האויב שבפנים: הגמול
עלילת הסרט

אליס ושאר הניצולים על סיפון אוניית המשא "ארקדיה" מותקפים על ידי צי מטוסי מטה רוטור בל-בואינג V-22 בהנהגת ג'יל ולנטיין, שנשלטת בידי תאגיד "אמברלה". המתקפה הורגת רבים מהניצולים, אליס נלכדת, וגורלם של כריס, קלייר וקיי-מארט נותר לא ידוע.
העלילה עוברת אל כפילתה של אליס שמתגוררת בפרוור העיר עם בעלה טוד ובתה החירשת בקי. התקפת זומבים מגלה כי הפרוור הוא למעשה ראקון סיטי בזמן התקרית של התפרצות נגיף הטי. אליס ובקי נמלטות מהמתים בעזרתה של ריין אוקמפו, שאוספת אותן במכוניתה. הן נפגעות בידי משאית זבל, וריין מתעלפת. אליס מחביאה את בקי אך נהרגת בידי טוד, שהפך לזומבי.
בינתיים, אליס האמיתית מתעוררת במתקן תת-קרקעי של אמברלה ומתוחקרת בידי ג'יל. במהלך נפילת מתח, היא נמלטת מכלאה וממערכת ההגנה של המלכה האדומה, ומוצאת את עצמה בכיכר שיבויה בטוקיו. היא נלחמת כל הדרך נגד זומבים ונכנסת לחדר שמלא בעובדים מתים. היא נתקלת באדה וונג, אחת מסוכניו הבכירים של אלברט וסקר. וסקר מופיע על המרקע ומודיע לה שהם לא משרתים יותר את תאגיד "אמברלה", וכי נפילת המתח נוצרה על ידו כשהוא פרץ למערכת הראשית. וסקר מגלה לה גם כי המלכה האדומה הופעלה מחדש אחרי תקרית הכוורת וכעת היא שולטת בתאגיד "אמברלה". הוא אומר גם שהמתקן מתקיים מתחת לפני הים בקמצ'טקה, רוסיה והוא שימש בעבר כבסיס ימי סובייטי. הוא תוכנן בידי תאגיד אמברלה לשמש כמפעל לייצור כפילים ויצור סימולציות של התפרצויות כדי להראות את ממדי השפעתו של נגיף הטי.
אדה ואליס מתכוונות להפגש עם צוות חילוץ אותו ארגן וסקר, כשבין חבריו כלולים ליאון ס. קנדי, ברי בורטון ולות'ר ווסט – בן בריתה לשעבר של אליס אשר שרד את ההתפרצות בלוס אנג'לס. צוותו של ליאון שותל פצצות בכניסה למתקן אשר יתפוצצו לאחר שעתיים כדי לוודא שהמתקן הושמד. הקבוצה מתכננת להפגש עם אליס ואדה בפרוור העיר ראקון סיטי. בסימולציה בעיר ניו יורק, אליס ואדה מביסות שתי מפלצות של מוציאים להורג. ליאון וצוותו נכנסים לסימולציה של מוסקבה (הכיכר האדומה בחזית הגום), אך הם נארבים בידי עדר אלמתים של חוליות לאס פלאגאס משוריינות.
בפרוור העיר, אליס ואדה נתקלות בבקי, שטועה לחשוב את האליס לאמהּ הכפילה. הן נתקלות גם בג'יל ובכפיליהם של בני בריתה לשעבר של אליס – ג'יימס "אחד" שייד, ריין אוקמפו ה"רעה" וקרלוס אוליברה, שנשלחו ללכוד אותן. במהלך הירי אותו יוזמת אדה, היא נותנת לאליס את משקפיה החכמות ו-וו אחיזה כדי שהיא ובקי יוכלו למצוא את דרכן החוצה, ודרכן של השתיים מתפצלת. הן נתקלות בכפילה ה"טובה" של ריין אותה פגשו בפרוור מוקדם יותר בקו ארבטסקו פוקרובסקאיה של סימולציית מוסקבה, ואליס נותנת לה נשק. לאחר מכן היא מצילה את צוותו של ליאון מחוליות לאס פלאגאס, וביחד הם עושים את דרכם למנהרות המובילות לרציף עגינה של צוללות. אולם, הם נקלעים למארב קבוצתה של ג'יל. בקי נלכדת בידי מפלצת שהורגת את ריין הטובה על ידי שבירת מפרקתה. אליס מצילה את בקי והורגת את המפלצת בעזרת חגורת רימוני יד שמצאה. ברי מקריב את חייו והודף את חיילי אמברלה מספיק זמן כדי שהאחרים ימלטו. באמצעות הפצצות של ליאון, הם מצליחים להשמיד את המתקן ובכך לאפשר את בריחתם של ליאון ולות'ר. אליס ובקי גם הן מצליחות להימלט, כשהן משתמשות בתעלות האוורור.
על פני השטח, אופנוע הקרח שלהם מושבת לאחר שהצוללת של ג'יל פורצת את מעטה הקרח. ג'יל וריין הרעה מתעמתות מול הקבוצה ואדה מוחזקת כבת ערובה. ג'יל ואליס נלחמות אחת בשנייה, בעוד ריין הרעה נלחמת בליאון ולות'ר לאחר שהיא מודבקת בטפיל לאס פלאגאס - מה שמעניק לה כוחות על-אנושיים ויכולות ריפוי. אליס מצליחה לקרוע מג'יל את מתקן החרפושית ששולט בה, דבר שמחזיר לה את תודעתה. לרוע המזל, ריין הורגת את לות'ר וליאון מעולף. אליס מבינה שריין היא חזקה מידי ואי אפשר להילחם בה. היא יורה בקרח שמתחת לרגליה, וריין נגררת בידי הזומבים ששוחים מתחת למעטה הקרח. אליס, אדה, בקי, ליאון וג'יל מגיעות לבסיסו של וסקר הממוקם בבית הלבן, כשהוא מבוצר וחסום מפני כוחות עוינים ומאויש בידי הכוחות המזוינים של ארצות הברית ששרדו. היא מתעמתת עם וסקר בחדר הסגלגל, והוא מזריק לה את נגיף הטי – צעד שמחזיר לה את כוחותיה העל-אנושיים. הוא עושה זאת מכיוון שאליס היא היחידה שמסוגלת להתמזג בהצלחה עם נגיף הטי, דבר שהופך אותה לנשק האולטימטיבי. על גג הבניין, וסקר מסביר שהמלכה האדומה מנסה להשמיד את המין האנושי, וכל בני האדם שנותרו נמצאים בבית הלבן והם קו ההגנה האחרון של האנושות. בסיום הסרט, המצלמה מתרחקת ומראה שצבא ארצות הברית מגינה על הבית הלבן עם כוחותיו של תאגיד "אמברלה" כנגד עדרים ענקיים של זומבים שמטפסים על החומות המבוצרות.