Fallout 4
אגודות במשחק

כמו במשחקים הקודמים, עקב התפרקותה של ארצות הברית לאחר "המלחמה הגדולה", צצו להם בהדרגה, באזורים שעדיין ראויים למחייתו של האדם, אגודות שונות שמטרתם להחזיר את הסדר לאזור ולשקם בדרכיהם את "הקהילייה". לצד כנופיות שונות של שכירי חרב, פורעי חוק למיניהם וכנופיות של סופר-מוטנטים, העוינות את השחקן, ישנן 4 אגודות עיקריות שהשחקן יכול להצטרף אליהן בעולם המשחק.
לבחירה באחת האגודות השלכות מכרעות על המשך המשחק, וסיום עלילת המשחק עם קבוצה כל שהיא יכול לגרום לקבוצות אחרות להיות עוינות אל דמות השחקן בהמשך. לאחר שארגון מסוים מצליח, בעזרת השחקן, להשתלט על "הקהילייה", השחקן יכול לקרוא לחברי הארגון לתגבורת אם הוא נכנס לקרב, והם עוזרים לו, והשחקן מקבל נקודות ניסיון על כל אויב שנהרג על ידי בני בריתו כאילו הוא הרג את האויב בעצמו.
Minutemen ("מיניטמן") - על אותו הרעיון כמו במלחמת העצמאות האמריקנית, 200 שנים לאחר מכן קמו קבוצות ה"מיניטמן" האלה מחדש. המיניטמן של "הקהילייה" הם קבוצות אזרחיות שונות שמאוגדות ב"התיישבויות" שהחליטו להפוך למיליציות חמושות כדי להגן על השטח בו הם חיים מפני האיומים השונים ב"שממה" (פורעי חוק, יצורים מוטנטיים, ומפלצות). זוהי הקבוצה הראשונה שהשחקן פוגש ב"מוזיאון החירות", ולאחר שהוא מציל כמה מדמויות המפתח שלהם ממתקפה של פורעי חוק ולאחר מכן מפני דת'-קלאו יש באפשרותו להצטרף אליהם ולהפוך ל"גנרל" שלהם. לאחר מכן עליו להקים מחדש את הארגון על ידי ביצוע שליחויות ליישובים שונים ברחבי "הקהילייה", וביצוע משימות עבורן כדי שהן יצטרפו אליך. מעריכים מאוד חיי אדם ושמירה על הסדר הישן. פתוחים לקבל גם חברים שאינם יצורי אנוש כל עוד הם מסכימים להצטרף. זה הארגון ששורד בכל אחד מארבעת הסופים במשחק.
Brotherhood of Steel ("אחוות הפלדה") - ארגון צבאי בעל היררכיה מסודרת ששורשיו בצבא ארצות הברית הישן, ומרכזו באזור הנקרא "המצודה" שנבנה על חורבותיו של הפנטגון בוושינגטון (שם אפשר לפגוש בהם במשחק השלישי). השחקן יכול לפגוש בהם לראשונה בדרכו ל־Diamond City, שם הוא עוזר לחברי האחווה להדוף התקפת Ferals, או להיות עד לנחיתת ספינת האם שלהם "The Prydwen" אחרי העימות שלו מול קלוג (כאשר יוצאים מהמבנה שבו קלוג מתבצר). עם הצטרפותו לארגון השחקן מתקדם בדרגות: החל מ"אביר", דרגת הקצונה הבסיסית ביותר (ולקבל Power Armor בהתאם), ובהמשך ל"פלאדין" ו"סנטינל", דרגה אחת לפני שתי הדרגות הבכירות בשרשרת הפיקוד. ארגון גזעני הדוגל בשמירה על הטוהר של המין האנושי ולכן עורך מלחמה חסרת פשרות נגד "המוסד" אותו הם רואים כהתגלמות הרוע, ולא מוכנים להתפשר לגבי קיומם של סינת'ים וחצאי אדם למיניהם, או כל אדם או ארגון העלול לסכן את קיומם. לאחר שהשחקן עוזר להם להשמיד את "המוסד", ניתן לראות יחידות שונות שלהם פועלות בכל רחבי הקהילייה ואוכפות את הסדר החדש בכוח הזרוע כנגד מקומות שיש בהם פורעי חוק, סופר מוטנטים, ועוד יצורים עוינים למיניהם. זהו הארגון היחיד שמחזיק ברשותו כלי טיס, והשחקן יכול להיעזר בהם.
The Railroad ("מסילת הרכבת") - מבוסס על ארגון בעל שם דומה הארגון הוא רשת מחתרתית, מעין אגודת סתרים, של דרכי מסתור ובתי מחסה אשר משמשים בארצות הברית, להברחתם של סינת'ים מ"המוסד" אל החופש. השחקן פוגש בהם לראשונה לאחר משיג את השבב מהסינת' קורסר ומגלה בעזרת ניק ולנטיין שרק הם יכולים לפענח את השבב, ועל השחקן לעקוב אחרי מסלול שנקרא "נתיב החירות" כדי למצוא את בסיסם. מטרת הארגון היא להשמיד את "המוסד" באמצעות שחרור כל הסינת'ים משליטתם. סיסמת הארגון, "בעולם מלא עוינות, אנחנו חבריהם היחידים של הסינת'" ודעותיהם ממקמים אותם בצד השמאלי של המפה הפוליטית מקרב כל הארגונים, ובכך הם ההפך הגמור מ"האחווה" בהם רואה הארגון את יריבו המושבע לצד "המוסד".
The Institute ("המוסד") - האנטגוניסטים הראשיים במשחק (אלא אם כן השחקן בחר להצטרף אליהם). ארגון רב עוצמה שמקדש את המדע והטכנולוגיה, שנבנה על חורבותיו של המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס (נקרא במשחק C.I.T - המכון הטכנולוגי של הקהילייה). מטרתו היא לקדם את המין האנושי באמצעות יצירת "בני אדם סינתטיים", או בקיצור סינת'ים, ובכך ליצור את "הדור הבא" של האבולוציה האנושית. תחילה הם ניסו לעזור לקהילייה ולעבוד יחד בשיתוף פעולה למען קידום האנושות, אך העוינות שהם ספגו עקב רעיונותיהם הרדיקליים גרמו להם לרדת למחתרת ולא לבחול בשום אמצעי, כולל חטיפה ורצח, כדי להשיג את מטרתם. "המוסד" שוכר את שירותו של קלוג, רוצח שכיר, כדי להגיע לכספת 111 ולחטוף משם את שון, בנו התינוק של השחקן, כדי שגופו הנקי מקרינה רדיואקטיבית ישמש מודל לסינת'ים מהדור הבא. שון גודל בזרועותיהם והופך בסופו של דבר ל"אבא" של "המוסד" - מנהיג הארגון. השחקן למד לראשונה על קיומו של המוסד מעיתונאית ב־Diamond City, ולאחר מכן מגלה כי בנו נמצא בידיהם ונחוש למצוא אותו בכל מחיר. הארגון משתמש בטכנולוגיית טלפורטציה דרכה הסינת'ים נכנסים ויוצאים מבסיס האם שלהם, הממוקם מתחת לפני האדמה בלב "הקהילייה", ועל השחקן לפרוץ למערכת הטלפורטציה כדי להיכנס למוסד. לאחר שהוא פוגש את בנו, מנהיג המוסד, השחקן יכול להצטרף לשורותיהם, ועד מהרה תופס את מקומו של בנו הגוסס בן ה-70 בהנהגת "המוסד", אך יכול גם לבגוד בהם בכל עת לטובת אחד משלושת הארגונים האחרים. לארגון יש יתרון טכנולוגי עצום על פני יריביהם, ובסיס האם שלהם מאוד עתידני (אפילו ביחס לטכנולוגיה ה"עתידנית" שמוצגת ברוב המשחק) ומתקדם. יריביהם הגדולים הם "האחווה" ו"מסילת הרכבת", אותם הם משמידים במהלך המשחק.