מחברת המוות
עלילה > חלק שני: קירא נגד N

כעבור חמש שנים, ניר ומלו – שני ילדים שגודלו בבית יתומים באנגליה שטופחו על ידי L במטרה לגדול ולהפוך ליורשיו – מופיעים במטרה ללכוד את רוצחו של L, קירא. לשניהם הוצע לעבוד יחד בחקירה, אבל מלו, חמום המוח מבין השניים, סירב וירד למחתרת על מנת לעבוד לבדו. ניר עבר לארצות הברית וארגן לבדו את קבוצת חקירה בשם SPK שמטרתה למצוא את קירא, וכינה את עצמו N.
בינתיים, ראיטו הצליח להשיג את מטרתו – להפוך ל"אל של העולם החדש". הוא זוכה לתמיכה רבה מהציבור והתקשורת. מדינות העולם מכירות בקירא ובפעולותיו כמוסריות, ורודפיו הוכרזו כפושעים ופועלים כעת במחתרת. ראיטו עצמו עוד מכהן כראש צוות החקירה ביפן ודואג – בהצלחה – שהחקירה לא תתקדם. הצוות למד היטב את מחברת המוות והם אף מרגישים בנוח עם ריוק, שכן ניתן לראות את אל המוות לאחר שבאים במגע עם המחברת.
יום אחד, מדווח שמפקד המשטרה היפנית נחטף בידי מאפיה – שאליה הגיע מלו, וכעת הוא עומד בראשה – בארצות הברית. המאפיה משתמשת במפקד לבקשת כופר: הם רוצים את מחברת המוות שברשות צוות החקירה ביפן. לאחר שקירא דואג שהמפקד ימות, חוטפים המאפיה את סאיו יאגאמי, אחותו הקטנה של ראיטו, ואביהם יוצא לבצע את העסקה בלוס אנג'לס. בהמשך, מלו מפוצץ את המקום ובורח. אביו של ראיטו נשאר מאחור, פצוע; הוא מת מפצעיו בבית החולים, משוכנע עד הרגע האחרון שבנו אינו קירא.
ניר יוצר כאוס בצוות החקירה היפני לאחר שהוא מספר להם שהסיק ש"L החדש" עשוי להיות קירא. הצוות חושד בלייט, בעיקר מכיוון ששני מוחות גדולים כמו ניר ו-L הגיעו לאותה מסקנה. ראיטו, שמבין שהולכים לעקוב אחריו ואחרי מיסה, פועל בהתאם ומבקש ממיסה – שעד אותה עת פעלה כקירא – לוותר בשנית על בעלות המחברת ולהעביר אותה ל"קירא רביעי". לתפקיד בחר ראיטו בטרו מיקאמי, מעריץ של קירא, בעל השקפה דיכוטומית שכל אדם הוא או "טוב" או "רע", ושעל הרעים למות. ובעוד מיקאמי שופט פושעים, חשדותיהם של צוות החקירה מתחילים לרדת, מכיוון שאינם מוצאים דבר חשוד בהתנהגותם של ראיטו ומיסה.
מיקאמי, מתוקף תפקידו כקירא החדש, מגייס את מגישת החדשות קיוֹמי טאקאדה על מנת שתתפקד כדוברת של קירא באמצעי התקשורת. במהלך מפתיע, מופיע מלו וחוטף את קיומי. קיומי, שהחביאה אצלה פיסת נייר ממחברת המוות של מיקאמי, כותבת את שמו של מלו על הפיסה והורגת אותו. לאחר מכן, נאלץ ראיטו לגרום לקיומי להתאבד באמצעות דף מהמחברת שגם הוא החביא אצלו, מכיוון שהיא יודעת את זהותו ועלולה לסבך אותו. לבסוף, קובעים ראיטו וניר להיפגש, כל אחד עם צוות החקירה שלו, בפעם הראשונה. מטרת הפגישה, כביכול, היא לבדוק האם ראיטו הוא קירא או לא. אך לייט תכנן שמיקאמי – בעל "עסקת העיניים" המאפשרת לו לראות את שמותיהם של אנשים - יתחבא בקרבת מקום, ויכתוב את שמו של ניר ואת שמותיהם של שני צוותי החקירה במחברת.
ביום הפגישה, מיקאמי פועל לפי התוכנית, ובעודו מתחבא הוא כותב את שמותיהם של ניר ושל שני הצוותים, אך לאחר 40 שניות, כפי שאמור להיות, אף אחד לא מת. ראיטו מצידו, לא יודע שלמיקאמי יש בעיות עם המחברת, ומודיע לכולם שהוא "ניצח" את ניר. ניר ואנשיו מוצאים את מקום מחבואו של מיקאמי, ומראים לכולם את המחברת – בה כתובים שמות כל הנוכחים מלבד ראיטו – כהוכחה לכך שהוא קירא. ניר מסביר לראיטו, המאוים מהמצב, שהוא החליף את המחברת האמיתית עם מחברת מזויפת, ולכן אף אחד לא נהרג, לאחר שראיטו הבין שהפסיד, דעתו נטרפת עליו והוא מנסה להרוג את ניר אך נורה על ידי מאטסודה שכמעט גורם לשיתוקו, דבר זה גורם למיקאמי שראה בראיטו כאל להתאבד, לאחר מכן בשארית כוחותיו מחליט ראיטו לברוח מהמקום תוך כדי ניצול המהומה שמה, בשלב מסוים מגיע ראיטו למבנה נטוש ויושב בו, ריוק אשר יושב על גג אותו מבנה ולאחר שהבין שראיטו הפסיד מחליט לכתוב את שמו של ראיטו במחברת המוות, והוא מת מהתקף לב.