מלחמות המהפכה הצרפתית
מלחמת הקואליציה השנייה > 1799

במצרים ביסס נפוליאון את שלטונו, ועם תחילת השנה פלש לסוריה העות'מאנית וכבש את אל-עריש ואת יפו. ב-17 במרץ הטיל על מצור על עכו וב-17 באפריל הביס את הצבא העות'מאני שניסה לסייע לעיר בקרב תבור. על אף זאת, נכשלו ניסיונותיו לפרוץ לעכו על ידי הכוחות העות'מאנים והבריטים, בפיקודם של אחמד אל-ג'זאר וסידני סמית'. בתחילת מאי, לאחר שמגפות פגעו בחייליו וללא סיכוי לכבוש את העיר, נסוג נפוליאון בחזרה למצרים. ביולי ניסו העות'מאנים, בסיוע הבריטים, לכבוש את מצרים והנחיתו כוחות שהפליגו מרודוס במפרץ אבו קיר. ב-25 ביולי תקף נפוליאון את ראש הגשר ולכד או השמיד כמעט את כל הכוח הפולש. באוגוסט, לאחר שנודע לו על המשבר הפוליטי והצבאי בצרפת, החליט נפוליאון לשוב לאירופה. הוא השאיר את הפיקוד על הצבא במצרים לז'אן-בטיסט קלבר, וחמק מההסגר הבריטי ושב לפריז, שם השתלט על השלטון לאחר שהוביל הפיכה כנגד הממשלה.
באירופה חצה צבא התצפית הצרפתי, שהיה מורכב מ-30,000 אלף איש בארבע דיוויזיות, את הריין בקל (Kehl) ובבזל במרץ 1799. לאחר יום שונה שמו לארמיית הדנובה. תחת פיקודו של ז'ורדאן התקדמה הארמייה בארבעה טורים לעבר היער השחור. הדיוויזיה הראשונה שבאגף הימני התארגנה בהניגן (Hüningen), חצתה את הריין בבזל והתקדמה מזרחה לאורך חופו הצפוני של הנהר לעבר אגם קונסטנץ. אנדרה מסנה, שפיקד על ארמיית שווייץ, שלח חצי-חטיבה לתפוס את שפהאוזן, על חופו הצפוני של הריין כדי לשמור על קווי התקשורת בין שני הכוחות. המשמר הקדמי חצה את הנהר בקל ודומיניק ונדאמה הוביל אותו לכיוון צפון-מזרח לעבר פרודנסטט (Freudenstadt). טור זה הפך בסופו של דבר לאגף השמאלי של הארמייה. אחריו חצו את הריין בקל גם הדיוויזיה השנייה, הדיוויזיה השלישית ודיוויזיית העתודה ואורגנו בשני טורים. הדיוויזיה השלישית נעה דרך היער השחור לעבר אוברקיך (Oberkirch) והעתודה, ועמה מרבית הארטילריה והסוסים, דרך עמק פרייבורג, שם יוכלו לאסוף אספקה מהסביבה ולאחר מכן לנוע דרך ההרים ואגם טיטיזה לעבר לופינגן (Löffingen) והופינגן (Hüfingen).
מרבית צבא האימפריה הרומית הקדושה, בפיקודו של הארכידוכס קרל, דוכס טשן, חנה בחניית חורף מזרחית לנהר לך, מיקום שהיה ידוע לז'ורדאן הודות לסוכנים ששלח לשטח גרמניה כדי לזהות את מיקמו ועוצמתו של האויב. במרץ 1799 הייתה ארמיית הדנובה מעורבת בשני קרבות עיקריים בחזית דרום-מערב גרמניה: בקרב אוסטרך (20–21 במרץ), שהיה הקרב הראשון במלחמה הקואליציה השנייה, הביס הצבא האוסטרי בפיקודו של טשן את ארמיית הדנובה בפיקודו של ז'ורדאן. הצרפתים ספגו אבידות כבדות ונאלצו לסגת מהאזור ולתפוס עמדות חדשות מערבה משם במסקירך (Meßkirch) ולאחר מכן בסטוקך (Stockach) ובאנגן (Engen). הקרב השני, שנערך בסטוקך (25 במרץ) הסתיים בניצחון אוסטרי מכריע, שהדף פעם נוספת את הצרפתים מערבה. ז'ורדאן הנחה את סגניו לתפוס עמדות הגנה ביער השחור והקים בסיס בהורנברג (Hornberg), שם הוא העביר את הפיקוד לידי ראש המטה שלו, ז'אן אוגוסטין ארנוף (Jean Augustin Ernouf), ונסע לפריז כדי לבקש תגבורת של כוחות מאומנים טוב יותר, ולאחר מכן ביקש לצאת לחופשה מסיבות בריאותיות.
ארמיית הדנובה התארגנה מחדש וחלק ממנה הועבר לפיקודו של אנדרה מסנה והתאחדה עם צבא הרפובליקה ההלווטית. בעקבות החלפת הפיקוד וההתארגנות מחדש הייתה הארמייה מעורבת במספר התנגשויות ועימותים מוגבלים בהיקפם בשפלה השווייצרית, כולל בקרב וינטרטור (27 במאי). לאחר הניצחון האוסטרי התאחדו שלושה צבאות אימפריאליים צפונית לציריך והשלימו כיתור למחצה של כוחותיו של מסנה. כמה ימים מאוחר יותר, כתוצאה מקרב ציריך הראשון (4–7 ביוני) נסוג מסנה מערבה, מעבר ללימאט. בשלהי קיץ 1799 קיבל טשן פקודה לסייע לכוחות הצבא האימפריאלי בחזית מרכז חבל הריין, וכתוצאה מכך עבר צפונה למנהיים, כשהוא משאיר את הפיקוד בציריך ובצפון שווייץ בידיו של אלכסנדר קורסקוב חסר הניסיון, שעמד בראש צבא של 25,000 חיילים רוסים. אף על פי שקיבל סיוע מפרידריך פון הוטצה (Friedrich Freiherr von Hotze) המנוסה, לא הצליחו 15,000 חייליו לעמוד מול סידורי ההגנה הגרועים של קורסקוב. שלושה שבועות מאוחר יותר, בקרב ציריך השני (25–26 בספטמבר) הושמד הצבא הרוסי והוטצה נהרג דרומית לעיר. הניצחון העניק לצרפתים את השליטה על צפון שווייץ ואילץ את אלכסנדר סובורוב לערוך מסע מפרך בן שלושה שבועות לפורארלברג, אליה הגיעו כוחותיו, תשושים ורעבים, באמצע אוקטובר.