יוסף רוזין
ספריו

לאחר פטירתו נסעה בתו רחל לדווינסק למצוא את כתבי אביה על מנת להוציאם לאור, על אף שברקע הייתה מתיחות לקראת מלחמת העולם השנייה. עד פרוץ מלחמת העולם השנייה היא הספיקה להוציא שו"ת "צפנת פענח" (בשנת ה'ת"ש). עד סיוון ה'תש"א, היא הצליחה לשלוח תצלומים זעירים (בגודל של כ-2 ס"מ) משאר הכתבים יחד עם רבה של דווינסק באותה העת, הרב ישראל אלתר ספרן פוקס, לקרובו בניו יורק, צבי הירש ספרן. בחודש זה כבשו הנאצים את דווינסק והוציאו להורג את יהודי העיר אשר לא הצליחו לברוח. הרבנית רחל והרב פוקס ברחו ונרצחו מספר חדשים לאחר מכן. לאחר כיבוש העיר הושמדו כל הכתבים שנשארו, ואבדו גם אלה שרחל לא הספיקה לשלוח לניו-יורק.
כ-20 שנה לאחר פטירתו של צבי הירש ספרן, נפגש בנו, זאב ספרן, עם הרב מנחם מנדל כשר, שלאחר מאמצים הצליח למצוא מכונה חדשה שבאפשרותה לפענח את הצילומים הזעירים שנשלחו מדווינסק. בעקבות כך הקים הרב כשר בישיבת רבינו יצחק אלחנן את "מכון צפנת פענח", בו ישבו צוות של עורכים שהוציאו לאור חלק מכתבי הרוגצ'ובר שהצליחה רחל לשלוח מדווינסק. בשנים תשס"ח-תשע"ד הוחל בפרויקט סריקת כתבי הגאון במצלמות חדשות של הספרייה הלאומית ובאיכות משופרת, ויצאו לאור ספרים חדשים בירושלים (תשע"ד) ובמודיעין עילית.
צפנת פענח - שני כרכים פירוש על הרמב"ם
חיבור על מורה נבוכים - נדפס בסוף ספרו על התורה
צפנת פענח - פירוש על התורה (חמשה כרכים)
צפנת פענח - פירוש על מסכת בבא קמא (בתלמוד בבלי וירושלמי ובתוספתא)
צפנת פענח - פירוש על מסכת בבא מציעא (בתלמוד בבלי, עשרת הדפים הראשונים בלבד)
צפנת פענח - פירוש על מסכת מכות והוריות (בתלמוד בבלי, ירושלמי ותוספתא), וכן עדויות והמסכתות הקטנות
צפנת פענח - פירוש על מסכת סנהדרין (בתלמוד בבלי, ירושלמי ותוספתא)
צפנת פענח - פירוש על מסכת ברכות (בתלמוד בבלי, ירושלים תשע"ד בדפוס המאור)
צפנת פענח - פירוש על מסכת קידושין (בתלמוד בבלי, ירושלים תשע"ד בדפוס המאור)
שלמת יוסף - התכתבות של הרוגצ'ובי עם רבי שלמה סובול (יצא לאור בשנת תשט"ז)
צפנת פענח - שאלות ותשובות בנושאים שונים (הספר המפורסם ביותר שלו) נערך סמוך למלחמת העולם השנייה. השו"ת יצא לאור בשתי מהדורות: מהדורת ורשה (שלושה חלקים) בשנת תרצ"ה; מהדורת דוינסק - יצא לאור על ידי בתו רחל: חלק ראשון בשנת ת"ש, וחלק שני בשנת תש"א.
בתשנ"ט יצא לאור בספר אחד הנקרא ספרי שאלות ותשובות צפנת פענח כל חמשת החלקים (היינו מהדורת דוינסק ורשה) יחד עם שלמת יוסף ומכתבי תורה
שו"ת צפנת פענח החדשות א - שו"ת בענייני אורח חיים ויורה דעה. בנוסף, מצורפים הערות על הטור חלק אבן העזר, מכתבים וכן הערות על שירי ר' יהודה הלוי. יצא לאור בשנת התש"ע. נערך על ידי הרב אברהם ישעיהו בירנהק ממודיעין עילית.
שו"ת צפנת פענח החדשות ב - שו"ת בענייני אורח חיים, יורה דעה, אבן העזר, חושן משפט, קדשים וטהרות. בנוסף, מצורפים מכתבים וכן הערות על השאילתות ועל ביאור הגר"א לשולחן ערוך. יצא לאור בשנת התשע"ב. נערך על ידי הרב אברהם ישעיהו בירנהק ממודיעין עילית.
שו"ת צפנת פענח החדשות ג - שו"ת בענייני אורח חיים, יורה דעה, אבן העזר, חושן משפט, קדשים וטהרות. בנוסף מצורפים שטרות מכירת חמץ שונים בחתימתו של הרוגוצ'ובי. יצא לאור בשנת התשע"ז. נערך על ידי הרב אברהם ישעיהו בירנהק ממודיעין עילית.
חלופות מכתבים איתו ניתן למצוא בקובץ תלמידי ישיבת חכמי לובלין (כוכבי אור), בקובץ מאמרים לרב אלחנן וסרמן, בכתבי ר' יחיאל לרב יחיאל גוטווירטה [נערך על ידי הרב מנחם מנדל טננבוים מהר נוף], בתורת לוים לרב יוסף סג"ל, ובנר אברהם של תלמידו הרב מרדכי סאוויצקי.
מכתבי תורה (יצא לאור בשנת תרצ"ז) - התכתבות בין הרוגצ'ובר לרב אלמוני, רבי מרדכי קאלינא, שהתקיימה בין השנים ה'תרצ"ב - ה'תרצ"ו. הספר מכיל 290 מכתבים קשים להבנה, ובן זוגו של הרוגצ'ובר לתכתובת מתגלה כגאון חריג החושב ולומד בסגנון דומה לזה של הרוגצ'ובר. תחילתה של ההתכתבות במכתב ששלח הרב קאלינא לרוגצ'ובר, ומשם והלאה ההתכתבות התגלגלה לעסוק במאות נושאים שונים והקיפה תחומים רבים. רובה של ההתכתבות נגע לעניינים תאורטיים ולא הלכה למעשה, ולרוב אין זה ויכוח הלכתי אלא מעין דיון בנושאים רבים.