מלחמת האזרחים האלג'יראית
כישלון מאמצי המשא ומתן והלוחמה בין הקבוצות האסלאמיות

האלימות המשיכה אף בשנת 1994 על אף השיפור במצב הכלכלי. כאשר נראה כי אין קץ נראה לעין ללחימה, הגנרל זרואל הוכרז כנשיא "המועצה העליונה של אלג'יריה". זרואל היה בין אנשי הצבא שתמכו בדיאלוג. לאחר שמונה למשרה, החל במשא ומתן עם אנשי ה-FIS הכלואים, ושחרר רבים מהם כמחווה. השיחות פיצלו את הקשת הפוליטית. התנועות הפוליטיות העיקריות – ה-FLN הסוציאליסטית, ומפלגות סוציאליסטיות נוספות, קראו לפשרה, אך מפלגות שמאל אחרות, וכן ארגוני נשים, התנגדו לכל פשרה עם המוסלמים הקנאים. מיליציות שתמכו בממשלה החלו להתקיף את אנשי האסלאם בערים. ב-10 במרץ 1994 נמלטו אלף אסירים אסלאמיים מן הכלא, ונראה כי הקיצונים האסלאמיים זכו בניצחון גדול. יש המשערים כי בריחה זו נועדה להחדיר סוכנים של הממשלה להנהגת ה-GIA.
בינתיים, תחת הנהגתו של שריף גואוסמי, שקיבל לידיו את הנהגת ה-GIA במרץ 1994 הפכה ה-GIA לארגון העיקרי הלוחם בממשלה. במאי ספגה ה-FIS מהלומה, כאשר מנהיגיה שנותרו מחוץ לכלא, וכן אנשי ה-MEI הצטרפו אל ה-GIA, על אף שזה הוציא כנגדם איומי רצח מזה מספר חודשים. הדבר בא כהפתעה, ונראה כי יסודו ברצון אנשי ה-FIS לשנות את ה-GIA מתוך שורות הארגון. ב-26 באוגוסט הכריז ה-GIA על מדינה אסלאמית, או "ח'ליפות", בהנהגת ה"ח'ליפה" גואומי. הדבר הביא לפרישת אנשי ה-MEI מן ה-GIA. הארגון המשיך בהתקפותיו על מטרותיו הרגילות, ובשלב זה החל בהצתתם של בתי ספר שלא עמדו בתוכנית לימודים אסלאמית דיה לדעת אנשי הארגון.
הלוחמים הנשמעים ל-FIS היו עתה בשולי המאבק. הם ניסו לאחד את כוחותיהם עם אנשי ה-MEI, וביולי 1994 נוסד "צבא הישועה האסלאמי" המחודש והמאוחד (AIS). המסגרת החדשה איחדה לוחמים שהתנגדו הן לממשלה והן לקיצונים. ההתארגנות החדשה חיזקה את כוחו של ה-FIS במשא ומתן עם הממשלה. בסוף 1994 היו יותר ממחצית הלוחמים מאוחדים במסגרת זו במזרח ובמערב המדינה. אך במרכז המדינה, ליד הבירה אלג'יר, הייתה יד ה-GIA על העליונה, ואנשי ה-AIS היו אך כחמישית מן הלוחמים. אנשי החזית החדשה גינו את פגיעתם של אנשי ה-GIA בנשים, בעיתונאים ובאזרחים שאינם "מעורבים בדיכוי" והתקיפו את נטייתם של אנשי ה-GIA להצית בתי ספר.
בסוף אוקטובר הכריזה הממשלה על כישלון השיחות. זרואל יצא ביוזמה חדשה. הוא יזם בחירות לנשיאות אלג'יריה ב-1995, וקידם בשורות המפלגה קיצוניים המתנגדים לפשרה עם אנשי האסלאם, כמו גם תמך ב"מיליציות להגנה עצמית" שנלחמו בקיצונים האסלאמים באזורים הכפריים. סוף שנת 1994 הביאה להסלמה במאבק האלים. במהלך השנה העמיק בידודה של אלג'יריה. רוב סוכנויות הידיעות הזרות כבר לא החזיקו עיתונאים בארץ, והגבול עם מרוקו נסגר, כמו גם כל משרדי חברות התעופה הזרות. הממשלה הורתה לעיתונות שלא לדווח על ידיעות שלא הופצו באמצעות סוכנות הידיעות הרשמית. הדבר הביא לפער של ממש בין המתרחש בשטח לבין המידע שהיה לגורמי חוץ ואף לאזרחי אלג'יריה על הנעשה.
כמה ממנהיגי ה-FIS נמלטו לגלות מחוץ לאלג'יריה. בנובמבר 1994 החלו שיחות בין גורמים שונים ברומא, שהביאו להצהרה ב-14 בינואר 1995, שכונתה "מצע סנט אדיג'יו" על שם הפרבר הרומאי שבו התנהלו השיחות. המצע פרש שורת עקרונות: כיבוד זכויות האדם, דמוקרטיה רב מפלגתית, דחייה של הדיקטטורה, הכרה בזכות האסלאמית, הערבית והברברית האתנית כחיוניים לזהות האלג'ירית הלאומית, ודרישה לשחרור מנהיגי ה-FIS הכלואים. הצדדים קראו לסיום הרציחות מכל הצדדים. על מסמך זה חסרה הייתה חתימה אחת – זו של הממשלה. כתוצאה מכך לא הייתה למסמך השפעה מיידית. במהלך החודשים הבאים נרצחו אסירים אסלאמיים בהתמרדות בכלא, ובקרב בעין דפלה זכתה הממשלה לניצחון ולהרג מאות קיצונים מוסלמים. אך בטווח הארוך היה מסמך סנט אדיג'יו הדרך שבה יכול הצבא לעבור מדרך העימות הצבאי לדרך הפוליטית.
בסוף 1994 הוחלף ה"ח'ליפה" גואוסמי בג'מאל זיתוני כראש ה-GIA. זיתוני החריף את התקפות ה-GIA על אזרחים, והחל אף לפעול על אדמת צרפת, פעולה שהחלה בחטיפת טיסה 8969 של אייר פראנס בדצמבר 1994, והמשיכה בשורת פעולות טרור בצרפת ב-1995. באלג'יריה עצמה, המשיכה הלחימה באמצעים המוכרים של פיגועים והתנקשויות במוזיקאים, ספורטאים, נשים שלא לבשו רעלה, וכן שאר הקורבנות האזרחיים הרגילים. האזור שמדרום לבירה אלג'יר נשלט על ידי ה-GIA שכינה אותו "האזור המשוחרר". אחרים כינו אותו "משולש המוות". הלחימה המשיכה עם ההתנקשות בחיי מייסד ה-FIS עבדאלבאקי סחראוי בפריז.