אקס-מן: ההתחלה
עלילה

העלילה נפתחת במחנה ריכוז בפולין בשנת 1944, במלחמת העולם השנייה. אריק לנשר, ילד יהודי מופרד מהוריו על ידי השומרים הנאצים. מתוך סערת הרגשות ומניסיון לאחוז באמו הילד מצליח לכופף את שערי המתכת, עד אשר שומר מכה בראשו והוא מאבד את הכרתו. המדען קלאוס שמידט, אשר הבחין במתרחש מזמן אליו את לנשר. בפגישתם, הוא מציב מטבע מתכת על השולחן ומצווה על לנשר להשתמש בכוח המגנטיות שלו כדי להזיז אותו. לנשר מתאמץ אך נכשל אז שמידט יורה והורג את אמו לנגד עיניו של לנשר. זעמו של לנשר יוצא מכלל שליטה וכוחו המגנטי מחריב את סביבתו והורג שני השומרים, לשמחתו של שמידט. באותו זמן באחוזה שבניו יורק, צ'ארלס אקסבייר הצעיר פוגש בילדה בשם רייבן, אשר פרצה לבית הוריו על מנת לחפש אחר אוכל. רייבן, בעלת יכולות לשנות צורה, שמחה לפגוש מישהו אחר "שונה" (מוטאנט) כמותה, וכך גם צ'ארלס אשר מזמין אותה להישאר לגור עם משפחתו.
העלילה קופצת לשנת 1962. לנשר הבוגר פונה למנהל בנק שווייצרי וכופה עליו למסור לו את כתובתו של שמידט, בעליו של מטיל זהב נאצי המופקד בבנק. לנשר מגיע אל הכתובת שנמסרה לו שבארגנטינה, שם הוא מוצא והורג שלושה קצינים נאציים לשעבר, ותוך כך מגלה כי המדען שהוא מחפש נמצא על יאכטה בפלורידה. בינתיים, באנגליה, אקסבייר הבוגר מסיים את לימודיו באוניברסיטת אוקספורד, המתמקדים בחקר מוטציות. אחותו המאומצת רייבן, מתגוררת עמו ועובדת כמלצרית לפרנסתה. במקביל בלאס ווגאס, סוכנת ה-CIA ד"ר מוירה מק'טאגרט עוקבת אחרי קולונל הנדרי, קצין בכיר בצבא ארצות הברית, אל תוך מועדון הלפייר (אש הגיהנום). שם היא עדה למפגש בינו לבין סבסטיאן שו, אמה פרוסט ועזאזל. לאחר ששו מאיים על הנדרי, עזאזל נעלם ביחד עם הקצין; זמן קצר לאחר מכן הנדרי מופיע בחדר מלחמה אמריקאי, ומביע תמיכה כי צבא ארצות הברית יציב טילים גרעיניים בטורקיה. לאחר מכן שו הורג אותו תוך שהוא מפגין את יכולותיו כמוטנט, לקלוט ולפלוט אנרגיה, וכן חושף את זהותו האמיתית - קלאוס שמידט.
מק'טאגרט פונה אל אקסבייר לעזרה כמומחה בנושא מוטציות. היא מציגה אותו ואת רייבן לבכירים ב-CIA, אשר משתכנעים כי מוטאנטים חיים וקיימים וכי שו מהווה איום. אקסבייר מוביל את ה-CIA אל שו, אשר נמצא בעיצומו של קרב מול לנשר על היאכטה שלו בפלורידה. אקסבייר מציל את חיי לנשר, בעוד שו בורח מהמקום ביחד עם שותפיו המוטנטים. אקסבייר, לנשר, רייבן ומק'טאגרט מגיעים יחד למתקן סודי של ה-CIA שם הם פוגשים במדען צעיר - ד"ר הנרי "האנק" מק'קוי. מק'קוי ורייבן מתקרבים זה לזה, ומק'קוי מבטיח לה שהוא ימצא דרך לגרום לשניהם להיראות כבני אדם נורמליים. לאחר מכן, אקסבייר משתמש במכשיר שמק'קוי בנה המכונה "סרברו" ("מוח" בספרדית), המגביר את יכולותיו הטלפתיים ועוזר לו לאתר מוטנטים אחרים. אקסבייר ולנשר יוצאים יחדיו לגייס מוטנטים נוספים לצידם כדי לעצור את שו. באמצעות סרברו הם מוצאים את אנג'ל סלבדור, את ארמנדו מוניו המכונה "דרווין", את אלכס סאמרס המכונה "האבוק" ואת שון קאסידי המכונה "באנשי". רייבן בוחרת לעצמה את הכינוי מיסטיק. כמו כן, אקסבייר ולנשר מנסים לגייס את לוגאן, אשר מסרב להצעתם בנימוס האופייני לו: "Go fuck yourself".
שו מתכנן להיפגש עם גנרל רוסי, אך לבסוף שולח את פרוסט במקומו, אשר נלכדת על ידי אקסבייר ולנשר. בינתיים, שו, עזאזל וריפטייד תוקפים את מתקן ה-CIA, הורגים את כל בני-האנוש ומציעים למוטנטים הצעירים להצטרף אליהם. אנג'ל מקבלת את ההצעה, וכשדרווין מנסה להציל אותה - שו הורג אותו. לאחר שמתקן ה-CIA נהרס, אקסבייר לוקח את לנשר ואת המוטנטים הצעירים אל בית משפחתו אשר בווסטצ'סטר, שם הם מתאמנים יחד. מק'קוי מעצב מדים לחבורה ובונה מטוס חמקן. אקסבייר עוזר ללנשר להשתמש במלוא פוטנציאל הכוחות המוטנטים שלו.
בינתיים, כחלק ממשבר הטילים בקובה, נשיא ארצות הברית ג'ון קנדי מטיל מצור ימי על מנת לעצור מצי ספינות סובייטיות לנוע עם טילים גרעיניים אל עבר קובה. שו נוסע עם הצי הסובייטי, על מנת להבטיח כי הטילים אכן מגיעים ליעדם. שו מקווה שהמהלך ידרדר לכדי מלחמת עולם גרעינית בתקווה שלאחריה רק המוטנטים ישרדו. מק'קוי מציע לרייבן תרופה אשר תהפוך את המראה החיצוני שלה לנורמלי, אך היא מסרבת לאחר שלנשר מעורר בה גאווה מוטנטית. במעבדה שלו, מק'קוי מזריק לעצמו את התרופה אשר במקום לרפא אותו - מחמירה את מראו החיצוני, והופכת אותו לחיה שעירה וכחולה הדומה לקוף אדם מגודל. למחרת, מק'קוי מטיס את אקסבייר וחבריו אל כדי ליירט את הצי הסובייטי, לפני שהוא יפרוץ את קו המצור האמריקאי. שו, נמצא שם בתוך צוללת, כשהוא חובש קסדה החוסמת את יכולותיו הטלפתיות של אקסבייר. עזאזל משתלט על אחת מהספינות הסובייטיות ומנסה לחצות את הקו המצור, אולם אקסבייר מצליח עם כוחותיו הטלפתיים לגרום לקצין על ספינה סובייטית אחרת להשמיד את ספינת הטילים של עזאזל. באנשי משתמש ביכולות הסונאר שלו ומאתר מתחת למים את הצוללת של שו, בעוד לנשר משתמש ביכולותיו המגנטיות ושולה אותה מתוך המים. ריפטייד תוקף את לנשר, וכתוצאה מכך הצוללת של שו והמטוס החמקן של מק'קוי מתרסקים יחדיו על חופו של אי סמוך.
בעוד המוטנטים (הטובים והרעים) נלחמים זה בזה. לנשר מוצא את שו בתוך ההריסות של הצוללת ומתפתח קרב ביניהם. שו, אשר מוביל בקרב, מנסה לשכנע את לנשר לחבור אליו. אריק מתעלם ומצליח להסיר את הקסדה משו, מה שמאפשר לאקסבייר להשתלט עליו. לנשר חובש את הקסדה לראשו, והורג את שו באמצעות אותו מטבע מתכת ממחנה הריכוז.
הן הצי האמריקאי והן הסובייטי משגרים את טיליהם אל עבר החוף עליו נמצאים כל המוטנטים, אולם לנשר מפנה את הטילים בחזרה אל הספינות שירו אותם. עימות פיזי מתפתח בין אקסבייר לבין לנשר, אשר מסיח את דעתו של לנשר ובכך מנטרל את איום הטילים על בני-האנוש. מק'טאגרט יורה באקדחה אל עבר לנשר, אשר מסיט את הכדור ופוגע בטעות בגבו של אקסבייר. הפגיעה גורמת לשיתוק רגליו של אקסבייר. לנשר עוזב, ביחד עם מיסטיק, אנג'ל, ריפטייד ועזאזל. מאוחר יותר, כשמק'טאגרט מובילה את אקסבייר על כסא גלגלים, הוא מספר לה כי בכוונתו להפוך את אחוזת בית הוריו לבית ספר למוטנטים. הוא נושק לה ותוך כדי כך מוחק את כל זיכרונותיה מהאירועים שהתרחשו. לנשר מחלץ את פרוסט הכלואה במתקן של ה-CIA, כשהוא לבוש במדים חדשים. הוא מבקש ממנה כי תקרא לו בשם "מגנטו".