הממלכה הסודית
עלילה

לאחר מות אמה, מרי קתרין בת ה-17, (או בכינויה - אמ-קיי) עוברת לגור עם אביה המדען פרופסור בומבה, שבילה את חייו בחיפוש אחר חיילים זעירים דמויי אדם הנקראים אנשי העלה. הם מגינים על היער הסמוך למקום בו חי בומבה מפני יצורים מרושעים בשם בוגנים ומנהיגם הזדוני מונדרייק. הנחישות של בומבה למצוא הוכחה לתיאוריות שלו מרגיזה את בתו מכיוון שהיא מאמינה שזה שטויות, כמו שאמה עשתה, אבל בומבה מבטיח לה שהוא ימצא הוכחה.
בינתיים, איש עלה עצמאי בשם רוד מחליט לעזוב, למורת רוחו של המפקד שלו רונין, שהבטיח לאביו המנוח של רוד שהוא ידאג לבנו.
מלכת הפיות המיטיבה של היער, המלכה טרה, חייבת לבחור את יורש הכיסא שלה ויוצאת לשדה של תרמילי עלים על סיפונה המעופף ומלווה על ידי השומרים המלכותיים, ומגיע לשדה כשהוא נשמר על ידי שבלול וחשופית, בשם מאב וגראב. מיד לאחר שהיא בוחרת תרמיל, הבוגנים תוקפים. טרה בורחת מהאזור עם התרמיל, ולמרות ששומרי ראש - אנשי העלה עושים כמיטב יכולתם כדי להגן עליה, הם מוצפים במהרה במספר העצום של הבוגנים. בזמן שרודפים אחריו, רונין מגיע אל טרה והזוג עף על יונק הדבש שלו. לאחר מכן הם מותקפים על ידי מונדרייק ובנו דאגה. דאגה נהרג על ידי רונין, אך רק לאחר שהוא יורה בטארה.
בינתיים, אמ-קיי מחליטה לעזוב לאחר שהתווכחה עם אביה על המחקר שלו. לפני שהיא יכולה לעזוב, כלבו של בומבה - אוזי, רץ ליער. בעת חיפוש אחר אוזי, אמ-קיי רואה את טרה נופלת. גוססת, טארה נותנת לה את התרמיל ומשתמשת בקסמה כדי לכווץ אותה. היא מספרת לאמ-קיי שהיא צריכה לקחת את התרמיל אל נים גאלו, אשף תולעת זוהר, לפני שהיא מתה, ואמ-קיי מצטרפת לרונין ולאנשי העלים, יחד עם מאב וגראב. רונין מגלה כי רוד נכנס למירוץ נגד יצורים אחרים וחרקים על ציפורים. רוד חוזר לעסקה עם גנגסטר קרפד קצר מזג בשם בופו למכור את המירוץ ולהפסיד. לפני שבופו ושני מדריכיו הספיקו להאכיל את רוד לנחש, רונין מתערב ומורה להם לעזוב. רוד מסרב להצטרף אליו, אמ-קיי, מאב וגראב לאחר ששמע על מותה של המלכה טרה, כאשר בופו שומע.
רונין, רוד, אמ-קיי, מאב וגראב בסופו של דבר עוקבים אחר נים גאלו. לאחר מכן הוא מוביל אותם אל הספרייה, שם אמ-קיי מגלה את המסר הקצר של טארה לפני שהיא הקטינה אותה, ומסרה שתשמור על התרמיל, ותחזור לגודל הרגיל. כאשר רונין עוזב, רוד לוקח את אמ-קיי בנסיעה על צבאים. בינתיים, מונדרייק ביקש שהבוגנים יביאו אליו את בופו, ויגלו את מיקומו של התרמיל. מנדרייק הולך למקום של נים גאלו כדי לגנוב את התרמיל, שאם יפרח בחושך, יעזור למנדרייק להרוס את היער. הוא לוקח את התרמיל וחוטף את מאב וגראב. רונין נוזף ברוד על כך שהוא לא היה שם כדי להגן על התרמיל. כדי להיכנס לשטח של הבוגנים ללא גילוי, אמ-קיי רוד ורונין יצאו לביתו של בומבה כדי לקבל כמה תחפושות, שם אמ-קיי לומדת כי אנשי העלים הובילו במכוון את בומבה לגלות את מה שהוא גילה. בומבה רואה שיש לו מבקרים ולוכד את אמ-קיי, מתעלף כשהוא רואה אותה ומבין שזאת היא, פצפונת. אמ-קיי מסמנת את מיקומו של מונהבן (ביתם של אנשי העלה) על מפה שעשה בומבה מהיער לפני שהצטרפה מחדש לרוד ורונין.
כשהם מגיעים לארץ הבוגנים, רונין מסיח את דעתם של הבוגנים בעוד שאמ-קיי ורוד מצילים את מאב, גראב ואת התרמיל. מנדרייק מגלה אותם ומורה לבוגנים לעצור אותם. אמ-קיי, רוד, מאב וגראב בורחים בחיים, אך רונין מקריב את עצמו כדי להבטיח את בריחתם. לפני שהירח המלא יוכל להנביט את התרמיל במונהבן, עטלפי מנדרייק חוסמים את האור וגורמים לתרמיל להתחיל לנבוט בחושך. אנשי העלה יצאו להילחם בבוגנים; אמ-קיי מנסה לקבל עזרה מאביה על ידי ביקור במצלמות השונות שלו שהציב ביער. עם זאת, לאחר שחזר להכרה, בומבה סבור שהוא לא ממש ראה את אמ-קיי ושהוא היה מטורף כל השנים, ומכבה את כל המצלמות שלו. הוא משנה את דעתו כשהוא רואה את הסיכה האדומה שאמ-קיי שמה על המפה שלו
בומבה שמח לראות שהוא צדק והוא עוקב אחר אמ-קיי למונהייבן. אמ-קיי משתמשת באייפד של בומבה להשמעת קולות עטלף, ומפתה את עטלפי מנדרייק. בינתיים מאב ונים גאלו מנסים לעצור את מנדרייק מלהגיע לתרמיל, אך לא מצליחים. בדיוק אז מופיע רונין, הנושא צלקות וחבלות מהבוגנים. מנדרייק מצליח להתעלות עליו, אך מוגן על ידי רוד, שלבסוף מבין את חשיבות עבודת הצוות. לפני שמנדרייק משיג את הניצחון שלו, התרמיל פורח באור ירח, מביס את הבוגנים ומטביע את מנדרייק לתוך בור של עץ סמוך.
היורש הנבחר היא ילדת הפרחים שעזרה להציל את טרה מוקדם יותר בסרט. גראב הופך לאיש עלה, רוד ורונין מתפייסים, ואמ-קיי מתנשקת עם רוד לפני שאמ-קיי חזרה לגודלה המקורי.
לאחר שאמ-קיי התאחדה עם בומבה והפכה לעוזרו, משפחת האדם עדיין שומרת על קשר קבוע עם חבריהם הקטנים כשהם ממשיכים במחקר עולמם.