יביע אומר
הכרכים

הכרך הראשון יצא לאור בשנת ה'תשי"ד. בהקדמה לכרך זה פרש הרב יוסף את שיטת הלימוד שלו: העמקה בתלמוד; חובה לעיין בפוסקים, הן הראשונים והן האחרונים; אי אפשר לחלוק על הראשונים אלא רק אם מתגלה טעות חד משמעית; סיני עדיף; יש לפסוק על סמך הבקיאות ולא הפלפול (אגב כך הוא מבקר את דרך הפלפול הנהוג בישיבות); תכלית לימוד התורה הוא לאסוקי שמעתא אליבא דהלכתא; צריך ללמוד את האחרונים ואחרונים האחרונים, ויוצא נגד אלה המקדשים את כל ספרי האחרונים. לימים בנו, הרב יצחק יוסף, תמצת הקדמה זו ופרסמה בספרו "אגרת לבן תורה".
כבר בכרך הראשון הראה את גישתו המקלה, בפסיקתו כי מחללי שבת אינם בחזקת מומרים לכל התורה, דהיינו אינם בחזקת גוי, ולכן אם נגעו ביין אינם פוסלים אותו (יביע אומר, א יו"ד יא).
הכרך הראשון, שנכתב רובו בזמן שהותו במצרים, זכה להערכה עצומה בקרב חכמי התורה.
הכרך השני יצא לאור בתשט"ז, ורובו נכתב בזמן שהותו במצרים.
בכרך השלישי, שיצא לאור בתש"ך, מופיעה הפסיקה התומכת בהיתר מכירה בשנת השמיטה (יביע אומר, ג, יו"ד יט).
הכרך הרביעי יצא לאור בתשכ"ד, בחלק זה ישנם כמה נושאים חדשים, כמו בהלכות שבת - היתר לצחצח שיניים עם משחה ומברשת והיתר להשתמש בדוד שמש בשבת (חאו"ח לד).
הכרך החמישי יצא לאור בתשכ"ט, שם בין השאר, מביע התנגדות נחרצת לחבישת פאה נוכרית, ושולל מכל וכל דעת המתירים (יביע אומר, ה, אה"ע ה). לאחר יציאתו לאור של כרך זה, קיבל ב-1970 את פרס ישראל לספרות תורנית.
הכרך השישי יצא לאור בתשל"ו. בחלק זה נכללו פסיקות רבות מתקופת כהונתו כרב ראשי של תל אביב-יפו, וכן פסקים מתקופת עבודתו הראשונה כרב ראשי לישראל. אחד מהפסקים המפורסמים בכרך זה עוסק בהתרת העגונות של חללי מלחמת יום הכיפורים. פסיקה מפורסמת נוספת עוסקת באמירת הלל ביום העצמאות. הרב יוסף פסק "שאם הקהל רוצים לומר הלל בלא ברכה אחר תפילת י"ח אין למחות בידם" (יביע אומר, ו או"ח מא). עמדה זו ניצבת, בקווים כלליים, בין עמדת הציונים הדתיים האומרים הלל בברכה, הנשענת בעיקר על קביעתו של הרב שלמה גורן, שהיה עמיתו לכהונת הרב הראשי לישראל באותם ימים,  ובין עמדת החרדים שאינם אומרים הלל גם ללא ברכה. כמו כן, התיר הרב יוסף, במקרים מסוימים, שחיטה של עוף שיש בו חשש טרפה (יביע אומר, ו, יו"ד ג).
הכרך השביעי יצא לאור בתשנ"ג, ובו יותר מ-130 תשובות בכל שטחי ההלכה. יחסית לכרכים האחרים, בכרך זה ישנן הרבה תשובות מ"אבן העזר". בכרך זה ישנן תשובות לשאלות שנשלחו מכל העולם, "וניכר מהן שרבני העולם מכירים ברב עובדיה כרב גדול המסוגל להתמודד עם השאלות הסבוכות ביותר. בכך עלה הרב עובדיה למדרגה של משיב, שהופך להיות 'רבן של כל בני הגולה'".
הכרך השמיני יצא לאור בתשנ"ה, ונראה כהמשך ישיר לכרך הקודם. בכרך זה פרסם השגות על 'ספר חיים' של הרב חיים פלאג'י ועוד ספרי אחרונים. וכן פסיקות ששמר "במגירה", כגון: היתר הנשואים עם הקראים, וכן הקביעה כי ביתא ישראל הם יהודים לכל דבר.
הכרך התשיעי יצא לאור בשנת תשס"ב. הסימן הארוך ביותר בכרך משקף את מאבקו הפנים-ספרדי, ומוקדש לחברו הטוב הרב בן-ציון אבא שאול.
הכרך העשירי יצא לאור בשנת תשס"ד. אחד מהסימנים החשובים בספר דן בנושא מבצע אנטבה לאור ההלכה, (שנכתב לאחר חטיפת המטוס) ובכל נושא פדיון שבויים.
הכרך האחד-עשר יצא לאור בשנת תשע"ח. כרך זה נערך לדפוס על ידו, החל מחודש אב תשע"ב ועד לפטירתו אך לא השלים את עריכתו. תלמידיו ומשפחתו פעלו להוציא לאור חלק זה בתוספת תשובות נוספות שנותרו בכתב יד. בספר ישנם קרוב ל-260 תשובות, חלקם נכתבו בעודו נער ורבים מהם בקהיר.
בשנת תשס"ט יצא כרך מפתחות לסדרה. בחודש טבת תשע"ה הופיעו עשרת כרכי שו"ת יביע אומר במהדורה חדשה בהוצאות מכון מאור ישראל. המהדורה כוללת אלפי גליונות וכתבי יד אשר נוספו על ידי הרב עובדיה במשך השנים, ומאות תיקונים.
ב-1971, ריכז בנו של הרב יוסף, הרב יצחק יוסף, את פסקי אביו מחמשת חלקי יביע אומר שיצאו עד אותה שנה. החוברת, שנקראה "ילקוט יוסף", נערכה בעידודו של הרב עובדיה ובפיקוחו. ב-1985 פורסם "ילקוט יוסף" לראשונה כספר, והוא עסק בהלכות קריאת שמע ותפילה. מאז יצאו כרכים נוספים של ילקוט יוסף מתוך מטרה של הרב יוסף לייצר טקסט הלכתי קצר ונוח, כך שכל יהודי, ואפילו אינו למדן, יוכל לעיין בו ולדעת כיצד לקיים מצוות יומיומיות. ילקוט יוסף נחשב כספר יסוד בקרב חלקים גדולים של היהדות הספרדית.
על כתיבתו של הרב יוסף כתב אריאל פיקאר, שיש בה "שפה גבוהה ומדויקת וסגנון ספרותי יוצא מן הכלל ביופיו ובווירטואוזיות הלשונית שלו. הרב יוסף הוא אמן של משחקי מילים ופרפזות מתוחכמות. מקצתם מופיעים כבר אצל מחברים אחרים, אך רובם חידושי לשון שלו".