הכנסייה הקתולית והאבולוציה
בעת החדשה

בשנת 1950, שלוש שנים לפני גילוי הסליל הכפול של הדי-אנ-איי, פרסם האפיפיור פיוס ה-12 "איגרת רועים" (אנציקליקה) בשם "Humani Generis" ("על המין האנושי"), בה ניסח את עמדתה הרשמית של הכנסייה בנוגע לברירה הטבעית. לפי הצהרה זו, אין קונפליקט מובנה בין הנצרות והאבולוציה. הכנסייה אינה מטילה ספק בתאוריית האבולוציה של דרווין, שכן זו עמדה בכל מבחן מדעי מאז פרסומה ב-1859. בדבריו ב-1996 בפני האקדמיה הכנסייתית למדעים (Pontifical Academy of Sciences) חזר על כך האפיפיור יוחנן פאולוס השני.
המגוון הגנטי האנושי מעיד על כך שמספר האבות הקדמונים של המין האנושי (חוה המיטוכונדרית ואדם כרומוזום Y) לא יכול היה להיות נמוך מכמה אלפים, והדבר סותר את הסיפור המקראי של אדם וחוה. עקב זאת טען התאולוג הישועי קארל ראנר (Rahner) בשנות ה-60 של המאה ה-20, שאת סיפור אדם וחוה יש לקרוא באופן אלגורי. עם זאת, הקתולים מוכנים לקבל את האבולוציה רק כל עוד מוכרת מעורבותו של האל. עד כה לא הובהר מה פירושה של מעורבות זו, אך הכנסייה מתעקשת על כך שהנשמה האנושית, הנפש, היא יצירתו של האל ולא תוצאת פעולתם של כוחות מטריאליסטיים.
האפיפיור פיוס ה-12 בירך על לימוד האבולוציה במכתב האפיפיורי (אנציקליקה) שפרסם ב-1950, "המין האנושי" (Humani Generis), אך אסר על לימוד האבולוציה האנושית, בטענה שכל נשמה נבראה באופן אישי ובמיוחד על ידי האל. האפיפיור יוחנן פאולוס השני הרחיב את מידת הקבלה של האבולוציה בהודעתו ל"אקדמיה האפיפיורית למדעים" (message to the Pontifical Academy of Sciences) בשנת 1996, בה הצהיר ש"ידע מדעי חדש הביא אותנו למסקנה שתאוריית האבולוציה אינה עוד היפותזה בלבד". הוא הכיר בעובדת האבולוציה, אך אמר שהיא מכוונת על ידי אלוהים. אבולוציה תיאיסטית היא עדיין הכרה באבולוציה, גם אם היא טוענת שכוח על טבעי גורם לה.
הכומר ג'ורג' קווין (Coyne), האסטרונום לשעבר של הוותיקן, אמר ש"אלוהים אינו מתערב באופן מתמשך אלא מאפשר, משתתף ואוהב." האפיפיור בנדיקטוס ה-16 החשיב את הקונפליקט בין הבריאתנות האבולוציה כאבסורד. הוא תיאר את המצב לפיו
אלה המאמינים בבורא אינם יכולים לקבל את האבולוציה, ואלה שתומכים באבולוציה חייבים להוציא את האל מכלל אפשרות. העימות הזה הוא אבסורד, כי... יש כה הרבה הוכחות מדעיות לאבולוציה, אשר נראה שהיא מציאות שאנו יכולים לצפות בה ושמעשירה את הידע שלנו לגבי החיים וההוויה.
בשנת 2002 הכיר הקרדינל יוזף ראצינגר, היועץ התאולוגי הראשי של האפיפיור ומשנת 2005 האפיפיור בנדיקטוס ה-16, בתיאור המדעי של האבולוציה. במאמרו "הקודש והמשרתים בקודש", מאמר שזכה לתמיכת הוועדה התאולוגית הבין-לאומית של הכנסייה הקתולית, כתב ראצינגר:
יש הסכמה כללית... על כך שהאורגניזם הראשון התקיים על פלנטה זו לפני 3.5 – 4 מיליארד שנה. מכיוון שהודגם כי כל היצורים החיים על כדור הארץ קשורים באופן גנטי, ודאי למעשה שכל היצורים החיים הם צאצאיו של אורגניזם אחד זה. עדויות מתכנסות ממחקרים רבים במדעי הפיזיקה והביולוגיה מספקות תמיכה גוברת בתיאוריה כלשהי של אבולוציה שתסביר את התפתחותם והתפצלותם של המינים על כדור הארץ... ראיות מתחומי האנתרופולוגיה והביולוגיה המולקולארית מצטרפות לכדי טענה משכנעת כי מקור המין האנושי הוא באפריקה, לפני כ-150,000 שנה, באוכלוסיה דמוית אנוש (הומנואידית) בעלת מוצא גנטי משותף.
ב-2003 הקים האפיפיור יוחנן פאולוס השני את פרויקט "סטוק" (STOQ) – מדע, תאולוגיה ומחקר אונטולוגי.
כשנבחר לאפיפיורות אישר בנדיקטוס ה-16 את קיומה של ועידה מרכזית, בשנת המאתיים ללידתו של דרווין (2009) באוניברסיטה הגריגוריאנית האפיפיורית ברומא, תחת הכותרת: "אבולוציה: עובדות ותאוריה". מאות אנשי דת ומדענים, בני כל האמונות הדתיות וגם חסרי דת, דנו במצב המחקר בתחום האבולוציה ובפרשנויות התאולוגיות שלה. בוועידה לא הובררו טבעה ומעמדה של הנפש לאור האבולוציה.
ב-2012 הקים האפיפיור בנדיקטוס ה-16 את "קרן מדע ואמונה". הוותיקן מקיים כנסים בנושא טיפול בתאי גזע בוגרים ומימן מחקר בנושא. בכך הוותיקן אמנם מתכוון להילחם במחקר בעוברים, בהתאם לתפיסתו שהחיים מתחילים ברגע ההפריה – אבל הוותיקן מכיר בכך שהדרך לפענוח צפונותיו של האל אינה בכתבי הקודש אלא במתודולוגיה המדעית: תצפיות, ניסויים, תחזיות, מחקרים. הגנטיקאי וחתן פרס נובל ורנר ארבר (Arber) הוא גם ראש האקדמיה האפיפיורית למדעים – והוא אינו קתולי אלא פרוטסטנטי.
אחת הפרשנויות לנאום ההכתרה של האפיפיור פרנציסקוס גרסה שהוא מתכוון להתבטא בנושאים שהמדע מוביל בטיפול בהם, כגון ההתחממות הגלובלית. בהכשרתו המקצועית פרנציסקוס הוא מורה לכימיה. בדבריו הביע מחויבות להגנה על הטבע ועל צורות החיים בו, וציווה על המאמינים: "היו מגיניהן של מתנות האל!" הוותיקן מארח כנסים מדעיים במימון "קרן טמפלטון", כנסים שנועדו ליישב בין האבולוציה לבין התאולוגיה הקתולית והאמור בה לגבי ישויות עליונות שלכאורה מכוונות את התהליך האבולוציוני.
ב-27 באוקטובר 2014 פרסם האפיפיור פרנציסקוס הצהרה באקדמיה המדעית של הוותיקן (Pontifical Academy of Sciences) לפיה "האבולוציה בטבע אינה בלתי-עקבית עם הרעיון של בריאה" תוך כדי שהוא מזהיר מפני הדימוי של הבריאה כאילו "האל הוא קוסם, בעל שרביט קסם שיכול לעשות כל דבר".
יש מדענים בני זמננו שהם קתולים אדוקים, ובהם קן מילר, והם אינם רואים סתירה בין אמונתם הדתית לבין מדעי החיים בכלל והאבולוציה בפרט.