כלא ארבע
מבנה הכלא

הכלא הפעיל ארבע פלוגות:
פלוגה א' – פלוגת הבנים הקטנה ביותר. הכילה חבושים (חיילים שנשפטו בדין משמעתי למחבוש) לתקופות קצרות של פחות מ-28 ימים וכן עריקים לתקופות של עד כחצי שנה שהסגירו את עצמם לכלא. חיילים עם תיקי מצ"ח לא יכלו לשבת בפלוגה, ובמקרה שלחייל נפתח תיק מצ"ח במהלך שהותו בפלוגה, הוא הועבר מיידית בחזרה לפלוגה ג'. הפלוגה נחלקה לשתי מחלקות: מחלקת משמר, שעסקה בשמירות ברחבי הבסיס, במגדל השמירה במהלך היום, במחלקה ההשגחה בפלוגה ב' ובאגף ההפרדה בפלוגה ג'; ומחלקת מח"מ, שעסקה בעבודות שונות בתחומי הפלוגה ובבסיסים שונים בצריפין, עבודה במפעל אזרחי בתוך הכלא וכדומה. החיילים בפלוגה זו ישנו באוהלים. סגל הפלוגה מורכב ממפקד פלוגה בדרגת סרן, סגן מפקד פלוגה בדרגת סגן, מפקד מחלקה בדרגת סג"ם או סגן, ומתחתיהם סמלים ומדריכי כלואים.
פלוגה ב' – הכילה על"מים (עצירים לפני משפט) ואסירים לתקופות ארוכות. בשל המבנה הסגור שלה מכילה בנוסף חיילים מכל הסטטוסים אשר מוגדרים כ"חששי בריחה", חיילים שהמודיעין בכלא קבע כי יש חשש סביר שיברחו או ינסו לברוח מהכלא. בפלוגה מורכבת מ-4 מחלקות, אשר אחת נפתחה לסירוגין בהתאם לכמות העצורים, ובכל מחלקה מספר תאים. בכל תא ישנים עד 8 חיילים, כאשר יש תאים אשר בנויים לאכלס 3 חיילים בלבד. בנוסף בפלוגה זו נמצא התא ההיפואלרגני היחיד בבסיס הכליאה, וכל חייל אשר מקבל פטור רפואי שמחייב שישהה בתא היפואלרגני, ללא אבק וללא עישון, יעבור לפלוגה זו. בנוסף בפלוגה זו נמצאת "מחלקת השגחה", המורכבת מחיילים אשר קיים חשש סביר שיפגעו בעצמם - בין אם בהנחיית קב"ן או על פי הצהרת החייל. חיילים ימצאו במחלקה זו ויפגשו קב"ן מדי יום להערכת מצב, ויצאו ממנה בחזרה לפלוגתם המקורית רק כאשר קב"ן קובע כי אין צורך בהשגחה צמודה על החייל. התנאים במחלקה זו דומים לתנאים באגף ההפרדה בפלוגה ג'. המחלקה מתופעלת על ידי סגל הפלוגה. סגל הפלוגה מורכב ממ"פ בדרגת סרן/סגן, סמ"פ בדרגת סגן, מפקד מחלקה בדרגת סג"ם/סגן ומתחתיהם סמלים ומפקדי כלואים.
פלוגה ג' – פלוגת מתקבלים, שאליה הגיעו בלילה הראשון לפני המיון לפלוגות. כל חייל מתקבל עבר ועדת מיונים בראשות מפקד הפלוגה (בדרגת רס"ן), שעל פי תיקו והערכת התנהגותו, שיבצה אותו לאחת מפלוגות הכליאה. הייתה זו הפלוגה הגדולה ביותר, והיא הכילה עצירים לפני משפט ואסירים לתקופות ארוכות. אף היא הייתה בנויה מארבע מחלקות, שהרביעית נסגרת לסירוגין בהתאם לכמות החיילים בפלוגה. כל מחלקה הייתה בנויה משני חלקים – תא אחד גדול ובו כ-40 מיטות, ורחבת המתנה חיצונית לטלפונים ולמסדרים. בשל הגישה החופשית לטלפונים, ישבו בה גם כלל עריקי המילואים בפלוגה, וכמו כן חיילים מבוגרים מעל גיל 25. בנוסף הכילה הפלוגה את "אגף ההפרדה", שאליו הועברו כלואים עם בעיות משמעת חמורות, חיילים אשר ביצעו ניסיונות המרדה, סירוב פקודה (לרבות סירוב תספורת או לבישת מדים) וחיילים שפגעו בעצמם במהלך שהותם בכלא. בניגוד למחלקת ההשגחה, לאגף ההפרדה היה סגל נפרד משאר הפלוגה, וומד בראשה מפקד בדרגת סג"ם או סגן, אשר כפוף למפקד פלוגה ג'. סגל הפלוגה מורכב ממפקד פלוגה בדרגת רס"ן, סגן מפקד פלוגה בדרגת סגן, שלושה מפקד מחלקות בדרגת סג"ם, סמל לכל מחלקה ו-4 מדריכי כלואים לכל מחלקה.
פלוגה 400 – הכילה את כל החיילות מכל הדרגות (חוגרות, קצינות ונגדות) אשר קיבלו עונש מחבוש. המפקדות בפלוגה זו היו נשים בלבד. החבושות בה הועסקו בבית מלאכה שנמצא בתחומי הפלוגה. בפלוגה זו התקיימו גם תאי "בידוד", שמטרתם כמטרת מחלק ההפרדה בפלוגה ב' ואגף ההפרדה בפלוגה ג'. סגל הפלוגה הורכב ממפקדת פלוגה בדרגת סרן/סגן, מפקדת מחלקה בדרגת סגן או סג"ם ומתחתיהן סמלות ומדריכות כלואים.
פלוגה ד' – בספטמבר 2011 ונפתחה שוב במאי 2014, ובהמשך נסגרה שוב. פלוגה זו הכילה לרוב אסירים וחבושים שנכלאו לזמן קצר. החבושים והאסירים בה ישנו באוהלים עם מיטות קומתיים.
כלא ארבע הוגדר כ"כלא על"מים", ומרבית העצורים לפני משפט ישבו בו בשל קרבתו לבתי הדין מרכז (ביפו) ודרום (במחנה קסטינה). חיילים אשר דינם נגזר ונידונו לעונש מאסר, או חיילים חבושים, הועברו בהעברה מסודרת לריצוי המשך כליאתם בכלא שש, שהוגדר כ"כלא שפוטים". העברת כאלו התקיימו בין פעם לפעמיים בשבוע, ובמהלך השבוע התקיימו העברות קטנות לחיילים חריגים או לחיילים שהגיעו מכלא שש לכלא ארבע לצורך הפניות רפואיות, ועדות שונות או דיונים אזרחיים. (בכלא שש ריצו את מאסרם מרבית החיילים השפוטים, ולצידם נמצאו גם חיילים שתיקם המשפטי התנהל בבית הדין צפון שבחיפה.)