עלילת המצורעים
מנתון > תגובת יוסף בן מתתיהו

יוסף בן מתתיהו מצביע דווקא על ההתאמה שבין גרסת מנתון לסיפור המקראי, בכך שאבותיהם של היהודים הגיעו למצרים מארץ זרה ויצאו ממנה כבר בזמן קדום מאוד.
הוא מדגיש שדברי מנתון שנלקחו מתוך הכתבים המצרים העתיקים סותרים את טענות הבסיס של הסופרים המצרים-יוונים המאוחרים יותר, על כך שהיהודים אינם עם עתיק ומוצאם ממצרים.
יוסף מבדיל בין שני חלקי הסיפור של מנתון, כאשר הוא מאמץ את הראשון (זיהוי היהודים עם החיקסוס) ושולל את אמינותו של השני (סיפור המצורעים).
לטענתו, הסכים מנתון לדברי היהודים שהם לא היו ילידי מצרים מלכתחילה, אלא באו אליה מארץ נכריה, מָשלו בה ואחרי כן יצאו ממנה, אולם מנתון הודה בעצמו, שאת השתלשלות האירועים לאחר הגירוש הראשון של החיקסוס לא לקח מתוך כתבי הקודש המצרים העתיקים, אלא מתוך סיפורים מיתולוגיים ששמע מאנשים בעל פה. יוסף טוען כי מדובר ב"שיחות הבל ושקרים" "אשר לא נודע מי אביהן", שמנתון הוסיף להם "דברים אשר אין להם שחר" כדי לייחס את מוצאם של היהודים ל"המון מצרים מצורעים ומוכּים בתחלואים רבים" ולפיכך "אין להאמין בדברי שקריו".
יוסף מביע את תמיהותיו בסדרה של שאלות רטוריות עוקצניות ולעגניות:
מי הם האלים שאמנופיס רצה לראות ולמה בכלל רצה לראותם? ולמה שיסתירו האלים את פניהם בגלל בני אדם כרותי איברים ומצורעים? הם נוהגים הרי לכעוס על מעשי רֶשע ולא על מומי הבשר. והנה אותו "קוסם" ציווה לגרש את בעלי המומים ממצרים כדי לטהר את הארץ, ואילו המלך גירש אותם אל המחצבות, כאילו עשה זאת בגלל מחסור בעובדי פרך.
אולם לטענת יוסף, גם בדברים אלה לא היה די ומנתון לא השכיל להבין ש"לא יֵאָמנו כזביו":
גם אם כעסו המצורעים על המלך בגלל מה שעשה להם, הרי שאחרי שיצאו לחופשי מהמחצבות וקבלו ממנו את אווריס, היה עליהם למתן את שנאתם אליו. וגם אם רחשו אליו שנאה רבה, היו תוקפים אותו בלבד ולא יוצאים למלחמה על כל העם המצרי, כי ברור הרי שהיו להם קרובים רבים במצרים. וגם אם החליטו להילחם בכל העם, מדוע החליטו להילחם גם באלים שלהם בכך שתיקנו להם חוקים חדשים הנוגדים את חוקי אבותיהם? יוסף מוסיף בציניות, שיש לזקוף לזכות מנתון שלא הטיל את האשמה הזאת על אנשי ירושלים, אלא על המצרים עצמם (המצורעים) ובראשם הכוהנים שלהם (אוסרסיף), ומוסיף לתהות: האם לא מוזר הדבר שאף אחד מקרובי האנשים הטמאים לא הצטרף למלחמתם עד שהיו צריכים לבקש עזרה מירושלים, ואיזו ידידות או קרבת משפחה הייתה עד אז בין הטמאים ובין בני ירושלים? הרי גם המצורעים היו מצרים ולכן היו אויבים לבני ירושלים ומנהגיהם היו שונים מאוד. ואנשי החיקסוס מירושלים עטו מיד על הצעת המצורעים לכבוש את מצרים, כאילו לא הכירו כבר את הארץ ממנה גורשו בעבר בכח. אילו היו החיקסוס במחסור ובמצוקה, ברור היה מדוע הסכימו לסכן את חייהם, אך הם ישבו בעיר משגשגת ואכלו מפרי אדמה טובה בהרבה מאדמת מצרים, אז מה גרם להם לחרף את נפשותיהם לעזרת מי שרק לא מזמן היו אויביהם, אנשים שאין איבר שלם בגופם ושאפילו קרוביהם נטשו אותם? הרי לא יכלו לנחש מראש שהמלך יברח מהם.
יוסף מסכם וטוען שגם על פי גרסת מנתון מוצא העם היהודי לא מהמצרים (אלא החיקסוס בלבד) ולא התערבו בו ילידי מצרים (המצורעים), ואפילו אם ייחס מנתון את מוצא היהודים למצורעים והחולים, יש להניח שרבים מהם נספו במחצבות אחרי שהתענו שם זמן רב, ורבים מהשורדים מתו במלחמות שבאו לאחר מכן.
הוא גם מפריך את הרמיזה לכך שמשה היה מצורע בעצמו ומדגיש שלפי התורה משה הקפיד מאוד בחוקי טומאה ואסר על כל איש שיש בו מום קל לשרת בקודש, ואם היה מצורע בעצמו, הרי שהיה צריך לחוקק חוקים לטובת מצורעים כמותו.
לדברי יוסף, כל זה מוכיח שמנתון לא סטה הרבה מן האמת כל זמן שנצמד למקורות העתיקים שלו.
הוא טוען שדברי מנתון הם שקר ואם היה בהם יסוד כלשהו של אמת, הם לא היו סותרים בפרטים רבים כל כך את אלה שבאגיפטיאקה של כאירמון.