Perang Saudara Somalia
TFG, Uni Pengadilan Islam, dan Ethiopia (2006–2009)

Artikel utama: Majunya Uni Pengadilan Islam, Perang di Somalia (2006–2009), Pemerintah Transisi Federal, ARPCT, dan Uni Pengadilan Islam
Pada tahun 2000, Pemerintah Transisi Federal (TNG) dibentuk. Pemerintah Transisi Federal (TFG) dibentuk di Nairobi pada tahun 2004. Pemilihan anggota parlemen sedang berlangsung pada bulan Juni, lebih dari dua ratus anggota parlemen mengambil sumpah jabatan pada bulan Agustus, dan Abdullahi Yusuf Ahmed terpilih sebagai presiden oleh parlemen pada bulan Oktober 2004. Namun, pada bulan Maret 2005, TFG terpecah setelah sebuah ketidaksepahaman di parlemen mengenai pengerahan pasukan penjaga perdamaian dan relokasi ke ibu kota sementara. Juru bicara parlemen memimpin beberapa anggota ke Mogadishu sementara presiden dan yang lainnya tinggal di Nairobi. Pada bulan Juni 2005, di bawah tekanan dari Kenya, sisa TFG meninggalkan Nairobi untuk Jowhar. Pada bulan Februari 2006, parlemen TFG bertemu di Baidoa untuk pertama kalinya sejak bulan Maret 2005. (Interpeace, 104)
Pertarungan untuk menguasai Mogadishu terjadi pada paruh pertama tahun 2006 disaat ARPCT, sebuah koalisi para pemimpin milisi yang didukung AS, menghadapi Uni Pengadilan Islam (ICU) yang berkuasa. Namun, ICU meraih kemenangan yang menentukan di bulan Juni tahun itu. Kemudian dengan cepat memperluas dan mengkonsolidasikan kekuatannya di seluruh Somalia selatan. Pada bulan Agustus 2006, daerah yang dikontrol TFG terbatas di wilayah Baidoa di bawah perlindungan Ethiopia. (Interpeace, 104) Kaum Islam garis keras kemudian memperoleh kekuasaan di dalam ICU, yang memicu ketakutan akan Talibanisasi dari gerakan tersebut.
Pada bulan Desember 2006, pasukan Ethiopia memasuki Somalia untuk membantu TFG melawan Uni Pengadilan Islam yang terus bergerak maju, yang sebelumnya memenangkan Pertempuran Baidoa. Dengan dukungan mereka, pasukan pemerintah Somalia merebut kembali ibu kota dari ICU. Serangan tersebut membantu TFG memperkuat kekuasannya. Pada tanggal 8 Januari 2007, saat Pertempuran Ras Kamboni berkecamuk, Presiden dan pendiri TFG Abdullahi Yusuf Ahmed memasuki Mogadishu untuk pertama kalinya sejak terpilih. Tetapi seperti yang dinyatakan Menkhaus, TFG dipandang oleh sebagian besar penduduk Mogadishu sebagai "boneka Ethiopia", dan pasukan keamanan TFG yang tidak terkontrol menjadi sumber utama ketidaknyamanan penduduk lokal, dan terlibat dalam penculikan, penyerangan, atau lebih buruk." Dalam beberapa minggu, sebuah pemberontakan bersenjata kemudian muncul di ibu kota melawan TFG dan sekutu Ethiopia-nya. Pemerintah kemudian pindah ke ibu kota dari lokasi sementara di Baidoa.
Embargo senjata di Somalia diubah pada bulan Februari 2007, untuk memungkinkan negara-negara lain memasok senjata ke pasukan keamanan TFG, selama mereka mendapat persetujuan terlebih dahulu dari Komite Sanksi PBB di Somalia. Setelah diskusi panjang, Uni Afrika menyetujui pengerahan awal Misi Uni Afrika ke Somalia (AMISOM) pada bulan Maret 2007. Organisasi ini membentuk "segitiga perlindungan" di sekitar bandara Mogadishu, pelabuhan laut, dan Villa Somalia, dan mulai mengadopsi sikap negosiasi yang rendah hati dengan tokoh kunci. Pada bulan November 2008, setelah pelanggaran berulang atas blokade senjata, Dewan Keamanan memutuskan bahwa embargo senjata dapat dikenakan pada organisasi atau kelompok yang terlibat dalam pelanggaran tersebut. Setelah proses konsultasi selama dua tahun, TFG dibentuk pada tahun 2004 oleh para politisi Somalia di Nairobi di bawah naungan Otoritas Antarpemerintah untuk Pembangunan (IGAD). Proses tersebut juga mengarah pada pembentukan Institut Transisi Federal (TFI), dan diakhiri pada bulan Oktober 2004 dengan terpilihnya Abdullahi Yusuf Ahmed sebagai presiden. TFG kemudian menjadi pemerintah Somalia yang diakui secara internasional.
Setelah kekalahan mereka, Uni Pengadilan Islam terpecah menjadi beberapa faksi yang berbeda. Beberapa elemen yang lebih radikal, termasuk Al-Shabaab, bergabung kembali untuk melanjutkan pemberontakan mereka melawan TFG dan menentang kehadiran militer Ethiopia di Somalia. Sepanjang tahun 2007 dan 2008, Al-Shabaab mencatatkan kemenangan militer, merebut kendali kota-kota utama dan pelabuhan di Somalia tengah dan selatan. Pada akhir tahun 2008, kelompok ini telah menguasai Baidoa. Pada tanggal 1 Mei 2008, AS melakukan serangan udara di Dhusamareb, dan dilanjutkan pada tanggal 3 Mei dengan serangan udara lainnya di kota perbatasan Dobley. Menurut International Crisis Group, para pemimpin Ethiopia terkejut dengan kegigihan dan kekuatan pemberontakan dan frustrasi terhadap masalah internal TFG yang kronis. Hingga bulan Januari 2009, Al-Shabaab dan milisi lainnya telah memaksa pasukan Ethiopia untuk mundur, meninggalkan pasukan penjaga perdamaian Uni Afrika yang kekurangan tenaga.
Karena kurangnya dana dan sumber daya manusia, embargo senjata yang menyulitkan untuk membangun kembali pasukan keamanan nasional, dan ketidakpedulian umum dari pihak masyarakat internasional, Presiden Yusuf merasa dirinya berkewajiban untuk menyebarkan ribuan pasukan dari Puntland ke Mogadishu untuk mempertahankan pertempuran melawan elemen pemberontak di bagian selatan negara tersebut. Dukungan finansial untuk usaha ini diberikan oleh pemerintah daerah otonom. Hal ini menyisakan sedikit pendapatan bagi pasukan keamanan Puntland dan pegawai negeri sipil, sehingga wilayah ini rentan terhadap pembajakan dan serangan teroris.
Pada tanggal 29 Desember 2008, Abdullahi Yusuf Ahmed mengumumkan di hadapan sebuah parlemen gabungan di Baidoa perihal pengunduran dirinya sebagai Presiden Somalia. Dalam pidatonya, yang disiarkan di radio nasional, Yusuf menyatakan penyesalan karena gagal mengakhiri konflik tujuh belas tahun di negara tersebut seperti yang telah diamanatkan pemerintahannya. Ia juga menyalahkan dunia internasional karena kegagalan mereka untuk mendukung pemerintah Somalia, dan mengatakan bahwa juru bicara parlemen akan menggantikannya sebagai Presiden dari Pemerintah Transisi Federal sesuai dengan ketetapan dari Piagam Transisi Federal Republik Somalia.