Woldemar von Daehn
Ministerivaltiosihteerinä

Ehrnroothin erottua von Daehnista tuli ministerivaltiosihteeri huhtikuussa 1891. Hieman myöhemmin lakkautettiin Suomen asiain komitea, minkä huhuttiin tapahtuneen von Daehnin aloitteesta. Hän ei todellisuudessa ollut aloitteentekijä, mutta piti lakkauttamista välttämättömänä eikä esittänyt siitä vastalausetta. Samana vuonna annettu uusi esittelyjärjestys lisäsi Venäjän ministerien mahdollisuuksia puuttua Suomen asioihin, mutta von Daehn sai sen lievennettyä muotoon, joka jätti ministerivaltiosihteerille oikeuden päättää, mitkä asiat vaativat muiden ministerien lausuntoa. Myös kiista Suomen rikoslain vahvistamisesta saatiin soviteltua loukkaamatta Suomen perustuslakeja, sillä von Daehnin vaatimuksesta Aleksanteri III ei tehnyt yksipuolisia muutoksia säätyvaltiopäivien päätöksiin vaan antoi rikoslaista kahdesti uuden esityksen, kunnes valtiopäivät hyväksyivät sen muuttamattomana. Von Daehn toisaalta painosti useasti säätyjä hyväksymään Pietarista annettuja lakiesityksiä uusien kriisien välttämiseksi.
Von Daehn yritti saada aikaan kompromissin Suomen ja Venäjän suhteita koskeneissa kiistoissa. Hän pyrki poistamaan Venäjän kansalaisten oikeuksia Suomessa koskevia rajoituksia, koska ne ärsyttivät Venäjän yleistä mielipidettä. Von Daehn oli jäsenenä vuosien 1892–1893 Bungen komiteassa, jossa hän vastusti venäläisen enemmistön esitystä yleisvaltakunnallisesta lainsäädäntöjärjestyksestä. Hän kuitenkin myös arvosteli oppia Suomen suuriruhtinaskunnasta valtiona, piti Mechelinin unioniteoriaa haitallisena radikalismina ja katsoi Ruotsin vallan aikaisten perustuslakien olevan vain osittain voimassa Suomessa. Von Daehnin näkemys Suomen oikeusasemasta oli lähellä professori Robert Hermansonin tulkintaa.
Von Daehnin aikana ministerivaltiosihteerin vaikutusvalta palautui lyhytaikaisesti lähes samalle tasolle kuin Alexander Armfeltin ja Emil Stjernvall-Walleenin aikana. Von Daehn pyrki luomaan henkilökohtaisen luottamussuhteen keisariin, ja Aleksanteri III:n eläessä hän osin onnistuikin siinä. Von Daehn oli venäläistä Vjatšeslav von Plehweä lukuun ottamatta viimeinen Suomen ministerivaltiosihteeri, joka oli tarpeeksi vaikutusvaltainen vastustamaan Venäjän ministereitä. Suomen kenraalikuvernööri Fjodor Heidenin ja Venäjän opetusministeri Ivan Deljanovin vaatiessa Suomen venäjänkielisten keski- ja alkeiskoulujen asettamista Venäjän opetusministeriön alaisuuteen von Daehn sai taivuteltua keisarin vastustamaan esitystä. Historiantutkija Osmo Jussilan mukaan von Daehn käyttäytyi kuin olisi ollut kenraalikuvernöörin yläpuolella oleva Suomen käskynhaltija, mihin saattoi vaikuttaa hänen pitkä palveluksensa Kaukasiassa. Hän myös teki omavaltaisia muutoksia senaatin ja säätyjen esityksiin keisarille.
Von Daehn onnistui vuonna 1894 hankkimaan uudelta hallitsijalta Nikolai II:lta kaavanmukaisen Suomen hallitsijanvakuutuksen pyytämällä audienssia jo Aleksanteri III:n kuolinpäivänä ja rientämällä keisarin luo Livadijaan Krimille ennen kuin kukaan muu ehtisi vaikuttaa tämän kantaan. Hallitsijanvakuutuksen hankkimista pidettiin Suomessa suoranaisena urotekona, ja von Daehnin maine parani huomattavasti. Hänen suhteensa Nikolai II:een ei kuitenkaan ollut yhtä vahva kuin Aleksanteri III:een, joten hänen mahdollisuutensa jarruttaa Suomeen kohdistuvia uhkia heikkenivät. Von Daehn kuitenkin päihitti vielä kenraalikuvernööri Heidenin järjestämällä vuonna 1896 keisarilta asetuksen, jolla senaatille siirrettiin aiemmin keisarille kuulunutta päätösvaltaa eräissä nimityskysymyksissä. Seuraavana vuonna von Daehn sai keisarin hyväksymään rautatieyhteyden rakentamisen Tornioon, vaikka Venäjän sotaministeri Pjotr Vannovski piti Ruotsin rajalle ulottuvaa rautatietä turvallisuusuhkana.
Von Daehnilla oli hyvät suhteet Venäjän valtiovarainministeri Ivan Vyšnegradskiin ja tämän seuraajaan Sergei Witteen. Suomessa hänen tärkeitä yhteistyökumppaneitaan olivat fennomaanisenaattorit Y. S. Yrjö-Koskinen ja K. F. Ignatius, minkä lisäksi hän käytti neuvonantajinaan entistä prokuraattoria Robert Montgomerya ja Mecheliniäkin.
Von Daehn toimi ministerivaltiosihteerin viran ohessa Helsingin yliopiston virkaa tekevänä kanslerina. Hänen aloitteestaan Suomen korkein maatalousopetus siirrettiin yliopistoon vuonna 1896. Yliopiston maatalous-taloudellisesta osastosta tuli myöhemmin nykyinen maatalous-metsätieteellinen tiedekunta. Von Daehn uskoi maatalouden kehittämisen edistävän Suomen talouskasvua ja siten lisäävän maan vapautta. Professorien nimitysoikeus siirrettiin vuosina 1896 ja 1898 keisarilta kanslerille.
Aavistaessaan Suomen tilanteen pian hankaloituvan von Daehn jätti vuosina 1897–1898 useita eronpyyntöjä, joihin Nikolai II lopulta yllättäen suostui 11. kesäkuuta 1898. Keisarin päätökseen lienee vaikuttanut Suomen erillisen sotaväen lakkauttamista valmistellut sotaministeri Aleksei Kuropatkin, joka halusi vaikutusvaltaisen von Daehnin pois tieltä. Ministerivaltiosihteerin virkaa jäi hoitamaan von Daehnin kokemattomampi apulainen Victor Napoleon Procopé, josta ei ollut vastusta Kuropatkinille. Von Daehn vapautettiin viikkoa myöhemmin myös armeijasta jalkaväenkenraaliksi ylennettynä. Vain kaksi kuukautta myöhemmin Nikolai Bobrikov nimitettiin Suomen kenraalikuvernööriksi.