Persona 5
Juoni

Lainsuojattomien ryhmä nimeltä Sydänten haamuvarkaat (Phantom Thieves of Hearts), joiden johtaja protagonisti (jolle pelaaja voi itse antaa nimen) on, joutuu poliisien piirittämäksi. Protagonisti pidätetään ja viedään kuulusteluhuoneeseen. Yleinen syyttäjä Sae Niijima saapuu kuulustelemaan häntä ja protagonisti kertoo hänelle kaikki tähän johtaneet tapahtumat.
Protagonisti oli puolustanut erästä naista, jota eräs vaikutusvaltainen mies ahdisteli. Menetettyään tasapainonsa ja satutettuaan itsensä mies nosti protagonistia vastaan tekaistun pahoinpitelysyytteen, jolloin tämä saa merkinnän rikosrekisteriin ja erotetaan koulustaan. Protagonisti joutuu vuodeksi tarkkailuun ja muuttaa huhtikuussa Tokioon, missä hänen tarkkailijakseen suostunut mies nimeltä Sojiro Sakura majoittaa hänet currykahvilansa Leblancin ullakolle. Yöllä protagonisti siirtyy nukkuessaan Samettihuoneeseen, todellisuuden ja unen väliseen tilaan, missä hän tapaa huoneen haltijan, Igorin, ja tämän assistentit, Carolinen ja Justinen. Igorin mukaan protagonistin on muututtava paremmaksi ihmiseksi, jotta häntä ei odottaisi synkkä tulevaisuus, ja lähettää tälle yliluonnollisen mobiilisovelluksen, "metaversumi-navigaattorin" (Metaverse Navigator). Aloitettuaan toisen lukiovuotensa Shujinin akatemiassa, protagonisti tapaa ongelmanuori Ryuji Sakamoton ja eksyy tämän kanssa metaversumiin ja siellä sijaitsevaan vanhaa linnaa muistuttavaan "palatsiin", jota hallitsee koulun manipuloivan liikunnanopettaja Suguru Kamoshidan varjominä. Protagonisti herättää persoonansa, Arsenen, ja vapauttaa tyrmistä kissamaisen olennon nimeltä Morgana. Morgana suostuttelee protagonistin, Ryujin sekä Ann Takamakin varastamaan Kamoshidan palatsin "aarteen", joka on hänen käytöksensä tunteellinen juurtuma ja ottaa fyysisen muodon vain, jos uhrille jättää oikeassa maailmassa käyntikortin. Kun aarre on varastettu, palatsi romahtaa ja oikea Kamoshida alkaa katua tekojaan, tunnustaen ne koko koululle. Juhlistaessaan voittoaan erään hotellin ravintolassa, paikan epäystävällinen henkilö- ja asiakaskunta sekä lyhyt kohtaaminen poliitikko Masayoshi Shidon kanssa inspiroivat heitä jatkamaan toimintaansa varastaakseen korruption aikuisten sydämistä ja muuttaakseen kaupungin paremmaksi paikaksi.
Heidän saadessaan uusia kohteita heihin liittyy myös uusia jäseniä ja he saavat paljon huomiota sekä kansan että poliisin keskuudessa. Taideopiskelija Yusuke Kitagawa liittyy ryhmään, kun kohteena on hänen opettajansa Ichiryusai Madarame, joka julkaisee oppilaidensa teoksia omissa nimissään. Shujinin oppilaskunnan puheenjohtaja ja Saen pikkusisko Makoto Niijima liittyy ryhmään taivuteltuaan nämä ottamaan kohteeksi mafiajohtaja Junya Kaneshiron, joka kiristi opiskelijoilta rahaa. Antisosiaalinen tietotekniikkanero ja Sojiron adoptiotytär Futaba Sakura liittyy ryhmään pyydettyään heitä auttamaan häntä pääsemään yli äitinsä Wakaba Isshikin kuoleman aiheuttamasta masennuksesta vastineeksi Medjed-hakkeriryhmän pysäyttämisestä. Rikkaasta perheestä tuleva Haru Okumura liittyy ryhmään tämän ottaessa kohteekseen hänen isänsä, Kunikazu Okumuran, joka aikoo käyttää tytärtään saadakseen lisää valtaa itselleen ja yhtiölleen. Haamuvarkaat saavat myös tietää, että on olemassa salaliitto, joka on käyttänyt metaversumia omiin tarkoituksiinsa aiheuttamalla "psykoottisiksi romahduksiksi" ja "henkisiksi sammumisiksi" kutsuttuja tapauksia viimeisen kahden vuoden aikana. Okumura aikoo muututtuaan paremmaksi ihmiseksi paljastaa salaliiton johtajan nimen, mutta salaliittoon kuuluva mustanaamioinen salamurhaaja tappaa hänet "henkisellä sammumisella" ja ihmiset alkavat pitää Haamuvarkaita rikollisina. Haamuvarkaiden yrittäessä selvittää salamurhaajan henkilöllisyyden lukiolaisikäinen etsivä Goro Akechi liittyy heihin ja ehdottaa seuraavaksi kohteeksi Saeta, joka kateellisena ja pessimistisenä halusi napata Haamuvarkaat vain edetäkseen urallaan. Akechi kuitenkin paljastuu salaliiton jäseneksi ja järjestää protagonistin pidätyksen. Saen kuulustellessa häntä protagonisti yrittää suostutella Saen puolelleen välttyäkseen Akechin salamurhayritykseltä. Mikäli protagonisti onnistuu tässä, hän käyttää Saen palatsia luodakseen illuusion siitä, että Akechi olisi onnistunut salamurhayrityksessään.
Piileskelevä protagonisti päättelee yhdessä ystäviensä sekä Saen ja Sojiron kanssa Shidon olevan salaliiton johtaja, joka oli käyttänyt salamurhaajana toiminutta Akechia hyväkseen varmistaakseen etulöyntiasemansa Japanin pääministerinvaaleissa ja tuhotakseen kaikki tielleen asettuvat. Protagonisti myös tunnistaa Shidon samaksi mieheksi, jonka takia oli saanut merkinnän rikosrekisteriin. Shidon palatsissa Haamuvarkaat kohtaavat Akechin, joka paljastaa olevansa Shidon avioton poika ja aikovansa tuhota isänsä heti, kun tämä voittaa vaalit, kostona onnettomasta lapsuudestaan. Hävittyään Akechi kohtaa itseään esittävän kognition, joka kertoo Shidon näkevän hänet pelkkänä "nukkena", ja uhraa itsensä päästääkseen Haamuvarkaat Varjo-Shidon luokse. Haamuvarkaiden onnistuttua Shidon muuttamisessa tämä tunnustaa vaalipäivänä rikoksensa suorassa lähetyksessä, ja Saen tehtäväksi jää varmistaa, että häntä vastaan saadaan nostettua syyte. Monet kansalaisista eivät kuitenkaan suostu uskomaan Shidoa pahaksi ihmiseksi, ja Shidon alaiset yrittävät manipuloida mediaa väittämään Haamuvarkaita valehtelijoiksi. Ymmärrettyään, että heidän on muutettava koko yhteiskunta, Haamuvarkaat päättävät jouluaattona selvittää tiensä Mementosin, kaikkien ihmisten yhteisen palatsin, ytimeen, jonka aarteen vieminen tuhoaisi koko metaversumin. Siellä he kohtaavat aiempien kohteidensa sekä kansalaisten varjominät lukittuna vankiselleihin vapaasta tahdostaan, koska he olivat luopuneet halustaan päättää itse omasta elämästään. Mementosin aarteeksi paljastuu valtava mekaanisen maljan näköinen olento nimeltä Pyhä Graali (Holy Grail), joka karkottaa Haamuvarkaat takaisin oikeaan maailmaan ja alkaa yhdistää oikean maailman ja metaversumin toisiinsa.
Protagonisti päätyy Samettihuoneeseen, jossa Igorin käskyjä vastustavat Caroline ja Justine yhdistyvät persoonien yhdistämiseen käytettävän giljotiinin avulla todelliseen hahmoonsa nimeltä Lavenza. Lavenza paljastaa, että "Igor" oli huijari, joka puolestaan paljastaa itsensä ja Pyhän Graalin olevan yksi ja sama olento. Hän oli myös valinnut protagonistin ja Akechin osaksi koetta, jonka kautta hän selvittäisi pystyisivätkö ihmiset muuttumaan vai täytyikö yhteiskunta tuhota ja rakentaa uudelleen. Oikea Igor, joka uskoi ihmisiin ja jonka huijari oli vanginnut, oli luonut Morganan värväämään Haamuvarkaat pysäyttämään huijarin. Pyhä Graali pyytää protagonistia ryhtymään liittolaiseksi: jos hän suostuu, hän saa käyttää metaversumia miten haluaa, mutta menettäen samalla ystäviensä ja ihmiskunnan vapauden. Jos hän kieltäytyy, hän vapauttaa muut Haamuvarkaat ja he lähtevät kohtaamaan Pyhän Graalin. Taistelun aikana Pyhä Graali muuttuu valtavaksi mekaaniseksi enkeliksi ja paljastaa oikean nimensä olevan Jaldabaoth (Yaldabaoth), joka oli korkeamman auktoriteetin opastusta kaipaavien ihmisten toiveiden ruumiillistuma. Taistelu näyttää toivottomalta, kunnes Haamuvarkaiden liittolaiset saavat ihmiskunnan tukemaan heitä, jolloin Jaldabaoth menettää ihmiskunnan hallinnan ja Arsene muuttuu protagonistin äärimmäiseksi persoonaksi, Satanaeliksi, joka ampuu Jaldabaothin ja aiheuttaa metaversumin katoamisen. Protagonisti joutuu kuitenkin ilmiantamaan itsensä poliisille Haamuvarkaiden johtajana todistaakseen Shidoa vastaan. Mutta hänen liittolaisensa saavat taivuteltua Shidon ahdisteleman naisen myöntämään aiemmin nostetun pahoinpitelysyytteen perättömäksi, jolloin protagonisti pääsee vapaaksi. Maaliskuussa toiset Haamuvarkaat ajavat hänet autolla takaisin kotikaupunkiinsa.