קבר רבי יהודה הנשיא
הקבר בבית שערים

בתלמוד הירושלמי ובשני מקומות במדרש קהלת רבה מובא סיפור (מאת רבי נחמן או רבי נחמיה) בשם רבי מנא (דור שישי לתלמידי רבי, ששימש כראש ישיבה בציפורי) על פטירתו של רבי יהודה בציפורי וקבורתו בבית שערים.
(אמר) [רבי] נחמן בשם [רבי] מנא. מעשה ניסין (=ניסים) נעשו באותו היום. ערב שבת הייתה ונתכנסו כל העיירות להספידו. ואשירוניה תמני-עשרה כנישן (=והניחו אותו להספד בשמונה עשר בתי כנסת) ואחותניה לבית-שריי (=ולבסוף הורידו אותו לקבורה בבית שערים), ותלה לון יומא (=והתארך להם היום) עד שהיה כל אחד ואחד מגיע לביתו וממלא לו חבית שלמים (-של מים) ומדליק לו את הנר. כיון ששקעה החמה קרא הגבר (=כלומר, הגיע הבוקר). שרון מציקין. אמרין. דיל' דחללינן שבתא (=החלו מצטערין, אולי חיללנו שבת).  יצתה בת קול ואמרה להן. כל מי שלא נתעצל בהספדו שלר' (-של רבי יהודה הנשיא), יהא מבושר מחיי העולם הבא בר מן קצרא. כיון דשמע כן סלק ליה לאיגרא וטלק גרמיה ומית. נפקת בת קלא ואמרה. ואפילו קצרא.
[רבי] נחמיה בשם [רבי] מונא [אמר]. מעשה נסים נעשו באותו היום.ערב שבת היתה. ואתכנשון כל קרייתא להספדיה [דרבי] (=והתכנסו כל בני העיר להספד של רבי). אטרפיוניה בתמני-סרי כנישתא (=הביאו אותו להספד בשמונה עשר בתי כנסת), ואובליניה לבית-שערים. ותלה לון יומא (=והתארך להם היום) עד דמטא כל חד וחד מישראל (=עד שהגיע כל אחד ואחד מישראל) לביתו. ומדליק לו את הנר וצולה לו דג וממלא לו חבית של מים. עד שעשה אחרון שבהן שקעה חמה וקרא את הגבר (=כלומר, הגיע הבוקר). שרון מציקין אמרין ווי דחללינן שבתא (=החלו מצטערין, אולי חיללנו שבת). יצאת בת קול ואמרה. כל מי שלא נתעצל בהספדו של [רבי] מומן לחיי העולם הבא. בר מן קצרא דהוה תמן ולא אתא. כיון דשמע כן סלק לאיגרא וטלק גרמיה מן אגרא ונפל ומת. יצתה בת קול ואמרה. אף קצרא מזומן לחיי העולם הבא.
בתלמוד הבבלי מובאת ברייתא המתארת כי רבי היה מוטל בשעת חוליו בציפורי ומקום קבורתו מוכן לו בבית שערים, הגמרא מקשה ומשיבה כי בתחילה התגורר בבית שערים וכשחלה העבירו אותו לציפורי (ובהמשך הסיפור המובא בירושלמי ובמדרש, מובן כי אכן נפטר בציפורי ונקבר בבית שערים).
תניא, רבי מוטל בציפורי ומקום מוכן לו בבית שערים. והתניא (דברים טז, כ): "צדק צדק תרדף" - הלך אחר ר' לבית שערים. ר' בבית שערים הוה, אלא כיון דחלש אמטיוהי לציפורי (=מכיוון שחלה, הביאוהו לציפורי)
החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה ערכה חפירות מדעיות בבית שערים, במערות הקברים הרבות הנמצאות בה. ובשנת 1953 (תשי"ב), נתגלתה מערת קברים גדולה, כולה חצובה בסלע ולה חזית בנויה בעל שלוש קשתות גדולות בה נמצאו קברים ושמות הקבורים בהם: רבי שמעון, רבן גמליאל (שמות בני רבי) ואנינא הקטן.
בירכתי האולם הפנימי נמצא מקום קבורה בנוי היטב, ללא כל כתובת ובמרכזו זוג קברים יחידים במינם אשר חפורים באדמה. ממצא מתאים לצוואתו של רבי יהודה הנשיא:
ר' חזקיה מוסיף: אל תרבו עלי תכריכין ותהא ארוני נקובה לארץ
אי לכך, ההשערה המקובלת היא שאותו מקום קבורה הנקוב באדמה, בנוי אבנים וללא כתובת, הוא מקום מנוחתו של רבי יהודה הנשיא. לפי החוקר מנדי שפירו[דרושה הבהרה][דרוש מקור], בקשת רבי ש"תהא ארוני נקובה לארץ", עולה בקנה אחד עם דעת אביו בנושא קבורת צדיקים: ”רבן שמעון בן גמליאל אומר: אין עושין נפשות לצדיקים דבריהם הם הם זכרונם”.
לפי סברת החוקרים, רבי שמעון ורבן גמליאל הם בני רבי יהודה הנשיא. ואנינא הנזכר הוא רבי חנינא בר חמא - תלמידו של רבי. גם ממצאים אלה מתאימים לצוואתו של רבי יהודה הנשיא בו הוא ממנה כל אחד מהנזכרים לתפקידים שונים:
והושיבו ישיבה לאחר שלשים יום, שמעון בני חכם. גמליאל בני נשיא. חנינא בר חמא ישב בראש
לדעת החופר, נחמן אביגד (בית שערים ג', 46), נקברו שם באותה אחוזת קבר: רבי, אשתו ובניו ותלמידו רבי חנינא.