Pokémon XD: Gale of Darkness
Päähahmot

Michael (Ryuuto): Pelin pääsankari. Michael elää Pokémon HQ-laboratoriossa sisarensa Jovin, äitinsä Lilyn ja Professori Kranen kanssa. Michaelin aloitus-Pokémon on Eevee. Michaelin pitää lopettaa Cipherin rikolliset toimet ja puhdistaa kaikki Varjo-Pokémonit, jotka Cihper on luonut, varsinkin XD001 Lugia. Michaelilla on muutamia kumppaneita, mukaan lukien Jovi, Benjamin ja Professori Krane. Michael on päähahmon oletusnimi, ei virallinen nimi.
Eevee: Michaelin aloitus-Pokémon, jonka hän sai isältään, joka kuoli. Eevee voi kehittyä aikaisin yhdeksi sen viidestä mahdollisesta muodosta: Vaporeoniksi, Jolteoniksi, Flareoniksi, Umbreoniksi tai Espeoniksi. Se ei voi kehittyä Leafeoniksi tai Glaceoniksi tässä pelissä, koska ne esiteltiin vasta neljännessä sukupolvessa tämän pelin julkaisun jälkeen.
Jovi (Mana): Michaelin nuori ja hajamielinen sisko. Hän on hieman ylivilkas ja rakastaa olla huomion keskipisteenä. Hän menee usein Professori Kaminkon luokse kylään, vaikkakin on ei-tervetullut vieras siellä. Hän liittyy Michaelin seuraan yhdessä vaiheessa peliä. Hän viittaa itseensä kolmannessa persoonassa.
Lily (Lilia): Michaelin ja Jovin äiti, joka työskentelee HQ-labrassa Kranen kanssa. Kun Cipher kidnappaa Kranen, hän johtaa tiedemiehiä rakentamaa Purification Chamber-puhdistuskammion loppuun asti.
Professor Krane: Orren alueen johtava tutkija ja johtaa Purification Chamber-projektia Pokémon HQ-laboratoriossa. Cipher kidnappaa hänet aikaisessa vaiheessa peliä ja häntä pidetään vankina vanhassa Cipher Shadow Labissa. Michael pelastaa Kranen ja professori liittyy hetkeksi pelaajan seuraan, jotta he voisivat paeta laboratoriosta ja taistella Lovrinaa vastaan. Krane antaa myöhemmin pelaajalle Master Ball-poképallon, jonka avulla pelaaja voi napata XD001:sen.
Eagun (Rogan): Legendaarinen Pokémon-kouluttaja joka elää Agaten kylässä vaimonsa Beluhin sekä Pikachunsa kanssa. Hänellä on ongelmia sähköpostin lähettämisen kanssa. Hän tarjoaa joitakin neuvoja Michaelin matkan aikana.
ONBS: Televisioasema Pyriten kaupungissa, jonka omistaa ryhmä, joka tunnettiin aiemmin nimellä Kids’ Grid. Secc, Nett, Bitt, Marcia, Megg ja Dukingin muut lapset työskentelevät kaikki ONBS:lle. Cipher valtaa ONBS:n pelissä ja se on kokonaan pelaajan vastuulla pelastaa se.
Professor Kaminko: Yksinäinen mutta eriskummallinen tiedemies, joka elää vanhassa talossa HQ-laboratoriosta itään. Hän elää uskollisen assistenttinsa Chobinin kanssa. Hän on rakentanut robottiversiot Kyogresta ja Groudonista.
Chobin: Kaminkon assistentti ja henkivartija. Hän on lyhyt mies, jolla on sininen tukka ja lasit, joissa on mustat spiraalit keskellä. Tämä saa hänet näyttämään hullulta tiedemieheltä. Hänen mielestä Kaminkon suuremmaksi osaksi hyödyttömät keksinnöt ovat vaikuttavia. Hänellä on Sunflora, Gyarados, Hoppip ja Tropius, mutta kun taistelet häntä vastaan ensimmäistä kertaa, hänellä on vain Sunkern. Chobin otta myöhemmin robottisen Groudonin ohjat käsiinsä. Hän, kuten Jovikin, viittaa itseensä kolmannessa persoonassa.
Team Cipher (Team Shadow): Paha syndikaatti, joka oletettavasti suljettiin viisi vuotta sitten on tullut takaisin, isompana ja pahempana kuin koskaan. He ovat varastaneet 82 Pokémonia luksusristelijä S.S Libralta ja muuttaneet ne Varjo-Pokémoneiksi. Heidän vahvin Varjo-Pokémoninsa on XD001 Lugia, prototyyppi, jonka sydän on suljettu ja se on vastustuskykyinen puhdistukselle. Cipherin pääjäsenet ovat nyt Mestari Greevil, hänen poikansa Eldes ja Ardos, ylipäällikkö Snattle ja pomot Lovrina ja Gorigan.
Mestari Greevil (Mestari Deathgold): Cipherin pomo ja Ardoksen sekä Eldeksen isä. Greevil naamioi itsensä ystävälliseksi herra Verichiksi, joka on erittäin mukava ja antaa ilmaisia aterioita Gateonin sataman merimiehille. Hän omistaa kokonaisen Varjo-Pokémon-tiimin, joka koostuu Articunosta, Zapdoksesta, Moltreksesta, Exeggutorista, Tauroksesta ja Rhydonista. Greevil myös hallitsee XD001 Lugiaa. Pelin lopussa, kiitos Eldeksen rakastavien sanojen, Greevil antautuu poliisille sen jälkeen kun Michael on hänet voittanut. Kun hänen Varjo-Pokémonit on napattu, hänellä on tiimi, jossa on Swellow, Manectric, Starmie, Granbull, Aerodactyl ja Altaria, kaikki 50-tasoisia.
XD001 Lugia: Toistaiseksi kaikkein vahvin Varjo-Pokémon. XD001:ltä on suljettu tämän ovi sen sydämeen ikuisiksi ajoiksi eikä sitä ei voi puhdistaa muuten kuin Purification Chamber-kammiossa, jossa kaikki ympyrät ovat maksimitempolla tai Agate Shrinella Agaten kaupungissa (Agate Town).
Ardos ja Eldes: Greevilin kaksoispojat ja henkivartijat. Ardos uskoo täysin Varjo-Pokémon-suunnitelmaan ja yrittää ohjata isäänsä tuhoamaan Citadark-saaren ja saarella olevan Michaelin. Greevil antautuu poliisille, ja Ardos pakenee. Eldes on ystävällisempi kuin veljensä ja yrittää saada isäänsä luopumaan suunnitelmasta ja antautumaan poliisille.
Lovrina: Lovrina on nuori pomo Cipherissä ja myös ensimmäinen Cipherin pomo, jota vastaan taistelet. Hänellä on erittäin pitkä pinkki tukka ja hankala luonne, samanlainen kuin Pokémon Colosseum-pelin pomolla, Venuksella, oli. Lovrina yrittää vakuuttaa Professori Kranen auttamaan XD001:n kanssa, mutta hän sanoo, ettei halua olla missään tekemisissä asian kanssa. Lovrinalla on Varjo-Delcatty ja myöhemmin Varjo-Farfetch'd ja Altaria.
Snattle (Wazzle): Cipherin ylipäällikkö. Hän on jonkin verran snobi mies ja nauttii vallasta. Greevil lupasi hänelle, että hänestä tulisi Orren kuvernööri kun Varjo-Pokémon-projekti valmistuisi. Hänellä on Varjo-Lunatone ja myöhemmin Varjo-Solrock ja Starmie.
Gorigan: Gorigan on toinen pomo. Kuumapäinen ja vaihta, Gorigan on huomattavasti samanlainen kuin Pokémon Colosseumin Dakim. Hän pyörittää Cipher Key Lab -laboratorioita, ja hänen toimistonsa on tukikohdan päällä. Hän on hieman koominen ja hänellä on kyttyräselkä. Hänellä on Varjo-Primeape, Hypno ja myöhemmin hänellä on Varjo-Poliwrath ja Mr. Mime.
Team Snagem: Snagem-ryhmä ei ole myöskään kuollut, mutta ryhmä on pieni tällä hetkellä. Gonzap on yhä johtaja.
Gonzap: Snagemin legendaarinen johtaja. Hänen viiksensä ja kulmakarvansa ovat lyhentyneet, mutta muuten hän ei ole muuttunut Colosseumista. Hän janoaa kostoa Cipheriä vastaan ja liittoutuu tilapäisesti Michaelin kanssa auttaakseen tätä murtautumaan Cipherin Key Lab-laboratorioon. Loppujen lopuksi, hänestä tulee sankari, sillä hänet nähdään sankareiden joukossa tarinamuodon lopuksi.
Miror B. (Miraabo): Svengaava, musiikkia rakastava Cipherin pomo palaa, tällä kerralla suuremman afron kanssa kuin koskaan ennen. Hän on nyt omien teidensä kulkija, mutta silti hänellä on Folly ja Trudu seuranaan. Joka kerta kun et onnistu nappaamaan Varjo-Pokémonia, Miror B. saa sen. Sitten, esine nimeltä Miror Radar (Miror-tutka) ilmoittaa sinulle Miror B.:n sijainnin. Michael voi sittemmin taistella Miror B.:tä vastaan ja yrittää napata Varjo-Pokémonit, joita hän ei aiemmin saanut. Kun taistelet häntä vastaan ensimmäistä kertaa, hänellä on Varjo-Voltorb. Seuraavalla kerralla kun taistelet häntä vastaan, jos ei lasketa niitä kertoja, kun nappaat välistä jääneitä Varjo-Pokémoneja, hänellä on Varjo-Nosepass. Kolmannella ja viimeisellä kerralla kun taistelet häntä vastaan, hänellä on Varjo-Dragonite.