קרי וכתיב
סימון הקרי והכתיב > צורות ניקוד והטעמה של הכתיב

החלוקה שערכו אנשי המסורה בין הכתיב לקרי העמידה אותם בפני בעיה לא פשוטה: כל מילה במקרא הם ניקדו והטעימו בצורה המתאימה לה. מה יעשו למילה שאינה נקראת כפי שהיא נכתבת? והרי הניקוד, במהותו, אמור היה לשקף את צורת הקריאה, ולא את צורת הכתיבה, גם כאשר זו שיקפה צורת קריאה שונה. נראה שהאפשרות להשאיר אותה חסרת ניקוד ולנקד בצורת ה'קרי' שבשוליים נראתה לא נכונה, שהרי את הטעמים ודאי יש להשאיר בפנים, שהרי הם חלק מן המערכת המוזיקלית של כלל הפסוק; ואין היגיון בהבדלה בין הניקוד לטעמים.
הפתרון היה לנקד את המילה הכתובה בצורה של המילה הנקראת, יחד עם סימון להערת הקרי. כך, קורא מיומן יוכל לקוראה על פי הניקוד הזה, ביודעו את הניקוד הנכון בקריאה. בעניינים אלו יש מחלוקות לא-משמעותיות בין כתבי היד הקדומים של המקרא - אם לנקד את אותיות המילה כניקוד של הקרי, גם אם סדר האותיות שונה (כך נוקד בכתר ארם צובא), או לנקד בסדר המילה הנקראת, מבלי להתייחס תחת אילו אותיות הניקוד (כך בחלק של כתבי היד וכך בדפוסים הרגילים).
בכל מקרה, הערת הקרי הייתה חלק מהערות המסורה, והיא עצמה לא הייתה מנוקדת. לפיכך, היה על הקורא לשלב בין נוסח האותיות של הערת הקרי, לבין הניקוד המסומן על אותיות הכתיב. במהדורות התנ"ך המאוחרות החליטו לנקד גם את הקרי עצמו, על מנת לעזור לקורא לקרוא ברהיטות; אך שיטה זו, לנקד גם את הקרי, קיימת גם בכתבי יד קדומים בודדים, בעיקר בכתבי היד בעלי הניקוד הבבלי.
שלב נוסף בהתפתחויות נוצר בתקופה החדשה, כאשר היו שהסתייגו מצורת ההצגה של ניקוד הכתיב, שכן הדברים נראים כאילו יש לקרוא את הכתיב בניקוד של הקרי, דבר שוודאי אינו נכון. על כן, למשל, תנ"ך קורן אינו מנקד כלל את הכתיב, אלא אך ורק את הקרי. צורה אחרת, שבה נקטו בעיקר חוקרים, היא לשער את דרך הקריאה המקורית של הכתיב ולנקד על פיה. כך, למשל, מנוקד הכתיב במהדורת ביבליה הבראיקה שטוטגרטנסיה. עם זאת, לשיטה זו יש חיסרון בולט והוא שקשה לדעת את צורת הכתיב המקורית, ללא מסורת בעל פה, וגם לא ברור אם אכן לכל צורת כתיב הייתה קריאה אי-פעם, או שרק נכתבה כך.
בימינו הולכות ויוצאות מהדורות של התנ"ך או של ספרים ממנו (בעיקר תהילים) שכל מטרתן הוא להקל על הקורא לקרוא באופן הנכון. כחלק מן השינויים הנעשים, מכניסות חלק מן ההוצאות את הקרי לגוף הטקסט; יש הכותבים בסוגריים את הקרי, ולאחרונה גם יש ההופכים את הקערה על פיה, וכותבים את הקרי כחלק מהטקסט, ובסוגריים, או אף בשוליים, את הכתיב.
ישנם סוגי קרי וכתיב תדירים, שבעבורם אין ציון מיוחד בשוליים. כך לדוגמה השם המפורש כנזכר לעיל, אשר אין עליו הערת קרי (על אף שאינו נקרא ככתבו), אלא הוא מנוקד, בכתבי היד הקדומים ובדפוסים (בשינויים קלים), בניקוד המילה הנקראת (יְ-ה-וָֹ-ה לקריאת 'אדֹנָי' ו'יֳ-הֹ-וִ-ה' לקריאת 'אלהים'). כתוצאה מניקוד זה היו גם שחשבו שזוהי קריאת השם הנכתב, וכך אף התקבע באנגלית (Jehovah). בעקבות בלבולים מעין אלה הוחלט במהדורות תנ"ך שונות, בהן תנ"ך קורן, שלא לנקד כלל את השם המפורש.
צורה נוספת היא המילה 'ירושלִַם', אשר עקב תפוצתה הרבה במקרא, אין בה הערת קרי, אלא ניקוד של חיריק הרומז שיש להשלים את ה-י' החסרה במילה. באופן דומה מטופלת המילה 'הוִא' בתורה, הבאה תמיד (מלבד אחד-עשר מקומות) ככינוי רומז לנקבה, במקום 'היא', אך נקראת בצורה זו.
ישנן גם צורות נוספות, שבהן יש מחלוקת בין כתבי היד והמהדורות השונות, האם ואיך לסמן את חילופי הקרי והכתיב. כך, מילה המסתיימת בחולם לפני ה' (כדוגמת שילֹה), ישנן מהדורות המסמנות הערת קרי ('שילו'), וישנן פשוט המנקדות זאת. כן קיימת מחלוקת בשאלה של ניקוד צורות חסרות י' שאינה נקראת כדוגמת 'ידָו', 'עלָו', אשר יש המסמנים זאת כקרי וכתיב (ידיו, עליו). למעשה, כתבי היד הקדומים אינם נוקטים באחידות בנושא זה, כאשר לעיתים הם מסתפקים בהערת מסורה המציינת על חסרון אות או ייתור אות, במקום לסמן זאת כקרי וכתיב. נראה שהדבר היה נתון לשיקול הדעת של המסרנים-נקדנים, כאשר ניתן לראות גם בכתר ארם צובה עצמו שלעיתים מסרנו הנודע, אהרן בן אשר, שינה את דעתו מסימון קרי לסימון מסורה אחר או להפך.
במהדורות התנ"ך המודרניות קיימת גם כן חוסר אחידות בנושא זה. ישנן מהדורות שהלכו בעקבות כתב יד מסוים, יש שלא נקטו עקיבות נראית לעין, ויש שנקטו שיטה המצמצמת יותר את הערות הקרי.