מטריקס Reloaded
עלילת הסרט

העלילה מתרחשת שישה חודשים אחרי האירועים מהסרט הראשון, מטריקס. ניאו, הפרוטגוניסט, מתעורר מסיוט שבו טריניטי, אהובתו ושותפתו למאבק במכונות, נורית על ידי סוכן של המטריקס, תוך שהם נופלים מבניין. מורפיאוס (קפטן הספינה נבוכדנצר בה נמצאים ניאו וטריניטי) מקבל הודעה מקפטן ניובי (מפקדתה של הלוגוס) הקורא לישיבת חירום של כל ספינות ציון. ציון, בסיס האם של בני-האדם, איששה את המסר האחרון של אוסיריס: צבא זקיפים של המכונות חופר מנהרה לכיוון ציון ויגיע בתוך 72 שעות. המפקד לוק, הקצין העליון של ציון, פוקד על כל הספינות לחזור לציון כדי להתכונן להסתערות. מורפיאוס מבקש שספינה אחת תישאר על מנת לתקשר עם האורקל, בניגוד להוראת המפקד לוק. ספינת הקדוסאוס מקבלת הודעה מהאורקל, ונבוכדנצר מסתננת כדי שניאו יוכל לתקשר איתה. חבר צוות בקדוסאוס, ביין, נתקל בסוכן סמית', שמשכפל את דמותו אל גופו של ביין. סמית' עוזב את המטריקס, תוך כדי שליטה על גופו האמיתי של ביין.
בציון, מורפיאוס מבשר לקהילה את החדשות על המכונות המתקדמות. ניאו מקבל הודעה מהאורקל וחוזר אל המטריקס כדי לפגוש אותה. לאחר שהבין שהנביאה (האורקל) היא חלק מהמטריקס, שואל אותה ניאו כיצד יוכל לסמוך עליה; היא עונה לו שזו החלטתו. האורקל מסבירה שהיא תוכנה שהוגלתה, ומורה לניאו להשיג את מקור המטריקס על ידי מציאת "יוצר המפתחות" שהוא כעת אסיר בבית המרובינג'יאן (מרובינג'יאן הוא תוכנה סוררת המגולמת על-ידי צרפתי, נקרא על שם המרובינגים מלכי הפרנקים). "יוצר המפתחות" הוא דמות שיכולה ליצור מפתחות לשערים מוסתרים בתוך המטריקס.
כשהאורקל עוזבת, סמית' מופיע ומבהיר לניאו שלאחר שהובס, הוא ידע כי הוא נועד לחזור למקור ולהימחק, אך סרב. הוא מציג את יכולתו לשכפל את עצמו על ידי שימוש באנשים אחרים במטריקס כ"מארחים" כולל שימוש ב"סוכנים". לאחר מכן, הוא מנסה להשתמש בניאו כ"מארח", אך נכשל. סמית' יוזם מאבק בין השכפולים שלו לבין ניאו. ניאו מנסה להיאבק, אך כשמצטרפים למאבק עוד ועוד שכפולי סמית', נאלץ ניאו, בסופו של דבר, לברוח.
ניאו, מורפיאוס וטריניטי מבקרים את המרובינג'יאן ומחפשים את יוצר המפתחות, אך המרובינג'יאן מסרב לבקשתם. אשתו פרספונה, המיואשת מהתנהגות בעלה הבוגדני, נוקמת בו ומובילה את השלישייה ליוצר המפתחות. בתוך כך מופיע המרובינג'יאן עם אנשיו. מתפתח קרב ובמהלכו מורפיאוס, טריניטי ויוצר המפתחות מצליחים להימלט תוך שצמד התאומים מאנשי המרובינג'יאן רודפים אחריהם. ניאו שמתעכב בקרב פותח דלת המובילה אותו לרכס הרים לא מוכר. משם הוא מעופף במטרה לפגוש ולסייע למורפיאוס וטריניטי. בינתיים  מורפיאוס וטריניטי מנסים לברוח עם יוצר המפתחות בכביש המהיר, תוך התמודדות עם מספר סוכנים והתאומים. בסופו של דבר, טריניטי מצליחה להימלט, מורפיאוס מחסל את התאומים, וניאו מציל את מורפיאוס ויוצר המפתחות מסוכנים שהצטרפו למרדף.
הספינות הנותרות של ציון מתכוננות להילחם במכונות. בתוך המטריקס, צוותים משלוש ספינות מסייעים ליוצר המפתחות ולניאו להגיע לדלת המקור. צוות ספינה אחת חייב להשמיד תחנת־כוח וצוות ספינה שנייה צריך להשמיד תחנת כוח גיבוי כדי לאפשר עקיפה של מערכת האבטחה המובילה אל המקור ולאפשר שימוש במפתחותיו של יוצר המפתחות. לאחר השמדת תחנת הכוח על ידי הספינה הראשונה, מושמדת הספינה השנייה על ידי הזקיפים, שאינם מותירים אדם חי. למרות שניאו ביקש שטריניטי תישאר על הנבוכדנאצר, היא נכנסת למטריקס ומשמידה את תחנת הגיבוי. אך בריחתה מתגלה על ידי סוכן והיא נלחמת ומנסה להימלט. כשניאו, מורפיאוס ויוצר המפתחות מגיעים למקור דרך מסדרון קיצורי דרך לדלתות האחרות במטריקס, הסוכנים מופיעים ומנסים להרגם. יוצר המפתחות פותח את הדלת למקור, ומאפשר לניאו ומורפיאוס לברוח, אך נהרג בעצמו.
ניאו פוגש תוכנה אנתרופומורפית הנקראת "הארכיטקט" - יוצר המטריקס. הארכיטקט אומר לו שהיו עד כה שש גרסאות של המטריקס, ושש גרסאות של ה"אחד" - תוכנית שמטרתה למנוע את קריסת המערכת של המטריקס שנובעת מהקונספט של בחירה אנושית שקיימת בתוכה. כשהאנושות דחתה את המטריקס המושלם כמו גם את המטריקס האיום, המכונות הבינו שהאנושות צריכה הייתה את הכח לבחור על מנת לקבל אותם. המטריקס הרִגְעִי פגום, ונשאר כמשוואה לא מאוזנת, כאשר "האחד" הוא סכום שארית הפגמים. מטרתו של "האחד" היא לחזור למקור, ולאפס את המטריקס למטרתה העיקרית. לאחר מכן, יבחר שש עשרה נקבות ושבעה זכרים שיֵלְּדוּ מחדש את ציון ויספקו דור התקוממות חדש. אחרת, השגיאה הבלתי־פתורה תצא משליטה, תשמיד את האנושות המחוברת למטריקס, ויחד עם הקרב בציון יגיע קץ המין האנושי. ניאו משיב שהמכונות מוכרחות לקיים את בני־האדם כדי לשרוד ולא יאפשרו זאת; הארכיטקט משיב שישנם שלבי הישרדות שהם מוכנים לקבל.
הארכיטקט מציע לניאו שתי אפשרויות לצאת מהחדר: דלת אחת המובילה למקור ולאיפוס המטריקס, והשנייה תוביל להצלתה של אהובתו, טריניטי, אך לכישלון המטריקס ולהרס האנושות. ניאו שם לב למאבקה של טריניטי עם הסוכן במסכים, ושב למטריקס כדי להציל אותה. אהבתו של ניאו לטריניטי נראית כהישנות חדשה במטריקס – בעת של"אחדים" הקודמים לא הייתה סיבה לבחור בהרס האנושות על קבלת תפקידם, ניאו בוחר להציל את טריניטי במחיר הישרדות המין האנושי, למרות כמעט הוודאות שזו תמות בכל מקרה לאחר הרס ציון.
ניאו ממהר להציל את טריניטי שנורתה על ידי הסוכן הרודף אחריה תוך נפילתם מהבניין, הוא מצליח לתפוס את טריניטי בטרם תתרסק על הקרקע. אך מוצא שהכדור המית אותה. הוא מסרב להאמין שמתה, שולף מגופה את הקליע ומחייה אותה. הם חוזרים לעולם האמיתי. על הנבוכדנאצר, ניאו מגלה שהנבואה שקרית וציון עומדת להיכחד בתוך 24 שעות. זקיפים משמידים את הספינה, ומיד לאחר מכן מציל ניאו את חברתו על ידי שימוש ביכולת בלתי ידועה קודם לכן להפסיק את פעולת הזקיפים, ואז מאבד את הכרתו. הצוות מחולץ על ידי ספינת החלל מג'ולניר (הידועה גם בשמה האמר), וצוותה מסביר שהוביל מתקפה כנגד הזקיפים המתקדמים לציון. האסטרטגיה הייתה להשתמש במערכת ה-EMP של הספינה ולהישאר מחוץ לטווח של כל אחד, אך ה-EMP פוצץ על ידי הקדוסאוס לפני שהספינות היו מוכנות. ספינות רבות נשארו ללא כח, עם מעט שורדים בורחים, הזקיפים השמידו כל ספינה שלא  יכולה הייתה לנוס. כאשר המכונות שבו לחפור, המג'ולניר חיפשה שורדים ומצאה רק שורד אחד: שהוא ביין, הנשלט על ידי הסוכן סמית'.