Daftar spesies mamalia di Jepang
Hewan pengerat (Rodentia)

Hewan pengerat merupakan ordo mamalia terbesar, mencakup lebih dari 40% spesies mamalia. Mereka memiliki dua gigi seri di rahang atas dan bawah yang tumbuh terus menerus dan harus dijaga tetap pendek dengan cara menggerogoti. Kebanyakan hewan pengerat berukuran kecil, namun kapibara beratnya bisa mencapai 45 kg (99 pon) .
Suborder: Hystricomorpha
Family: Echimyidae (tikus duri)
Subfamily: Echimyinae
Genus: Myocastor
Tikus biwara, Myocastor coypus LC IUCN (didatangkan dari Amerika Selatan)
Suborder: Myomorpha
Family: Cricetidae (hamsters, voles, lemmings, and New World rats and mice)
Subfamily: Arvicolinae
Genus: Alexandromys
Tikus-padang rumput jepang, Alexandromys montebelli LC IUCN (endemic; Honshū, Kyūshū, Sado Island, Notojima)
Genus: Craseomys
Tikus-padang punggung-merah kelabu, Craseomys rufocanus LC IUCN (Hokkaidō dan pulau kecil di sekitarnya)
Tikus-padang pungggung-merah Bedford, C. r. bedfordiae
Tikus-padang punggung-merah hokkaido, Craseomys rex LC IUCN (Hokkaidō dan pulau kecil di sekitarnya)
Tikus-padang punggung-merah gunung, C. r. montanus (MOE: NT) (Hokkaidō dan pulau kecil di sekitarnya)
Tikus-padang punggung-merah rishiri, C. r. rex (MOE: NT) (Pulau Rishiri)
Tikus-padang punggung-merah jepang, Craseomys andersoni LC IUCN (endemik; Honshū tengah dan utara)
Tikus-padang punggung-merah smith, Craseomys smithii LC IUCN (endemik; Honshū, Shikoku, Kyūshū)
Genus: Clethrionomys
Tikus-padang punggung-merah utara, Clethrionomys rutilus LC IUCN (Hokkaidō)
C. r. mikado
Genus: Ondatra
Tikus kesturi, Ondatra zibethicus LC IUCN (didatangkan dari Amerika Utara)
Family: Muridae (mice, rats, gerbils, etc.)
Subfamily: Murinae
Genus: Apodemus
Tikus-ladang garis, Apodemus agrarius LC IUCN (MOE: CR) (Uotsuri Island)
Tikus-ladang korea, Apodemus peninsulae LC IUCN (Hokkaidō)
A. p. giliacus
Tikus-ladang jepang besar, Apodemus speciosus LC IUCN (tersebar luas; tak menghuni Okinawa)
A. s. ainu
A. s. speciosus
Tikus-ladang jepang kecil, Apodemus argenteus LC IUCN (tersebar luas; tak menghuni Okinawa)
A. a. argenteus
A. a. hokkaidi
A. a. yakui
Genus: Tokudaia
Tikus-duri muennink, Tokudaia muenninki CR IUCN (MOE: CR) (endemik Okinawa Island; Natural Monument)
Tikus-duri ryukyu, Tokudaia osimensis EN IUCN (MOE: EN) (endemik Amami Ōshima; Natural Monument)
Tikus-duri tokunoshima, Tokudaia tokunoshimensis EN IUCN (MOE: EN) (endemik Tokunoshima; Natural Monument)
Genus: Diplothrix
Tikus-raksasa ekor-panjang ryukyu, Diplothrix legata EN IUCN (MOE: EN) (endemik Amami Ōshima, Tokunoshima, and Okinawa Island; Natural Monument)
Genus: Rattus
Tikus got, Rattus norvegicus LC IUCN (paling banyak ditemui di perkotaan)
Tikus polinesia, Rattus exulans LC IUCN (didatangkan ke pulau miyako)
Tikus tanezumi, Rattus tanezumi LC IUCN (paling banyak ditemui di perkotaan)
Genus: Micromys
Tikus tuai, Micromys minutus LC IUCN (tidak ditemukan di Hokkaidō, Tōhoku, Okinawa)
Genus: Mus
Tikus ryukyu, Mus caroli LC IUCN (Pulau Okinawa)
Mencit, Mus musculus LC IUCN (tersebar luas)
Suborder: Sciuromorpha
Family: Sciuridae (bajing)
Subfamily: Sciurinae
Tribe: Sciurini
Genus: Sciurus
Bajing merah, Sciurus vulgaris LC IUCN
Bajing jepang, Sciurus lis LC IUCN (endemik; Honshū dan Shikoku; tidak ada rekaman terbaru di pulau Kyūshū atau Awaji)
Tribe: Pteromyini
Genus: Petaurista
Tando jepang, Petaurista leucogenys LC IUCN (endemik; Honshū, Shikoku, dan Kyūshū)
Genus: Pteromys
Bajing terbang jepang, Pteromys momonga LC IUCN (endemic; Honshū, Shikoku, Kyūshū)
Siberian flying squirrel, Pteromys volans LC IUCN (found on Hokkaidō, as P. v. orii )
Ezo flying squirrel, P. v. orii (Hokkaidō)
Subfamily: Callosciurinae
Tribe: Callosciurini
Genus: Callosciurus
Pallas's squirrel, Callosciurus erythraeus LC IUCN (introduced; naturalized populations from Ibaraki to Miyazaki)
Subfamily: Xerinae
Tribe: Marmotini
Genus: Eutamias
Siberian chipmunk, Eutamias sibiricus LC IUCN (Hokkaidō and adjacent smaller islands)
Ezo chipmunk, E. s. lineatus (MOE: DD, as Tamias sibiricus lineatus)
Family: Gliridae (dormice)
Subfamily: Glirinae
Genus: Glirulus
Japanese dormouse, Glirulus japonicus LC IUCN (endemic; Honshū, Shikoku, Kyūshū, Dōgojima; Natural Monument)