יהודים-ערבים
הביקורת על המונח

בשיח האקדמי והציבורי השימוש במונח זוכה לביקורות רבות. המתנגדים מכנים את הרעיון "הזוי" ומחשידים את המצדדים המצדדים בתורת משטר הזהויות ובזהות ערבית-יהודית בניסוח מורכב ומסורבל במכוון:
המינוח הפוסט-קולוניאלי המייגע, הבלתי-קריא למעשה, אינו אלא חיפוי על חולשת הטיעונים, בהעדר יכולת לבסס את המאמר על המציאות הפוליטית בארצות ערב ובישראל. הוא אולי נראה כמורכב ומנוסח בז'רגון אקדמי, אך למעשה אינו אלא חלול ושטחי.
פניה עוז-זלצברגר טוענת להטעיה אקדמית מצד המלומדים המקדמים את המושג: "ישראלים המשוחחים עם אינטלקטואלים בחו"ל נתקלים תכופות באי-הבנה שלא תיאמן. אני מכירה גרמנים משכילים ומעודכנים המצפים בכל רגע שמיליוני ה"יהודים-ערבים" יוצאי ארצות המזרח בישראל יתקוממו נגד מדכאיהם האשכנזים. לא נתמקד כאן בשאלה מיהו המלומד הישראלי שסיפר להם כזאת". טענות מופנות גם כלפי המשקל האקדמי של המצדדים במושג: "... תאוריה מבית מדרשם של אנשים שאינם היסטוריונים, כמו הסוציולוג יהודה שנהב, חוקרת הקולנוע אלה שוחט, חוקר הספרות חנן חבר, ועוד. היסטוריונים רציניים לא יתמכו בתאוריה כזו, היות שהיא מתנפצת לאלפי רסיסים בפני ביקורת היסטורית יסודית."
על השימוש במונח, כתב המשורר אלמוג בהר, שמשפחתו עלתה מעיראק, את הדברים הבאים:
"הרושם המתקבל לעתים הוא כי נעשה ניסיון מלאכותי מצד קבוצה מזרחית אקדמית אליטיסטית, כמו הקשת הדמוקרטית המזרחית או הקבוצה הקשורה למכון ון-ליר, להמציא זהות יהודית-ערבית שלא הייתה מעולם, מתוך מניעים פוליטיים רדיקליים, אשר אינם קשורים בעברם היהודי או הערבי של היהודים בעולם הערבי לפני הגירתם לישראל, אלא מתחברים עם הדיון הפוסט-ציוני הרווח כיום. נדמה כי לפנינו וריאציה על הזהות האפרו-אמריקאית בארצות הברית, התכתבות עם הגותם של אדוארד סעיד, הומי ק' באבא, פרנץ פאנון ושאר הוגי הפוסט-קולוניאליזם.
מאוחר יותר הסביר את הבנתו את המונח והצורך "להרוויח את הזכות להשתמש בו" במילים הבאות:
המושג ערבי-יהודי הוא מושג מושתק בחברה הישראלית. שמעון בלס אמר אותו על עצמו מאז שנות החמישים, וגם ששון סומך, אלה שוחט וסמי שלום שטרית. כמובן שלא הייתי מודע לו מילדות, נוצר איזה מסך מסתיר והחיים בבגדאד או בברלין, שהתקיימו רק 40 שנים לפני שנולדתי, ושהסתיימו בשל סיבות שונות מאוד, הפכו לאיזה זיכרון מטושטש, שכאילו התקיים מעבר להרי החושך. הייתי מגדיר את עצמי ככזה אבל את הכינוי ערבי-יהודי צריך להרוויח ביושר, ואני צריך עוד להתקדם בלימודי הערבית שלי כדי שאוכל לטעון לו, ועל כך אני עובד. בינתיים הוא לעיתים בדיקה ספרותית.
בדומה לבהר, מבקרים מימין מצביעים על השתייכותם הפוליטית של המצדדים במונח, ומסבירים כי מונח זה נוצר כדי לשלול את עמדת הציונות הטוענת להיותם של היהודים לאום, ומתוך גישה אנטי-ציונית לפיה יהודים אינם אם כי אם עדה דתית בלבד שאינה זכאית להגדרה עצמית במדינה ריבונית. מנגד, ביקורת משמאל מצביעה על כך שהמונח משמש בידי השמאל האשכנזי ללעוג ליהודים המזרחים, בבחינת: הם (המזרחים הימנים) שונאים ערבים כשהם "בעצמם ערבים" - שונאים את עצמם ומתנשאים על אנשים בדיוק כמוהם.
המתנגדים תוקפים את הביסוס ההיסטורי עובדתי של המונח בטענות הבאות:
היהודים במזרח התיכון לאורך ההיסטוריה לא ראו את עצמם כערבים או כחלק מהחברה הערבית-מוסלמית, היהודים חיו כמיעוט המצוי בגלות תחת שלטון זר. בכתביהם של יהודי ארצות האסלאם לאורך הדורות ניתן למצוא התייחסויות לערבים כקבוצה זרה ועוינת, ולא כזו אשר חולקת עם היהודים זהות משותפת. כך למשל הרמב"ם באיגרת תימן כתב: "ואתם אחינו, ידוע לכם שהקב"ה הפילנו במהמרות עונותינו בתוך אומה זו שהיא אומת ישמעאל, שרעתם חזקה עלינו, והם מתחכמים להרע ולמאוס אותנו, כמו שגזר עלינו יתברך "ואויבינו פלילים". ושלא תעמוד על ישראל אומה יותר אויבת ממנה, ולא אומה שהרעה בתכלית הרעה לדלדל אותנו ולהקטין אותנו ולמאוס אותנו כמוהם".
מנגד, השלטון האיסלאמי במדינות ערב ראה ביהודים בני חסות (ד'ימי) ולא חלק מהעם הערבי.
היהודים הם קבוצה אתנית עתיקה בעלת זהות ייחודית משלה, ובדומה לאוכלוסיות מזרח תיכוניות וצפון אפריקאיות אחרות (כגון ברברים במרוקו, הכורדים בעיראק, הקופטים במצרים) ואף דוברי ערבית שאינם מזדהים כערבים (כגון המרונים בלבנון), הם חיו בקרב האוכלוסייה הערבית אך שמרו על זהות נפרדת ממנה.
המונח אינו מבוסס על מציאות קיימת בהווה או בעבר, אלא כמדומיינת (על פי המונח "קהילות מדומינות" של בנדיקט אנדרסון), במסגרת שיח של זהויות. במהלך הדורות יהודים זיהו עצמם על פי קהילות, אזורים גאוגרפים או קבוצות לאומיות (כגון קהילת קרקוב, קהילת סלוניקי, קהילת טלז, יהדות בבל, יהודי-מרוקאי, יהודי-פולני, יהודי-צרפתי) ולא כיהודים-ערבים או יהודים-סלאבים. כך למשל, סמי סמוחה, סוציולוג יליד עיראק, טוען ש"המושג אינו תואם את המציאות האמפירית".
כיוון שמזרחים מתייחס ליהודים שעלו הן מאפריקה והן מאסיה, המונח חובק בתוכו יהודים מזרחים שלא באו מארצות ערב, כמו יהודי איראן וטורקיה וקבוצות נוספות.