ההצגה הגדולה בתבל (ספר)
פרק 10 – אילן היוחסין > עצם אל עצמו – הומולוגיה בשלד החולייתנים

תת פרק זה עוסק בהומולוגיה בשלד של חולייתנים. דוקינס פותח בתיאור שלד היונקים והדמיון שיש בשלד של כל יונק לכל יונק אחר. למרות שהשלד הוא מורכב ומסובך מאד ולמרות שהוא יכול להיות שונה מאד בין יונק ליונק הוא בו-בזמן זהה בין כל היונקים. לדוגמה שלד של עטלף דומה לשלד האדם בכך שכל עצם שיש בגוף האדם יש עצם מקבילה בשלד העטלף. כאשר רואים תמונה של שלד העטלף, העצמות קלות לזיהוי גם כאשר הן שונות מאד בגלל הסדר שבו העצמות מתחברות זו לזו – רק הפרופורציות של העצמות שונה.
המונח הביולוגי לתיאור הדמיון בין העצמות בכנף העטלף לבין העצמות בכף היד האנושי הוא הומולוגיה. ההסבר האבולוציוני להומולוגיה בין עצמות אצבעות ידי האדם לבין עצמות כנפי העטלף הוא שכפות הידיים של האב הקדמון המשותף שהיה לעטלף ולאדם עברו במשך השנים שינוי של התכווצות או מתיחה בכיוונים שונים או במידות שונות לאורך שושלות אבולוציוניות שונות.
דבר דומה מתקיים, בפרופורציות שונות, כאשר מסתכלים בכנף שלד של פטרודקטיל. הפטרודקטיל אינו יונק ולכן ההומולוגיה במקרה זה מרשימה עוד יותר. קרום הכנף של הפטרודקטיל נסמך ברובו על האצבע שאצל האדם היא מכונה זרת – בעוד בגוף האדם מדובר בעצם קטנה ושברירית, אצל הפטרודקטיל מדובר בעצם חסונה ואורכה כמעט כאורך כל הגוף כולו. הדבר ממחיש כי האצבע הזו עברה התאמה אבולוציונית לנשיאת קרום הכנף. כל הפרטים השתנו, אבל קל לזהות את עצמות האצבע החמישית בגלל היחס המרחבי שלה לשאר העצמות. למרות השוני הרב, הזרת הזו היא הומולוגית לזרת האדם.
מלבד בעלי חיים מעופפים כמו עופות, עטלפים או פטרוזאוריסים יש בעלי חיים דואים. הרגלים אלה מסייעים להבין כיצד התפתחה התעופה האמיתית בקרב בעלי חיים. לבעלי חיים דואים יש קרומי דאייה הזקוקים לתמיכה מהשלד, אבל עצמות אלה לא בהכרח קשורות לעצמות האצבעות כמו בעטלפים או פטרוזאוריסים. האנומלורים (שתי קבוצות נפרדות של מכרסמים הקרויות יחד "סנאים מעופפים") מותחים את קרום העור בין הזרועות לבין הרגליים. כך גם התפתח גופם של הכיסנאים הדואים (יונקי כיס אוסטרליים שדומים לסנאים המעופפים אבל אינם קרובי משפחה שלהם).
שיטת דאייה שונה קיימת אצל הדרקון הדואה – אצלו הצלעות ולא האצבעות או הזרועות הותאמו לנשיאת קרומי הדאייה. גם במקרה זה ניתן לראות את ההמולוגיה הקיימת בשלד הדרקון לבין עצמות הגוף של האדם, העטלף או הפטרוזאואר.
טלף הסוס הומולוגי לציפורן אצבע האמה בכף היד והרגל שלנו, הסוסים הולכים על אצבע אחת מעובה, בעוד שאר האצבעות קטנו לאצבעות גישוש זעירות המחוברות לעצם המתוך והן מתחת לעור. לפעמים נולדים סוסים חריגים שיש להם שלוש בהונות בכל רגל – טלף אמצעי רגיל ועוד שני טלפיים זעירים. דוגמה לאבולוציה מתכנסת בתחום זה יש בקרב הליטופטרנים (אוכלי עשב שהיו באמריקה הדרומית ונכחדו) אף כי אלו אינם קרובים לסוסים הם פיתחו רגליים וטלפיים כמעט זהים.
המשותף לכל הדוגמאות האלה הן התאמות כמעט בלתי מוגבלות של השלד על פני המרחב והזמן כך שכל התאמה משמרת סימנים ברורים למקורה. שלדי כל היונקים או כל החולייתנים היבשתיים הם זהים במובן של סדר חיבור העצמות זו לזו, גם אם העצמות עצמן שונות מאד בצורתן. דוגמה נוספת לדבר זה היא הגולגולת בקרב היונקים הכוללת 28 עצמות שרובן (מלבד הלסת) מאוחות זו לזו בשלב קשיח. יש להן אותו שם בכל היונקים. קווי הדמיון בין שלדי בעלי החיים מתאימה בדיוק לתחזית האבולוציונית של אב קדמון משותף. חלק מהשלדים של שני מינים שונים, דומים יותר זה לזה בשל אב קדמון אחרון משותף מאוחר יותר מאשר האב הקדמון האחרון שיש להם עם מינים אחרים. לדוגמה שלד האוקפי ושלד הג'ירף דומים זה לזה בשל קרבתם לאב קדמון משותף שכנראה היה דומה יותר לאוקפי. באופן דומה לגנו ולאימפלה הם קרובים בעלי אב קדמון משותף מאוחר יחסית. הם שארים מעט יותר רחוקים ביחס לג'ירף ולאוקפי. כל ארבעת המינים הם שארים רחוקים יותר ביחס לבעלי חיים מכפילי פרסה אחרים כמו חזיר וחזיר יבלות (שקרובים אחד לשני ולפקארי) וכל מכפילי הפרסה הללו הם שארים רחוקים יותר ביחס לסוסים ולזברות (שאינם בעלי פרסה כפולה והם שארים קרובים מאד זה לזה). הדבר יוצר אילן יוחסין של בעלי החיים שיש לו עוד ועוד ענפים המתפצלים באבות קדמונים משותפים – כך הג'ירף והאוקפי האימפלה והגנו שייכים כולם לענף אחד שיש לו אב קדמון בעבר הרחוק יותר עם ענף אחר שמתפצל לשני ענפים שאחד מכיל את הזאב והשועל והשני מכיל את האריה והנמר.