Ghost of Tsushima
סיפור > עלילת המשחק

מערכה ראשונה: לשחרר את הלורד שימורה
בשנת 1274, צי מונגולי שבראשו עומד המנהיג חסר הרחמים - ק'וטאן חאן, פולש לאי צושימה שנמצא ביפן. הסמוראי המקומי לורד ג'ין סקאי, סמוראי נוסף בשם לורד אדאצ'י, ודודו של ג'ין, לורד שימורה אשר משמש כג'יטו (מנהיג האי צושימה) מובילים את הסמוראים של האי בניסיון להדוף את הפולשים. עם זאת, הקרב מסתיים באסון, כאשר הסמוראים (וביניהם אדאצ'י) נהרגים, שימורה נשבה, וג'ין נפצע קשה ונשאר למות. הוא נמצא וניצל על ידי יונה, גנבת שאחיה שבוי בידי המונגולים, שמודיעה לו שהאי נחרב.  ג'ין מסתער על מקום מבטחו של ק'וטאן בטירת קאנדה בניסיון להציל את שימורה, מובס על ידי ק'וטאן בקרב ונזרק מגשר הטירה, אך שורד את הנפילה.
ג'ין מבין שאינו יכול להביס את המונגולים לבדו ותוך שמירה על קוד הכבוד של הסמוראים, מכיוון שהמונגולים מצפים לכך, ולכן הוא מאמץ סגנון לחימה חדש וקיצוני יותר הכולל התגנבות ותחבולות. הוא עוזר ליונה לשחרר את אחיה הנפח טאקה משבי המונגולים, ובמהלך מאמצים אלו חובר אליהם גם סוחר הסאקה קנג'י. ג'ין מגייס בנוסף את סנסיי אישיקאווה - קשת מיומן שמלמד את דרכי החץ והקשת, ואת מאסאקו אדאצ'י - השורדת האחרונה מבית אדאצ'י שנחרב לאחר פלישת המונגולים. ג'ין מגייס בנוסף את חבר ילדותו ריוזו - שכיר חרב המנהיג חבורת רונין שנקראת כובעי הקש. ג'ין וריוזו מנסים לגנוב אוכל מבסיסים של הצבא המונגולי ומספינות הקרב שלהם, אך במהלך מאמציהם רבים מכובעי הקש נופלים בשבי. טאקה יוצר עבור ג'ין וו מיוחד בעזרתו ג'ין מטפס על מצוק ומתגנב למחנה מונגולי, ומשחרר את כובעי הקש הכלואים שם. במהלך העלילה, ג'ין מקבל מתושבי צושימה את הכינוי "רוח הרפאים", בהשראת סגנון הלחימה שלו והפחד שהוא זורע בקרב המונגולים. ג'ין ובני בריתו פורצים לטירת קאנדה, אך במהלך הפריצה ג'ין מגלה שריוזו בגד בו, מכיוון שהחאן הציב פרס גדול על ראשו של רוח הרפאים. ג'ין מביס את ריוזו בדו-קרב אך הוא נמלט. בני הברית מצליחים לשחרר את לורד שימורה ולכבוש את טירת קאנדה, אך החאן עוזב עם כוחותיו ועם ריוזו על מנת לכבוש את טירת שימורה הנמצאת במרכז האי. יונה, שבכוונתה לעזוב עם טאקה את צושימה על מנת לחיות חיים טובים יותר, מבקשת מלורד שימורה את אישורו לצאת מהאי בתמורה לכך שעזרה להצילו, אך הוא מסרב ודורש ממנה לעזור לו לכבוש את טירתו מהחאן. לורד שימורה מביע סלידה מהשינוי שעובר על ג'ין, ומאשים בכך את יונה ואת השפעתה עליו, אך מבליג והשניים מתכננים לכבוש יחד את טירת שימורה.
מערכה שנייה: לכבוש את טירת שימורה
ג'ין פוגש בנוריו, נזיר לוחם שהוביל קבוצת נזירים כדי לתמוך בסמוראים אך נשבה בטירת קאנדה, ומגייס אותם למערכה. על מנת לשחרר את טירת שימורה, ג'ין, יונה וטאקה יוצאים ליאריקאווה - ביתם של יונה וטאקה ומחוז שמרד בעבר בלורד שימורה ועקב כך שוררת ביניהם עוינות. גנרל מונגולי צר על יאריקאווה, וג'ין זוכה לתמיכתם לאחר שהוא עוזר לשחרר את המצור, במהלכו הוא הורג את הגנרל וזורע פחד במונגולים. ג'ין מגייס בנוסף למאמץ פיראט בשם גורו, בעל חוב ללורד שימורה שמעביר בשמו הודעה לשוגון על כך שהסמוראים בצושימה זקוקים לתגבורת. בנוסף, ג'ין חוזר לבית של שבט סאקאי, ממנו הוא השורד היחיד, ומקבל מיוריקו המטפלת שלו בילדותו את השריון שהיה של אביו. יוריקו בנוסף מלמדת את ג'ין כיצד להכין רעל קטלני מפרחים. ג'ין לומד שריוזו מתכנן מתקפת פתע על כוחותיו של לורד שימורה ויוצא לעצור אותו, וטאקה מצטרף כהסחת דעת בזמן שג'ין תוקף. ג'ין נשבה על ידי ריוזו והמונגולים, ששובים גם את טאקה. הח'אן מופיע ומציע לטאקה עסקה, לפיה הוא יהרוג את ג'ין ויתן לו ללכת. טאקה בתגובה תוקף את הח'אן אך מובס ונהרג על ידיו. לאחר שג'ין מצליח להשתחרר מהשבי, הוא הורג את כובעי הקש פרט לריוזו שלא נוכח. יונה מגיעה לחלץ אותו ומגלה שטאקה מת. השניים קוברים את גופתו יונה מחליטה להישאר בצושימה ולהילחם במונגולים לצד ג'ין.
כוחותיו של לורד שימורה, מלווים בסמוראים שהשוגון שלח, מסתערים על טירת שימורה, ודוחקים את הצבא המונגולי אל החומות הפנימיות של הטירה, המופרדות מהשאר על ידי גשר. בעת שהסמוראים מנסים לחצות את הגשר בהסתערות, המונגולים מפוצצים אותו והורגים רבים מהסמוראים. לורד שימורה מצווה לבנות מחדש את הגשר על מנת שהסמוראים יוכלו להסתער בשנית, אך ג'ין מתנגד ומציע להתגנב באישון לילה אל החומות הפנימיות ולהרעיל את המזון של המונגולים. הקונפליקט בין השניים מגיע לנקודת רתיחה בה שימורה מכה את ג'ין, שעוזב בזעם ומממש את תוכניתו בעזרת בני בריתו הקרובים. ג'ין מתגנב לטירה ומצליח להרעיל את המזון של המונגולים, ובכך הורג את כולם וכובש את הטירה בעצמו, כבמהלך ההתגנבות הוא נתקל בריוזו, נלחם בו בשנית והורג אותו. כשכוחותיו של לורד שימורה נכנסים לטירה המומים וזועמים עקב חוסר הכבוד של ג'ין ושבירת קוד הסמוראים, לורד שימורה, שמתכנן להכריז על ג'ין כבנו המאומץ ולהפוך אותו ליורשו, מנסה לשכנע את ג'ין להאשים בכך את יונה, אך ג'ין מסרב ומצהיר שהוא רוח הרפאים, ושהוא עומד מאחורי החלטותיו. הוא מעניק ליונה את חרבו ומבקש ממנה לברוח צפונה ולרדוף אחרי הח'אן שהתקדם מהטירה, בעוד שהוא נלקח כאסיר ועתיד להישפט לפני השוגון.
ג'ין משוחרר מהשבי על ידי קנג'י, והוא מתגנב אל סוסו דרך הטירה של לורד שימורה. בעת בריחתו צפונה, קשת יורה חץ בסוסו שגוסס למוות, ומת באמצע הרחיבה. ג'ין התשוש מתגנב דרך כפר שהמונגולים שרפו, ומגלה שהם למדו להכין את הרעל שלו, ושהם משתמשים בו נגדו. ג'ין מורעל, אך ניצל בשנית על ידי יונה והשניים מתכננים להרוג את החא'ן ללא עזרת לורד שימורה וכוחותיו.
מערכה שלישית: לחסל את החאן
יונה מגלה לג'ין שהח'אן חונה בנמל איזומי הצפוני, ושהוא מתכנן להפליג אל שאר יפן ולהשתמש ברעל כדי לכבוש אותה. השניים כובשים מחנה בסמוך לנמל ומתכננים לכבוש מבצר נוסף על צלע הר כדי לתקוף משם. יונה יוצאת לאסוף את בני הברית של ג'ין מהדרום בעוד שג'ין מגייס צייד שמכיר את יונה מעברה, ומוביל קבוצת ציידים ידועה לשמצה. בתקיפה משולבת, בני הברית של ג'ין כובשים את המבצר ומתכוננים להתקפה על הח'אן. ג'ין ויונה מתגנבים לנמל ומבינים שסופה כבדה מתקרבת לחוף, והיא ההזדמנות המושלמת לתקוף את הח'אן. ג'ין מחליט לבקש את עזרת כוחותיו של שימורה בכל זאת, ועל מנת לעשות זאת כותב לו הודעה ומתגנב לטירת שימורה כדי להניח אותה בחדרו הפרטי של הלורד. בעת המתקפה, ג'ין המלווה בבני בריתו, בלוחמי יאריקאווה ובעריקים מצבא שימורה שרוצים להילחם בשם "רוח הרפאים" מסתער על הנמל ופוגש בח'אן. ג'ין והח'אן נלחמים, עד שלמקום מתפרצים כוחותיו של לורד שימורה שקרא את המכתב ונענה לקריאתו של ג'ין. הח'אן מנסה לברוח על ספינתו, אך ג'ין רודף אחריו, משיג אותו ומצליח להרוג אותו.
עם מותו של הח'אן, הפלישה המונגולית מאבדת את המומנטום שלה והיתרון עובר לטובת הסמוראים. ג'ין מקבל מלורד שימורה מסר ובו בקשה להיפגש. ג'ין נפגש עם לורד שימורה והשניים משוחחים על אירועי העלילה, על עברם ועל העתיד. שימורה אומר לג'ין שהשוגון הכריז עליו כבוגד, נישל אותו מתואר הסמוראי שלו ומאדמותיו, ושהוא ציווה על שימורה להביא לו את ראשו של "רוח הרפאים". ג'ין ושימורה נלחמים בדו-קרב, בו שימורה מפסיד, ומבקש מג'ין שיהרוג אותו בהתאם לקוד הסמוראים. לשחקן בחירה האם לחוס על חייו של שימורה, או להרוג אותו. ללא קשר לבחירת השחקן, ג'ין הופך לאויב השוגון ועוזב את האדמות של שבט סאקאי. לאחר מכן, הוא נפגש עם יונה והשניים מחליטים להמשיך להילחם בפלישה המונגולית לצושימה ולמגר אותה עד תום, ובכך המשחק נגמר.