יחסי דרום אפריקה – ישראל
1994-2018 - לאחר נפילת שלטון האפרטהייד

ב-1994, עם נפילת שלטון האפרטהייד, ערכה דרום אפריקה את הבחירות הדמוקרטיות הראשונות שלה, ונלסון מנדלה נבחר להיות נשיא. בנאום שנשא באוגוסט 1993 אמר מנדלה כי מפלגתו, הקונגרס הלאומי האפריקני, הייתה "מאוד לא מרוצה" מהיחסים בין דרום אפריקה בעידן האפרטהייד לישראל, אך הביעה נכונות להתקדם מזה ולמצוא פתרון לסכסוך הישראלי-פלסטיני .
בתור תנועה, אנו מכירים בלגיטימיות של התנועה הפלסטינית הלאומית כשם שאנחנו מכירים בלגיטימיות של הציונות בתור תנועה יהודית לאומית... אנו עומדים על זכותה של ישראל להתקיים בגבולות בטוחים, אבל באותה תקיפה תומכים בזכותם של הפלסטינים להגדרה עצמית.
בפברואר 1995 הכירה דרום אפריקה במדינה פלסטינית.
בספטמבר 1995, ערך שר החוץ של דרום אפריקה ביקור רשמי בישראל, ובו חתמו שתי המדינות על הסכם להקמת ועדה משותפת לשיתוף פעולה.
נלסון מנדלה, מנהיג הקונגרס הלאומי האפריקני, ביקר לראשונה בישראל ב-1999. מנדלה אמר "למספר הרב של האנשים ששאלו מדוע באתי, אני אומר: ישראל עבדה קרוב מאוד למשטר האפרטהייד אבל אני עושה שלום עם אנשים רבים ששחטו את אנשינו כמו חיות. ישראל שיתפה פעולה עם משטר האפרטהייד אך עדיין היא לא השתתפה בשום זוועה". כשאהוד אולמרט היה סגנו של ראש הממשלה הוא ביקר לראשונה בדרום אפריקה ב־2004, שם נפגש עם נשיא דרום אפריקה, תאבו מבקי, זה היה הביקור הראשון של מנהיג ישראלי בדרום אפריקה אחרי ביטול משטר האפרטהייד.
בשנת 2001, על רקע אינתיפאדה השנייה התקיימה בדרבן ועידת האו"ם נגד הגזענות. הוועידה, שהייתה אמורה לעסוק בבעיות של גזענות, אפליה והדרת מיעוטים, הפכה לזירה של התקפה פוליטית נגד ישראל, ונציגים ממדינות ערביות ואפריקאיות ניסו לקשר את ישראל לגזענות ולמדיניות אפרטהייד, והשוו בין מדיניותה לבין משטר האפרטהייד בדרום אפריקה.
ב-2004 ביקר סגן שר החוץ הדרום אפריקאי עזיז פאחאד את בניית גדר ההפרדה על ידי ישראל.
ב-24 באפריל 2009, יום לאחר הבחירות בדרום אפריקה בה נבחר ג'ייקוב זומה לשלטון, אמר שגריר דרום אפריקה בישראל כי "דרום אפריקה תמשיך לבסס את היחסים המצוינים השוררים בין המדינות". ב-23 בספטמבר 2009 סגן שר החוץ דני אילון נפגש עם ג'רי מג'ילה, אחד מבכירי משרד החוץ של דרום אפריקה. בפגישה הדגיש סגן שר החוץ את רצונה של ישראל בהידוק היחסים עם דרום אפריקה.
ב-31 במאי 2010, לאחר עצירת המשט לעזה, שגריר דרום אפריקה בישראל נקרא חזרה לארצו, אולם ב-20 ביולי, הודיע על שובו. בכל אותה העת שגריר ישראל בפרטוריה נשאר על כנו ומשרד החוץ הישראלי לא נקט בצעדים מקבילים.
ב-1 במאי 2012, החליטה ממשלת דרום אפריקה על סימון מוצרים ישראליים המיוצרים מחוץ לתחומי הקו הירוק.
ב-2013 שרת החוץ של דרום אפריקה אמרה ששרי הממשלה לא יערכו יותר ביקורים רשמיים בישראל. בתגובה, שר החוץ של ישראל אביגדור ליברמן האשים את שרת החוץ של דרום אפריקה ב”תערובת של צביעות ואנטישמיות קלאסית”. מאוחר יותר אמר סגן שר החוץ של דרום אפריקה איברהים איברהים, כי ”ממשלת דרום אפריקה יותר קיצונית ויותר נוקשה ביחסה לישראל, מאשר מדינות ערביות רבות”.
ב-2015 נמנעה כניסתו לרשות הפלסטינית דרך ישראל, של השר להשכלה גבוהה בלייד זימאנדה, חבר המפלגה הקומוניסטית הדרום אפריקאית, עקב הזמנתו לרשות הפלסטינית ולא לישראל וכן בשל קריאתו להטיל חרם על ישראל. בתגובה קרא להחרים את ישראל ובכלל זה חרם על אוניברסיטאות.
באוקטובר 2015 דרום אפריקה אירחה את יושב-ראש הלשכה המדינית של חמאס, ח'אלד משעל, ובעקבות כך זומן שגריר דרום אפריקה בישראל לשיחת נזיפה. בנוסף, לדרום אפריקה נציגות רשמית של חמאס בקייפטאון.
ביקור הנשיא לשעבר שמעון פרס בדרום אפריקה, בפברואר 2016, לווה במחאות. במרץ הגיעה לדרום אפריקה משלחת בראשות מנכ"ל משרד החוץ דורי גולד, בעקבותיה הוחלט לשפר את היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות.
במאי 2017, 12 שרים וסגני שרים, בתוכם סגן הנשיא סיריל רמפוזה, אשר החל מפברואר 2018 מכהן כנשיא, פתחו בשביתת רעב בת 24 שעות, מתוך הזדהות עם שביתת הרעב של האסירים הפלסטיניים בישראל. הם השוו בינה לבין שביתת הרעב שנעשתה בתקופת האפרטהייד בדרום אפריקה.
באוגוסט 2017, הודיעה מפלגת השלטון "הקונגרס הלאומי האפריקני" שלא תפגוש משלחת חברי כנסת ישראלים בראשות נחמן שי. המשלחת יצאה לדרום אפריקה כדי לפגוש את חברי הקהילה היהודית וגם הגיעה לפרלמנט ופגשה את נציגי האופוזיציה.