מלחמת הפדרציה-דומיניון
תקציר העלילה

ב-"Emissary", פרק הבכורה של "מסע בין כוכבים: חלל עמוק 9"- פדרציית הכוכבים המאוחדת שולחת את קומנדר בנג'מין סיסקו לקחת פיקוד על תחנת החלל חלל עמוק 9. התחנה ממוקמת ליד חור תולעת יציב הממוקם ברביע אלפא, שמוביל לרביע גמא של גלקסיית שביל החלב, מרחק של כמעט 70,000 שנות-אור. תחנת החלל "חלל עמוק 9" מועברת ממסלולה ההיקפי סביב כוכב הלכת באג'ור אל מקום סמוך, לפני חור התולעת, על מנת לתבוע ריבונות עליה. חלליות מתחילות לעבור דרך חור התולעת אל רביע גמא, על מנת לחקור, להתיישב ולסחור. אנשי הצוות שעל ספינות אלו לא היו מודעים לכך שם נכנסו לאזורו של מרחב הנשלט על ידי הדומיניון - איחוד של כוכבי לכת, המשליט סדר באמצעות כוח והפחדה.
הברמן הפרנגי של תחנת החלל חלל עמוק 9 קווארק יוצר קשר עם וורטה, גזע החבר בדומיניון. עם זאת, הוא וקומנדר סיסקו נלכדים על ידי הג'מהדאר, חיילי הדומיניון. כוח צבאי מרביע אלפא יוצא לחלצם, אולם ספינת החלל של הפדרציה- "אודיסיאה" (Odyssey) מושמדת לאחר החילוץ, במהלך הנסיגה בחזרה מרביע גמא, ומושבות אזרחיות (שהוקמו על ידי גזעים מרביע אלפא על כוכבי לכת ברביע גמא) נהרסות, כאזהרה שלא להיכנס שוב לחלל של הדומיניון. מאוחר יותר, מתגלה כי גזע של משתנים בעלי יכולת לשנות צורה, הידועים כ-"המייסדים", הם השליטים של הדומיניון, וכי אודו משתייך למין זה. "מסדר אובסידיאן" וה-"טאל שיאר" - פלגי המודיעין של הקרדאסים ושל הרומולאנים, בהתאמה, מתכננים לחסל את כל המייסדים ואת עולם הבית שלהם, אך מוצאים עצמם במארב מתוכנן של המשתנים - וכוחותיהם מושמדים כליל.
המייסדים זוממים פעולות חבלה וטרור נגד רביע אלפא, אשר משאירות ממשלות רבות בפחד ממשתנים מסתננים, אשר מסוגלים להיות בעלי כל צורה פיזית. כאשר כדור הארץ מותקף, חבורה של קציני צי הכוכבים מנסים, באופן בלתי-חוקי, להטיל ממשל צבאי בליבה של הפדרציה. האימפריה הקלינגונית פולשת לקרדאסיה, תחת הנחה המוטעית כי לדומיניון היה יד בהפיכת הממשלה הקרדאסית. מאוחר יותר, הפדרציה חושדת כי גאורון, קנצלר המועצה הגבוהה של הקלינגונים, הוא משתנה. בסופו של דבר מסתבר כי היה זה תכסיס של הדומיניון, שנועד לעודד את הפדרציה להתנקש בגאורון, ובכך להעמיק את הקרע שבין הפדרציה לקלינגונים (שהחל בגינוי הפלישה על ידי הפדרציה). במהלך ניסיון ההתנקשות, הפדרציה חושפת כי הגנרל הקלינגוני מרטוק הוא למעשה משתנה. כשנתיים לאחר מכן - מרטוק האמיתי, ביחד עם ד"ר ג'וליאן באשיר ואחרים, ימצאו את עצמם כלואים במחנה שבויים של הדומיניון, ברביע גמא, בעוד משתנים מתחזים אליהם ברביע אלפא. זמן קצר לפני בריחתם מהכלא, הדומיניון מצליח לדחוק את הקרדאסים להצטרף כחברים בדומיניון, וכך מבססים את נוכחותם ברביע אלפא. בהבינם את הסכנה, הפדרציה והקלינגונים מאחדים כוחות, על מנת למנוע את ההתעצמות הצבאית של הדומיניון, ומשתפים פעולה על מנת להציב שדה מוקשים בכניסה של חור התולעת הבאג'ורנית. הגנרל מרטוק, שחולץ מהכלא, ממונה להיות הנספח הצבאי של האימפריה הקלינגונית על חלל עמוק 9, וכמפקד הכוחות הקלינגונים המוצבים בתחנה.
עם זאת, הדומיניון מתחיל להתקדם, ותופס את השליטה על תחנת החלל חלל עמוק 9. לאחר נסיגה קצרה, קפטן סיסקו מצליח לכבוש מחדש את התחנה ולשוב אליה, אולם העימות הרחב יותר ממשיך. קשיים חדשים ניצבים בפני בעלות הברית של רביע אלפא, כמו גזע הלוחמים הברין, אשר מצטרפים אל המלחמה לצד הדומיניון. טקטיקות מפוקפקות מאומצות בחתירה אחרי ניצחון, לרבות הפצה של וירוס מהונדס בין המייסדים, שנוצר על ידי יחידת הצללים של הפדרציה הנקראת "מדור 31". כמו כן, נעשה שימוש בתחבולה, הכוללת רצח, על מנת לגייס את הרומולאנים כנגד הדומיניון.
הצטרפות הברין לדומיניון גורמת לדומיניון להתחיל לזלזל בקרדאסים ולהעדיף את הברין על פניהם. הזלזול וההשפלה שחווה הגזע הקרדאסי הגאה גורם למנהיג קראדסיה, לגאט דמאר, להקים תנועת התנגדות מחתרתית לדומיניון.
בסופו של דבר, הדומיניון נאלץ לסגת אל כוכב הבית של הקרדאסים - קרדאסיה פריים - שם הוא מוצא עצמו מנותק מכל תגבורת. המשתנה הנקבה המפקדת על כוחות הדומיניון מודיעה לאודו כי הג'מהדאר ילחמו עד הסוף, על מנת למנוע מתקפת-נגד אל תוך רביע גמא של בעלות הברית מרביע אלפא. אודו מבטיח לה כי הפדרציה לא תעשה זאת, בעוד שאר בעלות בריתה חלשות מדי מכדי לעשות זאת. לאחר שהשניים נקשרים זה לזה, אודו מרפא את המשתנה הנקבה מהמחלה הביולוגית שתקפה אותה ואת יתר המייסדים, באמצעות תרופה שרקח ד"ר באשיר, ובשם הדומיניון - היא מסכימה להיכנע ולסיים את המלחמה.