רוברט מנזיס
כהונה ראשונה כראש ממשלה

לאחר מותו הפתאומי של ליונס ב-7 באפריל 1939, מונה ארל פייג' כראש ממשלה זמני עד אשר תבחר מפלגת אוסטרליה המאוחדת מנהיג חדש. ב-18 באפריל נבחר מנזיס לתפקיד ושמונה ימים לאחר מכן הוא הושבע כראש ממשלה.
מיד לאחר בחירתו לתפקיד פרץ משבר, כאשר פייג' סירב לשרת תחת מנזיס. במתקפה אישית יוצאת דופן על במת הפרלמנט, האשים פייג' את מנזיס בפחדנות על רקע אי התגייסותו לצבא במלחמת העולם הראשונה ועל בוגדנותו בליונס. מנזיס הקים ממשלת מיעוט וכאשר הודח פייג' ממנהיגות מפלגת הכפר כמה חודשים מאוחר יותר, הצטרפה מפלגת הכפר לממשלה כשיורשו של פייג', ארצ'י קמרון, הוגדר כמספר שניים בממשלה. ב-3 בספטמבר 1939 הכריזו בריטניה וצרפת מלחמה על גרמניה בעקבות פלישתה לפולין ב-1 בספטמבר ומלחמת העולם השנייה פרצה. מנזיס הגיב מיד בהכרזה שאוסטרליה מצטרפת למלחמה לצדה של בריטניה ובאותו יום נאם בשידור רדיו לאומה שהחל במילים:
אחי האוסטרלים, זוהי חובתי המצערת לידע אתכם באופן רשמי שכתוצאה מההתעקשות של גרמניה בפלישתה לפולין, הכריזה בריטניה הגדולה על מלחמה כנגדה ושכתוצאה מכך, אוסטרליה נמצאת גם היא במצב מלחמה.
בגיל 44 מצא עצמו מנזיס מנהיג אומה קטנה של 7 מיליון תושבים בזמן מלחמה. הוא עשה כמיטב יכולתו ללכד את האומה, אך הזיכרונות המרים של ההתפכחות לאחר מלחמת העולם הראשונה הפכו את משימתו לקשה, וזאת בשילוב העובדה שלמנזיס לא היה עבר צבאי. יותר מכך, כתובע כללי וכסגן ראש הממשלה קיים מנזיס ביקור רשמי בגרמניה ב-1938, כאשר המדיניות הרשמית של ממשלת אוסטרליה, בתמיכת האופוזיציה, תאמה את מדיניות הפיוס של ראש ממשלת בריטניה, נוויל צ'מברלין. מנזיס הוביל את הקואליציה בבחירות של 1940 (שהוקדמו בעקבות התאונה האווירית בקנברה) וספג אובדן של שמונה מושבים בפרלמנט ובכך איבד את הרוב הפרלמנטרי שירש מליונס. התוצאה הייתה שהכוחות בפרלמנט היו כמעט מאוזנים כשלקואליציה חסרו שני מושבים בלבד כדי להציג רוב. מנזיס הצליח להרכיב ממשלת מיעוט בתמיכתם של שני חברי פרלמנט עצמאיים. מפלגת הלייבור, בהנהגתו של ג'ון קרטין, דחתה את הצעתו של מנזיס להצטרף לקואליציית מלחמה והתנגדה לשיתופו של צבא אוסטרליה במלחמה באירופה, כשהיא מעדיפה להשאיר אותו להגנת המולדת. לעומת זאת, הסכימה הלייבור להשתתף במועצת המלחמה המייעצת של הפרלמנט. מנזיס שלח את כוחות הצבא לסייע לבריטים במזרח התיכון ובסינגפור וציין בפני וינסטון צ'רצ'יל שעל הצי המלכותי הבריטי לחזק את כוחותיו במזרח הרחוק.
החל מ-24 בינואר 1941 ערך מנזיס מסע בן ארבעה חודשים לבריטניה, לעריכת דיונים על אסטרטגיית המלחמה יחד עם צ'רצ'יל ועם ראשי הממשלה של הדומיניונים האחרים, וזאת בשעה שמעמדו בבית התדרדר. בדרכו לבריטניה הוא ניצל את ההזדמנות וביקר את הכוחות האוסטרלים בארץ ישראל ואלה שהשתתפו במערכה בצפון אפריקה. היה זה במהלך ביקורו בטוברוק, בעקבות הרצאה בנושא בה נכח, שנזרעה נטייתו האנטי-קומוניסטית. במהלך שהותו בבריטניה הועלתה אפשרות שהוא יחליף את צ'רצ'יל כראש ממשלת בריטניה, אפשרות שזכתה לתמיכתם של אישים בחוגים הפוליטיים בבריטניה ובין השאר של דייוויד לויד ג'ורג', ראש ממשלת בריטניה בתקופת מלחמת העולם הראשונה.
עם שובו של מנזיס לאוסטרליה, הוא מצא שהוא איבד את בסיס התמיכה הפוליטי שלו וב-27 באוגוסט הוא אולץ להתפטר. למרות שמפלגת אוסטרליה המאוחדת הייתה בשלטון כבר עשר שנים, חל בה משבר מנהיגותי והיא נאלצה לפנות לראש הממשלה לשעבר, בילי יוז בן ה-78, כדי שישמש כמנהיגה. עם זאת, היה יוז קשיש מדי כדי לשמש כראש ממשלה בתקופת מלחמה וועידה משותפת של מפלגת אוסטרליה המאוחדת ומפלגת הכפר בחרה את מנהיג מפלגת הכפר, ארתור פאדן, כמנהיג הקואליציה ומכאן כראש הממשלה, למרות שמפלגת הכפר הייתה למעשה השותפה הזוטרה בקואליציה. מנזיס היה ממורמר על היחס ממנו זכה מצד עמיתיו וכמעט ושקל לפרוש מהפוליטיקה, אך הוא שוכנע לקבל את המינוי של השר לתאום ביטחוני בממשלתו של פאדן.