ניתוב לשוני פיזיולוגי
ביקורת על השיטה

בשנת 2019 ביצעה קבוצת מחקר בריטית סקירה מקיפה על השיטה. במחקרם נסקרו 40 מאמרים שונים. תוצאות המחקר הראו שהבסיס המדעי עליו השיטה עומדת רעוע, ומסקנתם מכך היא כי כל מי שהבסיס המדעי באימון הפסיכולוגי חשוב לו, טוב שיתעלם משיטת ה-NLP. סקירה שיטתית נוספת שבוצעה על 10 מחקרים פורסמה בשנת 2012 על ידי קבוצת מחקר בריטית אחרת. קבוצת המחקר הגיעה למסקנות כי הממצאים התומכים בשיטה דלים, וסיכמה בהקשר לתקצוב טיפולי NLP בבריטניה כי: "כיום אין מספיק ראיות התומכות בהקצאת משאבים של שירות הבריאות הלאומי עבור NLP מעבר למטרות מחקר בנושא."
אחת הביקורות שעולות ביחס לשימוש ב-NLP על ידי מי שלא הוכשר כרופא, פסיכולוג, עובד סוציאלי או כאיש טיפול בשדה קרוב (כגון קרימינולוגיה), גורסת שהעוסקים בתחום עשויים להפר את הוראת החוק המגבילה עיסוק במקצועות אלו למורשים בלבד, וכן ששימוש בכלים פסיכולוגיים רבי-עצמה על ידי מי שאינו בעל ידע מדעי והכשרה פסיכולוגית מקיפה, עשוי לגרור תוצאות קשות. לכן חל איסור על יישום טכניקות פסיכולוגיות, למי שאינו רופא, פסיכולוג, עו"ס או מטפל מתחום קרוב ובעל רקע אקדמי הולם (למשל מטפל באמנויות), שהוסמך על-פי רשויות הבריאות במדינתו.
הביקורת על NLP מגיעה בעיקר ממדענים מתחום הפסיכולוגיה, ומספקנים העוסקים במנטליזם אשר להם בדרך כלל הכשרה בפסיכולוגיה או בתחום קרוב כגון נוירוביולוגיה או רפואה. בקהילה המדעית, השיטה נתפסת כפסאודו-מדע. בין היתר הועלו הטענות הבאות:
רודריק-דייוויס טוען כי המונח מוליך שולל, שהרי על אף שהמילה הראשונה בראשי התיבות שלו היא Neuro, השיטה לא טורחת להסביר, ולו בזעיר אנפין, מהו נוירון לסוגיו השונים ומה אופן פעילותו, וכי היא נטולת כל קשר לנוירוביולוגיה (מדעי המוח). בהמשך לדברים, תומאש ויטקוסקי טען שגם למדעי השפה, או לתחום התכנות (Programming), אין לתורה זו כל קשר. עוד הוסיף כי השיטה מכילה מונחים "מרשימים", אך ראויים לפקפוק (כביכול בשל היותם אבסטרקטיים ביחס למטרתם ונון-אופרציונליים), כגון "פראגמאגראפיה", "מבנה שטחי", "מבנה עמוק", "רמזי פעולה", "תנועה משוללת פעולה", וכדומה.
הפסיכולוג הניסויי קורבאליס (1999), בחיבורו ("מיתוסים של הנפש"), גורס שהמונח NLP מטעה באופן כזה שייטה אנשים לחשוב שהוא זוכה להכרה מדעית.
הפסיכולוג בארי ביירסטיין (אנ') גינה גם שימוש אנשי תחום ה-NLP במונחים ערטילאיים כגון "רמזי-פעולה מן העין", "מידול-על" (Metamodeling), "תכנות-על" (Metaprograming), "רמות נוירולוגיות", "מערכות ייצוג", ו"תתי-אפינות" (Submodalities), בטענה שהן עלולות להציג את התורה כדיסציפלינה מדעית, וכעומדת בקריטריונים מדעיים. ביירסטיין טען:
"אף שהשיטה תובעת את מדעי המוח אל אילן היוחסין שלה, תפיסתה המיושנת את האינטראקציה שבין הקוגניציה, לתפקוד המוח, באה כפרץ של אנלוגיות כוזבות."
באותו חיבור, הוא מוסיף מדעתו שה-NLP עזרה לתחזק מיתוסים אודות המוח והנוירולוגיה, למשל, בהקשר אפוריזם, תפיסה פסאודו מדעית, המזוהה עם זרם "העידן החדש" הגורסת ש"האדם יוצר את מציאותו", ועל ידי זאת, לזכות בחסינות מביקורת מדעית.
הפסיכולוג הקליני גרנט-דווילי, מזהה את ה NLP כאחת מהצורות המוקדמות של "תרפיות הכוח" (אנ'), הקשורות במונחים פסאודו-מדעיים כגון הצבה של מטרות תחת שכנוע עצמי ל"הצלחה אבסולוטית", "מלכודות רציונליות", "ייצור יכולות", "שכנוע בתוצרת-עצמית", "תחושות חיות" (Vivid appeals), ותקיפת המבקרים תוך כדי שימוש כוזב במונחיהם.
ריצ'רד וייזמן, פרופסור לפסיכולוגיה מאוניברסיטת הרטפורדשייר, מצא שהשיטה המבוססת NLP לגילוי האם אדם משקר לפי תנועות עיניו היא בלתי-יעילה.
במאמר משותף, החוקרים דן, הלונן, וסמית', שטחו משנתם כי NLP היא אחת הדוגמאות למדוע ראוי להטמיע בסטודנטים סקפטיות וחשיבה ביקורתית כלפי תורות פארא-פסיכולוגיות.