Jomo Kenyatta
Kepemimpinan > Perdana Menteri: 1963–1964

Dalam pemilu Mei 1963, KANU berhadapan dengan KADU, Akamba People's Party, dan calon-calon legislatif yang independen. KANU berhasil memenangkan pemilu ini dan memperoleh 83 dari 124 kursi di Dewan Perwakilan Kenya; pemerintah yang dikuasai oleh KANU pun menggantikan koalisi yang sebelumnya. Pada 1 Juni 1963, Kenyatta disumpah sebagai perdana menteri pemerintahan Kenya yang otonom. Kenya tetap menjadi sebuah monarki dengan Ratu Elizabeth II sebagai kepala negara. Pada November 1963, pemerintah Kenyatta memberlakukan sebuah undang-undang yang melarang sikap tidak hormat kepada Perdana Menteri dengan pengasingan sebagai hukumannya. Sosok Kenyatta menjadi aspek utama dalam pendirian negara Kenya yang baru. Pada bulan Desember, Delamere Avenue di Nairobi diganti namanya menjadi Kenyatta Avenue, dan patungnya yang terbuat dari perunggu didirikan di sebelah gedung Majelis Nasional. Foto Kenyatta dipajang di jendela toko, dan wajahnya juga muncul di mata uang yang baru. Pada tahun 1964, Oxford University Press menerbitkan kumpulan pidato Kenyatta dengan judul Harambee!.
Kabinet pertama Kenyatta tidak hanya melibatkan orang Kikuyu, tetapi juga orang Luo, Kamba, Kisii, dan Maragoli.
Pada Juni 1963, Kenyatta bertemu dengan Julius Nyerere dan Presiden Uganda Milton Obote di Nairobi. Mereka bertiga membahas kemungkinan untuk menggabungkan ketiga negara mereka (ditambah Zanzibar) menjadi Federasi Afrika Timur, dan mereka sepakat bahwa hal ini akan terwujud pada akhir tahun. Secara pribadi, Kenyatta merasa enggan, dan pada tahun 1964 federasi ini pada akhirnya tidak dibentuk. Banyak tokoh radikal di Kenya yang mendesaknya untuk melaksanakan hal ini; pada Mei 1964, Kenyatta menolak resolusi di parlemen yang meminta agar federasi lebih cepat didirikan. Ia menyatakan di muka umum bahwa perbincangan mengenai federasi sedari awal merupakan dalih untuk mempercepat kemerdekaan Kenya, tetapi Nyerere menampik kebenaran pernyataan ini.
Kenyatta terus berupaya membina hubungan baik dengan orang-orang kulit putih, dan pada Agustus 1963 ia bertemu dengan 300 petani kulit putih di Nakuru. Ia meyakinkan mereka bahwa mereka akan tetap aman dan diterima di negara Kenya yang merdeka, dan ia juga berbicara soal memaafkan dan melupakan konflik masa lalu. Walaupun ia terus berupaya mendapatkan dukungan dari kaum kulit putih, ia tidak melakukan hal yang sama untuk minoritas India di Kenya. Seperti banyak penduduk asli di Kenya, Kenyatta tidak menyukai komunitas ini walaupun banyak orang India yang juga bersumbangsih dalam memperjuangkan kemerdekaan Kenya. Ia juga mengajak pejuang Mau Mau yang tersisa untuk keluar dari hutan dan bergabung bersama masyarakat. Pada masa kekuasaan Kenyatta, banyak dari mereka yang menganggur, dan pengangguran adalah salah satu masalah terbesar yang dihadapi oleh pemerintahannya.
Perayaan yang menandai kemerdekaan Kenya digelar pada 12 Desember 1963 di sebuah stadion yang dibangun secara khusus. Pada kesempatan ini, Pangeran Philip, Adipati Edinburgh sebagai perwakilan monarki Britania secara resmi menyerahkan Kenya kepada Kenyatta. Tokoh-tokoh penting dari kelompok Mau Mau juga hadir dalam acara ini. Dalam pidatonya, Kenyatta menyebut hari tersebut sebagai "hari terbesar dalam sejarah Kenya dan yang paling bahagia dalam hidupku." Edna dan Peter juga didatangkan untuk upacara ini, dan di Kenya mereka disambut oleh istri-istri Kenyatta yang lain.
Kenya masih berselisih dengan Somalia perihal wilayah sengketa di Distrik Perbatasan Timur Laut. Pada masa kekuasaan Kenyatta, Somalia menjadi salah satu ancaman terbesar bagi pemerintahannya. Untuk meredam kekerasan yang dipicu oleh gerilyawan shifta yang beretnis Somalia, Kenyatta mengirim pasukan ke wilayah tersebut pada Desember 1963. Pada September 1964, ia memberikan kepada mereka wewenang untuk melakukan penangkapan dan menyita barang di Distrik Perbatasan Timur Laut. Angkatan Darat Britania dikirim untuk membantu pasukan Kenya di kawasan tersebut. Kenyatta juga menghadapi perlawanan di dalam negeri: pada Januari 1964, beberapa golongan dari angkatan darat memberontak di Nairobi, dan Kenyatta memanggil Angkatan Darat Britania untuk memadamkan pemberontakan ini. Pemberontakan serupa juga meletus pada bulan yang sama di Uganda dan Tanganyika. Kenyatta dibuat murka dan terguncang oleh pemberontakan ini. Di hadapan umum ia mengutuk para pemberontak dan menegaskan pentingnya hukum dan ketertiban di Kenya. Untuk mencegah pergolakan militer, ia meninjau kembali gaji untuk tentara, polisi, dan sipir, dan kemudian ia menaikkan gaji mereka. Kenyatta juga ingin meredam perlawanan di parlemen. Atas desakan dari Kenyatta, pada November 1964 KADU secara resmi bubar dan para anggota perwakilannya bergabung dengan KANU. Dua anggota senior KADU, Ronald Ngala dan Daniel arap Moi, kemudian menjadi pendukung Kenyatta yang sangat setia. Semenjak itu, Kenya secara de facto menjadi negara satu partai.