ولایت بدخشان
پیشینه

اطلاعات بیشتر: تاریخ افغانستان
در نتیجهٔ کاوش‌های باستان‌شناسی صدها ابزار سنگی در مناطق متعدد افغانستان و همچنان بدخشان - ابزاری چون ابزار کوارتزی متعلق به دورهٔ پارینه‌سنگی زیرین (تبرهای دستی، چاقوهای دسته‌دار و تراشه‌ها) با قدمتی بیش از ۱۰۰٬۰۰۰ ساله - گواهی این است که بدخشان از دوران پارینه‌سنگی منطقه‌ای مسکون بوده است.
اسکلت انسان نِئاندِرتال در طی اواسط دههٔ هفتاد میلادی در درهٔ کور در بدخشان، و همچنین استخوان گیجگاهی بزرگی یافت شده‌اند که به عقیدهٔ دانشمندان می‌بایست متعلق به انسان امروزی با ویژگی‌های نئاندرتالی باشد.
لوئی دوپری، باستان‌شناس دانشگاه پنسیلوانیا راجع به کشف درهٔ کور می‌گوید:
شمال افغانستان شاید منطقه‌ای باشد که هوموساپینس‌های امروزی، یا دست‌کم گونه‌ای از انسان امروزی، از نظر فیزیکی و جسمانی تحول پیدا کرده و شروع به متحول کردن فناوری عصر حجر کردند.
اما با حملهٔ شوروی به افغانستان در ۱۹۷۹ میلادی کاوش‌های باستان‌شناسی بدخشان را که احتمالاً می‌توانست این فرضیهٔ شگفت‌انگیز را تأیید کند، متوقف ساخت.
آثار بدست‌آمده از درهٔ کور (کُر)، در غرب بدخشان، نخستین شواهد آشکار زیستگاه‌های انسان را در افغانستان نشان می‌دهد. طی کاوش‌هایی در درهٔ کور در سال ۱۹۴۴ توسط لوئی دوپری و همکارانش، ابزارهای موسترین و جمجمهٔ انسان نئاندرتال به‌دست آمده که مربوط به دورهٔ میان‌سنگی بوده و عمر آن را ۳۰ هزار سال پیش تخمین زده‌اند.
در هزارهٔ یکم پیش از میلاد این منطقه به‌دست هخامنشیان افتاد و پس از سقوط آن‌ها توسط اسکندر مقدونی، تحت فرمانروایی دولت یونانی بلخ درآمد. در سال‌های پیش از اسلام این منطقه توسط سلسله‌های مختلفی مانند کوشانیان و یفتلیان کنترل می‌شد. در دوران اسلامی هم بخشی از امپراتوری سامانیان و سپس غزنویان، سلجوقیان، غوریان، خوارزمشاهیان، مغولان و تیموریان بود.
در اوایل قرن شانزدهم الی اواسط قرن هجدهم بدخشان تحت سیطرهٔ خانات بخارا قرار داشت که وقتی از امپراتوری درانیان شکست خوردند، طی معاهدهٔ صلحی در ۱۷۵۰ میلادی بین مراد بیگ بخارا و احمدشاه درانی، جز قلمرو درانیان گردید. بدخشان تحت سلطهٔ درانی‌ها و به دنبال آن سلسلهٔ بارکزی قرار گرفت و طی سه جنگ افغان و انگلیس هم، دست نخورده باقی ماند.
این منطقه در سال ۱۸۹۶ میان دو امپراتوری بزرگ (روسیهٔ تزاری و بریتانیا) به دو بخش تقسیم گردید. یک بخش این استان تحت نام بدخشان روسیه و بعداً منطقهٔ خودگردان کوهستانی بدخشان شوروی با مرکزیت شهر خاروغ به روسیه تعلق گرفت، و بخش دوم با مرکزیت شهر فیض‌آباد به امارت افغانستان پیوست. مردم ولایت بدخشان حساسیت زیادی به نام «قادر» از خود نشان می‌دهند، گویا در دوران هوتکیان کسی به نام قادر از هرات آمده و بیشتر مردم بدخشان را قتل‌عام کرده است. از این رو امروزه در بدخشان، نام قادر هم‌معنی با حسود بودن و سطح هوش پایین داشتن است. روسیه و انگلیس آمودریا (جیحون) را به عنوان مرز طبیعی پذیرفته و توسط ستون‌های مرزی نشانه‌گذاری شد. در سال ۱۹۱۷ بعد از پیروزی انقلاب بلشویکی در روسیه بدخشان روسیه به شوروی در تشکیل جمهوری شوروی سوسیالیستی تاجیکستان تعلق گرفت.
این منطقه حدود ۱۰۰ سال در صلح به‌سر می‌برد تا اینکه شعله‌های جنگ داخلی افغانستان و اتحاد جماهیر شوروی به بدخشان هم زبانه کشید.
در طول دههٔ ۱۹۹۰، بیشتر مناطق شمال‌شرقی تحت کنترل نیروهای وفادار به برهان الدین ربانی و احمد شاه مسعود بود، تا سال ۱۹۹۶ که طالبان رسماً تشکیل دولت داده بودند، بدخشان تنها ولایتی بود که طالبان آن را فتح نتوانستند و الی ۲۰۰۱ میلادی و سقوط طالبان به‌دست نیروهای احمدشاه مسعود و برهان‌الدین ربانی بود.
بدخشان بدین ترتیب یکی از معدود ولایات کشور بود که در جنگ‌های افغانستان شاهد شورش‌های کمی بود اما در طی سال‌های ۲۰۱۰ شورشیان طالبان موفق به حمله و کنترل چندین شهرستان در این ولایت شدند.
در ۲۶ اکتبر ۲۰۱۵، زمین‌لرزهٔ هندوکش با ۷٫۵ مقیاس بزرگای گشتاوری، شمال افغانستان را با حداکثر چهار مقیاس شدت مرکالی (شدید) لرزاند. این زمین لرزه تقریباً ۳۰٬۰۰۰ خانه را ویران نمود، چند صد کشته برجا گذاشت و بیش از ۱٬۷۰۰ زخمی به‌دنبال داشت.