Billy the Kid
Sopimus kuvernöörin kanssa

Liittovaltion presidentti Rutherford B. Hayes yritti palauttaa alueelle järjestyksen ja lähetti paikalle uuden kuvernöörin Lew Wallacen, joka saapui Lincolniin 6. maaliskuuta 1879. Wallace kuulusteli ensin yksityiskohtaisesti tuomari Wilsonia ja laati sen jälkeen listan pidätettävistä miehistä. Lew Wallacen suunnitelmat alkoivat kuitenkin hiipua, sillä ihmiset eivät halunneet tai eivät koston pelossa uskaltaneet todistaa asiassa valaehtoisesti.
Billy kirjoitti kirjeen 13. maaliskuuta 1879 kuvernöörille ja lupasi todistaa oikeudessa Chapmanin tappajia vastaan, jos häntä suojellaan vihollisilta. Billy pyysi syytteidensä kumoamista, kertoi enemmistön asukkaista olevan hänen ystäviään ja että ei enää halunnut taistella. Billy neuvotteli Wallacen kanssa tapaamisessa, joka vaikuttaa sujuneen hyvissä merkeissä. He sopivat lavastetusta pidätyksestä. Sopimuksen mukaisesti Billy antautui vapaaehtoisesti seriffi George Kimbrellille. Billyä ja neljää muuta miestä pidettiin harhautusmielessä pidätettyinä Juan Patrónin kotitalossa. Patrón oli tunnettu Lincolnin asukas ja Talon vastustaja. Pat Garrett kirjoitti myöhemmin kirjassaan, että Patrónin luona ”he joivat ja söivät hyvin, polttivat parhaita sikareita ja pelasivat pokeria satunnaisten vieraiden kanssa”. Billyn saamat huomionosoitukset pidätyksen aikana hämmästyttivät Lew Wallacea.
Billy todisti suuren valamiehistön edessä, että Jimmy Dolan ja Billy Campbell olivat surmanneet Chapmanin Jesse Evansin avulla. Toukokuussa tutkijalautakunta kokoontui käsittelemään eversti Dudleyn menettelyä McSweenin talolle tehdyn hyökkäyksen aikana. Muun muassa Billy todisti asiassa. Hän vannoi valalla, että kolme armeijan sotilasta oli tulittanut häntä ja José Chavez y Chavezia kohti, kun he olivat paenneet palavasta talosta. Billyn todistajanlausunto on kuitenkin pettymys, sillä sotilaat eivät osallistuneet taistelutoimiin. Epäilemättä Susan McSweenin kehotuksesta hän oli lausunnossaan enemmän keskittynyt McSweenin ja tämän asianajajan väitteeseen, jonka mukaan sotilaat osallistuivat taisteluun, kuin kuvaamaan tosiasiallisia tapahtumia. Suureksi osaksi Billyn ansiosta huhtikuun 1879 suuri valamiehistö julisti yli sata syytettä Dolanin kannattajia kohtaan. Siitä huolimatta piirikunnansyyttäjä William Rynerson esti melkein kaikkien syytteeseenpanon, erityisesti Dolanin. Rynerson ei aikonut päästää Billyä rangaistuksetta eikä Lew Wallacen lupaamaa armahdusta kuulunut. Billy livahti turhautuneena tiehensä 17. kesäkuuta 1879 ja palasi vanhoille olinpaikoilleen.
Las Vegasissa käydessään Billy kohtasi sattumalta Henry Hoytin. Hoyt kertoi myöhemmin, että Billy oli tavannut Las Vegasin lähellä sijainneen hotellin ravintolassa salanimellä Mr. Howard liikkuneen Jesse Jamesin. Samoihin aikoihin Billy kääntyi John Chisumin puoleen. Chisum oli merkittävä karjanomistaja ja persoona Pecos Valleyssa. Chisumin antama tuki Alexander McSweenin ryhmälle oli tärkeä tekijä Lincolnin piirikunnan sodassa. Billy pyysi rästejä sodan aikana tekemistään palveluksista. Kun Chisum kieltäytyi maksamasta, Billy keksi toisen tavan saada rahansa: hän rosvosi Chisumin karjaa ja myi sitä. Billy syytti Chisumia kaikista vaikeuksistaan.
Jälleen vapaana Billy jakoi kortteja Fort Sumnerin ja Puerto de Lunan tanssipaikoissa ja saluunoissa. Seudun lammaspaimenet olivat hänen luotettavia ystäviään. Fort Sumnerissa olivat myös hänen kaverinsa Charlie Bowdre ja Doc Scurlock.Scurlock muutti syksyn aikana Texasiin. Billyn uudet tuttavat olivat Dave Rudabaugh, William ”Billy” Wilson ja Tom Pickett.
Tammikuussa 1880 Hargroven saluunassa Fort Sumnerissa Joe Grant alkoi haastaa riitaa. Pat Garrettin kirjassa Authentic Life kerrotaan, että Billy oli hetkeä aiemmin pitänyt ankarassa humalassa olleen Grantin asetta kädessään ja saanut kierretyksi revolverin rullaa niin, että iskuvasara löisi seuraavan laukauksen kohdalla tyhjään patruunapesään. Sitten hän antoi aseen takaisin Grantille. Grant uhkasi tappaa John Chisumin ja uhkaili epähuomiossa tämän veljeä James Chisumia, joka oli saluunassa. Grant hermostui Billyn huomautuksesta ja puristi liipaisinta. Billy ampui hänet. Sanomalehdet kertoivat tapahtumasta hyvin lyhyesti, eikä kannetta nostettu, mikä osoittaa sen olleen tavallinen saluunatappelu, joka päättyi kuolettavasti. Myöhemmin Billy vähätteli tapahtumaa.