הטלת פצצות האטום על הירושימה ועל נגסאקי
הגורמים להטלת פצצות האטום > החשש מאבדות והרצון להביא לסיום מהיר של המלחמה

למרות מצבם הנואש באביב 1945, רוח הלחימה של היפנים לא נשברה. בקרבות על האי איוו ג'ימה ועל האי אוקינאווה, ספגו הכוחות האמריקאים אבדות כבדות כאשר הכוחות היפנים, למרות נחיתותם המספרית הניכרת, סירבו להיכנע ונלחמו עד נפילתו של החייל האחרון. בתקופה זו החלו היפנים לעשות שימוש נרחב גם בטקטיקת הקמיקזה שגרמה לאבדות כבדות בקרב כוחות הצי האמריקאי. ערב הטלת פצצת האטום, העריך המודיעין האמריקאי כי לרשות היפנים עומדים עדיין אלפי מטוסים (רובם מדגמים מיושנים), שניתן להסב בקלות יחסית לתקיפות קמיקזה. בנוסף לכך, עמדו לרשות היפנים כשני מיליון חיילים שהיו מוצבים באיים הראשיים של יפן, ושהיו צפויים להפגין נחישות דומה לנחישות שגילו החיילים שלחמו באיוו ג'ימה ובאוקינאווה. במסגרת התוכנית היפנית להתגוננות מול פלישה אמריקאית לאיי יפן, מבצע קטסו-גו (מבצע החלטה), הקימו היפנים מיליציה אזרחית חמושה, שכללה כ-28 מיליון איש, ונועדה לסייע לכוחות הצבא הסדירים בהגנה על החופים.
טרומן ואנשי ממשלו שאפו לסיים את המלחמה במהירות האפשרית בכמות אבדות מינימלית לכוחות ארצות הברית, ושקלו דרכי פעולה שונות על מנת להשיג מטרה זו. הלחץ על ממשלו של טרומן לסיים את המלחמה במהירות האפשרית גבר לאחר ניצחונן של בעלות הברית על גרמניה הנאצית בזירה האירופית. הניצחון באירופה הביא ללחץ גדול בדעת הקהל של הציבור האמריקאי להביא לסיום מהיר של המלחמה נגד יפן על מנת להחזיר הביתה גם את החיילים שלחמו בזירת האוקיינוס השקט. לפני הניסוי המוצלח בפצצת האטום, האמינו מרבית אנשי הממשל האמריקאי כי לא יהיה מנוס מפלישה לאיים הראשיים של יפן.
החוקרים חלוקים בדעתם בנוגע לאומדן מספר הנפגעים האמריקאיים הצפוי במהלך המבצעים לכיבוש איי יפן, בו נקבו ראשי צבא ארצות הברית בפני טרומן ואנשי ממשלו. מספר חוקרים טענו, כי ראשי הצבא העריכו שכוחות הצבא והצי של ארצות הברית צפויים לספוג למעלה מחצי מיליון הרוגים במהלך הפלישה, בעוד חוקרים אחרים גרסו כי הם נקבו במספר הנמוך מ-50 אלף. קיימת הסכמה בין החוקרים, כי מספר הנפגעים היפנים הצפוי היה גבוה בהרבה ממספר הנפגעים האמריקאים, הן בקרב כוחות הצבא והן בקרב האזרחים. היפנים עצמם העריכו שמספר הנפגעים שלהם במקרה של פלישה אמריקאית צפוי להיות עצום. תת-אדמירל טקיג'ירו אונישי, סגן מפקד הצי הקיסרי היפני, העריך כי במקרה של פלישה אמריקאית, מספר הנפגעים היפנים עלול להגיע ל-20 מיליון איש, אולם מרבית מעריכי המודיעין ב-1945 והחוקרים בימינו, נקבו במספרים נמוכים בהרבה.
דרך פעולה חלופית לפלישה קרקעית הוצעה על ידי מפקד כוח המפציצים האסטרטגי בזירה הפסיפית, קרטיס לה מיי. לה מיי הציע להגביר את קצב ועוצמת ההפצצות האוויריות על יפן ולהדק את המצור הימי עליה. לה מיי גרס כי בדרך זו ניתן יהיה לאלץ את יפן להיכנע בתוך כשישה חודשים. אולם הן הנרי ארנולד, מפקד חילות האוויר של צבא ארצות הברית, והן ג'ורג' מרשל, ראש מטה צבא ארצות הברית, דחו את הצעתו של לה מיי. מרשל בפרט האמין כי להפצצות האוויריות על גרמניה הייתה השפעה מועטה על מהלך המלחמה, וחשב כי השפעתן של ההפצצות על יפן, גם אם תגברנה, תהיה נמוכה אף יותר. מרשל גרס כי גם אם תוכניתו של לה מיי תביא בסופו של דבר לכניעתה של יפן, הדבר יארך זמן רב. המודיעין האמריקאי העריך כי במקרה הטוב, שילוב של הפצצות אוויריות ומצור ימי הדוק עשוי להביא לכניעת יפן במחצית השנייה של שנת 1946, ובמקרה הגרוע הדבר עלול לארוך מספר שנים. הפיקוד הצבאי העריך כי כמות האבדות שיספגו הכוחות האמריקאיים בתקופה זו, תעלה על כמות האבדות הצפויה בפלישה ליפן.
חלופה נוספת שנשקלה הייתה המתנה למתקפה הצפויה של ברית המועצות על השטחים שבשליטת האימפריה היפנית בצפון סין ובחצי האי הקוריאני, בתקווה שהדבר יגרום ליפנים להיכנע. חלופה זו נפסלה מהר יחסית לנוכח חסרונותיה הרבים מבחינת ארצות הברית. לארצות הברית לא היה אינטרס לאפשר לברית המועצות לזכות בהשפעה ביפן, בסין ובאזורים נוספים בצפון מזרח אסיה ובהם מנצ'וריה, קוריאה ומונגוליה, שכן האמריקאים חששו מחדירת השפעה קומוניסטית לאזור זה. בנוסף לכך, הפיקוד הצבאי העריך כי הצטרפותה של ברית המועצות למלחמה נגד יפן לא צפויה להביא לכניעה מהירה של יפן בכל מקרה.
ב-26 ביולי 1945 חתמו ארצות הברית, בריטניה והרפובליקה הסינית על הצהרת פוטסדאם שדרשה מיפן להיכנע ללא תנאי או להתמודד עם הרס מוחלט ביפן. ארצות הברית ראתה בדרישה לכניעה ללא תנאי של יפן חשיבות עליונה. ההיסטוריון רוברט ג'יימס מדוקס טען כי הממשל האמריקאי סבר כי כדי למנוע מלחמה עתידית נוספת עם יפן, יש לחסל לחלוטין את הממסד היפני ואת האידאולוגיה שהביאו לתוקפנותה של יפן. מדוקס טען כי גורמים בממשל האמינו כי ללא השגת כניעה ללא תנאי, יתאוששו היפנים לאחר מספר שנים ויחזרו לנקוט במדיניות תוקפנית, בדיוק כפי שקרה עם גרמניה לאחר מלחמת העולם הראשונה. אף על פי כן, במהלך שנת 1945, החלו אנשי ממשל רבים לתמוך בשינוי קל במדיניות הכניעה ללא תנאי. מזכיר המדינה, ג'וזף גרו, ששימש לפני כן שגריר ארצות הברית ביפן, הציע לפרסם הצהרה בה תבטיח ארצות הברית ליפנים לשמר את מוסד הקיסרות אם הם ייכנעו. גרו טען כי לאור ההערצה הגדולה לקיסר ביפן, יפן לעולם לא תיכנע ללא קבלת הבטחה לשמר את מוסד הקיסרות, ותילחם במקום זאת עד נפילתו של החייל האחרון. על כן הוא טען כי הבטחה לשמר את מוסד הקיסרות תוכל להביא לקיצורה של המלחמה שכן היא תקל על היפנים לקבל את תנאי הכניעה. אף על פי שטרומן ורבים מאנשי ממשלו, ובהם סטימסון, הסכימו עם טיעונו של גרו, הם שללו פרסום הצהרה פומבית בנושא באותה עת שכן חששו שהדבר ישדר מסר של חולשה ליפנים שעלול לגרום להם להאמין כי ארצות הברית מוכנה לסגת לחלוטין מדרישתה לכניעה ללא תנאי.
היפנים מצדם האמינו כי כניעה ללא תנאי משמעותה הרס מוחלט של מדינתם ותרבותם. גורמים בממשל ובצבא היפני חשבו כי האבדות הכבדות שספגה ארצות הברית באיוו ג'ימה ובאוקינאווה יניאו את ארצות הברית מלפלוש ליפן כדי להימנע מאבדות כבדות אף יותר. הם טענו כי במקרה שארצות הברית בכל זאת תפלוש למדינה, היא תספוג אבדות כה קשות שייגרמו לה בסופו של דבר להגיע להסכם בדבר סיום המלחמה שיהיה נוח יותר ליפן. העובדה שברית המועצות שמרה על הנייטרליות שלה ולא חתמה על הצהרת פוטסדאם, חיזקה את תקוותם של היפנים שניתן יהיה להגיע להסכם נוח מבחינתם לסיום המלחמה עם ארצות הברית בעזרת תיווך סובייטי. על כן, החליט הקבינט היפני להימנע מלהגיב להצהרה. במסיבת עיתונאים שהתקיימה ב-28 ביולי, צוטט ראש ממשלת יפן, קנטרו סוזוקי, אומר:
אני חושב שההצהרה המשותפת (הצהרת פוטסדאם) היא חזרה על הצהרת קהיר. הממשלה לא חושבת שיש לה ערך משמעותי כלשהו. אנו יכולים רק להתעלם ממנה.
בעת אמירתו שהממשל היפני יתעלם מההצהרה, נטען שסוזוקי השתמש במילה "מוֹקוּסאטסוּ" (ביפנית: 黙殺) - מילה יפנית ייחודית שניתן לפרש אותה הן כ-"להתעלם" והן כ-"להרוג באמצעות שתיקה" ואף "להתייחס בשתיקה מלווה בבוז". המשמעויות השונות של המילה "מוֹקוּסאטסוּ" תיארו בצורה טובה יחסית את מגוון הדעות לגבי ההצהרה בהן החזיקו אנשי הממשל היפני באותה עת. אף על פי כן, קיימת סברה שסוזוקי מעולם לא השתמש במילה זו אלא אמר בפשטות שאין בכוונתו להגיב על ההצהרה וכי העיתונאים היפנים פרסמו מאוחר יותר, באופן שגוי, כי סוזוקי אמר במקום זאת "מוֹקוּסאטסוּ" - מילה בעלת קונוטציה שלילית יותר. בין אם דבריו של סוזוקי צוטטו נכונה או לא, "מוֹקוּסאטסוּ" הפכה לתגובה היפנית הרשמית להצהרה, עובדה שהביאה את עיתונאי העולם לדווח כי יפן דחתה את הצהרת פוטסדאם, כשחלק אף הוסיפו שהיא דחתה אותה בבוז.
אף שטרומן אישר להמשיך בהכנות לפלישה ליפן, הוא קיווה כי ניסוי מוצלח בפצצת האטום יאפשר לסיים את המלחמה במהירות רבה יותר ובכמות אבדות נמוכה בהרבה מפלישה ליפן. על כן, לאחר שהניסוי בפצצת האטום הוגדר כהצלחה, ולאחר מה שנתפס בארצות הברית כדחייתה של יפן את הצהרת פוטסדאם, הורה טרומן, בעצת אנשי ממשלו, להטיל את פצצת האטום על יפן במהירות האפשרית עם הפיכתה למבצעית.