מנחם בגין
כמפקד אצ"ל

אריה בן-אליעזר יזם מהלך לשחרור מספר חיילים יהודים, ובהם בגין, מהצבא הפולני. לאחר מספר שבועות של משא ומתן יצאו ארבעה חיילים, ובגין בתוכם, לחופשה ללא תשלום שאינה מוקצבת בזמן, ממנה לא חזר מעולם. בסוף 1943, בגיל 30, עזב כטוראי את הצבא וב-1 בדצמבר הפך למפקד האצ"ל.
בגין החל בארגון מחדש של המחתרת. לסגנו מינה את מרידור, והמפקדה צומצמה לשלושה: בן אליעזר, אליהו לנקין ושלמה לב עמי (לוי). כינויו המחתרתי הראשון של בגין היה "בן דוד". ב-1 בפברואר 1944, פורסם הכרוז הראשון שבו ניכרת רוחו של מנחם בגין. בכרוז, תחת הכותרת "אל העם העברי בציון", הואשם השלטון הבריטי כי, למרות סיועו של היישוב העברי, בגד זה באומה העברית ובציונות הממלכתית, ולכן אין לאומה מנוס פרט למלחמה ישירה נגדו. נאמר בו ”נלחם, כל יהודי במולדת ילחם, – אלוהי ישראל, אל צבאות, יהיה בעזרנו. אין נסיגה, חרות – או מות. חומת ברזל תיצרו סביב הנוער הלוחם שלכם”.
הבריטים לא הצליחו לתפוס את בגין. באפריל 1944 עבר מירושלים לתל אביב והסתתר במלון "סבוי" כחודשיים, לשם הועברו, מאוחר יותר, אשתו ובנו. כשראה מחלון חדרו פשיטה של הבריטים, החליט לעבור למקום מסתור אחר. הוא הועבר לשכונת מחנה יהודה שבפתח תקווה, שם התגורר תקופת מה בבית מבודד בקצה המושב. הוא בלט במראהו השונה על רקע בני המקום, יהודים תימנים, ולכן הועבר לדירת מסתור אחרת בפתח תקווה, בשכונת חסידוף, בשם הבדוי "ישראל הלפרין", שם שהה עם אשתו ובנו במשך 9 חודשים. לאנשי המקום נאמר שהוא עורך דין המתכונן בביתו לבחינות בעניין החוק הארצישראלי. בספטמבר עבר לצפון תל אביב, לרחוב הבשן פינת יהושע בן נון, שם התחפש לחרדי והציג את עצמו כישראל ססובר. ב-1946 נולדה בתו, חסיה. בתחילת 1947 עבר לדירת קרקע ברחוב רוזנבאום 1 פינת יוסף אליהו בשם ד"ר יונה קניגסהופר. בדירה בת השניים וחצי חדרים היו שלוש יציאות לחצר, כדי לאפשר מילוט במקרה הצורך. משפחת בגין התגוררה בדירה זו בדמי מפתח עד להתמנותו של מנחם בגין לראש ממשלה ב-1977.
בגין קבע סייגים נוקשים למלחמה בשלטון הבריטי. המלחמה לפי שיטתו כוונה אל הצבא, אל חייליו ואל מתקני השלטון. מבחינתו צריך היה להימנע מכל פגיעה באוכלוסייה אזרחית. עם זאת היו גם קורבנות רבים מקרב הבריטים, הערבים והיהודים. כתגובה לכך, לאחר פגישות הידברות שנערכו באוקטובר 1944 בין בגין לראשי "ההגנה" גולומב וסנה, פתח היישוב ובראשו ארגון "ההגנה" ב"סזון" – מעשי רדיפה נגד אנשי אצ"ל, שלא קיבל את מרות הנהגת היישוב. בגין נתן הוראה חד-משמעית לאנשי הארגון: "לא תהיה מלחמת אחים". הוא אסר להגיב באלימות על המאסרים והכליאות שנגרמו כתוצאה ממעשי יריבי אצ"ל ביישוב היהודי, והורה להבליג על כך.
באפריל 1947 הוציא השלטון הבריטי להורג אנשי אצ"ל (עולי הגרדום). בגין ראה זאת בחומרה, וביולי 1947, לאחר שנפסק גזר דין מוות לשלושה אנשי אצ"ל, חטף אצ"ל שני סמלים ("הסרג'נטים") בריטים והודיע כי תליית אנשיו תגרור את תליית שני הבריטים. ב-31 ביולי 1947, לאחר שהעלו הבריטים לגרדום את יעקב וייס, אבשלום חביב ומאיר נקר, נתן חיים לנדאו, ראש מטה האצ"ל את ההוראה לתלות את שני הסמלים. לאחר מכן הבריטים הפסיקו את ההעלאות לגרדום בארץ ישראל עד לעזיבתם.
ב-26 ביוני 1947 נפגש בגין, יחד עם חברי מפקדת אצ"ל חיים לנדאו ושמואל כץ, במקום מפגש סודי - ביתו של המשורר יעקב כהן, עם חברי ועדת אונסקו"פ, השופט השוודי סנדסטרום, סגן מזכיר האו"ם ראלף באנץ' והדיפלומט הסיני ד"ר הו. ב-3 בספטמבר 1947, ימים ספורים לאחר פרסום דו"ח ועדת אונסקו"פ, הביע דעתו בשידור רדיו נגד תוכנית החלוקה ואמר:
ברור לכל מי שאינו מוכן למכור למען חיי שעה עלובים את מולדתו ולהפקיר, למען שלוותו החולפת, את עמו, כי "פתרון" החלוקה, אם יבוצע, כמוהו כשואה לאומית היסטורית. העם היהודי ייקרא למנוע את השואה הזאת.
בארבע השנים שבהן פיקד בגין על אצ"ל ביצע הארגון קרוב ל-300 פעולות. בולטות ביניהן היו פיצוץ מלון המלך דוד ביולי 1946, באגף בו שכן מרכז השלטון הבריטי, הפריצה לכלא עכו ושחרור אסירי אצ"ל ולח"י ממנו במאי 1947 ומבצע אצ"ל בכיבוש יפו. במאי 1948 תם המנדט הבריטי על ארץ ישראל. קיים ויכוח ער בין היסטוריונים עד כמה היו הפעולות הצבאיות של המחתרת גורם אשר זירז את יציאת הבריטים מארץ ישראל והעלה את המאבק לעצמאות יהודית על סדר היום של המדיניות העולמית.
ביום שלמחרת הכרזת המדינה, ב-15 במאי, נשא בגין את קריאתו האחרונה לחבריו במחתרת דרך תחנת השידור של אצ"ל, "קול ציון הלוחמת". בין היתר אמר בה:
קמה מדינת ישראל. והיא קמה "רק כך": בדם, באש, ביד חזקה ובזרוע נטויה, בייסורים ובקורבנות. אחרת לא יכלה לקום... הארגון הצבאי הלאומי נוטש את המחתרת בגבולות המדינה העברית העצמאית... אין צורך במחתרת עברית. במדינת ישראל נהיה חיילים ובונים. לחוקיה נשמע, כי חוקינו הם. ואת ממשלתה נכבד, כי ממשלתנו היא... הפרס האמיתי שלנו יהיה כשנזכה - אם נשוב חיים מן החזית - לפשוט בערי ארצנו, הריה ועמקיה, ולראות ילדים עבריים משחקים לאין מחריד, ומעל ראשיהם הפעוטים, החביבים מכל חביב, חג אווירון עברי, ומולם בא חייל עברי, ומרחוק משקשקת רכבת עברית. אהה, אחים, היש אושר גדול מאושר זה?
ב-1 ביוני 1948 חתם בגין על הסכם עם נציג הממשלה הזמנית, ישראל גלילי, ובכך החל פירוקו של אצ"ל והשתלבותו בצה"ל. ההסכם קבע כי ייפסקו פעולות אצ"ל "כחטיבה צבאית במדינת ישראל ובתחום ממשלת ישראל". בירושלים הנצורה נשמר מעמדו העצמאי של הארגון.