סקובי-דו ופלישת החייזרים
עלילת הסרט

בתחנה לאיתור צורות חיים חייזריות (אצח"ח), מקס, לורה וסטיב מקבלים לפתע קריאה חזקה שאינה טבעית. כשהקריאה נעלמת, סטיב מאתר צורת חיים לא מזוהה על הרדאר. במדבר הסמוך, חברי "מסתורין בע"מ" מוצאים את עצמם בפאתי עיירה קטנה, לאחר שכמעט התנגשו בעב"מ. בזמן שסקובי-דו ושאגי נשארים עם מכונת המסתורין, שאר חברי הקבוצה הולכים לעיירה, שם הם מבקשים עזרה בדיינר. בזמן ההמתנה, שאגי וסקובי נתקלים בשני חייזרים הרודפים אחריהם לעבר העיירה.
שאגי וסקובי נכנסים לדיינר בבהלה, בטענה שראו חייזרים. המלצרית, דוטי, מציינת שכי תושבי העיירה מעולם לא ראו חייזרים, אבל כן חוזים באורות מוזרים ושומעים צלילים מוזרים במהלך הלילות. השף, סרג'יו, מוסיף כי גם עדרי הבקר נעלמים בין לילה מבלי להשאיר עקבות, וכי בעקבות כך חלק מתושבי העיירה עזבו. בנוסף, אחד מתושבי העיירה, לסטר, טוען שנחטף פעם אחת בעבר וטוען שיש לו תמונות מהאירוע. הקבוצה הולכת לביתו במטרה לבדוק את התמונות, אך מסתבר שהם לא יותר מאשר ציורים של לסטר. לאחר מכן, לסטר מציע לתת לקבוצה ללון בביתו.
במהלך הלילה, סקובי ושאגי נחטפים ומנסים לברוח, אך מוצאים את עצמם מוקפים בחייזרים. למחרת בבוקר, הם מוצאים את עצמם באמצע המדבר לאחר שהעירו בטעות צלמת היפית בשם קריסטל ואת הגולדן רטריבר שלה, אמבר; בהן סקובי ושאגי מתאהבים עד מעל הראש. קריסטל מסיעה את השניים בחזרה אל הקבוצה. לאחר מכן, הקבוצה נתקלת במקס לפני שקריסטל ואמבר מופיעות שוב. סקרנית לגבי התן, קריסטל מבקשת משאגי להראות לה היכן הם ראו אותו.
מקס לוקח את ולמה, פרד ודפני לפגוש את שאר הצוות של אצח"ח, אך ולמה מתחילה לחשוד כשהיא רואה בוץ מיובש על מגפיהם, מכיוון שהם במדבר. מאוחר יותר, ולמה מחליטה לקחת את הקבוצה לקניון שבו היא מניחה שנהר זורם דרכו. הקניון מתגלה כצחיח, אך שם הם מוצאים ציוד כרייה וזהב במערות הסמוכות. בינתיים, המשטרה הצבאית מורה לשאגי, קריסטל, סקובי-דו ואמבר לעזוב את האזור מכיוון שהוא נכס ממשלתי. קריסטל מספרת לשאגי שהיא למעשה סוכנת ממשלתית סמויה, ושאגי מוביל אותה למערה שבה ראה לראשונה את החייזרים. הם מתחבאים בפנים כאשר המשטרה הצבאית חוזרת, ומעמיקים יותר לתוך המערה. שאגי, סקובי, קריסטל ואמבר מגלים את הזהב, אבל נרדפים על ידי החייזרים והשוטרים הצבאיים, תוך שהם נתקלים בשאר הקבוצה.
פרד, ולמה ודפנה נלכדים בזמן שהאחרים נדחקים לפינה על ידי השוטרים הצבאיים. לאחר שהחייזרים שולחים אחריהם את השוטרים, מתגלה כי החייזרים הם למעשה חברי צוות האצח"ח, שמסבירים שהם נתקלו במערה תוך כדי חיפוש אחר קרקע להנחת צלחת אצח"ח נוספת. מכיוון שזה הקרקע נמצאת ברשות הממשלה, הם החליטו לא לדווח על כך, שכרו שוטרים צבאיים מזויפים, והתחפשו לחייזרים על מנת להפחיד את המקומיים ולהרחיק אותם מהאזור. כאשר השוטרים מאיימים שוב על הקבוצה, שאגי וסקובי מנסים לגרש אותם, אך קריסטל ואמבר מפחידות אותם על ידי חשיפת צורותיהן האמיתיות כחייזריות. כשהן חוזרות אל הקבוצה, קריסטל ואמבר שוב חושפות את צורותיהן החייזריות בפני כל הנוכחים וממלכדות את מקס והשוטרים על ידי כריכת קרן לייזר סביבם. לורה וסטיב מנסים ללכוד אותם, אבל שאגי וסקובי נחלצים לעזרתם ופרד לוכד את לורה וסטיב.
קריסטל ואמבר מסבירות לקבוצה שהן חייזריות מכוכב מרוחק, שהתחפשו להיפיות מכיוון שהמידע שלהם על כדור הארץ התקבל מאותות טלוויזיה משנות ה-60. מתברר גם שהעב"ם בו הקבוצה נתקלה בתחילת הסרט היה למעשה החללית של קריסטל ואמבר, שאחריה האצח"ח עקבה. לפני עזיבתן לכוכב הבית שלהן, קריסטל ואמבר נפרדות משאגי וסקובי.
חברי צוות האצח"ח נעצרים על ידי הרשויות ונכלאים לכל החיים ללא משפט; המכונאי מגיע עם מכונת המסתורין המתוקנת; שאגי וסקובי שבורי-הלב מתעודדים מיד למראה קופסת חטיפי סקובי; והקבוצה נוסעת בחזרה לדרכה, כשבמרחקים, התן צופה בהם.