אישטוואן בוצ'קאי
המהפך האנטי-עות'מאני בברית עם האוסטרים

לנוכח התנגדות מאוחדת של כמה מחנות אצילים שהיו מסוכסכים בעבר, שכללו את בני משפחת באטורי, אנשי קנצלריה ואצילים נוספים, פנה השליט הצעיר זיגמונד לעזרתו של בוצ'קאי.
בעצה אחת עם בוצ'קאי בחר זיגמונד להצטרף לקואליציה נוצרית שהתגבשה בראשות האימפריה ההבסבורגית נגד האימפריה העות'מאנית. אנשי הקנצלריה ואצילים ותיקים אחרים התנגדו למהלך הפוליטי-צבאי זה, מתוך ספקות לגבי יכולות האימפריה ההבסבורגית וזהירות ביחס לטורקים. לעומת זאת גמל הנסיך זיגמונד, שנלהב מאוד מרעיון המלחמה בעות'מאנים, לבוצ'קאי על תמיכתו, מינה אותו לקפטן של מבצר נאג'ווארד והפך אותו לאחראי על כל חבל ארץ פרטיום (1598-1592).
אחרי כמה ניצחונות של הנוצרים על הטורקים, הסתבך המצב במדינה במהרה עקב מתקפת נגדית של העות'מאנים והטטרים וניצחונם של הטורקים על הבאן של לוגוז', ג'יירג' פלטיץ'.
בניגוד להמלצתו של בוצ'קאי ושל מפקדים אחרים, דחתה ב-12 במאי 1594 הדיאטה הטרנסילבנית שהתכנסה בטורדה את תוכניות הנסיך זיגמונד לצאת למלחמה. ב-1 ביולי 1594 בהתכנסותה באלבה יוליה חזרה הדיאטה פעם נוספת על אותה החלטה. בוצ'קאי יצא לעזרת הכוחות הטרנסילבנים שכותרו על ידי הטורקים במצודת דבה. בוצ'קאי התערב בכוח בסכסוך שפרץ בין זיגמונד באטורי למחנה הפרו-עו'תמאני של האצולה ההונגרית בטרנסילבניה. אחרי שהשליט, מאוכזב, עזב את השלטון ונסע לקוואר, שוכנע על ידי מפקדיו, בוצ'קאי, גסטי וקורניש, לחזור למשול. הוא נכנס לקולוז'וואר בראש חייליו של בוצ'קאי וכפה על הדיאטה להכריז מלחמה בטורקים. ראשי האופוזיציה נרצחו, מי בעריפת ראש (שני אחים קנדי), מי בחניקה בכלא (הקנצלר קובאצ'וצי, בולדיז'אר באטורי, פרנץ קנדי).
ב-28 בינואר 1595 עמד בוצ'קאי בראש משלחת טרנסילבנית אשר יצאה לפראג, וכרת ברית עם הקיסר רודולף השני. באותה שנה התמנה בוצ'קאי לסגן מפקד של הצבא הטרנסילבניה ובמרץ אותה שנה סוכם על נישואי הנסיך הטרנסילבני ז'יגמונד באטורי עם הארכידוכסית האוסטרית מריה כריסטינה (1621-1574), צעד שהיה עשוי לחזק את הברית.
בראש כוחות טרנסילבנים, שכללו סקלרים רבים, השתתף בוצ'קאי במסע מלחמה אנטי-עות'מאני בוולאכיה, בברית עם השליטים הרומנים, מיכאל האמיץ של ולאכיה ושטפאן רזבאן של מולדובה. אחרי שני ניצחונות, בטרגובישטה (18 באוקטובר 1595) ובג'יורג'יו (20 באוקטובר), הטורקים נסוגו אל מדרום לדנובה.
הסקלרים השתתפו בהתלהבות במלחמה זו לאחר שהשליט שחרר אותם מהשיעבוד לאצולה ההונגרית. אולם כשביטל אחר כך ז'יגמונד באטורי את החלטתו, הם מרדו נגדו. לפני התענית הגדולה של שנת 1596, דיכא אותם בוצ'קאי באמצעים אכזריים שלא חסכו בהעלאות על שיפוד, תליות וכריתות איברים.
בהיעדר תרומת הסקלרים למאמץ המלחמתי, ובתנאי מתקפה טורקית נוספת ותבוסות אוסטריות וטרנסילבניות בחזית ההונגרית וגם הטרנסילבנית, כמו בטמשוואר ובקרב מזקרסטש, התייאש השליט ז'יגמונד ובשנת 1597 נסע יחד עם בוצ'קאי לפראג לבקש עזרה, תוך כדי איומים בהתפטרות. בסופו של דבר הפכה התפטרותו של ז'יגמונד באטורי לעובדה, ושלטונו הוחלף על ידי שלושה נציבים אוסטרים. בוצ'קאי ולוחמיו נשבעו אמונים בקיסר, אבל כשהתעורר המחנה הפרו-עות'מאני פעם נוספת, פוטר בוצ'קאי מתפקידו כמפקד.
בוצ'קאי שם את פעמיו למושבו של ז'יגמונד באטורי בגלות בצ'כיה והחזיר אותו לקולוז'וואר. בעזרתו, נכנס ז'יגמונד באטורי שוב לתפקידו כשליט. הוא החזיר את בוצ'קאי לראשות הצבא והעניש את יריביו, כולל הקנצלר אישטוואן יושיקה שהוצא להורג, אולם החצר בפראג לא הכירה בשלטונו של ז'יגמונד באטורי שמחוסר ברירה, פנה לסיוע פולני. פולין התנתה את עזרתה בחילופי שלטון, כך שבמקום ז'יגמונד נבחר לשליט בן דודו, הקרדינל אנדראש באטורי, שקיבל את הסכמת הסולטאן. בו'צקאי נסוג לאחוזותיו בביהר וניסה לגייס שם צבא חדש.