Gerakan Aceh Merdeka
Negosiasi perdamaian

Para pemimpin GAM, Hasan di Tiro, dan wakil ketuanya, Zaini Abdullah, dan Malik Mahmud tinggal di pengasingan di Stockholm, Swedia hampir sepanjang tahun 1980an dan 1990an . Juru bicara utama kelompok ini di Indonesia adalah Abdullah Syafi'i Dimatang. Pada akhir tahun 1990-an, GAM memulai pembicaraan damai dengan Jakarta, yang ditengahi oleh pemerintah Swedia.
Pada tahun 1999, dilaporkan bahwa kelompok tersebut terpecah menjadi dua faksi, GAM (mewakili kelompok asli) dan Dewan Pemerintahan Gerakan Aceh Merdeka (MP-GAM). Hal ini dibantah oleh juru bicara GAM namun diberitakan secara luas di media Indonesia.
Pada bulan Desember 2002, GAM dan Pemerintah Indonesia menandatangani perjanjian terobosan Penghentian Permusuhan (COHA) yang hanya berlangsung selama beberapa bulan sebelum pelanggaran mulai terjadi. Mediator dalam negosiasi ini, Pusat Dialog Kemanusiaan, tidak memiliki mekanisme pemantauan dan penegakan hukum yang memadai untuk menjatuhkan sanksi atas pelanggaran. Pada tahun 2002–2004, GAM terkena dampak parah dari serangkaian serangan pemerintah yang menyebabkan organisasi tersebut kehilangan sekitar 50% anggotanya termasuk komandannya, Abdullah Syafi'i Dimatang, yang terbunuh dalam penyergapan militer pada Januari 2002.
Pada tanggal 28 Desember 2004, setelah kehancuran yang disebabkan oleh tsunami besar, GAM mendeklarasikan gencatan senjata agar bantuan dapat sampai di wilayah yang disengketakan. Pada gilirannya, pemerintah Indonesia untuk sementara menghapus pembatasan di wilayah Sumatera bagian utara untuk memungkinkan upaya penyelamatan di wilayah tersebut.
Kelompok separatis Aceh lainnya juga ada dan terdapat ketegangan antara mereka dan GAM mengenai taktik dan monopoli GAM dalam negosiasi dengan pemerintah.
Pada tanggal 27 Februari 2005, Gerakan Aceh Merdeka dan delegasi pemerintah Indonesia memulai putaran perundingan perdamaian lainnya di Vantaa, Finlandia, yang dimoderatori oleh mantan presiden Finlandia Martti Ahtisaari. Pada tanggal 16 Juli 2005, Menteri Komunikasi Indonesia dan GAM mengumumkan kesepakatan damai untuk mengakhiri pemberontakan yang telah berlangsung selama tiga puluh tahun.
Perjanjian perdamaian secara resmi ditandatangani pada tanggal 15 Agustus 2005 di Aula Perjamuan Pemerintah Finlandia di Helsinki oleh kepala perunding Indonesia Hamid Awaluddin dan pemimpin GAM Malik Mahmud. Presiden Ahtisaari menjadi saksi perjanjian damai tersebut.
Berdasarkan ketentuan perjanjian, kedua belah pihak sepakat untuk segera menghentikan semua permusuhan. GAM juga setuju untuk melucuti senjatanya, sementara Pemerintah berjanji untuk menarik semua anggota militer dan polisi non-lokal pada akhir tahun 2005. Sebuah Misi Pemantauan Aceh dibentuk oleh UE dan ASEAN untuk mengawasi proses pelucutan senjata dan reintegrasi anggota GAM ke dalam masyarakat. Sebuah keputusan presiden memberikan amnesti kepada sekitar lima ratus mantan anggota GAM yang berada di pengasingan di negara lain, dan tanpa syarat membebaskan sekitar 1.400 anggota yang telah dipenjarakan oleh Pemerintah.
Pemerintah setuju untuk memfasilitasi pembentukan partai politik yang berbasis di Aceh; ini adalah salah satu isu paling kontroversial dalam negosiasi sebelumnya.  Sebuah "komisi kebenaran dan rekonsiliasi" akan dibentuk. Mengenai permasalahan distribusi pendapatan yang tidak merata, diputuskan bahwa tujuh puluh persen pendapatan dari sumber daya alam lokal akan tetap berada di Aceh.
Pada tanggal 27 Desember 2005, para pemimpin Gerakan Aceh Merdeka mengumumkan bahwa mereka telah membubarkan sayap militernya. Tindakan tersebut, yang segera berlaku, merupakan tindak lanjut dari perundingan damai sebelumnya dan penghancuran 840 senjata yang dilakukan oleh pengamat internasional, komandan Gerakan Aceh Merdeka Sofyan Daud mengatakan kepada wartawan, “Tentara nasional Aceh sekarang menjadi bagian dari masyarakat sipil, dan akan berupaya untuk mewujudkan hal tersebut.” kesepakatan damai berhasil."   Sebagai tanda kemajuan proses perdamaian, pendiri gerakan pemberontak separatis Aceh, Hasan di Tiro, kembali ke Indonesia pada 11 Oktober 2008 setelah hampir 30 tahun di pengasingan.