دوره هی‌آن
خاندان فوجی‌وارا > ظهور طبقه نظامی

در دربارهای اولیه، زمانی که ارتش به صورت مرکزی کنترل می‌شد، امور نظامی از دست اشراف استان خارج شده بود. اما با فروپاشی سیستم پس از ۷۹۲، صاحبان قدرت محلی دوباره به منبع اصلی قدرت نظامی تبدیل شدند. استقرار مجدد یک سیستم نظامی کارآمد به تدریج از طریق فرایند آزمون و خطا انجام شد. در آن زمان دربار امپراتوری ارتشی نداشت، بلکه متکی به سازمانی از جنگجویان حرفه‌ای بود که عمدتاً از اوریوشی‌ها تشکیل می‌شد که به یک استان منصوب می‌شدند و تسویبوشی‌ها که در مدارهای امپراتوری یا برای وظایف خاص منصوب می‌شدند. این باعث پیدایش کلاس نظامی ژاپن شد. با این وجود، قدرت نهایی در اختیار دربار امپراتوری بود.
دارندگان «شوئن» به نیروی انسانی دسترسی داشتند و با دستیابی به فناوری نظامی پیشرفته (مانند روش‌های آموزشی جدید، کمان‌های قوی‌تر، زره‌ها، اسب‌ها و شمشیرهای برتر) و با بدتر شدن شرایط محلی در قرن نهم، خدمت سربازی تبدیل شد. بخشی از زندگی «شوئن». نه تنها «شوئن»، بلکه نهادهای مدنی و مذهبی نیز برای محافظت از خود واحدهای نگهبان خصوصی تشکیل دادند. به تدریج طبقه بالای استان به نخبگان نظامی جدید سامورایی تبدیل شد. علائق بوشی متنوع بود و ساختارهای قدیمی قدرت را برای تشکیل انجمن‌های جدید در قرن دهم قطع کرد. علایق متقابل، ارتباطات خانوادگی و خویشاوندی در گروه‌های نظامی که بخشی از اداره خاندان شدند، تثبیت شد. با گذشت زمان، خاندان‌های بزرگ نظامی منطقه‌ای پیرامون اعضای اشراف دربار که به چهره‌های برجسته استانی تبدیل شده بودند، تشکیل شدند. این خاندان‌های نظامی از ارتباط با دربار شاهنشاهی و اعطای عناوین نظامی و دسترسی به نیروی انسانی توسط دربار، اعتبار کسب کردند. خاندان فوجیوارا، خاندان تایرا و خاندان میناموتو از برجسته‌ترین خاندان‌هایی بودند که توسط طبقه جدید نظامی حمایت می‌شدند.
کاهش تولید غذا، رشد جمعیت و رقابت برای منابع در میان خاندان‌های بزرگ، همگی به کاهش تدریجی قدرت فوجی‌وارا منجر شد و در اواسط قرن دهم و یازدهم باعث بروز ناآرامی‌های نظامی شد. اعضای خاندان‌های فوجیوارا، تایرا، و خاندان میناموتو - که همگی از خاندان امپراتوری بودند - به یکدیگر حمله کردند، ادعا کردند که بر بخش‌های وسیعی از سرزمین‌های فتح شده کنترل دارند، رژیم‌های رقیب ایجاد کردند و به‌طور کلی صلح را برهم زدند.
فوجی‌وارا تا زمان سلطنت امپراتور گو-سانجو (۱۰۶۸–۱۰۷۳)، اولین امپراتوری که از یک مادر فوجی‌وارا از قرن نهم به دنیا نیامد، تاج و تخت را تحت کنترل داشت. گو-سانجو که مصمم بود کنترل امپراتوری را از طریق حاکمیت شخصی قوی بازگرداند، اصلاحاتی را برای مهار نفوذ فوجی‌وارا اجرا کرد. او همچنین دفتری را برای گردآوری و اعتبارسنجی سوابق املاک با هدف تأیید مجدد کنترل مرکزی تأسیس کرد. بسیاری از «شوئن‌ها» به درستی گواهینامه نداشتند و زمین‌داران بزرگ، مانند فوجی‌وارا، با از دست دادن زمین‌های خود احساس خطر می‌کردند. گو-سانجو همچنین (امپراتور صومعه‌ای)، که توسط سلسله‌ای از امپراتورانی که از سلطنت کناره‌گیری کردند تا خود را به حکومت پشت پرده اختصاص دهند، یا اینسی سیستم قدرت پس از بازنشستگی را اتخاذ کردند.
«این-نو-چو» خلاء ناشی از افول قدرت فوجیوارا را پر کرد. فوجی‌وارا به جای تبعید، اکثراً در سمت‌های قدیمی خود یعنی دیکتاتور مدنی و وزیر مرکز حفظ شدند و در تصمیم‌گیری دور زده شدند. با گذشت زمان، بسیاری از فوجی‌وارا، عمدتاً توسط اعضای خاندان میناموتو جایگزین شدند. در حالی که فوجی‌وارا بین خود دچار اختلافات شد و جناح‌های شمالی و جنوبی را تشکیل دادند، سیستم «اینسی» به خاندان امپراتوری اجازه داد تا بر تاج و تخت نفوذ کند. دوره ۱۰۸۶ تا ۱۱۵۶ عصر برتری «این-نو-چو» و ظهور طبقه نظامی در سراسر کشور بود. قدرت نظامی به جای اقتدار مدنی بر دولت تسلط داشت.
مبارزه برای جانشینی در اواسط قرن دوازدهم به فوجیوارا فرصتی داد تا قدرت سابق خود را بازیابند. فوجیوارا نو یوریناگا در یک نبرد خشونت‌آمیز در سال ۱۱۵۶ علیه وارث ظاهری، که توسط تایرا و میناموتو (شورش هوگن) حمایت می‌شد، با امپراتور بازنشسته طرف شد. در پایان، فوجی‌وارا نابود شد، سیستم قدیمی حکومت جایگزین شد، و سیستم «اینسه‌ای» ناتوان ماند، زیرا بوشی کنترل امور دربار را در دست گرفت و نقطه عطفی در تاریخ ژاپن به‌شمار می‌رود. در سال ۱۱۵۹، تایرا و میناموتو با هم درگیر شدند (شورش هیجی)، و یک دوره ۲۰ ساله برتری تایرا آغاز شد.
تایرا نو کیوموری به‌عنوان قدرت واقعی در ژاپن پس از نابودی فوجی‌وارا ظاهر شد و تا ۲۰ سال آینده در فرماندهی باقی ماند. او دخترش تایرا نو توکوکو را با جوان امپراتور تاکاکورا ازدواج کرد، که تنها در ۱۹ سالگی درگذشت و پسر شیرخوارشان امپراتور آنتوکو را برای جانشینی تاج و تخت رها کرد. کیوموری کمتر از ۵۰ پست دولتی را با بستگان خود پر کرد، دریای داخلی را بازسازی کرد و تجارت با سانگ چین را تشویق کرد. او همچنین اقدامات تهاجمی را برای حفظ قدرت خود در مواقع لزوم انجام داد، از جمله حذف و تبعید ۴۵ مقام دربار و ویران کردن دو معبد دردسرساز، تودای جی و کوفوکو جی.
تایرا فریفته زندگی درباری شد و مشکلات استان‌ها را نادیده گرفتند، جایی که خاندان میناموتو در حال بازسازی قدرت خود بودند. در سال ۱۱۸۳، دو سال پس از مرگ کیوموری، یوریتومو میناموتو برادرانش یوشیتسونه و نوریوری را برای حمله به کیوتو اعزام کرد. تایرا شکست خورده و مجبور به فرار شدند و ملکه دواگر سعی کرد خود و امپراتور ۶ ساله را غرق کند. او کشته شد، اما مادرش زنده ماند. پسر دیگر تاکاکورا به عنوان امپراتور امپراتور گو-توبا موفق شد.
با استقرار قوی یوریتومو، سیستم «باکوفو» که هفت قرن بعد بر ژاپن حاکم بود، برقرار بود. او فرمانداران نظامی یا «شوگو» را برای فرمانروایی بر استان‌ها و مباشران یا «جیتو» را برای نظارت بر املاک عمومی و خصوصی منصوب کرد. یوریتومو سپس توجه خود را به حذف خاندان قدرتمند فوجیوارا معطوف کرد که به برادر شورشی او یوشیتسون پناه داده بودند. سه سال بعد، او به عنوان «شوگون» در کیوتو منصوب شد. یک سال قبل از مرگش در سال ۱۱۹۹، یوریتومو امپراتور نوجوان گو-توبا را از تاج و تخت اخراج کرد. دو تن از پسران گو-توبا جانشین او شدند، اما جانشینان یوریتومو از شوگونات نیز آنها را برکنار کردند.