Adipatni Agung Anastasia Nikolaevna dari Rusia
Kuburan Romanov

Pada 1991, tapak pemakaman yang diduga merupakan tempat keluarga kerajaan berikut para pelayannya dikuburkan digali di hutan luar Yekaterinburg. Pemakaman ini sudah ditemukan sejak hampir sedasawarsa yang lalu, tetapi rahasia mengenai pemakaman ini disembunyikan rapat-rapat oleh penemu pemakaman ini dari pihak Komunis yang masih memerintah Rusia pada saat itu. Hanya sembilan dari perkiraan sebelas sisa jenazah yang ditemukan di pemakaman ini. Analisis DNA dan rangka mencocokkan sisa-sisa jenazah ini dengan Tsar Nikolai II, Tsarina Aleksandra, dan tiga dari empat putri mereka yaitu Olga, Tatiana dan bisa jadi Maria. Sisa-sisa jenazah lainnya dengan DNA yang tak berkaitan erat dengan dokter Yevgeny Sergeyevich Botkin, pelayan laki-laki Alexei Trupp, juru masak Ivan Kharitonov, dan pelayan Aleksandra, Anna Demidova. Pakar forensik William R. Maples memutuskan bahwa Tsarevich Aleksei dan jenazah Anastasia hilang dari pemakaman keluarga mereka. Ilmuwan Rusia menentang kesimpulan William dengan menyebut jenazah Maria yang hilang. Ilmuwan Rusia mengidentifikasi jenazah itu seperti Anastasia dengan menggunakan program komputer untuk membandingkan foto adipati wanita muda dengan tengkorak korban dari kuburan massal. Mereka memperkirakan tinggi dan lebar tengkorak tempat serpihan tulang hilang. Ilmuwan Amerika Serikat menemukan metode ini tak tepat.
Ilmuwan Amerika Serikat berpikir jenazah yang hilang adalah Anastasia karena tiada satupun kerangka wanita yang menunjukkan bukti ketidakdewasaannya, seperti tulang selangka yang belum dewasa, gigi bungsu yang tidak menurun, atau tulang punggung yang belum dewasa di punggung; dugaan mereka, bukti-bukti yang dipaparkan menunjukkan bahwa jenazah itu merupakan jenazah gadis yang berusia 17 tahun. Pada 1998, ketika sisa-sisa jenazah keluarga kerajaan akhirnya dimakamkan, sebuah jenazah berukuran sekitar 5'7'' (1,7 m) dikuburkan atas nama Anastasia. Foto yang diambil dari Anastasia yang berdiri bersebelahan dengan ketiga kakaknya sampai enam bulan sebelum pembunuhan menunjukkan bahwa tinggi Anastasia beberapa inci lebih pendek dari semua kakaknya.
Tulisan dari "Catatan Yurovsky" menunjukkan bahwa dua jenazah diangkat dari kuburan utama dan dikremasi di kawasan yang dirahasiakan untuk menyamarkan lebih jauh pemakaman tsar dan pengiringnya, jika jenazah mereka ditemukan oleh Pihak 'Putih', karena penghitungan jenazah tidak akan tepat. Pencarian kawasan selama tahun-tahun berikutnya gagal mengungkap tempat kremasi atau yang tersisa dari dua anak keluarga Romanov yang hilang.
Namun, pada 23 Agustus 2007, seorang arkeolog Rusia mengumumkan penemuan dua bagian tengkorak tak utuh yang terbakar di api unggun dekat Yekaterinburg yang tampaknya cocok dengan tapak yang dideskripsikan dalam memoar Yurovsky. Para arkeolog mengatakan tengkorak itu berasal dari seorang anak laki-laki yang berusia antara sepuluh sampai tiga belas tahun pada saat kematiannya dan seorang wanita muda yang berusia antara delapan belas sampai dua puluh tiga tahun. Anastasia berusia tujuh belas tahun dan satu bulan pada saat pembunuhan itu, sementara saudara perempuannya Maria berusia sembilan belas tahun satu bulan dan adiknya Aleksei yang hampir saja merayakan ulang tahunnya ke-14 tahun pada dua minggu selepas kematiannya. Kakak Anastasia, Olga dan Tatiana, masing-masing berusia dua puluh dua dan dua puluh satu tahun pada saat pembunuhan itu. Bersamaan dengan sisa-sisa dari dua jenazah itu, arkeolog menemukan pecahan wadah asam sulfat, kuku, keping logam dari kotak kayu, dan peluru dari pelbagai kaliber. Tapak ini awalnya ditemukan dengan pendeteksi logam dan dengan menggunakan batang logam sebagai kuar.
Uji DNA oleh beberapa laboratorium internasional seperti Laboratorium Identifikasi DNA Angkatan Bersenjata Amerika Serikat dan Universitas Medika Innsbruck mengonfirmasi bahwa sisa-sisa jenazah itu milik Tsarevich Aleksei dan salah satu adiknya, dibuktikan secara meyakinkan bahwa seluruh anggota keluarga kerajaan, termasuk Anastasia, tewas pada 1918. Orang tua dan kelima anaknya kini dicatat di data resmi, dan masing-masing memiliki profil DNA unik. Namun, seperti yang dilaporkan dalam satu kajian:
Perlu disebutkan bahwa debat yang dipublikasikan dengan baik ketika anak perempuan, Maria (menurut pakar Rusia) atau Anastasia (menurut pakar Amerika Serikat), telah ditemukan dari kuburan kedua yang tidak bisa diselesaikan berdasarkan hasil DNA yang dilaporkan di sini. Dengan tidak adanya rujukan DNA dari setiap anak perempuan, kami hanya bisa mengidentifikasi Aleksei, satu-satunya anak laki-laki dan Aleksandra.