Pesanggrahan Warungboto
Upaya pelestarian

Penelitian mengenai situs ini telah dilakukan sejak zaman Hindia Belanda sampai dengan masa pasca kemerdekaan. Pada 1936, Oudheidkundige Dienst (OD) atau Dinas Kepurbakalaan membuat peta gambar rekonstruksi bangunan serta mendokumentasikannya ke dalam bentuk foto. Oudheidkundige Dienst sendiri adalah lembaga yang dibentuk oleh pemerintah Hindia Belanda untuk mengelola bidang kepurbakalaan. Tugas dari lembaga tersebut antara lain menyusun, membuat daftar, dan mengawasi peninggalan purbakala di seluruh wilayah Hindia Belanda. Kegiatan yang dilakukan oleh OD itu selesai pada 1937. Hasil pemetaan yang dikerjakan oleh OD itu kemudian ditindaklanjuti dengan kegiatan perbaikan darurat yang dilakukan oleh Dienst der Zelbestuurweken te Jogjakarta (Dinas Pekerja Kotapraja) melalui petunjuk dan pengawasan dari OD pada 1936. Setelah dilakukan perbaikan darurat pada 1939 oleh OD, diadakanlah peninjauan kembali terhadap status kekunoan dari situs tersebut pada 1981. Hal ini dilakukan kaitannya dengan usaha pemeliharaan dan pelindungannya sebagai situs purbakala. Kegiatan yang dilakukan oleh OD terhenti ketika pasukan Jepang masuk dan mengusir pemerintah Belanda.
Setelah Indonesia merdeka, kegiatan penelitian dilakukan oleh pemerintah Indonesia sendiri melalui Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Yogyakarta (sekarang BPCB D.I. Yogyakarta). Kegiatan tersebut berupa pendokumentasian foto pada 1981. Sebagai tindak lanjut dari kegiatan ini, lembaga itu lantas melakukan pemetaan sebagai upaya pemeliharaan pelindungan pada 1982.
Upaya pelestarian Warungboto akibat gempa tahun 2006 diawali dengan penyelamatan sesaat, yang kemudian dilanjutkan dengan berbagai macam studi teknis pada 2007 untuk mengidentifikasi kerusakan serta penanganan pada masa mendatang. Hingga tahun 2008, kegiatan pelestarian mencakup beberapa tindakan sebagaimana dijelaskan dalam Undang-Undang Cagar Budaya No. 11 tahun 2010 pasal (1) ayat 22, yaitu pelindungan, penyelamatan, dan pengamanan. Pelindungan dilakukan untuk mencegah dan menanggulangi kerusakan. Adapun penyelamatan dilakukan untuk menanggulangi cagar budaya ini dari kerusakan, sedangkan pengamanan dilakukan untuk mencegah gangguan ulah manusia.
Tercatat, renovasi secara serius untuk menyelamatkan situs ini dilakukan oleh Pemerintah Kota Yogyakarta di bawah Dinas Kebudayaan Yogyakarta sejak 2015. Sasaran utama dari pemugaran adalah bangunan pemujaan yang berada di bagian depan karena kondisinya sangat memprihatinkan. Pada tahun ini pula, diadakan program acara Greget Kampung dan Festival Seni Adiluhung ke-2 yang diselenggarakan oleh Dinas Kebudayaan Yogyakarta untuk memperkenalkan situs tersebut kepada masyarakat dan wisatawan. Seperti disebutkan berita harian Tribun Jogja, dalam acara itu ditampilkan keempat tarian yang selama ini hanya bisa disaksikan di lingkungan Keraton Yogyakarta dan Pura Pakualaman, yaitu Beksan Gatotkaca Sutejo dan Srimpi Pandhelori dari Keraton Yogyakarta, serta tari Manggalayudha dan Golek Clunthang dari Pura Pakualaman. Umar Priyono, Kepala Dinas Kebudayaan, menyatakan festival tersebut diadakan untuk lebih mendekatkan kesenian Keraton Yogyakarta dan Pura Pakualaman kepada masyarakat. Selain menghadirkan kesenian tersebut, turut ditampilkan potensi kesenian masyarakat di sekitar Umbulharjo, seperti Macapat selawat dan Guyon Maton Dagelan Mataraman. Lebih lanjut, Priyono menengarai bahwa bersandingnya kebudayaan keraton dan masyarakat adalah wujud dari Manunggaling Kawula Gusti.
Pada 2016, dilakukan kegiatan lanjutan dengan melakukan rehabilitasi bangunan tengah, yaitu kolam, bangunan sayap sisi selatan, bangunan bertingkat sisi selatan, dan pagar. Pemugaran dan renovasi ini selesai pada 23 Desember 2016. Selanjutnya, BPCB D.I. Yogyakarta melakukan perawatan di situs tersebut dengan memberikan pagar dan menata halaman bagian depan pada 2019. Pagar sederhana berupa kawat berduri yang berbatasan dengan jalan raya diganti dengan dinding batu bata yang dilapisi batu alam, sedangkan pagar kawat berduri di bagian belakang diganti dengan pagar British Reinforced Concrete (BRC) atau pagar minimalis. Selain itu, juga dilakukan pengerasan sebagian halaman depan dan area parkir dengan paving block (bata beton). Dengan kondisi lingkungan yang lebih tertata, diharapkan agar masyarakat mengapresiasi situs-situs bersejarah dan semakin peduli dengan pelestarian cagar budaya.
Pengembangan situs ini memang menjadi kewenangan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta, tetapi Kemantren Umbulharjo di sisi lain memanfaatkan keberadaan situs tersebut sebagai pengembangan pemberdayaan masyarakat lokal. Salah satu komunitas yang terbentuk dari upaya peningkatan kesadaran masyarakat adalah Komunitas Kelompok Tuk Umbul Warungboto (Pok Tumbu Warto). Komunitas ini terbentuk pada 2014 dan beranggotakan pemuda berusia 17–25 tahun yang memiliki latar belakang berbeda-beda. Komunitas tersebut berfokus kepada pelestarian Situs Warungboto, pelestarian seni budaya yang ada di dalamnya, serta pemberdayaan anggota komunitas dan masyarakat Warungboto. Pemberdayaan yang dilakukan bertujuan untuk mengembangkan potensi anggotanya agar memiliki kompetensi dan kreativitas dalam melestarikan situs itu. Situs tersebut mulai populer ketika Kahiyang Ayu dan Bobby Nasution melakukan sesi foto pra nikah di tempat ini pada 27 Oktober 2017. Foto-foto hasil pemotretan di situs itu kemudian diunggah oleh Kahiyang di akun media sosial Instagram pada 30 Oktober 2017.