Pokémon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team dan Red Rescue Team
Plot

Pemain bangun suatu hari menemukan bahwa mereka telah berubah menjadi Pokémon, tanpa memori masa lalu mereka. Dalam dunia hancur oleh banyak bencana alam - yang hanya mulai terjadi baru-baru ini pemain dan Partner baru dibuat bergabung dan membentuk tim penyelamat. Tim bertemu tim penyelamat lainnya, termasuk tim penyelamat peringkat atas yang terdiri dari Alakazam, Charizard dan Tyranitar, bernama Tim ACT. Tim membuat musuh tanpa disadari dengan tim penyelamat lain, Tim meanies, yang terdiri dari Gengar, Ekans, dan Medicham, yang mencari dominasi dunia bawah penyamaran tim penyelamat. Tidak jauh ke dalam alur cerita, pemain ini menceritakan tentang sebuah legenda tentang Ninetales mengutuk pada seorang manusia yang sengaja menyentuh ekor Ninetales ini. Ninetales meramalkan bahwa manusia pada akhirnya akan terlahir kembali sebagai Pokémon, dan bahwa keseimbangan alam dunia akan marah. Dalam upaya untuk menemukan memori yang hilang pemain dan tujuan sebagai Pokémon, pencarian tim ke tempat peramal Xatu berada. Xatu cepat menyadari bahwa pemain pernah menjadi manusia, dan mengatakan bahwa pemain transformasi manusia ke Pokemon. Percakapan ini terdengar oleh Tim meanies 'Gengar, yang mengungkapkan rahasia pemain kepada warga kota dan mengatakan bahwa menghilangkan manusia (yang) berubah-Pokémon dalam legenda akan membawa semuanya kembali normal.
Mereka kemudian berhadapan dengan Alakazam, yang mengatakan Pokemon mengadakan pertemuan kota pada apa yang harus mereka lakukan untuk menyelamatkan dunia: mereka harus mencari dan membunuh pemain, dan siapa pun yang sisi dengan mereka. Karena mereka memberikan tim satu malam untuk melarikan diri, pemain dan Partner meninggalkan Pokemon Square sebagai status buronan dan pergi ke bagian paling utara dunia dalam upaya untuk menghindari tim yang kini memburu mereka. Sepanjang jalan, mereka bertemu dengan burung legendaris Moltres dan Articuno yang merasakan dampak dari bencana di daerah masing-masing. Mereka berteman dengan Absol yang berusaha untuk menemukan penyebab sebenarnya dari bencana alam. Trio mencapai puncak Mt. Freeze dan terpojok oleh Tim ACT. Mereka bersiap-siap untuk mengalahkan pemain dan partner, tapi dihentikan oleh Ninetales, yang mengungkapkan bahwa pemain bukanlah manusia dalam legenda, tapi mengungkapkan bahwa dunia berada dalam bahaya yang lebih besar yang disebabkan oleh kebangkitan Groudon. Tim ACT mencoba dan untuk menghentikan Groudon, sementara tim kepala rumah untuk menghapus semua kecurigaan yang tersisa di Pokémon Square dan Gengar disalahkan untuk memulai dan rencana mereka digagalkan lagi. Setelah beberapa hari, pemain dan partner khawatir bahwa Tim ACT belum kembali dari misi mereka untuk memadamkan Groudon. Meminta tim lain untuk menyelamatkan Tim ACT, Lombre menolak untuk membiarkan mereka pergi, mengatakan ada banyak Pokemon lebih keras dari mereka. Shiftry meyakinkan tiga dari Pokemon terbaik, Blastoise, Octillery, dan Golem untuk membentuk tim penyelamat dan tim rescue ACT khusus. Setelah beberapa hari, tim khusus kembali dikalahkan.
Setelah putus asa oleh Gengar, pemain dan pasangan bisa mendapatkan roh semua orang kembali, dan relawan untuk menyelamatkan Tim ACT sendiri. Ketika tim mencapai Magma Cavern, mereka menemukan Charizard dan Tyranitar dikalahkan, dengan Alakazam melawan Groudon saja - tapi dengan cepat dikalahkan. Tim mengambil masalah ke tangan mereka sendiri dan kekalahan Groudon. Mereka kembali ke kota sebagai pahlawan, tapi perayaan mereka berumur pendek karena berita buruk tiba dari Xatu. Sebuah meteor besar, diturunkan menjadi penyebab sebenarnya dari bencana alam, sedang menuju dunia, mengancam untuk menghancurkannya. Satu-satunya cara untuk menghentikannya adalah dengan meminta bantuan dari langit, Rayquaza. Hal ini kurang dari rencana, tapi setelah pertempuran, Rayquaza setuju untuk menggunakan Hyper Beam untuk menghancurkan meteor. Tim kembali ke daratan, dikelilingi oleh pendukung mereka, di mana mereka menemukan bahwa dunia aman sekali lagi. Namun, pemain harus kembali menjadi manusia dan meninggalkan dunia Pokémon belakang. Setelah credit roll, pemain kembali ke basis tim penyelamat dalam bentuk ééPokémon, dan kejutan semua orang.
Dengan berjalannya waktu, lebih banyak rahasia yang terungkap. Sebuah pecahan meteor hancur membuka sebuah gua rahasia di bawah Whiscash kolam, memungkinkan evolusi dan kemudian, mengungkapkan bahwa pecahan lain memukul sayap Latias, dan kemudian tim menyelamatkan dia di Pitfall Lembah