Pakistanin historia
Pakistanin alkuvuodet > Itsenäisyyden ongelmat

Varsin pian itsenäistymisensä jälkeen Pakistan kohtasi useita ongelmia. Pakistan ei ollut varautunut muslimien pakolaistulvaan Intian puolelle jääneiltä alueilta. Pakistaniin toivottiin saapuvan vain Itä-Punjabin puolelle jääneiden muslimien, eikä suinkaan muualta Intiasta pakenevien massojen, joiden toivottiin jäävän niille sijoilleen. Myöskään sitä ei oltu ajateltu, miksi hindujen ja sikhien pitäisi nyt hyväksyä vähemmistöasema Pakistanissa, kun muslimit eivät aiemmin olleet vastaavaa tilannetta hyväksyneet Intiassa. Islamin rooli Pakistanissa aiheutti keskeisimmän ongelman, tulisiko maan olla maallinen valtio vai islamilainen valtio, joka noudattaisi šaria-lakia. Jinnahin näkemys oli että uskonto oli ihmisen henkilökohtainen asia, eikä valtion asia, mutta hänen näkemyksensä jätettiin huomioimatta.
Vallan jakautuminen aiheutti myös ongelman; Pakistan jakautui Länsi- ja Itä-Pakistaniin, joita erotti 1600 kilometriä Intian aluetta. Toisen maailmansodan aikana oli vaadittu kahta itsenäistä muslimivaltiota Intian koillis- ja luoteisosiin, mutta vuonna 1946 Muslimiliitto muutti tavoitetta ja vaati yhtä yhtenäistä muslimivaltiota. Akronyyminimeksi laadittu Pakistan ei kuitenkaan sisältänyt mitään Bengaliin viittaavaa. Uudella valtiolla ei ollut syntyessään hallintokoneistoa, eikä kyvykästä henkilöstöä sen muodostamiseen. Pääkaupungiksi valikoitui Karachi. Lahore ei tullut kysymykseen, sillä se oli liian lähellä Intian rajaa. Pakistanin hallinnon ytimen muodostivat Brittiläisen Intian armeijassa palvelleet muslimiupseerit.
Pakolaisongelma Intian jaon jälkeen ja siihen liittyneet väkivaltaisuudet aiheuttivat myös suuren huolenaiheen, muslimien paettua Intiasta ja hindujen ja sikhien paettua Pakistanista. Maltillisimpien arvioiden mukaan väkivaltaisuuksissa kuoli 250 000 ihmistä ja 12–24 miljoonaa ihmistä joutui pakolaisiksi. Hindujen ja sikhien pako aiheutti Pakistanin taloudelle suuren menetyksen, sillä näiden käsissä oli ollut maan kaupallinen toiminta ja maanviljelysala.
Kashmirin tilanne aiheutti ensimmäisen Intian ja Pakistanin välisen sodan varsin pian maiden itsenäistymisen jälkeen, vuonna 1947. Kashmirin enemmistö oli muslimeja, mutta sitä hallitsi hindumaharadza Hari Singh, eikä hän halunnut päättää kumpaan valtioon liittyä. Päätöksen viipyessä Pakistan valtasi Kashmirin pääkaupungin Srinagarin, mikä sai maharadzan pyytämään apua Intiasta. Tilanne kehittyi sodaksi intialaisten saapuessa paikalle, joka päättyi lopulta YK:n neuvottelemaan tulitaukoon vuonna 1949. Kashmirin konfliktiin ei kuitenkaan ratkaisua saatu.
Pakistanin länsiosissa ongelmia aiheutti Afganistanin vastainen raja, jota ei ollut tarkasti määritetty. Afganistan vaati itselleen paštujen asuinaluetta Paštunistania kokonaisuudessaan, kun taas Pakistan katsoi että Afganistanin ja brittien kesken solmittu sopimus rajalinjasta oli edelleen pätevä. Suhde Afganistanin ja Pakistanin välillä säilyi vihamielisenä ja Afganistan esti Pakistanin liittymisen YK:n jäseneksi vuonna 1947.
Pakistanin suurimmaksi ongelmaksi koitui kuitenkin Itä-Pakistanin ja Länsi-Pakistanin väliset ongelmat. Maan eri osilla ei ennen Intian jakoa ollut juuri mitään yhteistä. Ainoa maan osia yhdistävä tekijä oli yhteinen uskonto. Itä- ja länsipakistanilaisilla oli eri kieli, kulttuuri ja etninen tausta.  Pakistanin tärkein vientituote oli idästä saatava juutti, jonka tuotanto oli länsipakistanilaisten käsissä. Ennen Intian jakoa juutin tuotanto oli ollut hindujen käsissä, jotka olivat paenneet Intiaan. Heidän paikkansa Itä-Pakistanin kaupankäynnissä ottivat Punjabista tai Biharista muuttaneet muslimit. Punjabilaiset pitivät heidän maakuntaansa Pakistanin merkittävimpänä maakuntana. Punjabissa myös uskottiin että Itä-Pakistanin Bengalissa asui suuri määrä hinduja, joiden uskollisuus muslimimaalle oli kyseenalainen. Myös kielikysymys aiheutti tyytymättömyyttä bengalilaisissa. Bengalin kielinen Itä-Pakistan oli länttä väkirikkaampi, mutta siitä huolimatta urdusta tehtiin Pakistanin ainoa virallinen kieli, vaikka suurin osa maan väestöstä puhui äidinkielenään bengalia. Itä-Pakistanissa perustettiin vuonna 1949 Awamiliitto ajamaan Itä-Pakistanin autonomiaa.