קלאופטרה
ראשית תקופת שלטונה של קלאופטרה

קלאופטרה ירשה את כס המלוכה עם מות אביה בשנת 51 לפנה"ס. הצוואה שכתב אביה, ככל הנראה בשנת 53 או 52 לפנה"ס, נשלחה למשמרת ברומא אצל פטרונו פומפיוס. בצוואתו, הוא הוריש את השלטון לבתו קלאופטרה השביעית בת ה-18 ולאחיה תלמי השלושה עשר בן ה-10, שמפאת גילו הצעיר נמנעה ממנו האפשרות להיות שליט יחיד. אין כל מידע לגבי מערכת היחסים שהתנהלה בין האב תלמי השנים עשר ובתו קלאופטרה, אך נראה שבחר לא להתעלם ממעמדה הבכיר ומגילה, שעלולים היו להביאה להתמודד על הירושה בכל מקרה.
כבר מתחילת שלטונה מנעה קלאופטרה מאחיה ליהנות מסממני שלטון אופייניים, ודאגה ששמה בלבד יופיע על המסמכים הרשמיים ועל מטבעות הממלכה. קלאופטרה בלטה מאוד בחינוכה הטוב ובהשכלתה הרחבה. היה לה ידע רב במדע, בספרות ובאמנות והיא שלטה במספר רב של שפות. האידאולוגיה השלטונית של קלאופטרה הושתתה על ניסיונה להחזיר למצרים את כוחה וזוהרה ההיסטורי מחד גיסא, ועל רצונה לטפח קשרים עם הרפובליקה הרומית הגדולה והחזקה מאידך גיסא. קלאופטרה עשתה מאמצים רבים לחדש מסורות דתיות עתיקות של ימי פרעוני מצרים יחד עם הפצת ההשכלה ההלניסטית, והפיכת בירתה אלכסנדריה למרכז תרבות מודרני.
אנשי החצר לא אהבו את עצמאותה בקביעת מדיניות וכן את אי תלותה הגוברת במנגנון, ופעלו נגדה. הם העדיפו להתחבר לתלמי השלושה עשר, שבשל גילו הצעיר היה נתון להשפעתם. קלאופטרה התעלמה מצוואת אביה לשלטון משותף של שני האחים, ושלטה לבדה. מסמך רשמי משנת 51 לפנה"ס אינו מזכיר כלל את שמו של תלמי וקלאופטרה מופיעה בו כשליטה יחידה. בסתיו של שנת 50 לפנה"ס קודם תלמי השלושה עשר על ידי אנשי החצר, להיות שליט בכיר על פני קלאופטרה. הצו המלכותי הראשון שבו שמו מופיע לפני שם אחותו הוצא ב-27 באוקטובר שנת 50 לפנה"ס. למרות זאת, השלטון המעשי לא היה בידי תלמי, אלא בידי הסריס פותינוס ששימש עוצר בשמו של תלמי. עצמאותה של קלאופטרה באה לידי ביטוי כששלחה בשנת 49 לפנה"ס שייטת בת 60 אוניות עם דגן לעזרת פומפיוס. מעשה זה עורר זעם באלכסנדריה, כי התושבים ראו בו מעשה של חנופה כלפי רומא, והמשך המדיניות שבה נהג אביה של העדפת האינטרסים של רומא על פני האינטרסים של מצרים. חוגי החצר, שחששו מפני עצמאותה הגוברת, העדיפו את אחיה הצעיר הנתון להשפעתם, והיא הואשמה בכך שהיא רוצה להדיחו. בקיץ 49 לפנה"ס נעלם שמה של קלאופטרה מהמסמכים הרשמיים.
באביב 48 לפנה"ס נאלצה קלאופטרה לברוח מחצר המלכות, ותלמי השלושה עשר נותר השליט היחיד. קלאופטרה ברחה כדי לגייס צבא שיסייע לה במאבקה על השלטון, ואחותה ארסינואי הצטרפה אליה למסע. לפי מקור מאוחר יותר, היא ברחה קודם לתבאי במצרים העליונה בניסיון לקבל סיוע, אך לא הצליחה בכך. לאחר מכן ברחה לסוריה. משם עברה לאשקלון, שתושביה קיבלו אותה בהתלהבות רבה. העיר הייתה בעלת ברית של מלכי בית תלמי לאחר שהאחרונים עזרו לה להתנתק משלטון החשמונאים, והפכו את העיר לאוטונומיה. לאות תודה טבעה אשקלון מטבעות שנשאו את דיוקנה של קלאופטרה. היא קיבלה כנראה גם סיוע בגיוס צבא מהממלכה הנבטית.
בקיץ 48 לפנה"ס הייתה קלאופטרה מוכנה לחזור למצרים עם הצבא אותו גייסה כדי להיאבק על השלטון. תלמי השלושה עשר ויועציו ידעו על גיוס הצבא על ידי קלאופטרה, והיו מוכנים לכך. הצבא שגויס למאבק נגדה כלל 20,000 חיילים, והורכב משרידי צבאו של גביניוס, שודדי ים מסוריה ואזור קיליקיה ועבדים נמלטים. צבאו של תלמי היה חזק יותר מצבאה של קלאופטרה, ונמצא תחת פיקוד מצביא בשם אכילאס. האחרון צעד עם צבאו מזרחה למרחק 50 ק"מ מהעיר פלוסיום ותפס עמדה בנקודה אסטרטגית ליד הר קסיוס. קלאופטרה וצבאה הגיעו למצרים דרך מדבר סיני ונערכו מול צבאו של תלמי. שני הצבאות ניצבו זה מול זה במשך ימים, אך נמנעו מלפתוח בקרב. האירוע ששינה את המצב היה הגעתו של המצביא הרומי גנאיוס פומפיוס מגנוס לחופי מצרים.
בשנת 48 לפנה"ס הייתה מלחמת האזרחים ברומא בשיאה. הצבא של הסיעה האופטימטית ברומא, בפיקודו של פומפיוס, הובס בקרב פרסלוס על ידי צבאו של יוליוס קיסר. בעקבות התבוסה נאלץ פומפיוס לנוס על נפשו למצרים, בה בחר בגלל העזרה הרבה שהגיש לתלמי השנים עשר במאבקו לחזור לשלטון במצרים בעת המרד נגדו. מטרתו הייתה לבקש את עזרת תלמי השלושה עשר בהמשך מלחמתו נגד יוליוס קיסר. ספינתו הגיעה ב-28 בספטמבר 48 לפנה"ס לחוף המצרי ליד הר קסיוס ממזרח לפלוסיום. למחרת הגיעה משלחת מצרית קטנה, שכללה את נציגיו של המלך תלמי בראשות המצביא אכילאס, אל ספינתו של פומפיוס. הם שכנעו את פומפיוס לרדת לחוף בסירתם, ובדרך מהספינה לחוף רצחו אותו וערפו את ראשו, כשתלמי צופה במעשה מרחוק. תלמי השלושה עשר הורה לרצוח את פומפיוס בתקווה להוכיח לקיסר את נאמנותו, ולהימנע מלספק לקיסר סיבה לפלוש למצרים ולהשתלט עליה. שלושה ימים לאחר מכן, ב-2 באוקטובר 48 לפנה"ס, הגיע קיסר לאלכסנדריה. עוד בהיותו על הספינה, הגיע אליו תאודוטוס, שהיה המורה לרטוריקה של תלמי ומאנשי פמלייתו, והגיש לו כמתנה את ראשו הכרות ואת טבעת החותם של פומפיוס. מסופר שקיסר הזדעזע ממראה ראשו הכרות של אויבו.