בלשנות היסטורית
תאוריות מקבצות

תאוריות שאינן מבוססות על השיטה ההשוואתית, הנקראות תאוריות מקַבְּצות (Lumpers), מעוררות מחלוקת גדולה יותר, והן היפותזות המקשרות גנטית בין משפחות-שפות. חוקרים שמנסים לחקור מעבר למה שמאפשרת השיטה ההשוואתית (לדוגמה, על ידי השוואה של מספר גדול של מילים ללא הקמת מערכת של דמיון מדויק ביניהן) לעיתים מואשמים בכך שהם בונים תאוריות חסרות בסיס. הבעיה היא שבין כל שתי שפות ניתן למצוא איזשהם קווי דמיון, כך שללא הבסיס התאורטי המוצק הן עשויות להיות דומות אחת לשנייה במקרה, כך שהצבעה על דברים דומים בשתי השפות אינה מוכיחה דבר. דוגמה מפורסמת היא המילה השוודית ל"סיפרה", שמבוטאת (בערך) כמו המילה העברית "סיפרה". אפשר להראות, כי הדמיון בין שתי המילים הוא מקרי לחלוטין, ואין לו דבר עם הקשר (הרחוק למדי) בין העברית לשוודית.
מכיוון שמציאת סימוכין לקישורים רחוקים היא קשה כל כך, והמתודולוגיה עבור מציאה והוכחה של יחסים כאלה אינה מיוסדת היטב כמו השיטה ההשוואתית, המחקר של קשרים רחוקים רווי במחלוקות. עם זאת, עבור חוקרים רבים, הפיתוי לנסות למצוא קשרים רחוקים הוא גדול. אחרי הכול, גם השפה המשוחזרת פרוטו-הודו-אירופית נראתה בוודאי מופרכת למדי כאשר הופיעה לראשונה.
חוסר ביטחון זה גם מתייחס להערכות של משך הזמן שייקח לשפה להשתנות לגמרי. דעה המצוּטטת רבות[דרוש מקור] טוענת, כי אם קבוצת אנשים תישלח לגלקסיה מרוחקת, לאחר 10,000 שנה חבריה ידברו שפה שלא תהיה דומה לשפת האם שלהם יותר מכל שפה מקרית אחרת. נתון זה מבוסס על תארוך שפה (גלוטוכרונולוגיה), כשהיא מורכבת מהערכה מפושטת של איבוד 14% כל אלף שנה, ורמת דמיון מקרי של 5%. אולם מחקרים אחרים מראים כי למעשה למילים שונות יש אורך חיים שונה מאוד. לדוגמה, מילה מיוחדת כמו "אנציקלופדיה" תשרוד בממוצע רק לכאלף או אלפיים שנה, ואילו מילים בסיסיות ונפוצות כמו כינויי הגוף "אני" ו"אתה" יכולות לשרוד זמן כה ארוך שלא ניתן כלל להעריך את אורך החיים שלהן ללא שחזורים עתיקים יותר מאלה מהמקובל בדרך כלל בבלשנות.
השחזור הרחוק ביותר יהיה השחזור של שפה פרוטו-אנושית, אך לא כל החוקרים סבורים כי שפה כזו הייתה קיימת בהכרח. כך, למשל, קשה ליישב בין שפה פרוטו-אנושית לבין מה שאנו יודעים על הפרהיסטוריה. הבלשן ג'וזף גרינברג הציע כי אנשים שיצאו מצפון מזרח אפריקה בערך ב-50,000 לפנה"ס דיברו פרוטו-אנושית. אך טענה זו סותרת את הטענה כי לאחר 10,000 שנה, ייעלם כל קשר ניתן לזיהוי לשפה האם. אם כל השפות אכן קשורות זו לזו, אזי היחס ביניהן היה צריך להיווצר בתקופה מאוחרת יותר.
הבלשן הרוסי סרגיי סטארוסטין קיבץ במחקריו את משפחת-העל סינו-דנא-קווקז, הכוללת את שפות נה-דנא בצפון אמריקה, את השפות הסינו-טיבטיות, את השפות היֶנִיסֶיָאנִיות בסיביר, את בורושסקי בפקיסטן, את השפות הקווקזיות (כמו צ'צ'נית ושפות דאגסטן) ואת בסקית. חילוקי הדעות על משפחת-על זו רבים.
התאוריה הנוסטרטית הוצעה על ידי הבלשן הדני הולגר פדרסן בשנת 1903. התאוריה טוענת כי קבוצת השפות הנוסטרטיות כוללת מספר משפחות-שפות: הודו-אירופיות, אפרו-אסיאתיות (שמיות-חמיות), אוראליות, אלטאיות, שומרית, דרווידיות וקרטווליות. אחרים מוסיפים לרשימה או מורידים ממנה משפחות-שפות או שפות מבודדות אחרות. יש שהציעו, כי הנוסטרטים היו פליטים משיטפון בים השחור בערך ב־5600 לפנה"ס, וחושבים כי זהו המקור למיתוסים של מבול (כמו המבול של נח המקראי), שקיימים בכמה תרבויות. אולם בלשנים לא הגיעו למסקנה חותכת לגבי התקפות של התאוריה הנוסטרטית. תומכיה, בניגוד לגרינברג, משתמשים בשיטה ההשוואתית המסורתית; אולם ההשוואות שלהם לעיתים לא מסתברות או כוללות יותר מדי שינויים סמנטיים, ואחרים מאשימים אותם כי הם פשוט מקבצים יחד את השפות שהם מכירים, ואינם מנסים להשוות אותן לשפות מרוחקות יותר.