היסטוריה של חוף השנהב
לאחר הופואה-בואני

בתחילת 1994 החל ואטארה לעבוד כסגן מנהל קרן המטבע הבינלאומית בוושינגטון די. סי. ונמנע מלעסוק בפעילות פוליטית. מתוך ה-PDCI התפצלה סיעה של תומכי ואטארה, במוצאו מוסלמי מהצפון, שהפכה למפלגת התאחדות הרפובליקנים (Rassemblement des Republica או RDR), יצרה לעצמה זהות כנציגת תושביה המוסלמים של צפון חוף השנהב ולמעשה הביאה ליצירת הקרע בברית שיצר הופואה-בואני עם תושבי אזור זה עוד ב-1940, כאשר פעל בשיתוף פעולה עם ראשי השבטים להפסקת מערכת עבודות הכפייה.
מהגרי העבודה שהגיעו מצפון חוף השנהב ומהמדינות השכנות לעבודה במטעים שבדרום בהזמנת הופואה-בואני השתייכו ברובם לקבוצות האתניות המוסלמיות של הדיולה, הסנופו והמלינקה ועבדו בצוותא עם הקבוצות האתניות של הבאולה, הבטס והדידה שהתגוררו בדרום והיו ברובן נוצריות. בתקופת השגשוג הכלכלי, כאשר הייתה עבודה רבה לכולם, ניתן למהגרים רשות על ידי השלטון להשיג לעצמם חלקות אדמה שלא היו בשימוש. רק לאחר שהתמעטו מקומות העבודה וחלקות האדמה החלו הבעיות על רקע ההבדלים התרבותיים בין הקבוצות.
אנרי קונאן-בדייה, אשר הפך לנשיא עם מותו של הופואה-בואני, ניסה לבסס את שלטונו במדינה שהפכה ליותר ויותר מפוצלת בין קבוצות שונות, והפעיל מדיניות שכונתה "איוואריות" ("Ivoirite"), שתכליתה לפנות לפטריוטיות וללאומנות של תושבי המדינה כ"ילידים" ו"איווארים טהורים" אשר יקבלו יחס מועדף על פני ה"זרים" - מהגרים שהגיעו ממדינות הצפון וצאצאיהם. לאפליה זו התווסף עד מהרה גם צד דתי, אשר כלל עד מהרה גם איווארים מוסלמים שהתגוררו בצפון. קונאן-בדייה התנכל לאוכלוסייה זו בכך שמנע מהם להשיג אזרחות ראויה, הטריד אותם באמצעות המשטרה והציגם בסטריאוטיפים גזעניים.
למדיניות האיוואריות היה גם מניע פוליטי, מכיוון שמפלגת PDCI נשענה על תמיכת הקבוצות האתניות בדרום בעוד שמפלגתו החדשה של ואטארה, ה-RDR, נהנתה מתמיכתם של הדיולה, הסנופו והמלינקה מהצפון. לפני הבחירות לנשיאות ב-1995 ביצע קונאן-בדייה צעד שנוי במחלוקת ושינה את חוקת המדינה כך שמועמדים לנשיאות יהיו חייבים להתגורר במדינה במשך חמש שנים עוקבות עד לבחירות ושעל ההורים להיות ילידי חוף השנהב. צעד זה נראה כניסיון ברור למדי למנוע מואטארה להתמודד כנגדו, היות שהאחרון התגורר בארצות הברית כחלק מעבודתו בקרן המטבע הבינלאומית ושאביו הגיע מבורקינה פאסו. מפלגות ה-RDR ו-FPI (בהנהגת לוראן גבאגבו, שחזר מגלותו והיה עתה חבר פרלמנט) זעמו על כך והחרימו את הבחירות.
שיעור היענות נמוך ביותר מצד התושבים בבחירות וזכייתו של קונאן-בדייה עם תמיכה של כ-96% הייתה ניצחון חלול. הציבור ראה בזכייה המשך לדמוקרטיה המדומה של תקופת הופואה-בואני ואי השקט בקרב התושבים גבר, על רקע המשך הדיכוי של מדיניות האיוואריות והבעיות הכלכליות המעמיקות.
ב-23 בדצמבר 1999 הציגה קבוצת קצינים שורה של דרישות בפני קונאן-בדייה, ביניהן שחרור פעילים של ה-RDR מהכלא. קונאן-בדייה סירב ולמחרת, ב-24 בדצמבר, נערכה הפיכה צבאית: המורדים השתלטו במהירות על שדה התעופה ועל גשרים חשובים באביג'אן בעוד מהומות מתחוללות ברחבי העיר. קונאן-בדייה הכריז על פיזור הפרלמנט ונמלט מהמדינה לטוגו ומשם לפריז. הוקמה ממשלה זמנית בראשות רובר גֵאִי, גנרל לשעבר שהודח על ידי קונאן-בדייה מצבא חוף השנהב ב-1997, אשר הכריז על עריכת בחירות בשנת 2000. בניגוד להבטחות קודמות החיה גאי את מדיניות קודמו וקבע כי על שני הוריו של מועמד לנשיאות להיות ילידי חוף השנהב. כך נמנעה פעם נוספת מועמדותו של ואטארה ונותר מועמד אחד שנחשב "איווארי" מספיק להתמודד מול גאי - לוראן גבאגבו. גבאגבו ניצח בבחירות באופן ברור אך גאי סירב לקבל את תוצאות הבחירות ורק לאחר הפגנות הסכים לוותר על השלטון, וגבאגבו הושבע כנשיא ב-26 באוקטובר 2000.