Persebaya Surabaya
Kontroversi > Dualisme

Artikel utama: Dualisme Persebaya Surabaya
Pada musim 2009/2010 merupakan awal mula Dualisme Persebaya Surabaya. Persebaya Surabaya (PT Persebaya Indonesia) mengalami degradasi ke Divisi Utama akibat dipaksa melakukan pertandingan ulang sebanyak 3 kali melawan Persik Kediri dengan tempat yang berbeda yaitu di Kediri, Yogyakarta, dan Palembang. Pada pertandingan ulang ketiga pihak Persebaya menolak melakukan pertandingan ulang, pihak manajemen tidak terima dan tidak mau ikut kompetisi Divisi Utama kemudian mengikuti liga independen "Liga Primer Indonesia" dari sebelumnya bernama Persebaya Surabaya (PT Persebaya Indonesia) diubah menjadi Persebaya 1927 (PT Persebaya Indonesia).
Memanfaatkan slot Persebaya di Divisi Utama musim selanjutnya, Wisnu Wardhana mengambil alih Persikubar Kutai Barat dan mendaftarkannya sebagai Persebaya untuk mengikuti Kompetisi Divisi Utama. Walaupun menyandang nama resmi Persebaya, tim bentukan Wisnu Wardhana tersebut tidak terlalu mendapat tempat di hati Bonek (Suporter Persebaya), mereka lebih setia untuk mendukung Persebaya "asli" yang terpaksa mengganti nama mereka menjadi Persebaya 1927 akibat dualisme kompetisi, dan Liga Primer Indonesia tidak diakui sebagai kompetisi resmi PSSI.
Persikubar Kutai Barat yang diambil Wisnu Wardhana dan diubah nama menjadi Persebaya Surabaya (kini Bhayangkara FC) untuk bisa mengikuti Liga Indonesia, kemudian berhasil promosi kembali ke Liga Super Indonesia pada musim 2014. Kemudian pada musim 2015 sayangnya liga diberhentikan setelah tidak diakui oleh Pemerintah dan kemudian Indonesia di sanksi oleh FIFA.
Pada musim 2015, Persebaya 1927 (PT Persebaya Indonesia) memenangkan gugatan hak paten nama dan logo Persebaya, sehingga secara otomatis legalitas Persebaya Surabaya adalah dibawah PT. Persebaya Indonesia. Hal ini mengakibatkan Persebaya Surabaya versi Wisnu Wardhana harus mengubah nama menjadi Bonek FC. Setahun kemudian, Bonek FC kembali mengubah nama menjadi Surabaya United atas desakan Bonek yang tidak mau namanya dipakai untuk klub yang tidak merepresentasikan mereka (Bonek tetap setia mendukung Persebaya 1927).
Pada musim 2016 Surabaya United melakukan merger dengan PS Polri dan kemudian kembali mengubah namanya menjadi Bhayangkara Surabaya United dan berlanjut sampai dengan mengikuti kompetisi Indonesia Soccer Championship, di paruh kedua kompetisi tepat pada bulan Mei 2016 Polri resmi membeli 100% saham Bhayangkara Surabaya United dan menghapus nama belakang klub sehingga sekarang bernama Bhayangkara FC, pada bulan yang sama hasil rapat Exco yang digelar di Solo, Persebaya 1927 disahkan kembali sebagai anggota PSSI dan akan disahkan pada Kongres Luar Biasa (KLB) di Makassar dan akan diperbolehkan mengikuti kompetisi kembali dengan memulai dari Divisi Utama musim 2017 (sekarang dikenal dengan nama Liga 2). Namun, pada kongres PSSI yang dilakukan di Jakarta pada 10 November 2016 membatalkan agenda pengesahan tersebut. Ketua PSSI terpilih, Edy Rahmayadi menjanjikan akan menyelesaikan permasalahan Persebaya pada kongres selanjutnya di Bandung.
Sesuai hasil kongres PSSI di Bandung, Persebaya Surabaya kembali memulai kompetisi di level kedua yaitu di Liga 2 musim 2017, dan langsung berhasil menjadi juara dengan mengalahkan PSMS Medan di final, lalu promosi ke Liga 1.
Pada pada musim kompetisi level tertinggi di tahun 2018 Persebaya berhasil menduduki peringkat 5 di klasemen akhir Liga 1.
Pada jeda kompetisi, sambil menunggu Kompetisi Liga 1 2019 digulirkan, Persebaya mengikuti turnamen pramusim Piala Presiden 2019, dan berhasil menjadi runner-up.