Kingdom Hearts 3D: Dream Drop Distance
Juoni

Vaikka Xehanortin sydämetön, ”Ansem”, ja ei-kukaan, Xemnas, ovat tuhottu, heidän tuhonsa seurauksena Xehanortin todellinen minä, mestari Xehanort, tekee paluuta. Yen Sid on kutsunut Soran ja Rikun Salaperäiseen torniin (engl. Mysterious Tower) suoritettamaan Mestaruuden merkkiä (Mark of Mastery), jotta nämä saisivat keyblade-mestarin arvon ja osoittaisivat olevansa valmiita pysäyttämään Xehanortin.
Suorittaakseen kokeen, Soran ja Rikun on lähdettävä etsimään maailmat, jotka ”Ansemin” tuhon jälkeen olivat valoon palaamisen sijasta jääneet vangiksi uniin ja vapauttaa ne avaamalla seitsemän Unen avaimenreikää. Sydämettömät eivät voi päästä näihin maailmoihin, mutta sinne ruumiillistuneesta pimeydestä syntyneet unensyöjät voivat. Pahat unensyöjät eli painajaiset (Nightmares) syövät unia ja istuttavat painajaisia, kun taas hyvät unensyöjät eli henget (Spirits) syövät painajaisia. Mutta matka alkaa muuttua vaarallisemmaksi, kun salaperäisesti palanneet Xemnas ja "Ansem" ilmestyvät mestari Xehanortin nuorta versiota muistuttavan pojan ohella aiheuttamaan ongelmia.
Samaan aikaan Lea, Axelin ihmismuoto, herää Radiant Gardenissa, jossa heräävät myös neljä Ansem Viisaan oppilasta: Dilan, Even, Aeleus ja Ienzo. Mutta Xehanortista, Braigista sekä Lean ystävästä, Isasta, ei näy jälkeäkään. Lea lähtee etsimään heitä ja kohtaa lopulta Mikin, Akun ja Hessun lähtien heidän mukanaan Yen Sidin puheille.
Avattuaan kaikki Unen avaimenreiät Sora päätyykin Maailmaan jota ei koskaan ollut. Siellä hän saa kuulla Organisaation XIII todellisen tarkoituksen: heidän oli tarkoitus toimia kuorina mestari Xehanortin sydämen palasille ja tulla Xehanortin klooneiksi. Nuori Xehanort oli "Ansemin" opastamana kerännyt tulevia inkarnaatioitaan sekä muita Xehanortin sydämen kuorina toimineita henkilöitä eri aikakausilta muodostaakseen uuden Organisaation. Hän aikoi tehdä Sorasta viimeisen jäsenen ja vajotti tämä koomaan.
Riku päätyy lopulta itsekin kyseiseen maailmaan ja avuksi saapuneen Mikin ohella hän tapaa mestari Xehanortin, joka paljastaa Keyblade-sodassa kauan sitten tuhoutuneen χ-bladen suojelleen Kingdom Heartsia ja pitäneen maailmat siten yhtenäisinä. χ-blade oli tuhoutuessaan jakautunut seitsemäksi valoksi ja kolmeksitoista pimeydeksi. Hän oli ensin yrittänyt virheellisesti luoda uuden χ-bladen Ventusin ja Vanitasin sydämillä. Mutta yritti nyt todellista keinoa kohtaamalla "kolmellatoista pimeyden etsijällään" taistelussa "seitsemän valon vartijaa", joilla hän tarkoitti keybladen käyttäjiä. Kun Xehanort yritti tehdä Sorasta viimeistä klooniaan, Lea tuli paikalle ja esti sen. Akun ja Hessun saavuttua myös apuun, Xehanort ja hänen 11 klooniaan palaavat omiin aikoihinsa menettäen muistonsa, kunnes oli aika kokoontua jälleen.
Nukkuva Sora tuodaan takaisin Salaperäiseen torniin. Riku menee Soran uniin ja vapauttaa Soran sydämen Painajaisen valtaaman Ventusin haarniskan vallasta kohdaten sen jälkeen Destiny Islandsin digitaalisessa versiossa Ansem Viisaan digitaalisen kopion. Ansem kertoo Painajaisen tuhon herättäneen Soran ja antaa Rikulle Soran sydämeen tallenetut tutkimustietonsa. Rikun palatessa Valon maailmaan, hänet julistetaan keyblade-mestariksi, koska uskalsi astua Nukkuviin maailmaan kahdesti. Soraa ei ole epäonnistumisestaan masentunut, vaan hän palaa Nukkuviin maailmoihin tapaamaan kaikkia niitä Henkiä, jotka oli matkansa aikana kohdannut. Lea paljastui tulleensa keybladen käyttäjäksi ja lupaa olla mukana Xehanortin kohtaamisessa.
Pelin salaisessa lopussa Mikki ja Yen Sid päättävät koota seitsemän keybladen käyttäjää estääkseen Xehanortia käyttämästä χ-miekan luomiseen Sydänten Prinsessoja, joiden tuho vajottaisi maailmat pimeyteen. Riku palaa torniin tuoden mukanaan Kairin, jotta tämä voisi harjoitella Kingdom Hearts II:ssa saamansa keybladen käyttöä.