Ulises Ruiz Ortiz
Kontroversi paa pemerintahannya > Konflik 2006

Sejak Mei 2006 (sebelum pemilihan umum federal), pemerintahan Ruiz Ortiz menghadapi protes-protes oleh para guru yang mogok dari Seksi 22 dari SNTE (Persatuan Guru Nasional). Di antara tuntutannya, para guru meminta penggolongan ulang ekonomi untuk negara bagian Oaxaca, yang akan memungkinkan kenaikan gaji mereka. Para demonstran ini duduk di taman kota utama hingga tuntutan-tuntutan mereka dipenuhi. Mereka menolak bertemu dengan pemerintahan Ruiz, dan sebaliknya hanya bertemu dengan anggota pemerintahan federal . Pada 14 Juni 2006, polisi dikirim untuk membuarkan para guru itu dengan paksa dari taman kota dengan menggunakan bom-bom gas serta peluruh-peluru karet. Para pemogok membalas dan berhasil mengusir polisi. Setelah itu, gerakan guru menambahkan tuntutan mereka, yaitu pengunduran diri Gubernur dengan segera. Kekerasan dan penindasan yang dilakukan terhadap para guru memicu berbagai protes dari orang-orang di dalam maupun di luar negara bagian ini.
Berbagai organisasi sipil dan politik bergabung dengan gerakan para guru dan membentuk APPO atau Asamblea Popular del Pueblo de Oaxaca (Majelis Rakyat Oaxaca). Petisi utama APPO adalah pengunduran diri segera Ulises Ruiz. Berbagai protes menuntut pengunduran diri Ruiz terjadi di seluruh neara bagian ini. Kantor-kantor pemerintah, stasiun radio publik dan sistem penyiaran umum diambil alih oleh APPO. Sebuah petisi hukum diajukan kepada Kongres federal untuk memecat gubernur.
Ruiz Ortiz telah menyatakan bahaw ia tidak berencana untuk mundur. Pemerintah Federal yang mulanya tidak melibatkan diri dalam konflik ini, telah mengirim sebuah komisi untuk membantu dalam perundingan dan telah menyerukan kepada Gubernur untuk mundur. Pad a29 Oktober, polisi fedearl dikirim untuk menduduki kota dan telah terlibat dalam konfrontasi dengan APPO sepanjang bulan November.
Karena kantor-kantor pemerintah telah ditutup karena berbagai protes, Gubernur telah memindahkan kantornya ke sebuah hotel.   Diarsipkan 2007-09-27 di Wayback Machine.
Pada Agustus 2006 konflik ini menjadi semakin keras. Kelompok-kelompok bersenjata menembaki protes-protes rakyat
, dan pada 21 dan 22 Agustus menyerang stasiun-stasiun radio yang dikuasai oleh APPO. Pemerintah Ulises Ruiz menyangkal bertanggung jawab atas serangan-serangan tersebut.
Pada 3 September 2006, 193 delgasi dari berbagai organisasi yang membentuk APPO menyatakan Ulises Ruiz Ortiz (URO) "proscrito" – dilarang, diusir, dan tidak diterima – di negara bagian Oaxaca. Sang bekas gubernur akan digantika oleh sebuah "proklamasi pemerintahan yang baik untuk kota Oaxaca, sebuah proklamasi untuk 570 munisipalitas, dan manifesto kepada negara, yang menyatakan pengusiran URO dari pemerintahan, dan bahwa pemerintah akan terus dijalankan dari pusat historis kota Oaxaca".
Setidak-tidaknya 17 orang telah terbunuh di Oaxaca sejak dimulainya konflik ini, termasuk wartawan IndyMedia AS Bradley Roland Will.  Menjawab berbagai kematian baru-baru ini, Subcomandante Marcos dari EZLN telah mengeluarkan pernyataan dari Komite Revolusi Penduduk Asli Klandestin, yang mengklaim bahwa Ruiz berada di balik pembunuhan-pembunuhan itu.
Pada 6 November 2006, konflik ini meningkat setelah lima kelompok gerilya melakukan serangan teroris di Ciudad de México yang menuntut pengunduran diri Ruiz. Serangan-serangan ini terdiri dari 3 leadakan di kantor pusat PRI, kantor utama TEPJF, sebuah cabang Scotiabank. Tampaknya 8 bom dipasang dan sebuah cabang Scotiabank lainnya diharapkan meledak, seperti halnya juga di sebuah toko Sanborns, tetapi kedua target terakhir ini gagal meledak. Pemerintah Federal telah menyatakan bahwa tindakan-tindakan teroris ini adalah aktivitas-aktivitas propaganda yang berusaha menanamkan rasa takut pada penduduk, tetapi dinyatakan juga bahwa satu-satunya pemecahannya yang mungkin adalah bila Ruiz melepaskan jabatannya di Oaxaca, atau secara pribadi merundingkan upaya mengakhiri kekerasan ini.