Xanana Gusmão
Pendudukan Indonesia

Artikel utama: Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah penunjukan Pemerintah Sementara Timor Timur oleh Indonesia, Gusmão menjadi banyak terlibat dalam kegiatan perlawanan. Gusmão sebagian besar bertanggung jawab atas tingkat organisasi yang berkembang dalam perlawanan, yang pada akhirnya membawa keberhasilan. Hari-hari awalnya menampilkan Gusmão berjalan dari desa ke desa untuk mendapatkan dukungan dan rekrutmen. Pada tahun 1977, Gusmão adalah ajudan komisaris politik Fretilin Abel Larisina dan mengatur pasokan untuk warga sipil di basis perlawanan di Matebian. Pada bulan November 1978, pangkalan tersebut dihancurkan oleh pihak Indonesia. Namun setelah Fretilin mengalami beberapa kemunduran besar pada awal tahun 1980-an, termasuk upaya kudeta yang gagal terhadap Gusmão pada tahun 1984 yang dipimpin oleh empat perwira senior Falintil, termasuk Mauk Moruk, Gusmão meninggalkan Fretilin dan mendukung berbagai koalisi sentris, yang akhirnya menjadi penentang utama Fretilin. Pada bulan Maret 1981, sebuah konferensi nasional rahasia di Lacluta memilihnya sebagai kepala Falintil, menggantikan Nicolau dos Reis Lobatos yang terbunuh.
Pada tahun 1988, Gusmão menjadi pemimpin Dewan Perlawanan Nasional (CNRT) yang baru dibentuk. Agar tidak dianggap partisan, Gusmão meninggalkan Fretilin demi hal ini. Di bawah kepemimpinannya, FALINTIL lebih mengandalkan jaringan bawah tanah bawah tanah dan menggunakan kelompok-kelompok kecil untuk menyerang sasaran-sasaran Indonesia. Pada pertengahan tahun 1980-an, ia menjadi pemimpin besar. Pada awal tahun 1990-an, Gusmão sangat terlibat dalam diplomasi dan manajemen media, dan berperan penting dalam mengingatkan dunia akan pembantaian di Dili yang terjadi di Santa Cruz pada 12 November 1991. Gusmão diwawancarai oleh banyak tokoh penting. saluran media dan mendapat perhatian dunia.
Karena profilnya yang tinggi, Gusmão menjadi sasaran utama pemerintah Indonesia. Pasukan Indonesia (TNI) berusaha menangkap Gusmão di daerah Same dan Ainaro pada tanggal 14 November 1990 dengan Operasi Senyum. Empat hari sebelumnya, seorang wanita ditangkap dan memberikan kesaksian selama interogasi bahwa pemimpin pemberontak tersebut tinggal di gunung terdekat. Namun Xanana Gusmão mungkin melarikan diri satu malam sebelum penyerangan. Pasca penyerangan yang melibatkan dua belas batalyon dan empat helikopter, pihak militer mengaku telah menemukan sekitar 100 pejuang. Ditemukan juga sebuah wadah berisi dokumen Gusmão, kamera video dan mesin tiknya. Di antara dokumen tersebut terdapat surat dari Paus dan Uskup Carlos Belo. Menurut legenda tradisional Timor, beberapa pejuang mampu mengubah diri mereka menjadi anjing untuk melarikan diri dari penculiknya. Berdasarkan mitos ini, tersebarlah legenda bahwa Gusmão juga bisa berubah menjadi seekor anjing putih dan berlari keliling desa tanpa diketahui saat tentara Indonesia mencarinya.
Pada bulan November 1992, kampanye untuk menangkap Gusmão akhirnya berhasil dalam operasi skala besar oleh militer Indonesia dan Gusmão ditangkap di sebuah terowongan di bawah rumah keluarga Aliança Araújo di Lahane dekat Dili dan diambil ke Bali. Pada bulan Mei 1993, Gusmão diadili, dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman penjara seumur hidup oleh pemerintah Indonesia. Ia dinyatakan bersalah berdasarkan Pasal 108 KUHP Indonesia (pemberontakan), UU No. 12 Tahun 1951 (kepemilikan senjata api secara tidak sah) dan Pasal 106 (usaha memisahkan sebagian wilayah Indonesia). Dia berbicara untuk pembelaannya sendiri dan dia ditunjuk sebagai pengacara pembela sebelum persidangannya dimulai. Hukuman tersebut diringankan menjadi 20 tahun oleh Presiden Indonesia Soeharto pada bulan Agustus 1993. Ia dibawa ke penjara dengan keamanan maksimum Jakarta, Cipinang. Meski baru dibebaskan pada akhir tahun 1999, Gusmão berhasil memimpin perlawanan dari dalam penjara dengan bantuan Kirsty Sword. Sebelum dibebaskan, Inggris menawarkan suaka politik kepada Gusmão untuk menjamin keselamatannya. Ruang Xanana di Kedutaan Besar Inggris di Jakarta memperingati hal ini hari ini. Pada saat dia dibebaskan, dia secara rutin dikunjungi oleh perwakilan PBB dan pejabat seperti Nelson Mandela.