William S. Clark
Karier di Jepang

Pada tahun 1876, Clark diundang ke Jepang oleh Pemerintah Meiji untuk mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo (sekarang Universitas Hokkaido). Setelah Restorasi Meiji 1867, pemerintah melakukan modernisasi secara besar-besaran, dan merekrut akademisi serta pakar militer dalam jumlah besar dari Eropa dan Amerika Serikat. Mereka didatangkan untuk membantu mempercepat proses modernisasi. Pemerintah Jepang menyebut tenaga ahli asing tersebut sebagai oyatoi gaikokujin atau "orang asing sewaan".
Ketika sedang mencari model untuk perguruan tinggi pertanian di Jepang, Menteri Urusan Amerika Serikat Mori Arinori meminta pendapat Komisaris Departemen Pertanian Amerika Serikat Horace Capron. Jepang disarankan oleh Capron agar mengambil Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts sebagai model. Setelah mengunjungi kampus di Massachusetts, Mori kemudian merekomendasikan William Clark kepada Pemerintah Jepang sebagai kandidat yang ideal untuk mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo.
Clark menandatangani kontraknya dengan Pemerintah Jepang pada 3 Maret 1876 di Washington, D.C.. Akibat inkonsistensi dalam terjemahan, hingga kini terdapat perbedaan mengenai nama jabatan resminya yang sebenarnya. Menurut penulis biografi John Maki, nama jabatan dalam surat kontrak bahasa Jepang berbeda dengan surat kontrak versi bahasa Inggris. Surat kontrak versi bahasa Jepang menulis jabatannya sebagai, "kepala pengajar (yakni, asisten direktur)."  Oleh karena itu, orang Jepang menyebut Clark sebagai "asisten direktur" atau kadang-kadang "wakil rektor". Namun, dalam surat kontrak versi bahasa Inggris, kata "'rektor' dimasukkan ke dalam teks dan diparaf oleh Yoshida Kiyonari (Menteri Urusan Amerika Serikat)." Terlepas dari nama jabatannya, Clark mendapat dukungan penuh dari Pemerintah Jepang sewaktu mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian di Sapporo, dan diberi wewenang penuh atas sekolah itu ketika dirinya berada di Jepang.
Clark menetap selama delapan bulan di Sapporo dari tahun 1876 hingga 1877. Setelah sebelumnya mendapat kecaman dari media massa Massachusetts, ia puas dengan kerja sama yang begitu antusias dari Pemerintah Jepang. Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo didirikannya hanya dalam satu bulan. Clark menulis kepada istrinya, "Saya sebenarnya sedang membangun kembali Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts ... di sisi lain Bumi."  Ketika mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo, Clark memperkenalkan model tanah pertanian dan peternakan Amerika yang pertama berikut lumbungnya, sekaligus unit mahasiswa pertama di Jepang. Ia juga memperkenalkan tanaman jenis baru dan teknik-teknik baru dalam bidang pertanian, perikanan, dan peternakan.
Atasan langsungnya ketika mendirikan sekolah itu adalah Gubernur Hokkaido (dan nantinya Perdana Menteri Jepang) Kuroda Kiyotaka. Keduanya saling menghormati satu sama lainnya karena sama-sama memiliki pengalaman dinas militer. Hubungan baik keduanya membantu banyak pencapaian yang berhasil diraih Clark selama bertugas di Sapporo. Ia tidak hanya berhasil menerapkan program-program Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts, melainkan juga pembangunan wilayah Hokkaido.
Pada waktu itu Hokkaido adalah wilayah jauh dari pembangunan, dan masih banyak pekerjaan yang harus dilakukan untuk membangun pulau itu. Saran-saran dari Clark selalu disambut baik oleh Kuroda dan sering kali diterapkannya. Clark menyampaikan berbagai usulan kepada gubernur, di antaranya konversi nelayan migran menjadi pemukim tetap, dan pembangunan industri tekstil. Pada kenyataannya, ia sendiri bahkan tampak terkejut dengan ruang lingkup pengaruhnya terhadap urusan kolonial, seperti yang ditulis kepada istrinya, "Gubernur Kuroda terus-menerus berkonsultasi dengan aku dan selalu mengikuti saranku."  Ia kemudian menulis, "Aku gemetar memikirkan begitu banyaknya kepercayaan yang dibebankan kepadaku dan tanggung jawabku sehari-hari."
Kehadiran Clark tidak hanya berdampak signifikan terhadap pengembangan Hokkaido, tapi juga berpengaruh kuat terhadap mahasiswa angkatan pertama Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo. Retorika tentang ambisi dan pengharkatan diri seperti pernah disampaikannya di Massachusetts ternyata lebih bergaung di kalangan mahasiswa Jepang yang baru saja bangkit dari kekakuan sistem kasta feodal. Selama mengajar di kelas, kuliah informal malam hari, dan piknik mengumpulkan spesimen botani, Clark membahas moralitas dan mendesak murid-muridnya agar "bersikap jantan" ("Be gentlemen").
Meskipun Pemerintah Jepang melarang pengajaran Alkitab di sekolah-sekolah negeri, Clark boleh menggunakan Alkitab selama memberikan kuliah etika. Persetujuan didapatnya dari Kuroda setelah berusaha keras. Kesempatan yang diberikan kepadanya itu membuatnya dapat mengajarkan prinsip-prinsip kekristenan kepada mahasiswa angkatan pertama. Mereka kemudian mempengaruhi mahasiswa angkatan kedua yang masuk setelah Clark pulang ke Amerika. Pada tahun 1877, mahasiswa Sekolah Tinggi Pertanian Hokkaido yang masuk agama Kristen berjumlah 31 orang. Mereka menandatangani sebuah dokumen berjudul "Perjanjian dari Pemercaya Yesus" yang disusun oleh Clark. Beberapa di antaranya kemudian memainkan peran penting dalam bidang kekristenan, pendidikan, dan hubungan internasional selama Jepang berlanjut melakukan modernisasi pada awal abad ke-20. Alumni seperti Uchimura Kanzō (pendiri Gerakan Nongereja yang beranggotakan orang Kristen yang tidak menjadi anggota salah satu gereja dari Barat) dan Nitobe Inazo (seorang Quaker, pendidik, dan diplomat) masih dikenal secara nasional di Jepang. Mereka keduanya berasal dari angkatan kedua.
Selama tinggal di Hokkaido, Clark meneliti flora lokal dan mengintroduksi spesies-spesies tumbuhan dan pohon baru dari Jepang di Amerika Serikat. Pilahan biji-bijian dalam jumlah besar yang dikirimnya ke Massachusetts sebagian besar di antaranya terbukti bernilai istimewa bagi tanah kelahirannya. Alasannya, tempat biji-bijian tersebut diambil berada di garis lintang yang tinggi. Di Teine-ku, Sapporo, ia menemukan lumut baru di sisi Gunung Teine pada ketinggian 980 m. Lumut spesies baru itu oleh Edward Tuckerman diberi nama Cetraria clarkii, sebagai penghormatan untuknya.
Pada hari kepulangan Clark, 16 April 1877, para mahasiswa dan staf pengajar Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo mengantarkannya hingga sampai di Desa Shimamatsu yang waktu itu berada 21 km di luar kota Sapporo. Seperti diceritakan salah seorang mahasiswa bernama Masatake Oshima, setelah mengucapkan selamat tinggal, Clark berteriak, "Boys, be ambitious!" ("Anak-anak, jadilah orang ambisius!") Hingga kini ada beberapa versi berbeda mengenai kata perpisahan yang diucapkan Clark, di antaranya "Anak-anak, jadilah orang ambisius, seperti orang tua ini!" atau "Anak-anak, jadilah orang ambisius demi Kristus!" Kata perpisahan dalam versi lebih panjang dimuat dalam lukisan keberangkatan Clark yang dilukis tahun 1971 dan digantung di Gedung Dewan Perwakilan Rakyat Prefektur di Sapporo. Kalimat perpisahan tersebut berbunyi, "Anak-anak, jadilah orang ambisius! Jadilah ambisius bukan untuk uang atau untuk membesarkan ego, bukan untuk hal yang cepat berlalu dari ingatan yang disebut orang sebagai ketenaran. Jadilah ambisius untuk mencapai semua prestasi yang harus dicapai seorang laki-laki".