מנואל נוייר
נבחרת לאומית

נוייר שיחק בקביעות בנבחרת הצעירה של גרמניה, ופתח בשערה 20 פעמים בין השנים 2006 ו-2009. הוא העפיל עם הנבחרת והשתתף עמה באליפות אירופה לנבחרות צעירות ב-2009, וסייע לה לזכות באליפות לאחר ניצחון 0–4 בגמר על אנגליה. נוייר עצמו זכה בתואר השוער המצטיין של הטורניר.
נוייר היה מועמד לסגל הנבחרת הלאומית של גרמניה לקראת יורו 2008, אך לא נכלל בסגל הסופי לטורניר. את הופעת הבכורה שלו בנבחרת הוא ערך ביוני 2009 נגד איחוד האמירויות הערביות, במסגרת מסע משחקים של הנבחרת באסיה. בעקבות מותו של רוברט אנקה ופציעתו של רנה אדלר, נבחר נוייר להיות שוער הראשון של נבחרת גרמניה במונדיאל 2010. בטורניר זה נוייר ספג שער אחד בלבד בשלב הבתים, בהפסד 0–1 לנבחרת סרביה. בשמינית הגמר בישל נוייר שער למירוסלב קלוזה בניצחון 1–4 על נבחרת אנגליה. נוייר עמד בשער גם בניצחון 0–4 על נבחרת ארגנטינה ברבע הגמר, ובהפסד 0–1 לנבחרת ספרד בחצי הגמר. במשחק על המקום השלישי, בו ניצחה גרמניה את נבחרת אורוגוואי, נוייר לא עמד בשער, ואת הכבוד קיבל הנס יורג בוט.
נוייר לא החמיץ אפילו דקה אחת בטורניר מוקדמות יורו 2012, בו ניצחה נבחרת גרמניה את כל עשרת משחקיה ולא שמטה אפילו נקודה אחת. ביורו 2012 עצמו הציג נוייר יכולת טובה, אך נבחרתו הודחה בחצי הגמר לאחר הפסד 1–2 לנבחרת איטליה.
במוקדמות מונדיאל 2014 נוייר המשיך לעמוד בשער הנבחרת, שסיימה את הבית עם מאזן של תשעה ניצחונות ותיקו אחד. נוייר עמד בשער הנבחרת הגרמנית גם במונדיאל 2014 עצמו, וזכה עמה בגביע העולם בכדורגל. בטורניר זה הוא נבחר לשוער המצטיין, לאחר ששמר על שער נקי בשלב הבתים מול בניצחון 0–4 על נבחרת פורטוגל ובניצחון 0–1 נבחרת ארצות הברית, וספג שני שערים מול נבחרת גאנה בתיקו 2-2. בהמשך, נוייר הציג משחק מצוין מול נבחרת אלג'יריה בשמינית הגמר על אף שספג שער בדקה האחרונה של ההארכה, במשחק שהסתיים בתוצאה 1–2 לגרמניה. ברבע הגמר נוייר שמר על שער נקי בניצחון 0–1 על נבחרת צרפת. בחצי הגמר נוייר היה שותף למינייראסו, בו הביסה גרמניה את המארחת, נבחרת ברזיל בתוצאה 1–7, כשאת שער הניחומים הברזילאי נוייר ספג בדקה ה-90 מרגלי אוסקר. במשחק הגמר, שמר נוייר על רשת נקייה בניצחון 0–1 על נבחרת ארגנטינה, במשחק בו הצטיין.
במוקדמות יורו 2016 לא היטיבה נבחרת גרמניה לשחק, אך עלתה ליורו 2016 בקלות. בטורניר יורו 2016 עצמו, נוייר לא ספג אפילו שער אחד בשלב הבתים ובשמינית הגמר. במשחק רבע הגמר מול נבחרת איטליה נוייר ספג שער שוויון מאוחר מפנדל של לאונרדו בונוצ'י לאחר שנבחרתו הובילה 0–1, והמשחק הגיע להארכה ולפנדלים. ספיגה זו קטעה רצף של 557 דקות שהחל במונדיאל 2014, בהן נוייר לא ספג שער בטורניר גדול. זהו שיא חדש ששבר את השיא של ספ מאייר שלא ספג 481 דקות רצופות בטורנירים גדולים. במהלך הפנדלים מול איטליה, כל נבחרת בעטה תשע בעיטות. האיטלקים החטיאו ארבע בעיטות, כאשר סימונה זאזה וגרציאנו פלה בעטו מחוץ לשער, ונוייר הדף את הפנדל של לאונרדו בונוצ'י ואת הפנדל המכריע של מתאו דרמיאן, וגרמניה העפילה לחצי הגמר, לאחר ניצחון 5–6 בבעיטות ההכרעה. בחצי הגמר נוייר וגרמניה הפסידו לנבחרת צרפת המארחת בתוצאה 0–2, מצמד של אנטואן גריזמן, והודחו מהטורניר. ב-31 באוגוסט 2016 מונה נוייר לקפטן נבחרת גרמניה לאחר פרישתו של בסטיאן שוויינשטייגר מהנבחרת הלאומית.
את מוקדמות מונדיאל 2018 צלחה נבחרת גרמניה בקלות ולא איבדה אפילו נקודה אחת, אך נוייר היה פצוע בחלק מהמשחקים ואת מקומו מילא בעיקר מארק אנדרה טר שטגן. על אף שלא שיחק כמעט לכל אורך עונת 2017/18, זומן נוייר במאי 2018 לסגל הגרמני המורחב למונדיאל 2018. נוייר ערך הופעת בכורה לראשונה מאז נפצע בתחילת יוני 2018, במשחק ידידות בו הפסידה גרמניה 1–2 לנבחרת אוסטריה. נוייר זומן לבסוף לסגל הגרמני הסופי למונדיאל 2018, ועמד בשער בכל שלושת משחקיה של גרמניה, שהודחה באופן מפתיע כבר בתום שלב הבתים. נוייר עמד בשערה של גרמניה גם ביורו 2020 שנערך בשנת 2021. בטורניר זה הודחו גרמניה ונוייר בשמינית הגמר, לאחר הפסד 0–2 לאנגליה.
נוייר נכלל בסגל נבחרת גרמניה לטורניר מונדיאל 2022, בו הפסידה נבחרת גרמניה באופן מפתיע במונדיאל שני ברציפות בשלב הבתים
נוייר נכלל בסגל גרמניה ליורו 2024 בו הגיעה עד לרבע הגמר והודחה על ידי נבחרת ספרד.
ב-21 באוגוסט 2024 הודיע נוייר על פרישה מהנבחרת אחרי 18 שנים.