באטמן מתחיל
עלילה

ברוס ויין בן השמונה נופל לתוך באר בעת משחק עם חברתו הצעירה רייצ'ל דוז ומותקף על ידי עטלפים. לאחר שאביו, תומאס ויין, מחלץ אותו מתוך הבאר, ברוס מפתח פחד מעטלפים. כאשר משפחת ויין הולכת לאופרה, ברוס נבהל מרקדנים על הבמה הלבושים כעטלפים ומבקש מאביו לעזוב. מחוץ לאופרה הם נשדדים על ידי ג'ו צ'יל, חסר בית חמוש באקדח, שהורג את הוריו ומותיר אותו לבדו בסמטה האפלה. לפני מותו, אומר תומאס לבנו לא לפחד (מוטיב חוזר לאורך הסרט). ברוס נלקח לאחוזת ויין על ידי המשרת של המשפחה, אלפרד פניוורת' (מייקל קיין), שמגדל אותו. לאחר ההלוויה, הוא נלקח למתן עדות על ידי השוטר סמל ג'יימס גורדון (גארי אולדמן),
14 שנים לאחר מכן, ברוס ויין הבוגר (כריסטיאן בייל) חוזר לגות'אם סיטי מאוניברסיטת פרינסטון לשימוע של רוצח הוריו, ג'ו צ'יל, מתוך כוונה להורגו. בתמורה לשימוע שיאפשר את שחרורו המוקדם מכלא, היה צ'יל עתיד להעיד נגד קרמיין פלקונה (טום וילקינסון), ראש המאפיה של גות'אם. את צ'יל מייצג בשימוע התובע המחוזי קארל פינג' שמביע את נכונות המדינה למתן השחרור המוקדם, אם יואיל צ'יל להעיד נגד פלקונה. אולם, אף על פי שברוס ויין נכח באולם, הוא העדיף לצאת ממנו כאשר נשאל לדעתו בעניין, ולאחר שצ'יל יצא מדלת צדדית של בית המשפט, התנקשה בחייו עיתונאית שעבדה בעבור פלקונה. רייצ'ל דוז, כעת עוזרת התובע המחוזי, מטיפה לברוס מוסר על זה שרצה להרוג את צ'יל ושצדק הוא יותר מנקמה.
ברוס מתעמת עם פלקונה, שמבהיר לו כי הוא בּוּר בענייני הפשע. אי לכך, ברוס מחליט לנדוד סביב העולם בניסיון להבין את המוח הקרימינלי. לבסוף, הוא נעצר ומוחזק בכלא בבהוטן על ידי המשטרה לאחר שפרץ למפעל של "תעשיות ויין". בכלא הוא פוגש בהנרי דוקארד (ליאם ניסן), שמציע לו להצטרף ל"ליגת הצללים", צבא נינג'ות מסתורי בראשו של ראס-אל-גול. ברוס משוחרר מהכלא ויוצא לחפש את ארמון הצללים שנמצא בהרי ההימלאיה, שם הוא לומד את דרכי הלחימה של "ליגת הצללים" וגם מתגבר על הפחד שלו מעטלפים. דוקארד מאמן את ויין באופן אישי ומשמש לו מעין מורה רוחני. לאחר אימוניו, ויין מגלה כי השתמשו בו כדי שיוביל אותם לעיר גות'אם ויהרוס אותה, משום שלפי ליגת הצללים היא מקור הרוע, שבמשך השנים התפשט יותר ויותר. ברוס מסרב לכך, נלחם נגד ראס אל-גול וצבאו, וגורם לפיצוצו של ארמון "ליגת הצללים", לא לפני שהוא מציל את דוקארד.
ויין חוזר לגות'אם, שם הוא מחליט להילחם מלחמת חורמה של איש אחד כנגד הכוחות השולטים בעיר. בעזרת סמל העטלף, החיה מפניה פחד כל חייו, הוא יוצר את זהותו של באטמן, תחת מעטה חליפת שריון שחורה ומסיכת עטלף. כאשר שואל אלפרד מדוע בחר בעטלפים, משיב ויין "עטלפים מפחידים אותי. הגיע הזמן שהאויבים שלי יחלקו איתי את האימה". הוא מבסס את מערת העטלפים העצומה שמתחת לאחוזת ויין כבסיסו הסודי. ויין מחדש את קשריו עם החברה של אביו, "תעשיות ויין", ומבקש מראש מחלקת המדע השימושי, לושיוס פוקס (מורגן פרימן), לספק בעבורו חליפת שריון מיוחדת עם גלימה-דאון, כמו גם אמצעים טכנולוגיים נוספים שיעזרו לו בלחימתו בפשע.
ויין נעזר ברייצ'ל דוז (קייטי הולמס), העוזרת של התובע המחוזי, ובשוטר ג'יימס גורדון, כדי לסכל העברת סמים בידי אנשיו של פלקונה. כבאטמן, הוא לוכד את פלקונה ומשאיר אותו קשור לזרקור ליד המזח עם מעיל קרוע בצורת עטלף, ובכך נותן השראה למשטרה להפעיל את "אות העטלף". בזמן חקירתו אחר העברות הסמים, הוא נתקל בפסיכיאטר ד"ר ג'ונתן קריין (קיליאן מרפי) – הלבוש במסיכת דחליל – שמשתמש בסם הזיות מיוחד כדי לגרום ליריביו לדמות את פחדיהם העמוקים ביותר. חייו ניצלים על ידי אלפרד ולושיוס פוקס, שייצר נוגדן.
קריין חוטף את רייצ'ל, ומגלה לה שסם ההזיות אינו קטלני אלא אם ישוחרר בצורת אדים וכי אנשיו משחררים אותו לתוך מערכת המים של העיר. הוא מרעיל אותה, ובאטמן מגיע בזמן כדי להצילה ולעצור את קריין. אחרי מרדף ממושך על גגות ורחובות גות'אם, בו באטמן נמלט מהמשטרה באמצעות הבאטמוביל, הוא לוקח אותה למערת העטלף ושם מזריק לה את הנוגדן. הוא משאיר לה שני נסיובים - האחד לחיסונו של גורדון והשני למטרת הפצה המונית.
בזמן מסיבת יום הולדתו באחוזת ויין, ברוס פוגש באנשי "ליגת הצללים" ובדוקארד, שמתגלה כראס-אל-גול האמיתי. הוא מגלה לו את תוכניתו - תוך הסתייעות בשירותיו של קריין, הוא ישתמש בסם ההזיות נגד העיר. שחרור הסם לאוויר יבוצע באמצעות מתקן שנגנב מ"תעשיות ויין" - פולט גלי מיקרו המאדה מים. ויין מבריח את אורחיו מאחוזתו באמתלה של שכרות ונלחם נגד דוקארד, ששורף את אחוזת ויין ומותיר את ברוס למות, לטענתו כתגובה על מעשיו של ויין בארמון הצללים. משרתו הנאמן אלפרד עוזר לוויין להימלט מהאש וממלט אותו אל תוך מערת העטלף.
באטמן מגיע לעזור לשוטרים בהדיפת אזרחי גות'אם המפוחדים. קריין ושאר הפושעים בבית חולים לחולי נפש "ארקהם אסיילום" משוחררים מכלאם על ידי חבורת סוהרים מושחתים. רייצ'ל מצליחה להבריח את "הדחליל" ופוגשת בבאטמן שנית (פגישתה הראשונה איתו התרחשה כאשר אנשיו של פלקונה ניסו להתנקש בה כאשר ירדה מהרכבת). לאחר שהציל אותה וילד אקראי מהדחליל, מבקשת ממנו רייצ'ל לגלות לה מיהו. על מנת שלא יגלה גם הילד, מחליט באטמן להזכיר לה משפט שאמרה לו כשלא עטה את המסיכה, "זה לא משנה מי אני בפנים, אלא מה שאני עושה זה מה שמגדיר אותי", ובכך היא מבינה כי הוא ברוס. באטמן נעזר בגורדון בעצירת הרכבת עליה מובל המתקן שמאדה מים (פולט המיקרוגלים), בעוד הוא מתעמת עם דוקארד על הרכבת ומביס אותו - ובכך עוצר את שחרור הסם שמשליט פחד ברחבי העיר.
לאחר חיסול "ליגת הצללים", ברוס רוכש את "תעשיות ויין" מידיו של ויליאם ארל וממנה את לושיוס פוקס למנכ"ל. לאחר שברוס מחליט לשקם את אחוזת ויין ולבנות אותה מחדש כדי שתכלול גם את מערת העטלף, הוא פוגש את רייצ'ל, שאומרת לו ש"ברוס ויין" האמיתי הלך לאיבוד לפני שנים, וכעת באטמן הוא הדמות הדומיננטית, וכי אולי היא תזכה יום אחד שברוס האמיתי ישוב. גורדון מקודם בתפקידו.
בסצנה האחרונה לסרט, הרומזת על סרט ההמשך, נפגשים באטמן וג'יימס גורדון, שקודם לדרגת סגן. גורדון מציין בפני באטמן כי כעת תהיה הסלמה במצב. כדבריו, "אנחנו נקנה כלי נשק חצי אוטומטיים, הם יקנו כלי נשק אוטומטיים, אנחנו נקנה קוולאר, הם יקנו כדורים חודרי שריון". כאשר נשאל מדוע העניין מפחיד אותו, הוא משיב לבאטמן "אתה לובש מסיכה, קופץ על גגות העיר", רמז לכך שהאויב הבא יהיה ברמתו של באטמן לפחות. הוא מציג בפני באטמן כרטיס ביקור שהשאיר פושע חדש, אחריו המשטרה מחפשת בגין שוד מזוין ורצח כפול. כרטיס הביקור הוא קלף "ג'וקר", רמז לכך שהאויב הראשי בסרט ההמשך יהיה אחד מאויביו הגדולים ביותר של הבאטמן - הג'וקר.