Run Like Hell
Juoni

Kaivostöiden tarkistaja, Nicholas Conner (lempinimeltään Nick), on töissä Forseti-avaruusasemalla. Hän herää eräänä aamuna painajaisesta ja saa viestin kihlatultaan Samantha Reillyltä, jossa hän käskee, että hänet pitäisi opettaa ampumaan. Myös Nicholaksen työtoveri, Amanda on laittanut viestin, että heidän pitäisi mennä kaivosalueelle, löytämälleen planeetalle.
Nicholasin palattua parin päivän päästä, hän löytää Forsetin hiljaisena ja tyhjänä. Samassa aluksen päälle putoaa suuri avaruusolento, joka murhaa Amandan. Karattuaan tältä, Nick kohtaa Dag'rekin, joka pelastaa tämän oliolta. Dag selittää, että lähes kaikki on tapettu ja sen, että olento oli kutsumanimeltään Brute. Tapettuaan pari pienempää oliota, Dag selittää, että ne olivat Cuttereita. Hetken päästä he saavat viestin eloonjääneeltä Fred Monroelta. Nick lähtee pelastamaan häntä, mutta menee tajuttomaksi.
Myöhemmin Nick herää ja samassa tohtori Mek ja tohtori Monroe kertovat pelastaneensa hänet. Dag laittaa viestiä Nickille, että heidän pitäisi tavata hetken päästä. Mek vielä kertoo, että Nickin pitäisi saada napattua Cutter, jotta hän voisi tutkia niitä. Tavatessaan he kohtaavat skorpionimaisia Scouteja. Myöhemmin Dag ja Nick löytävät H.A.V.E.N.:in ja saavat selville, että Mnyanlys nimeltään Niles ja hänen poikansa Jessie ovat hengissä. Dag ja Nick menevät pelastamaan heitä. Paikan päällä selviää, että Jessie on lähtenyt omille teilleen.
Matkalla Jessien luo, kolmikko kohtaa Scout Dronen, joka on koottu ihmisen päästä ja käsistä. Nick kohtaa samalla Scoutien luojan, ennen pääsyä Jessien luo. Voitettuaan Niles lupaa auttaa Cutterin nappaamisessa.
Myöhemmin Dag on matkalla H.A.V.E.N.:iin ja Nick tulee mukaan. He huomaavat Scoutien olevan vahvempia ja sen, että heidän on toimittava nopeasti, ennen kuin aseet ovat turhia näitä vastaan. H.A.V.E.N.:issa komentaja Mason ottaa yhteyttä ja sanoo olevansa jumissa Komentosillalla, jolloin Nick lähtee pelastusretkelle. Dag jää H.A.V.E.N.:iin ja Nickille tulee ongelmia hississä. Outo biomassa, jota alienit levittävät, tunkeutuu hissiin ja Nickin on paettava sitä.
Niles ottaa yhteyden Nickiin ja sanoo, että ilmastointi on ainoa tie ulos Nickin alueelta. Nickin tielle kuitenkin tulee nelikätinen johtajaolento nimeltään Amalgamator, sekä sininen, suuri, Über Cutter, jonka esiintymisen jälkeen Amalgamator juoksee piiloon. Hoidettuaan sen pois tieltä, Nick jatkaa matkaa. Hänen täytyy mennä avaruuden kautta Forsetin seiniä pitkin. Päästyään takaisin sisätiloihin, Samantha ottaa yhteyden Nickiin ja sanoo olevansa jumissa parin muun henkilön kanssa.
Amalgamator näyttäytyy jälleen, asettamassa ihmisen kättä suureen Scoutiin. Molemmat juoksevat paikalta ja Nick jatkaa matkaa. Hän on jo lähellä Samanthaa, aivan oven takana. Toinen Über Cutter ilmestyy paikalle ja sen hoidettuaan Nick huomaa olevansa liian myöhässä. Pöydän alta kuuluu hissinvartija Craig O' Feardonin itkua ja Nick ottaa hänet mukaan. Nick uskoo Samanthan olevan elossa ja jatkaa matkaansa.
Mek lähettää Nickille viestiä, että hänen pitäisi napata yksi Amalgamator tutkittavaksi. Sen jälkeen Dag ottaa yhteyttä Nickiin ja sanoo olevansa lähellä asekätköään ja haluaa Nickin tulevan mukaan. Hän lähtee Craigin kanssa matkaan ja huomaavat Dagin poissaolon. Dag kertoo olevansa kätkön sisällä ja ovea vartioi Brute. Nickin hoidettua Brute, Dag ja Nick kohtaavat Snipereita, joilla on aseet. Dagia ammutaan, ja Nickin täytyy hoitaa oliot.
Dag on kuitenkin hengissä ja he lähtevät hakemaan Amalgamatoria. Jäädytettyään sen, he lähettävät sen ilmastoinnin kautta Mekin laboratorioon. Hetken päästä Dagia ammutaan ja hän käskee Nickin juosta. Craigin luona Dag räjäyttää itsensä ja lukemattoman määrän oliota Jax'n Trep pommilla.
Palattuaan Mekin laboratorioon, Niles tulee H.A.V.E.N.:ista. Nick saarnaa hänelle, ettei hän saisi lähteä yksin. Niles kertoo, että HSS Huginn -alus on tulossa pelastamaan Forsetin väkeä. H.A.V.E.N.:iin palattuaan Huginnin kapteeni ottaa yhteyttä ja sanoo, että Forsetin tykit ovat käynnissä ja ne ovat määrätty ampumaan alusta. Niles kertoo, että Jessien ystävä Jinx on hyvä hakkeroitumaan kaikenlaisiin tietokoneisiin ja että hän on vielä hengissä.
Nick pelastaa Jinxin, mutta matkalla H.A.V.E.N.:iin vihreä Mega Cutter tulee vastaan. Nick hoitaa sen ja Jinx laittaa tykit pois käytöstä. HSS Huginnista tulee pienempi alus Forsetille, mutta kaikki heistä kuolevat. Forseti rupeaa ampumaan HSS Huginnia, mutta Jinx ei pysty estämään sitä. Forsetin lasertykki viimeistelee Huginnin lopullisesti.
Mekin laboratoriossa Mekin tutkima Cutter on melkei nyljetty puhki, mutta Mek on löytänyt useita ihmisen tapaisia osia. Monroe pitää Amalgamatoria kiinnostavana ja yrittää tehdä rauhan. Hetken päästä Monroe päästää sen vapaaksi, mutta Amalgamator ei ole samalla puolella. Se tappaa Monroen ja vie tämän kädet. Sitten se ohjelmoi suojaovet pois päältä Mekin koneella ja Nick, Mek, Niles, Jessie ja Jinx pakenevat H.A.V.E.N.:iin.
Nick on seuraavaksi matkalla komentosillalle Nilesin kanssa. Niles sanoo, että hänestä voi olla apua. Matkalla he kohtaavat Nano-Cuttereita, jotka ovat näkymättömiä Cuttereita. Olioita on kuitenkin muokattu jälleen ja ne ovat kestävämpiä. Hetken päästä komentosillalla, paikka on tyhjänä ja Big Bad Bulliksi nimitetty olio hyökkää Nickin kimppuun. Palattuaan komentosillalle Mason ja Samantha ilmestyvät biomassaportaalista osana lajia ja väittävät olevansa Eliittejä. Niles kuitenkin kaapataan, mutta Conner päästetään pois.
Nick haluaa kostaa lajille lopullisesti räjäyttämällä Forsetin. HSS Huginnin jättämä pienempi alus on vielä jäljellä. Jinx ei onnistu ylikuumentamaan reaktoria tietokoneen kautta, joten Connerin täytyy tehdä se manuaalisesti. Jinx, Mek, Craig ja Jessie lähtevät aluksen sisään odottamaan Nickin paluuta.
Nick pääsee reaktoriin ja Niles ilmestyy eliittinä ja Nickin pitää tappaa hänet. Kun Niles on vielä vähän hengissä, Nick ylikuumentaa reaktorin ja ampuu Niles-eliitin sanomalla sen olevan Nilesiltä, joka päätyy muiden eliittien tietoon, sillä kaikki eliitit ovat linkitettynä yhteen. Nick palaa muiden luo, mutta on oven takana jumissa, koska Amalgamator on lukinnut sen. Samalla Scout, jota Amalgamator muokkasi, on palannut, aseen kanssa.
Voitettuaan sen, Amalgamator ilmestyy ja ampuu Conneria. Hän kaatuu maahan ja Amalgamator osoittaa aseella tämän niskaan. Jessie kuitenkin ilmestyy paikalle ja murhaa Amalgamatorin haulikolla. Nick lähtee muiden kanssa, mutta he huomaavat Forsetin tekevän jonkinlaista teleportaatiosädettä, johon pakenee pienempi alus. Sen jälkeen Forseti räjähtää.
Nick ja muut imeytyvät jonkinlaisen ison aluksen vetosäteeseen. Sen jälkeen Nick herää huoneessa ja Mek kertoo, että Nickillä on viesti aluksen kapteenilta. Se on Samantha-eliitiltä ja hän kertoo olevansa matkalla Maahan ja kertoo Nickin tarinan olevan lopussa.
Pelistä piti tulla trilogia, cliffhanger-lopetuksesta päätellen.