הנסיך רופרט מהריין, דוכס קמברלנד
קריירה בעקבות הרסטורציה האנגלית > קריירה בצי הרסטורציה

במשך רוב המאה ה-17, אנגליה הייתה מסובכת בסכסוך עם היריבה המסחרית הולנד במהלך מלחמות הולנד-אנגליה. רופרט הפך מעורב באופן הדוק במלחמות אלו כאדמירל בכיר של המלך צ'ארלס השני, ועלה לפקד על הצי המלכותי עד סוף הקריירה שלו. אף על פי שכמה אדמירלים מפורסמים של אותה תקופה היו בעבר מפקדי צבא, כולל רוברט בלייק וג'ורג' מונק (אנ'), הם פיקדו על כוחות יבשה קטנים יחסית ורופרט עדיין היה יוצא דופן יחסית לתקופה בהיותו בעל ניסיון מעשי בפיקוח על צבאות יבשה גדולים והן בעל ניסיון ימי רב ממסעותיו בשנות ה-50 של המאה ה-17.
בתחילת מלחמת הולנד-אנגליה השנייה (1665–1667), מונה רופרט לאחד משלושת מפקדי הפלגות של הצי האנגלי, בפיקודו הכללי של הדוכס מיורק, והשתמש באה"מ רויאל ג'יימס (אנ') כספינת הדגל שלו. כמפקד הפלגה הלבנה, לחם רופרט בקרב לואסטופט (אנ') ב-1665, תוך שהוא פרץ את הגנות האויב ברגע קריטי; רגלו של רופרט נפצעה בקרב, פציעה שגרמה לו לכאב מתמשך. חזר ללונדון כדי ללוות את המלך במהלך המגפה שפקדה את לונדון, רופרט המשיך לטעון שיש ליזום קרב עם ההולנדים שיאלץ אותם לחזור לשולחן המשא ומתן. בשנה שלאחר מכן מונה רופרט למפקד משותף של הצי עם מונק וניתנה לו ההזדמנות ליישם את התוכנית הזו. ביוני 1666 הם נלחמו בהולנדים בקרב ארבעת הימים (אנ'), אחד מהקרבות הימיים הארוכים בהיסטוריה; בקרב יושמו הטקטיקות התוקפניות החדשות של רופרט ומונק, שהביאו ל"מראה ייחודי עד אז בלוחמת ספינות מפרש, האנגלים מכים במעלה הרוח ושוברים את קו האויב מהעורף". עם זאת, קרב ארבעת הימים נחשב לניצחון עבור ההולנדים, אך קרב יום סנט ג'יימס (אנ') בחודש שלאחר מכן אפשר לרופרט ולמונק להשתמש באותן טקטיקות כדי להסב נזק כבד להולנדים והקרב הביא לניצחון אנגלי משמעותי. אולם ההולנדים השיגו סיום חיובי למלחמה עם הפשיטה המכריעה על מדוויי (אנ').
רופרט גם מילא תפקיד בולט במלחמת הולנד-אנגליה השלישית (1672–1674). הפעם לואי הארבעה עשר, מלך צרפת, היה בעל ברית מרכזי של האנגלים נגד הולנד, והוחלט שהצרפתים יקימו פלגה בצי משולב. הצי האנגלי הורחב מאוד, ולרופרט היו שלוש ספינות, אה"מ רויאל צ'ארלס (אנ'), אה"מ רויאל ג'יימס (אנ') ואה"מ רויאל אוק (אנ'), מצוידות בתותחים מחושלים ומיוצרים במחרטה במפרט גבוה בעיצובו שלו, ה"רופרטינו". עלות התותח - פי שלושה מזו של תותח רגיל - מנעה את פריסתו הרחבה יותר בצי. התפקיד הצרפתי בסכסוך הוכח כבעייתי כאשר צ'ארלס היה צריך למנות מפקד לצי המשותף. התנגדותו של רופרט לברית הצרפתית הייתה ידועה, ובהתאם לכך מינה המלך את הדוכס מיורק לתפקיד במקום זאת. עקב כך רופרט קיבל הוראה להחליף את הדוכס באדמירליות, דבר שעשה בהתלהבות. התוכניות הימיות של בעלות הברית התעכבו לאחר הקרב הבלתי מוכרע של הדוכס עם ההולנדים בסולביי (אנ').
התוכנית האנגלית לשנת 1673 התרכזה בהשגת דומיננטיות ימית תחילה, ולאחר מכן הנחתת צבא בזיילנד. המלך מינה את הדוכס למפקד העליון, כאשר רופרט כסגנו, המשלב את דרגות הגנרל וסגן האדמירל של אנגליה. אולם במהלך החורף של 1672 החליט צ'ארלס - עדיין ללא ילדים (לגיטימיים) - שהסיכון לדוכס, יורשו, גדול מדי והפך את רופרט למפקד העליון של בעלות הברית במקומו. רופרט החל את המערכה נגד ההולנדים ב-1673 בידיעה שהתמיכה הלוגיסטית בצי שלו נותרה בלתי ודאית, עם ספינות רבות שאינן מאוישות. התוצאה הייתה שני קרבות הסכונפלד (אנ') ביוני וקרב טסל (אנ') באוגוסט, רצף שנוי במחלוקת של קרבות שבהם, לכל הפחות, תקשורת לקויה בין המפקדים הצרפתים והאנגלים סייעה לניצחונות ההולנדים שאותם הנהיג בתבונה האדמירל מיכיל דה רויטר. פרשנים אנגלים רבים היו נוקשים יותר, והאשימו את הצרפתים בכך שלא הצליחו להשתתף באופן מלא בקרבות ורופרט - לאחר שהזהיר מלכתחילה מפני הברית - זכה להערכה עממית כגיבור. רופרט פרש לבסוף מפיקוד ימי פעיל מאוחר יותר באותה שנה.
לרופרט היה סגנון אופייני כאדמירל; הוא הסתמך על "מנהיגות אישית נמרצת המגובה במגע הדוק עם קציניו"; לאחר שהחליט כיצד להמשיך במערכה ימית, עם זאת, עלול להיות קשה לצוותו לגרום לו לשנות את דעתו. העבודה האחרונה על תפקידו של רופרט כמפקד הדגישה גם את ההתקדמות שעשה הנסיך בגיבוש הדרך שבה ניתנו פקודות לשייטת הבריטית. תקשורת הצי הייתה מוגבלת במהלך התקופה, והפקודות המסורתיות מאדמירלים לפני קרב היו בהתאם לכך נוקשות למדי, והגבילו את עצמאותו של קפטן בקרב. רופרט מילא תפקיד מרכזי בוועידות שערך הדוכס מיורק ב-1665 כדי לסקור טקטיקות ושיטות מבצעיות ממלחמת הולנד-אנגליה הראשונה, וליישם אותן לפני קרב יום סנט ג'יימס. הוראות אלה והנחיות משלימות לקברניטי הספינות, שניסו לאזן בין עמידה בפקודות קבע לבין הצורך לנצל הזדמנויות שצצו תוך כדי הקרב, הוכיחו את עצמן כבעלות השפעה רבה במהלך מאה השנים הבאות ועיצבו את הרעיון שרוח לחימה תוקפנית צריכה להיות בליבה של דוקטרינת הצי הבריטי.
לאחר 1673, נותר רופרט כחבר בכיר בצי המלכותי ובממשל של צ'ארלס. רופרט התחבר עם הלורד שפטסברי בענייני מדיניות חוץ, אך נשאר נאמן למלך צ'ארלס השני בנושאים אחרים, והיה נלהב להגן על זכות המלוכה. כתוצאה מכך, הוא התנגד לתוכנית הפרלמנט בשנת 1677 למנות אותו לאדמירל עליון (אנ') - בטענה שרק למלך יש להתיר להציע מינויים כאלה - אך ציין שהוא מוכן להיות אדמירל אם המלך ירצה בכך. הפתרון של המלך היה להקים ועדת אדמירליות קטנה ומוסמכת, שרופרט הפך לנציב הראשון שלה. כתוצאה מכך, מ-1673 עד 1679 הצליח רופרט להתמקד בהבטחת רגולציה הדוקה יותר של איוש, אימוני ירי ובחירת קצינים. הוא גם היה מעורב בקביעת סדרי עדיפויות בין זירות המבצעים השונות שהצי המלכותי היה מעורב בהם אז ברחבי העולם. רופרט מונה גם לתפקיד העליון של "גנרל בים וביבשה", כשהוא מקבל למעשה את סמכויות המלחמה של האדמירל העליון.