Batman Begins
Juoni

Upporikkaiden Thomas ja Martha Waynen kahdeksanvuotias poika Bruce on leikkitoverinsa Rachel Dawesin kanssa piilosilla, kun hän putoaa heidän kasvihuoneensa vieressä olevan tyhjän kaivon pohjalle. Kaivossa Brucen kimppuun hyökkää lepakoita, jolloin hänelle kehittyy voimakas lepakkokammo. Bruce perheineen asuu suuressa kartanossa kuvitteellisen Yhdysvaltain toiseksi suurimman kaupungin Gotham Cityn edustalla sijaitsevalla maatilalla. Kun Waynet ovat Gothamissa katsomassa oopperaesitystä, lepakkoja muistuttavat näyttelijät saavat Brucen ahdistumaan. Waynet poistuvat oopperatalon takaovesta, ja kujalla taskuvaras nimeltä Joe Chill ampuu Brucen vanhemmat. Poliisiasemalla nuori poliisi James Gordon kertoo Brucelle, että Chill on pidätetty. Waynen perheen hovimestari Alfred Pennyworth ottaa Brucen kasvatuksen vastuulleen. Bruce kuitenkin syyttää itseään vanhempiensa kuolemasta, koska juuri hänen pelkonsa lepakoita kohtaan sai perheen poistumaan oopperasta.
Nuorena aikuisena Bruce saa selville, että Chill on päätetty päästää ehdonalaiseen, koska tämä on todistanut mafiapäällikkö Carmine Falconea vastaan. Bruce päättää kostaa vanhempiensa kuoleman ampumalla Chillin, mutta tämän ampuukin Falconelle työskentelevä salamurhaaja. Syyttäjänvirastosta työpaikan saanut Rachel kertoo Brucelle, että Falcone on lahjonut koko kaupungin oikeuslaitoksen ja tehnyt Gothamista jalansijan rikollisuudelle. Bruce paljastaa Rachelille suunnitelleensa murhaavansa Chillin, ja Rachel ilmaisee halveksuntansa Brucen aikeille. Bruce tapaa Falconen, joka kerskailee vaikutusvallallaan ja mainitsee, ettei yläluokkainen Bruce voi käsittää rikollisuutta ja Gothamin asukkaiden ahdinkoa. Bruce poistuu kaupungista rahtilaivalla ja matkustaa maailmalla seitsemän vuoden ajan, kunnes hän joutuu vankilaan Bhutanissa. Bruce tapaa Henri Ducardin, joka edustaa ninjojen veljeskuntaa Varjoliigaa. Bruce pääsee vankilasta Varjoliigan luostariin, jossa Ducard esittelee hänet Ra’s al Ghulille, opettaa itämaisia taistelulajeja ja kouluttaa Brucen muun muassa ylittämään lepakkokammonsa. Koulutusjakson jälkeen Ra’s al Ghul kertoo Brucelle, että tämä on valittu johtamaan Varjoliigan ninjat hävittämään Gotham, koska Ra’s al Ghulin mielestä rikollisuuden riivaama kaupunki on ”pahuuden alkulähde”. Vastahakoinen Bruce sytyttää Varjoliigan luostarin liekkeihin ja Ra’s al Ghul menehtyy. Bruce pelastaa tajuttoman Ducardin luostarin räjähdykseltä ja vie tämän toipumaan vuoristokylään.
Kun Bruce tekee paluun Gothamiin, hän ottaa haltuunsa isänsä perheyrityksen Wayne Enterprisesin ja esiintyy julkisuudessa hurvittelevan playboyn roolissa. Todellisuudessa Bruce kuitenkin rakentaa tukikohdan kartanonsa alapuolella sijaitsevaan luolaan ja hankkii Wayne Enterprisesin entisen johtokunnan jäsenen Lucius Foxin kautta kokeellisten aseiden ja varusteiden prototyyppejä. Bruce pukee yllensä lepakkomaisen puvun ja esiintyy kaupungilla Batman-nimisenä yön kostajana. Batman hankkii itselleen liittolaiset Rachelista ja Gordonista, joista jälkimmäinen on osallisena Batmanin järjestämässä Falconen pidätyksessä. Vankilassa Falcone kiristää psykiatri Jonathan Cranen julistamaan hänet mielisairaaksi välttyäkseen oikeudenkäynniltä. Crane pelottelee hänet psykoosin partaalle "linnunpelätin"-naamiolla sekä hallusinogeenisellä hermokaasulla, jolle altistunut ihminen alkaa saada pelkotiloja ja harhanäkyjä, jolloin Falcone siirretään Arkhamin mielisairaalaan. Rachel saapuu Arkhamiin tavatakseen Cranen, joka kertoo suunnitelmasta saastuttaa Gothamin vedenjakelu pelkomyrkyllä. Crane altistaa Rachelin kaasulle, mutta Batman pelastaa Rachelin Lucius Foxin kehittämällä vastamyrkyllä ja myrkyttää Cranen pelkokaasulla. Gordon ja poliisit pidättävät Cranen, mutta Henri Ducard saapuu Brucen syntymäpäiväjuhlille ja kertoo juonitelleensa Cranen kanssa tuhotakseen Gothamin. Ducard paljastaa Brucelle olevansa oikea Ra’s al Ghul. Hän polttaa Waynen kartanon maan tasalle, mutta Bruce ja Alfred onnistuvat pakenemaan palavasta rakennuksesta.
Varjoliiga päästää murhanhimoiset mielisairaalapotilaat ja pelkokaasulle altistumisen takia järkensä menettäneen Cranen Arkhamista, mutta Batman saapuu paikalle ja kertoo Gordonille, että Ra’s al Ghul suunnittelee höyrystävänsä vedenjakeluun kaadetun pelkomyrkyn Wayne Enterpriseselta varastetulla mikroaaltolaitteella. Batman paljastaa henkilöllisyytensä Rachelille. Ra’s al Ghul on metrojunan kyydissä päästäkseen Wayne Towerin luokse, koska pilvenpiirtäjän alapuolella sijaitsevan Gothamin päävesijohdon räjähdys voisi saastuttaa koko kaupungin hermomyrkyllä. Batman kukistaa Ra’s al Ghulin ja Gordon katkaisee raiteen. Juna syöksyy alas ja ylikuormittunut mikroaaltolaite räjähtää tulipallona. Batmanista tulee sankari ja Bruce tekee Lucius Foxista Wayne Enterprisesin toimitusjohtajan. Rachel sanoo Brucelle, ettei hän voi jatkaa suhdetta, kunnes Batman on tehnyt tehtävänsä.
Loppukohtauksessa komisarioksi ylennetty Gordon kutsuu Batmanin paikalle Lepakkosignaalilla ja kertoo hänelle, että Crane ja puolet Arkhamin mielisairaalan vangeista ovat yhä karkuteillä. Gordon kertoo myös kaupungilla riehuvasta psykopaatista, joka on jättänyt rikospaikalle jokeripelikortin. Batman lähtee jahtaamaan kyseistä rikollista.