משפט בייליס
החקירה > מעצר בייליס

על אף הסתירות בעדויות הללו, החליט התובע הכללי צ'פלינסקי, בניגוד לדעתם של פרקליט המחוז בראנדורף, של המפקח קראסובסקי ושל השופט החוקר פננקו, כי החומר מספיק כדי לעצור את בייליס. לאחר שפננקו סירב להוציא את צו המעצר, דרש צ'פלינסקי מראש שירות הביטחון (ה"אוכרנה") בקייב, שישתמש בסמכותו המיוחדת במקרים של סכנה לביטחון המדינה. ב-22 ביולי 1911, בשעה 03:00 בלילה, נעצר בייליס כחשוד ברצח על ידי חוליה בת 50 ז'נדרמים שפשטה על ביתו, ובראשם המפקד המקומי של ה"אוכרנה". בבית נערך חיפוש מדוקדק, אולם לא נמצא בו אף ממצא מחשיד. יחד עם בייליס נעצר גם בנו בן ה-8, שהוחזק במעצר נפרד. למחרת הופגש הילד עם ז'ניה צ'בריאק ובצהריים שוחרר.
על אף מעצרו של בייליס, המשיכו קראסובסקי ואיוואנוב, בהסכמת בראנדורף, לנהל את חקירתם בכיוון חבורתה של ורה צ'בריאק. ב-22 ביולי עצרו אותה שנית, אלא שגם הפעם היא שוחררה, ב-7 באוגוסט. כשחזרה לביתה, שמעה כי בלשים שוחחו עם בנה, ז'ניה, שכבר מספר ימים היה מאושפז בבית חולים. היא דרשה את שחרורו ועל אף התנגדותו של הרופא המטפל, הוא הוחזר לביתו, וכעבור יומיים, ב-9 באוגוסט, נפטר. הבולשת לא התירה לה להשתתף בהלווייתו. כעבור מספר ימים נפטרה גם אחותו הקטנה, ולנטינה. הגופות עברו בדיקה רפואית בידי ד"ר טופאנוב, שערך את הנתיחה השנייה בגופתו של אנדריי. הבדיקה הראתה כי ז'ניה מת מדיזנטריה.
שחרורה של צ'בריאק נעשה בהוראת צ'פלינסקי. בעקבות זאת, התפטר קראסובסקי מהחקירה וחזר לשירותו כקצין מחוז כפרי. בספטמבר הדיחו צ'פלינסקי ושצ'גלוביטוב גם את בראנדורף. במקום קראסובסקי מונה המפקח קיריצ'נקו. איוואנוב וקיריצ'נקו המשיכו לחקור בכיוון כנופייתה של צ'בריאק. עוד קראסובסקי שם לב לכך שאנשיה לא ניסו להסתלק מקייב לאחר מספר פריצות שביצעו בעיר, בעוד ששלושה מהם מיהרו לנסוע למוסקבה למחרת רצח יושצ'ינסקי. לכך הצטרפה העובדה כי מיום הרצח פסקו לפתע הפריצות באזור זה של קייב. ב-1 בנובמבר הגיעה עדות מכרעת בכיוון זה: מליצקאיה, בעלת בית המרזח שבקומת הקרקע של הבית בו גרה משפחת צ'בריאק, העידה כי ביום הרצח שמעה מלמעלה, מעל לדירתה, רעש של צעדים כבדים וקול בכי של נער שלא דמה לקולות ילדיה של ורה.
ביום שבו מסרה בעלת בית המרזח את עדותה, השתחרר מהכלא אסיר בשם קזצ'נקו, שהיה שכנו לתא של בייליס ושימש כסוכן משטרה, ומסר לסוהרים מכתב שבייליס ביקש ממנו להעביר בסוד לאשתו. מלבד המכתב, טען קזצ'נקו כי בייליס ביקש ממנו לבצע עבורו שליחות: להשיג סטריכנין ממישהו בבית החולים היהודי ולהרעיל את שני העדים קזימיר שאכובסקי ונקונייצ'ני, ובעבור משימה זו "ישלם לו העם היהודי 500 רובל". אלא שאיוואנוב לא האמין לסיפור ההרעלה וקזצ'נקו הודה בפניו כי בדה אותו. הוא עדכן בנושא את צ'פלינסקי, אך זה דרש ממנו להשתיק את עניין ההודאה.
ב-20 בדצמבר, ארבעה חודשים לאחר מותו של ז'ניה, העיד אביו, וסילי צ'בריאק, כי מספר ימים לפני הרצח, חזר ז'ניה הביתה כשהוא נסער, וסיפר כי שיחק עם אנדריי בחצר בית החרושת ובייליס גירש אותם משם לעיני בניו הצוחקים.
שלושה חודשים לאחר מעצרו של בייליס, פנו אשתו ואחיו לעורך הדין היהודי ארנולד מרגולין וביקשו ממנו לטפל בשחרורו. מרגולין שוחח בנושא עם פננקו, אולם רק באופן פרטי, משום שעל פי הנוהל, רשאי היה חשוד בפלילים הנמצא במעצר, להיעזר בפרקליט רק לאחר הגשת כתב אישום נגדו. לאחר מכן הוקמו שני ועדים: ועד לצורך סיוע כספי למשפחת בייליס, ובראשו עשירי העיר, וועד ציבורי לטיפול במשפט, ובראשו הרב הראשי של קייב. ועד זה הזמין להתיעצות את עורך הדין היהודי הידוע אוסקר גרוזנברג.
ב-5 בינואר 1912 נסתיימה החקירה, ב-18 בינואר הוחלט להעמיד את בייליס לדין וב-30 בינואר נמסר לידיו כתב האישום. הוא היה בן חמישה עמודים, לא צוין בו מניע לרצח ולא היה בו אזכור לכך שהרצח בוצע למטרות פולחן דתי.