דקדוקי סופרים
דרך העבודה

כך כתב הרב רבינוביץ בהקדמת ספרו:
זה כארבע שנים אשר באתי פה מינכען ומצאתי בעקד הספרים אשר למלך יר"ה [=ירום הודו] ש"ס כתב יד נכתב כולו בכרך אחד. וכאשר עיינתי בתוכו מצאתיו מלא ברכת ה' בגרסאות ונוסחאות שונות השונות מנוסח הנדפס לפנינו והמה מסכימות לגירסת הראשונים ז"ל ולסדר משנתם ובהרבה מקומות בגמרא שהוקשה לי בהמה מצאתי בו גרסה נכונה וישרה. אמרתי עת לעשות לה' ובמקום שאין איש אשתדל להיות איש, וקיבלתי עלי לכבוד שמים ולכבוד התורה את הטורח העצום והמלאכה הכבדה להעתיק את כל השנויים והחילופים אשר אמצא בו ולא אזוז מפה עד אשר אבא למרום קיצו של התלמוד כולו. [...] ובעזר ה' קרבתי אל המלאכה הנכבדה בשלישי לחודש אלול תרכ"ג [=18 באוגוסט 1863] ואעבד בה עד ראש חודש אלול תרכ"ה [=1865] כשתי שנים רצופים בלי ביטול ורפיון כל היום וחלק גדול מהלילה ביגיעה רבה ועצומה. ובחסד ה' עברתי במשך הזה על כל הש"ס מברכות עד אחר עוקצין והמסכתות הקטנות ועוד על שלושה קובצי כתב יד מן התלמוד [...] והבטתי בעינא פקיחא [=בעין פקוחה] על כל שינוי אות ועל כל קוץ וקוץ, את הכול העתקתי, ואפילו במקומות אשר נוסחת הכתב יד מוטעית(!) כי אמרתי אולי ריק הוא רק ממני, שלא למדתי חכמה ודעת קדושים, ואולי יבוא מי שדעתו יפה מדעתי וימצא בהם דברי חפץ; מלבד מטעותים הנעשים לפעמים במרוץ הכתיבה - מילת 'אמר' בצדי או יצחק בלמד וכדומה, או במקום שנחסר בטעות תיבה או יותר ובלעדם אין שום קשור להעניין. [...] ואחרי אשר הייתי קרוב לגמור עבודתי יעצוני מתי סודי וריעי כי לא אתננו בדפוס עד שאעשה עליהם הגהות והערות לברר את הנוסחאות כפי הבנתי ויכולתי איזה מהן היא עיקר הגרסה [...] וקיבלתי עלי גם את העבודה הגדולה הזאת לעיין אחרי השינויים והחילופים שבכתבי הידות אשר לפני וברר דבריהם מתוך דברי הראשונים ושיקול הדעת הישר כפי יד ה' אשר תהיה טובה עלי. ואף כי ידעתי את ערכי כי העבודה גדולה מבינתי ומך אני מהכריע בין גרסה לגרסה בעניינים העמוקים והחמורים, נשענתי על חסדי ה' כי יחנני דעה בינה והשכל, כי מלאכת שמים אני עושה וכבוד התורה אני דורש.
דרך עבודתו של רבינוביץ תוארה על ידי רבי חנוך ארנטרוי:
כל כתבי היד והוצאות בדפוס שעמדו לרשותו היו מסודרים זה על יד זה על שלחן גדול ופתוחים ומכוונים לאותו דף. בהתהלכו סביב לשלחן עיין בכולם זה אחר זה שורה אחר שורה והשווה את הגרסאות ורשם את השנוים.
על דרך עבודתו של רבינוביץ כתב גם א"מ הברמן:
"ספריו ורשימותיו מעידים על ידיעה מרובה, בקיאות עצומה ודייקנות למופת. הוא היה רגיל לעשות את מלאכתו במו ידיו ולא ברצון השתמש במעתיקים ועוזרים, שכן ידע, כי לא כל אחד יודע לדייק ואין לסמוך הרבה על אחרים. הוא היה רגיל לספר מעשה שקרה לו: סיגריה בוערת נפלה על אחת ההעתקות שלו ושרפה בה כמה שורות. ביקש משלושה מעתיקים שיעתיקו לו את השורות החסרות מתוך כתב היד המקורי. וכשקיבל את ההעתקות והשווה אותן היו שונות זו מזו בכמה פרטים. ואם בכמה שורות כך - בהעתקה שלימה על אחת כמה וכמה.
במהלך העבודה נהג רבינוביץ לשלוח לרב נתנזון ולרבי יעקב אטלינגר, וככל הנראה גם לרבנים אחרים, דוגמאות משינויי הנוסח שמצא, ולבקש את חוות דעתם. כמו כן הדפיס חלק מהשינויים בכתבי עת שונים, כגון: "המגיד", "הכרמל" ועוד, וכן בקונטרס נפרד בשם "עלים למבחן". לאחר הופעת הכרך הראשון, נהג להשיב במכתבים לחכמים ולרבנים, שפנו אליו בשאלות לגבי הנוסחים הנכונים למסכתות שטרם ראו אור. את תשובותיו פרסם לעיתים בכתבי עת.
בתחילת עבודתו, על הכרך הראשון, השווה את כי"מ לכתב יד פריז ודפוסים ראשונים של משניות, גמרא, עין יעקב ודפוסים קדומים אחרים. בהמשך העבודה על הכרכים הבאים, השווה גם לכתבי יד נוספים של התלמוד, ככל שעלה בידו להשיג בזמן שבו עבד על אותו הכרך, כגון כתב יד בודליאנה (אוקספורד), כתב יד המוזאון הבריטי (לונדון), כתב יד פארמה ועוד.