דפורטיבו אינדפנדיינטה מדיין
היסטוריה > הפריחה במילניום החדש

שנות ה-2000 מתחילתן ועד היום הן הטובות ביותר שחווה המועדון. לאחר שהתאוששה מהתמוטטות כלכלית בסוף שנות ה-90, החלה הקבוצה לבנות את עצמה מחדש. ב-2002 מאמן הנבחרת הצעירה, ריינלדו רואדה, מונה למאמן הקבוצה, אך הדברים לא הלכו כצפוי ולאחר 10 מחזורים מצאה עצמה מדיין במקום ה-13. מי שהחליפו היה ויקטור לונה ומאותו רגע שיפרה הקבוצה את מעמדה עד שסיימה את העונה הסדירה במקום השלישי והעפילה לפלייאוף, שם שובצה עם דפורטיבו קאלי, דפורטס טולימה ואתלטיקו בוקרמנגה. אף על פי שפתחה לא טוב את הפלייאוף עם הפסד ותיקו, הצליחה מדיין לנצח שלושה מארבעת משחקיה האחרונים ועלתה לגמר הטורניר מול דפורטיבו פאסטו. ניצחון כפול בתוצאה 0–2 (0-4 בסיכום) נתן לאינדפנדיינטה מדיין את תואר האליפות הראשון לאחר 45 שנים, כשממוצע הגיל בקבוצה היה בסך הכל 23. גיבורי האליפות היו בין היתר השוער דויד גונסאלס, לואיס אמרנטו פראה, אנדרס אורוסקו, טרסור מורנו, דויד מונטויה, מאוריסיו מולינה, חבייר רסטרפו ורוברטו קרלוס קורטס.
הקבוצה ביססה את מעמדה לא רק בצמרת הליגה הקולומביאנית אלא גם בגביע הליברטדורס, כאשר ב-2003 רשמה את הישגה הטוב ביותר. היא שמרה על הבסיס שלה והוגרלה לבית 7 הקשה יחד עם בוקה ג'וניורס, ברצלונה ספורטינג קלוב וקולו-קולו. הקבוצה פתחה את הטורניר בצורה גרועה, כאשר הפסידה שניים משלושת משחקיה הראשונים והייתה על סף הדחה. למרות זאת, סיבוב שני מושלם שכלל שלושה ניצחונות בשלושה משחקים, נתנו לה את המקום הראשון ואת הכרטיס לשמינית הגמר.
בשמינית הגמר פגשה את סרו פורטניו מפרגוואי. ניצחון חוץ מינימלי של כל אחת מהקבוצות, שלחה את הסדרה לבעיטות הכרעה, אותן ניצחה מדיין. היריבה ברבע הגמר הייתה גרמיו, אך גם את המשוכה הזו עברו הקולומביאנים, לאחר תיקו 2-2 בברזיל וניצחון ביתי 1–2 באצטדיון אטנאסיו חירארדוט. בחצי הגמר פגשה מדיין יריבה ברזילאית נוספת, סנטוס, אך לה כבר לא יכלה והפסידה פעמיים בתוצאות 0–1 ו-2-3.
אבל בכל הקשור לליגה המקומית, הקבוצה המשיכה להתבסס בצמרת גם ב-2004, בה השיגה בטורניר האפרטורה את האליפות הרביעית שלה. היא החלה טוב את הטורניר תחת הדרכתו של המאמן חיימה רודריגס, אבל נקלעה למשבר באמצע. ההנהלה, שלא רצתה לראות הדחה מוקדמות, לא חשבה פעמיים והחליפה את רודריגס בפדרו סרמיינטו. לאחר הפסד בקלאסיקו מול אתלטיקו נסיונל, רשמה מדיין שישה ניצחונות רצופים וסיימה בסופו של דבר במקום השישי, שהוביל לפלייאוף. שער של ססאר ואלוייס בדקה האחרונה במשחק הפלייאוף האחרון, קבע 3-3 מול דפורטיבו קאלי ונתן את הכרטיס לגמר מול נסיונל. במשחק הראשון ניצחה אינדפנדיינטה מדיין 1–2 משערים של חורחה סרנה ורפאל קסטייו. המשחק השני הסתיים בתיקו ללא שערים, שנתן כאמור את האליפות הרביעית בהיסטוריה של הקבוצה.
האליפות החמישית של אינדפנדיינטה מדיין הגיעה בטורניר השני של שנת 2009. לקבוצה היה סגל מצוין שכלל בין היתר את השוער הפרגוואי, אלדו בובאדייה, חואן דויד ולנסיה, חבייר רסטרפו, לואיס פרננדו מוסקרה, ג'קסון מרטינס, לואיס קרלוס אריאס, ססאר ואלוייס ופליפה פרדו כאשר את לתפקיד המאמן מונה לאונל אלברס לראשונה בקריירה שלו, אחרי שהחליף את סנטיאגו אסקובר. על הטורניר הזה היה כתוב מדיין מהתחילה ועד הסוף. היא סיימה במקום הראשון את הטורניר הסדיר עם 12 ניצחונות ב-18 משחקים והעפילה למשחק הגמר מול אתלטיקו וילה. במשחק הראשון בחוץ הצליחה מדיין לנצח 0–1 משער של מרטינס ובגומלין במדיין נפרדו הקבוצות בתיקו 2-2 משערים של מוסקרה וג'קסון. המאמן אלברס מוביל את קבוצת נעוריו לתארה החמישי, כמאמן בעונת הבכורה שלו.
מאז האליפות האחרונה, חוותה מדיין ירידה חדה ביכולתה בטורנירים של השנים האחרונות, עד כי הגיעה למצב של סכנת ירידת ליגה. למרות הגעתם של מאמנים בעלי שם בקולומביה כמו הרנן דריו גומס, הרנן טורס או פדרו סרמיינטו, הקבוצה פשוט לא הצליחה להתרומם. בתחילת 2016 חזר לאונל אלברס לעמדת המאמן והקבוצה חיזקה עצמה במעט שחקני רכש, אבל איכותיים. הבולט שבהם היה הקשר מאוריסיו מולינה, שנחשב לאחד משחקני העבר הטובים במועדון וגם היה שותף להישג הגדול בגביע הליברטדורס ב-2003. הוא חזר לקולומביה אחרי שנים רבות מחוץ למדינה, בעיקר ביבשת אסיה וחזר לקבוצת נעוריו. יחד עם כריסטיאן מארוגו, דניאל טורס, חואן פרננדו קייסדו והרנן הצ'לאר, הצליחה להשיג את האליפות השישית בתולדותיה, לאחר שגברו בפלייאוף על דפורטיבו קאלי ברבע הגמר, קורטולואה בחצי הגמר לאחר דו-קרב בעיטות הכרעה ולבסוף בגמר ניצחון בסיכום שני משחקים על ג'וניור 1-3, כשמארוגו כובש צמד במשחק הגומלין בניצחון 0–2. מדיין ניסתה לזכות גם בסופרליגה כשהתמודדה מול סנטה פה, אלופת הסמסטר השני של 2016, אבל הפסידה לה 0–1 בסיכום שני המשחקים.