היסטוריה של חיל ההנדסה הישראלי
חיל ההנדסה באינתיפאדה השנייה

חיל ההנדסה הקרבית זכה ל"שדרוג" נוסף במעמדו במהלך האינתיפאדה השנייה, בה לוחמי ההנדסה הוזעקו תכופות כדי לנטרל מטעני חבלה שהטמינו הפלסטינים. בנוסף לפעילות הנדסית עסקו חיילי ההנדסה הקרבית גם בפעולות בט"ש (ביטחון שוטף), מעצר מבוקשים, פיצוץ בתים ומעבדות נפץ ואף הריגת עשרות מחבלים תוך כדי קרב. בעקבות הלחימה בשטחים הועלתה ההכשרה החיילית בטירונות לרובאי 07-חה"ן ופלס 06. בהמשך חלו מספר שינויים ברמת הרובאי ונכון ל-2022 עומדת על רובאי 07 אחרי אימון מתקדם.
בעקבות ריבוי מטעני החבלה ומלכודות הנפץ המוסוות (booby traps) החלו כוחות היבשה של צה"ל להיעזר יותר ויותר בדחפורי D9 משוריינים בשל מיגונם הכבד, הכמעט בלתי-חדיר לנשק המצוי בידי הפלסטינים. הדחפורים ביצעו בעיקר פעולות פתיחת צירים לטנקים, ניקוי זירות מטענים, חישוף והריסת בתי מחבלים (לרוב תחת אש, חלק מהריסות הבתים בוצעו במסגרת נוהל סיר לחץ בו מחבל חמוש מתבצר בבית). בחלק מהפעולות היוו הדחפורים לא רק אלמנט מסייע אלא גם אלמנט מכריע, כאשר תקפו מבנים שבהם התבצרו מחבלים חמושים. לזכותם של לוחמי הצמ"ה ניתן לזקוף את חיסולם של מספר רבי-מחבלים (כגון קייס עדואן, מחמוד טוואלבה, באסל קוואסמה, טהאר אבו כמאל ועוד). יתר על כן, יחידת המילואים של מפעילי הדחפורים שנלחמו בג'נין במבצע חומת מגן זכתה לצל"ש יחידתי.
גדוד אסף (601) וגדוד המח"ץ (605) היו פעילים באותה תקופה בגבול הצפון ובשטחי יהודה ושומרון. במבצע חומת מגן הוזעקו שני הגדודים לסייע בפריצת הדרך ללב מחנות הפליטים, בנטרול מטענים ובפעילות התקפית כנגד תשתיות הטרור. גדוד המח"ץ (605) זכה לצל"ש רמטכ"ל יחידתי ויהל"ם זכתה לצל"ש אלוף על פעילותם במבצע חומת מגן (אפריל-מאי 2002).
ברצועת עזה, צוות המנהרות של אבירי הפלדה, גדוד "להב" (603) ופלחה"ן חטיבת גבעתי ("משפחת דולב"), הובילו את הלחימה במנהרות הברחת הנשק בציר פילדלפי ואת פריצת הדרך לגדוד הסיור של גבעתי (שזכה לצל"ש ב-2004 ועיטור המופת ב-2005 עקב הצלחתו בלוחמה בטרור בעזה). באוגוסט 2004 צורפה יחידת לוחמי המנהרות של חיל ההנדסה ליהל"ם והחלה להצטייד באמצעים מתקדמים וייחודיים לפעילותה. בצפון הרצועה, חישפו כוחות ההנדסה עשרות קמ"ר של שטחים ששומשו בידי מחבלים לירי ומארבים ובכך הקטינו באופן ניכר את התקפות הירי והמטענים על כבישי הרצועה. פעולות חישוף בוצעו גם על מנת ליצור תנאים מבצעיים לציד משגרי קסאם וסגירת מעגל ירי מהיר. גדוד ההנדסה "להב" (גדוד 603), שבין השאר היה מופקד על הגנת קיבוץ נחל עוז ויישובי עוטף עזה, זכה להערכה רבה על פעילותו שבמהלכה הרגו הלוחמים יותר מ-70 מחבלים ב-2004. חלק ניכר מהמחבלים חוסלו על ידי לוחמי וצלפי המחס"ר באמצעות טקטיקות מארב וצליפה לילית שפיתחה המחס"ר.
בשנת 2005 זכו שתי יחידות של חיל ההנדסה בציון לשבח:
גדוד ציוד מכני הנדסי פיקוד הדרום (מילואים) זכה לאות הצטיינות על פעילותו בשנתיים האחרונות, במעמד נשיא המדינה מר משה קצב.
מחלקת הסיור (מחס"ר) של גדוד 603 ("להב") זכתה בצל"ש אלוף פיקוד הדרום על הישגיה בלחימה בטרור ברצועת עזה. הישגים אלה כוללים בין השאר הריגת כמות שיא של מחבלים בעת פעילות מבצעית.
בנוסף לפעילות הקרבית ביצע חיל ההנדסה מספר פרויקטים הנדסיים גדולים של בנייה והתבצרות, הנודעים שבהם הם: בניית "קיר השיגומים" לאורך ציר פילדלפי על מנת להגן על הכוחות בשטח, הכשרת השטח לגדר ההפרדה באזוריה המסוכנים, בניית ביצורים וגדרות בירושלים ובהתנחלויות ביהודה ושומרון עקב הירי לעברם וניסיונות לפגע, מיגון מוצבי צה"ל ברצועת עזה ובעקבות תוכנית ההתנתקות: פינוי מוצבי צה"ל, חומות הבטון והפילבוקסים מרצועת עזה ופרישתם מחדש לאורך גדר המערכת.
לצד ההצלחות הרבות והפיכתו של החיל למוביל בלחימה בשטחים, התרחשו בחיל גם מספר אסונות טרגיים: מותו של סא"ל אייל וייס, מפקד יחידת דובדבן, בתאונה של קריסת חומה סמוכה כאשר דחפור הרס בית ובו מחבלים (15.2.2002), הפיגוע במחסום עין עריק בו נרצחו 6 חיילי הנדסה (19.2.2002), תאונה בה נהרג סמ"ר אלירן טולדנו מפגיעת קיר אבן שהופל בטעות על ידי דחפור (24.9.2003), ואסון הנגמ"ש בו נספו 5 מלוחמי צוות המנהרות (12.5.2004). פרשיות שליליות נוספות שלא קשורות לפעילות המבצעית היו מותו של יובל תירוש, חייל ביהל"ם, מהרעלת אלכוהול בעת מסיבת סיום מסלול ומגפת דלקת ריאות שפרצה בדצמבר 2005 בבהל"ץ.