אל-ג'זירה
אל-ג'זירה וישראל

לטענת ישראל, הסיקור של אל-ג'זירה כלפי המדינה מוטה לטובת מחבלים פלסטינים. אל-ג'זירה דחתה את האשמה זו, בטענה כי היא שומרת על "נייטרליות ואובייקטיביות" ומציגה גם את הנרטיב הישראלי.
לרשת יש כמה כתבים בישראל, אחד מהם – אליאס כראם (إلياس كرام) ערבי ישראלי. כראם הוא בוגר אוניברסיטת חיפה והיה עורך בעיתון הערבי-הישראלי "כל אל-ערב". כראם מוצג כמי שנולד בפלסטין ב-1977, ולאומיותו מוגדרת "פלסטינית", אולם בתיאור תפקידו כתוב שהוא כתב אל-ג'זירה בצפון ישראל. מבחינת המינוח המקובל באל-ג'זירה, ישראל היא ישות קיימת ומוכרת, אולם הרשת נמנעת מהגדרת אחד מכתביה כישראלי. יש המבקשים ללמוד על מדיניות הסיקור של אל-ג'זירה כלפי ישראל מתוך אופן ההצגה האמור.
ב-13 במרץ 2008 הודיעה ממשלת ישראל כי היא מחרימה את רשת אל-ג'זירה ותחדל לשתף איתה פעולה בנימוק של "סיקור לא הוגן" של תקיפות צה"ל בעזה. טענות ממשלת ישראל נתמכו על ידי כתבים של רשתות חדשות מסחריות אחרות כגון צבי יחזקאלי ושמרית מאיר וקבעו, בין השאר, כי אל-ג'זירה נמנעה מלדווח על רקטות ששיגרו ארגוני הטרור מרצועת עזה לשטח ישראל ולמקומות ישוב של אוכלוסייה אזרחית, ביניהן כאלה שהתפוצצו בשדרות ובאשקלון. כמו כן, נמנעה אל-ג'זירה מלדווח כי פעולת צה"ל באה בתגובה לשיגורי הרקטות ובמטרה להפסיקם, ומהצד השני, הרבתה לשדר בשידורים חוזרים תצלומי תקריב של גופות ילדים שנהרגו בעזה, גם כשלא היה ברור אם נהרגו מאש כוחות צה"ל או כתוצאה מהתפוצצות חומרי נפץ בשימוש חברי ארגוני הטרור הפלסטיניים. כמו כן, הציגה קריקטורות של מנהיגים ישראלים במדים נאציים תוך השוואתם לאדולף היטלר.[דרוש מקור] אל-ג'זירה טענה בתגובה כי היא משדרת דיווחים על המציאות כפי שהיא. מחמוד א-זהאר, מבכירי ארגון הטרור חמאס בעזה, הודה עם סיום הלחימה בעזה לערוץ אל-אקצה השייך לחמאס ולרשת אל-ג'זירה על עזרתם.
באוגוסט 2011 נעצר בישראל מנהל לשכת אל-ג'זירה באפגניסטן, סאמר עלאווי, והורשע בעקבות עסקת טיעון בסיוע לחמאס.
ב-26 ביולי 2017 הודיע ראש הממשלה בנימין נתניהו כי הוא מתכוון לפעול לסגירת משרדי הערוץ בירושלים בטענה ש"רשת אל-ג׳זירה לא מפסיקה להתסיס לאלימות סביב הר הבית".
ב-8 באוגוסט 2017 הודיע משרד התקשורת בראשותו של השר איוב קרא שהוא יסגור את שידורי אל-ג'זירה בישראל.
באוגוסט 2017 שידר הערוץ בדיה עיתונאית בדמות ראיון שבו העידה מי ששירתה בצה"ל בתפקיד מנהלתי כי הרגה ילדים במסגרת שירותה. הריאיון היה חלק מתוכנית בידור אוקראינית והיה ידוע כשקר, אך שודר באל-ג'זירה והוצג כאמת.
ב־20 באוקטובר 2023 על רקע מלחמת חרבות ברזל אישרה הממשלה תקנות לשעת חירום שיאפשרו את סגירת התחנה, לאחר הצגת הוכחות כי היא מסייעת לאויב, משדרת תעמולה בשירות החמאס בערבית ובאנגלית לצופים בכל העולם, ואף מעבירה מידע רגיש לחמאס. עם זאת ב-26 באוקטובר פורסם כי ראש הממשלה נתניהו מסרב להעלות את סגירת שידורי אל-ג'זירה לאישור הקבינט הביטחוני-מדיני.
ב-16 בנובמבר 2023, במהלך מלחמת חרבות ברזל, מירב לשם גונן, אמא של רומי גונן, אשר נחטפה מרכבו של בן שמעוני בכביש 232, בעת שברחה מהטבח בפסטיבל נובה. האם התראיינה לאל-ג'זירה במטרה להעביר מסר לעולם הערבי. העיתונאי שראיין אותה, שאל אותה כי האם יש הוכחות לטבח שבעה באוקטובר ולאלימות מינית, ולאחר מכן צירף לריאיון את האחראי על תיק האסירים בחמאס. בעקבות זאת גונן פוצצה את הראיון, ומטה המשפחות להחזרת החטופים והנעדרים תרעומת על אי עמידה בסיכומים מצד הערוץ.
ב-12 ביוני התפרסם סרטון וידאו של תושב נוסייראת, בו הוא בוכה ומקלל את הנהגת חמאס שהמיטו אסון על עמם, לאחר שנפצע במבצע ארנון, בו לפי פרסומי חמאס נהרגו מעל 200 פלסטינים. עם זאת, באל-ג'זירה הוצג הסרטון הערוך, הוסרו ממנו הקטעים בהם הוא מאשים את הנהגת חמאס בנעשה, בצורה שנראה שהוא מאשים את ישראל.