פיצול האימפריה המונגולית
מלחמות אזרחים

בשנת 1259, מונגקה חאן נהרג במהלך קרב, בלי שמינה יורש לפני מותו. מותו עורר מחלוקת בין שני אחיו הצעירים, קובלאי חאן ואריק בוק על היורש הראוי לתפקיד הח'אן הגדול של האימפריה המונגולית. תוך שנה אחת ממותו של מונגקה, המחלוקת הפכה למלחמת אזרחים בין שני אחיו הצעירים, מלחמת האזרחים הטולויית. ב-5 במאי 1260, קובלאי חאן כינס קורילטאי (אספה מנהלית של האימפריה המונגולית) בעיר זאנאדו שבסין, בו הוא נבחר כח'אן גדול באופן חד-משמעי. ביולי 1260, אריק בוק כינס את הקורילטאי שלו בקארקורם, בו הוא גם כן נבחר כח'אן גדול. רוב האצילים המונגולים תמכו באריק בוק, אך קובלאי נהנה מיתרונות אסטרטגיים חשובים רבים. קובלאי שלט באדמות הפוריות של צפון סין, ושלט בחיל רגלים של אלפים על גבי אלפים של סיני האן. בנוסף, אריק בוק התבצר בעיר קארקורום שבצפון מונגוליה, ואותה עיר נשענה על עשרות משלוחי מזון בכל יום כדי להאכיל את תושביה. בסתיו 1260, קובלאי הצליח לחסום את כל קווי האספקה לקארקורום חוץ מעמק נהר היניסיי. קובלאי כבש את מונגוליה בהדרגה עד שבשנת 1261 נפלה העיר קארקורום לכוחותיו של קובלאי באופן סופי.
מלחמת האזרחים בין קובלאי חאן ואריק בוק התרחבה לאזורים אחרים ברחבי האימפריה המונגולית, למעט מונגוליה וסין. לאחר שהח'אן של ח'אנות צ'אגאטאי נפטר, קובלאי חאן שלח את אחד מהגנרלים שלו, אבישקה (Abishkha), להשתלט על ח'אנות צ'אגאטאי. אולם, כוחותיו של אריק בוק הצליחו לנטרל, לעכב ולבסוף להרוג את אבישקה. אריק בוק מינה את אחד מתומכיו העיקריים, אלגו (Alghu), כח'אן של ח'אנות צ'אגאטאי. ח'אנות צ'אגאטאי שבמרכז אסיה הייתה לקו אספקה חשוב בשביל אריק בוק, ממנה הוא ייבא תבואה ושאר סוגי אספקה שאליהם אריק בוק הזדקק נואשות. אריק בוק נתן לאלגו שליטה מלאה על הכנסות המיסים באזור של הח'אנות.
בדרום-מערב האימפריה המונגולית, הולאגו חאן, שליט האילח'אנאת בדרום-מערב אסיה, כבש את הקווקז מאורדת הזהב, המדינה המונגולית ברוסיה ובמזרח אירופה. כיבוש הקווקז על ידי הולאגו גרם לסכסוך בין הולאגו לשליט של אורדת הזהב באותו זמן, ברקה. ברקה והולאגו שניהם תבעו בעלות על השטח של אזרבייג'ן המודרנית. ברקה היה מונגולי שהתאסלם, וההרס שזרע הולאגו במזרח התיכון כנגד המוסלמים תרם מאוד לסכסוך ביניהם והיה אחד מגורמיו העיקריים. החרבת בגדאד על ידי הולאגו בשנת 1258 הכעיסה מאוד את ברקה המוסלמי. ברקה יצר ברית עם הממלוכים ששלטו במצרים כנגד הולאגו. הולאגו חאן תמך בקובלאי במהלך מלחמת האזרחים הטולויית כנגד אריק בוק, ובתגובה לכך, ברקה תמך ביריבם של קובלאי והואלגו, אריק בוק. לאחר מותו של מונגקה חאן, הולאגו נסע למונגוליה כדי להיות נוכח בקורילטאי, אך ההפסד של חלק מצבאו בקרב עין ג'אלות הכריח אותו לחזור למזרח התיכון. בנוסף, ברקה ניצל את היעדרותו של הולאגו ופשט על האילח'אנאת בשנת 1262, מה שפתח את מלחמת הולאגו-ברקה באותה שנה.התוצאה של פשיטתו של ברקה הייתה קרב נהר הטרק של 1262, ובו צבא של אורדת הזהב הביס את כוחות האילח'אנאת. הפעולות הצבאיות בין ברקה והולאגו היו ההתנגשויות הצבאיות הראשונות בין שני כוחות מונגולים, ובכך סימנו את סופה של האימפריה המונגולית המאוחדת. היריבות בין הולאגו וברקה עצמם מנעה מהם להתערב במלחמה של קובלאי חאן ואריק בוק, וכל אחד תמך בצדדו במידת האפשר. ברקה, לדוגמה, טבע מטבעות בשמו של אריק בוק.
אלגו, בן בריתו הגדול של אריק בוק במרכז אסיה, כבאופן טבעי רצה לשמור לעצמו את הסוסים, סחורות, ומתכות יקרות שהניבו המיסים באזור. ברגע שאלגו הבין כי אריק בוק פגיע, הוא קרא עליו תיגר וסירב לשתף איתו את ההכנסות של המיסים שהוא הטיל וגבה. כאשר שליחיו של אריק בוק הגיעו לאלגו וביקשו ממנו חלק מהשלל שהניבו המיסים, אלגו הוציא אותם להורג, מה שפתח מלחמה בינו לבין אריק בוק. אריק בוק הצעיד את כוחותיו כנגד אלגו, אך בהתנגשות ראשונה כוחותיו של אלגו הביסו את אריק בוק ומפקד כוחותיו של אריק, קארה בוקה, נהרג. אך תוך זמן קצר אריק בוק חזר, כבש את בסיסו של אלגו בעיר אלמליק והביס את כוחותיו, אחת ולתמיד. אולם, ניצחונו של אריק בוק נגד אלגו נראה כניצחון פירוס. הבסיס החדש של אריק בוק בעיר אלמליק שכן בסטפה, ולא היה לו מקור של תבואה ונשקים שאפשר לסמוך עליו. כוחותיו של אלגו חסמו את הגישה לאזורים הפוריים יותר דרומה, בשינג'יאנג. ככל הנראה, אריק בוק היה במצב גרוע משהיה לפני העימות עם אלגו.
החורף הקשה במיוחד של שנת 1263 פגע מאוד במצבו של אריק בוק. רבים מאנשיו וסוסיו מתו. באביב, אפילו חלק מתומכיו הגדולים ביותר נטשו אותו. אריק בוק היה מיואש, והבין כי האפשרות היחידה שנותרה לו היא להיכנע לקובלאי. אריק בוק נסע לבדו לעיר זאנאדו, בירתו של קובלאי, ושם ניכנע בפני קובלאי בשנת 1264, מה שסיים את מלחמת האזרחים הטולויית. לאחר כניעתו של אריק בוק, קובלאי הוציא להורג מספר מתומכיו, אך לא היה בטוח מה לעשות בנוגע לאריק בוק. קובלאי החליט לזמן קורילטאי שיקבע את גורלו של אריק בוק, אך הוא כשל והקורילטאי לא התקיים. בסופו של דבר, קובלאי כלא את אריק בוק והתעלם ממנו למשך שנה כעונש. כשנתיים מאז סיומה של מלחמת האזרחים הטולויית, בשנת 1266, אריק בוק נפטר בשבי של קובלאי כשהוא אחוז מחלה. סיבות המוות של אריק בוק אינן ידועות באופן ודאי, ורבים סוברים שמותו לא היה טבעי. יש מאמינים כי אריק בוק הורעל על ידי קובלאי.
המלחמה בין הולאגו חאן וברקה הסתיימה ב-8 בפברואר 1265, עם מותו של הולאגו. לאחר מותו של הולאגו, ברקה רצה לנצל את ההזדמנות ופשט על האילח'אנאת, אך הוא מת באמצע הדרך, בסביבות שנת 1266 או 1267. אלגו, הח'אן של ח'אנות צ'אגאטאי, מת גם הוא בשנת 1266. ואקום הכוח הפתאומי בשלושת הח'אנויות חיזק את שליטתו של קובלאי חאן על כלל האימפריה במידה מסוימת, והוא מינה שליט חדש לאורדת הזהב (האורדה הכחולה) ולאילח'אנאת. אולם, במהלך שנות ה-70 של המאה ה-13, סכסוכים בין אצילים מונגולים פרצו שוב עם סכסוך בין קובלאי חאן וקאידו, השליט דה פקטו של ח'אנות צ'אגאטאי.