מטריקס: התחייה
עלילה

בתוך המטריקס, תומאס אנדרסון הוא מפתח משחקי וידאו מצליח, יוצר סדרת משחקים המבוססת על חלומות מזיכרונותיו הקלושים מהיותו ניאו. אנדרסון כל הזמן נתקל בטיפני, אם נשואה שמזכירה לו את טריניטי. אנדרסון נאבק להפריד בין המציאות הנתפסת שלו לבין חלומותיו. הפסיכולוג שלו רושם לו כדורים כחולים כדי לשמור על שפיותו. עם זאת, אנדרסון מפסיק את התרופה.
אנדרסון מנהל מופע פרטי של המשחק שלו, שהצוות האנושי של ספינת ה-Mnemosyne, מחוץ למטריקס, מגלה. באגס, קפטן ה-Mnemosyne, מוצאת את המשחק מריץ את הקוד הישן של טריניטי שגילתה את ניאו בתוך המטריקס, לפני שסוכני המטריקס מוצאים אותה. באגס מוצאת סוכן שמתנהג בצורה מוזרה, מגלה שהוא תוכנה המגלמת את מורפיאוס ועוזרת לשחרר אותו. השותף העסקי של אנדרסון, סמית', מוחק את המופע. באגס והצוות שלה מגלים שניאו עדיין בחיים, למרות מותו לכאורה בסוף מלחמת המכונות. באגס נכנסת למטריקס כדי להצטרף למורפיאוס ולשחרר את אנדרסון ולומדת שסמית' הוא באמת הסוכן סמית', שעוקב אחר אנדרסון. תוך התחמקות מסמית', באגס ומורפיאוס משכנעים את אנדרסון שהוא חי בתוך המטריקס. אנדרסון מסכים להיחלץ.
ניאו מתעורר בתוך תרמיל ורואה את טריניטי מרותקת גם כן בקרבת מקום, אבל ישויות המכונה שנשלחו על ידי באגס מחזירות אותו לפני שהוא מצליח לשחרר אותה. ניאו נלקח לספינה של באגס. מורפיוס מגלה שאנדרסון יצר אותו ואת סמית' כדי לעזור לניאו להפוך לאחד. ניאו נלקח למעוז האנושי, איו (אשר החליפה את מקומה של העיר ציון) ושם הוא פוגש את ניאובי. ניאובי מסבירה ששישים שנה חלפו בעולם האמיתי מאז מלחמת המכונות והניצולים האנושיים התחברו לכמה מהמכונות כדי להילחם בחריגה שמסכנת את המטריקס כולו. ניאובי לוקחת את ניאו לסאטי, תוכנה גולה שפגש בעבר, שמסבירה שהחריגה נוצרה לאחר מלחמת המכונות ואיכשהו הקימה לתחייה את ניאו וטריניטי ובידדה אותם. אף על פי שניאו רוצה להציל את טריניטי, סאטי מזהירה אותי מפני האפשרות הזו. ניאובי מצווה על ניאו להישאר מחוץ למטריקס. באגס ובני האדם האחרים לא מצייתים לה כדי לעזור לו לשחרר את טריניטי.
ניאו ובאגס נכנסים למטריקס אך מתמודדים עם סמית' ותוכנות אחרות שרוצות להחזירה לצורתה הקודמת. בעוד באגס והצוות שלה נלחמים בגולים, ניאו נלחם בסמית' ונזכר באיטיות ביכולות שלו לכופף את כללי המציאות בתוך המטריקס. באגס לוקחת את ניאו לסדנה של טיפני, אבל לפני שניאו מסוגל לדבר איתה, הפסיכולוג שלו מופיע ומתמרן את הזמן, משתק את ניאו ומתגלה כאנליסט, תוכנה שנועדה לחקור את נפש האדם ומתפקדת כאדריכל של המטריקס החדש. הוא מסביר כשניאו וטריניטי מתו, הוא הקים אותם לתחייה כדי ללמוד אותו, וגילה שהם גברו על המערכת כשהם עבדו יחד. אם ניאו וטריניטי יישמרו קרוב זה לזה מבלי ליצור מגע, שאר בני האדם בתוך המטריקס ייצרו יותר אנרגיה עבור המכונות. השחרור של ניאו ערער את המערכת ולכן המכונות מציעות לאתחל את המטריקס. במקום זאת, האנליסט מנסה לכפות על ניאו לחזור לתרמיל שלו, ומאיים להרוג את טריניטי אם יסרב.
ניאו ובאגס נאלצים לעזוב את המטריקס כאשר ספינה אחרת שנשלחה על ידי ניאובי מחזירה את ה-Mnemosyne לאי. ניאו משכנע את ניאובי לתת לו לשחרר את טריניטי. בתוך המטריקס, ניאו מתעמת עם האנליסט ודורש ממנו לכבד את ההסכם שהושג בסוף מלחמת המכונות. ניאו מציע לשחרר את טריניטי מהמטריקס אם היא תסכים, ומסכים לחזור למטריקס בעצמו אם היא תסרב. האנליסט מסכים. כשטיפני מובאת אליהם, משפחתה (שמתגלה כבוטים שאותם יצר האנליסט) מפתה אותה להישאר במטריקס. היא דוחה אותם ומזהה את עצמה בתור טריניטי. האנליסט מתכונן להרוג אותה, אבל סמית' מתערב, עוצר זמנית את האנליסט ונותן לניאו, טריניטי והאחרים זמן לברוח. ניאו וטריניטי מנסים לקנות זמן כדי לאפשר לבאגס ולאחרים לחלץ את עצמם. השניים מגיעים לגג גורד שחקים ומזנקים משם, בתקווה שניאו יעיף אותם משם. ניאו נכשל, אך טריניטי צוברת במפתיע מעוף, מה שמאפשר להם לברוח ולהחזיר את השליטה על המטריקס.
ניאו וטריניטי חוזרים אל האנליסט, הם מודים לו שסיפק להם את ההזדמנות להתחיל מחדש ומבטיחים לו שהוא יתמודד עם השלכות קשות אם ינסה להשתלט שוב ועפים משם. עתה שניהם יעצבו את המטריקס מחדש כראות עיניהם.