הפילוג היהודי-נוצרי
ביטול ברית המילה

אבן הנגף האחרונה בדרך לספח קבוצות גדולות של אנשים הייתה ברית המילה. סוגיה זו העסיקה את הקהילה היהודית-נוצרית, גרמה חיכוכים רבים ולמעשה פיצלה את הכת הנוצרית לשניים, לכנסיית הנימולים, Ecclesia ex circumcisione, ולכנסיית הגויים, Ecclesia ex gentibus (שלא נימולו). אחת הסיבות למרכזיותה של סוגיה זו היא העובדה שמילה היא סימן זיהוי הניתן לבדיקה ואימות מיידיים.
בתחילה דרשו מכל המצטרפים לכת היהודית נוצרית לעבור ברית מילה, כפי שנדרשו לכך כל המצטרפים ליהדות:
וירדו אנשים מיהודה והם מורים את-האחים לאמר אם-לא תמולו כדת משה לא תושעון: ויהי ריב ומחלקת רבה לפולוס ולבר-נבא עמהם ויגזרו שיעלו פולוס ובר-נבא ואחרים מהם לירושלים אל-השליחים והזקנים על השאלה הזאת: ותלוה אתם הקהלה ויעברו את-פינוקיא ואת-שמרון והם מספרים את-תשובת הגוים וישמחו כל-האחים שמחה גדולה: ויהי כבאם ירושלים ויקבלו אתם הקהלה והשליחים והזקנים ויגידו להם את-אשר הגדיל האלהים לעשות עמהם: ויקומו אנשים מאמינים מכת הפרושים ויאמרו למול אתם ולצותם לשמר את-תורת משה: ויקהלו השליחים והזקנים לעין בדבר הזה.
אולם פאולוס וברנבא, יהודים במוצאם, הבינו כי החשש הגברי מחיתוך בסכין של איבר המין יפחיד את המיועדים להצטרף עד כי לא יסכימו לעבור את הטקס ולא יצטרפו לכת, ולכן פעלו לפטור אותם מעריכת ברית מילה ובמקום זאת להסתפק בהתרחקות מטומאות האלילים. אחרי ויכוח פנימי הוחלט כי אלוהים טיהר את לבבם של המצטרפים לקהילה על ידי האמונה ואין צורך שיעברו ברית מילה:
ויהי ברבות המחלקת ויקם פטרוס ויאמר אליהם אנשים אחים אתם ידעתם כי מימים ראשונים בי בחר האלהים מכלנו לשמע הגוים מפי את-דבר הבשורה ויאמינו: והאלהים ידע הלבבות העיד עליהם בתתו גם-להם את-רוח הקדש כאשר נתן לנו: ולא הבדיל בינינו וביניהם כי טהר את-לבבם על-ידי האמונה: ועתה מה-תנסו את-האלהים לשום על על-צוארי התלמידים אשר גם-אבותינו גם אנחנו לא יכלנו לשאת: אבל מאמינים אנחנו כי בחסד ישו המשיח אדנינו נושע כמוהם כמונו:
הנימוק לכך מתבסס על הפסוק ”וְהֶאֱמִן בַּיהוָה וַיַּחְשְׁבֶהָ לּוֹ צְדָקָה” (ספר בראשית, פרק ט"ו, פסוק ו') שקדם למעשה המילה, ואם כן מספיק להאמין באל:
ומה-נאמר אפוא על-אברהם אבינו מה-זה השיג לפי הבשר: כי אם-נצדק אברהם מתוך המעשים לו התהילה אבל לא לפני האלהים: כי מה אמר הכתוב והאמן אברהם ביהוה ויחשבה לו צדקה: הנה הפעל לא-יחשב לו שכרו לפי החסד כי אם-לפי החובה: אבל לאשר איננו פעל כי אם-מאמין במצדיק את-הרשע אמונתו תחשב לו לצדקה: כאשר גם-דוד מאשר את-האדם אשר האלהים יחשב-לו צדקה בלא מעשים באמרו: אשרי נשוי-פשע כסוי חטאה: אשרי אדם לא-יחשב יהוה לו עון: ובכן האשור הזה העל-המילה הוא או-גם על-הערלה הלא אמרנו כי לאברהם נחשבה אמונתו לצדקה: ואימתי נחשבה-לו בהיותו נמול או בעודנו ערל הן לא בהיותו נמול כי אם בעודנו ערל: ואות המילה נתן לו לחותם צדקת האמונה אשר היתה-לו והוא ערל להיות לאב לכל-אשר יאמינו והם ערלים למען תחשב הצדקה אף-להם: ולהיות לאב גם-למולים אך-לא לאשר אינם אלא נמולים כי אם-גם-הלכים בעקבות האמונה שהיתה-לו לאברהם אבינו בעודנו ערל: כי לא על-ידי תורה היתה ההבטחה לאברהם או לזרעו להיות ירש העולם כי אם-על-ידי צדקת האמונה
הנושא לא עבר ללא התנגדות, ואחרי שהוחלט כי אין צורך במילה, קיבל פאולוס קבוצת מצטרפים שלא עברו מילה
וישמעו ויהללו את-האלהים ויאמרו אליו הנך ראה אחינו כמה רבוא יהודים באו להאמין וכלם מקנאים לתורה: והם שמעו עליך לאמר תלמד את-כל-היהודים אשר בקרב הגוים לסור מאחרי משה באמרך שאינם חיבים למול את-בניהם ולא ללכת בחקות התורה: ועתה מה-לעשות הנה יאסף הקהל כי ישמעו כי-באת: לכן אשר נאמר אליך אתו עשה: הנה ארבעה אנשים אתנו אשר נזירות עליהם ואתה קח אתם והטהר אתם והוצא עליהם את-הוצאת התגלחת וידעו כלם כי-שמע שוא שמעו עליך וגם-אתה הולך בחקות התורה: ועל-דבר המאמינים מן-הגוים כתבנו וגזרנו אשר לא ישמרו דבר מן-הדברים ההם רק אשר ישמרו מזבחי אלילים ומן-הדם ומבשר הנחנק ומן-הזנות: ויקח פולוס את-האנשים ויטהר אתם וממחרת בא אל-המקדש ויגד כי-מלאו ימי טהרתם עד כי-הקרב קרבן כל-אחד מהם
אולם הקהל בבית המקדש התנגד למעשה ”ויהי כמלאת שבעת הימים והיהודים אשר מאסיא ראו אתו במקדש ויעוררו את-כל-ההמון וישלחו ידם בו: ויזעקו לאמר אנשי ישראל עזרו זה הוא האיש אשר באזני כל-אדם ובכל-הארץ ידבר סרה על-העם הזה ועל התורה ועל המקום הזה וגם-הביא אל-המקדש אנשים יונים ויחלל את-המקום הקדוש הזה:” (מעשי השליחים, פרק כ"א, פסוקים 27–28) ורק התערבות חיילים רומיים הפסיקה את המהומה.
גם השליחים חילקו בינם לבין עצמם את השליחות, כפי שכתב פאולוס
ותהי להפך בראותם כי-הפקדתי אני על-בשורת הערלים כאשר הפקד כיפא על בשורת המולים: כי-המעיר כיפא לשלחו אל-המולים הוא-העירני גם-אתי לשלחני אל-הגוים: וכאשר הכירו יעקב וכיפא ויוחנן הנחשבים כעמודים את-החסד הנתן לי נתנו לי ולבר-נבא את-יד ימינם ונאות כי-נלך אנחנו אל-הגוים והמה אל-המולים:....... כי כלכם אשר למשיח נטבלתם לבשתם את-המשיח: ואין עוד יהודי ולא יוני אין עבד ולא בן-חורין אין זכר ולא נקבה כי כלכם אחד אתם במשיח ישו: ואם-למשיח אתם הנכם זרע אברהם ויורשים כפי ההבטחה:
חברי כנסיית הנימולים (מאמיני תורת משה וישו) המשיכו להקפיד על מצוות הדת, ובמשך מספר שנים עמדו בראש קהילות הנוצרים בארץ ישראל יהודים-נוצרים (יעקב אחי ישו הבישוף של ירושלים ואחריו אחיו שמעון, בימי הקיסר דומיטיאנוס היו נכדיו של יהודה אחי-ישו ראשי הקהילות בגליל). כת האביונים התפתחה כנראה מתוך כנסיית הנימולים. חברי הכת שמרו על המילה, על השבת ועל כל המצוות החשובות שביהדות במקביל לאמונתם בישו.
המילה נאסרה בגזירות אדריאנוס (איסור סירוס וברית מילה בשנת 120 לערך). עם עלותו לשלטון של אנטונינוס פיוס, קיסר רומא משנת 138 לספירה, הותר ליהודים למול את בניהם, אך האיסור נותר בתוקפו ביחס לשאר האוכלוסייה, ובכך מנע אפשרות של גיור גברים. הנצרות שלא דרשה מילת גברים יכלה לצרף אליה מצטרפים חדשים ללא מגבלות.