תאודור קוהן
קוהן במאבקים האתניים במוראביה

הלאומנים הצ'כים היללו את קוהן ואת בחירתו, שאבו עידוד מהצלחתו וראו בה חלק מחתירתם לאחדות האומה הצ'כית. הקתולים ראו במינוי הוכחה שהכנסייה אינה אנטישמית. בקרב היהודים היו כאלה שקיוו להתייצבותו לצידם במאבק מול הגורמים האנטישמים, אך רבים אחרים סברו כי מינוי ארכיבישוף ממוצא יהודי יתפרש בחוגים אנטישמיים נרחבים כפרובוקציה.
מיד לאחר בחירתו, פרסמו עיתוני פראג, וינה, ובודפשט קריקטורות מלגלגות העושות שימוש בפער בין מעמדו החדש של קוהן כארכיבישוף קתולי לבין מוצאו היהודי (ראה קריקטורה בעמוד זה).
תקוותם של היהודים שקוהן יפעל בנחישות נגד האנטישמיות נכזבה במהרה. בראיון שהעניק כשבועיים לאחר בחירתו הוא ענה תשובות מתחמקות בעניין זה. במקביל הופיעו בעיתונים ציטוטים מפורשים מדברים שאמר שנה קודם לכן, ב-1891, בהרצאה בפני סטודנטים בנושא "המגע בין יהודים לנוצרים". קוהן קונן אז על הפרת חוקי הכנסייה האוסרים על נוצרים לעבוד כמשרתים או כמטפלות אצל יהודים ואוסרים על נוצרים לבקר אצל רופא יהודי, לגור במחיצת יהודים, להשתתף בחתונה יהודית או לאכול בצוותא עם יהודים.
בסתיו 1899, בעקבות ביטול מעמדה הרשמי של השפה הצ'כית בבוהמיה, פרץ גל מהומות שהופנה כלפי המיעוט הגרמני וגם כלפי היהודים. ההמון שהוסת על ידי לאומנים צ'כים שרף ובזז חנויות ועסקים של גרמנים ויהודים. בתגובה למאורעות אלה פנה קוהן במכתב לקהל עדתו, וקרא להם להפסיק את האלימות. הוא לא נגע בסיבות לאלימות ואף נמנע מגינוי הפורעים או לצאת להגנת היהודים. בהתאם למדיניות הכנסייה שלא להתערב בסכסוכים לאומיים, הוא ניסה להתחמק מלקיחת צד בסכסוך הלאומי בין צ'כים לגרמנים. למרות שליטתו בשתי השפות ותרומותיו למוסדות ולארגונים משני צידי המתרס, נקיטת מדיניות עמומה בשאלות הלאומיות הייתה לו לרועץ והוא איבד במהרה את אמון הציבור.
במאמץ להוריד את מפלס המתח בין התנועות הלאומיות הצ'כית והגרמנית ארגן קוהן בשנת 1901 שני כנסים כנסייתיים נפרדים, האחד בשפה הצ'כית בעיר קרומייז'יץ (בצ'כית Kroměříž), והשני, בגרמנית, באולומואוץ. לכנס הצ'כי נהרו כ-40,000 מאמינים רובם המכריע צ'כים, ואילו בכנס הגרמני השתתפו כ-8000 איש, מרביתם ממוצא גרמני. בכנסים אלה הוא קרא לשמירת ערכי הכנסייה והיה גאה בכך שהמפגשים עברו בשלום. אך העיתונות, בעיקר, הצ'כית תקפה כינוסים אלה בעוקצנות בציינה שהאלימות בהם נמנעה הודות לנוכחותם של כוחות צבא שאבטחו את המפגשים.
קוהן נחשב לבעל הישגים רבים בתחום הניהול הכלכלי של הבישופות. במהלך כהונתו עלה בידו להשביח את נכסי הבישופות, ולגרוף רווחים גדולים מהפעילות הכלכלית בהם הודות לניהול קפדני, ולעיתים אף קשוח. הוא ערך יותר מ-500 ביקורים רשמיים בקהילות ברחבי הבישופות, בהם גם חנך 22 כנסיות חדשות ולמעלה מ-400 מזבחות. הוא חיזק קהילות חלשות ועניות, תרם לאגודות שסייעו לכמרים מעוטי יכולת, ותמך במיזמים חברתיים לשיפור תנאי החיים בהן. ביזמתו נערך שיפוץ מקיף במשכן הארכיבישוף בטירת קרומייז'יץ ובגן הפרחים שלה וכמו כן תרם כספים להקמת מוזיאון להנצחת מורשתו של הוגה הדעות, המלומד הצ'כי יאן עמוס קומניוס (בצ'כית: Jan Amos Komensky).
אולם הישגיו אלה לא שיפרו את תדמיתו כפי שהשתקפה בעיתונים הצ'כים. סכסוך השפה זלג גם לענייני הכנסייה, ובעיתונות הצ'כית הותקף קוהן על כך שניהול נכסי הבישופות מתבצע בגרמנית ולא בצ'כית. קוהן הואשם בבלימת התקדמות שכבת המשכילים הצ'כית בכך שהוא נמנע מהעסקתם במשרות הניהול בבישופות תוך הבעת זלזול ברגשות הלאום הצ'כי. כמו כן יצאו נגדו על העדר תמיכתו במועמדים צ'כים ללשכת המסחר באולומואוץ, על הזנחת הוראת השפה הצ'כית בבתי הספר במוראביה, על העדפת מינוי כמרים בני אצולה ממוצא גרמני על פני כמרים צ'כים, ועל כך שאילץ את הכמרים שתחתיו לפרוש מאגודות לאומיות צ'כיות. המתח הגואה בין קוהן לציבור הרחב והעיתונות הביא בשנת 1902 לסיכול קידומו למעמד קרדינל על ידי הקיסר.