Rute penyeberangan laut, danau dan sungai di Indonesia
Daftar rute penyeberangan > Penyeberangan laut

| Sayoang - Saketa | Sayoang, Halmahera Selatan | Bacan | Maluku Utara | Saketa, Halmahera Selatan | Halmahera | Maluku Utara | Perintis | Laut Maluku |
| Sei Jepun - Liang Bunyu | Sei Jepun, Nunukan | Nunukan | Kalimantan Utara | Liang Bunyu, Nunukan | Sebatik | Kalimantan Utara | Perintis | Laut Sulawesi |
| Sei Jepun - Sei Menggaris | Sei Jepun, Nunukan | Nunukan | Kalimantan Utara | Sei Menggaris, Nunukan | Kalimantan | Kalimantan Utara | Perintis | Laut Sulawesi |
| Sei Selari - Air Putih | Sei Selari, Bengkalis | Sumatera | Riau | Air Putih, Bengkalis | Bengkalis | Riau | Komersial | Selat Bengkalis |
| Sibolga - Gunungsitoli | Sibolga, Sibolga | Sumatera | Sumatera Utara | Gunungsitoli, Gunungsitoli | Nias | Sumatera Utara | Komersial | Samudera Hindia |
| Sibolga - Teluk Dalam | Sibolga, Sibolga | Sumatera | Sumatera Utara | Teluk Dalam, Nias Selatan | Sumatera | Sumatera Utara | Perintis | Samudera Hindia |
| Sinabang - Pulau Banyak | Sinabang, Simeulue | Simeulue | Aceh | Pulau Banyak, Aceh Singkil | Baguk | Aceh | Perintis | Samudera Hindia |
| Singkil - Gunungsitoli | Singkil, Aceh Singkil | Sumatera | Aceh | Gunungsitoli, Gunungsitoli | Nias | Sumatera Utara | Perintis | Samudera Hindia |
| Singkil - Pulau Banyak | Singkil, Aceh Singkil | Sumatera | Aceh | Pulau Banyak, Aceh Singkil | Baguk | Aceh | Perintis | Samudera Hindia |
| Sintete - Tambelan | Sintete, Sambas | Kalimantan | Kalimantan Barat | Tambelan, Bintan | Tambelan | Kepulauan Riau | Perintis | Sungai Sambas, Laut Natuna |
| Siwa - Lasusua | Siwa, Wajo | Sulawesi | Sulawesi Selatan | Tobaku, Kolaka Utara | Sulawesi | Sulawesi Tenggara | Komersial | Teluk Bone |
| Sri Bintan Pura - Stulang Laut | Sri Bintan Pura, Tanjung Pinang | Bintan | Kepulauan Riau | Stulang Laut (Malaysia) | Malaysia Semenanjung | Johor | Komersial | Selat Riau, Selat Singapura, Selat Johor |
| Sri Bintan Pura - Tanah Merah | Sri Bintan Pura, Tanjung Pinang | Bintan | Kepulauan Riau | Tanah Merah (Singapura) | Singapura | Singapura | Komersial | Selat Riau, Selat Singapura |
| Stagen - Tarjun | Stagen, Kotabaru | Laut | Kalimantan Selatan | Tarjun, Kotabaru | Kalimantan | Kalimantan Selatan | Perintis | Selat Laut |
| Sungai Pancang - Tawau | Sungai Pancang, Nunukan | Sebatik | Kalimantan Utara | Tawau (Malaysia) | Kalimantan | Sabah | Komersial | Laut Sulawesi |
| Tanjung Api-api - Tanjung Kalian | Tanjung Api-api, Banyuasin | Sumatera | Sumatera Selatan | Tanjung Kelian, Bangka Barat | Bangka | Kepulauan Bangka Belitung | Komersial | Selat Bangka |
| Tanjung Balai - Harbourfront | Tanjung Balai, Karimun | Karimun | Kepulauan Riau | Harbourfront (Singapura) | Singapura | Singapura | Komersial | Selat Malaka, Selat Singapura |
| Tanjung Balai - Kukup | Tanjung Balai, Karimun | Karimun | Kepulauan Riau | Kukup (Malaysia) | Malaysia Semenanjung | Johor | Komersial | Selat Malaka |
| Tanjung Balai - Puteri Harbour | Tanjung Balai, Karimun | Karimun | Kepulauan Riau | Puteri Harbour (Malaysia) | Malaysia Semenanjung | Johor | Komersial | Selat Malaka |
| Tanjung Perak - Lembar | Tanjung Perak, Surabaya | Jawa | Jawa Timur | Lembar, Lombok Barat | Lombok | NTB | Komersial | Selat Madura, Laut Bali, Selat Lombok |
| Tanjung Priok - Tanjung Rhu | Tanjung Priok, Jakarta Utara | Jawa | Jakarta | Tanjung Rhu, Belitung | Belitung | Kepulauan Bangka Belitung | Komersial | Teluk Jakarta, Laut Jawa, Selat Gaspar |
| Tanjung Uban - Matak | Tanjung Uban, Bintan | Bintan | Kepulauan Riau | Matak, Kepulauan Anambas | Matak | Kepulauan Riau | Perintis | Selat Riau, Laut Natuna |
| Telaga Punggur - Jagoh | Telaga Punggur, Batam | Batam | Kepulauan Riau | Jagoh, Lingga | Singkep | Kepulauan Riau | Perintis | Selat Riau, Selat Berhala |
| Telaga Punggur - Parit Rempak | Telaga Punggur, Batam | Batam | Kepulauan Riau | Parit Rempak, Karimun | Karimun | Kepulauan Riau | Komersial | Selat Riau, Selat Singapura, Selat Malaka |
| Telaga Punggur - Tanjung Uban | Telaga Punggur, Batam | Batam | Kepulauan Riau | Tanjung Uban, Bintan | Bintan | Kepulauan Riau | Komersial | Selat Riau |
| Teluk Bara - Sanana | Teluk Bara, Buru | Buru | Maluku | Sanana, Kepulauan Sula | Sanana | Maluku Utara | Perintis | Laut Buru |
| Teluk Bungus - Maileppet | Teluk Bungus, Padang | Sumatera | Sumatera Barat | Maileppet, Kepulauan Mentawai | Siberut | Sumatera Barat | Perintis | Samudera Hindia |
| Teluk Bungus - Sikakap | Teluk Bungus, Padang | Sumatera | Sumatera Barat | Sikakap, Kepulauan Mentawai | Pagai Utara | Sumatera Barat | Perintis | Samudera Hindia |
| Teluk Bungus - Sikalabuan | Teluk Bungus, Padang | Sumatera | Sumatera Barat | Sikalabuan, Kepulauan Mentawai | Siberut | Sumatera Barat | Komersial | Samudera Hindia |
| Teluk Bungus - Tuapejat | Teluk Bungus, Padang | Sumatera | Sumatera Barat | Tuapejat, Kepulauan Mentawai | Sipora | Sumatera Barat | Komersial | Samudera Hindia |
| Teluk Dalam - Pulau Tello | Teluk Dalam, Nias Selatan | Nias | Sumatera Utara | Pulau Tello, Nias Selatan | Tello | Sumatera Utara | Perintis | Samudera Hindia |
| Teluk Gosong - Sebuku | Teluk Gosong, Kotabaru | Laut | Kalimantan Selatan | Sebuku, Kotabaru | Sebuku | Kalimantan Selatan | Perintis | Selat Sebuku |
| Teluk Nibung - Port Dickson | Teluk Nibung, Tanjung Balai | Sumatera | Sumatera Utara | Port Dickson (Malaysia) | Malaysia Semenanjung | Negeri Sembilan | Komersial | Sungai Asahan, Selat Malaka |
| Tobelo - Daruba | Tobelo, Halmahera Utara | Halmahera | Maluku Utara | Daruba, Pulau Morotai | Morotai | Maluku Utara | Komersial | Samudera Pasifik |
| Tobelo - Subaim | Tobelo, Halmahera Utara | Halmahera | Maluku Utara | Subaim, Halmahera Timur | Halmahera | Maluku Utara | Perintis | Laut Halmahera, Teluk Kao |
| Tolitoli - Boroko | Tolitoli, Tolitoli | Sulawesi | Sulawesi Tengah | Boroko, Bolaang Mongondow Utara | Sulawesi | Sulawesi Utara | Perintis | Laut Sulawesi |
| Tomia - Binongko | Tomia, Wakatobi | Tomia | Sulawesi Tenggara | Binongko, Wakatobi | Binongko | Sulawesi Tenggara | Perintis | Laut Banda |
| Torobulu - Tampo | Torobulu, Konawe Selatan | Sulawesi | Sulawesi Tenggara | Tampo, Muna | Muna | Sulawesi Tenggara | Komersial | Selat Tiworo |
| Tual - Dobo | Tual, Tual | Dullah | Maluku | Dobo, Kepulauan Aru | Wamar | Maluku | Perintis | Laut Arafura |
| Tual - Elat | Tual, Tual | Dullah | Maluku | Elat, Maluku Tenggara | Kei Besar | Maluku | Perintis | Laut Arafura |
| Tual - Kur | Tual, Tual | Dullah | Maluku | Kur, Tual | Kur | Maluku | Perintis | Laut Banda |
| Tual - Tayando | Tual, Tual | Dullah | Maluku | Tayando, Tual | Tayandu | Maluku | Perintis | Laut Banda |
| Ujung - Kamal | Ujung, Surabaya | Jawa | Jawa Timur | Kamal, Bangkalan | Madura | Jawa Timur | Komersial | Selat Madura |
| Ulee Lheue - Balohan | Ulee Lheue, Banda Aceh | Sumatera | Aceh | Balohan, Sabang | Weh | Aceh | Komersial | Selat Malaka |
| Ulee Lheue - Lamteng | Ulee Lheue, Banda Aceh | Sumatera | Aceh | Lamteng, Aceh Besar | Nasi | Aceh | Perintis | Samudera Hindia |
| Usaha Mina - Babo | Usaha Mina, Kota Sorong | Papua | Papua Barat Daya | Babo, Teluk Bintuni | Papua | Papua Barat | Perintis | Selat Dampier, Laut Seram, Teluk Bintuni |
| Usaha Mina - Gag | Usaha Mina, Kota Sorong | Papua | Papua Barat Daya | Gag, Raja Ampat | Gag | Papua Barat Daya | Perintis | Selat Dampier, Laut Halmahera |
| Waai - Kulur | Waai, Maluku Tengah | Ambon | Maluku | Kulur, Maluku Tengah | Saparua | Maluku | Komersial | Laut Banda |
| Wailey - Kulur | Wailey, Maluku Tengah | Seram | Maluku | Kulur, Maluku Tengah | Saparua | Maluku | Perintis | Laut Banda |
| Waren - Samabusa | Waren, Waropen | Papua | Papua | Samabusa, Nabire | Papua | Papua Tengah | Perintis | Teluk Cendrawasih |
| Weda - Patani | Weda, Halmahera Tengah | Halmahera | Maluku Utara | Patani, Halmahera Tengah | Halmahera | Maluku Utara | Perintis | Laut Halmahera |