ریاست‌جمهوری آبراهام لینکلن
آغاز جنگ داخلی > هدایت جنگ

جنگ همواره سبب یاس و ناکامی رئیس‌جمهور می‌شد و تقریباً تمام وقتش را می‌گرفت. رابطه لینکون با ژنرال مک کلان رابطه‌ای ستیزه جویانه بود. مک کلان از زمان شکست شرم‌آور اتحادیه در نخستین نبرد بال ران و پس از عقب‌نشینی وین فیلد در اواخر ۱۸۶۱ ژنرال کل تمامی ارتش‌های اتحادیه شد. لینکون می‌خواست علی‌رغم بی‌تجربگی اش در مسائل نظامی نقشی فعال در طراحی استراتژیهای جنگی داشته باشد و اولویتهای استراتژیک اش دو بعد داشت: اول حصول اطمینان از اینکه از واشینگتن به خوبی دفاع می‌شود و دوم اینکه جنگ را با تازش و مهاجمانه انجام دهد به این امید که هرچه زود جنگ به پایان رسد و بتواند از مردم و مطبوعات شمال دلجویی و استمالت کند. اما مک کلان که جوانی فارغ‌التحصیل از آکادمی نظامی ایالات متحده و مدیر راه‌آهن بود، افراد را دوباره به خدمت سربازی خواند و رویکردی کاملاً محتاط برگزید. چندین ماه طول کشید تا مک کلان نبرد شبه جزیره را طراحی کرد و به اجرا درآورد. در این نبرد ریجموند ویرجینیا تسخیر شد و این کار با منتقل کردن ارتش پرتومک از طریق قایق به شبه جزیره ویرجینیا واقع در میان رودخانه جیمز و رودخانه یورک انجام گرفت. تأخیر مک کلان و اصرارش بر این امر که برای دفاع از واشینگتن نیرو نیاز نداریم لینکون را عصبانی می‌کرد. لینکون اصرار داشت تا بخشی از نیروهای مک کلان برای دفاع از پایتخت بمانند و مک کلان همواره شکست در نبرد شبه جزیره را به دلیل این تصمیم می‌داند.
مک کلان که در تمام عمرش دموکرات بود و از نظر خلق و خوی محافظه کار، پس از انتشار نامه هریسن که در آن به لینکون از لحاظ سیاسی نصیحت کرده بود که در جنگ محتاطانه رفتار کند، برکنار شد. نامهٔ مک کلان جمهوری خواهان تندرو را خشمگین کرد و آن‌ها لینکون را تحت فشار گذاشتند تا جان پپ (افسر نظامی) جمهوری‌خواه را به عنوان رئیس جدید ارتش ویرجینیا برگزیند و موفق هم شدند. پپ مطابق خواسته استراتژیک لینکون عمل کرد و اتحادیه را از شمال به سمت ریچموند منتقل نمود و بدین ترتیب واشینگتن را تحت نظارت گرفت. با این حال پپ هم در دومین نبرد بال ران در تابستان ۱۸۶۲ به شرق شکست خورد و برای بار دوم ارتش پوتومک را برای دفاع از واشینگتن گسیل کرد. پپ برای مبارزه با سیوکس به مینوستا فرستاده شد.
لینکون که با حملهٔ ژنرال لی از هم پیمانان از ایالت مریلند شوکه شده بود، مک کلان را دوباره به کار فرا خواند و از او خواست تا برای جنگ آنتی تم در سپتامبر ۱۸۶۲، نیروهای اطراف واشینگتن را به موقع فرا خواند. پس از پیروزی اتحادیه در این جنگ بود که لینکون توانست اعلامیه آزادی را منتشر سازد.
اندکی پس از انتخابات میان دوره‌ای ۱۸۶۲، لینکون مک کلان را مرخص کرد و برنساید جمهوری‌خواه را به رهبری ارتش پوتومک برگزید. برنساید قول داده بود که مطابق استراتژی لینکون جنگی مخاصمانه علیه ریچموند ولی به راه اندازد. وقتی که در نهایت تعجب برنساید در نبرد فروریکزبرگ شکست خورد جفدف هوکر علی‌رغم سخنان بیهوده اش در مورد اینکه افسر نظامی قدرتمندی در ارتش شود، به جای او انتخاب شد. هوکر نیز در نبرد چنسلرازویل دومی ۱۸۶۳ از لی شکست خورد و برکنار شد.
پس از پیروزی اتحادیه درنبرد کتیزبرگ، شکست جرج میاد از لی و پس از ماه‌ها بی فعالیتی ارتش پوتومک، لینکون تصمیم گرفت تا ژنرالی از غرب را برسر کار آورد: ژنرال یویسس گرانت. او در «تاترغربی» من‌جمله نبرد ویکزبرگ و نبرد چاتانوگا پیروزی‌های جانانه‌ای داشت. قبل تر، لینکون در پاسخ به انتقاد گرانت، گفته بود: «من نمی‌توانم این مرد را کنار بگذارم. او خوب می‌جنگد.»
گرانت مبازره خونین اورلند را در سال ۱۸۶۴ با استفاده از سیاست فرسایشی به راه انداخت که با این سیاست اتحادیه در، برای مثال، نبرد ویلدونس و نبرد کلدهاربر خسارات و تلفات بسیاری داشت اما در مقابل ارتش همپیمانها نیز متحمل ضرر و زیان بیشتری شدند. بالاخره حملهٔ مهاجمانه گرانت، لی را در محاصرهٔ پیترزبورگ به دام انداخت که به تسخیر ریچموند توسط اتحادیه انجامید و سبب شد در بهار ۱۸۶۵ جنگ به پایان رسد.
لینکون به گرانت اجازه داد تا ساختارهای عمرانی وی را که نشانی از هم پیمانان داشت تخریب کند. به این امید که روحیه جنوب و توان اقتصادی آن را برای تداوم جنگ تضعیف کند. بدین ترتیب ژنرال ویلیام شرمن و فیلیپ شرایدن شهرها و مزارع بسیار را در دره شندان دوآ، ایالت جورجیا و کالیفرنیای جنوبی تخریب کردند. خسارات ناشی از پیشروی شرمن به سوی دریا از طریق جرجیا از ۱۰۰ میلیون دلار هم فراتر رفت.
لینکون به عنوان رهبری نظامی سابقه‌ای درخشان برجای گذاشت. او نقاط استراتژیک را (مانند رودخانه می‌سی سی پی و شهر ویکزبرگ) به خوبی می‌شناخت و بر این امر واقف بود که مهم این است که ارتش دشمن را شکست دهیم، نه اینکه شهرها را به اشغال خود درآوریم. با این حال او در ترغیب فرماندهانش به قبول استراتژیهایش چندان موفق نبود، تا اینکه در اواخر ۱۸۶۳، لینکون دریافت که با گرانت در امر جنگ وجوه اشتراک دارد، در تصویری که از جنگ دارند و نیز در پافشاریشان بر استفاده از نیروهای سیاه‌پوست و می‌توانند با تداوم حملات مهاجمانه در عرصه‌های مختلف جنگ به اهداف جنگی شان تحقق بخشند.
لینکون در طول جنگ مبارزات نظامی را با کنجکاوی بسیار دنبال می‌کرد. ساعت‌های متوالی را در دفتر تلگراف وزارت دفاع ایالات متحده صرف خواندن پیامهایی می‌کرد که ژنرالهای مختلف مخابره می‌کردند. او مدام به میدانهای جنگ می‌رفت و از دیدن صحنه‌های جنگ برجایش میخکوب می‌شد. در طی جنگ فورت استوتر، در واشینگتن باید مدام به او می‌گفتند که هنگام مشاهدهٔ صحنه‌های جنگ سرش را بدزد تا مورد اصابت گلوله قرار نگیرد.