A. I. Virtanen
Ura > Sota-aika

Majuri Eero Kuittinen kehitti syksyllä 1939, hieman ennen talvisodan syttymistä, kahdella sytytystikulla varustetun polttopullon. Virtanen esitteli omien sanojensa mukaan marraskuun alussa puolustusministeriön asesuunnittelupäällikkö Vilho Nenoselle parannetun version polttopullosta. Nenonen hylkäsi ehdotuksen ja kommentoi, ettei sotaa ole tulossa. Virtanen muisteli myöhemmin useita kertoja tyytyväisenä osuuttaan ”Molotovin cocktailin” kehittämisessä. Alkon Rajamäen tehtaalla valmistettiin talvisodan alussa 40 000 pulloa. Niistä neljännes oli Virtasen ehdottamaa niin sanottua A-mallia.
Kemiantutkimus-säätiön toiminta keskeytyi 10. lokakuuta 1939, kun asevelvolliset kutsuttiin ylimääräisiin kertausharjoituksiin. Valion laboratorio jatkoi toimintaansa, sillä se oli meijerien kannalta välttämätöntä. Talvisota syttyi 30. marraskuuta 1939, ja jo samana päivänä Valion laboratoriota alettiin siirtää Jokioisiin maitotalousopiston tiloihin. Virtanen, hänen assistenttinsa ja tärkeimmät laitteensa lähtivät illalla kaupungista. Viimeisenä työnään ennen lähtöä hän postitti Nature-lehdelle artikkelin juurinystyröiden toiminnasta.
Virtanen pyrki oma-aloitteisesti auttamaan sotaponnisteluissa ja kehitti Jokioisissa muun muassa kaasunaamareita siviiliväestön suojaksi. Hän oli myös huolissaan armeijan räjähteiden riittävyydestä ja suunnitteli nitroglyserolin valmistamiseen tarvittavan glyserolin tuottamista sulfiittispriitehtaissa. Virtasen räjähdyskokeet keskeytyivät kuitenkin sotatilanteen muuttumiseen.
Valion laboratorio palasi välirauhan aikana takaisin Helsinkiin, mutta kolme sen tutkijoista oli kaatunut sodan aikana. Rockefeller-säätiön myöntämän avun turvin säätiö pystyi jatkamaan tutkimuksia aminohappojen siirtymisestä ja hivenaineiden merkityksestä kasveissa. Suomen vaikea elintarviketilanne kuitenkin käänsi Virtasen huomion rehujen ja elintarvikkeiden säilöntään sekä korvikkeiden kehittämiseen.
Virtanen teki kesällä 1940 esityksen kansanhuoltoministeriölle lisäravinnon valmistamiseksi puusta. Hän ehdotti, että sulfiittiselluloosatehtaat lisäisivät hiivantuotantoa jäteliemistään ja kasvattaisivat Saccharomyces-lajien sijaan Candida utilis -hiivaa. Jos valkuaista olisi tarpeeksi, ruokintaa voitaisiin tasapainottaa selluloosalla. Virtasen ja Osmo Turpeisen tekemä monivuotinen ravintotutkimus ilmestyi 1940. Virtanen esitti kansanhuoltoministeriölle ehdotuksia ravinnon laadun ja vitamiinien saamiseksi, sillä tutkimuksen mukaan korttiannoksista saatava ravintomäärä oli riittämätön.
Valtioneuvostossa pidettiin Virtasen ehdotuksesta, ja hänet asetettiin puheenjohtajaksi komiteaan, jonka tarkoituksena oli selvittää rehuhiivan valmistus- ja käyttömahdollisuuksia. Virtanen teki ensimmäiset isot rehuhiivakokeensa Rosenlewin Porin hiivatehtaassa. Syksyllä 1940 rehutilanne oli heikentynyt entisestään, ja rehusellun tuotantoa oli kiirehdittävä. Tuotanto alkoikin hiljalleen.
Jatkosodan syttyessä Kemiantutkimus-Säätiötä ei evakuoitu, mutta sen toimintamahdollisuudet heikkenivät, kun Rockefeller-säätiö veti tukensa pois. Jatkosodan aikana Virtasen keskeisin huolenaihe oli elintarvikkeiden riittävyys, ja hän keskittyi siksi rehujen ja elintarvikkeiden säilöntään ja korviketuotteisiin. Hän teki useita ehdotuksia kansanhuoltoministeriölle ravinnon parantamiseksi ja puhui joulukuussa 1941 jopa presidentti Risto Rytille. Virtanen aloitti nälkätalvena 1941–1942 valmistautumisen katovuoteen ja kokeili heinäpitoisen jauhon kehittämistä. Kokeita jatkettiin vuonna 1942, mutta heinäjauhoa ei kuitenkaan alettu valmistaa, kun viljantuonti Saksasta saatiin sujumaan.
Valtioneuvosto asetti 1942 uuden komitean edistämään sota-ajan kemianteollisuutta. Virtanen kutsuttiin komiteaan ja sai paikan biokemiallisesta ja yleiskemiallisesta jaostosta.