היסטוריה של גואטמלה
מלחמת אזרחים

בבחירות הבאות נבחר הנשיא מיגל אידיגורס פואנטס, שניהל משטר אוטוקרטי הולך וגובר. הוא זכור במיוחד כיוון שהזמין את נשיא מקסיקו לדו-קרב יריות על גשר מעל לגבול הדרומי כדי לשים קץ לסכסוך ארוך בנושא של דיִג בלתי חוקי של סירות מקסיקניות בחופה המערבי של גואטמלה, ששתיים מתוכן הוטבעו בידי חיל האוויר הגואטמלי. כתגובה למשטרו האוטוקרטי של אידיגורס פואנטס, ניסתה קבוצה של קצינים זוטרים לבצע הפיכה ב-1960. משכשלו, ירדו חלקם למחתרת ויצרו קשרים עם קובה. הקבוצה עתידה הייתה להיות הגרעין של ההתקוממות המזוינת נגד המשטר במשך 36 השנים הבאות.
ארבע קבוצות גרילה שמאלניות - "צבא הגרילה של העניים" (EGP), "הארגון העם החמוש" (ORPA), "הכוחות החמושים המהפכניים" (FAR) ו"המפלגה הגואטמלית של העבודה" (PGT) - ביצעו פעולות חבלה כלכליות ותקפו כוחות ביטחון ממשלתיים. ב-1982 איחדו ארגונים אלה כוחות והקימו את "האיחוד המהפכני הלאומי הגואטמלי" (URNG). במקביל קמו בשנות השישים קבוצות ימין-קיצוני של מתנדבים כגון "הצבא הסודי האנטי-קומוניסטי" ה-ESA ו"היד הלבנה" (La Mano Blanca), שעינו ורצחו סטודנטים, אנשי מקצוע ואיכרים שנחשדו בפעילות שמאלנית.
בשנת 1966 נבחר לנשיא מועמד המרכז-שמאל חוּליוֹ סֶסָאר מֶנְדֶס מונטנגרו, כשהוא מתחיל בכך תקופה של ממשלות צבאיות בעיקרן, תקופה שנמשכה עד 1982. יועצים מטעם הכוחות המיוחדים של צבא ארצות הברית (הכומתות הירוקות) נשלחו לגואטמלה מתוך מטרה להכשיר את הצבא הגואטמלי לטיפול בהתקוממויות. הצבא יצא למבצע צבאי נרחב שהצליח לדכא את תנועת הגרילה באזורים הכפריים. הגרילה ריכזו אפוא את התקפותיהם בבירה, שם התנקשו באישים בכירים רבים, כולל השגריר של ארצות-הברית ג'ון גורדון מיין, שנרצח ב-1968.
ב-23 במרץ 1982 ביצעה קבוצה של קצינים הפיכה צבאית במטרה למנוע את עלייתו לשלטון של הגנרל אנחל אָנִיבָּל גווארה, המועמד של הנשיא היוצא פרננדו רומאו לוקאס גרסִיָה, בטענה שהבחירות זויפו. ההופכים ביקשו מהגנרל אפראין ריוס מונט (Efraín Ríos Montt) להסדיר את עזיבתו של אניבל גווארה. ריוס מונט היה מועמד המפלגה הנוצרית-דמוקרטית ב-1974 ורבים ראו בתבוסתו בשנה זו תוצאה של בחירות שזויפו. ב-1982 היה כבר ריוס מונט לכומר אוונגלי מן השורה, ובנאום כניסתו לתפקיד הכריז כי כהונתו היא רצון האל. הוא נתפש כבעל גיבוי חזק מממשל רייגן. הוא הקים חונטה צבאית תלת-ראשית, ביטל את החוקה משנת 1965, פיזר את בית הנבחרים, השעה את הפעילות המפלגתית וביטל את חוק הבחירות. לאחר מספר חודשים פיזר את החונטה ונותר בפועל שליט יחיד של הרפובליקה.
מונט שאף ללחום בכוחות הגרילה בכוח הזרוע מחד וברפורמות כלכליות מאידך. הוא הוביל מסע הסתה כנגד האינדיאנים הילידים, ובייחוד כנגד בני המאיה החיים בהרים אשר היוו את מרכז האופוזיציה כנגד משטרו, בטענה כי הם נגועים בברבריות ופרימיטיביות, פוגעים בחקלאות ואחראים לעוניה של גואטמלה. במאי 1982 האשימה ועידת ההגמונים הקתוליים את ריוס מונט באחריות למיליטריזציה של המדינה ובמעשי טבח חוזרים של הצבא באזרחים. ב-18 ביולי 1982 צוטט ריוס מונט בניו יורק טיימס כמי שאמר לקהל של ילידים גואטמליים בני מאיה: "אם אתם אתנו, נאכיל אתכם; אם לא, נהרוג אתכם". ביום פרסום הכתבה ביצע הצבא ובני-בריתו טבח בכפר פְּלַאן דה סאנְצֵ'ס במחוז באחה וראפאס, שבו נרצחו כ-250 איש, מרביתם נשים וילדים משבט אָצִ'י.
הממשל הקים כוחות סיור של משמר אזרחי (PAC). המשמר האזרחי היה להלכה בהתנדבות, אך בפועל כפריים גואטמליים רבים (כולל ילדים וקשישים), בייחוד בצפון-מערב המדינה, אולצו להצטרף, אחרת יוקעו כגרילה. על-פי הערכות, מנו כוחות המשמר האזרחי מיליון איש בשיאם. צבאו של ריוס מונט וכוחות המשמר האזרחי הצליחו למעשה להשתלט על אזורים של הגרילה. משלב מסוים פחתה פעילות הגרילה והוגבלה בעיקר לפעולות פגע-וברח. אך ניצחון חלקי זה של ריוס מונט הושג במחיר דמים כבד של חיי אזרחים.
כהונתו הקצרה של ריוס מונט הייתה כנראה האלימה ביותר ב-36 שנות מאבק פנימי, והביאה למותם של אלפים, מרביתם אזרחים אינדיאנים בני מאיה לא חמושים. בשנים הללו הושמדו לחלוטין חמישה שבטי מאיה מבני השבטים ההרריים. רוב מעשי הטבח בוצעו בירי על אוכלוסייה שלמה של כפר על ידי יחידה צבאית שהוקמה לצורך העניין ואנשיה כונו "הקייבלים". אמנם גם כוחות גרילה שמאלנים וגם פלוגות מוות ימניות ביצעו הוצאות להורג המוניות, העלמות, ועינויים של אנשים בלתי-חמושים, אך מרבית הפרות זכויות האדם בוצעו בידי הצבא והמשמר האזרחי שבשליטתם. כשאומדנים מהימנים מצביעים על אחריות ממשלתית ל-80% עד 93% ממקרי הפרת זכויות אדם.
מלבד מדיניות הטבח נהג המשטר גם מדיניות של עקירת בני מאיה מאדמותיהם שכונתה "אדמה חרוכה". המדיניות לוותה בתעמולה בה הוצגו בני המאיה כפרימיטיביים הפוגעים ביבול ואשמים במחסור במדינה. במסגרת מדיניות זו הוגלו מבתיהם בין חצי מיליון למיליון וחצי איש, תוך החרמת רכושם ותוצרם החקלאי. תוצאת מדיניות זו הייתה רעב ומחלות שהרגו אלפי בני מאיה, ופגיעה חמורה בתרבות המאיה שנשתמרה.
ב-8 באוגוסט 1983 הודח ריוס מונט בידי שר הביטחון שלו, אוסקר אומברטו מֶחִייָה וִיקטורֶס, שהפך לנשיא בפועל של גואטמלה. מחייה הצדיק את ההפיכה באומרו כי "דתיים קיצוניים" ניצלו לרעה את כוחם בשלטון וכן בשל "שחיתות פקידות". שבעה אנשים נהרגו בהפיכה, אף כי ריוס מונט עצמו ניצל ואף הקים מפלגה והתמודד לנשיאות ב-1995 ושוב ב-2000. הגנרל מחייה פעל להחזרה מדודה של הדמוקרטיה, וקיים ב-1 ביולי 1984 בחירות לאספה מכוננת שתנסח חוקה חדשה. ב-30 במאי 1985 סיימה האספה לנסח את החוקה וזו נכנסה לתוקפה מיד. וִינִיסְיוֹ סֶרֶסוֹ, מועמד המפלגה הנוצרית-דמוקרטית ופוליטיקאי חסר רקע צבאי, היה לנשיא הראשון שנבחר תחת החוקה החדשה עם 70% מהקולות, ונכנס לתפקידו ב-14 בינואר 1986.