Command & Conquer 3: Tiberium Wars
Juoni

Tarina alkaa vuonna 2047, ja Maa on huonommassa kunnossa kuin Tiberian Sunissa. Tiberiumin leviäminen jatkaa Maan tuhoa, ja maailma on jakautunut eri vyöhykkeisiin: 30 % Maasta on täysin tiberiumin saastuttamia asumiskelvottomia alueita, joita kutsutaan ”punaisiksi vyöhykkeiksi”. 50 % planeetan pinnasta on ”keltaisia vyöhykkeitä”, joissa soditaan ja joita tiberium ei ole ottanut täysin haltuunsa. Loput maailmasta on luokiteltu ”sinisiksi vyöhykkeiksi”, joissa on turvallista asua ja jotka ovat GDI:n vallassa. GDI yrittää silti hillitä tiberiumin leviämistä ja yrittää kääntää keltaiset vyöhykkeet sinisiksi vyöhykkeiksi.
Peli alkaa, kun GDI on huomannut Nodin terrorismitoimien vähentyneen rajusti, koska kaikki luulevat Kanen, Nodin Veljeskunnan johtajan kuolleen. Tästä huolimatta GDI:n kenraali Jack Granger (Michael Ironside) on sitä mieltä, että Nod juonii koko ajan jotakin. Saadakseen tästä selvää hän lähettää yhden parhaista komentajistaan (pelaaja) Pohjois-Carolinaan tutkimaan mahdollista Nodin operaatiota siellä. Sillä aikaa Nod on Kanen käskystä suunnitellut yllätyshyökkäystä Goddardin avaruuskeskukseen. Keskuksen tuho sammuttaisi GDI:n ohjuspuolustusjärjestelmän ja tämän seurauksena Nod voisi aloittaa kolmannen tiberiumsodan ohjusiskulla GDI:n avaruusasema Philadelphiaa vastaan. Siinä kaatuisi osa GDI:n infrastruktuuria. Nod onnistuu aikeessaan ja heti Philadelphian tuhon jälkeen Nod aloittaa suurhyökkäyksen jokaiselle siniselle vyöhykkeelle. GDI onnistuu sekasorrosta huolimatta ajamaan Nodin tiehensä näiltä vyöhykkeiltä ja aloittaa vastaiskun uuden toimeenpanevan johtajansa Redmond Boylen (Billy Dee Williams) käskystä.
Kun Nod on ajettu pois sinisiltä vyöhykkeiltä, he alkavat suojella alueitaan ja erityisesti eräitä asekomponentteja, joita Kane tarvitsee suunnitelmiinsa. Kun GDI hyökkää Pohjois-Afrikkaan, he saavat selville, että Nod rakentaa nestemäistä tiberiumpommia. Kyseinen pommi on raa’asti kymmenen kertaa voimakkaampi kuin 200 megatonnin ydinpommi ja räjähtäessään se aiheuttaa ketjureaktion läheisten tiberiumesiintymien kanssa. Nämä kentätkin räjähtävät, lisäten pommin räjähdysaluetta. GDI yrittää tehdä kaikkensa, ettei Nod onnistu käyttämään tätä asetta. Kanen asekomponentit liittyvät juuri tähän pommiin. Boyle antaa Grangerille käskyn hyökätä Nodin sydämeen Sarajevoon, joka toimi ensimmäisen tiberiumsodan viimeisen taistelun kenttänä. Grangerin vastustelusta huolimatta hän tottelee ja lähettää komentajan (pelaajan) hoitamaan tehtävän. Hyökkäys onnistuu ja Nodin päämaja on GDI:n armoilla. Mutta samaan aikaan GDI:n johto saa kuulla, että Kanella on nestemäinen tiberiumpommi temppelissään. Boyle antaa käskyn käyttää ionitykkiä temppeliin. Granger yrittää saada Boylen hylkäämään aikeensa, mutta ei onnistu. Ionitykin laukaus tuhoaa temppelin ja samalla räjäyttää pommin. Suuri osa Kaakkois-Euroopasta tuhoutuu, ja kaikki luulevat Kanen kuolleen räjähdyksessä.
Näin GDI luulee voittaneensa, mutta pian tämän jälkeen GDI saa tiedon kuudesta tunnistamattomasta lentävästä aluksesta ulkoavaruudessa. Nodin jäljellä olevat joukot Australiassa havaitsevat nämä alukset myös. Ne ovat Scrinien aluksia, jotka yrittävät päästä Maan pinnalle. GDI käyttää jokaista avaruudessa olevaa ionitykkiään aluksia vastaan, mutta siitä ei ole hyötyä. Alukset hajoavat useiksi pieniksi aluksiksi, jotka laskeutuvat pääasiassa punaisille vyöhykkeille. Saman tien scrinit aloittavat massiivisen hyökkäyksen useille sinisille ja keltaisille vyöhykkeille, yrittäen pitää Maan puolustusjärjestelmät poissa heidän todellisista aikeistaan. GDI kamppailee scrinejä vastaan aggressiivisesti ja onnistuu ajamaan scrinit takaisin punaisille vyöhykkeille. Nodin joukot Australiassa tekevät väliaikaisen sopimuksen GDI:n kanssa scrinejä vastaan, joka rikkoutuu, kun Kane yllättäen tulee esiin. Kanen todellinen suunnitelma oli saada scrinit maapallolle, jotta veljeskunnan tulevaisuus tulisi täytettyä. Scrinien todellinen aie oli rakentaa punaisille vyöhykkeille valtavia torneja. GDI ei koskaan saanut selville, mikä niiden tarkoitusperä oli, mutta siitä he eivät aikoneet ottaa selvää. GDI tuhosi 18 tornia 19:stä. Viimeisen tornin scrinit ehtivät saada valmiiksi, kiitos Nodin. Nod otti tornin haltuunsa ja näin heidän tulevaisuutensa oli turvattu. Tornin alkuperäinen tarkoitus oli imeä tiberiumia Maasta ja käyttää tornin portaalia toimittamaan se scrinien kotimaailmaan, sekä samalla toimittaa lisäjoukkoja tornin kautta.
Pelissä esiintyy myös Kane (Joseph Kucan), joka on tuttu pelisarjan aiemmista peleistä. Kucan ei ohjaa välinäytöksiä, kuten aiemmissa Command & Conquer -peleissä. Lisäksi pelissä nähdään ainakin seuraavat näyttelijät: Michael Ironside, Billy Dee Williams, Jennifer Morrison, Josh Holloway, Tricia Helfer, Grace Park, Ivana Bozilovic, Shanon Cook, John Huck, Shauntay Hinton.