Isabeau dari Bayern-Ingolstadt
Penyakit Charles

Charles terjangkit suatu penyakit yang menjadikannya menderita mental seluruh hidupnya pada tahun 1392 ketika pada suatu hari yang panas di bulan Agustus di luar Le Mans, ia menyerang kesatria-kesatria istananya, termasuk saudaranya Orléans dan membunuh empat orang, dan setelah itu ia jatuh koma yang berlangsung selama empat hari. Beberapa percaya bahwa ia akan sembuh; beberapa pamandanya, adipati-adipati Bourgogne dan Jean, mengambil kesempatan pada saat Raja sakit dan merebut kekuasaan dengan mendirikan kabupaten dan membubarkan Majelis Marmouset. Onset mental Raja yang mendadak itu dipandang oleh sebagian orang sebagai tanda kemarahan dan hukuman Tuhan dan oleh yang lain sebagai hasil dari guna-guna; sejarawan modern berspekulasi bahwa ia mungkin telah menderita penyakit paranoid schizophrenia sejak lama. Raja yang koma itu kembali ke Le Mans, di mana Guillaume de Harsigny seorang dokter yang berusia sembilan puluh dua tahun yang terkenal paling pintar dipanggil untuk menyembuhkannya. Setelah Charles sadar dan demamnya mereda, ia kemudian kembali ke Paris pada bulan September.
Dokternya merekomendasikan sebuah program hiburan, dengan anggota keluarga istana yang menyarankan Charles untuk mengejutkan Isabeau dan para wanita lainnya sebagai sekelompok orang yang menyamar seperti orang asing yang menyerang ruangan pesta untuk merayakan pernikahan pelayan Isabeau, Catherine de Fastaverin. Charles hampir tewas terbunuh dan empat penari tewas terbakar oleh percikan api dari obor yang dibawa oleh Orléans yang menyulut kostum yang mudah terbakar dari salah satu penari. Peristiwa naas tersebut dikenal sebagai Bal des Ardents. Hal ini merusak kepercayaan di dalam pemerintahan Charles; warga Paris menganggap hal tersebut sebagai bukti dekadensi dan ancaman pemberontakan terhadap anggota kaum bangsawan yang lebih kuat. Kemarahan publik memaksa Raja dan Orléans, yang oleh seorang penulis sejarah kontemporer dianggap terkena guna-guna dan penebusan dosa atas kejadian tersebut.
Pada bulan Juni berikutnya, Charles terserang penyakit yang sama untuk yang kedua kalinya dan kali ini berlangsung lebih lama, yang membuatnya inaktif selama sekitar enam bulan, dan pengaturan polan yang akan bertahan selama tiga dekade berikutnya karena kondisinya yang memburuk dan penyakitnya berlanjut menyerang mentalnya. Froissart menjelaskan serangan penyakit Raja begitu parah sehingga ia "jauh menyimpang dari jalannya; tidak ada obat yang dapat menyembuhkannya", meskipun ia telah pulih dari serangan pertama penyakitnya dalam waktu beberapa bulan. Selama 20 tahun pertama penyakit yang dideritanya tidak begitu parah dan ia masih dapat terus memerintah. Beberapa saran dianjurkan untuk menggantikannya dengan seorang wakil pemimpin, meskipun adanya ketidakpastian dan perdebatan tentang apakah seorang wakil dapat berperan penuh seperti layaknya seorang Raja. Ketika ia tidak mampu memerintah karena penyakitnya yang semakin parah, saudaranya Orléans, dan sepupu mereka, Adipati Bourgogne yang baru, Jean sans Peur, merupakan salah satu pemimpin di antara mereka yang mencari kesempatan untuk merebut kekuasaan di dalam pemerintahan.
Ketika Charles sakit pada tahun 1390, Isabeau berusia dua puluh dua tahun dengan tiga orang anak, dan telah kehilangan dua orang anak. Ketika penyakitnya memburuk Charles tidak dapat mengenali Isabeau, yang menyebabkannya merasa tertekan ketika ia diusir keluar pada saat Isabeau memasuki kamarnya. Karena penyakitnya memburuk pada pergantian abad, ia dituduh telah mengabaikan Raja, terutama ketika ia memindahkan tempat kediamannya ke Hôtel Barbette. Sejarawan Rachel Gibbons berspekulasi bahwa Isabeau ingin menjauhkan dirinya sendiri dari suaminya dan penyakitnya, menulis "itu merupakan suatu hal yang tidak adil dengan menyalahkannya jika ia tidak ingin hidup dengan seorang laki-laki gila."
Karena Raja kerap tidak mengenalinya ketika ia terganggu mentalnya dan tidak suka akan kehadirannya, akhirnya disarankan untuk memberinya seorang gundik, Odette de Champdivers, putri seorang pedagang kuda, yang menurut Tuchman mirip dengan Isabeau dan dipanggil "Ratu kecil". Odette diduga memegang peranan tersebut pada tahun 1405 dengan persetujuan Isabeau, namun selama remisi ini Raja masih berhubungan dengan istrinya dan catatan menunjukkan bahwa ia berada di dalam kamar raja pada tanggal 23 November 1407, dimalam pembunuhan Orléans, dan juga pada tahun 1408.
Serangan penyakit mental Charles berlanjut terus sampai akhir hayatnya namun Isabeau tak henti-hentinya bertukar hadiah-hadiah dan surat-surat dengannya selama ia tidak sakit, dan menjauhkan dirinya ketika penyakitnya kambuh. Adams menulis Isabeau jelas-jelas menunjukkan kesetiannya dan ia berupaya besar untuk mempertahankan mahkota demi anak-anaknya di dalam dekade berikutnya.