המלחמות המוקדוניות
המלחמה השלישית

במסגרת ההסכמים ויתר פיליפוס על שלטונו ביוון. היוונים כבר התכוננו לחילופי שליטים, ונראה היה שלאחר שהשתחררה מעול הכיבוש המוקדוני, בסך הכל באה יוון תחת עול כיבוש חדש, העול הרומי. עם זאת, לאחר הניצחון, נקטו הרומאים בצעד לא צפוי. תחת להשאיר את יוון תחת שליטתם או תחת שלטון בעלי בריתם, הכריז פלמיניניוס במהלך המשחקים האיסתמיים של אותה שנה כי רומא מעניקה עצמאות לכל ערי יוון. עם זאת, הייתה זו העמדת פנים בלבד, והרומאים התערבו שוב בשתי מלחמות ביוון, מלחמת נאביס ומלחמת אנטיוכוס. פיליפוס תמך ברומאים בשתיהן, ולפיכך ויתרו לו הרומאים על חלק מסעיפי הסכם השלום. הרומאים אף תרמו ליצירת קרע בתוך משפחתו של פיליפוס, ולמלחמת ירושה בין שני בניו דמטריוס ופרסאוס. הסכסוך הסתיים כאשר דמטריוס נרצח בשנת 180 לפנה"ס, וכשנה לאחר מכן נפטר פיליפוס, ופרסאוס ירש את הכתר. פרסאוס נהג בחכמה, ומיד עם עלותו לשלטון ביקש מהסנאט הרומי הכרה במלכותו. הרומאים מצאו את המהלך משביע רצון מבחינתם, ולא הטרידו אותו בעניין דמטריוס. עם זאת, פרסאוס החל להגדיל בהדרגה את כוחו, תוך זהירות יתירה שלא להתנגש עם רומא בכל מחיר. עם זאת, הרומאים ראו בחשדנות את צעדיו של פרסאוס, וסברו שהתעצמות כוחו גורמת לכך שהוא מצטייר בעיני היוונים כבורר עדיף על פני הרומאים. היסטוריונים בני העת העתיקה אף מאשימים את פרסאוס שהתכונן בסתר למלחמה חדשה נגד רומא, ושאת תכנון המלחמה החל כבר אביו פיליפוס. במחקר המודרני נדחית טענה זו מכל וכל.
בתחילת שנת 173 לפנה"ס הופיעו נציגים רומאים בדלפי, כדי לסייע בפתרון סכסוך אלים בתוך הליגה האיטולית. הרומאים כפו על הפלגים היריבים להניח את הנשק, ולשלוח בני ערובה לידי הרומאים בקורינתוס. לאחר מכן פנה הנציג הרומאי אל איגיון, בירת הליגה האכאית, ויצא בהכרזה פומבית שרומא רואה בפרסאוס אויב. פרסאוס הבין היטב שזוהי למעשה הכרזת מלחמה, והחל בו זמנית במאמצים דיפלומטיים לפייס את הרומאים, ובאגירת נשק ואספקה. אאומנס השני, מלך פרגמון הופיע בעצמו ברומא בתחילת שנת 172 לפנה"ס, ובדלתיים סגורות הרצה בפני הסנאט על מצבורי התבואה העצומים שאוגר פרסאוס, המסוגלים לכלכל 30,000 רגליים ו-5,000 פרשים למשך עשר שנים, על ההון העצום שלו המספיק לגיוס 10,000 שכירים, ועל הכמות האסטרונומית של מערכות הנשק אשר נערמות במרתפי ארמונו. אאומנס סיכם את הרצאתו בקביעה שפרסאוס "נראה לא רק נערך למלחמה, אלא ממש מנהל אותה". דבריו של אאומנס היו חשובים לרומאים לא רק משום שהם היוו מקור מודיעיני, אלא גם משום שהם סייעו למדיניות החוץ הרומית להציג את פרסאוס כמחרחר המלחמה.
לפרסאוס נודע על ביקורו של אאומנס, והוא רצה לשלוח שליחים משלו לרומא. עם זאת הרומאים הקדימו אותו ודרשו ממנו במפגיע להסביר את מעשיו. חברי המשלחת המוקדונית התקבלו ברומא לא כנציגים, אלא כפושעים. הם נחקרו בחקירות שתי וערב, וחזרו למלכם עם המסקנה החד משמעית שרומא מתכוננת למלחמה. לאחר שעוד מספר מגעים מדיניים נכשלו, ב-171 לפנה"ס פרצה המלחמה. תוכנית המלחמה המוקדונית הייתה לא לנסות לנצח במלחמה, אלא רק לעכב את הניצחון הרומי ככל האפשר עד שיסכימו הרומאים לתנאי שלום, ולו גם קשים. הרומאים פלשו לתסליה ובויאוטיה, אולם לא הצליחו לחדור למוקדון עצמה. פרסאוס הצליח אמנם להביס את הרומאים במספר קרבות, אולם לא ניסה לנצל את ניצחונותיו אלא להשגת הסכם שלום. אלא שהרומאים דרשו כניעה ללא תנאי, צעד שהוא לא היה מוכן לו בשום אופן. ב-169 לפנה"ס הצליחו הרומאים בפיקוד קווינטוס מרקיוס פיליפוס לחדור למוקדון ואף לכבוש מספר ערים חשובות, אולם פיליפוס בלם את ההתקדמות. בשנת 168 לפנה"ס נבחר לוקיוס אמיליוס פאולוס לקונסול. הסנאט דרש ממנו לסיים את המלחמה במהירות האפשרית, כיוון שהמשכה יצר את הרושם שרומא נחלשת וכבר אינה מסוגלת לטפל בבעיות במהירות וביעילות כבעבר. ב-22 ביוני אותה שנה התנגשו המוקדונים והרומאים בקרב פידנה. הקרב הסתיים בניצחון רומאי מוחץ, והרומאים כבשו את עיר הבירה פלה. פרסאוס נמלט לאמפיפוליס, ולאחר מכן נפל בשבי בידי הצי הרומי.