Johannes XXIII
Paavina vuosina 1958–1963 > Vatikaanin toinen kirkolliskokous

Paavi yllättikin kardinaalinsa ilmoittamalla näille tammikuussa 1959, että aikoi kutsua koolle Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen. Tämä oli yllättävää, sillä Vatikaanin ensimmäisen kirkolliskokouksen jälkeen, jossa paavi julistettiin opiltaan erehtymättömäksi, luultiin ettei uutta kirkolliskokousta enää tarvittaisi. Aluksi paavillinen kuuria yritti jarruttaa kirkolliskokouksen koolle kutsumista ilmoittamalla järjestelyjen kestävän vuosikymmeniä, mutta paavi pysyi päätöksessään.
Jo kahden vuoden kuluttua 11. lokakuuta 1962 järjestelyt oli tehty ja kirkolliskokous saattoi alkaa. Poikkeuksellisesti mukaan oli kutsuttu myös kahdentoista muun kristillisen kirkon edustajia – tosin heidät oli kutsuttu vain virallisiksi tarkkailijoiksi. Paikalla oli yhteensä noin 2 400 piispaa, jotka olivat tulleet paikalle 136 eri valtiosta. Paavin avajaispuhetta kuuntelemassa ollut suomalainen Seppo Teinonen selosti sitä seuraavanlaisesti:
»Paavi selvitteli konsiilin alkuperää ja tehtäviä ja mainitsi, että hän on työssään joutunut kohtaamaan epäviisaasti ajattelevia henkilöitä, jotka uskovat asioiden kehittyvän huonoon suuntaan ja näkevät nykyajassa vain pahaa. Tällaiset ”onnettomuuksien ennustajat” erehtyvät ja pettävät itseään. Jumalan kaitselmus on pikemminkin johtamassa ihmiskuntaa uuteen järjestelmään.
Tässä tilanteessa kirkolliskokouksen tehtävänä on varjella kristillistä oppia ja esittää se entistä tehokkaammin. Konsiilia ei ole kuitenkaan kutsuttu koolle vain selvittämään ja toistamaan vanhaa oppia, mihin tehtävään ei tarvita kirkolliskokousta. Katolinen kristikunta odottaa sen sijaan vanhan opin uutta soveltamista nykyajan olosuhteisiin. On nimittäin kyettävä tekemään ero uskon sisällön ja sen formulaation välillä. Sillä uskon talletus on yksi asia, ja tapa, jolla se ilmaistaan, on toinen asia.
Samalla on muistettava, että opetusviralla on ennen kaikkea pastoroliaalinen luonne. Siksi Kristuksen morsian käyttää nykyään torjuessaan erehdyksiä mieluummin ”armeliaisuuden lääkettä” kuin ankaruutta, sillä kokemus on osoittanut, ettei asioita voida ratkaista ulkonaisella voimalla.»
Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen järjestäminen oli annettu paavillisen kuurian tehtäväksi. Kokouksen ensimmäisessä istunnossa oli tarkoitus valita eri komissioiden jäsenet, ja kuuria olikin valmistellut tätä varten 180 nimen listan hyväksyttäväksi. Jo ensimmäisessä istunnossa kävi kuitenkin selväksi, että kirkolliskokous päätti toimia itsenäisesti ja ottaa kokouksen ohjat haltuunsa. Kuurian valmiita listoja ei hyväksytty, koska Kölnin ja Lillen kardinaalit ehdottivat vaalin siirtämistä muutaman päivän päähän, jotta piispat voisivat keskustella asiasta. Kolmen päivän kuluttua pidetyn vaalin jälkeen komission kokoonpanot olivat erilaiset, kuin mitä kuuria oli ehdottanut. Tapaus osoitti, että kirkolliskokous ei tulisi menemään kuurian tahtiin, vaan toimisi itsenäisesti.
Paavi Johannes XXIII antoi kirkolliskokouksen toimia vapaasti, eikä pyrkinyt vaikuttamaan sen työskentelyyn. Hän antoi kuitenkin ymmärtää, että kannatti kirkolliskokouksen uudistusmielistä enemmistöä. Esimerkiksi kirkolliskokouksen käsitellessä sitä, voidaanko katolinen messu toimittaa muullakin kielellä kuin latinaksi, piti paavi saarnansa italiaksi. Kyseinen saarna myös koski 1500-luvulla eläneen Milanon piispa Carlo Borromeon uudistuksia.
Sulkiessaan kirkolliskokouksen ensimmäisen istuntokauden paavi oli jo kuolemansairas, eikä tullut näkemään seuraavaa istuntokautta. Kokous oli kuitenkin jo saanut suuntaviivat.
Kirkolliskokouksen hyväksi tekemänsä työn ohella paavi Johannes XXIII myös julisti Fidel Castron pannaan 3. tammikuuta 1962 vuoden 1949 päätöksen mukaan, jossa Pius XII kielsi katolilaisia tukemasta kommunistisia hallituksia.