היסטוריה של קרואטיה
קרואטיה באיחוד עם הונגריה (1102–1917) > קרואטיה באימפריה הרומית הקדושה (1527–1806)

לאחר קרב מוהאץ', ב-1527 האצילים הקרואטים (וההונגרים כמובן) היו צריכים לבחור מלך חדש. לאחר שארגנו אספה בצטין (Cetinski Sabor), האצילים הקרואטים בחרו בפרדיננד הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ארכידוכס אוסטריה לבית הבסבורג. חלק מהאצילים דווקא העדיפו את יאנוש זאפויה, אשר טען לכתר הונגריה, אך אלו חזרו בדבריהם לאחר מותו בשנת 1540.
שינוי המנהיגות כלל לא היווה פתרון למלחמה בטורקים, ולמעשה, האימפריה העות'מאנית התרחבה במאה ה-16 וכללה כעת את סלבוניה ואת מערב בוסניה. כשסולימאן הראשון, הסולטאן העות'מאני, ראה את המאבק בין מקסימיליאן השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה לבין זיגמונט השני, מלך פולין, הוא ניצל את ההזדמנות ופשט על הונגריה ב-1565 עם צבא של 150,000 חיילים. העות'מאנים התקדמו צפונה בהצלחה רבה, עד 1566, כשהם החליטו לקצר את הדרך לווינה ולעבור ליד מבצר סיגט (סיגטבאר, Szigetvár) שאותו הם נכשלו לכבוש עשור קודם לכן.
על המבצר הקטן הגן הרוזן ניקולה שוביץ' זרינסקי עם צבא קטן המונה 2,500 חיילים. הם הצליחו להחזיק במבצר במשך חודש, עד שחוסלו בידי הצבא הטורקי. הקרב הזה אפשר לאוסטרים לקנות זמן ולארגן את צבאם לפני שהטורקים יכלו להגיע לווינה.
על-פי הוראות המלך ב-1553 ו-1578, קרואטיה וסלבוניה הוכרזו כ"חזית צבאית" (Vojna Krajina, גרמנית: Militärgrenze) אשר נשלט הישר ממפקדת הצבא בווינה. בגלל הקרבה המסוכנת לצבאות העות'מאנים, האזור הפך שומם מאדם, לכן עודדה אוסטריה יישוב סרבי, גרמני, הונגרי, צ'כי, סלובקי ורוסי בחזית, מה שיצר אזור המיושב בידי אנשים ממוצא מגוון.
ההשפעות השליליות של פיאודליזם תפסו תאוצה ב-1573 כשאיכרים בצפון קרואטיה ובסלובניה מרדו באדוניהם הפאודלים מפאת אי-צדק, כמו מיסים מוגזמים והפליית נשים. מאתיה גובץ (Matija Gubec) היה בין הבולטים ממנהיגי המרד. בינואר 1573 איכרים מרדו ביותר מ-60 אזורים ברחבי קרואטיה וסלובניה, אך המרד דוכא בתחילת פברואר של אותה שנה. מאטיה גובץ ועוד אלפים הוצאו להורג בפומבי, כדי להוות דוגמה לציבור.
ב-1592, נותרו רק חלקים קטנים מקרואטיה שלא נכבשו בידי הטורקים. 16,800 הקמ"ר שנותרו נקראו "שרידי השרידים של הממלכה הקרואטית אשר הייתה גדולה". אך כשהתחילה המאה ה-17, הוחזרו הטריטוריות הכבושות בהדרגה לאימפריה האוסטרית, ובסוף החצי הראשון של המאה סולקו העות'מאנים מהונגריה ומקרואטיה, ואוסטריה ליכדה את האימפריה תחת שלטון מרכזי אחד.
הצבא הקיסרי האוסטרי נחל מספר ניצחונות על הטורקים אך ב-1664, לאופולד הראשון לא הצליח לשמור על ההצלחות שלו בכך שחתם על הסכם שלום, שקבע כי האימפריה העות'מאנית תסכים להפסיק להילחם, בתנאי שלהונגריה וקרואטיה יהיה אסור לקחת בחזרה את השטחים שהטורקים לקחו להם. זה גרם לזעם רב בקרב בני האצולה ההונגרים והקרואטים, שרקמו קשר נגד הקיסר אך לא היה חזקים מספיק לבצע אותה – על אף שניהלו משא ומתן עם הצרפתים והטורקים. מרגלים קיסריים גילו את הקשר וב-30 באפריל 1670 העלו על המוקד מספר אצילים קרואטים והונגרים בוינר נוישטאדט.
קרואטיה תמכה באוסטריה ברוב מלחמותיה בלי קשר לאיחוד. במלחמת הירושה האוסטרית, קרואטיה תמכה במריה תרזה והיא, בתמורה, שינתה את המערכת הניהולית בקרואטיה, את המיסים ואת הפיאודליזם. היא גם נתנה את הנמל העצמאי של רייקה לקרואטיה ב-1776. למרות זאת, היא התעלמה ואף ביטלה את הפרלמנט הקרואטי וב-1779, לקרואטיה היה רק מושב אחד במועצה המושלת בהונגריה, וזה היה שייך לבאן שלה.
עם נפילת הרפובליקה של ונציה ב-1797, נכסיה בים האדריאטי הועברו לצרפת שהעבירה את הזכויות שלה לאוסטריה באותה שנה. שמונה שנים לאחר מכן הם הוחזרו לצרפת, אך הכתר האוסטרי זכה בהם שוב ב-1815. אף על פי שעתה היו חלק מאותה אימפריה, השתייכו דלמטיה ואיסטריה לציסלייטניה בעוד שקרואטיה וסלבוניה היו שייכות להונגריה.
ב-9 בפברואר 1801, חתמו פרנץ השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה ונפוליאון על הסכם לינוויל, שבו אושרה שליטתה של אוסטריה בוונציה, בדלמטיה ובאיסטריה. בשנת 1805 הובסו הכוחות האוסטרים בקרב אוסטרליץ, ובעקבות כך חתמה על חוזה פרסבורג, שבו איבדה את כל נחלותיה באיטליה ובחוף הים האדריאטי. ב-6 באוגוסט 1806 פורקה האימפריה הרומית הקדושה, ופרנץ השני נודע מכאן ולהבא כפרנץ הראשון, קיסר אוסטריה.