פרשת דרייפוס
הפרשה > תחילת הפרשה > מעצרו של דרייפוס

ב-12 באוקטובר, עוד בטרם הגישו גובר וברטיון את מסקנותיהם, כבר זימן אליו בואדפר את פאטי ודרש ממנו לאסור את דרייפוס ולבצע חיפוש בביתו. במקום לבצע מעצר פשוט, פאטי הכין תוכנית מפורטת ודרמטית כיצד לעשות זאת. ככל הנראה הוא קיווה שדרייפוס ישבר ויודה בכל. ביום שבת 13 באוקטובר קיבל דרייפוס אל ביתו צו המורה לו להגיע ביום שני 15 באוקטובר למיניסטריון המלחמה בלבוש אזרחי לצורך ביקורת שגרתית. דרייפוס תמה על ההוראה, אולם לא חשד במאום. ייתכן שבכוונה העניק לו פאטי מרווח של זמן מתוך תקווה שדרייפוס ינסה להימלט או להסתתר וכך יאשש באופן רשמי את החשדות לגביו. אולם לא כך קרה, ובמועד הנקוב הופיע דרייפוס בכניסה למיניסטריון המלחמה. בכניסה, הוא פגש את לוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר, אשר עתיד למלא תפקיד חשוב בהמשך הפרשה ולעת עתה רק הוכנס בסוד העניינים. פיקאר הזמין את דרייפוס לחדרו, שם שוחחו במשך כמה דקות, ולאחר מכן הוביל אותו אל חדרו של בואדפר. זה האחרון לא היה בחדר, ובמקומו מצא דרייפוס את פאטי ועוד שלושה אנשים בלבוש אזרחי.
פאטי הציג את עצמו בפני דרייפוס וביקש ממנו כטובה אישית לכתוב בשבילו מכתב לבואדפר. פאטי החל להכתיב לו מכתב אשר שילב בתוכו קטעים מתוך הבורדרו. בשלב מסוים נראה היה שדרייפוס מאבד את ביטחונו העצמי, וידו החלה לרעוד באמצע הכתיבה. פאטי ניסה לערער אותו עוד יותר, אולם לא הצליח בכך. לפיכך, הוא החליט לנטוש את העמדת הפנים. הוא הניח יד על כתפו של דרייפוס והצהיר: "בשם החוק אני אוסר אותך. אתה נאשם בבגידה במולדת". דרייפוס העיד לימים כי: "אילו הלם בי הרעם לא היה גורם לי להזדעזעות כה עזה". הוא החל למחות ולזעוק שהוא חף מפשע, בעוד האנשים בחדר השתלטו עליו ונטלו ממנו את מפתחות ביתו. פאטי הגיש לו אקדח והציע לו להתאבד כ"מוצא של כבוד", אולם דרייפוס השיב: "אני רוצה לחיות כדי להוכיח את חפותי". האנשים אזקו אותו ומסרו אותו לידי אנרי, אשר הוביל אותו לבית הסוהר שרש־מידי (Cherche-Midi prison), שם נכלא בתא לבדו, ונאסר עליו לכתוב או ליצור מגע עם אדם.
מיד לאחר מכן, מיהר פאטי אל ביתו של דרייפוס. הוא פגש את לוסי דרייפוס ובישר לה על מעצרו של בעלה. הוא ערך חיפוש בבית, והחרים מכתבים אישיים, כולל מכתבים שכתבו הזוג דרייפוס זה לזה בתקופת אירוסיהם. נאסר עליה לספר לאף אחד על מה שקרה, והיא קיבלה רק פתק אחד מבעלה. רק ב-31 באוקטובר הותר לה לספר למשפחה, והיא מיהרה ליצור קשר עם אחיו של בעלה, מתייה דרייפוס, וביקשה ממנו לבוא לפריז במהירות. במהלך הימים שלאחר מעצרו, ביקר פאטי את דרייפוס בתאו מדי ערב. הוא חקר אותו בצורה נוקשה ביותר, וניסה ללא הרף להביך אותו, לבלבל אותו וליאש אותו. הוא הכתיב לו הכתבות ארוכות ואיים עליו שגורלו נחרץ. כל אותו הזמן, לא נאמר לדרייפוס במה מאשימים אותו ולא ניתן לו לראות את הבורדרו. כתוצאה מכך, בריאותו הנפשית התערערה כליל, והוא שקע בהתקפי דיכאון, או לחלופין בהתקפי זעם שבהם היה משליך כל מה שבהישג יד ואף פוגע בעצמו. בלילות שמעו אותו הסוהרים צוחק לעצמו צחוק מטורף. מפקד הכלא פרדיננד פורצינטי היה היחיד שגילה כלפיו יחס אנושי. הוא בא לבקר אותו ולעודד אותו, ולא הרשה לפאטי להגזים בחקירותיו. ב-27 באוקטובר הוא פנה אל בואדפר וטען שדרייפוס קרוב לטירוף. בואדפר הרשה לו לקחת את דרייפוס לרופא הכלא, וזה רשם לו כדורי הרגעה.
במקביל לחקירה הרשמית, פתח פאטי בחקירה אשר נועדה לחקור את חייו האישיים של דרייפוס ולהכפיש את שמו. דו"ח שהגיע למשטרה קבע שדרייפוס נראה מספר פעמים במועדוני קלפים מפוקפקים. נערך גם דו"ח נגדי אשר הוכיח שדרייפוס מעולם לא ביקר במועדונים הללו, אולם הוא הועלם עד מהרה. נמצא שהיו לו מספר מערכות יחסים עם נשים מחוץ לנישואים, אולם למרות חיפושים נמרצים שערך צוותו של פאטי, לא נמצאה ביניהן אף אחת אשר הייתה עשויה להיות מרגלת. דרייפוס מצדו, טען שכל קשריו עם הנשים הללו נפסקו לאחר נישואיו.