Sonic Adventure 2
Juoni

Tri. Ivo "Eggman" Robotnik hyökkää Prison Islandille G.U.N.:n tukikohtaan etsimään hänen isoisänsä, professori Gerald Robotnikin huippusalaista asetta. Robotnikin onnistuu raivata tiensä holville, jossa tätä asetta säilytetään ja hänen onnistuu hakkeroida holvin ovi auki. Saadakseen käsiinsä tämän aseen, Robotnik asettaa Kaaossmaragdin konsoliin ja näpyttelee salasanan ja alapuolella olevassa kuilussa majaileva kryostaasikapseli avautuu. Kapselin sisältä herää olio, joka on armeijan "huippusalainen ase", Shadow the Hedgehog, joka on ollut syväjäädytettynä noin 50 vuotta. Vapautumisensa jälkeen Shadow tuhoaa vartiorobotin ja käskee Robotnikin tuoda lisää Kaaossmaragdeja ja tavata hänet avaruusasema ARK:illa.
Ei kulu aikaakaan kunnes Shadow varastaa pankin holvista Kaaossmaragdin. Shadowta luullaan Sonic the Hedgehogiksi ja G.U.N. vangitsee Sonicin, joka kuitenkin pakenee G.U.N.in helikopterista, mutta hänet saadaan kiinni pian. Sonic romuttaa G.U.N.:in mechan ja kohtaa Shadown. Sonic jää kiinni uudelleen ja hänet kuljetetaan Prison Islandille vankilaan.
Tällä välin Knuckles the Echidna kiistelee Rouge the Batin kanssa siitä, kummalle Master Emerald-smaragdi kuuluu. Kinastelun tuoksinnassa Robotnik nappaa smaragdin ja aikoo viedä sen pois omiin tarkoituksiinsa, mutta Knuckles estää sen hajottamalla Master Emeraldin sirpaleiksi, jotka leviävät joka paikkaan. Robotnik poistuu ja Knuckles ja Rouge lähtevät kumpikin etsimään smaragdin sirpaleita.
Shadow esittelee Robotnikille suunnitelmansa, tuhota Maailma ARK:in Eclipse Cannonilla, joka on ollut sammutettuna yli 50 vuotta ja he tarvitsevat kaaossmaragdeja saadakseen kanuunan taas käyttökuntoon. Shadow tahtoo tuhota Maailman, koska G.U.N.:in sotilaat tappoivat Maria Robotnikin, joka oli Shadown ainoa ystävä ja Shadow tahtoo kostaa ihmisille ja auttaa näin Robotnikia Maailman tuhoamisessa. Rouge the Bat tarjoutuu etsimään Kaaossmaragdeja ja lyöttäytyy yhteen Shadown ja Robotnikin kanssa.
Shadow, Robotnik ja Rouge suunnittelevat varastavansa Prison Islandin Security Hall-kassakaapistossa sijaitsevat 3 Kaaossmaragdia lisää. Robotnik harhauttaa G.U.N.in joukkoja Rougen varastaessa smaragdit.
Miles "Tails" Prower ei voi uskoa todeksi Sonicin ryöstäneen pankin ja lentää lentokonemechallaan pelastamaan tätä tormäten Amy Roseen, joka on Robotnikin panttivankina.
Tails tunkeutuu vankilaan mechallaan (Cyclone) ja Amy vapauttaa Sonicin vankilasta. Sonic pakenee sataman läpi metsään ja ottaa yhteen Shadown kanssa. Tasaväkinen taistelu päättyy, kun Robotnik kysyy radiopuhelimella missä Shadow viipyy, koska he aikovat räjäyttää saaren. Shadow lähtee noutamaan kassakaappiin lukkojen taakse jäänyttä Rougea ja Sonic varoittamaan Tailsia ja Amya.
Seuraavaksi Robotnik asettaa lunnasvaatimukseksi koko mantereen, joka tulee antaa hänen hallintaansa, uhkausta tehostaakseen he laukaisevat Eclipse Cannonin. ARK on kiviseksi naamioitu tekokuu, joka aktivoituessaan paljastuu puolipalloa muistuttavaksi avaruusasemaksi. Eclipse Cannon laukaistaan ja puolet kuusta räjähtää tämän seurauksena.
Tailsilla on hallussaan yksi seitsemästä Kaaossmaragdista (Tails sai sen palkinnoksi Station Squaren pelastamisesta Sonic Adventure-pelin tapahtumien jälkeen). Koska hely ei reagoi lainkaan toisten smaragdien mahdolliseen läheisyyteen, arvelee hän Robotnikin vieneen loput smaragdit avaruuteen. Tämän selvittämiseksi he yhyttävät Maan presidentin ja jäljittävät mistä Robotnikin signaali tulee hänen ja presidentin keskustellessa videokonferenssissa presidentin istuessa limusiinissaan.
Sonic, Tails, Knuckles ja Amy suuntaavat aavikolle, kohti Robotnikin salaista tukikohtaa, Knucklesin täytyy kuitenkin etsiä avaimet, jotta he pääsevät sisään. Heidän onnistuu päästä sisään ja seuraa taistelu kummitusta ja jättimäistä kivirobottia, Egg Golemia, vastaan. Lopulta he löytävät avaruussukkulan kätkettynä pyramidiin. He nousevat kyytiin ja suuntaavat kohti ARK:ia. Sukkula osuu avaruudessa kelluviin irtokiviin ja sen lastiruuman ovet aukeavat ja kyydissä olleet Master Emeraldin sirpaleet leviävät avaruuteen. Knuckles poistuu kyydistä sekavissa olosuhteissa ja sukkula tormää ARK:iin.
Tails on aiemmin ehtinyt tehdä väärennöksen  Kaaossmaragdista, joka käyttäytyy vastaavasti kuin aitokin. He aikovat antaa pahisten saada tämän väärennöksen haltuunsa, jotta Eclipse Cannon saataisiin pois käytöstä.
Robotnik saa signaalin kahdesta smaragdista ja tajuaa toisen niistä olevan väärennös.
Sonicin onnistuu melkein sijoittaa väärennös muiden smaragdien joukkoon kun Robotnik vaatii häntä saapumaan ARK:in keskus komentohuoneeseen, tai Amyn käy kalpaten. Sonic saapuu paikalle, mutta astuu suoraan Robotnikin ansaan jääden kapselin sisään. Samalla Tails paljastaa vahingossa smaragdin olevan väärennös. Sonic kapseleineen putoaa lattian läpi avaruuteen ja pian seuraa räjähdys.
Knuckles ottaa yhteen Rougen kanssa, tasainen kamppailu päättyy sanaharkkaan ja Rouge on pudota laava-altaaseen. Knucklesin onnistuu pelastaa Rouge putoamasta ja vastenmielisesti Rouge luopuu keräämistään Master Emeraldin sirpaleista. Knuckles eheyttää Master Emeraldin ja he suuntaavat erilleen.
Robotnik havaitsee jonkun suuntaavan kohti Eclipse Cannon-kanuunan kärkeä ja käskee Shadown tutkia tilanteen.
Sonicin onnistuu lopulta viedä smaragdiväärennös Eclipse Cannonin kärkeen Shadown estelystä huolimatta. Samalla käynnistyy Geraldin luoma kosto-toimenpide.
Viimeisessä tarinassa sankarit ja pahikset (paitsi Shadow) lyöttäytyvät yhteen estääkseen ARK:ia putoamasta Maahan. Kanuunan ydin on muuttunut erittäin räjähdysalttiksi, ja osuessaan Maahan se tuhoaisi koko planeetan, eikä Robotnikille jäisi jäljelle mitään hallittavaa. Yhdessä heidän onnistuu päästä läpi kaikista suojista. Amy yhyttää Shadown mietiskelemästä. Hän tivaa miksi Shadow ei auta muita. Lopulta shadow muistaa Marian alkuperäisen toiveen, eikä vain pätkiä hänen viestistään ja päättää auttaa muita.
Sonic ja Knuckles pääsevät huoneeseen, joka muistuttaa jättimäistä Kaaossmaragdien pyhättöä. Edetessään keskelle huonetta, ilmestyy alkuperäinen projekti Shadown prototyyppi, Biolizard tyhjästä. Shadow itse tekee selvää prototyypistä Sonicin ja Knucklesin kerätessä Kaaossmaragdit. Tämän tehtyään Knuckles pysäyttää Kaaossmaragdit Master Emeraldin avulla ja pahoin loukkaantunut Biolizard käyttää Chaos Controllia ja katoaa ilmettyen Eclipse Cannonin kärkeen. Biolizard pitää ARK:in kurssissa kohti Maata.
Sonic ja Shadow muuntautuvat Super-muotoihinsa taistellakseen Biolizardia vastaan avaruudessa.
Biolizardin päihitettyään he siirtävät putoavan ARK:in takaisin kiertoradalleen käyttäen Chaos Controllia. Tämän jälkeen Shadow putoaa kohti maata ja katoaa vaaleanpunaiseen välähdykseen.