Akar kata bahasa Proto-Indo-Eropa
Bentuk akar kata

Dalam bentuk basisnya, sebuah akar kata bahasa Proto-Indo-Eropa terdiri atas satu vokal saja dan didahului serta dilanjutkan oleh konsonan. Dalam beberapa kasus yang sangat langka, akar kata hanya dapat ditentukan karakteristiknya oleh konsonannya, sedangkan vokalnya kemungkinan dapat berubah jika terfapat infleksi ataupun pengalihan kata. Maka, akar kata seperti *bʰer- juga dapat muncul sebagai *bʰor-, dengan vokal panjang *bʰēr- atau *bʰōr-, atau bahkan vokal yang ada berubah menjadi bentuk nirsilabis *bʰr- dalam penggunaan konteks tata bahasa yang berbeda. Proses ini dikenal sebagai ablaut, sedangkan bentuk lain dari kata yang sama dikenal sebagai tingkatan ablaut. Terdapat lima tingkatan ablaut yang terjadi pada bahasa Proto-Indo-Eropa, yaitu: tingkatan-e, tingkatan-o, pemanjangan e-, tingkatan-o, dan tingkatan nol yang sedikit ataupun tidak  memiliki vokal sama sekali.
Dalam pengertian linguistik, *e digunakan untuk melambangkan bentuk dasar dari vokal dengan banyak tingkatan ablaut yang dapat ditemui. Beberapa percobaan rekontruksi juga memasukkan akar kata dengan *a sebagai vokalnya, meskipun keberadaan *a sebagai sebuah vokal tersendiri masih diperdebatkan. Vokal dihimpit oleh satu atau lebih konsonan pada kedua sisinya. Konsonan yang terletak sebelun vokal merupakan onset kata, sedangkan konsonan sesudahnya berperan sebagai koda.
Onset dan koda harus memiliki setidaknya satu konsonan, hal ini menyebabkan sebuah akar kata tidak diperbolehkan untuk diawali ataupun diakhiri dengan vokal ablaut manapun. Dengan hukum struktural pada akar kata yang demikian, akar kata paling sederhana yang dapat dibentuk tersusun atas onset dan kedua dengan satu konsonan dikedua sisi kata. Meskipun begitu, akar kata yang umum dijumpai lebih cenderung memiliki komposisi paling sederhana yang dapat dibentuk oleh akar kata itu sendiri, sebagai contoh: *deh₃- "memberi", *bʰer- "menerima", *dʰeh₁- "meletakkan", *dʰew- "berlari", *h₁ed- "memakan", *h₂eḱ- "tajam", *ped- "merajut", *sed- "duduk", dan *wes- "memakai [pakaian]". Akar kata juga dapat memiliki struktur onset dan koda yang lebih kompleks dengan pemberian gugus konsonan (dua atau lebih konsonan), sebagai contoh: *dʰwes- "bernafas", *h₁rewdʰ- "red", *h₃reǵ- "lurus", *leyǵ- "membangun", *prews- "membeku", *srew- "mengalir", *swep- "tidur", dan *wleykʷ- "mencampur". Sejauh ini, konsonan terbanyak yang mungkin terdapat pada akar kata berjumlah lima dari total kedua sisi akar kata, sebagaimana di *strengʰ- "melilit".
Para peneliti bahasa Proto-Indo-Eropa telah merekonstruksi sejumlah awalan dan akhiran serta kedua pucuk akar kata dengan vokal. Kata-kata tersebut kemudian berkembang sebagai bentuk sendiri yang selalu tersusun atas vokal panjang (sebagai contoh *dʰē- "meletakkan", *bʰwā- "bertumbuh", *dō- "memberi"). Akan tetapi, tipe pemanjangan vokal tidak terjadi untuk akar kata dengan vokal inisial, sebagaimana dalam *ed- "makan", *aǵ- "mengemudikan", *od- "mencium". Penggunaan struktur seperti ini biasanya dapat terjadi karena adanya teori laringal. Teori tersebut menjelaskan bahwa jika kata yang direkonstruksi memiliki komponen konsonan laringal diawali oleh sebuah vokal (sebagai contoh: *dʰeh₁-, *bʰweh₂-, *deh₃-), akan menyebabkan pemanjangan vokal, sedangkan jika diikuti oleh vokal (sebagai contoh: *h₁ed-, *h₂eǵ-, *h₃ed-), akan menyebabkan vokal tersebut muncil dalam bentuk pendeknya. Teori ini juga membuat akar kata dengan bentuk demikian mengikuti hukum struktural yang ada.