סקובי-דו באי הזומבים
עלילת הסרט

הסרט נפתח במהלך אחת החקירות של "מסתורין בע"מ". לאחר שפתרו את התעלומה וחשפו את הנבל התורן, בני הקבוצה שהחלו להשתעמם מפתרון התעלומות השגרתיות, מחליטים להתפרק ולהיפרד איש איש לדרכו. דפני בלייק, יחד עם פרד ג'ונס, מתחילה להריץ תוכנית טלוויזיה מצליחה; ולמה דינקלי הופכת לבעליה של חנות ספרים עתיקים, ואילו סקובי-דו ושאגי רוג'רס עובדים בעבודות מזדמנות. תקופה לאחר הפרידה, חל יום הולדתה של דפני, ולשם כך פרד מחליט להזמין את החבורה לטיול משותף בדרכים בזמן שהיא מצלמת את התוכנית שלה.
אחרי שהם נתקלים בהרבה מפלצות מזויפות, החבורה מגיעה סוף סוף לניו אורלינס. שם הם מוזמנים על ידי אישה צעירה בשם לינה דופרי לבקר באי מונסקאר, ביתה של מעסיקתה שלכאורה רדוף על ידי רוחו של הפיראט מורגן מונסקר. אף על פי שהחבורה מסופקת בתחילה האם להיענות להזמנה, הם מסכימים ובאים אל האי עם לינה.
באי, החבורה פוגשת את מעסיקתה של לינה, סימון לנואר, כמו גם את קפטן המעבורת, ז'אק, ואת הגנן של סימון, בו נוויל. החבורה פוגשת גם את סנייקבייט סקרוג', דייג המתעב תיירים, ואת חזיר הציד שלו, מוג'ו. בעוד החבורה יוצאת להוכיח ש"הרוח" היא למעשה זיוף, סקובי ושאגי נרדפים על ידי מוג'ו ובסופו של דבר נופלים לבור גדול, שם הם נתקלים בגווייתו של מורגן מונסקאר שקמה לתחייה. כששאר חברי החבורה מגיעים אל הבור, גווייתו של מונסקאר נעלמת.
סימון מזמינה את החבורה לביתה להישאר ללון בביתה במהלך הלילה. בזמן שהחבורה מתארגנת לארוחת הערב, שאגי רואה את רוחו של אלוף-משנה בקונפדרציה במראה; סימון מסבירה כי האי היה מטה זמני לגדוד הקונפדרציה במהלך מלחמת האזרחים האמריקאית. בשל האנטגוניזם של סקובי לחתוליה של סימון, הוא ושאגי אוכלים ב"מכונת המסתורין", אך לחרדתם נתקלים בצבא של זומבים שמגיח מהאגם ונמלטים.
במהלך חיפושים אחר סקובי ושאגי, פרד, דפני וולמה נתקלים בבו. ומחליטים להתפצל על מנת לכסות יותר שטח. פרד ודפני מוצאים את "מכונת המסתורין", אך לא את עקבותיהם של שאגי וסקובי. לאחר שהשניים מתווכחים על מערכות היחסים שלהם, הם נתקלים בסקובי ושאגי ומצליחים לתפוס זומבי, שמתגלה כאמיתי לאחר שפרד מוריד את ראשו מתוך מחשבה שמדובר במסכה. כשהזומבים מסתובבים סביבם, הכנופיה מתפצלת בבהלה. במהלך מנוסתם, סקובי ושאגי מגלים בובות וודו עשויות שעווה שנראות כמו פרד, ולמה ודפני, ומשחקים איתן; שלא ביודעין גורמים לחבריהם לבצע סדרה של פעולות לא רצוניות לזמן קצר עד שהם נמלטים שוב בעקבות גל עטלפים.
פרד, דפני, ולמה ובו חוזרים לביתה של סימון ומגלים מעבר סודי מתחת למדרגות שם הם מוצאים את לינה שמספרת להם שהזומבים חטפו את סימון. דפני, פרד, ולמה, לינה ובו מוצאים חדר סודי המיועד לטקסי וודו, שם ולמה מוצאת את סימני העקבים של סימון ומתחילה לפקפק בסיפורה של לינה. סימון מופיעה ואז היא ולינה משתמשים בבובות הוודו על מנת ללכוד את החבורה. השתיים חושפות את עצמן כנשות חתולים מרושעות, וסימון חושפת שלפני מאתיים שנה היא ולינה היו חלק מקבוצה של מתיישבים שסגדו לאל החתולים, אך לאחר שפיראטים בראשותו של מורגן מונסקאר פלשו לאי והטביעו את המתיישבים והביאו למותם על ידי תנינים, לינה וסימון הנקמניות ביקשו מאל החתולים שלהן לקלל את מורגן מורנסקאר ואת צוות הפיראטים שלו. משאלתן של השתיים התקבלה והן הרגו את הפיראטים, אך הקללה גרמה לצמד להפוך לנשות חתולים לצמיתות, מה שדרש מהם להעלות קרבן בכל ירח קציר במטרה לשמר את האלמותיות שלהן. השתיים גם העניקו לז'אק חיי אלמוות ומעבורת שתביא להן עוד קרבנות; כך מתגלה כי הזומבים היו קורבנותיהם הקודמים (שודדי ים, חיילים קונפדרציים, מתיישבים ותיירים) שמתעוררים עם כל ירח קציר על מנת לנסות למנוע מאחרים לסבול מאותו הגורל.
עם הגיעם למעבורת, שאגי וסקובי נתקלים בז'אק - שהופך לאיש חתול שרודף אחר הצמד עד שהוא תופס אותם. עם זאת, סקובי ושאגי ניצלים כשהזומבים מופיעים ומתנפלים על ז'אק - ומאפשרים להם לברוח. לאחר מכן השניים נופלים בטעות למערה, משבשים את הטקס ומסיחים את דעתם של נשות החתולים. ולמה מצליחה למלט את עצמה וליצור בובות וודו של לינה וסימון, אך ז'אק שוב מופיע ומטרפד את תוכניתה. אנשי החתולים מקיפים אז את הקבוצה, אך קללותיהם מוסרות לפתע - מה שגורם לסימון, לנה וז'אק להתפורר לאבק; ולנשמותיהם של הזומבים להשתחרר וסוף סוף לנוח בשלום. לאחר מכן, בו חושף את עצמו כבלש סמוי שנשלח לחקור את פרשת ההיעלמויות באי. דפני מציעה לבו הזדמנות לככב בתוכנית שלה ולדון בהרפתקה שעברו. למחרת בבוקר, החבורה עוזבת את האי באמצעות המעבורת; ואילו פרד ודפני חוזרים שוב להיות זוג. סצנה שלאחר הכתוביות מציגה את סקובי מתפייס עם כמה מהחתולים של סימון בכך שהוא נותן להם צלוחית חלב.