Perang Nagorno-Karabakh
Kembalinya masalah Karabakh > Askeran dan Sumgait

Artikel utama: Bentrokan Askeran dan Pogrom Sumgait
Dalam perkembangannya, konflik etnis kemudian muncul antara orang-orang Armenia dan Azerbaijan yang tinggal di Karabakh. Menurut sejumlah sumber, pada akhir tahun 1987 penduduk etnis Azerbaijan dari desa-desa Ghapan dan Meghri di Armenia terpaksa meninggalkan rumah mereka sebagai akibat dari ketegangan antara mereka dan tetangga-tetangga mereka beretnis Armenia, dan pada November 1987 dua gerbong kereta penuh orang-orang etnis Azerbaijan diduga telah tiba di stasiun kereta api Baku. Para ketua desa tersebut dalam wawancaranya menyangkal bahwa ada ketegangan tersebut, dan kebetulan juga tidak ada dokumentasi yang mendukung tuduhan adanya pengusiran tersebut.
Pada 20 Februari 1988 dua siswa wanita Azerbaijan yang sedang latihan di sebuah rumah sakit di Stepanakert, dikabarkan telah diperkosa oleh seseorang dari etnis Armenia. Pada 22 Februari 1988 sebuah bentrokan pecah antara etnis Azerbaijan dan etnis Armenia, dekat kota Askeran (terletak diantara Stepanakert dan Agdam) di Nagorno-Karabakh, yang berubah menjadi kerusuhan. Dalam bentrokan itu dua pemuda etnis Azerbaijan terbunuh. Salah satu dari mereka mungkin ditembak oleh polisi setempat (yang mungkin dari etnis Azerbaijan) baik secara tidak sengaja atau sebagai akibat dari bentrokan. Pada tanggal 27 Februari 1988, ketika berbicara di televisi sentral Baku, Wakil Jaksa Uni Soviet Alexander Katusev melaporkan bahwa "dua penduduk distrik Agdam menjadi korban pembunuhan" dan menyebutkan nama Muslim mereka.
Bentrokan di Askeran adalah awal dari pogrom di Sumgait, di mana pada saat itu ketegangan di kota tersebut sudah meningkat akibat berita tentang krisis Karabakh. Ketegangan semakin meningkat setelah serangkaian protes yang diadakan pada 27 Februari. Dalam pidato mereka di rapat umum, pengungsi beretnis Azerbaijan yang berasal dari kota di Armenia, Ghapan, menuduh orang Armenia melakukan "pembunuhan dan kekejaman". Menurut media Soviet, sejumlah tuduhan tersebut tidak berdasar dan hanya ditiup-tiupkan oleh provokator. Pada akhirnya, pecahlah kerusuhan dan pogrom terhadap penduduk Armenia di Sumgait, sebuah kota sekitar 25 kilometer di utara Baku yang memakan korban jiwa 32 orang (26 orang etnis Armenia dan 6 orang etnis Azerbaijan) menurut statistik resmi Soviet, meskipun banyak penduduk etnis Armenia merasa bahwa jumlahnya lebih besar dari yang disampaikan oleh pemerintah Soviet. Hampir semua populasi etnik Armenia Sumgait meninggalkan kota tersebut pasca pogrom. Dalam pogrom tersebut, penduduk beretnis Armenia dipukuli, diperkosa, dimutilasi dan dibunuh baik di jalan-jalan Sumgait maupun di dalam apartemen mereka selama tiga hari kerusuhan (sayangnya tidak ada tindakan tegas dari polisi atau aparat keamanan). Kerusuhan Sumgait baru berakhir pasca tentara Soviet masuk dalam kota itu pada 1 Maret.
 Pembunuhan masyarakat etnik Armenia dan bagaimana pembunuhan mereka membangkitkan kenangan mereka akan Genosida Armenia. 
Pada 23 Maret 1988, Majelis Agung Uni Soviet menolak tuntutan etnis Armenia untuk menyerahkan Nagorno-Karabakh ke Armenia. Pasukan dikirim ke Yerevan untuk mencegah protes terhadap keputusan tersebut. Upaya Gorbachev untuk menstabilkan wilayah itu sia-sia, karena kedua belah pihak tetap sama-sama berkeras hati. Di Armenia, ada keyakinan kuat bahwa apa yang terjadi di wilayah Nakhichevan akan terulang di Nagorno-Karabakh: sebelum dikuasai oleh Soviet, populasinya 40% etnis Armenia; namun pada akhir 1980an, tidak ada penduduk etnis Armenia di wilayah itu.