פרנקי ורקאוטרן
קריירת אימון

מיד עם פרישתו החל ורקאוטרן בקריירת אימון. הוא החל לעבוד כמאמן נוער בקבוצת בריין בעונת 1993/1994, ועונה אחר כך התמנה לתפקיד המאמן בקבוצת הנוער של מכלן. בעונת 1997/1998, עונה לאחר שירדה הקבוצה מליגת העל הבלגית, אימן אותה ורקאוטרן במשך עונה אחת בליגת המשנה.
לקראת עונת 1998/1999 חזר ורקאוטרן לקבוצת נעוריו אנדרלכט, על תקן עוזרו של ארי האן ההולנדי. בספטמבר 1998, עם פיטוריו של האן, התמנה ורקאוטרן לתפקיד המאמן הזמני, תפקיד בו החזיק במשך מספר חודשים שבמהלכם הצליח להוביל את קבוצתו לניצחונות ליגה מרשימים, בהם 6-0 על סטנדרד לייז' ו-5-2 על גנק. לאחר מינוי מאמן קבוע לקבוצה כעבור מספר חודשים, חזר ורקאוטרן לתפקיד עוזר המאמן, תפקיד בו החזיק עד לפברואר 2005. באותו החודש, בעקבות פיטוריו של המאמן הראשי, עבר ורקאוטרן לתפקיד המאמן, ועד לסיום העונה הצעיד את קבוצתו למקום השני בטבלה. בעונתו המלאה הראשונה על הקווים, עונת 2005/2006 הוביל ורקאוטרן את קבוצתו לאליפות בלגיה, הישג אותו שחזר גם עונה אחר כך. הוא פוטר מתפקידו ב-12 בנובמבר 2007, מספר חודשים לאחר פתיחת עונת 2007/2008, בעקבות רצף תוצאות מאכזבות.
ב-5 במאי 2008 התמנה ורקאוטרן לתפקיד עוזר המאמן של נבחרת בלגיה, תחת המאמן רנה ונדרייקן. הוא החליף בתפקיד את העוזר הקודם, סטפן דמול. ב-9 באפריל 2009, בעקבות סיום דרכו של ונדרייקן בנבחרת, התמנה ורקאוטרן לתפקיד מאמן הנבחרת הזמני. הוא הוביל את הנבחרת כחמישה חודשים, עד ל-10 בספטמבר באותה השנה. בחמישה משחקים בהם אימן לא הצליח להוביל את בלגיה לניצחון, והוחלף על ידי דיק אדבוקאט כשבמאזנו תיקו אחד וארבעה הפסדים.
ב-3 בדצמבר 2009 התמנה ורקאוטרן לתפקיד מאמן קבוצת גנק, אותה הוביל לזכייה באליפות בלגיה השלישית בתולדותיה בעונת 2010/2011. ב-17 באוגוסט 2011, לאחר המשחק הראשון מול מכבי חיפה במסגרת מוקדמות ליגת האלופות, עזב ורקאוטרן את הקבוצה לטובת משרת האימון של אל-ג'זירה מאיחוד האמירויות הערביות. הקבוצה כבר מינתה את אלחנדרו סאבלה למאמנה, אך הארגנטינאי ביטל את ההסכם בעקבות מינויו לתפקיד מאמן ארגנטינה. ורקאוטרן פוטר מתפקידו בקבוצה ב-8 במרץ 2012.
ב-24 באוקטובר 2012 מונה ורקאוטרן לתפקיד מאמן ספורטינג ליסבון, והיה למאמן הבלגי הראשון בקבוצה מאז 1996. הוא פוטר מתפקידו לאחר מספר חודשים בלבד, ב-7 בינואר 2013, כשקבוצתו ממוקמת במקום ה-12 בלבד לאחר 13 מחזורים. המנהל הטכני ז'סואדלו פריירה, שמונה לתפקיד בזמן כהונתו של ורקאוטרן, היה יורשו בתפקיד המאמן לאחר פיטוריו.
ב-5 בינואר 2014 חזר ורקאוטרן לקדנציה שנייה במכלן, כשהקבוצה הייתה ממוקמת מתחת לקו האדום בליגה הבכירה. אף על פי שהצליח להצעיד אותה להישארות בליגה, חוזהו בקבוצה לא חודש והוא סיים את דרכו עם סיום העונה.
בקיץ 2014 התמנה ורקאוטרן לתפקיד מאמן קריליה סובייטוב סמרה, לאחר שירדה לראשונה מזה 22 שנים לליגת המשנה הרוסית. בעונתו הראשונה, זכה ורקאוטרן עם קבוצתו באליפות ליגת המשנה והחזיר אותה לאחר עונה אחת בלבד לליגה הבכירה. באוקטובר 2016 פוטר הקבוצה עקב חוסר הצלחתה של הקבוצה תחתיו באותה העונה.
באוקטובר 2017, לאחר שנה מחוץ למגרשים, חזר ורקאוטרן לבלגיה והתמנה לתפקיד מאמן סרקל ברוז' מליגת המשנה. עוד באותה העונה הצעיד ורקאוטרן את הקבוצה למקום הראשון בטבלה המסכמת ולפלייאוף ההעפלה לליגה הבכירה מול בירשחוט וילרייק. במשחק הראשון נכנעה סרקל 1-0 בחוץ, אך בגומלין הפכה את התוצאה עם 3-1 דרמטי, לאחר שספגה שער מצמק בדקה ה-84 אך הוסיפה שער בפנדל בדקה האחרונה. עם 3-2 בסיכום המפגשים, החזיר ורקאוטרן את סרקל לליגה הבכירה. עם זאת, בתום העונה הסכימו הצדדים על פרידה משותפת, והמאמן סיים את דרכו בקבוצה.
כבר באותו הקיץ חתם ורקאוטרן כמאמן אל-באטין מערב הסעודית, אך כעבור כארבעה חודשים סיים את דרכו במועדון יחד עם עוזריו, לאחר שהקבוצה כשלה מקצועית. בפברואר 2019 התמנה לתפקיד היועץ הספורטיבי של קבוצת אאוד-הברלי לוון מליגת המשנה הבלגית, לאחר שעוזרו, וינסנט אובראר, התמנה לתפקיד מאמן הקבוצה.
ב-3 באוקטובר 2019 עזב ורקאוטרן את הקבוצה וחזר לקדנציה שנייה באנדרלכט.