העיר העתיקה של צפת
הממצאים הבולטים שנתגלו מהיישוב היהודי הקדום בעיר

בשנת 2004 ביצעה רשות העתיקות חפירות במדרון המערבי של העיר צפת (שכונת קרן יסוד), אשר היה שייך בתקופה הממלוכית לשכונת אל-ואטא. מן החפירה עלה כי בעשור השני של המאה ה-14 הוקמה במקום שכונה ובנה מבנים צפופים על מדרגות. ב-1408, בעת רעידת האדמה הגדולה שפקדה את צפת, התמוטטה השכונה ושוב לא חזרו לגור בה. בחפירות נמצאו מאות תגליות מהתקופה הממלוכים, בהם מעל ל-600 מטבעות, כלי חרס רבים ומגוון עצום של כלי זכוכית. כמו כן, נמצאה מוטחת על-גבי הקרקע קופת חיסכון מלאה במטבעות זהב, אשר ייתכן ובזמן רעידת האדמה ניסו בעליה לברוח עמה, ללא הצלחה.
בשנת 2005 חשפה עמותת 'לבנות ולהבנות' את 'בית הקהל' ו'נסתרות' – שרידים של שכונה מסועפת ומרכז קהילתי יהודי מהמאה ה-16, אשר נמצאו בחפירות במעמקי האדמה בעיר העתיקה--. מלכתחילה, נקנה המקום תחתיו התגלתה השכונה לצורך בניית בית. אלא שעם תחילת החפירות במקום התגלו מבנים וממצאים עתיקי יומין מתקופת 'תור הזהב' של העיר במאה ה-16, בניהם: מערכת מנהרות מסועפת, מקווה, בתי מרחצאות, חדרים, מאפייה קהילתית ובתים. המקום, שככל הנראה, היה חבוי מתחת לאדמה מאז רעידת האדמה הגדולה שהתרחשה בצפת ב-1837 השתמר כמעט כפי שהיה והעמותה כמעט ולא עשתה בו שינוי. מלבד הערכת ההיסטוריונים כי מדובר אכן בשכונה מתקופת 'תור הזהב' של העיר במאה ה-16, חיזוק נוסף לטענה זו ניתן למצוא גם בצורת מבנה השכונה, צורה המזכירה את הרובע היהודי בערים ז'ירונה וסאלו בצפון-מזרח ספרד, אשר מגורשיה היוו כאמור מראשוני העולים לעיר במאה ה-16. ב-2011 הוכר המקום כאתר מורשת לאומית וב-2017 הגיעו לסיומן עבודות השימור והחפירה שבוצעו בו בפיקוח רשות העתיקות. מאז, פתוח האתר למבקרים והגישה אליו היא דרך מרכז המבקרים של האתר בסמטת אלקבץ בצפת.
ב-2009 חשפו מנהלת מוזיאון המאירי ג'ודי מור-המאירי, ארכיאלוג רשות העתיקות יוסי סטפנסקי וסטודנטים מהמכללה האקדמית צפת בראשות המרצה ד"ר ינון שבטיאל, מקווה עתיק-יומין נוסף מהמאה ה-16 שנמצא במעמקי האדמה, תחת מוזיאון המאירי. למעשה, מייסד המוזיאון יחזקאל המאירי טען כבר ב-1980 כי מצא שרידי מקווה אשר על פי מה ששמע מזקני צפת הן מהמאה ה-16, אך עד לחשיפה ב-2009 לא היו עדויות מוצקות לממצא. רק בעקבות פנייתה של ג'ודי מור-המאירי, מנהלת המוזיאון שבקשה לבצע חפירות לתיארוך המקווה, חברו יחד רשות העתיקות והמכללה האקדמית צפת והוכיחו את הממצאים. כמו כן, במהלך החפירות התגלו במקום תגליות נוספות כגון שרידי כלים מהמאה ה-19 וכן שברי חרסים ומפולות של אדמה מרעידת האדמה הגדולה של 1837.
ב-2006, בחפירות שבוצעו בחצר בית הכנסת האר"י הספרדי, התגלו קנקן מקומי, בסיס קערה מזוגגת, אולי מיובאת, וכלי בישול פתוח. על פי הערכת הרשות, כלים אלו שייכים לתקופה שבין המאה ה-13 למאה ה-14, תקופת שליטת הממלוכים בצפת והתקופה בה על פי המסורת נבנה בית הכנסת – שבאותו הזמן, מאות שנים קודם לידת האר"י, היה נקרא בית הכנסת אליהו הנביא. מאוחר יותר, לאחר שהפך לבית מדרשו של האר"י, שונה שמו לבית הכנסת האר"י.
ממצאים נוספים מהיישוב היהודי בעיר התגלו ב-2007, בעקבות בור שנפער ברחוב ירושלים, הרחוב הראשי בעיר המשמש גם כמדרחוב העירוני. הבור שנפער ברחוב לאחר סופת גשמים כבידה חשף תחתיו שרידי חדרים של בתים השייכים ככל הנראה לשכונה שהיוותה חלק מרכזי מהיישוב היהודי בעיר וקרסה במהלך רעידת האדמה הגדולה שהתרחשה ב-1837 והסבה נזק רב לעיר.
הממצא העתיק ביותר שנמצא בעיר הוא השרידים ליישוב כנעני בעיר צפת כבר מתקופת הברונזה התיכונה שנמצאו בספטמבר 2012 ותוארו לעיל בהרחבה. במהלך החפירה שבוצעה במדרון המזרחי של מצודת צפת נמצאו עשרות שרידי כלי חרס מתקופת הברונזה התיכונה, תקופת הברזל, התקופה הרומית המאוחרת והתקופה הממלוכית, כמו גם כתובת בנייה ששולבה בקיר במסגד אל-ג'כנדאר וממנה עולה כי פעלה בצפת שכונה כבר בראשית המאה ה-14, לצד שרידי בנייה מהתקופה הממלוכית והעות'מאנית.
על פי הערכת רשות העתיקות, בעוד בחלקו העליון של הרובע היהודי קרסו הבתים בעקבות רעידת האדמה בצורה אנכית – תוך כדי קבירת המבנים הקדומים ששרידיהם ככל הראה שקעו במעמקי האדמה. בתחתית הרובע, רבים מן המבנים הידרדרו במורד הסמטאות לכיוון בית העלמין, אך לא פגעו במבנים הסמוכים אליהם. אחד מאותם מבנים שלהערכת הרשות לא פגעה במבנים אחרים הוא בית הכנסת האר"י הספרדי ואם-כן המפלס עליו פוסעים בימים אלה סביבות בית הכנסת הוא לכאורה אותו מפלס עליו דרכו גדולי הדור במאה ה-16. את הממצא הסיקה הרשות בעקבות השיפוץ שביצעה לחזית בית הכנסת, בפיקוחו של האריכאלוג אבנר הילמן.