Johan Samuel Pajula
Elämä ja ura > Työura ja vaiheet kirkkohistorian tutkijana

Pajulasta tuli suomenkielisen Hämeenlinnan lyseon uskonopettaja 1891. Tätä tehtävää hän, osin virkavapaalla ollen, hoiti vuoteen 1905 saakka.  Pajulan opettajakaudesta on säilynyt useita koululaismuistoja, joissa toisissa korostuu hänen pietistinen kiivailunsa ja uuden luonnontieteen vastustuksensa, toisissa Pajulan leikkisyys ja isällinen suhtautuminen oppilaisiinsa. Humoristisella lämmöllä Pajulaa Hämeenlinnan lyseon uskonnonopettajana on muistellut hänen oppilaansa Eino Leino teoksessaan Elämäni kuvakirja.
Helsingin yliopiston teologisen tiedekunnan tila oli autonomian kaudella erikoinen.  Kun Pajula väitteli teologian tohtoriksi kirkkohistorian alalta vuonna 1891, kirkkohistoriasta ei ollut ilmestynyt ainuttakaan väitöskirjaa 20 vuoteen.  Pienessä neljän professorin tiedekunnassa väittelijöitä oli vähän, tiedekunnan avoimiin virkoihin oli vaikea löytää niihin päteviä henkilöitä ja professorit hoitivatkin täyttämättä olleita professuureja omien virkojensa ohella.  Pisimpään, kymmenisen vuotta, ilman vakituista professoria oli dogmatiikan oppiala vuosina 1884–1894. Pienessä tiedekunnassa beckiläimuutamat beckiläisiksi kutsutut raamattufundamentalistit onnistuivat ottamaan tiedekunnan johtoonsa sekä pyrkivät hoidattamaan ja täyttämään opetusvirat oman oppisuuntansa miehillä.
Pajulan äidinkieli oli suomi, isän äidinkieli oli ruotsi. Opintojensa kautta Pajula osasi ainakin saksaa, ranskaa, latinaa ja kreikkaa, ehkä myös hepreaa. Lyseossa hän oli opiskellut myös venäjää. Pajula oli ensimmäinen suomenkielisellä väitöskirjalla teologian tohtoriksi väitellyt henkilö. Väitöskirja Liturginen kiista, joka käsitteli 1500-luvun lopun ja 1600-alun uskonpuhdistuskauden vaiheita Suomessa, ilmestyi 1891. Se oli ensimmäinen Suomen kirkkohistoriaa käsitellyt, arkistolähteiden tutkimukseen perustunut teologinen väitöskirja.  Työ sisältää paljon uutta tietoa ja edusti uutta tapaa tarkastella Suomen kirkkohistorian vaiheita.  Se sai hyvin kielteisen, mutta kuitenkin hyväksyvän arvion vastaväittäjänä toimineelta käytännöllisen teologian beckiläisprofessorilta Otto Immanuel Collianderilta (1848–1924). Kun kirkkohistorian professuuri jäi vuosiksi 1892–1900 vaille viranhaltijaa Herman Råberghin (1838–1920) siirtyessä Porvoon piispaksi, historian oppialaan perehtymätön Colliander otti kirkkohistorian professuurin hoitaakseen oman professuurinsa ohella vuosiksi 1892–1897. Vuosiksi 1897–1900 hän järjesti kirkkohistorian vt. professoriksi serkkunsa, käytännöllisen teologian assistentin Karl Adolf Appelbergin (1851–1915).
Dogmatiikan professoriksi vuonna 1894 nimitetyn ei-beckiläisen ja ruotsinmielisen Georg Gustaf Rosenqvistin (1855–1931) tuen turvin Pajula sai Helsingin yliopiston tutkimusstipendin. Laatiakseen virkaväitöskirjan kirkkohistorian professuuria varten Pajula teki arkistotutkimusta Ruotsissa ja Saksassa. Ennen opintomatkaansa Pajula toimi jonkin aikaa Rosenqvistin aiemman viran, teologisten esikäsitteiden apulaisprofessuurin viransijaisena.  Kun tämä virka viimein täytettiin – sitten kun Collianderin yliopistoon rekrytoima Erkki Kaila (1867–1944), beckiläisen arkkipiispan Gustaf Johanssonin (1844–1930) veljenpoika, ehti pätevöityä tohtoriksi – Pajula hävisi apulaisprofessorin viran tälle Collianderin suosikille yliopiston professorikollegion tasatulokseen päättyneen äänestyksen jälkeen.
Hakiessaan vuonna 1898 kirkkohistorian professorinvirkaa, ja laadittuaan sitä varten väitöskirjan Uskonnolliset liikkeet Suomessa, Pajula oli viran ainoa pätevä hakija. Vastaväittäjänä toimi aiempi oppialan professori, piispa Herman Råbergh, joka hyväksyi väitöskirjan.  Teologisen tiedekunnan neljästä professuurista kaksi oli tuolloin vailla vakituista viranhaltijaa. Täten neljän hengen virantäyttötoimikuntaan otettiin piispa Råbergh Pajulan vastaväittäjäksi ja lisäjäseneksi Pajulan aiempi kilpahakija Erkki Kaila. Hän toimi tuolloin ilman mitään alan tieteellisiä opinnäytteitä käytännöllisen teologian professorin viransijaisena.
Kaila, jolla ei ollut esittää opinnäytteitä tai tieteellistä asiantuntemusta historiankaan alalta, esitti vastaväittäjän jo hyväksymän väitöskirjan hylkäämistä.  Häntä kannatti eksegetiikan professori August Tötterman 
(1835–1902). Tasatulokseen päättyneen äänestyksen 2–2 jälkeen Pajulan opinnäyte hylättiin oppialan aiemman professorin Herman Råbergin ja dogmatiikan professori Rosenqvistin kannattaessa väitöskirjan hyväksymistä. Töttermanin ääni ratkaisi äänestyksen, sillä hän toimi tuolloin tiedekunnan dekaanina. Tötterman, jonka omissa opinnoissaan ei ollut opiskellut Suomen kirkkohistoriaa, kuului Collianderin beckiläispiiriin.