מורטל קומבט (זיכיון)
עלילה > קו עלילתי

סדרת המשחקים מתרחשת ביקום בדיוני הכולל שמונה עשרה ממלכות שנוצרו בידי האלים הבכירים. המדריך למשחק "מורטל קומבט: הטעיה" מתאר שמונה מתוך אותן ממלכות: ממלכת הארץ (Earthrealm) - עולם ביתם של גיבורי הארץ לו קאנג, קונג לאו, סוניה בלייד, ג'וני קייג' וג'אקס בריגס, אשר מצויה תחת השגחתו של אל הרעם ריידן; ממלכת העולם התחתון (Netherrealm) השוכנת במעמקי השאול ומקום מושבם של שדים ולוחמי צל כמו קוואן צ'י ונוב סאיבוט; ממלכת העולם החיצון (Outworld), הנמצאת במצב תוהו ובוהו באופן תמידי, שאותה כבש הקיסר שאו קאהן; ממלכת הסדר סיידו (Seido), שתושביה מתגאים בארגון וסדר מעל לכל; ממלכת הכאוס (The Realm of Chaos), שהתושבים בה אינם מצייתים לאף חוק, ממלכה שבה סוגדים לשינויים והפיכות; וממלכת אדניה (Edenia) השלווה והשקטה שנודעת ביופייה ובאריכות ימי תושביה. האלים הבכירים קבעו כי תושביה של ממלכה אחת יוכלו לכבוש ממלכה אחרת באמצעות הבסת לוחמיה הגדולים ביותר בעשרה טורנירים של מורטל קומבט.
המשחק הראשון מתרחש בממלכת הארץ, ושבעה לוחמים מחליטים להשתתף בטורניר מורטל קומבט אשר יקבע את גורל עולמם והמשך חירותם, מאחר שהם ניצבים בפני כיבוש של ממלכת העולם החיצון. בין הגיבורים נכללים לו קאנג, ג'וני קייג' וסוניה בלייד. בעזרתו של אל הרעם ריידן, לוחמי הארץ נחלו ניצחון ולו קאנג הפך לאלוף החדש של טורניר מורטל קומבט. במשחק השני, קיסר העולם החיצון שאו קאהן מפתה את גיבורי הארץ אל העולם החיצון כתגובה לתבוסת משרתו, המכשף שאנג טסונג. במשחק השלישי, שאו קאהן מחייה מחדש את מלכת אדניה לשעבר, סינדל, בממלכת הארץ, מתוך תקווה שהדבר יביא למיזוג הממלכות. אולם, בסופו של דבר הוא מובס פעם נוספת וממלכת אדניה משתחררת מאחיזתו של קיסר העולם החיצון - הפעם תחת שליטתה של הנסיכה קיטאנה. המשחק הרביעי מביא את ניסיון השתלטותו של האל הבכיר המושחת שינוק על הממלכות.
במשחק החמישי, "מורטל קומבט: ברית קטלנית", המכשפים שאנג טסונג וקוואן צ'י משתפים ביניהם פעולה במטרה להחיות את צבא הדרקון, להרוג את אלופי הארץ והעולם החיצון - לו קאנג ושאו קאהן, ולכבוש את הממלכות. הם נוחלים הצלחה במשחק הבא, "מורטל קומבט: הטעיה". מרבית לוחמי הארץ נהרגים וריידן נאלץ להתערב ולהתנגד להם. בקווסט פנימי של המשחק, אונאגה מלך הדרקון משוחרר מכלאו בידי רפטייל והוא מטעה את שוג'ינקו הצעיר במסע להחזיר את ששת חלקי הקאמידוגו, מקור כוחו. לאחר מכן, אונאגה מתמודד מול כוחותיהם המשולבים של ריידן, שאנג טסונג וקוואן צ'י, אך מצליח להשיג את הקמע של קוואן צ'י והחלק האחרון בקאמידוגו. בסופו של דבר, שוג'ינקו מנצח את מלך הדרקון ומסיר בכך את האיום על הממלכות.
המשחק השביעי והאחרון בסדרת המשחקים המקורית, "מורטל קומבט: ארמגדון", מביא חזון אחרית הימים שמנבא כי כוחם ההולך וגדל של הלוחמים מכל הממלכות יביא לשרשרת אירועים ומשברים שיביאו לחורבן. המלך ארגוס ובניו טייבן ודאיגון נכנסים להקפאה מתוך תקווה שיום אחד יתעוררו ויצילו את הממלכות מארמגדון על ידי הבסת שד השאול בלייז. אולם, שאו קאהן הוא זה שמביס את בלייז בפירמידת ארגוס בעדניה וגורם לארמגדון.
משחק הקרוסאובר "מורטל קומבט נגד יקום DC" אינו מתרחש באותה המשכיות מרכזית כמו המשחקים הקודמים לו. לאחר שגם שאו קאהן וגם דארקסייד מיקום DC הובסו, הם מתמזגים לישות אחת בשם "דארק קאהן", ושני היקומים הבדיוניים מתמזגים לאחד. הדבר גורם לדמויות משני היקומים להיכנע לזעם בלתי נשלט ולהתקיף אחד את השני ללא שליטה. הגיבורים והנבלים כאחד מתקיפים זה את זה, בהאמינם שהצד השני אחראי לקטסטרופה שנוצרה, עד אשר רק ריידן וסופרמן נותרים עומדים. השניים מתעמתים עם דארק קאהן ומבינים שהצד השני לא עובד בשבילו. הם משלבים כוחות ומתקיפים אותו. עם הבסתו של דארק קאהן, שתי הממלכות חוזרות למצבן הקודם ושאו קאהן ודארקסייד נכלאים לנצח, כל אחד ביקום של השני.
משחק האתחול משנת 2011, שנקרא בפשטות "מורטל קומבט", ממשיך מאותה נקודה בדיוק בה הסתיים המשחק השביעי: קרב הלוחמים מכל שש הממלכות למורדות פירמידת ארגוס מביא לשרידתם של שאו קאהן וריידן. ריידן מוכה קשות ומבין שנותר לו מהלך אחד אחרון למנוע משאו קאהן להשיג את כוחו של בלייז, והוא שולח חיזיון של קו הזמן כולו אל עצמו מהעבר, עוד מתקופת הטורניר הראשון ב-1992. מעבר זה של מידע לאני האחר שלו גורם לקרע בזמן ולקו זמן מאותחל, אשר מתפצל מקו הזמן של ארמגדון ומבקש לשכתב את היסטוריית מורטל קומבט מחדש, אך למעשה מביא להשלכות הרסניות הרבה יותר. דמויות רבות נהרגות בידי המלכה סינדל וריידן הורג בשוגג את לו קאנג מתוך הגנה עצמית. בסופו של דבר, האלים הבכירים עוזרים לריידן להרוג את שאו קאהן ולהציל את ממלכת הארץ. אולם, מתברר כי הכל היה תחבולה של שינוק וקוואן צ'י, שגנב את נשמות הגיבורים שנהרגו. הוא מחזיר גיבורים אלה לחיים כזומבים נרצעים שלו, revenants.
המשחק העשירי, "מורטל קומבט אקס", מתמקד בכמה נקודות זמן: ב-1997, שנתיים לאחר סיום המשחק התשיעי, שינוק וקוואן צ'י מתחילים בתכנון תוכניתם ומובילים צבא משרתים אל-מתים של אלה אשר מתו כתוצאה מכיבושו של שאו קאהן. קבוצת לוחמים בראשותם של ריידן, ג'וני קייג', קנשי טקאהשי וסוניה בלייד מתמודדת מול כוחותיו של שינוק. בסיומו של הקרב, שינוק נכלא, קוואן צ'י נמלט וריידן מחזיר את מרבית הלוחמים לחיים ומשחרר אותם משליטתו של שינוק. כ-20 שנה לאחר מכן, קוואן צ'י מופיע מחדש וחובר לד'בורה דמוית החרק מתוך כוונה להביא לשחרורו של שינוק. קוואן צ'י נהרג בידי סקורפיון (שחזר לחיים כהנזו) חדור הנקמה ושינוק ממשיך בהתקפת הממלכות. הוא מובס בידי קסנדרה קייג' - המייצגת את הדור הבא של לוחמי הארץ. כעת כשהאיום של שינוק וקאן צ'י הוסר, לו קאנג וקיטאנה האל-מתים לוקחים שליטה על העולם התחתון, ולורד ריידן מבקש להגן על ממלכת הארץ בכל האמצעים הדרושים, אלימים ככל שיהיו. במשחק זה מוצגים לראשונה "הדור הבא" של הלוחמים הטובים: קסנדרה ביתם של ג'וני קייג' וסוניה, ז'קלין בריגס ביתו של ג'קס, טקדה טקהשי הבן של קנשי וקונג ג'ין בן הדוד של קונג לאו.
במשחק האחד עשר בסדרה, כריתת ראשו של שינוק בידי ריידן מוביל להופעתה הפתאומית של קרוניקה - אמו של שינוק ושומרת הזמן, המתכוונת לשכתב מחדש את ההיסטוריה לאחר שמאזן הכוחות בין הטוב לרע הופר בידי ריידן המושחת. לאחר מותה של סוניה בלייד והשמדת הקתדרלה של שינוק בעולם התחתון, לו קאנג וקיטאנה האל-מתים כורתים ברית עם קרוניקה, המחזיקה בשעון חול ענקי במצודתה. היא יוצרת מערבולת בזמן הגורמת להופעתן של דמויות רבות מהעבר מוחקת את ריידן המושחת מהקיום ומשאירה את ריידן מהעבר תקוע בזמן ההווה עקב היותו אלמותי. במשחק זה שני שחקנים מהעבר, קארי הירויוקי טגווה שגילם את שנג טסונג בסרט הראשון וריצ'רד אפקאר שדיבב את הג'וקר במשחק הקרוסאובר חזרו לדבב אותם.
במיני-משחק המשך, "MK11:aftermath" שאנג טסונג משתף פעולה עם נייטוולף, פיוג'ין והאל החדש לו קנג כדי לחזור לעבר ולהשיג את הכתר של קרוניקה אשר רק באמצעותו ניתן לאתחל את הזמן מבלי לפגוע בכל היקומים. ביוזמתו של שאנג טסונג סינדל מוחזרת לחיים כדי לעזור להם, אולם מתברר שהיא כל הזמן הייתה רעה ושהכל חלק ממזימה אחת גדולה שלו לקחת את הכתר לעצמו ולשלוט בשעון החול ובזמן. כשהוא מתכנן יחד עם סינדל ושאו קון הפיכה: הוא משתמש בהם כדי להגיע לקרוניקה ואז בוגד אפילו בהם. לבסוף הוא נלחם באל השמש והרעם לו קאנג. העלילה יכלה להסתיים בשני תרחישים: התרחיש הטוב - ניצחון של לו קאנג וההשלכות שלו לעומת התרחיש הרע ניצחון של שאנג טסונג וההשלכות שלו. הסוף האמיתי הוא הסוף בו לו קאנג מנצח, מאחר שהמשחק הבא, מורטל קומבט 1, מתרחש בעולם החדש שלו קאנג יוצר.
המשחק ה-12 בסדרה, שמיועד לצאת ב-19 בספטמבר 2023, מתחיל בעידן השלישי שלו קאנג יצר כאל חדש. לו קאנג מאמן חבורה של לוחמים (חלקם מוכרים בגרסאות שונות שלהם ממשחקים קודמים, כגון ריידן אנושי וקנשי עם חוש ראייה) כדי להילחם בטורניר המפורסם. שאנג טסונג מתחיל כבן-תמותה ומקבל כוחות בהמשך. קוואי ליאנג כסקורפיון ובי האן כסאב זירו משתפים פעולה.