John Knox
Menerima Reformasi Protestan (1546–1547)

Knox tidak menyebutkan kapan atau bagaimana ia berpindah kepada keyakinan Protestan, tetapi mungkin pengaruh utama yang mempengaruhi Knox adalah Patrick Hamilton dan George Wishart. Wishart adalah seorang reformator yang melarikan diri dari Skotlandia pada tahun 1538 untuk menghindari hukuman atas tuduhan bidat. Ia mula-mula pindah ke Inggris. Di sana, ia berkhotbah di Bristol menentang venerasi terhadap Bunda Maria. Ia dipaksa untuk membuat pengakuan dosa di hadapan umum dan patungnya dibakar di Gereja St Nicholas sebagai tanda penyucian dirinya. Ia kemudian berlindung di Jerman dan Swiss. Saat berada di Benua Eropa, ia menerjemahkan Pengakuan Iman Helvetik Pertama ke dalam bahasa Inggris. Ia kembali ke Skotlandia pada tahun 1544, tetapi ia tak beruntung sewaktu pulang. Pada bulan Desember 1543, James Hamilton, Adipati Châtellerault, wali penguasa yang ditunjuk untuk Mary, Ratu Skotlandia yang masih bayi, telah memutuskan dengan Ibu Suri, Mary dari Guise, dan Kardinal David Beaton untuk menganiaya sekte Protestan yang telah mengakar di Skotlandia. Wishart berkeliling Skotlandia berkhotbah untuk mendukung Reformasi, dan ketika ia tiba di Lothian Timur, Knox menjadi salah satu rekan terdekatnya. Knox bertindak sebagai pengawalnya, dengan membawa pedang-dua-tangan untuk melindunginya. Pada bulan Desember 1545, Wishart ditangkap oleh Earl dari Bothwell atas perintah Kardinal Beaton dan dibawa ke Kastel St Andrews. Knox hadir pada malam penangkapan Wishart dan bersiap untuk mengikutinya ke dalam tahanan, tetapi Wishart membujuknya agar tidak melakukan hal ini dengan mengatakan, "Tidak, kembalilah kepada anak-anakmu dan Tuhan memberkatimu. Satu saja sudah cukup untuk sebuah pengorbanan." Wishart kemudian dituntut oleh Penuntut Umum Bidat yang ditunjuk Beaton, Diakon Agung John Lauder. Pada tanggal 1 Maret 1546, Wishart dibakar di tiang pancang di hadapan Beaton.
Knox berhasil menghindari penangkapan oleh Lord Bothwell melalui saran Wishart untuk kembali menjadi tutor. Ia berlindung bersama Douglas di Longniddry. Beberapa bulan kemudian, ia masih bertanggung jawab atas murid-muridnya, putra-putra Douglas dan Cockburn, yang kelelahan berpindah-pindah tempat karena dikejar-kejar. Ia sempat mempertimbangkan untuk melarikan diri ke Jerman dan membawa murid-muridnya. Kala Knox masih buron, Beaton dibunuh pada tanggal 29 Mei 1546 di dalam kediamannya, Kastel St Andrews, oleh sekelompok yang terdiri dari lima orang sebagai balas dendam atas eksekusi Wishart. Para pembunuh itu merebut kastel dan akhirnya keluarga dan teman-teman mereka berlindung bersama mereka di kastel tersebut, sekitar seratus lima puluh orang secara keseluruhan. Di antara teman-teman mereka adalah Henry Balnaves, seorang mantan sekretaris negara di pemerintahan, yang bernegosiasi dengan Inggris untuk mendapatkan dukungan keuangan bagi para pemberontak. Douglas dan Cockburn menyarankan kepada Knox untuk membawa putra-putra mereka ke kastel yang relatif aman untuk melanjutkan pengajaran doktrin reformasi, dan Knox tiba di kastel tersebut pada tanggal 10 April 1547.
Kuasa Knox sebagai pengkhotbah menarik perhatian pendeta di garnisun, John Rough. Ketika Rough berkhotbah di gereja paroki tentang prinsip Protestan mengenai pemilihan pendeta yang dipilih secara populer, ia mengusulkan Knox kepada jemaat untuk jabatan tersebut. Knox tidak menyukai ide itu. Menurut penuturannya sendiri, ia menangis dan melarikan diri ke kamarnya. Namun, dalam waktu seminggu, ia memberikan khotbah pertamanya kepada sebuah jemaat yang juga dihadiri oleh guru lamanya, John Major. Ia menguraikan Kitab Daniel pasal ketujuh, menyandingkan Paus dengan Antikristus. Khotbahnya ditandai dengan perhatiannya pada Alkitab sebagai satu-satunya otoritasnya dan doktrin pembenaran hanya oleh iman, dua elemen yang akan tetap ada di dalam pemikirannya sepanjang sisa hidupnya. Beberapa hari kemudian, sebuah perdebatan terjadi yang memungkinkannya untuk meletakkan tesis-tesis tambahan termasuk penolakan terhadap misa, api penyucian, dan doa-doa untuk orang mati.