היסטוריה של מצרים
בתקופת ימי הביניים המוקדמים

בין השנים 30 לפנה"ס עד 639 לספירה נשלטה מצרים על ידי האימפריה הרומית והייתה מוקד חשוב, כלכלית ותרבותית. באלכסנדריה שכנה הספרייה הגדולה והחשובה ביותר בעולם העתיק, הספרייה הגדולה של אלכסנדריה.
הנצרות הכתה שורש במצרים בשלב מוקדם. כבר בשנת 180 לספירה נוסדה בה אסכולת אלכסנדריה שהייתה מרכז לתאולוגיה ופילוסופיה נוצריות שפעל באלכסנדריה מן המאה השנייה ועד המאה השביעית. מכאן צמחה הנצרות הקופטית, שכללה את רוב האליטה האינטלקטואלית (ולפי המסורת גם את אחרוני הכהנים-המכשפים של מצרים, החרטומים). בשנת 391 הרס תיאופילוס, הפטריארך של אלכסנדריה, את כל המקדשים הפגניים כחלק מהשתלטותה של הנצרות על אלכסנדריה.
בשנת 641 כבש צבא האימפריה המוסלמית את אלכסנדריה, זאת לאחר מצור בן שישה חודשים. לאחר הכיבוש היו ניסיונות בודדים בשנת 645 ו-654 לשחרור העיר על ידי הביזנטים. קיימות עדויות סותרות האם הכיבוש הערבי הוביל לשריפת הספרייה הגדולה של אלכסנדריה, או שזו גוועה בתהליך הדרגתי והוזנחה, הן על ידי הנוצרים שהסבו עורף לתרבות יוון ורומי והן על ידי המוסלמים. למרות המהפך הפוליטי, מצרים נותרה ברובה ארץ נוצרית, אם כי במשך השנים התקיימו המרות דת רבות לאסלאם. מגמה זו שינתה בהדרגה את הדמוגרפיה המקומית ועד סוף המאה ה-12 הפכה את מצרים לארץ בעלת רוב מוסלמי.
במאה השביעית נכבשה על ידי המוסלמים ומאז ועד המאה השש-עשרה הייתה מרכז חשוב של הח'ליפות המוסלמית שהשתרעה מבגדאד ועד קורדובה. גם כאשר לא הייתה קהיר בירת הח'ליפות, היא הייתה צומת דרכי המסחר החשוב ביותר. בקהיר ובאלכסנדריה הצטלבו דרכי המסחר בים וביבשה ממערב (צפון אפריקה וספרד) מזרחה (עיראק ואף הודו) ומדרום (אתיופיה ותימן) צפונה (סוריה, אסיה הקטנה, יוון, איטליה ואיי הים התיכון). היא נהנתה מכספי המכסים שהוטלו על הסחורות שעברו דרכה ומלומדיה העתיקו ספרים ואגרות שעברו דרכה (כפי שמדגימה הגניזה הקהירית).
קהיר הייתה בירתן של שלוש שושלות בח'ליפות האסלאמית: שושלת טולון (868–905), שהגיעה למעמד עצמאי לאחר שנפרדה הלכה למעשה מהשלטון המרכזי של הח'ליפות העבאסית שנשלטה מבגדאד, השושלת הפאטמית (969-1171) והשושלת האיובית (1172-1250).
אחמד אבן-טולון היה חייל של חיל-משמר ממוצא טורקי, שהוקם על ידי העבאסים ושכן בבגדאד. בשנת 868 נשלח אבן-טולון למצרים כדי למשול בה מטעם הח'ליף העבאסי אל-מועת'ז. במצרים נטל לעצמו אבן-טולון סמכויות נוספות וניהל באופן עצמאי את הכלכלה ואת כוחות הצבא המקומיים, כשהוא שולט על אוצר המחוזות סוריה ומצרים. בשנת 877 נשלח כוח עבאסי להדיח את אבן-טולון מכסאו כיוון שהלה לא הסכים לשלם מס מספיק גדול לח'ליף, אך אבן-טולון הצליח להדוף את המתקפה על שטחו ואף השתלט על סוריה בשנה שלאחר מכן. עם אוטונומיה מלאה, לאחר שכבר לא היה צורך לשלם מיסים לח'ליף העבאסי, התפנה אבן-טולון להשקעת משאבים בבניית תעלות השקיה וצי ימי נרחבים, שהעבודה עליהם תמרצה את הכלכלה המצרית באופן משמעותי. אבן-טולון העביר את הבירה מפוסטאט לאל-קטאיע (שתי הערים הן חלק מקהיר של ימינו) והקים שם את מסגד אבן טולון המפואר, אחד המסגדים הגדולים בעולם. הוא הותיר אחריו צבא עצמאי סדיר ומאומן היטב, כלכלה יציבה וממסד בירוקרטי יציב. האמירים המאוחרים יותר של השושלת לא היו מוצלחים והותירו את ניהול ענייני המדינה לעבדיהם ממוצא טורקי ואפריקאי. השליט החמישי והאחרון של שושלת טולון היה שייבן אבן אחמד אבן טולון, שלא הצליח להתנגד לפלישה הצבאית העבאסית, שהביאה לסופה של שושלת טולון בשנת 905.
השושלת הפאטמית נוסדה בשנת 909 על ידי עבדאללה אלמהדי באללה, שטען לזכות לשלטון על בסיס היותו צאצא של מוחמד, דרך בתו של מייסד האסלאם פאטִמה א-זהרה (ומכאן שמה של השושלת) ובעלה עלי בן אבי טאלב, בן דודו של מוחמד והאימאם השיעי. במהלך השנים כבשו הפאטימים את כל שטחי הח'ליפות העבאסית. ב-969 כבש אבו תמים מעד אל-מועיז את מצרים וקבע את מרכז הח'ליפות בקהיר. בסוף המאה ה-11 נאלצו הפאטמים להתמודד עם מסעות הצלב, ומצאו עצמם מבססים את שלטונם בתחומי מצרים בלבד. במאה ה-12 החלה המערכת הפוליטית הפאטמית להתערער, ומצרים נכבשה ב-1169 על ידי צלאח אל-דין, שפעל בשליחותו של השליט הסלג'וקי נור א-דין. צלאח א-דין כבש את מצרים לכאורה רק למטרת תשלום החוב ששליט מצרים, שאוואר, היה חייב לשלם לנור א-דין. אלא שבמהלך הכיבוש, שאוואר נהרג, והח'ליפות הפאטמית נותרה ללא יורשים. לאחר מותו של נור א-דין בשנת 1174 השתלט צלאח אל-דין על מצרים והשתמש בה כקרש קפיצה לשליטה בסוריה ובמרחבי הסהר הפורה, בראש השושלת הסונית האיובית.
השושלת האיובית הייתה משפחת שליטים מוסלמים ממוצא כורדי. בשיא כוחה שלטה על מצרים, סוריה, צפון עיראק, חלקים מארץ ישראל, ערב הסעודית ותימן. האימפריה האיובית, אותה הקים צלאח א-דין, התקיימה במרבית שנותיה כקונפדרציה של נסיכויות מקומיות שבראשן עמדו שליטים איובים. לכל השליטים המקומיים הייתה אוטונומיה שלטונית מסוימת בתחומם, והם נשבעו אמונים לסולטאן המרכזי שישב במצרים, אשר היה לרוב השליט המבוגר מבני השושלת.
חלק ממסעי הצלב כללו שאיפה לכבוש את מצרים או חלק משטחה. כך בשנים 1248 עד 1257 הונהג מסע צלב למצרים על ידי לואי התשיעי, מלך צרפת. המסע הסתיים בכישלון ובתשלום של כ-50,000 ביזאנטים (סכום השווה לכל ההכנסות הצרפתיות בשנה דאז), ששולמו ככופר על ידי המלך לואי עבורו ועבור אלפי חייליו שהובסו ונשבו על ידי הצבא המצרי.