Neoteni
Pada hewan domestik

Informasi lebih lanjut: Domestikasi hewan
Neoteni tampak pada hewan domestik seperti anjing dan tikus. Hal ini karena ada lebih banyak sumber daya yang tersedia, lebih sedikit persaingan untuk mendapatkan sumber daya tersebut, dan dengan berkurangnya persaingan, hewan-hewan tersebut mengeluarkan lebih sedikit energi untuk mendapatkan sumber daya tersebut. Hal ini memungkinkan mereka untuk menjadi dewasa dan bereproduksi lebih cepat dibanding hewan liar. Lingkungan tempat hewan domestik dibesarkan menentukan ada tidaknya neoteni pada hewan tersebut. Neoteni evolusioner dapat muncul pada suatu spesies ketika kondisi-kondisi tersebut terjadi, dan suatu spesies menjadi dewasa secara seksual lebih cepat daripada "perkembangan normalnya". Penjelasan lain untuk neoteni pada hewan peliharaan dapat berupa seleksi untuk karakteristik perilaku tertentu. Perilaku terkait dengan genetika yang berarti bahwa ketika suatu sifat perilaku dipilih, sifat fisik juga dapat dipilih karena mekanisme seperti ketidakseimbangan hubungan. Seringkali, perilaku remaja dipilih untuk lebih mudah mendomestikasi suatu spesies; agresivitas pada spesies tertentu muncul saat dewasa ketika ada kebutuhan untuk bersaing memperebutkan sumber daya. Jika tidak ada kebutuhan untuk berkompetisi, maka tidak perlu ada agresi. Menyeleksi karakteristik perilaku remaja dapat menyebabkan neoteni pada karakteristik fisik karena, sebagai contoh, dengan berkurangnya kebutuhan akan perilaku seperti agresi, maka tidak diperlukan lagi pengembangan sifat-sifat yang dapat membantu di area tersebut. Sifat-sifat yang dapat menjadi neoten karena berkurangnya agresi dapat berupa moncong yang lebih pendek dan ukuran yang lebih kecil secara umum di antara individu-individu yang didomestikasi. Beberapa ciri-ciri fisik neotenous yang umum terjadi pada hewan peliharaan (terutama anjing, babi, musang, kucing, dan bahkan rubah) meliputi telinga yang mengempis, perubahan siklus reproduksi, ekor keriting, pola belang putih pada rambutnya yang berpigmen, tulang belakang yang lebih sedikit atau lebih pendek, mata yang besar, dahi yang membulat, telinga yang besar, dan moncong yang lebih pendek.
Ketika peran anjing berkembang dari sekadar anjing pekerja menjadi anjing sahabat, manusia mulai mengembangbiakkan anjing secara selektif untuk mendapatkan neoteni morfologis, dan pengembangbiakan selektif untuk "neoteni atau paedomorfisme" ini "memperkuat ikatan antara manusia dan anjing." Manusia mengembangbiakkan anjing untuk memiliki lebih banyak "ciri-ciri fisik remaja" saat dewasa, seperti moncong pendek dan mata lebar yang diasosiasikan dengan anak anjing karena orang biasanya menganggap ciri-ciri ini lebih menarik.  Beberapa ras anjing dengan moncong pendek dan kepala lebar seperti Komondor, Saint Bernard, dan Maremma Sheepdog secara morfologis lebih menarik daripada ras anjing lainnya. Cavalier King Charles spaniel adalah contoh seleksi untuk neoteni dikarenakan mereka memiliki mata yang besar, telinga berbentuk liontin, dan kaki yang ringkas, memberikan mereka morfologi yang mirip dengan anak anjing saat dewasa.
Pada tahun 2004, sebuah penelitian yang menggunakan 310 tengkorak serigala dan lebih dari 700 tengkorak anjing yang mewakili 100 ras anjing menyimpulkan bahwa evolusi tengkorak anjing secara umum tidak dapat dideskripsikan dengan proses heterokronik seperti neoteni, meskipun beberapa ras anjing paedomorfis memiliki tengkorak yang mirip dengan tengkorak serigala remaja. Pada tahun 2011, temuan dari peneliti yang sama menyatakan bahwa "Anjing bukanlah serigala pedomorfik."