John Knox
Kembali ke Jenewa (1556–1559)

Segera setelah Knox mengirimkan surat kepada wali penguasa Ratu, ia tiba-tiba mengumumkan bahwa ia merasa bahwa adalah tanggung jawabnya untuk kembali ke Jenewa. Pada tahun sebelumnya, tepatnya pada tanggal 1 November 1555, jemaat di Jenewa telah memilih Knox sebagai pendeta mereka dan ia memutuskan untuk menduduki jabatan tersebut. Ia menulis sebuah surat nasihat terakhir kepada para pendukungnya dan meninggalkan Skotlandia bersama istri dan ibu mertuanya. Ia tiba di Jenewa pada tanggal 13 September 1556.
Selama dua tahun berikutnya, ia menjalani kehidupan yang bahagia di Jenewa. Ia merekomendasikan Jenewa kepada teman-temannya di Inggris sebagai tempat suaka terbaik bagi umat Protestan. Dalam sebuah surat ia menulis:
Aku tidak takut atau malu untuk mengatakan, inilah sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di bumi sejak zaman para rasul. Di tempat-tempat lain kuakui Kristus benar-benar diberitakan; tetapi sopan santun dan agama yang begitu tulus direformasi, belum pernah kulihat di tempat lain...
Knox menyibukkan diri di Jenewa. Ia berkhotbah tiga kali seminggu, masing-masing berlangsung selama lebih dari dua jam. Kebaktian-kebaktian tersebut menggunakan liturgi yang dikembangkan oleh Knox dan para pendeta lainnya dari Formes des Prières Ecclésiastiques karya Calvin. Gereja tempat ia berkhotbah, Église de Notre Dame la Neuve—sekarang dikenal sebagai Auditoire de Calvin—telah diberikan oleh pemerintah kota, atas permintaan Calvin, untuk digunakan oleh jemaat Inggris dan Italia. Kedua putra Knox, Nathaniel dan Eleazar, lahir di Jenewa, dengan Whittingham dan Myles Coverdale sebagai bapa baptisnya.
Pada musim panas 1558, Knox menerbitkan pamfletnya yang paling terkenal, Tiupan sangkakala pertama melawan rezim wanita yang tidak wajar (The first blast of the trumpet against the monstruous regiment of women). Dalam menyebut "regiment" atau pemerintahan wanita "monstruous", ia bermaksud bahwa hal itu "tidak wajar". Knox menyatakan bahwa tujuannya adalah untuk menunjukkan "betapa keji di hadapan Allah adalah kerajaan atau pemerintahan seorang wanita yang jahat, ya, seorang pengkhianat dan anak gampang." Para penguasa wanita yang ada di benak Knox adalah Ratu Mary I dari Inggris dan Mary dari Guise, Janda Ratu Skotlandia dan wali penguasa atas nama putrinya, Mary, Ratu Skotlandia. Pandangan alkitabiah ini bukanlah hal yang aneh pada zaman Knox. Namun, bahkan ia sadar bahwa pamflet tersebut sangat menghasut. Oleh karena itu, ia menerbitkannya secara anonim dan tidak memberi tahu Calvin, yang menyangkal bahwa ia telah menulis pamflet tersebut hingga setahun setelah penerbitannya, bahwa ia telah menulisnya. Di Inggris, pamflet tersebut secara resmi dikecam melalui pernyataan kerajaan. Dampak dari dokumen tersebut menjadi rumit pada tahun itu ketika Elizabeth Tudor menjadi Ratu Inggris. Meskipun Knox tidak menargetkan Elizabeth, Knox telah sangat menyinggung perasaannya, dan ia tidak pernah memaafkan Knox.
Dengan berkuasanya seorang Protestan, para pengungsi Inggris di Jenewa bersiap untuk kembali ke negara asalnya. Knox sendiri memutuskan untuk kembali ke Skotlandia. Sebelum keberangkatannya, berbagai penghargaan dianugerahkan kepadanya, termasuk keleluasaan di kota Jenewa. Knox berangkat pada bulan Januari 1559, tetapi ia tidak tiba di Skotlandia hingga 2 Mei 1559, karena penolakan Elizabeth untuk mengeluarkan paspor baginya melalui Inggris.