המצור הגדול על מלטה
המצור > המצור על מבצר סנט מייקל ומבצר סנט אנג'לו

בינתיים, ביום נפילת סנט אלמו, הגיעה תגבורת נוצרית מסיציליה שכללה כ-65 אבירים וכ-600 חיילים. בחסות הערפל הצליחה התגבורת לחמוק תחת אפן של ספינות הסיור העות'מאניות ולחבור עם הנצורים. מוסטפא המודאג שלח ציר שהציע למסדר אפשרות של כניעה מכובדת תוך שמירה על כלי הנשק, הדגלים והרכוש, בדומה להצעתו של סולימאן הראשון למסדר בעת המצור על האי רודוס. דה ולט דחה את הצעתו.
הטורקים העבירו את חודש יולי בהכנות לוגיסטיות לקראת התקפה על מבצר סנט מייקל, ובהמתנה לתגבורת ואספקה.
מוסטפא הורה להקים סוללות על הגבעות השולטות על המבצרים, והתכונן לפתוח בהרעשה. גם הפעם נודעה התוכנית הטורקית לנוצרים, בשל בגידתו של אחד הקצינים. על-פי התוכנית, היו הטורקים אמורים להתקיף את מבצר סנט מייקל במקביל לנחיתות לכל אורך חצי האי. כדי להתמודד עם האיום, הורה דה ולט לבצר את חצי האי בעזרת כלונסאות מחודדות שננעצו בקרקע. לחיזוק המבנה נקשרו הכלונסאות בשרשרת ברזל וקובעו בעזרת יתדות ארוכים לקרקעית הים. תחת צליפות בלתי פוסקות של הטורקים נאלצו הנוצרים לעבוד רק בלילות, והמלאכה הושלמה תוך תשעה ימים. חצי האי שעליו ניצב מבצר סנט אנג'לו בוצר בצורה דומה. מוסטפא שלח חיילים מצוידים בכלי עבודה ובגרזנים כדי למוטט את מערכת הביצורים החדשה, אך הם הונסו. גם ניסיון לשליפת הכלונסאות בעזרת אנקולים שהושלכו מסירות, כשל.
בינתיים קיבל גם מוסטפא תגבורת - חתנו של טורגוט בא מאלג'יריה עם כוח שמנה 10,000 איש. המתקפה החלה ב-15 באוגוסט והטורקים השתמשו בסירות להנחתת כוחות על החופים. התוקפים נתקלו באש חזקה, אך הצליחו לבסס ראש גשר על החוף ולהגיע אל החומות. עם קבלת המסר על הצלחת הנחיתה, פתחו גם הכוחות מצידו היבשתי של חצי האי בהתקפה על המבצר. למזלם של הטורקים התפוצץ אחד ממחסני התחמושת של הנוצרים, וחלק מהחומה התמוטט. זנוגרה, המפקד הנוצרי האחראי על הקטע שהתמוטט, ניסה להוביל התקפה נגד הטורקים שהסתערו לתוך הפרצה, אך נורה ונהרג. עם מותו, נבלמה מתקפת הנגד הנוצרית. דה ולט הגיב במהירות ושלח תגבורת, שבעזרתה הצליחו הנוצרים להדוף את התוקפים.
גם מוסטפא לא קפא על שמריו ושלח את כוח עתודה של 1,000 יניצ'רים שיצאו בסירות לכיוון הפרצה. אלה נתקלו באש תותחים מפתיעה מסוללה שהסתירו הנוצרים מבעוד מועד, ובתופת שנוצרה נהרגו כ-800 טורקים, והיתר נסוגו. אחרי שעות אחדות של לחימה עיקשת וקורבנות רבים, החלו הטורקים לסגת. דה ולט ניצל את נסיגתם, הורה לפתוח את השערים, והנוצרים שהגיחו קטלו את שאריות הכוח הטורקי שהזדנבו מאחור. הטורקים שילמו מחיר כבר על התקפתם ואיבדו אלפי לוחמים.
אחרי כישלון התקפתו על סנט מייקל, החליט מוסטפא לתקוף את שני המבצרים בו זמנית כדי למנוע העברת תגבורות ממבצר אחד למשנהו. כמו כן הוקמה סוללת תותחים נוספת, והוגברו סיורי הצי כדי למנוע העברת תגבורת נוספת לנצורים. פיאלה היה אמור לפקד על הנחיתה ליד העיר בירגו בה שכן מבצר סנט אנג'לו, ואילו מוסטפא לקח על עצמו את הפיקוד על תקיפת חצי האי סנגלאה ומבצר סן מייקל. ב-2 באוגוסט יצאו הטורקים להתקפה. לאחר הרעשה ארטילרית כבדה, הסתערו הטורקים על המבצר. תחילה הם תקפו את סנט אנג'לו. במשך 6 שעות הצליחו הנוצרים להדוף חמש הסתערויות של הטורקים. אחרי שנהדפו, המשיכו הטורקים בהרעשה במשך חמישה ימים רצופים. ההרעשה המסיבית הצליחה למוטט חלק מהחומה, אך כאשר הסתערו הלוחמים הטורקים לעבר הפרצה הייתה הצפיפות הרבה בעוכריהם, ורבים מהם נהרגו.
ההתקפה על סנט מייקל הייתה מוצלחת יותר, והטורקים הצליחו לפרוץ לתוך המבצר. מוסטפא רצה לשלוח את עתודת העילית שלו לתוך המבצר ולהכריעו, אך ברגע קריטי זה הותקף המחנה הטורקי מהעורף בידי פרשים ממדינה. מוסטפא סבר שכוח גדול נחת באי ושב על עקבותיו כדי להגן על מחנהו, נסיגה שבדיעבד התבררה כמיותרת. כל אותה עת, טרם הגיעה אל הנוצרים התגבורת המיוחלת מסיציליה.
ב-18 באוגוסט החל מוסטפא בהתקפה חדשה על מבצר סנט מייקל, מלווה בפיצוץ מנהרה שנחפרה במיוחד מתחת לחומת המבצר. הפיצוץ מוטט חלק ניכר מהחומה, והטורקים הסתערו לתוכה. מורל הנוצרים צנח והם החלו לסגת. למשמע החדשות יצא דה ולט עם קציני מטהו ויתר הכוח הנוצרי לכיוון הפריצה. הטורקים נהדפו, אך המשיכו בהתקפותיהם על הפרצה במשך כל היום. בשלב הבא הקימו הטורקים מגדל מצור גבוה מעץ במטרה לעלות על החומות, אך הנוצרים הצליחו למוטט את המגדל ולהרסו. ניסיון לתקיפה נוספת ב-20 באוגוסט עם מגדל נוסף ומחוזק יותר, הסתיים בתוצאה דומה. בשלב זה היה מצבם של הטורקים נואש. האספקה שהביאו תוכננה למצור קצר בן ארבעה שבועות, ועם התארכות המצור החלו לסבול מרעב, כשבמקביל תחמושתם הולכת ואוזלת.