Naruto Shippuden
Alur Cerita > Pemberontakan Sasuke > Tujuan Utama

Naruto dan rekan-rekan kemudian melanjutkan pencarian, dengan mengandalkan Kagebunshin Naruto. Tanpa disangka-sangka salah satu Kagebunshin itu menemukan Sasuke meskipun langsung dihancurkan Sasuke dengan Chidori. Naruto yang menerima berita itu lewat pengalaman yang didapatkan kagebunshin kemudian meminta Hinata melacak Sasuke dan tim segera melakukan pengejaran.
Namun di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh Tobi. Naruto yang merasa diganggu langsung menyerang dengan Rasengan, tetapi Tobi tidak terlihat mengalami cedera sedikitpun, bahkan seperti tidak pernah terkena sesuatu.
Sementara Sasuke yang menemukan Itachi langsung memulai pertarungan dengan saling serang lewat genjutsu melawan Itachi. Di tengah pertarungan Itachi bercerita tentang seorang pemilik Mangekyou Sharingan, yaitu Madara Uchiha, yang ternyata guru dari Itachi. Itachi juga mengatakan bahwa pada malam pembantaian klan Uchiha, dia juga dibantu oleh Madara Uchiha. Itachi menceritakan bahwa Madara Uchiha telah mempunyai kekuatan Mangekyou Sharingan yang abadi (Eternal Mangekyou Sharingan) setelah mengambil Mangekyou Sharingkan adiknya sendiri. Itachi pun memberitahukan kepada Sasuke bahwa ia ingin mengambil bola mata Sasuke untuk menyempurnakan Mangekyou Sharingannya.
Mereka pun bertarung dengan disaksikan Zetsu. Itachi langsung mendesak Sasuke dengan jurus Tsukoyomi dengan ilusi mata Sasuke diambil Itachi. Namun di luar dugaan, Sasuke berhasil mematahkan Tsukuyomi. Itachi juga terluka karena efek Tsukuyomi yang membuat mata kirinya mengeluarkan darah dan penglihatannya mulai kabur.
Sasuke pun memanfaatkannya dengan mengeluarkan perangkap shuriken dan kaki Itachi terluka. Sasuke dan Itachi pun mengeluarkan jurus Goukakyuu no Jutsu. Itachi yang terdesak mengeluarkan jurus kedua, Amaterasu, api hitam yang langsung membakar hutan di sekitarnya dan berhasil membakar sayap joutai 2 Sasuke, tetapi Sasuke berhasil meloloskan diri dengan jurus Kawarimi no Jutsu milik Orochimaru yang menghabiskan chakranya.
Dia menjebak Itachi dengan jurus naga langit yang memanaskan udara. Hujan turun dan petir menyambar-nyambar. Sasuke memanfaatkan kekuatan alam dengan jurus Kirin tetapi Itachi berhasil selamat dengan jurus Susano'o.
Orochimaru keluar dari segel gaib Sasuke dengan wujud Yamata no Orochi dengan pedang Kusanagi. Tapi dia dikalahkan dengan pedang Totsuka yang tersembunyi dalam jurus Susano'o dan mengirim Orochimaru dan seluruh joutai Sasuke ke dalam genjutsu mimpi. Sasuke mencoba menyerang Itachi namun gagal karena Itachi masih terlindungi dengan Susano'o.
Itachi mendekati Sasuke. Sasuke mengira Itachi mau mengambil mata Sasuke, tetapi Itachi menyentuh dahi Sasuke seperti yang sering dilakukannya saat kecil dulu. Itachi roboh dan tewas. Kelelahan, Sasuke pun roboh di sebelahnya.
Di lain tempat, Tobi sedang bertarung dengan kelompok tujuh dan delapan. Shino mengambil alih penyerangan terhadap Tobi. Tobi dikerumuni dengan ribuan serangga, tetapi setelah beberapa saat ia menghilang tanpa jejak. Lalu Hinata menemukannya di atas ranting pohon dengan Byakugan.
Saat mereka masih berpikir tentang sosok Tobi yang dapat menggunakan space travel time jutsu, muncul Zetsu yang memberitahukan pada Tobi bahwa pertandingan antara Sasuke dan Itachi telah selesai dan pemenangnya adalah Sasuke. Naruto dan kawan-kawan terkejut mendengar hal tersebut. Kakashi melihat ke arah Tobi, dan ia melihat Sharingan di lubang topeng Tobi. Tobi dan Zetsu seketika pergi dan menghilang. Naruto dan kawan-kawan segera menuju ke tempat pertarungan Sasuke dan Itachi dengan kecepatan penuh. Di tengah perjalanan mereka menghadapi rintangan api hitam Amaterasu, Yamato membelah Amaterasu untuk dilalui. Namun setelah sampai, mereka telah terlambat karena Sasuke dan Itachi telah dibawa oleh Zetsu dan Tobi.