מלחמת הפדרציה-דומיניון
פירוט העלילה > עונה 7: סוף המלחמה

העונה השביעית ממשיכה לעסוק בדילמות נוספות הנובעות מהעימות הצבאי. בעקבות העבודה שנעשתה בעונה השישית, הכותבים שקלו להשתמש ברצף פרקים על מנת לסיים בצורה מספקת את קווי העלילה השונים הקשורים במלחמת הדומינון, והגיעו למסקנה כי לא ניתן יהיה לסיים את "מסע בין כוכבים: חלל עמוק 9" בפרק אחד או שניים. רצף של עשרה פרקים התווה את סיומה של העונה השביעית, מלחמת הפדרציה-דומיניון וכל "חלל עמוק 9", ועוד שינויים נעשו ככל שתהליך כתיבת התסריט התקדם.
בעונה זו, הדמויות ניצבות בפני נושאים של רצח עם: בפרק "Treachery, Faith, and the Great River", אודו מגלה כי נגיף מהונדס אשר הפדרציה הפיצה בקרב המייסדים מאיים להרוג אותם, ובפרק "When It Rains..." מתגלה כי מדור 31 הוא שהדביק אותו בכוונה, כדי שיפיץ את המחלה למייסדים. בעוד שד"ר באשיר תומך במתן התרופה למייסדים, אחרים הם לא השתכנעו.
יריב נוסף מתגלה בברין - מעצמה מרביע אלפא, אשר כורתת ברית עם הדומיניון (בפרק "Til' Death Do Us Part"). עבור הפרק "The Changing Face of Evil" התסריטאים איירה סטיבן בהר והאנס ביימלר כתבו תסריט הכולל מכה שנייה נגד הפדרציה באמצעות תקיפת כדור הארץ על ידי הברין, תקיפה שבמהלכה תיהרס הדיפאיינט. רונלד ד. מור הצהיר כי "רצינו להרוג את הדיפאיינט כהצהרה על כמה חזקים הם הברין. חשבנו שהדבר יזעזע את הדמויות ואת הקהל". בהר הסביר הספינה הפכה לדמות שנתפסה בלבבם ובתודעתם של אנשים... כאשר הדיפאיינט התרסקה - זה כאב".
ההתעוררות המחודשת בסכסוך סיפקה אפשרויות לתאר בעיות חדשות, כגון (כפי שמתואר בפרק "The Siege of AR-558") - "הלם קרב", או פציעה (בפרק "It's Only a Paper Moon"), כאשר נוג עובר קטיעת רגל. מור אמר כי הוסכם על העלילה של פרק זה רק לאחר "ויכוח ממושך" בין בהר וריק ברמן, וכי דיונים כאלה היו תופעה שכיחה, כאשר נושא פצועי והרוגי מלחמה עלו לדיון.
הרעיון של שילוב מרד בעלילה נפתח מחדש, בהקשר של קרדאסיה במקומה של באג'ור. לגאט דמאר הופך מתוסכל יותר ויותר מהמבוי הסתום שאליו נקלעה המלחמה ומצבו כ-"בובה" של הדומיניון. ככל שמצטברים הפסדיהם הצבאיים של הקרדאסים, וככל ששליטת הדומיניון על קרדאסיה מתחזקת, הוא הופך לאלכוהוליסט ומבקר את כוחו של הדומיניון. דמאר, בתחילה, תוכנן לשמש כסוכן כפול של הפדרציה, אבל אז מור הציע את מרד העבדים של ספרטקוס כמודל. בפרק "When It Rains...", דמאר מקים תנועת מחתרת, מוכרז כמורד ויורד למקום מסתור. קירה, גארק ואודו נשלחים אליו כ-"יועצים טכניים" מטעם הפדרציה, כדי לסייע לו.
הקשר בין הקרדאסים והבאג'ורנים, לשעבר אויבים אך כעת בעלי ברית, מתואר בפרק "Tacking Into the Wind". תא המחתרת של דמאר ושל קירה נוטש את הדעות הקדומות ומשתף פעולה כדי לתפוס את כלי הנשק של הברין. בפרק ההמשך, "The Dogs of War", דמאר נאלץ לבחור בין חבריו לנשק- הקרדאסים העיקשים באמונותיהם, לבין תמיכתם של קירה ושל אחרים אשר הוא החשיב אויבים בעבר. ככל שהמלחמה מתפתחת לרעתם של הדומיניון, המוצאים עצמם מנותקים מרביע גמא וללא יתרונות טכנולוגיים, הקרב האחרון מוכן. המשתנה הנקבה מצווה על השמדת מטרופולין על כוכב הבית של הקרדאסים, על מנת לכפות על הקרדאסים המורדים לחדול, אך במקום זאת - הצי הקרדאסי עורק, ומעניק את היתרון לבעלות הברית של רביע אלפא. כתוצאה מכך, הפגזות הדומיניון מביאות למותם של 800 מיליון קרדאסים.
בפרק "Extreme Measures", הדן ברצח עם, מתקיים דיון אתי בדבר "מחלת המייסדים" המהונדסת ובדבר תרופה אפשרית. ד"ר באשיר וצ'יף או'בריאן מאתרים טיפול, בתוך מוחו של סוכן "מדור 31"- לות'ר סלואן. ויכוח מוסרי מתנהל על מה מהווה רצח עם. בעוד שבאשיר תומך בהצעת התרופה למייסדים, קפטן סיסקו טוען שיש להמשיך ולהתיר למחלה לשתק את היריב החזק. עם זאת, בפרק "The Dogs of War", אודו מצהיר כי הדבר מהווה רצח עם של בני-עמו, וד"ר באשיר מעניק לו את התרופה. בתמורה לכניעה של הדומיניון, ומעצר המשתנה הנקבה בגין פשעי מלחמה, בנות הברית של רביע אלפא מאפשרות לאודו לרפא את יתר בני-עמו.
חוזה השלום הבאג'ורי נחתם על תחנת החלל "חלל עמוק 9", בפרק סיום העונה השביעית - "What You Leave Behind". הסיום לרצף הפרקים המתאר את מלחמת הפדרציה-דומיניון יצר את סיום הסדרה, והיה הזמן בו צוות ההפקה יישב את סוגיית הגורל של הדמויות הראשיות. ברמן ובהר סיכמו עם סרטי פרמאונט כי הפרק האחרון של הסדרה צריך להתמקד בדרמה אנושית, ולא במהלכים האחרונים של מלחמת הפדרציה-דומיניון. מור החווה את דעתו כי צוות ההפקה הצליח להבטיח כי מלחמת הפדרציה-דומיניון שימשה כאמצעי להעמקת האפיון של הדמויות. אף על פי שנכתבו תסריטים של עלילות נוספות הממשיכות לעונה השמינית של "מסע בין כוכבים: חלל עמוק 9", בהר קיבל את סיומה של מלחמת הפדרציה-דומיניון בסוף העונה השביעית.