John Wesley
Penahbisan rohaniwan

Seiring dengan berkembangnya jumlah perhimpunan, mereka mengadopsi unsur-unsur dari suatu sistem gerejawi. Jurang pemisah antara Gereja Inggris dan Wesley semakin melebar. Pertanyaan seputar pemisahan diri dari Gereja Inggris dilontarkan oleh sejumlah pengkhotbah dan perhimpunan, namun kebanyakan ditentang keras oleh Charles saudaranya. Wesley menolak untuk meninggalkan Gereja Inggris, meyakini bahwa Anglikanisme "dengan segala nodanya, [...] lebih mendekati rencana-rencana Alkitabiah daripada yang lainnya di Eropa". Pada 1745, Wesley menuliskan bahwa ia akan membuat konsesi apa saja sejauh nuraninya mengizinkan, agar dapat hidup dalam damai dengan para klerikus. Ia mengaku tidak dapat melepaskan doktrin tentang keselamatan batiniah yang dialami saat sekarang melalui iman; ia tidak akan berhenti berkhotbah, tidak akan membubarkan perhimpunan, juga tidak akan mengakhiri pengkhotbahan oleh kaum awam. Sebagai seorang klerikus dari gereja resmi, ia dikatakan tidak memiliki rencana untuk melangkah lebih jauh.[butuh rujukan]
Pada 1746, ketika Wesley membaca laporan Peter King seputar gereja primitif, ia menjadi merasa yakin kalau suksesi apostolik (suksesi rasuli) dapat diteruskan tidak hanya melalui para uskup (bishop), tetapi juga melalui para imam. Ia menuliskan bahwa ia adalah "seorang episkopos alkitabiah seperti halnya banyak laki-laki di Inggris." Walaupun ia pernah menyebut gagasan tentang suksesi tak terputus suatu "fabel", ia percaya akan suksesi apostolik.
Bertahun-tahun kemudian, Irenicon karya Edward Stillingfleet membuatnya memutuskan bahwa penahbisan (dan ketiga jenjang imamat) dapat dianggap valid atau sahih jika dilakukan oleh seorang presbiter (imam), tidak hanya oleh seorang uskup. Meskipun demikian, beberapa pihak meyakini bahwa Wesley telah secara diam-diam ditahbiskan sebagai uskup pada 1763 oleh Erasmus dari Arkadia, seorang uskup Ortodoks Yunani, dan Wesley dianggap tidak dapat mengumumkan tahbisan episkopalnya secara terbuka karena ancaman pidana berdasarkan Præmunire Act.
Pada 1784, ia percaya kalau ia tidak dapat lagi menunggu Uskup London untuk menahbiskan seseorang bagi kaum Metodis Amerika Serikat, yang berada dalam keadaan tanpa pelayanan sakramen setelah Perang Kemerdekaan Amerika Serikat. Gereja Inggris telah dibubarkan di Amerika Serikat, tempatnya pernah menjadi gereja negara di sebagian besar koloni selatan. Gereja Inggris belum menunjuk seorang uskup Amerika Serikat untuk memimpin jemaat yang kelak menjadi Gereja Episkopal Protestan di Amerika Serikat. Wesley menahbiskan Thomas Coke sebagai "superintenden" kalangan Metodis di Amerika Serikat melalui penumpangan tangan, kendati Coke telah menjadi imam tertahbis dalam Gereja Inggris. Ia juga menahbiskan Richard Whatcoat dan Thomas Vasey sebagai presbiter. Whatcoat dan Vasey berlayar ke Amerika Serikat bersama Coke. Wesley bermaksud agar Coke dan Francis Asbury (yang Coke tahbiskan sebagai superintenden sesuai arahan Wesley) semestinya menahbiskan yang lainnya dalam Methodist Episcopal Church yang baru terbentuk di Amerika Serikat. Pada 1787, Coke dan Asbury meyakinkan kalangan Metodis Amerika Serikat agar menyebut mereka sebagai uskup, bukan superintenden, mengabaikan keberatan-keberatan Wesley terhadap perubahan tersebut.
Saudaranya, Charles, mengkhawatirkan penahbisan-penahbisan tersebut dan evolusi pandangan Wesley seputar hal itu. Charles memohon agar Wesley berhenti sebelum ia "benar-benar menghancurkan jembatan" dan supaya tidak menjadikan pahit saat-saat terakhir Charles di dunia ini, juga supaya tidak "meninggalkan satu noda yang tak terhapuskan pada ingatan kami." Wesley menjawab bahwa ia tidak terpisah dari gerejanya, juga tidak berniat demikian, namun ia merasa harus dan akan menyelamatkan jiwa sebanyak yang ia mampu selagi masih hidup di dunia ini, "tanpa perlu berhati-hati mengenai apa yang mungkin terjadi ketika saya mati." Kendati Wesley merasa gembira bahwa kalangan Metodis di Amerika Serikat bebas, ia menyarankan agar para pengikutnya dari Inggris tetap berada dalam gereja resmi dan ia sendiri meninggal dunia di dalamnya.