היעלמותה של מדלן מקאן
חקירת המקרה

ב-4 במאי 2007, יום לאחר האירוע, התפרסמו תמונותיה של מדלן באמצעי התקשורת בפורטוגל וברחבי העולם בניסיון לאתרה.
שבועיים לאחר המקרה, עצרה משטרת פורטוגל חשוד ראשון במעשה, איש נדל"ן בשם רוברט מוראט. מידע אודותיו הגיע מעיתונאי מקומי אשר מוראט פנה אליו ושאל אותו אודות המקרה. ביתו של מוראט היה סמוך לבית הנופש של הזוג מקאן ולטענת ג'ין טאנר, מוראט הוא האדם שזיהתה חוצה את הכביש בסמוך לבית ובידו ילדה קטנה. לאחר חקירה, הורה הסקוטלנד יארד על שחרורו של מוראט מחוסר ראיות. במרוצת השנים, קיבל מוראט 600 אלף פאונד, לאחר שזכה במספר תביעות שהגיש כנגד עיתונים בריטיים, שפרסמו יותר מ-100 ידיעות הקושרות את שמו לפרשה. בדיעבד התברר, כי האיש שראתה טאנר התגלה כתייר שהחזיר את בתו הישנה ממועדון ילדים סמוך.
ביולי 2007 נשלחו שני כלבים משטרתיים לרחרח את זירת היעלמותה של הילדה, האחד מאומן לזהות שיירי דם אנושי והשני מתורגל בגילוי גופות. במהלך החיפוש, גילו הכלבים עדויות בחדרה של מדלן וברכב השכור של בני הזוג מקאן. בעקבות זאת, הפנתה המשטרה המקומית אצבע מאשימה לקייט וג'רי, שזומנו חזרה למדינה כדי לעבור תשאול. גונסאלו אמארל, אחד מחוקרי המקרה במשטרה הפורטוגלית, הוביל קו חקירה לפיו בני הזוג מקאן העלימו את גופתה של מדלן לאחר שנהרגה בתאונה. מלבד הממצאים אותם הביאו הכלבים, טענה משטרת פורטוגל גם לסתירה בעדויות של ג'רי מקאן: לטענתם, תחילה טען כי הוא ואשתו נכנסו לדירה לאחר היעלמותה של מדלן דרך הדלת הראשית, ומאוחר יותר, שינה את עדותו וטען כי נכנסו דרך המרפסת. הפורטוגלים סברו שחבריהם של בני הזוג (אשר כונו "שביעיית הטאפאס") עזרו לבני הזוג בהחבאת גופתה של מדלן, ושעדות הראייה של ג'יין טאנר הייתה שקרית.
באוקטובר 2007 הודח חוקר המשטרה אמארל מתפקידו, לאחר שטען כי המשטרה הבריטית מגנה על בני הזוג ואינה מסייעת למציאת האמת בפרשה. ב-12 באוקטובר 2010, נפתח בליסבון משפט אשר דן בתביעת בני הזוג מקאן כנגד אמרל, אשר חזר על טענתו בספר "האמת והשקר", אותו כתב אודות המקרה, לפיו לא ארעה כל חטיפה ושבני הזוג הם האחראיים למות בתם במסגרת המשפט העיד טברש דה אלמיידה, אשר שימש כחוקר בפרשת המקרה והעיד כי לטענתו, מקאן מתה בדירה כתוצאה מתאונה טרגית וההורים ביימו חטיפה לאחר שכשלו בטיפול בילדתם. בני הזוג מקאן זכו בתביעה, במסגרתה הורה בית המשפט על הורדת הספר מהמדפים וגזר על אמרל פיצויים בגובה כמיליון יורו. אמרל בתגובה ערער על ההחלטה לערכאה גבוהה יותר שהפכה את ההחלטה, במסגרתה קבעו השופטים כי חקירת הזוג מקאן הופסקה רק בגלל מחסור בראיות. ההורים פנו לבית המשפט העליון, אך זה הותיר את הפסיקה על כנה. אמארל מצידו הבטיח לפרסם ספר שני בנושא, בעוד בני הזוג מקאן הבטיחו לתבוע אותו שוב אם יעשה כן.
ב-21 ביולי 2008 הורו השלטונות בפורטוגל למשטרה על הפסקת חקירת המקרה עד לקבלתן של ראיות חדשות הקשורות לפרשה. בהודעה אותה הוציא התובע הכללי בפורטוגל פרננדו פינטו מונטיירו, נאמר כי החקירה, אשר נמשכה כ-14 חודשים לא הניבה ממצאים העשויים לקשור את הוריה של מדלן לרצח או את רוברט מוראט - החשוד הראשון במעשה. כחודש לאחר סגירת התיק, החלו בלשים פרטיים לבחון כיוון חקירה חדש, לפיו מקאן נחטפה לפי הזמנה עבור רשת פדופילים בלגית. על פי הדיווח אותו העביר הסקוטלנד יארד, תצלום של מקאן הועבר ל"רוכש" פדופיל בבלגיה, ימים ספורים לפני היעלמותה.
ב-7 במאי 2009 שודר במסגרת ערוץ 4 הבריטי סרט תעודה לציון שנתיים לחטיפה, בו פורסם קלסתרון של גבר שנצפה מחוץ לדירת משפחת מקאן באתר הנופש בו שהו בפורטוגל, בימים לפני היעלמותה של מדלן.
בשנת 2011 הצטרפה המשטרה הבריטית לחקירת המקרה, בעידודה של שרת הפנים תרזה מיי. במאי 2011, פתח הסקוטלנד יארד ב"מבצע גריינג'" לחקירת היעלמותה של מקאן, לאחר שראש ממשלת בריטניה דייוויד קמרון, נעתר לבקשה של הוריה.
במאי 2013 הודיע הסקוטלנד יארד כי גיבש רשימה של חשודים שייתכן והיו מעורבים בהיעלמותה של מקאן ושאותם יש לחקור, אם הרשויות בפורטוגל יחליטו לפתוח מחדש את התיק.
ב-14 באוקטובר 2013 פרסמה משטרת בריטניה קלסתרון של אדם המבוקש לחקירה במסגרת הפרשה, אשר נצפה בידי שני עדים באזור בו נעלמה מקאן. לפי העדים, אותו אדם היה לבן כבן 20–40 ובעל גובה ומבנה גוף בינוני, בעל שיער קצר בצבע חום. בהמשך אותו חודש, שודר במסגרת התוכנית "Crimewatch" ברשת BBC, שחזור חדש הנוגע לנסיבות היעלמותה של מקאן אשר כלל את פרסום הקלסתרון המדובר. בעקבות השידור, פנו למשטרה אזרחים רבים וטענו כי זיהו את האדם שהופיע בקלסתרון החדש שפורסם, כאשר חלקם מסרו את אותו השם. רבים מהמתקשרים היו אזרחים בריטים אשר שהו בעיירת הנופש "פראיה דה לוז" בעת היעלמותה של מקאן.
ב-24 באוקטובר 2013 הודיעה משטרת פורטוגל על פתיחת החקירה מחדש, בעקבות ראיות חדשות שהושגו.
בינואר 2014 שלח הסקוטלנד יארד בקשה רשמית לרשויות בפורטוגל לשם קבלת אישור למעצר ותחקור חשודים במעשה. באותו חודש פורסם בעיתון ה"דיילי מירור" כי גורמים מטעם המשטרה הבריטית טסו לפורטוגל במטרה לשוחח עם שלושה פורצים אשר שדדו בתים באתר הנופש בו נעלמה מקאן. עוד פורסם, כי מניתוח של נתוני שיחות הטלפון של כנופיית הפורצים עלה כי הם פעלו קרוב מאוד למקום בו נעלמה מקאן וכי ביצעו מספר גבוה במיוחד של שיחות טלפון בינם לבין עצמם בשעות שלאחר היעלמותה. לפי החשד, שלושת הפורצים נכנסו לדירת הנופש של משפחת מקאן כדי לגנוב חפצים, אולם נבהלו לאחר שהעירו את מדלן שישנה באותה העת במיטתה.
ביוני 2014, נערכו סריקות נרחבות באתר הנופש "פראיה דה לוז", במסגרתו עשו שימוש בלשי הסקוטלנד יארד במכ"ם מתקדם המסוגל לזהות פעילות מתחת לפני האדמה. השימוש בציוד זה נעשה על מנת לברר האם היו הפרעות בקרקע בסמוך לרחוב בו התגוררה משפחת מקאן.
ביוני 2020 דווח כי התובע בעיר בראונשווייג הורה לחקור את כריסטיאן ברוקנר (Christian Brückner), פדופיל גרמני מורשע בן 43 שהיה בן 30 בזמן ההיעלמות והתגורר באותה עת בואן מסוג פולקסווגן באלגארבה. ברוקנר מרצה עונש של שבע שנות מאסר בעיר הנמל הצפונית של גרמניה, קיל, בגין אונס אכזרי של אזרחית אמריקאית באתר הנופש פראיה דה רוצ'ה, בשנת 2005. על פי דיווחי כלי מדיה גרמניים, החשוד נחקר גם בחשד להיעלמות ילדה בת 5 בשם אינגה גריקה (Inga Gehricke), שנעלמה ממסיבה משפחתית ביער בגרמניה, וכן בחשד להיעלמות הילד רנה הסי, (René Hasee), כשהיה בן 6, לפני כ-24 שנים, במהלך חופשה משפחתית בפורטוגל.
המשטרה הגרמנית חוקרת גם כיוון של רצח מדלן. על פי דיווח של 'ד'ה מירור', צוטט כריסטיאן על ידי חבריו כשבכה ואמר: "הילדה עכשיו מתה ועכשיו זה דבר טוב. אתם יכולים לגרום לגופה להיעלם במהירות".
ביולי 2020 פורסם כי משטרת גרמניה פתחה בחיפושים אחר שטח חקלאי הנמצא סמוך להאנובר, עיר מגוריו של כריסטיאן ברוקנר החשוד ברצח מקאן בניסיון לאתר את גופתה.
במאי 2023 על פי בקשת משטרת גרמניה החלו חיפושים במאגר מים מלאכותי בפורטוגל המרוחק כ-50 ק"מ ממקום היעלמותה. בנוסף רשויות פורטוגל מחפשות ראיות שעשויות לקשור את כריסטיאן ברוקנר, אזרח גרמני ופדופיל מורשע במקרה ההיעלמות.