ג'ון מקיין
חייו האישיים

מקיין נישא לראשונה ב-1965 לקרול שֶפּ. מקיין הכיר את שפ עוד בתקופת לימודיו באקדמיה של הצי באנפוליס בשנות החמישים, כשהיא הייתה בת זוגו של חניך אחר מכיתתו של מקיין, לו היא נישאה. מקיין פגש אותה שוב כשהיה מוצב בבסיס בפלורידה. באותה תקופה היא כבר התגרשה מבעלה הראשון, שממנו היו לה שני בנים, ועבדה כדוגמנית מסלול ובגדי-ים. אחרי הנישואין אימץ מקיין את שני בניה מנישואיה הראשונים, וב-1966 נולדה להם בת משותפת, סידני. אולם שנה לאחר מכן נפל מקיין בשבי, ובני הזוג לא התראו למשך חמש שנים וחצי.
ב-1969, במהלך שהותו של ג'ון מקיין בשבי, קרול נפצעה קשה בתאונת דרכים שהותירה אותה עם רגלים מרוסקות, אגן שבור, וצלקות בפניה, ודרשה שיקום ממושך. קרול מקיין הסתירה מבעלה את פציעתה במשך היותו בשבי, לא הזכירה אותה במכתביה אליו, ודאגה כי הדבר לא יפורסם בכלי התקשורת, על מנת לא לפגוע במוראל שלו, והדבר נודע לו רק כששוחרר ב-1973. גם מקיין סבל ממצב בריאותי רעוע, ועבר טיפולים נגד סרטן העור ששב והופיע אצלו ב-1993, ב-2000 וב-2002. כמו כן סבל מפציעות שנגרמו לו בעת נפילתו בשבי, ולא טופלו כיאות. כך למשל לא היה מסוגל להרים את ידיו מעבר לגובה הכתפיים.
את אשתו השנייה, סינדי הנסלי הצעירה ממנו בכ-18 שנה, פגש מקיין במסיבת קוקטייל בהוואי באפריל 1979 כשהוא היה, במסגרת תפקידו כקצין קישור של הצי לסנאט, חלק ממשלחת של הסנאט בדרכה לסין, והיא הייתה בחופשה עם הוריה. הם התאהבו מיידית, והחלו ברומן אינטנסיבי שכלל טיסות הדדיות רבות בין וושינגטון לאריזונה. באותו תקופה הוא עדיין היה נשוי לקרול, וחי איתה. הוא הגיש בקשה לגירושים בפברואר 1980 והגירושים נכנסו לתוקף באפריל. כחמישה שבועות לאחר מכן הוא נישא מחדש לסינדי. בהסכם הגירושים ניתנה לקרול המשמורת על הילדים, ומקיין היה נדיב מבחינת חלוקת הרכוש והממון. מקיין כתב באוטוביוגרפיה שלו מ-2002 שפירוד ממושך כמו זה שנכפה עליו ועל קרול כשהיה בשבי גורם לקשיים בזוגיות, אך הוא מייחס את התמוטטות הנישואין שלו לאנוכיות שלו עצמו, ולחוסר הבגרות שלו יותר מאשר למלחמה בווייטנאם; קרול, בראיון נדיר ב-1995, אמרה: "התפרקות נישואינו לא נגרמה בגלל התאונה שלי או וייטנאם. אינני יודעת אם זה לא היה מתרחק אילולי ג'ון היה בשבי. יותר מכל, אני מייחסת את זה לכך שג'ון היה בן 40, ורצה להיות שוב בן 25".
בעקבות נישואיו לסינדי עבר מקיין, שכבן למשפחה של אנשי צבא ואיש צבא בעצמו למעשה לא היה לו מקום מגורים קבוע, לאריזונה, שם התגורר עד מותו. בניגוד למשפחות רבות של חברי קונגרס הם לא השתקעו בוושינגטון לאורך זמן. סינדי עד מהרה החליטה לחזור לחיות באריזונה, וג'ון נהג לחזור כל סוף שבוע מוושינגטון. אחרי כמה הפלות שסינדי עברה, נולדו לבני הזוג בין 1984 ל-1988 שלושה ילדים, בת ושני בנים ובנוסף אימצו בת נוספת מסרי לנקה. סינדי היא היורשת של אחת מחברות ההפצה הגדולות של אנהאוזר-בוש. בני הזוג ניהלו את עסקיהם הכספיים בנפרד, אך ג'ון מקיין השתמש לא פעם בהונה של אשתו לצורך מימון מסעות הבחירות שלו. במשך שנים רבות סינדי נמנעה מלהיכנס לעסקי החברה המשפחתית, והמשיכה לעסוק בתחום החינוך המיוחד שבו יש לה תואר שני. ב-1988 ייסדה ארגון התנדבותי שארגן משלחות סיוע רפואיות והקים בתי חולים שדה באזורי אסון במדינות העולם השלישי. ב-1991 כשהייתה במשלחת בבנגלדש בעקבות סופת ציקלון שפגעה במדינה, פגשה בבית היתומים של האם תרזה בשתי יתומות שנזקקו לסיוע רפואי בארצות הברית. היא הביאה אותן איתה, ובני הזוג מקיין אימצו אחת מהן (השנייה אומצה על ידי זוג חברים שלהם).
ביולי 2017 עבר מקיין פרוצדורה רפואית במאיו קליניק להוצאת קריש דם מעל עינו השמאלית, כשבוע לאחר מכן, הודיעו רופאיו כי לפי ממצאי המעבדה מדובר בסרטן מוח מסוג גליובלסטומה מולטיפורמה.
מקיין גדל כחבר בכנסייה האפיסקופלית. בהשפעת סינדי הוא זוהה כבפטיסט, אולם הוא לא הרבה לדבר בפומבי על אמונותיו הדתיות.