Kerajaan Bali
Periode Majapahit

Artikel utama: Majapahit
Di Jawa Timur, Majapahit di bawah pemerintahan Ratu Tribhuwana Wijayatunggadewi dan Perdana Menteri Gajah Mada yang cakap dan ambisius, menyaksikan perluasan armada Majapahit ke pulau-pulau tetangga di kepulauan Indonesia termasuk Bali yang berdekatan. Menurut naskah Babad Arya Tabanan, pada tahun 1342 pasukan Majapahit yang dipimpin oleh Gajah Mada dibantu oleh jendralnya Arya Damar, bupati Palembang, mendarat di Bali. Setelah tujuh bulan pertempuran, pasukan Majapahit mengalahkan raja Bali di Bedulu (Bedahulu) pada tahun 1343. Setelah penaklukan Bali, Majapahit mendistribusikan otoritas pemerintahan Bali di antara saudara-saudara muda Arya Damar; Arya Kenceng, Arya Kutawaringin, Arya Sentong dan Arya Belog. Arya Kenceng memimpin saudara-saudaranya untuk memerintah Bali di bawah panji Majapahit, ia menjadi leluhur raja-raja Bali dari trah kerajaan Tabanan dan Badung.
Pupuh 14 Nagarakretagama, disusun pada masa pemerintahan Hayam Wuruk pada tahun 1365, menyebutkan beberapa tempat di Bali; Bedahulu dan Lwa Gajah (diidentifikasikan sebagai Goa Gajah) sebagai tempat di bawah kekuasaan Majapahit. Ibu kota Majapahit di Bali didirikan di Samprangan dan kemudian Gelgel. Menyusul kematian Hayam Wuruk pada tahun 1389, Majapahit memasuki periode penurunan yang stabil dengan konflik atas suksesi, di antaranya adalah perang Paregreg (1405 hingga 1406).
Pada tahun 1468, Pangeran Kertabhumi memberontak terhadap Raja Singhawikramawardhana dan menguasai Trowulan. Singhawikramawardhana yang kalah pergi dari ibu kota lebih jauh ke pedalaman ke Daha (bekas ibu kota Kadiri), secara efektif membagi Majapahit menjadi dua pusat kekuasaan; Trowulan dan Daha. Pada tahun 1474 Singhawikramawardhana meninggal dan digantikan oleh Dyah Ranawijaya, yang memerintah dari Daha. Untuk menjaga pengaruh Majapahit dan kepentingan ekonomi, Kertabhumi menganugerahi hak dagang pedagang Muslim di pantai utara Jawa, sebuah tindakan yang mengarah pada kesultanan Demak dalam beberapa dekade berikutnya. Kebijakan ini meningkatkan ekonomi dan pengaruh Majapahit, tetapi melemahkan posisi Hindu-Budha sebagai agama utama, karena Islam mulai menyebar lebih cepat dan bebas di Jawa. Keluhan pengikut Hindu-Buddha kemudian mendesak Ranawijaya untuk mengalahkan Kertabhumi.
Pada 1478, pasukan Ranawijaya di bawah Patih Udara melanggar pertahanan Trowulan dan membunuh Kertabumi di istananya, Demak mengirim bala bantuan di bawah Sunan Ngudung, yang kemudian mati dalam pertempuran dan digantikan oleh Sunan Kudus, tetapi mereka datang terlambat untuk menyelamatkan Kertabhumi meskipun mereka berhasil mengusir tentara Ranawijaya. Peristiwa ini disebutkan dalam prasasti Jiwu dan Petak, di mana Ranawijaya mengklaim bahwa ia telah mengalahkan Kertabhumi dan menyatukan kembali Majapahit sebagai satu Kerajaan. Ranawijaya memerintah dari tahun 1474 hingga 1498 dengan nama resmi Girindrawardhana, dengan Patih Udara sebagai Perdana Menteri. Peristiwa ini menyebabkan perang antara Kesultanan Demak dan Daha, karena penguasa Demak kala itu, Raden Patah, adalah keturunan Bhre Kertabhumi.
Pada 1498, Patih Udara melakukan kudeta dan mengalahkan Girindrawardhana dan perang antara Demak dan Daha surut. Tetapi keseimbangan yang rapuh ini berakhir ketika patih Udara meminta bantuan ke Portugal di Malaka dan memimpin Adipati Unus dari Demak untuk menyerang Malaka dan Daha. 
Teori lain menyatakan bahwa alasan serangan Demak terhadap Majapahit adalah balas dendam terhadap Girindrawardhana, yang telah mengalahkan kakek Adipati Yunus, Prabu Bhre Kertabumi (Prabu Brawijaya V). Kekalahan Daha di bawah Demak menandai berakhirnya era Hindu Majapahit di Jawa. Setelah jatuhnya kekaisaran, banyak bangsawan Majapahit, pengrajin dan pendeta berlindung baik di daerah pegunungan pedalaman Jawa Timur, Blambangan di ujung timur Jawa, atau melintasi selat sempit ke Bali. Para pengungsi mungkin melarikan diri untuk menghindari pembalasan Demak atas dukungan mereka untuk Ranawijaya terhadap Kertabhumi.
Kerajaan Majapahit Jawa mempengaruhi Bali baik secara budaya maupun politik. Seluruh istana Majapahit melarikan diri ke Bali setelah penaklukan oleh penguasa Muslim pada tahun 1478, yang mengakibatkan pengalihan seluruh budaya. Bali dipandang sebagai kelanjutan dari budaya Jawa Hindu dan merupakan sumber utama pengetahuan tentang hal itu pada zaman modern. Para bangsawan dan pendeta Jawa yang masuk mendirikan istana bergaya Majapahit di Bali. Masuknya menyebabkan beberapa perkembangan penting. Perkawinan keluarga-keluarga Bali terkemuka bersama dengan keluarga kerajaan Majapahit mengarah pada dasar garis keturunan kasta atas Bali. Gagasan Jawa khususnya tradisi Majapahit memengaruhi agama dan seni di pulau ini. Bahasa Jawa juga memengaruhi bahasa Bali yang dipetuturkan. Arsitektur dan kuil-kuil Bali modern memiliki banyak kesamaan dengan estetika dan gaya relief di kuil-kuil Jawa Timur dari zaman keemasan Majapahit.
Sejumlah besar naskah Majapahit, seperti Nagarakretagama, Sutasoma, Pararaton dan Tantu Pagelaran, disimpan dengan baik di berbagai perpustakaan kerajaan Bali dan Lombok, dan memberikan sekilas dan catatan sejarah berharga tentang Majapahit. Sebagai hasil dari masuknya unsur Jawa, sejarawan Ramesh Chandra Majumdar menyatakan bahwa Bali "segera menjadi benteng terakhir budaya dan peradaban Indo-Jawa."