הרפורמציה הפרוטסטנטית
מהומניזם לפרוטסטנטיזם

הרפורמה המתוסכלת של ההומניסטים, שהתפתחה בעקבות הרנסאנס, הביאה לחוסר סבלנות גובר בקרב הרפורמטורים. ארסמוס ודמויות מאוחרות יותר כמו מרטין לותר ואולריך צווינגלי עלו בעקבות הוויכוח הזה, ותרמו לבסוף לקרע הגדול השני בנצרות המערבית (הראשון היה הקרע המערבי). לרוע מזלה של הכנסייה, המשבר בתאולוגיה שהחל בוויליאם איש אוקאם במאה ה-14 חל יחד עם חוסר שביעות הרצון של הבורגנות. התפוררות היסודות הפילוסופיים של הסכולסטיקה ועליית האסכולה הנומינליסטית לא היוו סימן טוב עבור הכנסייה הממוסדת, שהלגטימיות שלה הייתה מבוססת על היותה מתווכת בין האל לבני האדם. החשיבה החדשה גרסה כי אין דוקטרינה דתית שניתן לתמוך בה על ידי טיעונים פילוסופיים, וכך גרמה למשבר ברעיון של אחדות בין ההיגיון לאמונה, אשר אפיין את מחשבת ימי הביניים כפי שזו סוכמה על ידי תומאס אקווינס.
תנועות הרפורמה האינדיבידואליסטיות העיקריות שהתנגדו לסכולסטיקה הימי-ביניימית והמוסדות שתמכו בה היו ההומניזם, האדיקות הרגשית והתנועה שהדגישה את הפעולה הדתית המסורתית. באוניברסיטאות הגרמניות עלתה קרנה של "הדרך המודרנית", אשר הצריכה הגדרה מחדש של האל, שכבר לא היה עקרון רציונלי אלא ישות מופשטת וחסרת גבולות. האל היה עתה שליט אבסלוטי שלא ניתן להבינו, והדת נעשתה לרגשית ואדוקה יותר. לפיכך, ההתחדשות של התאולוגיה האוגוסטינית, שטוענת כי האדם לא יכול להגאל במאמצי עצמו אלא רק על ידי רצונו של האל, ערערה את הלגיטימציה של המוסדות המאובנים של הכנסייה, שהיו אמורים לספק לאדם ערוץ לעשות מעשים טובים ולהגיע לגן עדן. ההומניזם, לעומת זאת, היה תנועת רפורמה חינוכית, ששורשיה בהתחדשות הרנסאנסית של החינוך והמחשבה הקלאסית. המרד שלו בלוגיקה האריסטוטלית שם את הדגש על שינוי היחיד על ידי רטוריקה בניגוד להגיון. הרנסאנס האירופאי הניח את היסודות להומניסטים הצפוניים בכך שחיזק את השימוש בלטינית כשפה תרבותית המאחדת בין ארצות אירופה.
הקיטוב של קהילת המלומדים בגרמניה בפרשת רויכלין (1455–1522), שהותקף על ידי אליטת הכמורה על כך שלמד טקסטים עבריים ויהודיים, הציב את לותר בשורה אחת עם הרפורמה החינוכית ההומניסטית, שתמכה בחופש אקדמי. עם זאת, ההשפעה של הרנסאנס הציתה את ההתנגדות למסורת הקתוליות, אשר באה לידי ביטוי ברפורמציה ובדחיה של חלק ניכר מהמסורת הלטינית של ימי הביניים. ההומניסטים, ובראשם ארסמוס, גינו צורות שונות של שחיתות בכנסייה, שייתכן ולא היו פחות נפוצות בכנסייה במהלך ימי הביניים. ארסמוס טען כי הדת האמיתית היא עניין של אדיקות פנימית יותר מאשר סמלים חיצוניים של טקסים וריטואלים. כשהם חוזרים לטקסטים העתיקים, ההומניסטים חשבו כי כתבי הקודש, שמנקודת מבטם היו שיאה של מסורת עתיקה, הם מורי הדרך לחיים. כשהוא תומך ברפורמה מוסרית ומתנגד לריטואלים דידקטי, ארסמוס הניח את היסודות עבור לותר.
האנטיקלרקליזם (אנ') האינטלקטואלי של ההומניזם השפיע רבות על לותר. המעמד הבינוני המשכיל בגרמניה הצפונית, בעיקר הקהילה המשכילה ויושבי הערים, אימצו את החשיבה המחודשת של לותר על הדת, כדי להמשיג את חוסר שביעות הרצון שלהם על פי החשיבה התרבותית החדשה של התקופה. עלייתה של הבורגנות והרצון להפעיל את עסקיה ללא הגבלות מוסדיות או נהגים מסורתיים שעבר זמנם, הגדילו את המשיכה של האינדיבידואליזם ההומניסטי. עבור רבים, המוסדות האפיפיוריים היו קשוחים, במיוחד ביחסם למחיר צודק ולריבית. בצפון, בורגנים ומונרכים היו מאוחדים בתסכולם מכך שמסים ששילמו האזרחים לא הגיעו למדינתם אלא לאפיפיור באיטליה.
המגמות החדשות הגבירו את הדרישה לרפורמה משמעותית, יחד עם אנטיקלריקליזם. הוגים חדשים החלו להבחין בפער בין הכמרים לקהילתם. לדוגמה, הכמרים לא היו תמיד משכילים במיוחד: כמרים מקומיים לעיתים קרובות לא ידעו לטינית, ולכמרים כפריים לרוב לא הייתה הזדמנות לקבל חינוך תאולוגי. בשל הקרקעות הרבות והקשיחות הממסדית של הכנסייה, קשיחות שהכמות המוגזמת של כמרים תרמה לה לא מעט, בישופים רבים למדו משפטים ולא תאולוגיה, על מנת לקבל הכשרה של מנהלי קרקעות המתמחים באדמיניסטרציה. בעוד שהכמרים הדגישו את מצוות הדת, האמינות והכבוד של הכנסייה החלה להדרדר, בעיקר בקרב העירוניים המשכילים, ובמיוחד בשל שרשרת ההשפלות הפוליטיות של הכנסייה, כגון המעצר של האפיפיור בוניפקיוס השמיני בידי פיליפ הרביעי מלך צרפת ו'הגלייתו' לרומא, הקרע הגדול והכישלון של הרפורמות הפנים כנסייתיות עליהן הוחלט בוועידות שכונסו לשם כך. במובן מסוים, המערכה של האפיפיור ליאו העשירי לאיסוף כספים עבור בניית הבזיליקה של סט. פיטר הייתה הגזמה, שגררה לחצים כבדים למכירה של אינדולגנציות (מחילת חטאים) והפכה את המוסדות הכנסייתיים לעוד פחות אהודים בעיני העירוניים.
כשהוא מפתח את המושג האוגוסטיני של גאולה על ידי האל בלבד, לקח לותר מההומניסטים את האינדיבידואליזם ואת הרעיון כי כל אדם יכול להיות הכומר של עצמו (גישה שתסתבר כפופולרית, בהתחשב בעלייתו של מעמד הביניים המשכיל העירוני בצפון אירופה), וכי הסמכות היחידה היא התנ"ך. הלהט הדתי של מרטין לותר היה דומה לזה של המועצות הרפורמתיות (הוועידות האקומניות) של הכנסייה והוא פתח מחדש את הדיון על הגבלת הסמכויות של האפיפיור. בעוד שרעיונותיו קראו להגדרה ברורה של הגבולות בין הכמורה לאדם הפשוט, רעיונותיו עדיין היו רפורמתיים בטבעם. הדעה של לותר, כי האדם אינו מסוגל להיות טוב על פי טבעו, הובילה למחלוקת בינו לבין ארסמוס ובסופו של דבר להפרדה של הרפורמה הלותרנית מההומניזם.