Perang Saudara Somalia
USC/SSA (1995–2000)

Menurut Interpeace, setelah kepergian UNOSOM pada bulan Maret 1995, bentrokan militer antara faksi-faksi lokal umumnya menjadi lebih pendek, tidak terlalu intens, dan lebih terlokalisir. Ini sebagian besar karena intervensi militer berskala besar PBB yang telah membantu mengekang pertempuran sengit antara faksi-faksi utama, yang pada akhirnya lebih fokus untuk mengkonsolidasikan keuntungan yang telah mereka dapatkan. Prakarsa perdamaian dan rekonsiliasi lokal yang telah dilakukan di bagian selatan dan tengah Somalia antara tahun 1993 dan 1995 juga secara umum memiliki dampak positif.
Aidid kemudian mendeklarasikan dirinya sebagai Presiden Somalia pada tanggal 15 Juni 1995. Namun, deklarasi tersebut tidak mendapat pengakuan, karena saingannya Ali Mahdi Muhammad telah terpilih sebagai Presiden sementara pada sebuah konferensi di Djibouti dan diakui oleh dunia internasional.
Akibatnya, kelompok Aidid kembali melanjutkan pencariannya akan hegemoni di wilayah selatan. Pada bulan September 1995, pasukan milisi yang setia kepadanya menyerang dan menduduki kota Baidoa. Pasukan Aidid tetap mengendalikan Baidoa dari bulan September 1995 sampai setidaknya bulan Januari 1996, sementara milisi lokal Tentara Perlawanan Rahanweyn terus-menerus melibatkan pasukannya di lingkungan kota.
Pertarungan berlanjut di paruh akhir tahun 1995 di Kismayo selatan dan Lembah Juba, serta Somalia barat daya dan tengah. Namun, terlepas dari wilayah-wilayah konflik ini, daerah Gedo dan Shabelle Tengah, dan juga bagian timur laut dan barat laut Somalia justru relatif damai. Sejumlah pemerintah daerah dan distrik yang telah didirikan beberapa tahun sebelumnya terus beroperasi di daerah-daerah ini.
Pada bulan Maret 1996, Ali Mahdi terpilih sebagai ketua Kongres Serikat Somalia/Aliansi Keselamatan Somalia (USC/SSA), yang berbasis di bagian utara Mogadishu. Di bagian selatan kota, pasukan Aidid memerangi orang-orang Osman Atto untuk mengendalikan pelabuhan Marka serta daerah-daerah strategis di Mogadishu. Pertempuran di Marka akhirnya berakhir setelah para tetua ikut campur, namun justru berlanjut di Mogadishu. Pada bulan Agustus 1996, Aidid meninggal karena luka yang terjadi selama pertempuran di daerah Madinah.
Pada tahun 1998, konferensi konstitusional diadakan di kota di bagian timur laut Somalia, Garowe, selama periode tiga bulan. Dihadiri oleh elit politik daerah tersebut, tetua-tetua tradisional (Issim), anggota komunitas bisnis, intelektual dan perwakilan masyarakat sipil lainnya, Negara Bagian Puntland Somalia yang otonom secara resmi dibentuk sehingga dapat memberikan layanan kepada masyarakat, menawarkan keamanan, memfasilitasi perdagangan, dan berinteraksi dengan mitra domestik dan internasional.
Pada tahun 1999, Eritrea diduga mendukung pasukan Aliansi Nasional Somalia yang dipimpin oleh putra almarhum Aidid, Hussein Farrah Aidid. Hussein membantah klaim tersebut, dan mengatakan bahwa Perdana Menteri Ethiopia Meles Zenawi telah meminta agar dialah yang menjadi penengah Ethiopia dan Eritrea dalam konflik mereka yang terpisah. Namun Institut Internasional untuk Studi Strategis (IISS) secara terpisah melaporkan bahwa Hussein Aidid sendirilah yang telah mengakui adanya dukungan dari Eritrea dan Uganda. Pasukan Hussein menduduki Baidoa pada bulan Mei 1999. Namun mereka diusir mundur oleh Tentara Perlawanan Rahanweyn pada bulan Juni 1999, didukung oleh pasukan Ethiopia yang beranggotakan 3.000 orang serta dilengkapi tank dan artileri. IISS menyatakan bahwa serangan tersebut merupakan bagian dari strategi untuk mencegah Eritrea membuka medan perang baru. Pada akhir tahun, Tentara Perlawanan Rahanweyn telah menguasai provinsi selatan Bay dan Bakool. Pemimpin RRA, Hasan Muhammad Nur kemudian mendirikan pemerintahan daerah Negara Bagian Barat Daya Somalia.
Pada tahun 2000, Ali Mahdi berpartisipasi dalam konferensi lain di Djibouti. Di sana, ia kalah dalam kesempatan pemilihan ulang dari mantan Menteri Luar Negeri Abdiqasim Salad Hassan.