טפוסיריס מגנה
חפירות אחרונות

ארכאולוגים שונים עובדים באתר מאז 1998. בשנת 2010 גילו ארכאולוגים פסל גרניט ענק של מלך תלמי שהיה חסר ראש, ואת השער המקורי למקדש המוקדש לאל אוזיריס. הפסל נוצר בהתאם למסורת העתיקה של פיסול מלך מצרי לבוש צווארון וקילט. לפי ד"ר זאהי חוואס, הפסל המונומנטלי יכול לייצג את פרעה תלמי הרביעי, שבנה את מקדש טפוסיריס מגנה. הארכאולוגים מצא גם אבני יסוד מאבן גיר שכנראה ציפו את הכניסה למקדש. על אחת מהאבנים הללו יש עדויות המצביעות על כך שבכניסה ניצבו סדרה של פסלי ספינקס הדומים לאלו של התקופה הפרעונית.
מאחורי המקדש התגלה נקרופוליס המכיל מומיות רבות בסגנון יווני-רומי. חוואס אמר שחקירות מוקדמות גילו שהמומיות הללו נקברו כשפניהן מופנות לכיוון המקדש, וציין שהדבר מצביע על כך שהמקדש מכיל ככל הנראה קבורה של אישיות מלכותית משמעותית, אולי קברה קלאופטרה.
המשלחת החלה בשנת 2002 כמשלחת במימון עצמי בראשות הארכאולוגית הדומיניקנית, קתלין מרטינז (Kathleen Martínez). היא מצאה 27 קברים, 20 מהם בצורת סרקופגים מקומרים, חלקם מתחת לאדמה וחלקם מעל הקרקע. שבעה הנותרים מורכבים מגרמי מדרגות המובילים לחדרי קבורה פשוטים. בתוך הקברים הללו, הצוות שלה מצא בסך הכול 10 מומיות, 2 מהן מוזהבות. גילוי בית הקברות הזה מצביע על כך שאדם חשוב, כנראה בעל מעמד מלכותי, יכול להיקבר בתוך המקדש. סגנון הקברים החדשים שהתגלו מעיד שהם נבנו בתקופה היוונית-רומית. לדברי מרטינז המשלחת חפרה מקדש בטפוסיריס מגנה המוקדש לאלה איזיס וגילתה מטבעות המתארים את פניו של אלכסנדר מוקדון. הם מצאו מספר פירים עמוקים בתוך המקדש, שנראה ששלושה מהם שימשו לקבורה. ייתכן שהפירים הללו היו קברים של אנשים חשובים. להערכת החופרים קלאופטרה ובן זוגה מרקוס אנטוניוס יכלו להיקבר בפיר עמוק דומה לאלו שכבר התגלו בתוך המקדש.
מרטינז אמרה שהמשלחת מצאה פסל ראש יפהפה של קלאופטרה, יחד עם 22 מטבעות הנושאים את דמותה. הפסל והמטבעות מראים אותה כיפהפייה, הסותר את הטענות שקלאופטרה לא הייתה יפה. ממצאים אלה מטפוסיריס מדגימים אטרקטיביות מובהקת. המאפיינים של הראש המפוסל שנמצא אינם מציגים מאפיינים המצביעים על מוצא שמדרום לסהרה. הצוות מצא גם קמעות רבים, יחד עם פסל יפהפה חסר ראש המתוארך לתקופה התלמית. נמצאה גם מסכה ייחודית המתארת אדם עם סנטר שסוע, שיש לה דמיון מסוים לפורטרטים ידועים של מרקוס אנטוניוס.
סקר מכ"ם של מקדש טפוסיריס מגנה, ממערב לאלכסנדריה, מצרים, הושלם מוקדם יותר בשנת 2002 כחלק מהחיפוש אחר קבר קלאופטרה ומרקוס אנטוניוס. בראש משלחת המועצה העליונה לענייני עתיקות של מצרים שחפרה את המקדש וסביבתו, עמדו בראשם זאהי חוואס, אז המזכיר הכללי של המועצה, וקתלין מרטינז.
בשנת 2012, התגלה כי ההריסות הושפעו מהקרב השני באל עלמיין. משלחת החפירות מצאה מספר פצצות שלא התפוצצו, ובתוך המנהרות נמצאו שרידים חרוכים של חיילים איטלקים וניו זילנדיים בשנת 2013, החפירה הופסקה בעקבות מהומות האביב הערבי, אך מאוחר יותר קיבל מרטינז אישור להמשיך בעבודתה באתר.
בסרט תיעודי בטלוויזיה משנת 2015 בשם "הקבר האבוד של קלאופטרה" (הוקרן באוקטובר, בערוץ 4 בבריטניה), מרטינז אמרה שהיא בטוחה שהם קרובים למצוא את הקבר באתר, אולי במקום שבו נמצאו שני קברים בעומק האדמה. בסרט ציינו שהעבודה לחקירת הקברים תחל עם פתיחת עונת החפירה הרשמית ב-2016.
ב-21 ביוני 2020, ערוץ המדע האמריקאי (Science Channel), פרסם סרט תיעודי בן שעתיים בשם "קלאופטרה: סקס, שקרים וסודות" כדי לחשוף את התגליות האחרונות.
בינואר 2021, ארכאולוגים מצריים ודומיניקים בראשות קתלין מרטינז הכריזו על גילוי של קברים עתיקים בני 2,000 שנה עם לשונות זהב המתוארכות לתקופות ההלניסטית והרומית. המשלחת מצאה גם קמיעות עלי זהב בצורת לשונות שהונחו בפה המומיות כדי לאפשר לדבר עם האל אוזיריס בחיים שלאחר המוות. המומיות תוארו בצורות שונות: אחת חבשה כתר, מעוטרת בקרניו של האלוהות חתור ובדמותו של נחש הקוברה המייצג את האלוהות וואדג'ט במצח המומיה; המומיה השנייה תוארה עם עיטורים מוזהבים המייצגים שרשרת רחבה.
בשנת 2022 דווח כי מנהרה להובלת מים באורך 1,305 מטר המתוארכת לתקופה התלמית נמצאה 20 מטר מתחת לפני הקרקע.