Prabowo Subianto
Karier militer > Peran dalam kejatuhan Soeharto

Artikel utama: Kejatuhan Soeharto
Kurang dari tiga bulan setelah pengangkatannya sebagai Panglima Kostrad, pada hari pertama kerusuhan Mei 1998, Prabowo Subianto mendesak Panglima Angkatan Bersenjata Republik Indonesia, Jenderal Wiranto, untuk mengizinkan dia membawa unit Cadangan Strategisnya dari luar Jakarta ke kota untuk membantu memulihkan ketertiban. Ratusan orang yang dilatih oleh Kopassus (mantan komando Prabowo) diterbangkan dari Dili ke Yogyakarta dengan pesawat carteran, dan kemudian ke Jakarta dengan kereta api. Prabowo Subianto secara terbuka mendesak masyarakat Indonesia untuk bergabung dengannya melawan “pengkhianat bangsa”. Pada pagi hari tanggal 14 Mei, pasukan Kopassus mengawal preman muda dari Lampung di Sumatera bagian selatan menuju ibu kota. Oleh karena itu, Prabowo Subianto dituduh menggunakan para kenalannya di komando sebelumnya untuk mengimpor dan menciptakan masalah, sementara Wiranto menolak memberikan izin kepada komando Prabowo saat ini, Kostrad, untuk memadamkan masalah yang ada, sejalan dengan taktik klasik Jawa untuk menimbulkan kekacauan guna menyaingi dan/atau merebut kekuasaan.
Pasukan di bawah komando Prabowo menculik dan menyiksa setidaknya sembilan aktivis demokrasi pada bulan-bulan sebelum kerusuhan Mei 1998 di Indonesia. Dalam salah satu kesaksian Andi Arief, seorang mantan tahanan, ia bercerita tentang penyiksaan selama berhari-hari di sebuah lokasi yang tidak diketahui letaknya, diduga sebuah kamp militer yang sebagian besar waktunya dihabiskan dengan mata tertutup, dan dipaksa untuk menjawab pertanyaan berulang-ulang, terutama mengenai aktivitas politik mereka. Penganiayaan tersebut termasuk dipukul, diteror secara fisik dan mental, serta disetrum. Meskipun begitu, pada tahun 2009, dua dari sembilan orang tersebut menjadi kandidat Gerindra, partai politik yang mendukung Prabowo, dan seorang lagi menjabat sebagai penasihat medianya. Pada tahun 2024, enam dari sembilan orang yang diculik (termasuk Arief) bekerja untuk Prabowo dan mendukungnya untuk menjadi presiden. Prabowo Subianto juga dicurigai mengorganisir penculikan 13 orang aktivis lainnya (semuanya masih "hilang") antara Februari 1997 dan Mei 1998.
Investigasi yang dilakukan selanjutnya terhadap kerusuhan bulan Mei mengungkapkan bahwa kekerasan di Jakarta adalah hasil pergulatan internal elit militer untuk menjadi penerus Suharto. Banyak yang percaya bahwa Prabowo Subianto, sebagai Panglima Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat (Kostrad), berusaha menjadi penerus mertuanya dan mendambakan posisi Panglima Angkatan Bersenjata yang dijabat oleh Jenderal Wiranto, yang diunggulkan untuk menggantikan Soeharto. Bersama Panglima Komando Operasi Jakarta Raya (Pangkoops Jaya) Mayjen Sjafrie Sjamsoeddin, Prabowo Subianto bertujuan untuk meneror penentang pemerintah dan menunjukkan bahwa Wiranto adalah "seorang komandan yang tidak kompeten dan tidak dapat mengendalikan kekacauan". Selama bulan Agustus dan September, tim pencari fakta mewawancarai Prabowo Subianto, Sjafrie, dan komandan militer lainnya mengenai pergerakan mereka selama kerusuhan Jakarta. Prabowo Subianto menegaskan bahwa dia tidak yakin dengan persisnya pergerakan pasukan militer di ibu kota dan menyerahkan hal tersebut kepada Sjafrie. Dalam laporan akhirnya, tim pencari fakta menduga bahwa, pada malam tanggal 14 Mei, Prabowo Subianto bertemu dengan beberapa tokoh TNI dan tokoh sipil di Markas Kostrad untuk membahas pengorganisasian kekerasan. Namun hal ini kemudian dibantah oleh beberapa orang yang hadir dalam pertemuan tersebut, termasuk pengacara hak asasi manusia terkemuka Adnan Buyung Nasution dan anggota Tim Gabungan Pencari Fakta, Bambang Widjojanto. Kesaksian selanjutnya dari Prabowo Subianto pada tahun-tahun setelah penyelidikan bertentangan dengan laporan tim dan menimbulkan skeptisisme terhadap tuduhan tim.