מיכאל סרווטוס
מאסר והוצאה להורג

ב-16 בפברואר 1553 בעודו בוויין, הוכרז סרווטוס ככופר על ידי גיום טרי (Guillaume Trie), סוחר עשיר שמצא מקלט בז'נבה והיה ידיד קרוב של קלווין במכתב ששלח לאחיינו, אנטואן ארנה (Antoine Arneys) שחי בליון. על פי דרישתו של האינקוויזיטור הצרפתי מתיה אורי (Matthieu Ory) נחקרו סרווטוס וארנולה (Arnollet), המוציא לאור של "Christianismi Restitutio", אך הם הכחישו את כל ההאשמות שהועלו נגדם ושוחררו מחוסר ראיות. אנטואן ארנה נתבקש על ידי אורי לכתוב בחזרה לגיום טרי ולדרוש הוכחות.
ב-26 במרץ 1553 שלח גיום טרי לליון את הספר ואת מכתביו של סרווטוס לקלווין.
ב-4 באפריל אסרו נציגי השלטון הקתולי את סרווטוס וכלאו אותו בוויין. הוא ברח מהכלא ב-7 באפריל 1553. ב-17 ביוני 1553 הרשיעה האינקוויזיציה הצרפתית את סרווטוס בכפירה "הודות ל-17 מכתבים שנשלחו על ידי ז'אן קלווין, מטיף בז'נבה", וגזרה את דינו לעלות על המוקד יחד עם ספריו. בהיעדרו נשרפו בובה בדמותו וספריו.
סרווטוס התכוון להימלט לאיטליה ובדרך עצר בז'נבה, מקום בו קלווין והרפורמטורים שתמכו בו הוקיעו את סרווטוס. ב-13 באוגוסט 1553 נכח סרווטוס בדרשה שנשא קלווין בז'נבה. הוא זוהה מיד ונאסר לאחר התפילה. סרווטוס נכלא שוב וכל רכושו הוחרם.
לרוע מזלו של סרווטוס, נאבק אז קלווין להחזיק בכוחו הנחלש בז'נבה. בריאותו הרופפת וחשיבותו למדינה מנעו ממנו להעיד בעצמו נגד סרווטוס. כמו כן השתמשו יריביו של קלווין בסרווטוס כתואנה לתקוף את הממשל התאוקרטי של הרפורמטור בז'נבה. הצורך של קלווין לזרז את הרשעתו של סרווטוס הפך לעניין של יוקרה. "הוא נאלץ לקדם את הוקעתו של סרווטוס בכל האמצעים שעמדו לרשותו" (מתוך הספר "הכופרים"). עם זאת ניקולה דה לה פונטן (Nicholas de la Fontaine) מילא תפקיד פעיל יותר בהרשעתו של סרווטוס ובהצגת הסיבות שהרשיעו אותו.
במשפטו הורשע מיכאל סרווטוס בשני אישומים, הפצה והטפה כנגד השילוש הקדוש וכנגד טבילה של תינוקות (פדובפטיזם). על טבילה של תינוקות אמר מיכאל סרווטוס "זוהי המצאה של השטן, כזב שטני שנועד להחריב את הנצרות". אין זה משנה מה הייתה סיבת הצהרות אלו, רוגז או יחס שאינו הולם, טענתו כי מסורות נוצריות מקובלות היו "מן השטן" פגעה באופן רציני באפשרות לרכוש בעלי ברית. עם זאת, סבסטיאן קסטליו (Sebastian Castellio, תאולוג צרפתי) גינה את הוצאתו להורג של סרווטוס והפך למבקר חריף של קלווין בשל הפרשה. פרשה זו אף השפיעה על לליו סוציני, מייסד הפלג האוניטרי בנצרות.
התובע הכללי במשפט, שלא היה ניקולה, הוסיף לכתב האישום כמה האשמות מוזרות במהלך החקירה הפומבית. המוזרה שביניהן הייתה: "האם הוא נשוי, ואם הוא יענה שאינו נשוי הוא יישאל מדוע, בהתחשב בגילו, הוא נמנע במשך זמן כה ארוך מלהתחתן". להאשמה בחוסר צניעות שהשתמעה בעקיפין משאלה זו ענה סרווטוס כי בקע מונע ממנו זה זמן רב להיות מסוגל לחטוא בחטא מסוים זה. שאלה אחרת הייתה: "האם הוא לא ידע כי הדוקטרינה שלו ממאירה, בהתחשב בכך שהוא תומך ביהודים ובטורקים בכך שהוא מספק להם תירוצים, והאם הוא לא למד את הקוראן במטרה להפריך את הדוקטרינה והדת שהן ביסוד הכנסיות הנוצריות ולחלוק עליהן, יחד עם ספרים טמאים אחרים, שמהם אנשים צריכים להימנע בענייני הדת, בהתאם לדוקטרינה של פאולוס הקדוש".
על אף שקלווין האמין כי לסרווטוס מגיע עונש מוות בשל "חילולי קודש נתעבים", הוא קיווה עם זאת כי גזר הדין לא יהיה העלאה על המוקד והוא נטה לחנינה. קלווין הביע רגשות אלו במכתב לפארל שנכתב שבוע לאחר שסרווטוס נאסר, ובו הוא מזכיר את חילופי הדברים בינו לבין סרווטוס.
מכיוון שסרווטוס לא היה אזרח ז'נבה, ועל פי החוק מותר היה לגרשו בלבד, נועצו השלטונות עם הקנטונים האחרים של שווייץ (ציריך, ברן, בזל ושאפהאוזן), וכולם הסכימו באופן גורף להרשעתו ולהוצאתו להורג. בבזל אסרו על מכירת ספריו, ומרטין לותר גינה את כתביו תוך שימוש בביטויים חריפים. לסרווטוס ולפיליפ מלנכתון (Philip Melanchthon, רפורמטור גרמני) היו דעות עוינות זה על זה. רוב הרפורמטורים הפרוטסטנטים ראו בסרווטוס קיצוני מסוכן, ורעיון חופש הדת לא היה קיים בתקופה זו. העולם הקתולי כלא אותו גם כן וגזר עליו מוות, עובדה שלכאורה דרבנה את קלווין להשתוות אליהם בדבקות בדת. היחידים שהתנגדו בפומבי להוצאתו להורג היו אנשים המכונים "ליברטינים" שהיו שנואים בכל העולם הנוצרי. ב-24 באוקטובר נידון סרווטוס להעלאה על המוקד בשל התכחשותו לשילוש הקדוש ולטבילת התינוקות. כאשר ביקש קלווין כי סרווטוס יוצא להורג בעריפת ראש ולא על ידי שרפה, נזף בו גיום פארל במכתב מ-8 בספטמבר 1553 כי הוא מגלה מידת רחמים כלפי מי שאינו ראוי לכך.
ב-27 באוקטובר 1553 נשרף סרווטוס על המוקד בשמפל (Champel) שבקרבת ז'נבה. האגדה מספרת כי אמר למעניו: "אני אישרף, אבל זהו מאורע פעוט. אנחנו נמשיך את הדיון בינינו בעולם האמת." על פי ההיסטוריונים, מילותיו האחרונות היו: "ישו, בן האלוהים הנצחי, רחם עלי".
קלווין מעולם לא הביע חרטה על חלקו במותו של סרווטוס. לקראת סוף חייו כתב במכתב למרקיז דה פואה (de Poët):
"כבוד, תהילה ועושר יהיו התמורה למכאוביך, אך מעל לכול אל נא תיכשל בלפטור את הארץ מעונשם של בני הבליעל, המסיתים את העם להתמרד כנגדנו. מפלצות אלה יש להשמיד, כפי שהשמדתי את מיכאל סרווטוס, הספרדי".