האויב בתוכנו - סטארטרק
עלילת הסרט

על אף קיומו של הצו העליון של פדרציית הכוכבים המאוחדת בנוגע לאי-התערבות בהתפתחויותיהן של תרבויות פרימיטיביות, קפטן ספינת החלל אנטרפרייז ג'יימס ט' קירק (כריס פיין) והקצין הראשון שלו ספוק (זאכרי קווינטו), חורגים ממשימת מחקר אליה נשלחו, ומפירים את הפקודות שניתנו להם על מנת להציל תרבות פרימיטיבית מהכחדה. כתוצאה מכך, קירק מודח מתפקידו, מורד בדרגה ומאבד את הפיקוד על האנטרפרייז. אדמירל כריסטופר פייק (ברוס גרינווד), אשר מוחזר לפקד על האנטרפרייז, חש שלקירק מגיעה הזדמנות שנייה, והוא משכנע את פיקוד צי הכוכבים לאפשר לקירק להתמנות להיות הקצין הראשון שלו.
לאחר שמתקן סודי של מדור 31 שבלונדון מופצץ, פייק וקירק מוזעקים להשתתף בפגישה של מפקדי צי הכוכבים בסן פרנסיסקו, כדי לדון במצוד אחרי החשוד, סוכן מדור 31 לשעבר ג'ון הריסון (בנדיקט קמברבאץ'). כלי טיס, המאויש על ידי הריסון, תוקף את המשתתפים בפגישה. הריסון מספיק להרוג את פייק ולשגר עצמו אל קרונוס, כוכב הבית של הקלינגונים, בטרם קירק מצליח להשמיד את כלי הטיס שלו. קירק מוחזר לתפקידו כמפקד האנטרפרייז, ומקבל הוראה מאדמירל הצי אלכסנדר מרקוס (פיטר וולר) לקחת את האנטרפרייז לקרונוס ולצוד את הריסון. מרקוס מעביר אל סיפון האנטרפרייז 72 יחידות אב טיפוס של טורפדות פוטון, ומורה לקירק לשגר אותם אל עבר מיקומו של הריסון על קרונוס, כאשר המטרה תהיה בטווח ירי. המהנדס הראשי של האנטרפרייז מונטגומרי סקוט (סיימון פג) מתפטר מתפקידו, במחאה על כך שלא מאפשרים לו לבחון את בטיחותם של כלי הנשק החדשים, בטענה שהם מסווגים, וקירק ממנה את פאבל צ'כוב (אנטון ילצ'ין) שימלא את תפקידו של סקוטי. ספוק, ד"ר ליאונרד מק'קוי (קארל אורבן) וניוטה או'הורה (זואי סלדנה), מצליחים לשכנע את קירק שזה יהיה יותר טוב ללכוד את הריסון ולהעמיד אותו לדין על פשעיו, ולא להרוג אותו. בינתיים, קצינת מדע חדשה מצטרפת אל האנטרפרייז - ד"ר קרול מרקוס (אליס איב).
עם הגעתם לקרונוס, קירק, ספוק ואו'הורה יוצאים ללכוד את הריסון, אך הם נקלעים לקרב ירי עם הקלינגונים. הריסון הורג את הקלינגונים אך לבסוף מסגיר את עצמו לידי קירק, לאחר שנודע לו אודות טורפדות הפוטון שעל ספינת האנטרפרייז. לאחר שהושם במעצר, הריסון מגלה את זהותו האמיתית - חאן נוניאן סינג - בן אנוש מהונדס גנטית אשר, לאחר ששהה תקופה של למעלה מ-300 שנים במצב של קריוניקה, אדמירל מרקוס השיב אותו לחיים, על מנת שיסייע לו לפתח כלי נשק למלחמה עתידית בין הפדרציה לבין הקלינגונים. בכל אחת מ-72 טורפדות הפוטון נמצא תרמיל קריוגני, אשר בו מוחזק אחד מאנשי הצוות של חאן, אשר שימשו כבני ערובה של מרקוס.
האנטרפרייז מיורטת על ידי Vengeance - ספינת מלחמה של הפדרציה שתוכננה על ידי חאן ואשר נמצאת תחת פיקודו של אדמירל מרקוס. מרקוס דורש מקירק שיסגיר לידיו את חאן, אולם קירק מסרב ומתעקש כי חאן יועמד לדין על פשעיו, ולא ייהרג. האנטרפרייז יוצאת לדרכה לכיוון כדור-הארץ, אולם מרקוס תוקף אותה וגורם לה נזק כבד. קירק מציע למרקוס כי ימסור לידיו את חאן ואת תרמילי הקירור, בתמורה לחייהם של אנשי צוות שלו. קרול מרקוס, בתו של האדמירל, אשר הצטרפה אל הצוות תחת שם בדוי, חושפת את זהותה האמיתית, ומצטרפת לבקשתו של קירק. אולם, אדמירל מרקוס משגר את ביתו אל סיפון ה-Vengeance וחושף את כוונתו המקורית - להשמיד את האנטרפרייז על מנת להיפטר מחאן ומאנשיו, ולהתחיל במלחמה כוללת עם הקלינגונים. ה-Vengeance מתכוננת לפתוח באש, אולם סובלת מהפסקת חשמל שנגרמה על ידי סקוט, שחדר לספינה. קירק, חאן ואנשי צוות נוספים עוברים מהאנטרפרייז אל ה-Vengeance על מנת לעצור את מרקוס. חאן הורג את מרקוס ומצליח להשתלט על גשר הפיקוד של ה-Vengeance.
תחת איומים כי ישמיד את האנטרפרייז ויהרוג את קירק, חאן מנהל משא ומתן עם ספוק, ומשגר את קירק ואנשי הצוות שלו בחזרה אל האנטרפרייז, בתמורה ל-72 הטורפדות. ספוק מעביר לידיו של חאן את כל הטורפדות, כשהן במצב של טילים חמושים, לאחר שכל אנשי הצוות הקפואים של חאן הוצאו מהן. פצצות הטורפדו מוציאות את ה-Vengeanc מכלל שימוש, ושתי החלליות הפגומות מתחילות להתרסק אל עבר פני כדור הארץ. קירק מחרף את נפשו, ונכנס אל תוך חדר מנועים רדיואקטיבי על מנת ליישר את מזרקי החומר והאנטי-חומר ובכך מתקן את ליבת מנוע הספינה ומצילה. קירק סובל מהרעלת קרינה קטלנית כתוצאה מתהליך זה ומת.
ה-Vengeance, ספינתו של אדמירל מרקוס שנשלטת על ידי חאן, מתרסקת על פני כדור הארץ בכוונה על מפקדת צי הכוכבים בסן פרנסיסקו, אולם חאן שורד, שם, ספוק רודף אחרי חאן ברחבי סן פרנסיסקו, אך חאן נמלט ממנו ולבסוף ספוק מתעמת עם חאן במאבק פיזי עיקש ובסופו של הקרב, אוהורה מגיעה אל המקום בו מאבקם של חאן וספוק מתרחש, על מכונית מרחפת אדומה של הפדרציה ולאחר מכן, ספוק מביס את חאן באגרופו ולוכד את חאן. חאן מוכנס שוב להקפאה, ומאוחסן ביחד עם יתר אנשי הצוות שלו. באמצעות הדם של חאן, ותוצאות ניסוי שד"ר מק'קוי ביצע קודם לכן עם טריבל, מק'קוי מציל את חייו של קירק, והוא קם לתחייה. שנה אחת מאוחר יותר, האנטרפרייז מתוקנת ויוצאת לחלל העמוק - למשימה של חמש שנות מחקרים של חיפושים, תחת פיקודם של קירק וספוק.
בסוף הסרט קירק מדקלם את מונולוג ה"היכן שאף אחד לא הלך מעולם".