Paavit 1800-luvulta nykypäivään
Pius XII

Vuoden 1939 konklaavi ei kestänyt kauan. Jo kolmannessa äänestyksessä kardinaalikollegio päätyi kuuriansa kokeneimpaan diplomaattiin, Eugenio Pacelliin, joka otti paavinimekseen Pius XII. Paaviksi tultuaan hän yritti estää toisen maailmansodan puhkeamista ja ehdottikin Euroopan valtioille neuvotteluja rauhan säilyttämiseksi. Hänen pyyntönsä torjuttiin. Sodan puhjettua paavi yritti vielä pitää Italian erossa siitä, mutta epäonnistui tässäkin. Sodan molemmat osapuolet pyrkivät saamaan Pyhän istuimen puolelleen, mutta Vatikaani oli päättänyt paavin johdolla pysyä puolueettomana, kuten se oli tehnyt ensimmäisessäkin maailmansodassa.
Vaikka Pius XII toimikin sodan aikana rauhan puolesta ja pyrki auttamaan eri maiden hätää kärsiviä asukkaita ja sotavankeja, kiinnitetään nykyaikana enemmän huomiota hänen vaikenemiseensa juutalaisten joukkotuhoamisesta. On totta, että Vatikaani tiesi muita valtioita paremmin juutalaisten järjestelmällisestä tuhoamisesta. Sopimus Mussolinin kanssa ja toisen maailmansodan tapahtumat olivat alentaneet paavin arvovaltaa maailmalla, minkä vuoksi sodanaikaista paavia Pius XII:a jopa syytettiin aikanaan natsiksi ja tämän epäiltiin suojelevan natsirikollisia. Joka tapauksessa paavi ei toiminut aktiivisesti saksalaisia vastaan, vaikka katolinen kirkko pysyikin oppositiossa suhteessa kansallissosialismiin. Tosin paavilla ei olisi todennäköisesti ollut mahdollisuutta estää tai edes hillitä holokaustia, vaikka hän olisikin tuominnut sen. Paavilla oli syytä olettaa, että asian suora tuomitseminen olisi vain pahentanut tilannetta. Eräänäkin päivänä paavi poltti keskitysleirejä vastustavan kirjoituksensa, jonka oli aikonut julkaista Italian lehdissä, koska samantyyppinen julkilausuma oli Alankomaissa johtanut kymmenientuhansien juutalaissyntyisten katolilaisten vangitsemiseen. Paavin toimien puolustajat muistavat yleensä myös paavin toiminnan saksalaisten miehittäessä Rooman 1943, jolloin paavi antoi piilottaa noin viitisen tuhatta juutalaista Vatikaaniin ja kaupungin luostareihin.
Vuoden 1944 jälkeen paavi hallitsi Vatikaania yksinvaltaisemmin kuin aiemmin. Hän ei enää nimittänyt itselleen kardinaalivaltiosihteeriä, mikä teki hänestä entistä yksinvaltaisemman paavin. Kylmän sodan aikana paavi edusti selkeästi läntistä kantaa, joka vastusti kommunismia. Samalla tosin hän pyrki parantamaan Itä-Euroopan valtioiden katolilaisten elinoloja. Italiassa hän antoi jälleen tukensa maan kristillisdemokraattiselle puolueelle, joka oli menettänyt tukensa Pius XI:n Lateraanisopimuksessa. Paavi myös kielsi katolilaisia liittymästä Italian kommunistiseen puolueeseen. Paavi oli modernin teologisen tutkimuksen suhteen edeltäjiään vapaamielisempi, sillä hän antoi 1940-luvulla kirjoittamassaan kiertokirjeessä katolilaisille raamatuntutkijoille luvan käyttää tieteellisiä metodeja. 1950-luvulla paavin linja muuttui kuitenkin konservatiivisemmaksi ja lähemmäs Pius IX:n ja Pius X:n politiikkaa ja joistain uskonkohdista ei enää saatu keskustella kriittisesti. Pius XII myös julisti dogmin Neitsyt Marian ottamisesta ruumiineen taivaaseen. Tämä julistus annettiin ex cathedra, piispanistuimelta, ja vuoden 1870 kokouksen mukaan paavi oli tällöin erehtymätön. Kuollessaan 9. lokakuuta 1958 Pius XII jätti seuraajalleen konservatiivisen ja vanhanaikaisen katolisen kirkon sekä ikääntyvän kardinaalikollegion; vanha paavi ei ollut nimittänyt viiteen vuoteen uusia kardinaaleja.