Daftar episode Prison Break
Musim ketiga (2007-2008)

| # | Tanggal | Judul | Cerita |
| --- | --- | --- | --- |
| 3.01 | 17/09/07 | Orientación | Michael sekali lagi masuk penjara, namun kali ini di penjara SONA (Panama), bersama dengan T-Bag, Mahone dan Bellick.  Penjara ini pada kenyataannya dikuasai oleh narapidana bernama Lechero yang merasa terancam dengan 'kemasyuran' Michael Scofield.  Lincoln berusaha memindahkan Michael ke Amerika Serikat secara hukum. Kemudian kakak-beradik ini mendapat pesan yang sama, kemungkinan berasal dari organisasi yang sejak awal mengejar-ngejar mereka. |
| 3.02 | 24/09/07 | Fire/Water | Setelah Michael mendengar kabar buruk dari Linc, ia mulai mencari tahanan bernama James Whistler, yang kemungkinan memegang kunci kebebasannya. Ternyata tidak mudah: James Whistler bersembunyi di Sona karena ada hadiah yang ditawarkan untuk orang yang bisa menangkapnya, dan Lechero juga tidak mau membantu Michael untuk menemukan Whistler. Terlebih lagi, Mahone dan Bellick juga ingin mendapatkan Whistler. Sementara itu, T-Bag berusaha untuk menjadi orang kepercayaan Lechero. |
| 3.03 | 01/10/07 | Call Waiting | Lincoln mencoba membebaskan LJ dan Sara, tetapi tidak berhasil. Susan mengatakan pada Linc bahwa ia telah menaruh sesuatu di garasi untuknya. |
| 3.04 | 08/10/07 | Good Fences | Dengan asumsi bahwa Sara meningggal, Lincoln memutuskan untuk tidak menceritakan soal itu pada Michael. Susan mengatakan jika Lincoln melakukan kesalahan lagi, dia akan mengirimkan potongan tubuh LJ. Sementara itu, Sucre mendapatkan pekerjaan di Sona. Dan Sofia mulai membantu Linc. |
| 3.05 | 22/10/07 | Interference | Sebuah tes yang dilakukan terhadap seekor tikus membuktikan penembak jitu yang berada di menara ternyata memang jitu, jadi Michael memutuskan hendak melarikan diri dengan Whistler dalam 24 jam, dan harus pada jam 3 sore, selama pertandingan sepak bola berlangsung. Sucre menerima $5,000 dari seorang pria dalam limusin untuk menyelundupkan paket ke Sona. Linc  yang sudah menyiapkan kendaraan di luar Sona, terhambat petugas patroli.  Ia mengatakan pada Marisol bahwa Sara sudah dibunuh tetapi ia tidak mengatakan pada Michael karena saat ini L.J. adalah prioritas utamanya. Tahanan baru, Andrew Tyge diperingatkan oleh Alexander Mahone karena diam-diam mendekati Michael dan Whistler, yang tengah merencanakan gangguan sinyal elektornik untuk mengalihkan perhatian penjaga menara. Sebelum mereka bisa berbuat sesuatu, pantulan teropong Michael terlihat; penjaga masuk dan menemukan teropong itu dalam selnya, dan Michael mengakui kalau itu miliknya. Ketika pimpinan pasukan hendak menembaknya, Whistler mengatakan teropong itu miliknya yang digunakan untuk meneropong burung. Whistler juga menunjukkan buku ornitologi miliknya sebagai bukti. Kemudian Tyge mengidentifikasikan Whistler sebagai Macfaddyen, Nice 1997... Namun Whistler tidak mengakuinya. |
| 3.06 | 05/11/07 | Photo Finish | Tyge bercerita pada Michael bahwa ia dan 'Mcfadden' dulunya adalah rekan kerja di sebuah hotel di Nice, Mahone khawatir ia terus membuntuti Whistler. Rencana pelarian baru segera dibuat. Michael menyuruh Linc memasukkan obat tidur ke kopi penjaga ketika ia pergi makan siang, dan meminta foto L.J. dan Sara sebelum ia melarikan diri. Mahone menolak mengurangan masa tahanan 8 tahun untuk kesaksian melawan pemerintah dan konspirasi Burrows: sekarang ia menghadapi hukuman seumur hidup. Tyge ditusuk sampai mati, Lechero menanyai Menudo 'McGrady' dan menyeret Whistler untuk ditanyai. Michael percaya bahwa Mahone dan Bellick tidak terlibat; T-bag menawari Michael untuk menggunakan cincin yang ia curi dari Sammy, rivalnya untuk mendapatkan kepercayaan Lechero, untuk menjebak Sammy sebagai pelaku pembunuhan Tyge.  Tetapi Michael menemukan pisau yang dipakai untuk membunuh di bawah tempat tidur Mahone dan melaporkan Mahone ke Lechero, tepat setelah Mahone keluar seusai menerima persetujuan hukuman 4 tahun dengan Departemen Kehakiman Amerika Serikat. Linc dan Sofia berhasil memasukkan obat tidur ke kopi penjaga, tetapi Susan sadar bahwa Michael dan Linc punya rencana sendiri.  Karena tidak bisa mendapatkan foto yang diminta, Linc mengakui kematian Sara pada Michael. Dan Michael membuat keputusan drastis... |
| 3.07 | 05/11/07 | Vamonos | asdf |
| 3.08 | 12/11/07 | Bang and Burn |  |
| 3.09 | 14/01/08 | Boxed In |  |
| 3.10 | 21/01/08 | Dirt Nap |  |
| 3.11 | 04/02/08 | Under & Out |  |
| 3.12 | 11/02/08 | Heel or High Water |  |
| 3.13 | 18/02/08 | The Art of the Deal |  |