باکتری‌های هم‌زیست
نمونه‌هایی از روابط همزیستی

مرجان‌ها
مرجان‌ها با باکتری‌های همزیست تثبیت کننده نیتروژن ارتباط مشخصی ایجاد می‌کنند؛ بنابراین مرجان‌ها باید یک رابطه متقابل با ارگانیسم تثبیت کننده نیتروژن، مانند سیمبیودینیوم تشکیل دهند. علاوه بر این داینوفلاژله، مرجان نیز با باکتری‌ها، آرکی‌ها و قارچ‌ها ارتباط برقرار می‌کند. مشکل این است که این داینوفلاژل‌ها نیز دارای نیتروژن محدود هستند و باید یک رابطه همزیستی با ارگانیسم دیگری ایجاد کنند. در اینجا پیشنهاد می‌شود که دیازوتروف باشد. علاوه بر این، سیانوباکتری‌ها دارای ژن‌هایی هستند که آنها را قادر می‌سازد تحت تثبیت نیتروژن قرار گیرند. این مطالعه خاص بیشتر به بررسی این امکان می‌پردازد که علاوه بر داینوفلاژلات و سیانوباکتری‌های خاص، جلبک‌های درون همزیستی و مرجان‌ها حاوی آنزیم‌هایی هستند که آنها را قادر می‌سازد تا هر دو تحت جذب آمونیوم شوند.
به دلیل اندازه کوچک ژنوم بیشتر درون همزیستی‌ها، آنها نمی‌توانند برای مدت طولانی خارج از سلول میزبان وجود داشته باشند، در نتیجه از یک رابطه همزیستی طولانی مدت جلوگیری می‌کنند. با این حال، در مورد باکتری همزیست درون هسته ای هولوسپورا، کشف شده‌است که گونه‌های هولوسپورا می‌توانند عفونت خود را برای مدت محدودی حفظ کنند و یک رابطه همزیستی با گونه‌های پارامسیوم ایجاد کنند.
گیاهان و باکتری‌های ریزوبی
یک رابطه متقابل بین حبوبات و باکتری‌های ریزوبی وجود دارد که گیاهان را قادر می‌سازد در یک محیط خاکی فقیر از نیتروژن زنده بمانند. تکامل همزمان به عنوان وضعیتی توصیف می‌شود که در آن دو موجود زنده در پاسخ به یکدیگر تکامل می‌یابند. در مطالعه ای که در اکولوژی عملکردی گزارش شده‌است، این دانشمندان بررسی کردند که آیا چنین رابطه متقابلی مزیت تکاملی به گیاه یا همزیست می‌دهد یا خیر. آنها متوجه نشدند که باکتری‌های ریزوبی مورد مطالعه دارای مزیت تکاملی با میزبان خود هستند، اما تنوع ژنتیکی زیادی در میان جمعیت باکتری‌های ریزوبی مورد مطالعه پیدا کردند.
باکتری‌های شیمیایی و صدف‌ها
باکتری‌های همزیست و شیمیایی که در ارتباط با صدف‌ها (باتیمودیولوس) واقع در نزدیکی دریچه‌های گرمابی کشف شده‌اند، دارای ژنی هستند که آنها را قادر می‌سازد تا از هیدروژن به عنوان منبع انرژی، در ترجیح سولفور یا متان برای تولید انرژی استفاده کنند.
موریانه‌ها و باکتری‌های مولد سلولاز
بسیاری از موریانه‌ها را به عنوان آفاتی می‌شناسند که از چوب تغذیه می‌کنند. با این حال، موریانه‌ها نمی‌توانند چوب را به تنهایی هضم کنند. در عوض، آنها به یک تک یاخته غیر باکتریایی به نام Trichonympha برای کمک به فرایند هضم تکیه می‌کنند. Trichonympha یک اندوسیمبیونت است که در درون موریانه‌ها زندگی می‌کند و همچنین به عنوان میزبان همزیست‌های باکتریایی عمل می‌کند. باکتری داخل تریکنیمفا در موریانه‌ها سلولاز تولید می‌کند. آنزیم‌های سلولاز برای تجزیه سلولز که در دیواره سلولی گیاهان یافت می‌شود استفاده می‌شود. موریانه‌ها، پروتیست روده Trichonympha و باکتری‌های تولیدکننده سلولاز، همگی در یک هم‌زیستی اجباری سه‌طرفه دخیل هستند. موریانه‌ها از دو گونه دیگر سود می‌برند زیرا چوب را به مواد مغذی تبدیل می‌کنند که موریانه‌ها می‌توانند هضم کنند. علاوه بر این، Trichonympha از موریانه‌ها سود می‌برد زیرا موریانه‌ها مکانی برای زندگی و دسترسی به غذا فراهم می‌کنند. Trichonympha همچنین از باکتری سود می‌برد زیرا به تجزیه سلولز موجود در چوبی که پروتیست مصرف می‌کند کمک می‌کند. در نهایت، باکتری سود می‌برد زیرا مکانی برای زندگی و مواد مغذی مورد نیاز برای زنده ماندن به دست می‌آورد.
باکتری‌های همزیست در انسان
باکتری روده
روده انسان تقریباً دارای صد تریلیون میکروب است. روده یک اکوسیستم پویا است زیرا از هر دو مؤلفه ثابت و گذرا تشکیل شده‌است، به این معنی که برخی از باکتری‌ها خود را مستقر می‌کنند و در طول زندگی انسان باقی می‌مانند و باکتری‌های دیگر بلعیده می‌شوند و بعداً در مدفوع ترک می‌کنند. هنگامی که نوزادان متولد می‌شوند، بدون هیچ گونه باکتری در روده به دنیا می‌آیند. با این حال، به محض ورود به جهان، آنها شروع به تجمع باکتری‌های روده از طریق غذا و وسایل دیگر می‌کنند. اکثر باکتری‌های بدن انسان در واقع برای ما مفید هستند و به انجام فرآیندهای ضروری زندگی کمک می‌کنند. باکتری‌های روده در انسان اغلب به تجزیه غذاها و سنتز ویتامین‌های مهمی که توسط انسان به تنهایی قابل پردازش نیستند کمک می‌کنند؛ بنابراین، انسان هنگام بیماری باید در مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها احتیاط کند. آنتی‌بیوتیک‌ها بین باکتری‌های خوب و بد در بدن ما تفاوت قائل نمی‌شوند و بنابراین هر دو را از بین می‌برند. اگر با دقت درمان نشود، به دلیل عدم تعادل باکتری در این میکروبیوم، می‌تواند منجر به مشکلاتی در دستگاه گوارش شود؛ بنابراین، برخی از پزشکان مصرف یک پروبیوتیک را هنگام مصرف آنتی‌بیوتیک برای بازگرداندن باکتری‌های خوب توصیه می‌کنند.