Slobodan Milošević
Pengadilan

Setelah dipindahkannya Milošević, tuduhan-tuduhan awal berupa kejahatan perang di Kosovo ditambah dengan tuduhan-tuduhan genosida di Bosnia dan kejahatan perang di Kroasia. Pada 30 Januari 2002, Milošević menuduh bahwa pengadilan penjahat perang itu melakukan "serangan jahat dan penuh permusuhan" terhadap dirinya. Pengadilan dimulai di Den Haag pada 12 Februari 2002, dengan Milošević membela dirinya sendiri sementara menolak untuk mengakui keabsahan yurisdiksi pengadilan itu.
Popularitasnya di antara orang-orang Serbia dan Yugoslavia kembali meningkat tajam begitu pengadilan itu dimulai, karena para pendukungnya memandangnya sebagai cemoohan terhadap keadilan dan pelanggaran terhadap kedaulatan nasional.
Milošević mempunyai sebuah tim di Beograd yang menolongnya, sering kali mengirimkan kepadanya informasi yang didapat dari arsip-arsip polisi rahasia. Orang-orang dalam di Serbia sering kali mendukung sudut pandangan Milošević, sementara saksi-saksi Bosnia dan Kroasia menawarkan banyak kesaksian yang mendukung tuduhan-tuduhannya. Pengadilan ini harus membuktikan bahwa Milošević mempunyai tanggung jawab komando di Kroasia dan Bosnia, setidak-tidaknya secara de facto, karena secara resmi sebagai Presiden Serbia pada saat itu ia tidak berkuasa. Pengaruhnya mungkin telah melampaui tugas-tugas resmiknya, namun tidak ada catatan tentang semua itu.
Milošević sendiri tidak dianggap oleh sejumlah orang sezamannya sebagai seorang nasionalis radikal (meskipun sebagian pengikutnya termasuk). Retorika Milošević tidak menggunakan ucapan-ucapan yang mengandung kebencian.
Pada suatu saat pada masa perang Yugoslavia, Serbia menolak kerja sama lebih jauh dengan orang-orang Serbia Kroasia (Republik Serbia Krajina), dan juga dengan orang-orang Serbia Bosnia (Republika Srpska, pada 1993, ketika Serbia menutup perbatasan di sungai Drina. Setelah Persetujuan Dayton pada 1995, partai radikal) kaum nasionalis Serbia (Vojislav Šešelj menjadi lawan-lawannya yang paling kuat, hingga 1998 ketika mereka bergabung dengan partainya dalam suatu pemerintahan koalisi.
Pengadilan ini sendiri masih merupakan masalah kontrovesial dan telah menampilkan banyak kesaksian yang bertentangan dan aneh, yang dipandang oleh banyak pihak mendukung teori penyelubungan dan ketidakjujuran dari pihak-pihak yang belawanan. Misalnya:
pernyataan oleh William Walker, bekas duta besar AS di El Salvador selama perang itu, bahwa ia tidak ingat menelepon sejumlah pejabat senior AS untuk mengatakan bahwa, di Racak, ia telah menemukan pembenaran untuk perang NATO, tetapi ia tidak menyangkal bahwa pejabat-pejabat yang mengatakan bahwa mereka telah menerima teleponnya menceritakan kebenaran,
kesaksian oleh Jenderal Wesley Clark bahwa Milošević telah secara pribadi mendekatinya pada sebuah konferensi untuk mengakui bahwa ia mengetahui sebelumnya tentang rencana pembantaian Srebrenica dan dalam bukti yang sama bahwa NATO tidak mempunyai kaitan dengan KLA,
pernyataan oleh Rade Marković bahwa sebuah pernyataan tertulis yang telah dibuatnya yang melibatkan Milošević didapatkan daripadanya melalui tekanan yang setara dengan siksaan oleh sejumlah perwira NATO yang disebutkan namanya,
pernyataan oleh Lord Owen (pengarang Rencana Vance Owen) bahwa Milošević adalah satu-satunya pemimpin yang secara konsisten telah mendukung perdamaian dan bahwa bentuk rasisme apapun di matanya adalah suatu "anatema".
Jaksa penuntut membutuhkan dua tahun untuk menyampaikan tuntutannya pada bagian pertama dari pengadilan itu, yang mencakup perang di Kroasia, Bosnia dan Kosovo. Sepanjang dua tahun itu, proses peradilan ini diikuti dengan cermat oleh masyarakat dari republik-republik bekas Yugoslavia karena menakup berbagai kejadian penting dari perang tersebut serta melibatkan sejumlah saksi penting.
Milošević semakin parah sakitnya sepanjang waktu ini (tekanan darah tinggi dan flu yang parah), yang menyebabkan jeda dan pengadilan yang diperpanjang hingga sekurang-kurangnya enam bulan. Pada awal 2004, ketika akhirnya ia muncul di pengadilan untuk mulai menyampaikan pembelaanya (dengan menyebutkan lebih dari 1.200 orang saksi), kedua hakim ICTY memutuskan untuk menunjuk dua orang pengacara sesuai dengan pandangan-pandangan kardiolog di pengadilan. Tindakan ini ditentang oleh Milošević sendiri serta kedua pengacara Britania yang ditunjuk mendampinginya.
Pada November 2004, bekas Perdana Menteri Soviet, Nikolai Ryzhkov menjadi tokoh penting pertama yang memberikan kesaksian yang meringankan.
Ada anggapan bahwa bila diizinkan mengajukan pembelaan, Milošević akan berusaha membuktikan bahwa serangan NATO atas Yugoslavia adalah sebuah agresi, dan karena itu merupakan suatu kejahatan perang di bawah undang-undang internasinoal dan bahwa, sementara mendukung KLA, mereka sadar bahwa mereka telah mempraktikkan dan bermaksud untuk melanjutkan genosida, yang merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan. Bila tuntutan prima facie atas kedua klaim itu terbukti, ICTY secara hukum, berdasarkan kerangka acuannya sendiri, harus menyiapkan tuduhan terhadap para pemimpin dari kebanyakan negara NATO, meskipun Jaksa Penuntut telah menyimpulkan suatu “penelitian” terhadap para pemimpin NATO.