Shin Megami Tensei: Persona 3
Juoni

Peli sijoittuu vuoden 2009 huhtikuun ja vuoden 2010 maaliskuun väliselle ajalle. Peli alkaa, kun vanhempansa 10 vuotta sitten menettänyt protagonisti (jolle pelaaja voi itse antaa nimen) muuttaa siirto-opiskelijana takaisin entiseen kotikaupunkiinsa Iwatodaihin, joka sijaitsee lähellä keinotekoista saarta, Tatsumi Port Islandia, ja hän aloittaa toisen opintovuotensa Gekkoukanin lukiossa. Asuntolassa, johon hän muuttaa, asuvat myös hänen luokkatoverinsa Yukari Takeba sekä kolmannen vuoden opiskelijat Mitsuru Kirijo ja Akihiko Sanada. Hän tapaa myös lukion toimikunnan puheenjohtajan nimeltä Shuji Ikutsuki. Yukari, Mitsuru, Akihiko ja Ikutsuki muodostavat salaisen kerhon nimeltä SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), joka taistelee varjoja vastaan "pimeäksi tunnin", vuorokausien välissä olevan piilotetun tunnin, aikana. Pimeän tunnin aikana sähköt katkeavat, taivas muuttuu vihreäksi ja vesi verenpunaiseksi. Lisäksi suurin osa ihmisistä muuttuu ruumisarkuiksi eikä muista lainkaan pimeän tunnin tapahtumia. Ja jos joku oli arkun ulkopuolella, hänen mielensä saattoi joutua varjojen syömäksi. SEES kutsuu uhreja "Kadonneiksi" (The Lost), kun taas mediassa heidän sanotaan altustuneen ns. "Apatia-syndroomalle" (Apathy Syndrome). Mutta SEESin jäsenet sekä protagonisti ovat harvoja, jotka kokevat pimeän tunnin ja osaavat suojella itseään varjoilta voimalla nimeltä "persoona".
Eräänä yönä tavallista suurempi varjo hyökkää asuntolaan. Protagonisti pakenee Yukarin kanssa katolle, jossa hän herättää persoonansa, Orfeuksen (Orpheus), joka yhtäkkiä muuttuu Thanatokseksi ja tuhoaa varjon. Protagonisti siirtyy tajuttomana ollessaan Samettihuoneeseen, todellisuuden ja unen välissä sijaitsevaan tilaan, jossa hän tapaa huoneen haltijan, Igorin, ja tämän assistentin, Elizabethin. Protagonisti saa tietää kantavansa kykyä nimeltä "Villikortti" (Wild Card). Tämän kyvyn avulla hän voi käyttää useampaa persoonaa kuin yhtä.
Muutaman päivän kuluttua protagonistista tulee SEESin jäsen ja pian heihin liittyy myös yksi hänen luokkatovereistaan, Junpei Iori. He alkavat tutkia Tartarosta (Tartarus), tornia, joka ilmestyy Gekkoukanin lukion tilalle pimeän tunnin ajaksi. Joinakin öinä protagonistin kanssa kommunikoi salaperäinen poika nimeltä Faros (Pharos), joka varoittaa tätä täydenkuun aikaan odottavista "koitoksista". Selviää, että täydenkuun öinä ilmestyy suuria varjoja, joista kukin edustaa yhtä arkanaa. Kesäkuun täydenkuun yönä he pelastavat Tartaroksesta tytön nimeltä Fuuka Yamagishi, jonka persoona aistii varjojen vahvuudet ja heikkoudet.
Heinäkuussa paljastuu, että Kirijo Groupin entinen johtaja ja Mitsurun isoisä, Kouetsu Kirijo, oli 10 vuotta sitten värvännyt tiedemiehiä tutkimaan varjoja hyödyntääkseen niiden ominaisuuksia. SEESin jäsenten ollessa lomalla Yakushimassa, Mitsurun isä ja Kirijo Groupin nykyinen johtaja, Takeharu Kirijo, kertoo Yukarin isän, Eiichiro Takeban, keskeyttäneen kokeet, minkä seurauksena varjot olivat vapautuneet, tappaneet suuren osan tiedemiehistä ja samalla tehneet pimeän tunnin olevaksi. Kokeet oli tehty Gekkoukanin lukiossa ja siksi se muuttui pimeän tunnin aikana Tartarokseksi. Ennen paluutaan Iwatodaihin, SEES saa jälleen uuden jäsenen, varjojen vastaiseksi aseeksi (Anti-Shadow Suppression Weapon) rakennetun androidin nimeltä Aigis, joka väittää jostain syystä tuntevansa protagonistin.
Lisäksi Ikutsuki väittää, että jos kaikki 12 suurta varjoa saadaan tuhottua, pimeä tunti katoaisi maailmasta. Jatkaessaan varjojen tuhoamista SEES saa kolme uutta jäsentä: isäntänsä menettänyt koira Koromaru, ala-astelainen Ken Amada sekä SEESistä aiemmin eronnut Akihikon lapsuudenystävä Shinjiro Aragaki. SEESin aikeita vastustavat ihmisvihassa elävät persoonankäyttäjät Takaya Sakaki ja Jin Shirato, jotka muodostavat ryhmän nimeltä Strega. Mutta SEES onnistuu saamaan panttivangikseen Stregan kolmannen jäsenen, Chidori Yoshinon. Lokakuun täydenkuun aikana paljastuu, että Shinjiro oli alun perin lähtenyt SEESistä, koska oli vahingossa aiheuttanut kaksi vuotta sitten Kenin äidin kuoleman. Ken yrittää kostaa, mutta Takaya ilmestyy paikalle ja tappaa Shinjiron itse.
Marraskuussa, kun viimeinen suurista varjoista tuhoutui, Faros hyvästelee protagonistin ja Takeharu Kirijo saapuu onnittelemaan SEESin jäseniä. Mutta pimeä tunti onkin yhä olemassa ja paljastuu, että Ikutsuki oli huijannut SEESin jäseniä. Suuret varjot olivat tuhouduttuaan yhdistyneet varjoon, josta ne alun perin tulivat: Kuolema. Tämä varjo voisi toteuttaa Tuhon (The Fall), mitä Kouetsu Kirijo oli tavoitellut. Takeharu saa surmansa Ikutsukin luodista ja Ikutsuki itse hyppää Tartaroksesta alas kuolemaan.
Kuun lopussa, Takaya ja Jin paljastavat olevansa yhä elossa ja vapauttavat Chidorin sairaalasta. Ensin Chidori hyökkää SEESin kimppuun, mutta Junpein haavoittuessa Takayan luodista, Chidori uhraa henkensä pelastaakseen tämän. Kymmenen päivän kuluttua Aigis sekä protagonistin uusi luokkatoveri, Ryoji Mochizuki, saavat takaisin muistonsa menneisyydestään. Ryoji oli Kuoleman, tai Valistajan (The Appriser), ihmishahmo. 10 vuotta sitten Kirijo Groupin kokeiden keskeytyksen aiheuttama onnettomuus oli jakanut hänet kolmeentoista osaan, minkä jälkeen hänen pääosansa oli vaeltanut Moonlight Bridgelle ja aiheuttanut protagonistin vanhempien kuoleman. Aigis oli taistellut häntä vastaan ja sinetöinyt hänet protagonistin sisään. Protagonistin palattua Iwatodaihin, muistinsa menettänyt Kuolema oli kommunikoinut hänen kanssaan Faroksen hahmossa.
Ryoji kertoo, että hänen sekä Tartaroksen olemassaolon tarkoitus on kutsua maapallolle Nyks (Nyx), varjojen äiti, jonka tehtävä on toteuttaa Tuho, jolle Apatia-syndrooma oli ollut vain esimakua. Tuho altistaisi kaikki elävät olennot Apatia-syndroomalle ja aiheuttaisi siten ihmiskunnan sukupuuton ja maailmanlopun. Uudenvuodenaattona SEESin jäsenten on valittava kahdesta vaihtoehdosta: joko he tappavat Ryojin ja hävittävät muistonsa pimeästä tunnista, tai he jättävät tämän eloon ja käyvät ”toivotonta” taistelua Nyksiä vastaan Tartaroksen huipulla.
Jos protagonisti kieltäytyy tappamasta Ryojia, SEESin jäsenet kulkevat luvattuna päivänä, 31. tammikuuta 2010, Tartaroksen ylimpiin kerroksiin, jossa he kohtaavat viimeistä kertaa Jinin ja Takayan, jotka paljastavat olevansa selviytyjät kokeista, joissa Ikutsuki teki heistä persoonankäyttäjiä kokeellisilla pillereillä. Huipulla SEES kohtaa Nyksin avatariksi muuttuneen Ryojin ja voittaa tämän. Mutta Ryoji nouseekin ylös ja sanoo, että Tuho olisi voitu estää mikäli yhä useampi ihminen olisi yhtä elämänhaluinen kuin SEESin jäsenet. Nyksin todellinen keho tulee esiin kuun sisältä ja alkaa lähestyä maapalloa. Protagonisti kutsutaan viimeisen kerran Samettihuoneeseen, ja kaikkien muodostamiensa sosiaalisten linkkien avulla hän saa käsiinsä Maailmankaikkeuden arkanan (The Universe Arcana), jolla hän luo Suuren Sinetin (Great Seal) eristääkseen Nyksin ja ihmiskunnan toisistaan. Pimeä tunti ja Tartaros katoavat maailmasta ja SEESin jäsenet, protagonistia lukuun ottamatta, unohtavat kaiken tapahtuneen.
Koulun päättäjäispäivänä Aigis tunnustaa muistavansa myös kaiken tapahtuneen ja hiipii protagonistin kanssa koulun katolle. Myöhemmin muiden SEESin jäsenten muistot palaavat myös, mutta heidän saapuessa paikalle protagonisti on sulkenut silmänsä ja nukahtanut.