Penaklukan Petén oleh Spanyol
Petén sebelum penaklukan

Kota-kota Maya besar pertama berkembang di Petén pada masa Praklasik Pertengahan (kurang lebih  600–350 SM), dan Petén merupakan bagian peradaban Maya yang penting pada periode Klasik (kurang lebih 250–900 M). Kota-kota besar yang mendominasi Petén telah runtuh pada permulaan abad ke-10 selama keruntuhan Maya Klasik. Keberadaan Maya masih signifikan selama periode Postklasik walaupun kota-kota besar pada masa Klasik telah ditinggalkan; populasi cenderung terkonsentrasi di dekat sumber air permanen.
Walaupun jumlah penduduk pada masa kontak dengan bangsa Spanyol tidak dapat diperkirakan secara akurat karena ketidakcukupan data, laporan-laporan bangsa Spanyol menyatakan bahwa terdapat populasi Maya yang signifikan di Petén, terutama di wilayah danau dan di sepanjang sungai. Sebelum ditaklukan pada tahun 1697, Itza mengontrol atau memengaruhi sebagian besar Petén dan sebagian wilayah Belize. Itza merupakan suku yang suka berperang dan kekuatan mereka membuat kagum tetangga-tetangga Maya mereka. Ibu kota mereka terletak di Nojpetén, sebuah kota yang terletak di sebuah pulau di Danau Petén Itzá; kota ini kini telah berkembang menjadi kota Flores yang merupakan ibu kota Departemen Petén di Guatemala.
Kowoj merupakan yang terpenting kedua dan bermusuhan dengan Itza. Kowoj tinggal di sebelah timur Itza, di sekitar danau-danau timur: Danau Salpetén, Danau Macanché, Danau Yaxhá, dan Danau Sacnab. Kelompok lain tidak terlalu banyak diketahui, dan jangkauan wilayahnya masih belum jelas; beberapa di antara mereka adalah Chinamita, Kejache, Icaiche, Lakandon Ch'ol, Mopan, Manche Ch'ol, dan Yalain.
Yalain tampaknya merupakan salah satu dari tiga politi yang dominan di Petén Postklasik bersamaan dengan Itza dan Kowoj. Pada puncak kejayaannya, wilayah Yalain membentang dari pesisir timur Danau Petén Itzá hingga Tipuj di Belize. Pada abad ke-17, ibu kota Yalain terletak di pesisir utara Danau Macanché. Pada saat kontak dengan bangsa Spanyol, Yalain bersekutu dengan Itza, dan persekutuan ini didorong oleh pernikahan antar kaum elit. Pada akhir abad ke-17, catatan kolonial Spanyol mendokumentasikan permusuhan antara kelompok-kelompok Maya di wilayah danau: Kowoj melancarkan serangan ke situs-situs Yalain seperti Zacpeten di Danau Macanché dan Ixlu di Danau Salpetén.
Kejache menduduki wilayah di sebelah utara Itza, di antara danau-danau dan wilayah yang kini disebut Campeche. Di sebelah mereka terdapat wilayah Acalan, yang dihuni oleh kelompok berbahasa Maya Chontal dengan ibu kota di sebelah selatan wilayah yang kini merupakan bagian dari negara bagian Campeche. Lakandon yang berbahasa Maya Cholan (tidak sama dengan Lacandon pada masa modern) menguasai wilayah di sepanjang anak sungai Usumacinta yang membentang dari Petén barat daya hingga Chiapas timur. Xocmo adalah kelompok berbahasa Cholan lainnya; mereka menduduki hutan terpencil di sebelah timur Lakandon. Karena tidak pernah ditaklukan, Xocmo berhasil menghindari upaya Spanyol untuk menemukan mereka, sehingga nasib mereka masih belum diketahui. Namun, mereka mungkin merupakan nenek moyang suku Lacandon. Sementara itu, Manche Ch'ol menguasai wilayah di ujung selatan departemen Petén. Mopan dan Chinamita sendiri menduduki wilayah Petén tenggara. Wilayah Manche berada di sebelah barat daya Mopan.