Salaperäinen veitsi
Juoni

Salaperäisen veitsen alussa seurataan Will Parrya, meidän maailmassamme asuvaa 12-vuotiasta poikaa, joka pakenee tuntemattomia miehiä. Nämä etsivät kirjeitä, jotka Willin kauan sitten kadonnut löytöretkeilijä-isä on lähettänyt Willin sittemmin mielenterveytensä menettäneelle äidille. Will jättää äitinsä ystävän huomaan ja saa kirjeet haltuunsa. Tapahtumat johtavat yhden takaa-ajajan kuolemaan, mutta Will pääsee pakoon läpäistessään sattumalta ikkunan toiseen maailmaan.
Will päätyy Cittágazzeen, rinnakkaisessa universumissa sijaitsevaan kaupunkiin, jonka asukkaat ovat löytäneet reitin maailmojen välillä. Noiden ikkunoiden piittaamaton käyttö on kuitenkin vapauttanut ihmisten sieluja syöviä ”haamuja”, jotka kykenevät näkemään ja vahingoittamaan vain aikuisia. Täällä Will tapaa Lyra Belacquan, joka päätyi kaupunkiin kulkemalla lordi Asrielin luoman aukon kautta trilogian ensimmäisen osan lopussa.
Lyra ja Will matkustavat yhdessä Willin maailman ja Cittágazzen välillä Lyran etsiessä tietoa Tomun olemuksesta ja Willin selvittäessä isänsä kohtaloa. Käy ilmi, että Willin isäkin oli etsimässä reittiä maailmojen välillä. Lyra tapaa tohtori Mary Malonen, fyysikon, joka on löytänyt Tomun ja tavan havainnoida sitä. Lyra esittelee itsensä Malonelle, sillä aletiometrin mukaan tämä on vain hieman hämmentynyt ja epäilevä hänen suhteensa. Lyra kuitenkin osoittaa Malonelle pystyvänsä vaikuttamaan Tomuun puhumalla sille aletiometrin symboleiden avulla ja tulkitsemalla Tomun vastaukset sanoiksi. Malone pyytää Lyraa jäämään, mutta tämä palaa Willin luokse. Lyran maailmasta tullut mies nimeltä sir Charles Latrom varastaa aletiometrin ja suostuu palauttamaan sen vain, jos Lyra hankkii hänelle Cittágazzesta Salaperäisenä veitsenä tunnetun aseen.
Cittágazzessa Lyra ja Will menevät Enkelten torniin löytääkseen Salaperäisen veitsen. He löytävät sen, ja Will kamppailee viedäkseen veitsen nuorelta mieheltä, joka ei kykene hyödyntämään sen voimia, mutta käyttää sitä pitääkseen haamut loitolla. Willistä tulee veitsen kantaja, ja hän saa selville, että veitsen toinen terä kykenee luomaan portteja maailmojen välille, ja toinen leikkaa helposti mitä tahansa ainetta. Veitsen edellinen haltija menettää kykynsä puolustautua haamuja vastaan, ja ne syövät hänen sielunsa. Kamppailussa veitsestä Will menettää osan sormistaan, eikä haava parannu. Tornissa oleva mies kertoo Lyralle ja Willille, että haamut tulevat toisesta maailmasta, ja ne pääsivät valloilleen Salaperäisen veitsen huolimattoman käytön vuoksi. Mies opettaa Willin leikkaamaan sillä ikkunoita toisiin maailmoihin ja sulkemaan ne käsillään.
Lyra ja Will käyttävät veistä varastaakseen aletiometrin takaisin, mutta päästessään takaisin sir Charlesin taloon he huomaavat rouva Coulterin olevan paikalla. He ovat vähällä jäädä kiinni, mutta onnistuvat juuri ja juuri pakenemaan. Palatessaan Cittágazzeen he huomaavat, että paikalliset lapset yrittävät tappaa heidät veitsen varastamisen vuoksi. Lyran maailmasta tulleet noidat kuitenkin pelastavat heidät ja yrittävät menestyksettä parantaa verenhukan vuoksi alati heikentyvän Willin kättä taikavoimillaan.
Tohtori Malone yrittää selittää kohtaamistaan Lyran kanssa, mutta työtoverit eivät usko hänen kertomustaan, vaan alkavat epäillä hänen tulleen hulluksi. Kesken väittelyn sir Charles astuu sisään ja tarjoaa Malonelle apurahaa, jos tämä suostuu tekemään kuten Magisterium tahtoo. Hän vihjaa mahdollisuudesta ihmisten tajunnan manipuloimiseen. Malone hylkää tarjouksen, ja hänen työtoverinsa torjuvat hänet. Myöhemmin samana iltana hän palaa laboratorioon mukanaan tietokoneohjelma, jonka avulla hän kykenee viestimään Tomun kanssa. Tomu kertoo hänelle, että ihmiset altistuivat Tomulle ensimmäistä kertaa 35 000 vuotta sitten, enkelien kapinan jälkeen, ja että Malonella olisi tärkeä käärmeen rooli ennustuksen toteuttamisessa. Tomu opastaa hänet matkalle Cittágazzen läpi ja kertoo, etteivät haamut vahingoittaisi häntä. Tämän jälkeen Malone tuhoaa tietokoneen, ohjelman ja muistiinpanot, jotta ne eivät joutuisi sir Charlesin ja hänen apuriensa käsiin.
Lee Scoresby on matkannut Lyran maailmassa löytääkseen Stanislaus Grummanin, jonka uskoo pystyvän auttamaan lordi Asrielin suunnitelman selvittämisessä ja Lyran auttamisessa. Kun Scoresby lopulta löytää tataariheimon šamaanina toimivan Grummanin, tämä pyytää aeronauttia viemään hänet revontulten läpi toiseen maailmaan, jotta Grumman voisi opettaa shamanisminsa avulla oppimansa salaisuudet Salaperäisen veitsen kantajalle. Scoresby suostuu ja vie Grummanin Cittágazzeen, jossa hän kuolee Magisteriumin armeijan käsissä puolustaessaan Grummania.
Johtaessaan omia joukkojaan Cittágazzen läpi rouva Coulter kiduttaa erästä Lyran kanssa kulkevaa noitaa ja saa selville, että noitien ennustuksen mukaan Lyra on oleva seuraava Eeva. Rouva Coulter päättää, että hänen on tuhottava Lyra estääkseen toisen syntiinlankeemuksen.
Kädestään yhä verta vuotava Will tapaa Stanislaus Grummanin, joka parantaa hänen sormensa verisammalvoiteella ja neuvoo häntä viemään Salaperäisen veitsen Lyran isälle, lordi Asrielille, käytettäväksi aseena Kaikkivaltiasta vastaan. Will ja Grumman tajuavat olevansa isä ja poika, mutta samassa mustasukkainen noita murhaa Willin isän, koska tämä ei vastannut hänen tunteisiinsa. Will palaa joukon leiriin ja huomaa Lyran kadonneen ja kahden enkelin odottavan häntä viedäkseen hänet lordi Asrielin luokse.