אנרי דה רואן השני
קריירה צבאית

בשובו לצרפת, הפך אנרי לדוכס ופאירי של צרפת (אנ') בגיל עשרים וארבע. משנת 1593 ואילך התנהל משא ומתן על נישואים בינו לבין הנסיכה השוודית קתרינה (אנ'), אך בשנת 1603, הוא נשא לאישה את מרגריט דה בתין (אנ'), בתו של מקסימיליאן דה בתין, דוכס סילי (אנ'), והעביר את מושב משפחת רואן מטירת ז'וסלן (אנ') לטירת פונטיבי (צר'). הוא שירת בפיקוד העליון במצור הידוע על ייליך ב-1610, אך זמן קצר לאחר מכן נקלע להתנגדות אקטיבית או פסיבית לממשלה על רקע מחלוקות הדת. אולם במשך זמן מה הוא נמנע מהתקוממות ממשית, והוא השתדל לשמור על יחסים עם מארי דה מדיצ'י; הוא אפילו, למרות סלידתו מדה ליין (אנ'), החביב על לואי השלושה עשר, מלך צרפת, הצטרף שוב לצבא ולחם בלורן ובפיימונטה.
אנרי הופיע בגלוי כמורד רק כשהצו להשבת רכוש הכנסייה בדרום גרם למרד גלוי בביארן (אנ') וגסקוניה. סמכותו ומיומנותו הצבאית היו חשובים מאוד לבני המלוכה; עמידותו ותקיפותו תרמו רבות לנושא המשמח של המלחמה עבור ההוגנוטים, והביאו לידי הסכם מונפלייה (אנ') (1622) שבו הוא קיבל חנינה. אבל אנרי לא נמלט מהתוצאות של הפלגנות חשוכת המרפא שהראתה את עצמה בצורה חזקה יותר אולי בקרב ההוגנוטים הצרפתים מאשר בקרב כל האופוזיציות החמושות הרבות של המאה ה-17. הוא הואשם בבוגדנות, אם כי הוא לא היסס לחדש את המלחמה כאשר הסכם מונפלייה הופר. במהלך תקופה זו בשנות ה-20 של המאה ה-17, אנרי היה אחראי לנזק ניכר לגשר אמת המים הרומית העתיק פון דו גאר בזמן שהשתמש בו להובלת צבאו. כדי לפנות מקום לתותחנים שלו, הוא פירק צד אחד של שורת הקשתות השנייה של המבנה העתיק לשני שלישים מרוחבו המקורי, מה שהחליש מאוד את גשר האמה.
שוב נחתם הסכם שלום, אך הוא נמשך זמן קצר בלבד, ואנרי יזם מלחמה שלישית (1627–1629), שהאירועים הראשונים שלה מסופרים בזיכרונותיו המפורסמים. במלחמה אחרונה הזו (המפורסמת בזכות ההגנה על לה רושל על ידי בנז'מן דה רואן-סוביז (אנ'), אחיו הצעיר של אנרי) הייתה סכנה ניכרת לחייו של אנרי. למרות כל המאמצים הוא נאלץ בסופו של דבר לחתום על כניעה, ונמלט לוונציה. נטען שהוא ניהל משא ומתן עם השער הנשגב לריבונות על האי קפריסין, שבו רצה לאחד את כל הפרוטסטנטים הנרדפים. סביר יותר שהמארחים שלו בוונציה רצו להפוך אותו למצביא העליון שלהם, תכנון שלא בוצע בשל הסכם קראסקו (1631).
בוונציה כתב את "Memoirs" ("זיכרונות"), ובפדובה את "Le Parfait Capitaine" ("המצביא המושלם"). אולם כאשר החלה צרפת למלא תפקיד בולט יותר במלחמת שלושים השנים, נקרא אנרי שוב לשרת את מלכו החוקי, והופקד על המלחמה בחבל ואלטלינה (אנ'). המערכה של 1633 הייתה מוצלחת מאוד, אך אנרי עדיין נחשב למסוכן לצרפת, ועד מהרה פרש שוב. בתקופה זו הוא כתב את "Traité du gouvernement des treize cantons" ("מסה על ממשלת שלושה עשר הקנטונים").
אנרי נלחם במערכה נוספת נוסף בוואלטלינה, אך הפעם הובס. הוא פרש לז'נבה ולאחר מכן הצטרף לצבאו של ברנהרד מסקסוניה-ויימאר. הוא נפצע קשה ונשבה בקרב ריינפלדן (אנ') ב-28 בפברואר 1638. שוחרר מהשבי על ידי קולונל טאופדל, אנרי הפצוע נלקח למנזר קניגספלדן (אנ') בקנטון ברן, שם טופלו פצעיו ונראה היה שהוא מחלים, כאשר ב-13 באפריל הוא סבל מדימום מוחי ומת. גופתו נקברה בז'נבה, וזרועותיו הועברו חגיגית לממשלת ונציה.
לאחר מותו ב-1638 עברה הירושה הגדולה שלו לבתו היחידה ששרדה, מרגריט דה רואן (אנ') (1616/17–1684). למרות מועמדים רבים לנישואין, שחלקם היו בעלי דם מלכותי, בשנת 1645 היא התחתנה מתוך אהבה עם האריסטוקרט הקתולי חסר הפרוטה אנרי שאבו (אנ') (1615–1655) מפואטו (אנ'). למרות ההתנגדות של שושלת רואן השנייה, היא הצליחה להבטיח שבעלה יהפוך לדוכס השני של רואן ושם משפחתה המהולל הועבר לילדיה, ויצרה את משפחת רואן-שאבו (השושלת הזכרית של שאבו).