Ratchet & Clank 3
Juoni

Alkutilanteessa Ratchet ja Clank pelaavat shakkia asunnossaan Megapoliksella. Uutislähetyksestä he huomaavat, että Tyhrranoidit ovat hyökänneet Veldin-nimiselle planeetalle, joka on Ratchetin koti. Hyökkäyksen takana on ilkeä superkonna nimeltään tohtori Nefarious. Ratchet lähtee Clankin kanssa Solana-galaksiin pelastamaan omaa kotiplaneettaansa.
Pelastettuaan Veldinin galaktinen presidentti Phyronix ottaa kaksikkoon yhteyttä kaksikkoon ja kertoo että vain yksi on kyennyt voittamaan Nefariousin menneisyydessä. Hänen uskotaan asuvan Florana-planeetalla, jossa hän paljastuu kapteeni Qwarkiksi, josta on tullut planeetalla asuvien alkuasukkaiden pomo. Voitettuaan Qwarkin presidentin tytär, Sasha Phyronix ottaa kaksikkoon yhteyttä ja pyytää heitä tuomaan Qwarkin Galaksin rangereiden päämajaan, tähtialus Feenixille. Myös Qwarkin apulaisena toimiva yksisilmäinen Skrunch-niminen apina tulee mukaan. Feenixillä Qwark laitetaan miehistön tiloissa sijaitsevaan häkkiin, jossa hänet yritetään saada takaisin järkiinsä apinoiden ja lukuisten Floranalla johdattamiensa apureiden palvelemisesta. Kaksikko matkustaa Marcadia-planeetalle, jossa heidän täytyy torjua Tyhrranoidien hyökkäys pääkaupunkiin. Siellä he löytävät Qwark Vid-Comic-pelin, jonka pelattuaan Qwarkin muisti palautuu. Myöhemmin Qwark on muodostanut aiemmista peleistä tutuista Ratchetin apureista ”Q-Force”-ryhmän, joka auttaa Qwarkia päihittämään tohtori Nefariouksen. Qwark määrää Ratchetin ja Clankin tehtävälle Aquatos-planeetalle Nefariousin toimistoon, josta Clank löytää Tyhrranoidien kotiplaneetan sijainnin.
Tuhottuaan Tyhrranoid-emon Tyhrranosiksella, Ratchet ja Clank saavat raportin tohtori Nefarioukselta, joka uhoaa ettei kukaan pystyisi kukistamaan häntä. Iso-Al saa selville asetehtaasta Daxx-planeetalla. Daxxilla he saavat selville Biblioterator-nimisestä laitteesta, joka on viety Obanin kuujärjestelmään. He myös kuulevat Courtney Gears nimisen pop-laulajan esittämän kappaleen, jossa kerrotaan että kaikki orgaaniset olennot pitäisi muuttaa roboteiksi. Clank kysyy Courtneylta tietoja Nefariousista, jonka kanssa hän uskoo tämän liittoutuneen. Gears kuitenkin kidnappaa Clankin Ratchetin huomaamatta ja vie tämän Nefariouksen luo, joka tarjoaa tälle kumppanuutta huonolla menestyksellä. Nefarious korvaa Clankin sekä Ratchetin että pelin pelaajan tietämättä Klunkilla, joka on Clankin kopio. Tämän jälkeen Ratchet ottaa yhteyttä Skiddiin, joka vakoilee Courtney Gearsia Obanin kuujärjestelmässä. Pian Courtney Gears kuitenkin kaappaa Skiddin ja muuttaa tämän robotiksi, jonka Ratchet näkee videonauhalta. Ratchet onnistuu kukistamaan Gearsin ja vie Skiddin turvaan.
Sasha kertoo kaksikolle, että Nefariousin Leviathan-risteilijä on Zeldrinin avaruussatamassa, jonne he matkustavat Qwarkin kanssa. He kohtaavat Nefariousin, mutta tämä käynnistää risteilijän itsetuhon ja pakenee. Ratchet, Klunk ja Skrunch onnistuvat pakenemaan, mutta Qwark jää risteilijään sen tuhoutuessa. Feenixillä Q-Force suree Qwarkin kuolemaa. Kaksikko saa Vid-comicista selville Nefariousin seuraavan kohteen olevan Metropolis. Ratchet etenee kohti Metropolista etsimään Nefariousta, kunnes kesken matkan Nefarious transformoi Biobliterator-laitteella kaikki  Metropoliksen asukkaat ja Tyhrranoid-armeijan roboteiksi, minkä seurauksena ne ovat kestävempiä kuin parivaljakko. Kaksikon saavutettua Nefariouksen luo Ratchet huomaa, että Clank on vangittu ja että robotti, jota hän luuli Clankiksi, onkin Klunk. Nefarious pakenee ja jättää Klunkin tuhoamaan Ratchetin. Ratchet onnistuu tuhoamaan Klunkin ja lyöttäytyy jälleen yhteen Clankin kanssa.
Tuhotun Leviathan-risteilijän luota kaksikko löytää pakokapselista nauhoitteen, jossa heille selviää että Qwark lavasti kuolemansa ja on yhä elossa. He löytävät myös datalevyn, jonka he vievät Alille. Vid-comicista kaksikko saa vihjeen Qwarkin salaisesta piilopaikasta Thranin asteroidivyöltä. Kaksikko matkustaa sinne jossa Qwark kieltäytyy taistelemasta Nefariousia vastaan.  Kaksikon pysäytettyä hyökkäyksen Feenixille, he saavat datalevystä selville Biobliteratorin olevan latauksessa Koros-planeetalla, ja sen seuraavan kohteen olevan Veldin. Clank tuhoaa Biobliteratorin valtavalla ionitykillä. Sasha raportoi, että Nefariouksella on toinen edistyneempi Biobliterator komentokeskuksessa planeetta Mylonilla.
Kaksikon saapuu Mylonille ja löydettyään Nefariouksen ja päihitettyään tämän taistelussa, Lawrence muuttaa Biobliteratorin robotiksi ja teleporttaa Nefariousin ja itsensä Biobliteratorin sisälle, joka on lähellä tuhota parivaljakon. Kesken taistelun kapteeni Qwark tulee yllätykseksi aluksellaan auttamaan kaksikkoa. Lopuksi Nefariouksen kone tuhoutuu ja loppujen lopuksi hän ja Lawrence teleporttaavat vahingossa asteroidille. Peli päättyy kun Ratchet ja hänen ystävänsä katsovat elokuvateatterissa uusinta osaa elokuvasarjasta Secret Agent Clank.