بازسازی توالی
ابزارهای در دسترس

ابزارهای بازسازی توالی که توانایی بازسازی De-Novo را در حداقل یکی از فناوری‌های پشتیبانی شده دارند در جدول زیر معرفی شده‌اند:
| نام | نوع استفاده | فناوری‌ها | گردآورنده | تاریخ ارائه / تاریخ آخرین تغییر | مجوز* | صفحهٔ خانگی |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| ABySS | large (genomes) | Solexa, SOLiD | Simpson, J. et al. | ۲۰۰۸ / ۲۰۱۴ | NC-A | link |
| ALLPATHS-LG | (large) genomes | Solexa, SOLiD | Gnerre, S. et al. | ۲۰۱۱ | OS | link |
| AMOS | genomes | Sanger, 454 | Salzberg, S. et al. | ۲۰۰۲? / ۲۰۱۱ | OS | link |
| Arapan-M | Medium Genomes (e.g. E.coli) | All | Sahli, M. & Shibuya, T. | ۲۰۱۱ / ۲۰۱۲ | OS | link |
| Arapan-S | Small Genomes (Viruses and Bacteria) | All | Sahli, M. & Shibuya, T. | ۲۰۱۱ / ۲۰۱۲ | OS | link |
| Celera WGA Assembler / CABOG | (large) genomes | Sanger, 454, Solexa | Myers, G. et al. ; Miller G. et al. | ۲۰۰۴ / ۲۰۱۵ | OS | link |
| CLC Genomics Workbench & CLC Assembly Cell | genomes | Sanger, 454, Solexa, SOLiD | CLC bio | ۲۰۰۸ / ۲۰۱۰ / ۲۰۱۴ | C | link |
| Cortex | genomes | Solexa, SOLiD | Iqbal, Z. et al. | ۲۰۱۱ | OS | link |
| DBG2OLC | (large) genomes | Illumina, PacBio, Oxford Nanopore | Ye, C. et al | ۲۰۱۴/۲۰۱۶ | OS | link |
| DNA Baser Assembler | (small) genomes | Sanger, 454 | Heracle BioSoft SRL | ۰۴٫۲۰۱۶ | C | www.DnaBaser.com |
| DNA Dragon | genomes | Illumina, SOLiD, Complete Genomics, 454, Sanger | SequentiX | ۲۰۱۱ | C | link |
| DNAnexus | genomes | Illumina, SOLiD, Complete Genomics | DNAnexus | ۲۰۱۱ | C | link |
| DNASTAR Lasergene Genomics Suite | (large) genomes, exomes, transcriptomes, metagenomes, ESTs | Illumina, ABI SOLiD, Roche 454, Ion Torrent, Solexa, Sanger | DNASTAR | ۲۰۰۷ / ۲۰۱۶ | C | link |
| Edena | genomes | Illumina | D. Hernandez, P. François, L. Farinelli, M. Osteras, and J. Schrenzel. | ۲۰۰۸/۲۰۱۳ | OS | link |
| Euler | genomes | Sanger, 454 (,Solexa ?) | Pevzner, P. et al. | ۲۰۰۱ / ۲۰۰۶? | (C / NC-A?) | link |
| Euler-sr | genomes | 454, Solexa | Chaisson, MJ. et al. | ۲۰۰۸ | NC-A | link |
| Fermi | (large) genomes | Illumina | Li, H. | ۲۰۱۲ | OS | link |
| Forge | (large) genomes, EST, metagenomes | 454, Solexa, SOLID, Sanger | Platt, DM, Evers, D. | ۲۰۱۰ | OS | link |
| Geneious | genomes | Sanger, 454, Solexa, Ion Torrent, Complete Genomics, PacBio, Oxford Nanopore, Illumina | Biomatters Ltd | ۲۰۰۹ / ۲۰۱۳ | C | link |
| Graph Constructor | (large) genomes | Sanger, 454, Solexa, SOLiD | Convey Computer Corporation | ۲۰۱۱ | C | link |
| HINGE | genomes | PacBio/Oxford Nanopore | Kamath, Shomorony, Xia et. al. | ۲۰۱۶ | OS | Software, Paper, Analyses |
| IDBA (Iterative De Bruijn graph short read Assembler) | (large) genomes | Sanger,454,Solexa | Yu Peng, Henry C. M. Leung, Siu-Ming Yiu, Francis Y. L. Chin | ۲۰۱۰ | (C / NC-A?) | link |
| LIGR Assembler (derived from TIGR Assembler) | genomic | Sanger | - | ۲۰۰۹/ ۲۰۱۲ | OS | link |
| MaSuRCA (Maryland Super Read - Celera Assembler) | (large) genomes | Sanger, Illumina, 454 | Aleksey Zimin, Guillaume Marçais, Daniela Puiu, Michael Roberts, Steven L. Salzberg, James A. Yorke | ۲۰۱۲ / ۲۰۱۳ | OS | link |
| MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly) | genomes, ESTs | Sanger, 454, Solexa | Chevreux, B. | ۱۹۹۸ / ۲۰۱۴ | OS | link |
| NextGENe | (small genomes?) | 454, Solexa, SOLiD | Softgenetics | ۲۰۰۸ | C | link |
| Newbler | genomes, ESTs | 454, Sanger | 454/Roche | ۲۰۰۴/۲۰۱۲ | C | link |
| PADENA | genomes | 454, Sanger | 454/Roche | ۲۰۱۰ | OS | link |
| PASHA | (large) genomes | Illumina | Liu, Schmidt, Maskell | ۲۰۱۱ | OS | link |
| Phrap | genomes | Sanger, 454, Solexa | Green, P. | ۱۹۹۴ / ۲۰۰۸ | C / NC-A | link |
| TIGR Assembler | genomic | Sanger | - | ۱۹۹۵ / ۲۰۰۳ | OS | link[پیوند مرده] |
| Trinity | Transcriptomes | short reads (paired, oriented, mixed) Illumina, 454, Solid,... | Grabher, MG et al. | ۲۰۱۱/۲۰۱۶ | OS | https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki |
| Ray | genomes | Illumina, mix of Illumina and 454, paired or not | Sébastien Boisvert, François Laviolette & Jacques Corbeil. | ۲۰۱۰ | OS [GNU General Public License] | link |
| Sequencher | genomes | traditional and next generation sequence data | Gene Codes Corporation | ۱۹۹۱ / ۲۰۰۹ / ۲۰۱۱ | C | link |
| SGA | (large) genomes | Illumina, Sanger (Roche 454?, Ion Torrent?) | Simpson, J.T. et al. | ۲۰۱۱ / ۲۰۱۲ | OS | link |
| SHARCGS | (small) genomes | Solexa | Dohm et al. | ۲۰۰۷ / ۲۰۰۷ | OS | link |
| SOPRA | genomes | Illumina, SOLiD, Sanger, 454 | Dayarian, A. et al. | ۲۰۱۰ / ۲۰۱۱ | OS | link |
| SparseAssembler | (large) genomes | Illumina, 454, Ion torrent | Ye, C. et al. | ۲۰۱۲ / ۲۰۱۲ | OS | link |
| SSAKE | (small) genomes | Solexa (SOLiD? Helicos?) | Warren, R. et al. | ۲۰۰۷ / ۲۰۱۴ | OS | link |
| SOAPdenovo | genomes | Solexa | Luo, R. et al. | ۲۰۰۹ / ۲۰۱۳ | OS | link |
| SPAdes | (small) genomes, single-cell | Illumina, Solexa, Sanger, 454, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore | Bankevich, A et al. | ۲۰۱۲ / ۲۰۱۵ | OS | link |
| Staden gap4 package | BACs (, small genomes?) | Sanger | Staden et al. | ۱۹۹۱ / ۲۰۰۸ | OS | link |
| Taipan | (small) genomes | Illumina | Schmidt, B. et al. | ۲۰۰۹ / ۲۰۰۹ | OS | link |
| VCAKE | (small) genomes | Solexa (SOLiD?, Helicos?) | Jeck, W. et al. | ۲۰۰۷ / ۲۰۰۹ | OS | link |
| Phusion assembler | (large) genomes | Sanger | Mullikin JC, et al. | ۲۰۰۳ / ۲۰۰۶ | OS | link |
| Quality Value Guided SRA (QSRA) | genomes | Sanger, Solexa | Bryant DW, et al. | ۲۰۰۹ / ۲۰۰۹ | OS | link |
| Velvet | (small) genomes | Sanger, 454, Solexa, SOLiD | Zerbino, D. et al. | ۲۰۰۷ / ۲۰۱۱ | OS | link |
*مجوز: OS = متن باز؛ C = تجاری؛ C / NC-A = تجاری، اما رایگان برای استفادهٔ غیر تجاری و آکادمیک؛ براکت = غیر مشخص اما احتمالاً همان C / NC-A: *مجوز: OS = متن باز؛ C = تجاری؛ C / NC-A = تجاری، اما رایگان برای استفادهٔ غیر تجاری و آکادمیک؛ براکت = غیر مشخص اما احتمالاً همان C / NC-A
نمونه‌ای از بازسازی یک رشته از قطعات مختلف آن با توجه به همپوشانی‌های این قطعات.
در این نمونه، مشکل بالقوه‌ای که قسمت‌های تکراری در بازسازی ایجاد می‌کنند، مشاهده می‌شود.
اگزون‌ها و اینترون‌ها در DNA
در رونویسی و ساختن mRNA، قسمت‌های تکراری حذف می‌شوند.