חוק יסוד: נשיא המדינה
תפקידים וסמכויות > חנינות

הסמכות המעשית ביותר של נשיא המדינה היא סמכותו לחון עבריינים ולהקל בעונשים על ידי הפחתתם או המרתם.
בתקופת המנדט הבריטי ניתנה סמכות החנינה לנציב העליון. בפקודת סדרי השלטון והמשפט עברה הסמכות לממשלה הזמנית, ועם חקיקתו של חוק המעבר, היא ניתנה לנשיא המדינה. חסינותו של הנשיא מגנה עליו מפני עתירות נגד החלטותיו באשר למתן חנינות ועתירות כאלה מוגשות בדרך כלל נגד שר המשפטים.
בעבר התעוררה מחלוקת בין שופטי בית המשפט העליון באשר להיקף סמכותו של נשיא המדינה. השופט אגרנט סבר כי סמכות החנינה של הנשיא רחבה, בדומה לסמכויותיהם של מלך בריטניה ושל נשיא ארצות הברית. אגרנט נותר בודד בעמדתו זו, עד שהבהיר בפרשת מתאנה, כי הדבר נובע מהדמיון המהותי בין הסמכויות, ולא משום שהנשיא הוא ממשיכו של הנציב העליון, ושסמכויותיו של האחרון זהות לסמכויותיו של המלך. באותו מקרה פסקו השופטים אגרנט, זילברג וכהן כי בסמכותו של הנשיא להקל בעונשים באמצעות המרתם. השופטים ברנזון ולנדוי, שנותרו בדעת מיעוט, סברו כי אין להרחיב כך את סמכותו של הנשיא. המחלוקת בין השופטים נפתרה עם חקיקתו של חוק היסוד, שבו נקבע במפורש כי בסמכותו של הנשיא לעשות כן.
עמדתו של אגרנט הביאה אותו למסקנה שבסמכות נשיא המדינה לחון עבריינים אף לפני הרשעתם. עמדתו זו קיבלה משנה תוקף בפרשת מתאנה, ואף השופט ברנזון, שהיה בדעת מיעוט לגבי התוצאה הסופית של פסק הדין, הסכים עם אגרנט בעניין זה. פסיקה זו דומה לפרשנות המקובלת של חוקת ארצות הברית, לפיה בסמכותו של הנשיא לחון לפני ההרשעה וכי אם אחת ממדינות ארצות הברית מעוניינת בהסדר אחר, עליה לקבוע זאת במפורש בחוקתה.
בבג"ץ ברזילי הורחבה סמכות הנשיא עוד יותר, משנקבע כי בסמכותו לחון אף את מי שטרם הועמד לדין. השאלה התעוררה לאחר שהנשיא חיים הרצוג העניק חנינה לאנשי השב"כ שהיו מעורבים בפרשת קו 300. השופט אהרן ברק, שהיה בדעת מיעוט בעניין זה, סבר כי לא זו בלבד שאין בסמכותו של הנשיא לחון לפני העמדה לדין, אלא שאף לפני הרשעה אין בסמכותו לעשות כן.
בתיתו או בסרבו לתת חנינה, מתבסס הנשיא על המלצת שר המשפטים, לפי חוות דעת שניתנה על ידי מחלקת החנינות שבמשרדו, ובהתאם לחוק היסוד, החנינה טעונה חתימת קיום של שר המשפטים. הנשיא רשאי לסרב לתת חנינה אף אם משרד המשפטים המליץ לתיתה. המחוקק לא נתן את דעתו למקרה שבו שר המשפטים המליץ שלא לתת חנינה, והנשיא סבור שיש לתיתה בכל זאת, ושאלה זו הוכרעה בשנת 2010 בפרשת ניר זוהר, בה נדונה עתירה נגד שרת המשפטים ציפי לבני, שסירבה לחתום חתימת קיום על החלטה של הנשיא משה קצב בדבר קציבת עונשו של אסיר בניגוד להמלצת מחלקת החנינות. דעת הרוב, שהובילה נשיאת בית המשפט דורית ביניש, קבעה כי סמכות חתימת הקיום אף היא מאפשרת שיקול דעת והיא נועדה לאפשר בקרה על החלטת הנשיא כחלק ממערכת האיזונים והבלמים של הפרדת הרשויות הנהוגה בישראל. עם זאת, סייגה ביניש את דבריה, וקבעה כי נוכח מעמדו של נשיא המדינה, "האפשרות העומדת לשר המשפטים לסרב לצרף את חתימת הקיום צריכה להישמר למקרים חריגים ויוצאי דופן. בדרך כלל יהיה זה רק כאשר השר משוכנע כי החלטת הנשיא הושפעה משיקולים זרים או שהיא ניתנה בחוסר תום לב או שנפל בה פגם מהותי היורד לשורש ההחלטה". כן קבעה כי אף שהדבר לא נאמר במפורש בחוק היסוד, מדובר במוסכמה חוקתית.
לפי חוק המרשם הפלילי ותקנת השבים, דינה של חנינה כמחיקת הרשעה, אך אין בכוחה להשליך על הליכים אחרים. כך, למשל, נפסק במקרה שבו רישיונו של עורך דין נשלל עקב הרשעתו בפלילים, כי אין הכרח להשיבו לו עם מתן החנינה. בבג"ץ אייזנברג נדונה שאלת מינויו של יוסי גינוסר, מנחוני פרשת קו 300, למנכ"ל משרד הבינוי והשיכון. בפסק דינו קבע אהרן ברק כי "...תהא השפעתה הכללית של החנינה אשר תהא, אין בכוחה למנוע מהממשלה, העושה מינוי על-פי דין, מלהתחשב בעברו הפלילי של הנחון, לעניין אותו מינוי".