Kontroversi ras Mesir kuno
Pandangan akademik terhadap bias dalam studi Mesir/Modern

Para akademisi telah menyoroti peran rasisme kolonial dalam membentuk sikap para ahli sejarah Mesir awal dan mengkritik representasi berlebihan yang terus berlanjut dari pandangan perspektif Amerika Utara dan Eropa di lapangan. Dalam tulisannya yang bertajuk The African Origin of Civilization, Diop berpendapat bahwa pandangan yang umum dalam kajian Mesir kuno, didorong oleh sikap akademisi yang bias dan kolonial. Demikian pula, Bruce Trigger menulis bahwa pengetahuan modern awal tentang populasi Lembah Nil, "telah dirusak oleh kekeliruan ras, bahasa dan kebudayaan serta rasisme yang menyertainya".
Tahun 1996, Christopher Ehret menulis bahwa "Peradaban Mesir kuno, pada dasarnya adalah Afrika, dengan cara dan pada tingkat yang umumnya tidak dikenali. Bukti kebudayaan dan bahasa mengungkap akar [yang berasal] dari Afrika ini. Asal-usul etnis Mesir terletak di daerah selatan Mesir".
Kemudian pada tahun 2023, Ehret menceritakan bahwa dua abad sebelumnya, pengetahuan Barat telah menghadirkan Mesir sebagai "cabang dari perkembangan awal Timur Tengah". Ia lalu berpendapat bahwa ide-ide lama telah memengaruhi sikap para akademisi dalam disiplin ilmu lainnya seperti genetika dan pendekatan-pendekatan mereka bahkan ketika terdapat bukti arkeologi, linguistik dan biologi antropologi telah menentukan lokasi pendiri lokal Mesir Kuno, menjadi keturunan populasi lama di Timur Laut Afrika yang meliputi Nubia dan Tanduk Afrika bagian utara.
Pada 2018, Stuart Tyson Smith menulis tentang praktik umum di antara para ahli Mesir Kuno adalah "memisahkan Mesir dari konteks Afrika timur laut yang tepat, alih-alih membingkainya sebagai bagian fundamental dari lingkungan ekonomi, sosial dan politik Timur Dekat atau "Mediterania", hampir tidak ada Afrika sama sekali atau sebaik-baiknya persimpangan antara Timur Dekat, Mediterania Timur dan Afrika, yang membawa implikasi bahwa wilayah tersebut sebenarnya bukan bagian dari Afrika". Ia secara eksplisit mengkritik komentar Van De Mieroop bahwa Mesir kuno jelas 'di Afrika' itu tidak begitu jelas 'dari Afrika', karena mencerminkan "bias Egiptologis yang telah berlangsung lama". Ia menyimpulkan bahwa ciri-ciri kebudayaan saling terkait yang dimiliki antara dinamika Afrika timur laut dan Firaun Mesir bukanlah "kelangsungan hidup" atau kebetulan belaka, tetapi berbagi tradisi dengan asal usul yang sama di masa lampau".
Para akademisi telah mengkritik studi genetika atas berbagai masalah metologi dan penyediaan interpretasi yang menyesatkan mengenai klasifikasi ras. Boyce dan Keita berpendapat bahwa studi tertentu telah mengadopsi pendekatan yang selektif dalam pengambilan sampel, seperti penggunaan sampel yang sebagian besar diambil dari Mesir utara (Hilir), yang secara historis memiliki lebih banyak orang asing yang berasal dari Mediterania dan Timur Dekat serta menggunakan sampel tersebut untuk mewakili seluruh Mesir. Jadi, tidak termasuk Mesir Selatan atau Hulu yang '[berkulit] lebih gelap', sehingga menghadirkan kesan yang salah terhadap variabilitas Mesir. Para penulis juga mencatat bahwa pola kromosom telah menampilkan pelabelan yang tidak konsisten seperti Haplotipe V, sebagaimana yang terlihat dengan penggunaan istilah yang menyesatkan seperti "Arab" untuk menggambarkannya, sehingga menyiratkan bahwa haplotipe ini berasal dari 'Timur Tengah'. Namun, ketika varian haplotipe V dilihat dalam konteks, prevalensinya sangat tinggi di negara-negara Afrika di atas Sahara dan di Ethiopia.
Pada tahun 2022, Danielle Candelora mengkritik bagaimana studi DNA modern disalahgunakan untuk agenda-agenda politik dan rasis. Sebagai contoh ia mengutip gema media tentang studi genom Schuenemann yang diterbitkan tahun 2017, yang "disensasionalkan di media sebagai bukti bahwa orang Mesir bukanlah orang Afrika berkulit hitam" terlepas dari keterbatasan metodologisnya dan dianggap oleh supremasi kulit putih sebagai "bukti ilmiah" untuk membenarkan pandangan mereka tentang pencapaian peradaban Mesir kuno. Candelora juga mencatat bahwa media mengabaikan keterbatasan metodologi penelitian seperti "metode pengambilan sampel yang belum teruji, ukuran sampel yang kecil dan data komparatif yang bermasalah". Namun, studi lanjutan yang dilakukan pada 2022, dengan mengambil sampel enam situs penggalian berbeda di sepanjang Lembah Nil, yang meliputi 4000 tahun sejarah Mesir dan 18 genom mitokondria berkualitas tinggi yang telah direkonstruksi, para penulis berpendapat untuk mendukung hasil dari studi genom Schuenemann tahun 2017.