Albrekt Brandenburgilainen
Preussin herttua

Jonkin ajan kuluttua Sigismund hyväksyi tarjouksen sillä ehdolla, että Preussi olisi Puolaan kuuluva läänitysalue. Tämä järjestely vahvistettiin Krakovan rauhansopimuksella, minkä jälkeen Albrekt henkilökohtaisesti vannoi uskollisuudenvalan Sigismund I:lle 10. helmikuuta 1525 ja sai samalla herttuakunnan hallintaansa itselleen ja perillisilleen.
Maan valtiosäädyt kokoontuivat tämän jälkeen Königsbergissä ja vannoivat uskollisuudenvalan uudelle herttualle, joka käytti valtaansa levittääkseen Lutherin oppeja. Muutos ei kuitenkaan tapahtunut vastalauseitta. Albrekt kutsuttiin keisarikunnan tuomioistuimeen, johon hän kieltäytyi saapumasta, minkä vuoksi hänet julistettiin lain­suojattomaksi. Ritarikunta vuorostaan valitsi uuden suurmestarin, Walter von Cronbergin, joka sai keisarilta Preussin läänitykseksi, mikä vahvistettiin Augsburgin valtiopäivillä. Kun Saksan ruhtinaat kuitenkin samaan aikaan joutuivat kokemaan uskon­puhdistus­ajan levottomuudet, talon­poikais­kapinan ja sodat Osmanien valtakuntaa vastaan, he eivät halunneet vielä sen lisäksi joutua selkkauksiin myös Preussin herttuan kanssa, ja häneen kohdistunut vastustus lakkasikin pian.
Albrekt osallistui aktiivisesti myös keisarikunnan politiikkaan. Vuonna 1526 hän liittyi Torgaun liittoon, jossa hän toimi yhteis­ymmärryksessä protestanttien kanssa, ja oli yksi niistä ruhtinaista, jotka Augsburgin uskonrauhan jälkeen toukokuussa 1548 liittyivät yhteen kukistaakseen Kaarle V:n. Monestakaan syystä, muun muassa vähien varojen ja henkilö­kohtaisten taipumustensa vuoksi, hänellä ei kuitenkaan ollut kovin suurta osuutta aikakauden sotilaallisiin toimenpiteisiin.
Albrektin hallitsija­kauden alkuvaiheet Preussissa olivat menestyksekkäät. Hänellä oli tosin vaikeuksia talon­poikais­väestön kanssa, mutta hänen kirkolta takavarikoimat maat ja rikkaudet tekivät hänelle mahdolliseksi päästä aateliston suosioon, ja jonkin aikaa niillä voitiin kattaa hovin kustannukset. Hän edisti myös oppineisuutta perustamalla kouluja jokaiseen kaupunkiin ja vapauttamalla opin tielle lähteneet maaorjat. Vuonna 1544 hän eräistä vastalauseista huolimatta perusti Königsbergin yliopiston, johon hän vuonna 1549 nimitti ystävänsä Andreas Osianderin professoriksi. Albert kustansi myös Erasmus Reinholdin laatimien tähtitieteellisten Preussilaisten taulukkojen (Prutenicae tabulae) sekä Caspar Hennebbergerin laatimien ensimmäisten Preussin karttojen painattamisen.
Osianderin nimitys johti kuitenkin levottomuuksiin, jotka varjostivat Albrektin hallitsijakauden viimeisiä vuosia. Kun Osiander oli Lutherin kanssa eri mieltä vanhurskauttamisesta uskon kautta, hän joutui jyrkkään kiistaan Philip Melanchthonin kanssa, jolla oli kannattajia Königsbergissä, ja nämä teologiset kiistat saivat kaupungissa pian aikaan kansannousun. Herttua tuki jatkuvasti Osianderia, ja kiista laajeni muihinkin aiheisiin. Kun ei ollut enempää kirkon maita, jotka olisi voitu luovuttaa aatelisille tuen saamiseksi heitä, ja kun verot olivat raskaat, Albrekt tuli alamaistensa keskuudessa epäsuosituksi.
Osianderin kuoleman vuonna 1552 jälkeen Albrekt suosi Johann Funck -nimistä saarnaaja, jolla yhdessä Paul Skalic -nimisen seikkailijan kanssa oli suuri vaikutusvalta ja joka pystyi rikastumaan muiden kustannuksella. Uskonnolliset ja poliittiset kiistat yltyivät osittain sekin vuoksi, että Albrektin odotettiin pian kuolevan, ja siinä tapauksessa olisi ollut nimitettävä sijaishallitsija, koska hänen ainoa poikansa Albrekt Fredrik oli vielä alaikäinen. Herttuan oli pakko myöntyä tuomitsemaan Osianderin opit, ja kaiken huipuksi valtiosäädyt ottivat vuonna 1566 yhteyttä Albrektin serkkuun, Puolan kuningas Sigismund II:een, joka lähetti valtuuskunnan Königsbergiin. Skalic selvisi hengissä pakenemalla, mutta Funck teloitettiin. Kysymys sijaishallitsijasta saatiin ratkaistuksi, ja samalla omaksuttiin eräs luterilaisuuden muoto, johon kaikki opettajat ja saarnaajat velvoitettiin sitoutumaan.
Käytännössä valtansa menettäneenä herttua eli vielä kaksi vuotta. Hän kuoli Tapiaussa (nyk. Gvardeisk) 20. maaliskuuta 1568 ruttoon, hänen toinen puolisonsa Anna Maria kuoli 16 tuntia myöhemmin. Cornelis Floris de Vriendt suunnitteli hänen hautamuistomerkkinsä Königsbergin tuomiokirkkoon.
Albrekt kirjoitti runsaasti kirjeitä ja kävi kirjeenvaihtoa monien aikansa johtavien henkilöiden kanssa. Hän tuki kulttuuria ja taiteita. Hänen poikansa Albrekt Fredrik seurasi häntä Preussin herttuana.