באטמן: ארקהם אוריג'ינס
עלילה

ברוס ווין נכנס למערת העטלף (באט-קייב), ולאחר ששומע כי המסיכה השחורה פרץ לכלא בלאקגייט, הוא לובש את חליפת העטלף. אלפרד מנסה לעצור בעדו ואומר לו כי זהו חג המולד, אך באטמן לא מקשיב ונכנס לבאטווינג ועף לכלא בלאקגייט. באטמן מציל את מנהל הכלא ורואה רובוט קטן ומעופף - רכוש של הפינגווין. הוא מגיע לחדר הגז, מגלה כי המסיכה השחורה וקילר קרוק הרגו מפקח משטרתי באותו חדר. באטמן לאחר מכן נאלץ להילחם בקילר קרוק. באטמן מביס את קילר קרוק, שבמילותיו האחרונות אומר לו כי המסיכה השחורה שם כסף על ראשו של באטמן - אחד מתוך שמונת המתנקשים החזקים והטובים ביותר ביקום DC, יצטרך להרוג את באטמן ויקבל 50 מיליון דולר.
באטמן חוזר למערה, ואומר לאלפרד כי הוא יוצא למרדף אחרי הפינגווין. באטמן טס בבאטווינג ומגלה הפרעה בתקשורת בנתיבי הטיסה האוטומטית של הבאטווינג ונאלץ להשמיד את הגורם המשבש. לאחר זמן מה, מגלה כי אדם בשם אניגמה עוצר את פעולות הלווין שעוזרות לבאטווינג לטוס, באותו זמן מגלה באטמן עסקת החלפת נשק עם יד ימינו של הפינגווין. באטמן מגיע לשם, חוקר אותו ומגלה שפינגווין מסתתר בספינה ישנה, "ההצעה האחרונה". לאחר שמגיע לשם, נאלץ להילחם באחד המתנקשים, אלקטרו - קיושינר (אותו מביס במכה אחת בלבד). באטמן חוקר את הפינגווין למה המסיכה השחורה שם פרס על ראשו, והפינגווין מספר לו כי היה רצח לפני מספר ימים באחד המגדלים בגות'הם. לאחר שמספיק הפינגווין לדבר, מושך ד'תסטרוק את באטמן ברגל מבלי ששם לב, ומתנהל ביניהם קרב.
לאחר שמביס באטמן את ד'תסטרוק, הוא יוצא מהספינה לפענח את מקרה הרצח. לאחר שמגיע למקום, מוצג אופן משחק משופר של פיענוח מקרי רצח. באטמן מגלה קורבן הלובש מסיכה שחורה, יורה לא מזוהה שירה בלובש המסיכה, אדם לא מזוהה שנכנס דרך החלון כדי להתנקש ביורה וחברתו של המסיכה השחורה שנורתה בעודה תלויה מאדם לא מזוהה נוסף שירה בה בעודו נגרר על ידי היורה. בנוסף, מגלה בטלפון של קורבן את השם "הג'וקר". באטמן מבין שדגימות DNA של הקורבנות והאנונימים נמצאות במתחם המשטרתי של גות'הם, והוא צריך לפרוץ לשם. אלפרד מציע לו לקחת את "מפיץ הזעזוע", גאדג'ט חדש שגורם להלם מוחי לכמה שניות, כדי שלבאטמן יהיה יתרון בקרבות עם אנשי המשטרה.
באטמן נכנס לבניין המשטרה של ג'ותהם ומגלה כי נמצאים שם בכוננות גבוהה עם אנשי SWAT, שלאחר מכן מגלה כי גם הם חתמו על העסקה של המסיכה השחורה. באטמן פוגש את ג'ים גורדון, אחד השוטרים היחידים שנשארו נאמנים לחוק ולא מבצע עסקאות עם פושעים. שם מקבל עוד גאדג'ט, שמנטרל נשקים ומוצרים חשמליים (כמו במשחק הקודם). הוא מגיע לחדר השרתים של המשטרה, שם הבת של ג'ים גורדון מספרת לו כי הוא צריך לרדת לצנרת הביוב של גות'הם כדי לקבל את כל המידע. באטמן יורד לביוב מגלה כי אנשיו של המסיכה השחורה עומדים לפוצץ את בניין המשטרה, ועוצר בעדם. לאחר שפורץ לשרתים בביוב, מגלה כי גופת המסיכה השחורה הייתה רק כפיל של המסיכה השחורה האמיתית, והאדם נגרר הוא המסיכה השחורה האמיתית - שנאלץ לירות בחברה שלו. לאחר שתוהה מי המפלצת שיגרום לאדם להרוג את אהובתו, מגלה כי זהו הג'וקר. הוא גם מגלה כי המסיכה השחורה והג'וקר בדרכם לבנק הסוחרים של גות'הם. שם מגלה כי המסיכה השחורה היה בעצם הג'וקר עצמו, כל הפעולות של המסיכה השחורה, היו של הג'וקר - הוא שכר את המתנקשים, הוא חתם על העסקה עם המשטרה והוא זה שהורה על אנשי המסיכה השחורה לפוצץ את בניין המשטרה.
לאחר שחוקר את אחד מאנשיו של המסיכה השחורה, מגלה באטמן כי הג'וקר בדרכו לטחנת הפלדה שבבעלות המסיכה השחורה. באטמן מגיע לשם ורואה את המסיכה השחורה האמיתי קשור, לאחר שחוקר אותו, אישה דמוית נחש מתנפלת עליו במהירות, קופרהד. היא מרעילה אותו ברעל קטלני שהורג לאחר כמה דקות, ובאטמן נאלץ להילחם בה בעודו הוזה וגוסס. לאחר שאלפרד שולח לו את הנוגדן, היא מספרת לו שהיא כל הזמן ידעה שהג'וקר הוא אחראי על העסקה, ושהוא ושאר המתנקשים הנותרים נפגשים בעוד כ. הוא משתמש בתדר האלקטרו - מגנטי מהכפפות המחשמלות של אלקטרו - קיושינר ומגיע למלון. שם רואה כי הג'וקר הורג את אלקטרו - קיושינר בגלל הכישלון שלו. אחד המתנקשים, ביין נשאר בפנטהאוס של הג'וקר מפני שחושד כי באטמן בדרכו לג'וקר והוא יביס אותו. לאחר שבאטמן עולה לשם, בין באטמן לביין מתנהל קרב, והמשטרה מגיעה.
באטמן חוזר למערה שם לוקח עוד גאדג'ט, רימון הדבק (מקביל לרימון הקרח במשחק הקודם), הג'וקר נכלא בבלאקגייט וביין בורח משם במסוק. לאחר מכן עוברים לבלאקגייט ומשחקים בתור ג'וקר ומגלים מעט פרטים על היווצרותו כנבל ושנאתו ופחדו מבאטמן. באטמן שומע מהרדיו המשטרתי כי גופתו של ביין נמצאה ועוברת סריקה, ולשם הוא מגיע. לאחר מכן, מגלה כי זוהי גופה של אחד מהאנשים של ביין, שמשתמש בסופר - סטרואיד אבל הופך את ה"מתנסה" לטיפש ופרימיטיבי. באטמן מבין שעליו להגיע למקום המחבוא של ביין כדי לגלות את מעשיו, ולהפתעתו, מגלה כי ביין יודע שברוס ויין הוא באטמן. הוא מפוצץ את המקום ושומע מהרדיו המשטרתי כי פיירפליי, אחד המתנקשים, מאיים לפוצץ את הגשר של גות'הם. לאחר שיתוף פעולה בין באטמן וג'ים גורדון, באטמן מצליח להביס אותו. הוא ממהר בחזרה למערה להודיע לאלפרד שהוא בסכנה, אך ביין מודיע לו כי המערה שלו הוחרבה ואלפרד גוסס.
באטמן מצליח לטפל באלפרד ולשקם חלק מהמערה. הם שומעים מהחדשות כי עוד פעם נפרץ כלא בלאקגייט, והפעם הג'וקר אחראי עליו. באטמן מגיע לשם שוב, ונאלץ להילחם בביין עוד פעם, עם שינוי קטן - הג'וקר התחבר לכיסא חשמלי ולביין חיבר מד דופק, בכל פעימת לב של ביין הכיסא נטען בחשמל - כך שבאטמן יצטרך להרוג את ביין כדי לא להרוג את הג'וקר, או שלא יהרוג את ביין וג'וקר ימות. באטמן מכניס את ביין למצב של קומה, ומצליח להחיות אותו באמצעות הכפפות החשמליות שלקח מאלקטרו - קיושינר. ביין מתעורר ומזריק לעצמו את הסופר - סטרואיד, כדי להרוג את באטמן אחת לתמיד, אך באטמן מביס אותו והולך אל הג'וקר, שברח לקפלה שם באטמן מכה אותו ולג'וקר שוב חוזרות הטראומות מאותו לילה שהפך אותו לכזה, בגלל באטמן. המשחק נגמר לאחר שבאטמן מרגיע את ההשתוללות בכלא וג'ים אומר לו כי בתו חושבת שהוא גיבור, וכעת הוא יודע למה. בסצנה שאחרי הכתוביות, רואים את ד'תסטרוק בכלא, ואליו מגיעה אישה המציעה לו להשתתף בעסקה, שבה יעזור לצבא ארצות הברית במשימות התנקשות ובתמורה ישחררו אותו מהכלא. לא ידוע אם הוא מסכים או לא.
בחודש דצמבר שוחררה חבילת הרחבה, בה מספר אתגרים שהיה צריך לעבור ברוס ויין כדי להפוך לנינג'ה, וזוהי הפעם הראשונה בשלושת המשחקים בהם יוצא השחקן משטח גות'הם.