אסון השייטת
בעקבות האסון

בעקבות כישלון המבצע הוקמו שתי ועדות חקירה שקבעו שהמארב היה מתוכנן מראש. בראשן עמדו תת-אלוף (מיל') גדי זהר, תת-אלוף (מיל') גיורא זורע, שניסו להסביר מה גרם לפיצוץ – מארב של כוח עוין או תאונה, ובהנחה שהיה מדובר בכוח עוין, האם וכיצד הושג המודיעין על הפעולה. במסקנות הוועדה נקבע, לפי כמות הפיצוצים וממצאים על סמך הֶרְכֵּב המטענים שהתפוצצו, כי באירוע הייתה מעורבות של מטען זר; המטענים שנשא הכוח היו תקניים, ולא הכילו רכיבים דומים לאלה אשר גרמו לרוב המכריע של הפציעות אצל לוחמי הכוח; ישנה "סבירות בלתי מבוטלת" כי האירוע במהותו היה פעילות מבצעית יזומה מבעוד מועד של חזבאללה, ולא מארב אקראי שהתמקם בשטח, וזאת על רקע חשש של ארגוני המחבלים מפני פעילות צהל"ית צפויה על-פי ניתוח של הערכת מצב. הוועדה הוקמה בשביל להשלים את עבודתה של ועדת אופיר בתחומי המודיעין והחבלה. במסקנות הוועדה נאמר כי אם השידורים הגלויים של גיחות המזל"ט נקלטו, אפילו בחלקם, על ידי החזבאללה, היה בכך כדי לחשוף באופן מובהק את מתווה הפעולה של השייטת.
הרמטכ"ל אמנון ליפקין-שחק לא קיבל את מסקנות ועדת זהר, וכך נותר דו"ח ועדת אופיר – הקובע שמדובר היה במארב אקראי – כמסקנה הרשמית שאין עליה עוררין. ועדת חקירה של צה"ל, בראשות אלוף גבי אופיר, הסיקה שהכוח נתקל במארב אקראי, שהיה חלק מרשת של מארבים שהונחו באזורים שונים בלבנון. תת-אלוף משה תמיר, מפקד יחידת אגוז באותה עת, תיאר בספרו את התחושות הקשות שחווה בעקבות אסון השייטת וגרס כי האסון התרחש בשל מידע מוקדם על הפעולה המתוכננת שהגיע לחזבאללה, אשר ביצע מארב מתוכנן ללוחמי השייטת.
ב-31 באוגוסט 2007 נטען בתחקיר "מעריב" כי מזל"ט צה"לי ששידר לישראל במשך יותר משבועיים לפני הפעולה תמונות מהשטח בערוץ לא מוצפן הוא שגרם לחשיפת המבצע המתוכנן. באוגוסט 2010 טען חסן נסראללה כי ארגונו אכן קלט את שידורי המזל"ט והציב מספר מארבים ששהו בשטח מספר שבועות, עד שהגיע כוח השייטת ועלה על אחד המארבים. בתחילה הכחיש דובר צה"ל טענה זו, אך לאחר שהתברר שהתצלומים שהציג נסראללה מקוריים, וכי ישנה סבירות גבוהה שהיה זה מארב מתוכנן, שינה צה"ל את עמדתו, ומפקד חיל הים, אלי מרום, הודיע על כך למשפחות השכולות.
לאחר גילויו של נסראללה, פנו המשפחות השכולות לצה"ל בבקשה לחשוף את חומרי ועדת החקירה. צה"ל איפשר לדני יתום לשמש כנציג המשפחות, ובנובמבר 2012 הוצגו ממצאים חדשים על אסון השייטת בתוכנית טלוויזיה ששודרה בערוץ 1‏. על פי הממצאים, צה"ל הודה שארגון חזבאללה הצליח במאמצי המודיעין שלו וידע על המבצע מראש. כמו כן נחשף שלוחמי השייטת נשאו על גבם מטעני חבלה שנועדו לחסל יעד בלבנון. הערוץ דיווח כי שלושה סוגים שונים של חומרי נפץ הביאו למותם של הלוחמים: חומרי נפץ של חזבאללה ועוד שני סוגים של חומרי נפץ שנישאו על ידי חיילי השייטת. קצין שבדק את הגופות מצא כי סוג הרסיסים שנמצא בגופות לא דומה לחומרי הנפץ הנמצאים בשימוש על ידי צה"ל, ולכן מדובר בחומר נפץ של חזבאללה, או "חומר נפץ ישראלי לא שגרתי, המשמש למטרות מבצעיות". הדו"ח מעלה השערה לפיה תוכנן שימוש בשני חומרי נפץ שונים, כדי לגרום לחיסול להיראות כחלק מהסכסוך הפנימי בלבנון.
עורך הדין של המשפחות ציין כי ארבע ועדות חקירה חקרו את התקרית, וכל אחת מהן הגיעה למסקנות שונות. ממסקנות הוועדות לא ברור אם התקרית הייתה תאונה או מלכודת מתוכננת, ולא ברור אם חזבאללה קיבל מידע מוקדם על הפעולה. דני יתום גינה את האופן שבו טופלו האירועים, ואמר: "עד היום לא נערכה חקירה ראויה, מה שמסביר מדוע כל ועדה הגיעה למסקנות שונות."
אירוע זה, כמו גם אסון המסוקים שאירע בפברואר אותה השנה, היה אחד האירועים שהגבירו את הלחץ הציבורי לצאת מרצועת הביטחון שבדרום לבנון. לחץ זה הוביל לפינוי כוחות צה"ל מרצועת הביטחון בחודש מאי 2000.
משה רודובסקי, אביו של חלל השייטת גל רודובסקי, עתר לבג"ץ בדרישה להקים ועדת חקירה ממלכתית לחקירת אסון השייטת, אך עתירתו נדחתה.
ב-14 באפריל 2013 הוצג בערוץ 10 סרטון שבו נראים חיילי השייטת רגע לפני היציאה למבצע האחרון.
ב-4 באפריל 2017 הוצג סיפור האירוע מפי חמשת הלוחמים ששרדו בראיון מול עמרי אסנהיים, בתוכנית "עובדה" של אילנה דיין בערוץ 2. בין היתר נטען בסרט כי בעקבות הצלחת הפשיטה המוקדמת של סיירת גולני הוגברה רמת הכוננות בקרב החזבאללה. בתגובה לשידור, פרסם העיתונאי רן אדליסט תחקיר לפיו האסון אירע מכשל במטעני הנפץ שנשאו הלוחמים במבצע ולא בעקבות מארב חזבאללה כפי שתואר בתוכנית. על פי התחקיר שלו, מטעני הנפץ סבלו מתקלה עוד במבצעים קודמים, והובע ספק כלפי עדויות החיילים בדבר היתקלות וירי אויב באירוע.
בשנת 2022 יצא הסרט "דפיקה בדלת", אותו יצרו אוהד מילשטיין ואיה איליה, אחותו של רב-סמל איתמר איליה, שנהרג באסון. הסרט מספר על ההתמודדות של משפחתו של איתמר איליה אחרי נפילתו, לצד סיפורם של "המודיעים" - הקצינים המודיעים למשפחות השכולות על מות יקירהם, ולצד סיפורן של קצינות הנפגעים המלוות את המשפחות.
ב-20 בספטמבר 2024, הודיע שר הביטחון יואב גלנט כי בכירי חזבאללה אבראהים עקיל ואחמד והבי שפיקדו על המארב באסון השייטת חוסלו ברובע הדאחייה בביירות.