محمدشاه
درگذشت

حال جسمانی شاه که از نقرس رنج می‌برد، در سال‌های پایانی حکومتش رفته‌رفته وخیم‌تر شد. این وضعیت جایگاه آقاسی را متزلزل و او را نگران از آینده ساخت. صدر اعظم در پی آن برآمد تا الله‌قلی‌خان ایلخانی، ناپسری خود — که نوه فتحعلی‌شاه و پسر عزت النسا، همسر آقاسی بود — را به عنوان ولیعهد جدید معرفی کند. بنا به عباس امانت، اگرچه هدف نهایی آقاسی این بود که فردی نزدیک به خود را در صورت مرگ شاه بر تخت سلطنت بنشاند، اما هدف کوتاه‌مدت او گمراه کردن رقبای درباری‌اش بود. محمدقلی‌خان و پدرش آصف‌الدوله که در خراسان بودند، به این امید که الله‌قلی‌خان پس از به قدرت رسیدن سایر سران ایل قاجار، از جمله منوچهرخان معتمدالدوله را سرکوب خواهد کرد، از ادعای او حمایت کردند. خواسته نهایی آن‌ها این بود که پس از آن به بهانه سرکوب شورش الله‌قلی‌خان، به او و پشتیبانش، آقاسی حمله کنند و آنها را از بین ببرند و دست نشانده خودشان، بهمن میرزا را به تخت سلطنت بنشانند.
سنگ قبر محمدشاه
در چوبی مقبره شاه
منابع قاجاری می‌گویند که به دلیل تحریکات شریران و تملق چاپلوسان، الله‌قلی‌خان سر از بندگی پیچید و علناً اعلام کرد که «به عنوان نواده حسینقلی‌خان جهانسوز، من وارث بر حق پادشاهی‌ام.» دشمنان آقاسی گزارش‌های پرآب‌وتابی در این باره به دست شاه رساندند. اما به دلیل ارتباط الله‌قلی‌خان و آقاسی، محمدشاه واکنش ملایمی نشان داد و صدر اعظم او را قانع کرد که به بیرون کردن مدعی از پایتخت قناعت کند. آقاسی همچنین محمدشاه را راضی کرد تا الله‌قلی‌خان را به حکومت بروجرد منصوب کند. اندکی بعد، در سال ۱۸۴۵ میلادی، بیماری شاه رو به وخامت گذاشت و تردیدها دربارهٔ زنده ماندن محمدشاه، آقاسی را از مهم‌ترین پشتیبانش محروم ساخت. او برای مقابله با مخالفانش، الله‌قلی‌خان را شتابزده به تهران فراخواند. الله‌قلی‌خان ۵۰۰ تفنگچی برای خود دست و پا کرد و منتظر رسیدن خبر درگذشت شاه، در عمارت تازه‌ساز بهارستان ساکن شد. بهبود حال موقتی شاه تا حدودی خیال آقاسی را راحت کرد. صدر اعظم موفق شد با مهارت تمام از الله‌قلی‌خان دفاع کرده و «مجرمان اصلی» را مقصر حضور او در تهران نشان دهد. او محمدشاه را قانع کرد که دست به یک پاکسازی سیاسی بزند و مخالفان خود را به تبعید بفرستد و همچنین حکومت بروجرد را برای الله‌قلی‌خان بازستاند. الله‌قلی‌خان جهت اثبات وفاداری خود به پادشاه، محمدقلی‌خان و آصف‌الدوله را متهم کرد که نقشه برکناری محمدشاه از قدرت را در سر داشتند. آن دو از خراسان فراخوانده شده و به عتبات تبعید شدند که این حکم باعث بروز شورشی در سال ۱۸۴۷ میلادی در خراسان شد. محمدحسن‌خان سالار که پسر آصف‌الدوله بود این شورش را رهبری می‌کرد اما در نهایت امیرکبیر او را به سال ۱۸۵۰ میلادی سرکوب کرد.
وضعیت برای الله‌قلی‌خان ایلخانی و البته آقاسی زمانی پیچیده شد که محمودخان صبا از بروجرد به‌طور مخفیانه خبر آورد که الله‌قلی‌خان درحال برنامه‌ریزی است تا با یاری رهبران قبایل، به تهران شبیخون بزند و شاه را به قتل برساند. جدا از اینکه آیا در این خبر حقیقتی وجود داشت یا نه، چاره‌ای جز پیشنهاد تبعید الله‌قلی‌خان به عتبات برای آقاسی باقی نماند. این مسئله برای صدر اعظم یک آبروریزی به حساب می‌آمد و البته او یک مدعی سودمند را نیز از دست داد.
در تابستان سال ۱۸۴۸ میلادی محمدشاه به دلیل نقرس و ایرزیپلاس درگذشت. شایعاتی که دربارهٔ مرگ او پیچید و در نهایت تأیید هم شد، ناامنی‌هایی در سطح کشور به وجود آورد. شاه در قصر محمدیه در نزدیکی تهران درگذشت و در حرم فاطمه معصومه در قم دفن شد. پس از مرگ محمدشاه، عناصر مخالف آقاسی در دولت و دربار، با حمایت ملک‌جهان خانم مهدعلیا، مادر ناصرالدین میرزا ولیعهد محمدشاه، به سرعت او را از صدارت برکنار کردند. دیری نگذشت که آقاسی با اتهام تلاش برای به قدرت رساندن عباس‌میرزا ملک‌آرا، از پسران محمدشاه، روبرو شد. این مسئله، البته اگر واقعیت داشته باشد، آخرین تلاش صدر اعظم سابق برای حفظ جایگاه خود بود. زمانی که به نیروهای او در خیابان‌های پایتخت حمله‌ور شدند، آقاسی در حرم عبدالعظیم حسنی بست‌نشینی اختیار کرد اما دست آخر توانست با یاری سفرای روسیه و انگلیس به کربلا پناهنده شود. نوشته‌اند در زمان عزل هیچ ملک و مالی نداشت و تنها با «یک عبا» راهی عراق شد. او یک سال بعد همان‌جا درگذشت. تا زمان ورود ناصرالدین‌میرزا و وزیرش میرزاتقی‌خان امیرکبیر از تبریز به تهران، مهدعلیا حکومت را در تهران به دست گرفت و به شیوه‌ای که آن را طریقه جمهوریه خوانده‌اند حکومت کرد.