קרב שילה
קרב, 6 באפריל > "קן הצרעות"

עד השעה 9:00 בבוקר הצליח צבא הקונפדרציה להבקיע את מרכז הקו של צבא הצפון, ושרידי הדיוויזיה של פרנטיס היו בשלבי נסיגה לכיוון מזח פיטסבורג. יחידות מן הדיוויזיה של הורלבוט הצליחו למלא את הפער שנוצר ולבלום את התקדמות הדרומיים; בניגוד לחיילי הדיוויזיה של פרנטיס, חייליו של הורלבוט היו וותיקי הקרב במבצר דונלסון ולא נבהלו מהאש הכבדה של חיילי הדרום. הפיקוד הדרומי לא הבין את תמונת המצב, ובמקום לרכז מאמץ כדי למוטט את מוקד ההתנגדות החדש שיצרו חייליו של הורלבוט, התקדמו יחידותיו משני עבריו, בשל מידע מוטעה שקיבלו, ובכך החמיצו הזדמנות להשגת הכרעה. כאשר הצליחו המפקדים הדרומיים להבין את המצב לאשורו כבר הצליחו חיילי הצפון, בסיוע יחידות מהדיוויזיה של ו.ה.ל. ואלאס ויחידות מהדיוויזיה של פרנטיס שהתעשתו ושבו לשדה הקרב, להיאחז בשטח מוגבה ושולט, סמוך לדרך רוחב שחצתה את שדה הקרב וכונתה בשם "הדרך השקועה" (Sunken Road), שזכה מאוחר יותר לכינוי "קן הצרעות" (Hornet's Nest). עד שעות אחר הצהריים התרכזו באזור זה כ-11,000 חיילים ו-38 תותחים של צבא הצפון, מולם ניצבו כ-18,000 מחיילי הדרום. אולם תנאי השטח ואופן ניהול הקרב של מפקדי צבא הקונפדרציה, לא איפשרו לצבא הדרום לנצל את יתרונו המספרי, וגרמו לכך שבאף התקפה על קן הצרעות, לא השתתפו יותר מ-4,000 חיילים דרומיים בעת ובעונה אחת.
גרנט היה זקוק לזמן, כדי לאפשר ליחידות החלוץ מהארמייה של ביואל לחבור לארמייה החבוטה שלו ולתגבר אותה. כאשר הגיע לאזור "קן הצרעות" הוא הבין את החשיבות הטקטית הרבה של המשך האחיזה בשטח זה, והורה לפרנטיס להחזיק בו בכל מחיר כוחות הדרום תקפו בעוצמה רבה את כיס ההתנגדות הצפוני, במקום לנסות לעקוף אותו, וספגו אבדות כבדות בסדרת התקפות כושלות עליו. במהלך שעות אחר הצהריים נסוגו כוחות הצפון מימין ומשמאל ל"קן הצרעות" בהדרגה צפונה, וכתוצאה מכך הפך "קן הצרעות" למבלט בקו החזית הצפוני. התיאום בין היחידות הצפוניות שהגנו עליו היה גרוע וחלקן התפוררו תחת לחץ המתקפות הדרומיות. בסופו של דבר הצליח צבא הדרום לכתר את כוחות הצפון ב"קן הצרעות", וגנרל ואלאס, שפיקד על רוב הכוחות הצפוניים שהחזיקו באזור נפצע אנושות, כאשר הוביל ניסיון לפרוץ את טבעת הכיתור הדרומית. חלק מהיחידות הצפוניות הצליחו להיחלץ מהכיתור ולסגת צפונה, אך שאר הכוח שכותר ב"קן הצרעות", ניכנע בשעות אחר הצהריים המאוחרות לאחר שבע שעות לחימה, לאחר שספג הפגזה ארטילרית בכינון ישיר מ-62 תותחים (ריכוז הכוח הארטילרי הגדול ביותר, שנראה עד אז במלחמת האזרחים). מכ-5000 החיילים הצפוניים שכותרו בקן הצרעות, נותרו רק כ-2200, שנפלו בשבי, כולל גנרל פרנטיס עצמו. אולם קורבנם לא היה לשווא. האבדות הכבדות אותם ספג צבא הדרום במהלך הלחימה סביב "קן הצרעות", והכוחות הדרומיים הגדולים שהוא ריתק, אפשרו לכוח העיקרי של צבא הצפון להרוויח מספיק זמן כדי לייצב קו הגנה חדש שנשען על נהר טנסי.
במהלך ההתקפה על "קן הצרעות" ספג צבא הדרום אבדה קשה: מפקד ארמיית המיסיסיפי, ג'ונסטון, שפיקד על המתקפה על האגף הימני של צבא הצפון, נפצע בערך בשעה 14:30. הפצע לא נראה חמור בתחילה, מכיוון שהדימום היה לתוך המגף שלו ולא נראה לעין. ג'ונסטון לא קיבל טיפול רפואי מתאים בזמן ודימם למוות. בורגארד נטל את הפיקוד על צבא הדרום, והורה להסתיר את דבר מותו של ג'ונסטון כדי למנוע פגיעה במורל החיילים. מכיוון שעמדת הפיקוד של בורגארד הייתה רחוקה יחסית משדה הקרב, ובגלל "ערפל הקרב", לא היה לו תמונה ברורה של המצב בקו החזית, והוא הורה להמשיך את ההתקפה על "קן הצרעות". הייתה זו שגיאה טקטית חמורה; תוכניתו המקורית של ג'ונסטון, כזכור, הייתה לתקוף לאורך נהר הטנסי לכיוון מזח פיטסבורג וכך לנתק את הארמייה של גרנט מהנהר, ולכתר אותה, ובשלב זה של הקרב עדיין הייתה אפשרות להשיג מטרה זו, לאחר שכוחות הדרום הצליחו ליצור פרצה בקו ההגנה הצפוני. אולם ברקנרידג', שפיקד על האגף הדרומי של צבא הקונפדרציה, לא השכיל לנצל את ההזדמנות.