Katolisen kirkon historia
Vallankumouksesta Napoleoniin > Kirkkovaltion tuho ja uusi nousu

Ranskan ajautuessa sotaan muuta Eurooppaa vastaan paavi asettui tukemaan Ranskan vastustajia. Silloinen kenraali Napoleon Bonaparte lähetettiin valloittamaan Italiaa, ja vähitellen Ranskan valta ulottui yhä lähemmäs Roomaa ja paavinistuinta. Helmikuussa 1797 paavin oli pakko solmia itselleen epäedullinen rauhansopimus Ranskan kanssa. Sopimus maksoi Kirkkovaltiolle raskaiden sotakorvausten lisäksi sata taideteosta ja viisisataa käsikirjoitusta paavinistuimen kokoelmista. Roomassa puhjenneiden mellakoiden jälkeen Napoleonin joukot miehittivät kaupungin. Roomasta tehtiin tasavalta ja paavi vietiin vangittuna Rhônen varrella sijaitsevaan linnakkeeseen. Siellä hän myös kuoli vuonna 1799. Hänelle ei lopulta myönnetty edes kristillistä hautausta.
1. joulukuuta 1799 kardinaalit eivät kokoontuneet normaaliin tapaan Sikstuksen kappelissa Roomassa vaan Itävalta-Unkarin hallitsemalla alueella sijaitsevassa benediktiiniluostarissa. Pius VI oli ennen marttyyrikuolemaansa antanut vanhimmalle kardinaalille määräyksen järjestää seuraava konklaavi turvallisessa paikassa. Uudeksi paaviksi valittiin pitkän pattitilanteen jälkeen Pius VII. Uusi paavi palasi Roomaan, joka nyt kuului Napoleonin Ranskalle. Napoleonista oli tullut Ranskan tosiasiallinen hallitsija ja hän halusikin tehdä sovinnon paavin ja katolisen kirkon kanssa. Hän muun muassa järjesti Pius VII:n edeltäjälle Pius VI:lle hautajaiset, jotka häneltä oli aikanaan evätty.
Milanon papeille pitämässään puheessa Napoleon osoitti haluavansa saada aikaan sovun paavinistuimen kanssa, ja myös paavi oli valmis neuvottelemaan Napoleonin kanssa. Kahdeksan kuukautta kestäneiden neuvottelujen jälkeen Napoleon allekirjoitti niiden tuloksena syntyneen konkordaatin heinäkuussa 1801. Konkordaatissa katolilaisuuden status laski valtionuskonnosta ”Ranskan kansalaisten enemmistön uskonnoksi”, mutta sen harjoittaminen sallittiin. Katolinen kirkko ei kuitenkaan saanut takaisin Ranskan suuressa vallankumouksessa menettämäänsä omaisuutta, vaikkakin Ranskan valtio lupasi korvauksena maksaa papistolle palkkaa kirkon puolesta. Myös Kirkkovaltio palautettiin paaville.
Kiistan molemmat osapuolet hyötyivät sovun solmimisesta ja konkordaatista. Tosin molemmat osapuolet joutuivat myös tinkimään vaatimuksistaan ja tekemään kompromisseja. Paavi olisi toivonut kirkon takavarikoitua omaisuutta takaisin, eikä kirkko myöskään saanut menettämäänsä Avignonia takaisin. Lisäksi paavin oli hyväksyttävä Ranskassa vallitseva uskonnonvapaus. Vaikka paavi joutuikin antamaan periksi joissakin vaatimuksissaan, voidaan konkordaattia silti pitää todisteena kirkon voitosta, sillä Ranskan vallanpitäjien oli myönnettävä, etteivät he olleet pystyneet kitkemään kristinuskoa Ranskasta. Konkordaatti ei tarkoittanut voittoa pelkästään paaville ja kirkolle vaan myös Napoleonille, sillä enää hänen arvostelijansa eivät voineet väittää Ranskan tasavaltaa pakanalliseksi ja jumalattomaksi valtakunnaksi.
Jonkin aikaa Napoleonin ja paavin välillä vallitsi sopu, mutta pian välit jälleen viilenivät. Kun Napoleon vaati paavia sulkemaan Kirkkovaltion satamat brittiläisiltä aluksilta, paavi kieltäytyi vedoten asemaansa puolueettomana rauhan puolustajana. Ranskan joukot tunkeutuivat jälleen Roomaan, ja paavin lippu vaihdettiin trikoloriin. Vatikaani oli nyt liitetty osaksi Napoleonin imperiumia. Paavi taas julisti ”Pietarin perinnön ryöstäjät” pannaan, muttei kuitenkaan maininnut Napoleonia nimeltä. Paavi vangittiin ja kuljetettiin Genovan länsipuolella sijaitsevaan Savonaan, missä häntä pidettiin kolme vuotta kotiarestissa.
Napoleonin kärsittyä tappion liittoutuneille paavi pääsi palaamaan Roomaan 24. toukokuuta 1814. Wienin kongressin kokoontuessa järjestämään sekasortoista Eurooppaa Napoleonin jäljiltä paavilla oli nyt puolellaan aikakauden mukanaan tuoma muuttunut ilmapiiri. Kirkkoa vastustaneiden valistusfilosofien aatteita pidettiin syynä vallankumoukseen ja sekasortoiseen kaaokseen Euroopassa. 1800-luvun alun uudet aatesuuntaukset, kuten romantiikka, pitivät arvossa useita valistusaatteen halveksimia asioita kuten uskoa, historiaa, perinteitä ja auktoriteettia, mikä hyödytti juuri näitä ominaisuuksia edustavaa kirkkoa.
Paavin onnistui Wienin kongressissa palauttaa Kirkkovaltiolle sille ennen kuuluneet alueet Avignonia lukuun ottamatta. Kirkkovaltion palauttaminen paaville sopi hyvin sekä Britannian että kukistetun Ranskan suunnitelmiin, sillä vahva Kirkkovaltio Apenniinien niemimaalla tasapainotti Itävalta-Unkarin ja muiden alueen valtioiden keskinäistä voimatasapainoa.