Kubo ja samuraiseikkailu
Juoni

Feodalistisessa Japanissa 12-vuotias silmälappua käyttävä poika Kubo huolehtii sairastuneesta äidistään Sariatusta. Hän elättää itsensä ja äitinsä kertomalla tarinoita kadonneesta samurai-isästään Hanzosta taianomaisten origamiensa sekä shamiseninsa soiton avulla. Kubo ei kuitenkaan koskaan onnistu kertomaan tarinaa loppuun, koska Sariatu ei heikentyneen terveytensä vuoksi muista täysin mitä Hanzolle tapahtui. Kubolla ei ole lupaa liikkua ulkona öisin, koska muuten Sariatun siskot ja Kubon tädit Kasaru ja Washi sekä isoisä Kuukuningas, jotka surmasivat Hanzon ja veivät Kubon vasemmanpuoleisen silmän, voisivat muuten löytää Kubon ja viedä häneltä oikeanpuoleisen silmänsä. Eräänä päivänä kylässä juhlitaan Bon-festivaalia, jolloin voi puhua kuolleiden kanssa. Kubo osallistuu, mutta ei pääse puhumaan Hanzon kanssa eikä muista palata kotiin ajoissa. Karasu ja Washi löytävät hänet ja hyökkäävät, mutta Sariatu saapuu suojelemaan häntä. Sariatu lähettää taikavoimillaan Kubon jonnekin, mistä häntä ei ikinä löydettäisi ja neuvoo tätä etsimään isänsä haarniskan. Kubo ehtii samaan mukaansa yhden äitinsä hiuksista.
Kubo herää kaukaisessa maassa, jossa hänen puinen lumiapina-amulettinsa herää henkiin. Apina kertoo Sariatun kuolleen ja kylän palaneen poroksi. Seuraavana aamuna Hanzoon perustuvan origami herää henkiin ja yrittää johdattaa Kubon ja Apinan haarniskan kaikkien kolmen osan jäljille. Matkalla he törmäävät Kuoriaiseen, muistinsa menettäneenseen samuraihin, joka on muuttunut ihmisen ja kovakuoriaisen yhteensulaumaksi ja uskoo olleensa ennen Hanzon palvelija. Kolmikko löytää ”Miekan rikkoutumattoman” luolasta, jota vartioi valtava luuranko. He päätyvät järvelle nimeltä Leveevesi ja ylittävät sen veneellä, jonka Kubo muotoilee lehdistä. Heille selviää, että ”Rintapanssari läpäisemätön” on meren pohjassa ja sitä vartioi merihirviö nimeltä ”Silmien puutarha”. Kuoriainen sukeltaa etsimään sitä ja Kubo lähtee perää. Merihirviön katse lumoaa hänet ja Kubo ymmärtää, Apina onkin hänen äitinsä hengen ottama uusi olomuoto. Kuoriainen pelastaa Kubon ja ottaa myös rintapanssarin mukaansa. Haavoittunut apina surmaa Karasun, joka tuhoaa veneen ennen kuin Kubo korjaa sen taikuudellaan.
Rannassa Apina tunnustaa, että hänen ja hänen sisarensa saivat isältään käskyn tappaa Hanzo, mutta hän petti isänsä rakastuessaan Hanzoon. Sinä yönä Kubo näkee unta sokeasta vanhasta miehestä nimeltä Raiden, joka osoittaa ”Kypärän särkymättömän” olevan Hanzon hylätyssä linnoituksessa. Mutta tämä paljastuu Washin virittämäksi ansaksi. Washi myös paljastaa Kuoriaisen olevan Hanzo, jonka hän ja Karasu olivat kironneet rangaistuksena Sariatun petoksesta. Hän tappaa Kuoriaisen ja Apina uhraa itsensä, jotta Kubo voi käyttää shamiseniaan Washin surmaamiseksi. Mutta kaksi soittimen kielistä katkeavat. Hanzoa esittävä origami näyttää kypärän olevan hänen kotikylänsä kello ja Kubo lähettää itsensä sinne katkaisemalla shamiseninsa viimeisen kielen.
Kylässä Kubo tapaa Raidenin, joka paljastaa olevansa Kuukuningas. Hän tarjoutuu tekemään Kubosta kuolemattoman, jos Kubo luopuu toisestakin silmästään. Kubon kieltäytyessä Raiden muuttuu tuhatjulkaista muistuttavaksi Kuupedoksi ja ajaa takaa sekä Kuboa että eloonjääneitä kyläläisiä. Haarniska osoittautuu tehottomaksi, mutta Kubo virittää shamiseninsa uudelleen äitinsä hiuksella, isänsä jousen narulla ja omalla hiuksellaan. Hän kutsuu kyläläisten menettämien rakkaitten henget, osoittaen muistojen olevan voimakkain taikuus ja suojellen kyläläisiä Kuupedolta. Kuupeto palautuu Raideniksi, joka on menettänyt muistonsa. Kyläläiset väittävät Raidenille tämän olevan kylän kiltein asukas ja hyväksyvät tämän asukkaaksi kylään. Bon-festivaalin jatkuessa Kubo kykenee viimeinkin puhumaan vanhempiensa hengen kanssa. Henget muuttuvat kultahaikaroiksi, jotka lentävät kohti henkimaailmaa.