פוקימון חרב ומגן
עלילת המשחק

בעבר הרחוק, אירוע בשם "היום האפל ביותר" הכה במחוז גאלאר ופוקימון בשם אטרנטוס השתולל במחוז והאנרגיה שהופצה ממנו גרמה לתופעה בשם דיינאמקס הגורמת לפוקימונים לגדול לגודלי ענק. אולם, שני גיבורים נלחמו בו בעזרת חרב ומגן, הצליחו להביסו ולהכניסו לשינה עמוקה וכך הצילו את המחוז. עם השנים, בני אדם למדו לרתום את האנרגיה מאותו לילה והשתמשו בה כמקור חשמל במחוז וכן גרמו לפוקימונים שלהם לגדול לממדי ענק על מנת להילחם אחד בשני והתופעה הפכה לנפוצה בקרב קרבות פוקימון בגאלאר.
במחוז גאלאר של ימינו, קרבות מכון וכן ליגת הפוקימונים עצמה הם אירוע ספורט של ממש שבו צופים אלפי אנשים באצטדיונים ובטלוויזיה (בדומה לאירועי ספורט כגון המונדיאל בעולם האמיתי). השחקן מתחיל בעיירה פוסטוויק ומתגורר בשכנות לילד בשם הופ. אחיו הגדול של הופ, ליאון, הוא אלוף המחוז הנוכחי שניצח בסבב הקודם של ליגת הפוקימונים ובעל מעמד של סלבריטאי בקרב תושבי המחוז. המחוז עצמו מקבל את האנרגיה החשמלית שלו מתחנת כוח אותה מנהל אדם בשם רוז, איש עסקים אמיד, בעל חברת אנרגיה גדולה בגאלאר והספונסר הראשי של ליגת הפוקימונים במחוז.
השחקן והופ מקבלים מכתב הסמכה מליאון על מנת שיוכלו להשתתף בליגת הפוקימונים וכן ניתנת להם האפשרות לבחור את הפוקימון הראשון שאיתו יצאו למסע:
גרוקי - פוקימון קוף העשב.
סקורבאני - פוקימון ארנב האש.
סובל - פוקימון זיקית המים.
לאחר שהשחקן בחר את ההתחלתי שלו, הופ יבחר את האחד שחלש לזה של השחקן (לדוגמה, אם השחקן יבחר בסובל שהוא פוקימון מים, הופ ייקח את סקורבאני שהוא פוקימון אש). לאחר שהשחקן בחר את הפוקימון הראשון שלו הוא נאלץ להיכנס יחד עם הופ ליערות הסמוכים לביתו במטרה לחלץ וולו שנלכד שם. בתוך היער, השחקן והופ נתקלים בפוקימון משונה (האגדי של המשחק), לא מצליחים לתקוף אותו, מתעלפים ומחולצים על ידי ליאון. לאחר מכן, השחקן מקבל את הפוקידע המחוזי מסוניה, הנכדה של פרופסור מגנוליה (סוניה בעצמה חוקרת אודות האגדה על היום האפל ביותר ומתלווה לשחקן ולהופ במסעם בנקודות שונות). הוא יוצא עם הופ, עובר את אזור הפרא ומגיע לעיר מוטוסטוק שם השחקן נרשם לליגת הפוקימונים ומקבל מדים שאיתם ישתתף בקרבות המכון ובליגה. לאחר ההרשמה, השחקן והופ הולכים לנוח במלון בעיר ומתמודדים לראשונה עם צוות יל (הצוות הרשע במשחק הנוכחי, מהווים אזכור לאוהדי כדורגל חוליגנים) שתפקידם הוא לעודד מתמודדת בשם מארני ולעזור לה להגיע לליגה, תוך עיכוב והצקה למאמנים אחרים. לאחר שהשחקן והופ ניצחו את צוות יל הם מכירים את מארני והולכים לישון.
בבוקר שלמחרת, השחקן, הופ ומארני ניגשים לטקס הפתיחה של ליגת הפוקימונים ומכירים את מאמני המכון של המחוז:
מיילו - מנהיג מכון העשב.
נסה - מנהיגת מכון המים.
קאבו - מנהיג מכון האש.
בי - מנהיגת מכון הלחימה (פוקימון חרב).
אליסטר - מנהיג מכון הרוח (פוקימון מגן).
אופל - מנהיגת מכון הפיה.
גורדי - מנהיג מכון האבן (פוקימון חרב).
מלוני - מנהיגת מכון הקרח (פוקימון מגן).
פיירס - מנהיג מכון האופל.
רייאן - מנהיג מכון הדרקון.
השחקן מסיים את הטקס ועושה דרכו לעיר טאריפלד כדי להילחם במיילו. בדרכו הוא פוגש את בידי, מאמן פוקימונים שחצן שמתמחה בסוג על חושי, אשר הוסמך להשתתפות בליגה על ידי רוז בעצמו ובין לבין עוזר לו להשיג אנרגיה נוספת במטרה לפתור את משבר האנרגיה במחוז. השחקן מנצח אותו, מגיע לטאריפלד ושם הוא שומע מסוניה את האגדה על "היום האפל ביותר". לאחר שהשחקן מנצח את מיילו הוא מקבל את תג העשב וממשיך למכון הבא. בהגיעו לעיר האלבארי השחקן מגלה שרוז יחד עם סגניתו אולינה נמצאים בעיר ומזמינים את השחקן לארוחת צהריים לאחר שיזכה בתג. השחקן מנצח את נסה, מקבל ממנה את תג המים ונפגש עם רוז, אולינה וסוניה לארוחת צהריים במסעדת הדגים שבה הם מסבירים לו על תחנת הכוח במחוז ועל האנרגיה שבתוכה. לאחר שהארוחה נגמרת, השחקן עושה את דרכו חזרה למוטוסטוק במטרה להילחם בקאבו, אך בדרכו לשם הוא נאלץ להילחם בבידי בשנית. לאחר שהגיע לעיר, השחקן מגיע למלון כדי לישון ונלחם במארני בפעם הראשונה. לאחר שניצח, השחקן מתעורר ובדרכו למכון מגלה שהופ כבר השיג את התג לפניו. השחקן נכנס למכון, מנצח את קאבו וזוכה בתג האש.
בהגיעם לאזור הפראי בשנית, בידי השחצן מאתגר את הופ לקרב נגדו והשחקן בינתיים עושה דרכו לעיר האמרלוק. בהגיעו לעיר, הוא פוגש ברוז בשנית ומקבל סיור קצר בכניסה לתחנת הכוח ולאחריו גם סיור בכספת שבעיר, בה יש פריטים היסטוריים שקשורים למחוז גאלאר ולאגדה על הלילה האפל ביותר. בהגיעו לכספת, השחקן פוגש ברייאן, מנהיג מכון הדרקון, לראשונה. רייאן מפציר בשחקן לנצח את מנהיגי המכון האחרים במטרה לזכות בקרב מולו. השחקן עושה דרכו לעיר סטוו־און־סייד כדי להילחם בבי (פוקימון חרב) /אליסטר (פוקימון מגן), אך ביציאתו מהעיר הוא נתקל בחברי צוות יל שחוסמים את הדרך במטרה שמארני תגיע ראשונה למכון. השחקן והופ מניסים אותם והופ מספר שהוא הפסיד לבידי וחושש שליאון יתאכזב ממנו. כאשר השחקן מגיע לעיר הוא נלחם פעם נוספת בהופ, שהפעם שינה את הצוות שלו במטרה לבדוק אסטרטגיות לחימה שונות. לאחר מכן השחקן נכנס למכון, מנצח ומקבל את תג הלחימה (פוקימון חרב) /תג הרוח (פוקימון מגן). ביציאתו מהמכון מתברר שבידי מנסה לרסק קיר היסטורי במטרה למצוא בתוכו אנרגיה עבור רוז. השחקן נלחם נגדו בשנית ורוז הזועם לוקח מבידי את ההסמכה שלו לליגת הפוקימונים ומתכחש אליו.
השחקן עושה דרכו לעיר באלונלי במטרה להילחם באופל. לאחר שהשחקן מנצח וזוכה בתג הפיה, הוא ואופל חוזרים ביחד להאמרלוק, שם אופל פוגשת את בידי, מתלהבת ממנו ומציעה לו לרשת את מקומה בתור מנהיג מכון הפיה. בידי מסכים. השחקן ממשיך לעיר קירצ'סטר במטרה להילחם בגורדי (פוקימון חרב) /מלוני (פוקימון מגן) ובהגיעו לשם הוא מגלה שהופ הפסיד בקרב המכון. השחקן מנצח את קרב המכון, זוכה בתג הסלע (חרב) /תג הקרח (מגן), ונלחם נגד הופ פעם נוספת במטרה לעזור לו להשתפר בתור מאמן. בזמן ארוחת צהריים ביחד עם סוניה, השחקן והופ מספרים לה אודות פגישתם עם הפוקימון המסתורי ביערות סמוך לביתם. השחקן ממשיך בדרכו לעיר ספייקמות' במטרה להילחם בפיירס, מנהיג מכון האופל, אך בהגיעו לשם מתברר שהעיר סגורה למבקרים בעקבות הופעה. מארני, שהיא אחותו הקטנה של פיירס, נלחמת בשחקן בשנית ולאחר מכן עוזרת לו להתגנב אל תוך העיר בדרך צדדית. השחקן נלחם נגד פיירס, מנצח ומקבל את תג האופל. פיירס מבקש ממארני להחליף אותו בתור מנהיגת מכון האופל, אך מארני מסרבת בגלל רצונה להיות אלופת הליגה.
כאשר השחקן חוזר לעיר האמרלוק, רעידות אדמה גדולות פורצות ויחד איתם גם פרצי אנרגיה (האנרגיה שגורמת לפוקימונים לבצע דיינאמקס) והשחקן פוגש בסוניה וליאון שמסבירים לו שהכל בשליטה ושיתמקד בלנצח את רייאן ולהשיג את התג השמיני. השחקן מנצח את רייאן, זוכה בתג הדרקון וכעת הוא בעל שמונה תגי מכון. רגע לפני הנסיעה לליגה, פרופסור מגנוליה מגיעה לעיר והופכת את סוניה לפרופסור החדשה של המחוז. הופ והשחקן עושים את דרכם לעיר ווינדון, היכן שליגת הפוקימונים ממוקמת.
בהגיעם לווינדון, הופ והשחקן נרשמים ורבע הגמר מתחיל ובמהלכו השחקן מנצח את מארני ומדיח אותה מהליגה, ולאחר מכן נלחם נגד הופ ומצליח לנצח גם אותו. רבע הגמר מסתיים והופ והשחקן קובעים ארוחת ערב עם ליאון כדי לחגוג את ניצחונו של השחקן ברבע הגמר. במהלך הערב ליאון לא מגיע והופ נעשה מודאג, אך אולינה אומרת להם שליאון בשיחה עם רוז במגדלים בעיר ושאסור להפריע להם. השחקן נעזר בהופ, מארני, פיירס וצוות יל במטרה לנצח את עובדי מאקרו קוסמוס (חברת האנרגיה של רוז) ולהגיע לראש המגדל, שם ליאון ורוז מתווכחים. השחקן מגיע לעזור לליאון, אך אולינה עוצרת אותו, ומאתגרת אותו לקרב. לאחר ניצחונו של השחקן, ליאון עוזב איתו ועם הופ. בבוקר שלמחרת, השחקן מבקש להילחם בחצי הגמר, אבל בידי מגיע, הפעם בתור מנהיג מכון הפיה החדש ומבקש להילחם בשחקן במטרה לראות כמה חזק הוא. השחקן מנצח אותו ונלחם בחצי הגמר נגד נסה, בי (חרב)/אליסטר (מגן) ורייאן, מצליח לנצח את כולם ומגיע לגמר.
רגע לפני שהשחקן נלחם בגמר נגד ליאון, רוז יוצא בהודעה דרמטית שהוא הצליח לשחזר את אירועי "הלילה האפל ביותר" ולהעיר את אטרנטוס משנתו במטרה לפתור את משבר האנרגיה במחוז. השחקן, ליאון והופ עושים דרכם במהירות לתחנת הכוח בהאמרלוק והשחקן נלחם נגד רוז במטרה לעצור אותו. לאחר הקרב, רוז מספר שהפוקימון האגדי אטרנטוס נמצא על גג המבנה. השחקן והופ נזכרים במפגש עם הפוקימון המסתורי ביערות ועושים דרכם לשם ובהגיעם מוצאים חרב ומגן עשויים אבן. השחקן לוקח את החרב או המגן (בהתאם לגרסת המשחק) והופ לוקח את החפץ השני והשניים עושים דרכם לתחנת הכוח כדי להילחם באטרנטוס. בהגיעם לגג, השחקן מגלה שליאון ניסה ללכוד את אטרנטוס ונכשל. השחקן והופ מנסים להילחם באטרנטוס בעצמם ובעזרת כוחם של החרב והמגן מצליחים לזמן את הכלבים האגדיים זשיאן וזאמאזנטה לעזרתם. בסוף הקרב ליאון מפציר בשחקן לתפוס את אטרנטוס ולהחזיר את השקט למחוז והשחקן לוכד את אטרנטוס.
בחזרה בליגת הפוקימון, השחקן נלחם נגד ליאון בגמר ומצליח לנצח אותו, מוכתר כאלוף ליגת הפוקימונים של מחוז גאלאר, העלילה הראשית מסתיימת ומתחילה עלילת אחרי המשחק.
לאחר שהשחקן הופך לאלוף הליגה, הוא נפגש עם הופ ביערות במטרה להחזיר את החרב/מגן חזרה למקומו הטבעי. אולם, שני אחים בשם סורדוורד ושילברט מגיעים וטוענים שהם צאצאים של הגיבורים שעצרו את הלילה האפל ביותר ודורשים את החרב והמגן במטרה לזמן את הכלבים האגדיים. לאחר קרב נגדם, השחקן מגלה שברחבי המחוז עדיין קיימת אנרגיה הרסנית שרוז שחרר קודם וכעת הוא, פיירס והופ עוברים במכוני המחוז השונים ועוזרים למנהיגי המכון לעצור ולהרגיע פוקימונים שגדלו לגודלי ענק והשתוללו. לאחר שהצליחו, השחקן והופ מגלים שהאחים סורדוורד ושילברט הצליחו לזמן את אחד הכלבים האגדיים (זאמאזנטה בחרב וזשיאן במגן), אולם הם לא הצליחו להשתלט עליו והוא החל להשתולל. השחקן נלחם נגד הכלב האגדי ומצליח להרגיעו. אולם, הכלב האגדי השני מגיע, נלחם נגד השחקן והשחקן מצליח לזכות באמונו ולתפוס אותו. בינתיים, הופ עוקב אחרי הכלב האגדי הראשון אל תוך היערות, שם השחקן פוגש בו ולאחר חילופי הדברים הכלב האגדי מסכים להצטרף להופ בתור הפוקימון שלו והשחקן נלחם בו בפעם האחרונה, הפעם עם שני פוקימונים אגדיים בצוותו (אטרנטוס וזשיאן/זאמאזנטה, בהתאם למשחק). בסופו של דבר, הופ מחליט להפוך לפרופסור מחוזי בדיוק כמו סוניה, מקבל ממנה הצעה להיות העוזר שלה והוא מסכים.