פרנק ארנסן
לאחר הפרישה

בקיץ 1991, לקראת עונת 1991/1992, חזר ארנסן למועדון שבמדיו פרש, פ.ס.וו. איינדהובן. הוא התמנה לתפקיד עוזר המאמן של בובי רובסון, שהוביל באותה העונה את פ.ס.וו. לזכייה באליפות הולנד בפעם השנייה ברציפות. גם לאחר עזיבתו של המאמן בקיץ נותר ארנסן בתפקידו, כעוזרו של המאמן החדש, האנס וסטרהוף.
לקראת עונת 1994/1995 קיבל ארנסן הצעה לאמן את וילם II, אך בחר לקבל את תפקיד המנהל המקצועי בפ.ס.וו. איינדהובן. ארנסן זכה להצלחה רבה בתפקיד, כאשר לצד יכולות הניהול והמשא ומתן שלו, בלט בעזרתו באיתור כישרונות צעירים שהפכו לכוכבים בכדורגל העולמי, ובהם רונאלדו הברזילאי שהגיע כבר באותו הקיץ, וההולנדים יאפ סטאם, רוד ואן ניסטלרוי ואריין רובן. ארנסן נותר בתפקידו במשך עשר שנים, בהן זכתה הקבוצה בארבע אליפויות. הוא סיים את דרכו במועדון בקיץ 2004, כאשר המאמן חוס הידינק, שהתמנה לתפקיד שנתיים קודם לכן, איחד את תפקידי המאמן והמנהל המקצועי ומילא את שניהם במקביל.
במאי 2004 התמנה ארנסן לתפקיד המנהל המקצועי בטוטנהאם הוטספר, והחליף בתפקיד את דייוויד פליט. בדומה לתפקידיו באיינדהובן, היה ארנסן אחראי על ההעברות ועל איתור הכישרונות הצעירים, בעוד המאמן החדש ז'אק סנטיני ניהל את המערכים והאימונים היומיים. לאחר 13 מחזורי ליגה בלבד התפטר סנטיני, ולתפקיד המאמן קודם בן ארצו של ארנסן, מרטין יול, אותו החתים ארנסן כעוזר מאמן באותו הקיץ.
בסיום העונה, ולקראת עונת 2005/2006 הוחלט להשעות את ארנסן מתפקידו, על רקע רצונו להצטרף לצ'לסי. ב-24 ביוני 2005 הגיעו המועדונים לסיכום על פיצוי תמורת מעברו של ארנסן, תמורת סכומים שהוערכו בכ-5 עד 8 מיליון ליש"ט. בשנותיו הראשונות בתפקיד התעסק בעיקר בניהול אקדמיית הכישרונות הצעירים וכמגלה כישרונות ראשי עבור המועדון, והיה לו תפקיד משמעותי בהבאתם, בין היתר, של סלומון קאלו, פלורן מאלודה וג'ון אובי מיקל למועדון. שנה לאחר מכן קיבל על עצמו גם את תפקיד מנהל ההעברות של הקבוצה, מה שגרם למתיחות בין הבעלים רומן אברמוביץ' למאמן ז'וזה מוריניו, שהסתיימו בהתפטרותו של האחרון בספטמבר 2007.
בקיץ 2009 קודם ארנסן לתפקיד המנהל המקצועי של המועדון, ותוך זמן קצר הפך לאיש החזק במועדון אחרי אברמוביץ'. ב-27 בנובמבר 2010, על אף הקשר המוצלח עם המאמן קרלו אנצ'לוטי וההצלחה המקצועית שחווה המועדון, הודיע ארנסן כי בכוונתו לעזוב את המועדון וכי לא יחדש את חוזהו שפג בתום העונה. בסך הכול בשש שנים בצ'לסי, היה ארנסן שותף לשתי אליפויות אנגליה, שלושה גביעים, ושתי העפלות לחצי גמר ליגת האלופות.
ב-20 בפברואר 2011 הודיע ארנסן כי יעזוב את אנגליה לאחר שמונה שנים, ויעבור לתפקיד המנהל הספורטיבי בהמבורג לקראת עונת 2011/2012. הקבוצה חוותה עונה קשה, בסיומה הצליחה לשרוד בליגה כשסיימה במקום ה-15 בטבלה. באוקטובר 2011 ארנסן אף נאלץ לשמש כמאמן זמני למשחק אחד, במקומו של המאמן הזמני הקודם רודולפו קרדוסו, עד שהחתים את טורסטן פינק כמאמנה הקבוע של הקבוצה. עונה לאחר מכן רשמה הקבוצה שיפור ניכר וסיימה במקום השביעי בטבלה, אך בסיומה הודיעה הקבוצה על פרידה הדדית מארנסן, שסיים את תפקידו לאחר שתי עונות בקבוצה.
ב-30 בינואר 2014, לאחר כחצי שנה ללא קבוצה, התמנה ארנסן לתפקיד המנהל הספורטיבי של מטאליסט חרקוב מליגת העל האוקראינית. החוויה הקצרה הגיעה לסיומה לאחר כחודש וחצי בלבד, כאשר המועדון אישר לארנסן לעזוב בעקבות המלחמה בדונבאס והמצב הביטחוני והפוליטי הרעוע באזור.
ביוני 2015, לקראת עונת 2015/2016, התמנה ארנסן לתפקיד המנהל המקצועי של פאוק סלוניקי בחוזה לשלוש שנים, במטרה להצעיד את הקבוצה להישגים מקומיים. בין החתמותיו המשמעותיות היו המאמן איגור טודור שהגיע מהיידוק ספליט, החלוץ דימיטר ברבאטוב, גארי רודריגס והשוער השוודי, רובין אולסן, שכשל מקצועית והושאל לאחר חצי עונה בלבד. הקבוצה שהעמיד ארנסן לא הצליחה לעמוד בציפיות, והוא פוטר מתפקידו בפברואר 2016, לאחר פחות מעונה אחת בתפקיד, כאשר פאוק ממוקמת חמישית בטבלה, הרחק מהפסגה. כחודש אחריו סיים גם טודור את תפקידו כמאמן הקבוצה.
ארנסן חזר לפ.ס.וו. איינדהובן באפריל 2017, כאשר הצטרף כחבר בוועדה המנהלת של המועדון, ונותר בתפקיד זה במשך כשנה וחצי, עד שעזב בדצמבר 2018. כחודש אחר כך חזר לאנדרלכט בה שיחק בעברו, בתפקיד המנהל המקצועי. לאחר תשעה חודשים בלבד סיים את תפקידו במועדון.
ב-20 בנובמבר 2019 חזר להולנד, לתפקיד המנהל הטכני של פיינורד.