Persona 2
Juoni > Eternal Punishment

Eternal Punishmentin juoni sijoittuu muutama kuukausi Innocent Sinin jälkeen. Filemon oli Nyarlathotepin aiheuttaman tuhon peruuttamiseksi muuttanut aikajatkumoa, ettei edellisen pelin persoonankäyttäjistä Tatsuyaa lukuun ottamatta ei muistanut alkuperäisen aikajatkumon tapahtumia tai edes tavanneensa ryhmänsä muita jäseniä. Tällä kertaa Maya toimii hiljaisena protagonistina Tatsuyan Suoun sijaan.
Maya tutkii nimeä "JOKER" käyttävän sarjamurhaajan tapausta. Eräänä päivänä hän ja hänen huonetoverinsa Ulala Serizawa sekä Tatsuyan isoveli, rikosetsivä Katsuya Suou, tapaavat JOKERin Seitsemän Sisaruksen lukiossa, jossa tämä oli tappanut rehtorin. JOKER väittää tietävänsä "toisesta puolesta", jossa Maya oli ollut persoonankäyttäjä. Maya, Ulala ja Katsuya herättävät persoonansa. Tämän jälkeen he menettävät tajuntansa ja tapaavat Filemonin, joka kertoo antaneensa tämän voiman heille.
JOKERin päästyä pakoon Katsuya raportoi tapahtuneesta esimiehilleen ja kerää tietoa JOKERiin liittyvistä huhuista mieheltä nimeltä Baofu, joka on myös persoonankäyttäjä. Hän paljastaa tietoa, joka vihjaili JOKERin olevan Morimoton mielisairaalasta paennut Tatsuya Sudou (alkuperäistä Jokeria palvellut Kuningas Leijona). Tieto oli peräisin tämän isältä, Tatsuzou Sudoulta, joka tämän sinne alun perin lähetti. Baofu mukanaan Mayan joukko aloittaa Tatsuya Sudoun etsinnän ja saavan selville tämän palanneen mielisairaalaan. Sudou sanoo saaneensa voimiensa tulleen huhujen sekä päässään kuulemansa äänen kautta. Hänen onnistuu paeta tälläkin kertaa.
Mayan ryhmä yhdessä heidän toimiaan tarkkailleen Tatsuyan kanssa löytävät Sudoun seuraavan kerran Taivasmuseosta, jossa hän otti Jun Kurosun panttivangikseen. Hän aktivoi museoon asettamansa pommit sytyttäen paikan tuleen, mutta Tatsuya auttaa Mayan ystävineen pakoon ilmalaivalla. Sudou seuraa heitä, mutta Tatsuyan avulla Maya ja muut lopulta tappavat hänet.
Tatsuya katoaa, mutta muut päättävät ottaa selvää Tatsuzou Sudoun suunnitelmista. Kesken tutkinnan Ulalaan langetettu kirous uhkaa muuttaa hänet uudeksi JOKERiksi. JOKER saadaan kuitenkin sinetöityä pois hänestä. Pian tämän jälkeen selviää, että ensimmäisestä Persona-pelistä tutut Kei Nanjo ja Eriko Kirishima tutkivat Tatsuzoun johtaman Uuden Maailmanjärjestyksen toimintaa ja epäilevät ennustaja Chizuru Ishigamin kuuluvan siihen. Hekin päättävät liittyä Mayan ryhmään.
Ryhmä löytää merenalaisista rauniosta Uuden Maailmanjärjestyksen piilopaikan, jossa he tapaavat myös Tatsuzoun sihterinä toimivan ja kuolleista nousseen Takahisa Kandorin. Chizurun ja Kandorin hävittyä taistelun Mayan ryhmää vastaan paljastuu, että kaikki tapahtunut oli alkuperäisen aikajatkumon tapahtumien tavoin Nyarlathotepin aikaansaannosta. Nyarlathotep oli käyttänyt hyväksi sitä, ettei Tatsuya ollut unohtanut niitä tapahtumia ja pyrki palauttamaan Mayan ja muiden muistot tuhoutuneesta, alkuperäisestä aikajatkumosta, tuodakseen sen takaisin. Tatsuya puolestaan vain lainasi ruumista, joka kuului hänen versiolleen uudesta aikajatkumosta, löytääkseen keinon Nyarlathotepin lopulliseen kukistamiseen.
Lopulta persoonankäyttäjät kohtaavat Nyarlathotepin tajunnan ja alitajunnan välisessä tilassa ja voittavat hänet. Mutta Filemonin tavoin Nyarlathotep oli osa ihmiskunnan sydäntä, eikä voinut siksi kadota lopullisesti. Hänet ainoastaan karkotettiin väliaikaisesti jonnekin tuntemattomaan paikkaan. Nyt molempien aikajatkumoiden Tatsuyan oli irtauduttava toisistaan ja palattava omiin maailmoihinsa. Alkuperäisen aikajatkumon Tatsuya joutuisi myös unohtamaan siteensä toisiin persoonankäyttäjiin ikuisiksi ajoiksi.