Gekijōban Kidō senshi Gundam 00 – A Wakening of the Trailblazer
Juoni

Taistelu Ribbons Allmarkin, joka pyrki johtamaan ihmiskuntaa hallitsemalla sitä innovadojen mahdin avulla, ja Celestial Beingin välillä päättyi jälkimmäisen ja Setsuna F. Seiein voittoon. Taistelun lopulla Setsuna heräsi todellisena innovaattorina, joka voisi näyttää ihmisille tien yhteisymmärrykseen. Tiedonvälitystä hallitsemalla rikolliset toimensa kätkenyt erikoisrauhanturvajärjestö A-Laws hajotettiin, ja maailma lähestyi viimein pysyvää rauhaa uudelleenmuodostetun Maan liittovaltion rauhanturva-armeijan valvovan silmän alla.
Elokuvan tarina alkaa kaksi vuotta myöhemmin, vuonna 2314. Julkisuudesta kadonneen Celestial Beingin Setsuna ja Lockon Stratos jatkavat salassa toimia konfliktien ennalta ehkäisemiseksi. Uuden sodan siemenet kasvavat kuitenkin salassa. Niiden synnyttäjä on 130 vuotta aiemmin avaruushylyksi muuttunut Jupiterin-tutkimusalus Europa, joka ajelehtii takaisin Maan läheisyyteen. Europalta ei havaita merkkejä elävistä olennoista, mutta Liittovaltion armeijan innovaattori, kapteeni Descartes Shaman tuhoaa aluksen estääkseen sen törmäyksen Maahan. Tämä laukaisee kuitenkin outojen tapausten sarjan: kulkuneuvot riehaantuvat itsekseen, heränneiden innovaattorien aivokvanttiaaltoja häiritään ja löydetään oudoj, metallisia eliöitä, jotka kykenevät loisimaan ihmisissä.
Celestial Being, joka osaa aavistaa taistelun olevan tulossa, aloittaa arvoituksellisten metallieliöiden tutkimisen. Joukko kerää mukaansa pyhiinvaellusmatkalla olleet Allelujah Haptismin ja Allelujah Haptismin ja Soma Periesin (Marie Parfacyn) ja suuntaa avaruuteen. Siellä he kohtaavat kuitenkin tuhoutuneeksi uskotun Europan ja lukemattoman määrän metallisia eliöitä, jotka hyökkävät Celestial Beingin kimppuun. Olioiden lähettämät voimakkaat aivokvanttiaallot häiritsevät pahasti Setsunaa, mutta viime hetkellä Tieria Erde pelastaa sankarit. On selvää, että aivokvanttiaallot vetävät näitä Maan liittovaltion hallituksen ”ELS”:ksi ristimiä olioita puoleensa. Hallitus yrittää Descartesin avulla kommunikoida Marsin lähellä Jupiterista maata lähestyvän uuden, valtavan ELS-joukon kanssa, mutta yritys päättyi Descartesin ja koko laivaston tuhoon. Myös Setsuna yrittää viestiä olennoille Trans-Am Burst -toiminnon avulla, muttei pysty käsittelemään ELS-olioiden lähettämää suunnatonta informaatiomäärää, vaan saa aivovaurion ja vajoaa koomaan.
Tapausten seurauksena Maan liittovaltio julistaa ELS:n vihollisiksi ja alkaa keskittää joukkojaan viimeiselle puolustuslinjalle ratkaisevaan taisteluun estääkseen ELS-olioiden pääsyn maahan. Celestial Being osallistuu myös taisteluun, mutta ELS-olennoilla on kymmentuhatkertainen ylivoima. Oliot osoittavat myös kykenevänsä kopioimaan ihmisten mobile suitien ja avaruusalusten sekä jopa GN-hiukkasten kyvyt ja analysoimaan tarkasti armeijan liikkeet, joten tappio näyttää väistämättömältä. Setsuna kuitenkin näkee viime hetkellä unen, jossa hänen vanhat toverinsa kannustavat häntä, ja paranee yllättäen koomasta. Setsuna nousee uuteen 00 Qan[T] -Gundamiinsa ja suunnistaa kohti ELS-olentojen ydintä käyttääkseen siellä kommunikaatioon tarkoitettua kvantipurske-järjestelmää. Samassa Setsuna ymmärtää, miten ELS-oliot ovat paenneet kuolevalta kotiplaneetaltaan pyytääkseen ihmisten apua, ja vastaavasti ELS ymmärtää, että ihmiset näkevät itsensä yksilöinä eivätkä ELS-olioiden kaltaisen kollektiivina. Setsuna päättää vierailla ELS:n kotiplaneetalla ymmärtääkseen näitä paremmin ja lähtee kvanttiteleportaatiomatkalle ulkoavaruuteen. Samalla ELS-oliot kokoontuvat kaikki yhteen pisteeseen ja muodostavat Maasta asti näkyvän, valtavan kukan ystävyyden merkiksi.
Viisikymmentä vuotta myöhemmin, vuonna 2364, ELS-kukkaa käytetään avaruusasemana ja yli 40 % ihmisistä on kehittynyt innovaattoreiksi. Ihmiskunta elää rauhassa ELS-olioiden kanssa ja suuntaa kohti ulkoavaruutta. Setsuna palaa maahan ensimmäistä kertaa sitten yhteydenottonsa ELS:n kanssa viisikymmentä vuotta aiemmin ja vierailee vanhenneen Marina Ismailin luona. Setsuna ja Marina vahvistavat toisilleen, ettei heidän valitsemansa tie ollut erehdys, ja taustalla ELS:n kanssa fuusioitunut 00 Qan[T] näkyy kukkien peittämänä.