Hans Kruus
Uudelleen politiikkaan - nyt Neuvosto-Viron hallinnossa

Maailmantilanne muuttui vuoden 1939 aikana. Sen aikana 23. elokuuta 1939 tehdyssä Molotov-Ribbentrop -sopimuksessa natsi-Saksa ja Neuvostoliitto sopivat salaisessa lisäpöytäkirjassaan Baltian maiden ja Suomen kuulumisesta Neuvostoliiton etupiiriin. Syyskuussa 1939 Baltiassa alkoi puna-armeijan tukikohtakausi, joka päättyi 17. kesäkuussa 1940 puna-armeijan tekemään Baltian maiden miehitykseen. Neuvostoliiton miehitettyä Viron tasavallan se vaihdatti Viron hallituksen 22. kesäkuuta 1940. Uuden Neuvostoliiton määräämän kansanhallituksen pääministeriksi tuli Johannes Vares. Hans Kruusista tuli hallituksen varapääministeri. Vareksen siirryttyä Pätsin erottamisen jälkeen heinäkuussa 1940 väliaikaiseksi presidentiksi hoiti Kruus  pääministerin tehtävää elokuun lopulle, jolloin Viron tasavalta oli liitetty osaksi Neuvostoliittoa. Kruus liittyi Viron kommunistipuolueeseen elokuun alussa 1940.
Syksyllä 1940 Kruus nimitettiin Tarton yliopiston rehtoriksi. Heti syksyllä 1940 Tarton yliopistossa tapahtui suuria muutoksia, kun teologinen tiedekunta suljettiin ja taloustieteellinen tiedekunta siirrettiin Tallinnan teknillisen yliopiston alaisuuteen. Rehtorin tehtävää hän hoiti heinäkuuhun 1941, jolloin saksalaiset sodassaan Neuvostoliittoa vastaan valtasivat Tarton. Kruus evakuoitiin tällöin Tallinnaan kautta laivasaattueessa Venäjälle.
Kruus siirrettiin muiden virolaisevakuoitujen kanssa Tšeljabinskiin. Siellä hän jatkoi tutkimustyötään osallistumatta sotatoimiin. Pääosin hän kirjoitti artikkeleita, joissa käsiteltiin saksalaisten eri historian aikakausina tapahtuneita hyökkäyksiä Baltiassa. Näin Kruus teki Neuvostoliiton propagandaa. Esimerkkinä tästä voi pitää Kruusin vuonna 1943 esiinnostaman 600 vuotta aiemmin tapahtuneen "Yrjönyön kapinan" saksalaisia kartanonherroja vastaan.
Neuvostovallan palattua Viroon syksyllä 1944 Kruus jatkoi uraansa Neuvosto-Virossa, kun hän toimi hetken aikaa syksyllä 1944 jälleen Tarton yliopiston rehtorina. Hänet nimitettiin pian yliopistorehtoriuden jälkeen 1944 Arnold Veimerin johtaman Neuvosto-Viron hallituksen ulkoministeriksi. Ulkoministeriyden huippuhetki oli osallistuminen Pariisin rauhankonferenssiin heinäkuu-lokakuussa 1946. Pääosin ulkoministerin työ sisälsi kuitenkin vähmmän kunniakasta eri puolille maailmaa muuttaneiden pakolaisvirolaisten toiminnan seurantaa. Kruusin työtä ohjasivat Veimer ja Neuvosto-Viron kommunistipuolueen ensimmäinen sihteeri Nikolai Karotamm, joka oli käytännössä Neuvosto-Viron ykkösmies Moskovan suuntaan. Varsinainen tehtävä Kruusilla oli uuden Neuvosto-Viron tiedeakatemian puheenjohtajuus vuodesta 1946. Kruus syrjäytettiin tehtävistään helmikuun 1950 puhdistuksissa, ja hänet tuomittiin monien muiden 1940-luvun lopun Neuvosto-Viron johtajien lailla "porvarilliseksi nationalistiksi". Kruusin rikkeenä pidettiin sitä, että hän ei ollut historian professorina riittävän nopeasti julkaissut Neuvosto-Viron yleisesitystä, jossa olisi tuotu esille Viron ja Venäjän vuosisatainen ystävyys ja itsenäisen Viron "kansalle vihamielinen" luonne.
Vuoden 1950 jälkeen Kruus siirtyi takaisin tutkimuksen pariin ja kirjoitti muun muassa kaksiosaiset muistelmansa.