הבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית (2006)
השלכות

בעקבות התבוסה בבחירות, התפטר ראש ממשלת הרשות הפלסטינית, אחמד קריע, אך לבקשת נשיא הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס, הוא המשיך לכהן כראש ממשלת מעבר עד לתחילת כהונתו של איסמאעיל הנייה. ב-21 בפברואר 2006. אבו מאזן הטיל את הרכבת הממשלה על אסמאעיל הנייה שעמד בראש רשימת חמאס. לאחר הכשלות מגעים קואליציוניים עם מפלגות אחרות, הקים החמאס ממשלה בלא שיתוף מפלגות אחרות. ניצחון חמאס בבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית הציב את פת"ח וחמאס במצב חדש. לראשונה, הרשות הפלסטינית, שמאז הקמתה נשלטה בדומיננטיות על ידי הפת"ח, הובלה על ידי ממשלה בעלת רוב בפרלמנט מטעם חמאס. עד לאותן בחירות חמאס נתפסה כאחד האיומים המרכזיים ליציבות הרשות, עד כדי שלפי הדיווחים מנגנוני הביטחון הפלסטינים אמונים אמונים על מניעת עליית חמאס לשלטון. פת"ח אמנם הכיר רשמית בתוצאות הבחירות, ואבו מאזן מינה את אסמאעיל הנייה לראשות הממשלה, אך למעשה פעל להכשלת חמאס וממשלתה באמצעות מנגנוני הביטחון אשר המשיכו להיות כפופים לפת"ח, כון באמצעות שביתות האיגודים המקצועיים ופעילות ציבורית בשטח.
זמן קצר לאחר הבחירות החל לחץ בינלאומי שרוכז על ידי ארצות הברית וישראל כנגד המפלגה, שהוביל לכך שמנהיגי חמאס ישמיעו אמירות מתונות יותר מאלה המופיעות במצע התנועה. בישראל התרחש ויכוח ער לגבי חמאס, ומפלגת הליכוד העמידה את הנושא במרכז הקמפיין שלה לבחירות לכנסת השבע עשרה, כשהשתמשה בסלוגן "בנימין נתניהו – חזק מול חמאס". לאחר הקמת הממשלה, הציבו הקוורטט לענייני המזרח התיכון שלושה תנאים, המכונים "תנאי הקוורטט", שאי עמידת תנועת חמאס בהם תוביל לעצירת הזרמת כספי תרומות ממדינות שונות לרשות: הכרה בהסכמים שנחתמו בין אש"ף וישראל, לרבות הסכמי אוסלו; התנערות מהתמיכה בטרור; והכרה בישראל. חמאס סירבה לתנאים אלו. בעקבות זאת הוטלו סנקציות כלכליות על הרשות הפלסטינית, שכללו השעיית סיוע בין-לאומי, הגבלות על עסקאות עם הרשות הפלסטינית והשעיית העברת דמי המכס שישראל גובה מטעם הרשות.
זמן קצר לאחר הקמת הממשלה מטעם חמאס נקלעו התנועות לעימות מתמשך סביב שורת סוגיות: השליטה במנגנוני הביטחון, מאבקי סמכויות בין הנשיאות (שנשלטה על ידי פת"ח) לבין הממשלה (שנשלטה על ידי חמאס), אי-תשלום המשכורות לעובדי הרשות (שרובם היו מזוהים עם פת"ח), והיחסים בין הרשות לגורמים חיצוניים. הוויכוחים במישור הפוליטי החלו להידרדר בהדרגה לעימותים בין פעילי התנועות בשטח, והביאו בהדרגה לסדרת מהלכים שנקט כל צד בניסיון לכבוש לעצמו נתח שלטוני רב יותר. בתקופה זו, המהלך הבולט ביותר היה הקמת הכוח המבצעי על ידי חמאס – מנגנון ביטחוני עצמאי שנאמן לשורות התנועה ופורק לאחר השתלטות חמאס על רצועת עזה. ההרוגים הראשונים בעימות בין התנועות היו במאי 2006 בניסיון התנקשות סולימאן אבו מוטלק, אחד ממפקדי הביטחון המסכל ברצועה, ובהמשך נהרגו עשרות אנשים משתי התנועות בעימותים מקומיים, בניסיונות התנקשות ובמהומות המוניות.
בין יוני לספטמבר 2006 פחת משמעותית מספר העימותים בין פת"ח וחמאס, וזאת לאור העימות בין חמאס לישראל וחטיפת גלעד שליט. במקביל, החלו מאמצים רבים לגישור בין התנועות. באותה תקופה נחתם על ידי אסירי התנועות בכלא הישראלי "מסמך האסירים", שהיה הבסיס למסמך ההסכמה הלאומי. שני המסמכים קראו לאחדות שורה פלסטינית ולהקמת ממשלת אחדות. ב-14 ביוני 2007 הכריז נשיא הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס על פירוק ממשלת האחדות הפלסטינית, פיטורי ראש הממשלה איסמעיל הניה ועל מצב חירום כללי עקב העימותים ברצועת עזה. חמאס טען בתגובה שהחלטות אבו מאזן אינן מקובלות. ואילו הקהילה הבין-לאומית קיבלה את הממשלה החדשה. במקום הניה מינה אבו מאזן את סלאם פיאד, לשעבר שר האוצר בממשלת האחדות, שנחשב למתון ומקובל על ידי ישראל וארצות הברית. ב-17 ביוני הושבעה הממשלה בראשות פיאד, אף על פי שלא זכתה להכרה בפרלמנט הפלסטיני. במקביל, הוציא אבו מאזן את הזרוע הצבאית של חמאס מחוץ לחוק.
הבחירות הבאות למועצה נדחו מספר פעמים החל מ-17 ביולי 2010. באוקטובר 2011 העביר מחמוד עבאס הצעה לחמאס לבחירות כלליות נוספות, בהצעתו הציע שייערכו בתחילת 2012. בנובמבר 2011 הוסכם מראש על תאריך בחירות ב-4 במאי 2012. עם זאת, עקב עימות נוסף, לא ניתן היה לקיים את הבחירות במועד זה.
ב-20 בדצמבר 2013 קרא חמאס לרשות הפלסטינית להקים ממשלת אחדות לאומית בת שישה חודשים, שתקיים לבסוף את הבחירות הכלליות המתעכבות. בעקבות שדרוג מעמדה באו"ם של "מדינת פלסטין" למדינת משקיפה שאינה חברה, הוצע כי יערכו בחירות בשנת 2013, בהתאם לשיחות האחדות בין פת"ח וחמאס. באפריל 2014 הושג הסכם בין פת"ח לחמאס להקמת ממשלת אחדות שהתקיימה ב-2 ביוני 2014 ולבחירות כלליות שיתקיימו תוך 6 חודשים מההסכם.
ב-11 בנובמבר 2019 אמר עבאס כי לא יהיו בחירות אלא אם כן הן יכללו את מזרח ירושלים ורצועת עזה. ב-26 בנובמבר 2019 אישר חמאס כי סיכם עם ועדת הבחירות המרכזית הפלסטינית להשתתף בבחירות וכי חמאס לא יקבל את הדרת ירושלים בשום פנים ואופן. ב-15 בינואר 2021 קבע עבאס תאריך לבחירות לפרלמנט ולנשיאות הפלסטיניים. לפי הצו הנשיאותי עליו חתם, ב-22 במאי 2021 יתקיימו בחירות למועצה המחוקקת. ב-30 באפריל 2021 הודיע עבאס על דחיית הבחירות, בנימוק שאין לקיימן כל עוד לא ניתן לכלול גם את מזרח ירושלים.