ریچارد داوکینز
منتقدان داوکینز

بسیاری از منتقدان داوکینز، در نظر گرفتن ژن به عنوان واحد انتخاب را گمراه‌کننده دانسته‌اند و نظر داده‌اند که در واقع ژن واحد انتخاب نیست، بلکه واحد فرگشت است. انتقاد دیگر این است که ژن به تنهایی توان بقا ندارد و به منظور ساختن یک موجود زنده، مجبور است با دیگر ژن‌ها همکاری نماید و به همین دلیل نمی‌توان یک ژن را یک واحد مستقل در نظر گرفت. داوکینز در کتاب فنوتیپ گسترش یافته ابراز می‌کند که از دیدگاه یک ژن، به‌واسطه بازترکیبی ژنتیک و تولید مثل جنسی، تمامی ژن‌های دیگر بخشی از محیط زیستی هستند که آن ژن در آن سازگار شده‌است.
داوکینز و استفن جی گولد (دیرین‌شناس اهل ایالات متحده آمریکا) اختلاف نظر زیادی در مورد مکانیسم‌ها و عوامل اثرگذار در فرگشت داشتند. با این وجود رفتار آن‌ها نسبت به یکدیگر ستیزه‌جویانه نبود و داوکینز بخش عمده‌ای از کتابش بنام «یک موبد شیطان» (سال ۲۰۰۳) را پس از مرگ گولد به او که در سال ۲۰۰۲ از دنیا رفته بود تقدیم کرد.
استفان جی گولد نسبت به موضوع «ژن به عنوان واحد انتخاب طبیعی» انتقاداتی دارد. گولد استدلال می‌کند که ژن‌ها به‌طور مستقیم در انتخاب طبیعی به چشم نمی‌آیند. در واقع واحد انتخاب طبیعی فنوتیپ است تا ژنوتیپ. برای اینکه این فنوتیپ است که با محیط به عنوان واسطه انتخاب طبیعی به برهمکنش می‌پردازد. کیم استرنلی دیدگاه گولد را این‌گونه خلاصه می‌کند: «تفاوت‌های ژنی، باعث تغییرات تکاملی در گروه‌ها نمی‌شود، بلکه فقط این تغییرات را به ثبت می‌رساند.». این دیدگاه مطابق با نظر دیگر دیرینه‌شناس مشهور نیلز الدرج نیز هست.
پاتریک بیتسون در این خصوص می‌نویسد، اصرار بر اینکه ژن‌ها واحد تشکیل دهنده انتخاب طبیعی هستند مانند این است که بگوییم، علت خرید ماشین‌ها توسط مردم فشارهای هیدرولیکی و دیگر اجزای تشکیل دهنده ماشین‌ها هستند (که آن را به حرکت درمی‌آورند)
به دنبال وارد شدن داوکینز به حوزه فلسفه و الهیات، گروهی از متفکران به او انتقادهایی را وارد نمودند. در میان این افراد، الهی دانان مسیحی، فیلسوفان، و بعضاً برخی از خدا ناباوران و شک گرایان دیده می‌شوند.
الوین پلانتینگا، در مقاله‌ای در نقد کتاب پندار خدا با تأیید این امر که داوکینز یک نویسنده با استعداد در زمینه‌های علمی است می‌نویسد: «با وجود اینکه این کتاب [پندار خدا] در اصل فلسفی است، داوکینز فیلسوف نیست. او یک زیست‌شناس است… واقعیت این است که بسیاری از استدلال‌های او در کلاس درس فلسفه نمره قبولی نمی‌گیرند.»
آلیستر مکگرات الهی دان آکسفورد، در مقابل موضع‌گیری داوکینز که از علوم طبیعی به نتیجه‌ای فلسفی (مبنی بر عدم وجود خدا) رسیده‌است، گفتاری از دیگر دانشمندان می‌آورد که علم محدود است و از فلسفه و الهیات جداست:
--زیست‌شناس شک گرا، استفان جی گولد:
علم با ابزارهای قانونی خود قادر نیست در مورد موضوع سرپرستی احتمالی خدا بر طبیعت قضاوت کند. ما نه آن را تأیید و نه آن را رد می‌کنیم؛ بلکه به عنوان دانشمند از نظر دادن در مورد آن خود داری می‌کنیم.
--پیتر مداوار برنده جایزه نوبل در فیزیولوژی پزشکی:
اینکه برای دانش مرزی هست، به دلیل وجود پرسشهایی که نمی‌تواند به آن پاسخ دهد بسیار محتمل شده‌است و هیچ پیشرفتی در علم نخواهد توانست علم را قادر به پاسخگویی آن‌ها کند.
--مارتین ریس اختر فیزیکدان و رئیس سابق انجمن سلطنتی بریتانیا:
معمای بزرگ این است که چرا اصلاً چیزی وجود دارد. چه چیزی زندگی را به معادلات فیزیک می‌افزاید و آن‌ها را در یک گیتی واقعی فعال می‌کند. این پرسشها در ماورای علم هستند و در محدوده فیلسوفان و دین شناسان قرار می‌گیرند.
عبدالکریم سروش در دانشگاه استنفورد به نقد دیدگاه داوکینز پرداخت و طرح پرسش هایدگر که «چرا موجودات به جای آنکه نباشند، هستند ؟»، پاسخ این پرسش را فلسفی و نه علمی دانست. سروش در این ادامه با بحث در باب مفهوم زمانمندی و علیت به اثبات خدا پرداخته و سپس با صحبت در باب مبنای اخلاقی بودن، نکاتی در معقولیت خداباوری بیان می‌کند. او نتیجه می‌گیرد عموم کسانی که دستی در فلسفه و کلام دارند استدلال‌های داوکینز را بسیار سخیف و ضعیف برشمرده‌اند.
احمد الحسن یمانی یکی از علمای شیعه است که به نقد داوکینز پرداخته‌است. او کتابی تحت عنوان توهم خداناباوری در جواب به توهم خدای داوکینز نگاشته‌است. نکته مهم این است که احمد الحسن برخلاف دیگر علمای شیعه به فرگشت معتقد است.
در سال ۲۰۰۴ کتابی به چاپ رسید با عنوان پندار داوکینز. در این کتاب نویسنده، آلیستر مکگرات، نکاتی را در مقابل استنتاج‌های ضّد دینی داوکینز بیان می‌کند. از جمله می‌نویسد که نظریه فرگشت لزوماً موید هیچ مرام و مسلکی نیست، چه الحاد و چه ایمان. وی تأکید می‌کند که موافقت با داروین لزوماً به خداناباوری نمی‌انجامد. مایکل شرمر، پایه‌گذار جامعه شکاکان -که داوکینز نیز عضو آن است- با ذکر این مطلب که این کتاب اثباتی برای وجود خدا نمی‌آورد می‌نویسد: دفاع [مکگرات] از ایمان دینی یک دفاع جانانه و محترمانه‌است و او نشان می‌دهد که برخی از ارزیابی‌های داوکینز در مورد مذهب قطعاً بیش از اندازه ساده انگارانه یا گزینشی هستند. مک‌گرات معتقد است که داوکینز از الهیات مسیحی ناآگاه است و نتیجتاً نمی‌تواند به طرز هوشمندانه‌ای با دین و ایمان ارتباط برقرار کند. داوکینز، در پاسخ، می‌پرسد «آیا برای باور نکردن لپرکانها لازمست لپرکان‌شناسی خوانده باشید؟»، و در نسخه با جلد کاغذی پندار خدا - او به پی زی میرز زیست‌شناس آمریکایی که این خط استدلال را با «پاسخ درباری» خواندن به سخره گرفته بود اشاره کرد. داوکینز در فستیوال ادبی ساندی تامیز در ۲۰۰۷ مناظره مفصلی با مک‌گرات داشت.
تری ایگلتون -که از او با عنوان یکی از تأثیرگذارترین منتقدان زنده بریتانیا نام برده می‌شود- در «نقد کتاب لندن» نظرات داوکینز در مورد الهیات را به نظرات کسی شبیه می‌داند که در مورد زیست‌شناسی داد سخن می‌دهد ولی اطلاعات او در این موضوع در حد کتاب پرندگان بریتانیاست.
مجله پراسپکت که سال قبل از انتشار کتاب پندار خدا، داوکینز را در زمره سه شخصیت روشنفکر برتر معرفی کرده بود، در تغییر موضعی قابل توجه در مقاله‌ای به قلم اندرو براون این کتاب را بی دقت و غیر منسجم خواند.
ژورنال فلسفه فرگشتی، در مقاله‌ای به قلم رابرت استوارت، داوکینز را متهم به این می‌کند که مفاهیم سؤال‌برانگیز را با واژه‌های علمی می‌پوشاند تا به آن‌ها چهره موجه بدهد. او به این مسئله اشاره می‌کند که داوکینز مبحث «تکامل کیهانی» را در لوای تکامل زیست‌شناسی به خواننده القا می‌نماید بدون اینکه ذره‌ای دلیل برای اثبات آن بیاورد.