נפתלי בן-מנחם
ספריו וחיבוריו

ספר הטעמים מאת רבנו אברהם אבן עזרא, יוצא לאור בפעם הראשונה על-פי כתב-יד ירושלים שבבית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי וכתב-יד ווטיקאן עם מבוא והערות נפתלי בן מנחם, מוסד הרב קוק, ירושלים תש"א.
אברהם אבן עזרא, שיחות ואגדות-עם (אסף וערך: נפתלי בן מנחם), איגוד סופרים דתיים בסיוע מוסד הרב קוק, ירושלים תש"ג.
מגילת סתרים מאת רבי יצחק יהודה יחיאל ספרין, יוצאת לאור בפעם הראשונה מתוך כתבי יד על ידי נפתלי בן מנחם, ירושלים: מוסד הרב קוק, תש"ד.
שישה חדשים באיטליה (פברואר-יולי 1873), רשמי מסע מקהילות ישראל וספריות עבריות לאברהם ברלינר, (עברית, ישראל א’ זידמן, הערות ותיקונים, נפתלי בן מנחם), מוסד הרב קוק, ירושלים תש"ה.
ביריה, לקט מאמרים ורשימות (בעריכת נפתלי בן מנחם), ירושלים תש"ו.
כתבי הרב י. ל. הכהן פישמן, רשימה ביבליוגרפית (מהדורה של שלוש מאות עותקים), ירושלים תש"ו (מהדורה שנייה בתשט"ז, תדפיס מתוך: מנחה ליהודה : מוגש לרב יהודה ליב הכהן מימון).
רבי משה אלמושנינו (כולל רשימה ביבליוגרפית של כתביו), ירושלים: תש"ו.
גוילי ספרים, ספורי מעשיות על סופרים וספרים, מוסד הרב קוק, ירושלים תש"ז.
זמירות של שבת, "הוועדה לתורה וספרות של המועצה למען השבת", ירושלים תש"ט.
שירים, יצחק אבן עזרא, יוצאים לאור על פי כתבי יד וספרי דפוס, "מחברות לספרות", ירושלים תש"י.
כתבי רבי משה חיים לוצאטו, רשימה ביבליוגרפית של ספרי דפוס וכתבי יד, מוסד הרב קוק, ירושלים תשי"א.
ספר מנורת המאור לרבינו יצחק אבוהב, כולל רשימה מדויקת של שבעים ושש מהדורות הספר ותרגומיו מאת נפתלי בן-מנחם, ירושלים, תשי"ג.
אהרן זאב אשכולי, ספר החזיונות, רבי חיים ויטאל, "פתח דבר" והערות מאת נפתלי בן מנחם, מוסד הרב קוק, ירושלים תשי"ד.
מגנזי ישראל בוואטיקאן, תיאור של שלושים וחמשה כתבי יד, ירושלים: מוסד הרב קוק, תשי"ד.
פרקי עלייה, רשמי נסיעה לעדן (לעליית יהודי קוג'ין, מאת נפתלי בן מנחם), ירושלים תשי"ד.
שלוש עשרה חידות לראב"ע, מנחת שי הן לשילה ב"ר יצחק רפאל ביום שנכנס בו למצוות (נדפס בחמישים עותקים), ירושלים תשי"ד.
נסיעתי לטורקיה ולפרס (27.3.55-18.2.55), ירושלים תשט"ו.
מספרות ישראל באונגאריה, ירושלים תשי"ח.
ר' בנימין (יהושע רדלר-פלדמן), יום השלשים לפטירתו (המביאים לבית הדפוס: יהודה אבן שמואל [קויפמן], נפתלי בן-מנחם, שרגא קדרי), ירושלים תשי"ח.
חכמי ליטא : ציונים לתולדות חייהם ורשימת ספריהם, "מוסד הרב קוק", ירושלים תשי"ט.
עיונים ומחקרים, מאת ש. ח. קוק (המביא לבית הדפוס בתוספת הערות נפתלי בן מנחם), ספר א', מוסד הרב קוק, ירושלים תשי"ט.
הציונות באור האמונה לרב משה שמואל גלזנר (תרגם והוסיף הערות נפתלי בן מנחם), ירושלים תשכ"א.
עיונים במשנת הראב"ע, יעקב רייפמאן (ליקט והוסיף הערות נפתלי בן מנחם), "מחברות לספרות", ירושלים תשכ"ב.
מפעל הביבליוגרפיה העברית - חוברת לדוגמה, ירושלים תשכ"ג.
מפעל הביבליוגרפיה העברית - חוברת לדוגמה, ירושלים תשכ"ד.
כתבי מנדלי מוכר ספרים שבדפוס, מאת יהודה אריה קלאוזנר ונפתלי בן מנחם, הוצאת מאגנס, ירושלים תשכ"ה.
בשערי ספר, מוסד הרב קוק, ירושלים תשכ"ז.
באהלי ספר, לזכרו של אברהם יערי (תרנ"ט-תשכ"ז), הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, ירושלים תשכ"ז (בעמ' 11–16, "חיבורי אברהם יערי, תש"ט-תשכ"ו - רשימה ביבליוגרפית" מאת נפתלי בן מנחם).
איגרת ביקורת על סדר ההגדה של פסח מאת יעקב רייפמאן (עם הערות ותיקונים מאת נפתלי בן מנחם), ירושלים תשכ"ט.
ההגדה של פסח בצפון-אפריקה : רשימה ביבליוגרפית,, "ועד העדה המערבית - חוג דוברי שפתי ישנים", ירושלים תשכ"ט.
יסוד מורא, מאת ר' אברהם אבן-עזרא (כולל רשימה ביבליוגרפית של דפוסי הספר, כתבי-היד והפירושים מאת נפתלי בן-מנחם), ירושלים תש"ל.
שפה ברורה מאת ר' אברהם אבן-עזרא (דפוס-צילום של קושטנטינה, ר"ץ, עם פתח דבר מאת נפתלי בן-מנחם), ירושלים תש"ל.
ספרי מוסד הרב קוק, שיצאו לאור בשנים תרצ"ז-תש"ל, מוסד הרב קוק, ירושלים תש"ל.
פתחי שערים - דיוקים ועיונים ביבליוגרפיים, מוסד הרב קוק, ירושלים תשל"ו (פורסם לאחר מותו).
ענייני אבן עזרא, מוסד הרב קוק, ירושלים תשל"ח (פורסם לאחר מותו).