Halo: The Flood
Tarina > Juoni

Halo: The Flood sijoittuu vuoteen 2552. Kirjan, kuten Combat Evolvedinkin alussa UNSC:n Pillar of Autumn -avaruuslaiva löytää sattumalta valtavan rengasmaailman, Halon. Lähistöllä on Covenantin sotajoukko, joka huomaa yksinäisen Pillar of Autumnin. Pelätessään vahingoittavansa Halo-rengasta Covenant pyrkii valtaamaan aluksen tuhoamisen sijasta. Miehistön valmistautuessa taisteluun Spartan-II -supersotilas Master Chief herätetään syväjäädytyksestä.
Autumnin kapteeni Jacob Keyes käskee miehistöä hylkäämään laivan. Keyes pelkää tärkeää taktista tietoa sisältävän tekoäly Cortanan joutuvan vihollisen käsiin, joten hän luovuttaa sen Master Chiefille. Master Chief tekee hätälaskun Halon pinnalle pelastusveneellä. Joukko ODST-sotilaita laskeutuu Halolle pudotuskapseleilla. Pinnalla ryhmän johtaja Antonio Silva ja kakkoskomentaja Melissa McKay perustavat tukikohdan ja aloittavat sissisodankäynnin Covenantia vastaan. Covenant on vanginnut kapteeni Keyesin ja vienyt hänet Truth and Reconciliation -risteilijälle, josta Master Chief ja ryhmä sotilaita pelastavat hänet. Keyes kertoo Covenantin pitävän Haloa erittäin voimakkaana aseena ja antaa Master Chiefille tehtäväksi löytää Halon hallinnointikeskuksen ennen Covenantia. Chiefin löydettyä hallinnointikeskuksen Cortana huomaa aseen olevan täysin erilainen kuin he alun perin luulivat ja käskee Master Chiefiä etsimään kapteeni Keyesin.
Keyes ja kersantti Avery Johnson siirtyvät ryhmänsä kanssa suolla sijaitsevalle mystiselle rakennelmalle, jonka sisältä he löytävät joukon auki revittyjä Sangheilejä. Jäljet on aiheuttanut Flood-parasiittieliö, jotka kiinnittyvät uhriinsa ja ottavat tämän kehon hallintaansa. Eräs sotilaista, Wallace Jenkins, joutuu Floodin tartuttamaksi ja jää osittain tietoiseen tilaan. Hän ei kuitenkaan voi hallita täysin kehoaan ja hyökkää McKayn joukkojen kimppuun. Jenkins aikoo tappaa itsensä mutta hänet otetaan vangiksi tutkimuksia varten.
Master Chief on saapunut samalle suolle kuin Keyes, kunnes kyseistä Haloa ylläpitävä tekoäly 343 Guilty Spark lähestyy Master Chiefiä ja kertoo hänen aiemmin kohtaamiensa eliöiden olevan Floodia. Guilty Spark haluaa aktivoida Halon puolustusjärjestelmät tuhotakseen Floodin, mutta tarvitsee Master Chiefin apua sen toteuttamiseen. Chiefin päästyä takaisin hallinnointikeskukseen Guilty Spark antaa hänelle avaimen Halon aktivoimiseen, mutta Cortana estää sen toteutumisen. Hän kertoo Halon olevan ase, mutta Floodin tuhoamisen sijasta Halo tappaa sen ruoan, kaiken älyllisen elämän, näännyttäen Floodin lopulta nälkään. Pyrkiessään estämään Guilty Sparkia aktivoimasta puolustusjärjestelmiä he päättävät tuhota Halon räjäyttämällä sen pinnalle törmänneen Pillar of Autumnin fuusioreaktorit, johon he kuitenkin tarvitsevat Keyesin hermoimplantit. Cortanan huomaa Keyesin olevan yhä elossa, mutta olevan Halolta pakoa yrittävän Floodin vankina Truth and Reconciliationilla. Heidän saapuessaan kapteenin luokse tämä on jo kuollut. Chief noutaa hermoimplantit ja suuntaa Autumnille.
Chiefin ja Cortanan suunnatessa Autumnille Silva ja McKay evakuoivat tukikohtansa. Silva päättää ottaa haltuunsa Truth and Reconciliationin johtaakseen ryhmänsä pois ennen Autumnin räjähdystä. He saavat risteilijän onnistuneesti haltuunsa, mutta McKay huomaa, ettei Silva ei ota tosissaan Floodin aiheuttamaa vaaraa; jo yhden eliön päästessä Maahan se voi tartuttaa koko planeetan. McKay kiinnittää huomionsa Floodin tartuttamaan Jenkinsiin ja päättää törmätä aluksella Halon pintaan ymmärtäessään Floodin tuhoamisen olevan tärkeämpää kuin heidän selviytymisensä, tappaen kaikki aluksella olevat.
Pillar of Autumnilla Master Chief joutuu melkein Floodin tartuttamaksi, mutta Cortana pelastaa hänet. He onnistuvat horjuttamaan reaktoreiden tasapainoa Guilty Sparkin vastustuksesta huolimatta. Räjähdykseen aikaa olevan laskennan alettua Cortana ohjaa Master Chiefin hangaariin, jossa on vieläkin hävittäjä. Cortana ja Chief onnistuvat pakenemaan juuri ennen räjähdystä ja uskovat olevansa ainoat selviytyjät. Cortana kertoo Chiefille taistelun olevan lopussa, jolloin tämä toteaa Maan olevan yhä vaarassa ja taistelun olevan vasta alussa.