פרשת אפולו
עיקרי הפרשה

בין השנים 1965 ל-1980, הבולשת הפדרלית (FBI) חקרה את זלמן שפירו, שהיה נשיא NUMEC (תאגיד החומרים והציוד הגרעיני), לגבי חוסר של 93 קילוגרם של אורניום מועשר. שפירו היה ציוני והיו לו אינטרסים עסקיים ומגעים בין פקידי ממשל גבוהים בישראל, כולל חוזה לבניית גנרטורים המונעים בכוח גרעיני לישראל. הוועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית, סוכנות הביון המרכזית (CIA), סוכנויות ממשלתיות אחרות וגם כתבים חוקרים ערכו חקירות דומות, אך מעולם לא הוגשו כתבי אישום. מחקר של משרד החשב הכללי של ארצות הברית שנחשף לציבור בחודש מאי שנת 2010 קבע "אנו מאמינים שמאמץ אחוד וממוקד מצד שלוש הסוכנויות הללו היה מסייע מאוד ואולי פותר את שאלת יעדו של החומר שאבד מ-NUMEC, אם היו רוצים לעשות זאת."
בפברואר 1976 תדרך ה-CIA את הסגל הבכיר בוועדת הרגולציה הגרעינית (NRC) אודות הנושא, וקבע כי ה-CIA מאמין שהאורניום המועשר החסר אכן הגיע לישראל. ה-NRC הודיע על כך לבית הלבן, והדבר הוביל לתדרוך הנשיא הנבחר ג'ימי קרטר לגבי החקירה. קרטר ביקש את הערכת היועץ לביטחון לאומי שלו, שהגיע למסקנה כי "התיק שהציג ה-CIA משכנע, אם כי לא מכריע".
חלק מהגורמים נותרו משוכנעים שישראל קיבלה לפחות 93 קילוגרם של החומר מ-NUMEC במיוחד לאור ביקורו של רפי איתן במתקן החברה באפולו ב-16 ביוני 1986.
בספרו מ-1991, "ברירת שמשון", סימור הרש הגיע למסקנה שזלמן שפירו לא העביר את האורניום לגורם כלשהו אלא שהחומר התפוגג "באוויר ובמים של העיר אפולו כמו גם בתעלות, צינורות וברצפות של מפעל NUMEC." הוא גם כתב כי פגישותיו של שפירו עם בכירים ישראלים בביתו היו קשורים להגנה על אספקת המים בישראל ולא לפעילות הזלגת חומר או מידע גרעיני.
חקירה מאוחרת יותר נערכה על ידי ועדת הרגולציה הגרעינית (הוועדה שהחליפה את הוועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית) לגבי עוד 90 קילוגרם של אורניום שנעלם בין השנים 1974–1976, לאחר ש-NUMEC נרכשה על ידי Babcock & Wilcox ושפירו לא היה קשור עוד לחברה. חקירה זו גילתה שיותר מ-50 קילוגרם מהחוסר ניתן היה להסביר על ידי מה שכונה "מנגנוני אובדן לא מזוהים ולא מתועדים בעבר", לרבות "זיהום בגדי עובדים, הפסדים ממערכות קרצוף, חומר המוטבע בריצוף ושאריות משקעים בציוד העיבוד". עוד ציטט הרש את אחד החוקרים הראשיים, קרל דאקט, שאמר "אני לא יודע על שום דבר שמצביע על כך ששפירו היה אשם".
בשנת 1993, גלן טי סיבורג, לשעבר ראש הוועדה לאנרגיה אטומית כתב בספרו, The Atomic Energy Commission under Nixon, Adjusting to Troubled Times אשר בו הקדיש פרק לשפירו ו-NUMEC:
"ככל שהקריירה של שפירא הייתה בולטת, אי אפשר שלא לתהות אם היא לא הייתה מפוארת יותר לולא הוגשו נגדו ההאשמות הלא צודקות הללו".
רישומים מאוחרים יותר של משרד האנרגיה של ארצות הברית מראים שחברת NUMEC איבדה אורניום בכמות הגדולה ביותר מכל החברות המסחריות האחרות בארצות הברית, עם 269 קילוגרם שנעלמו לפני שנת 1968, ועוד 76 קילוגרם לאחר מכן.
באוגוסט 2009 סירב ה-NRC לבקשת הסנטור ארלן ספקטר לנקות את שפירו מכל חשד ואמרו: "NRC לא מצאה מסמכים שסיפקו ראיות לכך שהזלגת חומרים גרעיניים התרחשה. עם זאת, בהתאם להצהרות קודמות של הוועדה, ל-NRC אין מידע שיאפשר לה להגיע למסקנה חד משמעית שחומר גרעיני לא הועבר מהאתר, וגם לא שכל החומר שנעלם בעבר נלקח בחשבון במהלך השבתת האתר".
בשנת 2014, מסמכים נוספים על החקירה נחשפו, אם כי עדיין תחת צנזורה קפדנית. מסמכים אלה הכילו ראיות לכך שהתובע הכללי של ארצות הברית אדוארד לוי האמין שייתכן וגורמים פדרליים האחראים על החקירה של NUMEC יכולים היו להפר את החוק הפדרלי בכך שלא דיווחו על עבירה פלילית, ובכך סייעו לביצועה לאחר מעשה.
חיל ההנדסה של צבא ארצות הברית מפקח על ניקוי קרקע מזוהמת באתר סילוק הפסולת של NUMEC. הפרויקט היה אמור להסתיים בשנת 2015, אך גילוי של כמות גדולה יותר של זיהום הביא לעיכוב של שבע שנים בניקוי. החפירה אמורה הייתה להתחיל בשנת 2021 ולהימשך של 10 שנים.