Hak asasi manusia di Jepang
Kebebasan sipil > Kebebasan bertindak

Konstitusi memberikan kebebasan bergerak di dalam negeri, perjalanan ke luar negeri, imigrasi, dan repatriasi, dan Pemerintah pada umumnya menghormatinya dalam praktik. Warga negara berhak untuk melakukan perjalanan secara bebas baik di dalam negeri maupun di luar negeri, berpindah tempat tinggal, beremigrasi, dan memulangkan secara sukarela. Kewarganegaraan dapat hilang karena naturalisasi di negara asing atau karena kegagalan orang yang lahir dengan kewarganegaraan ganda untuk memilih kewarganegaraan pada usia yang ditentukan. Hukum tidak mengizinkan pengasingan paksa, dan tidak digunakan.
Undang-undang mengatur pemberian status pengungsi atau suaka kepada orang-orang sesuai dengan Konvensi Berkaitan dengan Status Pengungsi PBB atau Protokol 1967-nya. Dalam praktiknya, pemerintah memberikan perlindungan terhadap refoulement, pemulangan orang ke negara di mana mereka takut akan penganiayaan, tetapi tidak secara rutin memberikan status pengungsi atau suaka. Pemerintah bekerja sama dengan kantor Komisioner Tinggi Perserikatan Bangsa-Bangsa untuk Pengungsi dan organisasi kemanusiaan lainnya dalam membantu pengungsi.
Pada Mei 2003, Diet mengesahkan undang-undang yang menghapus batas waktu pendaftaran 60 hari yang sebelumnya diwajibkan bagi orang asing yang mencari status pengungsi. Undang-undang pengakuan pengungsi sebelumnya menetapkan bahwa mereka yang mencari status pengungsi harus mengajukan permohonan dalam waktu 60 hari setelah tiba di Jepang atau dalam waktu 60 hari setelah mengetahui bahwa mereka kemungkinan akan dianiaya di negara asal mereka. Orang asing yang diakui sebagai pengungsi memiliki akses ke fasilitas pendidikan, bantuan dan bantuan publik, dan tunjangan kesejahteraan sosial.
Catatan pemerintah menunjukkan bahwa 523.617 orang ditahan pada tahun 2003 di pusat-pusat penahanan imigrasi. Menurut laporan media, beberapa deportasi dilakukan secara rahasia. Pada bulan Juli, dua keluarga Kurdi melakukan protes 72 hari terhadap perintah deportasi mereka di depan Universitas Perserikatan Bangsa Bangsa di Tokyo.
Pada tahun 2005, pemerintah telah memberikan status pengungsi dan suaka kepada mereka yang mengaku takut akan penganiayaan hanya dalam sejumlah kecil kasus. Sebuah lembaga swadaya masyarakat (LSM), dalam sebuah pernyataan kepada Sub-Komisi Promosi dan Perlindungan Hak Asasi Manusia, mencatat bahwa, dari tahun 1982 hingga Desember 2002, 301 orang diterima sebagai pengungsi. Pemerintah menganggap bahwa kebanyakan orang yang mencari suaka di negara itu melakukannya karena alasan ekonomi. Pada tahun 2003, ada sekitar 7.900 pengungsi dan pencari suaka di negara ini, di antaranya diperkirakan 7.700 adalah pengungsi Vietnam dan Kamboja. Dari 336 klaim pengungsi yang diajukan pada tahun 2003, Pemerintah memberikan suaka kepada 10 orang dari Burma, Burundi, dan Iran dan mengeluarkan izin tinggal jangka panjang berdasarkan pertimbangan kemanusiaan kepada 16 orang. Sebagai bagian dari program reunifikasi keluarga yang sedang berlangsung untuk kerabat dekat pengungsi Indocina yang dimukimkan kembali pada tahun-tahun sebelumnya, Pemerintah menerima 147 pengungsi dari Vietnam dan Kamboja pada tahun 2003.
Pada bulan Mei 2003, sebuah undang-undang disahkan yang memberikan wewenang kepada Menteri Kehakiman untuk mengeluarkan izin tinggal sementara bagi orang yang mencari suaka. Sementara undang-undang ini memberikan jalan bagi pencari suaka untuk memiliki status hukum di negara tersebut selama proses pengakuan pengungsi, dalam praktiknya cukup sulit untuk mendapatkan izin tersebut. Pada bulan Januari 2003, Biro Imigrasi mulai memberikan penjelasan rinci dan tertulis tentang keputusan untuk tidak memberikan status pengungsi kepada pencari suaka dan membuka kantor informasi di Bandara Narita untuk pencari suaka potensial.