סוניק – הסרט 3
עלילה

ב-1974, מטאוריט שמכיל את שאדו הקיפוד (אנ') מתרסק באוקלהומה ונלקח על ידי הארגון הצבאי הבין-לאומי ״יחידות שומרי העמים״ (גא״ן). שאדו עובר ניסויים בתוכנית מחקר שמוביל המדען ג׳ראלד רובוטניק, ובמהלכה הוא מפתח חברות קרובה עם נכדתו של ג׳ראלד, מריה, ששוהה עמו במעבדה. כשמתברר שכוחו של שאדו מסוכן מדי, גא״ן דורשים מג׳ראלד לסגור את הפרויקט, וזה מנסה לברוח יחד עם מריה ושאדו. השלושה מותקפים על ידי כוחות גא״ן, שהורגים את מריה, כולאים את ג׳ראלד ומאחסנים את שאדו בהקפאה קריוגנית.
50 שנים לאחר מכן, מתקן הכליאה של שאדו ביפן נפרץ, וזה נמלט ומתחיל לזרוע הרס ברחבי טוקיו. המנהלת רוקוול, קצינה בכירה בגא״ן, מזעיקה את סוניק, טיילס ונאקלס. השלושה מתעמתים עם שאדו, שמביס אותם בקלות ובורח.
כשסוניק, טיילס ונאקלס מגיעים להתייעץ עם המפקד העליון של גא״ן, המפקד וולטרס, הם מוצאים את עצמם מותקפים על ידי הרובוטים של דוקטור אייבו רובוטניק. המפקד וולטרס נפצע אנושות, וברגעיו האחרונים מוסר לסוניק כרטיס מפתח ומנחה אותו לשמור עליו מכל משמר. כשרוקוול מגלה על מותו של וולטרס, היא חושדת בסוניק ובחבריו ומאשימה אותם בגניבת כרטיס המפתח. סוניק, טיילס ונאקלס מתעמתים עם הסוכן סטון, יד ימינו של אייבו, שחושף שמתקפת הרובוטים לא תוכננה על ידם ונבעה מפריצה של גורם לא ידוע למערכות שלהם. בלית ברירה, סוניק וחבריו כורתים ברית זמנית עם אייבו ועוקבים אחר הרובוטים למעבדה נטושה של גא״ן באזור מבודד.
במעבדה ממתינים להם שאדו, שמנטרל את סוניק, טיילס ונאקלס; יחד עם ג׳ראלד, שמגלה לאייבו שהוא סבו האובד. ג׳ראלד חושף כי הוא זה שפרץ לרובוטים ושחרר את שאדו כדי להשיג את שני כרטיסי המפתח של גא״ן שנחוצים כדי להפעיל את תותח ליקוי החמה, נשק סודי של גא״ן שחבוי מתחת לאדמת המטה שלהם בלונדון. אייבו מחליט לבגוד בסוניק ולהצטרף לסבו ולשאדו במטרה להשמיד את מטה גא״ן.
סוניק, טיילס ונאקלס בורחים באמצעות טבעת ומגייסים את הוריהם המאמצים, טום ומאדי, לגנוב את כרטיס המפתח השני ממטה גא״ן. במהלך המשימה שאדו פוצע קשות את טום, שמוסווה הולוגרפית כוולטרס, ולוקח את כרטיס המפתח השני, מה שמאפשר לאייבו וג׳ראלד לשגר את תותח ליקוי החמה. סוניק הזועם נוטש את טיילס ונאקלס, לוקח את יהלום המאסטר ומשתמש בשבעת יהלומי הכאוס שבתוכו כדי להפוך לסופר סוניק ולצאת לנקום בשאדו.
סוניק ממהר לתותח ליקוי החמה ומתעמת עם שאדו, שמשתמש גם הוא בכוחם של יהלומי הכאוס כדי להפוך לסופר שאדו. השניים נלחמים, ולאחר ששאדו מזכיר את טום, שעדיין נמצא בבית החולים, סוניק גובר על שאדו וכמעט הורג אותו, אך נזכר בדבריו של טום לגבי החלטות נכונות ומחליט לעצור ברגע האחרון, לפני שייתן ליצר הנקמה להשתלט עליו כפי שהשתלט על שאדו. סוניק מספר לשאדו על האובדן שחווה כשאיבד את הינשופה שגידלה אותו, לונגקלו, ועל איך האהבה גוברת על הרצון לנקום. שאדו, שהדברים נוגעים לליבו, מחליט להשלים עם סוניק ולעזור לו לעצור את תותח ליקוי החמה כדי לכבד את זכרה של מריה.
ג׳ראלד מגלה לאייבו שכוונתו האמיתית היא להשמיד את כדור הארץ לחלוטין באמצעות תותח ליקוי החמה כנקמה על מות מריה. אייבו, שקיווה לשלוט בעולם אך לא רצה להשמיד אותו, מתעמת עם סבו. טיילס ונאקלס מגיעים ומסייעים לאייבו לנצח את ג׳ראלד. סוניק, טיילס, נאקלס, אייבו ושאדו עובדים ביחד כדי להסיט את התותח מכדור הארץ, אך בטעות פוגעים איתו בירח. כשליבת התותח מתחילה להתפרק, אייבו ושאדו בוחרים להקריב את חייהם כדי להרחיק מכדור הארץ את התותח שמתפוצץ. למרבה המזל, טום מתאושש וסוניק משלים עם טיילס ונאקלס.
בסצנה שבאמצע הכתוביות, סוניק מותקף על ידי קבוצת רובוטים בעלי חזות דומה לשלו, אבל ניצל על ידי קיפודה ורודה החמושה בפטיש. בסצנה שאחרי הכתוביות, מתברר כי שאדו שרד את פיצוץ תותח ליקוי החמה.