Indonesian historia
Reformasi - Suharton jälkeinen aika

Wahidin valinta hyväksyttiin laajalti, mutta sitä seurasi myös mielenosoituksia, sillä PDI:n johtaja Megawati Sukarnoputri nautti laajaa suosiota etenkin Jaavan ja Balin keskiluokassa. Wahidin presidenttikauden alussa maan syrjäisemmissä osissa syntyi etnisiä yhteenottoja. Vuodesta 1969 Indonesiassa oli noudatettu Jaavan ja Maduran liikakansoittumisen takia asutusohjelmaa, jossa väestöä siirrettiin syrjäisempiin osiin Kalimantaniin, Sulawesille, Etelä-Sumatralle Timoriin ja Irian Jayaan. Transmigrasi-muuttoliike aiheutti suuria sosiaalisia ongelmia, sillä siirtolaisille ei ollut riittävästi työpaikkoja, eivätkä alueiden alkuperäisasukkaat hyväksyneet uudisasukkaita. Väkivaltaisia yhteenottoja oli muun muassa Kalimantanin dajakkien ja Maduralta tulleiden muslimien välillä sekä Ambonilla muslimien ja kristittyjen välillä.
Wahid ei kyennyt hoitamaan maassa tapana ollutta korruptiota, vaan sotkeutui siihen myös itse. Kansalliskokous päätti erottaa Wahidin vuonna 2001 tämän epäpätevyyden ja korruptoituneisuuden vuoksi. Tilalle nimettiin varapresidenttinä toiminut Megawati Sukarnoputri. Wahid kieltäytyi eroamasta, turvautui edeltäjiensä Sukarnon ja Suharton tavoin itsevaltiaan otteisiin ja tukeutui armeijan apuun julistamalla maahan poikkeustilan. Armeija asettui kuitenkin tukemaan Megawatia, josta tuli presidentti elokuussa 2001.
Megawati joutui edeltäjänsä tavoin ratkomaan maan sisäisiä kiistoja eri kansallisuuksien välillä. Hän teki selväksi, ettei koskaan tulisi hyväksymään isänsä Sukarnon perustaman Indonesian tasavallan hajoamista. Hallinto tarjosi suurempaa autonomiaa separatistisille Acehille ja Papualle. Myös Molukeilla ja Riaulla vaadittiin itsenäisyyttä.
Itä-Timorissa oli äänestetty maan itsenäistymisen puolesta vuonna 1999 presidentti Habibien aikana. Itä-Timorin tapahtumia pelättiin maan armeijassa, sillä sen irtautuminen saattaisi rohkaista itsenäisyysliikkeitä myös muualla. Indonesia myönsi kuitenkin vuonna 2002 Itä-Timorille itsenäisyyden yli 25 vuotta kestäneen miehityksen jälkeen, kun YK:n väliaikainen hallitus luovutti hallinnon itätimorilaisille. Miehityksen aikaiset sortotoimet ja ihmisoikeusloukkaukset oli tuomittu kansainvälisesti.
Suharton kauden jälkeen demokratia on vahvistunut, ja Indonesiassa järjestettiin vuonna 2004 ensimmäinen suora presidentinvaali. Megawatin kansansuosio ei ollut riittävä demokraattisten vaalien voittamiseen, vaan presidentiksi nousi entinen armeijan kenraali Susilo Bambang Yudhoyono. Hänen kautensa alussa Indonesian poliittiset olot alkoivat vakiintua. Acehin konfliktissa päästiin vuonna 2005 sopuun, kun Acehin itsenäisyys­liike ja Indonesian hallitus sopivat Helsingissä tehdyllä sopimuksella vihamielisyyksien lopettamisesta. Martti Ahtisaaren johtamien neuvottelujen tuloksena Acehille myönnettiin laaja autonomia.
Yudhoyonon presidenttikauden aikana Indonesian talous otti edistysaskelia, mutta varat jakautuvat edelleen epätasaisesti maan eri alueiden kesken. Globaali finanssikriisi aiheutti myös taloudellisia ongelmia. Korruptio on edelleen suuri ongelma maan hallinnossa ja etnisiä ja uskonnollisia konflikteja esiintyy edelleen.
Vuonna 2014 Susilo Bambang Yudhoyono väistyi presidentin virasta ja hänen tilalleen astui Joko Widodo. Widodon vastaehdokas Prabowo Subianto väitti vaaleja vilpilliseksi, mutta istuvan presidentti Yudhoyono kehotti Subiantoa tunnustamaan Widodon vaalivoitto, jotta levottomuuksilta vältyttäisiin. Presidentiksi noussutta Widodoa kerrotaan lehdistössä pidettävän maassa maineeltaan puhtaana ja uudistusmielisenä.
Indonesian presidenttinä vuodesta 2014 ollut Joko Widodo valittiin huhtikuussa 2019 presidentinvaaleissa toiselle virkakaudelle. Vaalit hävinnyt vastaehdokas syytti vaaleja epärehellisiksi, mutta sekä vaalien valvontaelin että riippumattomat vaalitarkkailijat olivat todenneet vaalit vapaiksi ja rehellisiksi.