Stasiun Manggarai
Bangunan dan tata letak

Bersebelahan dengan depo dan bangunan stasiun terdapat Balai Yasa Manggarai, yang merupakan bengkel untuk melakukan perawatan rutin dan reparasi kereta penumpang. Tidak jauh di selatan stasiun ini terletak depo KRL Bukit Duri, tempat penyimpanan dan perawatan harian aneka kereta rel listrik. Pada awalnya, depo ini juga menyimpan lokomotif diesel, tetapi semuanya dipindahkan ke depo di Cipinang dan Tanah Abang.
Stasiun Manggarai awalnya hanya dapat diakses melalui bangunan cagar budaya di sisi timur Stasiun dan tidak ada akses menuju perkampungan di Jalan Dr. Saharjo dan Halte Transjakarta Manggarai selain berjalan sejauh 500 meter melalui Terowongan Manggarai. Bahkan masyarakat setempat sempat membuatkan tangga darurat dari kayu untuk memudahkan akses penumpang menuju ke sisi barat stasiun dengan memungut sejumlah uang, meskipun tetap harus melalui tanjakan dan turunan yang curam.
Sebelumnya, Stasiun Manggarai memiliki sembilan jalur kereta api yang digunakan untuk pemberhentian KRL ditambah masing-masing satu jalur untuk langsiran menuju Pengawas Urusan Kereta, Depo Bukit Duri, maupun ke Balai Yasa Manggarai. Jalur 1 dan 2 digunakan untuk pemberhentian Lin Cikarang. Jalur 3 dan 4 digunakan sebagai sepur lurus untuk kereta api jarak jauh serta untuk pemberhentian Lin Cikarang. Jalur 5-7 digunakan untuk pemberhentian Lin Sentral (Lin Bogor). Jalur 8 dan 9 digunakan untuk pemberhentian KRL Bandara Soekarno Hatta.
Per 25 September 2021, pengembangan tahap pertama stasiun ini sudah selesai dikerjakan. Pengembangan tersebut berupa bangunan baru bertingkat yang dibangun di atas emplasemen sisi barat stasiun beserta jalur atas yang terdiri dari empat jalur kereta api sehingga jumlah jalur stasiun bertambah menjadi tiga belas jalur. Bersamaan dengan itu, layanan Lin Sentral diubah namanya menjadi Lin Bogor serta jalurnya dipindahkan melalui jalur atas Stasiun Manggarai yang diberi nomor jalur 10 sampai 13. Jalur 10 dan 11 berturut-turut merupakan sepur belok dan sepur lurus pemberhentian KRL tersebut untuk arah Jakarta Kota, sedangkan jalur 12 dan 13 berturut-turut merupakan sepur lurus dan sepur belok pemberhentian KRL tersebut untuk arah Bogor. Selain itu, akses peron melalui pintu utama di sisi barat stasiun juga terintgrasi dengan Transjakarta melalui Halte Manggarai. Per 20 Desember 2023, akses penyeberangan sebidang ditutup sepenuhnya, dan loket timur stasiun untuk penumpang KRL dikembalikan ke bangunan cagar budaya.
Sejak pengoperasian KRL Commuter Line, stasiun ini menjadi semakin padat. Hal ini dibuktikan dengan banyaknya jumlah penumpang naik-turun, serta banyak perusahaan restoran dan pertokoan waralaba internasional yang membuka cabang di sini.
Berikut tata letak peron di Stasiun Manggarai beserta layanan kereta komuter yang melayaninya per 20 Desember 2023:
| 0 | 1 | 2 |
| --- | --- | --- |
      B09     
| Lantai 2 | Jalur 9 | ← (Cikini)      Commuter Line Bogor dan feeder dari/tujuan Jakarta Kota |
Lantai 2: Peron pulau, pintu peron 9 terbuka di sisi kiri pintu peron 10 terbuka di sisi kanan
| Lantai 2 | Jalur 10 | ← Sepur lurus ke arah Jakarta Kota |
| Lantai 2 | Jalur 10 | ← (Cikini)      Commuter Line Bogor tujuan Jakarta Kota |
| Lantai 2 | Jalur 11 |      Commuter Line Bogor tujuan Bogor/Nambo (Tebet) → |
| Lantai 2 | Jalur 11 | Sepur lurus ke arah Bogor → |
Lantai 2: Peron pulau, pintu peron 11 terbuka di sisi kanan pintu peron 12 terbuka di sisi kiri
| Lantai 2 | Jalur 12 |      Commuter Line Bogor dan feeder dari/tujuan Bogor/Nambo (Tebet) → |
Lantai 1: Pintu tiket barat, mesin tiket, dan loket barat (KA komuter dan bandara)
      A01C13     
G: Gerbang timur, pintu tiket, mesin tiket, loket timur, dan kios retail (KA komuter), bangunan cagar budaya
| G | Jalur 1 | ← (Sudirman)      Commuter Line Cikarang dan feeder dari/tujuan Angke/Kampung Bandan |
G: Peron pulau, pintu peron terbuka di sisi kiri atau kanan
| G | Jalur 2 | ← Sepur lurus arah Jakarta Kota via Gambir |
| G | Jalur 2 | ← (Sudirman)      Commuter Line Cikarang tujuan Angke/Kampung Bandan (via Angke) |
| G | Jalur 3 |      Commuter Line Cikarang tujuan Bekasi/Cikarang (Matraman) → |
| G | Jalur 3 | Sepur lurus arah Jatinegara → |
G: Peron pulau, pintu peron terbuka di sisi kiri atau kanan
| G | Jalur 4 |      Commuter Line Cikarang tujuan Bekasi/Cikarang (Matraman) → |
| G | Jalur 5 |  |
G: Peron pulau, pintu peron terbuka di sisi kiri atau kanan
| G | Jalur 6 |  |
| G | Jalur 7 | ↔ (BNI City)      Commuter Line Basoetta dari/tujuan Bandara Soekano-Hatta |
G: Peron pulau, pintu peron terbuka di sisi kiri atau kanan
| G | Jalur 8 | ↔ (BNI City)      Commuter Line Basoetta dari/tujuan Bandara Soekano-Hatta |
G: Peron sisi (khusus KA bandara), pintu terbuka di sebelah kiri
| G |  | Jalur akses Balai Yasa Manggarai |
G: Gerbang barat