קרב שילה
קרב, 6 באפריל > מתקפת הבוקר

הכוח הצפוני שנתקל ראשון בצבא הדרום השתייך, כאמור, לבריגדה של פיבודי מהדיוויזיה של פרנטיס. כאשר קיבל פיבודי דיווחים ראשונים על ההיתקלות הורה לשלוח תגבורת לכוח הסיור שלו, וזו פגשה את הכוח בעת שהיה בנסיגה. הכוח המתוגבר התקדם שוב, וספג מכת אש מכוחות דרומיים, שהשתייכו לבריגדה של שייבר מהקורפוס של הרדי. הוא נסוג, ושלח התראה גם לדיוויזיה של שרמן על התקרבות האויב. פרנטיס, מפקד הדיוויזיה, שמע את קול היריות והגיע למפקדתו של פיבודי. הוא האשים אותו בשליחת כוח הסיור ללא אישורו, ואיים עליו שיראה בו אחראי לתוצאות. בכל מקרה, פיבודי פרס שניים מן הרגימנטים שלו בקו הגנה על תלוליות לרוחב דרך קורינת' המזרחית. כאשר התקרבו חיילי הבריגדה של שייבר פתחו חיילי הצפון באש מטווח קצר. הדרומיים נסוגו בבלבול, אך מפקדיהם - כולל ג'ונסטון עצמו - עודדו אותם לחדש את ההתקפה. חילופי האש נמשכו עד השעה 8:00 בבוקר, כאשר הרגימנטים הדרומיים החלו לאגף את שני אגפיו של הקו הצפוני. פיבודי נסוג לקו הגנה חדש, באזור המאהל של הבריגדה שלו. במקביל קידם מפקד הדיוויזיה, פרנטיס, רגימנט נוסף וסוללת תותחים לסיוע. סוללות תותחים של הקורפוס של הרדי פתחו באש כבדה על המאהל הצפוני וגרמו לאבדות כבדות, ומתקפה עזה של שתי בריגדות דרומיות אילצה את פרנטיס להסיג את כוחו לקו הגנה חדש עד 09:00. בין הנפגעים הרבים היה גם פיבודי, שנהרג.
במקביל להתקפה על הדיוויזיה של פרנטיס החלו הבריגדות של הילדברנד ובאקלנד מהקורפוס של הרדי לתקוף את הדיוויזיה של שרמן, שהחזיקה את הקו הקדמי הצפוני ממערב לדיוויזיה של פרנטיס. בשעה 7:00 בבוקר סייר שרמן בקו הקדמי, וצפה בכוח בלתי ידוע שהתקדם לעברו. לפתע נפתחה עליו ועל קציני מטהו אש אגפית, שנורתה על ידי חיילי הדרום. אחד מקציני המטה נהרג, ושרמן עצמו נפצע קל בידו. הוא הורה למפקד הרגימנט הקדמי שלו להיערך לקרב, ודהר לאחור כדי לארגן את שאר כוחותיו לניהול קרב מגננה. הרגימנט הצפוני הצליח להדוף שתי התקפות של כוחות החלוץ הדרומיים, אך המתקפה השלישית הכריעה אותו וחייליו נמלטו לאחור.
שתי הדיוויזיות הקדמיות של ארמיית הטנסי נתפסו בהפתעה. וייטלאו רייד, שהיה כתב (ומאוחר יותר פוליטיקאי, שגריר ארצות הברית בבריטניה ובצרפת) תיאר את תמונת המצב בדקות הראשונות:
כמה [מאנשינו], במיוחד בין הקצינים, עדיין היו במיטתם. אחרים התלבשו, אחרים התרחצו, אחרים בישלו, וכמה אכלו את ארוחת הבוקר. רובים רבים לא היו טעונים, חגורים היו מושלכים ללא סדר, אספקת התחמושת לא מאורגנת - בקצרה, המחנות למעשה הופתעו.
המהומה התגברה יותר בשל האש הכבדה, שניתכה על מחנות האוהלים של צבא הצפון. שרמן עצמו הודה בדו"ח שלאחר הקרב, שמספר יחידות שלו נתפסו לפאניקה, גם בשל העובדה שהקצינים הבכירים שלהן נהרגו או נפצעו. עם זאת, אף על פי שלאחר הקרב נמתחה ביקורת רבה על חוסר המוכנות של שרמן, הדיוויזיה שלו לא התפוררה תחת לחץ מתקפת הפתע הדרומית, ורוב היחידות הפגינו התנגדות עיקשת. נתוני הנפגעים מלמדים על הלחימה הקשה שניהלה הדיוויזיה: מתוך 8,213 קצינים וחיילים שהיו בשורותיה בתחילת הקרב, נהרגו 325 איש (כ-4%) ונפצעו 1,277 (כ-15.4%).
אף על פי שחלק מכוחותיו של שרמן התפורר ונמלט תחת המתקפה הדרומית, רגימנטים אחרים לחמו בעוז והסבו לכוחות שתקפו אותם אבדות כבדות: רגימנט מיסיסיפי ה-6 איבד יותר מ-70% מאנשיו שנהרגו או נפצעו, ורגימנטים נוספים ספגו גם הם אבדות כבדות. למרות זאת המשיכו הבריגדות הדרומיות בהתקפתן. בשלב זה החלו הבריגדות הראשונות מהקורפוסים של בראג ושל פולק לתגבר את היחידות בקו החזית, והלחץ הכבד על הדיוויזיה של שרמן גבר. עד השעה 10:00 הורה שרמן לכוחותיו לסגת לקו הגנה אחורי.
הלחץ של כוחות הדרום נמשך. עד שעה 9:00 בבוקר התמוטטו רוב היחידות בדיוויזיה של פרנטיס, וכמה מן הקצינים הבכירים שלו נהרגו. הדיוויזיה של שרמן הוכתה קשות, חוסר הסדר והמוכנות לקרב של צבא הצפון, באו לידי ביטוי גם בדרך המבולבלת בה ניהל פיקוד הדיוויזיה של מקלרננד, שמוקמה בין הדיווזיות של פרנטיס ושרמן, במרחק קצר מאחורי (מצפון) קו החזית, את הלחימה. פיקוד הדיוויזיה איחר להבין את תמונת המצב, ואת העובדה שהכוחות השכנים מותקפים על ידי צבא הדרום. עובדה זו ואובדן השליטה של פיקוד הדיוויזיה על יחידותיה, גרמו לכך שהם הוטלו לקרב טיפין טיפין, וכל רגימנט לחם בנפרד, ללא תיאום מלמעלה. המהומה וחוסר התיאום הביאו לכך שיחידות הארטילריה של הדיוויזיה נותרו ללא הגנה של יחידות הרגלים, ונשטפו בהסתערויות של חיילי הדרום. כתוצאה מכך, איבדה הדיוויזיה את כל התותחים שלה בתוך שעות ספורות.
החיילים הדרומיים שהשתלטו על המאהלים של צבא הצפון סמוך לכנסיית שילה החלו לבזוז את תכולתם, במיוחד את המזון שהיה בהם. מנות המזון שנופקו להם כאשר החלו בצעדה מקורינת' לכיוון שדה הקרב, אזלו כמעט לחלוטין, והם סבלו ממחסור במזון. כתוצאה מכך חל עיכוב בתנועת חלק מהיחידות התוקפות, והארגון והמשמעת שלהן נפגעו. גורם נוסף בהאטת המתקפה הדרומית היה התפקוד הלקוי של הפיקוד הבכיר של צבא הקונפדרציה. הקרב התנהל לאורך חזית רחבה, והמפקדים התקשו בשליטה על כוחותיהם. ככול שיחידות נוספות של צבא הדרום הצטרפו ללחימה בקו המגע, הפכה השליטה בהם ליותר קשה, במיוחד לאחר שחלק מהמפקדים נפגעו במהלך הלחימה. בשלב מסוים של פתיחת הקרב, מצאו הארדי ובראג את עצמם מפקדים על היחידות באגף הימני של הכוח הדרומי התוקף, בעוד היחידות שלחמו במרכז ובאגף השמאלי, נותרו ללא פיקוד מרכזי. רק בשלב מאוחר יותר של הקרב, החליטו מפקדי הקורפוסים הדרומיים - הארדי, בראג ופולק - לחלק ביניהם את הפיקוד על הגזרות השונות של קו החזית, ופולק קיבל פיקוד על האגף השמאלי של צבא הדרום.
ג'ונסטון הורה לבורגארד להישאר בעורף ולדאוג להעברת תגבורות ואספקה על פי הצורך, בעוד הוא עצמו רכב לחזית כדי להוביל את המתקפה. בכך הוא העביר למעשה את השליטה בניהול הקרב לידי בורגארד, שכאמור, תוכנית הקרב שלו הייתה שונה באופן מהותי מתוכניתו המקורית של ג'ונסטון. בהתאם לתוכניתו של בורגארד, הקורפוסים של הארדי ובראג פתחו במתקפה רבתי לאורך כל קו המגע עם צבא הצפון, בחזית שרוחבה כ-11 קילומטר. חוסר התיאום וההסכמה בין שני המפקדים הבכירים של צבא הדרום (שגרמו לכך שתוכנית הקרב לא הייתה ברורה למפקדי המשנה שלהם), ביחד עם פני השטח הקשים והמיוערים, שהגבילו את הראות, גרמו לכך, שהיחידות התוקפות התערבבו זו בזו במהלך התקדמותם, דבר שהחריף את בעיית השליטה עליהן. מכיוון ששני הקורפוסים הדרומיים הקדמיים תקפו בקו אחד, לרוחב כל קו החזית, הם לא היו חזקים מספיק כדי להשיג הבקעה של הקו הצפוני בנקודה אחת. בנוסף, לא נעשה ניסיון לרכז את אש הארטילריה כנגד קטע מסוים של קו החזית. בשעה 7:30 הורה בורגארד (בניגוד לתוכניתו המקורית) לקורפוסים של פולק וברקנרידג' להתקדם לקו החזית ולהצטרף ללחימה מימין ומשמאל לקורפוס של בראג. בכך הוא פגע ביכולתו להשפיע על מהלך הקרב, ונותר כמעט ללא עתודות לצורך ניצול הצלחות מקומיות. המתקפה הדרומית הפכה להסתערות חזיתית מסיבית, שדחקה לאחור את כוחות ארמיית הטנסי, אך לא הייתה מרוכזת מספיק, כדי להביא להבקעה של חזיתה.