Samus Aran
Vaiheet

Metroid-pelin alussa Samuksesta ei tiedetty paljoakaan. Avaruuspiraatit olivat vallanneet Chozon kansoittaman Zebesin, jossa he alkoivat jalostaa Metroid-loisia biologisiksi aseiksi. Galaktinen Federaatio päätti hyökätä vahvasti linnoitettuun Zebesiin, mutta Avaruuspiraatit onnistuivat torjumaan hyökkäyksen. Viimeisenä toivonkipinänä Galaktinen Federaatio päätti antaa Metroidien palauttamisen Samus Aranin käsiin.
Tuohon aikaan Samuksesta liikkui useita huhuja: Kaikki olettivat hänen epätavallisten voimien ja aseiden edustavan viimeisintä salaista teknologiaa, ja Samuksen itsensä oletettiin olevan kyborgi. Ainoa varma asia oli se, että hän oli itse kotoisin alun pitäen toiselta puolelta Zebestä.
Myöhemmin sarjan osassa Metroid Prime, Samus matkustaa Zebesin naapuriplaneetalle, Tallon IV:lle suorittamaan loppuun piraattien tuhoamisen ja huomaa, että planeetalle iskeytyneen meteoriitin mukana tullut Phazon-niminen radioaktiivinen aine aiheuttaa mutaatioita sen eläimissä ja kasvillisuudessa. Hieman myöhemmin käy ilmi, että Chozo-rotu tuhoutui meteoriitin törmäyksen seurauksena. Pitkien taistelujen jälkeen Samus voitti vihollisensa Ridleyn metaformin ja myöhemmin myös Phazonin muokkaaman Metroid Prime -nimisen pedon. Peli päättyy siihen, kun Samuksen poistuttua Tallon IV:ltä, jo tuhoutuneessa Impact Craterissa Metroid Primen jäännöksistä nousee musta käsi.
Tämän jälkeen pelissä Metroid Prime: Hunters Samus lähetetään Tetra-galaksiin etsimään salaperäisiä Octolitheja ja selvittämään niiden salaisuus. Octolithit ovat vain voimanlähde joka tarvitaan Oubiliette-nimisen avaruusaseman saamiseksi tähän ulottuvuuteen. Tämä oli virhe, sillä Oubiliette on Gorea -nimisen pedon vankila. Loppukamppailussa juoni jakautuu onnettomaan ja onnelliseen vaihtoehtoon. Kun Samus ampuu seinäpaneeleita oikeassa järjestyksessä ja voittaa Gorean, nämä paneelit herättävät sen ja tekevät siitä vahvemman. Viimeinen taistelu käydään tasanteelta, jonka huipulta Samus löytää Omega Cannon-aseen. Se on ainoa ase jolla vahvemman Gorean voittaa. Samus tappaa Gorean ja ehtii paeta ennen Oubilietten räjähdystä. Peli päättyy onnellisesti.
Sen jälkeen pelissä Metroid Prime 2: Echoes Galaktinen Federaatio lähettää Samusin tarkistamaan Aether-planeetalle pakkolaskun tehneen tutkimusryhmän kohtaloa. Myöhemmin selviää, että kaikki Metroid-loiset eivät kuolleetkaan Tallon IV:llä, vaan Avaruuspiraatit onnistuivat salakuljettamaan niitä Aetherille. Selviää myös, että meteoriitin törmäyksessä Aether jakaantui valon ja pimeyden maailmoihin, jotka ovat täysin identtiset lukuun ottamatta sitä seikkaa, että valon maailmaa asuttavat luminothit, ja pimeyden puolta Ing- niminen rotu. Lisäksi käy ilmi, että varjomaailmassa on kaikki hyvä pahaa. Se koskee jopa ilmaa ja sankariamme Samusiakin. Aetherin seikkailun päätökseksi Samus päihittää oman Phazonia levittävän pahan kaksoisolentonsa nimeltään Dark Samus, sekä Ing-rodun keisarin, ja vie Galaktiselle Federaatiolle tiedon tutkimusryhmän kuolemasta. Kuitenkin Dark Samus huijasi jo toisen kerran kuolemaa, yhdistäen hajonneen itsensä taas yhdeksi Aetherin yllä.
Pelissä Metroid Prime 3: Corruption avaruuspiraatit hyökkäävät planeetta Norionin yllä sijaitsevaan Galaktisen Federaation taistelulaivastoon, jossa Samus ja kolme muuta palkkiometsästäjää on. Samus lähtee Norionin hoitelemaan sen tukikohtaan iskeneitä avaruuspiraatteja ja siellä kohtaa jälleen Meta Ridleyn, joka ei tuhoutunutkaan Tallon IV:llä. Samalla hän ja muut palkkionmetsästäjät kohtaavat vieläkin hengissä olevan Dark Samuksen, joka käy kimppuun, jonka seurauksena Samus vajoaa kuukauden mittaiseen tiedottomuuteen. Kun hän herää Galaktisen Federaation tähtialuksessa, Samus saa tietää korruptoituneen Dark Samuksen iskusta, kun sitä myötä Phazonia on päässyt Samuksen keskushermostoon. Federaatio on kumminkin valmistanut hänelle PED:in (Phazon Enhancement Device), jonka avulla Samus kykenee käyttää Phazonia aseenaan. Hän saa tehtäväksi selvittää mystisesti kadonneiden palkkionmetsästäjien kohtalon, jotka joutuivat myös Dark Samuksen hyökkäyksen kohteiksi, ja tuhota Bryyosta, Elysiasta ja piraattien kotiplaneetalta radioaktiivista Phazonia pursuavat Leviathan-siemenet, jotka ovat peräisin planeetta Phaazesta. Lopulta Samuksen saavuttua Phaazehen hän matkaa sen ytimeen, jossa hän kohtaa Dark Samuksen viimeisen kerran, tuhoten tämän lopullisesti. Kun Phaaze tuhoutuu, kohtaa viimeinkin Phazon-mutaatio loppunsa.
Tämän jälkeen pelissä Metroid 2: Return of Samus, Samus suuntasi Metroidien kotiplaneetalle SR388:lle, jossa hän tuhosi kaikki Metroidit kuningatar Metroidia myöten, mutta ei raaskinut tappaa vastasyntynyttä vauvametroidia vaan vei sen Ceresin tutkimuskeskukseen, Zebesin kiertoradalle.
Myöhemmin Super Metroidissa henkiinherätetty Ridley kaappaa Metroidin Ceresistä, joka tuhoutuu jälkimainingeissa. Samus seuraa Ridleytä uudelleen rakennettuun Zebesiin, jossa Samus taistelee Norfairin laavamaassa Ridleyn kanssa kuolemaan saakka. Hoideltuaan Ridleyn Samus jäljittää Metroidin Tourianin tutkimuskeskukseen, jossa Metroidin uhrauksen turvin Samus lopulta tuhoaa Mother Brainin, ja jonka jälkeen Zebes räjähtää.
Hieman myöhemmin Samus lähtee takaisin SR388:lle tiedemiesryhmän suojelijana pelissä Metroid Fusion. SR388:aa vaivaavat räjähdysmäisesti lisääntyneet X-parasiitit, joita Metroidit käyttivät ravintonaan ennen tuhoutumistaan, ja jotka valtaavat uhrin keskushermoston ja vain Metroid-rokotteen ansiosta immuuni Samus voi pelastaa tilanteen. Samus lähetetään X-parasiittien valtaamalle avaruusasemalle puhdistamaan koko paikka. Siellä ollessaan hän kuitenkin saa selville, että hänen X-paratiisista saastuneet puvun osat, jotka tuotiin asemalle tutkittavasti, ovat muotuneet Samuksen näköiseksi olennoksi, SA-X:ksi, joka alkaa saalistamaan Samusta. Hän saa myös selville, että Galaktinen Federaatio on kloonannut useita Metroideja käyttöönsä, ja suunnittelee vangitsevansa myös X-parasiitit tutkittavaksi. Samus ja hänen aluksensa tietokone - Adam - päättelevät X-parasiittien olevan liian voimakkaita hallittaviksi. Samus tuhoaa kaikki X-parasiitit ja Metroidit asemalta ja planeetta SR388:lta.
Fusionin lopussa Samus epäilee Federaation pitävän häntä rikollisena tekonsa takia. Adam kuitenkin lohduttaa Samusta sanomalla: "Joku heistä ymmärtää. Jonkun on pakko."