X-Men 2
Juoni

Alkukohtauksessa mutantti tunkeutuu Valkoiseen taloon ja yrittää murhata Yhdysvaltain presidentin McKennan. Hän kuitenkin epäonnistuu jouduttuaan presidentin henkivartijan ampumaksi, mutta selviytyy hengissä ja katoaa. Presidentti joutuu myöntämään mutantteja vihaavalle eversti William Strykerille valtuudet vangita ja kuulustella mutantteja. Senaattori Kellyksi ja myöhemmin Strykerin avustajaksi Yurikoksi naamioitunut Mystikko tunkeutuu eversti Strykerin tietokoneelle saadakseen Magneton vankilan pohjapiirrokset, ja saakin lisäksi selville Strykerin salaisen tukikohdan sijainnin.
Wolverine saapuu Alkali-järvelle toivoen saavansa selville menneisyytensä tapahtumia. Hän ei kuitenkaan löydä muuta kuin vanhan teollisuuslaitoksen jäätyneet rauniot sekä yksinäisen padon.
Toisaalla Charles Xavierin mutanttiopiston opettajat ja oppilaat vierailevat museossa. Jean Grey kertoo Kykloopille, että hänen telepaattiset kykynsä eivät toimi toivotulla tavalla. Hän myös sanoo, että hän aistii jotakin pahaa tapahtuvan lähitulevaisuudessa. Samaan aikaan Jäämies, Rogue ja Pyro joutuvat sanaharkkaan kahden nuoren miehen kanssa. Pyro sytyttää toisen miehen vaatteet palamaan, mutta Jäämies sammuttaa liekit. Yhtäkkiä kaikki ihmiset museossa jähmettyvät paikoilleen kuin aika olisi pysähtynyt. Ainoastaan mutantit kykenevät liikkumaan. Xavier ilmestyy ja nuhtelee Pyroa. Hän toteaa, että on aika lähteä, ja kun tavalliset ihmiset kykenevät jälleen liikkumaan, mutantit ovat poissa.
Wolverine palaa mutanttikouluun ja päätyy vahtimaan mutanttilapsia. Cerebro-supertietokonetta käyttäen Xavier paikantaa presidentin henkeä uhanneen mutantin, ja lähettää Jeanin ja Stormin hakemaan tämän. Sitten Xavier lähtee Kykloopin kanssa tapaamaan muovivankilassaan vankina olevaa Magnetoa saadakseen selville, onko tällä osuutta presidentin murhayritykseen.
Jean ja Storm saapuvat Bostonissa sijaitsevaan hylättyyn kirkkoon, jossa presidentin henkeä uhannut mutantti piileskelee. He nappaavat mutantin, joka kertoo olevansa Painajainen, oikealta nimeltään Kurt Wagner. Painajainen kertoo, ettei hän muista mitään presidentin murhayrityksestä, ja että hän ei halunnut tappaa presidenttiä vapaasta tahdostaan.
Xavier ja Kyklooppi saapuvat Magneton vankilaan. Magneto kertoo Xavierille, että William Stryker on useasti kuulustellut häntä. He keskustelevat Strykerin pojasta Jasonista, joka on aikoinaan ollut Xavierin oppilas. Pian Magneto kuitenkin paljastaa, että Stryker on manipuloinut häntä paljastamaan Xavierin mutanttikoulun sijainnin. Xavier kauhistuu ja yrittää paeta, mutta hän ja Kyklooppi joutuvat Strykerin vangeiksi.
Wolverine näkee painajaisia, ja herättyään hän suuntaa koulun keittiöön. Hän keskustelee Jäämiehen kanssa, mutta yhtäkkiä eversti Strykerin joukot hyökkäävät kouluun. Useimmat oppilaat onnistuvat pakenemaan Kolossin saattamina, mutta muutamat joutuvat sotilaiden vangeiksi. Wolverine, Jäämies, Rogue ja Pyro pakenevat, mutta Wolverine kohtaa Strykerin. Stryker väittää tuntevansa Wolverinen ja tietävänsä asioita tämän menneisyydestä. Wolverine haluaisi tietää enemmän, mutta Jäämies luo heidän väliinsä paksun jääseinämän. Rogue suostuttelee Wolverinen pakenemaan ystäviensä kanssa.
Paettuaan sotilaiden miehittämästä mutanttiopistosta nelikko lähtee Bostoniin, missä Jäämiehen vanhemmat ja veli asuvat. Kotona Jäämies paljastaa vanhemmilleen, että hän on mutantti. Vanhemmat järkyttävät suuresti, ja Jäämiehen veli soittaa paikalle poliisin väittäen olevansa perheineen panttivankina. Poliisit saapuvat paikalle, ja eräs poliiseista erehtyy luulemaan Wolverinen kynsiä veitsiksi. Poliisi ampuu Wolverinea päähän, ja raivostunut Pyro luo sytyttimensä avulla tulipalloja, joilla hän tuhoaa poliisiautot. Rogue tarttuu kiinni Pyron nilkasta, jolloin hän imee tämän mutanttivoimat ja käyttää niitä liekkien sammuttamiseen. Jeanin ja Stormin ohjaamana Ryhmä-X;n suihkukone Mustalintu laskeutuu ja ottaa  mutanttinelikon mukaansa.
Lennon aikana suihkukone joutuu kahden hävittäjän jahtaamaksi. Storm ja Jean yrittävät vältellä hävittäjien ohjuksia, mutta viimein yksi niistä osuu. Juuri kun Mustalintu on syöksymässä maahan siihen tullut reikä korjaantuu ja sen vauhti pysähtyy. Maassa heidän edessään seisovat Magneto ja hänet vankilasta vapauttanut Mystikko.
He pitävät neuvonpitoa, ja Magneto kertoo Strykerin kaavailevan kaikkien mutanttien tappamista cerebroa ja Xavierin mutanttikykyjä käyttäen. He lähtevät Alkalijärvelle, jossa Strykerin tukikohta on. Mystikko soluttautuu tukikohtaan ja auttaa kaikki sisälle lukuun ottamatta Rogueta, Jäämiestä ja Pyroa, jotka jäävät odottamaan Mustalintuun. Valvomon kamerasta Storm näkee vankina olevat mutanttilapset, jotka on lukittu selliin, ja lähtee Painajaisen kanssa vapauttamaan heitä. Jean, Mystikko ja Magneto lähtevät cerebron luo estääkseen Strykerin suunnitelmat. Wolverine lähtee etsimään Strykeriä aikomuksenaan ottaa selville tämän roolin menneisyydessään.
Jean joutuu jättämään Magneton ja Mystikon yksin, sillä huumattu Kyklooppi hyökkää heidän kimppuunsa. Jean puolustautuu Kykloopin säteitä vastaan ja tapahtuu räjähdys, joka aiheuttaa murtumia tukikohdan yllä olevaan patoon. Kyklooppi tointuu huumauksestaan ja lähtee Jeanin kanssa Magneton ja Mystikon perään.
Stryker huomaa pisaroita laseillaan ja katsoessaan vedenpainemittareita huomaa, että pato on murtumaisillaan. Hän lähtee avustajansa Yurikon, toiselta nimeltään Lady Kuolemaniskun kanssa paetakseen tukikohdasta.
Samaan aikaa Wolverine saapuu huoneeseen, josta hänellä on vähemmän miellyttäviä muistoja. Samassa Stryker ja Lady Kuolemanisku saapuvat huoneen ovelle. Stryker toteaa luulleensa Wolverinen olleen ainutlaatuinen, mutta olleensa väärässä. Kun Stryker kääntyy paetakseen Wolverine lähtee raivoissaan hänen peräänsä, mutta Lady Kuolemanisaku lyö hänet maahan. Seuraa taistelu, jossa Wolverine huomaa myös Lady Kuolemaniskulla olevan regeneraatio -kyvyn ja adamantium -metallilla päällystetyt kynnet. Tasaväkisen kamppailun päätteeksi Wolverine lyö Lady Kuolemaniskun pumppaamalla tämän täyteen nopeasti kovettuvaa adamantiumia.
Magneto ja Mystikko saapuvat Cerebron luo, jossa Xavier on Strykerin pojan Jasonin mielenhallinnan vankina. Yhtäkkiä kaikkia mutantteja alkaa sattua, paitsi Magnetoa, joka estää Xavierin telepatian kypärällään. Hän menee voimiensa avulla sisälle ja katkaisee Xavierin Cerebrosta. Sitten hän kääntää Cerebron siten , ettei se enää keskity mutantteihin vaan ihmisiin. Mystikko naamioituu Strykeriksi ja antaa Jasonille uudet ohjeet. Niinpä Xavier alkaa etsiä ihmisiä, jotta he kuolisivat.
Stryker yrittää paeta helikopterillaan, mutta Wolverine estää sen ja alkaa udella tietoja häneltä. Mutta pato murtuu yhä enemmän ja Wolverine lähtee auttamaan muita. Stryker yrittää vielä pakoon, mutta Cerebro alkaa vaikuttaa häneen eikä hän voi liikkua enää. Magneto ja Mystikko tulevat paikalle ja ripustavat hänet ketjusta kiinni muuriin ja ottavat helikopterin ja samalla Pyron, joka kyllästyi odotteluun ja X-meneihin.
Kun kaikki padolla olevat mutantit pääsevät Cerebron luo, Storm ja Painajainen siirtyvät Cerebron sisälle. Siellä he kohtaavat pikkutytön, joka on Jasonin luoma illuusio. Storm alkaa tehdä pakkasta Cerebroon ja lopulta Jason menettää hallintansa Xavierista. Painajainen vie Stormin ja Xavierin pois ennen kuin Cerebron katto romahtaa heidän päälleen. Sitten he yrittävät paeta patoaukon kautta, mutta Wolverine sulkee sen ennen kuin vesi tulvii sisään. Wolverine johdattaa heidät ulos. Wolverine löytää Magneton kahliman Strykerin ja hyvästelee hänet ilolla. Kaikki näyttävät olevan loukussa, mutta Rogue ja Jäämies saavat tuotua Mustalinnun paikalle. Kaikki kapuavat koneeseen, mutta yhtäkkiä kaikki virta katkeaa koneesta ja pato murtuu. Jean menee ulos yrittäen saada koneen ilmaan ja pidätellä samalla hyökyaaltoa. Kun Kyklooppi huomaa Jeanin olevan ulkona, hän murtuu ja yrittää saada hänet tulemaan takaisin, mutta Jean estää sen ja Painajaisen teleportaation. Hän antaa viimeiset sanansa Xavierin kautta telepaattisesti. Kone nousee ilmaan ja Jean jää vesimassojen alle. Sekä Wolverine että Kyklooppi murtuvat Jeanista.
Mutantit menevät Valkoiseen taloon, jossa presidentti pitää televisiossa puhetta päivän tapahtumista. He tulevat Stormin aiheuttaman myrskyn ja Xavierin voimien avulla paikalle huomaamatta. He antavat presidentille kansion, jossa on kaikki tieto Strykerin suunnitelmasta ja kertovat että maailmassa on sekä ihmisiä ja mutantteja, jotka uskovat ihmiskunnan ja mutanttien väliseen sotaan, ja että Stryker yritti jo tehdä sen. Presidentti on alkuun epäluuloinen, mutta vakuuttuu.
Lopussa Xavier, Kyklooppi ja Wolverine keskustelevat Jeanin kuolemasta. Samalla koulusta paenneet mutantit palaavat ja kaikki on taas hyvin. Ihan lopuksi Jean puhuu ensimmäisen X-men -elokuvan alkusanat ja näytetään Alkalijärvestä heijastuva kuvajainen, joka on Feeniks.