יוסף בן מתתיהו
הפולמוס עם יוסטוס מטבריה > יוסף על מעשיו של יוסטוס בגליל

בתיאורו את המפה הפוליטית בטבריה, מספר יוסף כי היו בה 3 מפלגות: "נשואי הפנים" שהתנגדו למלחמה ברומאים, פשוטי העם שהיו בעד מרד, ומפלגה שלישית שבראשה עמד יוסטוס בן פיסטוס. במפלגת "נשואי הפנים" רק פיסטוס התנגד לשמור אמון לרומאים ולטענת יוסף "נגרר אחר תעלולי בנו יוסטוס", שרק "למראית עין היה כמהסס בדבר המלחמה", בזמן שבעצם שאף למהפכה, בה יוכל "לבצר את עמדתו". יוסף טוען שלאחר שנירון העביר את טבריה לשלטונו של אגריפס השני, הסית יוסטוס את העם למרד באגריפס וקרא לאנשי עירו להתחמש ולהצטרף אל מורדי הגליל. יוסף מתאר את יוסטוס כדמגוג ובעל יכולת שכנוע של יריבים "בדברי תרמית ותעתועים". הוא מציין שהיה בקי בתרבות היוונית וטוען שבספרו התבסס על בקיאות זו כדי לסלף את האמת. הוא טוען שאורח חייו היה "מגונה" וכמעט הביא "כליה על ארץ מולדתו".
שם התואר "מגונה" חוזר אצל יוסף גם ב"נגד אפיון", בפתיחת נספח המתקיף אנשים שמתחו ביקורת על חיבוריו. יש להניח שגם שם התכוון בראש ובראשונה ליוסטוס.
להבדיל מספרו הראשון, "מלחמת היהודים", בו יוסף מספר שנשלח על ידי הממשלה בירושלים לפקד על הגליל, לאחד אותו תחת מרות השלטון המרכזי ולבצר אותו לקראת המלחמה, ב"חיי יוסף" הוא מספר שנשלח על ידי הממשלה כדי להרגיע את הרוחות ולהניע את המורדים להניח את נשקם ולהפקיד אותו בידיו – המפקד מטעם השלטון המרכזי. יוסף מנסה ליצור את הרושם שנטה בלבו אל המתונים ולא ראה סיכוי למרד, אך בשל הנסיבות נאלץ לפעול כפי שפעל. ייתכן שיוסטוס הצליח לפגוע בו בנקודה רגישה זו והעמיד את הדברים באור מזיק ליוסף, כך שזה נאלץ לתאר את שליחותו באור אחר מזה שבספרו הראשון.
יוסטוס האשים בספרו את יוסף באחריות למרידת טבריה. יוסף מקבל את האחריות, אך טוען כי עוד לפני שמונה למפקד הגליל, יוסטוס ואנשי עירו כבר אחזו בנשק, כאשר תקפו את ערי הדקאפוליס ושרפו את כפריהם. יוסף מאשים את יוסטוס שהוא זה שהסית את תושבי טבריה להתחמש, נגד רצונם של רבים מהם, ויצא איתם בעצמו לשרוף את הכפרים מסביב לגדר וסוסיתא, בקרבת תחום טבריה ובית שאן. בתיאור ההתקפה על הערים היווניות ב"מלחמת היהודים", יוסף מסביר שהן היו תגובה על רצח יהודי קיסריה ושבמקביל אליהן היו התקפות רבות של סורים על היהודים היושבים בתוכם. ב"חיי יוסף", לעומת זאת, מאשים יוסף את יוסטוס בהתקפות, תוך שהוא מעלים את ההקשר המצדיק את מעשיו.
יוסף מספר שבתחילת המרד, החליטו אנשי טבריה לשמור אמונים למלך ולא למרוד ברומאים, אולם יוסטוס הסית אותם למרד "כי אהב מהפכות" וקיוה לתפוס את השלטון בטבריה ובגליל, אלא שהגליליים "זכרו את הרעות אשר עשה להם לפני המלחמה" ולכן לא הסכימו שיהיה מפקדם. יוסף מתאר את לידתה של היריבות בינו לבין יוסטוס: "וכאשר הופקדתי אני על הגליל מטעם שלטון ירושלים הרגיזני יוסטוס פעמים רבות, עד כי עוד מעט והרגתיו, כי גדלה חוצפתו מנשוא". לטענתו, החשש מפני נקיטת צעדים כלפיו הביאה את יוסטוס לברוח אל המלך אגריפס. יוסטוס טען בספרו שהוא עצמו לא השתתף במלחמה ברומאים, ושבריחתו אל המלך אגריפס מעידה על כך. יוסף מגיב על הטענה ואומר שיוסטוס לא ברח אל המלך מתוך אהדה לרומא, אלא כיוון שפחד ממנו. יוסף מציין שהדברים על תקיפת הערים כתובים בספרי הזכרונות של הקיסר וגם בתלונת תושבי הדקאפוליס, שכאשר הגיע אספסיאנוס לעכו ביקשו ממנו להעניש את יוסטוס, כאחראי על אסונם. אספסיאנוס הורה לאגריפס להוציא אותו להורג ואגריפס ציווה להמיתו, אך בעקבות "תחנוניה המרובים" של ברניקי, המיר המלך את עונש המוות במאסר לזמן רב והעלים את הדבר מאספסיאנוס. יוסטוס כתב בספרו שיוסף הוא "רשע" ויוסף שואל אותו בתגובה, מדוע - על אף שכבר חס על חייו ואף העניק לו כסף רב - אסר אותו אגריפס לאחר מכן פעמיים ופעמים רבות הגלה אותו מטבריה. הוא מוסיף שלמרות "מעשי הנבלה" שלו, מינה אותו אחר כך אגריפס "למזכירו הסודי", אך סילק אותו כאשר גילה שהוא נוכל. אולם קשה להאמין שלאחר שכבר אסר אותו פעמיים ואף ציווה להמיתו, היה אגריפס ממנה את יוסטוס למזכירו. טענות דחוקות כל כך מוכיחות את גודל מצוקתו של יוסף בשל דברי יוסטוס. ייתכן והעובדה שיוסטוס עבר למחנה הנאמן לרומא עוד לפני שיוסף עבר למחנה הרומאי, הייתה גם היא נקודה קשה ליוסף להודות בה.
מכיוון שיוסף חוזר מספר פעמים על האשמתו את יוסטוס כאחד המסיתים הראשיים למרד ברומא, ניתן לשער שיוסטוס הצליח לפגוע בו בנקודה זו של הטלת האחריות למרד בגליל.
ב"חיי יוסף" חשוב ליוסף להדגיש את היוזמות המקומיות בביצור הגליל, כדי להראות שאת האשמה במרידת טבריה יש לתלות במנהיגיה.
לטענת יוסף, אחריותו שלו הסתיימה כאשר נשבה בידי הרומאים ועובדה היא כי טבריה לא נכנעה מיד אחר כך, אלא רק כאשר אספסיאנוס הגיע אל העיר, מתוך פחד מפני כיבושה בכוח.
מיד אחרי דבריו על טבריה ויוסטוס ב"חיי יוסף", מציג יוסף את יוחנן מגוש חלב לראשונה בפני הקוראים. הוא מאפיין אותו כשוחר שלום ומתרץ את כישלונו בריסון תומכי המרד בעירו, וזאת בסתירה להצגתו ב"מלחמת היהודים", שם הוא רשע מלכתחילה, ובסתירה גם לדבריו בהמשך ב"חיי יוסף", המציגים אותו כנבל. ייתכן ולקראת פרסום הספר "חיי יוסף", דאג יוסף בראשית דבריו על גוש חלב, לשפר את דמותו של יוחנן כדי להבליט את רשעותו של יוסטוס.