אדווין סטנטון
מזכיר המלחמה בממשל לינקולן > התרחבות הלחימה

בימים האחרונים של אוגוסט 1862 הנחיל הגנרל לי לאיחוד את תבוסתו השנייה בצומת מנסס בקרב בול ראן השני. הפעם ניצבו נגדו מייג'ור גנרל פופ וארמיית וירג'יניה. כמה אנשים, כולל מייג'ור גנרל האלק וסטנטון, סברו שלי ישים פעמיו לוושינגטון. תחת זאת פתח לי במערכת מרילנד. המערכה נפתחה ב-4 בספטמבר בקרב מייל היל, והמשיכה בקרב הארפרס פיירי. לינקולן, מבלי להתייעץ עם סטנטון, כנראה בשל ידיעתו שהוא יתנגד, מיזג את ארמיית וירג'יניה של פופ עם ארמיית הפוטומק של מקללן. עם 90,000 איש שעמדו לפקודתו, שיגר מקללן את הארמייה שלו לקרב אנטיאטם, בו הוא נחל הצלחה ודחק את ארמיית וירג'יניה הצפונית בחזרה לווירג'יניה ושם קץ ביעילות למתקפת מרילנד של לי. הצלחתו של מקללן בקרב אנטיאטם עודדה אותו לדרוש שלינקולן והממשלה יחדלו להפריע לתוכניותיו, שהאלק וסטנטון יפוטרו ושהוא ימונה לגנרל המפקד של צבא האיחוד. בינתיים, הוא סירב לפעול באגרסיביות כנגד לי וכנגד ארמיית וירג'יניה הצפונית, שביצעו נסיגה לכוון ריצ'מונד. בקשותיו הבלתי הגיוניות של מקללן המשיכו, כפי שהמשיכה הנרפות שלו, ועד מהרה פקעה סבלנותו של הנשיא כלפיו. ב-5 בנובמבר הוא הדיח אותו מהפיקוד על ארמיית הפוטומק וכמה ימים החליפו מייג'ור גנרל אמברוז ברנסייד. ברנסייד, לבקשתו של האלק, הגיש תוכנית לביצוע הסחה בקלפר ובגורדונסוויל שבווירג'יניה, בעוד שעיקר הכוח כבש את פרדריקסבורג, ואז נע לכוון ריצ'מונד. תגובתו של האלק נשלחה ב-14 בנובמבר: "הנשיא זה עתה נתן את הסכמתו לתוכניתך. הוא סבור שהיא תצליח, אם תנוע במהירות. ואם לא תעשה כן, היא תיכשל". קרב פרדריקסברג שבא אחר כך היה אסון, וארמיית הפוטומק הובסה בקלות.
ב-26 בינואר 1863 החליף מייג'ור גנרל ג'וזף הוקר את ברנסייד. סטנטון לא גילה עניין רב בהוקר, שבפומבי מתח ביקורת על ממשל לינקולן ובעת שפיקד תחת ברנסייד, היה בלתי צייתן. הוא העדיף את מייג'ור גנרל ויליאם רוסקרנס. לינקולן חלק על דעתו של סטנטון. לינקולן בחר בהוקר בשל המוניטין שיצא לו כלוחם שזכה לאהדה באותה עת יותר מאשר כל גנרל אחר בזירה המזרחית. הוקר הקדיש זמן רב לחיזוק ארמיית הפוטומק, בייחוד בשיפור המוראל שלה. הפעולה הקרבית הראשונה שניהל הוקר מול ארמיית וירג'יניה הצפונית של לי הייתה בקרב צ'נסלורסוויל בראשית מאי 1863. לי שלח את תומאס ג'ונתן ג'קסון להתעמת עם המשמר האחורי של הוקר בפעולת איגוף פזיזה. התמרון של ג'קסון בוצע במיומנות וכתוצאה ממנו נחלה הקונפדרציה ניצחון בקרב שהסתיים ב-6 במאי ובו איבדו את חייהם 17,000 איש.
נסיונותיו של סטנטון להעלות את המוראל לאחר תבוסה זו כשלו עם הגיע הידיעות על ירידת משמעת חדה בארמיית הפוטומק תחת פיקודו של הוקר. אכן, המחנות של הארמייה תוארו כ"שילוב של בר ובית בושת". סטנטון דרש שתאסר הכנסת משקאות חריפים ונשים אל המחנות. בינתיים, שוב התקדם לי צפונה. תמרוניו של לי מרטו עצבים רבים בוושינגטון באמצע יוני, ויותר מכך, כאשר דיווחים מטרידים הגיעו מפקודיו של הוקר, כמו זה של בריגדיר גנרל מרסנה פטריק: "[הוקר] פועל כמו אדם ללא תוכניות והוא אובד עצות לחלוטין, או שאין לו מושג כיצד להתמודד עם האויב או כיצד להגיב על פעולותיו". בהמשך, כמו מקללן, המשיך הוקר להעריך יתר על המידה את סדרי הגודל של כוחותיו של לי וטען שלממשל לינקולן אין אמון מלא בו. ב-27 ביוני התפטר הוקר וסטנטון ולינקולן החליטו להחליפו במייג'ור גנרל ג'ורג' מיד שנכנס לתפקידו ביום המחרת.
ההתנגשות הראשונה בין לי לבין מיד התרחשה בקרב גטיסברג ב-1 ביולי. החדשות על הניצחון ועל הנסיגה רבתי של צבא הקונפדרציה הגיעו ב-4 ביולי. זמן קצר לאחר מכן, הגיעה הידיעה על ניצחונו של מייג'ור גנרל יוליסס ס. גרנט במצור על ויקסבורג. בצפון הייתה אווירה של התרוממות רוח. סטנטון אף נשא נאום נדיר בפני קהל רב בחזית משרדי מחלקת המלחמה. עד מהרה תמו החגיגות, כאשר סירב מיד לשגר מתקפה כנגד לי כאשר ארמיית וירג'יניה הצפונית שלו נתקעה על גדות נהר הפוטומק. ב-14 ביולי, כאשר חצה לי את הנהר ללא הפרעה, היו סטנטון ולינקולן מודאגים. במכתב ששלח לידיד, אישר סטנטון שהוא יעניק את תמיכתו למיד ללא סייג, אך "מאחר שמאז נוצר העולם לא החמיץ אף אדם הזדמנות כה גדולה לשרת את ארצו כפי שהוא איבד את ההזדמנות להכות ביריבו". אף על פי כן, סטנטון ידע שמיד סירב בעצתם של מפקדי הדיוויזיות שלו שדרגותיהם היו גבוהות משלו.
בשעה שהפעילות בזירה המזרחית דעכה, הפעילות בזירה המערבית התחממה. לאחר שני ימי קרב צ'יקמאוגה בסוף ספטמבר, נותר מייג'ור גנרל רוסקרנס, מפקד ארמיית קמברלנד, לכוד בצ'טנוגה, טנסי ומותקף מכל הצדדים על ידי כוחותיו של גנרל ברקסטון בראג מצבא הקונפדרציה. רוסקרנס שלח מברק לוושינגטון: " נתקלנו באסון כבד, בהיקף שטרם הוברר". המצב בצ'טנוגה היה נואש. הצפון היה זקוק לעיירה. על פי העיתונאי צ'ארלס אנדרסון דנה, שהיה עוזרו של סטנטון מאז מרץ 1863, רוסקרנס היה מסוגל להילחם עוד 15–20 ימים בלבד ומבלי שיעמדו לרשותו 20,000 עד 25,000 איש, צ'טנוגה תאבד. סטנטון ארגן את העברתם באמצעות רכבת של אלפי חיילים של צבא האיחוד. לינקולן וסטנטון הסכימו למנות את הגנרל גרנט כמפקד של רוב הכוחות במערב, ולשחרר את רוסקרנס מהפיקוד על ארמיית קמברלנד ולהחליפו במייג'ור גנרל ג'ורג' הנרי תומאס. בסוף נובמבר פרצו גרנט ומייג'ור גנרל ויליאם שרמן את המצור על צ'טנוגה. לוטננט גנרל ג'יימס לונגסטריט מצבא הקונפדרציה ניסה לצור על הארמייה של הגנרל ברנסייד בנוקסוויל, אך שרמן תקף את כוחות הקונפדרציה וגרם להם לסגת.