תומאס ג'ונס (מושל אלבמה)
מושל אלבמה

במקום להתמודד על תקופת כהונה נוספת בבית הנבחרים, שב ג'ונס לעיסוקו בעריכת דין כדי לגייס כספים למסע הבחירות שלו למשרת המושל, שנחל הצלחה. הוא הביס את החוואי רובן קולב ומועמדים אחרים בוועידת הדמוקרטים לאחר כמה סבבי הצבעה וניצח בקלות את מועמד הרפובליקנים בנג'מין מ. לונג בבחירות הכלליות. ג'ונס כיהן כמושל אלבמה בשנים 1890–1894.
בשנתיים הראשונות לכהונתו כמושל, הציע ג'ונס קבלת תיקון לחוקה שיאפשר מושבים ארוכים של בית המחוקקים ושיתיר לרשויות המקומיות להטיל מיסים למימון החינוך והעבודות הציבוריות. הוא גם התנגד למזימות לשלול מהאפרו-אמריקאים את זכות ההצבעה באמצעות הטלת דרישות של השכלה או בעלות על רכוש, וגינה את ההצעות להגביל את ההכנסות ממיסים ממשלמי המיסים הלבנים עבור בית ספר לילדי הלבנים והגדיר אותן כנוגדות את החוקה. כמי שהיה בעד שוויון גזעי, הוא התנגד לקיומה של מערכת העסקת האסירים של אלבמה, על אף התעמולה שהיא סייעה למיסוד העליונות הלבנה ולחיסכון בהוצאות הממשלה. באופן אירוני, ג'ונס נכנס לתפקידו במהלך שביתה של כורי הפחם שהתנגדו לתחרות בלתי הוגנת מצד האסירים המועסקים, שבתחילה הוא פתר אותה יחד עם אגוד עובדי המכרות באמצעות מינוי נציב בריאות ובטיחות. את כהונתו הוא סיים כאשר הוא טיפל בשביתה של הכורים בברמינגהאם נגד חברת הפחם והפלדה והרכבת של טנסי, שבמהלכה הוא הפעיל את כוחות הצבא של המדינה לאחר שהעסקתם של מפירי שביתה שחורים עוררה אלימות. שביתה זו הורחבה על ידי יוג'ין דבס כך שהשובתים הצטרפו לשביתת פולמן.
על אף התפארותו של ג'ונס בקיצוץ במיסים, אלבמה עמדה על סף פשיטת רגל, ובמהלך המחצית השנייה של כהונתו, סירב בית המחוקקים להגדיל את מיסי התאגידים כפי שהציע ג'ונס.
הפוליטיקה הוכיחה את עצמה כרבת תהפוכות, וניסיונותיו של ג'ונס להחליף את יריבו הפוליטי לשעבר, רובן קולב, כנציב החקלאות בתקופת כהונתו השנייה כמעט והפכו לניצחון הרה אסון. בית המשפט העליון של אלבמה אישר את המינוי החדש של ג'ונס לתפקיד נציב החקלאות כאשר קולב סירב לפנות את מושבו עם תום תקופת כהונתו, ובבחירות לתקופת כהונתו השנייה של ג'ונס למשרת המושל הוא התמודד מולו כמועמד עצמאי ונוצח על ידו בהפרש קל, בדיוק כמו בבחירות המקדימות של הדמוקרטים, שאת הניצחון בהן של ג'ונס ייחס קולב לייצוג היתר של השחורים במדינה.
ג'ונס המשיך להתמודד עם טענתו של קולב שבבחירות של 1892 הוא נוצח במרמה עד יום מותו. יושב ראש בית הנבחרים של אלבמה, פרנק ל. פטוס, ונשיא הסנאט המדינתי ג'ון סי קומפטון היו גם הם מאוכלוסיית השחורים והתעלמו מבקשותיו של קולב לחקירה. באופן אירוני, על רקע התבטאויותיו של קולב בזכות העליונות הלבנה, ניסיונותיו לקשר את ברית החקלאים עם מועמד המפלגה הפופוליסטית לנשיאות, גנרל צבא ארצות הברית לשעבר ג'יימס וייבר, פגעו בסיכויו של זה האחרון להיבחר, שכן רבים מתושבי אלבמה לא תמכו בווייבר ולא במועמד הרפובליקנים בנג'מין הריסון.
ב-8 באוגוסט 1894, שבועיים לאחר שג'ונס הכריז שכוחות הצבא של אלבמה יישארו בברמינגהאם עד לאחר סיום שביתת הכורים, איבד קולב שוב את סיכוייו להיות מושל אלבה, והפעם הוא הפסיד לדמוקרט ויליאם קלווין אוטס, שלא כמו ג'ונס, תמך במערת העסקת האסירים. ההוצאות שהוציאה המדינה במהלך תקופת כהונתו כמושל ירדפו את ג'ונס עד יומו האחרון.
ג'ונס לא התמודד בבחירות לסנאט של ארצות הברית מול ג'ון טיילר מורגן, ונותר פעיל פוליטית בתמיכה בנשיא גרובר קליבלנד. הוא היה לאיש סיעת תומכי תקן הזהב במפלגה הדמוקרטית במקום לתמוך בויליאם ג'נינגס ברייאן, זאת על אף הביקורת שהמשיך להטיח בו קולב. על כל פנים, סיעת תומכי תקן הזהב זכתה ב-6,453 קולות בלבד באלבמה, זאת בהשוואה ל-107,137 שהצביעו בעד ברייאן, וכך נראה היה שהשפעתו הפוליטית של ג'ונס באלבמה באה לקיצה.
ב-1897 השתקם כוחו הפוליטי של ג'ונס כאשר הוא נשאר במונטגומרי, זאת על אף מגפת הקדחת הצהובה שהכתה את אזור החף הדרומי, מדיניות הדברת המגפה שלו, הקורבנות הרבים ומדיניות הסגר שהוטל בסיוע כוחות חמושים. 11 המתים במגפה במונטגומרי היו חלק מלפחות 71 מתים בכל המדינה.