The Last of Us
עלילה

המשחק מתחיל בקיץ 2013, בטקסס. ג'ואל הוא אב לילדה ששמה שרה בשנות ה-30 לחייו. בערב יום ההולדת שלו, ג'ואל חוזר מעבודתו ומקבל שעון מבתו, שנרדמת תוך צפייה בטלוויזיה. בלילה פורצת מגפה שבה אנשים מאבדים את עשתונותיהם, תוקפים וטורפים בני אדם אחרים. ג'ואל, שרה ואחיו של ג'ואל - טומי - מנסים לברוח מהמקום, אך תוך כדי, ג'ואל ושרה נתקלים בחייל, שאינו מאמין שאינם נגועים ומקבל הוראה להרוג אותם, והחייל יורה בשרה והורג אותה, ולאחר מכן טומי מגיע והורג אותו.
עשרים שנה לאחר מכן, ג'ואל הוא סוחר ומבריח בבוסטון שעובד יחד עם שותפתו, טס. השניים מחליטים לקבל משימה מארגון מחתרתי ה"גחליליות" להביא לאחת המעבדות של הארגון ילדה בת 14 בשם אלי, שהיא בת חסותה של מנהיגת הארגון - מרלין, והיא האדם היחיד אשר ידוע כמי שחסינה לפטרייה (או מחלת הקורדיספס). במהלך המשימה, טס ננשכת על ידי אחד הנגועים, ובתור בקשה אחרונה לפני מותה הצפוי, מבקשת מג'ואל להמשיך את המסע עם אלי. השניים מגיעים ללינקולן(אנ') על מנת להשיג מכונית מ"חבר" של ג'ואל - ביל.
במהלך הנסיעה הם מגיעים לפיטסבורג, ושם הם נופלים קורבן למארב של שורדים אחרים שמנסים להרוג אותם ולקחת את הציוד שלהם. בדרך הם פוגשים זוג צעירים, הנרי ואחיו הקטן סאם, והארבעה מחליטים ללכת ביחד כיוון שגם הנרי מחפש את ה"גחליליות". לפני שהם הולכים לישון, מספר ג'ואל להנרי על הפעם בה הוא ואחיו שכרו אופנועי הארלי דייווידסון ונסעו ברחבי ארצות הברית, הנרי מביע תקווה שאולי גם לו יהיה אופנוע כזה.
אלי הולכת לחדר בו סאם נמצא, ונותנת לו את הצעצוע שהנרי לא הסכים שייקח כשהם ברחו לדירת המסתור שלהם. במהלך שיחת נפש שמתפתחת בין השניים, סאם מתוודה על הפחד שלו להידבק ותוהה האם נותרה בנגועים שמץ של אנושיות, אלי מתוודה בפניו על הפחד להישאר בודדה בעולם, כיוון שהיא איבדה כמה אנשים שהיו יקרים לה. למחרת בבוקר הם מגלים שסאם נדבק ושהפטרייה השתלטה עליו, ג'ואל מנסה להרוג את סאם אך נהדף על ידי הנרי, שהורג את סאם בעצמו ומתאבד כמה שניות לאחר מכן.
בסתיו ג'ואל ואלי מגיעים לג'קסון(אנ') ומוצאים לבסוף את טומי ואשתו מריה שבנו קהילה מבוצרת ואף השמישו עבורה סכר הידרואלקטרי ישן. ג'ואל מעוניין להשאיר את שאר המסע לטומי. כשאלי מגלה שג'ואל מתכוון לנטוש אותה היא נמלטת לבית נטוש ביער, ג'ואל וטומי מוצאים אותה ונלחמים בדרך בחבורת שודדים. לאחר מכן אלי מתעמתת עם ג'ואל, הוא מנסה להסביר לה שטומי הוא שורד מנוסה יותר ושהוא מכיר את האזור, אך אלי מבינה שג'ואל מפחד לאבד אותה כפי שאיבד את שרה. היא אומרת לו שהיא יודעת על שרה ושלה זה לא יקרה, ג'ואל מתרגז ואומר לה בכעס שהיא אינה יודעת מהו אובדן. אלי נשברת ואומרת לו בעצב שכל מי שהיא אי פעם אהבה מת או עזב אותה והיא לא רוצה שגם הוא יעזוב אותה כי היא מפחדת להישאר בודדה.
טומי מכוון את השניים לאוניברסיטת קולורדו, שם ה"גחליליות" אמורים להיות, אך השניים מגלים שהארגון נטש את המקום. הם מותקפים בידי שורדים אחרים, וג'ואל נפצע אנושות בבריחה.
בבוא החורף, ג'ואל עדיין נמצא במצב קשה ואלי היא זו שדואגת לו (בשלב זה השחקן לוקח שליטה על אלי). במהלך ציד, אלי פוגשת זוג שורדים אחרים, אשר אחד מהם - דייוויד, מסכים להחליף תרופות בעד הבשר שאלי מצאה. לאחר שנלחמו יחד נגד נחיל של נגועים, דייוויד מגלה כי הוא היה המנהיג של השורדים אשר תקפו את ג'ואל ואת אלי בסתיו, אך הוא נותן לה לברוח ושולח את אנשיו לעקוב אחריה. אלי מרחיקה את הציידים מג'ואל אך נתפסת, ומגלה כי דייוויד ואנשיו הם למעשה קניבלים. דייוויד מגלה חיבה ומשיכה לאלי ורוצה שהיא תצטרף אל החבורה שלו, אך אלי מסרבת להצטרף אליהם, מביעה את הסלידה והגועל שהיא חשה כלפיו ומנסה לברוח. בתגובה לכך, דייוויד ושותפו מתכוננים להרוג אותה, אלי מגלה להם שהיא נגועה בנגיף, מראה להם את הצלקת שעל זרועה ומודיעה לדייוויד שגם הוא נדבק כשהיא נשכה אותו, אז היא מנצלת רגע של חוסר תשומת לב מצד דייוויד ושותפו ומצליחה להרוג את שותפו של דייוויד ולברוח. היא מגיעה למסעדה בוערת כאשר דייוויד בעקבותיה, אז מתרחש ביניהם מרדף "חתול ועכבר" שבסופו דייוויד מצליח לגבור על אלי, הוא מנסה לחנוק אותה למוות אך היא מצליחה להגיע למצ'טה שלו, להיחלץ מאחיזתו ולהרוג אותו. באותו הזמן, ג'ואל מתאושש מפצעיו ומחפש את אלי. הוא תופס שניים מאנשיו של דייוויד ומענה אותם תוך שהוא מנסה לדלות מהם מידע על מיקומה המדויק של אלי. כשהוא מוצא אותה הוא מביט בה בזמן שהיא מרטשת את גופתו של דייוויד, ג'ואל מוציא מידיה את המצ'טה, מחבק אותה חזק ומנסה להרגיע אותה. במהלך החיבוק היא אומרת "הוא ניסה ל-", מה שהוביל שחקנים רבים למסקנה שדייוויד ניסה לאנוס אותה ולא רק להרוג אותה.
באביב, השניים מגיעים סוף כסוף לאזור החדש של ה"גחליליות", ושם מגלה מרלין לג'ואל שהדרך היחידה לייצר נוגדן לפטרייה הוא על ידי ניתוח המוח של אלי, דבר אשר יגרום למותה. ג'ואל מסרב לכך לקרות ונלחם באנשיה של מרלין כדי להציל את אלי. מרלין מבקשת שירחם עליה, אך ג'ואל הורג את מרלין מהחשש שהם ימשיכו לרדוף אחריהם. בדרך מחוץ לאזור אלי מתעוררת וג'ואל משקר לה שהגחליליות הפסיקו לחפש תרופה לאחר שנמצאו עוד אנשים החסינים לפטרייה.
בסוף המשחק, השניים מגיעים לגבעה ממנה משתקף ביתו של טומי, ואלי, אשר מתמודדת עם 'תסמונת אשמת השורד', מבקשת מג'ואל להישבע שכל האירועים עם ה"גחליליות" קרו במציאות כפי שהוא סיפר לה אותם, והוא מסכים להישבע.