בית הקברות ממילא
מעמדו הדתי והמוניציפלי של בית הקברות

במרץ 1921, הכין האדריכל צ'ארלס רוברט אשבי תוכנית בניין עיר בה הוגדרו לראשונה שימושי הקרקע בעיר (באנגלית: Zoning). בתוכנית הוגדר שטח פתוח נרחב הנקי מבניה מסביב לעיר העתיקה, עם מספר שלוחות בצפון ומערב העיר, כולל שטח בית הקברות ממילא, שסומן כבית קברות מוסלמי בשטח משולש הרחובות, רחוב המלך ג'ורג' במערב (שסומן אך עדיין לא נסלל באותה עת), רחוב גרשון אגרון וכיכר צרפת בדרום ורחוב הלל של ימינו בצפון. בשנת 1924 נחנך רחוב המלך ג'ורג' התוחם את בית הקברות ממערב. אדמת בית הקברות הייתה בבעלות הווקף המוסלמי. בשנת 1928 החלה בנייתו של המלון המוסלמי פאלאס על גבולו הדרום-מערבי של בית הקברות. במהלך חפירת היסודות נתגלו עצמות מתים, והתברר כי תחומי בית הקברות גדולים משחשבו. אך קדושתו של בית קברות שלא היה בשימוש במשך 30–40 שנה פגה על פי ההלכה המוסלמית השריעה, ואף מותרת קבורה משנית.
בשנת 1948 עבר שטח בית הקברות לידי האפוטרופוס לנכסי נפקדים וזה העבירו בשנת 1952 לידי עיריית ירושלים. המקום נותר מוזנח והירדנים טענו שההזנחה במקום שקולה לפגיעה שלהם בבית הקברות היהודי בהר הזיתים. בשנת 1957 החלו עבודות פיתוח להכשרת חלקו המערבי של בית הקברות כגן ציבורי - גן העצמאות. הגן נחנך בסוף שנת 1959. בשנת 1960 הוקם בית הספר ארלוזורוב בחלקו הצפוני של הגן (היום בית הספר הניסויי ירושלים). בשנת 2002 הכריזה עיריית ירושלים על פרויקט היכל המשפט שיוקם במקום מבנה בית הספר שיהרס. בשנת 2008 נערכה חפירת בדיקה בחצר בית הספר לצורך הקמת הפרויקט. בחפירה נמצאו שלדים וקברים מהתקופה שהשטח היה חלק מבית הקברות והפרויקט בוטל. בשנת 1962 רכשה העירייה את המגרש הגובל בגן, לצורך בניית בית העירייה, אך התוכנית בוטלה. לאחר ביטול התוכנית מכרה העירייה את השטח ליזמים פרטיים לצורך הקמת מלון לאונרדו פלאזה ירושלים שהושלם בשנת 1975. בפינה הצפון-מערבית של בית הקברות הוקם חניון לבאי גן העצמאות, שפעל עד שנת 2005. בשנה זו החל מרכז שמעון ויזנטל לבנות על שטח החניון את המוזיאון לסובלנות, אך בנייתו הופסקה כשנה לאחר מכן, בשל התנגדות המוסלמים לבנייה על שטח בית הקברות. לאחר שלוש שנים פסק בג"ץ כי ניתן להמשיך את הבנייה של מוזיאון הסובלנות במקום, ובכך אישר את התקדימים לגבי מעמדו המוניציפלי של השטח. בישראל נטען שלאור יחס המוסלמים למקום עד שנת 1948 אין למנוע בנייה ישראלית במקום, דוגמת סלילת שביל מרוצף החוצה את בית הקברות והקמתו של מוזיאון הסובלנות. כדי לקדם את בניית המוזיאון, נערכה במקום חפירה ארכאולוגית מזורזת, שהתבצעה במשך 24 שעות ביממה, ובמהלכה הועברו מאות שלדים, חלקם בני מאות שנים לקבורה משותפת בסמוך לאתר.
עו"ד שמואל ברקוביץ, העוסק בצד המשפטי של הסכסוך הערבי-ישראלי כתב בספרו "מה נורא המקום הזה - קדושה, פוליטיקה ומשפט בירושלים ובמקומות הקדושים בישראל" (הוצאת כרטא, 2006) כי המועצה המוסלמית העליונה בראשות המופתי תכננה לבנות אוניברסיטה ערבית על כל שטח בית הקברות, תוכנית שנגנזה מחוסר תקציב[דרושה הבהרה]. הסרת קדושת בית הקברות קיבלה משנה תוקף בשנת 1964, עת קבע נשיא בית הדין השרעי לערעורים, לבקשת ראש עיריית ירושלים, כי מותר להפוך חלק משטח בית הקברות לפארק ציבורי[דרוש מקור].
בשנת 2010 נתגלע סכסוך בין התנועה האיסלאמית לעיריית ירושלים ומינהל מקרקעי ישראל בנוגע לעבודות שנעשו במתחם במסגרת שיקום קברים ומצבות. העירייה טענה שבמסגרת השיפוץ הוקמו מצבות חדשות לקברים מזויפים, ודחפוריה הרסו כמה מאות מהן, בעוד שהתנועה האיסלאמית טענה כי מדובר בשיפוץ של שרידי קברים שהיו במקום.
בשנת 2017, התגלה מבנה קבר מרובע שבו שלדים בעבודות לסלילה מחדש של רחוב בן סירא והנחת תשתיות. רשות העתיקות קבעה כי מדובר במבנה מאוחר באופן יחסי, שאינו חוסה תחת חוק העתיקות (כלומר אינו עתיק יותר מ-300 שנה), ועל כן לא נערכה במקום חפירה ארכאולוגית רשמית. הקבר והשלדים בתוכו נשארו במקומם, והכביש נסלל מעליהם.