Final Fantasy VI
Juoni > Tarina

Imperiumi on lähettänyt kolme magitek-haarniskoilla ratsastavaa sotilasta etsimään Narshen kaupungissa olevaa esperiä. Yrittäessään haastaa löytämäänsä olentoa kaksi partion jäsentä kuolee, mutta heidän eloon jäänyt apurinsa Terra Branford – jota Imperiumi pitää hallinnassaan kehittämällään orjakruunulla – joutuu tajuttomaksi hänen ja esperin välisen selittämättömän vuorovaikutuksen takia. Terran herätessä hänen kruununsa on riisuttu, mutta hän ei kykene muistamaan mitään menneisyydestään. Avukseen hän saa aarteenmetsästäjä Locke Colen, Figaron valtiota hallitsevan kuningas Edgarin ja tämän veljen Sabinin. He saattavat Terran Imperiumin vastaisen Returners-vastarintaliikkeen salattuun tukikohtaan, jossa Returnersin johtaja Banon pyytää Terraa liittymään heihin. Suostuttuaan Terra matkustaa Banonin sekä Figaron veljesten kanssa takaisin Narsheen ottamaan selvää sen mystisestä esperistä. Locken on taas määrä saapua Narsheen Imperiumin alistaman Etelä-Figaron kautta hidastaakseen Narshea kohti pyrkivän suurvallan etenemistä. Taisteltuaan Lete-virralla hyökännyttä Ultros-mustekalaa vastaan Sabin erkanee muista ryhmäläisistä ja joutuu erillisen joenhaaran kuljettamaksi. Tässä vaiheessa juoni jakaantuu kolmeen eri skenarioon, joiden suorittamisjärjestys on pelaajan valittavissa.
Terran, Edgarin ja Banonin kävellessä Narsheen Sabin lyöttäytyy yhteen ritari Cyan Garamonden kanssa, joka menetti kuninkaansa ja perheensä Kefka Palazzon myrkytettyä Doman valtakunnan vedet. Nuoren Gaun opastamana miehet saavuttavat Narshen. Etelä-Figaroon saapunut Locke puolestaan vapauttaa maanalaisiin tyrmiin vangitun kenraali Celes Cheren, joka tuomittiin teloitettavaksi epäuskoollisuudesta Imperiumia kohtaan. Locke ja Cele pakenevat yhdessä Narsheen, jossa yhteen kokoontunut ja jäsenmääräänsä kasvattanut Returners torjuu Imperiumin uusintayrityksen kaapata Narshen jäätynyt esper. Terran lähestyessä olentoa molempien välille muodostuu jälleen merkillinen reaktio, joka muuttaa Terran hehkuvaksi esperiä muistuttavaksi hahmoksi. Uudesta ulkomuodostaan säikähtäneenä Terra pakenee paikalta lentäen ja päätyy Zozon pahamaineiseen kaupunkiin. Terrasta huolehtivan Ramuh-esperin mukaan Terra voi palautua entiselleen vain jonkin tietyn esperin avulla. Returners matkustaa Setzer Gabbianin Black Jack -ilmalaivalla Imperiumin pääkaupunki Vectoriin siinä toivossa, että yksi Imperiumin vangitsemista espereistä voisi olla Terralle avuksi.
Vectorissa ryhmä soluttautuu magitek-tutkimuslaitokseen ja vapauttaa sinne teljetyt esperit. Jotta espereistä olisi enemmän hyötyä Returnersille, ne hylkäävät elollisen olomuotonsa ja kiteytyvät magicite-kristalleiksi, taikuutta sisältäviksi jalokiviksi. Kefkan saapuessa laboratorioon Locke tovereineen epäilee Celeksen johdattaneen heidät harhaan luovuttaakseen heidät Imperiumille. Osoittaakseen lojaaliuttaan Celes telesiirtää Returnersin jäsenet turvaan. Myös espereistä vastuussa oleva Cid auttaa heitä pakenemaan käsitettyään espereiden kokemat menetykset. Ryhmän palatessa Terran luo yksi magicite-kivistä osoittautuu hänen isäkseen Maduiniksi. Terra muistaa varttuneensa espereiden maassa isänään esper ja äitinään Madonna-niminen ihminen, joilta Imperiumi hänet kaappasi. Taustastaan tietoisena hän alkaa hallita voimiaan paremmin.
Returners päättää järjestää hyökkäyksen Imperiumia vastaan syöstäkseen sen vallasta lopullisesti. Vastapuolen selvän ylivoiman vuoksi he hakevat tukea espereiltä. Kuullessaan suljetulla portillaan Terralta, etteivät vuosia sitten siepatut esperit ole enää magiciteksi muututtuaan elossa, esperit raivostuvat ja aiheuttavat massiivista tuhoa ihmisten maailmassa. Ryhmä suuntaa Vectoriin, jossa keisari Gestahl vakuuttaa menettäneensä halunsa sotia ja ehdottaa aselepoa. Hän pahoittelee Imperiumin moraalittomuutta ja eritoten vankilaan teljetyn Kefkan hirmutekoja. Hän pyytää heitä lisäksi auttamaan Imperiumia solmimaan rauhan espereiden välille. Toiveeseen myönnyttyään Terra ja Locke purjehtivat espereiden asuttamalle Crescentin saarelle. Mukaansa he saavat kenraali Leon, Celeksen ja Imperiumin työllistämän Shadow-ninjan. Seuruetta täydentävät Crescentille perustetussa Thamasan kylässä asuvat iäkäs maagi Strago sekä tämän energinen lapsenlapsi Relm. Löydettyään vuorille asettuneet esperit ryhmä saattaa nämä Thamasaan, jossa kenraali Leo sekä espereiden johtaja Yura sovittavat osapuolten väliset ristiriidat. Samalla Kefka kuitenkin ilmaantuu paikalle ja loihtii keisarin nimissä jokaisen läsnä olevan esperin magicite-kiveksi. Hän myös surmaa teosta tulistuneen Leon. Monet suljetussa maassaan vielä olevat esperet lentävät Thamasaan haastamaan Kefkaa, joka tosin saa heistä vain lisää magiciteja.
Kefka ja Returnersin pettänyt Gestahl käyttävät hyväkseen espereiden auennutta porttia ja siirtyvät sen kautta maailman yllä leijuvalle mantereelle, minne kolmen jumalan – kaiken taikuuden lähteen – patsaat vuosisatoja sitten kätkettiin. Heidän aikeenaan on päästä osallisiksi jumalien mahtavista voimista. Setzerin ilma-aluksella Returners tavoittaa vihollistensa olinpaikan. He eivät silti pysty estämään Kefkaa käskemästä jumalien patsaita antamaan hänelle maagista voimaansa. Epäillen tämän johtavan maailman tuhoon Gestahl suuttuu ja yrittää tuloksetta vahingoittaa Kefkaa voimakkailla loitsuilla. Kefkan määräyksestä jumalat tappavat Gestahlin, ja taikuuden harmonia alkaa järkkyä. Leijuvan mantereen sortuessa ryhmä kiirehtii alukselleen, joka sekasorron vuoksi tuhoutuu ja erottaa matkustajansa toisistaan. Kefkan magian käytöllä on kaoottinen seuraus koko maailmalle: mannermaat hajoavat lukuisiksi saariksi ja maanpäällinen elämä alkaa kuihtua.
Autiolle saarelle ajautunut Celes herää vuoden kestäneestä koomasta seuranaan ainoastaan kasvattajansa Cid. Muiden Returnersin jäsenien olinpaikasta tai siitä, onko maailmassa ylipäätään muita selvinneitä, ei ole tietoakaan. Celes päättää aloittaa ystäviensä etsinnän, ja poistuttuaan saarelta lautan avulla hän tapaa Setzerin, joka saa käyttöönsä kadonneelle ystävälleen kuuluneen Falcon-ilmalaivan. Uuden aluksen myötä pelaajalle aukenee useita vapaavalintaisia tehtäviä, joissa voidaan etsiä kaikki alkuperäiseen saattueeseen kuuluneet henkilöt sekä uusia ryhmäläisiä. Päättääkseen maailmalle aiheutetun kaaoksen toisensa löytäneet Returnersin jäsenet matkustavat Kefkan asuttamalle tornille. He tuhoavat kolmen jumalan patsaat, mikä ei kuitenkaan aiheuta taikuuden häviämistä: patsaiden sijasta Kefka on nyt kaiken olemassa olevan magian lähde. Ryhmäläisten kohdatessa Kefkan tämä uhkaa tuhota heidät ja koko maailman. Returners käy viimeisen kamppailun jumalallisen ulkomuodon ottanutta Kefkaa vastaan, joka huomattavista voimistaan huolimatta kärsii tappion. Magian kaikotessa maailmasta ryhmä pakenee romahtamaisillaan olevasta tornista samalla, kun Terra alkaa esper-perimänsä takia menettää voimiaan. Hän kuitenkin kuulee isältään Maduinilta, että hän voi elää vielä ihmispuoliskonsa ansiosta. Ennen pitkää kaikki maagiset kohteet häviävät. Returnersin jäsenet tarkkailevat pelastamansa maailman näkymiä Falconin kannelta.