Ratchet & Clank 3
עלילה

בזמן ששיחקו שחמט בפנטהאוז שלהם בגלקסיית בוגון, ראצ'ט וקלאנק מקבלים הודעה על כך שכוכב הבית של ראצ'ט, ולדין, מותקף על ידי צבא "טיירנואידים". ראצ'ט מתחזה לקצין בסיירת הגלקטית, והוא מוביל תקיפה שמצליחה להבריח את הטיירנואידים. בתדרוך לאחר הניצחון, הנשיא הגלקטי מספר לצמד כי הוא מאמין שנבל רובוטי המכונה ד"ר נפאריוס אחראי על ארגון הפלישה. מכיוון שמעט מאוד ידוע על נפריוס, הסיירים הגלקטיים מחליטים לאתר את האיש היחיד שהביס אותו אי פעם - קפטן קווארק. ראצ'ט מגלה שקווארק השתגע והוא חי עם שבט פראי על כוכב הלכת פלורנה ולוקח אותו אל הספינת האם של הסיירת הגלקטית שנקראת "ספינת הפיניקס", שם הוא פוגש את קפטן הסיירים, סשה פירוניקס. עם החזרתו לשפיות של קפטן קווארק לאחר שצפה בראצ'ט משחק במשחקים שמבוססים על הרפתקאותיו הישנות בתוך וידי-קומיקס (קונסולת משחקים שנמצאת בתוך המשחק), קווארק יוצר את "כוח ה-Q", חוליית עלית, ומורה על ראצ'ט, קלנק ופעיל כוח ה-Q נוסף בשם סקיד לחדור לבסיסו של נפריוס בכוכב אקוואטוס. לאחר שהגיעו לכוכב, הם פרצו למאגר הנתונים של ד"ר נפאריוס, וקלאנק השיג מפה של טייהרנוזה, עולם הבית של הטיירנואידים. ראצ'ט וקלאנק נשלחים לטייהרנוזה במטרה להרוג את מלכת הטירנואידים ומצליחים להשמידה. כאשר הצוות חוזרים ל"ספינת הפיניקס", ד"ר נפאריוס שולח שידור אל תוך הספינה ולועג לכוח ה-Q. ביג אל, המומחה הטכני של הצוות, עוקב אחר השידור ומצא שהוא מגיע מכוכב דאקס.
שם, ראצ'ט וקלאנק לומדים כי ד"ר נפריוס בנה נשק שנקרא "משמיד יצורים אורגניים", אך הם לא מצליחים למצוא שום מידע עליו. בנוסף, הם מוצאים קליפ מוזיקה שהפיקה כוכבת הפופ קורטני גירס (פרודיה רובוטית על בריטני ספירס), בו היא מורה לרובוטים להרוס צורות חיים אורגניות. קלאנק קובע פגישה עם גירס, שם היא גורמת לו לאבד הכרה ומוסרת אותו לד"ר נפאריוס. מודע לתהילה של קלנק ככוכב קולנוע, נפאריוס מבקש ממנו לשמש כפנים של תוכניתו למחוק את כל הגזעים שאינם רובוטיים, אך הוא מסרב. בתגובה, נפאריוס יוצר כפיל מרושע בשם "קלונק" ושולח אותו לתפוס את מקומו של קלאנק. ראצ'ט, שלא מודע להחלפה, יוצא למשימה עם סקיד לחקור את פעילות האויב בכוכב הלכת "אובני מון". כשראצ'ט נמצא בדרכו ל"ספינת הפיניקס", הוא מגלה שקורטני גירס חוטפת את סקיד והופכת אותו לרובוט. ראצ'ט טס לכוכב שלה, מתעמת איתה, ומחזיר את סקיד חזרה לספינת האם. בינתיים, סשה מאתרת את הספינה של נפריוס, "הלוויתן", בנמל חלל מרוחק, ושולחת את הצמד ואת קפטן קווארק לתפוס את ד"ר נפאריוס. נפריוס מגלה שהמפגש הוא מלכודת, והוא מפעיל את מערכת ההשמדה העצמית של הלוויתן לפני שנמלט. קווארק מסרב לעזוב את הספינה, בטענה שהוא צריך לאסוף מידע, ו"נספה" לכאורה כאשר הספינה מתפוצצת.
לאחר שהשניים חזרו לספינת האם, ארגנו אזכרה קצרה לכבוד קפטן קווארק, ולאחר מכן, ראצ'ט הלך לסייע לכוחות הריינג'רים הנלחמים בפלישת חיילי הטיירנואידים בעיר מטרופוליס. שם, הוא נחשף ל"משמיד יצורים אורגניים", וד"ר נפאריוס משתמש בו כדי להפוך את אזרחי מטרופולין ואת חיילי הטיירנואידים לרובוטים. כשראצ'ט הגיע למשמיד, הוא מגלה על כך שקלאנק הוחלף בשיבוט רשע וד"ר נפאריוס מצווה על השיבוט להרוג את ראצ'ט ונעלם. לאחר שראצ'ט הרג את השיבוט, ראצ'ט וקלנק מתאחדים מחדש כדי להרוג את נפאריוס. תוך כדי חיפוש בשרידי ספינת הלוויתן, הם מוצאים עדויות לכך שקווארק זייף את מותו. אחד המשחקים שראצ'ט משחק על ספינת האם, חושף את מיקומו של המחבוא הסודי בו קפטן קווארק, המושפע מפחדנות, מתחבא ומסרב להילחם עוד. כאשר הצמד בדרכם לספינת הפיניקס, הם מגלים כי היא מותקפת ועוזרים להגן עליה. לאחר שנלחמו בהתקפה על הפניקס, הצמד מגיע לכוכב הבא שבו נמצאת ה"משמיד יצורים אורגניים" וקלאנק משמיד אותו באמצעות תותח יונים. עם זאת, סשה מודיעה להם כי "משמיד יצורים אורגניים" שני ומתקדם יותר מוכן לשיגור במרכז הפיקוד הראשי של נפאריוס על כוכב הלכת מיילון. ראצ'ט וקלנק מאתרים את ד"ר נפאריוס ומביסים אותו, אך הוא מפעיל את ה"משמיד יצורים אורגניים", שהופך לרובוט ענק שחמוש בכבדות. לפני שהוא עומד למחוץ את השניים, קפטן קווארק מופיע עם מטוס שמסיח את דעתו, ונותן לצמד פתח להשמיד את ה"משמיד יצורים אורגניים" השני. כאשר ראצ'ט הורס את ה"משמיד", נפריוס מנסה להשתגר לאזור אחר אך לא טורח לציין יעד השיגור, ולבסוף הוא והמשרת שלו לורנס נתקעים על אסטרואיד רחוק.