יוחנן מגוש חלב
המצור על ירושלים

יוחנן הגיע לירושלים בתחילת שנת 68, לאחר כיבוש הגליל בידי הרומאים, ועמו כמה אלפי פליטים מערים שונות בגליל.
כניסתם לעיר גרמה להתקהלות סביבם: אנשים רבים רצו לדעת מה קרה מחוץ לעיר. יוחנן ואנשיו טענו כי לא ברחו מהרומאים, אלא בחרו לצאת מגוש חלב, משום שהבינו כי אין טעם לבזבז נשק וכוחות על הגנת ערים קטנות וחלשות, אלא יש לשמור אותם עבור מאמץ משותף להגנת עיר הבירה. יוחנן סבב בעיר וניסה להרים את המורל של תושביה לקראת המלחמה הקרבה: הוא תיאר את הרומאים כחלשים וטען כי מכונות המלחמה שלהם נשחקו בקרבות על כפרי הגליל, ולכן, אמר, "גם אם יצמיחו הרומאים כנפיים לא יוכלו לדלג מעל חומת ירושלים".
בעת שהגיע יוחנן לירושלים היו המחנות הפוליטיים היריבים על סף מלחמת אחים. הקנאים בעיר הונהגו על ידי אלעזר בן שמעון ופעלו להפלת הממשלה, אותה האשימו בנפילת הגליל.
באותה העת, היה יוחנן בעל השפעה ומקובל על שני המחנות העיקריים והעוינים זה לזה שהיו בעיר: המתונים, שהחזיקו בשלטון, ובראשם, בין היתר, הכהנים הגדולים לשעבר חנן בן חנן ויהושע בן גמלא, והמורדים ("הקנאים"), ובראשם אלעזר בן שמעון. יוסף בן מתתיהו האשים אותו בחתירה נגד הממשלה ובהעברת סודותיה אל הקנאים, וטען כי לאחר שנחשד בכך, חויב להישבע לנאמנותו.
אולם נראה כי עם התרחשות האירועים, קיבל יוחנן את טענת המורדים, כי ממשלת המתונים מתכוונת למסור את ירושלים לידי הרומאים, ולכן הפסיק את קשריו עמה ולא פעל לסייע לה. לדעת אוריאל רפפורט, שינוי עמדתו של יוחנן היה חלק מתהליך לאומי כללי, מעמדה מתונה יחסית לעמדה קיצונית יותר. עמדתו זו חיזקה מאוד את מפלגת הקנאים, כנגד המתונים בהנהגת הכוהנים ועשירי העיר. הכהן הגדול מתתיהו בן תאופילוס הודח, ובמקומו הובא אלמוני משורות הקנאים, בשם פנחס בן שמואל. חנן בן חנן, שעמד בראש הממשלה המתונה, החליט להתגבר על הקנאים. יוחנן ואנשיו התבצרו בבית המקדש וקראו לעזרת האדומים מבחוץ. אלו (ובהם יעקב בן סוסא) נכנסו אל העיר וטבחו במתונים. כך החל מסע רציחות, שבו איבדו את חייהם מנהיגי המתונים, חנן בן חנן ויהושע בן גמלא.
באחד החודשים הראשונים של שנת 68, נעשה יוחנן המנהיג החשוב ביותר בירושלים. עמדה זו זכתה להכרה מצד כמה קבוצות מורדים, בעיקר בזכות היקף הכוח הצבאי שעמד לפיקודו הישיר ויוקרתו באותה העת. בסוף שנת 68 נפלה ממשלת המתונים בירושלים.
יוחנן נקט בשלטונו בצעדים חמורים כנגד אנשי מפלגת המתונים.
מולו עמד מחוץ לעיר שמעון בר גיורא, אשר הנהיג תנועה אנטי-רומאית קיצונית בעלת נטיות חברתיות, אשר יוחנן הורה כי תישאר מחוץ לחומות העיר.
נראה כי בתקופה זו, לאחר מפלתו של חנן בן חנן ובמהלך העימות המוקדם עם שמעון בר גיורא, היה איחוד בין מחנה יוחנן למחנה הקנאים, ויוחנן היה שותף להנהגתם. אולם בשלב מסוים החליט יוחנן להתפלג לסיעה נפרדת.
מאוחר יותר פרשו האדומים מצבאו של יוחנן. בהתנגשותם עם הקנאים, דחקו אותם אל ארמונה של גרפטה, קרובת משפחתו של זוטוס מלך חדייב, שם התגורר יוחנן ושם שמר את השלל. האדומים פרצו לארמון, הניסו משם את הקנאים ושדדו את השלל.
בניגוד לממשלת המרד המתונה, שמונתה באספת עם, שהייתה גוף יהודי חוקי, ריבוני, הנהגתו דה-פאקטו של יוחנן התבססה על כוח הזרוע ולא הייתה חלק מהשלטון החוקי ביהודה. היא לא הושתתה על יסודות חוקיים ולא זכתה להכרה.
יוחנן החזיק במעמדו הבכיר עד חודש ניסן 69, אז נכנס לעיר שמעון בר גיורא. לאחר שבהתייעצות עם האדומים, החליטו הכהנים הגדולים ובראשם הכהן הגדול לשעבר מתתיהו בן בייתוס, להכניסו לתוך חומות העיר.
שמעון השתלט על חלקיה העיקריים של ירושלים, וצמצם את תחום שליטתם של יוחנן והקנאים למתחם הר הבית, שדרכי היציאה ממנו נחסמו, ולחלק מהעיר התחתונה. לתחום זה היו יתרונות צבאיים ברורים, ושמעון בר גיורא לא הצליח להתגבר על ביצוריו.
בזמן שטיטוס שהה באלכסנדריה, עוד בטרם ריכז את כוחותיו בקיסריה, מלחמת האחים בין שלושה הפלגים פרצה במלוא עוזה, לאחר שאלעזר בן שמעון פרש מסיעת הקנאים (בסוף 69 או תחילת 70), משום שלא היה מוכן לסור למרותו של יוחנן. מנהיגים נוספים של קבוצות קנאים הצטרפו אליו, והם השתלטו על החצר הפנימית של בית המקדש והתבצרו בה. יוחנן התמיד בהתקפות נגד הפלג של הקנאים המתבצרים, אולם הם גבו הרוגים רבים יותר בקרב אנשיו, משום שעל אף יתרונו המספרי על הפלג של אלעזר, יוחנן היה מצוי במקום נחות, מאחר שהחומה שהקיפה את החצר הפנימית הייתה גבוהה בכ-20 מטר מעל המפלס הכללי של הר הבית. בו בזמן, העיר העליונה וחלק גדול של העיר התחתונה נמצאו תחת שליטתו של שמעון בר גיורא, שניצל את המצב כדי להגביר את התקפותיו נגד אנשי יוחנן. על אף שיוחנן הותקף משני העברים, הוא נחל הצלחה בקרבות נגד שמעון, משום שנהנה מיתרון גובה.
ואילו הפלג של אלעזר התנגד הן לשלטונו של יוחנן והן לשלטונו של שמעון.
בחג הפסח בשנת 70, פתחו אנשי אלעזר את שערי בית המקדש לקהל. הזדמנות זו נוצלה על ידי יוחנן על מנת לשלוח את אנשיו אל בית המקדש, כשהם חמושים בסתר, והם השתלטו עליו. מבצע זה עלה במספר רב של קורבנות מקרב האזרחים החפים מפשע, אולם כתוצאה מכך התאחדו שני הפלגים לסיעה אחת. תיאור דומה לזה של יוספוס, מופיע גם אצל ההיסטוריון הרומאי טקיטוס.
יוסף בן מתתיהו מציין את מאזן הכוחות בשלב זה: תחת פיקודו של יוחנן היו 6,000 חיילים, תחת פיקודם של 20 קצינים, בתוספת 2,400 קנאים שהיו קודם לכן תחת פיקודו של אלעזר (סה"כ 8,400), כנגד 10,000 לוחמים בתוספת 5,000 אדומים (סה"כ 15,000) תחת פיקודו העליון של שמעון בר גיורא.
כל אותה העת המתין אספסיאנוס בניחותא, שכן סבר בצדק, כי המלחמות הפנימיות בין הפלגים בעיר אך יקלו עליו ויסייעו לו כשיתחיל המצור, וכי יש לתת לצדדים הניצים למצות את הנזקים שהם גורמים זה לזה.
בין היתר, נשרפו במאבק מחסני המזון של העיר, דבר שגרם לרעב משהחל המצור. יוסף בן מתתיהו האשים בכך את יוחנן כמו גם את שמעון. שריפת מחסני המזון נזכרת גם באגדות החורבן שבספרות חז"ל.
רק כאשר החלו אילי הברזל של טיטוס לנגח את חומות העיר, זמן מה לאחר תחילת המצור, בכ"ג בניסן של שנת 70, התאחדו המורדים. יוחנן פיקד על הגנת הר הבית ועל מצודת אנטוניה.
במהלך המצור, כאשר הביאו הרומאים את מכונות המצור אל הסוללות, חפר יוחנן מבפנים, מאנטוניה ועד הסוללות, ומילא את החלל שיצר בעצים מרוחים בזפת. אנשיו הבעירו את העצים, המנהרות התמוטטו ועמן הסוללות.
בתקופה זו התיך יוחנן כלי הקודש מבית המקדש.
במהלך חודש אב, זמן מה לאחר נפילת הר הבית ושריפת המקדש, דרשו יוחנן, שמעון ואנשיהם מטיטוס כי ייתן להם לצאת מן העיר אל המדבר כשהם חמושים. לאחר שדרישתם נדחתה, התבצרו יוחנן, שמעון ואנשיהם בעיר העליונה, שם החזיקו מעמד עוד כמה שבועות.
עם כיבוש ירושלים, ירד יוחנן עם רבים אחרים להסתתר במנהרות ושם "התענה ברעב" יחד איתם. זמן מה לאחר כיבוש העיר העליונה, בח' באלול שנת 70, הסגיר עצמו לרומאים. הוא הובל לרומא על מנת להשתתף במצעד הניצחון, הטריומף, שנערך ככל הנראה ביוני 71. שמעון בר גיורא הוצא להורג לאחר המצעד, אך יוחנן נשלח לכלא לשארית ימי חייו. ההבדל בין העונשים שהוטלו עליהם מצביע על ההבדל במעמדם בהנהגת המרד מנקודת מבטם של הרומאים - קרי על בכירותו של בר גיורא. גורלו המדויק של יוחנן אינו ידוע.