רד הוט צ'ילי פפרז
הלהקה לאורך השנים > פרסום, Blood Sugar Sex Magik, ועזיבתו הראשונה של ג'ון פרושיאנטה (1990–1992)

בשנת 1990, עזבה הלהקה את חברת התקליטים EMI, וחתמה על חוזה הקלטות עם האחים וורנר. ריק רובין, מפיק ידוע שעבד לפני כן עם להקות ידועות כמו הביסטי בויז, סלייר ו-Run DMC, נשכר להפקת אלבומם החמישי. תהליך הכתיבה של האלבום הזה היה יצרני ופורה יותר מאשר של קודמיו.
הלהקה החלה בתהליך מתיש בן שישה חודשים של הקלטות, חזרות, כתיבה ופיתוח רעיונות חדשים. אולם, רובין לא היה מרוצה מביצוע התהליך באולפן ההקלטות הרגיל בו הקליטו, והחליט כי הלהקה זקוקה לאולפן מסוג אחר, ולכן העביר אותם לאחוזה שהייתה בבעלותו באזור. במשך השבועות הבאים, פלי, קידיס ופרושיאנטה שהו בבידוד, וכמעט ולא עזבו את האחוזה במהלך תהליך ההקלטות. לעומתם, סמית החליט שלא להתגורר באחוזה, משום שהאמין כי היא רדופת רוחות.
חברי הלהקה לא הצליחו להחליט על שם לאלבומם החדש, אך רובין החליט כי כותרת השיר מתוך האלבום "Blood Sugar Sex Magik" היא המתאימה ביותר לאלבום. על אף שהשיר לא היה סינגל, רובין האמין כי זו הכותרת הטובה ביותר שהייתה בידיהם באותו הזמן.
ב־24 בספטמבר 1991, לאחר שישה חודשי הקלטות, יצא האלבום "Blood Sugar Sex Magik". השיר "Give It Away" יצא כסינגל ראשון, ולבסוף זכה בפרס גראמי, והיה לשיר הראשון של הלהקה שהגיע למקום הראשון במצעד שירי הרוק המודרני של מגזין בילבורד. הבלדה "Under The Bridge" יצאה כסינגל אחריו, והגיעה למקום השני במצעד ה-"Hot 100" של מגזין בילבורד. דירוג זה היה לגבוה ביותר אליו שיר של הלהקה הגיע במצעד זה, והשיר הפך לאחר משיריהם המוכרים ביותר. סינגלים נוספים שיצאו מאלבום זה, "Breaking the Girl" ו-"Suck My Kiss" גם זכו להצלחה במצעדי המוזיקה. האלבום עצמו הפך לסנסציה בין-לאומית, עם מכירות של מעל ל-15 מיליון עותקים, והגדלה משמעותית של קהל המעריצים של הלהקה. "Blood Sugar Sex Magik" דורג במקום ה-310 במצעד 500 האלבומים הטובים של כל הזמנים של מגזין רולינג סטון, וכשנה לאחר יציאתו, ב-1992, הגיע למקום השלישי במצעד האלבומים השנתי בארצות הברית.
מבקרים החלו להשוות את הלהקה ללהקות גדולות כנירוונה, סמאשינג פאמפקינס ופרל ג'אם. אולם, הצלחתה של הלהקה וההתמכרות לסמים החלו להשפיע על פרושיאנטה, שהחליט לפרוש ממנה במהלך מסע ההופעות שלה ביפן במאי 1992. לאחר פרישתו, שקע פרושיאנטה בהתמכרות קשה להרואין וקוקאין. המצב היה בעייתי ללהקה, מכיוון בשבוע שלאחר מכן הייתה צריכה להופיע באוסטרליה. תחילה הם שקלו לגייס את הגיטריסט זאנדר שולס, אך לבסוף החליטו לבטל את ההופעות. הגיטריסט אריק מרשל נשכר להחליף את פרושיאנטה, והלהקה המשיכה להופעתה בפסטיבל לולפלוזה של שנת 1992. בנוסף, מרשל הופיע בווידאו קליפ של השירים "Breaking the Girl", "If You Have to Ask" ויחד עם הלהקה בפרק הסיום של עונתה הרביעית של הסדרה משפחת סימפסון.
בספטמבר 1992, הלהקה ביצעה את השיר "Give It Away" בטקס הענקת פרסי MTV. הלהקה הייתה מועמדת לשבעה פרסים, מתוכם זכו בשלושה, ביניהם בפרס חביבי הקהל.
ב-24 בפברואר 1993, הלהקה, יחד עם ג'ורג' קלינטון וכוכבי ה-P-פאנק, ביצעו את השיר "Give It Away" שנית, אשר זיכה אותם בפרס גראמי הראשון שלהם באותו הערב. הופעה זו סימנה את קיצו של מסע ההופעות של האלבום והופעתם האחרונה עם מרשל. ללהקה היו תוכניות להמשיך ליצור לקראת אלבומם הבא, אך בסופו של דבר החליטו כי מרשל אינו מתאים לתוכניותיהם אלו. ג'סי טוביאס, מתופף מלהקה מקומית בלוס אנג'לס גויס להרכב. תקופת פעילותו בלהקה לא האריכה ימים, וחברי הלהקה הצהירו כי לא הייתה ביניהם כימיה נכונה. בסופו של דבר, הגיטריסט של להקת ג'יינז אדיקשן, דייב נבארו, צורף להרכב, לאחר שסירב לבקשתם הקודמת זמן קצר לאחר פרישתו של פרושיאנטה.