פיצול האימפריה המונגולית
ארבע מדינות הירושה (חאנויות) > ח'אנות צ'אגאטאי

צ'אגאטאי חאן היה בנו השני של ג'ינגיס חאן. האולוס שקיבל צ'אגאטאי חאן מאביו היה מרכז אסיה, הוענקו לו השטחים הכבושים של ממלכת קארה חיטאי (אנ') והאימפריה הח'ווארזמית. הח'אנות של צ'אגאטאי הייתה דחוסה בין שלוש מדינות הירושה האחרות: האילח'אנאת במערבהּ, אורדת הזהב בצפונהּ ושושלת יואן ממזרחהּ.
כבר בתחילתהּ, הח'אנות של צ'אגאטאי הייתה אחת ממדינות המונגולים החלשות ביותר, ולעיתים קרובות הח'אנים ששלטו בה היו שליטי בובה לכובשים אזוריים חזקים יותר. כמו כן ההיסטוריה של הח'אנות נראית לעיתים מבלבלת ולא מובנת, זאת מאחר שישנם מעט מאוד מקורות אמינים. אפילו תאריכי שליטתם של מספר ח'אנים לא יכולים להיות מאומתים בקלות. למרות אלו, ח'אנות צ'אגאטאי הביאה מנהיגים גדולים כמו טימור לנג ונכדו באבור, שייסד את האימפריה המוגולית בהודו.
בדומה לאורדת הזהב, הח'אנות של צ'אגאטאי עברה תהליך של אסלאמיזציה וטורקיזציה. התפתחה בה שפה בשם טורקית צ'אגאטאי, היא הייתה שפה טורקית בעלת השפעה אדירה ברחבי הח'אנות, היא תפסה תאוצה בעיקר במאה ה-14. עד היום השפעתה של השפה ניכרת, בעיקר באופן ספרותי. אולם כיום השפה נחשבת לשפה נכחדת.
צ'אגאטאי חאן שלט במרכז אסיה למשך 14–15 שנים, משנת 1227 בה האולוס הוקצה לו, עד מותו בשנת 1242. אף על פי שלצ'אגאטאי חאן היה מספר רב של בנים, הוא מינה כיורש את נכדו, קארה הולגו (אנ'). אולם קארה הולגו היה קטין ולא היה יכול למלוך בח'אנות, לכן אחת מנשותיו של צ'אגאטאי חאן, אבוסקון (אנ'), שימשה כעוצרת במקומו. קארה הולגו מלך שתי קדנציות בח'אנות של צ'אגאטאי, עם הפסקה של כמה שנים בין כל קדנציה. בשנת 1246 גויוק חאן, שהיה החאן הגדול הנוכחי, הדיח את קארה הולגו ושם במקומו את יסו מונגקה (Yesü Möngke) שהיה דודו, ובנו של צ'אגאטאי חאן. יסו מונגקה הוצא להורג בשנת 1252 וכתוצאה מכך קארה הולגו הוחזר לעמדתו הקודמת כחאן בח'אנות של צ'אגאטאי. אך קארה הולגו מת באותה שנה בה חזר לכס, ב-1252, ואותו ירש בנו, מובארק שאה (אנ'). מובארק שאה שלט גם כן לשתי קדנציות עם תקופת הפוגה של 6 שנים. בקדנציה הראשונה שלו, אמו שלטה כעוצרת. בשנת 1260 מינה אריק בוק את אלגו (אנ') במקום מובארק שאה כחאן של צ'אגאטאי, הוא עשה זאת כמהלך שהיה חלק ממלחמת האזרחים הטולויית. אלגו מת בשנת 1266 ומובארק שאה חזר לתפקידו. מובארק שאה היה החאן הראשון של צ'אגאטאי שהתאסלם.
בשנים 1267–1301 הח'אנות של צ'אגאגטאי הייתה נתונה לשליטתו של קאידו (אנ'). קאידו היה בנו של אוגדיי חאן ובכך השתייך לבית אוגדיי (אנ'). קאידו שלט באימפריה יחד עם בנו. הם שלטו בח'אנות דה פקטו בלבד, היו שלושה ח'אנים רשמיים בתקופת שלטונם, שלושתם היו שליטי בובה של קאידו ובנו. רק בשנת 1301, השנה בה מת קאידו, הח'אנים של צ'אגאטאי קיבלו את עצמאותם חזרה. הח'אן השלישי והאחרון שהיה שליט בובה של קאידו ובנו היה דואה. דואה (אנ') היה שליט בובה של קאידו משנת 1282, ובתחילת המאה ה-14, עם מותו של קאידו, הוא קיבל את השליטה דה פקטו על הח'אנות. דואה היה שליט מוצלח מאוד מהרגע שקיבל את עצמאותו על הח'אנות מקאידו. בירתהּ הרשמית של הח'אנות הייתה העיר אלמליק. בעודה יושבת על דרך המשי, הייתה לה חשיבות רבה וביקרו בה סוחרים רבים. העיר הייתה ממוקמת במערב מחוז שינג'יאנג של ימינו, בצפון-מזרח הח'אנות.
למרות התאסלמותם של מספר ח'אנים לפני כן, מעמד האסלאם בח'אנות נשאר עוין ולא בטוח. לאחר תקופה קצרה של יציבות פנימית בתוך הח'אנות, תקופה שנמשכה בערך בין השנים 1301–1325, הח'אן טרמאשירין ח'אן (אנ') שוב אימץ את האסלאם ועורר אי יציבות. הוא היה אחד מהשליטים הבולטים ביותר של ח'אנות צ'אגאטאי שהתאסלמו. מקורות מוסלמיים מסכימים בפה אחד שההתאסלמות של טרמאשירין ח'אן סללה את הדרך להתאסלמות המוחלטת של הח'אנות של צ'אגאטאי והייתה אחד השלבים החשובים להתאסלמות המוחלטת של כלל מרכז אסיה. טראמאשירין ח'אן היה אחד מבניו של דואה שתיפקדו כח'אנים אחריו.
מתחילת העשור של שנת 1340, הח'אנות הפכה ליותר ויותר לא-יציבה עד שבשנת 1347 היא התפצלה לשני חלקים: החלק המערבי, שנודע כ"ח'אנות צ'אגאטאי המערבית" והחלק המזרחי שנודע כ"מוגוליסטן (אנ')" מוגוליסטן נודעה גם כ"ח'אנות צ'אגאטאי המזרחית".
מוגוליסטן בעצמה התפצלה בשנת 1462 לשתי ישויות פוליטיות נפרדות, מוגוליסטן המערבית ומוגוליסטן המזרחית, שנשלטו על ידי שני ח'אנים שונים. בשנת 1370 הכובש טימור לנג השתלט על ח'אנות צ'אגאטאי המערבית ועל טרנסאוקסאניה. ובכך חדלה ח'אנות צ'אגאטאי המערבית מלהתקיים. אף על פי שהחלק המערבי של ח'אנות צ'אגאטאי אבד לטימור מוקדם, החלק המזרחי שלה (מוגוליסטן) נשאר תחת הח'אנים של צ'אגאטאי שלפעמים היו לבעלי ברית של יורשיו של טימור או שהיו במלחמה איתם. הח'אנות של צ'אגאטאי התקיימה בצורה כזו או אחרת מהעשור השני של המאה ה-13, בו ג'ינגיס חאן כבש את האזור, עד סוף המאה ה-17, אז היא נספגה בח'אנות בוכרה האוזבקית.
מוגוליסטן היה החלק המזרחי והשורד של ח'אנות צ'אגאטאי, בניגוד לח'אנות צ'אגאטאי המערבית שאבדה לטימור. היורשות של מוגוליסטן היו: ח'אנות קומול (אנ'), ח'אנות יארקנט (אנ'),ו-ח'אנות טורפאן. בשנת 1705 נכבשה ח'אנות יארקנט (אנ') על ידי ח'אנות דזונגאר (אנ'), הח'אן האחרון של צ'אגאטאי הודח, ובכך הסתיימה השושלת של צ'אגאטאי.