Operasi Flamboyan
Dimulainya operasi

Setelah terbentuknya Koalisi UDT dan FRETILIN yang berumur pendek pada tanggal 21 Januari 1975, Indonesia memulai latihan militer besar-besaran di Sumatera bagian selatan untuk melakukan invasi ke Timor Timur. Pasukan diperkuat dalam skala kecil di perbatasan dengan Timor Portugis.
Antara bulan Desember 1974 sampai Februari 1975, di bawah pimpinan Kolonel Dading Kalbuadi, tim pasukan khusus (Kopassandha) beranggotakan delapan orang dikerahkan ke kota perbatasan Indonesia, Atambua dan melakukan pekerjaan persiapan untuk Operasi Flamboyan. Tim mengambil alih jaringan agen Operasi Komodo dan 216 pendukung APODETI, yang dipimpin oleh Tomás Gonçalves dan telah dilatih oleh militer Indonesia di Atambua sejak Agustus 1974. Pemerintahan Portugis mengirimkan delegasi ke Atambua pada bulan Januari 1975, untuk membujuk para partisan agar kembali ke Timor Portugis, tetapi tidak berhasil. Kapten Indonesia Mohammad Yunus Yosfiah merekrut dan melatih anggota baru Kopassandha di Jawa Barat. Pada akhir April 1975, tim di Atambua diperkuat 80 orang.
Sejak akhir Agustus hingga awal September 1975, pasukan khusus Indonesia yang disebut "Tim Susi" mulai beroperasi dengan serangan ke wilayah Timor Portugis. Serangan pertama dipimpin oleh Kapten Yunus Yosfiah dan didukung oleh partisan Timor Timur, yang telah dilatih oleh orang Indonesia. Tujuannya adalah untuk menciptakan teror dan intimidasi di Atsabe. Pada tanggal 14 September, terjadi pertempuran dengan pejuang FRETILIN di perbatasan dekat Atsabe. Pada hari yang sama, pihak Indonesia juga melancarkan serangan serupa terhadap Bobonaro dan Suai. Namun, kerugian yang besar pada awalnya memaksa pihak Indonesia menghentikan operasinya.
Pada tanggal 8 Oktober, pasukan Indonesia yang menyamar sebagai pejuang UDT menduduki kota perbatasan Batugade di Timor Timur dan membawa unit FALINTIL ke Balibo, kemudian markas operasi didirikan di sini. Pada pertengahan bulan Oktober, Bobonaro dan Cova Lima, distrik-distrik di perbatasan, sebagian besar berada di tangan Indonesia. Pada tanggal 15 Oktober, "Tim Susi" dan batalyon Brigade Infanteri 2 Angkatan Darat (ABRI) memulai penyerangan ke Balibo. Kapal perang Indonesia menembaki pantai, namun milisi Timor Timur hampir tidak terlibat dalam serangan tersebut. Dua jurnalis televisi Inggris, satu jurnalis Selandia Baru, dan dua jurnalis televisi Australia (Balibo Five), yang menyaksikan perebutan kota perbatasan pada tanggal 16 Oktober dibunuh dengan sengaja oleh tentara Indonesia. Selain Balibo, Maliana berhasil ditaklukkan pada tanggal 16 Oktober, dimana pesawat Indonesia telah mendarat di sini. Meskipun ada tindakan ofensif berskala besar yang jelas-jelas dilakukan, Indonesia bahkan terus membantah memiliki pasukan di Timor Timur, atau bahkan ingin menduduki negara tersebut dengan kekerasan. Pejuang UDT dan APODETI hanya memukul mundur serangan FRETILIN di wilayah Indonesia dan juga bertanggung jawab atas kematian para jurnalis.
Upaya lain untuk maju lebih jauh ke Timor Portugis melalui serangan pada bulan Oktober gagal karena adanya perlawanan dari FRETILIN. Menurut laporan CIA tertanggal 20 Maret, Pada bulan Oktober, Indonesia gagal "mengamankan" kota perbatasan Lebos. Di sini dukungan artileri kapal hilang. Serangan Indonesia juga terhenti di Lela (Suco Holpilat) pada pertengahan Oktober. Tentara Indonesia mempunyai masalah dengan senjata mereka dan kesulitan dengan awal musim hujan. Setelah jeda pertempuran, serangan dilanjutkan pada tanggal 20 November, tujuannya sekarang adalah Atabae di pesisir pantai. Untuk pertama kalinya, satuan angkatan laut dan angkatan udara dikerahkan bersama-sama melawan para pejuang Timor Timur yang dipimpin oleh Aquiles Freitas Soares, mereka sebagian besar adalah mantan tentara Timor Timur dari Kompi Kavaleri Portugis ke-6. Pada tanggal 26 November, pejuang Timor Timur menghentikan perlawanan dan tentara Indonesia menduduki kota utama Aidabaleten pada pagi hari tanggal 28 November.
Pada hari yang sama, FRETILIN mencoba mendapatkan dukungan internasional dengan deklarasi kemerdekaan sepihak. Indonesia menanggapinya dengan melaporkan bahwa para pemimpin UDT, APODETI, KOTA, dan Partai Buruh telah ditangkap pada tanggal 30 Maret. Pada November 1975, mereka menandatangani apa yang disebut Deklarasi Balibo, yang menyerukan aneksasi Timor Timur ke Indonesia. Namun yang menandatanganinya sedikit banyak adalah tawanan Indonesia yang dipaksa menandatangani. Teks tersebut antara lain ditulis oleh agen Bakin Louis Taolin. Sejak 7 Desember 1975, Indonesia memulai Operasi Seroja dengan mengutip Deklarasi Balibo dan dengan demikian invasi terbuka dilaksanakan ke seluruh Timor Timur dengan pendudukan ibu kota Dili.