Ateismin historia
Renessanssi, uuden ajan alku ja valistus

Euroopassa uskontoon kohdistunut arvostelu alkoi lisääntyä 1500- ja 1600-luvuilla. Uuden ajan alussa protestanttisten kirkkojen synty horjutti katolisen kirkon asemaa. Kansallisvaltioiden synty aloitti maallisen ja kirkollisen vallan eroamisen toisistaan.
Ennen valistuksen aikaa ateismia pidettiin yleisesti tuomittavana. Jopa vapaamielinen John Locke katsoi kirjoituksessaan A Letter Concerning Toleration (1689), että ateistit eivät voineet vannoa sitovaa valaa oikeudessa. 1600-luvulla suvaitsevana pidetyssä Hollannissa asunut Baruch Spinoza loi valtauskontojen opinkappaleiden kanssa ristiriidassa olevan panteistisen eli kaikkijumalisen ajattelutapansa. Juutalainen synagoga julisti Spinozan ”suureen pannaan” vuonna 1656. Myöhemmin hänen oppinsa herättivät syytöksiä ateismista.
Uskontoa epäilevien oli paras kätkeä todellinen kantansa. Tällaisen ”peitellyn ateismin” edustajina on pidetty Anthony Collinsin teosta A Discourse on Free-Thinking (1713) ja Albert Radicatin teoksen A Philosophical Dissertation upon Death (1732). Collins oli ilmeisesti deisti ja Radicati eräänlainen materialistinen panteisti, joka ei hyväksynyt aineesta erillisten henkiolentojen olemassaoloa. Deistit luopuivat uskontunnustuksista, mutta hyväksyivät ajatuksen jumalasta, joka on luonut maailman, mutta ei enää puutu sen kehitykseen.
Saksalainen Georg Christoph Lichtenberg sanoi, että ”Jumalasta me emme tiedä mitään emmekä voi tietää mitään”, ja ihmisen käsitys jumalasta on vain ”henkilöity käsittämättömyys”. Hän kiteytti ajattelunsa 1790-luvulla mietelauseeseen: ”Kiitän rakasta Jumalaa tuhannesti siitä, että hän on antanut minun tulla ateistiksi”.
Ensimmäiset paroni d'Holbachin kaltaiset avoimen ateistiset ajattelijat ilmaantuivat 1700-luvulla, kun suvaitsevuus erilaisia näkemyksiä kohtaan oli lisääntynyt. Ranskan vallankumouksen jälkeen ateismi nousi laajempaan julkiseen keskusteluun valistusajattelijoiden mukana. Heihin kuuluivat esimerkiksi La Mettrie sekä Encyclopédie'in päätoimittaja Denis Diderot. Jo 1700-luvulla varhaisiin fossiililöytöihin vedoten monet materialistit ajattelivat elämän kehittyneen varhaisemmista muodoista ja lajien muuttuneen pitkien aikojen kuluessa Raamatun luomiskertomuksen vastaisesti. Vuonna 1779 saksalainen teologi Johann Gottfried Eichhorn esitti, ettei Raamatun luomiskertomus ollut historiallisesti totta, vaan roomalaisten ja kreikkalaisten maailmanluomistarinoiden kaltainen taru.
Ensimmäinen avoimen ateistinen teos Saksassa oli paroni d'Holbachin La Systéme de la Nature (Luonnon järjestelmä, 1770). Englannissa ensimmäisenä ei-peiteltynä ateistisena teoksena pidetään William Hammonin ja Matthew Turnerin kirjoitusta Answer to Priestley, joka oli vastaus Joseph Priestleyn teokseen Letters to a Philosophical Unbeliever (1780). Kuitenkin vielä vuonna 1812, kun nuori runoilija Percy Bysshe Shelley kirjoitti teoksen The Necessity of Atheism, hänet erotettiin Oxfordin yliopistosta ja kirjan kappaleet poltettiin. Teoksen The Refutation of Deism (1814) julkaisemisen jälkeen Shelley julistettiin kelvottomaksi holhoamaan lapsiaan.
Skotlantilaisen filosofi David Humen mukaan suurin osa ihmisten tosina pitämistä käsityksistä perustuu pääasiassa tapaan tai perinteeseen, ei kokemusperäisiin todisteisiin. Hume esitti arvostelua uskontoa kohtaan erityisesti teoksessaan Treatise of Human Nature, jossa Hume hylkäsi monet uskonnolliset näkemykset perusteettomina, ottamatta kuitenkaan lopullista kantaa jumalan olemassaoloon. Hän kuitenkin katsoi, että uskonto sekä uskonnolliset oletukset olivat haitallisia. Tämän vuoksi useat Humen aikalaiset pitivät häntä ateistina ja hänen vaikutuksensa myöhempiin ateistisiin ajattelijoihin oli huomattava. Kuolemansa jälkeen julkaistussa teoksessa Dialogues Concerning Natural Religion (1779) Hume antaa epäilyn menetelmään pohjautuvan iskun luonnollisen teologian niin sanotulle luonnon järjestyksen eli teleologiselle jumalatodistukselle, yritykselle todistaa kaikkeuden suunnittelijan välttämättömyys. Hume myös kiisti ihmeiden olemassaolon ja uskonnollisen todistusvoiman. Teoksen lopussa Hume torjuu mahdolliset syytökset sanomalla, että epäily on ”ensimmäinen askel kohti järkevää kristinuskoa”.
Denis Diderot, jota syytettiin ateistiksi, totesi, ettei häntä yksinkertaisesti kiinnostanut jumalan olemassaolo. Voltairelle kirjoittamassaan vastauksessa hän totesi: ”On tärkeää, ettei sekoita myrkkykatkoa persiljaan; mutta ei lainkaan uskooko vai ei Jumalaan.”