מבצע רעם מתגלגל
קשיים

מבצע רעם מתגלגל חשף בעיות רבות של הכוחות הצבאיים שהשתתפו בו והחמיר בעיות נוספות. סוגיית מפתח בין-זרועית (שלא באה לידי פתרון עד 1968), הייתה בעיית הפיקוד בדרום-מזרח אסיה. דיוויזיית האוויר השנייה של חיל האוויר של ארצות הברית (שב-1 באפריל 1966 הפכה להיות חיל האוויר השביעי של ארצות הברית), הייתה אחראית לכאורה על הפעולות האוויריות בשמי צפון ודרום וייטנאם. עם זאת, היא הייתה כפופה לפיקוד הסיוע הצבאי בווייטנאם ולמפקדו, גנרל ויליאם וסטמורלנד, שנטה לראות את מוקד הבעיות שלו בדרום. לחיל האוויר השביעי/השלושה עשר, שהתמקם בתאילנד, שביצע את רוב התקיפות האוויריות בצפון וייטנאם, היה פיקוד כפול. הוא דיווח למפקדת חיל האוויר השביעי על סוגיות מבצעיות ולמפקדת חיל האוויר השלוש עשרה (ששכנה בפיליפינים) על בעיות לוגיסטיקה ומנהלה. מורכבות פיקודית זו נעשתה סבוכה אף יותר כאשר פוצל המאמץ האווירי לארבעה מרחבים מבצעיים נפרדים (בצפון וייטנאם, בדרום וייטנאם, בצפון לאוס ובדרומה).
כוח המשימה ה-77 של הצי קיבל את פקודותיו דרך הצי השביעי מפיקוד האוקיינוס השקט של ארצות הברית בהונולולו, דרך פיקוד חילות האוויר של האוקיינוס השקט (Pacific Air Forces). עקב כך, לא יכול היה הצי לשלב את פעולותיו האוויריות בצפון וייטנאם עם אלה של חיל האוויר. לגנרל ויליאם מומייר, מפקד חיל האוויר השביעי, היה הרושם שפיקוד האוקיינוס השקט ופיקוד חילות האוויר הפסיפיים שאפו לשמור לעצמם את השליטה בכלי הטיס שיצאו מהבסיסים בתאילנד. כדי לסבך את המצב עוד יותר, הפעילו שגרירי ארצות הברית בתאילנד (גרהאם מרטין) ובלאוס (ויליאם ה. סאליבן) את השפעתם שלא לצורך על החלטות מבצעיות ופיקודיות.
מבנה פיקוד מוזר זה היה מנוגד לגישת הפיקוד המאוחד של חיל האוויר, שעל פיה היה אמור מפקד אחד לשלוט ולתאם את כל הפעולה האווירית בזירת הלחימה. קיומה של שרשרת הפיקוד המורכבת, שדרכה היו אמורות לזרום כל הבקשות לפעולות אוויריות, הצביעה על מורכבותה ההולכת וגדלה של המערכה. בקשות לאישור תקיפות אוויריות יצאו מהדיוויזיה השנייה ומכוח המשימה ה-77 בווייטנאם אל פיקוד האוקיינוס השקט, שבתורו דיווח לממונה עליו, מטה הכוחות המשולבים בפנטגון. לאחר שהבקשות עובדו במחלקת המדינה וב-CIA, הן הועברו אל הבית הלבן, שם קבלו הנשיא ו"קבינט יום שלישי" שלו את ההחלטות על ההתקפות האוויריות על בסיס שבועי.
קושי נוסף שנחשף כתוצאה ממבצע רעם מתגלגל הייתה חוסר המוכנות של חיל האוויר למבצע. ייעודם של מטוסי החיל וההכשרה שטייסיו קיבלו היו לבצע פעולות אסטרטגיות כנגד ברית המועצות במסגרת מלחמה גרעינית, לא מלחמה קונבנציונלית. מבצע רעם מתגלגל חשף שנים של הזנחה בטקטיקה הקונבנציונלית והיכולות של כלי הטיס וחימושם לא התאימו למשימה שהוטלה עליהם. חיל האוויר גם מצא עצמו במבוכה מהעובדה שמוכנותו של הצי הייתה טובה יותר. ברשותו של הצי היה הדגם היחיד של מטוס קרב-הפצצה הכשיר לכל מזג אוויר שהיה במצאי של הכוחות המזוינים של ארצות הברית, ה-A-6 אינטרודר והם היו גם אחראים לפיתוחו של המקדונל דאגלס F-4 פנטום, שהפך להיות למטוס שהשימוש בו היה הנפוץ ביותר במלחמת וייטנאם.
מרגע שהחלו קרבות האוויר בשמי צפון וייטנאם, מצא עצמו חיל האוויר ביכולת לקויה. עמוד התווך של טילי הלוחמה האווירית היו ה-AIM-9 סיידוויינדר וה-AIM-7 ספארו שפותחו על ידי הצי ולא ה-AIM-4 פלקון של חיל האוויר. חיל האוויר התנגד ברציפות לקיומה של המלחמה בדרום-מזרח אסיה, מאחר שהפיקוד שלו האמין שזו סטייה מהדרך שניתן לפתור אותה עד מהרה. תחת זאת הם גרסו שהם יכולים להפנות את תשומת לבם ואת כלי הנשק היותר מתוחכמים שלהם, כנגד האיום הרציני יותר מברית המועצות. אף אחד מקציני הפיקוד הבכירים של החיל לא צפה שהמלחמה תארך כעשור.
ברשותו של חיל האוויר היה מטוס שהיה כשיר לפעולה בכל מזג אוויר, חמוש בנשק מונחה ובעל כוח הרס מדהים, ה-B-52 סטרטופורטרס. עם זאת, לא שקל כלל הממשל האמריקאי האזרחי את הכנסתם לפעולה של המפציצים הכבדים הללו, שהיו כפופים לפיקוד האוויר האסטרטגי, בהאמינו שצעד כזה עלול לגרום להסלמה בגלוי. ראש מטה חיל האוויר, ג'ון פ. מקקונל, אף התנגד לשליחת המפציצים לאזורים בצפון וייטנאם שהיו מוגנים בנשק אנטי-אווירי והגביל את פעולתם של מפציצי ה-B-52 לתקיפות חד פעמיות.
בנוסף לכל הסוגיות הללו הייתה גם המדיניות של הפנטגון לביצוע רוטציה שנתית של הכוחות בדרום-מזרח אסיה. אף על פי שצוותי האוויר הראשונים שהגיעו לזירת הלחימה היו מנוסים מאוד, הקצב ההולך וגדל והרחבת המשימות הצריכו תגבור של כוח האדם. עקב כך הוחמר בהדרגה המחסור בצוותי אוויר מנוסים. דילמה זו נעשתה מורכבת אף יותר עקב מדיניותו של חיל האוויר שהכתיבה איסור על התנדבות מרצון לסבב לחימה שני, בנוסף להשפעה של העברתם של טייסים בין סוגים שונים של כלי טיס. לעומת זאת, הצי נטה לשמור את צוותי האוויר שלו באותה יחידה לכל אורך הקריירה הצבאית שלהם, וכך לשמור על מומחיותם, אך כך גם גרם לאבדות כבדות יותר בקרב צוותים מנוסים שביצעו משימות מגוונות.
גורם בעייתי נוסף היה מזג האוויר בזירת הלחימה. משמעות זרימות המונסון הייתה שמזג האוויר הקשה על הפעולות במשך כמעט שמונה חודשים בשנה (מסוף ספטמבר ועד תחילת מאי), שבהם הגשם והערפל הסתירו את המטרות. העדרן של יכולות להפצצה בכל מזג אוויר ובלילות גרמו לביצוען של רוב הפעולות בשעות האור, ולפיכך הקלו על הצפון וייטנאמים בביצוע פעולת ההגנה האווירית שלהם.