Itävallan historia vuoteen 1815
Vastauskonpuhdistus ja kolmikymmenvuotinen sota

Ferdinand I kuoli vuonna 1564 ja Habsburgien maat Keski-Euroopassa jaettiin hänen kolmen poikansa kesken. Vanhin Maksimilian valittiin keisariksi (hallitusvuodet 1564–1576). Maksimilian II oli myötämielinen protestanteille, mutta hänen veljensä yrittivät palauttaa katolilaisuuden yksinomaiseksi uskonnoksi maillaan. Maiden jako johti uskonsotiin seuraavalla vuosisadalla.
Rudolf II (hallitusvuodet 1576–1612) seurasi isäänsä Unkarin kuninkaana ja Pyhänä Rooman keisarina. Turkkilaiset aloittivat sodan Unkarissa vuonna 1593. Rudolfin julma sodanjohto johti protestantin ylimystön kapinaan kuninkaallisessa Unkarissa. Suvun nuorempien jäsenten tuella nuorempi veli Matias takavarikoi Rudolfin maat, palautti järjestyksen ja Rudolfin kuoltua valittiin keisariksi (hallitsi 1612–1619). Nuorempien veljesten sukuriidassa tekemät myönnytykset muodostivat kuitenkin uusia vaaroja Habsburgeille.
Lapseton Matias valitsi serkkunsa Ferdinandin perijäkseen. Varmistaakseen Ferdinandin valinnan keisariksi, Matias järjesti hänen valintansa Böömin kuninkaaksi vuonna 1617. Böömin protestanttinen ylimystö oli kuitenkin vaatinut katolilaisuuden puolestapuhujaa vahvistamaan Rudolf II:n myöntämän uskonvapauden. Kiista uskonvapaudesta johti vuonna 1618 kapinaan protestanttisen ylimystön keskuudessa. Toivo neuvotteluratkaisusta hävisi, kun Matias kuoli maaliskuussa 1619, ja muutkin Habsburgien maat nousivat kapinaan.
Habsburgien vastaiset mielialat heijastelivat katolilaisten ja protestanttien välisiä 1600-luvun alun jännitteitä. Vastauskonpuhdistuksen sukupolven mittainen työ tuotti kuitenkin hedelmää: luostarielämä virkistyi, katolilaisten henkinen työ tuotti tuloksia ja monet merkkihenkilöt palasivat kirkon huomaan. Saksan ruhtinaat jakautuivat kahteen sotilaalliseen leiriin: evankeliseen unioniin ja katoliseen liigaan.
Elokuussa 1619 Böömin valtiopäivät valitsi kuninkaaksi protestanttisen Pfalzin vaaliruhtinaan Fredrik V:n ja vaaliruhtinaiden konklaavi keisariksi Ferdinand II:n (hallitusvuodet 1619–1637). 8. marraskuuta 1620 katolisen liigan ja keisarillinen armeija löivät Fredrik V:n palkkasoturiarmeijan Valkeavuoren taistelussa. Läpi 1620-luvun katolilais-keisarilliset joukot jatkoivat hyökkäystään ja varmistivat Ferdinandille perintömaiden Böömin ja Unkarin hallinnan.
Ferdinand samaisti protestantit luopioiksi ja määräsi tiukat uskonnolliset rajoitukset kautta perintömaiden. Vuonna 1627 hän antoi pitkään suunnitellun määräyksen tehdä Böömistä yhden uskonnon maa, protestantit saivat kuusi kuukautta aikaa kääntyä katolilaisiksi tai poistua maasta. Unkarissa Ferdinand joutui kuitenkin lupautumaan uskonnonvapauteen Unkarin nationalistisen liikkeen edessä, jota johti kalvinistinen Transilvanian ruhtinas.
Tanskan, Ruotsin ja Ranskan sotilaallinen väliintulo esti Ferdinandia viemästä sotaa päätökseen ja tuhosi myös kompromissiyrityksen 1630-luvulla protestanttien ruhtinaiden kanssa. Kolmikymmenvuotisen sodan sotaretket ulottuivat vain harvoin nykyisen Itävallan muodostaville Habsburgien alueille.
Kolmikymmenvuotinen sota päättyi viimein vuonna 1648 Westfalenin rauhaan. Sopimus oli myös Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan uskonasioiden perustuslaki, joka antoi ruhtinaille oikeuden määrätä maidensa uskonnosta. Ranska saavutti myös tavoitteensa estää Habsburgeja luomasta Pyhästä saksalais-roomalaisesta valtakunnasta keskitettyä absoluuttista monarkiaa alaisuudessaan. Omilla maillaan Habsburgit kuitenkin nauttivat suurempia poliittisia ja uskonnollisia vapauksia kuin ennen sotaa. He saivat uusia tukijoita jakamalla uudelleen kapinallisilta takavarikoidut maat ja saivat vapauden asettaa uskonnollinen yhdenmukaisuus, joka tehtiinkin kuten aiemmin Böömissä.