קרייסיס 2
עלילה > במהלך המשחק

בתחילת המשחק, נשלח "אלקטרז" יחד עם צוות נבחר של נחתים אמריקנים לניו-יורק ההרוסה במטרה לחלץ משם מדען בשם ניית'ן גואולד, שעבר בעברו בתאגיד "קריינט". בשלב זה החייזרים מופיעים ומשמידים את הצוללת בה שהו הלוחמים. אלקטרז נפצע אנושות, אך מחולץ משם על ידי מי שיתברר כחייל הנאנו, לורנס "פרופט" בארנס (Prophet), שגורלו היה בלתי ידוע לאחר סיום המשחק הראשון. פרופט מלביש את אלקטרז בחליפת הנאנו שלו במטרה להציל את חייו, אומר לו "להמשיך את מה שהוא התחיל" ומתאבד בירייה. התברר כי זמן מה לפני כן פרופט נדבק בנגיף הקטלני, ובעודו נרדף על ידי לוחמי CELL שנחושים בדעתם להחזיר לעצמם את החליפה שלו, אולץ לסיים את חייו כדי להעביר את החליפה למישהו שיוכל להמשיך את משימתו: להציל את האנושות מהאיום החוצני.
לאחר שאלקטרז מצטייד בחליפה, נוצר איתו קשר על ידי ד"ר גואולד המורה לו לפגוש אותו במעבדה הישנה שלו, ולאחר שהוא מנווט את דרכו בסבך העירוני המלא בלוחמי CELL הרודפים אותו בחושבו כי הוא פרופט, הוא מוצא את ד"ר גואולד, ושם שניהם נופלים למארב שתוכנן על ידי מפקדים בכירים ב-CELL, המפקד דומיניק לוקהארט וסגניתו טארה סטריקלנד (בתו של קצין הנחתים מייג'ור סטריקלנד מהמשחק הקודם). בזמן שלוחמי CELL מובילים אותם למעצר, מופיעה חללית חייזרית ענקית ומשחררת נשק ביולוגי המחסל את כל לוחמי ה-CELL שהיו באזור ומשבית את חליפתו של אלקטרז, אך החליפה מופעלת מחדש מרחוק על ידי מדען ואיש עסקים בשם ג'ייקוב הארגריב, מדען העובד עבור "קריינט" וראש תאגיד "הארגריב-ראש" שמתברר כי יש לו ידע נרחב על גזע ה-Ceph, ועיצב את חליפות הנאנו הראשונות בהתבסס על טכנולוגיה שהייתה ברשותם של החייזרים. הארגריב מגלה לאלקטרז כי הווירוס תוכנן על ידי החייזרים כדי למחות את החיים מעל פני כדור הארץ, ומנסה לסייע לו להשיג כוחות חוצניים נוספים אל תוך החליפה שלו. בשלב מסוים, אלקטרז נפגש מחדש עם ד"ר גואולד, ומתבקש להגן על פינוי הכוחות מטיימס סקוור. בזמן מבצע הפינוי, החייזרים תוקפים אך אלקטרז מצליח להפנות את הנשק הביולוגי כנגדם, דבר המחסל את כלל הכוחות החייזריים באזור.
אלקטרז מתבקש לאחר מכן לחדור לבניין בשם The Prism שבו נמצא הארגריב. בזמן החדירה לבניין הוא נתקל במארב של לוחמי CELL בראשות לוקהארט, והפעם מצליח להתגבר עליהם ולהרוג את לוקהארט תוך כדי. אולם הוא נלכד בידי הארגריב בעצמו שמגלה לאלקטרז כי הוא מעוניין בלהפשיט את חליפת הנאנו ממנו כדי שהוא יוכל לעצור את החייזרים בעצמו, אבל תהליך ההסרה נכשל כיוון שהחליפה, שהכילה בנוסף לכך גם את תודעתו של פרופט שהועברה אליה לפני התאבדותו, התחילה להטמיע את עצמה בגופו של אלקטרז. מיד לאחר מכן הוא מחולץ על ידי טארה סטריקלנד, שמגלה לכולם כי היא למעשה סוכנת CIA שתולה בתוך תאגיד CELL. מתגלה כי הארגריב היה בכל הזמן הזה במצב וגטטיבי לאחר שנפצע במהלך תקרית טונגוסקה (שעל פי אירועי המשחק נגרמה בגלל החייזרים), וכי תודעתו הועברה למחשב, ואותה התודעה הממוחשבת היא זו שיצרה איתו קשר בכל הזמן הזה, והייתה מעוניין בחליפת הנאנו של אלקטרז במטרה לשקם את כוחו. לאחר מכן הוא מפוצץ את הבניין, אך אלקטרז מצליח להחלץ ממנו.
אלקטרז מגלה כי משרד ההגנה האמריקני אישר תוכנית לשימוש בנשק גרעיני טקטי על אדמת ניו-יורק במטרה להפטר מהחייזרים. אלקטרז, שכבר יודע שזה לא יועיל כלל כנגדם, מחליט לצאת למשימה שבמהלכה הוא מצליח לחדור למתקן החייזרי הראשי ממנו החייזרים משחררים את הנשק הביולוגי לכל שטח העיר, ומפנה אותו כנגדם, ובכך גורם להשמדת כלל הכוחות החייזריים שהיו בניו-יורק. במהלך התהליך אלקטרז מקריב את חייו, אך התודעה של פרופט שנמצאת בחליפה מצליחה להחזיר אותו לחיים, שם מתגלה כי החייזרים פרושים לא רק באיי לינגשאן הטרופיים ובניו יורק, אלא בכלל כדור הארץ בנקודות עניין רבות לאורך מיליוני שנים, וכי על אף שהמשימה בניו-יורק הושלמה, עוד נשארה להם עבודה רבה לעשות.
כאשר אלקטרז מתעורר בסנטרל פארק לאחר הניצחון על החייזרים, יוצר איתו קשר מדען בשם קארל ארנסט ראש, השותף של הארגריב בהקמת התאגיד "הארגריב-ראש". כשראש שואל את אלקטרז לשמו, הוא עונה לו "הם קוראים לי.. פרופט".