درگذشت فاطمه زهرا
دفن و آرامگاه

بنابر روایات شیعه، فاطمه وصیت کرده‌بود دوست ندارد افرادی که به او ستم کردند و اسباب خشم و غضب او را فراهم کردند، بر پیکرش نماز بخوانند و در تشییع او حاضر شوند؛ ازاین‌رو خواسته‌بود او را مخفیانه تشییع و دفن کنند و محل دفن او مخفی بماند. علی به کمک اَسماء بِنت عُمِیس، همسرش را غسل داد و خود بر پیکرش نماز خواند. به‌جز علی چند نفر دیگر نیز در نماز شرکت کردند، که در مورد تعداد و نام افراد اختلاف وجود دارد. طبق نقل‌ها، حسن مجتبی، حسین، عباس بن عبدالمطلب، مِقداد، سلمان، ابوذر، عمّار، حُذَیْفه، عَقیل، زبیر، عبدالله بن مسعود، بُرَیْده و فضل بن عباس در این نماز شرکت داشتند.
به‌گفتهٔ ولیری، بیشتر منابع اوّلیه خاکسپاری فاطمه را شبانه، نهانی و بی حضور ابوبکر و عمر می‌دانند؛ ولی قول‌هایی نیز هست که ابوبکر در مراسم خاکسپاری حاضر بوده و نماز میت بر فاطمه خوانده‌است. دنیس سوفی بر آن است که به خاطر تواتر روایت‌های رنجش فاطمه از ابوبکر، چنین می‌نماید که مراسم کفن و دفن فاطمه به‌خواستهٔ خودش شب‌هنگام برگزار شده تا ابوبکر، به‌عنوان رئیس اجتماع اسلامی، نتواند در مراسم تشییعش دستی داشته‌باشد.
بگفتهٔ قول غالب، مرگ او در آرامش بود. او خودش را با کمک همسرش شستشو می‌دهد و در آرامش به استقبال مرگ می‌رود. اما این در تضاد با روایتی است که در منابعی مانند یعقوبی آمده‌است. این منابع چنین می‌گویند که زنان قریش و همسران محمد به دیدن فاطمه می‌آیند. اما فاطمه به اسما بیوه جعفر ابن ابی طالب، می‌گوید که از ورود آنان جلوگیری کنند؛ زیرا فاطمه در وضع بسیار بدی بود و در اثر بیماری بسیار نحیف شده بود. به مانند سایر اتفاقات زندگی خصوصی فاطمه، درگذشت او نیز در هاله‌ای از ابهام است. به گفته دانشنامهٔ اسلام اکثریت منابع اولیه تدفین فاطمه را شبانه، مخفی و بدون حضور ابوبکر و عمر می‌دانند. اما نقل قول‌هایی نیز وجود دارد که ابوبکر در مراسم تدفین حضور داشته و نماز میت را او بر فاطمه خوانده‌است. تقریباً تمام منابع موافق هستند که فاطمه در قبرستان بقیع دفن شده‌است و به نوشته دانشنامهٔ اسلامی بعضی منابع محل قبر را نیز مشخص می‌کنند. به نوشته این منابع محل دفن فاطمه در کنار مسجد رقیه (نام زنی که مسجد را بنا کرده‌است) در گوشه‌دار عقیل (برادر علی)، به فاصلهٔ هفت ذراع از خیابان است. اما طبق گفته سایر منابع بعد از دفن یا مدتی بعد از آن دیگر محل دفن نامعلوم بود. المسعودی می‌نویسد که مقبره‌ای وجود داشته‌است که در کتیبه موجود در آن مقبره، نام فاطمه و سه نفر دیگر از خاندان علی به عنوان صاحبان مقبره نوشته شده بود (مسعودی تنها کسی است که چنین جزئیاتی را بیان می‌کند). اما المقدسی مقبرهٔ فاطمه را در فهرست مکان‌هایی قرار می‌دهد که در مورد آن اختلاف نظر وجود دارد اما محتمل است که فاطمه «فی الحجره» دفن شده باشد.
به‌گفتهٔ ولیری در دانشنامهٔ اسلام، تقریباً تمام منابع موافق هستند که فاطمه در قبرستان بقیع دفن شده‌است و بعضی منابع محل قبر را نیز مشخص می‌کنند. به‌نوشتهٔ این منابع محل دفن فاطمه در کنار مسجد رقیّه (نام زنی که مسجد را بنا کرده‌است) در گوشهٔ خانهٔ عقیل — برادر علی — به‌فاصلهٔ هفت ذِراع از خیابان است. اما طبق گفتهٔ سایر منابع بعد از دفن یا مدتی پس از آن، دیگر محل دفن نامعلوم بود. مسعودی می‌نویسد مقبره‌ای وجود داشته‌است که در کتیبهٔ موجود در آن مقبره، نام فاطمه و سه نفر دیگر از خاندان علی به‌عنوان صاحبان مقبره نوشته شده‌بود. اما مسعودی تنها کسی است که چنین جزییاتی را بیان می‌کند. در این مقبره سه امام شیعه آرمیده‌اند و قبر دیگر، امروزه به فاطمه بنت اسد منسوب است. مقدسی مقبرهٔ فاطمه را در فهرست مکان‌هایی قرار می‌دهد که دربارهٔ آن اختلاف‌نظر وجود دارد اما محتمل است که فاطمه «فِی الْحُجْره» (در خانه‌اش) دفن شده‌باشد. در منابع شیعه احتمال دفن در بقیع از اهمّیّت کمتری برخوردار است. به‌گفتهٔ سید مرتضی عسکری، آخرین احتمال دربارهٔ محل دفن فاطمه زهرا، خانهٔ اوست. این امکان با چندین سند معتبر پشتیبانی می‌شود. اسناد اصلی این ماجرا از اهل بیت دریافت می‌شود؛ زیرا آنان اعضای اصلی خانهٔ پیامبر هستند که دربارهٔ این موضوع بهتر از دیگران می‌دانند. برخی از پژوهشگران بر این باورند که براساس حدیثی از پیامبر، فاطمه در روضهٔ نبوی، میان منبر و مدفن محمد، دفن است. این احتمال با احادیثی از جعفر صادق و علی بن موسی الرضا تقویت می‌شود. درمجموع، فقهای شیعه برای زیارت فاطمه زهرا سه مکان را در اولویت دانسته‌اند: نخست در روضهٔ نبوی میان قبر و منبر پیامبر، دوم در خانهٔ خود فاطمه زهرا که اکنون در مسجد قرار گرفته‌است؛ و سوم در قبرستان بقیع.