Garis waktu sejarah Indonesia
2000-an

| Tahun | Tanggal | Peristiwa |
| --- | --- | --- |
| 2000 | 31 Maret | Mantan Presiden Soeharto ditetapkan sebagai tersangka oleh Kejaksaan atas dugaan korupsi di tujuh yayasan yang dipimpinnya. |
| 2001 | Februari | Kerusuhan etnis terjadi di Sampit, Kalimantan Tengah, antara Dayak dan Madura. |
| 2001 | 23 Juli | Megawati secara resmi menjadi Presiden Indonesia ke-5, menggantikan Gus Dur, yang diberhentikan MPR. |
| 2001 | 23 September | Sebuah bom meledak di kawasan Plaza Atrium, Senen, Jakarta. |

| 2002 | 20 Mei | Timor Timur resmi merdeka dengan nama Timor Leste. |
| 2002 | 12 Oktober | Peristiwa Bom Bali 1 terjadi di kawasan Kuta dan Denpasar. Sebanyak 202 orang yang mayoritas warga negara Australia meninggal dunia. |
| 2002 | Desember | Pemerintah dan GAM menandatangani kesepakatan damai di Jenewa, Swiss. |
| 2003 | 19 Mei | Pembicaraan damai antara Pemerintah dan GAM gagal, militer Indonesia melancarkan operasi militer di Aceh. |
| 2003 | 5 Agustus | Sebuah bom mobil meledak di depan Hotel Mariott di Jakarta. |
| 2003 | 29 Desember | Komisi Pemberantasan Korupsi resmi berdiri. |

| 2004 | April | Pemilihan Umum Anggota DPR, DPD, dan DPRD Indonesia 2004. |
| 2004 | Juli | Pemilihan Umum Presiden dan Wakil Presiden Republik Indonesia 2004. Dimenangkan oleh pasangan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Wakil Presiden Jusuf Kalla. |
| 2004 | 9 September | Bom Kedubes Australia. |
| 2004 | 30 November | Terjadi kecelakan pesawat terbang Lion Air Penerbangan 538 di Solo yang menewaskan 26 orang. Keamanan penerbangan-penerbangan murah di Indonesia mulai disorot. |
| 2004 | 26 Desember | Tsunami menghantam Sumatra dan menewaskan lebih dari 160.000 jiwa. |

| 2005 | 28 Mei | Dua ledakan bom mengguncang Pasar Sentral Tentena, Tentena, Poso, Sulawesi Tengah, menewaskan sedikitnya 20 orang. |
| 2005 | 15 Agustus | Pemerintah Indonesia dan GAM kembali berunding. Perjanjian damai berhasil ditandatangani dan secara resmi mengakhiri gerakan separatis GAM. |
| 2005 |  | Pemerintah Belanda melalui Menteri Luar Negeri Ben Bot menyatakan bahwa negaranya mengakui kemerdekaan Indonesia tahum 1945. Sebelumnya, Belanda hanya mau mengakui  27 Desember 1949 sebagai tanggal kemerdekaan Indonesia. |
| 2005 | 17 Juli | Pemerintah Indonesia mengadakan kesepakatan damai dengan Gerakan Aceh Merdeka. |
| 2005 | 1 Oktober | Peristiwa Bom Bali II terjadi di Kuta dan Jimbaran mengakibatkan 23 orang termasuk pelaku meninggal dunia. |
| 2005 | 29 Oktober | Tiga siswi SMU di Poso yang sedang berjalan ke sekolah Kristen dipenggal oleh sekelompok orang tak dikenal. |
| 2005 | 9 November | Penyergapan Polri di sebuah vila di Kota Batu; menewaskan Dr. Azahari, buronan teroris dari Malaysia. |
| 2005 | 31 Desember | Bom di Palu menewaskan enam orang. |

| 2006 | 6 Januari | Terjadinya Insiden perbatasan Timor-Timur yang kedua kali. |
| 2006 | 13-15 Februari | Tujuh anggota Bali Nine divonis hukuman seumur hidup dan dua dijatuhi hukuman mati. Setelah melalui banding dan kasasi akhirnya tujuh dijatuhi hukuman mati dan dua seumur hidup. |
| 2006 | 27 Mei | Gempa bumi mengguncang Yogyakarta dan sekitarnya mengakibatkan sedikitnya enam ribu orang meninggal dunia. |
| 2006 | 29 Mei | Bencana Banjir lumpur panas Lapindo melanda Sidoarjo. |
| 2009 | 30 September | Gempa bumi 7,6 SR mengguncang Sumatera Barat menewaskan sedikitnya 1.117 orang. |
| 2009 | 20 Oktober | Susilo Bambang Yudhoyono terpilih kembali sebagai Presiden RI periode 2009-2014. Didampingi oleh Prof. Dr. Boediono, M.Ec., sebagai wakil Presiden. |

| 2010 | 14 April | Kerusuhan Koja mengakibatkan sedikitnya tiga tewas dan ratusan luka-luka. |
| 2010 | 1 Mei - 15 Juni | Sensus Penduduk Indonesia 2010, yang merupakan sensus penduduk Indonesia ke-6 setelah Indonesia merdeka. |
| 2010 | 26- 29 September | Kerusuhan Tarakan, merupakan kerusuhan antar suku yaitu Suku Tidung sebagai suku asli dan suku pendatang yaitu Suku Bugis |
| 2010 | 25 Oktober | Gempa bumi dengan kekuatan 7,7 SR yang disertai Tsunami melanda Mentawai mengakibatkan 286 meninggal dan 252 hilang. |
| 2010 | 26 Oktober | Gunung Merapi meletus mengakibatkan 28 tewas, termasuk juru kuncinya, yakni Mbah Maridjan. |

| 2011 | 6 Februari | Penyerangan terhadap jemaah Ahmadiyyah di Cikeusik menewaskan sedikitnya 3 orang. |
| 2011 | 21 September | Pengadilan Belanda mengabulkan gugatan warga Rawagede terhadap Pemerintah Belanda atas tragedi pembantaian yang terjadi pada masa agresi militer pertama. |
| 2011 | 18 Oktober | Perombakan Kabinet Indonesia Bersatu II |
| 2011 | 11 November | Pembukaan SEA Games 2011 |

| 2013 | 12 September | Pemerintah Belanda meminta maaf pada keluarga korban Pembantaian Werterling dan memberi kompensasi pada 10 janda yang suaminya menjadi korban. |
| 2013 | 22 September–1 Oktober | Perhelatan Islamic Solidarity Games 2013. |

| 2014 | 9 April | Pemilihan Umum Anggota DPR, DPD, dan DPRD Indonesia 2014. |
| 2014 | 9 Juli | Pemilihan Umum Presiden dan Wakil Presiden Republik Indonesia 2014 diselenggarakan. |

| 2014 | 20 Oktober | Pelantikan Joko Widodo sebagai Presiden Indonesia dan Jusuf Kalla sebagai Wakil Presiden Indonesia. |
| 2014 | 27 Oktober | Pelantikan Kabinet Kerja. |
| 2016 | 20 Juli | Pengadilan Rakyat Internasional di Den Haag Belanda memutuskan bahwa Indonesia bertanggung jawab dan bersalah dalam genosida yang terjadi pada 1965-1966. |
| 2017 | 24 Mei | Sebuah bom bunuh diri meledak di Terminal Kampung Melayu, Jakarta Timur. Dua orang pelaku dan tiga orang polisi tewas. ISIS mengklaim bertanggung jawab atas serangan ini. |
| 2018 | 13–14 Mei | Serangkaian ledakan bom terjadi di Surabaya. |
| 2018 | 27 Juni | Pilkada serentak berlangsung di 171 daerah di Indonesia. |
| 2018 | 18 Agustus–2 September | Pesta Olahraga Asia 2018 dihelat dan dilaksanakan. |
| 2018 | 28 September | Gempa dan tsunami terjadi di Sulawesi, menewaskan lebih dari 2.000 orang. |
| 2018 | 6 Oktober | Pembukaan perhelatan Pesta Olahraga Difabel Asia 2018. |
| 2018 | 21 Desember | Indonesia melalui PT Inalum (Persero) resmi mengakuisisi 51% saham PT Freeport Indonesia. |
| 2019 | 2 Januari | Indonesia menjadi anggota Dewan Keamanan PBB untuk keempat kalinya. |
| 2019 | 17 April | Pemilihan Umum Presiden Indonesia dan pemilihan umum legislatif diselenggarakan. |
| 2019 | 1 Mei | Indonesia berkesempatan menjadi Presiden Dewan Keamanan PBB. |
| 2019 | 26 Agustus | Presiden Joko Widodo mengumumkan Penajam Paser Utara dan sebagian di Kabupaten Kutai Kartanaegara Provinsi Kalimantan Timur, sebagai calon ibu kota baru. |
| 2019 | 23–25 September | Ribuan mahasiswa di berbagai daerah melakukan aksi demonstrasi "Reformasi Dikorupsi" menolak UU KPK dan RKUHP. |
| 2019 | Desember | Puluhan pekerja proyek pembangunan jembatan di Kabupaten Nduga dibantai Kelompok Kriminal Bersenjata, 19 pekerja dan 1 anggota TNI tewas. |
| 2020 | 2 Maret | Presiden Joko Widodo mengonfirmasi kasus pertama COVID-19 di Indonesia. |
| 2020 | 4 Maret | Kementerian Pendidikan, Kebudayaan dan Ilmu Pengetahuan Belanda mengumumkan pengembalian sebilah keris milik Pangeran Diponegoro kepada Pemerintah Indonesia. Sebelumnya, keris tersebut dikabarkan hilang hingga akhirnya ditemukan di Museum Volkenkunde, Leiden. |
| 2020 | 10 Maret | Raja Belanda, Willem Alexander meminta maaf kepada Indonesia atas kekerasan yang terjadi setelah proklamasi 1945. |
| 2020 | 25 Maret | Pengadilan Belanda memutuskan bahwa Pemerintah Belanda harus membayar kompensasi kepada ahli waris korban yang terbunuh dalam Tragegi Westerling antara 1946 dan 1947. |
| 2020 | 10 Agustus | Gunung Sinabung di Kabupaten Karo, Sumatera Utara meletus. |
| 2020 | 1 Desember | The United Liberation Movement for West Papua (ULMWP) mengumumkan pembentukan pemerintahan sementara dI mana Benndy Wenda diangkat sebagai presiden. |
| 2021 | 9 Januari | Pesawat Sriwijaya Air Penerbangan 182 dari Bandar Udara Internasional Soekarno–Hatta ke Bandar Udara Supadio jatuh di perairan Laut Jawa sekitar Pulau Laki dan Pulau Lancang, Kepulauan Seribu. |
| 2021 | 13 Januari | Pemerintah resmi memulai program vaksinasi COVID-19 secara gratis. |
| 2021 | 28 Maret | Dua orang pelaku tewas sedangkan 20 orang luka-luka dalam pengeboman bunuh diri di depan Gereja Katedral Makassar, Makassar, Sulawesi Selatan. |
| 2021 | 31 Maret | Seorang terduga teroris tewas dalam serangan di Markas Besar Kepolisian Negara Republik Indonesia, Jakarta. |
| 2021 | 4 April | Siklon Seroja menewaskan puluhan jiwa dalam banjir dan longsor di Nusa Tenggara Timur. |
| 2021 | 21 April | Kapal selam KRI Nanggala (402) milik TNI AL yang mengangkut 53 personel TNI hilang di perairan utara laut Bali, dan dinyatakan tenggelam tiga hari kemudian. |