פואבלו בוניטו
גילוי ומחקר

ב-1848 נחתם הסכם גואדלופה אידלגו בין ארצות הברית למקסיקו שבו ויתרה מקסיקו על שטחים נרחבים בצפונה בעקבות תבוסתה במלחמת ארצות הברית–מקסיקו. בעקבות הניסיון להשליט את מרותה על השטחים החדשים החלו עימותים בין הממשל האמריקני לשבטי האינדיאנים בשטחים אלו, בעיקר עם הנאוואחו. ב-1849 הוביל הקולונל ג'ון וושינגטון (John M. Washington) מסע עונשין כנגד הנאוואחו. למסע צורפה משלחת סיור נפרדת בראשות מהנדס הטופוגרפיה ג'יימס הרווי סימפסון (James Hervey Simpson‏; 1813–1883). משלחת זו נכנסה לקניון צ'אקו ואנשיה גילו הריסות של עשרה מבנים היסטוריים. קרווחל (Carravahal), מורה הדרך המקסיקני, שהוביל את המשלחת כינה את המבנים בשמותיהם הספרדים, ובהם פואבלו בוניטו, שפירוש "כפר יפה". מאוחר יותר פרסם סימפסון את התיאור הראשון של קניון צ'אקו בדו"ח שפרסם ב-1850 ובו כלל איורים שבצע הצייר ריצ'רד קרן (Richard Kern) שנלווה למשלחת.
בין 1896 ל-1900 ביצעו החוואי ריצ'רד ותריל (Richard Wetherill‏; 1850–1910) והאנתרופולוג והארכאולוג ג'ורג' פפר (George Hubbard Pepper‏; 1873–1924), שנשלח מטעם המוזיאון האמריקאי לתולדות הטבע, חפירות ארכאולוגיות בפואבלו בוניטו. חפירות אלו מומנו על ידי האחים פרדריק וטלבוט הייד (Frederick E. Hyde, Jr.‏ ו-B. Talbot Hyde) אספנים ונדבנים מניו יורק, ולכן קרויות על שמם "משלחת מחקר הייד" (Hyde Exploring Expedition). בתקופה זו חשפה המשלחת בראשות ותריל, ששימש כמנהל עבודה ופפר, שהיה אחראי על הצד המדעי, 190 חדרים והם צילמו ומיפו את כל המבנים העיקריים בקניון.
בין החפצים שנחשפו על ידי פפר היו שמונה חלילים מעץ שנתגלו בחדר בחלק הצפון-מערבי של פואבלו בוניטו שפפר העניק לו את הכינוי "חדר 33". חלילים אלו היו בסגנון חליל אנסאזי הנחשב כאביו הקדמון של החליל האינדיאני. טקסי הפולחן בפואבלו בוניטו התבצעו תוך שימוש בכלים בצורת גליל, כלים בדמויות אנוש, ומבערי קטורת מחרס. האחים הייד תרמו את האוסף הגדול של החפצים שנתגלו בחפירות למוזיאון האמריקאי לתולדות הטבע. לאחר שהחפירות הסתיימו שאף ותריל לקבל בעלות על כל החלקים של קניון צ'אקו, כולל פואבלו בוניטו, צ'יטרו קטל (Chetro Ketl) ופואבלו דל ארויו (Pueblo Del Arroyo). הוא הכין תביעת בעלות על חורבות אלו, שבוטלה על ידי משרד הקרקעות הכללי (הגוף שקדם ללשכת ניהול הקרקעות) ב-1904 כאשר הממשל הפדרלי נטל חזקה על אדמות אלו באופן רשמי. ותריל נדרש להפסיק את החפירות שביצע ברכוש פדרלי, אבל המשיך לנהל תחנת מסחר בקניון צ'אקו עד מותו ב-1910. ב-1907 הכריז הנשיא תאודור רוזוולט על קניון צ'אקו כמונומנט לאומי.
בין השנים 1920 ל-1927 ערך הארכאולוג נייל ג'אד (Neil Merton Judd‏; 1887–1976) חפירות במימון הנשיונל ג'יאוגרפיק והסמיתסוניאן במרבית החדרים שלא נחפרו על ידי משלחת הייד. הוא גם חפר בתילים הסמוכים ברחבה המערבית וחשף יסודות לחומה ממזרח למבנה.
ב-22 בינואר 1941 התמוטט צוק סלע מאבן החול המכונה "הסלע המאיים" (Threatening Rock) או "פער הסלע הנוטה" (tse biyaa anii'ahi בשפת נאוואחו) שמאחורי פואבלו בוניטו, והרס חלק מהחומה האחורית וכ-30 חדרים בפינה הצפון-מזרחית של המבנה. הצוק ניצב בגובה של 30 מטרים מעל המבנה ושקל כ-30,000 טון. הצוק נפרד ככל הנראה מקיר הקניון בין המאה ה-10 למאה ה-12. תושבי הפואבלו הקדומים חששו ככל הנראה כבר אז מנפילתו והקימו תומכות בבסיסו.
ב-19 בדצמבר 1980 שודרג מעמד המונומנט הלאומי, וקניון צ'אקו (ופואבלו בוניטו כחלק ממנו) הוכרז פארק לאומי היסטורי בשם הפארק הלאומי ההיסטורי של תרבות צ'אקו. ב-1987 העניק ארגון אונסק"ו מעמד של אתר מורשת עולמית לאתר.
משנת 2005 עורכים ד"ר פטרישה קראון (Patricia Crown) וד"ר וירט וילס (Wirt Henry Wills) מהאוניברסיטה של ניו מקסיקו חפירות מחדש באזורים אותם חפר נייל ג'אד בתילים על מנת לחקור את הסטרטיגרפיה של שלהם, להעריך את טכניקות השליטה במים ולנתח את מכלולי החפצים שנתגלו. ב-2009 גילתה קראון בשברי הכדים בפואבלו בוניטו שרידים של קקאו שהגיע לאתר ממרחק של לפחות 1,900 קילומטרים דרומה משם. זו הייתה ההוכחה הראשונה שהחומר, החשוב בביצוע טקסים, הובא לאזור זה של ארצות הברית לעתיד לבוא זמן רב לפני בואם של הספרדים במאה ה-16, שעד אז הניחו שרק בתקופתם הובא הקקאו לאזור. כדי חרס גליליים, הנפוצים באמריקה המרכזית, נתגלו גם כאן, אבל הם נדירים. 111 כדים נתגלו בשמונה מאות החדרים של פואבלו בוניטו.
צוות החופרים מאוניברסיטת ניו מקסיקו חשפו ותיעדו אלפי חפצים, כולל כלי קדרות, עצמות בעלי חיים ושברי אבן. כתוצאה קיבלו החוקרים מענק נפרד מהקרן הלאומית למדע לנתח יותר מ-300,000 חפצים, מכלול החפצים הגדול ביותר שנאסף אי פעם מקניון צ'אקו.