מיקרוביוטה של מערכת העיכול
שונות המיקרוביוטה בבני אדם > שונות המיקרוביוטה באותו אדם > גיל

הרכב החיידקים של מערכת העיכול משתנה לאורך חיי האדם. נוכחות ראשונית של חיידקים בעובר ניתן לזהות כבר ברחם ובהמשך שלבי ההתפתחות מתרחשים שינויים במגוון החיידקים ובפונקציונליות שלהם.
בעבר, רחם האישה היה נחשב סטרילי מחיידקים, אך מחקרים הראו כי נוכחות ראשונית של חיידקי מערכת העיכול מתחילה לפני הלידה. מקורות אפשריים של חיידקים אלו הם המיקרוביוטה של מערכת הרבייה הנקבית של האם, שמורכבת ברובה מ-Lactobacillus והמיקרוביוטה של הפה ומערכת העיכול של האם, בעלת מינים כמו Fusobacterium ו-Bacteroides.
המיקרוביוטה של מערכת העיכול בלידה בעלת מגוון נמוך יותר ושונות גבוהה יותר בין אנשים, בהשוואה למיקרוביוטה של הבוגר. ממלכות החיידקים הדומיננטיות של מערכת העיכול בילוד הן Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria ורמות נמוכות של Bacteroidetes, שדומיננטית באדם בוגר. משך ההיריון ואופן הלידה משפיעים גם הם על המיקרוביוטה של הילוד בלידה. המיקרוביוטה של ילודים שנולדים לפני הזמן בעל מגוון נמוך יותר. בלידה קיסרית המיקרוביוטה מכילה גם חיידקים שדומים לחיידקים שנמצאים בעור האימהי, בניגוד ללידה רגילה בה המיקרוביוטה דומה למיקרוביוטה של נרתיק האם. לא ידוע אם הבדלים אלו בעלי השפעה משמעותית על התפתחות המיקרוביוטה של הילוד.
שנת החיים הראשונה מייצגת תקופה משמעותית של שינויים והתבגרות של המיקרוביוטה, שבה מגוון החיידקים עולה עם הזמן, בעקבות חשיפה לסביבה ויניקת חלב אם. בתחילת הינקות, המיקרוביוטה של מערכת העיכול מועשרת בגנים המעורבים בעיכול רב סוכרים מחלב האם ואילו בשלב מאוחר יותר המיקרוביוטה מועשרת בגנים המעורבים בעיכול חד סוכרים שנמצאים במזון המוצק ויצירת ויטמינים. אופן ההאכלה משפיע על הרכב המיקרוביוטה של מערכת העיכול, כאשר תינוק שיונק מראה עליה בשפע של Actinobacteria וירידה ב-Firmicutes ו-Proteobacteria, בעוד שתינוק שניזון מפורמולה מראה עליה בשפע של Escherichia coli ו-Clostridium difficile. חלב האם מכיל חיידקים ממערכת העיכול האימהית, כאשר קיים מסלול פוטנציאלי שמאפשר את העברתם לבלוטות החלב. בנוסף לתזונה, חשיפה סביבתית, כמו מספר אחים, חשיפה לחיות מחמד וגאוגרפיה וחשיפה תרופתית, משפיעות על הרכב המיקרוביוטה וקשורות להבדלים בין ילודים שונים.
המיקרוביוטה במהלך הילדות מבוססת ויציבה יותר מאשר בתינוק, אך עדיין מייצגת קהילה דינמית שעשויה להשפיע על הבריאות בהמשך החיים. מחקר שנערך בארצות הברית הראה שהמיקרוביוטה במעי אינה מבוססת במלואה אצל ילדים עד גיל 5 וכי המגוון החיידקי נמוך בהשוואה למבוגרים, דבר שאינו בהכרח נכון במדינות פחות מפותחות. בנוסף מחקר זה ומחקרים נוספים הראו שהמיקרוביוטה במערכת העיכול בילדות, בהשוואה לבגרות, מכילה רמות גבוהות של Firmicutes, Proteobacteria ו-Actinobacteria ורמות נמוכות של Bacteroidetes . ברמה הפונקציונלית, המיקרוביוטה בילדים בארצות הברית מועשרת בפונקציות שעשויות לתמוך בהתפתחות וככל שמתבגרים המיקרוביוטה מועשרת בתכונות נוספות הקשורות לדלקת ולתפקוד לקוי של חילוף חומרים. בנוסף, קיימים הבדלים ברורים באוכלוסיית החיידקים בילדים ממדינות וגאוגרפיות שונות.
בגיל הבגרות הרכב המיקרוביוטה מכיל בעיקר Bacteroidetes, Firmicutes ו-Proteobacteria וכמותם משתנה בהתאם למיקום הגאוגרפי. הרכב המיקרוביוטה במבוגרים נשאר יחסית יציב במהלך הבגרות, למעט בעקבות הפרעות כמו זיהומים, נטילת תרופות ושינוי תזונתי. הפרעות אלו משנות בעדינות את הרכב המיקרוביוטה לאורך זמן.
מחקרים מראים כי בקשישים הרכב החיידקים נבדל ממבוגרים ומכיל רמות גבוהות יותר של Firmicutes ו-Bacteroidetes. הרכב המיקרוביוטה משפיע על הבריאות הכללית של הקשישים ושינוי בהרכבו נקשר לירידה בבריאות. שינוי שכזה יכול להיגרם כתוצאה משימוש מוגבר בתרופות, מחסור בתזונה ושינוי ברמות ההורמונליות.