Malesian historia
Siirtomaavallan alku > Hollantilaisten valtakausi

Hollantilaiset ryhtyivät kasvattamaan Kaakkois-Aasiassa vaikutusvaltaansa 1600-luvulla. Hollannin Itä-Intian kauppakomppania hallitsi Jaavan ja Sumatran välissä olevaa Sundasalmea, joka oli Malakansalmen ohella merkittävä reitti Kaakkois-Aasiasta länteen. Hollanti otti Portugalin valta-aseman Kaakkois-Aasiassa, kun hollantilaiset saivat hallintaansa Maustesaaret. Hollanti valtasi 1641 Malakan portugalilaisilta. Myös Johore liittoutui hollantilaisten kanssa portugalilaisten ajamiseksi pois niemimaalta. Johor kärsi kuitenkin sisäisistä kiistoista, eikä Malakka palannut enää Johoren hallintaan.
Hollantilaiset eivät osoittaneet Malakan niemimaan asioihin suurta mielenkiintoa, eivätkä he juuri puuttuneet niemimaan sulttaanikuntien sisäisiin asioihin. Hollantilaisten päätukikohta Kaakkois-Aasiassa oli Jaavalla sijaitseva Batavia, nykyinen Jakarta, jonne kauppa keskittyi. Hollantilaisvallan alla Malakka jäi toissijaiseen asemaan. Malakan niemimaan sulttaanikunnat olivat hollantilaisten valtakaudella suhteellisen heikkoja. Sulttaanikunnat olivat pieniä, minkä ansiosta eurooppalaiset ja muut Kaakkois-Aasian kansat kasvattivat vaikutusvaltaansa. Heikkous johti siihen, että Malakan niemimaalle virtasi bugiseja, jotka pakenivat Sulawesiltä hollantilaisten siirtomaavaltaa. Bugisit perustivat useita siirtokuntia, joiden pyrkimyksenä oli häiritä hollantilaisten kaupankäyntiä.
Johoren sisäisten kiistojen ansiosta bugisisiirtolaiset saivat hallintaansa myös Johoren sulttaanikunnan hallinnon. Erikoinen tapahtumaketju alkoi, kun sulttaani Mahmud Shah II:n hallintoon tyytymättömät ylimykset murhasivat sulttaanin vuonna 1699. Mahmud oli Malaka-Johorin sulttaanisuvun viimeinen jäsen, ja häntä seurasi hallitsijana pääministerinä toiminut Abdul Jalil. Johoren sulttanikunnan monet johtavassa asemassa olevat henkilöt ja orang asli -johtajat olivat kuitenkin niin tyytymättömiä sulttaanikunnan tilaan, että sumatralainen minangkabau-ruhtinas Raja Kechil, joka väitti olleensa murhatun sulttaanin poika, nousi valtaan vuonna 1717. Syrjäytetty Abdul liittoutui bugisi-johtaja Daing Paranin kanssa, ja bugisien tuella valtaan nousi Abdul Jalilin poika Sulaiman. Todellinen valta alueella oli kuitenkin bugeilla, joiden valtakeskus sijaitsi Riausaarilla. Riausaaret pysyivät Johorella vuoteen 1784, jolloin Hollanti otti ne hallintaansa.
Syrjäytetty minangkabau-hallitsija Raja Kechil pakeni Johore-Riausta vuonna 1722. Johoren valtaistuimelta syrjäytetyt sumatralaiset perustivat Malakan niemimaan länsirannikolle entisen kotimaansa tuella uuden kauppatukikohdan, josta muodostui Negeri Sembilanin sulttaanikunta, joten minangkabaun vaikutusvalta Malakan niemimaalla säilyi. Minangkabaulaiset poikkesivat toisesta Sumatran suunnasta tulleesta Acehin sulttaanikunnasta siinä, että he eivät yleensä käyttäneet väkivaltaa valta-asemansa säilyttämiseksi. Minangkabau myös suostui hollantilaisten läsnäoloon sen jälkeen, kun hollantilaiset voittivat 1667 yhteisen vihollisen Acehin.
Pohjoisimmat sulttaanikunnat vapautuivat Acehin vallasta 1640-luvulla, mutta ne jäivät hollantilaisten taloudellisen ylivallan alaisiksi. Kedah, Terengganu ja Kelantan jäivät Bangkokin vallan alle 1700-luvulla. Islamilaiset sulttaanikunnat olivat kuitenkin ongelmallisia vasallivaltioita buddhalaiselle Siamille, ja sulttaanikunnat oli usein pakotettava maksamaan veronsa. Siam hamusi myös Perakin tinamalmivarantojen vuoksi, mutta Perak liittoutui hollantilaisten kanssa vuonna 1746 ja antoi Hollannin Itä-Intian kauppakomppanialle tinamonopolin vastineeksi suojelusta Siamia vastaan.
Nykyisen Itä-Malesian alueella Brunein sulttaanikunta nousi Malakan kukistumisen jälkeen hallitsevaan asemaan. Sulttaanikunta muodostui 1500-luvulla, ja se hallitsi suurta osaa Borneon saaresta. 1600-luvulla Sulun sulttaanikunta sai oikeudet hallita Borneon saaren pohjoisinta osaa, jossa nykyisin sijaitsee Sabah. Brunein hallinnassa säilyi 1830-luvulle saakka suuri osa nykyisen Sarawakin osavaltion alueesta.