Katholieke Kweekschool
3. Zaman Indonesia Merdeka (1945 - sekarang...)

a. Masa perjuangan (1945 - 1949)
(1) Pada tahun 1945, Jepang mengalami kekalahan dalam melawan Sekutu. Bangsa Indonesia mengambil kesempatan itu untuk memproklamasikan kemerdekaannya. Pada tahun itu, gedung Seminari Mertoyudan ditempati oleh Tentara Keamanan Rakyat (TKR). Pada tahun 1946, 49 seminaris yang tersebar di berbagai tempat dikumpulkan di kompleks Sekolah Guru Ambarawa. Mereka diasuh oleh Romo C. Soetapanitra SJ (imam yang masuk Seminari Kecil tahun 1927). Pada bulan September 1947, Ambarawa menjadi medan palagan (Clash I); karena itu sebagian seminaris dipindahkan ke Ganjuran. Di sana, mereka diasuh oleh Romo J. Darmojuwono Pr. Sebagian yang lain dipindahkan ke Muntilan pada bulan Oktober 1947, dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ. Sejak tgl. 21 Juli 1948, para seminaris yang ada di Ganjuran pun dipindahkan ke Muntilan, dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ dan Romo R. Sandjaja Pr. Hadirnya karya misi di Muntilan dan kembalinya Seminari ke Muntilan ini menimbulkan perasaan tidak suka pada tentara Hisbullah terhadap pihak Katolik.
(2) Dari tanggal 17 Juni 1946 sampai 18 Desember 1948, pada waktu revolusi fisik atau perang kemerdekaan, gedung Seminari Mertoyudan digunakan untuk tempat pendidikan Kepolisian RI.
(3) Pada tanggal 19 Desember 1948 Yogyakarta diduduki oleh Belanda (Clash II). Setelah orang-orang pemerintahan mengundurkan diri dari Muntilan, pada tanggal 20 Desember 1948, gedung-gedung Bruderan FIC dibumihanguskan agar tidak jatuh ke tangan Belanda. Seminari Muntilan pun hendak dibakar oleh pasukan Hisbullah, tetapi berhasil diselamatkan oleh Romo Th. van der Putten SJ yang pada waktu itu menjadi Rektor. Bahkan, dia berhasil memperoleh surat resmi dari Pemerintah Indonesia yang menyatakan bahwa Seminari tidak boleh dibakar. Namun, di tengah usaha keras Romo van der Putten tersebut, terjadi peristiwa yang sangat menyedihkan. Romo R. Sandjaja Pr. dan Frater Bouwens SJ dibunuh oleh laskar Hisbullah pada tanggal 20 Desember 1948. Dalam situasi kacau ini, warga Seminari dipaksa mengungsi ke desa Dukun selama dua hari.
(4) Sekembali dari pengungsian di Dukun, warga Seminari mendapati gedung mereka di Muntilan dalam keadaan rusak berat. Perabot dan perlengkapan sudah terampas. Oleh karena itu, dalam waktu singkat, pada awal Januari 1949, Romo van der Putten SJ memindahkan Seminari ke Jalan Code Yogyakarta.
b. Masa pembangunan (1949-1952)
Dalam masa perjuangan, gedung Seminari Mertoyudan sempat dibumihanguskan, sedang sisa-sisa bangunan menjadi jarahan banyak orang. Setelah situasi tenang, Seminari dibangun kembali oleh Vikariat Semarang. Akhirnya, pada bulan Agustus 1952, pembangunan selesai dilaksanakan. Bangunan ini sekarang merupakan bagian dari Domus Patrum dan Medan Madya.
c. Masa perkembangan Seminari Mertoyudan (1952 - sekarang)
(1) Setelah pembangunan selesai, selama liburan, para seminaris pindah ke Mertoyudan. Pada tanggal 3 Desember 1952, gedung Seminari Mertoyudan diberkati oleh Mgr. Albertus Soegijapranata SJ. Gedung tambahan dibangun lima tahun kemudian; dipergunakan seminaris Medan Utama dan Medan Pratama. Sejak itu, semakin banyak, murid tamatan SD diterima di Seminari Mertoyudan.
(2) Berdasarkan pelbagai pertimbangan, mulai tahun 1968, siswa tamatan SD tidak diterima lagi, dan yang diterima hanya para siswa tamatan SLTP dan SLTA.
(3) Pada tahun 1971, siswa Seminari lulusan SLTA bertempat tinggal di Yogyakarta, dan mengikuti kuliah di IKIP Sanata Dharma sampai menyelesaikan pendidikan Sarjana Muda. Kemudian, pada tahun 1972, siswa tamatan SLTA ditampung di Seminari Mertoyudan. Karena pelbagai alasan, pada tahun 1974, didirikan cabang Seminari di Yogyakarta yang bertempat di Wisma Realino untuk menampung siswa tamatan SLTA. Sementara itu, di Mertoyudan, dilaksanakan penambahan gedung. Pada tahun 1976, gedung itu diresmikan, dan mulai dihuni oleh seminaris Medan Utama. Pada tahun itu juga, Seminari cabang Yogyakarta digabung lagi dengan Seminari Mertoyudan hingga sekarang.
(4) Mulai 27 April 1987, dibangun satu unit perpustakaan (dua lantai) untuk mendukung pembinaan dan pendidikan di Seminari Mertoyudan.