Pakistanin historia
Musharrafin sotilashallinto

Musharrafin päästyä valtaan Nawaz Sharifia syytettiin suurista rikoksista ja hänet tuomittiin pitkään vankeuteen. Kansainvälisen painostuksen vuoksi hänet kuitenkin vapautettiin ja lähetettiin maanpakoon Saudi-Arabiaan. Kuten aiemmatkin sotilashallinnot, myös Musharrafin aikomus oli palata siviilihallintoon niin pian kuin mahdollista. Musharraf keskitti kuitenkin vallan itselleen ja presidentti Muhammad Rafiq Tararin jäätyä eläkkeelle 2001, Musharraf otti itse hoitaakseen presidentin tehtävät, jolloin hän oli myös hallituksen päämies sillä pääministerin tehtävä oli vapaana Sharifin syrjäyttämisen jälkeen. Musharrafin hallinto oli aluksi suosittu Pakistanissa, mutta merkittäviä uudistuksia kansan elinolojen parantamiseksi hänen hallintonsa ei edes pyrkinyt tekemään.
Ulkovallat ottivat vastahakoisesti vastaan Pakistanin sotilasvallankaappauksen aiheuttaman vallanvaihdon. Tilanne muuttui dramaattisesti vuonna 2001 syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen. Afganistanissa, lähellä Pakistanin rajaa tukikohtaansa pitänyt al-Qaida, toimi Afganistanin Taleban-hallinnon tuella. Pakistanilla oli diplomaattisuhteet Talebaniin, mutta Musharraf epäröi painostaa Talebania pidättämään al-Qaidan johtajan Osama bin Ladenin. Yhdysvallat kuitenkin vaati Pakistanin apua ja se oli valmis ryhtymään tarvittaessa sotatoimiin Pakistania vastaan. Musharraf valitsi pakon edessä Yhdysvaltojen johtaman Talebanin vastaisen liittouman ja Pakistan avasi sotilastukikohtia Yhdysvaltain armeijan käyttöön.
Musharraf pyrki virallistamaan asemansa valtionpäämiehenä vuonna 2002 ja hän voitti ylivoimaisesti kansanäänestyksen, joka antoi hänelle vielä viisi vuotta aikaa maan presidenttinä. Myös perustuslaki palautettiin. Hänen hallintonsa ei ollut radikaalimpien islamistijärjestöjen mieleen Yhdysvaltoja tukevan politiikan johdosta. Musharraf joutui murhayritysten kohteeksi ja Pakistanissa tehtiin monia terrori-iskuja. Pakistanin sisäinen tilanne oli menossa yhä levottomampaan suuntaan ja Musharraf ilmoitti vuonna 2004, että siviilihallintoon ei vielä siirrytä sillä maa on liian hauras. Sekasortoa pahensi kymmeniä tuhansia kuolonuhreja aiheuttanut Kashmirin maanjäristys vuonna 2005.
Vuonna 2007 Musharraf pyrki hakemaan itselleen jatkokautta presidenttinä. Hänen suosionsa kansan silmissä alkoi kuitenkin hiipua, sillä hän alkoi yhä enemmän turvautua perinteiseen diktaattorityyliin. Poliittisten vastustajien salaperäiset katoamiset yleistyivät etenkin Belutšistanissa, missä tilanne alkoi jälleen kiristyä. Terrorisminvastainen sota antoi mahdollisuuden päästä eroon poliittisista vastustajista. Korkeimman oikeuden tuomarit vastustivat Musharrafin uudelleenvalintaa perustuslakiin viitaten. Ylimmät tuomarit kuitenkin pantiin viralta ja asetettiin kotiarestiin. Maassa alkoivat väkivaltaiset protestit ympäri maata ja Musharraf julisti maahan hätätilan marraskuussa 2007 ja perustuslaki keskeytettiin uudelleen. Myöhemmin saman kuun aikana Musharrafin itsensä valitsemat korkeimman oikeuden tuomarit vahvistivat hänen uudelleenvalintansa.
Nawaz Sharif palasi 2007 maanpaosta, kuten myös Benazir Bhutto, joka oli asunut vapaaehtoisessa maanpaossa Dubaissa. He alkoivat kampanjoida tulevia parlamenttivaaleja varten, mutta joulukuussa 2007 Bhutto surmattiin Rawalpindissä pidetyssä poliittisessa tilaisuudessa. Bhutton murha sai aikaan raivoisia mellakoita ympäri maata. Hänen kannattajakuntansa kohdistivat vihansa maan hallintoon, kun taas ulkomaiset syyttivät radikaaleja islamistijärjestöjä. Musharraf joutui asettamaan armeijan hälytystilaan ja lykkäämään vaaleja helmikuulle 2008.