אלכסנדר גרדנר
צילומיו במלחמת האזרחים

בבחירות 1860 לנשיאות נבחר אברהם לינקולן לנשיא ארצות הברית, ועם היבחרו התרגשה על האומה האמריקאית אימת המלחמה המתעתדת. גרדנר השתכן כאמור באותה עת בוושינגטון - מיקום מיטבי עבורו מבחינה מקצועית באותם ימים, וקרנו עלתה כצלם דיוקנאות, המתעד את מראה החיילים היוצאים לקרב.
בריידי העלה את הרעיון לצאת לצלם את מלחמת האזרחים מכלי ראשון. קשריו של גרדנר עם אלן פינקרטון (שעמד בראש ארגון המודיעין שהפך בהמשך לשירות החשאי של ארצות הברית), היו השופר להבאת רעיונותיו של בריידי לפני לינקולן. פינקרטון המליץ למנות את גרדנר לתפקיד צלם ראשי תחת תחום סמכותו של ארגון המהנדסים הטופוגרפיים האמריקאי (U.S. Topographical Engineers). במינוי מהיר, היה גרדנר לצלם תחת פיקודו של מייג'ור גנרל ג'ורג' מקללן, מפקד ארמיית הפוטומק. בשלב זה, חדל גרדנר מניהול הגלריה של בריידי. בספטמבר 1862 תיעד את קרב אנטיאטם, כשאת התמונות הוא מפתח בחדר חושך נייד. על עבודתו הצילומית בשעת הקרב קיבל גרדנר תואר קפטן של כבוד.
לעיתים קרובות עבודתו של גרדנר יוחסה בשוגג לבריידי, ועל אף שפע החומרים המצולמים שהפיק, נטו ההיסטוריונים להמעיט בחשיבות מורשתו התיעודית של מלחמת האזרחים. בנובמבר 1862 הדיח לינקולן את מקללן מהפיקוד על ארמיית הפוטומק, ועם הדחתו בוטל תפקידו של גרדנר כצלם צבאי ראשי. באותה עת סיים גרדנר את יחסי העבודה שלו עם בריידי, כפי הנראה על רקע מנהגו של בריידי לפרסם את צילומיו של גרדנר תחת הייחוס "צולם בידי בריידי". בחורף אותה שנה התלווה גרדנר לכוחו של הגנרל אמברוז ברנסייד, וצילם את קרב פרדריקסברג. לאחר מכן, התלווה לכוחו של הגנרל ג'וזף הוקר. במאי 1863 פתחו גרדנר ואחיו ג'יימס סטודיו צילום משלהם בוושינגטון די. סי. רבים מהעובדים ששכרו היו כאלו שעבדו קודם לכן עבור בריידי. באותה עת גרדנר אף צילם את קרב גטיסברג (יולי 1863) ואת המצור על פטרסבורג (יולי 1864-אפריל 1865).
ב-1866 פרסם גרדנר אסופה של צילומיו, בשני כרכים, תחת השם Gardner's Photographic Sketch Book of the Civil War. כל כרך כלל 50 תצלומים מקוריים ששובצו ידנית. עם זאת, לא את כל התמונות צילם גרדנר. בתור בעלי הסטודיו, החזיק גרדנר בזכויות היוצרים על התצלומים שנוצרו בסטודיו, בדומה לנוהג הנוהג גם היום בסטודיו צילום טיפוסי. אסופת הצילומים כללה גם צילומים מאת טימותי ה. או'סאליבן, ג'יימס פ. גיבסון, ג'ון ריקי, ויליאם פייוול, ג'יימס גרדנר (אחיו של אלכסנדר), ג'ון ווד, ג'ורג' נ. ברנרד, דייוויד נוקס, דייוויד וודברי ואחרים.
גרדנר היה צלמו המובהק של אברהם לינקולן, וצילם יותר תמונות של הנשיא לעומת כל צלם אחר. מספר ימים לאחר ההתנקשות בחייו של לינקולן, שהתרחשה ב-14 באפריל 1865, פורסמו מטעם הסטודיו של גרדנר מספר תמונות של לינקולן, שהוצגו ושווקו כתצלומיו האחרונים של לינקולן לפני מותו. טענה זו עטפה את התצלומים בהילה של יוקר המציאות, והיוותה את הבסיס לסברה כי הם צולמו ארבעה ימים לפני מותו של לינקולן. אך הייתה זו טענה לא מבוססת, ורק שנים לאחר מכן התברר שאלו לא היו תצלומיו האחרונים של לינקולן, אלא תצלומים שגרדנר צילם בפברואר 1865, בעת ביקור הנשיא בסטודיו שלו. גרדנר אף תיעד את הלווייתו של לינקולן, וצילם את המעורבים בתכנונו של הרצח (לרבות הרוצח ג'ון וילקס בות'). גרדנר היה הצלם היחיד שהורשה לנכוח בהוצאתם להורג בתלייה, אותה תיעד. מעבר לכך, צילם גרדנר את לינקולן בעת כניסתו לקדנציה השנייה כנשיא, צילם את פנים התיאטרון "פורד" לאחר מעשה ההתנקשות בחייו וב-8 בנובמבר 1863 צילם את לינקולן בסטודיו בתצלום המכונה "דיוקן גטיסברג", שצולם שבועיים לפני שלינקולן נאם את נאום גטיסברג. כמו כן, נעשה שימוש בתצלום של ג'ון וילקס בות' מאת גרדנר, במודעת מבוקש לאחר הרצח - הייתה זו הפעם הראשונה שבה נעשה שימוש בצילום למטרה כזו.