מכבי תל אביב במפעלים הבין-לאומיים
לאחר הצטרפות ישראל לאופ"א > העפלות לשלב הבתים של הליגה האירופית (2016–2018)

לאחר הקמפיין האירופי וחילופי המאמנים, סיימה כסגנית האלופה והעפילה לשלב המוקדמות בעונת 2016/2017 בליגה האירופית. הייתה זו עונת מעבר עבור הצהובים, שנפרדו מתאריהם בעונה החולפת, ולקראת העונה נאלצו להיפרד מהכוכב הגדול של הקבוצה, ערן זהבי, וכן מאצטדיונה הביתי בלומפילד שעבר שיפוצים ובמקומו אירחה את משחקיה באצטדיון נתניה. המאמן הגיאורגי, שותא ארבלדזה, הגיע ואיתו בגזרת הרכש הגיעו בין היתר וידאר קיארטאנסון, אוסקר סקאריונה ויוסי בניון. מכבי נאלצה לעבור ארבעה סבבי מוקדמות בדרך לשלב הבתים, והחלה את דרכה מול גוריצה הסלובנית. במשחק הראשון בבית השיגה מכבי ניצחון 0–3 מצמד של איגיבור ושער של אורלנדו סה, והשלימו העפלה עם ניצחון בגומלין, 1-0 משער של בניון. בסיבוב המוקדמות השני פגשה מכבי את קאיראט אלמטי הקזחית. במשחק הראשון בחוץ איזן בניון בדקה האחרונה לאחר שער יתרון של אנדריי ארשאבין, ובגומלין, שערים של בן-חיים ושל אלברמן הספיקו לניצחון 1–2 ולכרטיס לשלב הבא. בסיבוב המוקדמות השלישי פגשה מכבי את פאנדורי טרגו ז'יו הרומנית, והשיגה ניצחון כפול, 1–3 בחוץ (בן-חיים, איגיבור ומיכה) ו-1–2 ביתי (איגיבור וסקאריונה). לאחר שלושה סיבובי מוקדמות הגיעה מכבי לפלייאוף ההעפלה לשלב הבתים מול היידוק ספליט הקרואטית. במשחק הראשון כבשו אלברמן וסקאריונה לזכות הצהובים בדרך לניצחון 1–2 בנתניה, ובגומלין נכנעו הצהובים באותה התוצאה (סקאריונה למכבי). המשחק הגיע לדו-קרב פנדלים, בו כבש ריקן את הפנדל השישי והמכריע וקבע 3–4 למכבי בדרך לשלב הבתים של הליגה האירופית. הייתה זו העפלה שלישית של מכבי לשלב הבתים של המפעל, והיא הוגרלה מול זניט סנקט פטרבורג הרוסית, א.ז. אלקמאר ההולנדית ודאנדוק האירית. במשחק הראשון אירחה מכבי את זניט, וצעדה ביתרון מבטיח של 0–3 מצמד של מדוניאנין ושער של קיארטאנסון עד לדקה ה-77, אך בתוך 13 דקות הפך הניצחון המרשים להפסד כואב, הרוסים הפכו ל-3–4 ומכבי נותרה ללא נקודות. מכבי התקשתה להתאושש מאובדן הנקודות ורשמה הפסד מפתיע באירלנד, 1-0 לדאנדוק. במשחק החוץ מול אלקמאר השיגה מכבי נקודות ראשונות, עם ניצחון 1–2 משערים של סקאריונה ושל אייל גולסה (שער נאה בבעיטה ממרחק). לאחר שוויון 0-0 ביתי מול היריבה ההולנדית, נכנעה מכבי 0–2 לזניט בחוץ, וסיימה את שלב הבתים עם ניצחון 1–2 על דאנדוק משערים של בן-חיים (פנדל) ומיכה. מכבי סיימה שלישית בבית וכשלה להעפיל לשלב הבא.
מכבי שוב סיימה כסגנית האלופה, ולקראת עונת 2017/2018 בליגה האירופית ירד המנהל המקצועי קרויף לעמדת המאמן הקבוע. לסגל הצטרפו עומר אצילי, אופיר דוידזאדה, אלירן עטר וניק בלקמן, ובעקבות ההפסד בגמר גביע המדינה, נאלצה מכבי להתחיל את דרכה בסיבוב המוקדמות הראשון פעם נוספת. מכבי צלחה את שלב המוקדמות הראשון מול קיי אף טירנה האלבנית, עם ניצחונות 0–2 בבית (יונתן כהן ואלי דסה) ו-0–3 בחוץ (ארון שוינפלד, יצחקי וריקן), והשיגה ניצחון כפול גם בסיבוב המוקדמות השני מול קיי. אר. רייקיאוויק האיסלנדית, 3-1 בבית (שוינפלד, קיארטאנסון ואצילי הפכו יתרון של האורחת) ו-0–2 בחוץ (אצילי ודור פרץ). גם פאניוניוס היוונית נכנעה פעמיים לצהובים, שניצחו 0–1 בבית משער של קיארטאנסון ובחוץ באותה התוצאה משער של אצילי. בפלייאוף פגשה מכבי את ריינדורף אלטאך האוסטרית, עם ניצחון 0–1 בחוץ (קיארטאנסון), ושוויון 2-2 ביתי (ייני וקיארטאנסון), בדרך להעפלה רביעית בתולדות המועדון לשלב הבתים של הליגה האירופית.
בשלב הבתים פגשה מכבי של קרויף את ויאריאל הספרדית, סלביה פראג הצ'כית ואסטנה הקזחית. בניגוד למשחקי המוקדמות, בהם הפגינה עליונות, רשמה מכבי קמפיין חלש בשלב הבתים, שהחל בהפסד 0–1 בפראג, ואחריו שוויון 0-0 מול ויאריאל. בהמשך הגיעו שלושה הפסדים, 4-0 ו-0–1 לאסטנה והפסד 0–2 לסלביה פראג. רק במשחק הנעילה של שלב הבתים השיגה מכבי שער ראשון בטורניר, כאשר גברה 0–1 על ויאריאל בחוץ משער של בלקמן.