ר"י הזקן
שיטתו

ר"י הזקן הגדיל את העיון והחקירה בתלמוד הבבלי יותר מכל קודמיו לפניו, ובדקדוקי התלמוד לא קם כמוהו לפניו ולאחריו; המהפכה התורנית והשיטה הלימודית שיצר הפכו נחלה לדורות עולם, והחותם שהותיר בפירוש התלמוד ובאופן לימודו הוא בולט וייחודי, הן בפן הלימודי-תאורטי והן בפן ההלכתי-מעשי. בכל הדורות שלאחריו נלמד התלמוד הבבלי בשיטה אותה הנחיל ר"י לתלמידיו.
ר"י הוא שהניח, לצד דודו רבנו תם, את היסודות ליצירתם של בעלי התוספות. עד לבעלי התוספות עסקה הספרות היהודית שמתקופת חיבור התלמוד ואילך בחיבורי קובצי הלכות או פירושים שונים לתורה שבכתב ולתורה שבעל-פה; בעלי התוספות פתחו נתיב חדש בצורת הלימוד המקובלת, ושמו להם למטרה ליישב את כל הסתירות שמצאו בתלמוד, מתוך הבנתם את התלמוד כ"כדור" – יצירה הרמוניסטית חסרת תחילה וסוף – ולא כ"קו", לו יש תחילה וסוף ובכל סתירה המצויה בו ניתן לומר כי התלמוד חזר בו מדבריו הראשונים. לנגד עיניהם של בעלי התוספות עמד חומר פרשני רב, החל מתלמוד ירושלמי ומדרשי אגדה והלכה וכלה בספרות הגאונים, והם השתמשו בו כדי לבאר את התלמוד בצורה מקיפה. מפעל התוספות הוא מהישגיה הגדולים ביותר של הרוח היוצרת בישראל בימי הביניים, ומהווה גורם עיקרי בהתפתחותה של ההלכה בתקופה ההיא.
תורתו ודבריו של ר"י הם ייחודיים מכמה צדדים: ראשית, משנתו עברה דרך כור מבחנם של שישים רבנים מתלמידיו שכל אחד מהם ייחד לו מסכת לבקיאות, לשם הארת דברים מכל חלקי התלמוד, ולכן תורתו של ר"י בהירה וסדורה היטב; ושנית, תורתו נמסרה לדורות בידי תלמידו רבינו שמשון משאנץ בתוספותיו, שבעריכתו של רבינו אליעזר מטוך נעשו לנחלת כל לומדי התורה שבעל-פה.
את עיקר תורתו למד מדודו רבנו תם, שהיה רבו המובהק ולו רחש כבוד רב והערכה עצומה; כאשר נפגש במאמר של רבנו תם שהיה מנוגד לדעתו שלו, כמעט תמיד ביטל דבריו מפני דברי דודו ורבו אולם לא נמנע גם מלחלוק על ר"ת במקומות שסבר שלא כדעתו, אף בהלכה למעשה. עוד למד גם מפי דודו ריב"ם, והוא מביא דברים בשמו ובשם הריב"א תלמיד רש"י. ענף עיקרי בפלפולו של ר"י בתלמוד היה העיסוק בדברי אבי זקנתו, רש"י, על פירושיו הוא משיג במקומות רבים בתוספותיו. כדודו ר"ת, אף ר"י לא נמנע מלחלוק אף על הגאונים, שקדמו לו.
כאשר הופנתה לר"י שאלה בעניין בשר בחלב, ערך ר"י בירור רחב-היקף אצל נשות משפחתו, כיוון שאפילו ”אם אינם נביאות, בנות נביאים הם וגדולי הדור, ויש לי לסמוך על המנהג”; ובתשובתו הוא מספר כי בנידון זה שאל תחילה ”את הגברת חמותי, אלמנת דודי הר' יצחק דהוי מרי דעובדא, היאך נוהגות הנשים בדבר זה”, והיא השיבה לו כי מנהגה להקל בנידון, וכי מימיה לא ראתה שמחמירים בדבר זה, ”לא בביתו של הרב הר' יצחק, ולא בבית זקני הרב ר' מאיר חמיה”; לאחר מכן שאל ר"י את ”מרת שלימה אשת הר"ר אליעזר (שהיה דודו של חותנו של ר"י, ובן-דודה של אמו של ר"י), שתופסת מנהג אמה מרת מרים בתו של ר' שלמה, ו[היא] בת הר"ר יהודה זקיני חתן רש"י”, ואף היא הקלה בנידון; לעומתן, ”מרת מרים אשת דודי רבנו תם” נהגה להחמיר בדבר, ו”לא נודע לי אם על פי דודי עשתה, או על פי בעלה הראשון, ה"ר אברהם, שהיה רגיל בחומרות”. ועל כן מסיים ר"י כי ”אם על פי הקדוש [=ר"ת] עשתה, אבטל קצת דבריי ומנהג הגברות שבכאן [כדי] לאחוז [בדעת ר"ת]; כי גם לי ראוי ללכת אחרי רבי, אם על פיו היה - אע"פ שיש בידי טעם להעמיד כמנהג שאומרת חמותי, שהייתה בבית זקיני רבי מאיר ודודי הר"ר יצחק - כי לא מלאני ליבי לחלוק על דברי רבותינו, להקל בזאת לעצמי. ... והסומך על מנהג בית זקיני ודודי, לא אענשנו.”
אף על פי שלאחר פטירת ר"י הזקן הלכו בדרכו רוב חכמי צרפת, ובראשם רבינו שמשון משאנץ, ועיקר עסקם היה לפלפל בדבריו – שונה מכלל זה היה הריצב"א, אשר פעמים מרובות חלק על דברי רבו וחידש שיטות שונות וייחודיות ללימוד הש"ס, ובדרכו זו הלכו אף חלק מחכמי איוורא שהיו תלמידיו.