تاریخ گیلان در دوره صفویه
فتح گیلان توسط شاه عباس

شاه بعدی عباس یکم که مصمم به تشکیل یک دولت مرکزی قوی برای همه ایران بود منتظر فرصت مناسب برای مقهور کردن خان احمد مستقل اندیش بود که با خواهر شاه ازدواج کرده بود. وقتی خان احمد از تسلیم کردن امرای خائن قزلباش که در گیلان به او پناه آورده بودند سرباز زد و در عوض ۱۵۰ تومان پول نقد فرستاد که خشم شاه عباس را برانگیخت فرصت مناسب فراهم آمد. مشغولیت قبلی شاه عباس با عثمانی و ازبکان در آن زمان موقتاً او را از برکنار کردن خان احمد بازداشت. عثمانی‌ها که آذربایجان و بخش بزرگی از ساحل غربی دریای خزر را در کنترل داشتند، ناوگان بزرگی در آنجا سازمان داده بودند که بهشان امکان برقراری یک خط ارتباطی مستقیم با خان احمد و حاکم ازبک بخارا را که به اشغال خراسان تشویقش می‌کردند، می‌داد. خان احمد هنگام رد پیشنهاد شاه عباس برای یک اتحاد جدید مبتنی بر ازدواج نمی‌توانسته بی‌خبر از حضور عثمانی در آن نزدیکی بوده باشد. پس از این که سلطان عثمانی که با جنگی با هابسبورگها مواجه بود پیمان صلحی با شاه عباس منعقد کرد (خان احمد از شاه بابت این پیمان در نامه‌ای که به او فرستاد انتقاد کرد) این وضعیت پایدار نماند ولی آذربایجان همچنان در دست عثمانیان بود و ازبکان به خراسان یورش می‌بردند. در ۹۹۹ شاه عباس پیشنهاد جدیدی برای اتحاد مبتنی بر ازدواج با خواستگاری از دختر جوان او برای پسرش صفی میرزا ارائه کرد که خان احمد ردش کرد. در سال بعد، وقتی شاه عباس فهمید خان احمد وزیرش را برای سازماندهی یک حمله مشترک هم‌زمان علیه خود به دربار عثمانی فرستاده تصمیم گرفت کار بنده سابقش را یک بار و برای همیشه یکسره کند. خان احمد در نومیدی، از تزار روسیه تقاضای حفاظت کرد، ولی پاسخ تزار نتوانست به موقع برسد و فرهاد خان قهرمانلو فرمانده سپاه آذربایجان دستور یافت گیلان را فتح کند. فرهاد خان از راه گسکر و آستارا وارد گیلان شد و به پشتیبانی قوای گسکر و بیه پس در ۵ شوال ۱۰۰۰/ ۱۵ ژوئیه ۱۵۹۲ قوای خان احمد را تار و مار کرد. سپاه صفوی در نمایش عادی بی رحمی اش زیاده روی کرد. بنا به روایت شاهد عینی اروج بیگ بیات حدود ۱۰۰۰۰ نفر که نصف آن‌ها زنان و کودکان بودند در یک شهر قتل‌عام شدند و همسر حاکم شهر زنده زنده سوزانده شد.
شاه عباس سعی کرد با اعضای عفو و حکومت بیه پیش به خان احمد، او را در ایران نگه دارد ولی او که آشکارا رفتار شاه عباس را با امیران خائن که به او روی آورده بودند به یاد می‌آورد با محمد امین به شیروان و از آنجا به امید استفاده از دربار عثمانی برای بازپس‌گیری قلمرو اش به استانبول گریخت. او آنجا در تبعید در ۱۰۰۵ درگذشت. چند روز بعد، شاه عباس وارد لاهیجان شد و کاخ خان احمد را کاملاً تخریب کرد، عفو عمومی اعلام کرد و مهدیقلی خان شاملو و علی بیگ سلطان را به عنوان فرمانداران بیه پیش و بیه پس منصوب کرد. خواجه مسیح وزیر سابق خان احمد که به دربار گریخته بود و بنا به گفته فومنی، آمر اصلی اشغال گیلان بود، با عنوان ریش سفید بیه پیش پاداش داده شد. او آداب و رسوم بی‌سابقه (امور-امبداعه:یعنی محروم کردن دختران از حق ارثشان) و همچنین مالیات‌های مرسوم و ناعادلانه مثل مالیات بر ازدواج و مرگ را که به‌طور سنتی از سوی حکام محلی جمع‌آوری می‌شد را منع کرد. (این مالیات‌ها باید پس از برکناری میرزا علی که آن‌ها را پس از به قدرت رسیدن لغو کرده بود دوباره برقرار شده بوده باشند).
یک سال بعد، شاه عباس مهدیقلی خان را پس از شنیدن شکایت از حکومتداری او برکنار کرد و دستور داد هر مالیات غیرعادلانه اعمال شده توسط خان احمد یا کسان پس از او لغو شود. نهایتاً در ۱۰۰۸ گیلان در سرزمین‌های خاصه که توسط وزیران اداره می‌شدند گنجانیده شد.
مقالهٔ اصلی: قیام غریب‌شاه گیلانی
پایان این سلسله محلی موجب نشد مردم محلی مستقل-اندیش آن که اینک دیگر با خواسته‌های روزافزون مسؤولین غیربومی فرستاده شده از دولت مرکزی مواجه بودند به‌طور کامل فرمانبردار شوند. اقدامات نمایشی گاه‌وبیگاه شاه عباس برای کاهش فشار مالیات و التیام اشتباهات چندان موفق نمی‌شد قلب مردم گیلان را به دست بیاورد. قیام‌های مردمی به فاصله چند سال پس از فتح گیلان دوباره ظهور کردند و با وحشیگری معمول قزلباشان سرکوب شدند. قیام حمزه خان تالشی در قلعه شیندان در ۱۰۰۲، با قیام علی بیگ فومنی، فرماندار بیه پس و طالشه کولی در همان سال پی گرفته شد. در یک رخداد شاه عباس دستور قتل‌عام تمامی جمعیت لشت نشا را داد و در مورد دیگر او برای کشتن یکسره زنان و مردان دهات شورشی جلاد اعزام کرد. خطرناکترین شورش در ۱۰۳۸ در لشت نشا کوتاه مدتی پس از مرگ شاه عباس در همان سال رخ داد. با حکمرانی ظالمانه اصلان خان، وزیر گیلان مردم صبر از کف دادند و پیرامون یک کالنجار سلطان که از کوه‌ها ظهور کرده و مدعی پسر امیره جمشید خان فقید بیه پس بود جمع شدند. سپاه بزرگی (ده هزار نفر به گفته فومنی) از اجامره از او پیروی کرده او را به عنوان عادل شاه و غریبشاه، شاه اعلام کردند. خانه‌ها، مغازه‌ها، کاروانسراها، بازارها و اقامتگاه کلانتر لاهیجان و دفاتر دولتی غارت و تخریب شدند. عادلشاه نهایتاً از ساروخان تالش حاکم آستارا که از تالش پیشروی کرد و لشت نشا را ویران کرد شکست خود. او به هنگام ترک، دختران و زنانی را که سپاهش اسیر کرده بود با خود برد. عادلشاه دستگیر و به دربار فرستاده شد و آنجا اعدام شد.