Pokémon – Mewtwon vastaisku
Juoni > Mewtwon vastaisku

Viimein Mewtwo heräsi. Tutkijat kertoivat Mewtwolle kuinka he olivat luoneet hänet kloonaamalla Mew'n DNA:ta. Mewtwo ei kuitenkaan hyväksynyt kohtaloaan pelkkänä tieteellisenä kokeena vaan raivostui ja tuhosi laboratorion, surmaten samalla kaikki tutkijat. Giovanni saapui New Islandille, saarelle, jossa laboratorio oli sijainnut, ja teki Mewtwolle ehdotuksen, että he voisivat olla kumppaneita. Giovanni käytti Mewtwon voimia hyväkseen Rakettiryhmän toimissa sekä salijohtajan peitetyössään, opettaen samalla Mewtwota kohdistamaan voimansa oikein. Kun Mewtwo pohdiskeli, mikä sen tarkoitus oli, Giovanni sanoi, että tämän tehtävä oli palvella herraansa ja taistella hänen edestään. Mewtwo ei hyväksynyt orjuutta kohtalokseen vaan tuhosi Giovannin päämajan ja pakeni. Se palasi New Islandille, jossa se päätti itse löytää oman tarkoituksena ja tuhota jokaisen joka uskaltaisi vastustaa.
Sarjastakin tuttu Ash Ketchum sekä hänen kumppaninsa Pikachu, Misty ja Brock ottavat rennosti. Ash voittaa helposti hänet otteluun haastaneen kouluttaja Raymondin, minkä jälkeen he rupeavat syömään, nälkään nääntymäisillään olevan Rakettiryhmän vakoillessa heitä kaihoisasti etäältä. Samassa paikalle ilmaantuu Dragonite, joka tuo Ashille viestin. Hologrammisessa viestissä nuori nainen kertoo heille, että hänen "mestarinsa", maailman mahtavin Pokémon-kouluttaja, on kutsunut heidät New Islandille. Rakettiryhmä pääsee asiasta perille ja päättää seurata heitä.

Samalla Mewtwo nostattaa valtavan myrskyn saaren ympärille. Pikaisessa vilkaisussa nähdään, kuinka jossain kaukana Mew herää ja lähtee lentämään ympäriinsä. Joukko Pokémon-kouluttajia, mukaan lukien Ash ja kumppanit, kokoontuvat Pokémon-keskukseen, missä muutamat uskaliaimmista myös kutsun saaneista päättävät lähteä saarelle myrskystä huolimatta. Ashilä tosin ei ole sopivaa Pokémonia, mutta viikingeiksi naamioitunut Rakettiryhmä tarjoutuu viemään heidät perille. Kesken matkan iso aalto tosin ensin pyyhkäisee heidän valeasunsa mennessään ja sitten upottaa veneen. Ashin Squirtlen ja Mistyn Staryun avulla he pääsevät myrksyn läpi saarelle, kuten myös Rakettiryhmä Jamesin Weezingin avulla.
Saarella Ash ja kumppanit tapaavat muita myrskyn läpi selvinneitä kouluttajia sekä viestin lähettäneen nuoren naisen. Pian he saavat selville, että naisen "mestari" onkin maailman voimakkaimman kouluttajan lisäksi myös kaikkein voimakkain Pokémon. Mewtwo vapauttaa naisen otteestaan, jolloin tämä paljastuu aiemmin kadonneeksi hoitaja Joyksi, jota Mewtwo on pitänyt hallinnassaan. Mewtwo paljastaa, että hän ei aio sääliä "uutta maailmaa" luodessaan niin ihmisiä kuin hänen mielestään ihmisten orjina toimivia Pokémonejakaan. Kouluttajien Pokémonit eivät näytä pärjäävän Mewtwon voimille, jolloin Ash päättää haastaa Mewtwon otteluun.

Mewtwo paljastaa kloonanneensa itselleen alkuperäistä voimakkaammat kopiot Venusaurista, Blastoisesesta sekä Charizardista. Kutkin kouluttajat asettavat omat saman lajin Pokémoninsa klooneja vastaan (Ash käyttää Charizardia), mutta kaikki häviävät. Mewtwo vangitsee hävinneet Pokémonit ja paljastaa nyt aikovansa kloonata jokaisen saarella olevan Pokémonin ja pitävänsä niitä saarella, kun hänen myrskynsä tuhoaa maailman. Mewtwo luo armeijan mustia Poképalloja, jotka nappaavat kaikki Pokémonit sisäänsä ja siirtävät ne kloonausjärjestelmään. Ash yrittää suojella Pikachua niin hyvin kuin mahdollista, mutta lopulta myös Pikachu jää kiinni. Ash seuraa Pikachun napannutta palloa kloonauslaitteen luo ja ottaa sen väkisin takaisin, rikkoen samalla kloonauslaitteen ja vapauttaen alkuperäiset Pokémonit. Kaikki Pokémonit ehdittiin kuitenkin kloonata ja kloonit astuvat Mewtwon rinnalle areenalla. Samassa Ash kuitenkin palaa alkuperäisten Pokémonien kanssa ja yrittää iskeä Mewtwota, joka vain lennättää hänet pois. Silloin paikalle ilmestyy Mew, ja samalla kouluttajille käy ilmi, että Mewtwo on kloonattu Mew'sta. Mewtwo hyökkää Mew'n kimppuun, vaikkei se aluksi panekaan vastaan. Lopulta Mewtwo päättää todistaa klooniensa kelpoisuuden käyttämällä psyykkisiä voimiaan estääkseen niitä käyttämästä erikoiskykyjään ja usuttamalla ne sitten alkuperäisiä Pokémoneja vastaan samalla, kun itse taistelee Mew'n kanssa. Ashin Pikachu ei tosin suostu taistelemaan klooniaan vastaan, vaikka se epätoivoisesta yrittää saada Pikachun iskemään takaisin, mihin se ei suostu, ja lopulta uuvahtaa tyystin. Kaikki katselevat surullisena, kun Pokémonit kärsivät tuloksettoman taistelun keskellä. Ash juoksee Mewtwon ja Mew'n hyökkäysten väliin pyytäen heitä lopettamaan, mutta saa osuman ja muuttuu kiveksi. Kaikki kentällä olevat Pokémonit alkavat itkeä, ja niiden kyyneleet virtaavat Ashiin, joka herää taas henkiin.
Mewtwo tajuaa viimein olleensa väärässä koko ajan. Se ymmärtää nyt, ettei syntyperällä ole merkitystä, vaan sillä, mitä elämällään tekee. Tämän jälkeen Mewtwo lähtee saarelta kloonipokémonien kanssa. Mewtwo päättää kuitenkin, että muiden omaksi hyväksi näiden olisi unohdettava kaikki tapahtunut. Kirkas valo pyyhkäisee maiseman yli, ja kaikki ovat taas Pokémon-keskuksessa, vailla pienintäkään muistikuvaa tapahtuneesta, aivan kuin mitään ei olisi tapahtunutkaan. Hoitaja Joy on paikalla ja myrsky laantuu. Ash ja kumppanit menevät ulkosalle seuraamaan pilvien katoamista, jolloin Ash näkee vilauksen Mew'sta. Hän ei ole varma mitä näki, mutta pitää silti mahdollisen että hän todella näki jotain, kuten näki erään legendaarisen Pokémonin ensimmäisensä päivänään kouluttajana.
Rakettiryhmä on myös menettänyt muistonsa tapahtuneesta, mutta he ovat edelleen ennalleen palautuneella New Islandilla. Ja vaikkeivät he muistakaan miten olivat joutuneet sinne, he ovat silti iloisia vapaudesta ja päättävät ottaa rennosti.