המלחמות המוקדוניות
המלחמה השנייה

לאחר החתימה על שלום פויניקי, חש פיליפוס כי השפעתה של מוקדון ביוון עומדת כעת במבחן קשה. פיליפוס, שהעסיק דרך קבע מרגלים באיטליה, למד עד מהרה כי לאחר שתסתיים המלחמה הפונית השנייה, לא יסתפקו הרומאים בהישגים החלקיים בזירת הבלקן. לא עברה שנה, והוא החל מתכונן למלחמה הבאה ברומא. עם זאת, למרות הכנותיו שכללו הכנת צי מלחמתי גדול, פיליפוס לא רצה לגרום לרומא למצוא תואנה למלחמה אתו, ועל כן נזהר לא לפגוע באחת מן המדינות החתומות על שלום פויניקי. במקביל, גם ברומא התגברו הקריאות למלחמה חדשה נגד מוקדון. ראש התומכים במלחמה זו היה פובליוס סולפיקיוס גלבה מקסימוס, שהתבלט בזמן המלחמה המוקדונית הראשונה. בשנת 200 לפנה"ס הוא נבחר לתפקיד הקונסול ומוקדון הוכרזה כ"משימה" שלו. עוד באותה שנה שיגרו פרגמון ורודוס משלחת משותפת לרומא, ולחבריה הובטח שהמצב ביוון ייבדק בכל הרצינות. ביוזמתו של סולפיקיוס, אורגנה משלחת שכללה בין היתר את גאיוס קלאודיוס נרו ופובליוס סמפרוניוס טודיטאנוס, ומטרתה הרשמית הייתה בדיקה לעומק של מצב העניינים בבלקן. בפועל, המשלחת נועדה להבטיח שברגע האמת לא תתארגן קואליציה אנטי-רומית שתילחם לימינה של מוקדון.
המשלחת הגדילה לעשות, והציבה דרישה בפני פיליפוס "לא לנהל מלחמות נגד איש מקרב ההלנים [יוונים], ולפצות את אטאלוס [מלך פרגמון] על העוולות [שביצע כנגדו] כפי שייקבע חבר שופטים הגון". מעשה זה נחשב במחקר המודרני למחוצף ביותר מצד רומא משתי סיבות: ראשית, לחברי המשלחת לא הייתה כל סמכות להכריז על מלחמה, שכן הדבר טרם הוכרז באספת העם. שנית, רומא מינתה את עצמה, על דעתה בלבד, למגנת היוונים כולם, דבר שלא היה לה שום סמכות לעשות בהתחשב בכך שספק רב אם הייתה לה ברית להגנה צבאית עם אחת ממדינות יוון, על אחת כמה וכמה עם כולן. הלהיטות הרומאית למלחמה חדשה, זמן קצר לאחר סיום המלחמה ההרסנית עם קרתגו, מעלה תמיהות רבות לגבי סיבותיה ומטרותיה של המלחמה. לדעת חלק מהחוקרים המלחמה נבעה ממניעים אימפריאליסטיים של רומא, שרצתה להפוך את עצמה למעצמה החזקה ביותר בים התיכון. עם זאת, גישה זו בעייתית, משום שלאחר המלחמה רומא לקחה לעצמה מעט מאוד. אחרים מנסים להסביר שרומא הושפעה יותר מדי מהתרבות היוונית, ומנהיגיה העריצו את היוונים וחפצו להגן עליהם מפני המוקדונים המדכאים לכאורה. עם זאת, ממהלכי הרומאים לאורך כל המלחמה ניתן לראות שההגנה על היוונים הייתה אך תירוץ למלחמה. יש הסוברים שרומא רצתה לנקום בפיליפוס על התוקפנות שגילה במלחמה המוקדונית הראשונה, אולם ישראל שצמן סבור שגישה זו פשטנית למדי. שצמן נוטה לאמץ את הגישה על פיה צעדיה של רומא היו למעשה פעולת מנע הגנתית. לדעת שצמן, רומא לא ראתה במוקדון כשלעצמה אויב מסוכן, אולם חששה שברית בין מוקדון לבין האימפריה הסלאוקית עלולה לסכן באופן חמור את האינטרסים של רומא. כמו כן, מלך מוקדון היה מחרחר ריב, וברור לחלוטין שלא יסתפק במה שהשיג עד כה. עם זאת, שצמן מודה שגם הסבר זה "אינו נקי לחלוטין מקשיים". אריק ס. גרואן אף סבור שרומא כלל לא רצתה להילחם בפיליפוס, אלא רק לבלום אותו. לדעת גרואן, המשלחת הרומית ליוון לא נועדה באמת להכריז מלחמה, אלא רק להרתיע את פיליפוס ולהבהיר ליוונים כי הם יכולים לסמוך על רומא.
פיליפוס התעלם במופגן מהדרישה ה'חצופה'. בהמשך הגיעה משלחת רשמית מאתונה אל רומא בבקשת עזרה. כעת נעלמו הספקות האחרונים, והרומאים יכלו לפלוש ליוון פעם נוספת, כשהם מעמידים פנים של משחררים. בראשית הסתיו הפליג המצביא הרומאי סולפיקיוס עם 20,000 אנשים מברונדיסיום, ונחת צפונה לאפולוניה. עם זאת, הרומאים נכשלו בניסיון לפלוש למוקדון עצמה. רק ב-197 לפנה"ס הצליח המצביא הרומאי טיטוס קווינקטיוס פלמינינוס לפרוץ את הדרך לפלישה אל מוקדון גופא. לקראת סיום השנה פנה פיליפוס אל פלמינינוס בבקשה להסכם שלום. פלמינינוס ידע ששנת כהותו עומדת להסתיים, ושבשנה הבאה יובא מצביא חדש לזירה, ולפיכך הסכים למגעים. פלמינינוס דרש שפיליפוס יפנה את כל יוון וכן את הערים שבעבר היו שייכות למצרים, וכן תבע את החזרת השבויים והעריקים הרומאים. בעלי בריתה של רומא העלו עוד סדרה של תביעות בלתי סבירות. למרות זאת, הוחלט על שביתת נשק למשך חודשיים. תומכיו של פלמינינוס בסנאט הצליחו להאריך את האימפריום שלו, וכעת הבין פיליפוס שהמלחמה תימשך. פיליפוס החליט לשנות את האסטרטגיה שבה נקט עד למועד זה - היינו הארכת המלחמה ככל האפשר, והגיע למסקנה שאין מנוס מקרב הכרעה. ביוני של שנת 197 לפנה"ס התעמתו הצבאות בקרב קינוסקאפאלאי, שהסתיים בניצחון רומאי מוחץ.