Petrus Martir Vermigli
Riwayat hidup > Ceramah kontroversial pertama dan karya pelayanan di Lucca (1537–1541)

Kongregasi Kanunik Regulir Lateran memilih Vermigli menjadi abas biara San Pietro ad Aram di Napoli pada tahun 1537. Di kota Napoli, ia berkenalan dengan Juan de Valdés, salah seorang pemimpin Spirituali. Dari Valdéslah Vermigli mengenal karya-karya tulis para pegiat Reformasi Protestan. Menjelang akhir masa jabatannya di Napoli, ia membaca ulasan kitab-kitab Injil dan Mazmur yang ditulis Martinus Bucer, serta De vera et falsa religione (Ihwal Agama yang Benar dan yang Palsu) karya Hulderikus Zwingli. Membaca karya-karya tulis tersebut merupakan tindakan pembangkangan terhadap Gereja Katolik, tetapi umum dilakukan para pegiat reformasi. Vermigli tampaknya menerima ajaran Protestan secara perlahan-lahan melalui penelaahan Alkitab dan tulisan-tulisan para Bapa Gereja, teristimewa Agustinus. Mungkin sekali Vermigli membaca karya-karya tulis Protestan secara kritis, sebagaimana yang lazim dilakukan orang-orang yang mencita-citakan pembaharuan Gereja tanpa harus meninggalkan Gereja Katolik. Ketika itulah Vermigli menerima ajaran Protestan tentang pembenaran oleh iman semata-mata dan mungkin sekali menolak pandangan tradisional Katolik tentang sakramen-sakramen. Tampaknya pemikiran Vermigli juga memengaruhi pandangan-pandangan Juan de Valdés. Para sarjana yakin bahwa doktrin predestinasi ganda Valdés, yang mengatakan bahwa sejak semula Allah sudah menentukan siapa saja yang akan selamat dan siapa saja yang akan dilaknat, sebenarnya ia dapatkan dari Vermigli, sementara Vermigli sendiri mendapatkannya lewat kajian mendalam atas karya-karya tulis Gregorius de Arimino atau Tomas Aquinas di Padova.
Peralihan Vermigli dari ajaran Kristen Katolik yang ortodoks mulai terlihat pada tahun 1539, ketika ia berceramah tentang 1 Korintus 3:9–17, yakni ayat-ayat yang umum digunakan sebagai dalil bagi doktrin purgatorium. Vermigli tidak menggunakan cara pandang semacam itu di dalam isi ceramahnya, kendati tidak menafikan keberadaan purgatorium secara terang-terangan. Gaetano da Thiene, salah seorang penentang Spirituali, melaporkan kecurigaannya terhadap Vermigli kepada Raja Muda Spanyol di Napoli, Don Pedro de Toledo. Akibatnya, Vermigli dilarang berceramah oleh Raja Muda. Larangan ini akhirnya dibatalkan sesudah Vermigli naik banding ke Roma dengan bantuan beberapa petinggi Gereja yang ia kenal baik sejak masih berkuliah di Padova, misalnya Kardinal Pole dan Kardinal Bembo. Meskipun tersangkut kasus, nama Vermigli justru semakin tenar di dalam kongregasinya. Kapitel umum tahun 1540 mengangkat Vermigli menjadi salah seorang dari empat penilik yang bertugas membantu rektor jenderal (pemimpin umum) menginspeksi rumah-rumah religius milik kongregasi.
Pada tahun 1541, Kongregasi Kanunik Regulir Lateran memilih Vermigli menjadi Prior Basilika San Frediano di Lucca. Selain membawahi rumah-rumah religius milik Kongregasi Kanunik Regulir Lateran, Prior Basilika San Frediano juga menjalankan sejumlah kewenangan uskup atas separuh wilayah kota Lucca. Sama seperti para rahib di tempat tugasnya yang lama, rahib-rahib biara San Frediano maupun kaum rohaniwan di Lucca diketahui tidak ketat dalam hal moral, sehingga membuka diri bagi ajaran Lutheran yang belum lama masuk ke kota itu. Bagi Vermigli, sudah menjadi kewajibannya selaku prior untuk mendidik maupun memperbaiki akhlak bawahannya. Ia mendirikan sebuah kolese berlandaskan prinsip-prinsip pendidikan yang humanistis, meniru Kolese Santo Yohanes di Cambridge dan Kolese Corpus Christi di Oxford yang belum lama berdiri. Bahasa pengantar perkuliahan adalah bahasa Yunani, bahasa Latin, dan bahasa Ibrani. Para pengajar di kolese ini adalah Immanuel Tremellius, Paolo Lacizi, Celio Secondo Curione, dan Girolamo Zanchi, para humanis yang kemudian hari memeluk agama Kristen Protestan. Sebagai tanda penghargaan atas segala jerih payahnya, Kongregasi Kanunik Regulir Lateran mengangkat Vermigli menjadi salah seorang dari tujuh padri yang duduk dalam komisi penegakan disiplin pada bulan Mei 1542.