יגאל אלון
בהגנה ובפלמ"ח > בפיקוד הפלמ"ח (1943–1946)

בשנת 1943, לאחר שדוד נמרי החליט לעבור לתפקיד אחר, מונה אלון להחליפו כסגנו של מפקד הפלמ"ח, יצחק שדה. מינוי זה התקבל בפלמ"ח כבחירה טבעית ללא עוררין, ושדה נתן לו גיבוי מוחלט. אלון עסק בעיקר בארגון, מנהל ותקציבים, על מנת שהפלמ"ח ימשיך לתפקד בפועל. הוא זה שניהל את ישיבות מטה הפלמ"ח במקומו של שדה, עיבד את רעיונותיו לתוכניות מעשיות בפועל, היה נושא ונותן עם סגל המפקדים בפלמ"ח והשתתף יחד עם שדה בדיונים עם רמטכ"ל "ההגנה", יעקב דורי.
אלון דגל במערכת יחסים בלתי פורמלית בין המפקדים לטוראים בפלמ"ח. הוא הרבה להסתובב בין היחידות השונות, לדבר עם האנשים ולשאוב רעיונות, וביצע שיחות חתך עם המפקדים. לאחר שהבריטים הפסיקו את מימון הפלמ"ח עם הצלחתם בקרב אל-עלמיין השני, ובעקבות זאת הפך הפלמ"ח ל"צבא עובד", שחבריו עבדו בקיבוצים, הטיל אלון את כל כובד משקלו בשכנוע החברים הממורמרים להמשיך לשרת בפלמ"ח למרות חוסר המעש באותו זמן, לאחר שרבים השתוקקו להתגייס לצבא הבריטי ולהילחם בנאצים. הוא עבר בין אוהלי הפלמ"ח וקרא להם את קריאתו של שדה: "חברים, מי יישא את הרובה העברי?"
בשנת 1944 דחף אלון להקמת גדודי הפלמ"ח, במטרה שיאגדו תחתם את הפלוגות השונות ויקלו בכך על מטה הפלמ"ח את הטיפול בהן. כמו כן, הוקמה המחלקה הימית על מנת להכשיר ימאים לפעולות ההעפלה שלאחר המלחמה. בסוף אותה שנה התמנה אלון לסגן ראש מטה הסֶזוֹן, קרי, פעולות של "ההגנה" שנועדו לשבש ולבלום את מחתרות האצ"ל והלח"י שפתחו במרד נגד הבריטים. עד מהרה, משהוחלט לשתף פעולה בעניין זה עם הבריטים, הודיע שהוא מתנגד לשיתוף הפלמ"ח בפעולות של חטיפות ופרש מתפקידו זה. היה מי שטען שאלון פרש מהמבצע לא מטעמים הומניים אלא פוליטיים, כשלא רצה "ללכלך את הידיים" בעניין לא נעים מבחינה חברתית.
עם תום מלחמת העולם השנייה תמך אלון ביציאתו של הפלמ"ח למאבק חמוש וגלוי בבריטים, כנגד המגמות שהנהיג הממשל נגד היישוב היהודי באותה עת, שכלל בין היתר את צמצום העלייה. ב-1945 הוקמה תנועת המרי העברי, שהפלמ"ח היה שותף לו יחד עם האצ"ל והלח"י. הוא הקפיד עם זאת, שהפלמ"ח לא ישפוך דם של חפים מפשע, הן בקרב הערבים והן בקרב הבריטים, ואף היה מוכן לקחת סיכונים מבצעיים לשם כך. הפלמ"ח, שמשנת 1945 היה תחת פיקודו המלא של אלון (לאחר שיצחק שדה מונה לרמטכ"ל "ההגנה"), התמקד במסגרת תנועת המרי בפעולות התקפיות למען ההעפלה לארץ – בהן בין היתר פריצת מחנה עתלית ושחרור המעפילים שנכלאו בו באוקטובר 1945; התקפה על תחנות משטרת החופים הבריטית; ופיצוץ תחנות הרדאר שעל הר הכרמל, שאיתרו את ספינות המעפילים, בינואר 1946 – וכן בפעולות למען ההתיישבות כמו העלייה לביריה. הפעילויות הללו סיפקו לפלמ"ח ניסיון מבצעי רב, ולאלון – הזדמנות לפעילות צבאית רחבת היקף כמפקד בכיר. הפעולה הגדולה והמסובכת ביותר של אלון כמפקד הפלמ"ח הייתה ליל הגשרים ב-16 ביוני 1946, שבמהלכו פוצצו מאות אנשי פלמ"ח בו-זמנית 11 גשרים בכל גבולות הארץ. אלון תכנן את המבצע, שהצריך תיאום והכנה דקדקניים, ירד לכל פרטי הפעולה מבחינה טקטית ותרם בסופו של דבר להצלחתה.
לאחר התפרקות תנועת המרי, החליטה הנהגת היישוב על הפסקת המאבק המיליטנטי בבריטים והעברתו לפסים המדיניים תוך המשך ההעפלה, למורת רוחו של אלון, ששאף להמשיך במאבק הצבאי והתבטא כי ההנהגה בראשות בן-גוריון לקתה "בעודף רגש אחריות, הגובל בחוסר אחריות". הוא אף ננזף על ידי משה שרת על שכתב אליו מכתב ברוח זו. אלון הורה למפקדי ספינות המעפילים לבצע התנגדות לא חמושה של המעפילים עצמם, כמו סירוב לרדת מהספינות אם הן נתפסות, על מנת לאותת לבריטים לא לגרשם לארצות המוצא שלהם. דבר זה גרר את הבריטים להשתמש בנשק ובזריקת פצצות גז מדמיע על המעפילים, אך אלון לא נרתע מכך, גם מול הביקורת על כך שתינוקות המעפילים סובלים מן הגז.