Belisarius
Konstantinopolissa

Belisarius lähti Italiasta vuoden 549 alussa ja saapui Konstantinopoliin viimeistään huhtikuussa. Tällä välin oli paljastunut Justinianuksen ja Belisariuksen murhaamiseksi suunniteltu salaliitto, joka pystyttiin estämään. Belisarius päätti asettua kaupunkiin pysyvästi. Hän oli tässä vaiheessa varakas ja arvostettu mies, ja hän pääsi pian takaisin hovin suosioon. Justinianus ei kuitenkaan enää lähettänyt Belisariusta johtamaan sotatoimia, vaan piti hänet Konstantinopolissa. Keisari nimitti Belisariuksen jälleen kerran magister militum per Orientemiksi ja, ehkä vain nimellisesti, keisarillisen henkivartioston päälliköksi. Belisarius ilmeisesti luopui viroista vuoteen 552 mennessä. Belisariusta ei kuitenkaan nimitetty Italiaan suuntautuneen sotaretken komentajaksi vuonna 550. Justinianus oli ehkä yhä kateellinen Belisariukselle eikä halunnut tämän saavan menestystä rintamalla, tai sitten hän tarvitsi Belisariusta luotettavana neuvonantajana, kun Theodora oli kuollut.
Belisarius ja Antonina olivat vastustaneet tyttärensä Joanninan ja Theodoran lapsenlapsen Anastasiuksen kihlausta. Theodoran kuoleman jälkeen Antonina perui kihlauksen. Palattuaan Italiasta Belisarius puolusti vaimoaan. Belisarius oli Konstantinopolissa vuosina 551–553 ja toimi korkeissa valtion tehtävissä. Uskonnollinen keskustelu niin sanotusta "kolmesta luvusta" (kreik. tria kefálaia) oli tuolloin kuumimmillaan. "Kolmella luvulla" viitataan kolmen piispan, Theodoros Mopsuestialaisen, Ibas Edessalaisen ja Theodoretos Kyrroslaisen kirjoituksiin, joita monofysiitit eli Egyptin ja Armenian kirkot pitivät hengeltään nestoriolaisina. Houkutellakseen monofysiittejä palaaman takaisin kirkon piirin Justinianus antoi vuonna 544 ediktin, joka tuomitsi "kolme lukua". Useat asiakirjat osoittavat Belisariuksen olleen aktiivinen esimerkiksi Konstantinopolin toisen ekumeenisen kirkolliskokouksen aikana vuonna 553, jolloin "kolme lukua" tuomittiin uudestaan. Justinianus oli kutsunut paavi Vigiliuksen Konstantinopoliin ottamaan osaa keskusteluun, mutta tämä oli paennut Pyhän Pietarin ja Paavalin kirkkoon koettuaan itsensä uhatuksi.
Elo- tai syyskuussa 551 Justinianus lähetti Belisariuksen yhdessä muutaman muun henkilön kanssa suostuttelemaan Vigiliusta palaamaan Placidian palatsiin Konstantinopoliin. Belisarius ei enää toiminut sotilastehtävissä, mutta Justinianus oli valmis lähettämään hänet näin arkaluontoiseen tehtävään ja Vigilius oli valmis kuuntelemaan delegaatiota. Nämä osoittavat Belisariuksen olleen yhä suosiossa ja että häntä pidettiin arvovaltaisena miehenä. Vigilius palasi palatsiin mutta pakeni myöhemmin Pyhän Eufemian kirkkoon Khalkedoniin. Belisarius lähetettiin ryhmänsä kanssa tammikuussa 552 uudestaan Vigiliuksen luokse, mutta heidän ei onnistunut taivutella Vigiliusta lähtemään Konstantinopoliin. Toukokuussa 553 Belisarius sai yhdessä seitsemän muun tärkeän henkilön kanssa tehtäväkseen suostutella paavia osallistumaan kirkolliskokoukseen, mutta siinä he epäonnistuivat. Vigilius kutsui samassa kuussa Belisariuksen, kolme maallikkoa ja kolme piispaa luokseen ja yritti saada heidät viemään tuomionsa "kolmen luvun" ediktistä Justinianukselle, mutta he kieltäytyivät.