Venäjän kerrostalopommeja koskevat salaliittoteoriat
Kerrostalopommit – salaliiton tuote?

Melko laajalti väitetään, että Venäjän turvallisuusviranomaiset olisivat itse tehneet terrori-iskut. Silloin niiden tarkoituksena olisi ollut kääntää kansan mieliala tšetšeenejä vastaan, aloittaa voittoisa sota ja siten estää Venäjän hajoaminen. Toinen tarkoitus olisi ollut nostaa turvallisuuspalvelun mies Vladimir Putin valtaan. Terroristeja vastaan taisteleva Putin oli kansan suosikki presidentin vaaleissa. Iskut olisi tehnyt FSB, GRU, ehkä jonkin näiden alaosastoista itsenäisesti ja/tai näitä avustava rikollistaho. Tiedetään ainakin joillain FSB:n agenteilla olleen kytkentöjä rikollisjoukkoihin. On myös väitetty, että FSB olisi itse edesauttanut muidenkin Venäjällä tapahtuneiden tšetšeenien tekemien terroritekojen tapahtumista.

Sen enempää islamilaisia kuin Venäjän turvallisuuspalvelu FSB:tä syyttävää "salaliittoteoriaa" ei voi kumpaakaan pitävästi todistaa. Venäjän nykyhallinnon vastustajat pyrkivät mustamaalaamaan Venäjän nykyjohtoa. Väitteitä FSB:n osallisuudesta on Venäjän viranomaisten taholta verrattu teorioihin, jonka mukaan USA tai Israel olisivat tuhonneet World Trade Centerin syyskuussa 2001. Vastustajien mielestä myös oli tiedossa Putinin käynnistämä paljon ihmishenkiä vievä Tšetšenian sota söisi Putinin kannatusta, ei lisäisi sitä. Jotkut salaliittoteoriaa tukevat todisteet ovat peräisin tunnetusti epäluotettavasta Venäjän yksityisestä lehdistöstä.
Räjähdykset sattuivat melko pian sen jälkeen kun Nikolai Patrušev oli nimitetty Vladimir Putinin FSB:n johtoon, ja Putinista tullut Venäjän pääministeri. Näiden arvostelijoiden mukaan Putinia tukevan salaliiton tekemien iskujen tarkoituksena olisi ollut kääntää kansan yleinen mielipide tšetšeenejä vastaan, ja näin auttaa pääministeri Vladimir Putin Venäjän johtoon. Putinista olisi väärien terrori-iskujen avulla tehty Venäjän vihollisia tšetšeenejä vastaan taisteleva sankari. Putin olisi tämän mukaan noussut valtaan häikäilemättömän juonen avulla. Tšetšeeneille ei olisi ollut kaiken järjen mukaan hyötyä näin raaoista iskuista. Väitettä turvallisuuspalvelun osuudesta tuntuisi tukevan se, että iskut loppuivat, kun Rjazanista löytyi räjähtämätön pommi. Eräänä iltana silminnäkijä näki venäläisten näköisten nuorten kantavan sokerisäkkejä kellariin. Kun poliisin pommiryhmä saapui paikalle, se näki säkki-kello-asetelman, joka näytti aidolta pommilta. Säkeissä oli jauhemaista, heksogeenin näköistä ainetta. Ensin viranomaiset julistivat tapauksen terroristien tekemäksi epäonnistuneeksi terrori-iskuksi. Sitten FSB:n johtaja Nikolai Patrušev sanoi sitä FSB:n harjoitukseksi.
Toisten mukaan Venäjän turvallisuuspalvelu olisi auttanut joissain toisissa yhteyksissä islamilaisterroristeja. Virallisen kannan mukaan tällaiset syytökset ovat valtaa haluavan opposition viranomaisiin kohdistamaa loanheittoa. Käytettävissä olevan varman todistusaineiston perusteella ei voi sataprosenttisen varmasti sanoa, ketkä olivat Venäjän vuoden 1999 kerrostaloräjäytysten takana.
Moskovskaja Pravdassa oli 22. heinäkuuta 1999 artikkeli, jossa kerrottiin "Moskovan myrskystä". Suunnitelman mukaan Moskovassa oli tarkoitus järjestää muka tšetšeenien tekemiä terrori-iskuja. Iskujen tarkoituksena oli estää Primakovin tai Lužkovin valinta presidentiksi.