הפינגווינים ממדגסקר (סרט)
עלילת הסרט

סצנת הפתיחה של הסרט מתרחשת באנטארקטיקה, שם שלושה פינגווינים צעירים - סקיפר, קובלסקי וריקו - מצילים ביצת פינגווין מידיהם של כלבי ים רעבים, ולאחר שהפינגווינים והביצה נתקעים על קרחון המרוחק מהיבשת, מהביצה בוקע פינגווין - פרייבט. יחד, ארבעת הפינגווינים מכריזים על עצמם כמשפחה ומבטיחים כי בעתיד הם ייסחפו להרפתקאות שאף פינגווין מעולם לא חווה.
עלילת הסרט מוצגת כהמשך ישיר לאירועי הסרט מדגסקר 3: מקרקסים את אירופה ומתרחשת בדיוק 10 שנים לאחר אירועי סצנת הפתיחה. הפינגווינים יוצאים מהקרקס לחגוג לפרייבט את יום הולדתו העשירי ולפרוץ לפורט נוקס, אחד מבנייני הכספת השמורים בעולם ונכנסים לחדר שבו מאוחסנות כמויות עצומות של זהב, אך הם מתקדמים לעבר מכונת החטיפים הנמצאת בקצה החדר כדי להשיג לפרייבט את חטיף הגבינה האהוב עליו שכבר לא מיוצר. למרות זאת, פרייבט מרגיש שלעומת סקיפר, מנהיג הקבוצה, קובלסקי, המוח של הקבוצה וריקו, אחראי הנשק של הקבוצה, הוא לא מוערך מספיק בקבוצה ונחשב רק לפנים החמודות של הקבוצה.
לפתע, מכונת החטיפים שבכספת מתגלה כתכסיס אשר שימש לחטיפת הפינגווינים ולהטסתם לבסיס הממוקם בתוך צוללת הנמצאת בוונציה. הפינגווינים מגלים כי מאחורי החטיפה עומד תמנון מרושע בשם דייב, המתחזה לדוקטור תמנוניוס מי-מלח (בגרסה המקורית אוקטביוס בראון), ומסתבר כי הוא מכיר את הפינגווינים מעברו. דייב מספר לפינגווינים כי בעבר גר בגן החיות שבסנטרל פארק ונחשב לאטרקציה המרכזית שלו, עד שהפינגווינים תפסו את מקומו והוא נשלח לגני חיות אחרים ברחבי העולם, אך בכל פעם מחדש נאלץ לעזוב לאחר שפינגווינים גונבים לו את ההצגה, ולכן הוא מעוניין לנקום בכל הפינגווינים אשר הרסו את חייו. לאחר שריקו בולע את אוסף כדורי השלג של דייב ומכל בו נמצא נוזל ירוק, הפינגווינים מצליחים לברוח מהצוללת, אך דייב שולח אחריהם את עוזריו התמנונים. בתום מרדף בתעלות וברחובות ונציה, התמנונים מצליחים לדחוק את הפינגווינים לפינה, אך הפינגווינים ניצלים ברגע האחרון על ידי אגודת רוח הצפון - יחידת עילית סמויה אשר הוקמה כדי לעזור לחיות שאינן יכולות לעזור לעצמן, ובה חברים - אחד ששמו אינו ידוע (מסווג) אך סקיפר העניק לו את הכינוי מסווג בכל מקרה (זאב, מנהיג החבורה), פתיל קצר (כלב ים, מומחה לחומרי נפץ), אווה (ינשופת שלג, המודיעין של החבורה) ורב-טוראי (דוב קוטב בעל חיבה גדולה לפינגוינים).
הפינגווינים מוטסים לבסיס אגודת רוח הצפון, אשר ממוקם בתוך קרחון, ומגלים כי חברי האגודה מחפשים את דייב כבר זמן רב. מתברר כי הנוזל הירוק המכונה "סרום המדוזה" מצוי בידי דייב בכמות עצומה. בנוסף מתגלה כי דייב החל לחטוף פינגווינים מגני חיות ברחבי העולם. חברי אגודת רוח הצפון מאמינים כי הפינגווינים לא יוכלו לעזור להם במשימתם לתפוס את דייב, ומנסים להיפטר מהם על ידי הרדמתם והעלאתם לטיסה למדגסקר.
הפינגווינים מתעוררים בזמן הטיסה, ומחליטים לקפוץ מהמטוס במטרה להציל את הפינגווינים החטופים בעצמם. הפינגווינים עושים את דרכם לשאנגחאי, אך חושבים בטעות כי הגיעו לדבלין שבאירלנד, ושם הם מגלים כי דייב כבר הצליח לחטוף פינגווינים נוספים מגני חיות של ערים רבות ברחבי העולם, ביניהן פריז, אמסטרדם וריו דה ז'ניירו. בנוסף, הפינגווינים מגלים כי כל כדור שלג באוסף של דייב, שריקו בלע, מייצג עיר אליה דייב מתכנן להגיע כדי לחטוף ממנה פינגווינים, וכי היעד הבא שלו הוא שנגחאי. בינתיים, באטרקציית "עולם המים" של שנגחאי מתרחש מופע ימי מיוחד המבוצע על ידי חבורת פינגוויניות. דייב, מגיע מחופש לאמודאי במטרה לחטוף את הפינגוויניות. בזמן שפרייבט נשלח לבצע פעולת הסחה ומצטרף בטעות לחבורת הפינגוויניות במופע, הפינגווינים תופסים את דייב, אך הוא מצליח לברוח ולחטוף את הפינגוויניות שבאקווריום, כולל את פרייבט. שלושת הפינגווינים הנותרים מנסים להתחרות באגודת רוח הצפון במטרה להציל את פרייבט, אך הם משמידים בשוגג את המטוס היקר של אגודת רוח הצפון ודייב מצליח לחמוק. הפינגווינים ואגודת רוח הצפון מגלים כי דייב חטף את פרייבט ואת שאר הפינגווינים לאי בודד, בו דייב מתכנן להשתמש בסרום המדוזה כדי להפוך את כל הפינגווינים שחטף למפלצות, כדי שירגישו איך זה להיות שנואים ולא פופולריים, כפי שדייב מרגיש.
הפינגווינים ואגודת רוח הצפון מגיעים לאי, וסקיפר ומסווג רבים ביניהם מי מהם ינהיג את תוכנית ההצלה של הפינגווינים החטופים. סקיפר מבין כי הוא לא יכול להנהיג את שני הצוותים ונותן למסווג את ההזדמנות לעשות זאת. אגודת רוח הצפון מתקיפים את הצוללת של דייב בעוד הפינגווינים משמשים כפעולת הסחה לשומרים של דייב. כל אחד מהצוותים נכשל ומבין כי הצוות השני נכשל גם הוא, וכי כעת כולם כלואים בצוללת של דייב. דייב מתכנן להדגים בפניהם את עוצמת הסרום בכך שיירה אותו מקרן לייזר ענקית על פרייבט, שמצליח לברוח באופן מפתיע. בזמן שפרייבט מציל את חברי אגודת רוח הצפון, דייב, שמאמין כי עוצמת הירי של הקרן הרגה את פרייבט מרכז את כל הפינגווינים הכלואים (וביניהם גם סקיפר, קובלסקי וריקו) במקום אחד ומנווט את הצוללת לכיוון העיר ניו יורק. פרייבט, שמתכנן להציל את הפינגווינים, המום לגלות כי חברי אגודת רוח הצפון החליטו לשוב לבסיס שלהם כדי להצטייד לפני שיתמודדו בשנית מול דייב, ומחליט להציל את כולם לבדו.
דייב, שכעת מחופש לדוקטור תמנוניוס מי-מלח, גורם לכולם להאמין כי הוא מצא את כל הפינגווינים החטופים ומתכנן להחזירם לניו יורק, אך הוא למעשה יורה על כולם את הסרום והופך אותם לפינגווינים מוטנטיים ומפחידים, ולאחר מכן משחרר אותם כדי להבעית את אנשי העיר ולגרום להם להזמין מדבירים שמגיעים ומתחילים ללכוד את הפינגווינים. פרייבט מצליח לחמוק מהצוללת ומבין כי איחר את המועד, אך הוא מצליח למצוא את חבריו ולגרום להם לשנות את התנהגותם בכך שהוא גורם להם להתחבר לזיכרון הרגשי שלהם. הפינגווינים מבינים שכדי להחזיר את כל הפינגווינים למצבם הרגיל, הם יצטרכו למצוא משהו חמוד ביותר שיהפוך את השפעת הקרן. פרייבט מנדב את עצמו למשימה, תוך כדי שהוא מוכן לקבל עליו כל תופעה שתיגרם לו כתוצאה מהשפעת הקרן. הפינגווינים מתכננים להפעיל את הקרן באמצעות שלט, אך הם מגלים שנגמרו לו הסוללות ושולחים את ריקו לקנות סוללות. חברי אגודת רוח הצפון חוזרים ומצליחים להרוס את הצוללת של דייב לפני שהם נתפסים על ידי שירותי ההדברה. סקיפר מצליח להפעיל את הקרן ברגע האחרון, ובעזרת אוסף כדורי השלג של דייב הקרן מתפצלת כך שהיא מצליחה לפגוע בכל הפינגווינים ולהחזיר אותם למצבם הרגיל, אך גם לפגוע במראהו החמוד של פרייבט.
לאחר מכן פרייבט מגלה כי הוא גידל קרניים והפך לוורוד, אך הפינגווינים מחליטים לכבד את מראהו החדש. חברי אגודת רוח הצפון מבינים כי הפינגווינים מהווים יחידת עילית ראויה ומחליטים להעניק להם כל מה שהם רוצים. קובלסקי מקבל נשיקה מאווה, בה היה מאוהב עוד מתחילת הסרט, וארבעת הפינגווינים מקבלים תרמילי ריחוף, אשר בעזרתם הם עפים מעל שמי העיר אל עבר ההרפתקה הבאה שלהם.
בסצנה המופיעה במהלך כותרות הסיום, מתגלה כי הפינגווינים השתמשו במורט כמקור חמידות כדי להחזיר לפרייבט את מראהו הרגיל. לכאורה נראה כי מורט לא הושפע מהקרן, עד שהתגלה כי הוא מסוגל לבלוע את המלך ג'וליאן בשלמותו.