מייקל ג'ורדן
קריירה ככדורסלן מקצועני > החזרה ל-NBA

שחקני הבולס התקשו לנצח בעונת 1993/1994 שבה ג'ורדן שיחק בייסבול, והודחו בסיבוב השני של הפלייאוף על ידי הניקס. גם בתחילת העונה הבאה הם לא שיחקו היטב, אך עם חזרתו של ג'ורדן הם חזרו לנצח. בתקופה שלאחר חזרתו התמודד ג'ורדן עם כושר גופני ומקצועי בינוני כתוצאה מההיעדרות של שנה וחצי ממגרשי הכדורסל, והופעתו הראשונה הייתה מול אינדיאנה פייסרס ב-19 במרץ, יום לאחר שהודיע על חזרתו. הוא עלה לשחק עם גופייה מספר 45, אף על פי שקודם לכן שיחק עם מספר 23. הוא טען כי הוא שואף לפתוח בתקופה חדשה, וכי המספר הקודם שייך לתקופה אחרת. ג'ורדן הצליח לקלוע 19 נקודות ביותר מ-40 דקות משחק, ולאחר הארכה ניצחה אינדיאנה. המשחק זכה לאחוזי צפייה גבוהים לפי מדד נילסן.
במשחקיו הבאים ניכר היה כי הוא חוזר בהדרגה לכושר המשחק הרגיל שלו, ובמשחקו הרביעי לאחר החזרה, מול אטלנטה הוקס, קלע את סל הניצחון ו-32 נקודות בסך הכול. ב-29 במרץ, ארבעה ימים לאחר מכן, קלע 55 נקודות במשחק החוץ מול הניקס. הוא הוביל את שיקגו לפלייאוף, ובסיבוב השני מול אורלנדו מג'יק הוא נחל את אחד מכשלונותיו הגדולים. שניות אחדות לפני סיום המשחק איבד ג'ורדן את הכדור לניק אנדרסון, שהצליח לקלוע את סל הניצחון לטובת המג'יק. לאחר מכן הוא החמיץ הזדמנות להשוות את המשחק בזריקת שלוש נקודות. לאחר המשחק אמר אנדרסון כי "ג'ורדן לא נראה כמו ג'ורדן הישן". לאחר המשחק החליט ג'ורדן לחזור וללבוש את הגופייה מספר 23, בתקווה כי בכך ישנה את מזלו לטובה. אולם הדבר לא עזר, וג'ורדן ושיקגו הפסידו בסדרה בתוצאה 2-4.
לפני תחילת העונה הבאה ערך ג'ורדן אימונים רבים, והצליח לחזור לכושר משחק מלא. יחד עם דניס רודמן, שהוחתם כשחקן חיזוק בתחילת העונה, הוא הוביל את הבולס למאזן שיא של 72 ניצחונות לעומת 10 הפסדים. ג'ורדן היה הגארד המצטיין בליגה עם ממוצע של 30.4 נקודות למשחק, וזכה בפעם הרביעית בקריירה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה. שיקגו לא התקשתה גם בפלייאוף, ועד סדרת הגמר מול סיאטל סופרסוניקס היא הפסידה במשחק אחד בלבד. ג'ורדן הוביל את הבולס לניצחון 4 - 2 בסדרה ולזכייה באליפות נוספת. לאחר הזכייה הוא ישב במשך זמן מה בחדר ההלבשה של קבוצתו כשהוא בוכה, וסיפר כי התרגשותו נובעת מכך שזוהי זכייה ראשונה באליפות לאחר מות אביו, בשילוב העובדה שהזכייה התרחשה ביום האב.
הבולס וג'ורדן המשיכו לנצח משחקים רבים גם בעונת 1996/1997 עם מאזן של 69 - 13. גם בעונה זו הפגין ג'ורדן רמת משחק גבוהה, אך היה זה קארל מלון שקיבל את תואר ה-MVP. בסדרת הגמר התמודדו ג'ורדן ושיקגו מול יוטה ג'אז וקארל מלון. סדרת גמר זו זכורה בעיקר בזכות שני אירועים. הראשון התרחש במשחק הראשון, כשג'ורדן קלע את סל הניצחון לבולס עם שריקת הסיום של המשחק. הרגע השני היה במשחק החמישי, שזכה לכינוי "משחק השפעת". הוא שיחק למרות עצת רופאיו, והשתתף במרבית המשחק כשהוא סובל מחולשה ומחום גבוה. למרות כל זאת הוא הצליח לקלוע 38 נקודות במשחק, כולל שלשה מכרעת בדקה האחרונה, שבזכותה ניצחה שיקגו בהפרש של שתי נקודות. בסיום המשחק התמוטט ג'ורדן מתשישות, ונפל לזרועות חברו לקבוצה, סקוטי פיפן. המשחק מוכר כיום כ"משחק השפעת". הבולס ניצחו בסופו של דבר בסדרה, וזכו באליפות הליגה בפעם השנייה ברציפות. ג'ורדן עצמו זכה פעם נוספת בתואר ה-MVP של סדרת הגמר.
בעונה שלאחר מכן היה ג'ורדן הקלע המוביל בליגה, וסיים את העונה הסדירה עם ממוצע של 28.7 נקודות למשחק. הוא זכה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה בפעם החמישית בקריירה שלו. ג'ורדן נבחר לחמישיית העונה בפעם העשירית בקריירה שלו, ולחמישיית ההגנה של העונה בפעם התשיעית. הבולס זכו בגמר הפלייאוף של אזור המזרח לאחר סדרה של שבעה משחקים מול אינדיאנה פייסרס שהונהגה על ידי רג'י מילר. בסדרת הגמר הכללית התמודדה שיקגו פעם נוספת מול יוטה ג'אז, ולאחר חמישה משחקים עמדה תוצאת הסדרה על 3 - 2 לטובת שיקגו. במשחק השישי, שנערך ב-14 ביוני 1998, הייתה התוצאה 86 - 83 לטובת יוטה כשנותרו 40 שניות לסיום. ג'ורדן הצליח לקלוע סל כשהוא חולף על פני מספר שחקני יוטה. לאחר מכן היה זה תורה של יוטה להתקיף לכיוון הסל של שיקגו, והכדור נמסר לקארל מלון. ג'ורדן הגיח מאחוריו, חטף את הכדור, ו-10 שניות לפני הסיום הצליח לגבור על בראיין ראסל ששמר עליו, ולקלוע סל ניצחון.
בשנים שלאחר המשחק שודרה קליעת הסל פעמים רבות ברשתות הטלוויזיה. הבולס ניצחו במשחק, וזכו באליפות הליגה השישית בתולדותיהם. ג'ורדן נבחר ל-MVP של סדרת הגמר לאחר שקלע בממוצע 33.5 נקודות למשחק, ו-45 נקודות במשחק השישי הקובע. זכייתו השישית של ג'ורדן בתואר זה היא שיא שטרם נשבר (נכון ל-2021). משחקי הגמר של עונה זו שברו שיא בכך שזכו לאחוזי צפייה גבוהים יותר מכל סדרת גמר אחרת בתולדות הליגה, כאשר המשחק השישי עודנו מחזיק בשיא אחוזי צפייה הגבוה ביותר ביחס לכל משחק NBA אחר בהיסטוריה.