The Legend of Zelda: The Wind Waker
Tarina > Juoni

The Wind Wakerin alkaessa on Linkin syntymäpäivä, ja hän saa lahjaksi tutun vihreän vaatekerran ja hatun. Aryll antaa Linkin käyttää kaukoputkeaan erityisluvalla, ja Linkin katsoessa sen läpi hän huomaa suuren linnun, Helmaroc Kingin, joka kantaa nokassaan tyttöä. Lintua jahtaa tykillä ampuva merirosvolaiva, ja kuulan osuessa lintuun tyttö putoaa lähimpään metsään. Linkin saatua miekan hän lähtee pelastamaan tyttöä, joka osoittautuu merirosvolaivan kapteeniksi Tetraksi. Tetran löydyttyä Helmaroc King palaa ja kaappaa Linkin sisaren Aryllin, koska luulee tätä Tetraksi. Linkin pyynnöstä Tetra auttaa häntä pelastamaan sisarensa ja vie Linkin Forsaken Fortressiin, missä hän tapaa muitakin kaapattuja tyttöjä. Link kuitenkin heitetään linnasta ulos Suuren meren armoille. Vedestä hänet pelastaa puhuva vene, Punaisten leijonien kuningas. Hän kertoo Forsaken Fortressin valtiaan olevan Ganon, itse legendan pahuus.
Punaisten leijonien kuningas neuvoo Linkiä etsimään kolme jumalallista helmeä ja sijoittamaan ne merellä sijaitseville patsaille. Tämän jälkeen merestä nousee Jumalten torni, jonka sisällä Link taistelee Gohdania vastaan todistaakseen arvonsa. Voitettuaan Gohdanin hän pääsee meren pohjassa sijaitsevaan ja ajassa pysähtyneeseen Hyrulen linnaan. Link avaa piilotetun sisäänkäynnin, ja löytää salakammiosta Master Swordin, saman miekan jota Ajan sankari käytti aikanaan tuhotakseen Ganonin. Master Sword kädessään Link palaa Forsaken Fortressiin ja hyökkää tuloksetta Ganonin kimppuun. Ganon kertoo Linkille, että Master Swordin nosto on päästänyt hänet eristyksestään ja palauttanut hänen voimansa kokonaan takaisin. Master Sword on myös menettänyt voimansa, eikä sillä voi tuhota pahaa. Ganon nostaa miekkansa tappaakseen Linkin, mutta Tetra hyppää väliin. Ganon ottaa Tetrasta kiinni, ja hänessä oleva Triforcen voima alkaa värähdellä. Hän tajuaa, että Tetra pitää kaulassaan Triforcen palaa ja kutsuu häntä Prinsessa Zeldaksi. Rito-heimon prinssi Komali ja postimies Quill lentävät nopeasti sisään ja pelastavat Tetran sekä Linkin
Link ja Tetra purjehtivat takaisin merenpohjassa sijaitsevaan linnaan ja käyvät salakammioon. Siellä he tapaavat Daphnes Nohansen Hyrulen, Hyrulen kuninkaan ja Punaisten leijonien kuninkaan äänen. Kuningas Daphnes kertoo Linkille ja Tetralle, että legendan ihmisten rukouksiin vastattiin — jumalat eristivät Ganondorfin ja Hyrulen hänen mukanansa rankkasateella, joka peitti koko maan allensa, ja määräsivät valittujen perustavan uutta elämää vuorten huipuille. Kuningas antaa Tetralle Triforcen palasen, ja yhdessä hänen kaulassaan roikkuvan palasen kanssa se muodostaa viisauden, yhden Triforcen kolmesta osasta. Samalla Tetra paljastuu Prinsessa Zeldaksi. Ganondorf etsii viisauden ja rohkeuden Triforcea saadakseen kokoon kokonaisen Triforcen, mikä suo kantajalleen hänen toiveensa. Link jättää Zeldan salakammioon turvaan ja palaa takaisin pinnalle.
Link palauttaa Master Swordin voimat ennalleen, ja etsii vielä käsiinsä kahdeksan rohkeuden Triforcen palasta palauttaen rohkeuden Triforcen ehjäksi. Rohkeuden Triforce sulautuu Linkiin, jolloin hänestä tulee Tuulen sankari (Hero of Wind). Link palaa takaisin Hyrulen linnaan, mutta Zelda on kadonnut. Ulkopuolella hän rikkoo linnaa ympäröivän suojamuurin miekalla, ja lähtee kohti Ganon tornia jossa hän tavoittaa Ganonin ja Zeldan. Ganon paljastaa itsensä Linkille ja myöntää, että Link on uudelleensyntynyt Ajan sankari. Kolme Triforcen palaa irtautuvat Ganonista, Linkistä ja Zeldasta, ja ne muodostavat kokonaisen Triforcen. Ganon vetoaa jumaliin, jotta he altistaisivat Hyrulen jälleen kerran auringon säteille ja hänen hallintansa alla. Ennen kuin hän ehtii Triforcen luokse, Kuningas Daphnes ilmestyy koskettaen sitä ennen häntä. Hän toivoo Zeldalle ja Linkille tulevaisuuden ja että Hyrule huuhdottaisiin ikuisiksi ajoiksi pois. Triforce hajoaa palasiksi, ja vesi alkaa virrata ympärillä olevasta merestä. Meren pudotessa tornin ympärillä, Ganon nauraa uskoen kuninkaan juuri varmistaneen Linkin ja Zeldan kuoleman. Link taistelee häntä vastaan ja voittaa taistelun lyömällä miekkansa Ganonin päähän, jolloin Ganon muuttuu kiveksi. Link ja Zelda leijailevat ilmakuplissa pintaan, mutta Ganon ja kuningas jäävät meren pohjaan. Pinnalla Link ja Zelda hyvästelevät tuttavansa ja purjehtivat Punaisten leijonien kuninkaan sekä merirosvolaivan kanssa pois etsiäkseen uutta maata.