המילטון (מחזמר)
עלילה > מערכה שנייה

בשנת 1789, תומאס ג'פרסון חוזר לארצות הברית מצרפת, שם שימש כשגריר. וושינגטון מבקש ממנו להיות מזכיר המדינה, וג'יימס מדיסון מבקש את עזרתו של ג'פרסון כדי לעצור את התוכנית הכלכלית של המילטון. מדיסון מאמין שהתוכנית תיתן לממשלה יותר מידי שליטה על כספי האזרחים ("?What'd I Miss"). ג'פרסון והמילטון מתעמתים על התוכנית הכלכלית של המילטון במהלך ישיבת קבינט. כשהרוחות מתלהטות וושינגטון לוקח את המילטון הצידה, ואומר לו למצוא פשרה כדי לזכות בדעת הקהל של הקונגרס ("Cabinet Battle #1").
בזמן שהמילטון עובד בביתו, אלייזה מזכירה לו שהגיע יום הולדתו התשיעי של בנם פיליפ. פיליפ מציג להמילטון קטע ראפ קצר שהוא הכין, ומדהים את אביו. אנג'ליקה מייעצת להמילטון לשכנע את ג'פרסון בנוגע לתוכנית שלו כדי שהקונגרס יקבל אותה. לאחר מכן, אלייזה ואנג'ליקה מנסות לשכנע את המילטון להצטרף אליהן לחופשת הקיץ, אבל המילטון מסרב באומרו שהוא חייב לעבוד על התוכנית שלו לקונגרס, ונשאר בניו יורק בזמן שהמשפחה יוצאת לחופשה בצפון המדינה ("Take A Break").
כשהוא לבדו, מגיעה מריה ריינולדס לבקר את המילטון וטוענת שבעלה מתעלל בה. כשהמילטון מציע לה עזרה, היא מפתה אותו והם מתחילים לנהל רומן. בעלה של מריה, ג'יימס ריינולדס, מגלה על הרומן וסוחט את המילטון. הוא דורש כסף תמורת שתיקתו בנוגע לניהול הרומן. המילטון כועס על מריה אך משלם לריינולדס וממשיך ברומן ("Say No To This").
המילטון מזמין את ג'פרסון ומדיסון לארוחת ערב כדי לדון איתם בתוכנית הכלכלית שלו, והם מגיעים לפשרה שידועה כפשרה של 1790. ג'פרסון ומדיסון מסכימים לתמוך בתוכנית הכלכלית של המילטון בתמורה לתמיכתו בהקמת בירת ארצות הברית על גדות הפוטומק בדרום, אתר שקרוב יותר לביתו של ג'פרסון בווירג'יניה. בר מקנא בהשפעה של המילטון על הממשלה ורוצה שיהיה לו כוח דומה ("The Room Where It Happens"). בר מחליף מפלגות ומנצח את אביה של אלייזה, פיליפ סקיילר, בבחירות לסנאט, מה שתוקע טריז ביחסים בין המילטון ובר ("Schuyler Defeated").
בפגישת קבינט נוספת, ג'פרסון והמילטון מתווכחים האם על ארצות הברית לעזור לצרפת במלחמות המהפכה הצרפתית. בסופו של דבר, וושינגטון מסכים עם העמדה של המילטון שעל ארצות הברית להישאר נייטרלית ("Cabinet Battle #2"). לאחר הפגישה, בר, ג'פרסון ומדיסון תוהים כמה נחמד זה בשביל המילטון שתמיד יש לו את התמיכה של וושינגטון, והם מחפשים דרך לפגוע בתדמיתו של המילטון ("Washington On Your Side").
וושינגטון מספר להמילטון שג'פרסון התפטר מתפקידו בממשלה כדי לרוץ לנשיאות, ושהוא עצמו החליט לא להתמודד שוב על התפקיד. המילטון בהלם, אבל וושינגטון משכנע אותו שהדבר הנכון לעשות הוא להראות לאזרחים שהם יכולים להמשיך גם בלעדיו. הם כותבים יחד את נאום הפרידה של וושינגטון ("One Last Time"). באנגליה, המלך ג'ורג' השלישי מקבל את החדשות בנוגע לכך שוושינגטון לא ירוץ לנשיאות ועל בחירתו של ג'ון אדמס לנשיאות. המלך יוצא מגדרו משמחה, מוכן שארצות הברית תיפול תחת הנהגתו של אדמס הבלתי-מנוסה ("I Know Him").
עם עלייתו של אדמס, המילטון מפוטר מתפקידו כשר האוצר, ובכך מתחיל ריב בינו לבין אדמס, שבסופו של דבר גורם להריסת המפלגה הפדרליסטית ("The Adams Administration"). ג'פרסון, מדיסון ובר חושבים שהם גילו שערורייה שיכולה להרוס את המילטון. הם מאמינים שהוא מעל בכספי הממשלה ומאשימים אותו בבגידה. המילטון מודה בפניהם על הרומן עם מריה ריינולדס ומוכיח שהכספים שהם גילו יצאו מכיסו הפרטי כדמי שתיקה. המילטון מתחנן שלא יספרו לאף אחד ("We Know"). אף על פי שאמרו שלא יספרו, המילטון חושש שהם ידווחו על הרומן שלו. הוא נזכר איך כתיבה פתוחה ואמיתית הצילה אותו בעבר ("Hurricane"). הוא מעדיף לפרסם בעצמו את דבר הרומן עם ריינולדס על פני שמועות על מעילה או בגידה במדינה ומפרסם פמפלט עם כל פרטי הפרשה ("The Reynolds Pamphlet"). בעוד שהצליח למנוע שמועות על בגידה פוליטית, המוניטין האישי שלו נהרס, יחד עם קשריו עם אנג'ליקה סקיילר. אלייזה המיואשת בוכה ושורפת את כל התכתבויותיה עם המילטון. בכך היא הורסת את הסיכוי של המילטון שההיסטוריונים בעתיד ינקו אותו מאשמה ומונעת מהעולם ידע לגבי האופן בו הגיבה לרומן (“Burn”).
השנים חולפות, ובנו של המילטון, פיליפ, מזמין לדו-קרב את ג'ורג' איקר, בחור צעיר שהכפיש את שמו של המילטון האב. בעצת האב, פיליפ מכוון לשמים מתחילת הדו-קרב בתקווה למנוע שפיכות דמים, אבל כבר כשמגיעים לשבע בספירה לעשר לתחילת הירי, איקר יורה בפיליפ ("Blow Us All Away"). פיליפ נלקח לרופא, שלא מצליח להציל אותו. המילטון ואלייזה מגיעים בנפרד ממש לפני מותו של פיליפ (("Stay Alive (Reprise"). בעקבות מותו של פיליפ, משפחת המילטון עוברת לצפון העיר. המילטון מבקש את סליחתה של אלייזה על מעשיו בעבר, ולבסוף היא סולחת לו ("It's Quiet Uptown").
הבחירות לנשיאות בשנת 1800 מסתיימות בתבוסה של ג'ון אדמס ותיקו בין ג'פרסון ובר. המילטון רואה בבר אדם חסר עקרונות יציבים ונותן את תמיכתו ליריבו, ג'פרסון, שמנצח ונבחר לנשיא. ג'פרסון אומר לבר שהוא אינו מעוניין לשתף איתו פעולה כסגן נשיא ומבטיח שיביא לשינוי החוקה ("The Election Of 1800"). בר הזועם מתכתב עם המילטון בניסיון להכריע את הסכסוך ביניהם, אך העניינים מסלימים במהרה, ובר קורא את המילטון לדו-קרב ("Your Obedient Servant"). לפני הזריחה בבוקר הקרב, אלייזה רואה שהמילטון עובד, ומבקשת ממנו לחזור למיטה. הוא משיב לה שיש לו פגישה, אך מחמיא לה באהבתו אליה ("Best Of Wives And Best Of Women").
בר והמילטון נוסעים לוויקהאון שבניו ג'רזי בשביל הדו-קרב, ממש ליד המקום שבו פיליפ נורה. כשיריית האקדח נשמעת, המילטון מריץ את חייו בראשו, את מערכות היחסים שלו, ואת מורשתו. הוא מכוון את אקדחו לשמיים ונפגע מירייתו של בר. זמן קצר לאחר מכן הוא מת. בר מקונן על כך שעל אף ניצחונו בדו-קרב, הוא הפסיד בכך שלנצח ייזכר כנבל שהרג את המילטון ("The World Was Wide Enough").
הלהקה מתכנסת לסיום הסיפור. וושינגטון נכנס ומזכיר לקהל שאין לאף אדם שליטה מוחלטת באופן בו ייזכר. ג'פרסון ומדיסון מודים שעל אף המחלוקות בינם לבין המילטון, היו לו הישגים רבים. אלייזה מספרת שהיא נלחמה על שימור המורשת של בעלה במשך חמישים השנים הבאות. היא מתייסרת במחשבה שהיא לא עשתה מספיק ושואלת מי יספר את הסיפור כשהיא תלך לעולמה. וושינגטון מספר שאלייזה הקימה את בית היתומים הפרטי הראשון בעיר ניו יורק ("Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story").