Isaacus Rothovius
Rothoviuksen kirkollinen toiminta Suomessa > Turun piispanvaaliin vaikuttaneet syyt > Suomen papisto ja Sorolainen kahden tulen välissä

Juhana III:n ja Kaarle-herttuan taistellessa vallasta piispa Sorolainen oli asettautunut ensin kuninkaan ja myöhemmin kruununperijä Sigismundin puolelle. Kun Juhana III oli 1592 kuollut, Kaarle-herttua kutsui koolle kirkolliskokouksen Upsalaan 1593 pohtimaan sitä, miten ehkäistä katolisuuden uhkaa Ruotsissa. Pelko ei ollut aiheeton, sillä vastauskonpuhdistus oli jo osoittanut voimansa.
Vaikka kokous nimellisesti oli kirkolliskokous, sillä oli kuitenkin myös valtiollinen luonne, sillä mukana oli Kaarle-herttuan lisäksi yhdeksän valtaneuvoston jäsentä. Kokouksen puheenjohtajana toimi aiemmin Juhanan vangitsema ja vastaavasti sittemmin Kaarle-herttuan palkitsema Nicolaus Botniensis. Myös kiivaimpiin Juhanan liturgian vastustajiin kuulunut Petrus Jonae sai keskeisen sijan katolisuuden vastaisen taistelun linjausten teossa. Suomea edustanut Sorolainen, joka aiemmin oli kannattanut Juhanan liturgiaa, sanoutui siitä irti ja selitti siihen suostuneensa, koska
»ei ollut pitänyt sitä oikean opin vastaisena» 
(Sorolainen)
Paikalla olleiden noin kolmensadan papin ja neljän piispan lisäksi myöhemmin yksin Suomessa kokouksen julkilausuman allekirjoitti myöhemmin Turun pappiskokouksen yhteydessä 1593 liki kaksisataa pappia. Aatelisista vain 33 allekirjoitti päätöksen, ennen muuta johtavan ylimyksen Klaus Flemingin puuttuminen tuosta joukosta oli merkittävää.
Vaikka Sorolainen olikin Ruotsissa tuominnut Juhanan liturgian, ei tilanne Suomessa ollut piispalle helppo, sillä Suomen käskynhaltija Klaus Fleming ja muu maan vaikutusvaltaisin aateli oli Sigismundin politiikan vankkumattomia kannattaja. Valtapoliittisten erimielisyyksien lisäksi piispa joutui liturgisissa asioissa erimielisyyksiin Flemingin kanssa, joka suosi rikasmuotoista jumalanpalvelusjärjestystä ja joka myös osasi taitavasti hyödyntää kansan keskuudessa vanhojen seremonioiden yhä saamaa kannatusta.  Sorolaisen ja Flemingin riita koski myös kirkon itsenäisyyttä. Tilanne kiristyi entisestään 1595 pidettyjen Söderköpingin valtiopäivien jälkeen. Valtiopäivillä päätettiin ottaa käyttöön yksinkertaisemmat kirkkomenot, ja puolustaessaan näitä päätöksiä Turussa 1596 Sorolainen ärsytti yhä enemmän Flemingiä. Vuosina 1596–1597 käydyn nuijasodan aikana joutui papisto entistä vaikeampaan asemaan Kaarle-herttuan yllyttämien talonpoikien ja Flemingin välillä. Nuijamiesten tärkeimmällä alueella Etelä-Pohjanmaalla monet papit asettautuivat talonpoikien puolelle, mutta piispa ei itse asiassa missään vaiheessa luopunut aiemmasta Sigismundille uskollisesta kannastaan. Kun sitten valtataistelu kääntyi lopulta Kaarle-herttuan voitoksi, Sorolainen tunnusti tämän lailliseksi vallanpitäjäksi.
Piispa Sorolaisen tuki ensin Juhana III:lle, sitten Upsalan kokouksessa Kaarle-herttualle, sen jälkeen Juhanan pojalle Sigismundille ja lopulta jälleen Kaarle-herttualle aiheutti sen, että Kaarle-herttua tunsi syvää epäluottamusta Suomen papistoa ja erityisesti Sorolaista kohtaan.Valtaan tultuaan Kaarle-herttua ei suopunut helposti suomalaisiin ja Linköpingin valtiopäivillä piispa sekä kaikki Suomen kirkkoherrat oli haastettu syytettyjen penkille. Herttuan viha Suomen papistoa kohtaan lauhtui hitaasti ja lopulta vaatimukset raskaista rangaistuksista lievenivät ja papit pääsivät pääasiassa sakoilla, mutta piispa joutui joksikin ajaksi vankeuteen.
Upsalan arkkipiispalle lähettämässään kirjeessä herttua kehotti tätä hankkimaan 50–60 ruotsalaista pappia Suomeen lähetettäväksi, koska tämän maankolkan papit olivat paavillisen hapatuksen vallassa ja harjoittivat yhä taikauskoisia kirkonmenoja.