Paus Benediktus XVI
Karier sebelum kepausan (1951–2005) > Prefek Kongregasi Ajaran Iman (1981–2005)

Artikel utama: Joseph Ratzinger sebagai Prefek Kongregasi bagi Ajaran Iman
Pada tanggal 25 November 1981, Paus Yohanes Paulus II, setelah pensiunnya Franjo Šeper, menunjuk Ratzinger sebagai Prefek Kongregasi bagi Doktrin Iman, yang sebelumnya dikenal sebagai "Kongregasi Suci Kantor Suci", Inkuisisi Roma yang bersejarah. Akibatnya, dia mengundurkan diri dari jabatannya di Munich pada awal tahun 1982. Dia dipromosikan di Dewan Kardinal menjadi Kardinal Uskup Velletri-Segni pada tahun 1993 dan diangkat menjadi wakil dekan perguruan tinggi tersebut pada tahun 1998 dan dekan pada tahun 2002. Hanya setahun setelah didirikan pada tahun 1990, Ratzinger bergabung dengan European Academy of Sciences and Arts di Salzburg.
Ratzinger membela dan menegaskan kembali doktrin Katolik, termasuk pengajaran tentang topik-topik seperti pengendalian kelahiran, homoseksualitas, dan dialog antaragama. Teolog Leonardo Boff, misalnya, diskors, sementara yang lain seperti Matthew Fox dikecam. Masalah-masalah lain juga memicu kecaman atau pencabutan hak untuk mengajar: misalnya, beberapa tulisan anumerta dari pastor Yesuit Anthony de Mello menjadi subjek pemberitahuan. Ratzinger dan jemaatnya memandang banyak dari karya-karya tersebut, khususnya karya-karya selanjutnya, memiliki unsur indiferentisme agama (dengan kata lain, bahwa Kristus adalah "satu tuan di samping yang lain"). Secara khusus, Dominus Iesus, yang diterbitkan oleh kongregasi pada tahun yubileum 2000, menegaskan kembali banyak gagasan yang belakangan ini “tidak populer”, termasuk pendirian Gereja Katolik bahwa “keselamatan tidak ada pada siapapun juga, sebab tidak ada nama lain di bawah nama-nama lain.” surga yang diberikan kepada manusia yang olehnya kita dapat diselamatkan." Dokumen tersebut membuat marah banyak gereja Protestan dengan mengklaim bahwa mereka bukanlah gereja, melainkan "komunitas gerejawi".
Surat Ratzinger tahun 2001 De delictis gravioribus mengklarifikasi kerahasiaan penyelidikan internal gereja, sebagaimana didefinisikan dalam dokumen tahun 1962 Crimen solliitationis, atas tuduhan yang dibuat terhadap pastor atas kejahatan tertentu, termasuk pelecehan seksual. Hal ini menjadi subyek kontroversi selama kasus pelecehan seksual. Selama 20 tahun, Ratzinger menjadi orang yang bertugas menegakkan dokumen tersebut.
Meskipun para uskup hanya menjaga kerahasiaan secara internal, dan tidak menghalangi penyelidikan oleh penegak hukum sipil, surat tersebut sering dianggap mendukung upaya menutup-nutupi. Kemudian, sebagai Paus, dia dituduh dalam tuntutan hukum berkonspirasi untuk menutupi penganiayaan terhadap tiga anak laki-laki di Texas, namun mencari dan memperoleh kekebalan diplomatik dari tanggung jawab.
Pada tanggal 12 Maret 1983, Ratzinger, sebagai prefek, memberi tahu umat awam dan pastor bahwa Uskup Agung Pierre Martin Ngô Đình Thục telah melakukan ekskomunikasi latae sententiae untuk penahbisan terlarang uskup tanpa mandat apostolik. Pada tahun 1997, ketika ia berusia 70 tahun, Ratzinger meminta izin kepada Paus Yohanes Paulus II untuk meninggalkan Kongregasi Ajaran Iman dan menjadi arsiparis di Arsip Apostolik Vatikan dan pustakawan di Perpustakaan Vatikan, namun Paus Yohanes Paulus II menolak persetujuannya.
Ratzinger terlibat dalam dialog dengan ahli teori kritis Jürgen Habermas pada tahun 2004, diterbitkan tiga tahun kemudian oleh Ignatius Press.