نیر: اتوماتا
داستان > چکیده داستان

در آغاز نیئا: اتوماتا، حقایقی در خصوص پروژه گشتالت که در نیئا آغاز شده بود، آشکار شده و مشخص می‌شود که این پروژه ظاهراً یک موفقیت برای نسل انسان بوده‌است. بازی با مشاهده 2B به عنوان شخصیت اصلی آغاز می‌شود، که به مأموریتی در کارخانه متروک فرستاده شده، و تعدادی اندروید دیگر از نوع B هم همراه او هستند، ولی با رخ دادن یک حمله هوایی، تمام افراد گروه به جز 2B کشته می‌شوند. 2B بعدتر 9S را در همان مکان ملاقات می‌کند. بعد از مشاهده پناهگاه، 2B و 9S دوباره به زمین فرستاده می‌شوند تا مأموریت‌های یورها را انجام دهند. با دنبال کردن مأموریت، 2B و 9S به مکانی زیرزمینی می‌رسند که پر از اجساد بیگانگان است و در این مکان برای اولین بار، آدم و حوا را ملاقات می‌کنند. 2B و 9S با ادامه دادن مأموریتشان به پادشاهی جنگل واقع در منطقه جنگل می‌رسند و برای اولین بار، A2 را ملاقات و با او مبارزه می‌کنند، هرچند او در نهایت فرار می‌کند.
2B سپس به‌دنبال حوا می‌رود و در همین حین با پیشنهاد صلحی از جانب خدای ماشین‌ها مواجه می‌شود. 2B و پاسکال برای ملاقات خدای ماشین‌ها به کارخانه متروک می‌روند، اما متوجه می‌شوند که تمام جریان نوعی تله بوده که به دلیل اختلال در شبکه ماشین‌ها رخ داده‌است. ماشین‌ها شروع به خودکشی و قتل می‌کنند و باور دارند که با مرگ «به خدایان بدل می‌شوند». 9S که در پناهگاه است، به درون یک ماشین رخنه کرده و تمام شبکه کارخانه را هک می‌کند تا راه فراری برای 2B و پاسکال فراهم کند. در اینجا 9S به اسنادی از پروژه گشتالت پی می‌برد که نشان می‌دهند این پروژه شکستی تمام‌عیار بوده و باعث شده تا تمام انسان‌ها بمیرند و نسل انسان منقرض شود. تمام پیام‌هایی که از ماه به پناهگاه و زمین می‌رسیده‌اند، فقط برای ایجاد تصور زنده بودن انسان‌ها بوده و نه واقعیت. پروژه یورها در واقع دروغی بوده تا اندرویدها را سرگرم کند و امیدی برایشان باقی بگذارد، چرا که با گفتن این دروغ، نیروهای یورها حس می‌کردند که هنوز هدفی هست تا به خاطرش مبارزه کنند، چون به‌گونه‌ای برنامه‌ریزی شده بودند تا به‌خاطر انسان‌ها و انسانیت بجنگند. تنها افراد معدود و قابل‌اعتمادی از جمله فرمانده به این اطلاعات دسترسی داشتند.
با فرار 2B از کارخانه متروک، مشخص می‌شود که دلیل اختلال شبکه اقدامات حوا بوده‌است و باعث شده تا چشمان تمام ماشین‌ها به رنگ قرمز درآید. در همین زمان، 9S هم برای کمک به 2B به زمین بازمی‌گردد. در طی نبرد 2B و 9S با حوا، 9S مجبور می‌شود تا به سیستم حوا نفوذ و از بازیابی سلامتی او جلوگیری کند. این عملیات با موفقیت انجام شده و حوا کشته می‌شود، اما سیستم خود 9S در طی آن آسیب می‌بیند. به عنوان آرزوی آخر، 9S از 2B می‌خواهد که شخصاً به زندگی او پایان دهد. 9S بیهوش می‌شود و 2B همان‌طور که با بغض اشک می‌ریزد، با دستانش 9S را خفه می‌کند. 2B در این لحظه می‌گوید: «همیشه همین‌طور تمام می‌شه». با وجود این، 9S خیلی زود دوباره در بدن ربات دیگری زنده شده و مشخص می‌شود که او قبلاً اطلاعاتش را بارگذاری کرده بود. با رخ دادن این اتفاق، 2B خطاب به 9S می‌گوید که به‌خاطر زنده بودن 9S بسیار خوشحال است. با برگشتن آن دو به پناهگاه، 9S با خودش بر سر گفتن حقیقت پروژه گشتالت به 2B کلنجار می‌رود، اما در همین حین فرمانده به او نزدیک شده و گزارش دیگری در مورد پروژه می‌دهد و به پرسش 9S در مورد دلیل فاش کردن این اطلاعات پاسخی نمی‌دهد. کمی بعد از آن، نیروهای یورها پیامی با موضوع حمله ماشین‌ها به اردوگاه مقاومت دریافت می‌کنند و فرمانده طی یک سخنرانی، اهمیت این عملیات را توضیح می‌دهد.
2B و 9S همراه با دیگر اندرویدهای یورها به زمین بازمی‌گردند و به‌عنوان نیروی کمکی در کنار دیگر اندرویدهای یورها می‌جنگند، اما در نهایت نیروهای یورها توسط یک حمله بیهوش می‌شوند و 9S که وظیفه پشتیبانی هوایی را بر عهده داشته برای پشتیبانی از نیروها روی زمین می‌پرد، ولی ماشین‌ها بیشتر و بیشتر می‌شوند و 9S در نهایت 2B را هک و کنترل بدن و ذهنش را به او بازمی‌گرداند، اما دیگر نیروهای یورها به نوعی ویروس دچار شده و علیه 2B و 9S می‌جنگند.
2B و 9S که خود را محاصره شده می‌بینند، اطلاعات خود را به پناهگاه فرستاده و با استفاده از جعبه‌های سیاه، بدن خود و دیگر اندرویدها را نابود می‌کنند. آن دو در پناهگاه بیدار شده و موضوع را به فرمانده گزارش می‌دهند، اما فرمانده حرفشان را باور نکرده و دستور بازداشت می‌دهد. با این وجود، اندرویدهای اطراف به فرمانده حمله‌ور می‌شوند و مشخص می‌شود که همگی به ویروس مبتلا شده‌اند. 2B و 9S از فرمانده دفاع کرده و او را نجات می‌دهند. با رفتن این سه نفر به آشیانه واحدهای پرنده، فرمانده توضیح می‌دهد که نمی‌تواند همراهشان شود، و نقابش را برمی‌دارد. چشم‌های او در این صحنه قرمز دیده شده و مشخص می‌شود که او هم به ویروس مبتلا شده‌است. 2B و 9S فرار می‌کنند و پناهگاه را می‌بینند که پشت سرشان منفجر می‌شود.
2B و 9S در نزدیکی زمین به نبردی با نیروهای یورها می‌پردازند که به جدایی دوباره آن‌دو منجر می‌شود. 2B در شهر غرق‌شده سقوط می‌کند و در مبارزه‌اش با دشمنان، می‌فهمد که خودش هم به ویروس دچار شده. با فهم این موضوع، او به کمک دستیارش خود را به گوشه‌ای می‌کشد تا ویروس را به دیگران منتقل نکند و دوباره با گروه زیادی از اندرویدهای مبتلا شده روبه‌رو می‌شود. در هنگامی که او تقریباً شکست خورده بود، A2 ناگهان پدیدار شده و با دیگر نیروهای یورها می‌جنگد. 2B سپس شمشیرش را به A2 می‌دهد و به او وصیت می‌کند تا از شمشیرش محافظت کند، چراکه این شمشیر حاوی تمام خاطرات اوست. در همان لحظه 9S هم سر می‌رسد و 2B بلافاصله قبل از مرگ، 9S را به نام غیررسمی‌اش، «ناینز» فرا می‌خواند.