תולדות היהודים במצרים ובסוריה תחת שלטון הממלוכים
הביקורת על סדרת הספרים

לאחר צאת כל אחד מהכרכים לאור, התפרסמו מספר רשימות בקורת על עבודתו של אשתור. בדרך כלל משבחים הכותבים את עבודתו של אשתור, בפרט על היותו הראשון לכתוב את קורות היהודים במצרים ובסוריה, בתקופת הממלוכים, תוך שילוב של כל המקורות (שהצליח להגיע אליהם), המוסלמיים, הנוצריים והיהודיים.
כך למשל, מצר החוקר דוד תמר, על כך שלא כלל אשתור את ארץ ישראל בשני הכרכים הראשונים, מכיוון:
שמחברנו הוא מן היחידים המסוגלים לעבודה נכבדה זו.
ועל צאת הכרך השלישי הוא מוסיף:
הכרך השלישי שנתפרסם זה עכשיו, משלים את החיבור החשוב כולו.
גם החוקר גויטיין כותב:
הכרך השלישי של תולדות היהודים בימי הממלוכים, המונח כעת לפנינו, מפטיר ומכתיר...מפעל חיים, שליווה את המחבר במשך שלושים וחמש שנים לפחות. בצדק ירגיש סיפוק על מוגמר זה, ולומדי ההיסטוריה היהודית וחובביה יקבילוהו בשמחה. במפתחותיו המפורטים הוא עושה אוזניים לידיעותיו המרובות המשוקעות בשלושת הכרכים...
עם זאת, משנות ה-2000 מתבצעות הערכות מחדש של רבים ממחקרי היסוד במדעי היהדות, תוך בדיקה חוזרת של הנחות היסוד ששימשו את החוקרים והקשר בינן לבין המסקנות אליהן הגיעו במחקריהם. במאמר שכתבה על דרכי המחקר של קהילות יהודי ארצות האסלאם בימי הביניים, הקדישה חוקרת הגניזה מרים פרנקל, לאליהו אשתור ולמחקריו, חלק נכבד. פרנקל סבורה כי אשתור העריך במידה רבה (ואולי במידה רבה מדי) את ההיסטוריה הממוסדת והרשמית של התקופה, בפרט משום שלדעתו היו כותביה קרובים לאירועים המתוארים על ידם, ולפיכך אמינים יותר. הוא לא הסתיר את התפעלותו מההיסטוריונים המצריים בני התקופה אותה חקר, על שישבו בעיר הבירה והייתה להם גישה לארכיונים הממשלתיים, וסבר כי חלק מהצלחתו כחוקר היא לחשוף את המקורות האובייקטיביים ביותר, כאשר מידת האובייקטיביות נמדדת לטעמו על פי רמת הדיוק בה העתיקו מקורות מאוחרים מהיסטוריונים אלה.
פרנקל סבורה עוד כי הביוגרפיה האישית של אשתור והתקופה בה חי היו גורמים שהשפיעו במידה רבה על דרכו כחוקר ועל מחקריו, והפכו אותם למחקרים מגמתיים. היא טענה כי ”אשתור ראה את עצמו כמעין היסטוריון מוסדי הפועל בשירותו ובחסותו של מוסד אקדמי-לאומי”, הבא למלא ”שליחות חינוכית לאומית”. משום כך, הוא לא יכול היה רק לדווח באופן אובייקטיבי על הממצאים ההיסטוריים שחשף, אלא גם ביקש ליצור ”אמפתיה והזדהות כלפי דמויות העבר, לחזק את תחושת העבר המשותף והמוצא המשותף ולהגיש לבני דורו את העבר כמופת חינוכי או כלקח הדורות”. ייתכן גם, כי העובדה שנאלץ להימלט מווינה, לאחר האנשלוס, תרמה גם היא למגמתיות בכתיבתו, שכן חש כפליט החייב תודה למציליו ותלוי לפרנסתו בבית הספרים הלאומי, בו החל לעבוד לאחר שהגיע לארץ. משום כך, היה חלק מחוקרי "האסכולה הירושלמית", שלא חקרה את ההיסטוריה היהודית בימי הביניים כחלק מההיסטוריה של כל אזור ואזור בה חיו הקהילות יהודיות, אלא במנותק מהם, וראתה בכל קורות העם היהודי באותה התקופה "כמעין הכנה ומבוא לשיבת העם לארצו" ולהקמת מדינת ישראל.
זאת ועוד, טוענת פרנקל, כי בבואו לחקור את קהילות היהודים בארצות המזרח בימי הביניים, לא יכול היה אשתור להתנתק ממה שראה כאשר הביט בקהילות יהודי המזרח בשנים הראשונות לקיומה של מדינת ישראל, וביקש להסביר לעצמו את הפער שבין מה שהוא סבר כמצב ירוד בהווה של קהילות יהודי ארצות האסלאם, לבין תור הזהב של קהילות אלה בתקופת שלטונה של הח'ליפות הפאטימית ושנים רבות אחר כך בספרד המוסלמית. ההסברים שסיפק לפער זה, השתנו במהלך השנים, ממחקר למחקר ואף מהכרך הראשון לכרך השני, והם משקפים את מידת התנתקותו מתפיסת האסכולה הירושלמית. וכך, בכרך הראשון, כאשר עדיין היה נאמן ל"אסכולה הירושלמית", שהאמינה כי יש לחקור את ההיסטוריה היהודית כמקשה אחת, כאמור כמעט במנותק מההיסטוריה הכללית, הוא חיפש את ההסברים לפער, לא בתולדות אותן ארצות, אלא במעשיהם של הקהילות היהודיות בלבד. הוא סבר כי משום שהעדיפו את ההסתגרות ולימוד התלמוד והקבלה על פני המדע, הספרות והפילוסופיה, הביאו על עצמם יהודי המזרח סטגנציה וניוון רוחניים, והוא אף השווה בין היהודי המזרחי, החי בשלהי תקופת הממלוכים לבין היהודי הגטואי באירופה (ואותה הקבלה להיסטוריה של יהדות ארופה, משמשת אותו גם לחלוקה ההיסטורית שערך, כאשר אסונות וגזירות משמשים כנקודות ציון במעבר מתקופה אחת לשנייה). בכרך השני, סבורה פרנקל, השתחרר אשתור מתפיסות האסכולה הירושלמית, והחל לחפש את הגורמים לפער דווקא בהיסטוריה הכללית של החברה האיסלאמית, שבתוכה חיו יהודי המזרח, ומצא את "האשם" במצב הירוד של יהודי המזרח בשקיעה הכללית של המזרח כולו. הוא המשיך לפתח רעיון זה במאמר מאוחר יותר, אם כי הפעם משתלט עליו שיח אוריינטליסטי, הרואה במזרח המוסלמי מקור לשחיתות ולעריצות ובמערב הנוצרי מקור לחוקתיות ורציונליות.