היסטוריה של פרגוואי
שלטונו של פרנסיה

עם השחרור מהשליטה הספרדית נוצר מצב חדש מבחינת הזהות של תושבי האזור. מצד אחד הם חלקו תכנים והיסטוריה משותפת עם המתיישבים מדרום להם שהקימו את הרפובליקה הארגנטינאית, הם כולם היו נתינים לשעבר של האימפריה הספרדית, הם השתתפו במלחמה לשחרור מהשלטון האירופאי ודיברו אותה שפה, ספרדית. מצד שני הייתה לתושבי האזור של פרגוואי גם היסטוריה נפרדת עקב המורשת של המדינה הישועית והתרבות הגווארנית שחלחלה אל התרבות המקומית והתמזגה עם התרבות האירופאית יותר מאשר באזורים אחרים, עד כדי שימוש בשפה המקומית האינדיאנית כשפה שגורה ויומיומית.
לאחר הכרזת העצמאות שלטה למעשה בפרגוואי חונטה צבאית מקומית. הנהגתה של החונטה הייתה בדילמה באשר ליחסי פרגוואי - ארגנטינה. האיחוד לו הסכימו נראה עתה בלתי כדאי, והיטמעותה של פרגוואי הקטנה על ידי ארגנטינה הגדולה והחזקה, נראתה בלתי נמנעת אם יימשך המצב כמות שהוא. אנשי החונטה חיפשו דרך להתנתק מארגנטינה. בשלב זה התבלט הדיפלומט חוסה גספר רודריגס דה פרנסיה, אשר השתלט על אנשי החונטה הצבאית, ובספטמבר 1813 הביא לישיבה של הקונגרס של פרגוואי, בה הוכרז באופן סופי על "הרפובליקה של פרגוואי", בנוכחות נציג ממשלת ארגנטינה, שנשלח על מנת לנהל "משא ומתן" עם אנשי פרגוואי. במעמד זה הוכרז פרנסיה ל"קונסול ראשון" בנוסח, שנלמד היטב מממשלו של נפוליאון מעבר לים. כוחו של פרנסיה לא הסתמך מעתה על האליטה הצבאית, כי עם על תמיכתם הישירה של המוני העם.
פרנסיה היה בקיא בכתבי הפילוסופים הצרפתים של תקופתו, והתיימר לבסס את שלטונו על האמנה החברתית בנוסח ז'אן-ז'אק רוסו ועל מורשת המהפכה הצרפתית. בפועל דמה יותר לרובספייר ולנפוליאון. שלטונו היה שלטון דיקטטורי, והוא כינה עצמו "קאודיליו" (Caudillo), כלומר שליט צבאי ופוליטי, כינוי שנעשה בו שימוש בשלטונו של פרנקו בספרד ושלטונם של רודנים צבאיים רבים במדינות אמריקה הלטינית. בבסיס שלו עומדת ההיסטוריה של מדינות האזור, אשר שוחררו מהשלטון הזר בידי צבא מונהג על ידי גנרלים, מה שיצר בתודעה הציבורית את הציפייה שהמצביא בעל הדרגות הוא זה שיביא סדר ויציבות, ואל דמות כזאת היו פונים כל אימת שהיה מתקיים מסבר. שלטון אישי דיקטטורי זה נמשך עד למותו של פרנסיה בשנת 1840, והוא היווה צורת ממשל מאשר מנה לא הצליחה פרגוואי להשתחרר באופן מתמשך עד לשנות התשעים של המאה ה-20
פרנסיה היה מצד אחד בעל תפיסת עולם שוויונית וליברלית מאוד יחסית לאותה תקופה, בהשראת הפילוסופים של "המאה של האורות" באירופה, ומצד שני פעל על מנת למנוע קיום מרכזי כוח שיאתגרו את השליטה שלו במדינה הצעירה, ובהם אינטלקטואלים, אנשי דת ומשפחות בעלות עוצמה. שילוב זה יוצר תערובת ייחודית של צעדים שחלקם פונים לכיוונים הנראים כסותרים זה את זה.
חוסה גספר רודריגס דה פרנסיה הוציא אל מחוץ לחוק את החינוך הגבוה, אך הרחיב את מערכת בתי הספר. הוא ביטל את העיתונות ואת הדואר. הוא ביטל את העבדות (והיה הראשון ביבשת דרום אמריקה, שעשה כן) וייסד משטרה חשאית. הוא הלאים את רכושה של הכנסייה הקתולית, וייסד על אדמותיה חוות חקלאיות קולקטיביות, אשר היו להצלחה. הוא הכריז על עצמו כראש הכנסייה בפרגוואי, ובתגובה לכך הכריז האפיפיור על נידויו מן הכנסייה. כראש הכנסייה החליט פרנסיה, כי הוא אישית ינהל את כל טקסי הנישואין במדינה, והטיל מיסוי כבד והגבלות מרובות על הנישואין. בין היתר אסר על המעמד הגבוה מן המוצא הספרדי הטהור להתחתן בינם ובין עצמם. לשם שמירת היציבות בפרגוואי וחדירת השפעות מן החוץ שיציבו אתגר של שליטה בפני שלטונו הכריז פרנסיה על גבולותיה של המדינה כסגורים, ונמנע מלקיים יחסים דיפלומטיים עם מדינות זרות.
כיום יש הרואים בפרנסיה את האחראי לבנייתה של פרגוואי חזקה ועצמאית מבחינה מדינית וכלכלית, ולכך שכוחן של האליטות הישנות, מן המוצא הספרדי הטהור דעך. הכנסייה איבדה את אחיזתה במדינה, דבר שאיפשר את איחודה של פרגוואי לידי ישות מדינית אחת. יש הרואים בו דיקטטור אכזר ובעל מוזרויות, אב טיפוס לדיקטטורים מסוגו בכל אמריקה הלטינית.