stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
דו-שן שעיר
בית גידול של דו-שן שעיר

דו-שן שעיר מופיע במגוון בתי גידול, החל מאדמות לחות ופוריות ועד אדמות יבשות, לא פוריות וחוליות. לרוב ניתן למצוא אותו באזורים יבשים במידה בינונית, בעלי שמש מלאה, שנפגעו מפעילות אנושית או של בעלי חיים.
הוא גדל גם בשדות ובשדות מרעה, ביערות מבוראים, בביצות, בצדי דרכים, בגדות תעלות, באזורים חקלאיים כגון שדות שלחין, שטחים מעובדים ומשתלות. בגינות ובפארקים ניתן למצוא אותו בערוגות שתילה או במדשאות, בעוד שבמשתלות הוא נצפה לרוב באזורים ללא גידולים ובחורי ניקוז של עציצים. ייתכן למצוא אותו גם במצעי השתילה של צמחי נוי במכלים, במיוחד בגידולים ארוכי טווח.
פנולוגיה

ניתן למצוא פרטים של דו-שן שעיר עם עלווה, פריחה ופירות בהפצה לאורך כל השנה. הצמח מעדיף טמפרטורות מעל 16°C, אך הוא עמיד בפני כפור, עם שורשים המסוגלים לעמוד בטמפרטורות נמוכות עד 15- מעלות צלזיוס. פרט אחד יכול לייצר בין 3,000 ל-6,000 זרעים בעלי חיוניות גבוהה, ללא צורך בתרדמת, וליצור עד 4 דורות בשנה.
למרות שדו-שן שעיר הוא צמח מואבק עצמי, הוא עדיין מושך מאביקים. הזרעים נובטים על פני הקרקע או בעומקים רדודים באדמה. אור ואוורור טובים תורמים לנביטה, אך הזרעים יכולים לנבוט גם בתנאי חושך. בעת הנביטה, העלים הראשונים דומים לעלים הבוגרים.
ההפצה מתבצעת באמצעות היצמדות הזירעונים לפרוות בעלי-חיים ולבגדי אדם. זרעים נוקשים אלה נצמדים היטב ונדרשת הסרה פרטנית שלהם.
דו-שן משולש

בישראל נכחד מין נוסף, דו-שן משולש (Bidens tripartita), שהיה ידוע רק מגלילה אחת, עמק החוּלה, שם גדלו אוכלוסיות מקומיות יציבות. טווח התפוצה הטבעי של מין זה הוא באזורים הממוזגים בחצי הכדור הצפוני ובית גידולו ביצות ושטחים פתוחים במקווי-מים. באופן נדיר גם שקעים לחים ומקומות מושקים. צפון ישראל מהווה עבור דו-שן משולש גבול תפוצתה הדרומי במזרח הים התיכון.
דו-שן משולש (שם מדעי: Bidens tripartita) הוא צמח חד-שנתי, בגובה 20 עד 100 ס"מ ואף יותר, כמעט קירח. הגבעולים זקופים ומסתעפים בתפרחת מכבדית.
העלים נגדיים ונישאים על פטוטרות, לרוב בעלי 3 (לעיתים 5) עלעלים, לעיתים רחוקות בלתי מנוצים; העלעלים דמויי מעוין (עם צלעות שוות) או דמויי אזמל (עם צלעות שכנות שאינן שוות), ושפתם משוננת כמשור.
הקרקפות יחידות, מכילות רק פרחים צינוריים במרכז הקרקפת וללא פרחים לשוניים בהיקפן, חצי-כדוריות, ובקוטר של 1.5 עד 2 ס"מ (כולל חפי המעטפת). הפרחים דו-מיניים וצבעים צהוב-חום.
חפי המעטפת החיצוניים פרושים, עשבוניים (ירקרקים), דמויי אזמל הפוך, ושפתם מכוסה שיכים זעירים. אורכם גדול פי 2 עד 3 מאורך החפים הפנימיים, שהם קרומיים ובצבע חלודה. המצעית שטוחה ובעלת חפים נשירים.
הזירעונים דמויי ביצה הפוכה-דמויי יתד, משוטחים ובאמצעם עובר צלע בולטת אחת, אורכם 6 עד 8 מ"מ ורוחבם 2 עד 3 מ"מ, קירחים, ושוליהם מעובים עם שיכים כפופים לאחור. הציצית מורכבת משני מלענים ולעיתים רחוקות מארבעה. המלענים אשונים, מחודדים, ומכוסים שיכים קטנים הכפופים לאחור.
הפריחה מיולי עד ספטמבר.
ההבדלים בין דו-שן משולש לדו-שעיר

ההבדלים העיקריים בין דו-שן משולש לבין דו-שן שעיר ניכרים בצורת העלעלים, בהרכב הקרקפת ובמבנה הזירעונים, וזיהויים חשוב במקרה שימצא מחדש המין הנכחד בישראל - דו-שן משולש.
עלעלים: בדו-שן משולש, העלעלים הם דמויי מעוין או אזמל, בעוד שבדו-שן שעיר העלעלים דמויי ביצה.
קרקפות: בקרקפות של דו-שן משולש, שקוטרן 1.5 עד 2 ס"מ, יש רק פרחים צינוריים במרכז הקרקפת וללא פרחים לשוניים. לעומת זאת, בקרקפות של דו-שן שעיר, שקוטרן כ-1 ס"מ, יש לעיתים גם פרחים לשוניים מעטים, קצרים ולבנים בהיקף הקרקפת, בנוסף לפרחים הצינוריים במרכזה.
מבנה הזירעונים: בדו-שן משולש הזירעונים הם דמויי ביצה הפוכה-יתד, משוטחים ובמרכזם צלע בולטת, בעוד שבדו-שן שעיר הזירעונים הם מוארכים ודמויי סרגל.
שוליים ושיכים: זירעוני דו-שן משולש בעלי שוליים מעובים עם שיכים כפופים לאחור לכל אורכם, בעוד שבדו-שן שעיר ישנם שיכים מעטים הממוקמים רק בחלק העליון של הזירעון.
מלענים: בדו-שן משולש לזירעון יש לרוב שני מלענים ולעיתים רחוקות ארבעה, ואילו בדו-שן שעיר יש לרוב ארבעה מלענים ולעיתים רחוקות שניים.
הערות שוליים

1 2  Bidens pilosa, POWO plants of the World Online. Published on the Internet
↑  Bidens pilosa, WFO: World Flora Online. Published on the Internet, ‏4-6-2024
↑  Bidens L., POWO plants of the World Online. Published on the Internet
↑  Bidens L., WFO: World Flora Online. Published on the Internet, ‏4-6-2024
1 2  דו-שן משולש, באתר פורטל הערכות הסיכון לטבע בישראל, ‏1-2011
1 2 3  דו-שן משולש, באתר צמחיית ישראל וסביבתה
1 2  Bidens tripartita, POWO plants of the World Online. Published on the Internet
↑  Naomi Feinbrun-Dothan, Flora Palaestina – Part Three, Jerusalem: The Israel Academy of Sciences and Humanities, 1978, עמ' 325-6
1 2  נעמי פינברון-דותן, אבינעם דנין, המגדיר לצמחי בר בארץ ישראל, ירושלים: כנה, 1998, עמ' 692
1 2  מיכאל זהרי, מגדיר חדש לצמחי ישראל, מהדורה חדשה מתוקנת ומורחבת, תל אביב: עם עובד, 1989, עמ' 454-5
דו-שן שעיר בפורטוגל
זירעונים של דו-שן שעיר
עלים מורכבים ומנוצים עם שלוש עלעלים
תפרחת של דו-שן בקריית שמונה
אילוסטרציה של דו-שן משולש
הגברה תלוית נוגדנים

| --- | --- |
 שיוך:  השפעה שלילית, immune system process 
 מזהים
 קוד MeSH:  G06.920.095 
 מזהה MeSH:  D019067 
 מערכת השפה הרפואית המאוחדת:  C0282632 
 
בהגברה תלוית נוגדנים, נוגדנים תת-אופטימליים (המבנים בצורת Y הכחול בשרטוט) נקשרים הן לווירוסים והן לקולטני גמא Fc (שכותרתם FcγRII) המתבטאים בתאי החיסון וכך הם מקדמים זיהום של תאים אלה.
הגברה תלויית נוגדנים (באנגלית: Antibody-dependent enhancement, ובראשי תיבות: ADE), המכונה לעיתים הגברה חיסונית או הגברת מחלות, היא תופעה שבה קישור של נגיף לנוגדנים תת-אופטימליים משפר את כניסתו לתאים המארחים ולאחר מכן את שכפולו. הנוגדנים הלא אופטימליים יכולים לנבוע מהידבקות טבעית בנגיף או מחיסון. ADE עלול לגרום להחמרה במחלות נשימתיות ולפגיעה ריאתית חריפה לאחר זיהום בנגיף הנשימה (ERD) עם תסמינים של חדירה מונוציטית ועודף של אאוזינופילים בדרכי הנשימה. ADE, עם מנגנונים תלויי תאי עזר מסוג 2 T, עשוי לתרום להגברה של מחלות הקשורות לחיסון (VADE) במחלות נשימתיות ובמספר מחלות נוספות. חלק מהחיסונים בפיתוח שהתמקדו בנגיף הקורונה, בנגיף ה-RSV ובנגיף הדנגי גרמו ל-VADE, והופסק פיתוחם, או שאושרו לשימוש רק בחולים שהיו להם וירוסים אלו בעבר.
תיאור טכני

נוגדנים אנטי-ויראליים מקדמים זיהום ויראלי של תאי המטרה של מערכת החיסון על ידי ניצול ה־FcγR הפגוציטי או מערכת המשלים לאחר אינטראקציה עם הנגיף, הנוגדנים נקשרים לקולטני Fc (FcR) המתבטאים בתאי חיסון מסוימים או בחלק מחלבוני המשלים. FcγR קושר נוגדן באמצעות אזור ה-Fragment crystallizable region בנוגדן (Fc). בדרך כלל תהליך הפגוציטוזה מלווה בהתדרדרות הנגיף, אולם אם הנגיף אינו מנוטרל (עקב קישור זיקה נמוך או התמקדות באפיטופ שאינו מנטרל), קשירת נוגדנים עלולה לגרום להימלטות וירוסים ולזיהום מוגבר. לפיכך, פגוציטוזיס יכול לגרום לשכפול ויראלי ולמות תאי החיסון. הנגיף "מטעה" את תהליך הפגוציטוזה של תאי החיסון ומשתמש בנוגדני המארח כסוס טרויאני. ADE עשוי להתרחש בגלל המאפיין הלא-מנטרל של הנוגדן, הקושר אפיטופים ויראליים נוספים בנוסף לאלה המעורבים בחיבור ובכניסה לתא המארח. ADE עשוי לקרות גם מכיוון שהנוגדנים נמצאים בריכוזים של תת-נטרול (מניבים תפוסות מתחת לסף הניטרול לגבי אפיטופים ויראליים). בנוסף ADE יכול להיגרם כאשר עוצמת האינטראקציה של נוגדן-אנטיגן נמצאת מתחת לסף מסוים. תופעה זו עלולה להוביל הן ליכולת הדבקה מוגברת של וירוסים והן לווירולנטיות (אלימות) מוגברת. הנגיפים שעלולים לגרום ל-ADE חולקים לעיתים קרובות תכונות נפוצות כגון גיוון אנטיגני, יכולות שכפול והתבססות בתאי החיסון. ADE יכול להתרחש במהלך התפתחות זיהום ויראלי ראשוני או משני, כמו גם לאחר חיסון וזיהום ויראלי לאחר מכן. הוא נצפה בעיקר בהדבקה בנגיפי RNA חיוביים ביניהם Flaviviruses כגון וירוס דנגי, וירוס קדחת צהובה, נגיף זיקה, קורונה, כולל אלפא ו-betacoronaviruses, וכן Orthomyxoviruses כגון שפעת, רטרו-וירוס כגון HIV, ו-Orthopneumoviruses כגון RSV.
המנגנון הכולל פגוציטוזה של תשלובות חיסוניות באמצעות קולטן FcγRII / CD32 מובן טוב יותר בהשוואה למסלול הקולטן המשלים. תאים המבטאים קולטן זה מיוצגים על ידי מונוציטים, מקרופאגים, קטגוריות מסוימות של תאים דנדריטים ותאי B. מנגנון ADE מתווך בעיקר על ידי נוגדני IgG, אולם IgM יחד עם IgA הוכחו גם הם כגורמי ADE.
נגיף קורונה > COVID-19

ADE היווה מקור לדאגה בשלבים קליניים מאוחרים של פיתוח חיסונים נגד מחלת נגיף קורונה 2019.
תופעת ADE נצפתה במחקרים בבעלי חיים במהלך פיתוח חיסונים לקורונה, אך נכון ל-14 בדצמבר 2020 לא נצפו מקרים בניסויים בבני אדם. "ADE מהווה אפשרות תאורטית בחיסון ל-COVID-19, אך ניסויים קליניים באנשים עד כה לא הראו שלמשתתפים שקיבלו את החיסון יש שיעור מחלות קשות יותר בהשוואה למשתתפים שלא קיבלו את החיסון". החמרה בהדבקה שנייה היא עדות לפעולתו של מנגנון ADE, ועל כן, מכיוון שהדבקה שנייה ב-SARS-CoV-2 לא לוותה בתופעות לוואי חמורות יותר מכפי שהיה בהדבקה ראשונה, הדבר שולל, לפי מצב הידע הנוכחי, את ההנחה שמנגנון ADE פועל בעת הידבקות בנגיף ה-SARS-CoV-2.
שפעת

קבלה מוקדמת של חיסון TIV 2008–09 (חיסון נגד שפעת טריוולנטית) הייתה קשורה לסיכון מוגבר למחלות pH1N1 רפואיות במהלך אביב-קיץ 2009 בקנדה. לא ניתן לשלול הטיה (בקבלת המידע או בבחירתו), או שגיאה. יש צורך בהערכה ניסיונית ואפידמיולוגית נוספת. נשקלים מנגנונים ביולוגיים אפשריים והשלכות אימונו-אפידמיולוגיות.
זיהום טבעי וחיסון מוחלש מעוררים נוגדנים המשפרים את עדכון הנגיף ההומולוגי ונגיף H1N1 שבודד מספר שנים מאוחר יותר, מה שמדגים כי וירוס שפעת A גורם להגברת זיהומים תלוית נוגדנים.
ADE נחשד בזיהומים בהקשר לתת סוג וירוס שפעת A H7N9, אך הידע בנושא מוגבל.
HIV-1

ADE של זיהום דווח גם ב-HIV. בדומה לנגיף דנגי, נמצא שרמת נוגדנים בלתי מנטרלת מאיצה את הזיהום הנגיפי באמצעות אינטראקציות של מערכת המשלים והקולטנים. על פי הדיווחים, הגידול בזיהום הוא פי 350, בדומה לגידול המיוחס ל-ADE בנגיפים אחרים כמו וירוס דנגי. ADE ב-HIV יכול להיות מתווך על ידי משלים או קולטן Fc. נמצאו השלמות בנוכחות סרום חיובי ל-HIV-1 כמאיצות את הזיהום של קו תאי T-2. האצה בתיווך קולטן Fc נגרמה כאשר הדבקה ב-HIV הואצה על ידי סרום של שרקן שנמצא חיובי ל-HIV-1 והדבקה זו האיצה זיהום תאים חד-גרעיניים היקפיים ללא נוכחות משלימים. נמצא שקולטני רכיבי המשלים CR2, CR3 ו-CR4 המהווים מרכיבים במשלים, מתווכים את ההגברה של הזיהום, הגברה שהיא מתווכת-משלים. ההדבקה ב-HIV-1 מובילה להפעלת משלים. מקטעים של מערכת המשלים יכולים לסייע לנגיפים בזיהום על ידי הקלת אינטראקציות ויראליות עם תאים מארחים המבטאים קולטנים משלימים. העתקת המשלים על הנגיף מקרבת את החלבון gp120 למולקולות CD4 על פני התאים, ובכך מקלה על כניסת הווירוסים. וירוסים שנחשפו מראש למערכת משלים שאינם מנטרלים נמצאו גם כמאיצי זיהומים בתאים דנדריטיים. וירוסים שעברו אופסוניזציה הפגינו לא רק כניסה מואצת, אלא גם מפלי איתות נוחים לשכפול HIV בתאים דנדריטים.
HIV-1 הראה גם שיפור בזיהום בתאי HT-29 כאשר הנגיפים עברו אופסוניזציה מראש עם חלקי מערכת המשלים C3 ו-C9 בנוזל הזרע. שיעור ההדבקה המוגבר הזה היה כמעט פי 2 מהדבקה של תאי HT-29 עם הנגיף בלבד. Subramanian ואח' דיווחו כי כמעט 72% מדגימות הסרום מתוך 39 אנשים חיוביים ל-HIV הכילו משלים שידועים כמשפרים את הזיהום. הם גם הציעו כי הימצאות נוגדנים מנטרלים, או נוגדנים המתווכים ציטוטוקסיות תאית תלוית-נוגדנים בסרום, מכילים נוגדנים המגבירים זיהום. האיזון בין הנוגדנים המנטרלים לבין נוגדנים המגבירים זיהומים משתנה ככל שהמחלה מתקדמת. בשלבים מתקדמים של המחלה, שיעור הנוגדנים המגבירים זיהום גבוה בדרך כלל מאשר נוגדנים מנטרלים. דווח על עלייה בסינתזת החלבון הנגיפי וייצור ה-RNA במהלך ההגברה של הזיהום כשהגברה זו הייתה בתיווך משלים. נמצא כי תאים עם משלים ברמות שאינן מנטרלות, משחררים באופן מואץ רוורס טרנסקריפטאז ונגיפים צאצאים. האינטראקציה של נוגדנים ל-HIV עם וירוסים החשופים למערכת המשלים – רכיבי משלים שאינם מנטרלים – מסייעת בקשירת הנגיף והאריתרוציטים, מה שיכול להוביל להדבקה מואצת בווירוסים, באיברים בעלי כשל חיסוני.
ADE ב-HIV העלה שאלות לגבי הסיכון לזיהומים בקרב מתנדבים שנטלו חיסון ברמות תת-נטרוליות, כפי שקורה עם כל וירוס אחר המציג ADE. גילברט ואח' דיווחו בשנת 2005 כי לא היה ADE של זיהום כאשר השתמשו בחיסון rgp120 בניסויים שלב 1 ו-2. הודגש כי יש צורך לבצע מחקר רב בתחום התגובה החיסונית ל-HIV-1. ניתן להשתמש במידע ממחקרים אלה כדי לייצר חיסון יעיל יותר.
מנגנון

אינטראקציה של נוגדנים עם וירוס חייבת למנוע ממנו להיצמד לקולטני כניסת התא המארח. עם זאת, במקום למנוע הידבקות בתא המארח, תהליך זה יכול להקל על זיהום ויראלי של תאים חיסוניים ולגרום ל-ADE. לאחר קישור הנגיף, הנוגדן מתקשר עם קולטני Fc או משלימים המתבטאים בתאי חיסון מסוימים. קולטנים אלה מקדמים כניסת נוגדנים של וירוסים על ידי תאי החיסון, שאחריהם אמור להיות הרס הנגיף. עם זאת, הנגיף עלול להימלט ממתחם הנוגדן ולהתחיל את מחזור השכפול שלו בתוך התא החיסוני תוך שהוא נמנע מהתדרדרות. זה קורה אם הנגיף נקשר לנוגדן בעל זיקה נמוכה (low-affinity – ראו Ligand (biochemistry) (אנ')).
מנגנון > סרוטיפים שונים של וירוסים

ישנם מספר הסברים אפשרים לתופעה של הגברת הישרדות הנגיף התאי:
נוגדנים נגד וירוס של סרוטיפ אחד נקשרים לנגיף של סרוטיפ אחר. ההיצמדות נועדה לנטרל את הנגיף מהדבקת התא המארח, אך מכלול נוגדני הנגיף נקשר גם לקולטן הנוגדן באזור Fc (FcγR) בתא מערכת החיסון. התא מפנים את הנגיף לצורך הרס מתוכנת אך הנגיף נמנע מכך ומתחיל את מחזור השכפול שלו במקום זאת.
נוגדנים נגד וירוס של סרוטיפ אחד נקשרים לנגיף של סרוטיפ אחר ומפעילים את המסלול הקלאסי של מערכת המשלים. מערכת מפל המשלים קושרת את קומפלקס C1Q המחובר לחלבון השטח של הנגיף באמצעות הנוגדנים, אשר בתורם נקשרים לקולטן C1q שנמצא על התאים ומביאים את הנגיף והתא קרוב מספיק כדי שקולטן ספציפי של נגיף יקשור את הנגיף ויתחיל בזיהום. מנגנון זה הוכח עבור וירוס אבולה אין ויטרו וכמה וירוסי פלבי (Flavivirus – נגיף RNA חד-גדילי חיובי) (אנ') אין ויוו.
סיכום

כאשר נוגדן לנגיף אינו מסוגל לנטרל את הנגיף, הוא יוצר מבני וירוס-נוגדן תת-מנטרלים. עם פגוציטוזה על ידי מקרופאגים או תאי חיסון אחרים, המבנה עשוי לשחרר את הנגיף עקב קישור לקוי עם הנוגדן. זה קורה במהלך תהליך הגברת חומציות ובסופו של דבר התמזגות של הפגוזום עם ליזוזומים. הנגיף שנמלט מתחיל את מחזור השכפול שלו בתוך התא, ומעורר ADE.
דרכים אחרות בהן נוגדנים יכולים (באופן יוצא דופן) להחמיר את הזיהום במקום לפעול נגדו:
חסימת נוגדן
אפקט הוק (אנ'), רלוונטי לבדיקות במבחנה ובעל רלוונטיות מסוימת אין ויוו.
דנטורציה

דֵּנָטוּרַצְיָה (מאנגלית: Denaturation. בעברית: צְמִיתָה, בתרגום מילולי: שלילת המצב הטבעי) היא תהליך שבו משתנה המבנה המרחבי, הטבעי של מולקולה ביולוגית גדולה. המושג מתייחס בדרך כלל לחלבונים או לחומצות גרעין. דנטורציה נגרמת עקב שינויים בסביבה של המולקולה, כגון עלייה בטמפרטורה, שינוי ברמת ה-pH (חומציות או בסיסיות יתר), שינוי בריכוזי יונים, נוכחות של חומרים שונים וכדומה.
בחלבונים, שינוי המבנה המרחבי שלהם פוגע בתפקודם ומוציא אותם מכלל פעולה. דנטורציה מלאה היא בלתי הפיכה בדרך כלל. אם הדנטורציה לא התרחשה במלואה, או שהתרחשה בתנאי מעבדה מיוחדים, גדל הסיכוי שבהסרת הגורמים לדנטורציה יתרחש התהליך ההפוך - רנטורציה, והחלבון ישוב לתפקד לאחר זמן מה.
בחומצות גרעין, דנטורציה מתבטאת בהפרדה בין שני גדילי ה-DNA. היא מתרחשת דרך קבע בתא בתהליכי השעתוק (טרנסקריפציה) וההכפלה (רפליקציה) של ה-DNA, ויש לה שימושים רבים במחקר הגנטי ובתעשייה. רנטורציה במקרה זה היא תהליך איחוים של שני הגדילים זה לזה (אנילינג בעגה המדעית), וגם היא נפוצה במחקר, בצמוד לדנטורציה.
דנטורציה של חלבונים > המבנה המרחבי של החלבון

חלבון הוא מולקולה גדולה במיוחד הבנויה מיחידות הקרויות חומצות אמיניות. בחלבון ממוצע תהיינה בדרך כלל למעלה ממאה חומצות אמינו הקשורות זו לזו בקשר פפטידי, סוג של קשר קוולנטי. קיימות בטבע 20 חומצות אמינו נפוצות הנבדלות זו מזו בקבוצה הצדדית שלהן המכונה גם קבוצת R. הבדל זה גורם לשוני בסוגן ובטיבן של האינטראקציות שבהן יכולה להשתתף חומצת האמינו. אינטראקציות אלה הן בדרך כלל קשרים לא קוולנטיים, חלשים, בין חומצת אמינו אחת לאחרת, או בין חומצת אמינו לחומר אחר. בכך, האינטראקציות קובעות את המבנה המרחבי של החלבון, כלומר את הקונפורמציה שלו.
בין האינטראקציות החשובות נמנה קשר המימן. חומצות אמינו בעלות קבוצה צדדית קוטבית עשויות ליצור קשרי מימן עם קבוצות הידרופיליות שנמצאות בחומצות אמינו אחרות מאזורים אחרים בשרשרת הפוליפפטידית (שרשרת חומצות האמינו) של החלבון. כך נוצרים קיפולים בחלבון.
קשרי מימן יכולים להיווצר גם עם מולקולות מים, ולכן קבוצות קוטביות יימצאו לעיתים קרובות על פני החלבון, כשהן חשופות לסביבה המימית. כוחות של משיכה ודחייה חשמלית עשויים גם הם להיווצר בין קבוצות צדדיות מסוימות הנושאות מטען חשמלי. הם ירחיקו או יקרבו קטעי חלבון זה לזה, וכך יתרמו לייצוב המבנה המרחבי. קשר חשוב נוסף הוא הקשר הדיסולפידי (קשר S-S) המהווה קשר בין אטומי גופרית של הקבוצות הצדדיות בחומצת האמינו ציסטאין. זהו קשר קוולנטי, ועל כן הוא חזק בהשוואה לאינטראקציות אחרות שקובעות את מבנה החלבון.
המבנה המקופל הנוצר בעקבות אינטראקציות אלה הוא המבנה בעל הרמה האנרגטית הנמוכה ביותר מבין כל המבנים האפשריים, ולכן זהו המבנה היציב ביותר של החלבון.
דנטורציה של חלבונים > הגורמים לדנטורציה

מכיוון שמבנה החלבון מיוצב על ידי קשרים חלשים רבים היוצרים מבנה מורכב ומסובך, שינוי בתנאי הסביבה של החלבון עשוי לפגוע באינטראקציות שבין חומצות האמינו. פגיעה זו מעוותת את מבנה החלבון. היות שמבנה החלבון הוא המאפשר את תפקודו, הדנטורציה תפגע בתפקוד החלבון.
מבחינה תרמודינמית, דנטורציה מתרחשת כאשר התנאים בסביבת החלבון הופכים את המבנה הדנטורטיבי ליציב יותר מהמבנה הטבעי. הדבר קורה כאשר המבנה הדנטורטיבי, בתנאים נתונים, מעלה את האנטרופיה ("אי-הסדר" במערכת), או לחלופין מוריד את האנתלפיה (הרמה האנרגטית) של המערכת.
קיימים מספר גורמים, אשר מפחיתים מסיבות שונות את יציבותו של החלבון, ולכן גורמים לדנטורציה:
שינוי ניכר בטמפרטורה
שינוי ניכר ב-pH
לחץ גבוה
הימצאות חומרים שונים המשמשים בעיקר למחקר ביוכימי
קרינה מסוגים שונים
דנטורציה של חלבונים > הגורמים לדנטורציה > טמפרטורה

כשמעלים את הטמפרטורה של גוף מסוים הדבר מתבטא בהגברת מהירות החלקיקים שמהם הוא מורכב. כשמחממים חלבונים, מוגבר קצב תנודות האטומים בחלבון. הדבר גורם לכך שאותן אינטראקציות חלשות בין חומצות האמינו המרכיבות את החלבון תתפרקנה, והמבנה הטבעי שלו יתערער. כתוצאה מכך תיווצר שרשרת אקראית חסרת מבנה מוגדר. תהליך זה מתרחש לדוגמה בעת בישול (או טיגון) ביצה. בלובן הביצה מצויים חלבונים רבים, שאחד הנפוצים שבהם הוא אלבומין. החלבונים מתחממים והקשרים הלא-קוולנטיים שבהם מתפרקים וגורמים להיחלשות המבנה. בטמפרטורה מסוימת קורס המבנה בבת אחת למבנה אקראי, והאלבומין הופך למשקע לבן. תהליך הדנטורציה איננו הדרגתי: מיד לאחר שהיחלשות האינטראקציות עוברת סף מסוים, קורס המבנה בבת אחת. סף זה מצוי ברוב החלבונים מתחת ל-70 מעלות צלזיוס. חלבוני חיידקים תרמופיליים, החיים בטמפרטורה הקרובה ל-100 מעלות, בקרבת מבועים ומעיינות חמים, הם היוצאים מהכלל. לחלבונים המופקים מחיידקים אלה מקום מרכזי בשיטות מעבדתיות כגון PCR.
העובדה שלכל חלבון ישנן טמפרטורות שבהן הסיכוי שיעבור דנטורציה גבוה במיוחד, יוצרת גבול עליון לטמפרטורה המתאימה לפעילות יעילה של החלבון. טמפרטורות נמוכות, גם הן אינן מאפשרות את פעילותו של החלבון, לא בשל דנטורציה אלא מכיוון שככל שהטמפרטורה נמוכה יותר המולקולות נעות לאט יותר, ולפיכך פעילות החלבון גם היא איטית יותר (מכיוון שהיא מוכתבת בין השאר על ידי מהירות תנועת המולקולות). בטמפרטורות נמוכות מדי, החלבון איננו פועל ביעילות בשל המהירות הנמוכה של המולקולות בתמיסה, מה שיוצר גבול תחתון לפעילותו של החלבון. לכן לכל חלבון קיים טווח טמפרטורות אידיאלי לפעילותו. הטמפרטורה האידיאלית לחלבוני גוף האדם היא בין 36 ל-38 מעלות צלזיוס. בטמפרטורות אלה עוד לא מתרחשת דנטורציה, אך הן מספיק גבוהות כדי שפעילות החלבון תהיה יעילה.
קיימות טענות על כך שדנטורציה מתרחשת גם בטמפרטורות נמוכות, קרוב לנקודת הקיפאון. כדי להסביר את התופעה, המכונה דנטורציה בקור, נדרשו החוקרים לשלב בטיעוניהם מודלים תרמודינמיים, המסבירים מדוע חלה ירידה ביציבות התרמודינמית של המערכת מתחת לטמפרטורה מסוימת. הסבר אפשרי, הנתמך בשלל ראיות, טוען כי רמות האנתלפיה והאנטרופיה של המים בסביבתו הקרובה של החלבון הן המשמעותיות, ובאינטראקציה של המים עם האזורים ההידרופוביים של החלבון טמון הכוח המניע את הדנטורציה בקור. דנטורציה בקור היא תופעה מעניינת, בשל הסברה כי הבנתה עד תום תחשוף מידע על מנגנון התקפלותו של החלבון בעת היווצרותו.
דנטורציה של חלבונים > הגורמים לדנטורציה > שינוי ה-pH

שינוי בחומציותה של תמיסת החלבון גורם אף הוא לדנטורציה. ככל שתמיסה חומצית יותר, יש בה למעשה יותר יוני מימן (+H, או ליתר דיוק +H3O). עלייה או ירידה בריכוזם של יוני המימן גורמת ליינונן של קבוצות צדדיות בחומצות אמינו מסוימות, ולטעינתן במטען חשמלי. המטען החשמלי גורם למשיכה או לדחייה חשמלית שלא הייתה קיימת קודם לכן בין קטעי חלבון שונים. אלו הן אינטראקציות חדשות בין חומצות האמינו, שלא היו קיימות לפני כן. הדבר מערער את המבנה הטבעי של החלבון וגורם לפתיחה חלקית שלו. פתיחה זו חושפת לסביבה החומצית או הבסיסית קבוצות צדדיות שלא היו חשופות עד כה, ומייננת גם אותן, מה שגורם לקריסתו הסופית של החלבון והופכת אותו לשרשרת אקראית חסרת מבנה.
לכל חלבון טווח pH שבו הוא נותר במצבו הטבעי והפעיל, על אף שינוי ריכוז יוני המימן. מרבית החלבונים אינם יכולים לחרוג בהרבה מה-pH הפיזיולוגי, שבין 6 ל-8. אך ישנם חלבונים רבים היוצאים מכלל זה, כגון האנזימים הפועלים בקיבה (פרוטאזות, כגון פפסין), ומסייעים בעיכולם של חלבונים אחרים. במיצי הקיבה מצויה חומצת מימן כלורי (HCl), שהיא חומצה חזקה. הסביבה החומצית גורמת לדנטורציה של החלבונים במזון, ובכך מסייעת לאנזימי העיכול (שהם עצמם, כאמור, סוג של חלבון) לפרק את הקשרים הפפטידיים שבין חומצות האמינו שבחלבוני המזון. האנזימים עצמם לא נפגעים, ויתרה מכך, אף זקוקים לנוכחות החומצה לצורך פעולתם.
דנטורציה של חלבונים > הגורמים לדנטורציה > חומרים דנטורטיביים

דנטורציה עשויה להתרחש גם בעקבות נוכחות חומרים אחדים בתמיסת החלבון, הפוגעים במבנהו. חלק מחומרים אלה משמש בעיקר למחקרים ביוכימיים שונים הדורשים התרה של המבנה המרחבי של החלבון למבנה ראשוני פשוט.
דטרגנטים: הדטרגנטים הם חומרים אורגניים בעלי "זנב" הידרופובי ("שונא מים") ו"ראש" הידרופילי ("אוהב מים") הנושא לעיתים קרובות מטען חשמלי. כשמולקולת דטרגנט פוגשת בחלבון, זנבה ההידרופובי חודר למעמקי החלבון ויוצר אינטראקציות מתחרות עם הקבוצות הצדדיות של חומצות האמינו ההידרופוביות. אינטראקציות אלה מחלישות את האינטראקציות הקיימות בחלבון הטבעי. באופן דומה, הראש ההידרופילי מגיב עם הקבוצות ההידרופיליות שעל פני החלבון ומחליש את האינטראקציות ביניהן. כשריכוז הדטרגנט גבוה מספיק, תתרחש דנטורציה ומבנה החלבון יקרוס למבנה אקראי. הדטרגנט SDS הוא בין הנפוצים שבדטרגנטים במעבדות לצורכי דנטורציה, בין השאר בשל תפקידו בשיטות הפרדת חלבונים באלקטרופורזה בג'ל. בשיטות אלו גורמים לדנטורציה של החלבונים טרם הפרדתם אחד מרעהו, כדי שההפרדה תהיה תקינה.
ממסים אורגניים: חומרים אורגניים המסיסים במים, כגון כוהל, עשויים להתחרות גם הם על האינטראקציות ההידרופוביות בפנים החלבון ולהחליש אותן כמו הזנבות ההידרופוביים של הדטרגנט. לכן בריכוז גבוה מספיק גם הם מתפקדים כחומרים דנטורטיביים, הגורמים להרס מבנה החלבון.
ריאגנטים סולפהידריליים: חומרים שונים, כגון בטא-מרקפטואתנול, עשויים לחזר את הגופרית שבקשרים הדיסולפידיים (S-S) לקבוצות סולפהידריל (SH-). תהליך זה מפרק את הקשר הסולפידי ובכך פוגע במבנה החלבון. עם זאת, לא ניתן להסתפק בחומרים אלה בלבד כדי לגרום לדנטורציה, כיוון שהקשרים הדיסולפידים מהווים בדרך כלל חלק קטן מכלל הקשרים המייצבים את החלבון. תהליך חיזור הגופרית באמצעות ריאגנטים סולפהידריליים נפוץ במעבדות מחקר.
שתנן וגואנידין הידרוכלוריד: אלו הם שני חומרים הנפוצים מאוד במעבדות ביוכימיה ומשמשים לניסויים רבים הדורשים דנטורציה. אך למרות זאת, אופן תפקודם כחומרים דנטורטיביים עודנו שנוי במחלוקת. בעבר סברו שהם מתחרים על יצירת קשרי מימן עם חומצות האמינו, ובכך מחלישים את קשרי המימן המייצבים את המבנה הטבעי. אך מבדיקה של חומרים אלה נמצא שהשפעתם בדרך זו אינה גדולה מהשפעתם של המים. כיוון שהחלבון נמצא כל העת בסביבה מימית ואינו ניזוק, נותר להסיק שזוהי איננה דרכם של השתנן וגואנידין הידרוכלוריד. סברה אחרת שזכתה להתייחסות היא שמולקולות אלה חושפות בדרך כלשהי את הקבוצות ההידרופוביות והלא קוטביות לסביבה המימית והקוטבית, ובכך מחלישים את מבנה החלבון. קיימות מספר בעיות בהשערה זו, שבין השאר אינה נתמכת בדי ראיות ניסוייות. כיום מנסים לבדוק האם למטענו החשמלי של שתנן (כשהוא מומס במים) ישנו תפקיד בדנטורציה.
לרבים מהחומרים הללו שימושים נוספים במחקר הביוכימי, מלבד דנטורציה, בהם מעוניינים דווקא לשמור על מבנה החלבון. למשל, ממסים אורגנים משמשים לעיתים קרובות בתהליכי ניקוי חלבונים. כדי שלא תתרחש דנטורציה מקיימים תהליכים אלה בטמפרטורות נמוכות, המאטות את קצב תנודתם של אטומי החלבון. ההאטה הזו, כפי שנותח לעיל, מפסיקה ברוב החלבונים את הדנטורציה. מכאן שהשפעתם של החומרים הדנטורטיביים איננה מוחלטת, אלא תלויה בתנאי הסביבה.
דנטורציה של חלבונים > השפעות הדנטורציה

שינויים במבנה המרחבי של החלבון גורמים לשינויים בתכונותיו השונות. על כך גם מרמז שמה של הדנטורציה, שפירושה המילולי הוא אובדן הטבע, או אובדן התכונות הטבעיות. השפעה זו על תכונות החלבון ניתנת לעיתים רבות למדידה. עובדה זו מנוצלת לשם איתור או מדידה של הדנטורציה למטרות מחקר, או למטרות תעשייתיות.
דנטורציה של חלבונים > השפעות הדנטורציה > פעילות ביולוגית

לחלבונים רבים פעילות ביולוגית מוגדרת, הדורשת מבנה מרחבי מסוים. הידועים שבחלבונים אלה הם האנזימים. לאנזים אתר פעיל שבו מתרחשת הריאקציה שאותה הוא מזרז. האתר הפעיל מותאם לסובסטרט, דהיינו המולקולה עליה האנזים פועל, ולאופן הפעולה, בצורה מדויקת מבחינת מיקומן של חומצות האמינו במרחב. לפיכך, שינויים במבנה המרחבי של האתר הפעיל פוגעים בתפקודו התקין של האנזים. לחלבונים נוספים פעילות ביולוגית הדורשת קשירת מולקולות אחרות לאתר ספציפי, כגון נוגדנים וחלבוני הובלה כהמוגלובין. גם חלבונים אלה מאבדים מפעילותם כתוצאה מדנטורציה. אובדן הפעילות הביולוגית מנוצל לאיתור דנטורציה בחלבונים אלה, ואף למדידת עוצמתה. כך, כאשר חפצים בבדיקת הדנטורציה של אנזים, תיבדק כמות התוצר המופקת בחשיפתו של האנזים לסובסטרט שלו במשך זמן מוגדר. כמות תוצר אפסית יכולה להתפרש כביטוי לדנטורציה.