בית שערים
גילוי וחפירות

בשנת 1876 נסקר אזור האתר על ידי חוקרי הקרן לחקר ארץ ישראל (הקרן הבריטית - P.E.F) במסגרת סקר ארץ ישראל המערבית, הסקר העלה ממצאים דלים.
המקום היה בלתי מוכר במשך מאות שנים, עד שב-1903 גילו חוקרים מטעם החברה המזרחית הגרמנית (Deutsche Orient Gesellschaft) מספר קברים שתוארכו לתקופה הרומאית ואף הכתובת "בנימין בר יצחק רבן תורה". החוקרים דיווחו על תגליתם, אולם דבר לא נעשה בנידון.
אלכסנדר זייד שהתיישב באזור בשנת 1926 היה חובב ארכאולוגיה ונהג לחפש ממצאים על הגבעה. מדי פעם היה מביא את הממצאים שמצא ליצחק בן-צבי, חברו עוד מימי "בר-גיורא" ו"השומר", ומנסה לשכנע אותו לבוא ולהתעניין באתר ליד ביתו. בשנת 1936 נתגלה באקראי באתר מערת קבורה עם כתובות וזייד שלח ליו"ר הוועד הלאומי וההיסטוריון יצחק בן-צבי והארכאולוג בנימין מזר פתק עם הכיתוב:
חבר בן-צבי שלום!
 אתה ומייזלר מוכרחים לבקר אותנו. הסיבה: גלינו בתוך מערות, בפנים, עמוק, כתובת עברית ויונית וגם מנורות שבעה קנים חתומות בתוך אבן, גם דלתות עם ציורים.
 א. זייד 10.4.36
ב-15–16 באפריל 1936, ביקרו במקום בן צבי ומזר, ובסוף אפריל 1936 פרסמה החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה הודעה על התגלית בעיתונות, תוך ציון אלכסנדר זייד כמגלה המערה. עם השנים נזקף גילוי המערה לזכותו של זייד, וכך מציינת רשות הטבע והגנים באתר. על גילוי המערה התפתחו אגדות שונות. באחת הגרסאות, סופר שבשעה שזייד חרש בשדה "לפתע מעדה רגלו של הסוס שמשך את המחרשה והוא נפל לבור עמוק.". לעומת זאת, באוקטובר 2009 טען נחום מרון כי הוא שגילה את מערות הקבורה של בית שערים, כשטייל בסביבה, והוא שסיפר על כך לאלכסנדר זייד.
כבר באפריל 1936 העלה יצחק בן-צבי את ההשערה שמדובר בבית שערים. השערה זאת נתמכה ובוססה על ידי מזר ושמואל קליין לאחר עונת החפירות הראשונה.
רישיון לחפירה באתר ניתנה למזר החל מ-15 ביוני 1936 והיא חודשה מדי תקופה עד תום החפירות ב-1940. החפירות הראשונות באתר, שנערכו בחסות החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה, החלו רק ב-15 באוקטובר 1936, לאחר שהושג מימון לחפירות מאלפרד מונד והתמשכו עד שנת 1940. החפירות התמקדו בשיפוליה המערביים של הגבעה. המערות שנחפרו סופררו במספרים 1–4. בנוסף, התגלתה מערכת קברים נוספת בשיפוליה הדרומיים של גבעה הנמצאת ממערב לבית שערים. במערכת זאת סופררו המערות במספרים 5–10. בנוסף התגלה מאוזוליאום, שקיבל את המספר 11. בצפון מזרח הגבעה התגלה בית כנסת שנבנה במאה ה-2 לספירה וחרב במאה ה-4, ושרידי מבני מגורים.
גילוי בית שערים והממצאים הארכאולוגיים שעלו מהחפירות, עוררו עניין רב ברחבי העולם. בחודש מאי 1939 נפתחה בלונדון תערוכה שהציגה תמונות מהחפירות.
בשנת 1953 חודשו החפירות באתר בראשות נחמן אביגד, באתר התקיימו 4 עונות חפירה (1953–1955, 1958). החפירות התמקדו במדרונות הצפוניים של גבעת בית שערים. בחפירות אלה נחשפו מערות קבורה 12–21.
בשנים 1956 ו-1959 חפר באתר מזר וחשף מבנה ציבורי גדול בדרום מערב העיר וכן את מערכות הקברים 22. אחד הממצאים בשנת 1959 התגלה באתר על קרקעיתה של מערה חצובה, גוש זכוכית עתיק הגדול ביותר בעולם. הגוש מלבני עשוי זכוכית בלתי שקופה בגוון סגול: אורכו כשלושה מטרים וחצי, רוחבו שני מטרים, עוביו כחצי מטר ומשקלו כ-8.8 טון.
החל בשנת 2014 חודשה החפירה באתר בידי ד"ר עדי ארליך, מטעם המכון לארכאולוגיה ע"ש זינמן באוניברסיטת חיפה. ארליך חופרת על גבעת שייח' אבריק בשביל לחשוף את שרידי העיר.
בתחילת שנת 2017 נחשף בחפירות החדשות מפתן שער גדול ממדים, כ-4 מטרים רוחבו. המפתן היה חלק מחומה שהקיפה ככל הנראה, את היישוב במאה השנייה לספירה. אם יימצאו בעתיד שערים נוספים, ייתכן שיימצא בכך הסבר לשם התמוה של היישוב - 'בית שערים' - אולי על שם השערים ביישוב, שהיו נדירים בתקופה הרומית.