היסטוריה של סנקט פטרבורג
לאחר התפרקות ברית המועצות

העיר סנקט פטרבורג קיבלה את שמה הקיסרי מחדש בשנת 1991, עקב תוצאות משאל עם שנערך ב-6 בספטמבר 1990 כש-54% הצביעו בעד החזרת השם ההיסטורי של העיר מלנינגרד לסנקט פטרבורג. שנה לאחר מכן בדיוק, ב-6 בספטמבר 1991 צו נשיאותי בתמיכת הסובייט העליון של רוסיה, השיב את השם לעיר רשמית וב-21 באפריל 1992 נוסף סעיף מיוחד בחוקה הרוסית, שנשענה אז על זו הסובייטית מ-1978.
ב-26 ביוני 1991, נבחר לראש העיר הראשון והאחרון של סנקט פטרבורג, אנטולי סובצ'אק, מרצה בכיר מאוניברסיטת סנקט פטרבורג. ב-13 במרץ 1996 האספה המחוקקת של סנקט פטרבורג החליטה לבטל את תפקיד ראש העירייה ובמקומה נוצר תפקיד מושל העיר.
האירועים החשובים ביותר בעיר היו עריכת משחקי הרצון הטוב ב-1994, שהתקיימו בתקופה קשה כלכלית עבור העיר. בשנים 1991–2007 הוצבו פסלים ואנדרטאות רבות לזכרם של פיודור דוסטויבסקי, המרשל ז'וקוב ואחרים. ארמון קונסטנטין שוקם ושוחזר, כנסיית הגואל שעל הדם ועוד רבים אחרים.
ב-25 במאי 1991, לראשונה לאחר הפסקה ארוכה, שבה לפעילותה קתדרלת קאזאן הגדולה ובשנת 2001 הוחל בבניית כביש הטבעת שסביב העיר.
המטרו המשיך להתפתח. בשנת 2000, נבנה ארמון הקרח על מנת לארח את אליפות העולם בהוקי קרח. בשנת 2008 מועדון הכדורגל זניט סנקט פטרבורג זכתה בגביע אופ"א.
בשנים האחרונות, הוחלפו שמותיהם של פסלים ואנדרטאות רבות. שכונות שלמות שהתייחדו במבנים היסטוריים נהרסו ותכנון העיר התדרדר. לאחר מחאות טלוויזיונית ורדיופוניות שתבעו להגן על ייחודה ההיסטורי של סנקט פטרבורג, אימצה הממשלה שורת חוקים אשר לא הביאו לפתרון הבעיה. מתכנני העיר ממשיכים להרוס מבנים היסטוריים על מנת להחליפם בפרויקטים גרנדיוזיים של בנייה, כך למשל "אוחטה סנטר" ספג ביקורת נוקבת רבה מצד תושבי העיר על כך שבנייתו אינה מתחשבת בסביבה והורסת את המרקם ההיסטורי של העיר.
בין ה-27 ל-31 במאי 2003 רוסים מכל רחבי העולם חגגו את יום השנה ה-300 לייסוד העיר סנקט פטרבורג. באותה שנה מונתה ולנטינה מטוויינקו למושלת העיר והיא הייתה האישה הראשונה שמונתה למושלת בתולדות רוסיה.
העיר הפכה למרכז כלכלי ומשפטי ומאז מארחת מדי שנה את פורום סנקט פטרבורג הבינלאומי לכלכלה ופורום המשפט הבינלאומי ואף הועבר אליה בית המשפט החוקתי של רוסיה. ב-2011 פוטר יו"ר מועצת הפדרציה של רוסיה, סרגיי מירונוב ותומכיה של מושלת העיר הציעו אותה כמועמדת מחליפה לתפקיד יו"ר מועצת הפדרציה הרוסית, הבית העליון בפרלמנט. באוגוסט 2011 מפלגת רוסיה המאוחדת קידמה 3 מדינאים רוסיים, לתפקיד מושל העיר: ואדים טיולפאנוב, יו"ר המועצה המחוקקת של סנקט פטרבורג; גאורגי פולטאבצ'נקו, ממלא מקום מושל העיר לאחר התפטרותה של מטוויינקו מושל המחוז הפדרלי המרכזי ומיכאיל אוסייבסקי, סגן מושל העיר לשעבר 2003 ומחזיק תיק הכלכלה בעיריית סנקט פטרבורג. ב-30 באוגוסט 2011 נשיא רוסיה בחר בגאורגי פולטאבצ'נקו כמועמד מועדף והוא הפך למושל העיר הקבוע. במהלך כהונתו גדל מספר המשקיעים הזרים בעיר והעיר דורגה בתור העיר עם רמת החיים הגבוהה ביותר ברוסיה.
בספטמבר 2014 נערכו הבחירות לראשות העיר ופולטאבצ'נקו זכה ב-79.3% מקולות הבוחרים בבחירות לתפקיד המושל ונבחר להמשיך לכהן כמושל העיר, כשמולו התמודדו ארבעה מועמדים נוספים (אירינה איוואנובה מהמפלגה הקומוניסטית, קונסטנטין סוחנקו מהמפלגה הליברל-דמוקרטית, אנדריי פטרוב ממפלגת מולדת וטאחיר ביקבאייב ממפלגת הירוקים).
באוקטובר 2018, לקראת הבחירות למושל העיר, פולטאבצ'נקו פוטר ובמקומו מונה אלכסנדר בגלוב לממלא מקום עד לבחירות שנערכו בספטמבר 2019 ובהן הוא זכה ברוב של 66% מקולות הבוחרים, כשאחוז ההצבעה עמד על כ-30% בלבד.
במרץ 2020 הוטל על העיר סגר כללי בעקבות התפרצות נגיף הקורונה ברוסיה, לצד מוסקבה הייתה העיר עם ריכוז חולי קורונה 2019 הגדול ביותר ברוסיה.