System Shock 2
Tarina > Juoni

Pelin tarina sijoittuu vuoteen 2114. Ihmiskunnan ensimmäinen ylivalonnopeusalus Von Braun sekä siihen telakoitunut sotilasalus UNN Rickenbacker lähetetään miehistöineen matkaan kohti Tau Cetin tähtisysteemiä. Kahden aluksen komentajina toimivat Trioptimum-korporaation palveluksessa Anatoly Korenchkin sekä kapteeni William B. Diego. Historiallisen matkan tavoitteet koskevat raaka-aineiden ja uuden elämän löytämistä. Jo ennen matkaa on herännyt kysymys sen onnistumisesta. Trioptimumin kunnianhimo ja miehistön byrokratia monimutkaistavat asioita ja synnyttävät levottomuuksia. Marie Delacroixin, aluksen suunnittelijan varoitukset Von Braunin heikkouksista jäävät huomiotta Korenchkinin ja Diegon välisessä kilvassa.
Kolme kuukautta myöhemmin tapahtuu jotain merkittävää. Aluksen vastaanotin saa palasia tuskaisesta viestistä Tau Cetin ympäristöstä, miljardeja maileja asutetun avaruuden rajojen ulkopuolella. Pelastusyksikkö laskeutuu Tau Ceti 5 planeetan pinnalle. Myös kunnianhimoiset kapteenit ovat mukana. Kiirehtiessään ulos, ilman suojavarusteita, he löytävät ensi kerran maapallon ulkopuolisen organismin koteloituneena. Lumoutunut pelastusyksikkö tuo kotelot tutkittavaksi Von Brauniin. Psyykkisten voimiensa avulla organismi kommunikoi miehistölle. Korenchkin ja Diego lankeavat ensimmäisinä tälle voimakkaalle psyykkiselle olennolle. Myöhemmin he kutsuvat itseään "osana useaa". Joidenkin päivien kuluttua kotelot avautuvat Von Braunin vesiviljelmäkannella ja niistä kuoriutuvat nivelmadot infektoivat hoitajansa. Madot ovat loiseläjiä, jotka saavat isäntänsä mielen ja ruumiin toimimaan tahtonsa mukaan. Monesti isäntä kuolee kuitenkin jo psyykkisen invaasion aikana. Loisinfektio lisäksi käynnistää isäntäorganismissa aineenvaihdunnallisia muutoksia. Myöhemmin nämä johtavat isännän voimakkaaseen mutaatioon ja kasvuun. Infektoitunut miehistö integroituu olennon kollektiiviseen yhteisöön ensin mielellään ja myöhemmin ruumiillaan. Emo-organismi alkaa kasvaa Von Braunin uumenissa saavuttaen myöhemmin valtavan koon.
Näillä paikkain nimetön pelaaja herää kylmäunesta Von Braun aluksen lääkintäkannella. Hänellä ei ole muistikuvia edeltävistä viikoista. Tohtori Janice Polito, yksi selviytyjistä ottaa yhteyden pelaajaan ja pyytää pelaajaa etsimään hänet neljänneltä kannelta. Polito kertoo pelaajalle että hänen kehossaan on kybernetiikkaan perustuva järjestelmä, jonka avulla pelaaja voi asentaa "implantteja" kehoonsa.
Pelin edetessä pelaaja oppii lisää aluksen tapahtumista aistiharhojen ja äänitteiden kautta. Matkan varrella pelaaja kohtaa useita sairastuneita ja äärimmäisen aggressiivisia miehistön jäseniä. Aluksella on vain muutamia henkiinjääneitä. Käy ilmi, että vierasorganismi on saastuttanut miehistön jäsenten avulla myös Von Braunin keskustietokoneen, Xerxeksen. Päästäkseen Politon luokse, täytyy pelaajan suorittaa lukuisia tehtäviä kuten käynnistää aluksen virtalähde hissin käyttämiseksi ja vierasorganismin muodostaman biomassan tuhoaminen hissikuilusta.
Kun pelaaja pääsee Janicen luokse, Shodan ottaa häneen ensi kerran yhteyttä. Käy ilmi, että Shodan on opastanut pelaajaa Janicen välityksellä. Tohtori itse on kuollut. Shodan kertoo, että hän on luonut aluksen kaapanneen vierasorganismin. Infektoimalla Von Braunin miehistön, hän pääsi pois Tau Cetista. Nyt organismi on kuitenkin kasvanut liian voimakkaaksi ja se täytyy tuhota. Koska pelaajalla ei ole muutakaan mahdollisuutta, hän päättää jatkaa yhteistyötään Shodanin kanssa.
Pelaaja onnistuu varoittamaan maata Von Braunin infektiosta sekä avaamaan portin Xerxeksen keskusmuistiin, jolloin Shodan yrittää saada emoaluksen hallintaansa. Tämä ei kuitenkaan onnistu ja pelaajan on siirrettävä itsensä sekä Shodan Rickenbackeniin. Toiset henkiin jääneet, Suarez ja Rebecca pakenevat samaan aikaan pelastuskapselissa. Pian Marie Delacroix onnistuu lähettämään pelaajalle viestin, jossa kerrotaan Shodanin todellisesta suunnitelmasta. Marie kuolee myöhemmin sukkulaterminaalissa. Pelaaja kohtaa pahasti infektoituneen Anatoly Korenchkinin komentosillalla. Tämä hyökkää pelaajan kimppuun, mutta saa surmansa. Viimeisessä viestissään Korenchkin kertoo suunnitelmasta Suarezin ja Rebeccan varalle. Pelaaja pakenee Rickenbackeniin.
Shodan neuvoo pelaajan surmaamaan emo-organismin, jotta Rickenbacker voisi irrottautua Von Braunista. Samalla hän kertoo, kuinka pelaajalla on potentiaalia tulla hänen omaksi kyberneettiseksi ilmentymäkseen. William Diego ottaa pelaajaan yhteyttä ja haluaa tavata Rickenbackenin sairasosastolla. Pelaaja löytää hänet myöhemmin kuolleena, poistettuaan loismadon ruumiistaan. Pelaaja laukaisee itsensä pelastussukkulassa jättimäisen emo-organismin sisään. Hän onnistuu löytämään olennon keskushermoston ja tuhoamaan sen. Pelaaja havahtuu pian Shodanin luomasta, alati laajenevasta, virtuaalitodellisuudesta. Shodan itse kutsuu tätä proto-todellisuudeksi. Marie oli ymmärtänyt Shodanin suunnitelman ja jättänyt pelaajalle tästä tiedon. Alun perin Mariesta oli tarkoitus tulla myös Shodanin ilmentymä, mutta tieto suunnitelmasta koitui hänen kohtalokseen. Shodanin ei ollutkaan tarkoitus tuhota Von Braunia, vaan käyttää tämän ylivalonnopeustekniikkaa luodakseen oman aika-avaruutensa. Pelaaja onnistuu löytämään Shodanin keskusmuistin ja tuhoamaan sen. Tämän jälkeen hän havahtuu Rickenbackenin komentosillalta.
Myöhemmin Suarez kertoo, että hän ja Rebecca ovat muuttaneet pelastussukkulansa kurssia ja palaavat Von Braunille. Alus on saatu takaisin hallintaan ja tilanne näyttää hyvältä. Samalla huonosti voiva Rebecca ilmestyy hänen taakseen. Rebeccan ääni on vääristynyt ja se muistuttaa Shodania. Hänen ulkonäkönsä muuttuu hirviömäiseksi. Tähän tarina päättyy.