Sejarah awal Gowa dan Tallo
Gowa dan Tallo dari 1565 hingga 1593 > Perang melawan Bone dan masa pemerintahan Tunijallo serta Tumamenang ri Makkoayang (1565–1582)

Pada awal abad ke-16, kerajaan Bugis di Bone merupakan sekutu Gowa. Gowa bahkan turut mengirim pasukan untuk membantu Bone dalam perang melawan tetangganya, Wajo. Namun, sejak Tunipalangga memulai kampanye penaklukannya, La Tenrirawe, sang Arumpone atau penguasa Bone, turut berusaha untuk melebarkan kekuasaannya di bagian timur Sulawesi Selatan. Tak menunggu lama, kedua negara bersaing untuk menancapkan pengaruh pada jalur dagang yang menguntungkan di lepas pantai selatan jazirah. Pada tahun 1562, perang meletus ketika La Tenrirawe membujuk tiga vasal Gowa yang baru ditaklukkan untuk bersekutu dengan Bone. Tunipalangga spontan bereaksi dengan memaksa Bone untuk mengembalikan ketiga negeri tersebut ke dalam kuasanya. Pertempuran dilanjutkan pada tahun 1563, ketika Bone diserang dari utara oleh pasukan gabungan Gowa dan beberapa negeri tetangga Bone di bawah pimpinan Tunipalangga. Namun penyerangan ini berakhir dengan kekalahan Gowa, dan Tunipalangga mengalami luka-luka di sekujur tubuhnya. Sang karaeng menginvasi Bone sekali lagi pada 1565, tetapi ia berbalik pulang setelah seminggu, sebelum mangkat akibat penyakit tak lama kemudian. Perang melawan Bone dilanjutkan oleh saudara dan penerusnya Tunibatta. Akan tetapi, pasukan Tunibatta berhasil dicerai-beraikan hanya dalam beberapa hari. Sang karaeng sendiri tertangkap musuh dan dipenggal.
Persoalan suksesi kepemimpinan selepas kematian Tunibatta diselesaikan oleh Karaeng Tallo Tumamenang ri Makkoayang. Ia menjadikan dirinya tumabicara butta atau perdana menteri: posisi birokratis Gowa terakhir, dan paling penting, yang dikukuhkan. Seorang tumabicara butta merupakan penasihat utama takhta Gowa dan bertugas mengawasi pertahanan, diplomasi, dan pendidikan keluarga kerajaan. Dengan wewenangnya yang baru, Tumamenang ri Makkoayang mendudukkan Tunijallo, putra Tunibatta, sebagai Karaeng Gowa. Untuk pertama kalinya, Karaeng Gowa berbagi kekuasaan dengan Karaeng Tallo. Catatan sejarah Makassar menyebut bahwa kedua karaeng "memimpin bersama-sama," dan Tumamenang ri Makkoayang tercatat pernah mengatakan bahwa orang-orang Gowa dan Tallo merupakan "satu rakyat, tetapi [dipimpin oleh] dua karaeng. Celakalah mereka yang mengimpikan ketidakrukunan antara Gowa dan Tallo." Teladan inilah yang memungkinkan Karaeng Matoaya, putra Tumamenang ri Makkoayang, untuk nantinya menjadi orang paling berpengaruh di Gowa dan Sulawesi Selatan.
Pilihan Tumamenang ri Makkoayang untuk mendudukkan Tunijallo di singgasana Karaeng Gowa bisa jadi karena hubungan dekat sang pangeran dengan istana Bone. Tunijallo pernah tinggal di sana selama dua tahun; ia bahkan pernah terjun berperang bagi pihak Bone. Tak lama setelah Tunijallo naik takhta, ia, Tumamenang ri Makkoayang, dan La Tenrirawe merundingkan Perjanjian Caleppa, yang mengakhiri peperangan antara Gowa dan Bone. Perjanjian ini mengharuskan Bone untuk memberikan hak bagi orang-orang Gowa di wilayahnya, begitu pula sebaliknya. Batas wilayah Bone dipetakan ulang dengan mencaplok sebagian wilayah Gowa dan Luwu (salah satu sekutu Gowa). Beberapa di antara wilayah vasal yang dikonsesikan telah menjadi bawahan Gowa sejak satu abad sebelumnya. Perjanjian ini, walaupun kurang menguntungkan bagi pihak Gowa, mampu memelihara perdamaian di Sulawesi Selatan selama enam belas tahun.
Tunijallo dan Tumamenang ri Makkoayang meneruskan kebijakan yang mendorong perniagaan asing di Makassar. Kedua karaeng mengukuhkan persekutan dengan, dan mengirim utusan ke, negara dan kota di penjuru Nusantara, termasuk Johor, Melaka, Pahang, Patani, Banjarmasin, Mataram, Blambangan, dan Maluku. Perdagangan tumbuh pesat seiring meleburnya Makassar ke dalam jalur perdagangan Muslim yang disebut sebagai jaringan "Campa-Patani-Aceh-Minangkabau-Banjarmasin-Demak-Giri-Ternate" oleh etnolog dan sejarawan Christian Pelras. Tunijallo pun mendirikan Masjid Katangka bagi komunitas niaga Melayu Makassar yang mulai berkembang. Pengaruh Islam di Gowa dan Tallo semakin menguat, walaupun pendakwah Muslim seperti Dato ri Bandang masih belum mendapat kemajuan berarti. Pengagungan kaum ningrat sebagai keturunan dewa-dewi serta besarnya pengaruh kependetaan bissu menjadi hambatan utama bagi penyebaran agama Islam. Pada tahun 1580 Sultan Baabullah dari Ternate menawarkan aliansi dengan syarat Tunijallo mau masuk Islam, tetapi penawaran ini ditolak, kemungkinan untuk menghindari pengaruh keagamaan Ternate atas Sulawesi Selatan. Empat misionaris Fransiskan dikirim ke Gowa pada 1580-an, tetapi misi mereka juga tidak bertahan lama. Biarpun demikian, seiring berjalannya waktu, agama-agama asing terus menumbuhkan pengaruhnya di kalangan bangsawan Gowa, yang berujung pada pengislaman kerajaan pada dekade pertama abad ke-17. Pembaharuan internal lain yang dilakukan semasa pemerintahan Tunijallo termasuk pengembangan catatan istana, pengenalan industri pembuatan keris, dan penguatan militer seperti pemasangan meriam tambahan di benteng-benteng.