Kamp konsentrasi Haidari
Di bawah kuasa Jerman

Komandan Jerman yang baru, Sersan Rudi Trepte, segera membuat peraturan yang lebih ketat: pada waktu bebas, para narapidana harus tetap berada di ruangan, dan kunjungan orang luar dibatasi menjadi sekali per bulan. Sementara itu, populasi kamp mulai bertumbuh; 300 narapidana baru dari Kalamata datang di bulan Oktober, dan 400 narapidana lain datang dari penjara Averof di awal bulan November. Pada 21 November, Sersan Trepte dan penerjemah Yunaninya ditangkap oleh Gestapo, untuk alasan yang tidak diketahui. Beberapa hari kemudian pada 28 November, kamp ini masuk ke dalam otoritas SS dan Sturmbannführer Paul Radomski.
Radomski adalah seorang "Pejuang Lama" di Partai Nazi dan merupakan salah satu rekan dari kepala keamanan yang ditakuti, Reinhard Heydrich, di Hamburg. Dia dianggap brutal, bahkan oleh rekan-rekan sesama petugas SS. Catatan pribadinya memberikan dia label "primitif", dan sebagai komandan kamp konsentrasi Syrets di dekat Kiev, dia meluncurkan kampanye teror, memerintahkan hukuman berat untuk hal-hal terkecil, dan sering menembak atau mencambuk para narapidana. Kebiasaan ini dia bawa ke Haidari.
Di bawah kuasa Radomski, narapidana kamp dipaksa kerja dalam dua shift empat jam per hari kecuali hari Minggu. Para narapidana dibagi menjadi kelompok 100 orang dengan seorang kenturion sebagai pimpinannya. Namun, pekerjaan ini bukan untuk kebutuhan produktif, akan tetapi untuk merusak morale para narapidana. Mereka diberikan tugas-tugas tidak jelas seperti menggali lubang, lalu mengisinya kembali; membangun dinding, lalu meruntuhkannya kembali.
Eksekusi pertama di kamp ini terjadi pada 7 Desember ketika Radomski secara pribadi mengeksekusi seorang tentara Yunani yang beragama Yahudi bernama Levi, di depan para narapidana yang lain karena ia "mencoba kabur saat akan dipenjara". Eksekusi ini bukan hanya digunakan sebagai peringatan kepada narapidana yang lain, tetapi menurut riset psikologis pascaperang, juga untuk "menanamkan rasa takut konstan kepada para narapidana". Pada total, dalam operasi satu tahun kamp konsentrasi ini, ada 1.800 orang yang dieksekusi, dan 300 lainnya mati karena disiksa baik di Haidari maupun di Mabes Gestapo di Jalan Merlin, di Athena Pusat. Angka ini termasuk 30 perempuan, 104 orang cacat, dan 230 mahasiswa.
Radomski dilepaskan dari jabatannya pada Februari 1944 sehabis ia mengancam akan menembak ajudannya sendiri ketika sedang mabuk, dan digantikan oleh Letnan Karl Fischer. Fischer mengubah total kebijakan-kebijakan pendahulunya; dia tidak melanjutkan perlakuan brutal Radomski, tetapi ia menyelipkan mata-mata dan informan di antara para narapidana. Meskipun suasananya lebih rileks, tetapi aktivitas terbanyak justru berada pada masa kuasa Fischer. Pada musim semi dan musim panas tahun 1944, orang Jerman secara kosntan melakukan razia, blokade, dan penangkapan masal di Athena, populasi narapidana di kamp itu pun memuncak pada beberapa ribu orang di bulan Agustus, hampir dua bulan sebelum Pembebasan. Beberapa ratus orang yang tertangkap dalam razia ini kemudian dipindahkan ke Jerman untuk kerja paksa.
Kebijakan penghukuman Jerman juga semakin parah dan semakin banyak orang yang dieksekusi. Eksekusi yang paling terkenal adalah eksekusi 200 komunis pada 1 Mei 1944 di Kaisariani, sebagai pembalasan dendam atas gerilya dan pembunuhan Jenderal Jerman, Franz Krech, oleh Partisan ELAS, di Molaoi di Lakonia.
Pada bulan Maret, orang Jerman juga memenjarakan beberapa politisi ternama, yang mereka curigai punya hubungan dengan orang Inggris. Termasuk dalam politisi-politisi yang dipenjarakan ini adalah Perdana Menteri Georgios Kaphantaris, Themistoklis Sophoulis, dan Stylianos Gonatas, semuanya pimpinan Partai Liberal yang ada sebelum perang. Kepala SiPo/SD Athena, Walter Blume, hendak mengeksekusi mereka dengan figur-figur publik lainnya, seiring dengan kemunduran Jerman, agar negara itu berada dalam kekacauan. Pada akhirnya, "Tesis Kekacauan" Blume ini digagalkan oleh atasan-atasannya, dan para politikus itu malah dikeluarkan pada awal September. Blume ditangkap dan dipenjara pada Pengadilan Einsatzgruppen, tetapi ia dikeluarkan tahun 1953 dan meninggal tahun 1977.