מצוות זכירת מעשה עמלק
מדיני המצווה > הכפלת המילה "זכר" בקריאה

מנהג נוסף שהתפתח בדורות האחרונים בהקשר זה נוצר עקב ספק שעלה בניקוד המילה "זכר" בפרשה - האם ה-ז' נקודה בצירי או בסגול (זֵכֶר או זֶכֶר). הספק עלה מתוך דברי רד"ק ב"ספר השורשים" שלו, המביא מחלוקת בין הספרים בשאלה זו. על פי הערה שנוספה בדפוסים של ספר השורשים, שממנה עלה שהרד"ק הכריע כניקוד בסגול, הוגהו כמה סידורים וחומשים במאות ה-17, ה-18 ותחילת ה-19.
המנהג התפתח מתוך מחלוקת באשר לדעת הגר"א בשאלה זו. בספר מעשה רב, שבו מתוארים מנהגי הגר"א, נכתב "כשהוא קורא פרשת זכור, קורא 'זכר' בסגול תחת הזיין"; ואולם בהסכמה לספר כותב תלמיד הגר"א ר' חיים מוולוז'ין: "ואשר כתב לקרות בפרשת זכור זכר בשש נקודות [=שני סגולים], אני שמעתי מפה קדוש שקרא בחמש נקודות [צירי וסגול] ולא ידעתי אם השומעים שמעו וטעו לומר בשש נקודות, או אולי בזקנותו חזר בו". מתוך כך התפתח מנהג בקרב תלמידי הגר"א בירושלים, אשר לא היה ברור להם מנהגו של רבם, לקרוא פעמיים. וכן כתב המשנה ברורה: "דע, דיש אומרים שצריך לקרות זכר עמלק בצירי, ויש אומרים שצריך לקרות זכר עמלק בסגול, ועל כן מהנכון שהקורא יקרא שניהם, לצאת ידי שניהם". מנהג זה הלך והתפשט אצל רוב קהילות אשכנז (ולעיתים אפילו במקומות שאינם מבחינים כלל בין צירי לסגול - ודווקא בקריאה זו כופלים וקוראים בצירה "אשכנזי"), כאשר היו שנהגו לכפול את כל הפסוק, והיו שנהגו לכפול את המשפט 'תמחה את זכר עמלק', והיו שנהגו לכפול רק את המילים 'זכר עמלק'. אך מנהג זה אינו קיים בקהילות הספרדים ועדות המזרח.
אולם בשל מנהג זה אצל האשכנזים, התפתח במניינים מעורבים (אשכנזיים/ספרדיים/עדות המזרח/תימנים) מנהג נוסף חדש והוא לקרוא את הפרשה מספר פעמים כל פעם בהגייה אחרת (עברית מדוברת, אשכנזית ליטאית, אשכנזית חסידית, הברה תימנית, ובמנגינת הטעמים לפי נוסחי כל עדה ועדה מעדות המזרח השונות) דבר שעד היום טרם נמצא לו מקור בספרות ההלכה, אבל הוא הולך וכובש לו מקום יותר ויותר בבתי כנסת אשכנזיים.
עם זאת, ר' משולם ראטה, בעל שו"ת "קול מבשר", כתב להכריע כעדותו של ר' חיים מוולוז'ין, אשר "מי כמוהו מורה, אשר בכל בית הגר"א נאמן הוא", ועל פי רוב החומשים שבהם כתובה ה-ז' בצירי.
במאמר שהקדיש הרב מרדכי ברויאר לסוגיה ("מקראות שיש להם הכרע", מגדים י), הוא יצא נגד התפשטות התופעה, ובסקירה מקיפה הראה כי הספק אינו ספק כלל לפי המסורה, וכי היחיד שבעקבותיו הספק עלה הוא הרד"ק, שלפי הרב ברויאר לא היה בעל מסורה אלא פרשן. כך, הניקוד בצירה מאומת על פי הדפוס הראשון של מקראות גדולות של יעקב בן חיים, ולא העירו נגדו מגיהיו הגדולים, אור תורה ומנחת שי, וכן ניקדו גם יהב"י הנקדן ורוו"ה; וגדולה מזו - כן הוא הניקוד בכל כתבי היד העתיקים המדויקים, כולל עדות מכתר ארם צובא (על אף שכמובן, חילופי צירה-סגול הם שכיחים בקרב סופרים ספרדים שלא הבחינו בין תנועות אלו, ואולם "אם נבוא לחשוש לכל כתב-יד משובש שייקרה לפנינו, הרי אין לדבר סוף"). וכך מסכם הרב ברויאר את דבריו:
וזה הוא אפוא יחס הכוחות בסוגיה זו: מצד אחד עדות מוכחשת של בעל מעשה רב על מנהג הגר"א - ומצד שני אור תורה ומנחת שי ויהב"י הנקדן ורוו"ה, הדפוסים וכתבי-היד החדשים והעתיקים - ובראש כולם כתר ארם צובה, שאהרן בן אשר ניקד אותו והרמב"ם סמך עליו. ואנן מה נענה אבתרייהו! [=ואנו מה נענה אחריהם]

כבר אמרנו לעיל, שבעל משנה ברורה לא רצה להכריע בין שתי העדויות הסותרות של בעל מעשה רב ושל ר' חיים מוולאז'ין; ואילו בעל קול מבשר העדיף את עדותו של ר' חיים מוולאז'ין, נאמן ביתו של הגר"א. אולם אין כל ספק, שבעל משנה ברורה לא היה עומד על דעתו, אילו זכה למה שזכינו אנחנו, ונוסח הכתר היה מתגלה לו. ודאי לא היה אומר, שאי אפשר לסמוך על כתב-יד, שאדונינו הרמב"ם סמך עליו!

כבר אמרנו לעיל, שכפילת תיבת "זכר" בפרשת זכור היא מנהג שלא שיערו אבותינו, והוא נתחדש רק בדור הזה. עליו ועל שכמותו כבר אמר בעל חתם סופר, שחדש אסור מן התורה.

נראה אפוא, שהגיעה השעה להחזיר עטרה ליושנה. נחזור אל מנהג אבותינו הקדושים, כפי שהיה מוחזק בידיהם מימות עולם. נקרא את פרשת זכור כפי שנקראה בידי כל גדולי אשכנז מאז ומתמיד. אל נטיל ספק בנוסח המקרא במקום שהספק לא שלט בו מעולם! נמחה את זכר עמלק - דרך ודאי ולא דרך ספק!