Al-Khalifa
Khalifan vallan vakiinnuttaminen Bahrainissa > Suvun sisäiset konfliktit

Khalifan suku jakautui kahtia pian Bahrainiin muuton jälkeen. Salman ibn Ahmed Al Khalifa johti toista haaraa Bahrainin pääsaarella, kun taas toista haaraa johti hänen veljensä Abdulla Muharraqin saarella. Lopulta Muharraqista tuli lähes kokonaan oma itsenäinen entiteettinsä, jolla oli oma heimohallinto. Vuonna 1826 Khalifa ibn Salman Al Khalifasta tuli uusi hallitsija, mutta sisäiseen konfliktiin maa ajautui, kun Khalifa kuoli vuonna 1834 ja hänen sedästään Abdullasta tuli koko Bahrainin ainut hallitsija.
Abdullan hallintokausi (1834–1843) oli täynnä konflikteja ja sodankäyntiä, jotka aiheuttivat paljon kaaosta Bahrainissa. Kauppa puolittui ja osa paikallisväestöstä, erityisesti shiioista, joutui sorron, kiristyksen ja ryöstelyn pakottamana siirtymään toisiin satamiin kuten Al-Muhammaraan. VuonnA 1835 Abdulla kukisti säälimättömästi poikansa johtaman ja merkittävien Alibinalin ja Al Buainainin kauppiaisheimojen tukeman kapinan. Vuonna 1842 käynnistyi konflikti Abdullan ja hänen veljenpojanpoikansa Muhammad Al Khalifan kanssa. Se päättyi jälkimmäisen tappioon ja pakoon Riyadiin. Wahhabilaisten tukema Muhammad siirtyi Zubaraan, jossa hän liittoutui Al Jalahman ja Albinalin heimojen kanssa. Yhdessä Manamassa vaikuttaneen veljensä Alin kanssa Muhammad syrjäytti Abdullan, joka pakeni Dammamiin. Vuosina 1844–1846 Abdulla yritti kolme kertaa vallata kruunun takaisin itselleen siinä kuitenkaan onnistumatta. Lopulta hän lähti Masqatiin, jossa kuoli vuonna 1849.
Qatarin puolella vuonna 1867 Wakrassa ja Dohassa puhkesi kapina. Voittaakseen aikaa Muhammad kutsui Dohan hallitsijan Jassim Al tahin Bahrainiin neuvotteluihin, mutta pidätytti tämän heti saapumisen jälkeen. Saman vuoden lokakuussa hän julisti sodan Qatarille. Britit katsoivat tämän solmitun rauhansopimuksen vastaiseksi ja lähettivät joukkojaan Bahrainiin. Muhammad pakeni maasta jättäen valtaistuimen veljelleen Alille, joka taas antautui brittivaatimusten edessä luovuttaen maan sota-alukset ja maksaen 100 0000 punnan sakon. Lisäksi Khalifan suvun tuli luopua vaateistaan Qatarin suhteen. Britannia tunnusti Qatarin itsenäiseksi entiteetiksi, jonka hallitsijasuvuksi vakiintui Al Thani. Muhammad palasi Bahrainiin vasta sen jälkeen, kun hänen veljensä Ali oli saanut britit hyväksymään hänen kotiinpaluunsa. Britit kuitenkin pian karkottivat Muhammadin Kuwaitiin syytettyään ensin tätä sekaantumisesta salaliittoihin.
Muhammad onnistui pakenemaan Qatifiin. Muhammad ja hänen sukulaisensa Nasir ibn Mubarak ibn Abdulla ja Muhammad ibn Abdulla onnistuivat nostamaan jälkimmäisen Bahrainin hallitsijaksi sen jälkeen, kun Ali ibn Khalifa oli kaatunut taistelussa. Kaksi kuukautta myöhemmin marraskuussa 1869 brittilaivasto teki eversti Lewis Pellyn johdolla intervention ja otti saaren haltuunsa. Salaliittolaiset yhtä lukuun ottamatta karkotettiin Bombayhin. Khalifan suvun kesken käytyjen neuvottelujen jälkeen britit asettivat Bahrainin valtaistuimelle 21-vuotiaan Isa ibn Ali Al Khalifan, joka hallitsi maata vuoteen 1923 asti. Siitä lähtien Bahrainin itsenäisyys, turvallisuus ja ulkopolitiikka olivat täydellisessä brittikontrollissa.