Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots
Juoni > Tiivistelmä

1. näytös – Liquid Sun
Snake soluttautuu Lähi-itään sijoittuneita Praying Mantisin joukkoja vastaan taistelevan miliisin riveihin. Gekkot, uudentyyppiset Metal Gearit ilmestyvät paikalle hävittämään kaikki paikalla olevat miliisin joukot, mutta Snake onnistuu poistumaan paikalta. Hän löytää Otaconin lähettämän Metal Gear Mk. II:n, pienen robotin, jonka on tarkoitus olla apuna tehtävän aikana. Snake saa käskyn kohdata Campbellin paikalle lähettämät tiedottajat, yksikön nimeltä Rat Patrol 01. Matkalla kohtaamispaikalle Snake tapaa Drebin-nimisen asekauppiaan, joka lupaa maksua vastaan poistaa Snaken löytämistä aseista niiden ID-koodauksen, joka muutoin estäisi niiden käytön. Hän myös antaa Snakelle ruiskun uuden sukupolven nanokoneita, jotka antavat hänen käyttää ID-koodaamattomia aseita. Lopulta Snake kohtaa Rat Patrolin, jonka johtajaksi paljastuu Meryl Silverburgh, Roy Campbellin tytär. Pian rakennukseen hyökkää FROGeja, jotka kuuluvat Liquidin yksityisjoukkoihin. Taisteltuaan tiensä ulos Rat Patrol jatkaa omia teitään, kun Snake lähestyy leiriä, jossa Liquid oletettavasti piileskelee. Perillä hän löytää kohteensa ja on valmis salamurhaamaan tämän, kun yhtäkkiä jokin saa kaikki paikalla olevat sotilaat käyttäytymään kontrolloimattomasti. Snake lyyhistyy maahan, ja hänen luokseen ilmestyvä Naomi Hunter pudottaa hänen eteensä ruiskun. Naomi poistuu paikalta Liquidin helikopterilla. Rat Patroliin kuuluva Johnny Sasaki vie Snaken turvaan.
2. näytös – Solid Sun
Nomadilla, Otaconin ja Snaken yksityiskoneella, Otacon vastaanottaa viestin Naomilta, joka kertoo Liquidin pitävän häntä vankina Etelä-Amerikassa. Snake hyödyntää paikallista kapinallisten kansannousua soluttautuakseen paikalle. Kapinallisia vastassa on PMC nimeltään Pieuvre Armement, jonka tukikohdassa Naomi kertoo olevansa vankina. Matkalla Snake kohtaa Drebinin, joka kertoo tälle Beauty & the Beast (lyhyesti B&B)-yksiköstä, ryhmästä traumatisoituneita naisia, jotka ovat sodan kauhut nähneenä voineet selviytyä vain muuttumalla itse sotakoneiksi. Liquidin ansiosta he ajattelevat, että ainoa keino saavuttaa sisäinen rauha on Solid Snaken tappaminen. Hän paljastaa myös, että Patriootit koostuvat viidestä tekoälystä nimeltään GW, TJ, TR, AL ja JD, keskustekoäly. Snaken löydettyä Naomin hän kertoo, että Liquidin suunnitelma on käyttää Big Bossin geneettistä koodia saadakseen SOP haltuunsa. Snaken nopean vanhenemisen syy selviää: Big Bossin kloonina häntä on geenimanipuloitu siten, että hänen elinkaarensa on huomattavasti tavallista lyhyempi. Tehtyään Snakella testejä Naomi kertoo, että hänen sisällään oleva FOXDIE-virus on alkanut mutatoitua. Kolmen kuukauden päästä se tarttuisi kehen tahansa, ei vain niihin, keihin se on ohjelmoitu tarttumaan. Voitettuaan yhden B&B-yksikön jäsenistä, Laughing Octopusin, Snake pakenee Naomin ja Drebinin kanssa paikalta. Eräänlaiseksi kyborgiksi muuttunut Raiden ilmestyy ja hävittää Snakea jahdanneet Gekkot ja taistelee henkiinheränneen Vampin kanssa. Otacon ottaa Snaken, Naomin ja pahasti haavoittuneen Raidenin kyytin helikopteriinsa. Ennen tajunsa menettämistä Raiden kertoo, että vain tohtori Madnar Itä-Euroopasta voi auttaa häntä.
3. näytös – Third Sun
Naomi paljastaa Nomadin kannella Big Bossin olevan yhä elossa, vaikkakin aivokuolleena. Hänen ruumiinsa on Big Mama -nimisen hahmon johtaman Paradise Lost -vastarintaliikkeen hallussa Itä-Euroopassa. Samalla kun Snake on selvittämässä liikkeen sijaintia, Naomi ja Sunny, Otaconin kasvattama, Metal Gear Solid 2:ssa kuolleen Olga Gurlukovichin tytär vievät Raidenin tohtori Madnarin luokse, jotta hän saisi tarvitsemaansa dialyysia. Jäljittämällä yhtä vastarintaliikkeen jäsentä Snake löytää tiensä liikkeen tukikohtaan ja kohtaa Big Maman, joka paljastuu Metal Gear Solid 3:sta tutuksi EVAksi. Hän paljastaa Snakelle Patrioottien alkuperän ja näyttää tälle Big Bossin ruumiin. Yhtäkkiä B&B-yksikön jäsen Raging Ravenin johtama yksikkö hyökkää paikalle, ja Snake pakenee Big Maman moottoripyörän kyydissä. Pakomatka loppuu Big Maman haavoittuessa vakavasti, ja Snake nousee läheiseen torniin taistellakseen Ravenia vastaan. Voitettuaan taistelun hän palaa Maman luokse ja pakenee tämän kanssa viemäriyhteyksien läpi joen äärelle, jossa heitä odottaa Liquid Ocelot. Hän on saanut haltuunsa Big Bossin ruumiin, ja nyt SOP on hänen hallinnassaan. Poistuttuaan paikalta veneellä, hänet ympäröi kokonainen armeija amerikkalaisia sotilaita. Liquid lukitsee heidän aseensa SOP:n kautta ja tuhoaa piirittäjänsä. Hän heittää Big Bossin jäänteet tuleen, ja Big Mama palaa pahoin yrittäessään pelastaa häntä. Snaken kasvojen vasen puoli palaa pahasti, ja Big Mama kuolee hänen käsivarsilleen.
4. näytös – Twin Suns
Liquidin lopulliseksi suunnitelmaksi paljastuu JD:n, avaruusromuksi naamioidun satelliitin sisälle piilotetun Patrioottien keskustekoälyn tuhoaminen. Vaikka hän saikin SOP:n haltuunsa, ovat ydinaseet vielä Patrioottien hallussa. Liquidin ainoa mahdollisuus on käyttää ydinaseita, joidenka laukaisuun hän tarvitsee Shadow Mosekselle unohdetun Metal Gear REX:n raidetykin. Snake palaa yhdeksän vuoden jälkeen saarelle estääkseen Liquidia saamasta REX:ä haltuunsa. Päihitettyään Crying Wolfin, jälleen yhden B&B:n jäsenen, Snake huomaa, että raidetykki on jo poistettu REX:stä. Hänen kimppuunsa hyökkää Vamp, jonka oletetun kuolemattomuuden Snake poistaa nanokoneita tukahduttavalla ruiskulla. Raiden ilmestyy taistelemaan Vampia vastaan, ja Snaken tehtäväksi jää itsetuhotarkoitukseen luotujen Gekkojen tuhoaminen. Raiden srumaa Vampin, ja paikalle ilmestynyt Naomi paljastaa, että hänen nanokoneitansa oli muokattu korjaamaan vahinkoja ällistyttävällä nopeudella. Hän kertoo myös pitävänsä itseään hengissä nanokoneiden avulla, jotka pidättelevät hänen sisällään olevaa syöpää. Lopulta hän antaa itselleenkin ruiskun ja kuolee. Snake pakenee Otaconin ja Raidenin kanssa REX:n kyydissä ulos pian räjähtävästä Shadow Moseksesta. Ulos päästyään Snake kohtaa Metal Gear RAY:n kyydissä olevan Liquidin. Taistelun jälkeen Outer Haven, jättiläismäinen sota-alus nousee merestä ja Liquid pakenee. Alus suunnataan murskaamaan Snake alleen, mutta hänet pelastaa Raiden, joka itse jää Outer Havenin alle.
5. näytös – Old Sun
Metal Gear Solidista tutun Mei Lingin johtaman USS Missourin kannella muodostetaan iskuryhmä, jonka on tarkoitus tunkeutua Outer Havenille ja tuhota sinne piilotettu GW-tekoäly. Snake soluttautuu alukselle Merylin ja Johnnyn kanssa, ja päihittää matkalla viimeisen B&B-jäsenen, Screaming Mantisin. Meryl, Johnny ja paikalle ilmestynyt Raiden jäävät taistelemaan FROGeja vastaan sillä välin, kun Snake jatkaa matkaansa serverihuoneeseen. Hän kulkee mikroaaltojen täyttämän käytävän läpi ja palaa miltei hengiltä, mutta onnistuu pääsemään huoneeseen. Kun Otacon asentaa Naomin antaman viruksen GW:n Mk. III:n välityksellä, hän huomaa, että myös muut tekoälyt tuhoutuvat, tehden Liquidin armeijan toimintakelvottomaksi. Patriootit ovat kaatuneet, mutta virus suunniteltiin siten, että välttämättömät edellytykset yhteiskunnan toiminnalle säilyvät. Snake herää pahoin haavoittuneena Outer Havenin tornin päältä, jossa Liquid kertoo, että raidetykin vieminen oli vain hämäystä, jonka turvin Snake voisi tuhota Patriootit heidän huomaamattaan. Liquid ja Snake taistelevat nyrkein tornin päällä, ja taistelun edetessä Ocelotin oma persoonallisuus alkaa näkyä. Taiston päätteeksi hän kuolee Snaken tartuttamaan FOXDIE-virukseen.
Epilogi – Naked Sin
Johnny ja Meryl menevät naimisiin lentokentällä, ja paikalla ovat Rat Patrolin jäsenten lisäksi Otacon, Sunny, Mei Ling, Drebin ja Campbell, joka saa tehtyä viimein sovinnon tyttärensä kanssa. Raiden makaa sairaalassa useiden leikkausten jälkeen, joilla hänen ruumiinsa saatiin palautettua jälleen orgaaniseksi. Hänen vaimonsa Rose ja tämän poika ilmestyvät paikalle. Rose kertoo, että hänen avioliittonsa Campbellin kanssa oli vain hämäystä, jolla Roy suojeli häntä ja lasta, joka kuuluu oikeasti Raidenille. Perhe palaa yhteen. Snake yrittää itsemurhaa Big Bossin haudan äärellä pysäyttääkseen sisällään olevan, mutatoituneen FOXDIEn etenemisen. Samaan aikaan häissä Drebin kertoo Otaconille olleensa koko ajan Patrioottien palveluksessa ja saaneensa käskyn auttaa Snakea tehtävässään. Hän selittää, että Patriootit tarvitsivat Snakea estääkseen Liquidin suunnitelmat, mutta eivät odottaneet, että heidätkin tuhottaisiin lopulta.
Jälkiarviointi – Naked Son
Paljastuu, että Snake ei tappanutkaan itseään. Hän kohtaa hautausmaalla Big Bossin, joka ilmestyy paikalle 105-vuotiaan Zeron, Patrioottien perustajan ja tekoälyjen luojan kanssa. Big Boss kertoo Snakelle, että ruumis, jonka Liquid poltti Itä-Euroopassa, oli oikeasti hänen klooninsa Solidus, ja että hänen ruumiinsa kasattiin uudelleen Liquidin ja Soliduksen ruumiinosista. Hän myös paljastaa Zeron motiivit Patrioottien perustamiselle ja armomurhaa tämän. Paljastuu myös, että Ocelot hyödynsi nanokoneita sekä intensiivistä hypnoosia ja itsesuggestiota siirtäkseen Liquidin persoonallisuuden itselleen. Tämä kaikki tehtiin Patrioottien hämäämiseksi. Snaken sisällä oleva mutatoitunut FOXDIE menetti todellisuudessa tehonsa uuden viruksen myötä, jonka Drebin tartutti häneen ruiskulla Lähi-idässä. Uusi FOXDIE on ohjelmoitu tappamaan kaikki Zeroa vastustaneet Patrioottien alkuperäisjäsenet. Big Boss tartuttaa viruksen itseensä tarkoituksella ja kuolee lopulta * The Bossin haudan äärelle.
Lopputekstien jälkeen kuullaan Snaken ja Otaconin välinen keskustelu. Snakella on vain 6 kuukautta elinaikaa, ja hän kertoo Otaconille aikovansa lähteä Big Bossin pyynnöstä kulkemaan ympäri maailmaa. Otacon kuitenkin ehdottaa, että hän ja Sunny lähtisivät mukaan, sillä Otacon haluaa kirjoittaa muistiin parhaan ystävänsä ja legendaarisen sotasankarin viimeiset päivät. Snake suostuu.
Viimeisenä näkyvät Sunnyn paistamat munat, jotka vihdoinkin onnistuivat täydellisesti.