השבט השלושה עשר
קבלה והערכה

בספרו "מתי ואיך הומצא העם היהודי?", שלמה זנד כותב ש"בזמן שהכוזרים הפחידו את ההיסטוריונים הישראלים, שאף אחד מהם לא פרסם מאמר בנושא, 'השבט השלושה עשר' של קסטלר עצבן ועורר תגובות כועסות. לקוראי העברית אין גישה לספר עצמו הרבה שנים, והם לומדים עליו רק דרך הגינויים הארסיים". במאמר בוול סטריט ג'ורנל, אוון גולדסטיין כתב ש"זנד מציע שאלו שתקפו את ספרו של קסטלר עשו זאת לא בגלל שהוא חסר איכות, אלא בגלל שהמבקרים היו פחדנים ומונעים מאידאולוגיה. 'איש אינו רוצה ללכת לחפש מתחת לסלעים שעקרבים ארסיים מסתתרים מתחתם, מחכים לתקוף את הדימוי העצמי של האתנוס הקיים ושאיפותיו הטריטוריאליות'."
בעולם הערבי, התיאוריה שהעלה קסטלר בספרו אומצה בידי אנשים שטענו שאם מוצא היהודים האשכנזים הוא כוזרי בעיקרו, ולא שמי, אין להם שוב תביעה היסטורית לשטח מדינת ישראל, והם גם לא מושא ההבטחה המקראית של כנען לבני ישראל, וכך בניגוד לבסיס התאולוגי של הציונות הדתית היהודית וגם של ציונים נוצרים. ציר ערב הסעודית באו"ם טען שהתיאוריה של קסטלר "שללה את זכותה של ישראל להתקיים". קסטלר לא ראה את המורשת הכוזרית לכאורה כשלילה של תביעתם של היהודים לארץ ישראל, שהוא סבר שהתבססה על החלטת האו"ם ולא על בריתות מקראיות או ירושה גנטית. לדעתו, "הבעיה של ההתערבבות הכוזרים לפני אלף שנים... אינה רלוונטית לישראל המודרנית".
ספרו של קסטלר שובח בידי המגזין הנאו-נאצי "The Thunderbolt" כ"הפצצה הפוליטית של המאה", ונתמכה בהתלהבות בידי חסידי תנועת הזהות הנוצרית. ע"פ ג'פרי קפלן (אנ'), "השבט השלושה עשר" היה "המקור העיקרי של 'הזהות הנוצרית' לתאוריית הכוזרים"; הם הרגישו שספרו של קסטלר אישש את אמונותיהם שלהם בנוגע ליהודים. גולדסטיין כתב "קסטלר והתיאוריה הכוזרים שקידם חיות בביצות הקדחת של תנועת העליונות הלבנה". מייקל ברקון (אנ') כתב שקסטלר היה ככל הנראה "לא מודע לשימוש שאנטישמים עשו בתאוריית הכוזרים".
לאחר שהספר יצא לאור לראשונה, פיצרוי מקלין קרא לספר "מצוין" ב-"New York Times Book Review"; הוא כתב ש"ספרו של מר קסטלר הוא קריא כפי שהוא מעורר מחשבה. שום דבר לא מעניין יותר מהמיומנות, האלגנטיות והבקיאות שבה הוא מציג את העובדות ומפתח את התאוריות שלו". בביקורת על הספר בשביל ה-Washington Report on Middle East Affairs, העיתונאית והסופרת גרייס הלסל (אנ') תיארה את הספר כ"ספר שנחקר בקפידה" ש"מפריך את התפיסה של 'גזע' יהודי".
למרות כמה ביקורות חיוביות, ג'יימס א. בוורלי כותב ש"כש'השבט השלושה עשר' יצא לאור, הביקורות האקדמיות עליו היו מהירות, פומביות ושליליות באופן כללי", ואוון גולדסטיין מציין שהספר "הותקף בידי המבקרים". ביקורת במגזין Time מאוגוסט 1976 תיארה את התאוריה של קסטלר כ"פשוטה מדי, למרות המאמץ הברור והזמן שהמחבר השקיע במחקר שלו", וציינה ש"קסטלר מציע שטף של מידע אבל לא מספיק עובדות מוצקות כדי לתמוך בטענה שלו". ביקורת במגזין National Review מנובמבר 1976 ציינה שלספר "לא היה את הערך של מחקר כנה ומבוצע כהלכה ולא את הפנייה הרגשית של פולמוס שנוי במחלוקת - רק את סימני ההיכר של ספר שנחקר בצורה גרועה ונכתב בחפזון". הניתוח של קסטלר תואר כ"תערובת של אטימולוגיות שגויות ומקורות ראשוניים שפורשו לא נכון" בידי שמעון אברמסקי ב-1976 וחיים מקובי ב-1977.
ברקון תיאר את הספר כ"מחקר אקסצנטרי", וכתב שקסטלר היה "לא מצויד במומחיות שהנושא עלול להצריך", אבל הוא "אף על פי כן עשה ניסיון רציני של חובבן לחקור ולתמוך בתאוריה". גרשון ד. הונדרט, פרופסור להיסטוריה של יהדות פולין, כתב ב-2006 ש"אין ראיות לתמוך בתאוריה שאבותיהם של יהודי פולין היו יהודים שהגיעו ממלכת כזריה היהודית שבקרים", ותיאר את קסטלר כ"המצודד הידוע ביותר" בתאוריה. ג'פרי גולדברג כתב ב-2009 שהספר היה "שילוב של [רעיונות] נשכחים ומוטלים בספק".
כותבי ביוגרפיות של קסטלר גם היו ביקורתיים כלפי הספר. בספר "Arthur Koestler: The Homeless Mind" משנת 1998, דייוויד סזרני כתב שהספר "עושה שימוש סלקטיבי בעובדות בשביל מסקנה פולמוסית באופן מוגזם" ושהוא "מגוחך כמחקר". בספר "Koestler: The Literary and Political Odyssey of a Twentieth-Century Skeptic" משנת 2009, מייקל סקאמל כתב שהתאוריה של קסטלר "הייתה כמעט לגמרי משוערת ומבוססת על הראיות הנסיבתיות הדקיקות ביותר".