Daftar kereta api di Indonesia
Tidak beroperasi > Pernah beroperasi

| Nama | Relasi | Mulai beroperasi | Berhenti beroperasi | Keterangan |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| Aji Saka | Pasar Senen - Malang via Semarang Tawang | 1 Februari 2014 | 10 Juli 2014 | Nama sempat digunakan sebagai kereta tambahan relasi Kutoarjo - Yogyakarta |
| Anjasmoro | Pasar Senen - Jombang | 1 Desember 2019 | 10 Februari 2021 | Layanan relasi diteruskan oleh KA Bangunkarta. Nama digunakan kembali sebagai kereta tambahan relasi Gambir - Surabaya Pasarturi via Semarang |
| Argo Bromo | Gambir - Surabaya Pasarturi | 31 Juli 1995 | 2000-an | Dilebur dengan kereta api Argo Bromo Anggrek |
| Argo Gede | Gambir - Bandung | 31 Juli 1995 | 26 April 2010 | Dilebur dengan kereta api Parahyangan menjadi kereta api Argo Parahyangan |
| Argo Jati | Gambir - Cirebon | 12 April 2007 | 16 Agustus 2019 | Dilebur dengan kereta api Cirebon Ekspres dan Tegal Bahari menjadi kereta api Argo Cheribon |
| Badrasurya | Bandung - Surabaya Kota | 1970-an | 1997 | Diganti oleh kereta api Pasundan |
| Banten Ekspres | Angke - Merak | 22 September 2008 | 1 April 2017 | Diganti oleh kereta api Lokal Merak dan  Lin Rangkasbitung |
| Baraya Geulis | Padalarang - Cicalengka | 21 Desember 2008 | 2013 | Menggunakan rangkaian Kereta Rel Diesel Elektrik (KRDE) |
| Blagador | Jember - Panarukan | n/a | 2004 | Berakhir bersama dengan jalur kereta api Kalisat-Panarukan |
| Bumi Geulis | Bogor - Sukabumi | 13 Desember 2008 | 15 Desember 2012 | Digantikan oleh KA Pangrango |
| Cantik Ekspres | Jember - Surabaya Kota | September 2006 | 1 Desember 2009 |  |
| Cepat Sidareja | Manggarai - Bandung - Sidareja | 1984 | 15 November 1990 | Digantikan oleh kereta api Serayu. Pola operasi berbentuk V yaitu Manggarai - Bandung - Sidareja - Manggarai - Bandung |
| Cianjuran | Lampegan - Ciroyom | n/a | 25 April 2013 |  |
| Cipuja | Jakarta Kota - Kroya via Bandung | 1990-an | n/a | Dilebur dengan kereta api Citrajaya menjadi kereta api Serayu |
| Citrajaya | Manggarai - Kroya via Bandung | 1990-an | n/a | Dilebur dengan kereta api Cipuja menjadi kereta api Serayu |
| Cirebon Ekspres | Gambir - Cirebon | 29 November 1989 | 16 Agustus 2019 | Dilebur dengan kereta api Argo Jati dan Tegal Bahari menjadi kereta api Argo Cheribon |
| Cisadane | Bandung - Madiun | 1990-an | 21 Januari 2002 | Nama digunakan kembali sebagai kereta rel listrik (KRL) relasi Jakarta Kota - Tangerang |
| Dolok Martimbang | Medan - Siantar | 20 Mei 1998; 5 Mei 2019 | 2007; Februari 2020 |  |
| Fajar/Senja Utama Cirebon | Pasar Senen - Cirebon | 1 Juni 2016 | 1 Desember 2019 |  |
| Fajar/Senja Utama Semarang | Pasar Senen - Semarang Tawang | 19 Agustus 1980 | 19 Agustus 2014 | Digantikan Dengan Kereta api Menoreh |
| Feeder Bojonegoro | Semarang Poncol - Bojonegoro | n/a | 1 Juli 2012 | Feeder untuk penumpang kereta api Tawang Jaya yang hendak menuju Bojonegoro |
| Feeder Purworejo | Kutoarjo - Purworejo | 1990-an | November 2010 | Feeder untuk penumpang kereta api Sawunggalih maupun Kutojaya Selatan yang hendak menuju Purworejo |
| Galuh | Pasar Senen - Banjar | 1985 | 21 Januari 2002 |  |
| Galunggung | Kiaracondong - Tasikmalaya | 26 Desember 2018 | 28 Maret 2020 |  |
| Gaya Baru Malam Utara | Pasar Senen - Surabaya Pasar Turi | 1 Februari 1976 | 21 Januari 2002 |  |
| Gunung Jati Ekspres | Jakarta Kota - Cirebon | 1 Februari 1973 | 1992 |  |
| Jatayu | Surabaya Kota - Malang | 16 Oktober 1996 | 2001 |  |
| Jayabaya Selatan | Gambir - Surabaya Kota | 1990 | 2007 |  |
| Jayabaya Utara | Gambir - Surabaya Pasar Turi | 1990-an | 2001 | Diganti oleh kereta api Gumarang |
| Joglokerto | Purwokerto - Solo Balapan | 25 September 2015 | 1 Desember 2018 | Dilebur dengan Kereta api Kamandaka menjadi kereta api Joglosemarkerto |
| Kaligangsa | Tanjung Priok - Tegal | 5 Agustus 2012 | Agustus 2012 | Menggunakan rangkaian kereta rel diesel elektrik (KRDE) |
| Kalijaga | Semarang Tawang - Solo Balapan | 15 Februari 2014 | 1 Desember 2019 |  |
| Kalimaya | Tanah Abang - Merak | 27 Oktober 2012 | 1 April 2017 | Diganti oleh kereta api Lokal Merak dan  Lin Rangkasbitung |
| Kamandanu | Gambir - Semarang Tawang | 23 Desember 1999 | 5 Desember 2009 |  |
| Kertalaya | Kertapati - Indralaya | 19 Februari 2009 | Juli 2019 |  |
| Kinantan | Medan - Rantau Prapat | 2001 | 1 Agustus 2007 |  |
| Krakatau | Merak - Blitar | 15 Juli 2013 | 17 Juli 2017 | Diperpendek relasinya menjadi Pasar Senen - Blitar dan dirubah menjadi kereta api Singosari |
| Kuda Putih | Yogyakarta - Solo Balapan | 1966 | 1980 |  |
| Lancang Kuning | Medan - Tanjungbalai | n/a | n/a |  |
| Limex Gaja Baru | Jakarta Kota - Surabaya Pasar Turi | 1968 | 1971 | Berganti menjadi kereta api Mutiara Utara |
| Madiun Ekspres | Madiun - Surabaya Gubeng | n/a | n/a |  |
| Maharani | Semarang Poncol - Surabaya Pasar Turi | 7 Februari 2014 | 1 Oktober 2021 | Digantikan Oleh kereta api Airlangga |
| Mahesa | Bandung - Kroya - Semarang Tawang | 1 Juli 1998 | 2000 |  |
| Malang Ekspres | Surabaya Gubeng - Malang | 2006 | 2009 |  |
| Merak Jaya | Jakarta Kota - Merak | 1 November 1996 | 1 Juni 2006 |  |
| Mutiara Utara | Jakarta Kota - Surabaya Pasar Turi | 27 September 1971 | 1 Oktober 1995 | Diganti oleh kereta api Sembrani |
| Pajajaran | Bandung - Solo Balapan | 11 Maret 1992 | 12 Mei 2000 | Dilebur dengan kereta api Senja Mataram dan diganti oleh kereta api Lodaya |
| Pandanaran | Semarang Poncol - Solo Balapan | 1971 | 2000 |  |
| Pandanwangi | Semarang Poncol - Solo Balapan | n/a | 24 Oktober 2011 | Nama juga digunakan oleh kereta api relasi Jember - Ketapang |
| Papandayan Ekspres | Bandung - Cikampek - Cirebon | 3 Maret 2009 | n/a | Batal jalan. Nama digunakan kembali oleh kereta api relasi Gambir - Garut |
| Parahyangan | Gambir - Bandung | 31 Juli 1971 | 26 April 2010 | Dilebur dengan kereta api Argo Gede menjadi kereta api Argo Parahyangan. Nama digunakan kembali dalam Gapeka 2025. |
| Patas Bandung Raya | Padalarang - Cicalengka | 1997; 5 Mei 2016 | 16 Januari 2015; 1 November 2018 |  |
| Pekalongan Ekspres | Pekalongan - Semarang Tawang | 12 Juli 2014 | 19 Desember 2014 |  |
| Penataran Ekspres | Blitar - Surabaya Gubeng via Malang | 1 November 2013 | 6 Januari 2015 |  |
| Priangan Ekspres | Pasar Senen - Banjar | 12 Agustus 2009 | 1 Desember 2009 |  |
| Purbaya | Purwokerto - Surabaya Kota | 15 April 1971 | 15 Januari 2002 |  |
| Putri Hijau | Medan - Tanjungbalai | n/a | n/a |  |
| Putri Ungu | Medan - Tanjungbalai | n/a | n/a |  |
| Rangkas Jaya | Tanah Abang - Rangkasbitung | 28 April 2008 | 1 April 2017 | Diganti oleh kereta api Lokal Merak dan  Lin Rangkasbitung |
| Rajawali | Semarang Tawang - Surabaya Pasar Turi | 21 Mei 2003 | 1 Maret 2013 | Berhenti beroperasi karena perpanjangan relasi KA Harina |
| Rengganis | Malang - Bangil - Banyuwangi Baru | 1990-an | 25 Januari 2002 |  |
| Sarangan Ekspres | Madiun - Surabaya Gubeng | 6 Februari 2014 | 16 Februari 2016 |  |
| Solo Jaya | Gambir - Solo Balapan | Juli 1996 | September 1996 |  |
| Songgoriti | Surabaya Gubeng - Malang | 1 Maret 2019 | 10 Februari 2021 |  |
| Sriwijaya | Kertapati - Tanjungkarang | 1 Juni 1967 | 1 Februari 2025 | Sudah tidak dioperasikan sejak 1 April 2020 |
| Suryajaya | Gambir - Surabaya Pasar Turi | 1994 | 17 Agustus 1995 | Digantikan oleh kereta api Argo Bromo |
| Tanjungbalai Ekspres | Medan - Tanjung Balai | 14 Desember 2019 | 10 Februari 2021 |  |
| Tawang Mas | Pasar Senen - Semarang Tawang | 1994 | 25 Januari 2002 |  |
| Tawangmangu | Lempuyangan - Solo Balapan | 3 Agustus 2014 | 10 Agustus 2014 |  |
| Tegal Ekspres | Pasar Senen - Tegal | 1 Agustus 2013 | 1 Oktober 2021 | Digantikan Oleh kereta api Airlangga |
| Tirtonadi | Pasar Senen - Solo Jebres | 1994 | 25 Januari 2002 |  |
| Tumapel | Surabaya Kota - Malang | 14 Januar1 1971; 1 Juni 2014 | 2002; 31 Januari 2025 | Dilebur kedalam Commuter Line Dhoho dan Penataran |