Half-Life 2: Episode Two
Tarina > Juoni

Gordon palaa tajuihinsa romuttuneessa junassa. Alyxin pelastettua miehen junasta kaksikko saa selville, että Linnoituksen tuhoutuminen on muodostanut Kaupunki 17:n yläpuolelle valtavan ulottuvuusrepeämän, joka voi käynnistää uudelleen portaalimyrskyt (engl. portal storms), jotka alun perin alkoivat Nihilanthin kuolemasta. Gordon ja Alyx lähettävät hylätyltä radioasemalta viestin White Forestin metsässä sijaitsevaan ohjussiiloon, jossa Eli Vance ja Isaac Kleiner ovat odottamassa heitä. Molemmat tiedemiehet kertovat Gordonille ja Alyxille, että portaalimyrskyjen uusiutuminen mahdollistaa Combinen lähettämään asevoimansa Maahan. Alyx kuitenkin kertoo, että hänellä on Linnoituksesta varastettu kopio tietopaketista, joka sisältää Combinen kotimaailmaa koskevia tietoja ja mahdollistaa ulottuvuusrepeämän hallitsemisen ”toiselta puolelta”. Tiedemiesten mukaan he pystyisivät tietopaketin avulla sulkemaan ulottuuvusrepeämän, koska heillä on myös ohjustukikohdassa laukaisematon avaruusraketti, jonka laitteiston avulla ”superportaali” saadaan romahtamaan.
Gordon ja Alyx ovat matkalla White Forestiin, kunnes he saapuvat ränsistyneelle kaivosasemalle. Heidän kimppuunsa hyökkää Combinen Hunter-sotakone, joka lävistää Alyxin kehon terävillä kynsillään ja romahduttaa Gordonin päälle kiviröykkiön. Kun Gordon palaa tajuihinsa, yksinäinen vortigaunt, jonka nimeksi paljastuu myöhemmin Uriah, hajottaa sähköpurkauksella Gordonia pidätelleen kivikasan ja vie vakavasti haavoittuneen Alyxin maan alla sijaitsevaan vastarintaliikkeen tukikohtaan. Kun Gordon saapuu tukikohtaan, paikka joutuu muurahaiskorentojen (antlions) hyökkäyksen kohteeksi. Gordon kuitenkin puolustaa tukikohtaa kunnes muita vortigaunteja saapuu paikalle. Vortigauntien parantavat Alyxin muurahaiskorentojen ”uutteella”, jota Gordon löytää muurahaiskorentojen pesästä. Vortigauntit muuttuvat purppuranvärisiksi, mutta yhtäkkiä G-Man ilmestyy ja kertoo Gordonille, että hän pelasti Alyxin hengen Black Mesan tapauksesta. Hän myös viittaa siihen, että Alyx on tärkeä avainhahmo hänen suunnitelmissaan. G-Man siirtyy tajuttoman Alyxin luokse ja käskee tätä kehottamaan isälleen, että on valmistauduttava ”ennennäkemättömiin seurauksiin” (engl. prepare for unforeseen consequences), millä G-Man viittaa Half-Lifen kolmanteen jaksoon ”Unforeseen Consequences”, jossa resonanssikaskadi on raunioittanut Black Mesan tutkimuslaitoksen.
Kun Alyx on parannettu, hän poistuu Gordonin kanssa tukikohdasta. He näkevät sillan, jonka kautta Combine on siirtämässä sotajoukkoja White Forestiin. Gordon, Alyx ja vortigaunti taistelevat muurahaiskorentoja vastaan, minkä jälkeen vortigaunti löytää osittain romahtaneen sillan luona auton. Gordon ja Alyx jatkavat matkaansa, kunnes he löytävät hylätystä ladosta kapselin, jonka sisällä on salaperäinen Combinen neuvonantaja (Combine Advisor). Gordon ja Alyx sammuttavat generaattorin, jonka he luulevat toimivan olennon elossapitojärjestelmän voimanlähteenä, mutta generaattorin sammuminen avaa neuvoantajan kapselin. Olento nostaa telekineettisillä voimillaan kaksikon ilmaan ja yrittää tappaa Gordonin, mutta yhtäkkiä kapseli räjähtää ja haavoittunut neuvonantaja pakenee ladosta. Neuvonantaja hälyttää lähellä partioivat Combinen sotilaat, joten Gordon ja Alyx pakenevat autolla ja heitä jahtaa Combinen taisteluhelikopteri. Kaksikko pakenee vastarintaliikkeen tukikohtaan, jossa Gordon pudottaa alas helikopterin ja kapinalliset korjaavat vaurioituneen auton. Gordon ja Alyx jatkavat matkaansa ja selviytyvät Combinen väijytyksestä autiossa vuoristokylässä. Kun Gordon ja Alyx lopulta saapuvat White Forestin ohjussiiloon, tukikohta joutuu hyökkäyksen kohteeksi, mutta Gordon onnistuu päihittämään siiloon tunkeutuneet Combinen sotilaat.
Gordon ja Alyx tapaavat Eli Vancen, Isaac Kleinerin, kolmannen tiedemiehen Arne Magnussonin ja Alyxin robotin Dogin. Alyx luovuttaa isälleen tohtori Judith Mossmanin viestin, jossa Mossman kertoo löytäneensä salaperäisen ”projektin”. Tiedemiehet ymmärtävät, että projekti on itse asiassa tutkimuslaiva Borealis, joka eräänä päivänä katosi selittämättömästi kuivasatamasta. Gordon ei tiedä laivan merkitystä, mutta Kleinerin mukaan Borealis olisi arvokas etu vastarintaliikkeen Combinen vastaisessa taistelussa. Vance kuitenkin uskoo, että Borealis on liian vaarallinen ja voimakas ase vastarintaliikkeelle, minkä vuoksi se on tuhottava. Borealis kuului alun perin Black Mesan kilpailijalle Aperture Sciencelle, mikä on viittaus Portal-pelin tapahtumiin. Myöhemmin Eli paljastaa Gordonille, että hän on ollut alusta alkaen tietoinen G-Manin olemassaolosta ja vahvistaa väitteen, jonka mukaan G-Man pelasti Alyxin Black Mesasta. Kapinalliset siirtävät Alyxin tietopaketin tietoja avaruusrakettiin ja ohjelmoivat sen uudelleen, mutta ohjussiilo joutuu jälleen Combinen hyökkäyksen kohteeksi. Tohtori Magnussonin keksimillä kokeellisilla räjähdepanoksilla aseistautunut Gordon kuitenkin nujertaa valtavat Strider-sotakoneet ja estää ohjussiilossa valmistelevan raketin tuhoutumisen.
Kun Combine on kukistettu, Gordon laukaisee avaruusraketin, joka käynnistyy Maan ilmakehässä ja luo yhteyden alun perin Black Mesalle kuuluneiden satelliittien kanssa. Pulssiaalto romahduttaa ulottuvuusrepeämän, minkä jälkeen Vancet kertovat Gordonille, että he ovat päättäneet lähteä pohjoiseen paikantamaan Borealisin ja pelastamaan Judith Mossmanin. Kolmikko etenee Alyxin löytämälle helikopterille, mutta paikalle saapuu Combinen neuvonantajia jotka tappavat Elin. Dog kuitenkin ehtii pelastaa Gordonin ja Alyxin hengen, peli päättyessä Alyxin itkuun isänsä ruumiin vieressä.