Pertempuran Lade
Akibat > Akhir pemberontakan Ionia

Dengan kekalahan armada Ionia, pemberontakan secara efektif berhasil diakhiri. Miletos dengan segera didatangi dan dikepung dari darat dan laut. Pasukan Persia menyerang tembok pertahanan Miletos dan berusaha meruntuhkannya dengan menggunakan berbagai macam alat serta dengan menggalinya. Pada akhirnya pasukan Persia berhasil menghancurkan tembok itu dan menaklukkan Miletos. Menurut Herodotos, sebagian besar pria dibunuh, sedangkan wanita dan anak-anak dijadikan budak. Temuan arkeologis cukup mendukung hal ini, menunjukkan tanda-tanda penghancuran yang luas, dan pengabaian sebagian besar kota sebagai akibat atas Pertempuran Lade. Akan tetapi, beberapa orang Miletos tetap bertahan di (atau dengan cepat kembali ke) Miletos, meskipun kota itu tak pernah kembali berkembang seperti sebelumnya. Miletos dengan demikian bisa dibilang "ditinggalkan hingga kosong oleh penduduknya." Persia lalu mengambil kota dan daerah pesisirnya, sedangkan sisa wilayah Miletos diberikan oleh Persia kepada orang Karia dari Pedasos. Para tawanan Miletos dibawa ke hadapan Darius di Susa, yang kemudian mengirim mereka untuk bermukim di kota Ampe di dekat lautan yang disebut Laut Erythra (keumngkinan di pesisir Teluk Persia). Kota ini disebutkan dilalui oleh sungai Tigris.
Penghancuran Miletos oleh Persia membuat rakyat Athena amat berduka, karena Miletos pernah menjadi anak kota Athena. Herodotos menyebutkan bahwa suatu ketika di Athea dipentaskan sebuah drama berjudul Penaklukan Miletos gubahan Phrynikhos, dan para penontonnya menangis menyaksikan sandiwara tersebut. Phrynikhos lalu didenda ribuan drakhma akibat mengingatkan rakyat Athena atas tragedi itu. Drama itu juga tidak diperbolehkan untuk dipentaskan lagi.
Banyak orang Samos yang terkejut dan tidak senang dengan tindakan para jenderal mereka di Lade, dan akhirnya mereka memutuskan untuk berpindah dari Samos sebelum tiran lama mereka, Aiakes, kembali untuk memerintah mereka, karena rakyat Samos tak mau lagi hidup di bawah kekuasaan Persia. Mereka menerima tawaran dari rakyat Zankle untuk bermukim di pesisir Sisilia, dan membawa serta sejumlah orang Miletos yang berhasil kabur dari pasukan Persia. Kota Samos sendiri diampuni oleh Persia karena pembelotan mereka di Lade.
Sementara itu, Dionysios dari Phokaia merebut tiga kapal Persia dan berlayar pergi. Dia tidak pergi ke kampung halamannya, Phokaia, karena dia tahu bahwa kotanya itu pasti akan ditaklukkan oleh Persia dan seluruh penduduknya akan dijadikan budak. Dionysios memutuskan untuk berangkat ke Fenisia, di sana dia menyerang kapal-kapal dagang dan merampas banyak barang berhaga. Setelah itu dia berlayar menuju Sisilia dan menjadi seorang bajak laut. Sebagai bajak laut, Dionysisos hanya menyerang kapal dagang Kartago atau Tyrsenia dan tidak menyerang kapal Yunani.
Sebagian besar Karia menyerah kepada Persia seusai Pertempuran Lade, meskipun beberapa benteng tetap harus ditaklukkan melalui kekerasan. Armada dan pasukan Persia menjalani musim dingin di Miletos, sebelum kemudian berlayar pada tahun 493 SM untuk benar-benar mengalahkan sisa-sisa pertahanan terakhir pemberontak. Mereka menyerang dan merebut pulau Khios, Lesbos dan Tenedos, lalu bergerak menuju Asia Kecil dan menaklukkan tiap kota Ionia yang tersisa. Meskipun kota-kota Ionia tak diragukan lagi mengalami kerusakan akibat pemberontakan mereka, tetapi tampaknya tidak ada yang mangalami nasib seburuk Miletos. Pasukan Persia kemudian menaklukkan kembali permukiman-permukiman di sisi Asia di Propontis, sedangkan armada Persia berlayar menuju pesisir Eropa Hellepontos dan menaklukkan tiap permukiman di sana. Setelah seluruh Asia Kecil berhasil dikuasai kembali oleh Persia, pemberontak akhirnya benar-benar berakhir.