אקס-מן: האל אוהב, האדם הורג
עלילה

שני צעירים מוטאנטים נמלטים מקבוצת שונאי מוטאנטים פנאטית בשם "המטהרים". הקבוצה רודפת אחרי שני הילדים למגרש משחקים, שם חבריה יורים בהם למוות ומותירים אותם קשורים לנדנדה בצירוף שלט עליו רשום "מוטציות". גופותיהם מתגלות בידי מגנטו, אויבם הוותיק של האקס־מן, שנשבע לגרום לאלה אשר הרגו אותם לשלם על פשעיהם.
בעיר ניו יורק, מנהיג המטהרים – הכומר ויליאם סטרייקר – מסיים לקרוא פסוק מהתנ"ך ומקבל שיחה מסוכני השטח שלו. הם מגלים לו את ממצאיהם אודות קבוצת מוטאנטים שידועה בשם אקס־מן, על חברי הקבוצה, כוחותיהם, ומקום משכנם הסודי – בית הספר לילדים מחוננים ע"ש אקסבייר. כאשר עוזרו נכנס לחדר כדי להכין אותו לשידור חדשות, סטרייקר רומז כי הוא ישמיד את האקס־מן.
בבית ספר לריקודים של סטפני "סטיבי" האנטר במרכז סיילם, קיטי פרייד מעורבת בקטטה עם תלמיד בשל הערותיו נגד המוטאנטים. הקטטה מובילה אותם לרחוב, ופיטר ואחותו איליאנה מנסים להפריד בין הכוחות. כשסטיבי יוצאת החוצה כדי לברר את פשר העניין, חברה של קיטי לספסל הלימודים אומר לה שהיא התקיפה אותו לאחר שאמר שהוא והוריו משתייכים למסע הצלב של סטרייקר נגד המוטאנטים, הטיח בה הערות פוגעניות וקרא לה אוהבת מוטציות. סטיבי משלחת את הנער משם ומרגיעה את קיטי. היא שואלת אותה האם הייתה מתעצבנת אם היו קוראים לה "אוהבת שחורים", היות שסטיבי היא אפרו-אמריקנית. קיטי עוזבת בסערה לאחוזת אקסבייר, כשפיטר ואיליאנה מלווים אותה בביטחה. סטיבי אינה מודעת לכך שחברי "המטהרים" צפו בכל המתרחש ושקלו להרגה, אך נמנעו מכך בשל העובדה שהיא אנושית.
בחזרה באחוזה, קיטי אומרת ללוגאן שהיא לא הייתה מעוניינת להשתתף בקטטה משום שהיה מדובר בילד מבני כיתתה ולא בנבל־על או במוטאנט. חברי הקבוצה מתיישבים לצפות בעימות טלוויזיוני בין צ'ארלס אקסבייר לוויליאם סטרייקר על הסכנה שבהתערות המוטאנטים בחברה האנושית. בשעה שאקסבייר מציין שהמוטאנטים הם בסך הכל השלב הבא באבולוציה האנושית, סטרייקר מציין את אמונתו כי המוטאנטים הם תועבה בעיני האל ויש לחסלם. בסיום השידור, קיטי וחברי האקס־מן זועמים על דבריו של סטרייקר ומחליטים לשחרר קיטור באימונים.
בתחנת הטלוויזיה, עוזרת של סטרייקר בשם אן מזהה את מלוויו של אקסבייר סקוט סאמרס ואורורו מונרו כסייקלופס וסטורם. כאשר אקסבייר עושה את דרכו חזרה לאחוזה, חבורת "המטהרים" אורבת להם בסנטרל פארק, יורה בשלושתם חיצי הרדמה ומפוצצים את הרכב בו נסעו. המשטרה מודיעה לתלמידיו של אקסבייר כי השלושה נהרגו. בהמשך, קיטי ואיליאנה מגלות סורקים המכוונים כלפי האחוזה. קיטי מקצרת את הסורקים באמצעות כוחותיה, והשתיים ממתינות בסתר כדי לגלות מי הציב אותם. בינתיים בעיר, וולברין, קולוסוס ונייטקרולר חוקרים את מקום התאונה ומגלים כי שניים צופים בהם בחשאי. וולברין, קולוסוס ונייטקרולר נלחמים בהם עד אשר מגנטו מופיע ומנטרל אותם מנשקם.
קיטי ואיליאנה צופות כאשר כמה מחברי "המטהרים" מגיעים כדי לתקן את המכשיר שניזוק. אן מזהה את איליאנה לפני שקיטי מצליחה להתגנב לכיוונם, ויורה בה חץ הרדמה. הם לוקחים אותה כבת ערובה, וכשקיטי מנסה לחלץ את חברתה מתא המטען, אן מגלה זאת וממלאה את תא המטען בגז מרדים. מגנטו וחברי האקס־מן לוכדים את אנשיו של סטרייקר ומביאים אותם לאחוזה, שם מגנטו משתמש בכוחותיו המגנטיים כדי לענות אותם ולגלות שסטרייקר מתכוון להשתמש באקסבייר כדי למחות את גזע המוטאנטים מעל פני האדמה.
במפקדתו של סטרייקר, אקסבייר עובר שטיפת מוח כאילו הוא נצלב ומותקף בידי חברי האקס־מן השונים, שמענים אותו ומטילים מום בגופו עד אשר הוא ניצל בידי סטרייקר. שטיפת המוח נועדה לכופף את רצונו של אקסבייר ולגרום לו להצטרף למטרתו של סטרייקר. בכך סטרייקר מקווה להשתמש בכוחותיו של אקסבייר כדי לקדם את מטרותיו לחיסול גזע המוטאנטים. הוא מסביר לסייקלופס וסטורם הכלואים כי הוא היה בעברו חייל שעבד עבור הצבא על ניסויים גרעיניים. הוא היה נשוי, ואשתו הייתה בהריון עם ילדם הראשון. באמצעה של תאונת דרכים בפיניקס, סטרייקר נאלץ ליילד את אשתו, שנתקפה בצירי לידה. כשהוא גילה שהבן שנולד לו היה מוטאנט, הוא נתקף בחרדה והרג את שניהם. כדי לחפות על מקרי הרצח, הוא הניח את גופותיהם ברכב המשפחתי ההרוס והצית אותו. לאחר הלווייה, סטרייקר החל לשתות לשוכרה ושוחרר מצבא לאחר שהאלכוהוליזם גרם לו להשתלח בחניכיו. עם הזמן, סטרייקר הגיע לשפל המדרגה ומצא נחמה באלוהים. בהאמינו כי המוטאנטים הם תועבה ויצירי כפיו של השטן, הוא החל במסע הצלב שלו נגדם.
סטרייקר אומר לשני חברי האקס־מן הכלואים כי הוא לא מתכוון להרוג אותם עדיין. כשנודע לו דבר לכידתן של קיטי ושל איליאנה, הוא מורה על הריגתה של קיטי, לאימתה הרבה של סטורם. המטהרים מסיעים את הרכב לדרום הברונקס, שם הם שמים שלט "מוטציות" על תא המטען ופותחים באש. כשהם מוודאים הריגה, הם נדהמים לגלות שתא המטען ריק. קיטי מנסה לחפש את דרכה בברונקס, אך נקלעת לחבורת בריונים בסמטה, שרוצים לשדוד אותה ולאנסה. המטהרים מגיעים ודורשים מהם למסור את הנערה אליהם. הבריונים מסרבים ומתפתח קרב יריות. קיטי נמלטת בעזרת כוחותיה לשינוי פזה ומזעיקה את חברי האקס־מן לעזרתה. כשהמטהרים רודפים אחריה, היא משנה פזה ונכנסת לרכבת תחתית שועטת. שוטר מנסה לעזור לה, אך המטהרים רוצחים אותו בדם קר. לפני שהם מצליחים להרוג אותה, מגנטו מגיע והודף את הכדורים בעזרת כוחותיו המגנטיים. הוא גם מסיר את הכדור מחזהו של השוטר, שנלקח לבית החולים.
סטרייקר מורה לאקסבייר שטוף המוח להרוג את סייקלופס וסטורם הכלואים, ומתכונן לעצרת מחאה המונית בכיכר מדיסון. חברי האקס־מן מסתננים למפקדתו של סטרייקר ומצילים את סייקלופס, סטורם ואיליאנה. הם מגלים שסייקלופס וסטורם אינם מתים וכי מוחותיהם פשוט נכבו. או אז, מגנטו משתמש בכוחותיו כדי לעורר אותם, והם לומדים על תוכניתו הזדונית של סטרייקר. בעצרת, סטרייקר מחבר את אקסבייר למכונה שנועדה לגלות מוטאנטים המשתתפים בעצרת, מה שיאפשר לו להרוג אותם באמצעות כוחותיו המנטליים. עם תחילת העצרת, סטרייקר קורא בתקיפות להשמדתם של המוטאנטים, למורת רוחם של שומרי אבטחה וסנאטור אמריקני שנוכח במקום. כשמגנטו ושאר האקס־מן מגיעים למקום, הם מותקפים על ידי המטהרים. כשאפם של כמה מהנוכחים – כולל אן והסנאטור - מתחיל לדמם, אן מפצירה בסטרייקר לעצור את המתקפה, אך הוא משליך אותה בקור רוח מהמרפסת לעיני המצלמות והיא שוברת את מפרקתה.
האקס־מן מגלים את פרופסור אקס ונאלצים לעלפו כדי לעצור אותו. סייקלופס משמיד את מכשיריו של סטרייקר ומאגד את חבורת האקס־מן מתוך כוונה לעצור את סטרייקר ואת ארגונו. הם עולים לעימות הטלוויזיוני הציבורי מול סטרייקר, שמשתמש בחזותו הדמונית של נייטקרולר כהוכחה לטענתו. כשקיטי אומרת שנשמתו של חברה לצוות האקס־מן היא אצילה ביותר, ושהיא מעדיפה את קרבתו מאשר את דרכו של סטרייקר, זה האחרון שולף אקדח ומנסה לירות בה, אך המאבטחים יורים בו. הקהל מתפזר, והאקס־מן – שלא עשו כל רע – מורשים לעזוב.
בחזרה באחוזת אקסבייר, האקס־מן צופים בשידור חדשות בו נאמר כי הדעה הציבורית על סטרייקר ומטרתו נהרסה ברגע שהוא איים על נערה מתבגרת לעיני רבבות צופים בשידור חי. אקסבייר שב למצבו הנורמלי, והחבורה מציעה למגנטו להצטרף אליה. אולם, לנוכח האירועים אשר התרחשו, מגנטו אינו מסכים ועוזב את המקום. אקסבייר מודה לקבוצה על שהצילה את חייו, וסטורם מציינת שרק באמצעות אהבה וקבלה עצמית יוכלו המוטאנטים ובני האדם להתקיים זה לצד זה.