19. dynastian loppu
Vaihe 1 - Seti II:n ja Amenmessen välinen valtataistelu

Välittömästi Merenptahin kuoleman jälkeen sekä Seti II, Merenptahin vanhin poika, että Amenmesse alkoivat tavoittelemaan valtaistuinta. Amenmessellä on tuntemattomat sukujuuret mutta oli luultavasti kuninkaallinen jälkeläinen, ja hänen äitinsä mainittiin epämääräisesti Takhatina. Amenmesse onnistui kukistamaan Setin, vaikka ei eliminoinut häntä kokonaan, Setin toiseen hallitusvuoteen loppuun (~1201 eKr.) menessä. Seti näyttää saaneen vallan takaisin hänen viidentenä hallitusvuonna (~1198eKr) ja kuoli itse Setin hallitusvuonna kuusi (~1197eKr.). Emme kuule Amenmessestä Setin viidennen hallitusvuoden jälkeen, todennäköisesti Amenmesse tapettiin, koska hänet on leimattu "viholliseksi" Setin propaganda-/seinämaalauksissa myöhemmin.
Dodson kuitenkin tunnistaa Messuyn alustavasti Amenmesseksi. Messuy oli ollut Kušin varakuningas, mutta Kušin varakuninkaallinen valta siirtyi Khaemtjitrille juuri ennen Merneptahin kuolemaa, vielä hänen hallituskautensa aikana. Khaemtjitristä tuli pian Amenmessen varakuningas Kušissa. Tämä on merkittävää, koska se olisi tuonut Kushin sotilaallisen voiman Amenmessen puolelle. Dodson arvelee, että Seti II kuninkuuteen siirtymisen aikana on saattanut tapahtua "johtamistason puhdistus", vaikka emme tiedä varmaksi, tämä saattoi olla laukaista tulevaa välienselvittelyä. Seti II:n kaataminen näyttää toimineen ainakin Thebaidin alueella. Joitakin työntekijöitä tapettiin Deir el-Medinassa vallanvaihdoksen aikoihin, koska meillä on asiakirjoja, jotka todistavat tällaisista työntekijöiden vaihdoksista. Setin maininnat katoavat Deir el-Medinan tietueista Setin toisen hallitusvuoden viimeisenä kuukautena (ei meidän kalenterikuukausia). Amenmessen kapinan alkuhallinassa, eli 5 kuukautta Merneptahin kuoleman jälkeen, oli toinen katarakti, mutta hänen valtansa ei vielä ulottunut Abu Simbeliin . Amenmesssin eteneminen näyttää olleen aluksi hidasta, Seti II hallitsi vielä Amadaa aiemmin toisella hallituskaudellaan. Theban sanotaan kaatuneen yli 18 kuukautta "kapinan" alkamisen jälkeen. Amenmesse etenee lopulta aina kohti Al-Fayyumia asti, jättäen Setin Niilin suistoon hallitsemaan tynkävaltiota. Lopulta Seti kuitenkin otti hallinnan takaisin. Nämä edistysaskeleet ovat todistettavissa näille paikoille tavallisesti pystytetyistä monumenteista, steloista ja muutista vastaavista, jotka Seti lakkasi pystyttämästä vähitellen, mikä osoittaa, että hänen valtansa vähitellen luistui Amenmesselle. Dodson uskoo myös, että kansleri Bay on saattanut jollain tavalla olla osallisena Setin takaisin valtaan palamisessa, tarkalleen kuinka on epäselvää.
Lyhyesti sanottuna Seti oli käytännössä faarao noin kahden vuoden ajan Merneptahin kuolemasta, ~1203-1201eaa. sitten hänet syrjäytettiin tai työnnettiin pois vallankeskuksesta noin kolmeksi vuodeksi (1200-1198 eKr.) ja lopulta hän hallitsi yhden vuoden rauhanomaisesti (1197 eKr.). Ei tiedetä, kuoliko hän luonnollisesti vai tapettiinko hän.
Tausret, Setin vaimo, otti ohjat käsiinsä Siptahin kautta ja sitten itse omissa nimissä. Seti oli alun perin naimisissa Takhatin nimisen naisen kanssa. Setin toisella hallitusvuotensa (~1202 eKr) hän avioituu sukulaisensa Tausretin kanssa, on mahdollista, että tämä tehtiin liittoutumana Setin aseman vahvistamiseksi jollain tapaa. Uskotaan, että sekä Seti että Tausret olisivat olleet alle parikymppisiä tähän aikaan. Sisällissota olisi siis kestänyt suunnilleen 5 vuotta, jolloin Setin valtatukikohta oli alun perin pohjoisessa ja Amenmesse Theban eteläosassa ja mahdollisesti myös Nubiassa.