ארצות השפלה ההבסבורגיות
המרד ההולנדי

כיוון שארצות השפלה בכללותן היו עשירות מאוד, הן נחשבו על פי רוב כיהלום שבכתר בית הבסבורג, שסבל מחובות כבדים; אבל שלא כנחלות הבסבורג האחרות, בארצות השפלה היה כוח רב בידי מעמד הסוחרים. המסחר הוא שהפך את ארצות השפלה לעשירות, ונסיונותיהם של הספרדים להכביד את עול המיסים על ארצות השפלה כדי לממן את מלחמות בית הבסבורג עורר את חמת הבורגנות והסוחרים. גורם זה, וכן חוסר הסובלנות הדתית של הספרדים הקתולים, הביאו לכך שארצות השפלה התמרדו נגד הספרדים בשנות ה-70 של המאה ה-16. אף על פי ששבעת המחוזות הצפוניים, ובראשם רוזנות הולנד וזיילנד, הצליחו לזכות בעצמאות החל ב-1581 (איחוד שבעת המחוזות), הרי שארצות השפלה הדרומיות נכבשו מחדש על ידי הגנרל הספרדי אלכסנדר פארנזה, דוכס פארמה, ובמיוחד לאחר ניצחונו במצור על אנטוורפן בשנים 1584–1585.
בשנת 1595 נשלח אלברכט השביעי, ארכידוכס אוסטריה לבריסל כדי לתפוס את תפקיד המושל הכללי של ארצות השפלה הספרדיות. פעולתו הראשונה כמושל הכללי הייתה לבסס מחדש את כוחה הצבאי של ספרד בארצות השפלה מול הכוחות המשולבים של הרפובליקה ההולנדית, אנגליה וצרפת. לאחר שש שנים שבהן לא ניצחו הכוחות הספרדיים באזור הפתיע אלברכט את אויביו כאשר צבאו כבש את העיר קאלה מידי הצרפתים ואת העיר הולסט מידי ההולנדים. אולם ניצחונות אלו נשכחו במהרה בשל פשיטת הרגל השלישית של הכתר הספרדי מספר חודשים לאחר מכן ובשנת 1597 הצבא הספרדי ספג מספר מהלומות צבאיות קשות. מאוריץ, נסיך אורנז', הסטאדהאודר ההולנדי הצליח להביס את הספרדים במספר מעוזים ולהדוף אותם דרומה, והצבא הספרדי החל למרוד במפקדיו בשל חוסר הכסף.
בזמן שאלברכט נלחם במסגרת מלחמת שמונים השנה הוא ניסה גם להגיע לשלום עם אויביה של ספרד, אולם רק המלך הצרפתי אנרי הרביעי הסכים להיכנס למשא ומתן רשמי. בתיווכו של נציג האפיפיור, הקרדינל אלסנדרו דה מדיצ'י (לעתיד האפיפיור לאו האחד עשר), הגיעו ספרד וצרפת להסכם שלום ב-2 במאי 1598. ספרד הסכימה להחזיר את השטחים הצרפתיים אותם כבשה בתמורה ליציאתה של צרפת מהמלחמה, אולם למרות שהכוחות הצרפתיים הפסיקו להילחם המשיכה צרפת להעניק סיוע כספי לרפובליקה ההולנדית. מספר ימים לאחר החתימה על הסכם השלום הכריז פליפה השני על החלטתו להשיא את בתו הבכורה, הנסיכה איזבלה, לארכידוכס אלברכט ולהעניק לשניהם יחדיו את הריבונות על ארצות השפלה. בהחלטתו הוא ציין כי אם הזוג ימות ללא ילדים אז יחזרו ארצות השפלה ההאבסבורגיות להיות שוב תחת ריבונותו של מלך ספרד. אלברכט התפטר מתפקידו כקרדינל ונסע לספרד ב-14 בספטמבר 1598, לא מודע לעובדה שהמלך פליפה השני נפטר יום לפני כן. הזוג נישא בולנסיה ב-18 באפריל 1599.
השנים הראשונות לשלטונם של אלברכט ואיזבלה אופיינו בעיקר על ידי מלחמה נמשכת. לאחר שניסיונות הידברות עם אנגליה ועם הרפובליקה ההולנדית לא צלחו החליטו השליטים ההבסבורגים לנסות להכריח בכוח את יריביהם לפתוח במשא ומתן ולבודד את ההולנדים. אולם אלברכט, שהכיר מניסיונו את חוזקו של המרד ההולנדי והאמין כי יהיה זה בלתי אפשרי לכבוש שוב את המחוזות הצפוניים, לא הסכים עם גיסו, מלך ספרד החדש פליפה השלישי, ששאף לשמור על שמה הטוב ועל כבודה של ספרד. בעוד שהמלך סיפק את כל הדרוש להמשך המלחמה נטה אלברכט להתעלם מהוראותיו, דבר שיצר מתח בין מדריד לבריסל.
שמו של אלברכט כמנהיג צבאי מוכשר נהרס כאשר הפסיד שוב בקרב למאוריץ, נסיך אורנז' בשנת 1600 וכן כאשר לא הצליח לסיים את המצור על אוסטנדה שנמשך בין 1601 ל-1604, ולבסוף הוא נאלץ לוותר על תפקידו כמפקד הכוחות הספרדים בפלנדריה לטובת אמברוג'יו ספינולה, שהצליח להדוף את ההולנדים צפונה בפעם הראשונה מאז 1594.
עלייתו לשלטון של ג'יימס הראשון, מלך אנגליה אפשרת לספרדים להגיע להפסקת אש עם האנגלים בשנת 1607 ולהפסקת אש כללית בארצות השפלה שנמשכה 12 שנים. לפי הסכם הפסקת האש, שנחתם באנטוורפן ב-9 באפריל 1609, הוכרה הרפובליקה ההולנדית כמדינה ריבונית, סעיף לו הסכים אלברכט למרות התנגדותו של מלך ספרד.
שתים עשרה השנים של הפסקת האש העניקו לארצות השפלה הספרדיות מרווח נשימה הכרחי. משטרו של הארכידוכס עודד את התושבים לחזור ולעבוד את האדמה שהייתה מוצפת במהלך המלחמה וכן מימן את ייבוש אזור הביצות הגדול שמסביב לדנקרק. התאוששות החקלאות באזור גרמה לעלייה במספר התושבים וכן לגידול בענפי המסחר והתעשייה. כדי להילחם בעוני האורבני שנוצר בשל המלחמה תמך המשטר בהקמת מוסדות צדקה.
משטרו של הארכידוכס הבטיח את ניצחונה של הרפורמציה הקתולית בארצות השפלה ההאבסבורגיות ורוב הפרוטסטנטים עזבו את ארצות השפלה הדרומיות. בשנת 1609 פורסם צו לפיו הפרוטסטנטים הנותרים לא יירדפו כל עוד הם לא יתפללו בפומבי או יעלו ויכוחים דתיים. למרות הסובלנות הדתית שאפיינה את תקופה זו היו באותה העת גם גלים גדולים של ציד מכשפות. במהלך תהליך השבת הקתוליות לאזור תמך הארכידוכס במסדרים דתיים שונים. הוא העניק ממון רב למסדר הישועי שאפשר להם בניית מבנים שאפתניים בבריסל ובאנטוורפן, וכן תמך במסדר הקפוצ'ינים ובמסדר הכרמליטים היחפים.
במהלך תקופת שלטונם של אלברכט ואיזבלה גדל כוחו של השלטון ההבסבורגי והפך לריכוזי יותר. הפרלמנט של המחוזות המקומיים לא זומן בשל העדפתו של המשטר לנהל ישירות את המחוזות. תקופה זו גם ראתה שינויים נרחבים במערכת המשפטית של ארצות השפלה ההבסבורגיות.
עם חלוף השנים היה זה ברור כי לאלברכט ואיזבלה לא ייוולדו ילדים, ולאחר שבריאותו של הארכידוכס הדרדרה קשות בחורף של שנת 1613 נלקחו צעדים כדי להבטיח את העברת ארצות השפלה ההבסבורגיות לריבונותו של פליפה השלישי לאחר. במאי 1616 נשבעו נציגי כל המחוזות לקבל את המלך הספרדי כיורשו של אלברכט, אולם פליפה מת לפני גיסו ב-31 במרץ 1621 וזכות הירושה עברה לבנו, המלך החדש פליפה הרביעי.
בסוף שנת 1620 הייתה בריאותו של אלברכט רופפת ביותר והוא השקיע את כל כוחו בהבטחת המשך הפסקת האש, שהייתה אמורה להסתיים באפריל 1621. למרות נסיונותיו גם הכתר הספרדי וגם הממשל ההולנדי לא הסכימו להתייחס לבקשותיו לשלום והוא מת ב-13 ביולי 1621, מעט לפני הפריצה המחודשת של המרד ההולנדי. לאחר מותו הפכה אלמנתו איזבלה לנזירה והמשיכה לשלוט בארצות השפלה הספרדיות בשם מלך ספרד.