Perang agama Eropa
Kekaisaran Romawi Suci > Perang Tiga Puluh Tahun

Artikel utama: Perang Tiga Puluh Tahun
Pada 1617, Jerman benar-benar sudah terpecah-belah, dan sudah nyata bagi semua orang bahwa Matthias, Kaisar Romawi Suci merangkap Raja Bohemia, akan mangkat tanpa ahli waris. Oleh karena itu wilayah-wilayah kekuasaannya diwariskan kepada kerabat laki-laki terdekatnya, yakni sepupunya Ferdinand dari Steiermark. Ferdinand, yang dididik para Jesuit, adalah seorang penganut Katolik yang taat. Penolakan terhadap pengangkatan Ferdinand sebagai Putra Mahkota, terutama oleh Bohemia yang bermazhab Husit, memicu terjadinya Perang Tiga Puluh Tahun pada 1618 ketika wakil-wakil Ferdinand didefenestrasi di Praha.
Perang Tiga Puluh Tahun berkobar antara 1618 sampai 1648, terutama di wilayah yang kini termasuk negara Jerman, dan melibatkan sebagian besar dari kekuatan-kekuatan utama di Eropa. Bermula sebagai sebuah konflik agama antara kaum Protestan dan Katolik di Kekaisaran Romawi Suci, perang ini perlahan-lahan membesar menjadi sebuah perang umum yang melibatkan sebagian besar Eropa, dengan alasan-alasan yang tidak melulu berkaitan dengan agama. Perang ini menandai kesinambungan persaingan Prancis-Habsburg dalam memperebutkan kedudukan sebagai penguasa terkuat di Eropa, dan kelak menjadi penyebab timbulnya perang antara Prancis dan Spanyol. Intervensi militer yang dilakukan oleh kekuatan-kekuatan dari luar seperti Denmark dan Swedia yang memihak kaum Protestan membuat perang semakin berlarut-larut dan semakin mengharu biru. Pada tahap-tahap akhir perang ini, Prancis yang Katolik juga ikut melakukan intervensi militer dengan berpihak pada kaum Protestan akibat kekhawatirannya terhadap peningkatan kekuatan Habsburg.
Dampak besar Perang Tiga Puluh Tahun, yang banyak memanfaatkan pasukan-pasukan angkatan darat bayaran, adalah kehancuran di seluruh wilayah yang dijarah habis-habisan oleh prajurit-prajurit pencari nafkah itu. Sejumlah bencana kelaparan dan wabah penyakit beruntun-runtun mendera populasi praja-praja Jerman, dan pada taraf yang lebih rendah juga menimpa Negeri-Negeri Dataran Rendah dan Italia, serta mempailitkan banyak negara yang terlibat. Perang ini berakhir dengan Traktat Münster, sebagian dari keseluruhan isi Perjanjian Damai Westfalen.
Sepanjang perang, populasi Jerman susut 30% secara rata-rata. Di wilayah Brandenburg, populasi susut sampai 50%, sementara di beberapa daerah dua pertiga dari seluruh populasi tewas akibat perang. Populasi wilayah-wilayah Ceko berkurang sepertiga. Angkatan Darat Swedia saja menghancurkan 2.000 puri, 18.000 desa, dan 1.500 kota di Jerman, yakni sepertiga dari seluruh kota di Jerman. Kerusakan parah juga menimpa biara-biara, gereja-gereja, dan lembaga-lembaga keagamaan lainnya. Perang ini terbukti menjadi malapetaka bagi "Kekaisaran Romawi Suci" bangsa Jerman. Jerman kehilangan populasi serta wilayah, dan semenjak itu terpecah-pecah menjadi ratusan praja semimerdeka yang lemah. Pamor kekaisaran pun surut ke Austria dan wilayah-wilayah kekuasaan wangsa Habsburg. Belanda dan Swiss menyatakan kemerdekaannya. Perjanjian Damai Westfalen melembagakan perpecahan Katolik, Lutheran, serta Kalvinis di Jerman. Rakyat Jerman pun harus beralih iman atau berpindah ke wilayah-wilayah yang dipimpin penguasa seiman.