Afganistanin historia
Afganistanin demokraattinen tasavalta (1978–1992) > Kommunistihallinnon kukistuminen

Neuvostoliiton vetäydyttyä Najibullah menetti tärkeimmän tukijansa. Hän onnistui lähentämään Parchamin ja Khalqin välisiä suhteita PDPA:n sisällä ja alkoi esiintyä kommunistihallinnon sijasta ensisijaisesti muslimien edustajana. Hän teki myös sovittelevia tarjouksia vastarintaliikkeille, jotka kuitenkin hylkäsivät kaikki tarjoukset rauhanneuvotteluista.
Najibullah onnistui kuitenkin saamaan tukea Afganistanin vähemmistöryhmiltä. Šiialaiset antoivat tukensa hallinnolle, sillä kommunistihallinnon vallassa pysyminen oli heille pienempi paha kuin maan ajautuminen Gulbuddin Hikmatyarin johtamien äärisunnalaisten valtaan. Myös pohjoisen uzbekit järjestäytyivät hallinnon tueksi. Heitä johti Abdul Rashid Dostum, joka loi Pohjois-Afganistaniin käytännössä itsenäisen valtakunnan, mutta toisin kuin neuvostomiehityksen aikaiset itsenäisesti toimineet alueet, Dostum oli Afganistanin kommunistihallinnon liittolainen.
Najibullah kykeni myös vahvistamaan Afganistanin armeijaa neuvostoliittolaisten jättämällä kalustolla. Najibullah tiesi, etteivät maan hallinnon joukot kykene ottamaan haltuunsa sissien hallitsemaa maaseutua, mutta toisaalta sissien on vaikea kukistaa hallituksen valvomia kaupunkeja. Kapinallisjoukkojen johtajat eivät edelleenkään kyenneet yhteistyöhön, vaan etenkin vahvimmat mujahideen-johtajat Gulbuddin Hikmatyar ja Ahmad Shah Massoud taistelivat vallasta keskenään. ISI:n antamasta sotilaskoulutuksesta huolimatta mujahideenit eivät osanneet toimia yhtenäisenä armeijana, eivätkä he kyenneet valloittamaan kaupunkeja hallituksen joukoilta. Pattitilanne osapuolten välillä jatkui seuraavien vuosien ajan.
Neuvostojoukkojen vetäydyttyä mujahidin kokosi joukkonsa ja järjestäytyi tavanomaiseen sodankäyntiin tavoitteenaan vallata ja pitää alueita. Operaation Peshawarin Seitsemän maalis-kesäkuussa 1989 suunnitteli Pakistanin ISI. Se kokosi Gulbudin Hektmatyarin, Burhanudin Rabbannin, Ahmad Shah Massoudin, Mohammed Nabi Mohammedin, Younis Khalisin, Abdul Rasoul Sayyafin ja Pir Gailanin joukot yhteiseen operaatioon, jonka tavoitteena oli vallata Jalalabad 160 km itään Kabulista. Kaupunkia puolusti armeijan 11. divisioona, jonka vahvuus oli 15 000 miestä. Mujahidin saivat koottua 5 000–7 000 soturia. Hyökkäys päättyi armeijan ratkaisevaan voittoon ja mujahidinin ja ISIn nöyryytykseen, kun hyökkääjät menettivät 3 000 miestä kuolleina ja vielä lisää haavoittuneina.
Käänne sodassa tapahtui joulukuussa 1991. Neuvostoliiton hajoamisen myötä Najibullahin hallinto jäi paitsi Neuvostoliiton toimittamia rahoja ja aseita. Pian myös ruoka ja polttoaine lakkasivat virtaamasta Kabuliin. Neuvostoliiton romahdettua myös Afganistanin kommunistihallinnon olemassaolon edellytys katosi. Myös aiemmin maan hallituksen kanssa liittoutuneet sotilasjohtajat päättivät jättää uppoavan laivan, ja he liittoutuivat Massoudin kanssa. Pian muutkin hallituksen armeijan varuskunnat alkoivat liittyä eri kapinallisryhmiin. Najibullah yritti paeta maasta huhtikuussa 1992, mutta kapinallisjoukkojen suljettua tien lentokentälle hän hakeutui turvaan YK:n rakennukseen, missä hän vietti seuraavat vuodet.