מלחמת הפדרציה-דומיניון
פירוט העלילה > עונה 3: היכרות עם המייסדים

עם סיומה של "מסע בין כוכבים: הדור הבא", מספר מכותביה, בהם רונלד ד. מור, החלו לכתוב באופן קבוע עבור "מסע בין כוכבים: חלל עמוק 9", שהחלה את עונתה השלישית. רוברט יואיט וולף הצטרף אל איירה סטיבן בהר בכתיבת תסריטי הפרקים המפתחים את קו העלילה של הדומיניון, החל מ-"The Search", פרק הפתיחה הכפול של עונה 3. בהר הפך למפיק מלא בסביבות אמצע העונה, לאחר עזיבתו של מייקל פילר.
בפרק הכפול הפותח את העונה, "The Search", קומנדר סיסקו חוזר ממטה צי הכוכבים שעל כדור הארץ אל תחנת החלל חלל עמוק 9, על סיפון אבטיפוס של ספינת חלל מדגם "דיפאיינט", ששמה: ה"דיפאיינט". היה צורך לשכנע את המפיק ריק ברמן ששילובה של הדיפאיינט בסדרה זו לא תסיח את דעתם של הצופים מוויאג'ר - ספינת החלל המרכזית של הפקת "מסע בין כוכבים" האחרונה (דאז) - "מסע בין כוכבים: וויאג'ר". החלטה התקבלה בהתבסס על כך שנדרשה ספינת חלל על מנת שיתאפשר לספר מגוון סיפורים שמתרחשים מחוץ לתחנת החלל חלל עמוק 9, ושספינה זו תהיה בעלת פוטנציאל להתנגד לג'מהדאר, אשר כבר הדגימו את יכולותיהם להשמיד ספינות חלל גדולות. על פי סקר דעת קהל, צופים גברים צעירים קיוו לעוד פרקים מכווני-פעולה, עם סכנות גדולות יותר.
פרקי עונה 3 העוסקים בדומיניון מתמקדים בעיקר בקשר שבין אודו לבין בני-עמו, והעמדות הסותרות שלהם כלפי צורות חיים תבונתיות "מוצקות". הדיפאיינט נכנסת אל רביע גמא בשליחות שלום, לאיתור המייסדים בפרק "The Search", בו נחשף כי המייסדים הם מאותו הגזע כמו אודו. למרות התשוקה הבוערת בו לשוב אל ביתו ("הקשר הגדול"), הוא מוצא את הפילוסופיה של בני-עמו - זה שאתה שולט בו לא יכול לפגוע בך - מתועבת, ומבקש מהם לאפשר לו לחזור לרביע אלפא. המייסדים, המיוצגים על ידי דמות המזוהה רק כ-"משתנה נקבה", נענית לבקשתו, בתקווה כי בסופו של דבר הוא ישוב אליהם.
היבט נוסף של הדומיניון שזוכה לחשיפה נרחבת יותר בעונה 3 הוא הג'מהדאר. בפרק "The Abandoned", תינוק-ג'מהדאר נמצא לבדו, והוא מתבגר תחת השגחתו והנחייתו של אודו. הצוות של תחנת החלל חלל עמוק 9 עדים לקשיים של הג'מהדאר בהסתגלות לחיים בחברה בעלת חוקים שונים מאלו של תרבותו המולדת. אייברי ברוקס, במאי פרק זה, הדגיש סיפור זה כמטפורה על בני-נוער אפרו-אמריקאים של המאה ה-20, ועל הקשיים שלהם עם התמכרויות ואלימות, השילוב שלהם בחברה האמריקאית והדרך שבה אופן הגידול שלהם עשוי לתרום לבעיות אלו. ברוקס הבטיח כי אודו ממשיך לתמוך בהתבגרות הג'מהדאר, אף על פי שהנסיגה של החייזר אל התבנית שאליה הדומיניון ייעד אותו, כפרשנות על איך החברה המודרנית צריכה לפעול עם צעירים.
הפרק "Improbable Cause" והמשכו "The Die is Cast" מתארים הרפתקאה הנוגעת בחיפוש אחר מקום הימצאו הסודי של כוכב הבית של המייסדים. לאחר המפגש הראשון עם המייסדים, "מסדר האובסידיאן" - גוף מודיעיני חשאי קרדאסי - כרת ברית לשיתוף פעולה עם "טאל שיאר", מקביליהם הרומולאנים, ויחד הם פתחו במתקפת-מנע סודית שמטרתה להשמיד את כוכב הבית של המייסדים, בתקווה כי המייסדים ימותו ויתר הדומיניון יקרסו. הדומניון מצליח לפתות את צי מסדר אובסידיאן ואת צי הטאל שיאר אל תוך מלכודת, ומשמיד את שני הגופים. אווירה של חשדנות מתבססת בין מעצמות רביע אלפא, כתוצאה מיכולתם של המשתנים להחליף זהויות ולהתחזות לאחרים; יכולת אשר מהווה את הבסיס לעלילות בעונה הרביעית.
פרק סיום העונה השלישית אשר התגבש היה שונה באופן משמעותי מהחזון הרעיוני של צוות ההפקה. סרטי פרמאונט התנגדו לרעיון כי העונה תסתיים בקליף האנגר, אשר יחשוף נוכחתו של משתנה על כדור הארץ. על מנת להמשיך את מוטיב הפרנויה אודות משתנים והדומיניון, התסריט הראשוני של הפרק "The Adversary" היה מיועד לבסס סיפור אודות מצוד אחר מייסד על סיפון הדיפאיינט, המשלב אלמנטים נרטיביים אשר בתחילה התכוונו לעשות בהם שימוש רק במהלך עונה 4. הפרק, בגרסתו הסופית, מציג עלילה מצומצמת יותר מבחינת זירות ההתרחשות שלה תוך שימוש בתפאורות קיימות, ובכך מפחית את עלויות ההפקה.