I Gusti Ngurah Rai
Berpihak pada Pemerintah Republik Indonesia

Setelah pengumuman resmi oleh Kaisar Jepang Hirohito tentang penerimaan syarat penyerahan diri pada tanggal 15 Agustus 1945 dan disusul Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada dua hari kemudian, pada tanggal 17 Agustus, Ngurah Rai segera mendukung kemerdekaan secara terbuka. Datang ke Bali pada 1 Januari 1946, I Gusti Ketut Pudja diangkat oleh Presiden Soekarno menjadi gubernur Kepulauan Sunda Kecil dengan ibu kota di Singaraja. Setelah menjalin kerjasama yang erat dengan Ketut Pudja, Ngurah Rai mulai membentuk angkatan militer dan polisi di pulau itu, yang dirancang untuk melawan pengembalian kekuasaan Belanda. Setelah pembentukan Tentara Keamanan Rakyat oleh Presiden Soekarno pada bulan Oktober 1945, yang menjadi pendahulu Angkatan Bersenjata Republik Indonesia, milisi yang dibentuk oleh Ngurah Rai di Bali sudah terdiri dari 13 kompi. Dengan keputusan Gubernur I Ketut Pudja, milisi tersebut dinyatakan sebagai subbagian struktural TKR.
Pada rapat khusus dengan partisipasi gubernur serta kepala semua kelompok politik utama dan perwakilan dari sebagian besar pangeran Bali, Ngurah Rai dengan suara bulat terpilih sebagai komandan "pasukan TKR di Kepulauan Sunda Kecil", yang markas besarnya berada di Denpasar. Pada bulan November 1945, wewenang Ngurah Rai dikonfirmasikan resmi oleh delegasi komando militer tertinggi republik yang mengunjungi Bali dan ia dianugerahi pangkat mayor TKR. Untuk memastikan komunikasi antara struktur militer provinsi dan pusat, seorang perwira dari Staf Umum TKR diperbantukan di markas besar Ngurah Rai, dan salah satu perwira bawahan Rai, pada gilirannya, dikirim ke Staf Umum. Pada saat itu, walau sebagian besar kelompok bersenjata pendukung kemerdekaan yang ada di Bali telah dikonsentrasikan di bawah komando Ngurah Rai, tapi tetap ada sebagian kecil regu tempur pemuda yang tidak dikendalikan olehnya.
Pasukan Jepang yang masih bertahan di Bali pada masa itu, yang jumlah personelnya saat itu berjumlah 3.136 orang (meliputi 1.900 personel militer angkatan darat dan 1.146 pelaut), pada awalnya tidak mengganggu aktivitas Ngurah Rai dan pasukannya. Selain itu, sebagian besar orang Jepang bersimpati dengan orang Bali yang anti-Belanda: ada kasus pemindahan senjata dan aset material secara sukarela oleh militer Jepang kepada pendukung kemerdekaan setempat, dan bahkan pemindahan mereka dengan senjata di tangan ke pihak Jepang. Pada akhir November 1945, komando pasukan Jepang di Bali mengadakan negosiasi dengan utusan pemerintah Soekarno mengenai pengalihan sebagian besar senjata mereka kepada yang terakhir.
Namun, pada awal Desember 1945, di bawah tekanan komando Pasukan Ekspedisi Inggris, yang mulai melucuti senjata dan menarik unit-unit Jepang dari Indonesia, Jepang menuntut agar pimpinan republik Bali mengembalikan aset-aset keuangan yang disita. Gubernur Ketut Pudja menilai tuntutan itu provokatif dan tidak dapat diterima. Pada saat yang sama, pimpinan kelompok pemuda setempat, yang mengetahui jalannya perundingan antara perwakilan pemerintah pusat dan Jepang, mendukung penyitaan senjata Jepang agar senjata itu tetap berada di Bali dan tidak diangkut ke Pulau Jawa.
Pada tanggal 13 Desember, sebuah detasemen Republik menyerang garnisun Jepang di Denpasar. Namun dalam bentrokan singkat, mereka menderita kerugian dan dibubarkan. Peran Ngurah Rai dalam peristiwa tersebut masih menjadi bahan perdebatan. Contohnya, sejarawan Kanada Geoffrey Robinson, penulis studi fundamental tentang periode ini dalam sejarah Bali, percaya bahwa operasi militer ini dilakukan atas arahan gubernur Ketut Pudja dan oleh karena itu Ngurah Rai tidak bisa tidak berpartisipasi dalam persiapannya. Sementara itu, wartawan Indonesia, Iwan Santosa dan Wenri Wanhar berdasarkan memoar pihak yang terlibat, sampai pada kesimpulan bahwa serangan terhadap garnisun Jepang di Denpasar adalah sikap sewenang-wenang yang dilakukan oleh aktivis gerakan pemuda yang bukan anggota pasukan Ngurah Rai.
Bagaimanapun, setelah peristiwa 13 Desember, sikap Jepang terhadap para pejuang Bali dan secara pribadi terhadap Ngurah Rai berubah secara dramatis menjadi bermusuhan. Mereka menangkap gubernur Ketut Pudja serta beberapa aktivis republik, dan juga melanjutkan patroli di wilayah, yang dulu dihentikan setelah pengumuman tindakan penyerahan Jepang. Negosiasi tentang transfer senjata ke utusan Jakarta terganggu.
Peristiwa Denpasar meyakinkan Ngurah Rai akan kontraproduktifnya konfrontasi kuat dengan Jepang. Dia memerintahkan penarikan pasukan milisinya dari Denpasar dan pemukiman besar lainnya di Bali untuk menghindari bentrokan lebih lanjut dengan pasukan Jepang. Selain itu, ia berhasil mencegah salah satu pangeran Bali untuk menyatakan perang terhadap Jepang. Seperti pendukung kemerdekaan lainnya, Rai mendesaknya untuk mempersiapkan pasukan untuk melawan Belanda, yang pada saat itu telah mengumumkan niat mereka untuk mengembalikan Bali menjadi koloni di bawah kendali mereka. Setelah itu, Ngurah Rai memutuskan untuk pergi ke Pulau Jawa untuk bertemu Staf Umum Tentara Keamanan Rakyat yang berlokasi di Yogyakarta, untuk meminta pasokan senjata kepada milisinya serta instruksi tentang cara melanjutkan kegiatannya. Bersama sekelompok kecil rekannya yang berpangkat perwira TKR seperti dirinya, ia meninggalkan Pulau Bali pada 1 Januari 1946.