Afganistanin historia
Talibanin valtakausi > Taistelu Kabulista

PDPA:n kukistuttua katosi myös vastarintaliikkeitä yhdistänyt yhteinen vihollinen. Vastarintaliikkeillä ei ollut vallansiirrolle mitään yhteistä suunnitelmaa, eivätkä ne olleet halukkaita jakamaan valtaa kilpailevien ryhmittymien kanssa, joten edessä oli väistämättä uusi sisällissota.
Etulyöntiasemassa oli Ahmad Shah Massoudin johtama liike, sillä sen tukialue sijaitsi lähellä pääkaupunki Kabulia ja Massoudin tadžikkijoukot kaappasivat suuremman osan edellisen hallinnon raskaista aseista. Tukea Massoud sai Dostumin uzbekkijoukoilta, joiden avulla he löivät Gulbuddin Hikmatyarin sotajoukot taistelussa Kabulin hallinnasta.
Massoud oli hyvin tietoinen siitä, että tadžikkina hänen asemaansa Afganistanin johdossa ei hyväksyttäisi, sillä Dorrani-valtakunnan syntymisen jälkeen maan hallitsija oli aina ollut paštu. Hän esiintyi vain väliaikaishallinnon edustajana ja laati huhtikuussa 1992 useimpien kapinallisryhmien kanssa sopimuksen, jonka mukaan maan johtoon asetetaan kahden kuukauden siirtymäkaudeksi Sibghatullah Mojadedi ja sen jälkeen neljäksi kuukaudeksi Burhanuddin Rabbani, joka oli etninen tadžikki. Hikmatyar ei sopimusta suostunut allekirjoittamaan, ja sota alkoi saada etnisempää sävyä, sillä Kabulia hallitsivat tadžikit, uzbekit ja šiialaiset, kun taas etniset paštut oli karkotettu Kabulista. Kommunismin kukistumisen jälkeen puoliaan hakivat myös PDPA:n ryhmittymät, joista paštutaustaiset Khalqin jäsenet ja Sarandoi-joukot asettuivat Hikmatyarin taakse, kun taas Parchamin yksiköt liittyivät Massoudin joukkoihin.
Kabul oli selviytynyt vähäisin vaurioin neuvostomiehityksen ajasta, mutta se raunioitui pahoin uudessa sisällissodassa. Hikmatyarin joukkojen raketti-iskut aiheuttivat suuria tuhoja, ja kaupunki tuli riippuvaiseksi kansainvälisten avustusjärjestöjen elintarvikeavusta. Ulkovallat pyrkivät turhaan tarjoutumaan välittäjiksi kiistassa, mutta aselevotkin olivat vain hetkellisiä. Myöskään Dostumin yllättävä puolenvaihto Hikmatyarin tukijaksi ei ratkaissut tilannetta, vaan Massoudin joukot onnistuivat ajamaan takinkääntäjät ulos kaupungista. Dostumin joukkojen valtakeskus sijaitsi Mazar-i-Sharifissa lähellä vasta itsenäistyneen Uzbekistanin rajaa. Kabuliin verrattuna maan pohjoisosissa tilanne oli rauhallinen, ja kauppaa käytiin rajan yli Uzbekistanin puolelle. Myös maan länsiosissa Herat oli käytännössä Ismail Khanin johtama pienoisvaltakunta, jota ylläpiti tiiviit yhteydet Iranin puolelle. Verrattain rauhallisina alueina Khanin ja Dostumin hallitsemat alueet houkuttelivat pakolaisia rauhattomammilta alueilta.
Afganistanin paštuenemmistöiset alueet idässä ja etelässä olivat huomattavasti rauhattomampia. Kaikki hallintorakenteet olivat tuhoutuneet neuvostomiehityksen aikana tai sitä seuranneen sodan aikana. Naapurimaista ei tullut rajan yli hyödykkeitä kuten pohjoisessa ja lännessä, eivätkä valtion ulkopuoliset voimat ottaneet tilannetta hallintaansa, kuten Dostumin ja Khanin hallitsemilla alueilla. Ainoastaan Hikmatyarin johtama Hezb-e-Islami olisi saattanut saada tilanteen hallintaansa, mutta tämä oli keskittynyt Kabulin pommittamiseen eikä luonut hallintorakenteita Afganistanin etelä- ja itäosiin. Sekasortoa hämmensi lisäksi ISI:n manipulointi ja maan heimojen ja klaanien valtapiirirajat. Aluetta hallitsivat paikalliset sotaherrat, joista osa oli taantunut pelkiksi rosvopäälliköiksi, jotka taistelivat keskenään ja terrorisoivat alueen väestöä. Tilanne huolestutti myös Yhdysvaltoja, missä George H. W. Bushin hallinto pelkäsi, että Afganistan muuttuu terroristien turvapaikaksi, mutta kaoottisessa tilanteessa se pystyi vain yrittämään haalia maahan toimitettuja aseita takaisin ennen niiden päätymistä terroristien käsiin. Aseapua oli saanut myös Hikmatyarin johtama järjestö, johon Yhdysvallat otti etäisyyttä liikkeen radikalisoituessa. Persianlahden sodan sytyttyä Hikmatyar antoi tukensa Saddam Husseinille, mikä sai Yhdysvallat painostamaan Pakistania Hikmatyarin poistamiseksi Afganistanin poliittiselta kentältä. Pakistan ei vastustellut, sillä sen Hikmatyarille antaman tuen tarkoitus oli saada tämä muodostamaan Afganistaniin Pakistanille myötämielinen hallinto, mutta Hikmatyarin uskottavuus vakaan hallinnon muodostajana oli jo mennyt, joten Pakistan tarvitsi hänen tilalleen uuden liittolaisen.