אסלום השומרונים בכפייה
היסטוריה > התקופה העות'מאנית (מאות 16–20)

העות'מאנים ערכו רדיפות דתיות נגד השומרונים. בשנת 1625–1626 משפחות השומרונים שנותרו עברו לגור בשכם, שנהפכה לעיר המקלט של העדה. הקהילה השומרונית במצרים הצטמצמה בעקבות רדיפות עות'מאניות אחר השומרונים שעבדו אצל הממשל הממלוכי, ורובם נאלצו להתאסלם.
גורל זהה חיכה גם לשומרונים בדמשק במאה ה-17, כאשר רובם של חברי העדה בדמשק נרצחו בידי המוסלמים. ממשלות צרפת ואנגליה התערבו בדבר וביקשו מהשלטון העות'מאני להגן על השומרונים. מעט מהשומרונים נותרו בחיים, אך כל רכושם ועושרם נשדד. השומרונים הנותרים בדמשק המירו דתם ורק בודדים נמלטו ממנה. איום זה היווה סכנת כיליון של העדה השומרונית.
מושלי דמשק ערכו טבח כללי באלפי שומרונים ורבים מאלה שנותרו בחיים המירו את דתם. מתועד פוגרום שנערך בימי הפאשא מרדם בק ב-1625, בו הותקף הרובע השומרוני בדמשק, נהרגו רבים ורבים עוד יותר התאסלמו, השומרונים נעלמו מעין הציבור אולם מספר משפחות שכונו "מושם" ושמוצאם שומרוני נשארו בולטות בעשייה בעיר. הקהילה בשכם קלטה גם את השומרונים מדמשק, שנרדפו שם.
בימיו של הרב חיים אברהם גאגין היו שוב השומרונים בסכנת כליה, לאחר שאברהים פחה המצרי קיבל את השליטה על סוריה וארץ ישראל בשנת תקצ"א (1831). על התקופה הקשה לשומרונים כותב ד"ר אליעזר הלוי, מזכירו של משה מונטיפיורי, שביקר בשכם בשנת תקצ"א (1831): ”נחשבו לו השומרונים לעובדי אלילים, אשר לא אבה לתת להם ניר בארצו. ותהי להם עת צרה אשר כמוה לא נהייתה, כי ידעו כי נכון המַוֳת מידו.” לאחר גירוש הכוחות המצריים של מוחמד עלי מארץ ישראל, בשנת 1840 (ת"ר), מספרת אליזבט רוג'רס – אשת הקונסול הבריטי, כי הערבים והמוסלמים הלא-ערבים שהתגוררו בשכם רדפו את השומרונים באכזריות מפני שלא רצו לקבל עליהם את דת האסלאם.
מנהיגי הדת המוסלמים טענו שלשומרונים אין דת, וכי הם לא מאמינים בספרים הכתובים ברוח הקודש: תורת משה, הברית החדשה, ספר תהילים, הנביאים והקוראן. המוסלמים טענו שרק לכת המאמינה לפחות באחד מהספרים הללו יש להתייחס בסובלנות (ראו: אהל אל-כתאב). לעומתם, השומרונים טענו כי הם מאמינים בחמישה חומשי תורת משה. המוסלמים, שלא ידעו את לשון הקודש או את כתב היד השומרוני, לא קיבלו את דבריהם. שומרוני העיר שכם חיו בסכנת מוות דומה לזו שקרתה לבני עדתם בדמשק במאה הקודמת.
השומרונים פנו בבקשה לעזרה אל הרב גאגין והוא עזר להם בכך שנתן להם תעודה בכתב המאשרת כי: העם השומרוני הוא ענף מבני ישראל המודה באמיתות התורה. לאחר שזוהו כ"פלג יהודי", הונח לשומרונים מאסלום בכוח כפי שננהג טרם להודאתו של הרב גאגין אך למרות זאת המשיכו להתעמר בהם המוסלמים, ולדברי יצחק בן-צבי, היו השומרונים לעדה המדוכאת ביותר בארץ ישראל על ידי המוסלמים בעת שטרם לקום מדינת ישראל וכי שכניה בשכם לועגים ורודפים את השומרונים בשל אמונתם.
חמולת סמארה מטולכרם שהיו מעשירי אזור השרון בסחר באבטיחים מתייחסת על שומרונים שאוסלמו בכפייה.
יצחק בן-צבי ציין כי בימיו עדיין התגוררה בכפר סילת א-ד'אהר משפחה ממוצא שומרוני, בשם בית טאהר (ד'אהר). היישוב השומרוני בעוורתא פסק במאה ה-17. אחרוני השומרונים ביישוב היו בני משפחת כהנים המתייחסת לעוזיאל בן קהת בן לוי, שעקרו לעיר שכם. אירוע זה תואם לפטירתו של הכהן הגדול השומרוני האחרון שיוחס לבניו של פינחס בן לוי בשנת 1624. לפי יצחק בן-צבי, השומרונים בזמנו האמינו כי "חלק מתושבי הכפר (עוורתא), אם לא כולם, מוצאם מהשומרונים".
נאצר שרשיר, מחבל מפת"ח, צוטט ב-10 בספטמבר 1968 טוען כי "ייתכן שמצד סב-סבו יש בו קצת דם שומרוני". במאמר מ-30 בספטמבר 1968 ציין בנימין צדקה בן העדה השומרונית שחי בירושלים כי שם המשפחה "נבלוסי" מציין מוצא שומרוני מהעיר שכם, וכי שמות משפחה אחרים שהיו עבריים במקורם שובשו עם ההגייה הערבית לאחר שהשומרונים אוסלמו.