Vakoiluohjelma
Tartunnan seuraukset

Vakoiluohjelma on harvoin koneessa yksin: tartunnan saanut tietokone on alttiimpi myös muille haittaohjelmille. Käyttäjät huomaavat usein tietokoneessa ei-toivottua käytöstä ja järjestelmän toiminnan heikentymistä. Vakoiluohjelma saattaa aiheuttaa käyttäjän tahdosta riippumatonta suorittimen toimintaa, kiintolevyn käyttöä, verkkoliikennettä ynnä muita koneen toimintaa hidastavia tapahtumia. Ohjelmien ja järjestelmän kaatumiset ja muut koneen vakaaseen toimintaan liittyvät ongelmat ovat yleisiä. Verkko-ohjelmat tartuttanut vakoiluohjelma aiheuttaa yleisesti vaikeuksia yhteyden muodostamisessa Internetiin. Ne saattavat myös muuttaa käyttäjän määrittelemän kotisivun osoitteen tai rikkoa joitakin sivuja muuttamalla niiden sisältöä.
Joissakin tartunnoissa vakoiluohjelma ei ole ilmeinen. Näissä tilanteissa käyttäjällä on tapana ajatella ongelman johtuvat tietokonelaitteistosta, Windowsin asennusongelmista tai viruksesta. Jotkut pahoin saastuneiden koneiden omistajat yrittävät ratkaista ongelman ottamalla yhteyttä tekniseen tukeen tai jopa hankkimaan uuden koneen "liian hitaaksi tulleen" järjestelmän vuoksi. Vakavasti saastuneet koneet saattavat vaatia normaalin toimintakykynsä palauttamiseksi puhtaan kaikkien ohjelmien uudelleenasennuksen.
Vain yhden ohjelman aiheuttama tietokoneen täysi toimintakelvottomuus on harvinaista. Todennäköisemmin koneessa on tuolloin useita tartuntoja. Kuten vuoden 2004 AOL tutkimus totesi, mikäli tietokoneessa on ainoatakaan vakoiluohjelmaa, niitä on tyypillisesti kymmeniä. Näiden yhteenlaskettu vaikutus, sekä vakoiluohjelmien välinen vuorovaikutus yhdessä kuormittavat järjestelmää aiheuttaen käyttäjien useimmiten ilmoittamat ongelman, tietokoneen mateluksi hidastuvat suoritusnopeuden. Eräät vakoiluohjelmatyypit saattavat ottaa tietokoneen palomuurin ja virustorjuntaohjelmat pois käytöstä, sekä laskea selainten turvallisuusasetuksia tehden järjestelmästä entistä alttiimman uusille tartunnoille. Jotkut vakoiluohjelmat ovat sulkeneet tai poistaneet käytöstä kilpailevia vakoiluohjelmia sellaisilta alueilta, joilla esiintyvä vakoiluohjelmiin viittaava toiminta todennäköisemmin saisi käyttäjän ryhtyvän järjestelmän puhdistustoimiin. Eräs vakoiluohjelmien valmistaja Avenue Media jopa haastoi kilpailijansa Direct Revenuen oikeuteen tämän vuoksi. Edelliset päätyivät sopimukseen päästyään yhteisymmärrykseen siitä etteivät he poistaisi toistensa ohjelmia.
Eräät vakoiluohjelmatyypit, kuten Targetsoft, muokkaavat järjestelmän tiedostoja tehdäkseen itsestään vaikeammin poistettavia. Targetsoft muokkaa Windowsin Winsock-tiedostoja. Vakoiluohjelman saastuttaman "inetadpt.dll" tiedoston poistaminen keskeyttää tavallisen verkon käytön. Toisin kuin monien muiden järjestelmien käyttäjillä, tyypillisellä Windowsin käyttäjällä on usein järjestelmänvalvojan oikeudet, usein mukavuussyistä. Tästä seuraa että jokaisella käyttäjän ajamalla ohjelmalla, oli se sitten tietoisesti tai ei, on järjestelmän rajoittamaton pääsyoikeus. Vakoiluohjelmat ovat yhdessä muiden uhkien kanssa saaneet monet Windowsin käyttäjät vaihtamaan muihin järjestelmiin, kuten Linux tai Apple Macintosh, jotka ovat haittaohjelmien kannalta vähemmän houkuttelevia.
Monet vakoiluohjelmat näyttävät mainoksia. Joillakin ohjelmilla on tapana toistuvasti näyttää ponnahdusikkunoita, esimerkiksi säännöllisesti tietyn minuuttimäärän välein tai aina käyttäjän käynnistäessä Internet-selaimen. Toiset näyttävät mainoksia käyttäjän vieraillessa tietyillä www-sivuilla. Vakoiluohjelmien tuottajat esittelevät tätä toimintoa mainostajille, jotka saattavat ostaa mainospaikan vakoiluohjelman avaamasta ponnahdusikkunasta. Tämä on myös yksi syy miksi vakoiluohjelmat keräävät tietoja käyttäjän toimista. Ponnahdusikkunat ovat yksi yleisimmistä vakoiluohjelmiin liitetyistä vaikutuksista.