Metanogen
Perbandingan genomik dan ciri molekuler

Analisis perbandingan proteomik telah mengarah ke pengidentifikasian 31 protein yang khas dan spesifik dimiliki oleh Metanogen. Sebagian besar dari protein tersebut berhubungan dengan metanogenesis serta dapat berfungsi sebagai penanda molekuler untuk Metanogen. Kemudian, 10 protein yang ditemukan di semua metanogen dimiliki oleh Arcaheglobus sehingga menunjukkan kedua kelompok memiliki kekerabatan. Pada pohon filogenetik, Metanogen tidak monofiletik dan umumnya dibagi menjadi 3 clade. Hal tersebut menunjukkan adanya protein unik yang dimiliki oleh mayoritas Metanogen, hal ini disebabkan karena terdapat transfer gen lateral. Selain itu, terdapat protein yang berkaitan dengan sulfide trafficking yabg telah dikaitkan dengan Metanogen Archaea. Analisis proteomik yang lebih mendalam diperlukan agar dapat mengungkapkan jalur baru untuk metabolisme metanogenesis dan lebih membedakan secara spesifik genera dalam kelas Metanogen.
Melalui pendekatan sekuensing DNA atau RNA telah menjelaskan beberapa penanda genom khusus untuk beberapa kelompok metanogen. Salah satu temuan tersebut mengisolasi sembilan metanogen dari genus Methanoculleus dan menemukan bahwa setidaknya ada 2 gen sintase trehalosa yang ditemukan di kesembilan genom. Selama ini gen tersebut hanya diamati pada genus ini, oleh karena itu dapat digunakan sebagai penanda untuk mengidentifikasi archaea Methanoculleus. Seiring kemajuan teknik sekuensing dan database dihuni dengan data genom yang melimpah, sejumlah besar galur dan sifat dapat diidentifikasi, tetapi banyak genera yang belum dipelajari. Misalnya, metanogen halofilik merupakan mikroba yang berpotensi penting untuk siklus karbon di ekosistem lahan basah pesisir tetapi tampaknya masih belum banyak dipelajari. Satu publikasi baru-baru ini mengisolasi strain baru dari genus Methanohalophilus yang berada di air laut yang kaya sulfida. Menariknya, mereka telah mengisolasi beberapa bagian dari genom strain ini yang berbeda dari strain terisolasi lain dari genus ini (Methanohalophilus mahii, Methanohalophilus halophilus, Methanohalophilus portucalensis, Methanohalophilus euhalbius). Beberapa perbedaan termasuk genom yang sangat kekal, metabolisme sulfur dan glikogen dan resistensi virus. Penanda genom yang sesuai dengan lingkungan mikroba telah diamati pada banyak kasus lain. Salah satu studi tersebut menemukan bahwa archaea penghasil metana yang ditemukan di zona rekahan atau patahan hidrolik memiliki genom yang bervariasi seiring dengan kedalaman vertikal pada zona tersebut. Hal ini penting untuk diketahui bahwa penanda genom yang menunjuk pada faktor-faktor yang relevan dengan lingkungan sering kali tidak eksklusif. Penelitian dari Methanogenic thermoplasmata menunjukkan bahwa mikrorganisme ini selain ditemukan di saluran usus manusia dan hewan juga ditemukan di lingkungan metanogenik lain seperti tanah lahan basah, kelompok yang diisolasi di lahan basah cenderung memiliki lebih banyak gen yang mengkode enzim anti-oksidasi yang tidak ada pada kelompok yang sama yang diisolasi pada manusia dan saluran usus hewan. Masalah umum dalam mengidentifikasi dan menemukan spesies baru metanogen adalah terkadang perbedaan genom bisa sangat kecil, namun kelompok peneliti memutuskan bahwa mereka cukup berbeda untuk dipisahkan menjadi spesies individu. Suatu studi dengan mengambil sekelompok Methanocellales dan menjalankan studi genomik komparatif, menunjukkan bahwa ketiga strain tersebut awalnya dianggap identik, tetapi setelah dilakukan pendekatan rinci untuk isolasi genom menunjukkan adanya perbedaan antara genom identik yang sebelumnya dianggap sama. Perbedaan terlihat pada jumlah salinan gen dan ada juga keragaman metabolik yang terkait dengan informasi genom. Genomic signatures tidak hanya memungkinkan seseorang menandai metanogen unik dan gen yang relevan dengan kondisi lingkungan, hal tersebut juga mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang evolusi archaea. Beberapa metanogen harus secara aktif melakukan mitigasi terhadap lingkungan oksik. Gen fungsional yang terlibat dengan produksi antioksidan telah ditemukan dalam metanogen, dan beberapa kelompok tertentu cenderung memiliki pengayaan pada fitur genomik ini. Metanogen yang mengandung genom dengan sifat antioksidan yang diperkaya dapat memberikan bukti bahwa penambahan genom ini mungkin terjadi selama peristiwa oksigenasi. Dalam studi lain, tiga strain dari garis keturunan Thermoplasmatales yang diisolasi dari saluran pencernaan hewan mengungkapkan perbedaan evolusioner. Gen histon mirip eukariotik yang ada di sebagian besar genom metanogen tidak ada, menghindari bukti bahwa cabang leluhur hilang di dalam Thermoplasmatales dan garis keturunan terkait. Lebih lanjut, kelompok Methanomassiliicoccus memiliki genom yang telah kehilangan banyak gen yang mengkode untuk beberapa langkah pertama metanogenesis. Gen-gen ini telah digantikan oleh gen yang mengkode jalur metogenik baru yang dimetilasi. Jalur ini telah dilaporkan dalam beberapa jenis lingkungan, menunjuk ke evolusi spesifik non-lingkungan, dan mungkin menunjukkan penyimpangan leluhur.