קפלת סקרובני
מחזור הפרסקאות של ג'וטו

בין השנים 1303 ל-1310 צייר ג'וטו שורה של פרסקאות בכנסייה. על קיר הכניסה מתואר יום הדין האחרון. על שאר הקירות צייר ג'וטו מחזור של 37 סצנות, המצוירות ב-3 קומות. המחזור מתחיל מתיאור אנה הקדושה ויואכים, הוריה של מרים. ממול תיאר ג'וטו את חייה של מרים, אם ישו. חייו של ישו תופסים שני רגיסטרים. בין הסצנות צייר ג'וטו מסגרות עיטוריות שחלקן מדמות שיש ובהן משובצים תיאורי דמויות מן הברית הישנה כגון משה, יונה ואליהו. מתחת לרגיסטרים יצר ג'וטו האנשות של שבעת החטאים ושל שבע המידות הטובות. בקיר הכניסה שמול האפסיס יצר ג'וטו פרסקו מונומנטלי שנושאו "יום הדין האחרון".
הרגיסטר העליון שבקיר הדרומי (צד ימין) מכיל שש סצנות מחיי יואכים ואנה הקדושה. המקור האיקונוגרפי איננו בבשורות שבברית החדשה כי אם בחיבור "מקראת הזהב" (1265) מאת יעקובוס דה וורג'ינה. חיבור זה מתאר את חייהם של קדושים נוצריים רבים. בין הפרטים המאששים מקור זה היא העובדה כי המלאך המבשר לאנה מזוהה עם המלאך גבריאל, העתיד לבשר לבתה מרים על הולדת ישו.
בסצנת גירושו של יואכים מן המקדש, הפותחת את המחזור, מתאר ג'וטו את בית המקדש כמבנה אדריכלי פתוח למחצה. אמנם הוא בעל נפח ועומק, אולם שילוב הדמויות שבו מעיד על חוסר התאמה בפרופורציה בין הדמויות למבנה. למרות זאת נפחיות העצמים והדמויות מצביעים על פריצה גדולה ממסורת הציור של ימי הביניים ועל שימוש בפרספקטיבה קווית-אינטואיטיבית. בתיאור פגישתם של יואכים ואנה בשער הרחמים הבליט ג'וטו את הממד האנושי והאינטימי של המעמד. בנוסף, אלמנטים ריאליסטיים בציור, כגון קמטי פנים וצוואר, משקפים את גילן של הדמויות.
ברגיסטר העליון של הקיר הצפוני מתוארות שש סצנות מחיי מרים הבתולה מלידתה ועד לנישואיה. בתיאורים אלו, המופיעים אל מול מחזור התיאורים של יואכים ואנה, מצויים פרטים רבים המשותפים לשני המחזורים ויוצרים קשר ביניהם. מקום ההתרחשות של הבשורה לאנה, לדוגמה, מהווה גם את מקום ההתרחשות של לידתה של מרים. לצד "מקראת הזהב" השתמש ג'וטו כמקור איקונוגרפי גם ב"הבשורה על-פי יעקב", המתאר בהרחבה את חייה של מרים.
סצנת לידתה של מרים מציגה את האתגר שעמד בפני ג'וטו בניסיון לתיאור מרחבי של הסיפור. ג'וטו בחר לתאר כמה אירועים בדימוי אחד, טכניקה ציורית שהייתה פופולרית בזמנו. הדבר בא לידי ביטוי בציור בתיאור הכפול של מרים התינוקת, המופיעה פעם אחת בחלקו העליון של הציור - מוצגת בפני אמה השוכבת במיטה - ופעם שנייה בחלקו התחתון של הציור - מטופלת על ידי משרתות. בנוסף, ג'וטו ניסה לשלב בין החלל הפנימי של הבית לבין החוץ, על ידי תיאור האישה הפותחת את הדלת.
תיאור חייו של ישו - מלידתו ועד סצנות הפסיון ומותו תופסים ארבעה רגיסטרים - שניים בכל אחד מקירות האורך של הקפלה.
תיאור ההורדה מן הצלב והקינה על מותו של ישו מהווה הישג מבחינת עיצוב הקומפוזיציה של הציור. הנושא הוא חדש ואיננו מופיע באמנות ימי הביניים. ג'וטו ממקם את ההתרחשות במעין נוף סלעי ונפחי על רקע שמיים כהים. עם זאת הדמויות מרוכזות כולן בחלקו הקדמי של הציור כבמעין "במה". כיוון גופן של הדמויות והגבעות שבנוף מושך את מבטו של הצופה ומכוון אותו אל דמותו של ישו. בנוסף, משלב ג'וטו בין תיאור נפחי ובעל יסודות ריאליסטיים, הבא לביטוי בתנוחות המגוונות של הדמויות היוצרות תחושה של דרמה אנושית, לבין תיאור פנטסטי, הבא לביטוי בתיאור המלאכים.
בקיר הדרומי של הקפלה יצר ג'וטו תיאור מונומנטלי של יום הדין האחרון. ישו מופיע במרכז הקומפוזיציה, יושב מוקף הילה ומכל אחד מצדדיו יושבים שישה שליחים. מעליהם מופיע תיאור של מלאכים המגוללים ופותחים את השמיים ובהם שמש וירח וכן מקהלות של מלאכים נושאי דגלים. חלקו התחתון של התיאור מחולק לשניים על ידי הצלב, שמשמאלו הנידונים לגיהנום ומימינו אלו העתידים לרשת את גן העדן. בחלק זה אף מופיע תיאור של אנריקו סקרובני, המוסר מודל של מבנה הכנסייה למרים.