تاریخچه باشگاه فوتبال اینتر میلان
دهه نود و جام یوفا (۲۰۰۰–۱۹۹۰)

دهه ۹۰ دوره ناامید کننده ای در تاریخ باشگاه بود. در حالی که رقبای اصلی اینتر یعنی یوونتوس و میلان به افتخاراتی در فوتبال ایتالیا و اروپا دست پیدا کرده بودند، نراتزوری با نتایج متوسط خود از آن‌ها عقب افتاده بود. هرچند باشگاه در سال‌های ۱۹۹۱، ۱۹۹۴ و ۱۹۹۸ موفق شد سه بار جام یوفا را بدست آورد، ولی کسب این جام نمی‌توانست هواداران را راضی نگه دارد. اینتر در این دهه دو بار رکورد نقل و انتقالات فوتبال جهان را شکست؛ اولین بار در سال ۱۹۹۷ با پرداخت ۱۹٫۵ میلیون پوند برای رونالدو از بارسلونا و دومین بار در سال ۱۹۹۹ با پرداخت ۳۱ میلیون پوند برای کریستین ویری از لاتزیو  با این حال، دهه ۹۰ یادآور تنها دوره در تاریخ باشگاه است که حتی یک قهرمانی هم در سری آ به دست نیامد. برای هواداران دشوار بود که بفهمند چه کسی مقصر این اوضاع است، همین موضوع باعث سرد شدن رابطه هواداران با ریاست، مربیان و حتی بعضی از بازیکنان نیز شد.
در آخرین فصل حضور تراپاتونی بر روی نیمکت باشگاه، تصور بر این بود که اینتر مدعی اصلی برای کسب عنوان قهرمانی سری آ در فصل ۹۱-۱۹۹۰ باشد زیرا در ترکیب خود از سه قهرمان جهان یعنی لوتار ماتئوس، یورگن کلینزمن و آندریاس برمه برخوردار بود؛ ماتئوسی که توانست به دلیل نمایش‌های درخشان خود در پیراهن تیم ملی فوتبال آلمان و اینتر، فاتح توپ طلا در سال ۱۹۹۰ شود و اولین بازیکن تاریخ باشگاه لقب بگیرد که برنده این جایزه معتبر شده است. اما با همه این اوصاف و خلاف تمام تصورات و پیش‌بینی‌ها، نراتزوری پس از شکست ۳-۰ برابر جنوا در ۱۲ مه ۱۹۹۱، عملاً امیدهای خود را برای کسب اسکودتو از دست رفته دید و در پایان فصل نیز به جایگاهی بهتر از سومی دست نیافت. ناکامی در کسب اسکودتو باعث ناامیدی هواداران شد اما قهرمانی در جام یوفا ۱۹۹۱، فصل باشگاه را تا حدود زیادی نجات داد. نراتزوری پس از دو بازگشت به یاد ماندنی مقابل تیم‌های راپید وین و استون ویلا موفق به صعود به مرحله یک چهارم نهایی این مسابقات شد. شاگردان تراپاتونی در مراحل بعد توانستند با شکست پارتیزان بلگراد، آتالانتا و اسپورتینگ لیسبون به فینال جام یوفا راه پیدا کنند. فینال این مسابقات یک نبرد تمام ایتالیایی بین اینتر و آ.اس. رم بود. در نهایت این نراتزوری بود که توانست با پیروزی ۲-۱ در مجموع دو دیدار رفت و برگشت (پیروزی ۲-۰ در میلان  و شکست ۱-۰ در رم)، برای اولین بار در تاریخ خود فاتح رقابت‌های جام یوفا شود. در پایان فصل، جووانی تراپاتونی پس از پنج سال و کسب یک اسکودتو و یک جام یوفا از باشگاه جدا شد.
افعی‌ها فصل ۹۲-۱۹۹۱ سری آ را در جایگاه هشتم به پایان رساندند. در فصل ۹۳-۱۹۹۲ و با هدایت اوسوالدو بانیولی، اینتر پس از رقیب همشهری خود یعنی آ.ث. میلان در جایگاه دوم قرار گرفت و به مقام نایب قهرمانی دست یافت.
یکی از بدترین دوران تاریخ باشگاه در سری آ طی فصل ۹۴-۱۹۹۳ رقم خورد به طوری که آبی و مشکی پوشان در این فصل با کسب عنوان سیزدهم، بدترین رتبه تاریخ خود را بدست آوردند و فقط ۱ امتیاز تا سقوط به دسته پایین‌تر فاصله داشتند. با این حال اوضاع افعی‌ها در رقابت‌های اروپایی و جام یوفای این فصل بسیار متفاوت از رقابت‌های داخلی و سری آ بود؛ که در نهایت نیز با دومین قهرمانی تاریخ باشگاه در این رقابت‌ها پایان یافت.
در تابستان ۱۹۹۳، اینتر مردان هلندی دنیس برکمپ و ویم یونک را از آژاکس به خدمت گرفت. جیانلوکا فستا، ماسیمو پاگانین و فرانچسکو دل آنو نیز دیگر خریدهای باشگاه در فصل نقل و انتقالات بودند. وقتی لیگ برای تعطیلات کریسمس متوقف شد، فاصله با آث میلان هنوز قابل جبران بود؛ ۲۰ امتیاز به ۲۴. با این حال در اوایل فوریه و پس از شکست ۱-۲ مقابل لاتزیو، باشگاه اوسوالدو بانیولی را اخراج و جامپیرو مارینی را جایگزین او کرد. هافبک سابق به همراه نراتزوری موفق شد با شکست دادن بروسیا دورتموند و کالیاری - بین مارس و آوریل - به فینال جام یوفا برسد. فینال این رقابت‌ها به صورت دو دیدار رفت و برگشت انجام شد. نراتزوری در بازی رفت، باشگاه اتریشی کازینو سالزبورگ را با تک گل نیکولا برتی شکست داد. بازی برگشت نیز با پیروزی ۱-۰ اینتر که با گلزنی ویم یونک همراه بود به پایان رسید و به این ترتیب، نراتزوری موفق به کسب عنوان قهرمانی رقابت‌های جام یوفا ۱۹۹۴ شد. اینتر لیگ را با تنها ۳۱ امتیاز به پایان رساند و فقط از سقوط اجتناب کرد؛ رتبه سیزدهم بدترین نتیجه تاریخ باشگاه در سری آ بود. روبن سوسا یک بار دیگر و با به ثمر رساندن ۱۶ گل از جمله ثبت هت تریک در پیروزی ۳–۲ مقابل پارما نقشی حیاتی برای باشگاه در سری آ ایفا کرد.
در سال ۱۹۹۵، ماسیمو موراتی با پایان دادن به دوران یازده ساله ارنستو پلگرینی، ریاست باشگاه را به دست گرفت. موراتی بعدها هدف هواداران قرار گرفت، به خصوص زمانی که سرمربی محبوب، لوئیجی سیمونی را پس از گذشت تنها چند بازی از فصل ۹۹-۱۹۹۸ اخراج کرد، کسی که به عنوان بهترین مربی ایتالیایی در سال ۱۹۹۸ انتخاب شده بود. در آن فصل، نراتزوری با به پایان رساندن لیگ در جایگاه هشتم، سهمیه هیچ‌یک از رقابت‌های اروپایی را کسب نکرد.
فصل بعد، موراتی هدایت باشگاه را به مارچلو لیپی سرمربی سابق یوونتوس سپرد و بازیکنانی همچون آنجلو پروتزی، لوران بلان، کریستین ویری و ولادیمیر جوگوویچ را به خدمت گرفت. اینتر با رسیدن به فینال کوپا ایتالیا در فصل ۲۰۰۰-۱۹۹۹ به اولین جام داخلی خود از سال ۱۹۸۹ نزدیک شده بود اما با شکست در برابر لاتزیو، به مقام نایب قهرمانی رسید. افعی‌ها در پایان فصل در جایگاه چهارم سری آ قرار گرفتند و برای کسب سهمیه رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا باید در مسابقات پلی آف شرکت می‌کردند.