ג'ון אדייר
סכסוך עם אנדרו ג'קסון

בדו"ח הצבאי הרשמי שהגיש אנדרו ג'קסון לממונה עליו, הוא האשים את המיליציה של קנטקי בקריסת קו ההגנה של הגדה המערבית. חיילי המיליציה הרגישו כי ג'קסון גורע מאיכותם, שלא בצדק, שכן בזכות סיועו של אדייר בקו ההגנה המזרחי, הכוחות האמריקנים הצליחו להדוף את מתקפות הבריטים. אנשיו של דייווידס טענו כי הדו"ח מבוסס על טענות חסרות שחר, ואף עודדו את אדייר לצאת למאבק משפטי נגדו. בית המשפט התכנס לדון בדבר בפברואר 1815. ויליאם קרול, מייג'ור גנרל מטנסי שלחם במלחמה, תפקד כשופט. לאחר גידופים הדדיים שהוטחו זה בזה, בית המשפט קבע כי:
נסיגת המיליציה של קנטקי, בהתחשב למחסור בכלי נשק שפקד אותם ובתמיכה ארטילרית זעירה, ניתנת למחילה. הקמת קו ההגנה בגדה המערבית הייתה מהלך יוצא דופן ופגום. חיילי המיליציה של לואיזיאנה, שנתמכו על ידי שלושה כלי ארטילריה והיו חמושים היטב, הוצבו על קטע באורך 180 מטרים; בעוד שהחיילים מקנטקי, שהיו חסרי כלי חימוש והגנה ארטלירית, הוצבו בקטע שאורכו 270 מטרים. מפקד המבצע צריך לשאת בעול, ולא החיילים הזוטרים
ב-10 בפברואר 1816 קיבל אדייר ציון לשבח מטעם האספה הכללית של קנטקי על שירותו הצבאי במלחמת 1812 ועל פועלו להגנה על איכותם של חיילי המדינה. ג'קסון קיבל את החלטת בית המשפט, על-אף שהיא נראתה בעיני תושבי קנטקי - ביניהם אדייר - כמזערית ביחס לזלזול שהפגין, שכן היא לא ביטלה את הדו"ח שלו. במכתב שהתפרסם מאוחר יותר בעיתונות ביקש אדייר מג'קסון להתנצל בפניו, ובפני המיליציה המדינית, על המקרה. הוא מאן להתייחס לבקשתו של אדייר. הפופולריות של הפרשה דעכה עד יוני 1815. ה. פ. הלם, מזכירו הצבאי של ג'ון תומאס, העביר לעיתון הראשי של העיר פרנקפורט את "הערותיו" של תומאס לגידופיו של ג'קסון נגד המיליציה של קנטקי. ב"הערות" כתב כי הפחדנות שהפגינו אנשיו של דייווידס בנסיגתם מקו ההגנה הוצגו בצורה שגויה. הוא אף טען כי הנסיגה הייתה מוצדקת לחלוטים. הלם טען שלאחר פרסום הדברים, שלח לעיתון כמה תיקוני עריכה, שלא הודפסו מעולם.
ג'קסון לא גילה על ההערות עד אשר פורסמו מחדש בינואר 1817, כתגובה לעיתון בבוסטון המבקר את אנשי המיליציה של קנטקי. ג'קסון שלח מכתב לכתב העיתון, וטען כי ה"הערות" שנכתבו על ידי תומאס הן מזויפות. המכתב שנשלח מג'קסון לא פורסם במהדורת העיתון, מחשש שהנושא יותר מדי נפיץ ורגיש. אולם בכל זאת הכתב חקר את המקרה, ופרסם הסבר כיצד "הערותיו" של תומאס יוחסו לג'קסון. עורכי העיתון הציעו לג'קסון פשרה: אם הסרת הכתבה לא תמלא את רצונו, הם יפרסמו את כל ההשגות שיש לו על הנושא. באפריל 1817 פרסם ג'קסון את תגובתו הרשמית למעשה. בנאומו לאומה רמז שאדייר הציג מצג שווא של "הערותיו" של תומאס. הוא טען שוב כי מדובר בזיוף, ואף הוסיף כי ייתכן ומדובר בפעולת תחבולה פוליטית של אדייר. אדייר ראה זאת כניסיון להציף מחדש את המשפט שלו בדבר ארון בר בשנת 1806. כדי להוכיח, לכאורה, שהוא אינו נוטר טינה לאזרחי קנטקי, ג'קסון כתב כי הוא לא דיווח על ההתנהגות ה"נבזית", לטענתו, של המיליציה המדינית בזמן הקרב על קו ההגנה האמריקני בדרום. המכתב שפורסם הפך בן רגע למוקד התעניינות בעיתונות ובכלי התקשורת במדינה, וגרם לאדייר לחדש את ההתכתבות עם ג'קסון, כדי להגן על אנשיו של דייווידס ולהפריך את ההאשמות שהופנו אליו. במאי אותה השנה פרסם את תגובותו, שכללה חזרה על תמיכתו וחיזוק אנשי המיליציה של קנטקי, ודחייה של דבריו של ג'קסון.
ג'קסון בושש בהבאת תימוכין להאשמות שהטיח על אדייר. תגובתו הודפסה לעיתונות ב-3 בספטמבר 1817. היא כללה חישובים רבים המבוססים על מפות ומרחקים מדויקים של נקודות ציון באזור הדרום, כדי לטעון כי אדייר היה רק מחצית ממספר האנשים שעליהם טען כי פיקד בקרב על ניו אורלינס. יתר על כך, ג'קסון טען כי הוא הורה לדיווידס לתור אחר כלי נשק בנשקיית העיר, אף על פי שידע כי אזל המלאי. הוא סיים בהבטחה כי זו תהיה הצהרתו האחרונה בנושא. ב-29 באוקטובר אותה השנה פורסמה תגובתו של אדייר. גם היא, כמו זו של ג'קסון, בוששה להתפרסם כיוון שחיה למסמכים מנשקיית ניו אורלינס, שלטענתו, מעולם לא הגיעו אליו. אל תגובתו צירף התכתבות פרטית בין ג'קסון לעוזרו האישי, בה ישנה הוכחה כי הוא ידע על "הערותיו" של תומאס עוד ב-1815. אדייר טען כי כל כלי הנשק שנלקחו מניו אורלינס הוחזרו לעירייה. הוא הוסיף כי בשביל להגיע לעיר, הוא רכב על סוסו האישי של ג'קסון. יש הטוענים כי לאחר תגובה זו הסלימו היחסים בין השניים, שהזמינו אחד את השני לדו-קרב. אולם אין לטענות אלו ראיות כתובות המבססות אותן.
המתחים בין השניים דעכו במרוצת השנים. בשנת 1828 הגיע אדייר לביתו של ג'קסון, לנחמו על מות אשתו רייצ'ל. במהלך מסעותיו לנשיאות ארצות הברית בשנים 1824, 1828 ו-1832 תמך בו אדייר.