קרב שילה
לקראת הקרב > היערכות צבא הקונפדרציה

ג'ונסטון ספג ביקורת קשה בדרום לאחר התבוסות בפורט דונלסון ופורט הנרי, והיו מי שקראו לפטר אותו. נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, דחה את הקריאות הללו באמרו: ”אם סידני ג'ונסטון אינו גנרל כדאי שנוותר על המלחמה, שכן אין לנו גנרל”. ג'ונסטון עצמו היה כנראה מדוכא וללא תקוות רבות לניצחון, אך בעזרת סגנו, פ. ג. ט. בורגארד, הצליח לרכז 42,000 איש בקורינת'. יחד עם בורגארד הכין ג'ונסטון תוכנית לכיבוש מחדש של טנסי. שני המפקדים ידעו על תנועות הארמיות של ביואל וגרנט, וחששו שלאחר איחוד שתי הארמיות יעמדו בפני כח עדיף בהרבה. בשל כך הם החליטו להקדים ולתקוף את ארמיית הטנסי בפיקוד גרנט, שנמצאה במרחק קצר יחסית מצבאם, לפני שארמיית אוהיו, שבפיקוד ביואל,
תספיק לחבור אליה.
תוכניתו הבסיסית של ג'ונסטון הייתה לתקוף את האגף הימני (המזרחי) של צבא הצפון ולנתק אותו מנהר הטנסי, נתיב האספקה העיקרי שלו, ולדחוק את ארמיית הטנסי לכיוון הביצות סמוך לערוץ נחל אוול ונחל סנייק, שם יושמדו או ייכנעו שרידיה. את התכנון המפורט הטיל ג'ונסטון על בורגארד, מכיוון שסבר שסגנו מכיר טוב יותר את האזור. אולם תוכנית המערכה של האחרון הייתה שונה לחלוטין מתוכניתו של ג'ונסטון. הוא תכנן לערוך מתקפה לרוחב כל החזית, בה החזיק צבא הצפון, ולדחוק את הארמייה של גרנט לכיוון נהר הטנסי, במקום להרחיק אותו מהנהר. בורגארד ערך את ארמיית המיסיסיפי בשלושה דרגים. הקורפוס של הארדי, שנפרס לרוחב כל קו החזית, נועד להוביל את המתקפה בדרג הראשון. הארטילריה רוכזה על הדרך שהובילה מקורינת' למזח פיטסבורג, והפרשים הוצבו בשני האגפים. מכיוון שלא היו בקורפוס של הארדי די חיילים כדי להתפרס על פני כל החזית, הועברה בריגדה אחת מהקורפוס של בראג תחת פיקודו, והוצבה באגף הימני של הקורפוס. בדרג השני, כ-500 מטרים מאחורי הקורפוס של הארדי, נפרס הקורפוס של בראג, וכ-800 מטרים מאחוריו נעו הקורפוסים של פולק וברקנרידג'. שני הקורפוסים האחרונים לא נפרסו בקו אלא נועדו להתקדם בטורים, על פי הבריגדות שאליהן השתייכו החיילים. התוכנית הייתה ששני הקורפוסים הקדמיים יכו באויב לרוחב כל חזיתו, ואילו שני הקורפוסים בדרג השלישי ישמשו ככוח עתודה לניצול הצלחה, לאחר הבקעת קו החזית הצפוני, בהתאם להתפתחות המתקפה.
פקודת המבצע של בורגארד, נכתבה על ידי שָׁלִישׁוֹ (אדיוטנט), קולונל תומאס ג'ורדן. ככל קציני הצבא באותה עת, גם ג'ורדן העריץ את נפוליאון בונפרטה ולכן תוכניתו שאבה השראה מתוכנית הקרב של נפוליאון בקרב ווטרלו, שעותק ממנה היה מונח לפניו. אולם תנאי הקרקע בטנסי היו שונים מאוד מהמישור הפתוח בבלגיה, בו התרחש קרב ווטרלו 46 שנים לפני כן: השטח בבלגיה היה מישורי ומגובע קלות, ואילו השטח בטנסי היה מחורץ בערוצי נחלים, ומלא בצמחייה סבוכה וצפופה. פריסת שני הקורפוסים הקדמיים של צבא הדרום על פני חזית רחבה, בשטח מיוער וסבוך, היקשתה על הפיקוד והשליטה של מפקדי הקורפוסים על יחידותיהם, משום שתנאי השטח הגבילו מאוד את יכולתם לצפות ולעקוב אחרי תנועותיהם. המשימה להניע את כוחות העתודה, כדי לתגבר את שני הדרגים הקדמיים על פי הצורך, הוטלה על כתפיו של אחד מקציני המטה של ג'ונסטון
על פי תוכניתו של בורגארד, היערכות צבא הדרום לקרב הייתה אמורה להסתיים עד בוקר 4 באפריל, וארבעת הקורפוסים שלו נדרשו להתרכז בנקודה מסוימת עד לתאריך זה. התוכנית דרשה היערכות לוגיסטית מורכבת, אך החיילים והמפקדים הדרומיים, שהיו ברובם חסרי ניסיון, התקשו מאוד בעמידה בלוח הזמנים, וגם קציני המטה לא ידעו כיצד לתכנן נכון את תנועת הכוחות השונים, שנועדו להשתתף בקרב. בנוסף לכך, הדרכים בין קורינת' לזירת הקרב המיועד היו מועטות ובמצב גרוע, והכבידו מאוד על תנועת כוחות גדולים. גשמים כבדים שירדו באותם ימים הוסיפו עוד על הקושי. הקורפוסים הסתבכו זה בזה, יחידות נותקו מיחידות האם שלהם, יחידות אחרות טעו בדרכן, ותנועת עגלות האספקה והארטילריה הייתה איטית מאוד בשל הגשמים הרבים. ג'ונסטון הורה על דחיית תחילת המתקפה ב-24 שעות, אך גם בבוקר 5 באפריל עדיין לא ניתן היה לפתוח במתקפה. ג'ונסטון זעם על העיכוב ובורגארד סבר שיש לבטל את ההתקפה המתוכננת. הוא חשש שהעיכוב איפשר לביואל ולגרנט להתאחד, ושארמיית המיסיסיפי לא תוכל להתמודד מול הכוח הצפוני העדיף שניצב עתה מולה. בנוסף, בורגארד היה בטוח שגורם ההפתעה אבד, מכיוון שחיילי הקונפדרציה ירו ברוביהם לכל אורך היום שקדם לקרב, כדי לוודא שאבק השריפה שלהם אינו לח מדי, ובכך חשפו את נוכחותם. אולם ג'ונסטון סירב לבטל את המתקפה. הוא טען שתנאי השטח לא יאפשרו לארמיות של ביואל וגרנט להפעיל את מלוא כוחותיהם מול ארמיית המיסיסיפי ואמר לעוזרו: ”אלחם בהם גם אם היו מיליון”. בערב 5 באפריל הושלמה היערכות צבא הדרום, ובשעה שש בבוקר ב-6 באפריל 1862, היה צבאו של ג'ונסטון ערוך לקרב, כשהוא פרוס לאורך דרך קורינת'. שאננותם של מפקדי צבא האיחוד הביאה לכך שג'ונסטון ובורגארד, בראש צבא שכלל יותר מ-40 אלף חיילים ו-123 תותחים, הצליחו להפתיע חמש דיוויזיות של צבא האיחוד, שכללו 33,000 חיילים ו-72 תותחים בלבד, ולא היו מוכנות לקרב.