Julius Robert Oppenheimer
Kegiatan pascaperang > Sidang keamanan

Artikel utama: Pemeriksaan keamanan Oppenheimer
FBI, yang pada saat itu dipimpin oleh J. Edgar Hoover, telah memata-matai Oppenheimer sejak sebelum perang, ketika ia menunjukkan simpatinya terhadap gerakan komunis saat bekerja sebagai profesor di Berkeley dan dekat dengan anggota Partai Komunis Amerika Serikat, termasuk istri dan adiknya. FBI sendiri menduga kuat Oppenheimer adalah anggota Partai Komunis, yang didasarkan pada penyadapan telepon. Dalam percakapan di telepon, salah seorang anggota partai diduga menyebutnya sebagai komunis, serta laporan dari orang dalam partai. Ia diawasi dengan ketat sejak awal 1940-an, rumah dan kantornya dimata-matai, teleponnya disadap, dan surat-suratnya diperiksa.
FBI dibantu oleh musuh-musuh politik Oppenheimer untuk memberikan bukti yang menunjukkan hubungannya dengan komunis. Musuh-musuh ini termasuk Lewis Strauss, komisaris AEC yang sejak lama memendam kebencian terhadap Oppenheimer, baik atas tindakannya yang menentang pengembangan bom hidrogen maupun atas penghinaannya terhadap Strauss di hadapan Kongres beberapa tahun sebelumnya. Strauss telah menyatakan penolakannya untuk mengekspor isotop radioaktif ke negara lain, dan Oppenheimer menyebutnya "kurang penting dari perangkat elektronik tetapi lebih penting dari vitamin".
Pada tanggal 7 Juni 1949, Oppenheimer bersaksi di hadapan Dewan Komite Kegiatan Anti-Amerika (HUAC) bahwa ia memiliki hubungan dengan Partai Komunis AS pada tahun 1930-an. Ia juga bersaksi bahwa beberapa muridnya, termasuk David Bohm, Giovanni Rossi Lomanitz, Philip Morrison, Bernard Peters, dan Joseph Weinberg adalah anggota partai komunis saat ia mengajar di Berkeley. Frank Oppenheimer dan istrinya, Jackie, bersaksi di hadapan HUAC bahwa mereka berdua pernah menjadi anggota Partai Komunis AS. Frank kemudian dipecat dari jabatannya sebagai dosen di Universitas Minnesota. Ia kesulitan mencari pekerjaan yang sesuai keahliannya selama bertahun-tahun dan menjadi peternak sapi di Colorado. Ia akhirnya mengajar fisika di SMA dan kemudian mendirikan Exploratorium San Francisco.
Peristiwa yang memicu sidang keamanan Oppenheimer terjadi pada tanggal 7 November 1953, ketika William Liscum Borden, yang saat itu menjadi direktur eksekutif Komite Gabungan Kongres Amerika Serikat untuk Energi Atom, menulis surat kepada Hoover, mengungkapkan bahwa "kemungkinan besar J. Robert Oppenheimer adalah seorang agen Uni Soviet". Eisenhower tidak memercayai tuduhan dalam surat tersebut, tetapi merasa terdorong untuk melanjutkan penyelidikan, dan pada tanggal 3 Desember, ia memerintahkan agar akses Oppenheimer terhadap rahasia pemerintah atau militer ditiadakan.
Pada tanggal 21 Desember 1953, Strauss memberi tahu Oppenheimer bahwa izin keamanannya telah ditangguhkan, dan masih harus menunggu keputusan hukuman atas serangkaian tuduhan yang diuraikan di dalam surat. Strauss juga membahas mengenai pengunduran dirinya dengan meminta agar ia mengakhiri kontrak konsultasinya dengan AEC. Oppenheimer memilih untuk tidak mengundurkan diri dan meminta agar ia disidang saja. Tuduhan terhadap Oppenheimer diuraikan dalam surat dari Kenneth D. Nichols, manajer umum AEC.
Sidang Oppenheimer pada bulan April–Mei 1954 digelar secara rahasia, membahas mengenai hubungannya dengan komunis pada masa lalu dan hubungannya  dengan ilmuwan yang dicurigai tidak loyal atau komunis semasa Proyek Manhattan. Pembahasan ini kemudian dilanjutkan dengan penyelidikan mengenai penentangan Oppenheimer terhadap bom H dan sikapnya dalam proyek dan kelompok belajar lainnya. Transkrip sidangnya diterbitkan pada bulan Juni 1954, dengan beberapa redaksi. Pada tahun 2014, Departemen Energi Amerika Serikat memublikasikan transkrip lengkapnya.
Salah satu hal penting dalam sidang Oppenheimer adalah kesaksian awalnya mengenai pendekatan George Eltenton kepada sejumlah ilmuwan di Los Alamos, cerita yang diakui Oppenheimer ia karang untuk melindungi temannya, Haakon Chevalier. Tanpa sepengetahuan Oppenheimer, kesaksiannya ini direkam saat ia diinterogasi satu dekade sebelumnya. Oppenheimer terkejut di kursi saksi saat mendengarkan transkrip kesaksiannya tersebut, yang belum sempat ia tinjau. Faktanya, Oppenheimer tidak pernah memberi tahu Chevalier bahwa ia menyebutkan namanya, dan kesaksian tersebut menyebabkan Chevalier kehilangan pekerjaannya. Chevalier dan Eltenton mengungkapkan bahwa mereka memiliki cara untuk menyampaikan informasi kepada pihak Soviet. Eltenton mengaku ia mengatakannya kepada Chevalier dan Chevalier kemudian menyampaikannya kepada Oppenheimer, tetapi keduanya menganggap informasi tersebut sebagai desas-desus belaka dan menyangkal tuduhan pengkhianatan atau spionase, baik dalam segi rencana maupun perbuatan. Tidak ada yang dihukum atas tuduhan ini.
Teller bersaksi bahwa ia menganggap Oppenheimer sebagai orang yang setia kepada pemerintah AS. Ia mengungkapkan:
Dalam banyak kasus, saya telah melihat Dr. Oppenheimer bertindak, saya mengerti cara Dr. Oppenheimer bertindak, meski dengan cara yang bagi saya sangat sulit untuk dipahami. Saya benar-benar tidak setuju dengannya dalam banyak hal, dan tindakannya terus terang membuat saya bingung dan pelik. Sejauh ini saya ingin melihat kepentingan vital negara ini di tangani oleh orang yang saya pahami dengan lebih baik, dan dengan demikian lebih terpercaya. Dalam pengertian yang sangat terbatas ini saya ingin mengungkapkan perasaan bahwa saya secara pribadi merasa lebih aman jika urusan publik berada di tangan orang lain.
Kesaksian Teller membuat marah komunitas ilmuwan, dan ia nyaris dikucilkan dari kalangan akademis. Ernest Lawrence menolak bersaksi, memanfaatkan penyakit kolitis ulseratif yang dideritanya sebagai alasan, tetapi kecaman Lawrence terhadap Oppenheimer dalam sebuah wawancara diajukan sebagai bukti. Groves, yang dilanda ketakutan bahwa FBI akan menyalahkannya karena menutupi kesalahan Chevalier pada tahun 1943, juga bersaksi melawan Oppenheimer.
Banyak ilmuwan tersohor, serta tokoh pemerintah dan militer, bersaksi atas nama Oppenheimer. Ketidakkonsistenannya dalam bersaksi dan perilakunya yang tidak menentu di ruang sidang – pada satu kesempatan ia mengatakan telah menceritakan hal-hal yang mustahil karena ia "seorang idiot" – meyakinkan sejumlah pihak bahwa kondisinya tidak stabil dan berisiko tidak aman. Oleh sebab itu, izin keamanan Oppenheimer dicabut satu hari sebelum jatuh tempo. Rabi berkomentar bahwa Oppenheimer hanyalah seorang konsultan pemerintah pada saat itu dan jika pemerintah "tidak ingin berkonsultasi dengan orang tersebut, maka jangan berkonsultasi dengannya".
Saat persidangannya, Oppenheimer dengan sukarela bersaksi mengenai aktivitas sayap kiri rekan-rekannya. Seandainya izinnya tidak dicabut, ia mungkin akan dikenang sebagai seseorang yang "menyebut nama orang lain" untuk menyelamatkan reputasinya sendiri, tetapi sebagian besar komunitas sains menganggapnya sebagai martir bagi McCarthyisme, seorang liberal eklektik yang secara tidak adil diserang oleh musuh pemihak perang, menjadi simbol pergeseran peran ilmuwan dari akademisi menjadi militer. Wernher von Braun mengatakan kepada Komite Kongres bahwa "Di Inggris, Oppenheimer akan diberi gelar kebangsawanan".
Dalam sebuah seminar di The Wilson Center pada tahun 2009, sesuai dengan analisis ekstensif terhadap buku catatan Vassiliev yang diperoleh dari arsip KGB, John Earl Haynes, Harvey Klehr dan Alexander Vassiliev menegaskan bahwa Oppenheimer tidak pernah menjadi mata-mata Uni Soviet, meskipun intelijen Soviet berulang kali mencoba merekrutnya. Sebaliknya, Oppenheimer mengeluarkan beberapa orang dari Proyek Manhattan yang dicurigainya berhubungan dengan Uni Soviet. Haynes, Klehr dan Vassiliev juga mengungkapkan Oppenheimer "sebenarnya adalah anggota rahasia CPUSA pada akhir 1930-an". Menurut penulis biografi Ray Monk: "Dia, dalam arti yang sangat praktis dan nyata, adalah pendukung Partai Komunis. Selain itu, dalam hal waktu, tenaga, dan uang yang dihabiskan untuk kegiatan partai, dia adalah pendukung yang sangat berkomitmen."
Pada tanggal 16 Desember 2022, Menteri Energi Amerika Serikat, Jennifer Granholm, membatalkan pencabutan izin keamanan Oppenheimer tahun 1954. Ia menyatakan, "Pada tahun 1954, Komisi Energi Atom mencabut izin keamanan Dr. Oppenheimer melalui proses cacat yang bertentangan dengan peraturan Komisi itu sendiri. Seiring berjalannya waktu, semakin banyak bukti yang terungkap mengenai bias dan ketidakadilan dari proses yang dialami oleh Dr. Oppenheimer, sedangkan bukti kesetiaan dan kecintaannya pada negara semakin ditegaskan."