איי הודו המזרחיים ההולנדיים
חוק וממשל

השליטים המסורתיים שנותרו במעמדם לאחר תהליך העברת השלטון לידי ההולנדים, מונו להיות עוצרים ואנשי האצולה המקומית נקלטו בשורות עובדי המדינה. בה בשעה שהם איבדו את מעמדם הממשי הקודם, עושרם ותפארתם תחת השלטון ההולנדי רק גדל. הם הוצבו תחת ההיררכיה של פקידי הממשל ההולנדי בתפקידים שונים. השלטון הבלתי ישיר לא הפריע למעמד האיכרים ועלותו לשלטון הקולוניאלי הייתה נמוכה. ב-1900, היו בשירות המדינה 250 אירופאים ו-1,500 ילידים בסך הכול, בנוסף ל-16,000 אנשי צבא הולנדים ו-26,000 אנשי צבא מקרב הילידים, וכל אלה נדרשו כדי לשלוט על אוכלוסייה של 35 מיליון תושבים. החל משנת 1910 יצרו ההולנדים את אחת המדינות בעלות השלטון הריכוזי היעיל ביותר בדרום מזרח אסיה.
עוד מימי שלטון חברת הודו המזרחית ההולנדית, הסמכות העליונה ביותר במושבה הייתה משרת המושל הכללי. בתקופת קיומה של המושבה תפקד המושל הכללי כראש הרשות המבצעת של הממשל הקולוניאלי ושירת כמפקד העליון של צבא המושבה. עד 1903 כל פקידי הממשלה והמשרדים היו כפופים למושל הכללי והיו תלויים בו לחלוטין מבחינה תקציבית. עד 1815 הייתה למושל הכללי את הסמכות המלאה לאסור פרסום, להטיל צנזורה או להגביל כל פרסום במושבה. למושל הכללי הייתה גם את הסמכות להגלות כל אדם שנחשב לחתרן ושהיווה סכנה לסדר הציבורי ללא כל מעורבות של בית משפט.
עד 1848 מונה המושל הכללי ישירות על ידי המונרך ההולנדי ובשנים לאחר מכן הוא מונה על ידי המונרך, אך על פי עצת ממשלת הולנד. במהלך שתי תקופות (1835-1815, 1925-1854) משל המושל הכללי כשלצידו מועצה מייעצת שנקראה Raad van Indie (המועצה של איי הודו). האסטרטגיה והמדיניות הקולוניאלית היו בתחום אחריותו של משרד המושבות שישב בהאג. מ-1815 ועד 1848 היה משרד זה כפוף ישירות למונרך. במאה ה-20 התפתחה המושבה בהדרגה להיות מדינה נפרדת מהמטרופולין ההולנדי. ב-1903 הופרד תחום האוצר, ב-1913 נוהלו ההלוואות הציבוריות באופן עצמאי על ידי המושבה וקשרים דיפלומטיים למחצה נוצרו לצורך ניהול תנועת העולים לרגל למצוות החג' למכה. ב-1922 קיבלו איי הודו המזרחיים ההולנדיים מעמד שווה לזה של ארץ האם בחוקת הולנד, אך עדיין נותרו תחת שליטת משרד המושבות.
ב-1918 החלה לפעול מועצת העם (Volksraad) של איי הודו המזרחיים ההולנדיים. תפקידה של המועצה הוגבל לייעוץ ורק לחלק קטן מאוכלוסיית הילדים הייתה זכות הצבעה לבחירת הנציגים במועצה. המועצה כללה 30 חברים מקרב אוכלוסיית הילידים, 25 חברים ממוצא אירופאי ו-5 חברים מקרב אוכלוסיית הסינים ואוכלוסיות אחרות והבחירות אליה נערכו אחת לארבע שנים. ב-1925 הפכה המועצה לגוף מחוקק-למחצה. אף על פי שההחלטות התקבלו עדיין על ידי ממשלת הולנד, היה מצופה מהמושל הכללי להיוועץ בחברי המועצה לצורך קבלת החלטות חשובות. המועצה פוזרה ב-1942 בימי הכיבוש היפני.
ממשלת הולנד הנהיגה את שיטת המשפט ההולנדי במושבה. בית המשפט העליון, שישב בבטאוויה, דן בעתירות וקיבל ערעורים על החלטות של בתי משפט בכל רחבי המושבה. שש "מועצות צדק" (Raad van Justitie) דנו ברוב הפשעים שבוצעו על ידי בעלי מעמד אזרחי של אירופאים ורק באופן בלתי ישיר הן דנו בפשעים שבוצעו על ידי הילידים. "המועצות הארציות" (Landraden) דנו בסוגיות אזרחיות ובתחומים כמו סכסוכי קרקעות ודיני אישות. הילידים היו כפופים לבתי משפט מוסלמים מסורתיים, למעט במקרים בהם הדיון עבר לבתי משפט הולנדים בערכאות גבוהות. לאחר קבלת העצמאות, אומצה באינדונזיה שיטת המשפט ההולנדית ובהדרגה מוסדה שיטת משפט עצמאית המבוססת על הוראות החוק האינדונזי.
ב-1920 פעלו באיי הודו המזרחיים ההולנדיים 350 בתי כלא. בבית הכלא מיסטר קורנליס (Meester Cornelis) בבטאוויה נכלאו האסירים הקשים ביותר. בבית הכלא סאוואה לונטו (Sawah Loento) בסומטרה הועסקו האסירים בעבודה במכרות פחם. בתי כלא נפרדים הוקמו לתושבי מערב ג'אווה ולנשים. לאסירות בבית הכלא לנשים בסמרנג הייתה ההזדמנות ללמוד מקצוע במהלך תקופת מאסרן, כמו תפירה, אריגה או הכנת בטיק. ב-1908 הפך האי קומודו שהיה אז ריק מאדם, למושבת אסירים. כתגובה למרידה הקומוניסטית של 1926 הוקם מחנה הכליאה בופן דיגול (Boven-Digoel) בגינאה החדשה. החל מ-1927 היו אסירים פוליטיים, כולל פעילים במאבק לעצמאות, מוגלים לאיים נידחים. סוקרנו נאסר על ידי ההולנדים ב-1929–1931 בכלא בבאנדונג, שוחרר ב-1931, ב-1933 נאסר שוב באנדה באי פלורס שם הוחזק עד 1937 וב-1937 הועבר אל כלא בבוכיתינגגי באי סומטרה שם הוחזק עד 1942 ושוחרר בידי היפנים.