Jukos
Jukosin oikeudenkäynti ja pakkohuutokauppa

Hodorkovski pidätettiin lokakuussa 2003 FSB:n erikoisjoukkojen iskussa Novosibirskin lentokentällä Siperiassa. Hän sai seitsemän syytettä muun muassa yli miljardin dollarin petoksesta ja veronkierrosta. Muut yhtiön omistajat ovat paenneet maasta. Yhtiön toimitusjohtaja Steven Theede ja talousjohtaja Bruce Misamore pakenivat maasta, kuten myös yhtiön johtoon kuuluneet Aleksandr Temerko ja Mihail Trušin sekä öljyntuotantojohtaja Juri Beilin. Jalostus- ja markkinointipäällikkö Pjotr Zoloterev erosi tehtävästään. Viimeisenä johtokunnan puheenjohtajana oli Viktor Geraštšenko.
Hodorkovskin pidätyksen jälkeen yhtiön päätösvalta siirtyi sopimuksen mukaan salaisesti paroni Jacob Rothschildin haltuun.
Toista pääomistajaa Platon Lebedevia vastaan luettiin syytteet petoksista, veronkierrosta, kavalluksista ja 1,2 miljardin dollarin vahingon aiheuttamisesta valtiolle toukokuussa 2004. Jukosin turvapäällikkö Aleksei Pitšugin tuomittiin kolmen palkkamurhan suunnittelusta.
Yksi murhatuista oli siperialaisen Neftejuganskin kaupungin pormestari, joka oli kampanjoinut Jukosia ja paikallisia viranomaisia vastaan vaatien yhtiötä maksamaan veronsa.
Venäjän hallitus huutokauppasi Jukosin tärkeimmän tuotantoyhtiön Juganskneftegasin 19. joulukuuta 2004. Jukos yritti viivyttää huutokauppaa hakemalla Yhdysvalloissa suojaa velkojiaan vastaan. Yhdysvaltalainen konkurssituomioistuin jäädytti yhtiön omaisuuden myynnin kymmeneksi päiväksi. Venäjällä päätös ei kuitenkaan vaikuttanut. Mihail Hodorkovskin edustajat ovat luvanneet haastaa oikeuteen mahdollisen ostajan, tai sitä rahoittaneet tahot. Jotkin yhdysvaltalaiset ja eurooppalaiset yhtiöt päättivät olla jättämättä tarjouksia.
Huutokauppaan osallistui vain kaksi ostajaehdokasta. Vahvimpana pidettiin Venäjän valtion OAO Gazpromia, joka ei kuitenkaan tehnyt lainkaan tarjousta. Kaupan voitti Tverissä rekisteröity, täysin tuntematon Baikalfinansgrup (Байкалфинансгруп), joka sai haltuunsa 76,79 % Juganskneftegazin osakkeista 260,75 miljardin ruplan (7 miljardia euroa) hintaan. Venäjän valtio lyhensi myyntihinnalla Jukosin 21 miljardin euron verovelkoja.
Baikalfinansgrupin takana arvioitiin olevan Venäjän valtio tai jokin valtiovaltaa lähellä oleva taho. Muutamaa päivää myöhemmin valtion pääosin omistama öljy-yhtiö Rosneft osti yksikön Baikalfinansgrupilta. Rosneft on ostanut runsaasti Jukosin omaisuutta, kuten vuonna 2007 huoltoasemaverkoston.
Rosneft puolestaan meni Lontoon ja Moskovan pörsseihin heinäkuussa 2006 10,4 miljardin dollarin hintaan, mikä on yksi historian suurimpia osakeanteja, huolimatta Jukosin lakimiesten yrityksistä estää osakkeiden myyntiä.
Jukosin tapausta käsiteltiin myös Euroopan ihmisoikeustuomioistuimessa. Sen 20. syyskuuta 2011 antaman päätöksen mukaan proseduuri oli laillinen eikä sillä ollut poliittista luonnetta. Tuomiossa todettiin, että oikeutta oikeudenmukaiseen oikeudenkäyntiin loukattiin, koska asianajajat saivat liian vähän aikaa tutustua oikeudenkäyntiaineistoon (neljä päivää per 43 000 sivua) toukokuussa 2004. EIT katsoi, että Venäjä rikkoi Jukosin omaisuudensuojaa yhtiön konkurssin yhteydessä vuonna 2006, mutta hylkäsi vaaditut 98 miljardin dollarin korvaukset.