בת המעמקים
עלילה

לאחר מות אביה ואמה במשלחת מדעית לפני שנתיים, המשפחה היחידה שנותרה לה הוא אחיה הבכור, דב, שהוא סטודנט באקדמיה יחד עם גיבורת הספר, אנה דקר, הם יוצאים לסוף שבוע במסגרת אקדמיית הרדינג-פנקרופט. אולם אז הם מותקפים ע״י גורם מסתורי, ואנה, יחד עם חבריה, הם היחידים ששרדו. בנוסף, הפרופסור שלימד אותה, פרופ' ד״ר יואט, מספר לה שתיכון מתחרה, מכון לנד, נמצא איתם בריב שנמשך כבר מאה חמישים שנה. מיד לאחר מכן מתחממים הדברים והיא נאלצת להאבק באויבים ובבוגדים. היא לומדת את האמת על ההיסטוריה שלה, ונאלצת להתמודד עם סכנות שלא הכירה.
יואט מסביר לאנה ולחבריה לכיתה שהספר עשרים אלף מייל מתחת לפני הים הם למעשה תיאורים בדיוניים של אירועים אמיתיים המבוססים על ראיונות שערך ז'ול ורן עם אנשים אמיתיים המעורבים באירועים אלה, ושאנה היא צאצאית של קפטן נמו, שהוא בעצם הנסיך דקאר מבונדלקאנד. יואט מספר להם שנמו היה גאון שפיתח טכנולוגיה הרבה לפני זמנו והאקדמיה של הרדינג-פנקרופט ומכון לנד נאבקים על הטכנולוגיה הזו מאז, והיריבות ביניהם פרצה כעת למלחמה. בצוללת של נמו, הנאוטילוס, הוא ניהל מלחמת גרילה במעצמות הקולוניאליות של סוף המאה ה-19, וביקש את השמדתם כנקמה על רצח אשתו ובנו הבכור בידי הבריטים בעקבות השתתפותו במרד ההודי ב-1857 נגד השלטון הבריטי.
לאחר שפייר ארונקס, נד לנד ומשרתו של ארונקס קונסייל ברחו מקפטן נמו, הם הקימו את מכון לנד בניסיון להציל את הסדר העולמי מנמו על ידי רכישה של המצאותיו והטכנולוגיה של הקפטן. סיירוס הארדינג ובונאונצ'ר פנקרופט, שמפגשם עם נמו תואר באי התעלומות, סיפרו את סיפורם לוורן בניסיון לשנות את תדמיתו של נמו ולהגן על מורשתו, והקימו את האקדמיה הרדינג-פנקרופט בהתאם למשאלתו האחרונה של נמו – שהמצאותיו לא ינוצלו לרעה.
הניסויים של הסטודנטים נועדו להיות ההיכרות של תלמידי כיתות ט' עם הטכנולוגיה של נמו, אבל פרופסור יואט מחליט שבנסיבות העניין הוא חייב לספר להם הכל. חברתה וחברת כיתתה של אנה, אסתר הרדינג, יתומה שהיא נינתה הרביעית של סיירוס הרדינג, קיבלה את המידע חודשים קודם לכן, אך הושבעה לחשאיות על ידי חבר הנאמנים של האקדמיה הרדינג-פנקרופט. הרבה לפני התפתחות המדע הגנטי המודרני, קפטן נמו למד כיצד לקשר ביומטרית את ההמצאות הגדולות ביותר שלו לגנים שלו כך שיופעלו רק על ידי עצמו או צאצאיו הישירים, מה שאומר שרק אנה, שהיא הנכדה והצאצא הישיר האחרון של הקפטן ששרד, עשויה להפעיל אותם.
ללא ידיעת התלמידים, יואט סובל מסרטן לבלב, והוא נמצא בתרדמת בבקתתו בבוקר יומם השני בים. אנה לוקחת את הפיקוד על הספינה, וורנה, ומשתמשת באחת מההמצאותיו של נמו כדי לקבוע את יעדם, אטול מרוחק ולא ידוע באוקיינוס השקט בשם לינקולן איילנד. זהו האטול שבו הובלו סיירוס הארדינג, בונאוונצ'ר פנקרופט וחבריהם, ושם קפטן נמו מת על סיפון הנאוטילוס. לאורך הדרך, הם לומדים מנתונים שחולצו מהמל"טים ששיגר יואט לאחר הרס בית הספר, שדב שידר אזהרה על מערכת הכריזה שלו להתפנות. על מנת להתקרב לאי לינקולן, שמוגן בכבדות ומוסתר מזיהוי על ידי מכשיר הלטה, עליהם לפענח קוד ששודר אליהם על ידי צוות האי לינקולן ולשלוח חזרה הודעה מקודדת.
עם הגעתם לאי לינקולן, הם מתקבלים על ידי המטפלים של האי: זוג בשם לוקה ברסנטי (שהוא צאצא של הממציא האיטלקי יוג'ניו ברסנטי) ואשתו אופליה ארטמסיה, ויופיטר שהוא אורנגאוטן שלמד לבשל על ידי צפייה ב- בייק אוף הבריטי. ד"ר יואט מתחיל לקבל טיפול בטכנולוגיה הרפואית של קפטן נמו. לוקה ואופליה מציגים לתלמידים את הנאוטילוס, שלמעט נזקים קלים נמצא כמעט ללא פגע, לאחר שישב רדום בתחתית לגונה סמוכה במשך כ-150 שנה. אנה לומדת שהנאוטילוס הוא דגימה של בינה מלאכותית כל כך מתקדמת עד שהיא חשה, ושהוריה של אנה, שמתו זמן קצר לפני שנכנסה לכיתה ח', גילו את הנאוטילוס והתחשמלו בניסיון פזיז לעלות עליו. אנה עולה בהצלחה על הצוללת ללא תקלות על ידי הצגת עצמה וביקשת רשות לעלות על הסיפון, מדברת בשפת האבות שלה ושל קפטן נמו, בונדלית. לאחר מכן היא מעירה את הפונקציות המתקדמות של הצוללת על ידי נגינת עוגב מקטרת שהתקין קפטן נמו על הסיפון.
אולם חקר הנאוטילוס של אנה וחבריה לכיתה נקטע לפתע על ידי הגילוי כי בכירי מכון לנד, שתקפו את בית הספר שלהם, עקבו אחריהם לאי לינקולן, ומתחולל קרב. במהלך הקרב, אנה והאחרים מגלים שדב, אחיה הוא הבוגד שמשתף פעולה עם מכון לנד ומפקד על צוללתם הארונקס, שממנו הוא שידר את האזהרה להתפנות לאחר שההגנות של האקדמיה הארדינג-פנקרופט נפרצו. אנה מגלה שדב החביא מכשיר מעקב בשרשרת שנתן לה ומיד הורסת אותה, ואז משתמשת במערכות ההנעה המתקדמות של הנאוטילוס כדי לברוח. שעתיים לאחר מכן, הם מוצאים את עצמם במערב האוקיינוס השקט כ-400 מייל מזרחית לעיר דאבאו שבפיליפינים. שם, בזמן שהם עורכים תיקונים בנאוטילוס, הם פוגשים תמנון ענק שהצוות קורא לו רומיאו. אנה מתיידדת איתו בעזרת הבינה המלאכותית של הנאוטילוס. הם ממהרים בחזרה לאי לינקולן, שם עדיין מתחולל הקרב עם הארונקס. הקרב מסתיים בכך שהארונקס נשברת לרסיסים על ידי התמנון הענק והצוות שלו שנלקח מהאוקיינוס וננעל בתאי כלא מאולתרים, ובקטטה בין אנה לדב שמסתיימת בכך שהיא מפילה אותו מחוסר הכרה על ידי ירי בו בכדורי גומי.
הספר מסתיים בכך שתלמידי הרדינג-פנקרופט, לוקה ואופליה, מכיתה ט', וד"ר יואט, נשבעים לבנות מחדש את בית הספר. אנה לוקחת את דב, ששטפו לו את המוח כדי להשתלט על המתקן, והולכת להראות לו את מקום המנוחה האחרון של הוריהם בלגונה ליד הנאוטילוס.