שמש ורגינה
שימוש מודרני

לאחר הגילוי אומץ הסמל על ידי הקהילה המקדונית-יוונית כחיבור בין תרבות מקדוניה העתיקה לתרבות המקדונים ביוון (באותה תקופה רפובליקת מקדוניה הייתה אחד מששת המחוזות של הרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה). שמש ורגינה על רקע כחול הוא דגל מקדוניה היוונית, משמש משנת 1993 כסמל לאומי, ומוצג כסימן מים בדרכון היווני בין העמודים 22 ו-23. הסמל מסמן את החיבור של יוון אל המורשת המקדונית העתיקה. הסמל אומץ גם על ידי הפזורה המקדונית היוונית ברחבי העולם.
גם המקדונים אימצו את הסמל כסימן לקשר ההיסטורי שלהם לממלכת מוקדון. כאשר רפובליקת מקדוניה נפרדה מיוגוסלביה בשנת 1991, הפכה שמש ורגינה למוטיב המרכזי בדגל ולסמלה הלאומי של המדינה החדשה. יוון החשיבה צעד זה כהתרסה כלפיה.
גם במקדוניה עצמה השימוש בסמל עורר אי נוחות. המיעוט האלבני במדינה התלונן שמדובר בסמל אתני ולאומי שאינו מתאים לשמש כסמל, ובדגל של מדינה רב-לאומית. לעומת זאת, גם ביוון הייתה תרעומת רבה אף יותר כלפי השימוש בסמל. ממשלת יוון, יוונים רבים ובעיקר יוונים-מקדוניים הרגישו שנעשתה מעילה בסמל ההלניסטי, ושהשימוש בסמל מהווה בסיס לחזקה על מורשתו של פיליפוס השני. כמו כן, ממשלת יוון ראתה בחלק מסעיפיה של החוקה המקדונית עילה לחזקה על הטריטוריה של מקדוניה היוונית. בינואר 1995, משרד החוץ היווני פרסם הודעת גינוי וטען ש"הסמל הוא יווני והוא נגנב". לאומנים בשני המחנות קישרו את הסמל עם כוכב בית לחם וטענו שקהילותיהם השתמשו בסמל למטרות קדושות לפני גילויו בשנת 1977.
גם תמיכתם של מומחים ומדינאים מארצות נוספות הייתה נתונה לשני המחנות. הנרי קיסינג'ר, לשעבר מזכיר המדינה של ארצות הברית, צוטט בתמיכתו בעמדה היוונית:
אני מאמין שליוון יש זכות להתנגד ואני מסכים עם אתונה. הסיבה היא משום שאני יודע היסטוריה, וזהו לא המקרה עם רוב האחרים, כולל רוב הממשל בארצות הברית. כוחה של הטענה היוונית היא ההיסטוריה, שאני חייב לציין שאתונה לא השתמשה בה בהצלחה רבה
לעומתו הפרופסור ללימודים סלאביים מאוניברסיטת המבורג פיטר היל, שפרסם מאמרים רבים בנושא המקדונים העתיקים, תמך בגרסה המקדונית למקור הסמל וצוטט כשאמר:
כוכב ורגינה אינו סמל יווני, חוץ מבמובן שהוא במקרה התגלה בטריטוריה שכיום נשלטת על ידי יוון. היוונים המודרניים משתמשים בסמלי התרבות היוונית העתיקה משום שבמקרה הם חיים בערך באותו אזור בעולם בו חיו היוונים העתיקים
הארכאולוגית המקדונית בויאנה מויסוב טענה בתוכנית ב-BBC ש"המשקל הסימבולי שהוצמד לשמש ורגינה הוא אבסורד מבחינה ארכאולוגית-אבל לא נמנע פוליטית". היא המשיכה וטענה כי:
שמש ורגינה שייכת לצפון יוון של המאה השלישית לפני הספירה-סיטואציה מאוד שונה, שאינה קשורה למאה ה-21 לספירה. אני מאמינה שמדובר בפוליטיקה מודרנית, ושאנו צופים בשימוש בסמל ארכאולוגי להיסטוריה לה הוא אינו שייך
למרות שהרשויות המקדוניות הכחישו שישנן משמעויות נסתרות בשימוש בסמל בדגל, קבלתו של הדגל הייתה אחד מסלעי המחלוקת העיקריים בין יוון למקדוניה בתחילת שנות ה-90. התנגדותה של יוון לדגל המקדוני הובילה לכך שהדגל המקדוני נאסר לשימוש במגוון מקומות ובהם האומות המאוחדות, המשחקים האולימפיים ומשרדיה של מקדוניה בארצות הברית ובאוסטרליה.
עד שנות התשעים היה הסמל נפוץ כסמל אזורי ביוון, אולם בשל המתיחות הפוליטית גברה חשיבותו ומרכזיותו. משנת 1990 ועד החלפת הדרכמה היוונית באירו בשנת 2001 הוטבעה שמש ורגינה בחזית מטבעות 100 דרכמה. כמו כן הופיעה שמש ורגינה על טלאי הידיים של כוחות המשטרה בבירה אתונה; תחנת הטלוויזיה מקדונה TV שבסלוניקי (בירת מרכז מקדוניה והעיר הגדולה ביותר במקדוניה היוונית) החליפה את סמלה לשמש ורגינה מאומיקרון; בנק מקדוניה אימץ את הסמל לחיקו, וגם מספר יחידות צבאיות. בשנת 1993 העביר הפרלמנט היווני הצעת חוק שהפכה את שמש ורגינה לסמל לאומי ביוון, וב-1995 הגישה תביעה לרישום הסמל כסימן מסחרי תחת פסקה 6 של אמנת פריז לארגון העולמי לקניין רוחני. באוקטובר אותה השנה הגישה מקדוניה התנגדות לתביעה זאת.
הסכסוך נפתר חלקית כשאומצה פשרה שקידם האו"ם: שמש ורגינה הוחלפה בשמש בעלת 8 קרניים בדגל מקדוניה כחלק מהסכם לכינון יחסים דיפלומטיים וכלכליים בין יוון ומקדוניה. סמל השמש בעלת 8 הקרניים נתגלה בחפירה ארכאולוגית בעיר טרנובץ במקדוניה, והיה בשימוש כסמל של קהילת הארומנים. אולם למרות הפשרה שהושגה, מחוז מקדונסקה קמניצה עדיין מציג את שמש ורגינה בדגלו. כמו כן לאומנים מקדוניים וקבוצות מקדוניות ברחבי העולם כדוגמת קבוצת "ארגונים מקדוניים" שבקנדה ממשיכים להשתמש בדגל הקודם ובשמש ורגינה כסמל. כמו כן גם קבוצות מיעוט מקדוניות במדינות הבלקן הסמוכות, כדוגמת המקדונים בסרביה ומחוז ליקנס שבאלבניה (מחוז בעל מיעוט מקדוני גדול) משתמשים בשמש ורגינה בסמלם הרשמי.