Isaacus Rothovius
Avioliitot ja lapset

Rothoviuksen ote akatemian hallintoon oli voimakas ja hänen ympärilleen muodostunut perhedynastia tuki piispan pyrkimyksiä pitää jäntevästi akatemian johtoa käsissään.
Rothoviuksen ensimmäinen vaimo oli Anna Erikintytär, jonka kanssa avioliitto solmittiin 29.10.1604 Nyköpingissä. Vaimon isä oli Nyköpingin pormestari Erik Larsson ja äiti Brita oli Strängnäsin piispan ja samalla myös Rothoviuksen esimiehen Petrus Jonaen tytär. Heidän lapsistaan tunnetaan nimeltä neljä:
Birger, ylioppilas 1624 Upsalassa, kirjoittautui 1632 Rostockin yliopistoon, missä väitteli 2.3.1632. Hän lienee kuollut nuorena, mutta oli elossa 1642.
Abraham, s. n. 1615, opiskeli Upsalassa jo elokuussa 1627 ja sen jälkeen Saksassa ja Hollannissa. Hän väitteli Leydenin yliopistossa 8.5.1637 ja palasi sitten Suomeen. Axel Oxenstierna otti huolehtiakseen pojasta, kunnes kuolema katkaisi nuorukaisen elämän 1639.
Anna, puoliso Viipurin linnan päällikkö, maamarsalkka Aron Klöfverblad (s. 1605, k. 1666), aateloitu nimellä Klöfverskjöld. Anna haudattiin 27.5.1652
Elisabet, solmi 7.11.1624 avioliiton Nyköpingin pormestarin Peder Larssonin kanssa. Avioliitto ei kuitenkaan ollut onnellinen, vaan johti miehen uskottomuuden tähden avioeroon. Tyttären kohtalo aiheutti Rothoviukselle huolta moneksi vuodeksi, ja hän syytti ankarasti Peder Larssonia karkeasta ja hävyttömästä käyttäytymisestä Elisabetia kohtaan. Kun tuomio oli langetettu, vetosi Rothovius kirjeellään 27.6.1626 Axel Oxenstiernaan, että asia vietäisiin päätökseen henkilöön katsomatta. Elisabetin toinen puoliso oli 1628 Nyköpingin koulun rehtori Sven Vigelius, josta 1633 tuli Turun kirkkoherra ja joka toimi Turun akatemian rehtorina 1642–1643. Vihelius myös toimi piispan sijaisena Tukholman valtiopäivillä vuonna 1635.
Vaimonsa kuoltua keväällä 1612 Rothovius solmi ilmeisesti 1613 uuden avioliiton Östra Husbyn kirkkoherran Andersi Nikolain tyttären Catharinan kanssa.  Catarina oli arka kunniastaan,  ja hänellä oli tavaton käräjöimisen halu turkulaisia vastaan. Heidän lapsistaan nimeltä tunnetaan :
Isaacus, häntä piispa kutsui 1648 vanhimmaksi pojakseen. Isaacus nuorempi oli tullut ylioppilaaksi Turussa 1635 ja kirjoittautui 24.10.1636 Tarton yliopistoon. Turun akatemiassa hän väitteli ja promovoitiin maisteriksi 1650. Brahe suhtautui varauksellisesti piispan pyyntöön sijoittaa poika Paraisten kirkkoherraksi. Kenraalikuvernööri epäili pojan kykyä ja viittasi tämän heikkouteen väkijuomiin. Päätökseksi tuli, että Isaacus junior asetettiin koeajaksi isänsä alaiseksi Paraisten kappalaiseksi. Piispan kuoltua 1652 poika nimitettiin Paraisten kirkkoherraksi. Hän kuoli 1655.
Carolus, s. 1622, merkitty 24.10.1636 Tarton yliopiston luetteloihin ja opiskeli 1642 Turussa, jossa väitteli 1644. Vaikean kuumetaudin jälkeen Carolus matkasi 1646 Rostockiin ja Leydeniin, missä hän aloitti opiskelun 2.11.1648 ja jatkoi siellä apurahan turvin vuoteen 1650. Ruotsiin palauttaan Carlous toimi Falunin oikeuspormestarina, kuoli 1655.
Laurentius, s. 1624 ja kuoli 2.2.1666 . Hän opiskeli yhdessä veljiensä Isaacuksen ja Caroluksen kanssa ja oli 1646 toimessa Tukholman rahakamarissa. Piispa ei kuitenkaan ollut poikansa asemaan tyytyväinen, vaan sai puhutuksi pojalleen paikan kreivi de la Gardien seurueessa. Kreivi matkasi 1646 lähettilääksi Ranskaan Laurus mukanaan. Matka aiheutti kuitenkin isälle huolta, sillä poika velkaantui Pariisissa, eikä isä tiennyt, kuinka olisi lunastanut poikansa vapaaksi. Lauruksesta tuli 1654 kuparikaivoksen tarkastaja Avestadiin.
Jonas, s. 1.10.1629, opiskeli ensin Turun akatemiassa sen perustamisesta lähtien. Hänen yksityisopettajansa oli maisteri Enevaldus Svenonius, jonka kanssa hän siirtyi 1648 jatkamaan opintojaan Upsalan yliopistoon. Isä ilmeisesti toivoi pojasta pappia, mutta hänestä tuli juristi, 1668 asessori Svean hovioikeuteen ja 1674 revisiosihteeri. Hänet aateloitiin 30.9.1675 Rothåf-nimisenä, ja hän kuoli Tukholmassa 29.7.1676
Margareta, solmi avioliiton 14.5.1643 lääketieteen professorin Ericus Achreliuksen kanssa. Heillä oli kuusi lasta, joista tunnetuin kaunopuheisuuden professori Daniel Achrelius katsottiin nimenomaisesti Rothoviuksen tyttärenpojan ominaisuudessa arvolliseksi akatemian sihteerin toimeen.
Maria, solmi 7.5.1650 avioliiton logiikan professorin Johannes Pratanuksen kanssa. Häät olivat loisteliaat ja niihin kutsuttiin itse Pietari Brahe perheineen. Pratanus tuli nuoremman Isaacus Rothoviuksen jälkeen 1655 Paraisten ja myöhemmin Kemiön kirkkoherraksi. Marian tytär solmi avioliiton Petrus Laurbecchiuksen kanssa, josta myöhemmin tuli Viipurin piispa. Tämän poika Isaacus Laurbecchius oli kuuluisa pietistiteologi.
Rothoviuksen toinen puoliso Catharina kuoli 3. joulukuuta 1646 ja seuraavana päivänä piispa kirjoitti Axel Oxenstiernalle:
»Mitä minä kirjoitan mitä ylhäisimmälle herralle, sen kirjoitan onnettomana, kirjoitan puolikuolleena. Sillä viimeyönä särjettiin sydämeni, mieli saatettiin sekasortoon ja kaikki ruumiin ja hengen lahjat revittiin hajalle...Sillä Jumala itse kutsui pois luotani rakkaan puolisoni, hurskaan naisen, arvossapidetyn rouvan, miehensä lohdun, kodin mitä viisaimman haltijattaren, seuralaisen, joka osallistui mitä uskollisimmin 33 vuoden aikana oleskeluun vieraalla maalla ja vaivoihini...Oi, minua onnetonta.»