Metroid Prime
Tarina

Peli sijoittuu ajallisesti vuosi ensimmäisen Metroid-pelin tapahtumien jälkeen. Samus Aran on paikallistanut Avaruuspiraattien avaruusaseman ja tunkeutuu sinne. Aluksessa hän tuhoaa jättimäisen parasiittikuningattaren, joka kuollessaan tuhoaa aluksen keskusreaktorin aloittaen ketjureaktion, joka lopulta päättyy aseman tuhoutumiseen. Paetessaan asemalta Samus näkee ensimmäisessä Metroid-pelissä kertaalleen tuhotun Avaruuspiraattien komentajan, Ridleyn, ja ottaa sen pääkohteekseen. Ridley lähtee karkuun räjähtävää asemaa. Ennen kuin Samus itse onnistuu pakenemaan asemalta hän joutui räjähdykseen, jonka voimasta hän menettää voimakkaamman suojapukunsa ja kaikki muut sen aseet paitsi sen perussäteen. Samus pääsee Metsästäjä-luokan avaruusalukselleen ja aloittaa Ridleyn jahtaamisen kohti alla näkyvää planeettaa, Tallon IV:tä. Jouduttuaan turbulenssiin Samus menettää lukituksen Ridleyhin ja on pakotettu aloittamaan planeetan pintatutkinta. Etsiessään Ridleytä Samus ymmärtää saaneensa kuin sattumalta paljon tärkeämmänkin tehtävän ja selvittää pelin edetessä Chozojen tuhon syyn.
Samus saa selville, että Tallon IV:lle on muinoin syöksynyt meteoriitti, jonka myötä mystinen radioaktiivinen aine nimeltään "Phazon" on saastuttanut planeetan eläimistöä tekemällä niistä hirmusia mutantteja. Sen on myös arveltu johtaneen Tallon IV:llä eläneen Chozo-rodun tuhoon. Samus saa myös tietää piraattien syyn olla kyseisellä planeetalla. Piraatit olivat planeetta Zebesissä Samuksen suorittaman hyökkäyksen jälkeen jakautuneet kahteen ryhmään, joista toinen jäi Zebesiin rakentamaan uutta tukikohtaa tuhoutuneen tilalle, kun taas toinen ryhmä lähti etsimään toisista planeetoista uusia energiavaroja. Piraatit olivat Tallon IV:lle saavuttuaan havaineet Phazonia, jolloin he jäivät tekemään kokeita sillä. Avaruuspiraatit olivat valmistaneet kaksi tutkimusasemaa: yhden jäisellä Phendrana Driftsille (voidakseen käsitellä sitä turvallisesti alhaisen lämpötilan turvin) ja yhden planeetan kiertoradalle (tutkiakseen painottomassa tilassa), jonka Samus tuhosi tunkeuduttuaan sinne. Piraatit ovat myös tuoneet Zebesistä mukaan Metroideja, joita ne aikovat käyttää Phazon-kokeissa. Ridley, jonka Samus näki avaruusasemalla, oli Avaruuspiraattien rakennuttama, "Meta Ridleyksi" ristitty korvike heidän alkuperäiselle komentajalleen, jota parhaillaan Zebesissä yritettiin elvyyttää. Samus huomaa, että piraatit ovat myös yrittäneet tehdä kokeita itselleen, luoden mm. Omega Piraten, jota vastaan Samus joutuu taistelemaan.
Samus kerää menetetyt varusteensa takaisin planeetan joka kolkasta, tuhoaa Avaruuspiraatit ja taisteltuaan Meta Ridleytä vastaan hän lopultakin laskeutuu Tallon IV:n syvyyksiin, Impact Crateriin, ja kukistaa Phazonin alkulähteen, Metroid Primen. Metroid Primen ollessa kuolinkouristuksissa se tarttuu Samukseen ja ottaa hänen pukuunsa Omega Piraten jäljiltä sulautuneen phazon-kerroksen itselleen. Samus pakenee ennen kuin Impact Crater sisuksineen räjähtää ja lähtee aluksellaan Tallon IV:ltä.
Mikäli pelissä suorittaa tietyt ehdot, näytetään lopuksi kohtaus, jossa Samuksen menettämän phazon-puvun musta käsi nousee tuhoutuneen Metroid Primen sisältä antaen ymmärtää, että Metroid Prime ei vielä kuollutkaan. Tarina jatkuu pelissä Metroid Prime 2: Echoes.