וילהלם קנריס
מלחמת העולם השנייה

עם פרוץ מלחמת העולם השנייה מצא עצמו קנריס במצב עדין של ראש שירות מודיעין צבאי בעת מלחמה, העושה כל שביכולתו כדי לגרום לכישלון הצבא באותה מלחמה עצמה. סגנו, הנס אוסטר, היה צינור פעיל להעברת ידיעות על תנועות הצבא הגרמני לצבאות בעלות הברית. הדברים הגיעו לשיא כאשר אוסטר מסר לנספח הצבאי הבלגי, הקולונל סאס, התרעה מוקדמת על פלישת גרמניה להולנד ולארצות השפלה, למרות שבסופו של דבר, התרעה זו לא הועילה.
בשנת 1943 היה אוסטר מעורב בניסיונם של הגנרל הנינג פון טרסקו ואנשי קבוצת ארמיות מרכז ברוסיה, לרצוח את היטלר באמצעות פצצה שהוטמנה במטוסו. הניסיון נכשל.
קיימות דעות שונות באשר לחלקו של קנריס בפעילויות אלו. יש האומרים כי היה בקשר ישיר עם ראשי קשר העשרים ביולי, ויש האומרים כי נמנע ממעורבות אישית, אך ידע היטב כי פעולות אלו מתרחשות בקרבתו. מכל מקום, האבווהר תחת פיקודו שימש כ"חממה" ומסווה לבכירי הקושרים, אשר ניצלו היטב את העובדה כי מטבע הדברים פעילויותיו של ארגון מודיעין כרוכות בהכנת ניירות מזויפים, חומרי חבלה, וגישה ישירה לחוץ לארץ, שלושה אלמנטים שהקושרים היו זקוקים להם במיוחד.
קנריס דיבר ספרדית שוטפת, ונפגש מספר פעמים עם פרנסיסקו פרנקו, הדיקטטור הספרדי. מניחים כי בפגישות אלו העריך בפניו קנריס כי גרמניה תפסיד במלחמה, דבר שהיה אחד הגורמים לכך שספרד לא הצטרפה למלחמה לצד מעצמות הציר, אף שאלו סייעו לפרנקו מספר שנים לפני כן בעת מלחמת האזרחים הספרדית.
קנריס ניצל את תפקידו הצבאי על מנת להציל יהודים, לעיתים לבדו ולעיתים ביחד עם אוסטר ופון דוהנאני. כבר ב-1937 גינה אותו העיתון הנאצי "דר שטירמר" על כך שקנה בחנויות של יהודים. באותן שנים עזר רבות ליהודים גרמנים ממכריו, ביניהם האלמנה אנה-מארי קונזן והמורה לפסנתר לואיזה קובולד. מאוחר יותר הגן עליהם קנריס מגירוש למזרח. בשנת 1939 הציל קנריס את האדמו"ר השישי של חב"ד, הרב יוסף יצחק שניאורסון, על ידי הברחתו מפולין הכבושה. בסוף שנת 1941 הבריח מאות יהודים לספרד ופורטוגל במסווה של סוכני ביון, במבצע שזכה לשם הקוד "אקווילר". בשנת 1943 היה קנריס מעורב במבצע בשם "U7" שבו נשלחו שלושה עשר יהודים לשווייץ לכאורה כדיפלומטים וכסוכנים, ולמעשה על מנת להצילם מן השואה. שני משתתפים אחרים במבצע זה, הנס פון דוהנאני ודיטריך בונהופר, נעצרו בעקבותיו.
קנריס המשיך בפעילות. במהלך אותה שנה שכנע את היטלר כי בעלות הברית אינן מתכוונות לפלוש לאנציו (אף שבפועל ידע על הפלישה המתוכננת). כן שכנע את היטלר כי יש סכנה להתקוממות מיליוני עובדי כפייה, דבר שדרש הכנת תוכנית בשם "ואלקירי" להזרמת כוחות צבא לבירה ברלין בעת ההתקוממות. תוכנית זו היוותה את השלד המבצעי לתוכניות הקושרים להשתלט על הבירה, שכן הכנתה הוטלה על הקולונל קלאוס שנק פון שטאופנברג, מראשי הקושרים.
חנו של קנריס סר בעיני היטלר בפברואר 1944, בעקבות עריקת סוכנים של האבווהר לצדן של בעלות הברית בטורקיה. הוא פוטר, ולאחר זמן מה הושם במעצר בית, דווקא בתקופה קריטית לתוכניות להפלת השלטון. האבווהר הוכפף למנגנון ה-RSHA בראשות הנאצי הקנאי ארנסט קלטנברונר. מחליפו של קנריס בראשות האבווהר היה גנרל בשם הנזן, אשר ניסה להמשיך בפעולות ההתנגדות למשטר, ולקדם את הקשר נגד היטלר.
עם כישלון קשר העשרים ביולי הושם קנריס במעצר, אך לא הוצא להורג עד 9 באפריל 1945, חודש לפני תבוסתו הסופית של הרייך השלישי. ידידו של קנריס, הגנרל וילהלם קייטל, התערב למענו ומנע את העמדתו לדין בפני "בית הדין העממי" שהיה פוסק גזרי דין מוות מהירים.
היטלר גילה ב-4 באפריל 1945 את יומניו של קנריס ובהתקף זעם הורה לדון אותו בבית דין מיוחד של האס אס. ב-8 באפריל נערך במחנה פלוסנבירג משפט ראווה לקנריס, איש הצבא הנס אוסטר, והכומר דיטריך פון בונהופר. השלושה נידונו למוות, למרות שהאס אס לא היה מוסמך לשפוט אותם וההליך המשפטי היה בלתי-חוקי אפילו לפי החוקים הנאצים. הם הוצאו להורג בתלייה ב-9 באפריל. כדי להשפיל את הנידונים ולשעשע את אנשי האס אס, נאלצו להתפשט ולצעוד בעירום אל הגרדום.  זמן רב לא היה גורלו ידוע של קנריס, עד שבשנת 1955 העיד קצין דני בשם לונדינג, שהיה אסיר בפלוסנבירג, כי ראה אותו נגרר עירום אל הגרדום.