נוסטרה אטאטה
הרקע לאימוץ סעיף 4 והשפעתו

הנוסטרה אטאטה העיד בעצמו על הרקע לניסוחו במשפט המבוא שלו, כדקלמן:
"בעיתותינו, עת בשגרת היום-יום (חלקיו השונים של) המין האנושי קרבים (זה לזה), והקשרים בין העמים השונים הולכים ומתחזקים..."
אולם אם ניתן לנקוב באירוע אחד שאין בלתו, להנעת התהליך שהחל בעבודה על "המסמך היהודי" בשנת 1960, והסתיים חמש שנים לאחר מכן בקבלתו של הנוסטרה אטאטה, הרי ברי שמדובר בשואה. למעשה, השואה ניערה את הנהגת הכנסייה הקתולית, והכריחה אותה להתעמת עם עברה ועם יחסה אל היהדות והיהודים משך מאות שנים. למרות שהדברים נדונו בעקיפין בעבר, ועידת הוותיקן השנייה הייתה ההזדמנות הראשונה, בוודאי בתקופה המודרנית, בה הכנסייה הקתולית נדרשה באופן מפורש לתרומתה הישירה לאנטישמיות ולסבלו של העם היהודי, אשר הגיעו לשיאם בשואה. מבחינה היסטורית, הדבר התאפשר גם על ידי מינויו של האפיפיור הליברלי יוחנן העשרים ושלושה, אשר החליף ב-1958 את פיוס השנים עשר השנוי במחלוקת, האפיפיור אשר כיהן בעת מלחמת העולם השנייה והשואה.
כבר ב-1959 הורה יוחנן העשרים ושלושה להשמיט מתפילת למען היהודים של יום שישי הטוב את הדיבור "היהודים הבוגדניים/חסרי האמונה", ובמקום המשפט "Oremus et pro perfidis Judaeis" ("הבה נתפלל למען היהודים הבוגדנים/חסרי האמונה") להנהיג את המשפט "Oremus et pro Iudaeis" ("הבה נתפלל למען היהודים").
למרות הוויכוחים הכבדים שאפפו את ניסוחו וקבלתו, הנוסטרה אטאטה היה רק אחד מ-16 מסמכים שונים שהתקבלו במהלך הוועידה האקומנית. הוא הקצר מבין כל ה-16 והוא אינו נושא הד למחלוקת שניצבה ברקע לו. עם זאת, נראה כי הוותיקן לא העריך את מלוא השפעתו ומשמעותו של המסמך בעת קבלתו, במיוחד בכל הנוגע ליחס אל היהודים והיהדות, וכתוצאה מכך ובשלב מאוחר יותר, גם כלפי מדינת ישראל.
בשנת 1965 הוקמו ברומא "השירות הבינלאומי לתיעוד יהודי-נוצרי" (Service International de Documentation Judéo-Chrétienne או SIDIC), שנועד להכשיר את הקרקע ליישום החלטות הוועידה האקומנית תוך בדיקת המצב בשטח. בדיקה זו העלתה פערים מהותיים בין החלטות הוועידה האקומנית לבין המצב בשטח, בו היהודים היו ונותרו "רוצחי האל". "המשרד לקידום האחדות הנוצרית" ברשותו של הקרדינל באה, היה אמור גם הוא לטפל, בין ענייניו האחרים, גם בנושא היהודי. בשנת 1969, במטרה לקדם את הפיוס עם היהדות, הקימו הכנסייה הקתולית ומספר ארגונים יהודים אמריקאים וישראלים את "הוועדה הבינלאומית לקשרים קתולים-יהודים" (International Catholic-Jewish Liaison Committee). הוועדה נפגשה מדי שנה והיו בה חמישה חברים יהודים וחמישה חברים קתולים (המפגשים נמשכים גם כיום).
בשנת 1970, וכפועל יוצא של הנוסטרה אטאטה, שונתה תפילת למען היהודים לחלוטין, ובמקום הנוסח הקודם:
"הבה נתפלל למען היהודים, למען יסיר האל הכל יכול את המחסום מליבם, ולמען יוכלו גם הם להכיר בישו אדוננו"...
התקבל הנוסח החדש, שבו אין התייחסות ליהודים כפרטים. במקום זאת, ישנה בו הכרה ביהודים כקולקטיב, כעם:
"הבה נתפלל למען העם היהודי, הראשון לשמוע את דבר האל..."
בתחילת שנות ה-70 היו מספר יוזמות של ועדות ומועצות קתוליות לאומיות אשר פרסמו הנחיות מקומיות בעניין היחס ליהודים. מסמכים כאלה התפרסמו לדוגמה בהולנד ובצרפת.
ב-22 באוקטובר 1974 הקים האפיפיור פאולוס השישי ועדה אפיפיורית קבועה ליחסים דתיים עם היהודים, ומטרתה הראשונה הייתה לפרסם הנחיות ליישום משמעויותיו של סעיף 4 של הנוסטרה אטאטה. הוועדה השלימה את מלאכתה ב-1 בדצמבר 1974, והמסמך פורסם ב-3 בינואר 1975. ההנחיות גינו כל צורה של אנטישמיות ואפליה, כנוגדות את רוח הנצרות ואת כבוד האדם, והפצירו בנוצרים לרכוש ידע אודות היהדות ומסורתה הדתית, כדי לאפשר קשרים ויחסים טובים בין שתי הדתות. ההנחיות הציעו פעולה בארבע דרכים - דו-שיח, פולחן, הוראה וחינוך, ופעילות חברתית משותפת:
דו-שיח - בניגוד לתכונות ה"מונולוג" שאפיינו את יחסי הנוצרים והיהודים בעבר, על הדו-שיח בין הדתות להתאפיין בכבוד הדדי וכבוד כלפי אמונתו והשקפתו של האחר. על הדו-שיח להיות עדין ולהימנע משליחות מיסיונרית שתפגע בכבודם של היהודים. יש להבין את הקשיים העומדים בפני היהודים לקבל את המסתורין שבהתאנשותו של האל, בשל תפיסתם הנשגבת והטהורה של האלוהות.
פולחן - יש להעמיק את ההיכרות עם הפולחן והליטורגיה היהודיים, ואת החלק המשותף בתחום זה לשתי הדתות, דוגמת כתבי הקודש, ואגב מאמץ להבין טוב יותר כל דבר בברית הישנה השומר על ערכו העצמי הנצחי, ואשר לא בטל בברית החדשה.
הוראה וחינוך - יש להדגיש כי ישו, שליחיו וחלק ניכר מחסידיו הראשונים נולדו כולם לעם היהודי, וכי מה שקרה בדרך הייסורים, החל ממשפטו של ישו ועד צליבתו, אינו אשמתם של כל היהודים שחיו בתקופתו, ובוודאי שאינו אשמתם של אלה החיים כיום. יש להדגיש כי הברית הישנה איננה ספר חוקים יבשים שנמנע מהטפה לערכי אהבת האל והרֵע, וכי ישו קבע את תורתו החדשה במקרים רבים על-פי הכתוב בברית הישנה. נודעת חשיבות רבה להסברה בכל רמות ההדרכה הנוצריות, בין בספרי הוראת הדת וההיסטוריה, ובין באמצעי התקשורת. יש לעודד מחקר בנושאים יהודיים ובנושא יחסי יהודים ונוצרים, וליסד, ככל הניתן, קתדרות ללימודי יהדות במוסדות קתולים להשכלה גבוהה, תוך עידוד שיתוף פעולה עם מלומדים יהודים.
פעילות חברתית משותפת - פעילות משותפת בכל הרמות.
הוועדה המשיכה בפעולות לימוד ומעקב של הנושא, ובשל היותה מודעת לכך שההנחיות החדשות חלחלו באיטיות לדרגים הנמוכים בכנסייה הקתולית, היא פרסמה אנציקליקה בשנת 1985 בעניין "הערות לדרך הנכונה שבה יש להציג את היהודים והיהדות בהטפה ובהוראת עיקרי האמונה הקתולית". מסמך זה שב ועמד על החשיבות שבהוראת היהדות לציבור המאמינים בדרך "נכונה, אובייקטיבית, קפדנית ומדויקת" וכדי "להרחיקם מסכנת האנטישמיות" האנציקליקה שבה וחזרה על העקרונות המרכזיים שבהנחיות משנת 1974, וציינה שיש להציג את העם היהודי באופן אובייקטיבי, גם בהקשרו של האמור בברית החדשה. לשם כך, יש לראות את האמור בכתבי הקודש הנוצריים בהקשרם ההיסטורי. האנציקליקה ציינה כי העם היהודי המשיך והתקיים בגולה, וחידשה בכך שבמסגרתה התייחסה הכנסייה הקתולית לראשונה אל מדינת ישראל:
"יש להבין את קיומה של מדינת ישראל וקשריה הפוליטיים לא בפרספקטיבה דתית, אלא ביחס לעקרונות המוסכמים של החוק הבינלאומי. קיומו של עם ישראל, שעה שעמים אחרים נעלמים בלי להשאיר עקבות, היא עובדה היסטורית, ואות שיש לפרשו ככוונת אלוהים."
שנה לאחר מכן, ב-13 באפריל 1986, ערך האפיפיור יוחנן פאולוס השני את ביקורו ההיסטורי בבית הכנסת הגדול של רומא, ונפגש עם הרב הראשי של רומא, אליהו טואף; וב-30 בדצמבר 1993 חודשו היחסים הדיפלומטיים בין הכס הקדוש למדינת ישראל, עם חתימת הסכם היסוד בין הכס הקדוש ומדינת ישראל.
עקב קבלת ההחלטה, הכריז הארכיבישוף השמרני מרסל לפבר שהוותיקן הוא סוטה וכופר והקים את אגודת הקדוש פיוס העשירי, שאינה מכירה עוד בסמכות האפיפיור ורואה בעצמה את ההמשך האמיתי של הנצרות הקתולית.