אלכימאי המתכת
תקציר העלילה > תקציר הפרקים הראשונים

בתחילת הסדרה, אדוארד אלריק הוא כבר אלכימאי לאומי בעל שם ברחבי מדינת אמסטריס (עברם של האחים נחשף בהמשך דרך פלאשבקים). האחים מגיעים לעיר ליאור בעקבות שמועה על כומר המכונה קורנלו, בעל היכולת לחולל ניסים. האחים חושדים שהכומר למעשה משתמש באבן החכמים תוך הונאת המאמינים, וחשדם אכן מתאמת. הכומר נחשף כרמאי, אך כאשר אד מנסה לקחת ממנו את אבן החכמים, היא נהרסת ואד מסיק מכך שהיא מזויפת. לאחר שהאחים עוזבים את ליאור, קורנלו נרצח בידי שלושה אנשים מסתוריים בעלי קעקועי אורובורוס, המכונים לאסט, גלאטוני ואנבי, שלכאורה שיתפו איתו פעולה. מסתבר שמה שקרה בליאור היה למעשה בהתאם לתוכניתם, ובעיר פורצת מלחמת אזרחים עקובה מדם.
בדרך חזרה, שומעים האחים על ד"ר טים מרקו, אלכימאי לאומי לשעבר המשתמש באלכימיה רפואית בעזרת אבן החכמים. הם מצליחים לאתר אותו בכפר קטן, אך הוא מסרב לעזור להם ומזהיר אותם שלא להמשיך לחקור את האבן, בטענה שמדובר ב"מחקר השטן" ושאסור להם לייחל לדבר שכזה. מיד לאחר מכן הם מותקפים על ידי אדם המכונה סקאר, רוצח סדרתי שרודף אלכימאים לאומיים בטענה ששינוי יסודות הבריאה נחשב לחילול הקודש, אך משתמש בעצמו באלכימיה. האחים נפצעים קשה ואד כמעט נהרג באותו קרב, אך מוסטאנג וארמסטרונג מצילים אותם ברגע האחרון, וחושפים את זהותו של סקאר כאישבלי (ר' בהמשך "מקומות"). כאות תודה, מרקו מגלה לאחים כי כתבי המחקר שלו מוסתרים באגף הראשון בספרייה הלאומית של העיר סנטרל. כאשר מרקו שב לביתו, הוא נחטף על ידי לאסט.
לאחר שהאחים מתאוששים בעיר הולדתם ריזנבול תודות למכונאית האוטומייל וינרי, הם ממהרים לסנטרל, אך שם מגלים מכתבי המחקר של מרקו כי המרכיב ממנו עשויה אבן החכמים הוא אנשים חיים. הם מחליטים להמשיך לחקור ומגלים את מכון המחקר החמישי לאלכימיה של סנטרל, מקום שלכאורה לא מתפקד, אך אד מאמין שהוא למעשה פעיל כיוון שהוא שוכן לצד בית כלא, בו הנידונים למוות יכולים לשמש חומר מחקר. האחים מתגנבים למכון ומגלים שההשערה שלהם נכונה, ושם נלחמים בשני שומרים בעלי גוף כמו של אל, העשוי משריון חלול: "סלייסר" (שהוא למעשה שני אחים הכלואים בשריון אחד) ו"בארי המקצץ" (קצב שלא הסתפק בביתור בשר בעלי חיים והחל לבתר בשר של נשים). סלייסר מובס על ידי אד ועומד לגלות לו את סודות המחקר, אך באותו רגע נרצח על ידי אנבי ולאסט שמופיעים במקום והורסים את המכון, אך לא תוקפים את אד משום שהם מתכוונים להשתמש בו בעתיד. בארי מנצל את ההמולה ונמלט מהמקום.
האחים מעוניינים לגלות עוד על הטיפוסים שחשפו את עצמם במכון המחקר החמישי, אך אז מופיע קינג בראדלי, הפיהרר של אמסטריס בכבודו ובעצמו, ומזהיר אותם שלא לחקור עוד, כיוון שמדובר באויב הקשור למחלקה הבכירה בצבא. ללא כל קצה חוט, האחים נוסעים לעיר דאבליס, שם מתגוררת מורתם לאלכימיה איזומי קרטיס, שאולי תדע כיצד יוכלו לחזור אל גופיהם הקודמים. בינתיים מייס היוז, מפקד הארכיון הצבאי וחבר קרוב, מחליט בכל זאת לחקור אודות מכון המחקר החמישי ואכן מוצא מספר מסמכים סודיים המעידים על כך שהמחלקה הבכירה בצבא היא למעשה האויב. לרוע המזל, הוא מותקף ונרצח על ידי אנבי לפני שהוא מספיק לדווח על מסקנתו לרוי מוסטאנג.
בעיר דאבליס, איזומי מגלה כי האחים (שאינם יודעים דבר על מותו של היוז) הפרו את האיסור וניסו להתמיר את אמם ומגרשת את האחים מביתם, אך אד שם לב כי העובדה שאיזומי מסוגלת כמוהו לבצע התמרה ללא מעגל (ר' בהמשך: "מעגל התמרה") אומרת שהיא עצמה ניסתה להתמיר אדם. היא מודה שאכן ניסתה להחיות את תינוקה שנולד מת, ואיבדה חלק מהאיברים הפנימיים מגופה. איזומי מעלה השערה שגם אל ראה את האמת, ואינו מסוגל לבצע התמרה ללא מעגל מפני שההלם של אובדן כל גופו גרם לו לאובדן זיכרון.
בהמשך, אל נחטף על ידי חבורת פושעים, ארבעה מהם הם למעשה כימרות שנמלטו ממכון המחקר החמישי: מרטל (אישה שהוכלאה עם נחש), לואה (שהוכלא עם שור), דולצ'טו (כלב) ובידו (לטאה). הם לוקחים אותו אל מנהיגם, גריד, החושף את זהותו כהומונקולוס. גריד הוא בעל קעקוע אורובורוס כמו של לאסט ואנבי שהאחים כבר פגשו וגריד מגלה כי גם הם הומונקולים כמוהו, אך הוא אינו משתף אתם פעולה מכיוון שהוא רוצה הכול לעצמו, הוא נטש את השאר לפני שנים רבות וכעת הם רואים בו אויב. גריד מעוניין בגוף כמו של אל כיוון שהוא חושב שהוא בן אלמוות, למרות שההומונקולים עצמם אינם מזדקנים וגופם מתחדש לאחר פציעה, עם זאת הם אינם בני אלמוות לחלוטין. אד ואיזומי מגיעים למקום ומנסים להילחם בגריד כדי לחלץ ממנו מידע, אך אז מגיעים שאר ההומונקולים יחד עם חיילי סנטרל וטובחים בגריד ובכימרות. מרטל מתחבאת בתוך גופו של אל, אך אז מופיע קינג בראדלי ודוקר אותה למוות כשהיא בתוך השריון, לא לפני שהיא מבחינה בסמל האורובורוס בתוך עינו במקום האישון ומבינה שהוא עצמו הומונקולוס.