אדוארד אוניל
מושל אלבמה

במסע בחירות מנוהל היטב במשך כמה חודשים, הוכנס שמו של אוניל לעיתונות כמועמד אפשרי בבחירות למשרת מושל אלבמה של 1882. הוא נבחר לתפקיד לאחר שהביס את הרפובליקנים ושם קץ לתקופת השיקום, והמצביעים מצפון המדינה עמדו על כך שהגיע הזמן שהמושל יגיע שוב מקרבם. חלקו של אוניל במלחמה משך תשומת לב, ובוועידת המפלגה הדמוקרטית שהתקיימה ביוני הוא זכה במועמדות המפלגה ובבחירות הכלליות ניצח בקלות.
האירוע היחידי שמשך תשומת לב ברמה הלאומית במהלך תקופת כהונתו של אוניל כמושל היה קשור לאייזק "אייק הישר" הארווי וינסנט, שב-1882 נבחר באופן חסר תקדים בפעם השלישית למשרת גזבר המדינה של אלבמה. בסוף ינואר 1883 קיבל וינסנט הודעה מאחד מפקידיו שמשרד מבקר המדינה של אלבמה יתחיל במהלכי ביקורת של משרדו ביום המחרת. באותו לילה יצא וינסנט ברכבת הראשונה אל מחוץ לעיר, לאחר שגנב 200,000 דולר מכספי המדינה. בתחילה לא הבין אוניל שיציאתו של וינסנט הייתה למעשה צעד הימלטות, אך כאשר נודע לו על יתרת משיכת יתר של 8,000 דולר בחשבון הבנק של המדינה, הוא שכר את שירותי משרד החקירות פינקרטון כדי לאתר את וינסנט. אף על פי שהמשרד כשל במשימתו למרות שעקבותיו נתגלו במקומות שונים מקנדה ועד מקסיקו, כמה שנים לאחר מכן הוא התגלה בטקסס ושב לאלבמה כדי לעמוד למשפט, שבו הוא הורשע במעילה. אוניל פתח בהליכים משפטיים כדי להשיב את הכספים האבודים, אך בשל רישומים שנוהלו באופן בלתי תקין או שאבדו, עלה בידה של המדינה לאתר רק חלק קטן מהכספים.
במהלך הפרשה נחשפו אי-סדרים נוספים במחלקות ממשל אחרות, שהובילו את בית המחוקקים של אלבמה להקים את משרד מבקר החשבונות. מבקר החשבונות הראשון של אלבמה, ג'יימס ו. לפסלי, גילה ותיקן מספר רב של שגיאות וחסך למדינה אלפי דולרים. אוניל המליץ שתידרש המצאת ערבות לכל גזברי המדינה בעתיד, אך המדינה לא אכפה כלל זה עד 1898.
תקופת כהונתו הראשונה של אוניל כמושל עמדה בסימן עלייה קלה בהוצאות והשימוש בכוחות המזוינים של אלבמה כדי לדכא אי-שקט תעשייתי בערים אופליקה וברמינגהאם, צעדים שגרמו להטחת ביקורת כלפיו. אף על פי שחוגי המפלגה בדרום אלבמה תמכו בג'ון מקלרוי, זכה אוניל במועמדות המפלגה בכהונה שנייה. על אף הביקורת כלפיו על רקע פרשת וינסנט, ניצח אוניל בקלות בבחירות הכלליות לתקופת כהונה שנייה ב-1884. המפלגה הרפובליקנית לא העמידה מועמד בבחירות ואוניל היה המועמד היחיד. בכמה ממחוזות המדינה, הורתה המפלגה הרפובליקנית לחבריה האפרו-אמריקאים שלא להצביע כלל.
אוניל גילה עניין רב בחינוך, אך באותה מידה הוא היה נחוש בדעתו להגביל את ההוצאה התקציבית של המדינה. במהלך שתי תקופות כהונתו, הרחיב הקולג' החקלאי והטכני (כיום אוניברסיטת אובורן) את מחלקותיו, ומוסדות ההכשרה למורים לבנים נפתחו בג'קסונוויל ובליווינגסטון. מספרם של בתי הספר היסודים והתיכוניים גדל, ולדבריו של אוניל, יותר ויותר מילדי אלבמה זכו לחינוך בהשוואה לכל תקופה מאז הקמתה של מערכת החינוך הציבורית. ועדיין, ב-1883 סך כל תקציב החינוך של אלבמה עמד על 130,000 דולר, וההוצאה על חינוך לתלמיד נותר אחת הנמוכות ביותר מבין כל מדינות ארצות הברית.
לאחר שקיבל דיווחים על שיעורי תמותה גבוהים במכרות של אסירים מבתי הכלא המדינתיים והמחוזיים שהועסקו בהם, הורה אוניל על עריכת ביקורות בריאות ב-1883. האסירים חיו בתנאים מחייה לא סניטריים, שגרמו לתפוצת מחלות, טופלו באכזריות ודרישות העבודה מהם היו בלתי הגיוניות, והמזון שסופק להם היה בלתי מספיק. היקף הביקורות הורחב, אך על החקיקה שקודמה על ידי חבר בית המחוקקים המדינתי, ג'ון הוליס בנקהד, נדרש שכל האסירים יועברו להעסקה בשלוש חברות כריה ודוחות הביקורת היו אופציונליים. כך למעשה תנאי האסירים הוחמרו.
ממשלו של אוניל גילה אהדה כלפי המגזר החקלאי, והוא הקים את מחלקת החקלאות של אלבמה, כשראש המחלקה הראשון היה השופט אדוארד סי. בטס. כדי לשפר את המצב באזורי הכפר, ניסתה המדינה להשיג שליטה על הקדחת הצהובה והנהיגה לימודים בתחומי בריאות הציבור בבתי הספר הכפריים.
במהלך החלק האחרון של תקופת כהונתו, עסק אוניל בבעיה של שליטת המדינה בממשל המקומי. הוא ציין את העובדה שהחקיקה בתחום זה גזלה זמן רב מסדר היום של המחוקקים עד שהם הזניחו את הטיפול בסוגיות כלל-מדינתיות. בנוסף, רבים מהחוקים המקומיים הועברו ללא שיקול דעת מעמיק, ואוניל טען שזה "אפשרי שאין שני אזורים במדינה שחיים על פי אותם חוקים". בית המחוקקים לא פעל על פי בקשותיו, והבעיה של שליטת המדינה בממשל המקומי החמירה בהמשך.
אוניל כיהן כמושל בתקופה בה במסגרת האידאולוגיה הפוליטית השלטת הובעה התנגדות למנהלים בכירים בעלי עוצמה, והוא לא היה מושל חדשני וגם לא מושל שנוי במחלוקת. המפלגה הדמוקרטית, וככל הנראה גם הציבור הכללי, שאפו שבראשם יעמדו מנהיגים מהסדר הישן ושהסטטוס קוו יישמר. אוניל התאים לדרישה זו. תקופת כהונתו כמושל ייצגה את תקופת המעבר בין הדומיננטיות של סיעת הבורבונים במפלגה אל התהפוכות החברתיות והפוליטיות של ראשית שנות ה-90 של המאה ה-19.