Aminohapot
Lyhenteet ja nimeämislogiikka

Kolmikirjaimiset lyhenteet saadaan englanninkielisistä nimistä niin, että aina vähintään kaksi ensimmäistä kirjainta kolmikirjaimisessa lyhenteessä vastaa koko nimen ensimmäisiä kirjaimia (kahta tai kolmea; esim. fenyylialaniini, eng. Phenylalanine, kolmikirjaiminen lyhenne on Phe) paitsi isoleusiinin tapauksessa, jossa lyhenne on "Ile" eikä esimerkiksi "Iso" tai "Isl" (Ile painottaa sitä, että isoleusiini on nimenomaan isomeeri leusiinille.) Koska englannin aakkosia on 26 kappaletta ja tavallisia aminohappoja 20, saadaan yksikirjaimiset lyhenteet hieman kolmikirjaimisia monimutkaisemmin seuraavasti;
Aminohapoille annetaan yksikirjaimiset lyhenteet järjestyksessä yksinkertaisimmasta (pienimmästä) monimutkaisimpaan, mikä tarkoittaa sitä, että yksinkertaisimmat saavat nimet englanninkielisen alkukirjaimen mukaan, monimutkaisemmat useimmiten joko toisen alkukirjaimen (esim. R on arginiini, joka siis on monimutkaisempi kuin alaniini A) tai onomatopoeettisesti eli ääntämisen mukaan (fenyylialaniini (Phenylalanine) on F eikä P, koska proliini on pienempi (runko ja kolme hiiliatomia) kuin fenyylialaniini (jossa on metyyliryhmään kiinnittyneenä fenyyliryhmä eli 6 hiiliatomia) eli P on jo varattu, ja koska toinen alkukirjain H on jo varattu histidiinille, joka on pienempi (5-rengas on pienempi kuin fenyylialaniinin 6-rengas)). Tällä kasvavan monimutkaisuuden mukaan järjestämisellä saadaan nimettyä G (glysiini), A (alaniini), V (valiini), L (leusiini), I (isoleusiini), P (proliini), C (kysteiini eli "Cystein" englanniksi), M (metioniini), S (seriini), T (treoniini) ja H (histidiini) eli 11 tavallisimmasta 20 aminohaposta. Suomen kielen fenyylialaniini taas on englanniksi "Phenylalanine", jonka "Phe"-alku äännetään [fe], ja on saanut siitä F-lyhenteensä (kohta 3., ääntämisen mukaan).
Toisen alkukirjaimen mukaan nimetään alkukirjaimen mukaan nimettyjä monimutkaisemmat aminohapot arginiini R (alaniinia, aspartaattia ja asparagiinia monimutkaisempi), tyrosiini Y (treoniinia, T, monimutkaisempi). Muiden aminohappojen toiset alkukirjaimet on jo käytetty, joten niitä ei voida nimetä tällä tavoin.
Onomatopoeettisesti nimetään fenyylialaniini F, (P eli proliini sekä H eli histidiini ovat pienempiä kuin "Phenylalanine" eli fenyylialaniini), ja glutamiini (Glutamine, Q; G ja L ovat yksinkertaisempia kuin glutamiini, ja Q muistuttaa G:tä ääntämiseltään).
Jäljellä olevat 5 aminohappoa ovat aspartaatti (D, aspartate), glutamaatti (E, glutamate), näiden kahden amidijohdannaiset asparagiini (N, asparagine) ja glutamiini (Q, glutamine, joka nimettiin jo onomatopoeettisesti), lysiini (K, lysine) ja aminohapoista monimutkaisin eli tryptofaani (W, tryptophan). Aspartaatin ja glutamaatin ero on se, että glutamaatin hiiliketju on yhdellä hiilellä pitempi kuin aspartaatin, joten samoin glutamaatti (E) on aakkosissa aspartaattia (D) seuraava (B on käyttämättä, mutta C on kysteiinin (cysteine) lyhenne, joten pari ei voi olla B ja C vaan käytetään D:tä ja E:tä glutamaatin ja aspartaatin lyhenteinä). Asparagiini (aspartaatin amidijohdannainen) on sivuketjun typestään (hapen tilalla) huolimatta neutraali (kuten glutamiinikin), joten lyhenteen N voi muistaa Neutraalista. Lysiini K (Lycine) on monimutkaisempi kuin edellä nimetyt N ja E, joten L (leusiini), Y (tyrosiini), C (kysteiini), I (isoleusiini), N ja E (asparagiini ja glutamaatti) on jo käytetty; K on aakkosissa lähinnä L:ää oleva käyttämätön kirjain (K on ennen L:ää -- M taas on pienempikokoisen metioniinin tunnus). Tryptofaani on monimutkaisin aminohapoista, ja sen sivuketjun fenyylirenkaan ja viisirenkaan toisen puolen hiiliketju muodostaa W:n muotoisen kuvion, joten se saa aakkosten häntäpään kirjaimen W lyhenteekseen.