Metroid: Other M
Juoni

Other M sijoittuu aikajanalla Super Metroidin ja Metroid Fusionin välille.
Peli alkaa takaumasta, jossa Samus Aran taistelee Mother Brainia vastaan Metroid-toukan puolustaessa häntä. Tästä siirrytään nykyaikaan, jossa Samus kunnostautuu Galaktisen Federaation huomassa uutta tehtävää varten.
Samus paikantaa autiolta vaikuttavan "Bottle Ship" -tutkimusaseman, jonne hän laskeutuu tutkimaan. Siellä Samus kohtaa edelle ennättäneen Federaatio-armeijan joukon, jonka komentajana toimii Adam Malkovich. Samus muistaa hänet menneiltä vuosilta, jolloin Samus toimi hänen alaisuudessaan ennen uraansa itsenäisenä palkkiometsästäjänä. Adam ei alkuun katso hyvällä Samuksen läsnäoloa, mutta heidän taisteltuaan yhdessä outoa mutanttia vastaan komentosillalla Adam määrää hänet joukkonsa mukaan tutkimaan tutkimusasemaa läpikohtaisin.
Tutkimusten edetessä Samukselle käy ilmi, että Galaktinen Federaatio on salaa käynnistänyt hankkeen, jonka tarkoituksena on kasvattaa tutkimusasemassa eläviä olentoja bioaseiksi. Näihin kuuluvat myös tuhoutuneen Zebesin avaruuspiraatit, joita vastaan Samus Aran on aina taistellut. Koko operaation aloittajaksi paljastuu Madeline Bergman. Samus kohtaa arktisessa Sektori 2:ssa naisen, joka pakoilee heitä, koska oli nähnyt erään Federaation sotilaan ampuvan toisensa. Juuri sillä hetkellä samainen sotilas hyökkää valtavan trukin kanssa Samuksen kimppuun. Samus ei ehdi nähdä sotilaan kasvoja, sillä sotilas ehtii paeta tuhottuaan koneen.
Samusta alkaa kalvaa ajatus siitä, kuka hänen tapaamistaan elossa olevista sotilaista on salamurhaaja. Hän uskoo, että Federaatio oli lähettänyt tappajan salaa Adamin ryhmän mukaan. Kun hän on kohdannut jälleen arkkivihollisensa Ridleyn, hän palaa trooppiselle Sektori 1:lle, jossa hän onnistuu yhyttämään tappajan ja seuraamaan tätä. Matkan varrella hän kuitenkin kadottaa tappajan, mutta tapaa taas saman naisen, joka paljastaa olevansa Madeline Bergman. Madeline kertoo Samukselle, että Federaation käynnistämässä bioase-operaatiossa on kasvatettu myös Metroideja. Järkyttynyt Samus ei voi uskoa, sillä viimeinen Metroid tuhoutui hänen ja Mother Brainin välisessä taistelussa. Madeline paljastaa Federaation saaneen Metroidin DNA:ta Samuksen panssarista, jonka päällä oli viimeisen Metroidin pölyä. Federaatio onnistui myös kloonaamaan Ridleyn ja luomaan uuden Mother Brainin tekoälyn, MB:n, hallitsemaan kasvatettuja bioaseita.
Madeline kertoo Metroidien sijaitsevan salaisessa Sektori Zerossa. Samus lähtee sinne ja kohtaa ensimmäisen Metroid-toukan. Paikalle ehtinyt Adam Malkovich jäädyttää sen, ennen kuin se käy Samuksen kimppuun. Adam sanoo Samukselle, ettei tämä voi voittaa Metroideja, sillä Federaation kasvattamat Metroidit ovat (äsken ammuttua toukkaa lukuun ottamatta) kehitetty vastustuskykyisiksi niiden ainoalle heikkoudelle eli kylmyydelle. Adam aikoo uhrata itsensä yrittämällä tuhota Sektori Zeron Metroidit ja käskee Samuksen poistumaan ennen kuin kyseinen osa asemasta irtoaa avaruuteen. Samus yrittää estää häntä, mutta Adam sulkee ovet, jonka jälkeen Metroidien valmistamo irtoaa tutkimusasemasta.
Samus palaa takaisin Madelinen luokse, mutta ei löydä muuta kuin jälleen kuolleen Federaation sotilaan. Hän tutkii vielä ja löytää myös kuolleen Ridleyn, joka on kuivunut. Ridley oli Samusta vastaan taisteltuaan paennut ja jäänyt kuolinpaikkaansa kitumaan, mutta kun valtava portti oli avautunut, oli sen toisella puolella ollut olento tappanut Ridleyn. Samus löytää toisen tutkijan eräästä kopista, mutta sitten samainen portti avautuu ja sen toiselta puolelta ilmaantuu paikalle Metroid-kuningatar, joka hyökkää toukkiensa kanssa Samuksen kimppuun. Samus voittaa kuningattaren tulemalla syödyksi ja laukaisemalla voimapommin tämän vatsassa.
Tutkija pakenee Samusta, mutta Samus saa hänet kiinni ja saa vakuutetuksi, ettei hän tee naiselle pahaa. Nainen paljastuu oikeaksi Madeline Bergmaniksi. Samuksen aiemmin tapaama nainen olikin Federaation luoma androidi MB, Mother Brainin ihmismuotoinen tekoäly. MB oli luotu hallitsemaan Metroideja, jotta heitä pystyi helpommin jalostamaan Federaatiolle bioaseiksi. MB oli aluksi ollut jalostuksessa hyödyllinen, mutta sitten se oli unohtanut olevansa Federaation työkalu ja alkanut toimia omin päin. Federaation oli käskenyt lähettää MB:n pois jalostuksesta. Edes Madeline ei ollut voinut auttaa häntä, vaikka Madelinella oli muodostunut MB:hen erikoinen äiti-tytär -suhde. Tällöin MB oli muuttunut, ja manipuloinut Zebesin avaruuspiraatit ja Metroidit tuhoamaan kaiken elollisen tutkimusasemalla. Siinä vaiheessa kun Adam Malkovichin ryhmä ja Samus Aran saapuivat tutkimusasemalle sotkemaan MB:n suunnitelmat, hänellä oli jo armeijallinen kasvatettuja olentoja, joiden avulla hyökätä Federaation kimppuun.
Yhtäkkiä MB ilmestyy paikalle aseen kanssa. Madeline yrittää turhaan puhua MB:lle järkeä, mutta MB ei aio kuunnella vaan hyökkää kimppuun. Samassa lisää Federaation sotilaita ilmestyy paikalle. MB lukitsee paikat ja kutsuu jalostetut olennot tuhoamaan kaikki. Samus yrittää ampua MB:tä, mutta Madeline ehtii ampua ensin jäädyttäen MB:n. Lopulta sotilaat ampuvat jäätyneen MB:n tuhoten tämän ja käynnistäen ketjureaktion, jonka myötä MB:n paikalle kutsumat olennot kuolevat. Joukkojen komentaja saapuu onnittelemaan Samusta ja kehottaa häntä jättämään loput Federaation hoidettavaksi. Samus poistuu tutkimusasemalta.