נעלמים
עלילת הסדרה > עונה 2

העונה השנייה של הסדרה מכילה 48 פרקי עלילה ו-שני פרקי ספיישל (49–50). העונה מחולקת לשני חלקים, חלק ראשון 25 פרקים וחלק שני 23 פרקים. גם הפעם העונה מתרחשת בשני פרקי זמן:
בעבר - לאחר פתרון התעלומה, לילה לפני תחילת שנת הלימודים (שנה בדיוק לאחר שהחלה העלילה בעונה הקודמת), אריק פותח את הטוסטר מחדש בלי חדווה. בעונה זו מצטרף אל החבורה דולב, חבר ילדות של דניאלה המאוהב בה, בעוד היא לא מעוניינת בקשר רומנטי עמו. עוד באותו לילה, החבורה עושה מחנה במטע שבו נחטפים כל החבורה למעט אמה ודריה, מפני שבאותו זמן הן לא היו במחנה. הן מגלות ששאר החבורה נחטפה וקוראות למשטרה, וכשחוזרות עם המשטרה, החבורה נמצאת שם ולא זוכרת כלל את החטיפה. לאחר מעט זמן מגלה חבורת הנערים שנחטפה שמופיע סימן העין של הורוס על גבי עורפם. לאחר מכן, החבורה מתחילה לקבל הודעות מאיימות בנייד שמפצירות בהם לגלות איפה "זה" נמצא, מבלי שהם יודעים במה מדובר. החבורה מחליטה לנסות למצוא את הכסף מהשוד (מהעונה הקודמת). הם מגלים שלסיפור קשור ראובן פרוס, המדען שהקים את מפעלי הכימיקלים באשמורת, זאת דרך בתו, יולה שבאה משוודיה לגלות למה הוא נרצח.
בהווה - אמה, עידו, דריה, דניאלה, תום ועומר נכלאו במלון שהיה בעבר בבעלות הוריה של דריה. רקפת והחיילים שלה עדיין מנסים להוציא מהם איפה "זה" נמצא, כשהם עדיין לא יודעים במה מדובר. במחצית העונה שני רובדי הזמן מצטלבים לעלילה מרכזית אחת שתמשיך מכאן; אמה, עידו, דריה, דניאלה, עומר ותום חוזרים לאשמורת ומגלים שכל התושבים נעלמו, כאשר הבנות נמצאות בצד אחד של העיירה והבנים בצד השני. הבנות עושות עסקה עם ברקו ורוקמן - הן יעבירו להם את הרעל בתמורה לכסף מהשוד ולסיום ההסגר באשמורת. כשהבנות נוסעות הן נתקלות בפיזנטי (המת לכאורה) שלוקח מהן את הכסף. ורד (אחותה התאומה של רקפת) רוצה לגדל את סחלב הרפאים, פרח נדיר עם מקור הרעל הגדול בעולם, אך הפרח צריך חומר מיוחד שיש רק בארגנטינה כדי שיוכל לצמוח. ורד גילתה שבני מרעיל את המים של אשמורת, וסחטה אותו שיכניס את החומר לרעל שהוא גם ככה מחדיר לאדמת אשמורת - כדי שהפרח יוכל לצמוח באדמת אשמורת, ויהיה לה את מטע סחלב הרפאים הגדול בעולם. כשבני נתפס התוכניות שלה השתבשו. בנוסף, ראובן פרוס, המדען שהפיק את הרעל של הפרח, התחרט על מעשיו וייצר נוגדן לרעל. מתגלה כי הסמל של העין של הורוס הוא מעין רמז שהשאיר ראובן פרוס על עורפם של הנעלמים וזו הנוסחה לנוגדן - כלומר הנוסחה הייתה עליהם כל הזמן מבלי שהם ידעו על כך. בנוסף, החבורה מגלה על עוגיות מזל שדרכן היא מגלה שורד מתכננת להיפגש עם אדם סיני ולמכור לו את הרעל, הם מגלים על פי העוגיות את המקום והזמן של המכירה ומתכננים מלכודת. מתגלה שמי שתפסו זו רקפת האמיתית שנוצלה על ידי אחותה התאומה שתפסה את מקומה בבית הספר.
מתגלה שאבא של תום ודולב נהרג בגלל ורד והם באו לאשמורת כדי להמשיך את דרך אביהם ולנקום בורד. הם משתלבים באשמורת, תום דרך הטוסטר ודרך דריה, שניצל אותה על מנת להתקרב אל החבורה ולגלות מידע ודולב נהיה חלק מהחבורה דרך דניאלה. בזכות החבורה תום ודולב גילו על עוגיות המזל, המעבדה והמנהרה שדרכה הביאו את הפרחים. ורד מבינה שהחבורה עלתה עליה ולכן היא חוטפת את אלון ומכריחה אותו לייצר לה רעל שתמכור לסיני. תמר מספרת לחבורה על מה שגילתה ובעקבות זאת הם רוקמים תוכנית. אמה תכננה להעביר את המבחנות עם הרעל בתמורה לאלון ובינתיים עידו שם מעקב על המכונית של ורד, רוקמן וברקו. אמה שופכת את כל המבחנות עם הרעל ושותה ממבחנה אחת (שהיא סימנה אותה ולמעשה יש בה מיץ פטל) ומתה לכאורה. ורד שמבינה שהיא אשמה ברצח אמה כביכול ושהרעל הושמד, בורחת עם רוקמן וברקו אך בזכות מכשיר המעקב ששם עידו המשטרה תופסת אותם והם נלקחים לכלא. באותו הזמן, תום ודולב גנבו את הפרחים והסתירו אותם בארון בטוסטר, חטפו את דריה ואמה ונתנו להן לשתות את הרעל ואומרים לשאר החבורה שאם תוך שעתיים הם לא יתנו להם את הנוגדן - דריה ואמה ימותו. החבורה ההמומה חושבת שמדובר בהצגה וכשמבינים שזה רציני הם חושבים על דרכים לגלות את הנוסחה, ולבסוף, אלון מגלה שראובן הטביע עליהם את הנוסחה - ושהעין של הורוס הייתה רק סימון שאפשר לראות את הנוסחה רק באור אולטרה-סגול. עידו ואלון ממהרים לייצר את הנוגדן ולהביא אותו לאמה ודריה, הם מצליחים ואמה ודריה מבריאות, אך תום ודולב נמלטים. לבסוף, תום ודולב נעצרים ונלקחים לכלא. אמה ועידו חוזרים, החבורה עושה פיקניק במטע, בו שאולי מודיע שהוא חוזר לדניאלה ולארץ. שירה ועומר זוג וכך גם אלון ותמר. בסצנה האחרונה תמר שמתכננת להביא את הכסף לתושבים נתקלת בבני שמגיע כדי להחזיר לעצמו את הכסף.