stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
שכחתי שאין כמו בבית
הפקה > פיתוח

ב-6 באוגוסט 2019 הודיע בוב אייגר, מנכ"ל "חברת וולט דיסני", על פיתוח רימייק ל"שכחו אותי בבית", סרט שמיועד להקרנה באמצעות שירות הזרמת המדיה של החברה, "דיסני+". באוקטובר באותה שנה נמסר שהבמאי הבריטי דן מייזר מנהל מגעים לביים את סרט הריבוט, לפי תסריט מאת מייקי דיי וסטריטר סיידל, ובהפקתם של האץ' פארקר ודן וילסון.
בדצמבר 2019 פורסם שארצ'י ייטס, רוב דילייני ואלי קמפר יככבו בסרט, וביולי 2020 נמסר על צירופם לצוות השחקנים של אלי מאקי, קינן תומפסון, כריס פרנל, אשלינג בי, פיט הולמס, טימותי סימונס ומייקי דיי. באפריל באותה שנה נמסר שמקולי קאלקין, שגילם את דמות קווין מקאליסטר בסרט המקורי, ישחזר את הדמות בהופעת קמע בסרט הריבוט החדש. אולם ב-13 באוקטובר 2021, הכחיש קאלקין שהוא מעורב בריבוט. עם פרסום תאריך יציאת הסרט, נמסר שבצוות השחקנים משתתף גם דווין רטריי, שגילם בסרט המקורי את באז מקאליסטר, אחיו הגדול של קווין.
הפקה > צילומים

שלב הצילומים החל בקנדה בפברואר 2020, והתקיים בסביבות מונטריאול, כולל הכפרים פואן-קלייר, בו נבנתה במיוחד תפאורת חג המולד, וביקונספילד (אנ'). ב-13 במרץ שלאחר מכן, נודע שהצילומים הושבתו בשל מגפת הקורונה, בנוסף למספר סרטים שבהפקת דיסני. ב-13 בנובמבר נמסר שצילומי הסרט חודשו, יחד עם סרטים נוספים של "דיסני", וצילומי חלק מהסרטים אף הסתיימו.
הפקה > מוזיקה

במוזיקה המקורית שהלחין, ועליה ניצח ג'ון דבני (אנ'), משולבות תמות מהמוזיקה שכתב ג'ון ויליאמס לשני הסרטים הראשונים בסדרה. כמו כן, שני קטעים מהפסקול, "He's Hurting Me" ו-"Who Raised This Monster?", מרפררים לנעימת הנושא שהלחין אלן סילבסטרי לסרט "הצילו! עכבר בבית!" (1997). אלבום הסרט הופץ על ידי חברת "הוליווד רקורדס".
הפצה

הסרט יצא לשידור בשירות דיסני+ ב-12 בנובמבר 2021.
ביקורות

במאגר ביקורות הקולנוע "Rotten Tomatoes", עומד שיעור הדעות החיוביות על 15%, עם דירוג של 3.7/10, בשקלול 67 ביקורות. סיכום הביקורות הוא: "אף אחד לא בבית". באתר "Metacritic" מקבל עומד דירוג הסרט על 35/100 בשקלול 16 ביקורות, המוגדרות כמסויגות בדרך כלל.
כריס קולומבוס, שביים את שני הסקטים המקוריים הראשונים בסדרה, מתח ביקורת על הרעיון להפיק ריבוט, עוד קודם ליציאת הסרט. לדברי קולומבוס, "בגרסה הנוכחית של הוליווד, כולם עושים רימייק להכל, ואתחול לכל דבר". לטעמו, אין טעם ברימייקים לסרטים קלאסיים, ומוטב להמשיך ליהנות מהסרט הקיים, כפי שאף אחד לא עושה רימייק ל"הקוסם מארץ עוץ".
הקדימון שהופץ ב-12 באוקטובר 2021, נתקל בתגובות שליליות ביוטיוב מצד חובבי סדרת הסרטים, כאשר רוב המגיבים תהו לגבי הצורך ברימייק לסרט קלאסי מפורסם.
השחקנית אשלינג בי, אירית במוצאה, ספגה ביקורת על שהשתמשה לצורך תפקידה במבטא אנגלי. בריאיון עם "הגרדיאן" הבריטי, בי אמרה שאנשים ראו באימוץ המבטא האנגלי מעין דיכוי מצידם של אמריקאים שדחקו בה לעשות זאת. היא ביטלה את הדברים, באומרה שלאורך הקריירה שלה היא אימצה מבטאים שונים, והביקורת הזו היא כמו משהו שלשמו נוצר טוויטר: שבני אדם יתלוננו על דברים לא חשובים.
הערות שוליים

↑  Galuppo, Mia & Kit, Borys (December 10, 2019). ‘Jojo Rabbit’ Breakout Archie Yates to Lead ‘Home Alone’ Reboot. The Hollywood Reporter. Retrieved June 23, 2021
↑  Szalai, Georg & Bond, Paul (March 19, 2019). Disney Closes $71.3 Billion Fox Deal, Creating Global Content Powerhouse. The Hollywood Reporter. Retrieved June 23, 2021
1 2 3  Hipes, Patrick (August 12, 2021). ‘Home Alone’ Revival Gets Fall Release Date On Disney+. Deadline Hollywood, retrieved June 27, 2022
↑  פרסומת לשידור הסרט, בעמוד האינסטגרם של ערוץ דיסני ישראל, 18 בדצמבר 2023
↑  Stevenson, Rick (August 18, 2021). Home Alone Reboot News & Updates: Everything We Know. Screen Rant, retrieved June 27, 2022
↑  Eddie G.. IMDb, retrieved June 27, 2022
↑  Michael Guido. IMDb, retrieved June 27, 2022
↑  Woodyatt, Amy (August 7, 2019). Disney to remake 'Home Alone' for its streaming service, CNN. Retrieved June 23, 2021
↑  Sneider, Jeff (October 1, 2019). 'Borat' Writer Dan Mazer in Talks to Direct 'Home Alone' Reboot for Disney+. Collider. Retrieved June 23, 2021
↑  Ramos, Dino-Ray (July 15, 2020). Disney+ ‘Home Alone’ Reboot Adds Kenan Thompson, Ally Maki And Chris Parnell. Deadline Hollywood. Retrieved June 23, 2021
↑  Krol, Charlotte (April 9, 2020). Macaulay Culkin reportedly set to appear in ‘Home Alone’ reboot. NME. Retrieved June 23,2021
↑   ציוץ של מקולי קאלקין ברשת החברתית אקס (טוויטר), 13 באוקטובר 2021
↑  Gaulakos, Katina (february 26, 2020). Pointe-Claire Village Transformed Into A Christmas Scene For The Home Alone Reboot. MTL Blog. retrieved June 23, 2021
↑  Wambui, Catherine (February 8, 2020). Photos of the Home Alone film set in Beaconsfield this week. West Island Blog. retrieved June 23, 2021
↑  D'Alessandro, Anthony (March 13, 2020). Disney Pausing Production On Features ‘Little Mermaid’, ‘Home Alone’, ‘Nightmare Alley’ & More Until Coronavirus Calms Down. Deadline Hollywood/ Retrieved June 23, 2021
↑  Coronavirus Live Updates: France Shuts Down Stores, Trump Expands Travel Ban. Variety, March 14, 2020. Retrieved June 23, 2021
↑  Joned, Mike (November 13, 2020). Disney Confirms ALL Movies Shut Down For COVID Have Restarted Or Completed Filming. Screen Rant. Retrieved June 23, 2021
1 2  ‘Home Sweet Home Alone’ Soundtrack Album Details. Film Music reporter, retrieved June 27, 2022
↑  Home Sweet Home Alone. Rotten Tomatoes, retrieved June 27, 2022
↑  Home Sweet Home Alone 2021. Metacritic, retrieved June 27, 2022
↑  Hoke, Carlie (November 10, 2021). Harry Potter Director Chris Columbus Offers Honest Thoughts About Movie Remakes, And Why He’s Not Interested. Cinema Blend, retrieved June 27, 2022
↑  warner, Sam (November 9, 2021). Home Alone director criticises new movie and Hollywood remakes. Digital Spy, retrieved June 27, 2022
↑  Mirpuri, Zachary (October 15, 2021). Home Alone reboot trailer receives negative reactions from fans. Inquirer, retrieved June 27, 2022
↑  Aroesti, Rachel (October 30, 2021). Aisling Bea: ‘I was completely burnt out – I definitely became less nice’. The Guardian, retrieved June 27, 2022
שרה אהרנסון

| --- | --- |

שרה אהרנסון
 לידה:  5 בינואר 1890 י"ד בטבת תר"ן האימפריה העות'מאנית זכרון יעקב, וילאייט ביירות,  ארץ ישראל,  האימפריה העות'מאנית
 התאבדה:  9 באוקטובר 1917 (בגיל 27) כ"ג בתשרי תרע"ח זכרון יעקב, האימפריה העות'מאנית
 מקום קבורה:  זכרון יעקב 
 מדינה:  האימפריה העות'מאנית 
 כינוי:  שרה, גיבורת ניל"י
 השתייכות:  ניל"י
 תפקידים בשירות
 מנהלת מבצעים בניל"י
 פעולות ומבצעים
 מלחמת העולם הראשונה 
 עיטורים
   אות ניל"י   עיטור לוחמי המדינה
 הנצחה
 בול דאר ישראלי
 
שרה אהרנסון
אהרנסון ביום חתונתה, 1914
קברי שרה ומלכה אהרנסון בבית הקברות בזכרון יעקב
שרה אהרנסון (5 בינואר 1890, י"ד בטבת תר"ן – 9 באוקטובר 1917, כ"ג בתשרי תרע"ח) הייתה מראשי מחתרת ניל"י, רשת ריגול יהודית שפעלה למען הבריטים ונגד הטורקים שליטי ארץ ישראל במלחמת העולם הראשונה, במטרה לקדם את הקמתה של ריבונות יהודית עצמאית בארץ ישראל.
הנצחה

ב-19 פברואר 1991, הנפיק השירות הבולאי סדרה של שלושה בולי דואר שעליהם דיוקנאות של רחל המשוררת (בלובשטיין), לאה גולדברג ושרה אהרנסון. כל בול בסדרה שויך לאחת מהן. האמנית רות (בקמן) מלכא עיצבה את הבולים. על השובל של הבול שהוקדש לשרה אהרנסון הופיע הכיתוב הבא: "ניל"י – נֵצַח יִשְׂרָאֵל לֹא יְשַׁקֵּר".
שרה אהרנסון הונצחה בבית שבו גרה והתאבדה בזכרון יעקב, שהפך למוזיאון המספר את תולדות בני משפחת אהרנסון ותולדות מחתרת ניל"י. בעלה הונצח ב"בית חיים אברהם" ברחוב ביאליק, חיפה.
הערים הבאות קראו רחוב על שמה של אהרנסון: רמת גן, מודיעין-מכבים-רעות, גדרה, פתח תקווה, רעננה, מזכרת בתיה, קריית גת, אשדוד, אשקלון, באר שבע ואור יהודה.
לקריאה נוספת > ספרי ילדים ונוער

דבורה עומר, שרה, גיבורת ניל"י, תל אביב: י. שרברק (הספר זכה בפרס למדן 1968)
דורית גני, שרה אהרנסון, הוצאת צלטנר, מאיירת: מורן יוגב.
לקריאה נוספת > סיפורת

גבריאלה אביגור-רותם, אדום עתיק, זמורה-ביתן, 2007
נאווה מקמל עתיר, אות מאבשלום, הוצאת ידיעות אחרונות, 2009
לקריאה נוספת > עיון

אלכסנדר אהרנסון, שרה: שלהבת "נילי", 1942
יעקב יערי-פולסקין, שרה גיבורת נילי, תל אביב: אישים ומאורעות, תש"ב 1941.
אליעזר ליבנה (עורך), ניל"י - תולדותיה של העזה מדינית, ירושלים: שוקן, 1961.
יעקב יערי-פולסקין, אגדת גבורה ושמה שרה, בתוך: חולמים ומגשימים, תל אביב: הוצאת מ. מזרחי, 1967, עמודים 222–261
מיכאל בר-זהר (עורך), ספר הגבורה, מנשרים קלו מאריות גברו, תל אביב: הוצאת משרד הביטחון, 1997
עוזי אלידע, ״טרומפלדור מול שרה אהרונסון וגבורי פתח תקווה : הבניית מתוסים מרטירולוגיים ומחוזות זיכרון בתקופת המנדט״,יעל זרובבל ואמיר גולדשטיין (עורכים), תל חי 1920–2020 בין היסטוריה וזיכרון, ירושלים, יד יצחק בן-צבי,2020, עמ׳ 318-349.
לקריאה נוספת > לצפייה

הסרט מיתה משונה, במאי שחר מגן, 2008
הערות שוליים

↑  שרה עצמה אייתה את שמה אהרונזון, ראו רבקה ושרה אהרונזון, מכתב מבנות מושבה בא"י, השקפה, 14 בדצמבר 1906.
↑  בילי מלמן, שרה אהרנסון, באנציקלופדיה לנשים יהודיות (באנגלית).
↑  יאיר אורון, הבנאליות של האדישות - יחס היישוב והתנועה הציונית לרצח־העם הארמני; הוצאת דביר, 1995; קבוצת ניל"י ויחסה לארמנים, עמ' 171-170; נספחים: פרו ארמניה, עמ' 338.
↑  ביקור במוזיאון, באתר מוזאון ניל"י
↑   ימיה האחרונים של שרה אהרונסון - ארכיון מפלגת העבודה, סרטון בערוץ "laborpartyarchives", באתר יוטיוב (אורך: 05:05)
↑  שרה אהרנסון, באתר התאחדות בולאי ישראל
| --- | --- |
בקרת זהויות :  NLI: 987007257210905171  GND: 130052094  ISNI: 0000 0000 1743 7891  LCCN: n84002015  SNAC: w6fc5w09  SUDOC: 144215691  VIAF: 72488796   WorldCat (עם VIAF): 72488796
פסיפס

ערך זה עוסק בפסיפס באמנות. אם התכוונתם למשמעות אחרת, ראו .
קיר פסיפס מארך
פְּסֵיפָס (בלעז: מוֹזָאִיקָה) הוא יצירת אמנות שבה מורכבות פיסות שונות לכדי ריצוף משטח – לרוב רצפה או כחלק מעיטור אדריכלי אחר. פיסות הפסיפס, העשויות אבן, זכוכית, או חומרים שונים קרויות בשם הכולל "אבני פסיפס" משובצות בתוך מלט או חומר אחר המחבר ביניהן. אופי השימוש בפסיפסים מגוון. לעיתים הפסיפס הוא ללא דוגמה, ולעיתים משולבות אבנים ססגוניות היוצרות דגמים ודמויות. בעת העתיקה שימש הפסיפס כחיפוי רצפה למבני ציבור, מבני דת, בתי מרחץ, בתי מגורים ועוד. איכותו של הפסיפס נמדדת בגודל האבנים המשובצות בו (ככל שהן קטנות יותר יכול האמן ליצור עיטור מורכב יותר), וכן ביכולתו של האמן ליצור נפחיות של הדמויות והעיטורים (על ידי תיאור אור-וצל) בעזרת אבני הפסיפס. הדגמים ברצפות הפסיפס היו לקוחים, כנראה, מתוך 'ספר דגמים' שהיה ברשות אמני הפסיפס, וחזרו במקומות שונים. למשל, נמצא דמיון בולט בין הפסיפסים שנעשו בעבר הירדן לאלו של ארץ ישראל בתקופה הביזנטית.
ה"פיקסל" של פסיפס נקרא טֶסֶרָה, היינו ריבוע ביוונית, ואלו האבנים הריבועיות הצבעוניות מהן עשוי הפסיפס.
אטימולוגיה

המילה פסיפס הגיעה לעברית מהמילה היוונית ψῆφος (תעתיק: פּסֶפוֹס) שמשמעותה המילולית היא אבן. היא נכנסה בתקופת חז"ל ובלשונם שימשה גם לתיאור גבול או שפה. ניתן למצוא מילה זו מספר פעמים במסכת אבות דרבי נתן:
למה הוא דומה לכוס שאין לו פסיפס כיון שנתמלא נהפך על צדו ונשפך כל מה שבתוכו.
פסיפסים בעת העתיקה

הפסיפסים הראשונים בתרבות המערבית (מהמאה ה-6 לפנה"ס) נמצאו בגורדיון (טורקיה של היום) והיו עשויים חלוקי נחל בלתי מסותתים. בטכניקה זו יוצרו בתחילה צורות גאומטריות פשוטות אך במהרה התפתחה השיטה לכדי תיאור אילוזיוניסטי צבעוני על טהרת האבן הטבעית.
פסיפסים שנמצאו מסוף המאה ה-3 לפנה"ס עשויים כבר קוביות אבן מסותתות ומשוייפות.
לקראת המאה הראשונה לספירה מתחילות המוזאיקות לעטר קירות ולא רק רצפות. בעקבות התפתחות זו מתפתח גם השימוש באבני מוזאיקה- טסרה מזכוכית. דבר המאפשר פלטת צבעים רחבה בהרבה וייצור טסרות מזהב.
פסיפסים בימי הביניים

במעבר הדרגתי עולות המוזאיקות מהרצפה לקירות ותקרות, לא מעט בעקבות קודקס תאודוסיאנוס (שנת 427 לספירה) שאסר הצבת סמלים דתיים על רצפות. בתקופה זו החומר השליט נעשה טסרת הזכוכית, ואלו האבן משמשת בעיקר ליצירת עור הפנים והידיים של הדמויות. התיאור נהיה קאנוני יותר ופחות אילוזיוניסטי.
פסיפסים באמנות המודרנית

לאחר ירידת חינו של הפסיפס בתקופת הרנסאנס, הוא זכה לתקופת זוהר נוספת שתחילתה בהקמת סדנת הפסיפס האפיפיורית בתחילת המאה ה-18. סדנה זו הוקמה לשם העתקת יצירות אמנות חשובות בטכניקת המוזאיקה אך עד מהירה החלו לייצר בסדנא גם מוזאיקות חדשות.
ב־1804 הקים נפוליאון סדנת מוזאיקה קיסרית.
במחצית המאה ה-19, פיתח הדוקטור אנטוניו סאלוויאטי מוונציה את ייצור המוזאיקה לכלל תעשייה. בית המלאכה שלו היה אחראי לכמה מהמוזאיקות החשובות של התקופה, כגון מונומנט הנסיך אלברט בלונדון, עמוד הניצחון של ברלין ועוד.
ב-1889 הוקם בברלין מפעל המוזאיקה פול & ואגנר שנחל הצלחה עולמית ואף נפתח עבורו סניף שני בארצות הברית.
באמנות החדשה קיים שימוש בפסיפס והוא מופיע בפסלים ומיצגים. בעידן המודרני, מומש רעיון הפסיפס, באמצעים טכנולוגיים, המאפשרים הפקת פסיפס תמונות - תמונה המורכבת מתמונות, קטנות.
אמנות פסיפס בישראל

בתל אביב מוצגים שני פסיפסים מאבנים צבעוניות מעשה ידיו של נחום גוטמן: בשדרות רוטשילד ובמבואת הכניסה המערבית של מגדל שלום.
האמנית דינה שנהב יוצרת פסיפסים המציגים דימויים מן העיתונות היומית תוך שימוש בחומרים מתכלים כגון ספוגים צבועים.
אמנים ישראלים נוספים המשתמשים בפסיפס ביצירותיהם: דוד וקשטיין ואילנה שפיר.
האמן הישראלי יוסי לוגסי יצר במשך השנים מעל אלף דיוקנאות של אישים מפורסמים מפסיפס, המוצגים לקהל בבית המשפחה ביפו.
פסיפסים מפורסמים

פסיפסים מפורסמים ניתן לראות בכנסיית 'איה סופיה' באיסטנבול, בכנסית סן ויטאלה ברוונה שבאיטליה, במאוזולאום של 'גאלה פלאצידיה' באיטליה, בעתיקות פומפיי והרקולנאום, ברצפת כנסייה במידבא שבירדן הידועה כמפת מידבא ועוד.
בישראל התגלו מאות רצפות פסיפס מתקופות עתיקות, בבתי מרחץ רומיים וביזנטיים, בבתי כנסת, במסגדים, בכנסיות, בגתות תירוש, בבתים פרטיים ובמבני ציבור ועוד. בין הפסיפסים בישראל מפורסמים הפסיפסים בעיר הרומית-ביזנטית ציפורי, הפסיפס שבבית הכנסת הקדום בבית אלפא המציג את גלגל המזלות, והפסיפס בבית הכנסת בעין גדי.
ראש סאטיר ברצפת פסיפס. יצירה רומית מתקופת אנטונינוס, בשנים 138–192 בווילה רומית בגנזנו איטליה
פסיפס מאת מרדכי גומפל בחזית בית יד לבנים בפתח תקווה
העתק של פסיפס מעון במתחם יד יצחק בן-צבי בירושלים, יצירתה של האמנית נעמי הנריק
רצפת פסיפס בווילה הרומאית בקזאלה, סיציליה
גלגל המזלות מתוך פסיפס מבית הכנסת העתיק בקיבוץ בית אלפא
פסיפס של זוג טווסים וביניהם אמפורה, פרט מרצפת הפסיפס מהכנסייה הביזנטית בנהריה
כיתוב יווני מרצפת פסיפס של כנסייה באשקלון
אחד הפסיפסים המקודשים לעולם הנוצרי, שנמצא בישראל: תיאור נס הלחם והדגים, בכנסייה בעין שבע
פסיפס כתובת רחוב מתקופת התלמוד, הכתובת העברית הארוכה ביותר שאותרה על רצפת פסיפס
ראו גם

אופוס סקטילה
מוזיאון השומרוני הטוב
פסיפסים בארץ ישראל שנכתב עליהם ערך בוויקיפדיה
הערות שוליים

↑  פסיפס אלכסנדר - מכון ישראלי לארכיאולוגיה, באתר מכון ישראלי לארכיאולוגיה, ‏26 במאי 2022
↑  בית הפסיפס, באתר psifas-house.com
↑  המפה הקדומה ביותר המוכרת של ארץ ישראל והמפה היחידה של ארץ הקודש ששרדה מן התקופה הביזנטית
| --- | --- |
בקרת זהויות :  NLI: 987007546054305171  BnF: cb11977798g (data)  GND: 4040311-7  HDS: 011014  LCCN: sh85087419  NDL: 00567880  NKC: ph123007
ריצוף RNA

סיכום של RNA-Seq. בתוך האורגניזם גנים מתועתקים ולאחר מכן (באורגניזם איקריוטי) משוחברים כדי לייצר mRNA בוגר (אדום). ה-mRNA מופק מהאורגניזם, מחולק למקטעים ומועתק ל-ds-cDNA יציב (כחול). ה-ds-cDNA מרוצף בשיטות ריצוף בעלות תפוקה גבוהה וקריאה קצרה. לאחר מכן ניתן לעמד את הרצפים האלה לרצף גנום ידוע כדי לשחזר באילו אזורים בגנום התבצע תיעתוק. ניתן להשתמש בנתונים אלה כדי לסמן היכן נמצאים גנים מבוטאים, את רמות הביטוי היחסיות שלהם, ואפשרויות שחבור חלופיות אם קיימות.
ריצוף RNA או RNA-seq (קיצור של RNA Sequencing) הוא שיטת ריצוף שעושה שימוש בטכנולוגיות ריצוף בתפוקה גבוהה כדי לגלות את קיומו וכמותו של RNA בדגימה ביולוגית ברגע נתון, וכך לנתח את הטרנסקיפטום המשתנה מרגע לרגע.
ספציפית, ריצוף RNA מאפשר לצפות במקטעים שעברו שחבור חליפי, בעריכת רנ"א, באיחוי גנים, במוטציות/SNPs, ובשינויים בביטוי הגנים לאורך זמן, או הבדלים בביטוי הגנים בין קבוצות שונות או כתוצאה מטיפול שונה. בנוסף למולקולות mRNA, ריצוף RNA יכול לבחון את שכיחותן של מולקולות RNA מגדלים ומסוגים שונים, כגון RNA כולל ו-RNA קטן, שכולל microRNA ו-tRNA, וכן לאפשר Ribosome profiling. ריצוף RNA יכול גם לשמש לקביעת הגבולות בין אקסונים לאינטרונים, ולאמת או לתקן את האנוטציות של גבולות הגנים, קצה ה-5' וקצה ה-3'. הפיתוחים החדשים בריצוף RNA כוללים ריצוף של תא בודד, ריצוף של רקמה מקובעת באתרה, וריצוף של מולקולות RNA מקוריות באמצעות ריצוף מולקולות בודדות בזמן אמיתי. דוגמאות נוספות ליישומים שצצים בזכות התקדמות האלגוריתמים בתחום הביואינפורמטיקה הן גילוי שינויים במספר החזרות, זיהום חיידקים, טרנספוזונים, סוג התא (התמיינות), ובדיקה לנוכחות נאואנטיגנים (אנטיגנים שמייחדים תאים סרטניים).
לפני שפותח ריצוף ה-RNA, מחקרים על ביטוי גנים התבצעו בעזרת מערכי DNA. בטכנולוגיה הזאת היו מספר בעיות: תוצאות שגויות כתוצאה מצימוד שגוי של רצפים (cross-hybridization artifacts), מדידה לא מדויקת של רמת הביטוי של גנים בעלי רמת ביטוי גבוהה ונמוכה, והצורך לדעת את הרצף מראש. בגלל הבעיות הטכניות הללו, הטרנסקריפטומיקה עברה לשיטות מבוססות-ריצוף. שיטות אלה הלכו והתקדמו מריצוף בשיטת סנגר תוך שימוש בספריות של תת-רצפים של cDNA ‏ (Expressed sequence tags), לשיטות מבוססות תיוג כימי (לדוגמה, ניתוח סדרתי של ביטוי גנים (אנ')), ולבסוף לטכנולוגיה הנוכחית, טכנולוגיית ריצוף מתקדמת (הדור הבא) של DNA משלים (cDNA), הידועה כריצוף RNA.
שיטות > ריצוף DNA משלים (ריצוף cDNA)

בשלב זה מרצפים את ספריית ה-cDNA שנוצרה מביוטיפים של RNA ושומרים את המידע בפורמט קריא במחשב. קיימות טכנולוגיות ריצוף רבות בתפוקה גבוהה לריצוף cDNA, כולל פלטפורמות שפותחו על ידי אילומינה, תרמו פישר (אנ'), BGI/MGI (אנ'), פסיפיק ביוסיינסז (אנ') ואוקספורד ננופור טכנולוג'יז (אנ'). כדי להשתמש בטכנולוגיית הריצוף בקריאות קצרות של אילומינה – טכנולוגיה שמרבים להשתמש בה לריצוף cDNA – מדביקים ל-cDNA מתאמים, מחברים את ה-DNA לתא זרימה, יוצרים צבירים באמצעות בניית גדילים משלימים והפרדתם וחוזר חלילה, ולאחר מכן מבצעים ריצוף-באמצעות-סינתזה תוך מעבר לסירוגין בין בניית גדילים משלימים לבין עירור לייזר של בסיסים שהוצמדו להם חוסמי תיעתוק ניתנים להסרה (ראו ריצוף אילומינה). הבחירה בפלטפורמת ריצוף ובפרמטרים נעשית לפי מבנה הניסוי והעלות. השיקולים הנפוצים בתכנון הניסוי כוללים החלטה על אורך הריצוף, עומק הריצוף, שימוש בקריאה חד-כיוונית או דו-כיוונית (single-end or paired-end reads), מספר העותקים, ריבוי (multiplexing), רנדומיזציה ו-spike-ins.
שיטות > ריצוף RNA קטן/לא מקודד

כשמרצפים RNA שאינו mRNA, מכינים את הספרייה בצורה שונה. בוחרים את ה-RNA של התאים לפי טווח הגדלים הרצוי. כשרוצים לרצף RNA קטן, כגון miRNA, מבודדים את ה-RNA באמצעות בחירת גודל. ניתן לבצע זאת באמצעות ג'ל לסינון לפי גודל, באמצעות חרוזים מגנטיים לבחירת גודל, או בעזרת ערכה שפותחה באופן מסחרי. לאחר הבידוד, מוסיפים מקשרים (linkers) לקצות ה-3' וה-5' ואז מטהרים אותם. השלב האחרון הוא יצירת cDNA באמצעות תעתוק הפוך.
שיטות > ריצוף ישיר של RNA

מכיוון שהוכח שהמרה של RNA ל-cDNA, ליגציה, הגברה, ועיבודים נוספים של הדגימות מכניסים הטיות וממצאי שווא שעלולים להפריע הן לאפיון הנכון והן לכימות של התעתיקים, חברות שונות כגון Helicos (פשטה רגל), ו-Oxford Nanopore Technologies עסקו בפיתוח ריצוף ישיר של מולקולת RNA בודדת. טכנולוגיה זו מרצפת מולקולות RNA באופן ישיר בשיטת הריצוף המסיבי-המקביל.
שיטות > ריצוף בזמן אמת של מולקולת RNA בודדת

ריצוף ישיר של מולקולת RNA בודדת באופן מסיבי ומקביל נחקר כחלופה לריצוף ה-RNA המסורתי, שבו המרת ה-RNA ל-cDNA, הליגציה, ההגברה ושלבי עיבוד אחרים של הדגימות עלולים להכניס הטיות וממצאי שווא. פלטפורמות טכנולוגיות שמבצעות ריצוף של מולקולת RNA בודדת בזמן אמת כוללות את ריצוף Nanopore של חברת Oxford Nanopore Technologies (ONT), את ריצוף IsoSeq של חברת PacBio ואת חברת Helicos (פשטה רגל). ריצוף RNA בצורתו הטבעית משמר שינויים כמו מתילציה, ומאפשר לחקור אותם באופן ישיר ובו-זמני. יתרון נוסף של ריצוף מולקולת RNA בודדת הוא שניתן לכסות את התעתיקים באורך מלא, מה שמאפשר לזהות ולכמת איזופורמים בוודאות גבוהה יותר בהשוואה לריצוף בקריאות קצרות. בעבר, לשיטות ריצוף מולקולת RNA בודדת היו שיעורי שגיאה גבוהים יותר בהשוואה לריצוף בקריאות קצרות, אך שיטות חדשות יותר כמו שיטת ONT לריצוף ישיר של RNA מגבילות את כמות השגיאות בכך שהן נמנעות מחלוקה למקטעים ומהמרה ל-cDNA. השימוש שנעשה לאחרונה בשיטת ONT לבדיקת הביטוי הדיפרנציאלי באוכלוסיות תאים אנושיים הוכיח שהטכנולוגיה הזו יכולה להתגבר על מגבלות רבות של ריצוף cDNA קצר וארוך.
שיטות > ריצוף RNA של תא בודד

שיטות סטנדרטיות כגון מיקרו-מערכים וניתוח סטנדרטי של RNA שרוצף בכמויות גדולות, מנתחות את ביטוי ה-RNA באוכלוסיות גדולות של תאים. באוכלוסיות מעורבות של תאים מסוגים שונים, המדידות הללו עלולות לטשטש הבדלים קריטיים בין תאים אינדיבידואליים בתוך האוכלוסיות.
ריצוף RNA של תא בודד (scRNA-Seq) מספק את פרופילי הביטוי של תאים בודדים. אף על פי שלא ניתן לקבל מידע מלא על כל RNA שמבוטא על ידי כל תא, בשל הכמות הקטנה של החומר הזמין, ניתן לזהות דפוסים של ביטוי גנים באמצעות ניתוח אשכולות של הגנים. זה יכול לחשוף את קיומם של סוגים נדירים של תאים שאולי לא נראו מעולם. לדוגמה, תאים מתמחים נדירים בריאות הנקראים יונוציטים ריאתיים המבטאים את מווסת ההולכה הטרנסממברנית של ציסטיק פיברוזיס זוהו בשנת 2018 על ידי שתי קבוצות שביצעו ריצוף RNA של תא בודד על תאי אפיתל של דרכי הנשימה בריאות.
שיטות > ריצוף RNA של תא בודד > יישומים

ריצוף RNA של תא בודד נכנס לשימוש רחב במגוון דיסציפלינות ביולוגיות כגון התפתחות העובר והאורגניזם, נוירולוגיה, אונקולוגיה, מחלות אוטואימוניות, ומחלות זיהומיות.
הריצוף בדרך זו סיפק תובנות חשובות לגבי התפתחותם של עוברים ואורגניזמים, כולל התולעת Caenorhabditis elegans, והתולעת השטוחה שמסוגלת להתחדש Schmidtea mediterranea (אנ'). בעלי החוליות הראשונים שמופו בדרך זו היו דג הזברה והצפרדע האפריקאית Xenopus laevis (אנ'). בכל אחד מהמקרים נחקרו שלבים רבים של העובר, שאפשרו למפות את תהליך ההתפתחות במלואו על בסיס תא-אחר-תא. כתב העת Science הכיר בהישגים אלו כפריצת הדרך של השנה ב-2018.
שיטות > שיקולים בעריכת ניסויים

בתכנון ובביצוע ניסויי ריצוף RNA יש לקחת בחשבון מגוון פרמטרים:
ספציפיות של רקמות – ביטוי הגנים משתנה בתוך כל רקמה ובין רקמות שונות, וריצוף RNA מודד תערובת של סוגי תאים. זה עלול להקשות על בידוד המנגנון הביולוגי שמעוניינים לבחון. ניתן להשתמש בריצוף תא בודד כדי לבחון כל תא בנפרד, וכך להתגבר על בעיה זו.
תלות בזמן – ביטוי הגנים משתנה על ציר הזמן, וריצוף RNA רק מצלם תמונת מצב. ניתן לבצע סדרת בדיקות לאורך זמן כדי לצפות בשינויים בטרנסקריפטום.
כיסוי (מכונה גם 'עומק') – RNA מכיל את אותן מוטציות שנצפו ב-DNA, וכדי לגלות אותן נדרש כיסוי עמוק יותר. אם הכיסוי גבוה מספיק, ניתן להשתמש בריצוף RNA כדי להעריך את הביטוי של כל אלל. זה יכול לספק תובנות לגבי תופעות כמו החתמה או השפעה של אזורי בקרה שצמודים לגנים (אנ'). את עומק הריצוף הנדרש עבור יישומים ספציפיים ניתן להסיק מניסויי פיילוט.
ממצאי שווא בהפקת המידע (מכונים גם 'שונות טכנית') – הריאגנטים (למשל, ערכת הכנה לספרייה), אנשי הצוות שמבצעים את הניסוי, וסוג טכנולוגיית הריצוף (למשל, אילומינה, Pacific Biosciences) עלולים ליצור ממצאי שווא טכניים שעלולים להתפרש בטעות כתוצאות בעלות משמעות. כמו בכל ניסוי מדעי, רצוי לבצע ריצוף RNA בסביבה מבוקרת היטב. אם זה בלתי אפשרי או שהמחקר הוא מטא-אנליזה, פתרון אחר הוא לזהות ממצאי שווא טכניים על ידי הסקת משתנים חבויים (לרוב באמצעות ניתוח גורמים ראשיים או ניתוח גורמים) ולאחר מכן לשלוט במשתנים הללו.
ניהול נתונים – ניסוי אחד של ריצוף RNA בבני אדם לרוב כולל 1–5 Gb של נתונים (לאחר דחיסה), ואפילו יותר אם כוללים גם את קובצי הביניים. נפח הנתונים הגדול יכול ליצור בעיות אחסון. פתרון אחד הוא לדחוס את הנתונים בשיטות דחיסה רב-תכליתיות (למשל, Gzip) או בשיטות דחיסה ספציפיות לגנומיקה. השיטות הספציפיות יכולות להיות מבוססות על רצף ייחוס או דה נובו. פתרון נוסף הוא לבצע ניסויי מיקרו-מערך, שעשויים להספיק למחקרים שעוסקים בבחינת השערות או למחקרי שכפול (בניגוד למחקרי גישוש (אנ')).