Perang agama Eropa
Kekaisaran Romawi Suci > Negeri-Negeri Dataran Rendah > Perpecahan

Pemberontakan baru ini menimbulkan perpecahan di antara orang-orang Belanda. Di satu pihak ada kaum minoritas Kalvinis militan yang ingin terus memerangi Raja Katolik Felipe II, dan menjadikan seluruh warga negeri Belanda sebagai pengikut mazhab Kalvinis. Di lain pihak ada segolongan kecil umat Katolik yang ingin tetap setia kepada Tuan Tanah (bahasa Belanda: landvoogd) dan pemerintah di bawahnya yang didukung Spanyol. Di antara kedua pihak ini ada mayoritas warga negara beragama Katolik yang tidak berpihak, tetapi juga menghendaki hak-hak istimewa Belanda dipulihkan dan bala tentara bayaran Spanyol disingkirkan. Alba digantikan pada 1573 oleh Luis de Requesens dan suatu kebijakan baru yang moderat dicoba untuk diterapkan. Meskipun demikian, ketidakmampuan Spanyol untuk membayar upah prajurit-prajurit bayaran dalam angkatan daratnya menimbulkan aksi-aksi dahagi, dan pada November 1576 pasukan-pasukan prajurit bayaran menjarah-rayah Antwerpen sehingga merenggut 8.000 korban jiwa. Peristiwa yang terkenal dengan julukan "Murka Spanyol" ini semakin membulatkan tekad rakyat di tujuh belas provinsi untuk bangkit memberontak. Willem van Oranje yang memanfaatkan situasi anarki itu untuk memperluas kekuasaannya atas hampir seluruh wilayah Belanda dalam aliansi dengan Dewan Negara, memasuki kota Brussel pada September 1577.
Pada 6 Januari 1579, karena digusarkan oleh perilaku berlebihan kaum Kalvinis di Oudenarde, Kortrijk, Brugge dan Ieper, serta penyebaran mazhab Kalvinis secara agresif yang terus-menerus berlangsung di praja-praja utara, beberapa praja di selatan menandatangani Perjanjian Uni Arras (Atrecht), memaklumkan kesetiaan mereka pada Raja Spanyol. Sebagai tanggapan, Willem mempersatukan praja-praja utara, yakni Holandia, Selandia, Utrecht, Gelre, dan Provinsi Groningen dalam Perjanjian Uni Utrecht pada 23 Januari 1579. Beberapa kota di selatan seperti Brugge, Gent, Brussel, dan Antwerpen bergabung dengan Uni Utrecht, dan dengan demikian ketujuh belas provinsi pun terbagi-bagi ke dalam dua kubu yang saling berseteru.
Pada tahun-tahun berikutnya, Gubernur Spanyol yang baru, Alexander Farnese (Adipati Parma), menaklukkan kembali sebagian besar wilayah Flandria dan Brabant, serta sebagian besar wilayah provinsi-provinsi timur laut. Agama Katolik Roma dipulihkan di sebagian besar kawasan ini. Pada 1585, Antwerpen—kota terbesar di wilayah Negeri-Negeri Dataran Rendah kala itu—jatuh ke tangan Alexander Farnese, sehingga mengakibatkan sekitar setengah dari populasinya melarikan diri ke utara (lihat pula Kejatuhan Antwerpen).
Negeri Belanda terpecah menjadi wilayah utara yang merdeka dan wilayah selatan yang tetap tunduk pada kekuasaan Spanyol. Karena pemerintahan golongan separatis yang didominasi kaum Kalvinis berjalan nyaris tanpa jeda, sebagian besar populasi provinsi-provinsi utara beralih keyakinan menjadi penganut agama Protestan sepanjang beberapa dasawarsa kemudian. Wilayah selatan, di bawah pemerintahan Spanyol, tetap menjadi benteng pertahanan Katolik; sebagian besar kawulanya yang beragama Protestan melarikan diri ke utara. Spanyol menempatkan bala tentara dalam jumlah besar di wilayah selatan, sehingga sewaktu-waktu dapat pula dikerahkan untuk melawan Prancis. Setelah keadaan damai berjalan beberapa waktu, perang kembali meletus pada 1622, dan akhirnya usai pada 30 Januari 1648, dengan penandatanganan Traktat Münster antara Spanyol dan negeri Belanda merdeka. Traktat ini merupakan bagian dari keseluruhan Perjanjian Damai Westfalen tingkat Eropa yang juga mengakhiri Perang Tiga Puluh Tahun.