פעולת אלכסנדריה
בשבי המצרי

לוחמי הקומנדו הימי שביצעו את פעולת אלכסנדריה לא הצליחו לחבור לצוללת. נחבאו יחד בנקיק סלע בחוף הים בשעות אחרי הצהריים התגלו על ידי נער מצרי שקרא להמון מאיים. איתן בא איתם בדברים עד שהגיעו רכב צבאי ושוטרים שלקחו אותם בשבי. שני הקיבוצניקים מכפר מנחם, אילן אגוזי וגדי פטיש, ניצלו את המהומה ונמלטו. הם נתפסו רק למחרת בבוקר בפרברי אלכסנדריה.

ביום הראשון נמצאו במרתפי מפקדת הצי ברס אל טין. כבר שם החלו לספוג מכות ועינויים וחקירות קשות. השבויים כל אחד בנפרד עמדו בחקירות ולא מסרו שום מידע רלוונטי מעבר לשמם ומספרם האישי. 

למחרת הועברו הצוללים בלא קשר ביניהם כאשר הם אזוקים ומכוסי עיניים לכלא בקהיר. שם הוחזקו בתא קטן בנפרד. את מזון הכלא: מים מעופשים, פיתה יבשה, פול ועדשים לא הצליחו לאכול ונשארו זמן רב רעבים. עברו חקירות קשות על ידי המודיעין המצרי תוך כדי מכות ועינויים. החוקרים התעניינו בפעולה איך הגיעו לאלכסנדריה ובשיטות עבודה בקומנדו הימי. השבויים ענו תשובות שלא ממן העניין ושום מידע חיוני לא נחשף בחקירות אלה. ”היכו אותנו, חבלו בנו, התעללו בנו,השפילו אותנו, ניסו לשבור אותנו....הקושי הגדול נטילתה של החירות.”
שיפור יחסי - לאחר כשבוע הופגשו עם נציג הצלב האדום, בשם בואזר בתחילה התייחסו אליו בחשדנות אך התנאים החלו להשתפר. קצב החקירות ירד מכות ועינויים הופסקו. באמצעותו התאפשרה העברת מכתבים למשפחות. המכתבים משני הצדדים נקראו על ידי קצין מהמודיעין המצרי. שדרוג משמעותי במעמדם חל ב-17 ביוני כאשר מצאו עצמם יחד בחדר משותף ואיתם גם שלושה טייסים יאיר ברק דן מנור ומרדכי לבון. לאחר שפגה החשדנות התברר כי הטייסים נפלו ביומיים הראשונים למלחמה ולא היה ביכולתם לחדש רבות לצוללים. הטייס מרדכי לבון הוחזר לישראל לאחר כשבוע, כנראה מסיבות בריאות, והטייס יאיר ברק בן ה-29 דובר אנגלית שוטפת קיבל תואר "בכיר השבויים" וייצג אותם מול שלטונות הכלא. 

קבלת החלטות - הקבוצה התנהלה במעין קומונה והחלטות התקבלו בהצבעה. יחד עם המכתבים החלו להגיע חבילות מהבית. המזון בכלא היווה בעיה ולמעשה סבלו השבויים מרעב כל התקופה. נקבע עקרון שמצרכי מזון המגיעים נעשים נחלת הכלל.
שבויים נוספים – ב-14 ביולי 1967, שבו המצרים את סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור (וידומלנסקי) בפורט תאופיק לאחר שהשיטו את דגל ישראל בסירת גומי שטובעה ביריות. הם הוחזקו בתאים נפרדים באותו הכלא וסבלו מחקירות. ב-4 בספטמבר צורפו השנים לחדר עם שאר השבויים.
קצינים מצרים בכלא - פילדמרשל עבד אל-חכים עאמר, שהודח מתפקידו לאחר מלחמת ששת הימים, ניסה באוגוסט 1967, לבצע הפיכת נגד עם 2000 קצינים מתומכיו. הפיכת הנגד נכשלה והכלא היה מתח רב והשבויים לא הבינו את המתרחש. עאמר עצמו נתפס, ואולץ להתאבד.
היחס משתפר - השבויים התנהגו בצורה מכובדת ביותר. זאב בן-יוסף כתב יומן במהלך השבי ופרסם ספר שבע שנים מאוחר יותר. הגסות והעינויים שבתקופה הראשונה פינו את מקומם להערכה הדדית. קבוצת השבויים עברה לדום כאשר הוצנע הדגל המצרי בשעות הערב. הנושא נעשה נחלת הכלל בכלא. המידע על היחס אליו זוכים השבויים המצרים בישראל שיצאה מגדרה כדי לשבור להם את הסטיגמה של השנאה חילחל למצרים. קצינים מצריים הוסעו לסיורים ברחבי הארץ לראות את בנינה והפרחת השממה. ב-25 בספטמבר נלקחו השבויים לסיור בקהיר ובפירמידות. סיור נוסף נערך בתחילת ינואר. מנהל הכלא רס"ן עבדאללה נעשה נגיש לשיחה. קצין המודיעין גלאל כתב לאיש הקשר הישראלי דן הדני שאינו מצליח לקרוא את כתב ידה של אראלה חברתו של דני ברעם. אראלה העבירה בקשה: ”צנזור יקר זה הכתב שלי מלידה ואני לא יודעת לשנות אותו – תעביר בבקשה את המכתבים” וגלאל העביר את המכתבים. חלק מהסוהרים גילו יחס אנושי ואחד מהם התרגש מאוד כאשר נפרד מהשבויים.
תהליך החלפת השבויים – היה חשוב לשני הצדדים והמשא ומתן התנהל בחסות הצלב האדום. מנין שבויים ישראלים במצרים מול כחמשת אלפים שבויים מצריים בישראל. האינטרסים היו זהים לאף צד לא הייתה יותר תועלת באחזקת שבויים מהצד השני. ראש אמ"ן מאיר עמית דרש לכלול בהחלפת השבויים גם את שחרור נידוני קהיר והמרגל הישראלי וולפגאנג לוץ שישבו כבר שנים רבות בכלא המצרי. בדברי נציג הצלב האדום הובא לידיעת השבויים כי שחרורם מתעכב על מנת לצרף לעסקת ההחלפה את אנשי נידוני קהיר. השבויים דנו ביניהם גילו הבנה והסכימו לכך. את הבנתם והסכמתם העבירו במכתבים למשפחותיהם. 

תחושת הקץ המתרחק - בממשלת ישראל הייתה חשיבות לכך שהשבויים מקבלים את הדחיה בהבנה. אך בין השבויים עצמם החלו חששות עד כדי מחשבה שצריך יהיה לברוח מהכלא. לבסוף הושגה הסכמה והאישור האחרון ניתן על ידי גמאל עבד אל נאצר עצמו.
החזרה - בינואר 1968 החלה החלפת השבויים בין ישראל למצרים המצריים. סרן איתן ליפשיץ הוחזר ראשון בתחילת החודש היות שאמו נכנסה לבית חולים. ב-18 החלה ההחלפה כל יום אחד או שני ישראלים מול אלפי מצרים. התהליך דרש הסעות ליווי ואבטחה כבדים מצה"ל ולפי דרישת הרבנות לא התקיים במהלך השבת למגינת לבם של השבויים. האחרונים להיות מוחזרים היו דני ברעם ויאיר ברק ב-23 בינואר 1968.
חמשה מתוך ששת הצוללים שנשבו בנמל אלכסנדריה בפרסום אל-אהרם ב-9 ביוני 1967
עשרת שבויי צה"ל במלחמת ששת הימים בקהיר. צילום של הצלב האדום בימי השבי האחרונים 31 בדצמבר 1967.
דני ברעם לוחם שייטת 13 והשבוי האחרון במצרים חוזר בסירה דרך תעלת סואץ, 23 בינואר 1968.