NIMH – rouva Brisby ja hänen salainen maailmansa
Juoni

Leskeksi jäänyt peltohiiri rouva Brisby asuu lastensa kanssa sementtiharkossa maanviljelijä Fitzgibbonsin pellolla. Hän valmistelee perheensä muuttoa pellolta, sillä kyntötyöt lähestyvät, mutta Timothy-poikansa on sairastunut. Brisby lähtee herra Agesin, hänen edesmenneen miehensä Jonathanin ystävän luo. Herra Ages kertoo sairauden olevan keuhkokuumetta, antaa Brisbylle lääkettä ja määrää Timothyn vuodelepoon varoittaen, että hän kuolee ellei lepää kotoa vähintään kolme viikkoa. Kotiin palatessaan Brisby tapaa kömpelön mutta ystävällisen Jeremy-variksen, ja he molemmat pakenevat heidän täpärästi maanviljelijän Lohikäärme-kissalta.
Seuraavana päivänä maanviljelijä aloittaa yllättäen kyntötyöt. Vaikka Brisby onnistuu kiipeämään naapurinsa täti Päästäisen avustuksella liikkuvan traktorin moottoriin ja katkaisemalla polttoaineletkun, hän tietää, että ratkaisu on väliaikainen. Jeremy vie hänet tapaamaan Suurta Pöllöä, joka käskee hänen mennä tapaamaan maanviljelijän pihassa olevan ruusupensaan alla asuvia rottia ja kysymään neuvoa Nicodemukselta, rottien viisaalta ja mystiseltä johtajalta.
Brisby menee ruusupensaalle ja kohtaa aggressiivisen vartijarotan nimeltä Brutus, joka ajaa hänet pois. Herra Ages johdattaa Brisbyn portinvartijan ohi ruusupensaan alle, jossa hän ihmettelee rottien käyttämää teknologiaa ja sähkövirtaa. Brisby tapaa Justinin, ystävällisen vartioston kapteenin; Jennerin, häikäilemättömän ja vallanahneen Nicodemusta vastustavan rotan; ja lopulta itse Nicodemuksen. Nicodemukselta Brisby kuulee, että vuosia sitten hänen miehelleen, herra Agesille ja rotille tehtiin kokeita NIMHissä (National Institute of Mental Health, Mielenterveyden kansallinen instituutti). Kokeet kasvattivat heidän älykkyyttään, jonka turvin he pääsivät pakenemaan, sekä  pidensivät heidän elinikäänsä ja hidastivat ikääntymistä. Rottien yhdyskunta on tosin riippuvainen ihmisistä, sillä he joutuvat varastamaan teknologiansa ja sähkönsä Fitzgibbonseilta. Rotat ovat luoneet "Suunnitelman", jossa he jättäisivät maatilan ja aloittaisivat uuden yhdyskunnan Okalaaksossa, jossa he voisivat elää itsenäisinä ja omavaraisina. Nicodemus antaa Brisbylle amuletin ja kertoo, että sen voima herää, kun sen käyttäjä on rohkea.
Koska rotat kunnioittavat Jonathania, he päättävät auttaa Brisbyä siirtämään hänen taloaan. Ensin heidän on huumattava Lohikäärme-kissa laittamalla unilääkettä sen ruokaan, jotta he voivat liikkua ulkona turvallisesti. Vain Brisby pystyy ryömimään Fitzgibbonsien kotiin johtavasta reiästä. Jonathan kuoli aikaisemman yrityksen aikana, kun Lohikäärme sai hänet, ja herra Ages mursi jalkansa toisella yrityksellä. Samana iltana Brisby saa unilääkkeen kissan ruokakuppiin, mutta Fitzgibbonsien poika Billy ottaa hänet kiinni. Hänet suljetaan vanhaan lintuhäkkiin, jossa Brisby kuulee maanviljelijä Fitzgibbonsin ja NIMHin välisen puhelinkeskustelun ja saa tietää, että NIMH tulee maatilalle tuhoamaan rotat seuraavana päivänä. Brisby pääsee pakoon häkistään ja lähtee varoittamaan rottia.
Rotat ovat rakentaneet nostolaitteiston, jolla he siirtävät Brisbyjen taloa, jonka sisällä hänen lapsensa vielä ovat. Jenner, joka haluaa rottien jäävän ruusupensaaseen, sabotoi nostolaitteen haluttoman apurinsa Sullivanin kanssa ja se romahtaa tappaen Nicodemuksen. Brisby saapuu paikalle ja yrittää vakuuttaa rotille NIMHin olevan tulossa ja käskee heitä lähtemään, mutta Jenner hyökkää hänen kimppuunsa ja yrittää varastaa amuletin. Sullivan varoittaa Justinia, joka rientää Brisbyn avuksi. Jenner haavoittaa Sullivania kuolettavasti ja kohtaa Justinin miekkataistelussa, joka päättyy, kun Sullivan tappaa Jennerin ennen omaa kuolemaansa.
Brisbyn talo alkaa upota mutaan, ja rotat eivät saa sitä vedetyksi ylös ja se uppoaa kokonaan. Brisbyn halu pelastaa lapsensa antaa amuletille voimaa, jota hän käyttää nostaakseen kotinsa ja lapsensa turvaan. Seuraavana aamuna rotat ovat lähteneet Justin uutena johtajanaan kohti Okalaaksoa, ja Timothy on alkanut toipua. Jeremy tapaa lopulta "neiti Oikean", toisen variksen, joka on yhtä kömpelö kuin hänkin, ja he lentävät yhdessä pois.