אחמד שאה מסעוד
הפלישה הסובייטית > ההתנגדות לפלישה הסובייטית (1979–1989)

בעקבות הפלישה והכיבוש הסובייטי של אפגניסטן, הכין מסעוד תוכנית אסטרטגית לגירוש הכוחות הפולשים ולהפלת השלטון הקומוניסטי. השלב הראשון בתוכנית הייתה הקמת כוח התנגדות שייהנה מאמון העם. השלב השני היה "מלחמה אקטיבית" על מעוז פנג'שיר תוך כדי ביצוע לוחמה אסימטרית. השלב השלישי היה השתלטות על חלקים נרחבים בחלקה הצפוני של המדינה. השלב האחרון היה השתלטות על כל שאר חלקי המדינה תוך כדי הבסה והפלת הממשלה הקומוניסטית האפגנית.
מתחילת המלחמה, כוחותיו של מסעוד תקפו את האזורים שנכבשו על ידי הסובייטים, הקימו מארבים לשיירות וגרמו למחסור בדלק בבירה קאבול. בתגובה ערכו הכוחות הסובייטים סדרה של מתקפות משוריינות על מחוז פנג'שיר. בין השנים 1980 ל-1985 מתקפות הנגד נערכו בתדירות של פעמיים בשנה. על אף הגדלת כוח האדם והנשק בין כל תקיפה, לא הצליחו הכוחות הסובייטים להכניע את כוחותיו של מסעוד. בשנת 1982 החלו הסובייטים במבצע רחב-היקף באזור פנג'שיר. בשל כך הסיג מסעוד את כוחותיו אל אזורים הנמצאים סביב העמקים שם היו בעמדת יתרון. כאשר טורי החטיבות הסובייטיות נכנסו אל העמקים הללו הן נפלו למארבים של כוחותיו של מסעוד. בסוף אותו קרב לאחר נסיגת הכוחות הסובייטים השתלטו כוחותיו של מסעוד בחזרה על האזורים שמהם נסוגו בתחילה.
בשנת 1983, הציעו הסובייטים למסעוד הפסקת אש זמנית, אשר התקבלה על ידיו וזאת במטרה לבנות מחדש את כוחותיו ולאפשר לאזרחים הפוגה מן ההתקפות הסובייטיות. מסעוד ניצל את ההפוגה בצורה טובה, הוא הקים את המועצה המפקחת (شوراء نظار) אשר איחדה 130 מפקדים המגיעים מ-12 מחוזות שונים שנמצאו בלחימה. המועצה הייתה כמעין מפלגה חיצונית למפלגות של פשאוור שהיו מועדות ליריבויות והתקוטטויות בינן לבין עצמן. יתר על כן עזרה המועצה בהחלקת ההבדלים והיריבויות שהיו קיימות כתוצאה ממחלוקות פוליטיות ואתניות. מועצה זו היוותה דוגמה למה שיכל לקום בהמשך בתור הצבא האיסלאמי באפגניסטן המאוחדת.
היחסים של מסעוד עם מטה המפלגה בפשאוור היו מתוחים לעיתים קרובות כתוצאה מן העובדה שבורהנודין רבאני התעקש לתת אספקת כלי נשק שווה עבור כל המפקדים האזוריים כולל אלו שכמעט לא השתתפו בלחימה. כדי לפצות על מחסור זה, הסתמך מסעוד על הכנסות נמשכות מיצוא של ברקת ואבן התכלת, שמנוצלים באופן מסורתי בצפון אפגניסטן.
על מנת לארגן תמיכה בלוחמיו, מסעוד הקים מערכת מנהלית שכפתה חוק וסדר באזורים שהיו תחת שליטתה. מחוז פנג'שיר ל-22 בסיסים כאשר בראש כל אחד מהם עמד מפקד צבא ואיש מינהלה אזרחי. יתר על כן לכל בסיס הייתה רשות שופטת אשר בראשה עמד שופט. המדיניות שמסעוד התווה יושמה על ידי מספר ועדות שונות: ועדה כלכלית שיישמה את מימון המאמץ המלחמתי, ועדת בריאות שטיפלה בשירותים הרפואיים באמצעות סיוע של מתנדבים מארגונים זרים הומניטריים לא ממשלתיים. ועדת חינוך הייתה אחראית על תרגולי הצבא, כמו כן הוקמו גם ועדות לענייני תרבות, משפט וכדומה.
כתוצאה מן ההתרחבות של כוחותיו של מסעוד, נשיא המדינה מטעם הסובייטים, בברק כארמל (ببرک کارمل) שהכוחות הסובייטים יחזרו לתקוף במטרה לרסק את הקבוצות במחוז פנג'שיר. מסעוד אשר קיבל התראה מוקדמת על המתקפה באמצעות מרגלים שהיו לו בממשלה, הספיק לפנות את כל 130,000 התושבים מן העמק אל עבר שרשרת הרי הינדו-כוש ובכך השאיר את הסובייטים להפצצה מלאה על אזור ריק והבאת הגדודים הסובייטים אל פנים ההרים. לאחר הבסת התקיפות הסובייטיות-אפגניות, מסעוד המשיך בחלק השני של תוכניתו האסטרטגית: הרחבת ההתנגדות ושחרור את המחוזות הצפוניים של אפגניסטן. באוגוסט 1986 כוחותיו השתלטו על מחוז תח'אר. בנובמבר של אותה שנה השתלטו כוחותיו על מפקדות הממשלה במחוז בגלאן, דבר שהיווה נקודת ציון חשובה לניצחון ההתנגדות. ההתרחבות הורגשה גם במישור הדיפלומטי כאשר יותר ויותר מפקדי מוג'אהדין השתכנעו לאמץ את המערכת הצבאית שיושמה בפנג'שיר.
על אף שהיה נתון תחת מתקפה קבועה של כוחות הצבא האדום וכוחות הצבא האפגני ששיתף פעולה עם הסובייטים, הצליח מסעוד להגדיל את כוחו הצבאי. בתחילה, בשנת 1980 מנה הכוח שפעל תחתיו קצת פחות מ-1,000 לוחמי גרילה מצוידים היטב, ובשנת 1984 מנו לוחמי עמק פנג'שיר כבר כ-5,000 לוחמים מצוידים היטב. לאחר הרחבת הלחימה מחוץ לעמק ולמחוז הצליח להגדיל מסעוד את מצבת כוחותיו לכ-13,000 לוחמים בשנת 1989. כוחות אלו חולקו לסוגים שונים של יחידות: המקומיים התמקדו בהגנה סטטית ובשמירה על עמדות מפתח (מבוצרות). הטובים מבין המקומיים קודמו ליחידה שתפקידה היה להיות כוחות ניידים שיעזרו בהגנת עמדות המפתח. סוג כוח נוסף היה יחידה ניידת, יחידה קטנה, דמויות קומנדו אשר משימתה ביצוע התקפות פתע-וחזור מחוץ למחוז, לפעמים בנקודות המרוחקות כ-100 קילומטרים מן המחוז. יחידה זו הכילה חיילים מקצוענים, אשר החל משנת 1983, הובילו התקפות אפקטיביות נגד עמדות של הממשל. בשונה מכוחות המוג'אהדין האחרים, קבוצות אלה לבשו מדים, והשימוש שלהם בכובעי פכול (پکول) גרם לכך שסוג כובע זה ייתפס כסמל של החוזק וההתנגדות האפגנית.
הארגון הצבאי של מסעוד הביא לפשרה יעילה בין שיטת הלחימה המסורתית של האפגנים לבין העקרונות המודרניים של לוחמת גרילה שאותם הוא למד מספריהם ועבודותיהם של מאו דזה-דונג וצ'ה גווארה. כוחותיו של מסעוד נהפכו ונחשבו לכוחות היעילים ביותר מבין כל תנועות ההתנגדות השונות באפגניסטן. ארצות הברית סיפקה דברים מועטים אם בכלל לכוחותיו של מסעוד. אחת מן הסיבות לכך נבעה מכך שרוב מימון הנשק הלך לפקיסטן אשר העדיפה את מנהיג אחת מן המיליציות היריבות גולובודין חכתמיאר. בראיון נשמע מסעוד שאומר "חשבנו שה-CIA יודע הכל, אבל הם לא. הם תמכו באנשים בעייתיים (התכוון לחכתמיאר)". תומכיו העיקריים של מסעוד במחלקת המדינה האמריקנית היו אדמונד מקוויליאמס ופיטר טומסן, שהיו בשטח באפגניסטן ובפקיסטן. במסגרת המלחמה נגד הסובייטים זרמו עשרות אלפי מתנדבים מבחוץ אל תוך אפגניסטן וזאת תוך מטרה להפוך לחלק מלוחמי המוג'יהידין שנלחמים בכוחות הסובייטים.
הצבא הסובייטי והצבא האפגני-קומוניסטי נחלו מפלות על ידי מסעוד ולוחמיו בעיקר בקרבות קטנים שהתרחשו בין השנים 1984 ל-1988. בשנת 1989 לאחר שתיאר הפעולה הסובייטית באפגניסטן כ"פצע מדמם" החליט מיכאיל גורבצ'וב להסיג את הכוחות הסובייטים מן המדינה. ב-15 בפברואר 1989, עזב החייל הסובייטי האחרון את המדינה.