Half-Life 2
Tarina > Juoni

Pelin alussa G-Man ilmestyy Gordon Freemanin luokse ja puhuu hänelle hallusinaation kaltaisessa näyssä, minkä jälkeen Gordon pääsee vapaaksi pysähdystilasta ja ilmestyy Kaupunki 17:n rautatieasemalle saapuneeseen matkustajajunaan. Rautatieasemalla siviilisuojelun poliisit vievät hänet kuulusteluun. Kuulustelun aloittanut poliisi paljastuu valepukuiseksi Barney Calhouniksi, joka on entinen Black Mesan turvamies ja Combinen sortovallan vastaisen vastarintaliikkeen jäsen. Barney ottaa yhteyden tohtori Isaac Kleineriin ja kertoo Freemanin saapumisesta kaupunkiin, minkä jälkeen Gordon joutuu pakenemaan rautatieasemalta. Siviilisuojelun combinet saavat hänet kiinni asukkaiden kerrostalossa, mutta Alyx Vance pelastaa Freemanin heiltä ja vie hänet Kleinerin laboratorioon. Kleiner päättää kaukosiirtää Gordonin Black Mesa Eastin tukikohtaan Alyxin jälkeen uudella kaukosiirtimellään, mutta kun Freemanin vuorolla kaukosiirto epäonnistuu Kleinerin lemmikkipääravun rikkoessa kaukosiirtimen ja Freeman siirtyy hetkellisesti tohtori Wallace Breenin toimistoon Linnoituksessa, minkä seurauksena Breen määrää siviilisuojelun eliminoimaan Freemanin.
Freeman päättää paeta kaupungin kanavien kautta Black Mesa Eastiin, mutta Combinen joukot yrittävät estää häntä poistumasta Kaupunki 17:sta ja Gordon saa itselleen Anti-citizen -merkinnän, mikä antaa siviilisuojelulle luvan tappaa Gordonin. Black Mesa Eastissa hän tapaa Eli Vancen ja Judith Mossmanin, minkä jälkeen Alyx saattaa Freemanin tukikohdan ulkopuolelle ja esittelee hänelle sekä lemmikkirobottinsa Dogin että painovoimamanipulaattorin. Tukikohta kuitenkin joutuu Combinen hyökkäyksen kohteeksi, joten Freeman joutuu pakenemaan tunnelin kautta Ravenholmin kaupunkiin muiden pakoreittien tukkiutumisen jälkeen. Ravenholmissa asukkaat ovat kuitenkin muuttuneet päärapujen hallitsemiksi zombeiksi, joita vastaan Gordon taistelee isä Grigori -nimisen ortodoksipapin kanssa. Isä Grigori kertoo ansoittaneensa kaupungin ja neuvoo Freemanille reitin pois kaupungista. Kaivoskuilujen kautta Gordon pääsee pois Ravenholmista takaisin maan pinnalle ja sieltä vastarinnan tukikohtaan. Tukikohdassa hänelle esitetään Alyxin hätäviesti, jossa Alyx pyytää Freemania pelastamaan Combinen vangiksi joutuneen isänsä, Eli Vancen, Nova Prospektin vankilasta.
Valtatie 17:sta kautta Freeman saapuu Nova Prospektiin ja tapaa Alyxin, minkä jälkeen kaksikko päättää pelastaa Elin Judith Mossmanin kanssa. Judith kuitenkin paljastuu Combinelle työskenteleväksi vakoojaksi, joka käynnistää vankilan kaukosiirtimen siirtääkseen itsensä ja Elin tohtori Breenin luokse Linnoitukseen. Freeman ja Alyx myös käynnistävät kaukosiirtimen ja pakenevat Combinelta tohtori Kleinerin laboratorioon. Kleiner kertoo, että Freeman ja Alyx ovat olleet viikon ajan aikapoimussa, ja että vastarintaliike on aloittanut laajamittaisen taistelun Kaupunki 17:n hallinnasta. Freeman poistuu laboratoriosta ja muodostaa vastarintaliikkeen jäsenistä koostuvan joukkueen, joka etenee sotatantereeksi muuttuneessa kaupungissa. Kaupungin kaduilla Freeman tapaa jälleen Alyxin, joka kuitenkin jää Combinen vangiksi. Freeman jatkaa liikkumista kaupungissa ja tapaa Barneyn. Kaksikko sammuttaa erään Combinen aseen, joka on rakennettu entisen rakennuksen sisälle, jonka barney kertoo olleen entinen pankki tai museo. Aseen sammuttua Gordon ja Barney hajaantuvat ja vastarintaliike voi päästä yhä lähemmäs Linnoitusta. Myöhemmin Gordon löytää itsensä Barneyn luokse Linnoituksen muurien edestä, jossa Barney kertoo Alyxin joutuneen vangiksi. Dog avaa hänelle maanalaisen reitin, jonka kautta Gordon pääsee Linnoituksen juurelle.
Freeman tunkeutuu Linnoitukseen, jossa Combinen voimakenttä riistää ja tuhoaa kaikki hänen aseensa, poikkeuksena painovoimamanipulaattori, jonka tehot vain voimistuvat. Freeman astuu Combinen kuljetuskapselin sisälle ja hänet siirretään Linnoituksen huipulle. Yläkerroksissa hän tapaa Judithin ja hänen kapselinsa siirretään tohtori Breenin toimistoon, jossa Breen yrittää saada Elin työskentelemään Combinelle. Kun Eli ei hyväksy Breenin ehdotusta, Breen yrittää kiristää häntä Alyxin avulla. Vancet silti kieltäytyvät työskentelemästä Combinelle, joten Breen päättää siirtää heidät toiseen ulottuvuuteen kaukosiirtimellä ja yrittää suostutella Freemanin Combinen puolelle. Judith kuitenkin pettää Breenin ja päästää vangit vapaaksi, mutta Breen yrittää paeta Linnoituksesta toiseen ulottuvuuteen kaukosiirtimellä. Alyx kertoo, että Freemanin täytyy tuhota Linnoituksen pimeän energian reaktori, joka on Breenin kaukosiirtimen voimanlähde. Freeman tuhoaa reaktorin painovoimamanipulaattorilla, mutta reaktorin räjähtäessä aika pysähtyy ja G-Man ilmestyy onnittelemaan Freemanin toimintaa. G-Man kertoo monien tarjonneen kiintoisia tarjouksia Gordonin palveluksista ja kertoo kaiken tulevan selväksi Freemanille ajallaan. Sen jälkeen hän siirtää jälleen Freemanin staasitilaan ja poistuu tyhjyydestä hohtavan oven kautta.