פרשת דווימה
חקירת האירוע בצה"ל

יומיים לאחר כיבוש הכפר הוא הועבר לשליטתה של פלוגה א' של גדוד 151.
לאחר הקרבות באזור נפוצו בצה"ל שמועות על טבח שבוצע בכפר.
ב-3 בנובמבר שלח מפקד החזית, יגאל אלון, מברק למפקד חטיבה 8, האלוף יצחק שדה, בו הורה לו לבדוק את ה"שמועות" לפיהן גדוד 89 "הרג עשרות רבות של שבויים ביום כיבוש דווימה", ולהודיע לו על תוצאות הבדיקה.
ב-4 בנובמבר שלח קצין המודיעין של גדוד 151, אילן ברוך, דיווח לפיו בבתים רבים נמצאו גופות, ובסך הכל כ-120 הרוגים. הוא ציין: "היות אנשינו בסביבה של הגוויות מביא לדמורליזציה הולכת וגוברת".
ב-5 בנובמבר, כנראה מודאג מחקירת האו"ם, אלון הורה לשדה להורות ליחידה "שמואשמת ברצח אזרחים ערביים בא-דאווימה ללכת ולקבור במו ידיהם את הגופות של אלו שרצחו". אף על פי שעובדה זו לא הייתה ידועה לאלון, גדוד 89 כבר ניקה את אתר הטבח ב-1 בנובמבר 1948.
בעקבות לחץ מצד שרי מפ"ם נערכו מספר חקירות.
ב-5 בנובמבר הורה הרמטכ"ל לאיסר בארי, ראש שירות המודיעין של צה"ל, לחקור את האירועים בכפר,
כעבור יומיים[דרושה הבהרה] נמסר לאלון דו"ח ובו ממצאי חקירה שהוביל התובע הצבאי של חזית ד', שלמה אלקיים,[דרוש מקור] ואלון מסר לבארי את הדו"ח של אלקיים.
נחקרו מפקד גדוד 89, דב צסיס, סגנו, יעקב אליאב, מפקד הפלוגה, מפקד המחלקה מאותה פלוגה ושני קצינים מגדוד 151 של מחוז השפלה, שהחליף את גדוד 89 לאחר הכיבוש ונשאר בו כחיל מצב. העדויות העלו כי אמנם היו במקום מעשי זוועה, אולם לא כפי השמועות. צסיס הגיע לכפר רק שלושה ימים לאחר הקרב וטען כי חייליו לא ביצעו שום מעשי זוועה, אולם "ייתכן שיצר הנקמה פעל במידה מופרזת", בכוונתו לכך שהחיילים מצאו בכפר מכתבים ותרמילים מגוש עציון. מפקד הגדוד הכחיש כי היו מעשי אונס ודחה את ייחוס מעשי הזוועה לחיילים יוצאי לח"י, וטען כי התנהגותם אינה שונה מזו של שאר החיילים ילידי הארץ, בניגוד לזו של הפלוגה האנגלו-סקסית. מפקד פלוגה מהגדוד של מחוז השפלה, ששימשה חיל מצב לאחר כיבוש הכפר, סיפר שבהגיעו לקבל את האחריות על הכפר, מצאו בו חייליו כ-70 גופות של ערבים, וגם שבויים שבתוכם גם זקנים, נשים וילדים קטנים. 50 מהגופות נמצאו בתוך בור ונראה היה לו כי הם הוצאו להורג במקום ונקברו שם. חיילי גדוד 89 לקחו איתם, כשעזבו את הכפר, 15 שבויים חיים. הוא סיפר על הריגת שני ערבים על ידי אחד מחייליו, שעשה זאת משום שהבין "שההוראה היא לא להשאיר עדים חיים". המ"פ רמז כי גם 15 השבויים הוצאו להורג, אולם היו עדויות סותרות לגבי קבוצה זו. מספר עדים סיפרו כי השבויים נלקחו לקבור גופות ולאחר מכן נשלחו למחנה שבויים, ועדים אחרים טענו כי לשבויים נאמר ללכת מזרחה, תוך זירוזם בעזרת יריות סביבם ומעל ראשיהם. בארי כתב בדו"ח ביניים כי הכפר נכבש תוך כדי קרב, גילה התנגדות ולא נכנע, וכך ספג אבדות כבדות: 80 הרוגים. מאוחר יותר הודה בחקירתו מ"מ מגדוד חיל המצב כי הוא אחראי להריגת 12 איש שנעלמו יומיים לאחר כיבוש הכפר. בארי המליץ להעמיד אותו בפני בית דין שדה, משום שאין מספיק ראיות למשפט מסודר: "מעדויותיהם של המפקדים... בולטת השאיפה לעזור לו... לא תהיה אפשרות להוכיח כי אמנם הומתו השבויים על ידי עדי ראייה, לאחר שחיילי המחלקה לא יעידו אמת. לדעתי, הודאתו...ועדות מסייעת של המפקדים והחיילים... מספיקות לקבוע את אשמתו של אותו מ"מ".
ב-10 בנובמבר מזכיר ראש הממשלה דוד בן-גוריון ביומן המלחמה שלו את דברי האלוף אלימלך אבנר, מפקד הממשל הצבאי, כי "גדודו של יצחק [שדה] בדווימה לפי השמועה 'שחטו' כ-80-70 איש".
ב-11 בנובמבר מסר ישראל גלילי בישיבת הוועדה המדינית של מפ"ם, כי על סמך בדיקה שערך, גדוד 89 אכן ביצע את מעשי הזוועה, אך הסביר כי בגדוד זה "רבים מלח"י, צרפתים, מרוקנים, מועדים להתנהגות חמורה". גם בני מרשק הטיל את האשמה במעשים על חיילים יוצאי לח"י.
ב-14 בנובמבר הורה הקבינט לראש הממשלה דוד בן-גוריון על פתיחת חקירה.
ב-18 בנובמבר מסר בארי לרמטכ"ל את הדו"ח המסכם שלו, ובו עדויות על עשרות הרוגים בכפר, יחד עם טענה של מפקד גדוד 89 לפיה בכפר הייתה התנגדות מלווה ביריות לכוחותיו. בארי העריך שלא תהיה אפשרות להוכיח שהומתו שבויים.
בעקבות החלטת הקבינט, ב-19 בנובמבר מינה בן-גוריון את היועץ המשפטי לממשלה, יעקב שמשון שפירא, לחקור את האירועים. ממצאי החקירה הושארו סודיים.
לא ידוע על העמדה לדין בעקבות החקירה. צבי ענבר משער שההליך המשפטי שהחל בחקירות אלה דעך בעקבות החנינה הכללית שהוכרזה בפברואר 1949.