היסטוריה של ספרד החדשה
התפשטות אל האוקיינוס השקט והמסחר הפיליפיני

בניסיון לפתח סחר בין איי הודו המזרחית לאמריקות מעבר לאוקיינוס השקט, מיגל לופס דה לגאספי הקים את ההתיישבות הספרדית הראשונה באיי הפיליפינים בשנת 1565, שהפכה לעיר סן מיגל (היום סבו סיטי). אנדרס דה אורדאנטה גילה נתיב הפלגה יעיל מהאיים הפיליפינים למקסיקו שניצל את זרם קורושיו. בשנת 1571, העיר מנילה הפכה לבירת איי הודו המזרחית הספרדיים, כשהמסחר החל עד מהרה דרך הגליאון של מנילה. נתיב הסחר מנילה-אקפולקו העביר מוצרים כמו משי, תבלינים, כסף, פורצלן וזהב ליבשת אמריקה מאסיה. המפקד הראשון בפיליפינים נוסד בשנת 1591, על סמך מס שנאסף. המפקד מנה את סך אוכלוסיית המייסדים הספרדים-פיליפינים כ-667,612 אנשים, מתוכם: 20,000 סוחרים מהגרים סינים, בזמנים שונים: כ-16,500 אנשים היו חיילים-קולוניסטים לטינים שנשלחו במצטבר מפרו ומקסיקו והם נשלחו לפיליפינים מדי שנה, 3,000 היו תושבים יפנים, ו-600 היו ספרדים טהורים מאירופה, היה גם מספר גדול אך לא ידוע של פיליפינים הודים, שאר האוכלוסייה היו מלאים ונגריטוס. לפיכך, עם 667,612 אנשים בלבד, בתקופה זו, הפיליפינים היו בין הארצות הדלות ביותר באסיה.
למרות הדלילות של אוכלוסיית הפיליפינים, זה היה רווחי עבור מקסיקו סיטי שהשתמשה בו כנקודת שינוע של מוצרים אסיאתיים זולים כמו משי ופורצלן. עם זאת, בשל הכמות הגבוהה יותר של מוצרים מאסיה זה הפך לנקודת מחלוקת עם המדיניות המרקנטיליסטית של ספרד היבשתית שתמכה בייצור המבוסס על מדינת האם במקום על המושבות, ובמקרה זה הברית המסחרית מנילה-מקסיקו הייתה בסתירה מול מדריד. ניתן לראות את חשיבות הפיליפינים לאימפריה הספרדית בכינונה כקפטן-כללי נפרד. מוצרים שהובאו מאסיה נשלחו לאקפולקו ולאחר מכן יבשתית לווראקרוס, ולאחר מכן נשלחו לספרד על ספינות צי האינדיאס. מאוחר יותר הם נסחרו ברחבי אירופה. כמה ערים ועיירות בפיליפינים נוסדו כ-Presidios בפיקודם של קצינים ספרדים ואויישו על ידי חיילים מקסיקנים ופרואנים שהיו לרוב נוודים מגויסים בכוח, בני נוער מנוכרים, פושעים קטנים, מורדים או גולים פוליטיים במקסיקו ובפרו, ולפיכך היו גורם מרדני בקרב המנגנון הקולוניאלי הספרדי בפיליפינים.
מכיוון שהפיליפינים היו במרכזו של חצי סהר מיפן לאינדונזיה, היא התחלפה בין תקופות של עושר קיצוני שהתקבצו למקום, לתקופות שבהן הייתה זירת המלחמה המתמדת שהתנהלה בינם לבין האומות שמסביב. זה השאיר רק את החזקים והחזקים ביותר לשרוד ולשרת את שירותם הצבאי. לפיכך היו שיעורי עריקה ותמותה גבוהים אשר חלו גם על הלוחמים והפועלים הפיליפינים הילידים שגייסה ספרד, כדי להילחם בקרבות בכל רחבי הארכיפלג ובמקומות אחרים או לבנות גליאונים ועבודות ציבוריות. המלחמות החוזרות ונשנות, היעדר שכר, עקירה וכמעט רעב היו כה אינטנסיביים, שכמעט מחצית מהחיילים שנשלחו מאמריקה הלטינית והלוחמים והפועלים שגויסו במקום, מתו או ערקו לאזור הכפרי חסר החוק כדי לחיות כנוודים בין הילידים המורדים, נמלטו מהודים משועבדים (מהודו) ונוודים משבט נגריטו, שם התערבבו הגזעים באמצעות אונס או זנות, מה שהגדיל את מספר הפיליפינים ממוצא ספרדי או לטינו-אמריקאי, אך לא היו ילדים כאלו מנישואים תקפים. זה טשטש עוד יותר את מערכת הקאסטות הגזעית שספרד כל כך ניסתה לשמור בעיירות ובערים. נסיבות אלו תרמו לקושי הגובר לשלוט בפיליפינים. בשל אלה, כתב איש הכספים המלכותי של מנילה מכתב לקרלוס השלישי, מלך ספרד, שבו הוא מייעץ לנטוש את המושבה, אך לכך התנגדו בהצלחה המסדרים הדתיים והמיסיונרים שטענו כי הפיליפינים הם נקודת השקה להמשך המרות הדת במזרח הרחוק. בשל האופי המיסיונרי של המושבה הפיליפינית, שלא כמו במקסיקו שבה רוב המהגרים היו בעלי אופי אזרחי, רוב המתיישבים בפיליפינים היו חיילים, סוחרים או אנשי דת והיו ברובם גברים.
לעיתים, המושבה הפיליפינית הלא רווחית שסועת המלחמה שרדה מסבסוד שנתי ששולם על ידי הכתר הספרדי ולעיתים קרובות מומנה ממסים ורווחים שנצברו על ידי מלכות המשנה של ספרד החדשה (מקסיקו), ששולמו בעיקר על ידי שליחת 75 טונות של מטילי כסף יקרים מדי שנה, אשר נאספו ונכרו מפוטוסי, בוליביה, שם אבדו באופן קבוע מאות אלפים מבני האינקה בזמן שהשתעבדו למערכת המיט'ה. לרוע המזל, הכסף שנכרה במחיר חיים רבים והיותו מתכת יקרה בקושי הגיע לחיילים הספרדים, המקסיקנים, הפרואנים והפיליפינים המורעבים או הגוססים שהוצבו בפרסידיוס ברחבי הארכיפלג, נאבקים בפלישות מתמדות, בזמן שחיפשו אחריו סוחרים סינים, הודים, ערבים ומלאים במנילה שסחרו עם הלטינים תמורת המתכת היקרה שלהם בתמורה למשי, תבלינים, פנינים ובשמים. הסחר וההגירה לא כוונו רק לפיליפינים. זה גם פנה בכיוון ההפוך, ליבשת אמריקה, מהפיליפינים המורדים, במיוחד הלויאליסטים הפיליפינים הגולים, שנמנעו מזכויותיהם המסורתיות על ידי קצינים ספרדים חדשים מספרד שהחליפו את הכובשים הספרדים המקוריים ממקסיקו שהיו פוליטיים יותר ביצירת בריתות. שהיו להם הסכמי ידידות איתם (בשל שנאתם המשותפת נגד מוסלמים, שכן פיליפינים ילידי האלילים נלחמו בסולטנות ברוניי והספרדים כבשו את אמירות גרנדה). החלוצים המקוריים האידיאליסטים מתו והוחלפו בקצינים מלכותיים בורים שהפרו הסכמים, ובכך גרמו לקנוניה של המהארליקים בקרב הפיליפינים, שקשרו קשר יחד עם ברוניאים ויפנים, אך כישלון הקונספירציה גרם לגלותם של הלויאליסטים לאמריקה, שם הם הקימו קהילות על פני החופים המערביים, ובראשם גררו, מקסיקו, שהייתה לימים מרכז של מלחמת העצמאות המקסיקנית.