الجزیره (شبکه خبری)
الجزیره و عراق

در ۴ مارس ۲۰۰۳، طی زمانی درست پیش از حمله به عراق، بازار سهام نیویورک، الجزیره را (و نیز تعدادی از سازمان‌های خبری دیگر که نامشان فاش نشده‌است) به‌طور نامحدودی از حق مصاحبه تجاری اش با بیان «دغدغه‌های امنیتی» به عنوان دلیل رسمی آن، محروم نمود. این اقدام به سرعت توسط مسئولین بازار سهام نسداق مقابله به مثل شد.
طی جنگ عراق، الجزیره با همان محدودیت‌های مربوط به تهیه گزارش و حرکتی که دیگر سازمان‌های خبری همکار داشتند، مواجه گردید. علاوه بر این، تیسیر علونی، یکی از گزارشگران آن، از سوی وزارت اطلاعات عراق، از ورود به کشور منع شد، در حالی که دیار العمری، نیز از تهیه گزارش در عراق محروم شده بود (هردو تصمیم بعدها لغو گردید). در ۳۰ آوریل ۲۰۰۳، الجزیره روزنامه‌نگاران خود را با بیان این که دخالتهای غیرمنطقی از سوی مقامات عراقی صورت گرفته، از آن کشور خارج نمود.
همچنین در آستانه جنگ، پنتاگون در آمریکا گروه رندون را برای هدف قرار دادن و احتمالاً تنبیه گزارشگران الجزیره به خدمت گرفت که در آنجا باقی نمانده بودند.
.
در ۸ آوریل ۲۰۰۳، دفتر الجزیره در بغداد از سوی نیروهای آمریکا مورد حمله قرار گرفت، که به کشته شدن طارق ایوب گزارشگر و مجروح شدن افراد دیگر انجامید، با وجود آن که پیش از وقوع حادثه از طریق هماهنگی‌های دقیق دفتر مزبور به آمریکا راجع به این مسئله اطلاع داده شده بود. همین‌طور، در ۱۳ نوامبر ۲۰۰۱، طی حمله خود به افغانستان و نیز پس از اطلاع از مکان آن، آمریکا به دفتر الجزیره در افغانستان حمله موشکی نمود. فیلمبردار الجزیره، تبعه سودانی، سامی الحاج از آغاز سال ۲۰۰۲ توسط نیروهای آمریکایی در تنگه گوانتانامو، کوبا به زندان افتاد. در ۲۳ نوامبر ۲۰۰۵، وکیل سامی الحاج، کلایو استافورد اسمیت، گزارش نمود که طی ۱۲۵ دفعه مصاحبه از مجموع ۱۳۰مورد، مسئولین آمریکایی از سامی پرسیده‌اند که آیا الجزیره نماینده القاعده‌است. دلایل دیگر دستگیری وی نامعلوم است، اما اظهارات مقامات آمریکایی در مورد این زندانیان حاکی از آن است که آن‌ها تهدیدهایی برای امنیت محسوب می‌شوند.
در ماه مه۲۰۰۳، سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا CIA در داخل کنگره ملی عراق اسنادی را منتشر ساختند که به‌طور ضمنی نشان می‌داد که جاسوسان عراقی در الجزیره نفوذ کرده‌اند، و و از سوی برخی مقامات عراقی این موضوع بخشی از تلاش تبلیغاتی آن‌ها محسوب می‌شد. براساس گزارش ساندی تایمز، از سوی یک مقام اجرائی الجزیره جاسوسان مورد ادعا دارای نقش بسیار اندکی بوده‌اند و هیچگونه دخالتی در تصمیمات سردبیر آن نداشته‌اند.
در۲۳ سپتامبر۲۰۰۳، عراق الجزیره (و العربیه) را به مدت دو هفته از تهیه گزارش از فعالیت‌های رسمی دولت معلق نمود زیرا که آن مجمع به عنوان پشتیبان حملات اخیر به اعضای خود و نیروهای ائتلافی اشغالگر معرفی شده بود. این اقدام پس از بیان اظهاراتی از سوی عراقیهایی انجام گرفت که اعلام نموده بودند این کانال موجب تحریک خشونت ضد اشغالگری (با مبالغه کردن اظهارات رهبران مقاومت عراق)، افزایش تنش‌های نژادی و قومی، و پشتیبانی از مقاومت شده‌است.
طی سال۲۰۰۴، الجزیره نوارهای متعدد ویدئویی را از قربانیان ربوده شده‌ای پخش کرد که به (دفتر) شبکه ارسال شده بود. این نوارهای ویدئویی پس از ربودن گروگان، توسط آن گروه‌ها فیلم‌برداری شده بود. این گروگان‌ها در حالی که خوهان آزادی خود بودند، اغلب با چشمان بسته نشان داده می‌شدند. آن‌ها معمولاً «مجبور بودند که متنهایی را که قبلاً» توسط ربایندگان تهیه شده بود، بخوانند. الجزیره در تلاش برای آزادی قربانیان ربوده شده، از مقامات کشورهای موطن این قربانیان کمک تقاضا می‌نمود. این مسئله شامل پخش درخواستهای اعضای خانواده و مسئولین دولتی نیز می‌شد. برخلاف برخی از ادعاها، از جمله اظهارات مکرر گزارش شده دونالد رامسفلد در ۴ ژوئن ۲۰۰۵، الجزیره هرگز تاکنون منظره‌های سربریدن (آنها) را که اغلب در وبسایتهای اینترنتی نمایش داده شده، پخش نکرده‌است. .
در۷ اوت ۲۰۰۴، دولت عراقی ایاد علاوی، دفتر الجزیره را در عراق با بیان این ادعا تعطیل نمود که این شبکه مسئول ارائه تصویری منفی از عراق بوده و این شبکه را به دامن زدن به خشونتهای ضد ائتلاف محکوم نمود. الجزیره اعلام کرد که به تهیه گزارش خود از داخل عراق ادامه می‌دهد. عکس‌های خبری نشان می‌داد نیروهای نظامی آمریکا و عراق در نزدیک این دفتر با یکدیگر همکاری می‌کنند. .
در ابتدا این دفتر به مدت یک ماه بسته شد، و سپس به‌طور نامحدودی در سپتامبر ۲۰۰۴ تمدید شد، و دفاتر آن پلمب گردید.