פרויקט מנהטן
אחרי המלחמה

עוצמת הפצצות וההרס העצום בהירושימה ובנגסאקי הדהימו את העולם כולו, ובפרט את העובדים עצמם בפרויקט מנהטן, שכלל לא הבינו מה מטרת עבודתם. אף שקיומן של הפצצות כבר פורסם פומבית, נמשכה הסודיות, ועובדים רבים עדיין לא ידעו מה מהות עבודתם. באוק רידג' אמר אחד העובדים ב-1946, "אני לא יודע מה לעזאזל אני עושה מלבד להסתכל לתוך XXX ולהפוך XXX ליד XXX. אני לא יודע שום דבר על זה, ואין שום דבר שאני מסוגל להגיד". תושבים רבים המשיכו להימנע מלדון בשיחות רגילות במה שהם כינו "החומר" ("the stuff"), למרות היותו של "החומר" הסיבה לקיומה של העיר שבה הם חיים.
לקראת הטלת הפצצות, ביקש גרובס מהנרי דאוולף סמית' להכין דו"ח היסטורי בלתי מסווג על הפצצה האטומית, המיועד לקריאה על ידי הציבור הרחב. הדו"ח, ששמו המלא הוא "אנרגיה אטומית למטרות צבאיות: הדו"ח הרשמי על פיתוח הפצצה האטומית בחסות הממשל האמריקני, 1940–1945", הידוע יותר בשם "דו"ח סמית", יצא לציבור ב-12 באוגוסט 1945. גרובס וניקולס העניקו "פרסי E של הצבא והצי" לקבלני מפתח (בעיקר מפעלים אזרחיים), שמעורבותם הייתה חשאית עד כה. מעל 20 מדליות מצוינות נשיאותיות הוענקו לקבלני מפתח ולמדענים, כולל לווניבר בוש ולאופנהיימר. אנשי צבא קיבלו את עיטור "לגיון המצוינות".
בהנפורד הופסק ייצור הפלוטוניום לאחר שכורים D ,B ו-F נשחקו כתוצאה מהרעלת מוצרי ביקוע, והגרפיט התנפח בשל מה שידוע כ"אפקט ויגנר" (אנ'). הנפיחות פגמה בצינורות הטעינה, שבהם הוקרן האורניום לצורך ייצור פלוטוניום, והפך אותם לבלתי שמישים. כדי לשמור על אספקת הפולוניום לפולטי הנייטרונים שבפצצה (הקיפודים), צומצם הייצור וכור B נסגר, מתוך מגמה שלפחות כור אחד יהיה זמין בעתיד. המחקר נמשך, וחברת דופונט והמעבדה המטלורגית פיתחו תהליך משופר חדש להפרדת הפלוטוניום מהאורניום, במקום התהליך פוספט-ביסמוט, שהותיר את האורניום במצב שלא איפשר שימוש נוסף בו.
ניקולס המליץ על סגירת מפעל הדיפוזיה התרמית S-50, ועל סגירת מסלולי אלפא במפעל Y-12 של ההפרדה האלקטרומגנטית באוק רידג', והם נסגרו בספטמבר 1945. אף שביצועיהם היו טובים מאי פעם, לא יכלו מסלולי אלפא להתחרות עם מפעלי ההפרדה בדיפוזיה גזית K-25 ומפעל K-27 החדש, שהחל לפעול בינואר 1946. בדצמבר נסגר מפעל Y-12 כולו.
בלוס אלמוס החלה עזיבה של מדענים מוכשרים רבים, אף שנותרה עדיין עבודה רבה. הפצצות שהוטלו על הירושימה ונגסאקי דמו יותר לאב-טיפוס מעבדתי שצריך השלמת פיתוח, ונותרה עבודת מחקר ופיתוח רבה כדי להפוך אותן לפשוטות יותר, בטוחות יותר ואמינות יותר. לדוגמה, היה צריך לפתח מנגנון קריסה גם עבור פצצת האורניום במקום מנגנון הירי הבזבזני, ונדרשה גם ליבה מעורבת של אורניום-פלוטוניום בשל הקושי לספק פלוטוניום ברמת הניקיון הנדרשת בכמות מספקת. אלא שאי הוודאות לגבי עתידה של המעבדה הקשתה על המדענים להמשיך לעבוד בה. אופנהיימר חזר לתפקידו באוניברסיטת קליפורניה, וגרובס מינה את נוריס ברדבורי (אנ') כמחליף זמני (הוא נשאר לבסוף בתפקיד במשך 25 השנים הבאות).
שני פיצוצים של פצצות פלוטוניום מסוג "אדם שמן" נערכו באטול ביקיני שבאוקיינוס השקט ביולי 1946 במסגרת מבצע פרשת דרכים, במטרה לחקור את השפעת הפיצוץ הגרעיני על ספינות מלחמה. פצצת "אייבל" התפוצצה ב-1 ביולי 1946, והפיצוץ הגדול יותר, "בייקר", בוצע בתוך המים בעומק של 27 מטר ב-25 ביולי.
לאחר הפצצת הירושימה ונגסאקי, ייסדו מספר פיזיקאים מפרויקט מנהטן את ביטאון מדעני האטום, שהחל כפעולת חירום של מדענים שראו צורך דחוף בתוכנית חינוכית מיידית בנושא הנשק האטומי. לנוכח כוח ההרס של הנשק החדש, ובמיוחד מרוץ החימוש הגרעיני הצפוי, הביעו כמה חברים בפרויקט, בהם בוהר, בוש וקונאנט, את הדעה כי יש צורך להגיע להסכמה על פיקוח בינלאומי על מחקר גרעיני ועל נשק אטומי. תוכנית ברוך (אנ'), שנחשפה בנאום בפני ועדת האו"ם לאנרגיה אטומית (אנ') ביוני 1946, הציעה להקים רשות בינלאומית לפיתוח אטומי, אך הצעתה לא התקבלה.
בעקבות ויכוח פנימי על ניהול תוכנית הגרעין האמריקאית, הוקמה הוועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית (AEC - Atomic Energy Commission) בכפוף לחוק האנרגיה האטומית של 1946 (אנ'), כדי לנהל את הנכסים ואת הפעולות של פרויקט מנהטן. היא קיימה פיקוח אזרחי על הפיתוח האטומי, והוציאה מהצבא את הפיתוח, הייצור והבקרה של הנשק האטומי. ההיבטים הצבאיים הקשורים בנשק האטומי הועברו לאחריות "פרויקט הנשק המיוחד של הכוחות המזוינים" (אנ').
פרויקט מנהטן חדל להתקיים ב-31 בדצמבר 1946.