Kontroversi lokasi Bandar Udara Internasional Yogyakarta
Hilangnya ekosistem burung

Pembangunan NYIA dapat mengganggu proses migrasi beberapa jenis burung. Hal ini karena letak bandar udara yang cukup strategis, berada di wilayah pesisir pantai yang disinggahi kawanan burung. Sebelum proses pembangunan dimulai, tak jarang beberapa warga masih dapat melihat puluhan kawanan burung singgah dan melintasi wilayah pesisir Kulon Progo. Beberapa kawanan burung yang sering dilihat warga tak hanya berasal dari wilayah Yogyakarta, namun juga beberapa wilayah Indonesia dan negara lain. Hal ini disebabkan adanya jalur migrasi burung di pesisir selatan Kulon Progo yang sering disebut jalur terbang Asia Timur-Australia.
Warga sekitar pesisir Kulon Progo sering melihat setidaknya 44 jenis burung. Di antaranya yaitu dara laut jambul, trinik semak, dara laut kecil dan kedidip putih yang sering terlihat bergerombol hingga mencapai ribuan ekor. Selain itu, juga sering terlihat burung endemik Indonesia yang saat ini sudah terancam punah yaitu cerek jawa (Charadrius javanicus).
Komunitas pengamat burung Bird Watching mencatat kehadiran burung migran (pendatang) sering dijumpai sebelum proyek bandara ini dimulai. Kawanan burung migran sering terlihat bergabung dengan kawanan burung dara laut jambul. Burung dara laut jambul adalah burung penetap di muara Sungai Progo, sungai terbesar yang berada di wilayah DIY.
Pada buku Daftar Burung Daerah Istimewa Yogyakarta yang diterbitkan oleh Yayasan Kutilang Indonesia pada tahun 2015, tercatat bahwa Pantai Trisik dan sekitarnya memiliki keanekaragaman jenis burung yang paling tinggi se-Jawa dan Bali. Pada pengamatan terakhir pada tahun 2015, tercatat dua jenis burung imigran baru yang berhasil diidentifikasi di sekitar Pantai Trisik yaitu cerek kalung besar (Chanradrius hiaticula) dan kedidi dada coret (Calidris melanotos). Burung- burung ini berasal dari daratan Siberia, Mongolia, dan sekitarnya. Pergerakan burung migran ini melewati jalur penerbangan Asia Timur-Australia menuju selatan dengan tujuan Papua, Selandia Baru dan Australia. Setiap tahunnya, burung- burung ini melakukan migrasi untuk menghindari cuaca ekstream seperti musim dingin.
Pembangunan NYIA yang mengusung konsep aerocity akan menggunakan luas wilayah yang tidak sedikit. Hal ini juga dapat memberikan dampak kebisingan dan semakin sedikitnya tempat bagi kawanan burung tersebut untuk mencari makan di wilayah pesisir.
Selain itu, berdasarkan sifatnya, burung cerek krenyut suka mencari makan di area terdampak lapangan terbang yang dekat dengan pantai. Hal ini tentu akan membahayakan pesawat yang melintas.
Berdasarkan catatan Birdlife (2014), di area Pantai Glagah yang termasuk area lapangan terbang merupakan habitat penting untuk burung cerek jawa yang saat ini terancam punah. Cerek jawa merupakan jenis burung penetap, burung ini biasa bertelur di semak- semak sekitar wilayah pantai.
Terancamnya ekosistem pantai dapat mengancam keberadaan burung-burung yang tinggal di wilayah pesisir. Komunitas pengamat Burung Pantai Indonesia (BPI) menyatakan bahwa keberadaan burung pantai penting sebagai indikator ekosistem. Ada lebih dari 200 jenis burung pantai di seluruh dunia dan sebagian di antaranya bermigrasi ke Indonesia melalui jalur pantai. Burung- burung tersebut mengembara ribuan kilometer untuk menghindari musim dingin. Namun, lokasi persinggah migrasi burung terancam hilang karena aktivitas manusia yang mengalihfungsikan lahan pesisir sebagai bandara dan pembangunan lain.
Saat ini, Indonesia terdaftar sebagai negara yang memiliki habitat ideal untuk burung- burung pantai imigran maupun lokal. Karena itu, pembangunan bandara NYIA dapat mengurangi fungsi ekosistem pantai sebagai tempat burung-burung pantai berkembang biak dan hidup.