דוד מרכוס
סיוע לצה"ל

כשהסתמנה מלחמת העצמאות באופק, הבינו ראשי "ההגנה" את הצורך בסקירה מקיפה של מצב הכוחות וארגונם, ובשיפור המצב הקיים. עד לאותה תקופה התאימה ההגנה לפעולה תחת שלטון זר, ואנשיה פעלו בקבוצות בסדרי גודל של לוחמים בודדים או עשרות בודדות. כמו כן, חסרו לארגון אנשים בעלי רקע וניסיון צבאי רחב, שכן אפילו יוצאי הבריגדה היהודית בצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה לא קודמו לדרגות קצונה בכירות יותר ממייג'ור (רב-סרן). לפיכך נשלח שלמה שמיר (רבינוביץ') בדצמבר 1947 לארצות הברית על ידי דוד בן-גוריון, במטרה לגייס קצינים אמריקאים בכירים שיסייעו לארגון "ההגנה" להפוך ממיליציה עממית לצבא סדיר ומאורגן ולסייע במלחמה. כשהגיע שמיר לארצות הברית, קיבל המלצה לפנות למרכוס כבר סמכא בנושאי צבא, המכיר קציני צבא אמריקאים רבים. על אף שהגיע עם רשימת קצינים, איש מהם לא נאות לבוא לארץ. הם היו עייפים לאחר מלחמת העולם, ודחו את שמיר בתואנות שונות. היחיד שהסכים לבוא היה מרכוס.
כך, בסוף חודש ינואר 1948 נחת מרכוס בארץ ישראל. לפני בואו שינן ספרי תאוריה צבאית אמריקנית, פן יעוררו אלה את חשדם של פקידי המכס הבריטיים בנמל התעופה לוד. כשהגיע החל מיד בעבודה, סקר את המצב בשטח וחיבר חוברות בענייני צבא. הוא הופתע לראות שמפקדים רבים ב"הגנה" אינם בעלי ידע צבאי או השכלה צבאית מינימלית. רק מיעוטם שירת בבריגדה היהודית. חוברות אלו תורגמו לעברית, ושימשו את ההגנה ואת צה"ל בהמשך. לאחר מכן, החל מרכוס לסייר ברחבי הארץ, כדי לבדוק את מצב הכוחות וארגונם. ב־2 במרץ הגיש דו"ח מפורט לדוד בן-גוריון, ובו נכתבו מסקנותיו מסיוריו. בין השאר, נכתב בדו"ח כי "בפלמ"ח יש חומר אנושי מצוין, נועז, אבל רוב מפקדיהם יודעים רק לפעול בכיתה ובמחלקה". לדעתו, לא הייתה שגרת אימונים ופעילות ספורטיבית בהגנה, ולכן הכושר הגופני של אנשי ההגנה היה עלוב. הוא טען כי כדאי לייבא מאמריקה 23 קצינים, שיפקדו לפחות על גדודים. בנוסף, הציע לארגן קורס מזורז, בן ארבעה שבועות, למפקדי גדודים, ולהיות ראש המדריכים (שיהיו, לפי הצעתו, שלמה שמיר, חיים הרצוג, שלום עשת ואפרים בן ארצי). בן-גוריון ביקש לבצע את הצעתו השנייה של מרכוס, אך זה היה בלתי אפשרי בתנאי מלחמת העצמאות. על כן, יושמה בצורה חלקית: מרכוס עבר בין החטיבות בארץ ישראל והעביר חומר בכתב שהכין למפקדים. מספר ימים מאוחר יותר, ב-12 במרץ, כתב דוד בן-גוריון ביומנו, כי יש למנות את מרכוס מינוי רשמי - של סגן הרמטכ"ל - לכשיהיה צבא מסודר, אך רעיון זה לא יצא אל הפועל.
ב־28 במאי, יום נפילת הרובע היהודי, מונה מרכוס למפקד חזית ירושלים. זרותו הייתה אחד הגורמים למינויו, שכן היה חסר שיקולים אישיים ואינטרסנטיים, והיה צורך במפקד כזה לחזית רגישה זו. הוא גם לא היה שייך לאחת הקבוצות בוויכוח הקבוע בצה"ל של אותם ימים, האם לנקוט בשיטות הצבא הבריטי או ברוח האלתור הפלמ"חניקית. לרגל מינויו זה העניק לו בן-גוריון דרגת אלוף. זה היה מינוי דקרלטיבי שכן מרכוס, כקצין בצבא ארצות הברית,  לא יכול היה לקבל דרגה צבאית בצבא זר ולא יכול היה להישבע אמונים לצבא זר. זו הסיבה שדרגת אלוף הוענקה לו רשמית רק באוגוסט 1949 דהיינו כשנה לאחר מותו.
האלוף סטון מתמנה למפקד חזית ירושלים ולפקודתו יעמדו חטיבת עציוני, חטיבת הראל והחטיבה השביעית. ניתנת הסמכות לאלוף סטון לגייס מספר קצינים וסמלים מתוך שלוש החטיבות הנ"ל להרכבת המטה שלו. (בכתב יד: עד הוראה חדשה)
מרכוס החל מיד בעבודה, וניסה למצוא דרך לירושלים, שתעקוף את המצור. לבסוף נמצאה דרך בורמה. בתוך כך, ניסה צה"ל להגן על הכשרתה של הדרך לתעבורת כלי רכב, על ידי התקפות חוזרות ונשנות על הכוחות הערביים באזור ובראשם על הלגיון הירדני. ניסיונות לתקוף את הלגיון, שהתבצר בלטרון, נכשלו. מבצע בן נון א' נערך ב־24 במאי, עוד בטרם מונה מרכוס למפקד החזית. מבצע בן נון ב' ומבצע יורם נערכו תחת פיקודו, ושניהם נכשלו במשימתם המוצהרת, אך השיגו את מטרתם העקיפה: הצלת דרך בורמה.