אליזבת, נסיכת בוואריה
שנות נישואיה לקיסר ומשפחתה

הזוג נפגש לראשונה באוגוסט 1853, כאשר אליזבת הייתה בת 15 בלבד. למרות שפרנץ יוזף היה מיועד להתחתן עם אחותה הגדולה של אליזבת, הלנה, הוא התאהב באליזבת ממבט ראשון. הנישואים נערכו ב-24 באפריל 1854 בווינה, בטקס מפואר. מתחילתם נקלעו חיי הנישואין לקשיים כאשר אליזבת התקשתה להסתגל לחיי החצר הנוקשים ולפרוטוקול המחמיר. יחסיה עם חמותה, הארכידוכסית סופי, היו מתוחים, כאשר סופי ביקרה את התנהגותה ואת חוסר ניסיונה של אליזבת. למרות זאת, אליזבת הצליחה בהדרגה לבסס את מעמדה ולרכוש את אהדת העם. היא השתדלה להמעיט באירועי חצר ובילתה את רוב זמנה כפי שנהגה לפני נישואיה.
מנישואיה לפרנץ יוזף, קיסר אוסטריה נולדו ארבעה ילדים:
סופיה, ארכידוכסית אוסטריה (1855–1857)
גיזלה, ארכידוכסית אוסטריה (1856–1932)
רודולף, נסיך הכתר האוסטרי (1858–1889)
מריה ולריה, ארכידוכסית אוסטריה (1868–1924)
הארכי-דוכסית סופי, שהייתה דמות דומיננטית בארמון ולמעשה המושלת שמאחורי הקלעים, לקחה לידיה את חינוכן של הבנות. היא אף העניקה להן את שמותיהן, כשהיא קוראת לבת הבכורה על שמה. לסיסי לא הותר לטפל בהן והן נמסרו להשגחתן של מטפלות ומחנכות שבהן בחרה הארכי-דוכסית סופי. לאחר שסיסי התעקשה שהבנות יתלוו אליה באחת מנסיעותיה עם הקיסר, והתינוקת סופי בת השנתיים מתה ממחלה, האשימה אותה אימו של הקיסר במות הילדה וניתקה ממנה עוד יותר את גיזלה, הבת השנייה. בשנת 1858 נולד הבן רודולף, והקיסר זכה ביורש עצר. עם זאת יחסיה של סיסי עם רודולף היו מורכבים.
לאחר מותה של בתה, סופיה, סיסי שקעה באבל עמוק וסירבה לאכול במשך ימים. התנהגות זו חזרה על עצמה בתקופות מאוחרות יותר של מלנכוליה ודיכאון. התקפי העצבים, תרופות הצום, משטר הפעילות הגופנית המוגזם והשיעול התכוף, תרמו להידרדרות בבריאותה. באוקטובר 1860, דווח כי היא סובלת לא רק מאנמיה, אלא גם מתשישות פיזית. הרופא ג׳וסף שקודה חשש כי היא סובלת משחפת וייעץ לה לשהות במדיירה. באותה תקופה, נפוצו שמועות בחצר המלוכה כי פרנץ מנהל רומן עם שחקנית. אליזבת ניצלה את ההזדמנות ונסעה להתבודד למשך החורף, הרחק מבעלה וילדיה. שישה חודשים לאחר שובה לווינה, היא שוב חוותה התקפי שיעול וחום. היא כמעט ולא אכלה וסבלה מנדודי שינה. ייתכן כי מחלותיה של אליזבת היו בעיקר פסיכוסומטיות, שכן מצבה השתפר כשהייתה רחוקה מבעלה ומחובותיה. עם זאת, הרגלי האכילה שלה תרמו בוודאי גם לבעיות הפיזיות מהן סבלה. בשנת 1862, לאחר שנה שלא ביקרה בווינה, בדק אותה רופא המשפחה שלה וצפה באנמיה חמורה וסימנים של צפדינה. רגליה היו נפוחות עד כדי כך שהיא התקשתה ללכת. היא נסעה לבאד קיסינגן לטיפול, והתאוששה במהירות, אך במקום לשוב לווינה, בחרה לבלות זמן נוסף עם משפחתה בבוואריה. כשחזרה לבסוף לווינה, זמן קצר לפני יום הולדתו של בעלה, היא סבלה מיד ממיגרנה חזקה והקיאה מספר פעמים בדרך. אירוע זה עשוי לתמוך בטענה כי חלק מתלונותיה היו קשורות ללחץ ובעיות פסיכוסומטיות.
למרות האהבה הראשונית בין אליזבת ופרנץ יוזף, נישואיהם ידעו עליות ומורדות. אליזבת, שהייתה אישה עצמאית, התקשתה להתמודד עם המגבלות של תפקידה המלכותי. היא נהגה לצאת למסעות ארוכים ברחבי אירופה, לעיתים ללא בעלה, מה שעורר ביקורת בחצר. למרות המתחים, פרנץ יוזף נשאר מסור לאשתו עד יום מותה.
בקסמה הרב ובחן שלה הפכה סיסי לאהובת האצולה האוסטרית, אך בחיי הנישואין שלה לא חל שיפור. היא החלה להסתגר יותר ויותר, והפנתה את רוב מרצה לעיסוקים בנפרד מבעלה. בשלב זה היה מעמדה של סיסי בחצר המלוכה איתן. היא העמידה יורש לקיסר, והצליחה במאמציה להביא לאיחוד בין הונגריה לאוסטריה. בשנת 1868 נולדה ביתה הרביעית, הנסיכה מריה ואלריה, אשר אותה כבר הורשתה לגדל בעצמה. אף על פי שהקיסר אהב אותה מאוד, ואף כתב לה מכתבי אהבה בנסיעותיה והשתדל למתן את היחס של אימו כלפיה, הלכו נישואיהם מדחי אל דחי. את הבקרים החלה בסידור שערה, מטלה שארכה כמה שעות, ובזמן זה היא למדה שבע שפות, בין היתר יוונית עתיקה ומודרנית, והונגרית, וכן קראה וכתבה שירה.