מיץ' דניאלס
משרד הניהול והתקציב

ב-22 בדצמבר 2000 הודיע הנשיא הנבחר ג'ורג' ווקר בוש על מינוי דניאלס כמנהל משרד הניהול והתקציב. המינוי אושר ב-23 בינואר 2001 על ידי הסנאט של ארצות הברית ברוב של 100 תומכים וללא מתנגדים. בתוקף תפקידו זה היה דניאלס גם חבר במועצה לביטחון לאומי ובמועצה לביטחון המולדת.
במהלך כהונתו כמנהל משרד הניהול והתקציב, שאף דניאלס להגביל את חקיקת הקונגרס לאישור הוצאות, באומרו שלכאורה המוטו של הקונגרס הוא "אל תעמוד שם סתם, תוציא משהו". הוא מתח ביקורת על הרפובליקנים ועל הדמוקרטים כאחד. לאחר שנה מכניסתו לתפקיד, הציע הסנאטור טד סטיבנס, אז ראש סיעת המיעוט בוועדת ההקצבות של הסנאט, "שהדבר הטוב ביותר שדניאלס יכול לעשות כדי לשקם את היחסים עם הקונגרס, הוא לשוב לאינדיאנה". חבר בית הנבחרים ביל יאנג, אז יושב ראש ועדת ההקצבות של בית הנבחרים (אנ'), הלין על מנהיגותו של דניאלס באומרו, "אני מושכנע שמנהל משרד הניהול והתקציב חושב רק על מספרים ...ואין לו שום מחשבה למה משמשים או לא משמשים מספרים אלו עבור הארץ, עבור הצבא שלו, עבור הביטחון". מזכיר הבריאות ושירותי האנוש טומי תומפסון הלין על כך שמשרדו של דניאלס יידחה "כל תשע מתוך עשר הצעות, רק כדי להראות מי הבוס". התקציב בהיקף של 2.13 טריליון דולר, שהגיש דניאלס לקונגרס ב-2001 היה אמור לכלול קיצוצים נרחבים בתקציביהן של סוכנויות רבות כדי להכיל את הקיצוצים שנעשו במיסים, אך מעט מאוד מהקצוצים בהוצאות אושרו למעשה על ידי הקונגרס. זמן קצר לאחר פלישת ארצות הברית לאפגניסטן, נשא דניאלס נאום בפני מועדון העיתונות הלאומי, בו הוא קרא תיגר על דעתם של אלו שרצו להמשיך בדפוס ההוצאות הרגיל כאשר האומה נמצאת במלחמה. "הרעיון של הקצאה מחדש של נכסים מדברים חשובים פחות לחשובים יותר, במיוחד בזמן חירום של ממש, הוא רעיון שיש בו היגיון בריא הוא מיושם בכל תחום אחר בחיים", הוא אמר. על אף מאמצים אלו, במהלך 29 החודשים של כהונתו של דניאלס בתפקיד, העודף התקציבי החזוי של 236 מיליארד דולר, הפך לגירעון של 400 מיליארד דולר, זאת בשל המיתון של 2001, הקיצוצים במיסים, המלחמה באפגניסטן ומלחמת עיראק.
חתן פרס נובל לכלכלה פול קרוגמן, ציין שדניאלס "מוחזק כסמל של אחריות פיסקלית" מבלי שאפילו שזכה בו. בהעירו על מנהיגותו של דניאלס, הוא כתב, "הדבר שאין אני יכול לשכוח הוא תפקיד המפתח שלו בבזבוז העודף התקציבי שבוש ירש. זה לא היה רק שהוא תמך בקיצוצים במיסים של בוש. התירוצים שהוא נתן לחוסר אחריות זה היו הונאתיים להפליא. כך שאני לא יכול להתייחס ברצינות לעמדה הנוכחית שלו בנוגע לניציות הגירעון".
בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, העביר הקונגרס חקיקה להקמת המחלקה לביטחון המולדת. זמן קצר לפני שהחוק נחתם על ידי הנשיא בוש, הכניסו מחוקקים רפובליקנים להצעת החוק נוסח שאפשר הגנה מפני אחריות של תאגידים שייצרו תוימרסל (Thiomersal), תרכיב לחיסון שנוי במחלוקת שהיה נתון לתביעות משפטיות רבות. חברת אלי לילי הייתה בעבר היצרנית הגדולה ביותר של החיסון ומטרה מרכזית לתביעות. דניאלס היה מנהל משרד הניהול והתקציב כאשר הצעת החוק עברה, והועלו השערות בנוגע לניגוד עניינים לכאורה. בעקבות אי שביעות הרצון הציבורי, הסיר הקונגרס את סעיף התיומרסל.
בעל הטור השמרן רוס דאות'ט ציין בטור שכתב על תקופת כהונתו של דניאלס כמנהל משרד הניהול והתקציב שדניאלס "עשה את העבודה כמנהל משרד הניהול והתקציב עבור כמה מהתקציבים הבולטים יותר של ממשל בוש". אך בעת שכינה את דניאלס "המושל הטוב ביותר של אמריקה", הגן דאות'ט על דניאלס מפני ההאשמות שהוא העריך לא נכונה את העלויות של מלחמת עיראק.
ב-2002 סייע דניאלס לפגוע באמינות הדיווח של עוזר הנשיא למדיניות כלכלית, לארי לינדזי, שהעריך שעלות מלחמת עיראק תנוע בין 100 ל-200 מיליארד דולר. דניאלס כינה את ההערכה הזאת "גבוהה מאוד, מאוד" וציין שהעלות צריכה לנוע בין 50 ל-60 מיליארד דולר. באותה עת לא סיפק דניאלס עלות מדויקת למערכה ארוכה או קצרה נגד סדאם חוסיין, באומרו שהממשל תיקצב את שתי האפשרויות. הכשל במתן הערכות עלות ארוכות טווח הוביל את יריביו של דניאלס לטעון שהוא והממשל טענו שהעלות הכוללת של המלחמה לא תעלה על 60 מיליארד דולר. משרד התקציב של הקונגרס העריך שהעלות הכוללת של המלחמה בעיראק עבור משלמי המיסים האמריקאים תגיע לכ-2.4 טריליון דולר בערך בהנחה שהיא תתנהל עד 2017.
שלושה חודשים לאחר מכן, ב-25 במרץ 2003, חמישה ימים לאחר תחילת הפלישה, ביקש הנשיא בוש 53 מיליארד דולר באמצעות הקצבת חירום משלימה כדי לכסות את ההוצאות המבצעיות בעיראק עד 30 בספטמבר אותה שנה. על פי משרד התקציב של הקונגרס, עלות הפעולות בעיראק ב-2003 הגיעה ל-46 מיליארד דולר, פחות מהתחזית שלהם ושל דניאלס. דאות'ט ואחרים שהגנו על דניאלס, האשימו את מבקריו של דניאלס באפיון שגוי של ההקצבות המשלימות של ששת החודשים כבקשה למימון המלחמה כולה.
סך כל עלויות המלחמה בעיראק הגיעו בסך הכל ל-800 מיליארד דולר. מספטמבר 2001 ועד אוקטובר 2002 תקצבו המחוקקים של ארצות הברית כ-1.4 טריליון דולר לפעולות הן בעיראק והן באפגניסטן.
ב-7 במאי 2003 הודיע דניאלס שהוא יתפטר מראשות משרד הניהול והתקציב תוך 30 יום. הכרזתו זו תוארה על ידי פקידי ממשל כהכנה להתמודדות על משרת מושל אינדיאנה.