Luettelo videopelin Persona 3 hahmoista
SEES > Protagonisti

Pelin hiljainen protagonisti esiintyy peliversiossa hän esiintyy nimettömänä ja pelaaja voi itse antaa hänelle nimen, mutta peliin pohjautuvassa elokuvasarjassa sekä spin-off -peleissä hän esiintyy nimellä Makoto Yuki (jap. 結城 理, Yūki Makoto). Peliin pohjautuvassa mangassa hän esiintyy nimellä Minato Arisato (jap. 有里 湊, Arisato Minato) ja näytelmäversiossa Sakuya Shiomi (jap. 汐見 朔也, Shiomi Sakuya). Pelissä Persona 3 Portablessa on mahdollista valita Makoton sijasta naispuolinen protagonisti, jonka nimi on näytelmäversiossa sekä spin-off -peleissä Kotone Shiomi (jap. 汐見 琴音, Shiomi Kotone).
10 vuotta vanhempiensa kuoleman jälkeen, protagonisti palaa alkuperäiseen kotiinsa: Iwatodain kaupunkiin sekä Tatsumi Port Islandille, aloittaen Gekkoukanin lukiossa toisen lukiovuotensa. Herätettyään persoonansa, hän liittyy SEESiin kenttäjohtajaksi. Hänen alkuperäinen persoona on Narrin arkanan Orfeus (Orpheus), joka hetkellisesti muuttuu Kuoleman arkanan Thantokseksi. Hän pystyy Villikortti-kykynsä (Wild Card) ansiosta käyttämään taisteluissa eri persoonia. Pelissä on 150 eri persoonaa, joista vahvimmat ovat Tuomion arkanan Messias (Messiah) sekä Persona 3 Portablessa esiintyvä Narrin arkanan Orfeus Telos (Orpheus Telos). Hänellä on myös pääsy Samettihuoneeseen (Velvet Room), missä hän pystyy luomaan uusia persoonia yhdistämällä vanhoja. Lisäksi hän voi muodostaa sosiaalisia linkkejä (Social Links), joista kukin edustaa yhtä isoista arkanoista ja antaa yhdistämisellä luoduille uusille persoonille useita lisäetuja, tehostaen pelaajan taistelutaitoja. Pelin arkana protagonisti muodostaa automaattisesti Narrin arkanan (Fool Arcana) sosiaalisen linkin, joka symboloi alkua ja äärettömiä mahdollisuuksia. Jos hän säästää Ryoji Mochizukin hengen, Narrin arkanan sosiaalinen linkki saavuttaa maksimitason ja muodostuu Tuomion arkanan (Judgement Arcana) sosiaalinen linkki, joka symboloi matkan päättymistä ja kaiken siihen asti saavutetun kertaamista. Pelin viimeisessä taistelussa protagonisti saa käsiinsä Maailmankaikkeuden arkanan (Universe Arcana), joka korvaa Thoth-korttipakassa Maailman arkanan (World Arcana) ja symboloi oman paikkansa löytämistä maailmankaikkeudessa.
Protagonisti on menettänyt vanhempansa 10 vuotta sitten ja saapuu pelin alussa takaisin vanhaan kotikaupunkiinsa, Iwatodaihin, lähelle keinotekoista saarta nimeltä Tatsumi Port Island. Hän muuttaa Minatodain asuntolaan ja on toisen vuoden opiskelijana Gekkoukanin lukiossa luokalla 2-F. Hän saa myöhemmin tietää pimeän tunnin olemassaolosta herättäen samalla alkuperäisten persoonansa, Orfeuksen, sekä hetkellisesti myös Kuoleman arkanaan kuuluvan Thanatoksen. Mitsurun pyynnöstä hän liittyy SEESiin toimien sen kenttäjohtajana. Protagonistilla on kyky nimeltä Villikortti, joten hän voi vaihtaa persoonaansa kesken taistelun sekä astua Samettihuoneeseen, paikkaan, jossa hän voi huoneen haltijan, Igorin, avustuksella yhdistää persooniaan luodakseen voimakkaampia tilalle. Muista hahmoista poiketen protagonisti voi myös käyttää mitä tahansa asetta. Pelin ajan protagonisti käy koulua, ottaa osaa eri aktiviteetteihin ja viettää aikaa opiskelutovereidensa ja muiden ihmisten kanssa muodostaakseen sosiaalisia linkkejä (Social Links), jotka edistävät vahvempien persoonien kutsumista. Myöhemmin selviää, että hänen sisäänsä oli sinetöity varjo nimeltä "Kuolema", koska varjojen vastainen ase nimeltä Aigis oli kykenemätön tuhoamaan sen. Kuoleman muut osat olivat jakautuneet 12 eri varjoksi, jotka ilmaantuivat vain täydenkuun aikaan. SEESin tuhotessa nämä varjot (koska he luulivat pimeän tunnin katoavan niiden tuhoutumisen myötä), Kuolema sai kokonaisen hahmonsa takaisin ja taistelee itse heitä vastaan 31. tammikuuta 2010 kutsuakseen paikalle Nyksin, joka tuhoaisi ihmiskunnan. Protagonisti käyttää aiemmin kokoamiensa sosiaalisten linkkien voimaa ja muodostaa Suuren Sinetin (Great Seal), joka eristää Nyksin ja ihmiskunnan toisistaan. Mutta Sinetti syntyi hänen omasta sielustaan ja lukion päättäjäispäivänä hän kuolee. Persona 3 FES -peliin sisältyvässä lisätarinassa The Answer SEESin jäsenet näkevät Sinetin omin silmin puolustaessaan sitä hirviöltä nimeltä Erebos. Persona 4:ssä paljastuu, että Igorin assistentti Elizabeth lähti Samettihuoneesta löytääkseen keinon vapauttaa protagonisti Sinetistä.
Peliversiossa protagonistin luonne määräytyy täysin pelaajan tekemien valintojen mukaan. Mangaversiossa hän on vähäpuheinen väsyneeltä näyttävä ja syömisestä pitävä henkilö. Elokuvissa hän on vanhempien kuoleman vuoksi traumatisoitunut ja muodostaa neutraaleja mielipiteitä elämästä ja kuolemasta. Elokuvien teemana on hänen muuttumisensa ystävällisemmäksi ja eläväisemmäksi ihmiseksi.
Makoton japaninkielinen ääni on Akira Ishida ja englanninkielinen ääni Yuri Lowenthal. Kotonen japaninkielinen ääni on Marina Inoue ja englanninkielinen ääni Laura Bailey. Näytelmäversiossa Sakuya Shiomia näyttelee Shouta Aoi ja Kotonea näyttelee Kana Asumi.