Hyrule Warriors: Age of Calamity
עלילת המשחק

המשחק מתחיל בסרטון בו רואים את הממלכה לאחר שקלאמיטי גאנון משתלט עליה, זלדה מנסה להשתמש בשארית כוחותיה ויוצרת גל הדף כדי להגן על הממלכה אך לא מצליחה. למרות זאת, גל ההדף העיר לחיים רובוט שומר (אלו נועדו להילחם בגאנון במידה ויקום לתחייה) קטן בשם טראקו אשר פותח שער ועובר דרכו. השומר מהצבא של גאנון מנסה למנוע ממנו לעבור בשער אך לא מצליח ולכן קורא לחיילים רבים מהצבא של גאנון לעבור בשער גם. לאחר מכן מתברר כי השער שימש לכל מי שעבר דרכו לחזור בזמן לזמן בו גאנון וצבאו תקפו לראשונה את הממלכה. במהלך הקרב שמתרחש לינק (אביר ידוע בממלכה) מוצא את טראקו ויחד עם הנסיכה זלדה ואימפה, לוחמת מקושרת לזלדה אשר פגש במהלך הקרב, לוקחים את טראקו לשני מהנדסים בשם פורה ורובי אשר מבינים כי טראקו בא מהעתיד ומנסה להזהיר אותם מכך שגאנון חוזר שוב אחרי 10,000 שנים והפעם הוא עתיד להשתלט על הממלכה. המלך רוהם מבין שמתגשמת בכך נבואה עתיקה בה גאנון חוזר ויובס רק בעזרת ארבעת החיות האלוהיות (רובוטים בממדים גדולים בעלי כוחות אדירים עליהם מופקדים שומרים), אביר אשר מחזיק את חרב המאסטר ונסיכת הממלכה לאחר שתשחרר את כוחה. לשם כך לינק זלדה ואימפה הלכו לשומרים של החיות האלוהיות: רבאלי - שומר הציפור בעיר ריטו האווירית, אורבוסה - שומרת הגמל בעיר גרודו המדברית, מיפה - שומרת הפיל בעיר זורה הימית ודארוק - שומר הלטאה בעיר גורון ההררית. במסע לכינוס החבורה הם מבינים כי גאנון הוא לא האויב היחיד, ובעיר גרודו מתקיימת כת בשם "שבט הייגה" אשר מנהיגה הוא מאסטר קוגהה. קוגהה נפגש עם אדם מסטורי בעל כוחות קסם עוצמתיים.
לאחר שהחבורה מתכנסת, פוקד המלך רוהם על החבורה להשיג את חרב המאסטר, חרב בעלת כוחות עוצמתיים אשר תקועה בסלע ויכול להוציא אותה רק אביר שראוי מספיק לכוח שלה. החבורה הולכת ליער בו גרים הקרוקים - יצורים קטנים לרוב, אשר מתחבאים ברחבי הממלכה. ביער הם מוצאים קורוק מוזיקלי, הסטו, אשר מראה להם את הדרך לחרב. באותו זמן תוקף גאנון את היער במטרה למנוע מהם להשיג את החרב. הדמות המסתורית (איתה קוגהה נפגש קודם לכן), אשר מתגלה בקרב כי שמו אסטור. משתמש בכוחותיו ומנסה להרוג את לינק וזלדה. כאשר נראה כי אסטור עומד להרוג את זלדה, מצליח לינק לשלוף את החרב ובעזרת כוחותיה מחלץ את זלדה ומאלץ את אסטור לסגת. לאחר שהשיגו את החרב, פוקד המלך על זלדה להתאמן עד שתשחרר את כוחה. במקביל פורה ורובי מגלים באמצעות טראקו כי מסתתרים בממלכה מגדלים החבויים מתחת לאדמה וכאשר יעוררו אותם יהיה ניתן להשתגר בעזרתם בין קצוות הממלכה. המלך פוקד על החבורה להעיר את המגדלים כדי שיוכלו להתכונן למתקפה הגדולה של גאנון.
לאחר מכן, פורה ורובי מגלים את תוכניותיו הגדולות של גאנון להשתלטות: הוא שולח לכל החיות האלוהיות יצורים בדמותו וכוחות חזקים על מנת להרוג את השומרים ובאותו זמן לרכז את רוב צבאו מול הטירה. לפני שהמהנדסים מצליחים להזהיר את החבורה, הם נתפסים על ידי שבט הייגה, אך טראקו מצליח לברוח. במקביל, ההתקפה מתחילה להתרחש ורובוטי שומרים רבים מהצבא של גאנון תוקפים את הממלכה. כאשר מצבם של לינק, אימפה וזלדה נראה אבוד, מופיע המלך ונלחם כמעט לבדו בכל הצבא כדי שהם יצליחו לברוח. ביציאתם מהטירה, מקיפים את המלך רובוטי שומרים רבים והחבורה עדה לפיצוץ רב עוצמה באזור שבו המלך נכח. לאחר יציאתם מהטירה, הם פוגשים את טראקו שנסוג משבט הייגה ונראה כי מאוחר מידי להזהיר אותם, השומרים של החיות האלוהיות עומדים להיהרג. טראקו משתמש בכוחותיו להביא מהעתיד את טבה, ריג'ו, סידון ויונובו מציר הזמן של Breath of the Wild ובכך החבורה מרוויחה זמן ולינק וזלדה מצליחים לחלץ את השומרים ולהרוג את היצורים בדמותם של גאנון. לאחר מכן, מנסה החבורה לתקוף את הטירה ולהביס את גאנון. אסטור הורג בעזרת כוחותיו חיילים רבים משבט הייגה ובעזרתם מחזיר לחיים את היצורים בדמותו של גאנון, כאשר ארבעתם נלחמים מול לינק. אימפה מבינה שלא ניתן להציל את לינק ומנסה להבריח את זלדה והשומרים, אך זלדה מצליחה לעורר את כוחה כדי להציל את לינק ומביסה את ארבעת היצורים שאסטור החייה, אך אסטור בעצמו מצליח לברוח. כתוצאה מכך מאסטר קוגהה ושבט הייגה מצטרפים לחבורה במטרה לנקום באסטור. במתברר שמלך היירול שרד את הפיצוץ בעזרת מגן שהחרים מזלדה, והשניים לאחר מכן מתפייסים.
כעת, משתמשת פורה במגדלים שהעירו ומשגרת את כל החיילים בכל הערים מכל רחבי הממלכה מול הטירה במטרה אחת, להביס לתמיד את גאנון. אסטור מביא מציר זמן שונה את טראקו, אך בציר הזמן ההוא גאנון השתלט על טראקו והוא נלחם בחבורה דרכו. החבורה מביסה את אסטור ואת טראקו הרשע בעוד טראקו  השני מובס בידי גאנון. לאחר מכן, נזכרת זלדה שהפעילה בילדותה את טראקו בתור חבר כאשר אימה מתה ונזכרת בשמו. לאחר קרב ארוך, מצליחה החבורה להביס את גאנון, וזלדה הורגת אותו בעזרת כוחה. לאחר הבסתו של גאנון, משתמשת זלדה בחלקים של טראקו בשביל להחזיר את כולם לציר הזמן שלהם, בעוד לינק, זלדה והשומרים מביטים על הממלכה השלווה. בסיום אלטרנטיבי במשחק, פורה ורובי מתקנים את טראקו ומאחדים את זלדה עם חברה הוותיק.