המלחמה המלוכלכת
עליית המשטר הצבאי לשלטון

ב-1975 מינתה הנשיאה איזבל פרון, בלחץ הממסד הצבאי, את חורחה רפאל וידלה למפקד העליון של צבא ארגנטינה. וידלה הכריז ב-1975, בנאום תמיכה בחוליות המוות, כי "אנשים צריכים למות בארגנטינה ככל שיידרש, כדי שהמדינה תהיה בטוחה שוב". ב-24 במרץ 1976 הודחה פרון בהפיכה צבאית, שאחד ממוביליה היה וידלה. וידלה גם היה אחד משלישיית ראשי הכת הצבאית (החונטה) ששלטה במדינה לאחר ההפיכה; עמו היו האדמירל אמיליו אדוארדו מסרה והגנרל אורלנדו אגוסטי.
עם עלייתה לשלטון, פרסמה החונטה מספר קומוניקטים, הודעות, שבהן אפיינו ראשי הכת הצבאית את מדיניותם. החונטה קבעה כי החוקים, שהתפרסמו בקומוניקטים, הם החוקים העליונים שכל שאר החוקים כפופים להם. קומוניקט מס' 1 הודיע:
האוכלוסייה מתבשרת כי, נכון לתאריך זה, המדינה נמצאת בשליטה מבצעית של החונטה דה קומנדנטס חנרלס... מומלץ כי כל התושבים ימלאו בקפדנות את ההוראות וההנחיות הנובעות מרשויות הצבא, הביטחון או המשטרה, וכן [יגלו] זהירות יתרה וימנעו מפעולות ואידאולוגיות של יחידים או קבוצות, העלולות לדרוש התערבות דרסטית....
קומוניקט מס' 19 קבע כי
...כל אדם אשר בכל דרך שהיא מפיץ, חושף או מפיץ תקשורת או תמונות שמקורן או מיוחס להתאגדויות אסורות או לאנשים או קבוצות המוקדשות לפעילות חתרנית או לטרור. מי שיפיץ, חושף או מפיץ בכל דרך שהיא חדשות, תקשורת או תמונות, במטרה להפריע, לפגוע או להכפיש את פעילותם של הכוחות המזויינים, הביטחון או המשטרה, ייענש במאסר של עד עשר שנים.
קומוניקטים נוספים שפורסמו באותו יום, הראשון לשליטתה של החונטה, כללו עונשים על מעשים שונים כמו הסתה (מאסר עד עשר שנים), חבלה בתשתית הציבורית (מאסר או עונש מוות), ועוד. לאנשי כוחות הביטחון ניתנה סמכות להשתמש בנשק כנגד מי שיפרו את הצווים. הממשל הצבאי הקים בתי דין צבאיים מיוחדים שהוסמכו לדון בעבירות על הצווים שפורסמו. הצווים חיזקו את מצב המצור שהוכרז כבר על ידי איזבל פרון, והשעו את הזכות החוקתית לעזוב את הארץ. החונטה הצבאית הוציאה חוקים וצווים לפי שיקול דעתה, שכללו הוראה על מעצרים או פיטורים נרחבים, ללא מתן סיבה או הנמקה לכך. עוד נקבע שהצווים חלים על כל אדם מגיל 16 ומעלה.
הדיקטטורה יצרה מבנה ארגוני חשאי לדיכוי המתנגדים לשלטון. מבנה זה כלל "קבוצות משימה", חטיפות והיעלמויות כפויות, מרכזים חשאיים שבהם התבצעו מעצר ועינויים, מנגנונים בלתי חוקיים להרג אנשים ולהעלמת גופותיהם, מתקנים רפואיים סודיים שנועדו לבצע לידות של נשים שנחטפו ולהעלים את זהותם של הילדים שנולדו בשבי, יצירת דיסאינפורמציה באמצעות  כלי התקשורת, תיאום עם ניהול משאבי האנוש של חברות גדולות להוקעת יריבים, ועוד. בפקודות חשאיות שהוציא ראש המטה הכללי של הצבא, הגנרל רוברטו ויולה, ב-17 בדצמבר 1976, הדגש הוא לא על השמדת "מעשיהם" של החתרנים, אלא על השמדת יחידים:
הפעל כוח לחימה באלימות מרבית כדי לחסל חתרנים פליליים באשר הם. פעולה צבאית היא תמיד אלימה ועקובה מדם. יש להשמיד את הפושע החתרני שמפעיל נשק ואין לקבל את כניעתו. ההתקפה תבוצע באמצעות איתור והשמדת הפעילים החתרניים. על ההוראות להבהיר האם כולם או חלקם עצורים, האם במקרה של התנגדות פסיבית הם מושמדים או עצורים, האם רכוש הושמד או נעשה ניסיון לשמר אותו.
בתגובה לתלונות על הפרות זכויות אדם בוועדה הבין-אמריקאית לזכויות אדם של ארגון מדינות אמריקה, ניסתה הדיקטטורה האזרחית-צבאית להצדיק את פעולותיה החשאיות בטענה שיש צורך לקשר את "נושא זכויות האדם עם הצורך בדיכוי הטרור", וכן בצורך ל"...חתרנות כאמצעי לשמירה על הביטחון הלאומי". בריגדיר גנרל איבריקו סן ז'אן (ספ'), המושל הצבאי של מחוז בואנוס איירס, הצהיר בראיון לעיתון הבריטי הגארדיאן ב-6 במאי 1977: ”ראשית נחסל את החתרנים; אחר כך את שותפיהם; אחר כך את תומכיהם; ולבסוף את האדישים והפושרים.”
במברק פנימי של שגרירות ארצות הברית בארגנטינה ב-14 במאי 1980, נאמר:
בדיון על המשך ההקפדה על טקטיקות חוץ-משפטיות נגד מונטונרוס... (נשאל) מדוע הצבא לא חש שניתן להביא את האנשים האלה בפני בתי משפט רשמיים, כולל בתי משפט צבאיים. המודיע שלנו נתן שתי סיבות. ראשית, כוחות הביטחון אינם סומכים ואינם יודעים כיצד להשתמש בפתרונות משפטיים. השיטות של היום קלות ומוכרות יותר. שנית, אין איש צבא חשוב ש'יש לו את האומץ' לקחת על עצמו אחריות פורמלית להרשעתו והוצאה להורג של מונטונרו. לפי הכללים הנוכחיים "אף אחד" אינו אחראי ברישומים להוצאות להורג.