stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
אמה גולדמן
פילוסופיה > פמיניזם

גולדמן התנגדה לרעיונות הגל הראשון של הפמיניזם ולמטרות הסופרג'יסטיות, אך הייתה תומכת נלהבת בזכויות נשים ונחשבת למייסדת זרם האנרכו-פמיניזם, הקורא תיגר על הפטריארכיה כסוג של היררכיה אליה יש להתנגד יחד עם כוח המדינה והחלוקה למעמדות. בשנת 1897 כתבה: "אני דורשת עצמאות לנשים, הזכות של כל אישה לתמוך בעצמה, לחיות למען עצמה, לאהוב את כל מי שתחפוץ, וכמה שתחפוץ. אני דורשת את החירות לשני המינים, חופש הפעולה, חופש באהבה וחופש מהאמהות".
כאחות במקצועה, הייתה גולדמן מהתומכות הראשונות בחינוך נשים לשימוש באמצעי מניעה. בדומה לפמיניסטיות בנות זמנה, היא ראתה בהפלה מלאכותית תוצאה טרגית של תנאים חברתיים, ואמצעי מניעה כחלופה חיובית. גולדמן תמכה גם באהבה חופשית – מושג המתאר תפיסה המתנגדת למוסד הנישואים ולעיתים אף את המונוגמיה, ותומכת בחופש הפרט בכל הנוגע לחיי המין שלו, ובאי-התערבות המדינה והדת במערכות יחסים רומנטיות ומיניות. היא טענה שנושאים אלו הם עניינים של המעורבים בהם ולא אף אחד אחר. הפמיניסטיות בנות זמנה היו, לדעתה, כבולות על ידי כוחות חברתיים של פוריטניות וקפיטליזם. היא כתבה:
אנחנו צריכות לגדול ללא עכבות, מעבר למסורות והרגלים ישנים. התנועה לשחרור האישה עשתה עד כה רק את הצעד הראשון בכיוון השחרור. תקוותי שתאמץ ותנקוט בצעדים נוספים. הזכות להצביע וזכויות אזרח שוות הרי הן תביעות טובות, ואולם השחרור האמיתי איננו בבחירות ובבתי המשפט. השחרור מתחיל בנפשה של האישה פנימה. ההיסטוריה מלמדת אותנו שכל מעמד מדוכא משיג את חירותו בכוח מאמציו שלו. הכרחי שנשים ילמדו לקח זה, כלומר שיבינו שחירותן תושג באותה מידה שכוחן מבטיח זאת. על כן חשוב יותר לאישה שתתחיל בתהליך ההתעצמות הפנימית של עצמה ותדע להשתחרר מכובד משקלם של הדעות הקדומות, של המסורת ושל המנהגים.
כמו כן, גולדמן ביקרה את השתלבות הנשים בעבודה כמקור לשוויון בין המינים:
השחרור הביא שוויון כלכלי בין נשים לגברים. האישה יכולה לבחור לה מקצוע ועסק, ואולם ההכשרה שלה בעבר ובהווה לא הכשירה אותה להתחרות עם הגבר, ולעיתים קרובות היא חסרת אונים, מותשת ומתוחה מאוד כדי לספק את ערך השוק. מעטות מצליחות. ... העצמאות המהוללת! אין פלא שמאות בנות משתוקקות להיענות להצעת הנישואים הראשונה, חולות ועייפות מאוד מן "העצמאות" מאחורי הקופה, מכונה התפירה או מכונת ההדפסה. הן מוכנות להנשא ממש כמו בנות המעמד הבינוני, העושות הכל כדי להשתחרר מריבונות ההורים. מה שמכונה "עצמאות המביאה התפרנסות כדי קיום" אינו כה מפתח את האישה ואינו נעלה עד כדי כך שנצפה שהאישה תקריב הכול למענו. עצמאותנו המהוללת אינה, אחרי ככלות הכול, אלא תהליך איטי של פגיעה והכנעת טבע האישה, יצרי האהבה שלה ואינסטינקט האמהות.
פילוסופיה > זכויות להט"ב

גולדמן לחמה למען לסביות והומואים ויצאה בגלוי כנגד דעות קדומות לגבי הומוסקסואלים ובעלי זהויות מגדריות לא-נורמטיביות. אמונתה כי שחרור חברתי צריך לכלול גם "היפוכים" (באנגלית: inverts, הכוונה לכל איש או אישה בעלי זהויות מגדריות או נטיות מיניות לא הטרונורמטיביות) הייתה למעשה חסרת תקדים בתקופתה, אפילו בקרב אנרכיסטים. מגנוס הירשפלד כתב: "היא הייתה האישה הראשונה והיחידה, בטח שהאישה האמריקאית הראשונה והיחידה, שהגנה על אהבה הומוסקסואלית בפני כלל הציבור". באינספור נאומים ומכתבים הגנה גולדמן על זכותם של להט"בים לאהוב כפי שהם ראו לנכון, וגינתה את הפחד והסטיגמות הקיימות לגביהם. על כך כתבה במכתב להירשפלד: "זו היא טרגדיה, אני חושבת, שאנשים ששונים במיניות שלהם כלואים בעולם המגלה הבנה כה מועטה כלפיהם, וכל כך אדיש לכל הגוונים והצורות שיש למגדר, והמשמעות הגדולה שלהם לחיים".
פילוסופיה > זכויות אדם וחופש הביטוי

כאנרכיסטית, גולדמן האמינה כי מימוש זכויות אדם כל בני האדם. היא פעלה במיוחד בנושאים של חופש הביטוי ורפורמות בבתי סוהר. היא נרדפה בשל הייתה אנרכיסטית והתנגדותה למלחמת העולם הראשונה. בנוסף, הייתה פעילה בתנועה למען חופש הביטוי של תחילת המאה ה-20, וראתה בחופש הביטוי הכרח מהותי להשגת שינוי חברתי. ההגנה הנמרצת והפומבית שלה על עקרונותיה, נוכח מעצרים רבים, היוותה השראה לרוג'ר בולדווין, ממייסדי האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות.
פילוסופיה > פשיעה ובתי כלא

גולדמן ראתה בפשיעה תוצאה טבעית של מערכת כלכלית לא צודקת. במאמרה, "בתי כלא: פשע חברתי וכישלון", היא מצטטת סופרים של המאה ה-19 כגון פיודור דוסטויבסקי ואוסקר ויילד, וכותבת: "שנה אחר שנה, שערי גיהנום הכלא מחזירים לעולם ציבור רזה, מעוות, חסר-רצון והרוס של האנושות, עם אות קין על מצחם, תקוותיהם מעוכות, וכל הנטיות הטבעיות שלהם מסוכלות. כאשר אין דבר מלבד רעב וחוסר-אנושיות המקבלים את פניהם, קורבנות אלו שוקעים במהרה חזרה בפשע, כאפשרות הקיום היחידה".
פילוסופיה > אתאיזם, דת וציונות

כאתאיסטית מסורה, ראתה גולדמן בדת כלי נוסף לשליטה ופיקוח. במאמרה, "הפילוסופיה של האתאיזם" היא מצטטת רבות את מיכאיל באקונין בנושא זה, ומוסיפה:
במודע או שלא במודע, רוב התאיסטים רואים באלים ושדים, גן-עדן וגיהנום, פרס ועונש, כשוט להצליף את האנשים לצייתנות, כניעות ושביעות רצון... הפילוסופיה של אתאיזם מבטאת את הרחבת וצמיחת הרוח האנושית. הפילוסופיה של התאיזם, אם אפשר לקרוא לה פילוסופיה, היא קבועה וסטטית.
במאמרים כמו "הצביעות שבפוריטניות" ובנאום שכותרתו "כישלון הנצרות", גולדמן הקימה לעצמה מספר רב של אויבים בקהילות הדתיות, כיוון שתקפה את הגישות והמאמצים המוסריים שלהם לשלוט בהתנהגות האנושית. גולדמן האשימה את הנצרות ב"הנצחה של חברת עבדים", בטענתה שהיא מכתיבה את פעולות האנשים על פני כדור הארץ ומציעה לאנשים עניים הבטחה כוזבת של עתיד מלא שפע בגן-עדן. בנוסף, גולדמן הייתה ביקורתית כלפי התנועה הציונית, אותה ראתה כניסוי כושל נוסף בשליטה מדינית.
מורשת

גולדמן זכתה לפרסום רב במהלך חייה. פעילותה הציבורית ותמיכתה באנרכיזם הקנו לה אוהדים ומבקרים לרוב. היא אף תוארה, כ"אישה המסוכנת ביותר באמריקה". אולם, לאחר מותה והחל מאמצע המאה ה-20, מקומה נפקד. אקדמאיים והיסטוריונים של האנרכיזם ראו אותה כנואמת ופעילה גדולה, אך לא התייחסו אליה כהוגה פילוסופית או תאורטית, כפי שהתייחסו, למשל, לפיוטר קרופוטקין. היא השפיעה על דעות של מספר אנרכיסטים כמו בה ג'ין, נואי איטו ומרגרט סנגר.
בשנת 1970, הוצאת דובר האמריקאית הוציאה לאור מחדש את האוטוביוגרפיה שלה, "לחיות את חיי", ובשנת 1972, הסופרת הפמיניסטית, אליקס קייטס שולמן, הוציאה אוסף של כתביה ונאומיה של גולדמן בשם "אמה האדומה מדברת". עבודות אלו הביאו את חייה וכתביה של גולדמן לקהל רחב יותר, ופמיניסטיות מגל השני של הפמיניזם, אימצו את כתביה. בשנת 1973, חבר של שולמן, שהיה גם עובד בבית דפוס, ביקש ממנה ציטוט של גולדמן לשימוש על חולצות טי-שירט. היא שלחה לו מבחר ציטוטים מ"לחיות את חיי", בו גם את "הזכות לביטוי עצמי, זכות כולם לדברים יפהפיים וזוהרים". חברה של שולמן יצר פרפרזה שהפכה לאחד הציטוטים המפורסמים ביותר המיוחסים לגולדמן, על אף שהיא, ככל הנראה, מעולם לא אמרה או כתבה אותו: "אם לא יניחו לי לרקוד, איני מוכנה לקחת חלק במהפכה שלכם". צורות שונות של אמרה זו הופיעו על אלפי חולצות, כפתורים, פוסטרים, סטיקרים, כוסות קפה, כובעים ופריטים נוספים. אף על פי שהאמרה לא הייתה מדויקת אלא פרפרזה על דברי גולדמן, הם תפסו את רוח אמונתה בחירות אישית וביטוי-עצמי.
בשנות ה-70 של המאה ה-20, תנועת הנשים "גילתה מחדש" את גולדמן. גם התנועה האנרכיסטית שקמה לתחייה בתחילת שנות ה-60, המריצה התעניינות אקדמאית מחודשת באנרכיסטים המוקדמים יותר. צמיחת התנועה הפמיניסטית הביאה גם להערכה מחדש של עבודתה הפילוסופית של גולדמן, כאשר אקדמאיים הצביעו על חשיבות תרומותיה למחשבה האנרכיסטית של זמנה. אפשר לראות את אמונתה של גולדמן בערך האסתטיקה, למשל, בהשפעות מאוחרות יותר באמנות אנרכיסטית. באופן דומה, זוקפים לזכותה של גולדמן את הרחבת טווח הפעילות האנרכיסטית לחירות מינית, זכויות הנוגעות לרבייה, וחופש הביטוי.
דמותה של גולדמן גולמה ביצירות רבות במהלך השנים, כאשר המפורסמת שבהן הייתה בסרט "אדומים" משנת 1981, שם דמותה של גולדמן גולמה על ידי השחקנית מורין סטייפלטון, שאף זכתה בפרס אוסקר על תפקידה. מבין ההצגות שתיארו את חייה של גולדמן, ניתן למצוא את המחזה "אמה" מאת ההיסטוריון הווארד זין שהועלה בשנת 2002, את המחזה "אמא אדמה" מאת מרטין דוברמן שהועלה בשנת 1991, את המחזה "אמה גולדמן: אהבה, אנרכיה ועניינים אחרים" מאת ג'סיקה ליטווק שתיאר את יחסיה עם ברקמן ואת מעצרה עקב ההתנקשות בנשיא מקינלי, ועוד. כמו כן, נכתב רומן המתאר את חייה בשם "ורד אדום" מאת את'ל מאנין.
מספר ארגונים נקראו על שם גולדמן. "קליניקת אמה גולדמן", מרכז לרפואת נשים באיווה, שבחר להיקרא על שמה "כהכרה על רוחה המאתגרת". "בית הקפה והספרים אמה האדומה", מרכז מידע במרילנד, אימץ את שמה מתוך האמונה ב"רעיונות והאידיאלים למענם לחמה במשך כל ימי חייה: חופש הביטוי, עצמאות ושוויון מיני וגזעי, הזכות להתארגן במקום עבודתנו ובחיינו – רעיונות ואידיאלים שאנחנו ממשיכים להילחם עבורם, אפילו היום". הבית הקואופרטיבי בוויסקונסין (חלק מהקהילה הקואופרטיבית במדיסון) גם כן אימץ את שמה.
ראו גם

אלברט דה יונג
לקריאה נוספת > ספרים מאת אמה גולדמן

Anarchism and Other Essays. New York: Mother Earth Publishing Association, 1910.
The Social Significance of the Modern Drama. Boston: Gorham Press, 1914.
My Disillusionment in Russia. Garden City, New York: Doubleday, Page and Co., 1923.
My Further Disillusionment in Russia. Garden City, New York: Doubleday, Page and Co., 1924.
Living My Life. New York: Knopf, 1931.
Voltairine de Cleyre. Berkeley Heights, N.J.: Oriole Press, 1932.
לקריאה נוספת > אוספים ערוכים

הפרק הרלוונטי בתוך: אברהם יסעור (עורך), אנרכיזם: אנתולוגיה, תל אביב: רסלינג, 2004.
אמה גולדמן, חמישה מאמרים פמיניסטיים, ערכה ותרגמה דפנה רוזנבליט, הקדמה מאת חנה ספרן, חיפה: פרדס, 2005. (הספר בקטלוג ULI)
Red Emma Speaks: Selected Writings and Speeches. New York: Random House, 1972.
Emma Goldman: A Documentary History Of The American Years, Volume 1 - Made for America, 1890-1901. Berkeley: University of California Press, 2003.
Emma Goldman: A Documentary History Of The American Years, Volume 2 - Making Speech Free, 1902-1909. Berkeley: University of California Press, 2004.
ENCODE

ENCODE (ראשי תיבות של: "Encyclopedia of DNA Elements" - אנציקלופדיה של מרכיבי DNA) הוא מיזם מחקר ציבורי שהושק על ידי המכון הלאומי לחקר הגנום האנושי בספטמבר 2003. לאחר השלמת פרויקט גנום האדם, שבו נקבע מהו רצף הבסיסים המרכיב את ה-DNA של האדם, עלה הצורך להבין את המשמעות הביולוגית של הרצף. מטרת מיזם ENCODE היא, לפיכך, לזהות את כל המרכיבים הפונקציונליים הנמצאים בגנום האנושי.
המיזם מאגד קבוצות מחקר רבות מרחבי העולם לקונסורציום. המידע שנצבר במיזם זה זמין לכל במאגרי מידע ציבוריים.
מניעים וחשיבות

לאדם ישנם כ-20,000 גנים המקודדים לחלבונים, אשר מהווים רק כ-1.5% מה-DNA ההומאני. המטרה עיקרית של מיזם ENCODE הוא לקבוע את התפקיד של ה-DNA הלא מקודד, שכונה באופן מסורתי DNA זבל. רמות הפעילות והביטוי של גנים המקודדים לחלבונים מבוקרים על ידי הרגולום - מגוון של מרכיבים פונקציונליים ב-DNA, כגון קדמים (פרומוטורים), אזורים בעלי מבנה כרומטין מסוים ומודיפקציות על היסטונים. ההנחה היא ששינויים בבקרה של פעילות גנים פוגעים בביטוי התקין של החלבונים וכך עלולה לפגוע במסלולים מטבוליים שונים ולגרום למחלות. קביעת מיקומם של רצפי הבקרה וכיצד הם מבקרים ביטוי גנים עשויה לחשוף קשרים בין שונות בביטוי של גנים והתפתחות מחלות.
ENCODE גם שואף לשמש כמשאב מקיף כדי לאפשר לקהילה המדעית להבין טוב יותר כיצד הגנום משפיע על בריאות האדם, וכן לעורר את הפיתוח של טיפולים חדשים כדי למנוע את המחלות הללו ולטפל בהם.
הקונסורציום של ENCODE

הקונסורציום של ENCODE מורכב בעיקר ממדענים אשר קיבלו מימון מהמכון הלאומי לחקר הגנום האנושי. שלב הפיילוט כלל שמונה קבוצות מחקר, ו-12 קבוצות שהשתתפו בשלב של פיתוח הטכנולוגיות. אחרי 2007, בסוף שלב הפיילוט, מספר המדענים השייכים לקונסורציום עמד על 440 מדענים השייכים ל-32 מעבדות ברחבי העולם. כיום המיזם מעניק קרנות למעבדות ברחבי העולם, כאשר כל מענק מחקר מיועד למטרה מסוימת. רשימה של קבוצות המחקר ושל מענקי המחקר ניתן למצוא באתר המיזם.
המיזם מהווה חלק מהקונסורציום הבינלאומי לאפיגנום האנושי (IHEC).
מיזם ENCODE

המיזם תוכנן לפעול בשלבים. השלב הראשון והשני יושמו בו זמנית, ובהן התקיים שלב הפיילוט ושלב הפיתוח הטכנולוגי. בשלב הפיילוט נבחנו נוסו שיטות שונות הקיימות בעולם המחקר כדי לאפיין רצף DNA. בשלב הפיתוח הטכנולוגי פותחו כלים חדשים כדי לייצר מידע רחב היקף על מרכיבים פונקציונליים בגנום. לאחר השלמת השלבים הללו, נערך שלב הייצור, שבו יושמו השיטות והכלים מהשלבים הקודמים כדי ליצור נתונים שיהוו את תוכן האנציקלופדיה. כיום המיזם נמצא בשלבו הרביעי, שמהווה המשך לשלב הקודם, והוא כולל אפיון פונקציונלי וניתוח אינטגרטיבי עבור האנציקלופדיה.
מטרת השלבים הראשונים הוא לזהות סדרה של תהליכים בהם יהיה ניתן ליצור בצורה היעילה והחסכונית ביותר בתפוקה גבוהה מידע על המרכיבים הפונקציונליים בגנום. שלב הפיילוט נועד לגלות פערים במערך הכלים לאיתור מרכיבים פונקציונליים שהיה קיים אז, וכן לבדוק האם הכלים הקיימים יעילים מספיק ומתאימים ליישום בהיקף נרחב. חלק מהבעיות הללו טופלו בשלב השני של המיזם, אשר נועדה ליצור ולשפר כלים לחיזוי מרכיבים פונקציונליים חדשים ולזיהויין של המרכיבים הידועים. בעזרת שני השלבים הללו הותוותה הדרך הטובה והיעילה כדי לנתח את 98.5% של ה-DNA הלא מקודד בצורה מקיפה, יעילה וחסכונית.
מיזם ENCODE > שלב 1+2: פיילוט

שלב הפיילוט בדק והשווה בין שיטות קיימות כדי לאפיין מרכיבים פונקציונליים בגנום. הקונסורציום נבנה כקונסורציום פתוח, וחוקרים שונים ממגוון תחומים חברו יחד כדי להעריך את היתרונות היחסיים טכנולוגיות, טכניקות ואסטרטגיות קיימות. שלב הפיילוט דרש שיתוף פעולה מתמיד של ביולוגים חישוביים וביולוגים נסיינים, כדי לשפר ולייעל את השיטות. בתור מטרה ראשונית הוגדר היעד של אפיון אזורים מסוימים המהווים כ-1% מהגנום (30Mbp). כל הנתונים שנצברו בשלב זה הועלו תוך זמן קצר למאגרי מידע ציבוריים.
מיזם ENCODE > שלב 1+2: פיילוט > בחירת האזורים לשלב הפיילוט

לשלב הפיילוט נבחרו אזורים בהיקף של כ-1% מהגנום (30Mbp). אזורים אלו שימשו כבסיס לבחינת יעילות של מגוון שיטות וטכנולוגיות למציאת מרכיבים בגנום האנושי. לפני קביעת האזורים, הוחלט כי 50% מהאזורים לפיילוט ייבחרו בצורה ידנית, והיתר ייבחרו בצורה אקראית. הקריטריונים לבחירה הידני הם אזורים בהם ישנם גנים או רצפים אחרים שנחקרו היטב, וכן קיומם של נתוני על רצפים השוואתיים רבים. בשיטה זו הוגדרו 14 מקטעים באורך כולל של כ-15Mbp, בטווח אורך שבין 2Mbp ל-500Kbp. יתר ה-50% הורכב מ-3- מקטעים באורך קבוע של 500Kbp שנבחרו בצורה אקראית המבוססת על צפיפות גנית ורמת שימור של אזורים לא מקודדים (ראו פירוט). ההחלטה להשתמש בקריטריונים אלו נעשה על מנת להבטיח דגימה טובה של אזורים גנומיים מתוך כלל הרצף הקיים. הגנום חולק ל-3 חלקים: 20% עליונים, 30% בינוניים ו-50% תחתונים, על פני מערכת צירים שתלויה בצפיפות הגנים במקטע, ורמת השימור של האזורים הלא מקודדים בהשוואה לרצף האורתולוגי מעכבר.
צפיפות גנים: ציון של צפיפות גנים נמדד על ידי חישוב של אחוז הבסיסים עליהם מוגדר רצף של גן במאגר ה-Ensembl או כ-mRNA בכלי ה-BLAT של הדפדפן הגנומי של אוניברסיטת קליפורניה.
שימור אזור לא מקודד: האזור חולק לחלונות לא חופפים באורך של 125 זוגות בסיסים. חלונות כאלו שהראו חפיפה של פחות מ-75% עם הרצף המקביל מעכבר הוסרו. כדי לבדוק שהאזורים לא מקודדים נבדקה החפיפה למאגרי נתונים רבים, כגון Ensembl, GenBank‏ ו-spliced ESTs.
מיזם ENCODE > שלב 1+2: פיילוט > תוצאות שלב הפיילוט

שלב הפיילוט הסתיים בהצלחה והתוצאות פורסמו בכתב העת נייצ'ר ביוני 2007 ובגיליון מיוחד של Genome Research. הפרסום כלל את הדיווח על המידע שנצבר שזמין לציבור וכן גילויים חדשים על תפקידים האזורים הלא מקודדים. דגשים מתוך הפרסום:
הגנום משועתק בצורה נרחבת, בצורה כזו שרוב הבסיסים קשורים לפחות לתעתיק ראשי אחד, ותעתיקים רבים מקשרים בין אזורים מרוחקים בגנום כדי ליצור אזורים שמהם משועתקים חלבונים.
תעתיקים רבים שאינם מקודדים לחלבונים זוהו, כאשר רבים מהם חופפים לאזורים שזוהו כאזורים המקודדים לחלבון ואחרים לאזורים שנחשבו למושתקים מבחינה שעתוקית.
זוהו אתרי תחילת שעתוק (TSS) רבים, בעלי מאפיינים דומים לקדמים ידועים, כמו מבנה הכרומטין ורצף הכרה של חלבונים.
רצפי בקרה המקיפים אתר תחילת שעתוק מבוזרים בצורה סימטרית, כך שאין העדפה לכיווניות של מעלה הזרם.
נגישות הכרומטין ומודיפיקציות על היסטונים מנבאים בצורה טובה נוכחות ופעילות של אתר תחילת שעתוק.
אזורים הרגישים לחיתוך על ידי דנא"ז המרוחקים מגנים הם בעלי מאפיינים ברורים המבדילים אותם מקדמים. חלקם מראים מאפיינים של מבודדים.
תזמון שכפול ה-DNA נמצא בהתאמה למבנה הכרומטין.
5% מהבסיסים בגנום מזוהים בבטחה כנמצאים תחת דחפים אבולוציוניים ביונקים. עבור כ-60% מבסיסים אלו יש עדויות לפעילות על בסיס ניסויים שנערכו.
אף על פי שקיימת חפיפה בין אזורים גנומיים שזוהו על ידי ניסויים לבין אלו שהוגדרו כנמצאים תחת דחפים אבולוציוניים, לא כל הבסיסים באזור מראים על דחף אבולוציוני.
מרכיבים פונקציונליים שונים מגוונים מבחינת הרצף שלהם בהשוואה של אנשים שונים.
באופן מפתיע, מרכיבים פונקציונליים שונים אינם נמצאים תחת דחפים אבולוציוניים ביונקים. זה מצביא על האפשרות כי קיים מאגר של מרכיבים נייטרלים אשר פעילים מבחינה ביוכימית אך אין להם יתרון ספציפי לאורגניזם. ייתכן כי זה משמש מעין מחסן לתכונות שיובילו לברירה טבעית, כמקור של מרכיבים ספציפיים למין מסוים, ופונקציונליות שמורה אך לא אורתולוגית בין זנים.
מיזם ENCODE > שלב 3: שלב יצירת התוכן

בספטמבר 2007 החל המכון הלאומי לחקר הגנום האנושי במימון השלב השלישי של המיזם - בהיקף של למעלה מ-80 מיליון דולר על פני ארבע שנים. בשלב זה גם פעל מרכז תיאום נתונים, מרכז ניתוח נתונים ומרכז לפיתוח טכנולוגיות. בשלב זה, עם התפתחות טכנולוגיית ריצוף DNA, מדענים אספו מידע רב, בהיקף של כ-15 טרה-בתים של נתונים.
עד 2010, למעלה מ-1000 ניסויים ברמה גנומית נערכו. ניסויים אלו הראו אלו אזורים משועתקים ל-RNA, אילו אזורים כנראה משמשים כאזורי בקרה בסוגי תאים מסוימים, ואילו אזורים נמצאים בקשר עם מגוון חלבונים שנבדקו. הניסויים העיקרי בהם השתמשו כדי לבנות את מאגר הנתונים הם: ChIP-seq, DNase I Hypersensitivity,RNA-seq ובדיקת המתילציות על DNA.
מיזם ENCODE > שלב 3: שלב יצירת התוכן > תוצאות שלב יצירת התוכן

בספטמבר 2012 המיזם פרסם סדרה רחבה יותר של תוצאות, בצורה של 30 מאמרים שפורסמו בו זמנית במספר כתבי עת: שישה בנייצ'ר, שישה ב-Genome Biology, וגיליון מיוחד עם 18 פרסומים של Genome Research. המאמרים תיארו את יצירת התוכן וניתוח ראשוני של 1,640 מערכי נתונים שנועדו לאפיין את כלל המרכיבים בגנום האנושי, שהתבצעו ב-147 סוגי תאים שונים. נתונים אלו שולבו עם נתונים אחרים, כמו ניסויים נוספים שהתבצעו ברמה הגנומית (GWAS) ואזורים בעלי דחפים אבולוציוניים. מאמצים אלו חשפו מאפיינים חשובים על ארגון ותפקוד הגנום האנושי, שהתפרסמו במאמר סקירה שהוקדש לעניין:
הרוב המכריע של הגנום האנושי (80.4%) משתתף בלפחות תהליך ביוכימי אחד שמערב RNA או כרומטין בלפחות סוג תא אחד. רוב הגנום שוכן בסמיכות לאירוע רגולטורי: 95% מהגנום נמצא בטווח של 8Kbp מאתר קישור של DNA וחלבון (כפי שהתגלה בניסויי ChIP-seq ומציאת טביעת רגל חלבונית באמצעות DNase I) ו-99% נמצא בטווח של 1.7Kbp מאירוע ביוכימי שנמדד על ידי ENCODE.
מרכיבים הייחודיים לפרימטים, וכן מרכיבים שלא זוהה אצלם שום דחף אבולוציוני ליונקים מראים במצטבר על ברירה שלילית, ולכן מצופה שלפחות חלקם יהיו פונקציונליים.
סיווג הגנום לשבע מצבי כרומטין מצביע על קיומה של קבוצה של 399,124 אזורים בעלי מאפיינים דמויי-מעצם ו-70,292 אזורים בעלי מאפיינים דמויי-קדם, וכן מאות אלפי אזורים 'שקטים' אשר אינם מראים שום מאפיינים ידועים. סיווג הגנום ברזולוציה גבוהה יוצר קבוצות בעלי מצב כרומטין מסוים עם מאפיינים פונקציונליים מיוחדים.
ניתן לכמת את המתאם בין ייצור מולקולות RNA ועיבודן לבין סמנים על הכרומטין וקישור של גורמי שיעתוק לקדם, כך שניתן לומר שפונקציונליות של הקדם יכולה להסביר את רוב השינויים בביטוי RNA.
שינויים רבים באזורים שאינם מקודדים נמצאו במרכיבים שזוהו ב-ENCODE. מספרם הוא לפחות בגודל של השינויים המתרחשים באזורים מקודדים.
SNP הקשורים למחלות שזוהו באמצעות ניסויים ברמה הגנומית (GWAS) מעושרים באזורים שאינם מקודדים לחלבונים, כאשר רובם שכנו בתוך מרכיבים גנומיים שזוהו, בסמוך לגן ידוע המקודד לחלבון. במקרים רבים, ניתן לקשר בין הפנוטיפ של המחלה לסוג תא או לגורם שעתוק מסוים.
הגילוי המרעיש ביותר של המיזם הוא שהחלק הפעיל ב-DNA האנושי גבוה במידה ניכרת מהאומדנים האופיטמיים: כ-80% מהגנום הוגדר כבעל פעילות ביוכימית, כאשר רובו מעורב בבקרה של רמות הביטוי של האזורים המקודדים, המהווים כ-1.5% מה-DNA.
המרכיבים הבולטים שנוספו ל'אנציקלופדיה' בשלב זה:
מפה של האזורים הרגישים לחיתוך על ידי האנזים DNase I, המהווים סמן לאזורי בקרה, מכיוון שהם נגישים לקישור של חלבונים שיכולים להשפיע על ביטוי גנים. זוהו כ-3 מיליון אזורים כאלו, אשר כללו בתוכם כמעט את כל האתרים הרגישים הידועים עד אז, וכן אתרים חדשים.
לקסיקון של רצפי DNA קצרים היוצרים רצפי הכרה לחלבונים קושרי DNA. כ-8.4 מיליון רצפים כאלו נמצאו, המהווים כמות של יותר מפי שניים מהאקסום. באלפי קדמים נמצאו רצפים המכילים טביעות רגל של חלבונים.
שרטוט ראשוני של רשת גורמי השעתוק, כלומר, מפה הקישורים של גורמי שעתוק המעודדים או מדכאים ביטוי גנים. הרשת התגלתה כרשת מורכבת, כאשר חלבונים פועלים ברמות שונות, וכן לולאות משוב מסוגים שונים.
מדידה של האחוז הגנומי המסוגל לשעתק ל-RNA. חלק זה הוערך בלמעלה מ-75%, הרבה יותר מאשר האומדנים שהיו עד אז. המיזם גם החל בסיווג סוגי תעתיקי ה-RNA הנוצרים מאזורים שונים.
מיזמים נוספים

עם ההתקדמות לשלבו השלישי של המיזם, הוחלט להתרחב גם למיזמים נוספים בעלי מטרות מקבילות.
מיזמים נוספים > modENCODE

MODel organism ENCyclopedia Of DNA Elements) -modENCODE, בעברית: אנציקלופדיית מרכיבי DNA של אורגניזם מודל), הוא מיזם שמטרתו לזהות את האזורים הפונקציונליים באורגניזם מודל, ספציפית בזבוב הפירות ובסי אלגנס. ההרחבה לחיות נוספות מאפשר אימות לתוצאות הניסוייות והחישוביות מהמיזם באדם, דבר שקשה או בלתי אפשרי לעשות באדם. המימון לפרויקט ניתן ב-2007 מאת ה-NIH, והוא הופנה לכמה מעבדות מחקר בארצות הברית. המיזם הושלם בשנת 2012.
מיזמים נוספים > modERN

modERN (קיצור של model organism encyclopedia of regulatory networks, בעברית: האנציקלופדיה של רשתות הבקרה באורגניזם מודל), הוא הסתעפות של modENCODE. המיזם איחד את קבוצות המחקר שעסקו בזבוב הפירות ובתולעת סי אלגנס ומתמקד בזיהויים של אתרי קישור לגורמי שעתוק. המיזם החל במקביל לשלבו השלישי של ENCODE, ואמור להסתיים בשנת 2017. עד היום פורסמו 198 ניסויים, ועוד כ-500 נמצאים בשלב הניתוח.
מיזמים נוספים > גנומיקה של בקרת גנים

בתחילת שנת 2015 הושק המיזם לחקר בגנומיקה של בקרת גנים ((Genomics of Gene Regulation (GGR) על ידי ה-NIH. מטרת המיזם הוא לחקור רשתות גנים ומסלולים במערכות שונות בגוף, כדי להבין בצורה מעמיקה יותר את המנגנונים השולטים בביטוי גנים. נתוני המיזם מאוחסנים בפורטל מיזם ENCODE.
מיזמים נוספים > 'מפת דרכים'

בשנת 2008 החלו ליצור ב-NIH את הקונסרציום למיפוי מפת הדרכים האפיגנטית, שמטרתו ליצור משאב ציבורי של מידע אפיגנטי אנושי כדי לזרז מחקרים בתחומי הביולוגיה הבסיסית והביולוגיה היישומית. המשימה הושלמה בפברואר 2015, בפרסום של ניתוח אינטגרטיבי של 111 אפיגנומים אנושיים. יחד עם 16 אפיגנומים ממיזם ה-ENCODE, הקונסרציום הגדיר אזורי בקרה על סמך השוואה של 127 אפיגנומים שונים. האפיגנומים זמינים לציבור הרחב במרשתת.
מיזמים נוספים > fruitENCODE

האנציקלופדיה של מרכיבי ה-DNA המשפיעים על התפתחות פרות בצמחים, שואפת להכיל מידע על המתילציות על ה-DNA, מודיפיקציות היסטונויות, נגישות הכרומטין, ביטוי הגנים, אזורי קישור של גורמי שעתוק של כל הפירות הבשרניים לאורך שלבי ההתפתחות שלו.
ראו גם

פרויקט גנום האדם
מיזם אלף הגנומים
אנוטציית DNA
הערות שוליים

↑  אתר המיזם
Grand Theft Auto: Vice City

| --- | --- |

 כללי
 תאריך הוצאה:  פלייסטיישן 2: ספטמבר 2002 מחשב אישי: מאי 2003 אקס בוקס: נובמבר 2003
 סוגה:  משחק פעולה-הרפתקאות
 פיתוח:  Rockstar North (גרסת הPC והPS2) רוקסטאר וינה (אנ') (גרסת ה־Xbox)
 הוצאה לאור:  Rockstar Games 
 ארץ מקור:  הממלכה המאוחדת 
 הפצה:  רוקסטאר גיימס
 סדרה:  Grand Theft Auto 
 דרישות תוכנה
 מנוע משחק:  RenderWare
 מצבי משחק:  שחקן יחיד
 פלטפורמות:  אנדרואיד, macOS, iOS, פלייסטיישן 3, Microsoft Windows, Xbox, פלייסטיישן 2, פלייסטיישן 4 
 המשחק הקודם:  Grand Theft Auto III
 המשחק הבא:  Grand Theft Auto: San Andreas
 דרישות מערכת
 מעבד:  אינטל או AMD במהירות 800MHz
 זיכרון:  128 MB RAM
 כרטיס מסך:  תואם DirectX 9 עם 32 MB זיכרון
 מקום פנוי:  1.5 GB
 בקרים:  מקלדת, עכבר, ג'ויסטיק
 
 אתר רשמי
 
Grand Theft Auto: Vice City (בתרגום חופשי לעברית: "גניבת כלי רכב: וייס סיטי") הוא משחק מחשב תלת־ממדי מסוגת הפעולה, ההרפתקאות ועולם-פתוח משנת 2002 מסדרת GTA שפותח והופץ על ידי חברת Rockstar Games.
המשחק מאפשר לשחקן לשחק את המאפיונר טומי ורסטי, הגיבור במשחק, להקים אימפריית פשע ולהגן על עסקיו מפני מתחרים ומאפיונרים יריבים (כדוגמת מעסיקו לשעבר של טומי, סאני פורלי, האויב הראשי במשחק).
חלק מהגורמים להצלחתו של המשחק על פני משחקים מתחרים הם עלילתו המורכבת המקושרת גם לעלילת משחקי Grand Theft Auto הקודמים, הרקע והאווירה של המשחק הלקוחים משנות השמונים (ראו גם את תחנות הרדיו של המשחק בהמשך הערך), וכלי רכב שונים, הכוללים מכוניות, אופנועים, סירות, כלי רכב משוריינים ולראשונה בסדרה גם מסוקים ומטוסים ימיים, בהם ניתן לטייל בעיר. המשחק לפי המראה שלו הוא מתבסס על סרט הפשע הפולחני משנת 1983 פני צלקת וסדרת הטלוויזיה הפופולרית מיאמי וייס. זהו המשחק הראשון בסדרה שדורג מגיל 14+ בידי איגוד PEGI.
דמותו של הנבל לאנס ואנס מהמשחק מדורגת במקום ה-96 ברשימת הנבלים הגדולים ביותר במשחקי וידאו, לפי IGN.