Boris Jeltsin
Venäjän presidenttinä

Jeltsin erosi kommunistipuolueesta heinäkuussa 1990 ja voitti kesällä 1991 Venäjän presidentivaalin. Kun Gorbatšov joutui vallankaappausyrityksen kohteeksi elokuussa 1991, Jeltsin nousi kaappausyritystä vastaan Moskovassa ja vaati Gorbatšovin palauttamista valtaan. Kun tilanne oli ohi, Jeltsin alettiin nähdä maan vahvimpana poliitikkona.
Joulukuussa 1991 Jeltsin perusti Ukrainan ja Valko-Venäjän johtajien kanssa Itsenäisten valtioiden yhteisön, joka tulisi korvaamaan hajoamassa olleen Neuvostoliiton. Gorbatšov erosi jo saman kuun lopulla, ja Jeltsinin johtama Venäjän hallitus otti hoitaakseen Neuvostoliitolle kuuluneet velvollisuudet.
Jeltsin ryhtyi muuttamaan Venäjän talousjärjestelmää: jatkossa sen tulisi perustua yksityisyritteliäisyyteen ja vapaisiin markkinoihin. Hän muun muassa lakkautti hintatuet ja valtion kontrollin kuluttajatuotteisiin; hän ei kuitenkaan saanut Venäjän parlamentin tukea taakseen. Sen vuoksi Jeltsin hajotti parlamentin syyskuussa 1993 ja julisti uudet parlamenttivaalit. Lokakuussa 1993 jotkut kovan linjan edustajat yrittivät kaapata vallan – Jeltsinille lojaalit armeijan joukot torjuivat yrityksen. Parlamenttivaalien yhteydessä järjestettiin kansanäänestys, jossa Jeltsinin ehdotus perustuslaiksi hyväksyttiin niukasti. Parlamentin uusi koostumus kuitenkin pakotti seuraavina vuosina Jeltsinin käyttämään valtaansa usein presidentin asetusten kautta.
Jeltsin sääti syyskuussa 1993 asetuksen, joka pidätti virasta varapresidentti Rutskoin. Parlamentin puhemies Ruslan Hasbulatov julisti asetuksen olevan perustuslain vastainen.
Jeltsin lähetti joulukuussa 1994 armeijan joukot separatistiseen Tšetšeniaan. Sitä seurannut pitkittynyt sota heikensi Jeltsinin kannatusta Venäjällä. Kannatuksen laskuun vaikutti myös Jeltsinin talousuudistusten epäonnistumiset. Kannatuksen laskusta huolimatta Jeltsin lähti ehdolle uusiin presidentinvaaleihin. Jeltsinillä oli takanaan hyvin suunniteltu massiivinen vaalikampanja ja valtamedian tuki, muun muassa oligarkki Boris Berezovskin mediaimperiumi. Vaalikamppailun lopputuloksena Jeltsin sai 54 % äänistä. Jeltsinin terveys oli kuitenkin heikentynyt. Sydänvaivat pakottivat hänet toistuvasti sairauslomalle, ja jo marraskuussa 1996 Jeltsin joutui nelinkertaiseen ohitusleikkaukseen ja oli sairaalassa kuukausia.
Kremliin oli syntynyt Jeltsiniä tukevien oligarkkien ja muiden tätä lähellä olevien ryhmittymä, jota kutsuttiin ”perheeksi”. Siihen kuuluivat presidentinhallintoa johtanut Alexander Vološin, presidentin tytär Tatjana Djatšenko ja tämän myöhempi mies Valentin Jumašev, Jeltsinin avustaja Pavel Borodin ja oligarkit Boris Berezovski ja Roman Abramovitš.
Toisella presidenttikaudellaan Jeltsin suostui Tšetšeniassa tulitaukoon ja sen jälkeen rauhansopimukseen. Tšetšenian levottomuudet jatkuivat silti yhä, ja  pian Jeltsin jälleen lähetti maakuntaan joukkoja.
Jeltsin erotti 1990-luvun lopulla neljä pääministeriä ja vuonna 1998 koko hallituksensa. Seuraavana vuonna parlamentti yritti asettaa presidentin syytteeseen siitä, että hän olisi muun muassa edesauttanut Neuvostoliiton hajoamista. Jeltsin kuitenkin selvisi toukokuun 1999 epäluottamuslauseesta, jonka antoi duuman oppositio, demokraatit ja kommunistit.
Jeltsin erotti 9. elokuuta 1999 hallituksensa, ja uudeksi pääministeriksi nousi Vladimir Putin. Jeltsin oli valtakautensa viimeiset kuukaudet hyvin epäsuosittu, vain kaksi prosenttia kansasta kannatti häntä. Terveysongelmista kärsinyt Jeltsin ilmoitti siirtyvänsä syrjään juuri ennen vuosituhannen vaihdetta 31. joulukuuta 1999. Jeltsin nimitti pääministeri Putinin virkaatekeväksi presidentiksi kevään 2000 presidentinvaaleihin saakka. Kun Putin oli näin päässyt presidentiksi, hän varmisti ensitöikseen, että Jeltsin sai täyden koskemattomuuden kaikista rikosoikeudellisista syytteistä.