מקדש מצרי
לאחר נטישתם

לאחר שחדלה פעילותם הדתית המקורית, סבלו המקדשים המצריים מבליה איטית. רבים הושחתו על ידי נוצרים שניסו למחוק את שרידי הדת המצרית העתיקה. מספר מבני מקדש, כמו הממיסי בדנדרה או אולם ההיפוסטייל בפילה, הוסבו לכנסיות (אנ') או סוגים אחרים של מבנים. לרוב האתרים נותרו ללא שימוש, כמו במקדש ח'נום באֱלֶפַנְטִינֵה, בעוד שהמקומיים פירקו את האבני הבניין שלהם כדי להשתמש בהם כחומר גלם למבנים חדשים. פירוק המקדשים לאבן נמשך גם בתקופה המודרנית. אבן גיר הייתה שימושית במיוחד כמקור לסיד, ולכן מקדשים שנבנו מאבן גיר פורקו כמעט כולם. מקדשים מאבן חול, שנמצאו בעיקר במצרים העליונה, שרדו באופן רב יותר. מה שבני האדם השאירו שלם עדיין נותר נתון לבליה טבעית. מקדשים באזורים מדבריים יכלו להיות מכוסים בחלקם בסחף של חול, בעוד מקדשים ליד הנילוס, במיוחד במצרים התחתונה, נקברו לעיתים קרובות מתחת לשכבות של סחף הנישא בנהר ויובליו. כך, מספר אתרי מקדשים מרכזיים כמו ממפיס הגיעו לחורבן, בעוד שמקדשים רבים ששכנו הרחק מהנילוס ומרכזי אוכלוסייה נותרו ברובם שלמים. עם ההבנה כי כתב ההירוגליפים אבד, המידע על התרבות המצרית שהשתמר במקדשים ששרדו היה בלתי מובן לעולם.
המצב השתנה באופן דרמטי עם המערכה הצרפתית במצרים ובסוריה ב-1798, שהביאה עימה חיל חוקרים ומלומדים (אנ') לבחינת המונומנטים העתיקים ששרדו. תוצאות המחקר שלהם עוררו השראה למצרים העתיקה ברחבי אירופה. בתחילת המאה התשע-עשרה, הגיעו מספר הולך וגדל של אירופאים למצרים, הן כדי לראות את המונומנטים העתיקים והן כדי לאסוף עתיקות מצריות. חפצי מקדש רבים, מחפצים קטנים ועד אובליסקים עצומים, הוסרו על ידי ממשלות חיצוניות ואספנים פרטיים. גל זה של מאניה-מצרים (אנ') הוביל לגילוי מחדש של אתרי מקדשים כגון אבו סימבל, אך חפצים ואפילו מקדשים שלמים טופלו לעיתים קרובות ברישול רב. גילויי התקופה אפשרו את פענוח ההירוגליפים המצריים ואת ראשיתה של האגיפטולוגיה כדיסציפלינה אקדמאית.
אגיפטולוגים מהמאה התשע-עשרה חקרו את המקדשים באינטנסיביות, אך הדגש שלהם היה על אוסף חפצים לשליחתם לארצותיהם, ושיטות החפירה הרשלניות שלהם לעיתים קרובות גרמו נזק נוסף. אט אט היחס לציד העתיקות כלפי אנדרטאות מצריות פינה את מקומו למאמצי לימוד ושימור קפדניים. הממשלה גם השתלטה יותר על הפעילות הארכאולוגית ככל שעצמאותה של מצרים ממעצמות זרות גדלה.
אולם גם במאה ה-20, התמודדו השרידים העתיקים עם איומים. החמור ביותר היה בניית סכר אסואן בשנות ה-60, שאיים להטביע מתחת לאגם נאצר את המקדשים בחלק מהשטח שהוכר כנוביה התחתונה. מאמץ גדול של האו"ם פירק חלק מהאנדרטות המאוימות ובנה אותן מחדש בקרקע גבוהה יותר, והממשלה המצרית מימנה מספר מהאחרות, כגון מקדש דנדר (אנ'), מקדש טפה (אנ') ומקדש דבוד, כמתנות לאומות שתרמו למאמץ השימור. עם זאת, נעלמו מספר מקדשים אחרים מתחת לאגם.
כיום ישנם עשרות אתרים עם שרידי מקדשים ניכרים, אם כי רבים נוספים היו קיימים בעבר, ואף אחד מהמקדשים הגדולים במצרים התחתונה או התיכונה לא השתמר היטב. אלה שנשמרו היטב, כמו כרנכ, לוקסור ואבו סימבל, מושכים תיירים מרחבי העולם ולכן מהווים אטרקציה מרכזית לתעשיית התיירות המצרית (אנ'), שהיא מגזר מרכזי בכלכלה המצרית. שלושה אתרי מקדשים - תבאי העתיקה עם הנקרופוליס שלה, ממפיס והנקרופוליס שלה, והאנדרטאות הנוביות מאבו סימבל ועד פילה - הוגדרו על ידי אונסק"ו כאתרי מורשת עולמית. ממשלת מצרים פועלת לאזן בין דרישות התיירות לבין הצורך בהגנה על מונומנטים עתיקים מההשפעות המזיקות של פעילות תיירותית. העבודה הארכאולוגית נמשכת גם כן, שכן שרידי מקדשים רבים עדיין קבורים ומקדשים קיימים רבים עדיין לא נחקרו במלואם. מספר מבנים שניזוקו או שנהרסו, כמו מקדשי אחנתון, אף נמצאים בבנייה מחדש ושחזור. מאמצים אלה משפרים את ההבנה המודרנית של מקדשים מצריים, אשר בתורם מאפשרים הבנה טובה יותר של החברה המצרית העתיקה בכללותה.