Krisis HKBP 1992-1998
Intervensi pemerintah

Bakorstanasda Sumatera Bagian Utara, yang pada saat itu diketuai oleh Mayjen R. Pramono, mendapat surat pendelegasian wewenang dari Departemen Agama, Bakorstanas, Muspida tingkat I, dan Pemerintah Daerah. Pada tanggal 16 Desember 1992, Bakorstanasda mengundang eks anggota Majelis Pusat ke Kodam. Hanya 19 orang yang datang dari 23 orang yang diundang pada saat itu. Nababan termasuk orang yang tidak hadir dalam rapat tersebut. Bakorstanasda kemudian melemparkan kembali siapa orang yang hendak dipilih sebagai pejabat Ephorus sementara. Calon-calon yang muncul pada saat itu antara lain Pdt. Dr. Adelbert A. Sitompul, Pdt. Wilmar Sihite, Pdt. Sountilon M. Siahaan. Menurut Bakorstanasda nama-nama ini kemudian dipilih kembali oleh staf Bakorstanasda bersamaan dengan Pemda, Kanwil Departemen Agama, Kepolisian, Kodam, dan ahli masalah HKBP. Akan tetapi di kemudian hari diketahui pendeta Sitompul dan Sihite menolak menggantikan Pdt. SAE Nababan.
Bakorstanasda Sumatera Bagian Utara kemudian menunjuk Pdt SM Siahaan sebagai pejabat Ephorus melalui Surat Keputusan (SKep) No. 3/Stada/XII/1992 pada tanggal 23 Desember 1992. Penunjukan ini diikuti oleh pelantikan SM Siahaan di Seminarium Sipoholon, 11 kilometer dari Kantor Pusat HKBP Pearaja Tarutung.
Penunjukan tersebut kemudian mengalami penolakan dari berbagai jemaat karena dianggap tidak sesuai dengan Aturan Peraturan (AP) HKBP. Jemaat tersinggung karena ada pihak di luar HKBP yang mengangkat Ephorus secara sepihak. Selain itu banyak jemaat yang menganggap SM Siahaan pernah dihukum akibat korupsi sehingga tidak pantas mendapat jabatan Ephorus. Alasan itu kemudian disangkal SM Siahaan karena sudah ada surat keputusan Mahkamah Agung yang membebaskannya dari segala tuntutan.
Letkol Tommy Yakobus, yang saat itu menjabat sebagai Kapolres Tapanuli Utara, melalui megafon memerintahkan warga yang bukan penghuni kompleks HKBP segera meninggalkan tempat. Ketika itu Kapolres datang bersama dengan polisi dan tentara. Jemaat yang sebelumnya hadir di lokasi untuk berjaga-jaga kemudian meninggalkan kompleks. Sepeninggalnya, tentara kemudian ikut meninggalkan tempat tersebut.
Penunjukan pejabat Ephorus tersebut menimbulkan berbagai protes,  salah satu diantaranya adalah Pdt. J.A.U. Doloksaribu dan jemaatnya dari gereja HKBP Sudirman melayangkan surat kepada DPRD Sumatera Utara akhir Desember 1992. isinya antara lain menentang penetapan pucuk pimpinan tanpa adanya upacara gereja. Pdt. JAU Doloksaribu kemudian ditahan oleh pihak yang berwajib usai memberkati sepasang pengantin di Gereja HKBP Medan pada Januari 1993.
Pendeta nababan yang pada masa itu sudah habis masa jabatannya pun mengadukan surat keputusan Bakorstanasda ke PTUN. Pada 11 Januari 1993 aduan tersebut kemudian diadili oleh Hakim Lintong Oloan Siahaan, yang juga jemaat HKBP. Lintong memutuskan adanya penangguhan sementara pelaksanaan surat tersebut. Pada akhirnya tergugat pun melayangkan keberatan melalui banding yang kemudian dimenangkan tergugat. Tergugat menganggap Lintong bukan hakim yang independen, karena masih merupakan anggota jemaat HKBP. Lintong dianggap seharusnya mengundurkan diri sebelum melanjutkan perkara yang kemungkinan menyebabkan ia tidak dapat memutuskan dengan adil.  Di sisi lain Lintong pun mengakui pada saat itu ia merupakan jemaat HKBP dan merupakan penatua gereja hingga pertengahan 80-an selama 2 tahun. Akan tetapi ia menyangkal telah berlaku tidak adil dalam memutuskan perkara tersebut, karena ia memutuskan bersamaan dengan dua anggota majelis lainnya yang beragama Islam. Di kemudian hari masalah ini berkembang, bukan lagi masalah pro dan kontra pemilihan Ephorus, melainkan rasa ketersinggungan umat akan adanya pihak di luar HKBP yang menentukan Ephorus.
Pdt. Saut Hamonangan Sirait yang pada masa itu memimpin Departemen Pemuda di HKBP pada periode 1991-1996 memimpin perlawanan terhadap campur tangan pemerintah di bawah slogan Setia Sampai Akhir (SSA). Slogan ini diperkenalkan oleh Asmara Nababan (adik dari Pdt SAE Nababan) dan Pdt. Saut Sirait yang semula bernama “Setia Sampai Mati” (Why 2:10).
Pada suatu kesempatan ibadah gereja terpaksa diundur akibat adanya penjagaan kepolisian di depan gereja, yang meminta jemaat menunjukkan KTP sebelum beribadah. Sekitar 70-an orang ditangkap, karena dianggap menghasut dan merongrong pemerintah, namun kemudian dibebaskan. Salah satu pendeta yang pernah ditangkap dan dipukuli karena dituduh menjadi dalang keributan pada masa itu adalah Pdt. Robinson Butarbutar, yang di kemudian hari ditahbiskan sebagai Ephorus HKBP.
Pada tanggal 11–13 Februari 1993, diselenggarakan kembali Sinode Agung Istimewa (SAI) di Tiara Convention Medan atas undangan Pejabat Ephorus Pdt. SM Siahaan. Sinode ini dihadiri oleh 447 dari 562 pendeta yang diundang. Pdt PWT Simanjuntak dan tujuh calon lainnya dicalonkan untuk di kursi Ephorus. Pada pemilihan tersebut Pdt PWT Simanjuntak memperoleh 406 suara, sedangkan sisanya hanya mendapat satu hingga tiga suara. Di Sinode ini kemudian terpilih Pdt. P.W.T. Simanjuntak sebagai Ephorus dan Pdt. S.M. Siahaan sebagai Sekretaris Jenderal HKBP. Keduanya pun ditahbiskan pada tanggal 17 Februari 1993.