ג'ונקה
עיצוב > גוף הספינה > מדורים נפרדים

מאפיין נוסף של הג'ונקות היה חלוקה למדורים פנימיים שביניהם הותקנו מְחִיצוֹת הַפְרָדָה אטומות למים בחומר שאינו דליק. תפקיד המחיצות היה לחזק את מבנה הספינה ולהתמודד עם הצפה במקרה של חור בדופן הספינה (המים ממלאים רק מדור אחד, אינם גורמים לטביעת הספינה וסחורה המצויה במדורים האחרים אינה נפגעת). על ספינות הבנויות בצורה כזו כתב הסופר ג'וּ יוּ (朱彧 פין-יין Zhu Yu) מתקופת שושלת סונג, שאביו היה ממונה על הסחר הימי בנמל גואנגג'ואו, בספרו "שיחות שולחן בפִּינְגְג'וֹאוּ" (萍洲可談) שיצא לאור ב-1119. גם הנוסע הבֶּרְבֵּרִי אבן בטוטה (1377-1304) תיאר מבנה זה בפרוטרוט. אף כי יש היסטוריונים המטילים ספק בהיותן של המחיצות בג'ונקות אטומות למים, מרביתם מאמינים כי היו בג'ונקות הסיניות מדורים אטומים למים. ברטון, שכתב על הג'ונקות, העיר שחסרונה של שיטת המדורים האטומים הוא בכך שהיא מקשה על גילוי קיומו של חור בדופן הספינה, וכן שיש צורך להתקין מַשְׁאֵבַת שִׁפּוּלַיִם בכל אחד מהמדורים, מבלי לדעת שהסינים כבר פתרו בעיות אלו. בכל שרידי הג'ונקות הטרופות שנתגלו עד היום היו זְחִילִים. חורי ניקוז אלו היו שונים מחורי הניקוז שהותקנו בדרך כלל בחזית המדור הקדמי ולעיתים גם בירכתי המדור האחורי, שנועדו לספוג מים בכוונה (ראו בהמשך). הזחילים הותקנו בבסיס המחיצות ונועדו לנקז את המים למדור הנמוך ביותר וממנו להפעיל משאבת שיפוליים אחת בלבד. על פי העדויות מהספינות הטרופות, מאמינים כי ניתן היה לסתום את חורי הניקוז בצורה הרמטית על מנת לאחסן נוזלים או על מנת לבודד מדור שנתגלתה בו דליפה.
ב-1787 כתב בנג'מין פרנקלין מכתב בנושא מיזם משלוח חבילות דואר בין צרפת לארצות הברית: ”מכיוון שספינות אלו אינן עומדות להיות מוטענות בסחורות, ניתן יהיה לחלק את הסַפְנָות שלהם ללא קושי למדורים נפרדים, כדרך הסינים, וכל אחד ממדורים אלו ייאטם לחלוטין על מנת למנוע חדירת מים” (עמ' 420 בספרו של ג'וזף נידהם: Science and civilisation in China: Physics and physical technology, Volume 4).
סר סמואל בנתם (Samuel Bentham‏; 1831-1757), המפקח על המספנות של הצי המלכותי הבריטי, תכנן ובנה ב-1795 שש ספינות מפרש חדשות, שבהן בנה "מחיצות שיתרמו לחוזק הספינה ויבטיחו אותה מפני טביעה, כפי שנוהגים הסינים בימינו". בנתם הודה כי קיבל את הרעיון של מדורים חסינים למים מהתבוננות בג'ונקות של הסינים כאשר שהה בסין ב-1782. בנתם היה ידידו של איזמבארד קינגדום ברונל, ולכן קיימת טענה שייתכן כי הייתה לו השפעת מה על ההחלטה של ברונל לאמץ מחיצות חיזוק אורכיות בסיפון התחתון של הספינה בריטניה הגדולה. בתקופה זו בנתם כבר תכנן ובנה אסדה המחולקת לתאים לשימוש על הנהר וולגה, כך שהרעיון של חלוקה רוחבית של גוף הספינה כבר נבט ככל הנראה במוחו. עם זאת, יש הבדל גדול בין המחיצות הרוחביות בבנייה הסינית, שאינן מהוות חיזוק אורכי, והמדורים האורכיים בתוכנית של ברונל, שמקור ההשראה לתכנונם היה כמעט בוודאות הנדסת הגשרים שהוא ועמיתיו להמצאה של בניית אוניות מברזל הכירו כה טוב.
בספרו מתייחס נידהם לנושא הזחילים לעומת חורי הניקוז במדור הקדמי והאחורי.
"ידועה פחות העובדה המעניינת שהמדור הקדמי (ובחלק מהמקרים גם המדור האחורי) בכמה סוגים של כלי שיט סיניים מתוכננים כך שיעמדו בהצפה. בכוונה תחילה נקדחו חורים בלוחות של הספינה. כך קורה עם ספינות המלח היורדות באשדות מדְזְה-לְיוֹגִ'ינְג בסצ'ואן, הסירות דמויות הגונדלות באגם פויאנג, ובג'ונקות רבות השטות בים הפתוח. הספנים הסצ'ואנים אומרים כי חורים אלו מפחיתים את ההתנגדות למים עד למינימום, ואמצעי זה מרכך את עוצמת החבטה כאשר הספינה נוטה בחדות כלפי מטה בירידה באשדות, כיוון שהיא קולטת ופולטת במהירות מטען מים הפועל זמנית כזְבוֹרִית בדיוק בזמן על מנת להפעיל כוח נגדי לחבטות שסופגים החרטום והירכתיים.