Virus dalam sejarah manusia
Zaman modern awal hingga akhir

Tak lama setelah kemenangan Henry Tudor dalam Pertempuran Bosworth pada 22 Agustus 1485, pasukannya tiba-tiba menderita "keringat Inggris", yang dideskripsikan oleh pengamat kontemporer sebagai penyakit baru. Penyakit ini cukup aneh karena utamanya menyerang orang-orang kaya. Keringat Inggris bisa jadi berasal dari Prancis, tempat Henry VII merekrut pasukannya. Epidemi penyakit ini mengguncang London pada musim panas 1508. Banyak orang tewas dalam satu hari dan kematian terjadi di seluruh London. Jalanan di kota tersebut lengang dan hanya dilewati oleh gerobak yang mengangkut mayat. Raja Henry menyatakan kota itu terlarang bagi siapa pun jua kecuali dokter dan apoteker. Penyakit ini kemudian menyebar ke negara-negara lain di Eropa. Pada Juli 1529, seribu hingga dua ribu orang tewas di Hamburg dalam beberapa minggu pertama penyebaran penyakit tersebut. Selama bulan-bulan berikutnya, penyakit ini menjangkau Prusia, Swiss, dan Eropa utara. Wabah penyakit tersebut terakhir muncul di Inggris pada tahun 1556. Penyakit yang menewaskan sepuluh ribuan orang ini mungkin merupakan influenza atau infeksi virus serupa, tetapi catatan dari masa ketika pengobatan tidak berdasar pada ilmu pengetahuan tidak dapat diandalkan. Saat kedokteran menjadi bagian dari ilmu pengetahuan, deskripsi penyakit ini sedikit demi sedikit mulai menemukan titik terang. Walaupun pada saat itu obat-obatan tidak banyak membantu untuk meringankan penderitaan para korban infeksi, langkah-langkah untuk mengendalikan penyebaran penyakit telah diterapkan. Langkah-langkah tersebut mencakup pemberlakuan pelarangan perdagangan dan perjalanan, pengasingan keluarga yang terdampak dari lingkungan mereka, fumigasi bangunan-bangunan, serta eliminasi hewan ternak.
Sumber-sumber yang membahas infeksi influenza dapat ditilik hingga akhir abad ke-15 dan awal abad ke-16, tetapi kemungkinan besar infeksi sudah ada jauh sebelumnya. Pada 1173, berlangsung epidemi yang mungkin merupakan epidemi influenza pertama di Eropa. Wabah penyakit yang sekarang diketahui sebagai flu babi melanda masyarakat Indian di Pulau Hispaniola pada 1493. Terdapat beberapa bukti yang menunjukkan bahwa infeksi tersebut berasal dari babi-babi di kapal-kapal milik Kristoforus Kolumbus. Selama epidemi influenza di Inggris antara 1557 dan 1559, sekitar 150.000 orang (lima persen dari keseluruhan penduduk) tewas karena infeksi ini. Tingkat kematiannya hampir mencapai lima kali lipat dibanding pandemi pada 1918–1919. Pandemi pertama yang didokumentasikan dengan baik bermula pada Juli 1580 dan melanda Eropa, Afrika, dan Asia. Tingkat kematian amat tinggi, dengan jumlah 8.000 orang tewas di Roma saja. Tiga pandemi selanjutnya terjadi pada abad ke-18, termasuk pandemi 1781–1782, yang mungkin merupakan pandemi paling merugikan sepanjang sejarah. Pandemi ini bermula di Tiongkok pada November 1781 dan mencapai Moskwa sebulan kemudian. Pandemi tersebut mencapai Sankt Peterburg pada Februari 1782 dan Denmark tiga bulan kemudian. Dalam enam pekan, tiga perempat warga Inggris terinfeksi dan penyakit tersebut dengan cepat menyebar hingga Amerika.
Gambar Aztek abad keenam belas dari para korban cacar (atas) dan campak (bawah)
Benua Amerika dan Australia bebas dari campak dan cacar hingga kedatangan penjajah Eropa antara abad ke-15 dan abad ke-18. Campak, influenza, dan cacar disebarkan ke Amerika oleh bangsa Spanyol; cacar sendiri sudah menjadi endemik di Spanyol setelah dibawa masuk oleh kaum Moor dari Afrika. Pada 1519, sebuah epidemi cacar melanda ibukota Aztek, Tenochtitlan, di Meksiko, yang berasal dari seorang budak Afrika terinfeksi yang diangkut di atas kapal pasukan Pánfilo de Narváez, yang mengikuti dari Hernán Cortés dari Kuba. Epidemi ini dan epidemi selanjutnya yang terjadi pada 1545–1548 serta 1576–1581 akhirnya menewaskan lebih dari setengah penduduk asli. Sebagian besar orang Spanyol kebal terhadap penyakit ini. Dengan jumlah pasukan di bawah 900 orang, Cortés tidak mungkin dapat mengalahkan suku Aztek dan menaklukkan Meksiko tanpa peran penyakit cacar. Banyak orang Indian kemudian tewas akibat penyakit infeksi yang tidak sengaja disebarkan oleh orang-orang Eropa. Dalam kurun waktu 150 tahun setelah kedatangan Kristoforus Kolumbus pada tahun 1492, bangsa Indian di Amerika Utara berkurang 80 persen karena penyakit, termasuk campak, cacar, dan influenza. Dampak yang ditimbulkan oleh virus-virus ini secara signifikan membantu bangsa Eropa untuk menaklukkan penduduk asli.
Pada abad ke-18, cacar menjadi penyakit endemik di Eropa. Lima epidemi terjadi di London pada tahun 1719–1746. Cacar juga mewabah di kota-kota besar Eropa yang lain. Pada penghujung abad, 400.000 jiwa di Eropa meninggal setiap tahun akibat cacar. Cacar tersebar di Afrika Selatan pada tahun 1713 setelah dibawa oleh kapal dari India dan tiba di Australia pada tahun 1789. Pada abad ke-19, cacar menjadi penyebab utama kematian suku Aborigin Australia.
Pada tahun 1546, Girolamo Fracastoro menulis deskripsi klasik campak. Ia berpandangan bahwa penyakit ini disebabkan oleh "biji" (seminaria) yang menyebar dari orang ke orang. Epidemi campak menyerang London pada tahun 1670 sesuai catatan Thomas Sydenham yang menganggap bahwa campak disebabkan oleh uap beracun yang muncul dari tanah. Meskipun dugaannya salah, ia cukup terampil sebagai pengamat dan mencatat penyakit ini dengan teliti.
Demam kuning yang disebabkan oleh Flavivirus sering kali mematikan. Virus ini ditularkan dari nyamuk (terutama Aedes aegypti) ke manusia dan pertama kali muncul lebih dari tiga ribu tahun lalu. Pada tahun 1647, epidemi demam kuning pertama yang tercatat terjadi di Barbados, yang disebut "distemper Barbados" oleh John Winthrop, gubernur pulau tersebut kala itu. Ia menerbitkan aturan karantina untuk melindungi penduduk pulau, yang merupakan aturan karantina pertama di Amerika Utara. Epidemi penyakit ini selanjutnya terjadi di Amerika Utara pada abad ke-17, 18, dan 19. Kasus pertama demam berdarah dengue (DBD) terjadi di Indonesia dan Mesir pada tahun 1779. Kapal-kapal dagang membawa penyakit ini ke Amerika Serikat dan memicu epidemi di Philadelphia pada tahun 1780.
Penyakit-penyakit infeksi baru menjadi ancaman besar bagi kesehatan manusia. Kebanyakan penyakit ini bersifat zoonotik, yang disebabkan oleh peningkatan populasi manusia dan intensitas peternakan, serta perubahan lingkungan satwa liar.
Museum-museum Eropa banyak menampilkan lukisan dengan tulip yang memiliki motif bergaris. Sebagian besar lukisan tersebut, salah satunya adalah lukisan alam benda Johannes Bosschaert, berasal dari abad ke-17. Kala itu, bunga tulip sangat populer dan banyak dicari. Pada puncak mania tulip pada tahun 1630-an, satu umbi tulip bisa sama harganya dengan satu rumah. Garis-garis pada tulip disebabkan oleh virus tumbuhan, yaitu Tulip breaking virus, yang secara tidak sengaja berpindah dari melati ke tulip karena dibawa oleh manusia. Tanaman tulip yang terinfeksi menjadi lemah sehingga merugikan bisnis kala itu. Hanya sejumlah umbi yang dapat menghasilkan bunga yang sama menariknya dengan induk mereka.
Sebelum Wabah Kelaparan Besar Irlandia pada tahun 1845–1852 akibat serangan Phytophthora infestans, penyebab penyakit paling umum pada kentang adalah virus. Potato leafroll virus menyebabkan daun kentang menggulung karena nekrosis. Penyakit ini tersebar luas di Inggris pada tahun 1770-an dan menghancurkan tiga perempat panen kentang. Meskipun demikian, pada masa itu, kentang yang diproduksi Irlandia tidak tersentuh penyakit.