Slovakian historia
Slovakia osana Unkaria > Kuninkaallisen Unkarin keskus ja uskonpuhdistus

1500-luvun alussa Unkari ajautui jälleen sisäpoliittisiin ongelmiin, kun suuraatelisto onnistui Vladislaus II:n valtakaudella kumoamaan itseensä kohdistuneita veroja sekä maanpuolustusvelvoitteita. Tämän vuoksi Unkarilla oli vaikeuksia kehittää puolustustaan Osmanien valtakunnan vastaisella rajallaan. Aateliston sisäisten valtakammpailujen lisäksi levottomuutta aiheutti myös Unkarin historian suurin talonpoikaiskapina vuonna 1514, jonka kukistuttua maaorjuusjärjestelmä tiukkeni entisestään. Niinpä kun turkkilaiset aloittivat uudestaan hyökkäyksensä 1520-luvulla, Unkari jäi nopeasti alakynteen.
Yhteinäisen ja itsenäisen Unkarin kuningaskunnan aikakausi päättyi vuonna 1526, kun se hävisi katastrofaalisesti turkkilaisia vastaan käydyn Mohácsin taistelun. Maa jäi vaille kuningasta, mikä johti pitkään konfliktiin Itävallan Ferdinand I Habsburgin sekä unkarilaisesta suuraatelistosta nousseen János Szapolyain välille. Lähes koko Slovakian alue oli uskollinen Ferdinandille, ja sen alueet kärsivät erityisesti Szapolyaita tukeneiden turkkilaisten hyökkäysten aikana. 1500-luvun sekasorrosta huolimatta Slovakia kehittyi niin kutsutun kuninkaallisen Unkarin keskukseksi. Bratislava nousi koko kuningaskunnan pääkaupungiksi vuonna 1536 kun Szapolyain joukot olivat vallanneet Budan muutamaa vuotta aikaisemmin. Vuosisadan kuluessa Bratislavaan keskittyikin yhä enemmän valtakunnan toimintoja. Unkarin kuninkaat kruunattiin kaupungissa vuodesta 1563 ja kruununjalokivet siirrettiin Bratislavan linnaan. Samaan Lounais-Slovakiaan rakennettiin puolustuslinnojen ketju agressiivista Osmanien valtakuntaa vastaan. Muun muassa Nové Zámkyn linnoitukset rakennettiin tällöin. Tärkeiksi kirkollisiksi keskuksiksi nousivat erityisesti Trnava ja Košice.
Saksassa alkaneen uskonpuhdistuksen aatteet levisivät Slovakiaan 1520-luvulta alkaen. Johtuen muun muassa Unkarin katolisen kirkon korruptiosta, sekä turkkilaisia vastaan käytyjen sotien tuomasta epävakaudesta, protestanttinen usko levisi nopeasti erityisesti kaupungeissa. Slovakian alueella merkittävin sen haaroista oli luterilaisuus, jota tunnustivat erityisesti slovakit sekä saksalaiset. Unkarilaisten piirissä levisi varsinkin kalvinismi, minkä lisäksi valtakunnassa oli myös anabaptisteja sekä antitrinitianisteja. Habsburgien katoliselle uskolle lojaalina pysynyt kuningashuone joutui sietämään pitkälle ulottuvaa uskonnonvapautta koko vuosisadan, sillä moni unkarilainen magnaatti oli kääntynyt tunnustamaan protestanttista uskoa. Tämän lisäksi sen täytyi kunnioittaa kuninkaallisten kaupunkien autonomiaa ja Unkarin perustuslakia.
Slovakian alueen etnisten ryhmien väliset suhteet kokivat muutoksen näihin aikoihin. Kaupunkien saksalaisväestön johtava asema heikkeni 1500-luvun kuluessa. Esimerkiksi Košicen saksalaiset asukkaat karkoitettiin jo 1535. Myös eteläisen Unkarin turkkilaismiehitys sai suuret joukot unkarilaisia, mutta myös serbejä ja kroaatteja muuttamaan turvallisempaan pohjoiseen. Slovakkien ja unkarilaisten välisen asutusten raja siirtyikin aiempaa pohjoisemmaksi, kun pakeneva unkarilainen aatelisto siirsi myös alamaisensa asumaan ennestään slovakkien asuttamille alueille. Näin kävi muun muassa Nitran kaupungille vuonna 1532. Myöhemmin Wienin vuoden 1679 pogromia paenneet juutalaiset muuttivat huomattavissa määrin Slovakiaan. Merkittävä vaikutus oli myös turkkilaisten Slovakian alueelle tekemillä sotaretkillä 1600-luvun kuluessa, joissa jopa 80 000 ihmistä kaapattiin orjiksi.
Tärkeä ilmiö Slovakian kansalliselle kehitykselle oli protestanttisten tšekkien saapuminen maahan hävityn valkeavuoren taistelun jälkeen. Tšekit muuttivat erityisesti Länsi- ja Luoteis-Slovakiaan, missä heidän toimintansa johti tšekin kielen käytön yleistymiseen myös slovakkien keskuudessa. Suuri osa slovakin kielisten luterilaisten käyttämästä uskonnollisesta kirjallisuudesta oli kirjoitettu tšekiksi. 1500-luvulla protestantit keksittyivät katolilaisia enemmän koulutuksen ja kirjanpainotaidon edistämiseen. Ensimmäinen slovakin kielinen kirja (Martti Lutherin Katekismus) painettiin Bardejovissa vuonna 1581. Sen kieli oli saanut huomattavasti vaikutteita tšekistä. Slovakin kirjakieli jakaantuikin kahteen osaan 1600-luvun kuluessa, kun protestantit ja katoliset toimijat kehittivät käyttämäänsä kieltä omiin suuntiinsa. Tähän aikaan slovakit tunnustettiin Unkarissa omaksi etniseksi ryhmäkseen, jolla oli samat oikeudet muiden kansallisuuksien kanssa muun muassa omaisuuden hankkimisessa kuninkaallisissa kaupungeissa. 

Unkarin yhteiskunta kärsi sekä sisäisistä, että ulkoisista konflikteista 1500- ja 1600-luvuilla. Itä-Slovakian pitkään merkittävinä pysyneet kaupungit taantuivat turkkilaisten hyökkäysten, sekä Euroopan talouden painopisteen siirtymisen kohti Atlanttia vuoksi. Vuosisadan vaihteessa tapahtunut maaorjaväestön kohtelun kiristyminen jatkui vain pienin muutoksin aina vuoteen 1848 saakka. Maaorjan liikkuminen tehtiin lailla lähes mahdottomaksi ja heidän robota-työvelvoitteensa kasvoi tasaisin väliajoin. Yhdessä kasvaneen verotaakan lisäksi tämä johti rosvojoukkojen järjestäytymiseen erityisesti pohjoisen vuoristoissa. Näistä lainsuojattomista Juraj Jánošík nousi myöhemmin kansansankariksi.
Itävallan katolinen valtiovalta pystyi aloittamaan vastauskonpuhdistuksen kunnolla vasta 1500-luvun toisella puoliskolla, jossa apuna he käyttivät slovakin kieltä 1620-luvulta eteenpäin. Košicen ja Levočan kaupungit pyrittiin pakkokäännyttämään takaisin katolilaisuuteen, mikä käänsi sekä kaupunkilaisten, että unkarilaisen protestanttisen aateliston mielipiteet Wienin toimia vastaan. Merkittävä osa Slovakian kaupungeista osallistuikin István Bocskain kapinaan, mikä pakotti Itävallan hyväksymään Wienin rauhan vuonna 1606, jossa uskonnonvapaus taattiin Unkarin aatelistolle sekä tärkeimmille kaupungeille. Tähän aikaan kunikaallisessa Unkarissa oli moninkertaisesti enemmän protestantteja kuin katolisia. Tilanne kuitenkin muuttui kun erityisesti suuraatelisto kääntyi takaisin katolilaisuuteen jesuiittojen tarjoaman koulutuksen sekä kuningashuoneen myöntämien titteleiden kannustamina.
Slovakia oli useiden kapinoiden näyttämönä myös kolmikymmenvuotisen sodan aikana ja sen jälkeen. Sen kaupungit ja aatelliset osallistuivat Habsburgien vastaisiin kapinoihin joita johtivat muun muassa Gábor Bethlen ja György I Rákóczi sekä myöhemmin Gašpar Pika ja Ferenc II Rákóczi. Kapinoiden syinä olivat tavallisesti Unkarin suuraateliston halu turvata oma valta-asemansa Wienin keskusvaltaa vastaan tai uskonvapauden puolustaminen. Unkarin säätyjen lähes krooninen kapinatila loppui vasta Szatmárin rauhassa vuonna 1711, kun niiden autonomiset oikeudet taattiin vastineeksi aseellisesta vastarinnasta luopumisesta.