Evoluution todisteet
Molekyylibiologiset todisteet > Muita geneettisiä todisteita

Perinnöllisyyden tutkimuksessa on osoitettu kokein, että eliölaji voi muuttua paljon jo muutamassa sukupolvessa. Vertailevan DNA-tutkimuksen avulla on saatu runsaasti vakuuttavia todisteita lajien yhteisestä alkuperästä. Jos kaiken elämän yhteinen kantamuoto on totta, niin lajien, jotka jakavat yhteisen alkuperän perimissä tulisi näkyä tuon alkuperäisen kantamuodon DNA-sekvenssejä ja niille ominaiset mutaatiot. Läheisempää sukua olevien lajien tulisi jakaa suurempia yhtäläisyyksiä ja yhteisiä mutaatioita verrattuna kaukaisempiin sukulaisiin.
Yksinkertaisin ja voimakkain todiste tulee fylogeneettisistä rekonstruktioista, erityisesti kun verrataan hitaasti kehittyviä proteiinisekvenssejä. Nuo rekonstruktiot toistavat samoja sukulaisuussuhteita, joita on päätelty morfologian eli anatomian tutkimuksen perusteilla ja muiden biokemiallisten tutkimusten perusteilla. Yksityiskohtaisimmat tutkimukset on tehty vertailemalla kaikille aitotumaisille yhteisten mitokondrioiden genomeja.
Mutta fylogeneettiset vertailut kattavat myös proteiineja koodaamattoman ja toimimattoman osan DNA:sta, kuten toistuvia jaksoja, transposoneita, pseudogeenejä ja mutaatioita, jotka eivät muuta proteiineja. Kaikki nämäkin vertailut tukevat yhteistä kantamuotoa yhtäpitävästi.
Kaikkien nykyisin elävien organismien elämä perustuu samoille biokemiallisille prosesseille: geneettinen informaatio on koodattu nukleiinihappoon (DNA:han tai viruksilla myös RNA:han), se transkriptoidaan RNA:ksi, sitten RNA:sta puolestaan rakentuvat proteiinit eli pitkät aminohappopolymeerit hyvin samankaltaisina eri lajeilla säilyneissä ribosomeissa. Erityisesti geneettinen koodi on kaikille lajeille yhteinen aivan pieniä ja harvinaisia muunnelmia lukuun ottamatta, mikä tarkoittaa esim. sitä, että tietty DNA:n osa, kodoni eli kolmen emäksen pituinen jakso, koodaa täsmälleen samaa aminohappoa sekä bakteereilla että ihmisten soluissa. ATP toimii energialähteenä kaikilla tunnetuilla lajeilla.
Syvempi ymmärrys kehitysbiologiasta osoittaa, että yhteinen morfologia onkin peräisin samoista geneettisistä elementeistä. Esim. vaikka kameralinssisilmät ovat kehittyneet riippumattomasti yli 40 kertaa, ne kaikki perustuvat kuitenkin samaan valoherkkään proteiiniin, opsiiniin, mikä puolestaan todistaa eliöiden yhteisestä alkuperästä. Toinen huomionarvoinen esimerkki on selkärankaisten ruumiinkaava, jonka rakentumista kontrolloivat samat HOX-perheen geenit.
DNA:n vertailu mahdollistaa lajien luokittelemisen eri luokkiin ja siten saadut luokittelut vastaavat hyvin suurella tarkkuudella morfologian perusteella pääteltyjä perinteisiä taksonomioita, jopa korjaavat niissä olevia mahdollisia virheitä. Sekvenssien vertailu on tarpeeksi vahvalla pohjalla, jotta sen perusteella voidaan korjata fylogeneettisiä puita, varsinkin jos muut todisteet ovat puutteellisia. Esimerkiksi neutraali ihmisen DNA poikkeaa arviolta n.1,2 % lähimpien sukulaistemme simpanssien neutraalista DNA:sta, 1,6 % gorilloiden ja 6,6 % paviaanien neutraalista DNA:sta. Geenisekvenssit mahdollistavat näin päätelmät ja määritykset sukulaisuussuhteista ihmisen ja muiden apinoiden väleillä. Ribosomaalisen RNA:n geenin 16S, joka on elintärkeä geeni kaikelle elämälle, sekvenssien perusteella on tehty laaja fylogeneettinen vertailu ja tuon Carl Woesen työn perusteella eliökunnassa on tapahtunut kaksi pääjakoa: ensin muusta eliökunnasta erosivat bakteerit ja myöhemmin arkit ja aitotumaiset, joihin mekin siis kuulumme.
DNA:ssa on myös endogeenisiä retroviruksia, ERV:a. Ne ovat jäänteitä muinaisista virustartunnoista, joissa virus on tartuttanut sukusoluja ja näin noiden virusten DNA siirtyy sukupolvelta toiselle. Aikojen kuluessa ne menevät yhä enemmän rikki tai osa niiden proteiineista tulee hyötykäyttöön, jolloin luonnonvalinta tietysti suojelee niitä. Koska nuo ERV:n tartunnat ovat harvinaisia ja käytännössä satunnaisia, sellaisten löytyminen samasta kohtaa kahden eri lajin perimästä viittaa äskettäiseen yhteiseen esi-isään. Ihmisiltä ja simpansseilta on tähän mennessä löydetty kymmeniä ERV:tä samasta kohtaa genomejamme ja tämän tapahtuman todennäköisyys ilman yhteistä esi-isää, jolta ne on peritty, on erittäin pieni, käytännössä olematon.