Baudouin dari Belgia
Baudouin dan kematian Patrice Lumumba

Pada tahun 1960, Baudouin mendeklarasikan kemerdekaan koloni Belgia di Kongo. Saat deklarasi kemerdekaan, Baudouin menyampaikan pidato yang sangat kontroversial di mana ia memuji tindakan pemilik pertama Kongo, yaitu orang Belgia, Raja Leopold II, yang ia gambarkan sebagai "seorang jenius". Dalam peristiwa yang sama pada hari status independen itu, Perdana menteri pertama Kongo yang dipilih secara demokratis, Patrice Lumumba, menanggapi dengan pidato yang sangat kritis terhadap rezim Belgia. Lumumba mengutip pembunuhan banyak warga Kongo, serta penghinaan, penghinaan, dan perbudakan yang mereka alami.
Pidato Lumumba membuat Baudouin marah dan memicu konflik ekstrem antara kedua pria itu. Setelah kemerdekaan Kongo, Provinsi Katanga yang kaya sumber daya alam mengatur pemisahan diri yang menerima dukungan militer dan keuangan yang besar dari pemerintah Belgia, serta dari perusahaan Belgia yang memiliki kepentingan bisnis di Katanga. Raja Baudouin memperkuat hubungannya dengan politisi Katangese Moise Tshombé, yang dia jadikan seorang Ksatria dalam Ordo Leopold Belgia. Sementara itu, pemerintah Belgia dan CIA mendukung atau mengorganisir rencana pembunuhan terhadap Lumumba.
Pada awal Desember 1960, Lumumba dan dua rekannya, Maurice Mpolo dan Joseph Okito, rekan politik yang telah berencana untuk membantunya dalam mendirikan pemerintahan baru, dipenjara di barak militer yang terletak sekitar 150 kilometer (93 mi) dari Leopoldville. Mereka kekurangan gizi dan diperlakukan dengan buruk, atas perintah Mobutu Sese Seko. Lumumba menyampaikan keberatannya dengan menulis langsung kepada diplomat India dan PBB Rajeshwar Dayal, "Singkat kata, kita hidup di tengah kondisi yang benar-benar mustahil, lebih-lebih lagi, kondisi tersebut melanggar hukum." Dayal kemudian memimpin Operasi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Kongo, yang bertujuan untuk meredakan permusuhan di negara tersebut. Lumumba dan rekan-rekannya dibebaskan pada pertengahan Januari 1961. Dalam hitungan jam, mereka kembali ditangkap, diangkut, dipukuli, lalu dieksekusi dan dikubur di kuburan dangkal oleh tentara Kongo di bawah komando Belgia. Petugas polisi Belgia Gerard Soete dengan cepat menggali, memotong-motong tubuh Lumumba, dan melarutkan mayatnya dalam asam. Dayal kemudian menjadi menteri luar negeri India. Pembunuhan Lumumba mengejutkan Perdana Menteri India Jawaharlal Nehru yang menyebutnya sebagai "kejahatan internasional skala pertama."
Pada tahun 2001, penyelidikan parlemen yang dibentuk oleh pemerintah Belgia menyimpulkan bahwa Raja Baudouin, antara lain, diberitahu tentang skema pembunuhan yang dikembangkan oleh diktator berikutnya Joseph Mobutu Sese Seko dan pemberontak Katangese Moise Tshombé. Kedua pria itu berkonspirasi dengan seorang kolonel Belgia, Guy Weber, untuk "menetralisir Lumumba, jika memungkinkan secara fisik." Raja diberitahu tentang rencana pembunuhan itu, tetapi tidak melakukan apa pun untuk menentang pembunuhan itu. Kurangnya intervensi yang dilakukannya digambarkan sebagai sesuatu yang “memberatkan” oleh penyelidikan parlemen, meskipun tidak ditemukan bukti konklusif yang menyatakan bahwa raja memerintahkan rincian rencana tersebut.