Perang agama Eropa
Kekaisaran Romawi Suci > Perang Schmalkalden

Artikel utama: Perang Schmalkalden
Selepas Sidang Umum Augsburg pada 1530, Kaisar menitahkan agar seluruh inovasi keagamaan yang tidak diotorisasi oleh Sidang Umum harus dihentikan mulai 15 April 1531. Pihak-pihak yang tidak mematuhi titah ini akan dihadapkan ke Mahkamah Kekaisaran. Sebagai tanggapan, para pembesar Lutheran, yang telah menerapkan tata peribadatan Protestan di gereja-gereja praja mereka, berkumpul di kota Schmalkalden pada Desember 1530. Di kota ini mereka bersepakat untuk bersatu membentuk Liga Schmalkalden (bahasa Jerman: Schmalkaldischer Bund), sebuah aliansi yang dirancang untuk melindungi anggota-anggotanya dari jerat hukum Kekaisaran. Anggota-anggota liga pada akhirnya menghendaki agar Liga Schmalkalden menggantikan Kekaisaran Romawi Suci, dan oleh karena itu setiap praja anggota liga diwajibkan untuk mengerahkan 10.000 infantri dan 2.000 kavaleri demi keamanan bersama. Pada 1532, Kaisar, yang tertekan oleh permasalahan luar negeri, memutuskan untuk mengalah dan menawarkan "Perjanjian Damai Nuremberg", yang menangguhkan seluruh tindakan hukum atas praja-praja Protestan sampai ada keputusan dari Konsili Umum Gereja. Moratorium ini berhasil mempertahankan perdamaian di praja-praja Jerman selama lebih dari satu dasawarsa, namun selama itu pula mazhab Protestan semakin kokoh berakar dan semakin luas menyebar.
Perdamaian berakhir dengan Perang Schmalkalden (bahasa Jerman: Schmalkaldischer Krieg), konflik singkat dari 1546 sampai 1547 antara bala tentara Kaisar Karl V dan bala tentara para pembesar praja anggota Liga Schmalkalden. Konflik ini berakhir dengan kemenangan di pihak Katolik, sehingga Kaisar dapat memaksakan pemberlakuan Interim Augsburg, suatu kompromi yang mengizinkan tata ibadat yang sedikit dimodifikasi. Interim Augsburg diharapkan dapat terus diberlakukan sampai Konsili Umum Gereja mengeluarkan keputusannya, akan tetapi berbagai unsur Protestan menolak interim ini, dan perang Schmalkalden kedua pun meletus pada 1552.
Perjanjian Damai Augsburg (1555), ditandatangani oleh Karl V, Kaisar Romawi Suci, mengukuhkan keputusan Sidang Umum Speyer tahun 1526 dan mengakhiri kekerasan antara kaum Lutheran dan Katolik di Jerman. Perjanjian ini berisi pernyataan bahwa:
Pembesar-pembesar praja Jerman boleh menentukan agama (Lutheran atau Katolik) yang dianut di praja kekuasaannya menurut hati nurani masing-masing. Para kawula dari masing-masing praja harus mengikuti agama pembesar praja (prinsip cuius regio, eius religio).
Kaum Lutheran yang tinggal di wilayah praja gerejawi (wilayah yang dikuasai seorang uskup) boleh tetap menjalankan agamanya.
Kaum Lutheran boleh tetap menguasai wilayah yang telah direbutnya dari Gereja Katolik semenjak Perjanjian Damai Passau pada 1552.
Para wali Gereja Katolik (uskup) yang telah beralih ke mazhab Lutheran wajib melepas wilayah kekuasaannya.
Ketegangan-ketegangan antaragama masih tetap tinggi sepanjang paruh kedua abad ke-16. Perjanjian Damai Augsburg mulai dilanggar ketika beberapa uskup yang sudah beralih ke mazhab Protestan menolak untuk melepas wilayah keuskupannya. Perang Köln yang berlangsung sejak 1582 sampai 1583 terjadi karena uskup agung pangeran kota itu tidak bersedia turun takhta sekalipun telah menjadi pengikut mazhab Kalvinis. Ketegangan-ketegangan antaragama juga meletus menjadi tindak kekerasan di kota swapraja Donauwörth di Jerman pada 1606, tatkala warga mayoritas Lutheran menghalang-halangi arak-arakan keagamaan yang diselenggarakan oleh warga Katolik sehingga menyulut kerusuhan. Peristiwa ini memaksa Adipati Maximilian dari Bayern untuk turun tangan membela umat Katolik.
Pada akhir abad ke-16, sebagian besar praja-praja di sepanjang Rhein dan di kawasan selatan Jerman tetap Katolik, sementara kaum Lutheran mendominasi kawasan utara, dan kaum Kalvinis mendominasi kawasan barat Jerman Tengah, Swiss, dan Belanda. Praja-praja Kalvinis membentuk Liga Serikat Injili pada 1608.