ההכנות לפיגועי 11 בספטמבר
ההכנות לביצוע

במהלך שנת 2000 גייס בן לאדן בסעודיה את החוטפים האחרים, כולם צעירים בני 20 עד 28, מובטלים ורווקים ברובם. אחדים מהחוטפים סיפרו למשפחותיהם שהם מתעתדים להתנדב למאבק בצ'צ'ניה. בניגוד להערכה הרווחת, בן לאדן לא מימן את פעילות אל-קאעידה מכיסו, מימון הארגון בא מתורמים בארצות המפרץ.
על שלושה מהמטוסים היו חמישה טרוריסטים כל אחד, ועל המטוס הרביעי בטיסה 93 של יונייטד איירליינס, היו ארבעה טרוריסטים, וזו הייתה גם הטיסה היחידה שלא התרסקה כמתוכנן ביעד משמעותי בוושינגטון די. סי., אלא התרסקה בשטח פתוח בשאנקסוויל, פנסילבניה. מכאן עלתה השערה רווחת כי אדם נוסף השתתף בהכנות לפיגוע והיה מיועד להיות בין החוטפים - "החוטף ה-20".
בעוד ההכנות של אל-קאעידה בעיצומן, התקיימה בארצות הברית מערכת הבחירות הצמודה של שנת 2000 בה התמודדו אל גור וג'ורג' בוש. נושא הטרור כמעט שלא עלה לדיון במהלכה. גם לאחריה, בתדרוכים בענייני חוץ שניתנו לנשיא הנבחר בוש ולצוותו, היה הדגש על בעיית קוריאה הצפונית ועל הסכסוך הישראלי-ערבי.
לקראת קיץ 2001 הגיעו לפלורידה החוטפים שגויסו בסעודיה, ומוחמד עטא פעל כדי לאפשר את התאקלמותם המוצלחת. בין עטא לזייד ג'אראח נתגלעו חילוקי דעות. ג'אראח שמר על קשר עם משפחתו, ובלי ידיעת עטא אף הזמין את חברתו מגרמניה לביקור.
לקראת ביצוע המשימה יצא עטא למדריד לפגישה עם בן א-שיבה, שהפך לאיש הקשר עם בן לאדן. עטא סיפר לו שהמטרות המועדפות הן מגדלי התאומים, הפנטגון והקפיטול. הרעיון להתרסק על כור גרעיני נמצא בעייתי, בשל אמצעי הבטיחות הנהוגים בסביבתו האווירית. עטא הוסיף כי בטיסות בדיקה שערכו הם מצאו שסכינים יפניות קלות להחדרה למטוסים.
באותו זמן ניסה זכריאס מוסאווי, גם הוא מחבל שנשלח על ידי אל-קאעידה, ללמוד טיסה. תשוקתו ללמוד טיסה על מטוסים גדולים מבלי שישלים השכלה אלמנטרית בתחום עוררה את חשד מדריכיו והובילה למעצרו בשל חשדות בענייני הגירה. במהלך משפטו, מוסאווי אמר שהתכוון לחטוף ולרסק מטוס חמישי לתוך הבית הלבן בוושינגטון.
ניסיון להביא לארצות הברית טייס נוסף נכשל, בשל חשדן של רשויות ההגירה שהאיש מתכוון להשתקע בארצות הברית. הוחלט להשתמש בארבעת הטייסים הזמינים לאל-קאעידה כדי לפגוע במגדלי התאומים, בפנטגון ובבית הלבן. במקרה שהבית הלבן יתברר כיעד קשה מדי, ייבחר הקפיטול במקומו. בכוונה נדחה מועד הפיגועים לאחר תחילת ספטמבר, זמן שבו הקונגרס של ארצות הברית מחדש את דיוניו.
בסוף אוגוסט החל עטא בקניית 19 כרטיסי הטיסה לתאריך 11 בספטמבר דרך האינטרנט. תאריך זה נבחר אף שבן לאדן, בלהיטותו לראות את הפיגועים מבוצעים, היה מוכן להקדים אותו ואף להתפשר על ממדי ההרג.
מוחמד עומאר, מנהיג הטליבאן, לא התלהב מהפעולה בארצות הברית, הן מסיבות אידאולוגיות - פגיעה בארצות הברית נראתה לו חשובה פחות מפגיעה ישירה ביהודים, והן מסיבות פרגמטיות - פגיעה באמריקנים עלולה הייתה לסכן את שלטונו באפגניסטן (בפועל, היא אכן הביאה לקצו). אל עומאר הצטרפו אחרים בהנהגת אל-קאעידה, אך התלהבותו של בן לאדן הכריעה את הכף. עומאר, שהיה תלוי בעזרתו של בן לאדן במאבק נגד הברית הצפונית, ארגון האופוזיציה ששלט על חלקים קטנים מאפגניסטן, נרתע מהתנגדות החלטית.
בימים האחרונים לפני הפיגועים ערך מוחמד עטא סבב טיסות במטרה לפגוש את צוותי המתאבדים ולהכינם. על מנת להגדיל את הנזק שיגרם, טיסות הפנים שעליהן היו המתאבדים אמורים לעלות היו מחוף אל חוף, כך שמכלי המטוסים היו מלאים בטונות רבים של דלק סילון. הדבר גרם לשרפות ענק לאחר הפגיעות. כך לדוגמה, בניני התאומים קרסו עקב השריפה ולא בעקבות הפגיעה עצמה.
בבוקר 11 בספטמבר 2001 יצאו הפיגועים אל הפועל. ארבעה מטוסים נחטפו כמעט בו זמנית. שניים מהם פגעו בזה אחר זה במגדלי התאומים של מרכז הסחר העולמי, מטוס שלישי פגע באחד מאגפי הפנטגון, ומטוס רביעי התרסק בשטח פתוח בפנסילבניה לאחר שהחטופים נאבקו במחבלים. כ-3,000 איש נהרגו בסדרת פיגועי הטרור הגדולה בהיסטוריה.