א.א.ק. אתונה
היסטוריה > במאה ה-21

בשנת 2000 זכתה א.א.ק. בגביע ה-12 תחת הדרכתו של המאמן ג'יאניס פאתיקאקיס, לאחר ניצחון 3–0 על איוניקוס במשחק הגמר משערים של דמיס ניקולאידיס, מילן פטקוב וקריסטוס מאלדניס. ניקולאידיס קיבל מאוחר יותר את פרס המשחק ההוגן של פיפ"א מכיוון שדיווח לשופט ששער שכבש הובקע ביד, וגרם לפסילתו. בעונת 2001/2002 סיימה א.א.ק. במקום השני כאשר רק הפרש שערים טוב יותר העניק את האליפות לאולימפיאקוס, אך בגמר הגביע ניצחה א.א.ק. 3–0 את אולימפיאקוס וזכתה בגביע ה-13 של המועדון.
בקיץ 2002 מונה שוב דושאן באייביץ' למאמן הקבוצה, ותחתיו הגיעה הקבוצה לשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2002/2003, לאחר שהדיחה את אפואל ניקוסיה. בשלב הבתים הוציאה הקבוצה תיקו בכל ששת המשחקים, מול רומא, ריאל מדריד וראסינג גנק, סיימה במקום השלישי בבית עם שש נקודות והמשיכה לגביע אופ"א, שם הדיחה את מכבי חיפה אך בשמינית הגמר הודחה על ידי מאלגה. בעונת 2003/2004 הגיעה שוב לשלב הבתים של ליגת האלופות והוגרלה לבית שכלל את מונקו, דפורטיבו לה קורוניה ופ.ס.וו. איינדהובן, וסיימה במקום האחרון בבית. לקבוצה הצטרפו ניקולאס לימפרופולוס ויואניס אוקאס, ואצטדיונה הביתי של הקבוצה נסגר לאחר שנפגע ברעידת אדמה שפקדה את אתונה ב-1999. הקפטן ניקולאידיס שוחרר עקב בעיות כלכליות, ובאייביץ' נאלץ להתפטר בשנת 2004 לאחר שהאוהדים מחו נגדו. הקבוצה הגיעה למצב של פשיטת רגל, והפסידה את כל כוכבי יורו 2004 לקבוצות אירופאיות אחרות.
בשנת 2004 עמד דמיס ניקולאידיס בראשה של קבוצת אנשי עסקים שרכשה את המועדון והפך לנשיא המועדון. ובעזרת האוהדים החל לייצב את המצבה הכלכלי של הקבוצה והצליח לבטל את החובות מול הנושים הרבים. לאר מכן החל ניקולאידיס בהחזרת השחקנים שכיכבו בקבוצה בעבר, ומינה את שחקנה לשעבר של הקבוצה, איליה איביץ' למנהל הטכני ואת פרננדו סנטוש למאמן. כתוצאה מכך מכרה הקבוצה כמות שיא של מנויים, למעלה מ-17,000 אלף. בעונת 2005/2006 הגיעה הקבוצה לגמר הגביע, בו הפסידה 0–3 לאולימפיאקוס, וסיימה את העונה במקום השני בליגה. בעונת 2006/2007, תחת הדרכתו של המאמן הספרדי לורנס סרה פרר, הגיעה הקבוצה לשלב הבתים של ליגת האלופות לאחר שהדיחה את הארטס, והוגרלה לבית שכלל את מילאן, ליל ואנדרלכט. א.א.ק. צברה 8 נקודות, סיימה במקום השלישי והמשיכה לגביע אופ"א, שם הודחה על ידי פריז סן-ז'רמן.
לקראת עונת 2007/2008 החתימה הקבוצה את הכוכב הברזילאי ריבאלדו מאולימפיאקוס, והודחה במוקדמות ליגת האלופות על ידי סביליה. בגביע אופ"א עברה את שלב הבתים והודחה על ידי חטאפה בשלב 32 האחרונות. בליגה סיימה במקום השני בפעם השנייה ברציפות, ובנובמבר 2008 מונה דושאן באייביץ' למאמן הקבוצה בפעם השלישית. בתום עונת 2008/2009 הגיעה הקבוצה לגמר הגביע היווני, בו הפסידה לאוליפיאקוס 14–15 בפנדלים. בעונת 2010/2011 הגיעה הקבוצה לראשונה לשלב הבתים של הליגה האירופית, וסיימה במקום השלישי בבית. במהלך העונה הוחלף המאמן באייביץ' במנואל חימנז, ובסופה זכתה הקבוצה בגביע היווני לאחר ניצחון 3–0 על אטרומיטוס במשחק הגמר.
בסיום עונת 2012/2013 ירדה א.א.ק. אתונה לליגת המשנה לראשונה בתולדותיה, לאחר שסיימה במקום הלפני אחרון בטבלה, ובנוסף שלוש נקודות הורדו ממאזנה בעקבות התפרעות אוהדים במשחק מול פנאתינייקוס. בעקבות מצב המועדון החליטה ההנהלה לא להתמודד בליגה מקצוענית בעונה הבאה ולרדת מרצון לליגה השלישית, על מנת לבנות את הקבוצה מחדש. בעונת 2013/2014 סיימה במקום הראשון בליגה השלישית ללא הפסד, ובעונת 2014/2015 סיימה במקום הראשון בליגה השנייה ללא הפסד, וחזרה לליגה הבכירה.
בעונת 2015/2016 סיימה הקבוצה במקום השלישי בליגה, וזכתה בגביע לאחר ניצחון 2–1 על אולימפיאקוס במשחק הגמר. ובעונת 2016/2017 הודחה במוקדמות הליגה האירופית על ידי סנט אטיין. בעונת 2017/2018 הודחה במוקדמות ליגת האלופות על ידי צסק"א מוסקבה ולאחר מכן העפילה לשלב 32 האחרונות בליגה האירופית והודחה על ידי דינמו קייב. בתום העונה זכתה באליפות ה-12 בתולדותיה, 24 שנים אחרי האליפות הקודמת, והייתה קרובה לזכייה בדאבל אך בגמר הגביע הפסידה 0–2 לפאוק סלוניקי.
בעונת 2018/2019 העפילה הקבוצה לשלב הבתים בליגת האלופות, אך סיימה במקום האחרון בבית שכלל את באיירן מינכן, אייאקס ובנפיקה, לאחר שהפסידה בכל ששת משחקיה. בליגה סיימה הקבוצה את העונה במקום השלישי בטבלה, ובגמר הגביע הפסידה בפעם השנייה ברציפות לפאוק סלוניקי שזכתה בדאבל.
בעונת 2019/2020 מונה מאסימו קאררה האיטלקי למאמן הקבוצה, שהוליך אותה לסגנות הליגה היוונית ולגמר הגביע היווני בכדורגל.