מערכת ויקסבורג
התוכנית למערכה של אביב 1863 ותנועות ראשונות

כל מבצעי הנהרות של גרנט הסתיימו בכישלון, אולם גרנט היה ידוע בכוח הנחישות וההתמדה שלו וסירב לוותר. האפשרות האחרונה שלו הייתה נועזת ומסוכנת: לצעוד עם הצבא דרומה בגדה המערבית של המיסיסיפי, לצלוח את הנהר מדרום לוויקסבורג, ואז לתקוף את ויקסבורג מדרום וממזרח, או לשלב כוחות עם באנקס, לכבוש את פורט האדסון, ואז לפנות כנגד ויקסבורג. כדי לבצע תוכנית זו היה על הצי בפיקוד פורטר להעביר מספיק ספינות תותחים ותובלה במורד הנהר, דרך אש סוללות התותחים של ויקסבורג, כדי לסייע לצבא בצליחת הנהר. הייתה זו תוכנית מסוכנת מאוד, משום שלא הייתה ממנה דרך חזרה. מרגע שספינות האיחוד יחלפו על פני סוללות התותחים במורד הזרם, הן לא תוכלנה לחזור, כיוון שהזרם החזק יאט אותן יותר מדי ויהפוך אותן למטרות קלות לארטילריה של הדרום בוויקסבורג; לאחר שיצלח את הנהר, יהיה הצבא עמוק בשטח האויב, מנותק מקווי האספקה שלו ועם גבו אל הנהר; כלומר, משמעות הכישלון הייתה השמדה של כוחות הצבא והצי של האיחוד.
ב-31 במרץ החל הגייס של מקלירננד להכשיר את הדרכים דרומה בגדה המערבית על ידי בניית גשרים ודרכי קורדרוי. הם מילאו את הביצות שעמדו בדרכם, וב-6 באפריל הגיעו לניו קארתאג', לואיזיאנה, מדרום לוויקסבורג. עד 17 באפריל הייתה מוכנה דרך קשה ומשובשת שנמשכה 110 ק"מ ממיליקנ'ס בנד ועד נקודת הצליחה המיועדת בהארד טיימס, לואיזיאנה, מדרום לוויקסבורג.
ב-16 באפריל, לילה שקט ללא ירח, שלח פורטר שבע ספינות תותחים ושלוש ספינות תובלה עמוסות אספקה לחלוף על פני סוללות התותחים של ויקסבורג, תוך כדי נקיטת אמצעים למזער את הרעש והאורות. למרות ההכנות, התגלו הספינות על ידי זקיפי הקונפדרציה, והצוקים המשקיפים אל הנהר התפוצצו באש ארטילרית מאסיבית. מדורות הוצתו על גדות הנהר על מנת לספק תאורה לתותחנים. ספינות התותחים של האיחוד השיבו אש. פורטר הבחין שתותחי הקונפדרציה פוגעים בעיקר בחלק העליון של הספינות, הבין שאין ביכולתם להנמיך את הקנים, ונצמד עם הספינות לחלק המזרחי של הנהר, ממש מתחת לצוקים, כה קרוב שניתן היה לשמוע את הפקודות שצעקו המפקדים, בעוד פגזי התותחים חולפים מעל ראשו. השייטת שרדה את המעבר עם נזק קל בלבד; שלושה עשר נפצעו ואף לא אחד נהרג. ספינת תובלה אחת נפגעה ובערה בצמוד לגדה. ב-22 באפריל חלפו שש ספינות תובלה נוספות עמוסות אספקה על פני הסוללות; אחת נפגעה וטבעה, אולם אף אחד לא נהרג. הצוות נסחף במורד הזרם על גבי שברי הספינה.
הנדבך האחרון באסטרטגיה של גרנט היה להסיט את תשומת לבו של פמברטון מנקודת הצליחה שאליה נעו כוחות האיחוד. לשם כך יזם גרנט שתי פעולות: פשיטת פרשים נועזת במרכז מיסיסיפי, והתקפת הטעיה של חיל רגלים מצפון לוויקסבורג.
ב-17 באפריל, יום אחרי שחלף אדמירל פורטר עם השייטת שלו על פני סוללות ויקסבורג, יצא קולונל בנג'מין גרירסון לפשיטת פרשים נועזת במרכז מיסיסיפי, פעולה שנודעה לימים בשם "הפשיטה של גרירסון". גרירסון, בראש כוח בן 1700 פרשים, יצא מדרום טנסי, ובמהלך כשבועיים רכב יותר מ-1000 קילומטר בעורף האויב דרך מרכז מיסיסיפי עד העיר באטון רוז', לואיזיאנה. בדרכו הרס הכוח מסילות רכבת, גשרים, קווי טלגרף, קטרים וקרונות, והשמיד מיצבורי תחמושת ואספקה. הפשיטה גרמה לפמברטון לשלוח את כוחות הפרשים שלו למרדף חסר תוחלת אחר גרירסון, ולהקצות כוחות רגלים משמעותיים לאבטחת נקודות חיוניות בעומק מדינת מיסיסיפי, ובכך להרחיקם מגיזרת המאמץ העיקרי של גרנט. במהלך השבועיים הקריטיים בהם נעו שני גייסות של כוחות האיחוד דרומה בלואיזיאנה, הייתה תשומת הלב של פמברטון מרוכזת בחטיבת פרשים שחוללה מהומה בעורפו. במאמץ נוסף להסיט את תשומת הלב מנקודת הצליחה, פתח שרמן בסוף אפריל בהתקפת הטעיה על סניידר'ס בלאף, מצפון לוויקסבורג (ראה קרב סניידר'ס בלאף למטה). התקפה זו לא שינתה משמעותית את הערכות המגינים, אולם גרמה לפמברטון לאחר במשלוח תגבורות לנקודת הצליחה מדרום לוויקסבורג. כתוצאה משתי פעולות אלו, ובמיוחד עקב הפשיטה של גרירסון, עברה צליחת נהר המיסיסיפי על ידי כוחות האיחוד ב-30 באפריל ללא התנגדות של כוחות הקונפדרציה.