מרקורי-אטלס 6
הטיסה > מהלך הטיסה

החללית נפרדה מהמשגר כמו שצריך, אך שגיאה באחת המערכות גרמה לבזבוז יתר של דלק במהלך שינוי זווית הגישה. מהירות החללית במסלול הייתה 7,843 מטרים לשנייה. פרנדשיפ התחילה את ההקפה הראשונה שלה כשכל המערכות פועלות כשורה. החללית חצתה את האוקיינוס האטלנטי, חלפה על פני האיים הקנריים ולאחר מכן על פני ניגריה.
עד אז פעלו מערכות החללית ללא כל תקלה. לאחר שחלף על פני ניגריה, לקח גלן פיקוד על החללית, על מנת להפנות את חרטום החללית לכיוון תנועתה. כאשר החל בתמרון, הוא שם לב שהנתונים שהציגו המחוונים המורים על זווית הגישה של החללית אינם תואמים לזווית האמיתית של תנועת החללית שראה מחלון החללית. בכל מקרה, גלן היה מרוצה מכך שהוא עם הפנים קדימה ולא הפוך.
במבט לאחור תיאר גלן את המראה שנגלה לעיניו מהחלון: "השמיים היו שחורים ביותר ופס כחול השתרע לאורך האופק." בשקיעה הראשונה מהחללית צפה כשעבר מעל האוקיינוס ההודי. השקיעה הייתה מהירה מהשקיעה על הקרקע אך לא במהירות שגלן ציפה לה.
במעבר מעל אוסטרליה בצד החשוך של כדור הארץ ראה אור בהיר מאוד ושנראה כמו קווי מתאר של עיר. בתחנת הקרקע באוסטרליה, נמצא האסטרונאוט גורדון קופר שאמר לו שהוא כנראה מסתכל על האורות של פרת' ופרווריה. דבר זה התברר כנכון; אנשים רבים בפרת' הדליקו את האורות כדי להקל על גלן לראות את העיר. לאחר לילה קצר של 45 דקות ומעבר מעל אוסטרליה והאוקיינוס השקט, גלן חווה זריחה מהחלל. הוא חווה סחרור קצר וראה "גחליליות" סביב החללית. מאוחר יותר נקבע כי הם היו כנראה גבישי קרח קטנים שנפלטו ממערכות החללית.
במעבר מעל הוואי, גלן חווה הפרעות בתדרי הרדיו. תוך כדי מעבר מעל מקסיקו, הודיע מרכז הבקרה של מרקורי כי מנוע הסבסוב גורם לבעיות שליטה בבקרת ההכוון, בעיה שנשארה למשך כל הטיסה. בעיית בקרת הכוון גרמה לסחיפה בייצוב החללית והיא נסחפה במעלה וחצי כל שנייה לכיוון ימין. גלן עבר לבקרה ידנית והחזיר את החללית להכוון הנכון. הוא ניסה מספר מצבי בקרה כדי למצוא דרך להשתמש בכמה שפחות דלק, ובחר לבסוף בשיטת הטוס־על־חוט. לאחר זמן קצר נראה כי המנוע עובד שוב וגלן חזר לבקרה אוטונומית. אולם הבעיות חזרו שוב וגלן המשיך בבקרה ידנית למשך שארית הטיסה.
תוך כדי תחילת ההקפה השנייה ובמעבר מעל קייפ קנוורל, בקר המשימה בקרקע דון ארביאן שם לב כי חיישן האחראי על מערכת הנחיתה (מקטע 51) נותן נתונים מוזרים, שמגן החום ומערך הנחיתה כביכול לא נעולים במקומם. אם נתונים אלו היו נכונים, מגן החום הוחזק במקומו על ידי רצועות המנועים בלבד. מרכז הבקרה הורה לעקוב אחרי נתוני החיישן והציע לגלן להעביר את חיישן למצב "כבוי". גלן לא שם לב לבעיה באופן מיידי, אבל הוא התחיל לחשוד כשמרכז הבקרה ביקש לוודא שהחיישן היה כבוי. בינתיים, החללית פרנדשיפ 7 חצתה שוב את האוקיינוס האלנטי וגלן היה עסוק בבקרת הכוון ידנית של החללית תוך כדי ניסיון להשלים כמה שיותר משימות מהמשימות שהיו בתוכנית הטיסה.
במעבר מעל האיים הקנריים, גלן ציין כי ה"גחליליות" שהוא רואה אינן קשורות לגז הנפלט ממנועי מערכת בקרת ההכוון. כמו כן הוא דיווח שהוא מרגיש חם מדי בתוך חליפת החלל שלו אולם לא השקיע זמן לבדוק את טמפרטורת חליפת החלל. תוך כדי מעבר אתרי המעקב אחרי החללית, הבחינו בזנזיבר ובניגריה כי יש ירידה ב־12% באספקת החמצן של החללית. במעבר השני מעל האוקיינוס ההודי, תחנת המעקב אחרי הטיסה שהייתה בספינה באוקיינוס הייתה תחת תנאי מזג אוויר קשים. תחנת המעקב תכננה לשחרר בלוני תצפית מזג אוויר, אולם הם ירו נורי תאורה כדי שגלן יוכל לראות אותם. עם זאת, גלן לא הצליח לראות אותם אלא רק את הברקים של הסופה.
בינתיים, הטמפרטורה בחליפת החלל של גלן עלתה מדי. הוא ניסה לתקן את השליטה בטמפרטורת החליפה תוך כדי הטיסה מעל האוקיינוס ההודי ומעבר מעל אוסטרליה. תוך כדי התיקון, נדלקה נורה המעידה על עודף לחות בתוך החללית. במשך שארית הטיסה גלן היה צריך לאזן את החליפה שלו לעומת הלחות בתוך פנים החללית. בזמן שהוא היה עדיין מעל אוסטרליה, עוד נורית אזהרה נדלקה, המציינת כי אספקת הדלק עבור מערכת הבקרה האוטונומית ירדה ל־62%. תחנת השליטה של מרקורי המליצה לגלן להרפות משמירה על הכוון החללית כדי לחסוך בדלק. גלן המשיך באופן ידני לשלוט על ההכוון כדי לא להסחף יותר מדי. בכך, הוא השתמש ביותר דלק ממה שהיה נדרש על ידי מערכת בקרת ההכוון האוטונומית. צריכת הדלק הייתה 2.7 ק"ג מהמכל של הבקרה האוטונומית ו־5.4 ק"ג מהמכל הידני במהלך ההקפה השנייה, כמות השווה לכמעט 30% מכלל כמות הדלק.
במהלך ההקפה השלישית תחנת המעקב באוקיינוס ההודי כבר לא ניסתה ליצור קשר עקב תנאי מזג אוויר קשים. במעבר מעל אוסטרליה גלן התבדח עם קופר כי ביצוע שלוש הקפות צריך להחשב לו כאילו מילא את מכסת שעות הטיסה המינימליות הנדרשות בחודש (4 שעות), וכי מגיע לו לקבל את משכורת הטייס שלו.