המערכות באיטליה במהלך מלחמות המהפכה הצרפתית
הקואליציה השנייה (1799–1800)

השלב השני של המלחמה באיטליה החל בשנת 1799 כחלק ממלחמת הקואליציה השנייה והיה שונה מהראשון בכך שכוחות רוסים השתתפו במערכה. עם זאת, בתחילת הסכסוך הרוסים טרם הגיעו. בונפרטה, בינתיים, היה רחוק מהיבשת, ממאי 1798 עד ספטמבר 1799 הוא הוביל את המערכה במצרים.
כ-60,000 חיילים צרפתים בפיקודו של שרר התמודדו מול מספר שווה של אוסטרים. 50,000 רוסים נוספים היו צפויים להגיע בקרוב. הצרפתים היו עסוקים בהרגעה של נאפולי וזה הפחית בחצי את כוחם היעיל להתמודד מול האוסטרים. על מנת למנוע מצב בלתי נסבל לחלוטין, שרר תקף בהקדם האפשרי בניסיון להקדים התקפות אוסטריות.
המפקד האוסטרי פאל קריי ניצח את הצרפתים בוורונה ומגנאנו בסוף מרץ ובתחילת אפריל. שרר נסוג לאחור והשאיר יחידה קטנה של 8,000 איש בכמה מבצרים. המפקד האוסטרי, מיכאל פון מלאס, היה איטי לרדוף אחרי הצרפתים הנסוגים ועד מהרה הוחלף כמפקד הקואליציה הכללי בזירה על ידי הפילדמרשל המבריק אלכסנדר סובורוב .
גם שרר הוחלף במהרה בגנרל מורו, איש בעל תהילה ויוקרה גדולים יותר. התבוסות הצרפתיות בלקו ובקסאנו ב-26–28 באפריל, עוקבות אחרי נסיגה מלומברדיה ומצב כללי לא נוח לצרפתים. צבאו של הגנרל מקדונלד חזר מנאפולי כדי לתמוך במורו.
מתקפה ראשונית של בעלות הברית על פני הפו נכשלה ב-11 במאי. צבאו של מורו היה קרוע כשנותרו רק 9,000 איש. ניסיון התקפת נגד נהדף בחזרה על ידי הגנרל הרוסי פיוטר בגרטיון. סובורוב כבש במהרה את טורינו והכריז על חזרת פיימונטה למלך.
צבא האלפים נלחם נגד הכוחות האוסטרו-רוסים בסדרה של התכתשויות קלות, אך לא נחלץ להצלת צבא איטליה. סובורוב דרס מספר כוחות מצב צרפתיים והמשיך בהתקדמותו הבלתי פוסקת. מקדונלד נלחם עם סובורוב בקרב טרביה ונמחץ. מקדונלד נסוג עם שארית צבאו לג'נובה בזמן שסובורוב הגיע לנובי. הפיקוד העליון האוסטרי הורה לעצור את התקפות בעלות הברית בזמן שחיל המצב הצרפתי של מנטובה ואלסנדריה הוכרע. זמן קצר לאחר מכן נשלח מורו אל הריין וז'ובר נשלח לפקד על צבא איטליה.
סובורוב, שפעל לפי פקודות הפיקוד העליון של הקואליציה, עצר כדי לאסוף את כוחו למתקפה בסתיו. ב-9 באוגוסט, פתחו הצרפתים במתקפה של 38,000 איש בשם קרב נובי. המתקפה הובסה ביסודיות על ידי סובורוב, והביאה למותו של ז'ובר. מורו, שעדיין לא יצא לנהר הריין, תפס את היוזמה והוביל את הניצולים בחזרה לג'נובה והחל להכין הגנה על העיר.
אולם באותה תקופה הורה הפיקוד העליון של בעלות הברית בווינה לסוברוב לצאת מאיטליה ולהתרכז בפריצת החזית השווייצרית. ההפוגה שניתנה אפוא לצבא איטליה המותש הובילה לנקודת מפנה במלחמה. מלאס, שחידש את הפיקוד על כוחות הקואליציה באיטליה, כעת כמעט אך ורק אוסטריים, הפסיק את המתקפה וגיבש את כוחותיו, כעת לאחר שהרוסים הוצאו מאיטליה.
באביב 1800 פרשה רוסיה לחלוטין מהקואליציה. המצב באיטליה, לעומת זאת, עדיין היה מאוד בצד של הקואליציה. למלאס היו כ-100,000 איש בפיקודו, מולם רק 50,000 חיילים צרפתים שפוזרו ביסודיות. בעלות הברית התכוננו לדחיפה לתוך דרום צרפת ומעבר לנהר הריין, הרבה יותר צפונה. מלאס התקדם לאט, הטיל מצור על ג'נובה ועצר את התקדמותו למקום אחר.
בתקופה זו הוביל הקונסול הראשון של צרפת, נפוליאון בונפרטה (שתפס את השלטון הצרפתי בהפיכת הפיכת 18 בברימר ב-9 בנובמבר 1799) את צבא המילואים שלו דרך מעבר סן ברנאר הגדול במטרה להקל על מסנה במצור על ג'נובה, שהיה מאוים ממחסור חמור במזון שנבע מהשילוב של כיתור ביבשה ומצור ימי על ידי הבריטים.
ג'נובה נפלה לפני שהקונסול הראשון הצליח להגיע אליה. הוא ריכז את צבאו ופגע באוסטרים בניסיון להכות אותם לפני שגם הם ירכזו שוב את כוחותיהם. צבא המילואים נלחם בקרב במונטבלו ב-9 ביוני לפני העימות העיקרי במרנגו. הקונסול כמעט הובס כאן עד שהגנרל דסה הגיע בזמן עם תגבורת והדף את מלאס, ובכך הפך כיתור צרפתי לניצחון צרפתי. בהתקפת הנגד הזו נהרג דסה, אבל בונפרטה כיבד אותו מאוחר יותר באנדרטאות המנציחות את גבורתו ולשמו יש מקום של כבוד על פני שער הניצחון, שהוקם כדי לחגוג את ניצחונותיו של נפוליאון.
מרנגו היה הקרב הגדול האחרון בחזית האיטלקית במהלך מלחמות המהפכה הצרפתית. בעקבותיו הקרב האדיר על הוהנלינדן הביא את האוסטרים לשולחן המשא ומתן (החתימה על שביתת הנשק של טרוויזו) והמלחמה הסתיימה זמן קצר לאחר מכן.