Thief: Deadly Shadows
Juoni

Peli alkaa, kun Garrett varastaa harvinaisen opaalin erään aatelisen linnasta. Garrettin myytyä opaalin häneen ottaa yhteyttä Vartija Artemus, joka pyytää häntä varastamaan kaksi artefaktia; Rakentajan Maljan ja Sakaalintassun. Vastalahjaksi Garrett pääsee tutustumaan Vartijoiden ennustuksiin. Kuultuaan tulossa olevasta Synkästä Ajasta, Garrett saa tietää että eräässä kadonneessa kirjassa, Häpeän Tiivistelmässä, kerrotaan lisää asiasta. Garrett onnistuu varastamaan kirjan, sen avaamiseen tarvittavan "Glyfin" ja kolmannen artefaktin, Kurshokin kruunun. Vartijat lukevat Tiivistelmän ennustusta, jossa sanotaan eräässä kohtaa: "Kun ajan kulku seisahtuu, paha osoitetaan kaikkien nähtäväksi". Garrett ei halua odottaa. Hän tajuaa, että ennustus saattaa viitata kaupungin kellotornin pysähtymiseen ajan itsensä sijasta, ja sabotoi kellotornin koneistoa. Kello pysähtyy, mutta kellotorni sortuu. Kaatunut torni näyttää osoittavan suoraan Ylivartija Orlandin toimistoon.
Caduca, Vartijoiden ennustusten tulkki, murhataan. Orland syyttää siitä Garrettia ja järjestää oikeudenkäynnin, jossa Garrett "todetaan" syylliseksi. Garrett onnistuu pakenemaan, mutta Orland lähettää hänen peräänsä telepaattisesti kommunikoivan salamurhaajaeliittiyksikön, Vartijoiden Valvojat. Ryhmä ystävällisiä Vartijoita tapaa Garrettin ja kertoo, että kellotornin jäännökset muodostavat nuolen, joka osoittaakin Vartijoiden kirjastoon. Orland aikoo ylentää nuoren Gamall-nimisen tytön tulkiksi korvaamaan Caducan. Garrett uskoo, että Orland on ennustuksessa mainittu "uskonveli ja petturi", joten hän palaa Vartijoiden asuinalueen autioituneeseen alempaan kirjastoon, ja löytää itselleen tarkoitetun lapun. Tämän jälkeen Garrett kohtaa salaperäisen vanhan naisen, joka käyttää glyfitaikuutta herättääkseen läheiset Vartijoiden patsaat eloon. Nainen käskee patsaita etsimään Garrettin ja tappamaan hänet. Garrett pääsee pakoon väijytyksestä, mutta nainen katoaa.
Garrett vierailee komisario Dreptin luona ja kertoo vanhasta naisesta, jonka Drept tunnistaa Noidaksi. Drept neuvoo Garrettia tutkimaan hylättyä Shalebridge Cradlea, koska Drept näki Noidan alun perin siellä. Cradle oli alun perin orpokoti, sittemmin se muutettiin mielisairaalaksi. Rakennus hylättiin sen jälkeen, kun siellä syttyi kaikki sairaalan asukkaat tappanut tulipalo, ja siitä tuli synkkä kummitustalo. Cradlen ullakolta Garrett löytää nuorta Gamall-tyttöä esittävän maalauksen ja tämän hohtavan hengen. Gamallin nimi onkin oikeasti Lauryl. Henki pyytää, että Garrett auttaisi sitä pakenemaan; tämä onnistuisi etsimällä hengen vanhat tavarat ja poistamalla ne rakennuksesta. Tehdäkseen tämän Garrett matkustaa häkin avulla menneisyyteen mukanaan jollekin mielisairaalan potilaalle kuuluva esine, ja muuttuu tämän potilaan näköiseksi. Garrett ei kuitenkaan pysty enää itse lähtemään, koska Cradle muistaa hänet nyt. Garrett menee menneisyyteen omana itsenään ja huijaa Cradlen "luulemaan", että hän teki itsemurhan hyppäämällä korkean tornin ikkunasta, vaikka tosiasiassa hän laskeutuu turvallisesti pihalle nykyajassa. Laurylin henki johdattaa Garrettin salaiselle haudalleen, jonka Noita on peittänyt taikaglyfeillä - tämän vuoksi Noita voi käyttää Laurylin ulkomuotoa. Vuosia sitten Noita tappoi Laurylin tullakseen tulkiksi, jotta voisi käyttää Glyfejä hyväkseen ja tuhota Vartijat. Garrett pesee glyfit pois Laurylin haudalta tämän omalla verellä. Gamall-noita, jota ollaan juuri vihkimässä tulkiksi, menettää valeasunsa ja paljastuu kauhistuttavaksi hirviöksi. Hän hyökkää Vartijoiden kimppuun, tuhoaa kirjaston ja pakenee.
Noita on löytänyt Viimeisen Glyfin ja varastanut kaksi artefaktia Vartijoilta. Orland haluaa Garrettin etsivän Gamallin piilotetun tukikohdan, selvittävän miksi hän haluaa artefaktit, tappavan hänet ja tuhoavan Viimeisen Glyfin. Gamallin maanalaisessa piilopaikassa Garrett varastaa takaisin Maljan ja Tassun sekä löytää Gamallin vuosia sitten piilottaman Avaamisen Glyfin. Vartija Artemus tulee myös Gamallin piilopaikkaan, ja karttaa lukemalla hän ja Garrett selvittävät että viisi artefaktia - Silmä, Sydän, Kruunu, Malja ja Tassu - on asetettava tiettyihin paikkoihin ympäri kaupunkia Viimeisen Glyfin aktivoimiseksi. Viimeinen Glyfi luotiin aikoinaan siltä varalta että Glyfejä käytettäisiin pahaan; aktivoituna se tuhoaisi koko glyfitaikuuden ja Vartijoiden voiman. Garrett menee Wieldstromin museoon Auldalessa varastaakseen loput kolme artefaktia, ennen kuin Noita löytää ne itse. Vartija Artemus odottaa Garrettia museon ulkopuolella ja pyytää tätä antamaan artefaktit hänelle. Orland kiirehtii paikalle ja käskee Garrettia aktivoimaan Viimeisen Glyfin, ei tuhoamaan sitä. Vartija Artemus paljastuukin Noidaksi valepuvussa ja tappaa Orlandin. Garrett pääsee pakoon.
Garrett sijoittaa Artefaktit oikeille paikoilleen ja aktivoi Viimeisen Glyfin, jolloin kaikki Vartijoiden glyfitaikuus tuhoutuu. Vartijoiden avainsymboli palaa Garrettin käteen hänen asettaessaan viimeisen artefaktin, mikä paljastaa Garrettin Vartijoiden ennustuksissa mainituksi Ainoaksi Todelliseksi Vartijaksi. Noita ja hänen kävelevät patsaansa menettävät kaiken glyfivoimansa. Kaikki taikaglyfit Vartijoiden kirjoissa katoavat, ja Vartijoiden kirjasto paljastuu kansalaisille kun glyfitaikuus ei enää suojele sitä. Vasaranpalvojat löytävät Maljan linnakkeestaan Fort Ironwoodista, jonne Garrett asetti sen Viimeistä Glyfiä aktivoidessaan. Samoin Pakanat löytävät Tassun alueeltaan satamista, jonne Garrett vei artefaktin.
Loppukohtauksessa Garrett saa kiinni nuoren tytön, joka yrittää varastaa hänen taskustaan. Hän sanoo: "Ei ole helppoa nähdä Vartijaa, varsinkaan sellaista joka haluaa pysyä piilossa", mikä viittaa nuoren Garrettin ensimmäiseen kohtaamiseen Vartija Artemuksen kanssa The Dark Projectissa.