הנרי נוקס
מזכיר המלחמה > היחסים עם האינדיאנים

נוקס היה אחראי על ניהול היחסים של ארצות הברית עם האינדיאנים שישבו באדמות שהיא טענה לריבונות עליהם, בעקבות חוק של הקונגרס משנת 1789. בכמה מסמכים שניסח עבור וושינגטון ועבור הקונגרס התווה נוקס את מדיניותה המוקדמת של האומה כלפי הילידים האמריקאים. הוא ציין שהאומות האמריקאיות היו הריבוניות ובעלות הקרקעות שבהן הם החזיקו ושהממשלה הפדרלית (ולא המדינות) צריכות לפיכך להיות אחראיות על היחסים עמם. מדיניות זו יושמה בין השאר על ידי העברת "חוק הסחר והיחסים עם האינדיאנים של 1790" (Indian Trade and Intercourse Act), שאסר על סחר עם הילידים האמריקאים שלא במסגרת הסכם שלהם מול הממשלה הפדרלית. נוקס כתב, "האינדיאנים, בהיותם בעלי הקרקע הקודמים, מחזיקים את הזכות עליה. אין לקחת אותה מידיהם שלא בהסכמתם, או במסגרת זכות הכיבוש במקרה של מלחמה צודקת. לקיחת הבעלות מידיהם בשם כל עקרון אחר תהיה הפרה של החוקים היסודיים של הטבע". ההיסטוריון רוברט מילר טוען שהצהרות מסוג זה מביעות תמיכה בזכות הילידית על הקרקעות, אך בשם "דוקטרינת הגילוי" (Discovery doctrine), שנועדה להצדיק את השליטה באדמות האינדיאנים, התעלמו ממנה.
מלחמות האינדיאנים, כולל "מלחמות האמריקאים והצ'רוקים" וכולל "מלחמת האינדיאנים הצפון-מערבית" היוו את רוב תקופת כהונתו של נוקס בתפקידו כמזכיר המלחמה. במהלך שנות הקונפדרציה, לא הייתה תמיכה מספקת של הקונגרס בכל פעולה משמעותית כנגד האומות של הספר המערבי. הבריטים העניקו את תמיכתם לשבטים הצפון-מערביים מבסיסי הספר שהם המשיכו להחזיק בהם לאחר תום מלחמת העצמאות של ארצות הברית (תוך כדי הפרת חוזה פריז) ושבטי הצ'רוקי והמוסקוגי המשיכו לראות בהתיישבות הקולוניאלית על אדמותיהם כבלתי חוקית. באוקטובר 1790 ארגן נוקס מערכה בהובלת הגנרל ג'וזייה הרמר אל הטריטוריה הצפון-מערבית כנקמה על פשיטות האינדיאנים כנגד המתיישבים בטריטוריה עצמה ובתחומי קנטקי של היום. מערכה זו נחלה כישלון ומערכה שנייה אורגנה על ידי נוקס, מומנה על ידי ויליאם דואר והונהגה על ידי מושל הטריטוריה ארתור סט. קלייר. נוקס ודואר כשלו לספק מספיק ציוד לצבא, מה שהוביל לתבוסה הקשה ביותר בהיסטוריה של הצבא האמריקאי. מערכות אלו כשלו בהשכנת השלום מול האינדיאנים ונוקס הואשם במידה רבה בכישלון בהגנת הגבול.
מתוך רצון לפתור את הסוגיה לפני סיום תפקידו, ארגן נוקס חיל משלוח בהנהגת אנתוני ויין שהביא את הסכסוך לסיום משמעותי ב"קרב העצים הכרותים" (Battle of Fallen Timbers) ב-1794. "כוחותיו של ויין שרפו 'שדות עצומים של תירס' בשטח של כ-80 ק"מ לאורך הנהר", במהלך שהשפיע על האוכלוסייה הלא-לוחמת. תוצאות הפעולה הצבאית האמריקאית בצפון-המערב הובילה לחתימת הסכם גרינוויל שאילץ את האינדיאנים המובסים לוותר על שטחים באזור אוהיו. המערכות העקובות מדם שהוביל נוקס עירבו במקרים מסוימים צבאות שהיו גדולים הרבה יותר בהשוואה לקרבות שאירעו בשנות ה-70 של המאה ה-19.
האומות האינדיאניות סירבו להתפנות מאדמותיהם ללא מאבק והם התנגדו לניסיונות של האמריקאים לפנותם בכוח, בתחבולות או בהסכמים, מאחר שהם החזיקו את האדמות וחיו בהן במשך אלפי שנים. קבוצה אחת של אמריקאים רצתה שיתקיים "סילוק של האינדיאנים" והכחדה כללית של כל שבט שישב באדמות בהן הם חפצו. וושינגטון ונוקס רצו גם הם להשתלט על האדמות. בדרך כלל, אם כי לא תמיד, הם חשו שהשימוש בכוח יגבה מחיר גבוה מדי מהאמריקאים ושאפו לעשות שימשו באמצעים אחרים כדי להשיג את המטרה. תחת זאת, בתחילה המליץ נוקס שהמדיניות הבריטית תמשיך, כלומר שיסופקו לאינדיאנים עדרי בהמות וציוד חקלאי ויקומו מיסיונים, זאת כדי להרגיע אותם. לאחר שכשל בפיוס שבטי הצ'רוקי והמוסקוגי באמצעות מצבור גדול של מתנות ב-1789, חתם בסופו של דבר נוקס על "הסכם ניו יורק" של 1790 בשמה של ארצות הברית ושם קץ לסכסוך עם חלק, אם כי לא עם כל, שבטי הצ'רוקי. על רצח העם של אוכלוסיית האינדיאנים בשטחים שהיו מאוכלסים בצפיפות, כתב נוקס, "היסטוריון כלשהו בעתיד עשוי לתאר את הסיבות לחורבן זה של גזע אנושי בצבעים קודרים". נועם חומסקי טוען שמנהיגי האומה "ידעו מה שהם עושים", ולעיתים קרובות הם אמרו שהם היו "המיטיבים", "הנדבנים" ו"הדואגים לרווחתם" של הילידים, כאשר במציאות הם עסקו ב"פרקטיקות של רצח עם" להכחדת ו"סילוק האינדיאנים". למעשה, נוקס אמר שמה שאירופאים והאמריקאים עשו לאומות הילידיות היה כה מזיק כך ש"הסגנון שלנו היה יותר הרסני לאינדיאנים בהשוואה לכיבושים של מקסיקו ופרו". הוא המשיך וציין את העובדה שבמקום בו הייתה תרבות לבנה, הייתה "הכחדה מוחלטת" של כל הילידים, או כמעט כולם. ללא קשר אם האמריקאים רצו להשיג את אדמות הילידים באמצעות רכישה, כיבוש או באמצעים אחרים, "לא ישכון שלום נצחי כל עוד הקרקעות ימשיכו להיות מושא המדיניות כלפי האינדיאנים", גישה שהמשיכה גם לאחר שנוקס סיים את תפקידו. מדיניותו של וושינגטון, כפי שבוצעה על ידי נוקס, גרמה לעלייתו של טקומסה. אלפים רבים של אינדיאנים סירבו לקבל את ההסכמים שנחתמו, בטענה שהם לא אישרו אותם ושמטרתם היחידה הייתה לנשל אותם מאדמותיהם. הם התכוונו במיוחד להסכם גרינוויל, וכבשו מחדש את אדמותיהם במסגרת ההתנגדות המחודשת בצפון-המערב שבסופו של דבר דוכאה רק במלחמת 1812.
ב-2 בינואר 1795 סיים נוקס את תפקידו בממשלה וחזר לביתו בתומאסטון שבמחוז מיין (אז חלק ממסצ'וסטס), כדי להקדיש את עצמו לדאגה למשפחתו המתרחבת. במקומו התמנה לתפקיד מזכיר המלחמה טימות'י פיקרינג.