פיוס השנים עשר
השפעתו במלחמת העולם השנייה

לאחר בחירתו לתפקיד במרץ 1939 הלינה התקשורת הנאצית על "עוינות מוטה וחוסר הבנה חשוך מרפא" בבחירתו של פאצ'לי לתפקיד האפיפיור. בבוקר שלאחר בחירתו דיווח עיתון בברלין: "בחירתו של הקרדינל פאצ'לי לא התקבלה בעין טובה בגרמניה היות שהוא התנגד תמיד לנאציזם ולמעשה קבע את מדיניות הוותיקן במהלך כהונתו של קודמו...". ה-Das Schwarze Korps, כתב העת הרשמי של האס אס, קבע כי "כנונציו וכמזכיר המדינה, אווג'ניו פאצ'לי גילה הבנה מועטה כלפינו; אין לנו אמונה רבה בו. איננו סבורים שבתור "פיוס השנים-עשר" הוא ילך בדרך שונה."
ב-20 באוקטובר 1939 פרסם פיוס השנים-עשר אנציקליקה בשם Summi Pontificatus שכותרתה המשנית "אחדות החברה האנושית" ובה גינה את הגזענות, וטען כי כל העמים בעולם הם צאצאי האדם הראשון. כמו כן, גינה את האידאולוגיה הטוטליטרית והביע דאגה לגורלה של פולין הכבושה. השגריר הגרמני בוותיקן הודיע כי מדינתו רואה באיגרת זו התקפה נגד הרייך השלישי.
בשלבים מוקדמים של המלחמה, פנו אישים שונים ומנהיגים יהודים מכל רחבי העולם החופשי אל האפיפיור וביקשו ממנו להכריז הכרזה פומבית בגנות הרדיפות האנטי-אנושיות כנגד היהודים, אך האפיפיור לא היה מוכן לכך. עם התרחבות מלחמת העולם השנייה האפיפיור פיוס השנים-עשר חשש למעמד הכנסייה הקתולית לנוכח רדיפות הנאצים את הכנסייה במקומות שונים תחת שליטתם. הוא העדיף לפעול באופן חשאי ולא פומבי למען היהודים. כמרים ונזירים החביאו יהודים רבים בכנסיות בהם מצאו מקלט. על פי הערכות שונות הוחבאו בכנסיות ובמנזרים כ-4,500 יהודים, מתוכם כ-400 בקריית הוותיקן.
בשידור רדיו לחג המולד של 1942 התייחס פיוס השנים-עשר לאסון הנורא של הנספים החפים מפשע, הנרצחים רק בשל לאום או גזע. בראשית 1943, כאשר כבר רבו הידיעות על אשר מתרחש באירופה, קיבל נציג הוותיקן בוושינגטון דו"ח המפרט באופן רשמי את הנעשה ביהודי אירופה. בדברי תשובתו לשגריר ארצות הברית בוותיקן, מירון טיילור, כותב נציג הוותיקן: "אני מאמין שהדו"ח מזויף. אך אודיע להוד מעלתו הקרדינל" (תאריך המכתב 7.3.43). כאשר פנו ארגונים יהודיים לוותיקן בתחילת 1944 ובקשו מהאפיפיור שיורה לנשיא סלובקיה הפרו-נאצי, הכומר ד"ר יוזף טיסו, שלא יענה לתביעות הנאצים ויגרש את יהודי ארצו למזרח משום שמשמעות הגירוש היא השמדה במשרפות פולין, כתב להם האפיפיור בדברי תשובתו כי "נשיא הרפובליקה הכומר ד"ר טיסו הבטיח שלא תהיינה רדיפות. התושבים רק ירוכזו ויישלחו לארץ אחרת".
שגריר בריטניה לוותיקן דיווח ב-26 בינואר 1944 כי "החשמן שר החוץ זימן אותי אליו היום כדי לומר לי שהאפיפיור מקווה שלא יימצאו חיילים כהי-עור בקרב המספר המועט של גייסות שאולי יחנו ברומא כחיל מצב אחרי כיבושה. הוא הזדרז והוסיף שהכס הקדוש אינו מכיר במחסום הצבע, אבל עזה תקוותו שיהיה אפשר למלא אחר הבקשה."
לקראת סוף המלחמה, ב-25 ביוני 1944, שיגר האפיפיור מברק אישי לשליט הונגריה מיקלוש הורטי בניסיון להציל את יהודי הונגריה וזה לשונו: "נתבקשנו מטעם כמה גורמים להתערב כדי להבטיח שהסבל שסבלו זמן כה רב בני אדם אומללים רבים החיים בחיק האומה האצילה והאבירית [שלך] מחמת השתייכותם הלאומית או הגזעית, לא יוארך ולא יוחמר. לבנו האבהי, הפועל מתוך אהבה לכל בני האדם, אינו יכול להישאר אדיש נוכח הבקשות הדחופות הללו. לכן פונה אני להוד מעלתך ופונה לרגשותיך הנאצלים, בתקווה שהוד מעלתך יעשה כל שבסמכותך כדי למנוע עוד סבל מבני אדם אומללים כה רבים". פנייתו של האפיפיור, לצד פעולתם של גורמים נוספים, הועילה במידה מסוימת, היות שפעולות ההשמדה של היהודים בהונגריה אכן פסקו לאחר שב-7 ביולי הורה הורטי על הפסקת משלוחי היהודים לאושוויץ. עם זאת, מדובר בשלב מאוחר ביותר של תהליך ההשמדה, לאחר שרק חלק קטן מיהודי הונגריה עוד נותר בחיים, בעיקר בבודפשט.
טענות רבות הופנו נגד האפיפיור גם לאחר תקופת המלחמה בנושא יחסו לסוגיית יתומי השואה, אותם ילדים יהודים שהתחבאו מפני הנאצים בכנסיות ומנזרים בזמן המלחמה ושהוריהם לא נותרו בחיים. לאחר השואה ביקש רבה הראשי של ישראל, הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג, כי יפרסם הודעה רשמית ופומבית כלפי כל הממסדים הדתיים והמנזרים הקתולים על מנת שיקלו את עבודת החיפוש של ארגונים יהודים אחר יתומי השואה שהוחבאו בתוכם. פיוס השנים-עשר ביקש לא להטביל ילדים אלו, אבל סירב להחזיר למשפחתם את אלה שכבר הוטבלו. עמדה זו ביטא למשל במקרה של האחים פינאלי שהוחזרו לדודתם המחפשת אותם רק אחר לחצים רבים של ארגונים יהודים בצרפת על הכנסייה הקתולית.
בנוסף לכך, בזמן שהאיום כלפי הוותיקן נעלם לגמרי, אינטלקטואלים קתולים הופתעו שהאפיפיור לא הסביר למאמיניו את אופיו הייחודי של רצח שישה מיליון יהודים בתוך נוראות המלחמה. אינטלקטואלים אלה קיבלו תשובה לפיה: יבוא זמן ויתגלה בבירור גודלו של פיוס השנים-עשר בפעולתו כמושיע יהודים.