קתדרלת יוחנן הקדוש (ולטה)
המבנה > הקפלות

משני צדי הספינה הראשית שוכנות הקפלות הצדדיות. בקתדרלה שמונה קפלות, ארבע מכל צד, וארבעה מעברים, שניים מכל צד. כל הקפלות נקראות על שם שמונה לשונות ההוספיטלרים (Langues), הכינוי הרשמי שניתן ליחידות הלאומיות של המסדר. הלשונות העיקריות זכו לקפלות קרובות יותר אל המזבח הראשי.
קפלת אנגלו-בוואריה (תרשים - 1) נודעה עד המאה ה-18 כקפלת הרליקים, אך אז הוקדשה לחשמן הקדוש קארלו בורומאו (Carlo Borromeo, ‏ 1538-1584), הארכיבישוף של מילאנו. המזבח עשוי משיש צבעוני בסגנון המאה ה-18, ומוקדש לבתולה. עליו ניצב קרוסיפיקס מוזהב, מעשה ידיו של האמן הרומאי, אלסנדרו אלגארדי. שער הארד של הקפלה ניצב על גבי מעקה, והוא הועבר למקומו מקפלת המדונה מפילרמוס (ראו להלן), בה שימש כאיקונוסטאזיס. מתחת לקפלה ולאזור המקודש שוכנת קריפטת הקבורה של 11 הגראנד מאסטרים הראשונים ששלטו במלטה, ואביר נוסף, והגישה אליה היא מהקפלה.
קפלת פרובאנס (תרשים - 2) - המזבח בקפלה זו הוא מעשה ידיו של פרטי בשנות ה-20 של המאה ה-17, אך הוא חודש וצופה בשיש לבן ב-1732. המזבח נושא איקונין של המלאך מיכאל, שלו מוקדשת הקפלה. לאורך קירותיה הצדדיים של הקפלה טמונים שניים מהגראנד מאסטרים - אנטואן דה פול (Antoine de Paule) וז'אן לסקאריס קסטליאר (Jean Lascaris Castellar) - וקבריהם מעוצבים בסגנון מנייריסטי. בקפלה לונטה המציגה את הופעתו של מיכאל הקדוש על הר גרגאנו.
קפלת צרפת (תרשים - 3) מוקדשת לשיחת פאולוס הקדוש (האירוע שבעקבותיו היה פאולוס למאמינו של ישו). קפלה זו עברה שיפוצים מרחיקי לכת במיוחד, הן במאה ה-17, עת נוספו לה פסלים ותבליטים, והן במאה ה-19, עת נערכו בה שינויים בסגנון התנועה הנצרנית. בית המלוכה הצרפתי מיוצג בעיטורי פלר דה ליס על קירות הקפלה, ועל כיפתה סמל פלר דה ליס גדול נוסף הנישא על ידי שני מלאכים. המזבח בקפלה הוצב בה ב-1614, והוא עשוי בפשטות משיש לבן. הוא מציג את השלכתו של פאולוס מהסוס בדרכו לדמשק מעשה ידיו של פרטי. על הלונטה בקפלה ציור המציג את אונייתו הטרופה של פאולוס בחופי מלטה וציור נוסף המתאר את עריפת ראשו ברומא. בקפלה שני מונומנטים לשני גראנד מאסטרים נוספים - אדריאן דה ויניאקור (Adrien de Wignacourt), פרה עמנואל דה רוהאן (Fra Emmanuel de Rohan) - ושרידיהם טמונים כדי קבורה במקום. בקפלה שני קברים נוספים - האחד של אחיו של ויניאקור, אשר מת בעת שביקר במלטה ב-1615; והאחר של הוויקונט דה בוז'ולה, אחיו של לואי פיליפ מלך צרפת, אשר מת גם הוא במלטה ב-1808.
קפלת איטליה (תרשים - 4) מוקדשת לקתרינה מאלכסנדריה, פטרוניתם של ההוספיטלרים האיטלקים. המזבח הוא מעשה ידיו של פרטי, ומעליו ציור גדול המתאר את נישואיה המיסטיים. הלונטות משני צדדי הקפלה מתארות את פולמוסה של הקדושה (משמאל), ואת מותה בשל אמונתה (מימין). הקפלה מעוטרת בעלי קוציץ וסמל של עיט דו-ראשי מייצג את בית המלוכה הספרדי דווקא. מימין ניצב מונומנט המוקדש לגראנד מאסטר גרגוריו קראפה (Gregorio Carafa), והרצפה עשויה מלוחות קבורה מהמאות ה-17 וה-18. הקפלה שופצה על ידי ממשלת איטליה בשנת 2005.
קפלת גרמניה (תרשים - 5) מוקדשת להתגלותו של ישו, והיא השתייכה לא רק לאבירים מגרמניה, אלא גם לכאלה מאוסטריה, מהולנד ומארצות סקנדינביה. המזבח מתאר את הערצת שלושת האמגושים.
קפלת המדונה מפילרמוס (תרשים - 6) נחשבה לאחת החשובות בקפלות הקתדרלה, שכן בה נשמר האיקונין עושה הנפלאות של המדונה מפילרמוס (Madonna of Philermos), אשר היה בחזקת האבירים עוד בירושלים. האבירים הפנו את תחינותיהם לניצחון בקרב אל המדונה מפילרמוס, ואם זכו בניצחון, העניקו לה את מפתחות המבצרים שכבשו. המפתחות תולים בקפלה עד היום. כאשר ההוספיטלרים נאלצו לעזוב את מלטה ב-1798, הם לקחו עימם את האיקונין לסנקט פטרבורג ולבסוף התגלגל למוזיאון במונטנגרו, שם הוא שמור כיום. בקפלה שערים מצופים כסף מהמאה ה-18 המשמשים כאיקונוסטאזיס.
קפלת אוברן (תרשים - 7) מוקדשת לסבסטיאן הקדוש. המזבח בקפלה הוא אחד משני העתיקים בקתדרלה (יחד עם זה של קפלת פרובאנס) והוא מעוטר בעמודונים לולייניים. מעל המזבח מתואר מותו בשל אמונתו של סבסטיאן הקדוש, ובשתי לונטות בקפלה מתוארות סצנות מחייו. בקפלה שוכן קברו של הגראנד מאסטר אנה דה קלרמון דה שאט-גאסאן (Annet de Clermont de Chattes-Gessan).
קפלת אראגון (תרשים - 8 ) מוקדשת לגאורגיוס הקדוש, הקדוש המגן של האבירים מאראגון. המזבח בקפלה הוא יצירתו הראשונה של פרטי בכנסייה, ומציג את הקדוש בהורגו את הדרקון.
קפלת קסטיליה, לאון ופורטוגל (תרשים - 9) מוקדשת ליעקב בן חלפי, הקדוש המגן של ספרד, ועל המזבח נראית דמותו כשעל חזהו סמלו - הצדפה. בקפלה קבורים הגראנד מאסטרים אנטוניו דה ויליינה (Anton Manoel de Vilhena) ומנואל פינטו דה פונסקה (Manuel Pinto da Fonseca).