باشگاه فوتبال استقلال تهران در فصل ۸۶–۱۳۸۵
مرور فصل

در این فصل امیر قلعه‌نویی سرمربیگری تیم ملی فوتبال ایران را قبول کرد و پس از سه سال از استقلال جدا شد. مدیریت وقت استقلال در انتخابی عجیب صمد مرفاوی را به عنوان سرمربی تیم انتخاب کرد. انتخابی که از همان روز اول با انتقادهای شدیدی مواجه شد و بسیاری معتقد بودند مرفاوی نمیتواند سرمربی توانمندی برای تیمی به بزرگی استقلال باشد. در انتخاب عجیب دیگری قلعه‌نویی به عنوان رئیس سازمان فوتبال استقلال برگزیده شد. سمتی که تا ان روز وجود خارجی نداشت.
در این فصل علاوه بر جدایی قلعه‌نویی استقلال بازیکنانی چون واحدی‌نیکبخت، عنایتی و جباری را نیز در اختیار نداشت. واحدی‌نیکبخت در حرکتی عجیب و غیر قابل باور برای هواداران به تیم رقیب یعنی پرسپولیس تهران پیوست. عنایتی به کشورهای حاشیه خلیج فارس رفت و جباری نیز به علت مصدومیت در دوران نقاهت به سر میبرد.
با توجه به اینکه استقلال سه بازیکن بزرگ را از دست داده بود عملکرد قابل توجهی در فصل نقل و انتقالات نداشت و اقدام به خریدهای مناسب نکرد. استقلال برای این فصل بازیکن خاصی را به خدمت نگرفت و مهمترین خریدهای این تیم شامل علی انصاریان در خط دفاعی و علی علیزاده و داسیلوا در خط حمله میشدند. دو مهاجمی که برای پر کردن جای خالی عنایتی به استقلال آمدند ولی هر دو با هم فقط ۶ گل به ثمر رساندند.
برخلاف انتقادات صورت گرفته استقلال با هدایت صمد مرفاوی شروع بسیار خوبی در لیگ داشت و با سه برد متوالی در سه هفته آغازین لیگ به عنوان یک مدعی خود را مطرح کرد. استقلال که تا هفته هشتم شکست نخورده بود در این هفته بازی شهرآورد را با نتیجه ۲ بر ۱ به تیم پرسپولیس واگذار کرد تا اولین شکست فصل را متحمل شود. بعد از بازی شهرآورد استقلال هفت بازی دیگر تا پایان نیم فصل فاصله داشت. آبی پوشان ابتدا چهار برد متوالی کسب کردند و سپس دو بازی بعدی مغلوب پیکان و سایپا شد تا از صدر جدول فاصله بگیرند. آبی پوشان با کسب برد در بازی پایانی نیم فصل اول با ۳۰ امتیاز و چهار امتیاز کمتر از تیم صدرنشین یعنی سایپا به تعطیلات رفتند.
در سطح مدیریت باشگاه نیز تغییراتی ایجاد شد و مقداد نجف‌نژاد به عنوان مدیر باشگاه استقلال تهران انتخاب شده بود.
استقلال نیم فصل دوم را با سه تساوی متوالی شروع کرد و دیگر خبری از بردهای متوالی نبود. در روز ۲۷ بهمن ۱۳۸۵ خبری در رسانه‌های ایران منتشر شد که همه فوتبال‌دوستان و بیشتر از همه هواداران استقلال را شوکه کرد. موضوع خبر تلخ این بود، "استقلال به دلیل تاخیر در ارسال مدارک و لیست اسامی بازیکنان به کنفدراسیون فوتبال آسیا از لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۰۷ کنار گذاشته شد." این خبر در ابتدا و طبق معمول توسط مدیران و مسئولان باشگاه تکذیب شد پس از گذشت چند روز همه به این باور رسیدند که خبر صحت دارد و کنفدراسیون آسیا از تصمیمش عقب نشینی نخواهد کرد بنابراین مدیران وقت استقلال مدعی شدند با در اختیار گرفتن چند وکیل خبره به دادگاه بین المللی کاس شکایت خواهند کرد. در آن برهه زمانی پرونده‌ای نیز برای این اتفاق تشکیل شد و استقلال به دادگاه کاس شکایت کرد ولی هیچگاه مسئولان استقلال نتیجه و رای دادگاه کاس را علنی نکردند. استقلال در صورتی از لیگ قهرمانان کنار گذاشته شد که با تیمهای الهلال، پاختاکور و الکویت همگروه شده بود
شوک حذف از آسیا برای استقلال در لیگ برتر مثبت هم بود آبی‌پوشان در شش بازی خود در لیگ برتر بعد از حذف از آسیا صاحب چهار برد و دو مساوی شدند و و در پایان هفته بیست و چهارم به صدر جدول رسیدند. استقلال در هفته بیست و پنجم لیگ برتر تیم برق شیراز را هم شکست داد تا صدرنشینی خود را تحکیم بخشد. بعد از حذف استقلال از لیگ قهرمانان آسیا زمزمه تغییرات مدیریتی در این تیم شنیده و هواداران هر روز منتظر بودند تا شاهد مدیری جدید در این تیم باشند. بالاخره در چند هفته مانده به پایان بازیهای لیگ برتر علی فتح‌الله‌زاده برای سومین بار سکان مدیریت باشگاه استقلال را عهده‌دار شد. این تغییرات مدیریتی برای استقلال خوش یمن نبود و این تیم از پنج بازی پایانی خود در این فصل فقط سه شکست و دو تساوی کسب کرد و در حالی که استقلال تا پایان هفته بیست و هفتم صدرنشین بود در سه هفته پایانی صدر را از دست و  در پایان با عنوان چهارمی لیگ را به پایان برد.
استقلال در این فصل از بازیها مسابقات جام حذفی را جدی نگرفت و در همان مرحله اول توسط تیم مقاومت بسیج فارس از دور بازیها حذف شد. استقلال در این بازی در ورزشگاه حافظیه دو بر صفر مغلوب این تیم لیگ دسته یکی شد.