היסטוריית חקר האבולוציה
תחילת המאה ה-19 > התמרה של מינים

ז'אן-בטיסט למארק הציע, בספרו Philosophie zoologique (אנ') משנת 1809, תיאוריה של התמרה של מינים (transmutisme). למארק לא האמין שכל היצורים החיים חולקים אב קדמון משותף אלא שצורות חיים פשוטות נוצרו ברציפות על ידי יצירה ספונטנית. הוא גם האמין שכוח חיים מולד דחף מינים להפוך למורכבים יותר עם הזמן, בהתקדמות בסולם ליניארי של מורכבות הקשור לשרשרת הגדולה של ההוויה. למארק זיהה שמינים הסתגלו לסביבתם. הוא הסביר זאת בכך שאותו כוח מולד המניע את המורכבות ההולכת וגוברת גרם לאיברים של בעל חיים (או צמח) להשתנות בהתבסס על השימוש או אי השימוש בהם, בדיוק כפי שפעילות גופנית משפיעה על השרירים. הוא טען שהשינויים הללו יעברו בירושה לדור הבא וייצרו הסתגלות איטית לסביבה. מנגנון משני זה של הסתגלות דרך הורשה של מאפיינים נרכשים נודע בשם למרקיזם והשפיע על הדיונים על האבולוציה במאה ה-20.
אסכולה בריטית רדיקלית לאנטומיה השוואתית שכללה את האנטומיסט רוברט אדמונד גרנט הייתה בקשר הדוק עם האסכולה הצרפתית לטרנספורמציה של למארק. אחד המדענים הצרפתים שהשפיעו על גרנט היה האנטומיסט Etienne Geoffroy Saint-Hilaire, שרעיונותיו על האחידות של תכונות מבנה גוף שונים של בעלי חיים וההומולוגיה של מבנים אנטומיים מסוימים ישפיעו רבות ויובילו לוויכוח אינטנסיבי עם עמיתו ז'ורז' קוויאר. גרנט הפך לסמכות בתחום האנטומיה והרבייה של חסרי חוליות ימיים. הוא פיתח את הרעיונות של למארק ושל ארסמוס דרווין על טרנסמוטציה ואבולוציוניזם, וחקר הומולוגיה, ואף הציע שלצמחים ובעלי חיים יש נקודת מוצא אבולוציונית משותפת. כסטודנט צעיר, צ'ארלס דרווין הצטרף לגרנט בחקירות של מחזור החיים של בעלי חיים ימיים. ב-1826, מאמר אנונימי, שכנראה נכתב על ידי רוברט ג'יימסון, שיבח את למארק על כך שהסביר כיצד בעלי חיים גבוהים יותר "התפתחו" מהתולעים הפשוטות ביותר; זה היה השימוש הראשון במילה "התפתח" במובן המודרני.
בשנת 1844, המוציא לאור הסקוטי רוברט צ'יימברס פרסם בעילום שם ספר שנוי במחלוקת ביותר אך שנקרא באופן נרחב, בשם "השקפות של ההיסטוריה הטבעית של הבריאה (אנ')". ספר זה הציע תרחיש אבולוציוני למקורות מערכת השמש והחיים על פני כדור הארץ. הוא טען כי תיעוד המאובנים הראה עלייה מתקדמת של בעלי חיים, כאשר החיות הנוכחיות מסתעפות מקו ראשי שמוביל בהדרגה לאנושות. משתמע מכך שהתמורות מובילות להתגלגלות של תוכנית שנקבעה מראש שנרקמה בחוקים ששלטו ביקום. במובן זה הוא היה פחות חומרני לחלוטין מהרעיונות של רדיקלים כמו גרנט, אבל ההשלכה שלו שבני האדם היו רק הצעד האחרון בעליית חיי החיות הרתיעה הוגים שמרניים רבים. הפרופיל הגבוה של הדיון הציבורי על Vestiges, עם תיאור האבולוציה כתהליך פרוגרסיבי, ישפיע רבות על תפיסת התיאוריה של דרווין עשור לאחר מכן.
רעיונות על התמרה של מינים היו קשורים לחומרנות הרדיקלית של הנאורות והותקפו על ידי הוגים שמרניים יותר. קוויאר תקף את הרעיונות של למארק וג'פרוי, והסכים עם אריסטו שמינים אינם ניתנים לשינוי. Cuvier האמין שהחלקים הבודדים של בעל חיים נמצאים בקורלציה הדוקה מדי זה עם זה כדי לאפשר לחלק אחד של האנטומיה להשתנות במנותק מהאחרים, וטען כי תיעוד המאובנים הראה דפוסים של הכחדה קטסטרופלית ואחריה אכלוס מחדש, ולא הדרגתי. שינוי לאורך זמן. הוא גם ציין שציורים של בעלי חיים ומומיות של בעלי חיים ממצרים, שהיו בנות אלפי שנים, לא הראו סימני שינוי בהשוואה לבעלי חיים מודרניים. חוזק הטיעונים של Cuvier והמוניטין המדעי שלו עזרו להרחיק רעיונות טרנסמוטציוניים מהמיינסטרים במשך עשרות שנים.
בבריטניה, הפילוסופיה של התאולוגיה הטבעית נותרה בעלת השפעה. הספר Natural Theology (אנ') של ויליאם פיילי משנת 1802 עם אנלוגיית השענים (אנ') המפורסמת שלו, נכתב לפחות בחלקו כתגובה לרעיונות הטרנסמוטציוניים של ארסמוס דרווין. גאולוגים שהושפעו מתאולוגיה טבעית, כמו בקלנד וסדג'וויק, נהגו באופן קבוע לתקוף את הרעיונות האבולוציוניים של למארק, גרנט ווסטיג'ס. למרות שצ'ארלס לייל התנגד לגאולוגיה של כתבי הקודש, הוא גם שלל את עקרון המוטציה של מינים, ובעקרונות הגאולוגיה שלו, הוא מתח ביקורת על תיאוריות ההתפתחות של למארק. אידיאליסטים כמו לואיס אגסיס וריצ'רד אואן האמינו שכל זן קבוע ובלתי ניתן לשינוי מכיוון שהוא מייצג רעיון במוחו של היוצר. הם האמינו שניתן להבחין בקשרים בין מינים מדפוסי התפתחות באמבריולוגיה, כמו גם בתיעוד המאובנים, אך קשרים אלו מייצגים דפוס בסיסי של מחשבה אלוהית, כאשר יצירה מתקדמת מובילה למורכבות גוברת ומגיעה לשיאה באנושות. אוון פיתח את הרעיון של "ארכיטיפים" בתודעה האלוהית שייצרו רצף של מינים הקשורים בהומולוגיות אנטומיות, כגון גפיים בעלי חוליות. אוון הוביל קמפיין ציבורי שהצליח לדחוק את גרנט לשוליים בקהילה המדעית. דרווין יעשה שימוש טוב בהומולוגיות שנותחו על ידי אוון בתיאוריה שלו, אבל היחס הקשה לגרנט, והמחלוקת סביב Vestiges, הראו לו את הצורך להבטיח שהרעיונות שלו יהיו מבוססים מבחינה מדעית.