Spider-Man: Web of Shadows
עלילה > Windows, Playstation 3, Wii ו-Xbox 360

בעיר ניו יורק המלאה ביצורי סימביוט, ספיידרמן מחפש אחרי מרי ג'יין ווטסון ומוצא אותה ביחד עם לוק קייג'. לפתע, ספיידרמן מותקף על ידי כוח לא ידוע. ארבעה ימים קודם לכן, ספיידרמן נלחם בונום ובזמן הקרב, חלק מהסימביוט של ונום נצמד לספיידרמן והופך את תלבושתו לחליפה השחורה. ספיידרמן מגלה שהוא מסוגל הפעם לשלוט טוב יותר על החליפה (בניגוד לפעמים קודמות בה היא הפכה אותו לאגרסיבי באופן מידי). לאחר שהוא מביס את ונום, האחרון נעלם. ספיידרמן מסייע ללוק קייג' לעצור מלחמת כנופיות בהארלם ומוצא הוכחות למעורבותו של הקינגפין במלחמה. בזמן פגישת פיוס בין שני ראשי הכנופיות, ספיידרמן יכול להציג להם את ההוכחות למעורבותו של הקינגפין או לתת להם להילחם אחד בשני.
לאחר מכן, ספיידרמן עושה דרכו למגדל של קינגפין כדי להתעמת איתו ונתקל בחתולה השחורה שבדיוק ברחה מהמקום. ספיידרמן רודף אחריה ובעזרתו של מון נייט הוא מצליח לתפוס אותה. החתולה השחורה חושפת בפני ספיידרמן שהיא עובדת כסוכנת כפולה במטרה להפיל את קינגפין ולהשיג את תשומת לבו של ספיידרמן. ספיידרמן יכול להשיב לה אהבה או לדחות אותה. לאחר מכן, ספיידרמן משתף פעולה עם החתולה השחורה או עם מון נייט (בהתאם לבחירות השחקנים) במטרה לעצור את פעולותיו של הקינגפין והם מוצאים את הנשר שמפקח על ייצור נשק עבור הקינגפין. בזמן הקרב מול אנשיו של קינגפין, ספיידרמן לפתע מותקף על ידי אזרחים שנשלטים על ידי הסימביוט. בזמן חקירתו, ספיידרמן נתקל בוולברין שצד סימביוטים ומניח שספיידרמן עצמו הפך לאחד (בגלל החליפה השחורה). השניים מסכימים לשתף פעולה ומצליחים למצוא את ונום, שחטף אזרחים והדביק אותם בסימביוט. לאחר קרב נוסף מול ונום, האחרון בורח בשנית. לאחר שאזרחים נוספים נדבקים בסימביוט, צוות מיוחד מטעם סוכנות "S.H.I.E.L.D" בניהול האלמנה השחורה מקימים מתחמי בידוד ברחבי מנהטן. אלקטרו תוקף את המתחמים במטרה למצוא את אחותו וקרב מתחיל בינו לבין ספיידרמן. ספיידרמן מנצח את אלקטרו והאחרון בורח לאחר שנדבק גם הוא בסימביוט.
לאחר שהוא מנסה לשווא ליצור קשר עם כמה מחבריו הגאונים (ביניהם טוני סטארק ומיסטר פנטסטיק), ספיידרמן מגבש תוכנית לפיה הוא ישחרר את הטינקרר (אנ') מהכלא במטרה שיבנה מכשיר שישמיד את הסימביוט בלי לפגוע במארח. ספיידרמן חודר לכלא ובעזרתו של ריינו הוא מצליח לשחרר את הטינקרר. בזמן שהטינקרר בונה את המכשיר, ספיידרמן מסייע לחברי ש.י.ל.ד במשימות שונות ברחבי העיר כגון עצירת אלקטרו שנדבק בסימביוט, שכנוע הקינגפין לסייע לטינקרר, סיוע למון נייט בהוצאת תושבים מהעיר וכן סיוע לוולברין במלחמה נגד אזרחים נגועים בסימביוט. במהלך עבודתם ביחד, וולברין נדבק גם הוא בסימביוט, אך ספיידרמן מצליח להחזירו למוטב.
לאחר שסייע למרי ג'יין וללוק קייג' למלט אזרחים מהעיר, ספיידרמן מגלה שהשניים נעדרים ויוצא לחפשם (מה שמוביל לאירועי הפתיחה במשחק). אותו כוח לא ידוע שתקף את ספיידרמן בתחילת המשחק מתברר להיות החתולה השחורה שגם היא נדבקה בסימביוט, אך ספיידרמן מביס אותה בעזרתה של מרי ג'יין. לאחר הקרב, החתולה השחורה פצועה באופן אנוש וספיידרמן יכול להשאיר אותה בטיפולה של מרי ג'יין או לתת לה חלק מהסימביוט שלו במטרה לטפל בה. בינתיים, המכונה שהטינקרר בנה מוכנה, אך הנשר (שגם נדבק בסימביוט) תוקף את הצוות ומנסה להרוס אותה. לאחר שהביס את הנשר, ספיידרמן יכול להפעיל את המכשיר שהורג את הסימביוט ברחבי מנהטן (כולל את החליפה השחורה) או להשמיד אותו בעידודו של הנשר.
לאחר מכן, ונום תוקף את אחת מנושאות המטוסים של ש.י.ל.ד. ספיידרמן מגיע למקום ומגלה שונום הפך למפלצת סימביוטית בעלת חמישה ראשים. ספיידרמן מביס את ארבעת ראשיו של ונום ומנסה לגרום לאדי ברוק לצאת מתוך הסימביוט. ספיידרמן יכול לבחור להרוג את אדי ברוק או לנסות להצילו, אך אדי יקריב את עצמו במטרה להרוג את הסימביוט. ספיידרמן נמלט מנושאת המטוסים כשהיא מתפוצצת ומשמידה את הסימביוט עליה באופן סופי.
באפילוג, שמורכב כולו מהבחירות שהשחקנים עשו במהלך המשחק ספיידרמן יכול להתאחד עם מרי ג'יין בניו יורק המשוקמת או להוביל צבא של סימביוטים בזמן שהוא לבוש בעצמו בחליפה השחורה יחד עם החתולה השחורה לצדו. בסוף הרע, הקינגפין, האלמנה השחורה והטינקרר משחררים את וולברין שנדבק בסימביוט במטרה שיצוד את ספיידרמן.