Blonde on Blonde
Nauhoitus > New York

Kenties juuri näiden esiintymisten seurauksena Dylan päätti ottaa The Hawks -yhtyeen mukaansa studioon. Lokakuun viidentenä ja kuudentena päivänä Columbia Recordsin Studio A:ssa New Yorkissa pidettyjen nauhoitussesioiden tuottajana toimi Bob Johnston. Nauhoitukset keskittyivät kahteen kappaleeseen: ”I Wanna Be Your Lover” ja ”Can You Please Crawl Out Your Window?” Kappaleista ensin mainittu hyllytettiin ja julkaistiin vasta vuonna 1985 Dylanin Biograph-albumilla, kun taas jälkimmäinen oli uusi sovitus jo Highway 61 Revisited -albumin nauhoituksissa nauhoitetusta, mutta levyn ulkopuolelle jätetystä kappaleesta. Tämä uusi versio julkaistiin ainoastaan singlenä ja se saavutti sijan 58 singlelistoilla.
Samalla, kun Dylan tuli yhä luottavaisemmaksi The Hawksin suhteen, hänen uuden tyylinsä vastustajat muuttuivat entistä vihamielisemmiksi. Lokakuussa pidettiin monia konsertteja ja ne houkuttelivat paikalle myös häiriköitä, jotka huutelivat yleisöstä sellaisia kommentteja kuin ”Mene takaisin Englantiin!” ja ”Hankkiudu eroon bändistä!”[lähde? ] Lopulta rumpali Levon Helm sai tarpeekseen ja lähti yhtyeestä, ilmoittaen yleisön vihamielisyyden pääsyyksi. Hänen tilalleen palkattiin rumpali Bobby Gregg, joka oli alun perinkin ollut Dylanin ensimmäinen ehdokas tähän tehtävään.
Dylan arveli, että vaikka Helm olikin lähtenyt, hänellä oli edelleen hyvä yhtye kasassa seuraavan albumin nauhoituksiin. Marraskuun 30. päivänä Dylan, The Hawks ja Bobby Gregg  menivät studioon nauhoittaakseen Dylanin uusimman sävellyksen, nimeltään ”Freeze Out”. Kappaleen nimi muutettiin myöhemmin ja se tunnetaan nykyään nimellä ”Visions of Johanna”. Vaikka Dylanilla oli apunaan sellaisia muusikoita kuin kitaristi Bruce Langhorne, kosketinsoittaja Paul Griffin ja Al Kooper, hän ei onnistunut nauhoittamaan tyydyttävää versiota tästä lähes kymmenminuuttisesta kappaleesta.
Dylan palasi takaisin studioon seuraavan kerran vasta vuoden vaihduttua, 21. tammikuuta, 1966. The Hawks (jonka rumpalina toimi tällä kertaa Sandy Konikoff) ja Dylan eivät kuitenkaan onnistuneet nauhoittamaan "She's Your Lover Now" -kappaleesta ainuttakaan kokonaista versiota. Yksi otto tästä sessiosta julkaistaisiin myöhemmin Dylanin The Bootleg Series Volumes 1–3 (Rare & Unreleased) 1961–1991 -albumilla.
Koska kahden varteenotettavan kappaleen nauhoitukset olivat epäonnistuneet, Dylan alkoi epäillä The Hawks -yhtyeen sopivuutta uudelle albumille. Hän järjesti 25. tammikuuta uuden nauhoitussession; tällä kertaa häntä säestivät rumpali Bobby Gregg, basisti William E. Lee, pianisti Paul Griffin ja Al Kooper, joka soitti urkuja. Myös Robbie Robertson soitti näissä nauhoituksissa ja paikalla saattoi olla myös The Hawks -yhtyeen jäseniä, joskin se on epävarmaa. Sinä päivänä nauhoitettiin kaksi kappaletta: ”Leopard-Skin Pill-Box Hat” ja ”One of Us Must Know (Sooner or Later)”, joista jälkimmäinen onnistui hyvin ja se otettiin myöhemmin mukaan albumille.
Kaksi päivää myöhemmin pidetyissä nauhoituksissa läsnä olivat Dylanin lisäksi kitaristi Robbie Robertson, basisti Rick Danko, Al Kooper, ja rumpali Bobby Gregg. Nauhoitukset keskittyivät samoihin kappaleisiin kuin edelliselläkin kerralla. Dylan ei ollut tyytyväinen ”Leopard-Skin Pill-Box Hat” -kappaleen ottoihin ja ”One of Us Must Know” oli mennyt paremmin edellisissä nauhoituksissa. Samana päivänä nauhoitettiin myös ”I’ll Keep It With Mine” -kappale, mutta kyseinen otos julkaistiin vasta vuonna 1991 The Bootleg Series Volumes 1–3 (Rare & Unreleased) 1961–1991 -albumilla.
Nauhoitusten hidas edistyminen ja uusien kappaleiden niukkuus saivat turhautuneen Dylanin peruuttamaan kolme suunniteltua nauhoitussessiota.