Altan Khan
Aliansi dengan Gelug

Altan Khan khususnya dikenang karena menjalin hubungan antara Mongolia dan para pemimpin agama ordo Gelug Tibet. Ia menjadi sangat tertarik pada Gelug, dan Beijing dengan senang hati memberinya para lama (guru) Tibet, kitab suci Tibet, dan terjemahan. Altan Khan pertama kali mengundang Sonam Gyatso ke Tümed pada tahun 1569, tetapi tampaknya ia menolak untuk pergi dan malah mengirim seorang murid, yang melaporkan kembali kepadanya tentang peluang besar untuk menyebarkan ajaran Buddha ke seluruh Mongolia.[sumber mendukung?]
Pada tahun 1573, Altan Khan menangkap beberapa biksu Buddha Tibet.
Sonam Gyatso menerima undangan Altan Khan ke Tümed pada tahun 1577. Altan Khan kemudian membangun Thegchen Chonkhor, biara pertama Mongolia, di tempat pertemuan tersebut. Selain itu, penguasa Khalkha Mongol, Abtai Sain Khan, bergegas ke Tümed untuk bertemu dengan Dalai Lama. Biara Erdene Zuu dibangun olehnya pada tahun 1586, di lokasi bekas ibu kota Mongol, Karakorum, setelah ia mengadopsi agama Buddha sebagai agama negara. Biara ini juga sering (secara keliru) disebut sebagai biara pertama di Mongolia dan berkembang menjadi bangunan besar. Pada tahun 1792, biara ini menampung 68 kuil dan sekitar 15.000 lama.
Sonam Gyatso mengumumkan secara terbuka bahwa ia adalah reinkarnasi dari biksu Sakya Tibet, Drogön Chögyal Phagpa (1235–1280) yang telah mengubah agama Kubilai Khan. Ia juga mengklaim Altan Khan adalah reinkarnasi dari Kubilai Khan (1215–1294), penguasa terkenal Kekaisaran Mongol dan Kaisar Tiongkok, dan bahwa mereka telah bersatu kembali untuk bekerja sama dalam menyebarkan agama Buddha.
Altan Khan menunjuk Sonam Gyatso sebagai "Dalai" (terjemahan ke dalam bahasa Mongolia dari nama Gyatso, yang berarti "samudra") pada tahun 1578, dan pada bulan Oktober 1587, seperti yang diminta oleh keluarga Altan Khan, Gyalwa Sonam Gyatso dipromosikan menjadi Duǒ Er Zhǐ Chàng (Hanzi:朵儿只唱) oleh kaisar Tiongkok, meterai wewenang dan lembaran emas diberikan. Akibatnya, Sonam Gyatso dikenal sebagai Dalai Lama yang, sejak saat itu, telah digunakan sebagai gelar – sering diterjemahkan ke dalam bahasa Inggris sebagai "Lautan Kebijaksanaan". Gelar tersebut juga diberikan secara anumerta kepada Gendun Drup dan Gendun Gyatso, yang dianggap sebagai inkarnasi Sonam Gyatso sebelumnya. Dengan demikian, Sonam Gyatso diakui sebagai Dalai Lama ke-3.
Sonam Gyatso tidak pernah kembali ke Tibet tetapi tetap menyebarkan agamanya di kalangan bangsa Mongol. Bangsa Mongol Tümed dan sekutunya dibawa ke tradisi Gelug, yang menjadi orientasi spiritual utama bangsa Mongol pada abad-abad berikutnya.
Pesan Sonam Gyatso adalah bahwa waktunya telah tiba bagi Mongolia untuk memeluk agama Buddha, bahwa sejak saat itu tidak boleh ada lagi pengorbanan hewan, tidak boleh ada pengambilan nyawa, hewan atau manusia, aksi militer harus dilakukan hanya dengan tujuan dan pengorbanan wanita di api unggun pemakaman suami mereka harus dihapuskan. Dia juga mengamankan sebuah dekrit yang menghapuskan kebiasaan Mongol dalam pengorbanan darah. "Hukum-hukum ini dan banyak hukum lainnya ditetapkan oleh Gyalwa Sonam Gyatso dan dilembagakan oleh Altan Khan."
Program besar-besaran penerjemahan teks Tibet (dan Sansekerta) ke dalam bahasa Mongolia dimulai, dengan surat-surat yang ditulis dengan perak dan emas dan dibayar oleh para pengikut Dalai Lama dari Mongolia. Dalam waktu 50 tahun hampir semua orang Mongolia telah menjadi penganut Buddha, dengan puluhan ribu biksu, yang merupakan anggota ordo Gelug, yang setia kepada Dalai Lama.
Ketika Sonam Gyatso meninggal pada tahun 1588, inkarnasinya – dan dengan demikian, Dalai Lama yang baru – adalah cicit Altan Khan.