Metroid Fusion
Juoni

Tarina alkaa, kun Samus Aran laskeutuu aluksellaan SR-388-planeetan pinnalle auttaessaan Biologic Space Laboratories (BSL) -organisaatiota tutkimustyössä. Planeetalla Samus kohtaa yhden planeetan eliöistä, jonka Samus ampuu. Eliö kuitenkin muuttuu nestemäiseksi, joka hyökkää Samuksen kimppuun.
Samus kuitenkin suorittaa tehtävänsä loppuun, jonka jälkeen hän palaa alukselleen. Matkalla BSL:n asemalle, Samuksen kimppuun hyökännyt eliö, parasiitti-X, alkaa tartuttaa Samuksen ruumista. Parasiitti ehtii myös tartuttamaan Samuksen keskushermoston, jonka takia hän menettää tajuntansa. Samuksen alus ohjautuu asteroidivyöhykkeelle, mutta aluksen hätäjärjestelmä onnistuu vapauttamaan hätäkapselin ennen törmäystä. BSL:n avaruuslaivan onnistuu huomata avaruudessa leijailevan kapselin, ja he vievät sen mukana olevan Samuksen Galaktisen federaation päämajaan. X-parasiitti kuitenkin onnistui tartuttamaan suuren osan Samuksen asusta.
Samuksen asua ei voitu kuitenkaan poistaa hänen ollessaan tajuttomana, vaan suuria osia oli leikattava pois erikseen, joka vähensi hänen fyysisiä voimiaan. Samuksen keskushermostoon päässyttä tartuntaa ei voitu kuitenkaan leikata turvallisesti, joka vähensi hänen selviytymismahdollisuuttaan. Joku kuitenkin löysi vastalääkkeen. X-parasiitit olivat olleet metroidien ravintoa, mutta koska Samus oli tuhonnut kaikki metroidit aikaisemmin SR-388:lta, X-parasiitit olivat päässeet lisääntymään vapaasti. Vastalääke muodostettiin Samuksen planeetta SR-388:sta tuoman metroidin soluilla. Vastalääke tuhosi X-parasiitit Samuksen kehosta lopullisesti, mutta teki myös hänestä immuunin parasiiteille. Samuksen asukin sai runsaasti muutoksia.
Myöhemmin Samus sai tehtävän matkata BSL:n tutkimuskeskukselle. Samuksen leikkauksen aikana viimeinen erä SR-388:lla vangittuja eliöitä sekä Samuksen asun palaset kuljetettiin keskukseen. Myöhemmin keskuksessa tapahtui räjähdys, jota Samus lähetetään tutkimaan. Samus laskeutuu keskuksen telakoitumisasemalle. Ensimmäisenä tehtävänään hänellä on matkata karanteenialueelle. Siellä hän saa selville SR-388:lta tuotujen eliöiden saaneen tartunnan X-parasiitista. Tartunnan saanut eliö kuolee, jonka jälkeen parasiitti kopioi itselleen saaliinsa DNA:n, joka mahdollistaa parasiitille saaliinsa täydellisen imitoinnin.
Samuksen jatkaessa keskuksen tutkimista, hän saa tietää räjähdyksen syyn. Hänen asunsa osissa elänyt X-parasiitti oli muodostanut itsestään täydellisen Samuksen kopion, ja räjäytti itsensä vapaaksi karanteenialueelta. Samusta auttava tietokone Adam nimesi kopion SA-X:ksi. Lopulta hän löytää laboratorioon, jossa on kasvatettu metroideja, vaikka Samus uskoi tuhonneen jokaisen niistä. Yllättäen SA-X ilmestyy paikalle, alkaen tulittaa metroideja. Samus joutuu pakenemaan paikalta, jonka jälkeen laboratorio irtoaa tutkimuskeskuksesta ja räjähtää, tuhoten kaikki sisällä olleet metroidit ja SA-X:n.
Tämän jälkeen Adam kertoo Federaation kasvattaneen salassa metroideja rauhanomaiseen käyttöön. Keskuksen ensimmäinen sektori oli suunniteltu metroidien kasvatukseen, matkien SR-388:n ekosysteemiä. SA-X kuitenkin sai tietää laboratorion sijainnin, mutta Adam kertoo keskuksella olevan vielä noin kymmenen Samuksen kloonia jotka ovat syntyneet parasiittien suvuttoman lisääntymisen takia. Myöhemmin tietokone ilmoittaa Samukselle hänen tehtävän olevan ohi, ja pyytää häntä lähtemään keskuksesta jättäen loput Federaation hoidettavaksi. Federaatio on kiinnostunut X-parasiitin ja SA-X:n potentiaalista, mutta Samus vastustaa vahvasti tätä, tietäen parasiitin vaarallisuuden. Hän tietää parasiitin valtaavan Federaation sotilaat välittömästi, pystyen näin levittämään parasiittia ympäri galaksia, joka tuhoisi kaiken elämän.
Samus ehdottaa keskuksen itsetuhomekanismin kytkemistä, joka tuhoisi parasiitit asemalla ja SR-388:lla. Tietokone kuitenkin lukitsee Samuksen huoneeseen, yrittäen pitää häntä siellä Federaation aluksien tuloon asti. Samus sanoo tietokoneelle: ”Älä anna heidän tehdä tätä. Etkö näe, mitä silloin tapahtuisi, Adam?” Adam Malkovich oli Samuksen aikaisempi komentaja, joka kuoli pelastaessaan Samuksen hengen (tämä tapahtui Other M -pelin aikoina). Tämän jälkeen tietokone muuttuu täysin, ja kertoo Samukselle hänellä olevan mahdollisuus saada planeetta räjähtämään keskuksen mukana.
Samus matkaa operaatiohuoneeseen, mutta kohtaa matkalla SA-X:n. Samus voittaa sen, mutta loinen ehtii paeta ilmastointikanavaan. Samus jatkaa tietokoneille, ja aloittaa itsetuhon lähtölaskennan. Samus juoksee telakoitumisasemalle, mutta huomaa aluksensa hävinneen. Sen jälkeen hän kohtaa Omega Metroidin, johon mikään Samuksen ase ei tehoa. Kuolemaisillaan olevan Samuksen pelastukseksi paikalle ilmestyy SA-X, joka tulittaa Metroidia jääsäteellä, joka on ainoa keino tuottaa vahinkoa, sillä Metroidien keho ei kestä alhaisia lämpötiloja. Omega Metroid kuitenkin tuhoaa SA-X:n, mutta Samus saa sen voimat itselleen, ja pystyy peittoamaan Omega Metroidin jääsädettä käyttäen. Samus pakenee paikalle ilmestyneellä aluksellaan paikalta, jonka jälkeen tutkimuskeskus ja SR-388 räjähtävät.