F.E.A.R. 2: Project Origin
Plot: Project Origin

Permainan dimulai 30 menit sebelum akhir dari seri pertama,  sebuah tim Delta Force diterjunkan untuk menangkap Genevieve Aristide, presiden dari Armacham Technology Corporation (ATC)  dan membawanya sebagai tahanan yang dilindungi, karena dikhawatirkan para petinggi ATC mungkin berencana untuk membunuhnya agar dia tetap "diam", ti yang diturunkan terdiri dari Sertu Griffin, SFC Keegan, Sersan Jankowski, Sersan Morales, Sersan Becket (karakter pemain), Kopral Fox, dan petugas komunikasi Lettu Stokes.
Saat diterjunkan di penthouse milik Aristide, tim tersebut disergap oleh pasukan khusus ATC dan sejak awal misi, Becket mulai mengalami halusinasi yang melibatkan Alma Wade (antagonis "dibalik layar" dari serial F.E.A.R). saat masuk ke apartemen Aristide, Becket menemukan data mengenai proyek ATC bernama "Harbinger" yang kelihatannya melibatkan dirinya dan rekan satu tim nya, dimana dalam data tersebut berisi "penilaian Paragon" dan "potensi telesthetic" dimana nilai Becket lebih tinggi daripada kandidat lain "selain dari purwarupa Origin", beberapa saat setelah Becket menemukan Aristide, Point Man (protagonis dari F.E.A.R pertama) meledakkan fasilitas Origin, dimana efek ledakan membuat Becket pingsan.
Dia kemudian terbangun di sebuah rumah sakit, dan RS itupun diserang oleh pasukan rahasia, Becket pun mendapati bahwa dirinya, Stokes dan Griffin telah menjalani operasi "Pengaktifan" dan disiapkan untuk "Penyelarasan", diapun dihubungi oleh seseorang yang menyebut dirinya sebagai "Snake Fist" yang mengatakan bahwa dia akan membantu mereka melarikan diri dan menghancurkan Alma. Becket kemudian bertemu dengan Aristide, yang mengatakan kepadanya bahwa dia harus masuk ke Telesthetic Attunement Chamber (TAC) jika dia ingin mengalahkan Alma. saat berada ditengah prosedur penyelarasan, laboratorium itupun diserang dan Becket menyaksikan beberapa tim pasukan rahasia dibunuh oleh tentakel hitam misterius, diapun kemudian pingsan, dan bermimpi melihat Alma sedang bermain ayunan didekat sebuah PLTN.
Saat tersadar, dia menemukan Jankowski berada di meja operasi, Jankowski berkata "Kita harus membantunya, kau dengar? dia menangis", sebelum dia mati, segera setelah itu, Fox menyerang Becket sambil berkata "Menjauh darinya, dia milikku" sebelum Fox dibunuh oleh tentakel hitam, pada akhirnya, Becket mengetahui tujuan proyek Harbinger, - yakni untuk merubah orang biasa menjadi komandan psikis (yang memiliki kemampuan untuk mengendalikan pasukan lain secara telepati). Becket pun berjuang melewati pasukan Replika (tentara kloning) dan Snake mengarahkan nya menuju Sekolah Dasar Wade. Diapun kembali bertemu dengan Griffin dan Stokes, tapi beberapa saat kemudian, Griffin terbunuh oleh tentakel hitam. Anggota Tim yang selamat menuju ke Sekolah tersebut dengan menaiki APC dan saat tiba disana, Becket menemukan bukti mengenai "Proyek Paragon" yang didesain untuk menyeleksi anak-anak yang memiliki potensi kemampuan psikis, dimana Becket sendiri dulunya adalah murid disana dan meskipun dia tidak memiliki ingatan akan masa lalunya, besar kemungkinan dia adalah subjek dari proyek tersebut.
Saat menemukan fasilitas rahasia Paragon dibawah Sekolah, Becket bertemu dengan Snake, yang ternyata adalah Terry Halford, seorang peneliti ATC. meskipun dia langsung terbunuh oleh tentara Replika, Halford sempat mentransfer file nya ke komputer APC dimana dia menjelaskan bahwa Aristide menipu Becket untuk masuk kedalam TAC agar dia bisa membuat Alma "sadar" dengan dirinya. Dia juga mengatakan bahwa Becket tidak cukup kuat untuk melawan Alma, dan dia harus meningkatkan kemampuan psikisnya dengan cara pergi ke fasilitas ATC yang berada didalam PLTN di pulau Still, yang berisi alat peningkatan, pulau Still juga merupakan kampung halaman Alma sebelum dia dipindahkan ke Fasilitas Origin.
Saat dalam perjalanan, APC mereka disergap oleh pasukan Replika, dan Keegan berjalan tak tentu arah sambil mencari "dia", Becket dan kawan-kawannya tetap melanjutkan perjalanan tanpa Keegan,  setibanya di Pulau, Becket menemukan pohon yang mirip dengan yang dia lihat dalam mimpi sebelumnya, dimana ayunan Alma masih tergantung disana, Becket dan Stokes menuju ke alat penguat dan Becket masuk kedalamnya. Aristide pun sampai disana dan berencana untuk mengunci Alma dan Becket didalam alat tersebut, dan kemudian menggunakan Alma untuk memanfaatkan ATC. Inilah alasan kenapa dia menipu Becket untuk masuk kedalam TAC, dia harus membuat Alma sadan dengan Becket agar dia bisa dipancing untuk masuk kedalam mesin. saat Stroke mencoba untuk menyelamatkan Becket, Aristide membunuhnya.
Aristide mengunci mesin dengan Becket didalamnya, dan saat sedang berhalusinasi, dia bertarung melawan Keegan yang kelihatannya kehilangan akal sehat, saat berhasil melawannya, dia melihat bayangan Alma, yang kelihatannya sedang berhubungan badan dengannya. pada akhirnya. Dia berhasil melarikan diri dari halusinasi, pintu mesinpun terbuka, dan Becket melihat Alma berdiri di tengan tempat yang terlihat seperti pasca-kiamat. Alma mengandung anak Becket. Alma pun mendekati dirinya, dan meletakkan tangannya diperut Alma, kemudian terdengar suara bayi berkata "Mama"