גודזילה: מלך המפלצות
עלילת הסרט

חמש שנים לאחר מאורעות הסרט הקודם, אנשים ברחבי העולם מעדיפים להשמיד את מפלצות-הענק המפורסמות. ארגון מונארך המפורסם, שבראשו ד"ר אישירו סריזאווה, עומד בפני פשיטת-רגל, היות שהקונגרס האמריקאי מעוניין להרוג את גודזילה ושאר המפלצות.
בינתיים, ד"ר אמה ראסל, ובתה, מדיסון ראסל, חוקרות את מות'רה בשלבי הפגית שלה בסין ומנסות להרגיע אותה באמצעות ביו-סונאר המכונה "אורקה", שפיתחה אמה, אך נחטפות על ידי אלן ג׳ונה: אקו-טרוריסט אכזר וחסר רחמים המעוניין לטהר את העולם באמצעות ה"אורקה" ומפלצות-ענק נוספות. כדי לעצור אותו, סריזאווה וכמה מחבריו במונארך קוראים לגרושה של ד"ר ראסל, ד"ר מארק ראסל, החוקר זאבים בקולורדו. מארק, הסובל מפוסט-טראומה על ידי גודזילה ומתקווה שגודזילה ימות, אינו מסכים בתחילה, אך משנה את דעתו אחר-כך.
באנטארקטיקה, ג'ונה מראה לאמה שהוא רוצה להחיות את מונסטר זירו: דרקון עצום תלת-ראשי שיממש את אחרית הימים, שנכלא בתוך קרחון. מונארך מגיעים למקום, אך מאחרים את המועד: אמה משחררת את מונסטר זירו ממאסרו הקפוא והוא הורג עשרות חיילים ברשות מונארך. גודזילה מגיע למקום ומתפתח בינו לבין מונסטר זירו קרב אלים. בסופו של דבר, מונסטר זירו נמלט בתעופה. מתברר כי אמה הצטרפה לג'ונה מרצון.
אמה מתקשרת לארגון מונארך ואומרת להם שהאנושות הרסה יותר מדי את העולם, ושהיא תשחרר 17 מפלצות-ענק נוספות במטרה לתקן את הנזק שגרמו בני האדם - בכל מקום שבו עברו היצורים, חיים החלו לשגשג שוב. בעודם מגיעים למקסיקו, הר הגעש המקומי שם מתפרץ, וממנו יוצא רודן: פטרנודון ביו-וולקני ענק הדומה לציפור שיוצא מהר געש כדי להילחם נגד מונסטר זירו, שמגיע למקום אפוף סופת הוריקן ברמה 6. מונסטר זירו מצליח להביס את רודאן ופונה להרוג את אנשי מונארך, אך גודזילה מופיע ונלחם נגד מונסטר זירו. גודזילה כורת בנשיכה את אחד משלושת ראשיו של מונסטר זירו. מתברר כי צבא ארצות הברית בנה נשק מתקדם חדש: "משמיד-החמצן", פצצה עוצמתית הקוטלת כל יצור חי, כולל מפלצות-ענק, ברדיוס של כ-3 קילומטרים, ושוגרה לכיוונם של גודזילה ומונסטר זירו. הפצצה פוגעת בהם ישירות, אך מתברר כי מונסטר זירו שרד עקב יכולת של חידוש תאים. גודזילה נראה כמת. לאחר שגודזילה מובס, מונסטר זירו מצמיח ראש חדש במקום הכרות, תוך שימוש ביכולת חידוש התאים שלו, מוכתר למלך המפלצות ומצווה על כל שאר מפלצות-הענק לזרוע הרס בבירות העולם. מארק, שמתחרט על שנאתו לגודזילה, מקווה שהאחרון עוד חי איכשהו.
ד"ר לן צ'ן, חוקרת מפלצות-ענק, מגלה כי למונסטר זירו קוראים גידורה, ומקורו אינו בכדור הארץ - אגדות מסוימות מספרות שהוא נפל מהכוכבים. מארק מעוניין למצוא את בתו ואשתו, אך מות׳רה, שהפכה בינתיים לבוגרת - עש גדול המסוגל להקרין אור בוהק מכנפיו, מופיעה ומגלה את מיקומו של גודזילה: מערכת מנהרות מתחת לפני האדמה הקרויה "העולם החלול", שם ארגון מונארך מגלה עיר תת-ימית הדומה לאטלנטיס, שתושביה היו מודעים לכל מפלצות-הענק ובה גודזילה מחדש את כוחותיו. סריזאווה מגיע לשם עם משמיד-חמצן חדש, שאמור להחיות ולחדש את הכוחות של גודזילה (שניזון מקרינה), מפעיל את הפצצה ומקריב את חייו עבור האנושות.
בינתיים, בבוסטון, בפנוויי פארק, מדיסון מזמנת את גידורה לבוסטון באמצעות ה"אורקה" ללא ידיעת אימה, והוא משמיד את האזור. מונארך מגיעים למקום ומגלים כי הפצצה הייתה חזקה מדי, ורמות הקרינה של גודזילה, שבינתיים הגיע גם הוא למקום עם מות'רה, עלו ברמה כזו שהוא יתפוצץ בעוצמה אדירה תוך דקות ספורות. הם מוצאים את מדיסון וגודזילה ומות׳רה נלחמים נגד גידורה, אך רודאן בא וחוסם את מות'רה, שלבסוף משפדת את כתפו באמצעות רגליה החדות. מות'רה חוזרת לקרב נגד גידורה ומנסה להגן על גודזילה הפצוע, אך גידורה פולט פרץ של קרני כבידה, אחת מיכולותיו הרבות, ומשמיד אותה. גידורה פונה להרוג את גודזילה, אך אמה מגיעה ומסיחה את דעתו של גידורה באמצעות ה"אורקה". גידורה הורג את אמה ופונה חזרה לגודזילה, ששב חזק עוד יותר מקודם. הוא פולט מגופו שני גלי הדף של קרינה אדירה, שמשמידים שניים מראשיו של גידורה. הוא מצליח להשמיד אותו סופית בכך שהוא מפוצץ את כל בוסטון, ואיתה את גידורה. לאחר מכן, בבוקר, רודאן, בהמות ומפלצות-ענק נוספות מגיעות ומשתחוות בפני גודזילה, מה שהופך אותו למלך המפלצות המכריע.
בסדרה של סצנות לאחר הקרדיטים, מונארך חושף מידע נוסף על מפלצות-הענק החדשות לציבור, בעוד שהחדשות חושפות שגילו ביצה נוספת של מות׳רה, מפלצות-ענק מתכנסות באי הגולגולת, וציור מערות של גודזילה נלחם נגד קינג קונג - התייחסות לסרט הבא בסדרה: ״גודזילה נגד קונג״.
בסצנה שאחרי הכתוביות, דייג מגלה ראש ערוף של גידורה ומוכר אותו לג'ונה.