Ketuanan Melayu
Pemerintahan Mahathir > Aksi afirmatif dan protes kaum Tionghoa

Artikel utama: Operasi Lalang
Kebijakan-kebijakan afirmatif Kebijakan Ekonomi Baru dilanjutkan di bawah pemerintahan Mahathir. Para ahli politik menganggap pemerintahannya sebagai kelanjutan "kontrol hegemoni" politik Malaysia oleh kaum Melayu dan UMNO secara khususnya. Pada masa ini, Mahathir berfokus pada konsolidasi kekuasaanya dalam UMNO dan pemerintahan. Akibatnya, hanya ada sedikit konfrontasi langsung antara kaum Melayu dengan non-Melayu mengenai Ketuanan Melayu.
Pada tahun 1981, MCA melakukan evaluasi terhadap Kebijakan Ekonomi Baru dan kebijakan-kebijakan pemerintah lainnya melalui sudut pandang kaum Tionghoa. Hasil evaluasi ini menunjukkan beberapa masalah, yaitu kecurigaan bahwa status kewarganegaraan kaum Tionghoa Malaysia tidak dihargai, dan mengklaim bahwa tujuan Kebijakan Ekonomi Baru untuk menghapuskan identifikasi ras berdasarkan fungsi ekonomi telah dihapuskan. Selain itu, diargumenkan bahwa kaum non-Melayu tidak diwakili secara proporsional dalam Parlemen dan kabinet karena manipulasi pembatasan daerah pemilihan (gerrymandering). Kebanyakan wilayah pemilihan pedesaan yang didominasi Melayu melebihi wilayah pemilihan perkotaan yang heterogen, walaupun jumlah populasi wilayah pemilihan perkotaan melebihi populasi wilayah pemilihan pedesaan. Walaupun MCA mengeluarkan laporan ini, UMNO menghindari kontroversi langsung dengan MCA mengenai masalah ini.
Ketegangan mulai muncul setelah Pemilihan Umum Malaysia tahun 1986, ketika UMNO berhasil mendapatkan mayoritas kursi Parlemen, mengizinkan UMNO membentuk pemerintahan sendiri tanpa berkoalisi dengan partai-partai lain. Beberapa pemimpin UMNO dengan serius mendiskusikan kemungkinan pemerintahan tanpa koalisi ini. Salah satu pemimpin tersebut, Abdullah Ahmad Badawi, secara publik mendukung supremasi Melayu secara permanen dan menurunkan status kaum non-Melayu sebagai warga negara kelas dua. Seruan ini pada akhirnya tidak dihiraukan dan pemerintahan koalisi Barisan Nasional tetap berlanjut. Walau demikian, beberapa pejabat UMNO memperingati partai-partai non-Melayu untuk tidak "bermain api" dengan mempertanyakan isu-isu seperti hak khusus orang Melayu (Hak Keistimewaan Orang Melayu). Dalam Majelis Umum UMNO tahun itu, Mahathir menyatakan: "Kita tidak berharap mencuri hak-hak orang lain. Namun janganlah biarkan orang lain mencuri hak-hak kita." Ketika parlemen bersidang, DAP mulai menyerukan keberatannya mengenai pembagian warga Malaysia menjadi "warga negara kelas satu dan kelas dua". Sebagai balasannya, beberapa anggota parlemen UMNO mulai menyebut-nyebut kaum non-Melayu sebagai pendatang asing dalam parlemen. Ketika DAP mencoba untuk melakukan penelusuran distribusi ekonomi antar kaum untuk mengevaluasi progres Kebijakan Ekonomi Baru, peraturan parlemen (Peraturan-peraturan Majlis Mesyuarat) diamendemen sehingganya melarang penelusuran tersebut. Hal ini membuat DAP menuduh bahwa sasaran Kebijakan Ekonomi Baru telah tercapai agar dapat dibuat kadaluwarsa pada tahun 1990.
Beberapa orang, seperti Richard Yeoh, meyakini bahwa Abdullah, pembantu Mahathir, adalah orang pertama yang menggunakan istilah "Ketuanan Melayu". Yeoh mendeskripsikan konteks yang digunakan Ahmad sebagai "pidato yang cukup ramah dan sebagian besar dari kita tidak bermasalah akan itu, tetapi, but it has been taken to mean Malay supremacy by some Umno leaders who don't necessarily know what it means."