מלחמת האזרחים בבורונדי
ניסיונות להסכם שלום

אחד האתגרים הגדולים והארוכים במלחמת האזרחים היה לגרום לקבוצות המורדים השונות לנהל שיח דיפלומטי אשר יוביל להפסקת הלחימה ולשלום במדינה. כשהממשלה וקבוצות המורדים השונות החלו לנהל משא ומתן, היה קושי ליצור הסכמה ועל כן הסיטואציה הסתבכה במשך שנים רבות.
בבסיס הסיבוך שנוצר היו שני גורמים מרכזיים: הראשון הוא הקושי להבחין בין הקבוצות ולקבוע עד כמה קבוצות המורדים המרכזיות שונות זו מזו מפני שיש להן מנהגים משותפים ושפה משותפת. הגורם השני, ואף הבסיסי יותר, הוא שקבוצות המורדים נטו שלא להסכים ולא לפעול על פי ההסכמים שנחתמו. באופן זה נוצרה מציאות בה היה קושי למצוא הסכמים המקובלים על קבוצות המורדים ועל הממשלה דבר שהוביל להארכת מלחמת האזרחים. את שיחות השלום שהחלו ב-1995 בין הפלגים היריבים, יזם והנחה ג'וליוס נייררה, נשיא טנזניה לשעבר. בעקבות מותו של נייררה בשנת 1999, נשיא דרום אפריקה לשעבר, נלסון מנדלה, לקח על עצמו את תפקיד המתווך. מועצת הביטחון של האו"ם קיבלה את נלסון מנדלה בשנת 2000 כמסייע בתהליך הסכמי השלום "ארושה".
בסיועו של מנדלה, נכתבה חוקה שבבסיסה עומדת הכרה בהבדלים האתניים בין האזרחים. החוקה מזהה במפורש את ההבדלים האתניים כתנאי הכרחי על מנת לבטא הן את זכויות המיעוט והן את זכויות הרוב. מטרת החוקה היא ליצור איזון הולם בין ההוטו לטוטסי בארגונים המבצעים והמחוקקים של הממשלה ובמועצות הקהילתיות. בין מרכיבי המפתח בחוקה: על הנשיא להיעזר בשני סגני נשיא כאשר אחד מהם משתייך לקבוצת ההוטו והשני לקבוצת הטוטסי. מרכיב נוסף דן בהרכב הממשלה, וקבע כי הממשלה צריכה להיות מורכבת מ-60% בני הוטו ו-40% בני טוטסי. בנוסף, נשים צריכות לקבל ייצוג של 30% מתוך האספה הלאומית.
בשנת 2000 חתם נשיא בורונדי על הסכם השלום, "הסכם ארושה", ביחד עם מרבית הקבוצות הלוחמות משתי הקבוצות האתניות, אך למרות החתימה היו עדיין חילוקי דעות רבים. אחד הנושאים בהם התבטאו חילוקי הדעות היה מועד תחילת הפסקת האש, ועל כן הלחימה נמשכה גם לאחר חתימת ההסכם. קבוצות המורדים העיקריות של ההוטו סירבו לחתום על הסכם הפסקת אש באותו זמן כי חשבו שהמשך הלחימה ישפר מעמדם, ו-500 מורדים נהרגו בהתקפה שלהם נגד צבא הטוטסי ב-25 בדצמבר 2001. בשנת 2001 השיחות הושלמו, ובהתאם להסכם ארושה הוחלט כי יחידות הביטחון של האו"ם יבצעו אכיפת שלום בבורונדי.
בנובמבר 2001 עלתה ממשלה חדשה לשלטון שהייתה אמורה להיות מורכבת משלטון של נשיא מקבוצת הטוטסי, דומניטיאן נדאייזאזא (Domnitien Ndayizeye), למשך 18 חודשים ולאחר מכן שלטון של נשיא מקבוצת הוטו ל-18 חודשים נוספים, פייר בויויה. עם זאת, כתוצאה מכך שלא כל הכוחות חתמו על הסכם ארושה, הלחימה בין קבוצות המורדים לממשלה נמשכה והאלימות אף החריפה. כשנתיים לאחר מכן, בשנת 2003, חתמה CNDD-FDD, "המועצה הלאומית להגנה על הדמוקרטיה"- מפלגת ימין של הוטו, על הסכם עם נשיא בורונדי.
בשנת 2004 האו"ם לקח על עצמו את האחריות לשמירת השלום בבורונדי כחלק מהניסיון להראות תמיכה בינלאומית לאור ההתקדמות שנעשתה. למרות ההתערבות של האו"ם במצב הביטחוני במדינה הקבוצות המורדות של בני ההוטו לא שמרו על השלום והמשיכו לפעול באלימות. קבוצות אלו היוו מכשול בדרך לשלום. בשנת 2005 נבחר פייר נקורונזיזה, חבר בקבוצת ההוטו, לייצג את מפלגת (CNDD-FDD) במרוץ לנשיאות בו זכה ברוב של שני שלישים מהפרלמנט.
בשנת 2006 חתמה הקבוצה האחרונה, FNL (national forces of liberation, על הסכם הפסקת אש עם הממשלה. קבוצה זו הייתה מורכבת ממורדים שלחמו למען בני ההוטו. חתימה זו נתנה תקווה לאזרחי בורונדי שכעת המדינה תוכל להתמקד בקידום האחדות ובבנייה מחדש של המדינה. על אף שחתמה על הסכם השלום, הפרה אותו קבוצת ה-FNL עוד באותה שנה בפעילויות אלימות. פלגים של ה-FNL ביצעו פעולת התנקשות בבוג'ומבורה, והרגו כ-20 לוחמים. התקפות מורדים דווחו גם בצפון מערב המדינה. הסכם הפסקת האש הוחזר לאחר משא ומתן בין הממשלה לחברי FNL, לאחר שהממשלה העניקה לשלושים ושלושה ממנהיגי הקבוצה משרות בממשלה.