מאזן אקולוגי בישראל
זיהום מקורות מים

בישראל קיים מחסור במים ועל כן מתבצעת לשאיבת יתר הגורמת להמלחת בארות וזיהום של מקורות המים במדינה. שאיבת יתר עלולה לגרום לחדירת מי ים אל מי התהום, ובכך לפגוע באיכות מי השתייה (המלחת מי תהום). זיהום מים קשור גם באופן ישיר לזיהום האוויר. הערפיח הנספג בגשם יוצר גשם חומצי הגורם נזקים לחורש הטבעי, לחקלאות, למבנים (קורוזיה), לבעלי חיים שונים, והוא גם משבש תהליכים טבעיים בבתי גידול.
בכנרת קיים מאזן אקולוגי מורכב ועדין. עקב הירידה במפלס המים של ימת הכנרת בשל ריבוי השאיבה ומיעוט הגשמים, עלול להיווצר מצב של הפרת מאזן המלחים באגם, שיגרום לנזקים באיכות מי השתייה, לדגה ולצמחייה של הכנרת.
מי התהום האגורים באקוויפר החוף, המהווים חמישית מכלל מי השתייה בישראל, חשופים מאוד לזיהום, עקב העובדה שהוא נמצא מתחת לאזור המיושב ביותר במדינת ישראל. מעליו יש יישובים רבים, מפעלים, תחנות-כוח, שדות חקלאיים, מזבלות ועוד, וכל אלה פולטים מזהמים, הזורמים אל מי התהום. כמו כן שאיבת יתר של מי תהום מאקוויפר החוף גורמת לחדירה של מי ים לתוכו, ולהמלחת מי התהום שבו. הנזק המיידי הוא למי השתייה, אך כתוצאה מהרעלים הנספגים בקרקע נגרם נזק לצמחייה ולבעלי החיים.
איכותם של מי התהום באקוויפר ההר טובה יותר מאשר באקוויפר החוף, אולם בשנים האחרונות הולכת וגדלה כמות השפכים הלא מטוהרים שזורמים מערים פלסטיניות, שבהן קיימים מתקנים לטיהור שפכים ברמה נמוכה, וגם מהתנחלויות גדולות כמו אריאל, ונגרם נזק למי התהום, על כל ההשלכות האקולוגיות הנובעות מכך.
בים המלח הנמצא בתחום השבר הסורי אפריקני על גבול ישראל ירדן, ושחופיו הם המקום היבשתי הנמוך ביותר בעולם, קיים מאזן אקולוגי עדין ביותר, ולו נשקפת סכנה שעלולה להביא לאסון אקולוגי חמור. במי הים, מלחים רבים, המומסים במימיו ומשמשים כמרכיב בתעשייה הכימית. תהליך הייצור בים המלח מבוסס על הפקת המלחים המצויים בו בבריכות אידוי גדולות, שנבנו באגן הדרומי הרדוד. מי הים נשאבים לתוך הבריכות, ובתהליכים של אידוי והתרכזות מופקים מהם המינרלים המבוקשים לייצור של אשלג, ברום, מגנזיום, מלח תעשייתי, מלח שולחן ומוצרי ההמשך שלהם. בריכות האידוי גורמות לאובדן של מי ים המלח, מבלי שיתקבל פיצוי מתאים במים מנהר הירדן שמאז הקמת המוביל הארצי ובניית הסכרים מזרים מעט מאוד מים לים. גם בצד הירדני נבנו סכרים ותפסו את מקורות המים, גם הנחלים הגדולים (הזרד, הארנון) כבר לא מזינים את ים המלח. מאזן המים של ים המלח הוא שלילי. ההפרש בין נפח המים הנכנסים לימה - 400 מיליון מטר מעוקב בשנה, לנפח המים המתאדים - 1,050 מיליון מ"ק בשנה, מהווה גירעון של 650 מיליון מ"ק בשנה. קצב ירידת המפלס הוכפל מכחצי מטר לשנה בין 1977 ל-1997 ליותר ממטר בשנה בין 1997 ל-2002.
נסיגת ים המלח משפיעה על הטבע סביבו ובפרט על שמורת עינות צוקים. עד לפני כעשור, הייתה גישה לחוף הרחצה מתוך השמורה אך בעקבות התייבשות הים נוצר בוץ טובעני, והגישה לים מסוכנת. התייבשות הים משפיעה גם על המעיינות, הנודדים לכיוון מזרח ודרום. לפי מחקרי המכון הגיאולוגי לישראל קיימת סכנה להמלחת מי התהום, ובגלל המלחת המעיינות, השתנתה גם הצמחייה וצמח הקנה המצוי משתלט על בית הגידול. בנאות המדבר חיים יצורים ייחודיים שהסתגלו למליחות של מי תהום אלו: תת-מין של אמנון הירדן ואמנון מצוי, נאווית המלחות ונאווית כחולה, סרטן הנחלים וסרטנים אנדמיים. כמו כן מי המעיינות מרווים את בעלי החיים היונקים שחיים בסביבה: יעלים, תנים, שועלים, צבועים, דורבנים, נמיות, נמר חברבורות, חתולי ביצות ועוד. על עצי האשל בשמורה חיים חרקים ייחודיים כמו ברקנית האשל והנמלה האורגת שזהו מקום תפוצתה הצפוני ביותר. נסיגת הים והמלחת המעיינות שבאה בעקבותיו גורמת להפרת האיזון ולפגיעה במרכיביו הרבים של בית הגידול.