کمبوجیه دوم
گاو آپیس

مقالهٔ اصلی: آپیس
به گفته هرودوت، کمبوجیه تا فتح مصر رفتار معتدلی در پیش گرفته بود: «حتی رحم آورده» و فرمان قتل پسر پسامتیک را لغو کرده بود. اما به چشم همین مورخ، فرمان لشکرکشی به سرزمین اِتیوپیان را در حالت «جنون، چون مردی بی‌بهره از عقل سلیم» صادر کرده بود. در بازگشت به ممفیس، جنون بر روح او کاملاً مستولی شد و به خدایان، مذاهب، معابد و کاهنان مصری خشم گرفت، گویی آن‌ها را مسئول شکست خود می‌داند. هرودوت به خصوص بر قتل گاو مقدس آپیس و خدام آن تأکید کرده، و گفته‌است که کمبوجیه پنداشت که جشن‌هایی که به افتخار آپیس برپا شده‌است، برای استقبال از شکست او در لشکرکشی اتیوپیایی (نوبیایی) است:
کمبوجیه به عمال خود فرمان داد کاهنان را تازیانه زنند و مصریانی را که سرگرم برگذاری جشن بودند، از میان بردارند. به این ترتیب جشن‌های مردم پایان گرفت و کاهنان کیفر دیدند. آپیس، که از ران زخم برداشته بود، درد می‌کشید و در پرستشگاه خود می‌نالید. وقتی آپیس بر اثر این جراحت جان سپرد، کاهنان جسدش را محرمانه دفن کردند. کمی پس از آن، بنابر گفته مصریان، به سبب ارتکاب این جنایت، جنون بر کمبوجیه، که پیش از آن نیز از عقل سلیم بی‌بهره بود، مستولی شد.
«جنون جنایت‌بار» کمبوجیه ادامه می‌یابد و ضررش متوجه پارسیان والامقام، برادرش بردیا، خواهر-همسرش و کرسوس لیدیایی می‌شود. هرودوت اتهام‌های سنگینی به شاه وارد می‌کند و می‌نویسد که قبور قدیم را باز کرد و اجساد را تفتیش نمود… حتی به پرستشگاه هفایستوس (پتاح) رفت و پیکره او را مسخره کرد. هرودوت در اینجا نتیجه می‌گیرد که: پس از این وقایع، برایم از هر نظر مسلم است که کمبوجیه در چنگ جنون وحشتناکی گرفتار آمده بود. وگرنه اشیاء مقدس و تقدس یافته بر اثر رسم و عادت را مسخره نمی‌کرد.
پس از هرودوت مضمون جنون و اعمال کفرآمیز کمبوجیه را تمام نویسندگان دوران باستان تکرار کرده‌اند. حتی پرستینوس نوشته‌است که کمبوجیه که از اعمال مذهبی مصریان حیرت‌زده شده بود، معبد آپیس و خدایان دیگر را منهدم کرد. استرابون همان توضیحات را برای توجیه تخریب معابد هلیوپولیس و طیوه، ارائه داده‌است.
بسیاری از پژوهشگران، در مطالعات تازه‌ای که براساس کاوش‌های باستان‌شناسی، از جمله کاوش‌هایی در سراپیوم ممفیس، مدفن گاوهای آپیس انجام شده‌است، به نتایج تازه‌ای دربارهٔ اتهامات مورخان به کمبوجیه دست یافته‌اند و معتقدند تصویری که هرودوت از کمبوجیه ارائه داده کاملاً نادرست است. بر پایهٔ نوشته‌های رسمی درون مقبرهٔ گاوهای آپیس، مشخص شده که یک گاو در ششمین سال سلطنت کمبوجیه مُرده بود. این در حالی‌ست که در این زمان، کمبوجیه به نوبه و اتیوپی رفته بود و در مصر نبود. گاو بعدی هم در ماه اوت سال ۵۲۵ پیش از میلاد مُرده و در تابوتی از جنس سنگ گرانیت قرار گرفته و دفن شده‌است. این واقعه چهار سال پس از مرگ کمبوجیه و در چهارمین سال سلطنت داریوش اول روی می‌دهد.
در کنار مقبرهٔ گاو آپیسی که در دوران کمبوجیه مُرده است، کتیبه‌ای به بلندای ۶۶ سانتیمتر و پهنای ۴۴ سانتیمتر وجود دارد که نشان می‌دهد به دستور کمبوجیه مراسم خاکسپاری با تشریفات ویژه‌ای انجام‌شده و تابوت گرانبهایی را نیز برای آپیس هدیه داده‌است. متن کتیبه چنین است:
«در سال ششم، سومین ماه از فصل شمسو، روز دهم در دوران پادشاهی شاهنشاه دو مصر بالا و پایین و ازبس، پروردگار بزرگ رع که او را زندگی جاودانی باد. خداوند آپیس با آرامشی تمام به سوی باختر زیبایش [آرامگاهش] راهنمایی شد؛ و او را در گورستان و در جایی که فرعون برای او ساخته بود، جای دادند. پس از انجام همهٔ مراسم که برای مومیایی کردن آن لازم بود، جامه‌ای گرانبها بر او پوشانیدند و همهٔ آرایش‌ها و گوهرهای گرانبهایش را با وی در آرامگاه جاودانیش جای دادند. این‌ها همه به همان روش انجام شد که فرعون کمبوجیه که جاویدان باد، فرموده بودند.»
بر سنگ تابوت هم نوشته شده:
«مظهر هوروس، پروردگار آفتاب درخشان، شاهنشاه دو مصر بالا و پایین، پسر پروردگار بزرگ رع کمبوجیه که جاودانی باد. این ساختمان بزرگ را از سنگ گرانیت برای آرامگاه آپیس ازیریس برپا داشت، و این تابوت از سوی او [کمبوجیه] که فرعون دو مصر بالا و پایین و پسر پروردگار بزرگ رع است، پیشکش شد. بهره‌مندی از همهٔ خواسته‌ها، زندگی جاودانی و بخت خوب، تندرستی، و شادی فراوان او را باد که پادشاه دو مصر بالایی و پایینی است.»
در سمت چپ کتیبهٔ مذکور، کمبوجیه دیده می‌شود که در برابر آپیس زانو زده و بالای سرش نام و عنوان‌های «نماد هوروس، پروردگار آفتاب درخشان، فرعون مصر بالا و پایین. پروردگار رع، کمبوجیه خداوندگار مهربان و سرور دو کشور» را نوشته‌اند.
به هر حال داستان هرودوت را نمی‌توان در پوند اوجاهورسنه دانست که بنابر آن، حضور کمبوجیه در سائیس علت دیگری داشته و آن، پرستش الههٔ نه ایث بوده‌است. داستان هرودوت را آشکارا بعدها کاهن‌های مصری و برای بدنام کردن کمبوجیه بافته‌اند. تنها می‌توان گفت پس از سرکوب قیام مصر، چند معبد غارت شده که دلیل آن هم، نه خصومت کمبوجیه با عقیده‌های مصری‌ها، که روی برتافتن ایشان از تابعیت شاه هخامنشی بوده‌است. بنابراین با دلیل می‌توانیم باور کنیم که کمبوجیه نیز مانند سلف و خلف خویش، کوروش بزرگ و داریوش بزرگ، کوشید تا از سیاست کلی ایرانیان بر پایهٔ مسامحه و سازگاری پیروی کند.