شبح تسوشیما
داستان

داستان بازی به واقعه تاریخی ۱۲۷۴ میلادی و حمله مغول به ژاپن برمی گردد جایی که مغول‌ها به فرماندهی کوتان خان از نوادگان چنگیز خان به جزیره‌ای در ژاپن با نام تسوشیما حمله می‌کنند. مغول‌ها با حمله به خانواده‌های ژاپنی آن‌ها را به اسارت گرفته و بسیاری از آن‌ها را به کشتند. در این بین تنها بازمانده سامورایی‌ها جین ساکای می‌باشد که در ابتدا برای جان عموی خود «شیمورا» که یک جیتو بوده و نقش بزرگی در سامورایی شدن وی داشته است به قلعه کوتان خان حمله می‌کند اما به تنهایی از پس وی و ارتش عظیمش بر نمی‌آید. به همین منظور ساکای به سراغ دوستان و آشنایان خود می‌رود تا بتواند با ایجاد یک ارتش به مغول‌ها حمله کند. ساکای در ابتدا پیش یونا دوست قدیمی خود که یک اونا-بوگیشا می‌باشد می‌رود یونا که مدتی است راهزنی می‌کند به جین می‌گوید که برادرش تاکا که یک آهنگر است توسط سربازان مغولی به اسارت گرفته شده است. جین و یونا با همکاری هم موفق به نجات تاکا می‌شوند. جین به سراغ دوست قدیمی و هم بازی دوران کودکی اش 'ریزو' می‌رود. ریزو و گروه رونیناش مدت هاست که به دلیل کمبود آب و غذا توانایی زندگی را به سختی دارند. جین با همکاری آنها تلاش می‌کند با حمله به کشتی مغول‌ها آب و غذا برای گروه ریزو تهیه کند اما آنها دیر به کشتی می‌رسند و تمامی غذاها به مقر فرماندهی مغول‌ها فرستاده می‌شود. این عامل باعث عدم همکاری رونینها با جین برای نجات شیمورا می‌شود. جین با همکاری تاکا و یونا موفق می‌شود به محل زندانی شدن شیمورا برود و وی را آزاد کند اما با خیانت ریزو که از سر ناچار بودن و بی آب و غذا بودن گروهش، مجبور به لو دادن نقشه جین ساکای به مغول‌ها شد کوتان خان مقر فرماندهی خود را پس می‌گیرد.
پس از آزادی شیمورا، جین و شیمورا ارتشی شامل مردم عادی و سربازان را آموزش می‌دهند تا به مقر فرماندهی کوتان خان حمله کنند و خاک تسوشیما را پس بگیرند. در همین حین جین ملاقاتی با یوریکو داشت. یوریکو پیرزنی بود که در زمان بچگی جین به پدر وی خدمت می‌کرد. در این ملاقات یوریکو از گیاهان تیر زهردار و کشنده ای می‌سازد و آن را به جین می‌دهد تا در مبارزه با مغول‌ها از آن بتواند استفاده کند. پس از دادن این گیاهان یوریکو به علت کهولت سن می‌میرد. جین به مقر شیمورا برمیگردد تا از نقشه شیمورا برای حمله با خبر شود. شیمورا به جین می‌گوید که به تنهایی و به صورت مخفیانه به مقر فرماندهی کوتان خان برود و بررسی‌های اولیه برای جنگ را انجام دهد. جین قصد دارد به تنهایی برود اما تاکا بدون آنکه به جین بگوید به تعقیب وی می‌پردازد و در نزدیکی مقر به وی می‌پیوندد تا در این بررسی به کمک جین بپردازد اما مکان مخفیانه تاکا و جین لو می‌رود و مغول‌ها آنها را به اسارت می‌گیرند.
کوتان خان از جین درخواست می‌کند تا با توجه به وجهه ای که بین مردم تسوشیما دارد پیمان صلح با کوتان خان بسته و از مردم تسوشیما بخواهد که برای مغول‌ها تسلیم شده و به زانو در بیایند. اما جین مخالفت می‌کند همین مخالفت جین باعث می‌شود کوتان خان سر تاکا را با شمشیر قطع کند و اعلام می‌کند در صورت عدم تسلیم شدن نزدیکان بیشتری از جین به سرنوشت تاکا دچار می‌شوند. پس از چند ساعت یونا به کمک جین و تاکا می‌آید اما متوجه مرگ برادرش می‌شود. جین به وی قول می‌دهد تا انتقام برادرش و همه افراد کشته شده در تسوشیما را از کوتان خان می‌گیرد. جین به همراه یونا به مقر تسوشیما برمیگردد و می‌بیند ارتش شیمورا آماده برای حمله به مقر کوتان خان می‌باشد. حمله به سمت مقر مغولان انجام می‌شود در ابتدای جنگ افراد آموزش دیده شیمورا چند تن از مغولان را می‌کشند اما هنگامی که نزدیکی مقر اصلی می‌رسند باید از یک پل بگذرند. کوتان خان به خراب کردن آن پل عده ای از سربازان شیمورا را کشته و راه عبور برای رسیدن افراد شیمورا به مقر اصلی را می‌بندد. جین به شیمورا می‌گوید که می‌توان با استفاده از زهری که از یوریکو گرفت به سمت مغولان حمله کرد و آنها را کشت اما شیمورا تصمیم بر این داشت که مبارزه باید به صورت تن به تن باشد در غیر این صورت مبارزه را نابرابر دانست. جین بدون آنکه به شیمورا چیزی بگوید به همراه یونا شبانه به مقر کوتان خان رفته و در غذای سربازان مغولی زهر می‌ریزد و تا سحرگاه تمامی سربازان مغول با خوردن زهر می‌میرند. جین به تنهایی به سمت مقر اصلی کوتان خان می‌رود اما می‌بیند کوتان خان در این فاصله از مقر فرار کرده و به شمال رفته است و ریزو در مقر وی حضور دارد. در نبردی تن به تن جین ریزو را می‌کشد. در همین لحظه شیمورا به همراه سربازانش به مقر فرماندهی می‌رسند و با سربازان مرده مغولی همراه می‌شود. شیمورا این عمل این را نادرست و به دور از رفتار سامورایی می‌داند که جین در پاسخ به شیمورا می‌گوید که وی دیگر سامورایی نبوده و 'شبح' است. این گفته باعث می‌شود شیمورا از جین عصبانی شده و دستور می‌دهد وی را به اسارت بگیرند.
در زمان اسارت جین، یونا محل تقریبی کوتان خان را پیدا می کندو به جین خبر می‌دهد. جین از زندان فرار کرده و قصد دارد تا به سمت محل کوتان خان برود اما متوجه می‌شود کوتان خان چگونگی درست کردن زهر از گیاهان را که یوریکو به وی یاد داده بود را یادگرفته است و می‌تواند علیه جین استفاده کند. بدین منظور جین نامه ای را برای شیمورا می‌نویسد و با توجه به اینکه ترد شده از سامورایی‌ها می‌باشد به صورت مخفیانه آن را به محل استراحت شیمورا می‌برد. شیمورا با خواندن نامه از محل کوتان خان و زمان تقریبی حمله جین و دوستانش آگاه می‌شود. حمله به سمت مقر کوتان خان انجام شده و نبردی بین مردم تسوشیما و مغول‌ها رخ می‌دهد و جین در دو مبارزه موفق به شکست و کشتن کوتان خان می‌شود. پس اتمام نبرد. شیمورا به جین می‌گوید که طبق سنت دیرین ژاپن جین هیچگاه نمی‌تواند سامورایی باشد و کسی که از سامورایی‌ها ترد می‌شود سزایش مرگ می‌باشد. شیمورا با جین مبارزه تن به تنی را انجام می‌دهد که در این مبارزه جین موفق به شکست شیمورا می‌شود. طبق سنت سامورایی‌ها پس از شکست شیمورا وی باید کشته شود. کاربر در این لحظه حق انتخاب جهت پیروی از قوانین سامورایی و کشتن شیمورا یا پیروی از روش 'شبح' و زنده نگه داشتن وی را دارد.
در صحنه پایانی اعلام می‌شود که با وجود مرگ کوتان خان داستان بازی ادامه داشته و جین باید به تمامی مناطق تسوشیما برود تا به‌طور کامل جزیره را از وجود تمامی مغول‌ها پاکسازی کند.