היסטוריה של הרפובליקה הדומיניקנית: קולוניאליזם וכיבוש זר
תהליך הכיבוש על ידי האיטי

ב-1791 פרץ מרד העבדים בהאיטי, בהנהגת המהפכן השחור טוסן לוברטיר. בתוך שנים ספורות נמלטו המשפחות העירוניות והעשירות באי, ולקחו עמן את המנהלנים האירופים. מגדלי הבקר הכפריים, המכונים "hateros", נותרו באי, על אף שאיבדו את השוק העיקרי לתוצרתם. ספרד ראתה בחוסר השקט הפוליטי באי הזדמנות להשיב את כולו לידיה, ובברית של נוחות עם יריביה האנגלים ניסתה לכבוש את האי, אך הובסה בידי מנהיג העבדים לוברטיר, ב-1798. ב-24 בינואר 1801 כבש לוברטיר את סנטו דומינגו, לאחר שביצר את שליטתו המלאה בהאיטי. עד לאותה עת פעל לוברטיר בשמה של הרפובליקה הצרפתית, אולם, לאחר עליית נפוליון לשלטון, התעלם לוברטיר מהוראותיו, וכבש גם את אזור סנטו דומינגו, שבו הייתה עדיין העבדות נהוגה. לוברטיר הכריז על שחרור העבדים, ומינה ועדה לכתיבת חוקה שנכנסה לתוקף ביולי 1801 ולפיה היה האי מאוחד, העבדות נאסרה בכל שטחו, ולוברטיר הוכרז לשליט האי לכל ימי חייו.
החוקה העניקה ללוברטיר כוח אבסולוטי כמעט באי היספניולה, והוא ניסה לעצב את האי בדמותו. הנצרות הקתולית הייתה לדת המדינה, ועקרונות מהפכניים רבים זכו לסייגים. החמור מכל היה כי לא התמנה כל פקיד צרפתי לשלוט באי, שכן לוברטיר ראה עצמו כצרפתי לכל דבר. נפוליון לא ידע מה יעשה בשליט החדש. בתחילה אישר את פעולותיו, אך לאחר מכן הבין כי הדבר עלול להביא לאובדנו של האי היספניולה כמושבה מביאת רווחים. לבסוף הוחלט לשלוח את גיסו של נפוליון, הגנרל שארל לקלרק בראש משלחת צבאית לאי, שנחתה על אדמתו בינואר 1802.
על אף שצבאו של לקלרק זכה להצלחה התחלתית, ואף הצליח לאסור את לוברטיר ולשלחו באזיקים לצרפת, המשיכה ההתנגדות לצבא הצרפתי בכל עוז במהלך השנים 1802 ו-1803. המנהיג השחור ז'אן ז'אק דסאלין, קיסר האיטי ועמו המנהיג המולאטי אלכסנדר פטיון, המשיכו במאבק. בשנת 1803 תקפה מחלת הקדחת הצהובה את הצרפתים, והרגה רבים מהם, ובהם מפקדם לקלרק. מצור ימי בריטי, ואובדן עניין של נפוליון במושבות במערב, בעקבות מכירת לואיזיאנה לארצות הברית חתמו את גורל חיל המשלוח הצרפתי. ב-1 בינואר 1804 הכריז דסאלין על הקמת רפובליקה על כל שטח האי היספניולה. על אף תבוסתם להאיטים, נותר חיל מצב צרפתי בשטח הספרדי לשעבר במזרח האי. העבדות כוננה מחדש, ורבים מן המתיישבים הספרדים הוותיקים שנמלטו בשנות המהפכה ההאיטית שבו. ב-1805 הכתיר דסאלין את עצמו לקיסר ז'אק הראשון, וניסה לכבוש את שטחה של סנטו דומינגו. הוא נרתע אל מול שייטת צרפתית שהופיעה בנמל העיר. במהלך נסיגתם דרך עמק הסיבאו בזזו ההאיטים את הכפרים והעיירות שעמדו בדרכם, רצחו את תושביהם, והניחו את הבסיס לאיבה העמוקה השוררת מאז בין העמים.
הצרפתים החזיקו מעמד בחציו המזרחי של האי, עד שהתקוממות של התושבים שהיו ממוצא ספרדי הביאה לתבוסתם בקרב פאלו אינסנדו ב-7 בנובמבר 1808 ולכניעתם הסופית מספר חודשים לאחר מכן. לאחר מצור קצר נפלה סנטו דומינגו לידי המתמרדים ב-9 ביולי 1809, וזאת לאחר סיוע שהתקבל מהצי המלכותי הבריטי. השלטונות הספרדים גילו עניין מועט במושבה החדשה שנפלה לידיהם. התקופה שבאה לאחר מכן מכונה בתולדות הרפובליקה הדומיניקנית "La España Boba" - ספרד האווילית. משפחות החוואים הגדולות הפכו לשליטות באזורי דרום מזרח האי, ולא היו כפופות לשלטון מרכזי כלשהו. חוזה פריז עליו הוסכם בין המעצמות האירופיות ב-30 במאי 1814, לאחר תבוסת נפוליון, החזיר את חלקה המזרחי של היספניולה באופן רשמי לשלטון ספרד. ב-30 בנובמבר 1821 הכריז המושל הספרדי חוסה נונייס דה קאסרס, על עצמאותו של מזרח האי, בשם "הרפובליקה של האיטי הספרדית" - "Haiti Español", וביקש לצרפה לפדרציה של רפובליקת קולומביה הגדולה שייסד סימון בוליבר בצפון יבשת דרום אמריקה באותה התקופה. תשעה שבועות לאחר מכן שבו בני האיטי, בראשות ז'אן פייר בואייה, וכבשו את מזרח האי, בהכריזם על איחודו של האי היספניולה תחת שלטון האיטי.