Estonian uppoamisen salaliittoteoriat
Tahallinen upotus?

Joissain teorioissa Estonian upottajaksi on esitetty Venäjän mafiaa. Nordic Consulting-yhtiön johtaja Eugen Jushtshuk kertoi saksalaiselle tutkimusryhmälle, että varustamoa kiristettiin pommiuhkauksilla vuoteen 1994 asti ja varustamo maksoi suojelurahaa, kunnes Ruotsin ja Viron viranomaiset suosittelivat varustamoa lopettamaan niiden maksamisen. Suojelurahojen maksujen loputtua mafia uhkasi, että Estonialle tapahtuisi jotain ikävää. Viron poliisijohtaja Ain Seppikkin mukaan suojelurahoista ei ole näyttöä.
Varsinkin myöhemmässä vaiheessa 2000-luvulla yhdeksi usein mainituksi teoriaksi Estonian uppoamiselle on esitetty törmäystä sukellusveneeseen. Teorian yksi merkittävimmistä esittäjistä on yhdysvaltalainen tutkiva journalisti ja kirjailija Drew Wilson, joka esittää teorian kirjassaan The Hole: Another Look at the Sinking of the Estonia Ferry on September 28th 1994. Toisena vaihtoehtona Wilson esittää pohjaan tai vesirajan alapuolelle asennetut räjähteet. Wilsonin mukaan Estoniassa on oltava pohjassa iso reikä. Muun muassa lukuisat Estonialta selvinneet ja alakansilla oleskelleet ovat kertoneet kuulusteluissa kuulleensa ääniä jotka kuulostivat siltä kuin jokin olisi raapinut laivan pohjaa ja kuin laiva olisi esimerkiksi törmännyt johonkin tai ajanut karille. Lisäksi useat silminnäkijät näkivät alapuolelta tullutta vettä autokantta alemmilla kansilla, mikä Wilsonin mielestä todistaa, että laivan pohja oli saanut osuman. Wilson kritisoi kansainvälistä tutkijalautakuntaa, joka ei ottanut juuri ollenkaan huomioon näitä silminnäkijähavaintoja. Hän perustelee teoriaa myös sillä, ettei mikään tunnettu alus Estoniaa lukuun ottamatta ole uponnut yhtä nopeasti, ellei ole saanut osumaa tai reikää vesirajan alapuolelle. Wilson sai mielestään teorioilleen lisää uskottavuutta, kun Yhdysvaltain kansallinen turvallisuusvirasto NSA epäsi häneltä vuonna 2004 kaikki tiedot kolmesta NSA:n hallussa olevasta Estonian turmaa koskevasta asiakirjasta perustellen epäämistä sillä, että asiakirjojen antaminen toimittajalle saattaisi aiheuttaa vakavaa vahinkoa ja vaarantaa kansallisen turvallisuuden.
Epäilijöiden mukaan räjähdeteoriaa tukevat muun muassa sukeltajien kuvaamassa materiaalissa näkyvät merkit muun kuin merenkäynnin aiheuttamista vaurioista aluksen rungossa.[lähde? ] Lisäksi laivan konemestari havaitsi vettä valvontamonitoriensa kautta jo kello 1.05, siis ennen metallisia kumahduksia, joista vahtimies Silver Linde raportoi.[lähde? ] Kolmanneksi Estonia ei jäänyt kellumaan käännyttyään ylösalaisin, mikä viittaa reikiin aluksen pohjassa, joiden kautta ilma pääsi ulos upottaen aluksen.[lähde? ] Ehkä kuuluisin räjähdysteorian kannattaja on saksalainen Jutta Rabe, joka on tutkimusryhmineen ollut kahdesti mukana Estonialle tehdyissä sukelluksissa. Hän kirjoitti teoriaa tukevan kirjan, jonka pohjalta tehtiin elokuva Itämeren arvoitus. Yhdysvaltalaisen seikkailijamiljonäärin ja harrastajatutkijan Gregg Bemis Jr.:n ja Raben tutkimusryhmän sukellusten mukaan laivan kyljessä vesirajan alapuolella on ainakin yksi reikä. Bemisin sukeltajat ottivat reiän ympäriltä kolme näytettä, ja Yhdysvalloissa ja Saksassa suoritetussa eri tutkimusyhtiöiden testeissä saatiin kaikista tulos, joiden mukaan koepaloista löydettiin räjähdysainejäämiä. Neljäs saksalainen tutkimusyhtiö ei saanut koepalasta samaa tulosta, mutta Bemisin mukaan kyseessä ei ollut sama koepala kuin muilla tutkimusyhtiöillä. Bemisin mukaan hänellä on myös todisteet siitä, että keulavisiiri oli Estonian uppoamishetkellä kiinni laivassa.