האויב שבפנים
עלילת הסרט

תאגיד אמברלה מחזיק ברשותו מתקן למחקר גנטי הנקרא "הכוורת" בתחתית העיר הבדיונית ראקון סיטי. עם תחילת הסרט, אדם מסתורי גונב מתוך המתקן את נגיף הטי המהונדס גנטית והנוגדן שלו, בעוד הוא משחרר קפסולה לתוך המתקן וגורם להתפרצות הנגיף. כתגובה לכך, מערכת הבינה המלאכותית "המלכה האדומה" אוטמת את המתקן והורגת את האנשים שבתוכו.
אליס מתעוררת בשירותים של אחוזה נטושה עם אמנזיה זמנית. היא נתקלת באדם לא ידוע שתוקף אותה בזמן שקבוצת חיילי קומנדו בהנהגת ג'יימס שייד פורצת לאחוזה. התוקף מוחזק באזיקים אך משחררים אותו כשהוא מתגלה כמאט אדיסון, שוטר ממשטרת ראקון סיטי. אליס ומאט מאולצים לרדת לתוככי מתקן אמברלה יחד עם הקבוצה. הקבוצה מוצאת אדם נוסף שסובל מאמנזיה העונה לשם ספנס ומסבירה שכל חבריה מועסקים בידי תאגיד אמברלה ושאליס וספנס נשכרו לשמור על הכניסה למתקן מתחת לאחוזה.
בחדרה של המלכה האדומה, מערכת הגנה הורגת את מפקד היחידה ושלושה מחבריה. למרות בקשותיה של המלכה האדומה מהם לעזוב, קפלן מנטרל את מערכותיה - מה שגורם לפתיחת דלתות הכוורת. הדבר גורם לשחרורם של הזומבים הכלואים בחדרים ושל היצורים המפלצתיים שנוצרו מניסויים עם נגיף הטי ממתקני הכליאה. כשחברי הקבוצה הנותרים מתקבצים שוב, הם נקלעים למארב של עדר זומבים ובקרב המתחולל הקבוצה מאבדת חבר נוסף, ג'יי.די. ריין המרירה נסוגה עם קפלן וספנס, בעוד מאט ואליס נפרדים והזכרונות מתחילים לחזור אליה. מאט מחפש אחר מידע על אחותו ליסה ומוצא שהיא נהפכה לזומבי. אליס מצילה אותו, והוא מסביר לה שהוא ואחותו הם אקטיביסטים בנושא סביבתנות ושליסה הסתננה לתוך הכוורת כדי להבריח הוכחות לניסויים בלתי חוקיים. אליס נזכרת שהיא הייתה אשת הקשר של ליסה בתוך הכוורת אך לא אומרת זאת למאט.
הניצולים מתאחדים בחדרה של המלכה האדומה, וחברי הקומנדו מסבירים שיש להם שעה אחת לפני שהכוורת אוטמת אותם בפנים באופן אוטומטי. אליס וקפלן מפעילים מחדש את המלכה האדומה כדי למצוא דרך יציאה. כדי לאלץ אותה לשתף פעולה, הם מפעילים השבתה אוטומטית מרחוק. כשהם נמלטים ממנהרות התחזוקה, הזומבים אורבים להם וג'יי.די. שהפך לזומבי נושך את ריין. כולם מגיעים לחוף מבטחים חוץ מקפלן, שמופרד מהקבוצה לאחר שננשך. אליס נזכרת שנותר נגיף טי במעבדה, אך מוצאת שהוא נעלם. ספנס נזכר שהוא גנב את הנגיף ושחרר אותו במכוון אחרי ששמע את שיחתן של ליסה ואליס ומחק את זכרונה בטרם החביא את נגיף הטי על רכבת המילוט מהכוורת. הוא מפנה עורף לשאר חברי הקבוצה אך ננשך בידי זומבי וכולא אותם במעבדה. הוא משיג חזרה את נגיף הטי אך נהרג בידי מפלצת אימתנית ששוחררה בידי המלכה האדומה. המלכה האדומה מציעה לחוס על חייהם של אליס ומאט אם יהרגו את ריין הנגועה. כשהמפלצת עושה את דרכה אליהם מתרחשת נפילת מתח נוספת ודלת המעבדה נפתחת בידי קפלן, שהשבית את המלכה האדומה כדי לפתחה. הקבוצה עושה את דרכה לרכבת, היכן שאליס משיגה את הנגיף והורגת את ספנס שהפך לזומבי, לפני שנמלטת עם האחרים.
על הרכבת, הם מזריקים לריין ולקפלן את הנוגדן. אולם, המפלצת מתחבאת על הרכבת ומתקיפה אותם - שורטת את מאט והורגת את קפלן. אליס מביסה את המפלצת ומאט מותקף בידי ריין הזומבית. הוא הורג אותה, וראשה פוגע במתג שפותח את הדלת ומפיל את המפלצת מתחת לרכבת, מה שהורג אותה. באחוזה, פצעיו של מאט מחמירים ואט אט הוא עובר מוטציה. לפני שאליס מצליחה לתת לו את הנוגדן, דלתות האחוזה נפרצות וקבוצת מדענים תופסת אותם. הם לוכדים אליס ולוקחים את מאט לצורך הפעלת "תוכנית נמסיס". הם מגלים שהכוורת נפתחת מחדש לצורך חקירת התקרית.
זמן מה לאחר מכן, אליס מתעוררת בבית חולים בראקון סיטי כשהיא אזוקה למיטת חולים. לאחר שהיא נמלטת, היא יוצאת החוצה ומגלה שהעיר נטושה לגמרי ונמצאת בחורבות. הסרט מסתיים כשאליס לוקחת רובה ציד מרכב משטרתי נטוש כשהמצלמה מתרחקת כדי להראות את מצב העיר.