ספר נחמיה
תיאור חומות ירושלים בספר נחמיה

ספר נחמיה כולל שלושה תאורים מפורטים של האתרים בחומות ירושלים של ימיו (כולל שערים, מגדלים, ואתרים נוספים): פרק ב מתאר סיור לילי של נחמיה באזור הדרומי של החומות, פרק ג כולל תיאור מפורט של כל חלקי החומה הנבנית, ופרק י"ב כולל תיאור של שתי תהלוכות חגיגיות על החומות לציון סיום בניית החומה. מהלך החומות מוסכם בדרך כלל על החוקרים, אך רק שרידים של מספר שערים התגלו, ויש עדיין חילוקי דעות לגבי מיקום השערים ששמם נמסר בספר. למעשה, תיאורי מהלך החומות בספר נחמיה הם מהמקורות העיקריים להשערת המיקום היחסי של השערים והמגדלים, וזאת מכיוון שהתיאורים עוקבים באופן רצוף אחר אתרי החומה (בסיבוב כנגד השעון בפרק ג ומדרום לצפון בפרק י"ב).
שַׁעַר הַצֹּאן בצפון הר הבית שימש כנראה להבאת בעלי חיים לקורבן במקדש, ולכן אולי אֶלְיָשִׁיב הַכֹּהֵן הַגָּדוֹל הוא שקיבל את האחריות על בניית החומה באזור זה.
שַׁעַר הַדָּגִים, המוזכר גם בספר צפניה, פרק א', פסוק י', מזוהה לרוב עם שַׁעַר אֶפְרַיִם המוזכר בספר מלכים ב', פרק י"ד, פסוק י"ג. הדרך שיצאה מהשער הובילה כנראה לנחלת אֶפְרַיִם והתפצלה גם מערבה לכוון יפו משם אולי הובאו הדגים לשוקי העיר.
שַׁעַר הַגַּיְא הוביל מערבה מעיר דוד לכוון ה"גיא" העובר מאזור שער שכם של היום ודרך רחוב הגיא בעיר העתיקה (אזורים שהיו מחוץ לחומות בימי נחמיה) ויורד ממערב לעיר דוד עד לנחל קדרון. בשנת 1927 גילה ז וו. קראופוט בחפירות מטעם הקרן לחקר ארץ ישראל הבריטית שרידי שער מתקופת בית ראשון עם שרידי מגדלים משני צדדיו (בערך בנקודה 4 במפה). שער זה מזוהה על ידי רבים כשער הגיא.
שַׁעַר הָאַשְׁפֹּת שימש כמקום לשפיכת האשפה של העיר (מטה למדרון בכיוון גיא בן הינום הטמא). ממיקומו היחסי בתיאור חלקי החומה בנחמיה ג נראה שהשער אמור להמצא בדרום עיר דוד.
שַׁעַר הָעַיִן היה סמוך לבְּרֵכַת הַשֶּׁלַח שבתוך החומה ששימשה גם להשקיית גַן הַמֶּלֶךְ ממזרח לחומה הסמוכה. הבריכה נמצאת ליד היציאה של נקבת השילוח שבנה חזקיהו לקראת המצור של אשור (ממעיין הגיחון שנסתם ועד בריכת השילוח - ראו ספר מלכים ב', פרק כ'. בסמוך לשרידי שער כאן נמצאו מדרגות חצובות אל מחוץ לחומה - אולי "המַּעֲלוֹת הַיּוֹרְדוֹת מֵעִיר דָּוִיד".
מקומו של שַׁעַר הַמַּיִם שנוי במחלוקת. בספר נחמיה, פרק ג', פסוק כ"ו הוא מופיע כנמצא ממזרח למגדל היוצא (מבית המלך העליון שבדרום הר הבית), בספר נחמיה, פרק ח' הרחבה ("הָרְחוֹב") שמול השער מוזכרת כמקום כינוס העם לשמיעת התורה, ובספר נחמיה, פרק י"ב הוא מוזכר כמצפון לשַׁעַר הָעַיִן. מקום השער במפה שכאן עוקב אחרי דעתו של עמיחי מזר לפיה נמצא שער המים בחומה המזרחית סמוך למעיין הגיחון. המעיין נסתם מאות שנים לפני ימי נחמיה (ומימיו הוסבו לנקבת ולבריכת השילוח) וספק אם בכלל היה ידוע אז, אבל ייתכן שהקשר של השער למי הגיחון שרד בשמו הקדום של השער. אחרים ממקמים את שַׁעַר הַמַּיִם במזרח הר הבית - כשער פנימי של מתחם המקדש סמוך לבית המלך.
החוֹמָה הָרְחָבָה שמזכיר נחמיה היא כנראה החומה שהקיפה את אזור הגבעה המערבית (העיר העליונה, או אולי שכונת ה"מִּשְׁנֶה"). לפי עדויות ארכאולוגיות והיסטוריות היה האזור ממערב לעיר דוד מוקף בחומה לפחות מימי החשמונאים (כלומר כמה מאות שנים לאחר ימי נחמיה) אך לא היה מיושב יישוב עירוני לפני ימי החשמונאים. השכונה נקראה העיר העליונה בידי יוסף בן מתתיהו (בספרו - מלחמת היהודים). בעקבות חפירות באזור העיר העתיקה שנערכו אחרי 1967 התגלה קטע מחומה רחבה באזור הצפוני של קו החומה המשוער כפי שהוא מופיע במפה להלן. קטע החומה שהתגלה הוא מתקופת בית ראשון וקו החומה המשתמע ממנו נפגש עם הר הבית באזור המתאים לנקודה בה מציין נחמיה עצמו את מיקומה של חומה רחבה. עובדות אלה חיזקו את ההשערה שאזור העיר העליונה היה מוקף חומה כבר מימי בית ראשון אך לא היה מיושב אז עדיין ביישוב עירוני צפוף. אחת ההנחות היא שחזקיהו הקים את החומה הרחבה כחלק מהביצורים שבנה כהכנה למצור האשורי - בניסיון להגן על אזור פרזות כפרי סמוך לעיר. יש המשערים שהעיר העליונה היא שכונת ה"מִּשְׁנֶה" בירושלים המוזכרת למשל בספר צפניה, פרק א' או כמקום מושבה של חֻלְדָּה הנביאה.