יחסי ישראל–מלזיה
היחסים מאז תחילת המאה ה־21

במהלך חודש פברואר 2003 הצהיר מאהאטיר מוחמד, במסגרת ועידת המדינות הבלתי מזדהות, כי "לא היה מעולם מסע טרור שיטתי מחוץ לאירופה - עד שהאירופאים והיהודים הקימו מדינה יהודית מאדמה פלסטינית". מאוחר יותר באותה השנה, ובעקבות מלחמת עיראק, טען מוחמד כי המטרה האמיתית של המעורבות האמריקאית בעיראק היא להגן על ישראל, ולא להפיל את משטרו הרודני של סדאם חוסיין ולסייע לעם העיראקי, כפי שהצהירה ארצות הברית.
ב-16 באוקטובר 2003, שבועיים לפני שפרש מראשות הממשלה, מאהאטיר שב על משנתו האנטישמית. בוועידה נוספת של המדינות הבלתי-מזדהות בקואלה לומפור טען ש"היהודים שולטים בעולם" ואף שנמתחה עליו ביקורת במדינות שונות, בהן בארצות הברית בידי הנשיא ג'ורג' ווקר בוש, מיאן לחזור בו. הוא זכה לתמיכה מצד שר החוץ של מצרים אחמד מאהר (אנ') ואישים מוסלמים אחרים ששיבחו אותו על דבריו.
במקביל לתקריות האנטישמיות מצדו של מאהאטיר, נמשכו סימני ההפשרה בתחומי הספורט והעסקים שצצו בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20. בפברואר 2000 השתתפו שתי נבחרות מישראל, אחת של גברים והשנייה של נשים, בטורניר טניס שולחן במלזיה. מפלגת האופוזיציה המוסלמית הזהירה את הממשלה בקואלה לומפור מפני תוצאות שלא יהיו לשביעות רצונה, וגרסה כי ישראל אינה מדינה לגיטימית. שר הספורט והנוער של מלזיה הישאמודין חוסיין (אנ') הגיב באומרו שאל למלזיה להחרים אף מדינה אם ברצונה לארח אירועי ספורט בין-לאומיים, במיוחד לאור העובדה שרצתה לארח את משחקי אסיה ב-2006. הוא שב והבטיח כי עמדת ממשלתו כלפי ישראל, שלטענתו מדכאת את הפלסטינים, נותרה בעינה.
בחודש מרץ 2012, במסגרת כינוס מנהיגי מדינות לשעבר אשר התקיים בקוריאה הדרומית, בו השתתף ראש ממשלת ישראל לשעבר אהוד אולמרט, הביע ראש ממשלת מלזיה לשעבר, עבדאללה אחמד בדאווי, תמיכה בכינונם של יחסים דיפלומטיים רשמיים בין שתי המדינות. עם זאת, בחודש אוגוסט של אותה השנה, מנעה ישראל משר החוץ של מלזיה להיכנס לישראל, לשם קיום פגישה עם שר החוץ הפלסטיני. ב-22 בינואר 2013, במקביל ליום הבחירות לכנסת התשע עשרה, ביקר ראש ממשלת מלזיה נג'יב רזאק ברצועת עזה ונועד עם פוליטיקאים מחמאס, סייר באתרים שניזוקו בקרבות מבצע עמוד ענן וביקר בבית ספר הממומן בידי ממשלתו. במהלך צוק איתן נעצר איש חמאס שעבר קורס צניחה במלזיה. נג'יב רזאק המשיך את המגמה של החרמת ספורטאים ישראלים, ובדצמבר 2015 הכריז איגוד השייט הישראלי הודיע כי לא ישלח את אלופי העולם, נוי דריהן ויואב עומר, לתחרות שתיערך במלזיה משלא קיבלו השניים אשרות שהייה. בעקבות זאת הודיע איגוד השיט הבינלאומי על עיצומים נגד מלזיה.
לאחר נאום ירושלים של נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ בדצמבר 2017, הגיב שר ההגנה של מלזיה כי מדובר בסטירה לעולם המוסלמי, וכי צבאו מוכן לפעול אם יידרש. באפריל 2017 חוסל בקואלה לומפור המהנדס פאדי אל-בטש מהג'יהאד האסלאמי הפלסטיני. בדצמבר 2018, במהלך אירוע שהתקיים בבנגקוק, מתח מאהאטיר מוחמד ביקורת על החלטתו של סקוט מוריסון, ראש ממשלת אוסטרליה, להכיר במערב ירושלים כעיר הבירה של ישראל. כחדש לאחר מכן, בראשית ינואר 2019, אישר שר החוץ של מלזיה כי ארצו תאסור על כניסת ספורטאים ישראלים לאליפות השחייה הפאראלימפית שתתקיים בשטחה. בעקבות זאת החליט הוועד הפאראלימפי הבינלאומי לשלול ממלזיה את הזכות לארח את התחרות (תחרות מקדימה למשחקים הפאראלימפיים בטוקיו 2020) שנקבעה להיערך בקוצ'ינג ביולי אותה שנה.
בשנת 2016 פורסמו ב"גלובס" נתונים על אודות התיירות הנכנסת לישראל, לפיהם צמחה בשנה זו התיירות המלזית אל ישראל ב-35%, לעומת 2015. בשנת 2018 חלה עלייה נוספת בתיירות המלזית אל ישראל, ולפי נתוני רשות האוכלוסין וההגירה ביקרו בישראל כ-14,000 אזרחי מלזיה בשנת 2018 – 4,000 יותר מ-2017. לעומת זאת, התיירות הישראלית אל מלזיה זניחה; ניתן להיכנס למלזיה באמצעות דרכון ישראלי למטרות עסקיות גרידא, בתנאי שהמבקר הישראלי הוזמן בידי גורם מקומי.
בפברואר 2018 ביקרה במלזיה משלחת דיפלומטית בת שלושה ישראלים (סגן שגריר ישראל באומות המאוחדות דוד רוט, חבר הכנסת לשעבר אופיר פינס-פז ופרופסור ערן רזין) במסגרת כנס בן 20 אלף משתתפים של תוכנית היישוב האנושי של האומות המאוחדות (אנ'). מלזיה אפשרה את השתתפות המשלחת הישראלית בעל כורחה לאחר שמשרד החוץ הפעיל לחץ דיפלומטי רב שהגיע עד ללשכתו של מזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש.
עם חתימת הסכמי אברהם פרסם שר החוץ המלאי, הישאמודין חוסיין, הצהרות נייטרליות, אולם הדגישו כי אין בכוונתם לנרמל את היחסים עם ישראל, מחמת הסכסוך הישראלי-פלסטיני. בפברואר 2020 התפטר מאהאטיר מוחמד בן ה-94 מתפקידו כראש ממשלת מלזיה, אך לא חל שינוי במדיניות מלזיה כלפי ישראל גם במהלך שלטונו של מחליפו, מוהידין יאסין. במאי 2021, בשיא מבצע שומר החומות, מוהידין גינה את ישראל וטען שהיא מבצעת פשעי מלחמה נגד העם הפלסטיני, ובכך שוחררה הצהרת גינוי משותפת למלזיה ולשכנותיה ברוניי ואינדונזיה נגד מדינת ישראל. בנאום טלוויזיוני מיוחד על רקע המבצע, מוהידין הציג את עמדתו ביחס לסכסוך הישראלי-פלסטיני והביע תמיכה בפתרון שתי המדינות תוך חזרה לגבולות 1967 "כשירושלים היא בירת פלסטין".
ב-20 בדצמבר 2023, בזמן מלחמת חרבות ברזל, הכריזה מלזיה בתגובה על התקיפות הישראליות בעזה כי היא אוסרת על ספינות ישראליות לעגון בשטחה.
מלזיה הייתה בסיס לפעילות של חמאס, מעצם היותה כזו שהושפעה מתנועת האחים המוסלמים - מה שהוביל לקשר קרוב עם נשיא טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן. הנוכחות של חמאס באה לידי ביטוי בשני היבטים עיקריים: הראשונה, היא פעילות של גדודי עז א־דין אל־קסאם, הזרוע הצבאית של חמאס, שנהגה לקיים אימונים שוטפים במדינה, ואף יש מן התנועה אשר לומדים הנדסה במלזיה. ב־2018, לדוגמה, חוסל בבירה קואלה לומפור, ד"ר חאלד אל־באש, מהנדס בכיר של ארגון הטרור. בה בעת, מלזיה היוותה מוקד משיכה לבכירי חמאס, שמשתמשים בה גם לצבירת נכסים - במסגרת ניסיונות גיוס ההון עבור ארגון הטרור.