Pendudukan Timor Leste oleh Indonesia
Akhir dari kendali Indonesia > Penarikan pasukan Indonesia dan pasukan penjaga perdamaian

Artikel utama: INTERFET
Kekerasan tersebut disambut dengan kemarahan publik yang meluas di Australia, Portugal dan di tempat lain dan para aktivis di Portugal, Australia, Amerika Serikat dan negara-negara lain menekan pemerintah mereka untuk mengambil tindakan. Perdana Menteri Australia John Howard berkonsultasi dengan Sekjen PBB Kofi Annan dan melobi Presiden AS Bill Clinton untuk mendukung pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur guna mengakhiri kekerasan. Amerika Serikat menawarkan sumber daya logistik dan intelijen yang penting dan kehadiran pencegah "di luar cakrawala", tetapi tidak mengerahkan pasukan untuk operasi tersebut. Akhirnya, pada 11 September, Bill Clinton mengumumkan:
Saya telah menjelaskan bahwa kesediaan saya untuk mendukung bantuan ekonomi masa depan dari masyarakat internasional akan tergantung pada bagaimana Indonesia menangani situasi mulai hari ini.
Indonesia, dalam kesulitan ekonomi yang parah, mengalah. Presiden B.J. Habibie mengumumkan pada 12 September bahwa Indonesia akan menarik tentaranya dan mengizinkan pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur. Garnisun Indonesia di timur pulau itu adalah Batalyon 745, yang sebagian besar ditarik melalui laut, tetapi satu kompi, mengambil kendaraan batalyon dan alat berat, mundur ke barat sepanjang jalan pantai utara, menuju Dili dan perbatasan Indonesia, meninggalkan kematian dan kehancuran saat mereka pergi. Mereka membunuh lusinan penduduk desa yang tidak bersalah dan tidak bersenjata di sepanjang jalan dan, di dekat Dili, membunuh seorang jurnalis dan berusaha membunuh dua lagi.
Pada tanggal 15 September 1999, DK PBB menyatakan keprihatinannya atas situasi yang memburuk di Timor Timur, dan mengeluarkan Resolusi DK PBB 1264 yang menyerukan kekuatan multinasional untuk memulihkan perdamaian dan keamanan di Timor Timur, untuk melindungi dan mendukung misi Perserikatan Bangsa-Bangsa di sana, dan untuk memfasilitasi operasi bantuan kemanusiaan sampai pasukan penjaga perdamaian Perserikatan Bangsa-Bangsa dapat disetujui dan dikerahkan di daerah tersebut.
Pasukan Internasional untuk Timor Timur, atau INTERFET, di bawah komando Mayjen Peter Cosgrove, memasuki Dili pada tanggal 20 September dan pada tanggal 31 Oktober pasukan Indonesia terakhir telah meninggalkan Timor Timur. Kedatangan ribuan tentara internasional di Timor Timur menyebabkan milisi melarikan diri melintasi perbatasan ke Indonesia, dimana serangan lintas batas sporadis oleh milisi terhadap pasukan INTERFET dilakukan
Administrasi Sementara PBB di Timor Timur (UNTAET) didirikan pada akhir Oktober dan mengatur wilayah itu selama dua tahun. Kontrol negara diserahkan kepada Pemerintah Timor Leste dan kemerdekaan dideklarasikan pada 20 Mei 2002. Pada tanggal 27 September di tahun yang sama, Timor Leste bergabung dengan Perserikatan Bangsa-Bangsa sebagai anggota ke-191.
Sebagian besar pasukan militer INTERFET berasal dari Australia—lebih dari 5.500 tentara pada puncaknya, termasuk infanteri brigade, dengan dukungan lapis baja dan penerbangan—sementara 22 negara lain akhirnya berkontribusi membentuk kekuatan yang pada puncaknya berjumlah lebih dari 11.000 tentara. Amerika Serikat memberikan dukungan logistik dan diplomatik yang penting selama krisis, kapal penjelajah USS Mobile Bay beroperasi di laut lepas, sementara kapal Australia, Kanada, dan Inggris memasuki Dili. Sebuah batalyon infanteri Marinir AS yang terdiri dari 1.000 orang—ditambah baju besi dan artileri organik—juga ditempatkan di lepas pantai di atas USS Belleau Wood untuk menyediakan cadangan strategis jika terjadi oposisi bersenjata yang signifikan.