חואן נגרין
ראש ממשלה

במאי 1937, לאחר התפטרותו של לרגו, מינה הנשיא מנואל אסאניה את נגרין לתפקיד ראש ממשלת ספרד, אף על פי שפרייטו היה בכיר ממנו במפלגה. אסאניה נימק את העדפת נגרין על פני פרייטו, בכך שלנגרין היה אופי רגוע יחסית לזה של פרייטו. נימוק נוסף שהועלה על ידי אסאניה היה שנגרין יסתדר יותר טוב עם הקומוניסטים בממשלתו, דבר שהיה נחוץ לאור התבססות הרפובליקה על נשק וסיוע מברית המועצות.
נגרין סבר שכדי לנצח במלחמת האזרחים בספרד יש להגביר את השליטה של הממשלה המרכזית וברוח דברים אלו הוא הנהיג את ממשלתו. מדיניות זאת תאמה למדיניות בה תמכו הקומוניסטים, אשר נהיו בני ברית קרובים של נגרין, אך הביאה אותו לעימות עם גורמי השמאל בממשלתו, למעט הקומוניסטים, אשר התנגדו למדיניות הריכוזית שלו.
ממשלתו של נגרין כללה תשעה שרים בלבד, לעומת 18 בממשלתו של לרגו. האנרכו-סינדיקלים והשמאל הסוציאליסטי של לרגו קבלרו סירבו לקחת חלק בממשלה וכינו אותה אנטי-מהפכנית. הקומוניסטים זכו לעומת זאת בשליטה רבה. בנוסף לשני שרים מתוך תשעה, איש שלהם, אנטוניו אורטגה, מונה למפקד המשטרה והמשטרה עברה רפורמה מקיפה שהביאה אותה תחת שליטה כמעט מוחלטת של המפלגה הקומוניסטית. הקומוניסטים גם חיזקו את שליטתם בעמדות מפתח בצבא, למרות שפרייטו מונה לשר הביטחון. הקומוניסטים ניצלו את שליטתם במשטרה על מנת להפרע מיריביהם במפלגת ה-POUM אשר הואשמו על ידי הרוסים בטרוצקיזם. מנהיג ה-POUM, אנדראו נין הועלם, ואנשיו הואשמו בבגידה וריגול למען פרנסיסקו פרנקו. למרות שנגרין תמך, עוד לפני הקמת ממשלתו, בהעמדת אנשי ה-POUM במקום והענשת אלו שלא יקבלו את מרות הממשלה, הוא זעם על הדרך בה פעלו הקומוניסטים בניגוד לחוק. אולם מהר מאוד בחר נגרין להשתיק את הפרשה כדי למנוע קרע עם ברית המועצות.
באפריל 1938 פיטר נגרין את פרייטו מתפקיד שר הביטחון בגלל השקפתו של פרייטו שהמלחמה אבודה, בעוד נגרין ביקש לשדר אופטימיות במטרה לזכות לסיוע מצד מדינות אירופה. נגרין הכחיש מכל וכל, במהלך המלחמה ולאחריה, את הטענות שהוא פיטר את פרייטו בגלל לחץ של הקומוניסטים. לאחר פיטורי פרייטו לקח נגרין לעצמו את תפקיד שר הביטחון, בו החזיק עד נפילת הרפובליקה במרץ 1939.
ב-1 במאי 1938, על מנת להרגיע את מדינות המערב, אל מול טענות על כך שהרפובליקה הופכת לקומוניסטית, נגרין הודיע על תוכנית להפרטה ופרסם הבטחה לשמירה על חירויות פוליטיות ודתיות בספרד.
המדיניות הריכוזית של נגרין, שכללה נטילה הדרגתית של סמכויות מהשלטונות המקומיים בקטלוניה וארץ הבסקים, הביאה אותו גם לעימות עם הבדלנים הבסקים והקטלאנים, שנציגיהם פרשו מממשלתו באוגוסט 1938, לאחר צו לצמצום סמכויות השלטונות המקומיים בענייני כספים ומשפט, שהתווסף על צעדים קודמים שנטלו את השליטה בצבא הקטלוני ובמשטרה המקומית. וכך, קרבתו של נגרין לקומוניסטים הביאה אותו בסופו של דבר לעימות עם כל הגורמים הפוליטיים בספרד, למעט הקומוניסטים. על פי הנוהל ברפובליקה השנייה, היה בסמכותו של הנשיא אסאניה לנהל את ענייני הקמת הממשלה החדשה ואף להחליט מי יהיה ראש הממשלה הבא. אולם נגרין והקומוניסטים, שתמכו בהמשך הלחימה, לא היו מוכנים לאפשר לאסאניה, שתמך בסיום הלחימה, לבחוש בעניינים. ב-14–15 באוגוסט 1938 הם הוציאו צו לכל יחידות הצבא להתגונן מפני מזימה של החיילים להניף דגלים לבנים לקראת הלאומנים, והניעו כוחות צבא וטנקים בברצלונה סביב מעונו של הנשיא להבהיר את תמיכתם בנגרין. ב-16 באוגוסט הביא נגרין לאסאניה לחתימה מינויים של שני שרים שהחליפו את השרים הפורשים ואסאניה חתם עליהם.
לאחר שבריטניה הכירה בפרנקו ב-27 בפברואר 1939 התפטר הנשיא אסאניה בטענה שהמלחמה אבודה ואין טעם לשפוך עוד דם. נגרין המשיך לפעול ומינה עוד קומוניסטים לתפקידי מפתח בממשלה. מפחד מהשתלטות קומוניסטית, מפקד הצבא, קסדו, ארגן חונטה נגדית לנגרין והקומוניסטים, אשר השתלטה על מדריד. בעקבות זאת, ב-12 במרץ 1939 נגרין ברח לצרפת עם יועציו הסובייטיים שם עמד בראש ממשלה גולה שהמשיכה בפעילותה עד שנת 1945. נגרין נהג לבקר במקסיקו שתמכה ברפובליקה במלחמת האזרחים וקלטה פליטים מספרד לאחר התבוסה במלחמה. לאחר כניסת הנאצים לצרפת במלחמת העולם השנייה, נמלט נגרין לאנגליה בה שהה עד תום המלחמה. נגרין חזר לפריז לאחר המלחמה שם סיים את חייו.
נגרין שיתף פעולה במידה רבה עם הקומוניסטים. באחד הצעדים מעוררי המחלוקת שלו הוא העביר את יתרות הזהב של ספרד לברית המועצות תמורת אספקת נשק להמשך הלחימה. כשר ביטחון הוא מינה קומוניסטים לתפקידי מפתח בצבא, כולל את מרסלינו פרננדז למפקד הקרבינרו, משמר הגבול הספרדי. מניעיו לשיתוף הפעולה עם הקומוניסטים שנויים במחלוקת. היו שטענו שהוא סייע בכוונה לקומוניסטים להגיע לשליטה גדולה על הממשלה, בעוד אחרים טוענים שהוא שיתף פעולה עם הקומוניסטים רק למען השגת הניצחון במלחמה. גם המידה בה הוא נשלט על ידי הקומוניסטים שנוי במחלוקת. ישנם הטוענים שהוא בעצם היה בובה שלהם, בעוד אחרים טוענים שהוא הצליח לשמר מידה מסוימת של עצמאות.