אדווין סטנטון
מזכיר המלחמה בממשל לינקולן > ימיו הראשונים בתפקיד

תחת קמרון, זכתה מחלקת המלחמה בכינוי "בית המשוגעים" (lunatic asylum). המחלקה זכתה לכבוד מועט מאנשי הצבא ומפקידי הממשל ובאופן שגרתי הייתה התעלמות מסמכויותיה. הגנרלים של הצבא החזיקו בידיהם את עיקר נטל הסמכות המבצעית בצבא בעוד שהנשיא ומחלקת המלחמה התערבו רק במקרים יוצאים מן הכלל. למחלקת המלחמה היו גם יחסים מתוחים עם הקונגרס, במיוחד עם ג'ון פוקס פוטר, יושב ראש "הוועדה לנאמנות העובדים הפדרליים" של בית הנבחרים, ששאפה לסלק את אוהדי הקונפדרציה במוסדות הממשלה. פוטר דרבן את קמרון לסלק כחמישים עובדים שנחשדו באהדה לקונפדרציה, אך זה לא הקדיש לו שום תשומת לב.
ב-20 בינואר הושבע סטנטון לתפקידו. מיד לאחר מכן הוא פעל לשיקום היחסים בין הקונגרס לבין מחלקת המלחמה. ביומו הראשון לכהונתו הוא קיים פגישה עם פוטר ובאותו יום פוטרו ארבעה עובדים מהמחלקה. היה זה מספר נמוך לאין ערוך מחמישים האנשים שפוטר דרש את פיטוריהם קודם לכן, אך עדיין הוא היה שבע רצון. סטנטון נפגש גם עם הסנאטור בנג'מין וייד ועם הוועדה המשותפת של הקונגרס לניהול המלחמה שהוא עמד בראשה. הוועדה הייתה בעלת ברית חיונית ופורייה מבחינתו של סטנטון. הייתה לה סמכות לזמן עדים, ולפיכך היא הייתה מסוגלת להשיג מידע שסטנטון לא היה מסוגל לקבלו וכך התאפשר סילוקם של עובדים בעייתיים של מחלקת המלחמה. וייד והוועדה שמחו למצוא בעל ברית ברשות המבצעת והם קיימו פגישות עם סטנטון באופן תדיר מכאן והלאה. סטנטון ערך מספר שינויים ארגוניים במחלקת המלחמה. הוא מינה את ג'ון טאקר, שהיה מנהל בחברת הרכבת "פילדלפיה ורידינג" ואת פיטר ה. ווטסון, שותפו בתיק מק'קומריק נגד מאני, למזכיריו האישיים והרחיב את סגל המחלקה ביותר משישים עובדים. יותר מכך, סטנטון פנה לסנאט להשהות את המינויים לתפקידי קצונה בצבא עד שהוא יוכל לבחון יותר מ-1,400 איש שהיו מועמדים לקידום. עד אז, מערכת הקידומים בצבא הייתה מושחתת ואנשים שמצאו חן בעיני הממשל זכו בקידום, ללא קשר לסגולותיהם האישיות. שיטה זו הופסקה על ידי סטנטון.
ב-29 בינואר הורה סטנטון שכל החוזים עם יצרני ציוד עבור הצבא שמחוץ לארצות הברית יבוטלו ויוחלפו בחוזים עם יצרנים מקומיים. הוא גם הורה שלא יחתמו יותר חוזים עם יצרנים מחברות זרות. הוראה זו עוררה חששות בקבינט. הממלכה המאוחדת וצרפת רק חיפשו סיבה להכיר בקונפדרציה ולתמוך בה וההוראה הזאת של סטנטון סללה את הדרך לכך. מזכיר המדינה סיוארד סבר שהוראה זו תגרום ל"סיבוכים ביחסי החוץ". סטנטון התעקש והוראתו נותרה על כנה.
בינתיים, פעל סטנטון ליצור מערכת תחבורה ותקשורת יעילה בכל רחבי הצפון. מאמציו התמקדו במערכת הרכבות ובקווי הטלגרף. הוא פעל בשיתוף פעולה עם וייד לקדם את קבלת הצעת החוק בקונגרס שתגדיר את יכולותיהם של הנשיא ושל הממשל לתפוש בכוח קווי רכבת וטלגרף לצורכיהם. חברות הרכבות בצפון התאימו לצרכיה של הממשלה הפדרלית ברוב המקרים והחוק הופעל במקרים נדירים בלבד. סטנטון גם דאג להבטחת השימוש של הממשלה בטלגרף. הוא העביר את פעילות הטלגרפיה הצבאית ממפקדת הארמייה של מק'קלן למחלקת המלחמה, החלטה שלא הייתה לסבירות רצונו של הגנרל. צעד זה נתן לסטנטון שליטה הדוקה יותר על פעילות התקשורת של הצבא והוא ניצל זאת. הוא כפה על כל נציגי העיתונות לעבוד דרך עוזרו ווטסון, ולעיתונאים בלתי רצויים לא התאפשרה גישה לתכתובות ממשלתיות רשמיות. אם אחד מהעיתונאים הללו פנה לגורם אחר במחלקת המדינה הוא הואשם בריגול.
טרם כניסתו של סטנטון לתפקיד חילק הנשיא לינקולן את האחריות על ביטחון הממשלה כנגד בגידה ומעשים דומים לכמה מחברי הקבינט, בעיקר מזכיר המדינה סיוארד, שכן הוא לא בטח בתובע הכללי בייטס ובמזכיר המלחמה הקודם קמרון. תחת סטנטון, קיבצה מחלקת המלחמה לאחריותה את כל הסמכויות הנוגעות לביטחון הפנים. חלק מרכזי באסטרטגיה של סיוארד לשמירת ביטחון הפנים, היה ביצוע מעצרים שרירותיים וסטנטון המשיך בכך. הדמוקרטים מתחו על כך ביקורת חריפה, אך הנשיא לינקולן קבע שזו אחריותו העיקרית לשמור על טוהר המידות ועל ביטחון הממשלה, ושההמתנה עד שיבוצעו בפועל מעשי בגידה תגרום נזקים. בהוראתו של סטנטון החזיק סיוארד במעצר רק את העצירים שמהם נשקפה הסכנה הברורה ביותר ושחרר את האחרים.