Assassin's Creed II: Discovery
עלילה

בשנת 1491, אציו אודיטורה דה פירנצה ממשיך לחפש אחר תפוח עדן, שנגנב בידי ג'ירולמו סבונרולה. הוא מזומן לוונציה בידי בן בריתו אנטוניו דה מגיאניס כדי לפגוש באחד מאנשי הקשר שלו מספרד - לואיס דה סנטנגל. דה סנטנגל מייצג את כריסטופר קולומבוס והוא מבקש מאציו להגן על קולומבוס מתוך חשש להתנקשות בחייו. למרות שבתחילה הוא מהסס, אציו מסכים לעזור לאחר שהוא מגלה על קשריו של קולומבוס עם ראש מסדר הטמפלרים רודריגו בורג'ה. הוא מסכל ניסיון התנקשות בחייו של קולומבוס ומלווה אותו בחזרה אל לואיס. השניים מבקשים מאציו טובה אחת אחרונה - להשיב אליהם אטלס מבית המארחים שלהם, שמכיל מפות ונתיבי נסיעות שחיוניים למשלחת הקרובה שלהם. אציו משיב את האטלס ונותן אותו ללואיס, שאומר לו לפני שהוא עוזב שאחוות המתנקשים הספרדית נעצרה בידי תומאס דה טורקמדה כחלק מהאינקוויזיציה הספרדית.
אציו חוזר לאנטוניו, ומכריז בפניו שהוא חייב לדחות את חיפושו אחר התפוח כדי לנסוע לספרד ולשקם את האחווה שם. בברצלונה, אציו מחפש את אחוות המתנקשים המקומית ומגלה שבמקום שורצים חיילי אינקוויזיציה. אחרי שהוא נמלט מהמארב, אציו נפגש עם מתנקש בשם רפאל סנצ'ז, שאומר לו שיתר חברי גילדת המתנקשים נעצרו בפקודתו של האינקוויזיטור גספר מרטינז. אציו מסתנן לתוך מגוריו של מרטינז וחוקר אותו בעניין המתנקשים האסורים. האינקוויזיטור מכחיש את העובדה שהוא מחזיק במתנקשים, אך מודה שאחד מהם מיועד להוצאה להורג בפומבי. אציו הורג את מרטינז, לוקח מגופתו רשימת שמות ומציל את המתנקש מהעלאה על המוקד. הוא חוזר לרפאל עם הרשימה, שמגלה שמדובר במתנקשים מסרגוסה ומורה לאציו לנסוע לשם ולמצוא את פדרו לורנטה, המפקח על האינקוויזיציה.
בסרגוסה, אציו עד להוצאתו להורג של אחד מחברי המתנקשים בפקודתם של לורנטה ודה טורקמדה, שפועלים בהנחייתו של רודריגו בורג'ה. אציו מציל את שאר המתנקשים ומתנקש בלורנטה, שמתכחש לקיומם של הטמפלרים לפני מותו. אציו חוזר לסנצ'ז, שמתגלה בתור האוצר של איזבלה הראשונה, שהמתנקשים נאבקים לעצור את האינקוויזיציה ושזו מזימה טמפלרית לפטור את ספרד מהמורים. אציו ממשיך בדרכו לגרנדה ונפגש שוב עם לואיס דה סנטנגל, שחושף שגם הוא מתנקש ושהוא משרת את חצר המלכות. המתנקשים מתחילים לחשוד שהטמפלרים מתכננים משלחת משלהם כדי לחשוף את העולם החדש. אציו מסכים לעזור ללואיס למצוא מרגל טמפלרי וגישה לתוך ארמון אלהמברה המבוצר. בדרך, אציו מגלה שהטמפלרים שמרו את המלך מוחמד ה-12 במאסר כדי להאריך את המצור ולייבש את משאביה של המלכה במלחמה המתחוללת. בסופו של דבר, אציו מציל את המלך ומוסר את החדשות לגבי התפטרותו מכס המלוכה.
כתגובה לסיכול תוכניתם של הטמפלרים בנוגע למלך, תומאס דה טורקמדה מורה על שורה של מעצרים והוצאות להורג. אציו מונע כמה מהמעצרים ומתנקש באינקוויזיטור שאחראי על המהלך, חואן דה מרילו. בינתיים, כריסטופר קולומבוס שומע חדשות לגבי סיומה הקרב של המלחמה, ומבקש לקבל הצעות אחרות למימון המשלחת שלו אם המלכה איזבלה לא תחזיר לו תשובה. הוא אינו מרוצה מכך שהמלכה אינה מתחשבת במטרתו, ועושה את דרכו לפריז כדי לקבל הצעה מהמלך שארל. הטמפלרים מנסים להתנקש בחייו לפני שהוא מגיע ליעדו, אך אציו מציל שוב את חייו ומשכנע אותו לחזור למלכה איזבלה, מאחר שהיא שינתה את דעתה אחרי ששוחחה עם לואיס ורפאל.
אחרי שקולומבוס מצליח להוציא את המשלחת שלו, טורקמדה שולח חיילים להרוג את לואיס ורפאל. אציו מגן על שניהם לפני שמאתר את מיקומו של טורקמדה ומתעמת איתו. האינקוויזיטור הראשי מתכחש לקשריו עם הטמפלרים וטוען שעזר לרודריגו בורג'ה רק משום שכמוהו הוא אדם מאמין, וכי הוא מועמד לתפקיד האפיפיור. לפני שאציו יוכל להרוג את טורקמדה, זה האחרון נמלט. אציו מדווח לשאר המתנקשים לגבי ניסיון ההתנקשות הכושל שלו, בהאמינו שטורקמדה כלל לא היה טמפלר מלכתחילה ושמותו יגרום לסערה נוספת במקום למנוע אותה.