Metal Gear Solid: Portable Ops
Juoni

Pelin tapahtumat sijoittuvat vuodelle 1970. Big Boss tuntee katumusta oppiäitinsä The Bossin tappamisesta kuusi vuotta sitten tapahtuneessa operaatio Snake Eaterissä ja esiintyy vanhalla koodinimellä Naked Snake. Snake on kaapattu ja viety sotilastukikohdan vankiselliin, jossa luutnantti Cunningham kiduttaa häntä ja esittää kysymyksen toisessa maailmansodassa kootun sadan miljardin dollarin rahasumman, Filosofien perinnön, toisen puoliskon kätköpaikasta. Cunningham selittää Snakelle, että Yhdysvallat sai operaatio Snake Eaterissä vain puolet rahasummasta. Snake kertoo Cunninghamille, että hän ei tiedä puuttuvan puoliskon sijainnista, mutta Cunningham uskoo Snaken valehtelevan hänelle. Snake tapaa vankilassa yhdysvaltalaisen sotilaan Roy Campbellin, joka on ainoa eloonjäänyt tukikohtaan lähetetystä Green Beretsin ryhmästä. Campbell kertoo Snakelle, että he ovat Neuvostoliiton rakentamassa San Hieronymon ohjustukikohdassa La Peninsula de los Muertosin niemimaalla, joka sijaitsee Kolumbiassa. San Hieronymon on vallannut CIA:n alaisuudessa toiminut FOX-yksikkö, jossa Snake palveli operaatio Snake Eaterin aikoihin. FOX-yksikön uusi komentaja Gene on pettänyt Yhdysvallat ja suostutellut tukikohdan sotilaat puolelleen. Snake pakenee sellistä ilmastointikanavan kautta ja ottaa yhteyttä entisiin FOX-yksikön jäseniin Sigintiin ja Para-Mediciin, joiden mukaan puolustusministeriö on pidättänyt Snaken komentajan, majuri Zeron, ja Snake itse on lavastettu syylliseksi FOX-yksikön kapinaan. Snaken on todistettava syyttömyytensä päihittämällä FOX-yksikön jäsenet. Snake ja Campbell alkavat värvätä venäläisiä sotilaita puolelleen kukistaakseen kapinan, mikä johtaa FOXHOUND-erikoisjoukon syntyyn.
Tehtävän varrella Snake tapaa FOX-yksikön lääkintävastaavan Elisan, jonka kaksoissiskolla Ursulalla on suunnattomat psyykkiset voimat; CIA:n projektissa luoda täydellinen sotilas koulutetun Nullin, joka on entinen lapsisotilas Frank Jaeger; ja San Hieronymon tukikohdan entisen komentajan eversti Skowronskin, jonka Gene on syössyt vallasta. Snakelle paljastuu, että Genen suunnitelmana kiristää supervaltoja on kolmannen maailmansodan aloittaminen laukaisemalla ydinohjus Neuvostoliittoon nelijalkaisesta kävelevästä panssarivaunusta nimeltä Metal Gear RAXA. CIA toimitti RAXAn San Hieronymoon, jotta ydinsulkusopimusten takia sotilaallisesti heikentyneellä Neuvostoliitolla olisi vallankumouksellinen asejärjestelmä. CIA uskoi tämän pitkittävän kylmää sotaa ja säilyttävän supervaltojen välisen voimatasapainon, mutta CIA ei osannut ennustaa Genen petosta. Snakelle paljastuu myös, että Elisa ja Ursula eivät ole kaksosia, vaan Ursula on Elisan sivupersoona. Eversti Skowronski varastaa Metal Gear RAXAn tappaakseen Genen, mutta Ursula paiskaa hänet telekineettisesti pois ohjaamosta kuolemaan ja ottaa RAXAn hallinnan. Snaken onnistuu tuhota Metal Gear RAXA ja päihittää Ursula, minkä jälkeen operaatio Snake Eaterissä kuolleeksi luultu venäläinen tiedemies Nikolai Stephanovitš Sokolov saapuu paikalle. Sokolov selittää Snakelle, että hän oli RAXAn suunnittelija, mutta RAXA oli vasta prototyyppi. Ydinohjuksen laukaisuun tarkoitettu Metal Gear on ICBMG, jonka Gene aikoo laukaista avaruusraketilla tukikohdan ohjussiilosta. Matkalla siiloon Cunningham paljastaa Snakelle, että hän työskentelee Yhdysvaltain puolustusministeriölle. Cunninghamin mukaan puolustusministeriö tiesi CIA:n salajuonesta toimittaa Metal Gear Neuvostoliitolle, joten puolustusministeriö päätti tuhota CIA:n maineen antamalla Genen kaapata San Hieronymon ja laukaista ydinohjus Neuvostoliittoon. Puolustusministeriö lähetti Snaken San Hieronymoon värväämään venäläissotilaat puolelleen, jotta epätoivoisen Genen ainoa vaihtoehto olisi laukaista ICBMG. Ydinaseisku ei aloita maailmansotaa supervaltojen välille, koska Gene on maanpetturi ja Metal Gear on laukaistu Neuvostoliiton rakentamasta tukikohdasta. Cunningham kertoo Snakelle, että ohjuslaukaisun jälkeen hän tuhoaa tukikohdan Davy Crockett -pienoisydinkärjellä. Cunningham määrää Snaken poistumaan San Hieronymosta helikopterilla ennen kuin hän laukaisee Davy Crockettin, mutta Snake estää Cunninghamin suunnitelman tuhota tukikohta tappamalla hänet.
Snake saapuu ohjussiiloon estääkseen ICBMG:n laukaisun. Gene paljastaa Snakelle, että hän oli tietoinen Cunninghamin petturuudesta ja puolustusministeriön suunnitelmista. Gene kertoo Snakelle, että Yhdysvaltojen tietämättä ICBMG:n ydinohjusten kohteena ei ole Neuvostoliitto, vaan Pentagon ja CIA:n päämaja. Genen suunnitelmana on lavastaa Neuvostoliitto syylliseksi ydinaseiskuun Yhdysvaltoihin aloittaakseen konfliktin Nato-jäsenmaiden ja Varsovan liiton välille ja tuhotakseen maailmanpolitiikassa vaikuttavan Filosofien salaseuran. Genen haaveena on perustamalla sotilaiden kansakunta Army's Heaven ja luoda uusi maailmanjärjestys. Gene paljastaa Snakelle, että The Bossin kuoleman ja koko operaatio Snake Eaterin suunnitteli "pirullisen viekas strategisti". Elisa ilmestyy estääkseen Metal Gearin laukaisun, mutta Gene puukottaa hänet hengiltä. Ennen kuolemaansa Elisa ennustaa Snaken tulevaisuutta kertomalla hänelle Big Bossin lapsista (Solid Snake, Liquid Snake ja Solidus Snake) ja aikeista rakentaa uusi Metal Gear. Gene aloittaa lähtölaskennan ICBMG:n laukaisuun ja haastaa Snaken kaksintaisteluun. Snake päihittää Genen, joka antaa hänelle mikrofilmin. Ennen kuolemaansa Gene kertoo Snakelle, että mikrofilmiltä paljastuu Army's Heavenin rahakätkön piilopaikka. Snake ei ehdi tuhota ICBMG:tä, mutta hän onnistuu vahingoittamaan sitä kriittisesti RPG-7-raketinheittimen, Sokolovin neuvojen ja hänelle uskollisten sotilaiden avulla. Avaruusraketti ja vahingoittunut ICBMG laukaistaan ohjussiilosta avaruuteen, minkä jälkeen Metal Gear kärventyy paluussa Maan ilmakehään. Yhdysvalloissa Ocelot tapaa CIA:n johtajan, joka oli Genen mainitsema "pirullisen viekas strategisti". CIA:n johtaja on matkalla ydinsuojabunkkeriin tietämättä, että Snake on jo tuhonnut Metal Gearin. Ocelot murhaa CIA:n johtajan ja varastaa häneltä Filosofeihin liittyvät asiakirjat, jotta Ocelotin salaperäinen työnantaja voisi "tuhota" Filosofit ja saada selville Filosofien perinnön kätköpaikat. Snake palaa Yhdysvaltoihin, jossa Campbell kertoo hänelle, että hän ja Null ovat hoidossa sairaalassa. Snake tapaa myös syyttömäksi todetun majuri Zeron ja tekee kunniatervehdyksen San Hieronymon sotilaille, joista on tullut yhdysvaltalaisten vankeja.
Lopputekstien jälkeen Ocelot saa puhelinsoiton työnantajaltaan, joka "mies samalla koodinimellä kuin Null". Keskustelusta paljastuu pelaajalle, että Ocelot ja hänen työnantajansa olivat manipuloineet Genen kaappaamaan San Hieronymon ja laukaisemaan ICBMG:n Yhdysvaltoihin, jotta CIA:n johtaja toisi Filosofien asiakirjat Ocelotille. Ocelot ja hänen työnantajansa perustavat salaseuran, Patriootit, ja Ocelot ehdottaa Big Bossin värväämistä heihin. Ocelotin keskustelukumppanin ja Patrioottien perustajan henkilöllisyys paljastuu Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriotsissa.