Konflik Chad-Libya
Peristiwa-peristiwa > Kesulitan Libya

Hanya beberapa bulan setelah FROLINAT mengalami kegagalan di N’Djamena, perselisihan di dalam tubuh kelompok FROLINAT menghancurkan kesatuan FROLINAT serta melemahkan kekuasaan Libya di Chad. Pada malam 27 Agustus 1978, Ahmat Acyl, pemimpin Pasukan Volcan, menyerang Faya-Largeau dengan bantuan pasukan Libya. Serangan ini tampaknya merupakan upaya Gaddafi untuk menyingkirkan Goukouni dari kepemimpinan FROLINAT dan menggantikannya dengan Acyl. Goukouni bereaksi dengan mengusir semua penasihat militer Libya di Chad dan mulai berkompromi dengan Prancis.
Pemicu perselisihan antara Gaddafi dengan Goukouni adalah permasalahan etnis dan politik. FROLINAT terbagi di antara orang Arab, seperti Acyl, dan orang Toubou, seperti Goukouni dan Habré. Perbedaan etnis ini juga menggambarkan sikap yang berbeda terhadap Gaddafi dan buku hijaunya. Goukouni dan pengikutnya tidak mau mengikuti permintaan Gaddafi untuk menjadikan buku hijau sebagai peraturan resmi FROLINAT, dan mereka mencoba menunda isu tersebut hingga pergerakan FROLINAT telah sepenuhnya disatukan. Setelah gerakan ini disatukan kembali, Gaddafi kembali menekan mereka untuk menerapkan buku hijau, sehingga muncul pertikaian di dalam tubuh dewan revolusi dan banyak yang menyatakan kesetiaan mereka kepada program FROLINAT yang disetujui pada tahun 1966, ketika Ibrahim Abatcha menjadi sekretaris jendral pertama. Sementara itu, faksi yang lain (termasuk Acyl) secara penuh menganut gagasan Kolonel Gaddafi.
Di N'Djamena, kehadiran dua angkatan bersenjata yang sebaya (FAN yang dipimpin oleh Perdana Menteri Habré dan FAT yang dipimpin oleh Presiden Malloum) memicu pertempuran N'Djamena yang mengakibatkan kerutuhan negara dan bangkitnya elit-elit utara. Insiden kecil mulai membesar pada tanggal 12 Februari 1979 menjadi pertempuran berskala penuh antara pasukan Habré dan Malloum, dan pertempuran semakin menggelora pada tanggal 19 Februari 1979 ketika tentara Goukouni memasuki ibu kota untuk bertempur bersama Habré melawan FAT. Pada tanggal 16 Maret 1979, ketika konferensi perdamaian internasional pertama diadakan, 2.000 - 5.000 orang terbunuh dan 60.000 - 70.000 terpaksa mengungsi dari ibu kota. Pasukan Chad yang jumlahnya sudah menipis meninggalkan N'Djamena dan kota tersebut jatuh ke tangan pemberontak. Para pemberontak mereorganisasi diri mereka di selatan di bawah kepemimpinan Wadel Abdelkader Kamougué. Selama pertempuran, garnisun Prancis hanya menonton saja dan kadang membantu Habré seperti saat mereka meminta Angkatan Udara Chad untuk menghentikan pengeboman dari udara.
Konferensi perdamaian internasional diadakan di Kano, Nigeria, yang dihadiri oleh negara-negara tetangga Chad dan juga oleh Malloum, Habré dan Goukouni. Persetujuan Kano ditandatangani pada tanggal 16 Maret 1979 oleh semua yang hadir, dan Malloum lalu mengundurkan diri dan digantikan oleh dewan negara di bawah kepemimpinan Goukouni. Hal ini dipicu oleh tekanan dari Prancis dan Nigeria yang ingin agar Goukouni dan Habré berbagi kekuasaan. Prancis menganggap tindakan ini sebagai strategi mereka untuk memutus semua hubungan antara Goukouni dan Gaddafi. Beberapa minggu kemudian, faksi yang sama membentuk Pemerintahan Transisi Persatuan Nasional (GUNT), yang disatukan oleh keinginan bersama untuk mengusir Libya dari Chad.
Walaupun sudah menandatangani persetujuan Kano, Libya murka karena GUNT tidak memasukkan pemimpin dari pasukan Volcan dan tidak mengakui klaim Libya atas Jalur Aouzou. Semenjak 13 April 1979, militer Libya sudah cukup aktif di Chad utara dan mereka juga memberikan dukungan kepada gerakan separatis di selatan. Namun, mereka baru menanggapi secara serius setelah tanggal 25 Juni 1979 dengan melayangkan sebuah ultimatum yang meminta pembentukan pemerintahan yang baru dan lebih inklusif. Pada tanggal 26 Juni 1979, 2.500 tentara Libya menyerang Chad dan bergerak menuju kota Faya-Largeau. Pemerintah Chad lalu meminta bantuan dari Prancis. Pasukan Libya pada awalnya dihalangi oleh milisi Goukouni, dan lalu dipaksa mundur oleh pesawat pengintai dan pengebom Prancis. Pada bulan yang sama, faksi-faksi yang tidak diikutsertakan dalam pemerintahan GUNT mendirikan pemerintahan tandingan di Chad utara yang disebut Front untuk Aksi Gabungan Sementara (FACP).
Sebuah konferensi perdamaian kembali diadakan di Lagos, Nigeria, pada bulan Agustus akibat perang melawan Libya, boikot ekonomi oleh Nigeria dan tekanan internasional. Sebelas faksi yang ada di Chad turut serta dalam konferensi ini. Persetujuan Lagos ditandatangani pada tanggal 21 Agustus 1979. GUNT yang baru dibentuk dan terbuka untuk semua faksi. Tentara Prancis meninggalkan Chad dan digantikan dengan pasukan perdamaian multinasional Afrika. GUNT yang baru mulai bertugas pada bulan November, dengan Goukouni sebagai Presiden, Kamougué sebagai Wakil Presiden, Habré sebagai Menteri Pertahanan dan Acyl sebagai Menteri Luar Negeri. Walaupun melibatkan Habré, Gaddafi merasa puas dengan jumlah orang-orang pro-Libya yang dilibatkan dalam pemerintahan GUNT.