رستاخیزهای ماتریکس
داستان

توماس اندرسون در داخل واقعیت شبیه‌سازی‌شده ماتریکس، یک توسعه‌دهنده موفق بازی‌های ویدیویی است، که سه‌گانه‌ای از بازی ماتریکس را بر اساس رویاهایش از خاطرات ضعیفش از نئو بودن در آن دنیا خلق می‌کند. در یک کافی شاپ، اندرسون مدام با تیفانی، مادر متأهلی که او را به یاد ترینیتی می‌اندازد، مواجه می‌شود. اندرسون در تلاش است تا واقعیت درک شده خود را از رویاهایش جدا کند و درمانگر او برای حفظ سلامت عقلش برای او قرص‌های آبی تجویز می‌کند. با این حال، اندرسون مصرف دارو را متوقف کرده و به اشتباه گرفتن واقعیت و رویاهای خود ادامه می‌دهد.
اندرسون یک نمونه خصوصی از بازی خود را اجرا می‌کند که توسط خدمه انسانی نموسین در خارج از ماتریکس کشف می‌شود. باگز، کاپیتان نموسین، در درون این مودال مجزا، برنامه را در حال اجرای کدهای قدیمی ماتریکس می‌یابد و زمانی را نشان می‌دهد که ترینیتی نئو را قبل از اینکه مأموران ماتریکس او را بیابند، در داخل ماتریکس کشف کرده بود. باگز یکی از مأموران را می‌یابد که رفتار عجیبی دارد و متوجه می‌شود که او در واقع برنامه‌ای است که مورفئوس را تجسم می‌دهد، و به او کمک می‌کند تا برنامه‌اش را قبل از پاک شدن مودال توسط اسمیت، شریک تجاری اندرسون، آزاد کند. با کمک مورفئوس، باگز و خدمه‌اش متوجه می‌شوند که نئو هنوز زنده است، علی‌رغم مرگ ظاهری او در پایان جنگ ماشین، باگز وارد ماتریکس می‌شود تا به مورفئوس بپیوندد و اندرسون را آزاد کند، اما در طول فرار متوجه می‌شود که اسمیت واقعاً همان مأمور اسمیت است که فعالیت‌های اندرسون را از نزدیک زیر نظر دارد. با فرار از اسمیت، باگس و مورفئوس، اندرسون را از ماهیت شبیه‌سازی‌شدهٔ ماتریکس متقاعد می‌کنند و اندرسون که درک او از واقعیت از قبل ضعیف شده است، موافقت می‌کند که استخراج شود.
نئو در یک غلاف از خواب بیدار می‌شود و ترینیتی را می‌بیند که در یک غلاف مشابه نزدیک او محصور شده است، اما موجودات ماشینی ارسال شده توسط باگز، قبل از اینکه بتواند وی را آزاد کند، او را بازیابی می‌کنند. نئو به نموسین کشتی باگز برده می‌شود. در یک دنیای مجازی، مورفئوس افشا می‌کند که اندرسون او را به عنوان بخشی از دو نیروی متضاد ایجاد کرده است؛ بخشی از مأمور اسمیت و خود مورفئوس تا به نئو کمک کند تا به «The One" تبدیل شود. نئو به آیو، سنگر انسانی جدید و جایگزین زایون برده می‌شود، جایی که با نایوبی مسن آشنا می‌شود. نایوبی توضیح می‌دهد که شصت سال در دنیای واقعی از جنگ ماشین می‌گذرد و بازماندگان انسان با برخی از ماشین‌ها در داخل و خارج از ماتریکس متحد شده‌اند تا با یک ناهنجاری مبارزه کنند که کل ماتریکس را به خطر می‌اندازد. نایوبی نئو را برای ملاقات با ساتی، یک برنامه تبعیدی که قبلاً با او ملاقات کرده بود، می‌برد. او توضیح می‌دهد که این ناهنجاری پس از جنگ ماشین‌ها ایجاد شد و به نوعی نئو و ترینیتی را احیا کرده و آنها را از دیگران جدا نگه داشته است. اگرچه نئو می‌خواهد ترینیتی را نجات دهد، ساتی در مورد آن هشدار می‌دهد. نایوبی به نئو دستور می‌دهد که خارج از ماتریکس بماند، اما باگز و دیگران برای نجات ترینیتی از او نافرمانی می‌کنند.
فعالیت‌های هماهنگی در داخل و خارج از ماتریکس انجام می‌شود و نئو و باگز وارد ماتریکس می‌شوند اما اسمیت و سایر برنامه‌های تبعیدی که می‌خواهند ماتریکس به شکل سابق خود بازگردد، با آنها مواجه می‌شوند. در حالی که باگز و خدمه‌اش با تبعیدیان مبارزه می‌کنند، نئو با اسمیت روبرو می‌شود و به آرامی توانایی‌های خود را برای تغییر قوانین واقعیت در ماتریکس به یاد می‌آورد. با شکست اسمیت، باگز نئو را به تعمیرگاه تیفانی می‌برد، اما قبل از اینکه نئو بتواند با او صحبت کند، درمانگر او ظاهر می‌شود و با دستکاری زمان، نئو را بی حرکت می‌کند. سپس درمانگر خود را به عنوان تحلیلگر نشان می‌دهد، برنامه ای که پس از معمار، همچنین به منظور مطالعه روان انسان شکل گرفته است. او توضیح می‌دهد که پس از مرگ نئو و ترینیتی، او آنها برای مطالعه زنده کرد، و از طریق تکرارهای بی‌شماری متوجه شد که آن دو وقتی که وقتی با هم کار می‌کنند، بر سیستم چیره می‌شوند. با این حال، با نزدیک نگه داشتن نئو و ترینیتی اما بدون برقراری تماس، سایر انسان‌های درون ماتریکس بهتر شبیه‌سازی را به عنوان واقعیت می‌پذیرند و انرژی بیشتری برای ماشین‌ها تولید می‌کنند. رهایی نئو که سیستم را بی‌ثبات کرده است، موجب می‌شود که ماشین‌ها پیشنهاد راه‌اندازی مجدد ماتریکس را بدهند، اما در عوض تحلیلگر سعی می‌کند نئو را مجبور به بازگشت به غلاف خود کند و تهدید می‌کند که در صورت امتناع ترینیتی را خواهد کشت.
نئو و باگز مجبور به ترک ماتریکس می‌شوند و یک کشتی دیگر وفادار به نایوبی نموسین را به آیو بازمی‌گرداند. نئو نیوبی را متقاعد می‌کند که به او اجازه دهد ترینیتی را آزاد کند. در درون ماتریکس، نئو با تحلیلگر روبرو می‌شود و از او می‌خواهد که به توافق حاصل شده در پایان جنگ ماشین احترام بگذارد و ترینیتی را در صورتی که خود او بخواهد از ماتریکس آزاد کند و در صورت رد کردن، خودش به ماتریکس بازگردد. تحلیلگر قبول می‌کند. ترینیتی، به عنوان تیفانی، نزد آنها آورده می‌شود و هنگامی که این سؤال از او پرسیده می‌شود، خانواده اش ظاهر می‌شوند تا او را برای ماندن در ماتریکس فریب دهند. در آخرین ثانیه، او این واقعیت را رد می‌کند و خود را به عنوان ترینیتی می‌شناسد. تحلیلگر آماده می‌شود تا آنها را بکشد، اما اسمیت پادرمیانی کرده و به‌طور موقت تحلیلگر را متوقف می‌کند و به نئو، ترینیتی و دیگران زمان می‌دهد تا فرار کنند. تحلیلگر دوباره حالت ازدحام را فراخوانی می‌کند و نئو و ترینیتی سعی می‌کنند زمان بخرند تا به باگز و دیگران اجازه دهند خودشان را استخراج کنند. این جفت در نهایت به بالای یک آسمان‌خراش می‌رسند، و جایی برای رفتن ندارند، به این امید که نئو بتواند آنها را به پرواز درآورد. نئو موفق به انجام این کار نمی‌شود، اما ترینیتی به‌طور غیرمنتظره‌ای توانایی پرواز را توسعه می‌دهد و به آنها اجازه می‌دهد فرار کنند و کنترل ماتریکس را دوباره به دست آورند.
با کنترل جدید ترینیتی بر ماتریکس، هر دو برای مقابله با تحلیلگر بازمی‌گردند. آنها به طعنه از او تشکر می‌کنند که به آنها با احیای دوباره‌شان فرصتی داده است که قصد دارند از آن برای بازسازی ماتریکس به دلخواه خود استفاده کنند. سپس نئو و ترینیتی پیروزمندانه با هم به آسمان پرواز می‌کنند.