Deus Ex
עלילה

המשחק מתקיים בשנת 2052, בעולם דיסטופי אשר מצטייר מקונספירציות של ימינו. המשחק כולו מתקיים בלילה ועיקרו שימוש בעקרונות התגנבות. רוב המקומות שבהם השחקן מבקר הם מקומות אמיתיים ששונו באופן בדיוני, כגון ניו יורק, הונג קונג, פריז, ואזור 51.
העלילה מתארת חברה הנעה אט אל תוך כאוס. הטכנולוגיה התקדמה דיה על מנת להשתמש בננוטכנולוגיה על מנת להחליף או לשדרג איברים פגומים או לחזק קיימים, כך לקדם טרנס הומניזם. פנדמיה קטלנית המכונה "המוות האפור" (Gray Death) פושטת על ארצות הברית ומאיימת להורסה. החיסון היחידי שנמצא לפנדמיה נקרא "Ambrosia" (אמברוזיה). החיסון מיוצר על ידי החברה הסינית הדמיונית VersaLife. ייצור החיסון איטי ואספקתו מועטת, ולכן החולים המחוסנים היחידים הם לטענת החברה "חשובים לסדר החברתי" כגון פוליטיקאים, ראשי ממשלה, מדענים, אנשי צבא, טייקונים, חברי מסדר מנסה, בני אדם בעלי מעמד חברתי גבוה, ודיירי אחוזת פלייבוי. ייצור החיסון האיטי והענקתו לאנשים היכולים לשלם על החיסון היקר מצית מהומות רבות מסביב לעולם. קבוצת טרוריסטים בשם NSF נוצרת (National Secessionist Forces) וארגון טרור צרפתי בשם "Silhouette" (צללית).
גיבור המשחק שעליו שולט השחקן נקרא ג'י.סי. דנטון (JC Denton), סוכן זוטר ששודרג ננוטכנולוגית בקואליציה החדשה UNATCO שנפתחה בליברטי איילנד. אחיו הגדול, פול דנטון, אף הוא סוכן משודרג בקואליציה, משתף את מחשבותיו במשחק על המצב הנוכחי. כמשימתו הראשונה של דנטון, הוא נשלח לליברטי איילנד על מנת לפרוץ לבסיס זמני של הארגון הטרוריסטי NSF ולהשיב משלוח אמברוזיה שנחטף מספינת משא אשר עזבה את האי. דנטון מצליח לשים את ידיו על יחידת אמברוזיה ולהביאה ל-UNATCO. במטה הקואליציה דנטון פוגש את אנה נוורה, סוכנת ישראלית-רוסית משודרגת אף היא אשר מצטרפת לדנטון במשימתו הבאה. פול מספר לדנטון שעליו להרוס גנרטור חשמל במתקן ה-NSF אשר נמצא במטבחי הגיהנום במנהטן כך שיונטרלו כל מערכות האבטחה וצוותו יוכל להיכנס בבטחה. בדרכו למתקן אנה מציידת את דנטון במספר רימונים ומנחיתה אותו בפארק באטרי, שם הוא מחלץ בני ערובה ברכבת התחתית, שנכלאו שם על ידי ה-NSF.
בהגעתו למטבחי הגיהנום מוצא דנטון יחידת אמברוזיה נוספת והורס את הגנרטור. צוותו של פול נכנס למתקן אך בחזרתו של דנטון למפקדת UNATCO לקבלת המשימה הבאה נאמר לו כי צוותו של פול הובס וחברי קבוצתו ברחו. אף נאמר לו כי מסוק ובו משלוח אמברוזיה עתיד לעזוב את ניו יורק. במפקדה דנטון פוגש את מנכ"ל FEMA, וולטון סימונס, שמברך אותו על משימותיו ומספר לו כי הוא אסף יותר מידע על המצב מאשר כל מי שראה בדרגתו של דנטון.
במירוץ על מנת לעצור את משלוח האמברוזיה מלעזוב את העיר, דנטון מגלה כי הדרכים הראשיות חסומות וכי עליו ללכת בדרך חמקנית מתחת לאדמה. להפתעתו דנטון פוגש קהילת מורדים בשם "אנשי החפרפרת" (Mole People) המסתררים מידיהם של ארגוני הטרור בעולם מעליהם. על ידי ביצוע משימות חיסול של סוחרי סמים ואנסים בשביל מודיעין, מגיע דנטון לשדה התעופה בו המשלוח עתיד להשלח ממנו. שם הוא עוקב ולאחר מכן רוצח את מממן המשלוח לואן לבדוו. בדרכו למסוק חזרה במפתיע דנטון פוגש את אחיו פול שמכריז כי הוא פורש מ-UNATCO ומתוודה כי הוא סוכן כפול בעבור ה-NSF ומציע לג'י.סי לשקול על מי הוא סומך.
דנטון טס חזרה לניו יורק, שם הוא נפגש עם פול בחדר המלון בו הוא שוהה. פול מספר שהקואליציה UNATCO היא מוסד מפוקפק, שלטענתו מנהליו מזריקים את האמברוזיה אל גופם, אותה אמברוזיה שעל מנת להשיגה הם היו צריכים לסכן את דנטון. פול מציע לאחיו מוצא נוסף: לשלוח אות מצוקה מבסיס ה-NSF. ג'י.סי. מצליח, אך לאחר מכן פוגש כוח אש רב, ביניהם אנה, ובסופו של דבר נחטף ונכלא.
דנטון מוצא עצמו בתא במקום לא ידוע, וכן כל כלי הנשק שלו נבזזו. אדם מסתורי בשם "דאילוס" עוזרת לדנטון לברוח מן התא ולהחזיר את כלי הנשק שלו. דנטון מבין כי הוא נמצא כאסיר במפקדת Majestic 12, ארגון אמריקאי סודי אשר אחראי לענייני שדרוגים ביוטכנולוגיים. דנטון מגלה כי המפקדה נמצאת מתחת למפקדת UNATCO, דבר המגלה מדוע היה למג'סטיק חלק כה כבד בקונספירציה. כמו כן דנטון מגלה כי כל סוכן ניתן להשמיד באמצעות השדרוגים שלו בתוך 24 שעות. בגלל בגידתו של פול ושל ג'י.סי., התחיל מנהל UNATCO את ההשמדה של פול ושל ג'י.סי. במפקדת מג'סטיק מגלה דנטון על מדען מוכשר בשם טרייסר טונג היכול לנטרל השמדה זו.
דנטון טס להונג קונג על מנת למצוא את טרייסר ולכבות את מתג ההשמדה של אחיו ושלו. סין נשלטת בידי שני ארגונים בשם The Luminous Path (השביל הזורח) ו-The Red Arrow (החץ האדום). אף אחד מארגונים אלה מסכים לספר לדנטון על מיקומו של טרייסר. בחיפושים במתקן VersaLife, המייצרת היחידה של אמברוזיה בעולם, מגלה דנטון כי המוות האפור הוא למעשה וירוס מלאכותי שנוצר בידי-אדם. ב-hr מתגלה שהמוות נולד בשם נגיף-נניט כימרה. דנטון מגלה כי מנכ"ל החברה בוב פייג', בעזרת מגיי צ'או, סכסכו בין הארגונים על מנת להצית את הכאוס לפני שחרור הפנדמיה. לאחר החזרת השלום בין שני הארגונים, "השביל הזורח" מוכנים לספר לדנטון את מקומו של טרייסר, איתו דנטון נפגש, אשר מכבה את ההשמדה, שלו ושל אחיו.
לאחר מכן דנטון חוזר ל-VersaLife, שם מתגלה כי האמבוזיה היא בסיס לתרופה, ומדובר בתרופה חלקית בלבד. על מנת לרקוח תרופה אמיתית, על דנטון לטוס לפריז ולמצוא חבר לשעבר של האילומנטי, מורגן אוורט. בפריז הוא מוצא את ניקול דוכלר, מנהיג הקבוצה הטרוריסטית "Silhouette" (צללית), שאמו עבדה עם מורגן באילומנטי.
אצל אוורט, חלקי הפאזל מתחברים. בוב פאג', מנכ"ל VersaLife, השמיד כל זכר לאילומנטי, היחידים שיוכלו לרקוח תרופה לווירוס שרצה לייצר ויצר את VersaLife כך שהוא יהיה היחיד שייצר את האמרוזיה. מפני שלדעת אוורט לפייג' "תוכניות גדולות יותר", הוא מחליט להמתין עם ייצור התרופה.
דנטון למד על האינטליגנציות מלאכותיות בידיהם של אזור 51. "דאליוס" הוא למעשה AI בעל רגשות שנוצר על ידי מג'סטיק 12, וכמו כן על גרסה שטנית ואפלה של דאליוס בשם "איקרוס". אב הטיפוס של איקרוס נמצא אצל אוורט.
דנטון מגיע לבסיס חיל האוויר ונדנברג על מנת לדבר עם גארי סאווג', מדען וחוקר ננוטכנולוגיה המנסה להרשיע את מאג'סטיק 12. בסיס חיל האוויר תחת מצור ולאחר השמדת המצור, איקרוס ודאילוס מתמזגים יחד לישות עוצמתיתית בשם הליוס, כחלק מתוכניותיו הסופיות של בוב. גנטון כעת מוצא מעבדה תת-ימית של מאג'סטיק 12 ומסייר בה על מנת להמשיך את מאמציו של גארי.
דנטון מתגלה בסיורו במעבדה ונאמר לו כי גארי בדרכו לשלוח טיל גרעיני לונדנברג. דנטון מנסה לכוון מחדש את הטיל, בזמן שבוב מנסה לשלוט בהליוס, וכך לקבל כוח אבסולוטי בעולם.
בשלב זה השחקן יוכל לבחור את סיום הסיפור: דנטון יכול לכוון מחדש את הטיל הגרעיני כדי לפגוע באזור 51, וכך להשמיד את הליוס, דבר המביא את הציוויליזציה האנושית למהלך פשוט ושקט יותר; דנטון יכול גם להצטרף להליוס, כך לקבל דיקטטורה על העולם ולשלוט בו; דנטון יכול להצטרף למורגן ולחזק את האילומנטי, ולנסות למצוא איזון במצב הקיים.