رمزنگاری جانشینی
جایگزینی چندحرفی

کار القشقندی (1418-1355) بر اساس کار قبلی ابن الدریهم (1359-1312) که شامل اولین بحث منتشر شده‌ی رمزنگاری جایگزینی و جابه‌جایی، همچنین اولین توصیف رمز چندحرفی که در آن هر حرف متن اصلی که به بیش از یک جایگزین اختصاص داده می‌شود، است. رمزنگاری جایگزینی چندحرفی بعدها در 1467 توسط لئون باتیستا آلبرتی به صورت دیسک توصیف شد. یوهانس تریتمیوس در کتاب خود Steganographia (به زبان یونان باستانی یعنی نوشته‌ی مخفی) شکل امروزی یک تابلو را معرفی کرد. نسخه بسیار پیچیده‌تر با استفاده از الفبای ترکیبی در 1563 توسط جووانی باتیستا دلا پورتا در کتابش De Furtivis Literarum Notis (در زبان لاتین به معنای بر روی شخصیت‌های پنهان در نوشتن)توصیف شد.
در رمزنگاری چندحرفی، الفباهای رمزنگاری متعددی استفاده شده است. برای تسهیل رمزنگاری، تمام حروف الفبا معمولا در یک جدول بزرگ نوشته می‌شوند که به آن سالهاست tableau (تابلو) می‌گویند. تابلو معمولا 26*26 است، بنابراین تمام 26 حرف الفبا در دسترس‌ است. روش پر کردن تابلو و انتخاب حرف بعدی از بین حروف الفبا، رمزنگاری چندحرفی به خصوصی را تعریف می‌کند. از آنجایی که الفباهای جایگزینی برای متن‌های اصلی که به اندازه کافی بزرگ هستند تکرار می‌شوند، چنین رمزنگاری‌هایی آسان‌تر شکسته می شوند تا اینکه مورد اعتماد واقع شوند.
بلیس د ویژنر یکی از مشهورترین آنها بود. وقتی اولین بار در 1585 منتشر شد، تا سال 1863 غیرقابل شکستن تلقی می‌شد و در واقع معمولا ‘le chiffre indecchrable’ نامیده می‌شد(در زبان فرانسوی به معنای رمز غیرقابل شکستن).
در رمزنگاری ویژنر، ردیف اول تابلو با یک کپی از الفبای متن اصلی پر می‌شد و ردیف‌های موفقیت آمیز به سادگی یک خانه به چپ شیفت داده می‌شوند.(به این تابلوهای ساده، تابلوی مستقیم  گویند و از لحاظ ریاضی معادل اضافه کردن حروف متن اصلی و کلید به پیمانه 26 است.) سپس یک کلیدواژه برای انتخاب اینکه کدام الفبای متن رمزشده استفاده شود، استفاده می‌شود.هر حرف کلیدواژه به نوبت استفاده می‌شود و سپس آنها دوباره از ابتدا تکرار می‌شوند. بنابراین اگر کلیدواژه ‘CAT’ باشد، حرف اول متن اصلی تحت حرف ‘C’، حرف دوم تحت حرف ‘A’، حرف سوم تحت حرف ‘T’ و حرف چهارم تحت حرف ‘C’ و به همین ترتیب رمزگشایی می‌شود. در عمل کلیدهای ویژنر عبارت‌هایی به طول چندین کلمه هستند.
در 1863، فردریک کاسیسکی  یک روش منتشر کرد(احتمالا به صورت مخفیانه و مستقل توسط چارلز بابیج قبل از جنگ کریمه کشف شده است) که باعث امکان پذیر شدن محاسبه طول کلیدواژه در پیام رمزنگاری ویژنر شد. زمانی که این اتفاق افتاد، حروف متن رمزشده که تحت حروف الفبای یکسان رمز شده بودند این قابلیت را داشتند که به صورت مجزا به عنوان تعدادی از جایگزین‌های ساده نیمه مستقل انتخاب شوند و مورد حمله قرار گیرند. این کار با این حقیقت که در داخل یک دسته از حروف الفبا جدا شده‌اند و کلمات کامل را تشکیل نمی‌دهند، پیچیده شده است ولی توسط این حقیقت که معمولا از یک تابلوی مستقیم استفاده می‌شود، ساده‌سازی شده است. همچنان امروزه یک نوع از رمزنگاری ویژنر به شرطی که الفبای ترکیبی در تابلو استفاده شده باشد، کلیدواژه تصادفی باشد و طول کلی متن رمزشده کمتر از 27.26 برابر طول کلیدواژه باشد، باید به صورت تئوری به سختی شکسته شود. این نیازمندی‌ها در عمل به ندرت درک می‌شوند و بنابراین امنیت متن‌های رمزشده با ویژنر معمولا کمتر از آن است که باید باشد.
سایر مواردچندحرفی شامل موارد زیر است:
رمزنگاری گرونسفلد : این رمزنگاری کاملا شبیه رمزنگاری ویژنر است به جز اینکه فقط 10 حرف الفبا در آن استفاده می‌شود و بنابراین کلیدواژه شمارشی است.
رمزنگاری بیفورت  : در عمل مانند ویژنر است به جز اینکه تابلوی مستقیم با یک برگشت جایگذاری می‌شود و از لحاظ ریاضی معادل ‘متن اصلی – کلید = متن رمزشده’ است. این عملیات خود معکوس است به موجب آن که یک جدول برای رمزنگاری و رمزگشایی استفاده می‌شود.
رمزنگاری کلید خودکار : برای جلوگیری از تناوب، متن اصلی را با کلید ترکیب می‌کند.
رمزنگاری کلید اجرایی : کلید با استفاده از یک قطعه کتاب یا متن مشابه بسیار طولانی ساخته می‌شود.
رمزهای جریانی مدرن نیز به صورت کافی قابل مشاهده از منظر انتزاعی هستند تا یک رمزنگاری چندحرفی را تشکیل دهند که در آن تمام تلاش صرف ایجاد جریان‌کلید تا حد ممکن طولانی و غیرقابل پیش بینی می‌شود.