Pertempuran Marathon
Kejadian awal

Pasukan Persia berlayar ke Pantai Attika, dan berlabuh di Teluk Marathon, sekitar 25 mil (40 km) dari Athena, atas saran dari tiran Athena yang terusir, Hippias (yang turut serta dalam ekspedisi itu). Di bawah panduan Miltiades, seorang jenderal Athena yang memiliki banyak pengalaman bertempur melawan Persia, pasukan Athena bergerak dengan cepat dan menghalangi dua jalur keluar dari dataran Marathon. Ini mencegah pasukan Persia bergerak lebih jauh ke Attika. Pada saat yang sama, pelari tercepat Athena, Pheidippides (atau Philippides dalam beberapa naskah kuno) dikirim ke Sparta untuk meminta pihak Sparta mengirim pasukan ke Marathon dan membantu Athena. Pheidippides tiba ketika di Sparta sedang berlangsung festival Karneia, sebuah periode damai yang amat suci, dan dia diberitahu bahwa pasukan Sparta tidak dapat pergi berperang hingga bulan purnama muncul. Ini artinya Athena tidak dapat mengharapkan bantuan Sparta selama setidaknya sepuluh hari. Pasukan Athena harus bertahan di Marathon untuk sementara waktu, meskipun mereka sebelumnya telah diperkuat oleh tambahan seribu hoplites dari kota kecil Plataia. Bantuan Plataia itu semakin menambah keberanian pasukan Athena, dan membuat orang Athena senantiasa merasa berterima kasih kepada Plataia.
Selama kira-kira lima hari kedua pasukan berdiri berseberangan di dataran Marathon dalam keadaan buntu. Bagian sayap perkemahan Athena terlindungi oleh pepohonan, atau abbatis atau tonggak kayu. Karena setiap hari semakin membuat kedatangan pasukan Sparta semakin dekat, penundaan itu menguntungkan pasukan Athena. Ada sepuluh strategos (jenderal) Athena di Marathon, yang dipilih oleh sepuluh suku di Athena; Miltiades adalah salah satunya. Selain itu, dalam keseluruhan serangan, ada Arkhon-Perang (polemarkhos), Kallimakhos, yang dipilih oleh seluruh lembaga warga negara. Herodotos berpendapat bahwa komando atas pasukan digilir di antara para strategos, dan masing-masing strategos memperoleh giliran satu hari untuk memimpin pasukan. Lebih jauh lagi dia menyatakan bahwa tiap strategos, pada hari giliran bertugasnya, tunduk kepada Miltiades. Dalam laporan Herodotos, Miltiades ingin sekali menyerang pasukan Persia (meskipun dia mengetahui bahwa pasukan Sparta akan datang untuk membantu pasukan Athena), tetapi anehnya dia memilih untuk menunggu memperoleh komando atas pasukan hingga tiba harinya bertugas sebelum memerintahkan serangan. Bagian kisah ini tak diragukan lagi cukup problematis, karena Athena hanya memperoleh sedikit keuntungan dengan melakukan serangan sebelum kedatangan pasukan Sparta, dan tidak ada bukti mengenai pergiliran kepemimpinan pasukan. Akan tetapi, tampaknya memang ada penundaan antara kedatangan pasukan Athena di Marathon dengan peristiwa pertempuran itu. Herodotos, yang jelas percaya bahwa Miltiades amat ingin menyerang, kemungkinan membuat kesalahan sewaktu berusaha menjelaskan penundaan ini.
Alasan untuk penundaan kemungkinan hanyalah bahwa baik Athena maupun Persia pada awalnya tidak bersedia menanggung risiko pertempuran. Ini kemudian menimbulkan pertanyaan mengapa pertempuran tetap terjadi jika kedua pihak menyadari adanya risiko. Herodotos secara jelas menceritakan bahwa pasukan Yunani menyerang pasukan Persia (dan sumber-sumber lain juga manyatakan hal yang sama), tetapi tidak jelas mengapa mereka melakukannya sebelum kedatangan pasukan Sparta. Ada dua teori untuk untuk menjelaskan hal ini.
Teori pertama adalah bahwa kavaleri Persia meninggalkan Marathon karena suatu alasan yang tidak jelas, dan pasukan Yunani bergerak untuk memanfaatkan hal ini dengan melakukan serangan. Teori ini didaasarkan pada tiadanya penyebutan tentang kavaleri dalam penuturan Herodotos mengenai pertempuran itu, serta suatu entri dalam kamus Suda. Entri tersebut menunjukkan χωρίς ἰππεῖς ("tanpa kavaleri") dan dapat dijelaskan demikian:
Kavalerinya pergi. Ketika Datis menyerah dan siap untuk mundur, orang-orang Ionia memanjat pohon dan memberi tanda kepada pasukan Athena bahwa kavaleri telah pergi. Dan ketika Miltiades mengetahunya, dia menyerang dan menang. Dari situ muncullah kutipan yang telah disebutkan di atas, yang digunakan jika seseorang mengacaukan barisan sebelum pertempuran.
Ada banyak variasi dari teori ini, tetapi mungkin yang paling terkenal adalah bahwa kavaleri Persia masuk kembali ke dalam kapal, dan akan dikirim melalui laut untuk menyerang Athena (yang tanpa pasukan pertahanan) dari arah belakang, sedangkan pasukan Persia lainnya berusaha mendesak pasukan Athena di Marathon. Dengan demikian teori ini menggunakan pernyataan Herodotos bahwa seusai Pertempuran Marathon, pasukan Persia masuk kembali ke kapal-kapal mereka dan berusaha berlayar di sekitar Tanjung Sunion untuk menyerang Athena secara langsung; akan tetapi, menurut teori pertama, usaha ini seharusnya terjadi sebelum pertempuran dan memicu dimulainya pertempuran.
Teori kedua adalah bahwa pertempuran terjadi karena pasukan Persia pada akhirnya bergerak menyerang pasukan Athena. Meskipun teori ini menyatakan bahwa pasukan Persia berpindah menjadi ofensif strategis, hal ini dapat dicocokkan dengan penuturan tradisional mengenai pasukan Athena yang menyerang pasukan Persia dengan asumsi bahwa, melihat pasukan Persia maju, pasukan Athena melakukan ofensif taktis, dan menyerang mereka. Jelas bahwa tidak dapat dipastikan secara tepat teori mana yang benar. Akan tetapi, teori ini menyiratkan bahwa ada semacam kegiatan dalam pasukan Persia pada atau sekitar hari kelima yang pada akhirnya memicu pertempuran itu.
Mengenai tanggal pertempuran, Herodotos menyebutkan suatu tanggal untuk beberapa peristiwa di dalam kalender lunisolar, yang digunakan secara berbeda-beda oleh setiap negara kota Yunani. Perhitungan astronomis memungkinkan kita untuk menentukan tanggal yang absolut dalam kalender Julius proleptik yang banyak digunakan oleh para sejarawan sebagai kerangka kronologis. Philipp August Böckh pada tahun 1855 menyimpulkan bahwa pertempuran itu berlangsung pada 12 September 490 SM dalam kalender Julius, dan ini adalah tanggal yang diterima secara kontroversial. Akan tetapi, ini tergantung pada kapan persisnya orang Sparta melaksanakan festival mereka dan mungkin bahwa kalender Sparta satu bulan lebih cepat daripada kalender Athena. Jika demikian halnya maka pertempuran terjadi pada 12 Agustus 490 SM.