Agama di Indonesia
Sejarah

Artikel utama: Penyebaran agama Buddha di sepanjang Jalur Sutra, Ajaran Siwa-Buddha, dan Penyebaran Islam di Nusantara
Kiri: Prosesi kremasi  dalam upacara  Maanyan. Kanan: Sedekah laut di Situbondo.
Sampai awal era Masehi, orang-orang Nusantara (suku bangsa Austronesia serta bangsa Papua) menganut agama dan kepercayaan serta budaya sendiri. Kelompok pendatang—dari subbenua India, Tiongkok, Portugal, Arab, dan Belanda—menjadi faktor utama persebaran agama lain di Indonesia. Meskipun demikian, agama beserta juga budaya yang dibawa ini diubah akibat beberapa modifikasi untuk menyesuaikan dengan karakteristik Indonesia.
Agama Hindu dan Buddha telah dibawa ke Indonesia sekitar abad ke-2 dan abad ke-4 Masehi ketika pedagang dari India datang ke Sumatra, Jawa, dan Sulawesi dengan membawa agama mereka. Hindu mulai berkembang di pulau Jawa pada abad kelima Masehi dengan kasta Brahmana yang memuja Siva. Pedagang juga mengembangkan ajaran Buddha pada abad berikut lebih lanjut dan sejumlah ajaran Buddha dan Hindu telah memengaruhi kerajaan-kerajaan kaya, seperti Kutai, Sriwijaya, Majapahit, dan Sailendra. Sebuah candi Buddha terbesar di dunia, Borobudur, dibangun oleh Kerajaan Sailendra pada waktu yang sama, begitu pula dengan candi Hindu, Prambanan juga dibangun. Puncak kejayaan Hindu-Jawa, Kerajaan Majapahit, terjadi pada abad ke-14 M, yang juga menjadi zaman keemasan dalam sejarah Indonesia. Hinduisme memiliki pengaruh yang menentukan pada ideologi pemerintahan satu orang raja.
Teori Makkah, teori ini dikemukakan oleh Sir Thomas Arnold bersama Crawfurd, Niemann, dan de Hollander. Menurut Arnold, Coromandel dan Malabar bukan satu-satunya tempat Islam berasal, tetapi juga dari Arab. Dalam pandangan Arnold, para pedagang Arab menyebarkan Islam ketika mereka dominan dalam perdagangan Barat-Timur sejak abad-abad awal Hijriah atau abad ke-7 dan ke-8 Masehi.
Pengaruh Islam telah masuk ke nusantara sekitar abad 7, dibawa langsung oleh para pedagang Arab. Buktinya adalah adanya permukiman Islam pada tahun 674 di Baros. Uraian tersebut merupakan proses masuknya Islam dalam Teori Arab atau Makkah. Teori ini juga disetujui oleh beberapa ahli Indonesia, salah satunya adalah Hamka. Selain alasan kesamaan mazhab, Hamka melihat bahwa gelar raja-raja Pasai adalah al-Malik, bukan Shah atau Khan seperti yang terjadi di Persia dan India. Di samping itu, pada abad ke-13 Masehi, ada ulama-ulama Jawi yang mengajarkan tasawuf di Makkah.
Mengutip jurnal Portugis dan Misi Kristenisasi di Ternate oleh Usman Nomay (204), Kristen mulai memasuki wilayah Nusantara setelah penjajah Portugis berhasil merebut Malaka, pusat perdagangan di Asia Tenggara. Dari Malaka, mereka berlayar ke wilayah penghasil rempah-rempah yaitu Maluku.
Saat tiba di Maluku mereka disambut dengan baik oleh Sultan Ternate, bahkan diberi kesempatan untuk membangun benteng, sebagai bukti toleransi tinggi Sultan Ternate kepada tamunya.
Oleh sebab itu mereka mulai melaksanakan berbagai macam metode untuk mengajak orang-orang Ternate yang beragama Islam atau yang masih menganut dinamisme dan animisme untuk mengimani Kristen Katolik. Laki-laki Portugis mengawini budak-budak dan perempuan pribumi, kemudian menjadikan mereka penganut Katolik.
Melalui politik devide et impera dan kerjasama dengan penguasa lokal dalam bidang perdagangan, Portugis mulai melakukan misi Jesuitnya. Kepada orang awam, Portugis memberikan pengetahuan bahwa agama Kristen memberi kedamaian dan keselamatan.
Seorang misionaris, Franciscus Xaverius bahkan berhasil membaptis beribu-ribu orang. Selain Maluku, misi Katolik juga menyebar ke daerah-daerah lain seperti Sulawesi Utara dan Nusa Tenggara Timur, sebelum Portugis diusir dari Kepulauan Nusantara pada 1575.
Mengutip jurnal Misi Kristen di Indonesia: Kesaksian Kristen Protestan oleh Benyamin F. Intan (2015), mulanya dalam kontrak antara VOC dan Belanda tidak terdapat pasal tentang kekristenan. Namun pada 1623 VOC juga diharuskan menyebarkan misi Kristen.
Karena motif utama VOC adalah perdagangan, maka dukungan terhadap penyebaran misi Protestan dilakukan selama hal tersebut mendatangkan keuntungan.
Setelah kekuatan Portugis di Nusantara hancur, pejabat VOC beranggapan pengkonversian agama penduduk dari Katolik ke Protestan sangat penting agar loyalitas mereka berpindah dari Portugis ke Belanda.
Oleh sebab itu selama kurun waktu 1602-1800, VOC mengirimkan 254 pendeta dan 800 konselor Kristen. Mereka memang berhasil mengkristenkan banyak orang, namun karena VOC berorientasi pada keuntungan politik dan ekonomi, banyak ditemukan warga yang identitasnya saja Kristen, namun pada praktiknya tidak sesuai dengan apa yang diajarkan. Orientasi pada jumlah ini malah menghasilkan sinkretisme.
Mengutip Kolonialisme dan Misi Kristen di Jawa karya Muhammad Isa Anshory (2011), dibandingkan VOC, pemerintah Hindia Belanda memberikan lebih banyak perhatian terhadap perkembangan Kristen di wilayah koloninya. Pemerintah bahkan memberikan gaji kepada para pendeta yang berkarya di Hindia Belanda.
Namun untuk menjaga ketertiban dan keamanan, beberapa daerah yang berpenduduk mayoritas Muslim dinyatakan tertutup bagi kegiatan misi. Misionaris yang akan menyebarkan agama harus mengantongi izin terlebih dahulu dari pemerintah.
Di era politik etis, persebaran Kristen semakin meluas. Para misionaris dengan bantuan subsidi pemerintah mendirikan sekolah-sekolah, rumah sakit dan balai-balai kesehatan.
Pada Periode Orde Lama Sukarno (dari tahun 1945 hingga 1965) terjadi gangguan antara agama dan negara.[perlu dijelaskan] Perubahan penting terhadap agama-agama juga terjadi sepanjang era Orde Baru. Antara tahun 1964 dan 1965, ketegangan antara PKI dan pemerintah Indonesia, bersama dengan beberapa organisasi mengakibatkan terjadinya konflik dan pembunuhan terburuk pada abad ke-20. Atas dasar peristiwa itu, pemerintahan Orde Baru mencoba untuk menindak para pendukung PKI, dengan menerapkan suatu kebijakan yang mengharuskan semua untuk memilih suatu agama, karena kebanyakan pendukung PKI adalah ateis. Sebagai hasilnya, tiap-tiap warga negara Indonesia diharuskan untuk membawa kartu identitas pribadi yang menandakan agama mereka. Kebijakan ini mengakibatkan suatu perpindahan agama secara massal, dengan sebagian besar berpindah agama ke Kristen Protestan dan Kristen Katolik. Karena Konghucu bukanlah salah satu dari status pengenal agama, banyak orang Tionghoa juga berpindah ke Kristen atau Buddha.