מחלוקת רב סעדיה גאון ובן מאיר
ספר המועדים ומקבילו ספר ארבעה שערים

בעקבות המצב שנוצר, בו יהודים באזורים שונים חגגו מועדים בזמנים שונים, הזדעזעו חכמי בבל מהפילוג וניסו לשכנע את רבי אהרן בן מאיר לחזור בו והפיצו בקהילות שונות מכתבים המזהירים שלא לנהוג כשיטתו, וכן רב סעדיה גאון פרסם את "ספר המועדים" נגד שיטתו, אך רבי אהרן בן מאיר גם עמד ופרסם את לוח "ארבעה שערים" (של חכמי בבל) בגרסה שלו. מצב בלתי-אפשרי זה הוביל את רב מבשר גאון ותומכיו, שבתחילה צידדו בשיטת רבי אהרן בן מאיר, לעבור לצד של רב סעדיה גאון וחכמי בבל.
חליפות המכתבים בין הצדדים הניצים לא פסקו, וחכמי בבל כתבו לרבי אהרן בן מאיר וניסו לפייסו לחזור בו ("נעשינו חרפה בגויים וקלסה בין המינים"; "אבלים נזופים בבכי תמרורים ואנחה", ועוד), אך רבי אהרן לא חזר בו והשיב להם במכתב כי "אף אילו נהרגנו ואלף כמותנו, לא נשנה מנהג אבותינו ולא נחליף חוק... יש הרשות לחבורת ארץ ישראל על חכמי בני הגולה, ואין לבני הגולה רשות על בני ארץ ישראל". בהמשך מכתבו זה טען רבי אהרן בן מאיר כי רב סעדיה גאון אשם במחלוקת שפרצה.
ואולם, לפי דעתו של יששכר שטרן, היה רב סעדיה גאון דמות שולית יחסית בניהול הפולמוס. לטענת שטרן, ספר המועדים איננו פרי עטו של רב סעדיה, איננו דיון שיטתי בהלכות קביעת לוח השנה, אלא יומן תיעודי של תולדות הפולמוס (ואם כן שמו איננו בדיוק 'ספר המועדים'); ובעיקר: הפולמוס לא הסתיים בניצחון בבלי חד משמעי שכן לוחות השנה היריבים המשיכו להתקיים במקביל גם לאחר מכן (בשנת 927 ובשנת 1108) ולמעשה המשיך חוסר המיתאם בלוח עד המאה ה-12 (אז כבר הייתה ההגמוניה הארצישראלית חלשה הרבה יותר).
בעניין הנקודתי שבו נחלקו רבי סעדיה גאון ובן מאיר, פסק הרמב"ם כדעתו של רבי סעדיה גאון. אולם, דברים אחרים שכתב רס"ג במכתביו כנגד שיטת בן מאיר, זכו לביקורתו של הרמב"ם. מדובר בעניינים עקרוניים בדבר קביעת לוח השנה, וסמכותו של חשבון הלוח הקבוע מול לוח המבוסס על ראיית הירח, ולא בפרטים טכניים בלוח החשבון הקבוע.
כך לדוגמה, בפירוש המשנה לרמב"ם חרג הרמב"ם מדרכו בפירוש לנקוט בדברי-קנטור כלפי מישהו שלדעתו סטה מדרך המשנה והתלמוד, כך כתב:
ואני מתפלא על אדם שמכחיש ומתוכח בדבר הברור ואומר שדת היהודים אינו בנוי על ראיית החודש אלא על החשבון בלבד, והוא מאמין בכל הלשונות האלה. ואיני חושב שהאומר כן מאמין בכך אלא היתה מטרתו בדבר זה לנגח את יריבו באיזו צורה שתהיה שלא בצדק או בצדק - כיון שלא מצא מפלט מלחץ הוכוח. ומה שראוי שאתה תאמין שעיקר דתינו בנוי על הראייה ואם לא ייראה החדש משלימין שלשים יום לחדש היוצא ולשונות המשנה והתלמוד ומעשיות רבים שאירעו בענין זה במשך כל השנים מעידים באמצעות דבר זה
לפי הערות הר"י קאפח, כיוון הרמב"ם בדברים הללו כלפי אחת מטענות רב סעדיה גאון כנגד רבי אהרן הכהן בן מאיר. בהזדמנות נוספת בפירושו למשנה, חזר הרמב"ם לנגוח בעמדת רב סעדיה גאון, וכך כתב;
ודבר זה ממה שמבטל טענת כל מי שמתוכח וטוען שלא היה צום כפור כלל לא ביום ששי ולא ביום ראשון, ושכל מה שנזכר דבר זה במשנה הוא על דרך ההנחה 'אלו אירע'. הרי דברה המשנה בהלכה למעשה שהפלוניים (כלומר הכהנים עולי בבל) היו אוכלים אותו חי, ואין מקום כאן לשום וכוח. ואי אפשר לומר שזה הנחה למה שלא היה, והרבה בתלמוד מה שמחזק דבר זה. אלא הענין הולך אחר הראייה בזמן שהיה בית דין, כמו שבארנו בראש השנה, דע זאת
ככל הנראה היה הרמב"ם בקי בסברות המחלוקת וסבר כי אין כל יסוד לשיטת רב סעדיה כי בית דין הגדול לא היו מקדשים על פי הראייה וכן שיום הכיפורים לא יפול לעולם ביום שישי או ביום ראשון. על פי הערות רב יוסף קאפח, ברור כי דברי הרמב"ם מכוונים כלפי רבינו סעדיה גאון ואף רבינו חננאל.
הרמב"ם קבע גם, שקידוש החודש נתונה לחכמי ארץ ישראל בלבד. וז"ל:
ודע שהחשבון הזה שנמנה אותו היום ונדע בו ראשי החדשים והמועדים אי אפשר לעשותו אלא בארץ ישראל לבד, אלא בשעת הצורך ובהעדר החכמים מארץ ישראל אז אפשר לבית דין הסמוך בארץ ישראל שיעבר השנים ויקבע חדשים בחוצה לארץ כמו שעשה רבי עקיבא
גם בספר המצות לרמב"ם, האריך הרב לסתור אותה הטענה.