Mongolian historia
Siirtymävaiheen Mongolia > Paluu paimentolaisuuteen

Yuan-dynastian kukistuminen muodosti toisen käännekohdan mongolien historiassa. Vaikka Ming-dynastia tuhosi Karakorumin, kiinalaiset eivät koskaan saaneet Mongoliaa hallintaansa. Yli 60 000 mongolia vetäytyi takaisin Mongolian sydänmaille, mikä toi muutoksia näennäiseen feodaaliseen järjestelmään. Mongolien yhtenäisyys hajosi, mutta alueelta alkoi nousta uusia johtajia, joiden ei enää edellytetty polveutuvan Tšingis-kaanista. 1400-luvulle tultaessa merkittäviksi mongoliryhmiksi olivat nousseet Altain alueella eläneet oiratit ja Gobin pohjoispuolella eläneet khalkat. Heidän välillään käytiin pitkä sisällissota vuosina 1400-1454, mikä aiheutti entistä enemmän muutoksia vanhoissa sosiaalisissa ja poliittisissa instituutioissa. Vuosisadan puoliväliin mennessä Esen Taishin johtamat oiratit olivat nousseet alueen hallitsevaksi voimaksi, ja he onnistuivat yhdistämään suuren osan Mongoliasta.
Kun oiratit olivat nousseet Mongolian voimakkaimmaksi mahdiksi, he jatkoivat sotaa Ming-dynastiaa vastaan. Esen Taišin joukot olivat niin menestyksekkäitä, että vuonna 1449 tekemällään ryöstöretkellä Pohjois-Kiinaan, he saivat panttivangiksi Ming-keisari Zhengtongin. Ming-dynastia ei taipunut lunnasvaatimuksiin, vaan valtaistuimelle nostettiin uusi keisari. Tämän jälkeen oiratit vapauttivat Zhengtongin ilmaiseksi aiheuttaakseen sekaannusta Ming-dynastian keskuudessa.
Oiratien valta-asema alkoi horjua Esen Taishin kuoltua. Seuraavaksi voimakkaaksi mongolipäälliköksi nousi Dajan-kaani. 1400-luvun loppuun mennessä hän oli muodostanut kansojen liittouman, jonka alue käsitti suuren alueen Pohjois- ja Keski-Aasiasta, Uralvuorten ja Baikaljärven välissä. Tämän jälkeen hän laajensi alueitaan itään valloittaen loput khalka-mongolien asuinalueista. Dayan khanin kuoltua sekä oiratit että khalkat hajosivat jälleen vähäpätöisiin ja riitaisiin heimoryhmiin. Heitä yhdisti ainoastaan vihamielisyys Ming-dynastiaa kohtaan.
Sota Kiinan Ming-dynastiaa vastaan jatkui jälleen, kun mongolipäällikkö Altan-kaanin onnistui vuoteen 1552 mennessä yhdistää riitaisat mongoliheimot yhteiseksi rintamaksi. Hänen joukkonsa jatkoivat sotaa Ming-dynastiaa vastaan, mutta Altan sai myös huomata että mongolien oli mahdotonta kukistaa Ming-dynastiaa ja palauttaa mongolivaltaa Kiinaan. Altan teki tämän mukaisesti sopimuksen Ming-keisarin kanssa vuonna 1571, mikä päätti yli kolme vuosisataa kestäneen taistelun.
Altan-kaanin aikana mongolivalta oli suurimmillaan Yuan-dynastian romahtamisen jälkeen. Hänen aikanaan mongolit levittivät vaikutusvaltaansa Tiibetiin, missä Altan-kaani omaksui buddhalaisuuden. Vuonna 1586 Mongoliaan perustettiin ensimmäinen luostari lamaistinen luostari ja lamalaisesta buddhalaisuudesta tehtiin valtionuskonto. Mongoliylhäisö oli jo tätä ennen omaksunut buddhalaisuuden, mutta koko kansakuntaa ei ollut vielä käännytetty buddhalaisuuteen. Buddhalaisuuden myötä Mongoliassa alkoi yleistyä lukutaito, kun tiibetin kielisiä pyhiä tekstejä tulkittiin. Mongoliylimystö oli kaivannut lukutaitoista yhteiskuntaluokkaa hallinnollisen byrokratian aikaansaamiseksi. Kiinan kielen käytössä oli ollut riskinsä, sillä se tarkoitti sitä että mongolien hallitseva eliitti saatettiin rinnastaa kiinalaisiin. Tiibet oli kuitenkin liian heikko hallitsemaan Mongoliaa, joten tiibetin kieli hallintokielenä hyväksyttiin. Tämä johti ajan myötä siihen, että monet mongolialaiset lamat osasivat kirjoittaa tiibetiksi, mutta eivät omalla äidinkielellään mongoliksi.