העסק הביש
תוצאות בזירה המדינית-מפלגתית והממשלתית – "הפרשה" > בירור פנימי במפא"י

דרישתו של בן-גוריון לוועדת חקירה משפטית והתנגדותו העקרונית לתעודת זיכוי הניתנת לפוליטיקאי על ידי ועדת פוליטיקאים, לא הייתה מובנת לציבור באותה עת ו"הפרשה" (או, כפי שכונתה, "פרשת לבון") פגעה ביוקרתו של דוד בן-גוריון, וכנראה, הייתה בין הגורמים שהניעו אותו להתפטר מראשות הממשלה, בשנת 1963, תוך שהוא מדגיש שהתפטרותו היא "בשל סיבות אישיות שאינן קשורות לשום בעיה ממלכתית". הוא המשיך להיאבק על דעותיו, ובפרט תקף את יורשו, שנבחר לתפקיד על-פי המלצתו, לוי אשכול.
באוקטובר 1964 שב בן-גוריון והעלה את נושא "הפרשה" בפני ראש הממשלה אשכול, זאת על סמך בדיקתם של העיתונאי חגי אשד והמשפטנים אהרן חטר-ישי ויצחק טוניק, כי ועדת השבעה עיוותה את הדין. חמוש בדו"ח המשפטנים, פנה בן-גוריון בתחילה לאשכול, ולאחר מכן לשר המשפטים דב יוסף, בדרישה כי יחקרו הן את השאלה "מי נתן את ההוראה" והן את "ועדת השבעה". אשכול, שהיה הרוח החיה מאחורי כינוס "ועדת השבעה", לא הסכים לכך. הוא ידע מידידתו דליה כרמל כי המסמך המזכה את גיבלי מזויף, אך לא יכול היה לספר על כך לבן-גוריון. בשיחה עם בן-גוריון רמז כי "אחד מסר לו סוד, שהוא משנה כל הדבר", ובן-גוריון מצדו סבר כי "אם רק הוא שמע סוד – אינו קיים בשביל העולם". על אשכול הופעלו לחצים כבדים לכנס ועדה משפטית כזו.
לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה משה בן זאב חיווה דעתו כי ועדת השבעה קיבלה על עצמה לקבוע עובדות בעניין שנוי במחלוקת מבלי שיהיה לה מעמד שיפוטי המוכר בחוק, וכי חוות דעתה אינה בעלת ערך מעבר להבעת דעתם האישית של השרים שהרכיבו אותה, החל בן-גוריון במאמצים לכנס את מרכז מפא"י על מנת שיחליט על חידוש החקירה. משראה אשכול כי נראה שמרכז המפלגה יחליט על חידוש החקירה, נקט בצעד דרמטי, וב-15 בדצמבר 1964 הודיע על התפטרותו מתפקיד ראש הממשלה, שכן אינו חופשי להחליט ברצונו בעניין ממלכתי, הוא הקמת ועדת חקירה משפטית.
ההתפטרות טרפה את קלפיו של בן-גוריון; עתה סירב בן-גוריון להופיע בפני מרכז המפלגה שכן "לא אשחית דברי על אוזן לא שומעת". שרי מפא"י ראו כי הם נדרשים לבחור בין עמדתו של בן-גוריון, שהיא בבחינת "ייקוב הדין את ההר", לבין עמדתו של אשכול; רובם בחרו באשכול.
עתה נותר לבן-גוריון רק פורום אחד שבפניו יכול היה להביא את עניינו – ועידת מפא"י שהתכנסה בפברואר 1965. כבר עם כינוס הוועידה התברר כי אנשי בן-גוריון הם במיעוט, ואילו אנשי אשכול הם הרוב. מאמציו של "ממליך המלכים" במפלגת העבודה, שרגא נצר, להביא לכדי פשרה בין הנִצים, נתקלו בחומה של סירוב מטעם אנשי הרוב, שראו הזדמנות להסיט מדרכם את מתנגדיהם. בפגישה דרמטית במלון שרתון בתל אביב עשה אף נשיא המדינה זלמן שזר מאמץ להביא לפיוס בין אשכול ובין בן-גוריון, אך נכשל בכך.
בוועידה עצמה נשאו אישים מרכזיים במפלגה דברים חריפים ביותר כנגד בן-גוריון. משה שרת, אשר היה על ערש דווי, הגיע על כיסא גלגלים, ונשא נאום חריף נגד המנהיג בן ה-79. בסיום הנאום נשקה לו גולדה מאיר על מצחו, ולאחר מכן נשאה נאום חריף עוד יותר. בסיומה של הוועידה נשא אשכול נאום שבו קרא להפסיק את העיסוק ב"פרשה" ולהקים את המערך החדש (המערך הראשון). הוא קרא לבן-גוריון – "תן לי אשראי!" בסיום הוועידה הצביעו רוב הצירים כנגד הצעותיו של בן-גוריון.
בעקבות חילופי הדברים בין בן-גוריון ובין אשכול העלה חבר הכנסת מנחם בגין הצעה, שנועדה לנגח את שני האישים, שלפיה תוקם ועדת חקירה ממלכתית "לחקור הדברים שלא בסדר אצל ראש הממשלה הראשון, לפי דבריו של ראש הממשלה הנוכחי".
ב-3 ביוני 1965 העמיד בן-גוריון את עצמו כמועמד המפלגה לראשות הממשלה, אך מרכז מפא"י בחר ברוב גדול דווקא את אשכול. ב-29 ביוני, לאחר ישיבה שהתקיימה בביתו של בן-גוריון, קמה מפלגה חדשה ושמה רשימת פועלי ישראל (רפ"י). העילה המרכזית לפרישה הייתה "הפרשה", אך זו לא עניינה עוד את רובו המכריע של הציבור הישראלי, ונראה היה לציבור, פרט לבן-גוריון ולתומכיו, כי העיסוק בה מיותר וכי זמנה עבר.