Sejarah Belanda
Zaman penjajahan Burgundia dan wangsa Habsburg Spanyol (1433–1567) > Reformasi Protestan

Reformasi Protestan dengan cepat berakar di kawasan utara Eropa pada abad ke-16, teristimewa bentuk Lutheran dan Kalvinisnya. Meskipun mula-mula ditindas, umat Kristen Protestan Belanda akhirnya ditoleransi para penguasa lokal. Pada tahun-tahun era 1560-an, komunitas Protestan sudah sangat berpengaruh di Negeri Belanda, sekalipun masih merupakan kelompok minoritas. Di dalam masyarakat yang menggantungkan hidup pada usaha dagang, kebebasan dan toleransi dianggap sangat penting. Meskipun demikian, para penguasa Negeri Belanda yang beragama Kristen Katolik, yakni Kaisar Karel V, dan kemudian hari Raja Filips II, merasa wajib memberantas ajaran Protestan, yang merupakan salah satu bidah dalam pandangan Gereja Katolik, sekaligus suatu ancaman terhadap stabilitas keseluruhan sistem politik hierarkis. Di lain pihak, umat Kristen Protestan Belanda yang sangat mengutamakan moralitas tetap berpegang teguh pada teologi Alkitabiah mereka. Kesalehan yang tulus ikhlas dan hidup bersahaja dianggap lebih mulia secara moral daripada kebiasaan bermewah-mewahan dan beragama secara lahiriah yang jamak di kalangan menak gerejawi. Hukuman-hukuman berat yang digunakan para penguasa untuk memberantas ajaran Protestan menjadi penyebab dari meningkatnya kekesalan rakyat di Negeri Belanda, padahal pemerintah-pemerintah lokal di Negeri Belanda sudah memutuskan untuk menerapkan kebijakan hidup berdampingan secara damai. Pada kurun waktu seperdua akhir dari abad ke-16, situasi berubah genting. Raja Filips II mengerahkan pasukan demi pasukan untuk memadamkan pemberontakan dan mengkatolikkan kembali Negeri Belanda.
Saat berlangsungnya Reformasi Protestan gelombang pertama, ajaran Lutheran sempat memikat kalangan elit di Antwerpen dan kawasan selatan, tetapi ajaran ini akhirnya diberantas Spanyol sehingga hanya berkembang di Oost-Friesland.
Gerakan Reformasi Protestan gelombang kedua muncul dalam bentuk ajaran Anabaptis, yang populer di kalangan petani jelata di Holland dan Friesland. Kaum Anabaptis secara sosial sangat radikal dan menjunjung tinggi kesetaraan derajat, serta percaya bahwa hari kiamat sudah sangat dekat. Mereka menolak tatanan kehidupan yang lama, dan membentuk komunitas-komunitas baru, sehingga lumayan menimbulkan kekacauan. Salah seorang tokoh Anabaptis Belanda yang terkemuka adalah Menno Simons, perintis gereja Menonit. Gerakan ini diberi keleluasaan di kawasan utara, tetapi tidak kunjung berkembang dalam skala besar.
Reformasi Protestan gelombang ketiga, yang pada akhirnya terbukti berdampak permanen, adalah Kalvinisme. Ajaran Kalvinis tiba di Negeri Belanda pada tahun-tahun era 1540-an, dan berhasil memikat kalangan elit maupun masyarakat umum, khususnya di Vlaanderen. Spanyol menanggapi perkembangan ini dengan melancarkan persekusi dan membentuk lembaga inkuisisi di Negeri Belanda. Kaum Kalvinis memberontak, mula-mula dalam bentuk aski ikonoklasme pada tahun 1566, yakni perusakan sistematis terhadap arca-arca orang kudus dan citra-citra agamawi Katolik lainnya di gereja-gereja. Pada tahun 1566, Willem van Oranje, seorang Kalvinis, mengobarkan Perang Delapan Puluh Tahun demi memerdekakan seluruh rakyat Belanda tanpa pandang agama dari penjajahan Spanyol. Menurut Jerome Blum, "kesabaran, toleransi, kebulatan tekad, dan keprihatinannya terhadap nasib bangsanya, serta keyakinannya akan pemerintahan yang berasaskan mufakat rakyat mampu mempersatukan rakyat Belanda dan menjaga semangat juang mereka terus berkobar." Provinsi Holland dan Provinsi Zeeland, yang mayoritas menjadi Kalvinis pada tahun 1572, tunduk di bawah kepemimpinan Willem. Swapraja-swapraja selebihnya tetap mayoritas Katolik.