Persona 3 The Movie
Elokuvat > Winter of Rebirth

Kun Aigis oli 10 vuotta sitten pysäyttänyt Kuoleman, hän oli sinetöinyt tämän vanhempansa juuri menettäneen Makoton sisään. Makoto muistaa tämän juuri kun muut SEESin jäsenet saapuvat ja tajuaa Farosin olleen Ryojin tavoin myös yksi Kuoleman henkilöitymistä. He hyökkäävät Ryojin kimppuun, mutta kokevat ylivoimaisen tappion. Ryoji selittää, että olento nimeltä Nyks (Nyx) tulee tuomaan maailmanlopun ennen kevättä. Hän antaa SEESin jäsenille joulukuun 31. päivään asti aikaa tehdä seuraava päätös: jos Makoto tappaisi Ryojin, kaikki muistot pimeästä tunnista katoaisivat ja SEESin jäsenet saisivat elää rauhassa ilman kuolemanpelkoa.
SEESin jäsenet ajautuvat syvään masennukseen paljastuksen vuoksi ja Apatia-syndrooman uhrien määrä kasvaa. Aigis pyytää Makotoa valitsemaan Ryojin tappamisen, koska ei halua nähdä ystäviensä kärsivän. Mitsuru ja Akihiko saavat selville, että Takaya ja Jin ovat perustaneet Nyksiä palvovan kultin, manipuloiden sen jäsenet uskomaan, että maailmanloppu vapauttaisi ihmiskunnan ahdistuksesta. Yukari välttelee syömistä ja alkaa hyperventiloida sekä nähdä hallusinaatioista persoonastaan hyökkäämässä hänen kimppuunsa, minkä seurauksena hän joutuu sairaalaan. Elizabeth saapuu ihmisten maailmaan ja ymmärtääkseen sitä paremmin, hän pyytää Makotoa esittelemään hänelle kaupunkia. Makoto muistelee kaikkia viimeisen vuoden tapahtumia ja tajuaa tunteneensa ensimmäistä kertaa vanhempiensa kuoleman jälkeen olevansa elossa. Samalla muut SEESin jäsenet alkavat muistella kaikkia läheisiään, jotka olivat kuolleet tai muuttaneet pois, ja ymmärtävät, että heidän vuokseen taistelua oli jatkettava. 31. joulukuuta Makoto kertoo Ryojille, ettei aio tappaa häntä. Aluksi Aigis kauhistuu Makoton päätöksestä, mutta tajutessaan käyttäytyvänsä aivan kuin oikea ihminen, hän päättää lopulta itsekin osallistua Nyksin kohtaamiseen. Nyksin voittaminen kadottaisi myös pimeän tunnin maailmasta, mutta se saisi heidän muistonsa pimeästä tunnista katoamaan. SEESin jäsenet sopivat tapaavansa toisensa siitä huolimatta keväällä lukuvuoden päättäjäispäivänä.
31. tammikuuta 2010 SEES selvittää tiensä Tartaroksen ylimpiin kerroksiin, missä Yukari, Mitsuru, Fuuka, Ken ja Koromaru jäävät taistelemaan heikompia varjoja vastaan ja Junpei, Akihiko ja Aigis jäävät taistelemaan Takayaa ja Jiniä vastaan. Tartaroksen huipulla Makoto taistelee Nyksin avatariksi muuttunutta Ryojia vastaan. Pitkästä ja vaikeasta taistelusta huolimatta, SEES ei suostu antamaan periksi, vaan heidät persoonansa muuttuvat voimakkaammiksi. Makoto ei tästä huolimatta onnistuu täysin voittamaan Nyksiä, jonka todellinen keho ilmestyy kuun sisältä ja aloittaa Tuhon toteuttamisen. Varjojen hyökkäys sekä Nyksin luomat painovoima-aallot lyövät muut SEESin jäsenet voimattomiksi. Makoto on valmis jopa uhraamaan oman henkensä, jotta hänen ystävänsä ja maailma pelastuisivat, minkä jälkeen hän yhdistää Orfeuksen ja Thanatoksen persoonaksi nimeltä Messias (Messiah), joka tuhoaa varjot ja lennättää Makoton kohti Nyksin ydintä. Igor ja Elizabeth toteavat Makoton saaneen ystävyyssiteidensä voimien kautta käyttöönsä Maailmankaikkeuden arkanan (Universe Arcana) voiman, jonka avulla Makoto sinetöi Nyksin pois ja tuhoaa Tartaroksen. Ryojin ääni toteaa Tuhon estetyksi, jolloin pimeä tunti katoaisi maailmasta. Hän sanoo vaipuvansa takaisin uneen ja onnittelee SEESiä voitostaan.
5. maaliskuuta on koulun lukuvuoden päättäjäiset ja SEESin jäsenet ovat menettäneet muistonsa pimeästä tunnista. Makoto ja Aigis kuitenkin muistavat tapahtuneet ja menevät koulun katolle. Pian myös muut SEESin jäsenet saavat muistonsa takaisin ja ehtivät saapua koulun katolle, juuri ennen kuin väsyneeksi itsensä tunteva Makoto nukahtaa Aigiksen syliin.