ועדת לנדוי
מאורעות שקדמו לוועדה

עד שנות השמונים של המאה העשרים התנהל שירות הביטחון הכללי כמעט ללא ביקורת ופיקוח ציבוריים, גם לא מצד העיתונות (שחלה עליה צנזורה). מעמדו של השב"כ נסדק לאחר פרשת קו 300 בשנת 1984, ואף יותר מכך לאחר פרשת סגן עיזאת נאפסו, שנחשפה בשנת 1987.
פרשת נאפסו היא שהובילה במישרין להקמת ועדת לנדוי. נאפסו שירת כקצין בצה"ל ביחידת אד"ל, אזור דרום לבנון, שעסקה ביצירת קשרים עם האוכלוסייה המקומית במטרה להשיג שליטה במקום. אחד מתפקידיו של נאפסו היה להיפגש עם מודיעים מהצד השני. אחד מהמודיעים שעימו היה נפגש הוא אבו קאסם. כשלוש שנים לאחר שירותו ביחידה, נישא נאפסו וביקש לפרוש. בזמן חופשת השחרור שלו מצה"ל נאסף על ידי כמה אנשי שב"כ לבית מלון בחיפה ושם החלו החקירות נגדו, על בסיס טענתו של אבו קאסם כי נאפסו נפגש עם מפקד אש"ף בלבנון והעביר לו מזוודות מלאות בחומרי חבלה תמורת כסף. נגד נאפסו ננקטו מעשי אלימות ועינויים בחקירה, ולבסוף הוא הודה באשמתו בכתב ומסר את ההודאה לחוקרי השב"כ.
נאפסו הואשם בבית הדין הצבאי על סמך הודאתו. במהלך המשפט טען כי הודאתו הייתה תוצאה של כפייה ומעשי אלימות מתמשכים. כך תוארו טענותיו בפסק דינו של בית המשפט העליון:
לטענתו, נמסרו ההודאות בעקבות הפעלתם לגביו, על־ידי חוקרי שב״כ, של אמצעי לחץ פסולים, אשר מנעו קבילותן לאור האמור בסעיף 477 לחוק השיפוט הצבאי, לפיו לא יקבל בית־דין צבאי הודאת נאשם כראיה, אלא אם שוכנע, כי ניתנה על־ידי הנאשם מרצונו הטוב. לפי דברי המערער, ננקטו לגביו מעשי אלימות, אשד כללו משיכה בשערותיו, טלטולים, הפלה ארצה, בעיטות, סטירות ועלבונות. הוא נצטווה להתפשט מבגדיו ונשלח להתקלח במקלחת קרה. נמנעה ממנו שינה במשך שעות ארוכות ביום ובעיקר בלילה, והוא נאלץ לעמוד בחצרו של מיתקן הכליאה במשך שעות רבות, גם כאשר לא נחקר. כן הושמעו כלפיו איומים בקשר למעצרם של אמו ואשתו ובקשר לפרסום שיינתן למידע אישי אשר היה בידי החוקרים בקשר אליו.
חוקרי השב"כ הכחישו כל שימוש בלחץ פיזי, ובית הדין קיבל את עדויותיהם כמהימנות. נאפסו הורשע על בסיס הודאתו (בצירוף "דבר מה נוסף") בבגידה, בריגול חמור, בעזרה לאויב ובסיוע לאויב במלחמה. נגזרו עליו 18 שנות מאסר בפועל. נאפסו ערער לבית הדין הצבאי לערעורים, אך ערעורו נדחה.
נאפסו ביקש וקיבל רשות לערער לבית המשפט העליון. עם פתיחת הדיון בבית המשפט, הודיע הפרקליט הצבאי הראשי שנערכה בדיקה בשירות הביטחון הכללי, ולפיה יש אמת במרבית הטענות שהעלה נאפסו לגבי לחצים שהופעלו עליו בחקירתו. המדינה הודיעה בכתב:
1. משפט זוטא
מרבית טענותיו של הנאשם במשפט הזוטא, לעניין הלחצים שהופעלו עליו למסור הודאות ואשר פגעו לטענתו, ברצונו הטוב והחופשי למעט אמצעי אלימות ישירים, כגון, בעיטות וסטירות, נבדקו ונמצאו נכונות ביסודן...
לפיכך הגיעה המדינה להסדר טיעון עם נאפסו, לפיו יודה נאפסו בחריגה מסמכות עד כדי סיכון ביטחון המדינה, בכך שנפגש פעמיים עם מפקד בכיר בפת"ח ולא דיווח על פגישות אלה, ויבוטלו פסקי הדין של בתי הדין הצבאיים. בית המשפט העליון קיבל את הסדר הטיעון וגזר על נאפסו, ביום 24 במאי 1987, שנתיים מאסר והורדה לדרגת רב־סמל. כיוון שנאפסו ישב בכלא כבר 7.5 שנים, הוא שוחרר מיד.
מקרה זה חשף באופן ברור שהשב"כ השתמש באמצעי חקירה אלימים והפעיל לחץ פיזי ופסיכולוגי כדי להשיג הודאה של חשוד. עוד נחשף שחוקרי השב"כ העידו עדות שקר בפני בתי הדין הצבאיים, בהכחישם שימוש בלחץ פיזי, ושאף התובע מטעם הצבא לא ידע שמדובר בעדויות שקר. בית המשפט העליון מתח ביקורת נוקבת על תופעת עדות השקר, והוסיף שגם האמצעים שננקטו בפרשה חרגו מהמותר.
לאור מקרה זה, החליטה ממשלת ישראל ביום 31 במאי 1987:
לכונן ועדת חקירה, בהתאם לסעיף 1 לחוק ועדות חקירה, תשכ"ט-1968, לגבי שיטות ונוהלי החקירה של השב"כ בנושאי פח"ע [פעילות חבלנית עוינת], ומתן עדות בבית-המשפט בקשר לחקירות אלה.
הועדה תמליץ ותציע, ככל שתמצא לנכון, גם לגבי השיטות והנהלים המתאימים בנושאי חקירות אלה בעתיד, תוך הבאתם בחשבון של הצרכים הייחודיים של המאבק בפח"ע.