אה"מ אנדוור
המסע לאוקיינוס השקט > על שרטון

במהלך ארבעת החודשים הבאים מיפה קפטן קוק את חופי אוסטרליה, כש"אנדוור" עושה דרכה בכיוון צפון בדרך כלל. ב-11 ביוני 1770, קצת לפני השעה 11 בלילה, פגעה האונייה בריף המכונה כיום בשם "ריף אנדוור" ומהווה חלק משונית המחסום הגדולה. מיד ניתנה פקודה לגלול את המפרשים, עוגן נגידה הורד למים בסירה, והצוות ניסה למשוך את האונייה באמצעות חבל העוגן חזרה אל הים הפתוח, אך הדבר לא צלח. ריף אנדוור מתרומם בצורה תלולה מאוד מקרקעית הים, ועל אף שהאונייה ישבה כולה על השרטון, הראו מדידותיו של קוק כי במרחק קצר מהאונייה, פחות מאורכה, מגיע עומק המים ל-70 רגל (21 מטרים).
כדי להקל ממשא האונייה, כך שתצוף ותתרומם מעל הריף, הושלכו הימה בפקודת קוק מטילי הברזל והאבנים ששימשו כנֶטֶל, אספקה מקולקלת וכל תותחי האונייה מלבד ארבעה, וחביות מי השתייה רוקנו לים. מלחי האונייה חיברו לתותחים מצופים מתוך כוונה למשותם מאוחר יותר,, אך הדבר לא היה בר ביצוע. כל אנשי הצוות נרתמו להפעלת משאבות השיפוליים, לרבות קוק ובנקס.
לאחר שהושלכו לים על פי חישוביו של קוק בין 41 ל-51 טונות של ציוד, נעשה ניסיון למשוך את האונייה ממקומה בשעת שיא הגאות, אך ללא הצלחה. בשעות אחר הצהריים של 12 ביוני הורדו למים בסירה הארוכה שני עוגני חרטום גדולים, שחוברו לאונייה באמצעות מערכת חבלים וגלגילות; התוכנית הייתה לנסות שוב למשוך את האונייה עם בוא הגאות בשעות הערב. דרך החור בגוף האונייה חדרו מים, ואף על פי שקפטן קוק ידע היטב כי הדליפה תתגבר ברגע שהאונייה תרד מן הריף, הוא החליט לקחת את הסיכון. בשעה 10:20 בערב האונייה התרוממה עם שטף הגאות ואז נמשכה בחבלי העוגנים ונחלצה. העוגנים הועלו והוחזרו לאונייה, מלבד עוגן אחד, שנתקע בקרקעית הים ונאלצו לנטוש אותו.
כצפוי, גברה חדירת המים לאחר שהאונייה נחלצה מן הריף, והיה צורך לאייש בלא הפסקה את כל שלוש משאבות השיפוליים. טעות ארעה בשעת מדידת עומק המים בסַפְנָה, כאשר מלח לא מנוסה מדד את אורך חבל האנך מנקודה ייחוס גבוהה יותר משעשה קודמו. הקריאה הראתה כי גובה המים בבטן האונייה עלה בכ-18 אינץ' (46 ס"מ), ותחושת פחד שטפה את כל אנשי הצוות. מיד עם גילוי הטעות הכפילו המלחים את מאמציהם, וספיקת המשאבות עלתה על קצב חדירת המים.
הסכנה לטביעת האונייה עדיין לא חלפה. "אנדוור" נמצאה במרחק 24 מיל (39 ק"מ) מן החוף, ושלוש סירות האונייה לא יכלו להכיל את כל אנשי הצוות. ג'וזף בנקס רשם אז ביומנו, כי בשעות גורליות אלו הפגינו אנשי הצוות קור רוח, וזאת בניגוד לסיפורים ששמע כי בנסיבות שכאלה מתמלאים המלחים אימה ומסרבים להישמע לפקודות.
פרח החובלים ג'ונתן מונקהאוס הציע לאטום את החור באמצעות בד מפרשים, כפי שעשו לדבריו בהצלחה באוניית סוחר בה שירת. קוק הפקיד בידיו את ביצוע המשימה, ובהנחייתו תפרו פיסות של נעורת חבלים וצמר למפרש ישן; המפרש הורד למים ונמשך אל מתחת לגוף האונייה, ולחץ המים הידק אותו אל החור. התחבולה הצליחה ובתוך זמן קצר פסקה חדירת המים כמעט לחלוטין, כך שניתן היה להפסיק את הפעלתן של שתיים מתוך שלוש המשאבות.
"אנדוור" חידשה את הפלגתה בקורס צפון-מערב במקביל לריף, והצוות חיפש אחר מעגן בטוח שבו יוכלו לתקן את הנזקים. ב-13 ביוני הגיעה האונייה אל מֵרוֹץ-מים רחב שקוק העניק לו את השם "נהר אנדוור". הניסיון להיכנס אל תוך שפך הנהר נכשל בשל הרוחות העזות והגשם, ורק בבוקר 17 ביוני הצליחה "אנדוור" לחצות את הרְדֵדָה שבפתחו. האונייה התיישבה לזמן קצר על שרטון החול, אך שבה וצפה שעה אחר כך, ובשעות אחר הצהריים המוקדמות נמשכה באמצעות עוגן נְגִידָה אל תוך הנהר עצמו. האונייה הועלתה ללא דיחוי על גדתו הדרומית של הנהר והוטתה על צדה, כדי שאפשר יהיה לתקן את הנזקים שנגרמו לגוף. תוך כדי כך הוחלפו המפרשים והחבלים הבלויים ותחתית הגוף נוקתה מבלוטי-הים שנצמדו אליה.
כאשר בדקו את הגוף נוכחו לדעת, כי חתיכת אלמוג בגודל אגרוף אדם פערה חור בתחתית האונייה ואחר כך ניתקה. שבר אלמוג זה, אליו היו דבוקות פיסות של נעורת פשתן ממזרן ההנצלה, סייע לסתימת החור ומנע את טביעתה של "אנדוור" על הריף.