Half-Life 2
עלילה

המשחק מתחיל בנאום של הג'י-מאן. לאחר מכן גורדון מוצא את עצמו ברכבת המגיעה ל"עיר 17”, ככל הנראה עיר מרכזית מאחר שדוקטור ברין חי במצודה שנמצאת בה. על פי הארכיטקטורה של העיר ורמזים נוספים, מקובל להניח שהעיר נמצאת במזרח אירופה משום שבנוסף לארכיטקטורה מוצאים הרבה מילים הכתובות באלפבית הקירילי (כגון: במפעלים, בתי חולים וכו'). הוא פוגש את בארני קלהון, המשתף פעולה עם המחתרת המורדת בשלטון הקומביין.
בארני מתקשר למעבדתו של אייזק קליינר. גורדון נפרד מבארני ויוצא אל מעבדתו של ד"ר קליינר. בדרכו למעבדה, עולה גורדן לבניין ושם תופסים אותו הקומביין. פרימן מתעורר מהשוק החשמלי (לאחר ששומעים קולות מוות של קומביין ומספר קולות של בעיטות קרטה) ורואה את אלכס ואנס, בתו של אילי ואנס. השניים עושים את דרכם אל מעבדתו של קליינר.
במעבדה מוצא גורדון את חליפת ה-HEV שלבש במשחק הקודם, ומגלה על קיומו של ניסוי במכשיר שיגור. אלכס משמשת נסיינית עבור המכשיר, ומשוגרת בהצלחה למעבדתו של איליי ואנס. לאחר שגורדון נכנס לתוך המתקן, מתרחשת תאונה, והוא מופיע בטעות במשרדו של ד"ר ברין, שמזהה אותו. לאחר מכן גורדן נמצא בלב ים שם רואה יצור דמוי כריש ולאחר כמה שניות הוא מופיע ליד המעבדה של קליינר. קליינר מחליט לערוך תיקונים במתקן השיגור, וגורדון נאלץ להגיע ברגל אל הבסיס של איליי ואנס. בדרך אל הבסיס פוגש גורדון כמה מחברי המחתרת, ביניהם מספר חייזרים מגזע הוורטיגונים, העוזרים לבני האדם. ניתן להבחין בג'י-מאן לכמה שניות באזורים מסוימים.
גורדון מגיע לבסוף אל הבסיס של ואנס (בעזרת אופנוע ים), ופוגש שם את ד"ר ג'ודית' מוסמן, מדענית. אלכס, שהגיעה קודם, מציגה לגורדון מכשיר מיוחד המאפשר הרמה והטלה של חפצים שונים (“אקדח כוח המשיכה" או בלועזית "Gravity Gun"), וגורדון לוקח אותו. לאחר ההדגמה, הבסיס שבו נמצא גורדון מותקף על ידי הקומביין וחייזרים מהמשחק הקודם שגורמים לאנשים להיות זומבים (אלה נקראים Headcrabs). גורדון מופרד מאלכס, ונאלץ להימלט אל רייבנהולם (Ravenholm), עיר שכל תושביה הפכו לזומבים. הוא פוגש את הניצול האחרון בעיר, האב גריגורי (שנשמע במהלך המשחק כאליו הוא מטורף לגמרי, אבל אמיץ), המסייע לגורדון להימלט. כעת, גורדון מגיע לבסיס נוסף של המחתרת, שם אלכס יוצרת איתו קשר באמצעות רדיו. אלכס מודיעה לגורדון שאביה נלקח על ידי הקומביין לנובה פרוספקט (Nova Prospect), כלא שנמצא לא רחוק העירה. גורדון מגיע לנובה פרוספקט, ופוגש שוב את אלכס. השניים מגלים היכן נמצא איליי, וגם רואים שג'ודית מוסמן היא למעשה מרגלת עבור הקומביין. הם מחלצים את איליי, ולאחר מכן אלכס מתעממת עם מוסמן. גורדון ואלכס מגלים שג'ודית סייעה לקומביין לבנות מתקן שיגור מלשהם. ג'ודית יוצרת הסחה, ומשגרת את עצמה ואת איליי ואנס למצודה שבעיר 17. אלכס וגורדון מנסים להימלט למעבדתו של דוקטור קליינר דרך מתקן השיגור, אך כוחות הקומביין שמתפרצים ברגע השיגור לחדר בו נמצא המתקן, יורים בו וגורמים לתקלה. בעקבות התקלה, גורדון ואלכס מגיעים אל מעבדתו של קליינר שבוע לאחר מכן, כאשר הזמן נמשך עבורם שנייה אחת בלבד (ייתכן שזה מה שהג'י-מאן עשה לגורדון כאשר הכניס אותו למצב קיפאון). בשבוע שחלף כוחות המחתרת החלו לתקוף ישירות את הקומביין. גורדון ואלכס מצטרפים ללחימה, על מנת להגיע אל המבצר ולשחרר את איליי. במהלך הלחימה, אלכס נלקחת בשבי.
גורדון מגיע בסופו של דבר למבצר, אך גם הוא נלכד ומובא למשרדו של ד"ר ברין, בו מוחזקים אלכס ואביה. לאחר שברין מאיים לשלוח את איליי ואלכס לכוכב הבית של הקומביין. בעקבות האיום, ג'ודית מחליטה לסייע לגורדון ותוקפת את ברין, שנמלט. לאחר מכן שומע גורדון את ברין מדבר עם נציג של הקומביין, ובסופו של דבר מחליט להימלט לכוכב הבית של הקומביין על ידי שיגור. גורדון רודף אחריו, ועוצר אותו על ידי השמדת "כור האנרגיה האפלה" של המבצר. לאחר מכן, גורדון ואלכס נלכדים בפיצוץ עז, שנעצר על ידי הג'י-מאן, המקפיא את הזמן. הג'י-מאן נואם שוב בפני גורדון, ומכניס אותו למצב קיפאון.