מכון התלמוד הישראלי השלם
הש"ס הארץ-ישראלי השלם

במסגרת המכון התגבשה תוכנית להדפסת 'ה'ש"ס ארץ ישראלי השם'. צוות גדול בראשות הרב מרדכי יהודה ליב זק"ש עבד בין השנים תש"ג-תשכ"ג על הוצאת מסכת ברכות ושבת.
התכנית כללה הדפסה של הש"ס בסדר חדש ומוגה, שינויי נוסחאות לתלמוד ולרש"י, מדור מסורת הש"ס השלם (לכל ספרות חז"ל), מדור ילקוט מפרשים המביא סכום של דברי הראשונים על הסוגיא (בסגנון אוצר מפרשי התלמוד) ועוד.
לאחר כעשר שנות עבודה התברר שישנם כתבי יד נוספים וקטעי גניזה שלא היו ברשות המכון, ולכן העבודה הופסקה עד שהם יושגו ויוטמעו בעבודה.
בערך בשנת תשכ"ו העבודה חודשה שוב על ידי צוות חדש בראשות הרבנים: ניסן זק"ש (בנו של הגרמ"ל זק"ש) ויבל"א הרב אפרים רוטמן. שהתחילו את העבודה מחדש.
הצוות החדש עבד מספר שנים, כשבאמצע העבודה נודע לרב הוטנר שפרופ' אפרים אורבך רוצה להוציא משניות זרעים עם שינויי נוסחאות. הוא גייס מיד את הצוות החדש להדפיס את המשניות מסדר זרעים עם שינויי נוסחאות בטרם יספיק אורבך להדפיסם, ובמקביל עסקו חלק מהצוות גם בהכנת כרך "דקדוקי סופרים" על מסכת כתובות.
בשנת תשל"ב יצאו לאור "דקדוקי סופרים" משניות זרעים חלק א, וכתובות חלק א. ואז חזר כל הצוות לעבוד על מסכת ברכות ואכן בשנת תשל"ג היה מוכן בדפוס כרך ראשון של הש"ס הישראלי השלם על כמחצית מסכת ברכות.
אולם בשנת תשל"ג כאשר אותיות הדפוס היו כבר מוכנות, פרצה שרפה בבית הדפוס וכילתה את כל העבודה.
הדבר גרם לייאוש ורפיון גדול, ואף שניתן היה לשחזר את העבודה מהניירות, ההפסד הכספי וההשקעה שירדה לטמיון, גרמו לרב הוטנר להחליט להתרכז בהוצאת ה"דקדוקי סופרים" השלם לסדר נשים, וחלק מן המדורים שהיו אמורים להופיע בש"ס הישראלי השלם הופיעו ב"דקדוקי סופרים" במקום. [מסורת הש"ס השלם כבר הופיעה במסכת כתובות, וציונים לראשונים החל ממסכת סוטה]
בתוכנית הייתה אמורה להיכלל גם מדור הלכה ברורה שערך הרב קוק, ולשם כך מסר הרב צבי יהודה קוק את מחברות ההלכה ברורה של אביו לגיסו הרב הוטנר, אך כאשר הרב צבי יהודה ראה שהעבודה על הש"ס הישראלי השלם תיקח נצח. הוא דרש וקיבל חזרה את המחברות. ובשנת תש"ל הוקם מכון הלכה ברורה, שמוציא את ההלכה ברורה של הרב עם בירור הלכה.
המכון הפיק כ-4,000 מחברות שכל דף בהן מוקדש לשורה אחת מתוך ש"ס וילנא, ומתחתיה הועתקו הדברים המקבילים שבכל כתבי היד והדפוסים הראשונים, כולל קטעי גניזה, וצוין כל שינוי, אף הקטן ביותר (קיצורים, כתיב מלא וחסר וכדומה). במקביל נרשמו במכון מאות אלפי כרטיסיות, ובהם הועתקו הציטוטים מתוך התלמוד המופיעים בספרי הגאונים והראשונים.
בספרים שהוציא המכון הצביעו העורכים על משמעותו של כל שינוי בגרסה, על השלכותיו להלכה ולמחקר, ועל עמידתו במקורות אחרים – בקטעים מקבילים בספרות חז"ל ובמובאות בספרות הגאונים והראשונים.
עד כה ראו אור 2 כרכים על משניות סדר זרעים, ו-19 כרכים על מסכתות התלמוד לסדר נשים (כתובות - 2 כרכים, סוטה - 2 כרכים, יבמות - 4 כרכים, נדרים - 2 כרכים, נזיר - 2 כרכים, גיטין - 3 כרכים וקידושין - 4 כרכים). המכון ראה לנכון להתחיל דווקא בסדר זה, כיוון שהוא חסר מעבודתו של ר' רפאל נתן נטע רבינוביץ, "דקדוקי סופרים". אשר על כן מכונה עבודתו של המכון בשם "דקדוקי סופרים השלם". העורך הראשי של המכון הוא הרב אפרים רוטמן.
יחד עם הטיפול בגרסאות המשנה והתלמוד עוסק המכון גם בההדרת כתביהם של ראשונים. כרכים רבים של "בית הבחירה" לרבנו מנחם המאירי יצאו מבית יוצר זה, וכן חידושי הרמב"ן על הש"ס, "תורת הבית" של הרשב"א והרא"ה, תוספות רבי שמשון משאנץ על מסכת כתובות, הר"י בן מלכי צדק על משניות זרעים, וגנזי ראשונים על כמה ממסכתות הש"ס. מפעל נוסף הוא הוצאתם לאור של פסקי הרי"ד ונכדו הריא"ז על מסכתות הש"ס. המפעל הסתיים בתשע"ב עם הוצאתה לאור של המסכת האחרונה - מסכת נדה.
בשנים האחרונות עוסק המכון בהוצאה לאור של פירושי הר"י מלוניל על מסכתות הש"ס. הפירוש למשנה והפירוש לתלמוד מאוחדים לפרוש אחד המסודר לפי סדר הש"ס. עד כה יצאו לאור שבעה כרכים על מסכתות: שבת (ב"כ), מגילה גיטין ויבמות, ביצה מו"ק וחגיגה, כתובות, קדושין, חולין.
בשנת 1973 הוענק למכון פרס ישראל לספרות תורנית.