Arthur Seyss-Inquart
Alankomaiden valtakunnankomissaari

Nykyisten Benelux-maiden antauduttua Seyss-Inquart nimitettiin valtakunnankomissaariksi (Reichskommissar) miehitettyyn Alankomaihin toukokuussa 1940, tehtävänään johtaa siviilihallintoa, mahdollistaa läheinen taloudellinen yhteistyö Saksan kanssa ja puolustaa Saksan etuja. Hän tuki Hollannin kansallissosialistista liikettä (Nationaal-Socialistische Beweging) ja salli heidän muodostaa puolisotilaallisia joukkoja, jotka toimivat poliisivoimien apuna. Muut poliittiset puolueet kiellettiin vuoden 1941 loppupuolella ja monet entiset virkamiehet vangittiin. Seyss-Inquart johti itse hallintoa lähes joka tasolla ja pyrki politisoimaan kaikkea shakkiyhdistyksistä lähtien.
Hän vastasi toukokuussa 1943 puhjenneisiin laajoihin lakkoihin terrorikampanjalla ja summittaisilla sotaoikeudenkäynneillä sekä kollektiivisella 18 miljoonan guldenin sakolla. Alankomaiden vapauttamiseen mennessä hän oli vahvistanut noin 800 ihmisen teloituksen, joissain lähteissä yli 3 500 mukaan lukien ”panttivankilain” perusteella teloitetut, lähellä vapautumista olevien poliittisten vankien kuolemat, Puttenin tapauksen ja SS-poliisijohtaja H. Rauteria vastaan tehdystä hyökkäyksestä kostoksi teloitetut 230 hollantilaista. Heinäkuussa 1944 suurin osa hänen valtaoikeuksistaan siirrettiin Alankomaiden sotilaskomentajalle ja Gestapolle.
Alankomaissa oli kolme suurta keskitysleiriä – Vught, Amersfoort ja ”juutalaisten kokoamisleiri” Westerborkissa; myös useita muita pienempiä leirejä oli eri hallinonalojen hoidettavana. Näihin kuului ”vapaaehtoisen työvoiman rekrytointi” -leiri Ommenissa. Yhteensä kaikkiaan noin 530 000 hollantilaista siviiliä työskenteli saksalaisille ja näistä 250 000 lähettiin tehdastyöhön Saksaan. Seyss-Inquart yritti lähettää kaikki 21–23-vuotiaat työläiset Saksaan, mutta yritys ei onnistunut, vaikkakin hän torjui vuonna 1944 vaatimukset lähettää 250 000 työläistä lisää ja yhteensä tuona vuonna lähettiin vain 12 000 ihmistä.
Seyss-Inquart oli avoimesti antisemitisti ja saapuessaan Alankomaihin hän pyrki välittömästi poistamaan kaikki juutalaiset virkamiehistöstä, tiedotusvälineistä ja johtavista asemista yrityksissä. Juutalaisvastaiset toimenpiteet kiihtyivät vuodesta 1941 alkaen ja 140 000 juutalaista rekisteröitiin sekä aloitettiin juutalaisten eristäminen ghettoihin ja leireille. Helmikuussa 1941 1 000 juutalaista lähetettiin Buchenwaldin ja Mauthausenin keskitysleireihin. Myöhemmin Hollannin juutalaiset lähetettiin Auschwitzin tuhoamisleirille. Kaikkiaan hän on vastuussa 117 000 juutalaisen toimittamisesta keskitysleireille. Sodasta selvisi vain 13 500 kaikista 140 000 rekisteröidystä.
Kun liittoutuneet etenivät Alankomaihin, käynnisti natsihallinto poltetun maan taktiikan ja päästi veden tulvimaan alaville maille, mitä suurin osa maata oli. Siviiliväestö joutui kärsimään lähes nälänhätää syyskuusta 1944 vuoden 1945 alkupuolelle, sillä suurin osa viljelysmaata oli käyttökelvotonta ja kuljetuskalustoa siviilien ruokakuljetuksiin oli niukasti, jonka seurauksena lähes 30 000 hollantilaista kuoli nälkään. Seyss-Inquart pysyi valtakunnankomissaarina aina 8. toukokuuta 1945 saakka, jolloin hänet pidätettiin Hampurissa.