בית הכנסת בבית אלפא
פסיפס בית הכנסת

שטח האולם מכוסה הפסיפס הוא 10.35X5.50 מ' (57 מ"ר). איכות הפסיפס טובה מאוד, אבני הפסיפס רבגוניות מאוד, צפיפותן גבוהה (110–150 אבנים בדצמ"ר) ואבני הזכוכית המשובצות בפסיפס אפילו קטנות יותר. תוכנית הפסיפס כללה מערך דימויים פיגורטיבי במרכז החלל, אשר שרד במצב טוב מאוד, ודגמים גאומטריים בחלקים המשניים של המבנה, מהם שרדו חלקים באולם האורך הימיני (צד מזרח) ושרידים מעטים בנרטקס של המבנה. הפסיפס מכיל כתובת, פגומה מעט, המזהה את האמנים, אב ובנו בשם מריאנוס וחנינא. שמות אלו מופיעים גם על גבי רצפת פסיפס בית הכנסת בבית שאן.
החלק המרכזי של רצפת בית הכנסת עוטר, כאמור, בפסיפס נראטיבי גדול ממדים המחולק לשלושה חלקים עיקריים הנתונים במסגרת מעוטרת. מבנה כזה של פסיפסים מופיע גם בבית הכנסת בחוספיה, בחמת טבריה ובנערן.
בחלק המערבי של הפסיפס, שהיה קרוב לארון הקודש, מציג הפסיפס נושא של כלי המשכן. במרכז הקומפוזיציה הא-סימטרית מופיע ארון הקודש המתואר כ"חזית אדריכלית". חזית זו, המזכירה תיאורי מבנים, מרבה להופיע באמנות הביזנטית כמייצגת את הקדושה, על גבי סרקופאגים, כמו גם על חפצים נוספים. היא משותפת לתיאורים בעלי אופי יהודי, פגאני ונוצרי. החזית כאן, מורכבת מעמודים בעלי בסיס, הנושאים גמלון מעוטר בדגם של לונטה המכילה דגם של צדף. מצידי ארון הקודש מופיעות שתי מנורות בעלות שבעה קנים, העומדות על בסיס בעל שלוש רגליים. עוד מופיעים שופר, מחתה, זוג ציפורים העומדות מכל צד של הגמלון וזוג אריות הניצבים גם הם משני עברי הארון. בשולי הקומפוזיציה מופיעים וילונות גלולים בעלי דגם של פרחים המעניקים לסצנה אווירה תיאטראלית מעט.
מרכז הפסיפס מוקדש לתיאור גלגל המזלות. המזלות מופיעים בתוך קומפוזיציה עגולה ושמו של כל מזל רשום ליד תיאורו הגרפי. במרכז הגלגל מופיע הליוס, אל השמש היווני. הימצאות גלגל המזלות בבתי כנסת עתיקים ובמיוחד הכללת דמות אל השמש במרכזו, העלתה השערות שונות בקרב החוקרים במטרה ליישב את הדבר עם הלכות עבודה זרה. בארבע פינות הגלגל מופיעות ארבע דמויות נשיות המאנישות את עונות השנה. הן מלוות באיורים, המייצגים את הפעילות החקלאית והתנובה החקלאית המאפיינות כל עונה ועונה. העונות מצוינות בשם עברי לפי מערכת ארבע התקופות - "תקופת תשרי", "תקופת תמוז", "תקופת ניסן", "תקופת טבת". תקופת תשרי היא עונת הסתיו, מלווה בעץ תמר נושא תמרים המרמז על עת הגדיד, אמפורות לאחסון יין המרמזות על תהליך ייצור היין החל בעונת הסתיו, רימון ותאנה. תקופת תמוז היא עונת הקיץ, מלווה בענבים אדומים ושחורים, משמאלה שלושה פירות מוארכים של לופה ומלון
עגול ומפוספס. תקופת ניסן היא עונת האביב, מלווה בפרחים, עוף נודד ומגל גדול המיועד לקציר ירק ופרחים. תקופת טבת היא עונת החורף, מלווה באמפורה המייצגת את המים בעונת החורף ומקלטר דו־שיני המיועד לעידור ותיחוח האדמה.
בחלקו השלישי של הפסיפס מופיע תיאור עקידת יצחק. בצד שמאל של הקומפוזיציה מופיע מזבח ולצדו אברהם האוחז ביצחק להקריבו. במרכז מופיע איל, המתואר בפרופיל וקשור בחבל אל עץ. עיצוב זה יוחס על ידי ברגמן לפרשנות של אבות הכנסייה הרואה את ישו בדמותו של האיל. זקוביץ הציע כי הרקע לעיצוב המאונך הוא בקווי הדמיון לסיפור המקראי אודות אבשלום שנתלה באלה. לצדו מופיע הכיתוב מהטקסט המקראי "והנה אייל". מעליו מופיע ייצוג של אלוהים המתואר כשמש שממנה מושטת כף יד ומתחתיה המילים "אל תשלח". בימין התיאור מופיעים שני נערים המובילים חמור לבן.
סגנון עיצוב הפסיפס שואב רבות מן התפיסות הייצוגיות והמושגיות שבאמנות הביזנטית. למשל, בתיאור מזל בתולה, מופיעה דמות קיסרית ביזנטית היושבת על כס מלכות. עם זאת, הייצוג הבולט ביותר הוא "יד אלוהים" המופיעה בתיאור העקידה. הדמויות והפריטים מתוארים כולם בחזיתיות. בתיאור העקידה מופיעות הדמויות זו לצד זו, ללא התייחסות ממשית לעומק ולחלל, על אף הוספה של צמחייה סמלית. הדוגמה הבולטת לחוסר התייחסות זה היא בתיאור הנער המלווה, אשר מופיע מאחורי החמור. האמן לא הוסיף את רגלי הדמות והסתפק בתיאור רגלי החיה בלבד.
פרופ' ביאנקה קוחנל, במחקרה אודות ייצוג העיר ירושלים באמנות הביזנטית, מוצאת במכלול הפסיפס את הקשר ההדוק לתיאור העיר ירושלים. הצירוף בין עקדת יצחק, שנערכה במקום שבו הוקם המקדש, בית המקדש וארון המקדש כ"חזית אדריכלית" וייצוג כליו, לבין גלגל המזלות מעיד לדעתה על ממדים אסכטולוגים או קוסמיים בתיאור ירושלים: "דימויים קוסמיים ברורים אלו, מחזקים את אמונתנו כי ייצוגים אלו משמעותם היא ייצוג סמלי של ירושלים, המהוללת בספרות התלמודית של אותו זמן, כמרכזו של העולם".