אמונת המתנקש (סרט)
עלילה

באנדלוסיה של שנת 1492, במהלך מלחמת המלכים הקתוליים בשושלת הנסרית של ממלכת גרנדה, אגילאר דה נארחה מתקבל אל תוך אחוות המתנקשים ומקבל הוראה להגן על הנסיך אחמד ממסדר הטמפלרים. בינתיים בשנת 1986, קאלום "קאל" לינץ' המתבגר עד לרצח אמו בידי אביו ג'וזף, שהתברר כמתנקש. שכירי חרב בראשות אלן ריקין - מנהל תאגיד אבסטרגו - מגיעים ללכוד את ג'וזף, שמשכנע את בנו להימלט.
כשלושים שנים לאחר מכן, בשנת 2016, קאלום לינץ' המבוגר נעמד בפני הוצאה להורג בעוון רצח סרסור, אך תאגיד אבסטרגו מביים את ההוצאה להורג שלו ולוקח אותו למתקן המחקר שלהם במדריד. הטמפלרים מחפשים אחר תפוח עדן, ממצא עתיק יומין שנוצר בידי ציוויליזציה אבודה. באמצעות הקוד הטבוע בתפוח, הם יוכלו לשלוט בכוח הרצון של האנושות ולהשמיד כל דחף לאלימות. קאל הוא צאצא של אגילאר, האדם האחרון שאומת שהחזיק בתפוח. סופיה, בתו של אלן ריקין והמדענית הראשית, שמה את קאל במתקן האנימוס, מכשיר שמאפשר לו לחיות מחדש את הזכרונות הגנטיים של אגילאר, וזאת כדי שתאגיד אבסטרגו יגלה את מיקומו של התפוח.
בחזרה בשנת 1492, אגילאר ושותפתו מריה נשלחים כדי להציל את הנסיך אחמד, שנחטף בידי מנהיג מסדר הטמפלרים תומאס דה טורקמדה כדי לאלץ את אביו, הסולטאן מוחמד ה-12 למסור לידיו את התפוח. אגילאר ומריה מתעמתים עם הטמפלרים, אך נתפסים ונלכדים בידי אוכף החוק של טורקמדה, אוג'דה. לאחר מכן, סופיה מוציאה את קאל מהאנימוס.
קאל נפגש עם צאצאים אחרים של מתנקשים שמוחזקים במתקן המחקר, כשמרביתם חושדים בו למעט לין, צאצאית למתנקשת סינית מהמאה ה-16 בשם שאו יון, ומוסא, צאצא למתנקש האיטי מהמאה ה-18 בשם בטיסט. קאל מתחיל לחוות הזיות, להן סופיה קוראת "אפקט הדימום", של אגילאר ושל ג'וזף. במהלך אחד הסשנים שלהם, סופיה מתוודה בפני קאל שאמה נהרגה בידי מתנקש, והיא שותפה לשנאתו למתנקשים.
בחזרה באנימוס, אגילאר ומריה מיועדים להוצאה להורג באוטו דה פה אך הוא מצליח לשחרר אותם, מה שמוביל למרדף על גגות העיר שבסופו הם נמלטים אחרי ביצוע "זינוק האמונה" (מושג מהמשחקים שמשמעותו קפיצה ממקום גבוה לתוך ערימת חציר או מים). מוחו של קאל מגיב בחריפות לסשן והוא נותר משותק באופן זמני. אחרי שהוא מגלה שאביו ג'וזף נמצא גם הוא במתקן, קאל מתעמת איתו על מותה של אמו. ג'וזף מגלה לו שאפקט הדימום יאפשר לו לרכוש את יכולותיו של אגילאר. בנוסף, הוא מגלה לו שאמו הייתה מתנקשת ובחרה למות מידיו של אביו מאשר להילכד ולהילקח לתוך האנימוס. קאל אינו משוכנע מדבריו ונשבע להשמיד את המתנקשים על ידי מציאת התפוח. בינתיים, אלן ריקין מאולץ בידי בכירת הטמפלרים אלן קיי לסגור את פרויקט אנימוס היוקרתי משום ש"הם כבר ניצחו... לאנשים כבר לא אכפת יותר מזכויות האזרח שלהם והם נכונים לציית", לדבריה. הדבר מוביל את סופיה לפקפק בכוונותיו האמיתיות של אביה.
קאל יוצא מחוזק מהמפגש שלו עם ג'וזף ונכנס לאנימוס. אגילאר ומריה אורבים לפגישה בין מוחמד לבין טורקמדה. הם הורגים את אנשיו של טורקמדה ומשיגים לידיהם את התפוח, אך אוג'דה לוכד את מריה. היא בוחרת למות כדי להגן על התפוח ודוקרת את עצמה בעזרת להבו של אוג'דה. בכך היא מאפשרת לאגילאר להרוג את אוג'דה ולהימלט באמצעות זינוק אמונה נוסף. קפיצה זו גורמת לנחשול כוח שפוגם באנימוס. בהמשך, אגילאר נותן את התפוח לכריסטופר קולומבוס, שנשבע לקחת אותו עמו לקבר. כשמוסא ושאר האסירים מתחילים מהומה כדי להימלט, אלן ריקין מורה על טיהור המתקן. אנשי האבטחה של אבסטרגו הורגים את ג'וזף ואת מרבית האסירים. קאל עומד במרכזו של חדר האנימוס ונתקל בהקרנות של אבות אבותיו, ביניהם אגילאר, ארנו דוריאן, ג'וזף ואמו, בעוד סופיה בוהה בהקרנה של מתנקשת שדומה לה. קאל משתכנע בידי אמו לאמץ את מורשתו כמתנקש, ולאחר שרכש את יכולותיו של אגילאר מצטרף למוסא וללין ובורח מהמתקן.
אחרי שהטמפלרים משיגים את התפוח מכספת הקבר של קולומבוס, הם מתכנסים בלונדון כדי לחגוג את ניצחונם. בתוך מקום המפלט, סופיה מתעמתת עם קאל, שהגיע לקחת את התפוח, ומאלצת אותו לפעול. קאל משיג את התפוח לידיו והורג את אלן ריקין. בעוד סופיה נשבעת לנקום על מות אביה, המתנקשים עוזבים את המקום ונשבעים להגן על התפוח מידי הטמפלרים.