סיפור ההתגיירות במכתבים הכוזריים
המחלוקת על יהדותם של הכוזרים

הדעה שהכוזרים אכן התגיירו והנהגתם או גם חלק מעמם היו יהודים, התקבלה בקרב רוב החוקרים במחצית השנייה של המאה ה-20. פיטר גולדן בוחן את התגיירות הכוזרים על רקע תהליכי המרת דת של עמים ושבטים נומדיים באירואסיה. מסורות שונות על המרות דת מכילות אלמנטים פלאיים. במקרים רבים השליטים והאליטה השבטית מובילים תהליכי המרה בקרב פשוטי העם ולעיתים נתקלים באי הסכמה. המרת הדת של עמים פגאניים לדתות מונותאיסטיות הייתה בדרך כלל תהליך איטי והדרגתי, כאשר אמונות ומנהגים פגאניים ממשיכים להיות נוכחים במשך זמן רב לאחר אקט ההמרה הפורמלי של השבט או הממלכה. החוקרים הסבורים שהכוזרים אכן התגיירו מסתמכים בעיקר על עדויות גאוגרפים והיסטוריונים מוסלמים מהמאות התשיעית עד האחת עשרה. פיטר גולדן מביא כאסמכתא מוצקה את אבן פדלאן, שהיה אולי היחיד מביניהם שבאמת ביקר בכזריה (921–922). מקור משמעותי אחר בעיניו הוא אל-מסעודי מהמאה ה-10, המספר שההתגיירות אירעה בימי הח'ליף הארון א-רשיד (786–809) ושבימי רומאנוס ליקאפינוס (920–944) קיסר ביזנץ היגרו יהודים רבים לכזריה כתוצאה מרדיפות. גם החכם הקראי יעקב הקרקסאני שחי בעיראק מזכיר את הכוזרים כמי שהתגיירו ליהדות, בפירושו לספר בראשית. ממה שכתבו יהודה אלברצלוני ורבי אברהם אבן דאוד (הנזכרים לעיל) נראה בבירור ששמועות על התגיירות הכוזרים היו ידועות ואולי אף נפוצות בספרד הראב"ד גם מוסיף שפגש בעצמו בטוליטולה (טולדו) תלמידי חכמים שטענו שהם מבני בניהם של אותם עמים כוזרים שהתגיירו.
עם זאת ספקות בדבר מהימנות סיפור ההתגיירות לא פסקו. לאחרונה התפרסמו מחקרים המאתגרים דעה זו. משה גיל במאמרו "הח'זרים לא התגיירו" ב-2010, ושאול שטמפפר במאמר ""Did the Khazars Convert to Judaism?". טוענים שרוב ההיסטוריונים והגאוגרפים המוסלמים שהזכירו את הכוזרים כיהודים לא ביקרו כלל בכזריה ועדותם היא עדות שמיעה בלבד. כך גם ביחס לכתבי המוקדמים שבהם, מהמאה העשירית, כאשר ממלכת הכוזרים הייתה עדיין ישות פוליטית חזקה ומשפיעה. עדויות מוסלמיות מאוחרות יותר הן בעצם חזרה על מה שמצאו בכתבי קודמיהם. לטענתו של גיל הערבים התייחסו לכוזרים, כמו גם לעמים ולשבטים האחרים שהגיעו ממרכז אסיה ושכנו מצפון לח'ליפות העבאסית, כאל ברברים חסרי תרבות, בעלי מנהגים פראיים ומוזרים. הם מפרטים את מנהגי הקבורה, החתונה, הענישה, מעמד המלך ונוהלי הורשת השלטון, אך אינם מזכירים כלל מנהגים יהודיים או חיים על פי חוקי התורה וההלכה, גם כשהם מציגים את המלך או את הכוזרים כיהודים. לדעתו של גיל, מאחר שהיהודים דחו את מוחמד ושליחותו, הם מתוארים במסורת המוסלמית בדרך שלילית, ותיוג מישהו כיהודי כמוהו כדברי נאצה ועלבון. הכוזרים היו אויבי המוסלמים וניהלו נגדם מלחמות רבות, ולכן בתיאורם כיהודים הייתה כוונה להציגם באור שלילי.
גם שטמפפר מפקפק במהימנות המידע על יהדות הכוזרים במקורות המוסלמיים. אמנם כמה מהם מגדירים את הכוזרים כיהודים, אך אינם מסבירים כיצד ולמה הפכו הכוזרים ליהודים ואינם מפרטים במה מתבטאת יהדותם. ומאידך יש מקורות מוסלמיים המתארים את הכוזרים אך לאו דווקא כיהודים. ובעיקר, יש מקורות אחרים, ובעיקר מסמכים אדמיניסטרטיביים של הח'ליפות או של ביזנץ המתייחסים ליהודים החיים בארצם או בארצות שכנות, שאינם מתייחסים לכוזרים כלל כיהודים. מקורות רוסיים מוקדמים מזכירים יהודים ומזכירים יהודים מכזריה, אך אינם מזכירים מלך יהודי או התגיירות של הכוזרים. בתיאור המרת הדת של הנסיך ולדימיר הראשון לנצרות מסופר על יהודים כוזריים שניסו לשכנע אותו לקבל את הדת היהודית אך הוא דחה אותם. לדעתו של שטמפפר סיפור זה משקף תבנית טיפולוגית ואין להתייחס אליו כאל תיאור היסטורי.
יותר מדלות הידיעות על יהדותם של הכוזרים במקורות הלא יהודיים, או אף חסרונן המוחלט, מדגישים גיל ושטמפפר את מיעוטו של מידע כזה במקורות היהודיים הרבים מהתקופה. אם אמנם הייתה קיימת ממלכה יהודית שמילאה תפקיד משמעותי בתולדות האימפריה הביזנטית והח'ליפות המוסלמית במשך מאות שנים, מדוע היא מוזכרת רק בתכתובת הכוזרית, בספר הכוזרי ובהערות שוליות במקורות אחרים, כפי שצוין לעיל. מפתיע במיוחד הוא העדר התייחסות לכזריה יהודית ולכוזרים יהודים בספרות הגאונים הענפה, בשעה שהמרכז היהודי הגדול בבבל שכן כה קרוב לכזריה (מצדדי תאוריית ההתגיירות טוענים כי מיעוט ההתייחסות לכוזרים כיהודים נובע מכך שזו הייתה עובדה ידועה שאין צורך להתייחס אליה).
אך יותר מחסרונן של עדויות בכתב,יש קושי בהיעדר עדויות ארכאולוגיות משכנעות. באמצע המאה ה-20 נערכו חפירות רבות בשטחים שהיו בתחום הממלכה הכוזרית. היסטוריונים וארכאולוגים סובייטיים גילו עניין רב בתולדות הכוזרים שממלאים תפקיד חשוב בשחר ההיסטוריה הרוסית. בחפירות נתגלו קברים ועדויות שונות לפולחן פגאני, אך לא נמצאו עדויות לחיים יהודיים כלשהם. בקבריהם של לוחמים ואנשי מעלה נמצאו כלי נשק, שלדי סוסים ועצמות של נשים, גברים וילדים – שנועדו כנראה ללוות את המת לעולם הבא, מה שבוודאי אינו מקובל על פי הדת וההלכה היהודית. לדעת שטמפפר גם סימנים גרפיים שנמצאו בשטחה של כזריה, שיש שמצאו בהם דמיון לסמלים יהודיים יכולים להיות גם כל דבר אחר. מטבע כוזרית משנת 837 שנמצאה באתר ארכאולוגי בשוודיה ועליה הכיתוב בערבית :"משה שליח האל, הדומה למטבעות ערביות שעליהן כתוב "מוחמד שליח האל", ייתכן שהוטבעה על ידי יהודים אך לא בהכרח על ידי כוזרים יהודים. חוקרים נוטים להטיל ספק באמינות המחקר הארכאולוגי שנעשה בתקופת השלטון הסובייטי וכי המחקר הארכאולוגי באזור נמשך. התומכים באמיתות התייהדות הכוזרים מסבירים שהימצאותם של עדויות לפולחנים פגאניים בכזריה מעיד על כך שתהליך הגיור היה הדרגתי, וכמו במקרים אחרים של המרות דת בעולם, אמונות ומנהגים של הדת הישנה ממשיכים להתקיים עוד שנים רבות בצד הדת החדשה.
קבלת היהדות כדת המדינה על ידי ישות מדינית חשובה ומשפיעה, או לפחות על ידי העלית השלטת בה, היא תופעה יוצאת דופן ומעוררת תמיהות לאור מעמד היהודים והיהדות בתקופה המדוברת. אלה הסבורים שההתגיירות אמנם קרתה, נוטים להסבירה בכך שהכוזרים ראו צורך בקבלת אחת הדתות המונותיאיסטיות ההגמוניות, וכי הבחירה ביהדות איפשרה להם להימנע ממצב שיאלץ אותם להיות כפופים לביזנץ הנוצרית או לח'ליפות המוסלמית. הכופרים בסיפור ההתגיירות טוענים שלא הייתה כל תועלת ולכן לא הייתה סיבה לבחור בדת שמעמדה היה שפל ונחות לעומת הנצרות והאסלאם שהיו בשיא כוחן.
שטמפפר מסכם את עמדתו בדברים: "קשה מאוד לשכנע שמשהו לא קרה. כדי לשכנע שמשהו קרה מספיקה לעיתים רק עדות אחת. בחינה מדוקדקת של העדויות משכנעת שההתגיירות מעולם לא קרתה. הסיפור על התגיירות הכוזרים הוא אגדה".