שנות חיים מותאמות לנכות
ביקורת

גם DALYs וגם QALYs הם צורות של HALYs, שנות חיים מותאמות לבריאות.
כמה מבקרים טענו ש-DALYs הם בעצם מדד כלכלי ליכולת הייצור האנושית עבור הפרט המושפע. בתגובה, מגיני ה-DALY טענו שבעוד ל-DALY יש פונקציה של שקלול גיל שעברה רציונליות על סמך הפריון הכלכלי של אנשים בגיל זה, מדדי איכות חיים הקשורים לבריאות משמשים לקביעת משקלי הנכות., שנעים בין 0 ל-1 (ללא נכות ל-100% נכות) עבור כל המחלות. מגינים אלו מדגישים כי משקלי הנכות אינם מבוססים על כושרו של אדם לעבוד, אלא על השפעות הנכות על חייו של האדם בכלל. לפיכך, מחלת נפש היא אחת המחלות המובילות כפי שנמדדה על ידי עומס עולמי של מחקרי מחלות, כאשר דיכאון מהווה 51.84 מיליון DALYs. מצבים סב-לידתיים, המשפיעים על תינוקות עם תפקוד גיל נמוך מאוד, הם הגורם המוביל לאיבוד DALYs ב-90.48 מיליון. חצבת במקום החמש עשרה עם 23.11 מיליון.
כמה פרשנים הביעו ספק אם סקרי עומס המחלה (כגון EQ-5D) נותנים ביטוי מלא להשפעות של מחלות נפש, בשל גורמים הכוללים השפעות תקרה.
לפי Pliskin וחב', מודל QALY דורש התנהגות בלתי תלויה בתועלת, נייטרלית סיכונים והתנהגות פרופורציונלית קבועה. בגלל הנחות תאורטיות אלו, מחלוקת על המשמעות והתועלת של ה-QALY  קשה, אם לא בלתי אפשרי, להגדיר בריאות מושלמת. יש הטוענים שיש מצבי בריאות גרועים יותר מלהיות מת, ולכן צריכים להיות ערכים שליליים אפשריים בספקטרום הבריאות (אכן, כמה כלכלני בריאות שילבו ערכים שליליים בחישובים). קביעת רמת הבריאות תלויה באמצעים שיש הטוענים מייחסים חשיבות לא מידתית לכאב פיזי או מוגבלות על פני בריאות נפשית.
שיטת הדירוג של התערבויות על סמך העלות שלהן ליחס שנרכש ב-QALY (או ICER) שנויה במחלוקת מכיוון שהיא מרמזת על חישוב כמו תועלתני כדי לקבוע מי יקבל או לא יקבל טיפול. עם זאת, תומכיה טוענים כי מאחר שמשאבי שירותי הבריאות מוגבלים בהכרח, שיטה זו מאפשרת להקצותם באופן האופטימלי לערך עבור החברה, כולל רוב החולים. דאגה נוספת היא שהיא לא לוקחת בחשבון סוגיות של שוויון כמו התפלגות כללית של מצבי בריאות - במיוחד מכיוון שלקבוצות צעירות ובריאות יותר יש הרבה פעמים יותר QALY מאשר אנשים מבוגרים או חולים יותר. כתוצאה מכך, ניתוח QALY עלול להמעיט בטיפולים המועילים לקשישים או לאחרים עם תוחלת חיים נמוכה יותר. כמו כן, רבים יטענו כי כל השאר שווים, יש לתת עדיפות לחולים עם מחלה קשה יותר על פני חולים עם מחלה פחות חמורה אם שניהם יקבלו את אותה עלייה מוחלטת בתועלת.
כבר ב-1989 המליצו לומס ומקנזי לערוך מחקר בנוגע לתקפותם של QALYs. בשנת 2010, עם מימון מהנציבות האירופית, הקונסורציום האירופי לתוצאות בריאות ומחקר עלות-תועלת (ECHOUTCOME) החל במחקר גדול על QALYs בשימוש בהערכת טכנולוגיות בריאות. אריאל ברסניאק, המחבר הראשי של המחקר, צוטט כאומר שזהו "המחקר הגדול ביותר אי פעם שהוקדש במיוחד לבדיקת הנחות ה-QALY". בינואר 2013, בכנס האחרון שלה, ECHOUTCOME פרסמה תוצאות ראשוניות של המחקר שלה שסקר 1361 אנשים "מהאקדמיה" בבלגיה, צרפת, איטליה ובריטניה. החוקרים ביקשו מהנבדקים להגיב ל-14 שאלות הנוגעות להעדפותיהם למצבי בריאות שונים ולמשכי זמן של מצבים אלה (למשל, 15 שנים בצליעה לעומת 5 שנים בכיסא גלגלים). הם הגיעו למסקנה כי "ההעדפות שהביעו הנשאלים אינן עולות בקנה אחד עם ההנחות התאורטיות של QALY" שלפיהן ניתן למדוד איכות חיים במרווחים עקביים, ששנות החיים ואיכות החיים אינן תלויות זו בזו, שאנשים נייטרליים לגבי סיכון, והנכונות להרוויח או להפסיד שנות חיים היא קבועה לאורך זמן. ECHOUTCOME פרסמה גם "הנחיות אירופיות להערכות עלות-יעילות של טכנולוגיות בריאות", שהמליצו לא להשתמש ב-QALY בקבלת החלטות בתחום הבריאות. במקום זאת, ההנחיות המליצו שניתוחי עלות-תועלת יתמקדו ב"עלויות לכל תוצאה קלינית רלוונטית".
בתגובה למחקר ECHOUTCOME, נציגי המכון הלאומי למצוינות בבריאות וטיפול, קונסורציום התרופות הסקוטי והארגון לשיתוף פעולה ופיתוח כלכלי העלו את הנקודות הבאות. ראשית, QALYs עדיפים על אמצעים חלופיים. שנית, המחקר היה "מוגבל". שלישית, בעיות עם QALY כבר זכו להכרה רחבה. רביעית, החוקרים לא לקחו בחשבון מגבלות תקציביות. חמישית, המכון הלאומי של בריטניה למצוינות בבריאות וטיפול משתמש ב-QALY המבוססים על 3395 ראיונות עם תושבי בריטניה, בניגוד לתושבי מספר מדינות אירופיות. לבסוף, אנשים שקוראים לחיסול QALY עשויים להיות בעלי "אינטרסים מובהקים".