Perang Nagorno-Karabakh
Kekerasan antar etnis

Informasi lebih lanjut: Pogrom Kirovabad
Penduduk etnik Armenia menolak untuk mencabut tuntutan mereka meskipun Gorbachev telah berjanji mengeluarkan  program senilai 400 juta rubel yang berisi penerbitan buku pelajaran dan penyiaran  televisi berbahasa Armenia. Pada saat yang sama Azerbaijan menolak untuk menyerahkan wilayah mereka ke Armenia. Tuntutan pihak Armenia untuk menyerahkan Karabakh  kepada negaranya berkurang saat terjadinya  bencana gempa dahsyat yang melanda Armenia pada 7 Desember 1988, yang meluluhlantakkan kota Leninakan (kini bernama Gyumri) dan Spitak, dan memakan korban jiwa sekitar 25.000 orang. Namun kemudian masalah tersebut muncul kembali ketika anggota Komite Karabakh yang berjumlah 11 orang (termasuk Levon Ter-Petrosyan), dipenjarakan oleh pemerintah Soviet pasca terjadinya kekacauan akibat gempa tersebut. Namun tindakan tersebut justru mempolarisasi hubungan Anemia dan Kremlin; kepercayaan masyarakat Armenia terhadap Gorbachev memudar apalagi karena ia tidak mau kompromi akan Nagorno Karabakh dan ketidakberhasilannya menangani gempa Armenia.
Beberapa bulan setelah porgom Sumgait terjadilah pertukaran populasi secara paksa antara etnik Armenia yang tinggal di Armenia dan etnik Azerbaijan yang tinggal di Armenia. Antar kedua suku tersebut saling memaksa untuk meninggalkan rumah mereka masing-masing. Menurut pemerintah Azerbaijan, dari tanggal 27-29 November 1988, sendiri, 33 penduduk etnik Azerbaijan dibunuh di Spitak, Gugark,  dan Stepanavan. Pada periode antara 1987–1989 bahkan jumlahnya mencapai 216 orang. Menurut anggota parlemen Azerbaijan, Arif Yunusov, pada tahun yang sama 20 penduduk etnik Aerbaijan yang tinggal di desa Vartan yang berada di Armenia dikabarkan telah dibakar hidup-hidup sampai mati.  Sementara itu, menurut pihak Armenia, jumlah penduduk etnik Azerbaijan yang tewas dari tahun 1988-1989 adalah sebanyak 25 orang.
Konflik antaretnis juga menyebar ke kota lain di Azerbaijan, seperti (pada Des 1988) di Kirovabad dan Nakhichevan, dimana 7 orang (termasuk 4 tentara) tewas dan ratusan lainnya terluka saat tentara Soviet berusaha menghentikan serangan yang ditujukan kepada etnik Armenia. Perkiraan tentang tentang berapa banyak orang yang terbunuh selama dua tahun pertama konflik ini beragam. Menurut Pemerintah Azerbaijan, 216 etnis Azerbaijan terbunuh di Armenia, sedangkan peneliti Arif Yunusov menyebutkan bahwa 127 warga etnik Azerbaijan tewas pada tahun 1988 saja. Menurut laporan majalah Time, sejak Februari 1988 lebih dari 100 orang tewas akibat konflik antara keduanya.
Menurut The Washington Post, sebelum perjanjian gencatan senjata tahun 1994, yang diinisiasi Rusia, sekitar 30.000 orang tewas, dan hampir satu juta orang terpaksa menjadi pengungsi. Sekitar 700.000 etnis Azerbaijan dipaksa untuk meninggalkan Nagorno-Karabakh dan daerah sekitarnya, dimana kaum pemberontak di sana menyatakan kemerdekaan wilayah itu tanpa pengakuan internasional. Bahkan setelah lebih dari dua dekade, status sebagian besar pengungsi belum terselesaikan.
Pada akhir 1988 sejumlah desa di Armenia menjadi desa tidak berpenghuni, karena 200,000 penduduknya dari etnik Azerbaijan dan Kurdi telah melarikan diri dari daerah tersebut. Meskipun orang Kurdi tidak memberontak melawan etnik Armenia, tetapi mereka memutuskan untuk meninggalkan Armenia dan dari wilayah yang dikuasai pemberontak. Akibatnya, kini jumlah penduduk Kurdi yang ada di Armenia hanya berjumlah sekitar 1.000 orang.