Pembantaian di Indonesia 1965–1966
Keterlibatan Amerika Serikat

Lihat pula: Aktivitas CIA di Indonesia
Joseph Lazarsky, wakil kepala CIA di Jakarta, mengatakan bahwa konfirmasi pembantaian datang langsung dari markas Soeharto. "Kami memperoleh laporan yang jelas di Jakarta mengenai siapa-siapa saja yang harus ditangkap," kata Lazarsky. "Angkatan bersenjata memiliki 'daftar tembak' yang berisi sekitar 4,000 sampai 5,000 orang. Mereka tidak memiliki cukup tentara untuk membinasakan mereka semua, dan beberapa orang cukup berharga untuk diinterogasi. Infrastruktur milik PKI dengan cepat dilumpuhkan. Kami tahu apa yang mereka lakukan... Soeharto dan para penasehatnya mengatakan, jika kamu membiarkan mereka hidup, kamu harus memberi mereka makan."
Duta Besar Amerika di Jakarta adalah Marshall Green, yang dikenal di Departemen Luar Negeri Amerika Serikat sebagai "ahli kudeta". Green telah tiba di Jakarta hanya beberapa bulan sebelumnya, membawa serta reputasi karena telah mendukung penggulingan diktator Korea Syngman Rhee, yang telah keluar bersama Amerika. Ketika pembantaian berlangsung di Indonesia, manual mengenai pengorganisasian pelajar, yang ditulis dalam bahasa Inggris dan bahasa Korea, disebarkan oleh kedutaan Amerika Serikat ke Kesatuan Aksi Mahasiswa Indonesia (KAMI). Amerika Serikat juga secara langsung mendanai mereka yang berpartisipasi dalam penindasan terhadap orang-orang komunis. Pada tanggal 2 Desember 1965, Green mendukung rencana untuk menyediakan lima puluh juta rupiah untuk apa yang disebutnya sebagai "gerakan Kap-Gestapu," yang dia gambarkan sebagai "kelompok aksi sipil tetapi terilhami tentara" yang "membawa beban upaya represif yang ditujukan kepada PKI, terutama di Jawa Tengah."  Green tidak menyebutkan fakta bahwa "upaya represif saat ini" terhadap PKI di Jawa Tengah meliputi, menurut Konsulat Amerika Serikat di Medan, usaha untuk "membasmi semua orang PKI". Apakah dia menyadari fakta ini atau tidak, agak diragukan, karena ia sendiri mencatat bahwa Kedutaan Besar Amerika Serikat memiliki akses ke "laporan intelijen substansial" mengenai kegiatan Kap-Gestapu, kegiatan yang ia yakinkan pada Departemen Luar Negeri sebagai kegiatan yang "sepenuhnya sejalan dengan dan dikoordinasikan oleh tentara" dan yang ia puji sebagai kegiatan yang "sangat sukses".
Selain itu, Amerika Serikat memasok peralatan logistik penting pada jenderal-jenderal Indonesia. Para jenderal memintanya melalui penghubung yang ditunjuk di Bangkok, Thailand. Dukungan itu datang terutama dalam bentuk alat komunikasi taktis dengan tujuan menghubungkan Jakarta dengan pasukan militer yang melaksanakan penindasan terhadap PKI di Sumatra, Jawa dan Sulawesi. Amerika Serikat juga menyediakan "senjata" yang berasal dari Amerika Serikat maupun yang bukan dari Amerika Serikat, yang secara khusus merupakan permintaan untuk "mempersenjatai pemuda Muslim dan Nasionalis di Jawa Tengah untuk digunakan melawan PKI". Kawat diplomatik menunjukkan bahwa senjata-senjata ini adalah senjata ringan, digunakan untuk membunuh dari jarak dekat. Brad Simpson, Asisten Profesor Sejarah dan Studi Internasional di Princeton University dan direktur Proyek Dokumentasi Indonesia/Timor Timur di George Washington University, menyatakan bahwa "Amerika Serikat terlibat langsung sejauh bahwa mereka menyediakan bantuan kepada Angkatan Bersenjata Indonesia yang mereka berikan untuk membantu memfasilitasi pembunuhan massal."
Pada tanggal 5 Oktober 1965, Green mengirim telegram ke Washington mengenai bagaimana Amerika Serikat dapat "membentuk perkembangan untuk keuntungan kita". Rencananya adalah untuk memperburuk nama PKI dan "pelindung"-nya, Soekarno. Propaganda ini harus didasarkan pada "(penyebaran) kisah pengkhianatan, kesalahan, dan kebrutalan PKI". Pada puncak pertumpahan darah, Green meyakinkan Jenderal Soeharto: "Amerika Serikat umumnya bersimpati dan mengagumi apa yang sedang dilakukan oleh angkatan bersenjata." Adapun mengenai jumlah korban, Howard Federspiel, ahli Indonesia di Biro Intelijen dan Penelitian Departemen Luar Negeri Amerika Serikat pada tahun 1965, mengatakan, "Tidak ada yang peduli, selama mereka adalah komunis, mereka harus dibantai. Tidak ada yang merasa perlu melakukan sesuatu mengenai hal itu."
Greg Poulgrain dalam bukunya menulis adanya keterlibatan personel Amerika Serikat di operasi militer di Klaten. Sosiolog Margot L. Lyon yang sedang bertugas di Klaten 1971, diberitahu oleh dua pegawai muda tingkat kecamatan, tentang adanya dua personel Amerika Serikat, pria dan wanita di Klaten saat itu. Mereka mengira Lyon mengenal mereka karena sama-sama berasal dari AS. Menurut pengakuan mereka kedua personel tersebut berasal dari kedutaan AS. Walau saat Lyon mengonfirmasi langsung akan adanya pegawai AS dari lembaga apapun saat itu, kedutaan AS menolak. Kedua personel tersebut membantu dalam 'operasi ruangan'. Ruangan tersebut terletak di dalam kantor pemerintah setempat yang berisi peta dinding dan alat komunikasi canggih, dan berfungsi untuk mengkoordinir operasi militer di Klaten saat itu. Kedua pegawai tersebut cukup terkesan karena bantuan operasional mereka apalagi salah satunya merupakan wanita. Terdapat pula helikopter yang digunakan untuk mengantara kedua personel tersebut. Armada AS 7th Fleet sedang ada di lepas pantai Jawa saat itu, dan klaim ini didukung oleh telegram yang disimpan di National Security Archive, George Washington University (RG 84, Entry P 339, Jakarta Embassy Files, Box 14, Folder 5 pol 23-9 Sept 30th Movement Nov 10-19 1965). Telegram ini berisi balasan kepada nota Marshall Green, dari Norman B. Hannah, penasihat politik kepada panglima pasifik, CINPAC, pada tanggal 2 Oktober 1965, mengajukan asisten rahasia yang bisa berupa transportasi, kemungkinan mengacu kepada helikopter yang digunakan kedua personel AS tersebut. Ketika operasi pembunuhan berlangsung di Klaten, mereka dibawa menggunakan helikopter tersebut ke kapal armada AS 7th, jika menggunakan helikopter Huey perjalanan akan membutuhkan 23 menit.