فهرست جنجال‌های سیا
نگرانی‌های حقوق بشر

سیا درمواقعی به دلیل استفاده از شکنجه، تأمین مالی و آموزش گروه‌ها و سازمان‌هایی که بعداً درکشتار غیرنظامیان و سایر غیرنظامیان شرکت می‌کنند و در سرنگونی دولت‌های منتخب دموکراتیک، آزمایش‌های انسانی و تلاش می‌کنند یا موفق می‌شوند، زیر سؤال رفته‌است. قتل‌ها و ترورهای هدفمند سیا همچنین به فقدان کنترل‌های مالی و افشاگران متهم شده‌است که منجر به اتلاف و کلاهبرداری شده‌است.
در طول سال ریاست بوش بر سیا، دستگاه امنیت ملی ایالات متحده فعالانه از عملیات کندور و دیکتاتوری‌های نظامی دست راستی در آمریکای لاتین حمایت کرد. به گفته جان دینگز، نویسنده کتاب تبهکار مخوف، اسناد منتشر شده در سال۲۰۱۵ گزارش سیا مورخ ۲۸ آوریل۱۹۷۸ را فاش کرد که نشان می‌داد آژانس تا آن زمان می‌دانست که دیکتاتور شیلی، آگوستو پینوشه، دستور قتل را صادر کرده‌است. اورلاندو لتلیر، یک مخالف سیاسی برجسته که در تبعید در ایالات متحده زندگی می‌کند.
مؤسسه پزشکی به عنوان یک حرفه و سازمان غیرانتفاعی بنیادهای جامعه باز، سوابق عمومی را در حرفه‌های پزشکی بررسی کردند که مدعی همدستی در سوء استفاده از زندانیان مظنون به تروریسم بودند که در سال‌های پس از ۱۱ سپتامبر در بازداشتگاه ایالات متحده بودند.این گزارش‌ها نشان می‌دهد که متخصصان بهداشت "به بازجویی‌های بی‌رحمانه و تحقیرآمیز کمک می‌کنند؛ به ابداع و اجرای شیوه‌های طراحی شده برای به حداکثر رساندن سرگیجه و اضطراب کمک می‌کنند تا زندانیان را برای بازجویی انعطاف‌پذیرتر کنند؛ و در به کارگیری روش‌های بسیار دردناک برای تغذیه اجباری افراد توانمند ذهنی شرکت می‌کنند. زندانیانی که دست به اعتصاب غذا می‌زنند» چندان تعجب آور نیست.گاهی اوقات از متخصصان پزشکی در سایت‌های سیاه‌پوست برای نظارت بر سلامت زندانیان استفاده می‌شد. اینکه آیا پزشکان مجبور شدند یا نه، یک سؤال باز است.
از دیگر موضوعات حقوق بشری که بحث‌برانگیز است می‌توان به پرونده ادوارد اسنودن اشاره کرد.با این حال، اهمیت حقوق بشر در این مورد نمی‌گنجد که آیا اسنودن محاکمه عادلانه خود را دریافت کرد یا خیر. در عوض، حقوق بشر مرتبط با افشای اطلاعات اسنودن در مورد انواع اسناد منتشر شده اسنودن است. اسنودن اطلاعات قابل توجهی در مورد برنامه نظارتی دولت ایالات متحده از شهروندانشبه واشینگتن پست و همچنین خبرنگاران خارجی منتشر کرد.
به ویژه، «بین یا حدود ۵ ژوئن۲۰۱۳ تا ۹ ژوئن۲۰۱۳، اطلاعات طبقه‌بندی شده در اینترنت و به صورت چاپی توسط چندین روزنامه از جمله واشینگتن پست و گاردین منتشر شد. مقاله‌ها و پست‌های اینترنتی واشینگتن پست و گاردین شامل اسناد طبقه‌بندی‌شده‌ای بود که با علامت فوق‌العاده محرمانه مشخص شدند.واشینگتن پست و گاردین بعداً فاش کردند که اسنودن منبع اصلی اطلاعات طبقه‌بندی شده در تاریخ ۹ ژوئن۲۰۱۳ یا در مورد آن بود، در یک مصاحبه ویدیویی با گاردین، اعتراف کرد که او فردی بوده که به‌طور غیرقانونی این اسناد را در اختیار خبرنگاران قرار داده‌است. شواهد نشان می‌دهد که اسنودن به اسناد طبقه‌بندی شده مورد نظر دسترسی داشته‌است. به آن اسناد دسترسی پیدا کرد. و متعاقباً آن اسناد را بدون مجوز و برخلاف قوانین ایالات متحده در اختیار رسانه هاقرار داد.»
علاوه بر این، افشای اسناد شامل بسیاری از سطوح فعالیت‌های نظارت الکترونیکی آژانس امنیت ملی (NSA) بود. افشاگری‌های اسنودن بحث‌های عمومی گسترده‌ای را پیرامون مسائل امنیتی، حریم خصوصی و قانونی که در نظارت آژانس امنیت ملی آمریکا بر ارتباطات شهروندان آمریکایی ذاتی است، ایجاد کرده‌است. سوابق عبارتند از: تلاش‌های کاخ سفید و دفتر رئیس اطلاعات ملی برای توضیح، توجیه و دفاع از برنامه‌ها. مکاتبات بین منتقدان خارجی و مقامات قوه مجریه؛ برگه اطلاعات و اوراق سفید توزیع شده (و گاهی اوقات بعداً پس گرفته شده) توسط دولت. قوانین کلیدی و تصمیمات دادگاه (هم دیوان عالی و هم دادگاه نظارت بر اطلاعات خارجی)؛ اسناد مربوط به برنامه آگاهی کامل از اطلاعات (بعدها آگاهی از اطلاعات تروریستی یا حمله ایسکمیک گذرا)، پیشنهاد قبلی برای جمع‌آوری داده‌های عظیم کتابچه راهنمای نحوه بهره‌برداری از اینترنت برای اطلاعات است."