מורכבות שאינה ניתנת לפישוט
דוגמאות > התפתחות העין בבעלי חוליות

בשנת 1802, הפילוסוף ויליאם פיילי תיאר את העין כ"נס עיצובי". צ'ארלס דרווין עצמו כתב בספרו, "מקור המינים", כי התפתחות העין על ידי ברירה טבעית נראתה במבט ראשון "אבסורדית ברמה הגבוהה ביותר האפשרית". עם זאת, ציין דרווין שלמרות הקושי לדמיין את זה, האבולוציה של העין היא אפשרית לחלוטין:
... אם ניתן להראות שקיימים שלבי התפתחות רבים מעין פשוטה ולא מושלמת לעין מורכבת ומושלמת, מה שבוודאי נכון; ואם, בנוסף, העין יכולה אי פעם להשתנות והשינויים יכולים לעבור בתורשה, וגם זה בוודאי נכון, ואם מדובר בשינויים שיהיו שימושיים לכל בעל חיים בתנאי חיים משתנים, אז הקושי להאמין שעין מושלמת ומורכבת יָכלה להיווצר על ידי ברירה טבעית, והקושי העצום לדמיין זאת, אינם צריכים להיחשב כחותרים תחת התאוריה.
דרווין הציע כי העין הפרימיטיבית התפתחה בשלבים מ"עצב ראייה המצופה בפיגמנט, וללא כל מנגנון אחר" ל"שלב בדרך לשלמות", ונתן דוגמאות של שלבי ביניים קיימים.
מתנגדי אבולוציה ממשיכים לטעון כי העין היא מורכבת מכדי שתתפתח במקרה. הם מצביעים על כך שיש לעין עדשה, שרירים לכיוון העדשה, קרנית, רשתית, שק דמעות ועוד, וכדי לקבל תמונה חדה וטובה על כל הרכיבים של העין לעבוד ביחד. מכאן עולה המסקנה לכאורה כי "העין מתפקדת כמכלול או בכלל לא" ומכאן לא ברור כיצד שורה של שיפורים קטנים הובילו להתפתחותה.
מצדדי תורת האבולוציה טוענים בתגובה שלבעל חיים עם "5% עין", כלומר עין פחות מורכבת ולכן פחות טובה – קולטנים לאור, למשל – יש יתרון במאבק הקיום וכך מתרחשת ההשתנות ההדרגתית שהביאה את העיניים למצביהן הנוכחיים בבעלי החיים השונים.
דוקינס מציין כי ניתן לפסול בקלות את הטענה לכך שראיה לא מושלמת אינה דבר מועיל. יצור עם 5% ראייה לעומת הראייה שלנו נראה לנו בעל יכולות ראייה גרועות, אבל ליצור כזה יש יתרון אבולוציוני גדול אם הוא היצורים האחרים סביבו הם עיוורים לחלוטין. כך גם יצור עם ראייה ביכולת של 1%.
לדוגמה אנשים שיש להם קוצר ראייה סובלים מראייה מטושטשת אם הם בלי משקפיים, אבל הטיעון לפיו ראיה לא מושלמת אינה מועילה, שקול לטיעון לפיו עבורם הליכה בלי משקפיים משולה להליכה בעיניים עצומות. חולי קטרקט עוברים ניתוח הסרה של עדשת העין הטבעית ואיתה את היכולת לכוון את העדשה, ראייתם למרחק רחוק נפגמת ובכל זאת אין הם עיוורים.
כמו כן, שיפור קטן ביכולת הראייה יכול להיות בעל השלכות על התפקוד ומכאן גם על יכולת השרידות שלנו. מי שראייתו מטושטשת יתקשה לזהות חבר ברחוב אבל יכול להציל את עצמו מנפילה מצוק. בני אדם יודעים שראייה היא דבר שמשתנה בצורה רציפה כאשר הם נמצאים בתנאי תאורה שונים - החל מחושך מוחלט ועם יותר ויותר אור המאפשר לראות דברים, תחילה בצורה גרועה ובהמשך בצורה טובה יותר. הראייה שלנו שלא במרכז העין רחוקה מלהיות מושלמת, אך היא מאפשרת לזהות תנועה במרחב. ניתן להבחין כי דבר זה  שימושי כאשר ביום גשום נאלצים להסתובב עם כובע ושדה הראיה מוגבל יותר, דוגמה להשלכות של מצב זה על השרידה היא היכולת לזהות טורף או משאית שנמצאים לא במרכז שדה הראיה.
דוקינס מדגים כיצד העין של חולייתנים הייתה יכולה להתפתח מסדרה של שינויים אבולוציוניים קטנים, שראשיתם בעין פשוטה שמורכבת רק מתאים רגישים לאור. דוקינס טוען כי העין החלה את דרכה כאיבר פשוט מאוד שמסוגל רק להבחין בין אור לחושך באופן הגס ביותר. בהמשך דוקינס מתאר סדרה של שלבים בהתפתחות העין, שכל אחד מהם הוא שיפור קטן בתחכום של העין עד להגעה לאיבר המורכב והאלגנטי של עין כפי שהיא קיימת בקרב בעלי חוליות. לדוגמה, אם התאים הרגישים לאור נמצאים בתוך גומה קטנה של תאים אחרים, האורגניזם יכול להבין מאין מגיע מקור האור. תאים נוספים יכולים לשפר את המיקוד. בתיאור התפתחות העין הוא מציין מספר יצורים שהעיניים שלהם שימושיות, אמנם, אבל גם מהווים דוגמה חיה ליתרונות האפשריים של שלבי-ביניים של הסיבוכיות של העין, אם כי הם אינם מהווים שלבי ביניים אמיתיים. דוגמה לכך הם תאים של יצורים חד-תאיים שיש להם רק תא רגיש לאור ומעין מסך מאחורה – כך שהם יכולים לקבוע את כיוון האור.
דוגמה אחרת הן תולעים שהעיניים שלהן נמצאות בתוך "מצלמה עם חריר" או גומה, כך שהדיוק של מקור האור יכול להיות גבוה יותר. קיום של עדשה בתוך הגומה יכול להיות שכלול נוסף.