stanford-oval/wikipedia huggingface dataset:
Mendelistinen satunnaistaminen
Historia

Alankomaalainen tutkija Martijn B. Katan keksi MS-koeasetelman vuonna 1986 ehdottaessaan veren kolesterolipitoisuuteen vaikuttavien apolipoproteiini E:n alleelien käyttöä veren kolesterolin ja syöpien välisen yhteyden selvittämiseen. Tapa, jolla alleeleita käsitellään MS:ssä, tosin on verrannollinen ekonometrian intrumenttimuuttujien käyttöön, jotka Philip Green Wright and Sewall Wright keksivät jo vuonna 1928. Sanaa "Mendelistinen satunnaistaminen" käyttivät ensimmäisinä Richard Gray ja Keith Wheatley vuonna 1991. Sana tulee varhaisen periytymistutkija Gregor Mendelin sukunimestä ja siitä, että alleelit määräytyvät hedelmöittymisestä alkaen periaatteessa satunnaisesti. MS-kokeet ovat alkaneet yleistyä vuosista 2007–2010 alkaen geenitutkimuksen kehityksen myötä.
Yleistä > Havaintotutkimusten ja kontrolloitujen kokeiden ongelmat

Jonkin riskitekijän ja lopputuleman välillä voidaan epäillä olevan yhteys. Yleensä MS-kokeissa tarkasteltuun riskitekijään voitaisiin vaikuttaa esimerkiksi lääkkein tai elintapamuutoksin. Riskitekijään vaikuttavia hoitoja ei kuitenkaan kannata lähteä kehittämään tai suosittelemaan, ellei ole varmaa, että ne vaikuttavat lopputulemaan, joka voisi olla vaikkapa jokin sairaus.
Oletetaan, että riskitekijä on runsas etanolin juonti ja lopputulema on kohonnut verenpaine. Riskitekijän ja lopputuleman välisen syy-seuraussuhteen osoittamiseksi voidaan tehdä havaintotutkimus, jossa mitataan ison ihmisryhmän riskitekijän (etanolin kulutuksen) ja lopputuleman (verenpaineen) määrät. Vaikka yhteys saatetaan havaita tutkimuksessa, ei se tarkoita suoraa syy-seuraussuhdetta. Jokin tuntematon häiriötekijä (eng. confounder) voi lisätä riskitekijän ja lopputuleman yleisyyttä samanaikaisesti, jolloin riskitekijä vaikuttaa virheellisesti lisäävän lopputulemaa. Etanolin juonnin ja verenpaineen kohdalla kyseessä voi olla vaikkapa tupakointi. Ihmiset, jotka juovat enemmän, voivat myös polttaa enemmän, ja todellinen syy verenpaineen kohoamiselle voisikin olla tupakointi. Tällaisia häiriötekijöitä voi olla monia. Syy-seuraussuhde voi myös olla käänteinen (eng. reverse causation): lopputulema siis vaikuttaa riskitekijään, eikä päinvastoin. Havaintotutkimuksessa etanolin ja verenpaineen kohdalla voidaankin havaita, että etanolin juonti laskee verenpainetta. Tällöin oikeasti kyse voikin olla siitä, että korkean verenpaineen omaavat ihmiset juovat vähemmän, koska he tulevat etanolista helpommin huonovointiseksi.
Havaintotutkimus ei siis aina tuota luotettavia tuloksia. Tuloksiltaan luotettavimmissa satunnaistetuissa vertailukokeissa (RCT:issä) taas huomioidaan monia koehenkilöiden elintapoihin, ympäristöön ja muihin asioihin liittyviä häiriötekijöitä. Sitten henkilöt jaetaan satunnaisesti huomioiduilta asioilta keskimäärin mahdollisimman samanlaisiin ryhmiin. Ryhmissä riskitekijään vaikutetaan tietyn ajanjakson ajan mitattavissa olevalla tavalla, jolloin riskitekijän saatetaan havaita vaikuttavan lopputulemaan mitattavissa olevalla tavalla. RCT:issä voi silti jäädä huomioimatta tärkeitä häiriötekijöitä, eikä käänteistä syy-seuraussuhdetta voida välttämättä sulkea pois. RCT:itä voi kuitenkin olla kallista tai mahdotonta suorittaa verrattuna havaintokokeisiin. Koehenkilöiden altistaminen riskitekijälle voi myös olla epäeettistä.
Yleistä > MS-kokeiden edut

MS-kokeissa tarkastellaan sopivien geenien alleelien vaikutusta riskitekijään, jolloin geneettisistä syistä lisääntyneen tai vähentyneen riskitekijän määrän vaikutusta lopputulemaan voidaan tarkastella. Satunnaistaminen tapahtuu luonnostaan, sillä alleelit määräytyvät koehenkilöille satunnaisesti hedelmöittymisestä alkaen. Tuntemattomat häiriötekijät eivät siis periaatteessa voi vääristää koetuloksia, eikä satunnaistamista tarvitse tehdä manuaalisesti toisin kuin RCT:issä. Lisäksi käänteinen syy-seuraussuhde alleelin ja riskitekijän välillä ei päde, sillä alleelit ovat käytännössä muuttumattomia. Lisäksi alleeli on elinikäinen, joten altistus riskitekijälle on ollut pitkäkestoista ja aina yhtä suurta. MS-kokeen voidaan siis tulkita jatkuneen koehenkilöiden elinajan verran. Alleelien tulee kuitenkin noudattaa alleelien säännöt -kohdan sääntöjä, jotta niitä voidaan soveltaa MS-kokeessa.
Esimerkiksi etanolin juonnin ja verenpaineen syy-seuraussuhteen tarkastelussa MS-kokeessa voitaisiin käyttää aldehydidehydrogenaasin (ALDH) geenin alleeleita. ALDH hajottaa etanolista muodostunutta asetaldehydiä. Heikkotoimista ALDH:ta koodaavan alleelin omaavilla ihmisillä kehoon kertyy enemmän asetaldehydiä heidän juodessaan etanolia, kuin ihmisillä, joilla ALDH on tehokkaampi. Asetaldehydin kertyminen kehoon aiheuttaa punastumisreaktion ja muita epämiellyttäviä vaikutuksia. Siksi heikkotoimisen alleelin omaavien ihmisten on osoitettu juovan vähemmän etanolia kuin tehokkaamman alleelin omaavat. Kun koehenkilöiden ALDH-alleelit, etanolin keskimääräinen kulutus ja verenpaine mitataan, voidaan periaatteessa saada selville se, että kohottaako etanolin juonti verenpainetta vai ei.
MS-kokeet käytännössä

MS-kokeissa tarkastellaan usein monia geenejä ja niiden alleeleita, sillä yksittäisen geenin vaikutus riskitekijään voi olla liian heikko. Nykyään MS-kokeisiin mukaan otettu tieto alleeleista ja niiden vaikutuksista koehenkilöiden riskitekijään on saatu koko genomin assosiaatioanalyyseistä (GWAS), joissa yhteys alleelien ja riskitekijöiden välillä on jo osoitettu vahvasti. Siksi tällaisissa MS-kokeissa tarkastellaan tämän tiedon avulla vain riskitekijän ja lopputuleman yhteyttä, eikä yhteyttä alleelien ja riskitekijän välillä pyritä osoittamaan uudelleen. Näitä kahdella eri koehenkilöryhmällä tehtyjä MS-kokeita sanotaan englanniksi nimellä two-sample mendelian randomization. Jos alleelien, riskitekijän ja lopputuleman välinen yhteys selvitetään samassa MS-kokeessa samalla koehenkilöryhmällä, on kyse niin sanotusta single-sample -MS-kokeesta. Kaksisuuntaisissa (eng. bidirectional) MS-kokeissa selvitetään riskitekijän lisäksi lopputulemaan vaikuttavat alleelit. Näissä MS-kokeissa voidaan selvittää luotettavammin riskitekijän ja lopputuleman välisiä käänteisiä syy-seuraussuhteita.
Sanasto

MS-kokeessa alleelia saatetaan kutsua englanniksi nimellä instrumental variable (instrumenttimuuttuja). Usein MS-kokeissa tarkastellaan monia riskitekijään vaikuttavia alleeleita, joiden lukumäärästä käytetään englanniksi nimeä allele score.
Alleelien tulee omata kyllin suuri vaikutus lopputulemaan. Heikosti vaikuttavien alleelien tarkastelu yhdessä vähäisen koehenkilöiden määrän eli pienen otannan kanssa voi johtaa virheellisiin tutkimustuloksiin. Tätä virhettä sanotaan englanniksi nimellä weak instrument bias.
Jos alleeli vaikuttaa jonkun muun riskitekijän kautta lopputulemaan, kuin vain tarkastellun riskitekijän kautta, kutsutaan tätä ilmiötä englanniksi nimellä horizontal pleiotropy (tämä vaikutus rikkoo alleelien sääntöjen kolmatta sääntöä). Nimeä vertical pleiotropy käytetään MS-kokeessa tarkastellun riskitekijän kautta välittyvistä vaikutuksista riippumatta siitä, että vaikuttavatko ne kokeessa tarkasteltuun lopputulemaan vai johonkin muuhun lopputulemaan.
Alleelien säännöt

MS-kokeeseen valitun geenin kuhunkin alleeliin tulee päteä kolme sääntöä, jotta alleelia voidaan käyttää luotettavasti kokeessa:
alleelin tulee liittyä tunnetulla tavalla tarkasteltuun lopputulemaan.
häiriötekijät eivät saa vaikuttaa samanaikaisesti alleeliin ja lopputulemaan.
alleeli ei saa vaikuttaa lopputulemaan muiden riskitekijöiden kautta kuin tarkastellun riskitekijän kautta.
Jossakin MS-kokeessa alleeli voisi olla vaikkapa jokin etanolin keskeisimpiin aineenvaihduntatuotteisiin lukeutuvaa asetaldehydiä hajottavan aldehydidehydrogenaasin alleeleista, riskitekijä etanolin juonti ja lopputulema verenpaine. Tällaisessa kokeessa voidaan siis selvittää, että miten juodun etanolin määrä vaikuttaa jollakin aikavälillä verenpaineeseen.
1. sääntö pätee kokeeseen valituille alleeleille vain, jos kunkin alleelin vaikutus etanolin kulutukseen tunnetaan niin hyvin, että siihen liittyvän kulutuksen todennäköisyydelle voidaan antaa jokin numeroarvo. 2. sääntö ei päde esimerkiksi jos alleeli on yleinen tietyllä etnisellä ihmisryhmällä, joilla on etnisyyteen liittyvien (mutta etanolin kulutukseen liittymättömien) kulttuurillisten syiden takia matala verenpaine. 3. sääntö ei päde esimerkiksi jos aldehydidehydrogenaasin alleelit vaikuttavat samanaikaisesti myös tupakointiin, jonka taas tiedetään vaikuttavan verenpaineeseen. Oikeasti alleelin ei voida täysin osoittaa noudattavan 2. tai 3. sääntöä, sillä todisteiden puute näiden sääntöjen vastaisista vaikutuksista ei tarkoita sitä, etteikö niitä olisi.
Aiheesta muualla

Making sense of Mendelian randomisation and its use in health research (Arkistoitu – Internet Archive)
Kirjoapollo

| Kirjoapollo |
| --- | --- |

Tieteellinen luokittelu
Domeeni::  Aitotumaiset Eucarya
Kunta::  Eläinkunta Animalia
Pääjakso::  Niveljalkaiset Arthropoda
Alajakso::  Kuusijalkaiset Hexapoda
Luokka::  Hyönteiset Insecta
Lahko::  Perhoset Lepidoptera
Alalahko::  Glossata
Osalahko::  Erilaissuoniset Heteroneura
Yläheimo::  Päiväperhoset Papilionoidea
Heimo::  Ritariperhoset Papilionidae
Alaheimo::  Apolloperhoset Parnassiinae
Tribus::  Zerynthini
Suku::  Kirjoapollot Zerynthia
Laji::  polyxena
Kaksiosainen nimi
 Zerynthia polyxena  Schiffermüller & Denis, 1775 
Katso myös
   Kirjoapollo Wikispeciesissä   Kirjoapollo Commonsissa 
Infobox OKVirheellinen NIMI-arvo: 
Kirjoapollo (Zerynthia polyxena), vanhemmissa lähteissä kirjoritari, on Etelä- ja Keski-Euroopassa jokseenkin yleinen kevään päiväperhoslaji. Suomessa tai muualla Pohjois-Euroopassa sitä ei tavata. Eteläeurooppalaista Zerynthia cassandraa pidetään joissakin lähteissä kirjoapollon alalajina.
Koko ja ulkonäkö

Kirjoapollo on monien lähimpien sukulaistensa tapaan keskikokoinen, pyöreäsiipinen, väritykseltään selvästi vaaleankeltaisen ja mustan kirjava perhonen. Etusiiven etureunassa on rivi laajoja, lähes nelikulmaisia mustia laikkuja ja siiven kärkiosassa saattaa näkyä muutama pieni punainen täplä. Takasiiven ulkoreunaa kiertävässä tummassa vyössä on punaisia laikkuja, joiden ulkopuolella on lisäksi pieni sininen täplä. Siipisuonet erottuvat siipien vaaleaa pohjaväriä vasten selvästi mustina viiruina. Sekä etu- että takasiivissä siipeä reunustaa leveä musta juova, jonka jyrkän sahamaisesti mutkittelevan ulkoreunan kellertävä viiru jakaa selkeästi leveämpään vyöhön ja sen mutkittelua seuraavaan viirumaiseen osaan. Siipien alapinnalla perhosen väritys on yläpintaa selkeämmin puna-musta ja vähemmän vaaleankeltainen. Perhosen vartalo on mustan ja punaisen kirjava. Siipiväli 60–80 mm.
♂
♂  △
♀
♀ △
Levinneisyys ja lentoaika

Kirjoapollo on eteläeurooppalainen perhoslaji, jota tavataan Lounais-Ranskasta Välimeren pohjoispuolta pitkin Italiaan ja edelleen Balkanin niemimaalle sekä Kreikkaan ja Uralille. Aasiassa sen levinneisyys jatkuu Turkin kautta Kaukasukselle ja Keski-Aasiaan. Pohjoisimmaksi levinneisyys nousee Itä-Euroopassa. Perhoset lentävät yhtenä sukupolvena huhtikuusta kesäkuulle.
Elinympäristö ja elintavat

Kirjoapolloa tavataan kuivilla ja kuumilla paikoilla, mutta korkeammalla tai pohjoisempana tyypillinen ympäristö muuttuu kosteammaksi. Perhoset lentävät matalalla kasvillisuuden yläpuolella ja pysähtyvät usein juomaan kukkien mettä. Kirjoapollo on yleinen, mutta tavallisesti harvalukuinen laji, joskin paikasta riippuen perhosten yksilömäärät voivat olla huomattavan suuria. Lentotapa on jokseenkin suoraviivainen, mutta hento. Kotelo talvehtii.
Perhonen on saalistajilleen myrkyllinen toukan ravintokasvistaan talteen ottamien yhdisteiden vuoksi.
Ravintokasvi

Toukka syö erilaisia piippuruohoja (Aristolochia).
Aiheesta muualla

Moths and Butterflies of Europe and North Africa (englanniksi)
European Butterflies and Moths[vanhentunut linkki] (puolaksi)
Butterflies of Bulgaria (englanniksi)
Butterflies of France (englanniksi)
Schmetterling-Raupe (saksaksi)
Pherobase: Semiochemicals of Zerynthia polyxena, the Southern festoon[vanhentunut linkki] (englanniksi)
| --- | --- |
Taksonitunnisteet:  Wikidata: Q913469  Wikispecies: Zerynthia (Zerynthia) polyxena  BioLib: 51284  BOLD: 149041  CoL: 5D386  EoL: 131968  EPPO: ZERYPO  EUNIS: 380  Fauna Europaea: 440682  Fauna Europaea (new): a5ec6e71-917a-4579-90a7-de72505dbdab  GBIF: 5141262  iNaturalist: 333217  IRMNG: 10770750  IUCN: 174351  LepIndex: 172405  MaBENA: ZerynPolyx  NBN: NHMSYS0000504720  NCBI: 330376  Observation.org: 79713  Open Tree of Life: 955304
Laura Honkasalo

| Laura Honkasalo> Henkilötiedot |
| --- | --- |
Syntynyt: 1. lokakuuta 1970 (ikä 54) Espoo
Kansalaisuus:  suomalainen
Ammatti:  kirjailija, toimittaja, kääntäjä
Aiheesta muualla
Löydä lisää kirjailijoitaKirjallisuuden teemasivulta
Laura Liisa Honkasalo (s. 1. lokakuuta 1970 Espoo) on suomalainen Helsingissä asuva kirjailija, toimittaja ja kääntäjä.
Elämä

Honkasalo valmistui ylioppilaaksi vuonna 1989 Kallion ilmaisutaidon lukiosta ja filosofian maisteriksi Helsingin yliopistosta vuonna 1999 pääaineenaan taidehistoria. Hän on opiskellut myös keskiajan kirjallisuutta Trinity Collegessa Dublinissa (1993–1994) ja suorittanut kirjallisuuden Master of Arts -tutkinnon Kentin yliopistossa (1995–1996).
Honkasalo on kirjoittanut muun muassa Helsingin yliopistossa toimineessa Nobelistiklubissa. Honkasalo on työskennellyt toimittajana muun muassa nuortenlehti Demissä ja kirjoittaa säännöllisesti myös Sarjainfo-lehteen. Hän on myös suomentanut Aku Ankka -sarjakuvia ja tehnyt käsikirjoituksia sarjakuviin.
Vuonna 2000 Honkasalo oli WSOY:n nuortenkirjakilpailussa kolmannella sijalla ja J. H. Erkon novellikilpailussa toisella sijalla. Vuonna 2001 hän sai Gummeruksen myöntämän Kalle Päätalo -palkinnon.
Yksityiselämä

Honkasalon entinen puoliso on kirjailija Markku Pääskynen. Heillä on kaksi lasta.
Teokset

Metsästä tuli syöjätär.  (Nuortenromaani)  Helsinki:  WSOY, 2000.  ISBN 951-0-24858-4
Siskoni, enkelinluinen tyttö.  (Nuortenromaani)  Helsinki:  WSOY, 2001.  ISBN 951-0-26255-2
Sinun lapsesi eivät ole sinun.  Helsinki:  Gummerus, 2001.  ISBN 951-20-5989-4
Lumen saartama kahvila.  (Novellikokoelma)  Helsinki:  Otava, 2002.  ISBN 951-20-6183-X
Tyttökerho.  Helsinki:  Otava, 2005.  ISBN 951-1-20608-7
Eropaperit.  Helsinki:  Otava, 2009.  ISBN 978-951-1-23828-7
Kotikutoista. Itsetekemisen ihanuudesta.  Helsinki:  Kirjapaja, 2011.  ISBN 978-952-247-149-9
Nuukaillen, eli Kuinka pelastin kukkaroni ja maailman.  Helsinki:  Kirjapaja, 2014.  ISBN 978-952-247-439-1
Perillä kello kuusi.  Helsinki:  Otava, 2015.  ISBN 978-951-1-27375-2
Pöytä yhdelle.  Helsinki:  Kirjapaja, 2016.  ISBN 978-952-288-526-5
Vie minut jonnekin. Helsinki: Otava, 2018. ISBN 978-951-1-31935-1
Kaapin henki — Tavaravaivaisen tunnustuksia. Helsinki: Kirjapaja, 2019. ISBN 9789523541078.
Keski-ikäinen elämäni. Helsinki: Kirjapaja, 2022. ISBN 978-952-354-644-8.
Aiheesta muualla

Laura Honkasalo Kirjasampo.fi:ssä.
| Auktoriteettitunnisteet  |
| --- | --- |
Kansainväliset:  ISNI  VIAF  WorldCat 
Kansalliset:  Norja  Ranska  BnF data  Saksa  Suomi (KANTO)  Yhdysvallat 
Muut:  IdRef
Juhana II (Portugali)

| Juhana II |
| --- | --- |
 Juhana II:ta esittävä maalaus 1500-luvulta
Portugalin kuningas
Valtakausi:  11. marraskuuta 1477 – 15. marraskuuta 1477
Edeltäjä:  Afonso V
Seuraaja:  Afonso V
Valtakausi:  28. elokuuta 1481 – 25. lokakuuta 1495
Edeltäjä:  Afonso V
Seuraaja:  Emanuel I

Syntynyt:  João 3. maaliskuuta 1455 Lissabon, Portugali
Kuollut:  25. lokakuuta 1495 (40 vuotta) Alvorin linna, Algarven maakunta, Portugali
Hautapaikka:  Mosteiro da Batalhan luostarin kirkko, Batalha
Puoliso:  Leonor de Viseu
Lapset:  Prinssi Afonso   Jorge de Lencaster (avioton)
Suku:  Aviz
Isä:  Afonso V
Äiti:  Isabel de Coimbra
Uskonto:  roomalaiskatolilaisuus
Juhana II, Täydellinen ruhtinas tai Tyranni (port. João II o Príncipe Perfeito); (3. maaliskuuta 1455 Lissabon, Portugalin kuningaskunta – 25. lokakuuta 1495 Alvorin linna, Algarve) oli Portugalin ja Algarven kuningas vuosina 1481–1495.
Suku ja koulutus

Juhana II:n isä oli Alfonso V ja äiti Coimbran herttuatar Isabel (1432–1455). Hänellä oli kaksi sisarusta, joista vanhempi sisar Juana, Portugalin prinsessa (1452–1490) tunnetaan nimellä Portugalin Pyhä Juana tai Pyhä prinsessa Juana, joka julistettiin autuaaksi vuonna 1693.
Hän oli hovin humanistien kouluttama. Hän osallistui jo nuorena prinssinä isänsä kanssa Arzilan valloittamiseen Marokossa, jossa hänet lyötiin ritariksi ja sai oman taloutensa Bejassa Etelä-Portugalissa. Vuonna 1474 Afonso V uskoi hänelle Guinean kaupan ja Afrikan tutkimusmatkat. Kun Afonso V perusteenaan naimakauppansa kruununtavoittelija Juana la Beltranejan kanssa otti itselleen Kastilian valtaistuimen sen lailliselta perijältä Isabella Katolilaiselta ​​ja syöksi Portugalin perimyssotaan, hän nimitti Juhanan valtionhoitajakseen huhtikuussa 1475. Prinssi mobilisoi armeijan ja marssi tukemaan isäänsä, mutta häviö Ferdinand Katolilaisen joukoille Toron taistelussa maaliskuussa 1476 esti portugalilaisten tunkeutumisen Kastiliaan. Afonso V lähti Ranskaan etsimään turhaan liittolaista Ludvig XI:sta, Juhana puolusti rajaa ja torjui espanjalaisten vastahyökkäyksen. Afonson epäonnistuminen sai tämän ilmoittamaan kruunusta luopumisestaan. Juhana julistettiin kuninkaaksi, mutta hänen isänsä tuli takaisin ja aloitti uuden hallituskautensa solmien epäedullisen Alcáçovasin rauhansopimuksen ennen kuolemaansa elokuussa 1481.
Avioliitto ja jälkeläiset

Juhana avioitui 22. tammikuuta 1471 serkkunsa, Viseun herttuatar Leonorin (1458–1525) kanssa, joka oli infante, Viseun herttua Fernandon ja infanta, Beatriz de Portugalin tytär. Hänen isoisovanhempansa molemmilta puolilta olivat kuningas Juhana I ja Philippa of Lancaster.
Heille syntyi kaksi lasta:
Prinssi Afonso (18. toukokuuta 1475 – 13. heinäkuuta 1491), Portugalin prinssi. Kuoli 16-vuotiaana ratsastusonnettomuudessa, kun hevonen kompastui rantapenkereellä ja veti ratsastajan alleen. Avioitui vuonna 1490 Kastilian vanhimman infantan Isabel de Aragonin kanssa. Hänen seuraajansa kuninkaana oli setä Emanuel I, joka myös avioitui prinssi Afonson lesken kanssa.
Kuolleena syntynyt poika 1483
Juhanalla oli avioton lapsi Ana de Mendonçan (1460-1542) kanssa, joka oli Juana la Beltranejan kamaripalvelija.
Jorge de Lencastre (21. elokuuta 1481 – 22. heinäkuuta 1550), Coimbran herttua
Kuningas

Juhana II nousi sijaishallitsijaksi vuonna 1475 isänsä keskittyessä taistelemaan Kastilian kruununperimyksestä, mutta varsinaisesti Juhanasta tuli kuningas vasta isänsä kuoltua vuonna 1481.
Juhana seurasi isäänsä Afrikan sotaretkille jo nuorena prinssinä. Ylimystö pelkäsi ja vihasi Juhanaa, koska hän oli oman tiensä kulkija. Valtaan päästyään Juhana pyrki vähentämään aateliston valtaa ja keskittämään sitä itselleen. Aateliset alkoivat juonia ja punoa salaliittoja. Ensimmäiset salaliitoista Juhana tyrehdytti verisesti ja sai sen jälkeen hallita rauhassa. Ne aateliset, jotka vannoivat julkisesti uskollisuutta Juhanalle, saivat tiettyjä etuja, mutta heidänkin oli maksettava veroa kuninkaalle.
Johannes II:n noustessa valtaistuimelle Alcáçovasin rauhansopimus velvoitti hänet asettamaan pienet lapsensa espanjalaisten holhoukseen lähelle rajaa panttina avioliittoa varten Kastilian perijöitten kanssa. Afonso V:n valtaa oli rajoittanut kunnianhimoinen Bragança-suku, joka oli Portugalin rikkain perhe. Juhana kutsui cortesin eli säätykokouksen koolle Évoraan marraskuussa 1481 ja määräsi vasalleilleen tiukan kuuliaisuusvalan. Hän vahvisti myös hyväntekijän vaatien paavin kirjeiden toimittamista hänelle ennen julkaisemista. Hän neuvotteli onnistuneesti rauhansopimuksen tarkistamisesta Espanjan kanssa, jonka perusteella hänen lapsensa palautettiin hänelle. Sitten hän syytti Bragançan herttua maanpetoksesta ja määräsi hänet oikeuteen ja mestaamaan hänet Évorassa kesäkuussa 1483. Vaikka esitettiin todisteita siitä, että Bragançat olivat kiehtoneet Kastiliaa, näyttää selvältä, että Juhana halusi kostaa äitinsä isoisän, valtionhoitaja Dom Pedron kuoleman. Hän takavarikoi Bragançojen suuret maakartanot ja nimitti kuninkaallisia tuomareita aateliston yksityisiin lainkäyttöalueisiin. Kun toinen salaliitto yritti syrjäyttää hänet ja antaa kruunun puolison veljelle Viseun herttualle, Juhana tappoi kilpailijansa omakätisesti elokuussa 1484.
Perintö

Juhana halusi seuraajakseen aviottoman poikansa Coimbran herttua Jorge de Lencastren (1481–1550), mutta kuningatar Leonor halusi järkähtämättä nuoremman veljensä Manuelin kruununperijäksi. Leonorin kanssa käytyjen katkerien kiistojen ja tehtyään epäonnistuneen vetoomuksen paaville Jorgen laillistamiseksi, Juhana lopulta tunnusti Manuelin perillisekseen testamentissaan muutama viikko ennen kuolemaansa.
Juhana kuoli pitkään sairastettuaan 40-vuotiaana lokakuussa 1495 Alvorin pikkulinnassa Algarven maakunnassa, ilman elossa olevaa laillista perillisiä, hänen seuraajansa valtaistuimelle oli serkku Emanuel I.
Jälkipolvien antama lisänimi ”Täydellinen ruhtinas” viittaa Lope de Vegan kirjoittamaan näytelmään. Siinä on nähty myös yhtymäkohtia Niccolò Machiavellin pääteokseen Ruhtinas. Aikalaiset tunsivat Juhanan lisänimellä Tyranni.
Portugalin prinssi João ratsailla Asilahin piirityksessä Marokossa vuonna 1471, Pastranan kuvakudosarja 1400-luku
Juhana II, "Livro dos Copos" koodeksi Álvaro Dias de Frielas, 1490-1498
Kirk

Kirk (/ˈkɜɹk/) on englanninkielinen sukunimi ja miehen etunimi, joka tarkoittaa "kirkkoa". Vuonna 2023 Suomen väestötietojärjestelmässä oli 65 elävää henkilöä, joiden sukunimi oli Kirk. Vuoteen 2023 mennessä etunimi Kirk oli annettu Suomessa yhteensä alle 47 ihmiselle.
Tunnettuja henkilöitä, joiden sukunimi on Kirk

Andy Kirk (1898–1992), yhdysvaltalainen tuubansoittaja ja saksofonisti
Charlie Kirk (s. 1993), yhdysvaltalainen poliittinen kommentaattori ja republikaaninen kansalaisaktivisti
Hans Kirk (1898–1962), tanskalainen kirjailija
James Kirk (s. 1986), kanadalainen näyttelijä
Jennifer Kirk (s. 1984), yhdysvaltalainen taitoluistelija
Jonathan Lyndale Kirk (s. 1991), taiteilijanimeltään DaBaby, yhdysvaltalainen rap-artisti
Justin Kirk (s. 1969), yhdysvaltalainen näyttelijä
Kent Kirk (s. 1948), tanskalainen poliitikko
Liam Kirk (s. 2000), englantilainen jääkiekkoilija
Oliver Kirk (1884–1960), yhdysvaltalainen nyrkkeilijä
Rahsaan Roland Kirk (1935–1977), yhdysvaltalainen saksofonisti
Russell Kirk (1918–1994), yhdysvaltalainen yhteiskuntafilosofi
Theodore J. Van Kirk (1921–2014), yhdysvaltalainen ilmavoimien upseeri
TJ Kirk (s. 1985), yhdysvaltalainen tubettaja
Godtfred Kirk Christiansen (1920–1995), tanskalainen yritysjohtaja
Ole Kirk Christiansen (1891–1958), tanskalainen puuseppä ja yrittäjä
Sofie Kirk Kristiansen (s. 1976), tanskalainen perijä
Agnete Kirk Thinggaard (s. 1983), tanskalainen perijä ja kilparatsastaja
Kuvitteellisia henkilöitä:
James T. Kirk, hahmo mediasarjassa Star Trek
Tunnettuja henkilöitä, joiden etunimi on Kirk

Kirk Acevedo (s. 1971), yhdysvaltalainen näyttelijä
Kirk Alyn (1910–1999), yhdysvaltalainen näyttelijä
Kirk Baptiste (1962–2022), yhdysvaltalainen pikajuoksija
Kirk Brandon (s. 1956), brittiläinen laulaja-lauluntekijä
Kirk Cameron (s. 1970), yhdysvaltalainen näyttelijä ja kristillinen evankelista
Kirk Cousins (s. 1988), yhdysvaltalainen amerikkalaisen jalkapallon pelaaja
Kirk Douglas (1916–2020), yhdysvaltalainen näyttelijä
Kirk Hammett (s. 1962), yhdysvaltalainen kitaristi
Kirk Hinrich (s. 1981), yhdysvaltalainen koripalloilija
Kirk Kerkorian (1917–2015), yhdysvaltalainen liikemies
Kirk Maltby (s. 1972), kanadalainen jääkiekkoilija
Marshall Kirk McKusick (1954), yhdysvaltalainen ohjelmistokehittäjä
Kirk McLean (s. 1966), kanadalainen jääkiekkomaalivahti
Kirk Muller (s. 1966), kanadalainen jääkiekkoilija
Kirk Penney (s. 1980), uusiseelantilainen koripalloilija
Kirk Stevens (s. 1958), kanadalainen snooker-biljardin pelaaja
Kirk Thornton (s. 1956), yhdysvaltalainen ääninäyttelijä
Kirk Whalum (s. 1968), yhdysvaltalainen saksofonisti
Kirk Windstein (s. 1965), yhdysvaltalainen muusikko