שעון אטומי
פעולת השעון האטומי

לבניית מייזרים היוצרים תדירות מדויקת, משתמשים בתאים שבהם גז מיונן לוהט, לרוב צסיום, שהוא היסוד המשמש להגדרה הבינלאומית של השנייה.
מאז 1967 מוגדרת השנייה במערכת היחידות הבינלאומיות SI כ־9,192,631,770 מחזורי מעבר (תדירות רטט) בין שתי רמות אנרגיה של אטום צסיום־133. ההגדרה הזו הופכת את מתנד הצסיום (הקרוי גם שעון אטומי) לתקן העיקרי עבור מדידות זמן ותדירות. יחידות פיזיקליות אחרות, כמו וולט ומטר, מסתמכות על ההגדרה של שנייה כחלק מהגדרתן.
ליבת השעון האטומי מורכבת מחלל ובו גלי מיקרו וגז מיונן, מתנד רדיו מתכוונן, ולולאת משוב המשמשת לכוון את המתנד לתדירות המדויקת של אפיון הקליטה, המוגדרת לפי תכונות אטומים בודדים. משדר המיקרוגל ממלא את התא בגלי רדיו עומדים. כאשר תדירות גלי הרדיו תואמת את תדירות המעבר של הצסיום, אטומי הצסיום בולעים את גלי הרדיו ופולטים אור.
גלי הרדיו מעוררים את האטומים (גורמים להם לעלות) לרמת אנרגיה גבוהה יותר, שבה המרחק הממוצע של האלקטרונים המעוררים מהגרעין הוא גדול יותר. כאשר האטום המעורר דועך בחזרה לרמת היסוד, נפלטת האנרגיה כפוטון, ואוסף הפוטונים הנפלטים יוצר אור שניתן לגילוי. תא פוטואלקטרי ממיר את האור הפוגע בו לזרם חשמלי. כאשר סוטה משדר הרדיו ותדירותו שונה מתדירות התהודה, יורדת עוצמת האור, ולולאת בקרה בשעון מסיטה את תדר משדר הרדיו בחזרה לתדר הנכון, כדי לפצות על השינוי, ומחזירה אותו לתדר התהודה.
התהליך מתבסס על עירור קוונטי של רמות אנרגיה באטום. בין כל שתי רמות אנרגיה באטום יש הפרש אנרגיה שאם נחלקו בקבוע פלאנק המצומצם נקבל את התדירות הדרושה בשביל לעורר את האטום מהרמה האחת לרמה הגבוהה יותר, שהיא  \omega =\Delta E/\hbar  (תדירות זו נקראת תדירות תהודה). אם בוחרים את שתי הרמות כך שאין זוגות נוספים של רמות שהפרש האנרגיה ביניהן הוא דומה, אפשר להשתמש באטום כבוחן לתדירות הגל שפגע בו, שכן האטום יגיב רק לתדירות אחת - זו המתאימה להפרשי האנרגיה בין שתי הרמות - "תדירות תהודה".
בפועל, במקום מעברים בין שתי רמות משתמשים בתהודה של ספין של אלקטרון ברמת היסוד. זאת מטעמים טכניים הקשורים לתדירויות שאפשר להפיק במעבדה ויכולת המנייה של המונים האלקטרוניים.
החלק המורכב ביותר בבניית שעון אטומי הוא תהליך הכוונון. בכוונון מנטרלים תופעות לוואי לא רצויות, כגון תדירויות ממעברי אלקטרונים אחרים, עיוותים של שדות קוונטיים והשפעות טמפרטורה במנגנון. לדוגמה, תדירות גלי הרדיו יכולה להיות מכוונת בצורה גלית מעלה ומטה כדי ליצור אות מאופנן בתא הפוטואלקטרי. אז אפשר להפריד מסר מאופנן מן האות של התא כדי ליצור סחף לזמן ארוך בתדירות הרדיו. בדרך זו, התכונות הקוונטיות המדויקות עד מאוד של תדירות המעבר האטומית של הצסיום יכולה לשמש לכיוון מתנד המיקרוגל לאותה התדירות (פרט לחריגה קטנה). כאשר שעון מופעל לראשונה, לוקח זמן מה עד שהוא מתייצב ומגיע לדיוקו המרבי.
מונה סופר את הגלים שמייצר משדר הרדיו. מחשב קורא את המונה, ומבצע המרה למספר כך שניתן להציגו כשעון דיגיטלי, או גל רדיו משודר.
שיטות אחרות לבניית שעונים אטומיים מיועדות לשימושים אחרים. שעוני רובידיום ידועים בזכות מחירם הנמוך וגודלם הקטן (עד כ־400 סמ"ק) ויציבות לזמן קצר. הם נמצאים בשימושים מסחריים, ניידים, ובתחום התעופה. מייזרי מימן (המיוצרים לעיתים קרובות ברוסיה) הם בעלי יציבות טובה יותר לזמן קצר, אך דיוק טוב פחות לאורך זמן.
לעיתים תקן אחד משמש לתיקון אחר: לדוגמה, שימושים מסחריים של תקן הרובידיום קיימים במקלטי GPS.
נושא פרקטי חשוב הוא משך חיי המדף. לשפופרות רובידיום אורך חיים של למעלה מ־10 שנים ומחירן כ־50 דולר. לעומת זאת, אורך החיים של שפופרות צסיום לשימושים לאומיים הוא כ־7 שנים ומחירן כ־$35,000. להתקני מימן חיי מדף בלתי מוגבלים.