קרל השלושה עשר, מלך שוודיה
מלכות גוסטב השלישי

לאחר מותו של אביו ב-1771, בעת שאחיו, נסיך הכתר, היה מחוץ לשוודיה, ניסו שוב אנשי מפלגת הכובעים להסית את קרל כנגד אחיו, אז כבר המלך גוסטב השלישי ואמו, לואיזה אולריקה, ניצלה זאת כדי לקבל את זכויותיה כמלכה-האלמנה בסיועם של אנשי מפלגת הכובעים. עם עזיבתה של המלכה לפרוסיה, ועם שובו של גוסטב השלישי לשוודיה, הצליח זה האחרון להעביר את קרל לצדו.
ב-1772, שיתף קרל פעולה עם אחיו בהפיכה שהוא ביצע נגד הפרלמנט. הוטלה עליו המשימה לנצל את קשריו במפלגת הכובעים כדי לנטרל אותה ולהבטיח את נאמנותם של המחוזות הדרומיים של שוודיה באמצעות שימוש בכוח צבאי, משימה שהוא ביצע בהצלחה. כאות הערכה לפועלו, הוענק לו התואר דוכס סדרמאנלנד.
כבר משלב מוקדם היה קרל חלק מתוכניותיה של אמו להסדיר נישואים פוליטיים לילדיה. על פי בקשת אמו, הוא היה אמור להינשא לאחייניתה, בת דודתו, פיליפינה מברנדנבורג-שוודט, תוכנית שהוא נתן לה את הסכמתו ב-1770. עם זאת, הממשלה סירבה לנהל על כך משא ומתן בשל העלויות הגבוהות הצפויות. ב-1772 לאחר עלייתו לכס המלוכה של גוסטב השלישי, ולאחר ההפיכה שבעקבותיה עברה שוודיה למשטר מונרכי אבסולוטי, שם גוסטב השלישי קץ לתוכניות אלה, בניגוד לדעתה של אמו והחל לנהל משא ומתן על נישואי קרל עם בת דודתו, הדוויג אליזבת שרלוטה מהולשטיין-גוטורפ. בשל העובדה שנישואיו של המלך לא באו לידי מימוש, הוא שאף להטיל על אחיו את משימת הבאת היורש לכתר. באוגוסט 1773 הביע קרל את הסכמתו לנישואים ושנה לאחר מכן התקיים טקס הנישואים. לאחר הריון שווא של הנסיכה הדוויג ב-1775, הצליח המלך לממש את נישואיו. הזוג המלכותי חי למעשה בנפרד והשניים ניהלו יחסים מחוץ לנישואים. במהלך משבר הירושה של 1778, כאשר המלכה-האלמנה, לואיזה אולריקה, הטילה ספק בחוקיות ילדו של גוסטב השלישי, צידד קרל באחיו כנגד אמם, וזאת למרות העובדה שהוא היה זה שהביא לידיעתה את השמועות הנוגעות לחוקיות הילד, שמועות שהוא חסך מאחיו.
קרל תואר כאדם תלותי וניתן להשפעה בקלות. מספרם הרב של פרשיות האהבים שלו הקנו לו מוניטין של אדם מופקר. הוא היה ידוע בשל "ההרמון" של המאהבות שלו, שהידועות מבניהן היו אוגוסטה פון פרזן, שרלוט אקרמן, מריאנה קוסקול ושרלוט סלוטסברג. זו האחרונה הייתה ידועה בהשפעה הפוליטית החזקה שלה עליו. הוא חיזר ללא הצלחה אחרי מגדלנה רודנשולד. לאחר שנות התשעים של המאה ה-18, כאשר בריאותו התדרדרה והוא סבל מסדרה של התקפי שיגרון, השתפרו יחסיו עם רעייתו והשפעתו עליו גברה.
הדוכס היה ידוע בעניין שגילה לתחום העל-טבעי והמיסטיקה והוא היה מעורב בפעילותן של כמה אגודות סתרים. הוא גם נמנה עם הבונים החופשיים. על פי המדווח, הוא היה לקוח של מגדת העתידות, אולריקה ארבידסון וכן גילה חיבה למתקשר, הנריק גוסטב אולפבנקלו. ב-1811, לאחר עלייתו לכס המלוכה, הוא ייסד את "מסדר קרל השלושה עשר", מסדר אבירות שעל חבריו נמנו רק בונים חופשיים פרוטסטנטים.
בתקופתה היותו דוכס הוטלו על קרל כמה משימות פוליטיות. ב-1777 הוא כיהן כעוצר בעת שאחיו שהה ברוסיה. ב-1780 הוא שימש כמפקד העליון של הצבא באופן פורמלי במהלך שהותו של המלך בספא. באותה שנה, נקב גוסטב השלישי בשמו כעוצר אפשרי במקרה שבנו יירש את כסאו בעודו קטין. עם זאת, הוא לא מונה להיות עוצר במהלך מסעו של המלך לאיטליה ולצרפת ב-1783 – 1784. בשנים שלאחר מכן, הוא הושפע מגוסטב אדולף רויטרהולם, שהיה ממתנגדי המלך וכתוצאה מכך סר חנו בעיני אחיו. ב-1785 הוצע לו לקבל את התואר דוכס קורלנד בתמיכתו של המלך, אך תוכנית זו לא יצאה מעולם לפועל.
עם פרוץ מלחמת רוסיה-שוודיה ב-1780, הוא שירת בהצטיינות כאדמירל בצי השוודי, בעיקר בקרבות בהוגלנד ובאלנד. בזה האחרון הוא היה יכול להשיג ניצחון אלמלא הרשלנות הבלתי מוסברת של השני לו בסולם הפיקוד, האדמירל לילהורן.
בסתיו 1789 הביעה הנסיכה הדוויג שרלוט אליזבת את רצונה להדיח את גוסטב השלישי ולהושיב על כס המלכות את בעלה במקומו. היא הסתמכה על החוקה השוודית משנת 1772, שאותה היא ראתה כאמצעי טוב עבור האצולה הנאורה ובעקבות המלחמה וחקיקתו של "חוק האחדות והביטחון" להחלשת כוחה של האצולה, היא הפכה להיות הגורם מוביל באופוזיציה. היא שיתפה פעולה עם אחיהם הצעיר של גוסטב וקרל, הנסיך פרדריק אדולף ועם גוסטב אדולף רויטרהולם. על פי התוכנית היה קרל אמור להיות הסמל של ההתנגדות לחוק האחדות והביטחון לכשתגיע השעה לכך. כאשר הגיע השעה לפעול, סירב קרל לשתף פעולה וההפיכה המתוכננת לא יצאה לפועל.
לקרל היו קשרים קרובים לאופוזיציה לגוסטב השלישי, אך בספק אם הוא ידע על התוכניות לרצוח אותו או שהוא תמך בתוכניות אלה.