Yu-Gi-Oh!: Elokuva
Juoni

5 000 vuotta sitten muinainen faarao kukisti miehen nimeltä Anubis, joka halusi käyttää kiellettyjä Varjopelejä maailman hallitsemiseen. Samaan aikaan kun poika nimeltä Yugi Muto sai koottua Millennium-arvoituksen, jonka sisällä faaraon sielu eli, arkeologit löysivät Anubiksen haudan sekä kaulariipuksen nimeltä Valon Pyramidi. Millennium-arvoituksen kokoaminen herätti Anubiksen ja aloitti tämän nousemisen kuolleista.
Jakamalla ruumiinsa faaraon sielun ("Varjo-Yugin") kanssa Yugi ja pelaamalla erittäin suosittua Otteluhirviöt-korttipeliä hän saavutti "Pelien Kuninkaan" tittelin osallistumalla Ottelijoiden valtakunnan turnaukseen sekä voittamalla pelin itse luojan, Maximillion J. Pegasuksen. Tämän jälkeen hän oli voittanut Ottelu City -turnauksessa pitkäaikaiselta kilpailijaltaan smifinaalissa Seto Kaibalta sekä finaalissa Marik Ishtarilta itselleen kolme voimakkainta korttia: Egyptiläisjumalakortit "Slifer the Sky Dragon", "Obelisk the Tormentor" ja "The Winged Dragon of Ra". Näiden voittojen myötä Yugista oli tullut maailmankuulu ottelija ja Yugin pitkäaikainen kilpailija Seto Kaiba, joka haluaa epätoivoisesti voittaa Yugin, vaatii Pegasusta antamaan kortteja, joilla voittaa Jumalakortit. Kaiba haastaa Pegasuksen otteluun ja voittaa. Hän ottaa Pegasukselta kaksi Jumalakorttien voittamiseen soveltuvaa korttia, vaikka Pegasus väittää, että niitä oli vain yksi.
Sillä välin Yugi on ystävänsä, Téa Gardnerin, sekä isoisänsä, Solomon Muton kanssa paikallisessa museossa katsomassa Anubiksen muumiota. Solomon lukee ennutuksen jossa puhutaan ”silmästä, joka tuhoaa maailman, elleivät ennalta määrätyt tapahtumat sokaise sitä”. Yugi saa näyn, jossa hän ottelee Anubiksen manipuloimaa Kaibaa vastaan. Yhtäkkiä Anubiksen ruumis ja Valon Pyramidi katoavat, minkä jälkeen Yugi saa Kaibalta otteluhaasteen. Voittamisesta pakkomielteinen Kaiba ei kuuntele Varjo-Yugin puheita, vaan Anubiksen manipuloinnin kautta käyttää yhtä uusista korteistaan, ansakorttia ”Valon Pyramidi”, poistaakseen Yugin Jumalakortit pelistä. Oikean Yugin sekä hänen ystäviensä, Joey Wheelerin ja Tristan Taylorin, sielut imeytyvät Millennium-arvoitukseen.
Yugi, Joey ja Tristan saapuvat Millennium-arvoituksen sisällä olevan Anubiksen hautaan samaan aikaan kun Varjo-Yugi jatkaa otteluaan Kaibaa vastaan. Ottelun aikana Varjo-Yugi menettää suuren osan pakkansa korteista ansakortti ”Deck Destruction Virusin” vaikutuksesta ja Kaiba onnistuu uhraamaan ”Blue-Eyes Ultimate Dragonin” kutsuakseen toisen uuden korttinsa, ”Blue-Eyes Shining Dragonin”, jonka hyökkäyspisteiden noustua sen erikoiskyvyn ansiosta 4500:aan Varjo-Yugille jää enää 200 elämäpistettä. Pegasus saapuu helikopterilla paikalle ja noutaa Téan, Solomonin sekä Kaiban pikkuveljen, Mokuban, turvaan. Mutta Téa päättää mennä Millennium-arvoitukseen Yugin ja muiden avuksi. Yugi löytää Kohtalon Tikarin ja käyttää sitä haudassa olevaan silmään tuhoten sen, kuten ennustuksessa sanottiin. Samalla hänen ja hänen ystäviensä sielut palaavat taas omiin ruumiisiinsa.
Kaiba aikoo uhrata ”Blue-Eyes Shining Dragonin” tuhotakseen ”Valon Pyramidin” ja kutsuakseen ”Return from the Different Dimension” -ansakortilla Jumalakortit omalle puolelleen. Estääkseen ”Valon Pyramidin” tuhoutumisen Anubis ilmestyy todelliseen maailmaan ja ottaa Kaiban paikan ottelussa Varjo-Yugia vastaan. Varjo-Yugi käyttää ”Double Spell” -loitsua käyttääkseen Kaiban hautuumaalta ”Monster Reborn” -loitsua kutsuakseen ”Blue-Eyes Shining Dragonin” omalle puolelleen kenttää, tuhoaa ”Valon Pyramidin” ja ”Reverse of Reverse” -ansakortilla käyttää Kaiban ”Return from the Different Dimensionia” palauttaakseen Jumalakortit kentälle. Anubis häviää ottelun ja muuttaa itsensä demoniseksi hirviöksi muuttaen Otteluhirviöt oikeiksi hirviöiksi. Mutta sitten Yugi ja Varjo-Yugi tuhoavat hänet ”Blue-Eyes Shining Dragonilla”. Kaiba uskoo, että olisi voittanut ilman Anubiksen väliintuloa ja poistuu paikalta vannoen vielä jonain päivänä voittavansa Yugin. Yugi sen sijaan uskoo, ettei voitto merkitse mitään, ellei sitä voi jakaa ystäviensä kanssa.