Tom Clancy’s Splinter Cell: Pandora Tomorrow
Juoni

Vuonna 2006 Yhdysvallat päättää perustaa sotilastukikohdan äskettäin itsenäistyneeseen Itä-Timoriin, ”maailman nuorimpaan demokratiaan”. Vaikka tukikohdan tarkoituksena onkin kouluttaa itätimorilaisia sotilaita, Yhdysvaltain taka-ajatuksena on lyhyt hyökkäysetäisyys Pohjois-Koreaan. Yhdysvaltain sotilaallinen läsnäolo aiheuttaa voimakasta vihamielisyyttä amerikkalaisia kohtaan koko Indonesian alueella ja pahamaineisin Yhdysvaltoja vastustavista sissijärjestöistä on Darah Dan Doa, jota johtaa nuori ja karismaattinen Suhadi Sadono. Sadonon johdolla Darah Dan Doan sissitaistelijat kaappaavat Itä-Timorin pääkaupungissa Dilissä sijaitsevan suurlähetystön ja ottavat panttivangeikseen kymmenittäin yhdysvaltalaisia diplomaatteja ja sotilaita, mukaan lukien Displace International -yksityisarmeijan johtajan ja Sam Fisherin vanhan ystävän Douglas Shetlandin.
Koska Shetlandilla on hallussaan tietoja, jotka eivät saa päätyä Darah Dan Doan haltuun, Third Echelon lähettää Fisherin suurlähetystöön, jossa sissit ovat alkaneet tappamaan panttivankejaan. Fisher kohtaa Shetlandin, joka antaa Fisherille matkapuhelimensa. Matkapuhelimella on Sadonoa koskevia tietoja sisältävä tekstiviesti, mutta koska viesti timorilaista mambai-murretta, Fisherin täytyy tavata suurlähetystössä panttivankina oleva Ingrid Karlthson, joka osaa puhua mambaita. Karlthson kääntää Fisherin tekstiviestin sisällön mambaista englanniksi, minkä jälkeen Fisher poistuu suurlähetystöstä ja Yhdysvaltain armeijan Delta Force -erikoisyksikkö tunkeutuu rakennukseen. Vaikka Delta Force onnistuukin vapauttamaan panttivangit, Sadono sissijoukkoineen pakenee suurlähetystöstä ja katoaa Indonesian sademetsiin suunnittelemaan kostoiskua Yhdysvaltoja vastaan. Yhdysvallat vannoo löytävänsä Sadonon ja nujertavansa Darah Dan Doa, minkä seurauksena Indonesiaan lähetetään tuhansittain yhdysvaltalaissotilaita.
Karlthsonin kääntämä teksti vie Fisherin pariisilaiseen kryoniikkaan erikoistuneeseen laboratorioon, johon on tunkeutunut joukko salaperäisiä ranskalais-syyrialaisten terroristeja. Koska Fisherin tarkoituksena on saada selville terroristien aikeet, hänen tehtävänään on löytää Francois Codeboeuf -niminen vartija, joka on onnistunut ottamaan matkapuhelimensa kameralla valokuvan terroristien johtajasta ja lukinnut itsensä laboratorion tutkimustiloihin. Fisher kohtaa Codeboeufin ja saa haltuunsa matkapuhelimen, jolla oleva valokuva paljastaa terroristijohtajan CIA-agentti Norman Sothiksi. Third Echelon antaa Fisherille uudeksi tehtäväksi soluttautua Pariisista Nizzaan matkalla olevaan luotijunaan, jonka matkustajien joukkoon kuuluu siviileiksi naamioituneiden terroristien suojelema Soth. Junassa Fisher kohtaa Sothin, joka väittää olevansa peitetarinan turvin toimiva CIA:n vakooja, jonka tehtävänä on tarkkailla terroristien toimia. Fisher kuitenkin salakuuntelee Sothin puhelinkeskustelun, joka paljastaa Sothin olevan nykyisin Sadonolle työskentelevä palkkasoturi.
Third Echelon lähettää Fisherin Jerusalemiin, missä Fisherin tehtävänä on hankkia SC-20-rynnäkkökiväärinsä asekauppias Saul Berkovitziltä. Kun Fisher saapuu Berkovitzin asekauppaan, Berkovitz itse on joutunut kahden rosvon uhkailemaksi. Fisher tappaa molemmat rosvot ja saa Berkovitziltä rynnäkkökiväärinsä, jota asekauppias on muunnellut. Kun Fisher on saanut takaisin aseensa, Lambert antaa hänelle uudeksi tehtäväksi kohdata Shin Bet -agentti Dahlia Tal. Tal johdattaa Fisherin syyrialaisten terroristien salaiseen tukikohtaan, missä Fisher varastaa terroristien haltuun joutuneen isorokkonäytteen. Third Echelonille selviää, että Sadono on Sothin avulla ostanut mustasta pörssistä biologisia aseita, ja että hyökkäyksen kryoniikkalaboratorioon tarkoituksena oli hankkia säilytyslaitteita Sadonon hankkimille isorokkoviruksille.
Third Echelon lähettää Fisherin Indonesian viidakkoihin, missä Shetlandin avustama Fisher soluttautuu Darah Dan Doan päämajana toimivaan leiriin. Leirissä Fisher asentaa pommeja Sadonon yksityiseen lentokoneeseen ja saa selville, että sissit jalostavat isorokkovirusta asetarkoituksiin. Hän myös saa selville, että Sadono on käynnistänyt Pandora Tomorrow -nimisen operaation: Darah Dan Doa on asentanut isorokolla varustettuja pommeja Yhdysvaltain maaperälle ja joka 24 tunnin välein Sadono tekee puhelinsoittoja, joissa hän estää miehiään laukaisemasta pommeja. Mikäli Sadono vangitaan tai tapetaan, pommit laukaistaan ja miljoonat yhdysvaltalaiset siviilit saavat kuolettavan isorokkotartunnan. Displacen tarkka-ampujien avustama Fisher pakenee leiristä ja Yhdysvallat joutuu vetäytymään Indonesiasta.
Fisher tunkeutuu Darah Dan Doan haltuun joutuneeseen laivastotukikohtaan, missä hänen tehtävänään on tunkeutua sukellusveneeseen ja hankkia aluksen keskustietokoneelta tietoja isorokkopommien sijainneista. Fisher onnistuu tehtävässään ja kun yhdysvaltalaiset saavat selville pommien olinpaikat, pommit deaktivoidaan ja Sadonon suunnitelma epäonnistuu. Yhdysvaltalaiset joukot palaavat takaisin Indonesiaan ja kukistavat Darah Dan Doan, jolloin Sadono ottaa haltuunsa jakartalailaisen televisioaseman ja järjestää amerikkalaisvastaisen puheen televisiolähetyksessä. Ingrid Karlthsonin avustama Fisher kuitenkin kaappaa Sadonon kesken lähetyksen ja toimittaa hänet yhdysvaltalaisten viranomaisten haltuun.
Vaikka Sadono onkin vangittu ja Darah Dan Doa kukistettu, Norman Soth onnistuu saamaan haltuunsa viimeisen isorokkopommin ja päättää laukaista sen Los Angelesin kansainvälisellä lentoasemalla kostoksi siitä, että Yhdysvallat aikoinaan hylkäsi hänet yksin Indonesiaan. Kun pommi laukeaisi, sadat tuhannet ihmiset saisivat välittömästi tartunnan ja isorokko leviäisi lentoreittien kautta ympäri maailmaa, mikä aiheuttaisi yhteensä jopa useita miljoonia kuolonuhreja. Fisher tunkeutuu lentokentälle, eliminoi Sothin kätyreineen ja estää pommin laukeamisen.
Pelin välivideoiden uutislähetyksissä mainitaan pikaisesti kaksi asiaa, jotka myöhemmin näyttelevät suurta roolia Chaos Theoryn juonessa: ensimmäinen Abrahim Zherkezin tutkimukset koskien Phillip Massen kehittämiä tietokonealgoritmeja ja toinen japanilaisen Information Self Defense Forcen perustaminen.