חיים הרצוג
מלחמת העצמאות ושירותו הצבאי > ממלא מקום אלוף פיקוד הדרום וראש אמ"ן בשנית

ביולי 1957 מונה לראש מטה פיקוד הדרום. עם מינויו של חיים לסקוב לרמטכ"ל מונה בינואר 1958 לממלא מקום אלוף פיקוד הדרום תפקיד בו כיהן עד יולי 1958, עת הוחלף באברהם יפה. במסגרת התפקיד ניסה לשפר את מצב כוח האדם ושמר על משמעת הדוקה. הרצוג, שהתחנך על ברכי המערכת הצבאית הבריטית, והתנגד לפעילות העצמאית למחצה[דרושה הבהרה] של היחידות המובחרות כפי שבאו לידי ביטוי בפעולות התגמול. לאחר שבמהלך אימון צנחנים ביצעו פגיעה ברכוש שעברה את הקו האדום, הדיח הרצוג את סגן מפקד הפלוגה שהיה אחראי לאימון שנעשה ללא תיאום מראש עם הפיקוד[דרושה הבהרה]. הרצוג ניסה לתמוך באוכלוסייה הבדואית המקומית, שהייתה נתונה למגבלות הממשל הצבאי על ערביי ישראל. בין היתר ניסה לשפר את מצבם במהלך שנת בצורת ולקדם הזרמת מים לאזורי המגורים שלהם. שמירתו על משמעת צבאית הייתה בולטת והדוקה יותר מעמיתיו. במרץ 1958, לאחר אירוע ירי בו נהרג קצין צה"ל מאש ערבית בסיור בדרום הר חברון, כתב לרמטכ"ל לסקוב: "העובדה שקצין נהרג על ידי ערבים היורים ממארב אינה מוכיחה כי הסיור לא פעל בהתאם להוראות [...] אולם התרשמותי מהחקירות אשר נעשו וכן משיחה עם מפקד הסיור מביאה אותי למסקנה כי הוא גילה רמה נמוכה בפיקוד, גם אם הסיור פעל בסדר מבחינה טכנית." במאי הורה על סדרת פעולות באזור המפורז ליד ניצנה לאחר שכוחות מצרים הניחו בו מוקשים ומתקני חבלה.
ב-1959 מונה שנית לראש אגף המודיעין לאחר שיהושפט הרכבי, הודח מתפקידו בעקבות חלקו בפרשת ליל הברווזים,  כתוצאה מהדחתו, נקרא הרצוג פעם נוספת לפקד על אגף המודיעין שהיה שרוי במשבר. בתקופת כהונתו, תחת הרמטכ"לים לסקוב וצבי צור, החריפו הסכנות האזוריות על ישראל, התחזק מעמדו של נאצר בעולם הערבי וחלה רדיקליזציה, תהליכים שבאו לידי ביטוי בין היתר באיחוד מצרים וסוריה לכדי הרפובליקה הערבית המאוחדת (קע"ם). בתגובה להתפתחויות בעולם הערבי, פעל אגף המודיעין לחזק צינורות קשר ולחמם את ברית הפריפריה. במסגרת זאת ביקר הרצוג מספר פעמים באיראן, טורקיה ואתיופיה, כדי לחזק את הקשרים עמן. בהערכת אמ"ן מסוף 1959 העריך הרצוג שלא צפויה מלחמה לפני 1962, ולצד זאת שלא צפויים איחודים נוספים בין מדינות ערב, בין היתר נוכח הכישלון של קע"ם וההתייחסות של מצרים לסוריה כאל מושבה, שהרחיקה מדינות ערביות נוספות מן הרעיון של איחוד עם מצרים.
בפברואר 1960, בניגוד להערכות אמ"ן, הופתעה ישראל נוכח ריכוז גדול של כוחות מצרים בתוך סיני. הדבר סתר את ההערכה המודיעינית וכדברי יצחק רבין "נתפסנו עם המכנסיים למטה". האירוע עורר ויכוחים פנימיים וביקורת פנימית חריפה ביחס ליעילותה ולתפקודה של ההתרעה המודיעינית. היה ברור כי היה על המודיעין לדעת על המהלך המצרי זמן רב בטרם נרשמה תזוזת כוחות בצד המצרי. הרמטכ"ל, חיים לסקוב, דרש להדיח את הרצוג מתפקידו כראש אמ"ן. הרצוג עצמו טען כי "עבודת המודיעין העניקה לישראל ארבעה ימי היערכות לקראת התקפה, יותר מן הזמן הדרוש." ישראל הכריזה על כוננות רותם, שכללה גיוס מילואים חלקי. נעשו ניסיונות להפיג את המתח ולהימנע ממלחמה, וכעבור חודש השיבה מצרים את כוחותיה לאחור. לאחר האירוע שב הרצוג על ההערכה המקורית, וב-9 במרץ קבע: עד אז [שנת 1961-1962] אין הם [קע"ם] מעוניינים להיכנס למערכה מול ישראל." בהמלצת הרמטכ"ל צור העניק ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון דרגת אלוף להרצוג באפריל 1961 (ביום העצמאות).
בסדרת דיווחים ממרץ ועד ספטמבר 1961 הציג הרצוג הערכות מודיעיניות שדעת הקהל בסוריה פונה עם הזמן נגד השלטון המצרי. בין היתר שקד הרצוג על הנחיית ההכנות של "תיק מתתיהו" - סדרת הערכות מצב לתרחישי עימותים אפשריים שישראל עלולה להתקל בהם (נפילת השושלת ההאשמית בהפיכה בירדן, סגירת מצרי טיראן לשיט ישראלי בידי מצרים, ותרחישים נוספים). ב-1962 השתחרר מצה"ל בדרגת אלוף, ויורשו בראשות אמ"ן היה האלוף מאיר עמית. הרצוג היה אמור להיות אחד השופטים במשפטו של יששכר שדמי על אחריותו בטבח כפר קאסם, אך ביקש להשתחרר מהתפקיד מאחר שהוזמן להעיד מטעם ההגנה.