Encomendero
Myöhempi kehitys

Vähitellen muodostui intiaaneihin kohdistuva verotusjärjestelmä, joka perustui intiaanien verottamiseen kyläkunnittain heidän oman päällikkönsä toimiessa välimiehenä. Kuvernööri Diego Kolumbuksen vuonna 1509 saamassa kirjeessä määrätään jokaisesta depositoidusta intiaanista maksettavaksi vuosittain yksi peso. Muutamaa kuukautta myöhemmin kuningas mitätöi Diego Kolumbuksen tekemät, joidenkin espanjalaisten kannalta epäoikeudenmukaiset ja paljon riitoja aiheuttaneet jaot ja määräsi ne toimitettavaksi uudelleen. Vuosittainen veropeso pysyi edelleen voimassa. Kyseessä oli valtion määräämä pakkotyö, jota virkamiesten tuli valvoa. Hallitsijoiden tarkoituksena oli jakaa intiaani, tai jonkin alueen intiaanien verotusoikeus hallintaoikeudella niin, että lopullinen omistusoikeus, ainakin muodollisesti, pysyisi kruunulla. Itse asiassa encomendero oli kuninkaan veronkantaja, joka samalla sai sitä kautta omat tulonsa.
Vuonna 1514 saapui Hispaniolaan kaksi kuninkaan lähettämää virkamiestä, Pedro Ibáñez de Ibarra ja Rodrigo de Albuquerque, pannakseen toimeen uuden intiaanien jaon, repartimienton, koska edellinen jako oli herättänyt suurta tyytymättömyyttä. Kuuban repartidoreksi oli vuotta aikaisemmin nimitetty saaren valtaaja, Adelantado-arvonimen ja siihen kuuluvat oikeudet vuonna 1518 saava Diego de Velázquez, jonka Bernal Díaz del Castillo mainitsee olleen sukulaisensa, ja jolta hän turhaan oli odottanut saavansa intiaaneja säilytykseensä. Cortés, jolla tuolloin oli käsissään kaikki valta, antoi aseveljelleen palkkioksi encomiendan. Cortés antoi Díazille asiakirjan, jolla Díaz saa palvelukseensa Tlapan ja Potuchan kylien intiaanit. Asiakirjassa ei ole mitään, joka viittaisi encomiendaan, mutta olihan Cortés kuvernööri. Dìaz del Castillo joutui vuonna 1524 Cortésin Hondurasin-retkelle kahden vuoden ajaksi, jonka kuluessa Díazin maat ja intiaanit olivat joutuneet toisiin käsiin hänestä riippumattomista syistä. Seurauksena oli oikeudenkäyntejä ja hyvityksiä. Vuonna 1550 Bernal Díaz del Castillo otti osaa Valladolidin kokoukseen, jossa encomenderot yrittivät saada oikeutensa encomiendoihin ikuisiksi ajoiksi. Kokous ei tuottanut encomenderojen kannalta suotuisaa tulosta. Heillä oli vastassaan dominikaanien vahva rintama Bartolomé de las Casasin ja Domingo de Soton johdolla. Rintamasta puuttui Francisco de Vitoria, joka oli kuollut kolmea vuotta aikaisemmin. Kokouksessa oli dominikaanien vastustajana tohtori Ginés de Sepúlveda, kuninkaan virallinen historioitsija.
Cortés jatkoi  Kolumbuksen ja saarten kuvernöörien aloittamaa intiaanien alistamista. Vuonna 1512 säädetyt niin sanotut Burgosin lait, joiden tarkoituksena oli estää intiaaneihin kohdistuneet väärinkäytökset, osoittautuivat tehottomiksi. Vuoden 1523 kesäkuussa Kaarle V näki aiheelliseksi, käytyään sitä ennen perusteellisia keskusteluja neuvonantajiensa kanssa, antaa Cortésille määräyksen,joka itse asiassa oli nuoren kuninkaan antama lähtölaukaus Valkoiselle Legendalle ja yritys toimia paavin antaman lähetystehtävän mukaisesti.
Uuden Espanjan niin sanottu toinen audiensia sai ohjeikseen vuonna 1530 salaisen kuninkaallisen määräyksen, jonka tarkoituksena oli korjata ensimmäisen audiensian väärinkäytöksiä, jotka koskivat encomiendoihin "talletettuja" intiaaneja. Saman vuoden marraskuussa myös kuninkaan oli tehtävä vastaavanlaisia myönnytyksiä konkistadoreille. Tosiasioiden edessä oli veroviidenneksistään nauttivan kuninkaan hyväksyttävä asioiden kehittyminen intiaanien kannalta huonompaan suuntaan. Tilanteen kohentamiseksi oli jotakin kuitenkin tehtävä. Lokakuussa 1535 Kaarle V antoi määräyksen, jolla koetettiin hidastaa encomiendojen siirtymistä uusille haltijoille ja estää mahdollisen feodaali­valtion syntyminen Uuteen Maailmaan. Asetuksesta käy selväksi jako-osuuksiin etuoikeutetut. Vuosien edetessä intiaanien ja espanjalaisten väliset suhteet muodostuivat hyvin epäselviksi. Kuningas yritti selventää tilannetta. Encomiendojen tarkoitusperiä selvitetään Kaarle V:n määräyksessä vuodelta 1554.
Las Casas mainitsee historiateoksensa kolmannessa kirjassa, miten lait, vaikka niitä olisi enemmän kuin mitä niitä on partidoissa, eivät kuitenkaan pystyisi tuomaan parannusta intiaanien oloihin ilman encomiendajärjestelmän lakkauttamista. Espanjassa alkoi esiintyä eriäviä mielipiteitä espanjalaisten oikeudesta hallita löydettyjä maita ja niiden asukkaita. Keskustelun keskipisteenä oli kuningas, jolle paavi oli lahjoittanut löytömaat.
Encomenderojen vastuulla oli järjestää intiaaneilleen uskonnonopetus. Asia ei ollut helposti toteutettavissa. Käännytystyötä tekevät munkit ja papit koettivat suojella intiaaneja omia etujaan ajavien maallisen vallan edustajien ja encomenderojen sorrolta.  Kuninkaallisista määräyksistä ilmenee, että encomenderojen tärkeimpänä tehtävänä oli huolehtia intiaanien kasvattamisesta katoliseen uskoon ja huolehtia varallisuutensa mukaisesti puolustuslaitteista.
Cortésin edustajanaan lähettämä Francisco de Montejo, joka Espanjasta palattuaan valloitti Jukatanin, ja joka sai adelantadon arvon, ei monen muun tavoin hoitanut encomiendaansa kuninkaan toivomalla tavalla. Tarkastusviranomaiset totesivat muiden laiminlyöntien muassa, etteivät Montejon perhekunnan naiset pystyisi puolustautumaan intiaaneja vastaan kyllin tehokkaasti.