הנסיך רופרט מהריין, דוכס קמברלנד
מלחמת האזרחים האנגלית השנייה ואינטררגנום > שירות בצי המלוכני

בשנת 1648 פרצה מלחמת האזרחים האנגלית השנייה הקצרה יחסית, ורופרט הודיע למלך הצרפתי שהוא יחזור לשירותו של המלך צ'ארלס. הצי הפרלמנטרי התמרד לטובת המלך והפליג להולנד, וסיפק למלוכנים צי גדול לראשונה מאז תחילת מלחמת האזרחים; רופרט הצטרף לצי בפיקודו של הדוכס מיורק, שקיבל דרגת אדמירל עליון (אנ').
רופרט טען שיש להשתמש בצי כדי להציל את המלך, שאז היה כלוא באי וייט, בעוד שאחרים ייעצו להפליג לתמיכה בלחימה בצפון. הצי עצמו איבד במהירות את המשמעת, כאשר צוותי ספינות רבים התמקדו בתפיסת ספינות ומטענים מקומיים. עובדה זו הדגישה בעיה גדולה עבור המלוכנים - עלות אחזקת הצי החדש הייתה הרבה מעבר ליכולתם. המשמעת המשיכה להידרדר ורופרט נאלץ להתערב באופן אישי מספר פעמים, כולל נטרול קבוצה אחת של מלחים מורדים על ידי השתלשלות פתאומית של המנהיג על דופן כלי השיט שלו ואיום להפיל אותו לים. רוב הצי החליף צד פעם נוספת, וחזר לאנגליה בסוף 1648.
לאחר מכן, בעקבות פיוס עם צ'ארלס, רופרט קיבל את הפיקוד על הצי המלוכני. הכוונה הייתה להחזיר את הכספים המלוכניים על ידי שימוש בכלי השיט הנותרים כדי לנהל מסע של שוד ימי מאורגן נגד הספנות האנגלית ברחבי האזור. אחד המכשולים שתוכנית זו עמדה בפניו היה הכוח הגובר של הצי הפרלמנטרי ונוכחותו של רוברט בלייק, אחד האדמירלים הטובים ביותר של התקופה, כיריבו של רופרט במהלך המערכה.
המערכה הימית של רופרט הייתה בת שני שלבים. הראשון כלל את הצי המלוכני שהפליג מקינסייל באירלנד לליסבון בפורטוגל. הצי כלל שלוש ספינות גדולות, "אה"מ קונסטנט רפורמיישן" (HMS Constant Reformation), ה"קונוורטיין" (Convertine) וה"סנונית", בליווי ארבעה כלי שיט קטנים יותר. בדרך לליסבון הצי של רופרט השתלט על כמה ספינות בדרך. בליסבון הוא זכה לקבלת פנים חמה מז'ואאו הרביעי, מלך פורטוגל, שקיבלה עצמאות מספרד זה לא מכבר, שהיה תומך של צ'ארלס השני. בלייק הגיע זמן קצר לאחר מכן עם צי פרלמנטרי, והטיל הסגר על ליסבון. המתיחות עלתה, פרצו עימותים והמלך ז'ואאו הרביעי העדיף יותר ויותר שאורחיו המלוכניים יעזבו. באוקטובר 1650 פרץ הצי של רופרט, המורכב כעת שש ספינות, את ההסגר, ופנה אל הים התיכון. עדיין נרדף על ידי בלייק, הצי המלוכני תמרן במעלה החוף הספרדי, ואיבד בהתמדה כלי שיט לרודפים.
אז החל השלב השני של המערכה. רופרט חצה בחזרה לאוקיינוס האטלנטי, ובמהלך 1651 חתך מערבה לאיים האזוריים, ולכד כלי שיט תוך כדי השיט. הוא התכוון להמשיך הלאה לאיי הודו המערבית, שם היו צפויים ללכוד כלי שיט עשירים רבים. במקום זאת הוא נתקל בסערה של סוף הקיץ, שהובילה לטביעת האונייה "קונסטנט רפורמיישן" עם אובדן של 333 הרוגים - כמעט כולל אחיו של רופרט, הנסיך מוריץ, שרק זה עתה נמלט - והרבה מאוד מהאוצרות שנשדדו. כשחזר הצי להתקבץ מחדש, לתקן ולהצטייד מחדש בתחילת 1652, הכוח המופחת של רופרט עגנה בקאפ בלאן (אנ'), אי ליד מה שהיא כיום מאוריטניה. רופרט ניצל את ההזדמנות לחקור ורכש נער משרת מורי, שנשאר בשירותו שנים רבות. רופרט גם חקר 150 מייל במעלה הנהר גמביה, השתלט על שני כלי שיט ספרדיים ונדבק במלריה.
לאחר מכן חצה רופרט סוף סוף בהצלחה את האוקיינוס לאיים הקריביים, נחת תחילה בסנט לוסיה, לפני שהמשיך במעלה שרשרת האנטילים הקטנים לאיי הבתולה. שם נפגע הצי מהוריקן, שפיזר את הספינות והטביע את האונייה דפיאנס, הפעם עם הנסיך מוריץ על סיפונה. חלף זמן מה עד שמותו של מוריץ אושר, מה שגרם לרופרט לשבר. הוא נאלץ לחזור לאירופה, והגיע לצרפת במרץ 1653 עם צי של חמש ספינות. התברר, עם חישוב הרווחים וההפסדים של מסע השוד הימי, שהמיזם לא היה רווחי כפי שציפו. הדבר סיבך את המתיחות בחצר המלוכה, וצ'ארלס השני ורופרט חילקו בסופו של דבר את השלל, ולאחר מכן חזר רופרט, עייף ומעט מריר, לצרפת כדי להתאושש מהמערכה הארוכה.
בשנת 1654, נראה כי רופרט היה מעורב במזימה להתנקש בחיי אוליבר קרומוול, אירוע שהיה אמור להיות מלווה אחר-כך בהפיכה, נחיתת צבא קטן בסאסקס והשבתו לשלטון של צ'ארלס השני. מתברר שצ'ארלס עצמו דחה את רעיון ההתנקשות, אך שלושה קושרים נעצרו בלונדון והודו על פרטי התוכנית כולל חלקו של רופרט.
נוכחותו של רופרט בחצר המלוכה המשיכה להיות בעייתית; כמו ב-1643, הוא נחשב על ידי אדוארד הייד (אנ') (לימים רוזן קלרנדון (אנ')) ואחרים כדמות לוחמנית ומכשול למשא ומתן לשלום; בשנת 1655 עזב רופרט לגרמניה.