سایه مهاجم مقبره
داستان

دوماه پس از پیدایش مهاجم مقبره، لاراکرافت (کامیلا لودینگتون) و دوستش جونا مایاوا (ارل بایلون) خود را وقف توقف فعالیت‌های گروه شبه نظامی ترینیتی کردند. این دو وارد کزومل در مکزیک برای تعقیب پدرو دومینگوئز (کارلوس لیل) می‌شوند که رئیس شورای عالی ترینیتی است. در محل حفاری ترینیتی، لارا معبدی را کشف می‌کند که حاوی خنجر چاک چل و اشاره به یک شهر پنهان دارد. نقاشی‌های دیواری که دیوارها را تزیین می‌کنند به جعبه نقره‌ای ایکس چل اشاره می‌کنند و دربارهٔ «پاکسازی» هشدار می‌دهند، که آخرالزمان مایاها با یک خورشید گرفتگی دائمی به اوج می‌رسد.
لارا هشدارها را نادیده می‌گیرد و خنجر را می‌گیرد تا از دستیابی ترینیتی به آن جلوگیری کند. دومینگوئز او را می‌گیرد و نشان می‌دهد که با گرفتن خنجر، لارا پاکسازی را آغاز کرده است. او خنجر را می‌گیرد و قصد دارد آن را با جعبه متحد کند تا پاکسازی را متوقف کند و از قدرتی که به او می‌دهد برای بازسازی جهان به شکل خود استفاده کند. لارا و جونا از سونامی فرار می‌کنند که کوزومل را نابود کرده است و آخرالزمان آینده را با این نابودی پیش‌بینی کرده است.
لارا و جونا علیرغم افزایش تنش بین آنها بر سر اقداماتشان، دومینگوئز را در آمازون تعقیب می‌کنند. هواپیمای آنها در جنگل پرو در طول دومین فاجعه - طوفانی عظیم - سقوط می‌کند و هر دو راه خود را به پاتیتی، شهر مخفی که در نقاشی‌های دیواری نشان داده شده است، پیدا می‌کنند. کاوش در مقبره‌های محلی نشان می‌دهد که سوراخ کردن جعبه با خنجر به فرد قدرت خدای کوکولکان را می‌دهد، که باید برای متوقف کردن فرایند پاکسازی استفاده شود. وقتی لارا پسری به نام اتزلی (کامران لوکاس) را نجات می‌دهد، او و جونا توسط مادرش اونوراتو (پاتریشیا ولاسکوئز)، ملکه شهر، به پایتیتی آورده می‌شوند. مشخص شد که دومینگوئز رهبر فرقه ای است که به کوکولکان و برادر شوهر اونوراتو، آمارو اختصاص داده شده است، که ترینیتی از کودکی او را کنترل دارد. اونوراتو، لارا را به سمت جعبه هدایت می‌کند، اما لارا متوجه می‌شود که این جعبه گم شده است. لارا و اونوراتو با این باور که فرقه قبلاً جعبه را دارد تلاش می‌کنند تا آن را بدزدند، اما اونوراتو دستگیر می‌شود. لارا همچنین با هیولاهای انسان نمای عجیب و غریب به نام «یاکسیل»، نگهبانان جعبه و رهبر آنها «آتش خونی» روبرو می‌شود.
لارا می‌آموزد که جعبه قرن‌ها پیش توسط آندرس لوپز، مبلغی که توسط ترینیتی در جریان تسخیر آمریکای جنوبی توسط اسپانیایی‌ها فرستاده شده بود، گرفته شده است. او اونوراتو را نجات می‌دهد و متوجه می‌شود که آمارو به‌طور کامل این مراسم را نمی‌فهمد. این آیین به جای اینکه صرفاً به قدرت کوکولکان نفوذ کند، آن را قربانی می‌کند تا پاکسازی را متوقف کند. اونوراتو توسط فرمانده رورک، دومین فرمانده آمارو هدف گلوله قرار می‌گیرد. قبل از مرگ، اونوراتو از لارا درخواست می‌کند که مراسم را به پایان برساند، اما به او هشدار می‌دهد که اجازه ندهد جعبه بر او تأثیر بگذارد. رورک به لارا و جونا حمله می‌کند که در حین ترک پایتیتی از هم جدا می‌شوند. این دو در یک پالایشگاه نفت دوباره متحد می‌شوند و محل جعبه رمزگشایی می‌کنند.
لارا و جونا یک دخمه مخفی را در زیر مأموریت منتهی به مقبره لوپز و جعبه پیدا می‌کنند. آمارو آنها را رهگیری می‌کند و لارا را مجبور می‌کند که جعبه را تسلیم کند. او اعتراف می‌کند که دستور مرگ پدرش را صادر کرده است تا او را از پیدا کردن پایتیتی و افشای آن به دنیا بازدارد. لارا سعی می‌کند آمارو را متقاعد کند که از این مراسم برای سودمندی جهان استفاده کند. او امتناع می‌کند، زیرا پاکسازی فقط بر روی پایتیتی تأثیر می‌گذارد. او لارا و جونا را ترک می‌کند تا از فاجعه سوم، یک زلزله عظیم که باعث رانش زمین می‌شود، فرار کند.
در پایتیتی، لارا و جونا به اتزلی که به تازگی تاجگذاری کرده‌اند کمک می‌کنند تا به یک مجتمع معبد زیرزمینی حمله کند. آنها قصد دارند مراسم آمارو را مختل کنند و از فاجعه چهارم، یک فوران آتشفشانی اجتناب کنند. لارا مجبور می‌شود به تنهایی ادامه دهد. او با یاکسیل و آتش خونی روبرو می‌شود و آنها را متقاعد می‌کند که به او کمک کنند تا آمارو را متوقف کند. رورک و شورای عالی ترینیتی توسط یاکسیل سلاخی می‌شوند در حالی که لارا به سمت قله معبد می‌رود. آمارو مراسم را آغاز می‌کند و با شروع خورشید گرفتگی، قدرت کوکولکان را جذب می‌کند. پس از یک نبرد طولانی، لارا بر آمارو غلبه می‌کند و به طرز مرگباری او را با چاقو می‌زند. آمارو با پذیرش شکست، قدرت کوکولکان را به هنگام مرگ به لارا منتقل می‌کند. درست به هشدار اونوراتو، او وسوسه می‌شود که از جعبه برای احیای والدینش استفاده کند، اما در عوض به آتش خونی اجازه می‌دهد تا به‌طور نمادین او را خنجر بزند، روح کوکولکان را قربانی کند و پاکسازی را متوقف کند.
پس از آن، اونوراتو آرام می‌گیرد و جونا تصمیم می‌گیرد به تعطیلات برود. لارا در پایتیتی می‌ماند تا به اتزلی کمک کند تا شهر را به شکوه سابق خود بازگرداند. یک صحنه پس از آن ماجرا نشان می‌دهد که لارا در حال برنامه‌ریزی ماجراجویی بعدی خود در کرافت مانور است و تصدیق می‌کند که نقش او حل کردن اسرار جهان نیست، بلکه محافظت از آنها است.