قوه قضائیه جمهوری اسلامی ایران
انتقاد و مسائل حقوق بشر

در سالهای آغازین و پرآشوب تر جمهوری اسلامی، تعداد زیادی از زندانیان سیاسی اعدام شدند. در سال ۱۹۷۹ بیش از ۸۰۰ نفر اعدام شدند. بین سالهای ۱۹۸۱ و ۱۹۸۵، ۷۹۰۰ نفر اعدام شدند. در سال ۱۹۸۸، اعدام دسته جمعی زندانیان سیاسی با اعدام بین ۴۵۰۰ تا ۵۰۰۰ زندانی انجام شد. اکثریت قریب به اتفاق اعدام شدگان (۹۰٪) زندانیان سیاسی بودند، اگرچه بسیاری از اعدامها تحت حمایت جرایمی مانند «قاچاق مواد مخدر»، «تروریسم» یا «لواط» انجام شد.
ایران مانند ۷۴ کشور دیگر در جهان مجازات اعدام را اجرا می‌کند. ایران به عنوان یک کشور عضو کنوانسیون بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی (ICCPR) و کنوانسیون حقوق کودک (CRC)، متعهد شده است که کسی را به جرم ارتکابی در سن کمتر از ۱۸ سال اعدام نکند، اما همچنان به اجرای چنین اعدامهایی ادامه می‌دهد و یکی از تنها شش کشوری است که در جهان چنین عملی را انجام می‌دهد. مطابق ماده ۶ قانون مجازات بین‌المللی حقوق مدنی (ICCPR)، «مجازات اعدام برای جرایمی که توسط اشخاص زیر هجده سال ساخته شده مجازات نخواهد بود».
روش‌های قانونی اعدام حلق آویز کردن، تیراندازی، سنگسار، گردن زدن و پرتاب از بلندی است. با این حال، در عمل فقط حلق آویز توسط مقامات تأیید می‌شود (گروه‌های تیراندازی برای بسیاری از جنایات نظامی / سیاسی تا دهه ۱۹۹۰ مورد استفاده قرار می‌گرفتند). سوابق کمی در مورد قمه زنی یا پرتاب اعدام‌ها وجود دارد. سنگسار به ندرت مورد استفاده قرار می‌گرفت، اما در سالهای اخیر در عمل به عنوان مجازات برداشته شده است. در سال ۲۰۱۲، قانون مجازات اصلاح شد تا سنگسار به عنوان مجازات رسماً حذف شود (اگرچه از نظر فنی هنوز هم می‌تواند در شرایط نامشخص اعمال شود). اگر جرم جدی بود، اعدام می‌توانست در ملا public عام و در محل جنایت انجام شود.
نابرابری جنسیتی
یکی از شکایاتی که منتقدان از سیستم حقوقی ایران (و به‌طور کلی قانون شریعت) دارند این است که مردان دو برابر زنان دیه (دیه) دریافت می‌کنند. گرچه در برخی شرایط این واقعیت دارد، تقریباً همیشه دیه بین قربانی (یا خانواده اش) و خانواده مرتکب مذاکره می‌شود. در نتیجه، به‌طور کلی مقدار دیه داده شده با مقدار «رسمی» متفاوت است و در عمل زنان دیه مساوی دریافت می‌کنند. در سال ۲۰۰۸، ایران رسماً دیه را در موارد بیمه برابر کرد.
ارتداد
اگرچه در ایران رسماً جرم محسوب نمی‌شود، اما در برخی موارد افراد می‌توانند به جرم ارتداد مورد پیگرد قانونی قرار گیرند. مجازات اعدام برای مردان و حبس ابد برای زنان است. برای جرایم سیاسی نیز استفاده شده است.
در نوامبر ۲۰۰۲، هاشم آغاجاری، استاد دانشگاه و از جانبازان جنگ ایران و عراق، پس از سخنرانی در گفتگو با ایرانیان مبنی بر «پیروی کورکورانه» از روحانیون، به جرم ارتداد متهم و سپس به اعدام محکوم شد. اما پس از طوفان اعتراضات مردم عمومی، سیاستمداران اصلاح طلب و مدافعان حقوق بشر، این حکم بعداً به سه سال حبس تعویض شد و آغاجاری طی چند ماه مشروط شد. محکومیت‌های ارتداد گاهی نه تنها به دلیل چشم پوشی آشکار از دین به دنیا آمدن فرد، بلکه همچنین به دلیل انتقاد از حکومت روحانیت (مانند مورد آغاجاری)، بدنام کردن اسلام، تغییر دین از اسلام، تلاش برای دور کردن دیگران از اسلام، و سایر دلایل. بدین ترتیب، تعریف قانونی ارتداد منوط به تفسیر فردی قاضی است. تعریف سنتی دین گریزی فقط مربوط به کسانی است که در یکی از ادیان قانونی شناخته شده متولد شده‌اند - اسلام، یهودیت، مسیحیت و آیین زرتشت. به عنوان مثال، آیین بهائی از نظر قانونی به رسمیت شناخته نشده است و پیروان آن دین به موجب فضول مرتد قلمداد می‌شوند. همچنین اقلیت‌های مذهبی در ایران را ببینید.
اصلاحات
بسیاری از ایرانیان خواستار اصلاحات لازم در سیستم قضایی، در درجه اول در سیستم زندان (مانند ضرب و شتم) و زندانیان سیاسی هستند.
سیاستمداران اصلاح طلب در گذشته سعی در به چالش کشیدن مجازات اعدام و همچنین اجرای قانون در مورد استفاده غیرقانونی از شکنجه در زندان‌ها داشته‌اند. روزنامه نگاران و مدافعان حقوق بشر در ایران که سعی در آگاهی بخشی از این موضوعات دارند، معمولاً مانند زندان اکبر گنجی، به زندان و مجازات اعدام منجر می‌شوند. در ۱۸ دسامبر ۲۰۰۳، رئیس‌جمهور محمد خاتمی اظهار داشت، «من مجازات اعدام را دوست ندارم، اگرچه اگر یک مورد وجود داشته باشد که باید اعدام شود، عادلانه‌ترین پرونده برای صدام خواهد بود. اما من هرگز چنین آرزویی نمی‌کنم.»
با توجه به قدرت و دامنه نهادهای ولایت فقیه (ولایت روحانیت)، که شامل شورای نگهبان و دفتر رهبری و همچنین قوه قضائیه است، نهادهای منتخب مانند مجلس و دفتر رئیس‌جمهور اغلب به دلیل قانون اساسی بودن قادر به اعتراض نیستند.
عدم رسیدگی درست به برخی از پرونده‌ها
در اصل این ناداوری‌ها به زمان انتصاب صادق خلخالی به عنوان رئس و حاکم شرع دادگاه‌های انقلاب بر می‌گردد. او در زمانی که این عنوان را دارا بود بیش ۵۰۰ نفر از مقامات دولتی و لشکری از جمله امیرعباس هویدا و نادر جهانبانی اشاره کرد. خلخالی گاهی اوقات با دادن اتهاماتی که آن شخص مرتکب نشده شخص مرد نظر را با پسوند مفسد فی الارض اعدام کرد؛ مثلاً او به دروغ نادر جهانبانی را متهم به فساد مالی و عباسعلی خلعتبری را به دفن کردن تفاله اتمی در زمین کرده بود. او همچنین تجاوز به زندانیان مرد و زن آزاد و زنان زندانی را با پاسدارها صیغه می‌کرد. او سپس در جریان شورش کردها به سنندج رفت و حکم اعدام ۹۴ نفر را صادر کرد. او سپس توسط شهید بهشتی از سمت خود برکنار و سپس به عنوان رئیس ستاد مبارزه با مواد مخدر مشغول به کار شد و آن جا هم دست به اعدام‌های گسترده زد که پس از مرگ خمینی از عرصه سیاست کنار رفت و غائله اعدام‌های او به اتمام رسید. در سال ۱۳۶۷ و پس از عملیات مرصاد خمینی دستور رسیدگی به پرونده‌های زندانیان سیاسی را در اولویت خود قرار داده و سپس در نامه ای خواستار رسیدگی به این موضوع توسط قضات برجسته ایران شد. سپس کمیته ای در راستای رسیدگی به این پرونده‌ها تشکیل شد. أنان در تابستان ۶۷ بیش ۴۰۰۰ نفر را اعدام کردند. از جمله دیگر این ناداوری‌ها به عدم رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره‌ای ایران در دهه هفتاد بود. با وجود این که در طی این پرونده بیش از ۸۰ نفر از روشنفکران، دگراندیشان، سیاستمداران، نویسندگان و شهروندان عادی با روشهای مختلفی از جمله کاردآجین کردن با چاقو، شیاف پتاسیم، تزریق ماده سمی به منظور ایست قلبی، خفه کردن با طناب و تصادفات ساختگی و تیراندازی در سرقت‌های مسلحانه به دست عوامل وزارت اطلاعات به قتل رسیدن اما قوه قضاییه فقط قتل چهار تن از آنان را به رسمیت شناخت و همچنین دو وزیر اطلاعات در زمان قتل‌ها یعنی علی فلاحیان و قربانعلی دری نجف‌آبادی هیچوقت بازپرسی نشدند. همچنین همه متهمان قتل‌های زنجیره ای با وجود گرفتن حکم کیفری آزاد هستند. سپس سعید امامی متهم ردیف اول این پرونده به‌طور مشکوکی در زندان درگذشت که قضات این پرونده از جمله محمد نیازی به جای پیدا کردن قاتل او گفتند که او با خوردن واجبی خودکشی کرده است. در ادامه این مسائل سعید حجاریان طعمه ترور ناموفقی قرار گرفت که ضارب او یعنی سعید عسگر تنها یک سال حبس کشید که این مسئله موجب اعتراض وکیل حجاریان به این موضوع بود. در سال ۱۳۸۲ یک خبرنگار به نام زهرا کاظمی در زندان کشته شد. اعلام شد که او بر اثر غش و بی حالی اصابت سر به زمین مرده است و تنها متهم این پرونده یعنی سعید مرتضوی آزاد هست. در سال ۱۳۸۰ تعداد از مردم کرمان در طی قتل‌های محفلی کرمان به قتل رسیدند که مشخص شد اعضای بسیج کرمان در این قتل‌ها دست داشته‌اند. مقتولان در طی دادگاه مهدورالدم خوانده شده و متهمین تبرئه شدند.