הכיבוש הצרפתי של אלג'יריה
התנגדותו של עבד אל-קאדר התחדשה

במאי 1837 ניהל הגנרל תומא רובר ביגו, שהיה אז המפקד על אוראן, משא ומתן על הסכם תאפנה עם עבד אל-קאדר, שבו הכיר למעשה בשליטתו של עבד אל-קאדר בחלק הפנימי של מה שהיא כיום אלג'יריה. עבד אל-קאדר השתמש באמנה כדי לבסס את כוחו על שבטים ברחבי הפנים, והקים ערים חדשות רחוקות משליטת צרפת. הוא פעל להניע את האוכלוסייה שבשליטה צרפתית להתנגד באמצעים שלווים וצבאיים. יריבויות בין חמולות ואחוות שחילקו את אלג'יריה לפני הפלישה הצרפתית נפתרו תחת ארגונו, שבו הוא חילק שטחים נשלטים למחוזות, כל אחד מתוגבר ושולט בהגנה משלו.  בניסיון להתמודד שוב מול הצרפתים, הוא הגיש תביעה במסגרת האמנה לטריטוריה שכללה את הנתיב הראשי בין אלג'יר וקונסטנטין. כאשר חיילים צרפתים ערערו על טענה זו בסוף 1839 על ידי צעדה דרך הר דפילה הידוע בשם שערי הברזל (אנ'), עבד אל-קאדר טען להפרה של האמנה, וחידש את הקריאות לג'יהאד. בשנת 1839 הוא פתח במערכת מתיג'ה בראשות המפקד הקבילי אחמד בן סאלם, והערבי מוחמד בן עלאל.  המערכה הייתה הצלחה, אם כי הכוחות האלג'יריים כותרו בקרב על ואדי אל-עלאיק (אנ'). לאורך 1840 הוא ניהל מלחמת גרילה נגד הצרפתים במחוזות אלג'יר ואוראן. כישלונותיו של ואלה לסיים את המלחמה הובילו להחלפתו בדצמבר 1840 על ידי הגנרל ביגו.
ביגו הנהיג אסטרטגיה של אדמה חרוכה, בשילוב עם טורי פרשים נעים במהירות כמו אלה ששימשו את עבד אל-קאדר כדי להשתלט בהדרגה על שטח מעבד אל-קאדר. הטקטיקה של הכוחות הייתה כבדה, והאוכלוסייה סבלה משמעותית. עבד אל-קאדר הקים בסופו של דבר מפקדה ניידת אשר הייתה ידועה כ-smala או zmelah. בשנת 1843 פשטו כוחות צרפתים על מחנה זה כשהוא הרחק ממנו, ולכדו יותר מ-5,000 לוחמים של עבד אל-קאדר.
עבד אל-קאדר נסוג לתוך מרוקו, שממנה זכה לתמיכה מסוימת, במיוחד משבטים באזורי הגבול. כאשר נכשלו המאמצים הדיפלומטיים של צרפת לשכנע את מרוקו לגרש את עבד אל-קאדר, הצרפתים פתחו במלחמה הצרפתית-מרוקאית הראשונה ב-1844 כדי לאלץ את הסולטאן לשנות את מדיניותו.
צרפת פתחה במערכה בשנת 1845 באזור קביליה בתקווה להשמיד את הכוחות המקומיים של עבד אל-קאדר בראשות אחמד בן סאלם הנ"ל. כוחות הקבילים של זוואווה היו מטרד עבור צרפת מאז 1837, ופתחו בכמה מארבים כמו קרב בני מראד, ולכן היה הכרחי להשמיד את כוחותיו של עבד אל-קאדר באזור. לאחר שכיתרו בהצלחה את אחמד בקרב תִיזִי ווּזוּ, ארבו הצרפתים לכוחות האלג'יראים שנותרו ליד יִ֫יסֶר, והשמידו בהצלחה את הכוחות המקומיים וגרמו לכניעתו של אחמד אבן סאלם. תבוסה זו סיימה את השפעתו של עבד אל-קאדר במזרח המדינה. עד סוף העשור הכיבוש הצרפתי כלל למעלה ממאה אלף חיילים. כוח צרפתי הושמד בקרב סידי בראהים ב-1845.
עבד א-רחמן, סולטאן מרוקו בעקבות הסכם טנג'יר משנת 1844 הוציא את האמיר מחוץ לחוק מכל ממלכתו. עבד א-רחמן שלח בחשאי חיילים לתקוף את עבד אל-קאדר ולהשמיד את אספקתו, שישה חודשים לאחר שעבד אל-קאדר סילק את המרוקאים וכלא אותם. בעקבות כישלון זה של המרוקאים, נשלח מתנקש להרוג את האמיר עבד אל-קאדר. אחיינו של עבד א-רחמן, מולאי האשם, נשלח יחד עם מושל הריף, אל-אחמר, בפיקוד על צבא מרוקאי לתקוף את האמיר, אולם המרוקאים הובסו קשות בקרב, אל-אחמר נהרג, ומולאי האשם בקושי נמלט בחיים ועבד א-רחמן קיבל את התבוסה הזו.  המרוקאים הובילו מתקפה נוספת בקרב אגדין בה הובסו על ידי עבד אל-קאדר בכל שלוש ההתקשרויות הצבאיות, אולם עד מהרה בחר עבד אל-קאדר לסגת ממרוקו ולהיכנס לשטח צרפת לצורך משא ומתן. בדצמבר 1847 בחר עבד אל-קאדר להיכנע לצרפתים, בתנאי שיאפשרו לו לצאת לגלות במזרח התיכון. הצרפתים הפרו את התנאים הללו, והחזיקו אותו בצרפת עד 1852, אז הורשה לנסוע לדמשק.
העות'מאנים הגישו מחאה רשמית על הפלישה לאלג'יריה, אך הם מעולם לא הודו באובדן המחוז. מפה של "אפריקה העות'מאנית" משנת 1905 עדיין מציגה את האימפריה כבעלת גבול עם מרוקו ממערב ל"אזור" (hitta, כינוי לטריטוריה עם גבולות מעורפלים) של אלג'יריה.
הקרב על סמאלה, 16 במאי 1843, מאת הוראס ורנה