מנואל נוייר
קריירת מועדונים > באיירן מינכן

ביוני 2011, שנה לפני תום חוזהו בשאלקה, חתם נוייר על חוזה לחמש שנים במועדון באיירן מינכן, תמורת סכום המוערך בכ-22 מיליון אירו. בבאיירן מינכן תלו בנוייר תקוות רבות, לאחר שהשוערים מיכאל רנסינג, הנס יורג בוט ותומאס קראפט שאיישו את ההרכב הראשון של הקבוצה בשנים הקודמות, לא הצליחו להיכנס לנעליים הגדולות שהשאיר אוליבר קאן בפרישתו בתום עונת 2007/2008. חתימתו של נוייר בבאיירן מינכן לא עברה באופן חלק, ולוותה במחאות רבות של חלק מאוהדי באיירן מינכן. אחת הסיבות למחאות היא העובדה שנוייר הגיע משאלקה, הידועה כיריבה של באיירן מינכן. סיבה אחרת היא העובדה ששנתיים קודם לכן חגג נוייר בהפגנתיות מול אוהדי באיירן מינכן עם דגל הקרן, לאחר ניצחון של שאלקה על באיירן מינכן באליאנץ ארנה. אקט זה היה חיקוי של חגיגה דומה של אוליבר קאן כאשר זכה עם באיירן באליפות בעונת 2000/2001 בדקה ה-94 של המחזור האחרון, ומנע אליפות משאלקה, וחגג בהפגנתיות מול אוהדיה עם דגל הקרן. המחאות נגד נוייר נרגעו לאחר דיונים בין נציגי אוהדים מהמחנות התומכים והמתנגדים לעסקה עם הנהלת הקבוצה, והגעה להסכמה כי נוייר הוא חלק חשוב מהקבוצה.
נוייר תפס במהרה את אפודת השוער הראשון של באיירן מינכן, וכבר בתחילת עונתו הראשונה בקבוצה, 2011/2012, שבר את שיאו של אוליבר קאן כאשר לא ספג שער במדי באיירן מינכן מעל לאלף דקות בכל המסגרות. עם זאת, עונה זו הסתיימה עבור נוייר ובאיירן מינכן במפח נפש, כשהקבוצה סיימה שנייה בכל המסגרות. בבונדסליגה איבדה באיירן מינכן את האליפות לבורוסיה דורטמונד, על אף שנוייר ספג רק 22 שערי ליגה. בגמר הגביע הגרמני הפסידו נוייר ובאיירן מינכן גם כן לבורוסיה דורטמונד בתוצאה 2–5. בליגת האלופות נוייר ובאיירן מינכן עברו את ריאל מדריד בחצי הגמר לאחר ניצחון בפנדלים, בו נוייר עצר בעיטות של כריסטיאנו רונאלדו וקאקה, והטעה את סרחיו ראמוס שבעט את הפנדל האחרון של ריאל מדריד מעל השער. בגמר ליגת האלופות 2012 שנערך באליאנץ ארנה, נוייר ובאיירן מינכן הפסידו לצ'לסי בפנדלים, וסיימו עונה ללא אף תואר.
בעונת 2012/2013 היה נוייר חלק מהעונה הגדולה ביותר בהיסטוריה של באיירן מינכן. בעונה זו, באיירן מינכן זכתה בטרבל. באיירן מינכן ונוייר זכו באותה עונה באליפות הבונדסליגה בפער שיא של 25 נקודות מהסגנית בורוסיה דורטמונד, כשנוייר סופג 18 פעמים בלבד, ושובר את שיא הבונדסליגה למיעוט ספיגות. באיירן זכתה גם בגביע הגרמני לאחר ניצחון 2–3 בגמר על שטוטגרט. באיירן ונוייר עברו באותה עונה בליגת האלופות את יובנטוס וברצלונה מבלי לספוג שער אחד. בגמר ליגת האלופות 2013 נוייר ובאיירן ניצחו 1–2 את בורוסיה דורטמונד משער ניצחון של אריין רובן בדקה ה-89, ובאיירן זכתה בליגת האלופות בפעם הראשונה מאז עונת 2000/2001. נוייר שיתף פעולה בהגנת הקבוצה בעונה זו עם פיליפ לאם, דאנטה, ג'רום בואטנג, דויד אלאבה וחאבי מרטינס.
בתחילת עונת 2013/2014 הפסידו נוייר ובאיירן מינכן לבורוסיה דורטמונד במשחק הסופר קאפ הגרמני, אך זכו בתואר הסופר קאפ האירופי לאחר ניצחון בפנדלים על צ'לסי, במשחק שהסתיים בתיקו 2-2 בתום 120 דקות. בבעיטות ההכרעה נוייר עצר את הפנדל האחרון של רומלו לוקאקו והעניק לבאיירן מינכן זכייה בתואר. בהמשך העונה זכו באיירן מינכן ונוייר באליפות העולם לקבוצות כדורגל 2013 לאחר ניצחון בגמר על רג'א קזבלנקה. בהמשך העונה נוייר ובאיירן מינכן זכו בדאבל מקומי בגרמניה בקלות, כשהן בליגה והן בגביע הגרמני הסגנית הייתה בורוסיה דורטמונד. בליגת האלופות הגיעו באיירן מינכן ונוייר לחצי הגמר, כאשר בדרך עברו את ארסנל, לאחר שנוייר עצר פנדל של מסוט אוזיל בניצחון של באיירן מינכן 0–2 באצטדיון האמירויות. בהמשך עברו נוייר ובאיירן מינכן את מנצ'סטר יונייטד ברבע הגמר, אך הודחו בחצי הגמר על ידי ריאל מדריד לאחר הפסדים 0–1 ו-0–4. על אף הדחה זו, נוייר זכה בפעם השנייה בקריירה בתואר כדורגלן השנה בגרמניה, הרבה בזכות הזכייה שלו עם גרמניה במונדיאל 2014. נוייר גם סיים שלישי בפרס כדור הזהב לשנת 2014.
בתחילת עונת 2014/2015 נוייר ובאיירן מינכן הפסידו שוב לבורוסיה דורטמונד במשחק הסופר קאפ הגרמני. בסיום העונה זכו שוב באליפות, כשנוייר משווה את שיא הספיגות הנמוך לעונה בבונדסליגה, 18 ספיגות. באותה עונה הקבוצה סבלה מפציעות רבות לקראת סוף העונה שלא פסחו גם על נוייר, ששיחק פצוע בחלק מהמשחקים. בחצי גמר הגביע הגרמני נוייר ובאיירן מינכן הודחו על ידי בורוסיה דורטמונד לאחר 0-0 בתום 120 דקות, כשנוייר אמנם עוצר שני פנדלים, אך גם מחטיא פנדל, כמו שלושה שחקנים אחרים, ובורוסיה דורטמונד ניצחה 0–2 בבעיטות ההכרעה. בליגת האלופות הודחו נוייר ובאיירן מינכן בחצי הגמר על ידי ברצלונה. גם את עונת 2015/2016 פתחו באיירן מינכן ונוייר בהפסד במשחק הסופר קאפ הגרמני, והפעם לוולפסבורג, לאחר בעיטות הכרעה, בהן נוייר לא הצליח לעצור אפילו בעיטה אחת. בהמשך העונה זכו נוייר ובאיירן מינכן בדאבל. בליגה נוייר ספג 17 שערים בלבד, ושבר את השיא של עצמו למיעוט ספיגות בליגה. בגביע הגרמני נוייר ובאיירן מינכן זכו לאחר ניצחון על בורוסיה דורטמונד בבעיטות הכרעה, כשנוייר עצר בעיטות של סוון בנדר ושל סוקרטיס פאפאסטאטופולוס. באותה עונה הודחו נוייר ובאיירן מינכן שוב בחצי גמר ליגת האלופות, הפעם על ידי אתלטיקו מדריד.
ביולי 2017 מונה נוייר כקפטן באיירן מינכן, לאחר פרישתו של פיליפ לאם ממשחק פעיל, במקביל למינויו לתפקיד הקפטן גם בנבחרת גרמניה. בתחילת עונת 2016/2017 ניצחו באיירן מינכן ונוייר במשחק הסופר קאפ הגרמני את בורוסיה דורטמונד, וזכו בתואר אותו לא השיגו שלוש עונות ברציפות. בסוף העונה, נוייר ובאיירן מינכן זכו באליפות חמישית ברציפות בבונדסליגה, והודחו על ידי בורוסיה דורטמונד בחצי גמר הגביע הגרמני. בשלהי העונה סבל נוייר מפציעה בקרסול, ובמשחקים רבים הוחלף על ידי שוערי המשנה סוון אולרייך וטום שטארקה. נוייר הוכשר במיוחד לצמד המשחקים ברבע גמר ליגת האלופות מול ריאל מדריד, שלאחריהם הודחה באיירן מינכן מהמפעל, ולאחר מכן נותח ולא חזר עוד לשחק בעונה זו. בתחילת עונת 2017/2018 חזר נוייר לשחק, אך הפציעה שלו בקרסול חזרה לאחר שהיה בתהליך שיקום, ואת מקומו בשער תפס סוון אולרייך עד לתום העונה, שבסיומה זכתה באיירן מינכן באליפות הבונדסליגה אך הודחה מול ריאל מדריד בחצי גמר ליגת האלופות. בגמר הגביע הגרמני, מול איינטרכט פרנקפורט, ישב נוייר על הספסל, לראשונה מאז שנעדר בגלל הפציעה, אך לא שיחק. באיירן מינכן הפסידה באותו גמר 1–3 לאיינטרכט פרנקפורט.
באוגוסט 2018 חזר נוייר ללבוש את אפודת השוער הראשון של באיירן מינכן, בניצחון 0–5 על איינטרכט פרנקפורט במשחק הסופר קאפ הגרמני. נוייר המשיך לשחק בקביעות בעונת 2018/19, והודח עם קבוצתו כבר בשמינית גמר לליגת האלופות על ידי ליברפול. בהמשך העונה נפצע נוייר ואת מקומו בהרכב ירש סוון אולרייך. נוייר הספיק לחזור בדיוק לגמר הגביע הגרמני, והצטיין במשחק בו ניצחה באיירן את ר.ב. לייפציג בתוצאה 0–3, מה שהשלים דאבל עבור באיירן מינכן. בעונת 2019/20 זכה נוייר עם באיירן בטרבל נוסף, ואף בישל שער לרוברט לבנדובסקי בגמר הגביע הגרמני, בו ניצחה באיירן 2–4 את באייר לברקוזן. בחודש אוגוסט 2020, נוייר המשיך לשחק בעמדת השוער במסגרת חידוש עונת המשחקים בליגת האלופות, שנדחתה בעקבות מגפת הקורונה, והמשיך להציג יכולת טובה. נוייר ניצח עם באיירן מינכן 0–1 את פריז סן ז'רמן בגמר ליגת האלופות 2020 והשליםטרבל שני בקריירה, לאחר שהציג בגמר יכולת שיא. בעונת 2020/21 ספגה ההגנה של באיירן מינכן 44 שערי ליגה, מתוכם נוייר ספג 42 שערים ב-33 הופעות, שזו הכמות הגבוהה ביותר שבאיירן מינכן ספגה בעונה אחת מאז הגעת נוייר לקבוצה. עם זאת, באיירן מינכן זכתה בכל זאת באליפות התשיעית ברציפות בבונדסליגה. בגביע הגרמני הודחו באיירן ונוייר באופן מפתיע על ידי הולשטיין קיל בשמינית הגמר, ובליגת האלופות הודחו באיירן ונוייר ברבע הגמר על ידי פריז סן ז'רמן לאחר הפסד 2–3 בבית וניצחון 0–1 בחוץ.
בעונת 2021/2022 זכה עם הקבוצה באליפות עשירית ברציפות.
לאחר המונדיאל הכושל של נבחרת גרמניה, בו הודחה באופן מפתיע מונדיאל שני ברציפות בשלב הבתים, נוייר שבר את רגלו בחופשת סקי, וסיים את העונה.
ב-28 באוקטובר 2023 אחרי 350 ימים חזר נוייר לשחק, בניצחון 0–8 על דרמשטאדט 98.
ב-3 בפברואר 2025 האריך נוייר את חוזהו בבאיירן מינכן בעונה אחת עד קיץ 2026.