Meriwether Lewis
Eri teorioita Lewisin kuolemasta

Monet historioitsijat uskovat, että Lewis kärsi psyykkisestä sairaudesta ja riisti hengen itseltään masennuksen seurauksena. Nämä päätelmät perustuvat lähinnä Thomas Jeffersonin antamiin lausuntoihin. Jefferson, joka oli tuntenut Lewisin nuoresta pitäen, kertoi Lewisin suvussa esiintyneestä mielen sairaudesta, joka ilmeni jaksottaisena masentuneisuutena ja luulosairautena. Tämä todistus jätti taakseen kuvaukset tapahtumista, jotka olivat sattuneet hieman ennen Lewisin kuolemaa. Entisen Yhdysvaltain presidentin lausunnoilla oli paljon suurempi painoarvo kuin majatalonpitäjän vaimolla ja palvelijalla. Myös William Clark, joka oli johtanut tutkimusmatkaa Lewisin kanssa, hyväksyi itsemurhateorian.
Epidemiologi Reimert Ravenboltin mukaan Lewisillä oli syfilis, joka oli tarttunut intiaaninaisista tutkimusretken aikana ja oli todellinen syy Lewisin masennukseen ja itsemurhaan. Tautia ei kuitenkaan ole diagnoitu. Tutkimusretken jäsenet olivat kertoneet Lewisin varoitelleen heitä usein sukupuolitaudeista, jotka saattoivat tappaa kantajansa varhaisessa keski-iässä. Päiväkirjaansa Lewis oli kirjoittanut, ettei tiennyt mitään vastenmielisenpää kuin nuo alastomat ja likaiset intiaanikylien lutkat.
Erään teorian mukaan Natchez Tracen alueella liikkuneet lainsuojattomat surmasivat Lewisin. Myös majatalonpitäjä Robert E. Grinderiä yritettiin yhdistää verityöhön. Grinder oli aiemmin ollut syytettynä murhasta, mutta vapautettu todisteiden riittämättömyyden vuoksi. Yleisin mielipide oli, että Lewis murhattiin hänen poliittisten vastustajiensa toimeksiannosta. Monet uskoivat, että korruptoitunut kenraali Wilkinson oli järjestänyt salamurhan. Kenraali oli tapahtuman aikaan kuitenkin yli 6 000 kilometrin päässä Ginner's Standista, joten pitävää näyttöä häntä vastaan ei ollut.
Nykyajan monet historioitsijat ovat tuoneet salaliittoteorian uudelleen esille. Liiton varsinaiset kehittäjät ovat heidän näkemyksensa mukaan olleet kenraali Wilkinson ja presidentti Jeffersonin varapresidenttinä toiminut Aaron Burr. Kirjassaan The Jefferson Conspiracies: A President's Role in the Assassination of Meriwether Lewis tutkija David Leon Chandler yhdistää salaliittoon myös Jeffersonin. Chandler uskoo Lewisin löytäneen Wilkinsonia koskevaa salaista tietoa, joka paljastuessaan olisi tuhonnut myös Jeffersonin maineen. Tätä todistusaineistoa Lewis oli viemässä Washingtoniin.
Saman teorian mukaan Fort Pickeringin komentajana toiminut kapteeni Russell ja intiaaniasiamies Neelly olivat kuuluneet salaliittoon. Heidän silminnäkijähavaintonsa ja raporttinsa voimakkaasti päihtyneestä Lewisistä olivat tekaistuja. Majuri Neelly oli päässyt intiaaniasiamieheksi Wilkinsonin myötävaikutuksella ja oli tämän lähimpiä ystäviä. Hänen osallisuutensa Lewisin kuolemaa edeltäviin tapahtumiin onkin mietityttänyt monia tutkijoita. Neellyn ilmestymiseen Fort Pickeringiin samanaikaisesti Lewisin kanssa ei ole löydetty selitystä. Myös Neellyn liittymistä Lewisin matkaseuraksi Natchez Tracen tiellä pidetään outona, sillä majurilla ei pitänyt olla mitään asiaa Washingtoniin. Lewisin kuoleman jälkeen Neelly hautasi ruumiin pikaisesti ja saattoi tarkoituksella peittää ne yksityiskohdat, jotka mahdollisesti olisivat paljastaneet verityön murhaksi.