Martin Bucer
Isu-isu doktrinal (1539–1542)

Pada akhir tahun 1538, segera sebelum kematian Adipati Georg dari Sachsen yang beragama Katolik, sebuah kolokium religius diadakan di Leipzig untuk mendiskusikan reformasi yang berpotensi terjadi di dalam Kadipaten. Elektorat Sachsen mengutus Melanchthon, dan Philipp dari Hessen mengutus Bucer. Kadipaten itu sendiri diwakili Georg Witzel, seorang mantan Lutheran yang telah kembali kepada keyakinan Katolik. Dalam diskusi dari tanggal 2 hingga 7 Januari 1539, Bucer dan Witzel sepakat untuk menunda poin-poin doktrin yang kontroversial, tetapi Melanchthon mengundurkan diri, merasa bahwa kesatuan doktrinal adalah prasyarat bagi sebuah rencana reformasi. Bucer dan Witzel setuju dalam 15 artikel meliputi berbagai isu dalam kehidupan gereja. Namun, Bucer tidak membuat satu pun konsesi doktrinal: ia tetap diam dalam hal-hal penting seperti misa dan kepausan. Pendekatan ekumenisnya memancing kritikan keras dari reformator lainnya.
Dalam Gencatan Senjata Frankfurt tahun 1539, Karl dan para pimpinan Liga Schmalkalden sepakat untuk mengadakan kolokium besar yang dapat menyelesaikan semua isu religius di dalam Kekaisaran. Bucer memiliki harapan yang besar untuk pertemuan ini: ia percaya bahwa adalah memungkinkan untuk meyakinkan sebagian besar Katolik Jerman untuk menerima doktrin sola fide sebagai dasar bagi diskusi tentang isu-isu lainnya. Dengan menggunakan berbagai pseudonim, ia menerbitkan risalah-risalah mendukung terbentuknya sebuah gereja nasional Jerman. Sebuah konferensi di Haguenau dimulai pada tanggal 12 Juni 1540, tetapi selama diskusi sebulan tersebut kedua pihak tidak dapat sepakat dalam menentukan titik mula bersama. Mereka memutuskan untuk bertemu kembali di Worms. Melanchthon memimpin kaum Protestan, dengan Bucer sebagai pengaruh besar di balik layar. Ketika kolokium sekali lagi tidak membuahkan hasil, kanselir kekaisaran, Nicolas Perrenot de Granvelle, mengatur agar negosiasi rahasia diadakan. Bucer kemudian mulai bekerja bersama Johannes Gropper, sebuah delegasi dari uskup agung Köln, Hermann von Wied. Sadar akan risiko dari kolusi yang nyata tersebut, ia bertekad untuk membuat kesatuan di antara gereja-gereja Jerman. Keduanya sepakat dalam 23 artikel di mana Bucer mengalah dalam beberapa isu kepada pandangan Katolik. Isu-isu ini termasuk pembenaran, sakramen, dan tata gereja. Empat isu yang diperdebatkan tetap tidak terselesaikan: penghormatan para santo-santa, misa pribadi, sakramen pengakuan dosa, dan transubstansiasi.
Hasil dari pertemuan tersebut diterbitkan dalam "Kitab Worms", yang mereka sajikan secara rahasia pada pangeran dari masing-masing pihak: Philipp dari Hessen dan Joachim II, Elektor Brandenburg.
Kitab Worms menjadi dasar dari negosiasi akhir di Dewan Regensburg pada tahun 1541. Karl membentuk komite kecil yang terdiri dari Johann Eck, Gropper, dan Julius Pflug di sisi Katolik, dan Melanchthon, Bucer, dan Johann Pistorius di sisi Protestan. Dasar dari diskusi ini adalah "Kitab Regensburg"—Kitab Worms dengan modifikasi dari legatus kepausan, Gasparo Contarini, dan teolog Katolik lainnya. Kedua pihak menghasilkan awal yang menjanjikan, mencapai kesepakatan dalam isu pembenaran oleh iman. Namun, mereka tidak dapat sepakat mengenai otoritas pengajaran Gereja, kaum Protestan bersikeras bahwa itu adalah Alkitab, Katolik bersikeras magisterium—dengan kata lain, paus dan uskup-uskupnya. Mengenai artikel tentang  misa dan Perjamuan Kudus, Contarini memasukkan konsep transubstansiasi, yang juga tidak dapat diterima kaum Protestan. Hasilnya, kolokium tersebut menemui jalan buntu. Untuk menyelamatkan beberapa kesepakatan yang sudah dicapai, Karl dan Granvelle menerbitkan ulang Kitab Regensburg dengan artikel tambahan di mana kaum Protestan dapat menyajikan pandangan-pandangan mereka. Namun, pada saat itu Luther di Wittenberg dan dewan kepausan di Roma telah mengetahui buku ini, dan keduanya secara publik menolak artikel mengenai pembenaran oleh iman. Kegagalan konferensi ini merupakan kemunduran besar bagi Bucer.
Sekembalinya Bucer dari Regensburg, kota Strasbourg dilanda wabah hitam. Awalnya, teman dan kolega Bucer, Wolfgang Capito, meninggal karena penyakit itu. Kemudian, istri Bucer, Elisabeth, juga meninggal pada tanggal 16 November 1541. Tidak diketahui berapa anak Elisabeth; beberapa meninggal saat dilahirkan atau di usia muda. Seorang putranya, Nathanael, meskipun cacat secara mental dan fisik, bertahan hidup hingga dewasa dan tetap berada di dalam keluarga Bucer sepanjang hidupnya. Sesaat sebelum Elisabeth meninggal, ia mendesak agar Bucer menikahi janda Capito, Wibrandis Rosenblatt, setelah kematiannya.  Bucer menikahi Wibrandis pada tanggal 16 April 1542, sebagai suami keempatnya—Wibrandis telah hidup lebih lama daripada Ludwig Keller, Johannes Oecolampadius, dan Wolfgang Capito. Wibrandis membawa keempat anaknya dari pernikahan-pernikahan sebelumnya. Pasangan suami istri baru ini memiliki putri yang mereka namai Elisabeth.