שליחות קטלנית 2: יום הדין
עלילת הסרט

בשנת 1995, 11 שנים לאחר ששרה קונור חיסלה את המחסל הראשון אשר תוכנת להרוג אותה, שני רובוטים "מחסלים" מגיעים ללוס אנג'לס מהעתיד - שנת 2029. האחד T-800 מודל 101, הדגם ששרה חיסלה - שנשלח על ידי ג'ון כדי שיגן עליו, והשני מודל T-1000, דגם מתקדם יותר העשוי מתכת נוזלית המאפשרת לו לשנות את צורתו לכל דבר הזהה לו בגודלו, שנשלח לחסל את ג'ון.
לאורך השנים שרה הקפידה לומר לג'ון כי בעתיד הוא יוביל את המין האנושי לניצחון מוחלט על המכונות. החוויות ששרה חוותה בסרט הראשון שינו אותה באופן משמעותי, וכעת היא קשוחה ואלימה יותר. התנהגותה הובילה את הסובבים אותה לחשוב שהיא חולת נפש ולכן היא אושפזה בבית חולים פסיכיאטרי בשם פסקדרו. בעקבות אשפוזה, בנה ג'ון קונור חי כעת עם הורים מאמצים: ג'נל (ג'נט גולדשטיין) וטוד.
בינתיים, שני המחסלים מאתרים את ג'ון בקניון ונלחמים זה בזה עד לניצחונו של המחסל המגן. כאשר ג'ון מבין כי המחסל הרע ינסה להתחזות לאימו ולהרוג אותה, הם נוסעים לבית החולים הפסיכיאטרי כדי לנסות להצילה. שרה שניסתה אז לברוח מהמקום מבועתת כאשר היא פוגשת במחסל, אותו היא זוכרת כמלאך המוות שלה, עד שהיא נוכחת כי הוא נלחם במחסל השני ומגן על חייו של ג'ון. כשהם בורחים מהעיר, המחסל מספר לה על סקיינט העתידית, המערכת הממוחשבת שתנסה להשמיד את המין האנושי. הוא מספר לה על יוצר המערכת, מיילס בנט דייסון (ג'ו מורטון), שתכנן מחשב בעל יכולת למידה אשר חובר לרשת ב-4 באוגוסט 1997.
שרה, ג'ון והמחסל נוסעים למדבר למחנה של אנריקה סלקדה, אדם שאגר נשק רב במחסן תת-קרקעי למקרה שתפרוץ מלחמה ומכיר את שרה היטב. שרה מתכננת לקחת עימה את ג'ון ולעבור את הגבול למקסיקו. בעודם במחנה, שרה מבינה כי אם היא תהרוג את דייסון, היא תמנע מסקיינט להיווצר, ובכך תמנע את המלחמה העתידית עם המכונות. לאחר שהיא עוזבת במפתיע, ג'ון והמחסל מבינים מה היא הולכת לעשות ויוצאים אחריה. בביתו של דייסון, שרה מנסה לירות בו, אבל לאחר שהיא מחטיאה, היא אינה מסוגלת להרוג אותו בפני בני משפחתו. וכשג'ון והמחסל מגיעים, הם מיידעים את דייסון על ההשלכות של מחקרו. הם משכנעים אותו שעליהם להרוס כל דבר שקשור לתכנון השבב, כולל המעבד שנותר מהמחסל הקודם.
שרה, ג'ון, המחסל ודייסון פורצים לבניין סייברדיין (החברה שעתידה לפתח את סקיינט, בה דייסון עובד בהווה) ומצליחים להשיג את חלקיו של המחסל הראשון. בעודם מכינים חומרי נפץ המיועדים להרוס את כל הבניין, השומרים מזעיקים את המשטרה. כאשר הם נכנסים לבניין, הם יורים בדייסון שנשאר ללחוץ על מתג ההפעלה של חומרי הנפץ וגורם לבניין להתפוצץ בפיצוץ אדיר. דייסון והשוטרים מתים, אבל ג'ון שרה והמחסל שהתחבאו בחדר ממוגן לא נפגעים.
הם נמלטים מהבניין בוואן משטרתי, כאשר המחסל השני עוקב אחריהם במסוק ולאחר מכן במשאית שמובילה חנקן נוזלי. המשאית מתרסקת אל תוך מפעל לעיבוד מתכת, מה שגורם למכל שלה להיבקע ולחנקן הנוזלי שהיה בה להתפרץ לכל עבר ולהקפיא את המחסל T-1000. למרות שהמחסל השני ריסק אותו לאחר שהוא קפא (ירה בו באקדח תוך כדי ציטוט המשפט הידוע "אסטה לה ויסטה, בייבי"), תוך זמן קצר שבריו נמסים ומתחברים מחדש. המחסלים מתחילים להיאבק זה בזה, כאשר הדגם T-1000 דוקר את דגם 101 בתא החשמל שלו בעזרת מוט מתכת מחודד ומשבית אותו. ה-T-1000 יוצא לחפש את ג'ון כאשר הוא מתחזה לשרה. ג'ון מבחין בשתי הדמויות של אימו ואיננו יודע למי להאמין. שרה האמיתית דורכת את נשקה, יורה במחסל המתחזה וחושפת אותו. הם נמלטים ורצים במעלה גרם מדרגות כאשר המחסל "הרע" בעקבותיהם. שרה יורה לעברו מספר קליעי שוטגאן כבדים שהודפים אותו לאחור. בשל מעצור בכלי הנשק שלה היא חסרת אונים ואז, המחסל, שהפעיל את עצמו מחדש על ידי שימוש במקור כוח חלופי, מגיע, יורה ב-T-1000 במטול רימונים, מה שגורם לו להתעוות ולאבד את שיווי המשקל שלו וכך הוא מועד לתוך כבשן סגסוגת מותכת ומושמד.
לאחר שג'ון זורק את החלקים של המחסל הראשון לתוך הסגסוגת המותכת, המחסל אומר לו שגם אותו עצמו צריך להשמיד כדי למנוע מסקיינט להיווצר על בסיס הטכנולוגיה שבה הוא יוצר. הוא אומר לשרה שאיננו מסוגל להשמיד את עצמו ושהיא חייבת להוריד אותו לתוך המתכת הלוהטת. ג'ון פורץ בבכי מאחר שנקשר רגשית למחסל, וזה נפרד ממנו. המחסל תופס בשרשרת המחוברת לגלגל שיניים ונותן לשרה את השלט של הגלגל.
הסרט מסתיים בנסיעה בכביש אפל בלילה, ושרה אומרת את המשפט שריס אמר לה בסרט הראשון: "העתיד אינו נקבע מראש".