ניל"י
הנצחה

לאחר תפיסת ניל"י נחשפה הרשת לכלל הציבור, ודבר קיומה עורר זעם. העונשים שהטילו העות'מאנים היו טריים בזיכרון הלאומי, ואף שהשלטון הבריטי התקבל בברכה ובשמחה, האנשים שהיו פעילים בניל"י בתקופת המלחמה וזוהו עימה, נודו והוחרמו. מצבתו של יוסף לישנסקי חוללה מספר פעמים בשנים שלאחר תום מלחמת העולם הראשונה.
תרמה להסתייגות מניל"י גם הדחייה מפעולות ריגול, שנתפס בתקופה זו כבגידה וכדבר לא ראוי. כאשר הושיט אהרן אהרנסון את ידו למנחם אוסישקין אמר הלה: "כאשר יש הכרח משתמשים גם במרגלים, אך יד אין נותנים להם".
בשנים שלאחר מכן ניסו תומכי ניל"י לשקם את תדמיתה בעזרת פרסום ספרים וכתבים שהאדירו את מעשיה. בראשית שנות ה-30 החל הסופר יעקב יערי פולסקין לפרסם ספרים על ניל"י שבהם תוארה באור חיובי. שמו של הראשון מביניהם, שיצא בשנת 1930, שאל "מרגלים או גיבורי המולדת?". גם אורי קיסרי ואב"א אחימאיר השתדלו לפאר את שמה של ניל"י על ידי פרסום מאמרים בעיתונות הימנית. בשנים שלאחר מכן הלך ונחלש הכעס כלפי מעשי המחתרת, וגם הריגול החל אט אט להיתפס כמכשיר הכרחי במלחמה. עם זאת, ניל"י נותרה עדיין דחויה בעיני רוב הציבור. הימין הרוויזיונסטי אימץ את הנצחתה של המחתרת, וראה בה מופת ומודל לחיקוי. גם אלכסנדר אהרנסון החל, בשנות הארבעים, לפרסם ספרים שפיארו את ניל"י ואת גבורת אנשיה.
בעשורים הבאים הוסיפה תדמיתה של ניל"י להשתפר. ב-1956 הפך בית משפחת אהרנסון למוזיאון לתולדות ניל"י. ספרים הוסיפו להיכתב על ניל"י, חלקם למטרות שימור ותיעוד (כמו "ניל"י - תולדותיה של העזה מדינית", שיצא לראשונה ב-1961) וחלקם עלילתיים, שהשתמשו בניל"י כרקע (כמו "הנה האש: הרומן על ניל"י", שיצא בעברית ב-1965, ו"התכשיט" ספר בלשי בסדרת ליזי בדיחי מאת שולמית לפיד). ספר הילדים שרה, גיבורת ניל"י, שכתבה דבורה עומר ויצא בשנת 1967, סייע גם הוא בהנצחת התדמית של אנשי ניל"י כגיבורים.
באותה שנה, לאחר מלחמת ששת הימים, התעורר דיון ציבורי נוסף על מעשי ניל"י, בעקבות מציאת עצמותיו של אבשלום פיינברג במדבר סיני. קבורתו בהר הרצל והנאומים שנשאו נציגים רשמיים של מדינת ישראל, וכן גל של כתבות בעיתונות על ניל"י ואנשיה, מעידים שגם מדינת ישראל אימצה את זכר ניל"י. בהמשך הוענק עיטור לוחמי המדינה לאנשי ניל"י וכן אות ניל"י (ב-1981).
זיכרון ניל"י ואנשיה נשמרים בדרכים רבות: בבית משפחת אהרנסון פועל מוזיאון של תולדות ניל"י. בזכרון יעקב קיימים כמה מוסדות וגופים הנושאים את שם ניל"י או משפחת אהרנסון, בין השאר: בית הספר "ניל"י", בית הספר "החיטה" (לזכר אהרן אהרנסון), ערוגות רבקה (לזכר רבקה אהרנסון), קריית חינוך ע"ש אפרים ומלכה אהרנסון, מתחם בית התותחן שבו ניצב גם מבנה (המבנה המקורי שממנו היו מאותתים לאונייה מנגם אם היא יכולה לבוא על ידי מצב החלון – סגור או פתוח), שבו תצוגה לזכרו של אלכסנדר אהרנסון. כמו כן, מקדם מוזיאון ניל"י הוצאת ספרים שונים העוסקים בניל"י ובאנשיה. ארכיון בית אהרנסון עומד לרשות הציבור הרחב ובמהלך השנים נכתבו ונכתבות עבודות אקדמיות ואחרות תוך הסתייעות בו.
הצומת מדרום מערב לרפיח, שהיה צומת מרכזי בדרך ליישובי חבל ימית, נקרא עד מסירת סיני צומת אבשלום, על שם אבשלום פיינברג, שגופתו נמצאה בסמוך. לאחר 1982 הועתק השם מזרחה, לצומת כביש 10 (כביש הגבול עם מצרים) וכביש 232. אנדרטה לזכר אבשלום פיינברג הייתה מוצבת ליד צומת כפר הרא"ה. בשנת 2010, בשל הצורך בהרחבת הכביש הסמוך, הועבר האתר בשלמותו לפארק נחל חדרה. המושב גבעת ניל"י ליד זכרון יעקב קרוי על שם ארגון ניל"י. כפר אהרן על-שם אהרן אהרנסון, מרכז אבשלום על שמו של אבשלום פיינברג, היישוב ניל"י שבדרום-מערב שפלת השומרון, ורחובות רבים בערי הארץ השונות על שם הארגון ומנהיגיו. כמו כן, נכתבו שירים על אודות המחתרת.
לאחר טבח שבעה באוקטובר הקים השב"כ את חפ"ק ניל"י שמטרתו איתור וחיסול כל המעורבים בטבח.