ז'וזף בונפרטה
מלך ללא נתינים

הדחת הבורבונים והכתרת מלך מטעם צרפת התקבלה בעוינות בציבור הספרדי, על אף מאמצים מסוימים של ז'וזף להתחבב על נתיניו, ושאיפותיו הכנות ככל הנראה למלא תפקיד של מלך חוקתי ונאור. התקוממות עממית נגד הצרפתים פרצה ב-2 במאי 1808, ובמהרה התפתחה מלחמה בין אויבי המלך, הנתמכים בידי חילות משלוח מבריטניה ומפורטוגל, לבין צבא צרפת. מלחמה זו לבשה אופי של לוחמה זעירה ולא-סדירה, ובמהלכה נטבע למלחמות מסוג זה הכינוי גרילה - צורת הקטנה של המילה "מלחמה" בספרדית. צעדי דיכוי קשים שנקט הצבא הצרפתי כנגד מתנגדי השלטון והחשודים בסיוע להם עוד החמירו את המצב, וכך גם מנהגם של הצרפתים לכלכל את הצבא על אספקה שנבזזה מן האיכרים המקומיים. הקרע שחל בשנות שלטונו בין נפוליאון לאפיפיור תרם אף הוא לאי-קבלתו של ז'וזף כשליט לגיטימי בספרד הקתולית.
היו בספרד גם תומכים בשלטונו של ז'וזף, אשר כונו חוספינוס, ובאו מקרב הקבוצה שכונתה אַפְרֵנסֶסָדוֹס ("מצורפתים"). אלה נטו חסד לרעיונות ההשכלה והנאורות של המהפכה הצרפתית, שהדים מהם התקיימו גם בתקופת הקיסרות הנפוליאונית והתבטאו במקצת מהלכיו הפרוגרסיביים של ז'וזף. בין היתר, ביטל ז'וזף את האינקוויזיציה הספרדית וערך רפורמה במִנהל ובחלוקת הקרקעות. ואולם, גם הליברלים הספרדים לא ראו ברובם בעין יפה רפורמות שנכפו על ארצם על ידי שלטון זר, וחברו לשמרנים בהתנגדותם הנחרצת לשלטון צרפת וז'וזף.
נתיניו הספרדים כינו את ז'וזף בלעג פֵּפּה בּוֹטֶיָה (Pepe: כינוי חיבה לחוסה, הגרסה הספרדית של ז'וזף; Botella: בקבוק), רמז להיותו אלכוהוליסט - טענה בלתי מוכחת וכנראה שקרית. עוד כינוהו תושבי מדריד אל רֶיי פּלַאסוּאֵלַס (El rey plazuelas), "מלך כיכרונות", על כך שהרבה בבניית כיכרות גדולות בבירה, בעיקר בשטחי כנסיות ומנזרים שנהרסו.
עוינותם של נתיניו והצורך לנקוט אמצעי ביטחון חריפים כנגד התנקשות הפכו את מלכותו של ז'וזף לחוויה בלתי נעימה עבורו. החריפה זאת העובדה שכיוון שלא היה אדם מוכשר במיוחד לפיקוד ולהנהגה, לא שעו מפקדי הצבא להוראותיו והעדיפו לקבל את פקודותיהם מאחיו הצעיר נפוליאון. חלקים גדולים מספרד הוכרזו מחוזות צבאיים, תחת שליטה מלאה של מפקדי צבא שאפילו רשמית לא היו כפופים לז'וזף. מצב זה עורר את ז'וזף לבקש ארבע פעמים את התפטרותו, שלא התקבלה על ידי אחיו.
המערכה בחצי האי האיברי נמשכה בעוצמה משתנה במשך חמש שנים. צרפת נחלה תחילה הצלחות, אך לא הצליחה לעקור את ההתנגדות הספרדית ואת הנוכחות הבריטית. ב-1812 החלה הכף נוטה לרעת הצרפתים, שכוחותיהם הדלדלו עקב מסעו של נפוליאון לרוסיה. בקיץ 1812 נפלה הבירה מדריד לזמן מה לידי המורדים לאחר קרב סלמנקה. בקרב ויטוריה שנערך ב-21 ביוני 1813, נחלו כוחות צרפתים בפיקוד ז'וזף והמרשל ז'ורדן תבוסה מידי כוחות בריטניה ופורטוגל והמורדים הספרדים, בפיקוד ארתור ולסלי (לימים הדוכס מוולינגטון). ז'וזף עצמו כמעט שנפל בשבי, ולאחר התבוסה נטש סופית את כס מלכותו ושב לצרפת, שם התקבל בזעם על ידי הקיסר והצטווה לפרוש לאחוזתו ללא תפקיד רשמי. הוא הודח מכסאו רשמית בדצמבר 1813, במסגרת הסכם שלום שחתם נפוליאון עם ספרד ובו הכיר בפרדיננד השביעי כמלך ספרד.
במהלך מערכת 1814, שבה נלחם נפוליאון באופן נואש באויביו הרבים בשטח צרפת עצמה, הופקד ז'וזף, כמושל כללי של צרפת, על פריז הבלתי-מוגנת, הרוחשת אי-שקט ומזימות הפיכה. בסוף מרץ הגיעו כוחות האויב לפרברי הבירה, וז'וזף נמלט בחשאי דרומה. במהלך "מאה הימים" (שיבתו קצרת הימים של נפוליאון לצרפת, 1815) מילא ז'וזף תפקיד שולי.
בחזותו דמה מעט ז'וזף לאחיו נפוליאון, אך הוא חסר לחלוטין את עוצמתו ואת המרץ הבלתי נדלה שלו. אופיו המתון, חובב המותרות והמרושל מעט לא התאים לתפקידים שהשית עליו אחיו, ואף על פי כן מכתביו וזכרונותיו מראים ששמר על יחס חיבה חם לנפוליאון.