ירושלים בתקופת בית שני
תקופת הנציבים והחורבן > המרד הגדול, מלחמת האחים והחורבן

אש המרד הוצתה בירושלים בעקבות מינוי הנציב גסיוס פלורוס בשנת 64 ודרישתו שימסרו לידיו את כספי בית המקדש. המרד התחיל בירושלים בהנהגת הקנאים, והתרכז בה. הקיצוניים שבקנאים, שעלו לעמדות הנהגה בירושלים, רצחו מתונים והציתו את בית הכהן הגדול ואת ארכיון שטרי החוב, במטרה לגייס את המון העם. בשלב הבא התפשט המרד מירושלים לכל רחבי הארץ, ובמיוחד לערים מעורבות כקיסריה, בית שאן ואזור הגליל. גם דיכויו האכזרי של המרד התחיל מן הצפון, ומשם הגיעו החילות הרומאים עד ירושלים, אך עמידתם של הקנאים מנעה את נפילת העיר.
בשנת 67 נסוגו הכוחות הרומאים וזמן קצר אחר כך מת מצביאם קסטיוס גאלוס. בשלב זה התכנסה אספת העם, ובה התגבש רוב לפרושים המתונים. דמות מרכזית במחנה המתון היה רבן שמעון בן גמליאל הזקן, מראשי הסנהדרין, שהביא לבחירתם של מנהיגים ממחנה המתונים כמפקדיה הצבאיים של ירושלים והממונים על ביצורה. הנהגת המרד עברה מידי הקיצוניים לידי אנשי האליטות המתונות יותר – אנשי הכהונה והסנהדרין, מנהיגי הצדוקים והפרושים המתונים. הנהגה זאת לא הייתה הנהגה צבאית, ונעדרה כישורים בתחום הארגון. תפקידה היה פחות לארגן מרד מזוין, ויותר להוות הנהגה שקולה שתוכל בבוא העת לשאת ולתת עם הרומאים. בתקופה קצרה זאת ידעה ירושלים פרק זמן של פריחה מחודשת, ומן העדויות והממצאים עולה תחושה של התנהלות מדינית חופשית לקראת חירות. אולם הרומאים לא שקטו, ובשנת 68 מונה אספסיאנוס למצביא הכוחות הרומאיים בארץ והחל בדיכוי המרד מהגליל ודרומה. עד יולי 69 חרבה הארץ כולה, ומנהיגי המרד נמלטו לירושלים, שעליה הטיל אספסיאנוס מצור. ירושלים הייתה אמנם מעוז מבוצר, אך בתוכה הלכה והתגברה מלחמת האחים בין מתונים וקנאים.
במהלך השנה שבין 69 ו־70 התחוללה בירושלים מלחמת אחים עקובה מדם. מנהיגי הקנאים, לוחמי הגליל יוחנן מגוש חלב ושמעון בר גיורא, האשימו את ההנהגה המתונה בירושלים בסיבות לכישלון המרד. דרכם של הקנאים הייתה דרך החרב, כשלנגד עיניהם המטרה של שמירה על העיר לבל תיפול בכל מחיר, כולל רצח מנהיגים מתונים וכן אזרחים פשוטים. עם זאת, לכל אורך התקופה היו עדיין מתונים שביקשו להידבר עם השלטונות ולסיים את המצור. הבולט שבהם היה יוחנן בן זכאי, שתלמידיו הבריחוהו מן העיר בארון מתים כדי שיוכל למלט את עצמו ואותם מפני האסון אותו צפה. אחד המאורעות המטלטלים של התקופה היה שריפת מחסני המזון של העיר בידי הקנאים, מעשה שסיבתו אינה ברורה אך הוא משמש עדות לאווירת הטירוף ששררה בעיר.
בקיץ שנת 69 שב אספסיאנוס, המצביא הרומאי שניהל את המצור על ירושלים, לרומא והוכתר כקיסר. את מקומו ירש בנו טיטוס, שהחל בכיבוש העיר מצפון, אזור החומה השלישית, משם התקדם אל מצודת אנטוניה וכבש אותה. בשלב זה התבצרו הקנאים בהר הבית ובעיר העליונה.
יוסף בן מתתיהו מציין כי השימוש בעצים לבניית הסוללות גרם לנוף של ירושלים וסביבותיה להשתנות לבלי הכר:
"ומראה הארץ עורר חמלה בלב כל רואה... וגם האיש הנכרי, אשר ראה לפנים את ארץ יהודה ואת מגרשי ירושלים כלילי־היפי והביט עתה אל המקומות האלה בחרבנם, לא עצר כח למנוע קולו מבכי ולהבליג אל אנחותיו... כי מחתה המלחמה את כל עקבות הדר העיר לפנים, ולוּ הגיע שמה פתאם איש, אשר ידע את המקומות האלה לפנים, כי אז נבצר ממנו להכירם, ובדרוך רגליו על אדמת ירושלים היה עליו לבקש את מקומה".
בט' באב ג'תת"ל (5 באוגוסט 70) כבש טיטוס את הר הבית, והצית את בית המקדש. חודש לאחר מכן נפלה העיר העליונה, וירושלים נחרבה בשריפת ענק. במהלך המצור על ירושלים, שנמשך חמישה חודשים, נספו מאות אלפי אנשים.
למרות ביצורה היחסי של ירושלים נפרצה חומת העיר מצפון על ידי כוחותיו של טיטוס, אשר התקדמו לעבר בית המקדש. כחודש ימים עברו בין נפילת המקדש לבין נפילת העיר העליונה. יוספוס מזכיר את "חומת העיר העליונה", ובעבר הייתה נפוצה הסברה שאכן הייתה קיימת חומה כזאת. כיום סבורים החוקרים כי המבנה הטופוגרפי התלול של הגיא, לאחר שקשת רובינסון וקשת וילסון נחרבו, הקשה על צבאו של טיטוס את הפלישה לעיר העליונה ועיכב אותם.
עם תום כיבוש העיר בידי כוחותיו של טיטוס, הייתה ירושלים לעיי חורבות.