Kereta api Jayakarta
Stasiun pemberhentian

| Provinsi | Kota/Kabupaten | Stasiun | Keterangan | Status |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| Jawa Timur | Kota Surabaya | Surabaya Gubeng | A D P J SP  2L  Stasiun ujung, terintegrasi dengan Commuter Line Arjonegoro, Dhoho, Penataran, Tumapel, Jenggala, Sindro, Supas, bus Trans Semanggi Suroboyo, dan angkutan pengumpan Wirawiri Suroboyo | ★ |
| Jawa Timur | Kota Mojokerto | Mojokerto | D J Terintegrasi dengan Commuter Line Dhoho dan Jenggala | ■ |
| Jawa Timur | Jombang | Jombang | D Terintegrasi dengan Commuter Line Dhoho | ■ |
| Jawa Timur | Nganjuk | Kertosono | D Terintegrasi dengan Commuter Line Dhoho | ■ |
| Jawa Timur | Nganjuk | Nganjuk |  | ■ |
| Jawa Timur | Madiun | Caruban |  | ■ |
| Jawa Timur | Kota Madiun | Madiun | AS Terintegrasi dengan kereta api Bandara Internasional Adi Soemarmo | ■ |
| Jawa Timur | Magetan | Magetan | AS Terintegrasi dengan kereta api Bandara Internasional Adi Soemarmo | ■ |
| Jawa Timur | Ngawi | Ngawi | AS Terintegrasi dengan kereta api Bandara Internasional Adi Soemarmo | ■ |
| Jawa Timur | Ngawi | Walikukun | AS Terintegrasi dengan kereta api Bandara Internasional Adi Soemarmo | ■ |
| Daerah Istimewa Yogyakarta | Kota Yogyakarta | Lempuyangan | Y Terintegrasi dengan Commuter Line Yogyakarta | ■ |
| Daerah Istimewa Yogyakarta | Kulon Progo | Wates | P YA Terintegrasi dengan Commuter Line Prambanan Ekspres dan kereta bandara YIA | ■ |
| Jawa Tengah | Sragen | Sragen | AS Terintegrasi dengan kereta api Bandara Adi Soemarmo. | ■ |
| Jawa Tengah | Kota Surakarta | Solo Balapan | Y AS     Terintegrasi dengan kereta api Bandara Internasional Adi Soemarmo dan memiliki jalan akses menuju Terminal Tirtonadi. Stasiun ini juga merupakan stasiun pemberhentian Commuter Line Yogyakarta | ■ |
| Jawa Tengah | Klaten | Klaten | Y Terintegrasi dengan Commuter Line Yogyakarta | ■ |
| Jawa Tengah | Purworejo | Kutoarjo | P Terintegrasi dengan Commuter Line Prambanan Ekspres | ■ |
| Jawa Tengah | Kebumen | Kebumen |  | ■ |
| Jawa Tengah | Kebumen | Karanganyar |  | ■ |
| Jawa Tengah | Cilacap | Kroya |  | ■ |
| Jawa Tengah | Banyumas | Purwokerto |   Terintegrasi dengan Trans Banyumas dan Trans Jateng di Terminal Pasar Pon | ■ |
| Jawa Tengah | Tegal | Prupuk |  | ■ |
| Jawa Barat | Kota Cirebon | Cirebon | Terletak di Jalan Raya Lintas Utara Jawa | ■ |
| Jawa Barat | Indramayu | Jatibarang |  | ■ |
| Jawa Barat | Karawang | Cikampek | LW Terintegrasi dengan Commuter Line Walahar dan Jatiluhur | ■ |
| Jawa Barat | Karawang | Karawang | LW Terintegrasi dengan Commuter Line Walahar dan Jatiluhur | ▼ |
| Jawa Barat | Bekasi | Cikarang |  LW Terintegrasi dengan Commuter Line Cikarang dan Commuter Line Walahar dan Jatiluhur | ■ |
| Jawa Barat | Kota Bekasi | Bekasi |  Terintegrasi dengan Commuter Line Cikarang | ■ |
| Daerah Khusus Ibukota Jakarta | Daerah Khusus Ibukota Jakarta | Jatinegara |     Terintegrasi dengan Commuter Line Cikarang dan BRT Transjakarta | ■ |
| Daerah Khusus Ibukota Jakarta | Daerah Khusus Ibukota Jakarta | Pasar Senen |      Stasiun ujung, terintegrasi dengan bus BRT Transjakarta, bus kota, dan Mikrotrans; stasiun ini juga merupakan stasiun pemberhentian Commuter Line Cikarang. | ★ |
Legenda
| --- | --- |
★: Stasiun ujung (terminus)
■: Berhenti untuk semua arah
○: Berhenti hanya pada jadwal malam
▲: Berhenti hanya arah Surabaya (satu arah)
▼: Berhenti hanya arah  Pasar Senen (satu arah)