סיימון פ. יוז הבן
מושל ארקנסו

ב-1884 הציג יוז שוב את מועמדותו מטעם המפלגה הדמוקרטית למשרת מושל ארקנסו, זאת כאשר המושל המכהן ג'יימס הנדרסון ברי הודיע על כך שהוא לא התכוון להתמודד על תקופת כהונה נוספת. מסע הבחירות שלו למועמדות המפלגה היה מורכב בשל עלייתו של "גלגל החקלאים" (Agricultural Wheel), ארגון שהיה מחויב לכמה צעדי הקלה על החקלאים. יריבו המוביל של יוז היה סוחר מליטל רוק, קולונל ג'ון ג. פלטשר, שזכה לתמיכה משמעותית מהחקלאים. שני היריבים עברו ביסודיות ברחבי המדינה וצברו כוח תמיכה די שקולה עד לכינוסה של ועידת המפלגה המדינתית ב-25 ביוני, אך בסופו של דבר ניצח יוז. לאחר מכן הוא יצא למסע בחירות ברחבי המדינה מול יריבו הרפובליקני תומאס בולס, וב-1 בספטמבר הוא ניצח בבחירות הכלליות לאחר שזכה ב-100,875 קולות מול 55,388 הקולות של יריבו.
ב-17 בינואר 1885 הושבע יוז כמושל ארקנסו. דאגתו הגדולה ביותר הייתה שבית המחוקקים יספק בסיס משמעותי לתשלום של החלק הבלתי שנוי במחלוקת של חוב המדינה. עניין זה היה קשור ל"תיקון פישבק" בחוקת המדינה שעבר זמן קצר קודם לכן, ושאישר דחייה של תשלום רוב החובות מתקופת השיקום.
כמה צעדים משמעותיים יושמו במהלך תקופת כהונתו הראשונה של יוז כמושל, אף על פי שממשלת המדינה הייתה מחויבת לכלכלה ולצמצום ההוצאות וחדלה ללוות כספים. כמה בניינים הוקמו במערכת בתי הסוהר ובמוסדות הרווחה של המדינה, בוצע שיפוץ במתחם הקפיטול המדינתי, הוגדלה התמיכה של המדינה לבתי הספר הציבוריים, ואף על פי כן נרשם באוצר המדינה עודף. חלק מהסיבות להישגים אלו היה הטיפול בחוב המדינתי. החלק הבלתי שנוי במחלוקת של החוב עבר לאחריות מועצת החוב של המדינה, שבו היו חברים המושל, מבקר המדינה, גזבר המדינה, והתובע הכללי, ושהוקם ב-2 באפריל 1885. המועצה הפחיתה בהצלחה את החובות יוצאי הדופן של המדינה מבלי לפגוע במחויבויות שלה.
הצלחתו של יוז בתפקידו הבטיח את תמיכת המפלגה בבחירתו כמועמד לכהונה שנייה, בייחוד לאחר שכמה חוואים ממורמרים החליטו לגבות את ארגון הגלגל החקלאי בניסיונו להקים מפלגה פוליטית חדשה. מפלגה זו בחרה בצ'ארלס קניגהאם, לשעבר חבר מפלגת השטרות הירוקים, לאחר שהקולונל פלטשר דחה את ההצעה לעמוד בראשות המפלגה החדשה, בעוד שהרפובליקנים בחרו בלאפייט גרג, שהיה שופט בבית המשפט העליון של ארקנסו במהלך תקופת השיקום. בבחירות הכלליות שהתקיימו ב-6 בספטמבר גרף יוז 90,650 קולות מול 54,063 שקיבל גרג ו-19,169 הקולות של קנגיהאם.
ב-15 בינואר 1887 הושבע יוז לכהונתו השנייה. בנאומו בפני האספה הכללית של המדינה, הוא שב והצהיר על רצונו לראות את חברות הרכבות לוקחות את חלקן ההוגן בעול המיסים. באחת ההזדמנויות, שילמה חברת סנט לואיס, איירון מאונטיין וסאות'רן סכום של 250,000 דולר בהסדר תשלום מיסי העבר.
על אף ההצהרה הבולטת של יוז בנאום ההשבעה שלו, "אנו עם שכמעט כולו חקלאים", פקידי הממשל המדינתי עשו מעט כדי להקל על המגזר החקלאי עד לתום תקופת כהונתו, וחברותו של יוז בארגון Patrons of Husbandry, או the Grange, בארקנסו בשנות ה-70, לא גרמו לחקלאים עניים רבים לרחוש לו אהדה. יותר מכך, קריאתו ב-1886 לחברת הרכבות אירון מאונטיין לחדש את השירות שלה באופן מידי נראתה לרבים במעמד העובדים כסיבה לכך ששביתת הרכבות של דרום-המערב כשלה.
אף על פי כן, כאשר החליט יוז להתמודד ב-1888 על תקופת כהונה שלישית, הוא ציין את הגידול המשמעותי באוכלוסיית המדינה (כמעט מיליון תושבים), את עושרה (שיעור גביית המיסים הגיע ל-140 מיליון דולר), את המצב המשופר ברוב מוסדות המדינה, את המצב הפיננסי היציב שלה, ואת הגידול בשטחי הקרקעות המעובדות, באמצעי התחבורה ובמספר מוסדות החינוך הציבוריים. על כל פנים, כאשר התכנסה ועידת המפלגה המדינתית ב-31 במאי בליטל רוק, התמודד יוז מול שלושה מועמדים מרכזיים. פלטשר זכה לגיבוי מצד אנשי עסקים רבים וכן מצד כמה מתומכי ארגון הגלגל החקלאי. ג'יימס פיליפ איגל, חוואי ממחוז לונוק ויושב ראש בית הנבחרים במהלך תקופת כהונתו הראשונה של יוז, זכה גם הוא לתמיכת החקלאים ושל אחרים כאשר קרא לחיסכון בהוצאות. ויליאם מיד פישבק קיבל תמיכה בזכות טענתו על תשלום החובות הבלתי מוצדקים. במשך שלושה ימים נקלעו דיוני הוועידה למבוי סתום. בסבב ההצבעה ה-117 פרש פישבק מהמרוץ, ותומכים של פלטשר החלו לפרוש גם הם וחברו לאיגל, כשבסבב ההצבעה הסופי הצביעו 248 נציגים לאיגל ו-205 ליוז. בה בעת בחרה הוועידה ביוז כנציג הוועדה הדמוקרטית הלאומית מטעם ארקנסו.