Koninklijk Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen
Koleksi Museum

Sejak didirikan, Perhimpunan Batavia telah mulai mengumpulkan koleksi yang diperoleh dari sumbangan para anggotanya. Koleksi awal banyak diperoleh dari pendirinya, J.C.M. Radermacher yang menyumbangkan rumahnya di jalan De Groote Rivier beserta koleksi buku, manuskrip, alat musik, mata uang, sampel flora dari tanaman kering, dll. Pada saat itu, mengumpulkan dan menyumbangkan benda-benda langka dan unik yang aneh dianggap sebagai usaha yang terpuji. , kegiatan intelektual modis dan bergengsi di kalangan elit sosial di Batavia.
Oleh karena itu, koleksi masyarakat meningkat secara signifikan. Sejak 1779, masyarakat memutuskan untuk memamerkan koleksinya untuk umum, meskipun dibatasi hanya pada hari Rabu dari pukul 8 hingga 10:00. Inilah cikal bakal kegiatan museum. Anggota BG diperbolehkan meminjam koleksi buku SBG dengan batas waktu hingga 3 minggu.:13
Selama pemerintahan Inggris, Stamford Raffles menyumbangkan bangunan tambahan yang terletak di belakang aula Sociëteit de Harmonie yang kemudian menyimpan sejumlah besar koleksi yang tidak cukup disimpan di gedung De Groote Rivier. Sementara itu, koleksi tumbuh jauh lebih besar karena penambahan koleksi zoologi berupa mamalia diawetkan, burung, kerang, dll.
Pada 1822, Gubernur Jenderal G.A. Baron van der Capellen mengeluarkan dekret untuk membentuk komisi pencarian benda-benda penting di Jawa dan mengirimkannya ke Masyarakat Batavia. Kebijakan untuk menambah koleksi museum didorong lebih jauh oleh Gubernur Jenderal J.C. SK Baud (1833-1836) yang memerintahkan para pejabat pemerintah di seluruh Hindia Belanda untuk membantu pencarian benda-benda penting koleksi museum Masyarakat Batavia.:14
Lonjakan koleksi tidak selalu bermanfaat bagi Masyarakat Seni dan Ilmu Pengetahuan Batavia karena berarti peningkatan biaya pemeliharaan dan ruang penyimpanan. Untuk mengurangi koleksinya, maka pada tahun 1843 sebagian koleksi zoologi dikirim ke Museum Etnologi di Leiden, sedangkan sisanya dilelang. Pada 1850, koleksi geologi dan mineralogi dikirim ke Asosiasi Fisika yang baru didirikan.:14
Pada 1855, undang-undang tentang Penemuan Harta Karun diberlakukan; menetapkan bahwa semua temuan arkeologi di Hindia harus dilaporkan kepada pemerintah, dan museum Masyarakat Batavia dapat membelinya dengan harga yang sesuai dengan penilaian yang sesuai.:14
Pada pertengahan abad ke-19, gedung museum Batavia Society di Harmoni juga dianggap tidak cukup untuk menyimpan dan memamerkan koleksi yang terus bertambah. Meski rencana pembangunan museum baru telah digagas sejak tahun 1836, baru pada tahun 1862 museum baru tersebut akhirnya terwujud. Dengan dukungan Raja Willem III, pemerintah kolonial membangun gedung baru di lokasi Museum Nasional sekarang di Jalan Merdeka Barat 12. Bangunan aslinya dibangun dalam Arsitektur Neoklasik Yunani, dan awalnya tidak memiliki lantai dua.:14
Museum memperoleh koleksinya melalui berbagai cara, antara lain melalui ekspedisi ilmiah, situs arkeologi, perolehan koleksi pribadi, hadiah dari patron terkemuka, benda-benda yang disumbangkan oleh misi keagamaan; seperti artefak etnologis yang diperoleh oleh Misi "Zending" Kristen dan Katolik, dan juga harta yang diperoleh — atau tepatnya dijarah — dari sejumlah ekspedisi militer yang dipimpin oleh militer Hindia Belanda di seluruh nusantara melawan penduduk asli kerajaan dan politik. Harta karun tersebut antara lain berasal dari Aceh, Lombok dan Bali yang diperoleh melalui ekspedisi militer yang dipimpin oleh pemerintah kolonial Belanda, juga berhasil menjadi koleksi Masyarakat Batavia dan Museum Leiden.:15