Tomb Raider: Anniversary
Juoni

Vuonna 1945 New Mexicossa suoritetaan ydinkoe. Räjähdys nielaisee kaupungin sisäänsä ja paljastaa mystisen rakennelman, joka pian särkyy ja siivekäs olento lentää ulos.
Peli alkaa videolla, jossa arkeologi Lara Croft on Intian Kalkutassa. Mies nimeltään Larson tulee tekemään Laralle esittelyä Jacquline Natlasta. Natla kertoo tietävänsä, kuinka Lara ja hänen isänsä etsivät vuosia sitten Atlantiksen mystistä esinettä Scionia ja pyytää Laraa avukseen sen löytämisessä. Lara kiinnostuu ja kysyy, olisiko tämä löytänyt Vilcabamban. Natla kysyy Laralta, kuinka nopeasti tämä pääsee Peruun.
Perun vuoristoista Lara löytää inkojen kuninkaan Qualopecin haudan. Hän saa selville, että Qualopec oli yksi kolmesta jumalkuninkaasta (triumviraatti), jotka hallitsivat Atlantista ennen sen uppoamista. Lara poistuu haudasta mukanaan yksi kolmiosaisen Scionin paloista, mutta huomaa juuri ennen haudan romahtamista liikettä siitä, joka oli nähtävästi ollut Qualopecin patsas. Pian tämän jälkeen Lara kohtaa Larsonin, joka yrittää ottaa vastalöydetyn Scionin osan häneltä. Tyrmättyään Larsonin hän saa tietää, että Natla on lähettänyt toisen arkeologin, Pierre Dupontin, löytämään seuraavan Scionin palasen. Lara murtautuu Natlan toimistoon ja löytää todisteita siitä, että seuraava Scionin osa on Kreikassa.
Lara lähtee Kreikkaan ja huomaa, että Scionin toinen osa on haudan syvyyksissä. Löydettyään Tihocanin (triumviraatin toinen jäsen) tyhjän arkun Pierre ilmaantuu paikalle ja aseella uhaten vaatii Laran löytämää osaa itselleen. Saadessaan palasen Pierre pakenee palasien kanssa, mutta haudan ulkopuolella vartioivat kentaurit surmaavat hänet. Voitettuaan kentaurit Lara kokoaa Scionin palaset yhteen ja näkee näyn, joka paljastaa viimeisen Scionin palasen sijaitsevan Egyptissä.
Lara matkustaa Egyptiin ja löytää onnistuneesti Scionin kolmannen osan. Yhdistettyään kaikki kolme osaa Laran aikaisempi näky muuttuu paljon selvemmäksi. Kaksi triumviraatin jäsentä, Tihocan ja Qualopec, ovat tuomitsemassa kolmatta, joka paljastuu Natlaksi, maanpakoon. Natla, joka on vapauttanut Atlantiksen armeijan sitä itseään vastaan saavuttaakseen ”Seitsemännen aikakauden”, on vangittu kristalliseen rakennelmaan tuhanneksi vuodeksi.
Laran näyn loppuessa Natla on hänen edessään ja nappaa Scionin hänen käsistään. Natlan kolme kätyriä pitelevät Laraa aloillaan, mutta hänen onnistuu pienen nujakan jälkeen hypätä alla virtaavaan jokeen. Hän seuraa paikalta poistuvaa Natlaa moottoripyörällään tarkoituksenaan livahtaa hänen laivaansa. Laivaan päästyään hän piiloutuu, ja odottaa piiloutuneena kunnes he saapuvat kadonneelle Atlantiksen saarelle. Lara jatkaa matkaansa autioon kaivokseen ja tappaa matkan varrella Larsonin, sillä tämä yrittää estää hänen etenemisensä. Nähtävästi järkyttyneenä Lara kohtaa pian Kid ja Koldin, Natlan jäljellä olevat kätyrit, jotka päätyvät tappamaan toisensa kahakassa. Lara jatkaa matkaansa pyramidin huipulle asti ja tapaa siellä itse Natlan.
Natla paljastaa, että hänen suunnitelmaansa kuuluu Atlantiksen armeijan uudelleenluominen. Hän yrittää taivutella Laran lopettamaan hänen vastustamisensa ja ehdottaa, että tämä voisi johtaa Atlantista hänen rinnallaan ja tulla kuolemattomaksi. Lara miettii hetken, pyytää anteeksi isältään ja ampuu ilmassa leijuvan Scionin Natlan järkytykseksi. Natla yrittää tönäistä Laran alas laavaan, mutta putoaakin itse. Lara luulee Natlan kuolleen ja yrittää paeta tappaen samalla valtavan mutantin matkan varrella. Hän törmää kuitenkin pian vihaiseen Natlaan, jonka keho on palanut laavaan pudotessa. Taistelun lopussa Lara romahduttaa pyramidia tukevan pilarin Natlan päälle, vangiten hänet sortuvan pyramidin sisälle. Hän pakenee kiireesti ja seilaa pois tuhoutuvalta saarelta Natlan laivalla.