Hondurasin historia
Sotilasjuntan aikakausi > Juntan valta-aika ja jalkapallosota

Juntta solmi läheiset suhteet Kansallispuolueeseen, joka lupasi valita López Arellanon presidentiksi, jos se saisi enemmistön kongressinvaaleissa. Juntta armahti maanpakolaiset marraskuussa 1964, ja Liberaalipuolue jatkoi jälleen toimintansa. Kansallispuolue sai 1965 enemmistön kongressista, joka valitsi López Arellanon kuusivuotiskaudelle presidentiksi. López Arellano onnistui parantamaan suhteita Guatemalaan ja Nicaguaan, kun maat perustivat Keski-Amerikan puolustusneuvoston 1965. El Salvadorkin liittyi pian neuvostoon, joka piti vielä samana vuonna ensimmäisen yhteisen sotaharjoituksen Hondurasin rannikolla. Honduras antoi myös Amerikan valtioiden järjestöjen käyttöön joukkoja Dominikaanisen tasavallan vaalien valvomiseen.
Hondurasin ja El Salvadorin välit alkoivat pian huonontua, kun maiden välisellä rajalla oli useita yhteydenottoja touko-kesäkuussa 1967. Hondurasin sisäpoliittinen tilanne heikentyi 1960-luvun lopulla, ja hallitus alkoi pian syyttää talousongelmista noin 300 000:ta elsalvadorilaista maahanmuuttajaa. Heidän väitettiin käyttäneen hyväkseen maiden välistä avointa rajaa ja Hondurasin maatalousuudistuksia. El Salvadorissa puolestaan närkästyttiin, kun Keski-Amerikan yhteismarkkinat (CACM) suostui maaliskuussa 1969 antamaan Hondurasille erityisetuja. Keski-Amerikan maiden välistä kauppaa vapauttanut CACM oli perustettu 1960-luvulla, ja joitain hondurasilaisia teollisuustuotteita, kuten saippuaa, oli myyty sen avulla naapurimaihin. Hondurasin kauppatase oli kuitenkin koko ajan negatiivinen, ja maahan tuotiin enemmän teollisuustuotteita kuin vietiin . Honduras alkoikin siksi vaatia erityiskohtelua CACM:lta.
Honduras ei halunnut uusia maahanmuuttosopimusta El Salvadorin kanssa, ja toukokuussa 1969 tuhannet elsalvadorilaiset alkoivat muuttaa takaisin kotimaahansa. Samaan aikaan maiden jalkapallomaajoukkueet pelasivat kolme MM-karsintaottelua, joiden aikana molemmissa maissa oli huomattavia levottomuuksia. Honduras katkaisi diplomaattiset suhteensa El Salvadoriin 27. kesäkuuta, ja 14. heinäkuuta El Salvador aloitti sotatoimet niin sanotussa jalkapallosodassa. El Salvadorin armeija oli paremmin varustautunut, ja se murtautui nopeasti Hondurasiin ja valtasi seuraavana päivänä Nueva Ocotepequen kaupungin. Pian eteneminen hidastui, ja Hondurasin ilmavoimat pystyivät vaurioittamaan El Salvadorin öljynjakelua. Sota kesti lopulta vain neljä päivää, ja aselepo kirjoitettiin 18. heinäkuuta. El Salvadorin joukot olivat poistuneet Hondurasista 1. syyskuuta. Sota oli kuitenkin ehtinyt vaurioittamaan maiden taloutta, ja sen aikana noin 2 000 ihmistä – pääasiassa hondurasilaisia siviilejä – oli kuollut. Sodan jälkeen Honduras erosi CACM:sta mutta teki erillissopimukset kaikkien CACM-maiden kanssa, El Salvadoria lukuun ottamatta.
Sodan aikana Hondurasin sisäiset ristiriidat olivat vaimenneet, mutta ne alkoivat taas pian sodan jälkeen. Sotilashallituksen oli pakko järjestää vaalit maaliskuussa 1971, ja uudeksi presidentiksi valittiin Ramón Ernesto Cruz. Cruz oli presidenttinä lopulta vain joulukuulle 1972, jolloin asevoimat syrjäytti hänet ja asetti López Arellanon uudestaan presidentiksi. López Arellanon hallinto ei onnistunut elvyttämään maan taloutta, ja tilannetta vaikeutti syyskuussa 1974 Hurrikaani Fifi, joka tappoi tuhansia ihmisiä ja tuhosi kalastuslaivaston sekä 95 prosenttia banaanisadosta. Lisäksi hallitusta syytettiin yli miljoonan dollarin lahjusten ottamisesta United Fruit Companyltä, kun banaanin vientiä koskenut vero purettiin neljä kuukautta sen voimaan astumisen jälkeen. Asevoimien johtava neuvosto vastasi syytteisiin korvaamalla huhtikuussa 1975 López Arellanon Juan Alberto Melgarilla. Melgar syrjäytettiin puolestaan 1978, kun hänen hallintoaan syytettiin korruptiosta ja asevoimia yhteyksistä huumekauppaan. Melgar ei saanut missään vaiheessa suurten maanomistajien tukea, ja asevoimat siirsi 7. syyskuuta 1978 vallan Policarpo Paz Garcían johtamalle kolmehenkiselle juntalle.