מנחם פינקלשטיין
בבית המשפט המחוזי

עם סיום שירותו מונה לשופט בית המשפט המחוזי. תחילה כיהן בבית המשפט המחוזי בחיפה, ובשנת 2008, עם פתיחת בית המשפט המחוזי מרכז, עבר לכהן בו. בשנת 2012 מונה כסגן נשיאת בית המשפט.
בפסק דין שעורר עניין רב הרשיע בשנת 2009 שוטר שהרג בפרדס חנה אזרח ערבי שפרץ לרכב, וגזר עליו מאסר בן 15 חודשים. נמתחה ביקורת על פסק הדין משני כיוונים מנוגדים: היו שטענו כי לא היה מקום להרשעתו של השוטר שמילא את תפקידו, והיו שטענו כי העונש מקל מדי ביחס לעבירת הריגה. בערעור של שני הצדדים לבית המשפט העליון אושרה הכרעת הדין של פינקלשטיין, אך הוחמר עונשו של השוטר והוטלו עליו 30 חודשי מאסר.
מאז שנת 2008 שימש פינקלשטיין בין השאר כאב בית הדין בתיקי פשע חמור. הוא ישב בדין בשלושה מבין ששת המשפטים הפליליים בישראל שבהם נדונה הסוגיה הקשה של הזיכרון המודחק, אשר לגביה קיימת מחלוקת בין אנשי מדעי ההתנהגות וחוקרי המוח והזיכרון.
באחד המשפטים שוכנעה התביעה לחזור בה מהאישום, והנאשם זוכה. בשני התיקים האחרים הורשע הנאשם, ובית המשפט העליון אישר את ההרשעה.
בשנים 2015–2016 כתב פינקלשטיין שתי הכרעות דין יוצאות דופן בתיקי רצח.
הכרעת הדין הראשונה ניתנה בנובמבר 2015, ובמסגרתה זוכו שני נאשמים שהואשמו כשותפים לעבירת רצח בעקבות ירי על אוטובוס שהסיע תלמידים. הירי הביא למותו של אחד התלמידים ובוצע על ידי אדם שלישי אשר הורשע בדינו בהרכב שופטים אחר. שני הנאשמים היו קטינים בעת האירוע והואשמו על בסיס הודאותיהם בעובדות מסוימות בעת חקירת המשטרה. פינקלשטיין קבע כי הצטברו ליקויים רבים, בדרגות חומרה משתנות, במהלך חקירותיהם של שני הנאשמים, וכי ליקויים אלה מביאים לפסילת הודאותיהם. בנוסף נקבע כי אין לתת משקל להודאות אלה, אפילו היו אלה מתקבלות כראיות. הליקוי החמור ביותר שהתגלה בחקירה זו הוא שיטת "התשאול הנעלם", היינו חקירתם של החשודים בביצוע עבירות חמורות באופן שאינו מתועד כלל, שלא כדין. דרך חקירה כזו פוגעת באופן מהותי ביכולתו של בית המשפט לדעת כיצד התנהלו באמת חלקים מהותיים של החקירה. החשש הוא שאם נוקטים החוקרים אמצעי חקירה פסולים, נעשה הדבר בחלק הסמוי מן העין ולא בחלק הגלוי של החקירה.
בפסקי דין ובהחלטות נוספות קבע הרכב השופטים בראשותו של פינקלשטיין כי אין מדובר בכשל חד פעמי אלא בשיטת חקירה פסולה העלולה לפגוע בגילוי האמת, ואשר אין מנוס מנקיטת יד חזקה כדי לשרשה. בעקבות פסק הדין האחרון בעניין זה הביע פרופסור בועז סנג'רו את המשאלה כי החלטה זו תהווה "סנונית המבשרת על שינוי הגישה", והציע "שכל השופטים ילמדו היטב את פסק הדין".
הכרעת הדין השנייה ניתנה ביוני 2016, ובמסגרתה הורשע שמעון קופר ברצח אשתו הראשונה, אורית, בשנת 1994, וברצח אשתו השלישית, ג'ני, בשנת 2009. תחקיר שביצע עומרי אסנהיים במסגרת תוכנית הטלוויזיה "עובדה", בשם "האלמן הכפול", סייע רבות למשטרה בחקירת שני האירועים. פינקלשטיין קבע כי הנאשם גרם בכוונה תחילה למותן של שתי הנשים, וזאת בהתבסס על ראיות נסיבתיות רבות לגבי כל אחד ממקרי המוות. בנוסף ניתן משקל ראייתי לנקודות הדמיון העובדתיות הרבות בין שני מקרי המוות. נקודות הדמיון הן כה רבות, וכה יוצאות דופן, עד שיש למצוא תימוכין משמעותיים, לעצם ביצוע עבירות הרצח על ידי הנאשם, ממקרה אחד למשנהו, תוך קביעה שמדובר ב"עדות שיטה". קופר נדון לשני עונשי מאסר עולם.
בתיק הרצח האחרון של המותב, ראויות לציון שלוש החלטות של פינקלשטיין:
1. במשפט זוטא הנוגע לאחת ההודאות, ביקשה ההגנה להסתמך על הנחיית פרקליט המדינה בנושא חקירה סמויה (ללא אזהרה ומתן זכות התייעצות בעו"ד) הנעשית על ידי מדובבים. התביעה התנגדה לכך, ובית המשפט אישר את העברת ההנחיה להגנה. זאת ועוד, הסנגורים וכן הסנגוריה הציבורית ביקשה להתיר את פרסומה ברבים של ההנחיה, ופרקליט המדינה התנגד לכך. בהחלטה עקרונית, שאליה הצטרפו חבריו, קבע פינקלשטיין כי יש לפרסם ברבים את הנחיית פרקליט המדינה. הפרקליטות לא ערערה על החלטה זו.
2. במשפט זוטא הנוגע להודאה אחרת בתיק הרצח, קבע פינקלשטיין, בהסכמת חבריו, כי יש לפסול את ההודאה מחמת פגמים משמעותיים בהתנהגות החוקרים. פינקלשטיין הבהיר כי ההחלטה על פסילת הודאה בתיק רצח לא התקבלה בלב קל, במיוחד כאשר מסתבר היה להניח כי מדובר בהודאת אמת. ואולם, על בית המשפט לשוות לנגד עיניו את ההתפתחות שחלה במשפט הישראלי בנושא פסלות קבילותן של הודאות. אם בעבר היה נעוץ טעם הפסילה בחשש למהימנות ההודאה ולחקר האמת, הרי בשנים האחרונות ניתן לפסול הודאה שהושגה בדרך בלתי חוקית, גם אם בכוחה של ההודאה לתרום לחקר האמת.
3. בחוות דעת נפרדת במסגרת הכרעת הדין, קרא פינקלשטיין לעריכת שינויים מעשיים בשיטת הדיון הפלילי במדינת ישראל. בין היתר יש לאפשר לשופט יתר אקטיביות בניהול ההליך הפלילי, בלא שתתבטל השיטה האדברסרית. כמו כן יש מקום לאפשר לבית המשפט להציע לצדדים להגיע להסדרי טיעון, כאשר לדעת השופט ניהול ההליך עד תומו אינו הכרחי, או כאשר כל אחד מהצדדים נשכר מהסדר הטיעון, בלא שהאינטרס הציבורי ייפגע.
פינקלשטיין פרש מכס השיפוט ב-8 בנובמבר 2020.
בספר מנחם פינקלשטיין (להלן), שפורסם עם פרישתו משיפוט, פורסם גם מאמרו של פינקלשטיין על אודות 100 תיקי רצח וניסיון לרצח, אשר נדונו במותב שבראשותו, החל משנת 2008. במאמר נבחנים תיקים אלה כמותית ואיכותנית, בניסיון להתחקות אחר תובנות כלליות העולות מהעיסוק השיפוטי במספר תיקים רב לאורך תקופה ארוכה יחסית, בעבירות הנחשבות כחמורות ביותר. אחד מחידושי המחקר הכמותי מצוי בשיעור הגבוה של הזיכויים, או ה"כמעט" זיכויים, של נאשמים שכפרו במיוחס להם ונשמעו ראיות בעניינם. נמצא שאין מקום לטענה המושמעת הרבה באשר לסיכוייו הנמוכים, כביכול, של הנאשם להצליח בניהול הגנתו בהליך הפלילי.