Daftar bencana paling mematikan di Indonesia
Lebih 1.000 korban

| Korban jiwa | Tahun | Artikel | Jenis | Lokasi | Keterangan |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| > 40.000–60.000 (perkiraan) | 1987–Hingga saat ini | Epidemi HIV/AIDS | Epidemi | Seluruh Indonesia | HIV/AIDS di Indonesia. Pada tahun 2010, diperkirakan 5 juta orang Indonesia akan mengidap HIV/AIDS. Berdasarkan sensus yang dilakukan pada tahun 2019, tercatat ada 640.443 orang di Indonesia yang hidup dengan HIV. Perkiraan korban jiwa akibat Epidemi ini mencapai 40.000 hingga 60.000 |
| 36.417 | 1883 | Letusan Krakatau 1883 | Letusan gunung berapi, tsunami | Banten, Lampung, Jakarta | Bencana gunung berapi paling mematikan kedua dalam sejarah Indonesia. |
| 10.453 | 1815 | Gempa bumi Bali 1815 | Gempa bumi, tsunami, tanah longsor | Bali | Lebih dari 10.000 orang tewas akibat tanah longsor di Singaraja dan Buleleng yang dipicu oleh gempa bumi. |
| 10.000 | 1586 | Letusan Gunung Kelud 1586 | Letusan gunung berapi | Jawa Timur |  |
| 6.234 | 2006 | Gempa bumi Yogyakarta 2006 | Gempa bumi | Yogyakarta, Jawa Tengah | Perkiraan korban tewas antara 5.778 hingga 6.234. Sekitar 80% bangunan di Kabupaten Bantul dan Kabupaten Klaten hampir hancur total. |
| 5.160 | 1919 | Letusan Gunung Kelud 1919 | Letusan gunung berapi | Jawa Timur |  |
| 5.000 | 1976 | Gempa bumi Irian Jaya 1976 | Gempa bumi, tanah longsor | Papua |  |
| 4.340 | 2018 | Gempa bumi dan tsunami Sulawesi 2018 | Gempa bumi, tsunami, pencairan tanah | Sulawesi Tengah |  |
| 4.011 | 1822 | Letusan Gunung Galunggung 1822 | Letusan gunung berapi | Jawa Barat |  |
| 3.389 | 1899 | Gempa bumi Pulau Seram 1899 | Gempa bumi, tsunami | Pulau Seram |  |
| 2.957 | 1772 | Letusan Gunung Papandayan 1772 | Letusan gunung berapi | Jawa Barat |  |
| 2.806 | 1852 | Letusan Gunung Awu 1852 | Letusan gunung berapi | Sulawesi Utara |  |
| 2.500 | 1992 | Gempa bumi dan tsunami Flores 1992 | Gempa bumi, tsunami | Flores | Setidaknya 2.500 orang tewas atau hilang di wilayah Flores, termasuk 1.490 tewas di Maumere dan 700 di Pulau Babi. |
| 2.347 | 1674 | Gempa bumi dan megatsunami Ambon 1674 | Gempa bumi, tsunami | Maluku |  |
| 2.118 | 1907 | Gempa bumi Sumatra 1907 | Gempa bumi, tsunami | Sumatra Utara |  |
| 2.000 | 1861 | Gempa bumi Sumatra 1861 | Gempa bumi, tsunami | Sumatra Utara |  |
| 1.653 | 1973 | Siklon Flores 1973 | Siklon tropis | Flores | Lebih dari 1.500 nelayan tewas di Pulau Palue. |
| 1.549 | 1963 | Letusan Gunung Agung 1963 | Letusan gunung berapi | Bali |  |
| 1.532 | 1892 | Letusan Gunung Awu 1892 | Letusan gunung berapi | Sulawesi Utara |  |
| 1.500 | 1917 | Gempa bumi Bali 1917 | Gempa bumi | Bali |  |
| 1.369 | 1930 | Letusan Merapi 1930 | Letusan gunung berapi | Yogyakarta, Jawa Tengah |  |
| 1.314 | 2005 | Gempa bumi Sumatra 2005 | Gempa bumi | Sumatra Utara |  |
| 1.308 | 1998 | Kerusuhan Mei 1998 | Kerusuhan | Jakarta, Surabaya, Surakarta, Medan | 1.308 korban tewas akibat kerusuhan, termasuk Pembakaran Plaza Sentral Klender memakan lebih dari 400 korban jiwa. |
| 1.117 | 2009 | Gempa bumi Sumatra Barat 2009 | Gempa bumi | Sumatra Barat |  |
| 1.000 | 2001 | Konflik Sampit | Kerusuhan | Kalimantan Tengah, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Kalimantan Barat | 1.000 warga Madura tewas, dan 188 warga Dayak tewas akibat kerusuhan antar-etnis. |