Isaacus Rothovius
Rothoviuksen kirkollinen toiminta Suomessa > Tuomiokapituli > Papiston kurinpalautus ja katolilaisuuden kitkeminen

Kaarle-herttua tunsi syvää epäluuloa Suomen papistoa kohtaan ja pelkäsi sen salaisesti kannattavan Sigismundia. Sama asenne määritti Kustaa II Adolfin kannanottoja. Itse asiassa tukeutuminen puolalaiseen Sigismundiin oli ollut realistinen vaihtoehto, sillä toisaalta Sigismund oli kiistatta laillinen hallitsija ja toisaalta läheisestä liitosta Puolan kanssa katsottiin olevan hyötyä itärajan rauhoittamiseksi. Tämän hyvin ymmärtäen, ja koska uskonnolla oli aikanaan suunnaton merkitys kansan ajattelun kanavana, Ruotsin hallitsijat epäilivät myös suomalaisten liturgisten linjausten vievän Suomea kohti katolista vaikutuspiiriä. Papiston ja kansan kaitsemisessa pois katolisista kirkonmenoista oli siis paitsi uskonnollinen, myös valtapoliittinen näkökohtansa.
Sorolainen oli myös johdonmukaisesti noudattanut Lutherin ja Agricolan edustamaa käsitystä kirkon tehtävästä, jonka mukaan kirkon tuli vain saarnaamalla ja opettamalla vaikuttaa omiintuntoihin eikä puuttua ”kenenkään ihmisen elämään, ruumiiseen, taloon tai omaisuuteen, mikä kuului esivallalle”. Kuninkaan epäsuosioon joutuneen piispan sanoista eivät aatelismiehet eivätkä aina papitkaan paljoa välittäneet ja pitkän ja raskaan murroskauden aikana maan kirkollinen ja henkinen elämä oli päässyt pahasti rappiolle.
Ensimmäisenä tehtävänään Rothovius ryhtyi parantamaan papiston tasoa ja aloitti estämällä vääränlaisen aineksen pääsyn papeiksi. Piispan käsitys Suomen papistosta ei ollut varsin korkea: kirjeessään valtakunnankansleri Oxenstiernalle hän kirjoittaa nimenomaan eräiden pappien keskuudessa havaitusta vallattomuudesta ja pyysi apua, etteivät väärät sananpalvelijat saisi tilaisuutta hankkia virkoja piispansa valvonnan välttäen. Eräs kiertotie, jota Rothovius ryhtyi salpaamaan, kulki sotilaspappien kautta. Piispa vaati myös näitä virkoja valvontaansa. Virattomat ja kuljeksivat papit, joiden opinnotkin olivat jääneet puutteellisiksi, saivat määräyksen palata kouluun. Kuritoimia vastaan niskoittelevat papit piispa pani kuriin erityisen ankarin ottein.
Papiston privilegiossa 1650 otettiin myös kantaa siihen, kuinka pappisvirat tulee täyttää. Tämä virkatie sitoi niin virkaa haluavaa pappia kuin viran täyttäjääkin
»Jos joku pappi halventaa piispaansa ja kapituliaan pyrkimällä ylenemän virassa nämä sivuuttaen eikä hae virkaansa säännöllisessä järjestyksessä piispaltaan ja esimieheltään, vaan kiirehtii vaivaamaan korkeaa esivaltaa ja muita ylhäisiä säätyläisiä virantavoittelussaan, hänet on haastettava vastaamaan teostaan, otettava kuulusteluun sekä tehdyn rikkeen mukaisesti rangaistava sekä saatettava järjestykseen .» 
(Rothovius)
Jumalanpalvelusseremonioissa oli säilynyt monia vanhoja piirteitä. Turkuun tultuaan Rothovius moitti siellä yhä käytössä olevaa ylenmääräistä latinankielistä laulua.  Hän kielsi myös epistolan lukemisen alttarin eteläpäästä ja evankeliumin lukemisen pohjoispäästä, sillä nämä tavat muistuttivat yhä pelätystä katolisesta traditiosta.  Samasta syystä Herran siunausta ei saanut enää lukea kuorikaiteen aukosta, vaan alttarin edestä. Piispa kiinnitti myös huomionsa liturgiseen pukeutumiseen, mikä muuttuikin karummaksi.
Antaessaan säädöksiä jumalanpalveluksesta Rothovius myös tarkasti ohjeisti kansaa käyttäytymisessä ja painotti erityisesti säännöllisen kirkossakäynnin merkitystä.
»Ensiksikin kaikkien on seurakunnassa kokoonnuttava oikeaan aikaan, ennen kuin he syövät tai juovat mitään, heidän on oltava koolla kello kahdeksalta, paastonneina, raittiina ja soveliaina jumalanpalvelukseen. Joka tätä rikkoo, hänen pitää maksaa sakkoa.» 
(Rothovius)
Kun ehtoollisvieraat oli ripitetty ja mahdolliset aamuun kertyneet kirkolliset toimitukset suoritettu, piti polvistua rukoukseen. Monet rangaistusuhkauksin säestetyt määräykset koskivat hyvää käyttäytymistä kirkossa. Myös kaupat ja krouvit määrättiin kiinni pidettäviksi jumalanpalveluksen aikana.  Korostaakseen kirkkorakennuksen merkitystä ja keskittääkseen kaikki toimitukset sinne, koko seurakunnan silmien eteen, Rothovius myös määräsi, että
»yksikään pappi ei saa ottaa vaimoja kirkkoon kotona eikä ristiä lapsia kotona, ilman laillista syytä.» 
(Rothovius)
Katolisena aikana kastemalja oli sijainnut kirkon ovensuussa, nyt se siirrettiin kuoriin. Muutoksella oli periaatteellinen merkitys, sillä opetuksen noustessa seurakuntaelämässä keskeiseksi kaste piti toimittaa kaikkien nähden. Tämän vuoksi piti myös luopua vanhasta tavasta kastaa lapsi kotona ja ristiä hänet sitten myöhemmin kirkossa samalla kun äiti otettiin kirkkoon. Synnyttäneiden naisten kirkkoonotto eli kirkottelu kuului myös toimittaa kirkossa. Aiemmin tämä oli tapahtunut kirkon ovella, sillä vanhatestamentillinen käsitys (3. Moos. 12) puhdistusmenojen tarpeellisuudesta eli sitkeästi kansan uskomuksiin kytkettynä. Synnytykseen ajateltiin liittyvän epäpuhtaus, joka esti äidin kirkkoon tulemisen. Tätä maagista uskomusta vastustaakseen Rothovius antoi siirtää kirkottelun kirkon ovelta keskikäytävälle -aviottomat äidit saivat kuitenkin edelleen antaa papille kättä, kuten kansa kirkottelusta sanoi, oven suussa.
Rothoviuksen aikana sai peruspiirteensä luterilainen jumalanpalvelus, joka sitten vähin muunnoksin säilytti muotonsa satoja vuosia eteenpäin. Sille oli tunnusomaista järjestys ja saarnan hallitseva asema.
Piispa Rothovius pyrki edeltäjänsä tavoin karsimaan turhia katolisia pyhimystenjuhlia, joiden yhteydessä oli samalla markkinat. Niissä tapauksissa, joissa markkinat jäivät elämään, ne irtaantuivat kirkollisesta yhteydestään ja maallistuivat, ja vanhasta alkuperästä jäi muistuttamaan lähinnä markkinoiden nimitys.