Kolmikymmenvuotinen sota
Böömin kapina 1618–1625

Prahan tapahtumista alkoi kapina, joka levisi Böömiin, Sleesiaan, Lausitziin ja Määriin, joissa kiistat katolisten ja protestanttien välillä olivat jo ennestään kiivaat. Ferdinandilla ei ollut tarpeeksi joukkoja kapinan kukistamiseen, ja hänen oli pakko kutsua serkkunsa, Espanjan Filip IV avuksi taltuttamaan kapinointia. Böömiläiset olivat ilman liittolaisia avuttomia keisaria vastaan, ja he kutsuivat apuun Evankelisen unionin. Böömiläiset lupasivat Unionin johtaja Pfalzin vaaliruhtinas Fredrik V:lle, Fredrik IV:n pojalle, Böömin kuninkuuden. Kirjeitä lähetettiin myös Savoijin herttualle, Saksin vaaliruhtinaalle ja Transilvanian Gabriel Bethlenille. Itävallan hovi sai kuitenkin kirjeet haltuunsa ja julkisti ne heikentäen böömiläisten lupausten arvoa.
Kapina sujui aluksi böömiläisten kannalta hyvin, Ylä-Itävallan luterilaiset ja kalvinistiruhtinaat liittyivät kapinaan ja Ala-Itävalta pian sen jälkeen. Vuonna 1619 kreivi Heinrich Matthias von Thurn johti armeijan Wienin piiritykseen. Transilvanian ruhtinas Gabriel Bethlen johti sotajoukon Unkariin Osmanien sulttaanin siunauksella. Keisari, joka oli ollut osallisena Uskok-sotaan, joutui kokoamaan lisäjoukkoja estääkseen kapinallisia valtaamasta koko maata. Kreivi Karel Bonaventura Buquoy, Itävallan armeijan komentaja löi kreivi Peter Ernst von Mansfeldin johtamat Evankelisen unionin joukot Záblatin taistelussa 10. kesäkuuta 1619. Tämä katkaisi Thurnin yhteyden Prahaan, ja hän hylkäsi Wienin piirityksen. Mansfeldin kenttäkansliasta löytyi todisteita, joiden mukaan Savoiji oli lähettänyt protestanteille huomattavia rahasummia ja jopa joukkoja Reininmaan puolustukseen. Juonen paljastuttua Savoiji vetäytyi sodasta.
Mansfeld onnistui kokoamaan armeijansa uudelleen pohjoisessa Böömissä, Ala- ja Ylä-Itävallan kapinalliset aateliset solmivat sopimuksen böömiläisten kanssa elokuussa, ja 22. elokuuta 1620 Ferdinand erotettiin virallisesti Böömin kuninkuudesta ja Fredrik V:stä tuli uusi kuningas. Transilvanialaiset ajoivat keisarin armeijat Unkarista vuoteen 1620 mennessä. Fredrikin kruunaus aiheutti närää Evankelisessa unionissa, jonka jäsenet olivat enimmäkseen luterilaisia, ja osa luterilaisista vetäytyi sodasta.
Espanjan kuningas lähetti armeijan Brysselistä Ambrosio Spinolan johtamana tukemaan keisaria ja Espanjan lähettiläs Wienissä, Don Inigo Onate, taivutteli luterilaista Saksia liittymään Böömiä vastaan vaihtokaupaksi Lausitzista. Saksi hyökkäsi, ja Espanjan armeija lännessä Pfalzissa esti protestantteja siirtämästä joukkojaan. Onate suunnitteli siirtävänsä Pfalzin vaaliruhtinaan arvon Fredrik V:ltä Baijerin Maksimilianille. Johann Tillyn johtama Katolisen liigan sotajoukko kukisti Ylä-Itävallan kapinan, ja keisarin joukot kukistivat Ala-Itävallan. Yhdessä sotajoukot siirtyivät Böömiin. Tilly löi Fredrik V:n armeijan Valkeavuoren taistelussa lähellä Prahaa 8. marraskuuta 1620 päättäen hänen "talvikuninkuutensa" vain kahden kuukauden jälkeen. Böömin uskovapaus lopetettiin, 27 kapinajohtajaa teloitettiin, protestantit pakenivat maasta ja Tšekki jäi kolmeksisadaksi seuraavaksi vuodeksi Habsburgien valtaan.
Häviö Valkeavuorella aiheutti Evankelisen unionin hajoamisen, vaikka muutamat liittolaiset Fredrikin kanssa jatkoivat taistelua Pfalzissa. Protestantit voittivat Johann Tillyn Wieslochissa huhtikuussa 1622, mutta hävisivät sen jälkeen useita taisteluita. Mansfeldin johtamat protestanttisen armeijan jäänteet pyrkivät Alankomaiden rajalle, mutta Tilly voitti ne 6. elokuuta 1623 Stadtlohnissa, ja vain kolmannes 21 000 miehestä pääsi pakoon. Ilman rahaa ja varusteita armeija hajotettiin vuonna 1624.
Fredrik V:n maat jaettiin, ja hänet julistettiin lainsuojattomaksi saksalais-roomalaisessa keisarikunnassa, hänen Reinin-Pfalzin maansa jaettiin katolisille ruhtinaille, ja vaaliruhtinaan asema siirrettiin Baijerin herttualle Maksimilianille, joka oli hänen kaukainen serkkunsa. Maaton Fredrik V pakeni ulkomaille ja taivutteli Alankomaita, Tanskaa ja Ruotsia tukemaan hänen asiaansa.
Protestanttien asema sai murskaavan iskun, omaisuuden takavarikointi ja Böömin ylimystön tukahdutus johtivat maan palaamisen katolisuuteen kahdensadan vuoden hussilaisuuden ja muun protestanttisuuden jälkeen. Protestanttisuus kiellettiin. Espanja sai maita Rein-Pfalzin alueella valmistautuessaan jatkamaan sotaa Alankomaita vastaan. Transilvanian Gabriel Bethlen solmi rauhansopimuksen keisarin kanssa tammikuussa 1622 ja sai alueita Itä-Unkarista.