Pertempuran Midway
Persiapan pertempuran > Kelemahan Jepang

Sementara itu, Zuikaku yang selesai bertugas di Pertempuran Laut Koral, sedang berada di Kure sambil menanti datangnya awak pesawat pengganti. Awak pesawat yang tidak dapat dikumpulkan dengan segera merupakan kegagalan program pelatihan awak Angkatan Laut Jepang yang sudah menunjukkan tanda-tanda tidak bisa mengganti awak yang tewas atau luka. Instruktur dari Korps Udara Yokosuka ikut dikerahkan untuk mengisi kekosongan. Shōkaku rusak berat akibat kejatuhan bom di Laut Koral dan perlu waktu berbulan-bulan untuk memperbaikinya di dok kering. Walaupun ada kemungkinan pesawat-pesawat terbang dari kapal induk yang rusak bisa dikerahkan untuk Zuikaku, pihak Jepang tidak berusaha serius untuk menyiapkan kapal induknya untuk bertempur. Sebagai akibatnya, Laksamana Nagumo hanya bisa mengerahkan empat kapal induk: Kaga dan Akagi sebagai Divisi Kapal Induk ke-1 sementara Hiryū dan Sōryū sebagai Divisi Kapal Induk ke-2. Kapal-kapal induk Jepang telah terus-menerus beroperasi sejak 7 Desember 1941, termasuk di antara Darwin dan penyerangan ke Colombo.
Pesawat penyerang Jepang dikerahkan adalah pesawat pengebom tukik Aichi D3A1 dan Nakajima B5N2 yang dapat berfungsi sebagai pesawat pengebom torpedo atau sebagai pesawat pengebom biasa. Pesawat tempur utama yang dikerahkan adalah Mitsubishi A6M2 Zero yang bisa terbang cepat dan berkemampuan manuver yang tinggi. Kapal-kapal induk Kido Butai memang sedang menderita kekurangan pesawat andalan. Berdasarkan berbagai alasan, produksi pesawat D3A telah dikurang drastis, sementara produksi pesawat B5N sudah dihentikan secara total. Sebagai akibatnya tidak ada pengganti untuk pesawat yang rusak atau hancur. Hal ini juga berarti sebagian besar pesawat yang digunakan sepanjang operasi-operasi bulan Juni 1942 adalah pesawat lama yang mulai digunakan sejak November 1941. Walaupun dipelihara dengan baik, pesawat-pesawat tersebut hampir usang dan makin tidak dapat diandalkan. Sebagai akibatnya, kapal-kapal induk Jepang dikerahkan dengan total pesawat yang kurang dari seharusnya dan hanya sedikit pesawat cadangan.
Persiapan intelijen strategis Jepang sebelum pertempuran juga dalam keadaan kacau. Kapal-kapal selam Jepang yang membentuk garis penjagaan terlambat tiba (sebagian di antaranya disebabkan ketergesa-gesaan Yamamoto). Akibatnya, kapal-kapal Amerika Serikat sampai di titik pertemuan mereka di timur laut Midway (disebut Point Luck), dan luput dari deteksi Jepang. Usaha kedua untuk pengintaian dilakukan dengan kapal amfibi bermesin empat Kawanishi H8K juga dibatalkan. Menurut rencana yang merupakan bagian dari Operasi K, Kawanishi H8K ditugaskan mengamat-amati Pearl Harbor sebelum pertempuran dimulai (dan mendeteksi ada atau tidak adanya kapal induk Amerika Serikat di sana). Namun, kapal-kapal selam Jepang yang dikirim untuk mengisi bahan bakar pesawat pengintai mengetahui bahwa di lokasi yang direncanakan sebagai titik pengisian ulang bahan bakar (teluk di Gosong Fregat Prancis yang sebelumnya selalu sepi) sudah disatroni kapal-kapal perang Amerika Serikat (karena Jepang pernah melakukan misi serupa pada bulan Maret). Oleh karena itu, sebelum pertempuran berlangsung, Jepang tidak punya informasi tentang pergerakan kapal-kapal induk Amerika Serikat.
Walaupun demikian, intersepsi gelombang radio yang dilakukan Jepang mencatat peningkatan aktivitas dan lalu lintas pesan kapal selam Amerika Serikat. Informasi ini disampaikan ke Yamamoto sebelum pertempuran berlangsung. Namun rencana Jepang tetap tidak diubah. Yamamoto yang berada di atas Yamato tidak memberitahukan Nagumo tentang peningkatan aktivitas kapal selam Amerika Serikat karena tidak ingin mengungkap lokasi dirinya, dan mengasumsikan Nagumo sudah diberi tahu Tokyo tentang hal itu. Namun antena radio Nagumo tidak dapat menerima transmisi gelombang panjang, dan ia sama sekali tidak tahu tentang pergerakan kapal-kapal Amerika Serikat.