Stasiun Surabaya Kota
Bangunan dan tata letak

Stasiun Surabaya Kota memiliki total enam belas jalur kereta api yang diberi nomor. Emplasemen baru di barat memiliki empat jalur yang dijadikan jalur kedatangan maupun keberangkatan penumpang, dengan jalur 1 dan 2 merupakan sepur lurus. Sementara itu, 12 jalur sisanya berada di emplasemen lama di timur yang terdiri dari sepur belok dan badug. Jalur 1 dan 2 merupakan sepur lurus yang terhubung dengan jalur 1 dan 2 emplasemen barat. Emplasemen lama digunakan sebagai sepur simpan/tempat parkir rangkaian kereta.
Bangunan lama stasiun ini, yang berlokasi tepat di depan Pasar Atum, sudah tidak dioperasikan sejak 1990-an, tetapi sudah direnovasi selama kurun waktu tahun 2012-2015. Sampai saat ini belum ada rencana diaktifkan kembali, tetapi kemungkinan nantinya akan difungsikan kembali sebagai stasiun penumpang atau hanya sebagai museum.
Bangunan baru yang berada di barat emplasemen dibangun pada tahun 1980-an sebagai bagian dari konsesi antara PJKA dan pihak swasta di atas lahan seluas 5.800 meter persegi. Bangunan baru memiliki lima lantai, dengan area stasiun di lantai pertama dan area komersial serta tempat parkir di lantai kedua hingga kelima. Empat jalur di bangunan stasiun baru hanya dirancang memiliki panjang 125 meter sehingga tidak dapat digunakan sebagai keberangkatan kereta api jarak jauh dengan rangkaian yang lebih panjang dibanding kereta api lokal.
| 0 | 1 | 2 | 3 |
| --- | --- | --- | --- |
G: Peron sisi
| Hall stasiun | Jalur 1 | Sepur lurus | ↔ |
| Hall stasiun | Jalur 1 |  Pemberhentian kereta api antarkota | ↔ |
| Hall stasiun | Jalur 1 | D Commuter Line Dhoho, tujuan Kertosono/Blitar/Malang | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | D Commuter Line Dhoho, dari Blitar/Malang | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | D Commuter Line Dhoho, dari dan tujuan Surabaya Kota (rute memutar berlawanan arah jarum jam) | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | P Commuter Line Penataran, tujuan Malang/Blitar | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | P Commuter Line Penataran, dari Malang/Blitar/Kertosono | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | P Commuter Line Penataran, dari dan tujuan Surabaya Kota (rute memutar searah jarum jam) | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 1 | SP Commuter Line Supas, dari dan tujuan Pasuruan | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | Sepur lurus | ↔ |
| Hall stasiun | Jalur 2 |  Pemberhentian kereta api antarkota | ↔ |
| Hall stasiun | Jalur 2 | D Commuter Line Dhoho, tujuan Kertosono/Blitar/Malang | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | D Commuter Line Dhoho, dari Blitar/Malang | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | D Commuter Line Dhoho, dari dan tujuan Surabaya Kota (rute memutar berlawanan arah jarum jam) | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | P Commuter Line Penataran, tujuan Malang/Blitar | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | P Commuter Line Penataran, dari Malang/Blitar/Kertosono | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | P Commuter Line Penataran, dari dan tujuan Surabaya Kota (rute memutar searah jarum jam) | ↔  (Surabaya Gubeng) |
| Hall stasiun | Jalur 2 | SP Commuter Line Supas, dari dan tujuan Pasuruan | ↔  (Surabaya Gubeng) |
Hall stasiun: Peron teluk
| Hall stasiun | Jalur 3 | Sepur belok |  |
| Hall stasiun | Jalur 4 | Sepur belok untuk jalur parkir ataupun langsiran kereta api |  |
G: Peron sisi
Sejak bulan Juli 2014, stasiun ini telah menggunakan sistem persinyalan elektrik buatan PT Len Industri untuk menggantikan persinyalan mekanik. Rumah sinyal di sisi timur emplasemen yang biasanya digunakan untuk mengontrol perangkat persinyalan mekanik di stasiun ini dinonaktifkan setelah peralihan sistem persinyalan selesai dilakukan dan ditetapkan sebagai cagar budaya sejak tahun 2013.
Sejak Oktober 2014, jalur pintas yang menghubungkan antara jalur yang memiliki akses langsung ke emplasemen stasiun dan jalur yang melewati viaduk Tugu Pahlawan dekat perlintasan sebelah timur stasiun ini telah dioperasikan sehingga memungkinkan rangkaian kereta api dapat berjalan langsung dari Stasiun Gubeng menuju Stasiun Pasarturi atau Kalimas maupun sebaliknya tanpa memutar rangkaiannya terlebih dahulu di Stasiun Sidotopo.
Sehubungan dengan rencana peningkatan kapasitas angkut kereta api lokal dan komuter di stasiun ini, muncul wacana untuk mengaktifkan kembali bangunan lama Stasiun Surabaya Kota peninggalan SS ini sebagai stasiun utama untuk kereta lokal dan komuter. Untuk menyiasatinya, PT KAI memutuskan akan memindahkan seluruh aktivitas perawatan sarana perkeretaapian ke Stasiun Sidotopo. Saat ini, stasiun lama sedang menjalani tahap akhir, seperti menghidupkan kembali jalur 1 dan 2 yang lama yang dipayungi atap overcapping, penambahan loket dan layanan pelanggan, serta perbaikan fasilitas seperti toilet. Ke depannya, pelayanan penumpang yang sebelumnya berada di Indo Plaza akan dikembalikan ke bangunan stasiun lama.