דיוק ניוקם: פרויקט מנהטן
עלילה > אויבים

לכל אויב במשחק יש שלוש רמות: ככל שהרמה גבוהה יותר כך קשה יותר להרוג את האויב והוא יותר חזק וקטלני כלפי השחקן. ככל שמתקדמים יותר במשחק כך הסיכוי לפגוש אויבים ברמה גבוהה יותר גדלה. ישנם שמונה סוגי אויבים במשחק:
חזיר שוטר (Pig Cop) – זהו האויב הראשון שהשחקן נתקל בו, אחד מהאויבים האייקונים בסדרת המשחקים והאויב הנפוץ ביותר במשחק. החזיר-שוטר הוא חזיר מוטנט שרירי וגדול בעל בגדי משטרה כחולים (ברמות 2 ו-3: בעל מדי SWAT שחורים וכובע גרב על ראשו), אשר נושא שוטגאן חצי-אוטומט. חזיר שוטר ברמה הראשונה יכול לתקוף באמצעות הנשק שלו רק ימינה ושמאלה ואינו מסוגל להתכופף, מה שנותן יתרון תמרון לשחקן. החל מרמה 2, חזיר שוטר יכול גם להתכופף ובכך מקשה יותר על השחקן. ברמה 3, לחזיר שוטר יש שוטגאן אוטומטי שיורה בצרורות של 8–10 כדורים ולאחר מכן כדור בודד, אשר בקלות יכול לבצע נזק של 50 אגו, אם השחקן לא נזהר.
חולדאויד (Ratoid) – חולדה מוטנטית, שמופיעה לראשונה בפרק השלישי במשחק, בעל פרווה חומה. לחולדאויד יש שני אמצעי התקפה: טפריו ומספר סוגים של מטעני צינור, בהתאם לרמה. ברמה 1, לחולדאויד יש סוג אחד בלבד של מטען צינור, בצבע אדום, מסב נזק של 5 אגו בפגיעה ישירה בשחקן ובעת פגיעה בקרקע המטען מתפוצץ ופולט אש לכל עבר, בדומה לבקבוק תבערה. ברמה 2, לחולדאויד יש בנוסף למטען האדום, אשר מסב יותר נזק מאשר ברמה 1, מטען צינור כחול, שבעת פגיעתו בקרקע, הוא "קופץ", מטיח צרור של כדורים לכל עבר המסבים נזק של 2 אגו כל אחד ולבסוף מתפוצץ. ברמה 3, החולדאויד, שונה בצבעו בכך שהוא לבן ובעל מטען גלופ על גבו. בנוסף לשני סוגי המטעני צינור הקיימים, שמסבים יותר נזק מאשר ברמה 2, יש לו סוג נוסף של מטען צינור, אשר בהרבה יותר קשה לחמוק ממנו. כאשר המטען צינור פוגע באדמה, הוא משמיע צפצוף, לאחר מכן מתפוצץ ומתחלק למספר "רקטות" קטנות אשר נעולות על השחקן. כל רקטה כזו מסבה נזק של 5 אגו. אם השחקן יפוצץ את מטען הגלופ שנמצא על גבו של חולדאויד ברמה 3, המטען יתפוצץ ונוזל גלופ ירד לרצפה, לכן על השחקן כדאי להימנע מכך.
ראצ'ואיד (Roachoid) – תיקן מוטנטי, אשר נראה לראשונה בפרק השלישי. ברמה 1, הראצ'ואיד הוא בעל גוון לבן חיוור ויכול להקיא מפיו חומצת גלופ לעבר השחקן, שמסבה נזק של 10 אגו ואף להכות ברגליו ולהסב נזק של 20 אגו. ברמה 2, הראצ'ואיד מקבל גוון חום וכנפיים, אך בהתנהגותו הוא זהה לרמה 1, פרט לכך שהוא חזק יותר - הקאת גלופ תסב נזק של 12 אגו והכאה ברגליו תסב נזק של 25 אגו. ברמה 3, הראצ'ואיד נראה חיצונית זהה לרמה 2, אך גדול יותר, חזק יותר ומסוגל לקפל את עצמו לכדור למספר שניות על מנת להגן על עצמו. הקאת גלופ תסב נזק של 15 אגו והכאה ברגליו תסב נזק של 30 אגו. בנוסף לכך, ראצ'ואיד מסוגל להטיל ביצים שמהם בוקעים תיקנים קטנים ולא מוטנטים, אך ברגע שהם נוגעים בגלופ, הם משתנים למוטנטים. כך, כביכול התיקנים הקטנים אינם מזיקים ישירות לשחקן, אך רצוי להרגם טרם יבקעו מהביצים.
גאטור גראנט (Gator Grunt; מילולית: נאקת תנין) – אליגטור מוטנטי שמופיע לראשונה בחלק הראשון של הפרק השני במשחק. ברמה 1, גאטור גראנט לובש חליפת קונג פו צהובה-שחורה, מצויד בשני אקדחים שכל אחד מהם מסב נזק של 12 ומסוגל להביא בעיטות קראטה שכל אחת מהן מסבה נזק של 15 אגו. ברמה 2, הגאטור גראנט נראה כמו ברמה 1, פרט לכובע קש בצורת חרוט אשר מסייע להבדיל בינו לבין הרמה הקודמת וכן בעיטות הקראטה שלו יכולות להסב נזק של 20 אגו. ברמה 3, שבה השחקן נתקל רק מספר מועט של פעמים, גדול יותר מקודמיו, בעל חליפת קונג פו אדומה וכובע קש בצורת חרוט ומצויד בשני תתי מקלעים מסוג עוזי, אשר מסבים נזק של 4 אגו כל אחד, אך עקב קצב הירי המהיר שלהם, יכולים להסב נזק הרבה יותר גדול מקודמיו. הוא מסוגל לבצע בעיטת קראטה שמסבה נזק של 16 אגו וכן אם השחקן מתקרב אליו יותר מדי, גאטור גראנט יבצע מהלכי קונג פו שכל אחד מהם תסב נזק של 4 אגו, אך עקב הקצב המהיר של המהלכים, יכול להסב נזק כבד לשחק.
פלייאויד (Flyoid) – זבוב מוטנטי, אשר מופיע לראשונה בשלב הרביעי. זהו האויב היחיד שיש לו שתי רמות בלבד במקום שלוש. בעל צבע עור חיוור (ברמה 2 - שחור), יכולת תעופה ויכולת לירוק שלוש שלוליות גלופים במכה אשר כל אחת מהן מסבה נזק של 20 אגו. מלבד כמות החיים הנוספים שיש לרמה 2, אין הבדלים נוספים בין הרמות.
אישה-מכנית (Fem-Mech) – אנדרואיד דמוי אישה, אשר נראית לראשונה בחלק השני בחלק הראשון במשחק. יש לה יכולת תמרון גבוהות מאשר שאר האויבים משחקים. ברמה 1, האישה-מכנית לובשת בגדי עור שחורים, בעלת קוקו גבוה ושיער בצבע בלונד ומצוידת בשוט חשמלי אשר יכול להסב נזק של 10 אגו בכל מכה. ברמה 2, היא לבושה בבגדי עור אדומים, שיערה לבן ובעל קוקו גבוה, משתמשת באותן הטקטיקות כמו ברמה 1, אך מצוידת בשוט חשמלי אשר יכול להסב נזק של 20 אגו בכל מכה. ברמה 3, האישה-מכנית נוטשת את ההמראה האנושי שלה והיא נראית כסייבורג שלם שעשוי ממתכת, אך עדיין חמושה בשוט, שיכול להסב נזק של 30 אגו בכל מכה. אם יורים באישה-מכנית באמצעות קרן גלופ ובהסבת מספיק נזק, היא תתפוצץ.
מכני (Mech) – המכני, היא מכונת ירייה אשר נשלטת על ידי בינה מלאכותית, שמופיעה לראשונה בחלק השני של הפרק החמישי במשחק. כאשר היא מזהה את השחקן, היא נכנסת למצב התקפה. ברמה 1, היא יכולה להסב נזק של 25 אגו בכל ירייה, אך היא מוגבלת בתנועתה, בקצב ובטווח הירי שלה: אם השחקן יהיה רחוק מהמכונה או אם השחקן יתכופף, המכונה לא תפגע בשחקן. ברמה 2, המכונה מעט יותר גדולה מברמה הקודמת, אך במקום לירות פעם אחת, היא יורה צרור של 3 יריות, כאשר כל אחת מהן יכולה להסב נזק של 5 אגו, דבר שנראה כחיסרון, אך המכונה חזקה יותר וקשה יותר להרוס אותה. ברמה 3, המכונה אף יותר חזקה ויותר ממוקגנת, מה שהופך אותה לאויב החזק ביותר במשחק (פרט לבוסים). בדומה לרמה 1, המכונה יורה כדור אחד בכל פעם, אשר יכול להסב נזק של 40 אגו, אך יש לה גם מתקפה נוספת: ירי רקטי של מטעני צינור לעבר השחקן, כאשר כל מטען צינור מסב נזק של 5 אגו. אם יורים במכני באמצעות קרן גלופ ובהסבת מספיק נזק, היא תתפוצץ.
מצלמת אבטחה מכנית (Security Camera Mech) – זוהי מצלמת אבטחה מעופפת שמצלמת כל מספר שניות, אשר דומה לאויב "Sentry Drone" מהמשחק דיוק ניוקם 3D. ברגע שהיא מזהה את השחקן, היא נכנסת למצב התקפה, שמשתנה בין הרמות. ברמה 1, המצלמה עוקבת אחר השחקן וכאשר מתקרבת מספיק, היא מתפוצצת ויכולה לבצע נזק של עד 40 אגו. ברמה 2, למצלמה יש לייזר בעינית שאיתו היא יכולה לירות בשחקן ולהסב נזק של עד 20 אגו. בנוסף, אם השחקן קרוב מדי לפיצוץ המצלמה, כמות הנזק שהשחקן יקבל תהיה זהה כמו לרמה 1. ברמה 3, במקום הלייזר בעינית, ישנה הרחבה למצלמה בה הלייזר ממקום ברובה ייעודי אשר נמצא מתחתיה, אשר יכול להסב נזק של עד 30 אגו. פיצוץ המצלמה יגרום לנזק זהה לנזק ברמות 1 ו-2. אם יורים במצלמה באמצעות קרן גלופ ובהסבת מספיק נזק, היא תתפוצץ.