Billy the Kid
Santa Fen vankilassa ja oikeudenkäynti Mesillassa

Santa Fen vankilassa Billyä kävivät tapaamassa muun muassa Miguel Antonio Otero ja Las Vegas Gazetten toimittaja. Gazetten artikkelissa 20. tammikuuta Billy kertoi sellin siivoamisesta, olevansa häpeissään The Illustrated Police Newsin etusivun häntä esittävästä kuvasta, eikä hän pitänyt omaa mainettaan taloudellisesti kannattavana. Otero kertoi kirjassaan The Real Billy the Kid (1936) vieneensä Billylle savukepaperia, tupakkaa, purukumia, pähkinöitä ja makeisia. Otero kertoi saaneensa Billyltä kannukset ja puukon. Toisin kuin varhaisemmissa Billystä kertovissa kirjoissa, kuten Charles A. Siringon 1885 ilmestyneessä kirjassa A Texas Cowboy ja 1897 Emerson Houghin teoksessa The Story of the Cowboy, Oteron mukaan Billy oli ”mies, jota vastaan oli rikottu enemmän kuin hän oli rikkonut”. Vaikka myös Otero luotti Pat Garrettin virheellisiin tietoihin, hänen meksikolainen näkökulmansa on erilainen kuin Siringon ja Houghin.
Uudenvuodenpäivänä 1881 Billy pyysi kirjeessä haluavansa tavata kuvernööri Wallacen. Helmikuussa Billy, Rudabaugh ja Wilson alkoivat kaivaa aukkoa sellin seinän alta ulos, mutta pakoyritys huomattiin. Billy sijoitettiin yksinäishuoneeseen, josta käsin hän kirjoitti lisää kirjeitä yrittäen saada kuvernöörin kiinnostumaan ahdingostaan. Häntä odotti syyte seriffi William J. Bradyn ja Andrew L. Robertsin murhista. Maaliskuun 2. päivänä 1881 päivätty kirje sisältää uhkauksen tehdä tunnetuksi kuvernööri Wallacen kanssa tehty sopimus julkistamalla Billyn hallussa olevia pari vuotta vanhoja kirjeitä. Wallace ei vastannut, joten Billy kirjoitti uudestaan kahden päivän kuluttua, tällä kertaa ilman kiristystä. Hän pyysi kuvernööriä harkitsemaan vielä asiaa. Wallacen ajatukset tähtäsivät kuitenkin pitemmälle. Toukokuussa 1881 Wallace nimitettiin suurlähettilääksi Osmanien valtakuntaan.
Billyn oikeudenkäynti pidettiin Mesillassa Doña Anan piirikunnassa. Las Vegas Gazette raportoi matkasta Mesillaan: ”Las Crucesissa utelias väkijoukko kerääntyi vaunujen ympärille ja joku kysyi, kuka on Billy the Kid. Kid asetti kätensä tuomari Ira Leonardin olkapäälle ja vastasi itse kysymykseen: ’Hän on se mies’.”
Billy ilmoitti oikeuden puheenjohtajalle, että hänellä ei ollut rahaa lakimiehen palkkaamiseen, joten Ira Leonard nimitettiin puolustusasianajajaksi. Huhtikuun 6. päivänä 1881 Billy todettiin syyttömäksi Andrew L. Robertsin murhaan. Kaksi päivää myöhemmin nostettiin syyte seriffi Bradyn murhasta. Albert J. Fountain ja John B. Bail korvasivat Ira Leonardin puolustusasianajajina. Valamiehistön aition kaksitoista jäsentä eivät tienneet mitään Lincolnin piirikunnan sodan vääryyksistä, Billyn kahakoista ja tulitaisteluista, hänen ystäviensä verisistä kuolemista eivätkä kuvernöörin rikotusta lupauksesta. Suurinta osaa oikeudenistunnon tapahtumista ei tiedetä. Tuomari Bristol kuitenkin ohjeisti valamiehistöä tavalla, joka jätti vähän pelivaraa: jos Billy oli ollut läsnä ja sekaantunut seriffi Bradyn kuolemaan millä tahansa tavalla, häntä oli pidettävä yhtä syyllisenä, kuin jos hän olisi ampunut kuolettavan laukauksen. Billy tuomittiin kuolemaan hirttämällä ensimmäisen asteen murhasta.Billy oli ainoa Lincolnin piirikunnan sotaan osallistuneista yli viidestäkymmenestä rikkomuksesta syytetystä, joka tuomittiin syylliseksi.