Persona 5 Strikers
Juoni

Neljä kuukautta Persona 5:n tapahtumien jälkeen protagonisti ja Morgana palaavat Tokioon viettääkseen kesälomaa muiden Sydänten haamuvarkaiden (Phantom Thieves of Hearts) kanssa, jonka he aikovat viettää matkustaen ympäri Japania. Valmistautuessaan matkaan, he kokeilevat suosittua virtuaalista avustajasovellusta nimeltä EMMA. Sovellusta käyttää myös västikään kuuluisaksi tullut muotisuunnittelija Alice Hiiragi. Saatuaan Shibuyassa Alicelta käyntikortin ja syötettyään EMMA:an siinä mainitun tunnusanan ”Wonderland”, protagonisti, Ryuji ja Morgana päätyvät metaversumiin, jossa tällä kertaa sijaitsee palatsien sijasta ”vankiloita”. Shibuyan vankilaa hallitsee Alicen oman varjominä ja protagonisti löytää tekoälyn nimeltä Sophia, joka liittyy Haamuvarkaiden rinnalle taistelemaan omalla persoonaa muistuttavalla voimallaan nimeltä Pithos. Toisin kuin palatsit, joista oli varastettava niiden hallitsijoiden omat halut, vankiloiden ”monarkeilta” oli varastettava ”halut” (Desires), jotka nämä olivat vieneet toisten ihmisten omilta varjoilta muuttaakseen näiden sydämet ja aivopestäkseen heidät oikeassa maailmassa kannattajikseen. Ainut keino palauttaa halut oikeille omistajilleen oli avata niitä suojaava häkki, jonka lukon sai auki voittamalla ”lukonpitäjän” (Lock Keeper), vankilan ”monarkin” henkilökohtaista traumaa symboloivalta varjolta, sekä halut palautettua omistajilleen voittamalla monarkin varjominän taistelussa käyntikortin jättämisen jälkeen.
Kiotosta tuleva poliisin julkisen sektorin komisario Zenkichi Hasegawa kertoo, että vastaavia tapauksia on ympäri Japania ja että Haamuvarkaat ovat pääepäilty. Zenkichi kuitenkin lupaa auttaa Haamuvarkaita saamaan tietoa kohteistaan, jos nämä puhdistavat maineensa ja pysäyttävät todelliset syylliset. Muutettuaan Alicen sydämen, Haamuvarkaat löytävät lisää vankiloita Sendaista, jossa kirjailija Ango Natsume oli aivopessyt ihmiset ostamaan lukuisia kappaleita hänen esikoisteoksestaan, sekä Sapporosta, jossa pormestari Mariko Hyodo oli aivopessyt ihmiset kannattamaan häntä, vaikka hän pakotti omat alaisensa raatamaan itsensä väsyksiin. Matkan aikana Haamuvarkaat tapaavat myös Kuon Ichinosen, Touhoun yliopiston työntekijän, joka oli aikoinaan kehittänyt EMMA:n alkuperäisen lähdekoodin. He saavat myös tietää, että EMMA:n nykyinen kehittäjä ja julkaisija oli tietotekniikkayhtiö Madiccen toimitusjohtaja Akira Konoe. Seuraava vankila löytyy Okinawasta, jonka monarkki, Shuzo Ubukata, Madiccen paikallisen tutkimuslaboratorion johtaja, oli tehnyt itsemurhan. Zenkichi saa selville, että Japanin kabinettipäällikkö Jyun Owada, Masayoshi Shidon entinen kannattaja, pyrki Konoen ja EMMA:n avustuksella nostamaan omaa suosiotaan. Konoe ja Owada olivat myös aivopesseet Japanin poliisiviraston merkkihenkilöt sekä väittäneet Haamuvarkaiden tappaneen Ubukatan ja hakkeroineen EMMA:n. Poliisiviraston johtaja ja Owada yrittävät lahjoa poliisipäällikkö Miyako Kaburagin pidättämään Haamuvarkaat, mutta Zenkichi estää tämän ja joutuu itse pidätetyksi.
EMMA houkuttelee Zenkichin tyttären, Akanen, luomaan Kiotolle oman vankilan ja vangitsemaan Haamuvarkaat sinne viritettyyn ansaan. Futaba onnistuu välttämään ansan ja Sae Niijima järjestää Zenkichin vapaaksi kuulusteluista. Akane paljastaa olevansa vihainen poliiseille ja isälleen siitä, ettei Owadaa ole pidätetty, vaikka Owada oli kaksi vuotta sitten ajanut humalassa Aoi Hasegawan, Akanen äidin ja Zenkichin vaimon, päälle ja lavastanut syylliseksi oman sihteerinsä. Akane oli alun perin Haamuvarkaiden suuri fani, mutta Konoen syytökset olivat saaneet Akanen menettämään myös uskonsa näihin. Zenkichi ja Futaba saapuvat Kioton vankilaan, jossa Zenkichi myöntää totuuden sekä vihansa maailman pahuutta kohtaan, ja herättää oman persoonansa, Valjeanin. Haamuvarkaiden voitettua Varjo-Akanen luomat kongitiiviset kopiot, Zenkichi ja Akane tekevät sovinnon. Haamuvarkaat selvittävät tiensä Osakaan, jossa Madiccen pääkonttori ja Konoen oma vankila sijaitsevat. Heille paljastuu, että Konoe oli 20 vuotta sitten tappanut väkivaltaisen isänsä, joka itse oli tappanut oman vaimonsa ja aikonut tappaa myös poikansa. Hän oli nyt käyttänyt EMMA:n luomia vankiloita tullakseen sankariksi ja tuhotakseen kaiken rikollisuuden, mukaan lukien Owadan ja Haamuvarkaat.
Haamuvarkaiden voitettua Varjo-Konoen, oikea Konoe tunnustaa lehdistötilaisuudessa totuuden EMMA:sta ja rikoksistaan ennen kuin poliisi pidättää hänet ja sammuttaa EMMA:n keskuspalvelimen. Mutta Haamuvarkaiden palattua Tokioon, EMMA käynnistää itsensä uudelleen ja luo Tokyo Towerista käsin uuden vankilan, joka alkaa levitä koko Tokion laajuiseksi. He kohtaavat EMMA:sta kehittyneen esineen, Liitonarkin (The Ark of Covenant). Ichinose ilmestyy myös vankilaan ja paljastaa, että oli vakoillut EMMA:n käyttäjiä selvittääkseen ihmiskunnan sisimmän toiveen, joka EMMA:n mielestä oli maailma ilman pahuutta. Hän paljastaa myös luoneensa Sophian aikoinaan EMMA:n entisenä prototyyppinä, mutta hylänneensä hänet myöhemmin. Ichinose yrittää käskeä Sophian hyökkäämään Haamuvarkaita vastaan, mutta muistot yhteisestä ajasta Haamuvarkaiden kanssa saavat hänet lopulta kääntymään Ichinosea vastaan ja muuttamaan Pithoksen oikeaksi persoonaksi nimeltä Pandora. Haamuvarkaiden suostuteltuaan Ichinosen luopumaan suunnitelmistaan, EMMA alkaa yhdistää oikeaa maailmaa ja metaversumia toisiinsa. Mutta Haamuvarkaat lähettävät käyntikortin kaikille Tokion ihmisille ja kohtaavat taistelussa EMMA:n ja Liitonarkin todellisen olomuodon, valejumalan nimeltä Demiurgi (Demiurge).
Haamuvarkaat käyvät pitkän taistelun Demiurgia vastaan, kunnes tuhoavat kaikki hänen suojauksensa tuhotakseen hänet. Demiurgin tuhoutuminen sammuttaa EMMA:n palvelimen lopullisesti ja sekä vankilat että metaversumi katoavat. Päivänä, jona protagonistin on tarkoitus palata kotikaupunkiinsa Morganan kanssa, Kaburagi, Zenkichi ja muut poliisit pidättävät Owadan ja alkavat avoimesti tutkia muita korruptoiduiksi epäiltyjä poliitikkoja. Ichinose päättää lähteä kiertämään maailmaa Sophia mukanaan ja Haamuvarkaat lupaavat tavata jälleen toisensa ensi talvena.