Itsenäinen Kroatian valtio
Loppuvaiheet

Vuonna 1943 käytiin raskaita taisteluita, jossa Ustašan joukot Saksan ja Italian armeijoiden avustuksella olivat lyödä Titon partisaanit. Myöhemmin samana vuonna tapahtui kuitenkin käänne, joka ratkaisi NDH:n kohtalon.
Italia luopui sodasta 8. syyskuuta 1943. NDH:n hallitus luuli aluksi hyötyvänsä tilanteesta, sillä se sai haltuunsa Italiaan liitettyjä raja-alueita. Kuitenkin suurin osa Italian armeijan aseistuksesta meni Titon partisaaneille ja Četnikeille. Lisäksi 35 000 italialaista sotilasta liittyi Titon partisaaneihin.
Samana vuonna myös entistä suurempi määrä Domobranin miehiä ja upseereita loikkasi Titon partisaanijoukkoihin. Domobranien tykistöjoukkojen komentaja piti puheen, jossa vapautti miehistön vannomastaan sotilasvalasta ja kehotti heitä liittymään partisaaneihin.
29. lokakuuta 1943 NDH:n alueella Jajcen kaupungissa pidetyssä kokouksessa Titon partisaanit sopivat Jugoslavian sosialistisen liittotasavallan muodostamisesta. Sodan päämääriin kuului myös sotarikollisten rankaiseminen. Vuoden 1943 loppuun mennessä Titon partisaaneihin kuului 300 000 henkilöä. Samaan aikaan Saksan joukkojen komentaja raportoi esimiehilleen, että Tito on luonut uuden valtion NDH:n sisälle ja että NDH:n hallitus hallitsee lähinnä Zagrebia.
NDH:n loppuvaihetta on luonnehdittu ”kolmen rintaman sisällissodaksi” tai ”sodaksi ilman rintamalinjoja”. Sitä luonnehtivat erilaiset kiivaat taistelut sekä entistä suurempi määrä siviiliväestöön kohdistuneita julmuuksia. Četnikit liittoutuvat aika ajoin Ustašan ja Saksan Wehrmachtin kanssa taistellakseen Titon partisaaneja vastaan.
Kesällä 1944 alkoi olla selvää, että akselivallat häviäisivät sodan. Elokuussa 1944 kaksi NDH:n hallituksen ministeriä, ulkoministeri Mladen Lorković ja sotaministeri Ante Vokić yrittivät vallankaappausta. Suunnitelmaan kuului paitsi Pavelićin erottaminen, myös yhteishallitus talonpoikaispuolueen kanssa. Tarkoituksena oli houkutella länsiliittoutuneet nousemaan maihin Kroatiassa ja liittää NDH länsiliittoutuneisiin. Vallankaappaus epäonnistui, siihen osallistuneet pidätettiin ja teloitettiin seuraavana vuonna Pavelićin määräyksestä. Suunnitelma oli muutenkin tuomittu epäonnistumaan: liittoutuneiden aikomuksena oli liittää Kroatia osaksi Titon Jugoslaviaa.
Vuonna 1944 loppuun mennessä partisaanit saivat haltuunsa lähes koko Itsenäisen Kroatian valtion alueen ja Domobrani-joukkojen huono taistelumoraali mureni entisestään. Saksan intressissä oli luoda Kroatiaan oma vahva armeija joka hallitsisi valtion aluetta ja taistelisi menestyksellä partisaaneja vastaan. Näin Saksa voisi siirtää omia joukkojaan sinne missä niitä tarvittaisiin enemmän. Saksa painosti Kroatiaan organisoimaan armeijansa kokonaan uudelleen. Se siirsi itärintamalla taistelevat kroaattivapaaehtoiset takaisin kotimaahansa, missä heidän piti innollaan ja taistelutaidoillaan auttaa kotimaansa armeijaa. Lopulta vuonna 1943 Saksa päätti ottaa Kroatian horjuvan armeijan komentoonsa.
Näihin aikoihin NDH hallitsi vain noin puolta alueestaan, ja koska maaseutu oli pääosin partisaanien hallussa, vallitsi kaupungeissa pulaa elintarvikkeista. Lisäksi liittoutuneet tekivät pommituslentoja moniin kaupunkeihin, sillä niiden tehtaissa valmistettiin sotatarvikkeita Wehrmachtin tarpeisiin.
Vuonna 1945 Saksa perääntyi niin lännessä kuin idässäkin ja NDH koki lopullisen romahduksen, johon liittyy myös suuria tragedioita. Vielä helmikuussa Maks Luburic ehdotti, että oletetustakin vastarintaryhmiin kuulumisesta voitaisiin rangaista kuolemalla. Näin kovista otteista ei ollut mitään apua. Rintamat alkavat murtua kaikkialla; 6. huhtikuuta menetettiin Vukovar ja 12. huhtikuuta Sarajevo. 30. huhtikuuta partisaanit saartoivat pakolaisia täynnä olleen Zagrebin kolmelta suunnalta. Samana päivänä pidettiin myös NDH:n hallituksen viimeinen kokous. Viimeisenä päivänään Zagrebissa Poglanik, 5. toukokuuta 1945, antoi asetuksen, jolla hän kumosi kaikki rasistiset lait. Mitään käytännön vaikutusta asetuksella ei enää ollut.
Ante Pavelić ja hänen pääteloittajansa Maks Luburić onnistuivat pakenemaan Itävallan kautta ulkomaille. 8. toukokuuta partisaanit valtasivat Zagrebin. Viimeiset kroaattijoukot lopettivat taistelun 14. toukokuuta 1945, viimeisenä akselivaltojen armeijana Euroopassa.
NDH:n romahdukseen liittyy myös Bleiburgin murhenäytelmä. Tuhansia (luku ei ole tarkasti selvillä) entisiä Ustašan virkailijoita perheineen, Ustašan upseereita sekä kommunisteja vastustaneita siviilejä lähti kävelemään kohti Itävallan rajaa toivoen, että sitä miehittävät brittiläiset miehitysjoukot antaisivat heille turvapaikan. Raja pysyi kuitenkin suljettuna ja partisaanit ampuivat summittaisesti tuhansia ihmisiä. Lisäksi kerrotaan kidutuksista ja raiskauksista. Henkiinjääneet joutuivat kävelemään noin 700-800 kilometrin matkan takaisin Kroatiaan.