ביופייתון
הערות שוליים

1 2  Chapman, Brad; Chang, Jeff (באוגוסט 2000). "Biopython: Python tools for computational biology". ACM SIGBIO Newsletter. 20 (2): 15–19. doi:10.1145/360262.360268. {{cite journal}}:  (עזרה)
↑  "Biopython 1.74 released". Open Bioinformatics Foundation. 16 ביולי 2019. {{cite web}}:  (עזרה)
↑  Cock, Peter JA; Antao, Tiago; Chang, Jeffery T; Chapman, Brad A; Cox, Cymon J; Dalke, Andrew; Friedberg, Iddo; Hamelryck, Thomas; Kauff, Frank (20 במרץ 2009). "Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics". Bioinformatics. 25 (11): 1422–3. doi:10.1093/bioinformatics/btp163. PMC 2682512. PMID 19304878. {{cite journal}}:  (עזרה)
1 2  Refer to the Biopython website for other papers describing Biopython, and a list of over one hundred publications using/citing Biopython.
↑  Mangalam, Harry (בספטמבר 2002). "The Bio* toolkits—a brief overview". Briefings in Bioinformatics. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038free {{cite journal}}:  (עזרה)תחזוקה - ציטוט: postscript (link)
1 2  Chapman, Brad (11 במרץ 2004), The Biopython Project: Philosophy, functionality and facts (PDF), נבדק ב-11 בספטמבר 2014 {{citation}}:  (עזרה)
↑  List of Biopython contributors, אורכב מ-המקור ב-11 בספטמבר 2014, נבדק ב-11 בספטמבר 2014 {{citation}}:  (עזרה)
↑  Knight, R; Maxwell, P; Birmingham, A; Carnes, J; Caporaso, J. G.; Easton, B. C.; Eaton, M; Hamady, M; Lindsay, H (2007). "Py Cogent: A toolkit for making sense from sequence". Genome Biology. 8 (8): R171. doi:10.1186/gb-2007-8-8-r171. PMC 2375001. PMID 17708774.
↑  Chapman, Brad, Biopython Installation, נבדק ב-11 בספטמבר 2014 {{citation}}:  (עזרה)
↑  Chang, Jeff; Chapman, Brad; Friedberg, Iddo; Hamelryck, Thomas; de Hoon, Michiel; Cock, Peter; Antao, Tiago; Talevich, Eric; Wilczynski, Bartek (29 במאי 2014), Biopython Tutorial and Cookbook, נבדק ב-28 באוגוסט 2014 {{citation}}:  (עזרה)
↑  Zmasek, Christian M; Zhang, Qing; Ye, Yuzhen; Godzik, Adam (24 באוקטובר 2007). "Surprising complexity of the ancestral apoptosis network". Genome Biology. 8 (10): R226. doi:10.1186/gb-2007-8-10-r226. PMC 2246300. PMID 17958905. נבדק ב-9 בספטמבר 2014. {{cite journal}}:  (עזרה)
↑  Talevich, Eric; Invergo, Brandon M; Cock, Peter JA; Chapman, Brad A (21 באוגוסט 2012). "Bio.Phylo: A unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython". BMC Bioinformatics. 13 (209): 209. doi:10.1186/1471-2105-13-209. PMC 3468381. PMID 22909249. נבדק ב-9 בספטמבר 2014. {{cite journal}}:  (עזרה)
↑  "Klebsiella pneumoniae strain KPS77 plasmid pKPS77, complete sequence". NCBI. נבדק ב-10 בספטמבר 2014. {{cite web}}:  (עזרה)
↑  Pritchard, Leighton; White, Jennifer A; Birch, Paul RJ; Toth, Ian K (במרץ 2006). "GenomeDiagram: a python package for the visualization of large-scale genomic data". Bioinformatics. 22 (5): 616–617. doi:10.1093/bioinformatics/btk021. PMID 16377612free {{cite journal}}:  (עזרה)תחזוקה - ציטוט: postscript (link)
↑  Hamelryck, Thomas; Manderick, Bernard (10 במאי 2003). "PDB file parser and structure class implemented in Python". Bioinformatics. 19 (17): 2308–2310. doi:10.1093/bioinformatics/btg299. נבדק ב-10 בספטמבר 2014free {{cite journal}}:  (עזרה)תחזוקה - ציטוט: postscript (link)
↑  Rousset, François (בינואר 2008). "GENEPOP'007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux". Molecular Ecology Resources. 8 (1): 103–106. doi:10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x. PMID 21585727. {{cite journal}}:  (עזרה)
↑  Excoffier, Laurent; Foll, Matthieu (1 במרץ 2011). "fastsimcoal: a continuous-time coalescent simulator of genomic diversity under arbitrarily complex evolutionary scenarios". Bioinformatics. 27 (9): 1332–1334. doi:10.1093/bioinformatics/btr124. PMID 21398675. נבדק ב-11 בספטמבר 2014free {{cite journal}}:  (עזרה)תחזוקה - ציטוט: postscript (link)
איור 1: עץ פילוגנטי שורשי שנוצר על ידי Bio.Phylo. מראה את הקשר בין הומולוגים של Apaf-1 של אורגניזמים שונים
איור 2: אותו עץ כמו לעיל, מצויר ללא שורש באמצעות Graphviz באמצעות Bio.Phylo
איור 3: תרשים של הגנים בפלסמיד pKPS77, נראה באמצעות המודול GenomeDiagram ב- Biopython