כתיבת התורה בידי משה
התפתחות המחקר המדעי

ערעור על התפיסה כי משה כתב את התורה, היוותה את ראשית תחום ביקורת המקרא, שצמחה מהתפתחות הרציונליזם, בעידן ההשכלה במערב האירופי, במהלך המאות ה-17 וה-18. פילוסופים ותאולוגים כמו תומאס הובס (1588–1679), ברוך שפינוזה (1632–1677) וריצ'רד סיימון (1638–1712) החלו להטיל ספק בפרשנות המסורתית.
ב-1651, בחלק השלישי של ספרו לווייתן ("על המדינה הנוצרית"), כתב תומאס הובס כי יש מספיק ראיות לכך שהתורה נכתבה לאחר זמנו של משה, אם כי לא ברור כמה זמן לאחר מכן.
הפילוסוף היהודי המנודה ברוך שפינוזה תרם בספרו "מאמר תאולוגי-מדיני", שהתפרסם בשנת 1670, תרומה חשובה לביקורת המקרא המודרנית. הוא קרא לפתח שיטה מדעית לחקר המקרא כנהוג במדעי הטבע, באמצעות איסוף נתונים, השוואתם והסקת מסקנות. שפינוזה כתב שמשה לא יכול היה לכתוב את ההקדמה לספר החמישי במקרא, דברים, שכן הוא מעולם לא חצה את נהר הירדן לארץ המובטחת. הוא הצביע גם על בעיות אחרות כמו פסוק ט' בפרק ל"א בספר דברים, המתייחס למשה בגוף שלישי. שפינוזה היה אחד הראשונים לכתוב כי "החומש לא נתחבר בידי משה, כי אם בידי איש אחר שחי דורות רבים אחרי משה". וכן לטעון שספרי הנביאים הראשונים נכתבו "אחרי גלות בבל", כנראה בידי עזרא הסופר "שחיבר חיבור אחד מספר בראשית עד מלכים ב".
המאמר שובץ באמירות "פרו-נוצריות" רבות הנראות כאפולוגטיקה כדי למנוע את החרמתו בידי שלטונות הולנד, אך החיבור עורר סערה ציבורית, בעיקר בקרב התאולוגים הנוצרים, הקתולים ופרוטסטנטים כאחד, ולהתעלמות או ביקורת מצד היהודים. כוונותיו הטובות של שפינוזה לא עזרו לו, והוא וכתביו הוחרמו על ידי השלטונות. החיבור תואר בידי מתנגדיו בני התקופה כ'מזיק ונתעב', 'משחית ביותר', 'שלוח רסן באופן בלתי נסבל', 'חתרני', 'מחרף ומגדף', 'שטני' ו'אתיאיסטי'.
בשנת 1753 פרסם הרופא הצרפתי ז'אן אסטרוק ספר בשם "השערות בדבר התעודות שבהן השתמש משה כדי לחבר את ספר בראשית". אסטרוק, שביקש להוכיח את קדמותו של ספר בראשית ולהפריך את טענותיהם של שפינוזה והובס, היה הראשון שהפעיל על התורה את הכלים המתודיים שפותחו באותה עת בתחום הפילולוגיה הקלאסית. אסטרוק פרסם את ספרו בעילום שם. והספר פורסם בבריסל, מעבר להישג ידם של הרשויות בצרפת. ההגנה שכזו נדרשה עקב הקונטרה-רפורמציה בצרפת ורדיפות ההוגנוטים שהתחוללו באזור לידתו של אסטרוק. בתקופתו של אסטרוק, סופרי האנציקלופדיה הגדולה עבדו תחת לחץ גדול ובסתר, הכנסייה הקתולית לא הייתה סובלנית לביקורת המקראית.
אסטרוק הסיק שבספר בראשית קיימים סיפורים כפולים, המדווחים על אותו אירוע, ואינם תואמים זה את זה בכל פרטיהם. הדוגמה המוכרת ביותר היא סיפור הבריאה המופיע בבראשית, א', שלדברי מבקרי המקרא עומד בסתירה לסיפור הבריאה המופיע בבראשית, ב' (ר' להלן). אסטרוק הבחין שבסדרה אחת של סיפורים האל מכונה בשם "יהוה", ואילו באחרת הוא מכונה בשם "אלהים". הוא העלה את הרעיון שהמקור להבדל טמון בעובדה שהתורה מורכבת משני מקורות ספרותיים עצמאיים, שחוברו על ידי עורך לרצף סיפורי אחד. כדי לשחזר את המקורות הללו, הפריד אסטרוק את הסיפורים המשתמשים בשם "אלהים" מן הסיפורים המשתמשים בשם "יהוה". נוסף לכך איתר אסטרוק כמה קטעים קצרים, שלטענתו, אינם משתייכים לאחד משני המקורות העיקריים אלא שולבו בטקסט בנפרד. את מעשה העריכה ייחס אסטרוק למשה. עבודתו של אסטרוק הייתה תחילתה של ביקורת המקרא, ומכיוון שהיא הפכה לתבנית עבור כל הבאים, הוא מכונה לעיתים קרובות "אבי ביקורת המקרא".
כשני עשורים לאחר מכן, החל מ-1780, ערך יוהאן גוטפריד אייכהורן חלוקה דומה, וטבע לראשונה את המונחים "מקור אלוהיסטי" (ובקיצור E) ו"מקור יהוויסטי" (ובקיצור J).‏ בתחילה אייכהורן תמך בסברה שמשה הוא שערך את התורה, אך מאוחר יותר חזר בו מקביעתו זו. זו הייתה החלוקה הראשונה של התורה לשני מקורות שונים, אם כי היא שייכה את יצירת המקורות לשלב מוקדם בהרבה מהנהוג כיום. אייכהורן נקרא "מייסד הביקורת המודרנית של הברית הישנה". הוא זיהה את היקפה ואת בעיותיה, והחל הרבה מהדיונים החשובים ביותר. מחקריו הובילו אותו למסקנה ש"רוב הכתבים העבריים עברו כמה ידיים".
בשנת 1805 פרסם החוקר הגרמני וילהלם מרטין לברכט דה וטה מחקר על ספר דברים, והצביע על אופייה המיוחד של סדרת החוקים המופיעה בו. לטענתו, המאפיין המרכזי של אוסף החוקים המופיע בספר דברים, פרק י"ב-פרק כ"ו הוא הדרישה לריכוז הפולחן במקום אחד וביעור כל מקומות הפולחן האחרים. הדרישה החוזרת ונשנית לריכוז הפולחן קושרת את חוקת ספר דברים לרפורמת יאשיהו, המתוארת בספר מלכים ב', פרק כ"ב-כ"ג. על פי הדיווח במקרא, בשנה ה-18 למלכות יאשיהו ביהודה, מצא חלקיה הכהן במקדש ספר המכונה "ספר התורה", והעבירו לשפן הסופר שהביאו והקריאו בפני יאשיהו. בעקבות הגילוי הודה יאשיהו שהוא ואבותיו סטו מדבר האל, וערך רפורמה מרחיקת לכת, שלדברי דה וטה עיקרה ריכוז הפולחן וביעור הבמות והמזבחות האחרים. המושג "ספר התורה" מוזכר בתורה ארבע פעמים בלבד, כולן בספר דברים. דה וטה הגיע למסקנה שהספר עליו מסופר במלכים ב אינו אלא ספר דברים. יתר על כן, הוא טען שהספר הועלה על הכתב בימי המלך יאשיהו, על מנת להצדיק את הרפורמה שערך. חוקרים אחרים טענו, בעקבות העובדה שספר דברים מחזק את מעמד בית המקדש והכהנים, שהוא נכתב על ידי הכהנים בתקופת יאשיהו כדי לחזק את כוחם הפוליטי.
בשלהי המאה ה-19 פעל יוליוס ולהאוזן בתחום ביקורת המקרא. הוא נודע בעיקר בזכות השערת התעודות לפיה חמשת חומשי תורה נערכו על ידי איחוד של מספר תעודות קדומות יותר, שכל אחת מהן היא בעלת נרטיב עצמאי ושלם של מיתוסים מקבילים במידה רבה. ב-1883 ולהאוזן פרסם את תמיכתו בתאוריה ב-Prolegomena zur Geschichte Israels, שהתפרסם תחילה ב-1878 כ-Geschichte Israels.