تاریخ نیشابور
نیشابور پس از حمله مغول > در عصر صفویه و افشاریه و قاجاریه

همچنین ببینید: جنگ ایران با ازبک‌ها (۱۵۹۲) و خانات نیشابور
ابوالخان ازبک تنها امیر ازبک بود که در سال ۹۸۵ هجری قمری در زمان شاه اسماعیل دوم به نیشابور حمله کرد. در این حمله سپاه ازبک شکست خورد.
نخستین هجوم افغانها در پایان دوره سلطنت شاه سلطان حسین باعث‌خرابی استحکامات و پاره‌ای از ساختمان‌های نیشابور گردید. اما این خرابیها به هیچ وجه قابل قیاس با دومین هجوم افغانان نبود، در سال ۱۱۶۰ ه‍.ق به دنبال کشته شدن نادرشاه یکی از سرداران وی موسوم به احمدخان ابدالی که بعدها به احمدشاه درانی مشهور گردید نیشابور را محاصره کرد اما در آن سال موفق به تصرف شهر نشد، سال بعد مجدداً با لشکر نیرومندتری به پشت دیوار نیشابور آمد و پس از جنگی خونین سرانجام شهر را گشود و تیغ در میان مردم بی‌پناه نهاد. فریزر سیاح انگلیسی ضمن تشریح خرابیهای وارده از دومین هجوم افغانها بر نیشابور چنین می‌نویسد:
به شهادت کسانی که آن رویداد را دیده‌اند و هنوز زنده‌اند بلاهایی که از هجوم افغانها بر سر ساکنان نیشابور آمد دست‌کم از مصیبتهای ناشی از هجوم مهاجمان تاتار نداشت. به گفتهٔ یکی از سالخورده‌ترین ساکنان نیشابور هجوم احمدخان شهر را چنان ویران ساخت که در درون دیوار نیشابور یک خانه مسکونی نماند و مدت‌ها این نابسامانی و دربدری ادامه داشت.
خرابی‌های احمدخان ابدالی با رفتن وی سپری شد و موجباتی فراهم نیامد که دامنه ستمگری مهاجمان به سوی جنوب کشیده شود. عباسقلی‌خان بیات گماشته احمدخان در نیشابور با دلسوزی و رعیت‌نوازی بی‌سابقه‌ای گروهی از رنجبران و کشاورزان متواری شهر را تشویق به بازگشت کرد و به ساختن دیوار شهر و مرمت پاره‌ای از خرابی‌ها همت گماشت. اندک اندک مردمی که دارایی خود را رها کرده و به بیغوله‌ها گریخته بودند از گوشه و کنار بازآمدند و هنگامی که نیشابور به دست آقا محمدخان قاجار افتاد شهری به وجود آمده بود که یک دهم جمعیت و رونق پیشین را نداشت. فریزر که در سال ۱۲۳۸ از نیشابور عبور کرده است طول آن را چهار هزار قدم و جمعیت آن را بین ۳۰ تا ۴۰ هزار نفر تخمین زده و بازار اقتصادی این شهر را راکد نوشته است. قحط‌سالی که در سال ۱۲۸۸ ه‍.ق بروز کرد چنان اوضاع اقتصادی نیشابور را مختل نمود که از ششصدباب دکان فقط ۱۵۰ باب دایر بماند که صاحبان آن‌ها با مرارت تمام از راه فروش نیازمندیهای عادی زندگی گذران می‌کردند.
در آغاز سده چهاردهم هجری شهر نیشابور به شکل مربع مستطیلی بود که پیرامون آن به ۳۳۰۰ گز (۳۴۳۲ متر) می‌رسید. دو خیابان یکی از مشرق به مغرب و دیگری از جنوب به شمال امتداد می‌یافت که این دو تقریباً در وسط شهر یکدیگر را قطع می‌کرد و نقطه تقاطع این دو چهار بازار نیشابور خوانده می‌شد. این چهاربازار از هر سمت‌به دروازه‌ای منتهی می‌گردید که به ترتیب عبارت بود از دروازه عراق، دروازه مشهد، دروازه ارگ و دروازه پاچنار. در حدود ده هزار نفر ساکنان شهر در چهارکوی: اصطخر، بالاگودال، سرسنگ و سعدشاه زندگی می‌کردند. صرف‌نظر از سادات قدیمی شهر که به حکم سنت دیرینه، مستمری خاص داشتند و مشمول تخفیف‌هایی از طرف دولت‌بودند اکثریت نزدیک به اتفاق نیشابوریان از راه کشاورزی و کار در معادن فیروزه و نمک امرار معاش می‌کردند. حدود چهارصدوپنجاه دکان نیازمندی‌های شهر را فراهم می‌ساخت و این شهر در این زمان دارای یازده گرمابه، دو دبستان و دو کاروانسرا بوده است.
کرزن سیاح انگلیسی که در سال هـ ۱۲۷۲ قمری از طریق دروازه پاچنار وارد شهر نیشابور شده است مدعی است که مدت‌ها قبل از ورود به شهر دیوارهای فروریخته و برج و باروهای ویران نیشابور و برفراز آن‌ها سقف و گلدسته مسجد باشکوه جامع از دور نمایان بوده است؛ و باز پانزده سال پس از نخستین سفر جرج کرزن، جاکسون محقق آمریکایی وارد شهر نیشابور شده و دربارهٔ آن چنین نوشته است:
جمعیت ده‌هزار نفری شهر در چهار کوی معتبر زندگی می‌کنند و کاروانسراهای شهر نسبتاً متوسط و چندین گرمابه عمومی بزرگ دارد امابازارهای شهر نیشابور چندان وسیع نیست.
و همچنین کار چهارصدوپنجاه باب مغازه را بسیار با رونق توصیف نموده و تنها بنای معتبر و تاریخی آن را مسجد جامع دانسته که طبق سنگ‌نوشته موجود در آن مربوط به سال ۱۰۲۱ ه‍. ق، عصر شاه عباس صفوی، است؛ اما اصل بنای آن در سال۸۹۹ ه‍.ق به همت علی پهلوان علی کرخی بنا شده است.
هانری رنه دالمانی، در سال ۱۹۰۷م از طرف وزارت فرهنگ فرانسه مأمور شد تا در مورد آثار باستانی ایران پژوهش کند و نتیجه عملیات خود را در موقع بازگشت به وزارت خانه گزارش دهد. کتاب «سفرنامه از خراسان تا بختیاری» دستاورد سفر سه‌ماهه دالمانی به ایران است. دالمانی در اوایل سپتامبر ۱۹۰۷ از نیشابور گذر کرده و در این شهر اقامتی کوتاه داشته، در واقع بخش فصل چهارم (از مشهد به نیشابور) و فصل پنجم (از نیشابور به سبزوار) کتاب وی به نیشابور پرداخته است. بخشی از فصل جالب توجه است:
شهر نیشابور که اکنون ظاهر خرابی دارد، در زمان‌های پیشین یکی از شهرهای مهم و زیبای ایران بوده و به‌طوری‌که آن را گوهر درخشان و بهشت ایران می‌نامیدند. این‌جا شهر هورمزد بوده است و همان شهری است که بنا بر افسانه یونانی دیونیسوس (Dionysus) در آن تولد یافته است.