ג'וזף א' ג'ונסטון
מלחמת האזרחים > מנאסס וסכסוך ראשון עם ג'פרסון דייוויס

כאשר מדינת מוצאו וירג'יניה פרשה מן האיחוד ב-1861, ג'ונסטון התפטר מתפקידו כבריגדיר ג'נרל בצבא הסדיר, הקצין הבכיר ביותר בצבא שעשה כך. בתחילה, ב-4 במאי, הוא מונה למייג'ור ג'נרל במיליציה של וירג'יניה. אולם, שבועיים אחר כך, החליטה ועידת וירג'יניה שרק מייג'ור ג'נרל אחד דרוש למיליציה, ומינתה את רוברט אדוארד לי לתפקיד. לג'ונסטון הוצע מינוי של בריגדיר ג'נרל מטעם מדינת וירג'יניה, אולם הוא סרב, בקבלו במקום זאת ב-14 במאי מינוי של בריגדיר ג'נרל מאת צבא הקונפדרציה. במאי החליף ג'ונסטון את קולונל תומאס "סטונוול" ג'קסון בפיקוד בהארפרס פרי (Harpers Ferry), וביולי ארגן את ארמיית השננדואה.
ב-21 ביולי 1861, בקרב בול ראן הראשון (מנאסס הראשון), הניע ג'ונסטון במהירות את צבאו הקטן מעמק השננדואה על מנת לתגבר את צבאו של בריגדיר ג'נרל פ.ג.ט. בורגארד. אולם, חסרה לו היכרות עם תנאי השטח, ולכן כמחווה מקצועית, הותיר את התכנון הטקטי של הקרב בידיו של בורגארד. באמצע היום, כאשר בורגארד עדיין לא הבין את מהלכיו של צבא האיחוד יריבו, ג'ונסטון החליט שהמיקום המכריע הוא מצפון למפקדה שלו, בגבעת הנרי האוס. הוא הכריז "הקרב שם. אני הולך." בורגארד והמטות של שני הגנרלים קיבלו את החלטתו ורכבו אחריו. בדרך לחזית הוא פגש יחידה מפוררת – רגימנט אלבמה ה-4 – אשר כל קציני השדה שלו נהרגו בקרב, ובאופן אישי כינס אותה ועודד את אנשיה לתגבר את קו החזית של הקונפדרציה. הוא עודד את בריגדיר ג'נרל ברנרד בי (אנ') המיואש ודחק בו להוביל את אנשיו חזרה אל הקרב. בהמשך שכנע בורגארד את ג'ונסטון שהוא יביא יותר תועלת בארגון הגעת התגבורות להמשך הקרב מאשר במנהיגות טקטית בחזית. אף על פי שבורגארד הצליח לזקוף לזכותו את ההכרה הציבורית בהצלחה, תפקידו של ג'ונסטון מאחורי הקלעים היה קריטי להשגת הניצחון בקרב.
באוגוסט קודם ג'ונסטון לדרגת גנרל מלא – המקבילה לגנרל ארבעה כוכבים בצבא ארצות הברית המודרני – אולם לא היה מרוצה מכך ששלושה קצינים שהיו זוטרים ממנו ב"צבא הישן" היו עכשיו בכירים ממנו. ג'ונסטון חש כי מכיוון שהוא היה הקצין הבכיר ביותר בצבא ארצות הברית שפרש והצטרף לקונפדרציה, אין זה הוגן שידורג אחרי סמואל קופר (אנ'), אלברט סידני ג'ונסטון, ורוברט אדוארד לי. מתוך חמשת הגנרלים שמונו באותה עת, רק בורגארד דורג מתחת לג'ונסטון. דבר זה הוביל לאיבה בינו לבין ג'פרסון דייוויס, איבה אשר נמשכה לכל אורך המלחמה. טיעון הנגד של דייוויס היה שתפקידו האחרון של ג'ונסטון היה מינהלי, בעוד תפקידו הקרבי האחרון היה בדרגת לוטננט קולונל; גם אלברט סידני ג'ונסטון וגם רוברט אדוארד לי החזיקו בדרגת קולונל. ג'ונסטון שלח מכתב זועם לדייוויס, אשר נפגע עד כדי כך שמצא לנכון לדון עם הקבינט שלו בנימת המכתב.
ב-21 ביולי 1861 מונה ג'ונסטון לפקד על זירת הפּוֹטוֹמַק ועל ארמיית הפוטומק של הקונפדרציה, וב-22 באוקטובר מונה לפקד גם על זירת צפון וירג'יניה. החורף של 1861–1862 היה שקט יחסית, וג'ונסטון שמפקדתו שכנה בסנטרוויל (Centerville), עסק בעיקר בארגון וציוד ארמיית הפוטמק. הארמייה הצפונית העיקרית שניצבה מולו נקראה גם היא ארמיית הפוטומק, ומפקדה, ג'ורג' ב' מקללן, עסק גם הוא בהצטיידות ואימונים. מקללן העריך שצבאו של ג'ונסטון בעמדותיו המבוצרות חזק הרבה יותר מכפי שהיה בפועל, ולכן תכנן תימרון אמפיבי על מנת לאגף את ג'ונסטון. במאי נודע לג'ונסטון על תוכניותיו של מקללן, והוא נסוג עם צבאו דרומה לעמדות באזור קלפפר
(Culpeper). למהלך זה היו השלכות על שני הצדדים. נשיא הקונפדרציה דייוויס הופתע והתאכזב מן התנועה שלא תואמה מראש, אליה התייחס כ"נסיגה חפוזה." בערך באותו הזמן הצר דייוויס את סמכויותיו של ג'ונסטון על ידי כך שזימן את רוברט אדוארד לי לריצ'מונד על מנת לשמש כיועצו הצבאי, והחל להוציא הוראות ישירות לחלק מן הכוחות שהיו תחת פיקודו של ג'ונסטון. בצד הצפוני הובך מקללן כאשר התברר שכוחו של צבא הדרום היה חלש משמעותית ממה שהעריך. חשוב מכך, נסיגתו של ג'ונסטון אילצה את מקללן לתכנן מחדש את מתקפת האביב שלו, ובמקום לנחות אמפיבית באורבנה (Urbanna), הנקודה המועדפת עליו, הוא בחר בחצי האי וירג'יניה, בין הנהרות ג'יימס ויורק, כזירה שבה יפתח במערכה כנגד ריצ'מונד.