Ensimmäinen Vuoristo-Karabahin sota
Konflikti kärjistyy

Helmikuussa 1988 Vuoristo-Karabahin alueesta tuli Neuvostoliiton ensimmäinen alue, joka uhmasi suoraan keskushallinnon valtaa. Paikallisen neuvoston armenialaiset edustajat päättivät 20. helmikuuta esittää keskushallinnolle pyynnön Vuoristo-Karabahin liittämisestä Armeniaan. Politbyroo ei hyväksynyt pyyntöä, mutta liikkeelle lähti kehitys, jossa useat eri Neuvostoliiton alueet alkoivat antaa niiden hallinnollisena eliminä toimineille neuvostoille valtaa, kun niitä oli aiemmin pidetty vain kumileimasimina. Karabahin kysymys oli nyt myös noussut päivänpolitiikkaan. Vuoristo-Karabahin pääkaupungissa Stepanakertissa sijainneella elektronisten laitteiden osia valmistaneella tehtaalla järjestettiin Neuvostoliiton ensimmäinen lakko lähes 70 vuoteen. Lakko hidasti tai pysäytti radioiden ja televisioiden tuotannon muilla tehtailla muualla Neuvostoliitossa. Armenian pääkaupungissa Jerevanissa oli 18. helmikuuta aloitettu mielenosoitus ympäristöasioiden puolesta. Aluksi se keräsi vain muutaman sata mielenosoittajaa, mutta Karabahin tilanteen noustua esille mielenosoittajien määrä alkoi kasvaa päivittäin ja mielenosoitus muuttui luonteeltaan kansallismieliseksi. 25. helmikuuta mielenosoituksiin osallistui yli miljoona henkilöä, eli noin neljännes koko neuvostotasavallan väestöstä. Paikallinen kommunistinen puolue menetti otettaan ja valta alkoi siirtyä vastaperustetulle Karabahin komitealle, jonka johtaja Levon Ter-Petrosjan alkoi pian nostaa esille Karabahin tilanteen lisäksi muita poliittisia kysymyksiä.
Jännitteiden kasvaessa Karabahissa helmikuussa satoja azereja lähti Etelä-Armeniasta Azerbaidžaniin uhkailujen takia. Heidät sijoitettiin Sumqayıtin kaupunkiin Kaspianmeren rannalle. Kaupungissa järjestettiin armenialaisten vastaisia mielenosoituksia ja 28. helmikuuta väkijoukko alkoi hyökätä kaupungin armenialaisten koteihin. Neuvostojoukkojen onnistui palauttaa järjestys vasta 20 tuntia myöhemmin, jolloin 26 armenialaista ja 6 azeria oli jo saanut surmansa. Kaupungin 14 000 armenialaista pakenivat kaupungista. Armeniassa tapahtumia alettiin kutsua uudeksi kansanmurhaksi ja neuvostoviranomaisten salailu ja tapahtumien tutkinnan puute lisäsivät syttynyttä vihaa entisestään. Armenialaiset alkoivat nyt myös lähteä muualta maasta Armeniaan ja vastaavasti azereita muutti Armeniasta Azerbaidžaniin. Sumqayıtin tapahtumat toistuivat Bakussa 13. tammikuuta 1990 tapahtumissa, jotka tulivat tunnetuksi mustana tammikuuna. Azerimielenosoittajat, joiden mukana oli Armeniasta tulleita pakolaisia, hyökkäsivät kaupungin armenialaisia vastaan ja yli 90 henkilöä kuoli. Politbyroo päätti lähettää armeijan palauttamaan järjestystä ja panssarivaunut saapuivat kaupunkiin keskiyöllä 20. tammikuuta. Armeijan joukot ampuivat siviilejä ja jotkut paikalliset vastasivat tuleen. Tapahtumien päättyessä 120 bakulaista ja 21 sotilasta oli kuollut. Vaikka neuvostojoukkojen onnistui jälleen palauttaa järjestys, verenvuodatus johti mielenosoituksiin ja tuhannet polttivat julkisesti puolueen jäsenkirjansa.
Kesällä 1991 neuvostojoukot ja Azerbaidžanin poliisi yrittivät palauttaa järjestyksen Vuoristo-Karabahissa, mikä johti vielä pienimuotoisiin yhteenottoihin armenialaisten kanssa. Vallankaappausyritys Moskovassa elokuussa jätti valtatyhjiön, johon armenialaiset olivat varustautuneet azereja paremmin. Azerbaidžan julistautui itsenäiseksi 30. elokuuta, mutta vallassa pysyivät entiset puoluejohtajat, kuten maan ensimmäinen presidentti Ayaz Mütəllibov. Armenia oli sen sijaan valinnut jo vuonna 1990 Neuvostoliiton ensimmäisen kommunistisen puolueen ulkopuolelta muodostetun hallituksen Levon Ter-Petrosjanin johdolla. Maa järjesti läpimenneen kansanäänestyksen itsenäisyydestä 21. syyskuuta ja Ter-Petrosjan valittiin maan ensimmäiseksi presidentiksi 16. lokakuuta.
Vuoristo-Karabahista oli tullut nyt osa kansainvälisesti tunnustettua Azerbaidžanin valtiota. Armenia ei halunnut luopua alueesta, muttei myöskään halunnut että sitä syytettäisiin toisen itsenäisen valtion alueen valtaamisesta. Niinpä Vuoristo-Karabahin armenialaiset julistautuivat itsenäiseksi. Vaikka Armeniakaan ei virallisesti tunnustanut maata, se kuitenkin käytännössä hallitsi sen hallintoa ja armeijaa. Boris Jeltsin yritti keväällä 1991 välittää osapuolten välille rauhansopimuksen, mutta yritykset kariutuivat, kun azerbaidžailaisia virkamiehiä kuljettanut helikopteri ammuttiin alas. Tapahtumien jälkeen Bakussa äänestettiin Vuoristo-Karabahin autonomian lakkauttamisesta ja Stepanakert nimettiin uudelleen Xankəndiksi. Vuoristo-Karabahin armenialaiset vastasivat järjestämällä kansanäänestyksen itsenäisyydestä 10. joulukuuta. Azerien boikotoimassa äänestyksessä 99 % äänestäneistä äänesti itsenäisyyden puolesta. Kun vielä Neuvostoliitto lakkautettiin virallisesti 31. joulukuuta sota oli väistämätön.