Sejarah Gereja Katolik
Renaisans dan reformasi > Abad penjelajahan dan para misionaris

Artikel utama: Kontra Reformasi dan Gereja Katolik pada Abad Penjelajahan
Lihat pula: Reformasi Protestan, Kekristenan pada abad ke-16, dan Perang agama Eropa
Selama abad ke-15 dan awal abad ke-16, misionaris-misionaris dan penjelajah-penjelajah Eropa menyebarkan agama Kristen Katolik ke Benua Amerika, Asia, Afrika, dan Oseania. Dengan menerbitkan bula Inter Caetera, Paus Aleksander VI menganugerahkan hak jajah atas sebagian besar daerah yang baru ditemukan kepada Spanyol dan Portugal. Di bawah sistem patronato (bahasa Portugis: padroado), pejabat-pejabat negara mengatur pengangkatan rohaniwan dan membatasi hubungan langsung dengan Vatikan. Pada bulan Desember 1511, Antonio de Montesinos, seorang frater dari tarekat Dominikan, secara terbuka mengecam pejabat-pejabat pemerintah Spanyol di Ispanyola karena memperlakukan orang-orang pribumi Amerika dengan semena-mena. Ia berkata, "... kamu sekalian sudah berdosa besar ... karena kekejaman dan tirani yang kamu gunakan dalam berurusan dengan orang-orang tak berdosa ini". Menjawab kecaman tersebut, Raja Fernando memberlakukan Undang-Undang Burgos dan Undang-Undang Valladolid. Penerapannya tidak tegas, dan meskipun sebagian pihak menyalahkan Gereja karena tidak berbuat banyak demi kebebasan orang-orang Indian, pihak-pihak lain justru menegaskan bahwa Gerejalah satu-satunya lembaga yang menyuarakan kepentingan orang-orang pribumi. Isu ini menimbulkan krisis hati nurani di spanyol pada abad ke-16. Banyaknya swakritik dan renungan filsafati yang dikemukakan para teolog Katolik, teristimewa dari Francisco de Vitoria, memunculkan perdebatan mengenai hakikat hak-hak manusia dan melahirkan hukum internasional modern.
Pada tahun 1521, berkat kepemimpinan dan usaha pewartaan penjelajah Portugis, Fernão de Magalhães, untuk pertama kalinya dilangsungkan pembaptisan orang-orang pribumi yang kemudian hari menjadi bangsa Kristen pertama di Asia Tenggara, yakni bangsa Filipina. Pada tahun berikutnya, misionaris-misionaris Fransiskan tiba di negeri yang kini bernama Meksiko. Mereka berusaha mengajak orang-orang Indian setempat untuk memeluk agama Kristen Katolik, tetapi juga berusaha meningkatkan kesejahteraan mereka dengan mendirikan sekolah-sekolah dan rumah-rumah sakit. Orang-orang Indian mereka ajari metode-metode bercocok tanam yang lebih baik dan cara-cara yang lebih mudah untuk menenun dan membuat gerabah. Karena ada sebagian orang yang masih meragukan bahwa bangsa Indian sungguh-sungguh manusia, Paus Paulus III menerbitkan bula Veritas Ipsa atau Sublimis Deus pada tahun 1537 untuk menegaskan bahwa bangsa Indian patut diperlakukan sebagai manusia. Semenjak terbitnya bula tersebut, usaha penyebaran agama Kristen Katolik mulai mebuahkan hasil. Dalam rentang waktu 150 tahun berikutnya, usaha misi meluas sampai ke kawasan barat laut Amerika Utara. Orang-orang pribumi secara legal didefinisikan sebagai kanak-kanak, dan para imam memegang peran ayah, yang sering kali dikukuhkan dengan penerapan hukuman badan. Di India, misionaris-misionaris Portugis dan imam Yesuit asal Spanyol, Fransiskus Xaverius, mewartakan Injil kepada orang-orang non-Kristen maupun komunitas-komunitas Kristen India yang mengaku sebagai komunitas-komunitas bentukan Rasul Tomas.