היסטוריה של גואטמלה
מלחמת אזרחים > 1996-1986: מחוקה חדשה להסכמי שלום

עם בחירתו הצהיר סֶרֶסו כי מטרותיו העליונות הן סיום האלימות הפוליטית ומיסוד שלטון החוק. הרפורמות כללו חוקים חדשים בדבר הביאס קורפוס, הגנה מכוח צו בית-משפט, הקמת ועדת זכויות-אדם חקיקתית, והקמת נציב תלונות הציבור לענייני הפרת זכויות אדם. בית-המשפט העליון פתח גם הוא בסדרת רפורמות למלחמה בשחיתות בשיפור יעילות מערכת המשפט.
עם תחילת כהונתו של סרסו, הרפה הצבא מרסן השלטון ושב לתפקידו המסורתי של דאגה לביטחון הפנים במדינה ולחימה במיליציות בפרט. השנתיים הראשונות לכהונתו של סרסו התאפיינו ביציבות כלכלית ובירידה ניכרת באלימות פוליטית. שני ניסיונות הפיכה של אנשי צבא אירעו במאי 1988 ובמאי 1989, אך ההנהגה הצבאית תמכה בסדר החוקתי. במקביל נמנעה הממשלה לחקור ולהעמיד לדין מקרים של הפרת זכויות אדם. השנתיים האחרונות לכהונתו התאפיינו בכלכלה כושלת, שביתות, צעדות מחאה וטענות על שחיתות רווחת. אזלת-ידה של הממשלה לנוכח בעיות המדינה - תמותת תינוקות, בערות, שירותי בריאות ושירותים סוציאליים לוקים מאוד וכן אלימות גוברת - כל אלה תרמו לחוסר שביעות רצון כללי.
הנשיא הבא, חורחה אנטוניו סֶרָאנו אליאס, שנבחר לאחר סיבוב הכרעה ב-1991, נאלץ לקיים קואליציה רעועה, כיוון שמפלגתו השיגה 18 מ-116 מושבים בבית הנבחרים. סראנו הגביר את השליטה האזרחית בצבא, תוך שהוא מחליף מספר קצינים בכירים לצורך זה. הוא אף הביא את הצבא לפתוח בשיחות שלום עם מיליציית ה-URNG. צעד לא פופולרי של סראנו היה הכרה בריבונותה של בליז, שעד אז נחשבה להלכה למחוז של גואטמלה. בתקופתו נעצרה הנסיגה בכלכלה הגואטמלית, האינפלציה הצטמצמה והגידול הריאלי גדל.
ב-25 במאי 1993 פיזר סראנו את בית הנבחרים ואת בית המשפט העליון וניסה להגביל את החירויות האזרחיות, כביכול מתוך מטרה ללחום בשחיתות. הפיכה-עצמית כושלת זו נכשלה בשל מחאות עזות של מרבית החברה הגואטמלה, לחץ בינלאומי ואכיפה של הצבא את החלטות בית הדין לחוקה, שפסק נגד ההפיכה. לאור כל זאת סראנו מיהר לברוח מהמדינה ובכך נסתיימה כהונתו. בית הנבחרים מיהר לבחור כמחליפו של סראנו בנציב זכויות האדם רָמִירוֹ דֶה לֶאוֹן קָארפְּיוֹ, וזה הושבע לתפקיד ב-6 ביוני 1993.
דה לאון לא השתייך למפלגה כלשהי, אך נהנה מתמיכה עממית רחבה. הוא פתח במתקפה שאפתנית נגד השחיתות, ומתוך מטרה "לטהר" את השורות בבית הנבחרים ובבית המשפט העליון, דרש את התפטרותם של כל חברי שני גופים אלה. על אף התנגדות ניכרת מצד בית הנבחרים, הביא אותם הלחץ הנשיאותי והציבורי לחתימה על הסכם בין הצדדים בתיווך הכנסייה הקתולית. הסכם זה, שכלל שינויים חוקתיים, נחתם בנובמבר אותה שנה ואושר במשאל עם ב-30 בינואר 1994. באוגוסט 1994 נערכו בחירות לבית הנבחרים כדי להשלים את המושב שנקטע. המפלגות הדומיננטיות במושב החדש של בית הנבחרים היו המפלגתו הפופוליסטית של דיקטטור העבר ריוס מונט (FRG - "החזית הרפובליקנית הגואטמלית") ומפלגת המרכז-ימין PAN ("מפלגת הקידום הלאומית"). מפלגות אלו שמו במרכז המצע שלהם את הלחימה בשחיתות, ואכן בתקופה זו חלה נסיגה ניכרת בשחיתות שאפיינה את בתי הנבחרים הקודמים.
תהליך השלום, כעת בתיווך האו"ם, זכה להתחדשות. הממשל וה-URNG חתמו על שורה של הסכמים בנושא זכויות אדם (מרץ 1994), יישוב מחדש של עקורים (יוני 1994), חשיפת העובדות ההיסטוריות (CEH) (יוני 1994) וזכויות הילידים (מרץ 1995). התקדמות ניכרת הייתה גם בהסכמים חברתיים-כלכליים וחקלאיים.
בנובמבר 1995 נערכו במקביל בחירות לנשיאות, לבית הנבחרים ולעיריות. בבחירות אלה התמודדו כמעט עשרים מפלגות. הבחירות לנשיאות הוכרעו בסבב שני בו גבר בקושי מועמד PAN אלווארוֹ אָרְסוּ (Álvaro Enrique Arzú Irigoyen) על מועמד ה-FRG אלפונסו פּוֹרְטִיוֹ. ניצחונו של ארסוּ בא לו בזכות הפופולריות לה זכה בעיר הבירה בעקבות כהונתו כראש עיריית גואטמלה סיטי. פורטיו לעומתו זכה בכל המחוזות הכפריים למעט פֶּטֶן. בתקופתו של ארסוּ נסתיימו שיחות השלום בחתימה על הסכם שלום בדצמבר 1996, שחתם 36 שנות סכסוך.