חאבי מרטינס
קריירת מועדונים > באיירן מינכן

בסוף חודש אוגוסט 2012 חתם לחמש שנים בבאיירן מינכן, שהעבירה לאתלטיק בילבאו 40 מיליון אירו עבורו, לאחר משא ומתן ארוך בין הקבוצות. סכום העברה זה היה לסכום הגבוה ביותר ששולם אז עבור שחקן בבונדסליגה. את הופעת הבכורה שלו בקבוצה ערך מרטינס בספטמבר 2012, כשהחליף את בסטיאן שוויינשטייגר בניצחון 1–6 על שטוטגרט. את שערו הראשון בקבוצה הבקיע מרטינס בבעיטת מספרת בניצחון 0–5 על הנובר 96 בנובמבר 2012. מרטינס הפך כבר בעונתו הראשונה בבאיירן מינכן לחלק חשוב מאוד מהגנת הקבוצה, כשהוא משתף פעולה בקישור עם שוויינשטייגר, ובהגנה עם דאנטה, פיליפ לאם, ג'רום בואטנג ודויד אלאבה. באותה עונה, מרטינס היה חלק בלתי נפרד מהזכייה בטרבל ההיסטורי, תוך הפגנת משחק הקרבה קשוח במרכז השדה. מרטינס זכה לשבחים רבים על משחקו מול ברצלונה בחצי גמר ליגת האלופות, בו שמר היטב על צ'אבי ואנדרס אינייסטה, והפך את שיטת הטיקי טאקה של ברצלונה לבלתי יעילה. משחק זה הסתיים בתוצאה 0–4 לבאיירן מינכן. מרטינס הצטיין גם בגמר ליגת האלופות 2013, בו ניצחה באיירן מינכן 1–2 את בורוסיה דורטמונד.
באוגוסט 2013 מרטינס עלה כמחליף במשחק הסופר קאפ האירופי מול צ'לסי במקומו של ראפיניה. המשחק הסתיים בתוצאה 1-1, ולאחר שצ'לסי הובילה 1–2 בהארכה, מרטינס הבקיע שער שוויון בדקה ה-120, והביא את המשחק לפנדלים, בהם ניצחה באיירן מינכן. בעונת 2013/14 ערך מרטינס 18 הופעות ליגה בלבד, מאחר שסבל מפציעות. באותה עונה מרטינס זכה עם באיירן מינכן בדאבל, והקבוצה הודחה מליגת האלופות בחצי הגמר על ידי ריאל מדריד, כאשר מרטינס עלה כמחליף במשחק הגומלין, בו הובסה באיירן מינכן בתוצאה 0–4. בגמר הגביע הגרמני מול בורוסיה דורטמונד, בו ניצחה באיירן מינכן 0–2 בהארכה, שיחק מרטינס 120 דקות והצטיין. באוגוסט 2014, במשחק הסופר קאפ הגרמני בו הפסידה באיירן מינכן 0–2 לבורוסיה דורטמונד, קרע מרטינס את הרצועה הצולבת בדקה ה-30 של המשחק. כתוצאה מכך החמיץ כמעט את כל עונת 2014/15, וערך בה הופעת ליגה אחת בלבד בחודש מאי 2015, ונכנס כחילוף סימבולי בניצחון 2–3 על ברצלונה בגומלין חצי גמר ליגת האלופות, כאשר במשחק הראשון בארסה ניצחה בתוצאה 0–3. באוקטובר 2015 מרטינס שיחק 90 דקות בפעם הראשונה מזה חמישה חודשים, בניצחון 1–5 על בורוסיה דורטמונד, ובדצמבר 2015 האריך מרטינס את חוזהו בבאיירן מינכן עד לתום עונת 2020/21. עם זאת, גם בעונת 2015/16 הרבה מרטינס לסבול מפציעות, וערך רק 16 הופעות ליגה. באותה עונה זכתה באיירן מינכן בדאבל, והודחה בחצי גמר ליגת האלופות על ידי אתלטיקו מדריד. מרטינס נטל חלק בשני המשחקים מול אתלטיקו מדריד, אך היה פצוע בניצחון על בורוסיה דורטמונד בגמר הגביע.
בעונת 2016/17 מרטינס חזר לשחק בהרכב באיירן מינכן בקביעות, ותופקד בעיקר כבלם תחת המאמן החדש קרלו אנצ'לוטי, כאשר אצל מאמניו הקודמים בבאיירן מינכן, יופ היינקס ופפ גווארדיולה, שיחק בעיקר כקשר אחורי. מרטינס שיתף פעולה בעונה זו עם דויד אלאבה, מאטס הומלס, פיליפ לאם, ולעיתים גם עם ג'רום בואטנג שסבל מפציעות רבות, ומרטינס תופקד כבלם בגין זאת. מרטינס הציג יכולת גבוהה מאוד לאורך כל העונה. עם זאת, במשחק הראשון ברבע הגמר מול ריאל מדריד, ספג מרטינס כרטיס אדום בדקה ה-60 של המשחק. הרחקה זו השפיעה רבות על המשחק, שהיה עד אז בשליטתה של באיירן מינכן, וריאל מדריד ניצחה 1–2 באליאנץ ארנה. מרטינס נעדר מהגומלין, בו ניצחה באיירן מינכן 1–2 בסנטיאגו ברנבאו, אך הודחה מהמפעל לאחר שספגה שלושה שערים בהארכה. באותה עונה, בחצי גמר הגביע הגרמני, מרטינס ביצע שגיאה בהגנה כשכדור שמסר לשוערו סוון אולרייך הפך לשער יתרון של מרקו רויס מבורוסיה דורטמונד. כעבור מספר דקות הבקיע מרטינס את שער השוויון, אך באיירן מינכן הודחה מהגביע לאחר הפסד 2–3. באותה עונה, זכה מרטינס עם באיירן מינכן באליפות חמישית ברצף.
בעונת 2017/18 חאבי מרטינס המשיך להציג יכולת גבוהה לאורך כל העונה, וזכה עם באיירן מינכן באליפות הבונדסליגה, תחת המאמן החדש יופ היינקס, שהחליף את קרלו אנצ'לוטי המפוטר בתחילת העונה. בליגת האלופות חאבי מרטינס ובאיירן מינכן הגיעו לחצי הגמר, בו הודחו על ידי ריאל מדריד לאחר הפסד 1–2 בבית ותיקו 2-2 בסנטיאגו ברנבאו, כשבשני המשחקים הציג חאבי מרטינס יכולת גבוהה. בגמר הגביע הגרמני הפסידו באיירן מינכן וחאבי מרטינס 1–3 לאיינטרכט פרנקפורט. בדקה ה-90 של משחק זה, הוכשל חאבי מרטינס ברחבה ללא תגובת השופט, כאשר התוצאה הייתה 1–2 לפרנקפורט, שזכתה לבסוף בגביע. בעונת 2018/19 מרטינס המשיך להיות חלק חשוב בקבוצה ולהפגין יכולת טובה מאוד. באיירן ומרטינס הודחו אמנם בשמינית גמר ליגת האלופות על ידי ליברפול, אך זכו בדאבל מקומי, כאשר באיירן סגרה פער של תשע נקודות מהמקום הראשון, וניצחה בגמר הגרמני 0–3 את ר.ב. לייפציג. מרטינס פתח בגמר זה, והוחלף בדקה ה-65 על ידי קורנטן טוליסו. בעונת 2019/20 זכו באיירן מינכן ומרטינס בדאבל נוסף, אך מרטינס היה שחקן משמעותי פחות תחת המאמן החדש האנזי פליק, ואיבד את מקומו בהרכב. עם זאת, זכה חאבי מרטינס בליגת האלופות ובטרבל בפעם השנייה בקריירה שלו, כאשר במשחק גמר ליגת האלופות 2020, בו ניצחה ביירן 0–1 את פריז סן ז'רמן, ישב על הספסל ולא שיחק. במשחק הסופר קאפ האירופי מול סביליה שנערך ב-24 בספטמבר 2020, נכנס מרטינס כמחליף בהארכה במצב של 1-1, והבקיע את שער הניצחון לבאיירן מינכן, והבטיח לקבוצה תואר נוסף.
ב-4 במאי 2021 הודיעו שני הצדדים כי מרטינס יעזוב את המועדון בתום העונה.