מכון משנת רבי אהרן
פרויקטים

משנת רבי אהרן: בנו הרב שניאור קוטלר התחיל בהוצאת כתבי אביו, ומסר את הטיפול לידי מכון ירושלים ותלמיד אביו הרב אפרים ראובן זורייבין ורצונו היה שיערכו את הספרים על סדר הרמב"ם כפי המקובל באותה תקופה בעיקר בבית בריסק, ואכן בחייו יצא לאור בהוצאת מכון ירושלים הספר הראשון "הלכות שכנים" המסודר על סדר הרמב"ם. וגם ספר ראשון מסדרת מאמרים ושיחות מוסר. מכון ירושלים המשיך לאחר פטירת הרב שניאור קוטלר,  בהוצאת שני חלקי שו"ת המחולקים לארבעת חלקי השו"ע, (שנת תשמ"ה). יחד עם הסכמת הרב אלעזר מנחם מן שך.
לאחר מכן הוקם על ידי ישיבת לייקווד מכון עצמאי בשם מכון משנת רבי אהרן, שהמשיך להוציא לאור עוד 15 כרכים מסדרת "משנת רבי אהרן", 10 מהם מסודרים על מסכתות הש"ס, מאחר שהרב אהרן קוטלר עצמו כתבם על סדר הש"ס ונתקשו להחליפם לסדר הרמב"ם משום שפעמים לא דן כלל בדבריו. ועוד 3 ספרי מאמרים ושיחות מוסר ושני ספרים על התנ"ך.
שיח ערב – נועם שיח: כהמשך למפעל זה התחיל המכון בהוצאת כתבי הרב שניאור קוטלר, ובשנת תשמ"ח יצא לאור ספרו הראשון "נועם שיח" – מאמרים ושיחות מוסר. מאז המשיך בהוצאת עוד כרך מספר "נועם שיח" (תשנ"ב), ומהדורה מחודשת (תשע"ב), וסדרת ספרים על מסכתות הש"ס בשם "שיח ערב" בראשות הרב משה הכט, על מסכת פסחים (תשס"ו) סדר קדשים (תשס"ו), ומסכת סנהדרין (תשס"ז) שיצא לכבוד 25 שנה לפטירתו, מסכתות שבת, עירובין, סוכה, מגילה וחגיגה (תשע"ב), מסכת קידושין (תשע"ה).
קובץ נהוראי: ביטאון המכיל כאלף עמודים שיצא לאור מדי שנה משנת תשנ"ה עד שנת תשס"ט, בו מתפרסמים מהגיגי ראשי הישיבה ולומדיה בכל הנושאים הנלמדים בישיבה. עורכיו הרב צבי רוטברג והרב משה הכט.
קובץ נטעי נעמנים: ביטאון המכיל כאלף עמודים שיצא לאור מדי שנתיים משנת תשנ"ח עד שנת תש"ע, בו מתפרסמים מהגיגי ראשי הישיבה ובוגריה בכל הנושאים התורניים, ונחשפים כתבי יד מגדולי דורות העבר ראשונים ואחרונים, ופרקי היסטוריה על ישיבות ורבנים. עורכיו הרב צבי רוטברג והרב משה הכט.
קובץ עמודי שלמה: ספר המכיל כאלף עמודים בו מרוכזים על מסכת אחת מהגיגי ראשי הישיבה ומחבורות לומדים מסכת זו, מסודרים דף על דף בשני מדורים, מדור חידושים ארוכים, ומדור הערות קצרות. עד כה יצא לאור במתכונת זו ספר על מסכת עירובין. עורכיו הרב צבי רוטברג והרב משה הכט. עורך אחראי הרב אליהו פיטרמן.
קובצים שונים מבני הישיבה: קובץ נטע משפט (ב' כרכים) על הלכות דיינים,  קובץ הזיכרון, קובץ תאנה שילה.
משנת זרעים – טהרות: מטרת הפרויקט היא להקל בהבנת הלומדים משניות אלו אשר אין עליהן גמרא, חבורה של אברכים יחד עם העורכים הראשים הרב מרדכי גליס הרב יוסף יזרעאלי והרב מאיר מאסקוביץ עסקו בכתיבת הערות הכוללות פירוש וציטוט מפרשים קדמונים על הפירוש הראשי למשניות הנקרא "פירוש הר"ש", וכן על שאר המפרשים ראשונים ואחרונים ופוסקי ההלכה בתחומים אלו, סיכומי שיטות והשוואת גרסאות על פי כתבי יד מאוניברסיטאות שונות ברחבי העולם. עד כה יצאו מסכתות שביעית, בכורים, חלה, ידים ופאה.
שפתי ישנים: פרויקט רחב היקף שמטרתו לההדיר ספרים של ראשונים ואחרונים שיצאו בעבר בדפוס משובש, או שעדיין נמצאים בכתב יד. עד כה יצאו הספרים:
ספר דברי משפט (ב' כרכים),
ספר אמרי בינה (ג' כרכים),
ספר עצי אלמוגים (הלכות עירובין ידיים ושניות לעריות – ב' כרכים),
שו"ת חלק לוי, 
שו"ת שאלת חיים, 
ספר נר שמואל (לר' שמואל חרקובר), 
ספר אורים גדולים, 
ספר קול בן לוי לרבי רפאל הלוי,
ספר שמחת יום טוב (למהרי"ט אלגאזי),
ספר קריית מלך רב (ב' כרכים), 
ספר דין אמת – ספר בית מושב (בכרך אחד),
ספר אפיקי מגינים (על שו"ע או"ח), 
ספר בתי כהונה (על הרמב"ם), 
ספר מהר"י ברונא (על התורה), 
ספר מים יחזקאל (על התורה), 
ספר דברי ירמיהו (על התורה – ב' כרכים), 
ספר חמדת חיים (על התורה), 
ספר חידושי הרי"ח (על מדרש רבה),
ספר מדרש תנאים (ברייתא של ל"ב מדות ופרקי דרבי אליעזר עם פירוש המהרז"ו),  
ספר אבות דרבי נתן (עם ביאורי שני אליהו ובן אברהם),  
ספר מגילת תענית, 
ספר עיון מנחם (על אגדות הש"ס – ב' כרכים),
קונטרס נזר ניצחון (על אגדתא סבא דבי אתונא), 
קונטרס מרכבות עמי (פירוש על שיר השירים),
ספר נחלת דוד (על מגילת אסתר), 
ספר ידי משה (על מגילת אסתר), 
ספר מלאכת עבודת הקודש (על עבודת יום הכיפורים), 
ספר עיקרי הקרבנות (על עבודת יום הכיפורים), 
ספר וזאת ליהודה (על עבודת יום הכיפורים),  
ספר הקשורים ליעקב (דרשות היעב"ץ), 
ספר אורחות חיים להרא"ש עם פירוש נתיב חיים – וספר זיכרון עולם (בכרך אחד), 
ספר בן אוני, 
ספר בית שלמה (על דיני בן אדם לחבירו), 
ספר שיח יצחק, 
אוסף מפרשי הסמ"ג הלכות חנוכה,
אוסף מפרשי הסמ"ג הלכות פורים,
אוסף מפרשי הסמ"ג הלכות פסח,
אוסף מפרשי הסמ"ג הלכות ראש השנה יום הכיפורים סוכות.
אודים מאש: פרויקט זיכרון לקהילות ישראל ורבניהם שנספו בשואה, סדרת ספרים בשם "אודים מאש" המקבצת חידושי תורה מרבני הקהילות עם תיאור קצר לחיי הקהילה וקווים לדמותם של רבניה.