Kebebasan beragama di Indonesia
Reformasi (1998–sekarang) > Peran negara dan hukum > Penetapan agama resmi negara

Peristiwa separatisme ekstrimis kanan (1950-an), munculnya berbagai aliran kepercayaan baru yang dianggap bertentangan dengan ajaran agama, serta ketegangan antara PKI dengan NU pada pertengahan tahun 1960-an menyebabkan Menteri Agama Saifuddin Zuhri mendesak Presiden Soekarno mengeluarkan Penpres No. 1/PnPs/1965 tentang Pencegahan Penodaan Agama (PPA)  yang ditetapkan menjadi UU melalui UU No. 5/1969 Selain ditujukan untuk melindungi enam agama resmi sebagaimana disebutkan dalam penjelasan pasal demi pasal UU PPA Pasal 1, UU ini dipandang diskriminatif terhadap agama-agama lain. Pada akhir tahun 2009, tujuh LSM (Imparsial, Elsam, PBHI, Demos, Perkumpulan Masyarakat Setara, Desantara Foundation, dan YLBHI) dan empat individu (Abdurrahman Wahid, Musdah Mulia, Dawam Rahardjo, dan Maman Imanul Haq) mengajukan uji materi atas UU PPA.
Menurut Ester I. Jusuf (2010), UU PPA memberikan kewenangan pada pemerintah hingga masuk ke dalam wilayah pribadi antara warga negaranya dengan kepercayaannya. UU PPA mendiskriminasi kelompok yang dianggap memiliki kepercayaan menyimpang oleh suatu kelompok agama tertentu dan seharusnya sudah tidak berlaku semenjak 10 November 2008 dengan diterbitkannya UU Penghapusan Diskriminasi Ras dan Etnis (UU PDRE). Menteri Agama Suryadharma Ali (2010) berpendapat bahwa UU PPA harus dipertahankan untuk mencegah konflik horisontal pada masyarakat karena perlindungan hukum dari pemerintah menjadi hilang, dan pelaku penistaan agama akan lolos dari jerat hukum. Ketua Komisi Kerukunan Antarumat Beragama MUI, Slamet Effendy Yusuf (2010), menyebutkan bahwa Mahkamah Konstitusi harus berhati-hati karena belum ada UU pengganti. Juru Bicara Hizbut Tahrir Indonesia, Ismail Yusanto, menyatakan bahwa UU PPA hanya perlu direvisi atau diganti dengan yang lebih ketat membedakan antara kelompok beragama atau keyakinan dengan kelompok sempalan.
Penerapan UU PPA ini menyebabkan terjadinya diskriminasi terhadap penganut agama asli Nusantara yang tidak termasuk ke dalam enam agama resmi. Penganut agama asli kerap memperoleh perlakuan diskriminatif secara sosial dan hukum, dan sulit dalam mengurus akta seperti KTP dan akta pernikahan. Siti Musdah Mulia dalam Lokakarya Nasional Komnas HAM (2008) menegaskan bahwa UU ini jelas menguntungkan mazhab mayoritas dalam agama-agama resmi untuk mengontrol munculnya mazhab-mazhab lain dalam agama mereka. Aliran mayoritas dilegalkan dalam organisasi-organisasi seperti MUI, Walubi, PGI, KWI, dan PHDI serta diberi wewenang dalam kegiatan dan tafsir keagamaan dalam masyarakat, apakah menyimpang atau tidak. Beberapa aliran yang dianggap menyimpang dan dikenai UU ini adalah Lia Eden dengan kelompoknya yang disebut Salamullah (selanjutnya menjadi Kaum Eden) dan aliran Ahmadiyah yang ditetapkan sebagai aliran sesat oleh fatwa MUI. Contoh kasus lain adalah pemuka agama Syiah bernama Tajul Muluk yang dituduh melakukan penistaan agama pada tahun 2012 dan mengalami penganiayaan serta penahanan, dan kasus penodaan agama yang dilakukan oleh Alexander Aan pada tahun 2012 melalui Facebook. Meskipun tindakannya cukup jelas menodai agama Islam, beberapa organisasi dalam dan luar negeri menilai tuntutan hukum terhadap Alexander Aan terlalu berlebihan dan memasung kebebasan berekspresi individu. Di lain pihak, Forum Umat Islam menyatakan bahwa Alexander seharusnya dihukum mati. Mazhab-mazhab yang dianggap menyimpang atau sesat dalam agama lain misalnya adalah aliran Maitreya dalam agama Buddha dan Saksi-Saksi Yehuwa dalam agama Kristen.
Selain UU PPA, beberapa peraturan juga dianggap melanggar kebebasan beragama, misalnya Surat Edaran Menteri Dalam Negeri No. 477/74054/1978 tentang petunjuk pengisian kolom agama pada KTP yang menyebutkan "Agama yang diakui pemerintah, yaitu Islam, Katolik, Kristen/Protestan, Hindu, dan Budha". Semenjak dikeluarkannya SE Mendagri ini, istilah agama resmi dan tidak resmi menjadi muncul sehingga terjadi pengabaian hak-hak agama lain seperti agama-agama asli dan agama Konghucu. Pengakuan terhadap "agama resmi negara" secara eksplisit ditegaskan dalam UU Perubahan atas UU Nomor 23 Tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan, bahwa negara hanya mengakui enam agama resmi.
TAP MPR Nomor II/MPR/1998 tentang GBHN juga dinilai sangat diskriminatif dan menyerang penganut agama asli. Pasal yang dipermasalahkan adalah Butir 6 tentang Agama dan Kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa yang berbunyi:
"Penganut kepercayaan terhadap Tuhan yang Maha Esa dibina dan diarahkan untuk mendukung terpeliharanya suasana kerukunan hidup bermasyarakat. Melalui kerukunan hidup umat beragama dan penganut kepercayaan terhadap Tuhan yang Maha Esa perlu terus dimantapkan pemahaman bahwa kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa adalah bukan agama dan oleh karena itu, pembinaannya dilakukan agar tidak mengarah pada pembentukan agama baru dan penganutnya diarahkan untuk memeluk salah satu agama yang diakui oleh negara. Pembinaan penganut kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa merupakan tanggung jawab pemerintah dan masyarakat."
Pasal tersebut menyebabkan komunitas agama asli seperti Sunda Wiwitan, Parmalim, Tolotang, dan Kaharingan menjadi target islamisasi atau kristenisasi agama-agama pendatang. Sebagian penganut agama asli seperti Sunda Wiwitan berusaha mempertahankan kepercayaan mereka meskipun harus menghadapi perlakuan diskriminasi dalam kehidupan sehari-hari dan memilih untuk mengosongkan kolom agama di KTP semenjak dikeluarkannya UU Nomor 23 tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan. Sementara itu, beberapa agama asli lain seperti Kaharingan dan Tolotang memilih untuk bergabung dengan agama Hindu meskipun disertai ketidakpuasan.