Fallout 3
Asetelma > Tarina

Peli on suunniteltu hiekkalaatikkotyyliseksi, ja pääjuoni on siten epälineaarinen. Pian pelaajan luoman hahmon täytettyä 19 vuotta hänen isänsä James katoaa hämärissä olosuhteissa. Pelin pääjuonena on löytää päähahmon kadonnut isä. Holvin valvojan jahdatessa pelaajaa, pitää hänen paeta holvista laajaan ulkomaailmaan jäljittämään isäänsä ensiksi radioasemalta, jonka jälkeen suuntana on Rivet City, hylätty lentotukialus, joka nyttemmin toimii ihmisten asuinpaikkana. Siellä pelaaja tapaa Doctor Lin, joka kertoo Project Puritysta, jonka suunnitelmana on poistaa säteily Tidal Basinin vedestä, mikä tarkoittaa elinympäristön elvyttämisen edesauttamista, sillä kasvien ja eläinten elämän ei uskota palaavan ennalleen jatkuvan säteilyn olemassaolon takia.
Tutkittuaan Project Purityn laboratorion, joka oli rakennettu Jeffersonin muistomerkin sisälle, pelaaja jäljittää isänsä Vault 112:een ja vapauttaa hänet virtuaalitodellisesta animaatiosta. Palattuaan takaisin Rivet Cityyn pelaajan isä ja Doctor Li palaavat Project Purity -laboratorioon, jossa James kertoo pelaajalle, että Project Purityn katalysaattorina toimii Garden of Eden Creation Kit (G.E.C.K.). Pelaajan auttaessa Jamesia laittamaan laboratorion laitteita kuntoon Enclave saapuu paikalle, jonka seurauksena James tappaa itsensä ja useita Enclaven sotilaita massiivisella säteilyannoksella. Lähdettyään laboratoriosta Li ja pelaaja saapuvat Citadeliin (Pentagon), joka pelissä toimii Brotherhood of Steelin linnoituksena. Toipumisen jälkeen Li vetoaa pelaajaa etsimään G.E.C.K.:n suorittaakseen loppuun Jamesin työn. Pelaaja lähtee hakemaan sitä löydettyään yhden Vault 87:n lastiluettelosta. Pelaaja löytää vaultin, joka on suunniteltu mutaatioita aiheuttavan FEV-viruksen luomiseen ja kehittämiseen. Siksi vault on vihamielisten supermutanttien asuttama. Löydettyään G.E.C.K.:n pelaaja joutuu taas Enclaven ansaan, ja tällä kertaa järjestö ottaa pelaajan vangikseen tukikohtaansa Raven Rockiin.
Herättyään sellistä pelaaja joutuu hetkellisesti eversti Autumnin kuulusteltavaksi. Presidentti Eden kuitenkin vapauttaa pelaajan ja neuvoo häntä tulemaan puhumaan hänelle Enclaven valvomoon. Matkalla eversti julkisesti peruuttaa käskyn ja käskee Enclaven jäseniä tappamaan pelaajan. Pelaajan taisteltua tiensä sotilaiden läpi hän pääsee valvomoon ja löytää sieltä presidentti Edenin valvontapöydän, joka on supertietokone, jolle on annettu määräysvalta itärannikolle, kun oikea presidentti on eristetty porauslautalle länsirannikolle. Eden antaa muunnellun version FEV-viruksesta ja pyytää pelaajaa käyttämään tätä puhdistimeen, jotta sen tuottama vesi olisi vapaa mutaatiolta, joka myös olisi tappava jokaiselle radioaktiiviselle laskeumalle altistuneelle. Tämä tarkoittaisi sitä, että kaikki supermutantit, ghoulit ja suurin osa ihmisväestöstä kuolisi.
Paettuaan Raven Rockista ja palattuaan Citadeliin, Brotherhood of Steel päättää hyökätä muistomerkille, joka on raskaasti Enclaven linnoittama. Pelaajan ja valtavan robotin (Liberty Prime) avulla Brotherhood of Steel tunkeutuu ja valtaa takaisin muistomerkin. Rotundassa pelaajan pitää selvittää asiat eversti Autumnin kanssa, joka vartioi laboratorion sisäänkäyntiä. Oivallettuaan, että valvomo sisältää tappavan määrän säteilyä, joko pelaajan tai Brotherhood of Steelin vartiomiehen, Lyonin, pitää mennä ilmalukon läpi ja syöttää aktivointikoodi 216 (viittaus Raamatun kohtaan 21:6, joka on pelaajan luoman hahmon äidin suosikkijae Raamatusta). Tämän jälkeen pääjuonen päätösfilmi lähtee pyörimään, jonka sisältö riippuu pelaajan karmasta, hyödynsikö pelaaja FEV-virusta ja kuka aktivoi puhdistimen.