אולוסגון אובסנג'ו
קמפיינים לנשיאות ובחירות > נשיאות (1999–2007) > כהונה שנייה

אובסנג'ו נבחר פעם נוספת בבחירות סוערות בשנת 2003, שהיו בעלות מאפיינים אתניים ודתיים אלימים. מתנגדו העיקרי, השליט הצבאי לשעבר, הגנרל מוחמדו בוהארי (Muhammadu Buhari), היה מוסלמי שזכה לתמיכה בעיקר מהצפון. בזכייתו ב-61.8% מהקולות, אובסנג'ו הביס את בוהארי ביותר מ-11 מיליון קולות. בנובמבר 2003 נמתחה ביקורת על החלטתו של אובסנג'ו להעניק מקלט לנשיא הליברי המודח, צ'ארלס טיילור (Charles Taylor) אשר בשל אחריותו לפעולות אכזריות ולשפיכות הדמים בליבריה ובסיירה לאון, הוצא נגדו כתב אישום על פשעים כנגד האנושות. ב-12 ביוני בשנת 2006 אובסנג'ו חתם על הסכם עם נשיא קמרון, פול בייה (Paul Biya), ששם קץ באופן רשמי למחלוקת הגבול של חצי האי בקאסי. אף על פי שהסנאט הניגרי קיבל החלטה לפיה הנסיגה של הכוחות הניגרים מחצי האי הייתה בלתי חוקית, אובסנג'ו נתן פקודה להמשיך את הנסיגה כמתוכנן.
הודות לרווחים העצומים של המדינה בעקבות הנפט, אובסנג'ו פיתח במדינה מספר תחומים. ראשית, הוא יצר את "ועדת פיתוח הדלתא הניגרית", שהייתה אחראית על חינוך יסודי אוניברסלי בניגריה – חינוך חינם לילדים בין הגילאים 6–15. בכך, קידם אובסנג'ו את רמת ההשכלה במדינה. שנית, אובסנג'ו פעל למען מיגור השחיתות במדינה. הוא הקים שתי ועדות אשר תפקידן היה לטפל בשחיתות ובפשעים כלכליים ופיננסיים. בנוסף לכך, באמצעות הרווחים אובסנג'ו חידש את פעילות החברה הלאומית לדשן אשר פעלה בשתי ערים מרכזיות בניגריה: האחת מהן היא קדונה – אשר שוכנת בצפון-מרכז ניגריה, ומשמשת מרכז מסחרי וצומת דרכים תחבורתי של אזורים חקלאיים רבים, והשנייה היא פורט הרקורט – העיר החמישית בגודלה במדינה הממוקמת בדרום. בנוסף לפיתוחיו שהתאפשרו בעקבות הכנסות הנפט, אובסנג'ו המשיך להגדיל את ההכנסות למדינה בעקבות ייצוא הנפט.
לפני הממשל של אובסנג'ו, צמיחת התמ"ג בניגריה משנת 1987 הייתה איטית מאוד, ועלתה רק בשלושה אחוזים בין השנים 1999–2000. לעומת-זאת, תחת שלטונו של אובסנג'ו, התמ"ג הכפיל עצמו משלושה לשישה אחוזים, וזאת רבות הודות לייצוא הנפט אותו קידם אובסנג'ו. בעקבות עליה זו בתמ"ג, עלו יתרות מטבע החוץ של ניגריה מ-2 מיליארד דולר בשנת 1999 ל-43 מיליארד דולר בשנת 2007, כאשר אובסנג'ו סיים את תפקידו. בכך, התאפשר למדינה להחזיר את חובותיה החיצוניים על סך 18 מיליארד דולר לבנקים בלונדון ובפריז, ו-18 מיליארד דולר של חובות נוספים. רוב החובות הללו לא נצברו בעקבות שחיתות של המדינה, אלא בגלל מדיניות שהנהיג הבנק המרכזי של ניגריה בין השנים 1982–1985: הבנק המרכזי פיקח על ערכו של המטבע המקומי של ניגריה, נאירה, באמצעות קביעת שערי חליפין לעסקאות במטבע. ערכו של המטבע המקומי נשאר גבוה באופן מלאכותי, ועל כן נאלצה ניגריה לשלם סכומים גבוהים מאוד במטבע המקומי בכל עסקאות הייבוא. עקב ירידת מחירי הנפט בין השנים 1982–1986, התמעטה יתרת מטבע החוץ, ולא נותרו לבנק המרכזי מספיק מטבעות חוץ כדי לשלם עבור הייבוא. מצב זה גרם לפיגור בתשלום עסקאות לטווח קצר של המדינה, בסכום ממוצע של 3 מיליארד דולר לשנה, וליתרת חוב גבוהה. הממשל הצבאי ששלט באותה התקופה, גרם לירידה מלאכותית בערך המטבע המקומי. החל משנת 1986, ממשלת ניגריה הפסיקה את מדיניות ההתערבות בשער החליפין בשוק, ובכך אפשר לכוחות השוק לפעול באופן עצמאי וללא התערבות, וערך המטבע המקומי עלה.
אג'נדת הכהונה השלישית שהוביל אובסנג'ו הייתה תוכנית לשינוי החוקה אשר הכילה חוק המגביל לשתי קדנציות נשיאותיות בלבד. התוכנית הייתה לשנות את החוק בצורה כזו שתאפשר לו להמשיך לכהונה שלישית של ארבע שנים כנשיא ניגריה. האג'נדה לוותה במחלוקות רבות והובילה לסערה תקשורתית ופוליטית בניגריה שהובילה לכך שההצעה לא אושרה על ידי האספה הלאומית. כתוצאה מכך אובסנג'ו לא יכול היה לרוץ לבחירות הכלליות בשנת 2007 אשר בסופם פינה את תפקידו כנשיא לאומרו יראדואה. בראיון בלעדי שנתן לטלוויזיית הכבלים, אובסנג'ו הכחיש את מעורבותו באג'נדת הכהונה השלישית. והאשים את האספה הלאומית בכך שכללה את הארכת הקביעות בין הסעיפים של החוקה שעמדו בפני תיקון. במהלך ההתרעמות על אג'נדת הכהונה השלישית, אובסנג'ו גונה על ידי רבים בזירה הפוליטית. הסנטור קן נמאני (Ken Nnamani), נשיא הסנאט הניגרי לשעבר, טען שאובסנג'ו הודיע לו על כוונותיו כבר כשהפך לנשיא הסאנט. כמו כן, הוא גם רמז כי שמונה מיליארד נריה הושקעו לטובת שכנוע מחוקקים כדי שיתמכו באג'נדה. נאמאני טען בנוסף לכך, כי נשיא ארצות הברית באותה התקופה, ג'ורג' בוש (George W. Bush), הזהיר את אובסנג'ו ועודד אותו לזנוח את תוכניתו לכהונה שלישית.