ארמון אלחפריה
התקופה הקדם מודרנית, והמודרנית

בתחילת 1486 שימש אזור חצר סן מרטין כבית הדין של האינקוויזיציה הספרדית ומשרדים סביב החצר הוקמו כדי לשכן את העובדים של מוסד זה. זה כנראה מקור השימוש במגדל הטרובדור ככלא.
התפקיד החדש של הארמון (שנמשך עד השנים הראשונות של המאה ה-18) גרם לאירוע שיגיע לשיאו בפרויקט הרפורמה שנערך תחת שלטונו של פליפה השני, מלך ספרד, שבעזרתו הפך הארמון לבסיס צבאי. בשנת 1591, באירועים המכונים מהומות סרגוסה, נמלט מזכירו המורשע ברצח של המלך פליפה השני, אנטוניו פרס (Antonio Pérez) ממדריד לסרגוסה במטרה לדרוש להישפט על פי החוקים הפרטיים של אראגון, שהייתה אז אוטונומית למחצה, כדי לחמוק ממשפט המלך. עם זאת, לבית המשפט של האינקוויזיציה הייתה סמכות שיפוט בכל תחומי השיפוט של הממלכות, וסמכות זו נוצלה על מנת להאשים את פרס בכפירה, לאסור אותו, ולכלוא אותו בצינוק של המטה של האינקוויזיציה באלחפריה. בתגובה התרחשה התקוממות של תושבי סרגוסה בשל מה שחשבו כהפרה של זכויותיהם כתושבי אראגון, והם תקפו את האלחפריה כדי לחלץ אותו. הצבא המלוכני דיכא את המרד ופליפה השני החליט להפוך את האלחפריה למצודה מבוצרת תחת סמכותו למניעת מרידות דומות.
לתכנון המבנה, שכלל בניין צבאי "מודרני", הוזמן המהנדס הצבאי האיטלקי יליד סיינה טיבורצ'ו ספנוקי (אנ'), שהיה המהנדס הפרטי של המלך. ספנוקי בנה מערכת חדרים המחוברת לחומות הדרומיות והמזרחיות שהסתירו את המגדלים המעוגלים למחצה בפנים, אם כי בחזית המזרחית זה לא השפיע על המגדלים באגפים של שער הכניסה. סביב הבניין כולו הוקם קיר עם שינות ובו שמן דה רונד וזה הסתיים בארבע פינות המבצר בארבעה באסטיונים מחומשים, שאת בסיסם ניתן לראות היום. המתחם כולו הוקף בחפיר ברוחב עשרים מטרים, שנחפר מחדש בשנת 1982 ביוזמת האדריכל אנחל פרופדרה מונייסה (Ángel Peropadre Muniesa), שהמעבר מעליו היה באמצעות שני גשרים מתרומים באגף המזרחי והצפוני. מראה זה של המבצר בא לידי ביטוי בתוכנית האלחפריה לאחר השיקום האחרון שהושלם בשנת 1998.
מבנה האלחפריה בתכנון ספנוקי נותר ללא שינויים מהותיים עד 1705, כאשר עקב מלחמת הירושה הספרדית היה זה מקום מגוריהם של שתי פלוגות של חיילים צרפתים שבנו מחדש את מעקות החומה התחתונה של החפיר.
אולם המהפך המשמעותי של תפקיד המבנה לקסרקטין צבאי התרחש בשנת 1772 ביוזמתו של קרלוס השלישי, מלך ספרד. כל החזיתות שופצו באופן בו נראית כיום החזית המערבית, וחללי הפנים הותאמו לשהות החיילים והקצינים בבניין. בשליש המערבי של הארמון הוכנה חצר גדולה למצעדים וסביבה החדרים של הפלוגות השונות, שעשויים בפשטות ובפונקציונליות של המחצית השנייה של המאה ה-18 והתכלית המעשית שאליה נועדו השטחים הבנויים כך. מתוך התוספת בשנת 1862 של ארבעה מגדלים בסגנון התחייה הגותית שמהם שרדו עד היום רק המגדלים בפינה הצפון-מערבית והדרומית-מערבית.
באמצע המאה ה-19 התריע מריאנו נואוגס סקל (Mariano Nougués Secall) מפני התדרדרות השרידים מהתקופה המוסלמית ואמנות המודחאר של הארמון בדו"ח שלו משנת 1845, שכותרתו "תיאור והיסטוריה של טירת האלחפריה", מחקר קפדני בו דחק לשמור על מכלול היסטורי-אמנותי חשוב. אפילו המלכה איזבלה השנייה, מלכת ספרד סיפקה כספים לשיקום, והוקמה ב-1848 ועדה לביצועו, אולם בשנת 1862 עברה האלחפריה מרכוש מלכותי למשרד המלחמה, שביטל את השיקום והחמיר את הנזק שנגרם.
ההידרדרות נמשכה עד שבשנת 1947 לקח האדריכל פרנסיסקו אינייגס על עצמו, כמעט לבדו, את משימת השיקום שבה היה עסוק עד מותו בשנת 1982.
בשנות השישים של המאה ה-20 הוא שימש כקסרקטין צבאי, והקישוטים כוסו בטיח במטרה להגן עליהם.
בשנת 1984 המליצה הוועדה הפרלמנטרית של אראגון שהוקמה למציאת מקום מושב מוחלט לקורטס של אראגון לשכן את הפרלמנט האזורי בארמון אלחפריה, ומועצת העיר של סרגוסה (בעלת הבניין) הסכימה לתת חלק מהמתחם ללא עלות לתקופה של 99 שנים. החלטה שקידמה את פעולות השיקום הסופי של האלחפריה. לאחר סיום העבודות, נחנכה האלחפריה כמונומנט אמנותי היסטורי בשנת 1998 על ידי הנסיך (כיום מלך) פליפה השישי.