נתן צבי פינקל
הקמת ישיבת סלובודקה

לאחר סגירת בית המוסר "תלמוד תורה" בקלם בשנת 1876 עבר הרב פינקל תחילה לעיירה גרובין עם רבו רבי שמחה זיסל, יחדיו ניהלו שם "בית מוסר". עד מהרה התגלו ביניהם חילוקי דעות, והוא עבר לעיירה סלובודקה שבפרברי העיר קובנה, שם כיהן כמשגיח בישיבת "אור החיים" שבראשה עמד רבי צבי הירש לויתן. ישיבה זו נועדה לבחורים צעירים, וחלק מבוגריה היו הבסיס להקמת הישיבה הגדולה "כנסת ישראל" שהקים רבי נתן צבי, בין השנים 1876–1877, תחילה בתור כולל ולאחר מכן כישיבה. התמיכה הכספית להקמת הישיבה ניתנה מקרן עובדיה לחמן מברלין, שנועדה להחזקת ישיבות.
בין השנים 1877–1882 נטל חלק פעיל בהקמתן וחיזוקן של ישיבות רבות, כמו ישיבת סלוצק בראשות רבי איסר זלמן מלצר, ישיבת קוברין בראשות תלמידו רבי פסח פרוסקין, ישיבת מיר בראשות בנו רבי אליעזר יהודה פינקל, וכן כולל האברכים בקובנא. נהג לשלוח תלמידים ולגייס כספים לחזק ישיבות, כמו ישיבת טלז. תלמידו, הרב אלעזר מנחם מן שך, נהג לומר שכל קיום הישיבות הוא בזכותו של ה"סבא מסלובודקה".
בשנת 1882 החל בהקמת הישיבה הגדולה בעיירה סלובודקה. בישיבה זו השקיע הרב פינקל את כל כשרונותיו, בה התעצבה דמותו החינוכית וההגותית, ובה כיהן כארבעים וחמש שנה.
בישיבת סלובודקה כיהנו כר"מים וכמשפיעים מוסריים רבי יצחק בלאזר, רבי אברהם אהרון בורשטיין מטבריג, ורבי יצחק יעקב רבינוביץ (ר' איצל'ה מפוניבז').
לאחר שעזב רבי יצחק מפוניבז' את סלובודקה, מינה הרב פינקל את הרב משה מרדכי אפשטיין ואת הרב איסר זלמן מלצר לכהן בראשות הישיבה, כאשר הרב פינקל הוא הדמות המוסרית והחינוכית בישיבה, בתור "משגיח", ומורה דרך רוחני.
בשנת 1897 הקים הרב פינקל ישיבה נוספת בעיר סלוצק, אליה שלח חלק מתלמידי סלובודקה, ובראשה העמיד את רבי איסר זלמן מלצר, בעוד רבי משה מרדכי אפשטיין נשאר לצידו בסלובודקה.
בשנת 1897 פרץ משבר קשה בישיבת סלובודקה בין תומכי שיטת המוסר למתנגדים לה. הסכסוך שיבש את סדרי הלימודים בישיבה, והגיע בפני בתי-דין שנמנו על המתנגדים לשיטת המוסר. במהלך השתלשלות המחלוקת הכריז רבי נתן צבי על פרישה מישיבת סלובודקה הגדולה, והקים בעיירה ישיבה חדשה, אליה עברו חלק קטן מהבחורים, וכן רבי משה מרדכי אפשטיין, ראש הישיבה. הישיבה הוותיקה נקראה "כנסת בית יצחק", והיא התקיימה עד השואה, ואילו הישיבה החדשה בראשות הרב פינקל נקראה "כנסת ישראל סלובודקה". למרות המחלוקת הקשה ונישולו מהישיבה שהקים, לא נטר רבי נתן צבי לאיש מהמעורבים במחלוקת, ובמשך השנים גברה השפעתו בישיבה הוותיקה ושיטת המוסר חדרה אליה, אם כי בצורה שונה ולא מוצהרת.
ישיבת "כנסת ישראל סלובודקה" סבלה בשנותיה הראשונות ממחסור כספי ורק לאחר כמה שנים התייצבה, ומספר התלמידים שלה הלך וגדל בהתמדה.
בשנים 1903–1905 התחולל בישיבה שנית משבר קשה נגד לימוד המוסר, ומלחמה של ממש ניטשה בין כותלי הישיבה. המאורעות החריפו עם פרוץ המרידות נגד שלטון הצאר שהסתיימו במהפכת 1905 הכושלת. תלמידים לשעבר של הרב פינקל, ממתנגדי שיטת המוסר, שנסחפו לשורות המהפכנים, ניצלו את המהומות לצורך המאבק בישיבה על שיטת המוסר. בתוך הישיבה התחוללו לעיתים קרובות מהומות, והמהפכנים אף איימו על רבי נתן צבי ברצח אם לא יעזוב את הישיבה. מסופר כי ה"סבא" הישיר את מבטו אל ראש המהפכנים בעצב ואמר לו: "ראה מה שיצא ממך...". ידי המהפכנים רפו מתוכחתו והם עזבו את הישיבה.
לאחר דיכוי המרד שינה את גישתו לתלמידים. בעוד קודם לכן היה קפדן מאוד, דגל במשמעת חמורה, והיה זורק מרה בתלמידים על מנת לעוררם לשיפור, החל לנהוג ברכות עם תלמידיו, לעודדם לפתח עצמאות, ולהדגיש רעיונות מוסריים מעודדים יותר. גישתו השנייה התפרסמה יותר ובה נוקטות הישיבות בשיטת סלובודקה.
בשנת 1908 מינה הרב פינקל כמשגיח נוסף בישיבה את חתנו רבי יצחק אייזיק שר.
עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה בשנת 1914, פוזרה ישיבת סלובודקה. רבי נתן צבי שהה באותה עת בגרמניה, ונעצר מיד כנתין רוסי. הוא ישב במעצר כמחצית השנה עד אשר שוחרר. הוא הצטרף למחותנו רבי משה מרדכי אפשטיין שנמלט למינסק, שם הקימו שוב את הישיבה בעצם ימי המלחמה. כאשר התקרבה המלחמה למינסק עברו לקרמנצ'וג. בתקופה זו עברה הישיבה תלאות ורדיפות קשות, אך שרדה את ימי המלחמה והמהפכה שאחריה, ובשנת 1920 חזרה לעיירה סלובודקה.
בשנים שלאחר המלחמה פרחה ישיבת סלובודקה והגיעה לשיא פריחתה. מוסדות נוספים ברוח הישיבה ובהדרכתו של הסבא מסלובודקה הוקמו בעיירה.