stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
כשירות כוללת
ביקורת

מאמר משנת 2010 מאת מרטין נובק, קורינה טרניטה ואדוארד א' וילסון הציע כי תאוריית הברירה הטבעית הסטנדרטית עדיפה על תאוריית הכשירות הכוללת, וקבע שלא ניתן להסביר את האינטראקציות בין עלות ותועלת רק במונחים של קרבה גנטית. נובאק גרס שחוק המילטון במקרה הרע מיותר ובמקרה הטוב פועל ותקף רק אד הוק. גרדנר מתח ביקורת חריפה על המאמר ועם מחברים אחרים כתב תשובה שהוגשה ל-Nature.
במחקר לפני נובאק (2010), מחברים שונים גזרו גרסאות שונות של נוסחה עבור  r, שכולן נועדו לשמר את חוק המילטון. אורלוב ציין כי אם נוסחה עבור  r מוגדרת כך שתבטיח שחוק המילטון יישמר, הגישה היא בהגדרה אד הוק. עם זאת, הוא פרסם גזירה לא קשורה של אותה נוסחה עבור  r – גזירה שנועדה לשמר שתי אמירות על קצב הברירה – אשר הייתה באופן דומה אד הוק. אורלוב טען כי קיומן של שתי נגזרות לא קשורות של הנוסחה עבור  r מפחית או מבטל את האופי האד הוקי של הנוסחה, וגם של תאוריית הכשירות הכוללת. הוכח שהגזירות לא היו קשורות זו לזו עבור שתי הנוסחאות הזהות עבור  r שנגזר מהגנוטיפים של פרטים שונים. החלקים שנגזרו מגנוטיפים של פרטים שונים היו מונחים מימין לסימן המינוס בהתפלגות (שונות) בשתי הגרסאות של הנוסחה עבור  r. לעומת זאת, המונחים השמאליים לסימן המינוס בשתי הנגזרות מגיעים מאותו מקור. מחקר אחד מציע שיחס c/b ייחשב כרצף של תכונה התנהגותית זו ולא כבלתי רציף באופיו. מתוך גישה זו ניתן לקיים תצפיות טובות יותר בעסקאות כשִירוּת, מכיוון שמה שמשפיע על כשירותו של אדם או אורגניזם הוא יותר מאשר רק הפסד או רווח (Engles, W. R., 1982).
ראו גם

פסיכולוגיה אבולוציונית
ברירת שארים
אסטרטגיית רבייה r/k
לקריאה נוספת

Campbell, N., Reece, J., et al. 2002. Biology. 6th ed. San Francisco, California. pp. 1145–1148.
Engles, W. R. "Evolution of Altruistic Behavior by Kin Selection: An Alternative Approach". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Vol. 80 No.2 (1983): 515-518.
Dawkins, Richard C. 1976. The Selfish Gene. Oxford University Press (Discussion of carers and bearers in relation to inclusive and personal fitnesses, and the bugbear of parental investment as part of inclusive fitness occurs herein)
Hamilton, W. D. 1964. "The Genetical Evolution of Social Behaviour I and II". J. Theor. Biol. v7, pp. 1–16, and 17-52.
Hamilton, W. D. 1975. "Innate Social Aptitudes of Man: an Approach from Evolutionary Genetics". In Robin Fox (ed.) Biosocial Anthropology. London: Malaby Press, 133-153 (IF including altruism to fellow altruists among strangers discussed)
Hamilton, W. D. Narrow Roads of Geneland I and II, 1995 Freeman I 2001 Oxford Press II (biography of WDH and anthology of his writings)
Rheingold, Howard. "Technologies of cooperation". In Smart Mobs. Cambridge, Massachusetts: Perseus Publishing, 2002, Ch. 2: pp. 29–61.
Sherman, P. W. 2001. "Squirrels" (pp. 598–609, with L. Wauters) and "The Role of Kinship" (pp. 610–611) in D. W. Macdonald (Ed.) Encyclopedia of Mammals. UK: Andromeda.
Trivers, R. L. 1971. "The Evolution of Reciprocal Altruism". Quarterly Review of Biology 46: 35-57.
Trivers, R. L. 1972. "Parental Investment and Sexual Selection". In B. Campbell (ed.), Sexual Selection and the Descent of Man, 1871-1971. Chicago, Il: Aldine, pp. 136–179.
Trivers, R. L. 1974. "Parent/Offspring Conflict". American Zoologist, 14 249-264. (Importance of If in understanding intra-family conflict)
מגדל א-ראיה

| --- | --- |

 מידע כללי
 סוג:  גורד שחקים
 שימוש:  בניין משרדים ומרכז בילוי
 מיקום:  כווית סיטי
 מדינה:  כווית כווית
 בעלים:  Aspire Zone Foundation
 הקמה ובנייה
 תקופת הבנייה:  2005–2009 (כ־4 שנים)
 תאריך פתיחה רשמי:  2009 
 אדריכל:  Fentress Architects
 מידות
 גובה:  300 מטרים (980 רגל) מטר
 קומות:  60
 
 קואורדינטות:  29°22′34″N 47°59′25″E﻿ / ﻿29.376248°N 47.990406°E﻿ / 29.376248; 47.990406
 אתר רשמי
  (למפת כווית מוגדלת) מגדל א-ראיה(למפת כווית רגילה) מגדל א-ראיה he
 
מגדל א-ראיה (באנגלית: Arraya Tower; בערבית: برج الراية) הוא גורד שחקים בגובה של 300 מטר בעיר כווית סיטי, שבכווית. הבניין היה המגדל הגבוה ביותר בכווית עד הקמת מגדל אל-חמרא ב-2011. ב-19 בינואר 2010, המועצה לבניינים גבוהים וסביבת מחיה עירונית (CTBUH) הודיעה כי מגדל א-ראיה הוא הבניין הרביעי בגובהו שהושלם ב-2009.
זהו הבניין ה-128[דרושה הבהרה] ברשימת גורדי השחקים הגבוהים בעולם.
הערות שוליים

↑   (הקישור אינו פעיל, 17 באוקטובר 2019)
ערך זה הוא קצרמרבנושא כווית ובנושא גורדי שחקים. אתם מוזמנים לתרום לוויקיפדיה ו.
מבחן סולוביי-שטרסן

מבחן סולוביי-שטרסן לבדיקת ראשוניות פותח בשנת 1977 על-ידי המתמטיקאי הגרמני וולקר שטראסן והמתמטיקאי האמריקאי רוברט מ. סולוביי. זהו מבחן הסתברותי שקובע אם מספר טבעי הוא פריק או כנראה ראשוני. הרעיון מאחורי מבחן זה התגלה על ידי מ.מ. ארטיחוב בשנת 1967. מבחן זה הוחלף במידה רבה על ידי מבחן הראשוניות של Baillie–PSW ומבחן הראשוניות של מילר–רבין, אך יש לו חשיבות היסטורית רבה בהצגת ההיתכנות המעשית של מערכת ההצפנה RSA. מבחן סולוביי-שטרסן הוא בעצם מבחן קרוב לוודאי ראשוני של אוילר–יעקובי.
מושגים

אוילר הוכיח שלכל מספר ראשוני p אי-זוגי ולכל שלם a מתקיים:
כאשר  \left({\tfrac {a}{p}}\right) הוא סימן לז'נדר.
סימן יעקובי הוא הכללה של סימן לז'נדר ל-  \left({\tfrac {a}{n}}\right), כאשר n יכול להיות כל מספר שלם אי-זוגי.
בהינתן מספר אי-זוגי n, ניתן לחשוב אם המשוואה המודולרית
מתקיימת עבור ערכים שונים של הבסיס a, כאשר a ו־n הם מספרים זרים. אם n הוא ראשוני אז הקונגורנציה הזו נכונה עבור כל a. לכן אם נבחר באקראי ערכים של a ונבדוק אם המשוואה המודולרית הזו מתקיימת, אז ברגע שאנו מוצאים a שאינו מקיים אותה אנו יודעים בוודאות ש-n אינו ראשוני (אבל לא נקבל מכך פירוק לא טריוויאלי שלו). בסיס a זה נקרא עד אוילר עבור n; הוא עד לפריקות של a. הבסיס a נקרא עד אוילר שקרן ל-n אם הקונגורנציה נכונה אבל n פריק.
לכל n אי-זוגי פריק לפחות חצי מכל הבסיסים
הם עדי אוילר. למשל עבור n=65 הקבוצה של עדי אוילר שקרנים היא  \{1,8,14,18,47,51,57,64\} ולקבוצה  (\mathbb {Z} /n\mathbb {Z} )^{*} יש סדר 48.
זה בניגוד למבחן פרמה לבדיקת ראשוניות, שבו אחוז העדים יכול להיות קטן בהרבה.
דוגמה

נניח שאנו רוצים לקבוע אם n=221 הוא ראשוני. נבחר באופן אקראי a=47 שהוא גדול מ-1 וקטן מ־n. נשתמש בשיטה יעילה להעלאת מספר בחזקה (מודולו n), למשל באקספוננציה בינארית. נחשב:
* a(n−1)/2 mod n  =  47110 mod 221  =  −1 mod 221
* mod n  =   ({\tfrac {47}{221}}) mod 221  =  −1 mod 221  ({\tfrac {a}{n}})
מכאן ש- 221 הוא מספר ראשוני או ש- 47 הוא עד אוילר שקרן ל־221. ננסה a אקראי נוסף, הפעם נבחר a=2. נחשב:
* a(n−1)/2 mod n  =  2110 mod 221  =  30 mod 221
* mod n  =   ({\tfrac {2}{221}}) mod 221  =  −1 mod 221  ({\tfrac {a}{n}})
כלומר 2 הוא עד אוילר לפריקות של 221 ו־47 הוא למעשה עד אוילר שקרן. נשים לב שזה לא אומר דבר על הגורמים הראשוניים של 221 שהם בעצם 13 ו־17.
אלגוריתם וזמן ריצה

ניתן לרשום את האלגוריתם בפסוואדו-קוד באופן הבא:
קלטים: n, מספר טבעי לצורך בדיקה אם הוא ראשוני או פריק.
      k, פרמטר שקובע את מידת הדיוק של הבדיקה.
פלטים: פריק אם n פריק, אחרת כנראה ראשוני.

חזור k פעמים:
    בחר a אקראי מבין [2,n − 1]
     x\gets \left({\tfrac {a}{n}}\right)
    אם x = 0 או  a^{(n-1)/2}\not \equiv x{\pmod {n}} אז 
        החזר פריק
החזר כנראה ראשוני
כשמשתמשים באלגוריתמים מהירים לצורך חישוב חזקות מודולריות, זמן הריצה של האלגוריתם הזה הוא O(k·log3 n), כאשר k הוא מספר הערכים השונים של a שאנו בודקים.
פיטר פן (סדרת אנימציה)

ערך זה עוסק בסדרת הנפשה ממוחשבת אמריקאית משנת 2010. אם התכוונתם לסדרת האנימה מ־1989, ראו .
| --- | --- |
 סוגה:  הנפשה ממוחשבת / הרפתקאות
 מדבבים בעברית:  דניאל מורשת, שירה נאור, אייל לייבין, שקד פרסי,  ספיר דרמון, טליה ברקאי, עדן גמליאל, איטן גרינברג, גיא רושיניאק, מייה קדוש, שחר קדוש, ענת ניב, צביקה פורמן, מולי שולמן, ליאור חקון, דניאל מגון, סער בדישי, ערן מור
 ארץ מקור:  צרפת הודו גרמניה איטליה
 שפות:  צרפתית 
 מספר עונות:  2
 מספר פרקים:  52
 הפקה
 חברת הפקה:  DQ Entertainment
 הפצה:  נטפליקס 
 אורך פרק:  23 דקות
 שידור
 רשת שידור:  France 3 
 רשת שידור בישראל:  ערוץ הילדים
 תקופת שידור מקורית:  22 בדצמבר 2012 – הווה 
 תקופת שידור בישראל:  23 בינואר 2013 – 2013
 קישורים חיצוניים
 peterpan.zdfe-b2b.de
 דף התוכנית ב-IMDb
 
פיטר פן (באנגלית: The New Adventures of Peter Pan) היא סדרת הנפשה ממוחשבת, אשר מבוססת על ספר בעל אותו שם מאת ג'יימס מתיו ברי. הסדרה שודרה לראשונה ב-22 בדצמבר 2012, כאשר הופקו לה 2 עונות בעלות 26 פרקים כל אחת.
בישראל הסדרה החלה את שידוריה בדיבוב עברי ב-23 בינואר 2013 בערוץ הילדים. העונה השנייה לא שודרה בארץ.
תקציר העלילה

הסדרה מתמקדת בעלילותיו של הילד הנצחי פיטר פן, הלוקח את ילדי משפחת דארלינג למגוון הרפתקאות בארץ לעולם לא.
דמויות

פיטר פן - ילד מעופף, שאינו מתבגר לעולם.
וונדי דארלינג - אחותם הגדולה של ג'ון ומייקל.
ג'ון דארלינג - אחיה של ונדי.
מייקל דארלינג - אחיה הצעיר של ונדי.
טינקר בל - פיה, ידידתו של פיטר פן.
הילדים האבודים (בייבי, סינתיה, צ'אבס, סטרינגבין, מירה, מאיה) - ילדים שפיטר פן לקח תחת חסותו.
לילי נמר (טייגר לילי, "חבצלת הנמר") - אינדיאנית טובת לב, ביתו של הצ'יף.
קפטן ג'יימס הוק: שודד ים מרושע, אויבו המושבע של פיטר פן.
סמי: שודד-ים שמנמן, יד ימינו של קפטן הוק.
שודדי הים (ג'ייק, דאגאן, צ'ולון, אסבג'ורן וג'ארו) - צוות הספינה, פקודיו של קפטן הוק.
הצ'יף האינדיאני - אביה של לילי נמר.
נחשתנין - חציו נחש וחציו תנין. מבוסס על התנין המתקתק של קפטן הוק.
גברת דארלינג - אמם החד-הורית של וונדי ג'ון ומייקל.
סנטה קלאוס - הופיע בפרק חג המולד.
לימפוציט T

| --- | --- |

 שיוך:  מערכת החיסון 
 מיקום אנטומי:  דם 
 התפתחות מתוך:  T cell precursor 
 על שם:  תימוס
 מזהים
 לטינית (TA98):  lymphocytus T 
 טרמינולוגיה היסטולוגיקה:  H2.00.04.1.02007 
 FMA:  62870 
 קוד MeSH:  A11.118.637.555.567.569 
 מזהה MeSH:  D013601 
 מערכת השפה הרפואית המאוחדת:  C0039194 
 
תא T מתקשר עם חלבוני MHC מסוג I
לימפוציטים מסוג T (או פשוט תאי T) הם סוג של תאי דם לבנים בעלי תפקיד בתגובה החיסונית התאית. ניתן להבדילם מלימפוציטים מסוגים אחרים כדוגמת תאי B ותאי NK על ידי נוכחות ה-TCR על גבי התא. הם קרויים כך משום שהחלק האחרון בהתפתחותם והבשלתם מתרחש בתימוס (Thymus). על פניהם מוצג קולטן תא T ‏(TCR). בניגוד לחלק מתאי מערכת החיסון האחרים, אין להם תכונות של תאים מציגי אנטיגן.
תת-אוכלוסיות של תאי T

באופן כללי, תאי T מבטאים מרקרים שונים (בדומה לתאי B) המסייעים לצורך הבנת תהליך ההתפתחות של התאים ואבחנה של סוגי לימפומות שונים. המרקרים המיוחסים לתאי T הם CD1, CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD7, CD8, CD38, CD71.
ישנם מספר סוגים של תאי T בוגרים:
תאי T ציטוטוקסיים - תאים שתפקידם להרוג תאים נגועים בנגיפים ותאים הנמצאים בתהליכי התמרה סרטנית
תאי T מסייעים - תאים שתפקידם להפעיל תאים אחרים במערכת החיסון על ידי הפרשת ציטוקינים
תאי T רגולטוריים- תאים שתפקידם לדכא את המערכת החיסונית כדי למנוע דלקת כרונית ומחלות אוטואימוניות
תאי NKT - תאים המציגים רצפטורים של תא NK (מסוג KIR) ושתפקידם לעורר את המערכת החיסונית בעקבות מגע עם חלבון CD1d
תת-אוכלוסיות של תאי T > תאי T ציטוטוקסיים

תאי T ציטוטוקסיים או ציטוליטיים (מסומנים CTL או +CD8). תאים אלו הורגים תאי גוף הנגועים בנגיף או תאים שעברו התמרה סרטנית. תאי המטרה מזוהים בזכות קומפלקס MHC מסוג 1 שהם מציגים. כתוצאה מהאינטראקציה שבין קומפלקס MHC לקולטן תאי T מחדירים תאי T ציטוטוקסיים לתא הנגוע חומרים רעילים כגון פרפורין (Perforin) וגרנזים (Granzyme B).תאי ה-CD8 בגופנו מתחלקים לשתי אוכלוסיות עיקריות - תאים נאיביים ותאי זיכרון. התאים הנאיביים הם אלו אשר טרם נתקלו באנטיגן כנגדו הם אמורים להגיב ואילו תאי הזיכרון הם התאים אשר נתקלו כבר בעבר פעם אחת או יותר באנטיגן כנגדו הם מכוונים. קיימים חלבונים ממברנליים וציטופלסמטיים אשר מאפשרים להבחין בין שתי אוכלוסיות אלו, הנבדלות במידת הרעילות שלהן ובמיקומן בגוף.
תת-אוכלוסיות של תאי T > תאי T מסייעים

תאי T מסייעים (Helper T cells, מסומנים +CD4). תאים אלו מפרישים ציטוקינים הגורמים לגיוס אלמנטים שונים למאבק בפתוגן. תאי T מסייעים מופעלים כתוצאה מאינטראקציה עם תאים מציגי אנטיגן מקצועיים כגון תאי B, מקרופאגים ותאים דנטריטיים. האינטראקציה נוצרת כתוצאה ממגע בין קומפלקס MHC מסוג 2 הנמצא על התאים המציגים לבין קולטן תאי T הנמצא על תאי T.
ישנם שני סוגים של תאי T מסייעים:
תאי T מסוג 1 (Th1) - אחראיים בעיקר לתגובה החיסונית התאית, כלומר מכוונת את מערכת החיסון כנגד נגיפים ותאים סרטניים. כתוצאה מהפרשת הציטוקינים כגון IL-2, אינטרפרון גמא, ו-TNF מתרבים ומופעלים תאי T ציטוטוקסיים, מקרופאגים ונויטרופילים, כמו כן מופרשים מתאי B נוגדנים מסוג IgG2a.
תאי T מסוג 2 (Th2) - אחראיים בעיקר לתגובה ההומורלית (הקשורה לדם), כלומר מכוונת נגד זיהום של חיידקים, רעלנים או טפילים שחדרו למערכת הדם או לנוזל הבין-תאי. כתוצאה מהפרשת ציטוקינים כגון IL-2, IL-5, IL-6 IL10, ו-TGF בטא מתרבים ומופעלים תאי B המייצרים נוגדנים מסוג IgA, IgE, IgM ו-IgG-‎1. מתרבים ומופעלים תאי דם מסוג אאוזינופילים ותאי פיטום.
תת-אוכלוסיות של תאי T > תאי T רגולטוריים

תאי T רגולטוריים (מסומנים Treg) הם תאים המדכאים את פעולתם של תאי T ציטוטוקסיים ותאי T מסייעים. פעילותם מונעת התפתחות מחלות אוטואימוניות וחשובה לסיומן של תגובות חיסוניות אחרי חיסול הפתוגן. תאים אלה נוצרים בתימוס, ומבטאים גורם שעתוק בשם foxp3. מחסור בתאי T רגולטוריים גורם למחלה אוטואימונית קשה בבני אדם ובעכברים. מנגנון הפעולה של תאים אלו עדיין שנוי במחלוקת.
תת-אוכלוסיות של תאי T > תאי NKT

לתאים אלו מספר תכונות של תאי NK בנוסף לתכונותיהם של תאי T. הם מסוגלים לזהות אנטיגנים שומניים המוצגים על גבי המולקולה CD1. תאים מסוג זה כוללים אנזים ZAP70.
תאי T ומחלות אוטואימוניות

קיימת הנחה שתאי T מגיבים באופן שגוי כנגד רקמות שונות. דבר זה גורם למחלות אוטואימוניות, ותפקוד לקוי במערכת החיסון כגון טרשת נפוצה, בה תוקפים תאי T את העצבים והמיילין.
תאי T בעלי ספציפיות כנגד אפיטופים עצמיים אשר הצליחו לחמוק מסלקציה שלילית בתימוס עלולים להגיב באופן חריף כנגד חלבונים עצמיים, מה שעלול להוביל למגוון מחלות אוטואימוניות.
למשל, במחלת הטרשת הנפוצה, אפיטופים עצמיים (שמקורם ברקמות הגוף הרגילות, במקרה זה הם מהווים חלק מרקמת המיאלין) מוצגים על ידי קומפלקס הMHCII על גביי "תאים מציגי אנטיגנים" (APCs – Antigen Presenting Cells) ובכך תאי T מסוג CD4+ יכולים לזהותם. תאי ה-CD4+ מזהים בטעות את האפיטופים כאפיטופים מזיקים, ולכן נודדים לבלוטת הלימפה הקרובה, משחררים ציטוקינים פרו דלקתיים וגורמים להפעלת תגובה נרחבת של מערכת החיסון כנגד מקור האפיטופים – במקרה זה רקמת המיאלין השומרת על הנוירונים. התגובה החיסונית הקשה גורמת לפגיעה ברקמת המיאלין וברקמות רבות נוספות שסביבה. העדר רקמת המיאלין, העוזרת להעביר מסרים חשמליים בגופינו, גורמת לפגיעה עצבית בדרגות שונות.
חלק מהאפיטופים שזוהו עד היום כגורמים למחלה (בכך שהם מזוהים על ידי תאי ה-T כאפיטופים של מקור מזיק ומסוכן לגוף) הם אפיטופים מסוג MOG35-55 ו-MBP85-99. לכן, טיפולים רבים במחלות אוטואימיוניות מהסוג הזה גוררות בין היתר גם פגיעה נרחבת במערכת החיסון ובתאי ה-T.
ראו גם

CTLA-4
לקריאה נוספת

* Dendrou CA, Fugger L, Friese MA. Immunopathology of multiple sclerosis. Nat Rev, Immunol 2015. 15(9): pp. 545-58
תא T מתקשר עם חלבוני MHC מסוג II
כרומטין

רמות האריזה השונות של ה-DNA
כרומטין (באנגלית: Chromatin) הוא כינויו של ה-DNA יחד עם החלבונים הנלווים אליו. וולטר פלמינג טבע את המונח "כרומטין" (כרומה= צבע) במאה ה-19, כאשר צפה בחומר אשר נצבע בצבע באסופילי בגרעין של תאים מתחלקים, חומר אשר מאוחר יותר התגלה כ-DNA עטוף בחלבונים. אריזת ה-DNA במבנה הכרומטין משרתת את הצורך של התא לדחוס את ה-DNA על מנת להתאימו לגודל התא והגרעין. בנוסף, אריזה זו מגנה על ה-DNA מפני נזקים ומהווה חלק חשוב בבקרה על ביטוי גנים בתא ובתהליכים תלויי DNA נוספים.
מבנה הכרומטין

בתאים אאוקריוטים, נארז ה-DNA הגרעיני באמצעות משפחת חלבונים הנקראים היסטונים, לכדי מבנה היררכי הקרוי כרומטין. הליפוף המיוחד של מולקולת ה-DNA מאפשר אריזה צפופה ביותר: אם נמתח מולקולת DNA המהווה כרומוזום אחד, אורכה יהיה כ-30 ס"מ, ממדיו של כרומוזום ארוז, לעומת זאת, הוא בסדר גודל הקטן ממיקרומטר אחד (מיליונית המטר). למבנה זה חשיבות רבה בשמירה על שלמות ה-DNA ובבקרה על תהליכים הקשורים לאריזתו ולשימוש במידע הגנטי המקודד ב-DNA במהלך מחזור חיי התא. המעבר לטכנולוגיות המבוססות על ריצוף עמוק (massive parallel sequencing) העלה באורח דרמטי את הרזולוציה של חקר הכרומטין מרמת ההתבוננות במיקרוסקופ, עד למבנה ברמת הנוקלאוטיד הבודד.
מבנה הכרומטין > מערך הנוקלאוזומים

למבנה הראשוני של הכרומטין יחידה חוזרת הנקראת נוקלאוזום, אשר מורכבת מחלקיק ליבה (NCP) ו"מחבר" DNA ‏(linker). חלקיק הליבה מורכב מ-147 זוגות בסיסי DNA ‏ (nucleotide base pairs-bp) אשר מלופפים בצורת סופר-הליקס סביב אוקטמר של היסטונים 1.7 פעמים. אוקטמר ההיסטונים כולל שני עותקים של כל היסטון ליבה- H2A, H2B, H3, H4. שני חלקיקי ליבה מחוברים זה לזה באמצעות "מחבר" DNA, בעל אורך של 10–90 זוגות בסיסים, ויוצרים יחד מערך נוקלאוזומי הדומה לחרוזים על חוט (beads-on-a string), בעל קוטר של 11nm.
מבנה הכרומטין > סיב ה-30nm של הכרומטין

המבנה השניוני של הכרומטין הוא מערך הנוקלאוזומים הנדחס על ידי "מחבר" היסטונים (H1, H5) לכדי סיב כרומטין בעל קוטר של 30 ננומטר. בעוד שמבנה חלקיק הליבה נחקר ונפתר, המבנה של סיב ה-30 ננומטר ותפקיד הלינקר היסטון עדיין לא נפתרו. ישנם שני מודלים עיקריים למבנה סיב ה-30nm – אחד דמוי סולנואיד (מעין סליל), בו נוקלאוזומים שכנים ערוכים זה על גבי זה; המודל המבני השני הוא דמוי זיג-זג, בו נוקלאוזומים מסודרים על גבי נוקלאוזומים שאינם שכנים. עם זאת, ישנם חוקרים הטוענים כי הכרומטין אינו נדחס בהכרח למבנים כאלה, ושהנוקלאוזומים יכולים להידחס בצורה לא סדורה.
מבנה הכרומטין > מבנה תלת־ממדי של הכרומטין

ישנם מודלים שונים המנסים להתחקות אחר ארגונו של סיב ה-30nm בגרעין. יש הטוענים כי סיב ה-30nm ערוך בצורת הליקס, בדומה לארגון הDNA עצמו ומערך הנוקלאוזומים. מודלים אחרים מציעים כי הוא ערוך בצורת לולאות סביב פיגום חלבוני. פיתוח שיטות (Chromosome Conformation Capture (3C או Hi-C מקנות הבנה טובה יותר של המבנה התלת־ממדי של הכרומטין.
TAD's

בשנים האחרונות, בזכות ההתפתחות של טכנולוגיות חדשות המבוססות על ריצוף עמוק של מולקולות DNA ‏(massive parallel sequencing) כגון 4C ו-Hi-C, ניתן להבחין באינטראקציות בין אזורים ברחבי הגנום. כך, נראה כי את הכרומטין בתא ניתן לחלק לאזורים ולולאות, שבמסגרתם מתקיימות אינטראקציות פיזיות בתדירות גבוהה יחסית לאינטראקציות עם אזורים שכנים, אשר למעשה מדוכאות. לאזורים אלו קוראים topologically associated domains, או בקיצור TADs. מקטעים קרובים אשר נמצאים בצדדים שונים של גבול ה-TAD יחוו פחות אינטראקציה זה עם זה מאשר שני מקטעים מרוחקים אשר נמצאים באותו TAD. חלבונים ארכיטקטוניים (Aps) אשר מסייעים ביצירת מבנה ה-TADs מכתיבים לא רק את גבולותיו אלא גם את גודלו של ה-TAD. מיקומם של ה-TADs דומה בין סוגי תאים שונים, ואף בין יצורים שונים, מה שמעיד על חשיבותם בארגון ובקרת הDNA ברמת תיעתוק הגנים, שכפול ה-DNA ואריזתו. עם זאת, חוזק וזהות האינטראקציות בתוך TAD מסוים עשויות להשתנות בין תאים שונים. בשל כך, הדינמיקה במבנה הכרומטין משחקת תפקיד בשוני בביטוי הגנים ברקמות שונות בגוף, במהלך מחזור התא ובשלבי ההתפתחות העוברית. בשלבים המוקדמים של התפתחות העובר ישנם שינויים במידת דחיסות ונגישות הכרומטין. בשלבי הזיגוטה וה-2-cell הכרומטין נגיש באופן ייחודי, והתיעתוק מבוקר פחות מאשר בשלבים אחרים.
על אף ההתקדמות הרבה בחקר המבנה של הכרומטין, נדרש עוד מחקר מעמיק בתחום זה, הן ברמת המבנה (הנוקלאוזומלי, סיב ה-30nm והתלת־ממדי) והן ברמת הבקרה והמנגנונים המעורבים ביצירת מבנה זה, כמו גם השפעותיו.
הכרומטין ובקרה על ביטוי גנים

בעוד שאריזת הDNA ככרומטין מאפשרת דחיסה של ה-DNA ומגנה עליו מפני נזקים, היא גם מפחיתה את נגישות ה-DNA לתעתוק רנ"א. כך, יציבות הנוקלאוזום, מיקומו והדינמיקה של אריזת הכרומטין מהווה שכבת בקרה ראשונה על תיעתוק וביטוי גנים. כלומר, על מנת לאפשר תיעתוק וביטוי של גן כלשהו, יש צורך בהפחתת רמת הדחיסה של הכרומטין באזור.
אחת הדרכים לבקר את מבנה הכרומטין היא על ידי אינטראקציות בין היסטון ל-DNA ובין היסטון להיסטון, הן באותו נוקלאוזום והן בנוקלאוזומים שונים. ניתן להשפיע על אינטראקציות אלה על ידי מודיפיקציות כמו מתילציות ואצטילציות של ההיסטונים, מתילאציה של ה-DNA וכן על ידי החלפה בין הווריאנטים השונים של ההיסטונים. כך למשל, להיסטונים H2A ו-H3 קיימים ווריאנטים H2A.Z ו-H3.3, בהתאמה, אשר נפוצים יותר באזורים בהם קיימים גנים מבוטאים (כלומר, אזורים פעילים בהם צפויה להתרחש תיעתוק). פירוש הדבר הוא, שווריאנטים אלה ככל הנראה משפיעים על מבנה הכרומטין, מנגישים אותו לRNA פולימראז, ומאפשרים תיעתוק. דוגמה נוספת לקשר בין מבנה הכרומטין לביטוי גנים היא העובדה, כי באזור הפרומוטור של גנים נוטים הנוקלאוזומים להיות במיקומים קבועים יחסית, אך במורד הגן נוטים להימצא במיקומים ללא חוקיות ידועה.
הטרוכרומטין ואאוכרומטין

הכרומטין בתא מצוי בשתי צורות ארגון אותן אנו מכנים הטרוכרומטין ואאוכרומטין. הטרוכרומטין הוא אזור דחוס יחסית של הכרומטין, בעוד אאוכרומטין הוא אזור פחות דחוס וארוז. באופן כללי מתייחסים לאאוכרומטין כאזור פעיל יותר מבחינת תיעתוק (כלומר מכיל יותר גנים מקודדים, וזמינות מאפשרת תיעתוק), ולהטרוכורמטין כאל אזור מושתק יותר (מכיל פחות גנים מקודדים, דחוס יותר). מיקומם המרחבי של ההטרוכרומטין ואאוכרומטין בגרעין שונה אף הוא, כאשר אזורים אאוכרומטיניים נוטים להימצא יותר במרכז הגרעין, בעוד שהטרוכרומטין מצוי יותר בהיקף הגרעין. ניתן להתייחס לשני סוגים של הטרוכרומטין - אחד השמור בין סוגי תאים שונים, ואחד אשר משתנה בין סוגי תאים שונים.
הכרומטין ומחזור התא

מבנה הכרומטין ומחזור התא קשורים זה לזה, שכן הכרומטין עומד במרכזו של מחזור התא ומבנהו משתנה לאורך מחזור התא.
הכרומטין ומחזור התא > שלב S

בשלב זה של מחזור התא מתבצע שכפול ה-DNA. בכל התאים האאוקריוטים, שכפול ה-DNA מתחיל בנקודות קבועות בגנום הנקראות replication origin, אליהן נקשר קומפלקס ה-ORC‏ (origin recognition complex). על מנת לאפשר שכפול של ה-DNA יש צורך בפתיחה מקומית של הכרומטין, המתרחשת הודות למודיפיקציות שונות ומגוונות על הכרומטין וההיסטונים. מודיפיקציות על ההיסטונים יכולות להיעשות על גבי ההיסטונים שמרכיבים את חלקיק הליבה של הנוקלאוזום, על גבי ההיסטון ה'המחבר', ואף יכולות לערב חלבוני ליווי (chaperons) ייחודיים להיסטונים. סימונים שונים על גבי הכרומטין יכולים להיות בעלי תפקיד במיקום ה-replication origin ותזמון השכפול. כך למשל, replication origin נוטים להיות באזורים מיעוטי נוקלאוזומים, אך עשירים בווריאנטים ההיסטוניים H2A.Z ו-H3.3; אזורים המשתכפלים בשלב מאוחר יותר במחזור התא נוטים להיות חופפים עם אזורי ההטרוכרומטין.
בנוסף, ישנן עדויות המצביעות על כך שסימונים על גבי הכרומטין הם בעלי חשיבות בשמירה על שלמות הגנום בזמן ההכפלה, ומניעה של תחילת שכפול נוסף באזור שכבר שוכפל.
הכרומטין ומחזור התא > מיטוזה

לאחר השכפול, על הגנום להיות מחולק באופן שווה בין שני תאי הבת. במהלך המיטוזה מתרחשת דחיסה נוספת של הכרומטין לכדי מבנה דחוס ביותר הקרוי כרומוזום. גם שלב דחיסת הכרומטין מצריך מודיפיקציות היסטוניות ומעורבות של חלבונים נוספים.
הכרומטין ומחזור התא > יציאה מהמיטוזה ואינטרפאזה

לאחר החלוקה לתאי הבת, צריך הכרומטין לצאת מהמבנה הדחוס של הכרומוזומים, ולחזור למבנה זמין יותר לפעילות. תהליך זה כולל דה-מודיפיקציות שנעשו בשלב ה-S והמיטוזה. דפוס אריזת הכרומטין שונה בין תאים מסוגים שונים, ועל כן יש צורך להחזיר את מבנה הכרומטין למבנה המתאים לסוג התא. התאמה זו נעשית ככל הנראה בהתאם לסימונים שנעשו על גבי הכרומטין בשלב ההכפלה שלו
ראו גם

מיצוי נוגדני של כרומטין
הערות שוליים

1 2 3  A. B. Makar, K. E. McMartin, M. Palese, T. R. Tephly, Formate assay in body fluids: application in methanol poisoning, Biochemical Medicine 13, 1975-6, עמ' 117–126
1 2 3  K. S. Bose, R. H. Sarma, Delineation of the intimate details of the backbone conformation of pyridine nucleotide coenzymes in aqueous solution, Biochemical and Biophysical Research Communications 66, 1975-10-27, עמ' 1173–1179
↑  R. J. Smith, R. G. Bryant, Metal substitutions incarbonic anhydrase: a halide ion probe study, Biochemical and Biophysical Research Communications 66, 1975-10-27, עמ' 1281–1286
1 2  R. J. Lefkowitz, Identification of adenylate cyclase-coupled beta-adrenergic receptors with radiolabeled beta-adrenergic antagonists, Biochemical Pharmacology 24, 1975-09-15, עמ' 1651–1658
↑  A. Schmoldt, H. F. Benthe, G. Haberland, Digitoxin metabolism by rat liver microsomes, Biochemical Pharmacology 24, 1975-09-01, עמ' 1639–1641 doi: 10.7861/clinmedicine.9-1-10
↑  J. Marniemi, M. G. Parkki, Radiochemical assay of glutathione S-epoxide transferase and its enhancement by phenobarbital in rat liver in vivo, Biochemical Pharmacology 24, 1975-09-01, עמ' 1569–1572
1 2 3  A. Schmoldt, H. F. Benthe, G. Haberland, Digitoxin metabolism by rat liver microsomes, Biochemical Pharmacology 24, 1975-09-01, עמ' 1639–1641 doi: 10.7861/clinmedicine.9-1-10
↑  U. N. Wiesmann, S. DiDonato, N. N. Herschkowitz, Effect of chloroquine on cultured fibroblasts: release of lysosomal hydrolases and inhibition of their uptake, Biochemical and Biophysical Research Communications 66, 1975-10-27, עמ' 1338–1343
↑  J. M. Stein, The effect of adrenaline and of alpha- and beta-adrenergic blocking agents on ATP concentration and on incorporation of 32Pi into ATP in rat fat cells, Biochemical Pharmacology 24, 1975-09-15, עמ' 1659–1662
↑  W. A. Hendrickson, K. B. Ward, Atomic models for the polypeptide backbones of myohemerythrin and hemerythrin, Biochemical and Biophysical Research Communications 66, 1975-10-27, עמ' 1349–1356
↑  Y. W. Chow, R. Pietranico, A. Mukerji, Studies of oxygen binding energy to hemoglobin molecule, Biochemical and Biophysical Research Communications 66, 1975-10-27, עמ' 1424–1431
1 2  K. Moroi, T. Sato, Comparison between procaine and isocarboxazid metabolism in vitro by a liver microsomal amidase-esterase, Biochemical Pharmacology 24, 1975-08-15, עמ' 1517–1521
1 2 3 4  T. R. Anderson, T. A. Slotkin, Maturation of the adrenal medulla--IV. Effects of morphine, Biochemical Pharmacology 24, 1975-08-15, עמ' 1469–1474
| --- | --- |
בקרת זהויות :  NLI: 987007286326505171  BnF: cb12251716c (data)  GND: 4010152-6  LCCN: sh85025333  NDL: 00567038