Paaviuden historia
Maalliset hallitsijat alistavat paavin

Paavilla oli yhä paljon valtaa, vaikkakin uskonpuhdistus ja renessanssin moraaliltaan alhaiset paavit olivat vähentäneet Kirkkovaltion mahtia. Euroopan suuret hallitsijat kuten Ruotsin Kustaa III, Itävallan Joosef II, Venäjän Katariina Suuri, Preussin Fredrik Suuri sekä Ranskan Ludvig XVI olivat myötämielisiä paavia kohtaan, vaikkakin vaativat oikeutta määrätä oman valtakuntansa sisällä toimivan katolisen kirkon asioista. Paavilla ei ollut enää samaa valtaa kuin keskiajalla, jolloin se olisi helposti voinut käydä sotaan niskoittelevia valtioita vastaan, vaan Vatikaanin oli myönnyttävä.
Ranskan suuri vallankumous johti Ranskan luostarien ja kirkkojen sulkemiseen. Kun papisto määrättiin vannomaan uskollisuutta uudelle hallinnolle noin puolet papeista kieltäytyi. Paavi julisti meneillään olevan skisma ja erotti kaikki uskollisuutta Ranskan uudelle hallinnolle vannoneet papit. Ranskan joutuessa sotaan muuta Eurooppaa vastaan paavi ja Kirkkovaltio asettuivat tukemaan Ranskaa vastustavaa liittoumaa. Vallankumousarmeijan valloittaessa Italiaa myös Kirkkovaltio alistettiin silloisen kenraali Napoléon Bonaparten johdolla. Paavi pakotettiin solmimaan Kirkkovaltion kannalta epäedullinen rauhansopimus, jossa se mm. joutui maksamaan suuret sotakorvaukset Ranskaan. Ranskalaisen upseerin kuoltua Roomassa syttyneissä mellakoissa jo kuolemansairas paavi vangittiin ja vietiin Alppien yli pieneen Valencian linnakkeeseen. Pius VI kuoli marttyyrina ja hänen jälkeensä paavien maallinen valta on ollut minimaalinen.
Konklaavi kokoontui 1. joulukuuta 1799 vanhimman kardinaalin johdolla San Giorgion saarelle Venetsiaan, missä valittiin seuraavaksi paaviksi usean kuukauden pattitilanteen jälkeen Pius VII. Uusi paavi palasi Roomaan, joka nyt oli käytännössä osa Ranskaa. Napoleonista oli tullut Ranskan tosiasiallinen hallitsija ja hän halusi nyt tehdä sovinnon paavin ja katolisen kirkon kanssa. Napoleon allekirjoitti konkordaatin 15. heinäkuuta 1801. Siinä sanottiin katolilaisuuden olevan Ranskan kansalaisten enemmistön uskonto ja sen harjoittaminen sallittiin. Katolinen kirkko ei kuitenkaan saanut lainkaan takaisin Ranskan suuressa vallankumouksessa menettämäänsä omaisuutta, vaikkakin Ranskan valtio lupasi korvauksena maksaa papistolle palkkaa kirkon puolesta. Jonkin aikaa Napoleonin ja paavin välillä vallitsi sopu, mutta pian välit jälleen huononivat. Kun Napoleon vaati paavia sulkemaan Kirkkovaltion satamat brittiläisiltä aluksilta, paavi kieltäytyi. Ranskan joukot tunkeutuivat jälleen Roomaan ja paavin lippu vaihdettiin trikoloriin. Vatikaani oli nyt liitetty osaksi Napoleonin imperiumia. Paavi taas kuljetettiin Genovan länsipuolella sijaitsevaan Savonaan, missä häntä pidettiin kolme seuraavaa vuotta kotiarestissa. Napoleon ei saanut paavia taipumaan tahtoonsa, joten hän salakuljetti tämän Pariisiin ja pakotti sairaan paavin siirtämään kaiken maallisen valtansa rippeetkin itselleen. Paavi tuli pian katumapäälle ja peruutti allekirjoituksensa, mutta Napoleon salasi sen. Napoleon kuitenkin kärsi pian tappion liittoutuneille, ja paavi pääsi palaamaan Roomaan. Paavin onnistui Wienin kongressissa palauttaa Kirkkovaltiolle sille ennen kuuluneet alueet Avignonia lukuun ottamatta. Paavi kuoli 20. elokuuta 1823.