Museum Nasional Indonesia
Pasca-kemerdekaan

Setelah kemerdekaan Indonesia, pada bulan Februari 1950, lembaga ini berganti nama menjadi Lembaga Kebudayaan Indonesia. Pada tanggal 17 September 1962, lembaga ini diserahkan kepada pemerintah Indonesia dan dikenal dengan nama Museum Pusat. Melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 092/0/1979 tanggal 28 Mei 1979, namanya diubah menjadi Museum Nasional.
Pada kuartal terakhir abad ke-20, koleksi manuskrip dan literatur museum diserahkan kepada Perpustakaan Nasional Indonesia, sementara koleksi seni rupa, termasuk lukisan, dipindahkan ke Galeri Nasional.
Pada tahun 1977, sebuah perjanjian antara Indonesia dan Belanda menghasilkan pemulangan beberapa harta karun budaya ke Indonesia. Di antara harta karun yang dikembalikan adalah harta karun dari Lombok, naskah lontar Nagarakretagama, dan patung Prajnaparamita dari Jawa yang sangat indah. Benda-benda tersebut kini disimpan di Museum Nasional Indonesia.
Pada tahun 1980-an, ada kebijakan pemerintah untuk mendirikan museum negeri di setiap provinsi di Indonesia. Ide ini terwujud pada tahun 1995 ketika semua provinsi di Indonesia memiliki museum negeri. Sejak saat itu, semua temuan arkeologi yang ditemukan di setiap provinsi tidak harus dibawa ke Museum Nasional di Jakarta, tetapi disimpan dan dipajang di museum negeri yang terletak di ibukota provinsi. Namun, ada pengecualian untuk beberapa temuan arkeologi yang sangat penting, seperti timbunan Wonoboyo dari abad ke-10 dan arca Siwa dari perunggu.
Pada tahun 2007, sebuah gedung baru di sebelah utara gedung yang sudah ada dibuka, yang menampilkan banyak artefak dari zaman prasejarah hingga zaman modern. Gedung baru ini, yang disebut Gedung Arca (Gedung Arca), menyediakan ruang pameran baru. The old building is named Gedung Gajah (Elephant Building).
Pada tanggal 11 September 2013, empat artefak emas berharga dari masa kerajaan Mataram Kuno abad ke-10 dicuri dari museum. Benda-benda tersebut pertama kali ditemukan di reruntuhan pemandian kerajaan kuno Jalatunda dan di candi-candi di lereng Gunung Penanggungan di Kabupaten Mojokerto, Jawa Timur. Empat artefak yang hilang adalah sebuah plakat emas berbentuk naga, sebuah plakat emas berbentuk bulan sabit bertuliskan, dan satu plakat Harihara berwarna emas-perak, serta sebuah kotak kecil berwarna emas. Semua benda yang hilang tersebut dipajang bersama dalam sebuah etalase kaca yang terletak di dalam ruang arkeologi artefak dan harta karun emas di lantai dua Gedung Gajah (sayap lama).
Saat ini, terdapat dua bangunan utama di museum, yaitu Gedung A (Gedung Gajah atau sayap lama) di bagian selatan, dan Gedung B (Gedung Arca atau sayap baru) di bagian utara. Gedung ketiga, Gedung C, direncanakan sebagai perluasan untuk menampung dan melestarikan koleksi museum yang sangat banyak. Pada tahun 2017, Gedung Gajah atau sayap lama sedang direnovasi besar-besaran, sementara Gedung C sedang dalam tahap pembangunan.
Dalam kunjungan kenegaraan ke Indonesia pada bulan Maret 2020, Raja Willem-Alexander dari Belanda mengembalikan keris Pangeran Diponegoro dari Yogyakarta ke Indonesia, yang diterima oleh Presiden Joko Widodo. Diponegoro adalah pemimpin karismatik pemberontakan massal melawan pemerintahan kolonial Belanda di Jawa Tengah. Ia dikalahkan dan ditawan setelah berakhirnya Perang Jawa pada tahun 1830. Kerisnya telah lama dianggap hilang, namun berhasil ditemukan setelah diidentifikasi oleh Museum Nasional Etnologi Belanda di Leiden. Keris Jawa bertatahkan emas yang luar biasa ini sebelumnya disimpan sebagai bagian dari Koleksi Negara Belanda dan sekarang menjadi bagian dari koleksi Museum Nasional Indonesia.
Pada malam tanggal 16 September 2023, kebakaran terjadi di Gedung Gajah, menyebabkan atap dan dinding belakang gedung runtuh. Pihak berwenang mengatakan bahwa setidaknya empat ruangan di gedung tersebut, yang menyimpan artefak-artefak prakolonial, hancur, dan api berhasil dikendalikan tanpa ada yang terluka dalam waktu beberapa jam.