Joensuun historia
Historiallinen aika (1323–) > Novgorodin, Moskovan ja Venäjän vallan aika (1323–1617)

Pähkinäsaaren rauha solmittiin Ruotsin ja Novgorodin kesken vuonna 1323. Rauhan seurauksena Karjala väestöineen jaettiin kahtia. Koko Pohjois-Karjala osana Käkisalmen lääniä jäi Novgorodin ruhtinaskunnan hallintaan. Rauhasta huolimatta Ruotsin valtakunnan joukot jatkoivat ajoittaisia hyökkäyksiään Laatokan Karjalassa. Tämä aiheutti levottomuutta ja sen myötä lisääntynyttä muuttohalukkuutta muun muassa Pohjois-Karjalan suuntaan. Vuonna 1478 Moskovan ruhtinaskunta alisti Novgorodin – ja samalla myös Pohjois-Karjalan – hallintaansa. Tällöin Venäjästä muodostui Moskovan suuriruhtinaan Iivana III:n johdolla yhtenäinen valtakunta.
Laatokankarjalaiset olivat alkaneet asuttaa Pohjois-Karjalan erämaita 1300-luvulta alkaen. Asutus lienee ollut verrattain harvaa vielä 1500-luvullakin käsittäen uudistiloja siellä täällä ympäri Pohjois-Karjalaa. Tuohon aikaan nykyisen Joensuun kaupungin alueella ei liene ollut merkittävää asutusta. Heikki Kirkinen ei ole löytänyt historiallisista lähteistä, kuten verokirjoista, yhtään "lappalaisista" kertovaa merkintää Pohjois-Karjalasta. Tämän ei tarvitse tarkoittaa, ettei saamelaisia enää ollut. Saamelaisia ei ehkä merkitty "lappalaisiksi", tai nämä ovat voineet jäädä verottajien tavoittamatta. Tietoja on myös voinut tuhotua tai jäädä löytymättä.
Novgorodin ja Moskovan vallan aikana ortodoksinen uskonto levisi myös Pohjois-Karjalaan, ilmeisesti osittain ainakin Laatokan Karjalaan suuntautuneen venäläisen siirtolaisuuden vaikutuksesta. Siellä Valamon luostari toimi käännytystyön tukikohtana. Pohjois-Karjalassa käännytystyötä tehnyt ja kirkollisia oloja järjestellyt karjalainen munkki Ilja perusti 1530-luvulla sivuluostarin Joensuun alueella sijaitsevaan Kuhasaloon.
Erämaaluostarin perustamisesta kerrotaan myös kansanrunossa:
Ruotsi jatkoi 1400- ja 1500-luvuilla hyökkäyksiään Laatokan Karjalaan. Venäjän tsaari Iivana Julma vastasi aloittamalla sodan Ruotsia vastaan vuonna 1570. Tämän 25 vuotta kestäneen sodan (pitkä viha) aikana ruotsalaiset hävittivät Käkisalmen lääniä ja myös Kuhasalon luostari tuhoutui. Sodan aikana ortodoksista karjalaisväestöä vainottiin ja se pakeni suurelta osin Venäjälle ainakin Käkisalmen läänin eteläosista. Ruotsi joutui luopumaan Käkisalmen läänistä Täyssinän rauhassa vuonna 1595. Alue palautui rajan määrittelyn jälkeen Venäjälle vasta vuonna 1597, jolloin useimmat ortodoksipakolaiset palasivat kotiseudulleen. Kuhasalon luostarikin mahdollisesti rakennettiin uudelleen- ja myöhemmin tuhottiin uudelleen tai hylättiin. Läheistä hautausmaata Kalmoniemessä paikalliset ortodoksit kuitenkin käyttivät 1700-luvulle asti.
Venäjä ajautui sekasorron aikaan vuosina 1598-1613. Ruotsi kasvatti jälleen vaikutusvaltaansa Käkisalmen läänin alueella, mistä karjalainen ortodoksiväestö ei pitänyt. Vuonna 1612 Ruotsi oli taas valloittanut Käkisalmen läänin eteläosat. Venäjällä olot rauhoittuivat Romanovien noustua valtaan seuraavana vuonna. Lopulta vuonna 1617 Ruotsi ja Venäjä solmivat Stolbovan rauhan, jolloin Venäjä hyväksyi Ruotsin vallan Käkisalmen läänissä, ja siten myös nykyisen Joensuun alueella.
Joensuun nykyiset kaupunginosat Rantakylä ja Utra olivat viimeistään Venäjän vallan loppupuolella pieniä karjalaiskyliä, tai muodostivat yhdessä löyhän kylän.