Manuel Fernandes
Seurajoukkueura

Fernandes aloitti ammattilaisuransa kasvattajaseurassaan Benficassa, jonka ykkösjoukkueessa hän teki ensiesiintymisensä kaudella 2003–2004 José Antonio Camachon valmennusaikana. Tuolloin keskikentällä puolustavassa roolissa pelannut Fernandes teki välittömästi vaikutuksen sekä Camachoon että seuran kannattajiin, ja hänestä tuli Benfican kaikkien aikojen toiseksi nuorin maalintekijä onnistuttuaan maalinteossa jo toisessa ottelussaan. Camachon kommentit siitä, että Fernandes on parempi kuin Claude Makélélé samanikäisenä, toivat hänellä lempinimen Manélélé.
Seuraavalla kaudella hän nousi säännölliseksi avauskokoonpanon pelaajaksi vakiinnuttaen paikkansa keskikentän keskellä, Petitin rinnalla. Valmentajaksi nimitetyn Giovanni Trapattonin johdolla Benfica voitti Portugalin mestaruuden ensimmäistä kertaa 11 vuoteen. Kausi oli Fernandesilta hyvä myös yksilötasolla, sillä hän pelasi viittä lukuun ottamatta kaikissa otteluissa. Hän pelasi myös seitsemän ottelua UEFA Cupia, jossa Benfica eteni 32 parhaan joukkoon pudoten kuitenkin koko kilpailun voittaneelle TsSKA Moskovalle.
Ennen seuraavan kauden alkua Fernandes joutui nivustyräleikkaukseen, jonka suoritti Münchenissä lääkäri Ulrike Muschaweck. 2005–2006 Fernandes esiintyi Benfican paidassa Mestarien liigassa, jossa hän teki tasoitusmaalin tasapeliin päättyneessä lohkovaiheen Villarreal-ottelussa. Benfica selviytyi lopulta neljännesfinaaleihin, joissa Barcelona kuitenkin osoittautui vahvemmaksi.
Fernandes siirtyi lainasopimuksella Englannin Valioliigan Portsmouthiin vuonna 2006. Sopimukseen sisältyi myös pykälä, jonka mukaan Fernandes siirtyisi Englantiin pysyvästi noin seitsemän miljoonan punnan siirtosummalla, mikäli hän onnistuisi toipumaan täysin nivusvaivoistaan. Siirtoa suunniteltiin alun perin suoritettavaksi heinäkuussa, mutta se kaatui, kun nivusvaivoista kärsinut Fernandes reputti kahdesti Portsmouthin lääkärintarkastuksen. Tämän jälkeen Benfica antoi portugalilaispelaajan jäädä Englantiin hoidettavaksi siinä toivossa, että hän olisi kyennyt kuntoutumaan ennen syyskuun alkua, jolloin siirtoikkuna sulkeutuu. Viiden viikon kuntoutusjakson jälkeen todettiin, että Fernandes tarvitsee vielä kaksi kuukautta toipumisaikaa, jolloin päädyttiin edellä mainittuun lainasopimusratkaisuun.
Fernandes teki ensiesiintymisensä Portsmouthin paidassa Englannin liigacupin vierasottelussa Mansfield Townia vastaan ja teki rangaistusalueen ulkopuolelta maalin vain viiden minuutin pelin jälkeen. Ottelu päättyi vieraiden voittoon lukemin 1–2. Kauden alkupuoliskolla hän pääsi kentälle vain satunnaisesti manageri Harry Redknappin suosiessa keskikentän keskellä kaksikkoa Sean Davis ja Pedro Mendes. Myöhemmin Redknapp paljasti, että vähäiseen peliaikaan vaikutti Fernandesin sopimuksen kohta, jonka mukaan hänen pelatessaan kolmessa peräkkäisessä ottelussa Portsmouthin olisi tullut hankkia hänet 12 miljoonan punnan siirtosummalla. Jo joulukuussa Portsmouth ilmoittikin Benficalle summan olevan niin korkea, että jollei sitä lasketa, pysyvää siirtoa ei tule tapahtumaan. Benfica ei suostunut alentamaan hintapyyntöään, ja Fernandes palasi Portugaliin talven siirtoikkunan auettua.
Benfica onnistui kuitenkin löytämään toisen Fernandesista kiinnostuneen seuran, ja tammikuussa 2007 julkistettiin yhden kauden kattava lainasopimus niin ikään englantilaisen Evertonin kanssa. Siirrosta sopiminen oli monimutkaista, koska Fernandesin pelaajaoikeuksista osan omisti neuvotteluissa mukana olleiden kahden seuran ulkopuolinen taho eli Global Sports Investment -yhtiö, mutta hän teki ensiesiintymisensä Evertonissa lopulta 10. helmikuuta, 1–0-voittoon päättyneessä Blackburnia vastaan pelatussa ottelussa. Hänestä tuli nopeasti yksi kannattajien suosikeista. Ensimmäisen liigamaalinsa Fernandes teki 24. helmikuuta Watfordia vastaan ja seuraava syntyi 28. huhtikuuta sarjajohtaja ManU:a vastaan. Upea täysosuma ei kuitenkaan riittänyt ManU:n tehtyä neljä maalia ottelun viimeisen puolituntisen aikana ja pelin päätyttyä 4–2.
Myös Evertonin manageri David Moyes oli vastahakoinen maksamaan Benficalle 12 miljoonaa euroa pysyvästä siirrosta, joten Fernandes palasi jälleen kotimaahansa vuonna 2007. Benficassa hän esitti useita hyviä otteita kauteen valmistautuessa. 8. elokuuta Everton teki kuuden miljoonan punnan arvoisen tarjouksen, jonka hyväksyminen julkistettiin 13. elokuuta. Tuolloin tarjouksen uskottiin käsittävän kuusi miljoonaa puntaa Benficalle vastineeksi Fernandesin pelaajaoikeuksien toisesta puolikkaasta, jolloin Evertonin olisi pitänyt neuvotella toisesta puolesta erikseen GSI:n kanssa. Myöhemmin kerrottiin, että Everton olisi ollut halukas ostamaan Fernandesin 12 miljoonalla, mikäli sillä olisi saanut pelaajaoikeudet kokonaisuudessaan. 14. elokuuta tuli julkisuuteen tieto, jonka mukaan Fernandes oli lentänyt Englantiin varmistamaan siirtoa.
Pysyvä siirto Evertoniin kariutui GSI:n omistaman puolikkaan aiheuttamiin monimutkaisuuksiin ja siihen, että Valioliiga ei sallinut siirtoa, jossa Everton omistaisi vain puolet oikeuksista. Seura osoitti tyytymättömyytensä liigan kantaan, koska Anderson, Carlos Tévez ja Javier Mascherano olivat kaikki siirtyneet Valioliigaan samanlaisilla sopimusehdoilla.
26. elokuuta Fernandes allekirjoitti Valencian kanssa kuusivuotisen sopimuksen. Siirtoon sisältyi noin 17 miljoonan punnan siirtokorvaus Benficalle. GSI:lle jäi kuitenkin yhä puolet pelaajaoikeuksista. Evertonin johtokunnassa tämä aiheutti hämmästystä, sillä Fernandes oli antanut suullisen lupauksen siirrosta englantilaisseuraan, ja ollut jopa seuraamassa 25. elokuuta seuraamassa Evertonin ottelua Blackburniä vastaan. Valenciassa hän teki ensiesiintymisensä tultuaan vaihdosta kentälle vierasottelussa Almeríaa vastaan 2. syyskuuta.
Tammikuussa 2008 Fernandes siirtyi jälleen Evertoniin, loppukauden kestävällä lainasopimuksella.
Palattuaan Valenciaan Fernandes siirtyi lainasopimuksella turkkilaiseen Beşiktaşiin. Tällä hetkellä hän edustaa Turkin Beşiktaşia.