חלוקת הודו
הרקע לחלוקה

זרעי החלוקה נטמנו הרבה לפני העצמאות. ההיסטוריונית שירין קין טוענת כי הבריטים, שעדיין חששו מן האיום הפוטנציאלי בדמות המוסלמים ששלטו בתת-היבשת במשך יותר מ-300 שנה תחת האימפריה המוגולית, הנהיגו מדיניות של הפרד ומשול. סיווג האזרחים על פי דתם היה גם מאפיין של השלטון המוגולי. כשההודים בשלטון בריטניה התחילו להתכונן לעצמאות החל מאבק בין שתי העדות בתוך תנועת העצמאות ההודית, ובמיוחד בקונגרס הלאומי ההודי; שתי העדות חתרו לשליטה בתנועה, שעשויה הייתה להוביל לשליטה במדינה כולה לאחר העצמאות. המוסלמים חשו מאוימים על ידי הרוב ההינדי; ההינדים מצידם הרגישו שמנהיגי התנועה מתחנפים למוסלמים ומתנכרים לרוב האוכלוסייה.
הליגה המוסלמית הכלל-הודית (AIML) נוסדה בדאקה ב-1906 על ידי מוסלמים שלא בטחו בקונגרס ההודי הלאומי, שהיה אומנם חילוני ופופולרי, אך רוב חבריו היו הינדים. עם הזמן עלו בליגה מתווי פעולה שונים. בין הראשונים שדרשו מדינה נפרדת למוסלמים היה הסופר והפילוסוף עלאמה איקבאל, שאמר, בנאום הנשיאותי שנשא ב-1930 בפני ועידת הליגה המוסלמית, כי לדעתו אומה מוסלמית נפרדת היא הכרחית בתת-יבשת הנשלטת על ידי ההינדים. "אספת סינד" העבירה הצעת החלטה שהפכה זאת לדרישה רשמית ב-1935. איקבאל, ג'והאר ואחרים עמלו קשה כדי לגייס את מוחמד עלי ג'ינה, שעד אז עשה נפשות לאחדות מוסלמית-הינדית, להנהיג את התנועה למען האומה החדשה. ב-1930 כבר החל ג'ינה לאבד תקווה באשר לגורלם של המיעוטים בהודו מאוחדת עתידית, והחל להביע את דעתו שמפלגות הזרם המרכזי, דוגמת מפלגת הקונגרס (שהוא היה חבר בה בעבר) אינן רגישות לאינטרסים מוסלמיים. בוועידת הליגה המוסלמית בלאהור ב-1940 הבהיר ג'ינה שהוא מחויב לפתרון של שתי מדינות, ומאותה עת הייתה זו עמדתה הרשמית של הליגה:
ההינדים והמוסלמים משתייכים לשתי דתות שונות, שתי פילוסופיות שונות, מנהגים וספרויות שונות... לקשור שתי אומות כאלה בעולה של מדינה יחידה, האחת כמיעוט והשנייה כרוב, יוביל ללא ספק להתמרמרות הולכת וגוברת ובסופו של דבר לחיסולו של המרקם שאותו תנסה לבנות ממשלתה של מדינה כזו.
על כל פנים, היו גם ארגונים הינדיים לאומניים כמו ההינדו מהאסבהא ("האספה ההינדית הכלל-הודית הגדולה" או Akhil Bhāratīya Hindū Mahāsabhā) שטענו אף הם כי קיים שבר בין שתי האומות, אף כי התנגדו לחלוקת המדינה. ב-1937, בישיבה ה-19 של הינדו מהסאבהא שנערכה באחמדאבאד, קבע ויר סאווארקר בנאומו הנשיאותי כי
אי-אפשר בימינו עוד להניח כי הודו היא מדינה מאוחדת והומוגנית; ההיפך הוא הנכון, יש בה בעיקר שתי אומות - ההינדים והמוסלמים.
רבים ממנהיגי מפלגת הקונגרס היו חילונים והתנגדו לחלוקת המדינה על-פי קווים דתיים. מהאטמה גנדי, שהיה גם הינדואי אדוק וגם פציפיסט אדוק, האמין שהינדים ומוסלמים יכולים וצריכים לחיות בידידות. הוא התנגד לחלוקה בכל מאודו, ואמר:
נשמתי כולה מתקוממת כנגד הרעיון שאסלאם והינדואיזם מייצגים שתי תרבויות ודוקטרינות מנוגדות. הסכמה לדוקטרינה כזו היא, בעיניי, הכחשת קיומו של האל.
גנדי ותומכיו נאבקו במשך שנים כדי שיישארו מוסלמים במפלגת הקונגרס (בשנות ה-30 החלה עזיבה רבתי של פעילים מוסלמים מן המפלגה), ובכך הצליח לקומם עליו קיצוניים הינדים ומוסלמים כאחד (גנדי נרצח מעט אחרי החלוקה בידי הקיצוני ההינדואי נאטורם גודסה, שהאמין שגנדי הלך לקראת המוסלמים על חשבון ההינדואים). פוליטיקאים ומנהיגים עדתיים ליבו את הרוחות בשני הצדדים ועוררו פחדים וחשדות בשתי העדות, מה שהביא למאורעות נוראים כמו המהומות שנגרמו ביום הפעולה הישירה שארגנה הליגה המוסלמית ב-1946, שבהן טבחו מוסלמים והינדואים אלה באלה בכלכותה ובסביבתה, ונהרגו כ-5000 איש. ככל שהלך הסדר הציבורי והתערער בכל צפון-הודו ובנגל, התגבר הלחץ ליצור חלוקה פוליטית ומדינית כדי להימנע ממלחמת אזרחים של ממש.
עד שנת 1946 עדיין הייתה הגדרת "פקיסטן" על פי הליגה כה גמישה עד שניתן היה לפרש אותה גם כמדינה עצמאית וגם כחלק מקונפדרציה הודית. יש היסטוריונים המאמינים שג'ינה התכוון לעשות שימוש במושג "פקיסטן" כקלף מיקוח, על מנת להשיג עצמאות רבה יותר למחוזות המערביים, בעלי הרוב המוסלמי, כך שלמרכז ההינדי תהיה פחות שליטה בהם.
היסטוריונים אחרים סבורים שג'ינה ראה בחזונו פקיסטן גדולה יותר ורצה לדרוש גם את מזרח פנג'אב ומערב בנגל, כולל אסאם, שבכולן רוב הינדי. ג'ינה נאבק גם לספח לפקיסטן את קשמיר, מדינה בעלת רוב מוסלמי ששלט בה שליט הינדי; וכן את המדינות היידראבאד וג'ונאגאד, מדינות בעלות רוב הינדי תחת שליט מוסלמי.
בעקבות מחקרים חדשים, מתחזקת ההערכה[דרוש מקור] כי לו היה זוכה ג'ינה להיות ראש ממשלתה הראשון של הודו, הייתה נמנעת החלוקה. גנדי, שעמד על משקלם של הדחפים האישיים המניעים את ג'ינה, אף הפציר בנהרו ופאטל לאפשר לג'ינה המוסלמי להיות ראש הממשלה הראשון של הודו העצמאית. אך הדבר לא הסתייע, וג'ינה היה לאבי האומה של פקיסטן.