Sakuna: Of Rice and Ruin
Alur cerita

Permainan ini mengambil latar di sebuah dunia yang dimana terdapat dua alam: Alam Rendah, yang dimana para manusia tinggal; dan Alam Tinggi, yang dimana para dewa tinggal. Menghubungkan kedua alam adalah Pohon Penciptaan, yang juga menghasilkan amber yang memberi kehidupan kepada para dewa.
Sekolompok manusia, terdiri dari Tauemon, seorang samurai; Myrthe, seorang misionaris; Kinta, seorang murid pandai besi; Yui, seorang gadis muda yang ahli menenun, dan seorang anak laki-laki bernama Kaimaru, menemukan jembatan yang menghubungkan dua alam, menderita kelaparan sambil mengabaikan suara yang memberitahu mereka untuk kembali karena manusia tidak diizinkan di Alam Tinggi. Mereka bertemu dengan seorang bandit bernama Ishimaru, yang telah memburu mereka, tetapi diganggu oleh Putri Sakuna, seorang prajurit manja dan dewi panen. Setelah Ishimaru menghinanya, dia menjatuhkannya dari jembatan dan ke lautan awan di bawahnya. Dia kemudian memperingati para manusia untuk pergi dikarenakan jembatan itu akan segera menghilang, tapi mereka mengabaikannya dan tetap pergi ke Alam Tinggi untuk mencari makanan. Di Ibukota Mitashira, saat berpesta dengan senjata familiarnya Tama (suara dari sebelumnya) dan temannya Kokorowa, dewi penemu, Sakuna menemukan bahwa para manusia tersebut sudah memasuki ibukota dan mencoba untuk menghentikan mereka, Namun secara tidak sengaja menghancurkan lumbung padi ibu kota. Sebagai hukuman atas tindakannya, Pemimpin Dewi Lady Kamuhitsuki menugaskan Sakuna dengan menjaga para manusia tersebut dan mengusir mereka ke pulau makhluk iblis (yang kemudian diberi nama Pulau Hinoe), tempat orang tua Sakuna dan dewa jahat Omizuchi pernah tinggal, meminta Sakuna untuk membersihkan tempat itu dari iblis-iblis sehingga dia bisa mengendalikannya sebelum saatnya tiba ketika dia bisa mengirim manusia kembali ke dunia mereka sendiri, karena jembatan yang menghubungkan alam tersebut telah menghilang.
Sesampainya di pulau dengan perahu, mereka bertemu Ashigumo, seorang samurai mirip musang dan yang terakhir dari jenisnya, yang berteman dengan orang tua Sakuna, juga mengungkapkan bahwa Tama pernah menjadi milik ayah Sakuna. Dia membawa grup itu ke sebuah celah gunung, di mana terdapat sebuah ladang padi yang dulunya dimiliki oleh orang tua Sakuna, mempercayakannya kepada mereka. Sakuna melakukan perjalanan melalui pulau melawan gerombolan iblis sambil membantu manusia dengan pekerjaan pertanian, karena menanam padi akan memperkuat kemampuan bertarungnya. Dia juga membantu membangun sebuah tempat pembuatan besi, gubuk tenun, kandang hewan, serta ladang-ladang tambahan di kaki gunung sekaligus memelihara hewan-hewan untuk membantu pekerjaan mereka, seperti anjing, kucing, bebek, dan sapi. Pada satu waktu, Sakuna menyelematkan beberapa makhluk kecil bernama kappa dari salah satu iblis, yang kemudian memutuskan untuk bekerja di pertanian sebagai tanda terima kasih. Pada suatu malam musim dingin, Sakuna menjadi tidak sabar dengan tugasnya dan memutuskan untuk kembali ke ibu kota sendirian, tetapi badai yang dahsyat mencegahnya pergi, dan tidak punya pilihan lain selain tetap tinggal di pulau itu. Dia kemudian mengetahui tentang makhluk berbahaya yang disebut momok, mayat-mayat yang dirasuki dari suku Ashigumo yang menjadi ancaman bagi kelompok Sakuno dan para iblis. Ketika gunung berapi selatan mulai meracuni sungai-sungai dan iblis-iblis di pulau itu menuju ke daerah itu, Sakuna pergi untuk menyelidiki dan menemukan bahwa keracunan itu disebabkan oleh momok kuat yang disebut Momok Homusubi, dan iblis-iblis tersebut mencoba menghancurkannya. Dia berhasil mengalahkan binatang buas itu, yang kemudian jatuh ke lava. Setelah itu, mereka mengetahui bahwa iblis tersebut dipimpin oleh Ishimaru, yang mendarat di pulau sebelum mereka karena lautan awan yang ia lewati tidak memiliki hubungan dengan ruang dan waktu.
Selama sesi makan malam, Tama mengungkapkan bahwa ibu Sakuna dulunya adalah manusia, yang memasuki Alam Tinggi dengan cara yang sama seperti kelompok Tauemon, di mana dia berakhir di Pulau Hinoe dan menjadi sekutu klan Ashigumo. Dia akhirnya menjadi dewi dan bertemu ayah Sakuna, yang diusir dari ibu kota. Saat Omizuchi menyerang, Klan Ashigumo musnah, tapi orang tua Sakuna mengorbankan diri mereka untuk mengalahkan Omizuchi. Tama juga percaya bahwa markas utama iblis adalah benteng yang dulunya dimiliki oleh ayah Sakuna di sisi barat pulau. Manusia juga berbagi cerita latar belakang mereka sendiri. Pada satu titik, Tauemon mengungkapkan bahwa dia dan Ishimaru berasal dari kelompok bandit yang sama, yang hanya menyerang pada orang yang bersalah. Ishimaru membunuh pemimpinnya, yang ternyata adalah ayah Kaimaru, karena dia tidak puas dengan metodenya dan percaya bahwa mereka harus bertahan hidup dengan cara apa pun yang diperlukan. Tauemon menyelamatkan Kaimaru, bersama dengan Myrthe, Kinta, dan Yui (yang merupakan budak pada saat itu), dan melarikan diri dari Ishimaru, akhirnya tiba di jembatan menuju Alam Tinggi. Dia juga meminta Sakuna untuk menyelamatkan Ishimaru dengan harapan dia bisa diselamatkan dari pengaruh buruknya. Dalam salah satu misi sampingan, Sakuna menemukan bahwa Yui awalnya adalah seekor bangau, yang diberi bentuk manusia oleh dua dewi dunia lain yang disebut Pengunjung (yang juga menciptakan syal Sakuna, yang awalnya dipakai oleh ibunya), tapi ada harganya. Karena Sakuna secara tidak sengaja membuat Yui melanggar sumpahnya, dia berubah kembali menjadi burung bangau, tapi Sakuna meminta Kinta untuk membantu meyakinkan Pengunjung untuk mengubah Yui kembali menjadi manusia menggunakan hubungannya dengan dia, tapi dengan harga baru.
Setelah mengembangkan sebuah jenis baru dari nasi yang untuk dikirim ke ibukota, Dia menemukan bahwa Kokorowa telah menyabotase produknya dan kembali ke ibu kota untuk menyelidikinya. Dia mengetahui bahwa alasannya adalah karena Kokorowa cemburu pada Sakuna yang mendapatkan lebih banyak perhatian dari Kamuhitsuki dan lelah diabaikan, telah tergoda melakukan hal ini oleh Ishimaru; namun, tindakannya malah menghancurkan lumbung padi. Dengan mempelajari hal ini, Kamuhitsuki memutuskan untuk tidak menghukum Kokorowa karena bakatnya dibutuhkan di ibu kota, dan mengizinkan Sakuna untuk mengunjungi ibu kota kapan pun dia mau, tetapi mengingatkannya untuk menyelesaikan tugasnya. Sakuna kemudian memutuskan untuk kembali ke Pulau Hinoe, tetapi tidak sebelum berdamai dengan Kokorowa, yang berjanji untuk mengunjunginya. Manusia menerima kelinci iblis yang terluka meskipun Kinta, Sakuna, dan Tama khawatir. Setelah berhadapan dan mengalahkan Ishimaru di tempat persembunyiannya, sebuah gunung berapi meletus. Ishimaru diketahui bekerja untuk Omizuchi, yang berhasil kabur dari kekalahannya dan bersembunyi. Ishimaru membuat kesepakatan dengan Omizuchi untuk mempersiapkan kebangkitannya dengan imbalan kekuatan untuk mengendalikan iblis. Setelah Ishmaru pergi, Tama mengungkapkan bahwa mengalahkan Omizuchi akan membutuhkan pengorbanan, tetapi Sakuna tidak mau. Dia kembali ke pertanian, hanya untuk menemukannya dihancurkan oleh setan, menemukan bahwa kelinci iblis (kemudian terungkap telah diasingkan oleh iblis lain) yang diambil oleh manusia-manusia tersebut secara tidak sengaja memikat mereka ke lokasi pertanian, meskipun para manusia dan Ashigumo telah selamat dan berlindung di sebuah gua. Kokorowa tiba di pulau dan membantu membangun kembali pertanian, juga menambahkan kincir air. Ishimaru yang kini tak berdaya datang untuk mengobrol dengan Tauemon, tapi segera menggunakan kekerasan dan mencoba melarikan diri dengan Kaimaru sebagai sandera, tapi pengaruh aneh menyerangnya, memaksanya melarikan diri tanpa Kaimaru sementara Ashigumo mengejarnya. Ternyata para manusia telah menjadi dewa-dewi sebagai akibat mereka tinggal lama di Alam Tinggi. Sakuna kemudian memperoleh Bola Transformasi dari ibu kota untuk meningkatkan produknya. Ishimaru kemudian dibunuh oleh para momok. Setelah mengetahui kembalinya Momok Homusubi, Sakuna melawan iblis yang dia kalahkan sebelumnya bersama dengan jiwa Ishimaru yang rusak, yang berada di bawah kendali momok Homusubi. Hal ini akhirnya meyakinkannya untuk mengorbankan Tama untuk mengalahkan Omizuchi. Setelah mengalahkan Momok Homusubi untuk selamanya, mereka menemukan bahwa intinya sebenarnya adalah bagian yang hilang dari bilah Tama, yang patah oleh energi negatif pulau itu. Setelah membantu Kinta menemukan pedang yang sudah selesai dibuatnya, yang terungkap diciptakan dari amber dari Pohon Penciptaan tetapi juga memberikan pedang itu kemauannya sendiri, mereka menyuruhnya mengubah bilah Tama yang hilang menjadi senjata yang bisa mereka gunakan untuk mengalahkan Omizuchi tanpa mengorbankan Tama.
Selama festival di pulau bersama para dewa, kebangkitan Omizuchi selesai, jadi Sakuna bersiap untuk menghadapinya. Setelah mengalahkan Omizuchi, dia dengan rendah hati mengakui kekalahan tepat sebelum Sakuna dan Tama menghilang. Ternyata menggunakan kekuatan syalnya akan berakibat pada hukuman yang akan membuat mereka berakhir di Alam Rendah, tetapi kedua orang tuanya (sekarang bebas dari siksaan mereka) dan roh Kaimaru menyelamatkannya. Orang tua Sakuna mengorbankan diri mereka untuk memastikan putri mereka tetap berada di Alam Tinggi, dan dia dan Kaimaru dikembalikan ke Pulau Hinoe. Setelah kejadian itu, Myrthe, Kinta, dan Kaimaru kembali ke Alam Rendah sementara yang lain tetap tinggal.