William Ewart Gladstone
Sir Robert Peelin ministerinä

Vuonna 1841 sir Robert Peel palasi pääministeriksi ja teki Gladstonesta hallituksensa toisen kauppaministerin, samalla kun Gladstonesta tehtiin myös Privy Councilin jäsen. Peelin hallitus ryhtyi tarmokkaasti purkamaan protektionistista suojatullipolitiikkaa huolimatta siitä, että pääministerin oma puolue eli toryt olivat sen voimakkaita kannattajia. Pääasiallisen kimmokkeen tähän antoi 1830-luvun lopun katokausi, jonka aikana Britannia osoittautui kyvyttömäksi omavaraiseen ruuantuotantoon. Gladstone, joka aiemmin oli kuulunut protektionisteihin, kallistui pian Peelin puolelle. Gladstone oli keskeisenä tekijänä valmistelemassa hallituksen finanssipoliittisia uudistuksia, joihin kuuluivat tullien alentaminen sekä säännöllisen tuloveron säätäminen.
Gladstone erosi Peelin hallituksesta 1845, kun se ehdotti valtiollisen tuen myöntämistä irlantilaiselle Maynoothin katoliselle pappiskoululle. Gladstone oli jo lieventänyt aiempia mielipiteitään kirkon ja valtion suhteesta eikä vastustanut ehdotusta, mutta hän ei halunnut antaa sellaista vaikutelmaa, että hän luopuisi mielipiteistään pitääkseen ministerinpaikkansa. Erottuaan hallituksesta hän äänesti esityksen puolesta parlamentissa. Gladstone kuitenkin palasi Peelin hallitukseen siirtomaa-asioiden valtiosihteeriksi vielä samana vuonna. Hänen oli uusittava edustajanpaikkansa, mutta vanhoillinen Newcastlen herttua ei enää suostunut tukemaan häntä, joten hän siirtyi Oxfordin yliopiston parlamenttiedustajaksi vuoden 1847 vaaleissa oltuaan 18 kuukautta vailla edustajanpaikkaa.
Perunaruttoepidemian aiheutettua Irlannissa nälänhädän Peelin hallitus antoi 1846 esityksen viljatullien täydellisestä poistamisesta. Esitys läpäisi alahuoneen, jossa sitä kannattivat oppositiopuolue Whigit ja maltilliset Toryt. Hallitus kuitenkin kaatui nopeasti, kun viljatullikysymyksestä suuttuneet vanhoilliset Toryt äänestivät sitä vastaan seuraavassa lakiesityksessä. Tämän puolueen sisäisen välirikon seurauksena Peel ja häntä kannattaneet maltilliset Toryt, joukossa Gladstone, irtautuivat torypuolueesta ja muodostivat parlamenttiin niin sanotun peeliläisen ryhmän. Peeliläiset tukivat lordi John Russelin Whig-hallitusta. Peelin kuoltua 1850 Gladstonesta tuli tämän ryhmittymän johtaja.
1840-luvulla Gladstone myös aloitti työnsä Lontoon prostituoitujen hyväksi. Hän kierteli öisin Lontoon kaduilla, keskusteli tapaamiensa prostituoitujen kanssa ja rohkaisi heitä muuttamaan elämäntapansa. Gladstone myös tuki rahallisesti Clewerissä sijainnutta kristillistä ”pelastuskotia” ja auttoi järjestämään työtä entisille prostituoiduille. Hän jatkoi tätä toimintaa myös pääministerivuosinaan. Vuonna 1927, kolmekymmentä vuotta Gladstonen kuoleman jälkeen, Gladstonen perikunta haastoi oikeuteen kirjailijan, joka väitti hänen käyttäneen hyväkseen prostituoitujen palveluksia. Valamiehistö totesi tällöin yksimielisesti, että kaikki todisteet tukevat ”edesmenneen Mr. W. E. Gladstonen korkeaa moraalia”. Rouva Catherine Gladstone tuki miehensä pelastustyötä ja myös toisinaan osallistui tämän öisille retkille.
Gladstone vieraili Napolissa vuonna 1850 noin neljän kuukauden ajan ja järkyttyi Molempain Sisiliain kuningaskunnan kuninkaan, Ferdinand II:n, tyrannimaisesta hallinnosta. Hän julkaisi 1851 teoksen Kirjeitä lordi Aberdeenille, jossa hän kertoi käynneistään napolilaisissa vankityrmissä ja Ferdinand II:n harjoittamasta vainosta. Teos herätti suurta kohua sekä Britanniassa että Euroopassa. Italian yhdistymissodan sankari Giuseppe Garibaldi kiitti myöhemmin Gladstonea tämän kirjoituksista, jotka käänsivät eurooppalaisen mielipiteen Napolin mielivaltaista hallintoa vastaan.