Konflik Chad-Libya
Peristiwa-peristiwa > Intervensi Libya

Dari awal Habré sudah mengisolasi dirinya dari anggota GUNT lainnya. Ia juga dibenci oleh anggota GUNT lainnya. Sifat Habré yang bermusuhan dengan Libya ditambah dengan ambisi dan kekejamannya membuat para pengamat menyimpulkan bahwa sang pemimpin perang sepertinya hanya akan puas dengan jabatan tertinggi. Terdapat keyakinan bahwa konfrontasi bersenjata antara Habré dan faksi pro-Libya akan terjadi, khususnya konflik antara Habré melawan Goukouni.
Seperti yang telah diduga, bentrok di ibu kota antara FAN yang dipimpin oleh Habré dan kelompok-kelompok pro-Libya secara perlahan semakin menguat. Pada akhirnya, pada tanggal 22 Maret 1980, sebuah insiden kecil (seperti pada tahun 1979) memicu pertempuran N'Djamena kedua. Dalam waktu sepuluh hari, perselisihan antara FAN melawan Angkatan Bersenjata Rakyat Goukouni (keduanya memiliki sekitar 1.000 - 1.500 pasukan di kota tersebut) telah menelan ribuan korban jiwa dan pengungsian sekitar setengah populasi ibu kota. Beberapa pasukan Prancis yang tersisa (sebagian besar sudah meninggalkan Chad pada tanggal 4 Mei 1980) menyatakan netral; sikap yang sama diambil oleh pasukan perdamaian dari Zaire.
FAN mendapat bantuan ekonomi dan militer dari Sudan dan Mesir, sementara Goukouni menerima bantuan dari FAT yang dipimpin oleh Kamougué dan CDR yang dikepalai oleh Acyl serta bantuan artileri Libya. Pada tanggal 6 Juni 1980, FAN mengambil alih kekuasaan kota Faya. Peristiwa ini membuat Goukouni gelisah, sehingga ia menandatangani perjanjian persahabatan dengan Libya pada tanggal 15 Juni 1980. Perjanjian itu memberikan izin kepada Libya untuk bebas bertindak di Chad dan melegitimasi intervensi Libya di negara tersebut. Pasal pertama perjanjian tersebut juga menegaskan komitmen pertahanan bersama di antara Chad dan Libya dan menyatakan bahwa ancaman terhadap salah satu akan dianggap sebagai ancaman terhadap keduanya.
Semenjak bulan Oktober, tentara Libya yang dipimpin oleh Khalifa Haftar and Ahmed Oun dikirim ke Jalur Aouzou lewat udara dan beroperasi bersama dengan pasukan Goukouni untuk menduduki kembali kota Faya. Kota ini lalu digunakan sebagai tempat pengumpulan tank, artileri dan kendaraan tempur lapis baja yang bergerak kearah selatan menuju ibu kota Chad, N'Djamena.
Serangan dimulai pada tanggal 6 Desember 1980 yang dipimpin oleh oleh tank T-54 dan T-55 buatan Uni Soviet dan dikoordinasi oleh penasihat militer dari Uni Soviet dan Jerman Timur. N'Djamena jatuh pada tanggal 16 Desember 1980. Pasukan Libya yang berjumlah sekitar 7.000 sampai 9.000 orang dan paramiliter legiun Islam Pan-Afrika, 60 tank, dan kendaraan tempur lapis baja lainnya, telah diterbangkan sejauh 1.100 kilometer dari perbatasan selatan Libya, sebagian diangkut lewat udara atau dengan menggunakan transporter tank dan sebagian dengan tenaga mereka sendiri. Perbatasan selatan Libya sendiri terletak sekitar 1.000 sampai 1.100 kilometer dari pangkalan militer utama Libya di pesisir Laut Tengah. Intervensi Libya menunjukkan sebuah kemampuan logistik yang mengesankan, dan merupakan kemenangan militer pertamanya dan pencapaian politik Gaddafi yang penting.
Walaupun ia telah dipukul mundur hingga ke pengasingan dan pasukannya dibatasi di zona perbatasan Darfur, Habré tetap berpendirian teguh. Pada tanggal 31 Desember 1980, ia mengumumkan di Dakar bahwa ia akan meneruskan perang gerilya melawan GUNT.