Elisabet I
Elisabet ja Skotlannin kuningatar

Maria Stuartin aviomies, Ranskan kuningas Frans II kuoli vuonna 1560. Hyvin pian kuoleman jälkeen kuningataräiti Katariina de’ Medici hoputti miniäänsä palaamaan Skotlantiin. Koska Maria piti itseään Englannin todellisena kuningattarena eikä suostunut tunnustamaan Elisabetin asemaa, Elisabet ei antanut Marian palata Skotlantiin Englannin kautta. Estääkseen Mariaa avioitumasta Englannille vihamielisen ulkomaisen puolison kanssa Elisabetin tavoitteena oli naittaa hänet lojaalille englantilaismiehelle. Vahvana vaihtoehtona tähän tehtävään oli Robert Dudley. Tehdäkseen Dudleysta kiinnostavamman Marian silmissä Elisabet antoi miehelle Leicesterin jaarlin arvonimen. Skotlannin kuningatar kiinnostui kuitenkin enemmän Margaret Douglasin pojasta, Henry Stuartista, arvonimeltään lordi Darnley, jolla oli itselläänkin vaatimuksia Englannin kruunuun, sillä hänen isoäitinsä oli Margareeta Tudor.
Marian ja Margaret Douglasin pyynnöstä kuningatar antoi Darnleyn matkustaa Skotlantiin 1565 perheasioiden varjolla. Samana vuonna Maria ilmoitti Elisabetille avioituvansa Darnleyn kanssa. Elisabet kielsi liiton jyrkästi, koska Darnleyn katolisuuden takia avioliitto oli suuri uhka Elisabetille ja vahvisti Marian vaatimuksia Englannin kruunuun. Kiellosta huolimatta Maria avioitui 29. kesäkuuta 1565 Edinburghissa. Viikoissa tuore puoliso suututti suuren osan Skotlannin aatelisista ylimielisyydellään ja sisällissota vaikutti väistämättömältä. Raivostunut Elisabet vaati Mariaa tekemään rauhan protestanttisen velipuolensa Morayn jaarlin kanssa, jolle hän tarjosi taloudellista apua.
Moray ja muut kapinoivat aateliset pakenivat Englantiin Marian armeijaa. Elisabet kieltäytyi sotkeutumasta konfliktiin aseellisesti, mutta antoi Morayn jäädä turvaan Englantiin. Samoihin aikoihin Darnleyn ikävä luonne oli paljastunut myös Maria Stuartille: Maria tukeutui sihteeriinsä David Rizzioon, joka sai pian paljon valtaa Skotlannin hovissa. Mustasukkainen Darnley tappoi salaliittolaisineen Rizzion vuonna 1566 raskaana olevan Marian silmien edessä. Tapahtuman jälkeen puolisot etääntyivät toisistaan ja Maria alkoi hakea tukea Moraylta. Maria synnytti terveen pojan, Jaakon, jonka kummiksi Elisabet suostui siitäkin huolimatta, että syntymä vahvisti Marian vaatimuksia Englannin kruunuun.
Darnley murhattiin 1567 ja epäilykset kohdistuivat Mariaan ja protestanttiseen Bothwellin jaarliin. Samana vuonna Bothwell Marian oman väitteen mukaan sieppasi Marian Dunbariin ja raiskasi hänet, minkä jälkeen Maria ei voinut enää kieltäytyä avioliitosta. Skotlannin aatelisto ei hyväksynyt liittoa ja aloitti aseellisen hyökkäyksen kuningatartaan vastaan, minkä seurauksena Maria saatiin kiinni ja asetettiin vartioinnin alaiseksi. Elisabet ei voinut hyväksyä alamaisten nousua hallitsijaansa vastaan ja vaati Marian palauttamista asemaansa. Yleinen mieliala oli kuitenkin Mariaa vastaan, ja hänet siirrettiin syrjään poikansa tieltä. 29. kesäkuuta vauvaikäinen Jaakko kruunattiin Stirlingissä protestanttisten menojen mukaan.
2. toukokuuta 1568 Maria karkasi vankilastaan ja pakeni Englantiin. Hänen saapumisensa aiheutti ongelman Englannin hallinnolle seuraavaksi kahdeksi vuosikymmeneksi. Hänet asetettiin heti saapumisensa jälkeen kotiarestiin. Elisabet ei halunnut lähteä sotaan Skotlantia vastaan Marian puolesta, mutta vapaana Englannissa tämä olisi inspiraationa jokaiselle tyytymättömälle katoliselle.
Jo seuraavana vuonna maan pohjoisosissa alkoi kyteä katolisten salaliitto, ja Espanja yllytti puhjenneita kapinoita. Muualla Englannissa katoliset olivat uskollisia Elisabetille, mutta pohjoinen ei ollut koskaan täysin hyväksynyt uskonnollisia muutoksia. Pohjoisen vaikutusvaltaiset katoliset Northumberlandin ja Westmorlandin jaarlit alkoivat organisoida suuria kokoontumisia, joiden perimmäinen tarkoitus oli lietsoa kapinamielialaa. Ranska oli luvannut tukea kapinallisille. Kapina oli vaarallisin, jonka Elisabet oli kuningattarena kokenut. Marraskuussa pohjoisen jaarlit saivat liikkeelle 2 500 hengen kapinallisjoukon, joka marssi kohti etelää tavoitteenaan vapauttaa Maria Stuart. Marian olinpaikkaa siirrettiin, ja kapinaliike alkoi hajota jo joulukuussa, kun kapinalliset joutuivat pakenemaan noin 28 000 miehen vahvuista kuninkaallista armeijaa. Elisabet halusi antaa esimerkin kapinoinnin seurauksista ja rankaisi kapinoivia alueita ankarasti: helmikuuhun 1570 mennessä 600–750 aatelitonta oli hirtetty ja 200:lta alempaan aatelistoon kuuluvalta oli takavarikoitu heidän omaisuutensa. Westmorland ehti paeta Flanderiin, mutta Northumberland teloitettiin Yorkissa.
Vuonna 1571 Espanjan kuningas Filip II ja paavi antoivat Maria Stuartille tukensa salaliittoon, jonka tarkoituksena oli syöstä Elisabet vallasta katolisten joukkojen hyökätessä maahan ja nostaa Maria ja lordi Norfolk hänen paikalleen. William Cecil, nyt arvoltaan lordi Burghley, sai vihiä asiasta, ja kansallisen turvallisuuden nimissä parlamentti sääti lakeja, joiden mukaan Elisabetin aseman kieltäminen Englannin laillisena kuningattarena samoin kuin hänen kutsumisensa kerettiläiseksi oli valtiopetos. Krusifiksit, rukousnauhat ja uskonnolliset kuvat kiellettiin. Katoliset, jotka olivat paenneet ulkomaille, määrättiin palaamaan kotiin kuuden kuukauden sisällä sen uhalla, että he muuten menettäisivät omaisuutensa. Salaliittolaisten suunnitelma oli, että Alban herttua Fernando Álvarez de Toledo hyökkäisi joukkoineen Alankomaista Englantiin ja miehittäisi Lontoon. Norfolkin tehtävä olisi lietsoa Englannin katoliset mukaan salaliittoon. Alba kuitenkin kieltäytyi käyttämästä joukkojaan ja salaliitto tyrehtyi. Norfolk jäi kiinni rahalähetyksistä ja salakirjoitetuista viesteistä Marialle, ja hänet pidätettiin. Norfolk teloitettiin Towerissa lopulta 31. toukokuuta Elisabetin epäröityä tuomiota pitkään. Salaliiton paljastumisen jälkeen Elisabetin asenne Mariaa kohtaan koveni eikä enää koskaan harkinnut Marian palauttamista Skotlannin valtaistuimelle.
Katolinen pappiskokelas Gilbert Gifford pidätettiin 1585 hänen saavuttuaan Ranskasta. Hänen oli ollut määrä luoda uudestaan katkenneet yhteydet ranskalaisten liittolaisten ja Maria Stuartin välillä. Francis Walsingham lahjoi Giffordin välittämään kaikki ulkomailta Marialle tulevat kirjeet hänen kauttaan. Walsinghamin sihteeri Thomas Phelippes tulkitsi, kopioi ja lähetti kirjeet edelleen niiden määränpäähän. Kirjeet salakuljetettiin Marialle oluttynnyreissä. Seuraavana vuonna Espanjan Filip otti yhteyttä paavi Sixtus V:een ja pyysi kirkon siunausta hyökkäykselle Englantia vastaan. Siunaus annettiin taloudellisen avun kanssa. Filip suunnitteli antavansa Englannin hallinnan tyttärelleen Isabella Clara Eugenialle. Suunnitelma tuli ilmi Marian Espanjan lähettiläs Mendozalle osoitetussa kirjeessä, jossa Maria antoi tukensa hyökkäykselle, ja kirjeestä, joka oli lähetetty hänen tukijalleen Charles Pagetille. Pagetin vastauksessa kerrottiin, kuinka pappi John Ballard oli saapunut Englantiin järjestääkseen paikallisten katolisten kapinan Elisabetia vastaan. Ballard oli houkutellut salaliittoon mukaan rikkaan katolisen Anthony Babingtonin, joka suunnitteli murhaavansa kuningattaren kuuden ystävänsä avustuksella.
Walsingham sai tarvittavat todisteet Mariaa vastaan tämän ja Babingtonin välisistä kirjeistä. Saadakseen tiedot salaliittolaisista Walsingham väärensi Marian kirjeeseen jälkikirjoituksen, jossa pyysi nimeämään kaikki salaliittoon osallistuvat. Myöhemmin Marian tukijat väittivät, että koko raskauttava kirje oli väärennös. Tämän kirjeenvaihdon paljastaminen on myös varhainen esimerkki salauskoodin murtamisesta matemaattisin keinoin.
Elokuuhun mennessä Walsinghamilla oli tarvittavat todisteet Marian teloittamiseen ja Ballard, Babington sekä Skotlannin kuningatar pidätettiin. Babington ja viisi muuta salaliittolaista teloitettiin 20. syyskuuta ja loput seitsemän päivää myöhemmin. Elisabet olisi halunnut säästää Marian hengen, mutta kansa ja hänen neuvonantajansa vaativat kuolemantuomiota. Skotlannin kuningattarelle järjestettiin oikeudenkäynti, jonka tuomiovaltaa Maria kieltäytyi tunnustamasta. Oikeudenkäynnissä hän kielsi tietäneensä salaliitosta ja väitti raskauttavien kirjeiden olevan väärennettyjä. Tuomarit totesivat Marian syylliseksi, mutta tuomion pystyivät julistamaan vain parlamentti ja Englannin kuningatar. Parlamentti vaati kuolemaa, mutta vastahakoinen Elisabet viivytteli kuolemantuomion allekirjoittamisessa; hän tiesi sen olevan välttämätön toimi, mutta ei halunnut olla vastuussa sen täytäntöönpanossa.
Elisabet allekirjoitti lopulta 1. helmikuuta 1587 määräyksen ja antoi sen William Davisonille lähetettäväksi eteenpäin ohjeistuksella, että Maria oli teloitettava mahdollisimman pian. Seuraavana päivänä Elisabet lähetti sanan Davisonille ja kielsi lähettämästä määräystä ennen kuin he olisivat keskustelleet asiasta uudelleen. Davison pelkäsi kuningattaren muuttavan taas mielensä, ja neuvosto kutsuttiin pikaisesti hätäkokoukseen, jossa päätettiin, että allekirjoitettu määräys lähettäisiin toimeenpantavaksi Elisabetin pyynnöstä huolimatta. Skotlannin kuningatar Maria Stuart teloitettiin Fotheringayn linnassa 8. helmikuuta 1587. Elisabet sai tiedon teloituksesta päivää myöhemmin ja joutui hysteeriseen tilaan. Hän osoitti aitoa katumusta ja surua, mutta samalla pelkäsi Jumalan rangaistusta teostaan ja kansainvälisen maineensa menetystä. Katolinen Eurooppa protestoikin jyrkästi teloituksen takia. Elisabet kieltäytyi ottamasta kuolemaa omille niskoilleen ja syyllisti asiassa neuvonantajansa. Davison lähetettiin Toweriin.