X-Files – taistelu tulevaisuudesta
Juoni

Noin vuonna 35 000 eaa. kaksi neandertalinihmistä on löytänyt luolan, jonne he näkivät oudon olion menevän aiemmin. He kohtaavat olion luolassa. Toinen heistä joutuu olion tappamaksi, mutta toinen onnistuu tappamaan olion. Oliosta vuotava veri on mustaa ja osoittautuu samaksi mustaksi mönjäksi, jota on nähty sarjassa aiemminkin, muun muassa jaksoissa Tunguska ja Terma. Osa mönjästä imeytyy neandertalinihmiseen ja loput maahan.
Siirrytään vuoteen 1998, jolloin joukko pikkupoikia leikkii arkeologeja Texasissa. Heistä Stevie putoaa yhtäkkiä suureen luolaan, siihen samaan, jossa neandertalinihmiset kuolivat tappaessaan avaruusolion. Stevie löytää maasta kallon. Sitä tutkiessaan maasta tulee häneen imeytyvää mustaa mönjää, joka muodostaa mustan kalvon hänen silmiinsä.
Myöhemmin Dallasissa Mulder ja Scully etsivät pommia rakennuksesta läheltä FBI:n sikäläistä päämajaa. Mulder löytää pommin virvokeautomaatista, ja rakennus evakuoidaan. Vastaava erikoisagentti sanoo pystyvänsä purkamaan pommin, ja jää yksin rakennukseen purkamaan sitä. Mulder ja Scully poistuvat rakennuksesta eivätkä tiedä, ettei mies edes yritä purkaa pommia. Rakennus räjähtää tappaen miehen. Talon raunioista löytyy myös muutama muu ruumis. Myöhemmin Washingtonissa Mulder ja Scully osallistuvat kuulusteluun tapahtuneesta. Scully saa kuulla joutuvansa siirretyksi muihin tehtäviin toiselle paikkakunnalle X-arkiston tuhouduttua. Hän kertoo Mulderille mieluummin lopettavansa työnsä kuin siirtyvänsä muihin tehtäviin.
Mulder menee työpäivän jälkeen baariin. Sen vessa on suljettu, ja Mulder menee baarin takana olevalle kujalle ”toimittamaan asiansa”. Ulkona Mulder tapaa baarista ulos tulleen, tohtori Alvin Kurtzweiliksi esittäytyvän miehen, joka kertoo Mulderille työskennelleensä tämän isän William Mulderin kanssa. Lisäksi hän kertoo Mulderille hallituksen asentaneen pommin rakennukseen tuhotakseen siellä olevan FEMA:n toimiston, koska siellä olivat karanteenissa luolaan pudonnut poika ja hänet pelastaneet palomiehet. Hän kertoo Mulderille pojan ja palomiesten olleen kuolleita jo ennen räjähdystä.
Mulder soittaa Scullylle ja he menevät Bethesdan sairaalalle, jossa räjähdyksessä kuolleiden ruumiit ovat. Samaan aikaan Tupakkamies menee Texasissa Blackwoodiin − paikkaan, jossa Stevie putosi luolaan. Hallitus on rakentanut karanteenitilan luolan suulle. Sen sisällä tohtori kertoo Tupakkamiehelle, että neljännen palomiehen sisälle imeytynyt mönjä kasvaa ja mutatoituu. Hän näyttää Tupakkamiehelle ruumista, jonka vatsassa näkyy selvästi jokin liikkuva olio. Bethesdan sairaalassa Scully tutkii ruumiita ja löytää niistä oireita, joita hän ei ole ikinä ennen nähnyt. Hänen jatkaessa tutkimuksiaan Mulder lähtee etsimään Kurtzweilia.
Saavuttuaan Kurtzweilin asunnolle Mulder löytää sieltä poliiseja ja etsiviä, jotka väittävät Kurtzweilin levittäneen lapsipornoa internetissä. Mulder tapaa asunnon ulkopuolella olevalla kujalla Kurtzweilin, joka kertoo lapsipornojutun olevan lavastettu hänen saamiseksi vankilaan. Lisäksi Kurtzweil kertoo, että FEMA kutsuttiin Texasiin hoitamaan hantavirus-epidemiaa, mutta kyseessä ei kuitenkaan ollut hantavirus.
Mulder ja Scully menevät Texasiin paikalle, jossa poika putosi luolaan. Siellä kaikki näyttää vasta tehdyltä: luolan suuaukolle on pystytetty leikkikenttä vielä hieman irtonaisen ruohomaton päälle. Agentit huomaavat joitakin Stevien kavereista, mutta nämä eivät suostu kertomaan mitään. Mulder huomaa jokaisella heistä olevan uusi pyörä. Suostuttelun jälkeen pojat kertovat agenteille, mihin suuntaan miehet, jotka kielsivät heitä kertomasta mitään lähtivät. He kertovat miesten lähteneen suurilla rekoilla, joiden lavoina olivat suuret tankit. Mulder ja Scully lähtevät poikien osoittamaan suuntaan. He saapuvat junaradalle, jolla ajaa juna, jonka vaunuina on suuria tankkeja. Agentit ymmärtävät rekkojen tankkien olevan kyseisessä junassa, ja lähtevät seuraamaan sitä. Ajaessaan erään mäen laelle he näkevät junan menevän kohti kahta hohtavaa puolipallon muotoista rakennusta, jotka ovat suurten maissipeltojen ympäröimiä.
Mulder ja Scully menevät sisälle rakennuksiin, jotka ovat autioita. Mulder kuulee surinaa ennen kuin hän ehtii varoittaa Scullya, lattia avautuu useista kohdista ja sisälle alkaa tulla mehiläisiä. Päästessään pois kupolista agentit huomaavat kahden mustan helikopterin tulevan esille. He pakenevat maissipellolle, jossa he pystyvät piiloutumaan helikoptereilta. He häviävät yhtä pian kuin ilmestyivätkin.
Agentit palaavat takaisin Washingtoniin, jossa Scullylla on kuulustelu. Scully esittää kuulustelijalleen Jane Cassidylle fossilisoituneita luunsiruja, jotka todistavat pommin räjäytetyn Stevien ja palomiesten ruumiiden tuhoamiseksi. Scully ei huomaa, että yksi mehiläisistä on ollut hänen takkinsa sisällä Washingtoniin asti ja kiipeää Scullyn kauluksen alle. Mulder käy sillä välin puhumassa Kurtzweilille, joka kertoo, että mehiläisiä luultavasti käytetään viruksen levittämiseen. Heille tulee riita, jonka jälkeen Mulder menee kotiinsa. Siellä hän katsoo erästä vanhaa valokuvaa, josta hän tunnistaa nuoren Kurtzweilin. Kuulustelun päätyttyä Scully menee Mulderin asunnolle ja kertoo, että hänet on määrätty muihin tehtäviin.
Ampiainen pistää Scullya niskaan ja tämä kaatuu maahan. Hän saa samankaltaisia oireita kuin henkilöt, jotka ovat mehiläisille allergisia. Scully ei kuitenkaan ole allerginen mehiläisille. Mulder soittaa ambulanssin, joka saapuu yllättävän nopeasti. Scully viedään ambulanssin sisälle. Mulder menee kysymään kuljettajalta, mihin sairaalaan Scully viedään, ja tunnistaa kuljettajan samaksi henkilöksi, joka kerran keskeytti hänen keskustelunsa Kurtzweilin kanssa. Mies vetää esiin aseen ja ampuu, mutta Mulder ehtii väistää ja luoti vain viistää hänen päätään. Pian tulee todellinen ambulanssi, joka vie Mulderin sairaalaan.
Mulder herää samana iltana sairaalassa ja näkee ympärillään koko The Lone Gunmen -joukon. He kertovat Mulderille, että tämä ei voi lähteä sairaalasta huomaamatta, koska joku henkilö vartioi ulkopuolella. Mulder ottaa Byersin puvun ja pääsee sillä tavoin ulos sairaalasta huomaamatta. Poistuessaan Mulder näkee häntä ampuneen miehen menevän huoneeseen, jossa hän oli.
Kurtzweil pakoilee jotakuta baarin takana olevilla kujilla. Hän luulee päässeensä turvaan, mutta törmääkin Manikyyrimieheen. Mulder menee tällä välin baariin etsimään Kurtzweilia. Hän ei löydä tätä, joten hän menee ulos baarin takaovesta. Ulkona hän näkee Manikyyrimiehen autonkuljettajan sulkevan auton takaluukkua. Manikyyrimies pyytää Mulderia autoon. Mulder kysyy häneltä Kurtzweilin olinpaikkaa. Hän antaa ymmärtää Kurtzweilin olevan takakontissa ja tietäen aikansa olevan lopussa, antaa Mulderille kirjekuoren, jossa on Scullyn olinpaikan koordinaatit sekä heikon rokotteen, jonka tulisi pelastaa Scullyn henki. Manikyyrimies vetää esiin aseensa ja osoittaa sillä Mulderia. Sitten hän kääntää sen kohti kuljettajaa ja ampuu. Hän sanoo ”älkää luottako keneenkään” ja pakottaa Mulderin ulos autosta tätä aseella osoittaen. Mulderin ollessa tarpeeksi kaukana autosta Manikyyrimies menee sen sisälle, jolloin koko auto räjähtää kappaleiksi tappaen Manikyyrimiehen ja Kurtzweilin. Päivää myöhemmin Mulder on Antarktiksella, jonne Manikyyrimiehen koordinaatit osoittivat. Sieltä Mulder löytää lisää kupolin muotoisia rakennuksia, ja näkee Tupakkamiehen poistuvan yhdestä niistä.
Mulder pääsee sisälle rakennuksiin ulkokautta pudotessaan erääseen onkaloon, joka osoittautuu ilmiselvästi avaruudesta peräisin olevaksi jättimäiseksi luolaksi. Mulder löytää suuren rivin jättimäisiä pakastelaatikoita, jotka on täytetty vedellä. Yhdessä niistä on Scully. Mulder ruiskuttaa Scullyyn rokotteen, jolloin koko paikka alkaa täristä − virus on selvästi tunkeutunut koko ylläpitolaitteistoon. Mulder ja Scully pääsevät juuri ja juuri pakenemaan luolasta ja pelastumaan avaruusolennoilta, joita alkaa purkautua pakastelokeroissa kauemmin olleiden sisältä. He pääsevät ulkoilmaan ja luulevat olevansa jo turvassa, kunnes huomaavat jään alkavan vajota maan sisälle kovaa vauhtia. He alkavat juosta kauemmas jään koko ajan vajoten heidän takanaan. He putoavat jään mukana alas muutaman metrin tömähtäen jättimäisen, ylös jään alta nousevan ufon päälle. He valuvat ufon päältä maahan, ja Mulder katsoo sitä nähden sen leijailevan hetken aikaa jään yllä ja lähtevän sitten matkoihinsa kaukana siintävien vuorten yli.
Päiviä myöhemmin Washingtonissa Mulderin ja Scullyn kertomusta ei uskota. Mulder on murtunut ja varma siitä, että Scully aikoo yhä erota. Hän odottaa Scullya puistonpenkillä, jonne tämä saapuukin ja kertoo haluavansa jatkaa Mulderin parina. Asuinpaikassaan Tunisiassa Tupakkamies menee Strugholdin luokse ja antaa tälle sähkeen, jossa lukee ”X-ARKISTO AVATTU. STOP. LÄHETÄ NEUVOJA. STOP.” Strughold puristaa sähkeen kasaan ja heittää sen maahan, minkä jälkeen hän ja Tupakkamies lähtevät kävelemään kohti hulmuavalla maissipellolla olevia valkoisia, kupolimaisia rakennuksia.