ג'ון בל
חבר הסנאט

ב-1847 שב בל לפוליטיקה ונבחר לבית הנבחרים של טנסי. הוצע לו להיבחר כיושב ראש הבית אך הוא סירב. זמן קצר לאחר מכן לקח על עצמו בית הנבחרים, שכעת נשלט על ידי הוויגים, לאייש את אחד משני המושבים של המדינה בסנאט של ארצות הברית. המושב אויש על ידי הוויגי ספנסר ג'רנגין, שזעם על המפלגה שהצביעה בעד חקיקת מיסוי שלה הוא התנגד ולא היה לו סיכוי להיבחר מחדש. בל, בתמיכתם של העיתונים Jonesborough Whig בבעלותו של ויליאם בראונלאו וה-Daily Eagle מממפיס, היה בין אלו שהציגו את מועמדותם למושב זה. לאחר כמה שבועות ו-48 סבבי הצבעה זכה בל בסופו של דבר לרוב הדרוש ב-22 בנובמבר 1847.
זמן קצר לאחר הגעתו לסנאט, החל בל לדבר נמרצות נגד מלחמת ארצות הברית–מקסיקו, בטענה שהיא פעולה רודנית של יריבו הוותיק, ג'יימס פולק, שכעת כיהן כנשיא ארצות הברית. הוא רמז שגם אם המלחמה נחשבת למלחמת מגן, אין לארצות הברית שום זכות להשתלט על חלקים משטחיה של מקסיקו. הוא היה מוטרד בין השאר מכך שתוספת שטחים תוביל את סוגיה השנויה במחלוקת של העבדות בחזרה לחזית הוויכוח של הפוליטיקה האמריקאית, במיוחד לאור הצעת "תנאי וילמוט" (אנ') שהייתה אמורה לאסור את העבדות בטריטוריות החדשות. על כל פנים, הוא הצביע בעד אישור הסכם גואדלופה אידלגו במרץ 1848.
כפי שחשש בל, התפרץ סכסוך רוחבי ב-1849 כאשר קליפורניה הגישה בקשה להתקבל כמדינה בה תיאסר העבדות. בל תמך בכניסתה של קליפורניה לברית והתעמת על הסוגיה בסנאט עם עמיתיו מהדרום הסנאטורים ג'ון קלהון וג'ון מקפרסון ברין. הוא הציע פשרה שתאפשר לקליפורניה להיכנס לברית ושתפצל את ניו מקסיקו וחלק מערב טקסס לשלוש מדינות חדשות, באחת בה תיאסר העבדות ובשתיים בהן היא תותר. במאי נגנזה פשרה זו לטובת חבילת צעדי חקיקה שהוצעו על ידי הנרי קליי, שבהמשך נודעה כפשרת 1850. בל תמך בעיקר בפשרה של קליי, והצביע בעד כניסתה של קליפורניה ובעד ההסכם על גבולותיה של ניו מקסיקו, אך הוא הצביע נגד החוק שאסר על סחר העבדים בוושינגטון די. סי..
במהלך המחצית השנייה של תקופת כהונתו הראשונה בסנאט ניהל בל ויכוחים על שורה של הצעות חוק שנגעו לשיפור התשתיות, כלומר החוק שהסדיר את מימון סלילת מסילת הברזל המרכזית של אילינוי (אנ') (שבו הוא תמך, אף על פי שהוא היה סבור שההכנסות ממכירות קרקעות צריכות להתחלק שווה בשווה בין המדינות) והחוק שמימן את בניית תעלת מפלי סנט מרי (אנ') שלו הוא התנגד. הוא היה תומך איתן של מילרד פילמור שהיה לנשיא בעקבות מותו של זאכרי טיילור ב-1850 וביולי 1852 הוצעה לו משרת מזכיר הצי אך הוא דחה את ההצעה.
במהלך כהונתו השנייה של בל בסנאט, שהחלה בעקבות בחירתו מחדש ב-1853, הסנאט היה מפולג בסכסוכים חוצי מפלגות. המאבקים החלו בראשית 1854 על הצעת החוק שבסופו של דבר הייתה לחוק קנזס נברסקה. כדי להשיג את תמיכתם של הסנאטורים הדרומיים, כללה הצעת החוק תיקון שביטל חלק מפשרת מיזורי כדי לאפשר את קיום העבדות מצפון לקו הרוחב '36°30. בל התנגד לתיקון זה, והזהיר שביטול פשרת מיזורי תוביל למאבקים חסרי מוצא. בשל עמדתו זו תקפו אותו הסנאטורים הדרומיים והסנאטור רוברט טומבס מג'ורג'יה גידף אותו באולם הסנאט. בל היה אחד משני הסנאטורים הדרומיים היחידים (השני היה סם יוסטון) שהצביעו נגד נוסחו הסופי של החוק.
הפילוג בשורות המפלגה הוויגית בין הצפוניים לבין הדרומיים על סוגיית חוק קנזס נברסקה חרץ את גורלה של המפלגה, כשהוויגים הצפוניים עברו למפלגה הרפובליקנית החדשה. בראשית ספטמבר 1856 נבחר בל להיות נציג בוועידה הלאומית של המפלגה הוויגית. הוועידה בחרה בנשיא לשעבר פילמור, שכבר קיבל את המינוי מהמפלגה האמריקאית. בעודו מקדם את המועמדים של מפלגה זו, לא הביע בל את תמיכתו בעמדות היותר שנויות במחלוקת של המפלגה, כמו העמדה האנטי-קתולית שלה. עיתונים שונים, כמו Knoxville Whig, ה-Delta מניו אורלינס וה-Intelligencer מסנט לואיס, תמכו בבל כמועמדה של המפלגה האמריקאית לנשיאות, אך מועמדות המפלגה ניתנה בסופו של דבר למילרד פילמור.
ב-1857 השיגו הדמוקרטים את השליטה על בית הנבחרים של טנסי. הם בחרו באנדרו ג'ונסון כדי לאייש את מושבו של הסנאטור ג'יימס ג'ונס שכהונתו הסתיימה. אף על פי שכהונתו של בל הייתה אמורה להימשך עוד שנתיים, סלדו ממנו חברי בית הנבחרים והם הקדימו ובחרו במחליפו, אלפרד א. פ. ניקולסון, ודרשו מבל להתפטר. הוא המשיך לתקוף את הסנאטורים הדרומיים האחרים. בסוף אותה שנה הוא קרא לרוברט טומבס להתמודד עמו בדו-קרב לאחר שזה האחרון כינה אותו מתנגד לעבדות, אך הוא חזר בו מאמירתו. בפברואר 1858 היו בל וג'ונסון מעורבים בקטטה באולם הסנאט לאחר שג'ונסון הטיל ספק בנאמנותו של בל לדרום.
חודש לאחר מכן היה בל אחד משני הסנאטורים הדרומיים היחידים (השני היה ג'ון קריטנדן) שהצביעו נגד כניסתה של קנזס לברית על פי "חוקת לקומפטון", כשהוא מתעלם מההוראות של בית הנבחרים של טנסי. ב-1859, בישיבה האחרונה של הסנאט בה הוא השתתף, הצביע בל נגד ההצעה לרכוש את קובה מספרד, התנגד ל"חוקי הענקת הקרקעות" (אנ') ותמך במתן הסבסוד למסילת הברזל הפסיפית.