אי התעלומות
עלילה > חלק שלישי: סודו של האי

ואכן, ספינת שודדי ים ובה חמישים איש מתקרבת לאי. השודדים מחפשים בסיס להתיישבות. המתיישבים מחליטים להילחם בהם. היות שהם רק שישה אנשים, הם מתפזרים לצוותים ופותחים ביריות מרוביהם מכל רחבי האי. הם מקויים כי השודדים יניחו כי באי מספר רב של מתיישבים ויניחו אותם לנפשם. היריות לא עוזרות והם יורדים לחוף. ההצלה באה, שוב, בדרך מסתורית: טורפדו מודבק לאונייה והיא יורדת למצולות הים עם רוב השודדים. מצבורי האונייה ותותחיה עוברים לרשות המתיישבים. הם מנסים להעריך מי האדם המסתורי העומד מאחורי הפעולות שנעשו להצלתם. מסקנתם היא שאדם זה הוא בעל כח עליון ותאורו כמו ה"אלוהים". המתיישבים מסיירים באי, כאשר לפניהם שתי מטרות: לאתר את חמשת השודדים שירדו לחוף לפני שהאונייה טבעה ולמצוא את האדם הנחלץ לעזרתם. איירטון הולך למכלאה לטפל בחיות. לאחר שלא מתקבלת ממנו תגובה טלגרפית, יוצאים ארבעה מהמשלחת לקראתו (נב נשאר לשמור על בית הגרניט). במכלאה הם נתקלים בשודדים, הפוצעים קשה את הרברט ואילו את איירטון הם לא מוצאים. בהמשך הם מוצאים פיסת בד מבגדיו ספוגה דם ומזה הסיקו כי הוא נאבק בשודדים ולא התמסר להם (היה חשש לכך שכן בעבר היה שודד ים). המשלחת, בה נותרו שלושה אנשים שעומדים על רגליהם, נשארת במכלאה ומתארגנת להגנה עצמית. לעזרתם מצטרף הקוף המאומן וגם כלבם. הרברט מבריא חלקית והם חוזרים לבית הגרניט. יש הרעה במצבו של הרברט והוא חולה במלריה. הוא נוטה למות ואז מגיע המציל המסתורי ומניח 200 כדורי כינין על השולחן. הרברט מבריא וניצל ממוות.
המתיישבים ממשיכים לסייר באי: הם רודפים אחרי השודדים ומחפשים את מיטיבם. הם חוזרים למכלאה ומגלים את איירטון שוכב פצוע ואת חמשת השודדים, כל אחד עם כדור ברקתו. איירטון לא יודע דבר על נסיבות מותם. הוא רק מספר כיצד עינו אותו ופתאום נעלמו. שוב, האדם המסתורי הציל אותם והפעם מהשודדים שנותרו על האי עתה נותר להם עיסוק אחד בלעדי – למצוא את האדם הבא לעזרתם בעת הצורך. במקביל, הם מתחילים לבנות ספינה חדשה שעם סיום בנייתה, בעוד שנה, הם יוכלו להפליג מהאי. בינתיים הם חשים בסכנה חדשה שמתקרבת. הר הגעש, הר פרנקלין, שאינו פעיל, מתחיל להשמיע רחשים – עשן מיתמר מלועו ואדים פורצים לאוויר. הם חוששים כי הר הגעש עומד להתפרץ. שדר טלגרפי מגיע למתיישבים מהמכלאה: "מהרו ובואו מיד". הם מופתעים – הרי כולם בבית הגרניט, אז מי שידר את המברק? הם מגיעים למכלאה ומוצאים שלט: "לכו אחרי כבל הטלגרף החדש". הם הולכים בעקבות הכבל הימי ומגיעים לפתח מערה תת־ימית. בעת שפל הם מגלים כי למערה יש פתח ובעזרת סירה הם מפליגים במערה ומגיעים לאולם ענק ובאמצעו גוף ענק ומוזר. המהנדס סירוס סמית, שקרא את ספרו של הפרופסור 20,000 מיל מתחת למים, מזהה את הגוף המוזר כצוללת נאוטילוס. הם נכנסים פנימה ומוצאים את קפטן נמו יושב באולם מפואר. הוא נוטה למות. הוא מספר להם את תולדות חייו. כבר שש שנים הוא נמצא באי, מאז שהפרופסור הצרפתי, משרתו ודייג קנדי ברחו מהצוללת. מאז הוא וצוותו שטו בים. בינתיים חבריו לצוות נפטרו ונקברו בבית הקברות של האלמוגים. לבדו, הוא הגיע לאי ובו ביקש לסיים את חייו. הוא מגלה להם שהוא עקב אחריהם מאז שנחתו מהכדור הפורח באי. היות שהוא גילה שהם אנשים הגונים הוא סייע להם כאשר היו בצרה. עתה הוא מוסר להם תיבה ובה אוצרות למימון עתידם. הוא מבקש מהם כי לאחר מותו, יפתחו את מצופיה של הצוללת ויתנו לה לצלול לתהום יחד עמו. ואכן כך הם עושים.
קפטן נמו קורא למנהיג המתיישבים, המהנדס סירוס סמית, הצידה, ומודיע לו בלחש כי לפי התצפיות שעשה מהמערה, הר הגעש עומד בפני התפרצות והאי כולו יהיה נשוא לפעילות וולקנית אשר בסופו של דבר תביא לשקיעתו באוקיינוס. בגלל השינויים הגאולוגיים באי, לא ניתן לברוח באמצעות נאוטילוס ועליהם לבנות ספינה ולהימלט. הם לא מספיקים לעשות זאת. מהר הגעש פורצת לבה, על האי עוברת רעידת אדמה והאי שוקע בים. רק סלע אחד, בודד, נשאר מעל פני הים, עליו מתמקמים המתיישבים. ואז הם צופים לאופק ורואים אונייה, את ספינתו של הלורד גלנרבן מילדי רב החובל גרנט. היא יצאה להחזיר את איירטון מהאי תבור, ומצאה שם פתק שהשאיר הקפטן נמו, כחסד אחרון לניצולים. בפתק היה כתוב כי איירטון ועוד חמישה אנשים נמצאים באי לינקולן. האניה מצילה אותם, מביאה אותם לארצות הברית ושם הם רוכשים ביחד חווה חקלאית רחבת ממדים.