תולדות היהודים במצרים ובסוריה תחת שלטון הממלוכים
הכרך הראשון

הכרך הראשון עוסק בתקופה שבין 1250–1382, תקופת הממלוכים הבחרים. בתחילתו מובאת הקדמה מאת המחבר וכן רשימה ביבליוגרפית של המקורות בהם השתמש לשם חיבורו. לאחר מכן באים שישה שערים, המחלקים את הדיון בספר לשלוש תקופות (השער הראשון, השער הרביעי והשער החמישי). בסוף הספר מובאת רשימה קצרה של תיקונים והוספות.
החיבור נכתב אפוא על תקופה שאיננה על פי החלוקה המקובלת לתקופות של ההיסטוריה היהודית (התקופה עליה מבוסס חיבורו צריכה לכאורה להיות מזמן פטירתו של הרמב"ם ועד לגירוש ספרד), ואשתור מנסה להצדיק סטייה זו בטענה כי:
בכל זאת כדאי להתחיל את ההיסטוריה של היהודים בארצות המזרח הקרוב בימי הבינים המאוחרים עם הקמת המשטר הממלוכי ולסיים אותו עם הכבוש הטורקי כי במחצית הראשונה של המאה השלוש-עשרה לא היו המדינות האלו חטיבה פוליטית אחת ואלו מאמצע המאה הי"ג עד שנת 1517 נמצאו כל היהודים במצרים וסוריה, לבנון וא"י (חוץ מרצועת החוף שגם היא נכבשה בשנת 1291) תחת שלטון אחד, תחת משטר פוליטי, כלכלי, חברתי, דתי ותרבותי אחיד.
לאורך כל הספר שזר אשתור יחד את ההיסטוריה הכללית של מצרים וסוריה עם תולדות היהודים בארצות אלה. מלבד השפעת השלטון הכללי על היהודים, סבר אשתור שיש לבדוק גם את הגורמים והכוחות שהשפיעו על האוכלוסייה המוסלמית, שכן הם בוודאי השפיעו גם על האוכלוסייה היהודית.
מבוא: המבוא לספר, סוקר כללית את התקופה עליה דן הספר. למבוא שלושה פרקים: הפרק הראשון, "הסטרקטורה הפוליטית של המדינה הממלוכית", ובו מפורטות הסיבות לעליית הממלוכים, מוצאם, מה כוללת המערכת הביורוקרטית של שלטונם וכיצד התנהלה; הפרק השני, "הסטרקטורה הכלכלית של המדינה הממלוכית", ובו מובאות הסיבות שלדעת אשתור הביאו לירידה הכלכלית של מצרים, בתקופת שלטון הממלוכים. בעיקר הוא מאשים בכך את הממשלה הממלוכית ובפרט את הצבא, שביקשו להגדיל את הכנסותיהם על חשבון התושבים; והפרק השלישי, "היהודים במצרים ובסוריה בתקופה שלפני שלטון הממלוכים", שבו מתוארים היהודים בתקופת הח'ליפות הפאטמית, שאותה מכנה אשתור ”תור הזהב בהיסטוריה של היהודים במצרים”, והעדות השונות להן התחלקו (קהילת הבבלים וקהילת הירושלמים).
לאחר פרק המבוא, שישה שערים:
השער הראשון, מכבושי המונגולים עד גזרת ס"א: השער מכיל 5 פרקים, ומתוארים בו כיבושי המונגולים בארצות המזרח המוסלמי, ויחסם למוסלמים, ליהודים ולנוצרים. בנוסף, מתוארות תקופות שלטונם של ביברס ושל קלאון, וכן גזרות ס"א, כנגד אנשי החסות הלא מוסלמים (בתקופת שלטונו השנייה של אל-מלך אנ-נאצר מוחמד בן קלאון), לרבות דיון נרחב באיגרת השטנה של גאזי אבן אל-ואסטי.
השער השני, בצל הרמב"ם: לשער 2 פרקים, והוא עוסק בעיקר בנגיד היהודים, דוד מימוני, נכד הרמב"ם, וחכמים נוספים מאותו הדור (בעיקר ר' תנחום הירושלמי ופועלו הספרותי, בנו ר' יוסף בן תנחום ועוד).
השער השלישי, דרכי הפרנסה: השער הוא בן 4 פרקים, ומתוארות בו דרכי הפרנסה של היהודים לאורך כל התקופה בה עוסק הספר. על בסיס ניתוח מדוקדק של רשימות שונות ותעודות נוספות מן הגניזה וכן תיאורי נוסעים, מפרט אשתור את סוגי המקצועות של היהודים בתחומים השונים, בין היתר בענף המלאכה והתעשייה, ענף המסחר, ומקצועות הרפואה והפקידות.
השער הרביעי, תקופת אל-מלך אנ-נאצר: בשער 4 פרקים, הוא עוסק בעיקר בתקופת שלטונו השלישית של אל-מלך אנ-נאצר מוחמד בן קלאון (1309–1340), ומתוארת בו פעילותם של קנאי האסלאם, בדור ההוא, כנגד התושבים הלא מוסלמים במצרים ובסוריה (היהודים והנוצרים, בעיקר הקופטים). בנוסף מתוארות בפרוטרוט קהילות היהודים במצרים וקהילות היהודים בסוריה, באילו ערים התגוררו ובאילו שכונות התרכזו, אישים מרכזיים, מחלוקות ועוד. אשתור סבור כי בתקופת הממלוכים, החלה ירידה תרבותית אצל יהודי המזרח, והוא מביא מדבריו של יוסף אבן כספי, הבלשן, הפילוסוף ופרשן המקרא הידוע, שבא במיוחד למצרים, בשנת 1312, בתקווה ללמוד פילוסופיה עם הנגיד אברהם בן דוד, מצאצאי הרמב"ם, והתאכזב:
כולם צדיקים אבל בחכמות לא היו מתעסקים וגם בכל המזרח לא היו שם חכמים וקראתי על עצמי 'הוי היורדים מצרים לעזרה' (ישעיהו ל"א א') ואשוב אל ארצי בבשת פנים וכל זמן עמידתי בהליכה ובחזרה היו חמישה חדשים.
שמשה של יהדות המזרח מתחילה שוקעת עם ירידת הכוח היוצר של תרבות ערב.
השער החמישי, ממות אל-מלך אנ-נאצר עד סוף הבחרים: לשער 4 פרקים, והוא דן בתקופה שלאחר מותו של אנ-נאצר ועד סוף תקופת הבחרים (1340–1382), ובין היתר מתוארים חילופי השלטון התכופים, השפעת המוות השחור במזרח המוסלמי, הנגידים האחרונים למשפחת הרמב"ם (ר' יהושע, נכד הרמב"ם, ור' דוד, בנו), וכן גזרות קי"ד (1354) ורדיפות היהודים, בתקופת אל-צאלח צלאח אל-דין צאלח בן אל-נאצר מחמד (אשתור מכנה אותו אל-מלך אצ-צאלח). בסוף השער מצוינים האירועים שהתרחשו בשלהי תקופת הממלוכים הבחרים.
השער הששי, היהודים והחברה: השער האחרון בן 4 פרקים, והוא דן במעמדם של היהודים בחברה; הוא מתאר את חייהם בקרב שכניהם המוסלמים, דרכי ההתמודדות שנקטו כנגד עלילות שהעלילו עליהם, היחסים בין חכמי הדת המוסלמים, הנוצרים והיהודים וההשפעה שהייתה לכל קבוצה על שתי הקבוצות האחרות.