Pendudukan Timor Leste oleh Indonesia
Latar belakang > Kudeta, perang saudara, dan deklarasi kemerdekaan

Ketegangan mencapai titik didih pada pertengahan tahun 1975 ketika rumor tentang kemungkinan perebutan kekuasaan dari kedua pihak kemerdekaan mulai beredar. Pada bulan Agustus 1975, UDT melakukan kudeta di ibu kota Dili, dan perang saudara skala kecil pecah. Ramos-Horta menggambarkan pertempuran itu sebagai "berdarah", dan merinci kekerasan yang dilakukan oleh UDT dan Fretilin. Dia mengutip Komite Internasional Palang Merah, yang menghitung 2.000–3.000 orang tewas setelah perang. Pertempuran memaksa pemerintah Portugis pindah ke pulau Atauro. Fretilin mengalahkan pasukan UDT setelah dua minggu, yang sangat mengejutkan Portugal dan Indonesia. Para pemimpin UDT melarikan diri ke Timor Barat yang dikuasai Indonesia. Di sana mereka menandatangani petisi pada 7 September yang menyerukan integrasi Timor Timur dengan Indonesia; sebagian besar laporan menunjukkan bahwa dukungan UDT untuk posisi ini dipaksakan oleh Indonesia.
Begitu mereka menguasai Timor Timur, Fretilin menghadapi serangan dari barat, oleh pasukan militer Indonesia—yang kemudian dikenal sebagai Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI)—dan oleh sekelompok kecil pasukan UDT. Indonesia merebut kota perbatasan Batugadé pada 8 Oktober 1975; Balibó dan Maliana di dekatnya direbut delapan hari kemudian. Selama penyerbuan Balibó, anggota kru berita televisi Australia—yang kemudian dijuluki sebagai "Balibo Five"—dibunuh oleh tentara Indonesia. Para pejabat militer Indonesia mengatakan kematian itu tidak disengaja, sementara saksi mata dari Timor Timur mengatakan para wartawan itu sengaja dibunuh. Kematian, dan kampanye serta investigasi selanjutnya, menarik perhatian internasional dan menggalang dukungan untuk kemerdekaan Timor Timur.
Pada awal November, para menteri luar negeri dari Indonesia dan Portugal bertemu di Roma untuk membahas penyelesaian konflik. Meskipun tidak ada pemimpin Timor yang diundang ke pembicaraan, Fretilin mengirim pesan yang menyatakan keinginan mereka untuk bekerjasama dengan Portugal. Pertemuan berakhir dengan kedua belah pihak sepakat bahwa Portugal akan bertemu dengan para pemimpin politik di Timor Timur, tetapi pembicaraan tidak pernah terjadi. Pada pertengahan November, pasukan Indonesia mulai menembaki kota Atabae dari laut dan merebutnya pada akhir bulan.
Frustrasi karena kelambanan Portugal, para pemimpin Fretilin percaya bahwa mereka dapat menangkis kemajuan Indonesia dengan lebih efektif jika mereka mendeklarasikan kemerdekaan Timor Timur. Komisaris Politik Nasional Mari Alkatiri melakukan tur diplomatik ke Afrika, mengumpulkan dukungan dari pemerintah di sana dan di tempat lain.
Menurut Fretilin, upaya ini menghasilkan jaminan dari dua puluh lima negara—termasuk Republik Rakyat Tiongkok, Uni Soviet, Mozambik, Swedia, dan Kuba—untuk mengakui negara baru itu. Kuba saat ini memiliki hubungan dekat dengan Timor Timur. Pada tanggal 28 November 1975, Fretilin secara sepihak mendeklarasikan kemerdekaan Republik Demokratik Timor Timur. Indonesia mengumumkan bahwa pemimpin UDT dan APODETI di dan sekitar Balibó akan merespon keesokan harinya dengan mendeklarasikan wilayah merdeka itu untuk secara resmi menjadi bagian dari Indonesia. Bagaimanapun Deklarasi Balibo, dirancang oleh intelijen Indonesia dan ditandatangani di Bali. Hal ini kemudian digambarkan sebagai 'Deklarasi Balibohong', sebuah permainan kata dalam bahasa Indonesia untuk 'kebohongan'. Portugal menolak kedua deklarasi tersebut, dan pemerintah Indonesia menyetujui tindakan militer untuk memulai aneksasinya atas Timor Timur.