X-Men: Viimeinen kohtaaminen
Juoni

Elokuvan alussa on takauma, jossa Eric Magnus Lensherr (Magneto) ja Charles Xavier (Professori X) menevät tapaamaan Jean Greytä tämän kotiin, kun tämä on vielä lapsi. Siellä he saavat huomata, että Jeanilla on erittäin voimakkaat telepaattiset ja telekineettiset kyvyt, joita tämä ei osaa kuitenkaan hallita kunnolla. Alussa on myös toinen takaumajakso, jossa vielä lapsena oleva Enkeli yrittää repiä siipensä irti, mutta ei ehdi salata sitä isältään. Enkelin isä ei pidä mutanteista ja järkyttyy huomatessaan poikansa olevan mutantti.
Alkutekstien jälkeen Storm ja Wolverine pitävät Jäämiehelle, Kolossille, Roguelle ja Varjokissalle puolustusharjoitusta simulaattorissa. Harjoitusten aikana Rogue näkee Kittyn halaavan Bobbya, pelastaen näin hänet voimillaan ohjukselta. Wolverine turhautuu ja päättää hoitaa asian omalla tavallaan ja Storm ei oikein pidä Wolverinen toiminnasta, koska oppilaiden olisi pitänyt hoitaa asia. Samaan aikaan Scott Summers (Kyklooppi) kärsii hallusinaatioista, joissa vesimassan alle jäävä Jean pyytää tätä auttamaan. Wolverine yrittää ryhdistää häntä saaden tämän vain suuttumaan. Myöhemmin Charles pitää tuntia siitä miten toimia voimilla vastuullisesti ja näyttää oppilaille videon, jossa tri Moira MacTaggert esittelee miehen, joka on syntynyt ilman minkäänlaista aivotoimintaa. Tunnin jälkeen Storm ihmettelee miksi he yhä piileskelevät, sillä Magneto on karkuri, mutantti on ministeriössä ja presidentti on heidän puolellaan. Xavier sanoo heillä olevan yhä vihollisia ja sanoo myös ajatelleensa Stormista hänen seuraajaansa Ryhmä-x:ssän johtajana. Samaan aikaan Rogue ja Bobby riitelevät.
Mutanttiasioiden ministeri Henry "Hank" McCoy (Peto) ja Yhdysvaltain hallitus pitävät kokouksen, jossa käsitellään Magnetoa. Samalla näytetään video, jossa Mystikko on vangittu. Häneltä yritetään kysyä Magneton olinpaikkaa, mutta kuulustelijat vain suututtavat hänet. Samalla Pedolle annetaan kansio, jonka Mystikko varasti eräältä lääkefirmalta. Peto kauhistuu tajutessaan mistä on kyse.
Peto tulee kertomaan Xavierille, että on kehitetty lääke, joka poistaa lopullisesti mutanttien x-geenin ja muuttaa nämä takaisin normaaleiksi ihmisiksi. Lääkkeestä kerrotaan samaan aikaan myös televisiossa. Lääke aiheuttaa suurta kohua mutanttien keskuudessa, vaikka sen onkin sanottu olevan vapaaehtoinen. Samaan aikaan on käynnissä mutanttien kokous, jossa yksi mutantti yrittää vakuuttaa muut siitä ettei ole syytä nousta ihmisiä vastaan lääkkeen takia, kun Magneto ja Pyro saapuvat paikalle. Magneto väittää, että lääke merkitsee mutanttien tuhoa, ja pitää sitten puheen jossa kehottaa kaikkia liittymään hänen veljeskuntaansa, jonka tarkoituksena on tuhota kaikki ihmiset ja jättää maa mutanteille. Neljä mutanttia Callisto, Quill, Tajunta ja Teräskeho liittyvät Magneton joukkoihin ja Magneto pyytää Callistoa, joka pystyy aistimaan mutanttien voimat, voimatason ja olinpaikan, etsimään Mystikon.
Scott palaa Alkalijärvelle, jolla Jean Grey kuoli edellisen elokuvan lopussa. Scott kuulee Jeanin avunhuutoja päänsä sisällä ja ottaa turhautuneena lasinsa pois, jolloin hänen silmistään tulevat tappavat säteet osuvat veteen. Säteiden seurauksena veteen syntyy pyörre, ja valtava paineaalto paiskaa Scottin maahan. Silloin Jean ilmestyy rannalle, mutta hän ei ole enää hyvä Jean Grey vaan hänen paha kaksoispersoonansa Feeniks. Jean ja Scott suutelevat, mutta Feeniks puoli ottaa vallan ja tappaa Scottin. Xavier tuntee Scottin kuoleman ja sama kuuluu myös telepaattisesti koko koulussa. Xavier käskee Stormia ja Wolverinea menemään Alkalijärvelle.
Worrington yrittää testata lääkettä omaan poikaansa, joka ei olekaan valmis luopumaan voimistaan ja pakenee ikkunasta.
Mystikko on vangittu, mutta Magneto vapauttaa hänet ja kaksi muuta vaarallista mutanttia, Juggernautin ja Madroxin. Jo lyöty vartija yrittää ampua mutanttilääkettä sisältävän neulan Magnetoon, mutta Mystikko heittäytyy neulan tielle ja muuttuu normaaliksi ihmiseksi. Kiitokseksi Magneto hylkää Mystikon, koska hän ei ole enää mutantti. Magneto ottaa myös aseen mukaansa käyttääkseen sitä apuna mutanttien saamiseksi puolelleen.
Tilanteesta tuohtunut Henry eroaa virastaan ja lähtee koululle, koska hänelle ei kerrottu, että vapaaehtoiseksi tarkoitettua lääkettä käytettäisiin aseena mutantteja vastaan.
Storm ja Wolverine menevät etsimään Scottia Alkalijärveltä, mutta löytävätkin Jeanin tajuttomana. He vievät hänet takaisin kouluun. Xavier kertoo Wolverinelle aina tieneensä Jeanin Feeniks- persoonasta ja, että oli asettanut Jeanin mieleen psyykkisiä esteitä jakaen hänen mielensä näin kahteen osaan. Wolverine suuttuu tästä ja kysyy, että saiko Jean päättää asiasta. Xavier vastaa kylmästi, ettei hänen tarvitse selittää tekemäänsä ainakaan hänelle. Xavierin lähdettyä Jean herää, mutta hänen persoonansa vaihtelee arvaamattomasti Jeanin ja Feeniksin välillä aiheuttaen koko huoneen tärisemisen. Wolverine yrittää rauhoittaa häntä ja yllättäen Jean alkaa itkeä ja anelee Wolverinea tappamaan hänet ennen kuin hän "tappaa, jonkun muun." Wolverine sanoo, että Professori voi "korjata sen" aiheuttaen Jeanin suuttumisen. Jean heittää Wolverinen seinään ja lähtee takaisin lapsuudenkotiinsa. Magneto saa selville Jeanin olinpaikan Calliston avulla ja lähtee suostuttelemaan häntä tulemaan mukaansa. Xavier, Storm ja Wolverine saapuvat myös Jeanin olinpaikkaan. Wolverinen ja Stormin taistellessa veljeskuntaa vastaan, Feeniks ja Xavier taistelevat mutanttivoimillaan. Feeniks repii Xavierin atomeittain palasiksi, jonka jälkeen hän menee Magneton mukaan. Koululla pidetään hautajaiset Xavierille. Bobby menee tapaamaan Kittyä, joka kertoo Xavierin tulleen henkilökohtaisesti kutsumaan hänet kouluun ja kaipaavansa kotiaan ja ensi lunta. Bobby yrittää piristää häntä jäädyttämällä suihkulähteet, jossa he alkavat luistella Roguen seuratessa tilannetta sisältä päin. Myöhemmin Storm, Peto, Wolverine ja Jäämies puhuvat siitä pitäisikö koulu sulkea, kun turvapaikkaa hakeva Enkeli saa Stormin päättämään, että koulu pysyy auki. Rogue päättää ottaa lääkkeen, koska ei omien mutanttikykyjensä vuoksi koskaan kykene koskettamaan toista ihmistä ilman että tähän sattuu.
Bobby lähtee etsimään Rogueta paikasta, jossa lääkettä annetaan halukkaille mutanteille ja törmää Pyroon, joka tuhoaa paikan. Tapahtuman jälkeen Magneto puhuu televisiossa ja vaatii mutantteja, joko liittymään hänen joukkoihinsa tai olemaan poissa tieltä. Wolverine lähtee etsimään Jeania Magneton leiristä, mutta Magneto heittää hänet pois. Magneton hylkäämä Mystikko paljastaa Magneton piilopaikan, jonne armeijan iskujoukko lähtee löytäen ainoastaan monistumisvoimallaan satelliittikuvia hämänneen Madroxin jättäen näin auki mahdollisuuden ettei Mystikko pettänytkään Magnetoa. Magneto on selvittänyt, että lääkkeen alkuperä on mutanttipoika nimeltään Iili, jonka lähellä mutanttigeeni lakkaa toimimasta. Hän lähtee armeijansa kanssa Alcatrazille, jossa häntä säilytetään tappamaan hänet, mutta Storm, Wolverine, Peto, Jäämies, Varjokissa ja Kolossi menevät puolustamaan tätä ihmisarmeijan kanssa. Ryhmä-X hoitaa helposti Magneton heikoimmat mutantit ja Varjokissa voittaa Juggernautin huijaamalla hänet juoksemaan täysillä päin seinää Iilin lähellä ja Jäämies hoitelee Pyron kaksintaistelussa. Taistelun tuoksinassa Quill, Tajunta ja Teräskeho pääsevät sisälle lääkettä valmistavalle tehtaalle ja yrittävät tappaa Worringtonin, mutta Enkeli pelastaa tämän. Lopulta, kun Wolverine harhauttaa Magnetoa, Peto hyökkää ja työntää neljä lääkeneulaa häneen. Wolverinen täytyy lopulta tappaa Jean vaikka rakastaakin häntä, sillä uusiutumiskykynsä vuoksi hän on ainoa joka pääsee tarpeeksi lähelle raivoavaa Feeniksiä, joka on jo tappanut joukon ihmissotilaita, Quillin, Tajunnan ja Teräskehon. Scott ja Jean saavat haudat professorin vierestä. Storm ottaa koulun haltuunsa, Peto pääsee YK:n lähettilääksi ja Iili liittyy kouluun. Lisäksi Bobby ja lääkettä ottanut Rogue voivat vihdoin koskea toisiaan
Lopussa Magneto on yksin puistossa keskeneräinen shakkipeli edessään ja hän nostaa kätensä kuningasta kohti yrittäen siirtää sitä entisillä mutanttivoimillaan ja kuningas tärähtää pikkuisen. Lopputekstien jälkeen on kohtaus jossa aivokuollut potilas sanoo Charlesin äänellä: "Hei Moira".