Godzilla kohtaa King Ghidorahin
Juoni

On vuosi 1992. Kun Tokion yllä nähdään ufo, toimittaja-kirjailija Terasawalta pyydetään juttua yliluonnollisia asioita käsittelevään lehteen. Terasawaa kiinnostaa kuitenkin enemmän tapaus, jossa vanha mies on osoittanut mieltään luonnonhistoriallisessa museossa. Terasawa etsii miehen käsiinsä ja saa kuulla häneltä, kuinka toisen maailmansodan loppuvaiheessa pienelle Tyynenemeren saarelle ryhmittynyt japanilaisyksikkö näki elävän "Godzillasauruksen". Terasawa löytää tapahtuneelle lisätukea professori Mazakista: Mazaki uskoo japanilaisten todella nähneen dinosauruksen Tyynellämerellä.
Kaksi armeijan helikopteria katoaa, ja paikalle lähetetyt joukot löytävät aiemmin Tokion yllä lentäneen ufon laskeutuneena. Paikalle kutsutaan hallituksen edustaja sekä fyysikko yliluonnollisten voimien tutkimuskeskuksesta. Lentävän lautasen matkustajat ilmestyvät hologrammina ja kertovat japanilaisille olevansa aikamatkaajia tulevaisuudesta, 2200-luvulta. He pyytävät päästä Japanin hallituksen puheille. Tähän suostutaan, ja seuraavana päivänä aikamatkaajat saapuvat pääministerin virka-asunnolle teleportaation avulla. Aikamatkaajat kertovat hallitukselle tulleensa estämään tapahtumat, jotka johtaisivat Japanin tuhoon 2200-luvulle tultaessa. Heidän mukaansa Godzilla tuhoaa Japanin ydinvoimalat, ja koko maa tulee peittymään ydinsaasteeseen.
Aikamatkaajilla on mukanaan kirja, jonka kirjoittamista Terasawa nykyisyydessä vasta suunnittelee. Kirjan mukaan Tyynellämerellä vuonna 1944 nähty Godzillasaurus muuttui myöhemmin ydinkokeen seurauksena Godzillaksi vuonna 1954. Asiantuntijuutensa vuoksi Terasawa, professori Mazaki sekä yliluonnollisia kykyjä omaava Miki Saegusa kutsutaan mukaan aikamatkaajien operaatioon, jossa vuoden 1944 dinosaurus siirretään pois saarelta ennen ydinkoetta. Operaatio onnistuu, mutta samoin tekee myös aikamatkaajien toinen, salaisempi suunnitelma: saarelle jätetään kolme geenimanipuloitua tulevaisuuden lemmikkieläintä, dorattia. Terasawan ja muiden palattua nykyaikaan käy ilmi, että Godzilla on tosiaan kadonnut historiasta, mutta sen tilalle on ilmestynyt King Ghidorahiksi kutsuttu kolmepäinen hirviö. King Ghidorah on syntynyt saarelle jätettyjen dorattien altistuttua ydinsäteilylle. Yksi aikamatkaajista, Emmy kääntyy tovereitaan vastaan, ja paljastaa japanilaisille, että aikamatkaajat ovat todellisuudessa tulleet tuhoamaan Japanin, sillä 2200-luvulle tultaessa siitä on kasvanut ylivoimainen suurvalta jolle muut maailman maat eivät mahda mitään.
Merenpohjaan saarelta siirretty dinosaurus päätetään muuttaa ydinsäteilyllä Godzillaksi, jotta se taistelisi King Ghidorahia vastaan. Samalla Terasawa, Emmy ja aikamatkaajien androidi sabotoivat lentävän lautasen tietokoneen, mikä estää aikamatkaajia ohjaamasta King Ghidorahia. Aikakone on lähettämäisillään aikamatkaajat takaisin omaan aikaansa, mutta androidi siirtää heidän aluksensa teleportilla Godzillan tielle, ja Godzilla tuhoaa aluksen matkustajineen. Godzillalle taistelussa hävinnyt King Ghidorah putoaa mereen, ja Godzilla käy Japanin kimppuun.
Terasawa ja Emmy päättävät herättää King Ghidorahin henkiin tulevaisuuden teknologialla. Emmy matkustaa tulevaisuuteen ja rakennuttaa King Ghidorahista kyborgin. Sitten hän palaa nykyaikaan taistellakseen Godzillaa vastaan Mecha King Ghidorahilla. Emmy onnistuu nujertamaan Godzillan ja kuljettamaan sen merelle. Ennen omaan aikaansa paluuta hän paljastaa Terasawalle olevansa tämän kaukainen sukulainen. Vielä ennen lopputekstejä merenpohjaan upotettu Godzilla herää jälleen.