שמואל אליהו
עמדות ומחלוקות

בזמן ההתנתקות שהה הרב אליהו בגוש קטיף והביע בפומבי את התנגדותו לתוכנית. למרות זאת, נפגש עם אישים פוליטיים שתמכו בהתנתקות ובהם השרה ציפי לבני. הביע את דעתו כי אין היתר הלכתי לפינוי יהודים מבתיהם.
בשנת תשס"ד כתב ביחס לרב עובדיה יוסף: "מאז הסכם אוסלו הארור ומאז שנהרגו כמה מחברי הטובים וילדיהם – אני לא מחזיק בביתי שום סידור שלו ושום ספר מספריו. לא מחרים אותו – אבל פשוט לא מסוגל". עם הזמן התרכך יחסו לרב עובדיה, והוא מזכיר את ספריו בדרשותיו.[דרוש מקור]
בדצמבר 2010 פרסם פסק הלכה הקובע כי ליהודים אסור למכור או להשכיר דירות לגויים, על בסיס האיסור של "לא תחנם". לפסק ההלכה צורפו חתימותיהם של כחמישים רבני ערים, ובשלב מאוחר יותר חתמו על המכתב למעלה מ-300 רבנים דתיים לאומים וחרדים, בהם הרבנים שלמה אבינר, זלמן מלמד, דב ליאור ושמחה הכהן קוק. הפסק עורר הד תקשורתי רחב וגינויים מצד מספר רבנים, ארגון יד ושם, יושב ראש הכנסת, ראש הממשלה נתניהו ונשיא המדינה שמעון פרס. בתגובה לגינויים כתב הרב אליהו שהם נובעים מאידאולוגיה השוללת את קיומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ומגיוס פוליטיקאים חסרי עמוד שדרה. לדבריו, הפסק חוקי כמו חוק מקרקעי ישראל שאימץ את תקנות הקק"ל, המייעדות את קרקעותיה להתיישבות יהודית בלבד. הוא טען שהמגנים לא יצאו נגד הרשות הפלסטינית שחוקקה כי המוכר קרקע ליהודי דינו מוות. בגילוי דעת שהתפרסם על ידי הרב אליהו ורבנים נוספים בינואר 2011, נאמר כי שלא כמשתמע מהמכתב הקודם חובה על פי התורה לגלות יחס שוויוני כלפי כל אזרחי המדינה, ועם זאת על מדינת ישראל לפעול נגד גורמים עוינים המבקשים לנצל את עקרון השוויון בין אזרחים נאמנים במדינה, על מנת לממש את זכות השיבה.
אמירותיו של הרב שמואל אליהו גררו מספר הליכים נגדו. בשנת 2002 הורה היועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין לחקור אותו בחשד של הסתה לגזענות לאחר שהתבטא נגד לימודי ערבים במכללת צפת ובעד טרנספר לערביי ישראל. בפברואר 2006 הגיש נגדו כתב אישום אך כתב האישום בוטל לאחר שהרב הבהיר את דבריו. בעקבות עתירה לבג"ץ שהגיש המרכז הרפורמי לדת ומדינה בדרישה להעמידו לדין משמעתי, בשנת 2017 קיימה עמו שרת המשפטים איילת שקד שיחת הבהרה בעניין חובת הזהירות הנדרשת בהתבטאויותיו מתוקף תפקידו. לטענת העותרים, שנתמכה על ידי שופטי בג"ץ, הרב אליהו המשיך לומר דברים בעלי אופי דומה. ב־2019 הוזמן לשיחת הבהרה נוספת אצל שר המשפטים אמיר אוחנה. בספטמבר 2020 הורה בג"ץ להעמיד את הרב אליהו לדין משמעתי עקב חלק מהתבטאויותיו כבעל תפקיד ציבורי א-פוליטי. פסק הדין קבע באופן תקדימי כי רב עיר, יחד עם תפקידים נוספים, הם תפקידים א-פוליטיים ומכך אסור להם להתבטא באופן ששולל השקפות פוליטיות או ערכיות אחרות. ביחס לאחרות פסק בית המשפט כי הן לגיטימיות במסגרת מילוי תפקידו. הוא הועמד לדין משמעתי בשנת 2024, ופרטי ההליך נשמרים בסוד.
בעקבות פסיקת בג"ץ שיש להרוס את בית הכנסת "איילת השחר" בגבעת זאב, לאחר שנציגי בית הכנסת לא הצליחו להוכיח כי יש להם זכויות בקרקע עליה הוא הוקם, אמר הרב אליהו כי בגליל ישנם אלפי בתים בנויים ללא רישיון ועשרות מסגדים שבנויים על קרקע יהודית ואינם נהרסים. "בית המשפט פרץ דרך לעצמו לפגוע במקומות הקדושים, וזה יפגע גם במקומות קדושים לנצרות ולאסלאם". הוא המליץ למרר לשופטים את החיים בהפגנות ובצעקות, במסגרת החוק.
בינואר 2018 קרא לפיטורי הרמטכ"ל גדי איזנקוט בשל מאמציו לשלב נשים ביחידות קרביות, וקשר זאת לירידה במוטיבציה בצה"ל.
בזמן המהומות בישראל (2021), לאחר שבתי משפט שחררו עשרות ערבים שנעצרו בעקבות התפרעויות, האשים הרב אליהו את השופטים באחריות להמשך המהומות, וקבע כי הם אשמים בכך שיהודים נרצחים.
ביוני 2021, לקראת הקמת ממשלת בנט ולפיד, שהייתה בשותפות רשימה ערבית, נמנה עם הרבנים שחתמו על עצומה לפיה אין לקבל "שתקום ממשלה בישראל שתפגע בדברים היסודיים ביותר בענייני דת ומדינה (...) ייפגעו גם ענייני הביטחון, ששייכים לעצם קיומנו, כאשר היא נשענת על תומכי טרור".
בפברואר 2023, לאחר רעידות האדמה בטורקיה ובסוריה, פרסם מאמר בו השווה ביניהן לבין הטבעת המצרים בים סוף והסביר כי רעידות האדמה הן נקמה אלוהית בגויים, וכי עלינו להודות עליה לאל. המאמר עורר ביקורת בציבור הדתי לאומי, בעקבותיה פרסם מאמר הבהרה ואמר שאין סתירה בין הודיה להגשת עזרה לנפגעים.
במרץ 2023 קרא לבני הישיבות יחד עם רבנים נוספים לצאת ולהפגין בצמתים בתמיכה לרפורמה המשפטית.
בנובמבר 2023 התייחס לסערה שעורר בנו השר עמיחי אליהו באומרו "מה עושים עם רצועת עזה? תמחוק אותם? להפיל עליהם אטום על עזה? זו אופציה, אותי לא יפטרו, את הבן שלי רצו אבל אותי לא יפטרו".
בנובמבר 2023, תוך כדי מלחמת חרבות ברזל, קרא לבכירי צה"ל להתפטר. בן דודו, הפרופ' שמגר בן אליהו האשים אותו בניסיון להכניס טריז בין מפקדי הצבא לבין הציבור וקרא לו להתפטר.
בנובמבר 2023 יצא כנגד העסקה לשחרור החטופים בטענה שהדרך הנכונה היא לשחרר את החטופים בקרב כפי שעשתה ממשלת ישראל בראשותו של יצחק רבין במבצע אנטבה
הרב אליהו מנהל אורח חיים צמחוני.