צבי הנינג'ה (סרט, 2007)
עלילה

לפני 3,000 שנה, מצביא בשם יאוטי נכנס דרך שער לתוך יקום מקביל, והופך להיות בן אלמוות, אבל ארבעת הגנרלים שלו נהפכו לאבן. הפורטל גם משחרר 13 מפלצות עם חיי אלמוות שהורסות את צבאו ואת צבא אויביו.
בהווה, צבי הנינג'ה גדלו בנפרד. לאחר שהביס את שרדר, מאסטר ספלינטר שלח את לאונרדו למרכז אמריקה לאימון מיוחד, שבו הוא מגן על הכפר מפני שודדים. דונטלו עובד כמהנדס טכנולוגיית מידע מומחה, מיכלאנג'לו עובד כבדרן במסיבות יום הולדת בניו יורק בשם "קוואבנגה קארל", רפאל עובד בלילה כגיבור על ושומר סדר בשם "שומר הלילה" שלוקח את החוק לידיים. אפריל אוניל מפעילה חברה שמאתרת ורוכשת שרידי אמנות עתיקה בעבור אספנים, בסיוע של בן הזוג שלה, קייסי ג'ונס.
אפריל נוסעת למרכז אמריקה כחלק מעבודתה, ומוצאת שם את לאונרדו, ומיידעת אותו שאחיו הצבים התפזרו. אפריל חוזרת לעיר ניו יורק עם פסל עבור הטייקון, מקס וינטרס. לאונרדו גם חוזר, אפריל וקייסי מספקים את הפסל לווינטרס. וינטרס שוכר את קראי (בתו של שרדר) ואת שבט הרגל כדי לחפש את 13 המפלצות שמטילות אימה על העיר לפני שהשער לפורטל ממנו יצאו ייפתח שוב. רפאל נפגש עם קייסי, שחושף כי הוא יודע על "זהותו הכפולה" של רפאל, ומצטרף אליו בציד פושעים.
וינטרס, הוא למעשה יאוטי, והוא עדיין בן אלמוות, מחייה את הגנרלים שלו שנהפכו לפסלי אבן. לאונרדו חוזר אל המאורה שבביוב, ופוגש בספלינטר. ספלינטר אוסר על הצבים להילחם עד שהם יוכלו לפעול כצוות שוב. בזמן אימון, הצבים נתקלים במפלצת מ-13 המפלצות האגדיות, ביגפוט, שנלחם בשבט הרגל. הצבים נלחמים בביגפוט, כנגד הפקודות של לאונרדו ושל מאסטר ספלינטר. כאשר רפאל מבקר את קייסי, הם נתקלים בערפד "סוקובור", אחת המפלצות, ועדים ללכידתו בידי הגנרלים עשויי האבן ושבט הרגל, שמצליחים לזהות אותם ממקום מסתורם. רפאל מובס ומאבד הכרה. קייסי לוקח את רפאל בחזרה לדירה שלו ושל אפריל בזמן שאפריל מתקשרת אל הצבים לעזרה, וחושפת את זהותם של יאוטי ושל הגנרלים שלו. לאחר שהתאושש, רפאל מציע להם לרדוף אחרי יאוטי, אבל לאונרדו אוסר עליו ללכת עד שספלינטר ייתן את הפקודה. רפאל שלא מסוגל להישאר בחוסר מעש, מחליט להסתכן ויוצא לחקור לבד.
לאונרדו, דונטלו, מיכאלאנג'לו מתכננים את המהלך הבא, בעוד דונטלו מגלה שהשער לפורטל האגדי יפתח שוב על הגג של מגדל העסקים של וינטרס. ספלינטר אומר ללאונרדו שהצוות שלו לא שלם, וכי הוא יודע מה הוא צריך לעשות. אחרי ש-11 מפלצות כבר נתפסו, גנרל אגילה שואל את יאוטי לגבי פעולותיו. הגנרלים קושרים לבגוד ביאוטי, כי הם רוצים להישאר בני אלמוות. רפאל נתקל ב"שד מניו ג'רזי", אחת מהמפלצות שנותרו חופשיות, אבל הוא לא מצליח להכניע אותו. לאונרדו נלחם ברפאל, ששובר את החרבות של לאונרדו ומביס אותו בתום קרב צמוד על הנהגת האחים, אך רפאל לא עומד בתחושות השליליות שחש מהניצחון על אחיו הבכור ונאלץ לעזוב.
הגנרלים מצליחים לתפוס את לאונרדו המעולף, מתוך כוונה להחליף אותו בעבור המפלצת ה-13, ורפאל החליט לכפר על ידי הצלת לאונרדו. כשהשער נפתח, יאוטי מגלה את הבגידה של הגנרלים, בזמן שספלינטר והצבים, שמלווים בקייסי ובאפריל, מפלסים בקרב מול שבט הרגל את דרכם לראש המגדל. יאוטי מגלה את האמת לגיבורים: הוא רוצה להיות חופשי מהקללה של חיי האלמוות. הגנרלים מגלים כי הם רוצים לשמר את חיי הנצח שלהם, וגם להשתמש בפורטל להביא יותר מפלצות לכיבוש העולם.
לאחר שסירבו לבגוד ביאוטי בתמורה לשרת את הגנרלים, אפריל, קייסי ושבט הרגל יוצאים לעבוד יחד, לחפש את המפלצת האחרונה, מפלצת הים, בעוד הצבים נלחמים בגנרלים. ספלינטר ויאוטי מצליחים להדוף מפלצות רבות היוצאות מתוך הפורטל. אפריל וקייסי וקראי מגיעים למגדל עם מפלצת הים. מפלצת הים מתרסקת על הגנרלים, וגוררת אותם לתוך השער לפני שהוא נסגר. קראי מזהירה אותם ליהנות מן הניצחון שלהם כל עוד הוא נמשך, בטענה שהם בקרוב ילחמו עם פרצופים מהעבר שלהם, מה שגורם לצבים לחשוד שהיא מתכוונת לשרדר. היא וכל שאר שבט הרגל עוזבים את זירת הקרב. יאוטי, שעכשיו חזר להיות אנושי, מכבד את הצבים וספלינטר, ומודה להם על הגשמת משאלתו לפני שגופו מתפורר. ספלינטר ממקם את הקסדה של יאוטי בין הגביעים שלו, כמו גם את קסדתו של רפאל מחליפת "שומר הלילה" וגם את המסיכה של מיכלאנג'לו מחליפת "קוואבנגה קארל".
הצבים חוזרים לתפקידם כשומרים המסתוריים של העיר ניו-יורק, רפאל אומר כי הצבים תמיד יהיו אחים. והוא מסיים את הסרט עם המשפט המוכר: "הו, אני אוהב להיות צב."