stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
מספן המודיעין
היסטוריה – דגשים, אירועים ותמורות במהלך השנים > הקמת המודיעין הימי

ב-17 במרץ 1948 הוקם "השירות הימי" (לימים חיל הים) שבראשו עמד גרשון זק, איש אמונו של דוד בן-גוריון. כעבור כחודש, ב-20 באפריל, הוטלה על שמעון הורן המשימה להקים את המודיעין הימי ולעמוד בראשו. הורן, ששימש עד אז כעורך של אשמורת, שבועון המשמרת הצעירה של מפא"י היה אף הוא איש אמונו של בן-גוריון. הורן סירב תחילה לקבל על עצמו את המשימה וטען באוזני בן-גוריון כי אין לו ניסיון לא בתחום הימי ולא בתחום המודיעיני, אך המינוי נשאר בתוקפו.
בתחילת דרכו היו במודיעין הימי רק אנשים ספורים, חלקם בעלי רקע ימי (יוצאי הפלי"ם), שאחד מהם, אברהם דר, מונה ב-1 באוגוסט 1948 כסגנו של ראש המודיעין הימי, ואחרים בעלי רקע מודיעיני (יוצאי הש"י). בהמשך, במהלך מלחמת השחרור ומיד לאחריה, הצטרפו ליחידה קצינים בעלי רקע ימי ומודיעיני, ובהם צבי קינן, חיים רפאלי וראובן אשכנזי, שלימים אף שימשו כראשי המודיעין הימי. תוך כדי המלחמה ולפני התגבשותו הסופית של המודיעין הימי, סיים שמעון הורן את תפקידו והוחלף על ידי אריה פינס, שהושאל לתפקיד זה ממחלקת המודיעין של צה"ל, וזאת במטרה לשלב את המודיעין הימי במודיעין הצבאי כחלק מהמאמץ שנעשה אז לשלב את חיל הים בצה"ל. לאחר חודשים ספורים עזב גם פינס את חיל הים ורק אז הועמד בראש המודיעין הימי צבי קינן, קצין בעל רקע ימי ומודיעיני כאחד.
בראשיתו פעל המודיעין הימי במסגרת מה שכונה אז "מחלקה" שהייתה כפופה ל"אגף המבצעים" של חיל הים. בהמשך, כאשר נקבעה בצה"ל ההיררכיה של מחלקות, ענפים ומדורים, המוכרת גם כיום, נהפך המודיעין הימי לענף מודיעין שפעל בכפיפות למחלקת המבצעים של חיל הים.
מלחמת העצמאות

כשפרצה מלחמת העצמאות היה המודיעין הימי בחיתוליו. לא היו ברשותו באותה עת נתונים כלשהם על חילות הים הערביים, ועיקר המידע הושג מהשנתון (Jane's Fighting Ships), שנותן מידע בסיסי על כלי השיט בכל אחד מחילות הים ועל חימושם, אך אינו מאפשר ללמוד על כושרו הקרבי של כלי שיט מסוים, רמת הצוות המפעיל, מקום היערכותו ושגרת פעילותו. מידע אקראי ולא בדוק התקבל גם מאנשים שהיו במדינות ערב ולעיתים גם מפרסומים גלויים. ההתארגנות הראשונית וריכוז המידע הבסיסי נעשו תוך כדי ניהול הקרבות במלחמת העצמאות. בהיעדר אפשרות לאסוף ידיעות על ציי ערב ועל בסיסיהם הוגבלה פעולת המודיעין הימי לאזור החוף הישראלי. ידיעות התקבלו מעשר תצפיות שהוקמו לאורך חופי המדינה במטרה להתריע על נחיתה מכיוון הים, וגם מדיווחי טייסים ומקצין הקישור הימי לאו"ם, זאב הים, שהביאו מידע על כלי שיט צבאיים זרים הפועלים באזור. ידיעות על פעילות חיל הים המצרי (שהיה באותה עת חיל הים הערבי היחיד) התקבלה גם באמצעות מעצרן של סירות דיג מצריות וחקירת דייגיהן, שלעיתים אף נלקחו בשבי. מידע התקבל גם באמצעות תחקור מלחים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים ובאמצעות האזנה. אוניית הדגל של הצי המצרי ("האמיר פארוק") אותרה בסיור אווירי ובפעולה של הקומנדו הימי הוטבעה.
במחלקת המודיעין הימי פעלה באותה עת מסגרת של המודיעין הקרבי בחיל הים (מ.י. 1) שתפקידה:
לרכז, לערוך ולהפיץ דוחות מודיעין על כוחות האויב ובסיסיו לקציני המטה ולמפקדי יחידות בחיל הים.
להדריך את המפקדים בזיהוי והכרת החימוש של יחידות האויב.
להכין את פרק מודיעין בתוכניות המבצעים.
להשתתף כצופה אוויר בסיורים מעל הים.
הפרסום היומי הראשון של המודיעין הימי הופץ ב-20 בדצמבר 1948. כחודש לאחר מכן, ב-17 בינואר 1949, הפיץ ראש מ.י.1 סקירה על חיל הים המצרי.
אנשי המודיעין הימי הפעילו באותם ימים מבצעי איסוף עצמאיים ואף גייסו והפעילו סוכנים ומבועים. אחד הראשונים היה קצין צי בריטי ששירת בקפריסין, שבאמצעותו הושג עותק של ה-Jane's Fighting Ships שכבר הוזכר.
מלחמת העצמאות > מידע על פעילות אויב

הפעילות המודיעינית בעת מלחמת העצמאות אופיינה במעט מאוד מידע בצד הישראלי על פעילות האויב וכוונותיו. מעט המידע שהגיע הופק בעזרת דיווחי כלי השיט. פעילות מצרית שחרגה מתחום הגשת הסיוע לכוח המשלוח לא התגלתה.
הפגזות בחוף: ב-2 ביוני תקפו המצרים במקביל את קיסריה על ידי המקשת 101 ואת נהריה על ידי המקשת 102. תקיפת קיסריה גרמה לנזק מועט ולא קיבלה תגובה. תקיפת נהריה לא גרמה נזק ולא התגלתה כלל אלא בתיאורי המצרים שלאחר המלחמה. לציון פעילותן העניק הצי המצרי למקשות שביצעו את ההפגזה את השמות "קיסריה" ו"נהריה".
קרב תל אביב: ב-4 ביוני 1948 הגיע מידע למפקדת חיל הים: ”אונייה גדולה עם אסדות פלישה וכמה סירות עברו צפונה”. ההערכה הייתה כי מדובר בהנחתת כוח פלישה מצרי באיגוף ימי ללחימה בתל אביב. במחקר מאוחר התבררה כוונת המצרים לחבלה שתביא לסגירת נמל תל אביב. לשם כך ריכזו כוח שכלל את אוניית התובלה אמירה פאוזיה מלווה בשולת המוקשים מס' 104 שגררה שתי נחתות קטנות מלאות בחומר נפץ שיועדו לחדירה ופיצוץ תוך הנמל. הפעולה הייתה אמורה להתבצע במתואם עם תקיפת מטוסי חיל האוויר המצרי. המידע מהתצפיות גרם להפעלת כוחות ים ואוויר. המצרים הסיקו שאיבדו את גורם ההפתעה ואין סיכוי להצלחת החבלה. הכוח המצרי נצטווה לחזור מבלי להשלים את המשימה.
על עצירת האונייה ריכרד בורכרד בדרכה לחיפה ב-31 בדצמבר 1948 נודע לחיל הים ממברק האזעקה ששלחה האניה. במברק דיווחה על שתי אוניות שסירבו להזדהות שעצרו אותה. המידע לא הספיק וכוח השייטת הגדולה הישראלית, שנשלח כנגדן, לא מצאן. המצרים הפתיעו שנית בשעה 02:00 ליל 1 בינואר 1949, החלו בהפגזת נמל תל אביב. היו אלה שתי האניות המצריות נצר ומצר שיורטו בדרך נסיגתן והתפתח קרב ללא תוצאות.
מלחמת העצמאות > המודיעין כבסיס למבצעים

השתלטות על נשק אויב - הצלחה רבתי של מערכות המודיעין הישראלי יש לראות בפרשת הלינו. קשרי המוסד לעלייה ב' ומערכת הרכש באירופה הביאו למידע על אונייה בשם 'לינו' בדגל איטלקי, הטוענת ביוגוסלביה נשק צ'כי לסוריה. מידע אפשר את הפגיעה בה כאשר הגיעה לנמל בארי באיטליה. ב-21 באוגוסט 1948 השתלטו הישראלים על אנית הנשק ארג'ירו. וכיוונו אותה בקורס צפוני למפגש עם אניות חיל הים. למודיעין הימי הגיע מידע שקורבטה מצרית תצא ב-25 באוגוסט 1948 לפגוש את ארג'ירו בטווח 150 מיל ימי מאלכסנדריה. אניות חיל הים יצאו ופגשו את ה'ארג'ירו' ב-26 באוגוסט בקרבת כרתים. המבצע שנקרא בתחילה 'שלל 3' קיבל את השם מבצע גור כהוקרה לשאול אביגור, שהחל את מבצעי שלל על שם בנו גור מאירוב שנהרג בקרבות סג'רה ב-12 ביולי 1948. שאול אביגור נחרד לשמוע שאנשי משרד החוץ מציעים לבן-גוריון למסור את הנשק שנתפס לאו"ם ובא אליו במיוחד להניאו מכך.
חבלה ימית בבירות - במהלך "מבצע דוד" בנובמבר 1948, חובלה בנמל ביירות ספינה בשם "איגריס", שלפי מידע מודיעיני הייתה אמורה לעבור למצרים לשימושו של חיל הים המצרי. המבצע היה משותף לחיל הים וליחידת המסתערבים "השחר". הלוחם שצלל לבדו לעבר הספינה והצמיד לה את מטען החבלה היה אליהו ריקה, איש יחידת המסתערבים, שאומן למשימתו בחיל הים. ריקה שירת לימים, בחלק משנות ה-50, במודיעין הימי.
ביטחון מידע - כדי להסתיר ככל האפשר את הפעולה כנגד ספינה איטלקית בים הפתוח הוחזק צוות הספינה מספר חודשים במעצר בקיבוץ בית אורן. רב החובל חלה בדלקת ריאות והועבר לבית החולים האיטלקי בחיפה עם מלווה מהצוות. אותו מלווה הקים קשר עם הקונסוליה האיטלקית בחיפה והתפתחה תקרית דיפלומטית מקומית. אנשי הצוות הועברו ב-29 במרץ 1949 לקונסוליה בחיפה ונשלחו לארצם.
מלחמת העצמאות > פעילות שירותי מודיעין זרים

המודיעין המצרי - מעט מאוד ידוע על פעילות המודיעין המצרי בזירה הימית. בסיפור המקשת שנשלחה להפגזת נהריה קדם להפגזה ניסיון ליירוט אוניית רכש. המידע שהמקשת קיבלה היה שגוי.
המודיעין הבריטי פעל נמרצות נגד ההעפלה ונגד אניות הרכש. לשם כך הפעיל סוכנים בנמלי הים התיכון ואף בין המעפילים. יעילות המודיעין הבריטי אפשרה לצי המלכותי הבריטי ליירט את מרבית ספינות המעפילים. יעילותו כנגד אניות הרכש הייתה פחותה ומרביתן הצליחו להגיע.
בארצות הברית פעל ה-FBI נגד הברחת אמצעי לחימה. הציוד נשלח לדרום אמריקה לפני שהגיע לישראל. אזרחים אמריקאים שהשתתפו בפעילות ההעפלה והעברת הרכש הועמדו לדין בארצות הברית.
שירותי המודיעין האיטלקי והצרפתי היו מודעים למרבית הפעילות שנעשתה אצלם. בהחלטה בדרג ממשלתי לא מנעו אותה. כאשר יחידת החבלה פעלה כנגד רכש מצרי באדמת איטליה הגיב המודיעין האיטלקי שהפעיל גם חפרפרת במשלחת הישראלית. אחד החבלנים יוסף דרור נעצר והפעילות נגד רכש ערבי באיטליה נעצרה.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני

בשנים הראשונות לפעילותו התמקד המודיעין הימי בעיקר בחיל הים המצרי, שפעל בשתי זירות (הים התיכון והים האדום) והפעיל מגוון רחב מאוד של כלי שיט ואמצעי לחימה ימיים. כבר בחודש מרץ 1949 פרסם המודיעין הימי סקירה על חילות הים הערביים, שהתמקדה בצי המצרי וקבעה כי "לארצות ערב, פרט למצרים, אין ציי מלחמה ומסחר מפותחים, על אף שכל הארצות האלה גובלות עם ים". ההערכה הרווחת הייתה שמשימתו העיקרית של חיל הים המצרי תהיה הטלת הסגר על חופי ישראל והשמדת חיל הים שלה.
סוריה, שלא הייתה לה מסורת ימית כלל, ואף לא נמלים ראויים לשמם, החלה לפתח את חיל הים שלה רק בראשית שנות החמישים, ואז החל המודיעין הימי לעסוק גם בה. סקירה ראשונה על חיל הים הסורי פורסמה בסוף 1951.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני > שינוי ארגוני

באמצע שנות ה-50 בוצע שינוי ארגוני מקיף במפקדת חיל הים. בין היתר החליפה מחלקת ים את מחלקת מבצעים, וענף מודיעין – בשמו החדש, ענף ים/4 – היה אחד משבעת ענפיה. בענף היו מדור מחקר (ובו חוליות שעסקו בחקר ציי ערב, בחקר נמלים וחופים במדינות ערב, בחקר ציים זרים ובמחקר מודיעין טכני), מדור איסוף (ובכלל זה אלמנטים של איסוף עצמאי ונציגות ביחידת ההאזנה של חיל המודיעין) וביטחון שדה. כמו כן הייתה לענף חוליית שירותים טכניים שעסקה במגוון תחומים ובכללם בניית מודלים של כלי שיט ונמלים והפעלת מעבדת צילום ייעודית.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני > גיבוש סמכויות ונוהלי עבודה

עם סיומה של מלחמת העצמאות הוחל למעשה ארגונו וגיבושו של המודיעין הימי במפקדת חיל הים, ששכנה באותם ימים בסטלה מאריס בחיפה. במאי 1949 חיבר צבי קינן נייר עמדה בנושא "ארגון מחלקת מודיעין ימי לימי שלום" ובו הניח למעשה את היסודות למבנה הארגוני של המודיעין הימי ותחומי עיסוקו. בסופה של עבודת המטה הוקם ענף המודיעין הימי, שנקרא ענף ים/4, במסגרת מחלקת ים, וכלל מדורי מחקר, איסוף וביטחון שדה. כמו כן הוקמו חוליית פענוח לתצלומי אוויר, חוליית הידרוגרפיה, ארכיון, מחסן מפות וספרייה, שכללה ספרות מקצועית גלויה על כלי שיט צבאיים, חופים ונמלים.
במקביל גובשו נוהלי העבודה עם גורמי המחקר במחלקת המודיעין של המטה הכללי גובשו נוהלי ההפצה של ידיעות המודיעין ופרסומי המודיעין וסוכמה חלוקת האחריות המחקרית. באותה תקופה נקבעה המתכונת שלפיה המודיעין הימי נושא שני "כובעים": הקמ"ן של מטה חיל הים ויחידותיו, והקמ"ן הימי של אמ"ן.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני > פעילות איסופית עצמאית

בשנותיו הראשונות הפעיל המודיעין הימי, בתיאום עם מחלקת החקר של משרד החוץ ומחלקת מודיעין במטכ"ל, פעילות איסופית ייעודית עצמאית בנמלי הארץ ועל גבי אניות סוחר שפקדו את נמלי מדינות ערב והאגן המזרחי של הים התיכון. מי שעמד בתחילת הדרך בראש האיסוף העצמאי של המודיעין הימי היה אביגדור סלוצקי, איש ספנות ממוצא יווני, שהפעיל רשת מודיעים בקרב אנשי ספנות יוונים. זאת ועוד, בתיאום עם אמ"ן נרכשה ספינת סוחר שהובילה מטענים לנמלי סוריה ומצרים ועסקה באיסוף מל"ם בנמלי האויב וסביבתם. מדי פעם צורפו אליה לוחמים משייטת 13 לצורך הכרת הזירה.
בתחום האיסוף גובשו נוהלי העבודה רק ב-1953, ונקבעה חלוקת הסמכויות בין סוכנויות האיסוף השונות ("המוסד", השב"כ ויחידות האיסוף הצה"ליות) לבין אגף המודיעין וענפי המודיעין בחיל האוויר ובחיל הים. עם זאת, ובאופן חריג, במשך כמה שנים לאחר מועד זה המשיך המודיעין הימי להפעיל חוליות איסוף בנמל חיפה ונמל תל אביב (לצורך תחקור ימאים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים).
אחת המשימות שבהן עסק באותה תקופה המודיעין הימי הייתה מעקב אחר הפעילות המצרית שתכליתה הייתה חסימת השיט אל נמל אילת והמגבלות שהטילו המצרים על המעבר בתעלת סואץ של אוניות בדגל ישראל ואוניות זרות המובילות מטענים ישראלים או שפקדו את נמלי ישראל (מה שגרם להכנסתן ל"רשימה שחורה" של אוניות שנאסרה עליהן ההפלגה בתעלת סואץ). במהלך התקופה נשלחו כמה ספינות סוחר, רובן בדגל זר, לבדוק את הפעילות המצרית ולנסות להבין עד כמה נחושים המצרים באיסורים שהטילו וכיצד ניתן לעקוף אותם. לחלק מההפלגות הללו הצטרפו אנשי המודיעין הימי.
ההתמודדות מול המגבלות המצריות על חופש השיט לישראל וממנה הגיעה לשיא בשנת 1954, כאשר האונייה "בת גלים", שהפליגה בדגל ישראל, ניסתה לעבור בתעלת סואץ. המצרים עצרו את האונייה בנמל פורט איברהים, צוות האונייה הואשם ברצח שני דייגים ועונה בכלא המצרי 100 ימים. הקצין הראשון בהפלגה היה רפאל שפינט, ששירת עד אז במודיעין הימי, ושחרורו משירות סדיר הוקדם כדי לאפשר את הפלגתו על ה"בת גלים" כאזרח. סוגיית חופש השיט, ומעצרה של הספינה "בת גלים", היו חלק מההתדרדרות שהובילה בסופו של דבר למלחמת סיני ב-1956.
דוגמה אחרת לפעילות שתכליתה איסוף מודיעין הייתה מבצע שנונית, שנערך ב-1954 ונועד לאתר במצרי טיראן, בין האי סנפיר לחוף הסעודי, מעברים כשירים לשיט. נתיבים כאלה היו אמורים לאפשר מעבר לאילת מחוץ לטווח תותחי החוף המצריים שהיו מוצבים בראס נצראני ושלטו על מצרי טיראן. עם הכוח המבצע נמנה גם פיני נוסבאום, מראשוני המודיעין הימי, שפיתח מאוד את נושא איתור חופי הנחיתה והגישה מהים ליעדי אויב. במהלך כל שנות שירותו במודיעין הימי טיפח נוסבאום גם את הקשר בין המודיעין הימי לסוכנויות האיסוף והתמחה גם בפענוח צילומי קרקע וצילומי אוויר למיפוי תשתיות ציי האויב. לימים היה הראשון לשמש בתפקיד ראש ענף יעדים והראשון לשמש כראש מחלקת מל"ם במודיעין הימי.
מלחמת סיני

המודיעין הימי סיפק לחיל הים את המידע הדרוש לפעילותו במלחמת סיני, ובין היתר תיק מודיעין לפעילות הימית במפרץ אילת, שנועדה ללוות ולסייע לתנועתה של חטיבה 9 מאילת לשארם א-שייח'.
האירוע החשוב מבחינה מודיעינית היה קשור ביירוטה של המשחתת המצרית אבראהים אל-אוול שהפגיזה את החוף באזור חיפה. ההיבטים המודיעיניים של אירוע זה הם:
התרעה: כחמש שעות לפני שהחלה המשחתת להפגיז, קלטה יחידת ההאזנה של חיל המודיעין מברק שנשלח אליה ממפקדת הצי שבו נאמר:”המשיכו במשימתכם על פי המסלול שנקבע.” מיד עם פענוח מברק זה הועלה חשד לפעולה מצרית עוינת מהים. המידע הועבר לנציג חיל הים ביחידה, שהעבירו מיידית למודיעין הימי במפקדת חיל הים. על אף זאת המשחתת הגיעה לעמדת ירי ופתחה באש על חיפה מבלי שהתגלתה וזוהתה קודם לכן. ידיעה אחרת על כוח ימי אמריקאי המתקרב לפנות אזרחים גרמה לטעות בזהוי.
מודיעין מלווה: במהלך הקרב שהתפתח (ושבסיומו נלקחה המשחתת שלל) יורטה בזמן אמת תקשורת בין המשחתת המצרית למפקדת חיל הים המצרי באלכסנדריה, שחשפה מידע טקטי על הנעשה באונייה המצרית ועל כוונותיו של מפקד המשחתת. המידע דווח ישירות לראש המודיעין הימי, סא"ל אריה ברוש, והועבר בזמן אמת למפקד הכוח המיירט.
אירוע נוסף במהלך המלחמה, שבו הייתה תרומה מודיעינית בזמן אמת, היה המידע על הפריגטה המצרית "ראשיד", שנשלחה לחלץ קצינים ונגדים מצריים שברחו מכוחות צה"ל והתרכזו בחלקו הדרומי של סיני. מהמידע שהתקבל עלה שהספינה מסתתרת בחוף הסעודי בצפון הים האדום ושאין לה מספיק דלק. על סמך המידע הוחל בתכנון השתלטות על הפריגטה המצרית, אך זה לא יצא לפועל בסופו של דבר.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים > מודרניזציה ושינוי האוריינטציה בציי ערב

עד מלחמת סיני היו חילות הים הערביים מצוידים בכלי שיט מתוצרת בריטית וצרפתית. באמצע שנות ה-50 חל שינוי באוריינטציה של מצרים וסוריה, שהידקו קשריהן עם ברית המועצות וחתמו עימה על עסקות נשק גדולות, שכללו מטוסים, טנקים, תותחים וגם כלי שיט. חיל הים המצרי (וכעבור זמן מה גם חיל הים הסורי) החל להצטייד בספינות מלחמה סובייטיות, תחילה במשחתות, ובהמשך גם בשולות מוקשים, ספינות טורפדו, נחתות, צוללות וסטי"לים, שהיוו איום חדש בזירה. נוכח תמורות אלה נאלץ המודיעין הימי להיערך הן מבחינה איסופית והן מבחינה מחקרית כדי להשיג, לנתח ולפרסם מידע על כלי השיט החדשים שהגיעו לזירה, על הנשק ומערכות הגילוי שלהם ועל תורות הלחימה הנובעות מהם.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים > השפעת המדיניות הבין-ערבית על הזירה הימית

בין השנים 1958–1961 התאחדו מצרים וסוריה לישות מדינית אחת שנקראה הרפובליקה הערבית המאוחדת. כלי שיט מצריים וסוריים שהו לסירוגין גם בנמלי המדינה האחרת. האיחוד העצים את האיום הימי נגד ישראל בזירה הצפונית, שכן עד למועד זה היה חיל הים הסורי נחות בגודלו ובאיכותו, ודאי בהשוואה לחיל הים המצרי. האיחוד הקנה לאויב אפשרות נוחה יותר להשתמש במשחתות ובצוללות לביצוע מצור ימי על ישראל ולתקיפת החוף הישראלי מכיוונים שונים בו-זמנית. תפנית זו באיום הימי חייבה הקצאת משאבי איסוף ומחקר גם לנעשה בחופי סוריה ונמליה, תחום שזכה עד אז לעדיפות נמוכה.
במהלך המחצית הראשונה של שנות ה-60 היה הצבא המצרי (ובכלל זה הצי בזירת הים האדום) טרוד ומעורב עד צוואר במלחמת האזרחים בתימן. לפעילות חיל הים המצרי בדרום הים האדום הייתה השפעה על תנועת ספינות סוחר בין נמל אילת למזרח הרחוק.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים > כניסת ספינות טילים לזירה

נדבך ימי משמעותי נוסף, בדמותן של ספינות טילים מתוצרת סובייטית, הגיע לאזורנו בשנות ה-60. תחילה הגיעו לחילות הים של מצרים וסוריה סטי"לים מדגם קומאר ובהמשך, ערב מלחמת ששת הימים, קיבלה מצרים גם סטי"לים מתקדמים יותר מדגם אוסה. במקביל סופקו למצרים גם טילי חוף-ים וטילי אוויר-ים. כניסתו של האויב הימי לעידן הטילנות שינתה כליל את הזירה הימית, וחייבה את המודיעין הימי להשיג במהירות נתונים טכניים על הטילים השונים, כדי שחיל הים יוכל להתמודד עם האיום החדש ולתת לו מענה.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים > פעילות הצי הסובייטי בים התיכון

ב-1966 התחיל הצי הסובייטי להפעיל בים התיכון כלי שיט צבאיים כמשקל נגד לצי השישי האמריקני. במקביל החלו גם טייסות מפציצים ארוכי טווח מדגם טופולב Tu-95 לסייר בים התיכון. תחילה לא הייתה לסובייטים גישה לנמלים בזירה זו לצורך תספוק, אחזקה ומנוחת לצוותים, אך בהמשך התבססו כלי השיט הסובייטיים במזרח הים התיכון על נמלים במצרים (אלכסנדריה, פורט סעיד ומרסא מטרוח) ובסוריה (לטקיה וטרטוס). לפעילות כלי השיט הסובייטים במזרח הים התיכון (בין השאר הייתה נוכחות קבועה של ספינת ביון מול חופי ישראל) ולנוכחותם בנמלי מצרים וסוריה, הייתה השפעה על פעילות כוחות חיל הים הישראלי, ולפיכך החל המודיעין הימי לחקור גם את הפעילות הימית הסובייטית במזרח הים התיכון.
תחום אחר הקשור לפעילות ימית סובייטית שבו החל לטפל המודיעין הימי באותה תקופה היה המעקב אחרי אוניות סוחר של מדינות מזרח אירופה, שהובילו נשק ואמל"ח לארצות ערב מהים השחור ומהים הבלטי. בנושא זה פיתח המודיעין הימי בשיתוף עם עמיתיו באמ"ן ובמודיעין חיל האוויר מיומנויות לזיהוי הציוד המובל על פי המארזים שהיו על סיפון האוניות.
מלחמת ששת הימים > התרעה על המלחמה

בתקופת ההמתנה שקדמה למלחמת ששת הימים עקב המודיעין הימי אחרי הכנות הצי המצרי לקראת פרוץ פעולות איבה. בין השאר אותרו צעדי חירום שננקטו, שכללו שינויי פריסה של כלי שיט (בין השאר מעבר כלים מזירת הים התיכון לזירת הים האדום), הכשרה וחימוש כלי שיט, צעדי אבטחה וכוננות, היעדרות כלי שיט מבסיסיהם ועוד.
בתאריך 30 במאי 1967 בבוקר התקשר ראש המודיעין הימי, סא"ל ראובן אשכנזי, לראש אמ"ן אהרן יריב ואמר לו:
"המפקד, בדרך עכשיו נייר שלנו הקובע כי חיל הים המצרי מוכן למלחמה. האם יצא למלחמה, זה כבר לא התפקיד שלי להגיד, אלא שלך."
דיאלוג זה בין ראש המודיעין הצבאי לראש המודיעין הימי, שהתקיים בבוקרו של ה-30 מאי, ממחיש היטב את חלוקת הסמכויות בין המודיעין הימי לאגף המודיעין במטכ"ל. סמכותו של המודיעין הימי היא לחקור ולהציג את רמת היכולות והמוכנות הקרבית של הזרוע עליה הוא מופקד, בעוד שסמכותו ואחריותו של אגף המודיעין היא מתן התרעה למלחמה ברמה המדינית-אסטרטגית.
מלחמת ששת הימים > הפעילות במלחמה

חיל הים נתפס במלחמת ששת הימים בעיצומו של תהליך בניין כוחו מחדש, תהליך שבמרכזו עמד המעבר מכלי לוחמת שטח גדולים ומיושנים לכלי שיט חדשים יותר – ספינות הטילים, שנבנו באותה עת בצרפת. במקביל גם נרכשו בבריטניה צוללות גדולות יותר, שהיו באותה עת בשיפוצים.
בהיעדר כלי שיט נושאי טילים, שיכלו להתמודד עם הסטי"לים בחילות הים של מצרים וסוריה, התבססה פעילות חיל הים במלחמת ששת הימים על חדירה של לוחמי שייטת 13 לנמלים מצריים וסוריים מתוך כוונה להשמיד כלי שיט צבאיים. המודיעין הימי סיפק לכוחות מידע על הנמלים, על היערכות כלי השיט הצבאיים בתוכם ועל מערכות ההגנה בהם ובסביבתם. חלק מהמבצעים השתבשו וחלק מתמונת המודיעין הייתה חסרה.
מלחמת ששת הימים > הפעולה בפורט סעיד

לפעולה זו היו היבטים מודיעיניים אחדים. ראשית, למפקד הכוח, ששהה על משחתת הפיקוד אח"י יפו, היה צוות מודיעין חביר וכן מוכ"ם מצוות המשחתות, שהתמחה בהפעלת מערכת האלינט "בת קול", שפיתוחה הושלם כמה חודשים לפני המלחמה. צוות חביר זה סיפק למפקד הכוח מידע טקטי בזמן אמת. שנית, תמונת היערכותם של כלי השיט הצבאיים המצריים בנמל הייתה חסרה (לדוגמה, למודיעין הימי לא נודע בעוד מועד שהצוללות שאמורות היו להגיע לנמל נשארו באלכסנדריה) ושלישית, היה חוסר בהירות בשאלה מהו דגם הסטי"לים המצריים הערוך בנמל וכן האם הסטי"לים בנמל חמושים בטילים או לא.
מלחמת ששת הימים > הפעולה באלכסנדריה

התרומה של המודיעין הימי בהקשר לפעולה זו, מלבד תיק המודיעין המפורט על נמל אלכסנדריה, באה לידי ביטוי במידע שהושג בזמן אמת על כך שששת לוחמי הקומנדו הימי נפלו בשבי המצרי, מה שאִפשר להרחיק מאלכסנדריה את הצוללת הישראלית – אח"י תנין – שהייתה נתונה תחת איום נצ"ל של חיל הים המצרי.
בבוקר 6 ביוני הסתבר שכח הצוללים מפעולת אלכסנדריה לא חבר לצוללת. מתוך התחשבות בצורך לאיסוף חולית הקומנדו הימי מפקד חיל הים החליט לשלוח את שלוש המשחתות לפעולת חילוץ באזור אלכסנדריה. הנמל מהווה את מרכז הכח של הצי המצרי והיה ברור שיהיו שם ספינות טילים. הייתה זו תפנית מהלך המחשבה של העדיפות הטכנית לטילי האויב ובניגוד מפורש להוראת הרמטכ"ל יצחק רבין שביטל את הפעולה והחזיר את הכח. בהערכת המצב הועלו טענות כי יש לעשות הכל כדי לחלץ את כח הצוללים.
לא ברור איך אפשר המודיעין הימי שינוי כזה בהערכת הכושר הטכני. על הנושא ערער אל"ם בנימין תלם במכתב למפקד חיל הים שלמה אראל. הוויכוח לא הוכרע והחל להיווצר הרושם השגוי כאילו טילי הסטיקס אינם מבצעיים.
מודיעין ים קלט ידיעה כי ששת הצוללים נפלו בשבי באלכסנדריה. על סמך המידע הורתה מפקדת חיל הים לצוללת אח"י תנין לשוב. כתוצאה מהמידע נמנע סיכון הצוללת בקרבת נמל האויב.
מלחמת ששת הימים > תקיפת אניית הביון "ליברטי"

אירוע משמעותי נוסף שהתרחש בזירה הימית היה תקרית ליברטי, שבו נפגעה בטעות מאש דו-צדדית (חיל האוויר וחיל הים) אוניית הביון האמריקאית "ליברטי", שפעלה מול חופי אל עריש. לפרשה כאובה זו היו שני היבטים מודיעיניים:
הראשון בהם התרחש במהלך האירועים עצמם עת אותרה האונייה על ידי סיור אוויר בבוקר לפני שהותקפה. נציג המודיעין הימי במוצב הפיקוד המטכ"לי בקריה בתל אביב, רס"ן (לימים סא"ל) אורי מרץ, קיבל את הדו"ח של סייר האוויר, ובכלל זה תיאור האונייה ומספר הדופן שלה. על סמך תחקור הסייר, ובעזרת השנתון Janes זיהה מרץ את הספינה כאוניית הביון האמריקאית "ליברטי". הוא העביר על כך דיווח לענף המודיעין הימי במפקדת חיל הים בחיפה, ואף הדגיש את הדמיון בין צללית הספינה האמריקאית לזו של ספינת העזר המצרית "אל קוצייר". הדיווח של מרץ הועבר לגורמי המבצעים והשליטה בחיל הים, אך כשהספינה התגלתה שוב, בצהריים, לא נעשה הקישור הנדרש, כי איתורה וזיהוייה הקודם נמחקו מהלוחות.
התקרית, שבה נהרגו 34 אנשי צוות אמריקאים ונפצעו 171, עוררה זעם רב בארצות הברית והעיבה על יחסי שתי המדינות. טענתה של ישראל שהתקיפה בוצעה בשגגה התקבלה בספקנות ובחוסר אמון מצד גורמים שונים בארצות הברית.
ההיבט המודיעיני השני התרחש בשנת 2003, כאשר על רקע דרישתו של השופט קריסטול, שחררה "סוכנות הביטחון הלאומית"-NSA (סוכנות ביון בארצות הברית המופקדת על משימת ביצוע האזנות ברחבי העולם) מסמכים חדשים ותמלילי תעבורת קשר של כוחות צה"ל המאשרים את גרסת ישראל שהפגיעה בספינה האמריקאית הייתה טעות טרגית ולא נעשתה בכוונה תחילה.
בין מלחמת ששת הימים למלחמת יום הכיפורים > קרב רומני

לאחר הפסקת האש במלחמת ששת הימים התרחשה פעילות כל שיט של חיל הים המצרי בגזרת חוף סיני. מטרת הפעילות לא הייתה ברורה. אך הסיכון לפעילות הדייג הישראלית ולספינות חיל הים המסיירות היה מוחשי. הפעילות הלילית הזאת לא אותרה על ידי המודיעין הימי. היא נתגלתה באקראי לשתי טרפדות בנזין בפיקודו של אלי רהב, שנמצאו במנוחת לילה מול חוף אל עריש. מפקד חיל הים שלמה אראל תחקר אישית את האירוע. מול האיום שנתגלה השתנו תנאי הסיורים ועלתה רמת הדריכות למרבית. הסיורים נעשו בלילות והמנוחה הועברה לשעות היום. כח הסיור הוכפל ובשטח נמצאו כל לילה גם משחתת וגם טרפדות.
בצהרי 11 ביולי 1967 נכנס כח של הצי הסובייטי לנמל פורט סעיד. מפקד הכח הכריז כי באו להגן על מצרים. לכניסת הכח הסובייטי לא הייתה התרעה מוקדמת. מפקד חיל הים העביר הוראה להתרחק מזרחה מקו אורך 33 מזרח. בליל 11 ביולי 1967 התגלו שתי מטרות שיצאו מפורט סעיד בתנועה מזרחה. מפקד אח"י אילת יצחק שושן שהיה המפקד הבכיר במקום. לפי פרטים שלמד מחולית האזנה העריך כי המטרות הן ספינות טילים, הרגיש מאוים והורה לטרפדות לתקוף.
אח"י אילת סגרה אל המטרות מהצפון וטרפדות חיל הים סגרו מהמזרח. המטרות שהתבררו כטרפדות מצריות מדגם P183 פתחו ראשונות באש. בקרב תותחים שהתפתח הצליח הכח הישראלי תוך חצי שעה לחסל את הטרפדות. נראה שירי התותחים פוצץ את טילי הטורפדו שנשאו הטרפדות המצריות, בעודם על הסיפון.