מהפכת אוקטובר בפורטוגל
הצעדים הראשונים של הרפובליקה > אנטי-קלריקליזם

מנהיגים רפובליקנים אימצו מדיניות חמורה ושנויה במחלוקת של אנטי-קלריקליזם. בבית, המדיניות קיטבה את החברה ואיבדה את התומכים הפוטנציאליים של הרפובליקה, ובחוץ לארץ היא פגעה במדינות אמריקאיות ואירופיות שאזרחיהן תמכו בשמירה על הדת, והוסיפה באופן משמעותי לעיתונות הרעה על הרפובליקה. הרדיפה של הכנסייה הייתה כה גלויה וחמורה, עד שהיא דחפה את הלא-דתיים והדתיים באופן נומינלי לדת חדשה וזכתה לתמיכתם של דיפלומטים פרוטסטנטים כמו הבריטים, שראו את מוסדות הדת של אזרחיהם בסכסוך חמור על רקע זכויותיהם ורכושם, ואיימו לשלול את ההכרה ברפובליקה הצעירה. המהפכה והרפובליקה שהיא הולידה היו בעיקרן אנטי-קלריקליות והיו להן גישה "עוינת" לנושא הפרדת הכנסייה והמדינה, כמו זו של המהפכה הצרפתית, החוקה הספרדית של 1931 והחוקה המקסיקנית של 1917.
החילוניות החלה להידון בפורטוגל עוד במאה ה-19, במהלך ועידות הקזינו ב-1871, שקודמה על ידי אנטרו דה קנטאל. התנועה הרפובליקנית קשרה את הכנסייה הקתולית למלוכה, והתנגדה להשפעתה בחברה הפורטוגלית. החילון של הרפובליקה היווה את אחת הפעולות העיקריות שיש לנקוט בסדר היום הפוליטי של המפלגה הרפובליקנית הפורטוגלית והבנייה החופשית. מונרכיסטים במאמץ אחרון ביקשו לאגף את הרפובליקנים על ידי חקיקת צעדים אנטי-קלריקליים משלהם, ואפילו חקיקת הגבלה חמורה על הישועים ביום שלפני המהפכה.
זמן קצר לאחר הקמת הרפובליקה, ב-8 באוקטובר 1910, החזיר שר המשפטים אפונסו קושטה את חוקי מרקיז פומבל נגד הישועים ואת חוקי ז'ואקים אנטוניו דה אגייאר ביחס למסדרים דתיים. רכוש הכנסייה ונכסיה הופקעו על ידי המדינה. השבועה הדתית ואלמנטים דתיים אחרים המצויים בתקנון אוניברסיטת קוימברה בוטלו, ובגרויות לשנה א' של הפקולטה לתאולוגיה בוטלו, וכך גם מקומות בחוק הקאנוני כמובן, דיכוי הוראת הדוקטרינה הנוצרית. חגים דתיים הפכו לימי עבודה, אך עם זאת שמרו את יום ראשון כיום מנוחה מטעמי עבודה. כמו כן, נאסר על הכוחות המזוינים להשתתף באירועים חגיגיים דתיים. אושרו דיני גירושין וחוקי משפחה שראו בנישואין "חוזה אזרחי בלבד".
בישופים נרדפו, גורשו או הושעו מפעילותם במהלך החילון. כולם פרט לאחד גורשו מהדיוקסיות שלהם. רכושם של אנשי דת נתפס על ידי המדינה, נאסר על לבישת גלימת הכמרים, כל בתי המדרש הקטנים נסגרו וכל בתי המדרש הגדולים מלבד חמישה. חוק מיום 22 בפברואר 1918 התיר רק שני בתי מדרשות בארץ, אך רכושם לא הוחזר. מסדרים דתיים גורשו מהארץ, כולל 31 מסדרים שכללו חברים ב-164 בתים (ב-1917 הורשו כמה מסדרים להתגבש שוב). חינוך דתי נאסר הן בבית הספר היסודי והן בבית הספר העל יסודי.
בתגובה למספר הגזירות האנטי-קלריקליות, הבישופים הפורטוגלים השיקו פסטורליה קולקטיבית המגנה על דוקטרינת הכנסייה, אך קריאתה נאסרה על ידי הממשלה. למרות זאת, כמה פרנטלים המשיכו לפרסם את הטקסט, ביניהם היה הבישוף של פורטו, אנטוניו בארוסו. זה הביא לכך שהוא נקרא לליסבון על ידי אפונסו קושטה, שם נשלל מתפקידיו הכנסייתיים.
החילון הגיע לשיא עם חוק ההפרדה בין המדינה והכנסייה ב-20 באפריל 1911, עם הסכמה גדולה מצד המהפכנים. החוק הוכרז על ידי האספה רק ב-1914, אך יישומו היה מיד לאחר פרסום הצו. הכנסייה הפורטוגלית ניסתה להגיב, וסווגה את החוק כ"חוסר צדק, דיכוי, זלזול ולעג", אך ללא הצלחה. אפונסו קושטה אף חזה את מיגור הקתוליות בטווח של שלושה דורות. יישום החוק החל ב-1 ביולי 1911, עם הקמת "וועדה מרכזית". כפי שאמר אחד הפרשנים, "בסופו של דבר הכנסייה הייתה אמורה לשרוד את הנקמה הרשמית נגד הדת המאורגנת".
ב-24 במאי 1911, האפיפיור פיוס העשירי הוציא את האנציקליקה Iamdudum אשר גינתה את האנטי-קלריקלים בשל שלילת חירויות האזרח הדתיות ו"הסדרה המדהימה של הגזמות ופשעים שנחקקה בפורטוגל על דיכוי הכנסייה".