אנדרס בוניפסיו
מחלוקת היסטורית והערכה

ההערכה ההיסטורית של בונאפסיו כוללת כמה נקודות במחלוקת. מותו נתפס כהוצאה להורג מוצדקת עקב בגידה ורצח פוליטי. לעומת זאת כמה היסטוריונים רואים בו את הנשיא הראשון של הפיליפינים במקום את אגינלדו. כמה היסטוריונים גם סברו כי בונפסיו תפס את מקומו של חוסה ריזאל כגיבור הלאומי הפיליפיני.
תיאודורו אגונצ'ילו כתב כי ערעור הסמכות של בוניפסיו באגינלדו היווה סכנה למהפכה, שכן פיצול בכוחות המורדים היה מביא לתבוסה כמעט מוחלטת לאויב הספרדי המאוחד והמזוין . לעומת זאת, רנטו קונסטנטינו טוען כי בוניפסיו לא היווה סכנה למהפכה בכלל כי הוא עדיין תכנן להילחם בספרד, אבל היה בהחלט איום על מנהיגי הקאוויטים שרצו לשלוט במהפכה, ולכן הוא חוסל. קונסטנטינו התנגד לבוניפסיו משום שלא הייתה לו שום תוכנית לפשרה עם הספרדים, בניגוד לקבוצה של מנהיגי קוויט שרצו לעשות פשרה מה שהביא לחתימת הסכם ביאק-נא-באטו. זהו הסכם בין הספרדים והמורדים, שהביא להפסקת רוב הקרבות והמרד, והגליית המנהיגים. אגינלדו, שהוגלה להונג קונג, ובסופו של דבר היה בן ברית לא רשמי של ארצות הברית במלחמתה עם ספרד, וחזר להנהיג את המהפכה.
היסטוריונים דנו גם במניעים של ממשלת קוויט להחליף את בוניפסיו, והאם הייתה לה הזכות לעשות זאת. מועצת מחוז מג'דלו, שסייעה בהקמת הממשלה הרפובליקנית בראשות אחד משלהם, הייתה רק אחת מאותן מועצות רבות שהתכנסו תחת ממשלת קטיפונאן הקיימת. לכן, אגינלדו וסיעתו עשויים להחשב כמתנגדי הממשלה הקיימת, והפרת סמכותו של בוניפסיו שהיה ראש הממשלה המכהן. סמכותו של אגינלדו לא הוכרה מיד על ידי כל המורדים. אם בוניפסיו היה נמלט מקוויט, הייתה לו הזכות כמנהיג קטיפונאן להעמיד לדין את אגינלדו באשמת בגידה במקום המצב ההפוך. קונסטנטינו ווילאנובה טוען כי המאבק בין שני המנהיגים קשור להבדלים המעמדיים: אגינלדו היה שייך למעמד העליון שביקש לצבור כוח פוליטי על חשבון כוחו של בונפסיו שנתמך על ידי המעמד הבינוני והנמוך. ישנה טענה כי המאבק היה גם מאבק אתני-אזורי - בוניפסיו היה שייך לאזור אחר, ונתמך על ידי אזורים אחרים בפילפינים, ואילו מוקד הכוח של אגינלדו היה באזור קוויט, שם הוא תפס את בוניפסיו ואחיו.
ישנם תיאורים שונים על אופן ביצוע ההוצאות להורג של בוניפסיו. מפקד יחידת ההוצאה להורג, אמר כי בוניפסיו נורה למוות, ונקבר בקבר שטחי שסומן על ידי ענפים. גם לגבי דרך מותו ישנם חילוקי דעות, חלקן טוענות כי הוא ניסה לברוח ונורה, חלקן טוענות כי לאחר פציעתו הוא למעשה היה חלש לעמוד ומת מפצעיו. אין הסכמה על דרך מותו, ומטילים ספק אם אמנם התגלו עצמותיו לאחר שנים.
כמה היסטוריונים כמו מילאגרוס גררו, עמנואל אנקרנסיון, רמון וילגאס ומייקל צ'ארלסטון צ'ואה, מעלים את הטענה של ההכרה בבוניפסיו כנשיא הראשון של הפיליפינים, במקום אגינלדו, שהוכר רשמית. השקפה זו מבוססת על מעמדו כנשיא/סופרימו של הממשלה הקטיפונאנית בשנים 1896–1897. דעה זו גם מדגישה כי בונפסיו הקים ממשלה באמצעות ארגון הקטיפונאן לפני הממשלה שהוקמה בראשות אגינלדו שהוקמה בטיחורס.
חוסה ריזאל נחשב לגיבור הלאומי, גם בוניפסיו נחשב כמועמד ראוי לתואר על בסיס חלקו בבניית המהפכה הפיליפינית. תיאודורו אגונצ'ילו מציין, כי הגיבור הלאומי הפיליפיני, בניגוד למדינות אחרות, אינו "מנהיג כוחות השחרור". רנטו קונסטנטינו כותב כי ריזאל הוא "גיבור בחסות ארצות הברית" שקודם כגיבור פיליפיני הגדול ביותר בתקופה הקולוניאלית האמריקנית של הפיליפינים - לאחר שאגינלדו הפסיד במלחמה הפיליפינית-אמריקאית.
ארצות הברית קידמה את דמותו של ריזאל, כמייצג את הרעיון של מתינות, במקום דמויות רדיקליות יותר שרעיונותיהם יכלו לעורר התנגדות נגד השלטון האמריקאי. באופן ספציפי, ריזאל נבחר על פני בוניפסיו אשר נתפס "רדיקלי מדי" בעיני האמריקאים.
מתקיים ויכוח בין ההיסטוריונים האם שני האישים האלה - ריזאל ובניפסיו ראויים לתואר גיבורים לאומיים. הם דמויות מוכרות על ידי המוני הפיליפינים, וישנם ימים בשנה שבהם הם נזכרים, בהכרזה רשמית עליהם כגיבורי הפיליפינים - כל אחד מציין דרך שונה שהמהפיכה הייתה צריכה ללכת - בונפסיו דגל במרד גלוי, וריזאל דגל בהמתנה ובאיסוף כוח צבאי גדול יותר. שניהם הוצאו להורג על דעותיהם הפוליטיות בהקשר לעתיד הפיליפינים.