יחידות גולגולת המת
דיוויזיית גולגולת המת

במהלך 1936 החל אייקה בהקמת יחידות צבאיות מתוך יחידות גולגולת המת. יחידות אלה הפכו מאוחר יותר לדיוויזיית טוטנקופף שהייתה שייכת לוואפן אס אס. הפיקוד על יחידות צבאיות אלה היה נתון במחלוקת; אייקה, כמפקד יחידות גולגולת המת (Führer der Totenkopfverbände), פיקד אישית על יחידות אלה, אך מכיוון שיחידות אלה היו יחידות צבאיות של האס אס, תבע "כוח הכוננות" (Verfügungstruppe), כוח האס אס שהפך מאוחר יותר לוואפן אס אס. הוויכוח הוכרע ב-1940 לטובת ואפן אס אס, אך בשלב זה המטרה לא הייתה הקמת יחידות צבאיות אלא יצירת יחידות צבאיות מיוחדות למה שהוגדר "פעולות משטרתיות וביטחוניות" באזורים הכבושים. אנשי יחידות גולגולת המת אומנו בידי המסגרות פנימיות, ללא התערבות חיצונית. באימון הראשון, ב-1935, פונה מחנה דכאו כולו לכמה שבועות לצורך אימון אנשי היחידות.
ב-17 באוגוסט 1938 הגדיר צו של היטלר את יחידות גולגולת המת ככוח מילואים של כוח הכוננות. הגדרה זו יצרה מצב של תנועת כוח אדם בלתי פוסקת בין יחידות הוואפן אס אס לסגל מחנות הריכוז, לאורך כל המלחמה. עם זאת, מטרתו של הימלר הייתה הרחבת צבאו הפרטי, שכלל את יחידות גולגולת המת ואת כוחות המשטרה, שהיו תחת שליטתו של הימלר. צו נוסף של היטלר, שניתן ב-18 במאי 1939 לבקשתו של הימלר, אישר את הרחבת יחידות גולגולת המת להיקף של 50,000 איש. אותו צו הורה לצבא, למרות התנגדותו, לספק ליחידות ציוד צבאי.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה מנו יחידותיו של אייקה ארבעה רגימנטים, כמוזכר לעיל, וכן רגימנט פרשים. בנוסף, היו תחת פיקודו של אייקה שני גדודים שהוצבו בחשאי בעיר החופשית דנציג. יחידות אלה לא נטלו חלק צבאי במערכה בפולין: יחידות גולגולת המת האחרות ויחידת ואפן אס אס שהשתתפה במלחמה, דיוויזיית הלייבשטנדרטה, היו כפופות ל-OKH, הפיקוד העליון. לעומתן, שני הגדודים בדנציג היו כפופים ישירות להימלר, והם הופעלו כדי להטיל אימה על האזרחים הפולנים, על ידי רדיפת חיילים פולנים נמלטים, החרמת תוצרים חקלאיים ובהמות, עינוי ורצח מספר רב של מנהיגים פולנים - מנהיגים פוליטיים, בני אצולה, אנשי עסקים, אנשי דת, אינטלקטואלים - ויהודים. התנהגותם של אנשי גדודים אלה עוררה שאט נפש ומחאה אצל קצינים בצבא הגרמני, מחאה שלא הובילה לדבר (מפקד הארמייה השמינית, גנרל אוברסט יוהנס בלאסקוביץ, הועבר מתפקידו בעקבות מכתבים ששלח בנושא).
לאחר כיבוש פולין אוחדו שלושת הרגימנטים של יחידות גולגולת המת עם יחידת האס אס "המשמר הלאומי דנציג" (SS Heimwehr Danzig), ובצירוף כמה יחידות סיוע שהועברו מהצבא הוקמה הדיוויזיה ה-3 של האס אס, דיוויזיית טוטנקופף, בפיקודו של אייקה. מסתיו 1939 עד לאביב 1940 נעשה מאמץ רב לגיוס מתנדבים חדשים לדיוויזיה, מאמץ שהביא ליצירת 12 רגימנטים חדשים. מאמץ זה נעשה כהכנה לפלישה הצפויה לצרפת. אייקה הגדיר את המגויסים החדשים כעתודה לדיוויזיית טוטנקופף בלבד, והשתלט על ציוד צבאי של הוואפן אס אס שהיה מאופסן במחנות הריכוז לטובת יחידותיו; שאפתנותו של אייקה העלתה את חשדו של הימלר, ואת זעמם של ראשי הוואפן אס אס, פאול האוסר (Hausser) ויוזף דיטריך. ביצועיה הירודים של דיוויזיית טוטנקופף בעת המערכה על צרפת, ותפקודו הירוד של אייקה במערכה זו באופן אישי, הביאו להחלטתו של הימלר לרסן את פקודו. הוא ניצל בציניות דיווחים על מעשי זוועה שעשו חיילי יחידות גולגולת המת בצרפת כעילה להדחתו של אייקה מהפיקוד על הרגימנטים של יחידות גולגולת המת. ב-15 באוגוסט 1940 הועבר אייקה מתפקידו; דיוויזיית טוטנקופף, הרגימנטים העצמאיים ויחידות העתודה שלהן הועברו לשליטת פיקוד הוואפן אס אס החדש, שזה עתה הוקם. בפברואר 1941 הוחלפו כל סימוני היחידות כיחידות גולגולת המוות לסימון של הוואפן אס אס, למעט יחידות המשמר במחנות, שהמשיכו לשאת את סימול הטוטנקופף.
למרות זאת, דיוויזיית טוטנקופף עדיין הייתה קשורה ליחידות ששמרו על המחנות, וחייליה נשאו עדיין את סמל גולגולת המת כסימול היחידתי. האימון הנוקשה שחיילים אלו זכו לו, על פי תפיסתו של אייקה שאין לגלות כל רחמים כלפי האויב, יצר יחידה שנודעה בשיטותיה האכזריות. את חוסר יעילותם בצרפת ואת מעשי האכזריות שביצעו שם ניתן לייחס להיותם בריונים יותר מאשר חיילים. ואולם, במהלך המלחמה הקשה בחזית המזרח, במהלכה הושמדה הדיוויזיה והוקמה מחדש פעמיים, הפכה הדיוויזיה לאחת מיחידות העילית של הצבא הגרמני. מעט מאוד מן החיילים שהיו חלק מן הרגימנטים ב-1939 היו עדיין בדיוויזיה ב-1945.