Dahagi di HMS Bounty
Dahagi > Pelayaran William Bligh dengan perahu barkas

Letnan Bligh berharap dapat mengambil air dan makanan di pulau Tofua, kemudian meneruskan pelayaran ke pulau Tongatapu untuk meminta bantuan Raja Poulaho (yang ia kenal dalam kunjungannya ke pulau itu bersama Kapten Cook) untuk menyiapkan perahu agar dapat berlayar ke Hindia Timur Belanda. Tatkala berlabuh di Tofua, rombongan Letnan Bligh bertemu dengan orang-orang pribumi yang mula-mula bersikap ramah namun lambat laun berubah garang. Pada 2 Mei, empat hari setelah berlabuh, Letnan Bligh menyadari bahwa mereka akan diserang. Ia memerintahkan anak buahnya untuk kembali berlayar, tepat sebelum orang-orang Tofua merampas tambang pengikat buritan perahu dan berusaha menariknya ke pantai. Letnan Bligh dengan tenang membimbing anak buahnya kembali ke perahu dengan membawa perbekalan. Karena hendak merebut kembali tali buritan dari orang-orang Tofua, Juru Mudi John Norton turun ke laut; ia langsung diserbu dan dirajam hingga tewas.
Barkas lolos ke laut lepas, dan para awaknya yang terguncang oleh peristiwa pembunuhan itu segera mempertimbangkan kembali rencana-rencana mereka. Pendaratan di Tongatapu atau pulau-pulau lain mungkin saja akan berujung dengan tindak kekerasan yang sama; peluang terbaik mereka untuk selamat, menurut perhitungan Letnan Bligh, adalah berlayar langsung menuju Kupang, permukiman orang Belanda di pulau Timor, dengan memanfaatkan perbekalan yang ada di dalam perahu. Pelayaran menuju Kupang akan menempuh jarak sejauh 3.500 mil laut (6.500 km atau 4.000 mil) ke arah barat, melintasi Selat Endeavour, dan oleh karena itu persediaan makanan harus dijatah sebanyak satu ons roti dan seperempat pin air minum untuk tiap-tiap orang dalam sehari. Rencana ini disepakati dengan suara bulat.
Keadaan alam sangat tidak bersahabat. Perahu berlayar di bawah guyuran hujan dan amukan badai, sementara gelombang-gelombang setinggi gunung terus-menerus mengancam keselamatan seisi perahu. Bilamana matahari bersinar, Letnan Bligh menulis dalam catatan harian perjalanannya bahwa hal itu "memberi kami kesenangan sebagaimana musim dingin selama satu hari di Inggris". Letnan Bligh berusaha untuk terus menulis dalam buku catatan perjalanannya sepanjang pelayaran. Ia melakukan pengamatan, menggambar sketsa, dan membuat peta selama berlayar ke barat. Untuk membangkitkan semangat para penumpang, ia menceritakan pengalaman-pengalamannya ketika berlayar, menyuruh mereka bernyanyi, dan kadang-kadang berdoa bersama. Pelayaran Letnan Bligh dengan perahu barkas ini adalah pelayaran pertama bangsa Eropa melewati Kepulauan Fiji. Mereka tidak berani singgah di kepulauan itu karena sudah mendengar kabar tentang praktik kanibalisme penduduknya. Pada 17 Mei, Letnan Bligh mencatat, "keadaan kami sungguh-sungguh sengsara; selalu basah kuyup, dan menggigil kedinginan ... tanpa satu pun tempat bernaung dari terpaan cuaca".
Seminggu kemudian, langit tampak cerah dan burung-burung terlihat beterbangan di angkasa, pertanda bahwa mereka sudah dekat dengan daratan. Pada 28 Mei, gugusan Karang Penghalang Besar telah terlihat; Letnan Bligh menemukan celah yang dapat dilalui dan berhasil melayarkan barkas memasuki perairan laguna yang teduh. Petang hari itu, ia melabuhkan barkas di sebuah pulau kecil yang ia namakan Pulau Pemulihan (bahasa Inggris: Restoration Island). Para penumpang barkas menemukan banyak sekali kerang dan buah buni di pulau itu, lalu menyantapnya dengan lahap. Selama empat hari berikutnya, rombongan itu berlayar menuju perairan utara laguna, sadar bahwa tindak-tanduk mereka tidak lepas dari pengamatan penduduk pribumi di daratan Benua Australia. Perselisihan mulai timbul dalam rombongan itu; akibat berdebat sengit dengan William Purcell, Letnan Bligh menyambar sebilah kelewang dan menantang Si Tukang Kayu untuk bertarung. John Fryer menyuruh Cole untuk membekuk Letnan Bligh, tetapi ia tidak berkutik ketika Letnan Bligh mengancam akan membunuhnya jika berani ikut campur.
Pada 2 Juni, barkas melewati Tanjung York, ujung utara Benua Australia. Letnan Bligh mengalihkan haluan ke arah barat daya, dan mengemudikan barkas melalui perairan yang dipenuhi gumuk, terumbu, beting, dan pulau-pulau kecil. Jalur yang mereka tempuh tidak melewati Selat Endeavour, tetapi sebuah selat lain yang lebih sempit di sebelah selatan. Di kemudian hari, selat sempit ini dinamakan Selat Pangeran Wales. Pada pukul 20:00 malam itu, mereka akhirnya memasuki Laut Arafura, masih 1.100 mil laut (2.000 km; 1.300 mil) jaraknya dari Kupang. Delapan hari berikutnya adalah hari-hari terberat sepanjang pelayaran barkas, dan pada 11 Juni, banyak penumpang barkas yang sudah nyaris pingsan. Keesokan harinya, garis pantai pulau Timor telah terlihat. "Aku tidak mampu menggambarkan betapa besarnya rasa sukacita yang meliputi kami karena beroleh karunia melihat pulau itu," tulis Letnan Bligh. Pada 14 Juni, sambil mengibarkan selembar bendera Union Jack yang dibuat ala kadarnya, mereka berlayar menghampiri dermaga pelabuhan Kupang.
Setibanya di Kupang, Letnan Bligh melaporkan peristiwa dahagi yang mereka alami kepada pejabat setempat, dan mengirimkan sepucuk surat kepada istrinya. Dalam surat itu ia menulis, "ketahuilah, Sayangku Betsey, aku telah kehilangan Bounty ..." Juru Taman Nelson yang tidak tahan dengan kerasnya iklim Kupang akhirnya meninggal dunia. Pada 20 Agustus, sisa rombongan berangkat menuju Batavia (sekarang Jakarta) untuk menunggu kapal yang akan berlayar ke Eropa; Juru Masak Thomas Hall meninggal di Batavia, setelah jatuh sakit selama berminggu-minggu. Letnan Bligh berhasil mendapatkan surat pas bagi dirinya, Juru Tulis Nakhoda John Samuel, dan Bujang Nakhoda John Smith. Ketiganya berangkat meninggalkan Batavia pada 16 Oktober 1789. Empat anggota rombongan yang tersisa—Mualim William Elphinstone, Juru Mudi Peter Linkletter, Tukang Jagal Robert Lamb, dan Juru Bedah Bantu Thomas Ledward—semuanya meninggal dunia di Batavia atau mungkin pula meninggal dalam pelayaran pulang ke Inggris.