סודאן הטורקו-מצרית
שלטון מצרי

תחת הממשלה החדשה שהוקמה ב-1821, חיו חיילים מצרים מהאדמה וגבו מיסים מופקעים מהאוכלוסייה. הם גם הרסו הרבה פירמידות מרואיטיות עתיקות שחיפשו זהב נסתר. יתר על כן, סחר העבדים גדל, וגרם לרבים מתושבי אל-ג'זירה הפורה, ליבה של פונג', לברוח כדי להימלט מסוחרי העבדים. בתוך שנה מיום ניצחונו של מוחמד עלי, גויסו 30,000 סודאנים ונשלחו למצרים לאימון וכניסה לצבא. כל כך הרבה נספו ממחלות ומהאקלים הלא מוכר, שאפשר היה להשתמש בניצולים רק בבתי מצב בסודן.
ככל שהשלטון המצרי נעשה בטוח יותר, הממשלה הפכה פחות קשוחה. מצרים הכניעה את סודאן בביורוקרטיה מכבידה וציפתה שהמדינה תעמוד בעצמה. חקלאים ורועים חזרו בהדרגה לאל-ג'זירה. מוחמד עלי זכה גם בנאמנותם של כמה מנהיגי שבטים ודתיים בכך שהעניק להם פטור ממס. חיילים מצרים וג'הידיה סודאנים (חיילים מגויסים), בתוספת שכירי חרב, כוחות מצב מאוישים בח'רטום, קסאלה ואל עובייד ובכמה מוצבים קטנים יותר.
השייח'יה, דוברי ערבית שהתנגדו לכיבוש המצרי, הובסו והורשו לשרת את השליטים המצריים כגובי מיסים וכפרשים לא סדירים תחת שייח'ים שלהם. המצרים חילקו את סודן למחוזות, שאותם חילקו לאחר מכן ליחידות מנהליות קטנות יותר שהתאימו בדרך כלל לטריטוריות שבטיות. בשנת 1823 הפכה ח'רטום למרכז השלטון המצרי בסודאן והפכה במהירות לעיר שוק גדולה. עד שנת 1834 מנתה אוכלוסייתה 15,000 נפש והייתה מקום מגוריו של הסגן המצרי. בשנת 1835 הפכה ח'רטום למקום מושבו של החכימדאר (המושל הכללי). עיירות חיל מצב רבות התפתחו גם למרכזים מנהליים באזורים שלהם. ברמה המקומית, שייח'ים ומנהיגי השבטים המסורתיים קיבלו על עצמם אחריות מנהלית.
בשנות ה-50 של המאה ה-19 שינו המצרים את מערכת המשפט במצרים ובסודאן, והנהיגו קוד מסחרי וקוד פלילי המנוהלים בבתי משפט חילוניים. השינוי הפחית את יוקרתם של הקאדים (שופטים איסלאמיים) שבתי הדין השרעיים שלהם היו מוגבלים לעסוק בענייני מעמד אישי. גם בתחום זה, בתי המשפט היו חסרים אמינות בעיני המוסלמים הסודנים, משום שהם ניהלו דיונים על פי האסכולה החנפית למשפטים ולא על פי בית הספר המאלכי המחמיר המסורתי באזור.
המצרים גם ביצעו תוכנית לבניית מסגדים ואיישו בתי ספר ובתי משפט דתיים עם מורים ושופטים שהוכשרו באוניברסיטת אל אזהר בקהיר. הממשלה העדיפה את החתמיה, מסדר דתי מסורתי, משום שמנהיגיו הטיפו לשיתוף פעולה עם המשטר. אבל מוסלמים סודאנים גינו את האורתודוקסיה הרשמית כדקדנטית מכיוון שהיא דחתה אמונות ומנהגים פופולריים רבים.
עד לדיכוי ההדרגתי שלו בשנות ה-60 של המאה ה-19, סחר העבדים היה המפעל הרווחי ביותר בסודאן והיה מוקד האינטרסים המצריים במדינה. הממשלה עודדה פיתוח כלכלי באמצעות מונופולים ממלכתיים שייצאו עבדים, שנהב וגומי ערבי. באזורים מסוימים הפכה אדמות שבטיות, שהוחזקו במשותף, לנחלתם הפרטית של השייח'ים ולעיתים נמכרה לקונים מחוץ לשבט.
ממשיכי דרכו המיידיים של מוחמד עלי, עבאס הראשון (1849–1854) וסעיד (1854–1863), חסרו תכונות מנהיגות והקדישו תשומת לב מועטה לסודאן, אך שלטונו של אסמאעיל הראשון (1863–1879) החיה את העניין המצרי במדינה. בשנת 1865 ויתרה האימפריה העות'מאנית על חוף הים האדום ונמליו למצרים. שנתיים לאחר מכן, הסולטן העות'מאני הכיר רשמית באסמאעיל כח'דיו של מצרים וסודאן, תואר בו השתמש מוחמד עלי בעבר ללא סנקציה עות'מאנית. מצרים ארגנה וחילקה את המחוזות החדשים של הנילוס העליון, בחר אל ע'זאל ואקווטוריה, ובשנת 1874 כבשה וסיפחה את דארפור.
אסמאעיל מינה את האירופים למושלים פרובינציאליים ומינה סודאנים לתפקידים ממשלתיים אחראיים יותר. תחת לחץ מבריטניה, נקט אסמאעיל צעדים להשלמת חיסול סחר העבדים בצפון סודאן של ימינו. הוא גם ניסה לבנות צבא חדש על פי המודל האירופי שלא יהיה תלוי עוד בעבדים כדי לספק כוח אדם.
תהליך המודרניזציה הזה גרם לאי שקט. יחידות הצבא ערכו מרד, וסודאנים רבים התרעמו על שיבוץ החיילים בקרב האוכלוסייה האזרחית ועל השימוש בעבודות כפייה סודניות בפרויקטים ציבוריים. המאמצים לדכא את סחר העבדים הכעיסו את מעמד הסוחרים העירוני ואת ערביי בגארה, ששגשגו על ידי מכירת עבדים.