Benjamin Linus
Paluu saarelle

Havahduttuaan onnettomuudesta Ben yrittää palata veneellä pääsaarelle, mutta Sun kolkkaa tämän tajuttomaksi. Palattuaan tajuihinsa Ben kohtaa Locken elossa ja yllättyy, vaikka tiesi saaren herättävän tämän henkiin. Ben kertoo Lockelle rikkoneensa sääntöjä palattuaan saarelle ja että savuhirviö tuomitsisi hänet. Ben ja Locke yrittävät purjehtia lautalla pääsaarelle. Caesar yrittää estää sen, mutta Ben tappaa tämän haulikolla.
Saavuttuaan laiturille Locke sanoo Benille uskovan tämän saavan tuomion tyttärensä tappamisesta, mistä Ben järkyttyy. Ben ja Locke suuntaavat parakeille, josta löytävät Sunin ja Frankin. Locken selittäessä heille asioista, Ben menee salaiseen käytävään talonsa alle ja kutsuu hirviötä, joka ei kuitenkaan tule. Locke suuntaa Temppelille Benin ja Sunin kanssa.
Ben ja Locke menevät Temppelin oleviin tunneleihin Sunin odottaessa ulkona. Ben pyytää Sunia viemään anteeksipyynnön Desmondille, jos Sun pääsee pois saarelta. Benin myöntäessä Lockelle tuomionsa, hän yllättäen putoaa lattian läpi huoneeseen, joka on täynnä hieroglyfejä ja jossa on Anubiksen patsas. Savuhirviö ympäröi Benin, ja näyttää Benille tämän teot, jotka johtivat Alexin kuolemaan. Hetken kuluttua Alex ilmestyy ja työntää Benin seinään, sanoen tietävänsä Benin aikeesta tappaa Locke uudestaan, ja tuhoavansa Benin jos hän tekee niin. Alex käskee Benin totella Lockea joka asiassa. Ben pääsee pois huoneesta ja kohtaa Locken, joka kysyy Beniltä mitä tapahtui. Ben vastaa täristen: ”Se jätti minut eloon”.
Ben palaa Locken kanssa Toisten leiriin ja tapaa Richardin. Locke käskee Richardia viemään heidät Jacobin luo. Matkalla Locke käskee Richardia antamaan kompassinsa ”Lockelle”, joka saapuu viidakosta haavoittuneena. Ben katsoo Richardin keskustelua ”Locken” kanssa, kunnes ”Locke” katoaa. Locke paljastaa Benille suunnitelmansa tappaa Jacob, mistä Ben kangistuu, muttei kerro Richardille mitään. Richard alkaa kyseenalaistaa Locken aikeita, mihin Ben tunnustaa Richardille tappaneensa Locken aiemmin. Ben kertoo Lockelle kokemuksestaan savuhirviön kanssa, sanoen tottelevansa Lockea joka asiassa. Locke ilahtuu ja määrää Benin tappamaan Jacobin puolestaan. Locke ohjaa Beniä sanoen, ettei hänen tarvitse enää osoittaa uskollisuutta Jacobille, koska ei ole nähnyt häntä ja Ben menetti tyttärensäkin hänen takiaan.
Ben ja Locke saapuvat nelivarpaisen patsaan luo, jossa Richard päästää Locken ja Benin patsaan sisään. He kohtaavat Jacobin, joka sanoo Lockelle, että ”löysit porsaanreikäsi.” Paljastuu, ettei Locke olekaan oikea Locke, vaan Jacobin perivihollinen eli Musta-asuinen mies, joka on ottanut Locken hahmon. Ben valmistautuu tappamaan Jacobin ja kritisoi Jacobia, ettei saanut koskaan tavata häntä, eikä saanut mitään vastinetta lojaalisuudelleen. Ben kysyy Jacobilta, että ”entäs minä?” mihin Jacob vastaa ”mitä sinusta?” Ben puukottaa Jacobia kahdesti tappaen hänet. Jacob sanoo heikolla äänellä ennen kuolemaansa: ”he tulevat”, jolloin Jacobin perivihollinen työntää Jacobin ruumiin tuleen. Benin murhattua Jacobin, Musta-asuinen mies käskee Beniä hakemaan Richardin, joka heittää Benin maahan oikean Locken ruumiin viereen. Bram ryhmineen raahaa Benin takaisin patsaan sisään, jossa savuhirviö surmaa Bramin ryhmineen. Ben liittyi Ilanan ryhmään ja osallistuu oikean John Locken hautajaisiin.
Saavuttuaan Temppelille savuhirviön hyökkäyksen jälkeen Ben lähtee etsimään Sayidia ja huomaa tämän surmanneen Dogenin ja Lennonin. Ben pakenee ja kertoo Ilanalle, mitä oli nähnyt. Ilana määrää Milesin käyttämään kykyään lukeakseen Jacobin viimeiset ajatukset, jolloin Ilana sai tietää Benin murhanneen Jacobin. Saavuttuaan rannalle Ilana määrää Benin kaivamaan oman hautansa. Musta-asuinen mies vapauttaa Benin, joka pakenee ja jonka perään Ilana lähtee. Ben selittää Ilanalle uhranneensa Alexin saaren puolesta eikä voi antaa sitä anteeksi itselleen. Ilana ymmärtää ja antaa Benin jäädä ryhmäänsä. Jackin ja muiden saavuttua Ben pysyttelee etäällä.
Myöhemmin Ben löytää tajuttoman Sunin viidakosta ja vie tämän ryhmänsä luo. Ilanan kuoleman jälkeen Ben päättää auttaa Richardia ja Milesia tuhoamaan lentokoneen ja lähtee hakemaan kranaatteja parakeilta. Parakeilla he kohtaavat Widmoren ja Zoen, jonka Musta-asuinen mies tappaa. Ben tappaa Widmoren ja lähtee Musta-asuisen miehen mukaan. Saavuttuaan kaivolle Sawyer tainnuttaa Benin ja riisuu tämän aseista. Myöhemmin Ben ja Musta-asuinen mies kohtaavat Jackin ryhmän ja suuntaavat saaren sydämeen heidän kanssaan. Desmondin sammutettua Lähteen, saari alkaa täristä ja Ben jää puristuksiin kaatuneen puun alle, mutta hänet pelastetaan. Jackin ja Katen surmattua Musta-asuisen miehen, Ben ja Hurley suuntaavat takaisin Lähteelle. Jackin uhrattua henkensä käynnistettyään lähteen uudelleen, Hurley saaren uutena johtajana tarjoaa Benille töitä neuvonantajanaan, mihin Ben suostuu.
Myöhemmin Ben vierailee Guamissa, Dharman logistisessa varastossa vapauttaen viimeiset Dharman työntekijät tehtävistään. Ben näyttää heille Hydra-aseman orientaatiovideon ja antaa heille maksun heidän työstään. Ben vierailee myös Waltin luona mielisairaalassa ja vakuuttaa tämän palaamaan saarelle töihin. Ben toimii Hurleyn neuvonantajana kuolemaansa saakka.