מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה
רקע וגורמים למלחמה

מגמה מרכזית שבאה לידי ביטוי כמעט לכל אורך ההיסטוריה הסודאנית, היא המאבק המתמשך בין השלטון המרכזי, המבקש להרחיב את תחום שליטתו, ובין גורמי מפתח באזורי הפריפריה הסודאנית, שהעלו פעמים רבות טענות בדבר דחיקה לשוליים. השלטון המרכזי, אשר התבסס באופן מסורתי לאורך נהר הנילוס, נאבק במשך מאות שנים על מנת להחיל את שליטתו גם באזור פנים סודאן, הרחק מהנילוס. מאז המאה ה-18, הממשלות המרכזיות ששלטו באזור סודאן פעלו באופן שיטתי ומתמשך על מנת להשליט את כוחן ולנצל את האזור הדרומי והפריפריאלי של סודאן, במקרים רבים תוך התנגשות ישירה מול האוכלוסיות שהתגוררו באזורים אלו.
מספר מקורות תיארו את הסכסוך המתמשך כמאבק דתי, כאשר ניסיונותיו המתמשכים של השלטון המרכזי המוסלמי לכפות את עקרונות הדת המוסלמית והשריעה על הלא-מוסלמים תושבי הדרום, הובילו למאבק אלים, ובסופו של דבר למלחמת אזרחים.
בתקופה בה סודאן נשלטה על ידי הבריטים, השלטון הבריטי חילק את סודאן למחוז צפוני ולמחוז דרומי, כאשר כל מחוז נוהל בנפרד. בתקופה זו, אופיו של המחוז הדרומי היה דומה במידה רבה לזה של יתר המושבות הבריטיות במזרח אפריקה - קניה, טנגניקה ואוגנדה, בעוד שאופי המחוז הצפוני היה דומה יותר למחוז המצרי דובר הערבית.
במהלך השנים הראשונות של הממשל הבריטי בסודאן, הבריטים מנעו מהערבים תושבי הצפון מלהחזיק בעמדות כוח בדרום, המתאפיין במנטליות ובמסורות אפריקאיות, ואף המסחר היה מצומצם בהיקפו בין שני המחוזות. עם זאת, החל משנת 1946, הבריטים נכנעו ללחץ הצפוני והחלו לפעול לשילוב בין שני המחוזות. הערבית נהפכה לשפת הממשל בדרום, ותושבי הצפון הערבים החלו לתפוס עמדות מפתח בממשל בדרום. בתגובה, חברי האליטה בדרום, ברובם המכריע דוברי אנגלית, התרעמו על שינוי מגמה זה, אשר הדיר אותם מחוץ לממשלתם. במסגרת מגמת הדה-קולוניזציה, עמדות המפתח בממשל המקומי בדרום נמסרו ברובן לחברי האליטות הצפוניות שמקום מושבן בח'רטום, מה שגרר אי שקט בדרום.
החל משנת 1950 ועד לתום השלטון הבריטי בסודאן בשנת 1956, הבריטים פעלו באופן הדרגתי לקראת מתן עצמאות לסודאן, אבל תהליך זה התבסס בעיקרו על חיזוק האליטה הצפונית, תוך הזנחת בני האליטה בדרום. כך לדוגמה, במהלך המשא ומתן וההכנות הרשמיות לקראת מתן העצמאות לסודאן, מנהיגים דרום סודאנים כלל לא הוזמנו לקחת חלק במגעים. במהלך שנת 1953, הוועדה הסודאנית שלקחה חלק במגעים מול השלטון הבריטי כללה רק 6 מנהיגים מהדרום, אף שבאותו הזמן היו כ-800 מנהיגים דרומיים שאחזו במשרות מפתח במחוז הדרומי.
מלחמת העולם השנייה מצידה הסבה את תשומת הלב לסוגיית המשאבים הטבעיים. באזור שבין צפון ודרום סודאן משתרעים שדות נפט נרחבים, וכתוצאה מכך אינטרסים של גורמים זרים היו מעורבים בעתיד האזור באופן משמעותי (לאורך השנים, ההכנסות מהאזור הופקעו לטובת אינטרסים מערביים, כפי שקרה בניגריה). מנהיגי הצפון ביקשו לשלוט במשאבים אלו, זאת בשל מיקומו הגאוגרפי של המחוז הצפוני בקצה מדבר סהרה, אשר אינו מתאים לצורכי חקלאות. בהשוואה, דרום סודאן נהנית משיעור גבוה משמעותית של גישה למים ואדמה פורייה, בשל מספר יובלי הנילוס העוברים באזור ומשקעים כבדים ביחס לאזור הצפוני. מסיבה זו, מנהיגי המחוז הצפוני ראו חשיבות עליונה בשליטה על אזור שדות הנפט, כאשר תוצרי הנפט היוו כ-70% מכלל הרווח של סודאן מייצוא, ותרמו בעיקר לפיתוח המחוז הצפוני.
בתקופה זו, המחוז הדרומי התאפיין גם במספר רחב של סכסוכים עקובי דם בין השבטים השונים בדרום. עיקר הקונפליקט התנהל בין שבטי הנואר והדינקה, אך גם בקרב קבוצות אתניות אחרות. מאבקים מקומיים בין שבטים אלו המשיכו להתרחש גם לאחר קבלת העצמאות הדרום סודאנית.
בין השנים 1955 ל-1972, התלקחה בדרום סודאן מלחמת אזרחים בין תושבי הצפון המוסלמים ותושבי הדרום הנוצריים. המלחמה הסתיימה ב-1972, עם חתימת הסכמי אדיס אבבה. ההסכמים כללו מתן אוטונומיה דתית ותרבותית לדרום הנוצרי.