Martin Bucer
Menata gereja Strasbourg (1529–1534)

Ketika peristiwa-peristiwa ini berlangsung, para reformator di Strasbourg perlahan membuat kemajuan. Tekanan mereka terhadap dewan untuk melarang semua misa akhirnya berhasil. Pada tanggal 20 Februari 1529, Strasbourg secara terbuka bergabung dengan Reformasi ketika misa secara resmi dihentikan. Sebagai gantinya, dua kebaktian khotbah (Predigtgottesdienste) diadakan setiap hari Minggu di semua gereja paroki. Pada tanggal 5 Januari 1530, ketika Strasbourg bergabung dengan aliansi kota-kota Swiss, Christliches Burgrecht (Konfederasi Kristen), dewan kota secara sistematis menghilangkan ganbar dan altar samping dari gereja.  Bucer awalnya menoleransi gambar-gambar di tempat ibadah selama mereka tidak dihormati. Ia kemudian yakin bahwa gambar-gambar harus dihilangkan karena berpotensi untuk disalahgunakan, dan ia mendukung penghilangannya secara teratur. Pertama, ia harus mendapatkan otoritas dari magistrat, dan kemudian rakyat diperintahkan untuk meninggalkan penghormatan gambar-gambar.
Prioritas Bucer di Strasbourg adalah untuk menerapkan disiplin moral di dalam gereja. Untuk tujuan ini, pengawas khusus (Kirchenpfleger), dipilih dari antara kaum awam, ditugaskan di setiap jemaat untuk mengawasi doktrin dan praktik.  Perhatiannya dimotivasi oleh akibat dari populasi pengungsi yang meningkat pesat, yang tertarik dengan kebijakan pengungsi Strasbourg yang toleran. Masuknya pengungsi, khususnya setelah tahun 1528, membawa serangkaian pengkhotbah revolusioner ke dalam Strasbourg. Para pengkhotbah ini terinspirasi oleh berbagai doktrin apokaliptik dan mistik, dan dalam beberapa kasus oleh kebencian terhadap tatanan sosial dan paham akan adanya gereja resmi. Sejumlah besar pengungsi adalah kaum Anabaptis dan spiritualis, seperti pengikut-pengikut Melchior Hoffman, Kaspar Schwenckfeld, dan Clemens Ziegler. Bucer secara pribadi mengambil tanggung jawab untuk menyerang pengkhotbah-pengkhotbah ini dan pengkhotbah populer lainnya untuk meminimalisasi pengaruh mereka dan memastikan pengusiran mereka dan pengikut mereka. Pada tanggal 30 November 1532, para pendeta dan pengawas gereja mengajukan petisi kepada dewan untuk menegakkan standar etis, secara resmi mengizinkan iman reformed dan menolak doktrin-doktrin "sektarian". Pihak yang berwenang, yang telah mengizinkan jemaat-jemaat sektarian untuk berkembang di antara pengungsi dan masyarakat kelas bawah, hanya mengusir orang-orang yang jelas-jelas membuat masalah. Bucer bersikeras bahwa dewan harus dengan sangat segera mengambil kendali atas seluruh ibadah Kristen di dalam kota untuk kebaikan bersama.
Menanggapi petisi ini, dewan kota membentuk sebuah komisi yang menyarankan diadakannya sebuah sinode kota. Untuk pertemuan ini, Bucer menyediakan sebuah dokumen draf yang berisi 16 artikel tentang doktrin gereja. Sinode bersidang pada tanggal 3 Juni 1533 di Gereja Santa Magdalena untuk memperdebatkan naskah Bucer, dan akhirnya menerimanya sepenuhnya. Para pimpinan sektarian dibawa menghadap sinode dan diinterogasi oleh Bucer. Ziegler dibebaskan dan dibiarkan untuk tetap tinggal di Strasbourg; Hoffman dipenjara sebagai ancaman terhadap negara; dan Schwenckfeld meninggalkan Strasbourg atas kemauannya sendiri.
Setelah sinode selesai, dewan kota menunda beberapa bulan. Komisi sinode, yang di dalamnya termasuk Bucer dan Capito, memutuskan untuk mengambil inisiatif dan menyusun sebuah draf ordonansi untuk regulasi gereja. Komisi tersebut mengajukan bahwa dewan mengambil kendali hampir sepenuhnya atas gereja, dengan tanggung jawab untuk mengawasi doktrin, mengangkat pengawas gereja, dan menjaga standar moral. Namun, dewan kota tetap menunda, membuat para pendeta hampir mengundurkan diri. Hanya ketika pengikut Hoffman merebut kekuasaan di Münster, dalam Pemberontakan Münster, dewan mulai bertindak, menakuti hal yang serupa dapat terjadi di Strasbourg. Pada tanggal 4 Maret 1534, dewan kota mengumumkan bahwa Pengakuan Iman Empat Kota karya Bucer dan 16 artikelnya sekarang menjadi pernyataan iman resmi gereja. Semua Anabaptis harus menerimanya atau meninggalkan kota. Keputusan tersebut mendirikan sebuah gereja baru di Strasbourg, dengan Capito menyatakan, "Bucer adalah uskup gereja kami."