ג'ון ק' פמברטון
מלחמת האזרחים > ויקסבורג

ב-10 באוקטובר 1862 קודם פמברטון לדרגת לוטננט ג'נרל והוצב בראש פיקוד המיסיסיפי ומזרח לואיזיאנה. משימתו העיקרית של פיקוד זה הייתה להגן על עיר המבצר ויקסבורג, מיסיסיפי, ועל נהר המיסיסיפי. ג'פרסון דייוויס נתן לו את ההוראות הבאות למילוי המשימה: ”...ראה בהגנה מוצלחת על מדינות אלה מטרה ראשונה ועיקרית של פיקודך.” פמברטון הגיע למטהו בג'קסון, מיסיסיפי, באמצע אוקטובר 1862.
כוחותיו מנו כ-50,000 איש בפיקוד מייג'ור ג'נרל ארל ואן דורן ומייג'ור ג'נרל סטרלינג פרייס; כ-24,000 מתוכם היו מוצבים כחיל מצב קבוע בוויקסבורג ובפורט האדסון, לואיזיאנה. כוחות אלה היו במצב גרוע, שרידים של המפלה הקשה בקרב קורינת' השני, במיסיסיפי. אל מול פמברטון התייצב עמיתו מזמן מלחמת מקסיקו - ארצות הברית, מייג'ור ג'נרל יוליסס גרנט וארמיית הטנסי שלו, אשר מנתה בתחילת המערכה כ-44,000 איש.
בדצמבר 1862 פתח גרנט במערכת ויקסבורג, והחל בניסיונות לכבוש את עיר המבצר ששלטה על נהר המיסיסיפי. במשך ארבעה חודשים ביצע גרנט שבעה ניסיונות כושלים להגיע אל ויקסבורג. כוחותיו של פמברטון הצליחו לסכל את חלקם, וחלקם נכשל עקב תנאי השטח הקשים. פמברטון הפך שאנן עקב כישלונותיו החוזרים של גרנט, וסדרת פעולות הטעיה של גרנט גרמה לפמברטון לפספס את המאמץ המרכזי של גרנט באפריל 1863 – צליחה של נהר המיסיסיפי ממערב למזרח בנקודה דרומית לוויקסבורג. הארמייה של גרנט החלה בהתקדמות אגרסיבית אל עבר ג'קסון בירת מיסיסיפי וניצחה בשני קרבות בדרך לשם. באותה הזמן מונה מפקד חדש לזירה: גנרל ג'וזף א' ג'ונסטון (אנ') הגיע לג'קסון ב-13 במאי, יום לפני שהסתערו עליה גייסותיו של גרנט, ופינה אותה מייד. פמברטון קידם את כוחותיו מוויקסבורג מזרחה לכיוון ג'קסון על מנת לחבור עם כוחותיו של ג'ונסטון בניסיון לשתף פעולה כנגד גרנט. אולם, פקודות סותרות של ג'ונסטון, חוסר החלטיות של פמברטון, והזנחת המודיעין בדבר מקום המצאו של יריבו גרנט, גרמו לכך שכוחותיו של פמברטון התנגשו ללא תכנון בכוחותיו של גרנט וספגו תבוסה מוחצת בקרב צ'מפיון היל ב-16 במאי. פמברטון נסוג לעבר נהר ביג בלאק, שם ספג מפלה קשה נוספת ב-17 במאי. ב-18 במאי נסוג פמברטון אל תוך ביצורי ויקסבורג. ג'ונסטון, מפקד הזירה, שלח הודעה לפמברטון וביקש ממנו להקריב את העיר ולהציל את חייליו. פמברטון סרב, מכיוון שהצעה זו עמדה בסתירה להוראת ג'פרסון דייוויס המפקד העליון - ”להגן על ויקסבורג בכל מחיר.” (פמברטון, במקור מצפון ארצות הברית, חשש כנראה גם מגינוי ציבורי אם ינטוש את ויקסבורג.)
לאחר ששתי התקפות גדולות (ב-19 ו-22 במאי) על ביצורי הקונפדרציה נהדפו תוך ספיגת אבדות כבידות, החליט גרנט להטיל מצור על העיר.
לאחר שישה שבועות של מצור, בערב ה-2 ביולי, ביקש פמברטון מארבעת מפקדי הדיוויזיות שלו חוות דעת האם אנשיהם בכושר מתאים לנסות לפרוץ את המצור ולנסות להימלט. כל ארבעת מפקדי הדיוויזיות הצביעו נגד, וביום למחרת ביקש פמברטון מכוחות האיחוד הפסקת אש על מנת לדון בתנאי כניעה. בבוקר ה-4 ביולי נכנע פמברטון עם חיל המצב שלו לגרנט; תנאי הכניעה, שבתחילה היו "כניעה ללא תנאי", סוכמו כך שחיילי הקונפדרציה קיבלו שחרור על תנאי:
...[חיילי הקונפדרציה] יורשו לצעוד אל מעבר לקווינו, הקצינים יורשו לקחת אקדח וביגוד, קציני מטה, שדה ופרשים יורשו לקחת סוס אחד. החוגרים יורשו לקחת רק את בגדיהם, ולא אף רכוש אחר.
הכוח שנכנע לגרנט כלל 2,166 קצינים ו-27,230 חיילים, וכן 172 תותחים וכמעט 60,000 רובים. ב-9 ביולי נכנע חיל המצב בפורט האדסון, מוצב הקונפדרציה האחרון על המיסיסיפי, לכוחותיו של מייג'ור ג'נרל נת'ניאל פ' באנקס מן האיחוד. בכך עברה השליטה על נהר המיסיסיפי לכול אורכו לידי האיחוד, והנהר חזר להיות נתיב מסחר ואספקה חשוב. שטח הקונפדרציה בותר לשניים — טקסס, ארקנסו ולואיזיאנה נותקו למעשה מן הקונפדרציה, ונותרו כך עד תום המלחמה. מערכת ויקסבורג הייתה ניצחון אסטרטגי חשוב לאיחוד ומכה אסטרטגית קשה לקונפדרציה.