Lokiarchaeota
Deskripsi

Komposit genom Lokiarchaeum terdiri dari 5.381 gen pengkode protein. Sekitar 32% gen pengkode protein tersebut tidak sesuai dengan protein yang diketahui, 26% sangat mirip dengan protein archaea, dan 29% sisanya sesuai dengan protein bakteri. Hal tersebut dinilai konsisten dengan protein dari filum baru (dengan sedikit atau tidak ada kerabat dekat) yang sulit ditetapkan ke domain yang tepat. Selain itu, hal ini juga bersesuaian dengan penelitian yang sudah ada yang menunjukkan terjadinya transfer gen antara bakteri dan archaea.
Sebuah protein kecil yang dikodekan oleh gen yang dipulihkan, namun memiliki porsi signifikan (sebesar 175, 3,3%), sangat mirip dengan protein eukariotik. Kontaminasi sampel kurang memungkinkan untuk protein ini karena gen yang dipulihkan selalu diapit oleh gen prokariotik dan tidak ada gen yang diketahui berasal eukariotik terdeteksi di dalam metagenom, dimana komposit genom diekstraksi. Selain itu, analisis filogenetik sebelumnya menunjukkan bahwa gen ini berasal dari dasar klade eukariotik.
Pada eukariota, fungsi protein ini meliputi deformasi membran sel, pembentukan bentuk sel, dan sitoskeleton protein yang dinamis. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa Lokiarchaeum mungkin memiliki beberapa dari kemampuan ini.  Selain itu, terdapat protein lainnya yaitu aktin yang memiliki peran penting dalamfagositosis pada eukariota.  Fagositosis sendiri merupakan kemampuan untuk menelan dan mengkonsumsi partikel lain dan kemampuan ini akan menyediakan asal usul endosimbiotik dari mitokondria dan kloroplas, yang merupakan perbedaan utama antara prokariota dan eukariota.
Pohon filogenetik yang terbentuk berdasarkan analisis komparatif genom Lokiarchaeum terhadap genom yang diketahui menunjukkan bahwa Lokiarchaeota dan eukariota berada di dalam kelompok monofiletik. Hal ini mendukung archaea sebagai inang atau skenario mirip eosit sebagai kemunculan eukariota. Berbagai fungsi yang berhubungan dengan membran Lokiarchaeum menunjukkan bahwa kesamaan nenek moyang dengan eukariota kemungkinan merupakan langkah perantara antara sel prokariotik, yang tidak memiliki struktur subselular, dan sel eukariotik, yang menyimpan banyak organel.
Sistem tiga domain Carl Woese mengklasifikasikan kehidupan seluler menjadi tiga domain, yaitu archaea, bakteri, dan eukariota. Eukariota sendiri dapat dibedakan karena memiliki sel-sel besar yang berevolusi tinggi, mengandung mitokondria yang membantu sel menghasilkan ATP (adenosin trifosfat, satuan energi dalam sel), serta nukleus yang terikat membran yang mengandung asam nukleat.
Bakteri dan archaea dianggap sebagai organisme dengan garis keturunan yang paling kuno. Hal tersebut disebabkan oleh lapisan fosil yang memiliki tanda kimiawi pada lipid archaea sudah ada sejak 3,8 miliar tahun yang lalu. Eukariota mencakup semua sel kompleks dan hampir semua organisme multiseluler. Eukariot ini dianggap sudah berevolusi antara 1,6 dan 2,1 miliar tahun lalu. Meskipun evolusi eukariota dianggap sebagai peristiwa evolusi yang signifikan, tidak ditemukan bentuk peralihan atau "mata rantai yang hilang" sebelumnya. Dalam konteks ini, penemuan Lokiarchaeum yang memiliki beberapa karakteristik eukariota, menjadi bukti peralihan dari archaea menjadi eukariota. Lokiarchaeota dan eukariota kemungkinan memiliki nenek moyang yang sama dan diperkirakan bahwa garis keturunannya bercabang sekitar dua miliar tahun yang lalu. Kemungkinan nenek moyang  ini memiliki gen "starter" penting yang meningkatkan kompleksitas selulernya dan akhirnya mengarah kepada evolusi eukariota.
Pohon evolusi skematik dari archaea, termasuk Lokiarchaeota dan akar pohon filogenetik eukariota