Pertempuran Jamal
Persiapan

Ibnu Abbas, yang merupakan sepupu dari Ali, memperingatkannya bahwa Umayyah (klan-nya Utsman) akan mencari Ali dan meminta pertanggung jawaban atas pembunuhan Utsman. Muawiyah (sepupu Utsman) sudah dipercayakan untuk menjadi Gubernur Suriah semenjak masa pemerintahan Umar. Ali pun menyuruh Ibnu Abbas ke Suriah, karena Ali telah berkeputusan menjadikannya sebagai gubernur di sana. Namun, Ibnu Abbas menganggap itu bukanlah langkah yang cerdas, karena dirinya pasti akan dibunuh atau paling tidak dijebloskan ke penjara oleh Muawiyah karena selain merebut jabatannya juga karena memiliki asosiasi dengan si pembunuh Utsman. Ali pun diberi nasihat oleh ibnu Abbas dan al-Mughirah untuk mempertahankan terlebih dahulu Muawiyah karena Muawiyah adalah orang yang berani dan rakyatnya mendengar apa katanya, namun Ali menolak dan berkata bahwa dirinya tidak akan memberikan Muawiyah apapun selain pedangnya.
Ketika Ali sedang sibuk meyakinkan orang-orang Madinah untuk berperang bersamanya untuk melawan Muawiyah, datanglah berita bahwa Aisyah, Thalhah dan Zubair bersama orang-orang Makkah sedang mengumpulkan pasukan untuk menghadapinya. Upaya perang mereka didanai oleh orang-orang kaya Makkah, seperti Umayyah Yala bin Munya, mantan gubernur Utsman yang tidak puas. Terdapat suatu riwayat bahwa ketika dalam perjalanannya, Aisyah mengaku mendengar gonggongan anjing, ia pun menanyakan pada mata air apa saat itu mereka berada. Salah satu orang menjawab al-Hawab. Aisyah pun berbalik dan berkata kalau dirinya pernah mendengar Muhammad bersabda, "Akan datang hari di mana anjing-anjing Hawab akan menggonggong salah seorang di antara kalian, dan pada hari itu dia sedang berada dalam kesesatan yang nyata.” Namun demikian, Zubair pun berkata, kalau, "Siapapun yang berkata kalau tempat ini bernama Hawab dia telah berbohong." Riwayat ini cukup kontradiktif dengan riwayat-riwayat dalam Shahih Muslim di mana Muhammad pernah memerintahkan pembantaian terhadap anjing karena malaikat Jibril berkata kepadanya bahwa malaikat tidak masuk rumah yang ada anjingnya, dan tidak pula menemani para pejalan yang bersamanya terdapat anjing. Telah tercatat pula adanya perselisihan internal antara Thalhah dan Zubair yang berebut dominasi, misalnya, dalam memimpin shalat.
Setibanya di Basra, para pemberontak menemukan bahwa orang-orang Basra, meskipun terpecah belah, secara general mereka loyal kepada Ali, yang sebelumnya telah memecat gubernur korupnya Utsman. Setelah pertarungan sengit yang menimbulkan banyak korban jiwa, kedua belah pihak menyetujui gencatan senjata hingga Ali datang, dan pasukan pemberontak pun berkemah di luar Basra. Menunggu Ali jelas tidak menguntungkan bagi para pemberontak yang kemudian menyerbu kota itu pada malam hari, menewaskan puluhan orang dan akhirnya menguasai Basra. Gubernur Basra pun disiksa dan kemudian dipenjara.
Setelah berita tersebut sampai kepada Ali, ia pun bersegera meninggalkan Madinah menuju Basra bersama pasukan kecil. Ali juga mengirim anaknya, yakni Hasan, untuk mengumpulkan dukungan dari orang-orang Kufah, yang bertemu dengannya di luar Basra. Kedua pasukan, masing-masing dengan sekitar puluhan ribu pasukan, berkemah di depan satu sama lain. Sebuah tenda ditegakkan di tengahnya untuk Ali, Thalhah dan Zubair bernegosiasi selama tiga hari. Meskipun detailnya tidak pasti, namun beberapa sumber mengklaim bahwa Ali mengingatkan Zubair tentang insiden ketika mereka masih kecil di mana Muhammad memprediksi bahwa Zubair pada suatu saat akan secara tidak adil memerangi Ali.
Menurut Madelung, di saat negosiasi tersebut, kubu Aisyah meminta Ali turun dari jabatannya dan agar dibentuknya sebuah dewan syura untuk memilih penerusnya, kemungkinannya antara Thalhah atau Zubair. Sebagai respons atas tuduhan mengenai Utsman, Ali mengingatkan Thalhah dan Zubair akan usahanya dulu dalam menyelematkan Utsman dan bagaimana Thalhah dan Aisyah yang pada awalnya justru menghasut kekerasan terhadap Utsman. Upaya Ali yang meminta supaya orang-orang agar menahan diri dan peran utama Thalhah dan Aisyah dalam menentang Utsman tercatat dengan baik.
Negosiasi yang dilakukan gagal setelah tiga hari dan kedua belah pihak bersiap untuk berperang. Menurut Madelung, cerita populer tentang suksesnya negosiasi tersebut adalah murni hanyalah fiksi. Cerita ini mengklaim bahwa pembunuh Utsman mensabostasi negosiasi tersebut dan memprovokasi timbulnya perang.