לסלי גרובס
פרויקט הנשק המיוחד וסיום שירותו הצבאי

הלחץ שחווה גרובס במשך שנותיו כראש מחוז מנהטן התיש אותו, ולאחר סיום התפקיד הוא קיבל הוראה להגיע להבראה בבית החולים "פראט" בקורל גייבלס שבפלורידה. הוא התאשפז ב-18 בינואר 1947 ושוחרר ב-10 במרץ. גם בתקופה זו המשיך גרובס לדחוק במזכיר המלחמה ובראשי הצבא להקים גוף שיהיה אחראי על כל הפעילויות שהיו בסמכות פרויקט מנהטן ונותרו בסמכות הצבא. הלחץ שהפעיל גרובס נשא פרי כאשר, ב-29 בינואר 1947, הוציאו מזכיר המלחמה רוברט פטרסון ומזכיר הצי ג'יימס פורסטל הנחיה משותפת להקמת פרויקט הנשק המיוחד של הכוחות המזוינים (אנ') (AFSWP). לפי ההנחיה הגוף החדש נועד לעסוק ב"כל ההבטים הצבאיים של פרויקט מנהטן שנותרו בשליטת הכוחות המזוינים", ביניהם אימון אנשי צוות, השתתפות צבאית בפיתוח של נשק גרעיני מכל סוג ופיתוח אמצעים ל"בטיחות רדיולוגית", בשיתוף פעולה עם סוכנויות אחרות. גרובס מונה למפקד הארגון ב-28 בפברואר 1947. באפריל עברו משרדי הפרויקט מבניין מחלקת המלחמה החדש לקומה החמישית של הפנטגון.
כמפקד הפרויקט פעל גרובס ליצירת יחידה הנדסית בעלת ידע טכני רב, שתיקח לידיה רבים מהתפקידים שמילאו מדענים בזמן המלחמה. לתפיסתו, היה סיכון רב בהמשך ההסתמכות של הצבא על אזרחים. יחידה זו אימנה אנשי צבא, במיוחד בכל הקשור לאחסון ושימוש פוטנציאלי בנשק אטומי. היא החלה לפעול בבסיס סנדיה עוד בזמן שירותו כראש מחוז מנהטן, ועד 1948 השיגה שליטה מעשית של הצבא בארסנל המתגבש של נשק אטומי ברשות ארצות הברית, זאת על אף שאיפת המחוקקים להעביר את השליטה לוועדה לאנרגיה אטומית.
מספר גורמים הביאו לכך שקידומו של גרובס נעצר בשלב זה. ראשית, גרובס לא הצליח להתרגל לשינוי בתרבות הצבאית ממצב מלחמה למצב שלום. סגנון הפיקוד הסמכותני שלו עורר עתה מתנגדים, ותלונות הופנו נגדו על התנהלות גסת רוח, יהירות, חוסר רגישות וזלזול בחוקים. דוגמה להתנהלותו של גרובס היא תגובתו לכתבה עיתונאית שביקרה את תפקודו כראש מחוז מנהטן: גרובס נסע לניוארק כדי לנזוף בעורך והופיע לפגישת הנזיפה עם סוכן של ה-FBI; ראש ה-FBI, ג'ון אדגר הובר נאלץ לשלוח לעיתון התנצלות ארוכה, והאירוע התפרסם בתקשורת כדוגמה לדורסנות של הצבא. בנוסף, התקבל הרושם שגרובס מנסה לנצל את קשריו בקונגרס לצורך קידום אישי. בצדמבר 1947 פורסמה רשימה של קידומים בדרגה לאישור הסנאט, ושמו של גרובס לא היה ברשימה. גרובס הביע בפני ראש מטה הצבא דווייט אייזנהאואר את מחאתו, אך אייזנהאואר לא השתכנע והסביר שבעת זו של צמצום הצבא קצינים רבים מורדים בדרגה או לא מקודמים. עם זאת, תומכיו של גרובס בסנאט לא היו מרוצים מכך שגרובס לא מקודם, ובמכתב של 53 סנאטורים הם העבירו את המסר שהקידומים לא יאושרו אם גרובס לא יקודם. בהמשך החודש הוגשה לנשיא המלצה שלפיה נציג הצבא בוועידת הקשר הצבאית, גרובס, יהיה בדרגת מייג'ור גנרל. אייזנהאואר נאלץ להתקשר לגרובס לבקש שיעזור להעביר את הרשימה המתוקנת בסנאט. מהלך זה הבטיח לגרובס קידום בדרגה, אך היא הבטיחה גם את יריבותם של אייזנהאואר ואחרים. בנוסף, גם אישים ששיתפו בעבר פעולה עם גרובס איבדו את אמונם בו; ג'יימס קונאנט, וניבר בוש, רוברט אופנהיימר וג'יימס מקורמק (אנ') פעלו מאחורי הקלעים למנוע מגרובס להמשיך להחזיק בתפקיד רב השפעה על מדיניות הגרעין.
ב-30 בינואר 1948, כשבוע לפני סיום תפקידו כראש מטה צבא ארצות הברית, נפגש אייזנהאואר עם גרובס, כדי להעריך את תפקודו. אייזנהאואר סקר בפני גרובס את רשימת התלונות הארוכה נגדו והודיע לו שלעולם לא ימונה למהנדס הראשי של חיל ההנדסה של צבא ארצות הברית ושלא תהיה לו שוב ההשפעה שניתנה לו בזמן המלחמה. גרובס החליט לפרוש מהצבא. ב-2 בפברואר 1948 הוא הודיע על פרישתו, שנכנסה לתוקף ב-29 בפברואר.
כאות כבוד על שירותו המצוין כראש פרויקט מנהטן, עבר בקונגרס חוק מיוחד שאישר את קידומו בדרגה. ערב פרישתו היה גרובס בעל דרגה זמנית של לוטננט גנרל ודרגה קבועה של בריגדיר גנרל. על פי החוק דרגתו הקבועה, החל מיום לפני פרישתו, הייתה למייג'ור גנרל והוא קיבל דרגות ייצוג של לוטננט גנרל. החוק קבע גם שתאריך קבלת דרגת ייצוג של לוטננט גנרל יוחלף רקטרואקטיבית ל-16 ביולי 1945, התאריך בו בוצע ניסוי טריניטי.