Pendudukan Timor Leste oleh Indonesia
Hegemoni Indonesia > Kampanye Indonesia dalan melawan perlawanan

Para pemimpin intelijen Indonesia yang berpengaruh dengan Suharto pada awalnya membayangkan bahwa invasi, penundukan perlawanan Fretilin, dan integrasi dengan Indonesia akan berlangsung cepat dan relatif tidak menyakitkan. Kampanye-kampanye Indonesia berikutnya hingga tahun 1976 sangat menghancurkan bagi orang Timor Timur, menguras sumber daya Indonesia secara besar-besaran, sangat merusak Indonesia secara internasional, dan akhirnya gagal. Pembunuhan besar-besaran yang dilakukan ABRI di dekat daerah pesisir selama bulan-bulan awal invasi telah mendorong sebagian besar penduduk dan sebagian besar Falintil yang tersisa ke daerah-daerah pusat. Ini terbukti kontraproduktif karena membiarkan pasukan Indonesia berperang melawan musuh yang diperlengkapi dengan baik dan memiliki akses ke sumber daya pertanian dan penduduk. Penduduk sipil mulai melihat Falintil sebagai penyangga terhadap ekses pasukan Indonesia, yang menyebabkan meningkatnya dukungan untuk perlawanan. Dari tahun 1975 hingga 1977, Fretilin melindungi setidaknya 40% dari populasi yang telah meninggalkan daerah pesisir, dalam kondisi yang tidak ramah, dengan dukungan aktif dari komunitas yang berkumpul. Schwarz memberi fakta bahwa basis kekuatan militer Indonesia tetap hampir tidak penyok oleh kesalahan perhitungan intelijen pada pertengahan 1970-an dan kegagalan yang terus berlanjut adalah ukuran dominasi militer dalam urusan Indonesia.
Pada akhir tahun 1976, terjadi kebuntuan antara Falintil dan tentara Indonesia. Tidak dapat mengatasi perlawanan besar-besaran dan menguras sumber dayanya, ABRI mulai mempersenjatai diri. Angkatan Laut Indonesia membeli kapal patroli penembak rudal dari Amerika Serikat, Australia, Belanda, Korea Selatan, dan Taiwan, serta kapal selam dari Jerman Barat. Pada bulan Februari 1977, Indonesia juga menerima tiga belas pesawat OV-10 Bronco dari Rockwell International Corporation dengan bantuan kredit penjualan bantuan militer asing resmi pemerintah AS. Bronco sangat ideal untuk invasi Timor Timur, karena dirancang khusus untuk operasi kontra-pemberontakan di medan yang curam. Pada awal Februari 1977, setidaknya enam dari 13 Bronco beroperasi di Timor Timur dan membantu militer Indonesia menentukan posisi Fretilin. OV-10 Bronco memberikan pukulan berat bagi Falintil ketika pesawat itu menyerang pasukan mereka dengan senjata konvensional dan Napalm yang dipasok Soviet yang dikenal sebagai 'Opalm.' Bersamaan dengan persenjataan baru, 10.000 tentara tambahan dikirim untuk memulai kampanye baru yang dikenal sebagai 'solusi akhir'.
Ahli strategi TNI menerapkan strategi atrisi melawan Falintil mulai September 1977. Hal ini dilakukan dengan membuat wilayah tengah Timor Timur tidak mampu menopang kehidupan manusia melalui serangan napalm, perang kimia dan perusakan tanaman. Hal ini dilakukan untuk memaksa penduduk agar menyerahkan diri ke dalam penjagaan pasukan Indonesia dan merampas makanan dan penduduk Falintil. Pejabat Katolik di Timor Timur menyebut strategi ini sebagai kampanye "pengepungan dan pemusnahan". 35.000 tentara ABRI mengepung daerah-daerah yang didukung Fretilin dan membunuh pria, wanita, dan anak-anak. Pengeboman udara dan laut diikuti oleh pasukan darat, yang menghancurkan desa-desa dan infrastruktur pertanian. Ribuan orang mungkin telah terbunuh selama periode ini. Pada awal 1978, seluruh penduduk sipil desa Arsaibai, dekat perbatasan Indonesia, dibunuh karena mendukung Fretilin setelah dibombardir dan kelaparan. Keberhasilan kampanye 'pengepungan dan pemusnahan' mengarah pada 'kampanye pembersihan akhir', di mana anak-anak dan laki-laki akan dipaksa untuk berpegangan tangan dan berbaris di depan unit-unit Indonesia mencari anggota Fretilin. Ketika anggota Fretilin ditemukan, anggota akan dipaksa untuk menyerah atau menembaki rakyatnya sendiri.
Selama periode ini, tuduhan penggunaan senjata kimia di Indonesia muncul, karena penduduk desa melaporkan belatung muncul di tanaman setelah serangan bom. Radio Fretilin mengklaim pesawat Indonesia menjatuhkan bahan kimia, dan beberapa pengamat—termasuk Uskup Dili—melaporkan bahwa mereka melihat napalm dijatuhkan di pedesaan. Komisi PBB untuk Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste, berdasarkan wawancara dengan lebih dari 8.000 saksi, serta dokumen militer Indonesia dan intelijen dari sumber-sumber internasional, menegaskan bahwa Indonesia menggunakan senjata kimia dan napalm untuk meracuni persediaan makanan dan air di wilayah yang dikendalikan Fretilin selama kampanye "pengepungan dan pemusnahan".
Meskipun brutal, kampanye 'pengepungan dan pemusnahan' Indonesia tahun 1977–1978 terbilang efektif karena berhasil mematahkan punggung milisi utama Fretilin. Presiden dan komandan militer Timor yang cakap, Nicolau Lobato, ditembak dan dibunuh oleh pasukan Indonesia yang menggunakan helikopter pada tanggal 31 Desember 1978.