Johannes Paavali II
Papista kardinaaliksi > Pappina

Alkujaan Wojtyłan oli tarkoitus palvella kirkkoa vain maallikkona. Hänen selvittyään hengissä kahdesta vaarallisesta auto-onnettomuudesta hänen hengellinen vakaumuksensa vahvistui. Hänen oman kertomansa mukaan kutsumus papin tehtäviin oli alkanut hahmottua jo hänen isänsä kuoltua, ja jo vuonna 1942 hän olisi varmistunut tulevaisuuden ammatistaan. Toisaalta tilanne oli teologisten opintojen kannalta huono, sillä kaikki asiaan liittyvä opiskelu oli tehtävä salassa. Miehittäjien ilmapiiri ei myöskään ollut pappiskoulutukselle suotuisa: vuosien 1939–1945 aikana menehtyi Saksan vankiloissa ja keskitysleireillä 1996 puolalaista pappia, neljä piispaa, 113 pappiskokelasta ja 238 luostari­nunnaa. Pappisseminaaritkin olivat yliopistojen tavoin joutuneet lakkautetuiksi.
Wojtyła kouluttautui papiksi maanalaisessa seminaarissa. Ajat muuttuivat entistä vaarallisemmiksi, kun Varsovan kansannousu tukahdutettiin vuonna 1944. Myös Krakovassa alettiin järjestää umpimähkäisiä pidätyksiä ja ratsioita. Niiden vuoksi arkkipiispa Adam Stefan Sapieha otti pappiskokelaansa asumaan omaan taloonsa. Pappiskokelaat joutuivat piilottelemaan ja hylkäämään työpaikkansa, minkä takia he menettivät työkorttinsa ja sen myötä kaikki liikkumisoikeudet. Tosin turvapaikka oli sangen suojaisa, sillä kuvernööri Hans Frank ei uskaltanut vastustaa puolalaisten parissa rakastettua ja osin saksalaistenkin ihailemaa arkkipiispaa.
Toisen maailmansodan päätyttyä Karol Wojtyła vihittiin papiksi 1. marraskuuta 1946. Hänet lähetettiin Roomaan suorittamaan lisäopintoja. Siellä hän toimi jonkin aikaa belgialaisessa pappisseminaarissa ja kohensi ranskan kielen taitojaan. Myöhemmin hän palasi Puolaan ja väitteli vuonna 1949 tohtoriksi arvosanalla cum laude. Kommunismidiktatuurin alle joutuneessa Puolassa pappeja oli viety vankiloihin. Lisäksi uskonnon opetus oli kielletty, uskontoon viittaavia symboleita kuten ristejä oli poistettu, katoliset kirjapainot kielletty, nunnien sairaalat takavarikoitu valtiolle ja kaikki koulut olivat valtion omistuksessa.
Pappina Wojtyłan kerrotaan nauttineen yksinkertaisesta elämästä. Hänen toimiessaan Krakovan pyhän Florianin seurakunnassa hänen sanotaan käyttäneen vanhaa ja paikattua papinkaapua ilman päällystakkia. Talveksi seurakuntalaiset teettivät hänelle uuden papinkaavun ja takin. Papinkaavun Wojtyła otti vastaan, muttei olisi halunnut takkia. Hänet pakotettiin ottamaan sekin, mutta ilmeisesti hän ei koskaan käyttänyt sitä. Mahdollisesti Wojtyła lahjoitti takin jollekulle köyhälle. Wojtyła ei ollut kiinnostunut maallisesta omaisuudesta. Hän muun muassa lahjoitti pois lahjana saamansa tyynyn ja höyhenpeitteen sekä nukkui sängyn sijasta lattialla. Nuorena pappina toimiessaan Wojtyła myös teki nuorten kanssa retkiä vuoristoon ja järvelle sekä oli mukana hiihtoretkillä. Hän olikin suosittu pappi paikallisten nuorten parissa.
Vuonna 1953 Wojtyłasta tuli moraaliteologian ja sosiaalietiikan professori Krakovan pappisseminaariin. Kolmea vuotta myöhemmin hän sai nimityksen myös Lublinin katolisen yliopiston etiikan osaston rehtoriksi. Myös professorina toimiessaan hänen kerrotaan käyttäneen vanhoja ja kuluneita vaatteita. Samoin hän lahjoitti puolet palkastaan köyhien opiskelijoiden tukemiseen.