אקס-מן 2
עלילה

נייטקרולר, מוטאנט בעל כוחות טלפורטציה, מנסה להתנקש בחייו של נשיא ארצות הברית בתוך הבית הלבן, אך הוא נכשל ונמלט, לא לפני שהוא משאיר הודעה שכתוב בה "חופש למוטאנטים עכשיו". באגם אלקליי, וולברין לא מוצא זכר לבסיס הצבאי אליו נשלח על ידי אקסבייר, כפי שנראה בסוף הסרט הקודם. הוא חוזר לבית הספר לצעירים מחוננים בזמן שסטורם וג'ין גריי מוצאות את מקום מחבואו של נייטקרולר בעזרתו של אקסבייר והמתקן לאיתור מוטאנטים.
סייקלופס וצ'ארלס אקסבייר עורכים ביקור בכלא הפלסטיק של מגנטו, ומבררים אם היה לו קשר לניסיון ההתנקשות בנשיא. אקסבייר קורא את מחשבתו ומבין כי סוכן ממשלתי בשם ויליאם סטרייקר אילץ אותו למסור מידע. סטרייקר ועוזרתו יוריקו אויאמה לוכדים את אקסבייר ואת סייקלופס. על אחוזת אקסבייר מתרחשת מתקפה צבאית, וולברין מגן על האחוזה והורג רבים מאנשיו של סטרייקר, בעוד קולוסוס, רוג, אייסמן ופיירו נמלטים עם שאר התלמידים דרך מנהרה תת-קרקעית אל מחוץ לאחוזה. וולברין מתעמת מול סטרייקר, שעושה רושם כמי שמכיר אותו ואינו חושף בפניו את הסיבה. אייסמן עוזר לוולברין להימלט, אך חייליו של סטרייקר מצליחים לירות בשישה תלמידים חצי הרדמה ולפרוץ לתוך סרברו.
מיסטיק בעלת יכולות השינוי צורה מתחזה לסנאטור רוברט קלי וליוריקו ובדרך זו היא משיגה מידע אודות כלא הפלסטיק בו מוחזק מגנטו. היא מארגנת את בריחתו ומגלה תוכניות סודיות לקיומו של מתקן נוסף לאיתור מוטאנטים. בינתיים, וולברין, רוג, אייסמן ופיירו מגיעים לביתו של אייסמן בבוסטון. כוחות המשטרה מגיעים בדיוק כשהם מתכוונים לעזוב. פיירו משתמש ביכולותיו להפקת אש כדי להדוף אותם, ורוג מצליחה לעצור אותו כשהוא הופך לאגרסיבי מדי.
מטוס האקס מגיע כדי לאסוף את הארבעה ונקלע לקרב אווירי עם מטוסי חיל האוויר האמריקני. סטורם יוצרת פעולת הסחה באמצעות תיעול מזג האוויר ויצירת סופות טורנדו, וג'ין מצליחה ליירט אחד משני טילי אוויר באמצעות כוח חדש שפורץ אצלה במפתיע, אולם הטיל השני פוגע בהם והם נסחפים ללא כל שליטה בדרך להתרסקות. רגע לפני ההתרסקות, מטוס הסילון נעצר על ידי מגנטו. האקס-מן נאלצים לחבור למגנטו, שמגלה שסטרייקר ארגן את המתקפה על הנשיא במזימה לטפול את האשמה על המוטאנטים ולאפשר את הפשיטה הצבאית על אחוזת אקסבייר. ג'ין קוראת את מחשבתו של נייטקרולר ומגלה שבסיסו של סטרייקר ממוקם בתוך הסכר שבאגם אלקליי, ושהוא מתכנן להרוג את כל המוטאנטים בעזרת סרברו נוסף.
סטרייקר משתמש בג'ייסון, בנו המוטאנט, כדי לשטוף את מוחו של אקסבייר ולגרום לו להשתמש בסרברו ולהרוג את כל המוטאנטים. מיסטיק מסתננת אל תוך הבסיס בכך שהיא מתחזה לוולברין. סטורם ונייטקרולר מחפשים אחר התלמידים הנעדרים, בעוד ג'ין, מגנטו ומיסטיק מנסים לחלץ את אקסבייר אך הם מותקפים בידי סייקלופס, שעבר שטיפת מוח. תוך כדי הקרב המתחולל, נגרם נזק לגנרטורים שמונעים מהסכר להתמוטט. כוחו של הפרץ הטלקינטי של ג'ין בשילוב עם הפרץ האופטי מעיניו של סייקלופס משחרר אותו משליטתו של סטרייקר, אך גם סודק את הסכר. וולברין מוצא את סטרייקר בחדר לזיקוק מתכת האדמנטיום ומקבל הבזקים מעברו. הוא נלחם נגד יוריקו ומביס אותה, ורודף אחר סטרייקר עד למתקן הנחיתה, בו סטרייקר נושא ונותן על חייו בתמורה לחשיפת עברו של וולברין.
סטורם ונייטקרולר מוצאים את התלמידים, בעוד מגנטו ומיסטיק הורגים את שאר אנשיו של סטרייקר. מגנטו עוצר את ג'ייסון ואת אקסבייר לפני שסרברו יהרוג את כל המוטאנטים. מיסטיק מתחזה לסטרייקר ומשתמשת בג'ייסון כדי לשכנע את אקסבייר להרוג את כל בני האדם. היא ומגנטו, יחד עם המגויס הטרי פיירו, נמלטים מאגם אלקליי בעזרת מסוקו של סטרייקר, לא לפני שכובלים את סטרייקר בשלשלאות להריסות בטון. נייטקרולר משגר את סטורם לתוך סרברו, היכן שהיא יוצרת סערת שלגים שמשחררת את אקסבייר משטיפת המוח.
האקס-מן נמלטים מהבסיס בעוד המים פורצים פנימה, רק כדי לגלות שמגנטו, מיסטיק ופיירו נמלטו במסוק. אייסמן ורוג מגיעים למטוס האקס ומעלים אליו את כולם. הסכר פורץ, מציף את פני השטח והורג את סטרייקר הכבול. תקלה במטוס האקס מונע ממנו להמריא. ג'ין מקריבה את חייה בכך שהיא עוזבת את המטוס ויוצרת חומה טלקינטית כמגן נגד השיטפון. היא מפעילה את מנועי מטוס האקס לפני שהיא משחררת את גל השיטפון עליה, מה שלכאורה הורג אותה.
האקס-מן נותנים לנשיא ארצות הברית מסמכים ממשרדו של סטרייקר, ואקסבייר מזהיר אותו שהמוטאנטים ובני האדם צריכים לעבוד במשותף כדי להשכין שלום ביניהם. בחזרה בבית הספר, אקסבייר, סייקלופס ווולברין נזכרים בג'ין. וולברין אומר לסייקלופס שג'ין בחרה בסייקלופס על פניו. בחזרה באגם אלקליי, צורה דמוית כוח הפניקס נוצרת על פני המים.