Pemberontakan Ionia
Akibat

Artikel utama: Perang Yunani-Persia dan Invasi pertama Persia ke Yunani
Setelah pemberontakan berhasil dihentikan, Persia kini ingin berdamai. Karena daerah yang memberontak telah dikendalikan kembali, Persia merasa tak perlu lagi merusak ekonomi mereka atau memicu terjadinya pemberontakan lainnya. Oleh karena itu Artaphernes berencana memulai hubungan baik dengan bangsa-bangsa taklukannya itu. Di Sardis, ia mengumpulkan perwakilan dari tiap kota Ionia, dan kemudian memberitahu mereka bahwa, alih-alih berselisih dan berperang tanpa henti dengan mereka, dia ingin menyelesaikan segala permasalahan melalui perundingan, tampaknya dengan sekumpulan hakim. Lebih jauh lagi, dia meninjau ulang tanah tiap kota, menetapkan besaran upeti berdasarkan ukuran tanah masing-masing negara Ionia. Artaphernes juga telah melihat betapa orang Ionia amat tidak menyukai tirani. Maka dia pun mulai mempertimbangkan ulang posisinya di pemerintahan lokal Ionia.
Setahun kemudian, Mardonios, menantu Darius lainnya, pergi ke Ionia dan menghapuskan pemerintahan tirani di sana, menggantikannya dengan demokrasi. Perjanjian damai disepakati oleh Artaphernes yang kelak dikenal adil. Darius secara aktif mendorong para bangsawan Persia untuk ikut serta dalam praktik keagamaan Yunani, terutama yang berkaitan dengan dewa Apollo. Catatan dari periode ini menunjukkan bahwa para bangsawan Yunani dan Persia mulai saling melakukan pernikahan, dan anak-anak bangsawan Persia diberikan nama-nam Yunani alih-alih nama Persia. Kebijakan damai Darius digunakan sebagai sejenis kampanye propaganda melawan Yunani daratan, sehingga pada tahun 491 SM, ketika Darius mengirim utusan ke seluruh Yunani untuk meminta tanah dan air (ketundukan) negara-negara kota Yunani daratan, pada awalnya sebagian besar negara kota tunduk kepada Persia, Athena dan Sparta menjadi pengecualian yang paling nyata.
Bagi Persia, satu-satunya urusan yang belum tuntas pada akhir tahun 493 SM adalah penghukuman terhadap Athena dan Eretria atas bantuan mereka dalam pemberontakan. Pemberontakan Ionia telah amat mengancam kestabilan Kekaisaran Persia, dan negara-negara di Yunani darata dapat terus memberikan ancaman terhadap kestabilan tersebut kecuali diselesaikan. Maka Darius memulai upaya untuk menguasai Yunani, yang rencananaya dimulai dengan penghancuran Athena dan Eretria.
Dengan demikian, invasi pertama Persia ke Yunani secara efektif dimulai setahun kemudian, 492 SM, ketika Mardonios dikerahkan (melalui Ionia) untuk menguasai daerah-daerah yang berdekatan dengan Yunani, dan mendesak Athena dan Eretria jika memungkinkan. Dalam prosesnya, Thrakia diduduki kembali setelah sebelumnya sempat melepaskan diri dari kekuasaan Persia selama pemberontakan, sedangkan Makedonia dipaksa menjadi negara bawahan Persia. Meskipun memperoleh kesuksesan awal, ekspedisi itu terhenti akibat kapal-kapal Persia dihantam badai. Ekspedisi kedua dilancarkan pada tahun 490 SM dengan komandan Datis dan Artaphernes, putra satrap Artaphernes. Ekspedisi amfibi ini berlayar melintasi Laut Aigea, menduduki pulau-pulau di Kyklades, sebelum kemudian tiba di Euboia. Eretria lalu dikepung, ditaklukkan, dan dihancurkan oleh pasukan Persia, yang kemudian bergerak menuju Attika. Berlabuh di pantai Marathon, pasukan Persia dihadang oleh pasukan Athena, dan dikalahkan dalam Pertempuran Marathon yang terkenal. Ini sekaligus mengakhiri upaya pertama Persia untuk menguasai Yunani.