היסטוריה של אלכסנדריה
ההיסטוריה של אלכסנדריה > תקופת האימפריה האסלאמית (646–1517) > תקופת החליפים (646–1250)

לאחר הכיבוש המוסלמי, בשנת 646 מצרים כולה נשלטה על ידי שלטון מוסלמי ועמר אבן-אל-עאץ התמנה למושל מצרים. תחת שלטונו הבירה עברה מאלכסנדריה לעיר פוסטאט.
תחילה לא חל שום שינוי בסטטוס קוו. נחתמו הסכמים בין עמר והארכיבישוף של אלכסנדריה שהעניקו הגנה לתושבים כנגד תשלום מיסי הג'זיה (מס גולגולת על מי שאינם מוסלמים – ד'מי). לא נעשה שום ניסיון להכריח את המצרים להמיר את דתם. השליטים החדשים שאפו לשמר את הכנסיות הקיימות והאדמיניסטרציה המקומית נותרה בידי הקופטים. להמונים הכיבוש לא הביא שום שינוי, יש מקום לשער שהוא הביא להקלה בנטל של הרדיפות הביזנטיות. בצורה איטית התחיל שינוי דתי. המסגד הראשון נבנה בפוסטט בשנת 642, על שמו של עמר אבן-אל-עאץ, ובכל רובע נבנה מסגד קטן יותר.
במשך 200 שנה הסטטוס קוו של התושבים היה כפי שהיה כשהם היו תחת שלטונות זרים קודמים. הם המשיכו בחייהם ללא הפרעה כל עוד העלו את המיסים הנדרשים. עד שנת 706 היוונית נשארה השפה הרשמית.
האימפריה האסלאמית ידעה מאבקי כוח פנימיים ופיצולים של מרכז השלטון.
לאחר תקופת ארבעת החליפים הראשונים (הראשידון), ממשיכיו של מוחמד, נוצרה החליפות של בית אומאיה השיעי. בשנת 750 לאחר מאבקים ניצח בית עבאס והחל לשלוט באימפריה מבגדד. מצרים בכללה ואלכסנדריה בפרט הפכו לחלק מהחליפות המוסלמית שנשלטה בידי החליפים מבגדד על ידי שליטים מקומיים ממונים מטעמם. מצרים שימשה בסיס צבאי להתפשטות המוסלמית, המספנה הביזנטית באלכסנדריה שימשה גרעין לבניית צי פלישה מוסלמי לאיי הים התיכון ולצפון אפריקה.
השליטים המקומיים מטעם השלטון המרכזי, הוחלפו בזה אחר זה. הם התחילו ליישב את בני השבטים שלהם במצרים, על מנת לעבות את האוכלוסייה הערבית על יד הבירה החדשה. החברה השבטית יצרה מחלוקות וחוסר שקט בין התושבים הערבים וגם היו התמרדויות של הקופטים. ב-830 החליף הוביל צבא שדיכא את המרידה הקופטית. מקובל לראות בדיכוי זה גורם מאיץ של המרת הדת לאסלאם. זו נקודה שבה התחיל תהליך שינוי דתי ותרבותי במצרים בכלל ובאלכסנדריה בפרט.
בין השנים 814 ו-817 אלכסנדריה נשלטה בידי שודדי ים מחבל אנדלוסיה אולם לאחר מכן עברה לידיים מוסלמיות חזרה.
בשנת 828 נגנבה גופתו של מרק האוונגליסט מאלכסנדריה על ידי סוחרים מוונציה ונשמרה בבסיליקה של מרקוס הקדוש.
בגלל קשיי השלטון והנאמנויות השבטיות של הערבים המקומיים, החליף הבגדדי יצר צבא של עבדים טורקים, הממלוכים, הם נשלחו גם למצרים. כנאמנים לשלטון המרכזי. בשלב מסוים מצרים ניתנה כפייף לגנרל טורקי שמינה את אחמד אבן טולון למושל בשמו במצרים. הוא יצר צבא משלו והשתלט על מצרים, סיפח שטחים נוספים מהאזור למצרים ואף הפסיק את תשלומי המיסים לבגדאד. הוא הקים את השושלת הטולונית ששלטה כ-37 שנים במצרים.
לאחר תקופה של אנרכיה מקומית, חוסר יציבות שלטונית והיחלשות של השלטון המרכזי, בשנים 910–1171 השתלטה השושלת הפאטימית, השיעית-איסמאעילית שנוסדה במערב האימפריה האסלאמית, על מרבית צפון אפריקה כולל מצרים, וחלקים מחצי האי ערב, משלטון ח'ליפות בית עבאס המתפוררת. בירת המדינה הפאטימית עברה לקהיר, ממנה מלכו האימאמים-ח'ליפים הפאטימיים במשך מספר דורות.
בתקופה זו, היה חוסר סובלנות דתית של השלטון כלפי המוסלמים הסונים בני המקום. החליפים הפאטימיים דרשו הכרה בהיותם היורשים האמתיים והחוקים של האסלאם. לעומת זאת, הם גילו סובלנות דתית כלפי הקופטים וכלפי היהודים והקופטים המשיכו לשאת במשרות חשובות. להוציא חליף, אל-חאכם (ח'ליפה פאטמי), שהורה על הריסת כל הכנסיות באימפריה הפאטימית (כולל כנסית הקבר הקדוש בירושלים) ועל גירוש הלא מתאסלמים, אולם הוא היה יוצא דופן. במצרים פרחה התרבות השיעית. במקביל התבצע עיבוי של האוכלוסייה הערבית במדינה. הייתה תקופה של פריחת המסחר, כתוצאה מהתפתחות קהיר כעיר נמל כלפי המזרח, דרך תעלה לים האדום.