אייזק שלבי
קדנציה שנייה כמושל קנטקי

בבחירות למושלות של 1812 הוכתר גבריאל סלוטר, לימים מושל קנטקי השביעי, למועמד הפוטנציאלי לזכייה. עם זאת, הסלמת היחסים בין האימפריה הצרפתית, ארצות הברית והאימפריה הבריטית איימה לפריצת מלחמה עתידית בין שלוש המעצמות. כשהסיכוי התגבר הועלה שמו של שלבי לתפקיד המושל. סלוטר, שהתגורר בסמוך לשלבי, ביקר אותו ווידא כי אין ברצונו לרוץ שוב לתפקיד. שלבי ציין בפניו כי אלמלא יפרוץ משבר חירום לאומי, הוא לא יתמודד במסע הבחירות. מרוצה מתשובה זו החל סלוטר בקמפיין הבחירות שלו. במרוצת תקופת הבחירות הסלימו היחסים עם המעצמות האירופיות, וב-18 ביוני 1812 הכריזה ארצות הברית מלחמה על הממלכה המאוחדת, מלחמת 1812. תחושת הפחד ששררה ברחובות קנטקי הביאה את אזרחיה לעודד את שלבי להתמודד שוב לתפקיד. חודש אחר כך נרשמה מועמדותו של שלבי אצל רשם הבחירות.
בעת קמפיין הבחירות מתחו יריביו הפוליטיים, ובראשם המפרי משרל, ביקורת ורסוס שלבי על תגובתו למכתב השני של ג'פרסון בנוגע לפרשת האזרח ז'נה, ואף הטילו ספק בנאמנותו לארצות הברית. שלבי חפה על עצמו כשטען כי תגובתו נועדה להסב את תשומת ליבה של ממשלת המדינה למשבר במערב המדינה, וציין כי ההסכם שנחתם על ידי וושינגטון עם הספרדים הוא עדות לכך. במהלך החודש האחרון טרם מועד הבחירות הוטחו כלפי שלבי השמצות מטעם מתנגדיו; על רחובות קנטקי רוסס המונח "אבא שלבי הזקן" – כינוי גנאי לגילו של שלבי בעת הבחירות (62), ובעיתון ידוע-שם במדינה פרסם מידע ממקור אנונימי הוכיח לכאורה כי שלבי נסוג בקרב על קינגס מאונטיין, ולניצחונו אין אחיזה במציאות. ידיעה זו לא הניבה את הרעש הדרוש כדי לחבל במסעו של שלבי לתפקיד המושל. ”שלבי אכן נסוג מקינגס מאונטיין. נסוג [קודם כל] אל האויב, ולאחר כארבעים ושבע דקות, נסוג שוב, הפעם אל קנטקי, שבידו כ-900 שבויי מלחמה” – תגובתו של אחד מתומכיו של שלבי לידיעה בעיתון. ככל שמערכת הבחירות התקרבה למועדה, התמלא שלבי בביטחון, והחל בהכנות הדרושות להשבעתו. הוא ניבא ניצחון של כ-10,000. לאחר ספירת הקולות, הוכרז שלבי כזוכה לתפקיד המושל עם 17,000 קולות. כשנשבע לתפקיד הפך למושל הראשון שכיהן שתי קדנציות לא רצופות.
את חלקה הראשון של תקופת כהונתו העביר בהכנות למלחמה הצפויה עם מעצמות אירופה. יומיים קדם להשבעתו, נפגש שלבי עם צ'ארלס סקוט, המושל הקודם של קנטקי, בבית הנבחרים המדיני, כדי למנות את ויליאם הנרי הריסון למייג'ור גנרל של מיליציית המדינה. הדבר נעשה לא כדין, שכן על פי חוקת המדינה, מפקד המיליציה חייב להיוולד באדמת קנטקי. הריסון, שכבר פיקד על המיליציות אל אינדיאנה ואילינוי, גייס קלגסים בניו פורט, בטרפ יציאתו ללחימה בפורט ויין. שלבי ראה בטוב את הפעילות הצבאי של הריסון, והפעיל לחץ על נשיא ארצות הברית ג'יימס מדיסון למנותו למפקד הכוחות הצבאיים של צפון-מערב המדינה. מדיסון נענה לבקשתו של שלבי, והדיח את ג'יימס וינצ'סטר מהתפקיד. במטרה להגדילה, שלבי תיקן את חוקי המיליציה, ונתן זכות לכל זכר בגילאי 18–45 לשרת בה (שרי המדינה הודרו מהתיקון). שבעת אלפים מתנדבים התגייסו למאבק, ושלבי עודד את נשותיהם לתפור פריטי לחימה לקלגסים.
לאחר הקרב על פרנצ'טאון, שגבה את חייהם של מאות חיילי קנטקי, התערער ביטחונם של שלבי ושל הריסון. במרץ 1813 ביקש הריסון תגבורת צבאית המונה כ-1,200 מתנדבים ללחימה בפורט מייגס. שלבי שלח את הקלגסים המבוקשים, הכוללים את בנו הבכור ג'יימס, תחת הגנרל גרין קליי. בהגיעם לשדה הקרב, פעלו החיילים לשחרור העיר מהמצור הבריטי–אינדיאני שהוטל עליה. כוחו של קליי צלח במשימה זו, אולם איבד חיילים רבים, שנלכדו ונטבחו על ידי האינדיאנים. דיווחים ראשוניים הכניסו את ג'יימס, בנו של שלבי, במניין ההרוגים, אך מאוחר יותר התגלה כי נלכד על ידי האינדיאנים ושוחרר בעסקת חילופי שבויים.
ב-30 ביוני 1813 שבו חייליו של הריסון בבקשה נוספת לגיוס מתנדבים. אולם הפעם דרשו כי שלבי יפקד עליהם. שלבי גייס כוח של 3,500 חיילים, כפול מהמספר שביקש הריסון. ג'ון קריטנדן, מושל קנטקי ה-17, מונה לשלישו האישי של שלבי בלחימה. כעת, הוביל האלוף שלבי את המתנדבים להצטרף להריסון במערכה שהסתיימה בניצחון אמריקני בקרב תיימז בקנדה. בחלוף המלחמה שלח הריסון למזכיר המלחמה ג'ון ארמסטרונג את דו"ח המלחמה, שם ציין לטובה את גבורתו הצבאית של שלבי. ”אני אובד עצות כיצד עליי להזכיר את שירותו הצבאי של המושל שלבי. אני משוכנע כי מילים אינם יכולות לתאר את רוח העז שבו”, כתב הריסון בדו"ח. בשנת 1817, בשלהי כהונתו, הוענקה לשלבי מדליית הזהב של הקונגרס על שירותו במלחמה. חבריו של שלבי עודדו אותו להתמודד לתפקיד סגן נשיא ארצות הברית, אך זה דחה את ההצעות.