מבצע רעם מתגלגל
המשך ההתקפות

מתוך דבקות בגישה ההדרגתית, שעל פיה האיום בחורבן ישפיע בצורה טובה יותר כסימן לנחישותה של אמריקה לעומת החורבן עצמו, העדיפה ארצות הברית לתקוף מטרות חשובות בצפון וייטנאם ולא מטרות משניות. מתחילת מבצע רעם מתגלגל, הכתיבה וושינגטון את זהות המטרות שיותקפו, את המועדים המדויקים בהם יתבצעו ההתקפות, את סוגי כלי הטיס שישתתפו בתקיפות ומספרם, את סוג וגודל התחמושת שיעשה בהם שימוש בהתקפות ולעיתים גם את הכיוון שממנו יגיעו המטוסים למטרות. נאסר לתקוף בשטח של 60 ק"מ סביב לבירה האנוי ובשטח של 19 ק"מ מסביב לנמל הייפונג. אזור חיץ ברוחב של 48 ק"מ הותווה גם לאורך גבולה של צפון וייטנאם עם סין וגם בו נאסרה כל פעילות. לדבריו של ההיסטוריון של חיל האוויר האמריקאי, ארל טילפורד: "הקצאת המטרות הייתה חסרת כל קשר למציאות וניתן לראות זאת ברצף ההתקפות ובאופן האקראי שבו אושרו המטרות. שדות התעופה של הצפון, שעל פי כל מדיניות הקצאת מטרות הגיונית היו אמורים להיות מותקפים בשלב הראשון של המערכה, היו מחוץ לתחום".
אף על פי שחלק מהמגבלות הללו התרופפו או בוטלו מאוחר יותר, הייתה לנשיא ג'ונסון, בתמיכתו של מקנמארה, שליטה הדוקה במערכה – שהרתיחה כל העת את הפיקוד הצבאי האמריקאי – החל בחברי האגף הניצי של הקונגרס וכלה בחוגי הממשל. אחת המטרות העיקריות של המבצע, לפחות של הצבא, היה הצורך להטיל מצור על הייפונג ועל נמלים אחרים על ידי מיקוש אווירי, ובכך להאט או לבלום את שטף האספקה הימית שהועבר לצפון וייטנאם. הנשיא ג'ונסון סירב לנקוט בפעולה פרובוקטיבית שכזו ובכל אופן, פעולה כזו לא בוצעה אלא רק ב-1972. בנוסף, התקיימו התייעצויות בקנה מידה קטן ביותר בין ג'ונסון לבין ראשי הכוחות המזוינים במהלך תהליך בחירת המטרות. אפילו יושב ראש המטות המשולבים, ארל ווילר, לא נכח ברוב הדיונים החשובים במהלך 1965 והשתתף בהם רק לעיתים רחוקות.
רוב פעולות ההתקפה במהלך מבצע רעם מתגלגל יצאו מארבעה בסיסי אוויר בתאילנד: קוראט, טקאלי, אודון תאני ואובון. המטוסים תודלקו באוויר מעל לאוס לפני שטסו אל המטרות בצפון וייטנאם. לאחר שביצעו את ההתקפות, בדרך כלל באמצעות הפצצות צלילה, שבו כוחות ההפצצה לבסיסיהם בדרך ישירה לתאילנד או יצאו משמי צפון וייטנאם לשטח הבטוח יחסית של מפרץ טונקין. עד מהרה הוחלט, כדי להימנע מעימותים על המרחב אווירי בין חיל האוויר לבין הצי, לחלק את שטחה של צפון וייטנאם לשישה אזורי מטרות, שכל אחד מהם הוקצה לאחת הזרועות ולזרוע האחרת נאסר לטוס בשמי אותו אזור.
ההתקפות של הצי בוצעו מסיפוניהן של נושאות המטוסים של "כוח משימה 77". ששייט מול חופי צפון וייטנאם בנקודה שכונתה Yankee Station. מטוסי הצי, שלהם היה טווח טיסה קצר יותר (ונשאו מטען פצצות קל יותר) בהשוואה לעמיתיהם מחיל האוויר, תקפו את שטחה של צפון וייטנאם מכוון הים ורוב מטרותיהם היו ברצועת החוף.
ב-3 באפריל שכנע מטה הכוחות המשולבים את הנשיא לינדון ג'ונסון ואת מקנמארה לשגר מתקפה של ארבעה שבועות על קווי האספקה של צפון וייטנאם, שנועדה לבודד את המדינה ממקורות האספקה שלה בסין ובברית המועצות. כשליש מהיבוא של צפון וייטנאם עבר במסילת הברזל הצפון-מזרחית מסין ושני השלישים האחרים הגיעו בדרך הים להייפונג ולנמלים נוספים. בפעם הראשונה במערכה, נבחרו מטרות על פי חשיבותן הצבאית ולא על פי ההשלכות הפסיכולוגיות של תקיפתן. במהלך ארבעה שבועות אלה, הושמדו 26 גשרים ו-7 מעבורות. מטרות נוספות כללו את מערכת המכ"ם הנרחבת של צפון וייטנאם, מחנות צבא ומצבורי תחמושת.
בכל אופן, רצועת הגבול שבדרומה של צפון וייטנאם נותרה מוקד הפעילות וסך כל התקיפות בה עלו מ-3,600 באפריל ל-4,000 במאי. בהדרגה בוצע מעבר מתקיפת מטרות מוגדרות מראש ל"משימות סיורים חמושות", שבהן כוחות אוויריים קטנים סיירו לאורך כבישים, מסילות ברזל ונהרות, כדי לאתר מטרות מזדמנות. בתחילה בוצעו שתי משימות כאלה בשבוע ובסוף 1965 עלתה תדירותן ל-200 משימות שבועיות. בסופו של דבר, היה שיעורן של משימות הסיור החמושות 75% מכלל משימות ההפצצה, בין השאר בשל העובדה שמשימות תקיפת מטרות מוגדרות מראש ותהליך אישורן היו מסובכות ומסורבלות.