Masa Bersiap
Formasi pemerintahan

Pada akhir Agustus, pemerintahan pusat Republik dibentuk di Jakarta dan mengadopsi konstitusi yang disusun oleh Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia. Mengikuti saran Angkatan Laut Jepang yang menyatakan bahwa orang Kristen Indonesia tidak akan menyetujui dan diskusi dan perdebatan internal di Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia serta lobi pribadi Mohammad Hatta dan Teuku Mohammad Hasan terhadap Ki Bagus Hadikusumo, ketentuan untuk peran khusus bagi Islam, seperti Piagam Jakarta dan kepala negara wajib beragama Islam, tidak diberlakukan. Dengan pemilihan umum yang belum diadakan, Komite Nasional Indonesia Pusat ditunjuk untuk membantu presiden. Namun pemilihan umum tidak diadakan selama 10 tahun. Komite serupa dibentuk di tingkat provinsi dan kabupaten. Penasihat administratif Indonesia (sanyo), yang telah ditunjuk oleh Jepang, dan wakil bupati ditunjuk sebagai pejabat Republik. Hal ini memungkinkan penyerahan kekuasaan yang efisien dan bijaksana dari Jepang yang meminimalkan pelanggaran terhadap ketentuan penyerahan Jepang.
Pertanyaan tentang kesetiaan segera muncul di antara para penguasa lokal. Misalnya, kerajaan-kerajaan di Jawa Tengah segera menyatakan bahwa mereka mendukung Republik, sementara para penguasa di luar Pulau Jawa tidak begitu antusias. Keengganan seperti itu di antara banyak pulau terluar dipertajam oleh sifat radikal, non-aristokrat, dan terkadang Islam dari kepemimpinan Republik yang berpusat di Jawa. Namun, dukungan datang dari Sulawesi Selatan (termasuk dari Andi Mappanyukki, Sultan Bone, yang masih ingat pertempuran melawan Belanda di awal abad tersebut), kebanyakan raja Makassar dan Bugis, menggikutinya dan mendukung Gubernur Sulawesi Sam Ratulangi, seorang Kristen Manado. Banyak raja Bali menerima otoritas Republik. Di Aceh, permusuhan sengit antara para pemimpin agama (ulama) pro-Republik dan administrator aristokrat (uleëbalang) pro-Belanda yang berakar pada Perang Aceh, yang dihentikan sementara oleh Jepang pada tahun 1942, berubah menjadi perang saudara. Gerakan republikanisme sangat ditentangi oleh Kesultanan Pontianak dan aristokrat Kutai, sementara aristokrat Kalimantan Selatan lebih reseptif dengan Pangeran Mohammad Noor sebagai Gubernur Kalimantan. Ia mengirim Hasan Basry untuk memimpin perlawanan di Pegunungan Meratus sementara mengirim Tjilik Riwut untuk menghubungi dan memimpin perlawanan bersama dengan suku Dayak lokal.
Karena khawatir Belanda akan mencoba menegakkan kembali kekuasaan mereka atas Jawa dan Sumatera, Pemerintah Republik De facto yang baru dan para pemimpinnya bergerak cepat untuk memperkuat pemerintahan yang masih muda. Di Indonesia, pemerintahan yang baru dibentuk, meskipun bersemangat, rapuh dan terfokus di beberapa bagian Jawa. Jarang dan longgar berhubungan dengan pulau-pulau terluar, yang memiliki lebih banyak pasukan Jepang (terutama di wilayah angkatan laut Jepang), komandan Jepang yang kurang simpatik, dan lebih sedikit pemimpin dan aktivis Republik yang mapan. Di Sumatra, kaum muda memiliki monopoli virtual atas otoritas revolusioner sebagai akibatnya. Banyak pemuda juga akan bergabung dengan pasukan revolusioner berbasis Islam, yang meliputi pasukan Masyumi dari Barisan Hizbullah, dan Barisan Sabilillah yang dipimpin oleh guru-guru Islam pedesaan. Pada November 1945, pemerintahan parlementer didirikan dan Sjahrir diangkat sebagai perdana menteri. Sementara itu, pulau-pulau lainnya telah dibebaskan oleh pasukan Sekutu, termasuk pasukan Inggris, Australia, dan Belanda, sebelum otoritas republik dapat dibentuk, sehingga demonstrasi dipadamkan dan beberapa pejabat pro-Republik ditangkap.
Pada minggu setelah Jepang menyerah, kelompok Giyūgun (PETA) dan Heiho dibubarkan oleh Jepang. Struktur komando dan keanggotaan yang vital bagi tentara nasional pun dibubarkan. Jadi, alih-alih dibentuk dari tentara yang terlatih, bersenjata, dan terorganisasi, angkatan bersenjata Republik mulai tumbuh pada bulan September dari inisiatif lokal oleh para pemimpin yang cakap, biasanya lebih muda, karismatik dengan/atau akses ke senjata. Menciptakan struktur militer rasional yang patuh pada otoritas pusat dari disorganisasi seperti itu, merupakan salah satu masalah utama pada periode revolusi dan setelahnya.
Dalam tentara Indonesia yang dibentuk sendiri, perwira Indonesia yang dilatih oleh Jepang biasanya menang dalam argumen atas mereka yang dilatih oleh Belanda. Dalam pertemuan antara mantan KNIL dan mantan Komandan Divisi PETA, yang diselenggarakan oleh kepala staf (KSO) Badan Keamanan Rakyat, Oerip Soemohardjo, seorang mantan guru sekolah berusia tiga puluh tahun dan anggota PETA, Sudirman, terpilih sebagai 'panglima tertinggi' di Yogyakarta pada 12 November 1945.
Belanda menuduh Soekarno dan Mohammad Hatta atas berkolaborasi dengan Jepang, dan mengecam Republik sebagai ciptaan fasis Jepang. Pemerintahan kolonial Hindia Belanda mendapatkan pinjaman sebanyak $10 juta dollar dari Amerika Serikat untuk membiayai kembalinya ke Indonesia.