היסטוריה של הסכסוך הישראלי-פלסטיני
2000 – 2005: האינתיפאדה השנייה

ב-28 בספטמבר 2000 פרצה האינתיפאדה השנייה כמענה לתביעתו של ראש הממשלה אהוד ברק להכריז על קץ הסכסוך, כאשר התואנה הייתה שעלייתו של אריאל שרון להר הבית איימה על קודשי האסלאם. במסגרת האינתיפאדה השנייה, ישראל והפלסטינים מצויים במאבק מזוין אשר נמשך עד היום עם ארגוני הטרור הפלסטינים. האינתיפאדה השנייה מנתה עד היום אלפי הרוגים בשני הצדדים, הן בקרב הלוחמים והן בקרב אזרחים והפכה קטלנית יותר מאשר האינתיפאדה הראשונה. חלק גדול מהציבור הפלסטיני החשיב את האינתיפאדה השנייה כמלחמת שחרור לאומית לגיטימית נגד כובש זר.
כישלון תהליך אוסלו, פרוץ האינתיפאדה השנייה והעלייה בכמות פיגועי הטרור הפלסטיניים הובילה את מרבית הציבור הישראלי וההנהגה הפוליטית בישראל לאבד את האמון ברשות הפלסטינית כשותפה אמיתית לשלום. עקב העלייה בכמות פיגועי הטרור במהלך האינתיפאדה השנייה, אשר בוצעו בעיקר על ידי ארגון החמאס נגד אזרחים ישראלים, החלו כוחות צה"ל לבצע פשיטות ומעצרים באופן שוטף באזור הגדה המערבית. בנוסף, ישראל הגבירה את מדיניות החיסולים (ראו סיכול ממוקד) של פעילי החמאס. בתחילה מדיניות זו הופעלה כנגד פעילים צבאיים שנחשבו כ"פצצות מתקתקות", אך ככל שעבר הזמן הופעלה מדיניות זו גם כנגד אנשי "הזרוע הפוליטית" של הארגון, המפיחים רוח במפרשי "הזרוע הצבאית", גדודי עז א-דין אל-קסאם. מדיניות זו עוררה מחלוקת רבה בישראל ובעולם. אחת הטענות שהועלו כנגד מדיניות זו היא שהיא לא הייתה יעילה ואף השיגה את התוצאה ההפוכה בכך שהיא ליבתה את האש. כמו כן, ארגוני שמאל וארגוני זכויות אדם בארץ ובעולם טענו שהיא מהווה למעשה ביצוע גזר דין מוות ללא משפט.
עקב חוסר התקדמות הדיפלומטית במשא ומתן עם הפלסטינים, בתחילת 2001, תוך כדי האינתיפאדה, נערכו הבחירות המיוחדות לראשות הממשלה כאשר ב-6 בפברואר 2001 ניצח מועמד הליכוד, אריאל שרון אשר הקים ממשלת אחדות עם מפלגת העבודה. בשל ההחמרה במצב המדיני סירב שרון להמשיך את תהליך המשא ומתן עם הרשות הפלסטינית וניסה אף לגרום להפחתת כוחה של הרשות הפלסטינית באמצעים שונים, להראות את הקשר בינה לטרור, ולגרום לה לדה לגיטימציה בעולם.
בשנת 2002 במהלך פסגת הליגה הערבית בביירות הועלתה לראשונה הצעה לתוכנית מדינית חלופית אשר תביא לקיצו את הסכסוך הישראלי-ערבי והסכסוך הישראלי-פלסטיני (ראו היוזמה הסעודית). בהמשך גובשה ההצעה לכדי תוכנית מדינית המקובלת על כלל המדינות הערביות החברות בליגה הערבית. לפי התוכנית, כל מדינות ערב ינרמלו את יחסיהן עם ישראל ויביאו לקיצו של את הסכסוך הישראלי-ערבי בתמורה לנסיגה ישראלית מלאה משטחי רמת הגולן, רצועת עזה ויהודה ושומרון (לרבות מזרח ירושלים). כמו כן, במסגרת התוכנית נדרשה ישראל לאפשר את הקמתה של מדינה פלסטינית עצמאית, ו"למצוא פתרון צודק" לבעיית הפליטים בהתאם להחלטה 194 של העצרת הכללית של האו"ם. ישראל דחתה את היוזמה בעיקר בשל הוויתורים הטריטוריאליים הרבים הכרוכים בה.
לאחר תקופה של הבלגה יחסית מצד ישראל, בסופו של דבר, לאחר פיגוע התאבדות קטלני במיוחד במלון פארק בנתניה אשר אירע ב-27 במרץ 2002 בו נרצחו 30 ישראלים, הורה שרון על יציאה למבצע חומת מגן. המבצע היה מבצע צבאי בקנה מידה גדול אשר נמשך בין ה-29 במרץ ל-10 במאי 2002 ואשר במהלכו פעלו כוחות צה"ל בערים הפלסטיניות באזור הגדה המערבית. מבצע זה והמבצעים הצבאיים שבאו אחריו תרמו באופן משמעותי להפחתת פיגועי הטרור הפלסטיניים בישראל.
במסגרת המאמצים להילחם בטרור הפלסטיני, ביוני 2002 החלה ישראל להקים את גדר ההפרדה לאורך גבולות הקו הירוק עם הגדה המערבית. לאחר שגדר ההפרדה הוקמה, פיגועי ההתאבדות ומתקפות הטרור הפלסטיניות בישראל ירדו ב-90%. עם זאת, גדר ההפרדה הפכה למכשול מהותי נוסף בפתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני.
במהלך שנת 2003, על רקע המצב הביטחוני והכלכלי הקשה בישראל, במערכת הבחירות לכנסת ה-16 השיגה מפלגת הליכוד בראשותו של שרון ניצחון ברוב מוחץ. הבחירות הביאו להודנה ולוועידת עקבה בקיץ 2003 שבה התקבלה מפת הדרכים. בעקבות קבלת מפת הדרכים הוקם גוף מתווך בינלאומי בשם הקוורטט לענייני המזרח התיכון אשר מיוצג על ידי ציר מיוחד המורכב מארצות הברית, רוסיה, האיחוד האירופי והאו"ם.
ב-19 במרץ 2003 מינה ערפאת את אבו מאזן (מחמוד עבאס) לראש הממשלה הראשון של הרשות הפלסטינית בעקבות לחץ של ישראל וארצות הברית. במהלך תקופת כהונתו של אבו מאזן התנהלו מאבקי כוח בינו לבין ערפאת אשר סירב להעביר לידיו את השליטה בכוחות הביטחון הפלסטינים. בעקבות כך, באוקטובר 2003 התפטר אבן מאזן מתפקידו. בראיון שנתן כשנה לאחר התפטרותו נימק את התפטרותו בהיעדר שיתוף פעולה מצד ממשלת ישראל והממשל האמריקני וכן בהסתה פרועה שהתנהלה נגדו ברחוב הפלסטיני.
בסוף שנת 2003, הודיע שרון על כוונתו לבצע נסיגה חד צדדית מיישובי גוש קטיף וצפון השומרון ללא כל הסכם, וזאת במטרה להסיר את מוקדי החיכוך העיקריים בין האוכלוסייה היהודית לאוכלוסייה הערבית. התוכנית קיבלה את השם "תוכנית ההתנתקות". תוכניתו השנוייה במחלוקת עמדה בסתירה לאידאולוגיה אותה ייצג אריאל שרון בהתלהבות לאורך כל הקריירה הפוליטית שלו ושעל בסיסה נבחר בבחירות. תוכנית ההתנתקות התקבלה בהתנגדות חריפה מהימין, אף שבשמאל, לאחר הסתייגות ראשונית, זכה לתמיכה כמעט גורפת. במקביל להעלאת רעיון ההתנתקות, המשיך שרון בקו קשוח ולוחמני כנגד הטרור, והורה, בין היתר, על חיסולם של מנהיגי החמאס, אחמד יאסין ואחריו עבד אל-עזיז רנטיסי. מדיניות הסיכולים הממוקדים פגעה קשה בתשתית ההנהגתית והצבאית של חמאס. בשנת 2004 חוסלו רוב המהנדסים הבכירים של ארגון החמאס ופעילים בכירים בתעשיית הקסאם. פגיעות קשות אלה הביאו להחלשה בכוחו של ארגון חמאס לבצע פיגועי התאבדות בשטח ישראל, והוא הגיב בהגברת ירי הרקטות לעבר יישובי גוש קטיף ושדרות.
בעקבות מותו של מנהיג אש"ף ויו"ר הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת ב-11 בנובמבר 2004, נבחר בינואר 2005 נציג הפת"ח מחמוד עבאס לתפקיד יושב ראש הרשות הפלסטינית. אחד מההאשמות העיקריות שהועלתה נגד הרשות הפלסטינית לאחר מותו של ערפאת, גרסה כי ערפאת ובכירים בארגון הפת"ח קיבלו לאורך השנים מיליארדי דולרים במסגרת הסיוע הכספי אשר הועבר לידם ממדינות וארגונים זרים כאשר מעולם לא נעשה שימוש בכספים הללו לצורך פיתוח החברה הפלסטינית. הועלו באותה העת טענות כי הכסף שימש כביכול עבור הוצאותיו האישיות של ערפאת. ההאשמות הללו החלו להתגבר באופן הדרגתי וכתוצאה מכך החלה להתעצם תמיכת הציבור הפלסטיני בארגון החמאס, אשר לעיתים קרובות נתפס על ידי הציבור הפלסטיני כהגון יותר וכיעיל יותר, בעיקר משום שהוא הקים מוסדות ושירותים סוציאליים שונים עבור הציבור הפלסטיני. ארגון החמאס הצהיר גם באופן מפורש כי הוא לא מכיר בזכות קיומה של מדינת ישראל, ולא מכיר בתהליך אוסלו או כל תהליך שלום אחר עם ישראל. כמו כן, ארגון החמאס הצהיר בגלוי כי הוא עודד וארגן פעולות טרור ופיגועים רבים נגד ישראלים לאורך השנים. התחזקות ארגון החמאס בקרב הציבור הפלסטיני, ההתפוררות ההדרגתית של הרשות הפלסטינית וארגון הפת"ח, תוכנית ההתנתקות הישראלית ובעיקר מותו של יאסר ערפאת הביאו לשינוי המדיניות של תנועת החמאס, אשר בתחילת שנת 2005 החלה לשים דגש רב יותר על מאפייניה הפוליטיים של התנועה.
באוגוסט 2005 בוצעה תוכנית ההתנתקות במהלכה פינתה ישראל באופן חד צדדי את כל ההתנחלויות הישראליות ומחנות צה"ל מרצועת עזה וכן ארבע התנחלויות מבודדות בצפון השומרון אף על פי שהשליטה על מעברי הגבול של רצועת עזה עם מצרים וכמו גם השליטה הבלעדית במרחב האווירי והימי של רצועת עזה נשארו בידי ישראל. לאחר הנסיגה, העיר שדרות ושאר היישובים הישראליים הסמוכים לרצועת עזה הפכו למטרות קבועות לרקטות קסאם ופצצות מרגמה אשר נורו מאזור רצועת עזה.