הלחימה ברצועת עזה במלחמת חרבות ברזל
שלב ג' > המשך הלחימה בצפון רצועת עזה וברפיח (1 ביוני – 12 בספטמבר)

ב-3 ביוני 2024 כוחות אוגדה 162 המשיכו בלחימה במרחב רפיח, כוחות אוגדה 99 המשיכו לפעול במרכז הרצועה, ומטוסי קרב של חיל האוויר תקפו למעלה מ-50 מטרות טרור. נציגי צה"ל הודיעו למשפחותיהם של חיים פרי, יורם מצגר, עמירם קופר ונדב פופלוול, אשר נחטפו לשטח רצועת עזה, כי הם אינם בין החיים וגופותיהם מוחזקות בידי ארגון הטרור חמאס. כמו כן אותרה גופתו של דולב יהוד בקיבוץ ניר עוז, זאת לאחר חקירה מאומצת של יחידת אית"ן בשיתוף אנתרופולוגים ולאחר זיהוי מדעי.
ב-5 ביוני החלה אוגדה 98 בפעילות ממוקדת במרחבים מזרח אל בוריג' ומזרח דיר אל בלח, בעל ובתת הקרקע במקביל. הפעילות נפתחה במטסי תקיפות של חיל האוויר. אוגדה 162 המשיכה בלחימה במרחב רפיח. מטוסי קרב תקפו בלילה בהכוונת כוחות אוגדה 99, אגף המודיעין ושב"כ מתחם ששימש את חמאס הממוקם בתוך בית ספר של אונר"א באזור מחנה הפליטים נוסייראת. בצה"ל אמרו כי במתחם שהו מחבלי חמאס והג'יהאד האיסלאמי אשר השתייכו לכוחות הנוחבה ולקחו חלק בטבח ביישובי העוטף. טרם התקיפה ננקטו צעדים בכדי לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים. בוצעו בדיקות חוזי מהאוויר, שימוש בחוזי מדויק ומידע מודיעיני נוסף. הפלסטינים טענו שלפחות 39 בני אדם נהרגו בתקיפה.
ב-6 ביוני מוקדם בבוקר התגלו מספר חשודים שהתקרבו מרצועת עזה לגבול ישראל באזור רפיח. כוח שביצע סריקות במרחב נתקל במחבלים. חייל צה"ל נפל בהתקלות זו. כלי טיס של חיל האוויר תקף את המחבלים והרג שניים מהם. מחבל נוסף נהרג בירי טנקים. כוחות אוגדה 98 המשיכו בהתקפה במזרח אל בוריג' ובמזרח דיר אל בלאח. כוחות אוגדה 162 המשיכו בפעילות במרחב רפיח. הכוחות איתרו מספר פירי מנהרות ופעלו להשמדתם. אוגדה 99 המשיכה לפעול במרכז הרצועה. מטוסי קרב וכלי טיס של חיל האוויר תקפו עשרות מטרות טרור ברצועת עזה.
עוד ב-6 ביוני פרסם דובר צה"ל את שמותיהם של 9 מחבלים שנהרגו בתקיפה בבית הספר, והודיע שצה"ל עוסק באימות זהותם של מחבלים נוספים. על פי דובר צה"ל, חיל האוויר השתמש בנשק מדויק כדי לפגוע בשלוש כיתות ספציפיות בבית הספר בהן שהו מחבלים והתקיפה בוצעה לאחר שווידאו היטב שאין נשים או ילדים בכיתות הללו. ב-7 ביוני עדכן דובר צה"ל כי אומתה עד כה זהותם של 17 מחבלים שנהרגו בתקיפה.
ב-10 ביוני, ארבעה לוחמי צה"ל נהרגו ו-11 נפצעו בפיצוץ מטען שהקריס מבנה גדול על כוח מסיירת גבעתי בשכונת שאבורה ברפיח. ב-15 ביוני 2024 במהלך פעילות בתל א-סולטאן ברפיח, נמ"ר הנדסי של גדוד 601 של חיל ההנדסה הקרבית נפגע ממטען גחון או טיל נ"ט ששיגר חמאס. כתוצאה מהפגיעה נהרגו סגן מפקד פלוגה בגדוד 601 סרן ווסים מחמוד וכן 7 לוחמים נוספים מגדוד ההנדסה 601.
כוחות אוגדה 98 המשיכו בלחימה במזרח אל בוריג' ובמזרח דיר אל בלאח. כוחות אוגדה 99 המשיכו לפעול במרכז הרצועה. לוחמי אוגדה 162 המשיכו בלחימה במרחב רפיח.
ב-7 ביוני איתרו לוחמים פירים ואמצעי לחימה, כלי טיס של חיל האוויר תקפו בהכוונת אגף המודיעין, שב"כ ופיקוד הדרום, מכולה בה שהו מחבלים ששימשה את חמאס שמוקמה במרחב בית ספר "אסמאא" של אונר"א במרחב שאטי. טרם התקיפה ננקטו צעדים בכדי לצמצם את הסיכוי לפגיעה באזרחים. התקיפה בוצעה באמצעות שימוש בחימוש מדויק, שהוביל לפגיעה מדויקת במחבלים. באותו יום דיווח העיתון הקטארי "אל-ערבי אל-ג'דיד", כי צה"ל השלים את ההשתלטות על ציר פילדלפי כולו – עד הים.
ב-8 ביוני נערך מבצע ארנון – כוחות צה"ל, ימ"מ, ושב"כ חילצו במבצע ארבעה חטופים חיים ממחנה נוסיראת – נועה ארגמני, שלומי זיו, אלמוג מאיר ואנדרי קוזלוב במבצע החילוץ נפל לוחם ימ"מ פקד ארנון זמורה. ראש הממשלה בנימין נתניהו הודיע כי מבצע החילוץ ייקרא "מבצע ארנון", במקום "זרעי קיץ", על שמו של פקד ארנון זמורה. לטענת משרד הבריאות של רצועת עזה, המנוהל על ידי חמאס, המבצע הוביל להרג של 274 פלסטינים ולפציעתם של 698 נוספים.
ב-22 ביוני נטען שרא'אד סעד, ראש אגף המבצעים של חמאס, חוסל בתקיפה של חיל האוויר במרחב שאטי בעיר עזה.
ב-27 ביוני כוחות אוגדה 98 החלו במבצע אוגדתי במרחב שג'אעייה, זאת בעקבות מידע מודיעיני המעיד על הימצאות מחבלים ותשתיות טרור במרחב. במהלך הלילה, צוותי הקרב של חטיבת הצנחנים וחטיבה 7 החלו לפעול ופשטו על תשתיות טרור במרחב. במקביל לכניסת הכוחות, כלי טיס של חיל האוויר בשיתוף עם מכלול האש של אוגדה 98 תקפו עשרות תשתיות טרור של חמאס. לפעולה קדמו מספר תקיפות אוויריות משמעותיות בצפון רצועת עזה, במהלכן נהרגו עשרות מחבלים שהסתתרו בבתי ספר ומתקנים ששימשו את ארגון אונר"א. המבצע הסתיים ב-10 ביולי, הושמדו בו 8 מנהרות טרור באורך 6 ק"מ וחוסלו בו למעלה מ-150 מחבלים.
ב-9 ביולי התרחש התקיפה בבית הספר אלעודה, בו נהרגו 31 פלסטינים בתקיפה אווירית של פתח בית הספר "אל-עודה" בעבסאן אל-כבירה שבנפת ח'אן יונס, כשבאזור היו אוהלים של עקורים. לפי דובר צה"ל, מטוס קרב תקף מחבל חמאס שהשתתף בטבח שבעה באוקטובר. נמסר כי "נבדקים דיווחים" בנוגע לפגיעה באזרחים.
ב-13 ביולי כלי טיס של חיל האוויר הישראלי בהנחיית שירות הביטחון הכללי תקפו מתחם מגודר של חמאס בפאתי אזור הומניטרי באזור אל-מוואסי בח'אן יונס, התקיפה כוונה למוחמד דף ומח"ט ח'אן יונס של חמאס ראפע סלאמה. שניהם נהרגו בתקיפה. לפי משרד הבריאות של רצועת עזה, בתקיפה נהרגו לפחות 90 פלסטינים ו-300 נוספים נפצעו.
ב-10 באוגוסט, צה"ל התקיף מפקדה של חמאס והג'יהאד האסלאמי הפלסטיני שמוקמה בתוך בית הספר "א-תאבעין" בעיר עזה שבמרכז הרצועה, בזמן ששימש מחסה לאזרחים. בתקיפה נהרגו לפחות 31 מחבלים, לפי צה"ל. ברצועה דיווחו על 93 הרוגים בתקיפה האווירית, בהם 11 ילדים ושש נשים.
ב-20 באוגוסט במבצע משותף עם השב"כ, סיירת צנחנים וגדוד 75 חילצו כוחות יהל"ם 6 גופות חטופים ממנהרה בח'אן יונס אחרי קרבות מול מחבלים.
ב-27 באוגוסט, כוחות משולבים של היחידה המבצעית של שירות הביטחון הכללי, שייטת 13, יהל"ם וחטיבה 401 חילצו את החטוף קאיד פרחאן אל-קאדי ממנהרה בדרום רצועת עזה. ב-1 בספטמבר 2024 חילצו כוחות צה"ל 6 גופות חטופים ממנהרה ברפיח, לפי תוצאות נתיחת גופות ששת החטופים מעלה כי הם נרצחו ביריות מטווח קצר מאוד, הם נרצחו ב-29 באוגוסט בלילה או ב-30 באוגוסט בבוקר.
ב-5 בספטמבר פורסם כי צה"ל החל לפני זמן מה במדיניות חדשה: כל רקטה שמשוגרת לעבר ישראל, וזה לא משנה אם מדובר בשיגור בודד או מטח ומה היעד – מתחיל פינוי של האוכלוסייה מאזור השיגור וכוחות הצבא כותשים את המקום. במקביל לעשרות תקיפות של עמדות ירי ושיגור, ו⁠השמדה של מאות בורות שיגור ואמל"ח מוטמן – השיגורים מרצועת עזה לעבר ישראל ירדו באופן משמעותי. גורמים בצבא אומרים שתגובת צה"ל לשיגורים בהחלט משנה משהו. תושבים בעזה מפעילים לחץ על חמאס שלא לשגר רקטות מהשכונות ובכמה מקרים אף התעמתו אתם: "חמולה עזתית יצאה עם אלות ותקפה את המחבלים שביקשו לשגר רקטה", סיפר גורם בצה"ל.
בלילה שבין 10 בספטמבר ל-11 בספטמבר התרסק ברפיח מסוק "ינשוף" (UH-60 בלק הוק) במהלך משימת פינוי פצועים. בהתרסקות נהרגו 2 לוחמים מיחידה 669 ונפצעו 7 לוחמים שפונו לבית חולים.
בחודשים אוגוסט-ספטמבר 2024 הרגו לוחמי צק"ח 401 כ-300 מחבלים, כולל רוב שרשרת הפיקוד של גדוד תל א-סולטאן של חמאס, והשמידה תשתיות טרור רבות בהן מנהרות, משגרי רקטות ומצבורי אמל"ח. ב-21 באוגוסט הכריז שר הביטחון יואב גלנט כי חטיבת רפיח של ארגון הטרור חמאס הוכרעה. נכון ל-12 בספטמבר 2024 הרגו כוחות צה"ל מעל 2,000 מחבלים ברפיח והשמידו 13 ק"מ של מנהרות טרור ותוואי תת-קרקעי.