הרץ במבוך: תרופת המוות
עלילה

תומאס, ניוט ומחבת הם ה"קורחים" האחרונים החסינים לווירוס ההתלקחות שהתפשט בעולם. בעזרת ימין הצדק, השלושה יוצאים למבצע בו הם מצילים חסינים נוספים מרכבת בבעלות נתע"ב שהמטרה העיקרית היא להחזיר את חברם מינהו, ארגון שאחראי על לכידה ועריכת ניסויים בילדים חסינים להתלקחות. הם מגלים שמינהו, חברם החסין שנלכד גם הוא על ידי נתע"ב, לא נמצא על הרכבת, שהייתה בדרכה ל"עיר האחרונה", בסיס המבצעים של נתע"ב. למרות הוראותיו של וינס, מנהיג ימין הצדק, השלושה עוזבים את המחנה כדי להציל את מינהו, שעובר עינויים על ידי נתע"ב במטרה לפתח תרופה לווירוס. בדרכם לעיר האחרונה, הם מותקפים על ידי חבורה של "קראנקים", אנשים נגועים בווירוס ההתלקחות. הם ניצלים בעזרתם של ז'ורז'ה וברנדה שמצטרפים אליהם.
החבורה מגיעה לחומת העיר האחרונה, אשר מגינה על העיר מפני הקראנקים. מחוץ לחומה, אנשים מתכנסים כדי למחות במטרה לאפשר להם כניסה לתוך העיר. כאשר נתע"ב פותחים באש לעבר המפגינים, החבורה נלכדת על ידי משלחת של אנשים במסיכות ונלקחת למחבוא. אחד מאותם האנשים מתגלה כגאלי, ששרד את התקפתו של מינהו לאחר יציאתם מהמבוך. גאלי לוקח אותם לפגוש את לורנס, מנהיג המרד של אלו שמחוץ לחומה, אשר עוזר להם להיכנס לעיר דרך כניסה סודית. גאלי מוביל את תומאס ואת ניוט לתוך העיר וכאשר הם מגלים את תרזה, גאלי אומר לתומאס כי הוא יכול להכניס אותם לתוך המטה של נתע"ב. ניוט מגלה לתומאס שהוא נדבק במגפה. תוך הבטחה לרפא אותו, השלושה לוכדים את תרזה.
תומאס, ניוט וגאלי מלווים את תרזה למטה נתע"ב לעבר מיקומם של החסינים. גאלי דואג לילדים החסינים ונשאר מאחור כדי לאתר את הנסיוב שמאט את ההתלקחות, בזמן שתומאס, ניוט ותרזה הולכים למצוא את מינהו. ג'נסון מגלה אותם ומתחיל מרדף. תרזה מאפשרת להם להימלט ולמצוא את מינהו לפני שהיא ממהרת לבדוק את דמו של תומאס, שהיא משיגה לאחר הסרת מכשירי המעקב מה"קורחים".
לאחר שהוא מעביר את הנסיוב ואת הילדים החסינים לברנדה, גאלי חוזר למטה נתע"ב כדי למצוא את תומאס. ברנדה מוכרחת לברוח עם החסינים כדי להימנע מלכידתם בזמן שתומאס וניוט מתאחדים עם מינהו באגף המרפאה. תרזה מגלה שדמו של תומאס יכול לרפא את ההתלקחות ומשתפת בתגליתה את ראש נתע"ב, אוה פייג', אשר מסכימה איתה כי צריך למצוא את תומאס. בעזרתו של מחבת, ברנדה והחסינים בורחים מנתע"ב. באותו זמן לורנס מאגד את המורדים מחוץ לעיר רגע לפני שהוא מפוצץ חור בחומה, תוך שהוא מקריב את עצמו ומאפשר לבני בריתו ולאנשים הנגועים בהתלקחות להסתער על העיר. גאלי מוצא את תומאס, מינהו וניוט. ניוט, אשר שולח את מינהו וגאלי אל ברנדה כדי להביא את הנסיוב, נותן לתומאס תליון רגע לפני שהוא מתעלף. תרזה משדרת את קולה ברחבי העיר, ומספרת לתומאס כי דמו יכול לרהציל את ניוט אם רק יחזור למטה נתע"ב. ניוט, שההתלקחות מתפשטת בו במהירות, חוזר להכרה ותוקף את תומאס, תוך שהוא מתחנן בפניו שיהרוג אותו. כאשר תומאס מסרב, ניוט - שנשאר ללא כל ברירה אחרת - דוקר את עצמו למוות.
תומאס חוזר למטה נתע"ב ומתעמת עם אוה. בזמן שיחתם היא נרצחת על ידי ג'נסון, אשר גם הוא נגוע בהתלקחות. ג'נסון מעלף את תומאס וגורר אותו למעבדה, שם תרזה מוכנה לקחת ממנו דם. ג'נסון חושף כי הוא מעוניין לרפא רק את עצמו ואחרים שהוא חושב שהם בעלי ערך, מה שגורם לתרזה לבגוד בו. לאחר קרב, ג'נסון נהרג, מה שמאפשר לתומאס ולתרזה לברוח אל גג הבניין, שם תרזה נותנת לתומאס בקבוקון עם התרופה. חבריהם מופיעים לפתע עם כלי טיס: תומאס מצליח לעלות עליו אך תרזה נהרגת בזמן שמטה נתע"ב קורס אל תוך עצמו.
החבורה מתאחדת עם שאר החסינים ועם ימין הצדק ונמלטת אל חוף מבטחים, שם האנשים הנותרים יכולים לחיות בשלווה. שם, תומאס מגלה כי התליון שנתן לו ניוט הכיל בתוכו פתק. עדיין מוכה הלם לאחר מות חבריו, תומאס קורא את הפתק בו ניוט מבקש ממנו לדאוג לכל האחרים.