محمد ملکی
خروج از دانشگاه و دستگیری‌های مکرر > زندان در سال ۱۳۶۰

به گفته محمد اقبال از اعضای مجاهدین خلق، محمد ملکی پس از استعفا از دانشگاه، به همراه کاظم باقرزاده، ابوذر ورداسبی، علی اصغر زهتابچی، بتول علائی (همسر طالقانی)، کاظم متحدین، محمد میهن دوست، و یزدان حاج حمزه و همچنین نصرالله اسماعیل‌زاده، عبدالعلی معصومی، جلال گنجه ای و محمد اقبال، اعضای مؤسس جمعیت اقامه بودند که شخصیت‌های نزدیک به مجاهدین خلق را متشکل می‌کرد و بعدها به جمعیت ”داد” تغییر نام داد. جمعیت اقامه در اوائل مرداد ماه سال ۱۳۶۰ درست چند روز بعد از اعلام رسمی این شورا، طی یک نامه رسمی درخواست عضویت در شورای ملی مقاومت مجاهدین را در تهران ارائه داد و به عضویت این شورا درآمد. به تاریخ پنجشنبه ۷ خرداد ۶۰ و به مناسبت سالگرد درگذشت بنیانگذاران مجاهدین خلق، محمد ملکی به همراه پانزده شخصیت مبارز، پیامی به «برادر مسعود رجوی» دربارهٔ پایمال شدن «شهیدان مجاهد» توسط «ارتجاع حاکم» در نشریه مجاهدین خلق منتشر کردند.
با مخالفت و انتقادی که ایشان در جهت بسته شدن دانشگاه‌ها مطرح کرد در ۱۲ تیر ۱۳۶۰ بدون ارائه مجوز و ذکر اتهام بازداشت شد، او ابتدا به اعدام سپس به ۱۰ سال زندان محکوم شد و مدت ۵ سال را در سخت‌ترین شرایط و شکنجه‌ها در زندان جمهوری اسلامی به سر برد. سازمان مجاهدین خلق ادعا می‌کند که مهم‌ترین اتهامی که در این دستگیری به ملکی زدند آن بود که از کاندیداتوری مسعود رجوی برای ریاست جمهوری حمایت کرده بود و همچنین زمین چمن دانشگاه تهران برای سخنرانی مسعود رجوی در اختیار وی گذاشته‌است.محمدی گیلانی به عنوان رئیس دادگاه و حاکم شرع و اسدالله لاجوردی به عنوان دادستان و بازجو از عوامل دادگاه او بودند.
او دربارهٔ دوران زندانش در این سال می‌گوید:
پس از برگزیده شدنم به ریاست دانشگاه تهران، با یک کودتا به نام «انقلاب فرهنگی»، با حمله به دانشگاه‌ها و کشتار شماری از دانشجویان همراه با مجروح کردن و دستگیری جمعی از آن‌ها، دانشگاه‌ها را بستند. شورای مدیریت دانشگاه تهران با این امر به مخالفت برخاستند، ولی حاکمیت آن‌ها از جمله اینجانب را دستگیر و به بهانه مخالفت با امر رهبری (آیت الله خمینی) روانه زندان‌ها نمودند. ابتدا به اعدام و سپس به ۱۰ سال زندان محکوم گردیدم. در این مدت با بیرحمانه‌ترین رفتار از جمله زدن کابل به کف پا و سایر نقاط بدنم، آویزان کردن از سقف، کوبیدن سر به دیوار، زدن مشت و لگد که منجر به نابینائی چشم چپم و شکستگی استخوان مچ دست راستم شد و انواع شکنجه‌ها مواجه بودم. بعد از ۵ سال ظاهراً از زندان آزاد شدم ولی ماه‌ها باید هر چند روز یکبار خودم را به دادستانی معرفی می‌کردم تا مورد بازجوئی که خود نوعی شکنجه بود قرار می‌گرفتم.
پس از آزادی از زندان درخواست بازنشستگی از دانشگاه را کرد که مورد موافقت قرار گرفت و به کنش‌های فرهنگی، علمی، اجتماعی و تدریس در دانشگاه آزاد اسلامی و کارهای پژوهشی در زمینه تخصص خود پرداخت. در این زمینه به تأسیس آزمایشگاه و مراکز پژوهشی و بهداشتی در کارخانجات مختلف صنایع غذایی مبادرت ورزید. همچنین وی پس از انتقاد از مدیریت دانشگاه آزاد از تدریس در این دانشگاه نیز محروم شد.
در رابطه با کارهای علمی، فرهنگی و سیاسی، کتاب‌ها و مقالات متعددی از ملکی به چاپ رسیده که شماری از مقالات و اشعار ایشان از طرف وزارت ارشاد مجوز انتشار نیافته‌است. از کتاب‌های منتشر شده، کتاب «دانشگاه و جای امپریالیسم» و «مجموعه اشعار پیامبر آگاهی» که به سبک مثنوی و داستان زندگی پیامبر اسلام است و «قصه بودو نبود» که داستان مبارزه مردم فلسطین و انتفاضه برای کودکان به صورت شعر است و مجموعه مقالات و یادداشتهای سیاسی -اجتماعی ایشان در دو جلد به نام «دیروز و امروز» -که جلد دوم آن اجازه چاپ نیافته‌است- را می‌توان نام برد.
ملکی از زمان آزادی از زندان در ۲۱ مرداد ۱۳۶۵ تا سال ۱۳۸۵ ممنوع‌الخروج بوده و امکان حضور در سمینارها و جلسات تحقیقی در زمینه تخصصی و علمی خود در خارج از کشور را نداشته‌است. وی همچنین در سال ۱۳۹۰ دوباره در پی انتشار نامه‌ای سرگشاده به احمد شهید ممنوع‌الخروج شد.