Penganiayaan terhadap umat Katolik di era modern
Penganiayaan anti-Kristen > Timur Tengah > Mesir

Artikel utama: Penganiayaan terhadap umat Koptik
Di Mesir, pemerintah tidak mengakui perpindahan agama dari Islam ke Kristen. Misionaris asing diperbolehkan berada di negara tersebut jika mereka membatasi aktivitas mereka hanya untuk perbaikan sosial dan tidak melakukan dakwah. Koptik Paus Shenouda III diasingkan secara internal pada tahun 1981 oleh Presiden Anwar Sadat, yang kemudian memilih lima uskup Koptik dan meminta mereka memilih paus baru. Mereka menolak, dan pada tahun 1985 Presiden Hosni Mubarak mengangkat kembali Paus Shenouda III, yang dituduh mengobarkan perselisihan antarpengakuan. Khususnya di Mesir Hulu, meningkatnya kelompok Islamis ekstrem seperti Gama'at Islamiya selama tahun 1980-an disertai dengan meningkatnya serangan terhadap umat Koptik dan gereja-gereja Ortodoks Koptik; hal ini telah menurun seiring dengan menurunnya organisasi-organisasi tersebut, namun masih terus berlanjut. Polisi dituduh memihak para penyerang dalam beberapa kasus ini.
Pada bulan April 2006, satu orang tewas dan dua belas orang terluka dalam serangan pisau secara bersamaan terhadap tiga gereja Ortodoks Koptik di Alexandria.
Sejak penggulingan Hosni Mubarak pada tahun 2011, umat Kristen Koptik di Mesir telah menjadi sasaran pertentangan dan diskriminasi yang semakin meningkat.[butuh rujukan]
 Pada tahun 2011, aktivitas anti-Kristen di Mesir termasuk pembakaran gereja, protes terhadap penunjukan tentang seorang gubernur Kristen Koptik di Qena, dan konfrontasi mematikan dengan tentara Mesir. Di televisi, kelompok Islamis menyebut orang Kristen sebagai bidah dan mengatakan bahwa mereka harus membayar pajak jizya. Seorang pendeta Koptik menuduh kelompok Islamis di negara tersebut membantai babi-babi yang tidak terinfeksi yang sebagian besar dimiliki oleh orang-orang Koptik selama terjadinya ketakutan flu babi: "Mereka membunuh babi-babi yang tidak bersalah ini hanya karena mereka pikir mereka melanggar agama mereka." Pada bulan Oktober 2011, rancangan resolusi yang disahkan oleh Parlemen Eropa menuduh Mesir menganiaya penduduk Kristen di negara tersebut. Pada pertengahan tahun 2012, 10.000 orang Kristen telah meninggalkan negara ini.
Pada bulan Juli 2012, seluruh komunitas Kristen Dahshur, yang diperkirakan berjumlah seratus keluarga, mengungsi ke kota-kota terdekat karena kekerasan sektarian. Kekerasan dimulai dari perselisihan mengenai baju yang disetrika dengan buruk, yang kemudian meningkat menjadi perkelahian di mana seorang Kristen membakar seorang Muslim sampai mati, yang kemudian memicu kemarahan umat Muslim, sementara polisi tidak mengambil tindakan. Setidaknya 16 rumah dan properti umat Kristen dijarah, beberapa dibakar, dan sebuah gereja dirusak selama kekerasan tersebut.
Dari tahun 2011 hingga 2013, lebih dari 150 penculikan, untuk meminta tebusan, terhadap umat Kristen telah dilaporkan di Gubernur Minya.
Ada ketegangan yang berkepanjangan antara umat Kristen dan Muslim di daerah seperti Minya mengenai apakah gereja boleh didirikan di desa tersebut. Secara hukum, umat Kristen bisa mendapatkan izin untuk membangun gereja. Namun, massa sipil dapat menyerang gedung tersebut jika rumahnya dianggap sebagai gereja yang tidak memiliki izin atau belum memiliki izin, atau jika seseorang dianggap sedang membangun gereja baru. Beberapa warga desa Muslim memandang gereja sebagai tempat yang najis.
Pada tahun 2016, penyair Mesir Fatima Naoot dihukum karena "penghinaan terhadap agama" dan dijatuhi hukuman tiga tahun penjara karena postingan Facebook tahun 2014 yang mengkritik pembunuhan hewan selama Idul Fitri. Empat remaja Kristen Koptik dihukum karena "penghinaan terhadap agama" pada bulan berikutnya, dan tiga di antaranya dijatuhi hukuman lima tahun penjara.