ג'וזף א' ג'ונסטון
שירות בצבא ארצות הברית

ג'ונסטון התפטר מצבא ארצות הברית בשנת 1837 ופנה ללימודי הנדסה אזרחית. במהלך מלחמת הסמינולים השנייה (אנ') הוא היה מהנדס טופוגרפיה אזרחי על ספינה בפיקוד ויליאם פופ מקארתור. ב-12 בינואר 1838, ליד ג'ופיטר (Jupiter), פלורידה, המלחים אשר ירדו לחוף הותקפו. ג'ונסטון סיפר שהיו "לא פחות משלושים חורי קליע" בבגדיו, וקליע אחד ששרט את קרקפתו והותיר צלקת אותה נשא בשארית חייו. לאחר שהיה מעורב ביותר פעילויות קרביות כאזרח מאשר בשירותו הצבאי כקצין ארטילריה, החליט ג'ונסטון לשוב אל הצבא. הוא נסע באפריל לוושינגטון הבירה, וב-7 ביולי 1838 מונה כמהנדס טופוגרפיה בדרגת סגן. באותו יום קיבל דרגת יצוג של קפטן בעקבות פעולותיו בפלורידה ובמשלחת החקר לאברגליידס (Everglades).
ב-10 ביולי 1845 נשא ג'ונסטון לאישה את לידיה מוליגן סימס מקליין (1822–1887), בתו של לואיס מקליין. אביה היה נשיא חברת הרכבת בולטימור-אוהיו, ופוליטיקאי בולט (חבר קונגרס וסנאטור מטעם מדינת דלוואר, שגריר בלונדון, וחבר קבינט בממשלו של אנדרו ג'קסון). לא היו להם ילדים.
ג'ונסטון היה נלהב מפריצתה של מלחמת ארצות הברית–מקסיקו. הוא שירת במטהו של לוטננט ג'נרל וינפילד סקוט בזמן המצור על וֶרָה קרוּז (אנ'), ונבחר על ידו להיות השליח שיעביר את דרישת הכניעה למושל המחוז. הוא היה במשמר הקדמי בזמן התנועה אל עומק היבשת, תחת פיקודו של בריגדיר ג'נרל דייוויד א' טוויגס (David A. Twiggs), ונפצע קשה מפגיעת פגז רסס כאשר היה במשימת סיור לקראת קרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ (אנ'). הוא קודם לדרגת יצוג של לוטננט קולונל בעקבות פעולותיו בקרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ. לאחר שהתאושש בבית חולים שדה, הוא הצטרף לצבא בפּּוּאבְּלָה. במהלך ההתקדמות לעבר מקסיקו סיטי הוא היה סגן המפקד של רגימנט חיל רגלים. הוא הצטיין בקרב קונטררס (אנ') ובקרב צ'ורובוסקו (אנ'), ונפצע שוב בקרב צ'פולטפק (אנ'). הוא קודם פעמיים בעקבות ביצועיו בקרבות אלו, וסיים את המלחמה בדרגת יצוג של קולונל בצבא המתנדבים. (באותה תקופה הענקת דרגת יצוג הייתה דרך מקובלת לציין לשבח את פועלו של חייל בקרב. לאחר תום המלחמה חזר ג'ונסטון לדרגה בה החזיק בעת שלום – קפטן ביחידת מהנדסי הטופוגרפיה.) וינפילד סקוט העיר בהומור ש"ג'ונסטון הוא חייל מצוין, אבל למרבה הצער היה לו כישרון מיוחד לחטוף כדור כמעט בכול היתקלות." המכה הקשה ביותר שקיבל ג'ונסטון במהלך המלחמה הייתה מותו של אחיינו, פרסטון ג'ונסטון. כאשר בישר רוברט אדוארד לי לג'ונסטון על מותו של אחיינו בקרב קונטררס מפגיעת פגז ארטילריה מקסיקני, בכו שני הקצינים, וג'ונסטון התאבל על מותו בשארית חייו.
ג'ונסטון היה מהנדס בזמן סקר גבול מקסיקו ארצות הברית בשנת 1841; הוא חזר לאזור כמהנדס הטופוגרפיה הראשי של מחלקת טקסס, ושירת שם בין 1848 ל-1853. במהלך שנות ה-50 ניסה ג'ונסטון לקבל בחזרה את דרגתו הקודמת, ושלח מכתבים למשרד המלחמה בהם הציע שיינתן לו תפקיד ביחידה קרבית תחת דרגת לוטננט קולונל. מזכיר המלחמה ג'פרסון דייוויס, מכר של גיונסטון מווסט פוינט, דחה הצעות אלה, כפי שעשה לאחר מכן במהלך מלחמת האזרחים, למרבה רוגזו של ג'ונסטון. למרות חילוקי דעות אלה, דייוויס העריך את ג'ונסטון במידה מספקת על מנת למנות אותו ב-1 במרץ 1855 ללוטננט קולונל ביחידה חדשה - רגימנט הפרשים ה-1 בפורט לוונוורת', קנזס, תחת קולונל אדווין סאמנר (Edwin V. Sumner). (באותו זמן מונה רוברט אדוארד לי כלוטננט קולונל ברגימנט הפרשים ה-2 תחת קולונל אלברט סידני ג'ונסטון.) בתפקיד זה השתתף ג'ונסטון במבצעים כנגד שבט הסו בטריטוריית ויומינג (לימימים מדינת ויומינג; שטחים חדשים קיבלו בדרך כלל מעמד של "טריטוריה" ושולבו בהמשך בארצות הברית בבתור מדינות), ובפעולות האיבה סביב עתיד העבדות בטריטוריית קנזס טרם היותה למדינה, פרשה הידועה בשם "קנזס המדממת". הוא פיתח ידידות קרובה ויחסי חונך עם אחד הקצינים הזוטרים שלו, קפטן ג'ורג' מקללן. שנים אחר כך יפגוש ג'ונסטון את מקללן מן העבר השני של המתרס, כגנרל בצבא האיחוד.
בסתיו 1856 הועבר ג'ונסטון לבסיס גיוס (בקו"ם) בג'פרסון באראקס (אנ'), מיזורי. ב-1857 הוא הוביל משלחת מדידה וסיור על מנת לקבוע את גבולה של קנזס. שנה לאחר מכן הוחלף שר המלחמה דייוויס בג'ון ב' פלויד, יליד אבינגטון ודודן של ג'ונסטון מצד אשתו. פלויד היה אפוטרופוס של פרסטון ג'ונסטון. פלויד העניק לג'ונסטון דרגת יצוג קולונל על פעולותיו בקרב סרו גורדו, קידום אשר עורר מירמור בקרב הצבא עקב העדפת קרובים. בשנת 1859 מינה הנשיא ג'יימס ביוקנן את רוברט מקליין, גיסו של ג'ונסטון, כשגריר למקסיקו, וג'ונסטון נילווה אליו לביקור בוורה קרוז. הוא קיבל גם הוראה לבחון נתיבי תנועה צבאיים למקרה של פעולות איבה נוספות מול מקסיקו.
ב-10 ביוני 1860 נפטר בריגדיר ג'נרל תומאס ג'סופ (Thomas Jesup), שהיה קצין אפסנאות ראשי של צבא ארצות הברית. על וינפילד סקוט היה למנות מחליף, הוא נקב בשמות ארבעה מועמדים במקום אחד: אלברט סידני ג'ונסטון, ג'וזף א' ג'ונסטון, רוברט אדוארד לי, וצ'ארלס פרגוסון סמית' (Charles F. Smith). אף על פי שג'פרסון דייוויס, כעת חבר ועדת הסנאט לעניינים צבאיים, העדיף את אלברט סידני ג'ונסטון, מינה פלויד את ג'וזף א' ג'ונסטון לתפקיד.
ב-28 ביוני 1860 קודם ג'ונסטון לדרגת בריגדיר ג'נרל. ג'ונסטון לא נהנה מתפקידו, בהעדיפו תפקיד שטח על פני עבודת אדמיניסטרציה בוושינגטון. בנוסף, הוא סבל מן הלחצים שהביא עימו הסכסוך המתגבר בין הצפון לדרום, ומן הדילמה המוסרית של ניהול משאבי הצבא אשר יכולים היו להביא תועלת לדרום, מקום מוצאו. למרות זאת, הוא לא נכנע לפיתוי, בניגוד לפלויד אשר הואשם בהטיה לטובת הדרום.