Ratchet & Clank 2: Going Commando
Juoni

Ratchet & Clank: Going Commandon tarinan alussa Ratchetia ja Clankia haastatellaan suorassa lähetyksessä. Tämän päätyttyä Bogon-galaksissa suuryhtiö Megacorpin omalaatuinen toimitusjohtaja, Mr. Fizzwiget teleporttaa Ratchetin ja Clankin sohvineen Bogon-galaksiin, jossa he voivat kommunikoida Mr. Fizzwigetin kanssa. Hän kertoo Ratchetille ja Clankille, että jos he auttavat pelastamaan sinisen värisen ja karvaisen koe-eläimen naamioiuneelta varkaalta, hän antaa kaksikolle kaikenlaisia hienouksia. Suoritettuaan kommandokoulutuksen Ratchet lähtee yksin pelastamaan koe-eläintä planeetta Aranokselta, kun taas Clank lähtee Megapoliksen kaupunkiin, joka sijaitsee planeetta Endakolla. Ratchet onnistuu löytämään koe-eläimen lentävästä labrasta häkkiin vangittuna, mutta varas hämähäkkisotureineen yllättää Ratchetin.
Hän onnistuu ottamaan koe-eläimen mukaansa ja pakenee alukselleen. Ratchetin häivyttyä itsekin pois aluksesta näkyy video, jossa varas juttelee TV-radion kautta Ratchetin toisen tulevan vihollisen, Thugs 4-less -rikollisjärjestön johtajan kanssa. Myöhemmin Ratchet saa selville, että Clank on kaapattu omasta asunnostaan Megapoliksessa. Kaappaajaksi paljastuu varas. Videossa näytetään kuinka Clank isketään tajuttomaksi sähköiskulla. Ratchet lähtee Megapolikseen pelastamaan Clankia. Saavuttuaan Clankin vankihuoneen katonrajassa olevalle oviaukolle, varas työntää Ratchetin alas vankihuoneeseen, jossa Clank makaa tajuttomana. Ratchet palauttaa Clankin tajuihinsa, joka puolestaan pakenee huoneesta ilmastointikanavan kautta ja vapauttaa Ratchetin löytämänsä kytkimen avulla.
Parin planeetan jälkeen kaksikon täytyy mennä planeetta Notakille Canal Cityyn, jonne varas on vienyt koe-eläimen. He kuitenkin huomaavat, että he eivät ehtineet paikalle ennen varasta ja he toteavat sen myötä olevansa taas myöhässä. Kaksikko saa tietää tehtaalta löytyvästä tietokoneesta, että varas on paennut Siberiukselle, jossa he kohtaavat varkaan ja koe-eläimen, jonka varas on sitonut rakettiin, jonka hän aikoo laukaista avaruuteen. Kaksikko saa kuitenkin päihitettyä varkaan ennen kuin tämä ehtii toteuttaa aikeensa. Sen jälkeen he tapaavat Fizzwidgetin Tabora-planeetalla ja antavat koe-eläimen hänelle, mutta ”erehdyksen” takia Fizzwidget lennättää kaksikon heittoistuimilla maanalaiseen kaivokseen. Päästyään kaivoksesta ulos he kohtaavat taas varkaan, joka vaatii kaksikkoa luovuttamaan koe-eläimen itselleen mutta paljastaakin vahingossa oikean identiteettinsä Angela Crossiksi, naaraspuoliseksi Lombaxiksi. Angela kertoo koe-eläimen olevan uhka galaksille ja antaa kaksikolle vihjeen Dobbo-planeetalla sijaitsevasta testilaitoksesta. Siellä kaksikko löytää nauhoitteen, jossa koe-eläimen sanotaan olevan hyvin vaarallinen.
Mentyään muutaman planeetan läpi kaksikko matkustaa Todano-planeetalle Megacorpin asevarastolle etsimään Fizzwidgetiä. Angela ottaa heihin kuitenkin yhteyttä ja lähettää raportin siitä, että koe-eläin aiotaan myydä tuotteena  nimellä Protolemmikki, ja että nyt Megacorpille työskentelevä Thugs 4-less on kaapannut hänen oman lentävän laboratorion. Hän kertoo Fizzwidgetin olevan Boldanilla. Siellä kaksikko kuitenkin törmää Thugs 4-lessin johtajan ja hänen muutaman apurin järjestämään ansaan. Thugs 4-less pidättää kaksikon ja vie heidät kaappaamansa lentävän laboratorion vankiloihin. Paettuaan laboratorion vankiloista he näkevät taas uuden raporttivideon, jossa Thugs 4-less kaappaa Angelan. Ratchetin ja Clankin mentyä yhden planeetan läpi, he menevät Thugs 4-lessin tukikohtaan planeetta Snivelakille, jossa he tuhoavat sekä Thugs 4-lessin johtajan että hänen jättirobottinsa. Vapautettuaan Angelan tämä paljastaa olleensä Megacorpille työskentelevä geenitutkija, joka yritti korjata protolemmikin vikoja ennen kuin Fizzwidget siirsi sen julkaisupäivää lähemmäksi. Tämän jälkeen kaksikko matkustaa Megacorpin jakelulaitokselle planeetta Smolgiin, jossa heidän on estettävä Protolemmikkien kuljetus, samalla kun Angela matkustaa kotiplaneetalleen Grelbinille etsiäkseen Megacorp-henkilökorttinsa. Angela ottaa kaksikkoon yhteyttä ja kertoo löytäneensä sen, mutta samalla protolemmikkejä on päässyt valloilleen ympäri galaksia.
Ratchet ja Clank menevät planeetta Greldinille, jossa heidän täytyy pelastaa Angela ja hänen kotinsa Protolemmikkien piirityksiltä, joista on ollut yhdellä aiemmallakin planeetalla kauhea riesa niiden asukkaille. Pelastettuaan Angelan, kaksikko saa häneltä henkilökorttinsa, jota he tarvitsevat seuraavassa kohteessa. Yeedil-planeetalla sijaitsee Megacorpin päämaja. Siellä heidän täytyy päästä laboratorioon, jossa he voivat saada kaikki protolemmikit ohjelmoitua hyviksi ja tuhoa aiheuttamattomiksi lemmikeiksi. Päästyään paikalle, kapteeni Qwark yllättää Ratchetin, Clankin ja Angelan, riisuuntumalla Mr.Fizzwidgetiä esittävästä vale-asusta. Qwark itse oli Protolemmikkien jakelun takana, jotta voisi pelastaa galaksin niiltä ja palauttaa maineensa sankarina. Sen jälkeen Qwark yrittää muuttaa yhden protolemmikin hyväksi, mutta siinä käykin erehdys ja se muuttuu mutanttiprotolemmikiksi, joka nielaisee Qwarkin. Kaksikon päihitettyä mutanttiprotolemmikin Qwark lentää sen sisältä ulos. Oikea Fizzwidget, jonka Qwark oli sitonut siivouskomeroon, saapuu paikalle. Sitten he pienentävät mutanttiprotolemmikin takaisin normaaliksi ja hyvänpuoliseksi, minkä he tekevät myös kaikille muille galaksissa oleville protolemmikeille.
Lopuksi Ratchet, Clank ja Angela ovat Megapoliksella Clankin asunnossa, jossa he miettivät, mitä Qwarkille tapahtui. Pelaajalle ja kaksikolle selviää, että hän on töissä Megacorpilla, jossa hän joutuu loppujen lopuksi Crochitizer-nimisen laitteen testaajaksi.