Joseph Franklin Rutherford
Rutherfordin valta kasvaa

Pian valintansa jälkeen Rutherford julkaisi Russellin Raamatuntutkielmien seitsemännen osan, "The Finished Mystery" ("Täyttynyt salaisuus"). Teos, joka sisälsi Ilmestyskirjan, Hesekielin ja Laulujen laulun yksityiskohtaisen kommentaarin, esiteltiin Russellin kuoleman jälkeen julkaistuna teoksena, jonka olivat saattaneet painokuntoon kaksi Vartiotorniseuran nuorta virkailijaa, George F. Fisher ja Clayton J. Woodworth. Monet raamatuntutkijat kieltäytyivät kuitenkin hyväksymästä teosta Russellin kirjoittamaksi, heidän mielestään se oli Rutherfordin laatima väärennös. Lisäksi kirja sisälsi harvinaisen voimakkaita ja suorasanaisia hyökkäyksiä kristillisiä kirkkoja ja niiden papistoa vastaan. Kristilliset kirkot olivat raivoissaan kirjan julkaisusta, ja ne vaativat sen kieltämistä. Valtiovallan edustajat taas sanoivat kirjan lietsovan sodanvastaisuutta ja kehottavan kieltäytymiseen aseista. Ensimmäisen maailmansodan riehuessa tätä pidettiin hyvin pahana asiana.
Täyttyneen salaisuuden julkaisemista seurasi vainon aalto. Sen huipentumana Rutherford ja joukko muita Vartiotorniseuran johtavia virkailijoita pidätettiin. Heitä syytettiin vakoilusta vihollisen (eli Saksan) hyväksi sekä vehkeilystä Yhdysvaltain sotaponnistuksia vastaan. Rutherford tovereineen tuomittiin 1918 kahdeksaksikymmeneksi vuodeksi vankeuteen, jota kärsimään heidät lähetettiin Atlantaan, Georgiaan. Sodan päätyttyä vetoomustuomioistuin kuitenkin totesi, ettei Rutherfordille ja hänen kumppaneilleen ollut annettu tasapuolista ja puolueetonta oikeudenkäyntiä. Tuomio kumottiin 14. toukokuuta 1919, ja vangitut vapautettiin.
Rutherford kumppaneineen katsottiin siis syyttömiksi, ja heidän maineensa palautettiin. Tämän osoittaa jo se, että Rutherford oli kuolemaansa 1942 saakka Yhdysvaltain asianajajaliiton jäsen – entiselle tuomitulle tämä olisi ollut mahdotonta. Vuosina 1939–1942 hän edusti Vartiotorniseuraa neljässätoista jutussa Yhdysvaltain korkeimmassa oikeudessa. Joukossa oli kaksi suullista käsittelyä, Schneider v. State of New Jersey (1939) ja Minersville School District v. Gobitis (1940). Missään vaiheessa hänen oikeuttaan toimia asianajajana ei asetettu kyseenalaiseksi.
Rutherfordin terveys kärsi kovin vankeusaikana. Hän sai keuhkovian, mikä teki hänen oleskelunsa talvisessa New Yorkissa, missä Seuran päämaja sijaitsi, hyvin vaikeaksi. Tämän johdosta hän vietti yleensä talvet San Diegossa, Kaliforniassa. Siellä hänen käytössään oli talo, jolle oli annettu nimi Beth Sarim eli Ruhtinaiden talo. Rutherford antoi talon olemassaololle myös teologisen selityksen. Hän selitti Vanhan testamentin aikojen "vanhojen arvokkaiden" eli patriarkkojen, profeettojen ja vanhurskaiden israelilaisten nousevan kuolleista jo ennen Harmageddonia. Beth Sarim oli hänen mukaansa valittu patriarkkojen ja kuningas Daavidin asunnoksi, kun he nousisivat kuolleista. Rutherfordin kuoleman jälkeen talo myytiin vähin äänin 1948.
Seuran johtajiston ollessa vankeudessa Vartiotorniseuran toiminta lamaantui. Kirjallisuutta ei voitu julkaista ja saarnaamistyö hiipui. Rutherfordin palattua takaisin hän aloitti työn uudelleenorganisoinnin. Hän aloitti uudelleen Vartiotornin julkaisun, ja saarnaamistyö aloitettiin uudelleen. Saarnaamistyön kannalta keskeisiä olivat Rutherfordin koollekutsumat suuret kokoukset eli konventit. Ensimmäinen suuri konventti järjestettiin keväällä 1919 Cedar Pointissa, Ohiossa. Siellä Rutherford selitti jokaisen kristityn tehtävänä olevan sovituksen sanan vieminen maailmaan. Lisäksi hän ilmoitti Vartiotornin rinnalle tulevasta uudesta aikakauslehdestä nimeltä "The Golden Age" ("Kultainen aika", nykyisin Herätkää!). Vuosina 1922–1928 Rutherford järjesti seitsemän suuren konventin sarjan, joissa kussakin hyväksyttiin julistus, joissa kirkot, valtiot ja Kansainliitto tuomittiin ankarin sanoin Saatanan juoniksi ja luomuksiksi. Jehovan todistajat pitävät niitä nykyään Ilmestyskirjan 8:1-9 ja 11:15-19 mainittuina pasuunanpuhalluksina.
Rutherford julkaisi vuonna 1920 kirjasen "Millions Now Living Will Never Die" ("Miljoonat, jotka nyt elävät, eivät koskaan kuole"). Siinä hän esitti vanhatestamentilliseen riemuvuosijärjestelmään perustuvan laskelman, jonka mukaan Jumalan valtakunnan piti saapua voimassaan vuonna 1925. Samaa Rutherford esitti myös seuraavana vuonna julkaistussa kirjassaan "The Harp of God" ("Jumalan harppu"), joka oli raamatuntutkijoiden opin systemaattinen esitys sekä ensimmäinen Rutherfordin julkaisema kirja. Tämä sai aikaan Jehovan todistajien keskuudessa voimistuneen julistus- ja käännyttämistyön. Raamatuntutkijoiden määrä kasvoi vuoteen 1925 25 000:sta 100 000:een. Vuoteen 1925 asetettujen toiveiden rauettua tyhjiin jäsenmäärä kääntyi ensi alkuun laskuunselvennä.