جنگ داخلی بیزانس ۱۳۴۱–۱۳۴۷
نایب‌نشینی کانتاکوزنوس: ژوئن تا سپتامبر ۱۳۴۱

پس از یک بیماری کوتاه، در شب ۱۴ تا ۱۵ ژوئن ۱۳۴۱ امپراتور آندرونیکوس سوم در سن ۴۵ سالگی درگذشت، احتمالاً به دلیل مالاریا مزمن. پسر نه ساله او جان (جان پنجم) جانشین آشکار او بود، اما او به‌طور رسمی به عنوان امپراتور مشترک معرفی یا تاجگذاری نشده بود. این یک خلاء قانونی ایجاد کرد و این سؤال را مطرح کرد که چه کسی حکومت امپراتوری را رهبری خواهد کرد.
طبق رسوم بیزانسی، امپراتور-داور به‌طور خودکار ریاست هر منطقه ای را بر عهده داشت. با این وجود، علیرغم عدم انتصاب رسمی، کانتاکوزنوس پسران آندرونیکوس سوم و امپراتور آنا از ساووی را تحت نگهبانی مسلحانه در کاخ قرار داد و در جلسه ای از سنای بیزانس برای خود ادعای سلطنت و حکومت ایالت را کرد. از ارتباط نزدیک او با امپراتور فقید. او همچنین از جان پنجم خواست که با دختر خود هلنا کانتاکوزنه ازدواج کند. این ادعا توسط پاتریارک جان چهاردهم قسطنطنیه مورد مناقشه قرار گرفت که سندی از آندرونیکس مربوط به سال ۱۳۳۴ ارائه کرد و مراقبت از خانواده امپراتوری در مورد مرگ او را به او واگذار کرد. تنها پس از تظاهرات سربازان پایتخت در ۲۰ ژوئن، کانتاکوزنوس به عنوان نایب السلطنه به رسمیت شناخته شد و کنترل زمام حکومت را به دست آورد، و همچنین کنترل ارتش را به عنوان مگا دومستیکوها حفظ کرد.
با این وجود، مخالفت با کانتاکوزنوس حول سه شخصیت شروع شد: پاتریارک، مردی نیرومند که مصمم به داشتن صدایی در حکومت امپراتوری است، امپراتریس، نایب السلطنه، که می‌ترسید کانتاکوزنوس پسرش را خلع ید کند، و در آخر الکسیوس. آپوکائوکوس، مگا دوکس جاه طلب (فرمانده کل نیروی دریایی) و رئیس بوروکراسی. آپوکائوکوس که تا سال ۱۳۴۱ به عنوان " مرد جدید " به مقامی عالی به عنوان تحت الحمایه آندرونیکوس سوم ارتقاء یافت و احتمالاً ثروتمندترین مرد امپراتوری بود، مورد بی‌اعتمادی اشراف موروثی قرار گرفت. تنها گزارش‌های روایی باقی‌مانده از آن دوره، خاطرات کانتاکوزنوس و تاریخ نیکفوروس گرگوراس، با سوگیری طرفدار اشرافیت، تصویری بسیار منفی از این مرد ترسیم می‌کنند. طبق گفته کانتاکوزنوس، تبعیت آپوکائوکوس از اردوگاه پاتریارک ناشی از جاه طلبی او بود: آپوکائوکوس با تلاش برای متقاعد کردن کانتاکوزنوس به عنوان امپراتور به دنبال پیشرفت بیشتر بود. هنگامی که دومی امتناع کرد، آپوکائوکوس مخفیانه وفاداری خود را تغییر داد.
به نظر دونالد نیکول، اگر کانتاکوزنوس در قسطنطنیه باقی می‌ماند، ممکن بود اقتدار او محفوظ بماند. با این حال، به‌عنوان مگا دومستیکو و نایب السلطنه، او وظیفه داشت با دشمنان مختلف امپراتوری که می‌خواستند از مرگ آندرونیکوس استفاده کنند، برخورد کند. دوشان به مقدونیه حمله کرده بود، امیر ساروهان به سواحل تراکیا حمله کرد و تزار ایوان اسکندر بلغارستان تهدید به جنگ کرد. در ژوئیه کانتاکوزنوس پایتخت را در راس ارتش ترک کرد و کنترل دولت را به آپوکائوکوس واگذار کرد که همچنان به او معتقد بود. کمپین کانتاکوزنوس موفقیت‌آمیز بود. او دوشان را متقاعد کرد که عقب‌نشینی کند و مهاجمان ترک را دفع کرد، در حالی که ایوان اسکندر که توسط ناوگانی از امارت آیدین تهدید شده بود، پیمان صلح خود را با بیزانس تجدید کرد. برای تاج گذاری این موفقیت، کانتاکوزنوس سفارت بارون‌های لاتین شاهزاده آخه را در موریا دریافت کرد. آنها برای تسلیم کشور در ازای تضمین اموال و حقوق خود ابراز آمادگی کردند. همان‌طور که خود کانتاکوزنوس در خاطراتش متوجه شد، این یک فرصت منحصر به فرد بود، زیرا در صورت موفقیت، دوک نشین آتن تحت کنترل کاتالان‌ها باید از آن پیروی کند و کنترل بیزانس را بر یونان تثبیت کند.
در این هنگام کانتاکوزنوس خبرهای بدی از قسطنطنیه دریافت کرد. در اواخر اوت آپوکائوکوس کودتا کرد و سعی کرد جان V را ربود. پس از شکست، به خانه مستحکم خود در Epibatai گریخت، جایی که توسط سربازان محاصره شد. کانتاکوزنوس در اوایل سپتامبر به قسطنطنیه بازگشت و چند هفته در آنجا ماند و با امپراتور مشورت کرد. در راه بازگشت به تراکیه برای آماده شدن برای لشکرکشی به مورا، به اپی‌باتای رفت و در آنجا آپوکائوکوس را عفو کرد و او را به دفاتر سابق خود بازگرداند.