عملیات مونگوس
میراث

پس از پایان عملیات مونگوس، دولت کندی تلاش‌هایی برای بهبود روابط با دولت کوبا انجام داد. همان‌طور که برخی اسناد منتشر شده توسط آرشیو امنیت ملی نشان می‌دهد، این اتفاق تقریباً بلافاصله پس از پایان پروژه رخ داده‌است.یک سند به شکل یک برگه گزینه از یک متخصص آمریکای لاتین در مورد چگونگی اصلاح روابط ارائه می‌شود. این سند با این پیشنهاد آغاز می‌شود که از طریق تلاش‌های سیا برای ترور کاسترو و سرنگونی دولت، آن‌ها «فقط به یک روی سکه به‌طور جدی نگاه می‌کردند» و می‌توانستند سمت معکوس را امتحان کنند و سعی کنند «بی سر و صدا کاسترو را به ما جلب کنند»."این سند در ادامه برای انجام مطالعات بیشتر در مورد اینکه آنها دقیقاً چگونه برای بهبود روابط پیش می‌روند، فشار می‌آورد.این سند همچنین ۲نتیجه احتمالی را که همراه با روابط بهتر با کوبا خواهد بود، بیان می‌کند. در این سند آمده‌است: «در کوتاه‌مدت، احتمالاً می‌توانیم حداقل ۲نگرانی اصلی خود در مورد کاسترو را خنثی کنیم:معرفی مجدد موشک‌های تهاجمی و براندازی کوبا. در درازمدت، ما می‌توانیم برای حذف کاسترو در اوقات فراغت خود و از نقطه نظر خوبی کار کنیم.»تلاش برای اصلاح روابط به شدت با روابط منفی شکل گرفته در اثر عملیات مونگوس شکل می‌گیرد
یکی از موضوعاتی که باعث بی‌اعتمادی روابط کوبایی‌های مورد حمایت آمریکا و آژانس شد، یک جبهه «متزلزل» به دلیل عدم توافق واقعی بین کوبایی‌ها و آژانس بود. بر اساس بازرسی انجام شده توسط بازرس کل فایفر، «رهبران کوبا می‌خواستند چیزی در مورد روند عملیات شبه نظامی بگویند». در این بازرسی سؤالاتی مطرح شد که عبارت بودند از: "اگر پروژه بهتر تصور می‌شد، سازماندهی می‌شد، کارکنان بهتری مدیریت می‌شد، آیا اصلاً باید آن موضوع دقیق برای تصمیم‌گیری رئیس جمهور ارائه می‌شد؟"تحقیق‌های بیشتر ثابت کرد که ۱۵۰۰ نفر از همان ابتدا برای مقابله با نیروهای بزرگ نظامی کاسترو کافی نبودند، و همچنین آژانس‌ها از «مدیریت بالای پرواز» کافی نبودند، که در مجموع به شکست کامل عملیات مونگوس و همچنین خلیج خوک‌ها منجر شد.
کمیسیونی به رهبری ژنرال ماکسول تیلور، معروف به کمیته تیلور، شکست‌های حمله به خلیج خوک‌ها را بررسی کرد. هدف این بود که بفهمیم چه کسی مسئول این فاجعه است. جک فایفر، مورخ ارشد سیا، در یکی از مجلدهای خود از یک گزارش داخلی که بین سال‌های ۱۹۷۴ و ۱۹۸۴ نوشته شده بود، از تحقیق‌های کمیته تیلور انتقاد کرد، زیرا این کمیته، سیا را مسئول اصلی شکست خلیج خوک‌ها می‌دانست. در پایان جلد چهارم، فایفر ابراز تاسف می‌کند که تیلور در تداوم این ایده نقش داشته‌است که «پرزیدنت کندی یک شوالیه سفید بود که توسط فعالان بیش از حد اعتماد به نفس، اگر نگوییم شیطنت، گمراه شده بود».
در سال۱۹۷۵، یک کمیته سنا به سرپرستی سناتور فرانک چرچ (آیداهو-دموکرات) که در مورد سوء استفاده‌های ادعایی انجام شده توسط جامعه اطلاعاتی ایالات متحده تحقیق می‌کرد، اولین گزارش از مجموع ۱۴گزارش را با عنوان «توطئه‌های ترور ادعایی شامل رهبران خارجی» منتشر کرد. کمیته کلیسا توطئه‌های مستند علیه کاسترو را در سال۱۹۶۲ردیابی کرد. در اسناد به تماس سیا با مافیو و قاتل قراردادی آمریکایی، جان روزلی اشاره شده‌است. روزلی، یک آتش‌نشان، بزاق خود را بیرون ریخت تا کاسترو را از بین ببرد تا کوبا را به «روزهای خوب گذشته» بازگرداند. توطئه عجیب‌تر دیگر مربوط به یک قهرمان انقلابی کوبایی به نام رولاندو کوبلا بود که توسط سیا با نام رمز املش شناخته می‌شد. سیا به دنبال مشارکت کوبلا در یک عملیات ترور بود. در پاییز ۱۹۶۳، دزموند فیتزجرالد، یک مقام عالی‌رتبه که زمانی تحت آموزش فرانک ویسنر و دوست خوب ویلیام کولبی، رئیس آینده سیا بود، که در دهه ۱۹۵۰در ایستگاه‌های سیا در سراسر خاور دور خدمت کرده بود، خدمات مخفیانه کوبلا را تعقیب کرد.. فیتزجرالد در جلسات خود به‌طور دوگانگی خود را به‌عنوان نماینده شخصی رابرت اف کندی، دادستان کل ایالات متحده معرفی کرد. برخی از محققان این طرح حمله را رویکرد «هویج و چوب» کندی در برخورد با کاسترو می‌دانستند. با این حال، سایر مورخان این تلاش‌های سیا را ابزاری برای تضعیف ابتکار عمل صلح پرزیدنت جان اف کندی در قبال کاسترو می‌دانند. برخی از مورخان تجدیدنظرطلب ادعا می‌کنند که تلاش‌ها برای حذف کاسترو نمایانگر جنبه‌ای از «وسواس کندی» است که ظاهراً توسط بقیه واشینگتن مشترک نیست. این تصور از آن زمان به ۲دلیل به راحتی از بین رفت: ۱)کاسترو تنها هدف ترور سیاسی در دستور کار کندی نبود و ۲)توطئه‌های سیا برای کشتن کاسترو هم قبل و هم بعد از دوره ریاست جمهوری کندی وجود داشت.
پروژه کوبا، مانند حمله قبلی به خلیج خوک‌ها، به‌طور گسترده به‌عنوان یک شکست سیاست آمریکا علیه کوبا شناخته می‌شود. به گفته نوام چامسکی، بودجه آن ۵۰ میلیون دلار در سال بود و ۲۵۰۰ نفر از جمله حدود ۵۰۰ آمریکایی را استخدام می‌کرد و به مدت ۱۴ سال از سال ۱۹۶۱ تا ۱۹۷۵ مخفی ماند. بخشی از آن توسط کمیسیون کلیسا در سنای ایالات متحده و بخشی توسط روزنامه‌نگاری تحقیقی خوب فاش شد. او گفت که «این امکان وجود دارد که عملیات هنوز ادامه داشته باشد [۱۹۸۹]، اما مطمئناً در تمام دهه ۷۰ ادامه داشت.»