Sejarah awal Gowa dan Tallo
Gowa dan Tallo dari 1565 hingga 1593 > Perang melawan Tellumpoccoe dan masa pemerintahan Tunipasulu (1582–1593)

Bone merasa terancam oleh pengaruh Gowa yang kian berkembang. Sementara, perlakuan semena-mena Gowa terhadap negeri-negeri Bugis yang menjadi vasalnya, Soppeng and Wajo, membuat mereka merasa kehilangan kedaulatan. Maka, pada tahun 1582, Bone, Wajo, dan Soppeng menandatangani Perjanjian Timurung yang menetapkan hubungan ketiga negara sebagai persekutuan antarsaudara, dengan Bone sebagai saudara tuanya. Aliansi pimpinan Bone ini disebut Tellumpoccoe (secara harfiah bermakna "Tiga Puncak" atau "Tiga Kekuatan"), yang bertujuan mengukuhkan kembali kedaulatan kerajaan-kerajaan Bugis ini dan menghentikan perluasan wilayah Gowa. Merasa diprovokasi, Gowa mengirimkan serentetan serangan ke timur (beberapa di antaranya dibantu oleh Luwu, sebuah negeri Bugis lainnya), dimulai dengan penyerbuan Wajo pada 1583 yang berhasil dihalau oleh pasukan gabungan Tellumpoccoe. Kampanye militer terhadap Bone pada tahun 1585 dan 1588 juga sama gagalnya. Pada saat yang sama, dalam perlawanan mereka terhadap Gowa, Tellumpoccoe berusaha merintis koalisi seluruh Bugis dengan mempertalikan dinasti mereka pada negeri-negeri Bugis di Ajatappareng melalui pernikahan. Tunijallo memutuskan untuk menyerang Wajo sekali lagi pada 1590, tetapi ia mati diamuk seorang bawahannya ketika memimpin armada Gowa di lepas pantai barat Sulawesi Selatan. Pada tahun 1591, Perjanjian Caleppa diperbarui untuk mengembalikan kedamaian di semenanjung. Kejadian ini juga menandai kesuksesan persekutuan Tellumpoccoe dalam menjinakkan ambisi Gowa.
Pada kurun waktu yang sama, perubahan-perubahan besar terjadi dalam panggung perpolitikan tanah Makassar. Tumamenang ri Makkoayang mangkat pada 1577 dan digantikan oleh putrinya Karaeng Baine, yang juga merupakan istri Tunijallo. Sejarah Tallo menyebutkan bahwa Tunijallo dan Karaeng Baine memimpin Gowa dan Tallo secara bersama-sama, walaupun tampaknya Karaeng Baine lebih banyak menuruti kemauan suaminya dan tidak punya pencapaian bermakna yang tercatat selain inovasi dalam pembuatan hasta karya. Setelah Tunijallo dibunuh pada tahun 1590, Karaeng Matoaya, putra Tumamenang ri Makkoayang dan saudara tiri Karaeng Baine yang berusia 18 tahun, dilantik sebagai tumabicara butta yang baru. Karaeng Matoaya lalu menunjuk Tunipasulu, putra Tunijallo yang masih berusia 15 tahun, sebagai Karaeng Gowa. Namun, Tunipasulu juga mengklaim takhta Tallo, walaupun dirinya sudah menjadi penguasa Gowa. Ia juga sempat mengambil alih secara paksa takhta negara vasal Maros setelah kematian penguasanya. Kejadian ini memperluas wilayah kekuasaan langsung raja Gowa hingga mencapai skala terbesar dalam sejarah. Merasa percaya diri dengan posisinya, Tunipasulu berusaha memusatkan kekuatan kepada dirinya seorang. Ia memindahkan takhta kerajaan ke Somba Opu serta menyita properti, mengasingkan, bahkan mengeksekusi kalangan aristokrat demi melemahkan perlawanan mereka terhadap kuasa prerogatifnya. Banyak kalangan bangsawan dan komunitas Melayu yang kabur dari Makassar karena takut akan pemerintahan Tunipasulu yang semena-mena.
Tunipasulu ditumbangkan pada tahun 1593 dalam sebuah kudeta istana yang kemungkinan diawali oleh Karaeng Matoaya, orang yang sama yang telah menobatkan Tunipasulu. Mantan Karaeng Gowa ini lalu diasingkan ke timur hingga kematiannya di Buton pada tahun 1617, meskipun selama sisa hidupnya ia mungkin terus menjalin hubungan dengan para pendukungnya di Makassar. Posisi Karaeng Matoaya sebagai Karaeng Tallo dikukuhkan, dan ia menunjuk putra mahkota yang masih berusia tujuh tahun, I Mangngarangi (di kemudian hari digelari Sultan Ala'uddin) sebagai Karaeng Gowa. Jabatan Karaeng Maros dikembalikan setelah kekosongan takhta selama beberapa tahun. Insiden pengusiran Tunipasulu memastikan otonomi bagi para bangsawan, menggariskan batasan bagi wewenang Karaeng Gowa, serta mengembalikan keseimbangan pengaruh antara Gowa, Tallo, dan negeri Makassar lainnya. Sejak saat itu, wilayah-wilayah Gowa dipimpin oleh gabungan dinasti-dinasti berkuasa. Dalam sistem ini, wangsa kerajaan Gowa berperan sebagai primus inter pares ("yang pertama di antara yang setara"), meskipun Tallo, tempat asal para tumabicara butta, sering kali merupakan negeri paling dominan secara de facto. Selama empat dasawarsa berikutnya, Karaeng Matoaya memelopori perkembangan Islam di Sulawesi Selatan serta ekspansi pesat Gowa-Tallo hingga ke Maluku dan Nusa Tenggara. Dapat dikatakan bahwa pengusiran Tunipasulu dan bermulanya pemerintahan Karaeng Matoaya menandai akhir dari ekspansi permulaan Gowa dan awal dari sebuah era baru dalam sejarah Makassar.