אל-מוואחידון
יחס ללא-מוסלמים

בספרות האקדמית, שושלת אל-מוואחידון נזכרת כשושלת שהנהיגה מדיניות מדכאת ביחס ללא-מוסלמים, ו"סיימה את מה שנותר מהדו-קיום הדתי בספרד". לאחר כיבושיה הראשונים, הנהיגה השושלת באזורים מסוימים מדיניות שהותירה את המיעוטים הלא-מוסלמים (במיוחד יהודים, אך גם נוצרים) בפני ברירה בין מוות, התאסלמות או גירוש. אזכורים לרדיפות מופיעים במקורות נוצריים, מוסלמיים ויהודיים.
על פי מקור נוצרי, הכרוניקה של אלפונסו השביעי, מלך לאון, לאחר כניסת אל-מוואחידון לחצי האי האיברי, הם טבחו באצולה המוסלמית שקדמה להם (כנראה מבני אל-מוראביטון), בנוצרים מקומיים, וביהודים "שישבו במקום מהעת העתיקה".
על פי כרוניקות מוסלמיות, רדיפת היהודים והנוצרים נערכה בכל הטריטוריות שבשליטת אל-מוואחידון, כולל בערי תוניסיה שנכבשו מאוחר יותר. על פי כרוניקה אחת, עבד אל-מואמין אסף את היהודים והנוצרים לאחר כיבוש מרקש (1147) ונתן להם את הברירה בין התאסלמות, גירוש או מוות. מספר מקורות מוסלמים מציינים שלא נותרו יהודים, נוצרים או מבני תפילה שלהם בטריטוריה של אל-מוואחידון.
במקורות יהודיים ניתן למצוא גם כן אזכורים למאורעות הקשים תחת שושלת אל-מוואחידון. המלומד היהודי ר' אברהם אבן דאוד כתב בספרו "ספר הקבלה" כי עבדאללה אבן תומארת החליט להכחיד את היהודים כעם ("נכחידם כגוי"), ומציין כי בעקבות רדיפות אל-מוואחידון לא נותרו עוד יהודים "מאל-מהדיה (בתוניסיה) עד סילווס (בפורטוגל)".
המשורר ר' אברהם אבן עזרא, שבעצמו נמלט לאירופה מהרדיפות, חיבר קינה שזכתה לתפוצה רבה בזמנה בשם "אהה ירד עלי ספרד". בקינה זאת התאבל על חורבן הקהילות היהודיות בערי ספרד וצפון אפריקה. הקהילות היהודיות שהוא מבכה את הריסתן הן סביליה, קורדובה, גָ'יַאן (חאאן של היום בספרד), אלמריה, סיג'ילמסה, מרקש, פאס, תלמסאן, סאוטה, מקנס ודרעא. בגניזת קהיר נמצא נוסח נוסף של הקינה שכולל כמה שורות נוספות, שנוספו כנראה על ידי משורר אחר שידע על קהילות יהודיות נוספות שנהרסו תחת אל-מוואחידון או על ידי אבן עזרא עצמו (לאחר שקיבל ידיעות על קהילות נוספות); בגרסה המאוחרת לשיר, מצוינות קהילות יהודיות נוספות שחרבו או נרדפו באזור תוניסיה ולוב, כולל טריפולי, תוניס, סוסה, ג'רבה, גאפסה, מיסראתה ועוד. מכתב בגניזת קהיר מאת סוחר יהודי בקהיר, שקיבל את ידיעותיו מפליטים שהגיעו מהמערב, מספר על מאורעות הרדיפה בעיר סיג'ילמסה: במשך שבעה חודשים לאחר כיבוש אל-מוואחידון, היה ניסיון לשכנע את היהודים להתאסלם, אך עם הגעתו של מפקד צבאי חדש לאזור, היהודים אולצו לבחור בין מוות להתאסלמות. 150 יהודים נהרגו בסג'למאסה על קידוש השם בעוד היתר התאסלמו.
על רקע רדיפות אל-מוואחידון חיבר הרמב"ם, שבעצמו נמלט למצרים עקב הרדיפות, את חיבורו איגרת השמד. באיגרתו, שיועדה ליהודים באזורי המצוקה, הרמב"ם ייעץ לבחור בברירת ההתאסלמות למראית עין במקום מוות על קידוש השם. עוד הוא הוסיף שעל היהודים לנסות להימלט מאזור הגזרות בהקדם האפשרי, כך שהם יוכלו לחזור לקיים את דתם באופן מלא. ואכן, בעקבות הרדיפות, יהודים רבים נמלטו מהטריטוריות שהיו בשליטתה של שושלת אל-מוואחידון צפונה לשטחים נוצריים, או מזרחה לשטחים מוסלמיים סובלניים יותר. רבים אחרים התאסלמו למראית עין, ואחרים נהרגו על קידוש השם או במהלך הכיבושים של אל-מוואחידון. התופעה של התאסלמות יהודית למראית עין בלבד גרמה לכך שהשליט, אבו יוסוף יעקוב, הוציא צו שכפה אף על יהודים מתאסלמים ללבוש בגדים מזהים. על פי כרוניקאי מוסלמי, אבו יוסף יעקוב הצהיר "אם הייתי בטוח שהם מוסלמים אמתיים, הייתי נותן להם להתערבב עם מוסלמים אחרים על ידי נישואים ודרכים אחרות. אבל אם הייתי בטוח שהם כופרים, הייתי הורג את הגברים מקרבם, לוקח את ילדיהם כשבויים ומוסר את רכושם למוסלמים". אולם, הוא לא היה בטוח באף אחת מהאפשרויות, והעדיף לאלץ אותם ללבוש סממנים מזהים מיוחדים אך לא להמשיך לרודפם.
אחרי התפוררות שלטון האל-מוואחידון ועליית השושלת המרינית הותר ליהודים לחזור לדתם, אבל הקהילות הנוצריות הקטנות במגרב נכחדו לחלוטין.