Ratchet & Clank: Tools of Destruction
Juoni

Ratchet ja Clank ovat työskentelemässä rakettikelkan parissa Metropolisissa, kun he saavat kapteeni Qwarkilta hätäviestin. Taisteltuaan aseistettuja Drophyd-kommandoja vastaan he kohtaavat keisari Percival Tachyonin, itsensä nimittämän "Cragmiittien kruununprinssin". Tachyon on tullut tappamaan Ratchetin, sillä hän uskoo Ratchetin olevan viimeinen elossa oleva Lombax. Kaksikko kuitenkin onnistuu pakenemaan hänen yksityisristeilijällä. Matkan aikaan he vaipuvat hyperuneen, ja heräävät myöhemmin haaksirikkoutuneina Cobalialla Polaris-galaksissa. He saavat selville Tachyonin hallitsevan suurta osaa galaksista. He myös törmäävät mystisiin olentoihin nimeltä Zoni, jotka vain Clank voi nähdä. Zonit antavat Clankille uusia kykyä Ratchetin avuksi.
Myöhemmin kaksikko päätyy kaukaiselle avaruusasemalle, jossa he tapaavat Talwyn Apogeen ja tämän liittolaiset, Cronkin ja Zephyrin. Talwynin isä, tutkimusmatkailija Max Apogee, oli galaksin johtava Lombax-teknologian asiantuntija ja saattaa tietää syyn Lombaxien katoamiseen. Myöhemmin he saavat selville Suuresta sodasta, jossa Lombaxit onnistuivat kokonaan tuhoamaan Cragmiitti-imperiumin, ja karkottivat heidät kaukaiselle tähdelle käyttämällä dimensionaattoria, kypärää joka avaa madonreikiä toisiin ulottuvuuksiin. Vuosia myöhemmin Lombax-mainarit löysivät jäätyneen Cragmiitin munan, ja päättivät ottaa sen hoiviinsa. Saatuaan selville alkuperästään Tachyon päätti tuoda Cragmiitit takaisin ja alkoi kasvattaa armeijaa tuhotakseen Lombaxit.
Max Apogeen vihjeillä kaksikko löytää dimensionaattorin Jasindulta, jota paikallinen Kerchu-rotu pitää hallussaan. Slagin avaruuspiraatit kuitenkin varastavat sen heiltä, mutta onnistuvat saamaan sen haltuunsa. Tachyonin vankeudesta paennut kapteeni Qwark kuitenkin ottaa sen itselleen aikoen tuhota laitteen, mutta päätyykin Cragmiittien kotiplaneetalle Reeporiin. Siellä Tachyonin joukot kaappaavat hänet ja ottavat dimensionaattorin häneltä. Ratchet ystävineen seuraavat heitä, mutta Tachyon oli saanut dimensionaattorin haltuunsa, jonka avulla hän palauttaa Cragmiitit.
Kaksikko matkustaa pääkaupunkiin Meridian cityyn, jossa he pysäyttävät Cragmiittien hyökkäyksen. He matkustavat seuraavaksi Fastoonille, Lombaxien kotiplaneetalle, johon Tachyon on linnoittunut. Siellä Tachyon kertoo Lombaxien paenneen häntä toiseen ulottuvuuteen. Vain kaksi jäi jälkeen: dimensionaattorin vartija ja hänen vauvansa (Ratchet), jonka hän lähetti Solanaan turvaan, mutta joutui myöhemmin Tachyonin surmaamaksi. Tachyon antaa Ratchetille tilaisuuden palata lajinsa luo, mutta kieltäytyy, sillä ei voi antaa dimensionaattorin jäädä Tachyonin kynsiin. Taistellessaan Tachyonia vastaan dimensionaattori avaa portin toiseen ulottuvuuteen, jossa kaksikko onnistuu voittamaan Tachyonin. Korjattuaan dimensionaattorin Putkimieheltä saamalla tiivisteellä, he pakenevat takaisin kotiulottuvuuteen dimensionaattorin rikkoutuessa lopullisesti.
Kaksikon ja heidän liittolaistensa voittoa juhliessa Zonit, nyt kaikille näkyvissä, tulevat paikalle ja ottavat Clankin mukaansa, uskoen tämän olevan valmis oppimaan todellisen tarkoituksensa. Ratchet vannoo pelastavansa Clankin. Pelin tarina jatkuu seuraavassa osassa.