Fredrik II (keisari)
Keisari > Paavin ja keisarin kamppailun loppuvaiheet

Fredrik reagoi ekskommunikaatioon jättämällä kaikki paavin Sisiliaa koskevat vaatimukset huomioimatta. Hän kokosi suuren armeijan ja antoi organisoida hallinnon perusteellisesti uudestaan sekä siviili- että sotilashallinnon osalta. Keisari sulki rajat ja karkotti paavia lähellä olevat kerjäläisveljestöt maasta. Kotimaista papistoa kiellettiin noudattamasta interdiktiä. Lisäksi Fredrik päätti itse piispanistuimien täyttämisestä. Myös keisarille kuuluvat alueet Manner-Italiassa organisoitiin Sisilian mallin mukaisesti jakamalla ne kymmeneen kenraalivikariaattiin. Avioton poika, Sisilian hallitsija Enzio nimitettiin käskynhaltijaksi. Hallinnosta vastasivat ensi sijassa eteläitalialaiset virkamiehet.
Keisarin kanslia toimi tässä tilanteessa poikkeuksellisen aktiivisesti ottaen yhteyttä kardinaaleihin, Rooman porvaristoon ja ennen kaikkea kristikunnan ruhtinaihin. Näissä yhteydenotoissa korostettiin toistuvasti keisarin pyrkimystä rauhaan. Kirjeissä käytettiin raamatullista kieltä ja esimerkiksi kirjeessä valtakunnan ylimystölle vuonna 1239 paavia syytetään konfliktista. Paavi puolestaan käytti vastineessaan Ilmestyskirjasta peräisin olevia ilmaisuja esittäen Fredrikin todellisena Antikristuksena, merestä nousevana raivoavana petona.
Tämänkaltaiset kirjeet ovat selitettävissä ajan kiliastisten käsitysten valossa. Joakim Fiorelainen oli ennustanut Antikristuksen edeltäjien tuloa maan päälle ennen vuotta 1260, jolloin itse Antikristus tulisi ilmestymään maailmaan. Toisaalta Fredrik esitettiin näissä kirjeissä messiaanisena keisarina ja paavi Babylonin huorana; paavillisissa kirjeissä konflikti esitettiin Antikristuksen ja enkelipaavin välisenä kamppailuna. Fredrik II itse suunnitteli jopa uuden uskonnon perustamista, jossa hän itse olisi ollut Messias ja hänen ministerinsä Pietro della Vigna Pyhää Pietaria vastaavassa asemassa. Myöhemmin hän kuitenkin syytti Pietro della Vignaa salahankkeista ja vangitsi hänet, minkä jälkeen tämä teki itsemurhan.
Vuonna 1241 Fredrik otti vangiksi useita piispoja, mikä esti Roomaan koollekutsuttua konsiilia tuomitsemasta hänet. Paavi Gregorius IX kuoli elokuussa 1241, mikä keskeytti konfliktin joksikin aikaa Fredrikin odottaessa uuden paavin valintaa. Paavin vaali lykkääntyi kesään 1243 saakka. Ghibelliiniperheeseen kuulunut uusi paavi Innocentius IV oli maineeltaan keisarillismielinen, mutta virkaan noustuaan hänestä tuli päättäväinen paavin valtapyyteiden edistäjä. Rauhanneuvotteluja kuitenkin jatkettiin, ja maaliskuussa 1244 ne johtivat alustavaan sopimukseen. Tällöin Fredrik lupasi vetäytyä Kirkkovaltiosta, paavi puolestaan lupasi peruuttaa kirkonkirouksen.
Lopullinen rauhansopimus jäi kuitenkin solmimatta, sillä kiista lääninherruudesta Sisiliassa ja Lombardiassa sekä kysymys lombardialaiskaupunkien asemasta rauhassa osoittautuivat ratkaisemattomiksi. Siten Innocentius IV uudisti pannajulistuksen pääsiäisenä 1245. Mongolien sotajoukkojen lähestyminen vuonna 1245 johti vielä lyhytaikaiseen välien lämpenemiseen ennen kuin paavi julisti Lyonin kirkolliskokouksessa saman vuoden heinäkuussa keisarin ja tämän aviottoman pojan, Sisilian kuningas Enzion viraltapannuiksi. Perusteluina olivat Fredrikin uskottomuus paavillisen läänityksen haltijana, rauhan rikkominen, jumalanpilkka sekä kerettiläisyys. Keisari ei luonnollisestikaan tunnustanut viraltapanoa.
Saksassa keisari pyrki parantamaan vuodesta 1232 alkaen jännittynyttä suhdetta Wittelsbach-aatelissuvun kanssa. Samalla hän loukkasi Mainzin arkkipiispan territoriaali-intressejä. Aiemmin keisarimielinen arkkipiispa Siegfried III siirtyikin paavin kannattajaksi. Yhdessä Kölnin arkkipiispa Konrad Hochstadenilaisen kanssa hänestä tuli merkittävin paavin politiikan edustaja Saksassa.