Inkuisisi
Inkuisisi pada permulaan Zaman Modern > Inkuisisi Spanyol

Artikel utama: Inkuisisi Spanyol dan Tomás de Torquemada
Pada Abad Pertengahan, baik wilayah Portugal maupun wilayah Spanyol terdiri atas daerah-daerah berkebhinekaan budaya dengan pengaruh Islam dan Yahudi yang direbut kembali dari daulat Islam. Pemerintah Kristen yang baru terbentuk di daerah-daerah tersebut maklum bahwa mustahil seluruh rakyatnya akan mendadak menjadi pemeluk dan untuk seterusnya tetap memeluk agama Kristen Katolik yang ortodoks. Oleh karena itu Inkuisisi yang dibentuk di Jazirah Iberia, yakni di negeri-negeri Reconquista seperti León, Kastila, dan Aragon, memiliki dasar sosial-politik yang khusus serta motif-motif religius yang lebih fundamendal.
Menjelang akhir abad ke-14, timbul gelombang kerusuhan anti-Yahudi di beberapa daerah di Spanyol, dipicu khotbah Ferrand Martinez, Diakon Agung Écija. Dalam kerusuhan anti-Yahudi pada bulan Juni 1391 di Sevilla, ratusan warga Yahudi tewas terbunuh, dan sinagoga di kota itu diluluhlantakkan. Jumlah korban yang tewas terbunuh juga tinggi di kota-kota lain, misalnya di Kórdoba, Valencia, dan Barcelona.
Salah satu konsekuensi dari kerusuhan-kerusuhan anti-Yahudi tersebut adalah konversi masal ribuan warga Yahudi yang selamat. Baptis paksa bertentangan dengan hukum Gereja Katolik, dan pada teorinya siapa pun yang sudah dibaptis secara paksa dibenarkan oleh hukum untuk kembali memeluk agama Yahudi. Meskipun demikian, teori ini ditafsirkan secara sangat sempit. Definisi-definisi hukum pada masa itu secara teoritis mengakui bahwa baptis paksa bukanlah sakramen yang sahih, tetapi membatasi maknanya menjadi "tindakan membaptis dengan menggunakan paksaan secara fisik". Orang yang bersedia dibaptis karena terancam mati atau terluka serius tetap dianggap sebagai orang yang masuk Kristen secara sukarela, dan dengan demikian tidak dibenarkan untuk kembali memeluk agama Yahudi. Seusai kerusuhan, banyak warga Yahudi yang terpaksa masuk Kristen "merasa lebih aman untuk tetap memeluk agama barunya". Oleh karena itu, selepas tahun 1391, muncul kelompok masyarakat baru yang disebut orang Konverso atau orang Kristen baru.
Pasangan Raja Aragon dan Ratu Kastila, Fernando II dan Isabel I, membentuk Inkuisisi Spanyol pada tahun 1478. Berbeda dari inkuisisi-inkuisisi sebelumnya, Inkuisisi Spanyol sepenuhnya berkiprah di bawah payung kewenangan kepala negara, sekalipun para pegawainya adalah rohaniwan dan anggota-anggota tarekat religius, serta lepas dari kewenangan Takhta Suci. Inkuisis Spanyol beroperasi di Spanyol dan seluruh jajahannya, yang meliputi Kepulauan Canaria, Kerajaan Napoli, serta semua daerah kekuasaan bangsa Spanyol di Amerika Utara, Amerika Tengah, dan Amerika Selatan. Fokus utama Inkuisisi Spanyol adalah orang-orang Kristen baru yang sebelumnya memeluk agama Islam (orang Morisko, orang Konverso dan orang Moro terselubung) maupun agama Yahudi (orang Konverso, orang Yahudi kripto, dan orang Marano) dan bertahan tinggal di Spanyol sesudah tumbangnya daulat Islam. Kedua kelompok masyarakat ini dicurigai masih menjalankan syariat agama lamanya atau sudah kembali memeluk agama lamanya.
Pada tahun 1492, semua orang Yahudi yang tidak masuk Kristen diusir keluar dari Spanyol. Orang-orang Yahudi yang memilih masuk Kristen menjadi umat Katolik nominal saja sehingga perlu diawasi Inkuisisi.