שתי מסכתות על ממשל מדיני
המסכת השנייה > המדינה והפרדת הרשויות

לוק משתמש במונח האנגלי commonwealth ("קהיליה" בתרגום יוסף אור, או "מדינה" בתרגום אהרן אמיר ללווייתן של הובס) כדי לתאר את הגוף הפוליטי שנוצר כתוצאה מההסכמה הראשונית. הוא מציין שכוונתו היא לאותה צורת התארגנות שבלטינית מכונה Civitas, ושהמילה מתייחסת רק להתארגנות פוליטית עצמאית, ולא להתארגנויות שכפופות להתארגנות אחרת כגון עיר או גילדה. העצמאות היא, אם כן, בהגדרה מאפיין של ההתארגנות המדינית. המשטר של הקהיליה יכול ללבוש צורות שונות, בהתאם להחלטת הרוב בשלב השני של כינון הקהיליה, כגון מלוכה שאינה אבסולוטית, אוליגרכיה, דמוקרטיה, או משטר מעורב.
היות שהחוקה של הקהיליה מעוצבת על פי החלטת הרוב, לוק לא מפרט רבות על ההסדרים החוקתיים בקהיליה לגיטימית. עם זאת, רעיון חשוב שהוא מפתח הוא עיקרון הפרדת הרשויות. שלוש הרשויות בקהיליה הן:
רשות מחוקקת: מוגדרת על ידי לוק ככוח עליון ומקודש בקהיליה. תפקיד הרשות המחוקקת הוא לחוקק חוקים ובסמכותה להורות כיצד הכוח של הקהילה יופעל לצורך שימורה ולמען טובת הכלל וטובת הפרטים. לוק מדגיש את העליונות של הרשות הזו ואת היותה ביטוי להסכמה. בעוד שלוק לא פוסל את האפשרות של משטר מלוכני לגיטימי, הוא קובע גם שבקהיליות מוסדרות היטב הרשות המחוקקת היא אספה או פרלמנט של אנשים שונים. הפרלמנט, כנהוג בימיו של לוק, אינו אספה קבועה, אלא אספה שמתכנסת בזמנים נתונים, או לפי הצורך. הרשות המחוקקת היא עליונה, אך היא כפופה ככל בני האנוש לחוק הטבע ומוגבלת לתכלית שלשמה כוננה הקהיליה. בהתאם, לוק קובע ארבעה סייגים לכוחה: (א) החקיקה לא יכולה להיות שרירותית, או לחול באופן שונה על אנשים שונים. זוהי חקיקה כללית שכולם, עשירים ועניים והמחוקק עצמו, כפופים לה באופן שווה. בנוסף, המחוקק מחויב ומוגבל לתכלית שלשמה כונן, שהיא שימור החיים, החירות והרכוש של הפרטים וטובת הכלל; (ב) החוקים חייבים להיות קבועים – כלומר, לא צווים שמשתנים תדיר – בהירים, ומוכרזים בציבור; (ג) החוקים לא יכולים לפגוע ברכוש של אדם ללא הסכמתו. גם הטלה של מיסים כפופה להסכמת הפרט, שניתנת באמצעות הסכמת הרוב או באמצעות נציגים; (ד) המחוקק לא יכול להעביר את סמכות החקיקה לגוף אחר, כגון קהיליה אחרת או כנסייה.
רשות מבצעת: רשות שתפקידה להוציא את החוק לפועל ולאכוף אותו. לוק כולל בתוך רשות זו גם בתי משפט עצמאיים, שהם חלק מהמערכת של אכיפת החוק. הסיבה המרכזית לכך שהחקיקה והביצוע נתונים לרוב בידיים שונות היא שהמחוקק לא יושב דרך קבע ואילו ההוצאה לפועל של החוק צריכה להיעשות באופן שוטף. לוק כותב גם שאם שתי הרשויות נתונות באותן ידיים, העומדים בראשן עשויים לנצל את כוחם לרעה. לרשות המבצעת גם הזכות להשתמש בשיקול דעת כדי לפעול במקרים לא צפויים, כגון מצבי חירום, למען טובת הכלל, גם באופן שלא בסמכותה על פי החוק. לוק מכנה את הסמכות המיוחדת הזו פררוגטיבה (The Prerogative). לרשות המבצעת גם הסמכות לכנס את הרשות המחוקקת, על פי הזמנים שקבועים בחוקה או על פי שיקול דעתו אם אין בחוקה זמנים כאלה. סמכויות מיוחדות אלה, שגם כיום הן חלק מהפררוגטיבה של המלוכה בבריטניה (אנ'), היא נושא חשוב עבור לוק, כיוון שצ'ארלס השני השתמש בה במהלך משבר ההחרגה כדי להשעות ולפזר את הפרלמנט. לפי לוק, סמכות מיוחדת זו לא מפחיתה מהעליונות של הרשות המחוקקת, כיוון שהיא ניתנת לרשות המבצעת כנאמן לטובת הקהיליה והכלל. השימוש בפררוגטיבה שלא על מנת להוציא לפועל את החוק ועל מנת לשמר את הקהיליה, אלא מתוך אינטרס או על מנת למנוע מהמחוקקים מלבצע את עבודתם, כמוה כהכרזת מלחמה על העם, שיכול באופן לגיטימי להשתמש בכוח על מנת לכנס את הפרלמנט.
רשות פדרטיבית: רשות העוסקת בענייני חוץ, כולל הזכות לעשות שלום ומלחמה, לכונן בריתות עם כוחות זרים, ולשלוט בסחר החוץ. רשות זו נפרדת מהרשות המבצעת מבחינת תכליתה ומקור הלגיטימציה שלה: היא כפופה לחוק הטבע ולא לחוק שקבעה הרשות המחוקקת, שכן הקהיליה נמצאת במצב הטבע ביחס לקהיליות אחרות. הרשות הפדרטיבית לא נפרדת מהרשות המבצעת מבחינת הגוף שמחזיק אותה. כלומר, אותם אנשים שעומדים בראש הרשות המבצעת עומדים בראש הרשות הפדרטיבית.
חלוקה זו נחשבת לאחד המקורות לרעיון המודרני של הפרדת הרשויות במדינה, שפותח מאוחר יותר על ידי מונטסקייה, עמנואל קאנט, ובחוקת ארצות הברית. עם זאת, הרעיון של הפרדת רשויות החל להתפתח לפני כתביו של לוק, וקיימים הבדלים בין הגישה של לוק לרשויות במדינה לבין הגישה המאוחרת יותר. בניגוד למונטסקייה, לוק לא מתאר בפרק י"ב של המסכת השנייה את הרשות השופטת כרשות עצמאית, אלא כחלק מהרשות המבצעת. חלק מפרשניו של לוק סבורים שהרעיון של הפרדת הרשות השופטת מהרשות המבצעת קיים באופן מעשי בפרק ט' של המסכת השנייה, שם לוק כותב שמשפט על פי החוק צריך להיעשות על ידי שופטים ישרים וחסרי פניות. בנוסף, ההפרדה בין הרשויות עבור לוק לא נובעת בראש ובראשונה מהצורך המעשי באיזונים ובלמים (אם כי אחד השיקולים לטובת הפרדה בין רשות מחוקקת לרשות מבצעת היא הגבלת היכולת להפעיל כוח שרירותי), אלא מהבחנה מהותית בין רשויות שכוחן והחוק שהן כפופות לו נובעים ממקורות שונים. לכן, הרשות הפדרטיבית שפועלת על פי חוק הטבע נפרדת מהרשות המבצעת שפועלת על פי חוק המדינה, אף על פי שראוי שאותם אנשים יחזיקו בשתי הרשויות.