Asal-usul anjing domestik
Domestikasi anjing > Seleksi positif

Charles Darwin mengakui sejumlah kecil sifat yang membuat spesies domestik berbeda dari leluhur liar mereka. Dia juga yang pertama kali mengenali perbedaan antara pembiakan selektif dimana manusia memilih secara langsung untuk sifat-sifat yang diinginkan, dan seleksi tidak sadar di mana sifat-sifat berkembang sebagai produk sampingan dari seleksi alam atau dari seleksi pada sifat-sifat lainnya. Hewan peliharaan memiliki variasi dalam warna bulu serta tekstur, varietas kerdil dan raksasa, dan perubahan dalam siklus reproduksinya, dan banyak lainnya memiliki gigi rapat dan telinga layu.
Walaupun mudah untuk mengasumsikan bahwa masing-masing sifat ini dipilih secara unik oleh pemburu-pengumpul dan petani awal, dimulai pada tahun 1959 Dmitry Belyayev menguji reaksi rubah perak terhadap tangan yang ditempatkan di kandang mereka dan dipilih individu yang terjinak, individu yang paling tidak agresif kemudian dikembangbiakan. Hipotesisnya adalah memilih sifat perilaku, ia juga dapat memengaruhi fenotipe generasi berikutnya, menjadikannya lebih bersifat domestik. Selama 40 tahun setelahnya, ia berhasil menghasilkan rubah dengan ciri-ciri yang tidak pernah dipilihnya secara langsung, termasuk bulu belang, telinga layu, ekor terbalik, moncong pendek, dan perubahan waktu perkembangannya. Pada 1980-an, seorang peneliti menggunakan seperangkat penanda perilaku fenotipik, kognitif, dan kasatmata, warna bulu, untuk menghasilkan rusa jantan peliharaan dalam beberapa generasi. Hasil yang sama untuk ketangkasan dan ketakutan ditemukan untuk mink dan Burung puyuh Jepang. Selain menunjukkan bahwa sifat-sifat fenotipik domestik dapat muncul melalui seleksi untuk sifat-sifat perilaku, dan sifat-sifat perilaku domestik dapat timbul melalui seleksi untuk sifat fenotipik, percobaan ini menjelaskan bagaimana mekanisme proses domestikasi hewan dapat dimulai tanpa disengaja dan tanpa dilakukan manusia.
Perbedaan genetik antara populasi domestik dan liar dapat dibatasi dalam dua pertimbangan. Yang pertama membedakan antara sifat-sifat domestikasi yang dianggap penting pada tahap awal domestikasi, dan sifat-sifat perbaikan yang telah muncul sejak pemisahan antara populasi liar dan domestik. Sifat-sifat domestikasi umumnya diperbaiki di dalam semua domestikasi dan dipilih selama priode awal domestikasi, sedangkan sifat-sifat perbaikan hanya ada pada proporsi domestikasi, meskipun mereka dapat diperbaiki pada trah individual atau populasi regional. Masalah kedua adalah apakah sifat-sifat yang terkait dengan sindrom domestikasi dihasilkan dari relaksasi seleksi ketika hewan keluar dari lingkungan liar atau dari seleksi positif yang dihasilkan dari preferensi manusia yang disengaja dan tidak disengaja. Beberapa studi genomik baru-baru ini atas dasar genetik sifat-sifat yang terkait dengan sindrom domestikasi telah menjelaskan kedua masalah ini. Sebuah studi yang diterbitkan pada tahun 2016 mengusulkan bahwa ada konsekuensi genetik negatif juga dari proses domestikasi, bahwa pengayaan varian gen yang berhubungan dengan penyakit menyertai sifat-sifat yang dipilih secara positif.
Pada tahun 2010, sebuah penelitian mengidentifikasi 51 bagian genom anjing yang dikaitkan dengan variasi fenotipik di antara ras dalam 57 sifat yang diteliti, yang meliputi bentuk tubuh, tengkorak, gigi, dan bentuk dan ukuran tulang yang panjang. Ada 3 lokus sifat kuantitatif yang menjelaskan sebagian besar variasi fenotipik. Indikator seleksi terbaru ditunjukkan oleh banyak dari 51 bagian genomik yang dikaitkan dengan sifat-sifat yang mendefinisikan suatu trah, yang meliputi ukuran tubuh, karakteristik bulu, dan telinga layu. Para ahli genetika telah mengidentifikasi lebih dari 300 lokus genetik dan 150 gen yang terkait dengan variasi warna bulu. Diketahui mutasi yang terkait dengan warna yang berbeda telah memungkinkan korelasi antara waktu munculnya warna bulu bervariasi pada kuda dengan waktu domestikasi mereka. Penelitian lain menunjukkan bagaimana seleksi yang dilakukan manusia bertanggung jawab atas variasi alel pada babi. Wawasan ini menunjukkan bahwa, meskipun seleksi alam telah mempertahankan variasi minimum sebelum domestikasi, manusia telah secara aktif memilih warna bulu baru segera setelah mereka muncul dalam populasi yang dipelihara.
Pada 2015, sebuah penelitian mengamati lebih dari 100 sekuens genom babi untuk memastikan proses domestikasi mereka. Sebuah model yang dilengkapi data termasuk pencampuran dengan populasi hantu babi liar yang telah punah selama Pleistosen. Studi ini juga menemukan bahwa meskipun saling silang dengan babi liar, genom babi domestik memiliki materi seleksi yang kuat di lokus genetiknya yang memengaruhi perilaku dan morfologi. Studi ini menyimpulkan bahwa seleksi manusia untuk sifat-sifat domestik kemungkinan menetralkan efek homogenisasi aliran gen dari babi hutan dan menciptakan pulau domestikasi dalam genom. Proses yang sama juga berlaku untuk hewan peliharaan lainnya.
Pada tahun 2014, seluruh studi genom tentang perbedaan DNA antara serigala dan anjing, ditemukan bahwa anjing tidak menunjukkan berkurangnya rasa takut, tetapi menunjukkan lebih besar plastisitas sinaptik. Plastisitas sinaptik secara luas diyakini sebagai korelasi seluler pembelajaran dan daya ingat, dan perubahan ini mungkin telah mengubah kemampuan belajar dan daya ingat anjing dibandingkan dengan serigala.