מלחמת העצמאות של מקסיקו
המרד בדרום תחת מורלוס, 1811–1815

הלוחמה בצפון אזור באחיו דעכה לאחר לכידתה והוצאה להורג של ההנהגה הקריאולית של המרד, אך המרד כבר התפשט לאזורים דרומיים אחרים, לעיירות זיטאקוארו, קואוטלה, אנטקרה (כיום אואחקה) שבהן צמחה הנהגה חדשה. הכמרים חוסה מריה מורלוס ומריאנו מטמורוס, כמו גם ויסנטה גררו, גואדלופה ויקטוריה ואיגנסיו לופס ראיון המשיכו את המרד על בסיס אחר, ארגנו את כוחותיהם, תוך שימוש בטקטיקות גרילה, ובעיקר עבור המרד, יצירת ארגונים ויצירת מסמכים כתובים שביטאו את מטרות המורדים.
לאחר הוצאתם להורג של אידלגו ושל מורדים אחרים, התאחדה תחילה הנהגת תנועת המורדים שנותרה תחת איגנסיו לופס ראיון, עורך דין ואיש עסקים אזרחי. הוא הוצב ב-Saltillo‏, Coahuila עם 3,500 איש ו-22 תותחים. כששמע על לכידתם של מנהיגי המורדים, הוא ברח דרומה ב-26 במרץ 1811 כדי להמשיך במאבק. לאחר מכן הוא נלחם בספרדים בקרבות פוארטו דה פיניונה, סקטקס, אל מגואי וזיטקוארו.
בצעד חשוב, ראיון ארגן את Suprema Junta Gubernativa de América (חונטת השלטון הלאומית העליונה של אמריקה), אשר טענה ללגיטימציה להוביל את המרד. ראיון ניסח את Elementos constitucionales, הקובע כי "הריבונות נובעת ישירות מהעם, שוכנת בדמותו של פרננדו השביעי, ומופעלת על ידי ה-Suprema Junta Gubernativa de América. החונטה העליונה יצרה מבול של תקנות ופקודות מפורטים. בשטח, האב חוסה מריה מורלוס המשיך בהתקשרויות צבאיות מוצלחות, וקיבל את סמכותה של החונטה העליונה. לאחר שזכה בניצחונות וכבש את נמל אקפולקו, אז את העיירות Tixtla‏, Izúcar ו-Taxco, מורלוס היה נצור במשך 72 ימים על ידי כוחות מלכותיים תחת Calleja ב-Cuautla. החונטה לא הצליחה לשלוח סיוע למורלוס. חייליו של מורלוס החזיקו מעמד ויצאו מהמצור, המשיכו לכבוש את אנטקרה, (כיום אוחאקה). היחסים בין מורלוס והחונטה התדרדרו, כאשר מורלוס התלונן, "חילוקי הדעות שלך סייעו לאויב." מורלוס היווה ניגוד אמיתי לאידלגו, למרות ששניהם היו כמרים מורדים. לשניהם הייתה אהדה למדוכאי מקסיקו, אבל מורלוס היה בן גזעים מעורב בעוד אידלגו היה אמריקאי יליד ספרד, לכן מורלוס הבין באופן חווייתי את האפליה הגזעית בסדר הקולוניאלי. בנימוקים פרקטיים יותר, מורלוס בנה כוח צבאי מאורגן וממושמע, בעוד שחסידיו של אידלגו היו חסרים נשק, אימונים או משמעת, כוח יעיל שהצבא המלכותי התייחס אליו ברצינות. בפוטנציאל מורלוס היה יכול לכבוש את העיר השנייה בגודלה של המושבה, פואבלה דה לוס אנג'לס, הממוקמת באמצע הדרך בין נמל וראקרוס לבירה מקסיקו סיטי. כדי למנוע את אותו אסון אסטרטגי, שהיה מותיר את הבירה מנותקת מהנמל הראשי שלה, המשנה למלך ונגס העביר את Calleja מבאחיו כדי להתמודד עם כוחותיו של מורלוס. כוחותיו של מורלוס נעו דרומה וכבשו את אואחאקה, ואיפשרו לו לשלוט ברוב האזור הדרומי. בתקופה זו, למרד היו סיבה לאופטימיות וגובשו מסמכים המכריזים על עצמאות ומנסחים חזון למקסיקו הריבונית.
מורלוס לא שאף להיות מנהיג המרד, אבל היה ברור שהוא הוכר על ידי המורדים כמפקד הצבאי העליון שלה. הוא נע במהירות ובנחישות, פשט את השלטון מראיון, פיזר את החונטה העליונה, ובשנת 1813 כינס מורלוס את קונגרס צ'ילפנינגו, הידוע גם כקונגרס של אנאואק. הקונגרס הפגיש את נציגי המרד. מורלוס ניסח את רגשות האומה שלו, שהופנו לקונגרס. בנקודה 1, הוא קובע בצורה ברורה וברורה ש"אמריקה חופשית ובלתי תלויה בספרד".
ב-6 בנובמבר של אותה שנה, הקונגרס חתם על מסמך העצמאות הרשמי הראשון, הידוע בשם החוק החגיגי של הכרזת העצמאות של צפון אמריקה. בנוסף להכרזה על עצמאות מספרד, קראו בני הזוג מורלוס לביסוס הקתוליות כדת היחידה (אך עם הגבלות מסוימות), ביטול העבדות וההבחנות הגזעיות בין ובין כל האומות האחרות", נאמר בסעיף 5. "הריבונות נובעת ישירות מהעם." הנקודה השנייה שלו הופכת את "הדת הקתולית" ליחידה המותרת, וכי "הדוגמה הקתולית תישמר על ידי ההיררכיה של הכנסייה" (נקודה 4). חשיבות הקתוליות מודגשת עוד יותר למנדט. 12 בדצמבר, חגה של הבתולה מגוודלופה, כיום לכבודה. הוראה בעלת חשיבות מרכזית לפלבאים כהי עור (נקודה 15) היא "שהעבדות אסורה לנצח, כמו גם ההבחנות של מעמד [גזע], אז זה כולם יהיו שווים; ושההבחנה היחידה בין אמריקאי אחד למשנהו תהיה ההבחנה בין סגן וסגולה". חשוב גם לחזונו של מורלוס על האומה החדשה היה שוויון בפני החוק (נקודה 13), במקום שמירה על בתי דין ופריבילגיות מיוחדות (fueros) קבוצות מסוימות, כגון אנשי כנסייה, כורים, סוחרים וצבא.
הקונגרס בחר במורלוס לראש הרשות המבצעת של הממשל, כמו גם למפקד העליון של המרד, תוך תיאום מרכיביה הרחוקים. ההצהרה הרשמית של הקונגרס של צ'ילפנינגו, המעשה החגיגי של הכרזת העצמאות, היא מסמך רשמי חשוב בהיסטוריה המקסיקנית, שכן היא מכריזה על מקסיקו כעל אומה עצמאית ופורשת את סמכויותיה כמדינה ריבונית לעשות מלחמה ושלום, למנות שגרירים, ולעמוד לצד האפיפיור, במקום בעקיפין באמצעות המלך הספרדי. המסמך מעגן את הקתוליות הרומית כדת היחידה.
Calleja הקים מחדש את הצבא המלכותי בניסיון לרסק את המרד, ויצר פקודות בפואבלה, ויאדוליד (כיום מורליה), גואנחואטו ונואיבה גליסיה, עם קציני צבא מנוסים בחצי האי שיובילו אותם. הקצין יליד אמריקה אגוסטין דה איטורבידה היה חלק מההנהגה המלכותית הזו. בריגדיר צ'יריאקו דה לאנו תפס והוציא להורג את מריאנו מטמורוס, מורד יעיל. לאחר פירוק הקונגרס של צ'ילפנינגו, מורלוס נתפס ב-5 בנובמבר 1815, נחקר, נשפט והוצא להורג על ידי כיתת יורים. עם מותו הסתיימה הלוחמה הקונבנציונלית ומלחמת הגרילה נמשכה ללא הפרעה.