Pokémon X dan Y
Alur > Cerita

Lihat pula: Daftar karakter Pokémon dan Daftar Pokémon
Mirip dengan produk permainan Pokémon sebelumnya, X dan Y mengikuti alur cerita satu arah yang peristiwa utamanya terjadi dalam urutan yang beraturan. Pemain akan memerankan karakter protagonis yang baru saja pindah ke Kota Vaniville bersama ibu mereka. Di kota tersebut, mereka akan berteman dengan empat pelatih pemula, yaitu Shauna, Tierno, Trevor, dan pesaing utama pemain antara Calem atau Serena. Mereka semua dipanggil untuk bertemu dengan Profesor Sycamore di Kota Lumiose. Sebelum memulai petualangannya, pemain akan diberikan pilihan oleh Tierno untuk memilih salah satu dari tiga Pokémon pemula, yaitu Chespin, Fennekin, atau Froakie. Selama perjalanan, mereka akan belajar tentang pertarungan di Gym Pokémon Kota Santalune. Pimpinan gym tersebut, yaitu Viola, akan memberikan sebuah lencana jika para pelatih mampu mengalahkannya. Selanjutnya, pemain akan bertemu dengan dua asisten Profesor Sycamore, yaitu Sina dan Dexio, yang akan mengantar mereka kembali menemui Profesor Sycamore di Kota Lumiose. Di sana, Sycamore akan memperkenalkan konsep Evolusi Mega kepada pemain dan meminta mereka untuk melakukan perjalanan melintasi wilayah Kalos untuk mengungkap misteri di baliknya. Sycamore juga memberikan satu Pokémon pemula dari Kanto beserta Mega Stone kepada setiap pelatih. Sebelum meninggalkan Kota Lumiose, pemain akan bertemu dengan seorang pria bernama Lysandre yang memiliki ambisi untuk menciptakan dunia yang lebih indah.
Di tengah perjalanan, pemain akan bertemu dengan Team Flare, sebuah organisasi kriminal yang awalnya bertujuan untuk menghasilkan uang dari Pokémon. Namun, pemain kemudian akan mengungkap tujuan sesungguhnya dari Team Flare, yaitu untuk memusnahkan umat manusia dan mengembalikan dunia ke keadaan yang dianggap mereka lebih murni dan indah. Saat memasuki Kota Shalour, pemain akan mempelajari penggunaan Evolusi Mega dari Guru Gurkinn dan cucunya, Korrina, yang juga merupakan pimpinan gym di kota itu. Setelah berhasil mengalahkan Korrina dalam pertarungan khusus yang hanya boleh menggunakan Evolusi Mega dengan menggunakan Lucario, pemain akan diberikan kemampuan untuk menggunakan Evolusi Mega secara bebas di mana saja. Pemain kemudian akan melanjutkan perjalanan dengan tujuan utama untuk mengalahkan para pimpinan gym. Pemain juga akan menghentikan berbagai rencana jahat yang dilakukan oleh Team Flare. Di Lumiose Badlands, pemain akan menghadapi Team Flare yang sedang mencoba mencuri energi dari pembangkit listrik di tempat tersebut. Setelah mengalahkannya, pemain akan membantu memulihkan pasokan listrik yang sempat terganggu di Kota Lumiose. Setelah mendapatkan lencana gym yang ketujuh, pemain dan penduduk Kalos lainnya akan mendapatkan pesan dari Lysandre melalui Holo Caster, sebuah perangkat komunikasi holografis. Melalui pesannya, Lysandre mengungkapkan bahwa ia adalah pemimpin Team Flare dan memiliki rencana besar untuk memusnahkan umat manusia.
Setelah mengikuti petunjuk dari teman seperjalanan dan penduduk setempat, pemain akan menemukan laboratorium rahasia Team Flare yang terletak di bawah sebuah kafe di Kota Lumiose. Di sana, mereka akan bertemu dengan seorang pria bernama AZ yang mengaku dirinya adalah seorang raja yang berusia 3.000 tahun. AZ mengungkapkan bahwa ia pernah menggunakan "senjata pamungkas" untuk mengakhiri perang di Kalos. Ia mengambil keputusan itu dengan harapan dapat menghidupkan kembali Floette, Pokémon yang sangat dicintainya. Namun, Pokémon tersebut menolak untuk bergabung dengan AZ dan memilih meninggalkannya setelah melihat tindakan AZ saat menggunakan senjata tersebut. Perang yang terjadi 3.000 tahun yang lalu juga telah menyebabkan peristiwa yang tidak disengaja, yaitu terciptanya Evolusi Mega ketika energi berlebih dimasukkan ke dalam sebuah asteroid. Sementara itu, Lysandre dan Team Flare juga mengejar senjata tersebut dengan maksud untuk menggunakannya sebagai senjata pemusnah massal untuk memusnahkan umat manusia. Bersama Shauna dan Calem/Serena, pemain akan mengejar Lysandre dan Team Flare untuk mencoba menghentikan rencana jahat mereka. Pemain selanjutnya akan memasuki markas kedua Team Flare yang berada di Kota Geosenge, yang juga menjadi tempat senjata pamungkas berada. Setelah mencapai inti senjata, pemain akan menemukan Pokémon legendaris Xerneas atau Yveltal yang tiba-tiba terbangun setelah menjalani tidur panjang. Pemain hanya memiliki satu kesempatan untuk menangkap Pokémon legendaris tersebut sebelum melanjutkan perjuangan untuk mengakhiri rencana jahat Lysandre melalui pertarungan terakhir. Setelah pertarungan terakhir tersebut, Lysandre mengalami kekalahan dan memilih untuk mengorbankan hidupnya dengan mengaktifkan senjata pamungkas. Sesaat sebelym markas tersebut hancur, pemain, Shauna, dan Calem/Serena berhasil keluar dengan selamat.
Setelah kekalahan Team Flare, pemain melanjutkan perjalanan mereka dan berhasil memperoleh lencana gym kedelapan, yang merupakan lencana terakhir. Setelah mengumpulkan delapan lencana, pemain mendapatkan kesempatan untuk menantang Elite Four wilayah Kalos. Bersama teman-teman mereka, pemain akan melewati Victory Road untuk mencapai Liga Pokémon Kalos. Pada tahapan ini, mereka akan menghadapi tantangan terakhir. Setelah berhasil mengalahkan Elite Four, pemain akan menghadapi dan mengalahkan juara Liga Kalos, Diantha. Setelah kemenangan tersebut, pemain dinobatkan sebagai juara baru di wilayah Kalos. Profesor Sycamore selanjutnya akan menyelenggarakan sebuah parade untuk merayakan peran pemain dalam menyelamatkan Kalos dan menjadi juara Liga Pokémon. Saat parade tersebut berlangsung, AZ akan muncul untuk menantang pemain. Ia mengakui kekuatan yang dimiliki oleh pemain dan mencoba memprovokasinya mengenai makna dan arti menjadi seorang pelatih Pokémon. Setelah pemain berhasil mengalahkannya, Floette akan muncul dan bersatu kembali dengan AZ setelah berpisah selama 3.000 tahun.