חיים הרצוג
מלחמת העצמאות ושירותו הצבאי > מלחמת העצמאות

בתחילת מלחמת העצמאות, התמנה הרצוג לראש אגף ביטחון וקצין קישור בירושלים. מחד היה מקשר בין ההגנה לשלטונות הבריטיים ומאידך עבד עם הש"י. הרצוג נמען עם מספר מפקדים בריטיים המוצבים בירושלים ופעל למנוע התלקחות של תקריות צבאיות בין כוחות בריטיים לכוחות היישוב. בכדי לשפר את תפקוד ההגנה לקראת האפשרות של מלחמה סדירה מול צבאות ארצות ערב, החל דוד בן-גוריון לקדם בתפקידיהם קצינים ששירתו בצבא בריטניה במהלך המלחמה. משאבים רבים הופנו לשיפור מערך המודיעין. ב-20 בפברואר נפתח קורס קצונה לשירות המודיעין, והרצוג לקח חלק בפיקוד על הקורס.
במרץ הגיעה לארץ משלחת ביצוע מטעם האו"ם שמטרתה לוודא את מימושה של תוכנית החלוקה. בעקבות הגעתה מונה הרצוג לקשר הסוכנות היהודית עם המומחה הצבאי של המשלחת, הקולונל הנורווגי רגנואלד אלפרד רושר-לונד. לפי דרישת בן-גוריון דרש הרצוג מלונד שהאו"ם ישלח כוח בן שתי דיוויזיות לנגב למימוש תוכנית החלוקה (רוב הנגב נפל באותה העת לשליטת סניף של האחים המוסלמים). לונד הבהיר כי מהלך שכזה אינו סביר וטען כי על היישוב לשקול מחדש את חלוקת כוחותיו בשטח בין מטרות אסטרטגיות למטרות שבראש ובראשונה מהוות נושא חשיבות פוליטי. בני הזוג הרצוג עבדו בבית המוסדות הלאומיים כאשר ב-15 במרץ התפוצצה מכונית תופת בקרב בניין המוסדות. חיים, שעבד בלשכתו של בן-גוריון, לא נפגע ורץ לחפש את אשתו אורה, שעבדה בלשכתו של ראש חיל המדע, אהרן קציר. חיים מצא את אורה פצועה ופינה אותה לבית חולים. במרץ התממשו חששותיהם של הרצוג ולונד כאשר ארצות הברית נסוגה מתמיכתה בתוכנית החלוקה ועברה לתמוך במשטר נאמנות מטעם האו"ם. בכך נוצר מצב שהקמת ממשלה זמנית עלולה להשיג אך ורק את תמיכת הגוש המזרחי.
בעקבות הכרזת העצמאות ב-14 במאי, החלו ההגנה והאצ"ל במבצע קלשון להשתלטות על השטחים בירושלים שפונו על ידי החיילים הבריטים הנסוגים עם סיום המנדט. לפי דרישת מנהיגי יושביה הערבים של ירושלים, ב-19 במאי הורה עבדאללה הראשון, מלך ירדן, ללגיון הערבי, לנוע לעבר מערב ירושלים. בן-גוריון הורה לרמטכ"ל יעקב דורי להקים את חטיבה 7 שמטרתה לפרוץ את דרך בורמה לירושלים ולמנוע את נפילתה לידי צבאות ערב. הרצוג התמנה לשרת כקצין המבצעים והמודיעין של חטיבה 7, והשתתף בקרבות לפריצת הדרך לירושלים ובקרבות לטרון. במהלך מבצע בן נון א' ספג צה"ל מפלה צבאית, שרובה נגרמה בעקבות כשל מודיעיני. הרצוג היה קצין המודיעין של החטיבה, אך התמנה לתפקיד רק יום קודם לכן והתברר מאוחר יותר כשל בהעברת המידע על פריסת הלגיון הערבי דרך ש"י לידיעת החטיבה. גם מבצע בן נון ב' בסוף החודש עלה בתוהו ובתחילת יוני הסתיים מבצע יורם בגורל דומה. הרצוג ניצל את היוזמה שנקט צה"ל במבצעים אלו למצוא דרך עקיפה לפרוץ את ירושלים מדרך בורמה. הרצוג וידא כי עיתונאים יפיצו שישראל פרצה את הדרך לירושלים הנתונה תחת מצור עוד קודם החלה ההפוגה הראשונה ב-11 ביוני.
ביולי 1948 השתתף בהקמת אגף המודיעין (מחלקה באותה תקופה), ומדצמבר 1948 עד אפריל 1950 עמד בראש מחלקת המודיעין במטה הכללי לפי מינויו של ראש הממשלה דוד בן-גוריון. לפי קביעתו המקורית של בן-גוריון, על אגף המודיעין, הוא שירות הידיעות הצבאי (במקור נקרא שירות מודיעין: ש"מ), מוטלות הסמכויות הבאות: "יש להקים שרות ידיעות צבאי על ידי המטה (המטכ"ל) תחת ראשות איסר (בארי) וויויאן (הרצוג). הש"י הצבאי יהיה אחראי לביטחון (זהירות), צנזורה ואנטי ריגול (סיכול ריגול)." במקור התמנה בארי לראש אגף המודיעין החדש, אך עד מהרה הוכתם שמו ושמה של היחידה בעקבות פרשת הוצאתו להורג של מאיר טוביאנסקי בחשד לריגול על לא עוול בכפיו. בארי הודח מתפקידו והורד לדרגת טוראי. סגנו, הרצוג, מונה למפקד החדש של אגף המודיעין לפי מינויו של בן-גוריון והיה בעל תפקיד חשוב בבנייתו של המודיעין הצבאי.