כנסיות צ'ילואה
היסטוריה מקומית של הנצרות

אורח החיים של תושבי ארכיפלג צ'ילואה במאה ה-16 היה שקט, והתבסס בעיקר על כלכלת חוואות ודיג. באמצע המאה ה-16 הארכיפלג התגלה על ידי נווטים ספרדים, אך ההתיישבות הראשונה במקום הוקמה רק ב-1567 כאשר מרטין רואיז דה גמבואה הקים את הערים סנטיאגו דה קסטרו וצ'אקאו על האי הגדול של צ'ילואה.
הספרדים ראו בתושבים ילידי המקום אנשים מתונים ומסבירי פנים. שיטת האנקומיינדה יושמה בצ'ילואה, והתושבים ילידי המקום שילמו מס למלכי ספרד באמצעות עבודה עבור המתיישבים בתמורה למזון והדרכה דתית. מדי פעם הילידים התקוממו, כאשר המקרה המשמעותי ביותר היה ב-1712. מהומות אלה היו על רקע היחס הנוקשה שתושבי המקום קיבלו מהשליטים הספרדיים, שהאשימו את הישועים בכך שנתנו השראה להתקוממויות שדוכאו ביד קשה.
ביחד עם המתיישבים הראשונים הגיעו גם מיסיונרים ממסדר הפרנציסקנים וממסדר גבירת הרחמים. לאחר שנציגים מטעמם הגיעו לביקור במקום ב-1608, הישועים שלחו לצ'ילואה כמה מחברי המסדר על מנת שאלה יתחילו בתהליך אוונגליזציה. בסופו של התהליך הזה נבנו הכנסיות שהוכרזו כאתר מורשת עולמית.
האסטרטגיה של הישועים התבטאה באמצעות מיסיונים ניידים. במהלך השנה נדדו קבוצות של ישועים ברחבי האי שמקורן היה במכללה הישועית בקסטרו. הישועים שהו בכל יישוב במשך ימים ספורים לפי תוכנית שנקבעה מראש; ברוב המקרים המיסיונים הוקמו במרחק קצר מהחוף על מנת לאפשר לישועים להגיע לשם באמצעות שיט בסירה. בתקופה שלאחר הקמתם המיסיונים לא היו מאוכלסים באופן קבוע, אך במהלך הזמן הישועים החלו לבנות קפלות ומבני מגורים עבור חברי המסדר שלהם. מבנים אלו הוקמו בסיוע האוכלוסייה המקומית תוך שימוש בחומרים ושיטות מקומיות. הישועים מינו מנהיג לא דתי מקרב המשפחות הבכירות בכל מקום שאליו הגיעו, ותפקידו של אדם זה היה לדאוג לכנסייה, לבית הקברות הסמוך אליה ולצרכים הרוחניים של הקהילה. עד לסוף המאה ה-19 הוקמו למעלה מ-100 כנסיות, ומתוכן שרדו כ-60.
תושבי צ'ילואה סבלו מהטרדות של שודדי ים במהלך המאה ה-17, והספרדים שחיו בערים החלו לנטוש אותן בהדרגה עבור מגורים בטוחים יותר באזורי הכפר. תוך כדי המעבר הזה הם השתלטו בהדרגה על אדמותיהם של ילידי המקום, והגדילו את העירוב הגזעי והתרבותי בין שתי הקבוצות האתניות. קבוצת צ'ילוטה שקיימת עד היום בארכיפלג היא תוצאה של מיזוג זה. התושבים המקומיים אימצו את הנצרות ואילו הספרדים החלו לדבר בשפה מקומית בשם וליצ'ה (שנכחדה מאז) על מנת לשפר את התקשורת בין הקהילות. הספרדים אימצו את דרך החיים של תושבי המקום בכך שהחלו גם הם לעסוק בחקלאות ודיג.
כאשר הישועים גורשו מהמקום ב-1767 מקומם נתפס על ידי הפרנציסקנים, שהשתמשו בתשתית המיסיונים הניידים על מנת להקים תשעה מרכזים אזוריים. מרכזים אלה התפתחו למערכת הקהילתית הנוכחית שהוקמה ב-1840.
למרות המאמץ של השלטון הקולוניאלי הספרדי הערים הפכו לכל היותר למרכזים מנהליים, ובתקופה שבה הסתיים השלטון היו רק 5 עיירות בצ'ילואה, והאזור היה נתון לסמכותו של המשנה למלך של מלכות המשנה של פרו, ולא למושל צ'ילה. חיל המצב התמקם במבצר סאן קרלוס דה אנקוד שהוקם ב-1768.
אוכלוסיית צ'ילואה הייתה נאמנה מאוד למלכי ספרד. כאשר החלו המאבקים למען העצמאות הצ'יליאנית ב-1810, הפכה צ'ילואה למפקדה הספרדית של הכוחות שכבשו חזרה את צ'ילה. גם לאחר הכרזת עצמאותה של צ'ילה ב-1818 נותרה צ'ילואה מובלעת ספרדית ששרדה עוד כשמונה שנים, עד שנכבשה בידי צ'ילה.
צ'ילואה שגשגה במהלך המאה ה-19. ספינות רבות עגנו בנמלים בדרכן דרומה וייצוא העץ הניב רווחים רבים. דבר זה בא לקיצו בשלהי המאה כתוצאה מפתיחתה של תעלת פנמה וניצול היתר של משאבי האי. במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-20 היו בעיות כלכליות משמעותיות בחקלאות ובגידול הבהמות. כתוצאה מכך היגרו בני הצ'ילוטה לפטגוניה ואזור מצר מגלן שבדרום.
כנסיית סאן קרלוס בורומאו בצ'ונצ'י
כנסיית גבירת הרחמים בדלקאווה
כנסיית השליח בסנטיאגו דה קסטרו
ההיכל הראשי בכנסיית סנטה מריה דה לורטו באצ'או
כנסיית גבירת הרחמים בנרקון
הכנסייה באיצ'ואק