אנטי-מדע
רדוקציוניסטיות

ביקורת רבה הובעה מצד מתנגדי מדע בטענה כי הוא מוביל בהכרח לרדוקציוניזם. פרקטיקה נפוצה היא לתאר את המדע כמורכב מפיזיקה בלבד (במיוחד מכניקה ניוטונית), או לתאר את המדע כחוקר את העולם רק באמצעות קשרים ליניאריים.
עם זאת, השקפות לא-רדוקציוניסטיות (ראו אמרגנטיות (אנ')) על המדע גובשו בצורות מגוונות במספר תחומים מדעיים כמו פיזיקה סטטיסטית, תורת הכאוס, מערכת מורכבת, קיברנטיקה, תאוריית המערכות, ביולוגיה מערכתית, אקולוגיה, תורת האינפורמציה, כלכלה אקולוגית, אבולוציה ועוד.
תחומים אלה נוטים להניח כי קיימת אינטראקציה חזקה בין יחידות מייצרת תופעות חדשות ברמות גבוהות יותר שלא ניתנות להסבר באמצעות רדוקציוניזם בלבד. לדוגמה, אין ערך בתיאור משחק שחמט או רשת גנטית באמצעות מכניקת הקוונטים, וכרגע גם אין אפשרות לכך. הרעיון של הגחה מתאר הופעה של דפוסים לא צפויים או התנהגות לא צפויה מתוך מערכות מורכבות. כאשר לישות מורכבת יש תכונות או התנהגויות שאין לחלקיה, ומופיעה רק כאשר הם מקיימים אינטראקציה במכלול רחב יותר.
בנוסף המחקר המדעי הוביל לכך שתחומים שנראו בעבר דוממים, אחידים או בלתי קשורים התבררו כגורמים פעילים או בעלי קשר חזק לתחומים אחרים. לדוגמה גילוי החיידקים הוביל למסקנות כי מה שנראה לדורות העבר כדבר דומם (כמו שלולית מים, או אבק או משטח של שולן) הוא למעשה יקום שוקק חיים. גם לאחר גילוי החיידקים, איש כמעט לא חשד כי יש קשר בינם לבין בריאות האדם, במשך כ-200 שנה. בשליש האחרון של המאה ה-19 התגבשה תאוריית החיידקים כגורמי מחלות והתברר כי יצורים זעירים אלה מחוללים את רוב המחלות המדבקות.
בהמשך התברר כי בעלי חיים - הן גדולים כמו אווזים או חזירים או קטנים כמו זבובים או יתושים יכולים לעביר חיידקים וטפילים לבעלי חיים אחרים ואף לבני אדם וכי דבר זה משפיע מאוד הן על בריאות הציבור והן על החקלאות. אנשים בתחילת המאה ה-19 היו מתקשים להבין מה התרומה הגדולה שיכולה להיות לפטריות על חייהם. לאחר גילוי האנטיביוטיקה התברר כי יש מאבק מתמיד בין פטריות לבין חיידקים וכי ניתן לנצל דבר זה כדי לפתח תרופות מצילות חיים. עוד התברר בהמשך כי חיידקים לא רק יכולים לפגוע בבני האדם ובבעלי חיים אחרים אלה שחלקם גדלים בתוך גופי בעלי החיים והאדם (לדוגמה מיקרוביום), מקיימים איתם קשר סמביוטי וחייוניים לבריאות. התאוריה האנדוסימביוטית שהגתה הביולוגית לין מרגוליס ב-1967, מסבירה את קיומם של האברונים מיטוכונדריה וכלורופלסט בתאים איקריוטיים על ידי תהליך אבולוציוני, שבו חיידקים קדומים מסוג בקטריה, נבלעו על ידי חיידקים גדולים יותר מסוג ארכיאה, והמשיכו להתפתח בתוכם בסימביוזה הדדית. היבטים אלה מדגימים את התפתחות כלל בעלי החיים, כולל האדם, מאב קדמון חיידקי. בתחום של ביולוגיה התפתחותית אבולוציונית התגלו קשרים חזקים בין יצורים חיים שבמבט ראשון נראה שאין כמעט קשר ביניהם - הרעיון של הומולוגיה ומאוחר יותר הרעיון של הומולוגיה עמוקה על ידי גנים שהשתמרו לאורך מאות מיליוני שנים ומתפקדים בצורה דומה ביצורים שונים מאד.
קשרים רבים נוספים נמצאו בתחומים שונים שבעבר היה קשה לדמיין את הקשר ביניהם - לדוגמה הקשר בין התפתחות יסודות כימיים לבין התפתחות שמשות (נוקליאוסינתזה כוכבית), או קשרים בין התפתחות אבולוציונית של בעלי חיים לבין מחקרי אבולוציה המשמשים בתחומים אחרים כמו תכנות מחשבים. או הקשר בין קרינה רדיואקטיבית לבין שימוש בה לשם תארוך היסטורי וביולוגי (תיארוך רדיומטרי).
בספר יש אלוהים? מתאר הביולוג ריצ'רד דוקינס את המושג "אם כל הבורקות" דוקינס מדמה את התפיסה החושית ואת הדמיון האנושי למעין בורקה ענקית שמגבילה את היכולת שלנו להבין את העולם ואף לדמיין אותו. לפי דוקינס המדע, באמצעות פיתוח טכנולוגיים ומושגים חדשים, וכן מאמצים חברתיים אחרים כמו חינוך מדעי וצעדים אישיים, אימון, התבוננות, והתנסות אישית יכולים "לקרוע" את הבורקה ולאפשר לנו לראות חלקים גדולים יותר מתוך המציאות ולהבין אותה בצורה עשירה יותר ועמוקה יותר. לפי דוקינס, המדע מרחיב את גבולות התפיסה והדמיון שלנו.
הוא טוען לדוגמה כי בעקבות צ'ארלס דרווין אנו מסוגלים כיום להבין כיצד מולקולות מצליחות ליצור יצורים מורכבים כמו בעלי חיים. לפי דוקינס, דרווין, וכן מדענים אחרים, "קרעו את הבורקה" ופתח את הדרך בפני שטף של הבנה והכוח לרומם את רוחו של האדם. דבר זה לפי דוקינס הוא חסר תקדים כמעט, למעט אולי המהפכה הקופרניקאית שהבהירה כי הארץ לא נמצאת במרכז היקום.