הארי קובי
מלחמת העולם השנייה

במהלך שירותו ברשות התעופה האזרחית נמנה קובי עם מערך המילואים של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי, וחזר והצטרף לחיל האוויר עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939. הוא חזר רשמית לשירות פעיל ב-25 ביולי 1940, הועלה לדרגת Group Captain (המקבילה לדרגת תת-אלוף) ומונה לעמוד בראש מנהל הגיוס, מינוי שנועד לנצל את המוניטין הציבורי שלו. ב-25 באוגוסט 1942 החליף את פרנק לוקיס כקצין הבכיר במפקדת האזור הצפון-מזרחי בטאונסוויל (Townsville) שבקווינסלנד. ב-1942 התפרסם גם ספרו של קובי "הרפתקה נשגבת" (High Adventure), שבו תיאר את חוויותיו ממלחמת העולם הראשונה. את ההקדמה לספר כתב מרשל האווירייה ג'ורג' ג'ונס, שזה עתה מונה למפקד חיל האוויר והיה עמיתו של קובי בטייסת מספר 4. באפריל 1943 קודם קובי לדרגת קומודור אווירייה (מקביל לדרגת אלוף), ומאוחר יותר באותה שנה הוצב בפוינט קוק כמפקד בית הספר לטיסה של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי. ב-7 בספטמבר 1943 טס כנוסע במטוס ימי מדגם PBY קטלינה, שהתרסק בטאונסוויל. אף שנפצע בהתרסקות, עזר קובי להציל שניים מנוסעי המטוס, והומלץ עקב כך שיקבל את מדליית ג'ורג' בשל "גבורה יוצאת מהכלל", והעיטור אושר רשמית ב-10 במרץ 1944. ב-16 ביוני הוענק לו תואר מפקד במסדר האימפריה הבריטית (CBE), בשל "שירות בולט" בניהול הפעולות האוויריות בגינאה החדשה, כמפקד האזור הצפון-מזרחי.
באוגוסט 1944 מונה קובי למפקד האווירי של גיס מס' 10 (10OG – ראשי תיבות של No. 10 Operational Group), שעתיד היה לשנות את שמו במהרה לכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון (1TAF – ראשי תיבות של Australian First Tactical Air Force). בתפקידו זה פיקד על כוח בן 20,000 איש בכוח התקיפה הנייד העיקרי של ה-RAAF במערכה בדרום מערב האוקיינוס השקט, כוח שכלל מטוסי קרב, סיוע אווירי קרוב ויחידות הנדסה להקמת שדות תעופה. קובי הביע חשש בנוגע להיררכיית הפיקוד, שעל פיה היה מטה ה-RAAF במלבורן אחראי למנהלה של ה-10OG, בעוד שפקודות הקשורות לפעילות המבצעית עברו ממפקדת ה-RAAF‏ (RAAF Command) דרך הכוח האווירי השלוש-עשרה (Thirteenth Air Force), יחידת המשנה (NAF) של חיל האוויר של ארצות הברית האחראית על אזור האוקיינוס השקט ומפקדת האזור הפסיפי הדרום מערבי. הוא האמין שסידור זה דרש ממנו "לנסות ולשרת שני אדונים", מצב שמצא אותו "בלתי מעשי". בתחילת 1945 חדל הכוח האווירי היפני בדרום מערב האוקיינוס השקט מלהתקיים בפועל, ותפקידיו של הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון הצטמצמו לתחזוקת בסיסים ולתקיפת איים שכוחות ארצות הברית דילגו על כיבושם במהלך המערכה בפיליפינים (1945-1944). בין 22 ל-25 בדצמבר 1944 ביצעו מטוסי קרטיס P-40 וורהוק ובריסטול בופייטר של הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון, 513 גיחות נגד מטרות בהלמהרה. במהלך ינואר 1945 בוצעו 661 גיחות נוספות נגד מטרות בהלמהרה, בסולאווסי, במורוטאי ובצפון גינאה החדשה. במהלך מרץ ואפריל התכונן הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון לקרב טראקאן, פעולה שהתבססה על שיפוט לקוי של קצינים במטה של קובי, שהעריכו כי ניתן לתקן במהירות את שדה התעופה של האי כדי לתמוך במערכה לכיבוש בורנאו.
הירידה שחלה במעמדם של טייסי הקרב, כאשר נשלחו לבצע משימות סיוע לקרבות הקרקע שאינן בעלות חשיבות אסטרטגית לכאורה, הובילה למשבר במורל, שהידרדר באפריל 1945 למה שכונה אחר כך "מרד מורוטאי", כאשר שמונה מבכירי הטייסים של קובי, כולל אלוף ההפלות המוביל של אוסטרליה במלחמה, תת-אלוף קלייב קולדוול (Clive Caldwell‏; 1994-1910), הגישו את התפטרותם במחאה. אף שאחד "המורדים", תת-אלוף וילפריד ארתור (Wilfred Arthur), הביע קודם לכן את דאגותיו בפני קובי ואנשי צוותו לגבי היעילות של משימות הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון, קיבל קובי את הידיעה בהפתעה מוחלטת. הוא שוחח עם הטייסים אחד אחד וכקבוצה, כשהוא חוקר אותם "האם מדובר במשהו הנוגע אליי, או בפעולה נגדי, כי אם כן, אם אתם חשים שנכשלתי בעבודתי, אבקש מיד את העברתי", שלכך ענו לו כולם, "אין לזה קשר אליך". קובי דיווח על התקרית לממונה הישיר עליו, תת-מרשל אווירייה ביל בוסטוק, שהודיע על כך למפקד חיל האוויר האוסטרלי מרשל אווירייה ג'ונס, ומפקד חילות האוויר של בעלות הברית לויטננט גנרל ג'ורג' קני (George Kenney‏; 1977-1899). כולם טסו למורוטאי וראיינו את הטייסים המעורבים בתקרית, וכולם הגיעו למסקנה כי יש להעביר את קובי מתפקידו.
בוסטוק האשים את קובי באחריות למורל "הנמוך בצורה מסוכנת" בכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון, אך גם ציין כי "ברור כי קיבל ייעוץ גרוע מהצוות הבכיר שלו". ג'ונס לא הסתפק בהעברתו של קובי מתפקידו, אלא העביר מתפקידם גם את קציניו הבכירים, גיבסון וסימס, ואת הפיקוד על הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון קיבל קומודור האווירייה פרדריק שרגר (Frederick Scherger). העברתו של קובי מתפקידו התקבלה בהקלה על ידי מפקדי הצבא האוסטרלי, שהיו מתוסכלים מהיחסים הרעועים בין הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון לבין יחידות הצבא במהלך קרב טראקאן. בוועדת החקירה שקמה בעקבות האירוע הגן קובי על תפקודו כמפקד הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון, בפני השופט ג'ון וינסנט בארי (John Vincent Barry). במהלך עדותו הצהיר כי בעוד קציניו "רצו לעשות במלחמה יותר ממה שעשו... לא היה זה בכוחו של הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון לתת להם עבודה חשובה או מעניינת יותר", אבל בארי קבע שקובי "נכשל בהפעלת שליטה סבירה על פיקודו", ושהעברתו מתפקידו הייתה מוצדקת. ד"ר אלן סטיבנס (Alan Stephens), ההיסטוריון של חיל האוויר האוסטרלי, תיאר מאוחר יותר זאת כך: "זו טרגדיה אישית ומוסדית שדמות אמיתית גדולה בהיסטוריה של ה-RAAF נאלצה לסיים את הקריירה שלה בנסיבות כאלו". בדומה, נטען בספר "הנספח של אוקספורד להיסטוריה הצבאית האוסטרלית" (The Oxford Companion to Australian Military History), כי "קריירת הטיסה הנאצלת... נפלה קורבן נוסף לחולשות ולמלחמות הפנים בין המפקדים הבכירים של ה-RAAF במהלך המלחמה באוקיינוס השקט".