מלחמת האזרחים בבורונדי
רקע למלחמה

בשנת 1897, בורונדי ורואנדה היו תחת השלטון הקולוניאלי של גרמניה. שליטה זו המשיכה עד ל-1914. האזור נקרא רואנדה-אורונדי (Ruanda-Urundi) והתייחסו אליו כאל טריטוריה אחת. במהלך מלחמת העולם הראשונה, הבלגים פלשו לרואנדה-בורונדי ושלטו באזור בין השנים 1916-1962. האזור היה תחת כיבוש במשך 68 שנים, בהן הגרמנים והבלגים שלטו באופן עקיף דרך השלטון של בני קבוצת הטוטסי. הם העצימו את השליטה של הטוטסי, סיפקו להם כלכלה טובה יותר, הזדמנויות ועמדות חברתיות גבוהות יותר. קיטוב הקבוצות האתניות השונות וההתייחסות לבני הטוסטי כעליונים היוו את הבסיס למלחמת האזרחים.
הסכסוך האזרחי בבורונדי התחיל עוד בשנת 1965, כשלוש שנים לאחר שהוענקה לבורונדי עצמאות על ידי הבלגים. באותה השנה קבוצת קצינים בני ההוטו ניסו, ללא הצלחה, להשתלט על השלטון ולהפיל את המלוכה. ניסיון הפיכה זה הוביל לטיהור הצבא, בראשות קפטן מיכאל מקומברו (Michel Micombero), מחיילים בני ההוטו. בנקודה זו הממשלה סימנה את תחילתה של ההדרה הפוליטית. הכוח והמונופול על המדינה היה בידיהם של קבוצת המיעוט העיקרית- הטוטסי.
בשנת 1972 החלו קבוצת ההוטו לפגוע באורח החיים של הטוטסי על ידי התקוממויות אלימות. אותן התקוממויות הובילו לדיכוי של הצבא, בראשות הנשיא מיכאל מקומברו, את קבוצת ההוטו. מיכאל מקומברו היה הגנרל היחיד של בורונדי בשנים אלו (ולמעשה הגנרל הראשון של המדינה) עד שצירף לעמדה זו את תומאס נדאבמיה (Thomas Ndabemeye) כאשר נתן לו דרגת אלוף. במהלך החודשים מאי עד אוגוסט באותה השנה, החל טבח בכל בני קבוצת ההוטו המשכילים. טבח זה הפחית את מעמדה של אותה הקבוצה ובכך צומצם דור שלם של אנשי אופוזיציה. בטבח זה נרצחו בין 200–300 אלף בני אדם. בניסיון לקבל תמיכה מארצות הברית, הממשלה, שנשלטה על ידי הטוטסי, האשימה את המורדים בני ההוטו בנטיות קומוניסטיות, אך אין עדות נאמנה לכך.
ב-1976 עלה קולונל ז'אן באפטיסט באגאזה לשלטון בהפיכה ושלט במדינה עד לספטמבר 1987. על אף שבאגאזה הוביל שלטון צבאי עם דומיננטיות טוטסית, הוא עודד רפורמה קרקעית, רפורמה בשיטת הבחירות, ופיוס לאומי. ב-1981 הוכרזה חוקה חדשה, וב-1984 באגאזה נבחר לנשיא המדינה, כמועמד יחיד. אחרי בחירתו, מצב זכויות האדם התדרדר תוך שהוא מדכא פעילויות דתיות ועוצר מתנגדים.
בספטמבר 1987 הוביל הפוליטיקאי מייג'ור פייר בויויה (Pierre Buyoya) הפיכה צבאית, הדיח את קולונל באגאזה, והכריז על עצמו כנשיא הראשון של הרפובליקה השלישית של בורונדי. הוא הכריז על סדר יום של ליברליזציה וטיפול ביחסים בין הקבוצות האתניות הוטו וטוטסי. בויויה פירק את מפלגות האופוזיציה, השעה את החוקה מ-1981, ומיסד את שלטון הוועדה הצבאית להצלה לאומית (CSMN). כמו כן, הוא עמד בראש חונטה שולטת מדכאת שהורכבה ברובה מבני טוטסי.
המתח הגובר בין שלטון הטוטסי והרוב ההוטו גרר עימותים אלימים בין הצבא, האופוזיציה של ההוטו, וקיצוניים מבני הטוטסי. בדומה לדיכוי הצבאי שהתרחש קודם לכן ב-1972, הדיכוי הצבאי נעשה באופן מהיר וגבה מחיר כבד של בני ההוטו המקומיים. הדבר הוביל להתקוממות בני הוטו באוגוסט 1988, שגרמה לכ-20,000 מקרי מוות ועשרות אלפי פליטים שזרמו לארצות סמוכות. לאחר הדיכוי, גינו בני ההוטו את מעשי הטבח של המשטר, בראשות פייר בויויה שהיה מבני הטוטסי, והחלו להפעיל לחצים רבים וכבדים על מנת להתחיל בליברליזציה - תהליך של הגדלת חופש הפרט והקטנת ההתערבות של המדינה. בויויה מינה ועדה כדי למצוא דרך לתווך את האלימות, לחקור את הסיבות לאי השקט ב-1988 ולפתח נוסחה לרפורמה דמוקרטית.
ביוני 1993 התקיימו הבחירות הדמוקרטיות החופשיות הראשונות במדינה. בבחירות אלו, הפוליטיקאי והאינטלקטואל מלכיור נדאדיה (Melchior Ndadaye) מקבוצת ההוטו, נבחר לנשיא. על אף שהבחירות היו דמוקרטיות, ואף על פי ניסיונו לטשטש את החלוקה האתנית המרירה של המדינה, הרפורמות שלו עוררו התנגדות אצל החיילים בצבא הנשלט על ידי טוטסי, והוא נרצח בהפיכה צבאית כושלת באוקטובר 1993, לאחר שלושה חודשי כהונה בלבד. ההתנקשות בו עוררה שורה של מעשי טבח אכזריים בין הקבוצות האתניות אשר עוררה את מלחמת האזרחים של בורונדי. רצח זה מסמן את תחילתה של מלחמת האזרחים.