Afganistanin islamilainen emiraatti (1996–2001)
Hallinto

Taliban-liike ei alun perin ennen Kabulin valtausta puhunut Afganistanin hallitsemisesta, vaan vääräuskoisen hallituksen kaatamisesta ja sen korvaamisesta "hyvien muslimien" hallinnolla, jonka pystyttämisen jälkeen Taliban olisi siirtynyt syrjään. Ennen Kabulin valtausta Talibanin johtaman Afganistanin pääkaupunki oli Kandahar.
Talibanin hallinnon määrittely on vaikea, koska se ei ole demokraattinen eikä myöskään poliittinen, kuten asia länsimaissa ymmärretään. Afganistanissa ei Talibanin aikana järjestetty ollenkaan vaaleja. Maaliskuussa 1996 Talibanin puhemies Mullah Wakil ilmaisi asian näin:
»Šaria ei hyväksy politiikkaa tai poliittisia puolueita. Siksi emme maksa palkkaa virkamiehille ja sotilaille, vaan annamme vain ruokaa, vaatteita, kenkiä ja aseita. Haluamme elää kuten profeetta 1 400 vuotta sitten, ja jihad on meidän oikeutemme. Haluamme luoda uudelleen profeetan ajan, ja pyrimme toteuttamaan sen, mitä afgaanit ovat halunneet viimeiset 14 vuotta.»
Johtaja ei siis saanut asemaansa vaalien perusteella, vaan Muhammadin ja varhaisten muslimien ajalta omaksutun uskollisuudenvalan bay'ahin kautta. Mullah Omar sai 4. huhtikuuta 1996 "profeetta Muhammadin viitan", joka oli otettu pyhäinjäännöskotelosta ensi kerran 60 vuoteen. Pyhäinjäännökseen kääriytynyt Omar ilmestyi Kandaharissa erään keskustan talon katolle samaan aikaan, kun sadat pataanimullahit huusivat "Amir al-Mu'minin!" (suom. Uskovaisten johtaja), mikä tarkoitti käytännössä mullah Omarin tunnustamista Taliban-liikkeen ja Afganistanin johtajaksi.
Afganistanin islamilaisen emiraatin hallinnolla oli kaksi keskusta. Kabulissa istunut hallitus, Mohammad Rabbanin johtama Kabulin šuura vastasi varsinaisesta hallinnosta, ja sillä oli jäseninä eri alojen ministereitä. Ylin päätösvalta oli kuitenkin mullah Omarin johtamalla Kandaharin šuuralla, joka usein kumosi ja muutti Kabulissa tehtyjä päätöksiä ja antoi omia määräyksiään.
Taliban ei julkaissut tiedotteita, poliittisten päätöstekojen julkaisuja eikä säännöllisiä lehdistötilaisuuksia. Lisäksi ulkopuolinen maailma tai tavalliset afgaanit eivät juuri tienneet, miltä nämä Afganistanin uudet johtajat näyttivät, koska Taliban oli kieltänyt kaikki kuvat valokuvia myöten. Ministerit ja valtuutetut olivat mullaheita, joilla oli vain madrassa-koulutus. Sotilaskomentajia olivat esimerkiksi terveysministeri ja valtionpankin johtaja, jotka jättivät tehtävänsä heti, jos piti lähteä taisteluun. Silloin kun nämä sotilashenkilöt jäivät vihollisen puolelle tai kuolivat, maan hallinnon tilanne ajautui entistä suurempaan kaaokseen.
Afganistanin armeija eli taliban-joukot koostuivat muutamista hyvin organisoiduista yksiköistä ja suuresta joukosta usein väliaikaisesti värvättyjä kokemattomia miliisitaistelijoita.
Ennen Kabulia taliban-hallinto Kandaharissa muistutti lähinnä pataanien jirga-heimoneuvostoa, jota taliban piti todellisena aitona alkuperäisenä islamilaisena mallina. Mullah Omar oli käytännössä itsevaltias, jonka ei tarvinnut kysyä muiden mielipiteitä eikä noudattaa niitä päätöksiä tehdessään. Talibanin edustaja mullah Wakil ilmaisia asian syksyllä 1996 näin:
»Päätökset perustuvat Amir-ul Mu'mininin ohjeisiin. Emme pidä neuvotteluja tarpeellisina. Uskomme, että tämä kaikki on šarian mukaista. Hyväksymme Amirin näkökannan, vaikka hän olisi yksin mielipiteineen. Valtionpäämiestä ei tule olemaan. Sen sijaan tulee olemaan Amir al-Mu'minin. Mullah Omar tulee olemaan korkein auktoriteetti, eikä hallitus voi tehdä sellaisia päätöksiä, joita hän ei hyväksy. Yleiset vaalit eivät ole šarian mukaisia, siksi hylkäämme ne.»
Johtaja-aikanaan mullah Omar kävi pääkaupungissa Kabulissa vain kaksi kertaa.