stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
תומאס ג'פרסון
נשיאותו

נשיאותו של ג'פרסון החלה עם השבעתו ב-4 במרץ 1801, והסתיימה כעבור שמונה שנים, ב-4 במרץ 1809. כהונתו של ג'פרסון סימלה את תחילת שלטונה של המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית בפוליטיקה האמריקנית.
השבעתו לתפקיד הייתה הראשונה שהתרחשה בבירה החדשה, וושינגטון די. סי.. באותו הבוקר, נורו מטחי כבוד על גבעת הקפיטול עם שחר, וג'פרסון מסר עותק של נאומו לעיתון. הוא נאם נאום בן 1,721 מילים באולם הסנאט בתוך הקפיטול. הוא לא היה דובר חזק, והקהל בקושי שמע את מילותיו, שדרשו אחדות לאומית. השופט העליון ג'ון מרשל השביע אותו. הנשיא היוצא ג'ון אדמס עזב את הבירה באותו היום בלי להגיע לטקס.
בענייני פנים, ניסה ג'פרסון לחזק את הרפובליקניזם במדינה. הוא הצליח להגביל את גודלה של הממשלה, הקטין מיסים ואת החוב הלאומי. הוא הקים אקדמיה צבאית, השתמש בצי כדי להגן על ספינות סוחר מפירטים בצפון אפריקה, ופיתח תוכנית להגנה על המוצבים האמריקניים מפני פלישה זרה בעזרת ספינות תותחים (תוכנית שלא הצליחה במלחמת 1812).
בנושאי חוץ, ההתפתחויות המשמעותיות היו רכישת לואיזיאנה מצרפת ב-1803, חרם על סחר עם בריטניה וצרפת, והחמרת היחסים עם בריטניה כשארצות הברית ניסתה להישאר נייטרלית במהלך המלחמות הנפוליאוניות באירופה. ג'פרסון, למרות הנייטרליות, אישר משלוח נשק לסנטו דומינגו במהלך מרד העבדים וסירב לתת הלוואות לצרפת, כך שעזר למרידות העבדים ולהשגת העצמאות ב-1804. אולם לאחר מכן, עם התנגדות הקונגרס, סירב להכיר בהאיטי, ואסר על סחר איתה, מה שגרם לקושי של המדינה לשמור על עצמאותה. בנוסף אישר את משלחת לואיס וקלארק.
המתיחות בין ארצות הברית ובין בריטניה הייתה נושא מרכזי במהלך כהונתו השנייה של ג'פרסון. המדינות היו מעורבות במלחמת סחר, והצי המלכותי הבריטי השפיל את צי ארצות הברית כשהכריח מלחים אמריקנים שבויים לשרת בשורותיו. ג'פרסון התנגד למלחמה והשתמש בחרמות ובאיומים כלכליים, שפגעו יותר בארצות הברית. ההתנגדות בצפון מזרח המדינה גרמה לביטול החרם כשעזב את תפקידו.
במהלך כהונתו השנייה התמקד גם במשפטו של סגן הנשיא לשעבר, בר, בעוון בגידה, שהסתיים בזיכוי, ובנושא העבדות ובייבוא עבדים. ב-1806 טען שסחר העבדים הבינלאומי הוא הפרה של זכויות אדם והוביל חוק בקונגרס שאסר על ייבוא עבדים.
ג'פרסון נחשב לאחד מחמשת הנשיאים הטובים ביותר בכל הזמנים[דרוש מקור].
נשיאותו > דמוקרטיה ג'פרסונאית

חזונו של ג'פרסון היה לחזק את הערכים הרפובליקניים במדינה. הנשיא החדש דגל במה שכונה לימים "דמוקרטיה ג'פרסונאית", שהאמינה בחקלאות ובהגבלה על הממשל המרכזי. האישים החשובים בממשלו היו ג'יימס מדיסון, שהיה מזכיר המדינה של ארצות הברית, ואלברט גלטין שהיה מזכיר האוצר של ארצות הברית. ג'פרסון עבד בשיתוף פעולה עם מנהיגי מפלגתו בקונגרס, כשהמפלגה הפדרליסטית המשיכה להיחלש.
הדמוקרטיה הג'פרסונאית הובילה לשני שינויים בחיים הפוליטיים האמריקניים. אחוז ההצבעה עלה, ומספר הזכאים לבחור עלה גם הוא. לפני שנת 1790, ניהול מסע בחירות נחשב להתערבות בזכותו של האזרח לחשוב ולהצביע באופן עצמאי. ללא תחרות על משרות ציבוריות, אחוזי ההצבעה היו נמוכים, ולעיתים היו פחות מ-5%. לאחר מכן, אחוזי ההצבעה עלו ל-20%. כששתי המפלגות החלו להתחרות אחת בשנייה, כ-80% מהגברים הלבנים יצאו להצביע.
תחת לחץ מטעם תומכי ג'פרסון, העניקו המדינות זכות הצבעה לכל הגברים הלבנים, ללא מגבלת רכוש. ב-1825 רק שלוש מדינות לא עשו זאת: רוד איילנד, וירג'יניה ולואיזיאנה. הרחבת זכות ההצבעה הובילה לכך שפשוטי עם החלו לעלות לתפקידים פוליטיים מרכזיים. מדינות אחרות הגבילו זכות הצבעה בגזע. למרות זאת, ארצות הברית של אז הייתה המדינה בעלת מערכת הבחירות הרחבה ביותר שהייתה קיימת.
אפילו הפדרליסטים החלו לאמץ שיטות מפלגתיות כארגון מפלגתי, עיתונים ומועדונים. הם יצרו רשת של ועדות מפלגתיות בכל מדינה ובכל מחוז, עם רצון להשפיע על דעת הקהל המקומית.
ההיסטוריונים טענו שהתחרות בין ג'פרסון והמילטון נחשבה לאחת מהגדולות בפוליטיקה, מדעי המדינה, מדיניות כלכלית והכיוון של ארצות הברית. פרט לבית המשפט העליון של ג'ון מרשל הפדרליסט, תומכי ג'פרסון ניצחו בקלות.
נשיאותו > בחירות 1804

בבחירות של 1804, ניצח ג'פרסון בקלות את צ'ארלס קוטוורת' פינקני הפדרליסט, עם 162 אלקטורים לעומת 14, ונבחר מחדש. הפדרליסטים נחלשו בכל מקום פרט לניו אינגלנד, אולם לאחר כהונתו של ג'פרסון, עם פרוץ מלחמת 1812, החלו להתחזק שוב.
נשיאותו > מדיניות פנים > משלחות, משלחת לואיס וקלארק

לאחר רכישת לואיזיאנה, רצה ג'פרסון למפות את החלק החדש ביבשת לצורך התרחבות מערבה. כעבור שנתיים מכניסתו לתפקיד שכנע את הקונגרס לממן משלחת. ב-1804 מינה את מזכירו האישי מריווד'ר לואיס ואת ויליאם קלארק להנהיג את המשלחת. המשלחת חזרה עם ידע גאוגרפי ומדעי רחב.
יחד עם אלברט גלטין, החליט ג'פרסון לבקש מימון למשלחת בעזרת מסר סודי לקונגרס, בגלל יחסים עכורים עם האופוזיציה בקונגרס.
ג'פרסון הושפע מתיעודים של מסעות, וטען שהיה חשוב לבסס את הנוכחות האמריקנית באזורים של היבשת לפני שהאירופאים יגיעו לשם. הוא קיווה למצוא את המעבר הצפון-מערבי שיקדם את הסחר במדינה. הידע על מערב היבשת היה מוגבל. לואיס הוביל את המשלחת בגלל ניסיונו הצבאי והיכרותו עם האינדיאנים. ג'פרסון הנחה את לואיס בנושא מיפוי, היסטוריה טבעית, מינרלים וניווט. בספרייתו במונטיצ'לו, היה לג'פרסון את האוסף הגדול ביותר בעולם של ספרי גאוגרפיה על היבשת, ואוסף גדול של מפות, ולואיס השיג גישה לספרייה. מלומדים שהיו חבריו של ג'פרסון הציעו את עזרתם למשלחת. לואיס וקלארק גייסו ארבעים וחמישה אנשים והתכוננו בחורף ליד סנט לואיס.
בעזרת שבטים אינדיאניים, המשלחת, שהפליגה על נהר קולומביה, הגיעה אל האוקיינוס השקט בנובמבר 1805. לאחר סיום החורף, החלה המשלחת לחזור ב-22 במרץ 1806, וחזרה לסנט לואיס ב-23 בספטמבר, עם ידע רב בנושא, כולל ידע על האינדיאנים שאיתם קיווה ג'פרסון לסחור. המשלחת נחשבה להצלחה, ורק אחד מהשליחים מת בעקבות מחלה. היא נמשכה ממאי 1804 עד לספטמבר 1806, והובילה לפיתוחו של שביל אורגון. חודשיים לאחר סיום המשלחת, נאם ג'פרסון לראשונה בפני הקונגרס על הצלחת המשלחת והבטיח החזר הוצאות בעבורה.
בנוסף לכך, ארגן ג'פרסון עוד שלוש משלחות אל המערב, אל הרי הרוקי ואל דרום מערב היבשת. כל המשלחות הביאו מידע חשוב על אזורי הספר.
נשיאותו > מדיניות פנים > מדיניות פדרליסטית

ג'פרסון המשיך בתוכניתו הבסיסית של אלכסנדר המילטון בנוגע לבנק לאומי ולמכסי מגן. לאחר תפוגת חוקי הזרים וההסתה ב-1801, שוחררו כל אלו שנעצרו בשל החוק. הפדרליסטים אפשרו לג'פרסון לבחור בחברי הקבינט שלו ובממונים בדרגים הגבוהים.
נשיאותו > מדיניות פנים > ניסיון לחסל את החוב הלאומי

ג'פרסון רצה לחסל את החוב הלאומי כיוון שראה בו פתח לשחיתות. למרות זאת, רכישת לואיזיאנה הייתה הזדמנות יקרה מפז, וג'פרסון לווה זהב מאנגליה באיגרות חוב כדי לשלם בעבורה.
ג'פרסון לא סבר שלמדינה צריך להיות חוב כדי לבנות את דירוג האשראי שלה, השקפה שהמילטון תמך בה. הוא ביטל מיסים פדרליסטיים רבים, כולל מס על ויסקי שהוביל למרד הוויסקי. ג'פרסון האמין שהממשלה תוכל לפעול בעזרת הכנסות ממכסים וללא מיסוי ישיר. אומנם בתחילה הצליחה מדיניות זאת, אולם היא נכשלה כשהסחר נפגע בשל המלחמות הנפוליאוניות בין בריטניה וצרפת.
ג'פרסון הקטין את גודלו של הצבא, שהאמין שגזל משאבים שלא לצורך מהרפובליקה. רוב הצי שנוצר בממשל אדמס שותק. הפדרליסטים טענו שהמדינה תהיה חשופה להתקפות, אולם ג'פרסון טען שחיילים אזרחים יגנו על המדינה במקרה של התקפה, כמו שעשו ב-1775. הוא הבין שיש צורך במנהיגות צבאית כשהאזרחים יצאו לקרב, הקים את חיל ההנדסה האמריקני ואת האקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט ב-1802 כדי לאמן חיילים רפובליקנים ללא פדרליזם.
נשיאותו > מדיניות פנים > מינויים פוליטיים ופדרליסטים

עם כניסתו של אדמס לתפקיד ב-1796, רוב תומכיו של וושינגטון נשארו בממשל. עם היבחרו של ג'פרסון, עבר השלטון ממפלגה אחת לאחרת. כנשיא, היה לג'פרסון הכוח למנות אנשים למשרות ממשלתיות שהפדרליסטים החזיקו בהם. רבים ציפו למינויים פוליטיים לאחר שהמפלגה החדשה תתפוס את השלטון. ג'פרסון התנגד לכך ולא פיטר את רוב הפדרליסטים. הוא החליף את האישים בדרגים הבכירים, ואת הקבינט, וגם את השופטים שאדמס מינה עם סיום תקופת כהונתו. הוא הרגיש שרוב הפדרליסטים, שהיו יותר מתונים בהשוואה לאלו הבכירים שתמכו בהמילטון, יוכלו לתמוך בדמוקרטים-רפובליקנים, ולכן שמר עליהם בתפקידם. סירובו לפטר את כל העובדים הממשלתיים נשאר בעינו עד להיבחרו של אנדרו ג'קסון ב-1828.
ג'פרסון העדיף להיות מתון כלפי הפדרליסטים, אולם המפלגה עצמה נקרעה במאבק פנימי. הפדרליסטים סירבו לקבל את מסע הבחירות של הדמוקרטים-רפובליקנים והתנגדו לפופוליזם במפלגה. ג'ון אדמס וג'ון ג'יי פרשו מהחיים הציבוריים, ואלכסנדר המילטון נהרג בדו-קרב עם ארון בר, סגן הנשיא. כשהמדינה החלה להתרחב (ורמונט, קנטקי וטנסי הצטרפו ב-1790 ואוהיו הצטרפה ב-1803), הבוחרים תמכו יותר בג'פרסון ופחות בממשל מרכזי חזק ובמיסוי גבוה, כמו שהפדרליסטים הציעו. ב-1805, הפדרליסטים היו חזקים רק בניו אינגלנד ובדלאוור, והמתונים מביניהם הצטרפו למפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית, ובראש ובראשונה ג'ון קווינסי אדמס, בנו של הנשיא לשעבר אדמס.
נשיאותו > מדיניות פנים > שופטים

ג'פרסון לא סמך על השופטים שמינו קודמיו. הוא רצה להעביר מגילת זכויות, שתיתן כוח רב לשופטים טובים יותר לטעמו. הקונגרס ביטל את מינוי השופטים שאדמס מינה בסוף תקופת כהונתו, וביטל בתי משפט מחוזיים רבים שיצר. הקרב לא היה קל: הפדרליסטים טענו שלאחר יצירת בית המשפט, החוקה דרשה שהשופטים יכהנו כל חייהם אלא אם כן יודחו בשל פשעים חמורים. ג'פרסון טען שהעלות הגבוהה של בתי המשפט הצדיקה את ביטולם.
השופטים הפדרליסטים נותרו ללא משרות, אולם הם ממילא מונו לתפקידם כדי לשמור על בית המשפט מפני דמוקרטים-רפובליקנים. ג'ון מרשל, בן דודו של ג'פרסון ופדרליסט מושבע, מונה לנשיא בית המשפט העליון של ארצות הברית. הוא השתמש בבית המשפט כדי להבטיח את עליונות הממשל המרכזי. בית המשפט פסק שעל מזכיר המדינה ג'יימס מדיסון לשלוח את ההסמכות לשופטים שלא מונו, בפסק דין מרבורי נגד מדיסון שהפך לתקדים בנוגע לעליונות בית המשפט העליון.
הדמוקרטים-רפובליקנים תכננו להדיח את השופטים הפדרליים. הראשון היה שופט פדרלי שהציג סימני טירוף ושכרות בציבור, והוא הודח בידי הקונגרס. לאחר שהשופט העליון סמואל צ'ייס טען שהדמוקרטים-רפובליקניים איימו על הסדר, השלום, החופש והשגשוג, טען ג'פרסון שמדובר בהסתה ושיש להדיח את צ'ייס. הדמוקרטים-רפובליקנים לא היו מוכנים לכך, בתחושה שהדבר הזכיר את חוקי הזרים וההסתה. צ'ייס זוכה מכל האישומים ב-1804. היה זה המקרה היחיד בו שופט בית המשפט העליון הועמד להדחה. הסנאטורים שלחו לג'פרסון מסר שעצמאות בית המשפט לא פתוחה לדיונים פוליטיים.
נשיאותו > מדיניות חוץ > רכישת לואיזיאנה

ב-1803, במהלך הפסקת אש זמנית שהתרחשה במהלך המלחמות הנפוליאוניות בין צרפת ובריטניה, אישר ג'פרסון את רכישת לואיזיאנה מצרפת, ובכך הכפיל את גודלה של ארצות הברית. נפוליאון החליט לוותר על הרעיון של אימפריה בצפון אמריקה ורצה לממן את המלחמות שלו בעזרת הכסף מהרכישה.
ג'פרסון שלח את ג'יימס מונרו לפריז ב-1802 עם משימה זהה: לרכוש את ניו אורלינס וסביבותיה. נפוליאון הציע למכור את כל השטח ב-15 מיליון דולר, והדיפלומטים הסכימו. המומחים חשבו שזאת הזדמנות פז לרכוש את השטח, חוץ מהנושא החוקתי. מזכיר המדינה מדיסון הבטיח שהרכישה חוקתית, והסנאט אישר את ההסכם במהירות. בית הנבחרים מימן את הרכישה מייד. ג'פרסון ביקש בתחילה מהמרקיז דה לה פאייט ואז ממונרו להפוך למושל האזור, ולבסוף מינה לתפקיד את ויליאם קליירבורן. מזכיר האוצר גלטין מימן את הרכישה באיגרות חוב שנמכרו לבנקים בלונדון תמורת זהב שנשלח לפריז. הפדרליסטים טענו שהרכישה אינה חוקתית, אולם החשש שלהם היה מהרחבת הבסיס החקלאי שתמך בג'פרסון.
הטריטוריה שנרכשה סיימה את התביעות הצרפתיות בצפון אמריקה שאיימו על השליטה האמריקנית בנהר המיסיסיפי ועל ההתרחבות מערבה. ב-20 בדצמבר 1803, עברה לואיזיאנה לבעלות אמריקנית.
נשיאותו > מדיניות חוץ > הקשר של בר

ב-11 ביולי 1804 פצע סגן הנשיא ארון בר אנושות את מנהיג המפלגה הפדרליסטית אלכסנדר המילטון, מזכיר האוצר של וושינגטון, בדו-קרב בניו ג'רזי. המילטון היה זה שהוביל לתבוסתו של בר בריצתו לתפקיד מושל ניו יורק ואמר עליו דברים פוגעניים. בר, שהאמין שכבודו נפגע, אתגר את המילטון לדו-קרב בו נפצע המילטון אנושות. בר הואשם ברצח בניו יורק ובניו ג'רזי וברח לג'ורג'יה, אף על פי שנשאר נשיא הסנאט. שני המקרים גוועו בשקט. הנשיא ג'פרסון שלח מכתב לבתו של המילטון עם תנחומים על מותו. המילטון היה אויבו הפוליטי במשך שנים.
לאחר שארון בר התבזה בדו-קרב ב-1804 וחוסלה שאיפתו להפוך לנשיא, דיווח השגריר הבריטי שבר תכנן להפריד את מערב ארצות הברית משאר המדינה. ג'פרסון שמע שבר תכנן להקים מדינה עצמאית במערב ולכבוש את מקסיקו. בנוסף היו דיווחים שגייס חיילים, אגר נשק ובנה סירות. ג'פרסון הזהיר את בר באופן ציבורי, ונוצר חשש לשלמות האיחוד. בדו"ח בפני הקונגרס ב-1807, הכריז ג'פרסון כי בר אשם. במרץ 1807 נעצר בר בניו אורלינס ונשפט בריצ'מונד שבווירג'יניה, בפני נשיא בית המשפט ג'ון מרשל. ג'פרסון טען שלא תמך בבר וסירב להופיע בבית המשפט. בר זוכה לבסוף, אולם המוניטין שלו נהרס.
נשיאותו > מדיניות חוץ > פלורידה והאיטי

ג'פרסון רצה לרכוש את פלורידה מהספרדים כשם שרכש את לואיזיאנה מהצרפתים. הוא לא הבין את הנסיבות השונות של הספרדים. הוא ניסה לאיים כשהציע לרכוש את האדמות, אולם הספרדים לא התייחסו להצעותיו. ג'פרסון תבע סמכות משפטית על מערב פלורידה, אבל ספרד התעלמה מכך. לאחר תחילת 1802, כשגילה שנפוליאון התכוון להחזיר את אחיזתו בסנטו דומינגו ולואיזיאנה, הכריז ג'פרסון על נייטרליות בנושא מרד העבדים. ארצות הברית הרשתה לסחורה מוברחת להגיע אל העבדים וסירבה לכל בקשות העזרה הצרפתיות. בנוגע למאזן הכוחות באיים הקריביים, חשש ג'פרסון בנוגע להפרת המאזן שתתרחש בגלל שליטתו של נפוליאון, יותר מחששו ממדינה שעבדים ינהיגו אותה.
לאחר שהמורדים בסנטו דומינגו הכריזו על עצמאות מצרפת תחת הרפובליקה החדשה של האיטי ב-1804, סירב ג'פרסון להכיר במדינה. הוא קיווה לזכות לתמיכתו של נפוליאון בנושא פלורידה. בעלי העבדים האמריקנים חששו מיחסם של העבדים לבעלי המטעים במהלך המרד, והקונגרס, שנשלט בידי הדרומיים, התנגד להאיטי. הם חששו ממרד עבדים דומה בדרום ארצות הברית. האיטי, הרפובליקה הראשונה מחוץ לארצות הברית בחצי הכדור המערבי, לא קיבלה את הכרתה של ארצות הברית עד ל-1862. לטענת היסטוריונים, רצונו של ג'פרסון להשיג אדמות גבר על עקרונותיו, ומסיבות גזעיות ותועלתניות הוא הפקיר את המנהיגות המוסרית ואת קשרי הסחר באזור לבריטים.
במקרה הזה, בניגוד ללואיזיאנה, הפוליטיקה האירופאית פגעה בג'פרסון. נפוליאון היה מוכן לתמוך בוושינגטון מול מדריד כדי לראות מה יוכל להשיג, אולם ב-1805 ספרד הייתה בעלת בריתו. ספרד לא הייתה מוכנה לוותר על פלורידה, שמנעה מאמריקה להתרחב. חשיפה של שוחד שהציע ג'פרסון לצרפתים בנושא גרמה לזעם ציבורי, והוא ויתר על פלורידה.
נשיאותו > מדיניות חוץ > המלחמה הברברית

המלחמה הַבֶּרְבֶּרִית הראשונה הייתה המלחמה היחידה שהתרחשה במהלך כהונתו של ג'פרסון כנשיא, והייתה המלחמה הראשונה שבה נלחמה ארצות הברית על אדמה זרה. הממשלה עדיין התאוששה מהמחלוקות הפוליטיות של תקופת ג'ון אדמס, וג'פרסון ניסה לפייס בין הרפובליקנים והפדרליסטים. הוא לא דיבר על מדיניות חוץ בנאום השבעתו ולא רמז שיכנס למלחמה בצפון אפריקה מול שודדי ים ברברים.
במשך עשורים, לכדו שודדי ים צפון אפריקאים ספינות סוחר אמריקניות, החרימו מטענים יקרים ושיעבדו את צוות הספינה, כשהם דורשים סכומי כופר גבוהים לצורך שחרורם. לפני העצמאות, הגן הצי הבריטי על הספינות האמריקניות, אולם מצב זה הסתיים לאחר קבלת העצמאות. ג'פרסון התנגד לתשלום כופר למדינות הברבריות מאז 1785.
לאחר תחילתה של המהפכה האמריקנית, הגנה הברית עם צרפת על הספינות האמריקניות. ב-20 בדצמבר 1777, הכריז סולטן מרוקו, מוחמד השלישי, שהספינות יוגנו בידי הסולטן ויזכו למעבר בטוח.
לאחר העצמאות נאלצה ארצות הברית להגן על ספינותיה בעצמה. היא שילמה כ-80,000 דולר למדינות כמו בריטניה וצרפת, כדמי הגנה מול שודדי הים. אולם טריפולי דרשה תשלום מיידי של 225,000 דולר ותשלום שנתי של 25,000 דולר. ג'פרסון החליט שעדיף להילחם בשודדי הים. כתוצאה מכך, הכריז הפאשא של טריפולי מלחמה על ארצות הברית, וכך החלה המלחמה הברברית הראשונה. לפני היבחרו לנשיאות, התנגד ג'פרסון לתקצוב הצי בסכום שיעלה על הנדרש לצורך הגנה על החופים. ההתקפות מצד שודדי הים הובילו אותו לשנות את גישתו.
ב-15 במאי, תמך הקבינט פה אחד בשליחת שלוש פריגטות וסקונר אל המזרח התיכון כדי להפגין כוח. הייתה זאת הפעם הראשונה שחצתה ארצות הברית את האוקיינוס האטלנטי. ב-1 ביולי הגיעו הספינות אל גיברלטר לצורך אספקה ומידע. שם התברר שטריפולי הכריזה מלחמה על ארצות הברית. ג'פרסון והצי הצעיר הכריחו את תוניס ואת אלג'יר לבטל את הברית שלהן עם טריפולי, כדי שזאת תיכנע. בנוסף ציווה ג'פרסון על חמש הפצצות ימיות על טריפולי, מה שהחזיר את השקט לזמן מה, אף על פי שג'פרסון המשיך לשלם למדינות הברבריות עד סוף תקופת כהונתו.
נשיאותו > מדיניות חוץ > יחסים עם האינדיאנים

כשג'פרסון נכנס לתפקידו, הובילו מנהיג שבט השוני טקומסה ואחיו טנסקאווטאווה פשיטות על נקודות יישוב אמריקניות בעמק אוהיו, כשהסוחרים הבריטים בקנדה מספקים להם תחמושת. שני האחים ניסו ליצור קונפדרציה עם השבטים בטריטוריה הצפון-מערבית, והטרידו את המתיישבים המערביים. השבטים החליטו להצטרף אל טקומסה, שרצה לגרש את האמריקנים מהאזור. הצלחת האינדיאנים הובילה את הבריטים לקוות שיוכלו ליצור מדינת לוויין אינדיאנית בחלקים מאמריקה. הפשיטות הובילו למלחמת 1812.
אף על פי שג'פרסון חקר והעריץ את האינדיאנים, הוא התנגד להתקפותיהם על המתיישבים. הוא הרגיש שיש להטמיע אותם בתרבות "הנאורה" או להעביר אותם מערבה. הוא היה הראשון שהוביל להעברת אינדיאנים ממדינות הדרום. רק חמישה שבטים הורשו להישאר כיוון שאימצו את התרבות הלבנה.
נשיאותו > מדיניות חוץ > איסור על סחר עבדים

במהלך כהונתו התאכזב ג'פרסון מכך שהדור הצעיר לא ניסה לבטל את העבדות. הוא נמנע מהנושא עד ל-1806. הוא כן הצליח לשכנע את הקונגרס לאסור על ייבוא של עבדים לטריטוריית לואיזיאנה. הנשיא הנחה את הצי לעצור את הברחת העבדים.
כשהבין שב-1808 יפוג תוקפו של האיסור החוקתי בן עשרים השנים על סחר עבדים בין-לאומי, החליט ג'פרסון ב-1806, בהודעתו לקונגרס, לדרוש חוק כנגד הסחר. הוא טען שהסחר היה הפרת זכויות אדם כלפי תושבי אפריקה. הוא חתם על החוק החדש שאסר על סחר העבדים הבין-לאומי בינואר 1808. הסחר החוקי עמד על כ-14,000 עבדים בשנה. 1,000 עבדים לא חוקיים הוברחו בכל שנה במשך עשורים. למרות זאת, הדבר נחשב לאחד מהישגיו הגדולים.
נשיאותו > מדיניות חוץ > יחסים עם אירופה

בכהונתו השנייה של ג'פרסון פרצו באירופה המלחמות הנפוליאוניות, כשבריטניה וצרפת נלחמו על הגמוניה. בתחילה המשיך ג'פרסון את מדיניות הנייטרליות שהנהיג וושינגטון, סחר עם שתי המדינות ולא תמך בשום צד. כשהצי הבריטי נזקק למלחים, הוא פשט על מאות ספינות אמריקניות ואסר 6,000 מלחים, מה שהכעיס את האמריקנים. הבריטים גם אסרו בחוק כל סחר עם יבשת אירופה. נפוליאון הגיב בסגר ימי משלו על בריטניה ב-1806, ולכן אירופה ובריטניה לא יכלו לסחור עם ארצות הברית. ג'פרסון טען שזוהי הפרה של זכויותיה של ארצות הברית כמדינה נייטרלית. המתיחות עלתה לאחר תקרית צ'ספיק-ליאופרד בחוף וירג'יניה. ספינת מלחמה בריטית, ליאופרד, ציוותה על ספינה אמריקנית, צ'סאפיק, לעבור חיפוש. לאחר סירוב אמריקני נורו יריות, שמהן נהרגו שלושה אנשים ונפצעו שמונה עשר.
בתגובה, פתח ג'פרסון במלחמה כלכלית. הקונגרס העביר חוק חרם ב-1807, שנועד להכריח את בריטניה ואת צרפת לכבד את הנייטרליות האמריקנית. האמריקנים פנו להברחות כדי לשלוח סחורות לאירופה. ג'פרסון נאלץ לקרוא לצבא ולהגדיל את סמכות הממשלה בכך ששלח פטרולים לחופים, וחסם את נתיבי הסחר לקנדה, החרים את תוכנן של ספינות מבריחים ודרש שאף ספינה לא תוכל לקבל מטען ללא אישור הצבא והמכס. ניו אינגלנד, שהייתה תלויה בסחר, החליטה לתמוך בפדרליסטים. ג'פרסון איבד תומכים רבים שהתנגדו לחדירת הממשלה אל חייהם. בריטניה וצרפת לא נפגעו. כשג'יימס מדיסון הפך לנשיא ב-1808, המוניטין של ג'פרסון נפגע בגלל חוק החרם.
נשיאותו > נאום מצב האומה

ג'פרסון, שלא היה נואם טוב, סיים את מסורת נאום מצב האומה ושלח נאום כתוב שהקונגרס פרסם. וודרו וילסון החזיר את המסורת של הופעתו האישית של הנשיא מול הקונגרס.
נשיאותו > מדינות שצורפו לאיחוד

מדינה חדשה אחת, אוהיו, הצטרפה אל ארצות הברית במהלך כהונתו של ג'פרסון. לא ברור מתי הפכה למדינה. ב-30 באפריל 1802 העביר הקונגרס חוק שהסמיך את תושבי אוהיו לכונן חוקה וממשלה, ולהצטרף לאיחוד. ב-19 בפברואר 1803 החיל הקונגרס את החוק האמריקני על אוהיו. אולם אף חוק לא קבע תאריך לצירוף המדינה. רק ב-1953 הועברה באופן רשמי החלטה לצירוף אוהיו לאיחוד, שקבעה ש-1 במרץ 1803 הוא התאריך. הייתה זאת המדינה הראשונה מהטריטוריה הצפון-מערבית.
פרישתו וסוף ימיו

לאחר פרישתו מהנשיאות, המשיך ג'פרסון לעסוק בחינוך: הוא מכר את אוסף הספרים שלו לספריית הקונגרס והקים את אוניברסיטת וירג'יניה. ג'פרסון המשיך להתכתב עם מנהיגי המדינה, ודוקטרינת מונרו הזכירה את העצות שנתן לג'יימס מונרו ב-1823. כשפרש לחייו הפרטיים במונטיצ'לו, פיתח ג'פרסון סדר יום שבו קם מוקדם. הוא כתב תשובות למכתבים הרבים שקיבל במשך כמה שעות. בצהריים, הלך לבדוק את המטע שלו. בערב, הוא ומשפחתו נהנו מזמן איכות בגנים. בלילה פרש למיטתו עם ספר. אולם מבקרים לא קרואים ותיירים הפריעו לסדר יומו, ומונטיצ'לו הפך למעין בית מלון בו האורחים ביקרו כדי לראות אותו.
פרישתו וסוף ימיו > אוניברסיטת וירג'יניה

ג'פרסון רצה להקים אוניברסיטה ללא השפעת הכנסייה שתוכל לעסוק בנושאים שמכללות אחרות לא עסקו בהם. הוא האמין שהחינוך הוא בסיס לחברה יציבה, שצריכה לספק בתי ספר ציבוריים לתלמידים מכל המעמדות על בסיס יכולתם. הוא הציע את הרעיון במכתב לג'וזף פריסטלי ב-1800, וב-1819, כשהיה בן שבעים ושש, הקים את אוניברסיטת וירג'יניה. הוא לחץ על המועצה המחוקקת לאשר את האוניברסיטה, רכש את האדמות, עיצב את המבנים, תכנן את תוכנית הלימוד והיה הרקטור הראשון עם פתיחתה ב-1825.
ג'פרסון למד אדריכלות יוונית ורומית, שהאמין שהייתה חיונית לדמוקרטיה האמריקנית. כל ביתן עוצב עם חזית בת שתי קומות, והספרייה עוצבה כמו הפנתאון ברומא. ג'פרסון התייחס אל מדשאות האוניברסיטה כאל "כפר אקדמי" ושיקף את רעיונותיו החינוכיים בתכנונם. עשרת הביתנים כללו כיתות ומגורים לסגל. הם יצרו ריבוע שחובר בידי שדרות עמודים, ומאחוריהם עמדו מעונות הסטודנטים. הגינות וערוגות הירקות היו מאחורי הביתנים והוקפו בחומות מתפתלות. לאוניברסיטה הייתה ספרייה במרכזה, ולא כנסייה, מה שהדגיש את אופייה החילוני והשנוי במחלוקת דאז.
כשמת ג'פרסון ב-1826, החליף אותו ג'יימס מדיסון כרקטור. ג'פרסון תרם את רוב ספרייתו לאוניברסיטה.
פרישתו וסוף ימיו > פיוס עם אדמס

ג'פרסון וג'ון אדמס היו חברים טובים בעשורים הראשונים של הקריירה הפוליטית שלהם, כשכיהנו יחד בקונגרס הקונטיננטלי ונשלחו לאירופה. הפילוג הפדרליסטי/רפובליקני הפריד ביניהם, ואדמס הרגיש שג'פרסון בגד בו כשמימן התקפות מפלגתיות עליו. שניהם לא תקשרו באופן ישיר במשך יותר מעשור לאחר שג'פרסון נבחר לנשיאות. אביגייל אדמס החלה להתכתב עם ג'פרסון לאחר מותה של בתו של ג'פרסון, פולי, ב-1804. אביגיל ניסתה לפייס בין השניים, אולם אדמס וג'פרסון עדיין היו עוינים אחד כלפי השני.
ב-1809 החליט בנג'מין ראש, אחד החותמים על הכרזת העצמאות, לפייס בין שני הנשיאים לשעבר וניסה לתווך ביניהם. ב-1812 כתב אדמס ברכה לשנה החדשה לג'פרסון וקיבל ממנו תגובה חמה. השניים החלו להתכתב במשך ארבע עשרה שנים, כשהם שולחים מאה חמישים ושמונה מכתבים על פוליטיקה, תפקידיהם באירועים היסטוריים ועל המהפכה. כשאדמס מת, מילותיו האחרונות היו "תומאס ג'פרסון עודנו חי", ללא ידיעה שג'פרסון מת גם הוא כמה שעות קודם לכן.
פרישתו וסוף ימיו > אוטוביוגרפיה

ב-1821, בגיל שבעים ושמונה, החל ג'פרסון לכתוב את האוטוביוגרפיה שלו. הוא התמקד בהישגיו עד 29 ביולי 1790. הוא הדגיש בעיקר את תקופת המהפכה ולא סיפר על ילדותו. לטענתו, סיפור התיישבות אבותיו הקדמונים, מוויילס לאמריקה בתחילת המאה השבע עשרה, השפיע על רצונו במתן זכויות למדינות. הוא תיאר את אביו כלא מלומד אך כאדם פיקח.
בנוסף הביע התנגדות לאריסטוקרטיה של משפחות עם קרקעות ומלך, ובמקום זאת העדיף אריסטוקרטיה של המוכשרים לטובת הרפובליקה.
ג'פרסון הסביר את השקפותיו על אנשים, פוליטיקה, ואירועים. הספר עוסק בעיקר בממשלת וירג'יניה ובהכרזת העצמאות שכתב.
פרישתו וסוף ימיו > ביקורו של לה פאייט

בקיץ 1824 קיבל המרקיז דה לה פאייט הזמנה מהנשיא ג'יימס מונרו לבקר במדינה. ג'פרסון ולה פאייט לא התראו מאז 1789. לאחר שביקר בניו יורק, בניו אינגלנד ובוושינגטון, הגיע לה פאייט למונטיצ'לו ב-4 בנובמבר.
נכדו של ג'פרסון, רנדולף, תיעד את האירוע וטען שהשניים התחבקו בדמעות. למחרת בבוקר, טיילו השניים עם ג'יימס מדיסון באוניברסיטת וירג'יניה. ג'פרסון חיבר מראש נאום לכבוד לה פאייט, אך ביקש ממישהו אחר לקרוא אותו, מפני שקולו היה חלש. הייתה זו ההופעה הציבורית האחרונה שלו. לאחר אחד עשר ימים, נפרד לה פאייט מג'פרסון.
פרישתו וסוף ימיו > ימיו האחרונים, מותו וקבורתו

חובו של ג'פרסון, מאה אלף דולר, הטריד אותו בסוף ימיו, כיוון שלא היה לו מה להוריש לבניו. בפברואר 1826 החליטה האספה הכללית לערוך הגרלה ציבורית לגיוס תרומות למענו. בריאותו החלה להידרדר ביולי 1825, וביוני 1826 הוא כבר היה מרותק למיטת חוליו. ב-3 ביולי פיתח חום, והחליט לא ללכת לוושינגטון כדי לחגוג את יום העצמאות.
בשעותיו האחרונות ליוו אותו חבריו ומשפחתו. ב-4 ביולי, ב-12:50 בצהריים, מת בגיל שמונים ושלוש, ביום העצמאות החמישים של ארצות הברית, ושעות מעטות לפני מותו של ג'ון אדמס. הנשיא המכהן, בנו של אדמס ג'ון קווינסי, טען שמותם של השניים ביום העצמאות היה חסד שמימי.
מעט לאחר מותו של ג'פרסון, התגלה שענד על צווארו שרשרת זהב, במשך ארבעים שנה, עם קווצת שיער מאשתו מרתה.
גופתו קבורה במונטיצ'לו, תחת אֶפִּיטַף שכתב לעצמו:
כאן קבור תומאס ג'פרסון, כותב הכרזת העצמאות האמריקנית, אמנת וירג'יניה לחופש דתי, ואביה של אוניברסיטת וירג'יניה.
ג'פרסון מת כשהיה בחובות ולא הצליח להוריש את רכושו לבניו. הוא דרש לשחרר את ילדי פילגשו, אולם נכסיו ועבדיו נמכרו במכירות פומביות ב-1827. ב-1831 מכרו היורשים האחרים את מונטיצ'לו.
השקפות פוליטיות, חברתיות ודתיות

ג'פרסון נחשף לאידיאלים הפוליטיים של ג'ון לוק, פרנסיס בייקון ואייזק ניוטון, שאותם החשיב לשלושת האנשים הגדולים ביותר שחיו. בנוסף הושפע מכתביהם של גיבון, יום, מונטסקייה ושל וולטר. הוא סבר שחיים חקלאיים בארצות הברית היו האידיאל הרפובליקני. הוא לא סמך על הערים ועל הבנקאים, העדיף ביזור כוח הממשל, והאמין שהעריצות שפגעה בפשוטי העם באירופה התרחשה בגלל שחיתות ומונרכיה. הוא תמך בפירוק הכנסייה האנגליקנית, כתב את ההצהרה בדבר חופש דתי במדינת וירג'יניה, ולחץ להפריד בין הדת והמדינה. הרפובליקנים בתקופתו הושפעו מהוויגים הבריטים, שהאמינו בהגבלת הממשלה. המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית הפכה למפלגה הבכירה, והשקפותיו נודעו כ"דמוקרטיה ג'פרסונאית".