רצח העם ברואנדה
רצח העם > מניין הנרצחים וציר הזמן

במהלך אפריל ובתחילת מאי המשיכו המשמר הנשיאותי, המיליצייה החמושה ומיליציות הנוער, בסיוע אוכלוסיות מקומיות, לטבוח בבני הטוטסי במהירות רבה מאוד. מטרתם הייתה להרוג כל אחד מבני הטוטסי שחי ברואנדה ולמעט צבא ה-RPF שהונהג על ידי מורדי הטוטסי, לא היה כוח אופוזציוני שבכוחו למנוע או להאט את ההרג. האופוזיציה המקומית כבר חוסלה, ועל כוח האו"ם ברואנדה נאסר במפורש להשתמש בכוח אלא בשביל הגנה עצמית. באזורים כפריים, שבהם חיו הטוטסי וההוטו זה לצד זה ומשפחות הכירו זו את זו, היה לבני ההוטו קל לזהות ולמקד את הרציחות בשכניהם בני הטוטסי. באזורים עירוניים, שבהם התושבים היו אנונימיים יותר, הוקל הזיהוי באמצעות מחסומים מאוישים בצבא ובמיליציות; כל אדם שעבר את המחסום נדרש להציג את תעודת הזהות הלאומית, שכללה מוצא אתני, וכל מי שהיה בעל תעודת טוטסי נרצח מיד. בני הוטו רבים נהרגו גם מסיבות שונות, כולל תמיכה לכאורה למפלגות האופוזיציה המתונות, היותם עיתונאים או פשוט בעלי "דמיון לבני הטוטסי". אלפי גופות הושלכו אל נהר הקאגרה, אשר עבר לאורך הגבול הצפוני בין רואנדה לאוגנדה וזרם לאגם ויקטוריה. זריקת גופות לנהרות ולאגמים גרמו לנזק משמעותי לתעשיית הדיג של אוגנדה, שכן צרכנים סירבו לקנות דגים שנתפסו באגם ויקטוריה מחשש שהם הוכתמו בגופות מתפרקות. ממשלת אוגנדה הגיבה על ידי שיגור צוותים כדי לחלץ את הגופות מנהר הקאגרה לפני כניסתן לאגם.
לאט לאט, ה-RPF צבר הישגים איטיים אך יציבים בצפון ובמזרח המדינה, ובכל אזור כבוש סוים ההרג. רצח העם הסתיים למעשה במהלך אפריל באזורים של רוהנג'רי, ביומבה, קיבונגו וקיגאלי. מעשי ההרג פסקו במהלך אפריל בלב האזורים שנשלטו על ידי הקיצוניים, כמו מערב רוהנג'רי וג'יזני, מכיוון שכמעט כל אחד מבני הטוטסי חוסל. מספר רב של בני הוטו באזורים שנכבשו על ידי RPF ברחו, מחשש לתגובת בני הטוטסי על רצח העם; 500,000 תושבי קיבונגו הלכו על הגשר במפלי רוסומו לטנזניה תוך מספר ימים בסוף אפריל, ושוכנו במחנות האומות המאוחדות שנשלטו למעשה על ידי מנהיגי משטר ההוטו שהודחו.
במחוזות שלא נכבשו על ידי ה־RPF, הרצח נמשך לאורך מאי ויוני, אם כי אירועי הרצח הצטמצמו דרמטית. רוב בני הטוטסי במחוזות הללו כבר נרצחו, והממשלה הזמנית רצתה לרסן את האנרכיה הגוברת במדינה ולערב את האוכלוסייה הרואנדית בלחימה נגד ה-RPF. ב-23 ביוני, כ-2,500 חיילים פלשו לדרום מערב רואנדה במסגרת מבצע טורקיז של האו"ם שהונהג על ידי צרפת. הפעולה נועדה לשמש כמשימה הומניטארית, אך החיילים לא הצליחו להציל מספר משמעותי של רואנדים. השלטונות הרואנדים שהובילו את רצח העם קיבלו את פני הצרפתים באופן גלוי, ואפשרו להציג את דגל צרפת על רכביהם, אך הרגו את בני הטוטסי שיצאו מהמחבוא בחיפוש אחר הגנה. ביולי השלימו ה-RPF את כיבוש המדינה, למעט האזור שנכבש במהלך מבצע טורקיז. ה-RPF כבש את העיר קיגאלי ב-4 ביולי, וכבש מחוזות נוספים ב-18 ביולי. רצח העם הסתיים, אך כפי שהתרחש בקיבונגו, בני ההוטו ברחו בהמוניהם אל מעבר לגבול, הפעם אל זאיר, כשתאו באגוסורה, ממובילי הצבא וממנהיגי רצח העם, ושאר המנהיגים מלווים אותם בבריחתם.
ממשלת ה-RPF שהוקמה מיד בתום השתלטות הארגון על המדינה, טענה שכ-1,074,017 בני אדם נהרגו ברצח העם, 94% מהם היו מבני הטוטסי. לעומת זאת, ארגון Human Rights Watch, בעקבות פעולות ומחקרים של הארגון בשטח, העריך את מספר הנרצחים בכ-507,000 איש. לפי סימפוזיון 2020 של כתב העת Journal of Genocide Research, הנתון הרשמי אינו אמין מכיוון שהוא מעריך יתר על המידה את מספר בני הטוטסי ברואנדה לפני רצח העם. באמצעות שיטות שונות, החוקרים בסימפוזיון העריכו בין 500,000 ל-600,000 מקרי מוות ברצח העם - בערך כשני שלישים מבני הטוטסי ברואנדה באותה תקופה. אלפי אלמנות, שרבות מהן עברו אונס, הפכו לנשאיות HIV. לאחר רצח העם, היו כ-400,000 יתומים וכמעט 85,000 מהם נאלצו להפוך לראשי המשפחות שלהם. על פי ההערכות כ-2,000,000 רואנדים, רובם מבני ההוטו, נעקרו והפכו לפליטים. בנוסף, 30% מהפיגמים שבבני הטווה נרצחו.