פוקימון זהב לב וכסף נשמה
עלילה > עלילה

עלילת המשחק מתרחשת כשלוש שנים לאחר אירועי המשחקים "פוקימון אדום וכחול". בעיירה ניו ברק שבמחוז ג'וטו, פרופסור אלם, הפרופסור המחוזי מבקש מהשחקן ללכת לבית של אדם בשם "מר פוקימון" כדי לשמוע ממנו על תגלית מדעית שהוא מצא. עבור שליחות זו, הפרופסור מעניק לשחקן את אחד משלושת הפוקימונים ההתחלתיים:
טוטודייל - פוקימון המים.
צ'יקוריטה - פוקימון העשב.
סינדקוויל - פוקימון האש.
לאחר שהשחקן בחר את הפוקימון ההתחלתי, הוא מגיע לביתו של מר פוקימון ומגלה שאותה התגלית היא ביצת פוקימון מסתורית. מר פוקימון מפציר בשחקן להעביר את הביצה לפרופסור אלם ופרופסור אוק (שבמקרה נכח במקום) מעניק לשחקן את הפוקידע המחוזית. ביציאתו מהבית, פרופסור אלם מתקשר לשחקן ומפציר בו לחזור לאחר שקרה אסון נורא. בדרכו, השחקן נפגש עם ילד בעל שיער אדום בשם סילבר (למרות שהשחקן יכול לבחור לו שם אחר) שגנב את אחד הפוקימונים ההתחלתיים (את הפוקימון עם הסוג החזק משל השחקן) מהמעבדה של פרופסור אלם והשחקן נלחם בו. לאחר שהשחקן העביר את הביצה לפרופסור אלם, הפרופסור מבחין בפוקידע שהשחקן קיבל ומפציר בו לנצח את מנהיגי המכון המחוזיים במטרה להתחרות בליגת הפוקימונים.
השחקן עושה דרכו לעיר בשם ויולט וחוקר מגדל שמוקדש לפוקימון בלספראוט. במגדל, השחקן פוגש את סילבר שנלחם נגד הנזירים השומרים על המגדל. מנהיג הנזירים מפציר בסילבר להפוך למאמן טוב ולא לאנוכי, אך סילבר מזלזל בו וממשיך בדרכו. לאחר מכן, השחקן מנצח את פלקנר, מנהיג מכון המעופף בעיר. ביציאתו מהמכון, עוזרו של פרופסור אלם מעניק לשחקן את ביצת הפוקימון (ממנה יבקע הפוקימון טוגפי) למשמרת. לאחר שקיבל את הביצה, השחקן פוגש רקדנית קימונו מסתורית המאושרת שהביצה בידיו ונעלמת. השחקן מגיע לעיירה אזלייה ומתוודע לצוות רוקט, שלכדו פוקימונים מסוג סלופוק על מנת לכרות את זנבם ולמכור אותם. השחקן פוגש יצרן פוכדורים מקומי בשם קורט והאחרון מספר לו אודות נער בשם רד שניצח את צוות רוקט בעבר וגרם לפירוקם. השחקן מסייע לקורט להביס את צוות רוקט ולהבריח אותם מהעיירה, לאחר מכן הוא נלחם נגד באגסי, מנהיג מכון החרק בעיר ומנצח אותו. בהגיעו ליער איילקס, בו קיים מקדש למען שומר היער סלבי. השחקן פוגש רקדנית קימונו נוספת ומסייע לה לצאת מהיער בבטחה. לאחר מכן, השחקן מגיע לעיר גולדנרוד, שם הוא זוכה בכרטיס רדיו למכשיר הפוקיגיר (מעין טלפון חכם בעולם המשחק) ומנצח את מנהיגת מכון הנורמל, וויטני. בהגיעו לעיר אקרוטיק, השחקן מציל רקדנית קימונו נוספת מצוות רוקט. השחקן פוגש את סילבר במגדל השרוף בעיר ונלחם נגדו. בתחתית המגדל, השחקן מעיר בטעות את שלושת הכלביים האגדיים (אנטיי, סוויקון וראיקו) ופוגש באדם בשם יוסין שחוקר אודות הכלב האגדי של המים, סוויקון. בנוסף, השחקן פוגש דמות בשם ביל המתבררת להיות זו שהמציאה את מערכת אחסון הפוקימונים במשחק. לאחר מכן, השחקן מנצח את מורטי, מנהיג מכון הרוח בעיר. בהגיעו לעיירה אוליביין, לשחקן מתברר שמנהיגת המכון לא בנמצא. השחקן עושה דרכו אל ראש המגדלור בעיירה ומגלה שהפוקימון אמפראוס, שתפקידו הוא להאיר את אורות המגדלור חולה ושגז'מין, מנהיגת המכון בעיר מטפלת בו. על מנת להילחם נגדה, על השחקן לשוט אל עבר האי סינווד במטרה להשיג תרופה עבור הפוקימון. השחקן מגיע לאי סינווד ופוגש את הפוקימון סוויקון ואת יוסין, שמאתגר אותו לקרב ונעלם לאחר מכן. השחקן משיג את התרופה ומנצח את צ'אק, מנהיג מכון הלחימה בעיר. בחזרתו לעיר אוליביין, השחקן נותן לג'סמין את התרופה ומנצח אותה בקרב מכון. השחקן ממשיך לעיירה מהגוני ומגלה שצוות רוקט משתמש בגלי רדיו במטרה לאלץ פוקימונים להתפתח. בהגיעו לאגם שמעל העיר, השחקן מרגיע פוקימון בשם הגרידוס האדום (אותו השחקן יכול גם ללכוד) ופוגש את לאנס, אלוף ליגת הפוקימונים. לאנס מבקש מהשחקן עזרה בעצירת צוות רוקט והשניים פורצים למחבואם בעיירה ומביסים אותם. לאחר הניצחון על צוות רוקט, השחקן נלחם נגד פרייס, מנהיג מכון הקרח בעיר ומנצח אותו. רגע לפני שהוא עוזב את העיירה, פרופסור אלם מתקשר לשחקן ומבקש ממנו שיבדוק פעילות חדשה במגדל הרדיו בעיר גולדנרוד. השחקן מגיע למגדל ומגלה שצוות רוקט השתלטו עליו ונעזרים בו במטרה לשלוח קריאה לג'ובאני, מנהיג הצוות לשעבר שיחזור וינהיג אותם. השחקן פוגש את סילבר (שהתכוון לנצח את צוות רוקט בעצמו) במגדל הרדיו וסילבר מתחיל לתהות בקשר לדרך שבה הוא מתייחס לפוקימונים. לאחר מכן, השחקן מצליח לנצח את צוות רוקט ומרחיק אותם ממגדל הרדיו ומקבל ממנהל המגדל את "כנף הקשת" (לב זהב) / "כנף הכסף" (נשמת כסף). במעשיו, השחקן פירק את צוות רוקט בשנית.
בהמשך מסעו, השחקן פוגש רקדנית קימונו נוספת במערת הקרח ומסייע לה לצאת מהמערה בבטחה. לאחר שעבר את מערת הקרח והגיע לעיר בלאקת'ורן במטרה להתחרות עם קלייר, מנהיגת מכון הדרקון בעיר. לאחר הקרב, השחקן נקרא אל "מאורת הדרקון" בעיר ולאחר ראיון שזקני העיר עורכים לו, הוא מקבל את התג השמיני והאחרון. לאחר שהשיג שמונה תגי מכון, פרופסור אלם מפציר בשחקן להגיע אל מגדל הפעמון בעיר אקרוטיק במטרה ללכוד את הפוקימון האגדי הו-או (לב זהב) / איי המערבולת במטרה ללכוד את הפוקימון האגדי לוגיה (נשמת כסף). בהגיעו למקומות, השחקן נלחם נגד להקת רקדניות הקימונו שהוא פגש במהלך המשחק ולאחר שניצח אותן, הוא מוכרז כראוי ולוכד את הו-או / לוגיה.
ליגת הפוקימונים ממוקמת במחוז קאנטו והשחקן שוחה מהעיר ניו ברק לכיוונה. השחקן מגיע אל דרך הניצחון ונלחם נגד סילבר, שממשיך לפקפק בעצמו. השחקן מגיע אל ליגת הפוקימונים, מנצח את חברי רביעיית האליט ואת לאנס ומוכתר כאלוף החדש.