Timor Timur
Sejarah > Usulan otonomi khusus hingga kemerdekaan

Artikel utama: Referendum kemerdekaan Timor Leste 1999
Pasca pengunduran diri Soeharto sebagai Presiden Indonesia pada tanggal 21 Mei 1998 dan digantikan oleh Bacharuddin Jusuf Habibie, ia turut memberikan perhatian pada masalah Timor Timur. Presiden Habibie membuat berbagai pernyataan publik di mana ia menyebutkan bahwa biaya mempertahankan subsidi moneter untuk mendukung provinsi tidak diimbangi oleh manfaat terukur bagi Indonesia. Karena analisis untung-rugi yang tidak menguntungkan ini, keputusan yang paling rasional adalah untuk provinsi yang bukan bagian dari batas asli sejak kemerdekaan 1945 di Indonesia, untuk diberikan pilihan demokratis apakah mereka ingin tetap berada di Indonesia atau tidak. Pilihan ini juga sejalan dengan program demokratisasi umum pemerintahan Habibie setelah era Presiden Soeharto. Pernyataan-pernyataan Habibie ini disambut oleh sejumlah pihak, termasuk beberapa tokoh pro-kemerdekaan seperti Xanana Gusmão; José Ramos-Horta; dan Uskup Carlos Filipe Ximenes Belo yang meminta agar periode transisi diberlakukan lima sampai sepuluh tahun sebelum Timor Timur menerima kemerdekaan sepenuhnya.
Pada bulan Januari 1999, Presiden B.J. Habibie menerima pandangan dari Perdana Menteri Australia John Howard yang menyarankan agar Indonesia mengikuti langkah Prancis dalam menangani masalah Kaledonia Baru untuk menyelesaikan permasalahan Timor Timur dengan mempersiapkan waktu selama sepuluh tahun transisi sebelum membuka jalan kemerdekaan. Setelah menerima pandangan itu, Habibie memutuskan untuk meminta percepatan penyelesaian permasalahan Timor Timur dengan tujuan untuk menggelar jajak pendapat pada tahun yang sama. Sebagai langkah tindak lanjut atas permintaan Habibie, PBB menyelenggarakan pertemuan antara pemerintah Indonesia dan pemerintah Portugal (sebagai otoritas kolonial sebelumnya atas Timor Timur). Pada tanggal 5 Mei 1999, pembicaraan ini menghasilkan “Persetujuan antara Republik Indonesia dan Republik Portugis tentang Masalah Timor Timur” yang menjabarkan rincian dari referendum yang diminta. Referendum harus diadakan untuk menentukan apakah Timor Timur akan tetap menjadi bagian dari Indonesia, sebagai Daerah Otonomi Khusus, atau terpisah dari Indonesia. Referendum itu diorganisir dan dipantau oleh misi penjaga perdamaian yang dibentuk PBB bernama UNAMET dan 450.000 orang terdaftar untuk memilih termasuk 13.000 orang di luar Timor Timur.
Kesepakatan antara pemerintah Indonesia dan Portugal termasuk "Kerangka Konstitusi untuk otonomi khusus bagi Timor Timur" sebagai sebuah aneksasi. Kerangka ini akan membentuk "Daerah Otonomi Khusus Timor Timur" (DOK Timor Timur) dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Lembaga-lembaga Daerah Otonomi Khusus Timor Timur akan mencakup cabang eksekutif yang terdiri dari seorang Gubernur (dipilih oleh dewan legislatif) dan dewan penasehat, cabang legislatif yakni Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, peradilan independen termasuk Pengadilan negeri, Pengadilan banding, Pengadilan banding akhir dan Kantor jaksa penuntut umum, serta Kepolisian Daerah.
Pemerintah Indonesia tetap memegang kendali atas pertahanan, hukum ketenagakerjaan, kebijakan ekonomi dan fiskal serta hubungan luar negeri, sementara hukum Indonesia akan memiliki kesinambungan di wilayah itu. Pemerintah otonom akan memiliki kompetensi atas semua hal yang tidak disediakan untuk Pemerintah Indonesia, termasuk hak untuk mengadopsi lambang sebagai simbol identitas. Pemerintah otonom dapat menunjuk orang-orang sebagai "identitas Timor" dan dapat membatasi hak kepemilikan tanah bagi orang-orang tanpa identitas ini. Kode sipil tradisional juga bisa diadopsi. DOK Timor Timur dapat mengadakan perjanjian dengan pemerintah kota dan pemerintah daerah untuk tujuan ekonomi, budaya, dan pendidikan. DOK Timor Timur akan berhak berpartisipasi dalam organisasi budaya dan olahraga di mana entitas non-negara lain berpartisipasi.
Hasil referendum Timor Timur pada tanggal 30 Agustus 1999 menyatakan bahwa sebanyak 344.580 (78,5%) suara dari rakyat Timor Timur menolak usulan otonomi khusus dan 94.388 (21,5%) suara menerima usulan otonomi khusus. Pada tahun 1999, wilayah Timor Timur diserahkan pemerintah Indonesia kepada UNTAET sebagai badan pemerintahan sipil yang dibentuk oleh PBB dalam rangka memelihara misi perdamaian di Timor Timur hingga kemerdekaannya secara resmi pada tanggal 20 Mei 2002.