מבצע רעם מתגלגל
טילי קרקע-אוויר נגד הויילד ויזל

ההכנסה לפעולה של טילי קרקע-אוויר העמידה את הטייסים האמריקאים בפני ברירות קשות: לגשת למטרות מגובה רב כדי להימנע מפגיעה מאש אנטי-אווירית ולהיות טרף לטילי הקרקע-אוויר, או לטוס בגבהים נמוכים כדי להימנע מפגיעת הטילים ולהוות מטרה לסוללות האנטי-אוויריות. עקב שינוי הטקטיקות והשימוש ההולך וגדל בחסימות מכ"ם, ירד במשך הזמן שיעור ההצלחות של טילי הקרקע-אוויר. מיחס של הפלה אחת ל-30 שיגורים ירד שיעור ההפלות ליחס של פחות מהפלה אחת ל-50 שיגורים. נתונים אלה העידו באופן משמעותי על היעילות של מבצע רעם מתגלגל, מאחר שסוללות טילי הקרקע-אוויר של צפון וייטנאם לא סבלו אף פעם ממחסור בטילים, ללא קשר למאמצים לפגוע בקווי האספקה שלהם.
האופן ההדרגתי של המבצע נתן להאנוי מספיק זמן להתרגל למצב. ב-1967, החזיקה צפון וייטנאם כבר 25 גדודי טילים, שכל אחד מהם הפעיל שישה משגרים, שפעלו לסירוגין מתוך 150 אתרים. בסיועה של ברית המועצות, החלו הצפון וייטנאמים להפעיל במהירות מערכות מכ"ם להתראה מוקדמת שכללו יותר מ-200 מתקנים שפוזרו ברחבי הארץ, עקבו אחר הפשיטות האוויריות של האמריקאים ופעלו בתאום עם סוללות הטילים, הסוללות האנטי אוויריות ומטוסי המיג שתקפו אותם. במהלך שנת 1967 איבדה ארצות הברית 248 כלי טיס (145 של חיל האוויר, 102 של הצי ואחד של חיל הנחתים).
כדי לשרוד בשטח קטלני זה, אימצה ארצות הברית טקטיקות מיוחדות חדשות. פשיטות רחבות היקף, שכונו בחיל האוויר בשם "חבילות כוח" (force packages) ובצי כונו "תקיפות אלפא" (Alpha strike), כללו אין ספור כלי טיס שנועדו להגן על המפציצים. הראשונים להיכנס לאזורי המטרות היו כוחות מיוחדים שכונו "יד הברזל" (Iron Hand) שנועדו לדכא את הכוחות האנטי-אוויריים של הצפון וייטנאמים. אלה כללו את מטוסי ה-F-105 שצוידו באמצעים אלקטרוניים מתוחכמים לגילו פליטת הקרינה של אמצעי ההנחיה והשליטה של סוללות הטילים.
מערכות הויילד ויזל נשאו גם אמצעי נגד אלקטרוניים (ECM) להגנה עצמית. הם כוונו לבצע דיכוי של ההגנה האנטי-אווירית ונשאו טילים נגד קרינה AGM-45 שרייק (פיתוח נוסף של הצי), שהתבייתו על מערכות המכ"ם ועל טילי הקרקע-אוויר. לטילי ה-S-75 דווינה היה טווח גדול יותר מזה של טילי השרייק, אך אם השרייק היה משוגר ומפעיל המכ"ם של האויב המשיך לפעול, הטיל האמריקאי היה מסוגל להתביית על האות של המכ"ם ולהשמידו. משחקי חתול ועכבר מתוחכמים התנהלו אז בין מפעילי המכ"ם הצפון וייטנאמים לבין הטייסים האמריקאים שהפעילו את הויילד ויזל. הצי גם הוא הפעיל כלי טיס למשימות דומות, אך לא הקים יחידות מיוחדות כמו הויילד ויזל כדי לבצע פעולות דיכוי לכלי הנשק האנטי אוויריים.
השלב השני לאחר דיכוי אמצעי ההגנה האנטי אווירית היה כניסתם לאזור המטרות של המפציצים העמוסים והמלווים במטוסי ליווי ובמטוסים שנשאו ציוד חסימה אלקטרוני לשיבוש המכ"ם של האויב. התקני ECM חדשים הוכנסו במהירות לשימוש כדי להגן על המטוסים מפני טילי הקרקע-אוויר, אך הם היו מוגלים בשל תנאי מזג האוויר. בכוחות משימה אלה נכללו גם מטוסי תדלוק אווירי KC-135 ומסוקי חיפוש והצלה שזכו להגנתם של מטוסי ה-A-1 סקייריידר שליוו אותם.
החל מאמצע שנת 1966 ועד לסוף 1967 המשיך הנשיא לינדון ג'ונסון לחלק לגנרלים מטרות רגישות להתקפה ובאותה עת ניסה לפייס את היונים בקונגרס ובממשל באמצעות קיצוצים תקופתיים וביוזמות שלום שלא באו מתוך כוונה כנה. בסופו של דבר מהלכים בלתי יציבים אלה לא גרמו לשביעות רצון של אף אחד וסייעו מעט לשנות את מהלך המלחמה.
האופי המיוחד של המטרות והסיכונים שבתקיפתם החלו לגבות מחיר. בספטמבר 1966 דיווח מפקד המבצעים הימיים של הצי, אדמירל דייוויד מקדונלד, לעמיתיו, לאחר סיור שקיים בדרום וייטנאם, שצוותי האוויר שהשתתפו במבצע רעם מתגלגל זעמו על תהליך הקצאת המטרות ושהם מצאו פגמים במערכה עקב "הנחיות שדרשו את ביצוען של תוכניות חוזרות ונשנות שנראו יותר מהכל כפועלות לטובתם של תותחני האויב". במהלך שנת 1967, שהייתה השנה המלאה השנייה של מבצע רעם מתגלגל, אבדו 362 כלי טיס אמריקאים בשמי צפון וייטנאם (208 של חיל האוויר, 142 של הצי ו-12 של חיל הנחתים).