מבצע חירם
ערביי הגליל במבצע חירם

ב-29 באוקטובר, מספר התושבים שנמצא ב"כיס" שהוחזק בידי כוחותיו של קאוקג'י נאמד ב־50,000 עד 60,000 תושבים, כולל פליטים. מבצע חירם הביא ליציאה המונית של ערבים תושבי ה"כיס". רבים מהם נמלטו עוד לפני הגעת חיילי צה"ל לכפריהם. רבים יצאו כדי להתרחק מהקרבות, ושהו בערוצים, בפרדסים ובמערות בסביבת כפריהם, מתוך כוונה לשוב אחר כך, אולם ברוב המקרים יחידות של צה"ל חסמו את דרכם ולא אפשרו להם לחזור לבתיהם. היו גם תושבים שבחרו מרצון שלא לחזור לכפריהם, כדי לא לחיות תחת שלטון ישראלי. אחרים גורשו לאחר הכיבוש. כמחצית מתושבי ה"כיס" לפני המבצע, עברו ללבנון. רוב המוסלמים תושבי ה"כיס" ברחו ללבנון, בעוד שרוב הנוצרים וכמעט כל הדרוזים והצ'רקסים נשארו במקומם.
לאחר המבצע הורה משה כרמל ליצור רצועה של חמישה ק"מ מדרום לגבול עם לבנון, נקייה מתושבים וכפרים ערבים. ב־5 בנובמבר פונו תושבי הכפרים איקרית ובירעם תוך הבטחה שיוכלו בעתיד לשוב למקומם. כעבור כמה ימים, הוחלט לעצור את המשך פינוי הכפרים, אך לא להחזיר את אלו שכבר פונו.
במהלך המבצע אירעו מספר מקרים של מעשי טבח והתעללות בתושבים מקומיים. כבר במהלך מלחמת העצמאות נדרש היועץ המשפטי הראשון לממשלה, יעקב שמשון שפירא, לחקור את מעשי הטבח שבוצעו באוקטובר 1948 במהלך מבצע "חירם" על ידי חטיבות: כרמלי, גבעתי וחטיבה שבע. מסקנותיו הוגשו לממשלה בדצמבר 1948. הממשלה דנה במסקנות אך הדו"ח והמסקנות נותרו חסויים עד היום, השנה ה-76 לעצמאות ישראל. ההיסטוריון בני מוריס כותב שהחומר שנותר חסוי עוסק בגירוש, בהרס כפרים ערביים ובמעשי ביזה, שוד, אונס ורצח על ידי חיילי צה"ל. עדויות מהימנות אחרות שמביא מוריס מלמדות כי כמעט בכל מעשי הטבח הייתה השתלשלות עניינים דומה: יחידה של צה"ל נכנסה לכפר, הורתה לכנס את הגברים, בחרה בין ארבעה עד לעשרות צעירים, העמידה אותם ליד קיר וירתה בהם, זאת למרות שבחלק מהכפרים כלל לא הייתה התנגדות. עד כה לא נחשפה תעודה שמעידה על הוראה או הנחיה מרכזית. להפך, חלקים שהותרו לפרסום בפרוטוקולים של ישיבות ממשלה במהלך המלחמה מגלים שְׁאַט נפש וזעזוע מהמעשים אבל ריבוי המעשים, דפוס הפעולה, והיעדר ענישה, מצביעים על מצב אמביוולנטי ביחס למוסר הלחימה.
לאחר כיבוש עיילבון נרצחו 14 מתושביו על ידי החיילים כנקמה על כך שראשיהם של שני חיילים ישראלים שנהרגו בקרב נכרתו ונישאו בתהלוכה.
ב־1 בנובמבר 1948, לאחר כיבוש הכפר חולא הלבנוני, ריכזו חיילי חטיבת כרמלי עשרות גברים ודחקו אותם לאחד הבתים. לאחר מכן ירו עליהם ופוצצו את הבית, ובין 34 ל־58 גברים נהרגו. מפקד הפלוגה האחראי הועמד לדין ונשפט לשבע שנות מאסר, אך בפועל הוא לא נאסר.
התקבלו תלונות ועדויות על מעשי טבח ואכזריות נוספים גם בסאלחה, צפצאף, ג'יש, בירעם וסעסע. על פי הערכה, במבצע כולו נרצחו כמאתיים אזרחים ושבויים בכ־12 מקומות. למרות מספר חקירות שנוהלו באשר למקרים אחרונים אלה, לא הועמד לדין אף חייל בעקבותיהן.
בני מוריס קובע כי לא הייתה החלטה או הוראה לצה"ל, של הממשלה או של ועדה שלה, במהלך המבצע או מיד לאחר סיומו, על גירוש האוכלוסייה הערבית מן השטחים שנכבשו במבצע. כמו כן, הוא לא מצא שום עדות להוראות כלליות ברוח זו מצד מטה המבצע או החטיבות שהשתתפו בו לגדודים ולפלוגות שלהן.
מוריס מציין כי בדרך כלל כפרים שנלחמו נגד צה"ל במבצע חירם, התרוקנו מתושביהם, שלרוב נמלטו מתוך פחד מפני מעשי נקם, או שסירבו לחיות תחת שלטון ישראלי, ובחלק מן המקרים הם גורשו. לעומת זאת, תושבי כפרים שנכנעו ללא קרב, לא פחדו מנקמה של צה"ל ולכן גם לא ברחו, והורשו בדרך כלל להישאר. בדרך כלל, כפרים שהיו ברובם מוסלמים, נטו להשיב מלחמה ולסייע לצבא השחרור הערבי בפיקודו של קאוקג'י. לעומתם, רוב הכפריים הנוצרים נטו להיכנע ללא קרב ונמנעו ממתן סיוע ליחידותיו של קאוקג'י. מספר כפרים שאוכלוסייתם מעורבת, גילו התנגדות. באלה נשארו רוב הנוצרים ואילו המוסלמים נמלטו או הוברחו. הכפריים הדרוזים והצ'רקסים לא גילו שום התנגדות לצה"ל.