מלחמת האזרחים האלג'יראית
הפיכה צבאית ותחילת הלוחמה המזוינת

הצבא לא קיבל התפתחות זו. ה-FIS העלתה איומים בוטים כנגד אנשי הצבא, וכינתה אותם כבלתי פטריוטים ופרו צרפתים, וכן מושחתים. בנוסף לכך הנהגת ה-FIS לא תמכה בדמוקרטיה, ונראה כי ממשלתם תהפוך לדיקטטורה אסלאמית, או כלשונו של העוזר למזכיר המדינה האמריקני אדוארד ג'רג'יאן – "קול אחד לאיש אחד, פעם אחת".
ב-11 בינואר 1992 הצבא ביטל את הבחירות, והכריח את הנשיא בנג'דיד להתפטר, ולהעלות במקומו את לוחם העצמאות הגולה מוחמד בודיאף שישמש כנשיא. רבים מחברי ה-FIS נעצרו (המספר נע בין 5,000 על פי הצבא ובין 30,000 על פי נתוני ה-(FIS, וביניהם חשאני. הוקמו מחנות מעצר במדבר סהרה שכן מערכת בתי הכלא לא הייתה ערוכה לקלוט מספר כה רב של כלואים. מצב חירום הוכרז במדינה וזכויות האזרח הושעו. אנשים מזוקנים חששו לצאת מביתם על מנת שלא להיעצר כתומכי ה-FIS. ארגוני זכויות אדם כארגון אמנסטי הבינלאומי דיווחו על עינויים וכליאה ללא משפט. ב-4 במרץ הכריזה הממשלה על הוצאתה מחוץ לחוק של מפלגת ה-FIS ועל פיזורה.
בין המעטים ממנהיגי ה-FIS שנותרו בחופשי, ראו רבים את פעילות הממשלה כהכרזת מלחמה. הם התאחדו עם גורמים קיצוניים שנפלטו בעבר אל מחוץ למפלגה, והחלו בלוחמת גרילה בהרים. בתחילה התקיפו את כוחות הממשלה, ממעוזים בהרים בצפון המדינה, מקום בו פני השטח המיוערים מתאימים לסוג זה של לוחמה. ובערים מסוימות שאוכלוסייתן נטתה לתמוך באנשי האסלאם. מדבר הסהרה הבלתי מיושב נותר שקט כמעט במהלך כל המלחמה. מאחר ששדות הנפט, המהווים את עיקר הכנסת הממשלה האלג'ירית מצויים בסהרה, הבטיחה עובדה זו כי הממשלה לא תסבול מקשיי מימון במהלך הלחימה.
עם זאת, בתחילת הלחימה קרסה הכלכלה האלג'ירית. כל הסובסידיות על מזון בוטלו. התקוות שנתלו בדמותו של בודיאף קרסו עד מהרה כאשר זה נרצח בידי שומרי ראשו ביוני 1992. בסמוך לאחר מכן נדונו מדאני ובלחאדג' לשתים עשרה שנות מאסר.
ב-26 באוגוסט נראה ברור כי כמה מן הלוחמים שמים להם כמטרה פגיעה באוכלוסייה אזרחית. פיגוע בנמל התעופה באלג'יר גבה חייהם של תשעה בני אדם ופצע 128. ה-FIS גינה את הפיגוע, וכן עשו רוב המפלגות האחרות, אך בשלב זה השפעת מנהיגי ה-FIS על הלחימה הפכה להיות מוגבלת.
הלחימה, שהחלה כלחימה של קבוצות קיצוניות קטנות, המורכבות מבוגרי מלחמת אפגניסטן, הלכה והפכה לסכסוך כולל, עם התגבשות "התנועה האסלאמית המזוינת" – MIA, המונהגת בידי איש הצבא לשעבר עבדאלקאדר שבוטי. שבוטי הוא איש אסלאם קיצוני אשר התרחק ממנהיגי ה-FIS בשל התנגדותו להליכים פרלמנטריים. בפברואר 1992 ייסד סעיד מלחופי, קיצוני אסלאמי בוגר המלחמה באפגניסטן, את "התנועה למדינה אסלאמית" (MEI). קבוצות קיצוניות אלו ניסו לאחד את שורותיהן תחת הנהגתו של שבוטי. פגישה בין מספר מנהיגים על מנת לסכם את האיחוד בין הקבוצות הקיצוניות פוצצה על ידי כוחות המשטרה, והדבר העלה חשדות, ומנע איחוד בין הקיצונים האסלאמים המורדים.
ה-FIS הייתה בעלת רשת מחתרתית משלה, שכללה עיתונים מחתרתיים ותחנת רדיו, והחלה להנפיק הודעות "רשמיות" מחוץ לאלג'יריה. בשלב זה חלק מן הקיצונים התנגדו לפעילות ה-FIS.
בינואר 1993, עבדאלחאק לאיאדה, הכריז על עצמאות קבוצתו מן הקבוצות המונהגות על ידי שבוטי. הקבוצה החדשה נקראה "הקבוצה האסלאמית המזוינת" GIA (בצרפתית Groupe Islamique Armé) והיא הפכה לפעילה באזורים העירוניים ובשכונות. הקבוצה נקטה בקו נוקשה, התנגדה לממשלה ול-FIS, ואיימה על מנהיגי ה-FIS וה-MIA. בניגוד ל-MIA אשר ביצע "סינון אידאולוגי" של הלוחמים, קיבלה ה-GIA לשורותיה את כל מי שחפץ בכך. כתוצאה מכך היו מקרים רבים של חדירת סוכנים של כוחות הביטחון, וראשי ה-GIA נהרגו בזה אחר זה.
החלוקה הפנימית בקרב לוחמי הגרילה הפכה למובהקת יותר בשנת 1993. ה-MIA וה-MEI ניסו לייצר אסטרטגיה שמטרתה לערער את המדינה, והתרכזו במאבק כנגד כוחות הביטחון, ובפעולות כנגד מוסדות המדינה. ה-GIA התרכז באזורים העירוניים והרג כל מי שנראה כתומך הממשלה, כגון עובדי הממשלה, מורים ואנשי מנהל. ה-GIA שם לו למטרה גם עיתונאים ואינטלקטואלים, ועד מהרה החל לבצע רציחות של כל מי שלא קיבל עליו את אורח החיים האסלאמי הנוקשה לו הטיף, ואף זרים. פעולות אלו הביאו להתרוקנותה של אלג'יריה מזרים, ולתנועה של הגירה מחוץ לאלג'יריה של אלג'יראים שקצו בלחימה ובטרור. במקביל לכך, החלו ממשלות מחוץ לאלג'יריה להוריד את מספר הויזות שניתנו לאזרחי אלג'יריה.