Joko Widodo
Kepresidenan > Hukum dan HAM

Lihat pula: Bali Nine dan Hukuman mati di Indonesia
Eksekusi yudisial di Indonesia dilaksanakan berdasarkan keputusan presiden setelah hukuman mati dijatuhkan oleh pengadilan. Pada tahun 2015, Jokowi mengatakan bahwa ia tidak akan memberikan grasi bagi pelaku narkotika yang dijatuhi hukuman mati, dengan alasan bahwa Indonesia berada dalam keadaan darurat karena kejahatan terkait narkoba, mengutip statistik Jakarta Globe yang dilaporkan rusak. Sikapnya menuai kritik karena dapat merusak hubungan dengan negara asal para terpidana, dan juga membahayakan warga Indonesia yang menghadapi hukuman mati di luar negeri. Australia, Brasil, dan Belanda menarik duta besar mereka dari Indonesia setelah beberapa kali eksekusi pada tahun 2015. Australia mengurangi bantuan luar negerinya ke Indonesia hampir setengahnya, dan Amnesty International mengeluarkan kecaman dengan mengatakan bahwa mereka menunjukkan "pengabaian sepenuhnya terhadap proses hukum dan perlindungan hak asasi manusia". Mantan ketua Mahkamah Konstitusi Republik Indonesia Jimly Asshiddiqie, yang merupakan pemain kunci dalam lobi anti-hukuman mati di Jakarta, mengatakan dorongan untuk mengeksekusi warga Australia Myuran Sukumaran dan Andrew Chan datang dari Jokowi pribadi. The Sydney Morning Herald mengabarkan bahwa Jokowi tidak memiliki atau membaca dokumen terkait saat menolak permohonan grasi mereka. Pada tahun yang sama, Jokowi memberikan penangguhan hukuman sementara kepada Serge Atlaoui dan Mary Jane Veloso karena masih menunggu proses banding. Pada tahun 2017, terdapat sekitar 260 orang yang masih terpidana mati di Indonesia.
Terkait terorisme, pemerintahan Jokowi pada awal tahun 2016 mengusulkan penggantian undang-undang anti-terorisme tahun 2003. Setelah pengeboman Surabaya tahun 2018, serangan teroris terburuk di tanah Indonesia sejak Bom Bali 2002, undang-undang kontroversial tersebut disahkan, yang memungkinkan Tentara Nasional Indonesia untuk berpartisipasi dalam kegiatan kontraterorisme atas permintaan polisi dan persetujuan presiden. Undang-undang ini juga memperbolehkan penahanan yang lebih lama terhadap tersangka teroris dan mengizinkan penyadapan tanpa persetujuan pengadilan terlebih dahulu. Jokowi mengancam akan menerbitkan peraturan presiden pengganti undang-undang (perppu) jika RUU tersebut tidak disetujui DPR pada bulan Juni tahun itu.
Selama masa pemerintahan Jokowi, banyak kejadian dimana orang ditangkap atau dilaporkan ke polisi karena melakukan aktivitas yang dianggap menghina presiden. Aktivis hak asasi manusia menganggap penangkapan tersebut sebagai pelanggaran terhadap jaminan kebebasan berpendapat dalam Konstitusi. Sebuah kelompok yang mengaku pendukung Jokowi melaporkan majalah Tempo ke polisi atas karikatur Jokowi sebagai Pinokio, setelah itu Istana Kepresidenan mengeluarkan pernyataan yang mengatakan "Presiden menghormati kebebasan pers dan berpendapat". Sebuah buku tentang Jokowi berjudul Jokowi Undercover dilarang beredar setelah diterbitkan dan penulisnya dijatuhi hukuman tiga tahun penjara dan pembeli buku tersebut disarankan untuk menyerahkan salinannya kepada pihak berwenang. Majalah Tempo menggambarkan buku setebal 436 halaman itu sebagai "sampah dan tidak berasa, kumpulan laporan hoaks tentang Presiden Joko Widodo, tersebar di internet dan ruang obrolan dunia maya". Rencana pemerintah untuk menghidupkan kembali undang-undang kolonial Belanda yang mengizinkan pemenjaraan karena menghina presiden menghasilkan protes yang meluas. Instituzi AMAR belakangan melaporkan menyusul aksi protes tersebut bahwa mereka menerima banyak keluhan dari para pelajar mengenai ancaman dan sanksi pengusiran atau skorsing dari sekolah dan universitasnya. Selain itu, remisi yang diberikan kepada pembunuh jurnalis dicabut menyusul kritik media.
Menanggapi protes besar, pemerintahan Jokowi telah menimbulkan beberapa kontroversi. Pada tanggal 22 Mei 2019, di tengah kerusuhan pasca pemilu yang dilakukan oleh para pendukung calon presiden yang kalah, Prabowo Subianto; pemerintah membatasi kecepatan penyebaran foto dan video di media sosial untuk menghentikan masyarakat agar tidak terhasut oleh berita palsu dan seruan kekerasan. Setelah kejadian tersebut, kantor Amnesty International di Indonesia mengecam tindakan represif terhadap para demonstran, mengutuk tindakan tersebut sebagai pelanggaran berat hak asasi manusia dan menuntut pemerintah menyelidiki eksekusi di luar hukum dalam bentrokan tersebut. Pada bulan Agustus dan September 2019, pemerintah memblokir akses internet di provinsi Papua dan Papua Barat di tengah protes kekerasan melawan rasisme. Pengadilan Tata Usaha Negara Jakarta pada tahun 2020 memutuskan bahwa pemblokiran internet di Papua ilegal.
Pada tahun 2017, Jokowi mendukung rancangan undang-undang kontroversial tentang organisasi massa, yang setelah disahkan mengakibatkan pembubaran Hizbut Tahrir cabang Indonesia. Ia berargumen bahwa undang-undang itu diperlukan untuk mempertahankan ideologi nasional, Pancasila. Pelarangan Front Pembela Islam (FPI) pada tahun 2020 juga didasarkan pada undang-undang tersebut. Dua puluh tiga hari sebelumnya, polisi telah menembak mati enam anggota FPI saat terjadi konfrontasi. Pembelaan presiden selanjutnya terhadap polisi selama bertugas dan pernyataannya bahwa tidak ada warga negara yang boleh melanggar hukum atau merugikan negara dikritik oleh Sekjen FPI, Munarman sebagai pembenaran atas pelanggaran hak asasi manusia dan kekerasan struktural. Seorang kepala polisi yang terlibat dalam pengejaran mobil dan pembunuhan berikutnya menyatakan bahwa para anggotanya bersenjata.
Kenaikan harga premi layanan kesehatan masyarakat BPJS Kesehatan melalui Perintah Eksekutif (Perpres) 64/2020 dikritik sebagai pelanggaran mencolok terhadap keputusan Mahkamah Agung yang membatalkan Perpres 82/2018 tentang kenaikan harga. Perpres 64/2020 sendiri ditandatangani di tengah pandemi COVID-19 yang telah menimbulkan kesusahan bagi masyarakat. Keprihatinan serupa juga diungkapkan oleh Wali Kota Surakarta, F.X. Hadi Rudyatmo.
Masa kepemimpinan Jokowi bertepatan dengan peringatan 50 tahun Pembantaian di Indonesia 1965–1966 pada tahun 2015. Sebuah simposium yang didukung pemerintah untuk menyelesaikan pelanggaran hak asasi manusia seputar peristiwa tersebut diadakan pada tahun 2016, namun Jokowi mengatakan bahwa pemerintahannya tidak akan meminta maaf kepada para korban-korban pembersihan massal. Mengenai hak-hak LGBT, Jokowi menyatakan bahwa "tidak boleh ada diskriminasi terhadap siapa pun [termasuk komunitas LGBT]", dia menambahkan bahwa Polisi Indonesia wajib melindungi kelompok LGBT di Indonesia dari kekerasan. Namun menambahkan bahwa "dalam keyakinan kami, [gaya hidup LGBT] tidak dianjurkan, Islam tidak menganjurkannya."  Di bawah kepemimpinannya, program transmigrasi yang kontroversial sekali lagi dihentikan, ketika pada tahun 2015 diputuskan untuk mengakhiri program migrasi ke provinsi Papua.
Menyusul pembunuhan Nofriansyah Yosua Hutabarat, seorang petugas kepolisian Indonesia pada bulan Juli 2022, terdapat tuduhan keterlibatan polisi dalam upaya menutup-nutupi. Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo mengambil alih penyelidikan, membentuk tim khusus yang beranggotakan anggota Komisi Hak Asasi Manusia dan Komisi Kepolisian. Jokowi ingin agar aparat bersikap terbuka terhadap apa yang terjadi: "Buka apa adanya. Tidak ada yang ditutup-tutupi. Transparan. Itu saja. Ini penting agar masyarakat tidak ragu dengan kejadian yang terjadi. Ini yang harus dijaga. Kepercayaan masyarakat terhadap polisi harus dijaga." Pada Agustus 2022, mantan atasan Hutabarat, Irjen Ferdy Sambo, Kepala Urusan Dalam Negeri Polri, bersama tiga orang lainnya, didakwa sebagai pelaku pembunuhan Hutabarat.
Pada tanggal 27 Desember 2023, ratusan mahasiswa dari berbagai perguruan tinggi di Aceh, seperti: Universitas Abulyatama, Universitas Bina Bangsa Getsempena, dan Universitas Muhammadiyah Aceh, menyerbu tempat penampungan pengungsi Rohingya dan memaksa mereka keluar dari pusat konvensi di kota Banda Aceh, menuntut mereka dideportasi. Para pelajar juga terlihat menendang barang-barang milik pria, wanita, dan anak-anak Rohingya yang duduk di lantai sambil menangis ketakutan. Mereka membakar ban dan meneriakkan “Usir mereka” dan “Tolak Rohingya di Aceh”. Joko Widodo kemudian menyikapinya dengan mengajak masyarakat untuk menjaga toleransi dan perdamaian serta bersatu dalam menjaga rasa persatuan, gotong royong dan kemanusiaan, serta waspada terhadap krisis dunia seperti krisis pangan dan ekonomi, perselisihan antar bangsa dan peperangan.