فتنه دوم
قیام مختار

مختار بن ابی‌عبیده ثقفی (ابواسحاق) رهبر سومین قیام پس از حادثهٔ عاشورا بود. پنج سال پس از آن حادثه او در کوفه به خونخواهی برخاست و بسیاری از عاملان حادثه را کشت و ۱۸ ماه به حکومت رسید. در این مدت جنگ‌های زیادی کرد و در نخستین جنگ خود عبیدالله بن زیاد را نیز کُشت. پس از آن نیز مناطق زیادی را به زیر سلطهٔ عراق آورد.
مختار جهت قیام خود، ابتدا می‌خواست از علی بن حسین تاییدیه بگیرد اما وی روی خوشی به او نشان نداد و لذا با محمد حنفیه مذاکره کرد. محمد حنفیه پاسخ مبهمی به او داد. مختار این جواب را نشانه تأیید تلقی کرد و برای خونخواهی از قاتلان حسین بن علی و تشکیل حکومت مستقل راهی کوفه شد. وی ۶ ماه پس از مرگ یزید و در ماه رمضان به کوفه رسید. در این زمان کوفه به دست طرفداران عبدالله پسر زبیر افتاده بود.
ورود او به کوفه مصادف با آمادگی توابین به فرماندهی سلیمان پسر صرد خزاعی برای خروج از شهر بود، اما هیچ فعالیتی (حتی مشورت) در کمک به سلیمان بن صرد و قیام توابین نکرد. او می‌گفت سلیمان دید سیاسی ندارد و فقط می‌خواهد خود و ما را به کشتن دهد. تلاش‌های مختار جمع بزرگی از شیعیان را از اطراف سلیمان پراکنده‌ساخت و فقط چهار هزار نفر با او به جنگ عبیدالله زیاد رفتند. پس از خروج توابین از شهر، قاتلان حسین بن علی که از ناحیهٔ مختار هراس زیادی داشتند، حاکم زبیری کوفه، عبدالله بن یزید را وادار کردند تا مختار را زندانی کند. مختار دوباره زندانی شد. در این هنگام خبر شکست و بازگشت توابین به کوفه رسید. مختار پس از مدتی دوباره با شفاعت عبدالله بن عمر نزد ابن زبیر آزاد گردید.
وی با شعار توابین؛ «یا لثارات الحسین» (به فارسی: به خونخواهی حسین) و شعار «یا منصورُ اَمِت؛ ای پیروز، بمیران» که پس از پیروزی در جنگ بدر رایج شده بود، در چهارشنبه ۱۶ ربیع‌الثانی ۶۶ (قمری) و به نقلی در شب ۱۴ ربیع‌الاول سال ۶۶ هجری در کوفه به پاخاست. عبدالله بن مطیع فرماندار آل زبیر در کوفه مخفیانه گریخت و پنج سال بعد از واقعهٔ کربلا دوران زمامداری هجده‌ماههٔ مختار آغاز شد.
نخستین اقدام او پس از به‌دست گرفتن قدرت، خونخواهی از گروه قاتلان حسین بن علی بود. اگرچه بسیاری از آن‌ها در قیام مختار به بصره گریختند، در اکثر اسناد کشته‌شدگان به دست مختار را حدود ۳٬۰۰۰ نفر را ذکر کرده‌اند.[نیازمند منبع]
او تجهیز و جمع‌آوری سپاهی به کمک ابراهیم پسر مالک اشتر قلمرو خود را از کوفه تا موصل گسترش داد. سپاه او سپس لشکر عبیدالله بن زیاد را در موصل شکست داد که عبیدالله نیز در این نبرد کشته شد. بدین ترتیب بر مرکز و شمال عراق، ارمنستان بزرگ، آذربایجان و ناحیهٔ جبال شامل غرب و مرکز ایران مسلط شد.
در سال ۶۶ هجری قمری (۶۸۶ میلادی) کردهای منطقهٔ حلوان (سرپل ذهاب کنونی) شورش کردند. مختار برای سرکوب آنان حاکمی به حلوان فرستاد که شورش کردها را سرکوب کرد.
سپس، مختار سپاهی را برای جنگ با زبیریان به ابن شمیط راهی جنگ حرورا کرد سپاه مختار در این نبرد شکست سختی می‌خورد؛ ولی مختار با باقی‌ماندهٔ سپاه به مزار به دشتی میان حرورا و کوفه بود عقب نشست و از موانع نیزار توانست دوباره به دشمن پیروز شده و پس از آنجا به‌طور محرمانه لشکر را به عقب‌نشینی کوفه راضی می‌کند. پس از عقب‌نشینی مختار نامه‌ای به ابراهیم بن مالک اشتر به موصل می‌فرستد.
نقلی است که ابراهیم بن مالک اشتر از مختار کناره گرفت این امر جدایی توسط زبیریان و مکاتبات دروغینی که فی‌مابین مختار و ابراهیم انجام داده‌اند صورت گرفته و آخر هم از زبیریان نامهٔ پیمان صلح را دریافت کرده و ابراهیم هم برای اینکه به مختار نرسیده و در امر کمک به امیر قیام تصمیم ریشه‌کن کردن دولت امویان به دست زبیریان را در سر می‌پروراند و در این راه او نیز به اشراف کوفه در بصره پیوست.
مختار سعی فراوان کرد تا محاصره‌شدگان را به قیام و خروج از دارالحکومه وادار نماید؛ اما آن‌ها توجهی نکردند مختار که از یاران خود مأیوس شده بود با اندکی از یاران خود که مورخان تعدادشان را ۱۹ نفر برشمرده‌اند، از دارالحکومه خارج شده به دشمن حمله بردند و سعی کردند، محاصره را بشکنند؛ اما پس از جنگ و گریزهای فراوان، سرانجام یکی پس از دیگری کشته شدند؛ مختار هم جنگید و در چهاردهم رمضان سال ۶۷ هجری، در سن ۶۷ سالگی کشته شد. پس از کشته‌شدن مختار، هفت هزار نفر از یاران مختار که به امید امان، به یاری مختار نرفته بودند، به دستور مصعب، گردن همه آن‌ها زده شد.
اگرچه فرقهٔ کیسانیه منسوب به او است، امّا مورّخان در صحت این ادعا اختلاف دارند.