ג'רום בואטנג
קריירת מועדונים > באיירן מינכן

בתום עונה אחת במנצ'סטר סיטי חתם בבאיירן מינכן לחמש שנים, כאשר מאמן הקבוצה היה יופ היינקס. באיירן מינכן שילמה עבורו למנצ'סטר סיטי 13.5 מיליון אירו. בואטנג טען כי רצה לשפר את סיכוייו לשחק באופן קבוע בנבחרת גרמניה וכי העדיף לשחק כבלם ולא כמגן ימני, ולכן העדיף לעבור לבאיירן מינכן. הופעת הבכורה הרשמית של בואטנג במדי באיירן מינכן הייתה בהפסד הליגה 1-0 לבורוסיה מנשנגלדבך, כאשר השער הובקע על ידי איגור דה קמרגו לאחר אי הבנה בין בואטנג לשחקן הרכש הנוסף של המועדון באותו קיץ, מנואל נוייר. בואטנג הציג עונת בכורה טובה מאוד, ושיתף פעולה בהגנה עם פיליפ לאם, הולגר באדשטובר, דניאל ואן בויטן ודויד אלאבה. באיירן מינכן לא זכתה באף תואר באותה עונה וסיימה כסגנית בשלושה מפעלים. באיירן מינכן ובואטנג הפסידו את האליפות לבורוסיה דורטמונד, וגם את הגביע הגרמני איבדו לדורטמונד לאחר תבוסה 2–5 בגמר, במשחק בו בואטנג שיחק 90 דקות. גם את גמר ליגת האלופות 2012 שנערך באצטדיון הביתי של באיירן מינכן, אליאנץ ארנה, הפסידו בואטנג ובאיירן מינכן לצ'לסי, לאחר 1-1 בתום 120 דקות והפסד בפנדלים. גם במשחק זה שיחק בואטנג את מלוא הדקות.
עונת 2012/2013 הייתה פיצוי הולם עבור באיירן מינכן ובואטנג על העונה הקודמת. בעונה זו שיתף בואטנג פעולה עם שני שחקני הגנה חדשים שהצטרפו, חאבי מרטינס ודאנטה, נוסף על פיליפ לאם ודויד אלאבה. בשלב הבתים של ליגת האלופות ספג בואטנג כרטיס אדום בניצחון 4-1 על באטה בוריסוב, שגרר השעיה לשני משחקים. את שער הבכורה שלו בבונדסליגה הבקיע בואטנג במרץ 2013 בנגיחה לאחר שקיבל בישול מפיליפ לאם, בניצחון 3-2 על פורטונה דיסלדורף. בהמשך העונה הבקיע בואטנג שער בבעיטת יעף בניצחון 0–5 על נירנברג. בתום עונה זו זכו באיירן מינכן ובואטנג באליפות הבונדסליגה בפער שיא של 25 נקודות מהסגנית בורוסיה דורטמונד, וניצחו בגמר הגביע הגרמני 2–3 את שטוטגרט. בנוסף, בואטנג ובאיירן ניצחו בגמר ליגת האלופות 2013 את בורוסיה דורטמונד בתוצאה 1–2, כאשר שער הניצחון של באיירן מינכן, שהובקע בדקה ה-89, החל במסירת עומק ארוכה של בואטנג, שהגיעה לפרנק ריברי, שבישל את השער לאריין רובן. ניצחון זה השלים עבור באיירן מינכן זכייה בשלושה תארים, הטרבל ראשון בתולדות המועדון. בואטנג היה אחד ממצטייני העונה הזו.
בעונת 2013/2014, תחת המאמן החדש פפ גווארדיולה, הורחק בואטנג בניצחון 3-1 על מנצ'סטר סיטי בשלב הבתים של ליגת האלופות, והושעה למשחק אחד. את שער הליגה היחיד שלו באותה עונה הבקיע בנגיחה בניצחון 0–3 על אאוגסבורג. בדצמבר 2013 האריך בואטנג את חוזהו במועדון עד לשנת 2018, ובאותו חודש זכה עם באיירן מינכן בגביע העולם למועדונים 2013, לאחר ניצחון 0–2 בגמר על רג'א קזבלנקה. באותה עונה זכתה באיירן מינכן בדאבל בגרמניה, אך הודחה בחצי גמר ליגת האלופות על ידי ריאל מדריד, לאחר הפסדים 1-0 ו-0–4, ונפרדה מתואר אלופת אירופה. את עונת 2014/2015 פתח בואטנג עם שער ניצחון בדקה ה-90 במשחק מול מנצ'סטר סיטי במחזור הראשון של ליגת האלופות. בהמשך העונה, בואטנג הציג יכולת גבוהה וסייע לקבוצתו להעפיל עד לחצי גמר ליגת האלופות, שם הודחה הקבוצה על ידי ברצלונה לאחר הפסד 3-0 בקמפ נואו, הזכור בעקבות החלקה של בואטנג שאפשרה לליאו מסי להבקיע שער. ניצחון של באיירן מינכן 2–3 במשחק הגומלין לא הספיק. באיירן מינכן ובואטנג הודחו באותה עונה בחצי גמר הגביע הגרמני על ידי בורוסיה דורטמונד. עם זאת, בבונדסליגה זכו בואטנג ובאיירן מינכן באליפות בקלות, על אף שבואטנג ספג עונש הרחקה לשלושה משחקים בגין כרטיס אדום שספג במשחק ליגה מול שאלקה 04 בפברואר 2015. בעונת 2015/2016 המשיך בואטנג להציג יכולת גבוהה על אף שסבל מפציעה בחלק ניכר מהעונה, ולאחר שזכה עם באיירן מינכן בדאבל נוסף, נבחר בואטנג ככדורגלן השנה בגרמניה לשנת 2016. בליגת האלופות הודחה באיירן מינכן באותה עונה בחצי הגמר מול אתלטיקו מדריד.
בעונת 2016/2017 מיעט לשחק עקב פציעות רבות, ואיבד את מקומו בהרכב לבלם החדש בקבוצה מאטס הומלס, וגם לחאבי מרטינס ששיחק בעיקר בתפקיד הבלם תחת המאמן החדש קרלו אנצ'לוטי. באותה עונה זכה בואטנג באליפות עם באיירן, אך הודח עם הקבוצה ברבע גמר ליגת האלופות על ידי ריאל מדריד, ובחצי גמר הגביע הגרמני על ידי בורוסיה דורטמונד. בעונת 2017/18, שבשלב מוקדם שלה פוטר אנצ'לוטי והוחלף ביופ היינקס, חזר בואטנג להרכב של באיירן כבלם קבוע, ושיתף פעולה עם מאטס הומלס ולעיתים גם עם הבלם החדש ניקלאס זולה. בואטנג הציג יכולת טובה מאוד וזכה עם הקבוצה באליפות הבונדסליגה. במשחק הראשון של חצי גמר ליגת האלופות מול ריאל מדריד נפצע בדקה ה-30 והוחלף, ולמעשה לא שיחק עוד במדי ביירן עד לתום העונה. באיירן ובואטנג הודחו על ידי ריאל מדריד באותו חצי גמר, והקבוצה הפסידה גם בגמר הגביע הגרמני 1–3 לאיינטרכט פרנקפורט, במשחק ממנו נעדר בואטנג. בעונת 2018/2019 בואטנג נדחק ברוטציית הבלמים של באיירן מינכן, כשבמשחקים רבים המאמן החדש ניקו קובאץ' העדיף לפתוח עם מאטס הומלס וניקלאס זולה. בואטנג ערך בעונה זו 20 הופעות ליגה, והביע את חוסר שביעות רצונו מכך שאינו מרבה לשחק. בואטנג ובאיירן מינכן הודחו בעונה זו כבר בשמינית גמר ליגת האלופות על ידי ליברפול, אך זכו בדאבל בגרמניה. בואטנג ישב על הספסל ולא שותף בגמר הגביע הגרמני, בו הביסה באיירן מינכן את ר.ב. לייפציג בתוצאה 3-0. את עונת 2019/20 פתח בצורה לא טובה תחת המאמן ניקו קובאץ', והציג יכולת לא טובה. בעקבות פציעתו של ניקלאס זולה והחלפתו של קובאץ' במאמן האנזי פליק, הפך בואטנג לשחקן הרכב קבוע בעמדת הבלם, לצידו של דויד אלאבה. בעקבות שינויים אלה חזר בואטנג להציג יכולת משכנעת, וזכה עם באיירן בדאבל. בגמר הגביע הגרמני, בו ניצחה באיירן 4-2 את באייר לברקוזן, נפצע והוחלף על ידי לוקא הרננדז. בחודש אוגוסט המשיך לשחק בעמדת הבלם במסגרת חידוש עונת המשחקים בליגת האלופות, שנדחתה בעקבות מגפת הקורונה, והמשיך להציג יכולת גבוהה. הוא ניצח עם באיירן מינכן 0–1 את פריז סן ז'רמן בגמר ליגת האלופות 2020 והשלים זכייה בטרבל שני בקריירה, אך גם בגמר זה נפצע בשלב מוקדם, והוחלף על ידי ניקלאס זולה.
עונת 2020/2021 הייתה האחרונה של בואטנג במדי באיירן מינכן. בעונה זו זכה בואטנג עם באיירן מינכן באליפות נוספת תחת המאמן האנזי פליק, והגיע עמה לרבע גמר ליגת האלופות, שם הודחה על ידי פריז סן ז'רמן בשערי חוץ. באפריל 2021 הודיע המנהל המקצועי חסן סליהמידז'יץ' שחוזהו של בואטנג, שאמור לפוג בתום עונת 2020/21, לא יוארך, ובסיום העונה ישוחרר מהקבוצה.