C9-liiga
Kritiikkiä

C9-liittouman yliopistojen tiukkoja opiskelijavalintoja on kritisoitu suurkaupunkilaisia suosivaksi ja maaseutuopiskelijoita syrjiväksi. Kaikista Kiinan provinsseista on saattanut olla mahdotonta päästä opiskelijaksi C9-yliopistoihin edes provinssin parhaimmilla pääsykokeiden pistemäärillä. Kansallisesti keskeisten yliopistojen rahoitusohjelmien (Project 985 ja 211), on myös kritisoitu tukevan varakkaita eliittikiinalaisia kouluttavia yliopistoja ja osaltaan laajentavan eroa muihin oppilaitoksiin samalla, kun miljoonat kiinalaiset yhä elävät köyhyydessä eikä alempitasoinenkaan koulutus ole tasapuolista.
Lokakuussa 2013 C9-liigan yliopistot antoivat yhdessä Euroopan tutkimusyliopistojen liiton (LERU, esim. Helsingin yliopisto), yhdysvaltalaisen AAU-yliopistojärjestön (Association of American Universities) ja australialaisen Go8-yliopistoryhmittymän (Group of Eight Australia) edustajien kanssa Hefein julkilausuman. Siinä osapuolet sitoutuvat toimimaan sananvapauteen kuuluvan akateemisen vapauden edistämiseksi ja puolesta yliopistoissaan. Julkilausumaa on osassa puheenvuoroissa pidetty tervetullena askeleena, jolla edistetään akateemista vapautta Kiinassa. Tarkemmin aihetta eritellessään Zha ja Xie (2013) arvioivat kyseessä olevan kokeilu C9-yliopistoilla, jota hyödyntämällä nämä kiinalaisyliopistot pääsisivät esittelemään verkottumistaan kansainvälisten tutkimuksen kärkiyliopistojen kanssa. Tukea näkemykselleen poliittisesta kokeilusta tutkijat saivat Kiinan opetusministeriön aiemmista säädöksistä ja joidenkin yliopistojen ennen Hefein julkilausumaa tekemistä toimenpiteistä peruskirjansa päivittämisessä akateemista vapautta sallivampaan suuntaan. Zhan ja Xien mukaan toimenpiteillä ei Kiinassa kuitenkaan saisi rajoittaa "kiinalaisen mallin" mukaista kommunistisen ohjauksen asemaa yliopistohallinnossa. Tästä johtuen he pitivät akateemista vapautta julistuksesta huolimatta paradoksina, pääsäännön kanssa ristiriitaisena aiheena Kiinassa.
Keskusjohdon myöntämän rahoituksen on esitetty toimivan poliittisena talutusnuorana, joka rajoittaa oppilaitosten akateemista vapautta. Akateeminen vapaus nähdään arvioissa yleensä maailmanluokan yliopistojen piirteenä lahjakkuuden kokoamisen ja oppilaitosten riittävän rahoituksen ohella. Joillain mittaristoilla maineikkaissakin C9-liigan yliopistoissa akateemista vapautta saatetaan rajoittaa tuntuvasti. Esimerkiksi tutkimustyön julkaisua saatetaan sensuroida ja tutkimushavaintojen uutisointia rajoittaa. Kiinalaisen sosiologin mukaan missään Kiinan yliopistoissa ei ole ajattelun vapautta tai akateemista itsenäisyyttä. Ajattelun kahlitseminen on eräs Kiinan kommunistisen puolueen tavoista hallita. Hänen mukaansa Kiinassa taiteen tulee palvella politiikkaa ja intellektuellien kommunistista puoluetta.
Esimerkiksi Tsinghua-yliopistossa professori Xu Zhangrun, joka esitti artikkeleissaan kritiikkiä valtion poliittisia ja sosiaalisia seikkoja sekä valtionjohdon henkilökulttia kohtaan, pidätettiin ensin tehtävistään, ja vangittiin muutamia kuukausia myöhemmin "prostituution vaatimisen" nojalla. Myös Xuta julkisesti tukenutta kustantaja Geng Xiaonania vastaan on nostettu syyte aluksi 8 000, myöhemmin 200 000 teoksen "laittomasta julkaisemisesta", ja kustantaja pidätettiin. Kun toimintaohjeet tulevat kommunistisen puolueen taholta, kuvastaa tämä yliopistojen akateemisen toiminnan olevan poliittisesti rajattua, yliopistojen olevan epäautonomisia toimijoita. Esimerkiksi Fudan-yliopistossa vastustettiin  flashmob-laulutempauksella loppuvuodesta 2019 yliopiston peruskirjaan tehtyjä poistoja, joilla maininnat "ajattelun vapaudesta" ja "demokraattisesta hallinnosta" hävitettiin. Myös Nanjingin yliopistossa on tehty vastaava, aiemmin sallitun ajatteluvapauden poisto yliopiston peruskirjasta.
Eräänä muuna esimerkkinä akateemisen vapauden rajoituksista oli covid-19-taudin hoitoa koskevan keskustelun rajoittaminen alkuvuonna 2020. Fudan-yliopistoon asetettu poliittinen virkailija poistatti keväällä 2020 professoritason historioitsijan kirjoittamat covid-19-tautiin varautumista koskevat Weibo-keskustelut ja suljetutti käyttäjän yliopiston WeChat-keskustelutilit sen jälkeen, kun historioitsija oli kannattanut muistomerkkiä covid-19-epidemiaa varhaisessa vaiheessa esilletuoneelle, tautiin menehtyneelle lääkäri Li Wenliangille.
Kiinan yliopistojen akateemisen vapauden suhteuttamiseksi muihin maihin voi käyttää apuna vuodesta 2020 lähtien  julkaisua akateemisen vapauden indeksin maatilastoa. Sen mukaan Kiinan akateemisen vapauden indeksi (AFi=0,101) oli vuoden 2019 aineiston mukaan maailman 15 heikoimman maaindeksin joukkossa. Akateemisen vapauden indeksiluku vaihtelee välillä 0–1, jossa 0 on huonoin ja 1 teoreettinen maksimi. Kuuluminen luokkaan E (0–0,2) merkitsee erittäin huonoa akateemista vapautta. Vuonna 2019 vertailun korkein indeksiarvo oli 0,971 (Uruguay) ja heikoin 0,011 (Pohjois-Korea).