Stasiun Kebayoran
Insiden

Pada 19 Oktober 1987, terjadi sebuah peristiwa luar biasa hebat (PLH) tabrakan kereta api antara rangkaian KA lokal bernomor 225 relasi Rangkasbitung-Jakarta Kota yang ditarik oleh lokomotif BB306 16 dengan rangkaian KA Patas bernomor 220 relasi Tanah Abang-Merak yang ditarik oleh lokomotif BB303 16 di daerah Pondok Betung, Bintaro, peristiwa ini pun dikenal sebagai Tragedi Bintaro. Peristiwa tabrakan yang menewaskan lebih dari 100 korban jiwa ini terjadi pada petak jalan antara Stasiun Kebayoran dan Stasiun Sudimara. Umriadi, PPKA Stasiun Kebayoran yang kala itu berdinas dan memberangkatkan KA 220 ikut dinyatakan bersalah, serta dihukum 10 bulan penjara. Rangkaian yang tersisa dari KA 220 dan masih memungkinkan untuk berjalan pun ditarik mundur dari lokasi kejadian, dan sempat diparkir selama beberapa waktu di emplasemen Stasiun Kebayoran dalam keadaan ditutupi terpal pada bagian kereta yang telah remuk.
Pada 12 November 1988, tepat 1 tahun lewat 24 hari setelah peristiwa Tragedi Bintaro, terjadi sebuah tabrakan antara rangkaian KA penumpang bernomor 800 relasi Tanah Abang-Parung Panjang yang ditarik oleh lokomotif BB303 15 dengan rangkaian KA batu bara bernomor 1031 relasi Cigading-Bekasi yang ditarik oleh lokomotif BB304 25, tidak ada korban jiwa dalam peristiwa ini. Tabrakan ini terjadi pada hari Kamis pukul 04.00 dinihari, yang berlokasi sekitar 20 meter (ke arah Palmerah) dari perlintasan KA Jalan Kramat, yang merupakan perlintasan KA Stasiun Kebayoran. Perlintasan KA Jalan Kramat pun tertutup dan tidak bisa dilewati oleh kendaraan karena terhalang oleh rangkaian gerbong batu bara dari KA 1031. Jalan-jalan yang ada di sekitar area Kebayoran Lama menjadi macet, karena kendaraan maupun angkutan umum yang menuju ke arah Blok M dialihkan melalui Jalan Kebayoran Lama. Akibat kejadian ini, lokomotif BB303 15 sebagai penarik KA 800 pun rusak berat, cowhangernya menunjam ke bawah serta dinding bodynya remuk. Kedua unit kereta penumpang paling depan dari KA 800 pun juga rusak berat dan 2 as roda pada kereta penumpang pertama anjlok. Sedangkan, lokomotif BB304 25 sebagai penarik KA 1031 hanya mengalami kerusakan ringan saja.
Pada 3 Maret 2006, kereta ke-4 dengan nomor K3 81 1 02 (eks KRD MCW 302) dari rangkaian KA penumpang relasi Rangkasbitung-Jakarta Kota yang ditarik oleh lokomotif BB304 18 mengalami patah pada atap dan porosnya tepat saat akan memasuki emplasemen Stasiun Kebayoran, hal ini terjadi karena rangka kereta yang lemah serta tidak kuat menopang kapasitas penumpang yang melebihi batas kemampuannya, peristiwa ini terjadi pada pukul 06.30. Kereta sudah mengalami goncangan sejak berangkat dari Stasiun Pondok Ranji, namun kereta tetap berjalan dengan kecepatan tinggi. Sekitar 300 meter setelah melewati perlintasan KA Jalan Kebayoran Lama, kereta pun mulai bergoncang dengan keras dan tiba-tiba patah. Akibat kejadian ini, 20 orang mengalami luka-luka.
Pada 26 Juni 2008, rangkaian KA batu bara bernomor PLB 8601 relasi Cigading-Bekasi yang ditarik oleh lokomotif BB304 22 mengalami anjlok pada wesel di emplasemen Stasiun Kebayoran (dari arah Stasiun Pondok Ranji), peristiwa ini terjadi pada pukul 04.43 dinihari. Pengatur Perjalanan Kereta Api (PPKA) Stasiun Kebayoran sudah mengetahui bahwa terjadi gangguan atau error pada mesin wesel, dengan tanda berkedipnya lampu wesel pada meja layanan PPKA, ia pun tidak bisa memberikan sinyal hijau kepada PLB 8601 untuk melintas. PPKA mengecek langsung kondisi wesel, dan memastikan wesel sudah berada dalam posisi rapat menuju ke jalur 2. Ia pun mengganjal posisi lidah wesel yang terbuka dengan batu, dengan tujuan agar posisi wesel yang sudah benar tersebut tidak akan berubah lagi saat dilewati oleh rangkaian KA. Setelah kembali ke ruangannya, ia melihat lampu wesel pada meja layanan PPKA masih berkedip. Dikarenakan yakin bahwa posisi wesel tersebut sudah mengarah ke jalur 2 dengan benar, PPKA Stasiun Kebayoran pun menghubungi Pusat Kendali (PK) agar PLB 8601 diperbolehkan melintasi emplasemen Stasiun Kebayoran dengan perlahan. Saat melintasi wesel dengan kecepatan 15 km/jam, 4 as roda lokomotif BB304 22 yang menghela PLB 8601 pun akhirnya anjlok, karena menumbur ujung lidah wesel yang posisinya tidak rapat.
Ilustrasi emplasemen Stasiun Kebayoran lawas buku Ikhtisar Lintas Jawa PJKA, dengan keterangan jalur 1 dan 2 sepanjang 320 meter, jalur 3 sepanjang 213 meter, dan jalur 4 sepanjang 182 meter.