הידרה (קומיקס)
היסטוריה בדיונית

היסטוריית הארגון, כפי שהיא מתוארת כיום בהמשכיות יקום מארוול, היא סוערת ומזעזעת ביותר שתחילתה עוד מימי השושלת השלישית של מצרים העתיקה, וכל ההתייחסויות לארגון העתיק נעלמו בתקופת הרנסאנס. עלייתו מחדש של הארגון החלה בעשורים שלאחר מלחמת העולם השנייה ועד לימים מודרניים, וקשורה לשרידתם של חברי ממשלות גרמניה הנאצית והאימפריה היפנית.
ארגון היד, מסדר עתיק מרושע של נינג'ות מיסטיות, נמנה בין הנבחרים הפוליטיים המעטים שגויסו לבסס את הידרה מחדש כאסופה של נאציונליסטים ימניים יפנים שרקמו מזימות להפלת הממשלה היפנית, להתנקש בחיי ראש ממשלת יפן ולהקים ממשלה ימנית אנטי-קומוניסטית שתחמש מחדש את יפן.
מעט לאחר שפון סטרוקר הצטרף להידרה, הוא לקח את השליטה ממייסדיו היפנים והעביר את מבצעי הארגון לאי פרטי באוקיינוס השקט, לו קרא "אי הידרה". כוחות של פולשי מארינס ויחידת סמוראים יפנים פלשו לאי הידרה המקורי, והבסיס הושמד. לאט לאט, סטרוקר היטה את מטרות הארגון לכיוון של שליטה עולמית. מערכה זו הובילה אותו בין היתר לעימות עם צ'ארלס אקסבייר ומקס אייזנהרדט, מגנטו לעתיד. כאשר ארגון הידרה חשף את פעולותיו באופן פומבי, הדבר הוביל להקמתה של סוכנות הביון S.H.I.E.L.D, מתוך מטרה בלעדית לעצור את ניסיונותיה של הידרה לחבל בשלום העולמי. ניק פיורי מונה למנהל הסוכנות, לאחר שהתנקשו בחייו של המנהל בפועל הראשון. סוכני הידרה ניסו להתנקש בחייו של פיורי לפני מינויו לתפקיד, אך נכשלו.
החלטה זו, לאחר מספר מערכות כושלות של הידרה, הובילה למותו הראשון של פון סטרוקר בידיו של ניק פיורי וכן למותם של מספר סוכני הידרה שהולכו שולל. בעקבות כך, כוחות הידרה ששרדו התפצלו לסיעות, כאשר כל סיעה פעלה לפי דפוס פעולה משלה. מספר סיעות יצרו סוכני-על שמדי פעם הפכו לסוכני עצמאיים, או במקרים נדירים גיבורי-על כמו ספיידרוומן. אולם, במקום להוות כוח שקול של קולקטיב מאיים, הסוכנים נהגו להילחם לרוב בינות עצמם. זאת ועוד, פעולות התגמול שלהם נגד כישלון או מוות הביאו לכך שהם הרגו אחד את השני ולא את מטרותיהם המיועדות לאחר תבוסתם בידי סוכנות S.H.I.E.L.D ויתר גיבורי-העל. בסופו של דבר, ברון פון סטרוקר הוחייה מחדש ואיחד חלק מהסיעות של הידרה תחת מנהיגותו כדי לחדש את המערכה שלו נגד סוכנות S.H.I.E.L.D ונגד האנושות כולה למשך השנים הבאות.
למרות ארגונה מחדש של הידרה, מספר סיעות עצמאיות שלה המשיכו לפעול ביקום מארוול, מה שהוביל בסופו של דבר למלחמת עצמאות ארגונית. בזמן שברון הלמוט זמו החזיק את פון סטרוקר בהקפאה קריוגנית למטרותיו הנלוזות, גורגון ואשתו השנייה של פון סטרוקר, אלזבת', יצרו באופן מיסטי כפיל של פון סטרוקר מתוך כוונה שייכשל ויוצא להורג בפומבי. לאחר מכן, כחלק מברית עם ארגון היד, הם שחררו צבא של גיבורי-על ונבלי-על שטופי מוח, כולל את נורת'סטאר ואת אלקטרה, ואלה הנחילו מתקפה מוחצת על סוכנות S.H.I.E.L.D. מתקפה זו סוכלה בידי וולברין, ובה גורגון נהרג.
בהמשך, ארגון הידרה תכנן מתקפה כוללת על ארצות הברית על ידי הברחת טילים לתוך ניו יורק ומתקפה ביו-כימית על אקוויפר השוכן למרגלות המישורים הגדולים. הם יצרו הסחת דעת באמצעות קבוצת גיבורי-על בעלת כוחות משוכפלים של איירון מן, קפטן אמריקה, תור והוקאיי, אך אלה סוכלו בידי ספיידרמן וקבוצת האוונג'רס החדשים.
כאשר ספיידרוומן נלכדה בידי סוכנות S.H.I.E.L.D במהלך מלחמת האזרחים של מארוול, ארגון הידרה פלש לנושאת המטוסים המרחפת של S.H.I.E.L.D וחילץ אותה משם. ספיידרוומן הייתה למעשה חברת האוונג'רס וסוכנת מטעם S.H.I.E.L.D שקיבלה הוראות לעבוד עבור הידרה מניק פיורי, לו שמרה אמונים מאז הוסר מתפקידו באירועי "מלחמה סודית". ארגון הידרה חשף כי הוא מודע לבגידתה של ספיידרוומן וביקשו שהיא תחליף את וייפר כמנהיגה. ספיידרוומן סירבה להצעתם והשמידה את הבסיס אליו נלקחה. בהמשך, היא התגלתה כורנקה מלכת גזע הסקרול משני הצורה, ועמדת המנהיגות בארגון הידרה נותרה ריקה. תחת מנהיגותו של איש הקונגרס וודמן, הארדבול הצעיר נבחר לשמש כסוכן כפול של מגויס טרי של יוזמת חמישים המדינות ושל מרגל עבור הידרה. משימתו הייתה לאסוף מודיעין אודות היוזמה וביצוע מטלות בתמורה לחשאיות וטיפול רפואי לאחיו המשותק.
אולם, הארדבול נפגע מכך שנאלץ לעשות ויתורים רבים עבור הארגון. לאחר שחניכת היוזמה בשם קומודו ניסתה לחלץ אותו מהידרה וחשפה את סודותיו, הוא רצח בחוסר רחמים את חבר הקונגרס בנוכחות נתיניו. הפיכתו המבוימת השתלמה והוא ממונה למנהיג העילאי החדש של הארגון, תוך שהוא מנתק את קשריו מהעבר. הצטרפותו להידרה מתבררת כמוצא אחרון, לאחר שלא נותר לו מקום ללכת. הוא נכנע ליוזמת הצללים ונשלח לכלא האזור השלילי. בעקבות כך, תא הארגון שלו מושמד.
לאחר מאורעות "פלישה סודית", ניק פיורי מגלה שסוכנות S.H.I.E.L.D הייתה נתונה לשליטתו של ארגון הידרה, וככל הנראה הייתה כך מלכתחילה. הוא גם חושף מספר סוכנויות שהיו נתונות לכאורה לשליטתה, כמו ענף המדעים והטכנולוגיה של ה-FBI האמריקני, הסוכנות לביטחון לאומי, מחלקת האוצר של ארצות הברית, הגה-אר-או ושירות הביון הנגדי הרוסים וכן שירות הביון הביטחוני הקנדי.
בינתיים, פון סטרוקר נאלץ להשמיד את הבסיס התת-ימי של הידרה, אליו הסתנן כוח פלישה מגזע הסקרול. הוא מחליט להקים את הידרה מחדש ולומד שפיורי חשף את האמת. הוא אוסף יחדיו את ראשי הארגון, ביניהם וייפר, מאדאם הידרה, קראקן, הכוורת ואת גורגון, שהוחיה מחדש. בהמשך, הארגון כורת ברית עם ארגון H.A.M.M.E.R של נורמן אוסבורן. בעקבות תבוסתו של אוסבורן, ארגון H.A.M.M.E.R מפורק, ומאדאם הידרה משתמשת בחבריו הנותרים כדי לחזק את שורותיו של ארגון הידרה.