שירות של להט"בים במערכת הביטחון הישראלית
צה"ל > שינוי החקיקה

ב-1993 הופיע פרופסור עוזי אבן, שהיה קצין במילואים, בכינוס על זכויות ההומוסקסואלים שארגנה חברת הכנסת יעל דיין במשכן הכנסת. אבן סיפר בהתרגשות על החקירה שהשב"כ ערך סביב נטייתו המינית, ועל כך כי החקירה הביאה להדחתו מכל תפקידיו במערכת הביטחון בחיל המודיעין וגם לשלילת סיווגו הביטחוני, וזאת לאחר שירות של כ-15 שנה בתפקידים הרגישים ביותר. בעקבות כך, ראש הממשלה ושר הביטחון, יצחק רבין, הביא לבחינה מחדש של פקודות מטכ"ל עוד באותה השנה, על ידי הקמת ועדה שבחנה את הנושא. הוועדה ניסחה, בעזרתו של אבן עצמו, הוראות חדשות בעניין שירותם הצבאי של הומוסקסואלים. הוראות אלו, כהוראת קבע של אכ"א, נכנסו לתוקף ב-10 ביוני 1993. הפקודה קובעת בסעיפהּ השני כי:
"מתוך הכרה שהומוסקסואלים ראויים לשירות צבאי כאחרים, צה"ל מגייס בעלי נטייה זו לשירות, בתנאי שהם נמצאו כשירים לשירות ביטחון עפ"י הקריטריונים, החלים על כלל המועמדים לשירות ביטחון"
הפקודה קבעה כי השיבוץ והקידום של חיילים הומוסקסואלים לא יוגבל באופן כללי, וביטלה את הקביעות הגורפות משנת 1983 שמנעו הצבה של הומוסקסואלים בתפקידים מודיעיניים המוגדרים סודיים ("תפקידי סוד מועדף" בלשון הפקודה). לבסוף, הפקודה החדשה ביטלה את החובה שהוטלה על המפקדים לדווח על החיילים ההומוסקסואלים שלהם למרכז לבריאות הנפש. עם זאת, הפקודה השאירה בתוקף את חובת הדיווח לביטחון שדה.
ביולי 1993, חודש לאחר כניסת ההוראות החדשות לתוקף, התקיים ברחוב שינקין בתל אביב "יום הגאווה". במסגרתו הוצב ארון עץ סמלי שהועמד לרשות כל מי שרצה להצטלם בעודו מבצע אקט סמלי של יציאה מהארון. בין המצטלמים שם היה גם חייל ושמו יוסי מקייטון. תמונתו של מקייטון לבוש המדים פורסמה למחרת בכמה עיתונים, והדבר חולל רעש תקשורתי. בעקבות כך, מפקדיו החליטו להעמידו על כך לדין. צה"ל טען בזמנו שהעמדתו לדין אינה קשורה לנטייה המינית ההומוסקסואלית שלו, אלא לכך שהפר את ההוראה האוסרת על חיילים לקיים מגע עם כלי התקשורת. מקייטון הועמד לדין, נידון ל-28 ימי מחבוש על תנאי והורחק משירותו בחטיבת הנח"ל. הפרשה עוררה את הדיון הציבורי והתקשורתי סביב שירותם של הומוסקסואלים בצה"ל. כאשר התבקש פרופסור עוזי אבן להתייחס לפרשה, הוא גיבה את עמדת צה"ל וקבע שמקייטון היה "חייל בעייתי" גם לפני יציאתו המצולמת מהארון. בנוסף ראש הממשלה רבין נדרש להגיב לפרשה, והוא אימץ את גרסת הצבא.
פרופסור אייל גרוס טוען כי פרשת מקייטון הטילה צל כבד על הליברליות שהקרינו גם ההוראות החדשות וגם התנהגות המערכת הביטחון בפרשת אבן. גרוס טוען כי:
"הופעתו של אבן בכנסת ייצגה את המכובדות, הגבריות התקנית, ויותר מכל זוהה אבן עם הממסד הביטחוני. אבן היה הקצין למופת שנפגע רק בשל היותו הומוסקסואל. לעומת זאת, מקייטון היה חייל בנח"ל, יחידה שסבלה באותה תקופה מתדמית בעייתית... הגדרתו של רבין את מקייטון כ'חריג' וקבלתו של אבן את הטיעון כי מקייטון היה חייל 'בעייתי', הציגו שני מודלים של חייל הומוסקסואל. הקצין הביטחוני-גברי-תקני-אשכנזי, לעומת החייל הנח"לאווי-חריג-בעייתי-מזרחי"
ב-1996 הוכר אדיר שטיינר באופן רשמי כאלמן צה"ל, על כל הזכויות וההטבות המשתמעות מכך, לאחר מאבק ציבורי ארוך. שטיינר היה בן זוגו של אלוף-משנה דורון מייזל, שנפטר מסרטן בזמן שירותו.
בשנת 1997 פורסם במגזין "הזמן הוורוד" וביולי 2000 ב"ידיעות אחרונות" כי צה"ל עורך בדיקות לאבחון נגיף האיידס בקרב מועמדים לגיוס במקרים שהמועמד מצהיר שהוא הומוסקסואל, וזאת ללא ידיעת המתגייסים.
ב-1998 בוטלה הפקודה שגובשה ב-1993, ולא נותר עוד בפקודות מטכ"ל רמז ליחס שונה או בלתי שוויוני שניתן לחיילים להט"בים. הומואים ולסביות יותר לא נתפסו כמי שיש להתייחס אליהם בחשד או כבעלי סיכון ביטחוני אפשרי. בעוד ששינוי הפקודות ב-1993 לווה בכיסוי תקשורתי רב, הביטול ב-1998 נעשה "בשקט ובהיחבא" על פי ד"ר אייל גרוס: ”ביטול ההוראות יצר מצב חדש, לו היבט חיובי - עם ביטולן בוטלה גם ההוראה שחייבה את המפקדים לדווח על חיילים הומוסקסואלים לביטחון שדה, והיבט שלילי- עם ביטולן בוטלה גם הצהרת השוויוניות שעמדה בפתחן” למעשה בוטלה כל התייחסות להומואים ולסביות בפקודות מטכ"ל.
במקביל לשינוי שחל בחברה הישראלית ביחס ללהט"בים, גם צה"ל גילה מדיניות סובלנית בהרבה. ב-1999 פנתה חיילת טרנסג'נדרית למפקדיה בבקשה לשרת כאישה, מכיוון שהיא "אישה לכל דבר, מלבד הגוף". בקשתה אושרה באופן חסר תקדים, והיא הוכרה כאישה. היא הורשתה ללבוש מדי נשים, ושובצה בתפקיד השמור לחיילות. בהמשך נדחתה בקשתה לעבור ניתוח לשינוי מין במהלך השירות, אבל הציעו לה להמשיך בשירותה כאישה. תחת זאת היא בחרה לעזוב את הצבא.
אמיר אוחנה, שלימים הפך לחבר הכנסת מטעם הליכוד וכיהן כשר ההומוסקסואל המוצהר הראשון בתולדות ישראל, עשה את שירותו הצבאי בחיל המשטרה הצבאית. לאחר שירות ברצועת עזה, בכוח שנועד לאבטח את צירי התנועה ברצועה וכחוקר תאונות דרכים בפיקוד הדרום, נשלח לקורס קצינים. על רקע גל הטרור ב-1995 שובץ כמפקד מחסום קרני. בהמשך שובץ כקצין חקירות תאונות דרכים פיקודי של פיקוד הדרום, כמפקד קורס חוקרי תאונות דרכים, ומפקד בסיס המשטרה הצבאית אילת והערבה. לקראת סיום שירות הקבע שירת כקצין חקירות בכיר במצ"ח ב"ש ומצ"ח דן, והוא רב-סרן במילואים. לאחר שחרורו מצה"ל שירת בשנים 2000–2006 בשירות הביטחון הכללי.