המלחמה הבלתי רשמית בין ארצות הברית לצרפת
הלחימה

7 ביולי 1798, היום בו ביטל הקונגרס את ההסכמים עם צרפת, נחשב לתחילתה של המלחמה הבלתי רשמית. הלחימה בין הצדדים התנהלה בים בלבד, ולא בקרבות סדורים, אלא בקרבות אונייה-מול-אונייה. מאמצי הצי האמריקני התרכזו בליווי שיירות ובתפיסת פריבטירים צרפתיים, תחילה לאורך חופה הדרומי של ארצות הברית ואחר כך, עם אישור הקונגרס להרחבת זירת הפעולות, גם בים הקריבי ואף מעבר לו. אוניות הצי לא הורשו לתקוף כלי שיט צרפתיים בלתי חמושים או מטרות ביבשה, אלא רק כלי שיט שהיוו סכנה לספינות אמריקניות. הצי הצרפתי, שנאבק באותו זמן בצי הבריטי בים התיכון ובמימי אירופה, יכול היה להקצות פריגטות בודדות בלבד למלחמה באמריקה. זאת ועוד, אוניות מלחמה בריטיות הטילו הסגר על נמלי צרפת בים התיכון ובאוקיינוס האטלנטי, ומאז המפלות בקרב סנט וינסנט (1797) ובקרב הנילוס (1798) הייתה צרפת מנותקת כמעט לחלוטין מנחלותיה באיי הודו המערבית.
האונייה הצרפתית הראשונה שנפלה לידי האמריקנים במלחמה זו הייתה הפריבטיר "לה קרויאבלה", סקונר נושא 14 תותחים. היא נתגלתה והוכנעה ב-7 ביולי 1798 ליד אג הרבור בניו ג'רזי על ידי "דלאוור", אוניית סוחר מוסבת בפיקוד קפטן סטיבן דיקייטר, אביו של גיבור הצי לעתיד סטיבן דיקייטר. שמה של אוניית השלל הוחלף ל"ריטליאיישן", והיא צורפה לצי האמריקני.
את הסיור המבצעי הראשון באיי הודו המערבית ערכו בחודשים יולי-ספטמבר 1798 "דלוואר" והפריגטה "יונייטד סטייטס" תחת פיקודו של קומודור ג'ון בֶּרִי, ובמהלכו נתפסו שלל שני פריבטירים צרפתיים בלבד. פטרול נוסף, שיצא לאזור זה ב-28 באוקטובר 1798 בפיקוד קומודור אלכסנדר מארי, כלל את אוניית הסוחר המוסבת "מונטזומה" (20 תותחים) בפיקודו, את הסקונר "ריטליאיישן", בפיקוד לוטננט ויליאם ביינברידג', והבריג "נורפוק" (18 תותחים), שבנייתו מומנה על ידי אזרחי העיר נורפוק (וירג'יניה). ב-20 בנובמבר, הבחין ביינברידג' ליד גוודלופ במפרשים חשודים. "מונטזומה" ו"נורפוק" נמצאו הרחק ממנו, וכשהתקרב לבדו כדי לבדוק את זהות כלי השיט הזר, גילה להפתעתו כי מדובר בשתי פריגטות צרפתיות, "ל'אִינְסְיוּרְזֶ'נְט" (36) ו-"ווֹלוֹנְטִייא" (44). לביינברידג' לא נותרה כל ברירה אלא להיכנע בלא קרב, והוא ואנשיו נפלו בשבי. הצרפתים החליפו את שם האונייה ל"מֶזִ'יסְיין" וצרפו אותה לציים. שנה לאחר מכן, ב-28 ביוני 1799, חזר הסקונר לידיים אמריקניות, לאחר שמטח דופן מ"מֶרִימֶק" (28) שכנע את מפקדו הצרפתי להיכנע.
קומודור תומאס טראקסטון, שפיקד על אחת מארבע השייטות שהקימה מחלקת הצי, היה הבולט והמשפיע ביותר מבין קציני הצי במלחמה. הוא תרם רבות לבניית הצי ופיתוחו על ידי הנהגת נוהלי-קרב על פי המודל של הצי המלכותי, פרסום ספרי הדרכה והקפדה על תרגול ואימון שיטתיים. טראקסטון הניף את דגל הקומודור על הפריגטה "קונסטליישן", ולזכותו נזקפים שני הניצחונות המפורסמים ביותר במלחמה. הראשון היה הכנעתה ולכידתה של "ל'אִינְסְיוּרְזֶ'נְט", הפריגטה המהירה ביותר בצי הצרפתי ואחת משתי האוניות שתפסו שלל את "ריטליאיישן" בתחילת המלחמה. הקרב אונייה-מול-אונייה ניטש ב-9 בפברואר 1799 ליד האי נוויס, וחשיבותו בהיותו הניצחון האמריקני הראשון במלחמה על אוניית קרב של האויב. כשנה לאחר מכן, ליד גוואדלופ, גילתה "קונסטליישן" פריגטה צרפתית נוספת - "לָה וֶנְזֶ'נְס" (50 תותחים). הקרב שנתלקח בין השתיים ב-1 בפברואר 1800 נמשך חמש שעות רצופות והיה עז מאין כמוהו. "ונז'נס", שאבדותיה היו רבות משל "קונסטליישן" והתמלאה מים עד כדי סכנת טביעה, הרכינה את דגלה לאות כניעה, אך טראקסטון ואנשיו לא הבחינו בכך בחשיכה. תותחיה של הפריגטה הצרפתית נדמו רק באחת בלילה, אך היא הצליחה בדרך נס לחמוק בשארית כוחותיה אל נמל קורסאו קודם שהספיק טראקסטון לתקן את הנזקים הכבדים שנגרמו לאונייתו ולשלוח צוות השתלטות.
הסקונר "אנטרפרייז" (12 תותחים) יצא לים הקריבי בשלהי דצמבר 1799 בפיקודו של לוטננט ג'ון שואו, ובמהלך הפלגה מבצעית אחת לכד חמישה פריבטירים וחילץ משביין אחת-עשרה ספינות סוחר אמריקניות. סקונר אחר, "אֶקְסְפֶּרִימֶנְט" (12 תותחים), שהיה חלק מן השייטת בפיקודו של קומודור סיילס טולבוט, שבה את הפריבטירים הצרפתיים "דֶא אָמִי" ו"דִיאַן" ושחרר מן השבי אוניות סוחר אמריקניות שנפלו לידיים צרפתיות. טולבוט, שפיקד על הפריגטה "קונסטיטושן", אף יזם התקפה על נמל פוארטו פלאטה בסנטו דומינגו הספרדית, ששימש את הפריבטירים הצרפתיים. ב-11 במאי 1800 נחתו בחוף מלחים וחיילי-צי בפיקודו של לוטננט אייזק האל, לכדו את הפריבטיר "סנדוויץ', והוציאו מכלל פעולה את תותחי המצודה החולשת על הנמל.
ספינות חמושות של שירות המכס הימי (Revenue cutters) לקחו גם הן חלק בלחימה. המפורסמת ביותר ביניהן היא "פיקרינג", סקונר חמוש ב-14 תותחים, שצורף לשייטת של קומודור בֶּרִי ופעל תחתיו ב-1799 ובתחילת 1800. ב-8 באוקטובר 1799, תחת פיקודו של מאסטר-קומנדנט בנג'מין הילר, הכניעה "פיקרינג" לאחר קרב את הפריבטיר הצרפתי "ל'אֶזִ'יפְּט קוֹנְקִיס" (l’Egypte Conquise ) שהיה גדול וכבד-חימוש ממנה. בספטמבר 1800 אבדה "פיקרינג" על כל צוותה בסערה.
הקרב הימי האחרון במלחמה התנהל ב-12 באוקטובר 1800, כשבועיים לאחר חתימת הסכם השלום בין הצדדים, בין הפריגטה "בוסטון" בפיקוד קפטן ג'ורג ליטל והקורבטה הצרפתית "לֶה בֶּרְסוּ". שתי האוניות, שנתקלו זו בזו ליד גוואדלופ, לא ידעו על סיומה של המלחמה, ובקרב שניטש בין השתיים ניזוקה "לה ברסו" קשות, נכנעה ונגררה אל בוסטון. במהלך שתיים וחצי שנות המלחמה לכד הצי האמריקני שתי אוניות-קרב צרפתיות ו-89 פריבטירים: שלושה ב-1798, עשרים ושבעה ב-1799 וחמישים ותשעה בשנת 1800. כמו כן חילץ משביין 70 ספינות סוחר אמריקניות.‏