Proyek untuk Abad Baru Amerika
Menyerukan perubahan rezim di Irak

Kristol dan Kagan menganjurkan perubahan rezim di Irak selama krisis pelucutan senjata. Setelah dirasakan, Irak enggan bekerjasama dengan pihak inspeksi senjata PBB. Anggota inti dari PNAC termasuk Richard Perle, Paul Wolfowitz, R. James Woolsey, Elliot Abrams, Donald Rumsfeld, Robert Zoellick, dan John Bolton berada di antara penandatanganan surat terbuka yang diprakarsai oleh PNAC kepada Presiden Bill Clinton yang menyerukan pelengseran Saddam Hussein. Melihat Saddam Hussein sebagai ancaman terhadap Amerika Serikat, sekutu-sekutu Timur Tengahnya, sumber daya minyak di wilayah tersebut, dan menekan potensi bahaya dari Senjata Pemusnah Massal apapun di bawah kendali Irak. Surat tersebut menegaskan bahwa Amerika Serikat tidak bergantung lagi dengan mitranya dalam Perang Teluk untuk terus menegakkan sanksi atau untuk menghukum Saddam ketika ia memblok atau menghindari inspeksi PBB. Menyatakan bahwa kebijakan Amerika Serikat tidak bisa terus lumpuh oleh desakan sesat kebetulan di Dewan Keamanan PBB, penandatanganan surat menegaskan bahwa AS memiliki kewenangan di bawah resolusi PBB yang ada untuk mengambil langkah yang diperlukan, termasuk langkah-langkah militer untuk melindungi kepentingan vital di teluk. Percaya bahwa sanksi PBB terhadap Irak akan menjadi sarana efektif untuk melucuti senjata Irak, anggota PNAC juga menulis surat kepada anggota Partai Republik dari Kongres AS Newt Gingrich dan Trent Lott, mendesak kongres untuk bertindak, dan mendukung Ketetapan Pembebasan Irak atau Iraq Liberation Act tahun 1998 yang Presiden Clinton tandatangani menjadi undang-undang pada bulan Oktober 1998.
Pada bulan Februari 1998, beberapa orang yang sama telah menandatangani surat PNAC pada bulan Januari juga menandatangani surat yang sama kepada Clinton, dari komite bipartisan untuk perdamaian dan keamanan di teluk.
Pada bulan Januari 1999, PNAC mengedarkan memo yang mengkritik pengeboman di Irak pada Desember 1998 dalam Operasi Desert Fox tidak efektif. Memo tersebut mempertanyakan kelangsungan hidup oposisi demokratik Irak, yang AS telah dukung melalui UU tentang Pembebasan Irak, dan menyebut setiap penahanan kebijakan sebagai ilusi.
Tak lama setelah serangan 11 September 2001, PNAC mengirim surat kepada presiden George W. Bush yang menganjurkan upaya untuk menghancurkan kekuasaan Saddam Hussein di Irak atau pergantian rezim. Surat itu menyatakan bahwa apapun strategi yang bertujuan pemberantasan terorisme dan pendukungnya harus menyertakan upaya untuk bertekad menghapus Saddam Hussein dari kekuasaan di Irak, bahkan jika tidak ada bukti muncul yang mengkaitkan Irak dengan serangan 11 September. Surat itu memperingatkan bahwa jika Saddam tetap berkuasa akan menjadi sebuah awal dan mungkin keputusan menyerah terhadap perang melawan terorisme internasional. Dari tahun 2001 hingga invasi ke Irak, PNAC dan banyak anggotanya menyuarakan dukungan aktif untuk aksi militer terhadap Irak dan menegaskan meninggalkan Saddam Hussein tetap berkuasa merupakan bentuk aksi "menyerah pada terorisme".
Beberapa orang telah menanggapi surat PNAC kepada Presiden Clinton pada 16 Januari 1998 tentang desakan penghapusan rezim Saddam Hussein yang berkuasa dan keterlibatan anggota PNAC di pemerintahan Presiden Bush sebagai bukti bahwa PNAC memiliki pengaruh signifikan pada keputusan Presiden Bush untuk menginvasi Irak atau bahkan invasi tersebut merupakan keputusan yang tidak dapat dielakkan. Menulis di Der Spiegel pada tahun 2003, sebagai contoh, Jochen Bölsche secara khusus menunjuk PNAC ketika ia mengklaim bahwa "wadah pemikiran ultra-sayap kanan AS" telah menyusun rencana untuk era dominasi global Amerika, untuk pengebirian PBB, dan perang agresif melawan Irak di "tengah hari bolong" sejak tahun 1998. Demikian pula jurnalis BBC Paul Reynolds, menggambarkan kegiatan dan tujuan PNAC adalah sebagai kunci untuk memahami kebijakan luar negeri pemerintahan George W. Bush setelah peristiwa 11 September 2001, hal ini menunjukkan bahwa strategi dominan kebijakan luar negeri Bush setidaknya sebagian terinspirasi oleh ide-ide PNAC.
Beberapa ilmuwan politik, sejarawan, dan akademisi lainnya telah kritis terhadap banyaknya klaim ini. Donald E. Abelson telah menuliskan bahwa para sarjana belajar kekuasaan PNAC di arena politik tidak mungkin mengabaikan fakta bahwa beberapa penandatanganan Pernyataan Prinsip PNAC memperoleh posisi tinggi di pemerintahan Presiden Bush tapi bahwa mengakui fakta ini adalah jauh dari klaim bahwa lembaga adalah arsitek dan kebijakan luar negeri Bush.