Itsenäinen Kroatian valtio
Ustašahallinnon ja katolisen kirkon väliset suhteet

Huhtikuussa vuonna 1941 moni papiston edustajista suhtautui myönteisesti uuteen Itsenäiseen Kroatian valtioon. Arkkipiispa Stepinac kävi heti itsenäisyysjulistuksen kuultuaan onnittelemassa Slavko Kvaternikia. Toisaalta kyseessä oli hengellisen vallan edustajan tervehdys maalliselle vallalle, toisaalta kardinaali Stepinac oli isänmaallisesti ajatteleva kroaatti joka oli ollut tyytymätön Jugoslaviaan. Tavattuaan huhtikuun 1941 loppupuolella Ante Pavelićin hän uskoi tämän olevan vilpittömän katolisen.
Myös tavallinen seurakuntapapisto suhtautui aluksi myönteisesti uuteen hallintoon joka ilmoitti kannattavansa perinteisiä perhearvoja ja vastustavansa aborttia ja pornografiaa. Erityisesti nuorten kirkonmiesten keskuudessa oli vahva kannatus. Asiat alkoivat muuttua jo kesällä 1941.
Kun rasistiset lait julkistettiin huhtikuun lopussa vuonna 1941, arkkipiispa Stepinac kirjoitti oikeusministeri Andrija Artukovićille, että tämä sortaa ihmisiä sellaisten asioiden johdosta, joille nämä eivät voi mitään. Vähän myöhemmin hän sai huolestuttavia kirjeitä krajinalaisilta papeilta, jotka olivat todistaneet serbien joukkomurhia. Stepinac kirjoitti Pavelićille, että tämän pitäisi lopettaa murhaaminen välittömästi. Vetoomuksella ei ollut mitään vaikutusta. Kuulemansa joukkomurhat hän raportoi eteenpäin Vatikaaniin, joka ei enää katsonut voivansa tunnustaa uuden valtion itsenäisyyttä.
Vuoden 1942 aikana katolisen kirkon johtomiehet lopettivat yksityiset vetoomuksensa hallinnon johtomiehille ymmärrettyään että he ovat antaneet luvan murhaamiselle. Vetoomukset muuttuivat yhä julkisemmiksi ja Ustašaan liittyneitä pappeja erotettiin kirkollisista viroistaan. Joukko pappeja pidätettiin ja vietiin Jasenovacin keskitysleiriin, missä heidät teloitettiin pettureina. Stepinac kirjoitti jälleen kirjeen oikeusministerille, mutta turhaan. Lokakuussa 1942 pidetyssä jumalanpalveluksessa Stepinac puhui saarnassaan, että minkäänlaista ihmisten erottelua ja surmaamista ei pidä sallia, sillä se on vastoin kirkon opetuksia. Hän myös lisäsi Jasenovacin keskitysleirin olevan Itsenäisen Kroatian valtion häpeäpilkun. Titon partisaanit lukivat radiossaan useita Stepinacin saarnoja.
Suuren yleisön tietoisuuteen Stepinac tuli lopullisesti lokakuussa vuonna 1943. Saarnassaan hän tuomitsi kaiken rasismin ja satojen ihmisten summittaiset murhat, joiden hän totesi olevan pakanuutta ja pahuutta. Ustašahallinto hyökkäsi Stepinacia vastaan omassa sanomalehdessään Nova Hrvastkassa, että arkkipiispa ei ymmärrä mistä puhuu, häneltä puuttuu ymmärrys valtion asioista ja hyökkää Kroatian kansan perusteita ja jopa oman kirkkonsa perusteita vastaan. Tämän pidemmälle Stepinac ei kuitenkaan mennyt eikä hallintokaan koskenut häneen.
Jälkeenpäin on vaikea hahmottaa millaiset Ustašahallinnon ja katolisen kirkon suhteet oikein olivat. Toisaalta arkkipiispa Stepinac kävi tervehtimässä uutta hallintoa kun se perustettiin, mutta kyseisessä tilanteessa kukaan ei voinut tietää mihin tilanne johtaa. Hänen vuodesta 1942 alkanutta hallinnon tekojen tuomitsemista on pidetty myöhäisenä. Kirkko ei myöskään saanut rivejään suoriksi: arkkipiispa Stepinac ei voinut estää Sarajevon piispan eikä monen nuoren papin ja munkin liittymistä Ustašaan. Myös pakkokäännyttämiseen oli kahdenlaista mielipidettä: osa kannatti sitä ja osa taas oli sitä mieltä, että kääntyminen on hyväksyttävää vain vapaaehtoisesti. Moni pappi vaaransi henkensä piilottaessaan vainottuja serbejä ja juutalaisia, mutta moni otti myös asenteen, että ei näe mitään, eikä tiedä mitään.