Banaanikärpäsen nykyinen tutkimus
Tutkimusmenetelmiä

Käytännössä kaikkia modernin molekyylibiologian tutkimusmenetelmiä sovelletaan banaanikärpäseen. Esimerkkejä menetelmistä ovat muun muassa:
Tehokkaat mutaatiokartoitusmenetelmät, jotka perustuvat esimerkiksi SNP-markkereihin tai mikrosatelliitteihin
Muiden organismien kanssa homologisten geenien "poisto" (engl. gene knockout) ja muokkaus.
Geenien hiljentäminen RNAi-teknologialla
Erilaistumattomien solulinjojen ylläpito sekä niiden indusointi ja tutkimus
Geenien ekspressiotutkimus, erityisesti ekspression paikantamistutkimus
DNA-mikrosirujen (engl. DNA microarray) käyttö
Funktionaalinen genomiikka
Transgeenisten kärpästen tuotto
Geenit, jotka voidaan kytkeä "päälle" tai pois tietyissä kehitysvaiheissa tai kudoksissa
Geenien vuorovaikutusten tutkiminen FLP/FRT-menetelmällä
Erilaisten geenikirjastojen ja tietokantojen käyttö: mm. geenien transposonimutantit, cDNA-kirjastot, geeniekspressio- ja polymofismitietokannat
FlyBase, erittäin kattava tietopankki ja portaali muiden tietopankkien resursseihin
Klassisessa banaanikärpäsgenetiikassa genomiin on perinteisesti aiheutettu sattumanvaraisia mutaatioita. Tutkimalla suuria määrä mutantteja kärpäsiä voidaan niiden joukosta tunnistaa esimerkiksi haluttu sairauden fenotyyppi. Tämän jälkeen fenotyypin aiheuttava mutaatio on mahdollista, vaikkakin erittäin työlästä paikantaa. Muun muassa edellä mainitut muokkausmenetelmät yhdessä genomin tunnetun sekvenssin kanssa mahdollistavat myös monet huomattavasti vähemmän työläät lähestymistavat biologisten prosessien selvittämiseksi.
Koska koko banaanikärpäsen genomin sekvenssi tunnetaan, voidaan eri ominaisuuksien tunnistamisessa käyttää myös usein vähemmän työlästä käänteistä lähestymistapaa (engl. reverse genetics). Koska useiden geenien toiminta myös muissa organismeissa tunnetaan, voidaan kärpäseltä etsiä mahdollinen vastaava homologinen geeni ja aiheuttaa siinä mutaatioita. Jos homologista geeniä ei kärpäsellä ole, kehittyneet siirtogeenimenetelmät mahdollistavat esimerkiksi ihmisgeenin siirron kärpäseen. Usein käytetty tapa on nk. UAS-GAL4-geenisiirto, joka mahdollistaa banaanikärpäsen oman tai täysin vieraan lajin geenin ekspression kudoksissa, joissa sen tuotetta ei normaalisti synny.
Tautimallinnuksessa banaanikärpäsellä tehdään myös nk. geneettisiä seulontatutkimuksia, joiden menetelmän kehittämisestä Christiane Nüsslein-Volhard ja Eric Wieschaus saivat Nobelin lääketieteen palkinnon vuonna 1995. Seulontatutkimuksissa aiheutetaan sattumanvaraisia mutaatioita taudin oireita ilmentävän kärpäsen genomiin. Eristämällä yksilöt, joilla taudin ilmiasussa tapahtuu muutos voidaan löytää sairauden syntyyn vaikuttavia muita mutaatioita ja uusia geenejä. Menetelmällä onkin onnistu löytämään useita ennen tuntemattomia ihmisen tautigeenejä. Vastaavankaltaista menetelmää voidaan toki käyttää yleisesti minkä tahansa biologisen prosessin osatekijöihin vaikuttavien geenien paikantamiseen. Muita varsinkin lääketutkimuksessa käytettyjä menetelmiä ovat ehdokasgeenianalyysit ja lääkeaineiden seulontatutkimukset, jotka osaltaan perustuvat mahdollisuuteen kasvattaa ja valikoida suuria määriä kärpäsiä yksinkertaisesti ja edullisesti.
Nykyinen Drosophila-tutkimus onkin auttanut selvittämään monien biologisten prosessien taustalla piileviä tekijöitä. Esimerkiksi syövän, hermostorappeumasairauksien, käyttäytymisen, immuniteetin, vanhenemisen, monitekijäisen periytymisen ja alkionkehityksen vaiheita on tutkittu runsaasti banaanikärpäsellä.. Erityisesti ihmisten tautien tutkimuksessa banaanikärpänen on osoittautunut merkittäväksi koe-eläimeksi. Evoluution kuluessa samat molekulaariset yksiköt ja geenit, joita käytetään esimerkiksi soluviestintään ja organogeneesiin, ovat valikoituneet samaan käyttöön myös korkeammilla eliöillä kuten ihmisellä.