ז'אן בארט
עם בוגנוויל

בארט וקומרסון הצטרפו למשלחת של בוגנוויל בנמל רושפור בסוף דצמבר 1766. הם יועדו להפליג בספינת אספקה, "אטואל". בגלל כמות הציוד העצומה שקומרסון העלה לפני ההפלגה, קפטן הספינה, פרנסואה צ'סנארד דה לה גירואיס, ויתר על החדר הגדול שלו בספינה לקומרסון ול"עוזרו". המעשה העניק לבארט פרטיות משמעותית בהשוואה אילו הייתה על סיפונה של ספינה צפופה. בפרט, תא הקברניט נתן לבארט גישה לשירותים פרטיים, כך שלא תצטרך להשתמש במשותף עם אנשי הצוות האחרים.
בנוסף לדיווח שפרסם בוגנוויל, מספרי סיפורה של בארט היו שלושה ספרי זיכרונות ששרדו מהמסע: יומן שנערך במשותף על ידי קומרסון ופייר דוקלוס-גיות. יומן מאת נסיך נסאו-זיגן, נוסע משלם באוניה "בודאוס". וספר זיכרונות מאת פרנסואה ויווס, מנתח באוניית "אטואל". לויווס היה הרבה מה לומר על בארט, אך ספר הזכרונות שלו בעייתי מכיוון שהוא וקומרסון היו ביחסים גרועים לאורך ההפלגה, והדיווח שלו - שנכתב ברובו או תוקן לאחר מעשה - מלא בטענות והערות קשות שהופנו גם לקומרסון וגם בארט.
קומרסון סבל קשות ממחלת הים וכיב חוזר ברגלו בחלקו המוקדם של ההפלגה, ובארט ככל הנראה בילתה את רוב זמנה בטיפול בו. מלבד הטקס של "חציית קו המשווה", שתיאר קומרסון בפרטי פרטים בספר זיכרונותיו, נותר מעט מאוד לבוטנאים לעשות עד שהגיעו למונטווידאו. שם הם יצאו למסעות אל המישורים וההרים שמסביב. רגלו של קומרסון עדיין הטרידה אותו, ונראה כי בארט עשתה הרבה מהעבודה בפועל, כשהיא נושאת אספקה ודגימות. בריו דה ז'ניירו - מקום מסוכן בהרבה, בו נרצח הכומר של האטואל בחוף זמן קצר לאחר הגעתם - קומרסון נשאר רשמית בספינה בזמן שרגלו נרפאה, אך הוא ובארט בכל זאת אספו דגימות של צמח פורח, אותו כינה. בוגנוויליה.
לאחר ביקור שני במונטווידאו, ההזדמנות הבאה שלהם לאסוף צמחים הייתה בפטגוניה בזמן שספינות המשלחת חיכו לרוחות מתאימות שיובילו אותם דרך מצר מגלן. כאן ליוותה בארט את קומרסון בסיורים נועזים בשטח קשה וצברה מוניטין של אומץ וכוח. קומרסון, שעדיין סבל מפגיעתו ברגלו, התייחס לבארט בחיבה. בנוסף לעבודות הכפיים שביצעה באיסוף צמחים, אבנים וצדפים, בארט סייעה גם לקומרסון לארגן ולקטלג את הדגימות ולערוך את הרישומים שלהם בשבועות שלאחר מכן, עם כניסתם של הספינות לאוקיינוס השקט.
הדיווחים ששרדו על המשלחת נבדלים זה מזה עם התגלות המגדר של בארט לראשונה. על פי דבריו של בוגנוויל, השמועות על כך שבארט הייתה אישה הסתובבו במשך זמן מה, אך מגדרה לא אושר סופית עד שהמשלחת הגיעה לטהיטי באפריל 1768. ברגע שהיא וקומרסון נחתו על החוף, הוקפה מיד בארט על ידי טהיטים שזעמו על היותה אישה. היה צורך להחזיר אותה לספינה כדי להגן עליה מפני הטהיאטים הנרגשים. בוגנוויל תיעד את האירוע ביומן שלו כמה שבועות לאחר שזה קרה, כשהייתה לו הזדמנות לבקר ב"אטואל" כדי לראיין את בארט באופן אישי.
בדבריו, ויווס דווח על ספקולציות רבות על מינה של בארט כבר מתחילת המסע וטען כי בארט טענה שהיא סריס. הדיווח של בוגנוויל על חשיפתה של בארט בטהיטי אינו מאושר ביומנים האחרים של המשלחת, אם כי ויווס מתאר אירוע דומה בו הוצגה מיד בארט כאישה על ידי הטהיטי אחו-טורו שהיה על סיפון הספינה. ויווס מתאר גם אירוע אחר שנערך בניו אירלנד באמצע יולי בו נתפסה בארט כשהיא לא מוגנת, הופשטה ו"נבדקה "על ידי קבוצת משרתים אחרים במסע". דוקלוס-גיאו ונסאו-זיגן גם תיעדו כי בארט התגלה כאישה בניו אירלנד, אך מבלי להזכיר פרטים.
אהו-טורו נסע בחזרה לצרפת עם המשלחת, ונחקר לאחר מכן על בארט. חוקרים מודרניים מאמינים כעת כי אהו-טורו חשב למעשה שבארט היא טרנסג'נדרית. עם זאת, ילידי טהיטי אחרים דיווחו על נוכחותה של אישה במשלחת של בוגנוויל למבקרים מאוחרים יותר באי, כולל ג'יימס קוק בשנת 1769 ודומינגו דה בונצ'אה בשנת 1772, מה שמעיד כי המין שלה היה ידוע לטהיטים אבל לא לחברת הספנות בזמן שביקרה באי.
לאחר חציית האוקיינוס השקט, המשלחת לא חסרה אוכל. לאחר עצירה קצרה לאספקה באיי הודו המזרחית ההולנדית (אינדונזיה), הספינות עשו עצירה ארוכה יותר באי מאוריציוס באוקיינוס ההודי. אי זה, המכונה אי דה פראנס, היה אז תחנת סחר צרפתית חשובה. קומרסון שמח לגלות שחברו הוותיק ועמיתו הבוטנאי פייר פוירה משמש כמושל באי, וקומרסון ובארט נשארו מאחור כאורחי פויואר. ככל הנראה בוגנוויל עודד באופן פעיל את ההסדר הזה, מכיוון שהוא איפשר לו להפטר מבעיית האישה שהייתה שלא כדין על סיפונה של משלחתו.