יוסף טובי
ספרים שערך וההדיר

דב נוי, הסיפור העממי בתלמוד ובמדרש, אקדמון, ירושלים תשכ"ח
שלום בן יוסף שבזי: קובץ. הוועד הכללי לקהילת התימנים, ירושלים תשל"ב
שירים חדשים לרבי שלום שבזי, ירושלים תשל"ו (בשיתוף עם שלום סרי).
קורות ומעשים: תשל"ג-תשל"ה, הוועד הכללי לקהילת התימנים, ירושלים תשל"ו
יהדות תימן: פרקי מחקר ועיון, ירושלים תשל"ו (בשיתוף עם ישראל ישעיהו)
פרקים בתולדות היישוב היהודי בירושלים, כרך ב, ירושלים תשל"ו (בשיתוף עם מנחם פרידמן ובן-ציון יהושע)
מורשת יהודי תימן: עיונים ומחקרים, ירושלים תשל"ז
יעקב הרוזן, מטולה: סיפור ייסודה של מטולה מראשיתה וסיפור מייסדיה, ירושלים תשל"ח
תולדות יהודי תימן: מכתביהם (קובץ כרוניקות של יהודי תימן, כולל מבוא), ירושלים תש"ם
יהודה לוי נחום, מיצירות ספרותיות מתימן, חולון תשמ"א
אעלה בתמר: מאה שנות עליה והתיישבות, מקורות, ירושלים תשמ"ב 12. יהודי תימן בעת החדשה, ירושלים תשמ"ד
אברהם עובדיה, נתיבות תימן וציון. תל אביב תשמ"ה
יהודה לוי נחום, צהר לחשיפת גנזי תימן, תל אביב תשמ"ו
יצחק נדב, זכרונות איש 'השומר', תל אביב תשמ"ז
יוסף קאפח, כתבים א-ב, ירושלים תשמ"ט; כתבים ג, ירושלים תשס"ב (בשיתוף עם אורי מלמד)
תימא: כתב עת לחקר יהדות תימן ותרבותה, כרכים א-י, נתניה תש"ן-תשס"ז
יהודה לוי נחום, מכמנים מחשיפת גנזי תימן, תל אביב תש"ן
יחיא צברי, בשבילי תימן, תל אביב תש"ן
סגולה לאריאלה: מאסף דברי מחקר וספרות לזכרה של אריאלה דים-גולדברג, ירושלים תש"ן (בשיתוף עם משה אידל, משה בר-אשר, א' הראל-פיש ונחום סרנה).
מהלל העדני, בין עדן ותימן, כרך שני: בית מהלל, בית נשיא, תל אביב תש"ן
מהלל העדני, בין עדן ותימן, כרך שלישי: דמויות, הווי חיים, עדן וסביבותיה, תל אביב תשנ"א
יהודה יצחק הלוי, מגלות לגאולה, ירושלים תשנ"א
מהלל העדני, פירוש לספר איוב, תל אביב תשנ"ג
לראש יוסף: מחקרים בחכמת ישראל, תשורת הוקרה לרב יוסף קאפח, ירושלים תשנ"ה
נחמיה אלוני, הבלשנות העברית בטבריה, ירושלים תשנ"ה
יהודה לוי נחום, ספר התעודה מחשיפת גנזי תימן, חולון תשנ"ו
שלום גמליאל, הנחשונים על כנפי נשרים: מתימן למקומותם בשמותם, ירושלים תשנ"ו
מהלל העדני, פירוש לספרי שיר השירים, משלי, קהלת, תל אביב תשנ"ז
בין עבר לערב: המגעים בין הספרות הערבית לבין הספרות היהודית בימי הביניים ובזמן החדש, כרכים א-ד. תל אביב תשנ"ח-תשס"ח
מהלל העדני, פירוש לספרי תהלים, פרקי אבות, רות, איכה, אסתר, תל אביב תשנ"ח
מחקרים ביהדות תימן: דברי הקונגרס הבינלאומי השני, חיפה-פרינסטון, ניו ג'רזי תשנ"ט (בשיתוף עם אפרים יצחק. חלק אנגלי:
Yosef Tobi and Ephraim Isaac (eds.), Proceedings of the Second International Congress of Judeo-Yemenite Studies, Princeton-Haifa 1999).
הגות בחינוך היהודי א (תשנ"ט)
עזרא קהתי, יקיריי בתימן ובציון: פרקי הווי וזכרונות, ירושלים תשנ"ט
ילקוט תימן: לקסיקון. תל אביב תשס"א; מהדורה שנייה, תל אביב תשס"ג (בשיתוף עם שלום סרי)
מהלל העדני, הנפש החיה. חכמת הקודש. תל אביב תשס"א
שלמה מורג, מסורות הלשון העברית והלשון הארמית שבפי יהודי תימן, ירושלים תשס"ב
רננת אראלים: סדר ברכות אירוסין ונישואין, על פי תכלאל כתב יד, צנעא 1643, יוצא לאור לרגל יום כלולותיהם של אראל שביל ורננה טובי, ירושלים תשס"ג
עטרת יצחק: קובץ מחקרים במורשת יהודי תימן, מוגשים ליצחק קרנר. נתניה תשס"ד
מהלל העדני, פרקי מקרא. תל אביב תשס"ד
שואל ומשיב: פירוש מדרשי־אלגורי על התורה ועל האפטריות, תימן המאה הט"ו (בשיתוף עם מאיר חבצלת). תל אביב.
ספר היובל לכבוד פרופ' אמנון שילוח [=בין עבר לערב ד], חיפה תשס"ח
מהלל העדני, אור החוזר על המקרא: כרכים א-ג. תל אביב תשס"ט
שלום שבזי - שירים, ההוצאה לאור - אוניברסיטת תל אביב, 2012.
ספר השירים המשוכלל בשירי הגאון המפורסם שלום שבזי, [נעתק על ידי] חיים בן יהודה טובי ; הביא לדפוס וכתב מבוא בנו יוסף יובל טובי. נתניה: הוצאת האגודה לטיפוח חברה ותרבות, תשפ"א.