تاریخچه باشگاه فوتبال بایرن مونیخ
آغاز هزاره جدید

شش سال آینده برای بایرن با موفقیت عظیمی همراه خواهد بود. این زمانی بود که اوتمار هیتزفلد جانشین اودو لاتک به عنوان موفق‌ترین مربی آلمانی شد، حتی جایی برای خود در بین بهترین مربیان اروپایی تمام دوران پیدا کرد.
در اولین فصل حضورش در سال ۱۹۹۹، بایرن عنوان قهرمانی لیگ را به دست آورد، اما غیرقابل انکار، فینال فراموش نشدنی لیگ قهرمانان اروپا در بارسلونا بود. بایرن زودهنگام پس از یک ضربه ایستگاهی ماریو باسلر پیش افتاد و بیشتر بازی را کنترل کرد، اما منچستریونایتد در وقت‌های تلف شده بازی را به طرز شگفت‌انگیزی تغییر داد. در عرض ۹۰ ثانیه، تدی شرینگهام و اوله گونار سولسشر یک عملکرد عالی از بایرن را به اشک‌های بدون مهار ساموئل کافور و شرکت تبدیل کردند. بایرن دو هفته بعد در فینال جام حذفی مقابل وردربرمن در ضربات پنالتی شکست خورد. برای لوتار ماتئوس، این دومین باری بود که در فینال جام حذفی یک پنالتی تعیین‌کننده را از دست داد.
در فصل بعد، بایرن با پیروزی ۳–۰ در فینال جام حذفی انتقام خود را از برمن گرفت و بدین ترتیب بایرن به سومین دبل خود دست یافت. در اروپا، مبارزات تیمی که اکنون تحت سلطه دروازه‌بان الیور کان، موتور خط میانی استفان افنبرگ و مهاجم جووان البر بود در تقابل نیمه نهایی با برنده بعدی رئال مادرید (۰–۲, ۲–۱) به پایان رسید.
در سال ۲۰۰۱، پس از ۲۵ سال غیبت، سرانجام جام باشگاه‌های اروپا به مونیخ بازگشت. بایرن در مرحله یک چهارم نهایی با دو برد (۱–۰، ۲–۱) از منچستریونایتد قهرمان سال ۱۹۹۹ انتقام گرفت. نیمه نهایی دوباره شاهد یک مسابقه انتقامی بود، این بار رئال مادرید حریف بود: بایرن در هر دو بازی مقابل کاستیلیان پیروز شد (۱–۰، ۲–۱). در فینال میلان، والنسیا از اسپانیا مانند سال گذشته در جایگاه دوم قرار گرفت. در یک مسابقه به یاد ماندنی همه اهداف با ضربات نقطه به دست آمد. در نهایت، بایرن در ضربات پنالتی با شایستگی پیروز شد (۱–۱؛ ۵–۴ در ضربات پنالتی). ستون فقرات این تیم اولیور کان بود که ۳ پنالتی زد و قدرت روحی و روانی او نیز برای قهرمانی چند روز پیش از آن کشور بسیار مهم بود. در پایان دلخراش بوندسلیگا، بایرن با گل پاتریک اندرسون مدافع سوئدی مقابل هامبورگر در آخرین ثانیه فصل، از شالکه ۰۴ جلو افتاد و به باشگاه برای سومین قهرمانی پیاپی اطمینان داد. برای نایب قهرمان شالکه، چهار و نیم دقیقه جشن قهرمانی آنها زودرس بود.
در فصل بعد، این تیم نه توانست رکورد چهارمین قهرمانی پیاپی بوندسلیگا و نه جام را کسب کند. در مرحله یک چهارم نهایی لیگ قهرمانان اروپا، برنده نهایی رئال مادرید در مجموع ۳–۲ (۲–۱، ۰–۲) پیروز شد. پیروزی در جام بین قاره‌ای در توکیو مقابل بوکاجونیورز با گل سامی کوفور در وقت اضافه بود.
افتخار ملی در فصل ۰۳–۲۰۰۲ زمانی که بایرن با فتح بوندسلیگا با دومین فاصله بزرگ تاریخ نسبت به نایب قهرمانی و پیروزی پیاپی ۳–۱ بر ۱ به چهارمین دبل خود رسید، بازگشت. کایزرسلاترن در فینال جام حذفی با این حال، تمام فصل تحت الشعاع خروج بدون تشریفات بایرن از لیگ قهرمانان اروپا در مرحله گروهی اول قرار گرفت، بدون اینکه حتی یک برد در شش مسابقه کسب کند. در فصل بعد، این تیم که با خرید ۱۹ میلیون یورویی مهاجم هلندی روی ماکای از دپورتیوو لاکرونیا تقویت شد، حداقل بر این مانع غلبه کرد، اما حتی رئال مادریدی که در شرایط بحرانی ضعیف بود، توانست قرمزها را در مرحله یک‌هشتم نهایی حذف کند. خود بایرن در طول سال به هیچ فرم ثابتی نمی‌رسید و حتی دفاع مستحکم سابق نیز بسیار آسیب‌پذیر بود. در نهایت، مقام دوم این باشگاه در لیگ، توصیفی از قدرت بایرن نبود، بلکه نشان دهنده عملکرد ناهماهنگ رقبای آن بود. حذف جام توسط آلمانیا آخن دسته دوم برای فصلی که این تیم حتی یک عملکرد متقاعدکننده از خود نشان نداد، نشانه بود. حتی مایکل بالاک تازه‌وارد و لوسیو مدافع قهرمان جام جهانی ۲۰۰۲ نیز نتوانستند تفاوتی ایجاد کنند.
در ادامه فصل، تصمیم گرفته شد که هیتزفلد باید باشگاه را ترک کند و فلیکس ماگات، بازیکن سابق هامبورگر در اواخر دهه ۱۹۷۰ تا اواسط دهه ۱۹۸۰ که بسیار رقابتی با بایرن بود و همچنین در اروپا موفق بود، این شانس را پیدا کرد که به این تیم برود. نشان او در نسل جدید بایرن. در اولین سال هدایتش، او باشگاه را به دبل هدایت کرد.
با آغاز فصل ۰۶–۲۰۰۵، بایرن از ورزشگاه المپیک به ورزشگاه جدید آلیانز آرنا نقل مکان کرد، که باشگاه به‌طور مشترک با رقبای محلی ۱۸۶۰ مونیخ مالک آن است. از زمان انتقال، بایرن در بیشتر بازی‌های خود در آنجا پیروز شده است و ورزشگاه با استقبال خوبی از سوی هواداران مواجه شد و تقریباً تمام بازی‌های خانگی در مقابل تماشاگران فروخته شده بود. این دوبل ملی بود که می‌توان در پایان فصل در زمین جدید جشن گرفت. با این حال، عملکرد باشگاه در سطح بین‌المللی یک بار دیگر نسبتاً ناامیدکننده بود: شکست ۱–۴ از میلان در مرحله یک‌هشتم نهایی لیگ قهرمانان اروپا ۰۶–۲۰۰۵ به سرعت به کارزار آنها پایان داد. لوح قهرمانی و جام همچنین هدایای خداحافظی برای بیکسنت لیزارازو و ینس یرمیس، دو بازیکنی بود که پس از سال‌های موفق برای باشگاه به کار خود پایان دادند. از دست دادن بازیکن بانفوذ مایکل بالاک به چلسی در یک انتقال آزاد، کارل هاینز رومنیگه را بسیار ناراحت کرد، کسی که دربارهٔ قدرت خرج کردن چلسی «قابل قبول یا عادلانه» ناله کرده است.
در فصل ۰۷–۲۰۰۶، بایرن تیم خود را با جدایی بالاک و زی روبرتو کم کرد (بازیکن برزیلی با ماگات خوب نبود)،[نیازمند منبع] پائولو گوئررو به رقبای هامبورگر اس وی فروخته شد و لیزارازو و جرمیس به کار خود پایان دادند. لوکاس پودولسکی ملی پوش آلمانی پس از ماه‌ها گمانه زنی در مورد آینده او پس از سقوط باشگاه ۱ سابقش به این باشگاه پیوست. باشگاه کلن در حالی که برای تقویت خط دفاعی خود، بایرن مدافع میانی دانیل فن بویتن از هامبورگ را به خدمت گرفت. با توجه به خروج زودهنگام باشگاه در سال‌های گذشته، انتظارات در سطح بین‌المللی از سوی مسئولان باشگاه کاهش یافت و همچنین نشان‌دهنده بی‌میلی آن‌ها از صرف مبالغ بسیار بالا برای بازیکنان «سوپراستار» بود، علی‌رغم اینکه نظر گسترده در بین ناظران مبنی بر اینکه یک شهرت جدید جدید بازیساز برای جایگزینی بالاک مورد نیاز بود. با این حال، زمانی که جاه‌طلبی‌های رود فن نیستلروی مهاجم هلندی برای ترک منچستریونایتد علنی شد، اولی هونس تمایل خود را برای جذب او ابراز کرد، اگرچه در نهایت پس از اینکه ون نیستلروی تصمیم گرفت به رئال مادرید بپیوندد، کوتاهی کرد. در آخرین روز پنجره نقل و انتقالات تابستانی ۲۰۰۶، بایرن، هافبک هلندی مارک فن بومل را که در بارسلونا از دست داده بود، خریداری کرد. کسانی که خواهان یک "شماره ۱۰" واقعی بودند از این حرکت ناامید شدند، زیرا ون بومل یک "کارگر" هافبک دفاعی است تا یک بازیساز خلاق. با این وجود، ویژگی‌های رهبری و سبک بازی سازش‌ناپذیر ون بومل برای تیم مهم بود و در نهایت پس از بازنشستگی الیور کان در سال ۲۰۰۸، بازوبند کاپیتانی را برای او به ارمغان آورد.
پس از نیم فصل اول متقاعدکننده، ماگات در ژانویه ۲۰۰۷ به دلیل ترس از عدم جواز حضور در لیگ قهرمانان فصل بعد اخراج شد. او با اوتمار هیتزفلد جایگزین شد و برای دومین دوره مسئولیت خود بازگشت. او علی‌رغم تمام تلاش‌هایش نتوانست فصل را تغییر دهد و بایرن را به لیگ قهرمانان اروپا ۰۸–۲۰۰۷ هدایت کند، که در عوض باشگاه را به جام یوفا ۰۸–۲۰۰۷ که آخرین بار در آن بازی کرده بود، سقوط کرد. فصل ۹۶–۱۹۹۵. شکست خانگی ۰–۲ مقابل میلان در لیگ قهرمانان اروپا و شکست ویرانگر ۲–۰ خارج از خانه در برابر قهرمان احتمالی بوندس لیگا، به ویژه اشتوتگارت، مقامات باشگاه را بر آن داشت تا تیمی را که در نهایت در رده چهارم بوندس لیگا قرار گرفت، دوباره ارزیابی کنند. قبلاً در فصل ۰۷–۲۰۰۶ به خوبی بیان شد که تیم سال بعد به شدت متفاوت خواهد بود.
ماه‌ها پیش از پایان فصل، بایرن بدون صحبت با باشگاه ، میروسلاو کلوزه، ستاره وردربرمن را آغاز کرد و این امر باعث ناراحتی مقامات برمن شد و آنها اظهار داشتند که کاملاً انتظار داشتند که کلوزه به قراردادش که تا سال ۲۰۰۸ اعتبار داشت، احترام بگذارد. اولی هونس پاسخ داد که اگر برمن اصرار داشت که کلوزه یک فصل دیگر با آنها بازی کند، قطعاً این انتقال یک سال بعد انجام خواهد شد. احتمالاً زمانی بود که مشخص شد که کلوزه در صورت ماندن، «بازیکنی که به بایرن می‌پیوندد» برای بیش از یک سال خواهد بود، برمن در نهایت با مبلغی حدوداً ۱۲ میلیون یورویی با این انتقال موافقت کرد. به جز کلوزه، دو خرید برجسته برای فصل ۰۸–۲۰۰۷ لوکا تونی، برنده جام جهانی ایتالیا و فرانک ریبری، هافبک فرانسوی بودند که به تنهایی ۲۵ میلیون یورو برای بایرن هزینه کرد. دیگر بازیکنان برجسته‌ای که برای فصل آینده به بایرن «جدید» ملحق شدند، مارسل یانسن و یان شلودراف، ملی پوشان آلمانی بودند. این پنج مورد توسط خوزه سوسا، ملی پوش جوان آرژانتینی، هامیت آلتینتوپ، ملی پوش ترکیه‌ای (از شالکه ۰۴) و زی روبرتو بازگشته برای دومین دوره حضورش در قرمزها پس از یک سال حضور در سانتوس در برزیل تکمیل شد. طرف دیگر تمدید تیم تعدادی از بازیکنان برجسته بود که باشگاه را ترک کردند: اوون هارگریوز پس از رد انتقال بایرن یک سال پیش توسط منچستر یونایتد به خدمت گرفت، در حالی که مهاجمان کلودیو پیزارو و روکه سانتا کروز نیز هر دو به باشگاه‌های انگلیسی، چلسی رفتند. به ترتیب و بلکبرن روورز (سانتا کروز به سرعت در بلکبرن به شهرت رسید و ۱۹ گل در اولین فصل خود در لیگ برتر پس از تنها ۳۱ گل بوندسلیگا در ۸ سال حضور در بایرن به ثمر رساند). در همین حال، روی ماکای به فاینورد نقل مکان کرد و دید که شانس تیم اصلی او با خرید تونی و کلوزه مهاجمان دیگر کاهش می‌یابد، در حالی که علی کریمی پس از دو فصل باشگاه را ترک کرد و آندریاس گورلیتز به صورت قرضی کارلسروهر اس سی را به خدمت گرفت. حسن صالحیمیژیچ و مهمت شول نیز پس از سال‌ها حضور در بایرن، باشگاه را ترک کردند. صالحامیدژیچ برای یوونتوس قرارداد امضا کرد در حالی که شول در ۳۶ سالگی به کار خود پایان داد و در آخرین بازی فصل بازی کرد و آخرین گل خود را به ثمر رساند. پیش از آغاز فصل جدید، زمانی که بایرن برای جام فرانتس بکن باوئر به مصاف بارسلونا رفت، یک مسابقه خداحافظی به او داده شد.
تلاش مجدد انجام شده بلافاصله در یک رقابت موفق بوندسلیگا که باعث شد بایرن در لیگ برتر باشد و در کل فصل صدر جدول را اشغال کند، با شکست تنها دو بار در ۳۴ بازی و ثبت رکورد جدید بوندسلیگا در کمترین گل، مثمر ثمر خواهد بود. قبول کرد، با ۲۱. آنها همچنین با غلبه بر بوروسیا دورتموند در فینال جام حذفی یک دبل دیگر را تکمیل کردند. نقل و انتقالات برتر پیش فصل، ریبری و تونی نیز تاثیرگذارترین بازیکنان لیگ هستند. ریبری معمولاً از نظر فنی با استعدادترین بازیکن لیگ نامیده می‌شد و اغلب توسط خطوط دفاعی حریف عملاً غیرقابل توقف به نظر می‌سید. او ۱۱ گل به ثمر رساند و ۸ پاس گل داد و در پایان اولین فصل خود به عنوان بهترین بازیکن سال آلمان انتخاب شد. این در حالی است که تونی با ۲۴ گل و در مجموع ۳۹ گل در ۴۶ بازی رسمی بهترین گلزن لیگ شد. محبوبیت او با دستیابی به شاهکاری‌هایی مانند پرتاب چهار گل در جریان پیروزی ۶–۰ بایرن در جام یوفا برابر باشگاه یونانی آریس، هت‌تریک «عالی» در یک مسابقه بوندسلیگا مقابل هانوفر ۹۶ و چهار گل در عرض ده روز در یک مسابقه افزایش یافت. بازی جام یوفا، دو بازی بوندسلیگا و فینال جام حذفی داخلی. با این حال، شریک مهاجم او، کلوزه، در مجموع فصل ناامیدکننده‌ای را پشت سر گذاشت، و با ۸ گل در شش بازی اول خود، آغاز بسیار قدرتمندی داشت و سپس تنها دو گل دیگر را در ادامه فصل به ثمر رساند.
کمپین جام یوفا «ناخواسته» بایرن (از آنجایی که باشگاه در آرزوی بازی منحصراً در لیگ قهرمانان اروپاست) عملکردهای متفاوتی را در برابر تیم‌هایی دید که به وضوح ضعیف‌تر بودند، مانند مقابل بولتون واندررز، بلننسس یا ختافه، اما آنها توانستند به نیمه نهایی برسند. آنها در یک شکست تحقیرآمیز ۰–۴ خارج از خانه مقابل قهرمان روسیه و برنده نهایی جام حذفی زنیت سن پترزبورگ حذف شدند.
در فصل ۰۹–۲۰۰۸، یورگن کلینزمن، ستاره سابق بایرن و سرمربی تیم ملی آلمان، به عنوان مربی جدید تیم، با دروازه‌بان و کاپیتان طولانی مدت، الیور کان، به دوران حرفه‌ای خود پایان داد. این تیم در لیگ داخلی عملکردی ناسازگار داشت در حالی که در ابتدا نتایج قدرتمندی در رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا کسب می‌کرد: از همه مهم‌تر، بایرن پس از پیروزی ۱۲–۱ در بازی مشترک مقابل اسپورتینگ سی‌پی به مرحله یک چهارم نهایی صعود کرد. با این حال، دور بعدی شاهد خروج بایرن پس از شکست تحقیرآمیز ۰–۴ مقابل بارسلونا، قهرمان احتمالی بود. پس از باخت مهم بوندسلیگا مقابل ولفسبورگ، مدعی عنوان قهرمانی رقیب و در خطر از دست دادن یک جایگاه در لیگ قهرمانان اروپا برای فصل بعد، کلینزمن اخراج شد و مربی کهنه‌کار یوپ هاینکس جایگزین او شد که برای آخرین بازی‌های باقی مانده از بازنشستگی بازگردانده شد. هاینکس موفق شد چندین بازی پیروز شود و در نهایت مقام دوم را برای بایرن به دست آورد، اما هیچ برنامه‌ای برای ماندن در این باشگاه نداشت.
پیش از فصل ۱۰–۲۰۰۹، بایرن تغییرات عمده‌ای در تیم و مدیریت ایجاد کرد و لوئیس فن خال، سرمربی هلندی و مهاجمان آرین روبن و ماریو گومز را به خدمت گرفت و با خرید دومی، رکورد جدیدی برای انتقال باشگاه در ۳۰ میلیون یورو ثبت شد. اندکی پیش از پایان سال، مدیر بلندمدت اولی هوئنس از سمت خود بازنشسته شد و ریاست باشگاه را بر عهده گرفت. پس از آغازی دشوار در فصل جدید، تیم در اواخر پاییز آغاز به افزایش قدرت کرد و یوونتوس را با نتیجه ۴–۱ در یک مسابقه مرحله گروهی لیگ قهرمانان اروپا شکست داد و به‌طور پیوسته در بوندسلیگا صعود کرد. بایرن با هدایت یک روبن درخشان، که یک سری گل‌های حیاتی در تمام رقابت‌ها به ثمر رساند، در نهایت توانست هر دو عنوان قهرمانی داخلی را به دست آورد و به فینال لیگ قهرمانان اروپا در مادرید صعود کند. در حالی که آنها در نهایت نتوانستند بر اینترناسیونال غلبه کنند، اما نایب قهرمانی به این معنا بود که فصل ۱۰–۲۰۰۹ موفق‌ترین فصل بایرن در تقریباً یک دهه گذشته بود.
پس از عملکرد بسیار موفق تیم در سال پیش، مدیریت بایرن به ارزیابی فان خال مبنی بر اینکه در آستانه فصل ۱۱–۲۰۱۰ نیازی به انتقال بیشتر نیست، به تعویق افتاد. با این حال، برخی از بازیکنانی که سال پیش به صورت قرضی منتقل شده بودند، مانند لوکا تونی و خوزه سوسا، به‌طور کامل فروخته شدند. تونی کروس، بازیکن قرضی بازگشته، که یک سال و نیم گذشته را نیز در بایرلورکوزن گذرانده بود، تنها «افزودن» قابل توجه به تیم بود. بایرن دوباره مجبور شد با مصدومیت‌های زیادی روبرو شود که برای بازیکنان کلیدی به وجود آمد، به ویژه روبن، که تمام بازی اول فصل را به دلیل مصدومیت مضری که هنگام آماده شدن برای جام جهانی ۲۰۱۰ با هلند دریافت کرده بود، از دست داد. این تیم آغاز بسیار ضعیفی در لیگ داشت و تنها ۸ امتیاز از هفت بازی اول خود در بوندسلیگا را به دست آورد و به سرعت برتری قابل توجهی را نسبت به قهرمان بعدی بوروسیا دورتموند واگذار کرد. بایرن به دلیل نمایش ضعیف در خط دفاعی خود، نیم فصل اول را با ۱۴ امتیاز کمتر از دورتموند صدرنشین در رده پنجم به پایان رساند. فصل نقل و انتقالات زمستانی شاهد اضافه شدن لوئیز گوستاوو از هوفنهایم در سال ۱۸۹۹ در مقابل جدایی کاپیتان مارک فن بومل به میلان و مارتین دمیکلیس، مدافع میانی به مالاگا بود. در حالی که بایرن در نیمه دوم فصل بسیار بهتر عمل کرد و بیشترین امتیاز لیگ را در بین تمام تیم‌ها کسب کرد، برتری دورتموند در نهایت غیرقابل عبور بود. در سطح اروپا، بایرن آماده انتقام گرفتن از اینترناسیونال برای باخت در فینال لیگ قهرمانان در سال پیش ود، اما علیرغم پیروزی ۱–۰ خارج از خانه، این تیم پس از باخت ۲–۳ خانگی از رقابت‌ها خارج شد. فان خال که قبلاً با فسخ قراردادش در پایان فصل موافقت کرده بود، در نهایت در ۱۰ آوریل برکنار شد. دستیار سابق مربی آندریس یونکر هدایت این تیم را برعهده گرفت و توانست مقام سوم لیگ را به دست آورد و به حداقل هدف خود یعنی رسیدن به یک جایگاه در لیگ قهرمانان اروپا دست یابد.
در فصل ۱۲–۲۰۱۱ لیگ قهرمانان، این تیم پس از حذف رئال مادرید در ضربات پنالتی در ورزشگاه سانتیاگو برنابئو به فینال رسید، اما در نهایت در ضربات پنالتی دیگری شکست خورد تا چلسی اولین پیروزی اروپایی خود را به دست آورد.