Saitō Hajime
Restorasi Meiji

Saito, dengan nama baru, Fujita Gorō (藤田 五郎code: ja is deprecated ) (藤田 五郎), melakukan perjalanan ke Tonami, domain baru dari  klan Matsudaira di Aizu. Dia mengambil tempat tinggal dengan Kurasawa Heijiemon, Aizu karō yang merupakan sahabat lama dari Kyoto. Kurasawa terlibat dalam migrasi Aizu Samurai ke Tonami dan pembangunan permukiman di Tonami (sekarang Prefektur Aomori), khususnya di Desa Gonohe. Di Tonami, Saito bertemu dengan Shinoda Yaso, putri seorang punggawa Aizu. Keduanya bertemu melalui Kurasawa, yang saat itu tinggal bersama Ueda Shichirō, punggawa Aizu lainnya. Kurasawa mensponsori pernikahan Saito dan Yaso pada tanggal 25 Agustus 1871; pasangan itu tinggal di rumah Kurasawa. Itu juga sekitar waktu ini bahwa Saito mungkin menjadi terkait dengan Biro Polisi. Saitō dan Yaso pindah dari rumah Kurasawa pada tanggal 10 Februari 1873, dan mulai tinggal di rumah tangga Ueda. Ketika pada tanggal 10 Juni 1874, ia meninggalkan Tonami ke Tokyo, Yaso pindah bersama Kurasawa dan keluarga Kurasawa mencatat entri terakhirnya pada tahun 1876. Tidak diketahui apa yang terjadi sesudahnya. Saat itu sekitar Saito (sebagai Fujita Gorō) mulai bekerja sebagai polisi di Departemen Kepolisian Metropolitan Tokyo.
Pada tahun 1874, Saito menikahi Takagi Tokio. Tokio adalah putri Takagi Kojūrō, punggawa domain Aizu. Nama aslinya adalah Sada; dia pernah bekerja sebagai dayang Matsudaira Teru. Pernikahan ini diyakini telah disponsori oleh mantan Aizu karō Yamakawa Hiroshi dan Sagawa Kanbei serta mantan penguasa Aizu Matsudaira Katamori. Saito dan Tokio memiliki tiga orang anak: Tsutomu (1876-1956); Tsuyoshi (1879-1946); dan Tatsuo (1886-1945). Tsutomu dan istrinya, Nishino Midori, memiliki tujuh orang anak; Keluarga Fujita (Saitō) berlanjut hingga hari ini melalui Tarō dan Naoko Fujita, anak-anak putra kedua Tsutomu, Makoto. Putra ketiga Saito, Tatsuo diadopsi oleh keluarga Numazawa, kerabat ibu Tokio (keluarga lain dari Aizu karō) yang keluarganya hampir musnah dalam Perang Boshin.
Dia berjuang di pihak pemerintahan Meiji selama pemberontakan Satsuma Saigō Takamori, sebagai anggota pasukan polisi yang dikirim untuk mendukung angkatan Darat Kekaisaran Jepang.
Selama hidupnya, Saito berbagi beberapa pengalaman Shinsengumi dengan beberapa orang terpilih, termasuk orang pribumi Aizu Yamakawa Kenjirō dan Takamine Hideo, yang rumahnya sering dia datangi. Dia akan minum sake dengan Yamakawa dan Takamine dan menceritakan kisah masa lalunya. Namun, dia tidak menulis apa pun tentang aktivitasnya di Shinsengumi seperti yang dilakukan Nagakura Shinpachi. Selama hidupnya di periode Meiji, Saitō adalah satu-satunya yang diberi wewenang oleh pemerintah untuk membawa katana meskipun runtuhnya pemerintahan Tokugawa. Pada tahun 1875, Saito membantu Nagakura dan Matsumoto Ryōjun dalam mendirikan monumen peringatan untuk menghormati Kondō Isami dan Hijikata Toshizō di Itabashi, Tokyo.
Setelah pensiun dari Departemen Kepolisian Metropolitan Tokyo pada tahun 1890, Saito bekerja sebagai penjaga Museum Nasional Tokyo, dan kemudian sebagai juru tulis dan akuntan untuk Universitas Ochanomizu dari tahun 1899, serta untuk Tokyo Higher Normal School, pekerjaan yang dia dapatkan berkat untuk pertemanannya dengan Takamine Hideo. Takamine juga mengandalkan keterampilan Saito sebagai penilai pedang, dan memberi izin kepada Saito untuk dengan bebas memasuki gudang seninya.