Kampanye Mongol melawan Nizari
Pembantaian Nizari dan Akibat

Pada tahun 1256, Hülegü hampir melenyapkan Nizari Persia sebagai kekuatan militer yang independen. Khurshah kemudian dibawa ke Qazvin di mana ia mengirim pesan ke benteng Nizari Suriah yang memerintahkan mereka untuk menyerah, tetapi mereka tidak bertindak, percaya bahwa Imam bertindak di bawah tekanan. Ketika posisinya menjadi tidak dapat ditoleransi, Khurshah meminta Hülegü untuk diizinkan pergi menemui Möngke di Mongolia, berjanji bahwa ia akan membujuk benteng Ismaili yang tersisa untuk menyerah. Möngke menegurnya setelah mengunjunginya di Karakoram, Mongolia, karena kegagalannya untuk menyerahkan Lambsar dan Gerdkuh, dan memerintahkannya untuk kembali ke tanah airnya. Dalam perjalanan, ia dan pengiringnya yang kecil dieksekusi oleh pengawal Mongol mereka. Sementara itu Möngke mengeluarkan pembantaian umum semua Ismaili Nizari, termasuk semua keluarga Khurshah serta garnisun. Kerabat Khurshah yang ditahan di Qazvin dibunuh oleh Qaraqai Bitikchi, sementara Ötegü-China memanggil para Nizari dari Quhistan untuk berkumpul dan membantai sekitar 12.000 orang. Perintah Möngke mencerminkan perintah sebelumnya oleh Chingiz Khan. Diperkirakan sekitar 100.000 orang telah terbunuh.
Hülegü kemudian pindah dengan sebagian besar tentaranya ke Azerbaijan, secara resmi mendirikan khanatnya sendiri (Ilkhanate), dan kemudian menjarah Baghdad pada tahun 1258.
Ketika pemerintahan terpusat Nizaris dibubarkan, Nizaris terbunuh atau meninggalkan benteng tradisional mereka. Banyak dari mereka bermigrasi ke Afghanistan, Badakhshan, dan Sindh. Sedikit yang diketahui tentang sejarah Ismailiyah pada tahap ini, sampai dua abad kemudian, ketika mereka kembali mulai tumbuh sebagai komunitas yang tersebar di bawah da'i regional di Iran, Afghanistan, Badakhshan, Suriah, dan India. Nizaris Suriah ditoleransi oleh Bahri Mamluk dan memegang beberapa kastil di bawah kekuasaan Mamluk. Mamluk mungkin telah menggunakan fedais Nizari untuk melawan musuh-musuh mereka sendiri, terutama upaya pembunuhan Pangeran Edward dari Inggris yang merupakan Tentara Salib pada tahun 1271.
Perlawanan oleh Nizari di Persia masih berlangsung di beberapa benteng, terutama Lambsar, Gerdkuh, dan beberapa benteng di Quhistan. Lambsar jatuh pada bulan Januari 1257 setelah wabah kolera. Gerdkuh bertahan lebih lama. Bangsa Mongol telah membangun bangunan dan rumah permanen di sekitar benteng ini, reruntuhannya, bersama dengan dua jenis batu yang digunakan untuk mangonel Nizari dan Mongol, masih ada hingga saat ini. Pada tanggal 15 Desember 1270, selama pemerintahan Abaqa, garnisun Gerdkuh menyerah karena kekurangan pakaian. Itu adalah tiga belas tahun setelah jatuhnya Alamut, dan tujuh belas tahun setelah pengepungan pertamanya oleh Kitbuqa; bangsa Mongol membunuh garnisun yang selamat tetapi tidak menghancurkan benteng tersebut. Pada tahun yang sama, upaya pembunuhan yang gagal terhadap Juvayni dikaitkan dengan Nizari, yang sebelumnya telah berbicara tentang pemusnahan total mereka. Pada tahun 1273, seluruh kastil Nizari Suriah juga direbut oleh Baibars.
Pada tahun 1275, pasukan Nizari di bawah putra Khurshah (bergelar Naw Dawlat atau Abu Dawlat) dan keturunan dinasti Khwarezmian merebut kembali Kastil Alamut, tetapi bangsa Mongol merebutnya kembali setahun kemudian. Sama seperti kelompok lain di wilayah terdekat, kaum Nizari juga masih mampu mempertahankan negara (semi)-independen di jantung wilayah mereka di Daylam. Ini berlanjut setidaknya sampai kampanye Öljaitü melawan Gilan pada tahun 1307, yang berhasil tetapi merupakan kemenangan sia-sia dengan banyak korban di kedua belah pihak. Meskipun demikian, kemungkinan otoritas Ilkhanate atas wilayah tersebut pasti telah diberantas pada tahun 1335 setelah kematian penguasa terakhir Ilkhanate. Pada tahun 1368, Daylam diperintah oleh Sayf al-Din Kiya, seorang anggota Kushaiji, sebuah dinasti Ismaili. Ia diserang dan dibunuh oleh Sayyid Ali Kiya, pendiri dinasti Karkiya. Nizari juga mendirikan kembali Imamah mereka di desa Anjudan, di mana mereka tercatat aktif pada abad ke-14–15.
Koin Ala al-Din Muhammad
Pengepungan Gerdkuh, dari manuskrip La Flor des estoires de la terre d'Orient oleh Hayton dari Corycus. Garnisun tersebut bertahan selama 17 tahun, lama setelah para pemimpin Nizari menyerah.
Gunung Ghal'eh Kuh dari Ferdows
Hulegu dan pasukannya berbaris menuju istana Nizari pada tahun 1256. Miniatur Persia dari manuskrip Jami al-Tawarikh
Pusat Nizari: wilayah Alamut dan Rudbar
Batu Alamut
Miniatur Persia yang menggambarkan Hülegü dan pasukan Mongol menghancurkan Alamut
Perlawanan di benteng utama Lambsar runtuh pada tahun 1257 setelah wabah kolera
Nizari masih aktif setelah Periode Alamut. Upaya pembunuhan terhadap Edward dari Inggris pada bulan Juni 1272, mungkin oleh seorang fida'i Suriah yang dipekerjakan oleh Baibars, berkontribusi pada berakhirnya Perang Salib Kesembilan.