کشته شدن عثمان
قتل عثمان و عواقب آن

شورشیان خانهٔ عثمان را محاصره کردند، این گونه گذشت تا روز جمعه رسید، عثمان برای سخنرانی به بالای منبر رفت و در مورد شورشیان صحبت کرد؛ یکی از صحابه حرف وی را تأیید کرد و دیگر به حرفش اعتراض کرد که باعث نبرد در مسجد شد، عثمان در این بین زخمی شد و به خانه‌اش برده شد. عثمان چند روز در خانه‌اش محاصره بود و تعدادی از صحابه مشغول حفاظت از عثمان بوند مهم‌ترین آن‌ها حسن بن علی، عبدالله بن زبیر، مروان بن حکم و سعید بن عاص بود انقلاب گران به خانهٔ او حمله کردند و در خانه را آتش زند یکی از آن‌ها با غلاف شمشیر به سر عثمان ضربه زد، سپس با شمشیر عثمان را در تاریخ ۱۸ ذی‌الحجه سال ۳۵ هـ (۲۰ ژوئن سال ۶۵۶م) در حالی که ۸۲ سال داشت و از خلافتش ۱۲ سال می‌گذشت کشت.
مادلونگ در دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد در هنگام محاصرهٔ عثمان، حسن به‌همراه فرزندان صحابیون محمد به دفاع از خانهٔ عثمان پرداخت، عثمان از علی خواست که به دیگر محافظان بپیوندد و علی در پاسخ حسین را فرستاد. عثمان به حسین گفت که آیا می‌تواند در مقابل شورشیان از خود دفاع کند. حسین با شنیدن این سخن اعتراض کرد و عثمان او را از آنجا به بیرون فرستاد. نقل شده که مَرْوان به حسین گفت: «از نزد ما برو. علی مردم را بر ضد عثمان تحریک می‌کند و تو اینجا با ما هستی!» محمد عمادی حائری در دانشنامهٔ جهان اسلام می‌نویسد حسین یا حسن بر طبق بعضی روایات در قضیهٔ دفاع از عثمان زخمی شدند.
عثمان به دلیل اینکه نمی‌خواست شأن خود را به عنوان خلیفه کم کند، با درخواستهای مبنی بر کناره‌گیری از خلافت مخالفت می‌نمود. مدت محاصره عثمان (در سال ۳۵ هجری/ژوئن ۶۵۶ میلادی) در منابع، زمان‌های متعددی گزارش شده و تعدادی از محاصره کنندگان به سرکردگی محمد بن ابی بکر به خانه‌اش توانستند وارد شوند. البته دقیقاً معلوم نیست که وی به عثمان ضربت وارد کرده باشد یا نه و منابع افراد متعددی را به عنوان کشندگان عثمان نام می‌برند. عثمان که در حال خواندن قرآن بود، مورد ضربت قرار گرفت و خونش بر صفحه قرآن ریخت. نائله بنت فرافصه از قبیله کلبیه که همسر عثمان بود نیز زخمی گردیده و خانه را نیز مورد غارت قرار دادند. جسد عثمان به صورت بسیار مخفیانه و شبانه با تشییع همسر و دوستان نزدیکش دفن گردید. همچنین برخی منابع حاکی از آن است که فرمان قتل عثمان را عایشه صادر نمود است. سپاه معاویه که برای کمک به عثمان فرستاده بود، در نیمه راه خبر مرگ عثمان را شنیدند و سریعاً به شام بازگشتند. در منابع این عمل فرستادن سپاه از سوی معاویه، عملی ریاکارانه معرفی گردیده‌است. در منابع آمده که شورش گران مصر به سرکردگی ابن عدیس از سوی معاویه مورد تعقیب قرار گرفتند و زندانی شدند. اما ابن عدیس فرار کرد اما دوباره بازداشت شد و توسط لشکریان معاویه کشته شد.
سرانجام، عثمان توسط شورشیانی که از کوفه، مصر و بصره به مدینه آمدند، کشته شد. کشته شدن او نقطه عطفی در تاریخ مسلمانان بود و یکپارچگی سیاسی و مذهبی مسلمانان به پایان رسید و انشقاق‌ها و جنگ‌های داخلی بین آنان شروع شد. قتل عثمان منجر به طرح مسائل پیچیده‌ای شد از جمله اینکه آیا قتل عثمان عادلانه بود؟ آیا او از دستورهای اسلام منحرف شده بود؟ اگر چنین بود آیا شایسته قتل بود؟ پس از عثمان، علی به خلافت رسید که دوران خلافت او مصادف با جنگ‌های داخلی زیادی بین مسلمانان شد.
از این زمان به بعد اتحاد سیاسی و مذهبی اسلام از بین رفت و جنگ‌های داخلی و تفرقه آغاز گردید. دوران خلافت عثمان و قتل وی نقطه عطفی در تاریخ اسلام شد و از این رو حائز اهمیت است که قتل وی به علت این بود که در شایستگی اش اختلاف ایجاد شده بود. دانشنامه اسلام بر این باور است که آنچه مخالفان عثمان به عنوان نالایق بودن وی مطرح می‌کنند، بیشتر شخصیت متوسط و معتدل اوست. این واقعه روایات زیادی از تاریخ و به خصوص ادبیات تاریخی را به خود اختصاص داد و این روایات این واقعه را در رده فتنه قرار می‌دهند.