היסטוריה של מלזיה
הדומיננטיות האירופאית

הסגירה הממושכת של הנתיב היבשתי מאסיה לאירופה על ידי האימפריה העות'מאנית, והמונופול על הסחר עם הודו ודרום-מזרח אסיה שהיה בידי סוחרים ערביים, גרמו לאירופאים לחפש נתיב תחבורה ימי לאזור. ואסקו דה גאמה, שנשלח על ידי המלך הפורטוגלי מנואל הראשון, גילה את הדרך להודו העוברת מסביב לכף התקווה הטובה, וב-1511 אפונסו דה אלבוקרקי עמד בראש משלחת למלאקה. לאחר מצור שנמשך חודש שלם, המשלחת הצליחה לכבוש את מלאקה והפכה אותה לעיר הבירה של החלק המזרחי של האימפריה הפורטוגלית.
בנו של הסולטאן האחרון של מלאקה ברח מהאי בינטאן לדרום מאלאיה, וייסד שם מדינה חדשה שלבסוף הפכה לסולטנות ג'והור. לאחר שהשתחרר משליטתה של מלאקה, הוקמו באזור מספר מדינות, בזו אחר זו, שהיו מצויות בסכסוכים קבועים. החשובות שבהן היו אצ'ה, ברוניי, ג'והור ופראק. מדינות אחרות כגון באנטן, יוגיאקרטה, קדה (Kedah), סלאנגור, סולו וטרנגנו נוסדו גם כן כסולטאנויות עצמאיות. לקראת סוף המאה ה-16 הסוחרים האירופאים גילו בצפון מאלאיה את מכרות הבדיל, ופראק הפכה למדינה חזקה כאשר היא מתבססת על רווחים מייצוא בדיל. אולם, האירופאים לא הסתפקו רק באזור זה. הפורטוגלים השתלטו על אזורי גידול האורז שבאיי מאלוקו, וב-1571 ספרד כבשה את מנילה.
ההולנדים הגיעו לאזור ב-1596. בינם לבין הפורטוגלים הייתה יריבות בעלת שורשים דתיים ומסחריים, והם היו נחושים לגרש אותם מהאיים הרווחיים שכונו על ידם הודו ההולנדית. תחת הנהגתה של חברת הודו המזרחית ההולנדית הם ניצחו במהירות את הסולטאנויות החלשות בג'אווה וייסדו את באטאביה (כיום ג'קרטה) ב-1619 כעיר הבירה. מאזור העיר הם הרחיבו את שליטתם לרוחב הארכיפלג, ויצרו ברית עם ג'והור נגד היריבים העיקריים שלהם, הפורטוגלים במלאקה וסולטאן אצ'ה. ב-1641, לאחר מספר ניסיונות, כוחות הברית הצליחו לכבוש את מלאקה, ושברו את בסיס הכוח הפורטוגלי במלאיה לצמיתות – בידיה של פורטוגל נותרה רק המושבה מזרח טימור. בגיבוי הולנדי, ג'והור השיגה הגמוניה רופפת על המדינות המאלאיות, מלבד פראק, שסייעו לה להתמודד עם אנשי סיאם בצפון ולשמור על עצמאותה.
היחלשותן של המדינות המאלאיות בתקופה זו אפשרה לאנשים אחרים להגר לאזור זה. הקבוצה העיקרית ואחת החשובות ביותר הייתה הבוגיס, ימאים מאזור מזרח אינדונזיה של ימינו, שערכו פשיטות רבות על חופי מאלאיה, ולבסוף הצליחו לכבוש את ג'והור לאחר ההתנקשות בסולטאן האחרון ממשפחת המלוכה של מלאקה ב-1699. אנשי בוגיס אחרים כבשו את סלאנגור. אנשי מינאנגקאבאו מסומטרה היגרו למאלאיה, ובסופו של דבר ייסדו מדינה משל עצמם בנגרי סמבילאן. נפילתה של ג'והור הותירה חלל שלטוני בחצי האי המלאי, שנשלט בחלקו על שליטי ממלכת איוטהאיה שבסיסה היה בתאילנד, שהפכו את חמש המדינות בצפון מאלאיה (קדה, קלאנטאן, פאטאני, פרליס וטרנאגנו) לווסאלים שלהם. כמו כן, שקיעתה של ג'והור הותירה את פראק כמנהיגה הבלתי מעורערת של האזור.
במהלך המאה ה-18 עלתה חשיבותה של מאלאיה עבור אירופה מבחינה כלכלית. סחר התה הגובר בין סין ובריטניה גרם לעליית הביקוש לבדיל מאלאי איכותי, ששימש עבור הכנת מגשי תה. פלפל מאלאי זכה למוניטין טוב באירופה, בעוד שבקלאנטאן ופאהאנג היו מכרות זהב. הגידול בכריית הזהב והבדיל, וכן תעשיות השירותים הנלווים, היה אחד הגורמים שהובילו לשטף המהגרים הראשון לאזור – בתחילה הערבים וההודים, מאוחר יותר הסינים – שהתיישבו בערים ובמהירה שלטו בפעילויות הכלכליות. אירועים אלה קבעו את מאפייני החברה המאלאית ל-200 השנים הבאות – אוכלוסייה כפרית מאלאית הולכת וגדלה הנמצאת תחת שליטה של קהילות מהגרים עירוניות ועשירות, שהסולטאנים לא יכלו להתמודד איתן.
הסוחרים האנגליים פעלו במימי מאלאיה החל מהמאה ה-17, אולם רק לקראת אמצע המאה ה-18 חברת הודו המזרחית הבריטית, שבסיסה היה במושבה הבריטית בהודו, החלה להתעניין בנושאים הנוגעים למאלאיה. התפתחות הסחר בין סין לבריטניה גרמה לחברה לרצות להקים בסיסים נוספים באזור. מספר איים שימשו למטרה זו, אולם רכישת הקבע הראשונה הייתה פננג, שנחכרה מסולטאן קדה ב-1786. בעקבות זאת חכרו הבריטים טריטוריה על היבשת שנמצאה מול פננג (ידועה כפרובינציית ולסלי). ב-1795, במהלך המלחמות הנפוליאוניות, הבריטים כבשו את מלאקה ההולנדית על מנת לסכל כל ניסיון צרפתי עתידי לכבוש את האזור.
כאשר מלאקה הוחזרה להולנד ב-1818, המושל הבריטי, תומאס סטמפורד ראפלס, חיפש אתר אחר למיקום הבסיס וב-1819 הוא רכש או חכר את החוף הדרומי של סינגפור מסולטאן ג'והור. יזמה פרטית קבלה גבוי ממשלתי בשנת 1823 וב-1824 נצלו הבריטים חוסר ערנות של שלטאן ג'והור והשתלטו על כל האי סינגאפורה. הבסיסים התאומים בפננג וסינגפור, ביחד עם היחלשותו של הצי ההולנדי, סייעו לבריטניה להפוך לכוח הימי הדומיננטי באזור. סיבה נוספת להתגברות ההשפעה הבריטית הייתה החשש של תושבי מאלאיה מפני התרחבות של שליטי סיאם, שבריטניה היוותה משקל נגד יעיל כנגדם. במהלך המאה ה-19 סולטאני מאלאיה הפכו לבני ברית נאמנים של האימפריה הבריטית.