יו-גי-הו! GX
עלילה > עונות > עונה 3: עולם הממדים

(פרקים 105 - 154)
עונה זו הייתה האחרונה שדובבה לאנגלית, ומתאפיינת ברצף עלילתי חזק יותר מאשר העונות הקודמות, ובטון אפל וקודר יותר.
השנה השלישית של ג'ודאי באקדמיה מתחילה ואל האקדמיה מגיעים תלמידים מאקדמיות אחרות ברחבי העולם במסגרת תוכנית חילופי סטודנטים. אל האקדמיה מגיעים ג'ים "קרוקודייל" קוק מהאקדמיה הדרומית, אמון גאראם (אדריאן גקו) מהאקדמיה המזרחית, יוהאן (ג'סי) אנדרסון מהאקדמיה הצפונית, ואובריאן אוסטין (אקסל ברודי) מהאקדמיה המערבית, יחד עם מורו, פרופסור קוברה (פרופסור וייפר). יוהאן וג'ודאי נלחמים בקרב ראווה, בו מספר יוהאן לג'ודאי על אגדת "דרקון הקשת בענן" מימי יוליוס קיסר, ומיד לאחר מכן מתיידדים ורואים האחד בשני את תאומו.
לאחר קרב הראווה הזה, מכריז פרופסור קוברה על "קרבות הישרדות", שבמסגרתם על כל הסטודנטים להילחם ב"קרבות חובה" מדי יום, ואנרגיית הדו-קרב שלהם תישאב ותימדד על ידי צמידים שילוו את הסטודנט לכל אורך היממה. במהלך קרבות ההישרדות האלו, ג'ודאי מתמודד מול אובריאן ומתיידד איתו לאחר מכן, ובין אמון למאנג'ומה, ששניהם נערים עשירים ממשפחות מיוחסות, מתגלעת יריבות מרה שמסתיימת בדו-קרב בו אמון משפיל את מאנג'ומה בפומבי.
לאחר סדרה של התעלפויות ובעיות בריאותיות בקרב הסטודנטים, מחליטים ג'ודאי וחבורתו לחקור את העניין ולגלות האם יש קשר בין קרבות ההישרדות והצמידים לבין התופעה המדאיגה. החששות מסתברים כמוצדקים לאחר שאובריאן מגלה בפניהם את המחבוא של פרופסור קוברה, ושם מתגלה כי הוא אוסף את האנרגיה בתוך מכל למטרה לא ידועה. החבורה מתעמתת עם פרופסור קוברה ולאחר שג'ודאי מאתגר את קוברה לקרב, מגלה האחרון להם כי הוא מעוניין להשתמש באנרגיה כדי להחיות את בנו שנהרג בגיל צעיר. במהלך הקרב, אמון חודר גם הוא למעבדה של קוברה, ובתוך המכל הוא פוגש בנשמת דו-קרב זדונית שמציעה לו כוח אם יקבל את הצעתה. אמון מסכים לכך ומתחיל למלא את בקשותיה של הרוח הזדונית.
ג'ודאי מצליח להביס את קוברה וכתוצאה מהאנרגיה הרבה שהושקעה במהלך הדו-קרב, היצור הזדוני משתחרר מתוך המכל, מופיע בפני קוברה בצורת בנו, אבל משליך אותו מראש המגדל עליו נלחם ובכך גורם למותו. היצור הזדוני משחרר גל אנרגיה עצום שמעביר את האקדמיה כולה לעולם מדברי מסתורי בו מפלצות דו-קרב הופכות לאמיתיות ומזיקות פיזית לדואליסטים. תלמידי האקדמיה הופכים לאט לאט לזומבים, בעוד שהיצור משתלט על נער בשם מרטין קאנו (מרסל בונפרטה) ומתחיל לחפש אחרי החיות המקודשות. בעזרת החיות המקודשות מרסל מאתגר את ג'ודאי לדו-קרב אבל מצטרף אליו עד מהרה יוהאן שהשיג סוף סוף את "דרקון הקשת בענן" ומתכוון להשתמש באנרגיית הדו-קרב כדי להחזיר את כולם לעולם האמיתי. התוכנית מצליחה, אבל היצור מצליח לחטוף את יוהאן למימד אחר, לא לפני שהוא חושף בפני ג'ודאי את זהותו וצורתו האמיתית, יוּבֶּל, נשמת דו-קרב שג'ודאי שיחק איתה כקלף כשהיה ילד אך לאחר שגילה שהשימוש בקלף פוגע פיזית ביריביו, שלח אותו לחלל בחללית של "קאיבה קורפ" במטרה להשמיד אותו.
ג'ודאי מחליט לחזור יחד עם כמה מחבריו למימד האחר, כדי לחפש את יוהאן. במהלך המסע הוא נתקל ביצורי העולם האפל שמכריחים אותו להקריב את חבריו, והזעם על כך מצית אצל ג'ודאי רוע נסתר, והופך את ג'ודאי למלך רשע שנקרא "המלך הנעלה". "המלך הנעלה" הוא שליט אכזר ועריץ בעולם הנשמות, שלוקח נשמות של שחקני דו-קרב, ובסופו של דבר מובס בידי אובריאן שמחזיר חזרה את ג'ודאי האמיתי. ג'ודאי, מזועזע ממה שעשה, לא מצליח במשך זמן רב לחזור לעצמו. בינתיים, אמון, שגילה את כוחה של אקסודיה, מקריב את היקרים לליבו כדי לשלוט באקסודיה ולהיעזר בה להפוך למלך על כל הממדים.
בסופו של דבר הם מוצאים את יוהאן, רק כדי לגלות שהוא נשלט על ידי יובל, והשחית את חפיסת הקריסטל שלו בכך שהפך אותן למפלצות אפלות ומרושעות. הראשון שמתמודד מולו הוא "קייזר" ריו, אך הוא מתמוטט כתוצאה מבעיות לב שפיתח לאורך הזמן. לאחר מכן יוהאן האפל מתמודד מול אמון, ולאחר קרב קשה מביס אותו לאחר שמגלה את האפלה שבליבו. ג'ודאי לבסוף נאלץ להילחם ביוהאן האפל, ומצליח לשחרר אותו מהשפעת יובל בכך שמאחד את דרקון הקשת בענן, שהושחת על ידי כוחות האופל, יחד עם נאוס, ויוצר את "נאוס הקשת בענן". יובל, עכשיו בגופה המקורי, גוברת על השניים בעורמה ומצליחה לקחת מג'ודאי את הקלף "סופר-מיזוג" שהיה בבעלותו.
ג'ודאי נלחם ביובל, ובמהלך הקרב הוא מגלה כי הוא גלגול של נסיך מממלכה עתיקת יומין, ושיובל היה במקורו נער צעיר שהפך למפלצת דמוית דרקון כדי להיות השומר הנצחי של הנסיך. ג'ודאי מגיע להחלטה שהוא חייב לשחרר את יובל מהשפעת הרוע, וכשיובל מתכננת להשתמש סוף סוף בקלף ה"סופר-מיזוג" כדי למזג ולהשמיד את כל שנים עשר הממדים, ג'ודאי משתמש במלכודת מחוכמת כדי להחליף את מרכיבי המיזוג, כך שהנשמה שלו והנשמה של יובל יתאחדו.
בכך ג'ודאי לא הביס ולא הובס על ידי יובל, אלא התאחד איתה, והצליח "לטהר" אותה מהאפלה ששכנה בה כל השנים האלו. ג'ודאי מצליח לקבל גם את הצד האפל שבתוכו, הצד של "המלך הנעלה", ומקבל עליו שליטה.