stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
ישיבת מרכז הרב
היסטוריה > בחיי הראי"ה > ייסודה

עם התמנותו של הרב קוק לתפקיד הרב הראשי לישראל ורב העיר ירושלים, הוא החל לפעול למען הקמת ישיבה בירושלים. הרב דוד כהן (הנזיר) סיפר בזיכרונותיו משנת תרפ"ג:
"בקיץ שעבר ואני יושב בבית המדרש סגור ומסוגר, עטוף בטלית ותפילין ושוקד על תלמודי בקול ניגון ערב והנה דופקים בדלת, ואפתח דלתות בית המדרש, והנה שני צעירים לקראתי, ואשאלם, מה אתם רוצים? ללמוד – הייתה התשובה. אז אמרתי למזכיר הישיבה ומייסדה, הרב  יצחק לוי, הנה הזדמנות ראשונה לפתיחת הישיבה ויסודה, ויעדתיו לפנות מיד בזה אל הרב... כך הונח היסוד הראשון ונפתחה הישיבה". שני הבחורים היו שבתי שמואלי, לימים מזכיר הישיבה, ואריה בוירסקי.
בשנת תרפ"א (1920) התכנס חוג תלמידים מישיבות בירושלים סביב הרב קוק ושמע ממנו שיעורים. חוג זה, שנועד להוות "הכנה ליסוד הישיבה המרכזית העולמית", מנה כעשרים וחמישה תלמידים. בעיות כלכליות מנעו את פתיחת הישיבה במשך שנתיים, עד שהנדיב הארי פישל בנה את מעונו של הרב הראשי ובו גם בית מדרש. עם סיום הבנייה החלו ההכנות המעשיות להקמת הישיבה, שנוסדה שנה מאוחר יותר. את מגמתה של הישיבה הגדיר הראי"ה: "שיהא שם שמים, שם התורה, שם ישראל ושם ארץ ישראל, מתקדש על ידה".
הרב דוד כהן הכין הצעה לתוכנית הלימודים על פי בקשתו של הרב קוק. ההצעה כוללת לימודי תנ"ך וביקורת על ביקורת המקרא, בלשנות עברית, גאוגרפיה של ארץ ישראל, היסטוריה, מבואים לתורה שבעל פה, השתלשלות ההלכה, השוואת המשפט העברי למשפט הרומי, בוטניקה, אנטומיה ואסטרונומיה כמקצועות עזר לתלמוד ועוד. לימודי פילוסופיה יהודית כללו בהצעה בין היתר את פילון, רב סעדיה גאון, חובת הלבבות, מורה נבוכים, כוזרי, רמח"ל, קבלה וחסידות. התוכנית לא יושמה בפועל.
היסטוריה > בחיי הראי"ה > הישיבה בראשותו

הישיבה הוקמה בבית הרב בירושלים, (כיום ברחוב הרב קוק, סמוך לכיכר ציון). לצד הראי"ה התמנה הרב אברהם אהרן בורשטין ("הגאון מטבריג"), שעלה לארץ ישראל בשנת תרפ"ד (1924) והחל לכהן כראש ישיבה באדר תרפ"ה, ולשיעוריו הגיעו רבים מתלמידי החכמים שבירושלים, גם כאלה שלא היו קשורים לישיבת מרכז הרב. אך הוא נפטר בי"ט בכסלו תרפ"ו (1926) לאחר שהספיק ללמד בישיבה כתשעה חודשים בלבד. הרב שמעון שקופ הציע כי ימלא את התפקיד, אולם התוכנית לא יצאה אל הפועל. בישיבה לימדו גם הרב יעקב משה חרל"פ, הרב צבי יהודה הכהן קוק, הרב דוד כהן - "הנזיר", הרב יצחק אריאלי, הרב שלום נתן רענן ועוד. הרב קוק עצמו לא תמיד מסר שיעורים ושיחות באופן קבוע, אך אף על פי כן האווירה הייתה באופן תמידי כזו שרוחו של הראי"ה חופפת עליה.
בשנותיה הראשונות מנתה הישיבה כמה עשרות תלמידים, והיא גדלה מעט במשך השנים והגיעה לבין שבעים לשמונים תלמידים. עם זאת, המצב הכלכלי של הישיבה לא אפשר לה להתפתח, ובשלב מסוים נמנעו מלקבל תלמידים חדשים אלא אם כן הם שילמו על מחייתם בעצמם (בניגוד למקובל באותה תקופה). בעקבות מסעות התרמה שנערכו בארצות הברית השתפר המצב הכלכלי, והישיבה התרחבה והגיעה ליותר משמונים תלמידים, אך בעקבות המשבר הכלכלי העולמי בשנות ה־30, כמו גם חוסר ניסיונו הניהולי של הרב צבי יהודה קוק שנתמנה באותה שנה למנהל הישיבה, נכנסה הישיבה שוב למצוקה תקציבית. למרות מסעות התרמה מחודשים, ומכתבים ששלח הראי"ה עצמו לאישים שונים, נותר המצב הקשה בעינו עד לפטירתו של הראי"ה בשנת תרצ"ה (1935).
לישיבה הגיעו תלמידים בולטים מישיבות מזרח אירופה. ביניהם גם נכדו של החפץ חיים שנשלח על ידי סבו ללמוד אצל הרב קוק. חלק מן התלמידים השתתפו בתרצ"ב בהקמת "מכון הרי פישל לדרישת התלמוד".
היסטוריה > בחיי הראי"ה > סדר הלימוד בישיבה בתקופה זו

לצד הלימוד הישיבתי המקובל, הונהג בישיבה חידוש בכך שניתנו בה שיעורים בנושאי מחשבת ישראל (המכונים בישיבה ובקרב ממשיכותיה "לימודי אמונה"), שניתנו בעיקר על ידי הראי"ה ו"הרב הנזיר" רבי דוד כהן. כמו כן הועברו בישיבה שיעורי תנ"ך, שעליהם הופקד בנו של הראי"ה, הרב צבי יהודה קוק.
כל אחד מהתלמידים למד מסכת שבה לבו חפץ, והלימוד היה עצמאי לגמרי ונטול פיקוח, וזאת בדומה לנהוג בישיבות היישוב הישן. בערבים התקיימו שיעורי הרבנים, והמעוניינים יכלו להשתתף בהם. הראי"ה נשא לעיתים את שיעורו בפלפול תלמודי במשך שעות, עד חצות הלילה, כשהוא מדבר בקול נמוך ובמהירות רבה. נושא השיעור היה מפורסם מראש, שכן נדרשו לתלמידים ימים של הכנה כדי לאפשר את הבנתו.
היסטוריה > בזמן כהונת הרב יעקב משה חרל"פ כראש הישיבה

לאחר פטירתו של הראי"ה בשנת ה'תרצ"ה, התמנה לראשות הישיבה תלמידו הרב יעקב משה חרל"פ, והרב שלום נתן רענן התמנה למנהל הישיבה. תקופה זו הייתה קשה מבחינה כלכלית וביטחונית. אותות התקופה הזאת ניכרו גם בישיבה. בשנת תש"ה מונה לצוות הישיבה הרב אברהם שפירא, בוגר ישיבת חברון, בעקבות נישואיו לפנינה, אחות הרב רענן; הוא סירב קודם לכן לתפקיד ר"מ בישיבת פוניבז'. כמו חותנו, רא"ש נמנה עם קבוצת הרבנים שעסקו בלימוד תורה קונבנציונלי, בלי תת-דעת כמעט למשנה הקבלית-גאולית של הרבנים קוק.
במהלך מלחמת העצמאות התגייסו רבים מבני הישיבה לצה"ל, זאת חרף המחלוקת בשאלה זו בין הרב צבי יהודה שקרא לגיוס לבין הרב חרל"פ שהתנגד לו, בדומה לראשי ישיבות נוספים בירושלים באותה תקופה. היעדרות התלמידים בתקופה זו ונפילתם של מספר תלמידים גרמה לירידה במצב הישיבה.
בתקופה זו היו מגיעים רבים מישיבת "חברון" לשמוע שיעורים בישיבה, וכן הרב בן ציון אבא שאול מישיבת פורת יוסף.
עם היחלשותו של הרב חרל"פ, ביקש מהרב שפירא, שעד אז מסר אך שיעור קצר, שימלא את מקומו ויחל במסירת השיעור כללי, וכך נעשה.
היסטוריה > בזמן כהונת הרב צבי יהודה קוק כראש הישיבה > בעודה ב"בית הרב"

עם פטירתו של הרב חרל"פ, בשנת תשי"ב, החל למלא את תפקיד ראש הישיבה בנו של הראי"ה, הרב צבי יהודה. בראשית התקופה, הייתה הישיבה קטנה מאוד מספר התלמידים היה מצומצם (ביניהם היו הרב אליעזר שפירא, הרב שבתי אטון והרב יוסף שלוש). למעט שני שיעורים כלליים של הרב רענן ושל הרב אברהם שפירא, לא ניתנו שיעורי גמרא בישיבה. לאחר שנה מונה גם הרב מרדכי פרום לר"מ, ובשלב מסוים היה גם הרב זוסמן ריגר, גיסו של הרב רענן, נותן שיעור לכמה בחורים מהישיבה. התקדמות מסוימת במקומה של הישיבה הייתה בגל תלמידים שהגיע אליה בשנת ה'תש"ט, ביניהם הרב דוב ליאור, הרב פרופ' נחום רקובר, הרב בנימין אביעד והרב יהושע רוזן.
בהמשך התחזקה הישיבה והייתה ל"ספינת הדגל" של הציבור הדתי לאומי. חיזוקה של הישיבה התאפשר בזכות שני גורמים עיקריים: האחת - החלטת הנהלת בני עקיבא שבוגרי התנועה יונחו ללכת לשנת ישיבה לפני שיפנו להתיישבות, יחד עם פעילותו החינוכית של הרב חיים דרוקמן בקרב חניכיו בשבט איתנים, והגעתו יחד עם כמה מהמובחרים שבהם - כמו הרב זלמן מלמד, הרב יעקב פילבר, הרב צפניה דרורי ואחרים - אל הישיבה; והשנייה - השתלבותה של ישיבת "משכן ישראל", בראשות הרב יעקב כלאב במרכז הרב (פעולה שנבעה מההחלטה הראשונה), עם הגעתם מונה גם הרב כלאב לר"מ בישיבה. לאחר מלחמת ששת הימים משכה הישיבה תשומת לב ציבורית לאחר שתנועת גוש אמונים שהורכבה בעיקר מתלמידי הישיבה ובוגריה, הקימה את תנועת ההתיישבות בשטחי יהודה ושומרון, ותשומת לב זו גרמה שהישיבה פרצה לתודעה הציבורית.
הרצי"ה לימד בישיבה שיעורי תנ"ך ואמונה. היו גם בחורים מישיבת חברון כנסת ישראל שהגיעו להשתתף אצלו בשיעור. כאשר שמע הרצי"ה שיש מתלמידי הישיבה ששומעים שיעור בספר התניא, החל ללמד בתגובה את נפש החיים. את השיעורים בגמרא מסרו הרב רענן, הרב כלאב, הרב פרום, והרב שפירא שהיה מוסר שיעור כללי ושוהה בישיבה בשעות הסדרים כדי לשוחח עם הבחורים בסוגיות.
הרב צבי יהודה הכהן קוק הדגיש בפני תלמידיו את חשיבות לימוד הלכות שמירת הלשון, והקפיד לקיים סדר לימוד בישיבת מרכז הרב בספר חפץ חיים מאת הרב ישראל מאיר הכהן מראדין.
בשנת ה'תשי"ט ביקש הרצי"ה מהרב שאול ישראלי להעביר שיעור כללי בישיבה. מאז ועד פטירתו נמסרו מדי שבוע שני שיעורים כלליים - שלו ושל הרב שפירא. כאשר הרב שפירא מוסר בנוסף שיעור מיוחד בקצות החושן במוצאי שבתות. הרב ישראלי נחשב לראש ישיבה בתקופות מסוימות בחיי הרצי"ה.
היסטוריה > בזמן כהונת הרב אברהם שפירא כראש הישיבה העיקרי

לאחר שהנהגת הישיבה עברה רשמית לידי הרב שפירא ולצדו הרב ישראלי, מינה הראשון ר"מים חדשים שהיו נאמנים לו, כמו בנו הרב יעקב שפירא, בן אחיינו הרב שלמה שפירא, ותלמידיו הרב יהושע מגנס והרב יגאל לרר.
השיעור הכללי הועבר בימי שלישי על ידי הרב אברהם שפירא ובימי חמישי על ידי הרב שאול ישראלי. מלבד השיעורים - שם הרב שפירא דגש על יצירת קשר אישי וחם עם תלמידי הישיבה, ואף הוסיף שיעורים ושיחות עם בחורים צעירים בביתו שלו. הוא גם דרש מהר"מים ליצור קשר ושיחות אישיות עם בחורים, לשמוע על מצבם ואם יש להם קשיים או טענות, הוא הדגיש שדבר זה נצרך אף לבחורים המצוינים, ולא רק לכאלו שנחשבים עם קשיים.
בשיחות לצעירים בביתו הרבה להדגיש את חשיבות שקידת התורה והלימוד בהספק נרחב, באמרו "בתורה - כמות זו איכות", בהמריצו אותם להגביר את הקצב בלימוד העיון, ולהשקיע בלימוד התוספות בשעת לימוד הבקיאות, כשהוא מנמק: "שיטת הלימוד של 'ואם תאמר' 'ויש לומר' זה מה שבונה באדם שכל של תורה".
הרב שפירא והרב ישראלי ייסדו את איחוד הרבנים למען ארץ ישראל ובלטו במאבק על שלמות ארץ ישראל בתקופת הסכמי אוסלו. לאחר ההסכמים פנה הרב חנן פורת אל הרב שפירא בבקשה שישלח אברכים מהישיבה ללמוד דרך קבע בקבר רחל כדי לחזק את האחיזה היהודית במקום, כך הוקם הכולל של הישיבה במקום הפועל עד היום.
בשנת תשנ"ה נפטר הרב ישראלי. בתקופת הרב שפירא הקימו אנשי הישיבה את המאחזים גבעת אסף וחרשה. הרב שפירא בלט גם במאבק בתוכנית ההתנתקות ואף פסק כי על אנשי כוחות הביטחון לסרב פקודה ולא להשתתף בתוכנית.
הרב שפירא עודד הקמת ישיבות נוספות על ידי תלמידיו, ופעל לביסוסן וקידומן. כן יזם הקמת כוללים ברחבי הארץ, ואף שלח אברכים נשלחו לפעילות תורנית וחינוכית בחוץ לארץ. תלמידים רבים בעלי שיעור קומה תורני שהוא העמיד - נשלחו על ידו למקומות שונים ברחבי הארץ, לתפקידי רבנות, דיינות וחינוך, והודרכו על ידו לאורך פעילותם.
לאחר פטירתו של הרב אברהם שפירא בשנת תשס"ח, נמסר כי בצוואתו הוא הוריש את תפקידו לבנו הרב יעקב שפירא. בן נוסף, הרב שמואל, הוא מנהל הישיבה.
היסטוריה > בזמן כהונת הרב אברהם שפירא כראש הישיבה העיקרי > פיצול הישיבה

מעת מות הרצי"ה ב-1982, לא התפרץ המתח בין הרב שפירא לרב טאו ואנשיהם. הפערים בין המחנות נותרו כשהיו: ראש הישיבה ביקש להפוך את "מרכז הרב" לישיבה מן המניין, הדגיש את חשיבותה של הלמדנות הסטנדרטית, לא התעניין ביותר בתפישה הקבלית-גאולית הנלהבת של קודמו והשקיע מרץ רב בקידום תלמידיו למשרות של דיינות ורבנות. הרב טאו, לעומתו, הוסיף לטפח עיסוק מעמיק ומדוקדק בשאלות של אמונה והגות ובמשנת הרבנים קוק, ולפרש את המציאות הפוליטית והאקטואלית על פיה באוזני תלמידיו. כך, בעוד שהרב טאו בעל השיטה המשיחית המדוקדקת הרבה לעסוק בסוגיית ההתיישבות  ביהודה ושומרון, הוא הסתייג מהתנגשות עם השלטונות כשהחל תהליך השלום עם הפלסטינים ב-1993, משום שייחס להם חשיבות מהותית בתהליך הגאולה; הרב שפירא, שלא עסק ביותר בנושא, לא היסס להתעמת עם הממשלה כשהאינטרסים של ציבור מאמיניו ניצבו בסכנה.
בקיץ 1997, הציעו הרשויות לרב שפירא להקים בתוך הישיבה מכון הכשרה להוראה עבור התלמידים: מכון דומה כבר פעל בסמוך, והחילוק היה העברת הכספים ישירות אל מרכז הרב. באופן בלתי-צפוי שהמם את המשקיפים, הרב טאו התקומם בתוקף על היוזמה ותבע מהתלמידים שניגשו למכון לחזור בהם, וראש הישיבה איים בתגובה לסלקם. הפולמוס בין השניים התלקח בכל עוזו. הרב טאו ונאמניו תקפו את המכון המוצע בחמה שפוכה, כשהם מתארים אותו במונחי תפישתם המטאפיזית: בעיניהם, הייתה זו מזימה של כוחות מתנגדי הגאולה ומבקשי ההתבוללות של עם ישראל לטמא את לב הקודש, היא ישיבת מרכז הרב, ולפגוע בטוהר התורה הנלמדת שם. הרב שפירא השעה את הר"מים שהיו מעורבים בהתנגדות, שכללו את כל אלו שעסקו בענייני אמונה. כמעט כל הרבנים יוצאי מרכז הרב תמכו בעמדתו. הרב טאו סירב להצעות התיווך ולכל פשרה, תוך שהוא נתלה בחשיבות המטאפיזית של עניין המכון. הוא פרש ממרכז הרב יחד עם רבים מהר"מים, מהאברכים והתלמידים, ובראשית תשנ"ח הקים את ישיבת הר המור. במרכז הרב נותרו תומכי הרב שפירא, כמו גם מספר ר"מים שהתנגדו לפגיעה בכבודו.
הפילוג הכריע את המאבק שרחש בתוככי מרכז הרב מזה כמה עשורים: אנשי הרב טאו, על השקפתם המיסטית והערצתם המופלגת לרצי"ה, נדחקו החוצה, והושלם המעבר לסגנון השמרני והמאופק שקידם הרב שפירא. המאורעות חתמו את ההתדרדרות ארוכת השנים במעמדה של "מרכז הרב" כנותנת הטון בציונות הדתית, מאז פטירת הרב קוק הבן ב-1982, על רקע הנסיגות הישראליות משטחים שנכבשו מ-1967 (בסתירה לאמונה שטיפח המוסד בכך שלא יהיו חזרות לאחור בגאולה המתחוללת) והפנייה של צעירים רבים להשתלבות בחברה הכללית.
היסטוריה > הפיגוע בישיבה

ב־ל' באדר א' ה'תשס"ח (6 במרץ 2008), ערב ר"ח אדר, ביצע מחבל פלסטיני פיגוע ירי בספריית הישיבה, שבמהלכו נרצחו שמונה: שלושה מתלמידי הישיבה וחמישה מתלמידי ישיבת ירושלים לצעירים.
בעקבות הפיגוע החלה קבוצת תלמידים בישיבה להוציא לאור חוברות במסגרת פרויקט 'בשביל הנשמה'. החוברות המנציחות את הנרצחים, עוסקות בנושאים דתיים־חינוכיים שונים המחולקים לימים. לאחר כשנתיים שבהן הופצו החוברות על ידי הישיבה, פרס מינהל החינוך הדתי במשרד החינוך את חסותו על הפרויקט והחל להפיץ את החוברות לכלל תלמידיו לקראת החופש הגדול. פרויקט נוסף מבית 'בשביל הנשמה' לזכר הנרצחים הוא "הלימוד היומי באמונה", שבמסגרתו יוצאים לאור כתבי ראשונים ואחרונים העוסקים באמונה במהדורות מנוקדות מחולקות ללימוד יומי ובתוספת ביאורים והרחבות.
מאז הפיגוע מתקיים מידי ליל שישי שיעור בספריית הישיבה, לזכר הנרצחים (ראו להלן). כמו כן מדי שנה מקיימת הישיבה אזכרה סמוך לתאריך הפיגוע, בין המשתתפים באזכרות אלו – האדמו"רים ממודז'יץ וטולנא.
הישיבה כיום > שיעורים וסדרי לימוד

בעקבות צוואת אביו, כאמור לעיל, מונה לאחר פטירתו בנו הרב יעקב שפירא לראשות הישיבה. הוא מעביר שיעורי עיון פעמיים בשבוע לתלמידי שיעור ד' ושיעור כללי מדי שבוע, וכן שיחה בפרשת השבוע בכל ליל שישי. השיחה נערכת, נדפסת ומופצת בדוא"ל לתלמידים מהישיבה ומחוץ לה ומתפרסמת בשידור חי ביוטיוב. לשיעורים הגבוהים יותר מעביר ראש הישיבה שיעורי אמונה שבועיים בביתו, לאחר סדר ערב.
לאחר סדר בוקר מתקיים סדר 'חפץ חיים' ו'שמירת הלשון', כפי שתיקן הרצי"ה. לאחר סדר צהריים ובתחילת סדר ערב נמסרים שיעורים, רובם באמונה ומיעוטם בגמרא בעיון. בסדר ערב לומדים תלמידי שיעור א' עם חברותות משיעורים ב', ג' וד'.
בשיעורי האמונה ובלימוד העצמי לומדים בעיקר מסילת ישרים, כוזרי, ספרי המהר"ל וספרי הרב קוק. בישיבה אף מועברים שיעורים בתנ"ך, מאת הרבנים איתן שנדורפי, יצחק בן שחר ואיתמר אורבך. שיעורים לאברכים בהלכות נידה מועברים על ידי הרב מנחם בורשטין – ראש מכון פוע"ה.
במיזם "משמר" המתקיים מידי ליל שישי לזכר הנרצחים בפיגוע בישיבה, מוזמנים רבנים אורחים למסור שיעור בישיבה. בין הרבנים שהשתתפו במסגרת זו: שלמה משה עמאר, יצחק יוסף, דוד לאו, אביגדור נבנצאל, משה מרדכי פרבשטיין (ראש ישיבת חברון), חיים וואלקין (משגיח ישיבת עטרת ישראל), רפאל אבוחצירא, אליהו בלומנצוויג, אורי כהן, הרשל שכטר, חיים סבתו, יואל קטן, יוסף צבי רימון, יעקב עדס, מיכה הלוי, יהושע כץ, שמואל אליהו ואברהם שטיינברג.
הישיבה כיום > מאפיינים נוספים

החל משנת תשס"ח, בעקבות הפיגוע, יוצא לאור פעמיים בשנה כתב עת פנימי מטעם הישיבה הנקרא 'מבית מדרשנו' ובו חידושים בגמרא, בהלכה ובאמונה מפרי עטם של תלמידי ורבני הישיבה על המסכת הנלמדת. עד שנת תשע"ט יצאו לאור 23 כרכים. זאת בנוסף לכתב עת אחר היוצא לאור אחת לכמה שנים מטעם הישיבה הנקרא 'ניצני ארץ' ובו חידושים מפרי עטם של רבני ותלמידי הישיבה לדורותיה. עד שנת ה'תשע"ז יצאו 19 כרכים.
בישיבה כולל הלכה בראשות הרב שמיר שיינטופ, כולל עיון בגמרא בראשות אברהם ישראל סילבצקי, וכולל דיינות בראשות הרב אברהם צבי גאופטמן.
נכון לשנת ה'תשפ"ג, בישיבה לומדים מעל 700 תלמידים, כשליש מהם אברכים. ביניהם כאלה הלומדים עשרות שנים בכולל (כגון הרב בנימין רקובר והרב משה הררי). בין האברכים נמצאים עשרות מוסמכים לדיינות המהווים את הגיבוי העיקרי למערך בתי הדין לממונות על 35 סניפיו ברחבי הארץ, ומשמשים בו כדיינים מעת לעת.
בישיבה נערכות אזכרות שנתיות לרבני הישיבה – הרב אברהם יצחק הכהן קוק, הרב צבי יהודה קוק, והרב אברהם שפירא.
דרך הישיבה

הדרך בישיבה מונהגת ברוח תורת הראי"ה קוק ובנו הרצי"ה שעיצבו אותה, המתאפיינת בין השאר ביחס חיובי לציונות ומדינת ישראל ותפיסת התקופה כאתחלתא דגאולה, ובדגש על לימודי אמונה מעמיקים. ולפי הדרכתו ורוחו של הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא.
מוקד הישיבה מושם על למדנות ושימת לב לטיפוח גדולי תורה לעתיד, ראש הישיבה הנוכחי הרב יעקב שפירא נימק זאת בכך שהישיבה נטלה על עצמה את העול של הצמחת גדולי תורה.
הישיבה מאמינה בשיתוף פעולה עם רבנים ואישים ממגזרים שונים, ובייחוד בתחושת שותפות הדדית עם רבני הציבור החרדי. לעיתים מוזמנים רבנים חרדים, ראשי ישיבות ואדמו"רים, להעביר בה שיעור. מנגד הוזמנו גם דמויות מהציבור החילוני, כמו חבר הכנסת דאז יצחק הרצוג.
הישיבה מאפשרת לחלק מן התלמידים להתגייס לצה"ל בשלב מסוים של לימודיהם, דרך מסלול "הסדר מרכז" שנוסד בה וקרוי על שמה.
מוסדות נוספים לצד הישיבה

ישיבת ירושלים לצעירים – ישיבה תיכונית הצמודה לישיבה אשר הוקמה בשנת ה'תשכ"ד על ידי הרב יעקב פילבר ביוזמתו ולבקשתו של הרב שפירא ובעידודו של הרצי"ה.
"מדרשת בת־ציון" – מדרשה לבנות בשכונת קריית משה בנשיאות הרבנית יפה מגנס ובעלה הרב יהושע מגנס, ובראשות הרבנית תניה אביב. המדרשה הוקמה בשנת ה'תשס"ט על ידי הרבנית מגנס וקרויה על שם בת ציון גנץ, ביתו של הרב זוסמן ריגר ואחייניתם של הרב אברהם שפירא והרבנית פנינה.
בית הוראה "בית אברהם" על שם הרב אברהם שפירא. בראשות הרב יעקב שפירא, הרב איתן איזמן והרב יהושע מגנס (הוקם בה'תשע"ט)
מוסדות נוספים לצד הישיבה > מכונים תורניים

מכון הרצי"ה הוא מכון להוצאת ספרים שעל יד הישיבה. במסגרת המכון יוצאים לאור כתבים של רבני הישיבה, בפרט בולט המכון בהוצאה לאור בלעדית של ספרים מכתבי יד של הראי"ה קוק, כשהמרכזיים שבהם הם עין איה ומדבר שור וסדרת מאורות הראי"ה.
מכון הלכה ברורה ובירור הלכה עוסק בפיתוח והפצת שיטת לימוד זו שנוסדה על ידי הראי"ה, הכוללת הבאת דברי הרמב"ם והשולחן ערוך המצוינים ב"עין משפט", ובבירור הוצאת ההלכה מתוך עיון ופלפול בדברי הפרשנים על סוגיית הגמרא, המכון מוציא לאור גמרות במתכונת זו, אליהן מצורפות אף ההערות שכתב הרצי"ה בגיליון הש"ס שלו.
מכון "מים חיים" מוציא חוברות וספרים משיעוריהם של רבני הישיבה.
מוסדות נוספים לצד הישיבה > מיזמים שנוצרו בישיבה

חברים מקשיבים - ייעוץ, הקשבה והכוונה לנוער
בשביל הנשמה - חוברות לימוד יומיות לנוער, העוסקות בנושאי ליבה בחייו של הנער הדתי
הלימוד היומי באמונה - חוברות לימוד יומיות בכתבי האמונה של הראשונים והאחרונים
שלוחות הישיבה > ישיבות ובתי מדרש

ישיבה תיכונית בראשות הרב יעקב אלימלך ביישוב אפרת במתחם ישיבת שבות ישראל.
בית מדרש קהילתי בפתח תקווה בראשות הרב חגי קורץ (הוקם בשנת ה'תשע"ד).
בית מדרש קהילתי לשכונות קריית משה ובית הכרם, במסגרתו מתקיימים שיעורים שונים לגברים, נשים ונערות, ושיעורים לדוברי צרפתית.
שלוחות הישיבה > כוללי אברכים

כולל ביישוב אפרת במתחם ישיבת שבות ישראל.
כולל במאחז 'גבעת אסף' – ובו כמה עשרות אברכים בראשות הרב ינון קליין - שהחל מה'תשפ"א מכהן גם כרב היישוב (הוקם בשנת ה'תשס"ט).
כולל בשכונת רמת שלמה בראשות הרב מיכאל לוצקי והרב שלמה קורץ.
כולל ביישוב רבבה בראשות הרב מאיר שמחה מונדשיין (הוקם בה'תש"ף).
כולל בעיר מעלה אדומים.
כולל הלכה בעיר רחובות בראשות הרב גיורא ברנר.
כולל האידרא בעיר העתיקה, ובו לומדים מספר מצומצם של אברכים מבוגרים מהישיבה. נוסד על ידי הרב שלמה גורן ולאחר פטירתו צורף לישיבה.
כולל נחמת רחל בקבר רחל ובו לומדים מספר מצומצם של אברכים מהישיבה.
כולל בעיר פתח תקווה בנשיאות הרב יגאל לרר.
אירועים בישיבה

עצרת ההודיה המרכזית לציון איחוד ירושלים
מאז מלחמת ששת הימים נערכת בישיבה מדי שנה עצרת גדולה לציון יום ירושלים, בהשתתפות אישי ציבור וקהל רב. בדרך כלל מגיע ראש הממשלה לאירוע. במהלך העשור הראשון של המאה ה־21 לא הוזמן ראש הממשלה במשך מספר שנים, בשל התנגדות הישיבה למדיניות הממשלתית לגבי מסירת שטחים. בשנת 2022 (תשפ"ב) לא הוזמן ראש הממשלה נפתלי בנט לאירוע בשל התנגדות למעשיו הפוליטיים, הדבר עורר דיון ציבורי. בעבר לאחר סיום האירוע הייתה מתקיימת תהלוכה של תלמידי הישיבה ואלפים אחרים לכותל המערבי. בשנת 2021 השתתף יונתן פולארד בעצרת, ונשא בה נאום פומבי לראשונה בחייו.
שמחת בית השואבה
מדי שנה מתקיימת בישיבה שמחת בית השואבה בהשתתפות אלפים.
ראשי הישיבה מראשיתה

הרב אברהם יצחק הכהן קוק, רבה של ארץ ישראל – מייסד הישיבה ועמד בראשותה בשנים תרפ"ד–תרצ"ה (1924–1935).
הרב אברהם אהרן בורשטין, "הגאון מטבריג", מחבר ספר "נר אהרן" – ראש הישיבה בשנים תרפ"ה–תרפ"ו (1925)
הרב יעקב משה חרל"פ, רבם של שכונות שערי חסד ורחביה, וראש ישיבת בית זבול – ראש הישיבה בשנים תרצ"ה–תשי"ב (1935–1952). (כבר מתרפ"ד נקרא "ראש ישיבה", תחת ראש הישיבה הראי"ה)
הרב צבי יהודה הכהן קוק, ראש הישיבה בשנים תשי"ב–תשמ"ב (1952–1982).
הרב שאול ישראלי, רבו של מושב כפר הרא"ה, חבר בית הדין הגדול, וחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל – ראש הישיבה בשנים תשמ"ב–תשנ"ה (1982–1995).
הרב אברהם שפירא, הרב הראשי לישראל – ראש הישיבה בשנים תשמ"ב–תשס"ח (1982–2007). (כבר מתשי"ב כונה "ראש ישיבה", תחת הרצי"ה כראש הישיבה)
הרב יעקב שפירא – בנו של הרב אברהם שפירא, חבר מועצת הרבנות הראשית לישראל. מכהן מאז פטירת אביו הרב שפירא בראשית שנת תשס"ח.
רבני הישיבה > רבנים שלימדו בישיבה

הרב אַבָּא יַעֲקֹב הַכֹּהֵן בּוֹרוֹכוֹב – רבה של וולקוביסק, ולפני כן בקהילות אחרות. מחבר שו"ת "חבל יעקב". כיהן כר"מ בישיבה עם עלייתו ארצה.
הרב דוד כהן "הרב הנזיר" – לימד אמונה בישיבה מייסודה ועד לפטירתו בתשל"ב.
הרב מרדכי פרום – חתנו של הרב שלום נתן רענן, ר"מ. בשנת תשי"ג (1953) מונה למגיד שיעור. נפטר בתשל"ב.
הרב יצחק אריאלי, מחבר ספרי "עיניים למשפט" על הש"ס, "משגיח" בישיבה עד לפטירתו בשנת ה'תשל"ד.
הרב זוסמן ריגר, אב"ד בחיפה וראש ישיבת אלומה, גיסם של הרב אברהם אלקנה שפירא והרב שלום נתן רענן
הרב שלום נתן רענן, חתנו של הראי"ה קוק, ר"מ ומנהל הישיבה
הרב עוזי קלכהיים, לימד אמונה.
הרב יעקב כלאב, ר"מ. בשנת תש"ט הגיע לישיבה עם גרעין תלמידיו בוגרי ישיבת כפר הרא"ה והחל לכהן כר"מ בישיבה. נפטר בתשי"ט.
הרב יהושע רוזן - ר"מ. נפטר בשנת ה'תשפ"ב.
הרב חיים דרוקמן, לימד אמונה עד שנת תשל"ז, עת הקים את ישיבת אור עציון ועזב למרכז שפירא.
הרב דוב ליאור, רבה של קריית ארבע-חברון וראש ישיבת ניר קריית ארבע, ר"מ
הרב זלמן ברוך מלמד החל לשמש כר"מ של שיעור א' שנת תשכ"ה (1965) עד שנת ה'תשל"ח עת הקים את ישיבת בית אל.
הרב אריה שטרן, רבה של ירושלים וראש מכון הלכה ברורה, ר"מ.
הרב שלמה אבינר, רב שכונה א' ביישוב בית אל, וראש ישיבת עטרת ירושלים. לימד אמונה.
הרב אלישע וישליצקי, ראש בית מדרש "מהות" וראש תנועת אל עמי, לימד אמונה.
הרב אליקים לבנון, רב המועצה האזורית שומרון וראש ישיבת ברכת יוסף, לימד אמונה
הרב מיכאל צבי נהוראי, פרופסור באוניברסיטת בר-אילן, לימד אמונה עד לעזיבתו בעקבות הבדלי גישות מול ראש הישיבה הרב צבי יהודה קוק.
הרב הלל פלסר, ר"מ אמונה; ראש מוסדות מורשה - תלמוד תורה וישיבה קטנה.
הרב יעקב פרידמן, מייסד ישיבת תפרח, ר"מ
הרב אברהם יצחק כלאב, אב בית דין לשעבר בביה"ד הרבני בירושלים, ר"מ
הרב אלישע אבינר, ראש הכולל בישיבת מעלה אדומים, לימד אמונה משנת תשנ"ז ועד תשע"ג
הרב שלמה שפירא, חבר בית הדין הרבני הגדול, בראשית שנות התשעים מונה לר"מ, תפקיד שבו כיהן עד שנת 1997 עת מונה כדיין.
הרב יעקב אריאל - שימש כר"מ בצעירותו. שב בשנים שאחרי פיצול הישיבה ומסר שיעורים קבועים על דרך פסיקת ההלכה
הרב פנחס מונדשיין – שימש כר"מ משנת ה'תשנ"ז עד שנת ה'תשע"ט עת מונה כדיין.
הרב חיים שטיינר - מזקני תלמידי הרצי"ה קוק וחבר נשיאות איחוד רבני תורת הארץ הטובה, מרבני "תקומה". שימש כר"מ עשרות שנים. בתשע"ג חדל מלמסור שיעורי גמרא ובתשפ"ג חדל מלמסור שיעורי אמונה בישיבה.
הרב יצחק בן שחר - ראש ישיבת קדומים לשעבר.
רבני הישיבה > רבני הישיבה שעברו להר המור

הרב צבי ישראל טאו, נשיא ישיבת הר המור, לימד אמונה
הרב מרדכי שטרנברג, ראש ישיבת הר המור, ר"מ
הרב עמיאל שטרנברג, ראש ישיבת הר המור, ר"מ
הרב יהושע צוקרמן, ר"מ גמרא לבוגרי צבא ומלמד ואמונה
הרב עודד ולנסקי, לימד אמונה
הרב יעקב לבנון, לימד אמונה
הרב אריאל אדרי, ר"מ
רבני הישיבה > ר"מים נוכחיים בישיבה

הרבנים המשמשים כיום כר"מים בישיבה ומלמדים גם גמרא וגם אמונה:
הרב מיכאל הרשקוביץ - רב היישוב נריה, ר"מ שיעור ג'.
הרב יהושע מגנס - ראש מדרשת "בת ציון", לשעבר רב אולפנית בני עקיבא תל אביב, ר"מ שיעור ג'.
הרב איתמר אורבך - רב היישוב חשמונאים לשעבר, ר"מ שיעור ב'.
הרב יגאל לרר - אב"ד בבית הדין הרבני בפתח תקווה.
הרב אבינועם זומר, ר"מ שיעור ב'.
הרב יורם מושקוביץ' - משמש גם כר"מ בישיבת מעלה אליהו בתל אביב, ר"מ שיעור ה'.
הרב אורי רותם - חתנו של הרב חיים שטיינר, ר"מ שיעור ה'.
הרב אברהם ישראל סילבצקי - חתנו של ראש הישיבה הרב יעקב שפירא, ר"מ שיעור ב'.
הרב ערן ניסן, ר"מ שיעור א'.
הרב אודי נכטשטרן - חתנו של הרב שלמה שפירא ונכדו של הרב יעקב מן רקובסקי, ר"מ שיעור ג'.
הרב יהודה וינגוט, ר"מ שיעור א'.
הרב גלעד אנגלהרד, ר"מ שיעור א'.
הרב עומר דוידוביץ, ר"מ שיעור א'.
רבני הישיבה > רבנים המלמדים אמונה בישיבה

הרבנים ששיעורים כיום בישיבה הם רק בנושאי אמונה:
הרב יעקב פילבר - ראש ישיבת ירושלים לצעירים לשעבר ומחבר ועורך ספרים.
הרב דוד חי הכהן - ראש ישיבת נתיבות ישראל רב שכונה בבת ים וראש קהילת אורות התורה ומוסדותיה.
הרב חיים אביהוא שוורץ - מחבר ספרי "מתוך התורה הגואלת", משמש גם כר"מ בישיבת בית אל.
הרב יאיר גזבר - ראש ישיבת ירושלים לצעירים.
הרב איתן שנדורפי - מלמד תנ"ך בישיבה, משמש גם כר"מ בישיבת ירושלים לצעירים (ישל"צ).
הרב אופיר פריד - מלמד גם במכון אורה ומדרשת בת-ציון.
רבני הישיבה > רבני הישיבה הנוספים

הרב יצחק יודייקין.
הרב מנחם בורשטין.
הרב שמשון יודייקין.
רבני הישיבה > ראשי הכוללים בישיבה

בעבר
הרב יעקב אריאל - ראש כולל הלכה.
הרב מאיר פרימן - ראש כולל עיון.
הרב מנחם עמי רוטנברג - ראש כולל הלכה.
כיום
הרב אברהם צבי גאופטמן - ראש כולל דיינות.
הרב שמיר שיינטופ - ראש כולל הלכה.
הרב אברהם ישראל סילבצקי - ראש כולל עיון בסדר צהריים.
הרב אבינועם זומר - ראש כולל קדשים.