גודזילה נגד קונג
עלילת הסרט

חמש שנים לאחר מאורעות "גודזילה: מלך המפלצות", קינג קונג לכוד בתוך כיפה מתקדמת עצומה המדמה את פני האי שלו, זאת לאחר שהאקולוגיה על אי הגולגולת נפגעה כתוצאה מסופות גשמים אדירות שנכנסו לאי. את קונג מבקרת ג'יה (קיילי הוטל), ילידת האי האחרונה מסוגה לאחר ששאר הילידים מתו מהאסון הקטסטרופלי המסוגלת לתקשר באמצעות שפת סימנים ובתה המאומצת של המדענית ד"ר אילין אנדרוס (רבקה הול).
ברני הייס (בריאן טיירי הנרי), טכנאי חובב קונספירציות העובד בבסיס של תאגיד "אייפקס" הממוקם בפלורידה ומוצא נתונים מרשיעים על החברה המצביעים על קנוניה בה עוסקים אנשי אייפקס. עם זאת, גודזילה לפתע תוקף את המבנה ובעקבות כך ברני מועד לפני מתקן מסיבי בלתי מזוהה. מדיסון ראסל (מילי בובי בראון), לאחר שהיא מעריצה את התיאוריות של ברני, מגייסת את ידידה ג'וש ולנטיין (ג'וליאן דניסון) על מנת לחקור את התקפותיו של גודזילה.
וולטר סימונס (דמיאן ביצ'יר), המנכ"ל של תאגיד אייפקס מגייס את נתן לינד (אלכסנדר סאקרסגארד), גאולוג וחובב קונספירציות על תאוריית כדור הארץ החלול על מנת להנחות ולמצוא מקור-כוח חלופי הנמצא בכדור הארץ החלול, מקום מולדתם של הטיטאנים. תחילה נתן מסרב לבקשה עקב מותו של אחיו שניסה להיכנס לאותו המקום אך מסכים אחר-כך לאחר שוולטר מסביר לו כי פיתח כלי רכב המסוגלים להתנגד לתנאי המקום.
נתן מגיע לאי הגולגולת ומשכנע את אילין לתת לקונג להנחות את החבורה על הכניסה לכדור הארץ החלול הממוקמת באנטארקטיקה. נתן, אילין, ג'יה וצוות אנשי אייפקס בראשותה של מאיה (אייזה גונזלס), בתו של וולטר, עולים על ארבה בפיקודו של הצי האמריקאי הנושאת את קונג כבול בשרשראות. גודזילה לפתע תוקף את הארבה ואת שיירת הספינות ומביס את קונג, אך נסוג לאחור לאחר ששאר הספינות משביתות את כוחן וגורמות לו לחשוב שהן נהרסו לחלוטין. על מנת להימנע מהתקפה נוספת של גודזילה, קונג מובל לאנטארקטיקה באמצעות מסוקים וג'יה משכנעת אותו להיכנס למערה בעוד שהם עוקבים אחריו באמצעות אותם כלי הרכב שוולטר נתן לחבורה.
מדיסון וג'וש מוצאים את ברני, שבהמשך מצטרף לחקירתם. הם מתקדמים לבסיס אייפקס ההרוס שבפלורידה וברני מגלה כי אותו המתקן המסיבי הבלתי מזוהה נעלם אך שלושתם מגלים בסיס תת-קרקעי סודי שבאמצעותו השלושה מובלים בדרך תת-קרקעית המובילה לבסיס אייפקס נוסף הממוקם בהונג קונג. שם הם נתקלים במכה-גודזילה - רובוט מפלצתי בדמותו של גודזילה שנבנה בידי תאגיד אייפקס למטרה אחת ויחידה: לשים קץ לטיטאנים ולאפשר לאנושות כולה לחזור למקומה הראוי בראש שרשרת המזון. מכה-גודזילה נשלט טלפתית על ידי מהנדס הרובוטיקה של אייפקס רן סריזאווה (שון אוגורי), בנו של המדען היפני ד"ר אישירו סריזאווה המנוח. רן מצליח לשלוט במכה-גודזילה באמצעות אלקטרודות המחוברות לרשתות העצביות בגולגולתו של גידורה, אך הניסויים של מכה-גודזילה נגמרים בכישלון כל פעם מחדש עקב מגבלות של חשמל ואנרגיה בגלל שימוש מופרז בצרחה הפרוטונית: תותח-אנרגיה אימתני של מכה-גודזילה המסוגל לחתוך בניינים, קרקע ואף מפלצות אחרות. וולטר מעוניין לרתום את האנרגיה של כדור הארץ החלול כדי להתניע את מכה-גודזילה ולחסל את הטיטאנים.
במעמקי כדור הארץ החלול, קונג והחבורה מגלים מערכת אקולוגית הדומה לזו שנכחה בעבר באי הגולגולת. הם מגלים גם מבנה אדיר שנבנה בידי המין של קונג ושם כס מלכות וגרזן קרב שעשוי מיצור אחר ממינו של גודזילה ועל פי כך מגלים כי הייתה מלחמה בין מינו של קונג ולמינו של גודזילה. כאשר מאיה ושאר אנשי אייפקס מגלים את מקור-הכוח, צוותה של מאיה שולח את חתימת האנרגיה של אותו מקור-הכוח לבסיס אייפקס שבהונג קונג ומחדירים את האנרגיה למכה-גודזילה. בגלל הפעלתו של מכה-גודזילה, גודזילה עצמו נמשך להונג קונג וחש בקונג עצמו מתחת לאדמה. באמצעות הקרן האטומית שלו, גודזילה קודח בור ענק באדמה שחושף את קונג, לאחר שקונג הורג את מאיה ואת צוותה. אילין, נתן וג'יה עולים לפני השטח, וצופים בקונג נלחם בגודזילה. למרות כי נראה כי קונג מביס את גודזילה, גודזילה מוכיח כי ידו על העליונה בעוד שקונג מאבד את הכרתו.
מדיסון, ג'וש וברני נתפסים בידי האבטחה של אייפקס ומובאים לוולטר, שמצווה על רן להפעיל את מכה-גודזילה כדי שיחסל את קונג וגודזילה. רן מזהיר את וולטר שהאנרגיה עלולה לחבל בבקרה של מכה-גודזילה אך האחרון מתעלם מאזהרותיו ומצווה בכל זאת להפעיל את הרובוט. כתוצאה מכך, התודעה של גידורה משתלטת על מכה-גודזילה והרובוט מאבד שליטה, מוחץ את וולטר למוות ומחשמל למוות את רן ופורץ החוצה, כדי לחסל את גודזילה וקונג. התודעה של גידורה מזהה את גודזילה והשניים נלחמים, כשבסוף מכה-גודזילה מביס את גודזילה.
כשקונג חוזר לחיים, לאחר שנתן מפוצץ את כלי הרכב המיוחד על חזהו, ג'יה משכנעת אותו לעזור לגודזילה נגד מכה-גודזילה. קונג וגודזילה משתפים פעולה לבסוף אך מכה-גודזילה בכל זאת מצליח לגבור על השניים, בשל יכולותיו המכניות המתקדמות וכוחו הפיזי הרב. עם זאת, ג'וש שופך את משקה האלכוהול של ברני על מחשב הבקרה של מכה-גודזילה, דבר הגורם לקצר ברובוט המפלצתי. רגע לפני שמכה-גודזילה משפד את ראשו של קונג באמצעות זנבו הקטלני, גודזילה מנצל את ההזדמנות וטוען את גרזנו של קונג באנרגיה האטומית שלו, דבר המאפשר לקונג לגבור על מכה-גודזילה וקונג מחסל את הרובוט בכך שתולש את ראשו ושואג שאגת ניצחון. גודזילה מודה לקונג על העזרה שלו בקרב ודרכם של השניים מפוצלת.
זמן מה לאחר מכן, מונארך הקימו עמדת תצפית בכדור הארץ החלול, שם קונג שולט ובזה מסתיים הסרט.