ישראל פטנאם
מלחמת העצמאות של ארצות הברית > לונג איילנד ותקופת שירותו המאוחרת

ב-14 ביוני 1775 הצביע הקונגרס הקונטיננטלי על הקמתו של הצבא הקונטיננטלי. ג'ורג' וושינגטון נבחר להיות המפקד העליון שלו ופטנאם ושלושה קצינים נוספים מונו כמייג'ור גנרלים תחת וושינגטון. בהצבעות על מינויים אלו, רק וושינגטון ופטנאם נבחרו פה אחד.
לאחר קרב גבעת בנקר שירת פטנאם תחת וושינגטון במצור על בוסטון. בעיקר בשל המאמצים הגאוניים של הנרי נוקס ושל בן דודו של פטנאם, רופוס פטנאם, אולצו הבריטים לסגת מבוסטון. ישראל פטנאם שירת כמפקד הזמני של הכוחות האמריקאים בניו יורק תוך שהוא ממתין להגעתו של המפקד העליון, ג'ורג' וושינגטון ב-13 באפריל 1776. מזלו של פטנאם פחות שפר עליו בקרב לונג איילנד באוגוסט 1776, שם הוא נאלץ לבצע נסיגה חפוזה. כמה אישים בקונגרס הקונטיננטלי השני האשימו את פטנאם בתבוסה, אך וושינגטון, שהיה המפקד העליון והיה עד לקרב, הגן עליו.
ייתכן שמאמציו של פטנאם הצילו את חייו של וושינגטון או מנעו את נפילתו בשבי. כפי שתיאר זאת הסנאטור דניאל פטריק מויניהאן:
...ניתן לטעון שאנו חייבים את קיומנו הלאומי לביצורים שהוקמו על ידי גנרל ישראל פטנאם באפריל 1776 על גדת תעלת בטרמילק [של גברנרז איילנד, ניו יורק]... [הכוחות הבריטים] נחתו בלונג איילנד ושמו פעמיהם לכוונו של ג'ורג' וושינגטון וצבאו. היה עליו להמלט, והוא עשה זאת בגלל ירי הארטילריה של פטנאם על ברוקלין הייטס, מעבר לתעלת בטרמילק, שריתק את האו במרחק מספיק כדי שוושינגטון יוכל להימלט למנהטן ושמלחמת העצמאות תימשך.
כשסגן הנשיא לעתיד ארון בר היה האחראי, הולך פטנאם שולל באוקטובר 1777 על ידי תרמית שבוצעה על ידי הכוחות הבריטים תחת פיקודו של הגנרל סר הנרי קלינטון, שהשיג בכך את האפשרות לכבוש את מבצר מונטגומרי ואת מבצר קלינטון שעל גדות נהר ההדסון. כנוהל שבשגרה, שוחרר פטנאם מהפיקוד והובא בפני ועדת חקירה על תבוסות אלו. לא ברור אם אירועים אלו נבעו מחוסר בכוח אדם או בשל טעות פיקודית והוא זוכה מכל אשמה.
לפטנאם היו יחסי ידידות ורחשי כבוד כלפי רבים מעמיתיו הבריטים שלחמו לצדו במלחמת הצרפתים והאינדיאנים, שכעת היו אויביו. בהיותו בפיקוד בניו יורק, היו כמה הזדמנויות שבהן הוא הפגין אדיבות אישית, כמו אספקת עיתונים לקריאה או טיפול רפואי לקצינים הבריטים שנפלו בשבי. התנהגות זו פגעה ברגשותיהם של ניו יורקים רבים. הוא גם הראה "סלידה בלתי ניתנת לכיבוש" כלפי רבים מאלו שהופקדו על טיפול בנכסיהם של הלויאליסטים שהוא חש שהם מעלו בתפקידם. גישה זו של פטנאם גרמה גם לחוסר אהדה כלפיו בקרב תושבי ניו יורק בעלי ההשפעה, שהתלוננו עליו בפני וושינגטון.
וושינגטון עצמו איבד חלקית את אמונו בפטנאם, זאת בשל תקרית בה עיכב פטנאם קידום כוחות אל וושינגטון כאשר זה האחרון הורה לעשות כן. הסבר אפשרי לכך היו נסיבות מותה של אשתו, שאובחנה בטעות כמתה, ככל הנקרא נקברה בחיים וגוועה בתוך ארון הקבורה. מאוחר יותר הוצאה גופתה מהקבר וככל הנראה נודע לפטנאם על הטעות הטרגית באותה עת בה קיבל את פקודתו של וושינגטון.
בלי שום קשר, וושינגטון חש שהוא לא יכול להציב את פטנאם בתפקיד פיקודי על הכוחות בניו יורק מבלי לקבל את תמיכת המדינה והוא העבירו לתפקיד של אחראי על הגיוס בקונטיקט לאחר שוועדת החקירה על נפילת המבצרים בניו יורק סיימה את עבודתה. מאוחר יותר הוצב פטנאם כמפקד הדיוויזיה המזרחית שכללה שלוש בריגדות של חיילים מניו המפשייר ומקונטיקט. ב-1779 הוא הוצב לפקד על הזירה הימנית של הצבא שכללה את הדיוויזיות של וירג'יניה, מרילנד ופנסילבניה.
ב-26 בפברואר 1779 נמלט פטנאם מפני הבריטים כשהוא רוכב במדרון תלול בגריניץ', קונטיקט, שנעשה מפורסם בשל מקרה זה. פסל המנציח את האירוע הזה הוקם בפארק הזיכרון לפטנאם (אנ') בעיירה רדינג הסמוכה. במקום זה חנו פטנאם וחייליו במהלך חורף 1778–1779. בדצמבר 1779 לקה פטנאם בשבץ מוחי שגרם לו לשיתוק ובכך תם שירותו הצבאי.