Afganistanin historia
Kohti nykyistä Afganistania > Mogulivaltakunta

Timuridiruhtinat joutuivat väistymään, kun uzbekit tunkeutuivat heidän alueilleen. Paremmin nimellä Babur tunnettu Ferganan timuridihallitsija Muhammad Zahir al-Din joutui vuonna 1501 pakenemaan sotajoukkoineen Ferganasta Muhammad Šaibanin uzbekkiarmeijaa. Babur tukijoineen vetäytyi Kabulin laaksoon, joka oli viimeisiä uzbekeilta suojassa olevia alueita. Kabulissa Baburia vastaan nousi kuitenkin paikallinen arghunidien dynastia, joka oli ennen toiminut timuridien alaisuudessa ja joka oli timuridien kauden jälkeen kasvattanut oman valtakuntansa nykyisen Etelä-Afganistanin ja Länsi-Pakistanin alueelle pääkaupunkinaan Kandahar. Babur onnistui kuitenkin ajamaan arghunidit pois Kabulista vuonna 1504, mutta Kandahar kukistui vasta vuonna 1522.
Babur ryhtyi laajentamaan valtakuntaansa edelleen Intian suuntaan, missä Delhin sulttaanikuntaa hallinnut paštutaustainen lodi-dynastia oli menettämässä otettansa. Lodi-dynastiaa vastustanut ylimystö kääntyi Baburin puoleen lodien syrjäyttämiseksi. Baburin paljon lodi-armeijaa pienempi armeija kukisti vastustajansa vuonna 1526 Panipatin taistelussa. Lodien sotanorsut olivat kenttätaistelussa alakynnessä Baburin musketein ja tykein varustautunutta armeijaa vastaan. Panipatin taistelun myötä Delhin sulttaanikunnan 300-vuotinen historia päättyi ja Intiassa alkoi Baburin perustama Suurmogulien valtakunnan aikakausi. Babur itse kuoli 1530, ja hänen seuraajakseen nousi hänen poikansa Humayun.
Humayun joutui kuitenkin pakenemaan Intiasta Persiaan, kun paštukuvernööri Sher Shah Surin joukot asettuivat häntä vastaan. Vallatakseen Intian takaisin Humayun liittoutui Persiassa safavidien kanssa. Hän organisoi hyökkäyksiä Intiaan esi-isiensä mailta nykyisen Afganistanin alueelta. Sher Shah Suri kuoli kuitenkin vuonna 1545 ollessaan piirittämässä rajputien hallitsemaa Kalinjarin linnaketta. Hänen seuraajansa Islam Shah Surin kuoltua vuonna 1554 ilman vahvaa johtajaa jäänyt sur-dynastia hajosi nopeasti. Humayun armeijoineen saattoi valloittaa valtakuntansa takaisin ilman suurta vastarintaa vuonna 1555. Humayun kuoli seuraavana vuonna. Mogulivaltakunta hallitsi Intiaa aina 1800-luvulle saakka.
Seuraavina vuosisatoina nykyisen Afganistanin alue joutui osaksi mogulien ja safavidien välistä valtataistelua, jossa merkittävimpänä kysymyksenä oli Kandaharin hallinta. Safavideille tärkeintä oli osmanien torjunta lännessä, jolloin idässä sijaitseva Kandahar tarjoaisi hyvän etuvartioaseman Hindukušin suunnalta tulevia hyökkäyksiä vastaan. Safavidit onnistuivat vuonna 1648 vakiinnuttamaan asemansa Kandaharissa. Safavidien ja mogulien lisäksi nykyisen Afganistanin alueita havittelivat pohjoisen uzbekit. Uzbekit hyödynsivät 1500-luvun puolivälissä mogulien ja safavidien sisäisen sekaannuksen aiheuttamaa tilapäistä heikkoutta ja valloittivat laajoja alueita Afganistanista. Safavidien šaahi Abbas onnistui vuonna 1598 palauttamaan persialaisten vallan Khorasanissa. Mogulit kukistivat uzbekit vuonna 1646 ja valloittivat Balkhin ja Termezin. He eivät kuitenkaan saaneet sieltä pysyvää jalansijaa, sillä heidän tukialueensa Pohjois-Intiassa olivat aivan liian kaukana.
Myös paštut käyttivät hyväkseen mogulien ja safavidien välistä taistelua, ja he saivat molemmilta osapuolilta erilaisia myönnytyksiä. Sekä mogulien että safavidien sotavoimissa toimi merkittävässä määrin paštuja. Paštuheimojen elinympäristö laajeni voimakkaasti 1600-luvulla, eikä heitä voinut pitää puhtaasti vuoristokansana. Samalla nykyinen Länsi-Afganistan alkoi muuttua paštuenemmistöiseksi. Paštut eivät muodostaneet yhtenäistä kansakuntaa, vaan he koostuivat hajanaisista heimoista. Merkittävimmiksi nousivat Kandahariin asettuneet ghelzait ja pohjoisen abdalit Paštuyläheimojen välisestä kamppailusta muodostui Afganistaniin vakava sisäisten konfliktien lähde.