הכומר יוחנן
האימפריה המונגולית

בשנת 1221 חזר ז'אק דה ויטרי, בישוף עכו, ממסע הצלב החמישי עם חדשות טובות: דוד המלך מהודו, בנו או נכדו של פרסטר ג'ון, גייס את צבאותיו נגד הסרצנים. הוא כבר כבש את פרס, והמשיך הלאה לעבר בגדאד. צאצא זה של המלך הגדול שהביס את הסלג'וקים בשנת 1141 תכנן לכבוש את ירושלים ולבנות אותה מחדש. ההיסטוריון והאתנולוג הסובייטי לב גומילב העלה השערה כי ממלכת ירושלים הצלבנית המצומצמת בהרבה בלבנט החייאתה את האגדה הזו כדי לעורר תקוות נוצריות ולשכנע מלכים אירופאים שאיבדו עניין באותה תקופה להסתבך במסעי צלב יקרים באזור מרוחק. הדבר היה רחוק ממדינותיהם ומענייניהם.
בישוף עכו צדק שמלך גדול כבש את פרס, אולם לא "דוד המלך", כפי שהתברר, אלא השליט המונגולי של טנגריסט, ג'ינגיס חאן. מלכותו לקחה את סיפורו של פרסטר ג'ון לכיוון חדש. אף על פי שג'ינגיס חאן נראה בהתחלה כאוהד את אויבי הנצרות, הוא הוכיח שהוא סובלני לאמונות דתיות. הוא נהיה השליט הראשון במזרח אסיה שהזמין אנשי דת משלוש דתות מרכזיות (נצרות, אסלאם, ובודהיזם) לסימפוזיון כדי שיוכל ללמוד יותר על אמונותיהם. השליט המונגולי נחשב גם כחביב הנוצרים הנסטוריאנים דרך נשותיו הרבות, שהאירופאים דמיינו כמשפיעות בפוליטיקה שנוצרה בבגדאד.
עלייתה של האימפריה המונגולית נתנה לנוצרים המערביים את ההזדמנות לבקר בארצות שמעולם לא ראו לפני כן, והם יצאו למספר של מסעות, לרוב בדרכים מאובטחות של האימפריה. האמונה שממלכה נסטוריאנית אבודה הייתה קיימת במזרח, או שישועת המדינות הצלבניות הייתה תלויה בברית עם מלוכה מזרחית, הייתה אחת הסיבות לשליחת שגרירים ומיסיונרים נוצרים רבים שנשלחו אל המונגולים. אלה כוללים חוקרים פרנסיסקנים ג'ובאני דה פיאן דל קרפין בשנת 1245 ויליאם מרוברוק בשנת 1253.
הקשר בין פרסטר ג'ון לג'ינגיס חאן הוארך כאשר התגלה הקשר עם טוגרול, מלך שבט החריידים, שקיבל את התואר ג'ין אונג חאן טוגרול. היסטוריונים וחוקרים אמיתיים כמו מרקו פולו, ההיסטוריון הצלבני ז'אן דה ג'וינוויל, והנוסע הפרנציסקני "אודוריק מפורדונה" הקטינו את דמותו פרסטר ג'ון מהדימוי העולמי שלו, והציגו אותו כמונרך ארצי יותר ומציאותי. אודוריק מיקם את ארצו של ג'ון מערבית לקתאי בדרך לאירופה, והזכיר את בירתה כקאזאן. אולי כטטר הסמוכה למוסקבה. ג'וינוויל מתאר את ג'ינגיס חאן בכרוניקה שלו כ"איש חכם" שמאחד את כל שבטי הטטארים ומוביל אותם לניצחון נגד אויבם החזק ביותר, פרסטר ג'ון. ויליאם מרוברוק אומר ש"ווט" מסוים, אדון החריידים ואחיו של המלך הנסטוריאני ג'ון, הובס על ידי המונגולים בפיקודו של ג'ינגיס חאן. ג'ינגיס חאן חיתן בנו לאשה את בתו של ווט, והאיחוד שלהם ייצר את מנגקה, החאן באותה תקופה שויליאם כתב. על פי מסעותיו של מרקו פולו, המלחמה בין פרסטר ג'ון לג'ינגיס חאן החלה כאשר ג'ינגיס חאן, השליט החדש של הטטרים המורדים, ביקש את ידו של בתו של פרסטר ג'ון לנישואים. פרסטר ג'ון ענה בשום פנים ואופן לא. במלחמה שלאחר מכן ניצח ג'ינגיס חאן, ופרסטר ג'ון נספה.
הדמות ההיסטורית שמאחורי סיפורים אלה, טוג'רול, הייתה למעשה של מלך נוצרי נסטוריאני שהובס על ידי ג'ינגיס חאן. הוא טיפח את החאן העתידי לאחר מות אביו יסאוגי והיה אחד מבני בריתו המוקדמים. לאחר שטוג'רול דחה את ההצעה להשיא את בנו ובתו לילדיו של ג'ינגיס חאן, השבר ביניהם גדל עד שפרצה מלחמה בשנת 1203. ג'ינגיס חאן שבה את סורגהטני בקי, בת אחיו של טוג'רול ג'קה גמבו, והשיא אותה לבנו טולי. נולדו להם כמה ילדים, בהם מונגקה, קובלאי, הוגלו ואריק בוקה.
המאפיין העיקרי של מעשיותיו של פרסטר ג'ון מתקופה זו הוא הצגתו של המלך לא כגיבור בלתי מנוצח, אלא סתם כיריב אחד מבין היריבים שהובסו על ידי המונגולים. אולם עם התמוטטות האימפריה המונגולית, האירופאים החלו להתרחק מהרעיון שפרסטר ג'ון היה אי פעם מלך במרכז אסיה. [34] בכל אופן לא הייתה להם תקווה למצוא אותו שם, מכיוון שהנסיעות באזור הפכו למסוכנות ללא הביטחון שהאימפריה סיפקה. ביצירות כמו מסעות סר ג'ון מנדוויל ו"היסטוריה טריום רגום" מאת ג'ון מהילדסהיים, הנושא של פרסטר ג'ון נוטה להחזיר את עצמו לצדדים הפנטסטיים. מאחר שהוא לא נמצא בערבות מרכז אסיה, לקחו את הסיפור חזרה להודו, או מקום אקזוטי אחר. וולפרם פון אשנבאך קשר את ההיסטוריה של פרסטר ג'ון לאגדת הגביע הקדוש בשירו Parzival, בו ה"פרסטר "הוא בנו של ילדת הגביע ואביר הסראסן פיירפיז.
תאוריה הועלתה על ידי המלומד הרוסי, פ. ברון, בשנת 1876, שהציע כי ייתכן כי פרסטר ג'ון יימצא בקרב מלכי גאורגיה, שבזמן מסעי הצלב חווה תחייה צבאית מאתגרת את הכוח המוסלמי. עם זאת, תאוריה זו, אף שנחשבה כבעלת משמעות מסוימת על ידי הנרי יול וכמה היסטוריונים גאורגים מודרניים, הודחה בסיכום על ידי פרידריך זרנקה.