebijakan untuk menjaga hubungan baik dengan raja-raja Maluku. Ia pun dikenal membawa teknologi pembangunan Eropa dan tanaman-tanaman seperti tomat, alpukat, dan ketela dari jajahan lainnya untuk memperbaiki gizi rakyat Maluku. Pada masa Galvão pula bangsawan Maluku mendapatkan pendidikan barat dan katekismus dengan bantuan Yesuit. Hal ini memperkokoh kedudukan Portugis di Maluku, banyak raja Maluku datang ke Ternate untuk membayar upeti, mengirimkan anaknya sekolah, serta meminta petunjuk agama baru. Pada 1537, Portugis mendirikan jajahan baru di Buru, Ambon, dan Seram; diberikan sebagai hadiah oleh Dom Manuel Tabarija melalui Jordão de Freitas yang kemudian hari menjadi kapten. Di Ambon, hubungan antara Portugis dengan Hitu juga terjaga dengan baik. Kapal-kapal Portugis juga mulai berlabuh di Tawiri dan Hatiwe yang masih dalam kekuasaan Hitu dan termasuk dalam Uli Siwa. Di sana, tumbuh pula permukiman Kristen di mana sering terjadi perkawinan campuran. Namun, pada 1537–1538, terjadi pertikaian Portugis-Hitu hingga Portugis sempat diusir ke Poka di mulut Teluk Dalam yang termasuk dalam Uli Lima. Ketika pemerintahan Galvão berakhir pada 1539, para sultan dan rakyat Maluku memohon kepada Raja Portugal agar O Pai mereka menjabat seumur hidup. Sejak itu, sejarah Maluku diisi oleh pertikaian antara raja-raja pribumi dengan Portugis.
Sebelum kematiannya, Dom Manuel Tabarija mewariskan Maluku kepada Raja Portugal pada 1545. Pada tahun yang sama pula, Fransiskus Xaverius mengabarkan setidaknya sudah ada 37 desa Kristen di Ambon dan Lease. Setahun kemudian, Sultan Khairun menyerahkan kembali Maluku kepada Raja Portugal sebagai vasal. Ambon mendapatkan kaptennya sendiri pada 1562, meski masih di bawah kapten di Ternate. Saat menguasai Ternate, Portugis juga berhasil menguasai Lease dan tenggara Maluku. Hubungan buruk Portugis dengan raja-raja Maluku memuncak kembali setelah Portugis membunuh Sultan Khairun pada 1570. Anaknya, Baabullah, berhasil mengusir Portugis ke Ambon dengan dukungan Tidore dan Bacan pada 1575. Saat itu pula Portugis membangun Benteng Nossa Senhora da Anunciada dan menjadikan Ambon sebagai pusat kekuatannya nya di Maluku. Meskipun demikian, Tidore yang merasa tertekan oleh Ternate beralih ke Portugis. Pada 1578, Portugis sudah membangun benteng di Tidore dan kembali menguasai Maluku. Hal ini disusul oleh kedatangan bangsa Barat ketiga di Maluku, yaitu Inggris. Drake mengunjungi Banda dan Buru pada 1579. Kedatangannya memberhentikan ketergantungan perdagangan rempah dengan Portugis. Pada 1580, Portugal dan Spanyol bersatu di bawah Mahkota Spanyol. Spanyol mencoba menguasai kembali Maluku dengan menduduki bekas benteng Portugis dari pusatnya di Filipina. Pada masa ini, Tidore menjadi pusat kekuatan. Pada 1605, Portugis sempat lagi menaklukkan kembali Hitu setelah Ternate dan sekutunya menyerang Ambon sebelumnya.