لوایح دوگانه
تصویب در مجلس

در هفته اول آبان ۱۳۸۱، کلیات لایحه «تغییر قانون انتخابات» در صحن علنی مجلس مطرح گردید که پس از اظهارات محسن آرمین، مجید انصاری و محسن میردامادی، نمایندگان تهران، اکبر اعلمی نماینده تبریز و قاسم معماری، نماینده اهر در موافقت و حمیدرضا حاجی‌بابایی نماینده همدان، حسن سبحانی نماینده دامغان، سیدمحمد ابوترابی‌فرد نماینده قزوین، موسی قربانی نماینده قائنات و محمدباقر ذاکری نماینده قوچان در مخالفت با لایحه و نیز نظر موافق مخبر کمیسیون امنیت ملی و نماینده دولت، به تصویب مجلس ششمی‌ها رسید. در ۱۹ آبان ۱۳۸۱ نیز، کلیات لایحه «تبیین اختیارات ریاست جمهوری» در صحن علنی مجلس به تصویب رسید. این در حالی بود که ایرادات فراوانی از سوی حقوقدانان مختلف با دیدگاه‌های سیاسی متفاوت بر این لایحه وارد شده بود. در جریان تصویب لایحه انتخابات در هفتم بهمن پیش از آنکه مجلس وارد بحث پیرامون لایحه بودجه سال ۱۳۸۲ شود، اولین بند لایحه تغییر قانون انتخابات، یعنی حذف نظارت استصوابی شورای نگهبان به بحث گذاشته و پس از سخنان مخالف و موافق، تصویب شد.
طبق این مصوبه، ماده ۳ قانون انتخابات مجلس مصوب سال ۱۳۷۸ که بیان می‌داشت: «نظارت بر انتخابات مجلس شورای اسلامی برعهده شورای نگهبان است و این نظارت، استصوابی، عام و در تمام مراحل و در تمامی امور مربوط به انتخابات، جاری است»، به این شرح تغییر یافت: «به موجب اصل ۹۹ قانون اساسی ایران، نظارت بر انتخابات مجلس شورای اسلامی بر اساس مفاد این قانون، بر عهده شورای نگهبان است.»
تغییر ماده ۳ قانون انتخابات، هدف اصلی لایحه دولت به‌شمار می‌آمد؛ چرا که حذف قید نظارت استصوابی از وظایف شورای نگهبان را محقق می‌ساخت. از این رو تغییر این بند، بسیار زودتر از پرداختن به سایر بندها صورت گرفت. سه هفته بعد، در آستانه انتخابات شوراها، کار بررسی لایحه تغییر قانون انتخابات مجلس ادامه یافت و به دنبال حذف نظارت استصوابی، شرط اعتقاد و التزام کاندیداهای مجلس به اسلام و ولایت‌فقیه حذف و صرف مسلمان بودن و ابراز وفاداری به قانون اساسی در فرم ثبت نام، جایگزین این شروط شد. نمایندگان مجلس در یکی دیگر از جلسات خود، با تغییر ۹ ماده از قانون انتخابات، ضمن کاهش نظارت شورای نگهبان بر انتخابات مجلس، نظارت رئیس‌جمهور بر این انتخابات را تصویب کردند! روز ۹ اسفند بود که مجلس ششم، بررسی لایحه تغییر قانون انتخابات را پی‌گرفت و با تصویب آخرین بندها، رسیدگی به این لایحه را به پایان رساند.
همزمان با پایان یافتن بررسی لایحه تغییر قانون انتخابات، اجلاس مجلس خبرگان رهبری برگزار شد. در افتتاحیه این اجلاس، مشکینی، رئیس مجلس خبرگان، با انتقاد از تخلف نمایندگان مجلس ششم از قانون اساسی تأکید کرد: «خبرگان رهبری از حوادث تلخ داخلی که به دست متصدیان قانون صورت می‌گیرد مانند حذف نظارت استصوابی شورای نگهبان، حذف التزام عملی به ولایت فقیه و اسلام در قانون انتخابات و تأیید صلاحیت برخی ناصالح‌ها (در انتخابات شوراها) که برخلاف نظر صریح امام (ره) می‌باشد، جداً ابراز تأسف می‌کند.»  مهدی کروبی، رئیس مجلس ششم نیز بعدها ارائه لوایح دوقلو را اشتباه بزرگ خاتمی خواند و گفت: اگر لوایح دوگانه تصویب (تأیید) می‌شد از بزرگ‌ترین اشتباهات این مجلس بود و باعث می‌شد که با بن‌بست برخورد کنیم بنابراین یکی از مشکلات مجلس ششم همان لوایحی بود که آقای خاتمی ارائه کرد. در آن گیرودار، لوایح دوقلو به مجلس رفت که وضع را به کلی به هم زد زیرا چیز جدیدی بود و حتی خودم نگاه کردم و دیدم که تذکراتی دربارهٔ دخالت در امور مجلس دارد. در جلسه ای که من، خاتمی و موسوی خوئینی‌ها بودیم، گفتم، من مخالف این لایحه هستم، توضیح دادم و گفتم نظارت و سؤال حق مجلس است و نمی‌توانید بگویید که از این حق خود استفاده نکند. آقای موسوی خوئینی‌ها هم حرف من را تأیید کرد. تحرک و حرکتی شد که هر چه جلوتر رفتیم شاهد تندتر شدن فضا بودیم بالاخره یک حرکاتی در داخل و خارج مجلس شروع شد که توپ را به زمین مجلس بیندازند. دربارهٔ لوایح دوگانه حتی من تذکراتی دادم و جلساتی با شورای نگهبان داشتیم ولی به نتیجه نرسید.