מבצע פוארטו
החקירה וההדלפות

בנובמבר 2006 פורסם בעיתון הספרדי אל מונדו כי בבדיקות שנערכו במעבדה בברצלונה נמצא כי בחלק ממנות הדם שנתפסו היו רמות גבוהות של אריתרופויאטין (EPO) והעיתון שיער כי הדבר לא היה מתוכנן על ידי פואנטס, אלא נבע מחוסר שליטת הספורטאים ברמות ה-EPO בדמם. לדעת, כתבי העיתון שיטת פואנטס עבדה כך: הספורטאים ביקרו במרפאתו מספר שבועות לפני אירוע היעד שלהם והפקידו במרפאה מנה מדמם. פואנטס הפריד באמצעות צנטריפוגה את תאי הדם מהפלזמה. תאי הדם הוזרקו לספורטאים לפני אירוע היעד ובכך הגבירו את יכולתם להתאושש ממאמצים קשים. במידה ולאחר העירוי נמצא כי רמת ההמטוקריט (יחס באחוזים בין נפח תאי הדם לבין הנפח של כלל דגימת הדם) בדמם גבוהה בצורה מסוכנת, הם קיבלו עירוי של פלזמה כדי לדלל את דמם.
בסוף יולי 2006 קיבלו חמישה רוכבים מקבוצת "אסטנה-וורת": חוסבה בלוקי, איזידרו נוזאל, סרז'ו פאוליניו, אלן דייוויס ואלברטו קונטדור, רוכבים שנמנע מהם להשתתף בטור דה פראנס עקב החשדות שהועלו לגביהם במבצע פוארטו, אישור כתוב מאת שלטונות החוק הספרדי כי אין להם כל קשר לממצאים וחקירות במסגרת מבצע פוארטו.
בתחילת אוקטובר 2006 הודיע בית המשפט הספרדי במדריד להתאחדות האופניים הספרדית (RFEC) כי מסמכי החקירה לא יועברו להתאחדות לצורך חקירותיה היא בקשר לחשדות כנגד רוכביה. בהמשך אותו חודש נוקו מאשמה איוואן באסו ויאן אולריך (הראשון בבתי משפט באיטליה ובספרד והשני בבית משפט ספרדי) בטענה כי לא הוכחה מעורבותם בפרשה. שלושה ימים לאחר זיכויו של אולריך הודיעה התאחדות האופניים הספרדית כי הפסיקה את החקירה בקשר לרוכבים ששמם נקשר בפרשה.
במרץ 2007 נסגר תיק החקירה ללא העמדה לדין של איש מהמעורבים בפרשה מאחר שבית המשפט הגיע למסקנה כי בעת התרחשות המבצע לא היה בפעולות שהתבצעו (הסימום הספורטיבי) משום עבירה על חוקי המדינה.
ביולי 2006, טען פואנטס כי על לקוחותיו נמנו גם כדורגלנים וטניסאים ובדיוק שנה אחת לאחר מכן, ביולי 2007, נשא פואנטס הרצאה בפני סטודנטים באוניברסיטה ספרדית וטען כי גם בענפי ספורט אחרים אחוז המשתמשים בסמים דומה לזה שבמרוצי אופניים. לטענתו, הסיבה להבדל בכמות התפיסות של שימוש בסמים בין רוכבי האופניים ובין ספורטאי הענפים האחרים, נעוצה בכמות הביקורות והבדיקות בכל ענף.
בספטמבר 2006, טען חסוס מנזאנו, רוכב ספרדי זוטר, ששנתיים קודם לכן עמד במרכזה של סערה, כשהתראיין לעיתונות הספרדית ותיאר בפרוטרוט את הסימום השיטתי בקבוצתו "קלמה-קוסטה בלנקה" (שהפכה מאוחר יותר ל"קומיונידד ולנסיאנה"), כי פגש בעבר כדורגלנים מלה ליגה במשרדיו של פואנטס.
במאי 2007 דווח כי במפגש של הסוכנות העולמית נגד סמים בספורט שנערך במונטריאול, הביע מנכ"ל פיפ"א, ספ בלאטר, עניין בחומר החקירה של מבצע פוארטו, וזאת, לאחר שהעיתון הצרפתי לה מונד הודיע כי יש בידיו מסמכים מתוך חומר החקירה בהם מדובר על "תוכניות להכנות עונתיות" לשחקני מועדוני ברצלונה וריאל מדריד. בשום הזדמנות, לא ננקבו שמות כדורגלנים בהקשר לחקירות ולהדלפות בפרשה.
ב-14 בפברואר 2008 מסר העיתון הספרדי אל פאיס כי בית המשפט הספרדי הורה לפתוח מחדש את תיק החקירה בפרשה. פתיחת החקירה מחדש היא כנראה תוצאה של לחץ שהפעילו גופי ספורט בינלאומיים על שלטונות הספורט בספרד. שיאו של לחץ זה בא לידי ביטוי במספר התבטאויות של בכירים בארגונים הבינלאומיים למלחמה בסימום ספורטיבי בקונגרס עולמי בנושא סמים בספורט שנערך בנובמבר 2007.
ב-28 בינואר 2013 נפתח במדריד משפטם של חמישה נאשמים מרכזיים בפרשה: פואנטס, אחותו, מנולו סאיז, ויסנטה בלדה (Vicente Belda) וחוסה איגנציו לברטה. הם הואשמו בפגיעה בבריאות הספורטאים שהשתמשו בחומרי האמרוץ. בסיום המשפט, ב-30 באפריל 2013, נמצאו פואנטס ולברטה אשמים בפגיעה בבריאות הציבור. פואנטס נדון לשנת מאסר על תנאי ורישיונו כרופא נשלל לארבע שנים. שאר הנאשמים, כולל מנהלי הקבוצות סאיז ובלדה, זוכו במשפט. השופטת לא נענתה לבקשתם של הרשויות הספרדית והבינלאומית למלחמה בסמים בספורט, לנתח את 211 מנות הדם שנתפסו במבצע ושייכות ל-35 ספורטאים.