תיקים באפלה
דמויות מרכזיות

פוקס מאלדר (מגולם על ידי השחקן דייוויד דוכובני) - סוכן ה-FBI המאמין בתופעות על טבעיות, בניגוד לסוכנת סקאלי המציגה הסברים מדעיים לתופעות שנראות על פניהן כעל טבעיות. נהיה אובססיבי לחקר העל-טבעי לאחר שאחותו נחטפה בילדותו. אביו נרצח ואימו התאבדה.
דיינה סקאלי (מגולמת על ידי השחקנית ג'יליאן אנדרסון) - רופאה בהכשרתה, סקאלי צורפה למאלדר כדי לתת את הצד ה"מדעי" בחקירה, וגם, כפי שמאלדר חושד כבר בפגישתם הראשונה, לרגל אחר עבודתו. אף שבתחילה תפקידה היה מנוכר לנושאי החקירה, לתופעות על-טבעיות ולמאלדר עצמו, עברה עם הזמן לשתף פעולה עם מאלדר באופן הדוק, וסייעה לו לפעול על פי אמונתו גם כשזו נראתה לה מגוחכת. אביה היה איש חיל הים שמת מהתקף לב בעונה הראשונה, ואחותה נרצחה, כאשר זוהתה בטעות כסקאלי.
וולטר סקינר (מגולם על ידי השחקן מיטש פילגי) - סגן מנהל בדרגתו והאחראי על עבודתם של שני הסוכנים. בתחילת הסדרה היה נציג סוכנות ה-FBI, כאשר לא פעם הקשה על מאלדר וסקאלי בעבודתם, בעיקר בכל הנוגע לטיוח מעשים אפלים של הממשל. עם הזמן החל לסייע להם. בהמשך הועבר מפיקוח על סקאלי ומאלדר (אולם המשיך להופיע בסדרה).
ג'ון "ג'יי" דאגט (מגולם על ידי השחקן רוברט פטריק) - נחת לשעבר שעבד במשטרת ניו יורק. לאחר שבנו נהרג הוא הצטרף ל-FBI ולוקח את מקומו של מאלדר בעונה השמינית לאחרי שנעלם במסתוריות, בתור השותף החדש של סקאלי שלא כל כך מחבבת אותו.
מוניקה רייז (מגולמת על ידי השחקנית אנבת' גיש) - סוכנת FBI והשותפה של דאגט מהעונה השמינית, היא נוצרית אדוקה, אך לא מאמינה בחוצנים כמו מאלדר, לא מתעסקת במדע כמו סקאלי ולא הומוריסטית כמו דאגט.
"גרון עמוק" (מגולם על ידי השחקן ג'רי הארדין) - המקור החשוב הראשון של מאלדר. איש ממשל בכיר שהכיר את אביו. סיפק למאלדר מידע רב, גישה למתקנים ממשלתיים ואזהרות, כאשר מניעיו מעולם לא היו ברורים. כדי ליצור עמו קשר, מאלדר היה מציב מנורת אור שחור בחלונו. בסוף העונה הראשונה הוא נהרג על ידי אנשי 'הסינדיקט' שגילו שהוא נותן למאלדר מידע מסווג על חוצנים.
מר X (מגולם על ידי השחקן סטיבן ויליאמס) - אחד מבכירי ה"אנשים בשחור", קבוצת סוכנים בה השתמש הסינדיקט להבטחת קיומה של הקונספירציה. היה המודיע של מאלדר לאחר "גרון עמוק". הוא נהרג בעונה הרביעית על ידי אחד הסוכנים של 'סינדיקט' בדירתה של סקאלי.
האיש המעשן (מגולם על ידי השחקן ויליאם ב. דייוויס) - הנבל הראשי. מעשן כבד, חבר בארגון ממשלתי סודי בשם 'הסינדיקט' שמסתיר מפני הציבור את המזימה להתיישבות חוצנים על כדור הארץ. האיש המעשן הופיע בפרק הראשון של הסדרה, שם פיקח על חקירתה של סקאלי, והמשיך לפעול במהלך הסדרה והופיע אף בפרק האחרון. נראה כי בעבר היה אחראי לאירועים היסטוריים כרצח קנדי ורצח מרטין לותר קינג. יש לו קשרים מיוחדים למשפחתו של מאלדר, והוא הכיר היטב את אביו.
האיש מטופח הציפורניים (מגולם על ידי השחקן ג'ון נוויל) היה החבר הבריטי בארגון "הסינדיקט" אולם לא תמיד אהב את שיטות הפעולה של הארגון, התנצח פעמים רבות עם האיש המעשן/איש הסיגריות והיה האדם המוסרי והמתחשב בסינדיקט. מטופח הצפורניים בחר להעסיק את איש הסיגריות רק בגלל "כישוריו ויכולתו", אף על פי שהסתייג מדרכי פעולתו. כך למשל, הוא הזהיר את סקאלי שמישהו רוצה להתנקש בחייה, וכשהסינדיקט חטפו את סקאלי כדי לגרום למאלדר להפסיק את החיפוש אחרי האמת, מטופח הציפורניים עזר למאלדר ונתן לו נקודות ציון למקום הימצאה של סקאלי כמו גם את התרופה כדי להציל אותה. כנקמה על התערבותו, הסינדיקט מילכדו את מכוניתו בחומר נפץ והוא נהרג בהתפוצצות מכוניתו (סרט הקולנוע הראשון - תיקים באפלה: הסרט).
האקדוחנים הבודדים - ריצ'רד "רינגו" לאנגלי, מאלווין פרוהיקי וג'ון פיצג'רלד ביירס (מגולמים על ידי השחקנים דין הגלונד, טום בריידווד וברוס הארדווד). השלושה חובבי תאוריות קשר וחבורה המפקחת על הממשל. הם מפרסמים עלון ששמו "האקדוחנים הבודדים". הם פריקים של מחשבים וידידים טובים של מאלדר. הוא בא אליהם כדי לחפש מידע שאינו משיג בערוצים הרגילים. יש להם קשרים למקורות מידע שהוא לא יכול להשיג. השלושה נפגשו ביריד מחשבים (הם היו דוכן ליד דוכן), ושם חברו יחדיו כדי להגן על אישה שטוענת שאדם מסוכן רודף אחריה. האדם המסוכן היה לא אחר מאשר מאלדר וכך האקדוחנים הבודדים פגשו זה את זה ואת מאלדר ("החשוד הלא מיידי", עונה חמישית). השלושה מצאו את מותם כשהגנו על המולדת מפני גז רעיל ("כרישים וטורפים אחרים").