הצו העליון
ביקורת

ביקורת אחת לגבי הצו העליון היא שהוא מיושם באופן שאיננו עקבי, בהתאם לחשיבות האסטרטגית של כוכב לכת כזה או אחר, או בהתאם לנסיבות שבהן צוות ספינת החלל מוצא את עצמו. לדוגמה, כחלק מהעוינות של הפדרציה עם האימפריה הקלינגונית (דאז), קפטן קירק נצטווה ליצור קשר עם האורגניאנים - גזע חייזרים המצוי לכאורה לפני העידן התעשייתי, בפרק "Errand of Mercy". בנוסף, קירק הפר ישירות חוקים ו/או מנהגים של עולמות זרים, בפרקים "Friday's Child", "For the World Is Hollow and I Have Touched the Sky", "The Cloud Minders", "The Apple", "The Return of the Archons" ו-"A Taste of Armageddon", על מנת להשיג מטרה מסוימת עבור הפדרציה, או להציל את חייהם של אנשי הצוות שלו, או שניהם.
בפרק "The Omega Glory", קירק אומר: "השבועה הכי חגיגית של קפטן בצי הכוכבים היא שהוא ייתן את חייו, גם את צוותו כולו, ולא יפר את הוראת הצו העליון", ובכל זאת הוא לכאורה מפר את הצו העליון, מאחר שזו "הדרך היחידה להציל את הספינה שלי", בפרק "A Taste of Armageddon".
בפרקים "The Return of the Archons" ו-"The Apple" נעשית התייחסות לעיקרון אי-ההתערבות של הצו העליון על ידי ספוק. בפרק "The Return Of The Archons", קפטן קירק אומר שהצו העליון מתייחס אל "תרבות חיה וצומחת", על מנת להצדיק הוראת התערבות במה שהוא רואה כתרבות שאיננה מתפתחת, הנשלטת על ידי מחשב. בפרק "The Apple", ספוק מציין כי ייתכן שפיקוד צי הכוכבים לא יסכים עם הבחירה שלו להפריע לתרבות הנשלטת על ידי מחשב, וקירק משיב: "אני מוכן לקחת את הסיכון הזה".
ישנם פרקים אשר בהם היה צריך להזכיר את הצו העליון, אך הדבר לא נעשה. בפרק "The Paradise Syndrome", האנטרפרייז מנסה להציל כוכב לכת טרום-תעשייתי על ידי הזזת אסטרואיד שהיה במסלול התנגשות עמו; כאשר ד"ר מקוי שואל את קירק האם יש צורך להזהיר את תושבי הכוכב, קירק וספוק רק מציינים כי האנשים לא יהיו מסוגלים להבין את האזהרה, ואף אחד מהם לא מתייחס אל הצו העליון. בפרק "The Cloud Minders", קירק מתערב במבנה החברתי של הכוכב על מנת להשיג את התרופה היחידה הקיימת למגפה ביולוגית קשה.
סיבותיו של אדמירל מתיו דוהארטי להפרת הצו העליון, בסרט הקולנוע "מסע בין כוכבים: המרד", בתקופתו של פיקארד, מזכירות את הסיבות שקפטן קירק נתן לד"ר מקוי ב-"Private Little War", אבל פיקארד רואה בהן חסרות תוקף. בפרק "Homeward", ניקולאי רוז'נקו משתמש בטכנולוגיית ההולודק על מנת להציל את הבוראלאנים ולאכוף את מה שהוא מאמין שהוא כוונתו של הצו העליון, אף על פי שפיקארד כבר אמר שמעשיו מפירים את הנוסח המפורש של הצו העליון. בפרק "Pen Pals", קפטן פיקארד מתקן מצב, שנוצר כתוצאה ממגע עם תושבת של כוכב לכת פרה-עיוות, בכך שזכרונותיה נמחקים. בפרק "Who Watches the Watchers", הזיהום שנעשה הוא רציני מדי מכדי להיות מתוקן על ידי מחיקות זיכרון, כך שקפטן פיקארד מחליט ליצור קשר ישיר עם המנהיגים של הציוויליזציה. כך עשה גם בפרק "First Contact", אף על פי שבפרק זה מעורב עולם שנמצא על סף השגת טכנולוגיית טיסת עיוות, ולכן זכאי ל-"מגע ראשון". לבסוף, בפרק "Natural Law", אנשי צוות הוויאג'ר נקטו צעדים כדי להבטיח את הבידוד המוגן של אנשים פרימיטיביים, אפילו מציוויליזציה מתקדמת יותר שחולקת איתם את אותו כוכב הלכת.
לעומת זאת, הפרק "Justice" של "מסע בין כוכבים: הדור הבא" לא מסביר במפורש אם העם האידו הוא פרה-עיוות, או אם הם היו מודעים למסע בין כוכבים של זרים להם, טרם ביקורה של האנטרפרייז. אם אכן מדובר בעולם פרה-עיוות, הרי שבעת שווסלי קראשר נידון לגזר דין מוות - הצו העליון כבר הופר, והצלתו, תוך החרפת היחסים הדיפלומטיים, ייתכן שאיננה מהווה הפרה של הצו העליון כשלעצמה.
אף על פי שמעולם לא נראתה העמדה לדין בגין הפרת הצו העליון, באף אחד מהפרקים של הסדרות ובאף אחד מסרטי הקולנוע, תשע הפרות מתועדות של קפטן פיקארד מובאות כראיה נגדו, בחקירה בסגנון "ציד מכשפות" הנראית בפרק "The Drumhead". בנוסף, הרומן הלא-קאנוני של מסע בין כוכבים, ששמו Prime Directive, מאת ג'ודית וגארפילד ריבס-סטיבנס, עוסק בהשלכות הפוליטיות של הפרה שבוצעה לכאורה על ידי קפטן קירק, וכן בהשלכות על הקריירה שלו. בקאנון, קפטן קירק עצר את קפטן טרייסי, מפקד האקסטיר (Exeter), כאשר כנגד האחרון נמצאו ראיות, לכאורה, כי הפר את הצו העליון. עם זאת, לא ידוע מה קרה בעקבות מעצרו ולאחריו.