כתב יד וויניץ'
ניסיונות ניתוח ופענוח

האתגר הראשון שעמד בפני החוקרים היה לפענח באיזו שפה כתוב החיבור. במהרה התברר שרוב הצמחים המצוירים בכתב היד כלל אינם קיימים, ומבין גרמי השמים שמצוירים ניתן לזהות אחדים, אך לא את כולם.
קריפטואנליסטים ניסו לנקוט בשיטה המקובלת של מציאת הסמלים שחוזרים על עצמם מספר רב של פעמים ולהשוות אותם עם האותיות הנפוצות ביותר של האלפבית. הם זיהו בקלות שיש בכתב היד 29 סימנים ואותיות, אבל כל ניסיון לתרגם אותם לשפה מוכרת כלשהי עלה בתוהו. יתר על כן, מניתוחי המומחים נראה שלא מדובר בצופן, אלא במסמך שנכתב על ידי מישהו הבקיא בכתב ובשפה או בדיאלקט בה נכתב החיבור.
בשנת 1919 הכריז ויליאם ניובלוד, פרופסור לפילוסופיה מאוניברסיטת פנסילבניה, כי הוא פענח את הצופן. לדבריו, הוא תרגם את הסימנים לאותיות רומיות וניתח את תוצאות התהליך. לאחר מכן, יצר ניובלוד לא פחות מארבע גרסאות שונות של הטקסט, שהרביעית שבהן הייתה לטענתו לטינית פשוטה משולבת באנגראמות שונות, והפיענוח הראה שכתב היד היה טקסט מדעי שמוכיח כביכול שרוג'ר בייקון היה אחד מגדולי הגאונים בכל הזמנים. ניובולד גם טען שמצא משפט בלטינית באחד העמודים שבכתב היד ובו כתוב "Michiton oladabas multos te tccr cerc portas" בהשמטת כמה אותיות מיותרות מהטקסט: "Michi dabas multas portas" שפירושו: "נתת לי המון דלתות". פרסום התגלית של ניובלוד עורר רעש רב בקרב העיתונות, אולם לאחר מותו של ניובולד התברר שהפענוח שלו היה שגוי, ושהוא "מצא" בכתב היד חומרים וטקסטים שלא היו בו כלל. עם האנגרמות שניובולד יצר אפשר לקרוא כמעט כל דבר בטקסט – ובאלפי דרכים שונות.
בשנה האחרונה של מלחמת העולם השנייה כינס הקריפטואנליסט הראשי של צבא ארצות הברית, ויליאם פרידמן (שהיה אחראי לפיצוח חלק מהצפנים היפניים בעת המלחמה), קבוצה שלמה של מומחים שינסו לפענח את הצופן, אולם סיום המלחמה הוביל לפירוק הקבוצה לפני שהגיעו להישגים משמעותיים כלשהם בהבנת הכתוב. מכל מקום, ניתוחם הראה כי כתב יד וויניץ' שונה מכתבי קוד נפוצים: על פי רוב, יוצרי קודים מכניסים בהם כמה שפחות חזרות כדי להקשות על מפענחים, אך בכתב יד וויניץ' קיימות חזרות רבות על מילים ואותיות שונות. מסיבה זו שיער פרידמן שמדובר כאן בשפה מתוכננת שהומצאה בידי מישהו – ייתכן שבמאה ה-13, אך לא סביר ששפה מתוכננת תציית לחוק זיף.
בשימוש בקרינת על-סגול, נמצאה בעמוד הראשון של כתב היד חתימה ובה כתוב "Jacobj à Tepenece", שניתן לפרש כשמו של רופאו האישי של רודולף השני, יאקוב הורצ'יצקי מטפנק (Tepenec), שכתב היד היה ככל הנראה גם בבעלותו. אך הכתב אינו תואם את כתב ידו של הורצ'יצקי, ולכן חוקרים הסיקו שחתימתו זויפה, ייתכן שעל ידי וויניץ' עצמו.
לאורך כל ההיסטוריה המתועדת שלו, משך כתב יד וויניץ' התעניינות עזה מצד מפענחי כתב סתרים מקצוענים וחובבים כאחד, שלמדו אותו היטב וניסו למצוא בו היגיון פנימי כלשהו שיסייע בפענוחו. בין המומחים שחקרו את כתב היד ניתן למנות את גדולי מפצחי הצפנים האמריקאים והבריטים שזכו לתהילה במלחמת העולם השנייה, אך גם אלו לא הצליחו לפענח בטקסט ולו מילה אחת. שרשרת הכישלונות הארוכה בניסיונות הפענוח הפכה את כתב היד לנושא ידוע בהיסטוריה של הקריפטוגרפיה. לנוכח הכשלונות גדל הפיתוי להניח שהכתב הוא לא יותר מאשר מתיחה משוכללת – מלל חסר משמעות המורכב מסמלים שאין בהם סדר או הגיון כלשהו, אבל הטקסט מורכב מכדי להיות מתיחה: בבדיקה סטטיסטית התגלה שהטקסט מציית להתפלגות זיף, שמחד גיסא אופיינית לשפות טבעיות, ומאידך גיסא התגלתה לאחר מציאת כתב היד, כך שלא ייתכן שהייתה ידועה למחבר כתב היד.
מלבד ההשערה הגורסת שמדובר במתיחה, שיטות אחרות אודות פשרו של הכתב טענו שמדובר בספר העוסק ברפואה או בצמחי מרפא, ספר אסטרונומיה שנכתב על ידי מלומד בן ימי הביניים, חיבור כלשהו הקשור ללוח שנה לא מזוהה או לספר אלכימיה, ואחרים טענו שמדובר בעיוות או גרסה קדומה של שפה כלשהי; ההשערות הללו דיברו בין השאר על סינית, נבטית, כתב עברי עתיק או שפה שמית אחרת. הדעות חלוקות בנוגע לשאלה אם לכתב היד יש מחבר אחד או יותר. בבדיקת מחשב התברר שיש בו שימוש ביותר מלשון (או דיאלקט) אחת, ושתי הלשונות זכו לכינויים "וויניץ' A" ו"וויניץ' B". לכאורה, הדבר מאשר את הטענה שהחיבור נכתב על ידי אנשים שונים, אולם ייתכן שלחיבור יש מחבר אחד שכתב אותו בתקופות שונות של חייו.
ב-2014, הציע הבלשן סטיבן בקס פרשנות חדשה לטקסט. בקס זיהה מספר מילים בטקסט, את שמה של מערכת הכוכבים שור ואת שמם של מספר צמחים, וזאת על ידי התאמה בין תמונת מערכת הכוכבים או הצמח למילה שנראית ככותרת הפסקה. בתוך כך זיהה בקס כ־15 אותיות וערכיהן הפונטיים.
מסקנותיו של בקס מן הניתוח שערך:
המסמך אינו מתיחה או תעלול או קוד מוצפן, אלא הכתב מייצג שפה אמיתית וחיבור בעל משמעות.
המסמך כתוב ככל הנראה בשפה מערב-אסיאתית שלא הייתה לה קודם לכן שיטת כתב עצמאית. בקס משער שהמסמך מהווה דוגמה (יחידה עד כה) של שיטת כתב שפותחה במיוחד עבור שפה זאת. בקס משווה השתלשלות עניינים משוערת זאת לפיתוח הכתב הגלגוליטי ולאחר מכן הסלבי על ידי נזירים נוצרים ביזנטיים על מנת לתרגם את התנ"ך לשפות הסלאביות.
המסמך מייצג את העולם התרבותי של מזרח אירופה או מערב אסיה.
ככל הנראה המסמך הוא חיבור במדעי הטבע מן המאה ה-15 לספירה.
כתב היד נתרם ב-1969 לספריית אוניברסיטת ייל בקונטיקט שבארצות הברית (פריט MS 408), והעותק המשוכפל הראשון שלו יצא לאור בשנת 2005.