The Suite Life Movie
Plot

Setelah membuat rencana untuk menghabiskan liburan musim semi dengan pacarnya Bailey Pickett (Debby Ryan), Cody Martin (Cole Sprouse) memutuskan untuk meninggalkan SS Tipton, sebuah kapal pesiar besar tempat ia bersekolah, untuk bekerja sebagai pekerja magang untuk Dr. Donald Spaulding (John Ducey) di sebuah firma penelitian bergengsi. Ia melakukannya dengan harapan memperoleh beasiswa ke Universitas Yale. Ketika saudara kembar Cody, Zack (Dylan Sprouse) mengungkapkan rencana Cody kepada Bailey sebelum Cody sempat, Bailey menjadi marah karena Cody membatalkan rencananya dengannya dan menolak untuk berbicara dengannya. Sementara itu, Zack meminta mobil Cody, yang akan diberikan orang tua mereka kepada Cody saat ia kuliah, tetapi Cody menolak.
Namun, setelah Zack menabrakkan kapal selam seharga satu miliar dolar ke tanggul laut untuk mengesankan asisten sains yang ia sukai, dan Cody melakukan hal yang sama saat mencoba menghentikannya, peralatan itu hilang. Cody dikeluarkan dari program dan dipecat. Marah, Cody tidak mengakui Zack sebagai saudaranya dan bersumpah tidak akan pernah memaafkannya, dengan mengatakan bahwa mereka mungkin kembar, tetapi mereka jelas bukan saudara. Di tempat lain, London Tipton (Brenda Song) secara tidak sengaja memakan buah yang diberikan kepada lumba-lumba yang memungkinkannya untuk memahami mereka.
Zack & Cody mengetahui bahwa meskipun Cody tidak akan lagi memenuhi syarat untuk bekerja sebagai pekerja magang Dr. Spaulding, kedua anak laki-laki itu cocok untuk Proyek Gemini, sebuah proyek besar oleh Dr. Ronald Olsen (Matthew Glave), yang mempelajari hubungan fisik dan emosional antara saudara kembar. Meskipun membutuhkan banyak pemikiran, kedua bersaudara itu setuju dan menemukan diri mereka di sebuah kamp dengan ratusan saudara kembar lainnya. Dr. Olsen menjelaskan tujuan dari proyek tersebut adalah untuk menciptakan ikatan emosional antara orang-orang dengan harapan untuk mengakhiri kejahatan di dunia. Menurut Dr. Olsen untuk mencapai ini, ia harus membentuk ikatan antara saudara kembar. Selama proyek tersebut, yang menggunakan buah yang sama dengan eksperimen Dr. Spaulding, Zack dan Cody membentuk ikatan: pertama ikatan fisik, di mana mereka dapat merasakan apa yang dirasakan yang lain, kemudian empati, atau ikatan emosional. Selama periode ini, Zack dan Cody menyadari mengapa yang lain membutuhkan apa yang dibutuhkannya (Cody membutuhkan beasiswa agar bisa bersama Bailey di Yale, dan Zack membutuhkan mobil untuk membantunya menemukan "panggilannya" lebih cepat, karena fakta bahwa ia masih belum tahu apa yang harus dilakukan dalam hidupnya). Setelah mereka berpelukan, mereka mendengar percakapan yang mengungkapkan bahwa Dr. Olsen memiliki niat jahat. Sementara itu, Bailey menemukan surat Cody dan membacanya. Bailey menyadari bahwa Cody hanya ingin mendapatkan beasiswa ke Yale dan ia pergi bersama London dan Woody (Matthew Timmons) untuk mencari Cody dan Zack.
Di institut tersebut, London mengetahui dari seekor lumba-lumba bahwa Zack dan Cody berada di Proyek Gemini dan memberi tahu Dr. Spaulding yang mengklaim bahwa si kembar mungkin dalam bahaya, sementara Bailey memanggil manajer SS Tipton, Tuan Moseby (Phill Lewis), ke lokasi Proyek Gemini, sementara mereka semua pergi untuk menyelamatkan Zack dan Cody. Selama waktu ini, saudara-saudara tersebut mencoba melarikan diri dari pulau dan pasukan si kembar, yang sekarang dikendalikan pikirannya untuk mengejar keduanya. Pasukan tersebut berhasil, karena Zack dan Cody ditangkap dan dibawa kembali ke laboratorium, tempat Bailey, London, Woody dan Dr. Spaulding menemukan mereka. Dr. Olsen mengungkapkan bahwa dia adalah saudara kembar jahat Dr. Spaulding dan menjelaskan bahwa dia memata-matai Zack dan Cody sebelumnya.
Setelah saling mencaci, Zack dan Cody mulai bergabung, tetapi penggabungan itu tidak berhasil karena si kembar terlibat pertengkaran yang meningkat menjadi perkelahian, yang akhirnya menghancurkan Proyek Gemini dan membebaskan semua si kembar lainnya dari kendali Ronald. Ronald mencoba menyalakan ulang mesin itu, tetapi ia dihentikan oleh Cody yang dengan cepat menyusun rencana. Ia dan Zack memberikan buah istimewa itu kepada si kembar Spaulding, yang akhirnya saling memahami dengan secara telepati menyadari bahwa mereka ingin menjadi seperti satu sama lain selama ini. Tuan Moseby tiba bersama polisi yang menangkap Ronald. Zack dan Cody sekarang mengerti bahwa mereka adalah "tim yang cukup bagus."
Setelah itu, Cody dan Bailey berbaikan dan mengunjungi tempat-tempat bersejarah bersama-sama dan Zack mengendarai mobilnya, yang akhirnya diizinkan Cody. Di dermaga, Zack memarkir mobilnya di area pengiriman dan melihat teman-teman dan saudaranya di SS Tipton. Sayangnya, mobilnya tertimpa peti pengiriman berisi pakaian musim panas London. Sementara Zack menatap dengan kaget, film berakhir dengan Tuan Moseby berkata, "Yah, liburan musim semi sudah berakhir. Sekarang, bagaimana kalau aku bisa ikut liburan musim panas saja."