הזירה הימית במלחמת ההתשה
חיזוק הקומנדו הימי

לוחמי קומנדו ימי פועלים בחוליות והסיכוי להצלחה מותנה בחדירה בהסתר. רמת העוז הנחישות והדבקות במטרה הייתה גבוהה בקרב לוחמי שייטת 13 מכל הדורות. הכישורים הגופניים והנפשיים הנדרשים מלוחמי קומנדו ימי היו תמיד גבוהים במיוחד. מלחמה מתמשכת התאימה ביותר לפעילות כוחות מיוחדים וקומנדו ימי בכלל זה היות שניתן להפתיע את האויב במועד וביעד התקיפה. מנגד מגמת המצרים להתיש את ישראל ולגרום להרוגים רבים חייבה להקטין סיכונים בפעולות המיוחדות. לקומנדו הימי הישראלי יש עיקרון מבצעי, שהצלחת משימה נמדדת גם בהחזרת הלוחמים. יש לכך משמעות באורך הזמן הניתן לפעולה.
מייד עם תום הקרבות החלו תקריות האש. משימתו של מפקד השייטת לארגן את היחידה למלחמה מתמשכת. האווירה של הניצחון בחילות היבשה והאוויר פעלה כנגד המורל הכללי בחיל הים. אך אנשי השייטת חזרו, אנשי מילואים התגייסו והשייטת הוכנה לפעולות. שפיר ניתח את צורכי השייטת כדי להתגבר על הקשיים שהתגלו במלחמת ששת הימים ולאפשר פעילות גם בעת מלחמה כנגד אויב עירני. ובעיקרם:
הגדלת כושר התנועה לא עוד כלי שיט מזדמנים ואיטיים – רכש כלי שיט ייעודיים לשייטת. בסירות גומי זודיאק מרק 5 המאפשרות נשיאת יותר לוחמים יותר מהר ובאמינות טובה יותר. החלפת סירות הנשק האיטלקיות הישנות בסירות ברטרם 28 רגל מהירות ואמינות – "סנונית" .
שיפור כושר הניווט – פתרון בעיית הניווט באמצעים שהיו אז, בתחילה רכישת מצפן מגנטי עם אפשרות הבחנה טובה יותר בקורס הנהיגה. והתקנת מכ"ם בסירות הנשק המהירות שאפשר התמצאות.
שיפור הקשר המבצעי – הגברת אמינות מכשירי הקשר.
תצפית לילה ואמצעי חבירה – משקפות ראיית לילה וציוד חבירה תת-מימי.
מערך פיתוח אמצעי הלחימה המיוחדים לקומנדו הימי התקדם. פותחו אטימות למכשירי קשר ומתקנים אחרים שיוכלו להתלוות ללוחמים גם בעת הצלילה. נרכשו אמצעי ניווט וגם סירות הובלת פושטים נושאות מכ"ם.
הכשרת הלוחמים הועברה לבסיס ראס סודר. זאת כדי להוות כח עתודה כנגד פעילות מצרית בחוף סיני. מפקד השייטת נעשה חבר קבוע בפורום מח"ט התעלה שמואל גונן. הלוחמים במקצועות הצוללים ונהגי סירות רכשו מיומנות בהפעלת הנשק כלוחמי חיל רגלים.
במאי 1968 מונה זאב אלמוג למפקד שייטת 13. המפקד החדש שם דגש על דרישות המשמעת בשייטת ושיווק את היחידה בציבור. מפקד חיל הים אברהם בוצר נתן גיבוי למהלכיו. נעשה שימוש בפרסומים גלויים כדי לחזק את מעמדה של השייטת בתודעה הציבורית.
רצף הפעולות חידד את הדחיפות בהשלמת האמצעים. מערך סירות הנפץ והתובלה מתוצרת איטלקית היה ישן והפעלתו רצופת תקלות. להחלפתן נרכשו 10 סירות מהירות מחברת ברטרם 28 רגל, שקיבלו את השם "סנונית". הורכב עליהן מכ"ם ולצורך לחימה במחבלים חומשו במקלעים. סירות הגומי ששימשו את השייטת היו זודיאק דגם 3 מצרפת. במלחמה הובהר הצורך בסירות גדולות יותר. מספר סירות גומי זודיאק מרק 5 הובאו בטיסה מצרפת והיו חיוניות לביצוע הפשיטה על האי גרין.
באותה עת מונה תא"ל רפאל איתן לקצין חי"ר וצנחנים ראשי תפקיד חדש שהוקם על מנת לקבוע את הרמה המקצועית והיזמה ההתקפית ליחידות המיוחדות בצה"ל. בתפקידו יכול היה איתן לקבוע עדיפויות קרביות ולקיים שיתוף פעולה בין היחידות המיוחדות. במהלך המלחמה ביצעה שייטת 13 מבצעי סיוע רבים לסיירת מטכ"ל שפעלה לאורך תעלת סואץ, בחציית התעלה ובאבטחת הפעילות בה. מפקד השייטת לא הסתפק בהתמחות בהשטה ובצלילה ושם דגש על העלאת רמת הלחימה הרגלית של הלוחמים. שיתוף פעולה זה נוצל גם להעלאת הרמה בלחימת חי"ר. לקראת כל מבצע נערך נוהל קרב, המודיעין נלמד היטב והכוחות יצאו לדרך בקיאים במשימתם.
שיפורי חימוש – לוחמי השייטת צוידו ברובה סער AK-47 קלשניקוב. אם כי חלק מהלוחמים המשיכו להעדיף את תת מקלע עוזי בהיותו נשק קל ונוח לתפעול במקומות צרים ובטווחים קרובים. העוזי צויד במשתיק קול אך עדיין נשמע רעש רב בהפעלתו. בעת חדירה לשטח אויב קרה מספר פעמים שהנשק הקל הכזיב עקב חול במנגנון הירי. ביזמתו של רפאל איתן הובא נשק כבד יותר, תותח ללא רתע קרל גוסטב, 84 מ"מ – "קרגו" – ללוחמים אשר עשו בו שימוש גם בפעולת הפשיטה על האי גרין.
מי הים, החול והתנועה התת-מימית העמידו במבחן קשה את אמצעי הלחימה. במשך כל המלחמה סבלו הלוחמים מתקלות בירי נשק ומעצורים בנשק הקל. רימונים שלא התפוצצו, רקטות שלא יצאו או לא התפוצצו. התקלות ליוו את הלחימה ואנשים גיבו אחד את השני אך היה חוסר ביטחון בהפעלת הנשק שבא לידי ביטוי בקרבות.
סירת גומי Zodiac Mk5 בקרבת ספינת טילים.
סירה חמושה סנונית בשימוש הקומנדו הימי הישראלי
סרן יוסי כבשני מפקד פלגת פלגת צ-2 משגיח על חזירים המתאמנים במימי שארם א-שייח' לקראת פעולה.
אימוני פשיטה בסירות גומי.