Joan Maetsuycker
Menjadi Gubernur Jenderal > Pemberontakan Trunojoyo

Pada tahun 1671, pemimpin pulau Madura yaitu Trunojoyo memberontak terhadap kekuasaan Mataram di pulau itu. Pemberontakan dimenangkan oleh Trunojoyo dan ia mulai menguasai pulau ini agar terlepas dari pengaruh Mataram. Mataram sendiri tidak begitu serius menanggapi Trunojoyo, karena di tahun-tahun tersebut Gunung Merapi meletus dan dilanjutkan dengan wabah kelaparan pada tahun 1674.
Mengetahui bahwa Mataram terkena musibah dan tidak menganggap serius terhadap kekuatan Trunojoyo. Maka pada tahun 1675 Trunojoyo dibantu dengan tentara Makassar yang mengungsi dari Sulawesi mulai menyerang pelabuhan-pelabuhan di pantai utara Jawa. Trunojoyo dengan memanfaatkan sentimen keagamaan berhasil mengambil simpati penduduk di pesisir utara Jawa. Hingga akhir tahun Trunojoyo berhasil mengambil alih Surabaya, Jepara hingga Cirebon dari tangan Mataram.
Mengetahui situasi yang tidak menguntungkan, Raja Mataram Amangkurat I mengutus anaknya Pangeran Puger untuk bertemu dengan Maetsuyker dengan tujuan meminta bantuan VOC menumpas Trunojoyo. Permintaan ini segera dimanfaatkan oleh Maetsuyker untuk memperluas pengaruhnya di Pulau Jawa. Maetsuyker segera memenuhi permintaan itu, kemudian dia mengirimkan Cornelis Speelman untuk menaklukan tentara Trunojoyo di Cirebon dan Jepara.
Keberhasilan VOC memaksa pasukan Trunojoyo meninggalkan Cirebon dan Jepara membuat Amangkurat I harus menandatangani perjanjian antara VOC dengan Mataram. Perjanjian dibuat pada tanggal 25 Februari 1677 dengan isi VOC berhak mendirikan pelabuhan dimana saja di wilayah Mataram, Mataram dilarang melakukan hubungan dengan Aceh, Arab atau bangsa lain untuk mendarat di Mataram, seluruh biaya yang timbul akibat peperangan dengan Trunojoyo ditanggung sepenuhnya oleh Mataram.
Setelah Mataram bersedia menandatangani perjanjian tersebut, pada bulan Mei 1677, Speelman menyerang Surabaya dan dapat memukul mundur pasukan Trunojoyo. Trunojoyo sendiri langsung bergerak ke ibu kota Mataram yaitu Kraton Plered, untuk membunuh Amangkurat I dan keluarganya, namun ternyata keluarga Amangkuart I sudah mengungsi. Akhirnya Trunojoyo membakar kraton Plered dan membawa seluruh harta peninggalan Amangkurat I lalu bergerak mundur hingga Kediri. Sementara di pengasingannya pada bulan Juli, Amangkurat I meninggal dunia dan digantikan Amangkurat II (bukan Pangeran Puger namun anak dari selir sesuai permintaan VOC) yang tetap meminta bantuan VOC untuk menumpas Trunojoyo. Karena Mataram sudah tidak memiliki harta untuk mendanai perang lagi, akhirnya mereka membuat perjanjian pada tanggal 20 Oktober 1677, dimana isinya Mataram menyerahkan Semarang kepada VOC dan sebagian daerah dudukannya di Parahyangan tepatnya sebelah barat Sungai Citarum dan Cipunagara, namun Amangkurat II tidak menyanggupi penyerahan daerah antara Sungai Citarum dan Cipunagara karena daerah tersebut masuk dalam kendali langsung bupati Sumedang saat itu yaitu Rangga Gempol III. Mataram juga dibebankan penyerahan keuntungan dari hasil perdagangan hingga semua hutang selesai terlunasi.
VOC dan Arung Palakka menyerang tentara Trunojoyo di Kediri pada tahun 1678 dan pada tahun 1679 Trunojoyo tertangkap dan dihukum mati.