Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya
Sejarah > Pembangunan jalur ganda > Cirebon–Kroya

Proyek jalur ganda kemudian dimulai lagi oleh Direktorat Jenderal Perkeretaapian (DJKA) pada 2008, saat konstruksi jalur ganda segmen Purwokerto–Patuguran dimulai pada Mei. Proyek ini dibagi menjadi tiga fase: Cirebon–Prupuk, Prupuk–Purwokerto, dan Purwokerto–Kroya. Pada segmen pertama, yang dibangun dahulu adalah Prupuk–Purwokerto, karena medannya berupa pegunungan dengan frekuensi lalu lintas kereta api penumpang yang lebih padat dibandingkan segmen lainnya. Karena terbatasnya dana APBN, hanya dilakukan pembangunan rel dan beberapa pengubahan sistem persinyalan. Di samping membangun jalur, juga membangun underpass di Legok, Karanggandul, dan Kebocoran, masing-masing berjumlah 2 buah. Segmen Purwokerto–Patuguran mulai beroperasi 9 September 2009,Patuguran–Kretek per 24 Maret 2011, dan selesai dengan pengoperasian penuh segmen Kretek–Prupuk per 1 Desember 2011.
Untuk menyongsong fase kedua, dilakukan penataan emplasemen Stasiun Cirebon Prujakan, sehingga kereta dari selatan dapat berhenti di Prujakan. Tundjung Inderawan, yang kala itu menjadi Direktur Jenderal Perkeretaapian, memaparkan rencana lanjutan pascaproyek ini, yaitu proyek pembangunan jalur ganda lintas selatan Jawa. Pembiayaan proyek jalur ganda Cirebon–Prupuk menggunakan sukuk negara (SBSN) dengan nilai kontrak Rp1,6 triliun dengan rincian Rp800 miliar telah dicairkan kepada DJKA, dan dilanjut sisanya pada 2014. Sementara itu, Inderawan juga mengatakan bahwa proyek fase ketiga akan menggunakan pinjaman Jepang. Segmen Larangan–Prupuk mulai beroperasi per 29 Mei 2014, Ciledug–Larangan per 16 Desember 2014, dan Cirebon–Ciledug per 1 April 2015.
Segmen ketiga adalah Purwokerto–Kroya, dimulai pada Desember 2015. Vice President KAI Daop V Purwokerto, Dwi Erni Ratnawati, mengatakan bahwa proyek tersebut lebih lamban bila dibandingkan dengan proyek sebelumnya. Hal ini dikarenakan adanya pembangunan Jembatan Serayu Kebasen serta dua terowongan baru (Notog dan Kebasen). Sementara itu, Suyanto, yang kala itu menjadi manajer Jalan Rel dan Jembatan, pembangunan terowongan tersebut dimaksudkan untuk mengurangi jumlah lengkung agar kereta api bisa melaju hingga 100 kilometer per jam (62 mph). Dengan dimulainya uji coba jalur ganda pada 28 Januari 2019 serta pemindahan trase jalur ke Terowongan Notog baru dan dua jembatan di utara terowongan itu per 15 Februari 2019, maka secara otomatis rute jalur, jembatan, dan terowongan yang lama ditutup serta dijadikan cagar budaya.  Berikutnya, per 5 Maret 2019, segmen terakhir ini sudah tersambung dan resmi dioperasikan.
Pada tanggal 11 Januari 2021 sekitar pukul 21.30 WIB, Jembatan Kali Glagah lama peninggalan kolonial yang terletak di petak Bumiayu–Linggapura ambruk karena diterjang banjir. Akibat kejadian ini, selama beberapa hari kereta yang melewati petak tersebut sempat dialihkan lewat Bandung dan jalur utara. Barulah keesokan harinya, jalur KA di petak tersebut dinyatakan sudah bisa dilewati, tetapi untuk sementara hanya satu jalur saja yang bisa digunakan. Tidak ada korban jiwa dalam peristiwa ini. Kejadian ini menyebabkan Stasiun Linggapura diaktifkan kembali untuk persilangan kereta api. Akhirnya per 15 April 2023, petak Bumiayu–Linggapura sudah kembali menjadi jalur ganda setelah jembatan BH 1120 kembali beroperasi.