Pemberontakan di Aceh
Garis waktu > Tahap ketiga

Pada tahun 1999, terjadi kekacauan di Jawa dan pemerintah pusat yang tidak efektif karena jatuhnya Soeharto memberikan keuntungan bagi Gerakan Aceh Merdeka dan mengakibatkan pemberontakan tahap kedua, kali ini dengan dukungan yang besar dari masyarakat Aceh. Pada tahun 1999, penarikan pasukan diumumkan, namun situasi keamanan yang memburuk menyebabkan masuknya kembali lebih banyak tentara. Jumlah pasukan diyakini meningkat selama masa jabatan Presiden Megawati Soekarnoputri (2001–2004) menjadi sekitar 15.000 pada pertengahan tahun 2002. GAM mampu menguasai 70 persen pedesaan di seluruh Aceh.
Tahun 1999 juga merupakan tahun dimulainya proses dialog pertama antara Pemerintah Indonesia dan GAM. Proses ini diprakarsai oleh Pusat Dialog Kemanusiaan (HD) sebuah organisasi diplomasi swasta yang memfasilitasi pembicaraan damai antara kedua belah pihak hingga tahun 2003.
Selama fase ini, terdapat dua periode penghentian permusuhan singkat yang ditengahi oleh HD: "Humanitarian Pause" pada tahun 2000 dan "Cessation of Hostilities Agreement" (COHA). COHA ditandatangani pada bulan Desember 2002. Penerapan Jeda Kemanusiaan dan COHA menghasilkan berkurangnya bentrokan bersenjata dan kekerasan di Aceh. COHA berakhir pada bulan Mei 2003 ketika pemerintah Indonesia mendeklarasikan “darurat militer” di Aceh dan mengumumkan bahwa mereka ingin menghancurkan GAM untuk selamanya.
Untuk melepaskan diri dari penekanannya pada cara-cara militer untuk mencapai kemerdekaan, GAM mengubah posisinya menjadi mendukung diadakannya referendum. Pada demonstrasi pro-referendum tanggal 8 November 1999 di Banda Aceh, GAM memberikan dukungan dengan menyediakan transportasi bagi pengunjuk rasa dari daerah pedesaan ke ibu kota provinsi. Pada tanggal 21 Juli 2002, GAM juga mengeluarkan Deklarasi Stavanger setelah pertemuan Perwakilan Aceh Sedunia di Stavanger, Norwegia. Dalam deklarasi tersebut, dinyatakan bahwa "Negara Aceh menerapkan sistem demokrasi." Aspinall melihat bahwa dorongan demokrasi dan hak asasi manusia di dalam tubuh GAM merupakan dampak dari upaya masyarakat Aceh yang berbasis perkotaan. kelompok yang mempromosikan nilai-nilai tersebut di lingkungan yang lebih bebas dan terbuka setelah jatuhnya Soeharto dari kekuasaan.
Tindakan keras keamanan pada tahun 2001 dan 2002 mengakibatkan ribuan warga sipil tewas. Sepanjang konflik diperkirakan 15.000 orang telah terbunuh. Pemerintah melancarkan sebuah serangan dan keadaan darurat diumumkan di Provinsi tersebut. Selama periode ini, GAM mengalami cacat parah dengan komandannya Abdullah Syafei terbunuh dalam penyergapan pemerintah pada bulan Januari 2002, sementara berbagai komandan daerah seperti Tengku Jamaika dan Ishak Daud juga terbunuh. Menurut pengakuan GAM sendiri, GAM kehilangan 50% kekuatannya selama serangan pemerintah pada tahun 2003–2005. Pemberontakan masih berlangsung ketika bencana tsunami tahun 2004 melanda provinsi tersebut. Pada bulan November 2003, darurat militer diperpanjang selama enam bulan berikutnya. Menurut laporan Human Rights Watch, militer Indonesia melakukan pelanggaran hak asasi manusia secara luas selama invasi dan pendudukan, dengan lebih dari 100.000 orang mengungsi dalam tujuh bulan pertama darurat militer dan pembunuhan di luar proses hukum merupakan hal biasa.