Juan Manuel Lillo
Valmennusura

Lillo aloitti valmentamisen jo 16-vuotiaana paikallisjoukkue Amaroz KE:stä. Neljä vuotta myöhemmin hän siirtyi Tolosan peräsimeen, joka pelasi silloin maan neljänneksi korkeimmalla sarjatasolla. Tolosasta hän siirtyi seuraavaksi Mirandésiin, joka pelasi samalla sarjatasolla. Joukkue nousi kauden 1988–1989 päätteeksi sarjaporrasta ylemmäs, voitettuaan oman lohkonsa.
Lillo siirtyi Salamancan päävalmentajaksi vuonna 1992, jossa hän keräsi lisää arvostusta. Ensimmäisellä kaudellaan joukkue sijoittui toiseksi kolmannella sarjatasolla. Joukkue jäi niukasti ulos karsintapeleistä, mutta hän sai kuitenkin pidettyä kokoonpanon lähes muuttumattomana eikä hänen täten tarvinnut tehdä suuria muutoksia pelaajistoon. Pääsarjaseura Real Valladolid oli myös kiinnostunut hankkimaan Lillon joukkueensa päävalmentajaksi, mutta hän pysyi kuitenkin Salamancassa kauteen 1995–1996 asti. Viimeisellä kaudellaan Salamancassa hänestä tuli nuorin päävalmentajana toiminut maan pääsarjassa, ollessaan 29-vuotias. Kausi pääsarjassa ei kuitenkaan sujunut kovin hyvin, Salamancan jäädessä viimeiseksi 11 pisteen erolla toiseksi viimeiseen tulleeseen Méridaan.
Lillo aloitti kauden 1996–1997 pääsarjajoukkue Real Oviedon päävalmentajana, mutta sai potkut tehtävästään ennen kauden loppua huonojen tulosten seurauksena. Helmikuussa 1998 hän palasi valmentamaan Tenerifeä, ja onnistui pelastamaan joukkueen tippumiselta. Seuraava kausi ei lähtenyt joukkueen osalta hyvin käyntiin ja Lillo erotettiin 15 ottelun jälkeen.
Vuonna 2005 Lillo siirtyi valmentamaan Meksikoon Dorados Sinaloata, jossa hän ei kuitenkaan viihtynyt kuin puoli kautta, jonka jälkeen hän irtisanoutui tehtävistään. Tämän jälkeen Lillo piti kahden vuoden tauon valmentamisesta, kunnes huhtikuussa 2008 hänestä tuli Real Sociedadin uusi päävalmentaja. Ensimmäisen kokonaisen kautensa jälkeen joukkue sijoittui toiseksi korkeimmalla sarjatasolla kuudenneksi, mikä ei riittänyt seurajohdolle, vaan hänet erotettiin päävalmentajan tehtävistään.
Joulukuussa 2009 Lillo siirtyi erotetun Hugo Sánchezin tilalle Almerían peräsimeen, joka oli ajautunut putoamistaisteluun. Joukkue sijoittui kauden 2009–2010 päätteeksi 13:nneksi ja onnistui täten säilyttämään sarjapaikkansa.
Kausi 2010–2011 alkoi joukkueen osalta heikosti ja se ajautui jo alkuvaiheissa putoamistaisteluun. Lopulta 20. marraskuuta 2010 Barcelonalle kärsityn 0–8-kotitappion jälkeen Lillo sai väistyä päävalmentajan paikalta.
Lillo palasi valmennustehtäviin vuoden 2014 alussa, kun hän aloitti kolumbialaisen Millonariosin päävalmentajana. Neljän ottelun tappioputki ja putoaminen Copa Sudamericanasta johtivat Lillon potkuihin jo syyskuussa 2014. Lokakuussa 2015 Lillo liittyi Jorge Sampaolin valmennustiimiin Chilen jalkapallomaajoukkueeseen. Hän vastasi nuorten pelaajien valmistamisesta A-maajoukkueeseen. Sampaoli tiimeineen erosi liiton palveluksesta tammikuussa 2016.
Lillo työskenteli Sampaolin alaisuudessa Chile-pestin jälkeen Sevillassa, josta hän siirtyi kesällä 2017 Atlético Nacionalin päävalmentajaksi. Hän jätti seuran joulukuussa 2017.
Lokakuussa 2018 Lillosta tuli Japanin J. Leaguessa pelaavan Vissel Koben päävalmentaja. Kobe sijoittui Lillon johdolla liigassa sijalle 10. Kausi 2019 lähti liikkeelle vaisusti ja seitsemän kierroksen jälkeen Kobe oli voittanut vain kolme ottelua ja majaili liigassa kymmenentenä. Seura ja Lillo purkivat sopimuksensa huhtikuussa 2019.
Kesäkuussa 2020 Lillo liittyi Manchester Cityn valmennustiimiin Josep Guardiolan apuvalmentajaksi. Hän toimi apuvalmentajana kaksi kautta, kunnes siirtyi kesällä 2022 Qatarin pääsarjaan Al-Saddin päävalmentajaksi.