Singularity
Juoni

Kylmän sodan alussa 1950-luvulla näytti siltä, että Yhdysvallat tulisi aina olemaan Neuvostoliittoa askeleen edellä atomienergian tietoutensa ansiosta. Tämän vuoksi Josif Stalin määräsi tiedemiehensä etsimään vaihtoehtoisia keinoja Yhdysvaltojen päihittämiseksi. Kamtšatkan niemimaan lähellä sijaitsevalta pieneltä Katorga-12 -nimiseltä saarelta oli löydetty jo toisen maailmansodan aikana oranssinhohtoista ”Element 99” -nimen saanutta alkuainetta, jota tiedemiehet saattoivat nyt sodan loputtua alkaa tutkia. Epävakaudestaan huolimatta E-99 paljastui uskomattomaksi energialähteeksi, jonka tutkinnat jatkuivat aina vuoteen 1955, jolloin saari tuhoutui salaperäisessä onnettomuudessa. Neuvostoliitto poisti Katorga-12:n kartoista ja piilotti kaikki E-99:stä kertovat uutiset.
Vuonna 2010 Katorga-12:lta peräisin oleva sähkömagneettinen purkaus vahingoittaa yhdysvaltalaista vakoilusatelliittia. Joukko Yhdysvaltain erikoisjoukkojen sotilaita lähetetään tutkimaan oletettavasti autiota saarta, mutta toinen purkaus pudottaa heidän helikopterinsa alas lähellä saaren rannikkoa. Kapteeni Nate Renko, toinen kahdesta selviytyjästä, astuu sisään hylättyyn tiedelaitokseen, jolloin hän kohtaa omituisen energia-aallon, joka vie hänet vuoteen 1955, keskelle Katorga-12:n tuhonnutta tulipaloa.
Ollessaan vuodessa 1955, Renko pelastaa liekkeihin putoamassa olevan miehen, kantaen hänet pois palavasta laitoksesta. Ennen kuin Renko yhtäkkisesti palautuu vuoteen 2010, joukko muita selviytyjiä viittaa mieheen nimellä Demichev. Renko huomaa että Stalinia esittänyt patsas on nyt vaihtunut Demicheviksi ja kohtaa joukon outoja ja väkivaltaisia olioita. Hän joutuu taistelemaan läpi vanhan koulun ryhmittyäkseen Devlinin, toisen selviytyjän, kanssa. Renkon ja Devlinin edettyä yhdessä jonkin aikaa he jäävät venäläisen sotilaiden vangiksi, joukon komentajan vaatien heiltä tietoa ”TMD:stä”. Kun Devlin ilmoittaa etteivät heidän toimensa ole laillisia, komentaja ampuu häntä päähän.
Renko kuitenkin pelastuu Kathryn-nimisen naisen ansiosta. Paljastuu että Kathryn työskentelee MIR-12 -nimiselle organisaatiolle, jonka tavoitteena on paljastaa totuus E-99-kokeista. MIR-12 on saanut selville kahden E-99:ä tutkineen tiedemiehen nimet, jotka ovat Barisov ja Demichev. Barisov ilmoitettiin kuolleeksi laboratorio-onnettomuudessa, joten vain Demichev jäi johtamaan työskentelyä uuden alkuaineen kanssa. Ennen kuolemaansa Barisov oli luonut laitteen nimeltä Time Manipulation Device (suom. ajankäsittelylaite), joka tunnettiin lyhyemmin nimellä TMD. Kathryn myös kertoo MIR-12:n löytäneen päiväkirjan, jossa kerrotaan ainoastaan Renkon pystyvän muuttamaan ajan takaisin oikeaksi. Kathryn pyytää Renkoa etsimään TMD:n ja palaaman ajassa taaksepäin pelastamaan Barisovin. Renko onnistuu ja palaa vuoteen 2010, jolloin Barisov on yhä elossa.
Barisov kertoo, että tässä versiossa vuotta 2010 Neuvostoliitto voitti kylmän sodan, jonka jälkeen se sai nopeasti suurimman osan maailmasta haltuunsa E99-aseistuksensa avulla. Demichevin syrjäytti Neuvostoliiton johdon ja muodosti maailmanhallituksen, jonka kansleriksi nimitti itsensä. Historian korjaamiseksi Barisov suunnittelee singulariteetin peruuttamista E-99-pommilla, aikana ennen kuin onnettomuus muutti suurimman osan saaren asukkaista mutanteiksi. Renko käyttää TMD:tä nostaakseen Katorga-12:n satamaan uponneen The Pearl -rahtilaivan, koska E-99-pommi oli sillä lastinaan. Renko palaa pommi mukanaan, jolloin Barisov kertoo Kathrynin saaneen osuman ja uponneen veteen hämätessään sotilaita pois Renkon kimpusta.
Pommista puuttuu kuitenkin sen tärkein osa (E-99-ydin), joten Renko joutuu viemään sen Keittimeen (engl. The Cooker), valtavaan rakennelmaan, jossa menneisyydessä luotiin E-99:n isotooppeja. Vuoden 2010 Keitin on tuhoutunut, joten Renko joutuu matkaamaan ajassa taaksepäin ladatakseen pommin. Hän lataa pommin vuodessa 1955, ylikuormittaen Keittimen ja palaten takaisin vuoteen 2010 sekunteja ennen kuin Keitin räjähtää. Barisov ja Renko matkaavat singulariteettitorniin, jossa Renko matkaa vuoteen 1955 ja tuhoaa laitoksen E-99-pommillaan. On todennäköistä, että juuri tämä räjähdys tuhosi singulariteetin ja mutatoi saaren asukkaat.
Kun Renko palaa takaisin vuoteen 2010, hän huomaa että laitos on ennallaan aivan kuin mitään ei olisi tapahtunut. Hän kuule naurua takaansa ja kääntyy nähdäkseen Demichevin osoittamassa Barisovia aseella. Demichev kertoo rakentaneensa laitoksen uudelleen pommin räjähdyksen jälkeen (luultavasti toiseen paikkaan). Renko ampuu Demicheviä ei-kuolettavasti vapauttaen Barisovin, joka tajuaa, ettei laitos ollut ongelma, vaan Demichev. Kun Renko pelin alussa pelasti putoamassa olevan Demichevin, hän muutti historiaa. Demichev myös paljastaa, että Renkon pelastaessa häntä tulesta, paikalla oli toinen Renko, joka yritti estää itseään pelastamasta Demicheviä. Demichev tarjoaa Renkolle rajoittamatonta valtaa, mikäli Renko luovuttaa TMD:n hänelle. Barisov vastustaa ja kehottaa Renkoa käyttämään TMD:tä singulariteettiin palatakseen ajassa taaksepäin, jotta voisi tappaa itsensä. Pelaajalle jää valinta, joka johtaa kolmeen erilaiseen loppuun, riippuen ampuuko hän Demichevin, Barisovin, kummatkin vai itsensä palattuuan ajassa taaksepäin estämään Demichevin pelastaminen.
Jos pelaaja ampuu Barisovin, hän liittyy Demichevin joukkoihin ja yhdessä he ottavat valtaansa suurimman osan maailmasta, Renkon kouluttaessa Katorga-12:n mutantit etulinjan sotilaikseen. Mutta Renkon hallussa oleva TMD saa Demichevin tuntemaan Renkon häntä itseäänkin vahvemmaksi, joten Demichev aloittaa varotoimena asetutkimusohjelman entisessä Yhdysvalloissa. Tämä syöksee maailman toiseen kylmään sotaan Renkon ja Demichevin välille.
Jos pelaaja ampuu sekä Barisovin että Demichevin, Renko poistuu Katorga-12:lta ja antaa maailman vaipua kaaokseen. Julkisesti häntä uskotaan myytiksi koska hän katoaa TMD mukanaan. Singulariteetti räjähtää muutamaa vuotta myöhemmin, tuhoten Venäjän itärannikon ja Alaskan länsirannikon. Katorga-12:n mutantit pakenevat Venäjän mantereelle ja kylvävät tuhoa. Entisessä Yhdysvalloissa kohoaa uusi johtaja, jonka kerrotaan olevan erittäin aggressiivinen ja tyranninen, halliten koko maailmaa rautanyrkillä. Välianimaation kuvat ja kerronta viittaavat vahvasti siihen, että johtaja on Renko itse.
Jos pelaaja päättää tappaa Demichevin, Barisov patistaa häntä palaamaan ajassa taaksepäin tappaakseen itsensä, jottei voisi pelastaa Demicheviä (pelaaja voi myös vain palata ajassa taaksepäin, tappamatta kumpaakaan miestä). Renkon menneisversion ampuminen vie pelin takaisin Renkon ja Devlinin helikopteriin matkalla Katorga-12:een. Pelin alkutekstit on kirjoitettu venäjäksi ja Devlin sanoo, ettei näillä tehtävillä tapahdu ikinä mitään ja että Katorga-12:n valvominen on ajanhukkaa. Helikopteri lentää ohi pelin alussa nähdyn patsasalueen, jossa on nyt valtava patsas Barisovista TMD kädessään. Renko tuntuu muistavan pelin edelliset tapahtumat, sillä hän katsahtaa kättään, josta puuttuu TMD. Renkon ja Devlinin tehtävä peruuntuu ja Devlin kutsuu Renkoa ”toveriksi”, josta voi päätellä että Barisov selvisi Katorga-12:n tapahtumista ja yhdisti maailman kommunistivallan alle käyttäen TMD:tä työkalunaan.
Lopputekstien jälkeinen kohtaus näyttää kuolevan Kathrynin nousevan pois Pearlin hylystä vuonna 1955 ja piiloutuvan yhteen laboratorion toimistoista. Viimeisillä voimillaan hän kirjoittaa muistiinpanot MIR-12:n myöhemmin löytämään päiväkirjaan.