זולפיקאר עלי בהוטו
נשיא פקיסטן

כנשיא, בהוטו פנה אל האומה בשידור רדיו וטלוויזיה, ואמר: "בני ארצי היקרים, חברי היקרים, תלמידי היקרים, עובדים, איכרים... אלה שנלחמו עבור פקיסטן... אנו ניצבים בפני הגרוע שבמשברים שידעה ארצנו, משבר קטלני. אנו חייבים לאסוף את השברים, שברים קטנים מאוד, אבל אנו ניצור פקיסטן חדשה, פקיסטן משגשגת ומתקדמת." בהוטו ציווה לשים את יחיא במעצר בית, הגיע להסכם שביתת נשק וציווה על שחרורו של שייך מוג'יב, אשר נאסר על ידי הצבא. כדי להשיג מטרה זו ביטל בהוטו את פסק הדין במשפטו של מוג'יב, בו נידון מוג'יב למוות על ידי שופט צבאי. בהוטו מינה ממשלה חדשה. ב-2 בינואר 1972 הכריז על הלאמת כל מפעלי התעשייה המרכזיים במדינה, כולל מפעלי פלדה, תעשייה כבדה, מפעלים פטרוכימיים, מלט ותשתיות ציבוריות. מדיניות עבודה חדשה הוכרזה במטרה לחזק את זכויות העובדים ואת כוחם של איגודי העובדים. אף שמוצאו של בהוטו הוא במשפחה פאודלית, בעלת קרקעות, הוא הכריז על מדיניות המגבילה את זכויות הבעלות בקרקע וכתוצאה ממנה הלאימה המדינה כ-4,000 קמ"ר אדמות פרטיות, אשר חולקו בין איכרים שהיו אריסים עד לאותה עת. יותר מ-2,000 עובדי ציבור פוטרו ממשרותיהם באשמת שחיתות. ב-3 במרץ 1972 פוטרו מפקדי הצבא כיוון שסירבו למלא פקודות לדכא שביתה נרחבת של כוחות המשטרה בחבל פונג'אב. בהוטו מינה את גנרל טיקה חאן כמפקד הצבא, כיוון שחש כי טיקה לא יתערב בעניינים מדיניים ויתרכז בשיקום צבא פקיסטן. ב-14 באפריל כונסה האספה הלאומית וב-21 באפריל בוטל הממשל הצבאי ונבחרי העם קיבלו את הסמכות לכתוב חוקה חדשה למדינה.
בהוטו ביקר בהודו ונפגש עם ראש ממשלת הודו, אינדירה גנדי, עמה הגיע להסכם שלום במסגרתו שוחררו 93,000 שבויי מלחמה פקיסטנים. ב-2 ביולי 1972 חתמו מנהיגי שתי המדינות על הסכם שימלה, שבו התחייבו על קו השליטה באזור קשמיר. עוד התחייבו לנסות ולפתור סכסוכים בעתיד בדרכי שלום ובמשא ומתן. בהוטו אף הבטיח לקיים פגישת פסגה לפתרון סכסוך קשמיר בדרכי שלום והבטיח להכיר בעצמאותה של בנגלדש. אף על פי שהשיג את שחרורם של שבויי המלחמה הפקיסטנים, ההסכם ספג ביקורת עזה מבית על ויתוריו לממשלת הודו.
בהוטו יסד בפקיסטן תוכנית לפיתוח נשק גרעיני וב-28 בנובמבר 1972, חנך את הכור הגרעיני הראשון בפקיסטן, שנבנה בסיוע קנדי בעיר קראצ'י. בינואר 1973 ציווה על הצבא לדכא התקוממות בחבל בלוצ'יסטן ופיזר את ממשלות בלוצ'יסטן וחבל החזית הצפון מערבית. ב-30 במרץ 1973 נאסרו 59 קציני צבא על תכנון הפיכה כנגד בהוטו והוא מינה את מוחמד זיא אל-חאק לעמוד בראש בית המשפט הצבאי שנועד לחקור ולשפוט את החשודים. ב-12 באפריל אושרה ונכנסה לתוקף החוקה החדשה של פקיסטן. החוקה הכריזה על פקיסטן כ"רפובליקה איסלמית" עם ממשל פרלמנטרי. ב-10 באוגוסט העביר בהוטו את משרת הנשיא לפאזאל לאהי צ'אודרי וקיבל על עצמו את משרת ראש הממשלה.
בהוטו הכיר רשמית בעצמאותה של בנגלדש בחודש יולי. הוא ספג ביקורת קשה בפקיסטן לאחר שבעת ביקור בבנגלדש הניח זר על אנדרטה ללוחמי החופש הבנגלדשים. בהוטו המשיך לפעול לקירוב היחסים בין פקיסטן לסין, ערב הסעודית ומדינות מוסלמיות אחרות. בחודש פברואר 1974 אירח בלהור את ועידת הפסגה השנייה של המדינות המוסלמיות.
עם זאת, בהוטו עמד בלחצים קשים של מנהיגים מוסלמים להכריז כי קהילות האחמדים אינם משתייכים לאסלאם. משנכשל בהרגעת אלימות על רקע דתי, העביר באספה הלאומית שינוי לחוקה שנכנע ללחצים אלה. בהוטו המשיך בתוכניות ההלאמה והרחיב את שליטת הממשלה בעיבוד חקלאי ובתעשיית מוצרי הצריכה. בעצתו של אדמירל אחסן, חנך את פורט קאסים והרחיב את שטחי הנמל סמוך לקראצ'י. אולם, מצב כלכלתה של פקיסטן הורע עקב ירידה באמון המגזר הפרטי בממשל ועליה בבירוקרטיה. בשנת 1976 מינה בהוטו באופן מפתיע את מוחמד זיא אל-חאק כמפקד הצבא, כשהוא פוסח בכך על חמישה קצינים בכירים ממנו.