ישראל היום
הפולמוס סביב העיתון

בהיותו ראש הממשלה מתח אהוד אולמרט ביקורת בפני בעל העיתון, שלדון אדלסון, שנחשב למקורבו של נתניהו, בטענה שהיומון נוקט עמדה פוליטית. ביקורת על "ישראל היום" נמתחה גם מפי פוליטיקאים שהיו אז עם נתניהו בממשלה: אביגדור ליברמן השווה אותו לעיתון הרוסי "פראבדה" וטען כי הוא עיתון פרסונלי ולא אידאולוגי. דברים דומים טען גם נפתלי בנט. הסופר אהוד בן עזר, שהיה בעל טור ב"ישראל היום", חדל לכתוב בו את טורו, לאחר שלדבריו נפסל טור דעה שכתב, שבו צידד באולמרט. בתחקיר תוכנית הטלוויזיה "המקור" ששודר בפברואר 2013 נטען כי העורך הראשי של העיתון, עמוס רגב, מתערב בתכנים של כתבי העיתון כדי שיסקרו באופן חיובי את נתניהו. שבועון החדשות "האקונומיסט" טען שהכותרות של "ישראל היום" מאושרות בקביעות בלשכת ראש הממשלה, אך "ישראל היום" ולשכת ראש הממשלה הכחישו טענה זו.
תחקיר של מורן ראדה שפורסם באתר "העין השביעית" ב־2008 גרס כי "מעריב", ובמיוחד "ידיעות אחרונות", מפגינים כלפי נתניהו יחס ש"אינו הוגן במיוחד" ואף שמחים במפלותיו. לעומת זאת "ישראל היום" מגלה העדפה ברורה לנתניהו "כמעט בכל בחירה עריכתית... העיתון מצניע אירועים שאינם תורמים ליצירת תדמית חיובית עבור נתניהו, ומנגד, מגדיל ומרומם אירועים שבאים לסייע לו ולקדם אותו ואת הליכוד". עם זאת ציינה ראדה שבשאר התחומים אין הבדל בין הסיקור של "ישראל היום" ומתחריו. גם אורן פרסיקו פרסם ב"העין השביעית" מאמר ברוח דומה בשנת 2009, וגרס כי במהלך מערכת הבחירות פורסם ב"ישראל היום" רק מאמר אחד נגד הליכוד או נתניהו, לעומת עשרות מאמרים שתקפו את מפלגת קדימה ואת מי שעמדה בראשה.
במאמר של איתמר ב"ז באותו אתר, נאמר, שב"ישראל היום" לא מסתפקים בהדגשת הצד החיובי של נתניהו, אלא אף מונעים מהקורא להיחשף לטענות ולמידע שעומדים בבסיס הביקורת נגדו, לכן, לדבריו, זהו "אינו סתם עיתון שמצדד באופן עקרוני בעמדותיו ובמעשיו של ראש הממשלה, אלא מכשיר תעמולה [...] שכל תכליתו היא שירות צרכיו הפוליטיים של המנהיג".
באתר "לאטמה", המזוהה עם הימין הפוליטי, הגיעו למסקנות דומות – "ישראל היום" גילה העדפה ברורה לנתניהו ואילו מתחריו גילו העדפה ברורה נגדו, אך בשאר תחומי הסיקור הפגין העיתון קו דומה לאלה של מתחריו, ובמקרים מסוימים אף נטה שמאלה[דרושה הבהרה]. עם הכותבים הקבועים במדור הדעות בעיתון נמנה יוסי ביילין, איש מחנה השמאל. הדעות שהוא מציג, כגון המאמר שכותרתו "הפתרון היחיד: לצאת מרוב השטחים", רחוקות מאלה של נתניהו, אם כי ביילין אינו תוקף את נתניהו.
בשנת 2015 העיתונאי רביב דרוקר הגיש בקשת חופש מידע, שחשפה קשר קבוע בין נתניהו לעורך העיתון ולבעלים.
בינואר 2017, במסגרת חקירת תיק פלילי של להב 433 המכונה "תיק 2000", נחקרו תחת אזהרה בנימין נתניהו וארנון מוזס, בעליו של העיתון ידיעות אחרונות. על פי פרסומים, המשטרה תפסה הקלטות שנעשו ביוזמת נתניהו ובהן הציע מוזס כי "ידיעות אחרונות" יסקר את נתניהו באופן אוהד ואף ימנה לעיתון כתבים לפי בחירת נתניהו, אם ידאג האחרון לפגוע בהצלחתו של ישראל היום, הפוגעת קשות ברווחי "ידיעות". המשטרה גבתה בעניין גם את עדותם של העורך עמוס רגב והבעלים של העיתון שלדון אדלסון.
ב-26 ביולי 2017 הופיעה בעיתון כותרת ראשית, אשר יצאה נגד החלטת נתניהו להסיר את גלאי המתכות בכניסה להר הבית, שהוצבו שם יומיים לאחר שהתרחש פיגוע במקום. רבים בעולם התקשורת התייחסו לכותרת כהחלטה תקדימית של העיתון לצאת מפורשות נגד נתניהו.
בשנת 2020 פורסם מחקר של חוקרים מכמה אוניברסיטאות שבחן את השפעת ישראל היום על הפוליטיקה הישראלית. בהשוואת טקסטים בין ישראל היום לידיעות אחרונות, ולאור השוואה נוספת למצעי המפלגות, מצאו החוקרים הטיה ימנית פוליטית ברורה ביחס ל"ידיעות אחרונות" ובפרט לטובת הליכוד ובנימין נתניהו - הטיה שהתחזקה לאורך השנים ובאה לידי ביטוי במיוחד בעמודים הראשונים. בנוסף, מצא המחקר קורלציה בין תפוצת "ישראל היום" ביישובים שנבדקו לבין עלייה בשיעור ההצבעה למפלגות ימין ובעיקר לליכוד. השפעה זו הורגשה במיוחד על "קולות צפים" באזורים שאינם מזוהים עם צד מסוים של המפה הפוליטית. החוקרים העריכו שבמערכות הבחירות שהתקיימו בין השנים 2009 ל-2015 התרגמה השפעתו של ישראל היום לתוספת של 2 מנדטים לפחות למפלגות הימין, ובעיקר לליכוד. נמצא קשר בין חשיפה ל"ישראל היום" לשיפור תדמיתו של נתניהו בעיני הקוראים.
כבר משנת 2018, החל שינוי בעיתון, שהתאפיין בכך ש"נתניהו כבר לא הדמות היחידה במפה הפוליטית". בהמשך, העיתון החל למתוח ביקורת על נתניהו, אך שמר על קו שמרני. מרים אדלסון, בעלת העיתון שהיא גם המו"לית מאז 2018, הבהירה כי "העיתון נותר ימני ופטריוטי".