תוכנית אלון
יישום

תוכנית אלון לא התקבלה רשמית על ידי ממשלת אשכול ולא על ידי הממשלות שקמו אחריה. נערכו עליה דיונים, אך היא לא עמדה מעולם להצבעה בממשלה. התוכנית לא הייתה מקובלת על חלק ממנהיגי המערך, בראשם גולדה מאיר, או שתמכו בה במעומעם ולא תמיד בפומבי (למעט אבא אבן). אם כי ב-9 באוגוסט 1972, אמרה ראש הממשלה מאיר בריאיון למעריב: "לא אכפת לי אם תקראו לזה תוכנית אלון, אבל הפרינציפ בשבילי הוא זה – גבולות עם מה שפחות ערבים.".
חלק ממפלגות הקואליציה באותה עת, ובראשן המפד"ל וגח"ל, התנגדו לה נחרצות בהיותן תומכות בארץ ישראל השלמה. שר הביטחון משה דיין לא אימץ את התוכנית וטען שהזמן משחק לטובת ישראל ושהוא מחכה להצעה של הערבים. דיין הציע תוכנית אלטרנטיבית, שעיקרה התיישבות בגב ההר, במטרה לבתר את הרציפות הטריטוריאלית של היישובים הערבים בשטחים. גם מדינות ערב וראשי הפלסטינים לא תמכו בתוכנית: חוסיין, מלכה של ירדן, שאף לספח את יהודה ושומרון כולה לממלכתו, ואילו אש"ף שאף לפלסטין גדולה שלא תהיה קשורה לירדן. עם זאת, המלך חוסיין המשיך לשמור על קשר רציף עם ממשלת ישראל בכלל ועם אלון בפרט, מתוך הבנה שאף על פי שבמישור הגלוי עליו להצהיר אמונים לעקרון הערבי של נסיגה מלאה ושל 'אף שעל', בפועל ייתכן תהליך מדיני המבוסס על עקרון השלבים, במסגרתו יוכל לשוב לשליטה חלקית ביהודה ושומרון על פי מתווה תוכנית אלון. מיד לאחר אירועי 'ספטמבר השחור' יזמו המלך חוסיין ויגאל אלון מהלך מדיני שזו הייתה מטרתו, לפי פרסומים בירדן הם נפגשו בתחילת 1971 כדי לדון בתוכנית שלום. ב-15 במרץ 1972, הציג המלך חוסיין את תוכנית הפדרציה תוכנית הקמת ישות פלסטינית עצמאית ביהודה ושומרון, שתהיה בפדרציה עם ירדן "ממלכה ערבית מאוחדת". ב-24 במרץ 1972 הודיע אלון שלדעתו אין לישראל סיבה להתנגד לתוכנית הפדרציה, אך יש לקבוע עובדות בשטח, ולהשלים את תפרוסת היישובים על פי תוכניתו.
תוכנית אלון ומסמך גלילי, שאושר ב־3 בספטמבר 1973 במזכירות מפלגת העבודה ועיגן במצע המפלגה, לקראת הבחירות לכנסת השמינית, את הלגיטימיות של מפעל ההתנחלויות (שהתממש באותם הימים) בפתחת רפיח, רמת הגולן, בקעת הירדן והרכסים מעליה בהתאם לתוכנית אלון, היו למעשה בסיס למדיניות ההתיישבות של ממשלות ישראל בראשות 'המערך'. בין 1967 ל-1977 עלו על הקרקע 76 יישובים שענו לשני הפרמטרים של תוכנית אלון: נחיצות ביטחונית והעדר בעיה דמוגרפית. במילים אחרות, ממשלות המערך פעלו על פי העיקרון שהיישובים המוקמים בסיני, בהרי יהודה ובבקעה יוקמו בשטחים שיועדו לסיפוח בתוכנית אלון. אלון עצמו תמך בהקמת היישובים הללו. לאורך קו הגבול ששורטט בתוכנית אלון נסלל כביש אלון.
החריגה היחידה ממתווה תוכנית אלון בתחום ההתיישבות הייתה פרי יוזמת תנועת גוש אמונים, בתמיכתו המלאה של שמעון פרס, מחליפו של דיין במשרד הביטחון. כפי שהעידו אנשי גוש אמונים[דרושה הבהרה], שמעון פרס היה הכתובת שלהם בממשלת ישראל בשנים 1975–1977, הזמן בו התחולל המאבק על העלייה לקרקע בסבסטיה[דרוש מקור]. לאחר עליית הליכוד לשלטון בשנת 1977, נפרצו גבולות תוכנית אלון וגוש אמונים החל להתיישב במרבית שטחי יהודה ושומרון.
בעקבות הסכם השלום עם מצרים נסוגה ישראל מחצי האי סיני לקווי ה-4 ביוני. אלון עצמו נמנע בהצבעה על ההסכם בכנסת, מפני שלא עלתה בקנה אחד עם המטרות האסטרטגיות שבהן דגל, אף על פי שהצהיר שטוב שההסכם נחתם.
בשנת 1984, הציע השר יגאל הורביץ (ממקימי הליכוד), כי תוכנית אלון תשמש כבסיס מדיני לממשלת האחדות שהוקמה בשנה זו.
החל מאמצע שנות ה-90 נפוץ בשיח הפוליטי הישראלי הביטוי 'תוכנית אלון פלוס' או 'תוכנית אלון מורחבת'. ביטויים אלו נועדו לסמן גישה ייחודית כלפי פתרון הסכסוך הישראלי־פלסטיני, המאפיינת את מפלגות המרכז: נסיגה מחלקים נרחבים של יהודה ושומרון, על פי תוכנית אלון המקורית, בתוספת הרחבות המתאימות לגושי ההתיישבות היהודיים הגדולים הקיימים כיום באזור.