SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta
Tahap-Tahap Pengembangan

Tahap 1: Dilaksanakan di Komplek Perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan Yogyakarta. Walaupun masih serba prihatin, bahkan untuk jurusan mesin praktik bengkel masih menumpang di ST Lempuyangan, Alhamdulillah animo STM Muhammadiyah Purwodiningratan (pada waktu itu) cukup melegakan dan pernah menampung sampai 22 kelas (kelas I, II dan III).
Tahap 2: Dilaksanakan di Komplek Lapangan Asri tahun 1977 - 1987. Rencana semula dipindah ke Komplek Lapangan Asri ini dengan alasan karena Komplek Purwodiningratan sudah sangat padat sehingga tidak mungkin untuk menambah ruangan yang diperlukan. Di Komplek Lapangan Asri STM Muhammadiyah telah membangun ruangan teori dan juga membuat 3 buah bengkel (Mesin, Listrik dan kayu). Ditengah-tengah pembangunan tahap II ini STM dapat pemberitahuan dari Mejelis bahwa di Komplek Lapangan Asri akan dibangun Universitas Muhammadiyah Yogyakarta.
Tahap 3: Sementara STM Muhammadiyah kebingungan, hadirlah seorang manula (istilah Bp. H. AR. Fachrudin alm. mantan Ketua PP Muhammdiyah) yang dapat menggugah lagi semangat juang para pendiri sekolah ini. Semangat juang para pendiri sekolah ini didorong oleh hamba Allah yang tidak ingin disebutkan namanya, yaitu dengan dibangunnya gedung STM Muhammadiyah Yogyakarta di Jl. Pramuka 62 Giwangan, Yogyakarta pada tahun 1985 s.d. 1987. Untuk bangunan tahap sudah digunakan sejak tahun 1987. Bangunan seluas 3812 meter persegi terdiri dari ruang belajar 20 kelas berlantai 3 dan 2 unit bengkel. dibangun diatas tanah wakaf milik PCM Kotagede seluas 4703 meter persegi diperkirakan menelan biaya sekitar Rp. 500 Juta pada saat itu. Proses pembangunan terus berlanjut sampai sekarang. Satu hal yang sangat mendorong seorang hamba Allah yang tidak ingin disebutkan namanya itu untuk bersama-sama memajukan sekolah ini, antara lain dia pernah bercerita pada panitia pendiri, bahwa dia akan membutuhkan/membeli alat atau perkakas, dari yang sederhana sampai yang agak modern, selalu saja buatan orang lain, misalnya buatan Jepang, Inggris dan sebagainya. Dia selalu mengatakan kapan bangsa kita dapat membuat sendiri. Salah satu tempat yang paling tepat menurut pandangan dia pada waktu itu adalah berusaha membantu terwujudnya pendidikan sekolah teknik (sekarang SMK) yang berkualitas.
Alhamdulillah sekarang sudah terwujud fisik pergedungannya untuk SMK swasta Provinsi DIY belum ada yang semegah SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Nilai Akriditasi Ulang tahun 2013 SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta mendapat nilai tertinggi sehingga ditunjuk sebagai wakil dari kota Yogyakarta.
Pada tahun 2013 SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta menjalin kerja sama bengkel terkenal dari Honda, AHASS menjadi salah satu bagian untuk memberikan pelatihan sesuai dengan kompetensi pada jurusan Teknik Sepeda Motor. SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta juga bekerjasama dengan Astra Daihatsu untuk membentuk kelas Astra pada jurusan Teknik Kendaraan Ringan.
Memasuki Tahun pelajaran 2013/2014, SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta dipercaya oleh Kementrian Pendidikan Nasional untuk turut menjadi pilot projek Kurikulum 2013. Kurikulum 2013 sebagai kurikulum baru akan dijalankan untuk kelas X atau kelas satu pada tahun pelajaran 2013/2014 dan diterapkan pada kelas XI pada tahun depan.