Charles S. Peircen tieteiden luokittelu
Logiikka ja normatiiviset tieteet

Fenomenologia muodostaa perustan normatiivisille tieteille, estetiikalle, etiikalle ja logiikalle. Näistä kahdesta  ensiksi mainitusta Peirce kirjoitti vähän, eikä tutkinut kumpaakaan alaa systemaattisesti.  Hän esitti, että estetiikka olisi etiikkaa primitiivisempi ala sikäli, että etiikka sisällyttäisi estetiikkaan sisältyvän normatiivisuuden itseensä, mutta että päinvastainen suhde ei pätisi; vastaavassa mielessä hän katsoi etiikan olevan logiikkaa perustavampi.
Normatiiviset tieteet ovat normatiivisia, koska ne pyrkivät vastaamaan kysymykseen siitä, onko jokin asia "oikein" suhteessa päämäärään – onko se esimerkiksi "kaunista(/esteettisesti hyvää)", "hyvää" tai "totta". Sen tutkimuskohteena ovat ”the universal and necessary laws of the relation of Phenomena to Ends, that is, perhaps, to Truth, Right and Beauty.” Peirce perusteli logiikkaan sisältyvää eettistä ulottuvuutta esimerkiksi toteamalla, että päättelijä harjoittaa välttämättä itsekontrollia. Hyvin päättelevä ihminen on toisin sanoen tässä suhteessa hyveellinen. Estetiikka sisältyisi etiikkaan (ja logiikkaan) siksi, että kysymys siitä, millaiset päämäärät ovat itsessään tavoiteltavia (”a state of things that reasonably recommends itself in itself”), olisi estetiikan alaan kuuluva kysymys.
Peircen normatiivisia tieteitä koskevat tutkimukset käsittelevät kuitenkin lähes yksinomaan logiikkaa. Hän tutki aihetta perusteellisesti ja kirjoitti siitä tuhansia sivuja, joista vain pieni osa sisältyy hänen julkaistuihin artikkeleihinsa. Hänen kaikki semiotiikkaa, tieteenfilosofiaa, epistemologiaa ja pragmatismia käsittelevät kirjoituksensa lukeutuvat nimenomaan "loogisten" tutkimusten alaan. Näiden sanojen kuten myös logiikka-sanan normaalit merkitykset ovat Peircen filosofian yhteydessä helposti harhaanjohtavia. Koska logiikan piiriin kuuluvat kaikki päättelyä koskevat normatiiviset kysymykset, sen alaan kuuluu peirceläisessä katsannossa myös suuri osa siitä, mitä kutsutaan "epistemologiaksi", "tieteenfilosofiaksi" ja "kielifilosofiaksi". Semiotiikka ei myöskään ollut Peircelle logiikan erityisala, vaan toinen nimi logiikalle itselleen. Kaikki logiikka on semiotiikkaa, koska kaikki päättely tapahtuu merkkien avulla.
Myös logiikka jakautuu kolmeen osaa: spekulatiiviseen kielioppiin, loogiseen kritiikkiin ja metodioppiin (methodeutics).
Spekulatiivinen kielioppi (Speculative Grammar, Stecheiotic, Stoicheiology, Logic of Originality) on logiikkaa sikäli kuin alaa tutkitaan ensiyden kategorian näkökulmasta. Sanaa "spekulatiivinen" ei tarkoiteta tässä sen modernissa standardimerkityksessä, jossa se viittaa arvailuun, hypoteesien kehittelyyn ja taloudelliseen riskinottoon. Hieman vastaavaan tapaan kuin Hegelin spekulaation tapauksessa, sen kantansanana on latinan peilin (spekulum) kaltaisuutta tai heijastavuutta tarkoittava "specularis". Kyse on "kieliopillisten"  rakenteiden puhtaasta kuvaamisesta. Kielioppi ei tarkoita tässä tietenkään kielioppia (eng. grammar) kirjaimellisessa merkityksessä. Tarkoituksena on muodostaa universaali loogisten kategorioiden järjestelmä, joka ehdollistaisi mitä hyvänsä havainnointia, kognitiota, ajattelua tai päättelyä.
Peircen merkkien taksonominen järjestelmä, tai mitä yleensä kutsutaan hänen "semiotiikakseen" on nimenomaan hänen spekulatiivista kielioppiaan. Spekulatiivinen kielioppi pyrkii määrittelemään logiikan peruskäsitteet ja luomaan näiden taksonomisen järjestelmän. Koska logiikan peruskäsite on ‘merkki’, kyse on näin ollen ennen kaikkea merkkien taksonomiasta.
Peirce alkoi kirjoittaa semiotiikasta 1860-luvulla, samoihin aikoihin kuin kehitti kolme kategoriaansa. Hän käytti sekä nimeä "semiotic" että "semeiotic", ja termi on jälkimmäisessä muodossa suora lainaus John Lockelta. Koska logiikka tutkii kognitiota yleensä, ja koska kaikki kognitio tapahtuu merkkien avulla, on logiikka välttämättä merkkien, niiden suhteiden, elämän, manipulaation, jne. tutkimista. Kognitiiviset tilat ovat luonteeltaan semioottisia tiloja eli niillä on merkin rakenne, ja jokainen kognitiviinen tila tulkitaan sitä seuraavassa kognitiivisessa tilassa, jolla on niin ikään merkin rakenne. Mielen toiminta on semioottista tai semioosia, kuten Peirce "merkkien elämään" nimitti: semioosi on "toiminta tai vaikutus, joka on tai sisältää kolmen subjektin yhteistyötä, kuten merkin, sen objektin ja sen tulkitsimen, tämän tri-relatiivisen vaikutuksen ollen millään tapaa palautettavissa parien välisiin toimintoihin [actions between pairs]."
Logiikan keskeisin käsite on merkin käsite. Merkki on kolmipaikkainen relaatio, ja Peircen semioottinen analyysi eroaa esimerkiksi Ferdinand de Saussuren semiologian tai Gottlob Fregen semantiikan merkkirelaation kaksipaikkaiseksi käsittäällistäneistä. Merkkirelaation korrelaatteja ovat (1) merkki itse, merkitsijä tai representamen; (2) objekti eli merkin viittauksen kohde; (3) tulkitsin, tulkinnos tai interpretantti (interpretant).
Looginen kritiikki (Logical Critic, Critic, Obsistent Logic) sitä vastoin tutkii yleisesti merkkien totuusehtoja, ennen kaikkea symboleiden, sillä nämä ovat keskeisimpiä kaikessa päättelyssä. Se edsutaa toiseutta, koska se ei pyri vain kuvaamaan merkkejä, vaan niiden suhdetta referenssiinsä (totuuteen). Tavanomaiset epistemologiset kysymykset (miten tiedämme, että tämä tai tuo väite on totta?) näyttäisivät kuuluvan kritiikin alaan. Peirce ei kuitenkaan otsikoinut kirjoituksiaan tavalla tai antanut muita suoria viitteitä, jotka antaisivat suoran todisteen siitä, mitä kirjoituksistaan hän piti ensisijaisesti kritiikin alaan kuuluvina.
Metodioppi (Methodeutics, Speculative Rhetorics, Transuasional Logic) puolestaan tutkii päättelyn metodeja tai strategioita ja joiden mukaisesti valideja päättelyketjuja voidaan rakentaa. Se edustaa Kolmannuutta, koska sen kuvaamat ilmiöt ovat päämääräsuuntautuneita.