אדווין סטנטון
מזכיר המלחמה בממשל לינקולן > רצח לינקולן

ב-13 באפריל 1865 הזמין לינקולן את סטנטון וגרנט ואת נשותיהם להצטרף אליו לתיאטרון פורד בערב המחרת. לינקולן הזמין את סטנטון לתיאטרון כבר כמה פעמים קודם לכן, הזמנות שנדחו על ידיו. יתר על כן, אף אחת מנשות שני האישים לא הגיעה אלמלא בני הזוג השני היו מגיעים. בני הזוג גרנט תירצו את אי הגעתם בביקור אצל ילדיהם בניו ג'רזי. לבסוף, החליט לינקולן ללכת לתיאטרון יחד עם מייג'ור הנרי רת'בון ועם ארוסתו. סטנטון פרש לביתו באותו לילה לאחר שערך ביקור חולים אצל מזכיר המדינה סיוארד. הוא עלה למשכבו בשעה עשר בערב לערך. זמן קצר לאחר מכן הוא שמע את רעייתו אלן צועקת מן הקומה התחתונה: "מר סיוארד נרצח!". סטנטון מיהר למטה. כאשר שמע שייתכן שגם לינקולן מת, הוא התרגש מאוד. הוא רצה לצאת מביתו מיד והוזהר על ידי מי שבישר לו את החדשות: "אתה לא חייב לצאת... כאשר הגעתי הביתה ראיתי אדם מתחבא מאחורי תיבת עץ, אך הוא נמלט ולא עקבתי אחריו". סטנטון לא הקדיש תשומת לב רבה לאיש. הוא השיג כרכרה ומיהר לביתו של סיוארד.
עם הגעתו לשם, נאמר לסטנטון שמי שנורה היה הנשיא לינקולן. הוא נתן הוראה שכל בתיהם של חברי הקבינט ושל סגן הנשיא יושמו תחת משמר. הוא פילס את דרכו דרך הקהל שנאסף בחזית ביתו של מזכיר המדינה ומצא את סיוארד מחוסר הכרה מטופל על ידי רופא בחדר בקומה השלישית של הבית שהיה מגואל בדם. בנו של סיוארד, פרדריק, נותר משותק מהמתקפה. סטנטון ומזכיר הצי גדעון ולס, שהגיע לביתו של סיוארד כמה דקות קודם לכן, החליטו לגשת לתיאטרון פורד לראות את הנשיא. השניים יצאו למקום בכרכרה, שלוותה בקצין האפסנאות הראשי, גנרל מייגס ודייוויד ק. קרטר, שופט בבית המשפט של מחוז קולומביה.
סטנטון מצא את הנשיא לינקולן בבית פיטרסון הסמוך לתיאטרון פורד. הנשיא שכב על מיטה בתנוחה אלכסונית, בשל קומתו הגבוהה. על פי כמה דיווחים, כאשר הוא ראה את הנשיא הגוסס, החל סטנטון להתייפח. בכל אופן, בספרו "השליט היחיד של לינקולן: חייו של אדווין סטנטון", ציין ויליאם מרוול ש"ההתנתקות הרגשית של סנטון ואופיו השתלטני הפכו אותו לאדם בעל ערך באותו לילה, שכן האחרים שקעו בייסורים". בנג'מין תומאס והרולד היימן ציינו: "כמו בפעמים קודמות, קרבה למוות ערערה אותו, עד לנקודה של חוסר איזון. כעת הוא נראה רגוע, זועף, החלטי וכלפי חוץ בשליטה מוחלטת בעצמו". ב-15 באפריל בשעה 11 בבוקר, לאחר שהנשיא לינקולן מת מפצעיו, הושבע אנדרו ג'ונסון כנשיא ארצות הברית ה-17, כשסטנטון ורוב רובה של האומה האמריקאית, לא ידעו עליו הרבה. בכול אופן, סטנטון, שתכנן לפרוש בתום המלחמה, "היה זה ששלט למעשה בממשלה. הוא היה האחראי על הצבא, ג'ונסון הושבע זה עתה, הוא היה חסר ביטחון והקונגרס היה בפגרה".
סטנטון הורה על גביית עדויות מאלה שראו את הרצח. העדים הצביעו על השחקן ג'ון וילקס בות' כמי שביצע את מעשה הרצח. סטנטון העמיד בכוננות את כל החיילים שהיו בוושינגטון, עוצר הוטל על הבירה, תנועת הרכבות דרומה נחסמה וסירות דיג על נהר הפוטומק לא הורשו להגיע אל החוף. סטנטון גם שלח הוראה לגרנט לשוב לוושיגנטון מניו ג'רזי.
ביום מותו של הנשיא לינקולן הייתה וושינגטון, כפי שאמר העיתונאי ג'ורג' א. טאוזנד, "מלאה בבלשי משטרה". לבקשתו של סטנטון הצטרפו השירות החשאי של ארצות הברית ומשטרת העיר ניו יורק לבלשי מחלקת המלחמה כדי לקחת חלק בחיפוש האינטנסיבי אחר בות' ושותפיו האפשריים. הוא דאג שהסיפון התחתון של המוניטור USS Montauk, שעגנה ליד מספנת הצי של וושינגטון, ישמש להחזקתם של כמה מהקושרים, לואיס פאוול, מייקל או'לוגלן, אדמן ספנגלר, וג'ורג' אצרודט. הקושרים האחרים, למעט בות' עצמו ומרי סוראט, הושמו במשמורת על סיפון ה-USS Saugus. האסירים בשתי הספינות נכבלו בשלשלאות. סטנטון גם הורה על כיסוי ראשיהם בשקים שבהם נוקבו חורים שיאפשרו להם לנשום ולאכול. סוראט הוחזקה בבית הסוהר הישן של וושינגטון. בות', אחרון הקושרים, נורה באסם בווירג'יניה ומת זמן קצר לאחר מכן וגופתו הועלתה על סיפון המונטאק. לאחר שבוצעו בגופתו נתיחה שלאחר המוות וזהותו אושרה מעבר לכל ספק, הוא נטמן ב"קבר סודי, בלתי מסומן ובלתי רשמי", על פי הוראתו של סטנטון. סטנטון היה מודע לכך שבות' יזכה להערצה בדרום והוא היה נחוש בדעתו לא לתת לאף אחד את ההזדמנות לכך. שאר הקושרים הועמדו למשפט וכולם, להוציא שלושה מהם, הוצאו להורג בתליה.