לואיס א. ג'ונסון
מזכיר ההגנה > חקירת הקונגרס

ביוני 1949 החלה ועדת הכוחות המזוינים של בית הנבחרים של ארצות הברית לחקור בנוגע להאשמות שהגיעו באופן בלתי רשמי ממקורות בצי, על רשלנות במילוי תפקידם כנגד ג'ונסון וכנגד מזכיר חיל האוויר, סטיוארט סימינגטון. דיוני הוועדה עסקו גם ביכולותיו של ה-B-36, ביטול מיזם בניית נושאת המטוסים "ארצות הברית" ונוהלי מטות הכוחות המזוינים בנוגע לפיתוח כלי נשק ובסופו של דבר גם בתהליכי ההאחדה של הזרועות. בנוסף לזלזול ביכולותיו של ה-B-36, פקפקו נציגי הצי בתוכנית הצבאית האמריקאית לשימוש מיידי בנשק גרעיני כנגד אזורים עירוניים רחבים עם פרוץ מלחמה אפשרית. אנשי הצי טענו שגישה כזאת לא תסב נזקים למטרות צבאיות בעוד שכוחות טקטיים אוויריים, כוחות קרקעיים וכוחות ימיים הם אלמנטים הנחוצים להגנתן של ארצות הברית ושל אירופה כנגד מתקפה חיצונית. מנגד טענו נציגי חיל האוויר שנשק גרעיני ומפציצים אסטרטגיים ארוכי טווח יהוו גורם הרתעה כנגד פרוץ מלחמה, אך בכל מקרה של פרוץ מלחמה, מתקפה אטומית מידית כנגד האויב תתרום להצלחת הפעולות הקרקעיות ותצמצם את אבדותיה של ארצות הברית. הם טענו שהפצצה אסטרטגית תהיה איזון לעליונות המשמעותית של ברית המועצות בכוחות קרקעיים.
בדוח הסופי שלה לא מצאה הוועדה שום ראיות שתמכו בהאשמות כנגד חלקם של ג'ונסון וסימינגטון ברכש המטוסים. בדוח נכתב שהערכת יכולותיו של ה-B-36 הייתה בתחום אחריותה של "קבוצת ההערכה למערכות נשק" (Weapons Systems Evaluation Group), ושאל לראשי הזרועות השונות להיות שיפוטיים בנוגע לבקשות לשימוש בכלי נשק שונים של עמיתיהם מהזרועות האחרות. בנוגע לביטול מיזם נושאת המטוסים, הטילה הוועדה ספק בנוגע ליכולותיהם של מפקדי חיל האוויר והצבא, שהעידו בסוגיה בוועדה לטובתו של ג'ונסון, להגדיר את סוגי כלי השיט המתאימים לשימושו של הצי. הוועדה התייחסה בשלילה לאופן בו קיבל ג'ונסון את ההחלטה על ביטול המיזם ועל כך שלא נועץ בוועדות הקונגרס לפני שעשה כן. בדוח הוועדה נכתב ש"מחלקת ההגנה היא לא סתם מחלקה שניתן לנהל באופן רגיל. בניהולה לא שותף רק הקונגרס, אלא העם האמריקאי בכללו באמצעות נציגיו בקונגרס. הוועדה לא יכולה לעבור לסדר היום על אופן זה של קבלת החלטות".
הוועדה הביעה את תמיכתה בתהליך האחדה אפקטיבי, אך ציינה ש"אין אפשרות לשאוף ליותר מדי תהליכי האחדה בזמן כה קצר" והעירה ש"היה חוסר רצון מצד הצי לתהליך ההאחדה, דרך התלהבות של הצבא ועד להתלהבות יתרה של חיל האוויר. ...יש לציין שהוועדה לא מצאה בפנטגון ולו איש אחד שתמך בהאחדה".
לבסוף, הוועדה גינתה את פיטוריו של אדמירל לואיס דנפילד, ראש המבצעים הימיים, שהסכים להחלטה לבטל את מיזם נושאת המטוסים, אך העיד בביקורתיות בנוגע לתכנון ההגנה וניהול תהליכי ההאחדה. מזכיר הצי, פרנסיס מתיוס, פיטר את דנפילד ב-24 באוקטובר 1949 בהסבירו שהוא ודנפילד חלוקים בדעותיהם בנוגע למדיניות האסטרטגית ובנוגע לתהליכי ההאחדה. הוועדה הגיעה למסקנה שפיטוריו של דנפילד נבעו משיקולים נקמניים, שכן עדותו של דנפילד הייתה אתגר לממשלה. למתיוס היו רגשות נקמה כלפי לובשי המדים הבכירים בצי במהלך כהונתו שהשפיעו על התחושה, הן של הציבור והן של הקונגרס, בנוגע לבעיות שניצבו בפני ההנהגה האזרחית של הצי, תחושה שגם לא חמקה מעיניהם של אנשי התקשורת באותה תקופה. כפי שדיווח העיתון The Washington Daily News באותה עת, "... למזכיר הצי מתיוס אין שום אמון בצי והוא לא יכול להביס אותו... יותר מכך, מר מתיוס איבד את אמון הקונגרס כאשר החליט לפטר את אדמירל דנפילד". ביולי 1951 התפטר מתיוס מתפקידו כמזכיר הצי ומונה לשגריר באירלנד.
אף על פי שג'ונסון צלח את מרד האדמירלים ללא רבב, המחלוקת החלישה את מעמדו בקרב זרועות הכוחות המזוינים וככל הנראה גם בעיניו של הנשיא. על אף הדגש שג'ונסון נתן לתהליך ההאחדה, מידת ההתקדמות של התהליך שנויה במחלוקת, לאור ההאשמות הנגדיות שהוחלפו בין חיל האוויר לבין הצי במהלך המחלוקת, שהרחיקה לכת הרבה מעבר לסוגיה הראשונית של מיזם נושאת המטוסים לסוגיות הרבה יותר בסיסיות שנגעו בדוקטרינה האסטרטגית, בתפקידיהם של הזרועות ובמשימותיהן ובסמכות מזכיר ההגנה. יותר מכך, הקיצוצים התקציביים הכושלים של ג'ונסון במוכנות של הכוחות המזוינים הניבו עד מהרה פירות מרים עם פרוץ מלחמת קוריאה. רוב ההיסטוריונים מייחסים את מאמציו של ג'ונסון לצמצם באופן משמעותי, אם לא לחסל את כוחו האווירייה של הצי ושל חיל הנחתים, כאחד הגורמים המשמעותיים ביותר שהביאו לפלישת קוריאה הצפונית לקוריאה הדרומית בתמיכתן של סין ושל ברית המועצות. לאחר הסתערותם של כוחות הצפון על הדרום, לא היה שום בסיס אווירי נגיש לחיל האוויר של ארצות הברית כדי שזה יוכל להשיב ממנו מלחמה שערה. כתוצאה מכך, כל הסיוע האווירי במהלך החודשים הרי האסון האלו, המריא מסיפונה של נושאת המטוסים "ואלי פורג'" שהייתה נושאת המטוסים היחידה שנותרה במרחב האוקיינוס השקט לאחר פלישתה של קוריאה הצפונית. עד מהרה הצטרפו ל"ואלי פורג'" שתי נושאות מטוסים נוספות.