Petrus Martir Vermigli
Karya tulis

Artikel utama: Daftar karya tulis Petrus Martir Vermigli
Sumber ketenaran Vermigli adalah Loci Communes (Titik Tolak Umum), kumpulan diskusi mengenai berbagai topik yang tersebar di dalam sekian banyak ulasan Alkitab yang ia tulis. Loci Communes dikumpulkan pendeta Huguenot, Robert Masson, dan diterbitkan untuk pertama kalinya pada tahun 1576, empat belas tahun sesudah Vermigli wafat. Loci Communes disusun karena Vermigli agaknya pernah mengungkapkan keinginannya untuk menerbitkan buku semacam itu, dan juga atas desakan Teodorus Beza. Robert Masson menyusun Loci Communes mengikuti kerangka penulisan Institutio Christianae Religionis (Petunjuk Agama Kristen) yang ditulis Yohanes Kalvin. Lima belas edisi Loci Communes yang diterbitkan dari tahun 1576 sampai 1656 telah meluaskan pengaruh Vermigli di kalangan umat Protestan Kalvinis. Anthony Marten menerjemahkan Loci Communes ke dalam bahasa Inggris pada tahun 1583. Hasil terjemahannya ia tambahi dengan beberapa petikan dari karya-karya tulis Vermigli yang lain.
Semasa hidupnya, Vermigli menerbitkan ulasan-ulasannya atas Kitab 1 Korintus (terbit tahun 1551), Roma (terbit tahun 1558), dan Hakim-Hakim (terbit tahun 1561). Ia dikritik rekan-rekan sejawatnya di Strasbourg karena menyimpan bahan-bahan kuliah kajian Alkitabnya selama bertahun-tahun alih-alih mengirimkannya untuk diterbitkan. Dengan menyebut bahan-bahan kuliahnya mengenai Kitab Kejadian, Keluaran, Imamat, dan nabi-nabi kecil sebagai "catatan-catatan yang ringkas dan dibuat secara terburu-buru", Vermigli berdalih sulit meluangkan waktu demi menyiapkan tulisan-tulisan tersebut untuk diterbitkan. Rekan-rekan sejawatnya menyunting dan menerbitkan beberapa karya tulisnya yang tersisa mengenai Alkitab sesudah ia wafat, yakni doa-doa berasas Kitab Mazmur (1564) serta ulasan Kitab Raja-Raja (1566), Kejadian (1569), dan Ratapan (1629). Vermigli menganut pendirian humanis yang menitikberatkan pencarian makna asli ayat-ayat Kitab Suci, kebalikan dari pemaknaan kias sesuka hati yang acap kali terkesan mengada-ada terhadap ayat-ayat Kitab Suci di dalam tradisi eksegesis Abad Pertengahan. Adakalanya ia mengadopsi pemaknaan kias untuk menafsirkan ayat-ayat Perjanjian Lama sebagai ayat-ayat yang berkaitan dengan Kristus secara tipologis, tetapi ia tidak memakai metode quadriga ala tafsir Alkitab Abad Pertengahan, yang meyakini bahwa tiap-tiap ayat Alkitab mengandung empat tingkatan makna. Taraf penguasaan bahasa Ibrani maupun pengetahuannya akan kesusastraan Yahudi Rabani lebih tinggi daripada kebanyakan rekan sezamannya, termasuk Yohanes Kalvin, Martin Luther, dan Hulderikus Zwingli.
Vermigli menerbitkan catatan mengenai disputasinya dengan para sarjana Katolik Oxford mengenai Ekaristi pada tahun 1549, bersama-sama dengan sebuah makalah yang memuat penjelasan lebih lanjut tentang pendiriannya. Disputasi tersebut lebih banyak berkutat dengan doktrin transubstansiasi yang sangat ditentang Vermigli, tetapi makalahnya mampu mengedepankan teologi Ekaristi Vermigli sendiri. Pandangan Vermigli mengenai Ekaristi, sebagaimana yang ia ungkapkan di dalam catatan disputasi maupun makalahnya, memengaruhi perubahan Buku Doa Umum tahun 1552. Pandangan Vermigli kembali memengaruhi kontroversi Ekaristi di Inggris pada tahun 1559. Sanggahan terhadap Stefanus Gardinerus ia tulis untuk membalas Confutatio Cavillationum tahun 1552 dan 1554 yang ditulis Stephen Gardiner sebagai sanggahan terhadap karya tulis mendiang Thomas Cranmer. Dengan 821 halaman folio, Sanggahan terhadap Stefanus Gardinerus menjadi karya tulis terpanjang mengenai Ekaristi yang diterbitkan pada zaman Reformasi Protestan.
Mulanya Vermigli menghasilkan tulisan polemik Ekaristi untuk menyanggah kubu Katolik, tetapi sejak tahun 1557 ia mulai menceburkan diri ke dalam debat dengan kubu Lutheran. Banyak sarjana Lutheran ketika itu berpandangan bahwa tubuh dan darah Kristus hadir secara jasmani di dalam Ekaristi karena bersifat mahahadir. Yohanes Brenz menerbitkan sebuah karya tulis untuk mempertahankan pandangan semacam ini pada tahun 1561, sehingga rekan-rekan Vermigli mendesaknya untuk menulis sebuah sanggahan. Vermigli akhirnya menulis Dialog tentang Dua Kodrat di dalam Kristus dalam bentuk dialog antara Orotetes (Penentu Batas) selaku pihak yang mempertahankan doktrin Kalvinis bahwa tubuh Kristus secara jasmani berada di surga, dan Pantakus (Di Mana-Mana) selaku corong Lutheran yang banyak kata-katanya merupakan petikan langsung dari karya tulis Brenz. Brenz menerbitkan sanggahannya terhadap Dialog tentang Dua Kodrat di dalam Kristus pada tahun 1562. Vermigli pun menyiapkan sanggahan baliknya, tetapi sudah wafat sebelum merampungkannya.