Che Guevara
Revolusi Kuba > Teluk Babi dan krisis misil

Artikel utama: Invasi Teluk Babi dan Krisis Misil Kuba
Pada tanggal 17 April 1961, 1.400 orang Kuba di pengasingan yang dilatih oleh Amerika Serikat melancarkan Invasi Teluk Babi. Guevara tidak memainkan peranan penting selama pertempuran, karena sehari sebelum dimulainya serangan, sebuah kapal perang yang mengangkut para marinir melancarkan serangan bohong-bohongan ke pesisir barat Pinar del Río, sehingga perhatian pasukan yang dipimpin oleh Guevara pun teralih ke wilayah tersebut. Namun, para sejarawan masih tetap menghargai jasanya karena ia merupakan direktur pengarahan angkatan bersenjata Kuba pada masa itu. Penulis Tad Szulc dalam upayanya untuk menjelaskan kemenangan Kuba menyatakan bahwa "Para revolusioner menang karena Che Guevara, sebagai kepala Departemen Pengarahan Angkatan Bersenjata Revolusioner yang mengurus program pelatihan milisi, telah melakukan tugasnya dengan baik dalam menyiapkan 200.000 pria dan wanita untuk berperang." Namun, selama proses pengerahan pasukan, pipi Guevara sempat terserempet peluru saat pistolnya jatuh dari tempat penyimpanannya dan secara tak sengaja tertembak.
Pada Agustus 1961, selama konferensi ekonomi Organisasi Bangsa-Bangsa Amerika di Punta del Este, Uruguay, Che Guevara mengirimkan surat yang mengungkapkan "rasa terima kasih" kepada Presiden Amerika Serikat John F. Kennedy melalui Richard N. Goodwin, Deputi Asisten Sekretaris Negara untuk Urusan Antar-Amerika. Di dalam surat tersebut tertulis "Terima kasih atas Playa Girón (Teluk Babi). Sebelum invasi, revolusi masih goyah. Sekarang revolusi lebih kuat daripada sebelumnya." Sebagai tanggapan terhadap ajakan Menteri Keuangan Amerika Serikat Douglas Dillon kepada negara-negara Amerika Latin untuk bergabung dengan Alliance for Progress, Guevara menolak klaim Amerika Serikat sebagai sebuah negara "demokrasi", dengan menyatakan bahwa sistem semacam itu tidak selaras dengan "oligarki keuangan, diskriminasi terhadap orang kulit hitam, dan kebiadaban-kebiadaban Ku Klux Klan". Guevara melanjutkan dengan menentang "penindasan" yang menurutnya telah "mengusir para ilmuwan seperti Oppenheimer dari jabatan mereka, membuat dunia tidak dapat lagi menikmati suara menakjubkan Paul Robeson selama bertahun-tahun, dan mengirim pasangan Rosenberg menuju kematian meskipun ditentang oleh dunia." Guevara mengakhiri pernyataannya dengan menuduh bahwa Amerika Serikat tidak tertarik melakukan reformasi yang sebenarnya, dan ia berkomentar bahwa "Para pakar AS tak pernah berbicara tentang reformasi agraria; mereka lebih suka subjek yang aman, seperti pasokan air yang lebih baik. Singkatnya, mereka tampaknya sedang mempersiapkan revolusi toilet."
Guevara pada dasarnya merupakan perancang hubungan Kuba dengan Soviet, dan ia juga berperan penting dalam membawa misil balistik Soviet yang dilengkapi dengan hulu ledak nuklir ke Kuba, sehingga menimbulkan Krisis Misil Kuba pada Oktober 1962 yang hampir menghantarkan dunia menuju perang nuklir. Beberapa minggu setelah krisis tersebut, dalam sebuah wawancara dengan surat kabar komunis Inggris Daily Worker, Guevara masih murka karena ia merasa Soviet telah mengkhianati Kuba, dan ia memberitahukan kepada koresponden Sam Russell bahwa apabila misil-misil tersebut dikendalikan secara langsung oleh Kuba, mereka akan menembakkannya. Belakangan Guevara mengulang pernyataan serupa bahwa "jutaan korban perang atom" layak digugurkan demi perjuangan sosialis melawan "agresi imperialis". Krisis misil tersebut juga semakin meyakinkan Guevara bahwa dua adidaya dunia (Amerika Serikat dan Uni Soviet) memanfaatkan Kuba sebagai pion dalam strategi global mereka. Setelah itu, ia mengutuk Soviet hampir sesering ia mengutuk Amerika.