Pasukan Jihad
Invasi Ternate

Kerusuhan di Ternate dimulai pada akhir bulan Desember, sekitar waktu yang sama dengan kekerasan di Tobelo. Berawal dari kejadian kecil pada Senin 27 Desember malam, saat Pasukan Kuning yang menjaga gedung Partai Golkar menghajar seorang pengemudi mobil yang menabrak penghalang jalan mereka. Kemudian sopir lari ke rumahnya di Kampung Pisang. Malamnya, ia kembali bersama rombongan besar pemuda dari Kampung Pisang dan Tanah Tinggi, lalu menyerang Pasukan Kuning di dekat kantor Pemerintah Kota Ternate. Mereka saling melempar batu dan tombak hingga satuan polisi (Brimob) mencoba menghentikan mereka. Namun ketika komandan unit terluka akibat ledakan, polisi pergi dan pertempuran berlanjut.
Dalam pertikaian, pemuda Kampung Pisang membakar sekolah Katolik Maria Bintang Laut, tempat puluhan Pasukan Kuning menginap. Sekolah tersebut adalah salah satu dari sedikit bangunan Katolik yang selamat dari kerusuhan bulan November. Setelah itu, kedua belah pihak mundur, Pasukan Kuning ke gedung Partai Golkar, basis utama mereka di pusat kota, dan Pasukan Putih yang jumlahnya semakin banyak ke kawasan dekat kantor gubernur di Jalan Ahmad Yani.
Keesokan harinya, 28 Desember, pukul 5 pagi, ratusan Pasukan Kuning berkumpul dengan membawa kaleng bensin, serta menyerang Kampung Pisang, tempat tinggal para pemuda yang melawan mereka. Mereka membakar rumah-rumah di Kampung Pisang dan Maliaro, menewaskan dua orang dan memaksa warga mengungsi. Kemudian mereka pindah ke selatan ke Tanah Tinggi dan Takoma. Sejumlah besar Pasukan Putih berkumpul di dekat gelanggang olah raga dan meminta lebih banyak orang untuk bergabung dengan mereka. Kampung Pisang banyak dihuni pendatang asal Tidore yang rumahnya dibakar oleh Pasukan Kuning. Kabar ini sampai ke Tidore dan membuat marah kerabat mereka di sana. Abu Bakar Wahid menceritakan kepada ratusan pemuda bahwa Sultan Ternate membakar rumah-rumah orang Tidore dan telah mengambil alih Ternate. Banyak laki-laki Tidore yang datang ke Ternate dengan menggunakan perahu untuk membantu suku Makian dan Tidore melawan Pasukan Kuning. Mereka menggunakan tombak, busur dan anak panah, senjata api, dan bom rakitan untuk mendorong Pasukan Kuning kembali ke utara. Pasukan Kuning kalah jumlah dengan Pasukan Putih yang berkekuatan ribuan orang dari Tidore. Mereka tidak dapat mempertahankan posisinya di pusat kota. Menjelang sore, Pasukan Putih telah membawa mereka kembali ke istana sultan di timur laut kota. Sultan mengatur agar orang-orang Kristen yang tersisa di Ternate dievakuasi dengan kapal dari Dufa-Dufa ke Halmahera. Pasukan Putih menghancurkan gedung Golkar yang merupakan basis Pasukan Kuning. Mereka menilai seharusnya Golkar bersikap netral, namun tampaknya mendukung sultan dalam konflik tersebut. Mereka juga menghancurkan sebuah bangunan kecil di dekat istana yang menjadi markas sayap pemuda Pasukan Kuning. Banyak di antara mereka yang ingin membakar istana juga, namun Haji Kotu menghalangi mereka dan mengatakan bahwa istana adalah kekayaan budaya Maluku Utara.
Pada hari yang sama, 28 Desember, gubernur sementara Maluku Utara, Surasmin, meminta Sultan Tidore menghentikan pertempuran orang Tidore. Sultan Tidore beserta rombongan, termasuk ratusan pengawal adat, datang ke Ternate sore itu. Dia diperintahkan untuk melindungi kantor gubernur yang baru, dengan alasan bahwa hal itu penting bagi seluruh masyarakat Maluku Utara. Ia pun berangkat ke istana Sultan Ternate, dimana pertempuran terhenti pada pukul 5 sore. Pimpinan Pasukan Kuning dan Pasukan Putih bertemu di depan istana dan berdamai. Pasukan Kuning melepas topi kuningnya sebagai tanda menyerah. Sultan Tidore dan Pasukan Putih memasuki istana dan menyuruh Sultan Ternate menandatangani surat pertanggungjawaban atas konflik tersebut dan berjanji akan membangun kembali rumah-rumah yang terbakar. Setelah itu Pasukan Kuning dan Pasukan Putih kembali ke rumahnya masing-masing. Mudaffar Syah segera meninggalkan Ternate menuju Jakarta. Katanya, dia tidak terpaksa pergi, tapi hanya melakukan perjalanan bisnis. Namun banyak pihak yang mengatakan ia harus menyerahkan kekuasaannya di Ternate dan Maluku Utara. Konflik tersebut menewaskan antara 18 dan 200 orang. Banyak lagi yang terluka. Konflik ini juga menghancurkan 241 rumah, sebagian besar di Kampung Pisang dan dekat istana. Tidak ada personel militer atau polisi selama pertempuran tersebut. Pada bulan Januari, DPRD mencopot Mudaffar Syah dari jabatan ketua DPRD. Beberapa pendukungnya telah melarikan diri atau berubah pikiran atau diancam. Dia disalahkan karena menyebabkan kekerasan dan menggunakannya untuk tujuan politiknya. Seorang sosiolog Maluku Utara dan komisi hak asasi manusia menyerukan penyelidikan atas perannya dalam kekerasan tersebut, namun dia tidak pernah dituduh melakukan apa pun.