Sienet
Luokittelu

DNA- ja RNA-analyysien käyttöönotto systematiikan tutkimuksessa on johtanut siihen, että joitakin aiemmin sieniksi luokiteltuja eliöitä on siirretty kokonaan toisiin kuntiin. Esimerkiksi limasienten todettiin olevan ameboja ja kuuluvan omaan kuntaansa (Amoebozoa). Samoin esimerkiksi munasienet siirrettiin ruskeiden levien (Heterokontophyta) kaareen Chromalveolata-eliökuntaan.
Sienten luokittelu ei vielä ole lopullinen, ja sitä päivitetään jatkuvasti. Eräs nykyisin käytetty luokittelu on David Hibbettin johtaman työryhmän laatima luokittelu vuodelta 2007, joka perustuu 2000-luvun ensimmäisellä vuosikymmenellä toteutettuihin Yhdysvaltojen kansallisen tiedesäätiön rahoittamiin hankkeisiin.
Hibbettin ym. (2007) luokittelussa sienet jaetaan yhdeksään kaareen:
itusienet (Blastocladiomycota)
piiskasiimasienet (Chytridiomycota)
pötsisienet (Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Zoopagomycota, Mucoromycota ja Entorrhizomycota)
kotelosienet (Ascomycota)
kantasienet (Basidiomycota)
Näiden kaarien lisäksi on harkittu kaarta, jonka nimi voisi olla Cryptomycota tai Ophistosporidia. Tästä ryhmästä voi tulla myös sienten lähin sisarryhmä.
Yhtymäsienet (Zygomygota) oli aiemmin oma kaarensa. Siihen luetut lajit on nykyisin sijoitettu muihin kaariin, sillä se on ilmeisesti polyfyleettinen ryhmä.
Sienet luokitellaan nykyään niiden kehityshistoriallisten sukulaisuussuhteidensa mukaan. Varsinaisiin eli aitosieniin kaarista kuuluvat kantasienet, kotelosienet ja piiskansiimasienet. Kantasienet ja kotelosienet ovat toisilleen läheisintä sukua. Niillä molemmilla on väliseinällinen rihmasto ja molemmat tuottavat suvullisia itiöitä erityisissä itiöemissä. Piiskasiimasienet ovat ilmeisesti eriytyneet itsenäiseksi ryhmäkseen jo ennen kantasienten ja kotelosienten kehityslinjojen eriytymistä toisistaan.
Sienet jaetaan lisäksi kaikkiaan 12 alakaareen, 48 luokkaan ja 12 alaluokkaan sekä 157 lahkoon.
Itusienissä on yksi lahko (Blastocladiales), johon kuuluu 14 sukua ja noin 180 lajia. Itusienet tuottavat yksisiimaisia itiöitä, ja ne ovat joko yksi- tai moni-itiöpesäkkeisiä tai rihmamaisia. Itusienet on erotettu muista sienikaarista elinkierron, solurakenteiden ja DNA-tuntomerkkien perusteella. Kaaren lajit ovat joko sienten, levien, kasvien ja selkärangattomien loisia tai saprotrofeja.
Piiskasiimasienet (Chytridiomycota) ovat mikroskooppisia sieniä, joilla on vapaasti siimoilla liikkuvia soluja. Sienten kaarista piiskansiimasienet muistuttanevat eniten sienten ammoista kantamuotoa, sillä niillä on säilynyt uintisiimallinen elämänvaihe. Ne ovat saprotrofeja tai loisia ja vaativat ajoittaista kosteutta itiöidensä levittämiseksi. Jotkin anaerobiset piiskansiimasienet elävät märehtijöiden ruoansulatuselimistössä, ja niitä pidetään mahdollisesti omana kaarenaan pötsisienet (Neocallimastigomyceta).
Kotelosienet (Ascomycota) on sienikunnan suurin kaari. Siihen kuuluu noin 30 000 lajia, mutta monia lajeja on yhä löytämättä. Kotelosienten nimi viittaa askukseen eli itiökoteloon, jossa itiöt syntyvät. Kotelosienten luokittelu on vielä kesken, mutta joitakin ryhmiä, kuten härmäsienet (Erysiphales) ja kotelomaljaiset (Discomycetes), on voitu erottaa. Kotelosienet voivat olla saprotrofeja eli mädänsyöjiä, sienijuurisieniä tai loisia. Monet kotelosienet voivat olla sieniosakkaana jäkälässä. Kotelosienet elävät pääasiassa maaperässä. Ne käyttävät ravinnokseen yksinkertaisia sokereita, jotkut myös selluloosaa, kitiiniä ja pektiiniä. Monet kotelosienistä ovat kasvien tai eläinten patogeeneja. Kotelosieniin kuuluvat Suomen ruokasienistä mörskyt (Helvella), huhta- (Morchella spp.) ja korvasienet (Gyromitra), mutta kotelosieniä ovat myös eräät homeet, hiivat ja härmät (Erysiphaceae) ja muina esimerkkeinä torajyvä (Claviceps purpurea) sekä koivun tuulenpesäsieni (Taphrina betulina). Tässä ryhmässä on monia ihmiselle tärkeitä sieniä, joita käytetään elintarvike- ja lääketuotannossa. Hiivoihin kuuluvat muun muassa jalot viinihiivat ja toisaalta eräät yleiset taudinaiheuttajat, kuten muun muassa emättimen tulehduksesta tunnettu Candida albicans.
Kotelosienten luokittelua päivitetään verkossa Myconet-julkaisusarjassa.
Kantasieniä (Basidiomycota) pidetään sienten kehittyneimpänä kaarena, ja tutkimuksissa on todettu niiden kehittyneen kotelosienten kanssa samasta kantamuodosta. Kantasienten itiöt kehittyvät basidion eli itiökannan ulkopintaan. Kantasienten joukossa on saprotrofeja, patogeeneja, pintasienijuurisieniä ja hiivamaisia sieniä. Kantasienissä on mikrosieniä, kuten noet ja ruosteet ja suursieniä kuten hytykät eli hyytelösienet (Tremelalles) ja ehytkantaiset kantasienet, jotka tavataan jakaa itiöemän perusteella kääväkkäisiin, helttasieniin ja tatteihin sekä kupusieniin. Jaottelu on käytännöllinen, mutta se ei enää vastaa sienten tieteellistä luokittelua. Kääväkkäät on kokonaan vanhentunut lahko, johon kuuluvat sienet jaetaan nykyisin muihin lahkoihin. Kantasienten ryhmään kuuluu muun muassa suurin osa suomalaisista ruokasienistä, mutta myös ruoste- (Uredinales) ja nokisienet, kuten esimerkiksi männyn tervaroso ja viljanoet.
Hibbett ym. (2007) ovat esittäneet sienille seuraavan molekulaarisiin tutkimusmenetelmiin perustuvan polveutumishistorian: