Izaac Hindom
Gubernur Irian Jaya > Transmigrasi

Sebagai gubernur, Hindom sangat mendukung pelaksanaan program transmigrasi. Selama masa pemerintahannya, pemerintah pusat mengalihkan fokus transmigrasi dari Sumatra ke Papua. Menurut Hindom, transmigrasi akan memutus isolasi suku-suku terpencil dan menyediakan teknologi, pendidikan, dan listrik bagi suku-suku terpencil tersebut. Dalam sebuah wawancara dengan The Sydney Morning Herald, Hindom berencana untuk memukimkan 700.000 transmigran pada akhir masa jabatannya, jauh lebih banyak dibandingkan dengan 58.000 transmigran pada tahun-tahun sebelumnya. Program transmigrasi tersebut diselenggarakan oleh pemerintah daerah dan pusat, meskipun terkadang melibatkan perusahaan yang beroperasi di daerah tersebut.
Untuk mengoptimalkan program transmigrasi, Hindom membagi provinsi menjadi empat wilayah pembangunan. Setiap wilayah berpusat di satu kota. Wilayah pertama berpusat di Jayapura, yang kedua berpusat di Biak, yang ketiga berpusat di Sorong, dan yang keempat berpusat di Merauke. Pemerintah mengklaim bahwa pembentukan wilayah pembangunan berhasil meredakan keterasingan dari tempat-tempat terpencil dan membantu membangun desa dan pusat transportasi baru.
Hindom memandang para transmigran yang kebanyakan beretnis Jawa sebagai orang-orang yang lebih "unggul" secara fisik dan moral bila dibandingkan dengan etnis Papua, yang menurutnya "terbelakang" dan "egois". Hindom aktif mempromosikan asimilasi antara orang Papua dan Jawa, dan menyatakan bahwa perkawinan campuran antara orang Papua dan Jawa akan melahirkan ras campuran dan "menabur benih untuk keindahan yang lebih besar". Hindom juga tidak memiliki rasa takut bahwa orang Jawa yang mayoritas Muslim akan mengislamkan orang Papua yang mayoritas Kristen. Ia juga menyatakan bahwa jika memang sebagian besar orang Papua akan menjadi Muslim, hal tersebut sudah menjadi "kehendak Tuhan". Dia meramalkan pada tahun 1984 bahwa dalam lima puluh tahun, penduduk asli daerah itu akan terlihat mirip dengan orang Jawa.
Pelaksanaan program transmigrasi menuai kritikan dari para transmigran. Keluhan dari transmigran terfokus pada kesulitan-kesulitan praktis, seperti pemilihan lokasi yang buruk, persiapan lahan yang tidak memadai, pasokan air yang buruk, jalan dan transportasi yang kurang baik, penyebaran penyakit malaria, dan hama tanaman pangan.
Gubernur Irian Jaya pertama, Eliezer Jan Bonay, menyatakan ketidaksetujuannya terhadap kebijakan transmigrasi Hindom. Dia menyatakan bahwa para transmigran memaksakan agamanya pada orang Papua dan transmigrasi menyebabkan orang Papua hanya memiliki pekerjaan yang sangat rendah dan bersifat administratif semata. Kritik serupa juga dilontarkan oleh kelompok lingkungan dan hak asasi manusia Barat, yang meminta Bank Dunia untuk menghentikan pendanaan program transmigrasi. Tapol, sebuah LSM yang memantau masalah hak asasi manusia di Indonesia, menggambarkan Hindom sebagai "corong pemerintah kolonial Indonesia di Jakarta" dan bahwa ia "ingin mempercepat proses pemusnahan orang dan budaya Melanesia" melalui program transmigrasinya.
Selain ketidaksetujuan LSM, kebijakan transmigrasi juga dikritik oleh pejabat militer di Irian Jaya. Panglima Daerah Militer di Irian Jaya pada masa Hindom, Raja Kami Sembiring Meliala, mengatakan bahwa dampak dari program tersebut "terbukti kontraproduktif" terhadap penduduk asli dan menasihati pemerintah untuk "merevisi program secara drastis" karena membuat orang Papua "merasa seperti pendatang di tanah mereka sendiri".