Tom Clancy’s Splinter Cell: Double Agent
Juoni > Versio 2

Double Agent sijoittuu aikaan hieman Chaos Theoryn jälkeen. Fisher lähetetään suorittamaan tehtävää Islantiin, geotermiseen voimalaan. Fisherin esimies Lambert kuitenkin keskeyttää tehtävän ja vetää Fisherin pois Islannista. Helikopterissa matkalla pois Islannista Lambert kertoo, että Sarah, Fisherin ainoa tytär, on jäänyt rattijuopon ajaman auton alle ja kuollut. Fisher vaipuu syvään masennukseen ja hän jättäytyy pois tehtävistään.
Muutaman kuukauden päästä Lambert ehdottaa Fisherille uutta tehtävää saadakseen hänet takaisin jaloilleen. Lambert ehdottaa Fisherille vaarallista tehtävää kaksoisagenttina John Brown’s Army (JBA) -nimisessä terroristijärjestössä. Koska Fisherillä ei ole mitään menetettävää, hän suostuu tehtävään ja hänelle luodaan tekaistu rikosrekisteri. Fisher sijoitetaan samaan vankilaan kuin eräs JBA:n jäsen nimeltään Jamie Washington. Yhdessä Washingtonin kanssa he luovat suunnitelman ja pakenevat vankilasta. Paon jälkeen Washington esittelee Fisherin JBA:n johdolle ja Fisher otetaan mukaan JBA:n toimintaan.
JBA:n tukikohdassa ollessaan Fisher lukee sähköpostin, jossa JBA:n jäsen Cole Yeagher kertoo aikeistaan kaapata vallan JBA:ssa. Fisherin täytyy valita, lähettääkö hän viestin NSA:han, jolloin NSA hakee Yeagherin kuulusteluihin, vai lähettääkö hän viestin Dufraisnelle, jolloin Yeagher murhataan ja heitetään läheiseen jokeen.
Fisher lähetetään New Yorkiin kaappaamaan rahankuljetusjunaa, joka kuljettaa suurta määrää rahaa, jalokiviä ja kultaa. Koska Lambert esiintyy asevälittäjänä JBA:lle, Fisher saa tavalliset varusteensa, kuten SC-20K rynnäkkökiväärin, käyttöönsä. Fisher pääsee junan ohjaamoon ja Washingtonin avulla pysäyttää junan. JBA varastaa junan sisällön, ja saa rahaa ”punaisen elohopean” ostoon, jota käytetään kolmessa ydinpommissa.
Dufraisne haluaa testata ydinasettaan, ja valitsee risteilylaivan tähän tarkoitukseen. Fisherin täytyy valita, antaako hän pommin räjähtää tappaen laivalla olevat 2 000 matkustajaa, vai estääkö hän pommin räjähdyksen, jolloin Dufraisne tulee epäileväksi.
Tämän jälkeen Fisher lähetetään Venäjälle, Ohotanmerelle palkkasotilaiden harjoitusleirille, jossa on jäissä kiinni iso tankkeri. Dufraisne haluaa Fisherin kaappaavan sen, sillä JBA tarvitsee sitä myöhemmin.
Dufraisne lähtee Kinshasaan, Kongon demokraattiseen tasavaltaan tapaamaan liittolaisiaan, ja ottaa Fisherin mukaansa turvakseen. Tehtävän aikana Fisher tapaa Hamzan, ja hänen täytyy valita tappaako vai pelastaako hän vanhan ystävänsä.
Fisher palaa takaisin JBA:n päämajaan ja hänelle selviää, että JBA on ottanut Lambertin vangikseen. Fisherin täytyy valita, paljastaako hän Lambertin, jolloin hänen oma peitetarinansa on turvattu, mutta jolloin Lambert tapetaan, vai pelastaako hän Lambertin, jolloin Dufraisnen epäilyt saattavat kääntyä Fisheriin. Fisherin on myös valittava purkaako hän kaksi ”punaista elohopeaa” sisältävää ydinasetta, joista toinen on lähdössä varastetulla tankkerilla Los Angelesiin ja toinen Nashvilleen, jossa presidentti on vierailulla. Kaksi muuta pommia ovat menossa New Yorkiin.
JBA:lle paljastuu, että Fisher on kaksoisagentti, ja kaikki JBA:n jäsenet määrätään tappamaan Fisher. Fisherin tehtävänä on purkaa kaksi ydinasetta New Yorkin pilvenpiirtäjässä sekä neutraloida kaikki JBA:n jäsenet. Toista ydinaseista vartioi Carson Moss, Dufraisnen oikea käsi, mukanaan ryhmä JBA:n jäseniä. Ryhmällä on käytössään yönäkölasit, joten Fisherin on oltava varovainen. Fisher onnistuu tappamaan kaikki Mossin ryhmän jäsenet ja purkamaan pommin.
Toista pommia vartioi Dufraisne ja Villablanca. Fisher tappaa kaikki jäljellä olevat JBA:n jäsenet, lopulta myös Dufraisnen, ja purkaa toisen pommin. Fisher ei kuitenkaan halua tappaa Villablancaa, ja NSA lähettää toisen splinter cell -agentin tappamaan Enrican. Agentti ampuu Enrican, ja hän kuolee Fisherin käsiin. Fisher tappaa agentin, leikkaa NSA:n kanssa kommunikointiin tarkoitetun sisäkorvaimplanttinsa pois ja vannoo kostoa NSA:lle.