Sistem noken
Konstitusionalitas

Mahkamah Konstitusi (MK) telah mengakui konstitusionalitas sistem noken dalam perkara-perkaranya. Dalam Putusan Nomor 47-81/PHPU.A-VII/2009, seorang pendeta yang bernama Elion Numberi gagal terpilih sebagai anggota Dewan Perwakilan Daerah untuk Provinsi Papua. Ia mengklaim bahwa telah terjadi kecurangan di Kabupaten Yahukimo yang membuat saingannya, Paulus Yohanes Sumino, terpilih sebagai anggota. Untuk mendukung klaim ini, Elion membawa saksi-saksi yang mengklaim bahwa pemilu tidak pernah diselenggarakan di dua dari tiga daerah pemilihan di Yahukimo. MK menjawab bahwa pemilu di Yahukimo diadakan dengan sistem aklamasi yang disebut sistem noken. MK kemudian menyatakan bahwa apabila aturan pemilihan umum di tingkat nasional dipaksakan kepada masyarakat Yahukimo, hal tersebut dapat menimbulkan konflik dan disintegrasi. MK khawatir bahwa persaingan dalam pemilu dapat mengganggu keselarasan di masyarakat Yahukimo. Maka dari itu, MK meyakini bahwa cara yang realistis adalah dengan menerima sistem noken, tetapi pemilu tetap harus diadakan dengan baik. Mengingat MK menemukan bahwa telah terjadi kecurangan sistematis dan masif di Yahukimo, pada akhirnya MK memerintahkan pemilu ulang di daerah-daerah yang bermasalah.
Kemudian, dalam Putusan Nomor 14/PHPU.D-XI/2013, calon yang kalah dalam pemilihan umum Gubernur Papua 2013, Habel Melkias Suwae, mengklaim bahwa keputusan KPU Papua untuk memperbolehkan penggunaan noken sebagai pengganti kotak suara adalah sebuah "konspirasi" untuk memenangkan calon lainnya, Lukas Enembe. Habel mengeluh bahwa kotak-kotak suara tidak pernah dikirim ke kampung-kampung, dan pemungutan suara di delapan belas kampung hanya diwakili oleh tiga kepala kampung. MK menjawab bahwa tuduhan "konspirasi" ini tidak beralasan. Selain itu, MK menegaskan bahwa keputusan KPU Papua didasarkan pada hukum adat yang berlaku di daerah setempat. Walaupun tidak diatur secara eksplisit dalam Undang-Undang Pemilu dan Undang-Undang Pemerintahan Daerah, MK menyatakan bahwa Pasal 18B ayat (2) Undang-Undang Dasar 1945 (UUD 1945) menegaskan bahwa:
Negara mengakui dan menghormati kesatuan-kesatuan hukum masyarakat hukum adat beserta hak-hak tradisionalnya sepanjang masih hidup dan sesuai dengan perkembangan masyarakat dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia, yang diatur dalam undang-undang.
Dengan demikian, MK menegaskan bahwa sistem noken merupakan bagian dari kesatuan-kesatuan hukum masyarakat hukum adat beserta hak-hak tradisionalnya. Putusan MK dalam perkara ini dikritik oleh pakar hukum Indonesia asal Australia, Simon Butt. Menurutnya, MK gagal menjelaskan mengapa sistem noken bisa dianggap memenuhi syarat-syarat yang tercantum dalam Pasal 18B ayat (2) UUD 1945.
Sistem noken kembali menjadi isu pada saat pemilihan umum Presiden Indonesia 2014. Calon yang kalah, Prabowo Subianto, mengklaim telah terjadi kecurangan terstruktur, sistematis, dan masif, termasuk di Provinsi Papua. Tim Prabowo menyatakan bahwa proses rekapitulasi tidak pernah diselenggarakan di berbagai kampung, dan suara langsung diberikan begitu saja kepada calon yang lain, Joko Widodo, tanpa pembahasan terlebih dahulu, sehingga Joko Widodo mendapatkan perolehan suara 100% di berbagai tempat pemungutan suara. Dalam Putusan Nomor 1/PHPU.PRES-XII/2014, MK menjawab bahwa sistem noken sejalan dengan UUD 1945. MK juga menegaskan bahwa perolehan 100% bukanlah hal yang aneh apabila sistem noken diterapkan, sehingga tidak dapat dijadikan bukti kecurangan. MK berpendapat bahwa "apapun hasil pemilihan dengan sistem noken/ikat semua pihak harus menerimanya sebab sistem pemilihan demikian telah diakui dan dijamin oleh konstitusi". Pada akhirnya, MK mendapati bahwa pemilu digelar di distrik-distrik dengan menggunakan sistem noken dan hasilnya juga telah didokumentasikan dengan baik oleh pihak penyelenggara.