Luettelo televisiosarjan Code Lyoko jaksoista
Jaksot > 3. kausi

| # | Σ # | Nimi | Englanninkielinen nimi | Ohjaus | Käsikirjoitus | Alkup>  esityspäivä | Tuotanto- koodi | Lähde |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 1 | 53 | Sydämen asia | Straight to Heart | Jérôme Mouscadet | Francoise Charpiat | 9. syyskuuta 2006 | 301 |  |
Päästyään ulos supertietokoneesta, X.A.N.A:n seuraava tavoite on tuhota Lyoko. Aelita paljastaa uudet kykynsä. 
| 2 | 54 | Lyoko miinus yksi | Lyoko Minus One | Jérôme Mouscadet | Laurent Turner | 16. syyskuuta 2006 | 302 |  |
X.A.N.A. ottaa valtaansa luokallisen oppilaita sekä meduusan avulla ensimmäistä kertaa Aelitan. Tämä johtaa massiiviseen menetykseen. 
| 3 | 55 | Ruokaongelmia | Tidal Wave | Jérôme Mouscadet | Laurent Turner Sophie Decroisette | 23. syyskuuta 2006 | 303 |  |
Terveysruokapäivänä X.A.N.A. lähettää ruokapakkauksista koostuvan hirviön ryhmän perään. Estääkseen heitä pääsemästä tornille se nostaa myös meren pintaa Lyokossa. 
| 4 | 56 | Väärillä jäljillä | False Lead | Jérôme Mouscadet | Jean Remi Francois Bruno Merle | 30. syyskuuta 2006 | 304 |  |
Kaksi valtion agenttia saapuu koululle ja epäilevät Jeremyä vakavasta tietomurrosta, kunnes X.A.N.A. ottaa heidät valtaansa. Oddia askarruttaa minikonsolinsa katoaminen. 
| 5 | 57 | Aelita | Aelita | Jérôme Mouscadet | Bruno Regeste | 7. lokakuuta 2006 | 305 |  |
Aelita näkee jatkuvasti unia isästään, ja houkuttelee Oddin mukaansa etsimään hänestä tietoa. 
| 6 | 58 | Teeskentelyä | The Pretender | Jérôme Mouscadet | Francoise Charpiat | 14. lokakuuta 2006 | 306 |  |
Nuorempi oppilas on ihastunut Yumiin ja kysyy Ulrichilta neuvoja. X.A.N.A. hyökkää lintuparvella. 
| 7 | 59 | Salaisuus | The Secret | Jérôme Mouscadet | Laurent Turner Sophie Decroisette | 21. lokakuuta 2006 | 307 |  |
X.A.N.A. valtaa rakennusten räjäytystyöntekijän tuhotakseen tehtaan. Soturit saavat apua Williamilta. 
| 8 | 60 | Tilapäinen mielenhäiriö | Temporary Insanity | Jérôme Mouscadet | Jean Remi Francois Bruno Merle | 1. marraskuuta 2006 | 308 |  |
X.A.N.A. aivopesee Ulrichin ja Oddin siten, että Maassa he luulevat olevansa Lyokossa, ja päinvastoin. Tämä aiheuttaa ongelmia kummassakin maailmassa. 
| 9 | 61 | Sabotaasia | Sabotage | Jérôme Mouscadet | Sophie Decroisette Bruno Regeste | 2. marraskuuta 2006 | 311 |  |
X.A.N.A:n sabotoitua supertietokoneen piirilevyjä Lyokon ohjelmissa esiintyy jatkuvia bugeja. 
| 10 | 62 | Ei juuri kukaan | Nobody in Particular | Jérôme Mouscadet | Jean Remi Francois Bruno Merle | 3. marraskuuta 2006 | 312 |  |
Jeremy kokeilee virtualisointia suoraan vitossektoriin, mikä saa Ulrichin katoamaan. Koulussa käydään arviointikeskusteluja. 
| 11 | 63 | Liian monta Oddia | Triple Trouble | Jérôme Mouscadet | Jean Remi Francois | 6. marraskuuta 2006 | 314 |  |
Jeremy ohjelmoi Oddille testiksi teleporttauskyvyn, joka kumminkin saa Oddin kolmiintumaan. 
| 12 | 64 | Tuplaongelma | Double Trouble | Jérôme Mouscadet | Laurent Turner Sophie Decroisette | 7. marraskuuta 2006 | 313 |  |
Koulunkäynti ja X.A.N.A:a vastaan taistelu yhtä aikaa käyvät ryhmän voimille. X.A.N.A. luo Jeremystä puheliaan kopion. 
| 13 | 65 | Viimeinen kierros | Final Round | Jérôme Mouscadet | Laurent Turner Sophie Decroisette | 8. marraskuuta 2006 | 315 |  |
William lähtee ensimmäiselle Lyoko-tehtävälleen. X.A.N.A. saa hänestä otteen, mikä saa sen pitkäaikaisen suunnitelman onnistumaan.