הקואליציה האנטי-צרפתית החמישית
הכנות אוסטריות ובוואריה > אוסטריה מכה ראשונה

בתחילת 1809, רוב הצבא הצרפתי היה בספרד הודות למלחמת חצי האי. נראה היה שנפוליאון יגבור על המרד, אולם מלחמת חצי האי הייתה רחוקה מלהסתיים. לנפוליאון היו שתי תוכניות לפעולות ראשוניות כנגד אוסטריה. אם האוסטרים יתקפו ראשונים, הצבא הצרפתי ירכז את קו נהר הלך אשר זורם דרומה מנהר הדנובה לעיר אאוגסבורג, והמפקדה של הצבא תהיה בעיר דונאוורת'. אם האוסטרים לא יפעלו כלל עד אמצע חודש אפריל, מפקדת הצבא תהיה מזרחה יותר, בעיר רגנסבורג. אותן הוראות חלופיות עתידות לגרום בלבול בצבא הצרפתי עם הפלישה האוסטרית. האוסטרים פלשו מוקדם מן הצפוי: ב-10 באפריל 1809, כוחות אוסטרים תחת פיקודו הישיר של הארכידוכס קרל פלשו לממלכת בוואריה שהייתה אחת ממדינות הקונפדרציה של הריין, מדינה קליינטית של הקיסרות הצרפתית. האוסטרים חצו את נהר האין, אחד מהיובלים העיקריים של נהר הדנובה שבאותו זמן סימן את הגבול בין שתי המדינות (אוסטריה ובוואריה). הכוחות האוסטרים קיוו כי על ידי פלישתם, הם יעניקו השראה למהפכה בקנה מידה גדול ברחבי הקונפדרציה של הריין כנגד שלטונו של נפוליאון. האוסטרים הכריזו "מלחמה לשחרור גרמני". אולם, תושבי הקונפדרציה שלפני כן הרוויחו מניצחונו של נפוליאון על אוסטריה התגייסו פעם נוספת לטובתו של נפוליאון.
המרשל הצרפתי שהיה אחראי על ריכוז הכוחות של הצבא, לואי-אלכסנדר ברתייר, פירש לא נכון את הוראותיו של נפוליאון ובילבל את שתי סדרות ההוראות: הוא הורה לגנרל דאבו לצעוד עם הקורפוס שלו לעיר רגנסבורג, בעוד שאר הצבא יתבצר הרבה יותר מערבה, על הלך. כעת יחידות הגרנד ארמה היו מפוזרים בחזית רחבה במצב מבולבל. ב-17 באפריל נפוליאון הגיע לחזית, הוא גילה לתדמהתו שצבאיו לא היו במקום בו הוא חשב שהם. עמדתו החשופה של הגנרל דאבו בעיר רגנסבורג הדאיגה את נפוליאון במיוחד. נפוליאון שלח מספר שליחים אל דאבו שיורו לו להביא את צבאו לגדה הדרומית של נהר הדנובה ולאחר מכן לצעוד דרום-מערבה ולהצטרף לשאר הצבא הצרפתי. השליחים הגיעו לדאבו רק ב-18 באפריל, והוא החל לנוע עם צבאו רק ב-19 באפריל. במהלך הלילה של 18 באפריל האוסטרים הצליחו לסכל הודעה שנשלחה לגנרל דאבו. הם פירשו את ההודעה בכך שדאבו ישהה ברגנסבורג במהלך 19 באפריל, על כן ארכידוכס קרל, שהיה בפיקוד על הכוחות האוסטרים החליט להזיז את כל צבאו צפון-מזרחה ואז שוב צפונה וינצל את עמדתו הפגיעה של דאבו ויתקוף. אולם צבאו של דאבו החל לנוע מרגנסבורג בבוקר של 19 באפריל, ורוב צבאו של דאבו חמק מהמלכודת. דאבו וקרל נפגשו באותו יום בקרב טוגן-האוזן, דאבו ניצח את הקרב והאוסטרים תחת קרל נסגו בערב. הניצחון של דאבו איפשר לו להצטרף לשאר הצבא הצרפתי.
למזלם של הצרפתים, האוסטרים התקדמו באופן איטי ולא יכלו לנוע במהירות רבה. למעשה, הצלחתם היחידה של האוסטרים במסגרת הפלישה הייתה ב-16 באפריל בקרב לנדשט, בו הם הצליחו להביס חלק מהקורפוס הבווארי. אך גם אותו קרב נגמר בניצחון צרפתי ותבוסה אוסטרית. ב-20 באפריל התרחש קרב אבנסברג בין הגרנד ארמה תחת נפוליאון לצבא האוסטרי תחת ארכידוכס קרל ליד עיר אבנסברג שבממלכת בוואריה. הקרב היה אסון בשביל האוסטרים והסתיים בניצחון צרפתי. ההצלחה היחידה של האוסטרים הייתה כאשר חיל מצב הצרפתי קטן נכנע בעיר רגנסבורג. ההפסד בקרב אבסנברג הכריח את הגנרל האוסטרי יוהאן פון הילר לקחת פיקוד על האגף השמאלי של הצבא ולנוס מזרחה חזרה לעיר לנדשט, שם יתפתח קרב נוסף. בינתיים ארכידוכס קרל והאגף הימני נשארו ללא תנועה בכפר אגמול. שיפוט לא נכון מצד נפוליאון המשיך ב-21 באפריל כשנפוליאון חשב שעיקר הצבא האוסטרי נסוג מזרחה בעוד שרק מספר קטן של גדודים נשארו באגמול. נפוליאון שלח את המרשל דאבו לאגמול כדי לסיים שם את העבודה עם הכוח האוסטרי הקטן שנשאר שם (שלמעשה היה עיקר הצבא האוסטרי) בעוד שעם עיקר הצבא הצרפתי נפוליאון פנה אחרי הגנרל הילר לעיר לנדשט. בלנדשט נפוליאון נלחם נגד הילר וצבאו בקרב לנדשט. נפוליאון ניצח את הקרב בלנדשט של 21 באפריל, אך לא הצליח לעצור את נסיגתו של הילר מזרחה. בינתיים המרשל דאבו מצא את עצמו מתמודד עם שלושה קורפוסים אוסטרים שלמים תחת תחת פיקודו הישיר של ארכידוכס קרל. בלילה של 21 באפריל נפוליאון הבין את הטעות שלו בנוגע לצבאות של האוסטרים והפנה את עיקר צבאו צפונה לעבר הארכידוכס קרל בכפר אגמול. התוצאה הייתה קרב אגמול ב-22 באפריל 1809, בכפר אגמול בבוואריה. נפוליאון קיווה כי יוכל להקיף את הצבא האוסטרי בין נהר הדנובה לכוחותיו של המרשל דאבו, אך נפוליאון לא ידע כי העיר רגנסבורג נפלה לאוסטרים מוקדם יותר, ובכך הם יוכלו להשתמש בה כנתיב מילוט. הצרפתים תחת נפוליאון אכן ניצחו את קרב אגמול אך לא באופן מכריע שהרי הצבא האוסטרי ברח דרך רגנסבורג בבטחה יחסית. למחרת, ב-23 באפריל התקיים קרב רגנסבורג ברגנסבורג, הצרפתים תחת נפוליאון הצליחו לכבוש את העיר, אבל רק לאחר שרוב הצבא האוסטרי ברח.
לאחר קרב רגנסבורג, האוסטרים נסוגו חזרה לאוסטריה. הקרב סיים את החזית הבווארית של המלחמה, דאבו ניצל מעמדתו החשופה והתחבר לשאר הצבא הצרפתי, והאוסטרים הובסו לפחות בארבעה קרבות שונים. הצרפתים בהצלחה הדפו את הפלישה האוסטרית לבוואריה תוך שבועיים.