צי הכוכבים
מבנה > זרועות הצי

כל זרוע בצי הכוכבים מופקדת על תחום מסוים בפעילותו של הצי, והיא מכשירה את אנשי הצוות על ספינות הצי העוסקים בתחום זה. הזרועות העיקריות הן:
פיקוד (Starfleet command) - הפיקוד העליון של צי הכוכבים, בדומה למטכ"ל. אחראי על תיאום בין הזרועות השונות, ומעביר את הפקודות לכלים ברחבי החלל. פיקוד אחראי על הוצאת מדיניות הפדרציה לפועל.
הנדסה (Starfleet engineering) - הזרוע האחראית על כל תחומי הפעילות הדורשים מומחיות הנדסית. אלה כוללים התמחות במערכות הנעה, מערכות מחשוב, מערכות משגרים, מערכי חיישנים וכן צוותי הנדסה אזרחית. תת-זרוע של הנדסה הן מספנות הצי - ראו להלן.
אבטחה (Starfleet security) - הזרוע האחראית על תחום הביטחון השוטף וההכשרה הטקטית של קציני הצי. לאבטחה סמכות בכל הקשור לנושאי ביטחון שדה, הגנה על מתקנים אסטרטגיים, התגוננות מפני התקפות בעלות אופי טרוריסטי ועיצוב המדיניות והאסטרטגיה של הצי בתפקידו ככוח מגן. קציני אבטחה פרוסים בכל ספינות הצי. במובנה הרחב, הזרוע אחראית גם על הפעלת כוחות קרקע במהלך מלחמות.
רפואה (Starfleet medical) - הזרוע האחראית על כלל שירותי הרפואה הממשלתית של הפדרציה. קצינים של זרוע הרפואה מוצבים בכל מתקן בעל מרפאה, והזרוע אחראית על ארגון משלחות רפואיות לסיוע לאזורים מוכי מגפות. לזרוע יש גם אחריות בתחומי הלוגיסטיקה הרפואית בצי - מפקדת רפואה אמונה גם על אישור העברה של חומרי גלם מסוכנים או כאלה שיש להם שימושים לא-חוקיים, ועל אחסון כל המידע הרפואי של המשרתים בצי.
מודיעין (Starfleet intelligence) - הזרוע האחראית על ניתוח כל המידע הטקטי שכלי הצי אוספים, מודיעין האותות (סיגינט), המודיעין האנושי (יומינט) ומודיעין החוזי (ויזינט). מניתוח המידע מודיעין מפיקים תחזיות מודיעיניות המשמשות את כל גפי הצי. מבנה הגוף דומה יותר לקהילייה מאשר לארגון, והוא כולל בתוכו מספר מדורים בעלי אוטונומיה כלשהי, כגון מדור 31 הידוע לשמצה.
טקטיקה (Starfleet tactical) - הזרוע האחראית על הכנת הצי למלחמות עתידיות, לכשתפרוצנה. לטקטיקה האחריות על הכנת מבצעים ותוכניות מגירה לשימוש בכל מקרה של מלחמה בקנה מידה מלא (גם מול האויבים המסורתיים - מעצמות רביע אלפא, וגם מול אויבים מרביעים אחרים - הבורג והדומיניון.) בנוסף, טקטיקה אחראית על כל מחקרי פיתוח הנשק והספינות של הצי, כמו - למשל - הדיפאיינט. תפקידה של טקטיקה מקביל בחלקו לאבטחה, ולכן היא מוזכרת במספר מועט של פרקים במסע בין כוכבים: הדור הבא ומסע בין כוכבים: חלל עמוק 9 בלבד. כמו כן, נמתחה ביקורת על ההצדקה לקיום אגף שכל-כולו מוקדש למלחמה בגוף כדוגמת צי הכוכבים, שמטרתו העיקרית היא חקר החלל.
מספנות הצי (Starfleet shipyards) - זרוע שהיא חלק מהנדסה, אבל אחראית על מספנות החלל של הצי. הבסיס המפורסם ביותר שלה הוא אוטופיה פלנישיה(אנ') (Utopia Planitia), המספנה הגדולה ביותר של הצי המוצבת במסלול סביב מאדים.
"פרקליטות הצי" (Starfleet Judge Advocate General) - הזרוע הממונה על תחום החוק בצי הכוכבים. היא ממעטת להופיע, אך נראה שיש לה סמכות דומה לזו של הפרקליטות הצבאית - עריכת פרוטוקלי המשמעת, קביעת סדרי הדין, וחקירה ובמקרה הצורך שפיטה של קציני צי שמעלו בתפקידם. לפרקליטות יכולת הכרעה בשאלות משפטיות ואתיות, כמו שאלת התבוניות של בינה מלאכותית.
אקדמיית הצי (Starfleet academy) - בית הספר לקצינים של צי הכוכבים. מרכז הכשרה אקסקלוסיבי, הידוע בתנאי הקבלה הקשים ובסטנדרטים הגבוהים שהוא דורש מחניכיו. לאקדמיה תוכנית חניכה ארבע-שנתית, הכוללת הכשרה מקיפה ביותר בפיזיקה, הנדסה, הישרדות, דיפלומטיה, טקטיקה, אתיקה, ביולוגיה, רפואה, תפעול מערכות ועוד. מרכז המוסד נמצא ליד מפקדת הצי, בפורט בייקר, אך חוליות צוערים יוצאות לאימוני טיסה בכל רחבי מערכת השמש. "החוליה האדומה", נבחרת העילית של הצוערים, אפילו זוכה למשימות כגון הקפת חלל הפדרציה בספינה המתופעלת על ידם. ידוע גם כי לאקדמיה יש מקבילה המיועדת לדרגות חוגרים, שתנאי הקבלה אליה פחות מחמירים ותוכנית החניכה שלה כנראה קצרה יותר.
מכיוון שמשימתו העיקרית של צי הכוכבים היא חקר החלל, חלק גדול מאנשי הצוות הם מדענים מתחומים שונים, העושים שימוש במערכי החיישנים של הספינות על מנת לחקור את המקומות שבהם הם עוברים, איש איש בתחומו. עם זאת, אף על פי שספינות הצי מבצעות משימות מחקר, ולמדענים בצי יש בבירור הכשרה מדעית מסודרת, מדים מיוחדים, מעבדות ושיוך אגפי, לא הוזכרה בזיכיון במפורש זרוע מוסדרת כלשהי המופקדת על חקר החלל.