Assassin's Creed III
סיפור > עלילה

אחרי אירועי המשחק הקודם, דזמונד, ויליאם, שון ורבקה מוצאים את המקדש הגדול של הציוויליזציה הראשונה במערה בניו יורק ונכנסים לתוכו באמצעות תפוח העדן שברשותם. כשיונו מתחילה לתקשר עמו, דזמונד נכנס למתקן האנימוס כדי להתמודד עם הפוגה הדיסוציאטיבית שלו, והשפעתה של יונו גורמת לו לחוות את זכרונות אבי אבותיו היית'ם קונוויי.
בשנת 1754, היית'ם מתנקש בפטרון בבית האופרה המלכותית כדי להשיג את המפתח שברשותו. הוא מקבל הוראה מהמסדר שלו (שהתברר בהמשך שמדובר בטמפלרים) למצוא את המקדש שאותו מפתח מעניק אליו גישה. היית'ם עורך מסע למושבות האמריקניות ומגייס מספר בני ברית למשלחת שלו. בזמן זה הוא פוגש בגַהנְדידְזיוֹ, אישה משבט המוהוק בה הוא מתאהב לאחר שהיא מבקשת את עזרתו בחיסולו של אדוארד בראדוק. היא לוקחת אותו למקדש הגדול, אך היית'ם אינו יכול להיכנס לתוכו.
דזמונד מסיק שהמפתח מיועד להיכל הפנימי של המקדש. כדי למצוא אותו, הוא חי את זיכרונותיו של ראדונהאגדו, בנם של היית'ם ושל גהנדידזיו. בשנת 1760, גהנדידזיו מתה כתוצאה מהתקפה על כפרם, וראדונהאגדו מניח שההוראה ניתנה בידי הטמפלר צ'ארלס לי. בשנת 1769, אם השבט מודיעה לראדונהאגדו שזוהי חובתו של השבט להגן על המקדש, ונותנת לו כדור בדולח שמאפשר לו לתקשר עם יונו. יונו מובילה את ראדונהאגדו למתנקש בדימוס בשם אכילס דבנפורט, שאחוות המתנקשים שלו התמוטטה לפני מספר שנים, שנאלץ להסכים ולאמן אותו. בהצעתו של אכילס, ראדונהאגדו קורא לעצמו בשם קונור כדי לנוע יותר בחופשיות ברחבי המושבות.
במשך השנים, קונור נשאב אל תוך המהפכה האמריקאית ואל מלחמת העצמאות של ארצות הברית במאמצים להגן על אנשיו ולשמור שהטמפלרים לא ישפיעו על המהפכה. הוא מתנקש ברוב בני בריתו של היית'ם, ופוגש באביו, עמו הוא חייב לשתף פעולה כדי להיפטר מטמפלר עריק. בהמשך, היית'ם מגלה את תוכניתו של ג'ורג' וושינגטון לעקור את הילידים המקומיים מאדמתם בשל תמיכתם בלויאליסטים, ביניהם נמנה שבטו של קונור. היית'ם מגלה גם שוושינגטון הורה על המתקפה שהרגה את גהנדידזיו, וקונור זועם על כך ומנתק את הקשר ביניהם. בחוזרו לכפר שלו, קונור מגלה שלי גייס לוחמים מוהיקנים כדי לגרום לפטריוטים לסגת ממשימתם להשמיד אותם. הוא נאלץ להרוג את אותם לוחמים בני שבטו כדי להימנע מקונפליקט.
בזמן ההווה, דזמונד משיג סוללות כדי להפעיל את המקדש, כאשר כל אותה עת נרדף בידי הטמפלר דניאל קרוס. אחרי שויליאם נלכד בניסיונו להשיג את הסוללה האחרונה, דזמונד מסתער על מפקדת אבסטרגו ברומא, הורג את קרוס ואת וידיק, מציל את אביו ומתפייס עמו.
קונור מתחיל לפקפק בנכונותו לחסל את הטמפלרים, ומקווה לעבוד במשותף עם היית'ם לקראת שלום וחופש. אולם, היית'ם נותר משוכנע בכך שיש לשלוט באומה על ידי החלפתו של וושינגטון בצ'ארלס לי. וושינגטון מבייש את לי בגלל שחיבל בתוצאות הקרב על מונמאות', וזה האחרון מבקש מקלט בפורט ג'ורג'. קונור מסתנן לתוך המצודה, אך מוצא במקומו של לי את היית'ם ונאלץ להרוג אותו. בסופו של דבר, קונור מאתר את מיקומו של לי ומתנקש בחייו, ומחזיר לרשותו את המפתח שניתן לו בידי היית'ם. קונור חוזר לכפר שלו ומגלה שהוא נטוש, ושכדור הבדולח הושאר מאחור. הוא מקבל הוראה מיונו להסתיר את המפתח, וקובר אותו בקבר בנו של אכילס, קונור דבנפורט.
דזמונד משיג את המפתח ונכנס להיכל הפנימי של המקדש, שם יונו מגלה לו שהוא יכול להציל את העולם במחיר חייו. לפתע מופיעה מינרווה, שמתנגדת לתוכניתה של יונו מאחר שהדבר ישחרר אותה מכלאה במקדש כדי למנוע ממנה לכבוש את האנושות. יונו מסבירה שאם תתרחש התפרצות סולארית, דזמונד יהפוך לסוג של משיח עבור שורדי האסון ויסגדו לו כמו אל אחרי מותו. אולם, בכך המורשת שלו תעבור מניפולציה כדי לשלוט בדורות הבאים. דזמונד בוחר להקריב את חייו כדי להציל את האנושות, וזה נותן להם את ההזדמנות ללחום ביונו.
אפילוג הסיפור מתרחש בשנת 1783 ומתעד את סוף מסעו של קונור. למרות שחיסל את הטמפלרים הקולוניאלים והבטיח את הצלחת המהפכה, קונור מרגיש שנכשל להגן על בני עמו, שעדיין סובלים מדיכוי. למרות זאת, הוא מחליט להמשיך ולהילחם למען עתיד טוב יותר. בזמן ההווה, קול קריינות מורה לשחקן לחפש אחר נקודות הצטלבות ברחבי שרטוט וירטואלי של אמריקה הקולוניאלית. כאשר הנקודות מתאספות, הקול מודיע שהם התחברו לענן.