קבר דוד המלך
תולדות המבנה

בסוף המאה הרביעית לספירה נבנתה במקום כנסייה גדולה בשם "ציון הקדושה" או האגיה ציון. זאת בעקבות קישור בין הר ציון לאירועים מרכזיים בחיי ישו ותלמידיו, ובהם: חדר הסעודה האחרונה; משפטו של ישו בפני הכהן הגדול קיפא, המקום שבו נאסר והוכה לפני הסגרתו לרומאים; המקום שבו צלחה רוח הקודש על השליחים לאחר צליבתו של ישו; מקום סקילתו של סטפנוס וביתו של יוחנן השליח, שבו חיה מריה לאחר צליבת בנה.
אורה לימור מזהה את תחילתה של המסורת על קברו של דוד באתר בטקסי אזכרה נוצריים שהתנהלו בתקופה הביזנטית בכנסייה זו. טקסי אזכרה אלו היו לזכרם של דוד המלך ויעקב הצדיק ואינם מלמדים על כך שהיה גם זיהוי של קברם בכנסייה. על פי הליטורגיה של הטקסים ניתן להבין שדוד ויעקב הם האבות המייסדים של ציון, כאשר דוד הוא השליט כובש העיר ומייסד ציון ואילו יעקב הוא הבישוף הראשון של כנסיית ירושלים מייסד ציון השנייה - ציון הנוצרית, היא כנסיית ציון. בתקופה הזו קברו של דוד המלך זוהה דווקא בבית לחם, אולם ברבות השנים נדד זיהוי הקבר בעקבות הליטורגיה של הטקסים והגיע לכנסייה.
הכנסייה הבינטית שופצה על ידי בישוף ירושלים יוחנן השני (אנ'). היא נהרסה בידי הפרסים במהלך כיבוש ירושלים בידי הפרסים ב־614 ושוקמה בידי מודסטוס.
כנסיית ציון הביזנטית נשרפה ונבזזה במאי 966 בעידוד מוחמד בן אסמעיל א־צינאג'י, מושל ירושלים האיח'שידית. לא ידוע האם הכנסייה חדלה לשמש ככנסייה לאחר מכן והאם נפגעה במהלך הפגיעה בכנסיות המזרח בתחילת המאה ה־11 בימי הח'ליף הפטימי אל-חאכם, וייתכן שהיא נהרסה רק בסמוך למצור הצלבני על ירושלים או במהלכו. ידוע כי מבני הכנסייה לא עמד בשלהי קיץ 1099.
במחצית הראשונה של המאה ה־12 בנו הצלבנים במקום כנסייה חדשה על חורבות כנסיית האגיה ציון. הכנסייה החדשה נקראה כנסיית מרים הקדושה של הר ציון. הפולחן במקום חודש לכל המאוחר ב־1107, ובמהלך הבנייה יוחדה קפלה לקברי בית דוד בפינה המזרחית של הסטרה הדרומית של הכנסייה.
ב־1335 הגיעה קבוצה של נזירים פרנציסקנים להר ציון ורכשה בו שטחים בסיועו של רובר, מלך נאפולי. הקבוצה הקימה בקומה שמעל ציון הקבר כנסייה (אולם הסעודה האחרונה) ומנזר הצמוד לחזית הדרומית של מבנה הקבר. בעקבות כך נאלצו היהודים לעבור בחצר המנזר כדי להיכנס לציון הקבר, עובדה שיצרה סכסוכים רבים בין הקהילות. במהלך המאה ה־15 הפרנציסקנים הוצאו מאולם הסעודה האחרונה, והמקום הוסב למסגד, אך המנזר נשאר במקומו. בתקופה זו נבנה גם חאן בחלקו המערבי של האתר, כיום "אולם הקשתות".
מוג'יר א-דין מספר כי הסולטן הממלוכי אל-מלכ אל-ט'אהר סייף א-דין ג'קמק (אנ') הורה בראשית יולי 1452 על הריסת המבנים החדשים שהקימו הנוצרים במנזר ציון וזולתו, והקבר הופקע מידי הנוצרים. א-דין מספר כי ב־1489 פנו נזירי הר ציון לקאהרה לאחר שמוסלמים הקימו מחראב באולם המקומר הסמוך לכנסייה שעליו טענו לבעלות. חקירה שקיים האמיר אזבך הסתיימה ללא החלטה, לאחר שהתגלעה מחלוקת בין חכמי הדת המוסלמים בשאלה האם האתר קדוש לאסלאם. ב־1490 נערכה חקירה חדשה והפעם החליטו חכמי הדת האסלאמיים כי האתר בידיים מוסלמיות משנים קודמות, והדבר הביא להתעוררות מחודשת של המחלוקת על הבעלות באתר כולו, ובסופו של דבר הועבר האתר לידי המוסלמים והופקד עליו השייח' יעקוב הרומי מחכמי האסכולה החנפית בירושלים. מספר מקורות נוצריים מאשימים גם את היהודים באחריות לסילוק הנוצרים.
ב־1549 הוציא הסולטאן סולימאן המפואר צו שהקדיש את המנזר בהר ציון "ליד קבר הנביא דאוד עליו השלום" ואת התנור השייך למנזר וגינותיו ומגדל עזה. המתחם נמסר לידי השייח' אחמד א-דג'אני, מנהיג הדרווישים הסופים בירושלים. בתחילת יוני 1551 הגיע צו הסולטאן לפנות את הפרציסקנים משארית אחיזתם בהר ציון ובמהלך שנה זו הוצאו הם מהאתר. גורשו נזירי המסדר הפרנציסקני גם מהכנסייה שליד בניים הקבר שהפכה למסגד.
המוסלמים אסרו על נוצרים ויהודים להיכנס אל הבניין שעל קברי בית דוד, איסור שנשמר בקפדנות עד המאה ה-20, עם יוצאים מהכלל בודדים, כדוגמת ביקורו של משה מונטיפיורי בשנת 1893.
ב־1831 הצליחו הפרציסקנים לקבל אישור להתפלל בחדר הסעודה האחרונה פעמיים בשנה.
בסוף ימי האימפריה העות'מאנית ניסתה האימפריה האיטלקית לקבל לידה את חדר הסעודה האחרונה, בין היתר בעקבות טענתה לירושת רובר מלך מאפולי, ובספטמבר 1920 פורסם כי סולטאן האימפריה העות'מאנית מהמט השישי להעניק למלך איטליה את האתר כמתנה אישית, אך הבריטים שכבר שלטו במקום הודיעו כי ההחלטה על המקום תהיה באחריות הוועדה למקומות הקדושים שהוקמה בוועידת סן רמו כחלק מהקמת המנדט הבריטי.
במהלך שלטון המנדט הבריטי נשמר הסטטוס-קו במקום בשינויים מועטים, כשב־1936 הורשו הפרנציסקנים לחזור למקום והקימו בו מנזר, ויהודים הורשו להתפלל בקומה השנייה של המבנה באסרו חג חג השבועות.
בזמן מלחמת השחרור שימש המקום כמפקדה צבאית של הירדנים וב-18 במאי 1948 נכבש בידי חטיבת הראל ושימש את כמפקדה.