Assassin's Creed Rogue
עלילה

בשנת 1752, שיי פטריק קורמק הוא חניך חדש באחוות המתנקשים הקולוניאלית של שלוש עשרה המושבות, שהפוטנציאל שלו מאוים רק על ידי סרבנותו. בעוד שיי מתאמן עם המחנה הצפון-אטלנטי של מסדר המתנקשים תחת הדרכתו של המנטור אכילס דבנפורט, המתנקש אדוולה מגיע עם דיווחים שפורט-או-פרנס נפגעה מרעידת אדמה במהלך החיפוש אחר מקדש קדום. עקב ניסיונו הקודם של שיי כספן, הוא מופקד על מציאת תיבת הקדומים וכתב יד מידיהם של הטמפלרים. במהלך זמן זה הוא גונב מהצי המלכותי הבריטי ספינת סלופ מלחמתית לה הוא קורא בשם "המוריגן", על שם האלה האירית. אולם, שיי מתחיל לפקפק במניעים של המתנקשים אחרי שהם מסרבים לנהל שיחות עם הטמפלרים ופוקדים עליו להתנקש בהם במקום, מבלי להתחשב בנסיבות.
כשנתיים לאחר מכן ואחרי שהשיג את תיבת הקדומים ואת כתב היד, שיי מעביר אותם לידיו של בנג'מין פרנקלין, שניסוייו על התיבה מפעילים מפה הולוגרפית שמראה את מיקומם של מקדשים קדומים נוספים ברחבי העולם. שיי מקבל הוראה לחקור את המקדש הקדום בליסבון, פורטוגל, וגורם בטעות לרעידת אדמה הרסנית כשהוא מנסה להסיר ממצא עתיק מהבסיס עליו הוא מונח. בעודו נמלט מהמקום המתמוטט בעור שיניו, המעשה מותיר אותו אכול אשמה. הוא מסיק שפורט-או-פרנס הושמדה באותו אופן, ונחרד לגלות שאכילס מתכוון להמשיך ולחפש אחר פיסות עדן ובכך לסכן חיים נוספים. הוא גונב את כתב היד ומתכוון להימלט איתו, אך הוא מכותר בידי אחוות המתנקשים, נורה ונותר למות לפני שיוכל להשמיד את כתב היד.
שיי נסחף לחופי הצפון-אטלנטי ונמצא בידי קולונל ג'ורג' מונרו, שמציל אותו ומשאיר אותו תחת חסותם של נאמנים למטרת הטמפלרים בניו יורק. אחרי שהחלים, שיי מנקה את רחובות העיר בשנת 1756 מכנופיות מתנקשים שסוחטות את האזרחים. הדבר לוכד את תשומת ליבו של מונרו, שמשכנע את שיי שיוכל לשפר את חייהם של אחרים ומבקש את עזרתו בשחרורו של בן בריתו כריסטופר גיסט מהוצאה להורג. שיי משיג חזרה את ספינתו מידיהם של המתנקשים, ומגייס את גיסט בתור קצין הלוגיסטיקה שלו על סיפון "המוריגן". הוא מסכים לעזור לבני בריתו החדשים. אחרי שהמתנקשים הורגים את מונרו כדי לקחת ממנו חזרה את כתב היד, שיי מבין שאחוות המתנקשים לא ויתרה על החיפוש אחר המקדשים הקדומים, והוא מתחיל לצוד אחר חבריה. בכך, הוא מקודם לדרגה גבוהה בקרב הטמפלרים.
במהלך שלוש השנים הבאות, שיי הורג את המתנקשים קסגואהזה, אדוולה, הופ ג'נסן ולואי-ז'וזף גוטייה דה לה ורנדריי, מה שמשאיר למעשה רק שניים מחברי האחווה הקולוניאלית - אכילס וליאם או'בריאן, חברו הטוב לשעבר. שיי וראש הטמפלרים היית'ם קנוויי רודפים אחרי המתנקשים לאזור הארקטי, שם אותר מקדש קדום נוסף. אחרי שחיסלו את משלחת המתנקשים, שיי והיית'ם מגיעים למקדש ומוצאים בתוכו את ליאם ואת אכילס, שחושף שפיסות העדן נועדו לייצב את העולם ולא לשמש כנשק כדי לשלוט בו. במהלך העימות ביניהם, הממצא העתיק מושמד בטעות, מה שמפעיל רעידת אדמה נוספת. בעוד ארבעתם נמלטים מהמקום, שיי וליאם עורכים דו-קרב ביניהם, בעוד היית'ם מתעמת מול אכילס ומתגבר עליו. ליאם נפצע באורח אנוש, ושיי משכנע את היית'ם לחוס על חייו של אכילס כדי להבטיח שהידע של המקדשים לא ייאבד לנצח וכדי שהמתנקשים לא ירדפו אחריהם שוב. היית'ם מסכים, אך מותיר את אכילס עם נכות.
שיי מקבל הוראה מהיית'ם להשיג את תיבת הקדומים מהמתנקשים, והוא מעביר את 16 השנים הבאות בניסיון לאתר אותה. בשנת 1776, שיי מסתנן לתוך ארמון ורסאי בצרפת בעזרתו של בנג'מין פרנקלין והורג את המתנקש צ'ארלס דוריאן כדי להשיג ממנו את התיבה. הוא מבטיח מחדש את נאמנותו למטרתם של הטמפלרים, ומציע להם להתחיל מהפכה משלהם כתגובה למעשיהם האחרונים של המתנקשים באמריקה.
בזמנים המודרניים, השחקן הוא עובד חסר-שם של אבסטרגו אנטרטיינמנט, חברה בת של תאגיד אבסטרגו, והוא מקבל הוראה לחקור את זכרונותיו של שיי פטריק קורמק. במהלך חקירתו, השחקן מפעיל בטעות זיכרון חבוי שמדביק את שרתי האנימוס. החברה מטילה הסגר על משרדיה, ועל השחקן לנקות את שרתי החברה על ידי חקירת זכרונותיו של שיי עד תומם. טמפלר בכיר בשם יוהאני אוטסו ברג מטיל על השחקן להעלות את זכרונותיו של שיי לשרתי המתנקשים ובכך להחליש את מאמציהם. אחוות המתנקשים, בתגובה, מנתקת את התקשורת. בסצנה שאחרי הכתוביות, ברג מודה לשחקן על עזרתו ומציע לו אפשרות בחירה - להצטרף לטמפלרים או למות. החלטתו של השחקן אינה נחשפת.