בית דין צבאי (ישראל)
מקומו של בית הדין כבית דין למשמעת

בנוסף למקומו של בית הדין כערכאה העוסקת בעניינים פליליים, המילה האחרונה בעניין מקומו של בית הדין כערכאה משמעתית טרם נאמרה.
בתחילת המאה ה-21 התגבשה בפרקליטות הצבאית ההבנה שבתיקים משמעתיים חמורים יש מקום למנות שופטים שאינם המפקדים אלא אנשים בעלי השכלה משפטית, בשל מורכבות העבירות וכובד ההחלטות. סוגיה זו רלוונטית במיוחד לתיקים העוסקים בעבירות מסוג הטרדה מינית או אחרות ובעניינם של משרתי קבע בכירים שעלולים למצוא עצמם מפוטרים (בלשון משפטית, אנשי קבע לא מפוטרים אלא "מותרת התחייבותם"). בתיקים אחרים שנגעו לעבירות קלות יותר, היה ניתן להסתפק במפקדי צבא. פתרון חלקי לבעיה נמצא בדמות העמדת פרקליטים צבאיים בתחילת דרכם, דהיינו, קציני שיפוט בעלי השכלה משפטית שעברו הכשרה בבית הספר למשפט צבאי. בהמשך, פתרון זה נזנח.
ב-2004 ניתן פסק הדין ע/123/02, "שלמה ישי נ' התובע הצבאי" (פורסם בנבו, 17.03.2004), שעסק במקרה שבו חיילת בשבועות הראשונים לשירותה הצבאי בלשכתו של אלוף-משנה שלמה ישי, כנראה הרגישה לא טוב ודמעה. ישי נשק לה, ולאחר התערבות של אביה, האל"ם הורה לקצינת השלישות שלו לטפל בהעברה שלה ליחידה אחרת כרצונה על מנת לטייח את הפרשה.
בערכאה הראשונה התקבלה גרסת הנאשם לפיה הוא נישק אותה בלחי וחיבקה כי הוא ראה שהיא בוכה, ונגזר מחבוש על תנאי. בבית הדין ערעורים נתקבלה החלטה בהרכב של חמישה שופטים, לפיה בית הדין אינו המקום לדון בעניינים של משמעת אלא בעניינים פליליים בלבד. לגישת בית הדין, הן עבירות שיש לטפל בהן במרחב האתי והן עבירות שנמצאו כמגיעות לרף המשמעתי אמורות להישאר בזירה הפיקודית, ורק במקרים בהם העבירות חוצות את הרף הפלילי הן יכולות להיכנס לשערי בית הדין. ניתנה בקשת רשות ערעור לבית המשפט העליון על פסק הדין הן מצד ההגנה והן ומצד התביעה, אך הצדדים נסוגו כי הנאשם אל"ם ישי נפטר ממחלת הסרטן טרם ניתנה הכרעה.
הפצ"ר בדימוס האלוף (במיל') דני עפרוני ביקר את ההכרעה. לטענתו, אם בית הדין באמת היה נאמן לגישה שלו הוא היה צריך לזכות את ישי בשל חוסר סמכות ולא להרשיע אותו בעבירה שהיא משמעתית באופייה. עפרוני מנמק זאת בכך שבחוק השיפוט הצבאי עצמו ניתן לראות עדויות לתפקידו הדואלי של בית הדין, בין השאר בעונשים שהוא מוסמך לתת שהם משמעתיים באופיים: נזיפה, מחבוש, ריתוק למחנה. בנוסף, עפרוני מתייחס לכך שישנן עבירות שהן לחלוטין משמעתיות באופיין, כגון הסעיפים שכותרתם "פגיעה במשמעת הצבאית" ו"התנהגות בלתי הולמת". עבירות אלה אינן כרוכות בתיוג פלילי, שכן אינן נרשמות במירשם הפלילי. מאז פסה"ד האמור התיוג הפלילי נובע מעצם הבאת העניין לטיפולו של בית הדין הצבאי שהוא פלילי.
מלבד הטיעון המשפטי, עפרוני אף סבור שישנם שיקולי מדיניות חזקים נגד ההלכה. עפרוני מסביר ששינוי כזה יאפשר לפרקליטים להביא בפני בית הדין המשמעתי גם עניינים חשובים שאינם פליליים ועדיין ראוי שידונו בפני ערכאה משפטית מקצועית שתפסוק בעניין. באותם מצבים הנמצאים מתחת לרף הפלילי נכון להיום, מגיעים הפרקליטים להסדרי טיעון, כשהמאשים (הפרקליט) הוא גם זה הקובע למעשה את זהות קצין השיפוט, את תוצאת הדמ"ש ולעיתים גם את הצעד הפיקודי הנלווה. לגישתו, הפער שנוצר בין בית הדין הפלילי והדין המשמעתי - מביא את הפרקליט הצבאי הראשי לעשות איזונים פרטניים במנעד גדול של מקרים הנמצאים מתחת לרף הפלילי, ועסקאות הטיעון הללו מביאות לכך שאין קביעה של נורמות ברורות ולא מובטח השוויון באכיפה.[דרוש מקור]
הצבא ביצע עבודת מטה ממנה עלה כי יש צורך בהקמת טריבונל משמעתי שבראשו שופט וכן קצינים בכירים שאינם מכירים את הנאשמים. קצינים בכירים וכן בית הדין הצבאי בלמו הצעה זאת. שופטי בתי הדין הצבאיים ראו בעיסוק כלמטה מכבודם, ונמנעו מלעסוק בעניין בעצמם. הקצינים הבכירים אף הוסיפו שיקול נוסף, לפיו הקמת טריבונל משמעתי שכזה יפחית את כוחם למול פקודיהם.
בעקבות פסק הדין, הרישום הפלילי מתקבל מעצם ההרשעה בבית דין צבאי. ב-2019 תוקן חוק השיפוט הצבאי וכונן הסדר של רישום פלילי מופחת.