קרייסיס 3
עלילה > סיפור המשחק

בתחילת המשחק, פרופט מתאחד עם סייקו בשעה שהם נמלטים מהמתקן הצבאי של C.E.L.L על מנת לחזור חזרה לניו יורק, שם נמצאת מערכת הפקת האנרגיה העיקרית של C.E.L.L העונה לכינוי "מערכת X". פרופט מגלה כי בחלוף השנים העיר הפכה להיות עיר רפאים בחסות "כיפת הנאנו" של C.E.L.L, ובמקום זאת הפכה לג'ונגל עירוני שהטבע שולט בו, עם בעלי חיים, עצים וצמחייה בכל מקום. הוא מגלה גם כי חליפת הנאנו של סייקו הופשטה ממנו בכוח על ידי C.E.L.L במסגרת המחקר המדעי שלהם. חברי המחתרת, בראשות ראש, מעוניינים להשמיד את "מערכת X", באמונה שכך יצליחו למוטט את שלטונם העריצי. במהלך חיפושיהם אחרי "מערכת X", מגלה פרופט כי יש ביכולתו להשתמש בכלי הנשק של החייזרים, ומנצל אותם על מנת להתמודד נגד מערכות ההגנה של C.E.L.L. מנגד, חליפת הנאנו של פרופט, שמכילה את ה-DNA האנושי שלו בשילוב ה-DNA החייזרי והמנגנונים המכניים של החליפה, מעוררים אנטגוניזם אצל קלייר, שמסרבת להתייחס אליו כאל אדם.
לאחר שהם משמידים את הליבה של "מערכת X", הם מגלים שמקור הכוח של המערכת הוא לא אחר מאשר "חייזר האלפא" שהושם בתוך מתקן מיוחד שמאפשר ל-C.E.L.L לנקז את האנרגיה שהוא מפיק. לאחר שהוא משתחרר מהמתקן, הוא משתמש בכוחותיו על מנת לפתוח חור תולעת לעולם הבית של החייזרים שבגלקסיית המשולש, ולהשתמש בו כדי לשלוח מכונות מלחמה חייזריות על מנת להשלים את תוכנית-האב שלו: למחות את האדם מעל פני כדור הארץ ולהופכו לעולם ראוי למחיה עבור החייזרים. עם התעוררותו של "חייזר האלפא", מתעוררים לחיים גם יתר החייזרים שהיו רדומים בכדור הארץ, והם פותחים במתקפה מתואמת על הכוכב.
פרופט וסייקו מגלים כי C.E.L.L מתכננים להתמודד עם פלישת החייזרים על ידי שימוש ב"נשק יום הדין" שלהם: לוויין צבאי ענק המכונה "המלאך העליון" (Archangel) בעל יכולת לשאוב אנרגיה מרשת החשמל העולמית שהם הקימו, ולהפנות אותו כנגד מנהיג החייזרים על מנת להשמיד אותו. פרופט לומד כי שימוש בנשק יוביל לתגובת שרשרת שבסופה כדור הארץ יושמד, ומצליח להשבית את בקרי השליטה שלו ברגע האחרון. בדרך, מגלים פרופט וסייקו כי קלייר, שסייקו היה מאוהב בה במהלך חברותו במחתרת, הייתה חלק מאותו צוות מחקר של C.E.L.L שהפשיט ממנו את חליפת הנאנו, תהליך ממנו מעטים שורדים בחיים, והדבר גורם לחיכוך במערכת היחסים שלהם. לאחר מכן הם פוגשים בראש, ולרוע מזלם, הם מגלים שבמשך כל הזמן הזה הוא היה נשלט על ידי מנהיג החייזרים, וניצל אותם על מנת שיסייעו לו להתעורר מחדש. ראש תוקף אותם, מנטרל את חליפת הנאנו של פרופט ופוצע אנושות את קלייר, ולאחר שראש נהרג הם נמלטים מהמקום בעור שיניהם. קלייר לבסוף מתה מפצעיה, וסייקו מתאבל עליה בטענה שהוא היה מצליח להציל אותה לולא היעדרה של חליפת הנאנו, ומתעמת עם מפקדו לשעבר ומאשים אותו כי איבד את אנושיותו. פרופט טוען כי היעדרה של חליפת הנאנו דווקא הצילה אותו מפני השליטה המוחית שבה היה נתון ראש. לאחר שהוא למד כי חייו ניצלו דווקא בזכות היעדרה של חליפת הנאנו, מחליט סייקו לחזור אל שמו האמיתי - מייקל - ולסייע למפקדו לשעבר להגיע אל מנהיג החייזרים.
בעזרתו של מייקל, פרופט נלחם כנגד עדר החייזרים שנשלח לעוצרו, מוצא את מנהיג החייזרים בחללית האם והורג אותו באמצעות ירייה מקשתו, ובכך נוקם את מותם של חבריו לצוות שנהרגו על ידי החייזרים במהלך אירועי המשחקים הקודמים. הם מנסים להמלט מחללית האם לפני שתושמד אך לא מצליחים, ומייקל מקריב את חייו על מנת לסייע לפרופט להמלט.
פרופט, שנפלט מחללית האם אל מרחבי החלל, מגלה כי תבוסת מנהיג החייזרים עדיין לא הצליחה לסגור את חור התולעת, וכי החיים על פני כדור הארץ עודם בסכנת כליה. הוא נזכר בלוויין הצבאי "המלאך העליון" - נשק יום הדין של C.E.L.L, ונעזר בו על מנת ליצור תגובת שרשרת ולהשמיד בעזרתה את חור התולעת. במהלך תגובת השרשרת פרופט נזרק חזרה אל האטמוספירה של כדור הארץ, ומתרסק על חוף הים בסמוך לאיי לינגשאן - מקום ההתרחשות של המשחק הראשון, היכן שהחלה המלחמה 27 שנים קודם לכן.
פרופט מתעורר בבוקר באחת מהבקתות הנטושות של איי לינגשאן, ומתגלה לשחקן כי חליפת הנאנו התפתחה כך שתדמה את המראה האנושי שלו, דבר שהופך למעשה את פרופט לצורת חיים פוסט-אנושית. תשדיר טלוויזיה שמתנגן ברקע מגלה כי תאגיד C.E.L.L פורק בהוראת הסנט האמריקני. כשהוא מתקדם לכיוון החוף, מחליט פרופט, שאיבד כמעט את כל עולמו, מחליט לפתוח דף חדש בחייו בכך שהוא זורק לים את הדסקיות של חבריו לנשק, ומחליט להשתמש מעתה ואילך בשמו האמיתי - לורנס, לפני שהוא הופך חזרה לבלתי נראה ועוזב את המקום.