گودزیلا منهای یک
داستان

در آستانهٔ پایان جنگ جهانی دوم در ۱۹۴۵، خلبان کامی‌کازه یعنی کوئیچی شیکیشیما هواگرد جنگندهٔ میتسوبیشی زیرو خود را در پایگاه ژاپن در جزیره اودو فرود می‌آورد. تعمیرکار اصلی یعنی سوساکو تاچیبانا متوجه می‌شود که شیکیشیما با وانمودِ مسائل فنی از وظیفه خود اجتناب کرده است. در آن شب، گودزیلا، جانور بزرگ دایناسورمانندی، به پادگان حمله می‌کند. شیکیشیما سعی می‌کند از هواپیمای خود به هیولا شلیک کند اما خشکش می‌زند و بی‌هوش می‌شود. تاچیبانا که تنها نجات‌یافتهٔ دیگر این حمله است، شیکیشیما را به‌خاطر قصور انجام وظیفه سرزنش می‌کند.
شیکیشیما به خانه برمی گردد و متوجه می‌شود که پدر و مادرش در بمباران توکیو کشته شده‌اند. او که از جان‌به‌دربردن خود احساس گناه دارد، از زنی به نام نوریکو اوشی، که والدینش نیز در بمباران جان باختند، و کودک یتیمی به نام آکیکو، که نوریکو او را نجات داد، پشتیبانی می‌کند و در کشتی مین‌روب که وظیفه دفع مین‌های دریایی وابسته به جنگ جهانی دوم را داشت، مشغول به کار می‌شود. در همین حال، گودزیلا با آزمایش‌های هسته‌ای ایالات متحده در بیکینی آتول، جهش‌یافته و توانمند می‌شوند. این هیوات یواس‌اس ردفیش را غرق می و چند کشتی دیگر در مسیر ژاپن را منهدم می‌کند. به‌سبب تنش‌ها با اتحاد جماهیر شوروی، ایالات متحده جز چند کشتی از رده خارج شدهٔ نیروی دریایی امپراتوری ژاپن که توسط ژنرال داگلاس مک‌آرتور تصویب شده بود، هیچ کمکی نمی‌کند. دولت ژاپن که نگران به وجود آمدن وحشت همگانی است، مردم را در مورد این خطر آگاه نمی‌کند.
در مهٔ ۱۹۴۷، شیکیشیما و خدمهٔ مین‌روبش به جزایر اوگاساوارا سفر می‌کنند و وظیفه دارند تا نزدیک شدن گودزیلا به ژاپن را متوقف کنند. آن‌ها یک مین را در دهان گودزیلا منفجر می‌کنند که باعث آسیب چشم‌گیری می‌شود، اما گودزیلا به‌سرعت بازسازی می‌شود. رزمناو سنگین یعنی تاکائو با گودزیلا درگیر می‌شود، اما هیولا پرتوهای حرارتی خود را رها می‌کند و رزمناو نابود می‌شود. پس از بازگشت به توکیو، شیکیشیما با نوریکو در مورد برخوردهایش با گودزیلا صحبت می‌کند. چند روز بعد، گودزیلا به ژاپن می‌رسد و به گینزا (محل کار نوریکو) حمله می‌کند. نوریکو به سختی از حملهٔ نخست جان سالم به در می‌برد و دوباره با شیکیشیما دیدار می‌کند. گودزیلا که از شلیک تانک غضبناک شده است، بخش اعظمی از منطقه را با پرتوی خود از بین می‌برد و ده‌ها هزار نفر را می‌کشد. نوریکو شیکیشیما را به سمت امن هل می‌دهد، اما در انفجار گرفتار می‌شود و گمان می‌رود مرده است. شیکیشیما که پس از از دست دادن شیکیشیما شوکه شده است، عهد انتقام می‌دهد.
یکی از خدمه مین‌روب، مهندس سابق نیروی دریایی کنجی نودا، که از اقدام ناکافی دولت ناراضی است، نقشه‌ای برای نابودی گودزیلا با کشاندن آن به خلیج ساگامی طراحی می‌کند. در این نقشه فشار آب باعث نابودی گودزیلا می‌شود و اگر طرح شکست بخورد، کیسه‌های هوا در زیر گودزیلا باد می‌شوند تا آن را به عقب برگردانند و از طریق افت فشار منفجره، آن را بکشند. برای اجرای طرح، نودا کهنه‌سربازان نیروی دریایی را به کار می‌گیرد. شیکیشیما از تاچیبانا می‌خواهند که جنگندهٔ از کار افتاده را تعمیر کند. او قصد دارد گودزیلا را در یک حمله انتحاری با پرواز در دهانش و انفجار مواد منفجره در هوا بکشد. او آکیکو را پیش از ظهور مجدد گودزیلا، به همسایه‌اش سومیکو می‌سپارد.
شیکیشیما با فریب گودزیلا، آن را به سمت دو ناوشکن می‌کشاند. گودزیلا از سقوط اولیه جان سالم به در می‌برد و سپس پیش از اینکه مجبور به عقب‌نشینی شود، آزاد می‌شود و آسیب‌های جدی از باروتروما ناشی از کاهش ناگهانی فشار را متحمل می‌شود. کشتی‌ها با کمک ناوگانی از یدک‌کش‌ها گودزیلا را به سطح زمین می‌کشند. گودزیلای خشمگین آماده می‌شود تا با پرتو حرارتی خود همه را از بین ببرد، اما شیکیشیما با هواپیما به سمت دهان گودزیلا برخورد می‌کند و سرش را از بین می‌برد و باعث می‌شود که انرژی اشعه حرارتی بدنش را پاره کند. خدمه خوشحال می‌شود و همان زمان شیکیشیما پیش از انفجار با چتر نجات از جنگنده خارج می‌شود، زیرا به یاد می‌آورد که تاچیبانا صندلی‌پران نصب‌شده درون جنگنده را به او نشان داده و از او درخواست کرد که از گناه خود بیخیال شود و به زندگی ادامه دهد.
بلافاصله پس از بازگشت به خانه، سومیکو به شیکیشیما تلگرافی می‌دهد و او را به بیمارستانی هدایت می‌کند. شیکیشیما در بیمارستان دوباره با نوریکو که از نابودی شهر جان سالم به در برده بود، دیدار می‌کند، اما کبودی سیاهی روی گردن نوریکو می‌خزد. در همین حال، همان‌طور که گودزیلا در اقیانوس غرق می‌شود، تکه‌ای از گوشتش شروع به بازسازی می‌کند.