J. G. Granö
Helsingin kautta Tarttoon

Granö hylkäsi 1916 Tomskin yliopiston tarjoaman professuurin ja palasi Suomeen, missä mahdollisuudet toimeentuloon olivat heikentyneet. Kevätlukukaudella 1917 Granöllä ei ollut muita vakituisia tuloja kuin maantieteen laitoksen assistentuurin viran palkka. Dosentin tehtävästä hän sai vain opetuspalkkiota. Maantieteessä ei ollut avautumassa uusia yliopistovirkoja, joten Granö joutui harkitsemaan uransa jatkoa ja hankkimaan sivutöitä. Hän suunnitteli vakituiseksi opettajaksi ryhtymistä, mitä ei kuitenkaan tehnyt, vaikka opettikin välillä Helsingin suomalaisessa jatko-opistossa ja Helsingin suomalaisen tyttökoulun yliopistoon johtavilla jatkoluokilla. Syyslukukaudella 1917 Helsingin yliopisto oli suljettu, mutta dosenteille luvattiin palkka ilman opetustöitä. Kun Granöllä ei ollut opetusvelvollisuutta, hän päätti hankkia lisää kokemusta kirjoitustehtävistä. Granö kirjoitti muun muassa maantieteellisiä artikkeleita Tietosanakirjan viimeisiin osiin ja Kuolan niemimaan kuvauksen Theodor Homénin toimittamaan tietokirjaan Itä-Karjala ja Kuollan Lappi, vaikka suhtautuikin projektiin varauksellisesti sen Suur-Suomi-luonteen takia.
Granö oli kirjoittanut alkuvuodesta 1917 Uuteen Suomeen kuvauksia matkoistaan. WSOY kiinnostui niistä niin paljon, että pyysi Granöltä kansantajuista kuvausta matkoista ja tutkimuksista. Granö ei kuitenkaan halunnut kirjoittaa perinteistä kronologista matkakertomusta, vaan hänen kirjansa perustui Altain alueen kaunokirjalliseen kuvaukseen. Kirjoitustyön aikataulu oli melko tiukka, mutta tekstiä syntyi niin paljon, että Altai julkaistiin viimein kahdessa osassa: ensimmäinen ilmestyi syksyllä 1919 ja toinen vuoden 1921 alussa. Jalmari Jäntin aloitteesta Granö oli siirtynyt töihin WSOY:lle, ja vaikka hänen päätehtävänsä oli Altain kirjoittaminen, hän osallistui myös muihin kustannustöihin. Granöllä oli niin paljon tehtävää WSOY:llä, että hän oli luopunut koulunopettajan paikastaan ja oppikirjojen kirjoittamisesta. Hän harkitsi vakavasti jopa tieteellisen työn jättämistä.
Vuonna 1919 Granö otti vastaan professuurin Tarton yliopistossa, juuri itsenäistyneessä Virossa. Viroon hänet värväsi yliopiston kuraattori Peeter Põld, mutta myös Oskar Kallas toimi siirrossa aktiivisesti. Helsingin yliopistossa Granön ratkaisusta ei pidetty, ja esimerkiksi yliopiston kansleri Edvard Hjelt yritti painostaa Granöä jäämään Helsinkiin, sillä Suomessakin oli pulaa suomenkielisistä opettajista.
Granön ensimmäinen työ Tartossa oli maantieteen laitoksen perustaminen. Sen oli tarkoitus aloittaa toimintansa vuoden 1920 alussa, mutta lokakuussa 1919 järjestettiin jo kartografian peruskurssi. Tarton yliopiston maantieteen laitos kehittyi nopeasti Granön aikana. Hän oli laitoksen toimintaa suunnitellessaan perustanut ajatuksensa humboldtilaiseen tieteeseen, joka korosti erityisesti omakohtaisen tutkimuksen merkitystä opetuksessa. Granö pystyi Tartossa kokeilemaan ajatusta käytännössä, sillä yliopisto oli ennen venäläistämisaikaa perustanut toimintansa humboldtilaisiin vaikutteisiin.
Granö keskittyi Tartossa opetus-, tutkimus- ja kirjoitustöihin ja kieltäytyi muista tehtävistä. Hän muun muassa torjui J. K. Paasikiven pyynnön Suomen ja Venäjän välisten rauhanneuvotteluiden asiantuntijan ja tulkin tehtävistä. Granö osallistui kuitenkin Viron ulkoministeriön pyynnöstä Viron ja Latvian välisen rajan määrittelyyn liittyviin tehtäviin.