stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
Sejarah Indonesia
Era Hindu–Buddha > Sejarah awal

Lihat pula: Sejarah Nusantara
Para cendekiawan India telah menulis tentang Dwipantara atau kerajaan Hindu Jawa Dwipa di Pulau Jawa dan Sumatra atau Swarna Dwipa sekitar 200 SM. Bukti fisik awal yang menyebutkan mengenai adanya empat kerajaan bercorak Hinduisme pada abad ke-1 dan abad ke-5, yaitu Kerajaan Salakanagara yang berdiri di Jawa Barat sekitar tahun 130 M atau abad ke-1 sementara Kerajaan Kandis di Sumatra dan kerajaan kerajaan pada abad ke-4 sampai abad ke-5 mulai muncul seperti Kerajaan Tarumanagara yang menguasai Jawa Barat dan Kerajaan Kutai di pesisir Sungai Mahakam, Kalimantan. Pada tahun 425 ajaran Buddhisme telah mencapai wilayah tersebut.
Nusantara telah mempunyai warisan peradaban berusia ratusan tahun dengan dua kekaisaran besar, yaitu Sriwijaya di Sumatra pada abad ke-7 hingga 14 dan Majapahit di Jawa pada abad ke-13 sampai 16, ditambah dengan puluhan kerajaan kecil yang seringkali menjadi vassal tetangganya yang lebih kuat atau saling terhubung dalam semacam ikatan perkawinan dan perdagangan (seperti di Maluku). Hal tersebut telah terjadi sebelum Eropa Barat mengalami masa Renaisans pada abad ke-16.
Topeng kubur dari Indonesia, sebelum abad ke-5.
Patung pendekar perunggu (dengan tombak), Jawa, sekitar tahun 500 SM–300 M.
Patung pendekar perunggu (dengan pedang), Jawa, sekitar tahun 500 SM–300 M.
Era Hindu–Buddha > Kerajaan Hindu-Buddha

Artikel utama: Sejarah Nusantara pada era kerajaan Hindu-Buddha
Pada abad ke-4 di Kalimantan Timur berdiri kerajaan pertama yang mewariskan aksara pada tiang batu yupa. Kerajaan ini didirikan dirintis oleh Kundungga, seorang penduduk asli Pulau Kalimantan. Agama Hindu mulai dianut oleh putra Kundungga yang bernama Aswawarman. Kejayaan terjadi pada masa Raja Mulawarman yang menghadirkan para brahmana dari India, yang membuat prasasti yupa. Pusat kerajaan ini terletak di Muara Kaman, yang saat ini merupakan kecamatan di Kabupaten Kutai Kartanegara, Provinsi Kalimantan Timur. Sejumlah sejarawan berpendapat bahwa nama kerajaan ini adalah Martapura, bersumber dari kitab Salasilah Raja dalam Negeri Kutai Kertanegara.
Pada abad ke-6 hingga abad ke-7 di wilayah Jawa Barat terdapat kerajaan bercorak Hindu-Buddha, yaitu Kerajaan Tarumanagara yang dilanjutkan dengan Kerajaan Sunda sampai abad ke-16. Pada abad ke-7 hingga abad ke-14, kerajaan Buddha Sriwijaya berkembang pesat di Sumatra. Penjelajah Tiongkok, I-Tsing, mengunjungi ibu kota Sriwijaya, Palembang, sekitar tahun 670-an. Pada puncak kejayaannya, Sriwijaya menguasai daerah sejauh Jawa Barat dan Semenanjung Melayu. Kerajaan Sriwijaya juga menjadi saksi bangkitnya sebuah kerajaan Hindu di Jawa Timur, yaitu Majapahit. Patih Majapahit antara tahun 1331 hingga 1364, Gajah Mada berhasil memperoleh kekuasaan atas wilayah yang kini sebagian besarnya adalah Indonesia beserta hampir seluruh Semenanjung Melayu. Warisan dari masa Gajah Mada termasuk kodifikasi hukum dan dalam kebudayaan Jawa, seperti yang terlihat dalam wiracarita Ramayana.
Era kolonial > Kolonisasi Portugis dan Spanyol

Artikel utama: Sejarah Nusantara Zaman Portugis dan Spanyol
Afonso de Albuquerque, seorang tokoh yang membuat kawasan Nusantara waktu itu dikenal oleh orang Eropa dan dimulainya kolonisasi oleh Portugis bersama dengan bangsa Eropa lain, terutama Britania dan Belanda, juga Spanyol dalam waktu yang singkat.
Dari Sungai Tajo yang bermuara ke Samudra Atlantik itulah armada Portugis mengarungi Samudra Atlantik, yang memakan waktu sebulan hingga tiga bulan, melewati Tanjung Harapan di Afrika, menuju Selat Malaka. Dari sini penjelajahan dilanjutkan ke Kepulauan Maluku untuk mencari rempah-rempah, komoditas yang setara emas kala itu.
”Pada abad ke-16 saat petualangan itu dimulai biasanya para pelaut negeri Katolik itu diberkati oleh pastor dan raja sebelum berlayar melalui Sungai Tagus,” kata Teresa. Biara St Jeronimus (Portugis: Mosteiro Dos Jeronimos) didirikan oleh Raja Manuel I pada tahun 1502 di tempat saat Vasco da Gama memulai petualangan ke timur.
Museum Maritim  (Portugis: Museu de Marinha) didirikan oleh Raja Luis I pada 22 Juli 1863 untuk mengenang sejarah maritim Portugis.
Selain patung di taman, lukisan Afonso de Albuquerque juga menjadi koleksi museum itu. Di bawah lukisan itu tertulis, ”Gubernur India 1509-1515. Peletak dasar Kerajaan Portugis di India yang berbasis di Ormuz, Goa, dan Malaka. Pionir kebijakan kekuatan laut sebagai kekuatan sentral kerajaan”. Berbagai barang perdagangan Portugis juga dipamerkan di museum itu, bahkan gundukan lada atau merica.
Ada sejumlah motivasi mengapa Kerajaan Portugis memulai petualangan ke timur. Ahli sejarah dan arkeologi Islam Uka Tjandrasasmita dalam buku Indonesia-Portugal: Five Hundred Years of Historical Relationship (Cepesa, 2002), mengutip sejumlah ahli sejarah, menyebutkan tidak hanya ada satu motivasi Kerajaan Portugis datang ke Asia. Ekspansi itu mungkin dapat diringkas dalam tiga kata bahasa Portugis, yakni Feitoria, Fortaleza, dan Igreja (mirip seperti kata Gold, Glory, Gospel). Arti harfiahnya adalah emas, kejayaan, dan gereja atau perdagangan, dominasi militer, dan penyebaran agama Katolik.
Menurut Uka, Albuquerque, Gubernur Portugis Kedua dari India Portugis, Kerajaan Portugis di Asia, merupakan arsitek utama ekspansi Portugis ke Asia. Dari Goa, ia memimpin langsung ekspedisi ke Malaka dan tiba di sana awal Juli 1511 membawa 15 kapal besar dan kecil serta 600 tentara. Ia dan pasukannya mengalahkan armada Malaka pada 10 Agustus 1511. Sejak itu Portugis menguasai perdagangan rempah-rempah dari Asia ke Eropa. Setelah menguasai Malaka, ekspedisi Portugis yang dipimpin Antonio de Abreu mencapai Maluku, pusat rempah-rempah.
Periode kolonisasi Portugis di Nusantara > Perlawanan penduduk pribumi

Portugis berlaku semena-mena dalam membangun hubungan dagang, salah satu contohnya adalah melakukan praktik monopoli. Hal ini menimbulkan kemarahan dari penduduk sekitar yang akhirnya menimbulkan perlawanan terhadap Portugis, diantaranya adalah:
Periode kolonisasi Portugis di Nusantara > Perlawanan penduduk pribumi > Perlawanan Rakyat Minahasa terhadap Portugis

Perjuangan perlawanan Rakyat Perserikatan Minahasa melawan Portugis telah berlangsung dari tahun 1512-1560, dengan gabungan perserikatan suku-suku di Minahasa maka mereka dapat mengusir Portugis. Portugis membangun beberapa Benteng pertahanan di Minahasa di antaranya di Amurang dan Kema.
Periode kolonisasi Portugis di Nusantara > Perlawanan penduduk pribumi > Perlawanan Rakyat Malaka terhadap Portugis

Pada tahun 1511, armada Portugis yang dipimpin oleh Albuquerque menyerang Kerajaan Malaka. Usaha perlawanan kolonial Portugis di Malaka yang terjadi pada tahun 1513 mengalami kegagalan karena kekuatan dan persenjataan Portugis lebih kuat. Pada tahun 1527, armada Demak di bawah pimpinan Fatahillah/Falatehan dapat menguasai Banten,Sunda Kelapa, dan Cirebon. Armada Portugis dapat dihancurkan oleh Fatahillah/Falatehan dan ia kemudian mengganti nama Sunda Kelapa menjadi Jayakarta yang artinya kemenangan besar, yang kemudian menjadi Jakarta.
Periode kolonisasi Portugis di Nusantara > Perlawanan penduduk pribumi > Perlawanan rakyat Aceh terhadap Portugis

Mulai tahun 1554 hingga tahun 1555, upaya Portugis tersebut gagal karena Portugis mendapat perlawanan keras dari rakyat Aceh. Pada saat Sultan Iskandar Muda berkuasa, Kerajaan Aceh pernah menyerang Portugis di Malaka pada tahun 1615 dan 1629.
Periode kolonisasi Portugis di Nusantara > Perlawanan penduduk pribumi > Perlawanan Rakyat Maluku terhadap Portugis

Bangsa Portugis pertama kali mendarat di Maluku pada tahun 1511. Kedatangan Portugis berikutnya pada tahun 1513. Akan tetapi, Ternate merasa dirugikan oleh Portugis karena keserakahannya dalam memperoleh keuntungan melalui usaha monopoli perdagangan rempah-rempah.
Pada tahun 1533, Sultan Ternate menyerukan kepada seluruh rakyat Maluku untuk mengusir Portugis di Maluku. Pada tahun 1570, rakyat Ternate yang dipimpin oleh Sultan Hairun dapat kembali melakukan perlawanan terhadap bangsa Portugis, namun dapat diperdaya oleh Portugis hingga akhirnya tewas terbunuh di dalam Benteng Duurstede. Selanjutnya dipimpin oleh Sultan Baabullah pada tahun 1574. Portugis diusir yang kemudian bermukim di Pulau Timor.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Spanyol

1521 - Spanyol mendarat di Sulawesi Utara
1560 - Spanyol mendirikan pos di Manado.
1617 - Gerakan perlawanan rakyat Minahasa di Sulawesi Utara untuk mengusir kolonial Spanyol.
1646 - Spanyol di usir dari Minahasa dan Sulawesi Utara. Tahun selanjutnya Spanyol masih mencoba memengaruhi kerajaan sekitar untuk merebut kembali Minahasa tapi gagal, terakhir dengan mendukung Bolaang Mongondow yang berakhir tahun 1692.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1509 - 1520

1509 - Portugis tiba pertama kali di Melaka.
1511
April - Laksamana Portugis Alfonso de Albuquerque memutuskan berlayar dari Goa ke Malaka.
10 Agustus - Pasukan Albuquerque menguasai Melaka.
Sultan Melaka, Mahmud Syah melarikan diri ke Riau.
Portugis di Melaka menghancurkan armada dari kesultanan Demak di Jawa.
Pati Unus berkuasa di Jepara.
Desember, Albuquerque mengirim tiga kapal di bawah Antonio de Abreu dari Melaka untuk menjelajah ke arah Timur.
1512 Perjalanan ekspedisi De Abreu dari Melaka menuju Madura, Bali, Lombok, Aru dan Banda.
Dua kapal rusak di Banda. Da Breu kembali ke Melaka; Francisco Serrão memperbaiki kapal dan melanjutkan menuju ke Ambon, Ternate, dan Tidore. Serrão menawarkan dukungan bagi Ternate dalam perselisihannya dengan Tidore, pasukannya mendirikan sebuah pos Portugis di Ternate.
1513 Pasukan dari Jepara dan Palembang menyerang Portugis di Melaka, tetapi berhasil dipukul mundur. Maret, Portugis mengirim seorang duta menemui Raja Sunda di Pajajaran. Portugis diizinkan untuk membangun sebuah benteng di Sunda Kelapa (sekarang Jakarta).
Portugis menghubungi Raja Udara, anak dari Girindrawardhana dan penguasa bekas kerajaan Majapahit
Portugis membangun pabrik-pabrik di Ternate dan Bacan.
Udara menyerang Demak dengan bantuan dari Raja Klungkung dari Bali. Pasukan Majapahit dipukul mundur, tapi Sunan Ngudung tewas dalam pertempuran. Banyak pendukung Majapahit melarikan diri ke Bali.
1514
Ali Mughayat Syah mendirikan Kesultanan Aceh, dan menjadi Sultan Aceh pertama.
1515
Portugis pertama kali tiba di Timor.
1518
Sultan Mahmud dari Melaka mengambil alih kekuasaan di Johor.
Raden Patah meninggal dunia; Pati Unus menjadi Sultan Demak.
1520
Aceh mulai menguasai pantai timur laut Sumatra.
Rakyat Bali menyerang Lombok.
Para pedagang Portugis mulai mengunjungi Flores dan Solor.
Banjar di Kalimantan menjadi Kesultanan Islam.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1521–1530

1521
Adipati Unus memimpin armada dari Demak dan Cirebon melawan orang-orang Portugis di Melaka. Ia terbunuh dalam pertempuran. Trenggono menjadi Sultan Demak.
Portugis merebut Pasai di Sumatra.
Sunan Gunung Jati (dari Cirebon) meninggalkan Pasai berangkat ke Mekkah.
Kapal terakhir dari ekspedisi Magelhaens mengeliling dunia berlayar antara pulau Lembata dan Pantar di Nusa Tenggara.
1522
Februari - ekspedisi Portugis di bawah De Brito tiba di Banda.
Mei - ekspedisi De Brito tiba di Ternate, membangung sebuah benteng Portugis.
Kerajaan Sunda, yang mayoritas beragama Hindu, meminta bantuan Portugis untuk menghadapi kemungkinan serangan Demak yang beragama Islam. Kontrak kerja sama ditandatangani dan sebuah padrao didirikan di Sunda Kelapa
Sisa-sisa ekspedisi Magelhaens berkeliling dunia mengunjungi Timor.
Portugis membangun benteng di Hitu, Ambon.
1523
Sunan Gunung Jati kembali dari Mekkah, kembali ke Cirebon, dan menetap di Demak, menikahi saudara perempuan Sultan Trenggono.
1524
Sunan Gunung Jati dari Cirebon dan anaknya Hasanuddin (di Banten) melakukan dakwah secara terbuka dan rahasia di Jawa Barat untuk memperlemah Kerajaan Sunda yang beribu kota di Pajajaran dan persekutuannya dengan Portugis. Pemerintah lokal di Banten, yang tadinya tergantung pada Pajajaran, masuk Islam dan bergabung dengan pihak Cirebon dan Demak.
Aceh merebut Pasai dan Pedir di Sumatera Utara.
1525
Hasanuddin (dari Banten), anak dari Gunungjati (dari Cirebon), melakukan dakwah di Lampung.
1526
Portugis membangun benteng pertama di Timor.
1527
Demak menaklukkan Kediri, sisa-sisa Hindu dari kerajaan Majapahit; Sultan-sultan Demak mengklaim sebagai pengganti Majapahit; Sunan Kudus ikut serta.
Demak merebut Tuban.
Cirebon, dibantu Demak, menduduki Sunda Kelapa, pelabuhan Kerajaan Sunda. Fatahillah mengganti namanya menjadi Jayakarta. (Nama ini dikatakan berkat pimpinan Fatahillah namun mungkin ini adalah nama yang diberikan kepada Sunan Gunung Jati dari Cirebon) Para penjaga keamanan pelabuhan Kerajaan Sunda didorong mundur meninggalkan daerah pesisir. Dengan demikian pembangunan gudang atau benteng sesuai perjanjian dagang antara Portugis dengan Kerajaan Sunda batal terwujud.
Kerajaan Palakaran di Madura, yang berbasis di Arosbaya (kini Bangkalan), menjadi Islam di bawah Kyai Pratanu.
Ekspedisi dari Spanyol dan Meksiko berusaha mengusir Portugis dari Maluku.
1529
Demak menaklukkan Madiun.
Raja Spanyol dan Raja Portugal menyepakati Perjanjian Zaragoza, yang isinya sepakat bahwa Maluku menjadi milik Portugal, dan Filipina menjadi milik Spanyol.
1530
Salahuddin menjadi Sultan Aceh.
Surabaya dan Pasuruan takluk kepada Demak. Demak merebut Kerajaan Blambangan, kerajaan Hindu terakhir di ujung timur Jawa.
Kesultanan Gowa mulai meluas dari Makassar.
Banten memperluas pengaruhnya atas Lampung.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1531–1540

1536
Serangan besar Portugis terhadap Johor.
Antonio da Galvão menjadi gubernur di pos Portugis di Ternate; mendirikan pos Portugis di Ambon.
Portugis mengasingkan Sultan Tabariji dari Ternate ke Goa karena mencurigainya melakukan kegiatan-kegiatan anti Portugis, menggantikannya dengan saudara-saudaranya.
1537
Serangan Aceh atas Melaka gagal. Salahuddin digantikan oleh Alaudin Riayat Syah I.
1539
Aceh menyerang suku Batak di bagian selatan mereka.
1540
Portugis meningkatkan hubungan diplomatik dengan Gowa.
Kesultanan Butung didirikan.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1541–1550

1545
Demak menaklukkan Malang. Gowa membangun benteng di Ujung Pandang.
1546
Demak menyerang Blambangan namun gagal.
Trenggono dari Demak meninggal dan digantikan oleh Prawata. Menantunya, Joko Tingkir memperluas pengaruhnya dari Pajang (dekat Sukoharjo sekarang).
St. Fransiskus Xaverius berkunjung ke Manado dan Kema.
1547
Aceh menyerang Malaka.
1549
Sunan Prawata meninggal
Arya Penangsang menggantikan Prawata sebagai Sultan Demak
1550
Portugis mulai membangun benteng-benteng di Flores.
1554
Arya Penangsang meninggal, Kesultanan Demak runtuh.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1551–1560

1551
Johor menyerang Portugis Melaka dengan bantuan armada Ratu Kalinyamat dari Jepara.
Pasukan-pasukan dari Ternate menguasai Kesultanan Jailolo di Halmahera dengan bantuan Portugis.
1552
Hasanuddin memisahkan diri dari Demak dan mendirikan Kesultanan Banten, lalu merebut Lampung untuk Kesultanan yang baru.
Aceh mengirim duta ke Sultan Suleiman I, Sultan Utsmaniyah di Istanbul.
1558
Leiliato memimpin suatu pasukan dari Ternate untuk menyerang Portugis di Hitu.
Portugis membangun benteng di Bacan.
Ki Ageng Pemanahan menerima distrik Mataram dari Joko Tinggir, memerintah di Pajang.
Wabah cacar di Ternate.
1559
Para misionaris Portugis mendarat di Timor. Khairun menjadi Sultan Ternate.
1560
Portugis mendirikan pos misi dan perdagangan di Panarukan, di ujung timur Jawa.
Spanyol mendirikan pos di Manado.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1561–1570

1561
Misi Dominikan Portugis didirikan di Solor.
1564
Wabah cacar di Ambon.
1565
Aceh menyerang Johor.
Kutai di Kalimantan menjadi Kesultanan.
1566
Misi Dominikan Portugis di Solor membangun sebuah benteng batu.
1568
Serangan yang gagal oleh Aceh di Melaka Portugis.
1569
Portugis membangun benteng kayu di pulau Ambon.
1570
Aceh menyerang Johor lagi, namun gagal.
Sultan Khairun dari Ternate menandatangani sebuah perjanjian damai dengan Gubernur Lopez de Mezquita, tetapi agen Portugis membunuh Sultan Hairun. Baabullah menjadi Sultan Ternate (hingga * 1583), dan bersumpah untuk mengusir Portugis keluar dari benteng-benteng mereka.
Maulana Yusuf menjadi Sultan Banten.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1571–1590

1571
Alaudin Riyat Shah meninggal, kekacauan di Aceh hingga 1607.
1574
Jepara memimpin serangan yang gagal di Melaka.
1575
Sultan Babullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate. Karena itu Portugis membangun sebuah benteng di Tidore.
1576
Portugis membangun benteng di kota Ambon sekarang.
1577
Ki Ageng Pemanahan mendirikan Kota Gede (dekat Yogyakarta sekarang).
1579
Banten menyerang dan meluluhlantakkan Pajajaran merebut sisa-sisa Kerajaan Sunda, dan melakukan Islamisasi. Raja Sunda terakhir yang enggan memeluk Islam, yaitu Prabu Ragamulya atau Prabu Suryakancana, meninggalkan ibu kota Kerajaan Sunda tersebut dan meninggal dalam pelarian di daerah Banten.
November, Sir Francis Drake dari Britania, setelah menyerang kapal dan pelabuhan Spanyol di Amerika, tiba di Ternate. Sultan Babullah, yang juga membenci orang-orang Spanyol, mengadakan perjanjian persahabatan dengan Britania.
1580
Maulana Muhammad menjadi Sultan Banten.
Kerajaan Portugal jatuh ke tangan kerajaan Spanyol dibawah Raja Philip II; usaha-usaha kolonial Portugis tidak dipedulikan.
Drake mengunjungi Sulawesi dan Jawa, dalam perjalanan pulang ke Britania.
Ternate menguasai Butung.
1581
Sekitar saat ini, Kyai Ageng Pemanahan mengambil alih distrik Mataram (yang telah dijanjikan kepadanya oleh Joko Tingkir, yang menundanya hingga Sunan Kalijaga dari Wali Songo mendesaknya), mengubah namanya menjadi Kyai Gedhe Mataram.
1584
Sutawijaya menggantikan ayahnya Kyai Gedhe Mataram sebagai pemerintah lokal dari Mataram, memerintah dari Kota Gede.
1585
Sultan Aceh mengirim surat kepada Elizabeth I dari Britania.
Kapal Portugis yang dikirim untuk membangun sebuah benteng dan misi di Bali karam tepat di lepas pantai.
1587
Sutawijaya mengalahkan Pajang dan Joko Tingkir meninggal; garis keturunan beralih kepada Sutawijaya. Gunung Merapi meletus.
Portugis di Melaka menyerang Johor.
Portugis menandatangani perjanjian perdamaian dengan Sultan Aceh.
Sir Thomas Cavendish dari Britania mengunjungi Jawa.
1588
Sutawijaya mengganti namanya menjadi Panembahan Senopati; merebut Pajang dan Demak.
1590
Desa asli Medan didirikan.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonialisasi Portugis > 1591–1659

1591
Senopati merebut Madiun, lalu Kediri.
Sir James Lancaster dari Britania tiba di Aceh dan Penang, tetapi misinya gagal.
Ternate menyerang Portugis di Ambon.
1593
Ternate mengepung Portugis di Ambon kembali.
1595
2 April, ekspedisi Belanda di bawah De Houtman berangkat ke Hindia Belanda.
Suriansyah menjadikan Banjar di Kalimantan sebuah Kesultanan (belakangan Banjarmasin).
Portugis membangun benteng di Ende, Flores
1654
Orang Minahasa mengizinkan Belanda membangun loji di Manado.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonisasi VOC

Mulai tahun 1602 Kongsi dagang VOC yang didirikan di Republik Belanda bersaing dengan kerajaan Portugal dan Kerajaan Spanyol dalam dominasi perdagangan rempah di Hindia Timur (Nusantara), secara perlahan-lahan menjadi penguasa wilayah yang kini adalah Indonesia, dengan memanfaatkan Perselisihan dan perpecahan di antara kerajaan-kerajaan kecil yang telah menggantikan Majapahit. VOC berhasil mengeliminasi Kongsi dagang EIC yang didirikan oleh kerajaan Inggris yang bertahan di Bengkulu hingga 1824, satu-satunya koloni Portugal yang masih bertahan hingga abad 20 adalah Timor Portugis, yang tetap dikuasai Portugal hingga 1975 ketika berintegrasi menjadi provinsi Indonesia bernama Timor Timur.
Pada abad ke-17 dan 18 Hindia Belanda tidak dikuasai secara langsung oleh pemerintah Belanda namun dikuasai oleh perusahaan dagang bernama VOC (bahasa Belanda: Verenigde Oostindische Compagnie). VOC telah diberikan hak monopoli terhadap perdagangan dan aktivitas kolonial di wilayah tersebut oleh Parlemen Belanda pada tahun 1602. Markasnya berada di Batavia, yang kini bernama Jakarta.
Kongsi Dagang VOC dan yang dilanjutkan oleh pemerintah kolonial Belanda mendominasi Indonesia selama hampir 350 tahun (antara 1602 dan 1945), kecuali untuk suatu masa pendek di mana sebagian kecil dari Indonesia dikuasai Britania setelah Perang Jawa Britania-Belanda (perpanjangan dari perang Napoleonik di Eropa) dan masa penjajahan Jepang pada masa Perang Dunia II. Pada masa penguaasaan VOC terhadap nusantara banyak penduduk di nusantara menderita akibat monopoli, peperangan dan pajak dari VOC, salah satu perusahaan terbuka yang terbesar dalam sejarah, Setelah VOC bangkrut pada 1799 dan aset-asetnya di nusantara diambil alih oleh kerajaan Belanda dalam bentuk pemerintahan kolonial, Belanda mulai mengembangkan Hindia Belanda menjadi salah satu kekuasaan kolonial terkaya di dunia. 350 tahun penjajahan Belanda bagi sebagian orang adalah berlebihan karena banyak wilayah di Indonesia seperti Aceh dan Papua baru ditaklukkan secara penuh oleh Belanda mendekati abad ke 20.
Tujuan utama VOC adalah mempertahankan monopolinya terhadap perdagangan rempah-rempah di Nusantara. Hal ini dilakukan melalui penggunaan dan ancaman kekerasan terhadap penduduk di kepulauan-kepulauan penghasil rempah-rempah, dan terhadap orang-orang non-Belanda yang mencoba berdagang dengan para penduduk tersebut. Contohnya, ketika penduduk Kepulauan Banda terus menjual biji pala kepada pedagang Inggris, pasukan Belanda membunuh atau mendeportasi hampir seluruh populasi dan kemudian mempopulasikan pulau-pulau tersebut dengan pembantu-pembantu atau budak-budak yang bekerja di perkebunan pala.
VOC menjadi terlibat dalam politik internal Jawa pada masa ini, dan bertempur dalam beberapa peperangan yang melibatkan pemimpin Mataram dan Banten.
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonisasi pemerintah Belanda

Artikel utama: Indonesia: Era Belanda
Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia > Kolonisasi pemerintah Belanda > Era Napoleon (1800-1811)

Setelah VOC jatuh bangkrut dan dibubarkan pada akhir abad ke-18, tepatnya adalah pada tahun 1 Januari 1800 dan setelah Belanda kalah Perang Eropa dan dikuasai Prancis, maka Hindia Belanda jatuh ke tangan Prancis, walaupun secara pemerintahan masih di bawah negara kesatuan Republik Belanda (hingga 1806), kemudian dilanjutkan Kerajaan Hollandia (hingga 1810). Sejak saat itu dimulailah perang perebutan kekuasaan antara Prancis (Belanda) dan Britania Raya, yang ditandai dengan peralihan kekuasaan beberapa wilayah Hindia Belanda dan perjanjian, antara lain Persetujuan Amiens hingga Kapitulasi Tuntang.
Dalam masa ini Hindia Belanda berturut-turut diperintah oleh Gubernur Jenderal Overstraten, Wiese, Daendels, dan yang terakhir adalah Janssens. Pada masa Daendels dibangunlah Jalan Raya Pos atau Jalan Anyer-Panarukan (jalur Pantura sekarang), kemudian meluaskan daerah jajahan hingga ke Lampung, namun kehilangan Ambon, Ternate dan Tidore yang direbut Britania. Tahun 1810 ketika Prancis menganeksasi Belanda, maka bendera Prancis dikibarkan di Batavia, dan Daendels kembali ke Eropa untuk berperang di bawah Napoleon. Janssens, penggantinya, tidak memerintah lama, karena Britania di bawah Lord Minto datang dan merebut Jawa dari Belanda-Prancis.