The Disappearance of Haruhi Suzumiya
Produksi

The Disappearance of Haruhi Suzumiya awalnya direncanakan sebagai adaptasi bagian musim kedua dari versi serial animenya. Produksi musim barunya mulai digarap Studio Kyoto Animation pada Juni 2007. Tim produksi tidak mementingkan durasi Disappearance pada film ini hingga skrip selesai dan papan cerita berada di tahap lanjut. Ini dilakukan untuk memberikan waktu yang cukup untuk semua adegan. Rencana awal ini memunculkan tujuh manuskrip dengan jumlah total sementara tujuh episode. Pada suatu ketika, rencana tersebut berubah menjadi adaptasi The Disappearance of Haruhi Suzumiya dalam bentuk film sebagai gantinya. Hal ini menyebabkan film tersebut berdurasi 162 menit, menjadikannya sebagai film animasi terpanjang kedua pada saat itu. Tatsuya Ishihara sebagai sutradara mengharapkan durasi film ini bisa sedikit lebih lama lagi untuk mengadaptasi lebih banyak adegan dari novel, namun pada akhirnya ia merasa puas dengan jumlah adegan yang ditinggalkan.
Tatsuya Ishihara dan Yasuhiro Takemoto menggunakan gerakan kamera yang lebih sedikit untuk menekankan adegan dan suasana kesepian Kyon. Noriko Takao bergabung dan ikut mengambil andil para sutradara dalam membuat gambaran papan cerita atas permintaannya sendiri. Keberadaannya membantu dalam memberikan sudut pandang wanita selama proses pembuatannya, khususnya dalam menggambarkan perbedaan karakter Yuki Nagato. Gambaran papan cerita tersebut akhirnya terbagi menjadi enam bagian yakni bagian A hingga F. Bagian awal dan akhir dialukan oleh Ishihara dan Takemoto, sedangkan Takao melakukan bagian C dan D. Mereka mendiskusikan terkait cara membuat karakter agar terdengar senyata mungkin.
Ishihara, Takemoto, dan Takao menghabiskan sebagian besar waktu untuk mendiskusikan penggambaran karakter Ryoko Asakura dan Itsuki Koizumi. Karakter dalam narasi film tersebut mereka anggap sebagai "orang-orang yang belum dipilih". Secara khusus, Takemoto meminta pengisi suara Koizumi, Daisuke Ono, untuk menunjukkan ekspresi sebagai 'badut' yang sedih. Takao merupakan penggagas utama aspek "orang yang tidak dipilih" pada papan cerita ini. Demikian pula, mereka ingin menciptakan kesan perasaan "berkilau" pada adegan Haruhi Suzumiya.
Teknik 3DCG dan fotografi digunakan untuk meningkatkan detail pada tata letak ketika gerakan kamera menyorot cukup jauh. Tentunya, hal ini akan terlalu sulit dilakukan jika menggunakan metode gambar mentah secara tradisional sejak awal.
Tiap bagian papan cerita A hingga F pada film ini memiliki pengarah animasi yang berbeda. Pertama, para animator menyerahkan pekerjaan mereka kepada sutradara, lalu diserahkan ke kepala pengarah animasi Futoshi Nishiya, dan terakhir kepada kepala tertinggi pengarah animasi Shoko Ikeda. Nishiya sangat memerhatikan segala detail pose, gerak tubuh, dan ekspresi wajah, sedangkan Ikeda berperan dalam memastikan karakter yang diciptakan sesuai dengan desain awal mereka. Ikeda menjelaskan segala detail tiap karakter kepada para pengarah animasi sejak awal untuk hasil yang lebih optimal. Diskusi itu juga membahas terkait adegan yang harus ditampilkan dan yang harus dihindari, sekaligus memberikan saran terkait upaya menghindari tingkat detail realistis yang berlebihan. Ini dilakukan untuk memungkinkan keluwesan dalam ekspresi dan postur tubuh karakter selama beberapa adegan dramatis. Nishiya menganggap bagian tersulitnya adalah dalam membuat karakter Kyon dikarenakan berbagai macam emosi yang dia alami dalam film, sedangkan Ikeda merasa lebih sulit untuk mengerjakan karakter Nagato Yuki karena rumitnya gerakan untuk menunjukkan emosi dan kehalusan dalam dirinya.
Akting suara The Disappearance of Haruhi Suzumiya direkam berdasarkan urutan perkembangan cerita demi memperlihatkan perkembangan emosi protagonis Kyon secara lebih baik di sepanjang film. Pengarah suara Youta Tsuruoka sangat senang dengan hasilnya dan memuji pengisi suara Kyon, Tomokazu Sugita, atas penampilannya. Tsuruoka menganggapnya sebagai sebuah tantangan untuk dapat mengemas keseluruhan film dengan suara yang tepat.
Pemberian umpan balik selama proses penulisan naskah film ini dilakukan oleh penulis langsung serial novel ini, Nagaru Tanigawa. Tanigawa juga ikut andil dalam menyusun epilog eksklusif dan menulis lirik lagu penutup. Produser Atsushi Itō menyarankan akapela sebagai lagu penutupnya.