היסטוריה של צ'ילה
הכיבוש הספרדי ומושבה קולוניאלית (המאה ה-16 – 1810) > מושבה ספרדית

עם תום שלביו העיקריים של כיבוש צ'ילה, להוציא את בני המפוצ'ה בדרום, החלה בהיסטוריה הצ'יליאנית, ובזו של אמריקה הספרדית כולה, תקופה ארוכה בת כ-200 שנה בה התקיימה והתפתחה בעולם החדש חברה קולוניאלית. תחת האימפריה הספרדית הייתה צ'ילה לממלכת צ'ילה, ומבחינה מנהלתית הייתה קפיטניה חנראל שבירתה סנטיאגו. השלטון הספרדי האפקטיבי כלל את העמק המרכזי, אשר משתרע בין הרי האנדים במזרח ורכס החוף במערב, לאורך מרכז המדינה, עד לנהר הביוביו. בראש הקפיטניה עמד מושל צ'ילה, שהיה גם הקפיטן-חנראל שלה, והיה נשיאה של האודיינסייה, בית הדין הגבוה ביותר בצ'ילה הקולוניאלית וכן גוף מייעץ למושל, אשר ייעצה לו (ומשום כך כונה גם "נשיא"). אדמותיו הפוריות של העמק המרכזי הפכו את צ'ילה לאסם התבואה של מלכות המשנה של פרו. עם זאת, נשארה צ'ילה אחד מהמחוזות העניים ביותר של האימפריה הספרדית.
ככל הקפיטניות חנראל, הייתה צ'ילה אזור מנהלי במעמד מיוחד, אולם בשנת 1589 הכפיף המלך פליפה השני את מושל צ'ילה למשנה למלך של מלכות המשנה של פרו. צווים מלכותיים מאוחרים יותר הסדירו היבטים מסוימים במערכת היחסים שבין הקפיטניה חנרל למלכות המשנה כאשר אחדים הגדילו את מידת האוטונומיה המקומית ואחרים הקטינו אותה. בתחומים מסוימים התקיימה תלות בין הקפיטניה למלכות המשנה, כגון בתשלום שכר חיל המצב, בשירותים שנתנה אגודת הסוחרים של לימה ועוד. לעומת זאת הייתה המערכת המשפטית של צ'ילה עצמאית. טיב הקשר בין הקפיטניה למלכות המשנה השתנה בתקופות השונות, בהתאם לאופיים של המושלים והמשנים למלך. עם זאת, הקפיטניה של צ'ילה מעולם לא הוכפפה באופן רשמי למלכות המשנה של פרו. לבסוף, בשנת 1798, בעקבות סכסוך בין המשנה למלך אמברוסיו או'היגינס והמושל אבילס, הכריז המלך קרלוס השלישי כי צ'ילה היא עצמאית ממלכות המשנה של פרו "כפי שצריך היה להבין זאת מאז ומעולם".
בעקבות הרפורמות הבורבוניות השתנו מעט גבולותיה של צ'ילה הקולוניאלית וגם מבחינה פנימית היא אורגנה מחדש. בשנת 1776, עם הקמת מלכות המשנה של ריו דה לה פלטה נקרעה מצ'ילה הפרובינציה של קוז'ו, שהייתה ממזרח להרי האנדים והושמה תחת סמכותה של מלכות המשנה החדשה. בשנת 1786 יושמה בצ'ילה שיטת האינטנדנסיות וזו חולקה לשתי אינטנדנסיות, זו הצפונית של סנטיאגו וזו הדרומית של קונספסיון, שהגבול ביניהן עבר בנהר המאולה. בשנת 1787, הופרד האי צ'ילואה ונמסר לסמכותה הישירה של מלכות המשנה של פרו.
במהלך התקופה הקולוניאלית היו למלחמת האראוקו שלבים שונים, בהם כאלו של מצב מלחמה ואחרים של עתות שלום. נוסף על כך, נאלצו להתמודד מושלי צ'ילה במהלך המחצית השנייה של המאה ה-17 עם פלישות חוזרות ונשנות של שודדי ים אנגליים. על מנת להחזיק בחיל מצב בקפיטניה נוסד בשנת 1599 הריאל סיטואדו, קרן מטעם הכתר ששולמה ממכרות הכסף של פוטוסי לאוצר מלכות המשנה של פרו על מנת לסבסד את עלות ביטחון הקפיטניה של צ'ילה. לתשלום השנתי הייתה חשיבות גדולה באיזון הגרעון של הקפיטניה הענייה.
מיקומה הגאוגרפי של צ'ילה, המרוחקת מדרכי הסחר העיקריות, אלו היבשתיות ואלו הימיות כאחד, היה אחד מגורמי הקושי העיקריים להתפתחות המושבה הקולוניאלית. מצב זה, יחד עם מצב הלחימה המתמיד בו נמצאה הקפיטניה משך רוב התקופה, הפכו את צ'ילה לאחת המושבות העניות ביותר באימפריה הספרדית שבאמריקות. מכיוון שכך הפעילות המסחרית של הקפיטניה התבססה בעיקר על הסחר עם מלכות המשנה של פרו. בשלב מאוחר יותר, על אף שהיה הדבר אסור לפי חוק, קשרה צ'ילה קשרי מסחר קבועים גם עם בואנוס איירס.
במרוצת המאה ה-17 התפתחו ענפי ייצור וייצוא השומן, העור והצ'רקי – בשר מיובש, והפכו למוצרי הייצוא העיקריים מצ'ילה למלכות המשנה של פרו. הדבר אפשר צמיחה והביא להתפתחות מואצת של ענף גידול בעלי החיים. מבחינה כלכלית עמדה צ'ילה במהלך המאה ה-18 הפכה צ'ילה ל"אסם אסם של פרו" כאשר התפתח גידול החיטה, שענתה על הדרישה ההולכת וגדלה של מלכות המשנה לדגנים. בו בזמן התפתח בצ'ילה ענף כריית הזהב, הכסף והנחושת.
על אף שברחבי האימפריה הספרדית הייתה נתונה המערכת הכלכלית למונופול, התפתח הסחר הבלתי חוקי, ובעיקר הברחות, במידה ניכרת במהלך המאה ה-18, בעיקר לאחר הגעתם של תושבים חדשים מצרפת, מארצות הברית ומאנגליה. רק מיסוד הסחר החופשי בתוך גבולות האימפריה הספרדית בשנת 1778, כחלק מהרפורמות הבורבוניות, אפשר יחסי חליפין קבועים עם המטרופולין.
במהלך התקופה הקולוניאלית הכו בצ'ילה מספר רעידות אדמה רבות עוצמה וחלקן לוו בגלי צונאמי שפגעו בערי החוף. רעידת האדמה של 1575 פגעה במושבה הצעירה פגיעה קשה ופגעי הטבע הרסו את האזור הדרומי והחריבו מספר ערים. ב-1647 הרסה רעידת אדמה חלקים מסנטיאגו וב-1657 נהרסה קונספסיון לחלוטין, שכתוצאה מכך עברה מפנקו למיקומה הנוכחי בפנים הארץ. רעידת אדמה נוספת ב-1730 חזרה ופגעה באופן קשה בסנטיאגו ובוולפראיסו.