Yoweri Museveni
Museveni berkuasa (1986–1996) > Hubungan regional dan konflik

Setelah Januari 1986, Museveni melanjutkan peranannya sebagai Panglima Tertinggi NRA. Pemerintahan Kenya di bawah Daniel arap Moi mula-mula curiga terhadap apa yang dituduhkan sebagai dukungan pemerintahan NRM yang baru terhadap kelompok-kelompok pembangkang Kenya. Ketegangan memuncak dalam suatu pertikaian militer tanpa kekerasan di Busia di perbatasan Kenya-Uganda pada akhir 1987. Bila saja perbatasan dengan Kenya ditutup, hal itu akan sangat merusakkan ekonomi Uganda yang tidak memiliki akses ke laut, karena jalur ke Samudra Hindia melalui pelabuhan di Mombasa tergantung pada Kenya.
Dalam perang gerilya mereka melawan pemerintahan Milton Obote, Tentara Perlawanan Nasional merekrut siapapun juga yang mau berperang, tak peduli kebangsaannya. Penganiayaan di tangan rezim Obote mendorong banyak orang Rwanda yang hdiup di pembuangan di Uganda untuk bergabung dengan NRA. Beberapa tahun setelah Museveni memerintah, tentara Uganda masih memiliki beberapa ribu orang Rwanda dalam daftar bayaran mereka. Pada malam 30 September 1990, 4.000 anggota NRA bangsa Rwanda secara rahasia meninggalkan barak mereka, dan bergabung dengan pasukan-pasukan lain untuk menyerang Rwanda dari wilayah Uganda. Belakangan diketahui bahwa Front Patriotik Rwanda (RPF) mengoperasikan suatu pasukan yang besar jumlahnya di dalam NRA dengan menggunakan struktur sel gelap.
RPF adalah sebuah gerakan dari orang-orang Rwanda di pembuangan yang menentang pemerintahan Juvénal Habyarimana yang terkait dengan Museveni dan NRM. Para pemimpin RPF termasuk Fred Rwigema dan Paul Kagame, keduanya orang Rwanda di pembuangan dan para anggota pendiri NRM. Pada tahap-tahap awal dari penyerangan itu, Museveni dan Habyarimana sama-sama sedang menghadiri pertemuan puncak PBB di AS. Konon tanggal mobilisasi RPF telah ditetapkan untuk memungkinkan Museveni menjauhkan dirinya dari tindakan-tindakan mereka, hingga kelak sudah terlalu terlambat untuk menghentikannya. Pasukan Rwanda berhasil mengusir penyerangan itu setelah tambahan pasukan-pasukan yang sangat besar dari Belgia, Prancis dan Zaire.
Museveni dipersalahkan karena keterlibatannya dalam invasi September 1990 dan/atau tidak mengendalikan tentaranya. RPF menghilang di gunung-gunung Vumba yang merentang di perbatasan Rwanda-Uganda. Pemerintahan Habyarimana menuduh Uganda mengizinkan RPF menggunakan wilayahnya sebagai garis belakang, dan menjawab dengan menembaki desa-desa Uganda di perbatasan. Orang banyak percaya bahwa Uganda membalas dengan tembakan balik, yang mungkin telah melindungi posisi-posisi RPF. Tembak-menembak ini telah memaksa lebih dari 60.000 meninggalkan rumahnya. Meskipun dilakukan perundingan mengenai sebuah pakta keamanan, dimana kedua negara setuju untuk bekerja sama dalam menjaga keamanan di sepanjang garis perbatasan bersama mereka, pemberontak RPF telah menduduki sebagian besar wilayah utara Rwanda pada 1992.
Pada April 1994, sebuah pesawat yang membawa Presiden Habyarimana dari Rwanda dan Presiden Cyprien Ntaryamira dari Burundi ditembak jatuh di atas bandara Kigali. Hal ini mendorong terjadinya genosida Rwanda yang menyebabkan sekitar 800.000 orang tewas. Front Patriotik Rwanda menyerbu ke Kigali dan mengambil alih kekuasaan dengan pertolongan tentara Uganda.
Pada April 1995, Uganda memutuskan hubungan dengan Sudan sebagai protes atas dukungan Khartoum terhadap Pasukan Perlawanan Tuhan (LRA), sebuah kelompok pemberontak yang aktif di Uganda utara. Sebaliknya, Sudan mengklaim bahwa Uganda memberikan dukungan kepada Tentara Pembebasan Rakyat Sudan. Kedua kelompok ini dicurigai beroperasi di seberang perbatasan Uganda-Sudan yang renggang. Pertikaian antara Uganda dan Sudan berasal sekurang-kurangnya pada 1988. Para pengungsi Uganda mencari perlindungan di Sudan selatan pada masa rezim Amin dan Obote II. Namun, setelah NRM berkuasa pada 1986, banyak dari para pengungsi ini bergabung dengan kelompok-kelompok pemberontak Uganda, termasuk Front Tepi Nil Barat dan belakangan LRA. Dalam waktu yang cukup panjang, pemerintahan Museveni menganggap Sudan sebagai ancaman yang paling serius terhadap keamanan Uganda.