Irakin sota vuoden 2003 hyökkäyksen jälkeen
Vastarinnan synty

Yhdysvaltain armeija metsästi tappaen ja vangiten n 200 baath-puolueen johtohenkilöä surmaten 22. heinäkuuta 2003 Saddamin pojat Udayn ja Qusayn. Koska baath-puolue oli ollut niin laaja, liittouma ei tietenkään kyennyt kukistamaan sitä täysin. Alussa vastarintaa tekivät Irakissa lähinnä baath-vetoisen salaisen poliisin ja armeijan rippeiden luomat sissiryhmät. 28. huhtikuuta Saddamin syntymäpäivänä muutama sata miestä, naista ja lasta osoitti mieltään miehittäjiä vastaan. Irakilaiset sanoivat mielenosoittajien olleen aseettomia, vaikka lähistön kaduilla ammuskeltiinkin. Yhdysvaltojen sotilaat sanoivat nähneensä joillain mielensoittajilla Kalašnikov AK-47-rynnäkkökivääreitä, joilla nämä ammuskelivat. Fallujan pormestarin mukaan väkijoukossa oli Saddamin hallintoa hajalavia provokaattoreita, jotka ampuivat Yhdysvaltojen sotilaita kohti ja pakenivat nopeasti pois. Joka tapauksessa Yhdysvaltain joukot avasivat tulen tappaen yli kymmenen ja haavoittaen kymmeniä muita. Tämä välikohtaus käynnisti väkivaltaisen kapinoinnin Fallujassa.
Toukokuussa liittouman luoma miehityshallinto lakkautti baath-puolueen ja erotti sen jäseniä viroista, mikä jätti monia baathisteja työttömiksi ja tyytymättömiksi. Saddamia kannattavat baathistit ja häntä vastustavat sunninationalistit alkoivat kesällä 2003 toimia enenevässä määrin juuri Fallujassa, mutta myös Tikritissä ja Mosulissa.[lähde? ]
Vastarintaryhmät hyökkäilivät liittouman partioita vastaan. Yhdysvaltain Irakin-joukkojen komentaja myönsi käyvänsä sotaa sissejä vastaan 16. kesäkuuta 2003. Yhdysvaltojen vastatoimet mm. levottomassa al Anbarin provinssissa olivat yleensä epäonnistuneita ja niissä kuoli irakilaissiviilejä, joita oli monesti taistelutilanteessa vaikea erottaa terroristeista ja vastarintamiehistä. Tämä lisäsi sunnien keskuudessa liittouman vastustusta.[lähde? ]
Yhdysvallat pyrki monesti vastaamaan kovemmin ottein kapinallisten hyökkäykseen, muun muassa kranaatinheitintuli kostettiin raskaalla tykistöllä, pudottamalla pommeja ilmasta asekätköihin jne.[lähde? ]
Yhdysvaltojen sotilaat olivat monesti tavallista väestöä kohtaan tylyjä, saattoivat sisään tullessaan hajottaa oven ja yöllä ravistella hereille miehen, jolla ei ollut mitään tekemistä vastarinnan kanssa. Sotilaat myös rikkoivat joissain tapauksissa törkeästi ihmisoikeuksia. Eräässä ilmi tulleessa tapauksessa myöhään marraskuussa 2003 amerikkalaiset sotilaat tunkivat hakkaamisten ja kuulustelujen jälkeen irakilaisen 56-vuotiaan kenraalimajurin Abed Hamed Mowhoushin makuupussiin sidottuna ja hakkasivat hänet kuoliaaksi
Yhdysvallat vangitsi Saddamin maakuopasta 13. joulukuuta 2003. Saddamin kohtelu herätti vihaa ja mielenosoituksia al Anbarin provinssissa Fallujassa ja Ramadissa. Näihin aikoihin vastarinta siirtyi baathisteilta enemmän islamilaisille pyhän sodan kannattajille.
Nämä jihadistit olivat vain osin ulkomaisista koostuvia terrori-iskuja tekeviä sunniryhmiä. Jihadistit hyökkäsivät alussa ulkomaisia kohteita vastaan. Ensimmäinen jihadistien pommi, ei-itsemurhatyyppinen räjähti Jordanian suurlähetystössä. Pian tämän jälkeen ensimmäinen terroristien itsemurhahyökkäys kohdistui YK:n avustusryhmän päämajaan Bagdadissa 19. elokuuta 2003. Irakin al Qaidan johtaja Abu Musab Zarqawi väitti tehneensä iskun, mutta varmaa tämä ei ole. Kymmenen päivän päästä johtava šiiapoliitikko Ayatollah Mohammed Baqr al Hakim kuoli autopommi-iskussa 90 muun kanssa, mistä monet šiiat syyttivät Saddamin tukijoita. Yhdysvaltain armeija vangitsi 13. joulukuuta 2003 Saddam Husseinin, joka oli piileksinyt maakuopassa pienessä Ad-Dawrin maaseutukaupungissa Tikritin lähellä.[lähde? ]