Persona 3 The Movie
Elokuvat > Spring of Birth

6. huhtikuuta 2009 vanhempansa 10 vuotta sitten menettänyt Makoto Yuki saapuu Iwatodain kaupunkiin ja keskiyöllä salaperäinen ilmiö katkaisee kaupungin sähköt ja muuttaa taivaan vihreäksi, veden punaiseksi ja ihmiset ruumisarkuiksi. Välinpitämätön Makoto selvittää tiensä asuntolaan, jossa hän ensin allekirjoittaa salaperäisen pojan hallussa olevan sopimuspaperin. Ilmiön päätyttyä, Makoto tutustuu kahteen asuntolassa asuvaan tyttöön, Yukari Takebaan ja Mitsuru Kirijoon. Seuraavana aamuna hän aloittaa toisen lukiovuotensa Tatsumi Port Islandilla sijaistevassa Gekkoukanin lukiossa, jossa tutustuu myös Junpei Ioriin. Koulun toimikunnan puheenjohtaja Shuji Ikutsuki pyytää Yukaria ja Mitsurua pitämään Makotoa silmällä öisin, tutkiakseen tämän ”potentiaalin”. Makoto päätyy yöllä uniensa kautta Samettihuoneeksi kutsuttuun paikkaan, jossa hän tapaa pitkänenäisen miehen nimeltä Igor ja tämän assistentin, Elizabethin. Täydenkuun yönä 9. huhtikuuta lauma varjoiksi (Shadows) kutsuttuja hirviömäisiä olentoja hyökkää asuntolaan ja haavoittaa asuntolan neljättä asukasta, Akihiko Sanadaa. Makoto ja Yukari pakenevat katolle, missä Makoto kutsuu ensimmäistä kertaa persoonansa, Orfeuksen (Orpheus). Mutta sitten Orfeuksen sisältää ilmestyy toinen persoona nimeltä Thanatos, joka armottomasti tuhoaa tavallista suuremman Taikurin arkanan ('Magician Arcana) varjon.
Makoto on tajuttomana viikon ajan ja myöhemmin Yukari, Mitsuru, Akihiko ja Ikutsuki selittävät hänelle, että joka keskiyö tapahtuu ilmiö, jota kutsutaan ”pimeäksi tunniksi” ja jonka aikana varjot pystyivät liikkumaan. He pyytävät tätä liittymään ryhmään nimeltä SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad) ja taistelemaan varjoja vastaan, jotka altistavat ihmisiä ”Apatia-syndroomalle”, poistamalla ihmisiltä näidet psyykkeet. Pian tämän jälkeen myös Junpei liittyy SEESiin ja seuraavasta illasta alkaen Makoto, Yukari ja Junpei alkavat harjoitella voimiensa käyttöä ja selvittää pimeän tunnin alkuperää tutkimalla Tartarosta, tornia, joka ilmestyy Gekkoukanin tilalle aina pimeän tunnin aikaan. Makoto tutustuu myös Fuuka Yamagishiin, tyttöön, jota tämän ystävä, Natsuki Moriyama, oli alkanut kiusata. Täydekuun yönä 9. toukokuuta Mitsuru havaitsee rautatiellä toisen tavallista suuremman varjon. Makoto, Yukari ja Junpei lähetetään tuhoamaan se, mutta juna, johon he astuvat, lähtee liikkeelle ja Junpei yrittää kohdata Papittaren arkanan (Priestess Arcana) suuren varjon yksin. Makoto herättää Villikortti-kyvyn, jolla hän voi käyttää vaihtaa persoonaa kesken taistelun, ja Junpein avustuksella tuhoaa Papittaren ja pysäyttää junan.
30. toukokuuta Fuukan ja Natsukin kolme luokkatoveria altistuvat Apatia-syndroomalle ja Port Island Stationilla Akihikon ystävä Shinjiro Aragaki kertoo kuulleensa Fuukan kadonneen. Natsuki tunnustaa lukinneensa Fuukan liikuntasaliin, mutta että heidän mennessä vapauttamaan häntä, Fuuka oli kadonnut. SEES päättelee Fuukan päätyneen Tartarokseen ja he päättävät lähteä pelastamaan häntä, mutta Yukari pyytää elämänilotonta ja kaksijakoisesti käyttäytyvää Makotoa olemaan osallistumatta tehtävään. SEES onnistuu löytämään Fuukan ja Akihiko tajuaa tavallista suurempien varjojen esiintyvän vain täydenkuun aikaan. He joutuvat Keisarinnan (Empress Arcana) ja Keisarinn (Emperor Arcana) arkanoiden suurten varjojen hyökkäämiksi. Vanhempiensa kuolemaa muisteleva Makoto päättää pelastaa heidät ja SEES onnistuu voittamaan taistelun, kun Fuukan persoona Lucia pystyy analysoimaan varjojen heikkoudet. Fuuka liittyy SEESiin ja tekee sovinnon Natsukin kanssa. Makoton kanssa öisin kommunikoinut salaperäinen poika paljastaa nimensä olevan Faros (Pharos).