Somalian historia
Itsenäisyyden aika > Somalian sota

Vuoden 2006 aikana Mogadishusta lähtöisin oleva Islamilaisten oikeusistuinten liitto otti haltuunsa suuren osan maasta, ja joulukuussa 2006 se julisti olevansa sodassa väliaikaista hallitusta ja sitä tukevia Etiopian joukkoja vastaan. Joulukuussa 2006 lähellä Baidoaa käytyjen taistelujen jälkeen Etiopia vahvisti, että sen joukot taistelivat islamisteja vastaan Somaliassa. Joulupäivänä Etiopian ilmavoimat iski islamistien hallussa oleville lentokentille, ja Etiopian panssareiden ja tykistön tuella väliaikaisen hallituksen joukot etenivät nopeasti ja marssivat 28. joulukuuta Mogadishuun islamistien luovutettua sen ilman vastarintaa.
Väliaikaishallituksen saatua Etiopian joukkojen tuella pääkaupungin haltuunsa siellä käytiin 16-vuotisen sodan raskaimpia taisteluja. Kaupungissa surmattiin noin 2 000 asukasta, ja 365 000 asukasta ajettiin kaupungista maaseudulle.
Kevään 2007 aikana toteutetun väliaikaishallituksen ja etiopialaisjoukkojen pääkaupungin ja Somalian muiden alueiden valtausten päätyttyä Afrikan unionissa saatiin aikaiseksi yhtenäinen päätös lähettää rauhanturvaajia Somaliaan, mihin oli saatu valtuutus YK:lta. Joukkojen tehtävänä on säilyttää häilyvä rauha, tukea olemassa olevaa hallintoa ja antaa humanitaarista apua.
Islamistien al-Shabaab-joukot ovat saaneet raporttien mukaan Eritrealta aseita, mukaan luettuna 9K38 Igla-ilmatorjuntaohjuksia, ja ottaneet käyttöön sissi- ja itsemurhapommitustaktiikan. Etiopian joukot ovat vastanneet muun muassa käyttämällä valkoista fosforia. Sotaherrat ovat myös aktivoituneet ja hankkineet aseita saadakseen jälkeen haltuunsa entiset alueensa. Merirosvous on myös lisääntynyt merkittävästi Islamilaisten oikeusistuinten liiton tappion jälkeen.
Somalian oppositio kokoontui syyskuussa 2007 Eritrean pääkaupunkiin Asmaraan, jossa perustettiin Somalian vapautuksen allianssi (ALS). Sen osallistujat pyrkivät joko diplomatialla tai sodalla kaatamaan väliaikaishallituksen ja poistamaan maasta sitä tukevat Etiopian joukot, jotka eivät ole osoittaneet vetäytymisen merkkejä.
Somalian vapautuksen allianssi ja Somalian siirtymäkauden hallitus neuvottelivat kesäkuussa 2008 Djiboutissa 11-kohtaisen rauhansopimuksen, jolla on tarkoitus saada kaikki sotatoimet Somaliassa loppumaan ja Etiopian joukot pois Somaliasta. Etiopia ei kuitenkaan ole hyväksynyt sitä, koska se ei katso Somalian vapautuksen allianssilla olevan valtuuksia edustaa Somaliaa. Etiopia lupautui kuitenkin lopulta vetäytymään joulukuussa 2008. Samassa kuussa presidentti Yussuf joutui eroamaan, kun hän yritti perustuslain vastaisesti erottaa pääministeriä.
Etiopian joukot jättivät Somalian tammikuussa 2009, ja Somalian uudeksi presidentiksi valittiin Sharif Sheikh Ahmed. Uusi hallitus lupasi noudattaa maaliskuusta šaria-lakia, mutta al-Shabaab-joukot jatkoivat silti taisteluja. Toukokuussa se kertoi saaneensa Pohjois-Mogadishun haltuunsa. Al-Shabaab jatkoi rajoja taisteluita koko vuoden 2009, ja sai haltuunsa suuria osia Mogadishusta ja valtion etelä- ja keskiosista. Joulukuussa 2009 pommi-iskussa hotelli Shamossa Mogadishussa kuoli kolme hallituksen ministeriä. Iskusta syytetty al-Shabaab kiisti osallisuutensa asiaan.
YK:n pakolaisjärjestö (UNHCR) arvioi vuonna 2011, että Somalian kuivuus on maailman pahin humanitaarinen katastrofi. Maailman ruokaohjelma (WFP) arvioi kesällä 2011 jo kymmenen miljoonan ihmisen olevan humanitaarisen avun tarpeessa ja lastenjärjestö (Unicef) mukaan yli kaksi miljoonaa lasta oli aliravittuja ja hengenhädässä.
Al-Shabaab menetti aluetaan 2010-luvun jälkipuoliskolla. Silti liike kykeni tekemään terrori-iskuja.
Vuonna 2021 Somalian oppositio aloitti taisteluja pääkaupunki Modagishussa. Syynä oli se, että maan presidentti jatkoi ilman äänestystä virkakauttaan.