מארי תרז, נסיכת צרפת
מאסרה במבצר הטמפל

מארי תרז נשארה כלואה במבצר הטמפל יחד עם אמה ואחיה הקטן לואי שארל (שהוכר כעת על ידי תומכי המלוכה כמלך לואי השבעה עשר), עד יולי 1793, אז הופרד המלך בן ה-8 מאמו ואחותו ונכלא בתא נפרד. בתאה של מארי תרז נותרו כעת שתי נשים נוספות - אמה מארי אנטואנט, ודודתה, הנסיכה אליזבת.
באוקטובר 1793 נלקחה מארי אנטואנט לכלא הקונסיירז'רי באשמת בגידה וגילוי עריות עם בנה. מארי תרז בת ה-14 נאלצה להיפרד מאימה, זמן קצר אחרי שאיבדה את אביה, מבלי לדעת מה עלה בגורלה. מארי אנטואנט נשפטה והוצאה להורג ב-16 באוקטובר אך מכתבה האחרון לאליזבת ולמארי תרז, אותו כתבה לילה לפני הוצאתה להורג, מעולם לא הגיע ליעדו. הן לא קיבלו כל ידיעה מה עלה בגורלה של המלכה ומארי תרז לא ידעה שאיבדה גם את אימה.
כאשר הגיע חיילים לקחת את דודתה, ב-9 במאי 1794, אמרה לה אליזבת כי אין לה מה לדאוג וכי היא תשוב אליה במהרה. החיילים משכו את אליזבת מהתא ואמרו לה "את לא תחזרי". היא הוצאה להורג ביום שלמחרת באשמת מתן עזרה לתומכי המלוכה הגולים.
מארי תרז בת ה-15 נותרה לבדה במבצר, כשהיא אינה יודעת מה עלה בגורלם של בני משפחתה. מזיכרונותיה עולה כי היא נהגה להאזין בדריכות לרחשים ולקולות מחוץ לדלתה, כדי לזהות מתי עוברים השומרים וניסתה לזהות את קולו של אחיה. היא נהגה לצפות מראש מתי השומרים נכנסו לחדרה והייתה ישנה בבגדיה כדי שלא יפתיעו אותה מבלי שתהיה לבושה כיאות בבואם. בטקסט שכתבה הנסיכה הצעירה על קירות תאה היא דיווחה כך על מצבה: "מארי תרז שארלוט היא האדם האומלל ביותר בעולם. היא אינה מקבלת חדשות על אמה ואינה מורשית להתאחד עמה על אף שביקשה זאת אלפי פעמים. אלוהים ישמור על אמי היקרה אותה אני אוהבת, ושאיני יודעת מה מצבה. אבי, שמור עלי מלמעלה. אלוהים, סלח לאלה אשר גרמו סבל להוריי".
במהלך תקופת מאסרה נותרה מארי תרז בודדה בתאה, כששוב ושוב היא מבקשת מהשומרים שיספרו לה ידיעות על משפחתה או יאפשרו לה לראות את אחיה, אשר נכלא בקומה מעליה. ב-11 במאי 1794 נכנס מקסימיליאן רובספייר לתאה של מארי תרז ועל פי דיווחים על ביקורו הוא צפה בה, אך לא שוחח עמה.
בדיוק ביום הולדתה ה-17 (19 בדצמבר 1795), כאשר שכך משטר הטרור, היא שוחררה בתמורה להשבתם של מספר שבויים צרפתיים שנשבו על ידי אוסטריה. לקראת שחרורה היא הורשתה לקבל מלווה שתכנס לתאה, תשוחח עמה ותעביר לה בגדים וספרים, וכן הורשתה לצאת מתאה ולנשום אוויר בגן המבצר. בגן היא זיהתה את הכלב של אחיה הקטן, העבירה אותו לרשותה ואף התעקשה לקחת אותו עימה כאשר עזבה את צרפת.
לאחר שנה ו-8 חודשים של שהייה בבידוד בכלאה, בחרדה ובפחד לגורלה ולגורל אימה, אחיה ודודתה, מבלי יכולת לשוחח עם אף אדם, מארי תרז לא הצליחה לשוב ולשוחח עם אנשים לאחר שחרורה ורק לאחר שהתאחדה עם משפחת בורבון הגולה באוסטריה, החלה לעבוד עם המלווה שלה על תרגילי קול על מנת להצליח לנהל שיחה. לאחר שחרורה גילתה מארי תרז כי אימה ודודתה הוצאו להורג והיא הורשתה להיכנס לתא בו שהה אחיה, קומה מעליה במבצר. בזיכרונותיה היא מספרת שגילתה על קירות התא ציור של פרח שצייר עם הודעה לא גמורה לאמו, שבה ככל הנראה ביקש ממנה לסלוח לו. היא קיבלה דיווח כי אחיה מת ממחלה בתאו, אולם לא השלימה עם כך ובמשך שנים רבות לאחר חזרתה לצרפת חיפשה אחריו והייתה נתונה לניסיונותיהם של מתחזים רבים לשכנע אותה כי הם אחיה האבוד.
מארי תרז הייתה שבורה לאחר שחרורה. ילדותה נקטעה באופן טראומתי בגיל 11, עם לקיחתם בשבי והעברתם מוורסאי לארמון טויילרי, משם למבצר הטמפל שבו נקרעו ממנה אביה, אחיה, אמה ודודתה בזה אחר זה ללא שוב. בגיל 17 היא נותרה לבדה וממשפחתה הקרובה לא נותר איש. היא נלקחה לווינה, אל חצר המלוכה של בן דודה, פרנץ השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. עם עזיבתה לקחה עמה חפצים מועטים שנותרו לה מהוריה ואחיה, אותם שמרה עד יום מותה והורישה אותה בהמשך, בצוואתה.