שאדו הקיפוד
משחקיות

מכיוון ששאדו הוא אנטי גיבור, לשחקן ניתנת האפשרות לבחור את התקדמות המשחק. במצב המשחק הרגיל 22 שלבים כשבכל הרפתקה השחקן עובר שישה שלבים. בסוף השלב האחרון ישנו בוס אחרון, אך לפעמים גם בסוף שלבים אחרים ישנו בוס. בכל שלב יש מספר משימות אשר ניתן להשלים רק אחת מהן, וההרפתקה תמשיך בהתאם לבחירה שביצע השחקן. לרוב ישנן שלוש משימות כשכל אחת מהן מייצגת נטייה מוסרית אחרת: טוב - המכונה במשחק "Hero", רוע - המכונה במשחק "Dark" או נייטרליות - המכונה במשחק "Netural", כשלפעמים אחת מן האפשרויות נשמטת והבחירה היא בין טוב לנייטרליות או בין רע לנייטרליות. בשלב השישי והאחרון הבחירה היא בכל מקרה בין טוב לרע והיא שמכריעה באיזה בוס השחקן יילחם בסוף המשחק. בנוסף, לכל משימה יהיה נציג, כשבדרך כלל משימות טובות מיוצגות על ידי דמות ממשחקי סוניק ומשימות רעות בעיקר על ידי דמותו של עין האבדון (Doom's Eye) ולסירוגין על ידי דמותו של ד"ר אגמן. המשימות הנייטרליות מיוצגות לרוב על ידי שאדו.
המשימות הנייטרליות במשחק בדרך כלל דורשות מהשחקן להגיע לטבעת הגדולה בסוף השלב, כאשר המשימות הטובות או הרעות דורשות ממנו להרוג ולחסל את כל האויבים בשלב (תלוי בנטייה המוסרית של הנציג, כאשר אם הנציג הוא דוקטור אגמן הנטייה המוסרית שלו יכולה להיות בשלב אחד רעה כיוון שהנציג של המשימה הטובה באותו שלב הוא אחת מדמויות משחקי סוניק, ובשלב אחר טובה מכיוון שהנציג של המשימה הרעה באותו שלב הוא עין האבדון), לאסוף חפצים או להשמיד עצמים מסוימים המפוזרים בשלב, או לעקוב אחר כלי טיס, רחפן או ספינה פורחת שמשקפים את הנטייה המוסרית של הנציג הנגדי תוך כדי גרימת נשק במטרה להשמידם לפני שייעלמו (אחרת יכשילו את המשימה ועל השחקן יהיה להתחיל את כל השלב מחדש אם ירצה להשלים את המשימה ולהגיע לשלב אליו הוא חפץ להתקדם). בשלבים "סנטרל סיטי" (Central City) ו"הצניחה הקוסמית" (Cosmic Fall) ישנה מגבלת זמן שדורשת משאדו להשלים את אחת המשימות בהקדם האפשרי (אחרת השחקן יאבד פסילה ויצטרך להתחיל את כל השלב מחדש), ובשלב "חפיץ החלל" (Space Gadget), במידה והשחקן רוצה להשלים את המשימה הנייטרלית שהיא להגיע לטבעת הגדולה בסוף השלב, הוא חייב להיכשל במשימה הטובה שהיא להגיע אל הטבעת לפני סוניק ולהשיג את יהלום הכאוס לפניו (הוא אמנם לא מופיע פיזית בשלב אך מנהל שיחה עם שאדו וישנה מגבלת זמן של חמש דקות שתחתיה שאדו צריך לסיים את המשימה).
בשלב עצמו המשחקיות דומה לסוניק הירוס כשהגיבור שולט בשאדו בלבד (בגרסאות הגיימקיוב והפלייסטיישן 2 ישנה אפשרות לשלוט באמצעות שלט נוסף בנציג של משימת הנטייה המוסרית הטובה כל עוד הוא לא מתרחק יותר מדי משאדו). בנוסף ליכולותיו האקרובטיות של שאדו הוא מסוגל להשתמש בנשק חם או קר, המתחלקים למספר סוגים, כמו חרבות, אקדחים, רובים, באזוקות ועוד. ישנם שלושה סוגי ניקוד: ניקוד רע, ניקוד טוב וניקוד נייטרלי. ניקוד בעל נטייה מוסרית מושג על ידי ביצוע פעולות בעלי אותה נטייה מוסרית. לדוגמה, שימוש בכלי נשק אנושיים לחיסול החייזרים של צבאות השחור (Black Arms) יזכה את השחקן בניקוד טוב, ולעומת זאת הריגת חיילים בני אנוש עם הנשקים של צבאות השחור והריסת מבנים תיתן לשחקן ניקוד רע. פעולות רגילות כמו איסוף טבעות (המגנות על שאדו מפני אובדן פסילות) תזכה את השחקן בניקוד נייטרלי. בסוף השלב הניקוד בעל אותה נטייה מוסרית של המשימה שהושלמה בא לידי חשבון, כאשר הניקוד הנגדי מחוסר מהניקוד הסופי. הניקוד הנייטרלי בא בכל מקרה בחשבון. בין אם השחקן השלים משימה בעלת נטייה מוסרית, ובין אם השלים משימה נייטרלית, במקרה זה רק הניקוד הנייטרלי בא לידי ביטוי. לאחר חישוב הניקוד הסופי, המשחק מדרג את השחקן בציון מ-A עד ל-E, כש-A הוא הציון הגבוה ביותר, ואילו E הוא הנמוך ביותר.
בנוסף ישנם שני מדי קארמה. אם השחקן יבצע מספיק פעולות קארמיות יוכל שאדו להשתמש באחת מיכולותיו המיוחדות. מילוי מד הקארמה הטובה ייתן לשאדו את יכולת השליטה בכאוס (Chaos Control) שתקדם אותו הרבה מאוד בשלב עד לנקודת הסיום. מילוי מד הקארמה הרעה ייתן לשאדו את פיצוץ הכאוס (Chaos Blast) שיצור פיצוץ שייחסל את רוב האויבים על המסך. בנוסף כל עוד המד לא התרוקן לשאדו תהיה תחמושת אינסופית וחסינות מפגיעות.
בכל אחד מ-22 השלבים הרגילים (לא כולל את שלבי הבוס) וכן בשלב "הדרך האחרונה" (The Last Way) שבסיפור האחרון ישנה לפחות דלת סודית אחת המסתירה מאחוריה נשקים מיוחדים או מובילה לנתיב מיוחד במסלול. על מנת לפתוח את הדלתות, על השחקן לאתר את חמשת מפתחות הזהב המפוזרים במסלול, ועל מנת שהמשחק יזכור שהשחקן אסף את המפתחות, ישמור אותם ויאפשר לו להמשיך לגשת לדלתות הסודיות, עליו לסיים את השלב.
אם השחקן ראה את כל הסופים האפשריים (עשרה במספר) ניתן לשחק בסיפור האחרון (Last Story), שמספר את הסיפור האמיתי מאחורי הקיפוד האפל. בסך הכל ישנן במשחק כ-326 דרכים שונות לסיים את המשחק, ולאחר הפעם הראשונה שהשחקן יעשה זאת תתווסף למסך הפתיחה האפשרות "ספרייה" (Library), בה ניתן לצפות בהשתלשלות האירועים בסיפור (בסרטוני המעברונים בין השלבים) לפי סדר השלבים שעבר השחקן במסלול המלא; לכל אחת מהדרכים יש שם.
אם השחקן מצליח להוציא ציון A בכל המשימות בכל השלבים (כולל שלבי הבוס), הוא משיג את האפשרות לשחק במצב המומחה (Expert Mode) הדומה למצב הסופר קשה (Super Hard Mode) מהמשחק הקודם סוניק הירוס. במצב המומחה, השחקן משחק לבדו בכל 22 השלבים הרגילים ברצף, אך כאשר נוספים למסלול מכשולים נוספים שהופכים את דרגת הקושי שלו לגבוהה. במצב זה שאדו אינו מלווה פיזית באף אחד מנציגי הנטיות המוסריות והמשימות הן נייטרליות ודורשות ממנו להגיע לסוף השלב, אך בתחילת כל שלב ישנה בועת סימן שאלה שכאשר השחקן נוגע בה נשמע קולה של אחת מן הדמויות מאחלת לשאדו הצלחה. בשונה מהמצב הרגיל, המפתחות לדלת הסודית שהשחקן אוסף במצב המומחה אינם נשמרים לאחר סיום המשימה, כך שאם השחקן מעוניין להמשיך לגשת לדלת במצב זה עליו להשיג ולשמור את כל המפתחות במצב הרגיל על מנת שייעלמו מהמסלול של מצב המומחה.