Alex Kawilarang
Permesta

Artikel utama: Permesta
Karena adanya ketidakpuasan terhadap pemerintah pusat karena (di antaranya) kurangnya otonomi daerah, maka pada tanggal 2 Maret 1957, Ventje Sumual mendeklarasikan Piagam Perjuangan Semesta dan gerakan Permesta. Pusat gerakan tersebut adalah di Manado dan Minahasa di Sulawesi Utara. Gerakan ini bersatu dengan gerakan terpisah di Sumatra yang disebut Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI). Kawilarang memantau situasi dari Washington dan kemudian menyimpulkan bahwa pemerintah pusat di Jawa yang menjadi penyebab krisis regional tersebut. Pada bulan Maret 1958, ia memberi tahu Duta Besar Indonesia untuk AS, Mukarto, bahwa ia akan berangkat ke Sulawesi Utara. Ia meninggalkan jabatannya pada 22 Maret 1958. Sekembalinya ke tanah air, ia menjabat sebagai Panglima Besar/Tertinggi Angkatan Perang Revolusi PRRI (1958) dan Kepala Staf Angkatan Perang APREV (Angkatan Perang Revolusi) PRRI, dengan pangkat mayor jenderal dari Februari 1959 hingga Februari 1960. Ada juga sumber lain yang mengatakan bahwa Kawilarang belum sepenuhnya menerima sisi PRRI karena menurutnya PRRI sejalan dengan ekstrimis agama. Kawilarang adalah satu-satunya perwira yang tidak segera diberhentikan oleh pemerintah pusat secara tidak hormat atas partisipasi mereka dalam Permesta dan PRRI. Karena keraguannya terhadap PRRI, pemerintah pusat masih berharap bahwa dia akan berubah pikiran. Namun ia tetap mendukung Permesta dan menjadi Panglima angkatan bersenjata Permesta.
Pada tahun 1961 pasukan dari pemerintah pusat berhasil meredam perlawanan pasukan Permesta. Pasukan dari Jakarta ini terdapat perwira-perwira yang dulu di bawah pimpinan Kawilarang. Konflik ini dapat diselesaikan secara damai melalui upaya FJ Tumbelaka. Beberapa upacara diadakan pada bulan April dan Mei 1961 di mana pemerintah Indonesia secara resmi menerima kembali pasukan Permesta. Kawilarang berpartisipasi dalam upacara pada tanggal 14 April yang dihadiri oleh Mayjen Hidayat dan Brigjen Achmad Yani dari TNI, keduanya kenal baik dengan Kawilarang. Namun menurut Kawilarang, sebelumnya telah tercapai kesepakatan bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak komunis di Jawa. Karenanya, Kawilarang merasa menyesal ketika Nasution tidak menepati janjinya.
Des Alwi, seorang tokoh pemuda 1945 menyebut Kawilarang sebagai seorang tentara asli yang jujur dan tidak main politik. Tindakannya menempeleng Soeharto tampaknya tidak pernah dimaafkan oleh presiden kedua RI itu, sehingga sampai Kawilarang meninggal, ia tidak pernah berbicara dengan bekas atasannya itu. Baru setelah Soeharto turun dari jabatannya dan digantikan oleh B.J. Habibie, Kawilarang memperoleh penghargaan atas jasa-jasanya.[butuh rujukan]
 Juga karena perannya dalam Permesta, ia tidak pernah menerima penghargaan militer seperti perwira-perwira sesamanya. Pada tanggal 15 April 1999, Kawilarang akhirnya memperoleh pengakuan atas jasa-jasanya dalam ikut membentuk Kopassus. Pada peringatan hari jadi Kopassus ke-47, Kawilarang diterima sebagai Warga Kehormatan Kopassus di Markas Kopassus di Cijantung, Jakarta Timur. Sebagai tandanya, ia dianugerahi sebuah baret merah dan pisau komando.