Fredrik II (keisari)
Keisari > Konfliktit Saksassa ja uudet kiistat paavin kanssa

Vuodesta 1231 alkaen Fredrikin ja hänen poikansa Henrikin näkemyserot Saksassa noudatettavasta politiikasta voimistuivat. Henrik oli jatkanut isänsä jäljillä ruhtinaita vastaan. Nyt keisari tarvitsi kuitenkin liittolaisia paavia vastaan – siksi hän julisti usein poikansa antamia määräyksiä pätemättömiksi. Lopulta Henrik liittoutui Lombardian kaupunkien sekä useiden keisarinvastaisten saksalaisylimysten kanssa. Näiden joukossa merkittävimpiä olivat Augsburgin, Würzburgin, Wormsin, Speyerin ja Strassburgin piispat sekä Fuldan apotti.
Paavi Gregorius IX julisti keisarin pojan kirkonkiroukseen ja keisari lähti Saksaan. Heti hänen saavuttuaan maahan keisarinvastainen nousu talttui lähes taisteluitta. Vuonna 1235 Wormsissa Henrik joutui tuomiolle. Hänen liittolaisensa armahdettiin, kuninkaan poika sen sijaan tuomittiin viralta ja vankeuteen Sisiliassa. Saman vuoden elokuussa Fredrik julisti Mainzin valtiopäivillä yleisen maanrauhan. Valtakunnanpäivien päätöksissä korostettiin kuninkaan asemaa ns. regalioiden, kuninkaallisten etuoikeuksien, haltijana. Lisäksi painotettiin Fredrikin asemaa ylimpänä tuomarina ja perustettiin valtakunnan hovituomarin virka. Uudelleenjärjestelyjen esikuvana olivat Fredrikin uudistukset Sisiliassa. Kuitenkin Fredrikin tavoitteet olivat vain osin toteutettavissa asemastaan tietoisten ruhtinaiden vastustuksen vuoksi. Seuraavana vuonna suunniteltua keskitettyä taloushallintoa ei koskaan saatu toteutettua. Vuonna 1237 Fredrik valitutti poikansa Konrad IV:n Wienissä uudeksi kuninkaaksi ja tulevaksi keisariksi epäonnistuttuaan Mainzin valtiopäivillä tässä suhteessa.
Saksassa Fredrikin ja paavin intressit olivat yhteneväisiä – näkemykset joutuivat kuitenkin ristiriitaan etelässä. Gregorius IX suunnitteli yleisen asetuskokoelman laatimista Sisiliaa varten. Fredrik pyrki toimimaan nopeammin vahvistaakseen omaa asemaansa Sisiliassa ja profiloituakseen lainsäätäjänä. Siksi hänen aloitteestaan laadittiin pikaisesti lakikokoelma, joka tunnetaan Melfin konstituutioiden nimellä. Lainsäätäjänä Fredrik näki itsensä antiikin roomalaisen tradition jatkajana.
Fredrikin vaatimukset Lombardian ja Milanon suhteen käynnistivät konfliktin viimeisen kuuman vaiheen, johon yhdistyi voimakkaita eskatologisia piirteitä. Vuonna 1236 keisari julisti sodan valtakunnan ja itsenäisten kaupunkien välille. Lombardialaiset eivät halunneet purkaa kaupunkiliittoaan, mitä keisari vaati. Syksyyn 1237 mennessä kumpikaan osapuolista ei kyennyt ratkaisemaan konfliktia sotilaallisesti. Vasta marraskuussa 1237 keisari ratkaisi Cortenuovan taistelussa sodan hyväkseen. Hän vaati Milanoa antautumaan ehdoitta, mihin ei suostuttu. Edes palkkasotilain vahvistettu armeija ei kyennytkään lopullisesti pakottamaan Milanoa ja muita kaupunkeja tahtoonsa.
Samanaikaisesti kiista paavin kanssa kiristyi edelleen. Enzio, Fredrikin vanhin avioton poika, avioitui lokakuussa 1238 Sardinian kuningaskunnan perijättären kanssa ja otti itselleen saaren kuninkaan arvonimen. Pyhä istuin piti itseään Sardinian lääninherrana eikä paavi tunnustanut Enzion asemaa. Vielä merkittävämpi oli kuitenkin eturistiriita Bysantin suunnalla. Paavin toiminta tähtäsi vuoden 1237 ristiretkeen, jonka oli tarkoitus tukea latinalaisen keisari Balduin II:n taistelua Bysantin keisari Johannes III:ta vastaan. Italian sodissa Fredrikillä oli ollut käytössään bysanttilaisia palkkasotilaita. Vastineeksi hän sulki useita satamia, mikä hankaloitti ristiretkelle lähtemistä. Paavi ryhtyi vastaiskuun: propagandakampanjassa Fredrik samastettiin Antikristukseen, hän välitti Genovan ja Venetsian välille liittosopimuksen. Liitto loi laivaston, jolle olisi mahdollista uhata myös Sisiliaa. Paavi onnistui myös kukistamaan Rooman kaupungissa keisarimielisen aateliston ghibelliinipuolueen.
Tässä jännittyneessä tilanteessa kuolivat alkuvuonna 1239 sekä Saksalaisen ritarikunnan suurmestari Hermann Salzalainen sekä kardinaali Tuomas Capualainen, jotka olivat toimineet välittäjinä keisarin ja paavin välisissä neuvotteluissa. Vastakkainasettelu kiristyi vielä, kun Fredrik osoitti maaliskuussa 1239 kardinaalikollegiolle kirjeen, jossa hän syytti Gregorius IX:n liittoutuneen kapinallisten lombardikaupunkien kanssa. Paavi vastasi uudella pannajulistuksella kymmenen päivää myöhemmin. Keisaria suomittiin harhaoppisuudesta.