Boedi Oetomo
Masa kepemimpinan Tirtokoesumo

Masa kepemimpinan Tirtokoesomo dari Karanganyar (Roma) berlangsung dari tahun 1908-1911. Tirtokoesomo yang juga merupakan Bupati Karanganyar (Kebumen) dikenal memiliki karakter kepemimpinan yang kuat, jenius dan progresif. Selama masa kepemimpinannya, organisasi Budi Utomo menciptakan beberapa gerakan seperti penerbitan majalah guru desa serta perubahan kurikulum pengajaran Bahasa Belanda yang semula diajarkan dari kelas tiga ke atas menjadi dimulai sejak kelas satu.
Hasil ini dinilai lambat, karena seharusnya dengan cabang-cabang Budi Utomo yang cukup banyak, gerakannya terlalu berhati-hati. Organisasi ini juga tetap terus berjuang di bidang sosial-budaya tanpa menyentuh bidang politik, meskipun menjalin hubungan dekat dengan pemerintah karena sebagian besar anggota merupakan pegawai pemerintah.
Salah satu faktor yang menyebabkan lambatnya gerakan organisasi ini mungkin karena organisasi menerapkan  prinsip "Biar lambat asal selamat daripada hidup sebentar mati tanpa bekas” yang menganut cara hidup pohon beringin yang tumbuhnya lambat, tetapi saat tumbuh besar dapat menjadi tempat berteduh yang rindang dan kokoh. Selain faktor tersebut, gerakan lambat ini mungkin juga karena faktor anggota yang mayoritas merupakan pangreh praja yang takut bertindak.
Meskipun terkesan lambat, berita pendirian Budi Utomo mendapatkan reaksi yang cukup besar dari Pemerintahan belanda. Seperti saat Belanda mengeluarkan Keputusan Pemerintah pada tanggal 14 September 1908 nomor 12 (Gouvernements Besluit 14 September 1908 No. 12) yang mendirikan Commissie voor de Inlansche School en Volkslectuur (Komisi Bacaan Rakyat) yang nantinya akan menjadi Balai Pustaka yang diketuai oleh Dr. G.A.J. Hazeu.
Akibat gerakannya yang lambat ini beberapa anggota  keluar dari keanggotaan Budi Utomo, seperti Tjipto Mangoenkoesoemo dan Ki Hadjar Dewantara. Peristiwa keluarnya Tjipto terjadi saat ia menjabat sebagai Komisaris Dewan Perkumpulan. Pada rapat pengurus besar tanggal 9 September 1909 di Yogyakarta, Tjipto menyampaikan usul untuk memperluas keanggotaan untuk mengikutsertakan Indiers atau orang Indo yang lahir, tinggal dan akan mati di Hindia Belanda. Usul ini mendapatkan penolakan dari Radjiman Wedyodiningrat, sehingga menyebabkan perdebatan yang sengit di antara mereka. Pada akhirnya usul Tjipto ditolak, sehingga ia mengundurkan diri dari jabatan serta keanggotaanya.
Semenjak dipimpin oleh Raden Adipati Tirtokoesoemo, banyak anggota baru Budi Utomo yang bergabung dari kalangan bangsawan dan pejabat kolonial, sehingga banyak anggota muda yang memilih untuk menyingkir. Pada masa itu pula muncul Sarekat Islam, yang pada awalnya dimaksudkan sebagai suatu perhimpunan bagi para pedagang besar maupun kecil di Solo dengan nama Sarekat Dagang Islam, untuk saling memberi bantuan dan dukungan. Tidak berapa lama, nama itu diubah oleh Tjokroaminoto menjadi Sarekat Islam, yang bertujuan untuk mempersatukan semua orang Indonesia yang hidupnya tertindas oleh penjajahan. Sudah pasti keberadaan perkumpulan ini ditakuti orang Belanda.
Munculnya gerakan yang bersifat politik semacam itu menyebabkan Budi Utomo mengalami kemunduran. Kepemimpinan perjuangan orang Indonesia diambil alih oleh Sarekat Islam dan Indische Partij karena dalam arena politik Budi Utomo memang belum berpengalaman. Akibat gerakan politik perkumpulan-perkumpulan tersebut, makna nasionalisme makin dimengerti oleh kalangan luas. Ada beberapa kasus yang menunjukkan rasa nasionalisme, misalnya ketika pemerintah Hindia Belanda hendak merayakan ulang tahun kemerdekaan Belanda dengan menggunakan uang rakyat yang dipungut melalui penjabat pangreh praja pribumi, rakyat menjadi sangat marah.