תמונת דריכה
השימוש בתמונות הדריכה במסגרת רדיפת הנצרות ביפן

רדיפת הנוצרים בתקופת הידיושי באה לידי ביטוי בגירושם מבתיהם וממנזריהם ובזיזת רכושם. למעשה, רדיפת הנוצרים תפסה תאוצה עם מות הידיושי בשנת 1598 משום שמותו הביא להיווצרות מאבק כוחות סביב השאלה מי ירש אותו, היות שיורש העצר בן החמש שמינה היה צעיר מכדי לכהן כמנהיג. לאחר שהביס בקרב מצביאים מתחרים, עלה לשלטון טוקוגאווה איאיאסו, שבהמשך קיבל את התואר שוגון (שליט צבאי) מהקיסר בשנת 1603 כשביסס את כוחו. בראשית שנות שלטונו היה יחסו של איאיאסו אמביוולנטי כלפי הנוצרים. מצד אחד לא אכף את מדיניותו של הידיושי למגר את הנצרות, מצד שני לא תמך בה באופן רציף. לעיתים העביר כספים ואישר את בנייתם של מנזרים ולעיתים התנכל להם וסירב לסייע כלכלית. בתקופה זו, הנוצרים ששהו בשטחים של דאמיו נוצרים, זכו לתמיכה וסיוע, לעומת זאת נוצרים שהיו באזורים שהיו שייכים לתומכי הידיושי, נתקלו בהתנגדות והתנכלות. בנחלות שהתנגדו לנוצרים, תחת חסות איאיאסו, נזהרו בתחילה מרדיפה והוצאות להורג באופן גורף על מנת שלא לעורר את זעמה של הקהילה הנוצרית החזקה בשטחן, מתוך החשש שזו שעלולה להביא להפלתם של השליטים. בשלב ההתחלתי החרימו הברונים את חפציהם וגירשו אותם מבתיהם.
בתקופה זו במקביל לבזיזה ולגרוש חלה תופעת הכפייה על מאמינים נוצרים לכפור באמונתם, כאשר אחד האמצעים השכיחים ביותר היה שימוש ב"טקס דריכה": טקס במהלכו נכפה על מאמינים לדרוך על תמונות ותבליטים שונים הנושאים את דמותם של ישו או מריה. נוצרים אשר סירבו לכפור בדתם עונו עינויים קשים עד אשר הסכימו. אלו שהתעקשו והמשיכו לסרב הוצאו להורג. במקרים רבים נמצאו נוצרים שנשבעו לכפור בדת אך הפרו את שבועתם, גזר דינם של אלא היה גזר דין מוות להם ולכל בני משפחתם.
בשנת 1605 הוריש איאיאסו את תואר השוגון לבנו הידטאדה (Hidetada), אך בפועל המשיך לשלוט איאיאסו עד ליום מותו בשנת 1616. באחת עשרה השנים עד מותו עסק איאיאסו בפעילות לחיזוק השלטון המרכזי ואיחוד יפן תחת שלטון השוגונות של טוקוגאווה. במהלך שנות שלטונו עבר איאיאסו בין הארמונות הרבים שבנה במחוזות שונים ברחבי יפן, ובכל מחוז מיגר את האיומים השונים על השלטון המרכזי, איום הנוצרים נמנה בין אלו. מיגור הנוצרים לא נעשה בבת אחת ברחבי יפן אלא באופן הדרגתי ושונה בהתאם לנסיבות בכל חבל ארץ. ייתכן מאוד מצב שבו באזור אחד נוצרים שגשגו והקימו מנזרים ואילו בחבל ארץ אחר היו נרדפים ונאלצו לכפור בדתם בשל נוכחותו של איאיאסו או רצון של שליט מקומי למצוא חן בעיני השוגון.
רדיפת הנוצרים הגיע לשיאה ב-27 בינואר 1614, כאשר מוציא איאיאסו צו רשמי נגד הנצרות. בצו מסביר איאיאסו כי הנוצרים לכאורה הגיעו ליפן במטרה לסחור אך בפועל המניע הנסתר הוא השלטת חוקי הדת הנוצרית המרושעים וחתירה תחת השלטון הנוכחי וכיבוש הארץ כולה, לכן יש לרסק אותם.
במסגרת הצו נתן איאיאסו הוראות לנזירים הבודהיסטים, חוקים לאתר את המאמינים הנוצרים מתוך הקהילות עליהם היו אמונים. החוקים מנחים את הנזירים הבודהיסטים לאתר את המאמינים הנוצרים באמצעות קריאת תיגר על חוקי הדת הנוצרית והאמונות העממיות הרווחות. בהמשך הצו, מדגיש איאיאסו שאף על פי שהורים במשך דורות רבים הלכו בדרך של אחד מהזרמים של הבודהיזם, לא ניתן לסמוך על כך שילדיהם לא נסחפו לדת הנוצרית, או כפי שמכנה אותה איאיאסו בצו ל"חוק הרוע". למען הסדר הטוב, הורה איאיאסו שכל אדם שנימצא כי הולך בדרכו של "חוק האמת", קרי הבודהיזם, ירשם במנזר הבודהיסטי כחף מפשע ויזכה לקבל תעודה עם חותמת שמזוהה עם המנזר אליו משתייך אותו אדם.
במקביל לפרסום צו זה הדאמיו השונים קיבלו הוראה להגלות את הנוצרים הלא-יפניים, להרוס את הכנסיות והמנזרים ולכפות בכוח על מאמינים נוצרים לזנוח את אמונתם. עם פרסום הצווים הללו תגובת המאמינים הנוצרים נחלקה לשתיים: היו שגמרו אומר לעמוד על שלהם והיו שקיימו את אמונתם בסתר בעוד שהצהירו על זניחת הדת בפרהסיה. מותו של איאיאסו לא הביא להקלה ברדיפת הנוצרים, משום שבנו הידטאדה התאכזר לנוצרים פי כמה, וכך גם הבאים אחריו. כל יורש החמיר את החוקים האנטי נוצרים ביחס לקודמו, כך נוצרה הדרישה, בסביבות 1625, כי על הנזירים הבודהיסטים לבחון כל תקופה מחדש את אמונתם של בני הקהילה באמצעות שימוש ב"טקס דריכה".
ההתנכלות לנוצרים וגירושם מיפן הביאה להחלשות המסחר עם אירופה, משום שהסוחרים הקתולים סירבו לדרוך על תמונות הקדושים הנוצרים. ההולנדים המשיכו לנהל יחסי מסחר עם יפן בנמל דג'ימה.