I Gusti Ngurah Rai
Partisipasi dalam perjuangan melawan Belanda > Konsolidasi pasukan anti-Belanda

Pada saat Ngurah Rai kembali ke Bali, sebagian besar pejuang resimennya yang tersisa berkemah di daerah pegunungan dekat desa Munduk, Buleleng yang terletak di tengah pulau atau berbatasan dengan kabupaten Tabanan. Dia pergi ke sana setelah turun, ditemani oleh sebagian kecil dari Pasukan M. Dari sisa pejuang "Pasukan M", terbentuk beberapa kelompok yang pindah ke daerah lain di pulau itu untuk melakukan pengintaian dan mengorganisir gerakan gerilya.
Pergerakan Rai dan pasukannya dilakukan secara sembunyi-sembunyi, dengan sangat hati-hati, sehingga perjalanan ke Munduk memakan waktu hampir 2 minggu. Selama ini situasi di pulau itu semakin mencekam, terjadi serangkaian bentrokan antara pendukung kemerdekaan dengan militer Belanda. Bentrokan paling signifikan terjadi pada 10 April di Denpasar dekat barak garnisun Belanda dan pada 15 April di desa Penebel di Kabupaten Tabanan. Di sana, sekelompok republikan menyerang sebuah pos polisi.
Setibanya di desa Munduk pada 16 April, Ngurah Rai memerintahkan para pejuangnya untuk menahan diri dari bentrokan dengan Belanda. Mengikuti arahan dari komando tinggi, ia memusatkan upayanya untuk menyatukan kekuatan pendukung kemerdekaan. Pada hari pertama setibanya, ia bertemu dengan para pemimpin dua kelompok republik utama yang beroperasi di pulau itu, yang tiba disana - cabang-cabang lokal Pemuda Republik Indonesia dan Pemuda Sosialis Indonesia, yang masing-masing memiliki regu tempurnya sendiri. Sebagai hasil dari pertemuan Ngurah Rai dengan para pemimpin kelompok pemuda, suatu struktur politik tunggal "Dewan Perjuangan Rakyat Indonesia Sunda Kecil" dibentuk yang juga dikenal di Bali dengan kependekan "Dewan Perjuangan". Markas Besar Umum dibentuk sebagai badan kontrol militer di bawah Dewan itu. Ngurah Rai terpilih sebagai Ketua Dewan dan pada saat yang sama menjabat sebagai Kepala Staf Umum. Kombinasi jabatan seperti itu memungkinkannya untuk berkonsentrasi dalam memimpin semua formasi militer dan sipil Provinsi Bali.
Mengambil keuntungan dari kekuatan yang diperluas, Ngurah Rai memerintahkan untuk menarik hampir semua kekuatan di bawah kendalinya ke Munduk. Di wilayah pulau lainnya, diputuskan untuk meninggalkan hanya 6 kelompok pejuang yang sangat kecil. Selain itu, sebagian besar pejuang "Pasukan M" yang datang dari Jawa terus beroperasi di luar markas utama. Pada akhir Mei 1946, Ngurah Rai berhasil mengumpulkan sekitar 1500 orang di kamp dekat Munduk, beberapa di antaranya adalah perempuan dan remaja. Sebagian besar tidak memiliki pengalaman tempur atau pelatihan militer; tidak lebih dari setengah dari para pejuang dilengkapi dengan senjata api. Ada beberapa mortir Jepang dan senapan mesin berat, tetapi amunisinya kecil. Tidak semua anggota Staf Umum mendukung gagasan Ngurah Rai untuk menciptakan satu-satunya formasi pejuang yang jumlahnya begitu besar: ada banyak yang menyarankan untuk membagi pasukan menjadi sejumlah regu kecil yang dapat beroperasi secara diam-diam dalam rangka perjuangan. Namun, tidak ada yang menentangnya, karena kekuasaan pemerintahan Ngurah Rai diakui tanpa syarat dan perintahnya dilaksanakan secara saksama.
Sejalan dengan itu, Ngurah Rai terus menjalin kontak aktif dengan para bangsawan Bali, berkoordinasi dengan mereka tentang taktik aksi melawan Belanda. Diketahui bahwa ia membujuk beberapa kenalannya yang bersimpati dengan gerakan republik untuk menerima posisi dalam struktur administrasi yang dibuat oleh penjajah untuk kemudian memberikan bantuan rahasia kepada para pejuang kemerdekaan.