מרד הזאנג'
המרד

עלי הצליח להימלט מהמעצר, ועבר להתגורר בבגדאד. בבגדאד הוא המשיך לתכנן מרד כנגד הח'ליפות, והזדהה כזיידי במטרה לצבור תמיכה מהזיידים. בשנת 869 נודע לעלי על החרפה בסכסוכים בין הפלגים היריבים בבצרה. עלי מצא את הזאנג' קרקע נוחה למרד חדש. הוא חקר תנאי העבודה של הזאנג', הסתובב ביניהם והבטיח להם שאם יתמכו בו יהיו הם האדונים ואדוניהם יהיו לעבדיהם. הזאנג' הפכו אותו למנהיגם, ועד מהרה הוא נודע בכינוי "סהיב אז-זאנג'" ("הראש של הזאנג'"). עם זאת, התנועה של עלי משכה לא רק זאנג', אלא גם עבדים אחרים וכן עניים איכרים ובדווים שמאסו בשלטון המשפחות העשירות בבצרה. בשלב זה, עבר עלי לאמץ את הדוקטרינה השוויונית של הח'וארג'. הוא הטיף כי: "האיש המוכשר ביותר צריך למלוך, גם אם הוא עבד חבשי". עלי נהג לפתוח את דרשות יום השישי שלו במסגדים של הזאנג' במילים: "לָא חֻכְּם אִלָא לִלַה" (لا حكم إلا لله - "אין משפט אלא לאלוהים"), אשר הייתה קריאת הח'וארג' אשר פרשו מצבאו של עלי בן אבי טאלב במהלך קרב צפין.
המרד פרץ לבסוף בספטמבר 869, והתרכז בעיקר במרכז הח'ליפות במחוז עיראק. הזאנג' לחמו בשיטת גרילה, וביצעו פשיטות ליליות על עיירות כפרים ומחנות צבא. הם החרימו כלי נשק, סוסים ומזון, ושחרורו את כל העבדים בכל מקום. בהדרגה המורדים החלו לכבוש שטחים סביב העיר בצרה, חלקם בכוח הזרוע וחלקם באמצעות הסכמים. העבאסים עמדו חסרי אונים לנוכח המרד, משום שהיו עסוקים בדיכוי מרידות שפרצו במחוזות המערביים. הלחימה כנגד הזאנג' הופקדה בידי מושלי המחוזות, אשר צבאם היה למעשה מיליציה שהורכבה ממתנדבים. השלטון המרכזי תרם מעט מאוד חיילים. ככל שהמרד התחזק, המורדים בנו מבצרים, צי מלחמתי אשר שימש לתנועה בנהר שט אל-ערב, וכן גבו מיסים בשטחים שבשליטתם וטבעו מטבעות משלהם. עלי הקים לעצמו עיר בירה משלו בשם "אל-מכתרה".
עלי התקשה להשליט משמע בקרב חייליו. באוקטובר הם תקפו את בצרה כנגד הוראתו המפורשת, ספגו תבוסה כבדה ונאלצו לסגת. עלי שיגר שליח אל בצרה בניסיון להגיע למשא ומתן, אולם אנשי בצרה הרגו את השליח. מעודדים מהצלחתם, אנשי בצרה הרכיבו כוח צבאי גדול יחסית (המספר המדויק לא ידוע), אשר הפליג על דוברות בנהר שט אל-ערב במטרה לתקוף בהפתעה את אחד המחנות של הזאנג'. הזאנג' הכינו מארב מתוחכם וכמעט כל הכוח הושמד בקרב שנודע כקרב ברגיס (אנ'). ההיסטוריון המוסלמי א-טברי, אשר חי באותה תקופה, הזדעזע באופן אישי מתוצאות הקרב, ובעוד שעד לקטע זה דיווחיו פושרים יחסית, מכאן ואילך הוא תוקף את עלי אבן מוחמד בחריפות ומכנה אותו בשלל כינויים אשר ביניהם: "האחד המתועב" ו"אויב אללה". עלי מצדו כרת את ראשי המתים ושלח אותם על דוברה לאורך השט אל-ערב בכיוון בצרה. אנשי בצרה המזועזעים, פנו אל הח'ליף אל-מהתדי בבקשת עזרה. הח'ליף מצדו החליט להגביר את מעורבות השלטון המרכזי בדיכוי המרד.
ב-871, לאחר מצור ממושך (אנ'), המורדים כבשו את העיר אהוואז (באיראן המודרנית). הזאנג' החלו להטריד את בצרה, וניתקו אותה מאספקה. רעב ומחלות החלו להתפשט בעיר. ב-7 בספטמבר פתחו הזאנג' בהתקפה ישירה (אנ') בסיוע שבטים מקומיים, וב-10 בספטמבר סיימו את כיבוש העיר. לטענתו של ההיסטוריון אל-מסעודי, הזאנג' טבחו ב-300,000 איש. מספר זה אינו סביר, וההערכות המודרניות נעות בין 10,000 ל-20,000. העיר נבזזה וחלק ניכר שלה הוחרב עד עפר. בעקבות נפילת בצרה, בשנת 872 נשלח המצביא אל-מואפק בראש כוחות צבא גדולים לדכא את המרד, אולם הצלחותיו בתחילה היו מוגבלות. המורדים המשיכו להרחיב את כיבושיהם בהדרגה, וב-876 כבשו את אזור הביצות שבין בצרה לאל-ואסט, אשר כעת חצצה בין המורדים לבין התקדמות ישירה לאורך החידקל, אשר תביא אותם כ-50 ק"מ מעיר הבירה - בגדאד. המצב החדש הבהיל את השלטון העבאסי, ועוד כוחות הופרשו לצורך דיכוי המרד. בהדרגה הצליחו העבאסים לדחוק את הזאנג' מכל כיבושיהם, ואל-מואפק שחרר את בצרה בסוף שנת 879. ב-881 הטיל אל-מואפק מצור על אל-מכתרה, והציע תנאים נדיבים למורדים, אשר גרמו לרבים מהם לערוק. באוגוסט 883 נפלה אל-מכתרה, ועלי אבן מוחמד נהרג. המורדים הנותרים נכנעו או נטבחו.