Konfrontasi Indonesia–Malaysia
Akhir konfrontasi

Menjelang akhir 1965, konflik antar kedua negara mengalami kebuntuan. Presiden baru Filipina, Ferdinand Marcos, berupaya meredakan ketegangan, dan berbeda dengan pendahulunya, ia tidak menggalakkan klaim Filipina atas Sabah Utara secara gigih. Untuk menengahi pertikaian, Filipina berencana untuk mengakui Federasi Malaysia. Pada tanggal 5 Februari 1965, Filipina memberitahu Indonesia mengenai normalisasi hubungannya dengan Kuala Lumpur. Sukarno menentang dan mengecam tindakan Marcos dalam pidatonya, yang mengejutkan Manila. Pidato Sukarno memicu gelombang baru masyarakat yang mendukung konfrontasi, dan organisasi pemuda serta keagamaan mengecam rencana Marcos.
"Jika Marcos ingin membantu Malaysia, itu urusannya, tetapi kami akan terus menghancurkan Malaysia, bahkan jika kami harus bertempur sendirian."
Pada malam tanggal 30 September 1965, terjadi percobaan kudeta di Jakarta. Enam pemimpin militer senior Indonesia dibunuh, sementara Jenderal Nasution berhasil melarikan diri dari para penculiknya. Di tengah kebingungan, Sukarno setuju untuk membiarkan Suharto mengambil alih komando darurat dan mengendalikan Jakarta serta angkatan bersenjata yang ditempatkan di sana. Dalang upaya kudeta tersebut dituduhkan kepada Partai Komunis Indonesia (PKI), dan dalam beberapa minggu dan bulan berikutnya, upaya penangkapan dan pembunuhan terhadap anggota dan simpatisan PKI terjadi di Jakarta dan seluruh penjuru Indonesia. Dengan makin kuatnya citra Suharto, skala dan intensitas upaya penyusupan Indonesia ke Borneo mulai mereda. Rentetan peristiwa yang dipicu oleh kegagalan kudeta tersebut menyebabkan menguatnya kekuasaan Suharto secara bertahap dan makin terpinggirnya Sukarno. Pada saat yang sama, pembersihan antikomunis menyebar di seluruh Indonesia. Penguatan kekuasaan Suharto setelah peristiwa 30 September memungkinkannya untuk membentuk pemerintahan baru dan pada bulan Maret 1967, Suharto membentuk kabinet baru.
Pada tanggal 28 Mei 1966, dalam konferensi di Bangkok, pemerintah Malaysia dan Indonesia menyatakan bahwa konflik telah berakhir. Namun, kewaspadaan di Borneo belum bisa dilonggarkan. Berkat upaya Suharto, perjanjian damai ditandatangani pada tanggal 11 Agustus dan diratifikasi dua hari kemudian. Pada awal pemerintahan Suharto, Operasi Claret terus berlanjut, dan pada bulan Maret 1966, batalion Gurkha terlibat dalam sejumlah pertempuran sengit di Kalimantan.Tindakan konfrontasi kecil oleh tentara Indonesia terus berlanjut di daerah perbatasan.
Pada awal 1966, dengan makin stabilnya perpolitikan di Indonesia, RPKAD bekerja sama dengan PGRS membentuk pasukan gerilya di Sabah dan Sarawak. Pasukan di Sabah tidak pernah melintasi perbatasan, tetapi dua kelompok pasukan memasuki Sarawak pada bulan Februari dan Mei dan mendapatkan dukungan dari simpatisan lokal. Kelompok pertama berhasil bertahan hingga bulan Juni dan dievakuasi setelah Konfrontasi berakhir. Para penyintas dari kelompok kedua juga berhasil kembali ke Indonesia.
Pertempuran Long Jawai, 28 September 1963. Long Jawai. Kalimantan. Kemenangan Indonesia, kemenangan inggris (serangan balik)
Pendaratan di Pontian. 17 Agustus 1964,	Distrik Pontian, Malaysia. Kemenangan Malaysia
Krisis Selat Sunda. 27 Agustus – 10 September 1964. Selat Sunda, Indonesia. Keberhasilan dua belah pihak dalam Menghindari Konflik
Pendaratan di Labis, September–Oktober 1964. Labis, Johor, Malaysia. Kemenangan Persemakmuran
Pendaratan di Sungai Kesang. 29 Oktober 1964. Johor, Malaysia. Kemenangan Britania Raya
Aksi 13 Desember 1964. 13 Desember 1964. Selat Singapura. Australia menang
Pertempuran Plaman Mapu. 27 April 1965, Plaman Mapu, Sarawak, Borneo. Malaysia. Kemenangan inggris
Pertempuran Sungei Koemba. 27 Mei – 12 Juni 1965, Sungei Koemba, Kalimantan. Kemenangan Australia
Pertempuran Kindau. 15 June 1965. Kindau, Kalimantan, Indonesian. Kemenangan Australia
Pertempuran Babang, 12 July 1965. Babang, Kalimantan, Indonesian. Kemenangan Australia
Pertempuran Bau, 21 November 1965. Bau, Sarawak. Kemenangan taktis Britania Raya