Penaklukan Mesir oleh Fatimiyah
Konsolidasi pemerintahan Fatimiyah > Jauhar sebagai wakil raja Mesir > Pengamanan provinsi dan invasi Qaramithah

Pada awal November/Desember 969 M, Jauhar mengirim pasukan di bawah mantan komandan Ikhsyidiyah, Ali bin Muhammad al-Khazin, untuk memerangi perampokan di Mesir Hulu. Di Delta, situasinya lebih tidak stabil. Medan berawa dan perpecahan sosial dan agama yang kompleks di masyarakat setempat merupakan hal yang asing bagi Kutama, sehingga Jauhar yang awalnya mempercayakan operasi tersebut juga kepada mantan perwira Ikhsyidiyah, Muzahim bin Ra'iq, yang bersama anak buahnya telah tunduk kepada Fatimiyah, mengubahnya menjadi gubernur Farama, dan mantan komandan Ikhsyidiyah yang bernama Tibr juga dikirim melawan Tinnis, yang saat itu pemberontakan melawan pajak yang besar telah pecah. Namun tak lama kemudian, Tibr bergabung dengan pemberontak dan menjadi pemimpin mereka, mendorong penduduk setempat untuk menolak pembayaran pajak mereka. Setelah bujukan yang murah hati gagal membuatnya kembali ke kelompoknya, Jauhar mengirim pasukan lain untuk melawan Tinnis. Tibr melarikan diri ke Suriah, tetapi ditangkap dan dieksekusi oleh Fatimiyah.
Pada bulan September 971 M, Jauhar harus menghadapi orang-orang Qaramithah yang menginvasi Mesir.  Namun, alih-alih maju langsung ke Fustat, pasukan Qaramithah berbelok ke Delta timur. Pendekatan mereka mengobarkan kembali pemberontakan di Tinnis dan seluruh wilayah lainnya. Tentara Fatimiyah sempat merebut kembali Farama, tetapi dalam menghadapi pemberontakan mereka harus mundur ke Fustat, dengan Qarmatians mengejarnya. Namun demikian, hal ini menunda serangan Qaramithah di Fustat selama dua bulan, dan memberi Jauhar waktu untuk mempersiapkan garis benteng dan parit di Ayn Shams, sebelah utara ibu kota, yang membentang sepanjang 10 kilometer (6 mi) dari Sungai Nil hingga perbukitan Muqattam. Jenderal Fatimiyah memanggil hampir seluruh penduduk laki-laki Fustat untuk mengangkat senjata, dan dalam dua pertempuran sengit pada tanggal 22 dan 24 Desember 971 M, meskipun menderita kerugian besar, berhasil mengalahkan lawan-lawannya. Kaum Qaramithah pecah dan mundur kembali ke Palestina, banyak yang terbunuh selama retret mereka demi mendapatkan hadiah yang diberikan Jauhar. Dua hari setelah pertempuran, bala bantuan tiba dari Ifriqiya di bawah pimpinan al-Hasan bin Ammar, mengamankan cengkeraman Fatimiyah atas negara tersebut.
Invasi Qaramithah tidak hanya memberikan semangat baru pada pemberontakan di Tinnis dan Delta, tetapi juga menyebabkan peningkatan aktivitas anti-Fatimiyah secara umum. Di Mesir Hulu, pemimpin Kilabi Abdul Aziz bin Ibrahim, yang sebelumnya merupakan sekutunya, kini memberontak atas nama khalifah Abbasiyah. Sebuah ekspedisi di bawah komandan Nubia, Bisyarah dikirim untuk melawannya dan dia ditangkap dan dibawa ke Kairo dalam penjara pada awal tahun 973 M.
Pemberontakan di Delta berlanjut selama beberapa tahun, terutama karena Jauhar tidak dapat menyisihkan sumber daya yang diperlukan untuk menghadapinya. Baru pada musim panas tahun 972 M pasukan di bawah pimpinan Ibnu Ammar memulai kampanye penindasan yang brutal. Qaramithah mengirimkan armada untuk membantu Tinnis, tetapi pada bulan September/Oktober 972 tujuh kapal Qarmatian dan 500 awak ditangkap oleh pasukan Fatimiyah. Al-Maqrizi mengemukakan hal ini setahun kemudian, pada bulan Juni/Juli 973, jadi mungkin terdapat dua ekspedisi angkatan laut Qaramithah melawan Tinnis, yang sesuai dengan klaim Ibnu Zulaq bahwa al-Mu'izz mencetak dua kemenangan angkatan laut melawan mereka. Tinnis akhirnya menyerah membayar satu juta dirham perak sebagai tebusan untuk menghindari pembalasan.