מגדלא
מרכז מגדלא

בשנת 2006, ביוזמתו של האב חואן סולאנה (Fr. Juan Solana) ממקסיקו, נרכש שטח אדמה במקום על ידי המוסד האפיפיורי של נוטרדאם בירושלים, במטרה להקים באתר מרכז רוחני. שטחים נוספים נרכשו בשנים 2008 ו-2009. ב-11 במאי 2009 הונחה אבן הפינה למרכז על ידי האפיפיור בנדיקטוס השישה עשר. במקביל להתחלת הבנייה החלו באתר חפירות הצלה ארכאולוגיות, אשר חשפו את שרידי בית הכנסת ושרידים נוספים של מגדלא הקדומה, ותוכנית האתר שונתה כך שתשלב את הפארק הארכאולוגי במרכז המודרני. האתר הארכאולוגי אינו גן לאומי והוא מופעל כחלק מהכנסייה ובית ההארחה.
המבנה הראשון שהושלם במתחם, הוא מבנה הכנסייה אשר זכתה לשם Duc In Altum, דהיינו, "העמק" או "העבר אל העומק", בהשראת דברי ישו אל השליחים בבשורה על-פי לוקס:
"וַיְהִי כְּכַלּתוֹ לְדַבֵּר וַיֹּאמֶר אֶל־שִׁמְעוֹן הַעֲבֵר אֶל־עֹמֶק הַיָּם וְהוֹרִידוּ אֶת־מִכְמְרוֹתֵיכֶם לָצוּד׃ וַיַּעַן שִׁמְעוֹן וַיֹּאמֶר אֵלָיו מוֹרֶה כָּל־הַלַּיְלָה יָגַעְנוּ וְלֹא אָחַזְנוּ מְאוּמָה אַךְ עַל־פִּיךָ אוֹרִיד אֶת־הַמִּכְמֹרֶת׃ וַיַּעֲשׂוּ־כֵן וַיִּלְכְּדוּ דָגִים הַרְבֵּה מְאֹד וַתִּקָּרַע מִכְמַרְתָּם"
הרעיון העומד מאחורי הבחירה במשפט זה, הוא כי יש להעמיק בדברים על מנת להתוודע אל האמונה. הכנסייה נבנתה ממזרח לבית הכנסת ולה קומה בודדת ומרתף. באולם הכניסה המעוגל שמונה עמודים שעליהם חקוקים שמות נשים ידועות בנצרות, למעט עמוד בודד שעליו אין כיתוב, והוא מוקדש באופן סמלי, לכל נשות העולם בכל הזמנים, האוהבות את האל וחיות חיי אמונה. על תקרת האולם ציור סמלי שבו נראים כפות ידיים ושמים זרועי כוכבים. סביב אולם הכניסה ארבע קפלות קטנות שבהן פסיפסי קיר המתארים אירועים מהברית החדשה אשר התחוללו בסביבת הכנרת:
בחינת אמונתו של פטרוס אשר הוזמן על ידי ישו להלך על המים לצידו (הבשורה על-פי מתי 14, 29-31).
גיוס השליחים שמעון-פטרוס ואחיו אנדראס הקדוש בידי ישו (הבשורה על-פי מתי 4, 18-20).
מרים המגדלית אשר נרפאה משבעה שדים מתלווית אל ישו (הבשורה על-פי לוקס 8, 1-2).
הקמתה לתחייה של בתו של יאיר, ראש בית הכנסת בכפר נחום (הבשורה על-פי לוקס 5, 41-42). בפסיפס זה נראות בריכות דגים המסמלות את ענף המלחת הדגים שעליו הייתה פרנסת העיר.
הכנסייה המרכזית במבנה, המכונה "קפלת הסירה", על שום כך שמזבחה עשוי בצורת סירה, וצופה אל הכנרת. הסירה מייצגת את דרשת ישו מהסירה, והטברנקולום ("משכן" - ארון לשמירת לחם הקודש בגמר המיסה) שבה בורך על ידי האפיפיור פרנציסקוס ב-26 במאי 2014, עת ביקורו בישראל. בכנסייה ניצבים דיוקני שנים-עשר השליחים המתוארים בסגנון ביזנטי, ובהם גם יהודה איש קריות אשר סביב ראשו אין הילה, אך הוא אינו מתואר כאיש כעור, כפי שהיה נהוג לתארו בעבר. הכנסייה מוקפת באגן מים המשתרע מחוץ למבנה ומשתקף דרך חלונותיו.
במרתף המבנה שוכנת "קפלת המפגש" המוקדשת למפגשם של כל המאמינים עם ישו. רצפת הקפלה היא רצפתו המקורית של שוק הנמל במגדלא העתיקה, והיא עוצבה בפשטות בהשראתו של בית הכנסת העתיק הסמוך. בקפלה שורות מושבים היקפיות עשויות אבן, כפי שהיה נהוג בבתי כנסת עתיקים, וקירותיה נצבעו בפיגמנטים אשר נדגמו מפרסקאות בית הכנסת הסמוך ושוחזרו בגרמניה. בצידה הדרומי של הקפלה, מאחורי מזבח אבן פשוט, קבוע ציור קיר גדול, המוקדש לנס ריפוי האשה זבת הדם:
"וְאִשָּׁה הָיְתָה בְּזוֹב דָּמֶיהָ שְׁתֵּים עֶשְׂרֵה שָׁנָה׃ וְהִיא נַעֲנָה הַרְבֵּה תַּחַת יְדֵי רֹפְאִים רַבִּים וְהוֹצִיאָה אֶת־כֹּל אֲשֶׁר־לָהּ וְלֹא לְהוֹעִיל כִּי אִם כָּבְדָה מַחֲלָתָהּ מְאֹד׃ וַיְהִי כְּשָׁמְעָהּ אֶת־שֵׁמַע יֵשׁוּעַ וַתָּבוֹא בְּתוֹךְ הֲמוֹן הָעָם מֵאַחֲרָיו וַתִּגַּע בְּבִגְדוֹ׃ כִּי אָמְרָה אַךְ אֶגַּע בִּבְגָדָיו וְאִוָּשֵׁעָה׃ וַיִּיבַשׁ מְקוֹר דָּמֶיהָ פִּתְאֹם וַתָּבֶן בִּבְשָׂרָה כִּי נִרְפָּא נִגְעָהּ"
הציור מתאר את הנס באופן בלתי שגרתי, ונראית בו ידה של האשה שלוחה אל כנף בגדו של ישו, בינות לרגלי ההמון.
לצד הכנסייה הוקם בשנת 2020 באתר בית מלון ובו 160 חדרים, מרכז מבקרים בשטח של כ-700 מ"ר, מסעדה לכ-900 סועדים ואתר צליינות לחוף הכנרת.