היסטוריה של אינדונזיה
חוקה חדשה > הדחת סוקרנו

בשלהי 1965 הצבא האינדונזי התפצל לשני מחנות: ימני ושמאלני. מחנה השמאל הזדהה עם המפלגה הקומוניסטית של אינדונזיה (PKI), שגם שלטה על רוב הארגונים האזרחיים והתרבותיים שסוקרנו יצר על מנת לגייס תמיכה למשטרו. מחנה הימין נתמך מבחוץ על ידי ארצות הברית, שאימנה מספר קצינים ויצרה מספר צוותי חשיבה. לאחר שקיבלה את הסכמתו של סוקרנו, ה-PKI החלה לחמש קבוצות של איכרים כדי שיילחמו באזורי הכפר בכוח העולה של מפקדי מחנה הימין. מפקדי הצבא התנגדו לתוכנית.
ב-30 בספטמבר 1965, שישה גנרלים בכירים כולל הרמטכ"ל אחמד יאני וכן 4 קציני צבא אחרים נרצחו על ידי שומרי הארמון של סוקרנו, בתואנה שהם נאמנים ל-PKI. לאחר שהחלה להתפשט באינדונזיה תחושת פאניקה שנבעה מהחשש לניסיון הפיכה קומוניסטי, מייג'ור גנרל סוהארטו, מפקד צבא המילואים האסטרטגי (קוסטראד), ארגן מתקפה תחת הצידוק של דיכוי המרד. נטען שהצבא הרג עשרות אלפי אנשים שנחשדו כקומוניסטים באזורי הכפר. עד 1966 נרצחו לפחות 500,000 בני אדם. האלימות הייתה חריפה במיוחד בג'אווה ובבאלי.
לאחר שהחל לראות בלאומיים ובסוקרנו הפרו-קומוניסטי כאיום לאינטרסים שלו, המערב נטה לנצל את המצב לטובתו. תיאור המאורעות של סוהארטו בתור 'קוטל קומוניסטים' היה הגרסה הרשמית שקודמה במערב. הרומן הידוע של כריסטופר קוך "שנה של חיים בסכנה" סייע בשלב מאוחר יותר לחזק את הטענה הזו. כמו כן, נטען כי עיקר ההרג של חברי ה-PKI היה בעידוד של ממשלות ארצות הברית והממלכה המאוחדת. לפי מזכר של ה-CIA, ראש הממשלה הרולד מקמילן והנשיא ג'ון קנדי הסכימו "לחסל את הנשיא סוקרנו, תלוי במצב ובהזדמנויות שיהיו". ב-1990 העיתונאית האמריקנית קאת'י קאדאן גילתה את הגבול של התמיכה האמריקנית של אירועי הטבח של 1965 – 1966 שאפשרו את תפיסת השלטון על ידי סוהארטו. היא ראיינה פקידי ממשל ואנשי CIA לשעבר, שדיברו על רשימות של 5,000 פעילי PKI, שהאמריקנים סימנו את האנשים הרשומים בהן כהרוגים או שבויים. הם עבדו באופן צמוד עם הבריטים שניסו להגן במידת האפשר על האינטרסים שלהם במלזיה. סר אנדרו גילכרייסט שלח מכתב למחלקת החוץ בלונדון שתוכנו היה: "... מספר קרבות ירי באינדונזיה הם צעד מקדים לשינוי יעיל". ה-PKI קיבלה תמיכה מסוימת מהעניין, וזו הייתה תמיכה שהדאיגה מאוד את האמריקנים שחששו שאינדונזיה בדרך להפוך למדינה קומוניסטית, בדומה לווייטנאם שבצפון.
ישנם ספקות באשר לשאלה האם הצבא היה הגורם היחיד שהיה אחראי לטבח. על אף שה-PKI זכתה לתמיכה בקרב העניים, הם לא קיבלו תמיכה כלשהי מקבוצות אחרות, כיוון שקבוצות אלה האמינו שהקומוניסטים חסרי אמונה באלוהים. הקומוניסטים, בניגוד לסוקרנו, לא הבינו שלחוואים יש חוות פרטיות. לפיכך, כאשר הם קיבלו תמיכה בקרב האיכרים העניים, הם היו שנואים בקרב איכרים אחרים שחששו שהאדמה שלהם תילקח על ידי חזית האיכרים של אינדונזיה.
סו הוק גי, בחיבורו "על הטבח באי באלי", כתב על מה שקרה בבאלי. לטענתו לא היה זה הצבא שביצע את הטבח כי אם אנשי באלי עצמם שהיו תומכים של הנאס"אקום (לאומניים – דתיים – קומוניסטיים) או שהיה להם קשר לקומוניסטים. הם הובילו את הטבח נגד כל מי שנחשד כקומוניסט (ולא בהכרח היה כזה) על מנת להסתיר את הקשר שלהם עם הקומוניסטים או לנצל את האירוע על מנת לסלק את יריביהם (בעסקים או בפוליטיקה) מהדרך.
בשנים 1965 – 1966 הנשיא סוקרנו ניסה להשיג מחדש את מעמדו הפוליטי ולהחזיר את המדינה למצב שהיה לפני אוקטובר 1965. על אף שהוא נשאר הנשיא, ב-11 במרץ 1966 סוקרנו נאלץ להעביר סמכויות פוליטיות וצבאיות חשובות לגנרל סוהארטו, שבאותו זמן כבר היה בתפקידו הרשמי מפקד כוחות היבשה של אינדונזיה ולמעשה הקצין הבכיר ביותר שלא נרצח ב-30 בספטמבר 1965.
סוהארטו החל לנהל מדיניות חוץ עצמאית כבר בשנת 1966. הוא השיב את אינדונזיה לחברות באו"ם והחל מ-28 במאי 1966 חפש שלום עם מלזיה. אז נשלח אדם מליך אל בנגקוק לוועידת שלום. ב-11 באוגוסט 1966 הושג ההסכם, שבו הכירה אינדונזיה בקיום מלזיה ובשלמות שטחיה. בשובו של אדם מליך מבנגקוק בא סוהארטו אל סוקרנו כדי שסוקרנו יאשר את ההסכם. אבל סוקרנו, שכינה את מלזיה בשם "מדינת בובה נאו-קולוניאליסטית, קולוניאליסטית, אימפריאליסטית" סירב לחתום וסוהארטו אישר את ההסכם בעצמו. ההסכם, שהתבסס על גבולות שגבלו הולנד ובריטניה בשנת 1891 הותיר את הגבול הימי בלתי תחום. מקור לסכסוך על האיים סיפאדאן וליגיתאן ולהביא להתנגשות ימית בין ספינות משתי המדינות ב-8 באפריל 2005 מול אמבאלאת במחוז קאלימאנטן המזרחית.
ב-12 במרץ 1967 אספת המחוקקים העממית הזמנית (MPRS) מינתה את סוהארטו לנשיא בפועל. סוקרנו הפסיק להוות מוקד כוח פוליטי ולמעשה הוא חי תחת מעצר בית בבוגור עד מותו ב-1970.