המשלחת האבודה של פרנקלין
חיפושים יבשתיים

בשנת 1854 גילה ג'ון ריי, שעסק בסקירת חצי האי בותיה בשביל חברת מפרץ האדסון, ראיות נוספות לגורל המשלחת. ריי פגש אינואיט סמוך למפרץ פלי (כיום קוגארוק, נונאווט) ב-21 באפריל 1854, וזה סיפר לו על קבוצה של בין 35 ל-40 אנשים לבנים, שמתו מרעב סמוך לשפך נהר בק. אינואיט אחר אישר סיפור זה, שכלל דיווחים על קניבליזם בקרב הימאים הגוועים. האינואיט הראה לריי חפצים רבים, שזוהו כשייכים לפרנקלין ואנשיו. במיוחד קיבל ריי מן האינואיט והביא עמו מזלגות וכפות כסף שזוהו לאחר זמן כשייכים לפרנקלין, פיצג'יימס, קרוזייה ורוברט אוזמר סארג'נט, חובל על סיפון "ארבוס". הדין וחשבון של ריי נשלח לאדמירליות, וזו ביקשה באוקטובר 1854 במפגיע מחברת מפרץ האדסון להוציא משלחת במורד נהר בק לחפש עוד סימנים לפרנקלין ואנשיו.
הבאים בתור היו הסוכן הראשי ג'יימס אנדרסון ועובד החברה ג'יימס סטיוארט, ששייטו צפונה בקאנו אל שפך נהר בק. ביולי 1855 סיפרו להם קבוצת אינואיטים על קבוצה של "גאלונאט" ("לבנים" בשפת האינואיטים), שגוועו ומתו ברעב לאורך החוף. באוגוסט מצאו אנדרסון וסטיוארט חתיכת עץ ועליה הכתובת "ארבוס" ואחרת שעליה נכתב "מר סטנלי" (רופא על ה"ארבוס") על האי מונטריאל במפרצון שאנטריי, שם פוגש נהר בק את הים.
על אף ממצאיהם של רה ואנדרסון, האדמירליות לא תכננה עוד חיפוש משלה. ב-31 במרץ הגדירה בריטניה רשמית את אנשי הצוות כמי שנספו במהלך שירותם. ליידי פרנקלין, משלא הצליחה לשכנע את הממשלה לממן עוד חיפוש, כינסה על דעת עצמה עוד משלחת אחת בראשות פרנסיס לאופולד מקלינטוק.
ספינת המשלחת, אוניית קיטור דו-תורנית בשם "פוקס", נקנתה בתרומות הציבור והפליגה מאברדין ב-2 ביולי 1857.
באפריל 1859 יצאו קבוצות של נוהגי מזחלות מן ה"פוקס" לחיפושים על אי המלך ויליאם. ב-5 במאי מצאה קבוצה בהנהגת לוטננט ויליאם הובסון מסמך, שהשאירו קרוזייה ופיצג'יימס בתוך גלעד. במסמך היו שני מסרים. בראשון, מיום 28 במאי 1847, נאמר כי "ארבוס" ו"טרור" חרפו בתוך הקרח סמוך לחוף הצפון-מערבי של אי המלך ויליאם ולפני כן חרפו באי ביצ'י אחרי שהקיפו את האי קורנווליס. "סר ג'ון פרנקלין מפקד על המשלחת. הכל כשורה'," נאמר במסר. המסר השני, שנכתב בשוליים של אותו דף נייר, היה מבשר רעות פי כמה. בתאריך 25 באפריל 1848 דווח בו, כי "ארבוס" ו"טרור" לכודות בקרח זה שנה ומחצה וכי הצוות נטש את האוניות ב-22 באפריל. עשרים וארבעה קצינים ואנשי צוות מתו, בהם פרנקלין, ב-11 ביוני 1847, רק שבועיים אחרי מועד הפתק הראשון. קרוזייה קיבל פיקוד על המשלחת, ו-105 השורדים תכננו לצאת לדרך למחרת היום, דרומה לעבר נהר בק. הפתק הזה מכיל טעויות משמעותיות; בעיקר בולטת השגיאה במועדי מחנה החורף של המשלחת באי ביצ'י, שנמסרו כ-1846–1847 ולא 1845–1846, כפי שהיה במציאות.
משלחת מקלינטוק מצאה גם שלד אדם על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם. בבגדים, שהיו עדיין על השלד, נערך חיפוש ונמצאו אי-אילו מסמכים, כולל תעודת ימאי של מש"ק בכיר הנרי פגלר (נ. 1808), קפטן על אה"מ "טרור". ואולם, הואיל והמדים היו אלה של כלכל הספינה, נראה סביר יותר שהגופה הייתה של תומאס ארמיטאג', כלכל נשקייה על "טרור" ועמית של פגלר, שאת מסמכיו נשא. באתר אחר בקצה המערבי של האי, גילה הובסון סירת הצלה, שהכילה שני שלדים וחפצים ממשלחת פרנקלין. בסירה הייתה כמות גדולה של ציוד נטוש, כולל מגפיים, מטפחות משי, סבון מבושם, ספוגים, נעלי בית, מסרקים והרבה ספרים, בהם עותק של "הכומר מווייקפילד". מקלינטוק גבה גם עדות מאינואיט באשר לסופה המר של המשלחת.
שתי משלחות בין 1860 ל-1869 בהנהגת צ'ארלס פרנסיס הול, שחי בקרב האינואיטים סמוך למפרץ פורבישר על האי באפין ולאחר מכן במפרץ ריפאלס בקנדה גופא, מצאו מפות, קברים וחפצים על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם, אך הול סבר, ששום ניצולים ממשלחת פרנקלין לא יימצאו בקרב האינואיטים. בשנת 1869 לקח אותו אינואיט מקומי אל קבר רדוד על אי המלך ויליאם, שהכיל שרידי שלד שמורים היטב וקרעי בגדים. השרידים הללן נלקחו לאנגליה ונקברו מתחת למצבת פרנקלין בקולג' הימי המלכותי הישן של גריניץ', לונדון. הביולוג הנודע תומאס הנרי האקסלי
בחן את השרידים והגיע למסקנה, שהם שייכים לHTD לה וקונט, לוטננט ב"ארבוס". מבדיקה שנערכה בשנת 2009 עולה, שהיו אלה שרידיו של הארי גודסר, עוזר לרופא ב"ארבוס". אף כי מסקנתו של הול הייתה, שכל צוותו של פרנקלין נספה, הוא סבר שהרשומות הרשמיות של המשלחת עתידות בכל זאת להימצא מתחת לגלעד אבנים. בעזרת מדריכיו אביירבינג וטוקוליטו, צבר הול מאות דפים של עדויות אינואיטים. בחומרים אלה כלולים תיאורי ביקורים של האוניות של פרנקלין, ומפגש עם קבוצה של אנשים לבנים על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם סמוך למפרץ וושינגטון. בשנות ה-90' של המאה ה-20 חקר דייוויד ק. וודמן באופן יסודי את העדויות האלה וביסס עליהן את שני ספריו, ravelling the Franklin Mystery (1992)
ו-(Strangers Among Us, (1995, שבהם הוא משחזר את החודשים האחרונים של המשלחת.
התקווה למצוא את המסמכים האבודים הללו הניעה את לוטננט פרדריק שוואטקה מצבא ארצות הברית לארגן משלחת אל האי בין 1878 ל-1880. לאחר שהפליג אל מפרץ האדסון בדו-תורנית "אותן", יצא שוואטקה צפונה, ברגל ועם כלבי מזחלות, עם צוות ובו אינואיטים שסייעו להול. במסעו זה ריאיין אינואיטים, באתרים ידועים או מתקבלים על הדעת של שרידי משלחת פרנקלין, וחרף על אי המלך ויליאם. אף כי נכשל במאמציו למצוא את המסמכים המיוחלים, ציין שוואטקה, בנאום שנשא בסעודה חגיגית שערכה לכבודו החברה הגאוגרפית האמריקאית בשנת 1880, כי משלחתו ביצעה את "מסע המזחלות הארוך ביותר שהתקיים מאז ומעולם, הן במושגי זמן והן במושגי מרחק", למשך 11 חודשים ו-4 ימים ולמרחק 4360 ק"מ, שהייתה זו המשלחת הארקטית הראשונה שבה הסתמך האדם הלבן אך ורק על תזונת האינואיטים, וכי היא הוכיחה "מעבר לכל ספק סביר" את אובדן רשומות פרנקלין. משלחת שוואטקה לא מצאה שום שרידים של המשלחת דרומית למקום שנודע בשם "מפרץ הרעב" על חצי האי אדלייד. מקום זה היה הרחק צפונית ליעד שקבע קרוזייה, נהר בק, וכמה מאות מילין הרחק מן המוצב המערבי הקרוב ביותר, על ימת העבדים הגדולה. וודמן כתב על דיווחי אינואיטים, שבין 1852 ל-1858 נראו קרוזייה וחבר משלחת אחר באזור אגם בייקר, כ-400 ק"מ דרומה, שם מצא פארלי מוואט ב-1948 "גלעד עתיק מאוד, לא במבנה אסקימואי רגיל", שבתוכו היו שבריה של תיבת עץ עם חיבורים מצולבים. וודמן לא הצליח להתחקות על מקור הדיווחים האינואיטים הללו, ובונה הגלעד שמצא מוואט או מקורותיו לא נודעו.