Yuan Shikai
Akhir Dinasti Qing

Popularitas Yuan semakin naik, walaupun ia hanya berpartisipasi nominal saja dalam Perang Tiongkok-Jepang Pertama sebagai komandan garnisun Tiongkok di Korea. Tidak seperti komandan yang lain, ia ditarik kembali ke Beijing beberapa hari sebelum konflik pecah, hal ini sekaligus menutupi rasa malunya akibat kekalahan Tiongkok.
Sebagai sekutu Li Hongzhang, Yuan ditunjuk sebagai komandan Pasukan Baru pertama pada tahun 1895. Sebagai komandan, ia sangat bertanggung jawab pada pelatihan terhadap pasukan modern pertama Tiongkok ini, Yuan memperoleh pengaruh politik yang besar dan kesetiaan dari para komandan muda pasukan barunya yang ditandai pada tahun 1901, lima dari tujuh komandan divisional Tiongkok dan sebagian besar komandan senior berada dalam kekuasaannya. Majelis Qing mempercayai secara penuh pasukannya itu. Dan dalam Pasukan Baru yang tergabung dalam Gerakan Penguatan Diri ini, Yuan adalah individu yang dianggap paling terlatih.
Majelis Qing saat itu terbagi dua yaitu pihak progresif yang dipimpin oleh Kaisar Guangxu, dan pihak konservatif yang dipimpin oleh Janda Permaisuri Cixi, yang sebelumnya mundur dan pindah ke Istana Musim Panas setelah kegagalan Reformasi Seratus Hari pada 1898. Namun, Janda Permaisuri Cixi menyatakan bahwa reformasi yang terjadi terlalu drastis, dan berencana untuk mengambil kembali kedudukannya melalui kudeta. Namun, rencana ini menyebar terlalu cepat, dan Kaisar menjadi lebih waspada terhadap rencana yang akan dijalankan ini. Ia memerintahkan para aktivis reformasi seperti Kang Youwei, Tan Sitong dan yang lain merancang rencana untuk menyelamatkannya. Keterlibatan Yuan dalam kudeta ini menjadi bahan perdebatan di antara para ahli sejarah. Tan Sitong dilaporkan berbicara dengan Yuan beberapa hari sebelum kudeta, meminta Yuan untuk membantu Kaisar melawan Janda Permaisuri Cixi. Yuan menolak untuk memberi jawaban langsung, tetapi ia mengisyaratkan bahwa kesetiannya adalah untuk Kaisar. Sementara itu Jendreal Manchu, Ronglu mengatur siasat bersama pasukannya untuk melakukan kudeta.
Berdasarkan beberapa sumber, termasuk dari buku harian Liang Qichao dan beberapa sumber berita kontemporer Tiongkok, Yuan Shikai tiba di Tianjin pada 20 September 1898 dengan menggunakan kereta api. Hal ini menandakan bahwa pada malam harinya Yuan sempat berbicara dengan Ronglu, tetapi apa isi pembicaraannya masih simpang siur. Sebagian besar sejarawan meyakini bahwa Yuan menceritakan kepada Ronglu tentang semua rencana para reformis dan memerintahkannya untuk mengambil tindakan segera. Rencana ini kemudian terungkap, pasukan Ronglu merangsek ke Kota Terlarang saat fajar pada 21 September, memaksa Kaisar mengasingkan diri ke istana danau.
Membuat aliansi politik dengan Janda Kaisar, dan menjadi seteru abadi Kaisar Guangxu, Yuan meninggalkan ibu kota pada tahun 1899 untuk menduduki jabatannya yang baru sebagai Gubernur Shandong. Selama tiga tahun masa kepemimpinannya, Pemberontakan Boxer pecah, ia memastikan akan menindak para pemberontak Boxer tersebut di provinsinya, meskipun pasukannya tidak berperan aktif di luar Shandong. Yuan berpihak kepada faksi pro-asing yang ada di Majelis kekaisaran, bersama dengan Pangeran Qing, Li Hongzhang dan Ronglu. Ia menolak untuk berpihak kepada pemberontak Boxer dan menyerang pasukan Aliansi Delapan Negara, bergabung bersama gubernur-gubernur Tiongkok lainnya yang menjadi komandan pasukan modern seperti Zhang Zhidong yang juga tidak memihak kepada para pemberontak Boxer. Ia dan Zhang membiarkan Janda Permaisuri Cixi mendeklarasikan perang melawan kekuatan asing dan melanjutkan penindasan terhadap para pemberontak. Dalam rangka untuk menghindari pertempuran dengan pasukan Aliansi Delapan Negara dan menekan Pemberontakan Boxer di Shandong, Yuan dan pasukannya (Divisi Kanan) juga membantu pasukan Aliansi Delapan Negara membantai puluhan ribuan orang dalam kampanye anti Pemberontakan Boxer di Zhili setelah pasukan Aliansi menguasai Beijing. Yuan beroperasi di luar Baoding selama kampanye tersebut yang berakhir pada tahun 1902.
Ia juga mendirikan sebuah sekolah Shandong College, sekarang menjadi Universitas Shandong di Jinan, yang dalam kurikulumnya mengadopsi pemikiran Barat.
Pada Juni 1902 ia dipromosikan menjadi Raja Muda Zhili, dan Komisioner untuk Urusan Perdagangan Tiongkok Utara, dan Menteri Beiyang (北洋通商大臣), kekuasaannya mencakup wilayah yang saat ini disebut sebagai Liaoning, Hebei, dan Shandong. Ia memperoleh penghargaan dari luar negeri karena membantu penumpasan Pemberontakan Boxer, ia dengan sukses memperoleh pinjaman besar untuk memperbesar Tentara Beiyang miliknya menjadi pasukan yang paling kuat di Tiongkok. Ia membentuk korps kepolisian yang terdiri dari 2.000 anggota polisi untuk menjaga keamanan di Tianjin, pembentukan kepolisian ini adalah yang pertama kalinya dalam sejarah Tiongkok, sebagai hasil dari Protokol Boxer yang melarang pasukan bersenjata berada di Tianjin. Yuan juga terlibat dalam pengambilalihan kendali jaringan rel kereta api dari Sheng Xuanhuai, seorang taipan pada masa itu. Ia lalu memimpin perusahaan perkeretaapian termasuk pembangunan konstruksi dan infrastrukturnya yang menjadi sumber pendapatan yang sangat besar baginya. Yuan berperan aktif di masa-masa akhir keruntuhan Dinasti Qing termasuk membentuk Kementerian Pendidikan (學部) dan Kementerian Kepolisian (巡警部). Ia juga menganjurkan persamaan derajat antara etnis Manchu dengan Han.
Pada tahun 1905, atas nasihat Yuan, Janda Permaisuri Cixi mengeluarkan dekret yang berisi perintah untuk mengakhiri sistem ujian Konfusius pada tahun 1906 dan memerintahkan Kementerian Pendidikan untuk mengimplemetasikan sistem pendidikan sekolah menengah, tinggi dan universitas berdasarkan pada kurikulum yang ditetapkan pemerintah, sistem ini meniru Jepang pada Zaman Meiji. Pada 27 Agustus 1908, Lembaga Qing memberlakukan “Asas-Asas Konstitusi”, dan Yuan membantu membuat drafnya. Dokumen ini dikenal sebagai "pemerintahan konstitusional" dengan monarki yang kuat (mencontoh sistem Meiji di Jepang dan Bismarck Jerman). Sebuah konstitusi dikeluarkan pada 1916 dan pemilihan parlemen dilaksanakan tahun 1917.