محمد نجیب‌الله
سال‌های پایانی و مرگ

چندی پیش از سقوط کابل در ۸ ثور ۱۳۷۱، نجیب به سازمان ملل متحد تقاضای پناهندگی کرد که به او اعطا شد. با این حال، تلاش او برای فرار[نیازمند منبع] به فرودگاه توسط نیروهای عبدالرشید دوستم خنثی‌شده و بی‌نتیجه ماند. دوستم که هنگامی به او وفادار بود، در این هنگام با احمد شاه مسعود که فرودگاه را تحت کنترل قرار داشت، متحد شد.
نجیب در هنگام انتظار در مجتمع سازمان ملل متحد در کابل، که برای به مذاکره‌هایی دربارهٔ انتقال امن او به هند می‌پرداختند، شروع به ترجمهٔ کتاب بازی بزرگ از پیتر هاپکرک به زبان مادری‌اش پشتو کرد. دولت هند در پی مسئلهٔ اعطای پناهندگی سیاسی به نجیب و انتقال او به خارج از کشور، در یک موقعیت دشوار قرار گرفته بود. حامیان ادعا کردند که او همیشه به دولت هند نزدیک بوده، پس احتمال رد تقاضای پناهندگی او وجود ندارد، اما دیگران گفتند: انجام این کار احتمالاً برای هند در رابطه با دولت شکل گرفتهٔ مجاهدین تحت توافقنامهٔ پیشاور خطرساز خواهد شد.
هند به او اجازهٔ پناهندگی در سفارتش را نداد و بیان کرد که اینکار احتمالاً باعث ایجاد یک «رقابت شبه‌قاره‌ای» شده و اقدامات تلافی‌جویانه در برابر جامعهٔ هندو افغان را دربر خواهد داشت، و استدلال کرد که نجیب به مراتب در ساختمان سازمان ملل متحد امن‌تر خواهد بود. تمام تلاش‌ها شکست خورد و او در نهایت در مقر سازمان ملل متحد در کابل پناهنده شد، جایی که او تا سال ۱۹۹۶ باقی ماند.
در سال ۱۹۹۴، بادراکومار یک دیپلمات ارشد هند به کابل فرستاده شد و با احمد شاه مسعود، وزیر دفاع، در مورد تحکیم روابط با مقامات افغانستان، بازگشایی سفارت، و اجازه دادن نجیب برای پرواز به هند مذاکره کرد، اما مسعود این درخواست را رد کرد. بادراکومار در سال ۲۰۱۶ نوشت که معتقد است که مسعود نمی‌خواست که نجیب کشور را ترک کند، زیرا قصد استفادهٔ استراتژیک از او را داشت و «احتمالاً امید به زندگی مشترک با نجیب در جایی در بطن زمان وجود داشت، زیرا نجیب سیاستمداری خارق‌العاده بود که به عنوان یک دارایی استراتژیک باید در کنار او می‌بود». در آن زمان، مسعود فرماندهی نیروهای دولتی را برعهده داشت و با نیروهای شبه‌نظامیان دوستم و گلبدین حکمتیار در طول جنگ‌های کابل مشغول به جنگ بود.
در سپتامبر ۱۹۹۶، زمانی که طالبان در حال ورود به کابل بودند، مسعود به نجیب فرصتی داد تا از پایتخت فرار کند. نجیب خودداری کرد. دلیل اینکه او چرا خودداری کرد دقیقاً مشخص نیست. مسعود ادعا کرد که نجیب می‌ترسید که «اگر او با تاجیک فرار کند، برای همیشه نزد پشتون‌ها نفرین می‌شود.» افراد دیگر مانند ژنرال اسحاق توخی، که با نجیب تا روز قبل از شکنجه و قتلش همراه بود، اظهار کردند که اعتماد نجیب نسبت به مسعود کاهش‌یافته بود، زیرا شبه‌نظامیان به‌طور متدوام به سازمان ملل متحد موشک شلیک می‌کردند و مسعود به‌طور مؤثر مانع ترک اولیهٔ نجیب از کابل شده بود. اسحاق توخی بیان کرد: «اگر مسعود می‌خواست که نجیب به صورت امن از کابل خارج شود، می‌توانست مانند انتقال سایر مقامات عالی رتبهٔ حزب کمونیست در بین سال‌های ۱۹۹۲ تا ۱۹۹۶، این فرصت را برایش فراهم سازد.»
در شامگاه ۲۶ سپتامبر ۱۹۹۶ نجیب در ساختمان سازمان ملل متحد بود که نیروهای طالبان به سراغ او رفتند. طالبان او را از سازمان ملل ربوده و به مرگ شکنجه کردند، سپس جسدش را در پشت خودرویی بستند و در خیابان‌های کابل به نمایش گذاشتند. سرنوشت برادر او، شاهپور احمدزی، نیز همانگونه بود. صبح روز بعد طالبان برای این‌که به مردم نشان بدهند که یک دورهٔ جدید آغاز شده، اجساد نجیب و شاهپور را روبروی کاخ ریاست جمهوری ارگ (چهارراه آریانا) بر روی تیرهای چراغ راهنمایی آویزان کردند. بنابر گزارش روزنامه‌نگار رابرت پری  برای تمسخر، در میان انگشتان بی‌جان جسدشان پول و سیگار گذاشتند. طالبان مانع برگزاری مراسم تشییع جنازه، خواندن نماز و غسل میت برای نجیب و شاهپور در کابل شدند. اجساد بعداً به کمیته بین‌المللی صلیب سرخ تحویل داده شد و پس از آن به گردیز در ولایت پکتیا انتقال یافت، جایی که اقوام احمدزی پس از خواندن نماز و اجرای مراسم تشییع جنازهٔ اسلامی آن‌ها را به خاک سپردند.
در ژوئیهٔ سال ۲۰۱۵ اعضای گروه طالبان، بقایای جسد نجیب را از قبر بیرون کشیدند و نابود کردند.