הגימנסיה הריאלית העברית בקובנה
הכיבוש הסובייטי וסופה של הגימנסיה

בקיץ 1940 סופחה ליטא לברית המועצות והצטרפה לרפובליקות שלה כ"הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הליטאית".
במסגרת הסובייטיזציה החלו אספות הורים מאורגנות ומבוימות על ידי השלטונות הקומוניסטיים, שבהן נשמעה התביעה לעבור ללימוד ביידיש בלבד. הנהלת הגימנסיה הריאלית הייתה בין הראשונות שנאלצו לכנס אספה כזו. ב-17 ביולי 1940 נערכה, באווירה מתוחה, אספת ההורים שנועדה להכריע על המעבר ליידיש. ההיסטוריון דב לוין מספר:
חמישה מועמדים שהוצעו להנחיית האספה סירבו בזה אחר זה לקבל את התפקיד. לבסוף נפתחה האספה על-ידי הפעיל הציוני טרגר, שמסר את רשות הדיבור לד"ר פלדשטיין. האחרון קרא נאום מהכתב בין השאר ניסה ללמד זכות על העברית, שלדבריו שימשה אמצעי-קשר לפזורי העם היהודי ומשענת נגד התנכלויות שוביניסטיות וריאקציוניות. הוא ציין שהגימנסיה הריאלית העברית גילתה הבנה לבעיות סוציאליות ותלמידים מעוטי-יכולת זכו בה להנחות בשכר-הלימוד. בנוגע לסדר-היום של האספה קיבל הנואם את דין-השעה ואמר:
 "עלינו להצטרף לרשת-התלמידים הכללית של ארצנו הגדולה, למצוא עמה שפה משותפת – והואיל שמהיום ואילך שומה להתאים את בית-הספר להמונים היהודיים הרחבים, אני מבקש לקבל את ההחלטות הבאות: (1) להנהיג יידיש כשפת-הוראה בגימנסיה החל משנת-הלימודים החדשה. (2) כדי שהפסקת לימוד העברית לא תהיה קשה מדי יש להשתדל שפעם בשבוע יורשה לימוד עברית. (3) להשתדל שבית-הספר ייכלל ברשת בתי-הספר הממלכתיים, עם זכויות מלאות למורים ולתלמידים".
אחריו נאם המורה ל"ח יפה, שהסביר כי "המעבר ליידיש אינו מהווה כפייה, אלא חיוב התואם כורח היסטורי". עם זאת, תמך בהצעה להתיר את לימוד השפה העברית 4 שעות בשבוע, בגלל שתי סיבות:
האחת פסיכולוגית – הקשר ההדוק עד כה לעברית מצד ההורים והילדים; והשנייה מעשית – לאפשר למורים להתאים עצמם לתנאים החדשים ולא להיזרק לרחוב". לבקשה צנועה זו ניתנה קודם לכן הסכמתה של המפלגה הקומוניסטית.
הנואם הבא היה הנריך זימאן, מורה לשעבר, שהועמד בראש הסקציה של המיעוטים שליד הוועד המרכזי של המפלגה הקומוניסטית של ליטא, שעליה הוטלו ההכנות הראשונות לפירוק המסגרות המסורתיות של החינוך היהודי. הלה תקף בחריפות את הציונות, וטען כי הסוגיה שעל הפרק אינה החלפתה של העברית ביידיש, אלא הציונות, שאינה אלא שוביניזם וריאקציוניות שיש להכחיד. בעל מלאכה שקיבל את רשות הדיבור כנציג ההורים, תקף את המנהל פלדשטיין, שלדבריו השליט בגימנסיה משמעת ודיכא בכוח שביתות ילדים, ודרש שיסולק מתפקידו. "ד"ר פלדשטיין הודיע בקול נרגש, כי בשכבר הימים היה עסקן מכובד בשורות הבולשביקים. כן ביקש מההורים לכבד אף עתה את זכרו של הנדבן צ'ייס. באווירה מתוחה ותוך צעקות נערכה ההצבעה על הצעותיו של המנהל. התוצאות: 'הכול הרימו את הידיים בעד. 8 הצביעו בעד ההצעה ללמד עברית 4 פעמים בשבוע'".
עד מהרה נסגרו הגימנסיה היהודית שהתנהלה בליטאית והגימנסיות העבריות (הגימנסיה הריאלית והגימנסיות של "שוואבה", "תרבות" ו"יבנה" לבנים ולבנות). פלדשטיין הודח, ונלקח לבירה החדשה של ליטא, וילנה, שם שימש כמורה לרוסית בגימנסיה. מהגימנסיות העבריות ומהגימנסיה היידית ע"ש שלום עליכם הורכבו שתי גימנסיות יהודיות ממלכתיות. בניינה של הגימנסיה הריאלית העברית הפך למשכנה של גימנסיה מס' 12; במקום מנהלה של הגימנסיה הריאלית פלדשטיין, שהודח, בא לייב מורגנשטרן, יידישאי ותיק וקומוניסט שניהל בשעתו בית ספר יסודי בווילקומיר. הגימנסיה השנייה, גימנסיה מס' 11 – המשיכה להיקרא ע"ש שלום עליכם – עברה לבניין של הגימנסיה העברית ע"ש שוואבה לשעבר (המשכן החדש מ-1927) שבקצה רחוב זמנהוף, לגדות נהר ניימן (כתובתו של הבניין כיום היא שדרות המלך מינדאוגאס – Karaliaus Mindaugo prospektas 11).
וכך, לעומת 7 גימנסיות יהודיות שפעלו בעיר קודם לכן, פעלו שם מעתה שתי גימנסיות יהודיות ממלכתיות בלבד. שכר הלימוד בוטל, כל המפלגות ותנועות הנוער הציוניות חוסלו, בתי הספר עברו ללמוד ביידיש, ימי המנוחה בשבתות ובחגים היהודיים בוטלו, יום המנוחה הועתק משבת ליום ראשון וכן בוטלו לימודי התנ"ך ומדעי היהדות. מטבע הדברים, היו הורים שהעדיפו לשלוח את ילדיהם לבתי הספר שלשון ההוראה בהם הייתה רוסית, שפתה של ברית המועצות.