Domestikasi hewan
Aliran gen pasca-domestikasi

Saat masyarakat pertanian bermigrasi menjauhi pusat-pusat domestikasi dengan membawa hewan domestik, hewan-hewan ini kemudian bertemu dengan populasi hewan liar dari spesies yang sama atau kerabat dekatnya. Karena hewan domestik sering kali memiliki nenek moyang bersama paling terkini dengan populasi liar, mereka mampu menghasilkan keturunan yang subur. Populasi hewan domestik relatif sedikit dibandingkan populasi liar di sekitarnya sehingga hibridisasi berulang antara keduanya akan menyebabkan populasi domestik yang dilahirkan memiliki perbedaan genetik dibandingkan populasi sumber domestik aslinya.
Kemajuan dalam teknologi pengurutan DNA memungkinkan genom inti diakses dan dianalisis dalam kerangka genetika populasi. Hasil pengurutan ini menunjukkan bahwa aliran gen merupakan hal yang umum, tidak hanya di antara populasi domestik yang beragam secara geografis dari spesies yang sama, tetapi juga antara populasi domestik dan spesies liar yang tidak pernah melahirkan populasi domestik.
Sifat kaki kuning yang dimiliki oleh banyak ras ayam komersial modern diperoleh melalui introgresi dari ayam hutan abu-abu yang berasal dari Asia Selatan.
Sapi-sapi di Afrika merupakan hibrida yang memiliki sinyal mitokondria maternal sapi taurin dari Eropa dan tanda kromosom Y paternal dari sapi zebu dari Asia.
Banyak spesies Bovidae lainnya, seperti bison, yak, bison, dan gaur juga berhibridisasi dengan mudah.
Kucing dan kuda telah terbukti berhibridisasi dengan banyak spesies yang berkerabat dekat.
Lebah madu domestik telah dikawinkan dengan begitu banyak spesies sehingga mereka sekarang memiliki lebih banyak variasi genom dibandingkan nenek moyang mereka yang liar.
Data arkeologi dan genetik menunjukkan bahwa aliran gen dua arah jangka panjang antara stok liar dan domestik—termasuk Canidae, keledai, kuda, unta Dunia Baru dan Lama, kambing, domba, dan babi—adalah hal biasa. Aliran gen dua arah antara rusa domestik dan liar berlanjut hingga hari ini.
Konsekuensi dari introgresi ini adalah bahwa populasi domestik modern sering kali tampak memiliki afinitas genomik yang jauh lebih besar dengan populasi liar yang tidak pernah terlibat dalam proses domestikasi awalnya. Oleh karena itu, ada usulan agar istilah "domestikasi" hanya bisa digunakan untuk menggambarkan proses awal domestikasi suatu populasi diskrit dalam ruang dan waktu tertentu. Persilangan selanjutnya antara populasi domestik introduksi dan populasi liar lokal yang tidak pernah didomestikasi harus digambarkan sebagai "penangkapan introgresif". Penggabungan kedua proses yang berbeda ini dapat mengacaukan pemahaman kita tentang proses domestikasi aslinya dan dapat menyebabkan inflasi artifisial tentang berapa kali domestikasi terjadi. Dalam beberapa kasus, introgresi ini dapat dianggap sebagai introgresi adaptif, seperti yang diamati pada domba domestik yang menerima aliran gen dari mouflon eropa liar.
Persilangan secara berkelanjutan antara populasi anjing dan serigala yang berbeda, baik di Dunia Lama maupun Dunia Baru, selama setidaknya 10.000 tahun terakhir telah mengaburkan tanda-tanda genetik dan membingungkan upaya para peneliti untuk menunjukkan asal-usul anjing dengan tepat. Tak ada satu pun populasi serigala modern yang berkaitan dengan serigala Pleistosen yang pertama kali didomestikasi, dan kepunahan serigala yang merupakan nenek moyang langsung dari anjing telah memperkeruh upaya untuk menentukan waktu dan tempat domestikasi anjing.