התקרית הגרעינית בגרינלנד
המבצע לטיהור אתר התאונה

ההתפוצצויות והשרפה פיזרו את שרידי המטוס והפצצות על פני שטח שאורכו 4.8 קילומטר ורוחבו 1.6 קילומטר. שטח זה היה מזוהם בדלק סילוני ובשרידים של פלוטוניום, אורניום, אמריציום וטריטיום.
ממשלות ארצות הברית ודנמרק, שגרינלנד נמצאת בריבונותה, פתחו מיד במבצע לטיהור שטח התאונה מהשרידים הרדיואקטיביים. השם שניתן לו היה פרויקט כתר קרח (Project Crested Ice), שבאופן בלתי רשמי כונה "דוקטור פריזלאב" (משחק מילים על שמו של הסרט דוקטור סטריינג'לאב). הייתה דחיפות רבה לטהר את השטח לפני הפשרת הקרח עם בוא האביב, שאיימה לפזר את הזיהום הרדיואקטיבי על פני שטח רחב יותר. תנאי העבודה באזור התאונה היו קיצוניים – טמפרטורות של 40 עד 60 מעלות צלזיוס מתחת לאפס ורוח במהירות של 140 קילומטר לשעה, שהכבידו מאוד על פעולת הציוד שנדרש למבצע. בנוסף לכך שררה במקום עד 14 בפברואר חשיכה מוחלטת של ליל הקוטב, ורק לאחר מכן החלה השמש להופיע בהדרגה.
בסיס צבאי הוקם על הקרח בקרבת אתר ההתרסקות, אך מחוץ לתחום השטח שבו נמדדה קרינה. כבישי קרח נסללו אליו מבסיס תולה. הבסיס איפשר קיום פעולות טיהור במשך 24 שעות ביממה.
ממשלת דנמרק דרשה מארצות הברית לאסוף ולסלק את כל שרידי המטוס ותכולתו ואת הקרח שהזדהם בדלק וקרינה רדיואקטיבית, וזאת מחשש שלאחר הפשרת הקרח באביב יצוף הדלק המזוהם על פני הים עד לחוף גרינלנד ויזהם גם אותו. כמו כן דרשו הדנים שהקרח המזוהם לא יושאר בגרינלנד לאחר איסופו. האמריקאים השתמשו לפיכך במפלסות לאיסוף השלג והקרח המזוהמים, ואלו הוכנסו לתיבות עץ והועברו למצבור ליד בסיס חיל האוויר תולה. שם הועמסו התיבות לתוך מכלי מתכת. המכלים הועלו על אוניות והובלו אל אתר החומרים הגרעיניים סוואנה ריוור (Savannah River) בארצות הברית. לטענת מפקד מבצע הטיהור סולקו מהאתר 93% מהשלג והקרח שהזדהמו בקרינה רדיואקטיבית. בסך הכל נאספו כ-2,100 מטרים מעוקבים של נוזלים מזוהמים בקרינה ועוד 30 מכלי מתכת ובהם חומרים אחרים, חלקם מזוהמים.
מבצע הטיהור הסתיים ב-13 בספטמבר 1968. הועסקו בו 700 איש מארצות הברית ומדנמרק ויותר מ-70 סוכנויות של ממשלת ארצות הברית היו מעורבות בו. על פי הערכה הגיעה עלות המבצע ל-9.4 מיליון דולר (64 מיליון דולר במחירי 2016). בסך הכל נאספו 85% מהאורניום שבפצצות ו-94% מהמשקל של שלושה ממנגנוני השלב השני.
שנים רבות לאחר התאונה החלו לצוץ טענות בתקשורת כי לא כל חלקי ארבע פצצות המימן אותרו ונאספו במהלך מבצע הטיהור:
בשנת 2008 פרסם ה-BBC מאמר שהיה מבוסס בחלקו על מסמכים אמריקאים מסווגים שנחשפו מכוח חוק חופש המידע. לפי המאמר נוכחו חוקרי התאונה האמריקאים בתוך מספר שבועות לאחריה כי השלב השני (כלומר רכיב הפצצה המיועד ליצירת היתוך גרעיני) של אחת מארבע הפצצות לא אותר: על גבי משטח הקרח אותרו מנגנון כמעט שלם של השלב השני מפצצה אחת וחלקים השקולים למנגנוני השלב השני של שתי פצצות נוספות. באוגוסט 1968 נשלחה לאתר צוללת זעירה כדי לחפש אחרי השלב השני החסר, אך לשווא. ככל הנראה הופסקו החיפושים אחרי השלב השני הנעדר לאחר שהוחלט שלאור הקושי האמריקאי הגדול לאתרו אין לצפות שגורם זר יצליח בכך.
מחקר שערך המכון הדני לעניינים בינלאומיים בהזמנת הממשלה המקומית השווה בין מסמכים שפורסמו בשנות ה-90 ולאחריהן. הוא קבע ב-2009 מסקנה שונה משל ה-BBC, היינו כי לא היה שלב שני שלם שלא אותר, וכי האמריקאים חיפשו תחת פני המים אחרי אורניום שנמצא בשלב הראשון של אחת הפצצות.
בדיקות מדעיות חוזרות של קרקע הים באתר התאונה נערכו לאחריה מדי שנתיים עד שבע שנים. הן הביאו לקביעה כי השרידים הרדיואקטיביים השונים במקום נותרו במידה רבה קבורים בקרקעית הים תחת שכבה של משקע ימי שנוצרה עקב הפעילות הביולוגית שם, לא הגיעו אל פני המים, לא זיהמו שטחים סמוכים ומעברם לבעלי חיים בקרקעית הים היה נמוך. נקבע כי שרידים אלו יוצרים סיכון נמוך עבור בני אדם, וכי יש לערוך בדיקות תקופתיות של חוף הים הסמוך לאתר התאונה על מנת לנטר הופעה של שרידים רדיואקטיביים שם, משום שאלו עלולים להתפשט באוויר. דגימות אלו נלקחו מספר פעמים החל ב-2003.