فعالیت‌های سیاسی سید روح‌الله خمینی
رویداد مدرسه فیضیه

روز دوازدهم فروردین سال ۱۳۴۲، مصادف بود با ۲۵ شوال ۱۳۸۳ هجری قمری، سالگرد وفات جعفر صادق و مطابق معمول، مجالس بسیاری به همین مناسبت در قم برگزار شده‌بود. منزل خمینی در محلهٔ «یخچال قاضی» میزبان عزاداران بسیاری بود که گرد او جمع شده و مشغول عزاداری بودند. گفته می‌شود غیر از عزاداران، شماری از مأموران مخفی با لباس شخصی نیز جزء جمعیت بوده و اوضاع را کنترل می‌کردند و حتی گاهی سخنی می‌گفتند یا رفتاری نشان می‌دادند که نشان از تلاش آن‌ها برای به راه‌اندازی اغتشاش و هیاهو در مجلس داشت. طبق ادعای برخی منابع، این عده – که تماماً متشکل از کماندوهای نظامی بودند، با لباس کشاورزان و در حالی که به چاقو و چوب مسلح بودند، صبح آن روز به وسیلهٔ چند دستگاه اتوبوس شرکت واحد از تهران وارد قم شدند و به‌همراه تعداد زیادی سرباز و نیروهای ویژهٔ شهربانی در اطراف حرم فاطمه معصومه و مدرسهٔ فیضیه حضور پیدا کردند.
خمینی، که لحظاتی پس از سخنرانی به مجلس وارد شده‌بود، متوجه افراد مشکوکی شد که از میان جمعیت سعی می‌کردند با فرستادن صلوات نظم مجلس را به هم بزنند؛ بنابراین یکی از روحانیون را احضار کرد و پیامی به او داد تا به مردم رسانده‌شود. در آن زمان صادق خلخالی به نمایندگی از خمینی به حاضران گفت: «چنانچه افرادی بخواهند اخلالگری کنند، حاج آقا روح‌الله به حرم مطهر خواهند رفت و در آنجا با مردم سخن خواهند گفت و مسائلی را که لازم بدانند به آگاهی مردم می‌رسانند.» این تهدید باعث بازگردانده شدن آرامش به مجلس و ادامهٔ برنامهٔ روضه و عزا شد.
عصر همان روز به دعوت  گلپایگانی، مجلسی در مدرسهٔ فیضیه برگزار شد. گروهی آشوب‌گر که عمدتاً از تهران آمده بودند و پیش از ظهر موفق به برهم زدن مجلس خمینی نشده‌بودند، در فیضیه حضور پیدا کردند و با همان شیوه موفق به ایجاد اغتشاش در مدرسه شدند. در اواسط سخنرانی، این عده وارد شدند و مردم و طلاب را مورد حمله قرار دادند. زد و خورد بین طلاب و مأمورین مخفی شاه شدت گرفت. طلاب با خراب کردن قسمتی از دیوار طبقهٔ دوم مدرسه و برداشتن آجرهای آن، به طرف مأمورین حمله بردند و موفق به عقب راندن آن‌ها شدند. در این هنگام، نیروهای مسلح و کماندوهای ارتش وارد درگیری شدند و گروه بسیاری از طلاب را زخمی و گلوله‌باران کردند و عده‌ای را نیز از پشت‌بام به زمین پرتاب کردند. گفته می‌شود مأمورین شاه برای تحریک بیشتر مردم و ایجاد فضای جنگی در مدرسه، شروع به هتاکی و توهین به مقدسات مذهب کردند. این درگیری‌ها تا ساعت هفت بعدازظهر ادامه داشت و در آن مأمورین شاه پس از وارد ساختن جراحت و قتل چند تن از روحانیون مدرسهٔ فیضیه، دست به خراب‌کاری در مدرسه زدند. آن‌ها لوازم شخصی طلاب، از کتاب‌ها گرفته تا لباس و اثاثیهٔ حجره‌ها، را به حیاط مدرسه ریختند و همه را آتش زدند.
آن‌طور که محمدتقی فلسفی در کتاب خاطرات خود می‌نویسد، کماندوهای حکومت در این حمله خشونت بسیاری از خود نشان دادند، به‌گونه‌ای که به طلاب بی‌دفاع با پنجه‌بوکس، میلهٔ آهنی، زنجیر و حتی شاخه‌های درختان فیضیه که شکسته بودند، حمله کرده و آن‌ها را مضروب و مجروح کردند. به گفتهٔ محمدتقی فلسفی، آن‌ها هم‌چنین عده‌ای را نیز از پشت‌بام فیضیه به رودخانه‌ای که از کنار آن می‌گذشت انداختند. بر اساس ادعای او، به دستور مستقیم سرهنگ مولوی، اجازهٔ رسیدگی به حال مجروحین در بیمارستان‌ها نیز داده نشد.
سپهبد مبصر، معاون رئیس شهربانی وقت، در خاطرات خود ضمن «کودکانه» و «نابخردانه» خواندن این اقدام، بیان می‌دارد که سربازان شرکت‌کننده در این مأموریت لباس‌های غیرنظامی پوشیده، اما فراموش کرده‌بودند کفش‌های خود را عوض کنند و همگی پوتین‌های خود را بر پا داشتند. به بیان او، آن‌ها پس از حمله به صف ایستادند و با سر دادن شعار «جاوید شاه»، ثابت کردند که یورش‌آورندگان به مدرسهٔ فیضیه سرباز و آن هم سرباز گارد شاهنشاهی بودند.