שמעון פרס
תחילת דרכו הפוליטית (1959–1981) > ברפ"י (1965–1968)

ב-16 ביוני 1963 התפטר בן-גוריון בפתאומיות מתפקיד ראש הממשלה, מבלי למסור מה הסיבה לכך. מחליפו לוי אשכול קיבל על עצמו את התפקיד הכפול, ראש הממשלה ושר הביטחון, על אף שנשמעו קולות בדבר מינויו של דיין או מינויו של פרס לתפקיד זה. תדמיתו של אשכול הייתה של עסקן אפרורי. השארת תיק הביטחון בידי אשכול סימנה לדיין ולפרס, כמו גם לבני דורם, כי דרכם אל ההנהגה חסומה כל עוד דורו של אשכול, דור העלייה השלישית, בין החיים. בתחילה התפטר דיין, אך לאחר משא ומתן חשאי שב לממשלת אשכול, "על מנת למנוע זעזועים", בתפקיד שר החקלאות. פרס המשיך בתפקיד סגן שר הביטחון. פרט לאבא אבן, שמונה לסגן ראש הממשלה, נותרו "הצעירים" עם השפעה מועטה, רגליהם נדחקו, ומנהיגם, בן-גוריון, היה מחוץ למעגלי ההשפעה הפוליטיים. האקטיביזם המדיני, שאותו סמלו בן-גוריון, פרס ודיין, נראה כמנוגד לרוחה של הממשלה החדשה ולרוחו של העומד בראשה.
באוקטובר 1964 החליט בן-גוריון לחדש את המאבק בלבון בנושא "העסק הביש", בדרישה לחידוש החקירה בשאלה "מי נתן את ההוראה?". בוועידת מפא"י שנערכה בפברואר 1965 נשא בן-גוריון נאום חריף, והמחנות הניצים הסתמנו. מחנה המיעוט, שתמך בבן-גוריון ובחידוש החקירה נגד לבון, כלל את פרס, את דיין, את יוסף אלמוגי, את אבא חושי ואחרים. על אף אירועי הוועידה העמיד בן-גוריון את עצמו לבחירה לראשות מפא"י ביוני 1965. ב-25 במאי 1965 פרס פרש מתפקידו במשרד הביטחון, לאחר שאשכול העמידו על הברירה האם להסתייג מדעת התומכים במועמד אחר (פרט לאשכול) לראשות הממשלה או לפרוש. ימים מעטים לאחר מכן ניצח אשכול בבחירות הפנימיות במפא"י ברוב גדול. נראה כי במהלכים אלו עמד פרס כשחקן פסיבי, כשהוא מתלבט בין תמיכתו בבן-גוריון, לבין האפשרות כי צעדיו של בן-גוריון יביאו לפיצול במפא"י. בסוף יוני הודיע בן-גוריון לחבריו לדעה על ייסוד מפלגה חדשה – "רשימת פועלי ישראל" (רפ"י). פרס, שחדל מלהתלבט, הכריז מיד על הצטרפותו לתנועה. ב"משפט חברים" שנערך במפא"י לפורשים, הודחו בן-גוריון, פרס ואחרים מן המפלגה. פרס מונה למזכיר הכללי של המפלגה החדשה, היה אחראי על הקמתה בפועל ושובץ במקום השלישי ברשימתה, לאחר בן-גוריון והסופר ס. יזהר.
המפלגה החדשה ניסתה לשדר תדמית צעירה, טכנוקרטית ואקטיביסטית, מול הרפיון שאנשי "דור הביניים" במפא"י לקו בו, לטענתה. בן-גוריון קיווה לזכות בכ-25 מנדטים ולהרכיב ממשלה בראשותו עם ה"צעירים" ועם חלק מאנשי מפא"י שתטוהר ממתנגדיו. אולם הקמתה של רפ"י נקשרה בזיכרון הציבורי עם "הפרשה", ונראה כי זו הפסיקה לעניין את הציבור, והעיסוק בה נראה מיותר. בבחירות לכנסת השישית, שנערכו ב-2 בנובמבר 1965 קיבלה רפ"י עשרה מנדטים. מפא"י, שרצה לראשונה כ"מערך" עם אחדות העבודה, זכתה ל-45 מנדטים, והצליחה להרכיב בקלות ממשלה ולהותיר את רפ"י מחוץ לקואליציה.
לאחר שנים רבות של עשייה ביטחונית ועלייה הדרגתית בעמדות ההשפעה, מצא עצמו עתה פרס לראשונה, יחד עם בן-גוריון, דיין, אלמוגי ואחרים, באופוזיציה, נטול השפעה ממשית. הוא המשיך בתפקידו כמזכ"ל רפ"י, ושימש באופוזיציה בכנסת. על אף המיתון הכלכלי שאפיין תקופה זו והדעה הרווחת כי אשכול אינו איש ביטחון וכי יש להחליפו בתפקיד שר הביטחון, הייתה ממשלת אשכול יציבה, וניסיונות אנשי רפ"י לנגחה מבחוץ לא צלחו.
עם המשבר במאי 1967, שהביא לפרוץ מלחמת ששת הימים, נכונה "ממשלת הליכוד הלאומית", שהתבססה על צירופן של רפ"י וגח"ל לממשלה, ומינויו של איש רפ"י, דיין, כשר ביטחון. במהלך המשבר, בישיבת ראשי רפ"י ב-21 במאי 1967 ניסה בן-גוריון להניע את רפ"י להתנגד לממשלת האחדות, ולדרוש את התפטרות אשכול. פרס מנע מהלך זה ותמך מאחורי הקלעים במהלך המורכב שהביא את דיין למשרד הביטחון. בפומבי הכריז כי רפ"י מוכנה להתפרק אם הדבר יידרש.
הן לפני המלחמה, שלה התנגד בן-גוריון, והן לאחריה, נראה היה כי בן-גוריון מצוי בשקיעה, וכי המפלגה, שהוקמה כגחמה אישית שלו, אינה בעלת זכות קיום עוד. עם תום המלחמה החליט פרס לפעול לאיחוד בין רפ"י ומפלגת האם שממנה פרשה. הוא הוביל מגעים אלו, על אף דעתו המנוגדת של בן-גוריון. בדצמבר 1967 קיבלו מוסדות רפ"י החלטה ברוב קטן להתאחד עם מפא"י ועם אחדות העבודה למפלגה אחת שתקרא "מפלגת העבודה". עם זאת, לממשלה צורף בשלב זה יוסף אלמוגי, ולא פרס.