אל-קאעדה
אופן פעולתו של אל-קאעידה

עד למלחמת אפגניסטן שבה הופל משטר הטליבאן, הבסיס העיקרי של ארגון טרור זה היה באפגניסטן, שבו אנשי הארגון אומנו במחנות אימונים שונים. למערך האימונים של הארגון תרם רבות עלי מוחמד (אנ'), סוכן כפול של ה-CIA והג'יהאד האסלאמי המצרי, על בסיס מידע שצבר משירותו בצבא ארצות הברית. במהלך המלחמה ובעקבותיה נהרגו מאות רבות מאנשי אל-קאעידה ונתפסו מאות נוספים ונכלאו בבסיס הצבאי האמריקאי בגוואנטאנמו שבקובה, ויתר אנשיו ברחו לפקיסטן, איראן, עיראק, סוריה ומדינות נוספות. בסיסי האימונים הועברו לסודאן עד שנחשפו. כיום פעילותו העזה ביותר של הארגון היא בעיראק, שלתוכה חדרו אלפי לוחמי ג'יהאד מכל רחבי העולם מאז ניצחון האמריקנים במלחמת עיראק.
לאחר חשיפת התא הטורקי של הארגון שמנה כ־70 איש ניתן ללמוד רבות מדרכי הפעולה שלו: קבוצה קטנה מתארגנת ומראה נכונות לטרור. מנהיגיה פונים אל ראשי אל-קאעידה לשם סיוע ונפגשים עימם באפגניסטן. הם מקבלים הכוונה בבחירת מטרות, מימון, וכנראה אף אימון בחומרי נפץ ובביצוע פיגועים. לאחר מכן מנהיגיה חוזרים לארצם ומתחילים לרקום ולתכנן את הפיגוע. אם לא מצליחים לבצע פיגוע כפי שתוכנן, מנסים לפגוע במטרות משניות כפי הבנתם. ניתן ללמוד שיש מידה של חופש של אנשי התא בבחירת מטרות. בעוד שבן לאדן המליץ לתא הטורקי לפגוע בבסיס חיל אוויר שמשרת את ארצות הברית ובספינות ישראליות, בחרו אנשי התא לפגוע בקונסוליה הבריטית ובבתי כנסת.
עוד ניתן ללמוד שלא אצה להם הדרך-הצלחת הפיגועים היא הדבר החשוב ביותר ונדרשת לכך הכנה מדוקדקת וקפדנית. מאז נפגשו מנהיגי התא הטורקי עם בן לאדן וקצין המבצעים שלו בסוף 2001 ועד לפיגועים בנובמבר 2003 חלפו שנתיים. ישנו ניסיון לתזמן את הפיגועים שיתנהלו באותו יום במקביל כמו הפיגועים בארצות הברית, בלונדון, בברצלונה ובסיני, ואם אפשר במועד קרוב ככל שניתן כמו בשני הפיגועים באיסטנבול, שהתבצעו בהפרש של חמישה ימים. המטרות יהיו לרוב ערים מרכזיות מאוד כערי בירה או ערים גדולות.
לרוב תהיה מטרה אסטרטגית בפיגוע ולא סתם הריגת בני אדם של ה"אויב". כך אפשר לראות בפיגועים במרכזים החשובים ביותר בארצות הברית, מרכז הסחר והפנטגון (ובתכנון אף הבית הלבן), שנועדו לאותת לארצות הברית שהיא לא חסינה ובטוחה כפי שנדמה לה והיא תשלם מחיר כבד על המעורבות שלה בעולם הערבי. הפיגועים באיסטנבול שנועדו לאותת לטורקיה שלא תתקרב יותר מדי אל המערב ובמיוחד אל ארצות הברית וישראל. הפיגועים בסיני שנועד לסלק ולהבריח את התיירים המערבים והישראליים מאדמת סיני ולאותת למצרים שהיא תשלם על שיתוף הפעולה שלה עם הכופרים. והפיגועים בלונדון שנועדו לאותת לבריטניה שהיא תשלם מחיר על המעורבות שלה בעיראק.
אל-קאעדה של מפנה המאה ה-21 הייתה ייחודית בתשומת הלב שהקדישה לאינטרנט, מאחר ששאפה לבנות את עצמה כארגון טרור גלובלי, והיא הקדימה וגיבשה אסטרטגיה מוסדרת לגבי אופן השימוש של הארגון באינטרנט.
כיום, אל-קאעידה מקיים תאי טרור במקומות שונים בעולם, לרוב מתוך אזרחים מוסלמים או כאלו שהתאסלמו. אל-קאעידה מספק לחברי תאי הטרור דרכונים מזויפים, בעזרתן הם נוסעים למקומות בהם הם אמורים לפעול. כמה תאים מיד מתחילים לפעול כדי לתכנן ולבצע פיגועי טרור. תאים אחרים הם "תאים רדומים". התאים הרדומים משתלבים בקהילה עד לקבלת הוראות נוספות. תאים מסוימים בעיקר הרדומים משיגים כסף עבור הארגון במדינות המערב באמצעות הקמת עמותות פיקטיביות. לעיתים אף ממשלות נופלות בפח ותורמות כסף לעמותות אלו, שמצהירות על עזרה הומניטרית, אך בפועל מעבירות את הכספים לארגון לצורך טרור, למשל העמותה "דאגה אנושית" שהוקמה ב־1980 באוטווה, קנדה, והתיימרה להיות מוסד צדקה, אך בפועל העבירה כספים לפעילות טרור.
לארגון מספר רב של ספינות ואוניות בגדלים שונים, שבעזרתן הם משנעים אנשים וחומרי חבלה ברחבי העולם. על פי אנשי ביון מערביים מספר האוניות נאמד בין עשרות למאות. שיטה זו שנלקחה מהנמרים הטמילים, נועדה גם למטרה של גיוס כספים באמצעות שינוע סחורות חוקיות ברחבי העולם לצד הברחה של נשק וסמים. מכיוון שהים אינו טריטוריה מוגדרת של מדינה מסוימת, ואף ניתן לשוט תחת דגל פיקטיבי של מדינות רבות, שיכול אף להשתנות במהלך ההפלגה עצמה, הדבר מסייע רבות להסוואת אנשי אל-קאעידה וליכולות הניידות שלהם ברחבי העולם. בעקבות ידיעות אלו עלה חשש כי אל-קאעידה יעשו שימוש באחת מהספינות הללו, לפגוע בנמל אמריקני באמצעות נשק ביולוגי, פצצה מלוכלכת ואף באמצעות אונייה העמוסה בכמות רבה של חומר נפץ רגיל.
ב־5 ביולי 2005 פרסמה רשת אל ג'זירה קלטת שבה הופיע איימן א-זוואהרי, והציע בביטחון רב הודנה למדינות המערב, בתנאי שיסלקו את עצמם מכל הטריטוריות הערביות והמוסלמיות: עיראק, אפגניסטן ואף מה שהוא מכנה פלסטין.
ב־18 באוגוסט 2005 הצליחו אנשי הביטחון הסעודיים לחסל את ראש אל-קאעידה בסעודיה, עבד אל עזיז אל מוקרין, בבירה ריאד, ביחד עם שלשה מאנשיו, מספר שעות לאחר שאנשיו רצחו את המהנדס האמריקאי החטוף פול ג'ונסון שעבד בחברת לוקהיד מרטין בעריפת ראשו.
ארגון זה היה אחראי למספר רב של מעשי טרור בסעודיה שכוונו בעיקר כלפי זרים, ובהם פיצוץ מכוניות תופת בריאד בשלושה אירועים שונים, שגבו את חייהם של 56 בני אדם, רובם זרים. התקפות על מתקני נפט בחובאר ובינבוע, שבהם נרצחו 28 בני אדם. אירועי ירי שבהם נרצח גרמני בריאד, ואירוע ירי נוסף כלפי צוות של ה-BBC בריאד שבו נרצח צלם ונפצע כתב. פעילות הטרור של הסניף הסעודי נעשתה במטרה מכוונת וברורה להבהיל ולסלק את הנוכחות של לא מוסלמים מסעודיה.
אל קאעידה שולחים את ידם גם בהתנקשויות פוליטיות. מנהיג הברית הצפונית האפגנית אחמד שאה מסעוד נהרג בידי מתנקשים של הארגון מעט לפני הפיגוע בתאומים. נשיא פקיסטן לשעבר פרבז מושארף, שהכריז מלחמה על קיצוני האסלאם וחבר לארצות הברית, ניצל משני ניסיונות התנקשות בחייו בידי אנשי ארגון זה.
ב־19 באוקטובר 2008 פורסם בעיתון הבריטי "סאנדיי אקספרס" שארגון אל קאעידה מאיים להצית שריפות ענק באירופה, רוסיה, ארצות הברית ואוסטרליה, על מנת לזרוע בהלה ולפגוע בשירותי החירום ובתיירות.