Command & Conquer: Red Alert 3
עלילה > מערכת בעלות הברית

כפי שצוין בעלילה הפותחת את שלוש המערכות, כוחות בעלות הברית נמצאות על סף תבוסה על ידי ברית המועצות. הסובייטים הצליחו לכבוש את כל אירופה מלבד בריטניה ועומדים לבצע את הפלישה אליה דרך החוף הדרומי כאשר הם יוצאים מצרפת. מפקד השדה הבריטי והמנהיג הצבאי של כוחות בעלות הברית רוברט בלינגהם שולח את המפקד להגן על החוף של בריטניה מפני הפלישה הסובייטית יחד עם תמיכתו של נשיא ארצות הברית הנבחר שיודע כי בריטניה מהווה את המכשול האחרון בפני הסובייטים לפני פלישה לארצות הברית. לאחר שהמפקד בולם בהצלחה את הפלישה הסובייטית, שולח אותו בלינגהם אל קאן בצרפת כדי להחזיר את השליטה במדינה לכוחות בעלות הברית ולהדוף חזרה את הכוחות הסובייטים. אחר כך מצליחה להוציא הסוכנת המיוחדת טניה מידע מגנרל סובייטי כי המפקדות של ברית המועצות נמצאות בהיידלברג שבגרמניה. המפקד נשלח אל העיר ומחסל את מפקדות אלו.
לאחר שורת ניצחונות כנגד הסובייטים בהדיפתם חזרה באירופה, מכריז הקיסר יושירו בפומבי כי אימפריית השמש העולה מצטרפת למאבק כנגד בעלות הברית ומציב אולטימטום למנהיגים להיכנע או להיהרג. האימפריה הקימה מבצר ענקי ומשוכלל ביותר הצף על המים ומהווה איום רציני לבעלות הברית ולסובייטים. לכן, מקיים בלינגהם יחד עם מנהיגי בעלות הברית אחרים הסכם הפסקת אש עם הסובייטים, למרות התנגדותו של אקרמן, כדי שהם יוכלו להתמודד יחדיו כנגד האויב החדש. בתחילה שולחים בעלות הברית והסובייטים כוחות אל מצר גיברלטר כדי לחסל יחדיו את הצי הימי של האימפריה הנמצא שם. אחר כך, עובר המפקד לחסל בעזרת הסובייטים את המבצר הצף על המים של האימפריה.
בינתיים, פיתח הנשיא אקרמן נשק-על סודי והרסני במיוחד בהר ראשמור ומתכנן להשתמש בו כנגד ברית המועצות כי לטענתו הם עוד יבגדו בבעלות הברית. אם יצליח להפעיל את הנשק, יפעילו הסובייטים כל נשק אפשרי כנגד ארצות הברית. בלינגהם פוקד על המפקד להשמיד את הנשק החדש ולאחר מכן אף להרוג את הנשיא.
אחרי חיסול הנשיא, מגלה בלינגהם בעזרת טניה כי אמורה להתרחש פגישה בין הנסיך טטסו והגנרלים של האימפריה בטוקיו. המפקד נשלח לשם כדי לחסל את צמרת השלטון ולשים סוף למלחמה עם האימפריה. הסובייטים היו אמורים גם הם להצטרף לקרב זה נגד האימפריה, אך הודיעו לבסוף כי לא יצטרפו בטענה כי הם רחוקים מדי מהמקום, אך הסיבות האמיתיות לא היו ברורות.
לאחר הקרב בטוקיו שהביא לניצחון על האימפריה, יוצר קשר המדען הרוסי גרגור זלינסקי עם בלינגהם ומספר לו כי שרדנקו שיקר לו והמלחמה הזו מעולם לא הייתה אמורה להתרחש, כמו גם שאימפריית השמש העולה לא הייתה אמורה לקום, והכל נוצר עקב השינוי ברצף הזמן שנוצר בעזרת מכונת הזמן הסודית שלהם. בנוסף הוא מספר כי הסובייטים מתכוננים להתקפה על בעלות הברית בקובה. המפקד נשלח לשם כדי לברר מה מתרחש שם ומגלה כי הסובייטים משחררים שם ספינות אוויר עם פצצות עוצמתיות אשר מסוגלות להשמיד ערים שלמות. המפקד נדרש לעצור את ספינות אוויר אלו ולהשמיד את המבנים המשחררים את הספינות. ההתרחשויות בקובה הראו שזלינסקי אכן דבר אמת, ולא רק, אלא שגם אקרמן צדק והסובייטים אכן תכננו לבגוד בבעלות הברית. לכן בלינגהם שולח את המפקד לקרב האחרון כנגד ברית המועצות בעמדתם האחרונה בעיר לנינגרד. המפקד הורס את המבצר לפני ששרדנקו מצליח לברוח לירח ומביא לסיום המלחמה בניצחון של בעלות הברית.
שרדנקו וגנרל קרוקוב מושמים בתא הקפאה למאסר עולם על פשעים כנגד האנושות. הסוכנת טניה ואיווה מזמינות את המפקד לפגישה כדי לחגוג את הניצחון. בסוף, נואם סגן נשיא ארצות הברית מהבית הלבן, שהתמנה לנשיא לאחר מותו של אקרמן. בנאומו שיבח את פעולותיו של אקרמן אף על פי שהכניס את כל העולם לסכנה גדולה, הודה למפקד על הניצחון במלחמה והביע תקווה כי אויביהם המובסים יקבלו בשמחה את הקפיטליזם ותרבות הצריכה וכן יחלקו יחד איתם את החלום האמריקאי.