Perang agama Eropa
Britania Raya dan Irlandia > Perang saudara Skotlandia

Lihat pula: Skotlandia dalam Perang Tiga Kerajaan § Kekalahan dan kematian Montrose, dan Skotlandia dalam Perang Tiga Kerajaan § Perang saudara ketiga
Eksekusi mati atas Raja Charles I mengubah dinamika perang saudara di Skotlandia yang menjadi ajang perseteruan antara kaum Royalis dan kaum Kovenanter sejak 1644. Pada 1649, perseteruan ini telah membuat kaum Royalis tercerai-berai dan mantan pemimpin mereka, Marquess Montrose, berangkat ke pembuangan. Meskipun demikian, Montrose, yang telah menghimpun sepasukan prajurit bayaran di Norwegia, kelak kembali namun tidak berhasil menggerakkan puak-puak Tanah Tinggi untuk mendukungnya, dan kaum Kovenanter pun berjaya menaklukkan pasukannya dalam Pertempuran Carbisdale di Ross-shire pada 27 April 1650. Pihak pemenang membekuk Montrose tak lama kemudian dan menggiringnya menuju Edinburgh. Pada 20 Mei Parlemen Skotlandia menjatuhkan hukuman mati atas dirinya. Sehari kemudian ia dieksekusi mati dengan cara digantung.
Pada 23 Juni 1650 Raja Charles II mendarati Skotlandia di Garmouth, Moray, dan menandatangani Kovenan Nasional 1638 serta Solemn League and Covenant 1643 segera sesudah turun ke darat. Dengan dukungan dari pengikutnya (kaum Royalis) dan sekutu barunya (kaum Kovenanter), Raja Charles II tampil sebagai ancaman terbesar bagi Republik Inggris yang baru saja berdiri. Menghadapi ancaman ini, Cromwell pun meninggalkan beberapa letnannya di Irlandia untuk meneruskan aksi pemberantasan kaum Royalis Irlandia dan pulang ke Inggris.
Ia tiba di Skotlandia pada 22 Juli 1650 dan segera mengepung Edinburgh. Pada akhir Agustus, wabah penyakit dan menipisnya perbekalan membuat jumlah prajuritnya berkurang, sehingga ia terpaksa memerintahkan pasukannya untuk mundur ke pangkalannya di Dunbar. Sepasukan prajurit Skotlandia di bawah pimpinan David Leslie berusaha menghalangi gerak mundur itu, namun Cromwell berhasil mengalahkan mereka dalam Pertempuran Dunbar pada 3 September. Pasukan Cromwell selanjutnya merebut Edinburgh, dan pada penghujung tahun itu mereka telah berhasil menduduki sebagian besar kawasan selatan Skotlandia.
Pada Juli 1651, pasukan Cromwell melintasi Firth of Forth menuju Fife dan berhasil mengalahkan orang-orang Skotlandia dalam Pertempuran Inverkeithing pada 20 Juli 1651. Angkatan Darat Model Baru kemudian bergerak menuju Perth, sehingga Charles berkesempatan memimpin bala tentara Skotlandia beringsut ke selatan memasuki wilayah Inggris. Cromwell membuntuti Charles ke wilayah Inggris, meninggalkan George Monck untuk menuntaskan penyerangan atas Skotlandia. Monck merebut Stirling pada 14 Agustus dan Dundee pada 1 September. Setahun kemudian, pada 1652, dilakukan pembersihan terhadap sisa-sisa perlawanan kaum Royalis dengan berlandaskan isi "Tender Persatuan".
Meskipun bala tentara kaum Kalvinis berjaya di kawasan selatan dan daerah Tanah Rendah Skotlandia, banyak puak Tanah Tinggi Skotlandia tetap Katolik atau Episkopal untuk menunjukkan simpati mereka. Puak MacDonald yang beragama Katolik menjadi korban Pembantaian Glencoe akibat terlambat bersumpah setia kepada Raja William III yang beragama Protestan pada 1691. Puak-puak Tanah Tinggi pun tergerak untuk bersatu mendukung ahli waris takhta Inggris yang beragama Katolik dalam Pemberontakan Yakobit namun berakhir dengan kegagalan, baik ketika mendukung mantan Raja James III dari wangsa Stuart pada 1715 maupun ketika mendukung Charles Edward Stuart pada 1745.