Liettuan historia
Neuvostotasavallan aika (1944–1990) > Stalinin vainot ja vastarintaliike Neuvostoliitoa vastaan

Useiden liettualaisten pettymykseksi neuvostovalta palasi maahan elo–syyskuussa 1944. Liettuassa oli uskottu Yhdysvaltojen ja Ison-Britannian vakuutteluja ja julistuksia pienten kansojen oikeuksista vapauteen.
Pyrkiessään palauttamaan maansa vapauden liettualaiset perustivat vastarintaliikkeen (niin sanotut metsäveljet), joka taisteli neuvostojärjestelmää vastaan. Vuonna 1944 Liettuan metsissä taisteli 30 000 partisaania neuvostojoukkoja vastaan. Kansan muistiin on jäänyt Kalniškésin metsän taistelu toukokuulta 1945, jolloin liettualaispartisaanit surmasivat 400 NKVD:n miestä. Erityistä urheutta taistelussa osoittivat kaksi naispartisaania. Partisaanit julistettiin ”kansanvihollisiksi” ja NKVD surmasi tutkimatta epäiltyjä ja poltti taloja ja kyliä maan tasalle. Liettuan kommunistit perustivat NKVD:n avuksi ”tuhoamispataljoonia” vuonna 1944. Seuraavana vuonna nimi muutettiin ”kansansuojelijoiksi”, mutta entinen nimi jäi kansalaisten mieliin. Eräs tunnetuimmista toiminnassa mukana olleista oli Neuvostoliiton turvallisuuspoliisin juutalainen majuri Nachmanas Dušanskis, joka kidutti partisaaneja. Tiettävästi viimeinen Neuvostoliittoa vastaan taistellut liettualainen partisaani kuoli tulitaistelussa vuonna 1965.
NKVD asettui Vilnassa vanhaan piirioikeuden taloon ja aloitti neuvostovastaisten henkilöiden vainon. Syyskuusta 1944 huhtikuuhun 1947 rakennuksessa teloitettiin kaikkiaan 767 henkilöä. Vuosina 1944–1953 Liettuassa vangittiin yhteensä 186 000 henkilöä, joista 80 000 vietiin vankileireille. Lisäksi vangittiin 8 000 kansallissosialistien kanssa miehitysaikana yhteistoiminnassa ollutta.
Myös siviilihallintoa ryhdyttiin rakentamaan. Venäjän kommunistipuolueeseen perustettiin Liettuan erityistoimisto, jonka johtajaksi nimitettiin Mihail Suslov. Suslov oli Liettuan todellinen johtaja vuoteen 1946 asti ja hänen tehtävänään oli valvoa Mečislovas Gedvilasin johtamaa Liettuan SNT:n korkeinta neuvostoa. Hallinto ja virkamieskunta olivat paljolti venäläisten käsissä. Pelkästään vuonna 1947 muualta Neuvostoliitosta saapui maahan 12 300 virkailijaa.
Maatalouden pakkokollektivointi päätettiin aloittaa Liettuassa vuonna 1948. Päätös oli tehty NKP:n keskuskomiteassa vuotta aikaisemmin ja Liettuan SNT:n ministerineuvosto hyväksyi sen. Tavoitteeseen aiottiin päästä muun muassa taloudellisella kiristyksellä ja joukkokarkotuksilla. Viljelijöiden veroja nostettiin ja vuonna 1948 ne veivät tuloista 75 %. Lisäksi nostettiin valtiolle polkuhintaan myytävän sadon osuutta.
Vuoteen 1954 mennessä oli kollektiiveihin saatu liittymään 94 % talonpojista. Tavoitteeseen oli päästy partisaanien nujertamisella, karkotuksilla, terrorilla ja taloudellisella kiristyksellä. Neuvostovalta esitti propagandassaan maatalouden kollektivoinnin suurena voittona ja saavutuksena. Maatalouden tuotanto oli kuitenkin laskenut. Kun vuoden 1939 laskennassa maitokarjaa oli 848 000 eläintä, oli tulos vuoden 1951 laskennassa 504 000 eläintä ja vuonna 1957 yhteensä 531 000 eläintä.
Vaikeina aikoina liettualaiset kääntyivät kirkon puoleen. Hallinto hyökkäsi kirkkoa vastaan sulkemalla pappisseminaareja, kieltämällä papeilta uskonnonopetuksen ja sairaalasielunhoidon ja asettamalla seurakunnille niin tuntuvat verot, että pappien palkkaukseen ei jäänyt varoja. Katolilaista kirjallisuutta ei saanut julkaista ennen vuotta 1956. Kirkonmiehiä käskettiin saarnoissaan tuomitsemaan partisaanit.
Kirkkoa käskettiin myöskin katkaisemaan suhteensa Vatikaaniin ja toimimaan ikään kuin valtion virastona. Piispa Kazimieris Paltarokisia painostettiin hylkäämään paavi ja ottamaan marxismi-leninismi pappisseminaarien opetusohjelmaan, mihin hän ei suostunut. Myös monet muut papiston edustajat kokivat kovia. Telšiain piispa Vincentas Borisevičius surmattiin Vilnan MkGB:n vankilassa ja arkkipiispa Mečislovas Reinys vangittiin kesällä 1947. Kuusi kuukautta kestäneiden kuulustelujen jälkeen hän sai kahdeksan vuoden tuomion ja kuoli Vladimirin vankilassa