Ayrton Senna
Karier Formula Satu > 1988–1993: McLaren > 1989: Kekalahan yang kontroversial

Tahun berikutnya, persaingan antara Senna dan Prost meningkat menjadi banyak pertempuran di lintasan dan perang psikologis yang menghadangnya. Beberapa kontroversi juga muncul setelah konferensi pers Grand Prix Prancis, ketika Ron Dennis menyatakan bahwa tim McLaren menemukan perbedaan yang konsisten antara mesin Honda antara Prost dan Senna yang sedikit merugikan Prost. Ketegangan dan ketidakpercayaan antara kedua pembalap meningkat ketika Senna menyalip Prost saat restart Grand Prix San Marino. Prost lantas berujar bahwa Senna telah melanggar perjanjian pra-lomba, Senna balas menyangkal telah terjadi kesepakatan, meskipun cerita Prost didukung oleh John Hogan sebagai perwakilan dari Marlboro, yang menjadi sponsor tim McLaren pada saat itu. Senna memimpin pada awal kejuaraan dunia pembalap dengan kemenangan di San Marino, Monako dan Meksiko. Senna juga mencapai prestasi memimpin setiap putaran lomba yang kemudian baru bisa disamai oleh Sebastian Vettel pada 2012. Senna juga berhasil menang di Jerman, Belgia, dan Spanyol. Namun, masalah reliabilitas yang terjadi di Phoenix, Kanada, Prancis, Inggris, dan Italia, bersama dengan tabrakan di Brasil dan Portugal, akhirnya membawa gelar juara dunia pembalap mendekati Prost yang bisa tampil lebih konsisten.
Prost berhasil menjadi juara dunia musim 1989 setelah tabrakan kontroversial dengan Senna di Sirkuit Suzuka di Jepang, yang menjadi lomba kedua terakhir musim ini. Senna harus memenangkan untuk tetap bertahan dalam persaingan gelar juara dunia pembalap tersebut. Prost berhasil meninggalkan grid lebih cepat dari Senna dengan melepaskan penutup brankar dari mobilnya, yang tidak diketahui oleh Senna. Pengurangan downforce aerodinamis ini membuat mobil Prost menjadi lebih cepat di jalan lurus, tetapi lebih lambat melalui tikungan - pilihan cerdas untuk membuat Senna kesulitan di trek yang terkenal sulit untuk menyalip ini. Pada lap ke-46, Senna berhasil mendekati dan bersebelahan dengan Prost dan mencoba menyalip dari sisi dalam di chicane terakhir. Prost berbelok ke kanan ke tikungan yang akan datang, memotong Senna dan beradu roda dengannya. Tabrakan itu menyebabkan kedua mobil McLaren meluncur keluar trek. Prost meninggalkan lomba pada saat itu, sedangkan Senna mendesak petugas marshal untuk mendorong mobilnya, dan kemudian melanjutkan perlombaan setelah menjalani pit stop untuk mengganti hidung yang rusak di mobilnya. Ia memimpin dari mobil Benetton yang dikendarai oleh Alessandro Nannini, dan kemudian berhasil mengklaim kemenangan, hanya untuk didiskualifikasi beberapa saat setelahnya setelah pertemuan pengawas lomba pasca-balapan. Senna didiskualifikasi karena menerima bantuan marshal, memotong chicane setelah tabrakan dengan Prost, dan karena menyeberang ke jalur masuk pit yang bukan bagian dari trek. Penangguhan besar dari Super Licence dikeluarkan pada musim dingin 1989,dan Senna yang marah terlibat dalam kritik publik dengan FIA dengan presidennya pada saat itu, yaitu Jean-Marie Balestre, yang ia tuduh berbuat kolusi karena didiskualifikasi di Jepang. Senna mengklaim bahwa Balestre telah memaksa pengawas lomba untuk mendiskualifikasi dirinya sehingga Prost (yang notabene sesama Prancis seperti Balestre) dapat memenangkan kejuaraan dunia pembalap, meskipun para pengawas lomba membantah bahwa Balestre memaksa keputusan mereka, dan mengklaim bahwa Balestre sama sekali tidak hadir ketika keputusan itu dibuat. Senna menyelesaikan musim keduanya di tim McLaren dengan enam kemenangan dan satu tempat kedua. Prost meninggalkan tim McLaren di akhir musim untuk bergabung bersama dengan tim Ferrari untuk tahun berikutnya.