אדווין סטנטון
מזכיר המלחמה בממשל ג'ונסון > תקופת השיקום

המלחמה תמה וסטנטון לקח על עצמו את המשימה המשמעותית של עיצוב מחדש של מבנה הצבא האמריקאי, כך שיתאים לתקופת השלום, כפי שהוכיח את עצמו בעת המלחמה. עד לכאן ארגן סטנטון מחדש את הצבא בשני חלקים. האחד עסק ב"אימונים ובמטלות טקסיות" והשני טיפל באינדיאנים במערב, שהיו נסערים מתוצאות המלחמה. בדרום ניתנה עדיפות לאיחוי הריק שנותר במדינות הדרום לאחר המלחמה. סטנטון הציג את תוכנית הממשל הצבאי שלו, שאושרה על ידי לינקולן לנשיא החדש ג'ונסון: שני מרכזי ממשל צבאי יוקמו בווירג'יניה ובקרוליינה הצפונית, עם מפקדים צבאיים שיאכפו את החוק וישליטו סדר, משימות שהמפקדים הצבאיים שמונו לכך ביצעו במיומנות בשבועות שלאחר תום המלחמה.
הנשיא ג'ונסון הבטיח לחברי הקבינט שלו בישיבתם הראשונה ב-15 באפריל שהוא יבצע את תוכניותיו של קודמו לשיקום, תוכניות שהנשיא לינקולן המנוח דן בהם עם סטנטון באריכות. ב-29 במאי 1865 אישר ג'ונסון שני מנשרים: באחד הוא מינה את ויליאם וודס הולדן כמושל הזמני של קרוליינה הצפונית ובשני הוא העניק חנינה לכל אלו שהיו מעורבים במרד מדינות הדרום, עם כמה יוצאים מן הכלל, וזאת בתנאי שהם יסכימו להביע נאמנות ולקבל את החוקים והצווים שנגעו לעבדות. ג'ונסון גם הכיר בממשלתו של פרנסיס הריסון פיירפונט בווירג'יניה, וכן בממשלות של ארקנסו, לואיזיאנה וטנסי, שהוקמו על פי "תוכנית עשרת האחוזים" (אנ') של לינקולן. בהמשך הציע ג'ונסון את יישומה של תוכנית זו בכמה מדינות דרומיות נוספות.
בנאום מצב האומה של 1865 טען ג'ונסון, שהיה חבר המפלגה הדמוקרטית, שההוכחה היחידה לנאמנות הנדרשת לכל אחת מהמדינות הייתה אשרור התיקון ה-13. הרפובליקנים בקונגרס חלקו עליו. סנאטור צ'ארלס סאמר וחבר בית הנבחרים תדיאוס סטיבנס סברו שמתן זכות בחירה לשחורים חיוני לביטחונה של האומה ולהמשך שליטתה של המפלגה הרפובליקנית. הרפובליקנים עשו שימוש בהליכים הפרלמנטרים כדי להבטיח שאף אחד מנציגי הדרום, שברובם היו מנהיגי הקונפדרציה לשעבר, לא יקבל מושב בקונגרס, והקימו ועדה משותפת שרוב חבריה היו רפובליקנים ושתחליט בסוגיות השיקום.
בנוגע לשיקום, הנשיא והקונגרס היו חלוקים ביניהם עמוקות. ג'ונסון, גם כאשר מדיניות החנינה שלו ספגה ביקורות קשות, המשיך ליישם אותה בעקשנות. בכל אופן, הרפובליקנים הרדיקלים בקונגרס העדיפו את הצעת הממשל הצבאי של סטנטון. התמיכה של הרפובליקנים המתונים בג'ונסון דעכה לאחר המהומות נגד השחורים שהתרחשו ב-1866 בממפיס ובניו אורלינס וגם נראה היה שהאהדה הציבורית כלפי ג'ונסון נחלשה. בבחירות לקונגרס שהתקיימו באותה שנה, נחלו הרפובליקנים ניצחונות סוחפים על יריביהם הדמוקרטים. הן בבית הנבחרים והן בסנאט השיגו הרפובליקנים שני שלישים מהמושבים. עם פרוש השנה החדשה, שקלו כמה מהרפובליקנים לעשות שימוש ברוב שלהם כדי להדיח את ג'ונסון. הם הגישו את הצעת "חוק הקביעות במשרה" (אנ'), שנכתבה בעצה אחת עם סטנטון. הנשיא שקל זמן רב לפטר את סטנטון ולהחליפו בשרמן. על פי החוק המוצע, צעד כזה לא יכול היה להתקיים ללא "העצה והאישור" של הקונגרס, שסביר להניח שלא הייתה ניתנת לצעד כזה כלפי סטנטון, שזכה לתמיכה ולשיתוף פעולה עם הרפובליקנים הרדיקלים. כאשר הגיע החוק לשולחנו של הנשיא הוא הטיל עליו וטו, אך הקונגרס ביטל וטו זה עוד באותו היום.
בזכות ההגנה שהעניק לו החוק, הפכה יריבותו של סטנטון כלפי ג'ונסון לגלויה הרבה יותר. בחודשים הבאים התגבר כעסו של הנשיא יותר ויותר כלפי מזכיר המלחמה שלו. ג'ונסון אמר לגרנט שבכוונתו לפטר את סטנטון ולמנותו במקומו. גרנט התנגד לרעיון. הוא טען לטובתו של סטנטון ושחוק הקביעות במשרה מגן עליו. בהמשך, אמר גרנט, שהחוק יוכח כעקר ושדעת הקהל תופנה כנגד הממשלה. סיוארד, שעדיין רחש כבוד רב לסטנטון, חלק גם הוא על הצורך להדיחו. דבריהם של שני האישים הללו גרמו לג'ונסון להסס. אף על פי כן, הוא קיבל תמיכה ממזכיר הצי וולס ומסלמון צ'ייס, שהיה אז נשיא בית המשפט העליון. וולס תיאר קודם לכן את סטנטון כ"אנוכי, צבוע, מעמיד פנים ובוגדני", וצ'ייס חדל להיות ידידו של סטנטון מתוך שיקולים פוליטיים. ב-12 באוגוסט 1867 שלח ג'ונסון הודעה לסטנטון בה נאמר שהוא מושעה מתפקידו כמזכיר המלחמה ושעליו להעביר את ניהול המחלקה לידיו של גרנט. בהתאם לחוק הקביעות במשרה הוא גם הודיע על כך באי רצון לסנאט.