stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
פרידריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה
מסע הצלב החמישי

עיקר תשומת הלב של האפיפיור אינוקנטיוס השלישי הופנתה למימוש רעיון מסע הצלב. רעיון זה שימש את אינוקנטיוס השלישי, הידוע כאחד מהגדולים והחשובים שבאפיפיורים, ככלי למימוש רעיונות ושאיפות ביחס למקומה המרכזי של הכנסייה הקתולית בעולם הנוצרי. פעילותו הנמרצת של האפיפיור החזירה את מסעי הצלב אל מרכז תשומת הלב הציבורית באירופה. עם האיגרת ובה הבשורה על בחירתו כאפיפיור, הודיע אינוקנטיוס לפטריארך של ירושלים על כוונתו לארגן מסע צלב כחלק מהאסטרטגיה הרואה בתנועה הצלבנית פן אחד מתוך מדיניות כוללת, שמטרתה שליטה של הכנסייה הקתולית ושל העומד בראשה בכל האספקטים של החיים ושאיפה לאיחוד הכנסייה הקתולית עם הכנסייה הביזנטית - מזרחית.
מערכת שיקולים זו היא שהוציאה את מסע הצלב הרביעי והייתה הנושא המרכזי של ועידת לטראנו הרביעית, שנפתחה ב-11 בנובמבר 1215. כך העבירה הוועידה מספר רב של החלטות, שיהוו את הבסיס לדוגמה של הכנסייה הקתולית, וכן החלטה על ארגון מסע צלב חדש, מסע הצלב החמישי. החלטות הוועידה לא ייעדו לפרידריך כל תפקיד במסע הצלב העתיד לבוא ואף כלל לא הזכירוהו, הן מחמת מעמדו הרופף בגרמניה בשנת 1215 והן בשל אופיו של מסע הצלב, שאמור היה להיות דתי, ובראשו נועד לעמוד איש סודו של האפיפיור. ב-16 ביולי 1216, בעודו מטיף למסע הצלב, נפטר האפיפיור אינוקנטיוס השלישי ועל כס האפיפיור עלה הונוריוס השלישי. עם אפיפיור זה, ובמיוחד עם האפיפיור שכיהן אחריו, ינהל פרידריך מערכת יחסים מורכבת ורצופת עימותים.
מסע הצלב החמישי החל במצור ארוך ואכזרי על העיר דמיאט. כיבוש העיר לא הצליח ליצור מומנטום שיביא להכנעת הסולטאן האיובי אלמלך אל עאדל, אחיו של סלאח א-דין, והמחנה הצלבני היה שקוע בסכסוכים פנימיים במשך שנה וחצי. בעיה זו הביאה את האפיפיור לקרוא לקיסר לממש את התחייבותו לצאת למסע צלב. קריאות אלו, שלא נענו ונתקלו בהתחמקויות, הביאו להתרחקות בין האפיפיור לבין בן טיפוחיו, פרידריך השני, והעלו את הכס הקדוש על מסלול התנגשות עם הקיסרות הרומית הקדושה.
ב-30 באוגוסט 1221 נחתם הסכם אלברמון בין צלבני מסע הצלב החמישי לבין הסולטאן המצרי אלמלך אלכאמל, שהביא לקיצה של ההרפתקה הצבאית במצרים. הצבא הצלבני יצא ממצרים ופינה את העיר המבוצרת דמיאט. הוכרזה שביתת נשק לתקופה של 8 שנים בין מצרים האיובית לממלכת ירושלים. האפיפיור הונוריוס השלישי המשיך ללחוץ על הקיסר פרידריך השני לממש את הבטחתו ולצאת בראש מסע צלב חדש. במהלך השנים 1221–1222 ניהל הונוריוס השלישי סדרת פגישות מגובה במכתבים עם הקיסר ונציגיו על מנת להבטיח את ארגון מסע הצלב, בתיאום עם המסדרים הצבאיים ועם מלך ירושלים, ז'אן דה בריין. בפגישה שנערכה בשנת 1222 בעיר האיטלקית ברינדיזי, הוסכם בין האפיפיור, הקיסר ומלך ירושלים על הוצאת מסע צלב חדש. בפגישה נוספת, שנערכה בשנת 1223, הציעו מלך ירושלים והאפיפיור, ככל הנראה כתמריץ, שהקיסר יישא לאישה את איזבל, בתו בת ה-11 והיורשת של מלך ירושלים. יציאת מסע הצלב נקבעה לשנת 1225.
בספרו "פרידריך השני, קיסר מימי הביניים" נדרש פרופסור דייוויד אבולעפיה לשאלת יחסו של פרידריך לצלבנות ולעיכובים ביציאתו למסע הצלב. על פי הספר, פרידריך השני היה תומך נלהב של רעיון מסעי הצלב, כבר ביום הכתרתו נטל על עצמו את שבועת הצלבן, וראה במימוש שבועתו חלק ממורשת אבותיו הקיסרים לבית שטאופן, שנטלו את הצלב. המאבק המתמשך לאחד ולבסס את מעמדו של פרידריך בגרמניה ומעמדה של הקיסרות בשטחים הנרחבים שתחת מרותה, הביאו את המציאות הפוליטית האירופית לכלל התנגשות עם חובתו כצלבן ולעימות ישיר עם הכס הקדוש.
מסע הצלב החמישי > נישואים שניים

פעולתו הראשונה של הקיסר בדרכו "המחודשת" למסע הצלב הייתה מימוש הצעת הנישואים לאיזבל. ארבע עשרה אוניות יצאו לנמל עכו, שם ניהל נציג הקיסר טקס אירוסים וענד טבעת על אצבעה של איזבל בכנסיית הצלב הקדוש. לאחר מכן הוכתרה איזבל למלכת ירושלים בקתדרלה של העיר צור ומשם הפליג הצי הקטן אל ברינדיזי, שבה נערך טקס הנישואים ב-9 בנובמבר 1225, בהשתתפות אביה ואצילי ממלכת ירושלים. עם מימוש הסכם הנישואים הפכה ממלכת ירושלים לחלק מהאימפריה הרומית הקדושה. איזבל הועברה לארמונו של פרידריך השני בפלרמו ובנובמבר 1226 ילדה לו בת, שנפטרה באוגוסט 1227. ב-25 באפריל 1228 היא ילדה את בנם, קונרד הרביעי, מלך גרמניה, הידוע גם כקונרד השני, מלך ירושלים, בעיר אנדריה שבנפת בארי שבאיטליה. איזבל נפטרה כתוצאה מסיבוכים שלאחר הלידה ב-4 במאי (או על פי מקורות אחרים ב-1 במאי), והיא בת 17. היא נקברה בקתדרלה שבאנדריה. התואר "מלך ירושלים" עבר רשמית לתינוק עול הימים.
מסע הצלב השישי > פרידריך השני בקפריסין

בשנת 1227 נאספו גדודים של עולי רגל וצלבנים חמושים בנמלים של דרום איטליה. ביום 8 בספטמבר עלה הקיסר על אונייה בליווי הפטריארך החדש של ירושלים, נציג האפיפיור ג'רולד. שלושה ימים לאחר ההפלגה נעצר צי הצלבנים בדרכו לארץ ישראל לאחר שהקיסר הודיע על מחלה פתאומית שתקפה אותו. עיכוב זה הגדיש את הסאה והאפיפיור החדש - גרגוריוס התשיעי - הטיל חרם על הקיסר.
ביום 28 ביוני 1228 יצא פרידריך השני מנמל ברינדיזי ועימו צי קטן של כארבעים ספינות וכמה מאות חיילים. מסע בן שלושה שבועות הביא את הצי אל נמל לימסול בקפריסין. ביקור הקיסר בקפריסין לא היה מקרי אלא היווה חלק מפעולות שנועדו לביסוס מעמדו כשליט בזכות של ממלכות הצלבנים במזרח - הזדמנות להשתלט על האי ועושרו ואפשרות ליצירת בסיס ימי לאימפריה הרומית הקדושה.
בספטמבר 1228 נערך העימות בין הקיסר פרידריך השני לצלבני ממלכת קפריסין וירושלים. הקיסר בחר להכות ביריביו העיקריים - משפחת איבלין, שעמדה בראש מפלגה של אבירים צלבניים, אשר החזיקה למעשה את השלטון בממלכת ירושלים עם אחיזה ונכסים בממלכת קפריסין הצלבנית. בארוחת ערב בארמון משפחת איבלין בלימסול פונה הקיסר לז'אן מאיבלין, אדון ביירות, ראש המשפחה, בגיבוי כוח צבאי קיסרי חמוש, ודרש כי הלה יעביר לידיו את העיר ביירות והכנסות המדינה הצלבנית בקפריסין. בניגוד לצפיותיו כי דרישותיו יתקבלו ללא ערעור ויוציאו את משפחת איבלין מהמשחק, מעצם משקלן הפיננסי, נתקל הקיסר בהתנגדות מנומקת על פי החוק המקומי ודרישה מצד ז'אן מאיבלין להעמיד את תביעת הקיסר למבחן בית משפט של ממלכת ירושלים.
המצב הגיע אל סף רתיחה והצדדים פרשו למחנותיהם. בני משפחת איבלין העמידו את כוחותיהם באי בכוננות, אך לא היו מוכנים להיכנס לעימות צבאי מול הקיסר. הקיסר, מצידו, לא היה מוכן לסכן את מעמדו, המעורער בלאו הכי, בהיותו מוחרם על ידי הכנסייה. המסדרים הצבאיים תיווכו בשביתת נשק, שסיכומה הוא העברת מבצרי האי לשליטת המלך הקטין, מינוי מפקדים למבצרים מטעם הקיסר והעברת הכנסות ממיסוי האי לידי הקיסר פרידריך השני, כמו גם התחייבות של שני הצדדים לשיתוף פעולה בארץ ישראל.
מסע הצלב השישי > הקיסר בארץ ישראל

ב-2 בספטמבר 1228 יצא הקיסר מקפריסין ולאחר חמישה ימים הגיע לטריפולי. ממנה המשיך לעכו, אליה הגיע ב-7 בספטמבר. למרות הבלבול בנוגע למעמדו של הקיסר, שבעת ההיא היה מוחרם על ידי הכנסייה, ולמרות הסכסוך עם משפחת איבלין, שכוחה בממלכת ירושלים היה משמעותי, התקבלו הקיסר ומלוויו בשמחה ובחגיגות וראשי המסדרים הצבאיים כרעו ברך לפניו. במקביל, התברר לקיסר כי בעת שהותו בארץ הקודש פעל האפיפיור באופן אינטנסיבי לפגוע באינטרסים של הקיסרות באיטליה ובינואר 1229 נכנס המשא ומתן בין הקיסר לסולטאן המצרי לשלבים מכריעים. ביום 11 בפברואר כינס המלך מועצה של אבירי הממלכה ודיווח להם על פרטי ההסכם.
הסכם יפו נחתם לתקופה של עשר שנים ועל פיו הועברו שטחים נרחבים בארץ ישראל לשליטה צלבנית. שטח מישור החוף בין ביירות ליפו הפך לשטח בשליטה נוצרית רצופה. בדרום המדינה הצלבנית נמתחה מובלעת נוצרית מיפו אל פנים הארץ - אל לוד ורמלה ומהן אל ירושלים, כולל אזור בית לחם. ירושלים נמסרה לידי הצלבנים ולשליטתו המלאה של הקיסר. אזור הר הבית, ובו מסגד אל-אקצא ומבנה כיפת הסלע, נשאר בידי חיילים מוסלמים. בשיח' אל-מוראד שביפו נמצאה כתובת אבן מונומנטלית של פרידריך השני בו הוא מתפאר בבניית חומות העיר ומתאר את הנסיכויות בהן הוא שולט בארץ המגף. האבן מוצגת במוזיאון ישראל.
מסע הצלב השישי > הכתרה למלך ירושלים

זמן קצר לאחר חתימת ההסכם יצא הקיסר לירושלים ובעקבותיו רוב משתתפי מסע הצלב. ביום שבת, 17 במרץ, הגיעו עולי הרגל אל מול החומות ההרוסות של ירושלים. בשערי העיר ניצב הקאדי של שכם ומסר לקיסר את מפתחות העיר. למחרת, ביום ראשון, 18 במרץ 1229, יצא הקיסר פרידריך השני, לבוש בבגדי מלכות, אל כנסיית הקבר. הוא שם על ראשו, ללא גינוני טקס, את כתר מלכות ירושלים. לאחר מכן ערך הקיסר פגישה מחוץ לחומות העיר ירושלים עם ראשי המסדרים הצבאיים, בה הציע תוכנית פעולה לשיקום ביצורי ירושלים. ראשי המסדרים, לכודים בין צווי האפיפיור לרצונם להבטיח את שלום ירושלים, ביקשו שהות לתשובה. הקיסר, שאיבד את סבלנותו וחדל למחול על כבודו, פקד על חייליו לאסוף בכוח הזרוע את התרומות של עולי הרגל למימון ביצורי העיר ויצא לכיוון עכו בבוקר יום 19 במרץ, כשקללת חרם נוסף מרחפת על ראשו, על מנת שלא לחזור לעולם לירושלים.
מסע הצלב השישי > סיום מסע הצלב

ביום 25 במרץ הגיע הקיסר פרידריך השני אל עכו ומסע הצלב השישי החל להתפרק. הקרע בין הקיסר ונציגי האפיפיור החל להתגבש לכלל עימות. בעוד הפטריארך ג'רולד מגייס לוחמים מקרב עולי הרגל היו התנגשויות אלימות וחמושות בתוך העיר עכו מעשה של יום יום. אירוניה היסטורית היא שהקיסר, שהצליח להשיג הבנה במשא ומתן עם המוסלמים, נכשל בכל מגעיו עם הכנסייה הקתולית. לאחר חתימה על סדרת צווים מנהלתיים וויתור על דיון משפטי בשאלות קפריסין וביירות היה הקיסר מוכן לעזוב את ממלכת ירושלים. בסוף אפריל 1229 הגיעו אוניות הקיסר לעכו וביום 1 במאי עלה הקיסר בחשאי על ספינתו ועזב את חופי הארץ. בדרכו ממשכנו אל החוף הוא נתקל בקבוצה של תושבי העיר עכו שקיבלו את פניו בצעקות בוז וזרקו לעברו שיירים של בשר מבתי המטבחיים.
עם מות אשתו איזבל מלכת ירושלים הפך פרידריך לעוצר עבור בנו הקטין קונרד. הסכסוך בין הקיסר לאצילי הארץ עלה מדרגת מלחמת אזרחים הידועה כמלחמת הלנגוברדים וקרבות עזים התחוללו בתוך העיר עכו והתפשטו אל האי השכן קפריסין. במקביל התקיימה מערכה משפטית שבסופה נותרה מדינת הצלבנים ללא דמות העומדת בראשה - מלך או מלכה, והשלטון היה בידי אספת אצילים הנשמעת ל"מפלגה" מקומית בראשות בני משפחת איבלין. פרידריך ובנו קונרד, למרות זכותם לכתר, לא יחזרו ולא יממשו את זכותם.
מלחמות באיטליה וגרמניה > הסכם סן ז'רמנו

חזרתו של פרידריך השני לסיציליה אפשרה לו לערוך סדר בביתו. בהיעדרו ניצל האפיפיור את החלל שנוצר וכוחותיו, בפיקודו של ז'אן דה בריין (חותנו של פרידריך, אביה של איזבל השנייה, מלכת ירושלים), ערערו את שלטונו של פרידריך באיטליה ובסיציליה. בתקופה קצרה הצליח פרידריך לדחוק את צבא האפיפיור וביום 20 ביולי 1230 נחתם הסכם שלום, הידוע כהסכם סן ז'רמנו, בין האפיפיור גרגוריוס התשיעי לפרידריך השני. חוזה זה השכין שלום זמני בין היריבים. החרמתו של פרידריך בוטלה ונחלות של הכס הקדוש באיטליה הוחזרו לשלטון האפיפיור.
מלחמות באיטליה וגרמניה > נישואים שלישיים

הפשרת היחסים בין הכס הקדוש לקיסר אפשרה לגרגוריוס התשיעי לשדך בין פרידריך, שהיה אלמן בן 40, לאיזבל מאנגליה, אחותו בת ה-21 של ג'ון, מלך אנגליה. פרידריך חשש כי נישואים אלו יפגעו בקשריו עם הכתר הצרפתי, אך הכיר בתועלת שיביאו כגורם העשוי לשלול תמיכה אנגלית מיריביו בגרמניה ובאיטליה. הנישואים נערכו ב-15 ביולי 1235 בקתדרלה של וורמס. בעקבות נישואים אלו הוכתרה איזבל לקיסרית, מלכת גרמניה וסיציליה. היא נפטרה ביום 1 בדצמבר 1241 בעת לידה ונקברה לצידה של איזבל, אשתו השנייה של פרידריך, בקתדרלת העיר אנדריה שבאיטליה.
פרטים על צאצאי הזוג המלכותי אינם ברורים אך ככל הנראה נולדו לאיזבל ולפרידריך ארבעה ילדים:
תינוק, שייתכן ושמו היה פרידריך, נולד ונפטר בשנת 1236
תינוקת בשם אגנס, נולדה ונפטרה בשנת 1237
היינריך, נולד ב-18 בינואר 1238 ונפטר במאי 1254
מרגרט מסיציליה, נולדה ב-1 בדצמבר 1241 ונפטרה ב-8 באוגוסט 1270
מלחמות באיטליה וגרמניה > מרד בגרמניה

התמקדות פרידריך בנחלותיו האיטלקיות וישיבתו בסיציליה כמרכז שלטונו הביאו להתפוררות הסדר השלטוני בגרמניה. בנו מנישואיו הראשונים, היינריך השביעי, מלך גרמניה, קיבל את השלטון על הפדרציה של הנסיכויות הגרמניות כווסל וכשליט מטעם פרידריך. עצמאותו ההולכת וגוברת של היינריך, הצלחתו בהשלטת מרותו על נסיכי גרמניה ולבסוף ניהול מדיניות עצמאית מול מלכי אירופה, הביאו את פרידריך ביום 5 ביולי 1235 להורות על הדחתו של היינריך. המלך הגרמני החליט למרוד כנגד אדונו הפיאודלי וחבר לליגה הלומברדית - קואליציה של ערי-מדינה מצפון איטליה- שהוקמה כתגובת נגד לשאיפות הטריטוריאליות של האימפריה הרומית הקדושה. צבא קיסרי עלה צפונה לכיוון גרמניה ובואו שבר את המרד והביא את היינריך לכדי כניעה לאביו, שעוד בשנת 1235 נכנע, נשפט ונכלא.
היינריך נשאר כלוא באתרים שונים בגרמניה ואיטליה עד ליום מותו מבלי שחדל ממרדנותו. נתיחה שלאחר המוות שנעשתה לשלד של היינריך השביעי בשנת 1998 הצביע על מחלת הצרעת וייתכן כי זו גם הסיבה האמיתית לקרע בין האב לבן. ביום 12 בפברואר 1242 נפל היינריך מסוס בעת שהועבר מכלא לכלא. היסטוריונים בני התקופה ציינו כי נפילה זו הייתה למעשה התאבדות מכוונת. הוא נקבר בטקס מלכותי מפואר בקתדרלה של העיר האיטלקית קוסנצה.
כיסא המלוכה הגרמני הועבר לקונרד הרביעי, מלך גרמניה, שנשא גם בתואר של מלך ירושלים, אותו ירש מאימו איזבל השנייה. על מנת לבסס את מעמדו ושלטונו בגרמניה העניק פרידריך לדוכסים הגרמנים זכויות-יתר וסמכויות חסרות תקדים בהיקפן ובמהותן, שלא תישללנה מהם על ידי קיסרים אחרים. תחילת תהליך הענקת הזכויות החל בהכתרה בוועידה שנערכה ב-1220. פרידריך העניק לנסיכים-הגמונים סמכות עצמאית לקבוע מכסים, לטבוע מטבעות, לעצב מערכות משפט ואף לבצר את הטריטוריות שלהם באופן עצמאי. בשנת 1232 הוענקו הזכויות הללו גם לנסיכים החילוניים (שכונו לראשונה domini terrae, אדוני אדמתם; שינוי מובהק בטרמינולוגיה הפוליטית). באמצעות מתן פריבילגיות אלה ביקש פרידריך להשקיט את הטריטוריות שמצפון להרי האלפים ואת שליטיהן, על מנת שיוכל להתרכז באדמותיו באיטליה ובסיציליה.
ביום 27 בנובמבר 1237 הכה פרידריך את צבאות הליגה הלומברדית בקרב קורטנובה (איטלקית: Battaglia di Cortenuova sull'Oglio), גם בזכות קשתיו המוסלמיים, והביא את הברית על ברכיה, תוך שהוא מחזק את שמו כאסטרטג מבריק. עם זאת, בקוצר ראות לא אופייני לו, דחה את הצעות השלום של הליגה ושל הכוח העיקרי שבה - מילאנו. דרישתו לכניעה ללא תנאי השאירה את הליגה כיריב עקשני עד למותו של הקיסר.
מלחמות באיטליה וגרמניה > כיבוש סרדיניה

המאבק מול הליגה הלומברדית חידש את העימות עם הכס הקדוש. העימות הפך לגלוי עם ההשתלטות על סרדיניה על ידי צבאו של הקיסר בראשות בנו הממזר, אנציו מסרדיניה. תפיסת האי חיזקה את הקיסר על חשבון האפיפיור, שראה בצעד התקפה ישירה על מדינת האפיפיור והטיל חרם מחודש על הקיסר. הפעם היה פרידריך מוכן לחרם והגיב בגירוש פקידים של הכס הקדוש ומינוי אנציו כנציב קיסרי על צפון איטליה. אנציו, מצידו, המשיך לערער את אחיזת האפיפיור בלומברדיה, בעוד צבאות הקיסר כובשים את טוסקנה וחלקים נוספים ממדינת האפיפיור.
איטליה הייתה במצב של לחימה מתמדת, כאשר שתי קבוצות של ערים מחוץ לתחום השליטה הקיסרי מתעמתות ביניהן. פלג הגואלפים ובראשו בולוניה וג'נובה נתמך על ידי הכס הקדוש ופלג הגיבלינים בראשות פיזה וסיינה נתמך ותמך בקיסרות. קשרים אלו ליבו את האיבה בין הקיסר לאפיפיור, העמיקו את העימותים והגבירו את התהום הפעורה בין הצדדים.
בצר לו החליט גרגוריוס התשיעי לכנס ועידה של קרדינלים ואנשי כנסייה מכל אירופה, במטרה לאחד כוחות ולהכריע את הקיסר. פרידריך נקט בגישה מקורית בנוגע לאיום שהציגה הוועידה ומנע את כינוסה על ידי יירוט אנשי הכנסייה שהגיעו לאיטליה בדרך הים. צי פיזאני ארב לספינות עליהן היו שני קרדינלים ושבה אותם. מותו הפתאומי של האפיפיור גרגוריוס התשיעי, ביום 22 באוגוסט 1241, שימש כאנטי קליימקס ושיבש את תוכניות הכס הקדוש.
הקיסר מול אינוקנטיוס הרביעי

מותו של גרגוריוס וצעדי המנע האגרסיביים שנקט פרידריך, שכללו סגר על הדרכים המובילות לרומא, הטילו את מדינת האפיפיור לתוהו. תהליך בחירת האפיפיור, הקונקלווה, נסתיים בפשרה. האפיפיור סלסטינוס הרביעי נבחר ביום 25 באוקטובר 1241 ונפטר ביום 10 בנובמבר 1241 - לפי המסופר ממחלה שהתפתחה במהלך הבחירות. ביום 25 ביולי 1243 נבחר אינוקנטיוס הרביעי לתפקיד. אפיפיור זה - מתנגד חריף לקיסרות וקנאי למעמד הכס הקדוש - עתיד להתגלות כיריב העקשן ביותר של הקיסר.
עם היוודע דבר הבחירה הסיג פרידריך את כוחותיו מאזור רומא ושחרר את הקרדינלים השבויים. שני הצדדים הצהירו על נכונות למשא ומתן, אך חילוקי הדעות, בעיקר על השליטה בצפון איטליה, העלו משא ומתן זה על שרטון. עד מהרה התחדשו הקרבות באזור רומא וצפון איטליה. האפיפיור, שרגליו נדחקו על ידי גיסות הקיסר, נסוג מרומא לג'נובה ומשם לעיר ליון. ביום 24 ביוני 1245 נערך בליון סינוד בראשות האפיפיור החדש, המורכב בעיקר מקרדינלים צרפתים וספרדים. בנאומו בוועידה קרא האפיפיור לקיסר כופר וקרא להדיחו מכיסא הקיסר, קריאה שנתקבלה בוועידה ביום 17 ביולי. השלכות נידוי והדחה אלו היו מרחיקות לכת וגלי הלם הכו בכל מדינות אירופה. הקרבות בין הקיסר לתומכי האפיפיור החריפו והתפשטו אל תוך גרמניה.
מסכם ההיסטוריון היהודי גרמני ארנסט קנטורוביץ', מהביוגרפים הבולטים של הקיסר והקיסרות במאה ה-20:
”פרידריך השני הפך לקריאת הקרב של המערב, עקוב מדם ופראי יותר מהעימות שקרע את העולם הנוצרי סביב אישיותו בלבד. זו הפעם הראשונה שאדם אחד הגיע לחשיבות אישית מסוג זה - פרידריך האיש - לא פרידריך הקיסר, כי אם האישיות של הקיסר הפכה לרעיון אוניברסלי. אם פרידריך לא הצליח להתעלות בעצמו, הרי הכס הקדוש עדיין התייחס למאבק כרעיון דתי. תוך התרכזות מיוחדת ברעיון יחיד הניחה הכנסייה בצד את כל המטלות האחרות והקדישה את כל הארגון חובק העולמות שברשותה למטרת הריסתו של איש אחד. לצורך זה הגדילה הכנסייה את דמותו לממדי ענק. האפיפיורות נלחמה בעצמה, בכל כוחה וכל משאביה - לא בקיסר או בקיסרות - אלא בדמון אחד, שבו נתגלם כל הרוע שבעולם, הוהנשטאופן אחד הנושא את השם פרידריך”
שליחים של האפיפיור, ובהם הארכיבישוף של קלן ושל מיינץ, חזרו על הכרזת האפיפיור על פרידריך כמי שהודח מכיסאו. יורש חדש לכיסא הקיסרות הוכרז וקרבות נערכו בפרנקפורט ובנסיכויות אחרות, אך ללא הכרעה. בשנת 1247 בחרו הנסיכים המורדים את ויליאם השני, רוזן הולנד כקיסר והוא הוכתר בשנת 1248, לאחר שהעיר אאכן נפלה לידיו. אף על פי ששלטונו נמשך עד ליום מותו בינואר 1256, הרי שתחום שלטונו היה מוגבל לאזור הריין.
במקביל חיזק פרידריך את אחיזתו בדרום איטליה על ידי חלוקת תארים ותפקידים, תוך שהוא דוחק את האפיפיור לעמדת התגוננות נואשת.
הקיסר מול אינוקנטיוס הרביעי > מצור פארמה

בחודש יולי 1247 התמרדה העיר פארמה, שעד לאותה עת היוותה חלק מפלג הערים התומך בקיסר, גירשה את נציגי הקיסרות והעבירה את תמיכתה לפלג הגואלפים. פרידריך אסף צבא ועלה על העיר. הצבא הקיסרי בנה חומת מצור מסביב לפארמה ואת המחנה הקיסרי קבע פרידריך בעיר מבוצרת על ידי חומות עץ שהקים ולה קרא ויטוריה. המצור על העיר נמשך, ובעוד הנצורים מתמודדים עם רעב ומחלות הביא פרידריך את חצרו, הרמונו ואת האוצר הקיסרי למחנהו ועסק בציד ביערות הסביבה. ב-18 בפברואר 1248 פרצו המגינים מתוך העיר, חדרו אל תוך המחנה הקיסרי וכבשו אותו. בקרב שהתחולל לרגלי חומות העיר הוכה הצבא הקיסרי והאוצר נלכד על ידי אנשי פארמה. אובדן זה שינה את המומנטום של המערכה כולה. מפרידריך נגזלו אמצעים כספיים למימון המערכה נגד האפיפיור ואויביו, שעד לרגע זה היו עם גבם לקיר, זכו בזריקת עידוד. כך אבדה לקיסר שליטתו בערים רבות באיטליה.
הקיסר מול אינוקנטיוס הרביעי > מות אנציו מסרדיניה

שנת 1249 החלה בהידרדרות נוספת במעמדו של הקיסר. הוא פיטר את יועצו וראש ממשלתו פייטרו דה לה ווין באשמות בגידה ומעילה. השר נשפט, עיניו נעקרו והוא הושם בכלא בפיזה ושם מת. ככל הנראה התאבד.
בחודש מאי של אותה שנה יצא צבא של הפלג הגיבליני בראשות המיליציה של העיר בולוניה לכיוון העיר הקיסרית מודנה. אנציו מסרדיניה, שליט צפון איטליה מטעם הקיסר, יצא לפגוש את הצבא הבולונזי ובקרב שנערך ב-26 במאי 1249, קרב הידוע בשם קרב פוסלטה (איטלקית: Battaglia di Fossalta), ניצחו הבולונזים וצבא הקיסר נמלט משדה הקרב. אנציו, בן 23 בעת הקרב, נלכד והובל לבולוניה, שם הושם בכלא, ארמון הקרוי על שמו, עד ליום מותו בשנת 1272. לקרב עצמו לא היו השלכות אסטרטגיות ויריביו של הקיסר לא הצליחו לתרגם את הניצחון לשינוי הסטטוס באיטליה. שביית בנו, שהיה גם אחד מאנשי אמונו, הנחיתה על הקיסר מהלומה מוראלית. נקודת שפל זו סימנה שנה קשה לאימפריה הרומית משאבדה שליטתה בערים קומו ומודנה.
אנציו מסרדיניה נלכד ונכלא
ארמון המלך אנציו (Palazzo Re Enzo) בבולוניה
המצבה לאנציו מסרדניה בבזיליקה של דומיניק הקדוש - בולוניה
מות הקיסר

שנת 1250 ראתה את חזרתו של השלטון הקיסרי למרבית שטחה של איטליה. בקרב צינגולי הוכו צבאות הברית הגואלפית מחוזקים בצבא האפיפיור, בעודם מנסים לתקוף את סיציליה. תבוסה זו הביאה לחזרת השלטון הקיסרי לערים שהיו תחת שליטת האימפריה לפני קרב פארמה. בגרמניה נדחקו רגליו של ויליאם השני מהולנד בסדרת ניצחונות של קונרד הרביעי. אך פרידריך לא לקח חלק במערכות אלו מחמת בריאות לקויה. ב-13 בדצמבר 1250 הוא נפטר מדיזנטריה בטירת טורמגיורה (באיטלקית: Torremaggiore) שבחבל פוליה. על פי הסיפורים הוא היה לבוש בבגדים של נזירים ציסטרציאנים כמו אינוקנטיוס השלישי - אפוטרופוסו.
הוא נקבר בקתדרלת פלרמו, לצד אביו ואימו בארון קבורה מפואר עשוי מפורפיר - אבן אדומה המנציחה את מנהג המשפחה הקיסרית להיקבר בארגמן. פסל של פרידריך הוצב במקדש ולהאלה - מקדש למורשת של העם הגרמני.
ההיסטוריון הגרמני פרידריך הר מציין:
”הקתדרלה בפלרמו היא מקום משכבו האחרון של האדם שתואר על ידי בני זמנו כ"מטיל אימה בארץ" וגם "עושה הקסמים" - הקיסר פרידריך השני. ארון הקבורה שלו מעוטר על ידי אריות עשוי מאבן אדומה כדם הוא מונומנט קלאסי, כה גאה וכה מרוחק - כמו קברו של נפוליאון בפריז”
המשורר דנטה אליגיירי, בספרו הקומדיה האלוהית, מייחד מקום לפרידריך השני. לפי הספר, המתאר את העולם הבא ובעיקר את גן העדן והגיהנום נמצא פרידריך השני במעגל השישי של הכופרים - בארון העולה בלהבות, דנטה ובן לווייתו המשורר ורגיליוס בן רומא, פוגשים בפרינטה אוברטי (Farinata degli Uberti) ושואלים אותו מי נמצא איתו והלה עונה:
”כאן אני שוכב ועימי אלף נוספים, כאן נמצא פרידריך השני והקרדינל ועל השאר אני לא מעז לדבר”
ומוסיף ההיסטוריון היהודי ארנסט קנטורוביץ':
”דנטה חש רגש עמוק של כבוד להוהנשטאופן. במשך חייו היה פרידריך השני מודל לשליט, שופט, מלומד ומשורר, הנסיך המושלם - הגיבור המהולל. אדם - שכל זמן שמזלו דרך - חיפש אחר רוח האנושית. שליט שאסף סביבו את הנשמות האצילות והמבריקות ביותר בעולם”
שרידי טירת טורמגיורה, מקום מותו של פרידריך השני - ציור מהמאה ה-18
ארון הקבורה של פרידריך השני בקתדרלת פלרמו
ארון הקבורה של פרידריך השני בקתדרלת פלרמו
קתדרלת פלרמו, מבט מבחוץ.
מות הקיסר > הצוואה

בצוואתו שנכתבה ב-7 בדצמבר הוא הוריש את כתר סיציליה ואת נחלותיו הקיסריות לבנו קונרד הרביעי, שכבר נשא את התואר "מלך גרמניה". על פי הצוואה אם קונרד ימות ללא יורש עתידות נחלותיו לעבור לשליטת היינריך, בנה של איזבל מאנגליה. קונרד אמור היה להעביר, לפי בחירתו, לשליטתו של היינריך את ממלכת ירושלים או את ממלכת אראס שבצרפת. 100,000 אונקיות זהב היו אמורות לעבור לממלכת ירושלים. מנפרד, בנו מחוץ לנישואים, קיבל את רוזנות טאראנטו. בצוואתו קבע פרידריך כי הוא משחרר לחופשי את כל השבויים ממלחמותיו באיטליה, וכי כל אדמות האפיפיור תוחזרנה לכס הקדוש ונטל המיסים יוקל - כל זאת בתנאי ששמה הטוב של הקיסרות לא ייפגע.
הקיסר - פועלו ומורשתו

בעבודתו המונומנטלית "גרמניה 2000 שנות היסטוריה" מציין ההיסטוריון הגרמני קורט ריינהרט:
”פרידריך השני, אחד מהאישים המרתקים שדרכו על במת ההיסטוריה של הציוויליזציה המערבית. הוא היה האדם המודרני הראשון, המקדים של הדמויות המרשימות מתקופת הרנסאנס, הומניסט וספקן. למוקיריו הוא הצטייר כמשיח, הכרוז של השלום האוניברסלי, הקיסר האלוהי של עידן חדש, בעוד שלאויביו הוא נדמה כרודן חסר מעצורים והתגלמות האנטיכריסט, שבעקבותיו באים הרס וסוף העולם. ההיסטוריון המודרני מזהה בפרידריך את האלמנטים המתנגשים של התרחשות היסטורית שבה שתי תקופות נפגשות ומתנגשות - העולם של הכנסייה של ימי הביניים והעולם החילוני של העת החדשה.”
בני תקופתו כינו את פרידריך השני פלא העולם (לטינית: stupor mundi) כינוי שרווח בקרב אנשי רוח בני התקופה, שהיו כפופים למחשבה ולדוגמה של הכנסייה הקתולית ועמדו משתוממים מול האינדיבידואליות המודגשת של הקיסר. תכונות אופי נוספות המתוארות בהדגשה הן עקשנותו, מזגו החם ובעיקר הצימאון לידע ודרך המחשבה הלא אורתודוקסית. פרידריך השני היה ספקן וסקפטי בנוגע להוראות הדתות השונות. הוא טען כי הנביאים של הדתות השונות, משה, ישו ומוחמד, הם דמויות פיקטיביות ואף מעשי הונאה. למעשה נראה היה לבני שיחו כי הוא שואב הנאה של ממש מאמירות של חילול הקודש ואמירות של לעג, המופנות בעיקר כלפי הסקרמנטים והאמונות שבבסיסה של הנצרות.
בספרו "קווי המתאר של ההיסטוריה" (אנגלית: The Outline of History)
מצייןהסופר האנגלי הרברט ג'ורג' ולס (Herbert George Wells):
”כתוצאה מקבלת נקודת ההשקפה הערבית על הנצרות ונקודת השקפה של הנצרות על האסלאם האמין (פרידריך השני) כי כל הדתות הן מעשה התחזות. ייתכן ואנשים אחרים החזיקו בדעה זו בעידן האמונה, אך הוא דיבר על השקפתו. דברי הבלע וחילול הקודש שלו הועלו על הכתב.”
ההיסטוריון הבריטי נורמן כוהן מציין בספרו "הרדיפה בת אלף השנים, חוזי האלף ואנרכיסטים מיסטיים של ימי הביניים":
”עם מותו של פרידריך ברברוסה במהלך מסע הצלב השלישי בשנת 1190, החלו להופיע בגרמניה נבואות שחזו את בואו של פרידריך נוסף - קיסר של קץ הימים שישלים את העבודה שלא הושלמה, מציל אפוקליפטי שישחרר את כנסיית הקבר ויכשיר את הדרך לביאה השנייה והמילניום. שלושים שנה לאחר מכן, הכתר הקיסרי הונח על ראשו של פרידריך, נכדו של ברברוסה - והנבואות יוחסו לו בביטחון. תיאורם של חיי פרידריך ואישיותו הזינו את גדילת המיתוסים שנכרכו בשמו. דמותו המבריקה, שגמישות האינטליגנציה שלה שילבה חופש ללא גבולות עם אכזריות, הילכה קסם על בני תקופתו ויותר מכל, יציאתו למסע הצלב בשנת 1229, החזרת ירושלים (לחיק הנצרות) והכתרתו כמלך ירושלים. מעל לכל היה פרידריך מעורב בקונפליקט יוצא דופן במרירותו עם הכס הקדוש. העולם הנוצרי חזה בקיסר מוקצה ומנודה מספר פעמים ככופר, שקרן ומחלל קודש, שהכריז כי הוא עתיד לרושש את הכנסייה מעושרה - מקור שחיתותה על פי משנתו.”
כשליט, ראה עצמו פרידריך כממשיך השושלת הנורמנית של סיציליה. ממלכה זו הייתה מרכז עולמו ומקור כוחו. על פי החוק הנורמני, הנשען על החוק ותפיסת העולם של האימפריה הביזנטית, המלך איננו "ראשון בין שווים", ומעמדו דומה למעמד הקיסר הביזנטי - דהיינו, שלטון אבסולוטי המקרין קדושה ממקור אלוהי. מועצת האצילים היא לא יותר ממועצה מייעצת אך אינה בעלת סמכות לכפות את רצונה על המונרך באופן חוקי.