Portal 2
Juoni

Portal 2 sijoittuu määrittämättömän ajan päähän ensimmäisestä Portalista Aperture Sciencen tutkimuslaitokseen. Ensimmäisen osan lopussa näytetyn GLaDOSin (Genetic Lifeform and Disk Operating System) tuhoutumisesta huolimatta järjestelmä on edelleen ”elossa”. Pelaaja ohjaa edelleen samaa päähenkilöä, Chelliä, jonka ensimmäisen osan jälkeenpäin muutetussa lopussa tuntematon robotti raahaa pois tuntemattomaan sijaintiin. Tutkimuslaitosta ei ole korjattu räjähdyksen jälkeen, vaan sen ovat vallanneet kasvustot. Pelaaja on pelin aikana vuorovaikutuksessa useiden GLaDOSista irtautuneiden ”persoonaydinten” kanssa. Persoonaytimet ovat itsenäistyneet järjestelmästä ja aktivoituneet vuosien aikana, ja ne ovat luoneet tutkimuslaitoksen sisään useita mikrokosmoksia keskuksen automaattisen järjestelmän avulla.
Pelin alussa Chell löytää itsensä hotellihuoneesta, jossa konemainen ääni ohjaa hänet muutaman testin läpi ja laittaa tämän jälkeen hänet takaisin nukkumaan. Herätessään uudestaan useita vuosia on kulunut huonekalujen rapistuneen kunnon perusteella. Yksi irtaantuneista persoonaytimistä, Wheatley, auttaa Chelliä pakenemaan huoneesta, joka paljastuukin kontiksi valtavassa varastossa. Lopulta Chell päätyy Aperturen tutkimuslaitoksen testikammioihin. Pian Wheatley ja Chell kohtaavat lepotilassa olevan GLaDOSin, jonka Wheatley herättää vahingossa. GlaDOSin herättyä hän huomaa heidät ja syyttää Chelliä murhaamisestaan vuosia aikaisemmin lähes tappaen Wheatleyn ja heittää Chellin kuiluun. Chell löytää kuilun pohjalta täysin toimivan portaaliaseen.
GLaDOS alkaa rakentaa raunioitunutta tutkimuslaitosta uudelleen ja laittaa Chellin suorittamaan sinne lisää testejä. Wheatley kuitenkin ilmestyy Chellille salaa testien aikana paljastaen selviytyneensä lintujen ansiosta ja pelastaa Chellin kesken viimeisten testien auttaen häntä pakenemaan. Chell ja Wheatley yhdessä sammuttavat GLaDOSin tykkipuolustusjärjestelmät ja hermomyrkynhallintakeskuksen. Chellin päästyä GLaDOSin kammioon hän onnistuu kytkemään Wheatleyn GLaDOSin tilalle painamalla nappia, jolloin Wheatley onnistuu ottamaan koko tutkimuslaitoksen haltuunsa. Wheatley irrottaa GLaDOSin ytimestään ja kytkee hänet perunaparistoon. Wheatley on päästämässä Chellin pois hissillä, mutta silloin GLaDOS paljastaa Wheatleyn todellisen tarkoitusperän: hän on ”älykkyydenvaimennusydin”, jonka ainoa tarkoitus oli hidastaa GLaDOSin kehitystä kertomalla hänelle jatkuvasti huonoja ideoita. GLaDOS haukkuu Wheatleyta idiootiksi, mikä suututtaa Wheatleyn, ja tämä paiskaa raivoissaan GLaDOSin päin hissiä joka romahtaa alas Chell mukanaan.
Chell ja GLaDOS putoavat kilometrien pituista hissikuilua alas aivan valtavan laitoksen pohjalle. Havahduttuaan Chell joutuu kulkemaan läpi Aperturen 1900-luvulla valmistettujen maanalaisten testikammioiden. Vanhoissa Aperturen tiloissa Chelliä ohjaa GLaDOSin tai Wheatleyn sijaan yhtiön edesmenneen toimitusjohtajan, Cave Johnsonin, ääni. Chell löytää perunaan vangitun, omituisen tunteellisen GLaDOSin kammioiden valvontahuoneesta. He liittoutuvat väliaikaisesti, ja Chell kytkee GLaDOSin portaaliaseeseen jatkaen eteenpäin. Paljastuu, että GLaDOS on todellisuudessa Cave Johnsonin entinen avustaja Caroline, jonka persoonallisuus on ladattu tietokonejärjestelmään Johnsonin kuoltua kuukivimyrkytykseen. Johnsonin viimeisen viestin innoittamina Chell ja GLaDOS päättävät palata uuden Aperturen tiloihin ja tuhota Wheatleyn. Tässä osassa peliä esitellään myös Aperturen kehittelemät "liikkumisgeelit", joista sininen geeli on erittäin kimmoisaa, oranssi geeli liukasta ja valkoiseen geeliin voi laittaa portaaleja.
Päästyään takaisin Chell ja GLaDOS kohtaavat Wheatleyn teleruudun välityksellä, ja tämä laittaa Chellin suorittamaan itse huonosti suunnittelemiaan testejä. Käy ilmi, ettei Wheatley ole onnistunut pitämään tutkimuskeskuksesta laisinkaan huolta, ja on jopa laiminlyönyt laitoksen ydinreaktorin hoitamisen, minkä seurauksena koko keskus on tuhoutumassa. Testien aikana Wheatley ohjaa Chelliä ja GLaDOSia lähemmäs piilopaikkaansa, mitä kaksikko luulee jälleen yhdeksi Wheatleyn huonoista ajatuksista, mutta yllättäen hän kuljettaakin heidät ansaan ja kertoo löytäneensä kaksi robottia korvaamaan Chellin. Wheatley yrittää tappaa Chellin ja GLaDOSin, mutta nämä pakenevat valkoisen liikkumisgeelin avulla ja pääsevät pitkän takaa-ajon seurauksena kammioon, jossa Wheatley on. Portaalien, geelien ja pommien avulla Chell onnistuu kytkemään kolme viallista persoonaydintä Wheatleyhyn, jolloin ytimenvaihdosprosessi käynnistyy, mutta Wheatley on miinoittanut vaihtoon tarvittavan napin ja lyö Chellin maahan pommilla. Ihme kyllä Chell selviää ja tajuttuaan valkoisen geelin olevan samaa ainesta kuin kuukivet hän onnistuu tekemään portaalin kuuhun, josta seuranneet ilmanpaine-erot imaisevat hänet ja Wheatleyn mukaansa. GLaDOS saa laitoksen hallintaansa juuri ennen sen tuhoutumista, pelastaa Chellin ja paiskaa Wheatleyn avaruuteen. Chellin havahduttua GLaDOS kiittää häntä ja päästää hänet lopullisesti pois tutkimuslaitoksesta hissin avulla tajuttuaan hänen tappamisensa olevan liian vaikeaa, mutta poistaa ensin itsestään Carolinen persoonallisuuden palautuen omaksi, tunteettomaksi itsekseen. Tykkien oopperaesityksen säestämänä Chell kulkee oven kautta viljapellolle, kun GLaDOS tekee vielä yhden yllätyksen ja palauttaa hänelle apurikuution, jonka Chell aiemmin joutui tuhoamaan. Tämän jälkeen kuullaan GLaDOSin laulama laulu "Want You Gone" ja näytetään kuvaa avaruudessa leijuvasta Wheatleystä, joka pyytää pelaajalta anteeksi tekojaan.
Pelin yhteistyökampanjassa esitellään kaksi uutta hahmoa. Yhteistyökampanjalla on oma yksinpelistä erillinen tarinansa ja ympäristönsä. Hahmot, Atlas ja P-body, ovat muunneltu persoonaydin ja tykkirobotti, joilla molemmilla on oma portaaliaseensa. Hahmot, jotka ovat aiemmin olleet osana tutkimuslaitosta, ovat itsenäistyneet GLaDOSista, mutta joutuvat suorittamaan testejä GLaDOSin testikammioissa. Vaikka yhteistyökampanjan tarina sijoittuu kronologisesti yksinpelin tarinan jälkeiseen aikaan ja niillä on yhteneväisyyksiä, kampanjoita ei tarvitse suorittaa missään tietyssä järjestyksessä. Yhden testin aikana pääkampanjassa pelaaja voi nähdä vilauksen P-bodystä. Yhteistyökampanjan lopussa Atlas ja P-body löytävät kammion, jossa on tuhansia koehenkilöitä staasitilassa. GLaDOS kiittää heitä sanoen heidän pelastaneen tieteen. Atlas ja P-body alkavat tanssia innoissaan ja GLaDOS tuhoaa heidät myöhempää kokoamista varten.