בצלם
עמדות

"בצלם" סבור כי ישיבת אזרחים ישראלים בשטחים שנכבשו במלחמת ששת הימים מהווה הפרה מצד ישראל של המשפט הבינלאומי, זאת בשל עמדתו כי האיסור שמטילה אמנת ז'נבה הרביעית על העברה של אזרחי המדינה הכובשת לתוך שטח כבוש (סעיף 49 לאמנה) חל על ישראל. הארגון מתנגד לסטיית תוואי גדר ההפרדה מהקו הירוק, תוך חדירתה אל שטח הגדה המערבית, וטוען כי יש בכך פגיעה בזכויות האדם של הפלסטינים שנותרו בין הגדר לבין הקו הירוק, ושל פלסטינים שהגדר מפרידה בין בתיהם לבין אדמותיהם החקלאיות. עוד טוען "בצלם" כי המניעים לקביעת תוואי הגדר הם פוליטיים במהותם, ולא ביטחוניים כפי שממשלת ישראל מציגה.
הארגון מגנה כל פגיעה מכוונת באזרחים, אותה הוא מגדיר כ"הפרה חמורה" של המשפט הבינלאומי וכפשע מלחמה. הארגון דוחה ניסיונות של דוברים פלסטיניים להצדיק התקפות על מתנחלים[דרוש מקור], ואף על פי שהוא מסכים עמם כי ההתנחלויות אינן חוקיות, הוא טוען כי אוכלוסייתן היא אוכלוסייה אזרחית מובהקת, הזכאית לכל ההגנות שהמשפט הבינלאומי מעניק לאזרחים. הארגון מתח ביקורת על השימוש שעשו ארגונים פלסטיניים בקטינים בלחימה, או לשם העברת אמצעי לחימה. ביוני 2007 האשים "בצלם" את החמאס בפשעי מלחמה כלפי פלסטינים ברצועת עזה, וקרא להנהגתו להעמיד לדין את האחראים לפשעים.
"בצלם" אינו מגנה פגיעות בחיילים או באזרחים ישראלים שניתן לראותם כממלאים תפקיד צבאי או משטרתי, ומתייחס לחיילים ישראלים בדומה למחבלים פלסטינים, אך עם אחריות מוגברת, בשל היותם כוח מאורגן השולט בשטח. הארגון מחשיב מחבלים פלסטיניים שנהרגו שלא בעת ביצוע פעולת טרור כאזרחים, גם אם הריגתם מתרחשת בסמיכות לפעולת טרור. יידוי אבנים על ידי פלסטינים, גם כלפי אזרחים ישראלים, אינו מוגדר על ידי "בצלם" כפעילות מלחמתית אלא כמעשה מחאה לגיטימי. במקביל "בצלם" פועלת לפרסום מקרים של יידוי אבנים של יהודים על פלסטינים. ביחס לאנשי המשטרה הפלסטינית מטעם חמאס ובפרט בעופרת יצוקה, קובע "בצלם" כי:
עם זאת, בצלם סבור כי ספק אם המשטרה הפלסטינית, כמוסד, יכולה להיחשב לכוח לוחם במובן זה שחבריה ממלאים תפקיד לחימה מתמשך. לאור החזקה כי אנשים הם אזרחים שאינם יעד לגיטימי להתקפה, נראה שבהעדר ראיות חד משמעיות להשתתפותם בלחימה הם לא יכולים להיחשב ליעד לגיטימי להתקפה.
הארגון סבור שגם כאשר ארגון טרור מכריז על הרוג כפעיל שלו - אין בכך הוכחה לגבי הגדרת ההרוג, משום שלדברי "בצלם" הארגונים "מנכסים" לעצמם הרוגים מטעמים שונים.
בתגובה לחטיפת גלעד שליט, אמר "בצלם" כי "נסיבות תפיסתו של שליט והדרך שבה הוא מוחזק בידי שוביו, ככל הנראה ברצועת עזה, מצביעות בבירור על היותו בן ערובה", וכן כי "לקיחת בני ערובה נחשבת לפשע מלחמה שכל המעורבים בביצועו נושאים באחריות פלילית אישית. על הנהגת חמאס חלה חובה לשחרר את שליט לאלתר וללא תנאים". הארגון הוסיף כי "העובדה שזכותו של שליט לביקורים נשללה, מהווה הפרה בוטה של המשפט הבינלאומי, והיא מטילה צל כבד על טענותיו של חמאס כאילו מצבו של שליט טוב".
ב-2010 עוררה מנהלת אגף המידע של הארגון, ליזי שגיא, סערה כשכתבה בבלוג האישי שלה פוסט, שבו השוותה את ערכי ישראל לערכי הנאציזם, וטענה שישראל גורמת לזוועות מהקשות ביותר של האנושות. כמו כן קראה ליום הזיכרון "קרקס פורנוגרפי". בעקבות הביקורת הציבורית על התבטאויותיה, התפטרה שגיא מכל תפקידיה בארגון. מנכ"ל "בצלם", ג'סיקה מונטל, הביעה זעזוע מדבריה של שגיא ואמרה ש"בצלם" אינו תומך בעמדות שהביעה.
ב-2014, בעקבות מבצע צוק איתן, הוציא "בצלם" הודעה לתקשורת לפיה אין לו אמון ברשויות החוק והחקירה הקיימות של ישראל וצה"ל (בפרט בפרקליטות הצבאית, בפצ"ר וביועץ המשפטי לממשלה), ונימק זאת בניסיון העבר של מבצע עופרת יצוקה ומבצע עמוד ענן. בהודעה נוספת נאמר כי המנגנון הקיים אינו מסוגל לחקור שאלות של מדיניות או הפרת חוק על ידי דרגים בכירים בצבא ולכן הוא אינו יכול להוביל למיצוי הדין עם האחראים. הנתונים מוכיחים כי הרשויות הישראליות לא מעוניינות לחקור הפרות של זכויות אדם של פלסטינים על ידי כוחות הביטחון.
בעקבות מעצרם של פעילי ימין קיצוני בצו מעצר מנהלי פרסם "בצלם" הודעה השוללת אמצעי זה הפוגע קשות בחירותו של אדם, בזמן שלשם הגנה על הפלסטינים ניתן להשתמש באמצעים שגרתיים.
בינואר 2016 פורסם בתוכנית "עובדה" תחקיר המבוסס על צילומים של עמותת "עד כאן – צעירים למען ישראל" המתעד את נסר נוואג'עה, איש השטח של "בצלם" בדרום הר חברון, מעביר למנגנוני הביטחון הפלסטיניים שמות של פלסטינים שמעוניינים למכור אדמות ליהודים, ובכך מעמיד אותם בסכנה של רצח בעינויים. בתגובה לתחקיר פרסם "בצלם" הודעה שבה אמר כי נוואג'עה נקט באפיק הפעולה הלגיטימי היחיד עבור פלסטינים. שרת המשפטים איילת שקד גינתה במליאת הכנסת את הארגון, לצד ארגוני שמאל נוספים, בשל חלקם בפרשה.
"בצלם" אינו מגדיר את חמאס כארגון טרור. בריאיון לשרון גל נמנע מנכ"ל "בצלם" חגי אלעד מלהגדיר את חמאס כארגון טרור ואמר שמדובר רק ב"ארגון פלסטיני חמוש". דוברת "בצלם" שרית מיכאלי אמרה ששאלה זו נועדה להשמיץ את "בצלם" והסכימה לומר רק שהזרוע הצבאית של חמאס מבצעת מעשי טרור כשהיא מפגיזה אזרחים ישראלים, וכי ארגונה גינה זאת בעבר.
בפברואר 2019 פרסם "בצלם" דו"ח המותח ביקורת על בג"ץ בעניין פסקי דין המאשרים הריסת בתי פלסטינים שנבנו ללא היתר. לדברי הדו"ח:
באלפי פסקי דין והחלטות שניתנו במהלך השנים בתיקים שעסקו בהריסת בתיהם של פלסטינים בגדה התייחסו השופטים למדיניות התכנון הישראלית כחוקית וראויה, והתמקדו כמעט תמיד אך ורק בשאלה הטכנית האם לעותרים היו היתרי בנייה. שוב ושוב התעלמו השופטים מתכליתה של המדיניות הישראלית, מהעובדה שהיא מטילה בפועל איסור כמעט מוחלט על בנייה פלסטינית ומתוצאותיה: חיים בתנאים מינימליים ולעיתים מחפירים, כורח לבנות בתים ללא היתרים וחוסר ודאות מוחלט לגבי העתיד.
בנובמבר 2017, רמזה שרית מיכאלי, רכזת קשרי חוץ של בצלם, כי ישראל אחראית להתעללות מינית בילדים בעזה. בהתייחסותה לכתבה בהארץ, שבה טען פסיכולוג פלסטיני כי "יותר משליש מהילדים שראיתי במחנה ג'באליה בעזה סיפרו לי שנפגעו מינית" צייצה מיכאלי: "סוגרים שני מיליון איש בכלא גדול למשך עשור, והם יורדים מהפסים. מי היה מאמין?"
בינואר 2021 פרסם "בצלם" נייר עמדה בשם "משטר של עליונות יהודית מהים עד הירדן: זהו אפרטהייד", הקובע כי ישראל מנהלת משטר אפרטהייד בכל השטח שבשליטתה, כאשר בכל יחידת שטח העיקרון המארגן הוא קידום והנצחת עליונות היהודים על פני הפלסטינים. לפי נייר העמדה, ישראל מקדמת עיקרון זה בארבעה תחומים עיקריים, והם קרקע, אזרחות, חופש תנועה והשתתפות פוליטית.