הפיצוץ בבית החולים הערבי אל-אהלי
ראיות כי מקור הפיצוץ הוא רקטה של ארגון פלסטיני

למחרת האירוע, ב-18 באוקטובר, פרסם צה"ל ראיות לכך שהאירוע נגרם כתוצאה משיגור כושל של רקטת הג'יהאד האסלאמי.
בדיווח הראשוני דווח על פגיעה בבניין בבית החולים ומותם של מאות בני אדם. מצילומי אוויר שפרסם צה"ל באינפרה אדום, וכן מצילומי האתר לאחר כיבוי השריפה, נראה שזירת הפגיעה היא חניה בחצר בית החולים, ובה מספר כלי רכב שנפגעו מהאש.
ראש נפץ קרבי של צה"ל היה צפוי לגרום למכתש וכן לנזק הדף למבנים וכלי רכב סמוכים. אולם תצלומי אוויר המראים כי אין שקע פגיעה בקרקע ("מכתש"), כפי שהיה מתקבל בהפצצה אווירית, ולא נגרם קריסה של קירות של מבנים סמוכים למקום הפגיעה.
דובר צה"ל גם טען מול כלי התקשורת כי האשמת חמאס כי צה"ל אחראי לתקיפה פורסמה זמן קצר לאחר התקיפה. אם כי בזמן הפרסום היה בלתי אפשרי לוודא מי אחראי לתקיפה וכי דבר זה היה צריך להיות דגל אדום לכלי התקשורת.
לפי דובר צה"ל, זמן קצר לאחר הידיעות על הפיצוץ החל צה"ל בבדיקה מקיפה, וכי לפי הברור הפנימי שנעשה, לא הייתה תקיפה של צה"ל שפגעה בבית החולים.
צה"ל גם פרסם הקלטת שיחה בין שני פעילי חמאס, בהם אחד אומר שאכן מדובר על שיגור רקטה כושל של הג'יהאד האיסלאמי שפגע בבית החולים. עיתונאים ערבים ששמעו את ההקלטה הטילו ספק באותנטיות שלה, בשל השפה והמבטא. והמיקום ממנו לפי הערכת הפעיל בוצע השיגור, לא תואם את המיקום ממנו צה"ל טען שהשיגור בוצע.
בתיעוד ברשת אל-ג'זירה נראית רקטה שנורת מתוך רצועת עזה, עוברת פיצוץ באוויר (ככל הנראה תקלה במערכת ההדף של הרקטה), משנה את מסלולה ונופלת סמוך לבית החולים בשעה 19:00, דקות ספורות לפני תחילת הטענות על הפצצת בית החולים. סרטון עצמאי נוסף מראה דבר דומה.
בנוסף לכך מכ"ם צה"ל איתר את שיגור הרקטות על ידי מחבלים מעזה, זמן קצר לפני הפיצוץ וכי מסלול המטח של הרקטות היה מעל בית החולים.
דובר הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני הכחיש את טענת דובר צה"ל.
ניתוחים שערכו מומחי מודיעין צבאי ו-OSINT ברחבי העולם, כולל מטעם כלי תקשורת, אישרו שמדובר בשיגור רקטה כושל מצד הפלסטינים ולא בתקיפה של צה"ל.
המודיעין האמריקאי הודיע שערך תחקיר מבצעי בלתי-תלוי ושיש לו ראיות שהפיצוץ בבית החולים נגרם מרקטה כושלת של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני. גם רשת CNN הציגה מסמכים מסווגים של ראש המודיעין הלאומי האמריקאי, מהם עולה שארגון החמאס שיקר באופן מודע לגבי האחראים לפיצוץ בבית החולים, וכן לגבי מספר ההרוגים בעקבותיו.
שירות המודיעין של צבא צרפת הודיע כי סיבת הפיצוץ הסבירה ביותר היא תקלה ברקטה בעלת ראש קרבי של כ-5 קילוגרם (ולכל היותר 10), שנורתה בידי פלסטינים לעבר ישראל. כמות חומר הנפץ הוערכה למשקל זה על סמך מכתש שהתגלה במקום באורך של כ-1 מטר על 75 ס"מ ובעומק של עד 40 ס"מ, כיוון המכתש מצביע על ציר ירי דרום-צפון. גודל ראש קרבי של 5 ק"ג, מתאים לגודל ראש קרבי שיש ברקטות שנמצאות בידי הארגונים הפלסטינים. ואינו מתאים לטיל או פצצה שיש בידי ישראל, שהם בעלי ראשי קרב גדולים בהרבה. המודיעין הצרפתי לא מצא שום ראיה לתקיפה ישראלית.
ב-21 באוקטובר הודיע משרד ההגנה של קנדה כי חקירה עצמאית שנוהלה על ידי המודיעין הקנדי קבעה "בוודאות גבוה" כי ישראל אינה אחראית לפיצוץ וכי סיבה סבירה יותר היא רקטה שנורתה מתוך עזה. החקירה מבוססת על מקורות גלויים ומסווגים.Divya Rajagopal, Jose Joseph, Israel did not strike Gaza hospital, Canada says, ‏22 באוקטובר 2023
ב-26 בנובמבר הודיע משמר זכויות האדם, אחד מארגוני זכויות האדם הגדולים בעולם, כי הפיצוץ אירע בעקבות שיגור כושל שבוצע מהרצועה. "הפיצוץ שהרג ופצע אזרחים רבים בבית החולים בעזה נגרם מתחמושת שבה משתמשים בדרך כלל ארגונים חמושים פלסטיניים", מסר הארגון לפי ממצאי החקירה שביצע, ושהתבססה על תמונות, סרטונים, תמונות לוויין וראיונות עם עדי ראייה ומומחים.