בית המקדש של יוליאנוס
הפסקה פתאומית

סופרים והיסטוריונים נוצרים מספרים כי אש ירדה מן השמים ושרפה את הפועלים, הם מספרים על רעידות אדמה כל לילה, על צלב ענק שנראה בשמיים ועוד. כל זאת כדי להוכיח שרצון האל היה להפסיק את הבנייה. דיווח אמין של איש צבא רומאי מספר על רעידת אדמה לילית שבעקבותיה ניצת חומר דליק (אולי גזים שהצטברו במחסן תת-קרקעי והתפוצצו כתוצאה מפליטתם בתוך הררי פסולת במקום אטום) וגרם לשריפה גדולה בשטח הר הבית. ייתכן גם שיד נוצרי הייתה בהצתה, שלא הייתה מידי שמיים, כמו מבנים הלניסטיים רבים שבנה יוליאנוס ושהוצתו. כך למשל, בסתיו 362, חודשים אחדים בלבד לפני האירוע המדובר בירושלים, עלה באש מקדש אפולו המפואר שבדפני, פרבר של אנטיוכיה, שהייתה נוצרית ברובה ועוינת ליוליאנוס, והקיסר האשים בגלוי את הנוצרים בהצתת המקדש.
אך רעידת האדמה והשריפה לא היו הגורם היחיד להפסקת העבודות.
שתי עדויות מתארות את החורבן כמתרחש עם תחילת הבנייה:
משפינו את הריסות הבניין הקודם, הם חפרו באדמה ופינו את יסודותיו; נאמר כי למחרת, משהיו אמורים להניח את היסוד הראשון, התרחש רעש אדמה גדול, ובשל רעידת האדמה העזה הושלכו מעלה אבנים ממעמקים, ומהן נפצעו אותם יהודים שעסקו בעבודה, כמוהם כמי שצפו במתרחש. הבתים והאכסדרות הציבוריות ליד מקום המקדש, אשר בהם בילו, מטו לפתע; רבים נלכדו כך, כמה מתו לאלתר, אחרים נמצאו מתים למחצה ופגועי ידיים או רגליים, אחרים נפצעו בחלקי גוף אחרים.
תחילה, כשרצו להניח את היסודות למקדש ביום ראשון לפני רעידת האדמה, היו רוחות חזקות וסערות, והתוצאה הייתה שהם לא יכלו להניח את יסודות המקדש באותו היום. באותו לילה ממש התחולל הרעש הגדול, וכולנו היינו בכנסיית המוודים [=המרטירים?], שקועים בתפילה. לאחר זאת יצאנו כולנו אל הר הזיתים, הניצב ממזרח לירושלים, משם הועלה אדונינו אל אביו רב התהילה... והם, ברצונם לחקות אותנו, רצו אל מקום ההתאספות הרגיל של כנישׂתם, ומצאו את דלתות הכנשׂת סגורות. הם השתוממו מאד על שאירע ועמדו סביב בדממה ופחד כשלפתע נפתחו דלתות הכנשׂת מאליהן, ומתוך הבניין יצאה אש שלחכה את רובם, ורובם קרסו ומתו מול הבניין. הדלתות נגרו מאליהן, בעוד העיר כולה מתבוננת במתרחש... מאורע זה התרחש ביום שני בשעה השלישית, ומקצתו בשעה התשיעית בלילה. היה כאן אובדן חיים כביר. [היה זה] ב-19 באייר בשנת 674 לממלכת אלכסנדר הגדול. בשנה זו מת יוליאנוס עובד האלילים, והוא שהסית במיוחד את היהודים לבנות מחדש את המקדש, כיוון שרחש להם טובה על שצלבו את המשיח.
וכותב אמיאנוס מרקלינוס ההיסטוריון הרומאי בן התקופה:
”(יוליאנוס) תכנן בהוצאה עצומה לבנות מחדש את בית המקדש בירושלים שהיה פעם מפואר, שלאחר מאבקים רבים עד מוות בזמן המצור של אספסיאנוס ואחר כך טיטוס, בקושי נכבש. הוא הפקיד את הביצוע המהיר של עבודה זו בידי אליפיוס מאנטיוכיה (אנ'), שהיה פעם סגן הפריפקט של בריטניה. אבל למרות שאליפיוס זה דחף את העבודה במרץ, בעזרת מושל הפרובינקיה, כדורי אש מעוררי אימה פרצו החוצה ללא הפסק ליד יסודות המקדש, והפכו את המקום לבלתי נגיש לפועלים, שחלקם נשרפו למוות; ומאחר שבדרך זו איתני הטבע הדפו אותם בעקשנות, המיזם נעצר.”
מקור היסטורי בלתי תלוי מצביע על כך שהייתה רעידת אדמה בי"ח באייר בשנת 363, דבר המצביע על האפשרות שאכן בית המקדש נהרס ברעידת אדמה.
לדעת מנחם שטרן, נראה כי לאחר כישלון בניית הבית השלישי והאכזבה שבצדו, רב אחא עצמו התחרט על דעתו הקודמת וסבר כי מה שאירע הוא חרפה. הפיכת דעתו משתקפת במדרש קהלת רבה, שם כתוב: ”ברוך שהעביר חרפתו של לוליאנוס”. נראה כי "לוליאנוס" מופיע כאן במקום "יוליאנוס".
ב-26 ביוני 363 נהרג יוליאנוס בקרב בפרס, ובאוגוסט נודע הדבר בארץ. יורשו היה הקיסר יוביאנוס שהיה נוצרי. כך בא הקץ לניסיון הקמת בית המקדש השלישי.