حسینعلی منتظری
قائم‌مقامی رهبری > استعفا یا برکناری

منتظری پس از بازداشت سید مهدی هاشمی، وی که مهدی هاشمی را بی‌گناه می‌دانست به نشانهٔ اعتراض درس‌های خود را تعطیل کرد. سید مهدی هاشمی که در افشای ماجرای مک فارلین نقش مهمی داشت به دلیل یک سری اتهامات مجرم شناخته شده و در سال ۱۳۶۶ اعدام شد. تلاش‌های منتظری برای نجات او — که برادر داماد او بود — بی‌ثمر ماند. اعتراض منتظری به قضیه اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) از دیگر کانون‌های اختلاف وی با خمینی بود.
خمینی در ششم فروردین در نامه‌ای به منتظری نوشت: «... صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید.» اما این نامه با اصرار مقامات آن روز از جمله هاشمی رفسنجانی، خامنه‌ای، مشکینی و امینی هرگز ارسال نشد. فردای آن روز عبدالله نوری نزد منتظری رفت و او را قانع کرد که استعفا نماید.
منتظری نوشت: «خود من از اول جداً مخالف بودم و با توجه به مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین اینجانب به مصلحت نبوده است و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحاً اعلام می‌کنم.» خمینی یک روز پس از درخواست استعفای منتظری با پذیرش این استعفا نوشت: «برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می‌کنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید؛ و از رفت‌وآمد مخالفان نظام، که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می‌زنند، جداً جلوگیری کنید… از پخش دروغهای رادیو بیگانه متأثر نباشید. مردم ما شما را خوب می‌شناسند و حیله‌های دشمن را هم خوب درک کرده‌اند.»
پس از بروز اختلافات و نیز به دلیل اعتراض آگاهانه و عامدانهٔ منتظری به اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) خمینی نوشت: «شما پس از این، وکیل من نمی‌باشید» منتظری نیز با نوشتن نامه‌ای خطاب به خمینی نسبت به اعدام‌های گسترده و شکنجه‌های جنسی در زندان‌های ایران اعتراض کرده بود. منتظری در قسمت‌هایی از این نامه می‌گوید:
آیا می‌دانید در زندان‌های جمهوری اسلامی به نام اسلام جنایاتی شده که هرگز نظیر آن در رژیم منحوس شاه، نشده است؟! آیا می‌دانید عده زیادی زیر شکنجه بازجوها مردند؟ آیا می‌دانید در زندان مشهد، در اثر نبودن پزشک و نرسیدن به زندانی‌های دختر جوان بعداً ناچار شدند حدود ۲۵ دختر را با اخراج تخمدان و رحم ناقص کنند؟! آیا می‌دانید در زندان شیراز دختری روزه دار را با جرمی مختصر بلافاصله پس از افطار اعدام کردند؟ آیا می‌دانید که در بعضی زندان‌های جمهوری اسلامی، دختران جوان را به زور، تصرف کردند؟ آیا می‌دانید هنگام بازجوئی دختران استعمال رکیک ناموسی رائج است؟ آیا می‌دانید چه بسیار زندانیانی که در اثر شکنجه‌های بی‌رویه کور یا کر یا فلج یا مبتلا به دردهای مزمن شده‌اند و کسی به داد آنان نمی‌رسد؟ آیا می‌دانید در جمهوری اسلامی بر خلاف آنچه در فقه خواندیم نه جان مسلمان محترم است و نه مال او و افراد شورای عالی قضایی از ترس یکدیگر یا ترس از تلفن‌های مقامات یا جوسازی‌های غلط بر این همه خلاف شرعی‌ها به وسیلهٔ سکوت صحّه می‌گذارند؟ آیا می‌دانید در داخل زندان‌ها جنایت می‌شود و شورای عالی قضایی که وظیفه دارد، یا نمی‌داند یا جرأت اقدام ندارد؟
منبع: نامه منتظری به خمینی پس از دستگیری سید مهدی هاشمی
پس از دو سال ادامه این روند با ارسال نامه‌ای از بیت رهبر در تاریخ ۱۳۶۸/۱/۶ به منتظری وارد مرحلهٔ تازه‌ای شد. خمینی در نامه عزل منتظری (که هرگز آن را ارسال نکرد) نوشت:
از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال‌ها و از کانال آن‌ها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری‌هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب به آن‌ها نمی‌دیدم؛ مثلاً در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید.
فردای آن روز (پس از آنکه خمینی را قانع کردند که نامه عزل را ارسال ننماید) در ۷ فروردین ۱۳۶۸ منتظری در نامه‌ای به خمینی از قائم‌مقامی رهبری استعفا کرد. منتظری خواسته بود که برای تدریس به حوزه علمیه برگردد و آرزو کرده بود در اداره امور کشور اگر «اشتباهات و ضعفهایی که لازمهٔ طبیعت انسان است» وجود داشته، با رهبری خمینی برطرف شود.
او نوشته بود:
از همه برادران و خواهران عزیز و علاقه‌مند تقاضا می‌کنم مبادا در مورد تصمیم مقام معظم رهبری و خبرگان محترم، به بهانهٔ حمایت از من، کاری انجام دهند یا کلمه‌ای بر زبان جاری نمایند؛ زیرا مقام معظم رهبری و خبرگان جز خیر و مصلحت اسلام و انقلاب را نمی‌خواهند.
پس از اینکه منتظری در این نامه انتخاب رهبری را به انتخاب مجلس خبرگان واگذار کرد، فردای آن روز ۸ فروردین، استعفای او در رسانه‌ها اعلام شد، و متن نامه‌ها منتشر گشت. در ۲۶ فروردین نیز خمینی در نامه‌ای به نمایندگان مجلس و وزرا به دلایل برکناری منتظری پرداخت.
به دنبال این مسئله بلافاصله ادامهٔ اقدامات به شکل تخریب دیوار و حصار اطراف بیت، محو و حذف نام و عکس‌های منتظری از کتب درسی، ادارات دولتی و معابر عمومی، تغییر نام خیابان‌ها و اماکنی که به نام منتظری نام‌گذاری شده بود و جمع‌آوری رساله و تألیفات او و مزاحمت نسبت به بسیاری از شاگردان و علاقه‌مندان او ادامه یافت. احمد خمینی با نوشتن «رنجنامه» و ری شهری با نوشتن «خاطرات سیاسی» به نقد وی پرداختند. مقالاتی در روزنامه‌ها، سخنرانی‌ها و بیانیه‌هایی در نقدش از طریق رادیو و تلویزیون و در مجالس و خطبه‌های نماز جمعه به‌طور مکرر صورت می‌گرفت.
با این حال او همچنان رسماً و با توجه به مصوبه مجلس خبرگان قائم مقام رهبری بود تا آنکه در نهایت، ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان رهبری به ریاست هاشمی رفسنجانی، پیش از انتخاب خامنه‌ای به رهبری، با قریب به اتفاق آرا استعفای وی را تأیید نمود.
منتظری بعدها در مصاحبه‌ای گفت «برخی آقایان با توجه به وخامت وضعیت جسمانی مرحوم امام به من گفتند شما مدتی صبر کنید و اعتراض نکنید تا رهبر شوید اما من در پاسخ گفتم یک عده به ناحق کشته شوند تا من رهبر شوم هیچ وقت نمی‌خواهم رهبر شوم.»