הסמויה
עלילה > עונה 2

במהלך פטרול שגרתי בים, מקנולטי מוצא גופה במים. המקרה מתקשר למקרה מוות נוסף בנמל בו נמצאו 13 גופות בתוך מכולה. תחילה המקרה נראה כמו התאבדות, אך אחרי שבדק את הנושא ביחד עם שוטרת מקומית בשם בידי ראסל, מקנולטי גורם למשטרה לסווג את המקרה כרצח. מקנולטי, פרימון ובאנק יוצאים לחגוג בבר על כך שהפילו 13 מקרי רצח על הבלש ריי קול אך יום לאחר מכן פרימון ובאנק מגלים ששניהם יאלצו לחקור את המקרה, במקום ריי קול.
בינתיים בכיר במשטרה בשם סטאן ואלצ'ק (חמיו של פרזבלוסקי) מסתכסך עם ראש ארגון העובדים בנמל, פרנק סובוטקה. ואלצ'ק מחליט להיעזר ביחידה לפשעים חמורים ומאלץ אותה לפתוח בחקירה נגד הארגון ונגד פרנק. במסגרת החקירה, מקנולטי חוזר ליחידה, ואילו באנק ופרימון מצליחים לשכנע את דניאלס לקחת על עצמו את מקרה הרצח במכולה.
בינתיים הארגון מתחיל לעסוק בפשע: בנו של פרנק, זיגי, ודודנו ניקי מתחילים להבריח כימיקלים מהם סמים מיוצרים לארצות הברית בשיתוף פעולה עם ארגון פשע יווני. הוא מסתבך עם סוחר סמים בשם צ'יז, בכיר בארגון הסמים של מזרח בולטימור בניהול "פרופוזישן" ג'ו. בזכות קשריו עם היוונים זיגי סוגר את הסכסוך עם צ'יז.
עניינים קודמים חוזרים לעלילה: ראשית, מקנולטי מחפש את עומאר כדי שיעיד במשפט של בירד. הוא שולח את באבלס למצוא אותו, ובסופו של דבר באבלס מצליח לאתר אותו. במשפט עומאר מפתיע את חבר המושבעים, עונה לשאלות בכנות, מתבדח ותוקף את עורך הדין של בירד, שמייצג את שאר אנשי הארגון של בארקסדייל, מוריס לוי: כשלוי מאשים אותו בכך שהוא שותה את הדם של אלו ששותים את הדם מהעיר, עומאר מטיח בו שהוא עושה את אותו הדבר - "לי יש את השוטגאן, לך יש את המזוודה". בירד מורשע בזכותו של עומאר, שנתן עדות שקר. שנית, משפחת בארקסדייל בכלא מנסה להתאקלם וכאשר סוהר עושה לאייבון ולווי-ביי בעיות אייבון רוקם תוכנית לפיה הוא יבריח לכלא סמים המהולים ברעל עכברים וכימיקלים אחרים, שיגרמו למספר מקרי מוות שיפעילו לחץ תקשורתי ופוליטי על הנהלת הכלא למצוא את מקור הברחת הסמים המקולקלים. בתמורה, אייבון יפליל את אותו סוהר בהפצת הסמים המקולקלים ובכך יגרום לשחרורו המוקדם. דיאנג'לו לא מעוניין לקחת חלק בתוכנית של אייבון, ומבין שהוא אחראי לכל מקרי המוות שאירעו לאחרונה בכלא, ביניהם של חלק מחבריו. התנהגותו זו של דיאנג'לו גורמת לסטרינגר לחשוד בו. אחרי שדיאנג'לו מחליט להתנער סופית מאייבון, סטרינגר שולח מתנקש שהורג אותו וגורם למותו להיראות כמו התאבדות. סטרינגר מנהל גם מערכת יחסים עם אשתו של דיאנג'לו, וכמנהל הארגון החדש, מחליט לאחד כוחות עם הארגון של מזרח בולטימור בהנהגת פרופוזישן ג'ו, דבר שמכעיס את אייבון שמחליט לשלוח רוצח מניו יורק המכונה "האח מוזון" כדי שיבריח את האנשים של ג'ו.
בחזרה לנמל, היחידה מבצעת מעקב אחרי המכולות הנכנסות לנמל. פרנק מגלה שחשבון הטלפון שלו "סומן", הופך לפרנואידי וכדי לבדוק אם הוא תחת מעקב מכניס מכולה ריקה ומוצא שהמשטרה מעכבת גם אותה. זיגי ממשיך להסתבך, הפעם בעסקי הברחת מכוניות, ונשדד על ידי גליקאס - סוחר יווני, שמכנה אותו טיפש ולועג לו. זיגי מתמלא בכעס, נכנס לחנות של גליקאס והורג אותו ואת עוזרו. הוא לא מסוגל לעכל את מעשיו, ומסגיר את עצמו למשטרה. ניקי לומד על מעצרו ומודיע על כך לפרנק. אחרי פגישה עם היוונים ניקי מבין שקיימת דרך בה האישומים יימחקו, ומודיע גם על כך לפרנק, שבינתיים נעצר על הברחת נערות ליווי לארצות הברית - שהוברחו ביחד עם הנשים המתות במכולה.
פרנק מחליט להיכנס לתוכנית להגנת עדים, אך מנסה להגיע להבנות גם עם היוונים. כשהם מקבלים מידע משותף שלהם ב־FBI שפרנק מתכוון להעיד נגדם, הם קובעים איתו פגישה ובה הורגים אותו. ניקי נעצר גם הוא, ונכנס גם הוא לתוכנית להגנת עדים ביחד עם משפחתו. ניקי בניגוד לפרנק מצליח לשרוד.
סטרינגר רוצה להוציא את האח מוזון מהעסקים ולכן נפגש עם עומאר ומסית אותו נגד מוזון, בטענה שהוא רצח את בראנדון. עומאר יורה במוזון, אך מבין שהוא לא הרג את בראנדון ומתקשר לבית החולים. היוונים מצליחים להימלט בזמן ולהימנע ממעצר, עומאר נשבע לנקום בסטרינגר, ובאבלס נתפס עם סמים ונעצר. כדי להשתחרר באבלס נותן לקימה ומקנולטי מידע על היחסים בין סטרינגר בל לפרופוזישן ג'ו, מה שגורם לפתיחתה של חקירה נוספת. במשטרה מחליטים הרק וקארבר לעבור למחוז המערבי ולשרת תחת פיקודו של "באני" קולבין.