יו-גי-הו! GX
עלילה > עונות > עונה 1: רוכבי הצללים

(פרקים 1 - 52)
ג'ודאי הוא נער צעיר שמאחר למבחני הכניסה לאקדמיית הדו-קרב. בעוד שהוא ממהר, פוגש אותו יוגי מוטו, ומעניק לו קלף בשם "קריבו מכונף" (Winged Kuriboh) בנימוק שהקלף הזה יעזור לו מאוד. לאחר שהוא מקבל את הקלף, ג'ודאי מגלה שהוא יכול לתקשר עם המפלצת השוכנת בפנים.
לאחר שהוא מגיע לאקדמיה, צוות בית הספר בראשות המורה פרופסור קרונוס דה מדיצ'י (בדיבוב: וויליאן קראולר) לא מרוצה מכך שג'ודאי איחר למבחני המיון וכמעט חושב לא למיין אותו. בסופו של דבר, פרופסור קרונוס מחליט לבחון את ג'ודאי בעצמו בדו-קרב, כשהוא בטוח בניצחונו שלו ובהדחתו של ג'ודאי. למרבה ההפתעה, ג'ודאי מנצח אותו, וכתוצאה מכך מתקבל לאקדמיה. למרות הניצחון המוחץ והבלתי צפוי בדו-קרב, ג'ודאי משובץ לבית "סלייפר אדום" בשל הישגיו הגרועים במבחנים בכתב.
עם הזמן, פוגש ג'ודאי את מי שיהפכו לחבריו הטובים ביותר, שו מרופוג'י (סיירוס טרוסדייל), האיאטו מאדה (צ'אמלי הפינגטון), דאיצ'י מיסאווה (בסטיון מיסאווה), ואסוקה טנג'וין (אלכסיס רודס), שמחפשת אחרי אחיה פובוקי (אטיקוס) שנעלם במהלך מאורע שלימים יהיה ידוע כ"התקרית במעונות הנטושים". במקביל, הוא פוגש גם בנער שחצן ומתנשא בשם ג'ון מנג'ומה (צ'אז פרינסטון) שנהיה ליריבו המושבע אך עם הזמן הפך לחלק מהחבורה, ולוחם בדו-קרבות רבים, בהם מתגלה ג'ודאי כדואליסט כישרוני וחזק, ומנצח כמעט בכולם, פרט לדו-קרב יחיד כנגד הסטודנט המצטיין של האקדמיה, ריו "קייזר" מרופוג'י (זיין טרוסדייל). בין לבין העלילה עוקבת גם אחרי מאנג'ומה שחי בצל אחיו הגדולים ומנסה להרשים אותם, ואחרי שו ההססן שמנסה להתגבר על חולשותיו וחוסר הביטחון שלו, ואחרי מערכת היחסים בין ג'ודאי לבין אסוקה.
ג'ודאי וחבורתו לוחמים בעונה הזו כנגד חבורה של שבעה דואליסטים המכנים עצמם "רוכבי הצללים" (בדיבוב. במקור הם נקראים Seven Stars Assassins セブンスターズ刺客). רוכבי הצללים הם דואליסטים המתמחים ב"קרבות צללים", בהם המפסיד מת (נשלח לממלכת הצל בדיבוב), ומטרתם היא למצוא את שלושת קלפי "החיות המקודשות". "החיות המקודשות" הם שלושה שדים רבי עוצמה שכוחם העוצמתי עלול להשמיד עולם ומלואו, ולכן הם נקברו במעמקי האדמה, סמוך למקום עליו נבנתה אקדמיית הדו-קרב. ג'ודאי, יחד עם מנג'ומה, אסוקה, דאיצ'י, קרונוס, "קייזר" ריו, וראש בית סלייפר פרופסור דאיטוקוג'י (פרופסור לימאן באנר) נצטוו לשמור על המפתחות השומרים על הכניסה למקום בו קלפי החיות קבורים. ג'ודאי נלחם ברוכב הצללים הראשון, רק כדי לגלות שמדובר באחיה של אסוקה, ושהוא נשלט על ידי ישות בשם "האפלה" או "Darkness" (בדיבוב: Nightshroud). ג'ודאי מצליח להביס את פובוקי אבל השפעתה של "האפלה" עדיין ניכרת עליו. קרונוס וקייזר מפסידים את המפתחות שלהם לערפדית קאמולה אך היא מובסת בידי ג'ודאי. במהלך הקרב נגד רוכב צללים אחר, אמנאל, שכביכול חטף את פרופסור דאיטוקוג'י, מתגלה כי דאיטוקוג'י מת מזמן ואמנאל הוא בעצמו פרופ' דאיטוקוג'י. המפתחות נופלים בסופו של דבר לידיו של ראש רוכבי הצללים, קאגמארו, שהיה בעברו בכיר ובעל השפעה באקדמיית הדו-קרב. קאגמארו מצליח לשחרר את קלפי החיות המקודשות, ועושה לג'ודאי חיים קשים כשהוא מצליח לזמן את כולם בו זמנית בשלב מסוים, אך לאחר קרב קשה ג'ודאי מצליח להביסו. עם תבוסתו מתגלה כי קאגמארו הזקן בסך הכל רצה להשתמש בכוחן של החיות כדי לקבל נעורי נצח, ובזכות ג'ודאי הוא לומד להעריך את עצמו מחדש.
השנה מסתיימת ומגיעים קרבות הסיום. האיאטו מקבל הצעת עבודה כמעצב קלפים עבור חברת "אשליות תעשייתיות" (החברה של פגסוס) אך לצורך כך הוא חייב להילחם נגד פרופסור קרונוס. אף על פי שהוא מפסיד, קרונוס מרשה לו לעזוב את האקדמיה לטובת הקריירה. "קייזר" ריו, שמסיים את לימודיו כתלמיד המצטיין של האקדמיה, נדרש לבחור דואליסט אחד נגדו יתמודד בקרב הבגרות שלו. הוא בוחר בג'ודאי, ולאחר קרב צמוד מאוד שנגמר בתיקו הוא נפרד מג'ודאי ומעביר לו מסר שבסוף הוא יתפוס את מקומו כדואליסט המצטיין של האקדמיה.