התקופה הממלוכית בארץ ישראל
שנות שגשוג

שני הדורות שלאחר ביברס אופיינו בשלטון השושלת היחידה בתקופה הממלוכית שבה עבר השלטון בין בני אותה משפחה, שושלת קלאון ובניו. א-מאלכ אל-מנצור קלאון שלט בין השנים 1290-1280. בתחילת שנות שלטונו הדף כמה מרידות בדואים (למשל ב-1281 באזור עזה וב-1282 בשכם), הביס את המונגולים בניסיונם האחרון לכבוש שטחים בארץ (בקרב חומס (אנ'), 1281), ואף דיכא ביד רמה קשר שבראשו עמדו אמירי דמשק. פעולות אלה הוכיחו שתקופת ביברס לא הייתה אפיזודה חולפת ושהשלטון הממלוכי יציב ורב כוח. קלאון הרחיב את סמכויותיו של עלאא' א-דין כממונה על הקדשי ירושלים וחברון, ונתן את האות לתחילת פיתוחה של ירושלים כעיר דת מפוארת ואבן שואבת לעולי רגל. בסוף ימיו הטיל מצור על העיר הצלבנית האחרונה, עכו, אך מת בטרם נכבשה.
את עכו כבש לבסוף ב-1291 בנו של קלאון, אל-מלכ אל אשרף ח'ליל בן קלאון. עם נפילתה של עכו ננטשו שאר מאחזי החוף הצלבניים, בצור, בצידון ובעתלית, יושביהם עברו לקפריסין, ותקופת ממלכת ירושלים הצלבנית תמה. ניסיון הפלישה הכושל של גזאן (אנ') המונגולי ב-1299 חתם את פרק האיום המונגולי.
הסולטאן הבא בשושלת היה מוחמד בן קלאון, שמלך, הודח ושב ומלך במשך שלוש קדנציות בין השנים 1340-1294. הוא שלט על אימפריה חסרת אויב חיצוני רציני, עם הכנסות גבוהות ממסים ומכסים בשל ריכוז כל המסחר מאסיה לאירופה דרך נמליה. מעייניו היו נתונים להוכיח לעולם כולו כי הוא השליט המוסלמי האדיר ביותר, "המנצח, משמיד הכופרים ועבדי האלילים, מכניע הקושרים והמורדים". כיוון שלא נותרו עוד כופרים לנצח ועובדי אלילים להשמיד, השקיע מוחמד בן-קלאון את מאמציו בבנייה מונומנטלית. הוא הקים את המסגד האדום (ג'עמא אלאחמר) בצפת, ואת הח'אנים בבית שאן ובג'לג'וליה, אך עיקר פעילותו נעשתה על ידי בן בריתו הקרוב, האמיר תנכיז, מושל דמשק וירושלים. באמצעותו שיקם מוחמד בן-קלאון את הר הבית, בנה מבני ציבור רבים בירושלים, ופיאר את העיר באופן חסר תקדים. בן ברית נוסף היה מושל עזה, האמיר סנג'ר אלג'אולי (שבנה גם בירושלים) שהקים מסגדים, בנה רבות בעיר עזה וכתב ספרי הלכה. מוחמד בן-קלאון היה מוסלמי מלידה (ללא חשד נאמנות לאסלאם) וללא אויב צלבני מבית, לפיכך הקל מעט את ההגבלות על הנוצרים האירופאים ואיפשר למסדר הפרנציסקני דריסת רגל במקומות הקדושים בירושלים בדמות מנזר שבנו על הר ציון.
הבנייה של מוחמד בן קלאון היוותה תפנית ממדיניותו של ביברס. עד אז נבנו מבני ציבור תחת תקציב מבוקר ולצורך תכלית ידועה. לעומת זאת, השיטה שהנהיג מוחמד בן קלאון והנחיל לממשיכיו בבנייה הממלוכית הייתה בניית מבני פאר על-פי אמות מידה אסתטיות ולא משיקולים פונקציונליים. במבצעי הראווה שלו הושקעו כספים רבים מהאוצר, אך הם לא הועילו כמעט לרווחת הפרט ולחוסנה של המדינה. הוא הביא אומני בנייה מפרס שהעשירו את האדריכלות הממלוכית בפריטים אופייניים, כגון עיטור הנטיפות (מוקרנס). הוא הנחיל לאמיריו את ההתלהבות מן הבנייה המונומנטלית ועודד את יצר התחרות שלהם. הנוסע אבן בטוטה העיר ש"האמירים מתחרים זה בזה בבניה".
לאחר מות מוחמד בן קלאון שקעה שושלת בני קלאון. במקביל פרצה בארץ מגפת המוות השחור. אין פרטים רבים על היקף המגפה, אך היא נמשכה כשנה ובמהלכה מתו רבים, יישובים רבים ננטשו והכלכלה נפגעה. האדיקות הדתית גברה וכן גבר כוח ההשפעה של הדרווישים הסופים שהטיפו לחזרה בתשובה ולהכאה על חטא. עם שוך המגפה, ב-1366 לערך, שבה תנופת הבנייה הדתית לירושלים ונבנו מבני פאר רבים על הר הבית, ומדרסות רבות. עדות לחידוש החיים הכלכליים ניתן למצוא בבניית ח'אן אל סולטאן בשנת 1389 בלב ירושלים על ידי הסולטאן ברקוק.
בשנים אלה התמודדה הסולטנות הממלוכית עם כוחן העולה של ערי איטליה (ונציה, ג'נובה ופירנצה). בדרך כלל נחתמו הסכמי מסחר בין הממלוכים לבין הערים האיטלקיות, אשר הסדירו ברית מסחרית במזרח הים התיכון, לתועלתם של שני הצדדים ותוך גריפת רווחים עצומים. הברית נאבקה באימפריה הביזנטית הקורסת מחד ובממלכה הצלבנית הקטנה בקפריסין מאידך. כחלוף הזמן, ובמיוחד במחצית השנייה של המאה ה-14, נאלצו הממלוכים לשלם יותר ויותר עבור שמירת הברית, הן בכסף (מקופה שהלכה והידלדלה עקב הבנייה הראוותנית והמגפה) והן בזכויות למסדרים הנוצריים. באותה תקופה לקחה דוכסות בורגונדיה (כוח אירופאי חזק ומרכזי באותה תקופה) תחת חסותה את המסדר הפרנציסקני הקתולי, וזה החל לרכוש נכסים והשפעה בארץ הקודש. למסדר אף ניתן כתב חסות מאת השלטון הממלוכי שנתן לו מעמד מסוים בכנסיית הקבר. הייתה זו פגיעה בכנסיות המזרחיות שטופחו עד אז על ידי הממלוכים.
במשך שנים רבות לא היו לממלוכים בארץ ישראל אויבים של ממש. האירוע הקשה ביותר היה בשנת 1365 עת פלש פטר הראשון מלך קפריסין (אנ') לאלכסנדריה (הוא לא היה יכול לפשוט על ארץ ישראל עקב הרס ערי הנמל) והחזיק בה במשך ארבעה ימים. אולם בשנת 1400, בתקופת שלטונו של הסולטאן הצ'רקסי ברקוק, הגיעו לארץ שמועות על התקדמותו המהירה של טימור לנג, מנהיג מונגולי שרצה לשחזר את האימפריה המונגולית ששקעה. הארץ התמלאה בפליטים מצפון סוריה ומעיראק שסיפרו על אכזריותו הרבה ועל היותו בלתי-מנוצח. הדברים גרמו לחרדה בארץ ולהתעוררות דתית. הסולטאן ברקוק יצא מקהיר לקראת הפולש, אך מת בדרכו. בנו המשיך במסע המלחמה שנראה חסר סיכוי. אולם, עם הגיעו של טימור לנג לדמשק, שב לפתע על עקבותיו וחזר לסמרקנד, בירתו. גם לאחר מכן המשיך צבאו של טימור לאיים על צפון-מזרח שטח השליטה הממלוכי, באזור אסיה הקטנה.