תעשיית התרופות
חילוקי דעות

מחקר
קיימת נטייה מוכחת להימנע מפרסום תוצאות מחקרים שאינן רצויות על ידי חברות התרופות שמימנו את המחקרים. הבנה זו הביאה להידוק הפיקוח בנושא על ידי קבוצות עצמאיות וממשלתיות כאחד. בעקבות מספר מקרים בהם לא פורסמו נתונים 'לא רצויים' ממחקרים שנתמכו על ידי חברות תרופות, פרסם גם איגוד הסחר של החוקרים ויצרני התרופות של אמריקה הנחיות חדשות המדרבנות את החברות לדווח על כל הממצאים ולהגביל את המעורבות הכספית של חברות התרופות עם החוקרים. בקונגרס האמריקאי נחקק חוק הדורש רישום ניסויים קליניים (שלב II ושלב III) על ידי היוזם באתר ייעודי, המנוהל על ידי המכון הלאומי האמריקאי לבריאות (NIH). חוק זה תקף מ-26 בדצמבר 2007.
בישראל, חובת רישום מחקרים רפואיים באתר ה-NIH חלה משנת 2014, והחל מה-15 במאי 2017, מותנה אישור לביצוע מחקר רפואי חדש ברישום שלו במאגר משרד הבריאות. עם זאת, חובת פרסום תוצאות המחקרים אינה נאכפת ביעילות.
גם כאשר חוקרי התרופות אינם מועסקים ישירות על ידי חברות התרופות, רבים נעזרים בהן על ידי קבלת מענקים, וחברות מרבות להיעזר בחוקרים כאלו כדי להציג את מוצריהן כעדיפים. חוקרים מתוגמלים בעקיפין על ידי חברות התרופות גם בתמיכה בעלויות כנסים וכדומה. תוכני הרצאות ואפילו מאמרים שמוצגים על ידי חוקרים אקדמיים עשוי למעשה להיכתב על ידי "סופרי צללים" מטעם חברות התרופות.
מספר מטא-אנליזות הראו שמחקרים פסיכיאטריים שמומנו על ידי חברות תרופות מדווחים על תוצאות חיוביות בשכיחות כפולה, ושאם עובד החברה מעורב במחקר, ההשפעה על הדיווח גדלה עוד יותר.
שיווק
המחלוקת הגוברת סביב שיווק תרופות והשפעה חברות התרופות קשורה בממצאים של השפעה על רופאים ואנשי מקצועות בריאות אחרים באמצעות נציגי החברות באמצעים שכוללים 'מתנות שיווק' קבועות ומסירת מידע מוטה לאנשי מקצועות הבריאות; פרסום נרחב בכתבי עת ובכנסים; מימון 'ארגוני בריאות עצמאיים' ו'מסעות קידום בריאות'; שתדלנות מול רופאים ופוליטיקאים (יותר מאשר בכל תעשייה אחרת בארצות הברית); מימון של בתי ספר לרפואה או הכשרת אחיות; מתן חסות נמשכת לאירועים חינוכיים, עם השפעה על תוכנית הלימודים; וגיוס רופאים לוועדות-מייעצות בתשלום.
קבוצות עניין כמו 'אין ארוחות חינם' (No Free Lunch) ו-AllTrials, מתחו ביקורת על השפעה זו בטענה שהן מטות את הרופאים לרשום את תרופות המשווקות גם כאשר אחרות עשויות להיות זולות או טובות יותר למטופלים.
בהקשר לכך, מואשמת תעשיית התרופות בניפוח או המצאת מחלות (Disease mongering) שמטרתה הרחבת השוק לתרופות. כנס יסוד בנושא התקיים באוסטרליה ב-2006. ב-2009 הושקה תוכנית "מחפשים ראיות - מזהים הגזמות" ("Finding Evidence – Recognising Hype") על ידי שירות המרשמים הממשלתי באוסטרליה.
סקירת ועדה מיוחדת של ממשלת בריטניה הגיעה לאותן מסקנות שלמעלה בהקשר לאיחוד האירופי ובו בזמן הדגישה גם את תרומותיה וצרכיה של התעשייה.
בתחקיר של פרופבליקה נמצאו לפחות 21 רופאים שקיבלו מיצרני תרופות יותר מ-500,000 דולר עבור הרצאות וייעוץ מאז 2009. מחצית בעלי השכר הגבוה היו פסיכיאטרים, וסך התשלומים לרופאים עבור שירותים כאלה היה כ-2 מיליארד דולר. החברות אסטרא-זנקה, ג'ונסון & ג'ונסון ו- איליי לילי שילמו מיליארדי דולרים בעסקות טיעון בעקבות האשמות על תשלום לרופאים לצורך קידום תרופות לשימושים לא מאושרים. במספר בתי ספר בולטים לרפואה התהדקו מאז הכללים לגבי קבלה של תשלומים מחברות התרופות על ידי סגל.
לעומת תפיסה זו, מאמרים שהופיעו ב-New England Journal of Medicine ממאי 2015, כולל מאמר מערכת, הדגישו את חשיבות יחסי הגומלין של תעשיית התרופות והרופאים לפיתוח של טיפולים חדשים. במאמרים נטען כי הזעם המוצדק על פשעי התעשייה הוביל רבים להפריז בחשיבותם של ניגודי עניינים. המאמר ציין כי ארגוני בריאות גדולים כמו המרכז הארצי לקידום תרגום-מדע (ליישום) של המכון הלאומי לבריאות, מועצת יועצי הנשיא למדע והטכנולוגיה, הפורום הכלכלי העולמי, קרן גייטס, קרן ולקם ומינהל המזון והתרופות האמריקאי עודדו יחסי-גומלין בין הרופאים לבין התעשייה לטובת חולים.
מחירי התרופות
המחירים שגובות חברות התרופות המובילות בעולם שנויים במחלוקת, מאחר שמחירם היקר של תרופות מצילות חיים הם מעבר להישג ידם של רבים. בנוסף, באמצעות תרגילים משפטיים, מונעות החברות שיווק של גרסאות גנריות זולות של תרופות בהן הן מחזיקות בפטנט (גם לאחר שהפטנט פג). בשנת 2013, הסרט הדוקומנטרי 'אש בתוך הדם' (Fire in the Blood), טען שחברות התרופות גרמו למיליוני מקרי מוות מיותרים באפריקה, מאחר שחסמו שיווק של תרופה גנריות זולות ביבשת. בהודו התיר חוק הפטנטים ייצור העתקים לתרופות המוגנות בפטנט, במקרים שבהם הפקת ההעתק כרוכה בתהליך ייצור שונה מזה של התרופה המקורית, כדי לייצור ולשווק תרופות בעלות זולה יותר. חברות התרופות הבנילאומיות לוחצות על הודו לא לאפשר לייצר גרסאות גנריות פחות יקרות של תרופות מוגנות בפטנט.