Halo 3
Tarina

Peli jatkuu suoraan edellisen pelin tapahtumista. Tartarksen kuoltua geneettisesti ja fyysisesti paranneltu supersotilas Spartan-117, joka tunnetaan myös nimellä Master Chief, ajautuu maapallolle Covenant-liittouman laivaston mukana Itä-Afrikan viidakkoon. Maasta hänet löytävät kersantti Johnson sekä elite Miehistö Master Chiefin johdolla taistelevat tiensä ulos viidakosta ja saapuvat Yhdistyneiden kansakuntien turvallisuusneuvoston turvallisuusneuvoston etuvartioon, jossa Miranda Keyes ja lordi Hood suunnittelevat Covenantin johtajan, Totuuden ja Armon profeetan, pysäyttämästä aktivoimasta muinoin eläneen muukalaislajin edelläkävijöiden (engl. Forerunners) artefaktia, joka löytyi New Mombasan raunioiden ulkopuolelta. Chief velvoitetaan ”puhdistamaan” tie Voin kaupunkiin ja tuhoamaan kaikki kaupunkiin lentämistä estävät Covenantin sotakoneet, jotta Hood voi johtaa Maan viimeiset alukset profeettaa vastaan.
Käyttämällä aukkoa, joka maahyökkäykset aiheuttavat, Hood aloittaa hyökkäyksen profeettojen alusta vastaan. Profeetat ennättävät aktivoida maahan haudatun edelläkävijöiden portaalin, joka luo massiivisen ulottuvuusrepeämän New Mombasan taivaalle. Ihmisten alusten vielä toipuessa paineaallosta profeetat ja heidän seuraajansa astuvat portaaliin. Hyperavaruudesta saapuu kuitenkin parasiittieliötulvan (engl. Flood) valtaama Covenant-risteilijä. Chief uskoo että Halo 2:ssa Covenantien pyhään pääkaupunkiin High Charityyn jätetty Cortana on aluksen kyydissä, ja raivaa tiensä tulvan läpi aluksen törmäyspaikalle. Samaan aikaan Covenantin pettämät eliitit liittyvät ihmiskunnan joukkoihin ja aloittavat tulvan järjestelmällisen tuhoamisen maapallolta. Chief löytää Cortanan sijaan tämän jättämän viestin, jonka Halo-kehän ”valvoja” 343 Guilty Spark avaa viestin, jossa Cortana kertoo että ainoa keino tulvan tuhoamiseen on portaalin toisella puolella. Ihmisten ja Eliittien muodostama sotajoukko lähtee portaalista Covenant-joukkojen perään.
Portaalin toiselta puolelta Ihmiset ja Eliitit löytävät valtavan Forerunner-rakennelman: tähdenmuotoisen ”Arkin” (The Ark) jonka avulla Profeetat voisi aktivoida kaikki seitsemän Halo-kehää. Halot ovat superaseita, jotka laukaistessaan tuhoaisivat kaiken elämän koko galaksista. Covenantit kuitenkin uskovat Halojen käynnistämisen aloittavan ns. ”Suuren Matkan” (Great Journey) Estääkseen profeettoja laukaisemasta haloja, ihmisten pitää etsiä hänen piilopaikkansa käyttämällä Arkin karttakeskusta; Cartographeria. Profeetat paikannetaan, ja loput Covenantien aluksista tuhotaan.
Käy ilmi, että Profeetat on nostanut Halojen ohjauskeskuksen ”Kappelin” (Citadel) ympärille voimakentän, joka pitää sulkea sammuttamalla kolme sitä ylläpitävää tornia. Ihmiset ja eliitit jakautuvat kolmeen ryhmään sulkeakseen tornit. Arbiter ja Chief onnistuvat, mutta Kersantti Johnsonin johtama ryhmä epäonnistuu, ja Johnson vangitaan. Totuuden Profeetta tarvitsee Johnsonia, sillä Halot voidaan aktivoida vain ihmisen kädestä. Master Chief sammuttaa viimeisen tornin, ja eliittien johtaja Shipmaster valmistautuu tuhoamaan Citadelin aluksellaan. Keskenkaiken Arkkiin maasta vievästä portaalista lentää tulvan valtaama Covenanttien pyhä kaupunki; High Charity jossa tulva söi lopullisesti armon profeetan. Valtavasta meduusamaisesta avaruusasemasta lohkeaa pala joka törmää Shipmasterin alukseen tuhoten sen asejärjestelmät. Master Chiefin täytyy jälleen taistella sekä tulvan, että Covenantin rippeiden kanssa päästäkseen Citadeliin. Samaanaikaan ensimmäisessä Halossa kuolleen Kapteeni Jacob Keyesin tytär, Miranda Keyes, tekee epätoivoisen yrityksen pelastaa Johnson profeettojen kynsistä. Totuuden Profeetta tappaa Mirandan brute spiker-aseella, ja pakottaa Johnsonin aloittamaan Halojen laukaisuprosessi. Samalla kappelin toisessa päässä Master Chief ja Arbiter liittyvät yhteen tulvan kanssa, sillä molemmilla on nyt sama tavoite. Lopulta Arbiter tappaa Totuuden Profeetan, liittouman johtajan, ja estää Halojen laukaisun. Tulvan ja ihmisten liitto purkautuu heti uhan kadottua, ja Floodit hyökkäävät ihmisten ja eliittien armeijan rippeiden kimppuun.
Päästyään ulos Kappelista, Chiefin Cortana-näyt johdattavat hänet paneelille joka nostattaa Arkin keskellä vielä rakenteilla olleen halo-kehän näkyville. 343 Guilty Spark selittää, että Halo on rakennettu Chiefin tuhoaman Halon tilalle, ja että hän aikoo ryhtyä henkilökohtaisesti valvomaan Halon viimeistelyä. Chief ymmärtää että keskeneräinen Halo on Cortanan mainitsema ”ratkaisu” (Solution). Chief matkustaa maahan törmänneeseen High Charityyn, ja pelastaa Cortanan, jonka hallussa Halon aktivoimiseen tarvittava ”indeksi” (Index) on. Samalla hän tuhoaa High Charityn ja tulvan keskusmielen; Gravemindin.
Cortanan mukaan keskeneräisen Halon laukaisu tuhoaisi sekä Halon että Arkin, ja näin tulva tuhoutuisi kokonaan. Käy nimittäin ilmi, että Gravemind ei suinkaan tuhoutunut, vaan on nyt rakentumassa uudelleen Halolla. Johnson, Arbiter ja Chief (Cortana mukanaan) taistelevat tiensä tulvaa vastaan Halon komentokeskukselle. Vasta siellä 343 Guilty Spark ymmärtää, että Chief aikoo tuhota myös tämän Halon. Spark pimahtaa lopullisesti, ja tappaa Johnsonin. Chief tuhoaa Sparkin olalta laukaistavalla laser-aseella; Spartan Laserilla, ja käynnistää Cortanan avulla Halon laukaisuprosessin. Chief, Arbiter ja Cortana pakenevat tuhoutuvalta Halolta Johnsonin Frigate-tyyppisellä aluksella Forward Unto Dawn romahtamaisillaan olevan  portaalin läpi maapallolle, mutta portaali romahtaa kesken kaiken katkaisten aluksen kahtia. Arbiter selviytyy maapallolle aluksen ohjaamossa, mutta Master Chief, joka jää aluksen takaosaan, ei saavu maapallolle ja hänet julistetaan kadonneeksi. Muista päähenkilöistä taisteluissa Floodeja ja Covenant-liittoumaa vastaan kuolleeksi julistetaan komentaja Miranda Keyes ja majuriksi ylennetty Avery Johnson Jr..
Lopputekstien jälkeen paljastuu, että Master Chief ja Cortana ovat vielä hengissä aluksen irronneessa osassa, joka leijailee avaruudessa. Master Chief jäädyttää itsensä ja aluksen hylky ajautuu tuntemattoman planeetan kiertoradalle.
Jokaisessa päätarinan kentissä on piilotettuja pääkalloja, joita voi kytkeä päälle antaen mm. haastavuutta peliin.