שיטות חלבונים
גילוי חלבונים > גילוי חלבון ספציפי

תספיג חיסוני Immunoblot: זוהי השיטה הבסיסית למציאת חלבון. השיטה מבוססת על הספגת החלבון על ממברנת ניטרוצלולוזה, חשיפת הממברנה לנוגדן ראשוני נגד החלבון, לאחר מכן לנוגדן שניוני נגד הנוגדן הראשוני המוצמד לאנזים HRP, הוספת סובסטרט שהמגע עם HRP פולט אור וחשיפה לסרט צילום.
תספיג נקודתי: כאשר דוגמת החלבון מושמת על הממברנה ללא הפרדה באלקטרו פורזה השיטה נקראת תספיג נקודתי - היתרון בשיטה היא החיסכון בזמן וכמות הדוגמאות הרבות שניתן לבדוק בניסוי אחד.
תספיג חלבון (Western blot): הפרדת חלבונים על יד ג'ל אלקטורפורזה, בדרך כלל על ידי SDS PAGE (לעיתים נדירות על ידי 2D ג'ל), לאחר שהחלבונים הופרדו על פי גודל או מטען חשמלי מועברים החלבונים מן הג'ל לממברנת ניטרוצלולוזה על ידי הפעלת שדה חשמלי. הממברנה עוברת תספיג חיסוני.  היתרון בשיטה הוא שניתן לדעת את גודל החלבון הנבדק לכן פוחת חשש שהנוגדן נספח גם לחלבונים אחרים ועולה יעילות הבדיקה.
ELISA ראשי תיבות של Enzyme-Linked Immunosorbent Assay - בדיקת צבע אנזימטית קשורה לנוגדן: טכניקה לגילוי אנטיגנים (לאו דווקא חלבונים) בתמיסה. באופן בסיסי הבדיקה מבוססת על בסיס קשיח- בדרך כלל פלסטיק, אליו נספחים אנטיגנים (בדרך כלל חלבונים). לאחר מכן נעשה שימוש לפחות בשני סוגים של נוגדנים: נוגדן ראשוני ספציפי לאנטיגן מסוים ונוגדן שניוני הנקשר לנוגדן הראשוני ומצומד לאנזים. כאשר סובסטרט בא במגע עם האנזים, הוא משנה את צבעו וכך נותן אינדיקציה לנוכחות האנטיגן, הוספת חומצה חזקה כמו חומצה גופרתית מסיימת את הראקציה. כמות הצבע שנוצרה נמדדת על ידי ספקטרופוטומטר באורך גל מתאים, בצורה זאת ניתן לכמת אנטיגן ספציפי.
אימונוהיסטוכימיה: צביעת רקמה מקובעת על זכוכית נושא (סלייד). על הסלייד מונח נוגדן ראשוני נקשר לחלבון הרצוי, לנוגדן הראשוני נקשר נוגדן שניוני המצומד לאנזים HRP, כאשר סובסטרט שמוסף בא במגע עם החלבון הוא משנה את צבעו וצובע את הרקמה - היתרון בשיטה הוא שנשמרת המורפולוגיה של הרקמה, השיטה משמשת לאבחון סרטן ובמקרים מסוימים את דרך הטיפול במחלה. החיסרון בשיטה היא שקביעת החלבון אינה כמותית בדרך כלל, ורגישותה נמוכה ביחס לשיטות אחרות, כמו כן השיטה חשופה לצביעת רקע לא ספציפית.
אימונופלואורסצנציה - שימוש בצביעה על ידי חומרים פלואורסצנטיים. השיטה מאפשרת בדיקת מספר חלבונים שונים כאשר כל חלבון מוכר על ידי נוגדן בצבע אחר. השיטה גם מאפשרת שימוש במיקרוסקופ קונפוקלי המאפשר "חיתוך" האובייקט המצולם לשכבות בעובי של 0.1 מיקרון, כך מספיקה כמות קטנה של חלבון וניתן לראות באיזה מאברוני התא הוא ממוקם.
Flow Cytometry - זרימה ציטומטרית: מונח המתייחס לטכניקות לבדיקת המבנה הפיזי והכימי של התאים. בהקשר של גילוי חלבונים, השיטה מבוססת על ערבוב נוגדנים פלואורסצנטיים, ספציפיים לחלבון מסוים, עם אוכלוסייה של תאים או חיידקים, ובדיקת הפלואורסצנציה הנפלטת מכל תא.
ניסויים אנזימטיים: ניסויים המבוססים על פעולתו הקטליטית של חלבון, ניסויים אלו מבוססים על מעקב לאורך זמן אחרי כמויות סובסטרט או תוצר הבאים במגע עם אנזים. ניסויים אנזימטיים משמשים למציאת הקינטיקה של תרופות לפני התחלה בניסויים בבעלי חיים ובבני אדם.
Peptide mass fingerprinting - טביעות אצבעות של מסה פפטידית (או ספקטרומטרייה של מסה): שיטה המאפשרת לזהות חלבונים לפי המסה שלהם - חלבון שרצפו אינו ידוע מנוקה ומסתו נקבעת בעזרת ספקטרומטר מסה (mass spectrometer). בהמשך החלבון נחתך לפפטידים בעזרת אנזים פפטידאז כמו טריפסין, גם מסתם של הפפטידים נקבעת על ידי הספקטרומטר. משקלם של הפפטידים והחלבון השלם מוכנסים למאגר נתונים המכיל נתונים על כל החלבונים הידועים מפרויקט הגנום (חלבונים אלו רוצפו ריצוף קונספטואלי- ראו לעיל), אם החלבון נמצא במאגר הממוחשב הוא יזוהה.