הסתדרות העובדים הכללית החדשה
מבנה ארגוני

.
מדי חמש שנים נערכות בחירות כלליות למוסדות ההסתדרות (על בסיס סיעות) וליו"ר הארגון. המוסד העליון של ההסתדרות החדשה הוא ועידת ההסתדרות הממונה 2001 צירים ומתכנסת לאחר כל בחירות כלליות – וממנה את חברי "בינ"ה" – בית נבחרי ההסתדרות (לשעבר – הוועד הפועל של ההסתדרות), מוסד דמוי פרלמנט בן 171 חברים המוסמך להתוות ולאשר את מדיניות ההסתדרות, וכן לשנות את חוקת ההסתדרות מכוחה פועל הארגון. יו"ר הארגון הנבחר בבחירות ישירות, מוסמך (בכפוף לאישור בינ"ה) למנות את חברי הנהגת ההסתדרות – הגוף העליון המנהל את פעולתה וענייניה השוטפים המונה 15–51 חברים, בנוסף ליו"ר ההסתדרות ויו"ר נעמת. מאז 27 במרץ 2019 יו"ר ההסתדרות הוא ארנון בר דוד. חלק מחברי הנהגת ההסתדרות הם יושבי ראש של אגפים ואיגודים בהסתדרות, ואחרים הם ראשי ועדים גדולים. מלבד מוסדות אלו המקבילים למבנה הדמוקרטי של רשות מחוקקת ורשות מבצעת, ישנה בהסתדרות גם רשות שיפוט שתפקידה לברור במחלוקות בין חברי הסתדרות ואיברים שונים בארגון הנוגעות לדרכי פעולתו בהתאם לחוקי המדינה ולחוקת ההסתדרות, ובה דיינים עורכי דין הממונים על ידי בינ"ה.
ההסתדרות כוללת שורת איגודים מקצועיים וענפיים, הכפופים כולם למרות האגף לאיגוד מקצועי המופקד על יחסי העבודה שבין העובדים למעסיקים ובין ההסתדרות לארגוני המעסיקים ומאשרת הכרזת סכסוכי עבודה וחתימת הסכמים קיבוציים. בכך נבדלת ההסתדרות ממרבית ארגוני-הגג המקצועיים בעולם, בהם בסמכות כל ארגון וארגון בנפרד לנהל את יחסי העבודה בתחומו והם אינם כפופים למרות הארגון המרכזי (דומה לה רק ארגון ה-ÖGB האוסטרי). יו"ר האגף לאיגוד מקצועי נבחר על ידי בינ"ה. הוועדה לתיאום ולביצוע באגף זה היא הגוף שבסמכותו להכריז על סכסוכי עבודה ענפיים או כלליים במשק, וזאת בכפוף לאישור בינ"ה. האיגוד המקצועי הגדול בהסתדרות הוא הסתדרות המעו"ף (שבעבר נקראה 'הסתדרות הפקידים') המונה כ-250 אלף עובדים, אחריו הסתדרות עובדי המדינה, הסתדרות המח"ר (האקדמאים במקצועות החברה והרוח) – וישנם עוד איגודים מקצועיים רבים נוספים כגון איגוד עובדי התחבורה, איגוד עובדי הסלולר, האינטרנט וההיי-טק, הסתדרות עובדי הבניין והעץ, הסתדרות עובדי המזון והפרמצבטיקה ועוד.
מלבד הפילוח לאיגודים מקצועיים, מחולקת ההסתדרות גם ל-30 מרחבים גאוגרפיים (אשר כונו בעבר מועצות פועלים) הכפופים לאגף ארגון ומרחבים. ההצבעה הכללית מדי חמש שנים לסיעות הוועידה הכללית, נספרות גם על בסיס אזורי – ועל פי הן מכונסות מועצות המרחבים הבוחרות את ראשי המרחבים. מרחבי ההסתדרות מלווים את המפעלים ומקומות העבודה המקומיים שבאזורם, בעוד האיגודים המקצועיים מלווים את מקומות העבודה בעלי הפריסה הארצית. על פי רוב במרחבים ישנם מזכירי איגוד מקצועי המלווים גם על ידי האיגודים המקצועיים השונים, ובכל מקרה בכל הקשור להכרזת סכסוכי עבודה כפופים גם המרחבים לאגף לאיגוד מקצועי. כמו כן, אמונים המרחבים על איגוד מקומות עבודה נוספים בתחומם.
להסתדרות אגפים נוספים, כגון האגף להתאגדות עובדים האמון על הקמת ועדי עובדים חדשים, האגף לקידום השוויון, אגף כלכלה, אגף הרווחה, אגף הספורט, המחלקה המשפטית, המחלקה לקשרים בין-לאומיים, המינהלת לרישום חברים גביה ושירות, אגף מנהל ועוד. כמו כן, לצד הארגון וכחלק אורגני ממנו פועל ארגון הנשים הגדול בישראל – נעמ"ת (אשר הבחירות למוסדותיו ולמרחביו מתקיימות במקביל לבחירות הכלליות למוסדות ההסתדרות, כשלכלל הנשים החברות בהסתדרות זכות בחירה).
בשנת 2018 הקימה ההסתדרות מכון למחקר כלכלי חברתי, לחברי המועצה האקדמית של המכון נבחרו: ירון זליכה (יו"ר), שי בירן, אפרים צדקה, ניצה (קלינר) קסיר, יוסי זעירא, טלי קריסטל, לאה אחדות ועו"ד בני כהן.
ההסתדרות מעסיקה 1,031 עובדים, העוסקים במתן ייעוץ, הדרכה, ייצוג משפטי, ייעוץ ארגוני ושירותי תרבות ורווחה לעובדים המאוגדים בה. עובדי ההסתדרות מאוגדים בעצמם, בוועד משלהם, שלעיתים מנהל סכסוכי עבודה עם הנהלת ההסתדרות עצמה. תקציב ההסתדרות לשנת 2017 צפוי להסתכם ב-596 מיליון ש"ח.
בהסתדרות פועל מבקר פנימי בעל סמכויות פיקוח רחבות על הארגון וכלל הגופים התלויים בו. המבקר ממונה על ידי נשיאות בינ"ה, ומאושר על ידי בינ"ה, ואחראי בפניה בלבד ולא בפני הרשות המבצעת (הנהגת ההסתדרות). המבקר הוא שמחליט על נושאי הביקורת, אולם לבינ"ה, ולהנהגת ההסתדרות באישור בינ"ה הרשות להטיל עליו גם משימות ביקורת ספציפיות. על אף שההסתדרות היא אגודה עות'מאנית, היא כפופה גם לביקורת מבקר המדינה – זאת למעט בתחום האיגוד המקצועי, וזאת במטרה לשמור על עצמאות האיגוד המקצועי המייצג עובדים ואיגודים פעמים רבות מול המדינה כמעסיק.