Kingdom Hearts: Birth by Sleep
Juoni

Tarina alkaa, kun Land of Departuressa kaksi Mestari Eraqusin oppilasta, Terra ja Aqua, pääsevät suorittamaan Mestaruuden merkkiä (engl. Mark of Mastery), koetta, jonka läpäisijöistä tulee keyblade-mestareita. Mutta Terran sydämestä löytyy pimeyttä ja tämän vuoksi vain Aqua onnistuu läpäisemään kokeen. Sitten mestari Xehanort katoaa salaperäisesti ja Unversed, negatiivisistä tunteista syntyneet olennot, jotka eivät ole perehtyneitä omaan olemassaoloonsa, uhkaavat Sydänten Prinsessoja. Terra ja Aqua lähetetään etsimään Xehanort ja tuhoamaan Unversed. Xehanortin oppilas, Vanitas, onnistuu houkuttelemaan Ventusin, Eraqusin nuorimman oppilaan, seuraamaan häntä vastoin Eraqusin käskyjä.
He kolme matkustavat läpi maailmojen, kunnes Xehanort löytyy ja käskee Terraa tuhoamaan Vanitasin, joka paljastuu Ventusin sydämen pimeän puolen ruumiillistumaksi ja Unversedin luojaksi. Kolme ystävystä kohtaavat toisensa Radiant Gardenissa. Ventus kieltäytyy palaamasta kotiin ja Terra kieltäytyy Aquan avusta kuultuaan Eraqusin käskeneen tätä tarkkailla häntä.
Ventus kohtaa Xehanortin, joka kertoi erottaneensa Vanitasin hänestä, jotta he voisivat yhdistymällä luoda χ-bladen, keybaldeistä voimakkaimman. Kun Ventus palaa Eraqusin luokse, Eraqus päättää estää χ-bladen synnyn tuhoamalla Ventusin. Mutta Terra estää sen ja haavoittaa Eraqusta pahasti, kunnes tämä kuolee Xehanortin iskusta. Xehanort korruptoi Land of Departuren ja neuvoo Terraa tulemaan Keyblade Graveyardille. Ventus itse saa saman neuvon Vanitakselta ja Aqua Yen Sidiltä kuullessaan Eraqusin kuolemasta.
Keyblade Graveyardilla Xehanort paljastaa tarvitsevansa χ-bladeä päästäkseen käsiksi Kingdom Heartsiin ja aloittaakseen uudelleen Keyblade-sodan, joka melkein tuhosi maailman kauan sitten. Taistelussa Xehanort siirtää sydämensä Terran ruumiiseen saadakseen nuoremman ruumiin ja lisää elinaikaa. Terran sielu kuitenkin jää haarniskaan, joka käyttää nimeä Lingering Will, ja estää Xehanortin aikeet. Samaan aikaan Vanitas onnistuu yhdistymään Ventusin kanssa ja luomaan χ-bladen. Mutta joutuu taisteluun Aquaa sekä Mikkiä, Yen Sidin oppilasta, vastaan samalla aikaa, kun itse käy Ventusin kanssa taistelua metafyysisesti. Lopulta Aqua tuhoaa χ-bladen ja Ventus tuhoaa Vanitasin menettäen samalla itsekin sydämensä ja vaivuttaen ruumiinsa syvään uneen.
Aqua vie nukkuvan Ventusin Land of Departureen, jonka hän muuttaa Eraqusin keybladellä Unohduksen linnaksi (Castle Oblivion) suojellakseen sen salaisuuksia. Radiant Gardenissa hän kohtaa vielä Terran ruumiissa olevan Xehanortin. Xehanort yrittää poistaa Terran sydämen, mutta on itse vähällä vajota Pimeyden maailmaan. Aqua pelastaa hänet antaen itsensä päätyä sinne hänen sijastaan. Xehanort menettää kaikki muut muistonsa paitsi nimensä. Radiant Gardenin hallitsija, Ansem Viisas (Ansem the Wise) löytää Xehanortin ja tekee hänestä oppilaansa. Ventusin sydän yhtenäistyy neljävuotiaan Soran kanssa ja jää lepäämään hänen sisäänsä.
Kingdom Hearts II:n tapahtumien jälkeen Aqua kohtaa pimeyteen vangiksi joutuneen Ansem Viisaan ja kuulee tältä kaiken Sorasta, joka voisi pelastaa kaikki ihmiset, joihin on yhtenäinen, mukaan lukien Terran, Ventusin ja itse Aquan. Sora, luettuaan Mikin kirjeen, päättää Rikun kanssa lähteä pelastamaan heidät.