Suharto
Suharton valtakausi

Sukarno joutui luovuttamaan vallan 11. maaliskuuta 1966 menetettyään armeijan tuen. Hän allekirjoitti kirjeen, joka myönsi Suhartolle hätätilavaltuudet koko maassa. Suharton Kostrad-joukkojen sijainti pääkaupungissa johti sen nopeaan haltuunottoon. Suharto järjesti hallinnon, jota kutsui uudeksi järjestykseksi (Orde Baru). Hän kielsi kommunistipuolueen, puhdisti parlamentin ja hallituksen Sukarnon tukijoista, eliminoi ammattiyhdistykset ja otti käyttöön lehdistön sensuurin.
12. maaliskuuta 1967 Indonesian väliaikainen parlamentti nimesi Suharton väliaikaiseksi presidentiksi. 21. maaliskuuta 1968 hänet äänestettiin virallisesti ensimmäiselle viisivuotiskaudella. Hän asetti suoraan viidenneksen parlamentin edustajista. Golkar-puolueesta tuli suosikkipuolue, ja ainoa sallittu puolue hallituksen virkamiehille.
Armeijan rahoitusta lisättiin ja perustettiin kaksi tiedustelujärjestöä turvallisuuden ja järjestyksen palautuksen operatiivinen komento (KOPKAMTIB) ja valtion tiedustelun koordinointihallinto (BAKIN). Hän järjesti myös logistiikkaviraston (BULOG) ruoka-avun jakamiseksi nälänhätää kärsivässä maassa. Uudet virastot kuuluivat armeijan komentoketjun alle, joka sai tehtävän paitsi puolustusvoimina, myös siviilihallinnossa. Joidenkin arvioiden mukaan jopa kaksi miljoonaa[lähde? ] teloitettiin kommunistipuolueen joukkopuhdistuksissa ja 200 000 vangittiin epäiltynä kaappauksesta. Kommunistit, kommunisteiksi epäillyt ja valtion viholliset tuomittiin kuolemaan. Joitain teloituksia tehtiin vielä 1990.
Kansainvälisesti Suharto katkaisi diplomaattiset suhteet Kiinan kansantasavaltaan ja ulkoministeri Adam Malik lähetettiin parantamaan suhteita Yhdysvaltoihin, YK:hon ja Malesiaan. Indonesiasta tuli yksi ASEANin perustajajäsenistä.
Talouspoliittisesti Suharto luotti Yhdysvalloissa koulunsa käyneisiin taloustieteilijöihin, jotka saivat nimen "Berkeleyn mafia."
Sukarnon teollistamissuunnitelmat, joita hän kutsui nimellä sosialismia à la Indonesia hylättiin. Indonesiasta piti tulla keskus ulkomaisille investoinneille. Luonnonvarat myytiin ulkomaisille yrityksille niiden hyödyntämisen tehostamiseksi, työvoimalait säädettiin sopiviksi kansainvälisille yrityksille ja rahoitusta haettiin Maailmanpankista, länsipankeista ja ystävällismielisiltä hallituksilta. Suharton valtakaudella Indonesia koki merkittävää taloudellista kasvua, joka vähensi köyhyyttä. Tosin osa saavutuksista mitätöityi Aasian talouskriisiin 1997, jossa talous supistui 14 %.
Kautta valtakautensa Suharto jatkoi edeltäjänsä maan yhtenäistämiseen pyrkivää politiikkaa. Hän suhtautui aggressiivisesti separatismiin ja aluevaateisiin. Vuonna 1969 Suharto päätti päättää pitkään jatkuneen riidan viimeisen Alankomaiden siirtomaan, Länsi-Uusi-Guinean asemasta. Yhdysvaltain ja YK:n avulla  järjestettiin äänestys alueen asemasta. Vaalit pidettiin heinä–elokuussa 1969, jolloin kaikki 1022 äänestänyttä heimopäällikköä päättivät yksimielisesti liittyä Indonesiaan, mikä herätti epäilyjä äänestyksen rehellisyydestä. Kun Portugali vetäytyi 1975 siirtomaastaan Itä-Timorista, ja FRETILIN-liike otti vallan, Indonesian armeija miehitti maan, jonka jälkeen sen nukkehallitus pyysi liittymistä Indonesiaan. 15. heinäkuuta 1976 Itä-Timorista tuli Indonesian maakunta Timor Timur vuoteen 1999 asti, jolloin se siirrettiin YK:lle. Noin kolmannes maan väestöstä tapettiin. Vuonna 1976 Acehin provinssissa perustettiin Vapaa-Aceh-liike, joka vaati itsenäisyyttä. Armeija kukisti kapinan nopeasti ja maakunta pidettiin poikkeustilassa ja julistettiin "sotilasoperaatioalueeksi." Sukarnon aikana aloitettua kiinalaisvähemmistön sortoa jatkettiin. Kiinan kielen käyttö kiellettiin useimmissa painotuotteissa ja monet kiinalaisjärjestöt lakkautettiin kommunistisympatioista syytettynä.
Yhdysvallat piti Indonesiaa kylmän sodan aikana liittolaisenaan, jopa Itä-Timorin valtauksen 1975 jälkeen. Indonesia oli myös väkilukunsa ja luonnonvarojensa vuoksi suosittu kauppakumppani. Aseiden vienti Yhdysvalloista lopetettiin vasta 1993 Bill Clintonin presidenttikaudella.