Daftar episode Prison Break
Musim keempat (2008-2009)

| # | Tanggal | Judul | Cerita |
| --- | --- | --- | --- |
| 4.01 | 01/09/08 | Scylla | Di Los Angeles, Michael melacak keberadaan Whistler dan Gretchen, guna membalas dendam akan kematian Sara. Mereka pergi ke Hotel Roosevelt untuk membeli kartu senilai 50 juta dolar yang disebut Scylla. Whistler membunuh si penjual, mengkopi kartunya, dan dikejutkan dengan kedatangan Michael. Ketika Gretchen datang, ia mengungkapkan bahwa Sara masih hidup. Kemudian Gretchen bertemu Jenderal Jonathan Krantz di Gurun Mojave, California dan menurut Jenderal, Gretchen telah gagal dalam menjalankan misi dan menyuruh anak buahnya, Wyatt untuk membunuh Gretchen.  Michael menelepon Lincoln yang saat itu berada di Panama bersama Sofia dan LJ.  Linc mengatakan bahwa Sona terbakar dan Sucre, Bellick dan T-Bag tidak terdaftar sebagai korban yang ditemukan.  Sucre dan Bellick bertemu dengan ibu Bellick di Arizona. Michael membuka e-mail dan Mahone mengirim pesan, meminta untuk bertemu dengan Michael. Ia mengatakan bahwa Whistler dan dirinya tengah bekerja melawan Company, Gretchen sudah mati, dan menjelaskan isi Scylla, yang merupakan buku hitam Company berisi informasi tentang organisasi korup tersebut. Whistler bergabung dan mengatakan bahwa Sara masih hidup, namun kemudian Whistler ditembak oleh Wyatt, yang mengambil kopian kartu yang dibawa Whistler.  T-Bag yang membawa uang Westmoreland menyewa dua orang pemuda untuk membawanya kembali ke Amerika Serikat untuk membalas dendam pada Michael. Tetapi ia dikhianati dan ditinggalkan di gurun.  Jenderal Krantz menugaskan Wyatt untuk membunuh Michael, Mahone dan Lincoln.  Di Panama, Lincoln diserang oleh agen Company, tetapi ia membunuh agen itu kemudian ditangkap. Sucre mengunjungi bayinya di rumah sakit, tetapi ia dilaporkan oleh kakak Maricruz dan ditangkap bersama Bellick.  Wyatt membunuh Cameron, anak Mahone, dan Mahone pun tertangkap. Michael menelepon Bruce Bennet, sahabat Frank Tancredi, dan menanyakan tentang Sara, tetapi Michael pun tertangkap. Kemudian Agen Homeland Security, Don Self bertemu Michael dan mengajukan tawaran kebebasan kalau Michael bersedia bekerja sama dengan pemerintah untuk menghancurkan Company. Michael menolak karena masalah prinsip, Bruce membayar uang jaminannya dan Lincoln, kemudian membawa mereka menemui Sara. Tak lama kemudian, ketika Wyatt menemukan tempat persembunyian dan mulai menembaki mereka, Michael menelepon Self dan menerima tawarannya. Ia menghilangkan tatonya dan membentuk tim melawan Company bersama Lincoln, Sara, Sucre, Bellick dan Mahone. |
| 4.02 | 01/09/08 | Breaking and Entering |  |
| 4.03 | 08/09/08 | Shut Down |  |
| 4.04 | 15/09/08 | Eagles and Angels |  |
| 4.05 | 22/09/08 | Safe and Sound |  |
| 4.06 | 29/09/08 | Blow Out |  |
| 4.07 | 06/10/08 | Five the Hard Way |  |
| 4.08 | 20/10/08 | The Price |  |
| 4.09 | 03/10/08 | Greatness Achieved |  |
| 4.10 | 10/10/08 | The Legend |  |
| 4.11 | 17/10/08 | Quiet Riot |  |
| 4.12 | 24/11/08 | Selfless |  |
| 4.13 | 01/12/08 | Deal or No Deal |  |
| 4.14 | 18/12/08 | Just Bussiness |  |
| 4.15 | 15/12/08 | Going Under |  |
| 4.16 | 22/12/08 | The Sunshine State |  |
| 4.17 | 17/04/09 | The Mother Lode | Michael dan Sara lolos dari usaha pembunuhan diluar sebuah restoran. Akan tetapi ketika nunut naik mobil kontainer menuju Miami mereka ketahuan dan terjebak didalam kontainer oleh orang company. Sementara Linc bertemu dengan ibunya. |
| 4.18 | 24/04/09 | VS | VS adalah sebuah kode terakhir yang ditemukan Michael dan Sara, hal itu merujuk inisial sebuah nama yang juga diburu oleh tim Lincoln. Dan mereka semua bertemu dibandara tempat inisial VS mendarat. |
| 4.19 | 01/05/09 | S.O.B. | Company menyandera VS dan Michael serta Sara menyandera Christina. Michael belum tahu Sara positif hamil. Christina memberi tahu Michael bahwa Borrow tidak akan mendapat apa yang berarti bahwa Borrow masuk perangkap Christina. |
| 4.20 | 08/05/09 | Cowboys and Indians | Michael dan Burrow terjebak di dalam hotel. Mereka hampir mengelabui polisi tetapi orang suruhan Company telah datang menjemput. Michael, Burrow, dan Mahone berhasil mengambil scylla, tetapi Burrow tertangkap pihak Christina, sementara Sara disandera pihak Company. |
| 4.21 | 15/05/09 | Rates of Exchange | Mahone menemui Christina dan membantu Burrow melarikan diri, disisi lain Michael menolong Sara setelah melumpuhkan T-Bag, hanya saja luka Burrow bertambah parah setelah ditembak Christina. Kejutan muncul di episode ini, Sucre bertemu dengan C-Note. |
| 4.22 | 15/05/09 | Killing Your Number | Akhir dari kisah Scofield. Christina tewas, Jendral Krantz dihukum mati, T-Bag kembali ke Fox River, Don Self lumpuh, Kellermen jadi Presiden. Di akhir cerita, Burrow, Mahone, Sucre, Sara dan Michael jr. bertemu disebuah kuburan. |
| 4.23 |  | The Final Break |  |
| 4.24 |  | The Final Break (2) |  |
Catatan: dua episode terakhir musim keempat (The Final Break) tidak disiarkan, melainkan langsung dimasukkan dalam DVD Prison Break Season 4 yang beredar bulan Juli 2009.