בית היתומים היהודי בפרנקפורט
תחת השלטון הנאצי

בשנת 1935, אימהות רבות מהכפרים ומהעיירות הסמוכות לפרנקפורט, שנותרו ללא קורת גג או ללא יכולת לפרנס את המשפחה, פנו לבית היתומים היהודי בפרנקפורט בבקשה לקלוט בו את ילדיהם, בתקוה שכך יזכו הילדים להגנה, לתזונה נאותה ולחינוך טוב. בנוסף לילדים אלה הגיעו לבית היתומים גם ילדים ממוסדות אחרים שנסגרו. המנהלים איזידור ורוזה מרקס, השתדלו לקלוט כמה שיותר ילדים ולא לדחותם. לשם כך נפרסו מיטות בצפיפות בכל מקום: בחדרי השינה, במסדרונות, בחדרי הלימוד ואף בחדר האוכל.
כחלק מהנדרש על פי חוקי נירנברג, היה צורך לפטר את הצוות הלא יהודי שעבד במקום. את מקומו תפסו הבנות שחסו בבית היתומים והוכשרו למטרה זו. הכשרה זו הייתה חשובה ומועילה לבנות, כהכנה לקראת עלייתן לארץ ישראל.
בעוד שמספר הילדים החוסים בבית היתומים הלך וגדל, התרומות לבית היתומים פחתו באופן ניכר - הן בשל הגירת יהודים מגרמניה, הן בשל הקושי הכלכלי שאליו נקלעו היהודים, והן עקב הטלת מיסים גבוהים - בפרט על היהודים. נאסר על היהודים שעזבו את גרמניה להוציא את כספם אל מחוץ לגבולות המדינה. משום כך, היו שתרמו את כספם לבית היתומים. הפטור ממס שהוענק לבית היתומים בוטל אף הוא בשנת 1937.
בדרכם של הילדים מבית היתומים אל בית הספר נאלצו לחזות בפסלים או במודעות המציגים את היהודים באופן מגוחך ומשפיל. כמו כן, בדרך אל בית הספר הפחידו ילדי הגויים את ילדי בית היתומים היהודי, רדפו אחריהם והיכום.
באוקטובר 1938 עצרו שלטונות גרמניה הנאצית יהודים אזרחי פולין שהתגוררו בגרמניה על מנת לגרשם לפולין, ובכללם גם את ילדי בית היתומים היהודי שמוצאם מפולין. איזידור, המנהל, הצליח בעזרת תושיית בתו, חנה, להוריד את הילדים מהרכבת לפולין, ולהשיבם לבית היתומים. בליל הבדולח, שוטרים ואנשי אס אס נכנסו גם לבית היתומים היהודי, וזרעו במקום הרס, פחד ובהלה. למחרת ליל הבדולח, מועד שבו נעצרו יהודים רבים, שוב התדפקו אימהות רבות עם ילדיהן על דלתות בית היתומים. אנשי אס אס הסבירו לאיזידור כי אין הם עוצרים אותו על מנת שיקלוט את כל הילדים שהפכו לחסרי בית. הגרמנים עדיין עודדו אז הגירת יהודים מגרמניה. איזידור קיבל הבטחה מאנשי האס אס כי לא יפריעו לפעולותיו לחילוץ הילדים מגרמניה. מאותה העת פעל איזידור בבהילות רבה יותר. הוא פנה לגופים שונים ולחבריו ברחבי העולם על מנת שיסכימו לקלוט את ילדי בית היתומים היהודי בהקדם האפשרי, אך המדינות הערימו מכשולים. מדינות רבות קבעו מכסות הגירה ותקנות הגירה מגבילות שהקשו על קבלת אשרת כניסה. כמו כן, היה חשש שעם הגעת פליטים כה רבים תגבר האנטישמיות. בנוסף, חששו המדינות שעקב הגעת פליטים כה רבים, יעמיק המשבר הכלכלי בארצותיהם ותגדל האבטלה, מכיוון שהילדים יצאו מגרמניה חסרי כל.
הורים רבים שחשו בסכנה המתקרבת החליטו להיפרד מילדיהם ולשולחם אל מקום מבטחים מחוץ לגבולות גרמניה, במסגרת הקינדר-טרנספורט. המרכז הארגוני של הקינדר-טרנספורט לכל דרום מערב גרמניה היה בפרנקפורט. למרות התנאים וההגבלות שהציבה כל מדינה, אנגליה קלטה את רוב הילדים, אחרים נשלחו להולנד, לבלגיה, לשוודיה, לארצות הברית, לשווייץ ולצרפת.
ב-22 בנובמבר 1938, מספר ימים לאחר ליל הבדולח, יצאו 24 ילדים מבית היתומים להולנד. הילדים שנשארו בבית היתומים קינאו בילדים שיצאו להולנד כי היו בטוחים שהיוצאים - ניצלו, ומי שנשאר – חייו נתונים עדיין בסכנה. לימים התברר, כי גם בהולנד נתפסו הילדים בידי הנאצים ונשלחו למחנה המעבר וסטרבורק, ומשם למחנות ההשמדה. מבין 24 הילדים שרדו רק שני בנים ושתי בנות. הבנות שניצלו הן יוטה וצילי לוויטוס אשר הוסתרו עד סוף המלחמה, ומצילותיהן זכו באות חסיד אומות העולם.
יחד עם עבודתו הנמרצת למצוא מקומות מקלט לילדים, איזידור גם ליווה את קבוצות הילדים מבית היתומים אל יעדן ולאחר מכן שב לעבודתו בבית היתומים. מרתה ורטהיימר (אנ') שהצטרפה אף היא כמלוווה לילדים היוצאים מגרמניה, תארה עד כמה קשה הייתה כל נסיעה כזו. הבירוקרטיה לפני הנסיעה הייתה מורכבת. לעיתים חוו הילדים בדרכם מפגש לא ידידותי עם הנאצים אשר השפילו אותם ובזזו חלק מחפציהם המעטים. בדרכם לאנגליה, היה גם צורך לחצות שלושה גבולות. בכל נסיעה היו יותר ממאה ילדים. כל ילד היה צריך להיבדק על ידי רופא ולפגוש פקיד הגירה. רק כשהגיעו לתחנה הראשונה מחוץ לגרמניה, בהולנד, זכו הילדים לקבלת פנים אוהדת. משהגיעו לאנגליה קבלת הפנים הייתה חמה, אך סמוך להגעתם פוזרו הילדים ונשלחו ליעדים שונים. אנשים הגיעו לבחור ילדים מהקבוצה כדי להיות משפחת אומנה עבורם. כך הפרידו בין אחים ובין חברים. היו משפחות אומנה שהיו לבית חם עבור הילדים, אך משפחות אחרות ניצלו את הילדים לרעה. בחלק מן הבתים לא יכלו הילדים להמשיך ולקיים אורח חיים דתי וגם נאלצו לוותר על שמירת כשרות. בנוסף, היו קבוצות ילדים ששוכנו בהוסטלים. משפרצה המלחמה בספטמבר 1939, נחשדו חלק מהילדים הבוגרים כמרגלים לטובת גרמניה ומשום כך נשלחו למחנה מעצר באוסטרליה.
כל אותה העת, וכשהמצב הכלכלי גם בבית היתומים היה קשה, ניהול בית היתומים ואחזקתו נפלו על כתפיה של המנהלת רוזה מרקס. היא פיקחה על עבודת המטבח, על ניקוי הבית והכביסה, ותיקנה את בגדי הילדים עד שעות הלילה המאוחרות. עם זאת, היא הייתה קשובה לכל ילד, ואף שמרה על קשרי מכתבים עם בוגרי בית היתומים.