Don Juan de Austria
Riwayat hidup > Pemberontakan La Alpujarra

Artikel utama: Pemberontakan La Alpujarra (1568–1571)
Maklumat bertarikh 1 Januari 1567 yang dikeluarkan oleh Kerajaan Spanyol memaksa orang-orang Morisko yang berdiam di Kerajaan Granada, khususnya di daerah La Alpujarra, untuk meninggalkan seluruh adat istiadat, bahasa, busana khas, dan tata cara peribadatan mereka. Pemberlakuan maklumat ini mendorong orang-orang Morisko mulai menyusun rencana pemberontakan terbuka semenjak bulan April 1568. Pada akhir tahun 1568, hampir dua ratus kota bangkit memberontak.
Raja Felipe memecat Iñigo López de Mendoza dari jabatan Capitán General Granada, dan mengangkat Don Juan menjadi Capitán General, yakni panglima tertinggi bala tentara kerajaan. Raja Felipe juga menunjuk penasihat-penasihat yang tepercaya untuk melindungi dan membimbing Don Juan, salah satunya adalah Luis de Requesens. Pada 13 April 1569, Don Juan tiba di Granada, dan dengan telaten mulai membentuk pasukan tempurnya sambil mempelajari tata kelola logistik militer dan keterampilan baris-berbaris. Luis de Requesens dan Álvaro de Bazán melakukan kawal sambang menyusuri perairan pantai dengan galai-galai mereka guna membendung masuknya pasokan perbekalan dan bala bantuan dari orang Berber.
Kebijakan pemerintah Kerajaan Spanyol untuk mendeportasi orang-orang Morisko semakin mempergenting keadaan. Agar dapat bertindak secara lebih efektif, Don Juan meminta izin dari Raja Felipe untuk melakukan penyerangan. Sang Raja memberikan izinnya dan Don Juan pun bergerak meninggalkan Granada memimpin sepasukan besar bala tentara yang diperlengkapi dengan baik. Setelah memadamkan pemberontakan di daerah-daerah sekitar Granada, ia memimpin pasukannya  bergerak ke timur melalui Guadix. Pasukan-pasukan veteran dari Italia berkekuatan 12.000 prajurit bergabung dengan bala tentara Don Juan di Guadix. Pada akhir tahun 1569, Don Juan telah berhasil memadamkan pemberontakan di Güéjar, dan pada penghujung bulan Januari 1570, ia telah maju mengepung Kota Galera. Aksi pengepungan Galera terpaksa dihentikan karena bentengnya sangat sukar direbut. Don Juan akhirnya memerintahkan aksi penggempuran besar-besaran atas kota itu dengan memanfaatkan senjata berat dan ranjau-ranjau yang dipasang pada tempat-tempat strategis. Pada 10 Februari 1570, ia berhasil menerobos masuk, meratakan seisi kota dengan tanah, dan menggarami tanahnya. Antara 400 sampai 4500 warganya tewas terbunuh, dan 2000 sampai 4500 warganya yang selamat dijual sebagai budak belian. Don Juan kemudian maju menggempur benteng Serón. Di Serón, Don Juan terluka di kepala karena terserempet peluru, sementara ayah angkatnya, Luis de Quijada, menderita luka-luka dan wafat seminggu kemudian di Caniles pada 25 Februari. Tak lama kemudian Don Juan berhasil merebut Kota Terque yang menguasai seluruh kawasan tengah Lembah Sungai Almería.
Pada bulan Mei 1570, Don Juan melakukan perundingan damai dengan El Habaquí. Perang pemberantasan pemberontakan yang terakhir berlangsung pada musim panas dan musim gugur 1570. Pada bulan February 1571, Raja Felipe II menandatangani maklumat pengusiran semua orang Morisko dari Kerajaan Granada. Surat-surat yang ditulis Don Juan meriwayatkan tindakan pengusiran paksa terhadap keluarga-keluarga secara keseluruhan, kaum perempuan dan kanak-kanak, sebagai "dukacita manusia" terbesar yang dapat diperikan.