עלייתו של האביר האפל
עלילת הסרט

בעקבות עלילת הסרט הקודם, שבה באטמן הפליל את עצמו בפשעיו של הארווי דנט כדי שמאבקו של דנט בפשע לא יהיה לשווא, פורש ברוס ויין מפעילות ומסתגר באחוזה שלו; מצבו הבריאותי והכלכלי מתדרדר. העירייה מעבירה את "חוק דנט" ובאמצעותו כולאת אלפי פושעים בכלא בלאקגייט, ובכך מפוררת את הפשע המאורגן בעיר. תעשיות ויין פיתחו בחשאי כור היתוך גרעיני שיספק אנרגיה נקייה לעיר שלמה, אך ויין מהסס לחשוף אותו לעולם מחשש שינוצל כנשק גרעיני בידי גורמים עוינים.
הסרט נפתח במטוס שטס מעל שמי סקוטלנד ובו סוכן CIA, קבוצת חמושים ומדען גרעין רוסי בשם ד"ר ליאוניד פאבל. סוכן ה-CIA חוקר קבוצת אנשים נוספת כדי לדעת אודות מנהיג טרור שהיה בעברו שכיר חרב העונה לשם "ביין". ביין וחייליו הורגים את הסוכן ואת אנשיו וחוטפים את פאבל, ואז מפילים את המטוס עם חמוש אחד בפנים כדי להטעות את ה-CIA שיחשוב שד"ר פאבל נהרג בהתרסקות.
במהלך מסיבת צדקה, סלינה קייל פורצת לאחוזת ויין וגונבת מחרוזת פנינים וטביעות אצבע של ברוס. ויין בולש אחר סלינה, ומגלה שהיא גנבת בעלת עבר פלילי נרחב, ושלאט לאט רשויות החוק סוגרות עליה. בינתיים מופיע ביין בגות'אם סיטי ומשליט טרור בעיר, דבר הגורם לוויין לחזור מפרישה ולשוב לפעול כבאטמן. הוא נעזר בלושיוס פוקס כדי לחמש את עצמו, ומצטייד במעין מסוק קרב שנקרא "העטלף", וכולל הכל חוץ מטייס אוטומטי, תכונה שאותה פוקס לא מצליח לתקן.
מפכ"ל המשטרה, ג'יימס גורדון, יורד למערכת הביוב התת-קרקעית, אך נתפס בידי בריוניו של ביין. הוא מצליח לברוח, אך מאבד דף עליו רשם נאום שהכין, בו הוא מספר את האמת על הארווי דנט. הוא ניצל בידי השוטר ג'ון בלייק, שמאמין בחפותו של באטמן ונאמן לגורדון, אשר מובהל לבית החולים.
ביין נכנס לבורסה לניירות ערך של גות'אם, ולוקח בני ערובה. באמצעות טביעות האצבע של ויין הוא מבצע עסקה בשמו של ויין, שבה ויין מפסיד את כל כספו ובפרט את החזקותיו ב"תעשיות ויין". באטמן מופיע ומציל את אחד מבני הערובה, ומגלה שהוא נרדף על ידי הכוח המשטרתי של גות'אם כולו, שחושב שהוא הרוצח של הארווי דנט. בעקבות המרדף המשטרתי, מודיע משרתו אלפרד על פרישתו, שכן הוא איננו רוצה לראות גם את ברוס מת, ובכך "לקבור עוד אחד מבני משפחת ויין" מאחר שהוא כבר קבר את הוריו. אלפרד מספר לו על חלומו לנפוש באיטליה ולראות שם בחטף את ויין נשוי ומאושר. למחרת, ברוס משכנע את מירנדה טייט, שותפתו לחברה ובעלת חזון משותף של אנרגיה נקייה, להשתלט על החברה ולמנוע את נפילתה בידי איש העסקים המושחת ג'ון דאגט, ולשם כך הוא חושף בפניה את הכור הגרעיני של "תעשיות ויין". מירנדה מסכימה להצעה ודאגט נזרק מתוך החברה.
באטמן מציל את סלינה מידי בריוניו של ביין, ומשכנע אותה להוביל אותו לביין תמורת תוכנה שתאפשר לה למחוק את רישומה הפלילי ממאגרי הנתונים של רשויות החוק. סלינה מסכימה אך בוגדת בו, ולוכדת אותו בביוב, שם הוא נאלץ להילחם בביין, שחושף את זהותו כברוס ויין. ביין מביס אותו ומגלה לו את תוכניתו להשמיד את העיר, כדי להשלים את מה ש"ליגת הצללים" של ראס-אל-גול החלה. הוא חושף את תוכניתו גם להשתמש בכור של החברה שלו כפצצה גרעינית ומשתלט על מחסן הנשק הסודי של באטמן. הוא שובר את גבו של האחרון ושולח אותו לצינוק אכזרי במיוחד הנקרא "הבור", שם ויין נאלץ לצפות כיצד ביין משליט טרור על העיר. העינויים בבור הם בעיקר מנטליים ונובעים מהמשחק בין התקווה לטפס על קירות הבור התלולים ולצאת לחופשי, לבין הייאוש של כישלון אחר כישלון.
ביין מפוצץ כמעט את כל הגשרים בגות'אם ולוכד בתוך המנהרות את רוב כוח המשטרה של העיר. הוא מפוצץ אצטדיון פוטבול בתחילתו של משחק חשוב ומכריז על תוכניתו השטנית; הוא חושף שהפך את כור ההיתוך הגרעיני של תעשיות ויין לפצצה גרעינית ואז מחסל את המדען היחיד שיודע כיצד לנטרל אותה - ד"ר פאבל. הוא מטיל מצור על העיר ומכריז שכל מי שיפר את המצור יגרום לו להפעיל את הפצצה מרחוק ולהשמיד את כולם. ממשלת ארצות הברית נאלצת להיכנע לדרישותיו, וגות'אם מבודדת משאר העולם. הוא מכריז על אנרכיה, משחרר את אסירי כלא בלאקגייט, חושף בפני תושבי גות'אם את האמת על הארווי דנט, ומסית אותם להשתולל ברחובות ולבזוז את העשירים. הכנופיות שלו הופכות ל"משטרה" החדשה ומסייעת להריסת העיר. גורדון וסגנו בלייק מתגברים על בריוניו של ביין שנשלחו לחסלו, ומחליטים לנסות להציל את גות'אם עם מה שנותר מכוח המשטרה. הם מגלים שביין מנייד את הפצצה במשאית משוריינת מצופה עופרת לצד שתי משאיות דמה, ולומדים מפוקס שאפשר לנטרלה על ידי החזרת הליבה לתוך הכור, ושללא הליבה היא תתפוצץ בכל מקרה תוך פרק זמן קצוב. בלייק מתכנן מבצע חילוץ ל-3,000 השוטרים שלכודים מתחת להריסות, ומבצע נוסף לאיתור משאית הנפץ, אך גורדון ומספר שוטרים נוספים נתפסים ונידונים על ידי ג'ונתן קריין ל"הגליה" שבה ייאלץ ללכת על הקרח הדק בים סביב גות'אם עד שייסדק ואז יטבעו למוות בעוד מירנדה ופוקס נלקחים כבני ערובה על ידי ביין.
בבור הכלא, שני אסירים, אחד מהם רופא, מרפאים את גבו של ויין ומספרים לו על עברו של ביין. אחד האסירים מספר לו על שכיר חרב - ראס אל-גול, שנידון לבור על ידי שליט, אך חסו על חייו תמורת חיי אהובתו, שנשלחה לבור במקומו. לאהובתו של שכיר החרב נולד בבור ילד, שאחרי התעללות ומותה של אימו, מצליח לברוח. אחרי שוויין לומד מהרופא פילוסופיה חדשה לגבי הפחד ממוות, הוא מצליח לברוח מהבור וחוזר לגות'אם.
בגות'אם הוא מאתר את סלינה ומשכנע אותה לקחת אותו לפוקס, תמורת אותה תוכנה. סלינה מסכימה ולוקחת אותו לפוקס, שמגלה לו הכל אודות הפצצה ומחמש אותו מחדש בחליפת העטלף וב"באט-פוד" (אופנוע העטלף). באטמן חוזר כאשר נותרה פחות מיממה עד שהפצצה תתפוצץ בכל מקרה. הוא מורה לסלינה לפוצץ מנהרה באמצעות ה"באט-פוד" ולהוביל מבצע חילוץ, אך היא מחליטה לחלץ רק את עצמה. באטמן מוביל את פוקס למסוק העטלף ושם פוקס מאלתר מתקן שיחסום את הפעלת הפצצה מרחוק. באטמן מציל את גורדון ואת בלייק, שמנסה לחלץ את השוטרים אך כמעט ונהרג על ידי בריוניו של ביין. באטמן מוביל אותם לתוכנית להצלת העיר: שוטרי גות'אם יחולצו מההריסות ויובילו מרד כנגד ביין, בזמן שגורדון יאתר את הפצצה וישתיל עליה את ההתקן המונע את הפעלתה מרחוק.
באטמן מוביל את המרד, נלחם עם ביין בקרב אחרון ושובר לו את מסכתו אשר מזריקה לו סם מיוחד לריפוי פציעה בפניו, ובכך מביס אותו. הוא חוקר אותו כדי לגלות איפה נמצא מתג הפעלת הפצצה, אך נדקר בצלעו על ידי מירנדה, שמתגלה כטליה אל-גול, בתו של ראס-אל-גול. היא מספרת לו את האמת, על כך שהיא אותו "ילד" שהצליח לברוח מהבור, ושביין היה המגן שלה באותו בור ולכן נחבל קשות על ידי שאר האסירים, דבר שחייב אותו ללבוש מסכה שתקל על כאביו באמצעות הזרקת סם תמידית. היא לוחצת על המתג להפעלת הפצצה, אך גורדון הצליח להתקין לפני כן את החוסם על הפצצה, ובכך למנוע את הפעלתה מרחוק. טליה יוצאת על מנת למנוע מגורדון להסיע את הפצצה לבונקר התת-קרקעי של תעשיות ויין, שם פוקס יחבר לה מחדש את הליבה, ומשאירה את ביין לענות את באטמן; אך האחרון ניצל כאשר סלינה חוזרת על ה"באט-פוד" ויורה בביין, והורגת אותו. יחד עם סלינה, גורדון ופוקס, באטמן מתכנן מבצע להסטת המשאית עם הפצצה לכיוון הבונקר, כאשר באטמן טס במסוק וסלינה רכובה על האופנוע. בסופו של דבר, הם מצליחים להסיט את המשאית אל עבר הבונקר, רק כדי לגלות שטליה הציפה אותו במים לפני שמתה אחרי שהמשאית נפלה מהכביש אל תוך הבונקר ובכך סיכלה את האפשרות לחבר מחדש את הליבה.
בסופו של הקרב, באטמן מחליט לחבר את הפצצה אל מסוק העטלף ולטוס עמה אל עבר המפרץ, הרחק מהעיר. סלינה, פוקס וגורדון מבינים שבביצוע מעשה זה, באטמן ימות, שכן ככל הידוע להם אין במסוק טייס אוטומטי ובאטמן יאלץ לטוס עד הסוף ולהקריב את עצמו. סלינה מעריכה את האלטרואיזם של ברוס ומנשקת אותו. באטמן רומז לגורדון שהוא ברוס, ומעודד אותו בכך שבכל אדם חבוי גיבור. הוא עולה על המסוק וטס עם הפצצה, עד שהיא מתפוצצת הרחק מגות'אם, ובכך מציל את העיר.
באפילוג גורדון ואלפרד מתאבלים על הקבר של ברוס ויין, ופסל בדמות באטמן מוצב במרכז העיר, כאות להערכה הרבה שהעיר רוחשת לגיבור שהציל אותה. בתעשיות ויין, לושיוס פוקס מגלה שברוס ויין תיקן בעצמו את הטייס האוטומטי במסוק העטלף כבר לפני מספר חודשים. בסצנת הסיום נראה אלפרד נופש באיטליה, שם הוא רואה מרחוק את ברוס ויין וסלינה קייל ביחד לאחר שפתחו חיים חדשים, כאשר האחרונה עונדת לצווארה את ענק הפנינים של מרתה ויין, אמו המנוחה של ברוס, בעוד השוטר בלייק אשר מקבל השראה מבאטמן ומחליט לפעול גם הוא כגיבור במסיכה. מתגלה כי שם נעוריו הוא רובין. הוא נכנס אל מערת העטלף ומגלה את הארסנל של באטמן ובכך מסתיים הסרט וכך גם טרילוגיית האביר האפל.