שליחות קטלנית 3: עלייתן של המכונות
עלילה

בשל אירועי הסרט הקודם בטרילוגיה, יום הדין, היום שבו אמורה לפרוץ המלחמה בין בני האדם למכונות, לא התרחש כמצופה. מונע מפרנויה כי יום זה עדיין לא נמנע לחלוטין ועתיד להגיע, ג'ון קונור (ניק סטאל), המנהיג העתידי של המחתרת האנושית, חי בסתר בלוס אנג'לס שבקליפורניה, ללא מגורים קבועים, כרטיסי אשראי או טלפון סלולרי, והוא מקבל את שכרו במזומן כדי שלא יוכלו לעקוב אחריו. סקיינט בזמן זה כבר פותחה, על אף שבסרט הקודם חשבו קונור וחבריו כי חיסלו אותה. קונור עצמו איננו מודע למצב, אך למעשה סקיינט כבר פיתחה מודעות עצמית וכעת מנסה לגרום לשרשרת אירועים שתוביל לחיבורה למערכות הנשק הגרעיני של ארצות הברית ובכך אכן יתרחש "יום הדין".
במקביל, מחסל נוסף (קריסטנה לוקן), רובוט דמוי אדם, מדגם T-X, נשלח מספר ימים לפני המאורע הצפוי, בשליחות על ידי סקיינט מהעתיד. הפעם מטרתו של המחסל היא להרוג את סגניו של קונור, זאת לאחר שאין ברשות המכונות מידע על מקומו של קונור בזמן זה. המחסל, שבהמשך מכונה Terminatrix, חמוש במלאי של כלי נשק מתקדמים מהעתיד, הנשלפים מידו כלהביור, סכין מלחם ועוד והוא מסוגל לשנות את מראהו. כאשר הוא אינו מתחזה לדמויות אחרות המופיעות בסרט, הוא בוחר בחזות של אישה צעירה ומושכת. כמו כן, ביכולתו של המחסל לשלוט במכונות אחרות מרחוק באמצעות הזרקת שבבי ננו טכנולוגיה.
גם הפעם שולחים צבאות האנושות העתידיים מגן כנגד המחסל מצבא המכונות, וכמו בסרט הקודם מדובר במחסל שתוכנת מחדש (ארנולד שוורצנגר). בעקבות צירוף מקרים קונור נפגש עם קתרין ברוסטר (קלייר דיינס), אשר תהיה אשתו לעתיד וכן סגניתו, ובשל כך סומנה כמטרה עבור ה-TX. עם זאת, כאשר ה-TX מגיע למקום עבודתה של ברוסטר הוא מגלה כי גם קונור עצמו נמצא במקום ומשנה את סדר עדיפויותיו. באותה העת מגיע המחסל ה"טוב", מציל את קונור וברוסטר ונותן להם זמן לברוח בעודו נאבק ב-TX. כוחות משטרה וכבאות אשר חשים למקום עקב הקרב מספקים ל-TX, אשר כלל לא הובס, אמצעי רדיפה אחרי קונור וברוסטר בדמות מכוניותיהם, עליהם משתלט ה-TX. בין שתי הקבוצות מתפתח מרדף נרחב ועתיר הרס ברחובות העיר, עד אשר מצליחים קונור וחבורתו להימלט.
ה-TX מצליח לאתר את קונור בעקבות דיווחי משטרה, אשר רודפים בעצמם אחריהם בעקבות ההרס שגרמו. ה-TX עוטה את חזותו של ארוסה של ברוסטר ומצטרף לכוחות המשטרה, אשר מכתרים את החבורה. לאחר מרדפים וקרבות נוספים מצליחים השלושה להימלט, או אז מספר להם המחסל על עתידם המשותף וכי "יום הדין" לא נמנע, אלא רק נדחה. עוד הוא מספר כי בראש הפרויקט עומד אביה הגנרל של קתרין ברוסטר. ברוסטר וקונור מחליטים לנסות לעצור את השתלטות סקיינט ופונים לבסיסו של אביה, אך מגיעים מאוחר מדי. סקיינט כבר התחיל לפתח מודעות עצמית ותוך שניות ספורות משתלטת על מערכות ההגנה הצבאיות. את התהליך "ההתעוררות" של סקיינט ניתן לראות כבר מתחילת הסרט, בו נראה שווירוס מחשבים תוקף את כל מערכות המידע, מה שמתברר היה פיתיון של סקיינט לביצוע הפעלה מלאה שלו.
לאחר קרבות נוספים בבסיס הצבאי, אליו הגיע גם ה-TX והפעיל מספר רובוטי קרב כדי לקדם את "יום הדין", אומר אביה של ברוסטר לקונור כי עליהם להגיע ל"קריסטל פיק". קונור טועה לחשוב כי שם נמצאת ליבתה של סקיינט וממהר לטוס לשם עם ברוסטר במטוס קטן אשר מצאו בבסיס. עם זאת, באותה עת מופיע בפניהם המחסל ה"טוב", לאחר שה-TX תכנת אותו מחדש להרוג את קונור וברוסטר. המחסל מצליח להאבק בתכנות ולבסוף קופא במקומו.
קונור וברוסטר ממהרים ל"קריסטל פיק", אך שם מדביק אותם ה-TX. כאשר נראה כי זה הולך לחסלם מופיע המחסל ה"טוב", אשר בדרך כלשהי הצליח להתגבר לגמרי על התכנות, ומרסק מסוק על ה-TX. הדבר עצמו לא מספיק כדי לחסלו, ובעת שקונור וברוסטר יורדים לבונקר המוגן של הבסיס המחסל טומן את אחת מהסוללות הגרעיניות שלו בפיו של ה-TX ובכך גורם לפיצוץ שמשמיד את שניהם. בבונקר מגלים קונור וברוסטר כי אין זהו אתר הליבה של סקיינט כפי שסברו, אלא בונקר שהוכן מראש למקרה של מתקפה גרעינית עבור מנהיגי האומה האמריקאית בבונקר הגרעיני בהר שאיין. השניים עומדים חסרי אונים כאשר טילים גרעינים משוגרים מאדמת מדינתם רק כדי לחזור ולפגוע בה ותשדורות נואשות קוראות בקשר למנהיג כלשהו, או אז מקבל עליו קונור את גורלו, כמו גם גורל האנושות.