Bonifatius VIII
Taistelu Filip IV:n kanssa

Ranskan kuningas Filip IV pyrki estämään Clericis laicosin julkaisun ja vastusti avoimesti bullaa kieltämällä kaiken rahan ja arvoesineiden viennin Ranskasta ja karkottamalla ulkomaisia kauppiaita. Nämä toimenpiteet olivat jo yksin vakava uhka paavin tuloille, mutta ratkaiseva isku oli vaikutusvaltaisen Colonnan suvun nousu avoimeen kapinaan paavia vastaan. Suku oli yksi Rooman merkittävimmistä aatelissuvuista, ja siihen kuului kaksi kardinaalia. Kapina huipentui siihen, että aseistettu joukko ryösti paavin aarrekammion toukokuussa 1297. Tätä seurasi vuoden kestänyt taistelu Colonnan joukkoja vastaan, joka päättyi heidän ehdottomaan antautumiseensa. Suku välttyi ekskommunikaatiolta, mutta menetti virka-asemansa ja omaisuutensa. Tuomio johti pian uuteen kapinaan ja pakoon Roomasta. Osa Colonnan suvun jäsenistä pakeni Ranskaan Filip IV:n luo. On mahdollista, että he olivat liittoutuneet jo ennen Clericis laicoksen julkaisua.
Bonifatiuksen ensimmäistä kiistaa Ranskan kuninkaan kanssa seurasi sovinto, jota korosti se, että paavi kanonisoi Filipin pyhän esi-isän Ludvig IX:n. Seuraava konflikti osoittautui kuitenkin sovittamattomaksi. Se puhkesi vuonna 1301, kun Etelä-Ranskan Pamiersin piispa Bernard Saisset joutui syytetyksi ja vangittiin lyhyen oikeudenkäynnin jälkeen. Tällä tuomiolla kuningas Filip IV uhmasi yhtä paavinvallan perustavanlaatuisista oikeuksista. Siihen saakka vain kirkolla ja paavilla oli ollut oikeus tuomita papiston jäseniä. Tässä asiassa paavi ei enää voinut tehdä kompromissia, ja bullassa Ausculta fili ("Kuuntele poika") hän nuhteli terävästi Filipiä ja vaati piispan vapauttamista. Kuninkaan kansleri Pierre Flotte levitti kuitenkin vääristeltyä versiota bullasta ja valmisteli siten Ranskan säätyjen yleiskokouksen yleistä mielipidettä kuninkaalle suotuisaksi. Huhtikuussa 1302 säätyjen yleiskokouksessa aateliset ja porvarit kannattivat innolla kuninkaan kantaa. Myös papisto kannatti kuningasta, joskin vastahakoisesti.
Bonifatiuksella näyttää silti olleen hyvä syy otaksua riidan päättyvän suotuisasti, koska Filipin armeija hävisi pian tämän jälkeen tuhoisasti Flanderin kaupunkien liittouman armeijalle. Lisäksi Saksan kuningas ja tuleva keisari, Albrekt I oli valmis luopumaan liitosta Ranskan kanssa, mikäli paavi tunnustaisi hänet lailliseksi hallitsijaksi. Tämä tunnustus myönnettiin alkuvuodesta 1303 sanoilla, jotka korostivat harmonista suhdetta paavinvallan ja Pyhän Saksalais-roomalaisen keisarikunnan välillä. Paavi sanoi nyt tämän keisarikunnan hallitsevan – paavin ylivallan alaisena – kaikkia muita valtakuntia, myös Ranskaa.
Marraskuussa 1302 paavi oli antanut vielä perustavanlaatuisemman julistuksen paavin määräävästä asemasta koko kristityssä maailmassa. Bulla Unam sanctam (”Yksi pyhä”) on kenties tunnetuin kaikista keskiajan paavin julkaisemista asiakirjoista, koska paavin asema määritellään siinä äärimmäisen suorasukaisella tavalla. Bullan viimeisessä lauseessa todetaan, että kaikkien on alistuttava paavin tahtoon:
Samaan aikaan Filip IV:n uudeksi kansleriksi oli noussut Flotten tilalle Guillaume de Nogaret. Nogaret alkoi johtaa kuninkaan paavinvastaista politiikkaa. Filip sai tukea paavi Bonifatiuksen vihollisilta. Filipin puolelle liittyi esimerkiksi paavin legaatti Ranskassa, kardinaali Jean Lemoine. Louvressa pidettiin salainen kokous, jossa paavia vastaan keksittiin monia perusteettomia syytöksiä, alkaen laittomasta paavin virkaan valitsemisesta harhaoppisuuteen. Tämän jälkeen Nogaret matkusti Italiaan nostattamaan kapinaa paavia vastaan.