אלכימאי המתכת
תקציר העלילה > המשך העלילה באנימה (2003)

מעט לפני ההיתקלות בגריד, התגלה בדאבליס ראת', הומונקולוס שנראה ומתנהג כמו ילד קטן וחובר אל אנבי ושאר ההומונקולים. אד ואל פוגשים את דנטה, אישה זקנה שהייתה המורה לאלכימיה של איזומי, ובתלמידתה החדשה ליירה. אך כאשר אד מגיע לביתה של דנטה כשהוא רודף אחרי גריד, נראה כי האחרון רצח אותה. אד מצליח לגלות מגריד שההומונקולים הם למעשה אנשים שמתו ונעשה ניסיון להחיות אותם מחדש באמצעות האלכימיה ושהדרך למנוע מגופם להתחדש היא בעזרת זיכרון מחייהם כבני אדם. במכון המחקר החמישי, ההומוהקולים חשפו בפניו שמטרתם היא לזכות בנשמה אנושית ולהפוך לבני אדם בעזרת אבן החכמים, אך מכיוון שהם אינם יכולים להשתמש באלכימיה, הם רודפים אחריו כי הם יודעים שהוא מעוניין באבן ואולי ייצר אותה עבורם.
לפני מותה של מרטל, היא מספיקה לגלות לאל על זהותו האמיתית של קינג בראדלי כהומונקולוס פרייד. אד ואל מחליטים לחפש את סקאר כדי לחלץ ממנו מידע על אלכימיה. סקאר מגיע לריאול, נחוש בדעתו לסיים את מלחמת האזרחים, כיוון שרבים מתושבי ריאול הם צאצאים של העם האישבלי, ורוקם מזימה להבריח את התושבים מהעיר דרך מעבר תת-קרקעי סודי ולטבוח בחיילים באמצעות מעגל התמרה המסומן מסביב לעיר כולה. אד מגלה את התוכנית ונאלץ לשתף פעולה עם סקאר, ועוזר להבריח את התושבים. אל מגיע לריאול מאוחר יותר כאשר העיר כבר ריקה, כיוון שאין לו את הסמכות של אלכימאי לאומי, אך נקלע לעימות בין סקאר לקימבלי, האלכימאי שרצח את משפחתו במלחמת ההשמדה של אישבל. סקאר הורג את קימבלי, אך נפגע מאש חיילים כאשר הוא מנסה להגן בגופו על לאסט, שנוצרה בדמות אהובתו של אחיו, בה גם סקאר היה מאוהב. בכוחות אחרונים הוא מפעיל את מעגל ההתמרה הענק, והחיילים מתים יחד אתו. נשמותיהם עוברות לגופו של אל, שהופך לאבן החכמים.
במנהרה התת-קרקעית בה עוברים תושבי ריאול, אד וליירה מותקפים על ידי ההומונקולים ראת' וסלות', שנוצרה בדמותה של טרישה אלריק, אמם של אד ואל. הם מצליחים להתחמק, והאחים מתאחדים וחוזרים לריזנבול, אך בדרך הם פוגשים ברוי מוסטאנג וחייליו, שקיבלו פקודה מהפיהרר לקחת את אד בשבי. רוי מתוודה שאין לו כוונה לקחת את אד בשבי, כיוון שבמלחמת אישבל הוא הוציא להורג זוג רופאים (שהם למעשה הוריה של וינרי), ומאז נשבע שלא יציית עוד לפקודה לא הגיונית. האחים מספרים לו את כל מה שהם יודעים, כולל זהותו האמיתית של קינג בראדלי.
בריזנבול, אד חופר בקבר של אמם ומוציא משם את האפר שלה. בנוסף נמצא בידם תליון שקיבלו מסקאר והיה שייך ללאסט. בריזנבול הם פוגשים את אביהם, ואן הוהנהיים, אך בבוקר למחרת הוא נעלם שוב. הוא מופיע במקום בו מסתתרים ליירה וההומונקולים, ומתברר שבגופה של ליירה שוכנת נשמתה של דנטה. לפני שנים רבות, דנטה והוהנהיים היו נשואים ומצאו דרך להתמיר את נשמתם לגוף אחר וכך כביכול לחיות לנצח, אך מתברר שבכל פעם שהם עוברים גוף, הוא נרקב מהר יותר מקודמו. דנטה מעוניינת באבן החכמים כדי להעביר את נשמתה לגוף אחר שהפעם לא יירקב, ונעזרת בהומונקולים למטרה זו, אך הוהנהיים אומר לה שאי אפשר להימלט מן המוות. בזעמה היא גורמת לו להיעלם למקום לא ידוע. היא שולחת את לאסט, סלות' וראת' להשיג את אבן החכמים – אל.
אד מותקף על ידי ראת', אך לאסט מצילה אותו ואומרת שלאחר שהיא פגשה בסקאר ונזכרה בחייה הקודמים, היא לא מעוניינת להיות אויבת שלהם, אלא רק רוצה להשתמש באבן החכמים. אד מוביל אותה לאל, הנעזר באלכימאי שו טאקר כדי ללמוד איך להשתמש באבן החכמים, אך הם מותקפים בידי ראת' וסלות'. ראת' חוטף את האפר של טרישה ואת התליון ומצליח להרוג את לאסט, אך כאשר הוא בא לעזור לסלות' (אותה הוא רואה כאימא) האפר שבידו משפיע עליה ואד מצליח להתיך אותה. לרוע המזל, אנבי מגיע למקום וחוטף את אל.
אד ורוי מצליחים למצוא את הכניסה הסודית למקום בו שוכנים דנטה וההומונקולים. בזמן שרוי מחליט להכריז מרד על הפיהרר, אד מגלה שמתחת לסנטרל מסתתרת עיר שלמה החבויה מתחת לפני האדמה. הוא מאתר את דנטה, אנבי, גלאטוני וראת' שעוד נותרו בחיים. דנטה אומרת לגלאטוני לאכול את אל המשותק כדי שיוכלו להשתמש באבן, אך גלאטוני שבור ממותה של לאסט ואינו מתפקד, לכן דנטה מתמירה את סמל האורובורוס על לשונו ובכך גורמת לכל אישיותו להיעלם מלבד יצר הגרגרנות. אד מגיע ברגע האחרון להציל את אל, אך דנטה פותחת את שער האמת וגורמת לאד לעבור בו. הוא מוצא את עצמו בלונדון של מלחמת העולם הראשונה ופוגש בהוהנהיים, שמספר לו אודות העולם שלנו ואת האמת על עצמו. הוא אומר שברגע שפגש את טרישה, הוא נשבע לנטוש את דרך חייו הישנה ולמות בגוף הנוכחי שלו לצדה. מעט לאחר מכן, אד נהרג על ידי צפלין וכיוון שגופו עדיין לא עבר דרך השער, הוא חוזר לעולם שלו. הוא נלחם באנבי ולועג לו שהיכולת שלו לשנות צורה היא חסרת ערך, כיוון שהוא רק משתמש במניפולציות רגשיות זולות על בני אדם, אך אז אנבי משתנה לצורה האמיתית שלו, הדומה לאד. אנבי מגלה לו שהוא למעשה בנם של הוהנהיים ודנטה, ורוצה לנקום בהוהנהיים כיוון שנטש אותו לאחר שההתמרה שלו לא הצליחה. מיד לאחר מכן הוא הופך את ידו לסכין ודוקר את אד למוות.
בזמן שרוי מוסטאנג מצליח להביס את הפיהרר, אל מחזיר את אד לחיים, אך כמחיר הוא נעלם אל תוך האמת. אנבי קופץ בעקבותיו אל השער כאשר הוא נפתח, כדי לרדוף אחרי הוהנהיים בעולם שלנו. דנטה, שאיבדה את אבן החכמים, מנסה להימלט מן המקום, אך מותקפת על ידי גלאטוני שזולל אותה. אד דואג להוציא מהמקום בבטחה את ראת', שננטש על ידי שאר ההומונקולים, ומתמיר את עצמו כדי להחזיר את אל. אל חוזר בתור ילד בן 10 (הגיל בו גופו נעלם) ואינו זוכר דבר ממה שקרה לאחר שניסו להתמיר את אמם. הוא מחליט לחזור ללמוד אצל איזומי, בתקווה להבין לאן אד נעלם ולהחזיר אותו יום אחד. בינתיים אד, שהגיע ליקום שלנו בו הוא אינו יכול להשתמש באלכימיה, לומד במינכן את חקר החלל, בתקווה ללמוד על הקשר בין היקומים. האחים נשבעים שיום אחד הם ישובו וייפגשו.