המגיד ממזריטש
חצרו בעיני ההשכלה

את ההתנגדות לחסידות מבית מדרשו של דב בער, ניתן לחלק להתנגדות הרבנית - שעיקרה תלמידי הגאון מווילנה וכן קבוצת מתנגדים מהעיר ברודי, ולעומתם התנגדותם של המשכילים, בדורו ובדורות מאוחרים יותר. הראשונים ראו בתנועה כופרים או ממשיכי תנועת השבתאות, ואילו השניים ראו בתנועה זו ניצול ההמונים הנפתים בידי קבוצת מאחזי עיניים.
הפילוסוף שלמה מימון כותב בספרו האוטוביוגרפי חיי שלמה מימון על חצרו של המגיד, בין היתר הוא מתאר את המגיד לבוש בגדי לבן כולל נעליו וקופסת הטבק שלו, במהלך הסעודה המגיד קרא את שמות החברים החדשים ואת שם מקומם, וביקש מהם שיאמרו לו פסוק, לאחר מכן המגיד דרש ושזר את כל הפסוקים בדרשתו, בעת הדרשה הבינו המשתתפים החדשים מדבריו 'דבר הנוגע אל עצמו, ואל העניינים הקרובים לליבו'. מימון כותב שהתנהלות זו עשתה רושם גדול עליו ועל המשתתפים. לאחר שנים סבר כי ”מעשי הנפלאות כביכול ניתנו להתפרש בדרך טבעית מאוד. בסיוע של מכתבים ומרגלים ומידה ידועה של ידיעת הבריות ובעזרת חכמת-הפרצוף ושאלות שהוצעו בזריזות שעל ידיהן גלו בעקיפין את סתרי ליבו של אדם”. כמו כן סיפר מימון על חסיד שאיחר לתפילה בעקבות הולדת בתו, החסידים ששמעו על הבשורה ברכו אותו בברכת מזל-טוב, ואילו המגיד ממזריטש, ששאל על מה המהומה, ”אמרו לו החסידים "אנו מברכים את פ. שאשתו הביאה בת לעולם. בת? קרא הרבי ! דינו להלקאה"”, בעקבות זה החסידים הלקו (באווירה צינית) את אותו חסיד. אם כי יש הטוענים שמימון לא הבין את מה שראה ופירש את ההתרחשות בצורה לא נכונה.
אבי ההיסטוריוגרפיה היהודית המודרנית צבי גרץ רשם פרק שלם על "בער ממזריטש - שקריו והטעיותיו". בלעגו לשם בעש"ט שמשמעותו בגרמנית 'מכוער', הוא עובר לדבר על כת ה"בערים". "באמצעות שכלו החריף הצליח לשעבד את מוחות נתיניו. הוא השתמש בשיטות של אחיזת עניים ונעזר בחבורת מרגלים שבאמצעותם 'ניבא את העתיד' או 'גילה את מקומם של חפצים נסתרים'. כשמתו מטופלים שלו, היה זה בגלל חטאם, ולא עקב כך שלא מצא להם תרופות, בניגוד למורו מהרי הקרפטים...". דיבורו האלילי וחטאו הגדול הוא ב-"הצגת ה'צדיק' לא רק כמשה רבנו בשעתו אלא כנציג האל עלי אדמות, שאליו יש להתפלל..." את דרכו הפיץ על ידי יעקב יוסף מרשקוב, אלימלך מלזנסק ונחום מצ'רנוביל "...אשר ניצלו את תמימותם של עניי האזור. הם לעגו ללימוד התלמוד והשפילו את הרבנים, תוך כדי הפיכת הרחצה היומית ואפילו עישון טבק לעיקרי הדת."
גרץ ממשיך ומתאר את "אליהו מווילנא - איש מוכשר למדי שכינויו בפי אנשי עירו 'הגאון', ושלא כמו הרבנים בפולין שהיו רודפי בצע וקנו את משרתם בשוחד, הוא הכיר היטב את התלמוד אך היה עסוק בדרך הפלפול ..."אשר 'מחלקת חוט שערה לשתיים' בשיטת רבי שלמה לוריא. למרות זאת, ובהיותו מבקש האמת, יצא (אליהו מווילנא) במתקפה נגד כת הבערים." ומכיוון שהיה צנוע ומעולם לא לקח על עצמו משרה ציבורית, לאנשי הכת לא יכלו להיות טענות נגדו והם לא יכלו לו. "...רוח נכונה וטובה זו אחזה ביהודי ליטא...." בהמשך הוא מתאר את החרמות נגד החסידים, ש'הצליחו' במקומות רבים. כמו כן הוא מתאר את העונשים ושריפת ספרי החסידות, ואת התנהגותם "המשוגעת" של ממשיכי דרכו.
על תלמידי משה מנדלסון הוא כותב: "בחבל אוסטריה-פולין (גליציה) תלמידי מנדלסון ידעו כבר להשתמש באמצעים מתוחכמים יותר למניעת שיטת טמטום השכל של ההמונים הנהוגה בידי אנשי הכת.".
לאור מתקפה זו, ועל סמך סגנון הכתיבה של מימון, הסיקו חוקרים כאדם טלר כי תיאור חצרו של דב בער בידי שני אלו אינו בהכרח היסטורי.
החוקר הרב יצחק אלפסי טוען שאחת הסיבות לכתיבתו החריפה של גרץ נגד החסידות היא מכיוון שהמקור היחיד ממנו שאב גרץ מידע על החסידים היה מכתבי המתנגדים .
כותבים ציונים ריככו את התייחסותם לחצר מזריטש, ולשם דוגמה בשנות ה-50 של המאה ה-20, כתבה הסופרת תקווה שריג מקיבוץ בית השיטה ספר ילדים שכולו ערגה לחצר זו. אופן הצגת חצר מזריטש נלמדת בחינוך הממלכתי, כמעט מילה במילה על פי תיאור של גרץ, אך תוך הוצאת כל תיאורי ההתנגדות.