יצחק גינזבורג
השקפתו בנושאים פוליטיים

הרב גינזבורג הוצג פעמים רבות כאחד ממנהיגי "נוער הגבעות". לאחר טבח מערת המכפלה הוציא לאור חוברת בשם "ברוך הגבר" שבה לימד זכות על הטבח שביצע ברוך גולדשטיין. בין השאר כתב בה: "נקמה אינה נעשית מתוך שיקול של כדאיות, מתוך הבנת התועלת שבה... הנקמה היא תגובה טבעית ספונטנית ומובילה אותה תחושה כי עד שלא ימצא הכוח לפגוע במי שפגע בי לא תהיה לי תקומה". על פי הכתוב ב'ברוך הגבר' הנקמה יכולה לנבוע מתוך "זרימה עם הטבע", והתאחדות עם "הזרמים האקולוגיים" של הקיום. אצל היהודי מדובר בהתאחדות עם ה'יחידה' שלו, כלומר הניצוץ האלוהי שבו. הטבע הפנימי של היהודי הוא אלוהי, ומכאן גם שאיפתו לחזור אל הטבע החיצוני, זה של ארץ ישראל. להגותו זו יש השפעה על חלקים מנוער הגבעות. לדבריו, פגיעה ב"עם האלוהים" היא פגיעה בצדק האלוהי. בסוף החוברת כותב גינצבורג כי "ניתן להביא טיעונים משכנעים בה־במידה בגנות מעשהו של גולדשטיין", ומסכם כי ההחלטה לבצע טבח המוני לא תלויה בשיקולים רציונליים אלא "מקורה בצלילה לעמקי נשמתו של האדם והאזנה לקול האלוהים שהוא מוצא בתוכה".
בתחילת 1996 הורה ראש הממשלה שמעון פרס מתוקף תפקידו כשר הביטחון, על מעצרו של הרב גינזבורג מתוקף סמכותו לפי סעיף 2 לחוק סמכויות לשעת חירום (מעצרים) תשל"ט 1979 – מעצר מנהלי. הוא שהה במעצר זה במשך כשלשה שבועות (תשעה־עשר יום), שלאחריהם ביטל בית המשפט העליון את צו המעצר, וקבע כי הוא לא שידל למעשי עבירה קונקרטיים ולא הוכחה סכנה בדרגה של ודאות קרובה, שדבריו עלולים להביא את תלמידיו לפגוע בערבים. לאחר מכן התבטא, שכל המעצר היה כחלק מהמאבק בחסידות.
בשנת 1998 הוגשה עתירה לבג"ץ בדרישה להעמיד את הרב גינזבורג לדין, שבעקבותיה הורה היועץ המשפטי לממשלה למשטרה לפתוח בחקירה בחשד להסתה לגזענות והמרדה. התיק בנושא המרדה נסגר בסמוך להחלטה לפתוח בחקירה ובסופו של דבר גם התיק לגבי הסתה לגזענות נסגר מבלי להעמידו לדין.
בספרו "צו השעה – טיפול שורש", שפורסם ב־2003, האשים את השמאל הישראלי באחריות לרצח עשרות יהודים וקבע כי "לערבי אין זכות קיום בארץ ישראל". בעקבות זאת הוגש נגדו כתב אישום על הסתה לגזענות. הרב גינזבורג הגיע לעסקת טיעון עם הפרקליטות במסגרתה הגיש מכתב התנצלות על הדברים שכתב והתחייב להימנע מפרסום דברי הסתה בתמורה לביטול האישומים נגדו. עם זאת, הוא מעולם לא חזר בו מדברים אלו. הרב גינזבורג נמנה עם הרבנים שנתנו הסכמה לספר "תורת המלך", אשר נכתב על ידי תלמידו הרב יצחק שפירא, והתפרסם על רקע עיסוקו בהלכות הקשורות להריגת גויים.
הרב גינזבורג רואה במדינה היהודית כלי למימוש ייעודו המרכזי של העם היהודי – חיי תורה. במהלך המאבק כנגד תוכנית ההתנתקות הקצינה גישתו ביחס למדינה. הוא קרא לעקור את הרוח הציונית, משום שהיא מסרסת ופוגעת בכל צמיחה רוחנית. על בית המשפט אמר כי יש לפרקו בעדינות, "תוך הצגה מתמדת של מעלת חוקיה החכמים והנבונים של התורה, לעומת החלטותיו השגויות, הפגומות והנפשעות של בית המשפט. את הממשלה – ממשלת השמאל או הימין – עלינו למגר".
במאמרו "לפצח את האגוז" משנת 2005 המשיל את עם ישראל לאגוז העטוף בארבע קליפות: רוחו של המפעל הציוני; מערכת החוק והמשפט; הכנסת והממשלה; והצבא. בסיום המאמר מבהיר גינזבורג את ההבדל בין גישתו לגישה המסורתית של הציונות הדתית, שדוגלת בשינוי המערכות מבפנים, על ידי השתלבות בהן. לדבריו "'מפצח האגוזים' חייב לבוא מחוץ לאגוז – רק מי שתודעתו משוחררת מהמערכת...יכול לפעול לפיצוחו של האגוז". על פי משנתו, התיקון למדינה יגיע על ידי הפלת הדמוקרטיה בדרכים דמוקרטיות, והתיקון לצבא יגיע באמצעות סירוב פקודה המוני שיקדם את הכפפת צה"ל להלכה.
באפריל 2014 נשא דרשה ביצהר הכוללת התייחסות סלחנית למעשי "תג מחיר", שהוצגו כהשתוללות גויית לא מתוקנת, הנובעת מחבלי הלידה של ההשתחררות מהשעבוד לממסד וגילוי ה'אני' האמיתי. כמה ימים לאחר מכן הבהיר כי הוא מתנגד לפגיעה בחיילי צה"ל. בשיחה בבת עין, שנה לאחר מכן, אמר: ”...כל אחד יכול לעסוק בעבודה הזו – שהיא המהפכה בפועל. זו העבודה החדשה שצריכים בשבילה מסירות נפש – גם על זה יעצרו אותך, אבל באמת לא עברת את החוק בכלל. ככל שתעשה פעולה טובה, תכתוב דברים טובים, זה יקומם וירגיז את הממסד המתנכר מכל התג מחיר שבעולם. מה זה תג מחיר? זה שטויות. תעשה משהו יותר רציני. יכול להיות דף שהוא מליון פעמים יותר רציני מאיזה תג מחיר שלא שוה כלום”.
בסוף ספטמבר 2024 הוציא גילוי דעת שבו קרא לכבוש את חבלי הלבנון, לגרש את האוכלוסייה העוינת, להקים התיישבות יהודית ובכך "להשלים את הניצחון".