אאוגניוס הרביעי
כהונתו

אחת מפעולותיו הראשונות הייתה נישול כמה מבני משפחת קולונה, שהתחזקה מאוד מבחינת עמדות כוח ונכסים בתקופת מרטינוס החמישי. זאת על מנת לשמור על מאזן הכוחות בין העיר רומא לבין הוותיקן. זמן קצר לפני מותו פתח קודמו בתפקיד את ועידת בזל לדיון בכפירה ההוסיסטית ועליית האימפריה העות'מאנית, אך הוועידה קיבלה תפנית כאשר ביקשה לדון בעליונות האפיפיור. בדצמבר 1431 הוציא אאוגניוס בולה אפיפיורית לסגירת הוועידה, שהגיבה בקריאה לאפיפיור להגיע לבזל ולהתייצב בפניה. זיגיסמונד, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, שנבחר במאי 1433, ביקש לתווך ולסיים את המתח בכך שהאפיפיור ימשוך את הבולה שלו ובתמורה יאושררו זכויות הכס הקדוש על ידי הוועידה.
באותה עת הוביל האפיפיור מדיניות של תמיכת מדינת האפיפיור במלחמתן של הרפובליקה של ונציה ופירנצה בדוכסות מילאנו בראשות פיליפו מריה ויסקונטי, זאת בניגוד למדיניות העיר רומא, שכוננה רפובליקה קצרת ימים בראשות משפחת קולונה. בראשית יוני 1434 נמלט אאוגניוס מן הוותיקן. הוא הוברח באישון לילה, לבוש בגלימות נזיר בנדיקטי לסירה שהובילה אותו על פני נהר הטיבר לאוסטיה, שם אסף אותו כלי שיט לפירנצה, שם שהה עד לחתימת הסכם שלום בפרארה באוגוסט 1435. אז עבר לבולוניה, שם שהה עד אפריל 1436, כאשר הקונדוטיירי (מפקד צבא שכיר) שלו, פרנצ'סקו ספורצה מוביל את הכיבוש מחדש של שטחי מדינת האפיפיור. באוגוסט 1436 החריב צבא האפיפיור את מעוזה של משפחת קולונה בפלסטרינה, וסימן בכך את עליונות הוותיקן ומדינת האפיפיור על רומא העיר. אאוגניוס נאלץ להעביר את הוועידה שלו מפרארה לפירנצה בעקבות פרוץ מגפה בעיר (לפיכך היא נקראת לעיתים "ועידת פירנצה"). ביולי 1439 חתם על הסכם איחוד מחדש עם הכנסייה האורותודוקסית ובנובמבר חתם על הסכם דומה עם הכנסייה האפוסטולית הארמנית, כל זאת על מנת להילחם בהתפשטותה של האימפריה העות'מאנית. ב-28 בספטמבר 1443 שב אאוגניוס לרומא בצעדת ניצחון, לאחר היעדרות של כעשר שנים.
בינואר 1438 כינס אאוגניוס ועידה אקומנית בפרארה, במסגרתה נידה את "מורדי ועידת בזל", שמצידה נידתה את האפיפיור עצמו. בתגובה אימץ שארל השביעי, מלך צרפת גרסה של מסקנות ועידת בזל שערערו על סמכותו הכוללת של הכס הקדוש, אך עמדתו לא נתמכה על ידי שליטי אנגליה, דוכסות בורגונדיה, מילאנו, בוואריה, קסטיליה ואראגון, שהסירו את תמיכתן מוועידת בזל. בנובמבר בחרה הוועידה את אמדאו השמיני, דוכס סבויה לאנטי-אפיפיור שכיהן בשם פליקס החמישי. בתגובה הכיר אאוגניוס בטענתו של אלפונסו החמישי, מלך אראגון לכתר ממלכת נאפולי וצימק מאוד את הכוחות הפוליטיים התומכים בוועידת בזל. מזכירו של פליקס החמישי, אנאה סילביו ברתולומאו פיקולומיני (לימים האפיפיור פיוס השני), נשלח כנציג של ועידת בזל לכינוס קיסרי שנערך בפרנקפורט בשנת 1442 שם פגש את פרידריך השלישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. הקיסר, שהתרשם מפיקולומיני הציע לו לשמש כמזכירו בקנצריה הקיסרית בווינה. בווינה זכה פיקולומיני לחסות הקנצלר של הקיסר, קספר שליק. בהשפעת שליק עבר מהמחנה של האנטי-אפיפיור פליקס, שסיכויו להצליח נראו לו קלושים, למחנה תומכיו של האפיפיור אאוגניוס הרביעי והצליח לשכנע את הקיסר להצטרף לקואליציה שארגן האפיפיור ב-1444 על מנת להביס את האימפריה העות'מאנית במסגרת מסע צלב חדש (בעקבות צעד זה זכה פיקולומיני לפטור מעונש כנסייתי על מעשיו בעבר בוועידת בזל, כולל על תפקידו בהכתרת האנטי-אפיפיור פליקס). למסע הצלב הצליח אאוגניוס לגייס שיתוף פעולה נרחב שכלל את ממלכת פולין, ממלכת הונגריה, ממלכת קרואטיה, כתר בוהמיה, הדוכסות הגדולה של ליטא, נסיכות ולאכיה, נסיכות מולדביה ומדינת המסדר הטווטוני ובסופו של דבר גם כוחות של האימפריה הרומית הקדושה. אולם קואליציה זו ניגפה בקרב וארנה (10 בנובמבר 1444) ומסע הצלב התפזר.
אאוגניוס המשיך בחתימת הסכמי איחוד עם כנסיות מזרחיות. ב-1443 הגיע להסכם עם הכנסייה הסורית-אורתודוקסית וב-1445 חתם הסכם עם המרונים, שהוביל לקליטתם אל תוך הנצרות המזרחית קתולית.
בראשית 1447 הגיע אאוגניוס להסכם כולל עם הנסיכים הגרמנים, בתיווכו של פיקולומיני (שיעלה לכס שמונה שנים מאוחר יותר). כתוצאה מכך ביטל את כל הישגי מתנגדיו לכל אורך כהונתו וביסס את עליונות הכס הקדוש ומעמדה של מדינת האפיפיור לאורך שנים.