Martin Bucer
Dialog dengan Luther dan Zwingli (1524–1540)

Lihat pula: Sakramen Tubuh dan Darah Kristus—Melawan Kaum Fanatik
Mulai tahun 1524, Bucer berkonsentrasi pada isu utama yang memisahkan reformator terkemuka, yaitu Perjamuan Kudus. Dalam perselisihan ini, ia berusaha menengahi Martin Luther dan Huldrych Zwingli. Kedua teolog berselisih pandangan mengenai apakah tubuh dan darah Kristus hadir secara fisik di dalam unsur-unsur roti dan anggur dalam perayaan Perjamuan Kudus. Luther memercayai kehadiran nyata Kristus secara jasmani atau fisik; dan Zwingli memercayai bahwa tubuh dan darah Kristus dihadirkan oleh Roh Kudus. Pada akhir tahun 1524, Bucer telah meninggalkan ide kehadiran nyata jasmani dan, setelah beberapa studi eksegesis, menerima penafsiran Zwingli. Meskipun begitu, ia tidak percaya bahwa Reformasi bergantung pada salah satu pandangan tetapi pada iman kepada Kristus, hal-hal lain menjadi sekunder. Dalam hal ini, ia berbeda dengan Zwingli.
Pada bulan Maret 1526, Bucer menerbitkan Apologia, membela pandangan-pandangannya. ia mengajukan sebuah formula yang ia harap dapat memuaskan kedua pihak: perbedaan pemahaman Alkitab dapat diterima, dan kesatuan gereja dapat dipastikan asalkan kedua pihak memiliki "iman seperti anak kecil di dalam Tuhan". Bucer menyatakan bahwa pandangannya dan Zwingli mengenai Perjamuan Kudus adalah pandangan yang benar, tetapi meskipun ia menganggap para teolog Wittenberg salah, ia tetap menerima mereka sebagai saudara karena mereka sepakat dalam hal keyakinan-keyakinan dasar. Ia juga menerbitkan dua terjemahan karya Luther dan Johannes Bugenhagen, memasukkan pandangannya sendiri tentang Perjamuan kudus ke dalam naskahnya. Hal ini membuat para teolog Wittenberg murka dan merusak hubungan mereka dengan Bucer. Pada tahun 1528, ketika Luther menerbitkan Vom Abendmahl Christi, Bekenntnis (Pengakuan Iman Mengenai Perjamuan Kristus), menjelaskan konsepnya mengenai persatuan sakramental (bahasa Inggris: sacramental union), Bucer menanggapi dengan risalahnya sendiri, Vergleichnung D. Luthers, und seins gegentheyls, vom Abendmal Christi (Konsiliasi antara Dr. Luther dan Lawan-Lawannya Mengenai Perjamuan Kristus). Ia menuliskan risalah tersebut dengan bentuk dialog antara dua pedagang, satu dari Nürnberg yang mendukung Luther dan satu lagi dari Strasbourg yang mendukung Bucer, dengan pedagang yang kedua menang atas lawannya. Bucer memerhatikan bahwa Luther telah menolak impanasi, yaitu gagasan bahwa Kristus "dibuat menjadi roti". Karena itu, menurut Bucer, tidak ada ketidaksepakatan antara Luther dan Zwingli. Baik Luther maupun Zwingli percaya bahwa Kristus hadir secara spiritual dalam Perjamuan. Luther dengan keras menolak interpretasi Bucer.
Pertemuan terakhir antara Zwingli dan Luther terjadi pada saat berlangsungnya Konferensi Marburg pada bulan Oktober 1529. Konferensi ini diselenggarakan oleh Philipp dari Hessen dan dihadiri oleh berbagai reformator terkemuka, termasuk Bucer. Luther dan Zwingli setuju pada 13 dari 14 pokok pembicaraan yang didiskusikan, tetapi Zwingli tidak dapat menerima doktrin kehadiran nyata, yang Luther tidak dapat kompromikan. Setelah diskusi terhenti, Bucer berusaha menyelamatkan keadaan, tetapi Luther mengatakan, "Adalah jelas bahwa kami tidak memiliki roh yang satu dan sama."  Pertemuan tersebut berakhir dengan kegagalan. Tahun berikutnya, Bucer menuliskan kekecewaannya terhadap kekakuan doktrinal ini:
Jikalau kamu langsung mengutuk siapa pun yang tidak begitu percaya hal yang sama denganmu sebagai ditinggalkan Roh Kristus, dan menganggap sebagai musuh kebenaran siapa pun yang memegang sesuatu yang salah sebagai kebenaran, siapa, doakan, yang masih dapat kamu anggap sebagai saudara? Aku sendiri tidak pernah bertemu dua orang yang memercayai hal yang persis sama. Hal ini juga benar dalam teologi.