אלטלנה
תוצאות הפרשה

הרוחות לא נרגעו גם בתום הקרבות בחוף תל אביב. ב-22 ביוני בלילה נאם מנחם בגין בתחנת הרדיו החשאית של האצ"ל. במהלך נאומו, שנמשך שעתיים, הוא פרץ בבכי. הוא כינה את בן-גוריון "כסיל" ו"טיפש" וטען שזמם להרוג אותו. עם זאת, הזהיר את אנשיו: ”אנו לא נפתח באש. לא תהיה מלחמת אחים בעוד האויב בשער”. לימים התייחס בזיכרונותיו ללגלוג לבכיו: "יש דמעות אשר שום גבר אינו צריך להתבייש בהן. יש דמעות מצילות. יש שהברירה היא: דמע או דם". באותו לילה פרסם האצ"ל גילוי דעת, שכינה את בן-גוריון "דיקטטור מטורף" שעומד בראש "ממשלת רודנים פושעים", "בוגדים" ו"מרצחי אחיהם". את מעשיו של בן-גוריון הגדיר "פשעים נגד העם ונגד האנושות". למחרת, 23 ביוני, הודיעה מפקדת אצ"ל כי הארגון מבטל את ההסכם עם הממשלה, כי אנשיו לא יתגייסו לצה"ל וכי אנשי האצ"ל לא מכירים בממשלה הזמנית ודורשים את התפטרותה המיידית. עם זאת המפקדה הורתה לא לפתוח באש בשום מקום במדינה, מחשש למלחמת אחים ובנימוק כי האויב הערבי-הבריטי עומד בשער. בנוסף התרחשו עימותים שונים בתל אביב, ביניהם ירי (באוויר) במשך חצי שעה בין משוריין של צה"ל לבין משוריין של אצ"ל.
השרים פישמן ושפירא התפטרו מן הממשלה הזמנית ב-23 ביוני. הם חזרו בהם ביום למחרת בעקבות הרחבת הוועדה שנועדה להבטיח צבא אחיד ומרות אחידה ושוויון בזכויות ובחובות של כל החיילים. כמו כן הובטח לסלוח לכל פשעי העבר בנושא זה, כי העצורים הולכים ומשוחררים ושלא יהיו עוד מאסרים ללא כתבי אשמה.
בעקבות הפרשה נעצרו כ-200 מאנשי אצ"ל ושוחררו ברובם לאחר מספר שבועות. חלק מבכירי הארגון: משה חסון, אליהו לנקין, יעקב מרידור, בצלאל עמיצור והלל קוק הוחזקו במעצר עד 27 באוגוסט ושוחררו רק בעקבות שביתת רעב ולחץ ציבורי. רוב יחידות האצ"ל פורקו ופוזרו בצה"ל, למעט "הגדוד הירושלמי". ב-17 בספטמבר 1948 נרצח ברנדוט בירושלים על ידי ארגון הלח"י. בעקבות כך נחקקה פקודת מניעת טרור, והלח"י פורק. כמו כן הממשלה הציבה אולטימטום לגדוד האצ"ל בירושלים להתפרק. הגדוד פורק ב-21 בספטמבר.
הפרשה שעוררה הדים רבים נחשבת לציון דרך חשוב ושנוי במחלוקת בתולדות מדינת ישראל. המצדדים בהתקפה טוענים כי שאיפתו של בגין הייתה לחזק את התנועה הרוויזיוניסטית, על ידי השארת אצ"ל תחת פיקודו, ובכך לחתור תחת הצבא הממלכתי. מנגד, טענת המתנגדים היא שבגין דרש לקבל חמישית מהנשק בספינה כדי להעלות את מורל לוחמי האצ"ל, שנאלצו לקבל את עולו של צה"ל, ולחזק את לוחמיו בירושלים.
הטיעון הרשמי של בן-גוריון בזכות הוראתו היה הצורך בהקמת צבא ממלכתי, ומניעת היווצרותו של צבא משנה עצמאי במסגרת צה"ל, מדיניות שבה נקט באופן עקבי, לדוגמה עם פירוק הפלמ"ח. בכל הקשור למניעים אחרים של בן-גוריון, ייתכן כי היה מעוניין בפגיעה בכוחם של מתחריו הפוליטיים, הרוויזיוניסטים, ובחיזוק מפלגתו מפא"י ומעמדו; ולפי טענה אחרת חשש מהשתלטות של בגין על המדינה בהשתמש בכוח צבאי ופוליטי. על מנת להמחיש את טיעוניו, גרס בן-גוריון כי "זהו ניסיון לדרוס את המדינה", וכינה את התותח שהעלה באש את אלטלנה "מבורך". הביטוי "תותח קדוש" אינו נמצא בפרוטוקול הרשמי של הדיון אך הוא נמצא בדיווחים של עיתונאים שנכחו באולם. ערב מלחמת ששת הימים הצטרף מנחם בגין לפגישה בשדה בוקר כדי לשכנע את בן-גוריון לחזור לראשות הממשלה (שממנה פרש ארבע שנים קודם לכן). בן-גוריון אמר בעקבות אותה פגישה: "אילו הכרתי את בגין אז כפי שאני מכירו היום, היו פני ההיסטוריה שונים". על סף מותו אמר בן-גוריון בריאיון לשלמה נקדימון: "נהגתי באלטלנה כפי שהיה צריך לנהוג". מצד שני, נקדימון, בספרו "אלטלנה", מציין שבראשית שנות ה-70, אמר שמעון פרס לבגין, שהיה אז שר בממשלת הליכוד הלאומי, "הגענו למסקנה כי בעניין 'אלטלנה' הטעו את בן-גוריון". משביקש בגין מפרס להסביר את דבריו, סירב הלה לעשות זאת. בגין, מצידו, פירש את המילים "הגענו למסקנה" בכך שנעשתה בדיקה וזו העלתה את הממצאים האלה. בהזדמנות אחרת אמר פרס: "היה מי שהטעה את בן-גוריון, הוא היה ישר כסרגל ופעל לפי ההנחיות של גלילי". בראיון פומבי לאחר-מכן, סירב בן-גוריון להתייחס לאפשרות שקיבל מידע לא-נכון מישראל גלילי.
בספרו האוטוביוגרפי המרד כרך מנחם בגין את פרשת אלטלנה עם תיאור הסזון בפרק הנושא את הכותרת "מלחמת אחים – לעולם לא". את פרשה אלטלנה סיכם במילים: "עוד רבים המעשים הנוראים שנעשו בימים ההם, ועלולה הייתה לפרוץ מלחמה פנימית, מלחמת נקם איומה, על התרמית, על המזימה, על הפשע, על מעשי הזוועה, על הדם הטהור שנשפך. אבל האויב החיצוני עמד בשער ואנחנו אמרנו: 'בשום תנאים לא להפעיל נשק'... ולא הייתה מלחמת אחים הדדית בישראל, שהייתה מחריבה את ישראל בטרם יקום. על אף הכל". לפני מותו אמר שהיה רוצה שיזכרו אותו מעל הכול כאיש שמנע מלחמת אזרחים בעת קום המדינה, דבר שבעיניו היה חשוב יותר מהישגיו כראש ממשלה.