Wabah Amwas
Tanggapan kekhalifahan

Menurut salah satu riwayat utama di kalangan sejarawan Muslim, Khalifah Umar bin al-Khattab ingin mencegah penyebaran penyakit ini dan memanggil panglima Abu Ubaidah ke ibu kota Madinah untuk mencegah kematiannya. Abu Ubaidah mengetahui maksud Umar dan menolak meninggalkan pasukannya. Umar kemudian berangkat ke Syam untuk meninjau keadaan dan bermusyawarah dengan para petinggi pasukan di sebuah pos perhentian yang bernama Sargh, 13 hari perjalanan di utara Madinah. Ia awalnya bermusyawarah dengan pemimpin golongan Muhajirin dan Anshar, dua kelompok yang paling awal masuk Islam dan merupakan petinggi negara Islam yang baru berdiri tersebut. Kedua kelompok tersebut menolak saran Umar untuk meninggalkan daerah yang terjangkit wabah. Seorang sahabat Muhammad, yakni Abdurrahman bin Auf mengemukakan sebuah hadits yang didengarnya dari Muhammad, "Jika kalian mendengar suatu negeri terjangkit wabah, maka janganlah kalian menuju ke sana, namun jika dia menjangkiti suatu negeri dan kalian berada di dalamnya, maka janganlah kalian keluar dan lari darinya." Riwayat ini termaktub dalam Shahih Bukhari yang diriwayatkan dari sahabat Abdullah bin Abbas. Abu Ubaidah menentang penarikan mundur karena tidak seharusnya mereka lari dari takdir Allah. Umar menanggapi dengan sebuah pengandaian: jika seseorang beternak unta dan dihadapkan dengan lahan yang subur dan lahan yang tandus, sudah sewajarnya manusia memilih lahan yang subur, dan apapun yang dipilihnya itu juga sudah ditakdirkan Allah. Setelah tidak tercapai kesepakatan, Umar bermusyawarah dengan para pemuka Quraisy (suku asal Muhammad dan juga Umar) dari golongan yang masuk Islam belakangan. Golongan ini mengusulkan menarik mundur pasukan dari daerah yang terkena wabah, dan Umar menyetujuinya. Musyawarah di Sargh berakhir dengan perintah dari Umar kepada Abu Ubaidah untuk membawa pasukan ke tanah yang lebih bebas penyakit dan Umar pun kembali ke Madinah. Tindakan Umar digunakan oleh para ulama pada zaman selanjutnya sebagai dasar pendapat yang membolehkan mengungsi dari wabah, sedangkan hadis yang dikemukakan Abdurrahman bin Auf menjadi dasar pendapat yang melarangnya.
Abu Ubaidah membawa pasukannya menuju Jabiyah, bekas pusat kekuasaan suku Ghassaniyah di dataran tinggi Hauran. Abu Ubaidah meninggal akibat wabah tersebut di tengah perjalanan, pada tahun 18 H (639 M). Posisinya digantikan oleh Muadz bin Jabal yang meninggal tak lama kemudian bersama-sama dengan istri-istri dan anaknya. Pengganti Muadz, Yazid bin Abi Sofyan juga meninggal, serta panglima lainnya yaitu Syurahbil bin Hasanah. Pemuka kaum Muslimin beserta sahabat Muhammad lainnya juga meninggal, di antaranya Suhail bin Amr, Abu Jandal bin Suhail, al-Fadhl bin al-Abbas, al-Harits bin Hisyam, dan banyak dari anggota keluarga Al-Harits yang telah menetap di Syam. Kepemimpinan kemudian dipegang oleh Amr bin al-Ash yang membawa sisa pasukan Muslim ke Jabiyah. Karena iklimnya yang lebih sehat, Jabiyah menjadi petirahan untuk memulihkan kesehatan pasukan dan menjadi pusat pembagian harta rampasan perang yang baru. Pada Desember 639, Amr bin al-Ash melancarkan penaklukan Mesir, kemungkinan dengan izin yang diberikan Umar dengan berat hati, atau malah tanpa meminta restu sang khalifah sama sekali.