שתי מסכתות על ממשל מדיני
המסכת השנייה > כיבוש, משטר עריץ וזכות המרד

כפי שמשפט הטבע במצב הקדם-מדיני מאפשר לאדם להעניש את מי שפעל בניגוד לחוק הטבע, כך לקהיליה, שנמצאת במצב הטבע ביחס לקהילות אחרות, מותר להעניש בני קהילה אחרת שפעלו בניגוד לחוק הטבע: ”אם נניח שאין החוק הטבעי מקנה לכל אדם את הסמכות לענוש עבירות על חוק זה כפי שיקול דעתו המיושב, איני רואה כיצד אפשר לקצינים בעדה מן העדות לענוש בן ארץ אחרת; כי ביחס להלה אין להם יתר כוח סמכות מכפי שיש לכל אדם בדרך הטבע ביחס לחברו”. חוק הטבע מגדיר את ההבחנה בין מלחמה צודקת כנגד עם זר ומלחמה לא צודקת; ולמי שלוחם במלחמה לא צודקת אין כל זכות לגיטימית להעניש או לדרוש ציות מקורבנותיו. עם שנכבש במלחמה לא צודקת יכול תמיד להתנגד לשלטון שנכפה עליו.
השאלה המורכבת יותר עבור לוק היא לגבי הזכויות של כובשים שניצחו במלחמה צודקת. תומאס הובס והוגים אחרים טענו שממשל שהוקם בדרך של כיבוש הוא ממשל לגיטימי, והסכמה שניתנה לממשל מתוך פחד, או כתוצאה מאיום בשימוש בכוח, תקפה ככל הסכמה אחרת. לוק, מנגד, פוסל את הטיעון שכיבוש מוליד הסכמה מדינית. הזכות של הכובשים להעניש היא מצומצמת ומוגבלת אך ורק לענישה של אלו שלקחו חלק פעיל במלחמה נגדם. ענישה זו, כגון לקיחת החיילים מהצד הלא-צודק בשבי או הפיכתם לעבדים, אינה ביטוי להסכמה, אלא לעריצות לגיטימית שאינה אלא המשך מצב המלחמה בדרכים אחרות. נשים, ילדים וגברים שלא לחמו אינם נושאים באחריות על המלחמה ואין זכות לגיטימית להענישם. בנוסף, לכובש אין זכות לגיטימית על רכוש ועל אדמות של הנכבש. גם ניכוס אדמות של אלו שלקחו חלק פעיל במלחמה אינו לגיטימי, שכן אין זכות להעניש את יורשיהם שלא נלחמו. לוק פוסל גם את האפשרות של סיפוח תמידי של אדמות כפיצוי על נזק שנגרם לצד הצודק.
כפי שכיבוש לא מוליד הסכמה ומותיר בידי הנכבשים את הזכות להתנגד, כך הפיכה, או תפיסת השלטון בכוח (usurpation), לא מולידה הסכמה, וזאת גם אם היא מותירה את צורת המשטר על כנה. ההגדרה של תפיסת שלטון בכוח היא כל לקיחה של כוח פוליטי בניגוד לחוקים של הקהיליה. לוק כותב שתפיסת שלטון בכוח כמוה ככיבוש מבפנים, ובניגוד למלחמה שיכולה להיות צודקת, כיבוש מבפנים לעולם אינו צודק. למי שתפס את השלטון בכוח אין זכות לדרוש ציות, ולעדה מותרת הזכות להתנגד לו, כפי שמותרת הזכות להתנגד לשודד, כל עוד לא הושגה הסכמה רצונית.
את המקרים הפרטיים שבהם ניתן להתנגד למשטר כובש או ממשל שנתפס בכוח, לוק מרחיב להגדרה רחבה יותר של משטרים רודניים שיש לעם זכות להתקומם כנגדם. חלק מהפרשנים של לוק מחשיבים את הטיעון הזה, שמופיע בפרקים האחרונים של המסכת, לטיעון המרכזי של המסכת כולה. הטיעון שתכלית עיקרית של המדינה היא לכונן מערכת חוק ומשפט על מנת להחליף את המצב שבו הזכות לשפוט ולהעניש נתונה לכל אחד – מניח את התשתית לטיעון שכאשר "אין שופט או בית דין עלי אדמות שישפוט בין המחוקק ובין העם", וכל שנותר לעם הוא לזעוק לשמיים, העם יכול להתקומם נגד הממשל שאינו ממלא את תכליתו. הטיעון שיצירת הממשל בהסכמה היא דו-שלבית מניח את התשתית להתייחסות אל העדה כאל ישות שקודמת לצורת הממשל, שהזכות לכונן משטר חדש יכולה לחזור אליה בתנאים מסוימים. אף על פי שהטיעון לגבי הפרדת רשויות מגדיר את הרשות המחוקקת כעליונה ומותיר בידי הרשות המבצעת את הפררוגטיבה להשתמש בשיקול דעת מחוץ לחוק, לוק מדגיש בפרק י"ג שהכוח העליון לשנות או לבטל את הרשויות האלה נותר בידי העם. הדגש של לוק הוא שהכוח הפוליטי ניתן לרשויות כהבעת אמון ביכולתן לממש את התכליות שלשמן הוקמה הקהיליה. חלק מהפרשנים של לוק רואים ברעיון זה גרסה מוקדמת של מושג ריבונות העם (אנ') כהצדקה להתנגדות עממית לשלטון שסרח.
לוק מספק הגדרה תמציתית לרודנות: "במקום שבו החוק מסתיים, מתחילה הרודנות". שתי הגדרות נוספות מבארות את כוונתו. לפי הראשונה, רודנות היא מצב שבו הכלל שמנחה את השליט אינו החוק, אלא הרצון הפרטי שלו; והצווים והפעולות שלו לא מוכוונים לשימור הקניין של העם (במובן הרחב של המילה קניין), אלא לסיפוק האמביציה, החמדנות והתאוות הפרטיות שלו. לפי ההגדרה השנייה רודנות היא שימוש בכוח פוליטי ללא זכות, או השימוש בכוח ללא סמכות. יחד, ההגדרות מתייחסות לשני תחומים שמגבילים ומגדירים את הסמכות הלגיטימית של השלטון – תכלית הממשל המדיני על פי חוק הטבע והחוקים הפוזיטיביים שהקהיליה התקינה באמצעות הרשות המחוקקת. בהתאם, הוא מפרט לגבי ארבעה מקרים שבהם מופיעה הרודנות: (א) כאשר הממשל מסרב או לא מצליח לפעול לפי חוק הטבע; (ב) כאשר הממשלה לא פועלת למען טובת הכלל או הטוב הציבורי; (ג) כאשר הממשלה מאבדת את האמון שניתן בה. לדוגמה, אם היא מוסרת את סמכותה לכוח זר או אם מתבצעת הפיכה; (ד) כאשר הממשלה לא פועלת על פי החוק שקבעה הרשות המחוקקת. בכל אחד מהמקרים האלה קיימת הזכות למרד, אף שליתר דיוק הממשלה היא זו שצריכה להיחשב למורדת.
הדוגמאות הספציפיות שלוק מספק למקרים שבהם שליט השחית את השלטון והכפיף אותו לרצונו הפרטי נועדו להזכיר לקורא את הפעולות של צ'ארלס השני וג'יימס השני. לדוגמה, הוא מזכיר את השעיית הפרלמנט, יצירת חוקים חדשים ושרירותיים ללא סמכות המחוקקים, שחיתות ומתן שוחד למחוקקים.
לוק מבחין בין מצב שבו יחידים סבורים שהשליט מתנהג כלפיהם ברודנות לבין מצב שבו העם כולו, או חלק גדול ממנו, סבור שהשלטון הוא רודני. במקרה של יחידים, לא סביר שהרודן יענש, אף שליחיד קיימת הזכות להגנה עצמית. המצב המסוכן ביותר לשלטון הוא במקרה השני, שבו סביר יותר שהעם או חלק גדול ממנו יפזרו את השלטון.