Pemberontakan Ionia
Latar belakang

Pada Zaman Kegelapan Yunani yang berlangsung setelah runtuhnya peradaban Mykenai, banyak orang Yunani yang beremigrasi ke Asia Kecil dan bermukim di sana. Para pemukim ini berasal dari tiga kelompok suku: suku Aiolia, Doria, dan Ionia. Orang Ionia bermukim di pesisir Lydia dan Karia, mendirikan dua belas kota yang membentuk daerah Ionia. Kota-kota ini antara lain Miletos, Myos dan Priene di Karia; Ephesos, Kolophon, Lebedos, Teos, Klazomenai, Phokaia dan Erythrai di Lydia; serta pulau Samos dan Khios.
Meskipun kota-kota Ionia masing-masing berdaulat sendiri-sendiri, tetapi mereka mengakui bahwa mereka mewarisi kebudayaan dan peradaban yang sama. Mereka juga memiliki satu kuil utama dan tempat pertemuan tetap, disebut Panionion. Mereka dengan demikian telah membentuk 'perkumpulan kebudayaan', yang tidak boleh dimasuki oleh kota-kota lainnya, bahkan oleh suku Ionia lainnya..Kota-kota Ionia merdeka sampai mereka ditaklukkan oleh raja Kroisos dari Lydia yang terkenal sekitar tahun 560 SM. Kota-kota Ionia kemudian berada di bawah kekuasaan Lydia hingga pada akhirnya Lydia ditaklukkan oleh Kekaisaran Persia yang dipimpin Koresh Agung.
Ketika sedang berperang melawan Lydia, Koresh mengirim pesan kepada kota-kota Yunani di Ionia. Dia meminta mereka untuk memberontak terhadap kekuaaan Lydia. Permintaannya ditolak oleh orang-orang Ionia. Setelah Koresh selesai menaklukkan Lydia, kota-kota Ionia kini menawarkan diri untuk berada di bawah kekuasaan Persia dengan kesepakatan yang sama seperti ketika dikuasai oleh Kroisos dari Lydia.. Koresh menolak dan mengungkit-ungkit keengganan bangsa Ionia ketika dulu mereka tidak mau membantunya. Bangsa Ionia dengan demikian bersiap-siap untuk mempertahankan diri, dan Koresh mengirim jenderal Media, Harpagos, untuk menaklukkan mereka. Dia pertama-tama menyerang Phokaia; orang-orang Phokaia memutuskan untuk meninggalkan kota mereka dan berlayar menyelamatkan diri ke Sisilia, daripada harus tunduk di bawah kekuasaan Persia (meskipun kemudian banyak pula yang kembali). Beberapa orang Teos juga memilih untuk bermigrasi ketika Harpagos menyerang kota mereka, tetapi bangsa Ionia di kota-kota lainnya tetap bertahan, dan satu demi satu kota-kota Ionia ditaklukkan oleh Persia.
Persia mendapati bahwa orang Ionia sulit diatur. Di wilayah lainnya di kekaisaran, Koresh memanfaatkan kelompok elit penduduk pribumi untuk membantunya mengatur daerah taklukan barunya, misalnya kelompok kependetaan Yudea. Kelompok seperti itu tidak ada di kota-kota Yunani pada masa itu; meski biasanya ada aristokrasi, hal ini pada akhirnya berujung pada golongan-golongan yang saling bermusuhan. Persia kemudian menempatkan seorang tiran di tiap kota di Ionia, meskipun ini menyeret mereka ke dalam konflik internal Ionia. Selain itu, tiran tertentu kemungkinan mengembangkan gagasan untuk merdeka dan harus diganti. Para tiran itu sendiri menghadapi tugas yang sulit, mereka mesti mengalihkan kebencian terburuk warganya terhadap Persia, sambil tetap mengabdi kepada Persia.
Sekitar 40 tahun setelah penaklukan Persia atas Ionia, dan pada masa pemerintahan raja Persia keempat, Darius Agung, tiran Miletos saat itu, Aristagoras, mendapati dirinya berada dalam permasalahan seperti di atas. Paman Aristagoras, Histiaios, pernah menemani Darius dalam kampanyenya pada tahun 415 SM, dan ketika ditawarkan imbalan, meminta bagian wilayah Thrakia yang telah ditaklukkan Persia. Meskipun permintaan itu dikabulkan, ambisi Histiaios membuat para penasehat Darius cemas, akibatnya Histaios kembali diberi "hadiah" lain, yaitu dijadikan "Kawan Semeja Raja" (kemungkinan sebagai penasehat) Darius, yang membuat Histaios harus terus berada di Susa, sehingga Persia tak perlu cemas lagi akan ambisinya. Jabatan tiran kemudian diwariskan kepada Aristagoras, yang harus menghadapi rasa ketidaksukaan rakyat Miletos kepada Persia.
Pada tahun 500 SM, Aristagoras didekati oleh beberapa aristokrat yang terusir dari Naxos. Mereka meminta Aristagoras untuk membantu mereka kembali berkuasa di Naxos. Melihat adanya kesempatan untuk memperkuat posisinya di Miletos dengan cara menaklukkan Naxos, Aristagoras pun mendatangi satrap Lydia, Artaphernes, dengan sebuah tawaran. Jika Artaphernes menyediakan pasukan, Aristagoras akan menaklukkan Naxos atas nama Dairus sehingga wilayah Persia akan bertambah luas, dan Artaphernes juga akan diberikan bagian dari rampasan perang untuk mengganti biaya pembentukan pasukan. Artaphernes setuju dan meminta izin Darius untuk melancarkan ekspedisi. Darius memberi izin dan dibentuklah armada laut yang terdiri atas 200 trireme yang akan dikerahkan untuk menyerang Naxos setahun kemudian.