پرونده نشریه‌های جعلی دانشگاه امیرکبیر
شکنجه دانشجویان

وزارت اطلاعات ده روز پس از دستگیری دانشجویان در بیانیه‌ای که از سوی خبرگزاری فارس مخابره و سپس به صورت ویژه در صداو سیما پخش شد، مدعی شد که دانشجویان دستگیر شده به انتشار نشریات مذکور اعتراف کرده‌اند، ادعایی که همواره از سوی دانشجویان تکذیب شد. همچنین چند تن از کارکنان یکی از مراکز تایپ و تکثیر (که پیش از این نشریات دانشجویی را چاپ می‌کردند و در جریان این پرونده دستگیر شدند) تحت فشار قرار گرفتند تا برای آزاد شدن، علیه مدیران مسئول نشریات دانشجویی شهادت دهند. ریاست دانشگاه امیر کبیر (علیرضا رهایی) نیز از دانشجویان بسیجی درخواست کرد تا با منتشر کردن بیانیه، خواستار محاکمه هر چه سریعتر دانشجویان توسط قوه قضائیه شوند.
به دانشجویان گفته شده بود که باید از محمود احمدی‌نژاد عذر خواهی کنند.
در شرایطی که سه دانشجو همچنان در بازداشت بودند (احمد قصابان، مجید توکلی و احسان منصوری) دیگر دانشجویان آزاد شده و خانواده‌هایشان توسط بازجویان وزارت اطلاعات و علیرضا رهایی رئیس دانشگاه پلی تکنیک، تهدید می‌شدند که سکوت کرده و مانع از فعالیت ایشان شوند.
خانواده سه دانشجوی دربند، در نامه‌ای به رئیس قوه قضائیه برخی شکنجه‌های صورت گرفته را شرح دادند:
بازجویی طولانی مدت (۲۴ ساعت مداوم) توسط یک تیم ۷ نفره و نیز بازجویی‌های گاه و بیگاه شامل نیمه‌های شب
فرستادن دانشجویان به سلول افراد خطرناک (دستگیرشدگان سازمان القاعده)
ضرب و شتم شدید توسط هفت بازجو به صورت هم‌زمان که به بیهوشی و انتقال فرزندانمان به بهداری بند ۲۰۹ منجر شده است.
نگهداری در سلول‌هایی با اندازه‌های کوچک به‌طوری‌که امکان راه رفتن دراز کردن پا در آن نبوده است.
خواباندن دانشجویان روی زمین و اذیت و آزار توسط تیم هفت نفره باز جویی از جمله فشار بر سر و صورت با پا، ایستادن روی پاها و کمر و نشستن روی پشت و کمر.
ندادن غذا به مدت ۴۸ ساعت…
بخشی‌هایی از نامه خانواده دانشجویان به رئیس قوه قضائیه که ابتدا منتشر نشده بود توسط رسانه‌های دانشجویی منتشر گردید
... دانشجویان بازداشت شده مورد انواع و اقسام آزارهای جنسی قرار گرفته‌اند. بازجوهای وزارت اطلاعات در طول مدت بازجویی، دانشجویان را به شیوه‌های مختلف مورد اذیت و آزارهای جنسی قرار می‌دادند. به عنوان نمونه دانشجویان را به پشت روی زمین می‌خواباندند و لباس‌هایشان را از تنشان خارج کرده و به شیوه‌های مختلف مانند بطری نوشابه، تخم مرغ داغ و… آن‌ها را مورد تهدید قرار می‌دادند (شکنجه جنسی در دیدارهای دانشجویان با مقامات قضایی مجدداً مطرح نشد) شدت ضرب و شتم و شکنجه‌های روحی روانی دانشجویان به حدی بوده که صدای گریه و ناله‌های ایشان از اتاق‌های بازجویی و سلول‌های انفرادی به گوش دوستانشان که در اتاق‌های بازجویی یا سلول‌های مجاور قرار داشتند می‌رسیده است. بازجویی گاهی به بیش از ۱۲ ساعت می‌رسیده و دانشجویان در تمام طول این مدت اجازه صرف غذا یا نوشیدن آب نداشتند. مگر در مواردی که دانشجویان زیر شکنجه‌های طاقت فرسا بیهوش می‌شدند که بازجوها به کمک بهیاران بند ۲۰۹ اوین در حدی که دانشجویان دوباره به هوش بیایند به ایشان آب می‌دادند. همچنین در طول مدت بازجویی به دانشجویان اجازه رفتن به دستشویی نیز داده نمی‌شده به حدی که این دانشجویان در چند مورد کنترل خود را از دست داده و به همین خاطر به شدت از سوی بازجویان مورد ضرب و شتم قرار گرفتند. شدت ضرب و شتم دانشجویان به حدی بوده که گاه لباس‌های دانشجویان در حین بازجویی پاره می‌شده است. بازجوها در عین این که دانشجویان را مجبور به انجام طاقت فرسا مانند خم شدن و گرفتن مچ پاها می‌کردند، چند نفری روی کمر دانشجو سوار می‌شدند. همچنین در مواردی که دانشجویان در اثر ایستادن‌های طولانی مدت کنترل خود را از دست داده و به روی زمین سقوط می‌کردند، بازجوها با گرفتن موها و بلند کردن ایشان، آن‌ها را مجبور می‌کردند دوباره سر پا بایستند. از جمله آزارهای روحی روانی دانشجویان این بوده که در مواردی ایشان را به بند اعضای گروه تروریستی القاعده منتقل نموده‌اند. تیم بازجویی تلاش زیادی جهت گرفتن اعتراف دروغ مبنی بر انتشار نشریات جعلی توسط دانشجویان بازداشت شده و همچنین ارتباط دادن این غائله با احزاب اصلاح طلبی مانند حزب کارگزاران و سازمان مجاهدین انقلاب داشته‌اند. علاوه بر این بازجویان تلاش وافری جهت ارتباط دادن غائله نشریات با انقلاب‌های مخملین داشته‌اند.
افشای شکنجه‌ها و پیگیری وضعیت دانشجویان منجر به وخیم تر شدن وضعیت آنان و افزایش فشارها توسط قاضی مرتضوی شد.
پدر احسان منصوری پیرامون دیداری که با سعید مرتضوی دادستان تهران داشته‌اند گفت:
ایشان در طول دیدار با ما به صورت مداوم در حال توهین و تهدید ما بود. از در که وارد شدیم ایشان به چادر همسر بنده و مادر احمد قصابان اشاره کرد و گفت مگر شما مسلمانید که حجاب دارید؟! از نظر من شما کافرید. ایشان به ما گفتند شما که می‌گویید بچه‌هایتان شکنجه جنسی شده‌اند، اصلاً می‌دانید شکنجه جنسی یعنی چه؟ سپس آقای مرتضوی شروع کردند در حضور همسران ما برداشت خودشان را از شکنجه جنسی در مورد زن و مرد توضیح دادن و بعد از ما پرسیدند حالا بگویید ببینم بچه‌هایتان شکنجه جنسی شده‌اند یا نه؟! چنان‌که من حتی از فکر کردن به حرف‌های آقای مرتضوی شرم دارم ولی برای دفاع از فرزندم حاضرم جمله به جمله سخنان ایشان را خدمتتان عرض کنم… ما به آقای مرتضوی گفتیم ما برای حل این مشکل با آقای جمشیدی، سخنگوی قوه قضاییه هم دیدار داشتیم که آقای مرتضوی در جواب گفتند جمشیدی دیگر کیست؟! برای این موضوع باید با من صحبت کنید. شیر این پرونده دست من است، بخواهم بازش می‌کنم، نخواهم می‌بندمش. تا الان یک خط متوسط روی پرونده این دانشجویان کشیده بودم. اگر بخواهم، آن‌ها را طوری ادب می‌کنم که تا هفت پشتتان بسوزید. مرتضوی به ما گفت نشریات کار همین سه نفر بوده و تا ندامتنامه ننویسند آزادشان نمی‌کنم. ایشان گفتند ظاهراً نه بچه‌هایتان ادب شده‌اند و نه خودتان و من می‌خواهم هم آن‌ها را ادب کنم و هم شما را. الان هم آن‌ها را به سلول انفرادی منتقل کرده‌ام و دیگر تا ادب نشوید نه از تلفن خبری هست و نه از ملاقات.
قاضی مرتضوی به خانواده دانشجویان گفته بود با وجود آنکه پرونده را نخوانده اما یقین دارد انتشار نشریات کار دانشجویان دربند بوده است. و تا ندامتنامه ننویسند از آزادی خبری نیست.
ضرب و شتم دانشجویان در زندان و انتقال آنان به زندان رجایی‌شهر محل نگهداری معتادان، قاچاقچیان مواد مخدر و مجرمین خطرناک از دیگر فشارهایی بود که در دوران بازداشت بر آنان وارد گردید.
علیرضا رهایی رئیس دانشگاه امیرکبیر پس از انتشار اخبار شکنجه دانشجویان در مصاحبه‌ای گفت که خواستار آزادی دانشجویان است. در حالیکه حراست دانشگاه با تأیید وی همکاری کامل با دادگاه انقلاب و وزارت اطلاعات در جریان دستگیری دانشجویان داشت.
همزمان سایت اتحادیه انجمن‌های اسلامی مستقل که از تشکل‌های منتسب به جناح راست به‌شمار می‌رود گزارشی تحت عنوان «افشای پرونده امیرکبیر»منتشر ساخت.
چهار دانشجویی که پس از دوماه آزاد شده بودند توانستند با مراجعه به قوه قضائیه اقدام به تنظیم شکایت علیه کارکنان وزارت اطلاعات نمایند، اما علیرغم توصیه رئیس قوه قضائیه و وعده رئیس دادگستری تهران نتیجهٔ رسیدگی به این شکایت منتشر نشد.
فراکسیون اقلیت مجلس نیز پیرامون برخورد با دانشجویان به وزیر علوم تذکر داد.
انجمن اسلامی دانشگاه امیر کبیر در بیانیه‌ای تأکید کرد که اجازه نخواهد داد خواب بازگشت کشور به دهه شصت تعبیر شود.
اعمال شکنجه‌های شدید بر روی سایر دانشجویان در ماه‌های بعد در بند ۲۰۹ زندان اوین (زیر نظر وزارت اطلاعات) نیز گزارش شد، از جمله بر روی دانشجویان «آزادیخواه و برابری طلب».
برخی مراجع تقلید در پاسخ به استفتایی که از سوی خانواده دانشجویان زندانی صورت گرفت، اعتراف‌گیری تحت شکنجه را حرام و فاقد اعتبار دانستند.