Genosida Timor Timur
Jumlah korban tewas

Jumlah korban tewas pastinya sulit ditentukan. Laporan Komisi Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste (CAVR) PBB memperkirakan jumlah minimal korban tewas terkait konflik mencapai 102.800 (+/- 12.000) jiwa. Dari angka tersebut, kurang lebih 18.600 (+/-1.000) di antaranya dibunuh atau menghilang dan kurang lebih 84.000 (+/-11.000) orang lainnya meninggal akibat kelaparan atau penyakit (melebihi angka kematian pada masa damai). Angka ini merupakan perkiraan konservatif minimal yang disebut sebagai temuan utama ilmiah oleh CAVR. Laporan ini tidak mencantumkan batas atas, tetapi CAVR berspekulasi bahwa total korban tewas akibat kelaparan dan penyakit yang dipicu konflik bisa mencapai 183.000 jiwa. Komisi Kebenaran menetapkan TNI sebagai pihak yang bertanggung jawab atas 70% kasus pembunuhan pada masa konflik di Timor Leste.
Ben Kiernan mengatakan bahwa "angka 150.000 jiwa mendekati jumlah korban tewas yang sesungguhnya," tetapi peneliti lain juga memperkirakan 200.000 jiwa atau lebih. Center for Defense Information juga memperkirakan hampir 150.000 orang tewas. Pada tahun 1974, Gereja Katolik memperkirakan jumlah penduduk Timor Leste sebanyak 688.711 jiwa; pada tahun 1982, Gereja hanya memperkirakan jumlah penduduk sebanyak 425.000 jiwa. Dari kedua jumlah tersebut, tampak bahwa kurang lebih 200.000 orang tewas pada masa pendudukan. Angka ini digunakan oleh laporan berita di seluruh dunia. Sumber-sumber lain seperti Amnesty International dan Human Rights Watch juga membenarkan angka korban tewas sebanyak 200.000 jiwa.
Menurut Gabriel Defert, berdasarkan data statistik pemerintah Portugal dan Indonesia serta Gereja Katolik, antara Desember 1975 dan Desember 1981, kurang lebih 300.000 warga Timor tewas; jumlah ini mewakili 44% populasi Timor Leste pra-invasi. George Aditjondro dari Universitas Salatiga mendalami data TNI dan menemukan bahwa 300.000 orang Timor tewas pada tahun-tahun pertama invasi di Timor Leste.
Robert Cribb dari Universitas Nasional Australia berpendapat bahwa jumlah korban tewas terlalu dilebih-lebihkan. Menurutnya, angka 555.350 penduduk yang diperoleh dari sensus 1980, disebut-sebut sebagai "sumber yang paling bisa diandalkan", mungkin merupakan perhitungan paling sedikit (minimum). Ia menulis, "Perlu diketahui bahwa ratusan ribu orang Timor Leste menghilang semasa kekerasan September 1999, lalu muncul kembali." Sensus 1980 menjadi usang karena sensus 1987 menghitung 657.411 penduduk Timor. Angka tersebut memerlukan pertumbuhan sebesar 2,5% per tahun, nyaris identik dengan tingkat pertumbuhan yang sangat tinggi di Timor Leste sejak 1970 sampai 1975. Pertumbuhan seperti ini mustahil karena pendudukan Indonesia berlangsung dengan sangat brutal, bahkan sampai mencegah reproduksi penduduk. Karena tidak banyak kesaksian pribadi tentang kekejaman atau trauma yang dialami tentara Indonesia, ia menambahkan bahwa Timor Leste "tampaknya—menurut laporan berita dan penelitian akademik—bukan masyarakat yang mudah trauma akibat kematian massal... [S]uasana menjelang pembantaian Dili tahun 1991...menunjukkan sebuah masyarakat yang tetap tegar dan marah, sikap yang tidak mungkin ada apabila [Timor Leste] diperlakukan layaknya Kamboja era Pol Pot." Strategi militer Indonesia bertujuan merebut "hati dan pikiran" rakyat, strategi yang tidak cocok as dengan dugaan pembunuhan massal.
Berangkat dari jumlah penduduk sebesar 700.000 jiwa tahun 1975 (menurut sensus Gereja Katolik 1974), Kiernan memperkirakan jumlah penduduk 735,000 jiwa pada tahun 1980 (dengan asumsi pertumbuhan hanya berkisar 1% per tahun akibat invasi Indonesia). Ia menganggap jumlah korban versi Cribb sebesar 10% (55.000 jiwa) terlalu sedikit. Kiernan memperkirakan bahwa kurang lebih 180.000 orang tewas dalam perang ini. Cribb berpendapat bahwa pertumbuhan 3% yang dicantumkan oleh sensus 1974 terlalu tinggi. Faktanya, gereja hanya memperkirakan pertumbuhan sebesar 1,8% sehingga jumlah penduduknya sama dengan angka sensus Portugal tahun 1974, yaitu 635.000 jiwa.
Meski Cribb menegaskan bahwa hasil sensus Portugal hampir pasti terlalu sedikit, ia yakin bahwa angkanya lebih akurat daripada sensus Gereja Katolik karena upaya gereja untuk melebih-lebihkan total populasi "membuktikan bahwa pengaruh gereja belum merambah seluruh masyarakat [Timor Leste]" (umat Katolik berjumlah kurang dari separuh penduduk Timor Leste). Apabila angka pertumbuhannya setara dengan negara-negara lain di Asia Tenggara, jumlah penduduk yang lebih akurat adalah 680.000 jiwa tahun 1975 dan perkiraan jumlah penduduk lebih dari 775.000 tahun 1980 (tanpa menghitung turunnya angka kelahiran akibat pendudukan Indonesia). Selisihnya mendekati 200.000 jiwa. Menurut Cribb, kebijakan Indonesia membatasi angka kelahiran hingga 50% atau lebih. Karena itu, sekitar 45.000 orang tidak pernah lahir, bukan dibunuh; 55.000 warga Timor lainnya "hilang" karena menghindari petugas pemerintah Indonesia yang melakukan sensus 1980. Sejumlah faktor—mengungsinya puluhan ribu orang untuk menghindari FRETILIN tahun 1974-5; tewasnya ribuan orang dalam perang saudara; tewasnya kombatan pada masa pendudukan; pembunuhan oleh FRETILIN; dan bencana alam—semakin mengurangi jumlah korban sipil yang ditimbulkan oleh serangan militer Indonesia waktu itu. Setelah mempertimbangkan data-data tersebut, Cribb memilih jumlah korban yang lebih sedikit, yaitu 100.000 jiwa atau kurang, dengan jumlah minimal 60.000 jiwa. Ia juga berpendapat bahwa sepersepuluh warga sipil meninggal secara tidak alamiah pada tahun 1975–80.
Namun, Kiernan menegaskan bahwa datangnya pekerja migran pada masa pendudukan Indonesia dan naiknya angka pertumbuhan penduduk yang mencerminkan krisis mortalitas memperkuat hasil sensus 1980 meski bertentangan dengan perkiraan 1987. Selain itu, sensus gereja tahun 1974—walaupun hasilnya "semaksimal mungkin"—tidak bisa diabaikan karena kurangnya pengaruh gereja di Timor Leste bisa jadi menghasilkan angka populasi yang lebih sedikit. Ia menyimpulkan bahwa kurang lebih 116.000 kombatan dan warga sipil tewas oleh serangan kedua belah pihak atau meninggal secara "tidak alamiah" pada tahun 1975–80 (apabila ini benar, artinya 15% warga sipil Timor Leste meninggal dunia pada tahun 1975–80). F. Hiorth secara terpisah memperkirakan bahwa 13% (95.000 dari 730.000 jiwa apabila menghitung penurunan angka kelahiran) warga sipil meninggal pada tahun-tahun tersebut. Kiernan percaya bahwa selisihnya sangat mungkin mencapai 145.000 jiwa atau 20% penduduk Timor Leste apabila menghitung penurunan angka kelahiran. Rerata jumlah korban tewas menurut laporan PBB adalah 146.000 jiwa; R.J. Rummel, analis pembunuhan politis, memperkirakan 150.000 orang tewas.
Banyak pengamat yang menggolongkan aksi militer Indonesia di Timor Leste sebagai contoh genosida. Rapat akademisi Oxford menetapkan bahwa peristiwa ini adalah genosida dan Universitas Yale mengajarkan peristiwa ini dalam program studi Kajian Genosida. Dalam kajian makna hukum kata "genosida" serta kesesuaiannya untuk menyebut pendudukan di Timor Leste, pakar hukum Ben Saul mengatakan bahwa karena tidak ada kelompok yang diakui oleh hukum internasional yang menjadi target militer Indonesia, peristiwa ini tidak bisa disebut genosida. Namun, ia juga mengatakan, "Konflik di Timor Leste lebih tepat disebut sebagai genosida terhadap sebuah 'kelompok politik' atau 'genosida budaya', tetapi kedua konsep ini tidak diakui secara eksplisit dalam hukum internasional." Pendudukan di Timor Leste disejajarkan dengan pembantaian oleh Khmer Merah, Perang Yugoslavia, dan Genosida Rwanda.
Jumlah korban tewas dari pihak Indonesia terdokumentasikan secara akurat. Nama-nama 2.300-an tentara Indonesia dan milisi pro-Indonesia yang meninggal dalam tugas dan meninggal akibat penyakit dan kecelakaan pada masa pendudukan dipahat di Monumen Seroja di Markas TNI, Cilangkap, Jakarta Selatan.