מערכת ויקסבורג
תוצאות

אף על פי שמספר הנפגעים שספגו הצדדים היריבים במהלך המצור היה קטן יחסית - 3,202 מן הקונפדרציה ו-4,835 מן האיחוד - ההישג הגדול של גרנט היה באילוץ ארמיית המיסיסיפי כולה להיכנע, הכוח הגדול השני של הקונפדרציה שצבאו הכניע בשלמותו מתחילת המלחמה (הראשון הייתה בפורט דונלסון): 29,495 חיילים נכנעו. תנאי הכניעה כללו שחרור על תנאי, כיוון שגרנט לא רצה להאכיל כ-30,000 שבויים ולהשיטם צפונה למחנות שבויים, דבר אשר היה מעסיק את הצי וחלק מצבאו במשך שבועות; גרנט כבר חשב על מהלכי ההתקפה הבאים. במהלך מערכת ויקסבורג, החל מ-29 במרץ, נהרגו ונפצעו 10,142 חיילי איחוד ו-9,091 חיילי קונפדרציה.
התבוסה במערכת ויקסבורג הייתה המכה המשמעותית השנייה שספגה הקונפדרציה במהלך קיץ 1863. ב-3 ביולי, בקרב גטיסברג, התמוטטה פלישתו של גנרל רוברט א' לי לצפון; ב-4 ביולי, הונף דגל הכוכבים והפסים מעל ויקסבורג. הכניעה ביום העצמאות האמריקאי הייתה מכה צורבת לקונפדרציה. חיילי האיחוד התנהגו בצורה מכובדת, התרועעו עם אנשי העיר, וחילקו מנות קרב לחיילים המורעבים. ספסרים אשר אגרו מזון ואספקה על מנת למוכרם במחיר מופקע ראו את מחסניהם נפרצים על ידי חיילי האיחוד, ואת תכולתם מפוזרת ברחוב ומחולקת למורדים המורעבים. גרנט כתב בזיכרונותיו: "החיילים משני הצבאות התרועעו כאילו היו לוחמים למען מטרה אחת." עם זאת, רגשות הטינה נמשכו במשך שנים רבות: מסורת עממית טוענת שחגיגות 4 ביולי (יום העצמאות) הוחרמו בוויקסבורג עד לאחר מלחמת העולם השנייה (חלק מההיסטוריונים מפקפקים בטענה זו).
התוצאה המרכזית של המערכה הייתה תפישת השליטה בנהר המיסיסיפי. הידיעות על נפילת ויקסבורג התפשטו לכל עבר, והגיעו לפורט האדסון, המבצר האחרון של הקונפדרציה על המיסיסיפי, ב-7 ביולי. מבצר פורט האדסון היה נתון במצור מאז 22 במאי, כאשר 7,500 מגיניו מוקפים בכ-30,000 חיילי איחוד ושייטת ספינות תותחים. הידיעה על נפילת ויקסבורג הספיקה כדי לשכנע את מפקד המבצר לבקש תנאי כניעה, והמבצר נכנע ב-9 ביולי באותם תנאים כמו חיל המצב בוויקסבורג. כעת היה המיסיסיפי בשליטת האיחוד החל מקהיר, אילינוי, ועד חוף המפרץ. הקונפדרציה בותרה לשניים. שבוע לאחר מכן הגיעה אל ניו אורלינס ספינה אשר יצאה מסנט לואיס, מיזורי, לאחר שַיִט נטול אירועים במורד הנהר. לינקולן הכריז:
אבי הנהרות זורם שוב ללא הפרעה אל הים.
The Father of Waters again goes unvexed to the sea.
עם תום המערכה הורה גרנט לשרמן לתקוף עם כוח המשימה שלו שמנה כ-50,000 חיילים, את כוחותיו של ג'ונסטון, אשר התבצר בג'קסון עם כ-31,000 חיילים. ג'ונסטון ניסה לפתות את שרמן לפתוח בהתקפה חזיתית מול הביצורים, אולם שרמן כבר חווה את תוצאת התקפה מסוג זה בוויקסבורג. הוא לא בלע את הפיתיון, והחל לכתר את העיר. ג'ונסטון הצליח להימלט עם צבאו, הישג שפמברטון לא זכה לו, אך מרכז מיסיסיפי הייתה כעת נתונה לשליטתו של שרמן. שרמן חזר למרכז מיסיסיפי בפברואר 1864 לאחר מערכת צ'טנוגה, ופעל בעוצמה כנגד מרידיאן (Meridian), בשיטת פעולה שהיוותה את הסנונית הראשונה בטקטיקת "האדמה החרוכה" שהפעיל לאחר מכן במסעו אל הים ובמערכה על הקרוליינות (Carolinas Campaign).
גרנט היה המנצח הבלתי מעורער של מערכת ויקסבורג. בעקבות ניצחונו הוא זכה לקידום לדרגת מייג'ור ג'נרל בצבא הסדיר, בתוקף מ-4 ביולי 1863. כמו כן, הוא קיבל מכתב יוצא דופן מן הנשיא:
גנרל יקר שלי,
לא זכור לי שאתה ואני נפגשנו אי פעם אישית. אני כותב זאת כעת בהוקרת תודה על השירות אשר לא יסולא בפז שהענקת לאומה. ברצוני להוסיף עוד מילה. כאשר הגעת לראשונה לסביבת ויקסבורג, חשבתי שמה שעליך לעשות, מה שבסופו של דבר עשית—לצעוד עם החיילים אל מעבר ללשון היבשה, לחלוף על פני הסוללות עם ספינות התעבורה, ובכך להגיע מלמטה; מעולם לא האמנתי, מלבד תקווה כללית שאתה יודע טוב ממני, שמשלחת מעבר יאזו ודומותיה יכלו להצליח. כאשר הגעת למטה, כבשת את פורט גיבסון, גראנד גולף, והסביבה, חשבתי שעליך להמשיך במורד הנהר ולחבור לגנרל בנקס; כאשר פנית מזרחה מנהר ביג בלאק, חששתי שזו טעות. כעת ברצוני להודות באופן אישי שאתה צדקת, ואני טעיתי.
שלך בנאמנות,
א' לינקולן
בהמשך דרכו הציל גרנט את כוחות האיחוד שהיו נצורים בצ'טנוגה (Chattanooga Campaign), ואחר כך החליף את האלק בתפקיד הגנרל המפקד של כל צבאות האיחוד, עם דרגת לוטננט ג'נרל אשר הוחזרה לתקן במיוחד בשבילו. אף על פי שהוביל לבסוף לניצחון במלחמה כולה, היסטוריונים מציינים לעיתים את ויקסבורג כמערכה המצטיינת שלו—מלאת דמיון, נועזת, נחושה, ויצירת מופת של לוחמת תימרון. ג'יימס מקפירסון (James M. McPherson) קרא לוויקסבורג "המערכה המבריקה והחדשנית ביותר בכול מלחמת האזרחים"; ט' הארי ויליאמס (T. Harry Williams) תיאר אותה כ"אחת המערכות הקלאסיות של מלחמת האזרחים, אך גם של ההיסטוריה הצבאית"; ומדריך השדה של צבא ארצות הברית 5–100 (מאי 1986) כינה אותה "המערכה המבריקה ביותר שנוהלה מעולם על אדמה אמריקאית."
ההיסטוריון סטיבן א' וודסוורת' (Steven E. Woodworth) כתב על פמברטון כי "הייתה לו חזקה מוצקה על התואר האדם השנוא ביותר בדרום, בוודאי השנוא ביותר שלבש מדים של הקונפדרציה." אפילו חברו, גנרל הדרום ריצרד טיילור (Richard Taylor), כתב אחרי המלחמה כי חלקים רבים מן הציבור האמינו כי "הוא הצטרף לדרום במטרה ברורה לבגוד בו, וזאת הוכח מעל לכל ספק על ידי העובדה כי הוא נכנע ב-4 ביולי, יום קדוש ליאנקים." פמברטון המשיך לשרת בצבא הקונפדרציה כקצין ארטילריה בדרגת לוטננט קולונל עד תום המלחמה, עדות לנאמנותו למטרת הקונפדרציה.
האשמה על אובדן ויקסבורג לא נפלה רק על ג'ון פמברטון, אלא גם על הגנרל הזהיר מדי ג'וזף א' ג'ונסטון. נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס אמר על התבוסה: "אכן, כתוצאה ממחסור באספקה מבפנים וגנרל שלא רצה להילחם מבחוץ." בעת המצור, החיילים והאזרחים המורעבים קיוו שהוא יבוא לעזרתם, אולם הוא לא הגיע. האשמות על פחדנות רדפו אותו מאז מערכת חצי האי ב-1862, והמשיכו ללוות אותו במהלך מערכת אטלנטה ב-1864 כנגד שרמן. ג'ונסטון היה אחד הגנרלים הבודדים של הדרום שאותם גרנט העריך; אולם, מנהיגותו הצבאית של גרנט העמידה בצל את שני הגנרלים הבינוניים של צבא הקונפדרציה.
הניצחון האסטרטגי במערכת ויקסבורג, שהגיע לשיא בכניעת העיר ויקסבורג לאחר מצור ממושך, היה נקודת מפנה במלחמה ואבן דרך חשובה בניצחון האיחוד במלחמה כולה. פרשנים רבים מסכימים עם קביעתו של גרנט:
גורל הקונפדרציה נחתם כשוויקסבורג נפלה.