Metroid Prime 2: Echoes
Tarina

On kulunut vuosi Metroid Prime -pelin tapahtumista ja Samus Aran on jälleen uuden tehtävän parissa. Galaktinen Federaatio on lähettänyt Samuksen selvittämään Federaation aluksen mystistä katoamista. Alus oli nähty viimeksi Aether-planeetan lähellä, kun nämä olivat jahtaamassa Avaruuspiraatteja takaa, jonka jälkeen Federaatio ei ole saanut yhteyttä keneenkään. Saavuttuaan Aetherin läheisyyteen Samus aloittaa laskeutumisen, mutta ilmakehässä tapahtuma myrsky saa Samuksen tekemään pakkolaskun.
Samus löytää hetken pintaa tutkittuaan jälkiä Federaation sotilaiden käynnistä, mutta ketään sotilasta ei tunnu löytyvän enää elossa. Sitten jokin outo, pimeä voima herättää kuolleet Federaation sotilaat henkiin, jolloin ne käy Samuksen kimppuun. Voitettuaan ne hän huomaa mystisen mustan hahmon, joka näyttää häneltä, katoavan pimeästä portaalista. Samus menee perään paikkaan, jossa on laumoittain pimeyden olioita. Samuksen näköinen musta olento ampuu Samuksen vieressä olevaa valokristallia ja jättää tämän petojen armoille. Samus pääsee ihmeen kaupalla pakoon pimeyden maailmasta hänen taakseen ilmestyvän valon portaalin kautta, mutta pimeän maailman vaarallinen ilmakehä ehti vahingoittaa häntä niin, että Samus huomaa useiden kykyjensä kadonneen jälleen.
Hän löytää jonkin ajan kuluttua Federaation aluksen laskeutuneen aukealle paikalle, mutta sen luokse jääneet Federaation sotilaat osoittautuvat myös kuolleiksi. Tutkittuaan erästä nauhoitetta Samus ymmärtää, että viimeisetkin sotilaat joutuivat pimeän voimien riivaamien olentojen uhriksi. Hän jatkaa sieltä matkaa vanhoille raunioille, jonka olivat rakentaneet planeetan alkuperäiset asukkaat, Luminothit. Hän löytää temppelin, jossa hän kohtaa elävän Luminothin, U-Mosin. U-Mos kertoo Samukselle kauan sitten Aetheriin törmänneestä meteoriitista, jonka törmäys teki repeämän Aetherin ulottovuuksiin, jolloin Aether jakautui kahteen osaan: valoon ja pimeään. Pimeää maailmaa kansoitti Samuksen aiemmin kohtaamat pimeyden olennot, jota Luminothit kutsuivat Ingeiksi. Luminothit ja Ingit olivat aikojen saatossa käyneet tuhoisaa sotaa, joka oli lopulta johtanut Luminothien lähes järjestelmälliseen tuhoutumiseen. Vain U-Mosin vartioima "Suuri temppeli" piti huolen, ettei Ingit vielä voittaneet koko Aetheria itselleen. U-Mos pyytää Samusta keräämään kolmeen muun temppelin kolmea avainta, jotka sijaitsevat pimeässä Aetherissa. Niiden luokse päästäkseen Samuksen pitäisi käyttää Luminothien pimeään maailmaan kylväämiä valokristalleja edetäkseen, sillä ne suojaavat Samusta pimeän maailman tappavalta ilmakehältä. Avainten avulla Samus pääsisi jokaisen temppelin luona olevan valomajakan luokse kytkeäkseen sen päälle, jotta Ingien voima luhistuisi. Samus suostuu U-Mosin pyyntöön ja ryhtyy hommiin.
Samuksen matkatessa valon ja pimeyden ulottovuuksien välillä hän kohtaa Aetherissa piileskelevät Avaruuspiraatit, jotka tekevät yhäkin Phazon-kokeita Metroideilla, mutta myös nämäkin altistuvat Ingien pimeälle voimalle. Samus kohtaa myös toistamiseen mustan Samuksen, joka osoittautuu Samuksen Tallon IV:lle tuhoamaksi Metroid Primeksi, joka fuusioitui Samuksen Phazon-kerrostuman kanssa, muodostuen "Dark Samukseksi". Hoideltuaan kaikki temppelit Samus matkaa Ing-rodun pimeään sydämeen, jossa odottaa Keisari-Ing. Tämän tuhottuaan koko pimeä maailma uhkaa luhistua ja Samus lähtee pakoon kohti valon portaalia. Hän kohtaa matkalla jälleen Dark Samuksen, jonka hän onnistuu päihittämään. Päästyään portaalista ulos koko pimeä maailma tuhoutuu ja Aether on taas ennallaan. U-Mos kiittää häntä ja Samus lähtee planeetalta kohti uusia seikkailuja.
Mikäli pelissä suorittaa tietyt ehdot, nähdään lopuksi kohtaus, jossa Aetherin ilmakehän läheisyydessä lentävät siniset hiukkaset kokoontuvat yhteen ja Dark Samus on jälleen hengissä. Tarina jatkuu näin Prime-saagan kolmannessa ja viimeisessä osassa, Metroid Prime 3: Corruption.