פעולת אלכסנדריה
רקע

תקיפת נמל אויב על ידי צוללים מובלים בצוללת הייתה שיטת פעולה מועדפת של שייטת 13. אנשי השייטת התאמנו בכניסה ויציאה מצוללת בצי הצרפתי. אנשיה למדו את הפעולת של השייטת העשירית האיטלקית במלחמת העולם כדוגמה והיו מודעים גם לסיכון המומחש בנוכחות שבר הצוללת האיטלקית שירה שהוטבעה בפתח מפרץ חיפה כאשר ניסתה להוריד צוללים לתקיפת הכח בריטי בנמל חיפה. 

ציוד הצוללים היה בחמצן מערכת ספיגת בועות הפליטה. בצלילת חמצן קיימת מגבלה לא לרדת לעומק מעל 10 מטר. הצוללת על מנת שלא תתגלה חייבת לרדת לפחות לעומק 30 מטר. לצוללות מסדרת S לא היו סידורים מיוחדים לנשיאת צוללים. היציאה והכניסה במעבר בין אוויר ומים נעשו דרך ביתן העלייה לגשר שניתן היה להידחק אליו רק שני צוללים בכל פעם.

מפקד חיל הים יוחאי בן נון היה מודע היטב למגבלות. ונושא הוצאת צוללים מצוללת היה אחד השיקולים ברכישת הצוללות מסדרת T שם נבנה חלל מיוחד לצוללים וגם אפשרות לנשיאת חזירים. אך בפעולת אלכסנדריה עוד לא הייתה אפשרות כזאת.

איסוף לאחר ביצוע נושא שבשונה מבציים אחרים הוגדר בחיל הים הישראלי כעיקרון. לכך משמעות רבה בזמן המוקצה לפעולה. ציוד קשר ואמצעים לקיום מפגש בים עוד לא היו. הצוללת תעלה צוללים סמנים לפני הים ואלה ינצנצו באור אינפרא אדום. הצוללים צוידו במשקפת לכך. איתור הצוללת וחזרה אליה היו מותנים בהזדהות בחוף ולמעשה בסבירות נמוכה מאוד.
הצוללת יכולה להתקרב בשיט מתחת למים מוסתר, אך מגבלותיה רבות מאוד. מהירותה על פני המים כ-10 קשרים ובצלילה כ-5 קשר. בהפעלת צוללת יש לתת זמן רב להיערכות. צוללת בסיור קרבי תעשה כל שביכלתה שלא להתגלות. התנאים בזירת הים התיכון מאפשרים זאת. תנוע בשקט תימנע משימוש בפריסקופ יותר מדקה בכל פעם ותימנע משידורי אלחוט וגם לא תפעיל מכ"ם. ציוד הגילוי העיקרי של הצוללת היה הסונר בו הייתה שומעת את המדחפים של כלי השיט מסביבה. בצלילה היה זה המקור היחידי למידע. 

חימוש 6 צינורות טורפדו בחרטום ועוד 4 מוכנים לטעינה חוזרת. היה הטורפדו דגם 8 מתוצרת אנגליה השט במהירות כ-40 קשר ושומר את הכיוון בו נורה באמצעות גירוסקופ ושומר את עומק השיט לפי התקנה במתקן הידרוסטטי השולט על הגה העומק. בראש הטורפדו מכל חומר נפץ של כ-250 ק"ג עם מרעום הקשה וללא מחוש ביות. 

הטורפדות היו בדרך כלל אמינים, שמרו קורס בדיוק של מעלה אחת, מהירות ועומק בדיוק של מטר אחד. אף כי טווח שיוט היה כ-8 ק"מ הרי על מנת להשיג פגיעה הטווח היעיל נחשב כ-2 ק"מ. פגיעה מטורפדו בתחתית האנייה הייתה מביאה אותה למצב מסוכן ביותר ואף לטביעה.
ירי טורפדו - אך הסיכויים לפגיעה היו קטנים. ככל שהמטרה שקועה יותר במים ומציגה רוחב זוויתי גדול יותר כך עלו סיכויי הפגיעה. הצוללת שאפה להיערך לפני רחבית המטרה כך שנתיב הטורפדו יפגוש בניצב את נתיב המטרה. לשם יצירת מגע בין הטורפדו לגוף המטרה מחשב הירי היה צריך לפתור משולש גאומטרי. הנתונים המוזנים למחשב היו כיוון למטרה מהפריסקופ. זווית על החרטום ומהירות המטרה לפי הערכת מפקד הצוללת. טווח למטרה היה מתקבל ממד טווח אופטי הזווית האנכית בין צלב התורן לקו המים. לפי נתון מודיעין של גובה התורן מהמים. החלק של הערכת מפקד הצוללת היה קריטי. הישגי אח"י תנין (צ-71) בירי טורפדו אימונים היו לא גבוהים.
התנהגות כלי שיט נגד צוללות - שובל הטורפדו נראה באור היום ובלילה בהיר. כלי שיט מלחמתי מקיים תצפית ערנית ועלול להבחין בטורפדו ולהפנות אליו את החרטום כדי להוות מטרה צרה ככל האפשר. כלי השיט נגד צוללות מצוידים במכשיר גילוי צוללות סונארי השולח פולסים בכיוון מוגדר ומקבל הד מגוף הצוללת. בתנאי הים התיכון טווח גילוי מקסימלי כ-2000 מטר. הפריגטה טארק שסיירה ונפגשה עם הצוללת לא הפעילה מכשיר גילוי צוללות.
בחירה לא אופטימלית - במסגרת תכנונים מבצעיים הוכנו בשייטת 13 תוכניות שונות לתקיפת נמל אלכסנדריה גם לזמן רגיעה וגם ולזמן מלחמה. לקראת המלחמה התברר, לאור זירת הפעולה ומגבלות אמל"ח, כי אפשרות התובלה היחידה האפשרית לביצוע תהיה הובלת פלגת צוללים בצוללת. מבין התוכניות שהוכנו נחשבה שיטה זאת לגרועה ביותר, מאחר שהייתה מוגבלת בכל הנוגע למרחב ולא אִפשרה גמישות לגבי מקום הוצאת הצוללים, נתיבי השחייה והצלילה או התקיפה באזורים השונים של הנמל.

מגבלות הצלילה -התוכנית הייתה מוגבלת גם מבחינת אפשרויותיה של הצוללת, וגם מבחינת הזמן שעמד לרשות הצוללים בעת ביצוע משימתם. לא היה ברור אם הצוללת תוכל לבצע את משימתה בגלל מחסור בחשמל ואם לצוללים יהיה מספיק זמן להיכנס לנמל, לבצע המשימה ולסגת חזרה לצוללת. כחצי שנה לפני המלחמה ערך איתן ליפשיץ כמפקד פלגת הצוללים צ-1 תכנון לכניסה וחבלה בכלי שיט במעגן הצי המצרי בנמל אלכסנדריה. חישוב המרחקים והפעילות הנדרשת הראה צורך של תשע שעות חשיכה לביצוע הפעולה. זמן החשיכה שעמד לשימוש הצוללים בליל 5–6 ביוני היה שבע שעות בלבד. לכן הנמל הצבאי כמו מקומות אחרים ירד מהפרק ואזור החיפוש הוגבל למטרות שימצאו בעגינת כוננות בקרבת שובר הגלים.