Prototype
עלילת המשחק > עלילה

אלכס מרסר מתעורר בחדר מתים שנמצא במרתף החברה "Gentek", חברת ביוטכנולוגיה שבסיסה ממוקם במנהטן, ניו יורק ומבריח את המדענים שניסו לנתח את גופו. אלכס בורח ומבחין בחיילי צבא ארצות הברית טובחים למוות במדענים. החיילים מוצאים את אלכס ויורים בו, אך אלכס שורד ומצליח לזנק מעבר לקיר ובורח מהם. לאחר התקרית, אלכס מגלה שגופו מחזיק ביכולות על טבעיות כגון היכולת לשנות את ידיו למגוון כלי נשק קרים, חוזק ומהירות על טבעיים והיכולת "לספוג" בני אדם במטרה לקבל את זכרונם, כישוריהם והופעתם. חסר כל זיכרון מחיו הקודמים, אלכס מחליט למצוא ולספוג את אלו הקשורים לקנוניה במטרה לגלות מי הוא באמת. מאבקו של אלכס שם אותו כמטרה עבור צבא ארצות הברית ויחידה בשם Blackwatch שאחראית על מיגור הווירוס והמפלצות שיצר.
אלכס יוצר קשר עם אחותו דיינה, שעוזרת לו למצוא את האנשים האחראיים למצבו ומובילה אותו למעבדה של חברת Gentek. במעבדה, אלכס פוגש אישה בשם אליזבת גרין הכלואה בבניין. הווירוס (שידוע בשם Blacklight) נמצא בגופה של אליזבת והיא מצליחה לברוח מהבניין ומשחררת את הווירוס על תושבי מנהטן. דיינה מובילה את אלכס אל אישה בשם קרן פרקר, שהייתה בת זוגו בעבר המסכימה לסייע לו במשימתו. קרן מבקשת מאלכס להביא עבורה דוגמיות מהוירוס במטרה לעצור את ההתפשטות, אך מתגלה שהיא הובילה את אלכס למלכודת ואלכס נאלץ להתעמת עם מפקד Blackwatch בשם רוברט קרוס. אלכס נלחם בקרוס וכמעט מנצח, אך קרוס מזכיר את המשפט "תחנת פן" (פנסילבניה), מה שמעורר באלכס פלשבק שמשאיר את אלכס מטושטש. קרוס מנצל את הרגע ומזריק לאלכס טפיל שעלול להרוג אותו. אלכס מצליח לברוח ומבקש את עזרתו של ד"ר בראדלי רג'ינלד, פתולוג שקשור לחברת Gentek. רג'ינלד עוזר לאלכס להסיר מגופו את הטפיל וממיר אותו לנשק בעזרתו אלכס יכול להרוג את אליזבת גרין. כשאלכס מנסה להשתמש בטפיל על גופה של גרין, גופה דוחה אותו והטפיל משתנה למפלצת בשם "הצייד העליון". אלכס מנצח את הצייד העליון ולאחר מכן הורג את קרן כנקמה על בגידתה.
המקורות על הווירוס ועל אליזבת גרין נחשפים בהדרגה במהלך העלילה: בשנת 1969 הממשלה ביצעה בדיקות על הווירוס באתר ניסוי בעיר "הופ" שבמדינת איידהו. במהרה, כל תושבי העיר נדבקו בווירוס. גרין, תושבת העיר שנדבקה בווירוס הייתה שונה מהנדבקים האחרים כיוון שגופה קיבל לתוכו את הווירוס ושינה את הקוד הגנטי שלה, מה שעזר לה לשלוט על תושבי העיר שנדבקו כדי שילחמו בצבא. כל תושבי העיר שנדבקו בווירוס נטבחו על ידי חיילי הצבא, אך רק גרין ובנה (ששם הקוד שקיבל היה "פריה") שרדו והממשלה ביצעה עליהם ניסויים. בעזרת דגימות הדם של גרין, קבוצה של מדעני Gentek ובראשם אלכס מרסר יצרו את הזן הנוכחי של הווירוס.
אלכס מצליח לגלות מי הוא: Blackwatch הפסיקו את שיתוף הפעולה עם Gentek בגלל שמישהו הפיץ מידע על הווירוס וציוו לחסל את כל הפרויקטים והאישים הקשורים לווירוס. למרות זאת, אלכס סירב פקודה וברח עם דוגמית מהוירוס, אך הצבא איתר אותו בתחנת פנסילבניה. בתחנה, אלכס, שהוקף על ידי חיילים רבים שחרר את הווירוס לחופשי והחל בהדבקה המונית. שניות לאחר מכן הוא נורה על ידי החיילים. הווירוס חדר אל גופו של אלכס דרך הפצע הפתוח שיצר הקליע, הצליח לשחזר את גופו של אלכס ברמה המולקולרית והעניק לו כוחות על.
במהלך המשחק אדם המשרת בתפקיד גבוה בצבא בשם "המתקשר" ("The Caller") יוצר קשר עם אלכס ומציע הפסקת אש במטרה לעצור את הווירוס. תוכניתם היא להיכנס לאחד "הקנים" (מבנים תת-קרקעיים בהם מפלצות הנגועות בווירוס מתרבות ומתפתחות) במטרה לפוצץ אותו ולהעלות את גרין לפני השטח. התכנית מצליחה ואלכס מצליח להרוג ולספוג אותה. בזכרונותיה מתגלה לאלכס שגנרל רנדל מתכנן להשמיד את ניו יורק בעזרת נשק גרעיני כמוצא אחרון. בעזרתו של "המתקשר", שמתברר להיות דניאל קרוס עצמו, אלכס חודר אל נושאת המטוסים "רייגן" על מנת לעצור את רנדל. לאחר הקרב, אלכס סופג את רנדל ומתברר שהצייד העליון שרד את הקרב מול אלכס והשתנה לדניאל קרוס (אותו הוא ספג קודם לכן "מחוץ למסך"). הצייד העליון תוקף את אלכס ורוצה לספוג אותו במטרה לצבור מספיק כוח כדי לשרוד את הפצצה הגרעינית. אלכס הורג את הצייד העליון ומטיס את הפצצה לכיוון האוקיינוס האטלנטי בעזרת מסוק. כשהפצצה מתפוצצת היא פוגעת גם באלכס, אך הוא שורד את עוצמת הפיצוץ (לאחר שספג עורב במטרה לחדש את גופו) וחוזר למנהטן.
במהלך כתוביות הסיום, התקשורת מודיעה שצבא ארצות הברית הצליח להשתלט על הווירוס ולעצור את גל ההדבקה. אחד הסנטורים מארצות הברית מספר לתקשורת שהתקרית עם הווירוס היא תוצאה של לוחמה ביולוגית וגרעינית, מבטיח להעמיד לדין את האחראים. אלכס, שהצליח לגלות מי הוא, מצהיר שכעת "הוא הפך למשהו שפחות טוב מאנושי, אבל מצד שני למשהו חזק יותר". לאחר הכתוביות, מנהטן חוזרת לעצמה ושאריות מהוירוס מושמדות לאט. אלכס מביט על האירועים על גג מגדל בכיכר טיימס ומצהיר שהעבודה שלו לא נגמרה.