תאוריית החיידקים כגורמי מחלות
התפתחות תאוריית הפתוגנים > התקופה המודרנית המוקדמת

בשנת 1668, הרופא האיטלקי פרנצ'סקו רדי פרסם ראיות ניסיוניות הדוחות את תאוריית הבריאה הספונטנית, התאוריה שיצורים חיים נובעים מחומר שאינו חי. הוא הבחין כי רימות נוצרו רק מבשר נרקב שלא כוסה. כאשר בשר הושאר בצנצנות מכוסות בגזה, הרימות היו מופיעות במקום זאת על פני הגזה. כיום מבינים שריח של בשר נרקב שעובר דרך הרשת מושך זבובים שהטילו ביצים.
מקובל להגיד כי מיקרואורגניזמים נצפו לראשונה בשנות ה-70 של המאה ה-17 על ידי אנטוני ואן לוונהוק, סוחר בדים וחלוץ מוקדם במיקרוביולוגיה, שנחשב ל"אבי המיקרוביולוגיה". לוונהוק שיכלל את ליטוש עדשות זכוכית כדי לבחון איכות של בדים ויצר באמצעותן חלק מן המיקרוסקופים הראשונים. מקובל כי הוא היה הראשון שראה ותיאר חיידקים (1674), תאי שמרים (סוג של פטריות), את החיים השופעים שקיימים בטיפות מים (כגון אצות), ומחזור של תאי דם בנימים. המילה "חיידק" עדיין לא הייתה קיימת, אז הוא כינה את האורגניזמים החיים המיקרוסקופיים האלה "animalcules", כלומר "חיות קטנות". את ה"חיות הקטנות מאוד" הללו הוא הצליח לבודד ממקורות שונים, כגון מי גשמים, מי בריכות, בארות, והפה והמעי האנושי. לוונהוק כתב על הממצאים שלו לחברה המלכותית לקידום המדע בלונדון וכך זכה לפרסום ולתמיכה במחקריו.
עם זאת, ייתכן שהכומר והחוקר הישועי הגרמני אתנסיוס קירכר צפה במיקרואורגניזמים כאלה לפני כן. אחד מספריו שנכתב ב-1646 מכיל פרק בלטינית, שנקרא בתרגום "בנוגע למבנה הנפלא של דברים בטבע, נחקר על ידי מיקרוסקופ". בפרק נכתב "מי יאמין שחומץ וחלב שופעים בשפע אינספור של תולעים". קירכר הגדיר את האורגניזמים הבלתי נראים המצויים בגופים מתפוררים, בבשר, בחלב ובהפרשות כ"תולעים". מחקריו עם המיקרוסקופ הובילו אותו לרעיון, שאולי הוא היה הראשון שהחזיק בו, כי מחלות וריקבון נגרמו מנוכחותם של גופים חיים בלתי נראים.
בשנת 1646 כתב קירכר (או "קירשנר" Kirchner, כפי שהוא מאוית לעיתים קרובות), ש"מספר דברים עלולים להתגלות בדמם של חולי קדחת". כאשר רומא נפגעה במגפת דבר הבלוטות (המוות השחור) ב-1656, קירכר חקר את דמם של קורבנות המגפה תחת המיקרוסקופ. הוא ציין את נוכחותן של "תולעים קטנות" או "חיות" בדם והגיע למסקנה שהמחלה נגרמת על ידי מיקרואורגניזמים. הוא היה הראשון שייחס מחלה זיהומית לפתוגן מיקרוסקופי, והמציא את תורת הפתוגניות של המחלה, שאותה תיאר ב-"Scrutinium Physico-Medicum" (רומא 1658). המסקנה של קירכר שהמחלה נגרמת על ידי מיקרואורגניזמים הייתה נכונה, אם כי סביר שמה שראה במיקרוסקופ היו למעשה תאי דם אדומים או לבנים ולא גורם המגפה עצמו. קירכר גם הציע אמצעים היגייניים למניעת התפשטות המחלות, כגון בידוד, הסגר, שריפת בגדים שלבשו הנגועים וחבישת מסכות פנים כדי למנוע שאיפה של חיידקים. קירכר היה זה שהציע לראשונה את הרעיון שיצורים חיים זרים עלולים להיכנס ולהתקיים בדם.
בשנת 1700 טען הרופא ניקולס אנדרי שמיקרואורגניזמים שהוא כינה "תולעים" אחראים לאבעבועות שחורות ולמחלות אחרות.
בשנת 1720, ריצ'רד בראדלי העלה תאוריה שהמגפה ו"כל חולי מגונה" נגרמו על ידי "חרקים רעילים", יצורים חיים שניתן לצפות בהם רק בעזרת מיקרוסקופים.
בשנת 1762 פרסם הרופא האוסטרי מרקוס אנטוניוס פון פלנצ'יז (אנ') (1705–1786) ספר בשם "Opera medico-physica". הוא התווה תאוריה של הדבקה שקבעה שבעלי-חיים-זעירים (animalcules) ספציפיים באדמה ובאוויר היו אחראים לגרימת מחלות ספציפיות. פון פלנצ'יז ציין את ההבחנה בין מחלות שהן גם מגפות וגם מידבקות (כמו חצבת ודיזנטריה), לבין מחלות מידבקות אך לא מגפות (כמו כלבת וצרעת). הספר ציטט את אנטוני ואן לוונהוק כדי להראות עד כמה "חיות" מסוג זה נמצאות בכל מקום והיה ייחודי בתיאור נוכחותם של חיידקים בפצעים כיביים. בסופו של דבר, התאוריה שבה דגל פון פלנצ'יז לא התקבלה על ידי הקהילה המדעית בזמנו.