לואי אנטואן דה סן-ז'וסט
ימיו האחרונים ומותו

בחצי השנה הראשונה של 1794, במקביל לפעולותיו בוועידה, סן-ז'וסט המשיך לצאת למשימות פיקוד בחזית הצפונית. הבולטת מבין המשימות האלה היא זו שמילא בקרב פלורוס, ב-26 ביוני, שם סן-ז'וסט מילא תפקיד בהדיפת הכוחות האוסטרים ויצירת מומנטום מחודש לצבא הצרפתי. תפקידו כמפקד העלה את קרנו כאישיות בכירה בפוליטיקה המהפכנית, אך כשסן-ז'וסט חזר מהחזית, האווירה הפוליטית בפריז הייתה כבר שונה והתנגדות חדשה לשלטון של רובספייר החלה להתגבש.
ב-10 ביוני ז'ורז' קוטון, בתמיכת רובספייר, הציע בוועידה את "חוק ה-22 בפרריאל". סן-ז'וסט לא היה שותף פעיל ביצירת החוק ולא התבטא בעניינו, אך סביר שהוא תמך בו. החוק פישט את התהליך המשפטי נגד מי שנתפסו כמתנגדים למהפכה. הוא הרחיב את הסמכות של הטריבונל המהפכני בפריז, הגביל את התהליך המשפטי בכל מקרה ספציפי ל-3 ימים לכל היותר, וקבע כי בכל מקרה שנידון בפני הטריבונל ניתן יהיה להגיע אך ורק לאחת משתי הכרעות: זיכוי או מוות. התוצאה של החוק הייתה זירוז משמעותי של פעולות הטרור וההוצאות להורג, שכבר היו במגמת עליה עוד לפני כן (לכן תקופה זו נקראה "הטרור הגדול"). בחודש "מסידור" שהחל ב-19 ביוני והסתיים ב-19 ביולי, הוצאו להורג 796 אנשים בפריז, לעומת 509 מוצאים להורג בחודש פרריאל, 354 בפלוראל, ו-155 בז'רמינל. באווירה זו, תחושה של פאניקה אחזה ברבים, ומחלוקות החלו להתגלע בקרב האליטה היעקובינית. רובספייר הסתכסך עם חלק מאנשי הוועד לשלום הציבור והתפרקות אפשרית של השלטון נראתה באופק, אך הפעם כולם הבינו שאחרי התפרקות כזו רבים לא יצאו חיים. אחד הבכירים שהבינו את הסכנה הקרבה היה ברטראנד בארר (Barère) שניסה לגשר בין הפלגים ושכנע את סן-ז'וסט לכתוב דוח ולשאתו בנאום בפני הוועדה בדבר החשיבות של האחדות בממשלה. בכך, סן-ז'וסט הצטרף למאמצי הגישור ולראשונה נקט בעמדה שאינה אחידה עם רובספייר.
ב-26 ביולי, יום לפני הנאום המיועד של סן-ז'וסט והריאקציה התרמידוריינית, רובספייר נשא נאום משל עצמו. בניגוד לרוח הפיוס שבארר וסן-ז'וסט הסכימו לקדם, הנאום של רובספייר התמקד באזהרות מפני קשר שמתגבש כנגדו וכנגד הרפובליקה. רובספייר סירב לנקוט בשמות ספציפיים של הקושרים כנגד השלטון המהפכני, ובאווירה בה כל אחד יכול היה לדמיין את עצמו מואשם ומוצא להורג כבוגד, הנאום הצית ויכוח עז. היות שניסיונות הפיוס סוכלו על ידי רובספייר עצמו, בפני סן-ז'וסט עמדה בחירה קשה באשר לאופן בו יישא את נאומו ביום שאחרי. הוא היה יכול לשאת את נאום הפיוס המתוכנן, על אף שהסיכוי לפיוס כבר אבד, אך בחירתו הגורלית הייתה לצאת בנאום החלטי להגנת רובספייר.
הנאום שסן-ז'וסט עלה לשאת הופרע בקריאות ביניים כמעט מרגע שהתחיל. המולה החלה להתפשט בוועידה, ומתנגדיו של רובספייר (ה"תרמירדורינים") החליטו לעצור את רובספייר יחד עם סן-ז'וסט, לה-באס, קוטון, אוגוסטן רובספייר (אחיו הצעיר של מקסימיליאן) ופרנסואה הנריוט (מפקד המשמר הלאומי). הקומונה בפריז והמשמר הלאומי פעלו בהתחלה נגד ההפיכה. הם ניסו לכתר את מקום מושב הוועידה ולשחרר את העצורים, אבל המהפכנים הצליחו לגייס כוח צבאי משלהם וההגנה של חוגו של רובספייר פוזרה. כשמצב זה התברר, אוגוסטן רובספייר וקוטון זרקו את עצמם מחלונות בית הוועידה בשני ניסיונות התאבדות כושלים. לה-באס ירה לעצמו בראש והיה היחיד שהצליח להרוג את עצמו מייד. רובספייר נורה בלסתו, ככל הנראה גם בניסיון התאבדות, אבל הצליח רק לרסק את לסתו. סן-ז'וסט בחר לא לנקוט באותם האמצעים והוא "קם, עמד בשקט ובאופן כמעט נונשלנטי כדי לקבל את פני שוביו". הוא הוצא להורג בגיליוטינה יחד עם השבויים האחרים ב-28 ביולי כחודש לפני שמלאו לו 27 שנים ובתום קריירה פוליטית שנמשכה פחות משנתיים, אך הייתה מלאה בדם, הישגים צבאיים, ומעורבות באירועים ששינו את פני המהפכה.