ישראל בר
משפטו וסוף דרכו

חוליית מעקב של השב"כ, שעקבה אחר מפעיל סוכנים סובייטי בשם ולדימיר סוקולוב באזור צפון תל אביב, שבו נהג לקיים את פגישותיו עם סוכניו, הבחינה בפגישתו עם אחד מהם. מעקב אחר הסוכן האלמוני הוביל את אנשי השב"כ לדירתו של בר. אנשי השב"כ מיהרו להזעיק את איסר הראל שנתן הוראה לעצור מייד את בר. בשעה 2:30 לפנות בוקר ב-31 במרץ 1961 נעצר בר בדירתו, ברחוב ברנדיס 51, בתל אביב. דבר המעצר נשמר בסוד ועורכי העיתונים נאותו לדחות את פרסומו עד זמן מה אחרי תחילת משפטו של אדולף אייכמן שנפתח ב-11 באפריל, כדי שלא לפגוע ברושם של משפט זה. משפורסמו הפרטים לבסוף ב-16 באפריל 1961‏ הם הכו בתדהמה את הציבור בישראל, כפי שתיאר מאמר המערכת של "מעריב": "כרעם ביום בהיר נפלה עלינו הידיעה על מעצרו של ישראל בר והאשמתו בריגול לטובת מדינה זרה, אשר יחסיה עם אויבינו בנפש הם הדוקים ביותר."
הרבה מעבר למעמדו האמיתי של בר כאזרח עובד משרד הביטחון העוסק בכתיבת ההיסטוריה של מלחמת העצמאות, נוצרה לו תדמית של איש הצמרת הביטחונית הבכירה. בר עצמו, בהתנהגותו ובניסיונו לחסות בצילה של הצמרת, היה בין היוצרים של תדמית זו. עיקר התדהמה נבע מכך שכחלק מתדמית זו, נחשב בר כמקורבו, איש אמונו ויועצו של דוד בן-גוריון. רות בונדי היטיבה לתאר את מעמדו במדורה הסאטירי בדבר השבוע:
עכשיו כשהזעזוע הראשון כבר מאחורינו, הגיעה העת לשאול: איך, איך עוללת לנו דבר שכזה, דוקטור? הרי היית לנו כלידל הארט, כקלאוזוביץ היית לנו, כגודריאן, שמענו את דעותיך על מבצע קדש, כאילו הייתה זו תורה מסיני - ואתה הלכת להתעסק עם סוכן זר כמו כל קלאוס ופוקס! כך עושים ליהודים?
בליל פרסום דבר מעצרו של בר המתינו אלפים ברחוב דיזנגוף בתל אביב למהדורה מיוחדת של "העולם הזה" שבה הופיע סיפורו של בר "איש סודו של בן-גוריון" על פני עמודים רבים. עם המעצר נאלץ בן-גוריון להכחיש שבר היה יועצו.
מאסרו של בר עורר גם גל של ספקולציות בציבור ובעיתונות. ב"ידיעות אחרונות" נכתב בכותרת ראשית: "מאסר עולם צפוי לישראל בר, היסטוריון צה"ל הנאשם בריגול". כותרת נוספת אמרה: "סברה שבר התכוון לברוח למדינה קומוניסטית". "מעריב" אמר בכותרתו הראשית: "עשרות אנשי ביטחון נחקרו לאחר מעצר ד"ר בר, החשוד בריגול". כותרת נוספת אמרה: "ביה"ד העליון של מפא"י ידון בהוצאת בר מהמפלגה".
במשך 10 חודשים היה בר במעצר לפני משפטו. במהלך התקופה נערכה בדיקה מעמיקה בישראל ובחו"ל ומסקנותיה היו כי בר לא לחם בספרד ואף לא היה בה כלל, לא קיבל תואר דוקטור, לא נלחם בשורות השוצבונד ולא טס לוורשה לפגישה עם השר הפולני. בתקופת מעצרו עבר חקירות ממושכות על ידי חוקרי השב"כ, עד שנשבר והודה כי הביוגרפיה שלו הייתה בדויה וכי קיים מגע עם סוכני ברית המועצות ומסר להם חומר מסווג. להגנתו טען כי עשה זאת לטובת מדינת ישראל. לדבריו, כפרשן צבאי וכהיסטוריון, הגיע למסקנה כי במאבק הבין-גושי עתידה ידה של ברית המועצות להיות על העליונה, וכי יהיה זה לטובת האינטרס של מדינת ישראל לחבור למחנה המנצח. לקידום מטרה זו ניהל מדיניות חוץ משל עצמו. הוא טען כי לא מסר לסובייטים מידע ביטחוני מסווג, אלא מידע על אישים, על דעות ועל הלכי רוח במדינה. לדבריו אם מסר מידע מסווג כלשהו היה זה מידע על שדות תעופה של נאט"ו בטורקיה שהוקמו על ידי סולל בונה. הוא הודה שקיבל סכומי כסף מברית המועצות אך תירץ אותם כ"החזר הוצאות". איסר הראל הסיק מחקירתו של בר כי לא הגיע לארץ ישראל כסוכן סובייטי, אלא כי במהלך שנות ה-50 התקרב לנציגיהם בישראל, עד אשר נלכד בכפם והפך לבסוף, בשנת 1956, לאחר מבצע סיני, לסוכן של ממש.
בר הועמד למשפט בפני בית המשפט המחוזי בתל אביב. במשפטו חזר על הטענות שטען בפני חוקרי השב"כ, כי עשה את אשר עשה לטובת המדינה. ב-14 בינואר 1962 נתן בית המשפט את פסק דינו. בפסק הדין, שהוקרא על ידי נשיא בית המשפט השופט מקס קנת, נמצא בר אשם בריגול חמור ובין היתר בסעיף החמור של מסירת ידיעות בכוונה לפגוע בביטחון המדינה. עם זאת קיבל בית המשפט את גרסתו של בר כי פעל ממניעים אידאולוגיים של אמונה בניצחונה הצפוי של ברית המועצות, ובכך שטובתה של מדינת ישראל לחבור אליה. בין השאר נאמר בפסק הדין: "אנו נוטים להאמין, כי הגורמים שאילצו את הנאשם לעשות את המעשים שעשה היו דאגה וחרדה לגורל המדינה". בית המשפט גזר על ישראל בר 10 שנות מאסר.
בר ערער על פסק הדין בפני בית המשפט העליון וב-28 בנובמבר 1962 דחה בית המשפט העליון את הערעור ואף החמיר את עונשו ל־15 שנות מאסר.
בינואר 1963 הורד לדרגת טוראי ופוטר משירות הביטחון כעונש על הרשעתו בריגול.
בר ריצה את מאסרו בכלא שאטה שבו זכה ליחס מועדף והתאפשר לו לעסוק בכתיבה. הוא כתב בכלא את הספר "ביטחון ישראל – אתמול, היום ומחר" שעליו עבד 5 שנים בהתמדה בימים ובלילות, אותו השלים ביום העצמאות ה'תשכ"ו, שבועות אחדים לפני מותו ב-1 במאי 1966 מהתקף לב בו לקה שבוע קודם לכן. הוא נקבר בבית העלמין הדרום. יומיים לפני מותו חש בר ברע וסירב לקחת תרופה שהציע לו רופא הכלא למיחושי הלב מהם סבל. הוא דרש את ביקורו של רופאו הפרטי מתל אביב, והנהלת בית הכלא קבעה שאין צורך בכך, לפי טענת הרופא כי אין תרופה אחרת ממה שניתנה לו ממילא. לאחר מותו, נציבות בתי הסוהר הכחישה את התנגדותה שלה להזמנת הרופא הפרטי, וטענה שבכך הייתה צריכה משפחתו של בר לטפל.
לאחר מותו, התברר כי בר היה קצין מודיעין רוסי.
בין האנשים שחלקו לו כבוד אחרון בהלווייתו, היו אלעזר גלילי, נתן אלתרמן, נציב בתי הסוהר (לו הקדיש בר, בין השאר, את הספר) אריה ניר, יעקב ינאי, שמעון אבידן, נתן ילין מור, פנחס וזה, גרשום שוקן ועמיקם גורביץ'.
הספר ראה אור בהוצאתו של עמיקם גורביץ', שהוזמן למלאכה על ידי נציבות שירות בתי הסוהר, ועבד עליו לצד בר. ילין מור גם השתתף במלאכה, ופענח את כתב היד של בר, שנערך באנגלית. ספרו של בר הוא כתב אפולוגטיקה שבו ניסה לטהר את שמו, טען כי הודאתו הייתה שקרית וחזר על גרסתו בדבר לימודיו באקדמיה הצבאית האוסטרית, תואר הדוקטור שלו וחלקו במלחמת האזרחים בספרד. בר ניתח בספרו את מצבה הצבאי והמדיני של מדינת ישראל מנקודת מבט שמאלית ופרו-סובייטית וקרא לישראל להשתלב בסביבתה עם שכנותיה.