Frederica dari Hanover
Ratu Permaisuri

Pada tanggal 1 April 1947, Georgios II mangkat dan suami Frederica naik takhta sebagai Pavlos I, dengan Frederica sebagai permaisuri. Pemberontakan Komunis di Yunani Utara menyebabkan Perang Saudara Yunani. Raja dan Ratu melakukan perjalanan ke Yunani Utara di bawah pengamanan ketat untuk memohon kesetiaan pada musim panas tahun 1947.
Ratu Frederica terus-menerus diserang karena keturunan Jermannya. Politisi sayap kiri di Yunani berulang kali menggunakan fakta bahwa Kaiser adalah kakeknya, dan bahwa ia memiliki saudara laki-laki yang merupakan anggota SS, sebagai propaganda melawannya. Ia juga dikritik secara beragam sebagai "sangat Prusia" dan "seorang Nazi". Ketika dia berada di London mewakili suaminya yang sakit di pernikahan sepupu pertamanya Pangeran Philip dari Yunani dan Denmark dengan putri sulung Raja George VI Elizabeth II pada November 1947, Winston Churchill berkomentar bahwa Kaisar adalah kakeknya. Ratu Frederica membalas dengan mengakui fakta tersebut, namun mengingatkannya bahwa dia juga merupakan keturunan Ratu Victoria, dan bahwa ayahnya akan menjadi raja Inggris jika negara tersebut beroperasi di bawah Hukum Salic (yang hanya mengizinkan laki-laki untuk mewarisi mahkota).
Selama perang saudara, Ratu Frederica mendirikan Kamp Ratu atau Kota Anak (terjemahan dari: Παιδο(υ)πόλεις / Paidopoleis atau Paidupoleis) jaringan 53 kamp di seluruh Yunani tempat ia menyelamatkan anak-anak anggota DSE dan mantan partisan.
Perang Saudara Yunani berakhir pada bulan Agustus 1949. Raja dan Ratu mengambil kesempatan ini untuk memperkuat monarki, dan melakukan kunjungan resmi ke Marsekal Josip Broz Tito di Belgrade, Presiden Luigi Einaudi dari Italia di Roma, Theodor Heuss dari Jerman Barat, dan Bechara El Khoury dari Lebanon, Kaisar Haile Selassie I dari Ethiopia, Gubernur Jenderal Chakravarthi Rajagopalachari dari India, Raja George VI dari Inggris, dan Amerika Serikat sebagai tamu Presiden Dwight D. Eisenhower. Namun, di dalam negeri Yunani dan di luar negeri di Inggris, Ratu Frederica menjadi sasaran oposisi, karena sewaktu gadis ia tergabung dalam Bund Deutscher Mädel (Liga Gadis Jerman), cabang kelompok Pemuda Hitler untuk para wanita muda; para pendukungnya berpendapat bahwa menghindari keanggotaan dalam kelompok tersebut akan sulit dilakukan mengingat iklim politik yang ada di Jerman Nazi pada saat itu.
Berbeda dengan suaminya yang penurut, di Yunani pasca-Perang Frederica adalah salah satu tokoh masyarakat yang paling dibenci. Hal ini terjadi karena serangkaian alasan, termasuk campur tangannya dalam politik, karakternya yang tidak terkendali, dan etnis Jermannya, dan fakta bahwa ia teridentifikasi dalam kesadaran publik dengan segala hal yang reaksioner. Frederica digambarkan sebagai orang yang "pada hakikatnya tidak demokratis". Dia terkenal karena banyaknya intervensi yang sewenang-wenang dan inkonstitusional dalam politik Yunani dan bentrok dengan pemerintahan yang dipilih secara demokratis. Dia secara aktif berpolitik menentang pemilihan Alexander Papagos. Di dalam negeri Yunani dan di luar negeri di Inggris, ia menjadi sasaran pihak oposisi. Pada tahun 1963 ketika mengunjungi London, terjadi kerusuhan yang dilakukan oleh kaum kiri Yunani yang berdemonstrasi menentang situasi tahanan politik Perang Saudara Yunani, memaksanya untuk sementara waktu mencari perlindungan di rumah orang asing. Campur tangan politiknya dikritik keras dan merupakan faktor signifikan dalam memperkuat sentimen republik.
Penampilan Frederica pada tanggal 16 November 1953 di Life saat tamu Amerika dibawa dalam salah satu dari banyak kunjungan kenegaraan yang dilakukannya di seluruh dunia. Pada tahun yang sama ia muncul pada sampul Time. Pada tanggal 14 Mei 1962, putri sulungnya Sofía menikah dengan Pangeran Juan Carlos dari Spanyol (kemudian Raja Juan Carlos I dari Spanyol) di Athena.