נמלטים
עלילת הסדרה > עונה 4

פרקים 58 - 81 (24 פרקים). החלה ב-1 בספטמבר 2008 והסתיימה ב-27 במאי 2009. ד"ר שרה טנקרדי, שהופיעה בחלק קטן בעונה השלישית, שבה להיות דמות מרכזית בעונה זו.
בתחילת העונה מגלים מה עלה בגורלם של הדמויות:
סוכן "חברה" מנסה להתנקש בחיי לינקולן הוא מצליח להורגו אך נתפס על ידי המשטרה. בשריפה שהייתה בכלא "סונה" הצליח להימלט תיאודור "טי-באג", ובמקום לחיות חיים טובים עם הכסף שגנב מלצ'רו טרם מותו בעונה הקודמת, מחליט למצוא את מייקל ולהתנקם בו. לאחר שנשדד מכספו, מחליט לפענח את הרמזים שיש בספר הציפורים שגנב מוויסלר טרם בריחתו. תוכניתם של וויסלר, גרטשן ואלכס מהון לגנוב את "סילה" - כרטיס אלקטרוני המהווה סוג של "פנקס שחור" של "החברה" (וכן מכיל מידע טכנולוגי עתידני) ומלבד שוויו הרב יכול להפיל את "החברה" - מתגלה. הם מצליחים לגנוב את הכרטיס כביכול עבור "הגנרל" (המנכ"ל של "החברה") אבל ויסלר מחליט לשמור את הכרטיס בעצמו כדי להפיל את "החברה" ו"הגנרל" שולח מתנקשים בעקבותיהם ואחד מהם רוצח את בנו של מהון. מייקל מתכנן את נקמתו בויסלר וגרטשן על מותה של שרה, אך מהון מגלה לו כי שיקרו לו ושרה חיה. מהון מציע לו להצטרף אליהם להפיל את ה"חברה". מייקל מסרב, וויסלר נורה למוות ומהון בורח. מייקל מצליח לאתר את שרה, שאכן בחיים, אך נתפס על ידי המשטרה. פרננדו סוקרה ובראד בליק ברחו גם הם בשריפה של כלא "סונה" ונתפסים על ידי המשטרה זמן לא רב לאחר בריחתם.
סוכן של הגנת המולדת בשם דון סלף מציע למייקל את עסקת חייו. הוא ישיג לו את "סילה" ובתמורה תינתן לו ולאחיו חנינה מלאה. מייקל מבקש לאחד את כל החבורה - לינקולן, שרה, פרננדו סוקרה, אלכס מהון ובראד בליק (אנשים עליהם הוא סומך) ובתמורה כולם יקבלו חנינה. החבורה מגלה ש"סילה" היא סוג של תוכנה שהמפתחות לפענוחה הם 6 כרטיסים אלקטרוניים שניתנו לאנשי מפתח (כמו סנטורים) העובדים ב"חברה". לאחר תוכנית מחוכמת במיוחד (במהלכה בראד בליק מת) החבורה מצליחה להשיג את "סילה" אבל הסוכן דון סלף בוגד בהם ומנסה למכור אותה בעצמו. נואשים להוכיח את חפותם הם פונים לממונה על דון סלף, אך הוא מנסה להשתיק את הפרשה ולרצוח את כולם. מייקל מבין ברגע האחרון שמדובר במלכודת ומחליט על דעת עצמו כי ישיגו את "סילה" בחזרה מדון סלף. מייקל מצליח להשיג את "סילה", אך מאבד אותה שוב לאחר שהוא מתמוטט במהלך הבריחה (מגידול בראשו) ונתפס על ידי סוכני ה"חברה".
לאור העובדה שמייקל גוסס, "סילה" איננה והחבורה שוב בורחת מהחוק, מחליט לינקולן לעשות עסקה עם "הגנרל" ולהשיג עבורו את "סילה" תמורת חייו של מייקל (הניתוח שהיה זקוק לו) וחירותם של החבורה. סלף, טי-באג וגרטשן מצליחים למצוא קונה מסתורי ל"סילה" אך הוא מסדר אותם וגונב את "סילה". השלישייה מבצעת עסקה דומה עם "הגנרל" ומצטרפת ללינקולן. מייקל מתאושש מהניתוח ומגלה ש"סילה" היא לא הפנקס השחור של "החברה", אלא קובץ עם טכנולוגיה עתידנית, כמו ניצול אנרגיה סולרית באופן מרבי וגידולים שלא צורכים מים להשקיה. "החברה" מנסה לגייס אותו לשורותיה בכך שמגלה לו שגם אימו עובדת ב"חברה" (ולא מתה לפני שנים) ומספרת לו על העסקה שעשה אחיו. מייקל בורח מה"חברה" בעזרת שרה ומנסה לשכנע את לינקולן לסגת מהעסקה שביצע. כתוצאה מכך האחים נמצאים משני צידי המתרס: מייקל רוצה להשיג את "סילה" כדי להשמיד את ה"חברה" בעוד שלינקולן רוצה את "סילה" כדי להחזירה ל"חברה" ולהיות חופשי. בנוסף מסתבר כי אימם של השניים היא הקונה המסתורי ומחזיקה ב"סילה".
עזרה מגיעה מכיוון לא צפוי כאשר מתברר שפול קלרמן, שעדותו זיכתה את שרה ולינקולן ונרצח בעונה שנייה, עודנו בחיים וכעת יוצר קשר עם מייקל להשיג את "סילה". בתמורה לכך תסתיים בריחתם והם יוכלו להתחיל בחיים חדשים. מייקל מסכים ו"סילה" מועברת לנציג האו"ם ובעבור זה מטוהר שמם של מייקל סקופילד, שרה טנקרדי, לינקולן בורוז, פרננדו סוקרה, אלכסנדר מהון ובנג'ימן פרנקלין ("סי-נוט"). החבורה לא תמכה בשחרורו של טי באג, שהיה פדופיל עם דם על הידיים, והוא חזר לכלא "פוקס ריבר".
בסוף העונה מוצג אפילוג המתרחש לאחר 4 שנים. אלכסנדר מהון נמצא בקשר רומנטי עם הסוכנת לאנג. לינקולן חוזר לחיות עם סופיה ואל-ג'יי בנו. סוקרה חי עם משפחתו. דון סלף הפך לצמח מרותק לכיסא גלגלים עקב הרעל שהוזרק לגופו. בנג'מין פרנקלין השתקע בביתו. סוכן השירות החשאי פול קלרמן נבחר להיות חבר בית הנבחרים של ארצות הברית. הגנרל קראנץ הוצא להורג בכיסא חשמלי. טי-באג חזר לכלא "פוקס ריבר". שרה קראה לבנה מייקל, על שם אביו שנהרג.