Perang Ōnin
Latar belakang > Situasi peperangan

Pertempuran awalnya dimenangi Pasukan Timur. Pasukan Barat berhasil diusir dari sekitar istana kaisar dan Hana no Gosho. Keluarga kekaisaran dan Shogun Yoshimasa berhasil diamankan. Shogun Yoshimasa mendukung Pasukan Timur dan menjadikannya sebagai pasukan kekaisaran. Klan Hosokawa dan wilayah para sekutunya berasal dari sekitar Kinai sehingga menguntungkan posisi Pasukan Timur. Keadaan berubah hingga sejumlah 80.000 prajurit klan Yamana yang sebelumnya menduduki Provinsi Tamba milik klan Hosokawa diturunkan ke Kyoto. Pada bulan 8 tahun 1467, kekuatan Pasukan Barat pulih setelah mendapat bantuan pasukan dari 7 provinsi, di antaranya pasukan Ōuchi Masahiro dari Provinsi Suo, pasukan Kōno Michiharu dari Shikoku, dan pasukan angkatan laut. Korban tewas dalam jumlah besar diderita kedua belah pihak dalam pertempuran di Shōkoku-ji, tetapi tidak ada pihak yang kalah atau menang.
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Setelah beberapa lama berada di Provinsi Ise, Yoshimi mau bergabung kembali dengan Pasukan Timur setelah dibujuk oleh Katsumoto dan Shogun Yoshimasa. Namun Yoshimi kembali membelot dan bersembunyi di Gunung Hiei. Katsumoto yang telah beralih menjadi pendukung Yoshihisa berhasil mengucilkan Yoshimi dari segala kedudukannya di istana. Pada 19 Desember 1467, Pasukan Barat mengirim utusan ke Gunung Hiei untuk menjemput Yoshimi, dan mengangkatnya menjadi "shogun baru" dan secara terbuka menyatakan perang terhadap Pasukan Timur. Pasukan Barat waktu itu juga meminta bantuan dari sisa-sisa kekuatan Istana Selatan yang disebut Go-Nanchō.
Pada 31 Desember 1467, istana kekaisaran memutuskan untuk memecat para pejabat dari faksi Pasukan Barat. Mereka sebagian besar berasal dari klan Sanjō yang berselisih dengan klan Hino (keluarga Tomiko, istri Shogun Yoshimasa) dan mendukung Yoshimi.
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Memasuki tahun 1469, pelayan senior klan Ōuchi yang dikenal ahli sastra sekaligus strategi militer bernama Masuda Kanetaka menarik mundur pasukannya hingga ke Provinsi Iwami. Bersama Ōtomo Chikashige dan Shōni Masasuke dari Kyushu, Kanetaka mengajak Ōuchi Noriyuki untuk menyerang ke wilayah kekuasaan klan Ōuchi, tetapi usaha mereka gagal. Pada 1471, Asakura Takakage yang merupakan kekuatan utama Pasukan Barat membelot ke Pasukan Timur setelah dijadikan daimyo Provinsi Echizen oleh Shogun Yoshimasa.
Akibat perang berkepanjangan dan tindakan anarki kelompok perampok, Kyoto berulang kali dibakar dan dibiarkan terbengkalai sebagai padang ilalang. Perang juga meluas ke provinsi yang menjadi wilayah kekuasaan daimyo yang mengirimkan pasukannya ke Kyoto. Sebagai akibatnya, mereka tidak dapat memusatkan perhatian kepada perang di Kyoto. Para daimyo mulanya saling berperang untuk menjadi kekuatan militer terbesar keshogunan, tetapi akhirnya kehilangan alasan untuk berperang setelah keshogunan mengalami kemunduran.