Maaginen kaukoputki
Juoni

Rouva Coulter, Lyran äiti, on vienyt tyttärensä syrjäiseen luolaan oman maailmansa Himalajalla ja pitää häntä huumattuna unessa. Lyra uneksii olevansa autiomaassa, jonka hän myöhemmin oivaltaa kuolleiden maaksi, ja puhuvansa kuolleelle ystävälleen Rogerille luvaten auttaa tätä.
Cittágazzessa kaksi miespuolista enkeliä, rakastavaiset nimeltään Balthamos ja Baruch, kertovat Willille tulleensa hakemaan tämän, Salaperäisen veitsen kantajan, lordi Asrielin luokse. Will kieltäytyy lähtemästä ennen kuin Lyra on pelastettu, mihin enkelit suostuvat. Arkkienkeli Metatronin, Kaikkivaltiaan sijaishallitsijan, sotilas hyökkää ja Will leikkaa veitsellään ikkunan toiseen maailmaan paetakseen.
Lordi Asriel lähettää joukkoja Lyran luolalle torjuakseen Magisteriumin zeppeliinit. Lyraa puolustamaan lähtevät myös gallivespialaiset vakoojat ritari Tialys ja lady Salmakia. He muistuttavat ihmistä mutta ovat vain noin neljän tuuman mittaisia.
Mary Malone astuu ikkunoiden läpi Cittágazzen kautta vielä oudompaan maailmaan. Hän tapaa joukon norsumaisia olentoja, jotka kutsuvat itseään nimellä mulefa. Ne matkustavat kiinnittämällä jalkoihinsa pyöreän siemenkodan käyttäen sitä pyöränä. Näillä olennoilla on kehittynyt kulttuuri,  monimutkainen kieli ja tarttuva nauru, mikä saa Malonen pitämään heitä kaltaisinaan. Lopulta Malone hyväksytään mulefayhteisöön ja hän oppii, että siemenkotia tuottavat puut ovat vähentyneet 300 vuoden ajan ja kuolemassa sukupuuttoon. Ymmärtääkseen tätä ongelmaa Malone rakentaa kaukoputken kovettuneesta puun mahlasta kyeten siten näkemään Tomun. Se näyttää virtaavan kaukaisuuteen suurina virtoina sen sijaan, että se vajoaisi alaspäin ja ravitsisi puita.
Will tapaa Iorek Byrnisonin. Se on panssaroitujen jääkarhujen kuningas, jonka kansa on muuttamassa etelään paetakseen lordi Asrielin luoman maailmojen välisen sillan aiheuttamaa arktisen alueen sulamista. Iorek lupautuu auttamaan Lyran pelastamisessa. Ilmaston lämpeneminen yhdistetään vastaaviin katastrofeihin, joita Tomun epätavallinen käyttäytyminen aiheuttaa monissa maailmoissa.
Will, Iorek ja Balthamos sekä lordi Asrielin ja Magisteriumin armeijat kokoontuvat rouva Coulterin luolan luona. Will onnistuu herättämään Lyran ja leikkaamaan ikkunan toiseen maailmaan. Rouva Coulter katsoo Williin ja saa Willin ajattelemaan omaa äitiään, jolloin hänen keskittymisensä herpaantuu, ja Salaperäinen veitsi särkyy. Koska leikkaamansa ikkuna on auki, Will, Lyra ja gallivespialaiset vakoojat pääsevät pakenemaan toiseen maailmaan.
Lordi Asrielin joukot vangitsevat rouva Coulterin. Hän pakenee ja kertoo Magisteriumin edustajille kaiken tietämänsä. Nämä kuitenkin vangitsevat hänet, minkä vuoksi hän siirtyy lordi Asrielin ja hänen liittolaistensa puolelle. Nämä ovat perustaneet tyhjään maailmaan tasa-arvoon perustuvan Taivaan tasavallan ja koonneet sinne joukkoja kaikista maailmoista kaataakseen Kaikkivaltiaan ja Metatronin johtaman Taivaan valtakunnan (engl. Kingdom of Heaven). He haluavat säilyttää Tomun, sillä heidän mielestään kirkko pyrkii viemään elämästä kaiken ilon määrittelemällä sen synniksi.
Iorek Byrnison korjaa vastahakoisesti Salaperäisen veitsen. Lyra, Will, Salmakia ja Tialys leikkaavat veitsen avulla ikkunan kuolleiden maailmaan odotusalueelle ja astuvat sisään. Yrittäessään päästä kuolleiden maahan, estää portinvartija matkan ja käskee odottamaan kuolemaa. Odotusalueella Lyra kohtaa ihmisiä, jotka ovat myös joutuneet odotusalueelle ennen kuolemaansa ja odottavat sitä. Ihmiset ovat tulleet maasta, jossa jokainen ihminen näkee kuolemansa ja jossa se on aina ihmisen mukana. Odotusalueella eräs mies selittää Lyralle, että jokaisella elävälle on oma kuolemansa. Joissakin maailmoissa ihmiset näkevät sen ja toisissa, missä ihmiset eivät halua nähdä Kuolemaa, se on piiloutunut kohteliaisuudesta. Lyra kutsuu kuolemaansa ja pyytää tätä viemään hänet kuolleiden maahan. Kuolema suostuu ja seuraavana aamuna he lähtevät kohti kuolleiden maan satamaa. Satamassa he astuvat veneeseen. Lautturi käskee Lyraa jättämään daimoninsa, Pantalaimonin, laiturille. Pakotettuna Lyra jättää Pantalaimonin rannalle ja lähtee veneellä kohti kuolleiden maata. Tässä vaiheessa Will tajuaa, että hänelläkin on daimoni kokien saman fyysisen tuskan kuin Lyrakin.
Heidän matkansa manalaan muistuttaa kreikkalaista mytologiaa, sillä Kharonia muistuttava vanha lautturi kuljettaa heidät kuolleiden tapaan joen yli. Lyra löytää Rogerin aaveiden joukosta. Will ja gallivespialaiset päättävät vapauttaa aaveet maailmasta, jota Will pitää vankileirinä. Kaikkivaltias on asettanut kuolleita vartioimaan joukon harpyijoita, jotka saavat voimaa ihmisten kärsimyksestä. Ne kuitenkin huomaavat nauttivansa enemmän kuunnellessaan Lyran kertomuksia muista maailmoista. He lupaavat päästää kuolleet pois, jos nämä kertovat niille tarinoita. He matkaavat kuolleiden maan korkeimpaan kohtaan, jossa Will leikkaa veitsellä portin toiseen maailmaan. Aaveet astuvat sen läpi ja hajoavat luontoon.
Lordi Asrielin ja rouva Coulterin keskustelusta käy ilmi, että synti sellaisena kuin kirkko sen määrittelee ei ole pahaa, vaan ainoastaan halua nauttia elämästä, vapautta. Ilman sitä ihmisillä ei olisi harpyijoille mitään kerrottavaa. Jos Magisterium tuhoaa Tomun, jota se pitää perisyntinä, tuo vapaus menetetään lopullisesti, ja Kaikkivaltiaan hirmuvalta hallitsee kaikkia maailmoja.
Viimeinen taistelu alkaa. Aiemmin kuolleet Lee Scoresby ja Willin isä John Parry poistuvat kuolleiden maasta, mutta säilyttävät vielä väliaikaisesti hahmonsa ja liittyvät lordi Asrielin armeijaan taistellakseen haamuja vastaan.
Rouva Coulter astuu sisään Pilvivuoreen, Kaikkivaltiaan linnoitukseen, jossa hän tapaa sijaishallitsija Metatronin ja huijaa tätä tarjoamalla tälle lordi Asrielin elämän. Lyra huijasi Iofur Raknisonia lupaamalla tälle ihmisyyttä ja hänen äitinsä huijaa Metatronia lupaamalla tälle kyvyn lihalliseen nautintoon pettäen Metatronin puolustaakseen Lyraa. He kamppailevat pitkään ja lopuksi rouva Coulter, lordi Asriel ja Metatron syöksyvät yhdessä pohjattomaan maailmojen väliseen tyhjyyteen.
Will ja Lyra liittyvät daimoneihinsa ja siirtyvät mulefan maailmaan, jossa daimonit karkaavat heiltä. Ne tapaavat noita Serafina Pekkalan, joka kertoo, että kaikki maailmojen väliset ikkunat on suljettava, sillä Tomu vuotaa niistä ulos. Lisäksi joka kerta kun uusi ikkuna avataan, syntyy sieluja syövä haamu, joten veitsi on tuhottava lopullisesti. Nuorten daimonit omaksuvat pysyvän muodon. Lyran daimoni Pantalaimon asettuu näädäksi ja Willin daimoni, jolle Serafina Pekkala antaa nimen Kirjava, kissaksi. Daimonit palaavat Lyran ja Willin luokse ja kertovat heille tietonsa. Enkelit sallivat vain yhden, kuolleiden maasta ulos johtavan ikkunan jäädä auki.
Tämä tekee Willin ja Lyran hyvin surullisiksi, sillä heistä on tullut rakastavaisia. He eivät kuitenkaan voi elää yhdessä, sillä pysyvä oleskelu kotimaailmansa ulkopuolella johtaa ihmisen sairastumiseen ja kuolemaan hieman yli kymmenessä vuodessa. He kuitenkin sopivat istuvansa joka vuosi juhannuspäivänä puistonpenkillä, joka on molempien kotimaailmassa samassa paikassa.
Lyra palaa kotiinsa Jordan Collegeen. Koska hän ei enää kykene tulkitsemaan aletiometriä menetettyään alitajuisen viattomuutensa jonka ansiosta hän pystyi ymmärtämään sitä vaistonvaraisesti, hän päättää alkaa opiskella laitteen tulkintaa erityisessä oppilaitoksessa. Siitä lähtien Lyra ja hänen daimoninsa Pantalaimon pyrkivät John Parryn ehdotuksen mukaisesti rakentamaan Taivaan tasavallan kotimaailmassaan. Myös Will palaa kotimaailmaansa Mary Malonen kanssa. Nämä kaksi ymmärtävät toistensa kokemukset ja tietävät saaneensa toisistaan todelliset ystävät.