Pendudukan Timor Leste oleh Indonesia
Invasi > Kekejaman Indonesia

Sejak awal invasi dan seterusnya, pasukan ABRI terlibat dalam pembantaian besar-besaran terhadap warga sipil Timor. Pada awal pendudukan, radio Fretilin mengirimkan siaran berikut: "Pasukan Indonesia membunuh tanpa pandang bulu. Perempuan dan anak-anak ditembak di jalan-jalan. Kita semua akan dibunuh.... Ini adalah seruan untuk bantuan internasional. Tolong lakukan sesuatu untuk menghentikan invasi ini." Seorang pengungsi Timor kemudian diberitahu tentang "pemerkosaan [dan] pembunuhan berdarah dingin terhadap wanita dan anak-anak dan pemilik toko China". Uskup Dili saat itu, Martinho da Costa Lopes, kemudian berkata: "Para prajurit yang mendarat mulai membunuh semua orang yang mereka temukan. Ada banyak mayat di jalan-jalan – yang bisa kami lihat hanyalah tentara yang membunuh, membunuh, membunuh." Dalam satu insiden, sekelompok lima puluh pria, wanita, dan anak-anak – termasuk wartawan lepas Australia Roger East – berbaris di tebing di luar Dili dan ditembak, kemudian tubuh mereka jatuh ke laut. Banyak pembantaian seperti itu terjadi di Dili, di mana para penonton diperintahkan untuk mengamati dan menghitung dengan keras saat setiap orang dieksekusi. Diperkirakan sedikitnya 2.000 orang Timor dibantai dalam dua hari pertama invasi di Dili saja. Selain pendukung Fretilin, para migran Cina juga dipilih untuk dieksekusi; lima ratus terbunuh di hari pertama saja.
Pembunuhan massal terus berlanjut saat pasukan Indonesia maju ke daerah pegunungan yang dikuasai Fretilin di Timor Timur. Seorang pemandu Timor untuk seorang perwira senior Indonesia mengatakan kepada mantan konsul Australia untuk Timor Portugis James Dunn bahwa selama bulan-bulan awal pertempuran pasukan ABRI "membunuh sebagian besar orang Timor yang mereka temui." Pada bulan Februari 1976 setelah merebut desa Aileu – di selatan Dili – dan mengusir pasukan Fretilin yang tersisa, pasukan Indonesia menembaki sebagian besar penduduk kota dengan senapan mesin, diduga menembak semua orang yang berusia di atas tiga tahun. Anak-anak kecil yang selamat dibawa kembali ke Dili dengan truk. Pada saat Aileu jatuh ke tangan pasukan Indonesia, populasinya sekitar 5.000 orang; pada saat pekerja bantuan Indonesia mengunjungi desa tersebut pada bulan September 1976, hanya tersisa 1.000 orang. Pada bulan Juni 1976, pasukan ABRI yang sangat terpukul oleh serangan Fretilin menuntut pembalasan terhadap sebuah kamp pengungsi besar yang menampung 5–6.000 orang Timor di Lamaknan dekat perbatasan Timor Barat. Setelah membakar beberapa rumah, tentara Indonesia membantai sebanyak 2.000 pria, wanita dan anak-anak.
Pada bulan Maret 1977 mantan konsul Australia James Dunn menerbitkan sebuah laporan yang merinci tuduhan bahwa sejak Desember 1975 pasukan Indonesia telah membunuh antara 50.000 dan 100.000 warga sipil di Timor Timur. Hal ini sesuai dengan pernyataan yang dibuat pada tanggal 13 Februari 1976 oleh pemimpin UDT Lopez da Cruz bahwa 60.000 orang Timor telah terbunuh selama enam bulan perang saudara sebelumnya, menunjukkan jumlah korban tewas sedikitnya 55.000 dalam dua bulan pertama invasi. Delegasi pekerja bantuan Indonesia setuju dengan statistik ini. Sebuah laporan akhir tahun 1976 oleh Gereja Katolik juga memperkirakan jumlah korban tewas antara 60.000 dan 100.000. Angka-angka ini juga dikuatkan oleh orang-orang di pemerintahan Indonesia sendiri. Dalam sebuah wawancara pada 5 April 1977 dengan The Sydney Morning Herald, Menteri Luar Negeri Adam Malik mengatakan jumlah korban tewas adalah "50.000 orang atau mungkin 80.000 orang."
Pemerintah Indonesia menyatakan pencaplokannya atas Timor Timur sebagai masalah anti-kolonial. Sebuah buklet 1977 dari Departemen Luar Negeri Indonesia, berjudul Dekolonisasi di Timor Timur, memberikan penghormatan kepada "hak penentuan nasib sendiri yang suci" dan mengakui APODETI sebagai perwakilan sejati dari mayoritas orang Timor Timur. Ia mengklaim bahwa popularitas Fretilin adalah hasil dari "kebijakan ancaman, pemerasan dan teror". Kemudian, Menteri Luar Negeri Ali Alatas menegaskan kembali posisi ini dalam memoarnya tahun 2006, The Pebble in the Shoe: The Diplomatic Struggle for East Timor. Pembagian asli pulau itu menjadi timur dan barat, menurut pendapat Indonesia setelah invasi, adalah "hasil dari penindasan kolonial" yang dilakukan oleh kekuatan imperium Portugis dan Belanda. Dengan demikian, menurut pemerintah Indonesia, pencaplokan provinsi ke-27 itu hanyalah langkah lain dalam penyatuan nusantara yang telah dimulai pada tahun 1940-an.