Papua (wilayah Indonesia)
Sejarah > Pengaruh Bacan, Ternate, dan Tidore

Menurut Kakawin Nagarakretagama yang ditulis antara bulan September-Oktober tahun 1365, daerah Wwanin/Onin (Kabupaten Fakfak) merupakan daerah pengaruh mandala Kerajaan Majapahit, kawasan ini mungkin bagian dari koloni kerajaan Hindu di Kepulauan Maluku yang diakui ditaklukan Majapahit. Dari keterangan yang diperoleh dalam kitab klasik Negarakertagama, misalnya, di sana dijelaskan sebagai berikut:
Menurut sejumlah ahli bahasa yang dimaksud Ewanin adalah nama lain untuk daerah semenanjung Onin dan Sran adalah nama lain untuk wilayah selatan semenanjung Bomberai yang juga disebut Kowiai. Kerajaan Sran merupakan kerajaan lokal yang pengaruh mandalanya hingga sampai Kepulauan Kei, di tenggara Maluku.
Dalam bukunya "Nieuw Guinea", WC. Klein juga menjelaskan fakta awal mula pengaruh kerajaan Bacan di tanah Papua. Di sana dia menulis: In 1569 Papoese hoof den bezoeken Batjan. Ee aanterijken worden vermeld. (Pada tahun 1569 pemimpin-pemimpin Papua mengunjungi kerajaan Bacan di mana dari kunjungan terebut terbentuklah kerajaan-kerajaan). Menurut sejarah lisan orang Biak Beser, dulu ada hubungan dan pernikahan antara para kepala suku mereka dan para sultan Tidore. Karena pengaruh Tidore dimulai dari Gurabesi yang merupakan Mambri atau Kapita Waigeo asal Biak, yang kemudian hari menikah dengan putri Sultan Tidore dan memperanak para pemimpin di Raja Ampat. Suku Biak merupakan suku Melanesia terbanyak yang menyebar di pantai utara Papua, karena itu bahasa Biak juga terbanyak digunakan dan dianggap sebagai bahasa persatuan Papua.[butuh rujukan]
 Akibat hubungan daerah-daerah pesisir Papua dengan Sultan-Sultan Maluku maka terdapat beberapa kerajaan lokal (pertuanan) di pulau ini, yang menunjukkan masuknya sistem feodalisme yang merupakan bukan budaya asli etnik Papua. Kerajaan-kerajaan atau petuanan yang dipimpin oleh pemimpin yang mendapat gelar raja tersebut diantaranya:
Di Kepulauan Raja Ampat (Korano Ngaruha)
Kerajaan Waigeo (marga Mayalibit), pusat kekuasaannya di Wewayai, pulau Waigeo.
Kerajaan Misool (marga Umkabu) dengan dengan pusat kekuasaan di Lilinta, pulau Misool.
Kerajaan Waigama (marga Tafalas) dengan pusat kekuasaan di Waigama, pulau Misool.
Kerajaan Salawati (marga Arfan) dengan pusat kekuasaan di Samate, pulau Salawati Utara.
Kerajaan Batanta dengan wilayah kekuasaannya meliputi wilayah bagian barat Pulau Batanta.
Kerajaan Sailolof (marga Mayalibit) dengan pusat kekuasaan di Sailolof, pulau Salawati Selatan.
Di Semenanjung Doberai:
Petuanan Teminabuan (marga Kondjol) dengan pusat kekuasaan di Kaibus.
Petuanan Sar
Petuanan Konda
Petuanan Kasrer/Siribau (marga Thesia)
Raja Maybrat/Framu (marga Solossa)
Di Semenanjung Onin, sekarang Kabupaten Fakfak:
Kerajaan Fatagar (marga Uswanas)
Kerajaan Rumbati (marga Bauw)
Kerajaan Atiati (marga Kerewaindżai)
Kerajaan Sekar/Kabituwar (marga Rumagesan)
Kerajaan Patipi (marga Iba)
Kerajaan Arguni (marga Pauspaus)
Kerajaan Wertuar (marga Heremba)
Di selatan Semenanjung Bomberai yang dahulu disebut Kowiai, sekarang Kabupaten Kaimana.
Kerajaan Namatota atau Kerajaan Kowiai/Koiwai (marga Ombaier)
Konfederasi Tarya We
Kerajaan Aiduma
Kerajaan Lahakia
Kerajaan Kaimana (marga Aituarauw)
Daftar penguasa di beberapa kerajaan:
Penguasa Kerajaan Lilinta (klan Umkabu), (Misool Selatan & Misool Barat, sejak abad ke-16 bawahan kesultanan Bacan):
Abdul Madjid (1872-1904)
Jamal ad-Din (1904-1945)
Bahar ad-Din Oekamboe (1945 - )
Penguasa Kerajaan Waigama (klan Tafalas), (Misool Utara & Misool Timur, sejak abad ke-16 bawahan kesultanan Bacan):
Abd ar-Rahman (1872-1891)
Hassan (1891/1900-1916)
Syams ad-Din Tafalas (1916-1953)
Penguasa Kerajaan Salawati, pulau Salawati (sejak abad ke-16 bawahan Kesultanan Ternate):
Abd al-Kasim (1873-1890)
Mohamad Amin (1900-1918)
Bahar ad-Din Arfan (1918-1935)
Abu’l-Kasim Arfan (1935-?)
Penguasa Kerajaan Waigeo, pulau Waigeo (sejak abad ke-16 bawahan Kesultanan Ternate):
Ganjoem (1900-1918)
Penguasa Kerajaan Rumbati
Mohammad, (19 Desember 1902), wd. Radja van Roembati.
Aboe Bakar (1 Januari 1932)
Penguasa Kerajaan Sekar
Lakaté, (Maret 1899), wd. Radja van Sekar (ondergeschikt aan Roembati).
Machmud Singgirei Rumagesan bergelar Raja Al-Alam Ugar Sekar.
Penguasa Kerajaan Patipi
Achmad, (Mei 1903), wd. Radja van Patipi.
Penguasa Kerajaan Ati-ati
Hadji Haroena, (April 1899), wd. Radja van Ati-ati.
Maroena, (1 Januari 1932) Radja van Ati-ati.
Penguasa Kerajaan Fatagar
Mafa, (April 1899), Radja van Fatagar.
Penguasa Kerajaan Kowiai (Namatotte)
Mohammad Tahir, Radja van Kowiai (Namatotte).
Mooi Boeserau,(1 Januari 1932) Radja van Namatote
Penguasa Kerajaan Kaimana
Wawoesa, Radja Kommissie van Kaimana (ondergeschikt aan Kowiai).
Penguasa Kerajaan Mapia di Pulau Pegun, Kabupaten Supiori
Marwedi, Radja der Mapia-eilanden.
Tahun 1660, VOC memang sempat menandatangani perjanjian dengan sultan Tidore di mana Tidore mengakui protektorat Belanda atas penduduk Irian barat. Perjanjian ini jelas meliputi penduduk kepulauan antara Maluku dan Irian.
Tidore menganggap dirinya atasan Biak. Pada masa itu, pedagang Melayu mulai mengunjungi pulau Irian. Justru pandangan Tidore ini yang menjadi alasan Belanda menganggap bagian barat pulau ini adalah bagian dari Hindia Belanda.
Sejak abad ke-16, selain di Kepulauan Raja Ampat yang termasuk wilayah kekuasaan Sultan Bacan dan Sultan Ternate, kawasan lain di Papua yaitu daerah pesisir Papua dari pulau Biak (serta daerah sebaran orang Biak) sampai Mimika Barat (Kipia) merupakan bagian dari wilayah mandala Kesultanan Tidore, sebuah kerajaan yang berdekatan dengan wilayah Papua. Tidore menganut adat Uli-Siwa (Persekutuan Sembilan), sehingga provinsi-provinsi Tidore seperti Biak, Fakfak dan sebagainya juga dibagi dalam sembilan distrik (pertuanan). Pembagian kekuasaan di Papua ini oleh Tidore dibagi menjadi Papo-ua Gam Sio, Negeri Sembilan Papo Ua berikut Sangaji Umka, Gimalaha Usba, Sangaji Barei, Sangaji Boser, Gimalaha Kafdarun, Sangaji Wakeri, Gimalaha Warijo, Sangaji Mar, dan Gimalaha Warasay. Selanjutnya Mafor Soa Raha, Mafor Empat Soa yang berikut Sangaji Rumberpon, Sangaji Rumansar, Sangaji Angaradifa, and Sangaji Waropen, lalu Korano Ngaruha yang berupa kepulauan Raja Ampat.