محاکمه غلامحسین کرباسچی
مذاکرات درون حکومتی در قضیه محاکمه کرباسچی

هاشمی رفسنجانی در کتاب خاطرات سال ۱۳۷۷ خود به بعضی مذاکرات با رهبر، ریاست جمهور و مقامات قوه قضاییه در قضیه محاکمه کرباسچی اشاره می‌کند. در ابتدای ماجرا سید محمد خاتمی در ملاقات دوازدهم فروردین خود با هاشمی از رهبر نقل می‌کند که وی اجازه بازداشت کرباسچی را نمی‌دهد. اما پس از بازداشت کرباسچی در پانزدهم فروردین، علی اصغر حجازی از دفتر رهبری در طی یک تماس تلفنی به خاتمی اعلام می‌کند علی رازینی رئیس دادگستری تهران از قول محمد یزدی رئیس قوه قضاییه گفته که «رهبری منعشان را برداشته‌اند و بر این اساس دادگاه عمل کرده‌است و دیگر کاری نمی‌شود کرد». در پی این مساله هم هاشمی رفسنجانی و هم خاتمی به طور جداگانه به دفتر رهبری تلفن می‌کنند که به آنها گفته می‌شود رهبر در حال استراحت هستند و ساعت پنج و نیم تماس بگیرند.
محسن نوربخش و محمد علی نجفی  از اعضای هیات دولت خاتمی در جلسه هفدهم فروردین خود با هاشمی رفسنجانی بیان نمودند که خاتمی قصد دارد در مقابله با بازداشت کرباسچی، از رازینی و نقدی به دادگاه شکایت کند «اگر آقای یزدی ترتیب اثر به نامه قبل از عید ایشان ندهد».
رهبر ایران در جلسه هفدهم فروردین به هاشمی رفسنجانی ابراز تعجب خود را از دستگیری کرباسچی برغم منع بازداشت وی اعلام می‌دارد. با اینحال اعلام می‌دارد که مصلحت نمی‌داند فعلا دخالت کند.
خاتمی در همان روز با رهبر ایران جلسه‌ای برگزار می‌کند که در آن رهبر ایران اعلام می‌دارد دستگاه قضایی برخلاف نظر وی اقدام به بازداشت کرده‌اند  «ولی دیگر در مقابل عمل انجام‌شده هستیم». خاتمی نیز گلایه خود را در مورد عدم امکان دسترسی رئیس جمهور به رهبر در روز شنبه بیان می‌کند و مثال می‌زند که رهبری در زمان دادگاه مرتضی رفیق‌دوست حاضر شده بود حکم محسن رفیق‌دوست را تمدید کند ولی الان حاضر نیست اقدامی کند.
در روز چهارشنبه نوزدهم فروردین جلسه‌ای بین سران قوا شامل ناطق نوری، محمد یزدی، سید محمد خاتمی، هاشمی رفسنجانی و رهبر ایران تشکیل می‌شود. در طی این جلسه رهبر ایران تصریح می‌کند که راضی به بازداشت شهردار در این مرحله نبوده است. سپس محمد یزدی می‌گوید «در آخرین ملاقات با رهبری از صحبت‌های ایشان اجازه بازداشت فهمیده است و آقای حجازی هم بعد از جلسه، همان را تایید کرده و بعدا هم کسی خلاف آن را ابلاغ نکرده». و در نتیجه مطابق قانون عمل شده و از خاتمی خواسته بر اساس شعارهای قانون گرایی که این روزها مطرح است از قانون تبعیت کند. خاتمی در پاسخ اعلام می‌دارد که «در جریان پیگیری مسائل شهرداری تهران از قانون تخطی شده، رهبری مساله‌ برج‌ها را ارجاع کرده‌اند و دادگستری به مسائل دیگری پرداخته است. مرجع بازداشت و بازجویی ضابط قوه قضاییه نبوده و شیوه بازجویی خلاف بوده و تفسیر اختلاس به صورت غلط انجام شده و دولت با مشکلات فراوان مجبور به ورود در آن مساله است.»
هاشمی رفسنجانی از قول محمد ری‌شهری بیان می‌دارد که استدلال کرباسچی در جلسه دادگاه مبنی بر عدم صلاحیت دادگاه و لزوم بررسی پرونده در دادگاه ویژه روحانیت درست بوده است . وی با انتقاد از این دادگاه می‌گوید «آبروی قضایی ایران را برده است.»
ابراهیم رئیسی، ریاست وقت سازمان بازرسی در نشستی با هاشمی رفسنجانی از مطرح شدن مساله حکم دادگاه شهردار تهران در جلسه روسای قوه قضاییه پرده بر می‌دارد و اعلام می‌کند همه مدیران «از آقای یزدی خواسته‌اند که دخالت کنند و مانع حکم بی مورد شود که افکار عمومی ناراحت خواهد شد» و اینکه «قوه قضاییه در این دادگاه ضرر کرده است.»
رهبر ایران در جلسه‌ای در بیست و هشتم خرداد ۱۳۷۷ به هاشمی رفسنجانی اعلام نمود در صورت محکوم شدن کرباسچی در دادگاه او را عفو خواهد کرد. در جلسه ۲۲ فروردین ۱۳۷۸ نیز، رهبر ایران به هاشمی رفسنجانی اعلام نمود که با مرتضی مقتدایی دادستان کشور صحبت کرده که راهی برای عدم اجرای حکم زندان کرباسچی پیدا شود.  رهبر ایران در تاریخ ۲۱ اردیبهشت ۱۳۷۸ جواب نامه نمایندگان مجلس در مورد کرباسچی را داد که به تعبیر هاشمی رفسنجانی «آب پاکی روی دست آنها ریختند و از قوه قضاییه حمایت کردند; باعث ناراحتی جناح‌ چپ و خوشحالی جناح راست شد.» در جلسه مشترک دهم مرداد ۱۳۷۸ هاشمی با رهبر ایران نیز، رهبر ایران عفو کرباسچی را هنوز زود می‌دانست.  در جلسه سه‌شنبه ۱۴ دی ۱۳۷۸ با هاشمی، رهبر ایران به هاشمی گفته که با عفو کرباسچی در عید فطر موافق نیست. ولی به دلیل سماجت هاشمی قرار شد «فکری بکنند و جوابی دهند.»  سید محمد خاتمی بعدها و در پرونده مصطفی تاجزاده در سال ۱۳۷۹ به هاشمی رفسنجانی گفت: «من پس از مساله کرباسچی از رهبری تقاضا نخواهم کرد.»