Venäjän historia
Moskovan ruhtinaskunta > Sekasorron aika 1598–1613

Iivanan jälkeen valtaan nousi hänen poikansa Fjodor. Tämä oli valtaan noustessaan alaikäinen, ja todellista valtaa käytti uuden tsaarin lanko Boris Godunov. Tämä oli edennyt korkeaan asemaan opritšninan aikana, eikä hän näin ollen ollut pajarien suosiossa. Godunovin nousu maan tosiasialliseksi johtajaksi sai pajarit ryhtymään toistuviin salaliittoihin ja kapinoihin Godunovia vastaan. Aikakautta kutsutaan Venäjän historiassa sekasorron ajaksi.
Fjodorin hallintokauden merkittävin tapahtuma oli Moskovan julistaminen patriarkaatiksi, mikä johti Venäjän ortodoksisen kirkon itsenäiseen kehitykseen. Tämä oli seurausta siitä, että Konstantinopolissa sijainnut viimeinen merkittävä patriarkanistuin jäi islamin valtapiiriin. Fjodor kuoli ilman elossa olevaa perillistä vuonna 1598. Zemski sobor-neuvosto, joka koostui pajareista, papiston edustajista ja maallikkojäsenistä, kutsuttiin koolle valitsemaan uutta hallitsijaa. Kokouksessa Moskovan patriarkka Job, joka sai kiittää asemastaan Godunovia, sai zemski soborin valitsemaan Godunovin virallisesti tsaariksi.
Boris Godunov oli Iivana Julmaa taitavampi diplomaatti ulkomaanpolitiikassa. Hän pyrki lähentymään ulkomaisia hallituksia, ja hänen aikanaan kauppa voimistui ja valtion talous koheni. Hän ymmärsi myös maanviljelyn tärkeyden ja talonpojat pakotettiin pakkolaein pysymään aloillaan. Muutto-oikeuden rajoittaminen ja talonpojilta vaaditut pakkotyösuoritukset herättivät talonpojissa tyytymättömyyttä ja monet karkasivat Uralin taakse.
Vuosina 1601–1603 koettiin kolme perättäistä katovuotta, jotka aiheuttivat maassa nälänhätää. Nälänhädän ja sitä seuranneen tyytymättömyyden aikana kuvioihin tuli mukaan Puolan ja pajariston tukema Vale-Dmitri, joka väitti olevansa Iivana Julman vuonna 1591 kuollut poika. Hän sai kerättyä tuekseen pienen puolalaisista, talonpojista ja kasakoista koostuneen armeijan, mutta hänen taistelunsa eivät tuoneet asiaan ratkaisua, sillä Boris Godunov kuoli yllättäen vuonna 1605. Pajarit päättivät väliaikaisesti alistua Vale-Dmitrin valtaan, jotta koko Godunovien suvusta päästäisiin eroon. Uusi hallitsija ei täyttänyt kenenkään kannattajansa toiveita. Hänen tärkein tukensa tuli Puolasta, mutta Vale-Dmitri ei tehnyt mitään käännyttääkseen venäläisiä roomalaiskatolisuuteen. Venäjällä jatkui edelleen Puolan ja Ruotsin suunnalta tullut ulkoinen paine, ja sisäistä levottomutta aiheuttivat pajarien sisäiset valtataistelut ja kansan tyytymättömyys. Pajarit yllyttivät väestön kapinaan, jossa Vale-Dmitri sai surmansa vuonna 1606. Uudeksi tsaariksi julistettiin pajareihin kuulunut Vasili Šuiski.
Kaikki pajarit eivät hyväksyneet Šuiskia hallitsijaksi ja kapinointi jatkui nyt toisen Vale-Dmitrin johtamana, mutta kapina kukistettiin. Suuremman uhan Vasili Šuiskille muodostivat puolalaiset, joiden vaikutusvalta alkoi levitä Venäjälle. Šuiski liittoutui Ruotsin Kaarle IX:n kanssa ja tämä tarjosi apua korvausta vastaan. Šuiski ja Kaarle IX laativat vuonna 1609 Viipurin sopimuksen, jonka mukaan Ruotsi saisi Käkisalmen läänin korvaukseksi 5 000 miehen sotajoukon avusta. Ruotsin apujoukko, joka muodostui pääasiassa Jakob De la Gardien johtamista suomalaisista sotilaista, marssi Moskovaan vuonna 1610. Puolan kuningas Sigismund III lähetti vastineeksi oman sotajoukkonsa Venäjälle. Puolalaiset valtasivat Smolenskin ja kukistivat De la Gardien johtamat joukot. De la Gardien sotaretki päättyi vetäytymiseen kohti Suomea. Osa pajareista oli puolalaisten puolella, ja heidän tuellaan Vasili Šuiski syrjäytettiin vallasta ja tsaariksi nostettiin Sigismundin poika Vladislav IV Vaasa.
Tapahtumien käänteiden johdosta oli selvää, ettei Käkisalmen lääniä vapaaehtoisesti enää luovutettaisi Ruotsille, minkä vuoksi Ruotsi ryhtyi valloittamaan sille luvattua aluetta sotatoimin ja Inkerin sota sai alkunsa. Ruotsi valloitti Käkisalmen vuonna 1611, ja Jakob De la Gardien joukot miehittivät myös Novgorodin ja Ruotsissa alettiin suunnitella, että alueesta muodostetaan oma valtio, jonka johtoon asetetaan Ruotsin hovin jäsen. Ruotsalaiset onnistuivat hyödyntämään Moskovan sekavaa tilannetta, sillä Sigismund halusi liittää Moskovan valtakunnan Puolaan. Tätä pyrkimystä vastustettiin ortodoksisen kirkon johdolla ja tukea he saivat kaikista yhteiskuntaluokista. Sekasorron ajan lopetti vuonna 1613 kokoontunut Zemski sobor. Neuvosto päätti syrjäyttää Vladislavin tsaarin paikalta ja nimittää hänen paikalleen Romanov-sukuun kuuluneen nuoren Mikael Romanovin.
Sekasorron ajan jälkeen Moskovan valtakunnalle oli ensiarvoisen tärkeää lopettaa ulkovaltojen puuttuminen maan asioihin. Sota Ruotsia ja Puolaa vastaan jatkui edelleen. Vuonna 1617 Ruotsin kanssa solmittiin Stolbovan rauha, jossa Venäjä joutui luopumaan enemmästä kuin se Viipurin sopimuksessa oli sitoutunut. Ruotsille luovutettiin Käkisalmen läänin lisäksi Suomenlahden rannikon läänit, jolloin Venäjä joutui eristyksiin koko Itämerestä. Puola taas ei suostunut luopumaan vaatimuksestaan Venäjän tsaarin kruunuun. Puola yritti valloittaa Moskovan vuonna 1618, mutta yritys epäonnistui. Aseleposopimuksessa 1618 maat solmivat neljäntoista ja puolen vuoden aselevon, jonka mukaan Smolenskin ja Severskin alueiden kaupungit jäivät Puolan haltuun. Sigismudin kuoleman jälkeen maat solmivat vuonna 1634 ikuisen rauhan, joka vahvisti, että Puola sai pitää valtaamansa alueet, ja Vladislav lakkasi tavoittelemasta tsaarin kruunua.