היסטוריה של הפיליפינים
הרפובליקה החמישית (1986-היום)

עם בחירתה הוסיפה אקינו לחוקה את תיקון החופש - מערך של צוים ותקנות ששינה באופן יסודי את סמכויות הנשיא, וארגן מחדש את הממשלה. תיקון זה נכלל בחוקה חדשה שנכתבה בפברואר 1987. חוקה זו הגבילה את יכולתו של הנשיא להכריז על משטר צבאי, הציעה נתינת אוטונומיה שלטונית לחלק המוסלמי במינדאנו ובלוזון והחזירה את צורת השלטון לשלטונו של נשיא ושני בתי נבחרים. למרות שנעשתה התקדמות בהחזרת הדמוקרטיה וזכויות האדם למדינה, ממשלתה של אקינו עדיין נראתה כחלשה והחזרה לשגרה כלכלית עוכבה על ידי מספר ניסיונות הפיכה שבוצעו על ידי מתנגדים בצבא. הצמיחה הכלכלית גם עוכבה על ידי אסונות טבע שכללו את התפרצותו של הר הגעש פינטובו ב-1991 שהרג 700 אנשים והותיר 200,000 חסרי בית.
ב-1991 הסנט הפיליפיני סירב להסכם שיאפשר לארצות הברית לשמור על הבסיסים הצבאים שלה באיים ובדצמבר 1992 אחרי כמעט 100 שנים עזב צבא ארצות הברית את הפיליפינים. בבחירות ב-1992 אקינו לא התמודדה. פידל רמוס, שר ההגנה בממשל אקינו, שקיבל את תמיכתה התמודד וניצח עם 23.6% מהקולות במרוץ של שבעה משתתפים. בתחילת הקדנציה שלו הכריז רמוס על פיוס לאומי כעדיפות העליונה ועבד על בניית קואליציה בניסיון לתקן את המחלוקות שנוצרו בשנותיה של אקינו. הוא הפך את המפלגה הקומוניסטית לחוקית, והחל בדיונים עם מורדים מהצבא, קומוניסטים ומוסלמים קיצונים בניסיון להביא הפסקה למתקפותיהם כנגד הממשלה. ביוני 1994 חתם רמוס על חנינה לכל המורדים, המשטרה והצבא על פשעים שבוצעו בשעה שנלחמו במתנגדי השלטון. באוקטובר 1995 חתמה הממשלה על הסכם עם קבטמה מורדים, שסיים את המרד בצבא. הסכם שלום עם אחת מהקבצות המוסלמיות הגדולות ביותר נחתם ב-1996 ובכך סיים מאבק של 24 שנים למרות שתת-קבוצה קיצונית של הארגון המשיכה להילחם. ניסיונות מצד רמוס להביא לשינוי בחוק כדי שהוא יוכל לרוץ לקדנציה שנייה גרמו להפגנות בקנה מידה ענקי, ולהבטחתו שלא ינסה להיבחר שוב.
ג'וסף אסטרדה שחקן קולנוע לשעבר ששרת כסגנו של רמוס נבחר במקומו ב-1998. המצע שלו הבטיח לעזור לעניים ולפתח את החקלאות במדינה והוא נהנה מפופולריות עצומה, בייחוד בקרב העניים. בעקבות המשבר הפיננסי באסיה שהחל ב-1997, המצב בכלכלה החמיר, ערך המטבע ירד ורמת האבטלה עלתה. בסופו של דבר המדינה החלימה, אולם זמן ההחלמה היה ארוך יותר מזה של מדינות אחרות באזור. בתוך שנה מבחירתו, הפופולריות של אסטרדה צנחה בעקבות האשמות של שחיתות וכישלונו לנוכח המצב. באוקטובר בשנת 2000, אסטרדה הואשם בקבלת שוחד של מיליוני פסו פיליפיני מהימורים לא חוקיים באזור. הוא הודח מתפקידו על ידי הקונגרס, אולם משפטו בסנט נעצר כשהסנט החליט שלא לבחון את החשבונות הבנקאים שלו. בתגובה להפגנות ברחוב שדרשו את התפטרותו בשילוב עם התפטרות של שרים וחוסר תמיכה מהצבא אסטרדה הודח רשמית מתפקידו ב-20 בינואר 2001.
סגנית הנשיא דאז גלוריה מקפגל ארויו, בתו של הנשיא לשעבר דיוסדאדו מקפגל, הושבעה לתפקיד לאחר ההדחה, ונבחרה לתפקיד באופן מסודר ארבעה חודשים מאוחר יותר. תקופת שלטונה הראשוני סומן במרד צבאי במנילה ביולי 2003. בדצמבר 2002 אמרה ארויו שהיא איננה מעוניינת לרוץ לבחירות חוזרות אולם היא שינתה את דעתה באוקטובר 2003 וב-2004 היא זכתה בתפקיד. ב-2005 פורסמה בציבור הקלטה בה נשמעה שיחה בן ארויו לאחד מהאחראים על הבחירות בה היא שאלה אם יש אפשרות לשמור את ההפרש בו היא ניצחה. קלטת זו גרמה להפגנות, וארויו הכן הודתה שניהלה שיחה זו אולם היא הכחישה רמאות בבחירות. ניסיונות להדיח אותה מתפקידה באותה שנה נכשלו.
ארויו עמדה בראשה של תוכנית שנויה במחלוקת שמטרתה לשנות את צורת השלטון משני בתי נבחרים ונשיא לבית אחד.
ב-2009 פגעה סופת הטייפון "קסטנה" בפיליפינים. כ- 300 איש נהרגו ומאות אלפי בני אדם פונו מבתים, באחת הסופות הקשות ביותר שפגעו בפיליפינים.
ביוני 2010 נבחר בנינו אקינו (השלישי), בנם של קורסון אקינו ובניגנו אקינו הבן, לתפקיד נשיא הפיליפינים.
בנובמבר 2013 פגע טייפון האיאן (יולנדה) בפיליפינים. הסופה גרמה לנזק כבד ולמעלה מ-2,000 הרוגים כתוצאה מפגיעות הטייפון.