אווטאר: דרכם של המים
עלילה

יותר מעשור לאחר אירועי הסרט הראשון, ג'ייק סאלי חי כמפקד האומאטיקיה ומקים משפחה עם נייטירי, הכוללת את בניו נטייאם ולואק ובתו טוק, בתו המאומצת קירי וילד אנושי בשם ספיידר, בנו של קולונל מיילס קוואטריץ' שנולד בפנדורה ולא ניתן היה להעבירו לכדור הארץ בקירוסטזיס. למורת רוחם של הנא'בים, בני האדם חוזרים לפנדורה כדי ליישב אותה ומקימים בסיס מבצעים ראשי חדש בשם ברידג'הד סיטי. בין המגיעים החדשים נמצאים ה"רקומביננטים" (שיבוטים שהם הכלאה גנטית משני מקורות), אווטארים של הנא'בי עם זיכרונותיהם של חיילי פרויקט הכרייה המקורי שמתו ובראשם מיילס קוואטריץ' המנוח.
ג'ייק יוזם מסע גרילה נגד קווי האספקה של בני האדם. קוואטריץ' והרקומביננטים שלו מנהלים משימת מנע נגד ההתקוממות של ג'ייק ולוכדים את ילדיו. ג'ייק וניטיירי מגיעים ומשחררים את רובם, אבל ספיידר נלקח על ידי קוואטריץ', שמזהה אותו כבנו. הוא מחליט לבלות איתו על מנת להטות את ספיידר לצד שלו, ובתמורה ספיידר מלמד את קוואטריץ' על תרבות הנא'בי. מודע לסכנה לכך שהידע של ספיידר על מקום הימצאו, ג'ייק ומשפחתו עוזבים את האומאטיקיה ונסוגים לשבט אנשי השונית של מטקאיינה בחוף הים המזרחי של פנדורה, שם הם מקבלים מחסה, למרות שכמה מבני השבט לועגים לג'ייק וילדיו על המורשת האנושית הגנטית שלהם. המשפחה לומדת את דרכיהם של אנשי השונית, קירי מפתחת קשר רוחני עם הים ויצוריו ולואאק מתיידד עם ציריה, בתם של ראש השבט טונוארי ואשתו רונאל.
לואק נקלע לריב עם אחיה של צירייה, אוונג. כשהוא חוזר להתנצל בעקבות התעקשותו של ג'ייק, אוונג וחבריו מפתים אותו לטייל בשטחו של טורף ים מסוכן ומשאירים אותו תקוע. לואק ניצל על ידי פייקאן, יצור המכונה טולקון, שהוא זן לווייתנים אינטליגנטי ופציפיסטי שהמטקאינה מחשיבים כמשפחתם הרוחנית ולואק מתיידד עמו. עם שובו, לואק לוקח את האשמה על עצמו, זוכה בידידותו של אוונג, אך נאמר לו שפייקאן הוא מנודה מבני המין שלו. בטיול לעץ הנשמות של המטקאינה, קירי מתקשרת אליו כדי לפגוש את אמה, אך סובלת מהתקף אלים. היא נרפאת על ידי רונאל, אבל כשג'ייק קורא לנורם ספלמן ולמקס פאטל לעזרה, קוואטריץ' מצליח לעקוב אחריהם לארכיפלג שבו מתגוררים אנשי השונית. הוא מביא איתו את ספיידר, בעודו מפקד על ספינת ציד לווייתנים שצדה טולקונים כדי לקצור את אנזימי המוח שלהם ליצירת תרופות נגד הזדקנות. קוואטריץ' מתחיל לחקור באכזריות את השבטים הילידים לגבי מיקומו של ג'ייק; אם לא, הוא מצווה על צוות ציד הלווייתנים להרוג את הטולקונים ברצון כדי למשוך את ג'ייק החוצה. לואק מתקשר נפשית עם פייקאן ולומד שהטולקון הודח מכיוון שהוא יצא נגד דרכיהם של בני מינו ותקף את ציידי הלווייתנים שהרגו את אמו.
כאשר במטקאינה מגלים על הטבח בטולקונים, לואק ממריא להזהיר את פייקאן, ואחריו אחיו, ציריה ואונג. הם מוצאים את פייקאן נרדף על ידי ציידי הלווייתנים, ולואק, צירייה וטוק נתפסים על ידי קוואטריץ'. כשהילדים שלהם בסכנה, ג'ייק, נייטירי והמטקאינה יוצאים להתעמת עם בני האדם. קוואטריץ' מאלץ את ג'ייק להיכנע; אבל כשהוא רואה את אחיו בסכנה, פייקאן תוקף את ציידי הלווייתנים, גורם לקרב שהורג את רוב הצוות ופוגע קשות בכלי השיט, מה שגורם לו לטבוע. נתיאם מציל את לואק, ציריה וספיידר, אך נורה למוות. ג'ייק נאבק בקוואטריץ', שמשתמש בקירי כבת ערובה. כשנייטירי עושה את אותו הדבר עם ספיידר, קוואטריץ' מכחיש תחילה את מערכת היחסים שלו איתו, אבל נמנע כשנייטירי חותכת את ספיידר בחזה.
ג'ייק, קוואטריץ', נייטירי וטוק נלכדים בסופו של דבר בתוך כלי השייט שטובע. ג'ייק חונק את קוואטריץ' עד לאובדן הכרה ומחולץ על ידי לואק ופייקאן, כשקירי מזמינה יצורים ימיים כדי לעזור לה להציל את נייטירי וטוק. ספיידר מוצא ומציל את קווטאריץ', אך מוותר עליו בשל אכזריותו ומצטרף מחדש למשפחתו של ג'ייק. לאחר ההלוויה של נתיאם, ג'ייק מודיע לטונווארי ולרונאל על החלטתו לעזוב את המטקאינה. טונווארי, לעומת זאת, מזהה אותו בכבוד כחלק מהשבט ומברך את משפחתו להישאר. ג'ייק ומשפחתו מקבלים את ההזמנה ויוצרים חיים חדשים בים, כאשר ג'ייק נשבע להמשיך להילחם בפולשים האנושיים.