יהונתן אייבשיץ
החשד בשבתאות > העמדות לגביו כיום

ההיסטוריוגרפיה האורתדוקסית כיום רואה את החשד שהוטל בו כחשד שווא. הרב אייבשיץ עצמו השתתף בחרם על השבתאים ואף כתב ספר הגנה מפני האשמתו בשבתאות, "לוחות עדות". לטענת גרשום שלום, בספר זה עצמו יש רמיזות שבתאיות. מאידך טוען הרב ראובן מרגליות, כי מסקנותיו של שלום נובעות בין היתר, מחוסר בקיאות מספקת בספרות הקבלית. לדוגמה: הפניה ל"מאמר ראשי תנינים" בכתבי הרב אייבשיץ, בקטע שתוכנו דחיית השבתאות, מהווה לדברי שלום רמז דק כי למעשה הוא דווקא תומך בשבתאות, שכן קיים ספר בשם זה מאת נתן העזתי. אולם - טוען הרב מרגליות - שלום לא ידע שמדובר באחד ממאמרי הזוהר בשם זה, המתקשר לנושא עליו דן הרב אייבשיץ. לגבי שלום, משה אריה פרלמוטר בספרו "חקירות חדשות על יסוד כתב היד של ס' ואבוא היום אל העין" טוען שלשלום הייתה מגמה להציג את הרב אייבשיץ, ראשוני החסידות ורבנים נוספים אף מתלמידי הגר"א כשבתאים, כחלק מתפישתו את השבתאות עצמה כגישה יהודית לגיטימית - במופרד מהתנהגות הפורשים והקיצונים המשיחיים (דוגמת הפרנקיסטים). שלום הגיב לדברי מרגליות במאמר ארוך, בהמשך לאחר ששלום מצא הגהות של היעב"ץ לדרוש התנינים חזר בו.
הגאון מווילנה שנתבקש להתערב בפולמוס בעודו צעיר, שלח לרבי יהונתן אייבשיץ דברי ברכה, ועקב כך ספג ביקורת חריפה מרבי יעקב עמדין. מאוחר יותר, כשמעמדו של הגאון מווילנה עלה ושמו התפרסם, טען רבי יעקב עמדין בספרו שמכתבו של הגאון מווילנא מזויף. הגאון מווילנה מעולם לא ענה על שני פרסומים אלו, למרות מסירת דרישת שלום לרב עמדין בעת קשרי נישואים עם קרוביו. התקפותיו של הרב עמדין נגד הגאון מווילנה, נגד הנודע ביהודה שהציע פשרה, וכנגד עוד רבנים רבים שלא נחשדו בשבתאות, מהוות בעיני החוקרים האורתודוקסים ראיה לכך שהמדובר בהאשמות שווא. גם עצם הצעת הפשרה של הנודע ביהודה, ומכתבו החיובי של הגאון מווילנה, ואי פרסום הכחשה למכתב הרב אייבשיץ, חיזקו את דעתם זו.
הרב ראובן מרגליות טען עוד, שסיבת מלחמתו של רבי יעקב עמדין ברבי יהונתן אייבשיץ, הייתה התנגדותו החריפה כרב צעיר להיתרו של החכם צבי (אביו של רבי יעקב עמדין) שהיה אז רב מבוגר בעניין תרנגולת שנמצאה לאחר שחיטתה ללא לב. מחלוקת זאת גרמה להתפטרותו של החכם צבי מרבנותו בקהילות אה"ו, וגרמו לו מחלה קשה. התנגדות זאת לדעת הרב מרגליות עוררה את השנאה בלב רבי יעקב עמדין לרבי יהונתן אייבשיץ והיא שגררה את התנגדותו החריפה לו שנים לאחר מכן.
לאחרונה נתגלו רישומים של בקשת מעבר של הרב אייבשיץ לפראג דרך שגרירות דנמרק, והוראה על כך שהדבר נמנע בעקבות בקשתו של הרב לנדא בנימוק שהוא משתייך לשבתאות; מה שמעמיד בשאלה את עמדתו האמיתית של הרב לנדא לגבי הרב אייבשיץ (אמנם, הרב מרגליות טוען שמכתב זה מזויף). כמו כן נתגלה נוסח ארוך של חרם, שזקן הרבנים באותה תקופה הרב יעקב יהושע פלק (ה'פני יהושע') הוציא נגד הרב אייבשיץ. במכתב זה הרב פלק מתאר את המסכת הארוכה של ההתכתבות עם הרב אייבשיץ ואת התחמקותו ממענה. לאור מכתב החרם, מתבהרת התנהגותם של הרב פלק והרבנים שעמו, שלא הצטרפו לרב עמדין מחד, אך נאבקו ברב אייבשיץ מאידך.
קיימת מסורת בשם החתם סופר המתארת את חזרתו בתשובה של וולף אייבשיץ, בנו של רבי יהונתן, בסוף ימיו, לאחר שאביו נגלה אליו בחלום. יש חוקרים הקושרים מסורת זו עם עמדתו של הגאון מווילנה ואולי אף של רבי יעקב עמדין עצמו, לגבי סוגיות קבליות שבהם מעורבים דעות הנוהים אחרי שבתי צבי, ואשר מקורן קדום לשבתי צבי, ובראשם סוגיית כתיבת האות צדי בי' הפוכה על פי כתב האר"י. עמדה זו יכולה להסביר את הימנעותו של הגאון מהתערבות במחלוקת על הרב אייבשיץ, ואת המסורות על כשרות ספריו. יחס זה, של אהדה לחלק מהרעיונות השבתאיים, אך תוך דחיית שבתי צבי עצמו, יכולה להסביר את התנהגותו של רבי יהונתן אייבשיץ עצמו, בהשקעת מפעל חיים של החמרה ודקדוק במצוות, הנוגדות לכאורה את השבתאות. וכפי שתמה החוקר ד"ר משה אריה פרלמוטר בספרו: לא נפתרה הבעיה הפסיכולוגית - איך שבתאי באמונתו עוסק כל ימיו בהלכה ובהרבצתה? איך אדם המאמין באמונה אנטינומיסטית ברורה וקיצונית ומפיץ אותה ברבים, עסקו הוא בהלכה דווקא?
מחשובי הלוחמים בעד רבי יהונתן, היה הרב אלעזר פלקלס, תלמידו המובהק של הרב לנדא, שכתב: הנה עדות זו עדות שקר, והוציא לעז על גדול עולם נוחו עדן... וחשד אותם בדבר אשר לא היה ולא נברא אלא למשל ולשנינה. ולא היה בהם שום שמץ מינות מהכלב שבתי צבי שבור ומהכלבים אשר סבבוהו... ומרוב שנאה וקנאה... דיבר דברים במילים אלו, שרצה למאחז פני כיסא תחת אביו הגאון זצ"ל, ולא עלתה בידו, כי קיימו וקבלו היהודים את גאון עולם.