Pasukan Jihad
Latar belakang > Pengusiran orang-orang Kristen

Konflik di Malifut, khususnya penyerangan oleh orang Kao pada bulan Oktober, meningkatkan ketidakpercayaan dan permusuhan antar kelompok etnis dan politik yang berbeda di Ternate. Banyak orang Makian (banyak dari mereka yang mengungsi ke Ternate) dan beberapa orang Tidore menuduh Mudaffar Syah, Sultan Ternate, menghasut orang Kao untuk menentang pembentukan Kecamatan Malifut dan melancarkan serangan kekerasan di wilayah tersebut. Mereka mengklaim bahwa Sultan ingin mendapatkan dukungan dari orang-orang Kao dan komunitas Kristen lainnya di Halmahera, yang memiliki ikatan sejarah dengan kesultanan, untuk kampanye gubernurnya. Kecurigaan ini umum terjadi di kalangan orang Makian, namun juga terdapat di kalangan sebagian masyarakat Tidore dan kelompok selatan lainnya di Kota Ternate dan Tidore.
Sultan Ternate, Mudaffar Syah, juga membuat marah banyak Makian di Ternate karena menolak mengevakuasi masyarakat Malifut ke Ternate pasca penyerangan oleh masyarakat Kao. Dia ingin orang Makian tetap tinggal di Halmahera sampai solusi damai dapat ditemukan. Walikota Ternate, Syamsir Andili, tidak sependapat dengannya dan mengirimkan truk untuk mengangkut orang Makian dari Malifut ke Sidangoli, di mana mereka bisa naik perahu ke Ternate. Andili mencontohkan situasi kemanusiaan yang mendesak dan risiko bagi orang Makian di Halmahera. Hal ini membuat Thaib Armain, Bahar Andili dan Syamsir Andili serta para pengikutnya bersatu melawan Mudaffar Syah. Kedatangan pengungsi Makian dari Malifut pada bulan Oktober meningkatkan ketegangan antara pendukung Ternate dan Mudaffar Syah serta kelompok selatan lainnya di Kota Ternate. Setelah beberapa insiden kekerasan terjadi, Mudaffar Syah mengerahkan pasukan tradisionalnya, Pasukan Kuning, untuk berpatroli di kota dan melindungi beberapa properti dan infrastruktur kelompok Kristen. Ketika kerusuhan anti-Kristen meletus di Ternate pada tanggal 6 November, Pasukan Kuning menyelamatkan banyak kelompok Kristen dan membawa mereka ke istana sultan dan daerah sekitarnya, seperti Dufa-Dufa.
Sultan Ternate, Mudaffar Syah, memprovokasi banyak umat Islam, terutama Makian dan sekutunya, dengan melindungi umat Kristen selama dan setelah kerusuhan November. Dia mengerahkan pasukan tradisionalnya, Pasukan Kuning, untuk berpatroli di kota dan menyelamatkan umat Kristen dari kekerasan. Banyak umat Islam yang menuduhnya sebagai simpatisan Kristen dan mendukung orang Kao dalam konflik Malifut. Mereka juga membenci kehadiran dan perilaku Pasukan Kuning yang mendirikan pos pemeriksaan dan pangkalan di sekitar kota serta mengganggu dan menyerang para pendatang, khususnya Makian dan Tidore. Beberapa sumber menyatakan bahwa Pasukan Kuning memiliki daftar 100 orang Makian yang akan diculik dan disiksa. Pasukan Kuning juga menguasai pusat politik kota, tempat sebagian besar kantor pemerintahan dan infrastruktur berada. Sebagian besar kegiatan pemerintah ditangguhkan selama periode ini. Meski demikian, Mudaffar Syah masih mempunyai peluang besar untuk menjadi Gubernur Maluku Utara, karena ia memiliki mayoritas parlemen provinsi di sisinya. Ia juga dihormati oleh sebagian masyarakat Tidore dan Muslim lainnya karena tradisi Islam dan budayanya serta penentangannya terhadap otoritarianisme dan korupsi. Pemberontakannya terhadap mantan Bupati Abdullah Assagaf pernah ia tunjukkan pada tahun 1998 dengan menyerang kantornya oleh Pasukan Kuning.