Pengepungan rumah Utsman
Oposisi kebijakan Utsman

Utsman mulai memusatkan kekuasaan dengan mengandalkan kerabat Umayyahnya, dengan mengesampingkan Quraisy lainnya, yang telah menikmati otoritas yang signifikan selama pemerintahan dua pendahulunya, dan Anshar, sahabat Madinah dari Muhammad, yang telah kehilangan beberapa kepentingan setelah kematiannya. Utsman mengangkat sanak saudaranya ke semua gubernur provinsi, dan memberikan sejumlah hibah tanah dan uang kepada kerabatnya termasuk Marwan bin al-Hakam dan Sa'id bin al-Ash. Sekitar tahun 650, dimulai kira-kira dengan paruh kedua masa pemerintahannya, pendapat umum berbalik menentang Utsman. Dia dituduh nepotisme dan menunjuk orang-orang yang terlalu muda untuk jabatan penting. Campur tangan Utsman dalam urusan provinsi, yang terdiri dari deklarasinya atas tanah mahkota Irak sebagai aset negara, dan tuntutannya agar surplus provinsi diteruskan kepada khalifah di Madinah, menimbulkan penentangan luas terhadap pemerintahannya, terutama dari Irak dan Mesir, di mana sebagian besar pasukan penakluk telah menetap. Para pemukim tua juga melihat status mereka terancam oleh pemberian tanah di wilayah taklukan kepada orang-orang Quraisy terkemuka seperti Thalha dan Zubair dan Khalifah yang mengizinkan kepala suku yang datang terlambat, seperti Asy'ath bin Qais, untuk memperoleh tanah di sana dengan imbalan tanah mereka di Arab.
Di kepala pemukim lama Kufah, yang kemudian dikenal sebagai qurra (penghafal Qur'an), Malik al-Asytar mulai menentang kebijakan Utsman. Peristiwa memuncak ketika gubernur Kufah Utsman, kerabatnya Sa'id bin al-Ash, diusir dari kota oleh qurra. Mereka menyatakan pendamping Abu Musa al-Asy'ari, yang sebelumnya telah digulingkan dari gubernur Basra oleh Utsman dan pada saat itu tinggal di Kufah, gubernur mereka.
Utsman mengganti jabatan gubernur Mesir Amr bin Ash, penakluk provinsi yang populer di kalangan pasukan Mesir, pada 646 dan mengangkat Abdullah bin Sa'ad sebagai penggantinya. Seperti yang dilakukan Sa'id bin Ash di Kufah, Abdullah mulai mengambil alih sistem keuangan provinsi, meneruskan surplus ke ibukota. Para pemukim tidak puas dengan pengaturan ini. Sekitar 654 ketegangan tumpah ke oposisi dan beberapa elemen yang membenci di bawah kepemimpinan putra angkat Utsman, Muhammad bin Abi Hudzaifah dan Muhammad bin Abu Bakar, menolak untuk berdoa di belakang gubernur (kebiasaan adalah bahwa perwakilan pemerintah akan memimpin doa). Pada Januari 655, Abdullah diusir dari Mesir oleh kelompok yang tidak puas, yang mengambil alih administrasi provinsi di tangan mereka sendiri.
Ketidakpuasan provinsi itu ditambah dengan ketidakpuasan kaum Anshar dan Quraisy Madinah, termasuk sejumlah sahabat senior Muhammad, yang telah kehilangan pengaruh dan prestise mereka kepada Bani Umayyah di bawah Utsman. Klan Quraisy seperti Zuhrah, Hasyim, dan Makhzum telah menarik dukungan mereka terhadap Utsman, sedangkan Amr bin Ash, Thalhah dan Aisyah telah mengecam keras Khalifah yang menuduhnya melakukan nepotisme dan inovasi dalam agama. Amr dikatakan telah menghasut Quraisy melawan Utsman dan mendesak para sahabat senior untuk menghadapinya. Surat-surat dikirim ke Kufah dan Mesir oleh istri-istri Muhammad yang dipimpin oleh Aisyah (mereka sangat dihormati sebagai "ibu orang-orang beriman") yang mendesak para provinsial untuk bangkit melawan Utsman. Muhammad bin Abu Bakar dan Muhammad bin Abu Hudzaifah dilaporkan telah meninggalkan kampanye Muslim melawan Bizantium, mengklaim bahwa jihad melawan musuh internal (yaitu Utsman) lebih penting daripada melawan musuh eksternal, setelah menerima surat semacam itu. Thalhah juga dilaporkan telah mengirim surat-surat seperti itu kepada penduduk Kufah dan Basra.