חפירה ארכאולוגית
פעולת החפירה

בעת חפירת הריבוע משאירים מחיצה של 0.5 מטר בין הריבועים, כך שהשטח נטו שנחפר בריבוע הוא 4.5X4.5 מטר. השארת המחיצה יוצרת חתך ארכאולוגי המאפשרת לזהות ביתר קלות שינויים בצבע העפר ומקלה על קביעת הסטרטיגרפיה. בנוסף השארת המחיצה יוצרת מעבר ברוחב של 1 מטר בין שני ריבועי החפירה.
כל יום חפירה מתחיל בארגון כלי החפירה. מנהל השטח, לאחר דיון עם הארכאולוג האחראי, מחלק את משימות החפירה ומחליט היכן יחפור כל חופר. חשובה הרציפות של החופרים בשטח הנחפר ורצוי שחופר ספציפי ימשיך לחפור באותו ריבוע חפירה ובאותו לוקוס בו חפר ביום הקודם.
כל חופר מקבל סל אליו מוצמד כרטיס. על גבי הכרטיס נרשם מספר הסל, מספר הלוקוס, מספר הריבוע וכן גובה שטח הלוקוס בתחילת יום החפירה (שהוא גובה סיום החפירה ביום הקודם). בנוסף החופר מקבל מספר דליים אליהם הוא אוסף את העפר והאבנים המיועדים לפינוי מהשטח שנחפר.
החפירה נעשית בכלים שונים, בהתאם למצב השטח ובהחלטת מנהל השטח. בעת פתיחת שטח חדש החפירה נעשית בעיקר במכושים, ככל שהכלים גדולים וכבדים יותר החפירה מהירה וגסה יותר, והיא יכולה לגרום לכך שהחופר לא יזהה שינויים בצבע העפר. בימי קדם היו עשויות רצפות הבתים בדרך כלל מעפר שהודק ברגליים. חפירה מהירה מדי עלולה לגרום לכך שחופר יחפור דרך הרצפה ועל יד כך יערבב בין ממצאים כגון: חרסים, מטבעות, עצמות ועוד שהיו מעל הרצפה שהיוותה את "שכבת החיים" בבית באותה תקופה עם ממצאים ששייכים לתקופה קודמת. הכלים העיקריים בהם משתמש החופר כוללים כלי עבודה גדולים כגון מכושים, טוריות ומריצות וכן כלים קטנים יותר כגון: מכושונים, כפות בנאים, מטאטאי קש גסים, ומטאטאי שערות עדינים. לעיתים משתמשים גם בדקר, מברשת צבע ויעה לאיסוף העפר. בחפירה מאוד עדינה (במיוחד בחפירה פרהיסטורית) גם בכלים דנטליים של רופא שיניים.
בתחילת החפירה נקבע שטח מחוץ לאזור שנקבע לחפירה אליו שופכים את העפר שנאסף בתוך החפירה וכן את האבנים המוצאות מהשטח. החפירה מתנהלת בצורה מפולסת. בני אדם חיים על משטח אופקי המהווה רצפה שהיא "מפלס חיים". זהו השטח שבו פעלו והתקיימו בני אדם ברגע נתון. על מפלס החיים ניתן למצוא עקבות לפעילות אנושית כגון שרידי מזון, מוקדי אש בצורת פיח, חרסים שונים ועוד. כדי לא לערבב בין המכלולים השונים ובין מפלסי החיים של תקופות שונות מקפידים על חפירה מפולסת.
החופר אוסף את הממצאים ל"סל" ואת העפר והאבנים מסלק מהשטח. כבר בעת הכנסה לסל נעשית הפרדה בין סוגי ממצאים שונים. החרסים מוכנסים ישירות לתחתית הסל, ואילו עצמות בעלי חיים מופרדות ומוכנסות בשקית פלסטיק נפרדת המוצמדת לסל. על החופר להקפיד לשמור על ניקיון השטח. כל סילוק עפר מלווה בפעולת טאטוא של השטח. ההקפדה על כך תאפשר לחופר לזהות ולהבחין בכל שינוי שחל בצבע העפר. שינוי זה יכול להצביע אולי על מפלס חיים חדש או במקרה של עפר בצבע אפור על חורבן הנובע משריפה ועוד. פעולת הטאטוא היא בעצמה פעולת חפירה כי היא מסירה עפר. לעיתים קרובות בעת פעולת הטאטוא מתגלה ממצא שלא נתגלה לפני כן, לעיתים מדובר בממצא חשוב ושלם. גילוי הממצא בשלב זה לפני שהוא הוסר בחפירה גסה יותר מאפשרת לתעד במדויק את מקומו למדוד את גובה פני השטח שבו נמצא לצלם ולתעד את הפרטים המדויקים של הממצא הספציפי.
אם מתגלה שינוי בצבע העפר יש לבדוק האם מדובר בלוקוס חדש. שינוי בצבע העפר הוא אחד המדדים לקבלת החלטה בשינוי הלוקוס. בכל מקרה חשוב להחליף "סל" ולהפריד בין הממצאים שנמצאו בעפר בעל הצבע החדש. מסמנים ורושמים זאת ביומן החפירה. ייתכן שבדיעבד יסתבר שלשינוי צבע העפר אין כל משמעות, אבל אם יסתבר שיש לו משמעות הפרדת הממצאים לסל חדש מאפשרת זיהוים לפי המילויים השונים. חלק מדליי העפר בחפירה מועברים לסינון ברשת במטרה למצוא ממצא קטן יותר שלא ניתן לגלותו בחפירה רגילה, כגון חרוזים ועצמות דגים.
תוך כדי החפירה כל לוקוס המהווה יחידה סטרטיגרפית כגון עפר בעל אופי אחיד, קיר, מתקן או רצפה, מקבלת מספור, נרשמת בתוכנית האתר, מתוארת ונקבעים גבולותיה ומפלסיה. בעת החפירה יש לקבוע את הכרונולוגיה היחסית של כל אחד מן המרכיבים המתגלים בחפירה, כל קיר, רצפה, מתקן, מילוי עפר וכדומה. יש לקבוע מהו המרכיב הקדום ביותר באתר, מה נוסף אחריו, מה נוסף לאחר מכן, וכך הלאה. דבר זה יכול להיעשות אך ורק באתר תוך כדי החפירה ותוך כדי התבוננות במרכיבים השונים בשעת החשפותם. הדבר נעשה על ידי בירור היחסים הסטרטיגרפיים בין המרכיבים. כך למשל, קירות הצמודים לקירות אחרים עשויים להיות בני זמן אחד, ואילו קירות הבנויים על גבי אחרים - מאוחרים להם בזמן. לעומת זאת הכרונולוגיה המוחלטת של מרכיבי האתר, הקובעת את זמנם במונחים של שנים ביחס למניין השנים הנהוג כיום (לפני הספירה, לאחר הספירה), נעשית לאחר תום החפירה באמצעות הנתונים שנאספו, כגון מחקר כלי החרס, זיהוי המטבעות (בעיקר לאחר שנוקו במעבדה), מחקר רדיומטרי של חומר אורגאני שנאסף בעזרת תיארוך פחמן-14, ושיטות מקובלות נוספות.