Pembersihan etnis selama Perang Bosnia
Perubahan demografis

Menurut sensus 1991, Bosnia dan Herzegovina memiliki populasi 4.364.574 jiwa, terdiri dari 43,7% Bosniak, 31,4% Serbia, 17,3% Kroasia dan 5,5% Yugoslav. Pada tahun 1981, sekitar 16% populasi memiliki darah campuran. Etnis Serbia mencakup 31% populasi Bosnia dan Herzegovina tetapi Karadžić mengklaim 70% wilayah negara itu. Pelaku kampanye pembersihan etnis ingin mengganti karakter masyarakat yang setara dan multietnis dengan karakter supremasi Serbia, yang dipandang sebagai bentuk Serbianisasi atas daerah-daerah tersebut. Akademisi India Radha Kumar menggambarkan pemisahan teritorial berdasarkan kebangsaan mereka sebagai "apartheid etnis".
Diperkirakan antara 1,0 dan 1,3 juta orang mengungsi dan puluhan ribu orang terbunuh selama pembersihan etnis. Pasukan Serbia melakukan sebagian besar kampanye pembersihan etnis dan kebanyakan korbannya adalah orang Bosnia. Pada September 1994, perwakilan UNHCR memperkirakan populasi warga non-Serbia (di wilayah yang dikuasai Serbia Bosnia) menurun dari 837.000 menjadi 80.000 orang. Diduga kuat, pemindahan 90% warga Bosniak dan Kroasia di wilayah yang dikuasai Serbia, hampir semuanya diusir secara paksa dari rumah mereka. Pada akhir perang di penghujung 1995, pasukan Serbia Bosnia telah mengusir atau membunuh 95% populasi non-Serbia yang tinggal di daerah yang mereka kendalikan.
Sebelum perang, wilayah Bosnia yang dikuasai oleh Tentara Republika Srpska terdiri dari 47% Serbia, 33% Bosnia dan 13% Kroasia. Pada tahun 1995, ahli demografi Bosnia Murat Prašo memperkirakan etnis Serbia mencakup 89%, sementara Bosnia sebesar 3% dan Kroasia 1% dari populasi yang tersisa. Di wilayah Bosnia yang dikuasai oleh HVO dan Tentara Kroasia, sebelum perang terdapat 49% populasi etnis Kroasia; persentase ini meningkat menjadi 96% pada tahun 1996. Pada tahun yang sama, persentase orang Bosnia turun dari 22% menjadi 2,5% dan persentase orang Serbia turun dari 25% menjadi 0,3%.  Sebelum perang, etnis Bosnia terdiri dari 57% populasi wilayah yang dikuasai oleh pemerintah Bosnia; pada akhir perang, meningkat jadi 74%.
Sejarawan Kroasia Saša Mrduljaš menganalisis perubahan demografis berdasarkan kontrol teritorial setelah Perjanjian Dayton. Menurut penelitiannya, di Republika Srpska, jumlah etnis Bosnia menurun dari 473.000 pada tahun 1991 menjadi 100.000 pada tahun 2011, jumlah orang Kroasia dari 151.000 menjadi 15.000, dan jumlah orang Serbia bertambah dari 886.000 menjadi 1.220.000. Di wilayah yang dikuasai ARBiH, jumlah orang Serbia berubah dari 400.000 menjadi 50.000, jumlah orang Kroasia berubah dari 243.000 menjadi 110.000, dan jumlah orang Bosnia meningkat dari 1.323.000 menjadi 1.550.000. Di daerah yang dikuasai HVO, jumlah orang Serbia berubah dari 80.000 menjadi 20.000, jumlah orang Bosnia menyusut dari 107.000 menjadi 70.000, dan jumlah orang Kroasia naik dari 367.000 pada tahun 1991 menjadi 370.000 pada tahun 2011.
Perkiraan awal menyebutkan jumlah pengungsi dan pengungsi internal selama Perang Bosnia sekitar 2,7 juta orang, meskipun publikasi akhir PBB menyebutkan 2,2 juta orang melarikan diri atau dipaksa meninggalkan rumah mereka. Eksodus ini merupakan eksodus terbesar di Eropa sejak Perang Dunia II. Satu juta orang mengungsi secara internal (tetap di dalam negeri) dan 1,2 juta orang meninggalkan negara itu; 685.000 melarikan diri ke Eropa Barat — 330.000 di antaranya pergi ke Jerman — dan 446.500 pergi ke bekas republik Yugoslavia lainnya. Perang Bosnia berakhir ketika Perjanjian Dayton ditandatangani pada 14 Desember 1995; dengan menetapkan Bosnia dan Herzegovina sebagai negara federasi bersama yang beranggotakan Federasi Bosnia dan Herzegovina (FBiH) dan Republika Srpska, serta jaminan hak kepulangan bagi semua korban pembersihan etnis.
Homogenisasi penduduk berlanjut setelah perang selesai. Ketika wilayah Sarajevo yang dikuasai Republika Srpska diserahkan ke FBiH pada Maret 1996, banyak orang Serbia meninggalkan Sarajevo pada bulan-bulan berikutnya. Antara 60.000 dan 90.000 orang Serbia meninggalkan pinggiran kota Sarajevo. Hal ini ditafsirkan sebagai dampak dari pembagian Dayton di Bosnia yang berdasarkan garis etnis. Politisi Serbia Bosnia menganjurkan etnis Serbia untuk meninggalkan Sarajevo, sementara pernyataan campur aduk dari pemerintah Bosnia menyebabkan kurangnya kepercayaan di kalangan warga Serbia.  Ekstremis Serbia Bosnia membakar apartemen dan mengusir orang Serbia yang tinggal di pinggiran kota sebelum diserahkan kepada pemerintah Bosnia. Di Ilidža, obat-obatan, mesin, dan peralatan listrik menghilang. Politisi Serbia Momčilo Krajišnik secara terbuka menyerukan agar orang Serbia meninggalkan Sarajevo, yang membuat seorang petugas pers PBB untuk menyebut otoritas Serbia sebagai "ahlinya manipulasi". Sulit untuk menyimpulkan apakah eksodus kali ini adalah akibat pemaksaan atau murni sukarela.
Perubahan demografis yang disebabkan oleh konflik di Bosnia dan Herzegovina adalah yang paling dramatis yang pernah dialami negara itu dalam satu abad; Sensus penduduk tahun 2013 mencatat 3.531.159 jiwa - penurunan lebih dari 19% dalam satu generasi.