האויב שבפנים: אפוקליפסה
עלילת הסרט

בסרט הקודם, סוכנת האבטחה לשעבר אליס ואקטיביסט הסביבתנות מאט נלחמו כדי להימלט ממתקן מחקר תת-קרקעי הנקרא "הכוורת", שהתפשט בו נגיף הטי אשר גרם להתפרצות זומבים. הצמד לקח חלק בניסיון לחשוף ניסויים בלתי חוקיים שבוצעו במקום בידי תאגיד אמברלה. הסרט הסתיים כשהשניים נלקחו למעצר בידי התאגיד.
התאגיד שולח צוות לתוך הכוורת כדי לחקור את שהתרחש בו, אך הצוות נלכד בידי הזומבים השורצים בו ואשר מצליחים להתפשט אל תוך העיר ראקון סיטי. תאגיד אמברלה מגיב לכך על ידי בידוד העיר ופינוי עובדי החברה ממנה. אנג'לה אשפורד - בתו של חוקר אמברלה בשם ד"ר צ'ארלס אשפורד - נעלמת כשרכב האבטחה בו היא נמצאת היה מעורב בתאונה באמצעו של הפינוי. בינתיים, חברת השירות המיוחד לטקטיקה וחילוץ (Special Tactics And Rescue Squad, בקיצור S.T.A.R.S) בשם ג'יל ולנטיין חוזרת למחוז המשטרתי הקודם שלה כדי לשכנע את חבריה להתפנות משם. אליס מתעוררת בבית חולים נטוש ומשוטטת ברחבי העיר בחיפוש אחרי אספקה, בזמן שתאגיד אמברלה משתמש בגשר היחיד שבעיר כדי לפנות אזרחים. בגשר, ולנטיין פוגשת בשותפה הקודם פייטון וולס, אך זומבי נושך אותו ומדביקו. כתגובה על כך שהנגיף הגיע לגשר, מפקד כוחות אמברלה מייג'ור טימותי קיין אוטם את הכניסה לעיר ומאלץ את התושבים על ידי ירי חי לחזור חזרה לתוך העיר.
חיילי תאגיד אמברלה קרלוס אוליברה וניקולאי ג'ינובייב - שננטשו בידי מעסיקם לאחר שנכשלו בהצלתו של אזרח - חוברים לצוות היחידה בהדפת מתקפה של זומבים. העדר משתלט עליהם, ואוליברה ננשך. במיקום אחר, ולנטיין, וולס וכתבת החדשות טרי מוראלס נלכדים בידי זומבים אך ניצלים בידי אליס. תאגיד אמברלה משחרר נשק ביולוגי נסיוני בשם נמסיס, שהורג את חברי יחידת S.T.A.R.S לפני שצד אחרי אליס. ד"ר אשפורד פורץ למערכות המצלמה של העיר ומשתמש בהן כדי לאתר את אליס והניצולים האחרים. הוא מציע לארגן להם חילוץ מהעיר אם יעזרו לו לחפש את בתו האבודה. הוא נותן גם לאוליברה ולג'ינובייב את אותה הצעה ומציין שתאגיד אמברלה מתכנן לפטור את העיר ראקון סיטי מזומבים על ידי השמדתה בנשק גרעיני.
אליס והאחרים עושים את דרכם למיקומה של אנג'לה, שם אורב להם נמסיס. ולנטיין הורגת את וולס אחרי שהוא הופך לזומבי. אליס מתעמתת עם נמסיס אך נסוגה משם לאחר שהיא נפצעת ומושכת אותו הרחק מהקבוצה. בדרכן, ולנטיין ומוראלס אוספות אזרח בשם ל.ג'יי. ולנטיין פוגשת את אוליברה והשניים מחלצים את אנג'לה, אם כי גם מוראלס וגם ג'ינובייב נהרגים. אנג'לה מגלה להם שהתפרצות הזומבים היא כתוצאה מנגיף שנוצר בידי אביה כדי לטפל במחלה הגנטית ממנה היא סובלת, ושרק זריקה יומיומית של הנגיף תוכל לאפשר לה לשרוד, אך עדיין היא צריכה את הנוגדן כדי לא להפוך לזומבי. אליס משתמשת בכמות מסוימת של הנוגדן כדי לרפא את אוליברה. ד"ר אשפורד נותן לאליס את מיקום נקודת החילוץ בה מחכה מסוק. הקבוצה מגיעה למקום אך נארבת בידי כוחות אמברלה. מייג'ור קיין הורג את ד"ר אשפורד ומאלץ את אליס להילחם בנמסיס. היא מתגברת עליו אבל מפסיקה להילחם אחרי שהיא מגלה שמדובר במאט אדיסון, שעבר מוטציה מהניסויים של אמברלה.
נמסיס תוקף בתגובה את מייג'ור קיין ואת כוחות אמברלה, אך הוא נהרג בעודו מגן על אליס. יתר הניצולים משתלטים על המסוק, וזורקים את קיין ממנו לעבר עדר הזומבים, ביניהם ד"ר אשפורד שהפך לזומבי. כשהניצולים נמלטים במסוק, העיר מופצצת בנשק גרעיני וההדף ממנו גורם להתרסקות המסוק. אליס מקריבה את עצמה כדי להציל את אנג'לה ומשתפדת על מוט ברזל. מבזק חדשות מתרץ את הפיצוץ הגרעיני כדליפה בתחנת הכוח ומטייח את אחריותו של תאגיד אמברלה. אליס מתעוררת במתקן מחקר של אמברלה, ונמלטת ממנו בעזרתם של אוליברה, ולנטיין, ל.ג'יי ואנג'לה. עם בריחתם, עובד בכיר בתאגיד אמברלה בשם ד"ר אייזקס מגלה שבריחתה היא חלק מהתוכנית שלו עבורה.