בעיית הפליטים הפלסטינים
היציאה ההמונית במהלך המלחמה > הגל השלישי: 9–18 ביולי 1948

קרבות עשרת הימים בין ההפוגה הראשונה וההפוגה השנייה (9–18 ביולי) הביאו לגל שלישי של פליטים שיצאו בתקופה זו, כ-100 אלף ערבים, כמחצית מהם מלוד, רמלה והכפרים שבסביבתן, וכ-20–30 אלף ערבים מהגליל התחתון. העזיבה בשלב זה הייתה תוצאה ישירה של ההתקפות הישראליות וכן של פעולות גירוש מכוונות מערים וכפרים שנקטו בהתנגדות מזוינת. אולם גם בשלב זה בלטה נטיית חלק מהאוכלוסייה לעזוב עוד לפני שנוצר מגע עם הכוח הישראלי או תוך כדי המתקפה שלו. רוב מכריע של אוכלוסיית הפליטים מהגליל התחתון היה מוסלמי, בעוד שרובם הגדול של הנוצרים והדרוזים מאזור זה נשאר במקומו. רוב הפליטים בגל זה נמלטו לשטחי "הגדה המערבית" שהוחזקה בידי עבר הירדן, ואחרים לגליל העליון, ללבנון ולרצועת עזה שבשליטת מצרים.
בעקבות לחץ שהפעילו שרים בממשלה, ב-6 ביולי, עוד לפני פרוץ קרבות "עשרת הימים", הורה בן-גוריון לצה"ל להפיץ בין כל יחידותיו צו המורה על הדרך שיש לנהוג בה כלפי האוכלוסייה הערבית האזרחית. הצו היה חתום על ידי האלוף צבי איילון, "בשם הרמטכ"ל", ונאמר בו: "מחוץ לשעת לחימה ממש אסור להרוס, לשרוף ולהחריב ערים וכפרים ערביים, לגרש תושבים ערביים מהכפרים, השכונות והערים, ולעקור תושבים ממקומם בלי רשות מיוחדת או הוראה מפורשת משר הביטחון בכל מקרה ומקרה. כל העובר על הוראה זו יועמד לדין". המדיניות כלפי האוכלוסייה ביישובים הערביים שנכבשו בקרבות "עשרת הימים" הונחתה בעיקר על ידי בן-גוריון וצה"ל, ללא הוראות מצד משרדי הממשלה, אולם מדיניות זו הייתה לא־עקבית, תלויה בנסיבות ולעיתים אקראית, מה שהביא לתוצאות שונות באזורים שונים. בין הגורמים השונים שהשפיעו על ביצוע המדיניות: הזהות הדתית-האתנית של האוכלוסייה שנכבשה, השיקולים הצבאיים המקומיים, מידת ההתנגדות שנתקלו בה יחידות צה"ל, ולעיתים אופיים של מפקדי צה"ל המקומיים. כך למשל, בגליל המערבי ובגליל התחתון נשארו מרבית הנוצרים והדרוזים, שהיו כמחצית מאוכלוסיית האזורים הללו, אך נשארו גם לא מעט מוסלמים.
עם תחילת ההפוגה השנייה גבר הלחץ הבינלאומי על ישראל להתיר שיבה המונית של פליטים, ובראשו עמד ברנדוט. ב-21 ביולי אמר אליהו ששון, מנהל המחלקה לענייני המזרח התיכון במשרד החוץ, בריאיון לניו יורק הראלד טריביון, כי שיבה של פליטים תיתכן רק כחלק מהסכם שלום עם מדינות ערב; החזרת הרכוש הערבי תונה בתשלום פיצויים על הרכוש היהודי שהוחרם במדינות ערב; והחזרת הפליטים תהיה סלקטיבית ולא כוללת. היה זה ניסוח חדש של עמדת ישראל בסוגיה, שבעקבותיו, ב-22 ביולי, הבהיר שר החוץ שרתוק למשלחת ישראל באו"ם את המדיניות הישראלית: יציאת הערבים היא תוצאה ישירה של התוקפנות שאורגנה בידי מדינות ערב; לא תותר שיבת פליטים כל עוד נמשכת המלחמה, שכן חזרתם תהיה בבחינת הכנסת גיס חמישי, יצירת בסיסי אספקה לאויבים מבחוץ, וערעור הסדר מבפנים, אולם ייתכנו חריגים במקרים מיוחדים; החלטה בשאלת שיבת הפליטים תוכל להתקבל רק כחלק מהסדר שלום עם מדינות ערב, כאשר תועלה גם סוגיית החרמת הרכוש של יהודי ארצות ערב ועתידם. היה זה שינוי משמעותי מהעמדה שהייתה מקובלת על כלל ממשלת ישראל באמצע חודש יוני, שלא שללה את האפשרות לעיון מחודש בשאלת חזרת הפליטים לאחר סיום הקרבות. עתה קבע שרתוק שגם העיון מחדש יהיה רק במסגרת שיחות על הסדר שלום כללי. בכך הונח היסוד לזיקה בין הסכמתה של ישראל לשקול את האפשרות של חזרת הפליטים ובין הסדר שלום מקיף, ולדברי בני מוריס, "הפליטים נהפכו מעין קלף מיקוח בתביעתה של ישראל להכרה ולשלום". כמו כן נקבעה בכך זיקה רופפת בין גורל הפליטים הפלסטינים ובין גורל היהודים במדינות ערב.
בתקופה זו חידש אמין אל-חוסייני את מאמציו להשפיע על המדיניות הכלל ערבית בשאלת הפליטים. ב-11 באוגוסט, במהלך ההפוגה השנייה, שיגר הוועד הערבי העליון אגרת למזכיר הליגה הערבית, בה דחה על הסף את כוונת הממשלות הערביות להביא לשיבת הפליטים לבתיהם, משום ששיבה כזו, לדידו, תהווה הכרה למעשה במדינה היהודית, שאף תוכל לנצלם למטרותיה הפוליטיות, למשל כפיית הצבעה לטובתה במקרה של קיום משאל עם. נציגיו של המלך עבדאללה בוועדה המדינית של הליגה הביעו התנגדות חד-משמעית לשינוי בסטטוס-קוו הצבאי או האזרחי בפלסטין, לחידוש המלחמה ולהשארת האחריות לפליטים בידי המדינות הקולטות.
בעקבות הלחץ שהפעיל ברנדוט ולקראת בואו של ג'יימס מקדונלד, הנציג הדיפלומטי הראשון של ארצות הברית בישראל, ב-18 באוגוסט כינס בן-גוריון במשרד ראש הממשלה "ישיבה מייעצת" בהשתתפות המנהיגים הפוליטיים הבכירים וכן פקידים ונושאי תפקידים בכירים, כדי לשוב ולבחון את מדיניות ישראל בנושא שאלת הפליטים. בין המשתתפים הייתה הסכמה לגבי הצורך למנוע את חזרת הפליטים, וגם לגבי הדרכים להשגת המטרה הזו: הריסת כפרים, יישוב כפרים הרוסים ואדמות נטושות, עיבוד אדמות של ערבים, רכישה והחרמה של קרקעות ערביות, ושימוש בתעמולה כדי לשכנע את הפליטים שלא יינתן להם לחזור. הישיבה נסתיימה ללא החלטה רשמית, אך כבר באותו היום יצאו פקודות לכל יחידות צה"ל בגבולות למנוע "בכל האמצעים" את חזרתם של הפליטים.
ב-20 בספטמבר, שלושה ימים לאחר רצח ברנדוט בידי אנשי לח"י בירושלים, פורסם הדוח שלו, שהושלם יום לפני הירצחו והכיל תוכנית לפתרון הבעיות העיקריות של הסכסוך. ברנדוט תמך בדוח בזכותם של הפליטים לשוב לבתיהם "במועד מוקדם ככל האפשר", וכתב כי לא ייתכן הסדר "צודק ומלא" ללא הכרה בזכותם לחזור, שכן "תהיה זו פגיעה בעקרונות הצדק הבסיסי, אם תימנע הזכות מאלה שנעשו שלא באשמתם קרבנות של הסכסוך, לשוב לבתיהם, בעוד מהגרים יהודים נוהרים לארץ־ישראל ומאיימים להחליף את הפליטים הערבים לצמיתות". עם זאת, ברנדוט היה מודע לכך ש"מרבית הפליטים כבר לא נשארו להם בתים לחזור אליהם, ויישובם מחדש במדינת ישראל עלול ליצור בעיה כלכלית וחברתית סבוכה ביותר".