ז'וזף פושה
תחת שלטון נפוליאון

נפוליאון, שהעריך את יכולותיו של פושה בדיכוי התנגדויות, מרידות והפגנות והכיר בכוחו הפוליטי הרב בפריז, הותיר אותו במשרת שר המשטרה. תפקידו הראשון במעלה היה לשמר את שלטון הקונסולט (שלטון הקונסול) בתוך צרפת וכפועל יוצא מכך, לשמור על ביטחון הציבור באופן כללי. ב-17 בפברואר 1800 נוסדה משטרת פריז והוקמו משטרות בכל היישובים הצרפתים שאוכלוסייתם עלתה על 5,000 נפש. המשטרה הוקמה ככוח שהחזיק בידיו את המונופול על הפעלת אלימות בתוך תחומי צרפת האזרחיים, תוך פירוק כל המיליציות העממיות. פושה הקים מערך היררכי ריכוזי בראשותו, דבר שייעל את ניוד הכוחות ואיפשר העברת ידע. הוא ביסס את עבודת המשטרה על בילוש, חקירות ומודיעין. פושה הכניס לראשונה למשטרה את המושג "עד מדינה", עבריינים שהלשינו על עבריינים אחרים. הפעלת הכוח הייתה חדה, אכזרית וממוקדת והופעלה כנגד גורמים שאיימו על שלום הציבור או המדינה מכל כיוון פוליטי או פלילי. באמצעות היושר האכזרי שלו, זכה פושה להוקרה גם מצד מתנגדי השלטון ובפרט לאחר שהגן על יעקובינים.
נפוליאון ביקש להפטר מפושה, אדם חזק מדי פוליטית וציבורית. ביום הכרזתו לקונסול לכל ימי חייו (1 באוגוסט 1802) הכפיף את סמכויות משרד המשטרה למשרד המשפטים ופיטר את פושה. כדי להמתיק את גלולת הפיטורין העניק נפוליאון לפושה מינוי של סנטור, פנסיה שנתית בסך 35,000 פרנק, שטח אדמה שתנובתו לפחות 30,000 פרנק לשנה ומענק של מיליון פרנק מקופת המשטרה.
פושה פרש, אך המשיך לנהל רשת מרגלים שפעלו במקביל לבלשי המשטרה והיו יעילים מהם. כך עלו בלשיו על מזימה לחתור תחת נפוליאון על ידי שניים מגנרליו במרץ 1804. עם הקמת הקיסרות הראשונה ביולי 1804 הושב פושה לתפקידו כשר המשטרה ושר הפנים. פושה החל להתמחות גם בהפעלת סוכנים, שסיכלו באיבן כל מזימות לפעולה נגד הקיסרות.
נפוליאון חשש מכוחו חסר המעצורים של שר המשטרה שלו, גם כאשר כל פעולותיו נעשו על מנת לשמור על הקיסרות. ב-1808 הגיעו לנפוליאון, ששהה בספרד ידיעות לפיהן, כביכול פושה ושר החוץ, טליראן נפגשו בפריז עם ז'ואקים מירא במטרה להעלותו לשלטון תחתיו. נפוליאון מיהר חזרה לפריז אך לא מצא דבר. באותה שנה העניק לפושה את תואר האצולה דוכס אוטרנטו (Duc d'Otrante).
ב-1809, בהיעדרו של נפוליאון עקב קרבות הקואליציה האנטי-צרפתית החמישית באוסטריה, איים צי בריטי על אנטוורפן, גייס פושה על דעת עצמו 60,000 חיילים להגנה על העיר, תוך שהוא טוען ש "תנו לנו להוכיח לאירופה כי אף על פי שגאוניותו של נפוליאון נעדרת מצרפת, נוכחותו אינה הכרחית כדי לאפשר לנו להדוף את האויב". בהמשך אותה שנה הוציא פושה על דעת עצמו משלחת לראש ממשלת בריטניה, ספנסר פרסיבל, על מנת לדון על הסכם שלום, בלי שהייתה לו כל סמכות לכך. ביוני 1810 העביר אותו שנית נפוליאון מתפקידו ומינה אותו לנציב רומא. בכוונתו של פושה הייתה להפליג לארצות הברית מפירנצה, אולם שם נפגשה עמו אחותו של נפוליאון, אליזה, דוכסית גדולה של טוסקנה והצליחה ליצור תנאים לפיהם ישוב פושה לצרפת. פושה התיישב באקס-אן-פרובאנס. לאחר שובו של נפוליאון המובס מרוסיה ב-1812 שב פושה, שהתנגד לפלישה לרוסיה, לייעץ לקיסר. נפוליאון, שביקש להרחיקו מפריז, מינה אותו למושל פרובינציית איליריה (החופפת בערך לקרואטיה). עקב התפרקות הקונפדרציה של הריין בעקבות קרב לייפציג באוקטובר 1813 נשלח פושה לרומא ולנאפולי על מנת לבחון את כוונותיו של ז'ואקים מירא, מלך נאפולי. אולם עוד לפני שהגיע לנאפולי פלש מירא לאזור רומא ופושה זומן לחזור לפריז. עם הגיעו לפריז ב-10 באפריל 1814 היה נפוליאון ערב שליחתו לגלות באי אלבה.
פושה, שכיהן כסנטור, הבין עד מהרה את הכיוון אליו נושבת הרוח והפנה עורף לנפוליאון ולעקרונות המהפכה. הוא המליץ לשגר משלחת לשארל, אחיו של לואי השמונה עשר, יורש הכתר הצרפתי, ולשכנעו לדון בפיוס בין המלוכה לעם הצרפתי. במקביל שיגר מכתב לאלבה בו הפציר בנפוליאון, למען טובת צרפת, להגר לארצות הברית. המלך לואי ה-18 שב לשלוט בצרפת אולם, בניגוד לציפיותיו של פושה, לא מינה אותו לכל תפקיד בממשלתו. רק לאחר שנודע על בריחתו של נפוליאון מכלאו מיהר המלך להציע לפושה את משרת שר המשטרה, בשלב זה דחה פושה את ההצעה בטענה שזה "מאוחר מדי" והחל לעשות נפשות לטובת נפוליאון.
מששב נפוליאון וכונן את שלטון מאה הימים, תקופת שלטונו האחרונה, מינה את פושה למשרתו הוותיקה כשר המשטרה. יחד עם זאת, הבין כנראה פושה בחושיו החדים שימיו של נפוליאון ספורים ויצר ערוץ חשאי עם המדינאי האוסטרי קלמנס ונצל פון מטרניך, האיש שיתכנן את אירופה שלאחר נפוליאון.