יצחק קוב'ו
השינויים במדיניות ההנהגה הספרדית בראשותו

הרב יצחק קובו צידד בסיעתם של הרבנים לבית נבון עוד בזמן היותם בתפקיד הראשון לציון (1836-1842) והצטרף לכתביהם בהם הביעו תמיכה בפעילותיהם של הפרושים בכל הנוגע לבניין חצר החורבה, כמו כן פרסמו מכתבי תמיכה בשד"רים ראש"ז ואהרון זליג מן שפעלו במערב אירופה בניגוד לדעתו והסכמתו של ארגון הפקוא"מ. בשנת 1839 שיתפו פעולה עם הפרושים בירושלים בכל הקשור לתמיכה המלאה שהעניקו לתוכניותיו של משה מונטיפיורי לרכוש אדמות חקלאיות עבור יהודי הארץ. ובמכתב משותף של מנהיגי הספרדים והפרושים בירושלים בראשות הרבנים יונה משה נבון, יהודה נבון ויצחק קובו הם כותבים:
"בתת להם אחיזת יד באדמת הקודש אדמת ישראל לחרוש ולזרוע ולקצור ברינה... איש איש לפי מעשיו. יראי ה'... יעמדו על משמרת התורה והעבודה, ויתר העם... יעבדו את אדמת הקודש והארץ תתן להם יבולה... וכולנו כאחד מקבלים עלינו הדבר הזה... מצפים ומיחלים לישועת ה' ... לאמור מתי יתחיל אתחלתא דגאולה..."
בשנת 1840 מופיע חתום לצד ראשי העדה הספרדית (המילת), בכתב בו הצהירו אף הם כי ר' שלמה זלמן צורף הוא אשר מיופה כוח היישוב היהודי לעמוד כנציגם בפני הקונסוליות המערביות בעת הייתה מחלוקת בדבר המינוי שכפה ארגון הפקידים ואמרכלים.
ב-1848 נפטר הראשון לציון הרב חיים אברהם גאגין, באותה עת נתחלקה העדה הספרדית בין סיעת בני משפחת נבון לסיעת גאגין ואף הייתה יריבות ביו הסיעות. עם פטירתו של הרב גאגין נתמנה לתפקיד הראשון לציון וחכם באשי הרב יצחק קובו. באותה עת טרם התאושש היישוב מהרעב שפקד אותו בשנת 1846 וסכומי חובותיו גדלו, בנוסף לקיומם של חובות עוד מתקופת מפעלי הבנייה של העדה בשנים 1834-1842. כמו כן עמד להיסגר בית החולים שהוקם על ידי העדה והחסידים בשנת 1844.
בשנת 1849 אישר בית המשפט המוסלמי בירושלים תפקיד חדש של משרת עוזר הרב הראשי, בשל "ריבוי ענייני העדה של ירושלים", אושר למנות למשרה זו את הרב בנימין מרדכי נבון ולמעשה הועברו לידיו הסמכויות המנהליות. הרב קובו שנפגע מהמהלך של מינוי סגן שקל אף לעזוב את ירושלים אך לבסוף ויתר. הרב בנימין מרדכי נבון נפטר ב-1851.
בתקופת כהונתו הוחלפו כל נאמני סיעת גאגין הן מהפקידות והן בקרב הרבנים והדיינים.
מדיניותו של הראשון לציון הקודם הרב גאגין התאפיינה בשמרנות והססנות שחששה מפני כל שינוי והכנסת חידושים באורחות חייו של היישוב, שינויים שרבים מהם באו במסגרת מוסדות מיסיונריים חדשים, לעומתם אנשי משפחת נבון והרב יצחק קובו החליטו להשתלב בתהליכים החדשים בעולם ולמעשה הם אלה אשר חוללו את המפנה ביחסה של עדת הספרדים אל נושא המודרניזציה והיצרנות ביישוב בארץ.
רק לאחר עלייתו של הרב קובו למשרת הראשון לציון החליטה ההנהגה הספרדית לאמץ את הצעותיו הישנות של מונטיפיורי לשיפור חיי היהודים בירושלים באמצעות הקמת מוסדות חינוך מודרניים בתי מלאכה ובית חולים.
80 מראשי ההנהגה הספרדית פנו אל מונטיפיורי בכתב בקשה להקים מוסדות לימוד כשרים וזאת כדי לענות על הצורך הקיים והחשש כי מבני הקהילה ייפנו ללא אלטרנטיבה למוסדות של המסיון. כך למעשה החלו לפעול בכמה אפיקים חדשים: לימוד מקצועות במסגרת בתי מלאכה, הקמת בית חולים והקמת מוסדות לימוד יהודיים בהם ילמדו שפות זרות כך יתנו מענה לצרכים מבלי לפגוע במסורת. ביוזמות אלה גם תמכו הפרושים ויוצאי גרמניה כר' אליעזר ברגמן ויהוסף שוורץ. לשם כך הסמיכו את מונטיפיורי ומינוהו ל"נשיא ארץ ישראל" ולאחראי על איסוף כספים עבורם באנגליה וביבשת אמריקה. והאיצו בו להירתם לעזרתם בחלון זמן זה בו ההנהגה אינה מתנגדת ליוזמותיו.
עם זאת קמה התנגדות למהלכים אלה מצד קבוצה של רבנים יוצאי פולין שאף שלחו מכתב התנגדות למונטיפיורי.
כמו כן קבוצה נוספת של יוצאי פולין שלחה מכתב בקשה בו תמכו ביוזמות ליצירת מקומות תעסוקה ומלאכה וכן הקמת בית חולים אך התנגדו לכל שינוי במוסדות החינוך מפני החשש מהשפעת ההשכלה והמודרנה. אותם רבנים אשכנזים פנו גם לפקוא"ם שיעזור להם להפעיל לחץ ולערב את רבני גרמניה לטובתם. אי ההסכמה והלחצים נגד יוזמות אלה גרמו למונטיפיורי להימנע מלהתערב ולקדם אותן באותן השנים.
מורגשטרן גם כותב שבתקופת הנהגתו של הרב קובו נפתרה אחת הבעיות החברתיות הכאובות ביותר שידעה העיר במאה ה-19 בנוגע למערכת היחסים העכורה ששררה בין העדה הספרדית לבין העדה המערבית-מוגרבית בירושלים.