בנציון נתניהו
כהיסטוריון

נתניהו החל לחקור את יהדות ספרד ואת תור הזהב של יהודי ספרד לאחר שעסק בחקר תולדות הלאום היהודי.[דרושה הבהרה] הוא גילה שאברבנאל התייחס אל אנוסי ספרד כמומרים מוחלטים שלא היה להם שום עניין ביהדות ושרבים מהם היו שונאי יהודים. גישה זו של אברבנאל עמדה בסתירה מוחלטת למה שנתניהו למד עד אז, כולל ממורו יצחק בער, ולמה שהיה מקובל במשך מאות שנים בין ההיסטוריונים השונים, הן הספרדים והן היהודים.[דרוש מקור][דרושה הבהרה]
בספרו אודות הפילוסוף והמדינאי היהודי-ספרדי דון יצחק אברבנאל, מתאר נתניהו בין היתר את גדולתו כאיש רוח ומדינאי, ובו בזמן מצביע על חולשותיו ועל עיוורונו של אברבנאל, שנותן אמון במלך פרדיננד זמן קצר לפני גירוש ספרד, באופן שמזכיר את העיוורון של יהודי גרמניה ביחס למשטר הנאצי. הספר יצא לאור לראשונה בשנת 1953 באנגלית ובספרדית. בשנת 2005 הופיע הספר בתרגום לעברית וזכה לשבחים.
יצירתו המרכזית עוסקת בסיבות להקמת האינקוויזיציה במאה החמש עשרה בספרד.[דרוש מקור][דרושה הבהרה] בנושא זה הציג בספרו תפיסה שונה לחלוטין מהגישה שהייתה מקובלת במחקר, ושיוצגה בישראל בין היתר על ידי הפרופסור יצחק בער. לעומת גישתו של בער, שראתה בתופעת רדיפת האנוסים מקרה של קידוש השם ובחירה בחיים כפולים שיש בהם מידה של סיכון, כאשר מרכיב האמונה הוא המרכיב העיקרי בחיים אלו, הציג נתניהו את האנוסים כמי שלאחר שלב האינוס הראשוני היו למתבוללים ולמתנצרים מרצון, משום שאי אפשר היה להתקיים ולהתפרנס בחיים כפולים. [דרוש מקור]
לטענתו קמה האינקוויזיציה דווקא בשל הצלחת הנוצרים החדשים להיטמע בכל שטחי החיים של החברה הנוצרית בספרד, לאחר שהוסרו מהם ההגבלות שהוטלו על יהודים, הצלחה שיצרה קנאה פוליטית וכלכלית בקרב ההמון הספרדי שדרש גירוש או השמדה. כדי לרצות את ההמון הוקמה האינקוויזיציה כדי שזו תיטפל לכמה אלפי מומרים, אבל בו בזמן תשאיר מרביתם ללא פגע.[דרוש מקור] עוד טען כי התעמולה האינקוויזיטורית ניפחה מקרים בודדים של מתנצרים שלא שמרו אמונים לדתם החדשה לכדי תנועה בעלת ממדים נרחבים.[דרוש מקור] ב-1965 יצא לאור ספרו באנגלית ״אנוסי ספרד על פי המקורות היהודיים״. בספר הזה טוען נתניהו שהרבנים הגדולים, שמתחילה, לאחר ההמרה הכפוייה הגדולה בספרד של 1391, התייחסו אל המומרים כיהודים, הלכו ושינו את דעתם עם חלוף השנים, ובמרוצת הזמן קבעו שהצאצאים של המומרים בכפייה הם נוצרים מוחלטים. הספר עורר פולמוס גדול, שכן הוא סתר את כל מה שנכתב בנושא המומרים של ספרד (להבדיל מהמומרים של פורטוגל). הספר אמנם זכה להתקפות רבתי אבל גם לתשבחות והרעיונות שלו חדרו לעולם המחקרי.[דרוש מקור]
לגישתו דחתה הסביבה הנוצרית את המומרים החדשים, מאותן סיבות שבגללן נדחה אלפרד דרייפוס על ידי ההמון הצרפתי. גרסה זו של אנטישמיות מהווה לדעתו מקרה ייחודי וראשוני של שנאת יהודים שלא על רקע דתי, אלא שנאה על רקע אתני, ניצן ראשון של האנטישמיות החילונית שהתפתחה באירופה במאה ה-19.[דרוש מקור] המקורות העיקריים שעליהם הוא מבסס את טענותיו על ההתנצרות היעילה של היהודים הם עדויות של רבני ספרד וצפון אפריקה, עובדה שהוזכרה לשלילה בחלק גדול מהביקורת על התאוריות שלו בהתחשב בהטיה האפשרית במקורות אלה.[דרוש מקור][דרושה הבהרה] גישתו היא ציונית חילונית, והיא אינה נותנת למרכיב האמונה את החשיבות שמייחס לו בער.[דרוש מקור] יש הרואים בוויכוח זה את הסיבה בגינה לא השתלב נתניהו בממסד האקדמי בישראל, בעת שהגיע לארץ.[דרושה הבהרה] גם בספרד עורר פרסום הספר מחלוקת חריפה בקרב היסטוריונים מובילים במדינה, בהם חוסה אנטוניו אסקודרו ואנטוניו דומינגז אורטיז.[דרוש מקור]
ב-1995, יצא לאור ספרו המונומטלי ״מקורות האינקוויזיציה״ המכיל כ-1,400 עמודים, ובו ניתוח של הסיבות לייסוד האינקוויזיציה. לדעתו של נתניהו הסיבות האמיתיות הן לא מה שהאינקוויזיציה טענה, דהיינו קיום הדת בסתר על ידי המומרים ממוצא יהודי, אלא תולדה של שנאה נגד המומרים על ידי האוכלוסייה הספרדית, בעיקר בערים, כחלק מהתפתחות אנטישמית בעלת סממנים גזעניים. בספרו מנתח נתניהו את כתביהם של הנוצרים, בין אם תמכו במומרים ובין אם תקפו אותם, ולדעתו הוכיח באופן חד משמעי שהטענה בדבר קיום היהדות בסתר היא שקרית בעיקרה. עוד הוא מראה כיצד התפתחה ספרות של תורת הגזע נגד כל מי שהיה ממוצא יהודי, ללא קשר לעובדה שאמונתו היא נוצרית. האינקוויזיציה, שאסרה, עינתה, שפטה והוציאה להורג בשריפות פומביות אנוסים רבים, נוצרה, לדעתו של נתניהו, על ידי המלך פרדיננד[דרושה הבהרה] כדי לתת פתח ללחץ אנטישמי כבד שאיים על שלטונו ועל החיים התקינים בספרד. הספר זכה לביקורות חיוביות רבות, יחד עם התקפות רבות. בעקבות הספר, הודיע ההיסטוריון האנגלי הנרי קאמן, שהוא שינה את דעתו על האינקוויזיציה מקצה לקצה.[דרוש מקור] נתניהו קיבל תואר דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת ואיאדוליד בספרד על מחקריו.
ב-21 בספטמבר 2011 העניקה עמותת דונה גרציה לנתניהו את מדליית דונה גרציה, כאות הוקרה על פועלו בחקר אנוסי ספרד והתאוריה שפיתח, לפיה מיתוס האנוסים אינו נכון ונוצר רק עקב תעמולת מוסדות האינקוויזיציה ומסמכיה.