تاریخ تاجیکستان
جنگ داخلی تاجیکستان

مقالهٔ اصلی: جنگ داخلی تاجیکستان
در اواخر مه ۱۹۹۲ شبه‌نظامیان جبههٔ خلق تاجیک به فرماندهی سنگک صفروف ــ که پس از ۲۳ سال زندان به جرم اعمال جنایی، آزاد شده بود ــ از کولاب به قرغان تپه، پایگاه اصلی احزاب اسلامی و دموکراتیک، حمله کردند. کولابی‌ها ادعا می‌کردند که مخالفان از گروه‌های اسلامی افغانستان، به‌ویژه حزب اسلامی گلبدین حکمتیار، اسلحه می‌گیرند و در پایگاه‌های این حزب آموزش می‌بینند. اتحاد دموکراتیک ـ اسلامی نیز ادعا می‌کرد که نیروهای نظامی روسیه مستقر در تاجیکستان، شبه‌نظامیان طرفدار حکومت را مسلح می‌کنند. در اواخر اوت ۱۹۹۲ شبه‌نظامیان کولابی صدها تن را در قرغان تپه کشتند. تظاهرکنندگان مخالف حکومت با ورود به کاخ ریاست جمهوری ۳۵ تن از مقامات را گروگان گرفتند. درنتیجهٔ فشار مخالفان، نبی‌اف در هفتم سپتامبر مجبور به استعفا گردید و اکبرشاه اسکندراف، رئیس شورای عالی، کفالت ریاست جمهوری را عهده‌دار شد و عبدالملک عبداللّه جانف از خجند را به نخست‌وزیری برگزید. در ۲۷ سپتامبر کولابی‌ها با تصرف قرغان تپه موجب فرار هزاران تن (تا نیمهٔ نوامبر ۰۰۰، ۱۲۶ تن) به دوشنبه شدند.
اسکندراف که در پایان دادن به جنگ داخلی شکست خورده بود مجبور شد برگزاری نشست شورای عالی را در خجند بپذیرد؛ ازین‌رو در دهم نوامبر ۱۹۹۲ به همراه دولت خود استعفا کرد. نشست فوق‌العادهٔ دو هفته‌ای شورای عالی، که کمونیست‌ها در آن بیشترین سهم را داشتند، امامعلی رحمانف از کولاب را به ریاست کشور و عبدالملک عبداللّه جانف را به نخست‌وزیری برگزید. در حکومت جدید، وابستگان به احزاب اسلامی و دموکراتیک مناصب خود را از دست دادند و بیشتر وزرای جدید نیز کولابی بودند. شورای عالی همچنین با ادغام کولاب و قرغان تپه ولایت جدید ختلان را ایجاد کرد تا اطمینان یابد که جنوب کشور را نیروهای کولابی طرفدار کمونیسم اداره می‌کنند.
در دسامبر ۱۹۹۲ نیروهای وفادار به حکومت جدید و شبه‌نظامیان کولابی ـ حصاری، دوشنبه را تصرف کردند و صدها تن از شبه‌نظامیان هوادار گروه‌های اسلامی و دموکراتیک را کشتند و در پایتخت و جنوب کشور به‌ویژه نسبت به مردم غَرم (از پایگاه‌های اصلی نیروهای اسلامی و دموکراتیک) و بدخشان، قساوت زیادی به خرج دادند. در همین ماه به درخواست امامعلی رحمانف نیروهای ارتش روسیه و ازبکستان وارد تاجیکستان شدند و در سرکوب نیروهای مخالف به حکومت تاجیکستان کمک کردند. تا مارس ۱۹۹۳ حکومت اختیار بخش اعظم کشور و از جمله غرم را به دست گرفت. در نتیجهٔ این درگیری‌ها حدود پنجاه هزار تن کشته شدند؛ هرچند که برخی، شمار کشتگان جنگ داخلی را تا صد هزار تن برآورد کرده‌اند. شمار زیادی از روس‌ها و غیربومیان، تاجیکستان را ترک کردند و در داخل کشور حدود هشتصد هزار تن جابجا شدند که این بزرگترین جابجایی جمعیت در آسیای مرکزی از زمان اشتراکی‌کردن اراضی در دههٔ ۱۹۳۰ بود. ضمناً چند شهر و شمار زیادی روستا و کشتزار و کارخانه به‌کلی تخریب شد.
در دسامبر ۱۹۹۲ و ژانویهٔ ۱۹۹۳، حدود شصت هزار تن در پی حملات کولابی‌ها به افغانستان گریختند، از جمله قاضی اکبر تورجان‌زاده بالاترین مقام مذهبی تاجیکستان که حکومت، او را به تلاش برای برقراری دولتی اسلامی متهم کرده بود. در فوریهٔ ۱۹۹۳ فتح‌اللّه شریف‌زاده به جای وی مفتی تاجیکستان شد که او نیز در ژانویهٔ ۱۹۹۶ به دست افراد ناشناسی کشته شد.
جنگ داخلی تاجیکستان در ۱۹۹۳ تا حد زیادی آرام شد، ولی درگیری‌ها با شدت کمتری تا چند سال بعد ادامه یافت. در ژوئن ۱۹۹۳ دیوان عالی رسماً فعالیت حزب نهضت اسلامی تاجیکستان، سازمان لعل بدخشان، سازمان رستاخیز و حزب دموکراتیک تاجیکستان را غیرقانونی اعلام کرد و عملاً تنها حزب کمونیست تاجیکستان را قانونی دانست. در دسامبر ۱۹۹۳ در نتیجهٔ اختلاف کولابی‌ها و خجندی‌ها، عبداللّه جانف از نخست‌وزیری استعفا کرد. مذاکرات صلح میان حکومت و مخالفانش از آوریل ۱۹۹۴ در مسکو تحت نظارت سازمان ملل و در حضور نمایندگانی از ایران، پاکستان، روسیه و ایالات متحدهٔ آمریکا آغاز شد.
در انتخابات ریاست جمهوری در ششم نوامبر ۱۹۹۴، رحمانف با ۵۸٪ آرا بر تنها رقیب خود عبداللّه جانف، که ۳۵٪ آرا را کسب کرد، پیروز شد. در همین انتخابات ۹۰٪ رأی دهندگان قانون اساسی جدید را تأیید کردند.
پس از مذاکرات طولانی نمایندگان حکومت با مخالفان آن، در مسکو، کابل، آلماتی، عشق‌آباد، بیشکک، مشهد و تهران، سرانجام سیدعبداللّه نوری رهبر حزب نهضت اسلامی و امامعلی رحمانف، سازش‌نامهٔ عمومی استقرار صلح و سازگاری ملی را در ۲۷ ژوئن ۱۹۹۷ در مسکو امضا کردند و رسماً به جنگ داخلی پنج ساله پایان دادند. به دنبال آن شبه‌نظامیان مخالف حکومت عفو شدند و به آنها اجازهٔ بازگشت به کشور داده شد. بسیاری از این شبه‌نظامیان بنابر سازشنامهٔ صلح، در ارتش تاجیکستان ادغام شدند. ضمناً در شورای مصالحهٔ ملی که در نتیجهٔ پیمان صلح به وجود آمد، و هریک از طرفین سیزده کرسی به دست آوردند و ۳۰٪ از مناصب حکومتی در سطح ملی و منطقه‌ای به مخالفان داده شد.
در اوایل نوامبر ۱۹۹۸ نیروهای فرمانده شورشی ارتش، محمود خدای بِردی اف، به خجند حمله کردند و پنج روز نبرد شدید میان نیروهای او و سربازان حکومتی درگرفت. پس از سرکوبی تهاجم، خدای بردی اف به ازبکستان گریخت. رحمانف، چند تن از جمله عبداللّه جانف نخست‌وزیر سابق، و دوستوف معاون پیشین رئیس‌جمهور، را از محرکان این واقعه اعلام کرد. وی همچنین اسلام کریموف، رئیس‌جمهور ازبکستان، را به دست داشتن در این توطئه متهم کرد. این وقایع به تیرگی روابط دو کشور انجامید.
در اواخر سال ۱۹۹۹ مجلس عالی به طرح‌های رحمانف مبنی بر اصلاحاتی در قانون اساسی رأی داد. این اصلاحات که شامل تمدید دورهٔ ریاست جمهوری از پنج به هفت سال و قانونی‌کردن احزاب سیاسی و مذهبی می‌شد، در همه‌پرسی ۲۶ سپتامبر ۱۹۹۹ به تأیید مردم رسید. در انتخابات ریاست جمهوری در ششم نوامبر ۱۹۹۹، رحمانف در رقابت با تنها رقیبش، دولت عثمان، به پیروزی دست یافت.
مجسمه‌ای باستانی از یک زن، تاجیکستان باستان
یک نقاشی دیواری سغدی، از ویرانه‌های یک خانه اشرافی در محوطه باستان‌شناسی پنجکنت، که مردان سغدی را در حال بازی تخته‌ای نشان می‌دهد، قرن هشتم میلادی
امپراتوری هخامنشی و ایالت هایش
نقشه امپراتوری یونانی - باختری
امپراتوری کوشانی در اوج وسعت
قلمروی دولت هپتالیان بر نقشه آسیا، ۵٠٠ میلادی
عکسی بین سال های ١٩٠۵ تا ١٩١۵ از دو مرد و دو کودک تاجیک
شوروی در حال مذاکره با باسماچی‌ها در سال ۱۹۲۱ میلادی
شوروی در حال مذاکره با باسماچی‌ها در سال ۱۹۲۱ میلادی.
مخالفان در دوشنبه، فوریهٔ ۱۹۹۰ میلادی.
سربازان اِشپتسناز در دوران جنگ داخلی تاجیکستان، ۱۹۹۲ میلادی.