מיזם העמק המרכזי
השפעות סביבתיות

פעם, שפע של דגים שעלו בנהרות מהים לרבייה – אלתית, סטילהד, ואחרים - היגרו בכמות גדולה במעלה הנהרות סקרמנטו וסן חואקין כדי להשריץ. בניית סכרי CVP על שני הנהרות ורבים מיובליהם העיקריים - דהיינו סכר פריאנט (אנ') וסכר שסטה (אנ') - עצרה בעיקר את ההגירה של האלתית בעמק המרכזי שבעבר הייתה שופעת. מצפון לדרום, הסקרמנטו מעבר לסכר שסטה, הנהר אמריקן מעבר לסכר פולסום, הנהר סטניסלוס מעבר לסכר ניו מלונס, והסן חואקין מעבר למנדוטה (אנ') - הפכו בלתי נגישים לנדידה של האלתית. בשלושה מהמקרים הללו, הסיבה לכך היא שהסכרים גבוהים מדי והמאגרים שלהם גדולים מכדי שדגים יוכלו לעקוף אותם באמצעות סולמות דגים. לנהר סן חואקין, לעומת זאת, היה גורל אחר. כמעט 100 קילומטרים מהנהר התייבשו בשל הטיות המים מסכר פריאנט ומאגם מילרטון. אפילו במורד הזרם ממנדוטה, שם תעלת דלתה-מנדוטה (אנ') העניקה לנהר מים שמקורם בדלתה של סקרמנטו-סן חואקין, מי נגר מהשקיה, מזוהמים בחומרי הדברה ודשנים, גרמו לנהר להיות מזוהם מאוד. כדי להחמיר את המצב, המאמצים של מחלקת הדגה וחיות הציד של קליפורניה לנתב את דגי האלתית של סן חואקין לנהר מרסד (אנ') בשנות ה-50 של המאה ה-20 נכשלו, מכיוון שדגי האלתית לא זיהו את מרסד כ"נהר הבית" שלהם.
מתקני CVP זרעו הרס סביבתי לא רק בנהר סן חואקין. סכר ההסטה רד בלאף על הנהר סקרמנטו במחוז טהאמה, אף על פי שלא היה גדול או בעל השפעה כמו סכר פריאנט, היה פעם מחסום לנדידת דגים מהים לצורך רבייה. מתקני מעבר הדגים המקוריים של הסכר נתקלו בבעיות ללא הרף מתחילת הפעילות ב-1966, והביאו מינים טורפים של הביצים והדגיגים הצעירים שהתאספו לעיתים קרובות בבסיס הסכר, מה שהפחית את כמות דגיגי האלתית שיצאו לאוקיינוס השקט. מאז הוחלף סכר רד בלאף במסך דגים ותחנות שאיבה, ובכך אפשרו מעבר ללא פגיעה דרך רד בלאף. בהמשך הזרם, סכרי קזוויק ושסטה יוצרים מחסומים מוחלטים לנדידת דגים. אפילו מחוץ לאגן הניקוז של העמק המרכזי, הטיית המים של ה-CVP מנהר הטריניטי בסכר לואיסטון לאגם ויסקיטאון (אנ') פגעה באופן משמעותי ביכולת הנדידה של האלתית ביובל זה של הנהר קלאמת. למעלה משלושה רבעים מספיקת הנהר מופנית דרך מנהרת קריק קליר מהנהר טריניטי, מה שגורם לנהר שמתחת לסכר להפוך לחמים, עשיר בטין, רדוד וזורם לאט, תכונות שפוגעות בדגי האלתית הצעירים. יתר על כן, סכר טריניטי יוצר חסימה שמונעת מהאלתית להגיע לאזורי ההטלה המסורתיים, כ-175 קילומטרים במעלה הנהר. בשנים הראשונות של המאה ה-21, החלה לשכת הטיוב סוף סוף להגביר בהתמדה את זרימת המים במורד הזרם מסכר לואיסטון. בעוד שמשטר הזרימה החדש מספק פחות מים ל-CVP, הוא מאפשר לעמוד במדיניות שקבעה לשכת הטיוב עצמה ב-1952, שקבעה כי יש להשאיר לפחות 48% מהזרימה הטבעית של הנהר ללא פגע על מנת שאלתית הנהר טריניטי תשרוד. מיעוט הזרימה בטריניטי עד אז היה גם הפרה של האישור שהקונגרס נתן להפעלת הסכר. "...החקיקה חייבה להשאיר מספיק בטריניטי לצורכי האגן, כולל שימור דיג האלתית".
בשנים הראשונות של המאה ה-21, חקרה לשכת הטיוב את ההיתכנות של הגבהת סכר שסטה. אחת ההגבהות המוצעות הייתה של 5.6 מטרים, ובכך להגדיל את קיבולת האגירה של אגם שסטה ב-784,000 מטרים מעוקבים. הסוכנות גם הציעה הגבהה קטנה יותר של 2 מטרים שתוסיף 360,000 מטרים מעוקבים. בעבר תוכננה הגבהה של 61 מטרים של הסכר, שהייתה מגדילה את קיבולת המאגר ל-17,130,000 מטרים מעוקבים, אך נחשבה לא כלכלית. בפועל, כשסכר שסטה נבנה לראשונה, הוא תוכנן להיות גבוה ב-61 מטרים ממה שהוא כעת, אבל לשכת הטיוב עצרה את הבנייה בגובהו הנוכחי בגלל מחסור בחומרים ובעובדים במהלך מלחמת העולם השנייה. הגבהה של הסכר תווסת ותאגור עוד מים עבור הנהר סקרמנטו בתקופות שחונות, ובכך תועיל לכל הפעולות של ה-CVP, וגם תייצר תוספת חשמל. עם זאת, נגד העלאת הגובה המוצעת נלחמו מסיבות רבות. הגבהת הסכר תעלה כמה מאות מיליוני דולרים ותגרום להעלאת מחיר מי ההשקיה מאגם שסטה. היא תציף את רוב האדמה הנותרת השייכת לשבט ויננמם וינטו (אנ') - ש-90% מאדמתו כבר נמצאת מתחת לאגם - ותציף מספר קילומטרים של הנהר מקלאוד, המוגן תחת הגדרה של נהר נופי ופראי. יהיה צורך להעביר מבנים, גשרים, כבישים ומבנים אחרים. הקיבולת הנוספת של המאגר תשנה את משטר הזרימה בנהר התחתון של סקרמנטו, ואוכלוסיות הדגים המקומיות, במיוחד אלתית, יסבלו מהשינויים באקולוגיה של הנהר.
סכר ניו מלונס (אנ') נמצא במחלוקת גדולה עוד יותר מסכר שסטה, בעיקר בגלל ההתנגשויות של המיזם עם המגבלות הפדרליות והמדינתיות והשפעתו על אגן הניקוז של הנהר סטניסלוס (אנ'). סכר מלונס המקורי, שקוע מתחת לאגם ניו מלונס (ומכאן השם סכר מלונס החדש) הוא המקור לאחת הבעיות הללו. סכר מלונס שאינו יותר בשימוש חוסם את הגעת המים הקרים מקרקעית האגם לנהר, במיוחד בשנים שחונות כאשר פני האגם קרובים יותר לגג הסכר הישן. כתוצאה מכך הטמפרטורה של הנהר שאחרי הסכר גבוהה בהרבה מהרגיל, ופוגעת בדגים ובחיות הבר המקומיים. כדי לפתור בעיה זו משביתה לשכת הטיוב את הפעילות של תחנת הכוח ההידרואלקטרית של הסכר כאשר מפלס המים נמוך באופן דרסטי, אך הדבר גורם למחסור בחשמל. במקור, לאחר בניית הסכר, עצרה מדינת קליפורניה את מילוי המאגר בשל התנגדות ציבורית עצומה למה שהוצף: קניון אבן הגיר שמאחורי הסכר, העמוק מסוגו בארצות הברית, הכיל מאות אתרים ארכאולוגיים והיסטוריים, ואחד ממסלולי הרפטינג במים לבנים הטובים והפופולריים ביותר בקליפורניה. כך המאגר התרחב רק עד לגשר פארוט'ס פרי (Parrot's Ferry Bridge), 14 קילומטרים מתחת לגבול המרבי שלו במעלה הנהר. מצב זה השתנה בעקבות אירוע אל ניניו בשנים 1982–1983, שמילא את המאגר עד אפס מקום בתוך שבועות ואף אילץ את לשכת הטיוב לפתוח את מברצי החירום, מה שגרם למדינה ולממשל הפדרלי לבטל את המגבלות שהטילו על המאגר. יתר על כן, המיזם מאפשר תפוקת מים בת קיימא קטנה בהרבה מהצפוי במקור, ולשכת הטיוב מכנה את הסכר "מקרה מבחן של כל מה שיכול להשתבש במיזם".
בתגובה לבעיות הללו של הפגיעה באיכות הסביבה, העביר הקונגרס ב-1992 את "חוק שיפור מיזם העמק המרכזי" (Central Valley Project Improvement Act, בראשי תיבות CVPIA), סעיף 34 של החוק הציבורי 102–575, לשינוי נוהלי ניהול המים ב-CVP על מנת להפחית את ההשפעה האקולוגית על הנהרות סן חואקין וסקרמנטו. הפעולות שהוצעו כללו שחרור מים נוספים לנהרות ולאדמות הביצות, מימון לעבודות שיקום בתי גידול (במיוחד עבור דגים העולים מהים להתרבות במצעי חצץ), בקרת טמפרטורת מים, שימור מים, מעבר דגים, הגדלת שטח השירות של תעלות ה-CVP ונושאים נוספים. למרות תוכניות שימור הנהר, עדיין יש לבית המחוקקים של המדינה סמכות לבנות סכרים.