האויב שבפנים: פרק הסיום
עלילת הסרט

בתחילת הסרט מוסבר כי לד"ר ג'יימס מרקוס, מייסד תאגיד אמברלה, הייתה בת בשם אלישיה שגססה ממחלת פרוגריה. בייאושו לרפא אותה, הוא פיתח את נגיף הטי. כשעוד ילד שטופל עם הנגיף מת והוחזר לחיים כזומבי, מרקוס ניסה להשבית את הפרויקט. שותפו ד"ר אלכסנדר אייזקס גרם לרציחתו בידי אלברט וסקר, ולאחר מכן אימץ את אלישיה ונטל את השליטה על התאגיד.
לאחר התקרית בוושינגטון די.סי, אליס נבגדת פעם נוספת בידי וסקר. המלכה האדומה מופיעה ואומרת לה שיש לה 48 שעות להסתנן לתוך הכוורת, הנמצאת כ-640 ק"מ מערבה על הכביש בין-מדינתי 64 בראקון סיטי. לדבריה, תאגיד אמברלה פיתח נוגדן נישא באוויר שמסוגל להרוג כל אורגניזם שנגוע בנגיף הטי, אך התאגיד ממתין שהאנושות שנותרה תימחק מהקיום. בדרך לראקון סיטי, אליס נלכדת בידי אייזקס ומגלה שאותו אייזקס שהרגה קודם לכן היה כפיל . היא אינה יודעת שגם האייזקס הזה הוא כפיל. היא נמלטת מהשיירה שלו ומגיעה לראקון סיטי, שם נארבת בידי קבוצת ניצולים, ביניהם דוק, אביגייל, כריסטיאן, קובלט, רייזור וקלייר רדפילד, ששרדה את המתקפה על ארקדיה. השיירה של אייזקס מתקרבת ובעקבותיה עדר זומבים. אליס והקבוצה מביסים את השיירה, מצילים את האסירים שבה ושורפים את העדר, אם כי קובלט נהרגת. אליס והקבוצה נכנסים לכוורת בתחתית המכתש שנוצר מהפצצת העיר בנשק גרעיני. וסקר שולט בכוורת ומשחרר עליהם כלבי שמירה שעברו מוטציה. כריסטיאן נהרג ויחד איתו אסיר משיירתו של אייזקס.
המלכה האדומה מופיעה בפני אליס ואומרת שהמערכת שלה מצויה בדילמה - היא אינה יכולה לפגוע בעובדי התאגיד אך עליה לשמר חיי אדם. היא מציגה בפניו סרטון וידאו שבו אייזקס מסביר לחבר המנהלים של אמברלה תוכנית לשחרור נגיף הטי וטיהור האנושות מהעולם; שרבים מהעשירים ובעלי הכוח - ביניהם חבר המנהלים - יישמרו בתאי הקפאה קריוגנית, מתוך כוונה לבנות מחדש את העולם כתוצאה מהאפוקליפסה. המלכה האדומה מזהירה את אליס שאחד מחברי קבוצתה עוזר לתאגיד אמברלה.
הקבוצה נתקלת בכמה מלכודות, ואביגייל ורייזור נהרגים. אליס ודוק שותלים פצצות לאורך הכוורת משאריות הציוד שנותר מאחור בידי הצוות המקורי שחקר את הכוורת. אליס מתעמתת מול אייזקס האמיתי והמשודרג טכנולוגית, שוסקר דאג להעיר מתוך תא ההקפאה כדי שיעזור לו להלחם באליס ובקבוצתה. דוק מתגלה בתור המרגל מטעם אמברלה, וקלייר נלכדת בידי וסקר. לפתע, תא הקפאה נפתח ומתוכו מגיחה אלישיה מרקוס, אשה מבוגרת, שהיא בתו של ד"ר מרקוס והשותפה בפועל בניהול התאגיד. אייזקס מגלה שהוא אייזקס האמיתי בניגוד לכפיליו ואילו היא אליס כפילה של אלישיה ושהוא מתכנן לחסל את השתיים ולקחת שליטה על תאגיד אמברלה. אלישיה מפטרת את וסקר ובכך מאפשרת למלכה האדומה לרסק את רגליו עם דלתות האבטחה, שכן כעת הוא כבר אינו מחברי תאגיד המטריה והיא אינה חייבת יותר בהגנתו. דוק מנסה לירות באליס, אך האקדח שלו ריק מאחר שאליס זיהתה שהוא המרגל ודאגה לרוקן את הנשק שלו, קלייר, שהצליחה להשתחרר בינתיים מהמלכודת של וסקר, הורגת אותו. אחרי שהן נותנות לוסקר מתג של איש מת לפצצות, אליס וקלייר רודפות אחר אייזקס בזמן שאלישיה שומרת העתק של זכרונות ילדותה.
אייזקס, אליס וקלייר נלחמים זה בזה. אייזקס מתגבר על קלייר, תוקף את אליס במסדרון הלייזר ומביס אותה, אך היא מנצלת את הזמן הזה כדי להפעיל רימון שנמצא בכיסו ונמלטת למעלה לפני השטח עם הנוגדן, בזמן שאייזקס מאתחל את עצמו מחדש ומצליח לתפוס אותה לפני שהיא יכולה לשחרר את הנוגדן. בינתיים אייזקס הכפיל מגיע והורג אותו, בעקבות ויכוח בין השניים מי מהם הוא האייזקס האמיתי ומייד לאחר מכן נאכל בידי עדר הזומבים שרדף כל העת אחרי השיירה. אליס משחררת את הנוגדן, הורגת את כל הזומבים ומתעלפת. וסקר משחרר את מתג האיש המת ומשמיד את עצמו, את אלישיה, את הכוורת ואת חבר המנהלים הישן בתאי ההקפאה.
קלייר מעירה את אליס, ששרדה משום שהנוגדן חיסל רק את הנגיף שבגופה ולא את תאיה הבריאים. המלכה האדומה מעלה למוחה של אליס את זכרונות הילדות של אלישיה, ובכך מעניקה לה את הילדות שכל כך רצתה. בסופו של דבר, אליס עורכת מסע לכיוון מנהטן באומרה שייקח לנוגדן הנישא ברוח שנים בטרם יכסה את כל העולם, ועד שזה יקרה משימתה לא הושלמה, כשברקע רודפות אחריה מפלצות מוטציות מעופפות.