ג'יימס באודוין
ממשלת מסצ'וסטס

באודוין נבחר כנציג מסצ'וסטס לקונגרס הקונטיננטלי בשנת 1774, אך לא השתתף בו, בטענה לבריאותה הלקויה של רעייתו. התקף של בריאות לקויה, שנגרם כנראה משחפת, השפיע גם עליו באותה תקופה. באודוין חלה שוב בשנת 1775 כאשר פרצה מלחמת העצמאות של ארצות הברית, והמשפחה הועברה מבוסטון (שהייתה אז במצור (אנ') על ידי מיליציות אזוריות) מלדורצ'סטר (אנ'), ולבסוף למידלבורו (אנ'), שם התגורר עד 1778. אחוזתו נכבשה על ידי הגנרל ג'ון בורגוין. למרות החלמתו הוא עודכן באירועים שהתרחשו בבוסטון וסביבתה, ונבחר לנשיא המועצה המבצעת של הקונגרס המחוזי של מסצ'וסטס (אנ'). תפקיד זה, שמילא עד 1777, הפך אותו לראש ממשלת מסצ'וסטס בפועל. לאחר שמצבו הבריאותי התדרדר הוא התפטר מתפקידו ונעלם מאור הזרקורים. הוא המשיך להתכתב עם מהפכנים אחרים, ונהנה מאמונם, אם כי היעדרותו מהמאמץ המלחמתי תוביל לקשיים פוליטיים מאוחרים יותר. הוא חזר לחיים הציבוריים ב-1778, וכאשר מסצ'וסטס ניסחה חוקה משלה ב-1779, הוא היה נשיא הוועידה שנקראה ליצור אותה, ויושב ראש הוועדה שניסחה אותה. ג'ון אדמס, שהיה גם הוא חבר הוועדה, נחשב בדרך כלל למחבר העיקרי של החוקה, אם כי סביר להניח שבאודוין וסמואל אדמס תרמו תרומות משמעותיות לחוקת המדינה.
בבחירות הראשונות למושל מסצ'וסטס, שנערכו ב-1780, התמודד באודוין על התפקיד נגד ג'ון הנקוק. בהיעדר פוליטיקה מפלגתית רשמית, התחרות הייתה של אישיות, פופולריות ופטריוטיות. הנקוק היה פופולרי מאוד, ופטריוטי ללא עוררין בהתחשב בקורבנותיו האישיים והנהגתו בקונגרס הקונטיננטלי השני. באודוין נחשב על ידי תומכי הנקוק כלא פטריוטי, בין היתר תוך ציון סירובו לשרת בקונגרס הקונטיננטלי הראשון (למרות שזה היה עקב מחלתו). תומכיו של באודוין, שהיו בעיקר בעלי אינטרסים מסחריים אמידים מקהילות החוף של מסצ'וסטס, חשבו כי הנקוק היה דמגוג מטופש שמפרגן לציבור. הנקוק ניצח בבחירות בקלות, וקיבל יותר מ-90% מהקולות. בית הנבחרים של מסצ'וסטס הציע לבאודוין את תפקיד סגן המושל או חבר בית הנבחרים במדינה, אך באודוין דחה את שניהם בשל מצב בריאותו הלקוי. לאחר הבחירות הנקוק מינה אותו לוועדה לתיקון ואיחוד חוקי המדינה.
באודוין התמודד נגד הנקוק בבחירות שלאחר מכן, אך מעולם לא הצליח להתגבר על הפופולריות העצומה שלו. התחרות בין שניהם הייתה חלק מיריבות ארוכת שנים שהקיפה עסקים, פוליטיקה ודת, וככל הנראה הייתה אישית מאוד. שני האנשים היו מעורבים שניהם בניהול של הרווארד, שם הריב ביניהם הפך למכוער לפעמים. לדוגמה, בשנת 1776, בעוד הנקוק היה בו-זמנית גזבר הרווארד ונשיא הקונגרס הקונטיננטלי השני, ועדה בראשות באודוין החליטה שניירות ערך שהוחזקו פיזית על ידי הנקוק נמצאים בסיכון בגלל המלחמה. תגובותיו של הנקוק וסירובו להפיק דיווח על ספרי הקולג' נמשכו מספר שנים, וכתוצאה מכך תיזמר באודוין את הביקורת שלו על ידי מועצת המשגיחים של הרווארד. העניין הגיע לשיא ב-1783 כאשר נושאי הקולג' עם הנקוק נקראו ונדונו בפגישה פתוחה שבה הנקוק היה הקצין הנשיאותי. באודוין והנקוק התחרו זה בזה בכנסיית רחוב ברטל (אנ'), על גודל ואיכות השיפורים בבניין (ואפילו מיקום חדש) שהם מימנו. היריבות בין הגברים הייתה כה מרה עד שהקמת קולג' באודוין, שנקרא לכבודו, נאלצה להתעכב לאחר מותו של הנקוק.
בשנת 1785, ככל הנראה על רקע הכלכלה הגרועה במדינה, הציע הנקוק לבאודוין להתפטר, בציפייה שיתבקש להישאר בתפקיד. עם זאת, הוא לא הגיש בקשה כזו, ובסופו של דבר הוא אכן התפטר, ותירץ זאת בבריאותו הלקויה. מרוץ המושל באותה שנה נשלט על ידי באודוין, סגן המושל תומאס קאשינג (אנ') (שנחשף באופן נרחב כמי שעומד בפני הנקוק אך חסר כריזמה), וגנרל מלחמת העצמאות בנג'מין לינקולן (אנ'). הקמפיין היה לפעמים מגעיל. באודוין וסמואל אדמס חיזרו אחרי הנקוק וקאשינג, ותפסו את המועדון החברתי שהוקם ושהיה שנוי במחלוקת מקומית (המכונה גם "סאנס סוסי" או "אספת התה"), שבו התקיימו משחקי קלפים וריקודים (פעילויות אלה נאסרו בעבר בבוסטון), כסימן לדעיכה מוסרית שהתרחשה תחת כהונתו של הנקוק. תומכי קאשינג האשימו את באודוין בפחדנות במלחמה ובהעלבת העם על כך שסירב לתפקיד סגן המושל ב-1780. ציבור הבוחרים לא נתן לו רוב, ובית המשפט הכללי בחר בסופו של דבר בבאודוין על פני האחרים.