פיליפ השני, מלך צרפת
יחסיו עם האפיפיור

העילה העיקרית למערכת היחסים הרעועה של פיליפ עם האפיפיור, נבעה מהמחלוקת סביב התרת נישואיו של פיליפ עם אשתו השנייה אינגבורג מדנמרק (אנ').
ב-1190 נפטרה איזבל, אשתו הראשונה של פיליפ שילדה רק בן אחד, יורש העצר לואי. ב-15 באוגוסט 1193 נישא פיליפ לאינגבורג, בתו של ולדמר הראשון, מלך דנמרק. לדנים היו תביעות לכתר האנגלי עוד מימיו של קאנוט הגדול, שמלך באנגליה בין השנים 1016–1035.
נישואיו של פיליפ לאינגבורג השתלבו היטב עם שאיפותיו לכיבוש אנגליה, בייחוד משום חוזקו של הצי הדני, דבר שחסר מאוד בצבאו של פיליפ והיה הכרחי במקרה שפיליפ היה מממש את כוונותיו לפלוש לאי השכן. אין מידע ברור מדוע פיליפ נהג בניגוד לעצת מקורביו כאשר החליט לפעול להתרת נישואיו לאינגבורג, כמעט מיד בתום ליל הכלולות. כל ניסיונותיהם של מקורביו של פיליפ לשכנעו לחזור בו מהחלטתו לגבי יחסיו עם אינגבורג עלו בתוהו.
כשלושה חודשים אחרי הנישואין, ביקש פיליפ להכריז עליהם כבטלים בטיעון שאינגבורג היא קרובה בקשרי דם של אשתו המנוחה איזבל, ולכן יש בינו לבין אינגבורג זיקת קרבה משפחתית בדרגה האסורה על פי האמונה הנוצרית שלא מאפשרת קיום נישואין.
הוועידה הכנסייתית שפיליפ כינס בראשות דודו, הארכיבישוף של ריימס, קיבלה את טיעוניו של פיליפ והתירה את הנישואין. הדנים פנו לאפיפיור סלסטינוס השלישי, ששלח ב-1195 לגאט אפיפיורי מטעמו לבחון את פרטי המקרה. הבירור והחלטת האפיפיור לקחו זמן רב ובינתיים, ב-7 במאי 1196, נשא פיליפ את אגנס ממרניה (אנ') לאשתו השלישית. נישואין אלה לא זכו להכרה של הכנסייה ברומא, והן סלסטינוס והן אינוקנטיוס גינו את פיליפ על כך שנישא בשלישית בטרם הוסדרו באופן סופי עניין נישואיו לאינגבורג.
ב-1198, האפיפיור אינוקנטיוס השלישי פסק לטובת אינגבורג וביטל את ביטול הנישואין.
התרת נישואיו השניים של פיליפ אוגוסט היו הבסיס למערכת היחסים הרעועה בינו לבין אינוקנטיוס השלישי. פיליפ טען שקופח במקרה הזה לעומת מלכים אחרים שנהגו כמוהו בעבר, ולא זכו ליחס כה עוין מצד האפיפיור. לגאט הכס האפוסטולי, פטרוס מקפואה, שנשלח מטעם אינוקנטיוס במטרה לנסות להגיע לפשרה עם פיליפ ונכשל, החליט להטיל אינטרדיקט על השטחים שהיו תחת שליטתו הישירה של המלך הצרפתי. לאינוקנטיוס לא היה אינטרס לדרדר את יחסיו עם פיליפ, משום שהיה עסוק בניסיונו לקדם את מועמדותו של אוטו מבראונשוויג.
בספטמבר 1200, כשיזם פיליפ משא ומתן עם האפיפיור, ביטל האפיפיור את האינטרדיקט, למרות שבפועל מעמדה של אינגבורג בארמון לא השתנה. פתרון לבעיית מעמדה של אינגבורג התאפשר רק בשנת 1201 עם מותה של אגנס, עד אז סירב פיליפ בתוקף לוותר לאפיפיור בסוגיה זו. בהסכם הפשרה בין פיליפ לאפיפיור הוסכם כי פיליפ ישיב את אינגבורג למעמדה המקורי, ובתמורה לכך יכיר האפיפיור בתאומים פיליפ מבולון (אנ') ומרי, דוכסית בראבנט (אנ') שנולדו כתוצאה מהיחסים עם אגנס, ונחשבו עד אז לממזרים. הסיבה המעשית להסכמת האפיפיור להכרה בתאומים, היה החשש שיקרה משהו ליורש היחיד, וצרפת תישאר ללא המשכיות בשלטון. במהלך התקופה השתפר היחס לאינגבורג בתוך החצר, אך השתנה משמעותית רק בשנת 1213, כשהחליט פיליפ לפלוש לאנגליה במטרה לאכוף את הדחתו של המלך ג'ון בידי האפיפיור. הפלישה לאנגליה לא בוצעה בסופו של דבר בשל כניעתו המוחלטת לאפיפיור, שביטל את ההדחה שהוטלה עליו.
ב-1204 ניסה האפיפיור אינוקנטיוס השלישי להתערב בסכסוך הפיאודלי, ונימק את זכותו לעשות כן בטענה, כי פיליפ עבר על מצוות התוכחה, שהוא חטא בין אדם לחברו. להלכה, ניסה אינוקנטיוס להשיג שביתת נשק בין הנצים במטרה הפורמלית להשגת "שלום האל" (Pax Dei), אך בפועל היו לו שאיפות להתערב בעניינים פוליטיים, ובמגמות אלה פיליפ נילחם בתקיפות.
יחסיו של פיליפ אוגוסט עם האפיפיור אינוקנטיוס השלישי היו מורכבים מאוד; ספק אם יחסיו של המלך הצרפתי היו כה בעייתיים תחת כהונתו של אפיפיור אחר. אינוקנטיוס השלישי נחשב לאפיפיור פוליטי מאוד, שלא הסתפק בתפקידו הדתי כ"ממלא מקומו של ישו עלי אדמות", אלא שאף גם לשלטון עולמי. בימיו הגיעה הכנסייה לשיא כוחה והשפעתה, גם בעניינים שנחשבו עד אז לעניינים ארציים מובהקים. פיליפ אוגוסט נתן לכנסייה את הכבוד הראוי לה, אך לא מעבר לכך. הוא סירב בכל תוקף, כאמור, להתיר לאפיפיור להתערב בענייניה הפנימיים של צרפת, ופעמים רבות מחה על כך בתקיפות. עם זאת, לפיליפ היה יתרון גדול מעל למלכים אחרים, בזכות מורשת אבותיו אשר פיתחו מערכת יחסים טובה מאוד עם הכנסייה ברומא.
הטיפול התקיף של פיליפ בנושא המינות היה פועל יוצא של המדיניות הזאת, הוא נלחם במינות בנחלות שהיו בשליטתו הישירה בצורה התקיפה ביותר מבין המלכים בתקופתו. בצפון צרפת, שם השלטון המלכותי היה חזק יחסית, הצליח פיליפ להשתלט על כתות המינות ללא קושי מיוחד, אך בתקופתו החלה להתגבר בדרום המדינה "המינות הקתרית". הקתריזם התפשט לכל רחבי אירופה המערבית, אך הכה את השורש העמוק ביותר באזור הדרומי של צרפת, שם זוהה יותר כ"המינות האלביגנזית". מינות זו התפתחה דווקא שם בשל יחס סלחני של האצולה המקומית באזור. עד לתקופתו של פיליפ לא הייתה כמעט דריסת רגל מלוכנית באזור זה, שהיה עצמאי מאוד, ובכך נתן קרקע פורייה להתפתחות רעיונות מלוכניים אלטרנטיביים לכנסייה. נזיר קתולי סיפר כי "כה רב היה כוחה (של המינות האלביגנזית) עד שכל זרעי האמונה של עם זה נראו עשבים שוטים של מינות". הרוזן ריימונד מטולוז, שהיה השליט המרכזי ביותר של האזור חשש להתמודד עם המינות בשל ממדיה הגדולים, ולכן נחשד על ידי הכנסייה כבעל גישה אוהדת לאלביגנזים. כאשר אינוקנטיוס הגיע למסקנה כי עליו לפעול לדיכוי בכוח של המינות, פנה לעזרתו של פיליפ אוגוסט ואף הבטיח לו בתמורה הבטחות טריטוריאליות. ברם, פיליפ שהיה זהיר מאוד במהלכיו לא התפתה לקבל את ההצעה, שכן לא הכיר כלל בסמכותו של האפיפיור להבטיח הבטחות מסוג זה.
בינואר 1208 נרצח שליח הלגאט האפיפיורי, פטרוס מקאסטלנו, דבר שגרם לאינוקנטיוס להכריז על מסע צלב נגד האלביגנזים. פיליפ, למרות פנייה נוספת של האפיפיור, עמד בסירובו להשתלב באופן אקטיבי במיגור המינות, ובמקומו נטל את המשימה סימון הרביעי דה מונפור. הסיבה שהניעה את פיליפ, בסופו של דבר, לשלוח את בנו לואי למערכה, הייתה סיבה פוליטית ולא דתית. מעורבותו של מלך אראגון, פרו השני, שנלחם לצד האלביגנזים לא יכלה להשאיר את פיליפ אדיש. עם זאת, חלקו של פיליפ בדיכוי מינות זו היה שולי.
במסגרת סקירת יחסיו של פיליפ עם הכנסייה, נראה שפיליפ היה תומך נלהב של פיתוח האוניברסיטה של פריס, שם היוו לימודי התאולוגיה את המקצוע העיקרי. במהלך כהונתו הייתה פריחה גדולה של מוסד זה. כמו כן, הלך פיליפ לקראת הכנסייה בכך שאיפשר חופש רב יותר בבחירות כנסייתיות מאשר קודמיו, ובהשוואה למלכים אחרים בתקופתו, כך שבאופן כללי היו לאינוקנטיוס סיבות מעטות לבוא בטענות כלפי פיליפ. ניתן לומר, כי המקורות מלמדים שאינקונטיוס רכש הערכה כלפי פיליפ, ועל אף שהיה שייך לשושלת הקאפטינגית, אינוקנטיוס ראה והתייחס אליו כ"צאצא ישיר של השושלת הקרולינגית". בפורמולת הפתיחה של הדקרטל novit ille שפנה לפיליפ בשנת 1204 הוא מכנה אותו "בננו המהולל ביותר בכריסטוס פיליפ מלך הפרנקים המצוין...". הפרנקים היו הראשונים מבין השבטים הגרמאניים שקיבלו על עצמם את הדת הקתולית. התואר "מלך הפרנקים" הוא תואר שנושא עמו הרבה הילה ומסורת הן מבחינה טמפוראלית והן מבחינה דתית בכל מה שקשור לדת הקתולית.