פוקימון אדום וכחול
עלילה

השחקן מגלם את דמותו של רד (Red - אדום, אולם שמו ניתן לשינוי לכל שם שהשחקן יבחר), מאמן פוקימונים צעיר מהעיירה פאלט שבמחוז קאנטו. רד גדל בשכנות למאמן שחצן ויהיר בשם בלו (Blue - כחול, גם שמו ניתן לשינוי לכל שם שהשחקן יבחר). בלו הוא נכדו של פרופסור אוק שמעבדתו גם היא בעיירה פאלט. בתחילת המשחק הפרופסור מבקש מרד ובלו להגיע למעבדה שלו ומבקש מהם, בעזרת מכשיר שהוא המציא בשם 'הפוקידע', לתפוס את כל הפוקימונים במחוז במטרה שהפוקידע יתעד את המידע עליהם. עבור המשימה, פרופסור אוק נותן לשניים לבחור את הפוקימון הראשון, איתו הם יחקרו את המחוז:
צ'רמנדר - פוקימון האש.
סקווירטל - פוקימון המים.
בלבזאור - פוקימון העשב.
לאחר שרד בוחר את הפוקימון שלו, בלו ייבחר את הפוקימון עם הסוג החזק לעומת מה שרד בחר (לדוגמה, אם רד בחר בצ'רמנדר שהוא פוקימון אש, בלו ייקח סקווירטל שהוא פוקימון מים).
רד מחליט להתחרות במכוני הפוקימון במחוז, להרוויח שמונה תגי מכון ולהתחרות בליגת הפוקימונים, ובכך להפוך למאסטר פוקימון.
רד שם פעמיו לכיוון העיר פיוטר, מנצח את מנהיג מכון האבן ברוק ומקבל ממנו תג. לאחר מכן, רד מתקדם לכיוון הר מון ופוגש בצוות רוקט - ארגון מרושע המנסה לגננוב פוקימונים ממאמנים במטרה להפוך לחזקים ביותר. רד מנצח אותם ומגיע לעיר סרוליאן, שם הוא מנצח את מנהיגת מכון המים מיסטי ומקבל ממנה תג. מעל העיר סרוליאן, רד מגיע לבית של אדם בשם ביל, האחד שהמציא את המערכת הממוחשבת לשמירת פוקימונים שרד תפס ומסייע לו במחקרו. ביל בתמורה מעניק לרד כרטיס לשיט תענוגות בעיר ורמיליון.
רד מגיע לעיר ורמיליון ונכנס לספינה, שם הוא נלחם נגד בלו ומקבל מקפטן הספינה את מהלך ה-HM (מתקפות מיוחדות שפוקימונים לומדים ויכולים להשתמש בהם מחוץ לשדה הקרב) חיתוך (Cut), בעזרתה הפוקימונים של רד יכולים לחתוך עצים שחוסמים לרד את הדרך. רד משתמש במהלך כדי לחתוך את העץ שחוסם את הגישה למכון העיר ובו הוא מנצח את לוטננט סרג', מנהיג מכון החשמל, ומקבל ממנו תג. לאחר הניצחון במכון החשמל רד מגיע לדרך 2 הנמצאת ליד העיר פיוטר, מבקר את העוזר של פרופסור אוק ומקבל ממנו את ה-HM הבזק (Flash), שבעזרתו הוא יכול להאיר מערות חשוכות.
רד ממשיך במסעו ומגיע לעיירה לבנדר, היכן שמגדל הרוחות, שהוא בית קברות לפוקימונים, נמצא. בהגיעו לעיר סלדון, רד מגלה שהבסיס של צוות רוקט ממוקם מתחת לקזינו בעיר ויוצא לעצור אותם. בבסיס הסודי, רד פוגש לראשונה את ג'ובאני, מנהיג צוות רוקט. רד מנצח את ג'ובאני בקרב ומקבל ממנו משקפת מיוחדת, בעזרתה הוא יכול לראות את הרוחות במגדל הרוחות בעיר לבנדר. באותו הזמן, רד מנצח את אריקה, מנהיגת מכון העשב בעיר ומקבל ממנה תג. לאחר הניצחון במכון העשב, רד מדבר עם טכנאי ליד חנות הכלבו  בעיר, ומקבל ממנו את ה-HM תעופה (Fly), אשר בעזרתו רד יכול לעוף לערים שהוא כבר ביקר בהן. רד חוזר לעיירה לבנדר ובעזרת המשקפת שקיבל מג'ובאני הוא מצליח לראות את פוקימוני הרוח החיים במגדל. רד מגלה שצוות רוקט נמצא גם הוא במגדל וחטף קיובון, שהגיע למגדל במטרה להתאחד עם רוחה של אמו, מרוואק, שנהרגה על ידי צוות רוקט. רד מנצח את צוות רוקט ומחלץ את קיובון ואיש בשם מר פוג'י, שבתמורה מעניק לרד חליל מיוחד. בעזרת החליל, רד מסוגל להעיר פוקימון בשם סנורלאקס משנתו לאחר שזה חסם את הדרך לעיר הבאה. רד ממשיך לכיוון העיר פושיה, שם הוא מנצח את קוגה, מנהיג מכון הרעל בעיר ומקבל ממנו תג. בעיר פושיה ממוקם אזור הספארי, בו מאמנים מקבלים 30 כדורי ספארי ויכולים לתפוס שם פוקימונים ייחודיים. רד נכנס לאזור הספארי, מקבל מאחד המנהלים את המתקפה גלישה (Surf), המסייעת לו לחצות נהרות וימים במחוז וכן מוצא שיניים תותבות העשויות זהב, אותן הוא מחזיר לאחד התושבים בעיר ומקבל ממנו את המתקפה חוזק (Strength), איתה הפוקימונים של רד מסוגלים להזיז אובייקטים גדולים.
רד ממשיך בדרכו לעיר ספרון, שם הוא מגלה שמכון העיר חסום על ידי צוות רוקט, שהשתלט על העיר ועל בניין של חברת טכנולוגיה בשם סליף כּו (Sliph Co). רד מציל את יושבי הבניין מצוות רוקט ונלחם בג'ובאני בשנית. מסתבר שהחברה מייצרת פוכדור בשם כדור המאסטר שמסוגל ללכוד פוקימונים בלי שהם יברחו וג'ובאני רוצה את הכדור הזה. רד מנצח אותו וצוות רוקט נסוג מהעיר. רד נלחם נגד סברינה, מנהיגת מכון העל חושי ומקבל ממנה תג.
רד חוצה בגלישה את הים בקאנטו ומגיע לאי סינבר, היכן שמכון האש ממוקם. אך המכון נעול וכדי להיכנס אליו, על רד להיכנס לאחוזת הפוקימונים - מבנה ישן והרוס שממוקם על האי - במטרה למצוא מפתח סודי שפותח את המכון. רד מצליח למצוא את המפתח באחוזה ובדרך לומד על פוקימון מלאכותי שנוצר באחוזה, אך ברח ממנה והרס את המבנה. רד מצליח להיכנס למכון העיר ומנצח את בליין, מנהיג מכון האש ומקבל ממנו תג.
רד מבין שהמכון השמיני והאחרון הוא מכון האדמה בעיר ורידיאן, הממוקמת מעל העיירה פאלט, אך המכון סגור זמן רב ומנהיגו נעדר. רד מגלה שמנהיג המכון חזר ונכנס כדי לנצח אותו. רד מגלה שמנהיג מכון האדמה הוא לא אחר מאשר ג'ובאני בכבודו ובעצמו ורד מצליח לנצח אותו בקרב ולקבל ממנו תג. ג'ובאני, שהתרגש מהלהט והחוזק שרד הציג בקרב, מחליט לפרק את צוות רוקט ולהקדיש את זמנו לאימון פוקימונים במטרה להתחזק ולהפוך למאמן טוב יותר.
רד שם פעמיו לליגת הפוקימונים, עובר את דרך הניצחון (מערה שמובילה לליגה) ונלחם נגד הרביעייה המובילה:
לורליי - חברת הרביעייה המובילה שמתמחה בפוקימונים מסוג קרח.
ברונו - חבר הרביעייה המובילה שמתמחה בפוקימונים מסוג לחימה.
אגתה - חברת הרביעייה המובילה שמתמחה בפוקימונים מסוג רוח.
לאנס - חבר הרביעייה המובילה שמתמחה בפוקימונים מסוג דרקון.
לאחר שרד מנצח את לאנס, הוא מבשר לו שמישהו כבר הקדים אותו והוכתר כאלוף הליגה. רד מגיע להתעמת עם האלוף ומגלה שזהו בלו, שהגיע לליגה וניצח את רביעיית האליט לפניו. רד מנצח את בלו בקרב והופך לאלוף קאנטו.