Afganistanin historia
Talibanin valtakausi > Talibanin tuho

Sodan taistelujen jatkuessa Taliban oli Afganistanin vähemmistöjen keskuudessa vihattu järjestö, mutta sen suosio alkoi laskea myös paštujen keskuudessa. Taliban ei ollut kyennyt muodostamaan mainostamaansa islamilaista ihanneyhteiskuntaa, vaan Mullah Omarin hallinnon aikana asiat olivat vain huonontuneet. Maa oli riippuvainen ulkomaisista avustusjärjestöistä, mutta Taliban ei suostunut yhteistyöhön niiden kanssa. Viimeisenä epätoivoisena voimannäyttönään Talibanin tuhosi vuonna 2001 Bamiyanin laakson buddhapatsaat epäislamilaisina. Patsaat olivat seisseet paikallaan hefthaliittien ajoista saakka.
Taliban alkoi 1990-luvun lopulla olla yhä ahtaammalla. Sillä oli kuitenkin edelleen takanaan Pakistanin tuki. Talibanin tukijoukkoihin liittyi myös Osama bin Ladenin johtama al-Qaida terrorijärjestö. Bin Laden perusti järjestön tukikohdan sekasortoiseen Afganistaniin, ja Talibanin suhteet al-Qaidaan alkoivat lähentyä. Taliban hyödynsi myös al-Qaidan teknistä kykyä poliittisten vastustajiensa salamurhien tekemisessä. Vuonna 1999 Taliban salamurhasi merkittävän klaanin päämiehen Abdul Ahad Karzain, tulevan presidentti Hamid Karzain isän. Syyskuussa vuonna 2001 Taliban onnistui salamurhaamaan Ahmad Shah Massoudin tämän tukikohtaan soluttautuneiden terroristien avulla. Massoudin murha oli Pohjoiselle liitolle valtava menetys, mutta Pohjoinen liitto oli pian saamassa vahvan liittolaisen. Massoudin kuolinpäivänä kaksi lentokonetta iskeytyi New Yorkin World Trade Centerin kaksoistorneihin.
Terrori-iskun jäljet johtivat al-Qaidaan ja Afganistanissa piileksivään bin Ladeniin. Yhdysvaltojen presidentti George W. Bush vaati Talibania luovuttamaan Osama bin Ladenin Yhdysvaltoihin tuomittavaksi, mutta Mullah Omar ei suostunut. Bin Ladenin ja Mullah Omarin keskinäisistä suhteista ei ole varmaa tietoa, mutta Mullah Omar ei varmasti halunnut saada Yhdysvalloista Talibanin vihollista, kun taas bin Laden haki avointa konfliktia sen kanssa. Bushin hallinto julisti terrorismin vastaisen sodan alkaneeksi ja teki ulkovalloille selväksi, että kukin oli joko heidän puolellaan tai heitä vastaan. Mullah Omarin osoittauduttua yhteistyökyvyttömäksi Yhdysvallat käänsi katseensa Pakistanin suuntaan ja kehotti presidentti Pervez Musharrafia lopettamaan tukensa Talibanille. Pakistanille tilanne ei ollut yhtä yksinkertainen, sillä Taliban oli sen aluepoliittinen liittolainen Intiaa vastaan ja se piti myös paštunestan-kysymyksen pois asialistalta. Pakistan yritti taivuttaa Mullah Omaria luovuttamaan bin Laden yhdysvaltalaisille, mutta sen epäonnistuttua Pakistanin ainoaksi vaihtoehdoksi jäi liittyminen Yhdysvaltojen johtamaan liittoutumaan. Monet ISI:n jäsenet jatkoivat silti edelleen yhteistyötä Talibanin kanssa.
Afganistanissa Yhdysvaltojen rinnalle Talibania vastaan liittyivät Pohjoinen liitto ja paštujen oppositiovoimat. Lokakuussa 2001 Afganistanissa käynnistyi jälleen uusi sota, kun Yhdysvallat ja Iso-Britannia aloittivat ilmahyökkäykset Talibania vastaan tuhotakseen näiden puolustusasemat ja tehdäkseen tietä Pohjoisen liiton maajoukoille. Liittouman hämmästykseksi Taliban kukistui jo muutamassa viikossa. Joulukuussa talibanjoukot vetäytyivät viimeisestä tukikohdastaan Kandaharista. Mullah Omar pakeni useiden muiden Talibanin johtohenkilöiden tavoin Pakistanin puolelle.