הארגון היהודי הלוחם
הקמת הארגון היהודי הלוחם

יום לאחר פרסום הצו, התכנסה הנהגת הגטו, אבל לא קיבלה החלטות עקב חילוקי דעות בין משתתפיה. רבים סברו שיש לחכות עד להתבררות המצב לאשורו. זאת עקב שמועה הרסנית שהתפשטה בגטו, לפיה המדובר במבצע מוגבל, שבמסגרתו יגורשו כ-50 אלף יהודים "בלבד". לאור חוסר היכולת להכריע הוקם ועד שכלל את נציגי סיעות השמאל ו"הבונד", אך גם ועד זה לא הצליח לפעול. התיאום בין ששת הגופים שהרכיבו את "הגוש האנטי-פשיסטי" הפך לבלתי אפשרי, כאשר אפילו חצייתו של רחוב בגטו ורשה הייתה למשימה שסופה אינו ודאי.
ב-28 ביולי 1942 נפגשו ראשי ארגוני החלוץ ותנועות הנוער הציוניות השומר הצעיר, דרור ועקיבא. בפגישה הוחלט על הקמת "הארגון היהודי הלוחם", שיהיה ארגון למאבק יהודי. הנהגת הארגון כללה את שמואל ברסלב, יצחק צוקרמן, צביה לובטקין, מרדכי טננבוים ויוסף קפלן. שליחים נשלחו אל "הצד הארי" להשיג נשק. על אף שלרשות הארגון עמדו כמה מאות צעירים, כלל חימושו אך אקדח אחד.
מטרת הארגון הייתה להילחם בנאצים, כמו גם להסביר ליהודים את משמעותו האמיתית של "היישוב מחדש" במזרח. עוד ב-28 ביולי נפגש מנהיג "פועלי ציון", שכנא זאגאן, עם שני אנשי SS אשר נתנו לו את "מילת הכבוד" שלהם כי ה"מיושבים מחדש" במזרח אינם מוצאים להורג אלא נשלחים לעבודה. לעומת זאת קבע הכרוז של האי"ל שהופץ בגטו כי "העקירה – פירושה טרבלינקה, וטרבלינקה פירושה מוות".
ניסיונם של אנשי האי"ל להשיג נשק ב"צד הארי" נכשל, שכן אנשי הארמייה קריובה, המחתרת הפולנית העיקרית, התייחסו אל המאבק היהודי באדישות, ולעיתים אף בעוינות. מנהיג הארמייה קריובה, הגנרל סטפן רובצקי, התלונן ש"היהודים מבקשים מאיתנו נשק כאילו מחסנינו מלאים". בנובמבר 1942 ארמייה קריובה סיפקה לאי"ל עשרה רובים, מהלך שעורר טרוניה בקרב אנשי הארמייה קריובה. במקביל, מפקד של המחתרת הפולנית בשם "ריאנט" הוציא הוראה שניחתה שהיהודים לא ילחמו באופן אקטיבי אלא יתמקדו בהישרדות כיחידים. זאת עקב עוינות של האוכלוסייה הפולנית כלפי היהודים, שסייעו לכיבוש הקומוניסטי של מזרח פולין, ולכן יש חשש שהנשק ישמש את היהודים במעשי שוד ואכזריות. אנשי האי"ל שבו ופנו אל הדלגטורה, נציגותה בפולין של ממשלת פולין בגולה וטענו כי כאשר הולכים היהודים אל רכבות ההשמדה ללא התנגדות מגנים אותם ארגוני המחתרת על כניעותם, אך אוסרים עליהם ההתנגדות החמושה. בעקבות פנייה זו סיפקה ארמייה קריובה לאי"ל בינואר 1943 49 אקדחים, 50 רימוני יד, ומעט חומר נפץ.
ביולי-ספטמבר 1942 גורשו כ-300 אלף מיהודי ורשה לטרבלינקה. כרוזי האי"ל שהסבירו למגורשים את הצפוי להם, לא הביאו להאטת קצב הגירוש. "דואר" שהגיע מטרבלינקה, ושלושה קילו לחם וקילו ריבה אותם חילקו הגרמנים לאלו שהתפתו והגיעו אל כיכר השילוחים, האומשלגפלץ, הם שהכריעו את הכף, כמו גם התנהגות חברי היודנרט והשוטרים היהודים.
ב-20 באוגוסט 1942 ביצע הארגון את פעולתו הראשונה. ישראל קאנאל איש הארגון ירה ביוסף שרינסקי, מפקדה של המשטרה היהודית בגטו אשר הייתה חלק ממנגנון המשלוחים. התנקשות בחיי קצין נוסף בשם שמרלינג נכשלה. היהודים בגטו התייחסו אל השוטרים היהודים בזעם ובסלידה. האי"ל התייחס אליהם כבוגדים ומשתפי פעולה והוציא "צווים" המורים על הוצאתו להורג של כל מי שיצטרף לשורותיהם. בין היתר הוצאו להורג: יעקב לייקין, ממלא מקומו של שרינסקי, ישראל פירשט, איש הקשר בין היודנראט והשלטונות הגרמניים, הרמאן כץ, מפקד המשטרה היהודית בגטו ווארשה, ד"ר אלפרד נוסיג ומשה ואלד.
מהלומה כבדה נחתה על הארגון ב-3 בספטמבר 1942, כאשר שמואל ברסלב ויוסף קפלן נתפסו על ידי הגרמנים והוצאו להורג. קפלן נאסר על ידי הגסטאפו כנראה בעקבות הלשנה על פעילותו, והוצא להורג. לאחר שברסלב שמע על מאסרו של קפלן, הוא יצא לנסות להציל אותו, נתפס על ידי שוטר, שלף סכין ונורה מיד למוות. יחד עמם נפל נשקו של הארגון – מספר אקדחים ורימונים: החניכה שנשלחה להעביר אותם למסתור אחר, רגינקה יוסטמן, נתפסה בידי שוטר כשבאמתחתה שק מלא בירקות ובנשק, הנשק הוחרם והיא נרצחה. המצב התייצב כאשר אל הארגון הצטרפו חברי התנועות גורדוניה והנוער הציוני.
ב-12 בספטמבר הכריזו הגרמנים רשמית על סיומו של הגירוש. בגטו ורשה נותרו כחמישים וחמישה אלף יהודים.
ב-29 באוקטובר 1942 נורה למוות על ידי המחתרת יעקב לייקין, סגנו של יוסף שרינסקי.
ב-30 באוקטובר 1942 הוקם "ועד התיאום", אשר לקח תחת חסותו את הנהגת האי"ל והביא לצירוף גורמים שנמנעו עד אז מלהצטרף לפעילות, כגון אנשי הבונד, פועלי ציון ופועלי ציון שמאל. את הבונד ייצג אברהם בלום, שהיה הבכיר מבין נציגי הבונד שנשאר בגטו. למפקד הארגון מונה עתה איש "השומר הצעיר" מרדכי אנילביץ', לסגנו יצחק צוקרמן, לאחראי על המודיעין מארק אדלמן ולנציג בצד הארי – אריה וילנר. כן מונתה "ועדת תעמולה" אשר בשורותיה פעל ההיסטוריון ד"ר עמנואל רינגלבלום.
הוועד אף שלח שליחים אל הגטאות השונים, על מנת שיארגנו שם תאי התנגדות בדומה לאי"ל בגטו ורשה. מרדכי טננבוים נשלח אל ביאליסטוק, אבא קובנר מונה כמפקד בווילנה וכן מונו נציגים נוספים בבנדין, קרקוב וצ'נסטוחוב.
פעילותו הדחופה והחשובה ביותר של האי"ל בצורתו החדשה הייתה הוצאתם להורג של משתפי הפעולה ששרדו את הגירושים והמשיכו את פעולתם בגטו. על אף שבין המניעים להריגות הייתה גם הנקמה, הרי שהמטרה העיקרית הייתה הרתעה מלהשתתף בפעילות דומה בעתיד, וניסיון להניע את היודנרט של גטו ורשה אל הכיוון הרצוי מבחינת אנשי האי"ל. כרוז שיצא לאחר הריגתו של יעקב לייקין, מפקד 'משטרת הסדר', הודיע כי הורשעו בדין כל חברי היודנרט בעוון שיתוף פעולה עם האויב וחתימה על גזירת העקירה. כן הוצאו להורג ישראל פירשט, אשר היה אחד המתווכים בין היודנרט ובין הגסטפו וד"ר אלפרד נוסיג, פעיל ציוני שהיה למודיע גרמני. בארכיון 'עונג שבת' נאמר כי בכיסו נמצא תזכיר אל השלטונות הגרמניים, בו הוא מסביר את כישלון הגירוש בינואר 1943, באשר נהגו באכזריות יתרה. הוא מציע לא לנהוג להבא בשיטות ברוטאליות כאלו בזמן הגירוש, משום שהדבר יעורר תגובה מצד היהודים.