המשטר הישן
דת > הרפורמציה והמיעוט הפרוטסטנטי

הפרוטסטנטיות הצרפתית (אנ'), שהייתה ברובה קלוויניסטית, הסתמכה על אצילים זוטרים ועל מעמד הסוחרים. שני המעוזים העיקריים שלה היו בדרום־מערב צרפת ובנורמנדי, אך גם שם הייתה האוכלוסייה הקתולית הרוב. בפרספקטיבה ממלכתית, הפרוטסטנטיות נחשבה לאיום חמור על אחדות הלאום, שכן המיעוט ההוגנוטי חש קרבה גדולה יותר לקלוויניסטים מגרמניה ומהולנד מאשר לחבריו הצרפתים. כדי לבסס את מעמדם, ההוגנוטים נטו לעיתים לכרות בריתות עם אויבי צרפת. העוינות בין שני הצדדים הובילה למלחמות הדת בצרפת ולטבח ליל ברתולומאוס הקדוש הטראגי. מלחמות הדת הסתיימו ב־1593, כאשר ההוגנוט אנרי מנאווארה (1553–1610), שהיה למעשה כבר מלך צרפת, המיר את דתו לקתוליות וזכה להכרה הן מצד הקתולים והן מצד הפרוטסטנטים כמלך אנרי הרביעי (שלט בשנים 1589–1610).
עיקרי אדיקט נאנט (1598) – אשר אנרי הרביעי פרסם כמגילת זכויות דתיות להוגנוטים – התירו להוגנוטים לקיים טקסים דתיים בערים מסוימות בכל מחוז, העניקו להם שליטה וזכות לבצר שמונה ערים, הקימו בתי משפט מיוחדים לשפוט הוגנוטים והעניקו להם זכויות אזרח זהות לאלו של הקתולים.
הפריבילגיות הצבאיות, שנכללו באדיקט במטרה להרגיע את חששות המיעוט, התבררו עם הזמן כנתונות לניצול לרעה. בשנת 1620 הכריזו ההוגנוטים על חוקה ל"רפובליקת הכנסיות הרפורמיות של צרפת" (אנ'), וראש הממשלה, הקרדינל רישלייה (1585–1642), הפעיל את מלוא סמכויות המדינה וכבש את לה רושל לאחר מצור ממושך ב־1628. בשנה שלאחר מכן, הסכם אלס (אנ') הותיר להוגנוטים את חירותם הדתית אך ביטל את חירויותיהם הצבאיות.
מונפלייה הייתה בין החשובות שב־66 ערי המקלט שהוענקו להוגנוטים באדיקט נאנט משנת 1598. מוסדות השלטון של העיר והאוניברסיטה שלה נמסרו לידי ההוגנוטים. המתח מול פריז הוביל למצור שערך צבא המלך ב־1622. תנאי השלום קראו להריסת ביצוריה של העיר, להקמת מצודה מלכותית ולשלילת האוניברסיטה והקונסוליה מההוגנוטים והעברתם לידי הקתולים. עוד לפני הסכם אלס, השלטון הפרוטסטנטי בעיר הגיע אל קצו וסטטוס "עיר המקלט" חדל להתקיים.
עד שנת 1620, עמדו ההוגנוטים במגננה, והממשלה הגבירה עליהם את הלחץ. רצף מלחמות אזרחים קטנות שפרץ בדרום צרפת בין 1610 ל־1635 נתפס במשך זמן רב בידי היסטוריונים כסכסוכים אזוריים בין משפחות אצולה יריבות. מחקרים חדשים מצביעים על כך שמלחמות אלה היו למעשה בעלות אופי דתי ושרידים למלחמות הדת בצרפת, אשר במידה רבה הסתיימו באדיקט נאנט. במלחמות הקטנות במחוזות לנגדוק וגיין, עשו הקתולים והקלוויניסטים שימוש בהרס כנסיות, איקונוקלאזם (השחתת דימויים דתיים), בהמרות דת בכפייה ובהוצאת כופרים להורג כאמצעי לחימה מרכזיים.
לואי הארבעה־עשר הפעיל לחץ גובר במגמה לאלץ את ההוגנוטים להתגייר. בתחילה, שלח מיסיונרים בליווי קרן כספית לתגמול מי שהמירו את דתם לקתוליות. אחר כך הטיל עונשים שונים, סגר בתי ספר של הוגנוטים ומנע מהם מקצועות מבוקשים. כשהחריף את המהלכים, ניסה להמירם בכוח באמצעות שליחת חיילים(אנ') (dragonnades) שחיו בבתי ההוגנוטים ושדדו אותם. לבסוף, [[אדיקט פונטנבלו|הצו של פונטנבלו (אנ')]] משנת 1685 ביטל את אדיקט נאנט.
הביטול של אדיקט נאנט אסר על פולחן פרוטסטנטי, חייב לחנך את הילדים כקתולים ואסר על רובם של ההוגנוטים להגר. הדבר התגלה כהרסני עבור ההוגנוטים ויקר עבור צרפת, משום שהוביל למרחץ דמים פנימי, החריב את המסחר וגרם לבריחה לא־חוקית מהמדינה של כ־180,000 פרוטסטנטים, רבים מהם הפכו אינטלקטואלים, רופאים ומנהיגים עסקיים באנגליה, סקוטלנד, הולנד הפרוסית (אנ') ודרום אפריקה; כמו כן, כ־4,000 הגיעו למושבות האמריקניות.
האנגלים קיבלו בברכה את הפליטים הצרפתים ומימנו את קליטתם הן מכספי הממשלה והן בעזרת מוסדות פרטיים. ההוגנוטים שנותרו בצרפת הפכו לקתולים וכונו "מומרים חדשים". רק מעט כפרים פרוטסטנטיים בודדים נותרו באזורים מבודדים.
בשנות השמונים של המאה ה־18 עמד מספר הפרוטסטנטים על כ־700,000 איש, שהם כ־2% מכלל האוכלוסייה. הפרוטסטנטיות כבר לא הייתה דת מועדפת על ידי האליטה, שכן מרבית המאמינים הפרוטסטנטים נמנו עם המעמד האיכר. הפרוטסטנטיות עדיין הייתה בלתי־חוקית. החוק נאכף לעיתים רחוקות, אך יכול היה לשמש איום או גורם מטריד עבור הפרוטסטנטים.
הקלוויניסטים גרו בעיקר בדרום צרפת, וכ־200,000 לותרנים התגוררו באלזס, שם שמר עליהם הסכם וסטפליה משנת 1648.
בנוסף, חיו בצרפת כ־40,000 עד 50,000 יהודים, בעיקר בבורדו, במץ ובכמה ערים נוספות. זכויותיהם והאפשרויות שעמדו בפניהם היו מצומצמות מאוד, למעט עיסוק בהלוואת כספים, אך מעמדם היה חוקי.