יונה מצגר
פרשות פליליות

בפברואר 2005 נחקר הרב מצגר באזהרה בדבר חדר מלון שקיבל בתעריף מוזל. בסיום החקירה המליצה המשטרה להעמידו לדין בעבירות מרמה והפרת אמונים. בעקבות זאת הודיע הרב מצגר כי הוא משעה עצמו זמנית מבית הדין הרבני הגדול ומהוועדה לבחירת דיינים. באפריל 2006 הודיע מני מזוז, היועץ המשפטי לממשלה, כי לא ייפתח תיק פלילי נגד הרב מצגר, אך ביקר בחריפות את מעשיו, קבע ששיקר בחקירותיו במשטרה והודיע כי עליו להתפטר מרצונו או שמזוז ימליץ על הליכי הדחה מידיים נגדו.
בתגובה עתר הרב מצגר לבג"ץ כנגד מזוז בטענה שלא ניתנה לו זכות השימוע. במהלך הדיונים הסכים היועץ המשפטי למחוק חלקים מן הדו"ח, אולם הרב מצגר לא הסתפק בכך. בסופו של דבר ביולי 2007 דחה בג"ץ את העתירה, לאור הקביעה כי דו"ח היועץ המשפטי איננו אמירה סופית בעניינו של הרב הראשי. בפברואר 2008 החליטה הוועדה לבחירת דיינים לדחות את חוות דעתו של מזוז ולאפשר לרב מצגר לחזור לכהן כדיין. לאחר ההחלטה אישרה הכנסת תיקון לחוק הרבנות הראשית לישראל, שלפיו לא יהיה הרב מצגר חייב לכהן כראש בתי הדין הרבניים. בפברואר 2009 דחו שופטי בג"ץ את עתירתה של עמותת אומ"ץ למנוע מהרב מצגר מלשמש כדיין בבית הדין הרבני הגדול. השופט אדמונד לוי סבר בדעת יחיד כי היועץ המשפטי לממשלה היה צריך להעמיד את הרב מצגר לדין משמעתי.
בשנת 2008 פרסמו קלמן ליבסקינד ובועז גאון תחקיר שלפיו הרב מצגר הרבה לטוס לחו"ל במחלקה הראשונה, ובתמורה תומך בעמדתם של שלוחי חב"ד ובמינויים לתפקידי רבני עיר וארצות. אנשי חב"ד הגיבו וטענו שהרב מצגר עושה בכך את תפקידו.
ב-20 ביוני 2013 נעצר על ידי היחידה הארצית לחקירות הונאה, לאחר חקירה סמויה שנוהלה נגדו במשך מספר חודשים, בחשד לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והלבנת הון. על פי החשדות, הוא ומקורביו לקחו לעצמם מאות אלפי שקלים מכספי תרומות. בתום חקירתו נשלח למעצר בית למשך חמישה ימים, והשעה עצמו מחלק מתפקידיו. ב-18 בנובמבר 2013 נעצר שוב על רקע החשדות הקודמים בדבר הלבנת הון, וכן שיבוש מהלכי חקירה והדחת עדים. בית משפט השלום האריך את מעצרו בתשעה ימים. באוקטובר 2015 הוגש כנגדו כתב אישום ובו מספר רב של עבירות בסעיפים: לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, העלמת מס, הלבנת הון, הדחה בחקירה ועוד. בכתב האישום, שנשען על האשמות איש סודו ונהגו האישי חיים אייזנשטט, שהיה לעד מדינה, תוארו העברות כספים אל כיסיהם בעקבות תיווך בין המעוניינים בגיור בחו"ל וכן מתיווך בין תורמים לעמותות. בין היתר נטען שהוא מינה את רב העדה הקווקזית בישראל לבקשת יהודי עשיר ממוסקבה תמורת תשלום.
ב-30 בינואר 2017 הרשיע אותו בית המשפט המחוזי בירושלים, במסגרת הסדר טיעון, בעבירות של לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה, שיבוש הליכי משפט ועבירות על פקודת מס הכנסה. ב-23 בפברואר דחה בית המשפט המחוזי בירושלים את העונש שנקבע בהסדר הטיעון, וגזר על מצגר ארבע וחצי שנות מאסר, ובנוסף חייב אותו לשלם למדינה 5 מיליון ש"ח (המורכבים מקנס בסך מיליון, חילוט בסך 2 מיליון ומס הכנסה בסך 2 מיליון ש"ח). בעקבות ערעור על חומרת העונש, הקל בית המשפט העליון בעונש המאסר שנגזר עליו והעמידו על המוסכם בהסדר הטיעון, שלוש וחצי שנות מאסר בפועל. ב-1 במאי 2017 החל לרצות את עונשו בכלא מעשיהו. בינואר 2019 דחה נשיא המדינה ראובן ריבלין את בקשתו של מצגר לחנינה. ב-5 במרץ 2019 הורתה ועדת השחרורים על שחרורו המוקדם, בשל התנהגות טובה ומצוקת מקום בבתי הכלא. הוא שוחרר למחרת, לאחר שריצה 22 חודשים.
בשנת 2017 החלה הרבנות הראשית לישראל בהליכים לשלילת התואר "רב" ממצגר בעקבות הרשעתו. לאחר דיונים ממושכים בוועדת המשמעת של הרבנות הוחלט, לפנים משורת הדין, שלא לשלול את התואר, בעקבות התחייבותו לא לכהן יותר בכל תפקיד ציבורי עד גיל 70, שלאחריו לא יוכל עוד לכהן בכל תפקיד כזה באופן רשמי. הוועדה קבעה כי מצגר "פגע אנושות באמון הציבור במוסד הרבנות".
בפברואר 2025 נחקר במשטרה בחשד למעשה מגונה בקטין, בעקבות תלונה שהוגשה נגדו. בתום החקירה הוא שוחרר בערבות עד לבדיקת הממצאים. פרקליטו טוען כי לטענות אין שחר.