Perang Inggris–Skotlandia (1650–1652)
Inggris menginvasi Skotlandia (1650–1652) > Pasukan Skotlandia mundur

Begitu kabar kekalahan pasukan Skotlandia sampai ke Edinburgh, masyarakat menjadi panik lalu berbondong-bondong mengungsi meninggalkan kota itu, tetapi Leslie mengumpulkan sisa pasukannya, lantas mendirikan tanggul pertahanan baru di laluan sempit Stirling yang strategis. Serombongan besar elit pemerintahan, agamawan, dan kaum saudagar datang bergabung dengan pasukan Leslie di Stirling. Mayor Jenderal John Lambert ditugaskan merebut Edinburgh, dan kota itu akhirnya jatuh ke tangan Inggris pada tanggal 7 September, sementara Cromwell bergerak merebut bandar Leith karena memiliki prasarana yang lebih baik daripada Dunbar untuk dipakai mendaratkan perbekalan dan bala bantuan. Lantaran tidak dikawal pasukan Leslie, dua kota itu dapat direbut tanpa susah payah. Cromwell berusaha meyakinkan warga kota Edinburgh bahwa mereka bukanlah pihak yang ia perangi; ia berjanji tidak akan menjarah harta benda mereka, dan mengizinkan mereka untuk bebas bepergian, berjual beli di pasar, dan beribadat seperti biasa, meskipun ibadat jarang sekali diselenggarakan lantaran sebagian besar rohaniwan sudah mengungsi ke Stirling. Ia juga mengupayakan pengadaan bahan makanan bagi Edinburgh, yang sampai dengan saat mengalami keterbatasan bahan pangan. Puri Edinburgh bertahan sampai dengan bulan Desember, tetapi selepas bulan Desember sudah terputus dari jalur pasokan perbekalan maupun pengiriman bala bantuan sehingga tidak lagi menjadi ancaman. Cromwell tidak menyerbu Puri Edinburgh, dan malah bersikap santun terhadap kepala pasukannya. Austin Woolrych menyifatkan perilaku pasukan pendudukan sebagai "suri teladan", dan mengungkap fakta bahwa tidak lama kemudian banyak pengungsi kembali ke Edinburgh, dan kehidupan ekomoninya kembali berjalan nyaris seperti sediakala.
Kekalahan di Dunbar sangat merusak reputasi maupun kewibawaan Leslie. Ia berusaha mundur dari jabatannya selaku panglima angkatan perang Skotlandia, tetapi tidak diizinkan pemerintah Skotlandia lantaran belum ada pengganti yang layak. Beberapa perwira menolak mematuhi perintahnya, dan meninggalkan pasukan Leslie untuk bergabung dengan angkatan perang baru yang dibentuk Serikat Barat. Perkembangan situasi seperti ini memperlebar keretakan yang sudah timbul di dalam tubuh pemerintah Skotlandia. Pihak yang lebih berpikiran praktis menyalahkan kebijakan pembersihan sebagai biang keladi kekalahan Leslie, dan berikhtiar mengajak golongan Pemufakat untuk kembali menyatukan barisan; sementara pihak yang lebih berpikiran dogmatis merasa ditinggalkan Tuhan lantaran belum bersungguh-sungguh menjalankan kebijakan pembersihan, dan beranggapan bahwa Skotlandia menaruh terlalu berharap kepada seorang penguasa duniawi yang tidak cukup bersungguh-sungguh memperjuangkan cita-cita luhur Perjanjian. Anasir-anasir yang lebih radikal ini mengajukan Remonstransi Barat yang bersifat memecah-belah, mengecam keras pemerintah lantaran gagal membersihkan angkatan perang dengan sebaik-baiknya, dan semakin memperlebar keretakan yang timbul di tengah-tengah bangsa Skotlandia. Golongan yang kemudian hari dikenal dengan sebutan Kaum Remonstrans ini memegang tampuk komando angkatan perang Serikat Barat, dan mengupayakan perundingan dengan Cromwell, mendesaknya untuk bertolak meninggalkan Skotlandia dan membiarkan mereka mengambil alih; Cromwell menolak usulan mereka dan menumpas tuntas angkatan perang mereka dalam Pertempuran Hieton (tidak jauh dari pusat kota Hamilton modern) pada tanggal 1 Desember.