میکروسکوپ الکترونی
آماده‌سازی نمونه

موادی که در زیر میکروسکوپ الکترونی مشاهده می‌شوند ممکن است نیاز به پردازش داشته باشد تا یک نمونه مناسب داشته باشد. روش مورد نیاز بسته به نمونه و آنالیز مورد نیاز متفاوت است:
تثبیت شیمیایی - برای نمونه‌های بیولوژیکی، تثبیت ساختار ماکرومولکولی متحرک نمونه از طریق اتصال متقاطع شیمیایی پروتئین‌ها با آلدهیدها مانند فرمالدئید و گلوتارآلدئید، و لیپیدها با اسید تتروکسید انجام می‌شود.
لکه منفی - سوسپانسیون‌های حاوی نانوذرات یا مواد بیولوژیکی ریز (مانند ویروس‌ها و باکتری‌ها) به‌طور خلاصه با یک محلول رقیق شده از یک محلول الکترون مات مانند مولیبات آمونیوم، اورانیل استات (یا فرمت) یا اسید فسفوت مخلوط می‌شوند. این مخلوط به یک شبکه EM با روکش مناسب اعمال می‌شود، مخلوط می‌شود و سپس اجازه می‌دهد خشک شود. مشاهده این آماده‌سازی در TEM باید بدون تأخیر برای بهترین نتیجه انجام شود. این روش در میکروبیولوژی برای شناسایی مورفولوژیکی سریع اما خام بسیار مهم است، اما همچنین می‌تواند به عنوان پایه ای برای بازسازی سه بعدی با وضوح بالا با استفاده از روش توموگرافی EM هنگامی که از فیلم‌های کربنی برای پشتیبانی استفاده می‌شود، استفاده شود. از رنگ آمیزی منفی برای مشاهده نانوذرات نیز استفاده می‌شود.
Cryofixation - انجماد یک نمونه با سرعت زیاد، در اتان مایع که آب یخ زجاجیه (غیر کریستالی) تشکیل می‌دهد. این نمونه را در تصویر لحظه ای از حالت حل آن حفظ می‌کند. فیلد کاملی به نام میکروسکوپ کری الکترون از این تکنیک منشعب شده است. با توسعه میکروسکوپ کریو الکترون بخش‌های زجاجیه (CEMOVIS)، اکنون می‌توان نمونه‌هایی را از تقریباً هر نمونه بیولوژیکی نزدیک به حالت بومی خود مشاهده کرد.
کم‌آبی - یا جایگزینی آب با حلال‌های آلی مانند اتانول یا استون، و به دنبال آن خشک شدن نقطه بحرانی یا نفوذ با رزین‌های جاسازی شده. همچنین خشک کردن یخ.
جاسازی، نمونه‌های بیولوژیکی - پس از کم‌آبی، بافت برای مشاهده در میکروسکوپ الکترونی انتقال جاسازی شده است بنابراین می‌توان آن را برای مشاهده آماده کرد. برای این کار، بافت از طریق «حلال انتقال» مانند پروپیلن اکسید (اپوکسی پروپان) یا استون عبور داده می‌شود و سپس با یک رزین اپوکسی مانند آردالیت، اپون یا دورکپان نفوذ می‌کند. رزین آکریلیک قابل پخش پس از پلیمریزاسیون رزین (سخت شده) نمونه برش نازک (بخش‌های اولتراستین) و رنگ آمیزی می‌شود - سپس برای مشاهده آماده است.
جاسازی، مواد - پس از جاسازی در رزین، نمونه معمولاً با استفاده از ساینده‌های بسیار ریز، به صورت آینه مانند صیقل داده می‌شود. برای به حداقل رساندن خراش‌ها و سایر مصنوعات جلا دهنده که باعث کاهش کیفیت تصویر می‌شوند، باید فرایند پرداخت با دقت انجام شود.
سایه‌های فلزی - فلز (به عنوان مثال پلاتین) از یک الکترود سربار تبخیر می‌شود و با زاویه ای روی سطح یک نمونه بیولوژیکی اعمال می‌شود. توپوگرافی سطح منجر به تغییر در ضخامت فلز می‌شود که در تصویر میکروسکوپ الکترونی تغییراتی در میزان روشنایی و کنتراست مشاهده می‌شود.
تکثیر - سطحی سایه دار با فلز (به عنوان مثال پلاتین، یا مخلوطی از کربن و پلاتین) در یک زاویه با کربن خالص تبخیر شده از الکترودهای کربن در زاویه‌های راست به سطح پوشیده شده است. این امر با حذف مواد نمونه (به عنوان مثال در حمام اسیدی، با استفاده از آنزیمها یا جداسازی مکانیکی) به منظور تولید یک ماکت سطحی انجام می‌شود که زیرساخت سطح را ثبت می‌کند و با استفاده از میکروسکوپ الکترونی عبوری قابل بررسی است.
بخش‌بندی - برش‌های نازکی از نمونه، نیمه منتقل به الکترون‌ها تولید می‌کند. اینها را می‌توان با استفاده از یک لیوان یا چاقوی الماس بر روی یک اولترامایکروتوم برش داد تا بخشهایی فوق‌العاده نازک به ضخامت ۶۰–۹۰ نانومتر تولید کند. از چاقوهای شیشه یکبار مصرف نیز استفاده می‌شود زیرا می‌توان آنها را در آزمایشگاه ساخت و بسیار ارزان‌تر هستند.
رنگ آمیزی - از فلزات سنگین مانند سرب، اورانیوم یا تنگستن برای پراکندگی الکترون‌های تصویربرداری استفاده می‌کند و در نتیجه بین ساختارهای مختلف تضاد ایجاد می‌کند، زیرا بسیاری از مواد (بویژه بیولوژیکی) برای الکترون‌ها (اشیاء فاز ضعیف) تقریباً "شفاف" هستند. در زیست‌شناسی، نمونه‌ها می‌توانند قبل از جاسازی و همچنین بعداً بعد از برش، "en bloc" رنگ آمیزی شوند. به‌طور معمول بخش‌های نازک برای چند دقیقه با محلول آبی یا الکلی اورانیل استات و به دنبال آن سیترات سرب آبی آغشته می‌شوند.
شکستگی یخ یا یخ زدگی - یک روش آماده‌سازی به خصوص برای بررسی غشاهای لیپیدی و پروتئین‌های گنجانیده شده آنها در نمای "در چهره" مفید است. بافت تازه یا سیستم تعلیق سلولی به سرعت منجمد می‌شود (Cryofixation)، سپس با شکستن یا با استفاده از میکروتوم در حالی که در دمای نیتروژن مایع نگهداری می‌شود، شکسته می‌شود. سطح شکستگی سرد (گاهی اوقات با افزایش دما تا حدود ۱۰۰ درجه سانتیگراد برای چند دقیقه اجازه می‌دهد تا مقداری یخ بزرگ شود) با تبخیر پلاتین یا طلا با زاویه متوسط ۴۵ درجه در یک تبخیرکننده خلأ بالا سایه داده می‌شود. پوشش دوم کربن، عمود بر سطح عمودی تبخیر شده برای بهبود پایداری پوشش ماکت انجام می‌شود. نمونه به دمای اتاق و فشار برگردانده می‌شود، سپس ماکت فلزی بسیار شکننده "پیش سایه" سطح شکستگی با هضم دقیق شیمیایی با اسیدها، محلول هیپوکلریت یا مواد شوینده SDS از مواد بیولوژیکی زیرزمین آزاد می‌شود. ماکت هنوز شناور کاملاً از مواد شیمیایی باقیمانده شسته می‌شود، با دقت روی شبکه‌های ریز ماهیگیری می‌شود، خشک شده و سپس در TEM مشاهده می‌شود.
برچسب زدن immunogold ماکت شکستگی یخ (FRIL) - روش یخبندان شکستگی اصلاح شده است تا امکان شناسایی اجزای صورت شکستگی با برچسب زدن ایمونوگلد فراهم شود. به جای از بین بردن تمام بافت‌های زیرین ماکت ذوب شده به عنوان آخرین مرحله قبل از مشاهده در میکروسکوپ، ضخامت بافت در طی یا بعد از فرایند شکستگی به حداقل می‌رسد. لایه نازک بافت به ماکت فلز محدود می‌شود، بنابراین می‌توان با استفاده از آنتی‌بادی‌ها به ساختارهای مورد نظر، ایمونوگلد شد. لایه نازک نمونه اصلی روی ماکت با طلای ضمیمه، امکان شناسایی سازه‌ها در صفحه شکستگی را فراهم می‌کند. روشهای مرتبط نیز وجود دارد که سطح سلولهای اچ شده و سایر تغییرات برچسب زدن ماکت را نشان می‌دهد.
فرز پرتوی یون - نمونه‌هایی از نازک شدن آنها تا زمانی که با شلیک یون‌ها (به‌طور معمول آرگون) در سطح از یک زاویه و مواد پاشیده شده از سطح، در برابر الکترون‌ها شفاف نباشند. یک زیر مجموعه از این تراشکاری پرتوهای یون متمرکز است، که در آن از یونهای گالیم برای تولید یک غشای الکترونی شفاف در یک منطقه خاص از نمونه استفاده می‌شود، به عنوان مثال از طریق دستگاهی در یک ریزپردازنده. تراشکاری پرتوهای یون نیز ممکن است قبل از آنالیز SEM از مواد که تهیه آن با استفاده از پولیش مکانیکی دشوار است، برای پرداخت سطح مقطع استفاده شود.
پوشش رسانا - یک پوشش اولتراتین از مواد رسانا الکتریکی، که توسط تبخیر خلاء زیاد یا با روکش خلاء کم نمونه، تهویه می‌شود. این کار برای جلوگیری از تجمع میدان‌های الکتریکی ساکن در نمونه به دلیل تابش الکترون مورد نیاز در هنگام تصویربرداری انجام می‌شود. مواد پوشش شامل طلا، طلا / پالادیوم، پلاتین، تنگستن، گرافیت و غیره است.
خاکستری - برای جلوگیری از تجمع بار الکتریکی بر روی یک نمونه با روکش رسانا، معمولاً به‌صورت الکتریکی به نگهدارنده نمونه فلزی متصل می‌شود. غالباً برای این منظور از چسب رسانا برقی استفاده می‌شود.