Tokugawa Ieyasu
Tokugawa-shōgunaatti

Sekigaharan voiton jälkeen Ieyasu jakoi daimioiden läänitykset uudestaan ja palkitsi näin uskollisina pysyneitä vasallejaan. Taistelua edeltäneistä 214 daimiosta 87 oli taistellut Mitsunarin puolella, ja näistä 81 menetti joko henkensä tai läänityksensä. Ieyasu nimitti edesmenneiden daimioiden tilalle hänelle mieluisia henkilöitä, ja läänitysten uudelleenjärjestelyn jälkeen Japanin daimioista noin puolet kuului Tokugawan klaaniin. Hideyorille Ieyasu myönsi Osakan linnan sekä Settsun, Kawachin ja Izumin provinssit, jotka muodostivat yhteensä 650 000 kokun läänin. Hän myös järjesti oman tyttärensä avioitumisen nuoren Hideyorin kanssa.
24. maaliskuuta 1603 keisari Go-Yōzei nimitti Ieyasun virallisesti shōguniksi. Edellinen vastaavan tittelin haltija oli ollut Nobunagan vuonna 1575 syrjäyttämä Ashikaga Yoshiaki. Sen sijaan Nobunaga ja Hideyoshi eivät voineet nousta vastaavaan asemaan, koska eivät kuuluneet Minamoton sukuun. Ieyasu jäi eläkkeelle vuonna 1605, ja shōguniksi nousi hänen poikansa Tokugawa Hidetada. Käytännössä Ieyasu toimi kuitenkin kuolemaansa saakka todellisena hallitsijana. Ieyasu palasi Sunpuun, mutta valvoi samalla Edon linnan rakentamista. Rakennusurakka kesti useita vuosia, ja kaikki daimiot määrättiin osallistumaan sen kustannuksiin. Ieyasu valvoi myös Japanin suhteita Alankomaiden, Englannin ja Espanjan kanssa. Hän salli hollantilaisten käydä vapaasti kauppaa Japanissa ja rakentaa tehtaan Hiradoon. Hän myös pyrki lisäämään kauppaa erityisesti Espanjan siirtomaiden kanssa.
Vuonna 1614 Ieyasu ja Hideyori ajautuivat sotaan, mitä seurasi Osakan piiritys. Ieyasu oli jo pitkään pyrkinyt eristämään Hideyorin ja kehottanut tätä käyttämään varojaan kalliisiin rakennushankkeisiin. Lopulta kaksikon välit kiristyivät entisestään, ja Ieyasu lähti marssimaan kohti Osakaa Sunpusta, samalla kun Hidetada johti toista armeijaa Edosta. Hideyori pyysi apua kaikilta daimioilta, mutta nämä eivät suostuneet nousemaan Ieyasua vastaan, ja Hideyori joutui tyytymään 90 000 omaan sotilaaseensa. Samalla daimiot tarjosivat apuaan Ieyasulle, jonka 94 000 sotilaan armeija piiritti Osakan linnan. Piirityksen aikana ei käyty juurikaan taisteluita, mutta sen sijaan Ieyasu määräsi kaupungin pommitettavaksi. Hän yritti saada vastustajansa antautumaan uhkaamalla Hideyarin äitia, Yodo-donoa, ja määräsi tämän oleskelutilat tulitettaviksi. Samalla Ieyasu lähetti kehotuksen rauhaan ja ehdotti joko Yodo-donon antautumista panttivangiksi Edoon tai linnan vallihautojen täyttämistä. Linnan puolustajat päättivät toteuttaa jälkimmäisen, ja Ieyasun joukot täyttivät kaikki linnan vallihaudat sisimmäistä lukuun ottamatta. Ei kuitenkaan kulunut kauan kunnes Ieyasu sai tietää Osakan joukkojen salaa kaivavan vallihautoja esiin ja värväävän lisää joukkoja. Ieyasu vastasi tähän lähettämällä jälleen joukkonsa länteen, mutta tällä kertaa Hidetada toimi armeijan ylimpänä komentajana. Taistelu päättyi Ieyasun voittoon, ja Hideyorin itsemurhaan. Ieyasu myös teloitti Hideyorin kahdeksanvuotiaan pojan, minkä myötä hän poisti Toyotomin uhan lopullisesti.
Ieyasu menehtyi vuonna 1616 luultavasti vatsasyöpään. Ennen kuolemaansa hän ehti tavata ystäviään ja antaa alaisilleen viimeiset määräyksensä palvella uutta shōgunia. Ieyasulle annettiin hänen kuolemansa jälkeen nimi Tōshō Daigongen. Hänet haudattiin Kunōzaniin temppeliin, ja vuoden kuluttua hänen ruumiinsa siirrettiin Nikkōhon.