Prakarsa Pengerukan Kedaruratan Jakarta
Pelaksanaan dan kontroversi > Relokasi warga dan penggantian ganti rugi

M Tauchid, Asisten Sekretaris Daerah DKI bidang Pembangunan dan Lingkungan Hidup pada bulan November 2011 menyampaikan bahwa untuk tahap awal pengerjaan proyek akan diprioritaskan pada sungai-sungai yang tidak didiami masyarakat.
Pada Januari 2012, Gubernur DKI Jakarta, Fauzi Bowo, memastikan bahwa 11 sungai akan dikeruk akhir tahun 2012, dan sesuai kesepakatan dengan Bank Dunia, sebelum pengerukan terjadi pada belasan sungai, tanggul akan diperbaiki terlebih dahulu. Sedikitnya 1.109 Kepala Keluarga (KK) di sepanjang bantaran kali di enam titik harus direlokasi. Enam titik ini adalah Sunter Hulu, Kali Pakin – Kali Besar – Kali Jelakeng, Kali Krukut Cideng, Kanal Banjir Barat (BKB), Sunter utara, dan Kali Sentiong Sunter) Menurut Kepala Dinas Perindustrian dan Energi DKI Jakarta, Andi Baso, Pemprov akan mendata ulang jumlah rumah yang bakal terkena proyek, dan relokasi akan dilakukan sesuai dengan kesepakatan dengan Bank Dunia, dimana akan dilakukan sosialisasi terlebih dahulu kepada masyarakat. Jika warga memiliki surat-surat mengenai kepemilikan tanah yang legal, maka Pemprov DKI Jakarta akan menggantinya beserta aset yang dimiliki. Namun jika warga tidak bisa menunjukan surat-surat, maka hanya akan diganti aset. Rencana pada tahun 2012 sebagai pengganti tempat tinggal warga yang direlokasi, telah disiapkan di Rusun Marunda, Rusun Waduk Pluit, serta di Muara Angke yang selain rusun juga disediakan rumah singgah. Pemprov DKI Jakarta tahun 2011 mengusahakan masalah sosial dan ekonomi dapat dipertahankan sesuai dengan lokasi sebelumnya setelah direlokasi warga akan terus dipantau untuk mengetahui kondisinya.
Pada bulan Juli 2013 Bank Dunia pun menyanggupi persyaratan yang diberikan Wakil Gubernur Basuki untuk dapat menyelesaikan pengerukan 13 sungai dalam jangka waktu dua tahun. Sebelumnya, Bank Dunia menyepakati menyelesaikan pengerukan sungai itu dalam jangka waktu lima tahun dan menginginkan transparansi anggaran, yang menjadi keberatan Pemprov DKI melanjutkan proyek JEDI bersama Bank Dunia. Selain itu, Basuki juga tidak setuju dengan uang kerahiman untuk warga bantaran kali yang kemungkinan menjadi kendala karena menolak direlokasi. Dia hanya bersedia memberikan uang kerahiman kepada warga yang memiliki sertifikat tanah asli, bukan kepada warga ilegal. Pada bulan Juni 2015 Basuki, yang menduduki jabatan Gubernur DKI Jakarta mengatakan ada perbedaan cara memindahkan warga antara Pemerintah Provinsi DKI dan Bank Dunia, dimana relokasi warga yang rumahnya terkena proyek Jakarta Emergency Dredging Initiatives (JEDI) harus manusiawi. Bank Dunia meminta Pemprov menyiapkan dahulu seribu unit rumah susun baru boleh membongkar seribu rumah, dan Basuki menampis bahwa itu tidak mungkin. Banyaknya penyewa unit rumah susun yang telah membayar uang sewa tak bisa serta-merta diusir, dan yang dianggap penting hanyalah upaya pemerintah menyiapkan rumah susun sebagai pengganti. Kepala Dinas Tata Air DKI Jakarta, Agus Priyono mengatakan Bank Dunia berharap pemerintah DKI bisa menyelesaikan terlebih dahulu relokasi warga yang akan tergusur akibat proyek JEDI, ketika relokasi dilakukan, pemerintah harus memperhatikan faktor ekonomi warga yang dipindahkan dimana tidak boleh ada penurunan ekonomi bagi warga yang dipindahkan itu, dan Bank Dunia akan menunda Surat Tidak Adanya Keberatan (no objection letter) jika pemerintah tak merelokasi warga sesuai dengan standar Bank Dunia. Surat Tidak Adanya Keberatan sangat diperlukan untuk pengerjaan proyek karena menjadi prasyarat penandatanganan, sementara lelang proyek sedang berjalan. Dikhawatirkan pengerjaan proyek JEDI tertunda lagi.