Masa Bersiap
Pendudukan sekutu

Belanda mengalami kondisi yang sangat lemah akibat Perang Dunia II di Eropa dan baru bangkit kembali sebagai kekuatan militer yang signifikan pada awal tahun 1946. Jepang dan anggota pasukan Sekutu dengan berat hati setuju untuk bertindak sebagai penjaga. Saat pasukan Amerika Serikat pimpinan Douglas MacArthur ditugaskan untuk menduduki pulau-pulau Jepang, Indonesia berada di jurisdiksi Laksamana Inggris Louis Mountbatten, Panglima Sekutu Tertinggi di Komando Asia Tenggara. Daerah kantong sekutu mulai dibentuk di Kalimantan, Morotai (Maluku) dan sebagian wilyah di Irian Jaya, dimana Belanda perlahan-lahan kembali memerintah. Di wilayah angkatan laut Jepang, kedatangan pasukan Sekutu dengan cepat mencegah terjadinya kegiatan revolusioner dimana pasukan Australia diikuti oleh pasukan dan administrator Belanda mengambil alih penyerahan Jepang (kecuali Bali dan Lombok). Karena kurangnya perlawanan yang kuat, dua divisi Angkatan Darat Australia berhasil menduduki Indonesia Timur.
Komando Asia Tenggara yang dipimpin Inggris ditugaskan untuk memulihkan ketertiban dan pemerintahan sipil di Jawa. Belanda menganggap ini berarti pemerintahan kolonial sebelum perang dan terus mengklaim kedaulatan atas Indonesia. Karena pemerintah pengasingan Belanda yang berpusat di London bersekutu dengan Inggris, mereka mengharapkan kembalinya koloni mereka, dan Jepang serta anggota Pasukan Sekutu dengan enggan memenuhi janji ini. Sebelum tanggal 24 Agustus, Perjanjian Urusan Sipil Van Mook–MacArthur masih berlaku. Ketentuan utama perjanjian ini adalah bahwa wilayah yang direbut kembali oleh pasukan Sekutu akan dikembalikan ke kekuasaan Belanda melalui Pemerintahan Sipil Hindia Belanda (NICA). Setelah Perjanjian Urusan Sipil Inggris–Belanda ditandatangani secara resmi, perjanjian tersebut diterima oleh Inggris. Pada tanggal 2 September, diputuskan bahwa perjanjian tersebut akan berlaku untuk semua wilayah Hindia Belanda yang diduduki oleh pasukan Inggris. Namun, pasukan Persemakmuran Inggris tidak mendarat di Jawa untuk menerima penyerahan Jepang hingga akhir September 1945. Tugas langsung Lord Mountbatten termasuk pemulangan sekitar 300.000 orang Jepang dan pembebasan tawanan perang. Ia tidak ingin atau tidak memiliki sumber daya untuk mengerahkan pasukannya dalam perjuangan panjang untuk merebut kembali Indonesia bagi Belanda. Pasukan Inggris pertama tiba di Jakarta pada akhir September 1945, dan tiba di kota-kota seperti Medan, Padang, Palembang, Semarang dan Surabaya pada Oktober. Untuk menghindari konflik dengan pemuda Indonesia, komandan Inggris Letnan Jenderal Sir Philip Christison mengalihkan tentara bekas tentara kolonial Belanda ke Indonesia Timur, dimana pendudukan kembali Belanda berjalan lancar. Ketegangan meningkat saat pasukan Sekutu memasuki Jawa dan Sumatera; bentrokan terjadi antara pihak Republik dan musuh mereka, yaitu tahanan Belanda, pasukan kolonial Belanda (KNIL), Tionghoa, Eurasia, dan Jepang.
Tahap pertama peperangan dimulai pada bulan Oktober 1945 ketika, sesuai dengan ketentuan penyerahan mereka, Jepang mencoba untuk membangun kembali otoritas yang mereka serahkan kepada kaum nasionalis Indonesia di kota-kota. Polisi militer Jepang membunuh pemuda Republik di Pekalongan pada tanggal 3 Oktober, dan pasukan Jepang mengusir pemuda Republik dari Bandung di Jawa Barat dan menyerahkan kota tersebut kepada Inggris, tetapi pertempuran paling sengit yang melibatkan Jepang terjadi di Semarang. Pada tanggal 14 Oktober, pasukan Inggris mulai menduduki kota tersebut. Pasukan Republik yang mundur membalas dengan membunuh antara 130 dan 300 tahanan Jepang yang mereka tahan. Lima ratus orang Jepang dan 2.000 orang Indonesia telah terbunuh dan Jepang hampir merebut kota tersebut enam hari kemudian ketika pasukan Inggris tiba. Sekutu memulangkan sisa pasukan dan warga sipil Jepang ke Jepang, meskipun sekitar 1.000 orang memilih untuk tetap tinggal dan kemudian membantu pasukan Republik dalam memperjuangkan kemerdekaan.
Inggris kemudian memutuskan untuk mengevakuasi 10.000 orang Indo-Eropa dan tahanan Eropa di pedalaman Jawa Tengah yang bergejolak. Detasemen Inggris yang dikirim ke kota Ambarawa dan Magelang menghadapi perlawanan kuat dari pihak Republik dan menggunakan serangan udara terhadap orang Indonesia. Sukarno mengatur gencatan senjata pada tanggal 2 November, tetapi pada akhir November pertempuran kembali terjadi dan Inggris mundur ke pesisir. Serangan Republik terhadap warga sipil Sekutu dan yang diduga pro-Belanda mencapai puncaknya pada bulan November dan Desember, dengan 1.200 orang tewas di Bandung ketika pemuda kembali melakukan serangan. Pada bulan Maret 1946, para anggota Partai Republik yang meninggalkan Bandung menanggapi ultimatum Inggris agar mereka meninggalkan kota Bandung dengan sengaja membakar sebagian besar bagian selatan kota yang dikenal di Indonesia sebagai "Bandung Lautan Api". Pasukan Inggris terakhir meninggalkan Jawa pada bulan November 1946, tetapi saat itu 55.000 pasukan Belanda telah mendarat.