מרקורי-רדסטון 3
הטיסה

הספירה לאחור החלה ב-01:30 UTC‏ (20:30 ב-4 במאי זמן החוף המזרחי של ארצות הברית) ושפרד נכנס לחללית ב-10:15 (כל הזמנים לפי UTC), רק שעתיים לפני מועד השיגור המתוכנן. ב-12:05 נעצרה הספירה לאחור כדי לתת לעננים שכיסו את אזור השיגור להתפזר (העננים לא הפריעו לשיגור אך רצו ראות טובה כדי שניתן יהיה להשיג תמונות של כדור הארץ) וכדי לתקן יחידת אספקת חשמל. זמן קצר לאחר שהחלה הספירה מחדש היא הופסקה שוב כדי לאפשר אתחול מחשב במרכז טיסות החלל גודארד.
מרקורי-רדסטון 3 שוגרה לבסוף ב-14:34, באיחור של רק שעתיים וחצי מהמועד המתוכנן. ההערכה היא כי כ-45 מיליון איש ברחבי ארצות הברית צפו בשיגור באמצעות הטלוויזיה. ברגעים האחרונים לפני כיבוי מנועי המשגר, שתי דקות ו-22 שניות מהשיגור, אלן שפרד היה נתון לעומס של 6.3 ג'י. עם כיבוי מנועי המשגר הייתה מהירות החללית 8,262 קמ"ש, קרוב למהירות שתוכננה. 10 דקות מאוחר יותר הושלכה מערכת המילוט שהייתה מורכבת על ה"מגדל" בחרטום החללית. שלוש דקות לאחר השיגור הופעלו סילוני החללית בצורה אוטומטית, והפנו את גחון החללית, שם היו מגיני החום, קדימה, כהכנה לחדירה לאטמוספירה.
בשלב זה היה יכול שפרד לשלוט בחללית בצורה ידנית, והוא החל לבדוק את יכולתו לשלוט בחללית. הדבר הראשון שעשה שפרד היה להטות את חרטום חלליתו 34 מעלות כלפי מטה – זווית הגישה להפעלת רקטות ההאטה. לאחר מכן בדק את השליטה הידנית בסבסוב, גלגול והזזת החללית מימין לשמאל. כשלקח שפרד שליטה מלאה על כל שלושת צירי התנועה של חלליתו, הוא מצא כי תגובת החללית דמתה לתגובתה בסימולטור הטיסה שלה. עם זאת, לא יכול היה לשמוע את הסילונים בעת פעולתם כפי שהיה יכול בקרקע, זאת מפני רעש הרקע בעת הטיסה.
המטרה המשנית של המשימה הייתה לבצע תצפיות על הקרקע מהחלל. לאחר שהחזיר את השליטה על החללית למחשב הטיסה, מצא שפרד כי היה מסוגל להבדיל בין הקרקע והים לבין העננים, והיה מסוגל להבחין בקוי חוף, איים ונהרות רחבים. שפרד גם הבחין באזורים מיושבים, אך לא הצליח לזהותם. שפרד הסתבך עם השימוש בפריסקופ שהורכב בקפסולת המרקורי שלו (במשימות המאוחרות יותר הורכב חלון במקום פריסקופ), וויתר על ניסיון לתקן את הבעיות.
תחת שליטה אוטומטית, פיתחה החללית תנועה קלה בעודה עוברת בגובה המרבי של הטיסה. שפרד העביר את החללית למוד "טוס על חוט", בו הטייס נעזר בבקר על מנת להורות למערכת ההנעה האוטומטית להציב את החללית במסלול הרצוי. תוך התאמת הגלגול והסבסוב מצא שפרד כי זווית הנטייה של החללית היא 10 מעלות נמוכה מידי – 25 מעלות במקום 35 – ותוך שהוא תיקן את הזווית הופעלו רקטות ההאטה לקראת החדירה לאטמוספירה. לאחר סיום פעולת המנועים – שהורכבו על גבי מגן החום של החללית – הם הושלכו, אך מפני שנורת האישור לא נדלקה, נאלץ שפרד לוודא כי המנועים אכן הושלכו בצורה ידנית – ורק אז נדלקה נורת האישור.
לאחר הפעלת מנועי ההאטה שב שפרד לטיסת "טוס על חוט", ודיווח כי הוא מרגיש בשליטה מלאה על החללית, לפני שנתן למערכת האוטומטית לכוון את החללית לקראת החדירה לאטמוספירה. לאחר מכן החזיר את השליטה לידיו עד שעומס הג'י הגיע לשיא של 11.6 במהלך החדירה. הוא שלט בחללית עד שהתייצבה ואז החזיר את השליטה למערכת האוטומטית. צלילת החללית הייתה מהירה מהמצופה, אך המצנחים נפרשו כמתוכנן: מצנח הבלימה בגובה 21,000 רגל (6.4 ק"מ), והמצנח המרכזי בגובה 10,000 רגל (3 ק"מ).
פגיעת החללית במים הייתה דומה בעוצמתה לנחיתת מטוס קרב על נושאת מטוסים. החללית נטתה לצידה הימני כ-60 מעלות, אך לא הראתה שום סימני דליפה והתיצבה בצורה אנכית כדקה מאוחר יותר, ושפרד יכל לדווח לצוותי החילוץ כי הוא נחת בשלום וכי הוא מוכן לחילוץ. מסוק החילוץ הגיע אל החללית כעבור מספר דקות, ולאחר בעיה קלה עם אנטנת החללית, החללית הורמה מעט מן המים כדי לאפשר לשפרד לצאת מהפתח הראשי של החללית (ניתן היה לצאת גם דרך חרטום החללית לאחר הסרתו). שפרד טיפס החוצה מן החללית והועלה אל תוך המסוק, שלקח אותו ואת חלליתו אל נושאת המטוסים הממתינה USS Lake Champlain‏ (CV-39). מרגע הפגיעה במים ועד לנחיתה על נושאת המטוסים חלפו 7 דקות בלבד.
הטיסה נמשכה סך הכול 15 דקות ו-28 שניות, והחללית עברה מרחק של 486 ק"מ מכן השיגור והגיעה לגובה מקסימלי של 187.5 ק"מ. "פרידום 7" נחתה ב-27°13′42″N 75°53′0″W﻿ / ﻿27.22833°N 75.88333°W﻿ / 27.22833; -75.88333﻿ (Freedom 7 splashdown) והגיעה למהירות מקסימלית של 8,340 קמ"ש.
לאחר הטיסה נבחנה החללית על ידי מהנדסים שקבעו כי החללית במצב מצוין, עד כדי כך שהם קבעו כי ניתן לשגרה למשימה נוספת (דבר שלא קרה). "פרידום 7" מוצגת כיום בלובי מרכז המבקרים ארמל-לפטוויץ', הממוקם באקדמיה הימית של ארצות הברית באנאפוליס, מרילנד, ארצות הברית. היא הוצבה שם לאחר מותו של שפרד ב-1998.