Assassin's Creed: Brotherhood
עלילה

בעקבות אירועי המשחק הקודם, דזמונד מיילס נמלט ביחד עם לוסי סטילמן, רבקה קריין ושון הייסטינגס אחרי שהטמפלרים תקפו את מקום מחבואם, והם מתמקמים בחורבות וילה אודיטורה שבעיר מונטריג'וני. אחרי שחידש את החשמל למנהרות ששוכנות מתחת לוילה, דזמונד משתמש במתקן האנימוס 2.0 כדי להמשיך ולחיות את הזכרונות הגנטיים של אבי אבותיו אציו אודיטורה דה פירנצה. משימתו היא למצוא את תפוח עדן, שיוכל למנוע אסון מתקרב באותה שנה, שלדעתו תוכנן בידי הטמפלרים.
סיפורו של אציו ממשיך בשנת 1499, כשהוא יוצא מתוך הכספת ונמלט מרומא ביחד עם דודו מריו. עם שובו למונטריג'וני, אציו מסביר לחברי אחוות המתנקשים את הדברים שראה בתוך הכספת, והוא מתנחם בעובדה שהרצון האישי שלו לנקמה הגיע לסיפוקו. אולם, מנהיג המתנקשים ניקולו מקיאוולי מפקפק בהחלטתו של אציו לחוס על חייו של רודריגו בורג'ה. ביום למחרת, צבא האפיפיור מטיל מצור על מונטריג'וני בפקודתו של צ'זארה בורג'ה, בנו של רודריגו. צ'זארה הורג את מריו ומשיג את התפוח לידי הטמפלרים. אציו הפצוע עושה את דרכו חזרה לרומא, מרכז כוחם של הטמפלרים באיטליה, ומחפש לנקום בבית בורג'ה. בהגיעו, הוא מגלה שאחוות המתנקשים המקומית איבדה מכוחה. הוא מחליט להקים מחדש את האחווה ומשכנע את מקיאוולי שהוא מסוגל להנהיגה, לגייס אנשים אליה ולשחזר את עוצמתה.
במהלך שלוש השנים הבאות, אציו מנטרל את כוחם של בני בורג'ה בעיר הבירה, מחבל במשאביו של צ'זארה ומתנקש באנשי מפתח שקרובים אליו תוך שאיפה להחזיר את רומא לגדולתה. אחרי שהחזיר את אחוות המתנקשים למלוא כוחה, ניתנת לאציו דרגת "אל מנטורה" (המורה) והוא הופך למעשה למנהיג סיעת המתנקשים באיטליה. במהלך זמן זה, גם אחותו של אציו קלאודיה הופכת למתנקשת.
כשצ'זארה מגלה אודות פעולותיו של אציו, הוא מתעמת עם אביו כדי לבקש יותר כסף ואת התפוח. רודריגו מסרב מחשש שהדבר יתגרה במתנקשים, ומנסה להרוג את בנו עם תפוח מורעל בראותו שבנו תאב לכוח. אולם, צ'זארה - שרק לקח נגיסה מהתפוח המורעל - יורק אותה ודוחף את התפוח בפה של אביו, למעשה הורג אותו. אחרי שאציו מאתר את מיקומו של התפוח בבזיליקת פטרוס הקדוש הישנה, הוא משתמש בו כדי להתגבר על כוחות צבאו של צ'זארה ולהדוף את תומכיו. צ'זארה נעצר בידי צבא האפיפיור של יוליוס השני אחרי שאציו ומתנקשיו מתעמתים איתו והורגים את אחרוני מאמיניו.
מספר שנים לאחר מכן, אציו משתמש בתפוח כדי לבדוק את מצבו של צ'זארה, אך הוא מגלה שזה האחרון הוברח מכלאו. אציו מסתיר את התפוח במקדש הציוויליזציה הראשונה שנבנה מתחת לקולוסיאום, ועוזב את רומא במרדף אחרי צ'זארה. בשנת 1507, צ'זארה ופטרונו החדש ז'אן ד'אלברה השלישי מממלכת נווארה מטילים מצור על העיר ויאנה בספרד. אציו נתקל בצ'זארה בביצורים של טירה עתיקה ונלחם בו. צ'זארה טוען בפניו שאינו יכול להיהרג בידי בן תמותה, ואציו בוחר להשאיר זאת לידי הגורל ומפיל אותו מהביצורים אל מותו.
בחזרה בזמנים המודרניים, דזמונד משתמש בקואורדינטות מזכרונותיו של אציו, וביחד עם לוסי, שון ורבקה נוסע למקדש שבו אציו החביא את התפוח. הוא מתכוון להשתמש בו כדי לאתר מקדשים אחרים ולשמור על שאר פיסות העדן שהם מחזיקים בהם הרחק מידיהם של הטמפלרים. כאשר דזמונד נכנס למקדש, הוא נתקל בהולוגרמה של אישה בשם יונו, בדומה לחזיון של אציו עם מינרווה. יונו מעירה על חוסר הידע של בני האדם, וקוראת להם "תמימים ובורים", בטרם היא נכעסת וצועקת "היינו צריכים להשאיר אתכם כפי שהייתם!". כשדזמונד מתקרב לתפוח ונוגע בו, הזמן עוצר מסביבו. יונו מצהירה שדזמונד הוא צאצא הגזע שלה וכי הוא אויבם. היא גם אומרת שיש אישה שתלווה אותו מבעד ל"שער", אך יש לאסור עליה לעשות זאת. היא לוקחת שליטה על גופו של דזמונד ומאלצת אותו לדקור את לוסי. השניים נופלים לקרקע, כשלוסי מתה ודזמונד נופל לתרדמת. במהלך הקרדיטים של סוף המשחק, שני גברים מתלבטים אם להכניס את דזמונד חזרה לאנימוס.