Haibutsu kishaku
Meiji-kauden haibutsu kishaku

Meiji-restauraation aikainen haibutsu kishaku -liike on kuuluisin esimerkki ilmiöstä. Sen sai aikaan virallinen, šintolaisuuden ja buddhalaisuuden toisistaan erottanut politiikka eli shinbutsu bunri. Vuoden 1868 jälkeen se tuotti suurta vahinkoa Japanin buddhalaisuudelle. Buddhalaisten temppelien omaisuutta tuhottiin suurin mitoin ympäri maata. Esimerkiksi Naran Kōfuku-ji-temppeli kärsi huomattavasti. Liike iski täydellä voimallaan temppeliin, joka on nykyisin nimitetty Japanin kansallisaarteeksi. Sen maat takavarikoitiin, papit pakotettiin ryhtymään šintolaisiksi papeiksi, muureja purettiin, puita istutettiin temppelin alueelle ja temppelistä tehtiin julkinen puisto. Buddhalaisvastaiset mellakat aiheuttivat vahinkoja kaikille kaupungin suurille temppeleille. Väkivaltaisuudet jättivät pysyvän jäljen maan jokaiselle alueelle. Vuosien 1872 ja 1874 välillä tuhoutui noin 18 000 temppeliä ja vuosina 1868–1872 mahdollisesti yhtä monta. Japanologi Martin Collcutt uskoo, että japanin buddhalaisuus oli käytännössä vaarassa kadota kokonaan.
Väkivalta merkitsi muutaman vuosisadan ajan hautuneen buddhalaisiin kohdistuneen katkeruuden vapautumista ilmoille. Buddhalaiset temppelit olivat tiiviissä liitossa Tokugawa-hallinnon kanssa danka-järjestelmän kautta. Uskonto oli hyötynyt järjestelmästä valtavasti. Vaikka shōgunaatti noudatti virallisesti uuskungfutselaista filosofiaa, buddhalaisuudesta oli tullut keskeinen osa valtion hallintoa Tokugawojen kristinuskon vastaisen politiikan vuoksi. Kristinuskon leviämisen estämiseksi Tokugawat olivat ottaneet käyttöön danka-järjestelmän, jossa perheitä vaadittiin rekisteröitymään buddhalaiseen temppeliin, minkä ansiosta heitä ei voitu pitää kristittyinä. Ilman tällaista vakuutta normaali elämä Tokugawa-ajan Japanissa oli mahdotonta. Järjestelmän luonteen vuoksi temppelit voivat kiristää ja usein kiristivätkin jäseniään.
Tokugawa-kauden danka-järjestelmä toi perheille erilaisia lain vaatimia velvollisuuksia buddhalaisia instituutioita kohtaan. Niihin kuului temppelille annettavat rahalahjoitukset. Koska 30 miljoonan ihmisen maassa oli noin 100 000 temppeliä, keskimäärin 300 hengen täytyi tukea yhden temppelin toimintaa. Taakka oli siis huomattavan suuri. Toinen väkivaltaa selittävä tekijä on se, että buddhalaisuus oli niin tiiviissä liitossa shōgunaatin kanssa, että siitä oli tullut yksi hallinnon symboleista. Siksi siitä tuli kaikkien shōgunaatin kaatamista kannattavien vihollinen.
Väkivaltaan liittyi myös selkeitä poliittisia ja taloudellisia motivaatioita. Daimiokuntien hallinnot halusivat kohentaa talouttaan buddhalaisten temppelien kustannuksella, ja shinbutsu bunri tarjosi tekosyyn buddhalaisten maiden takavarikoimiselle.
On vaikea arvioida, kuinka monta temppeliä haibutsu kishaku -liikkeen aikana suljettiin, koska lienee todennäköistä, että monet temppelit katosivat yksinkertaisesti sen vuoksi, että buddhalaiset viranomaiset käyttivät hyödykseen Tokugawa-hallinnon kaatumista ja yrittivät virtaviivaistaa temppelijärjestelmäänsä karsimalla päällekkäisyyksiä. Shōgunaatin aikana temppelin avaamiseen tai sulkemiseen tarvittavan luvan hankkiminen ei ollut helppoa. Buddhalaisten temppelien täydellinen katoaminen Satsuman kaltaisista daimiokunnista johtui kuitenkin haibutsu kishaku -liikkeestä.