הרפורמות הבורבוניות
רפורמות דתיות

הכנסייה התנגדה לרפורמות הבורבוניות, ששאבו מתנועת ההשכלה הספרדית ומעליית הרציונליזם הצרפתי. יתר על כן, הכנסייה הקתולית הייתה אחד מבעלי העוצמה המתחרים לכתר באמריקות, ועל כן הייתה גם היא יעד לרפורמות הבורבוניות.
הצעד המשמעותי ביותר כנגד הכנסייה בכלל וכנגד האפיפיורות בפרט היה גירוש הישועים מהאמריקות. גירוש הישועים מהאימפריה הספרדית ב-2 באפריל 1767 נעשה בעקבות גירושם מפורטוגל (1766) ומצרפת (1767) ואושר בידי האפיפיור בשנת 1776. הטיעון הרשמי לגירוש הישועים מרחבי האימפריה היה השתתפותם, לכאורה, בקשירת הקשר למרד אסקילצ'ה (Esquilache). במרד זה, שהתחולל במרץ 1766, התחוללו מהומות רחבות היקף במדריד בגלל עליית מחירי הלחם ומוצרים אחרים והשתתפו בו כ-40,000 איש. נוסף על כך הואשמו הישועים כי היו מעורבים במלחמת הגוארני (1754–1756), התנגדות בני הגוארני להעברת 7 מהמיסיונים הישועיים (רדוקסיונס) משליטת ספרד לשליטת פורטוגל, בהתאם לחוזה מדריד (1750). גירוש הישועים, כ-6,000 איש ובהם קריאולים רבים, אנשי המסדר החזק והעשיר ביותר באמריקות, העביר מסר ברור לכלל גופי הכנסייה באמריקה בדבר יכולותיו של הכתר ורצינות כוונותיו. גירוש הישועים הסיר, אמנם, מתחרה רב עוצמה לכתר באמריקות, אולם מכיוון שהישועים היו מעורים עמוקות בחברה הקולוניאלית הקריאולית, הוא גם עורר התמרמרות רבה. בנוסף, גירוש הישועים הביא להתפרקות המיסיונים ולנטישתם בידי האינדיאנים. כך, לא רק שפרויקט הניצור נעצר, ואף נסוג לאחור, אלא גם שהמיסיונים הללו שהיו ממוקמים, לרוב, בשולי האימפריה, והיוו כלי חשוב להמשך הקולוניזציה הספרדית ואזור חיץ עם מעצמות זרות, חדלו מלמלא תפקידים אלו.
כיוון שהישועים הפעילו מרכזי הוראה מרובים, ובהם התחנכו גם בני האצולה, הביא גירושם לרפורמה בחינוך ולהקמת מרכזים חדשים, בהם הייתה נכונות גדולה יותר להוראת מדעים ברוח הנאורות.
כמו במקרים אחרים, ביכר הכתר להפחית בזכויות היתר של אנשי הכנסייה ולהעמידם לדין, בעת הצורך, בבתי הדין של המדינה, ולא אלו הכנסייתיים, שלדעתם הקלו מדי בעונשים. השינוי נעשה בהדרגה: תחילה נחקק כי בתביעות פליליות יועמדו אנשי הכנסייה לדין בפני בתי דין אזרחיים, לאחר מכן הורחבה התקנה לגבי פשעים אזרחיים מסוימים, ולבסוף נקבע כי רק על עבירות על החוק הכנסייתי יעמדו אנשי הכנסייה לדין בפני בית דין כנסייתי.
הכתר גם פגע במקורות ההכנסה של הכנסייה, בעיקר כדי לחייבה להלוות לכתר ממון רב למימון הוצאותיו הצבאיות. בשלב הראשון חייב הכתר את הכנסייה להעביר לידיו את הכנסותיה ממיסי הכנסייה, שבמקורם נועדו לתפקודה השוטף. בשנת 1804 חוקק הכתר את חוק ה-"Consolidación de vales reales", שחייב את הכנסייה למשוך את כל הלוואותיה באמריקות ולהלוות את הכסף לכתר. מכיוון שבמושבות הספרדיות לא היו בנקים, הייתה הכנסייה המקור העיקרי להלוואות. שיטת פעולתה הייתה הלוואת הקרן וגביית הריבית בלבד (לרוב 5%) במשך שנים, לעיתים מאות בשנים, כמקור הכנסה שוטף. הוראת הכתר הביאה למשבר כלכלי, שכן בעלי נכסים נאלצו למכור את נכסיהם כדי להחזיר לכנסייה את הקרן. נוסף על כך, מכיוון שהדבר היה גורף, השוק הוצף וערכי הנכסים ירדו. באופן זה התרוששו רבים מבני האליטה, וניכורם כלפי הכתר גבר.
החוק משנת 1804 הגדיר גם את הקפלניות (Capellanías) כהלוואות שיש להעביר לידי הכתר. קפלנייה הייתה קרן שהריבית ממנה שימשה לתשלום שכרם של כמרים. שכר שכזה יכול היה לשמש כמקור הכנסה על מנת שאחר מבני המשפחה יוכל להיות מוסמך לכמורה (שכן לכמרים אמור היה להיות מקור הכנסה עצמאי) או תשלום עבור תפילה קבועה לעילוי נשמתו של נפטר. ברחבי האמריקות היו עשרות אלפי, ואולי אף מאות אלפי קפלניות, שמשיכתן הניבה לכתר סכומי עתק, פגעה קשות בהכנסות הכמורה, והגבירה את המרמור בקרב האוכלוסייה בקולוניה.
פן אחר לרפורמות הדתיות היה שבמסגרת השינויים בהליך הנישואין הוצאו העתירות והערעורים בנושא, כמו גם השיפוט בתחומים אלו, מידי הכנסייה, ועברו לרשות האזרחית. גם זכותה המסורתית של הכנסייה להוות מקום מקלט פיזי לפושעים נמלטים עורערה והכנסייה חויבה להסגיר למדינה את המבוקשים בידי הכתר.