הנרי מורגנטאו (הבן)
מזכיר האוצר > תוכנית מורגנטאו

ב-1944 הציע מורגנטאו את תוכנית מורגנטאו לגרמניה שלאחר המלחמה, בה הוא קרא להפוך את גרמניה למדינה נטולת תעשייה כבדה. הוא טען ש"צריך לא רק לפרק את מתקני התעשייה הקיימים בחבל הרוהר כעת, אלא גם להחליש אותו ולהטיל עליו שליטה כך שבעתיד הנראה לעין הוא לא יוכל להפוך שוב לאזור תעשייה". גרמניה הייתה אמורה להמשיך ולהחזיק באזורי החקלאות העשירים שלה במזרח. עם זאת, סטלין עמד על קיומו של קו אודר-נייסה, שניתק את גרמניה משטחי חקלאות אלו. לפיכך, תוכנית מורגנטאו המקורית ירדה מעל הפרק. ג'ררד וינברג טוען שהתוכנית נזנחה בשל היותה "רכה מדי כלפי הגרמנים, ולא קשה מדי כפי שאנשים מסוימים מעלים על דעתם".
בועידת קוויבק השנייה שהתקיימה ב-16 בספטמבר 1944, שיכנעו רוזוולט ומורגנטאו את ראש ממשלת בריטניה וינסטון צ'רצ'יל, שהיסס בתחילה, להסכים לתוכנית מורגנטאו, ככל הנראה באמצעות הסכם השאל-החכר בהיקף של 6 מיליארד דולר. צ'רצ'יל בחר בכל אופן לצמצם את היקף הצעתו של מורגנטאו באמצעות ניסוח גרסה חדשה של המזכר, שהייתה בסופו של דבר הנוסח עליו חתמו שני המדינאים. תמצית המזכר שנחתם היה "תוכנית זו לחיסול התעשיות הביטחוניות בחבל הרוהר ובחבל הסאר מיועדת להפיכתה של גרמניה למדינה שכלכלתה מבוססת בעיקר על חקלאות ומקנה".
התוכנית עוררה התנגדות בקבינט של רוזוולט, בעיקר מצידו של הנרי סטימסון, וכאשר היא דלפה לעיתונות, התעוררה ביקורת ציבורית כלפי רוזוולט. בתגובה לכך הכחיש הנשיא את דיווחי העיתונות. כתוצאה מההדלפה התערערו לזמן מה יחסיהם של מורגנטאו והנשיא רוזוולט.
שר התעמולה של גרמניה יוזף גבלס עשה שימוש בתוכנית המודלפת, במידה מסוימת של הצלחה, כדי לעודד את העם הגרמני לחזק את מאמציהם כדי למנוע את הפיכת ארצם ל"שדה תפוחי אדמה". גנרל ג'ורג' מרשל התלונן בפני בפני מורגנטאו שההתנגדות הגרמנית התחזקה. מתוך תקווה לרכך את גישתו של מורגנטאו לתוכניתו עבור גרמניה, הסביר לו חתנו של רוזוולט, לוטננט קולונל ג'ון בוטיגר, שעבד במחלקת המלחמה, כיצד היה על הכוחות האמריקאים להילחם במשך חמישה שבועות מול התנגדות גרמנית עזה כדי לכבוש את אאכן והלין בפניו שתוכנית מורגנטאו הייתה "שווה לגרמנים שלושים דיוויזיות". בסוף 1944 יריבו למירוץ לנשיאות של רוזוולט, תומאס דיואי, אמר שהיא הייתה שווה "עשר דיוויזיות". מורגנטאו סירב להתפשר.
ב-10 במאי 1945 חתם הנשיא החדש הארי טרומן על צו הכיבוש JCS 1067. מורגנטאו אמר לצוותו שזהו יום גדול עבור מחלקת האוצר, ושהוא מקווה ש"אף אחד לא יזהה אותו כתוכנית מורגנטאו". הצו, שהיה בתוקף למשך יותר משנתיים, הנחה את כוחות הכיבוש של ארצות הברית "...לא לנקוט בשום צעדים לטובת שיקומה הכלכלי של גרמניה".
בגרמניה הכבושה השאיר מורגנטאו מורשת בדמות "משרד הממשל הצבאי של ארצות הברית" (OMGUS), שאנשיו נודעו בכינוי "נערי מורגנטאו". היו אלו פקידים של מחלקת האוצר שהושאלו על ידי הגנרל דווייט אייזנהאואר לצבא הכיבוש. פקידים אלו דאגו שצו JCS 1067 יפורש ככתבו וכלשונו. הם היו הפעילים ביותר בחודשים המכריעים הראשונים של הכיבוש, אך המשיכו בפעילותם במשך כמעט שנתיים שלאחר התפטרותו של מורגנטאו באמצע שנת 1945, וכמה מהם אפילו לזמן ממושך יותר תחת מנהיגם קולונל ברנרד ברנסטיין, שהיה "זה שהוביל את רוח מורגנטאו בצבא הכיבוש". צוות זה התפטר ביולי 1947, כאשר הוחלף צו JCS 1067 בצו JCS 1779, שקבע שאירופה מסודרת ומשגשגת צריכה את התרומות הכלליות של גרמניה היציבה והיצרנית".
מורשתו של מורגנטאו השתקפה גם בתוכניות לשימור פירוק גרמניה מנשקה באמצעות צמצום משמעותי של כלכלתה של גרמניה.
באוקטובר 1945 פרסם מורגנטאו ספר בשם "גרמניה היא הבעיה שלנו" (Germany is Our Problem), שבו הוא תיאר ונימק את תוכנית מורגנטאו בפרטי פרטים. הנשיא רוזוולט נתן אישור לפרסום הספר בערב שלפני מותו, כאשר סעד עם מורגנטאו בבית הלבן הקטן בוורם ספרינגס. מורגנטאו ביקש מצ'רצ'יל רשות לכלול בספר את המזכר שנחתם על ידו ועל ידי רוזוולט בקוויבק, ושהיה אז עדיין בגדר סוד, אך צ'רצ'יל לא אישר את פרסום המסמך. בנובמבר אותה שנה אישר הגנרל דווייט אייזנהאואר, המפקד הצבאי של אזור הכיבוש האמריקאי בגרמניה לחלק 1,000 עותקים של הספר לקציני הצבא האמריקאים באזור הכיבוש. ההיסטוריון סטיבן אמברוז הגיע למסקנה, שאף על פי שאייזנהאואר טען מאוחר יותר שהוראתו זו לא היה פעולה לאישור תקפותה של תוכנית מורגנטאו, הוא אכן אישר את התוכנית ואף קודם השמיע באוזני מורגנטאו כמה מרעיונותיו בנוגע לאופן הטיפול בגרמניה.
לאחר התפטרותו מתפקיד מזכיר האוצר, יחד עם כמה אישים בולטים, כמו הגברת הראשונה שלעבר אלינור רוזוולט, המשיך מורגנטאו במשך כמה שנים להיות חבר פעיל בקבוצה שקידמה את "השלום הקשוח" (harsh peace) כלפי גרמניה. בסופו של דבר, מדיניות שילובה מחדש של גרמניה המתועשת באופן מלא ושעברה תהליך של דה-נאציפיקציה באירופה הייתה המדיניות שאומצה, כפי שתוארה בסרטו של פרנק קפרה מ-1945 "הנה גרמניה" (Here Is Germany).