Nuijasota
Sodan ensimmäinen vaihe, ”Ilkkaisen sota” > Nuijamiesten sotasuunnitelma

Joulukuun 1596 alussa kapinallisten leiriin Kyrön kirkolle saapui Hämeenkyrön talonpoikien lähetystö, joka pyysi pohjalaisia vapauttamaan myös Ylä-Satakunnan (suunnilleen nykyisen Pirkanmaan) linnaleiristä. Viimeistään tässä vaiheessa päätettiin tehdä sotaretki Flemingiä vastaan eteläiseen Suomeen. Sotilaina taitamattomat talonpojat voisivat lyödä Flemingin ammattiarmeijan vain valtaisalla ylivoimalla, joten pohjalaisten oli nostatettava maanlaajuinen rahvaankapina. Kyseessä ei enää ollut satunnainen vastarinnan ryöpsähdys linnaleirijärjestelmää vastaan, vaan historiantutkija Mirkka Lappalaisen sanoin ”suhteellisen hyvässä asemassa olevien miesten johtama talonpoikaissota, jonka tavoitteena oli Turun ja Viipurin valtaaminen ja Flemingin hallinnon kaataminen”.
Talonpoikien joukko jaettiin kolmeen osaan, jotka lähtivät Kyrön kirkolta joulukuun puolivälin aikoihin edetäkseen Etelä-Suomeen itsenäisesti eri reittejä. Ilkan ja Kontsaan komentaman pääarmeijan oli määrä marssia Parkanon kautta Ylä-Satakunnan Pirkkalaan. Poutun komentama pienempi parinsadan miehen joukko puolestaan etenisi länsirannikon Pohjanmaan rantatietä pitkin Ala-Satakuntaan. Pouttu oli johtanut pohjalaisten kamppailua linnaleiriä vastaan jo 20 vuotta, joten hänelle annettiin omasta vaatimuksestaan toisen ryhmän päällikkyys, vaikka hän oli jo vanhanpuoleinen mies. Martti Tuomaalan ja Pentti Pirin johtama pienehkö kolmas ryhmä lähti nostattamaan uutta kansannousua Rautalammille, josta saatavat miehet jaettaisiin edelleen kahtia toisen joukon edetessä Päijänteen länsirantaa myöten Pohjois-Hämeeseen ja toisen Päijänteen itäpuolitse Savoon ja Karjalaan. Kaikkien hyökkäyskiilojen lopullisena määränpäänä olisi Turku. Sinne päästäkseen kapinallisten olisi ohitettava Suomen linnat.
Edetessään kapinalliset talonpojat aikoivat ryöstää ja hävittää jokaisen aateliskartanon, ratsutilan ja knaappitalon ottaakseen takaisin linnaleirivuosien menetyksensä. Sen sijaan kuninkaankartanot ja kruununtilat päätettiin jättää rauhaan, sillä sotaretki kohdistui Flemingiin ja linnaleiristä hyötyneisiin suomalaisiin, ei Ruotsin kruunuun. Tarkoituksena oli säästää myös Kaarle-herttuan kannattajiksi tunnettujen aatelisten kartanot, sillä talonpojat elättelivät toivoa, että jotkut Flemingiä vastustaneet aateliset asettuisivat heidän puolelleen. Yksi Poutun komentaman ryhmän tehtävistä oli tavoittaa Ulvilassa Flemingin kilpailijana tunnettu Anolan kartanon isäntä ja arvostettu sotapäällikkö Akseli Kurki ja suostutella tai pakottaa tämä ryhtymään kapina-armeijan johtajaksi. Myös Olavinlinnan päällikön Gödik Fincken toivottiin asettuvan talonpoikien puolelle. Keskiajan Euroopassa talonpoikien kapinaliikkeitä komensi usein joku mahtiaatelinen. Propagandatarkoituksessa levitettiin myös perätöntä tietoa, että entinen laillinen kruununperijä, Eerik XIV:n poika Kustaa Eerikinpoika Vaasa tukisi kapinaa. Tämän vuoksi hävittämättä päätettiin jättää myös hänen äitinsä Kaarina Maununtyttären asuinpaikka Liuksialan kartano Kangasalla.
Aseinaan talonpojilla oli muun muassa keihäitä, sotakirveitä, miekkoja, pertuskoja, hilpareita, tapparoita, varsijousia, hakapyssyjä ja karhunkaadossa käytettyjä lunttumusketteja. Tärkein ase oli kuitenkin ketjunuija eli koukku, joka oli näistä ainoana tarpeeksi järeä vahingoittamaan haarniskoitua vastustajaa. Se ei ollut tyypillinen talonpoikien ase, mutta käytössä aikansa sodankäynnissä. Käsiaseiden osalta talonpoikien aseistus siis veti vertoja vastassa olevalle armeijalle, mutta heiltä puuttui ratsuväki ja tykistö. Talonpojat tai ainakin heidän johtajansa lienevät kuitenkin uskoneet voitonmahdollisuuksiinsa. Toisen teorian mukaan he eivät tajunneet joutuvansa täysimittaiseen sotaan, vaan uskoivat voivansa joukkovoimallaan painostaa Flemingin myönnytyksiin ilman taistelua tai halusivat näytösluontoisesti osoittaa, ettei heillä enää ollut käytössään mitään muita keinoja, koska linnaleirin jatkuminen olisi joka tapauksessa ajanut heidät perikatoon.
Kapinaa tukivat yleensä tavalliset talonpojat ja maakauppiaat, esivallalle uskollisina pysyivät ratsutilalliset ja virkamiehet. Linnaleirin perintään oikeutetuista ratsutilallisista ja knaapeista Jaakko Ilkka oli ainoa, jonka tiedetään tukeneen kapinaa. Joillain paikkakunnilla myös pappeja liittyi kapinallisiin. Toisaalta myös Flemingin armeijan nihdit ja osa huoveista olivat taustaltaan talonpoikaistoa. Sodan puhjettua Fleming myönsi yllättäen monelle eteläsuomalaiselle verovapauden saadakseen osan talonpoikaisväestöstä puolelleen. Monet Suomen aateliset olivat tunteneet sääliä linnaleirin kohtuuttomasti rasittamia talonpoikia kohtaan ja arvostelleet Flemingin toimia, mutta kapinan puhjettua kaikki myötätunto katosi eikä kukaan aatelinen halunnut asettua maanpettureina ja murhaajina pidettyjen kapinallisten puolelle, varsinkin kun kartanoiden tuhoaminen teki sodasta erityisesti aatelia vastaan suunnatun kansannousun.