Seonjo dari Joseon
Perang Selama Tujuh Tahun (1592-1598)

Artikel utama: Invasi Jepang ke Korea (1592-1598)
Pada tahun 1591, setelah delegasi kembali dari Jepang, Toyotomi Hideyoshi mengirim delegasinya untuk mengunjungi Raja Seonjo, dan meminta izin untuk melewati Semenanjung Korea untuk menyerang Tiongkok, sebagai efek mengumumkan perang melawan Dinasti Joseon. Raja terperanjat; setelah menolak permintaan Jepang ia mengirimkan sepucuk surat ke Beijing untuk memberi sinyal kepada Tiongkok bahwa Jepang sebenarnya mempersiapkan perang berskala penuh melawan aliansi Korea-Tiongkok. Ia juga memerintahkan untuk mengkonstruksi banyak benteng di wilayah pesisir dan mengirim para jenderalnya Sin Rip dan Yi Il ke pantai selatan untuk mempersiapkan perang. Sewaktu bangsa Korea sibuk mempersiapkan diri mereka, Jepang memproduksi banyak senapan untuk tentara-tentara mereka, dan mengerahkan prajurit dari seluruh negeri.
Pada tanggal 13 April, 1592, sekitar 700 kapal Jepang di bawah pimpinan Konishi Yukinaga menyerang Korea. Konishi dengan mudah membakar Benteng Busan dan Benteng Donglae, membunuh komandan-komandan Jeong Bal dan Song Sang-hyeon dan menuju ke arah utara. Pada hari berikutnya pasukannya bahkan lebih banyak lagi di bawah pimpinan Kato Kiyomasa dan Kuroda Nagamasa mendarat, juga menuju ke arah Hanyang. Armada Jepang yang besar di bawah pimpinan Todo Takatora dan Kuki Yoshitaka mendukung mereka dari laut. Jenderal Yi Il menghadapi Kato Kiyomasa di dalam Perang Sangju, yang dimenangkan oleh Jepang. Kemudian Yi Il bertemu Jenderal Sin Rip, tetapi gabungan pasukan mereka juga dikalahkan di dalam Perang Ch'ungju oleh Kato Kiyomasa. Kemudian Seonjo menunjuk Jenderal Kim Myeong-won sebagai Kepala Komandan dan Panglima Tertinggi, dan memerintahkannya untuk mempertahankan ibu kota. Kemudian raja pindah ke Pyongyang, karena Jepang mulai merebut ibu kota. Ia kemudian pindah lebih jauh lagi ke utara ke kota perbatasan Uiju tak lama sebelum Pyongyang jatuh. Ketika raja absen dari ibu kota, banyak orang yang telah kehilangan harapan di dalam pemerintah merampok istana dan membakar banyak gedung-gedung publik. Ini mengakibatkan lebih banyak lagi kerusakan dari yang telah dilakukan Jepang setelah mereka merebut kota tersebut.
Meskipun pasukan terus kehilangan orang dan perang, angkatan laut berhasil memotong sumber bahan dari laut; Laksamana Yi Sun-sin mengalahkan armada Jepang beberapa kali dan melakukan banyak kerusakan atas kapa-kapal penyalur bahan. Dengan angkatan laut yang memblokir bahan, pasukan dari Tiongkok di bawah Jenderal Li Rusong tiba, dan mulai mendorong Jepang ke arah selatan, akhirnya merebut kembali Pyongyang. Konishi Yukinaga berhasil menahan kemajuan Tiongkok di dalam Perang Byeokjegwan, dan mencoba kembali untuk mendorong Korea ke arah utara, tetapi pukulan penting datang lewat Perang Hangju, dimana Jenderal Gwon Yul mengalahkan Jepang dengan kekuatan yang jauh lebih kecil. Jepang kemudian memutuskan untuk memasuki negosiasi damai, ketika kedua belah pihak masih melanjutkan perangnya. Selama negosiasi ini Korea mengambil kembali Seoul, tetapi istana-istana seluruhnya telah terbakar habis, kemudian Seonjo memperbaiki satu dari rumah-rumah kuno milik keluarga kerajaan dan menamakannya Deoksugung, menjadikannya sebagai salah satu istana resminya.
Negosiasi damai antara Tiongkok dan Jepang berakhir tanpa hasil, karena kurangnya pengertian antara kedua belah pihak dan misinterpresentasi bangsa Korea. Jepang menyerang Korea lagi pada tahun 1597; namun kali ini seluruh ketiga negara siap untuk berperang, dan Jepang tidak dapat maju semudah seperti pada tahun 1592. Jepang mencoba untuk merebut Hanyang baik dari rute darat dan laut. Mulanya rencana itu kelihatannya berjalan lancar ketika Todo Takatora mengalahkan Laksamana Won Gyun di Perang Chilchonryang, tetapi rencana itu diabaikan ketika angkatan laut Korea di bawah Laksamana Yi Sun-sin berhasil mengalahkan armada Jepang di bawah pimpinan Todo Takatora di dalam Perang Myeongnyang dengan hanya 13 kapal. Hasil dari pertempuran itu secara efektif mengakhiri perang selama 7 tahun, dan pada tahun 1598 Jepang akhirnya mundur dari Korea setelah kematian mendadak Toyotomi Hideyoshi. Perang Noryang menandai akhirnya perang tersebut, dengan unit terakhir Jepang di bawah pimpinan Konishi Yukinaga meninggalkan Korea.