نقد رهبر جمهوری اسلامی ایران
تاریخچهٔ نقد رهبری در جمهوری اسلامی > نقد رهبری در دوره خمینی > نقد مقام رهبری توسط خامنه‌ای و آذری قمی

مقالهٔ اصلی: ماجرای ۹۹ نفر
در دوران ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای (۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸)، وی اختلافاتی با مقام رهبری که در دست خمینی بود پیدا کرد. در آن روزها، جناح موسوم به «راست» که از آقای خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت حمایت می‌کرد، خواستار کنار رفتن میرحسین موسوی از نخست‌وزیری بود. اما مخالفت خمینی مانع اصلی کنار گذاشتن او شد. پس از آنکه علی خامنه‌ای مجدداً به ریاست‌جمهوری رسید، اختلاف‌های این دو جریان به اوج خود رسید.
علی‌اکبر ناطق‌نوری در خاطرات خود گفته‌است: «وقتی برای بار دوم مقام معظم رهبری به ریاست جمهوری برگزیده شدند، بین ایشان و امام یک بحثی در مورد انتخاب نخست‌وزیر بود، ایشان می‌گفت اگر من رئیس‌جمهور بشوم، در انتخاب نخست‌وزیر هر کسی را که بخواهم خودم باید تصمیم بگیرم و این علامت را هم امام ظاهراً داده بودند که خود شما تصمیم بگیر، لذا ایشان کاندیدا شدند [...] چند روزی که گذشت، نظر امام عوض شد. علتش این بود که گویا آقای محسن رضایی به عنوان فرمانده سپاه خدمت امام رسیده و گفته بود که موقعیت آقای موسوی در جنگ و بین جوان‌ها به گونه‌ای است که اگر ایشان نخست‌وزیر نشوند، جنگ لطمه می‌خورد.»
به این صورت بود که علیرغم مخالفت علی خامنه‌ای، میرحسین موسوی با حمایت خمینی نخست‌وزیر شد. در این بین، احمد آذری قمی که از بنیان‌گذاران جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عضو مجلس خبرگان، نمایندهٔ مجلس و یکی از مهم‌ترین اشخاص در تثبیت «ولایت» در قانون اساسی و از منتقدان سرسخت سیاست‌های اقتصادی دولت میرحسین موسوی و از حامیان سرسخت خامنه‌ای بود؛ در مرکز این اختلاف‌ها قرار گرفت و حتی از نقد نظرات خمینی هم ابایی نداشت.
آذری قمی در مرداد ۱۳۶۴ و در جریان رای اعتماد به دولت میرحسین موسوی، به عنوان مخالف سخن گفت:
از آن روز اول که امام مهندس بازرگان را انتخاب فرمودند که ما همان موقع هم قبول نداشتیم، ولی سه هزار نفر از فضلا و طلاب قم و جامعه مدرسین حرکت کردند بازرگان، بازرگان حمایتت می‌کنیم. برای این که منتخب امام هستی. بنی‌صدر هم‌همچنین، قطب‌زاده هم‌همچنین، آن‌هائی را هم که امام به‌اصطلاح اظهار می‌کرد: می‌شناسم، تا آن موقعی که انحرافی نبود و می‌دانستیم که مورد توجه و علاقه امام هستند و حتی جناب موسوی نخست‌وزیر محترم را همین اخیراً که ایشان تقویت کردند و گفتند راجع به دولت تضعیف نشان نکنید و چه نکنید … امام به عنوان یک مرشد و ناصح امین باید به وظیفه‌اش عمل بکند و به وظیفه‌اش هم عمل کرده‌است و می‌کند در مقاطع حساس آن نظر خودش را ابراز می‌کند که به نظر من چنین است و چنان است، اما یک‌وقتی با مردمی که به اصطلاح، آن‌ها مأمور به شور و بررسی و این مسائل نیستند با آن‌ها صحبت می‌کند. یک‌وقت با نمایندگان مجلس صحبت می‌کند که می‌گوید نمایندگان مجلس من این نظرم است یعنی نصیحت من است و الا خود دانید.
این سخنان خشم خمینی را درپی داشت. چند روز بعد، آذری‌قمی در نامه‌ای علنی که خطاب به «علمای اعلام» نوشت، افشا کرد:
دو روز پس از این سخنان من در مجلس، شیخکی به نام قرائتی به خانه‌ام آمد و به روایتی از حاج احمد خمینی که پیام پدرش را به قرائتی ابلاغ کرده بود، به این مفهوم به من ایفاد کرد: 'به آقای آذری‌قمی بگویند که نفوذ و مقام ایشان به گرد پای نفوذ و مقام شریعتمداری در میان علمای اعلام نمی‌رسد. بهتر آن است دیگر پا را از گلیم خود درازتر نکنند.' وقتی این شیخک این پیام را ابلاغ کرد او را با شدت و عصبانیت و تربیتی که سزاوارش بود از خانه بیرون کردم و پس از آن به تحقیق پرداختم و دیدم که این پیام صحت دارد. بنا براین لازم دانستم این پیام را به شخص آقای روح‌الله خمینی بنویسم و ۳۰ فقره رونوشت آن را برای ۳۰ تن از علمای اعلام و دلسوخته‌ای که در این پنج سال شاهد از بین رفتن احکام شرع و التقاط این احکام و نفوس با فتواهای نادرست بوده و دلی خونین دارند بفرستم.
این اختلاف‌ها موجب رنجش خمینی از آذری‌قمی شد و به گفته اکبر هاشمی‌رفسنجانی، خمینی علی‌رغم درخواست آذری‌قمی، حاضر نشده بود که به روزنامهٔ او (رسالت) کمک مالی کند. او همچنین دستور داده بود که روزنامه رسالت به جبهه ارسال نشود تا باعث تضعیف روحیه رزمندگان نشود. حتی اسدالله بیات از خمینی نقل قول می‌کند که یک بار گفته بود: «اگر ترس از این نبود که مردم بگویند این‌ها خودشان را هم تحمل نمی‌کنند، دستور توقیف این روزنامه را می‌دادم.»
بعداها ماجرای اختلاف با دولت موسوی حتی به جدال علنی خمینی با علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت هم منجر شد. در ماجرای قانون کار که دولت موسوی به دنبال تصویب آن بود، اما شورای نگهبان مقاومت می‌کرد، نهایتاً خمینی به نفع دولت وارد عمل شده و برداشتی از ولایت‌مطلقه را مطرح کرد که بر اساس آن حاکم اسلامی، اختیار تعطیل برخی احکام مذهبی را هم داشت.
خامنه‌ای در واکنش به سخنان خمینی، در نمازجمعهٔ تهران اعلام کرد که ولی‌فقیه نمی‌تواند احکام اسلام را تغییر دهد و این برداشتی اشتباه از سخنان خمینی است؛ اما خمینی در شانزدهم دی‌ماه ۱۳۶۶، خطاب به وی نوشت:
از بیانات جنابعالی در نماز جمعه این‌طور ظاهر می‌شود که شما حکومت را که به معنای ولایت مطلقه‌ای که از جانب خدا به نبی اکرم- صلی الله علیه و آله و سلم- واگذار شده و اهم احکام الهی است و بر جمیع احکام شرعیه الهیه تقدم دارد، صحیح نمی‌دانید … حکومت، که شعبه ای از ولایت مطلقه رسول‌الله- صلی الله علیه وآله و سلم- است، یکی از احکام اولیه اسلام است؛ و مقدم بر تمام احکام فرعیه، حتی نماز و روزه و حج است. حاکم می‌تواند مسجد یا منزلی را که در مسیر خیابان است خراب کند و پول منزل را به صاحبش رد کند. حاکم می‌تواند مساجد را در موقع لزوم تعطیل کند؛ و مسجدی که ضِرار باشد، در صورتی که رفع بدون تخریب نشود، خراب کند. حکومت می‌تواند قراردادهای شرعی را که خود با مردم بسته‌است، در موقعی که آن قرارداد مخالف مصالح کشور و اسلام باشد، یک جانبه لغو کند؛ و می‌تواند هر امری را، چه عبادی یا غیر عبادی است که جریان آن مخالف مصالح اسلام است، از آن مادامی که چنین است جلوگیری کند. حکومت می‌تواند از حج، که از فرایض مهم الهی است، در مواقعی که مخالف صلاح کشور اسلامی دانست موقتاً جلوگیری کند.