Johannes Latuharhary
Karier > Zaman Belanda

Sepulangnya ke Indonesia, Johannes diangkat menjadi asisten hakim di Pengadilan Tinggi Surabaya berbekal rekomendasi dari dosennya Cornelis van Vollenhoven. Ia kemudian diangkat menjadi hakim penuh di Surabaya, sebelum ditunjuk menjadi hakim ketua di pengadilan negeri di Kraksaan, Probolinggo pada tahun 1929. Semasa ini, Johannes bergabung dengan organisasi pemuda perantauan Ambon di Jawa, Sarekat Ambon (SA), dan menjabat sebagai ketua redaksi surat kabar organisasi SA, yakni Haloean. Johannes mencoba untuk mendaftarkan SA sebagai organisasi resmi sejak tahun 1930, meskipun permohonannya baru diterima tahun 1933. Dikarenakan depresi besar yang melanda perekonomian dunia sekitar waktu itu, Johannes juga membentuk suatu koperasi untuk para perantauan dari Maluku.
Pada sekitar waktu ini, sejumlah anggota SA mengusulkan agar SA bergabung ke Pemufakatan Perhimpunan-perhimpunan Politik Kebangsaan Indonesia (PPPKI) yang mewadahi berbagai organisasi pergerakan nasional di tingkat daerah sampai seluruh Indonesia. Namun, Johannes memandang bahwa organisasi keagamaan seperti Sarekat Islam tidak seharusnya ikut dalam pergerakan politik, sehingga ia menolak bergabungnya SA ke dalam PPPKI. SA belakangan tetap bergabung ke PPPKI pada tahun 1932. Pada bulan Januari tahun itu, Johannes sempat berpidato dalam kongres PPPKI dengan judul Azab Sengsara Kepoelauan Maloekoe yang bertema penjajahan di bidang ekonomi yang dilakukan oleh Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC) dan lalu pemerintah Belanda. Pidato ini belakangan diterbitkan sebagai suatu buku yang dibredel pemerintah kolonial. Dalam karya tulisnya, ia juga mencerca sistem pendidikan Belanda di Maluku yang dituduhnya bertujuan untuk menciptakan pegawai negeri, tentara, dan pelaut untuk pemerintah kolonial. Pandangan Johannes untuk negara Indonesia setelah merdeka berbentuk suatu negara serikat, sejalan dengan pandangan tokoh-tokoh lain seperti Sam Ratulangi, Tan Malaka, atau Mohammad Hatta.
Karena aktivitas anti-kolonial Johannes, ia diberikan pilihan oleh pemerintah Belanda: mundur sebagai hakim atau berhenti ikut pergerakan kemerdekaan. Johannes memutuskan untuk mundur sebagai seorang hakim dan beralih haluan menjadi seorang pengacara. Keputusan ini memberatkan keuangan keluarganya – sebagai hakim ketua, ia menerima gaji 750 gulden yang terhitung besar pada masa itu, tetapi tidak banyak ditabung karena habis untuk donasi ke Sarekat Ambon dan ke beasiswa lamanya (Ambonsch Studiefonds). Meskipun begitu, ia menjadi seorang pengacara yang cukup terkenal di Jawa Timur seusai berhasil mempertahankan hak lahan petani lokal dari pabrik gula, dan ia terpilih menjadi anggota Regentschapsraad (sejenis Dewan Perwakilan Rakyat Daerah tingkat Kabupaten) di Probolinggo tahun 1934. Kemudian, ia menjadi anggota DPRD Provinsi Jawa Timur (Provinciale Raad) sampai tahun 1942.
Johannes menjadi ketua umum pertama Jong Ambon setelah organisasi tersebut didirikan pada tahun 1936. Ia juga turut serta dalam pemilihan umum anggota Volksraad mewakili Ambon pada tahun 1939 dengan kampanye yang berdasarkan sentimen nasionalisme, sambil membangun sejumlah cabang baru untuk SA. Namun, ia gagal meraih kursi karena dikalahkan seorang caleg keturunan bangsawan anggota Regentenbond. Johannes belakangan menjadi anggota Partai Indonesia Raya (Parindra).