Sisäsiittoisuus
Haitat

Sisäsiittoisuus voi aiheuttaa perinnöllisten sairauksien lisäksi myös heikentynyttä elinvoimaa, pienempää kokoa ja alentunutta hedelmällisyyttä.
Monilla koiraroduilla sisäsiittoisuus on aiheuttanut erilaisia yleisiä perinnöllisiä terveysongelmia. Villieläinpopulaatioissa sisäsiittoisuus voi aiheuttaa populaation altistumisen taudeille sekä populaation pienenemisen. Sisäsiittoisuutta voi aiheuttaa populaation pieni koko tai eristyneisyys esimerkiksi ihmisen toiminnan, kuten maatalouden, johdosta.
Sisäsiitoksen haitalliset vaikutukset johtuvat sukulaispariutumisten aiheuttamasta homotsygoottisuuden lisääntymisestä: todennäköisyys kasvaa sille, että yksilöllä on kaksi samanlaista alleelia eli geenimuotoa yhdessä lokuksessa. Homotsygoottisuus ei itsessään ole vaarallista, mutta sen seurauksena esimerkiksi erilaiset resessiiviset eli väistyvästi periytyvät sairaudet pääsevät ilmenemään. Jotkin alleelit ovat homotsygootteina letaaleja eli vaikuttavat yksilön elinkelpoisuuteen ennen syntymää ja sen jälkeen. Sisäsiitos myös vähentää heteroosista koituvia hyötyjä.
Vaikka tietyissä tilanteissa sisäsiittoisuuden kautta tapahtuva letaalialleelien rikastuminen voi johtaa myös geeniperimän puhdistumiseen haitallisista mutaatioista, on sen nettovaikutus yleensä aina negatiivinen. Sisäsiittoisuus on nimittäin luonnossa useimmiten seurausta pienestä efektiivisestä populaatiokoosta, jolloin yksilöille ei jää muuta vaihtoehtoa kuin pariutua lähisukulaistensa kanssa. Tällöin menetetään myös runsain määrin hyödyllistä geneettistä muuntelua. Samalla kelpoisuusarvoltaan heikompien joskaan ei välttämättä letaalien mutaatioiden rikastuminen populaatiossa heikentää yksilöiden kelpoisuutta ja jälkeläistuotantoa. Tämä johtaa luonnossa eristyneissä populaatioissa, joissa sisäsiittoisuus on yleisintä, useimmiten entistä vakavampaan sisäsiittoisuuteen.
Vaikka jalostuksessa yleensä pyritään puhtaisiin linjoihin haluttujen ominaisuuksien homotsygotiaa kasvattamalla ja puhdistamalla kannasta haitalliset alleelit, ovat sisäsiittoisuuden yhteenlasketut haitat luonnossa siis huomattavasti suuremmat. Hyödyllisen geneettisen muuntelun menettämisen haitat ovat pitkällä tähtäimellä suurempia kuin pelkästä letaalialleelien kariutumisesta saatava hyöty, kun populaatio menettää suuren osan potentiaalistaan sopeutua mahdollisiin tuleviin muutoksiin. Yleensä myös niin kutsuttu positiivinen valinta muuttaa populaation HW-tasapainotilaa ja karsii haitallisia alleeleja huomattavasti tehokkaammin kuin sisäsiittoisuus, kun yksittäiset yksilöt pyrkivät maksimoimaan jälkeläistensä kelpoisuuden ja hyödylliset alleelit runsastuvat populaatiossa.
Espanjan kuningas Kaarle II:n suvussa esiintyi useita lähisukulaisten avioliittoja, joiden vuoksi Kaarle oli pienikokoinen, sairaalloinen, henkisesti häiriintynyt sekä impotentti.
Pikkuserkusten tai sitä lähempien sukulaisten välisten avioliittojen yleisyys maailmassa.
Bullterrieri-rodussa esiintyy sisäsiittoisuuden vuoksi runsaasti letaalia akrodermatiittia (LAD), jonka vuoksi pennulta puuttuu synnynnäisesti kateenkorva. Pentu kuolee usein ensimmäisenä elinvuotenaan. Tutkijat ennustavat, että tulevaisuudessa koko rotu voi kuolla sukupuuttoon sisäsiittoisuuden vuoksi.