Yoweri Museveni
Museveni berkuasa (1986–1996) > Keamanan dalam negeri dan hak-hak asasi manusia

NRM naik ke kursi kekuasaan dengan menjanjikan pemulihan keamanan dan penghargaan terhadap hak-hak asasi manusia. Memang, ini adalah bagian dari program 10 butir NRM, seperti yang dicatat oleh Museveni dalam pidato pelantikannya:
Meskipun kini Museveni memimpin pemerintahan yang baru di Kampala, NRM tidak dapat memproyeksikan pengaruhnya sepenuhnya di seluruh wilayah Uganda, karena ia ternyata harus memerangi sejumlah pemberontakan. Sejak permulaan kepresidenan Museveni, ia mendapatkan dukungan kuat dari wilayah selatan yang berbahasa Bantu dan barat daya, basis Museveni. Ia behasil mendapatkan dukungan masyarakat Karamojong, sebuah kelompok setengah nomaden di daerah timur laut yang jarang penduduknya yang tidak pernah mempunyai suara politik yang berarti, untuk bersekutu dengannya dengan menawarkan peranan kepada mereka di dalam pemerintahan yang baru. Namun, wilayah utara di sepanjang perbatasan Sudan terbukti lebih bermasalah. Di sub wilayah Nil Barat yang dihuni oleh suku Kakwa dan Lugbara (yang sebelumnya mendukung Amin), kelompok-kelompok pemberontak UNRF dan FUNA berjuang selama bertahun-tahun hingga gabungan serangan militer dan diplomasi menenangkan wilayah itu; pemimpin UNRF, Moses Ali, menghentikan perjuangannya dan menjadi Wakil Perdana Menteri II. Rakyat dari wilayah utara negara itu memandang bangkitnya suatu pemerintahan yang dipimpin oleh seseorang dari selatan dengan rasa takut yang mendalam. Kelompok-kelompok pemberontak bermunculan di antara suku Lango, Acholi dan Teso, meskipun mereka kalah jauh dibandingkan dengan kekuatan NRA kecuali di ujung utara dimana perbatasan Sudan memberikan tempat perlindungan yang aman. Pemberontak Acholi Tentara Demokratik Rakyat Uganda (UPDA) gagal menggulingkan pendudukan NRA terhadap wilayah Acholiland, sehingga menyebabkan munculnya chiliasme dari Gerakan Roh Kudus (HSM) yang putus asa. Kekalahan UPDA dan HSM meninggalkan pemberontakan itu pada kelompok yang kelak dikenal sebagai Tentara Perlawanan Tuhan, yang berbalik melawan suku Acholi sendiri.
NRA kemudian mendapatkan reputasi karena menghormati hak-hak warga sipil – meskipun belakangan Museveni dikritik kaerna menggunakan tentara anak-anak. Unsur-unsur yang tidak berdisiplin di dalam NRA segera merusakkan reputasi yang adil yang dengan susah payah dibangun “Ketika orang-orang Museveni pertama-tama dating, mereka bertindak dengan baik sekali – kami menyambut mereka,” kata seorang penduduk desa, “tetapi kemudian mereka mulai menangkapi orang dan membunuhnya.”
Dalam bulan Maret 1989, Amnesty Internasional menerbitkan sebuah laporan hak-hak asasi manusia tentang Uganda, yang berjudul Uganda, the Human Rights Record 1986–1989. Dokumen ini mencatat pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia yang luar biasa yang dilakukan oleh pasukan-pasukan NRA. Dalam salah satu tahap yang paling tegang dalam perang itu, antara Oktober dan Desember 1988, NRA dengan paksa menyingkirkan sekitar 100.000 people dari rumah-rumah mereka di dan di sekitar kota Gulu. Tentara melakukan ratusan hukuman mati tanpa proses pengadilan, sementara mereka memaksa orang-orang itu pindah, membakar habis rumah-rumah dan lumbung. Namun, ada pula beberapa laporan tentang penyiksaan sistematis, yang serupa dengan apa yang dilakukan pada masa rezim Amin dan Obote. Dalam kesimpulannya, laporan itu memberikan sedikit harapan: