Protestanisme
Tanggapan Katolik

Artikel utama: Antiprotestanisme, Kontra Reformasi § Politik, Konsili Trento, dan Kritik terhadap Protestanisme
Selat Matanzas di Florida, tempat orang-orang Protestan yang selamat dari musibah kapal karam dihukum mati oleh Menéndez "karena mereka sudah mendirikan bangunan di sana tanpa seizin Baginda, dan menyiarkan agama Lutheran"
Pembantaian umat Protestan Prancis pada Hari Santo Bartolomeus tahun 1572
Di mata Gereja Katolik, denominasi-denominasi Protestan tidak dapat dianggap sebagai Gereja-Gereja melainkan hanya sebagai komunitas-komunitas gerejawi atau komunitas-komunitas beriman-percaya tertentu, karena dari segi kesejarahannya, ordonansi-ordonansi dan doktrin-doktrin protestan tidak sama dengan sakramen-sakramen dan dogma-dogma Katolik, lagi pula komunitas-komunitas Protestan tidak memiliki rohaniwan yang menerima sakramen imamat dan oleh karena itu tidak memiliki suksesi apostolik yang sejati. Menurut Uskup Hilarion Alfeyev, dalam hal ini Gereja Ortodoks Timur sepandangan dengan Gereja Katolik.
Tidak seperti yang kerap disangka telah dilakukan para reformator Protestan, konsep tentang suatu Gereja semesta atau katolik tidaklah diketepikan pada masa pergerakan Reformasi Protestan. Justru sebaliknya, kesatuan kasatmata dari Gereja katolik atau Gereja semesta dianggap sebagai doktrin Reformasi yang penting dan hakiki sifatnya oleh para reformator Protestan. Para reformator Magisterial, misalnya Martin Luther, Yohanes Kalvin, dan Huldrych Zwingli, meyakini bahwa mereka sedang mereformasi Gereja Katolik, yang mereka pandang sudah bobrok. Masing-masing menanggapi dengan serius dakwaan menciptakan skisma dan inovasi yang dilontarkan kepada mereka, dengan menyangkal dakwaan-dakwaan tersebut dan bersikukuh bahwa Gereja Katoliklah yang sudah meninggalkan mereka. Para reformator Protestan merumuskan suatu opini teologis yang baru dan benar-benar berbeda, yaitu bahwasanya Gereja yang kasatmata itu "katolik" (dengan huruf "k" kecil) alih-alih "Katolik" (dengan huruf "K" besar), oleh karena itu gereja-gereja tingkat paroki, tingkat jemaat, atau tingkat nasional yang tak terbilang banyaknya itu bukanlah organisasi-organisasi gerejawi yang berdiri sendiri-sendiri, melainkan bagian dari satu republik rohani besar, kendati opini mereka berbeda-beda satu sama lain. Pandangan semacam ini sangat jauh menyimpang dari pemahaman Katolik yang mentradisi dan bersejarah bahwasanya Gereja Katolik Romalah satu-satunya Gereja Kristus yang sejati.
Meskipun demikian, menurut pemahaman Protestan, gereja kasatmata bukanlah suatu genus yang mencakup banyak spesies. Demi membenarkan penyimpangan mereka dari Gereja Katolik, umat Protestan sering kali mengemukakan argumen baru, bahwasanya tidak ada Gereja kasatmata dengan wewenang ilahi di dunia nyata, yang ada hanyalah suatu gereja yang bersifat rohaniah, tak kasatmata, dan tersembunyi. Argumen semacam ini mulai mengemuka pada masa-masa permulaan Reformasi Protestan.
Di mana pun tempatnya merebak, Reformasi Magisterial, yang didukung pemerintah, melahirkan sebuah gereja Protestan nasional tereformasi yang dicita-citakan menjadi bagian dari keseluruhan gereja tak kasatmata, tetapi tidak bersetuju dalam beberapa perkara doktrin dan amalan terkait-doktrin dengan apa yang sampai dengan saat itu dianggap sebagai tolok ukur normatif dalam perkara-perkara semacam itu, yakni lembaga kepausan dan kewenangan terpusat Gereja Katolik. Dengan demikian gereja-gereja tereformasi tersebut percaya akan suatu ragam agama Katolik, yang dibina di atas doktrin-doktrin lima solae mereka, dan suatu organisasi gerejawi yang berlandaskan pergerakan konsiliar abad ke-14 dan ke-15, menolak jabatan maupun infalibilitas paus dan sebagai gantinya menerima konsili-konsili oikumene, tetapi menolak konsili oikumene terakhir, yakni Konsili Trento. Oleh karena itu, bagi mereka, kesatuan agamawi bukankanlah kesatuan dalam doktrin dan jati diri melainkan kesatuan dalam ciri tak kasatmata, yang di dalamnya terkandung kesatuan dalam keimanan kepada Yesus Kristus, bukan kesamaan jati diri, kesamaan doktrin, kesamaan keyakinan, maupun kebersamaan dalam bertindak.
Ada pula umat Protestan, khususnya dari mazhab Kalvinis, yang menepis atau meremehkan sebutan Protestan lantaran ada kesan negatif yang tersirat dari kata itu di samping makna utamanya. Mereka lebih suka disebut Gereformir (Tereformasi), Injili, bahkan Katolik Tereformasi sebagai ungkapan dari pandangan mereka bahwasanya agama yang mereka peluk adalah agama Katolik yang sudah direformasi, dan mendalilkan pandangan tersebut dengan menyitir pengakuan-pengakuan iman Protestan.