Elias Lönnrot
Elämä > Keski-ikä

Lönnrot jatkoi matkansa jälkeen lääketieteen opintoja Helsingissä, mutta hänen rakkain harrastuksensa oli edelleen työ kansanrunojen parissa. Hänen tavoitteenaan oli tallentaa vanhoja suomalaisia kansanrunoja ja edistää suomen kielen käyttöä. Tätä asiaa varten perustettiin alkuvuonna 1831 Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, jota Lönnrot oli mukana perustamassa. Seura tuki Lönnrotin kansanrunouden keruu- ja julkaisutoimintaa. Lönnrot aloitti toisen runonkeruumatkansa toukokuussa vuonna 1831. Matka kuitenkin keskeytyi koleraepidemian takia, ja viranomaiset kutsuivat Lönnrotin takaisin Helsinkiin  hoitamaan kolerapotilaita apulaislääkärinä Kaartin lasaretissa Hietalahdessa.
Lönnrotista tuli 14. joulukuuta 1830 lääketieteen kandidaatti ja 4. toukokuuta 1832 lääketieteen lisensiaatti. Runsas kuukausi myöhemmin 20. kesäkuuta 1832 hänet promovoitiin tohtoriksi, kun hänen väitöskirjansa oli hyväksytty viittä päivää aiemmin. Väitöskirja Om Finnarnes magiska medicin oli ainoastaan 16-sivuinen. Lönnrot teki väitöskirjansa suurella kiireellä, koska halusi välttämättä olla mukana yliopiston promootiotilaisuudessa. Promootio oli erityisen juhlallinen, sillä yliopiston päärakennus vihittiin samaan aikaan käyttöön. Lönnrot on tiettävästi Suomen yliopistohistoriassa ainut "autopromootion" eli itsepromootion tehnyt: promootion lopussa hän asetti itse tohtorinhatun päähänsä ja poimi pöydältä miekan käteensä. Väitöskirjansa esipuheessa Lönnrot huomauttaa, että kirjoitus on osa laajempaa tutkimusta, jonka hän aikoo julkaista myöhemmin. Täydellinen tutkielma ilmestyi vuonna 1842 sarjassa Finska Läkaresällskapets Handlingar, vasta aloitetun sarjan ensimmäisenä artikkelina.
Lönnrot haki vuonna 1832 vakituista työpaikkaa. Suomi oli jaettu 25 lääkäripiiriin, joiden virat olivat useimmiten täyttämättä. Lönnrot toivoi saavansa sellaisen paikan, josta hän pystyisi tekemään myös runonkeruumatkoja. Tammikuussa 1833 hän haki piirilääkärin sekä linnanlääkärin virkoja Kajaanista. Aiemmin hän oli toiminut lääkärinä Oulussa, jossa hän kohtasi vaikeuksia kokemattomuuden takia. Oulussa raivosi nälänhädän lisäksi lavantauti. Lönnrotin esimies Herman Carger kuoli myös lavantautiin. Alueella oli myös iso- ja tulirokkoa. Samoja kulkutauteja oli myös Kajaanissa, jossa oli tuolloin alle 400 asukasta. Kajaanissa ei ollut edes sairaalaa, jossa potilaita olisi voitu hoitaa. Lönnrot sairastui itsekin lavantautiin, jota hän poti kuusi viikkoa. Helsingissä hänen luultiin jo kuolleen.
Lönnrotin mielialoja voidaan tutkia tehokkaasti hänen laajan kirjeenvaihtonsa ansiosta. Hän ei päässyt irtautumaan työstään muutoin kuin virkavapaiden aikaan. Kajaanin-aikanaan hän ehti tehdä keruumatkat Karjalaan, Pohjoisen napapiirin alueelle, Kuolan niemimaalle ja Viroon. Merkittävimpiä Kalevalan runojen lähteitä ovat Lönnrotin Vuonnisen kylässä tapaamat Ontrei Malinen ja Vaassila Kieleväinen sekä latvajärveläinen Arhippa Perttunen.
Tautien ennalta ehkäiseminen oli Lönnrotin mukaan halvempaa ja yksinkertaisempaa kuin tautien hoitaminen. Hän kirjoitti vuonna 1839 julkaistun Suomalaisen Talonpojan Koti-Lääkäri -kirjan. Kirjassa Lönnrot korostaa raittiuden, hygienian ja rokotusten merkitystä. Lönnrot myös ymmärsi, että oli tärkeää, ettei asuttu liian ahtaasti ja että imeväisille annettiin rintamaitoa. Lönnrotin ajan lääketiede ei tuntenut vielä bakteereja eikä viruksia eikä osannut selittää sairauksia niistä johtuviksi. Niinpä hän selitti useimpien tautien syiksi siivottomuuden ja huonon ravinnon.
Kalewala taikka Wanhoja Karjalan Runoja Suomen kansan muinosista ajoista ilmestyi kahdessa osassa 1835–1836. Lönnrot jatkoi edelleen keräysmatkojaan ja Kanteletar ilmestyi kolmena kirjana 1840. Kalevalan toinen, täydennetty painos, ilmestyi vuonna 1849. Siihen sisältyi myös muiden keräämää aineistoa. Kouluopetuksessa ja käännöksissä käytetään jälkimmäistä versiota.