בלדווין השלישי, מלך ירושלים
מלחמת האזרחים

לקראת שנת 1152, כשהוא בן עשרים וחמש, ניגש בלדווין לפוליטיקה הפנימית של ממלכת ירושלים. אף על פי שבשבע שנות מלכותו הראשונות לא הראה עניין בניהול הממלכה, עתה דרש אחריות רבה יותר. המלכה הייתה בעלת השפעה רבה בחצר, כמעט בלעדית, ורוב האצילים ורוזני הממלכה נטו לצידה; כבר קודם ניסו הללו להכשיל את בלדווין במעשיו. המלכה הייתה אהודה מאוד על העם, בגלל פועליה הרבים - בשנת 1149, שנת היובל לכיבוש העיר בידי הצלבנים, חנכה ושיפצה המלכה את כנסיית הקבר, בסיוע ידידה הפטריארך הלטיני פולכר (Fulcher); בהמשך חילקה מליסנדה את סופו של רחוב סטפאן הקדוש, הרחוב הראשי של ירושלים הצלבנית (אשר משער שכם עד שער ציון), בו היה הקארדו הרחב, לשלושה שווקים צרים, מקבילים (במערך הקיים עד ימינו), והוסיפה קירוי מסוגנן לכל שוק; היא נודעה כ"פטרונית האמנים", ותרמה רבות לכנסייה וסעיפיה. לעומתה, לבלדווין הצעיר לא היו עדיין הישגים כגון אלו, והוא השתדל לצבור הישגים בהסגות פולשים בגבולותיו.
מליסנדה ובנה החלו מתנכרים זה לזה סביב שנת 1150, ובתחילת שנת 1152 דרש בלדווין מהפטריארך פולכר הכתרה שנייה בכנסיית הקבר, נפרדת מזו שבה הוכתר לצד אמו. הפטריארך סירב לבקשתו, וכמעין הכתרה עצמית רכב בלדווין דרך רחובות ירושלים עם זר עלי דפנה לראשו. פעולה זאת נעשתה לאחר שבלדווין האשים את אחד מעושי דבריה של המלכה בניסיון לשכנעה בצורך לנשלו מתפקיד המלך; קרוב לוודאי שבלדווין התייחס בדבריו למנשה דה ירז', הקונטאבל של הממלכה ומנאמניה המובהקים של המלכה.
בלדווין ואמו הסכימו להעלות את נושא המלוכה בפני ה"הוּט קוּר", המועצה המלכותית. החלטת המועצה, שהורכבה מנציגים פאודליים ומאנשי משפט, עמדה על חלוקת המדינה לשני אזורי שלטון: בצפון, הכולל את עכו וצור האסטרטגיות, ימשול בלדווין בעוד שמליסנדה תשלוט על יהודה והשומרון העשירות, כמו גם על שכם וירושלים עצמה, ובפועל גם על נחלתו של בנה אמלריך רוזן יפו. אמנם, אף לא אחד מהפונים היה שבע רצון מההצעה: בלדווין רצה לשלוט בממלכה בשלמותה, ואמו חששה מחלוקת משאבי הממלכה, שתפתח פתח להתפוררותה, אך כדי למנוע מלחמת אזרחים הסכימו בלדווין ומליסנדה להצעה, וזו התקבלה בסופו של דבר.
אך כעבור שבועות אחדים מחלוקת הממלכה, הנהיג בלדווין, שלא הסתפק בחצי הממלכה, מתקפה על הדרום. שכם נפלה במהרה, והמלך שעט אל ירושלים; אך מנשה דה ירז', שהמלך הורידו מתפקידו, חסם את דרכו לירושלים כאשר הוא מתבצר במג'דל יאבא שבסניוריית איבלין ורמלה. לאחר מצור נכנע מנשה והוגלה מהמדינה, ובלדווין פנה אל ירושלים. יהושע פראוור מסביר כי החשש מהמלחמה בשילוב זכות המורשה הפיאודלית שהייתה קבועה היטב בתודעתם ל האנשים גרמו לתושבי ירושלים לפתוח פתחו את שערי העיר בפני בלדווין, והמלך נכנס אליה כמנצח. מליסנדה ואמלריך, אחיו הצעיר של בלדווין שנטה לצד המלכה, נמלטו למגדל דוד. הכנסייה, שמאז ומעולם העדיפה את צד המלכה, נשאה ונתנה עם בלדווין, וההסכם שנתקבל התיר למליסנדה לשלוט בשכם למשך חייה אם תישבע לבלדווין לא להפריע לשלום. לתפקיד בכיר מינה כעת בלדווין את המפרי השני מטורון, רוזן בניאס שבסניוריה הגלילית של טורון. למרות "פרישתה", שמרה המלכה כוח רב בחצר המלוכה, ורבים מהאצילים שלא ראו בעין יפה את נטייתו של בלדווין למלוך כשליט עצמאי ובלתי תלוי באביריו, נטו לצידה. מליסנדה הייתה גם מדינאית מוכשרת, ואהודה על העם; בלדווין לא הרחיק את אמו מהחצר, וב־1154 התפייס עמה וסמכותה הוכרה (גם אם תחת שלטון בלדווין). פיוס זה סייע לבלדווין הן עקב העובדה שהמלך בילה זמן רב בקרבות, ונזקק לעזרת אמו כדי לנהל את מדיניותו, והן עקב קשרי המלכה עם אחותה ואחייניתה שמנסיכות אנטיוכיה, הודיירנה ומליסנדה מטריפולי, שסייעו לו מצפון בתקופה מתוחה זו, כשעזרתה של דמשק אבדה לו.
בזמן המסעות הצבאיים של בלדווין, כיהנה אמו כעוצרת; מליסנדה נטלה חלק פעיל במרביתם של תהליכי קבלות ההחלטות בממלכה, והופיעה לצד בנה בטקסים הרשמיים. בשנת 1156 הגיעה המלכה לידי הסכם שותפות עם צי הסוחרים של פיזה שתרם רבות לכלכלת הממלכה, בעוד בלדווין שומר על איזון המצב בצפון מול נור א-דין, ובשנת 1157, בעוד בלדווין ורוזני פלנדריה ואנטיוכיה מנחילים מפלות לשליט הערבי ומשחררים את שטחי צפון אנטיוכיה הכבושה, ניהלה מליסנדה קרבות לכיבוש נקודות משלט בנסיכות עבר הירדן מול שבטי התורכמאנים. העם שמח להתפייסות, ובלדווין התחבב עליו עוד יותר.