ח'אנות קוקנד
יחסים עם האימפריה הרוסית

היחסים עם האימפריה הרוסית התפתחו בהדרגה, והיו מסובכים. לדעת רוב ההיסטוריונים המקומיים, היוזמה להרעה ביחסים הייתה של הח'אן. בדרך כלל היו בשלטון נציגי הקבוצות העוינות לרוסיה. כתוצאה מכך, אנשי מסחר רוסים סבלו מאי-צדק וספגו הפסדים כספיים.
אנשי קוקנד היו מעוניינים להרחיב את שליטתם גם לשטחי קזחסטן, שהיו בשליטה רוסית עוד משנות ה-40 של המאה ה-18. בשנות ה-30 של המאה ה-19 אורגנו מספר פלישות, והיו ניסיונות לארגן מרד מסיבי בשטחי קזחסטן. בסופו של דבר, הצבא הרוסי החזיר לרוסים שליטה מלאה על האזור, ויחידות צבאיות של הח'אנות חזרו לטשקנט. סכסוכי גבול בלתי פוסקים הקשיחו את המדיניות הרוסית כלפי האוכלוסייה המוסלמית המקומית, והוקמו מספר מבצרים נוספים באזור.
החל משנת 1855, לאור המהומות הפנימיות, החלו שבטים באזורי הגבול לעבור לנתינות של האימפריה הרוסית. כתוצאה מכך החלו סכסוכי גבול עם הרוסים. הרוסים החלו בהקמת מבצרי גבול ולהתקדם לחלקים הפנימיים של הח'אנות.
במקביל למהומות שלטוניות פנימיות התחיל לחץ כוחות האימפריה הרוסית על הח'אנות. בשנת 1864 החלו הרוסים במתקפה כוללת על שטחי הח'אנות. הם שלחו שתי יחידות צבאיות (אחת מאורנבורג והשנייה ממערב סיביר) לשטחי הח'אנות. במהלך המערכה הצבאית נכבשו מספר ערים, אך הניסיון לכיבוש טשקנט נכשל. בשנת 1865 הגיעו שמועות לשלטונות הרוסים באזור שאמיר בוכרה מעוניין לכבוש את טשקנט. לאור זאת, התקרב לעיר כוח צבאי בהיקף של כ-2,000 לוחמים ו-12 תותחים. בתוך העיר התבצר כוח בהיקף של כ-30 אלף לוחמים ו-50 תותחים. במהלך הקרב ב-9 במאי 1865 נהרג המפקד של כוח הח'אנות באזור. כתוצאה מכך החל מאבק פנימי בתוך העיר בין הקבוצות השונות, והרוסים החליטו לבצע מתקפה כוללת על העיר. לאחר קרבות שנמשכו 3 ימים, נכבשה טשקנט על ידי הרוסים. בעקבות התקדמות צבא רוסיה, איבדה הח'אנות רצף טריטוריאלי עם אמירות בוכרה. הפעילות הצבאית נמשכה מספר שנים, כאשר למרות עדיפות מספרית ברורה, כוחות הח'אנות לא הצליחו להדוף את מתקפות הרוסים.
בשנת 1868 נחתם חוזה בין חודויאר-ח'אן לבין קונסטנטין פון קאופמן מהצד הרוסי. השטח שבשליטת החאן הוקטן באופן משמעותי. למעשה, בהתאם לתנאי ההסכם הח'אנות איבדה את עצמאותה.
במשך שנים פעל חודויאר-ח'אן על פי הנחיות של השלטון הרוסי. בהתאם לדרישות של קונסטנטין פון קאופמן, הוא הפסיק את הפעולות הצבאיות נגד אמירות בוכרה, גירש מספר אצילים שניסו להיאבק נגד הרוסים, והעביר חלק מהשטח לשליטה של אצילים בוכרים. העברת חלק מהשטח לשליטה רוסית הקטינה באופן משמעותי את העברות המסים לח'אן. ההנהגה הרוסית התריע בפני הח'אן על בעייתיות המצב. בשנים 1873‏–1874 היו מספר מרידות, אך הח'אן הצליח להתמודד עמן. בנוסף לכך, חיילי הח'אן התחילו בביזת אוכלוסייה לאור אי-קבלת תשלומים מהשלטון. כמו כן, הורחב הנוהג לחייב את האיכרים לבצע עבודות ציבוריות לטובת הח'אן. כדי לשפר את מצבו, הוגדלו באופן משמעותי המיסים בשטח שנותר בשליטת הח'אן. לאור אי-הסכמה רחבה עם מדיניות הפנים של הח'אן, החל בשנת 1875 מרד נרחב נגד השלטון. למורדים הצטרפו גם אחיו של החאן ואף בנו – יורש העצר. בנוסף לכך הצטרפו למרד כל מתנגדי הרוסים באזור ואנשי הדת. כתוצאה מכך הוכרז על מלחמת קודש נגד הרוסים. חיילים רבים של צבא הח'אן הועברו לצד המורדים. בקיץ 1875 החליטו הח'אן ומשלחת רוסית שהייתה בבירה לצאת מן העיר. הח'אן רצה להתחיל בקרב נגד כוחות המורדים בשטח הפתוח, אך רוב חייליו שאיתם יצא מהעיר, עברו לצד המורדים. רק קומץ חיילים המשיכו עם הח'אן. למחרת התקרב הכוח המצומצם לשטח שהיה בשליטת הרוסים. לאחר בריחת הח'אן, הכריז השליט החדש שבכל הבעיות אשמים הרוסים, וחובה להחזיר לשליטת הח'אנות את כל השטחים שהיו בה בטרם ההסכם עם הרוסים. כוחות גדולים של המורדים נכנסו לשטחים שבשליטה רוסית ואף התקדמו לפרברי הערים. לאחר התארגנות, החלו הרוסים להתקדם לשטחי הח'אנות. ב-22 באוגוסט 1875 התקדמו הרוסים למעוז הראשי של המורדים. לאחר קרב, המורדים הובסו תוך אבדות קשות של מעל 2,000 איש. ב-29 באוגוסט נכנסו הרוסים לקוקנד. ב-22 בספטמבר נחתם הסכם שלפיו הח'אן החדש קיבל על עצמו את חסות האימפריה הרוסית, הסכים לשלם כל שנה חצי מיליון רובל, וכל השטחים צפונית לנהר נרין הועברו לרוסיה.
מיד עם עזיבת הכוחות הרוסים החל מרד חדש. הח'אן נמלט ומהומות התרחבו. הרוסים בפיקוד מיכאיל סקובלב הצליחו לייצב את המצב ולהחזיר את הח'אן לשלטון. על אף שחזר לשלטון בתמיכת הרוסים, הוא החל לתמוך במחנה שהתנגד לרוסים. לאור המצב, הרוסים חזרו פעם נוספת, וב-8 בפברואר 1876 הם נכנסו לקוקנד. ב-19 בפברואר פורסם צו קיסרי על סיפוח כל השטח לרוסיה. משפחת הח'אן הועברה להתגורר באורנבורג. האזור היחיד שלא היה בשליטת הרוסים היו אזורים הררים בפמיר. בקיץ 1876 החל מיכאיל סקובלב בהשתלטות על האזור.
עם סיום הקרבות, כל שטחי הח'אנות נכללו באובלסט פרגנה.
לאחר מהפכת אוקטובר, הוכרזה לתקופה לקצרה מדינה עצמאית, אך עד מהרה היא נכבשה על ידי צבא רוסיה הסובייטית. במהלך שנות ה-20 של המאה ה-20 חולק השטח בין הרפובליקות הסובייטיות שהוקמו באזור.