Orang utan
Taksonomi dan filogeni

Orang utan pertama kali dideskripsikan secara ilmiah pada tahun 1758 dalam Systema Naturae oleh Carolus Linnaeus sebagai Homo troglodytes.:20 Nama ini kemudian diganti menjadi Simia pygmaeus pada tahun 1760 oleh muridnya, Christian Emmanuel Hopp, dan kemudian dinamai sebagai Pongo oleh Lacépède pada tahun 1799.:24–25 Naturalis Perancis, René Lesson mengusulkan bahwa populasi orang utan di Sumatra dan Kalimantan merupakan dua spesies yang berbeda ketika dirinya mendeskripsikan P. abelii pada tahun 1827. Pada tahun 2001, P. abelii diresmikan sebagai spesies tersendiri berdasarkan bukti molekuler yang diterbitkan pada tahun 1996,:53 sementara tiga populasi yang berbeda di Kalimantan ditingkatkan taksonnya menjadi subspesies (P. p. pygmaeus, P. p. morio dan P. p. wurmbii). Pendeskripsian pada tahun 2017 dilakukan untuk spesies ketiga, yakni P. tapanuliensis yang hidup di Sumatra, tepatnya di wilayah selatan Danau Toba. Pongo tapanuliensis memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan spesies orang utan kalimantan, P. pygmaeus, dibandingkan dengan sesama spesies yang berasal dari Sumatra, P. abelii.
Pengurutan genom orang utan sumatra diselesaikan pada Januari 2011, dan hal ini menjadikan P. abelii sebagai spesies kera besar ketiga yang genomnya berhasil diurutkan setelah manusia dan simpanse. Selanjutnya, spesies orang utan kalimantan juga diurutkan genomnya. Orang utan kalimantan (P. pygmaeus) memiliki keragaman genetik yang lebih sedikit dibandingkan dengan orang utan sumatra (P. abelii), meskipun populasinya berjumlah enam hingga tujuh kali lebih banyak. Temuan ini mungkin dapat membantu para konservasionis melestarikan kera yang terancam punah tersebut, serta mempelajari lebih lanjut tentang penyakit genetik manusia. Sama halnya dengan gorila dan simpanse, orang utan memiliki 48 kromosom diploid, berbeda dengan manusia yang memiliki 46 kromosom diploid.:30
Berdasarkan penelitian pada tingkat molekuler untuk garis keturunan kera (superfamili Hominoidea), owa berpisah menjadi spesies yang berbeda pada awal periode Miosen, yaitu sekitar antara 24,1 dan 19,7 juta tahun lalu. Sementara itu, orang utan diperkirakan berpisah antara 19,3 dan 15,7 juta tahun lalu. Sebuah penelitian pada 2011 memperkirakan bahwa orang utan sumatra dan orang utan kalimantan berpisah antara 4,9 dan 2,9 juta tahun yang lalu bila merujuk pada lokus-lokus pada DNA mitokondria, kromosom X, dan kromosom Y pada kedua spesies ini.(Gbr. 4) Sebaliknya, studi genom lain pada tahun yang sama menunjukkan bahwa kedua spesies ini baru saja berpisah sekitar 400.000 tahun yang lalu. Studi ini juga menemukan bahwa orang utan berevolusi lebih lambat daripada simpanse dan manusia. Sebuah studi genom pada tahun 2017 menemukan bahwa orang utan kalimantan dan tapanuli berpisah dari orang utan sumatra sekitar 3,4 juta tahun yang lalu dan dari satu sama lain sekitar 2,4 juga tahun yang lalu. Jutaan tahun yang lalu, orang utan melakukan perjalanan dari daratan Asia ke Sumatra dan kemudian ke Kalimantan karena pulau-pulau tersebut dihubungkan oleh jembatan darat selama periode glasial kuarter, ketika permukaan air laut jauh lebih rendah. Sebaran orang utan tapanuli saat ini diperkirakan dekat dengan tempat leluhur orang utan pertama kali memasuki wilayah yang sekarang menjadi Indonesia dari daratan Asia.