Ghost in the Shell – aaveääni
Juoni

Elokuva sijoittuu vuoteen 2029 ja kuvitteelliseen New Port -nimiseen kaupunkiin. Elokuvan maailmassa käytännössä kaikkia ihmisiä on muokattu kyberneettisillä implanteilla, joiden kautta he voivat kytkeytyä suoraan tietoverkkoihin. Tarinan päähahmo on kyberturvallisuuteen keskittyvän Julkisen turvallisuusosasto 9:n poliisiupseeri "Majuri" Motoko Kusanagi, jonka keho on aivoja lukuun ottamatta täysin keinotekoinen. Hänen työtovereitaan ovat muun muassa kyberneettisillä raajoilla ja silmillä paranneltu Batou, lähes täysin "luonnollinen" Togusa, osaston johtaja Aramaki sekä informaatioasiantuntija Ishikawa.
Osasto 9 jahtaa Nukkemestariksi kutsuttua vaarallista kyberterroristia, joka kykenee murtautumaan ihmisten kyberneettisten aivojen kautta heidän "aaveisiinsa" (elokuvan maailmassa käytetty termi tietoisuudelle) ja siten manipuloimaan heidän muistojaan ja mieliään. Motoko ja hänen työtoverinsa havaitsevat, että joku yrittää tunkeutua tietoverkkoon julkisiin tietokonepäätteisiin asennetun ohjelman avulla, ja epäilevät päätteiden sijainnin perusteella syylliseksi roskakuskia. Osasto 9 pidättää roskakuskin ja pidätyksen aikana tulen avanneen ohikulkijan. Roskakuski väittää, että hän halusi murtautua vaimonsa mieleen vahvistaakseen epäilynsä vaimon uskottomuudesta ja saaneensa ohjelman baarissa tapaamaltaan ohjelmoijalta, mutta Osasto 9:n selvittäessä miehen taustoja selviää, ettei hänellä ole ikinä ollutkaan vaimoa. Osasto 9 päättelee, että roskakuskin ja ohikulkijan mieliä oli manipuloitu ja että teon takana on hyvin todennäköisesti Nukkemestari.
Eräänä yönä tehdas hakkeroidaan valmistamaan kyberneettinen keho. Keho aktivoituu ja pakenee tehtaasta mutta jää rekan alle, jolloin se viedään Osasto 9:lle tutkittavaksi. Osasto 9 havaitsee kehon kyberaivoissa "aaveen" kuten ihmisellä. Japanin ulkoministeriön alaisuudessa toimiva tiedusteluun keskittyvä Osasto 6 kertoo, että he järjestivät kyberkehon valmistuksen syötiksi Nukkemestarille, ja vaatii, että sen tutkinta luovutetaan heille. Keho aktivoituu uudelleen ja ilmoittaa olevansa Nukkemestari, oikealta nimeltään "Projekti 2501". Tämä kertoo olevansa tietoisuuden saavuttanut tekoäly, joka haluaa turvapaikan taholta, joka pyrkii tuhoamaan tämän, ja pyrkineensä ainoastaan suojelemaan itseään. Pian Osasto 6 tunkeutuu Osasto 9:n päämajaan ja varastaa kyberkehon.
Ishikawa selvittää, että Nukkemestari luotiin Japanin ulkoministeriön aloitteesta tiedustelua ja poliitikkojen manipulointia varten, mutta se karkasi heidän hallinnastaan ja Osasto 6 pyrkii estämään tapausta tulemasta julki.
Motoko jäljittää kyberkehon varastaneet agentit hylättyyn rakennukseen, mutta rakennusta vartioi suuri, hämähäkkimäinen sotilasrobotti. Motoko vaurioituu pahasti taistelussa ja melkein tuhoutuu kokonaan, mutta Batou pelastaa hänet. Motoko pyytää Batouta kytkemään hänet kyberkehoon, jotta hän voisi kohdata Nukkemestarin henkilökohtaisesti. Nukkemestari kertoo haluavansa yhdistää tietoisuutensa Motokon kanssa, koska hänen mukaansa jokaisen elävän olennon tavoitteena on lisääntyä ja aikanaan kuolla. Hän kokee, että yhdistyminen siirtäisi osan hänen tietoisuuttaan eteenpäin samoin kuin elävät olennot siirtävät perimäänsä lisääntymällä ja mahdollistaisi lopulta myös kuoleman. Motoko suostuu Nukkemestarin pyyntöön.
Osasto 6 saapuu paikalle helikoptereilla tarkoituksenaan tuhota Nukkemestari ja Motoko. Tarkka-ampujat onnistuvat tuhoamaan Nukkemestarin, mutta Batou laittaa kyberneettisen kätensä luodin eteen, jolloin kimpoava luoti onnistuu ainoastaan irrottamaan Motokon pään vaurioittamatta kuitenkaan hänen aivojaan. Osasto 6 kuitenkin uskoo suorittaneensa tehtävänsä ja lähtee.
Motoko herää Batoun kotoa ja huomaa, että Batou on siirtänyt hänen tietoisuutensa uuteen ruumiiseen. Batou kertoo, että tapauksen käsittelystä päästiin kompromissiin: ulkoministeri eroaa virastaan ja Osasto 6:n kyseenalainen toiminta tutkitaan. Vastineeksi Osasto 9 on tapauksesta vaiti ja julkisuudessa asiaa käsitellään terrorismina. Batou tarjoaa Motokolle mahdollisuutta pysyä hänen luonaan niin kauan kuin hänen tarvitsee totutellakseen uuteen ruumiiseensa, mutta Motoko kieltäytyy ja lähtee. Lopussa Motokon monologista selviää, että Nukkemestarin ja hänen oma tietoisuutensa yhdistyivät onnistuneesti ennen Nukkemestarin ruumiin tuhoutumista ja että hän ei ole enää kumpikaan heistä, vaan molemmat, ja täten aivan uusi henkilö.