היסטוריה של אקס-מן
שנות התשעים > פצצת מכירות

עם שובם של האקס-מן למחוז ווסטצ'סטר, ניו יורק, וכן שובו של אקסבייר לכדור הארץ, חברת מארוול עיצבה מחדש את סדרות הכותרים ביקום של האקס-מן. האמן רוב ליפילד הפך את המוטאנטים החדשים לקבוצת הסער המיליטנטית אקס פורס, שמונהגת בידי קייבל המסתורי. חברי האקס-מן המקוריים נטשו את קבוצת אקס-פקטור וחזרו לאקס-מן כאשר כמה מהם השתנו מאז ימי הצטרפותם הראשונים - חיה החל לגדל פרווה כחולה וקיבל דוקטרינה בגנטיקה, ואילו אנג'ל הפך למשרתו של הנבל אפוקליפס, צבע עורו השתנה לכחול, כנפיו הפכו למתכתיות והוא היה ידוע בזהותו החדשה ארכאנג'ל כחלק מפרשי אפוקליפס. בינתיים, האבוק, פולאריס ודמויות נוספות הקימו מחדש את אקס-פקטור כקבוצה הנתמכת בידי ממשלת ארצות הברית.
כדי לפנות מקום לקבוצה רחבה יותר של האקס-מן, חברת מארוול החלה בהרצת סדרה נוספת שנקראת בפשטות בשם 'אקס-מן', להבדיל מהסדרה המקורית הנקראת 'אקס-מן המופלאים'. הסדרה נכתבה על ידי כריס קלרמונט ואוירה על ידי ג'ים לי, וכללה את "הקבוצה הכחולה" בראשותו של סייקלופס, שכללה את חיה, פסיילוק, וולברין, רוג וגמביט. במקביל, הכותר המקורי 'אקס-מן המופלאים' כלל את "הקבוצה הזהובה" בראשותה של סטורם, אשר כללה את קולוסוס, אייסמן, ארכאנג'ל, ג'ין גריי ובישופ, מוטאנט עריק מהעתיד. פרופסור אקס, ג'ובילי, באנשי ופורג' נשארו בקבוצה בתפקיד לא לוחמני, ושני האחרונים עזבו את הקבוצה לאחר מכן מסיבות שונות.
עבודת האיור הפופולרית של לי וליפילד והרעש התקשורתי שבהקמתה מחדש של הקבוצה העלו יותר את הפופולריות של כותרי האקס. שני הכותרים, אקס-פורס ואקס-מן, הפכו לסדרת הכותרים הנמכרת ביותר בכל הזמנים. למרות ההצלחה, חיכוך פנימי בין הצוותים היצירתיים גרם לעזיבתו של קלרמונט לאחר שלוש חוברות בתום חמש-עשרה שנות יצירה, ואחריו עזבו את חברת מארוול קומיקס גם לי, ליפילד ומספר אמנים נוספים כמו סילבסטרי ופורטשיו במטרה להקים חברה חדשה בשם אימג' קומיקס. בכנס קומיק-קון של שנת 2009, קלרמונט הודיע כי יחזור לכתיבת "אקס-מן לנצח", סדרה מוגבלת בעלת המשכיות משלה שאינה קשורה להמשכיות המרכזית. הפופולריות של סדרת החוברות המשיכה לנסוק, בעיקר הודות ל"אקס-מן: סדרת האנימציה", שהחלה בשידור ב-1992. סקוט לובדל נטל את מושכות הכתיבה של הכותר 'אקס-מן המופלאים'. עבודת האיור עברה לאמן ג'ו מדוריארה, שסגנון המאנגה שלו הביא להתעניינות בשוק הקומיקס היפני בתוך ארצות הברית. כותר אקס-מן המשיך בכתיבתו של פביאן ניצ'זה ובאיורו של אנדי קוברט.
הקרוסאוברים של כותרי האקס שגשגו במהירות, והפכו כמעט לאירועים שנתיים בשנות ה-90. אף על פי שהם העלו את המכירות, מעריצים התלוננו שהם נכתבו כתרגיל שיווקי. כמה מהסיפורים העיקריים בשנים אלו היו:
אג'נדת ההכחדה (קלרמונט) - המשך לאירועי "ימי הווה עתידי". העלילה מתרכזת בחבורת אקס-מן שנלכדת ונכלאת באי ג'נושה, כמו גם הניסיונות להצלתם. פורסם בחוברות Uncanny X-Men #270-272, New Mutants #95-97 ו-X-Factor #60-62 משנים 1990–1991.
שירת התליין (לובדל, ניצ'זה, פיטר דייוויד) - סטרייף, שיבוט של קייבל המשמש כיריבו, מפליל אותו בניסיון לרצוח את פרופסור אקס. בנוסף, הוא גם לכד ועינה את סייקלופס וג'ין גריי, הוריהם הגנטיים שלו ושל קייבל. מתגלה כי השניים הם נוסעים בזמן. פורסם בשנת 1992.
משיכות קטלניות (ניצ'זה, לובדל) - מגנטו חוזר יחד עם חבורת השוליות שלו ועל האקס-מן להתמודד מולם. פורסם בשנת 1993.
אמנת הפלנקס (לובדל, ניצ'זה, לארי האמה, טוד ד'זאגו) - תודעה קולקטיבית בשם פלנקס, אשר נגועה בוירוס טכנו-אורגני, פולשת לאחוזת אקס, חוטפת מספר מוטאנטים לא ידועים, ומאיימת להשמיד את הגזע המוטאנטי. עם סיום הקרוסאובר החלה הרצת הסדרה Generation X.
עידן אפוקליפס (לואב, וייד ולובדל בין היתר) - בעתיד חלופי, אקסבייר מת ומגנטו מנהיג את חבורת האקס-מן נגד אפוקליפס, שמנצל את ההזדמנות כדי להשליט מלחמה גנטית. פורסם בשנים 1995–1996.
אונסלוט (לובדל, וייד) - מגנטו גורם לקריעת האדמנטיום מגופו של וולברין, מה שמאלץ את פרופסור אקס לנטרל אותו ולספוג את כוחו, בכך נוצרת דמות חדשה ואימתנית המאיימת על יקום גיבורי העל של מארוול. פורסם בשנת 1996.
מבצע אפס סובלנות - סוכנות ממשלתית בראשותו של באסטיון מקבלת אישור מטעם הממשלה לפתוח במצוד אחר המוטאנטים בעזרת זקיפי הסנטינל הרובוטיים. פורסם בשנים 1996–1997.
עלילות נוספות מאותה תקופה כללו את הטבח השני בקבוצת המורלוקים; עלייה ברמות הכוח של אייסמן (שמסוגל כעת להפוך את כל גופו לקרח); רציחת משפחתו של קולוסוס ועריקתו לקבוצת "השוליות" של מגנטו; פסיילוק מגלה את מקור שינוי הצורה שלה מדוגמנית בריטית למתנקשת אסייתית; התפתחות מערכת היחסים בין רוג לגמביט; ג'ין גריי נוטשת את שם הקוד "מארוול גירל" לטובת "פניקס"; עזיבתה של רוג וספיגת זכרונותיו של גמביט; סייברטות' כמעט והורג את פסיילוק וארכאנג'ל, והשניים עוזבים את הקבוצה; וולברין משנה צורה לחיה פראית חסרת אינטליגנציה לאחר ששלד האדמנטיום שלו נקרע בידי מגנטו; אייסמן עוזב כדי לטפל באביו הפצוע לאחר שהותקף בידי פעילים שונאי מוטאנטים; וחשיפת סודו של גמביט - הוא זה שאסף עבור מיסטר סיניסטר את חבורת "המשוטטים" הרצחנית.
מספר רב יותר של כותרי אקס יצאו בשנות ה-90, ביניהם הרצת החוברות Generation X המציגה קבוצה של מוטאנטים צעירים ואיש אקס, צאצאם של סקוט סאמרס וג'ין גריי מעידן אפוקליפס. לקראת סוף שנות ה-90 החלה החברה להוציא לאור סדרות המתרכזות בדמויות בודדות כמו גמביט, בישופ, קייבל ודדפול, שכיר חרב סרקסטי ויריב של קבוצת אקס פורס. בשנת 1998 הסתיימו הסדרות אקסקליבר ואקס-פקטור, וזו האחרונה הוחלפה בסדרת יקום מקביל בשם "מוטאנט אקס", המונהגת בידי האבוק.