John Knox
Knox dan Ratu Mary (1561–1564)

Pada tanggal 19 Agustus 1561, meriam ditembakkan di Leith untuk mengumumkan kedatangan Ratu Mary di Skotlandia. Ketika Ratu menghadiri misa yang dirayakan di kapel kerajaan di Istana Holyrood lima hari kemudian, hal ini memicu protes terhadap misa dari kaum Protestan yang menyebabkan salah satu pelayannya terdorong dalam kerumunan. Keesokan harinya ia mengeluarkan pernyataan bahwa tidak akan ada perubahan terhadap kondisi agama saat itu dan bahwa para pelayannya tidak boleh dilecehkan atau diganggu. Banyak bangsawan yang menerima hal ini, tetapi tidak dengan Knox. Pada hari Minggu berikutnya, ia melakukan protes dari mimbar St Giles. Akibatnya, hanya dua minggu setelah kepulangannya, Mary memanggil Knox. Ia menuduh Knox menghasut pemberontakan terhadap ibunya dan menulis sebuah buku yang menentang otoritasnya sendiri. Knox menjawab bahwa selama rakyatnya merasa nyaman dengan pemerintahan Ratu, ia bersedia menerima pemerintahannya, mengingat bahwa Rasul Paulus juga bersedia hidup di bawah pemerintahan Nero. Namun, Mary mengingatkan bahwa Knox telah menulis bahwa ia telah menentang prinsip kekuasaan perempuan itu sendiri. Knox menjawab bahwa Mary tidak perlu merasa terganggu dengan apa yang tidak pernah menyakitinya. Ketika Mary bertanya kepadanya apakah rakyat memiliki hak untuk melawan penguasa mereka, Knox menjawab bahwa jika seorang penguasa melampaui batas-batas yang sah, mereka dapat dilawan, bahkan dengan kekerasan.
Pada tanggal 13 Desember 1562, Mary mengirim surat kepada Knox lagi setelah ia memberikan khotbah yang mengecam perayaan-perayaan tertentu yang ditafsirkan oleh Knox sebagai kegembiraan dengan mengorbankan Reformasi. Ia menuduh bahwa Knox berbicara dengan tidak hormat tentang Ratu untuk membuatnya tampak hina di hadapan rakyatnya. Setelah Knox memberikan penjelasan mengenai khotbah tersebut, Mary menyatakan bahwa ia tidak menyalahkan Knox atas perbedaan pendapat tersebut dan meminta agar Knox datang kepadanya secara langsung jika ia mendengar sesuatu yang tidak ia sukai. Terlepas dari sikap Mary, Knox menjawab bahwa ia akan terus menyuarakan keyakinannya dalam khotbah-khotbahnya dan tidak akan menunggu Mary.
Selama Paskah tahun 1563, beberapa imam di Ayrshire merayakan Misa, dan dengan demikian menentang hukum. Beberapa orang Protestan mencoba menegakkan hukum sendiri dengan menangkap para imam ini. Hal ini mendorong Mary untuk memanggil Knox untuk ketiga kalinya. Ia meminta Knox untuk menggunakan pengaruhnya untuk mempromosikan toleransi beragama. Knox membela tindakan mereka dan mengatakan bahwa Mary terikat untuk menegakkan hukum dan jika ia tidak melakukannya, maka orang lain akan melakukannya. Mary mengejutkan Knox dengan menyetujui bahwa para imam akan diadili.
Pertemuan paling dramatis antara Mary dan Knox terjadi pada tanggal 24 Juni 1563. Mary memanggil Knox ke Holyrood setelah mendengar bahwa ia telah berkhotbah menentang rencana pernikahan Mary dengan Don Carlos, putra Felipe II dari Spanyol. Mary memulai dengan menegur Knox, lalu ia menangis. "Apa urusanmu dengan pernikahanku?" tanyanya, dan "Siapakah kamu di dalam persemakmuran ini?" "Seorang warga yang lahir di dalam persemakmuran yang sama, Madam," jawab Knox. Ia mencatat bahwa meskipun ia tidak berasal dari keturunan bangsawan, ia memiliki tugas yang sama dengan rakyat lainnya untuk memperingatkan bahaya bagi kerajaan. Ketika Mary mulai menangis lagi, ia berkata, "Madam, di hadirat Allah aku berbicara: Aku tidak pernah bersukacita atas tangisan makhluk Tuhan mana pun. Ya, aku hampir tidak tahan dengan air mata anak-anakku sendiri yang kudidik dengan tanganku sendiri, terlebih lagi aku tidak dapat bersukacita atas tangisan Yang Mulia." Ia menambahkan bahwa ia lebih baik menanggung air matanya daripada tetap diam dan "mengkhianati Persemakmuranku". Mendengar hal ini, Mary memerintahkannya untuk keluar dari ruangan.
Pertemuan terakhir Knox dengan Mary disebabkan oleh sebuah peristiwa di Holyrood. Ketika Mary tidak berada di Edinburgh selama progresi musim panas tahun 1563, kerumunan orang memaksa masuk ke kapel pribadinya saat Misa sedang dirayakan. Dalam keributan itu, nyawa sang imam terancam. Sebagai hasilnya, dua orang pemimpinnya, yaitu para burgess dari Edinburgh, dijadwalkan untuk diadili pada tanggal 24 Oktober 1563. Untuk membela kedua orang ini, Knox mengirimkan surat yang memanggil para bangsawan untuk berkumpul. Mary mendapatkan salah satu dari surat-surat ini dan bertanya kepada para penasihatnya apakah tindakan ini bukanlah sebuah tindakan pengkhianatan. Stewart dan Maitland, yang ingin menjaga hubungan baik dengan Kirk dan Ratu, meminta Knox untuk mengakui bahwa ia salah dan menyelesaikan masalah ini secara diam-diam. Namun, Knox menolak dan ia membela diri di depan Mary dan Dewan Penasihat. Ia berargumen bahwa ia telah memanggil sebuah pertemuan yang sah, bukan ilegal, sebagai bagian dari tugasnya sebagai seorang pendeta di Kirk. Setelah Knox pergi, para anggota dewan memilih untuk tidak menuntutnya dengan pengkhianatan.