Nepalin historia
Keskiajan kuningaskunnat > Kolme kuningaskuntaa

Yakshamallan jälkeen valtakunta jakaantui vuonna 1482. Hänen kuusi poikaansa yrittivät ensin hallita valtakuntaa kollegiaalisesti, kuten heidän isoisänsä olivat aiemmin tehneet. Pojista Ratnamalla kapinoi ensimmäisenä tätä yhteishallintoa vastaan ja kaappasi itselleen vallan Kathmandussa vuonna 1484. Hän hallitsi siellä yksinään kuolemaansa asti vuoteen 1520. Veljeksistä vanhin, Rayamalla hallitsi Bhaktapuria muiden veljiensä kanssa kuolemaansa asti, minkä jälkeen valta siirtyi hänen jälkeläisilleen. Patan pysyi syrjäisenä ja sitä hallitsi paikallinen aatelisto, kunnes Sivasimhamalla, Ratnamallan perillinen valloitti alueen hallintaansa vuonna 1597. Hänen kuolemansa jälkeen Kathmandu ja Patan jaettiin hallittavaksi eri pojille, ja valtakunta jakaantui taas. Nepalin keskipiste jakaantui näin kolmeksi kilpailevaksi kuningaskunnaksi, joiden tukikohdat olivat suunnilleen Kathmandu, Patan ja Bhaktapur.
Kolmen pienen valtakunnan vaikutus laakson ulkopuolelle vaihteli ajan myötä. Kathmandu laajensi valtaansa pohjoiseen ja lounaaseen, Patan etelään ja Bhaktapur itään Dudh Kosi -joelle asti. Valtakunnat olivat keskenään varsin mutkikkaissa väleissä. Vaikka ne olivat toisiinsa läheisesti yhteydessä ja toisinaan solmivat seka-avioliittoja, heidän kahnauksensa minimaalisten alueellisten voittojen tai rituaalisten houkuttimien johdosta, johtivat toistuvasti sodankäyntiin.
Kolmen valtakunnan, tai myöhemmän Malla-kauden aika, kesti 1700-luvun puoliväliin asti. Tänä aikana Kathmandun laakson ainutlaatuinen kulttuuri kukoisti ja vanhat palatsirakennukset kaikissa kolmessa kaupungissa saivat suurimman osan nykyisestä muodostaan. Buddhalaisuus oli hallitseva uskonto ja kuninkaat toimivat dharman suojelijoina. Newari oli alueen hallitseva kieli.
Nepalin eteläpuolella sijainneen Delhin sulttaanikunnan kukistumisen jälkeen mogulivaltakunta alkoi hallita Intiaa 1500-luvulta lähtien. Mogulit eivät koskaan hallinneet Nepalia, mutta heidän valtakuntansa vaikutti epäsuorasti Nepalin elämään. Mogulivallan laajetessa monet pohjoisintialaiset ruhtinaat löysivät turvapaikan pohjoisilta kukkuloilta. Monet pienet ruhtinaskunnat läntisessä Nepalissa olivat moguleita paenneiden sotureiden perustamia, heidän mukanaan levisi khasin kieli ja kulttuuri. Heidän mukanaan tuli myös mogulien sotilasteknologia, mukaan lukien tuliaseet ja tykit, sekä hallintotavat jotka perustuivat myönnettyihin maanhallintaoikeuksiin vastineeksi sotilaspalveluksesta. Mogulivallan vaikutus näkyy myös persian kielisen terminologian käytössä hallinnollisissa toimissa.
Kiinan Qing-dynastia kasvatti valtaansa Tiibetissä 1720-luvulla. Qing-dynastian sotilasretkikunta valloitti Lhasan ja alisti dalai laman valvontansa alle. Nepalin kolmen kuningaskunnan edustajat toivat Kiinan keisarille tervehdyksen, minkä jälkeen Qing-dynastia katsoi Nepalin olevan syrjäinen osa valtakuntaansa. Tätä käsitystä ei ole koskaan jaettu Nepalissa. Nepalin etelä- ja pohjoispuolilla olevien suurten valtakuntien laajentuminen teki Nepalin perinteisestä keskuksesta huomattavan heikon. Kolme valtakuntaa elivät eristynyttä ja itsenäistä, sekä toisinaan riitaista elämää vuorten eristämässä laaksossa. Samalla ympärillä olevat valtakunnat muuttuivat suuremmiksi ja keskitetyiksi.
Kolmen kuningaskunnan etelä- ja länsipuolella sijaitsi pieniä ruhtinaskuntia, joita hallitsivat sotilasdynastiat. Etelässä hallitsi rajputien dynastia. Lännessä, Gandakijoen ympärillä oli vallassa Chaubisiksi kutsuttu löyhä liittovaltio, johon kuuluivat Palpan ja Makwanpurin alueet. Vielä lännempänä Karnalijoen ympärillä oli Baisiksi kutsuttu erillinen valtioliitto. Pienten valtioiden välillä oli toistuvasti konflikteja, joihin sekaantuivat myös Kathmandun laakson kolme kuningaskuntaa. Pienet valtiot käyttivät resurssejaan lähes anarkistiseen selviytymistaisteluun. Himalajan alueen erillisestä kulttuurista oltiin tietoisia, mutta heillä ei ollut mitään todellista käsitettä Nepalista kansakuntana.
Myöhäisellä malla-kaudella maassa vierailivat myös ensimmäiset eurooppalaiset. Portugalilaiset lähetyssaarnaajat Johannes Cabral ja Stephen Cacella vierailivat Lhasassa vuonna 1628, minkä jälkeen Cabral matkusti Nepaliin. Merkittävämää Nepalin kannalta kuitenkin oli, että 1700-luvulla brittivalta kasvoi Intiassa, etenkin Nepalin kaakkoispuolella sijainnessa Bengalissa. Vuoteen 1764 mennessä  Brittiläinen Itä-Intian kauppakomppania hallitsi Bengalia, mikä oli tuolloin yksi Aasian vauraimpia alueita. Kauppakomppania selvitti mahdollisuuksia laajentaa kauppaansa ja omaa päätösvaltaansa Nepaliin, Bhutaniin ja Tiibetiin. Nepalia heikensi erityisesti se, että britit saattaisivat käyttää keskenään riitaisia Nepalin kuningaskuntia toisiaan vastaan, mikä mahdollistaisi brittivallan kasvun Himalajan alueella.