Kidō senshi Gundam 00
Juoni > Toinen kausi

Toinen kausi käynnistyy vuonna 2312. Aiemmat liittoumat ovat yhdistyneet yhdeksi Maan liittovaltioksi, ja maailman yhdistymisestä on tullut totta. Taustalla kuitenkin itsenäisen turvallisuusjoukko A-Lawsin toimeenpanemat liittovaltion vastaisten liikkeiden ja niiden kannattajien vainot ja joukkomurhat todistavat, että maailman tila on yhä vääristynyt. Saji, joka on toteuttanut unelmansa avaruusinsinööriksi ryhtymisestä, joutuu syyttä A-Lawsin puhdistusoperaation kohteeksi, ja ensimmäisen kauden lopputaistelusta hengissä selvinnyt Setsuna ryhtyy yksin uudelleen taisteluun.
A-Lawsin vangiksi joutunut Saji tapaa sattumalta jälleen Setsunan, joka pelastaa tämän ja puolustautuu A-Lawsia vastaan vakavasti vahingoittuneella Gundamillaan. A-Lawsin koneet ovat kuitenkin jo kehittyneempiä kuin vanha Gundam, ja Setsuna joutuu pahoihin vaikeuksiin. Salassa toimintaa jatkanut Tieria on kuitenkin koonnut uuden Celestial Beingin, joka pelastaa Setsunan. Ensimmäisellä kaudella kuolleen Neilin veli Lyle jatkaa tämän roolissa Lockonina, vangiksi joutunut Allelujah pelastetaan ja CB ryhtyy uuteen taisteluun vääristyneeä pitämäänsä maailmaa vastaan.
Sankarit onnistuvat liitymään yhteen Liittovaltiota vastustavan Katharon-ryhmittymän kanssa, mutta kun Saji saa tietää, että Celestial Beingin toimet epäsuorasti johtivat siihen, että hän joutui eroamaan tyttöystävästään Louisesta ja menetti siskonsa Kinuen, hän raivostuu taistelua jatkaville Katharonin ja CB:n jäsenille. Saji pakenee erämaahan, mutta joutuu armeijan vangiksi. Saji koettaa selittää tilanteensa totuudenmukaisesti, mutta lopputuloksena A-Laws tuhoaa Katharonin tukikohdan, ja useat menettävät henkesä. Tieria syyttää Sajia tahattomasta pahantahtoisuudesta, ja siihen syylisyyden vaivaama Saji, joka siihen asti oli mielessään kieltäytynyt käsittelemästä taisteluiden todellisuutta, liittyy Celestial Beingiin.
Tutkimuksen tuloksena selviää, että A-Lawsin taustalla ovat Aeolia Schenbergin suunnitelmansa toteuttamista varten luomat keinotekoiset ihmiset, innovadet. Vaikka Celestial Beingille selviääkin
vihollisen todelliset kasvot, A-Lawsin mahti kasvaa päivä päivältä, ja lopulta se saa käyttöönsä satellittiase Memento Morin, jonka voima riittää tuhoamaan kokonaisen Lähi-idän valtion. Koska A-Laws hallitsee myös mediaa, tapahtumien todellinen kulku ei selviä maailmalle, ja liittovaltio korruptoituu yhä pahemmin. Sattuman kautta Sajista tulee 00 Gundamin tukikone 0 Raiserin pilotti, ja hänen ansiostaan se onnistuu telakoitumaan 00 Gundamin kanssa, mikä pelastaa Celestial Beingin. Seurauksena tapahtuvan tuntemattoman ilmiön seurauksena Saji saa kuitenkin tietää, että Louise on liittynyt A-Lawsiin kostaakseen perheensä kuoleman. Saji hämmentyy syvästi, mutta vannoo kamppailevansa pelastaakseen Louisen ja lopettaakseen turhat taistelut.
Muutamia päiviä sen jälkeen, kun Celestial Being onnistuu Memento Morin tuhoamisessa liittovaltiossa tapahtuu vallankaappausyritys ja Afrikan avaruushissi miehitetään, jolloin 60 000 ihmistä joutuu panttivangiksi. Kapinallisten suunnitelmana on antaa panttivankien toimi A-Lawsin julmuuksien todistajina, jolloin he voisivat kertoa totuuden maailmalle. A-Laws kuitenkin aikoo käyttää salassa rakentamaansa toista Memento Moria tuhotakseen avaruushissin panttivankeja myöten ennen kuin totuus ehtii paljastua. Setsuna ja kumppanit hyökkäävät toistakin Memento Moria vastaan, mutta se onnistuu tuhoamaan avaruushissin, jolloin siitä irtoavat lukemattomat palaset syöksyvät maahan aiheuttaen suurkatastrofin. Tällöin CB, liittovaltion armeija, A-Laws, Katharon ja kapinalliset kamppailevat yhdessä vähentääkseen hissin osien aiheuttamia tuhoja. Virallinen totuus tästä ”Break Pillar” -tapauksesta oli, että sen takana olivat kapinalliset. Tämä saa A-Lawsin koventamaan otteitaan entisestään, mutta samalla, ironista kyllä, maailman ihmiset yhdistyivät tapauksen seurauksena.
Neljä kuukautta Break Pillar -tapauksen jälkeen CB onnistuu tuhoamaan toisenkin Memento Morin ja käynnistää operaation Vedan kaappaamiseksi takaisin. Myös Katharon ja liittovaltion armeija tukevat CB:tä, ja tilanne kehittyy viimeiseksi taisteluksi A-Lawsia ja innovadeja vastaan. CB saa Vedan takaisin hallintaansa 00 Gundamin Trans-Am Burst -toiminnon avulla, ja Louise vapautuu häntä vuosikausia kahlinneesta vihastaan.
Taistelu päättyy itseään ihmiskunnan armoitetuksi johtajaksi tarkoitettuna pitävän innovadejen ykkösmies Ribbonsin ja tulevaisuuden puolesta taistelevan Setsunan väliseen kaksinkamppailuun. Innovadet häviävät, lukemattomiin julmuuksiin syyllistynyt A-Laws-järjestö lakkautetaan ja CB päättää jäädä olemaan olemassa voimana, joka estäisi tulevaisuudessakin sodat.