Joseph E. Johnston
Sisällissota

Ensimmäisessä Bull Runin taistelussa 1861 Johnston toi joukkoja Shenandoahin laaksosta, ja yhdisti ne kenraalimajuri P.G.T. Beauregardin joukkoihin, mutta taistelun kävivät nuoremmat kenraalit, koska Johnston ei tuntenut maastoa. Hänen onnistui kuitenkin saada julkista tunnustusta etelänvoitosta. Bull Runin jälkeen Johnston auttoi Beauregardia ja William Porcher Milesia suunnittelemaan ja tuottamaan etelävaltioiden taistelulipun. Lipun neliomäinen malli oli Johnstonin idea.
Elokuussa Johnston ylennettiin täydeksi kenraaliksi – mitä modernissa armeijassa kutsutaan neljän tähden kenraaliksi – mutta ei ollut tyytyväinen koska kolme miestä oli häntä ylempiarvoisena. Hän tunsi että koska oli vanhin USA:n armeijasta lähtenyt ja konfederaatioon liittynyt upseeri hänen ei tullut olla arvoissa alempana kuin Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston ja Robert E. Lee. Vain Beauregard sijoitettiin alemmaksi häntä viiden uuden kenraalin listassa. Tämä herätti paljon pahaa verta Johnstonin ja Jefferson Davisin välillä ja riita kesti koko sodan ajan.
Johnston sijoitettiin Pohjois-Virginian armeijan komentajaksi, ja johti sitä vuoden 1862 Virginian niemimaalla käytyjen taistelujen alkuun. Hän puolusti Richmondin pääkaupunkia kenraalimajuri George B. McClellanin joukkoja vastaan. Johnston suoritti sarjan vetäytymisiä ennen suurta yhteenottoa, kunnes hänen armeijansa oli vain viiden mailin päässä kaupungista missä McClellanin oli tarkoitus piirittää sitä. Viimein nurkkaan ajettuna Johnston hyökkäsi 31. toukokuuta 1862 etelään Chickahominy-joelta Seven Pinesin taistelussa. Taistelu oli taktillisesti ratkaisematon, mutta se esti McClellanin etenemisen kaupunkiin, ja paljastui invaasion korkeimman nousuveden merkiksi. Tärkeää on kuitenkin että Johnston haavoittui taistelun toisena päivänä ja Davis antoi komennon aggressiivisemmalle kenraali Robert E. Leelle, joka johti Pohjois-Virginian armeijaa sodan loppuun.
Toivuttuaan haavastaan Johnston sai komentoonsa länsialueen hallinnan, mikä antoi hänelle nimellisesti komentoonsa kenraali Braxton Braggin Tennesseen armeijan ja kenraaliluutnantti John C. Pembertonin hallinnoiman Mississippin ja Itä-Louisianan. Pemberton kohtasi kenraalimajuri Ulysses S. Grantin piiritetyn Vicksburgin kaupungin sisältä Mississippissä, ja Johnston kehotti häntä hylkäämään kaupungin väliaikaisesti ja liittymään Johnstonin joukkoihin ja lyödä Grantin ylivoimalla, mutta Davis käski Pembertonin pysyä Vicksburgissa, ja aiheutti suuren tappion etelävaltioille, kun sen viimeinen linnoitus Mississippi-joella romahti 4. heinäkuuta 1863. Myöhemmin samana vuonna Bragg lyötiin Chattanoogan taistelussa ja Davis vastahakoisesti siirsi pois vanhan ystävänsä ja korvasi hänet Johnstonilla.
Todettuaan William T.Shermanin armeijan etenevän Chattanoogasta Atlantaan keväällä 1864, Johnston palautti vetäytymisstrategiansa. Hän järjesteli vahvat puolustusasemat vain nähdäkseen Shermanin kiertoliikkeen niiden ympäri, mikä aiheutti hänen vetäytymisensä takaisin Atlantaan. Johnston näki armeijansa säästämisen tärkeimpänä päämääränään ja aloitti epäluuloisen sotaretkensä. Hän käsitteli hyvin armeijaansa, hidasti unionin etenemistä ja aiheutti viholliselleen suurempia tappioita kuin itse kärsi. 27. kesäkuuta Johnston voitti Shermanin Kennesaw Mountainin taistelussa, mutta puhtaasti puolustuksellinen voitto ei estänyt Shermania jatkamasta etenemistään. Kriitikot ovat väittäneet että Johnstonin strategia oli kokonaan puolustava, ja että hänen haluttomuutensa ottaa riski hyökkäämällä teki konfederaation voiton mahdottomaksi.
Jefferson Davis ärsyyntyi hänen strategiastaan ja poisti Johnstonin komennosta 17. heinäkuuta 1864, vähän ennen Peachtree Creekin taistelua, juuri Atlantan ulkopuolella. (Hänen korvaajansa kenraaliluutnantti John Bell Hood oli aggressiivinen, mutta tehoton ja menetti Atlantan syyskuussa ja suurimman osan armeijastaan Franklin-Nashvillen sotaretkellä talvella). Davisin päätös korvata Johnston on sodan kiistellyimpiä.
Kun konfederaatio tuli entistä huolestuneemmaksi Shermanin marssista merelle Georgian halki ja pohjoiseen kohti Carolinoja, suuri yleisö halusi Johnstonin palaavan komentaksi. Davis nimitti hänet Etelä-Carolinan, Georgian ja Floridan puolustuksen komentajaksi, ja myös Pohjois-Carolinan ja Etelä-Virginian alueiden komentajaksi. Näihin komennuksiin sisältyi periaatteessa kolme konfederaation armeijaa, mutta ne olivat paperitiikereitä ja Johnston saattoi tehdä vain vähän pysäyttääkseen Shermanin etenemisen.
19. maaliskuuta 1865 sai kiinni osan Shermanin armeijasta yllätyksellisesti Bentonvillen taistelussa ja lyhyesti sai jotakin taktista menestystä ennen kuin vihollisen yhä suurempi lukumäärä pakotti hänet vetäytymään. Kuultuaan Leen antautumisesta Appomattoxin käräjätalossa, Johnston antautui armeijoineen Shermanille Bennett Placessa lähellä Durhamia Pohjois-Carolinassa, kaksi viikkoa myöhemmin 26. huhtikuuta 1865, huolimatta Jeffersin Davisin vastakkaisista käskyistä.