Niko Kovač
Ura valmentajana

Pelaajauransa jälkeen Kovačista jatkoi Red Bull Salzburgissa junioriakatemian valmentajana. Vuosina 2011–2012 hän toimi Ricardo Monizin apuvalmentajana edustusjoukkueessa. Tammikuussa 2013 hänestä tuli Kroatian alle 21-vuotiaiden maajoukkueen päävalmentaja.  Kovačin johdolla Kroatia voitti neljä ensimmäistä nuorten EM-karsintaottelua maalierolla 12-0. Kesken karsintojen, lokakuussa 2013 Kovačista tuli A-maajoukkueen päävalmentaja.
Kovačin johdolla Kroatia pelasi MM-kisoissa 2014 samassa alkulohkossa isäntämaa Brasilian kanssa. Kroatia hävisi tuomarivirheiden sävyttämän avausottelunsa Brasilialle 3–1. Murskaava 4–0 voitto Kamerunista jäi lopulta laihaksi lohduksi, sillä viimeisen ottelun tappio Meksikolle pudotti kroaatit jatkosta. Pettymyksestä huolimatta Kovač sai jatkaa päävalmentajana myös EM2016-karsinnoissa.
Kroatia pelasi karsinnoissa vahvasti aina syyskuun alkupuolelle 2015 saakka. Yllätystasapeli Azerbaidžania vastaan ja tappio Norjalle johtivat potkuihin syyskuussa 2015. Potkujen taustalla olivat myös Kovačin ja kapteeni Luka Modricin tulehtuneet välit.
Maaliskuussa 2016 Kovačista tuli Bundesliigan karsijan paikalle juuttuneen Eintracht Frankfurtin päävalmentaja. Kroatialaisen johdolla Eintracht voitti neljä pelaamistaan yhdeksästä liigaottelusta. Viimeisen kierroksen 1-0 tappio SV Werder Bremenille jätti Eintrachtin karsimaan sarjapaikastaan. Kovačin johdolla joukkue kuitenkin voitti 1. FC Nürnbergin yhteismaalein 2–1 ja säilytti paikkansa Bundesliigassa.
Kaudella 2016/17 Kovač luotsasi Eintrachtin vahvaan alkukauden menestykseen, jota kesti aina helmikuulle 2017 saakka. Parhaimmillaan Eintracht oli Bundesliigassa kolmen kierroksen ajan kolmantena ja hävisi vain neljä 19 ensimmäisestä liigaottelusta. Helmikuussa kärsitty tappio Bayer 04 Leverkusenille sysäsi seuran kuitenkin tappiokierteeseen ja Eintracht voitti ainoastaan yhden kauden 15 viimeisestä ottelusta ja putosi liigassa sijalle 11. Saksan cupissa Kovač luotsasi seuransa aina loppuotteluun saakka 11 vuoden tauon jälkeen. Loppuottelussa joukkue kuitenkin hävisi Borussia Dortmundille 2–1.
Kausi 2017/18 oli Kovačille ja Eintrachtille tuloksellisesti parempi. Kausi ei kuitenkaan sujunut tasaisesti, sillä alun vaihtelevien tulosten jälkeen Eintracht pelasi vahvan keskikauden häviämällä vain neljä 18 Bundesliiga-ottelusta syyskuusta maaliskuuhun ja nousi liigassa taistelemaan jopa paikasta Mestarien liigaan. Loppukaudesta tappiokierre pudotti Eintrachtin lopulta kahdeksanneksi. Saksan cupissa joukkue eteni toistamiseen loppuotteluun, jossa seuran päävalmentajana viimeistä ottelua toiminut Kovač sai balsamia haavoihin edelliskauden tappion jälkeen. Eintracht kukisti loppuottelussa FC Bayern Münchenin 3-1 ja pääsi juhlimaan seurahistorian viidettä cup-mestaruutta 30 vuoden tauon jälkeen.
Huhtikuussa 2018 Kovač allekirjoitti kaksivuotisen sopimuksen tuoreen Saksan mestarin FC Bayern Münchenin kanssa. Hän siirtyy seuran päävalmentajaksi 1.7.2018 alkaen. Kovačin johdolla Bayern voitti kaudella 2018/19 Bundesliigan mestaruuden. Kevätkauden 14 ottelun tappioton putki nosti baijerilaiset lopulta ohi Borussia Dortmundin. Saksan cupissa Kovač johdatti Bayernin loppuotteluun, jossa RB Leipzig kaatui 3–0. Mestaruus cupissa oli Kovačille toinen perättäinen. Kausi 2019/20 alkoi heikommin, kun Bayern hävisi Saksan supercupin finaalissa Borussia Dortmundille 2–0. Bundesliigassa Bayern voitti vain viisi kauden 10 ensimmäisestä ottelustaan. Lopulta seurajohto sai tarpeekseen ja erotti Kovačin Eintracht Frankfurtille kärsityn 5–1 tappion jälkeen marraskuun alussa 2019.
Heinäkuussa 2020 Kovač allekirjoitti kolmevuotisen sopimuksen Ligue 1:n AS Monacon kanssa. Kovač luotsasi debyyttikaudellaan Monacon Ranskan cupin finaliin, jossa se hävisi Paris Saint-Germainille 0–2. Liigassa kausi päättyi kolmanteen sijaan. Kaudella 2021/22 Monaco pelasi Kovačin alaisuudessa Eurooppa-liigaa, jossa se voitti alkulohkonsa. Uudenvuodenpäivänä 2022 Monaco ilmoitti kroatialaisen saaneen potkut tehtävistään.
Toukokuussa 2022 Kovač palasi Bundesliigaan tehtyään kolmevuotisen sopimuksen VfL Wolfsburgin kanssa. Hän luotsasi Wolfsburgin debyyttikaudellaan Bundesliigan kahdeksanneksi. Kaudella 2023/24 joukkue vajosi sarjan alempaan keskikastiin ja lopulta sijalla 14 majaillut Wolfsburg erotti Kovačin maaliskuussa 2024. Joukkue oli pelannut edelliset 11 otteluaan ilman voittoa.
Tammikuun lopussa 2025 Kovačista tuli Borussia Dortmundin päävalmentaja kesään 2026 ulottuvalla sopimuksella.