Pakistanin historia
Siviilihallinnon vuosikymmenen

Zian kuolema päätti Pakistanin toisen sotilashallinnon kauden. Ghulam Ishaq Khan astui maan presidentin viraan ja hän julisti että vaalit järjestetään suunnitellusti marraskuussa 1988. Vaaleissa Benazir Bhutton PPP sai hieman alle puolet edustajanpaikoista. Toiseksi menestynein puolue oli Zian suojatin Nawaz Sharifin Islamilainen Demokraattinen liitto (Islami Jamhoori Ittehad, IJI), joka sai neljänneksen paikoista. Muut paikat menivät riippumattomille ja pienempien puolueiden ehdokkaille, joiden avulla Bhutto kykeni muodostamaan hallituksen. Bhuttosta tuli Pakistanin ensimmäinen naispääministeri, mitä islamistijärjestöt kiivaasti vastustivat. Samalla hänestä tuli ensimmäinen muslimivaltiota johtanut nainen.
Ulkopoliittisesti Bhutton kausi alkoi hyvin, sillä Neuvostoliitto vetäytyi Afganistanista vuonna 1989 ja Afganistanin sota päättyi. Pakistaniin jäi kuitenkin yli kolme miljoonaa afgaanipakolaista ja Afganistan jäi kommunistihallinnon valtaan. Sisäpolitiikassa Bhutto ei suostunut järjestämään IJI:n kanssa koalitiohallitusta ja hän yritti syrjäyttää Pungabin pääministerinä toimineen Nawaz Sharifin. Hän alkoi pian kohdata enemmän vastustusta kuin mitä pystyi hallitsemaan. Bhutton hallinto ei pystynyt saamaan läpi tärkeitä lakiuudistuksia, kuten Zian aikana määrättyjen naisten oikeuksia polkevien lakien kumoamisen. Maan hallinto kärsi myös laajasta korruptiosta, kun valtaan takaisin päässeet PPP:n poliitikot ajattelivat lähinnä omaa etuaan. Vuonna 1990 presidentti Ishaq Khan käytti hänelle vuoden 1973 perustuslain nojalla annettuja valtaoikeuksia ja hajotti Bhutton hallituksen. Perusteena oli että hallitus oli menettänyt ihmisten luottamuksen. Julkinen vastustus Bhutton syrjäyttämiselle oli vähäistä.
Seuranneissa vaaleissa Nawaz Sharifin Muslimiliitto (N), joka jatkoi IJI:n toimintaa, sai enemmistön äänistä ja hänestä tuli pääministeri. Nawaz Sharif jatkoi Zian kauden islamilaistamisohjelmaa saadakseen tukea uskonnollisilta puolueilta. Sharif teki islamilaisista periaatteista hallintonsa tukipylvään, mutta hän ei kuitenkaan voinut jättää huomiotta omaa riippuvuuttaan Pakistanin kaupallisesta toiminnasta ja pankkialasta. Hänen koalitionsa alkoi pian murtua, koska hänen hallintonsa ei kyennyt vastaamaan eri valitsijamiesten odotuksiin.
Sharif ajautui erimielisyyksiin myös presidentti Ishaq Khanin kanssa. Afganistanin kommunistihallinnon kaaduttua vuonna 1992 maan olot pysyivät epävakaina, ja Pakistanin armeija ryhtyi tukemaan vanhoillista uskonnollista järjestöä, joka myöhemmin tunnettiin nimellä Taliban. Nawaz Sharif korvasi armeijan päällikön Mirza Aslam Begin Asif Nawazilla vuonna 1991. Tämä kuoli yllättäen hämärissä olosuhteissa pari vuotta myöhemmin. Presidentti Ishaq Khan otti vallan omiin käsiinsä ja nimitti armeijan johtoon Abdul Waheed Kakarin, kuulematta asiasta pääministeriä. Tapauksen jälkeen Sharif väitti tarpeelliseksi poistaa presidentiltä hänen valtuutensa, mutta ennen kuin hän ehti toimia, presidentti Ishaq Khan iski takaisin ja hajotti Sharifin hallituksen. Sharif valitti korkeimpaan oikeuteen katsoen että presidentti oli toiminut mielivaltaisesti ja vastoin perustuslakia. Ennennäkemättömien oikeudenkäyntien jälkeen maan armeija puuttui jälleen peliin ja katsoi että molemmat olivat menettäneet uskottavuutensa ja katsoi että oli maan etujen mukaista vapauttaa molemmat tehtävistään.
Pääministerin ja presidentin syrjäyttämisen jälkeen maan armeija tuki uuden siviilihallinnon järjestäytymistä, mikä oli ainutkertaista maan historiassa. Väliaikaisena pääministerinä aloitti Moeen Qureshi ja presidenttinä Wasim Sajjad. Qureshi yritti lyhyen kautensa aikana tervehdyttää maan taloutta säästötoimenpiteillä. Hallinto oli kuitenkin tehotonta ja polttoaineiden, sähkön ja elintarvikkeiden hintojen nousu nosti kritiikkiä hallintoa kohtaan.
Vaalit pidettiin jälleen lokakuussa 1993. Benazir Bhutton PPP voitti jälleen suhteellisen enemmistön. Nawaz Sharifin Muslimiliitto (N) sai toiseksi suurimman äänimäärän. Bhutto palasi jälleen pääministeriksi ja hän muodosti koalitiohallituksen Mohammad Khan Junejon Muslimiliiton (J) kanssa. Sharifin puolue pystyi muodostamaan liittohallituksia maakunnissa, mutta valtiovalta oli Bhutton käsissä. Lisäksi asemaa vahvisti se että presidenttinä toimi PPP:n Farooq Leghari.
Maa pysyi kuitenkin taloudellisesti epävakaana. Bhutto oli myös Yhdysvaltain suosikki maan johdossa, jolloin hän joutui tasapainoilemaan Yhdysvaltain ja kotimaan suosion välillä. Yhdysvallat painosti Bhuttoa lopettamaan Pakistanissa suositun ydinohjelman. Yhdysvallat myös tarkkaili Pakistania tarkasti, sillä Pakistanin valtion uskottiin rahoittavan terroristeja.
Neuvostoliiton vetäydyttyä Afganistanista länsimaat olivat menettäneet mielenkiintonsa Afganistaniin, mutta Pakistanissa oli edelleen runsaasti afgaanipakolaisia. Pakistanin hallinto ja tiedustelupalvelu ISI oli päättänyt tehdä Taliban-järjestöstä poliittisen ja sotilaallisen voiman, joka kykenisi ottamaan vallan Afganistanissa, siitä huolimatta että Yhdysvallat suhtautui hankkeeseen vastahakoisesti. Virallisen selityksen mukaan Pakistan lähetti vain afgaanipakolaiset takaisin Afganistaniin, mutta todellisuudessa pakolaisten joukossa oli myös iskujoukkoja, joita johtivat Mullah Omarin kaltaiset mujahideenit.
Sisäpolitiikassa Bhutton hallinto kohtasi monia kriisejä, maassa oli uskonnollisia levottomuuksia sunni- ja šiiamuslimien välillä ja väkivaltaisuuksia eri etnisten ryhmien välillä, jotkut väkivaltaisuudet taas liittyivät ase- ja huumekauppaan. Eniten hallintoa heikensi laaja-alainen korruptio. Hallinnon arvostelijoihin liittyi pääministerin veli Murtaza Bhutto, joka syytti tämän miestä ja investointiministerinä toiminutta Asif Ali Zardaria korruptiosta. Pääministeripari oli kerännyt huomattavan omaisuuden valtaansa käyttämällä ja he joutuivat erimielisyyksiin myös presidentti Legharin kanssa, jota myös syytettiin korruptiosta. Murtaza Bhutto ammuttiin poliisivoimien toimesta syyskuussa vuonna 1996 ja Zardarin epäiltiin olleen murhan takana. Leghari erotti tapauksen jälkeen Bhutton hallituksen saman vuoden marraskuussa.
Lyhytaikaisen väliaikaishallituksen jälkeen Nawaz Sharif palasi pääministeriksi ylivoimaisen vaalivoiton jälkeen vuonna 1997. Vaaleissa kuitenkaan 70 prosenttia äänioikeutetuista ei äänestänyt. Sharif sai toisella kaudellaan ajettua läpi presidentin valtaa rajoittavan lakiehdotuksen, mikä johti siihen että presidentti Leghari erosi tehtävästään. Sharif onnistui toisella kaudellaan keskittämään itselleen valtaa enemmän kuin mikään muu Pakistanin aiemmista siviilihallituksista. Opposition äänen ei myöskään annettu tulla kuuluviin. Sisäiset väkivaltaisuudet jatkuivat kuitenkin edelleen ja merkittävät uudistukset jäivät tekemättä. Armeijan päälliköksi Nawaz nimitti vuonna 1998 Pervez Musharrafin, ajatellen tämän olevan helpoiten manipuloitavissa. Armeijan johtajat olivat kuitenkin vakuuttuneita siitä että Sharif yritti politisoida armeijan. Sharif yritti parantaa suhteita Intiaan, mutta samanaikaisesti Pakistanin armeijan sissejä ilmaantui Kashmiriin Intian puolelle rajaa, vuonna 1999. Intialaisille Pakistanilaisten tunkeutuminen alueelle tuli yllätyksenä, mutta varsin pian Intian armeija kokosi joukkonsa ja aloitti raskaat ilmapommitukset, mikä pakotti Pakistanin armeijan perääntymään. Sharif väitti niin kutsutun Kargilin konfliktiin johtuneen siitä että maan armeija toimi omin luvin, kun taas Musharraf sanoi että pääministeri oli tietoinen tapahtumista. Kargilin konfliktin jälkeen Sharif huomasi tehneensä väärän valinnan nimittäessään Musharrafin armeijan johtoon ja hän alkoi suunnitella tämän korvaamista toisella henkilöllä.
12. lokakuuta vuonna 1999 kun Musharraf oli poissa maasta, muut armeijan kenraalit pidättivät pääministeri Sharifin. Palatessaan samana päivänä Musharraf ilmoitti Sharifin hallituksen lakkauttamisesta ja perustuslain väliaikaisesta kumoamisesta. Vaikka kyseessä oli selvästi vallankaappaus, Musharraf ei julistanut sotatilalakia ja hän totesi että perustuslain takaamat perusoikeudet säilytetään. Nawazin poliittiset vastustajat toivottivat vallankaappauksen tervetulleeksi.