בנותיה של ביליטיס
שנות ה-60 – שינויים בארגון

ב-1960 החלו להגיע למערכת Tha Ladder מכתבים שזעמו על המדיניות הקונפורמיסטית של הארגון. בשנות ה-70 הודו מרטין וליון כי יעדיו המקוריים של הארגון ארכאיים במקצת, אך ציינו כי בשנות ה-50 וה-60 הם נחשבו בקרב להט"בים רבים לרדיקליים ולבלתי מושגים.
בשנת 1961 ערכה משטרת סן פרנסיסקו את הפשיטה הגדולה ביותר עד אז על ברים גאים, שבמסגרתה נעצרו כ-100 איש. בפשיטה נוספת בשיקגו הוכרחו נשים שנעצרו להתפשט חלקית על מנת להוכיח כי אינן גברים. הפשיטות הובילו לקריאה על גבי העיתון לפעולה אקטיבית כנגד הדיכוי. בלשון הדו"ח על המאורעות: "אם תקווה בקרבנו לנצח אי פעם במאבקנו, חובה עלינו להילחם. ראשית יש להשתחרר מכבלי הפחד, שכן הוא לבדו הוא אויבנו המצוי בכל מקום". אף על פי כן, בכינוס השני של "ביליטיס" שנערך בשנת 1962, שבה וטענה נשיאת הארגון ג'יי בל בזכות הגישה הפּרַגמטית לשילובן של לסביות בחברה ובעד גילוי סבלנות כלפי פעולתה האיטית של מערכת המשפט הפלילית.
בשנת 1963 השתנו פניו של הארגון. זאת בעקבות תרומות אנונימיות לארגון שהחלו להתקבל מתורמת שכינתה את עצמה "פנסילבניה", אשר תרמה במהלך חמש שנים סכום מצטבר של כ-100 אלף דולרים באמצעות כתיבת המחאות לחברות שונות בארגון, שהעבירו לו את ההמחאות, ובעקבות עזיבתה של עורכת המגזין "The Ladder" דל מרטין והחלפתה בידי ברברה גיטינגס.
למשרת העורכת של המגזין נודעה חשיבות רבה בשל היותו אמצעי התקשורת המרכזי בין הנהגת "ביליטיס" הארצית לסניפיה ולחבריה של התנועה. גיטינגס החלה בביצוע שינויים מרחיקי לכת במגזין, כשהיא שמה דגש על הגברת נִראותו של הארגון. אחת ממטרותיה הייתה "יישור קו" של הארגון עם "הארגונים ההומופיליים של החוף המזרחי" (East Coast Homophile Organizations,‏ ECHO) – קואליציה של ארגונים ומועדונים חברתיים ופוליטיים להומואים ולסביות בחוף המזרחי של ארצות הברית.
שלוש שנים לאחר הכנס הארצי הראשון של הארגון וקהל השומעים בכנסי הלהט"ב לא נותר עוד דומם בפני דברי תוכחה. כך השיב אחד מבאי כנס ה-ECHO ב-1963 לדבריו של ד"ר אלברט אליס כי הומוסקסואלים הם פסיכופתים, באומרו "כל הומוסקסואל שיבחר לבוא מרצונו לטיפול אצלך, ד"ר אליס, חייב להיות פסיכופת!", תגובה שזכתה לתרועות מהקהל. השינויים הפרסונליים בארגון המשיכו אף הם כשבשנת 1964 החלו מרטין וליון להפחית מאחיזתן בארגון, באומרן כי אין תוקף לארגון שנשען על פועלן של שתי נשים בלבד, ושעצמאותו של "בנותיה של ביליטיס" דורשת את "ירידתן מהבמה".
מרטין וליון הצטרפו ל"מועצה על הדת וההומוסקסואל" (Council on Religion and the Homosexual) שהוקמה זמן קצר קודם לכן על מנת ליצור דיאלוג בין הממסד הדתי להומואים ולסביות. הן תמכו גם בצירופו של "בנותיה של ביליטיס" למועצה, אולם תקנה ישנה של הארגון, שאסרה עליו מלחבור לארגונים עצמאיים אחרים, מנעה את הצירוף (מטרתה המקורית של התקנה הייתה למנוע חבירה לארגונים שהזדהו עם יעדים קומוניסטיים בעיצומו של המקארתיזם).
בשנים 1964–1965 החלו פעילות בולטות בתנועה, ובהן ברברה גיטינגס, דל מרטין ופיליס ליון, לפקוד ביחד עם חברי אגודת מאטאשין משמרות מחאה מול הבית הלבן, מחלקת המדינה ובנייני ממשל אחרים, במסגרת מאבקי התנועה לזכויות האזרח של ארצות הברית. כעורכת "The Ladder" עודדה גיטינגס פעילוֹת נוספות לעשות כמותן. לא כל הנהגת הארגון ראתה מהלכים אלו בעין יפה, וסוגיית האקטיביזם הפכה לנושא שנוי במחלוקת בקרבה. גיטינגס המשיכה בקו הפעולה האקטיבי באמצעות הטור הקבוע שלה בעיתון – "Living Propaganda" – שבו יצאה בקריאה לנשים לצאת מהארון בפני חבריהן ומשפחותיהן. פעמים רבות פרסמה גיטינגס קטעים מאת פרנק קמני, שקרא אף הוא לנקוט בפעולה פוליטית. בעוד חלק מהקוראות הגיבו בחיוב לדבריו של קמני, אחרות נרתעו מהטון הפוליטי שבדבריו. חלקן אף כעסו על עצם מתן העצות לנשים דווקא מפי גבר. מנהיגות "בנותיה של ביליטיס" לא "חיבבו" את קמני ולא ראו בעין יפה את החלטותיה של גיטינגס בעריכת המגזין, מה שהוביל להעזבתה את משרת העריכה בשנת 1966.