Kebebasan beragama di Indonesia
Reformasi (1998–sekarang) > Peran negara dan hukum

Prof. Dr. Jimly Asshiddiqie, SH dalam "Dialog Kebangsaan tentang Toleransi Beragama" (Jakarta, 13 Februari 2014) menyatakan bahwa peran pemerintah sangat penting dalam mencegah tindakan intoleransi di Indonesia, misalnya dengan menghilangkan peraturan perundangan yang bertentangan dengan hak asasi manusia dan mencegah pelaksanaan hukum yang timpang antar kelompok sosial. Brian J. Grim, Presiden Religious Freedom & Business Foundation (2014), menyatakan bahwa dalam suatu penelitian, tingkat perlindungan pemerintah terhadap kebebasan beragama setara dengan ada atau tidaknya kekerasan terhadap agama minoritas maupun kekerasan sektarian dalam masyarakat.
Menurut Human Rights Watch, oknum pejabat pemerintah dan polisi justru memberikan dukungan baik secara diam-diam maupun terbuka kepada kelompok-kelompok militan yang terlibat atau mendukung penyerangan terhadap minoritas, seperti Forum Umat Islam (FUI), Forum Komunikasi Muslim Indonesia (Forkami), Front Pembela Islam, Hizbut Tahrir Indonesia, dan Gerakan Islam Reformis (Garis). Komnas HAM (2016) mengemukakan bahwa pemerintah kabupaten dan kota menempati peringkat tertinggi dalam daftar pihak yang diadukan sebagai pelaku dugaan pelanggaran hak kebebasan beragama dan keyakinan, bahkan menjadi bagian dan turut serta dalam perbuatan intoleran. Hal tersebut disebabkan Pemda tidak berani menghadapi massa intoleran sehingga mengorbankan yang menjadi korban intoleransi, misalnya dengan dikeluarkannya Peraturan Gubernur Jawa Barat No. 12/2011 tentang larangan kegiatan jemaat Ahmadiyah Indonesia di Jawa Barat.
Eva Kusuma Sundari, anggota Komisi III DPR-RI menegaskan adanya upaya sistematis kelompok intoleran di Indonesia dengan cara membiayai, mencetak buku, menyusup ke dalam Kementerian Agama, dan mengontaminasi aparat keamanan. Ia menyayangkan adanya kapolres yang merujuk kepada fatwa Muspida dan MUI untuk menegakkan hukum, bukan pada konstitusi. Kasus masuknya paham radikal dalam buku-buku pelajaran agama dari TK hingga sekolah menengah, serta dalam lingkungan universitas, mencuat semenjak tahun 2015 dan menjadi perhatian serius dinas pendidikan dan pemerintah.
Semenjak periode Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (2004), Setara Institute melaporkan peningkatan kekerasan terhadap agama dan mazhab minoritas, antara lain penyerangan terhadap lebih dari 430 gereja dan penyegelan puluhan masjid Ahmadiyah. Sesuai laporan ke Komnas HAM serta pemantauan berbagai lembaga seperti Wahid Institute, Setara Institute, dan Moderate Muslim Society, pelanggaran hak kebebasan beragam mengalami peningkatan selama periode tahun 2007-2012. Komnas HAM menilai Indonesia sedang menghadapi keadaan darurat HAM pada akhir tahun 2013. Masyarakat mulai apatis untuk melaporkan tindakan kekerasan dan intoleransi karena kasus-kasus yang ditangani tidak ada yang ditangani secara tuntas oleh lembaga-lembaga pemerintah terkait demi "kerukunan umat beragama", misalnya kasus Sampang tahun 2012. Pada tanggal 26 Desember 2012, warga Syiah di Dusun Nangkernang, Desa Karanggayam, Kecamatan Omben, Sampang mengalami penyerangan oleh 200 orang dari mazhab Sunni sehingga terjadi korban tewas 2 orang dan puluhan rumah dibakar. Pemerintah melalui Menag Suryadharma Ali menyatakan bahwa kasus Sampang merupakan murni permasalahan keluarga yang berlarut-larut.
Masalah ketimpangan hukum misalnya terjadi pada puluhan gereja yang memenuhi syarat hukum pembangunan rumah ibadah tetapi akhirnya dicabut izinnya setelah ditekan kelompok militan Islamis, sekalipun bertentangan dengan keputusan Mahkamah Agung yang memberikan izin. Tindakan intoleransi tersebut dilaporkan dan menjadi topik dalam sidang PBB di Jenewa (Mei 2012), tetapi pelaporan tersebut disayangkan oleh beberapa pihak. KH Hasyim Muzadi menyebutkan bahwa Indonesia merupakan negara muslim yang paling toleran di dunia saat ini; selain menyebutkan bahwa Swiss melarang pembangunan menara masjid, Prancis mempermasalahkan jilbab, dan negara-negara lain yang tidak menghormati agama karena melegalkan pernikahan sejenis. Suara Islam (30-5-2012) melalui artikel berjudul "LSM Liberal Jualan Isu Intoleransi ke PBB" juga menyatakan bahwa isu intoleransi di Indonesia adalah tidak benar; bahwa selain Indonesia mengakui hari raya keenam agama, juga disebutkan bahwa di wilayah umat muslim menjadi minoritas "pendirian masjid juga dipersulit". Bahkan, Harits Abu Ulya di Kantor MUI Jakarta (7 Juni 2012) menduga adanya persekongkolan antara pihak gereja dan jaringan liberal berbentuk LSM sehingga Dewan HAM PBB menuding umat Islam Indonesia intoleran. Sementara itu, Ust. Zainal Abidin Al-Floresi menggugat tudingan bahwa umat Islam di Indonesia intoleran dengan membandingkan terhadap kondisi umat muslim minoritas di negara-negara lain serta adanya stigma negatif terhadap syariat Islam serta kelompok-kelompok Islam.
Pada tahun 2014, Indonesia kembali mendapat sorotan PBB dalam Sidang Dewan HAM PBB sesi ke-26 (10 Juni 2014) mengenai masalah "hak kebebasan berkumpul" kelompok agama atau mazhab minoritas, disamping lemahnya penegakan hukum yang melindungi. Muhamad Subhi dari the Wahid Institute menyebutkan bahwa terdapat pihak-pihak tertentu, bahkan dari pihak penyelenggara negara, yang mempertanyakan tindakan advokasi internasional karena dianggap mempermalukan Indonesia di mata internasional. Ia menyatakan bahwa, "Padahal, pelaporan ke dunia internasional terjadi karena ada kebuntuan di nasional, keengganan di tingkat nasional untuk sungguh-sungguh menyelesaikan ancaman intoleransi."
Komnas HAM dan the Wahid Institute menunjukkan data bahwa masih terjadi pengingkatan tindakan kekerasan yang mengatasnamakan agama pada tahun 2015. Intoleransi keberagamaan paling sering dialami jemaat Ahmadiyah. Intoleransi juga dialami oleh komunitas Gafatar. Setara Institute melaporkan adanya peningkatan kasus intoleransi beragama pada tahun 2015 dibandingkan tahun sebelumnya. Namun, Menag Lukman Hakim Saifuddin dalam laporan tahunan kehidupan keagamaan Indonesia 2015 menyebutkan bahwa kerukunan umat beragama di Indonesia dinilai sangat baik (75,36%). Ia menegaskan bahwa isu agama sering kali dilatari oleh motif lain, misalnya saat menjelang pilkada.