چه گوارا
گواتمالا، آربنز و یونایتد فروت

همچنین ببینید: کودتای ۱۹۵۴ گواتمالا
در ۷ ژوئیه ۱۹۵۳، گوارا دوباره راهی سفر شد. این بار به بولیوی، پرو، اکوادور، پاناما، کاستاریکا، نیکاراگوئه، هندوراس و السالوادور. در ۱۰ دسامبر ۱۹۵۳، پیش از راهی شدن به سوی گواتمالا، گوارا از سان خوزه در کاستاریکا پیامی برای عمه‌اش بئاتریز فرستاد و او را در جریان احوال خود قرار داد. او در نامه از سفر خود در قلمروی کمپانی یونایتد فروت نوشت و اضافه کرد که قانع شده است که نظام کاپیتالیستی آن‌ها شریر است. او با این لحن تهاجمی قصد داشت نزدیکان محافظه‌کارتر خود را بترساند. در آخر نامه، گوارا به عکس ژوزف استالین که به تازگی درگذشته بود، قسم یاد می‌کند تا نابودی این «اختاپوس‌ها» ساعتی را به استراحت نگذراند. در همان ماه، گوارا به گواتمالا رسید؛ آنجا رئیس‌جمهور خاکوبو آربنز که در انتخاباتی دموکراتیک انتخاب شده بود، قصد داشت با اقداماتی مانند اصلاحات ارضی به نظام لاتیفوندیست پایان دهد. نتیجتاً، آربنز برنامه گسترده‌ای را آغاز کرده بود که طی آن همه بخش‌های اراضی گسترده که تحت کشت نبودند، مصادره و به دهقانانی که زمین نداشتند، داده شود. یونایتد فروت بزرگ‌ترین زمین‌دار منطقه بود که بیش از دیگران تحت تأثیر قرار می‌گرفت. دولت آربنز از آن‌ها ۲۲۵٬۰۰۰ جریب فرنگی (۹۱٬۰۰۰ هکتار) زمین کشت‌نشده مصادره کرد. گوارا که از شرایط گواتمالا خشنود بود، تصمیم گرفت آنجا ساکن شود تا «به هر آنچه برای تبدیل‌شدن به یک انقلابی واقعی نیاز است، دست پیدا کند.»
در گواتمالا سیتی، گوارا با هیلدا گادآ آکوستا آشنا شد. او یک اقتصاددان پرویی بود که به‌عنوان یکی از اعضای جنبش چپ‌گرایانه ائتلاف انقلابی مردمی آمریکا (APRA) رابط‌های سیاسی داشت. گادا، گوارا را با شماری از مقامات بلند مرتبه دولت آربنز آشنا کرد. او همچنین با گروهی از تبعیدیان اهل کوبا که به دلیل شرکت در حمله به پادگان مونکادا در سانتیاگو د کوبا به تاریخ ۲۷ ژوئیه ۱۹۵۳، با فیدل کاسترو در ارتباط بودند، آشنایی پیدا کرد. در همین دوره بود که او به لقب معروف خود، چه، مشهور شد. در زمان اقامت در گواتمالا، گوارا از کمک دیگر تبعیدیان اهل آمریکای مرکزی بهره‌مند شد. یکی از اینان، هلنا لیوا د هولست بود که به گوارا در تأمین غذا و محل اسکان یاری رساند. د هولست با گوارا دربارهٔ سفرهایش به روسیه و چین برای مطالعه مارکسیسم گفتگو می‌کرد و همچنین گوارا شعری به نام «Invitación al camino» به او تقدیم کرد.
در مه ۱۹۵۴ محموله‌ای حاوی اسلحه‌های سبک توپخانه از کشور کمونیستی چکسلواکی در پورتو باروریوس به دولت آربنز تحویل داده شد. نتیجتاً، دولت ایالات متحده آمریکا — که از سال ۱۹۵۳ مطابق دستور رئیس‌جمهور دوایت آیزنهاور به دنبال برکناری آربنز بود — با استفاده از رادیو و پخش بروشورهای تبلیغاتی، پروپاگاندای ضد آربنز را در گواتمالا تقویت و با استفاده از هواپیماهای ناشناس آن کشور را بمباران کرد. ایالات متحده همچنین گروهی از پناهندگان و مزدوران گواتمالایی به رهبری کارلوس کاستیلو آرماس را جهت خلع دولت آربنز حمایت می‌کرد. در ۲۷ ژوئن، آربنز تصمیم به استعفا گرفت. این به آرماس و نیروهای او که توسط سازمان سیا حمایت می‌شدند، امکان پیشروی به سوی گواتمالا سیتی را داد و آنان نیز خونتایی نظامی برپا کردند که در ۷ ژوئیه، آرماس را به‌عنوان رئیس‌جمهور برگزید. رژیم آرماس جهت تحکیم قدرت خود، کسانی را که ظن کمونیست بودنشان می‌رفت، دستگیر و اعدام کرد، اتحادیه‌های کارگری را بست و اصلاحات ارضی گذشته را ملغی اعلام کرد.
گوارا تمایل داشت در حمایت از دولت آربنز مبارزه کند و به شبه‌نظامیان جوانان کمونیست پیوست. اما تعلل گروه، او را عصبانی کرد و نتیجتاً به وظایف پزشکی خود بازگشت. پس از کودتا، او دوباره برای مبارزه داوطلب شد اما مدت کوتاهی نگذشت که آربنز پس از پناهندگی به سفارت مکزیک، از حامیان خارجی خود تقاضا کرد کشور را ترک کنند. تلاش‌های گوارا برای مقاومت، توجه حامیان کودتا را جلب کرد و آنان برای قتل او برنامه‌ریزی کردند. پس از دستگیری هیلدا گادآ آکوستا، گوارا به کنسول‌گری آرژانتین پناهنده شد و تا هنگامی که چند هفته بعد به او اجازه خروج از کشور و سفر به مکزیک داده شد، همان‌جا ماند.
برکناری آربنز و تأسیس دیکتاتوری راست‌گرای آرماس، تصویر آمریکا را به‌عنوان قدرتی امپریالیستی در ذهن چه گوارا تقویت کرد که با هر دولتی که خواهان پایان دادن به نابرابری‌های اقتصادی و اجتماعی در آمریکای لاتین و دیگر کشورهای در حال توسعه است، مخالفت می‌کند. گوارا دربارهٔ آن کودتا می‌گوید:
آخرین دموکراسی انقلابی آمریکای لاتین – دولت خاکوبو آربنز – به دلیل تهاجم سرد و عمدی ایالات متحده شکست خورد. رهبر نمایان کودتا وزیر خارجه جان فاستر دالس بود، شخصی که طی تصادفی نامحتمل، یکی از سهامداران و نمایندگان یونایتد فروت است.
عقیده او مبنی بر اینکه مارکسیسمِ به دست آمده از طریق مبارزه مسلحانه، که خلق مسلح از آن پاسداری می‌کنند، تنها راه اصلاح چنین وضعیتی است نیز در پیامد کودتا تقویت شد. گادآ سپس نوشت «[اتفاقات] گواتمالا بود که بالاخره او را قانع کرد که مبارزه مسلحانه لازم است و باید به امپریالیسم ضربه اول را زد. هنگامی که آنجا ترک کرد، از این مسئله اطمینان داشت.»