Emma Hale Smith
Vuodet Nauvoossa, 1839–1844

Illinoisiin paettuaan Emma Smith asettui ensin asumaan erään ystävällisen kirkkoon kuulumattoman perheen luo Quincyyn. Vankilasta paennut Joseph Smith tapasi vaimonsa täällä, ja yhdessä perhe päätti muuttaa pyhien uuteen keskuspaikkaan Nauvoohon. Kaupunkiin saavuttuaan Smithit asettuivat ensin asumaan kaksikerroksiseen taloon nimeltä "Homestead". Vuonna 1842 perhe muutti isompaan taloon nimeltä "Mansion House". Emma Smith piti Mansion Housessa hotellia ja ravintolaa, jossa kaupunkiin tulleet siirtolaiset ja turistit saivat majapaikan ja ateriat.
Nauvoossa vietetyt vuodet olivat monella tapaa Smithien perheen onnellisimmat. Kaupungilla oli oma vapaakirja ja sen mukana tullut itsehallinto, mikä mahdollisti kaupungin voimakkaan kasvamisen ja kehittymisen. Kaupunkiin muutti runsaasti mormonismiin kääntyneitä siirtolaisia, jotka toivat mukanaan kaivattua pääomaa sekä oman tietämyksensä, taitamisensa ja ahkeruutensa. Kaupunki kehittyi taloudellisesti sekä sinne asumaan asettuneiden käsityöläisten että siellä asuvien maanviljelijöiden ponnistelujen seurauksena. Myös kaupungin kulttuurielämä oli huomattavan vilkasta rajaseudun kaupungiksi.
Myös uskonnollisesti Nauvoon aika oli merkittävää nuorelle kirkolle. Kaupungin keskelle rakennettiin suuri temppeli eläviä ja kuolleita varten suoritettavia pyhiä toimituksia varten. Jo ennen temppelin valmistumista alettiin endaumenttitoimituksia jakaa Joseph Smithin omistaman Red Brick Storen eli Punatiilisen kaupan yläkerrassa. Emma Smith kuuluu temppelipyhityksensä jo varhain saaneeseen voideltujen koorumiin.
17. maaliskuuta 1842 Emma Smithin johtama kokous muodosti kirkolle oman naisjärjestön, Apuyhdistyksen. Nimensä mukaisesti järjestö tarkoitettu auttamaan miespuolisia pappeudenhaltijoita kirkon rakentamisessa ja sen toiminnan kehittämisessä. Toisaalta järjestön toiminnan oli tarkoitus vähentää kirkon jäsenten aineellista ahdinkoa ja hätää sekä auttaa naispuolisia jäseniä eli sisaria heidän hengellisessä ja henkisessä kehittymisessään. Emma Smith nousi itseoikeutetusti Apuyhdistyksen ensimmäiseksi johtajaksi.
Nauvoon aikana Joseph Smith saattoi kirjalliseen muotoon MAP-kirkon historiaan suuresti vaikuttaneen ilmoituksen moniavioisuudesta. Ilmoituksen mukaan se on "kirjoitettu muistiin" 12. heinäkuuta 1843; muotoilu, joka antaa ymmärtää ilmoituksen annetun jo tätä päivää ennen. Onkin ilmeistä, että Joseph Smith solmi moniavioisia liittoja jo ennen mainittua päivämäärää. Kirjoitettuaan ilmoituksen muistiin hän solmi uusia moniavioisia liittoja sekä salli liittojen solmimisen myös muille kirkon johtajille. Huhut kirkon jäsenten harjoittamista moniavioisista suhteista levisivät pian ympäristöön, mikä sai aikaan välien kiristymistä pyhien ja muiden alueen asukkaiden välillä. Myös kirkon jäsenten keskuudessa leviävät huhut johtajien harjoittamasta moniavioisuudesta loivat hämmennystä ja kapinamielialaa.
Emma Smith ei hyväksynyt miehelleen annettua moniavioisuusilmoitusta aidoksi. Hän vastusti kiivaasti sekä moniavioisuuden periaatetta että moniavioisia liittoja. Joseph Smithin harjoittama moniavioisuus huononsikin selvästi hänen ja Emman välejä. Joseph teki parhaansa salatakseen solmimansa liitot Emmalta, mutta ilmeisen huonolla menestyksellä.
Keväällä 1844 kirkosta erosi Myöhempien aikojen pyhien Jeesuksen Kristuksen tosi kirkko -niminen ryhmä. Kirkon perusti William Law yhdessä muutaman muun kirkon profeettaan Joseph Smithiin kriittisesti suhtautuneen henkilön kanssa. He tunnustivat Smithin periaatteessa profeetaksi ja Mormonin kirjan pyhäksi kirjoitukseksi, mutta he vastustivat Smithin salassa aloittamaa moniavioisuutta.
William Law perusti Nauvoossa toimineen Nauvoo Expositor -lehden, joka paljasti Smithin opettaman moniavioisuuden sekä kertoi hänen itsensä solmimista moniavioisista liitoista. Tämän jälkeen Smith määräsi kaupungin pormestarina kyseisen lehden lakkautettavaksi sekä pani puolisotilaallisen Nauvoon legioonan komentajana lakkautustuomion toimeen hävittäen samalla lehden kirjapainon. Suurin osa Myöhempien aikojen pyhien Jeesuksen Kristuksen tosi kirkon jäsenistä pakeni kaupungista peläten henkensä menetystä.
Nauvoo Expositor -lehden hävittämisestä syntyneet levottomuudet johtivat Smithin pidättämiseen. Hänet kuljetettiin läheiseen Carthagen kaupunkiin, jossa noin 200 hengen kiihtynyt väkijoukko lynkkasi hänet kesäkuun 27. päivänä 1844. 39-vuotias Emma, joka oli neljännellä kuukaudella raskaana, jäi leskeksi.