Kebebasan beragama di Indonesia
Latar belakang

Masalah kebebasan keberagamaan di Indonesia tidak lepas dari peristiwa politik yang telah terjadi selama berabad-abad, semenjak masa menjelang keruntuhan Majapahit sekitar abad ke-14 M hingga pergolakan politik di awal kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Konflik politik dan kepentingan terjadi antara pemeluk agama Siwa-Buddha dengan pemeluk agama Islam yang relatif masih baru masuk ke wilayah Nusantara; antara pemeluk agama Islam dengan pemeluk agama Kristen yang masuk pada masa Kolonial Belanda; dan antar pemeluk agama Islam sendiri yang dibedakan menjadi Islam Putihan dan Islam Abangan.
Pada masa-masa kerajaan di Jawa (abad ke-7 hingga 10 M), agama Hindu dan agama Buddha hidup berdampingan meskipun terpisah satu sama lain. Ricklefs (1985) berpendapat bahwa intoleransi keberagamaan tidak ada dalam pola berpikir masyarakat Jawa. Penyatuan kedua agama hanya tampak pada isi Prasasti Kelurak (782 M) yang bercorak Buddha Mahayana. Penyatuan kedua tampak pada akhir masa Kerajaan Singhasari, yaitu bahwa Raja Kertanegara dicandikan dalam wujud Siwa dan Buddha. Pada abad ke-14, penyatuan Siwa-Buddha semakin jelas dalam Kakawin Sutasoma yang ditulis oleh Mpu Tantular.
Agama Islam masuk ke Jawa pada abad ke-13 M. Agama baru ini menimbulkan pergesekan antar lapisan masyarakat yang diwarnai oleh nuansa politik. Konflik peralihan kekuasaan dan dominasi agama menyebabkan terjadinya pengungsian pemeluk agama lama ke tempat-tempat terpencil dengan tujuan menjaga warisan leluhur dari revolusi sosio-religi yang tengah terjadi. Misalnya pengungsian para bangsawan dan pandita ke Pulau Bali, Ki Ageng Tunggul Wulung ke Dusun Beji di sebelah timur Sungai Progo, Pangeran Singonegoro yang menyepi ke Umbul Jumprit, pengungsian Suku Tengger, legenda moksanya Prabu Siliwangi menjadi maung Siliwangi sementara pengikutnya menjadi maung loreng setelah menolak bujukan Kian Santang untuk masuk Islam, dan sebagainya.
Kedatangan Portugis pada abad ke-16 M ke Maluku membawa serta agama Katolik untuk diperkenalkan pada penduduk Kesultanan Ternate yang beragama Islam. Namun, terjadi bentrok akibat kepentingan politik yang berakhir dengan pengusiran Portugis, yang digantikan datangnya pasukan Kerajaan Spanyol. Kesultanan Ternate kemudian meminta bantuan Bangsa Belanda yang membawa Kristen, sehingga juga terjadi pergesekan antara agama Katolik dan Kristen. Puncak penyebaran agama Kristen di Pulau Jawa terjadi pada abad ke-19 M dengan misionaris-misionaris yang tidak hanya berasal dari Belanda, melainkan juga misionari pribumi seperti Kiai Ibrahim Tunggul Wulung dan Kiai Sadrach. Penyebaran agama Kristen di Tanah Batak sempat memperoleh perlawanan dari Sisingamangaraja XII sebagai perwakilan Parmalim yang menyerukan pengusiran para zending Kristen disertai pengrusakan dan pembakaran. Namun, hal tersebut menjadi alasan pasukan Belanda untuk menaklukkan Batak.
Aktivitas misionaris Katolik dan Kristen dipandang membahayakan kehidupan beragama masyarakat yang saat itu mayoritas sudah beragama Islam. Muhammadiyah dan Persis melihat adanya upaya kristenisasi dan katolikisasi yang dilakukan para misionaris, sementara NU melihat bahwa Muhammadiyah juga melakukan dakwah dan misionaris. Gesekan antara Islam dan misionaris Kristen terus berlangsung hingga awal masa kemerdekaan Indonesia. Masing-masing pihak menerbitkan buku-buku apologetik yang antara lain berjudul "Islam Menentang Kraemer" (1925), "Tuhan Yesus Dalam Agama Islam" (1957), dan "Isa Dalam Qur’an Muhammad Dalam Bible" (1959). Bahkan, pada tahun 1964 beredar paflet berjudul "Memahami Kegiatan Nasrani" yang memuat rencana kristenisasi dan katolikisasi di Jawa dalam kurun waktu 20 tahun. Isi pamflet tersebut ditolak dan dianggap tidak otentik oleh pihak Kristen dan Katolik.
Diskriminasi yang dialami umat muslim membuat organisasi-organisasi Islam (1930-1940-an) membentuk koalisi seperti Madjelis Islam A'la Indonesia (MIAI) dan Madjelis Sjuro Muslimin Indonesia (Masyumi).