Rumpun bahasa Halmahera Utara
Hubungan genetik dan area penggunaan

Dituturkan di Kepulauan Maluku, bahasa Halmahera Utara adalah salah satu bahasa Papua paling barat (satu-satunya rumpun bahasa tidak dikenal yang serupa di Indonesia bagian timur adalah Timor–Alor–Pantar). Terletak di Asia Tenggara, kedua rumpun ini bisa dibilang satu-satunya kelompok linguistik non-Melanesia yang dapat dikaitkan dengan rumpun bahasa Papua di Oseania.:151 Bahasa-bahasa tersebut diperkirakan dibawa ke wilayah ini sebagai hasil migrasi dari Papua, kemungkinan besar sebelum kedatangan bahasa-bahasa Austronesia.:136:216
Bahasa-bahasa ini diklasifikasikan oleh beberapa orang sebagai bagian dari kelompok Papua Barat yang lebih besar, serta bahasa-bahasa di wilayah Kepala Burung di wilayah Nugini Barat, sementara yang lain menganggap bahasa Halmahera Utara membentuk rumpun bahasa yang berbeda, tanpa ada hubungan yang dapat dibuktikan di luar wilayah tersebut.:269 Bahasa-bahasa di Halmahera Utara tampaknya mempunyai kemiripan yang paling dekat dengan bahasa-bahasa di Kepala Burung, yang menunjukkan adanya migrasi dari penutur bahasa Kepala Burung di bagian barat ke Halmahera bagian utara.:364 Namun, Ger Reesink mencatat bahwa bukti keterkaitan genetik antara kelompok-kelompok "Papua Barat" yang berbeda terlalu minim untuk membuat kesimpulan yang tegas, menunjukkan bahwa mereka dianggap sebagai jaringan areal dari keluarga linguistik yang tidak terkait. Selain itu, banyak penutur bahasa Halmahera Utara, seperti orang-orang Ternate, Tidore, dan Galela, secara fisik berbeda dari penduduk asli Nugini, sedangkan sifat-sifat Nugini lebih banyak ditemukan di kalangan masyarakat berbahasa Austronesia di Halmahera Selatan. Robert Blust (2013) menganggap paradoks ini sebagai akibat dari historis pergeseran bahasa. Kelompok etnis di wilayah Halmahera bagian utara memiliki hubungan peradaban yang sama dengan dunia Islam dan masyarakat di wilayah barat Indonesia, sehingga menunjukkan adanya ketidaksesuaian antara afiliasi budaya dan bahasa.
Pada pergantian abad ke-19, bahasa-bahasa Halmahera Utara telah diakui sebagai kelompok yang sangat berbeda (tetapi mungkin bahasa Austronesia). Sifat non-Austronesia mereka akhirnya ditunjukkan oleh Hendrik van der Veen pada tahun 1915.:190 Kesamaan struktural antara Halmahera dan kelompok Papua tertentu di Melanesia sudah diketahui sejak tahun 1900, dan versi awal keluarga Papua Barat diusulkan oleh H.K.J. Cowan (1957–1965), antara lain menghubungkan bahasa Halmahera Utara dengan bahasa Kepala Burung (berdasarkan bukti leksikal dan morfemik).:193 Holton dan Klamer (2018: 626) tidak secara tegas menerima kesatuan silsilah orang West Papua, namun mencatat bahwa usulan "Papua Barat" yang lebih terbatas, menghubungkan bahasa Halmahera Utara dengan bahasa Kepala Burung Barat pada khususnya (termasuk bahasa Yapen/Yawa), tampaknya sangat meyakinkan.
Keluarga ini mempunyai stratum Austronesia yang dapat dibuktikan,:41 dengan bahasa leluhur yang telah menerima pengaruh leksikal dari bahasa Filipina (atau keluarga bahasa) yang tidak disebutkan namanya.:652 Ada juga pinjaman yang kemungkinan berasal dari bahasa Maluku Tengah, serta yang berasal dari Oseanik;:195 khususnya, Voorhoeve (1982) telah mencatat serangkaian kesamaan leksikal antara bahasa Halmahera Utara dan bahasa-bahasa Papua Tengah di pantai selatan Papua Nugini. Selain itu, bahasa Ternate, Tidore, Makian Barat, dan Sahu telah mengadopsi banyak elemen tata bahasa Austronesia; namun, keluarga bahasa lainnya agak konservatif, karena mempertahankan urutan kata SOV, penggunaan postposisi, serta penggunaan awalan objek dan subjek.:192 Adanya ciri-ciri tipologi kuno sangat membedakan bahasa-bahasa tersebut dengan bahasa-bahasa Papua Barat lainnya, yang umumnya memiliki struktur sintaksis berkepala kiri.:364