Peter Petrelli
Alur > Fugitives

Meskipun kembali bekerja sebagai paramedis setelah pertempuran di Pinehearst, kehidupan 'normal' Peter berakhir ketika Claire memanggil dia untuk menghentikan rencana Nathan berkaitan dengan penangkapan orang-orang berkemampuan super. Setelah diskusi singkat dengan Mohinder, Peter menemui Nathan, tetapi menolak untuk bergabung dengan rencana saudaranya dan menghindari pertanyaan mengenai apa yang dia kehendaki sekarang. Meskipun Nathan menangkap Peter dengan bantuan Noah Bennet, Peter kemudian diselamatkan oleh Claire dan Mohinder dalam sebuah pesawat, Meski terjadi kecelakaan pesawat setelah Peter sengaja merusak mesin pesawat ketika ia menyerap kemampuan pembekuan Tracy. Setelah lolos dari Noah Bennet dan Nathan- Tracy dan Claire membiarkan diri mereka ditangkap untuk memungkinkan Peter melarikan diri dan bertemu dengan Heroes lainnya.
Dengan Matt Parkman dan Mohinder Suresh, mereka menculik Noah untuk mengetahui rencana Nathan. Namun, setelah pertemuan dengan Hunter, Mohinder ditangkap dan Peter bertarung di mana Nathan membujuk dia untuk tidak menembak Hunter. Peter dan Matt sempat mempertanyakan ketika sebuah lukisan yang menunjukkan salah satu mereka terlibat dalam ledakan yang akan menghancurkan Washington DC. Mereka menerima pemberitahuan misterius tentang lokasi Daphne, lalu masuk ke Gedung 26. Setelah Peter menyerap tenaga Matt, mereka memiliki kemampuan mengendalikan pikiran orang.
Sementara di Gedung 26, Peter mengatahui bahwa Daphne tidak berada di gedung, kemudian salinan file video menunjukkan kepadanya tentang kekacauan di pesawat. Namun, Peter dan Matt tidak bisa keluar dari gedung, sebagaimana Matt menyerahkan diri untuk ditangkap supaya Peter kabur. Peter menuduh Nathan yang mengatur rencana ini. Nathan mengakuinya lalu Noah Bennet muncul untuk membawa Peter ke tahanan, tetapi dengan cara telepati secara diam-diam, Peter memperingatkan Noah tentang seorang sniper. Danko menembak Noah, dan Peter jatuh dari gedung, lalu ditangkap dan diterbangkan oleh Nathan. Nathan berkumpul dengan keluarganya dan mendiskusikan insiden dan operasi pemerintah. Peter berpura-pura untuk bersepakat dengan Nathan lalu menyerap kembali kemampuan Nathan, kemudian melarikan diri. Peter kembali menyelamatkan ibunya setelah Danko memerintahkan untuk menangkapnya. Dia menerobos untuk melakukan penyelamatan dan menyelesaikan masalah, lalu mereka memutuskan apa yang harus dilakukan selanjutnya. Peter membawa Angela ke sebuah gereja. Angela bercerita bahwa ia dan Arthur menikah di gereja itu. Tiba-tiba Danko dan Noah datang dalam gereja mencari Peter dan Angela. Mereka bersembunyi. Angela meminta maaf kepada Peter karena bahaya yang dihadapi. Noah Bennet tampaknya mendengar mereka tetapi ia memberitahu Danko bahwa tidak ada siapapun. Kemudian Angela berkata kepada Peter setelah bermimpi bahwa mereka harus bertemu dengan Nathan dan Claire.
Peter memutuskan menemui Nathan lalu mereka pergi memburu Sylar untuk menghentikan rencana menjabat tangan Presiden yang memungkinkan Sylar berubah bentuk menjadi Presiden. Rencana Nathan adalah untuk memungkinkan Peter cukup dekat untuk menyentuh Sylar dan menyerap kekuatan berubah bentuk. Sejak kemampuan asli Peter dicuri oleh Arthur, Peter hanya bisa memiliki satu kekuatan pada satu waktu. Peter dan Nathan meyakinkan anak buah Presiden dan seorang teman lama dari Nathan untuk memungkinkan mereka melakukan upaya ini. Keduanya bertarung melawan Sylar, Nathan terbang keluar jendela dengan Sylar, bertarung di udara sementara Peter tidak dapat mengikuti karena dia hanya memiliki kekuatan berubah bentuk dari Sylar. Kemudian Nathan terlempar ke dalam kamar hotel, karena kekuatan super Sylar. Sylar melukai leher Nathan dan membunuh dia. Peter, yang memiliki kekuatan berubah bentuk, menyamar sebagai Presiden, lalu bertemu di limo dengan Sylar, yang menyamar sebagai penasihat Presiden, yakni anggota Secret Service yang mengawal Presiden dari hotel. Sylar berhasil menjabat tangan presiden tetapi tidak bisa berubah bentuk karena Peter sedang menyamar sebagai Presiden. Hal ini memungkinkan Peter melumpuhkan Sylar dengan menyuntikkan obat penenang. Dia membawa Sylar ke Noah, Angela, dan Matt, dan mereka bertiga menyembunyikan kematian Nathan dan mentransformasi Sylar menjadi Nathan. Peter melihat pembakaran tubuh Sylar, tetapi tidak mengetahui bahwa Nathan telah wafat.