Final Fantasy VII
Cerita > Bagian tengah cerita

Setelah kejadian itu, Sephirot mulai membuat Cloud meragukan ingatannya dan membuat Cloud mengetahui bahwa dirinya bukanlah manusia, tetapi dirinya adalah spesimen yang diciptakan dari genetik Jenova yang dibuat oleh Professor Hojo dari Shinra.
Jenova di mana akhirnya para pemain akan diceritakan, adalah sebuah makhluk parasit yang mendarat diplanet kira-kira 2000 tahun yang lalu menggunakan meteor. Akibat dari benturan meteor yang meninggalkan bekas kawah yang besar serta melukai planet, Jenova yang muncul dari kawah bertujuan untuk menyebarkan virus kepada seluruh organisme makhluk hidup diplanet, di mana virus tersebut dapat menyebabkan kegilaan dan membuat makhluk berubah menjadi monster. Korban yang paling banyak terjangkit adalah dari suku Cetra, Jenova menyebarkannya dengan cara menggunakan kemampuannya mimic'nya di mana dia mampu berubah bentuk dan menyamar menjadi sebagai orang Cetra.
Cetra yang berusaha untuk melindungi diri mereka, akhirnya membuat monster raksasa bernama "WEAPONs" atau dalam bahasa Indonesia berarti Senjata, tetapi mayoritas manusia memilih untuk kabur daripada berhadapan dengan Jenova. Sekelompok para orang yang masih hidup dari suku Cetra berjuang melawan Jenova untuk melindungi planet dan berhasil mengalahkan Jenova, serta menyegelnya pada kawah tempat Jenova mendarat. Setelah itu para "WEAPONs" memasuki masa hibernasinya untuk menunggu apabila akan ada ancaman yang kembali mengancam keselamatan planet. Namun jasad Jenova akhirnya ditemukan oleh Professor Gast, seorang penjelajah dari Shinra. Karena mengira bahwa makhluk tersebut adalah makhluk yang berasal dari suku Cetra, Gast akhirnya diberikan kekuasaan untuk melakukan percobaan pembuatan manusia artifisial dengan menggunakan kombinasi sel-sel Jenova dengan janin dari manusia yang tidak lahir untuk menghasilkan seorang Cetra.
5 tahun sebelumnya, Sephiroth mengetahui bahwa dia adalah hasil eksperimen saat dia berada di Nibelheim kota asal Cloud dan Tifa, untuk menjalankan misi. Namun dikarenakan Sephirot yang tidak peduli dengan detail-detail yang berkaitan, dia berkesimpulan bahwa dia adalah seorang dari suku Cetra yang telah diproduksi hanya dari material genetik Jenova. Dengan kemarahan yang luar biasa, Sephirot membakar kota, membunuh semua penduduk Nibelheim dan bertujuan untuk membunuh semua orang didunia yang merupakan keturunan para orang yang tidak ikut membuang dunianya dan tidak ikut melindungi dunia. Menurut Cloud, dia bertemu dengan Sephiroth saat pembantaian tersebut dan setelah itu Sephirot menghilang tanpa jejak lalu diasumsikan mati sampai akhirnya dia muncul kembali digedung Shinra. Saat perjalanan dan sudah sampai pada kawasan kawah utara, Sephiroth memberitahukan Cloud bahwa yang berada di Nibelheim saat itu bukanlah Cloud melainkan seorang SOLDIER kelas 1 dengan rambut hitam. Tifa yang tidak dapat membalas kata-kata tersebut membuat Cloud bingung dan ragu akan keberadaannya, hal tersebut menyebabkan Sephiroth dapat mengeluarkan Meteor, di mana dengan munculnya Meteor maka para "WEAPONs' terbangun dari masa hibernasinya. Dunia berguncang, gempa bumi yang besar, saat itu Cloud akhirnya terpisah dari teman-temannya dan terjatuh kedalam Lifestream.