קפטן אמריקה: מלחמת האזרחים
עלילה

בשנת 1991, חייל צבא ארצות הברית ג'יימס בארנס מוחזק כשבוי במתקן סודי של ארגון הטרור "הידרה" בלב סיביר, במצב הקפאה. אל המתקן נכנס קולונל רוסי בשם ואסילי קרפוב, והוא מקריא בפני בארנס שורת מילות קוד ברוסית הגורמות לו לשטיפת מוח והופכות אותו ל"חייל החורף". במצבו החדש, כשהוא כפוף לכל פקודותיו של קרפוב, בארנס נשלח לבצע משימה מיוחדת, בה הוא תוקף בלב יער מכונית, מה שגורם לה להתנגש בעץ. לאחר מכן בארנס גונב את המטען שלה, חמש מנות נסיוב כחול, ומעניק אותן לקרפוב שבע הרצון.
בימי ההווה, כשנה לאחר אירועי "הנוקמים: עידן אולטרון", סטיב רוג'רס/קפטן אמריקה מוביל צוות של "הנוקמים" המורכב מסם וילסון/פלקון, נטשה רומנוף/האלמנה השחורה וונדה מקסימוף/מכשפת השני. במשימת שטח בלאגוס. הצוות עוקב אחר יחידת שורדים מארגון "הידרה" בהנהגתו של ברוק רומלאו/קרוסבונז, הגונבים נשק ביולוגי להשמדה המונית. הצוות מנטרל את כל חברי היחידה, אך רומלאו מצליח לשטות ברוג'רס בכך שמסיח את דעתו על ידי הזכרת שמו של בארנס הנעדר, ומצליח להפעיל פצצה המורכבת על גופו כאקט התאבדות במטרה לגרום למותו של רוג'רס. עם זאת, ברגע האחרון מקסימוף כולאת את הפיצוץ ואת רומאלו והודפת אותם הרחק באוויר, מה שגורם להתפוצצות המטען בקומה עליונה של בניין סמוך ולמותם של 11 אנשי הצלב האדום אזרחי אומת ואקאנדה.
התקרית בלאגוס יוצרת הד תקשורתי שלילי רחב ברחבי העולם נגד "הנוקמים" וחברי הצוות, ומעלה לסדר היום את שאלת הפיקוח עליהם ואשרור פעולותיהם. על מנת להציב גבולות לצוות מדינות האומות המאוחדות, ובראשן אומת ואקאנדה, יוצרות חוק לרישום על-אנושיים ("הסכמי סוקוביה") אשר יפקח על פעולות גיבורי-העל. מזכיר המדינה תדאוס "ת'נדרבולט" רוס מכנס את חברי "הנוקמים", ומודיע להם על ההליך החדש, והם נחלקים לשני מחנות: ג'יימס רודס/וור משין, רומנוף ו-ויז'ן בראשות טוני סטארק/איירון מן התומכים בחוק, ווילסון ומקסימוף בראשות רוג'רס המתנגדים לו.
במקביל, הלמוט זמו, אזרח סוקוביאני וקולונל בכוחות מיוחדים בעברו שאיבד את כל משפחתו בעת הקרב של "הנוקמים" נגד אולטרון, מאשים את "הנוקמים" במות משפחתו ומחפש נקמה. זמו משתמש במידע אותו רומנוף שחררה בעבר לרשות הציבור באינטרנט אודות "הידרה", ובעזרתו מאתר את קרפוב הזקן בקליבלנד. זמו מענה את קרפוב במטרה לקבל מילות קוד מיוחדות המעניקות שליטה בחייל החורף, אך קרפוב מעדיף למות מאשר "להיכנע". למרות זאת, מצליח זמו למצוא את מילות הקוד לבדו.
בינתיים, מדינות האומות המאוחדות מתכנסות בווינה לשם אשרור החוק לרישום על-אנושיים. בעת אחד מנאומי המליאה מתבצע פיגוע טרור מחוץ לבניין ופוגע קשות בקומת המליאה, מה שגורם לכמה מהנוכחים להיפגע, ביניהם מלך אומת ואקאנדה טצ'אקה, שאף מוצא את מותו. צילומי האבטחה מעידים בצורה חד משמעית כי מאחורי הפיגוע עומד בארנס, שמופיע לראשונה לאחר היעדרות של למעלה משנה, ובנו של טצ'אקה, טצ'אלה/הפנתר השחור, נשבע לנקום בו ולהורגו. רוג'רס, שנמצא באבל עקב מותה הפתאומי של אהבת נעוריו פגי קרטר, מגלה דאגה עמוקה לחברו הטוב, ובעזרת מידע אותו הוא מקבל משרון קרטר, אחייניתה של פגי, יוצא יחד עם וילסון להציל את בארנס, באמונה כי הוא חף מפשע. השניים מגיעים לבוקרשט בעקבות בארנס, וכאשר פוגשים בו הוא נשבע לחפותו, אך בעודם מנסים להצילו, נכלאים השלושה בידי הרשויות האמריקאיות.
בארנס מוכנס למעצר תחת אבטחה כבדה, ונשלח אליו פסיכולוג על מנת לבצע הערכה נפשית. כאשר נכנס הפסיכולוג לפגישתו עם בארנס, הוא חושף את עצמו כזמו ומפעיל מרחוק פעימה אלקטרומגנטית המשביתה את מערכת החשמל באזור. כשהמצלמות כבויות, הדלתות נעולות ואיש לא יכול לבוא לעזרה, זמו מקריא לבארנס את מילות הקוד אותן גנב מקרפוב והופך אותו לחייל החורף. לפקודתו יוצא בארנס להשתוללות חסרת מעצורים. בסופו של דבר מצליח רוג'רס להחזיר את בארנס למצב נורמלי, וזה מספר לרוג'רס כי זמו בדרכו לבסיס סודי בסיביר, בו נשמרים חמישה חיילי חורף נוספים בהקפאה, ורוג'רס מחליט להגיע לשם בהקדם האפשרי.
בידיעה כי סטארק וצוותו ינסו לעצור את נסיעתו עם בארנס לסיביר, רוג'רס מגייס לצוותו את וילסון, מקסימוף, קלינט ברטון/הוקאיי וסקוט לאנג/איש הנמלה, ומתכנן לבצע בעזרתם פעולת הסחה אשר תאפשר לו ולבארנס להגיע לסיביר בחופשיות. מנגד, סטארק מגייס לצוותו את רודס, רומנוף, ויז'ן, טצ'אלה ופיטר פארקר/ספיידרמן. שני הצוותים נפגשים בשדה תעופה בגרמניה, שם מתפתח ביניהם קרב רחב היקף. בסופו של דבר, עוברת רומנוף לצוותו של רוג'רס ומסייעת לו לברוח לסיביר. אך סטארק, בעזרת רודס, אינו מוותר וטס בעקבותיו, עד שלפתע ירי תועה מצידו של ויז'ן גורם לרודס להתרסק ולהיפצע קשות בעמוד השדרה.
וילסון, מקסימוף, ברטון ולאנג נכלאים בעקבות החיפוי אותו העניקו לרוג'רס ובארנס במתקן כליאה צף באוקיינוס האטלנטי, ורומנוף נאלצת להסתתר כדי שלא תיכלא גם היא. במקביל, זמו דואג לכך שהאמת אודות כל האירועים אשר התרחשו, ומעורבותו בהם, תתפרסם ותדווח בתקשורת, מה שגורם לסטארק להבין כי הוא הולך שולל וכי רוג'רס רק ניסה לעשות טוב, ועל כן הוא יוצא בעקבותיו לסיביר, כשטצ'אלה עוקב אחריו. שם, סטארק מספר לרוג'רס ולבארנס כי גילה את האמת, והשלושה מחפשים יחדיו אחר חמשת חיילי החורף, אך מגלים להפתעתם כי זמו רצח אותם זמן קצר קודם לכן. זמו מופיע וחושף את עצמו בפניהם, ואז מספר על רצונו לנקום בהם על כך שמשפחתו מתה בגללם. הוא מקרין סרטון אבטחה מדו"ח משימה מיוחד מדצמבר 1991, בו נראה כי בארנס הוא שהרג את הוריו של סטארק. סטארק הזועם מתחיל להילחם בבארנס במטרה להרוג אותו, אך נאלץ להתמודד גם עם רוג'רס, אשר כבר היה מודע לעובדה שבקי רצח את הוריו של טוני אך העדיף להסתיר ממנו את המידע. לאחר קרב ארוך בין שני הצדדים, רוג'רס ובארנס מצליחים לגבור על סטארק ולעזוב את המקום. סטארק קורא בעקבות רוג'רס כי לא רשאי לשאת את המגן שלו (אותו יצר אביו של סטארק) ורוג'רס זורק אותו מאחוריו.
זמו נתפס בידי טצ'אלה שעקב אחר סטארק למקום, ומחליט להתנצל בפניו על שגרם למות אביו. בשל הכאב הוא מחליט להתאבד, אך טצ'אלה, שמבין את מניעיו, עוצר אותו. זמו נכלא תחת השגחה גבוהה של ארגון האומות המאוחדות. במקביל, מסייע סטארק לרודס להשתקם מהפגיעה המערכתית שספג בעמוד השדרה וחוזר לפקד על מה שנשאר מהנוקמים. הוא מקבל מכתב מרוג'רס בו הקפטן מביע את צערו על האירועים האחרונים ועל רצח הוריו בידי בארנס, ומבטיח לו כי בכל זמן שיהיה בכך צורך יעמוד לצד הנוקמים, ומצרף גם טלפון לשעת חירום. בעת שסטארק קורא את המכתב, יוצר מזכיר המדינה רוס קשר עמו ומודיע כי רוג'רס הבריח ממתקן הכליאה באוקיינוס את חברי הצוות שלו.
באפילוג, בארנס ורוג'רס נמצאים עם טצ'אלה בוואקאנדה. לאחר שבארנס מבין כי כל עוד שטיפת המוח של הידרה עוד פעילה במוחו הוא ממשיך להוות סכנה לציבור, הוא מחליט להיכנס להקפאה עד אשר תימצא תרופה למצבו. רוג'רס מביע דאגה מכך שהשניים יאותרו על ידי רשויות החוק הרודפות אחריהם, אך טצ'אלה מרגיע אותו בהבטחה כי המדינה תעניק לו ולבארנס מקלט מדיני היות שזו "חובה מוסרית" אישית עבורו. בסצנה לאחר הכתוביות, נראה פארקר שוב בביתו מתאושש בחברת דודתו מיי מפציעות הקרב בשדה התעופה, כשהוא מנסה גאדג'ט חדש שקיבל במתנה מסטארק.