Liivinmaan sota
Pohjoismaiden seitsenvuotinen sota

Viron valtauksen jälkeen Eerikille ja Juhanalle tuli erimielisyyksiä ulkopolitiikan suunnasta. Juhanan mielestä tuli liittoutua Puola-Liettuan kanssa Venäjän laajentumisen estämiseksi. Eerikin mielestä suhteita Venäjään ei pitäisi heikentää, jotta Ruotsi voisi hyötyä sen länteen suuntautuvasta kaupasta. Ruotsin pitäisi sitä vastoin estää Tanskan ja Puolan vallan liiallinen kasvu. Juhanan ja Eerikin erimielisyydet johtivat Juhanan vangitsemiseen ja sotaan Tanskaa, Puola-Liettuaa ja Pohjois-Saksan hansakaupunkeja vastaan. Alkoi niin sanottu Pohjoismainen seitsenvuotinen sota. Baltia oli sodan sivunäyttämö.
Sodassa Klaus Kristerinpoika Hornin johtamat ruotsalaisjoukot valloittivat kesäkuussa 1562 Pärnun, Karksin ja Paidelinnan, mitä seurasi seuraavan vuoden kesällä Haapsalun, syksyllä Lihulan ja talvella Loden valloitus. Epävakaissa oloissa alueelle syntyi omalaatuisia voimaryhmiä. Yhden niistä muodostivat Juhanan panttilinnoiksi saamat Paidelinna, Karksi, Trikaten, Helmet, Ermes, Rujen ja Burtneck. Panttiläänityksen käskynhaltijaksi hän oli määrännyt tirolilaisen kreivi Artzin.
Horn kuitenkin valtasi Paidelinnan ja Karksin ennen kuin Artz ehti saada nämä haltuunsa. Artzin kuultua Juhanan kukistumisesta tämä yritti luovuttaa loput linnansa venäläisille, mutta Kettlerin joukot vangitsivat hänet ja mestasivat hänet Riiassa. Juhanan panttilinnat joutuivat ruotsalaisten valtaamia linnoja lukuun ottamatta ensin Kettlerille ja sittemmin puolalaisille. Toinen voimaryhmä olivat ruotsalaisten saksalaiset palkkasoturit, jotka kapinoivat palkkojen maksuongelmien takia Pärnussa vuonna 1564 ja luovuttivat kaupungin ja sen linnan puolalaisille. Magnus-herttua lähetti näille joukoille tueksi joukkoja Kuurinmaan hiippakunnasta ja joukot kokosi sotilasosastoksi Kettler. Kettler hyökkäsi joukkoineen Tallinnaa kohti pariin otteeseen vuosina 1564 ja 1565, mutta Horn voitti ne ja ajoi takaisin Pärnuun.
Kesällä vuonna 1566 tanskalaiset valtasivat Hiidenmaan, jonka ruotsalaiset kuitenkin valtasivat takaisin vastahyökkäyksellä samana vuonna. Saman vuoden talvella ruotsalaiset tekivät hävitysretket Lemsaluun Klaus Kurselin johdolla. Puolalaiset vastasivat tähän hyökkäämällä Läänemaan kautta Tallinnan lähistölle. Vuoden 1568 toukokuussa Kursel valloitti Sünaburgin ja Pärnun saksalaisjoukot tekivät hävitysretkiä Lääne- ja Harjumaalle.
Samana vuonna 1568 Juhana ja tämän veli Kaarle kukistivat mielisairaan Eerikin ja Juhana nousi valtaistuimelle. Juhanan valtaantulon myötä Virossa johtajan tehtävissä olleita henkilöitä vaihdettiin, mikä johti muiden ongelmien ohella Tallinnan linnan palkkasoturien kapinaan, joka onnistuttiin kuitenkin kukistamaan.
Juhanan valtaantulon myötä myös jännitteet Puolan ja Ruotsin välillä laimenivat. Seitsenvuotinen sota päättyi Stettinin rauhansopimukseen, jossa Tanska ja Ruotsi tunnustivat muodollisesti Saksan keisarin yliherruuden Baltiassa. Sopimuksella sovittiin, että Juhana luovuttaisi valloituksensa Baltiassa Saksan keisarille, joka taas läänittäisi Tanskan entiset alueet Tanskan kuningas Fredrik II:lle ja muut Juhanalle. Sopimuksella ei kuitenkaan ollut mitään käytännön merkitystä, vaan Ruotsi piti edelleen hallussaan valloituksensa ja Venäjä piti omat valloituksensa Baltian itäosissa. Tanskan tukemalle herttua Magnukselle jäi Saarenmaa ja Kuurinmaan hiippakunnalliset osat. Puola-Liettualle jäi Väinäjoen takainen ja keskinen Liivinmaa. Riika säilyi edelleen Saksan valtakunnan osana.