היסטוריה של בוליביה
התקופה הקולוניאלית > 1700–1809: מתחילת רפורמות בורבון עד פרוץ מלחמת העצמאות

הצמיחה של פוטוסי נעצרה לקראת אמצע המאה ה-17, עם הירידה בתפוקת מכרות הכסף, והשנים 1650–1750 התאפיינו בדעיכה כלכלית של פרו העליונה ובהגירה שלילית. הן פוטוסי והן אורורו איבדו בתקופה זו את רוב אוכלוסייתן, ולפחות 100,000 אנשים מהאוכלוסייה הלבנה דוברת הספרדית עזבו אותן. עד סוף תקופה זו, הצטמקו פוטוסי ואורורו לכ-30,000 ו-20,000 תושבים בהתאמה. כתוצאה מכך דעכו גם שווקים שהתבססו על הביקוש בפוטוסי. כך למשל, אזור קוצ'במבה, שכלכלתו הסתמכה בחצי הראשון של המאה ה-17 על ייצוא לערי המכרות, עבר לכלכלה המבוססת על חקלאים קטנים ועל ייצור לצריכה עצמית. בתוך פרו העליונה, לקשיים של מכרות הכסף הייתה השפעה על הגאוגרפיה הכלכלית – בעוד שפוטוסי ואורורו דעכו באופן מתמשך, לה פאס חוותה האטה כלכלית קצרת שנים, ולאחר מכן, בחצי הראשון של המאה ה-18, היא המשיכה להתפתח כמרכז מסחרי ואדמיניסטרטיבי של השוק המקומי; באמצע המאה ה-18 היו בה כ-40,000 תושבים. מחוץ לפרו, הדעיכה הכלכלית של ערי המכרות הייתה חלק משינוי בחלוקת הכוח באימפריה הספרדית – עד סוף המאה ה-17, מקסיקו הפכה למוקד הפקת המחצבים של האימפריה, ואזור האנדים חדל להיות מרכז כלכלי בעל משמעות. על אף שכלכלת המכרות החלה לצמוח מחדש במאה ה-18, פרו העליונה מעולם לא חזרה להיות המרכז הכלכלי שהייתה בתחילת המאה ה-17.
בחצי השני של המאה ה-18 הושפעה פרו העליונה מהרפורמות הבורבוניות, שבין השאר כללו גישה חדשה לכלכלה ומסחר, רפורמות ארגוניות ברמת ניהול האימפריה, ורפורמות מקומיות יותר בניהול המכרות ובתחומי החיים השונים. ברמת הארגון של האימפריה, הרפורמות האיצו את צמיחתה של בואנוס איירס כמרכז כלכלי של האימפריה. כתוצאה מכך החל מאבק בין מלכות המשנה בבואנוס איירס לבין מלכות המשנה של פרו על השליטה במחוז השלטוני ("אודיינסיה") של פרו העליונה ועל מכרותיו. ב-1776 הכריע השלטון שהמחוז השלטוני של פרו העליונה יעבור לשליטת בואנוס איירס. שינוי זה הוביל לכך שהמכרות בפוטוסי החלו לייצא דרומה, והוא היה אחד הגורמים לדעיכה של לימה.
אחת הסיבות לשינוי הארגוני באימפריה היה הרצון להחיות ולעודד את המכרות בפרו העליונה, ואכן השלטונות השקיעו במכרות בחצי השני של המאה ה-18 על מנת לאפשר כרייה של עפרות רחוקות יותר מפני השטח. השלטון המרכזי הקל על נטל המס של המכרות ודאג להספקה של כספית במחיר נמוך. כתוצאה מכך, החלה צמיחה מחודשת של כריית הכסף. בנוסף לשינוי זה רפורמות במיסוי הביאו לכך שנטל המס התפזר בצורה שוויונית יותר, ונעשו רפורמות שהפחיתו (אך לא ביטלו) את הניצול של כוח העבודה הילידי. למרות כל זאת, בשנים 1780–1782 פרץ המרד הגדול בהנהגת טופאק אמארו השני, שבמסגרתו התמרדו יותר מ-100,000 ילידים בפרו התחתונה, פרו העליונה וצפון ארגנטינה. בפרו העליונה, המרד הונהג על ידי טופאק קטארי, שארגן צבא של כ-40,000 איש. השלב הראשון של המרד הונהג על ידי טופאק אמארו, והוא כלל מצור על קוסקו מנובמבר 1780 עד מרץ 1781. המורדים בקוסקו הוכרעו בסופו של דבר, וטופאק אמארו הוצא להורג, אך המרד המשיך. בינואר 1781 פרץ מרד בצ'ייטאנה, ליד פוטוסי. במרץ, אחיו של טופאק אמארו, אנדרס, כבש את פרובינציית לארקחה (אנ'), ממזרח לאגם טיטיקקה ובסמוך ללה פאס; הוא כבש את בירת הפורבינציה, סוראטה (אנ'), והרג את כל הלבנים ממוצא ספרדי שהיו בתוכה. משם הוא צעד ללה פאס ויחד עם כוחותיו של טופאק קטארי הם צרו על העיר במשך כשישה חודשים. מוערך שכמחצית מאוכלוסיית האזור העירוני נהרגה. במקביל, בפברואר 1781 פרץ מרד באורורו, שבמסגרתו נכבשה העיר. ילידים השתתפו בכל המרידות בשני צידי המתרס – רבים התנגדו למרד ולחמו בשיתוף פעולה עם הצבא המלכותי כנגד המורדים. עד סוף 1781 כל המרידות הוכנעו, ומנהיגיהם הוצאו להורג. אחת התוצאות של המרד הייתה המחיקה של מעמד ה"קסיקים" (Cacique), המנהיגים או האצולה של הקהילות הילידיות.
על אף ההתאושות הכלכלית בחצי השני של המאה ה-18, הכלכלה בפרו העליונה נותרה פגיעה ורגישה ביותר לשינויים בכלכלה העולמית. מצב זה בא לידי ביטוי בעשור האחרון של המאה עם פרוץ מלחמות המהפכה הצרפתית והמלחמות הנפוליאוניות לאחריהן, בכללן מלחמת אנגליה–ספרד (1796–1808). סכסוך זה הוביל לשיבוש נתיבי המסחר של האימפריה הספרדית, וכתוצאה מכך לעצירת אספקת הכספית למכרות בפרו העליונה ולמיתון קשה בכלל הכלכלה של האזור. ממאי 1804 עד ינואר 1805 פעולת מכרות הכסף בפוטוסי פסקה לחלוטין. בנוסף, בשנים 1800–1805 בצורות חמורות גרמו לכשלונם של הגידולים החקלאיים באזור ומגפות פגעו באוכלוסייה וגרמו לאובדן רב של חיים. שילוב גורמים אלה יחד עם העובדה שספרד ניסתה באותו הזמן להגדיל את נטל המס ואת יעילות איסוף המס גרמו לכעס בקרב תושבי האזור ואף למרידות.