تاریخچه اندیشه فرگشتی

باور به فرگشت و این که انسان‌ها و دیگر جانداران زنده از راه‌های طبیعی و دگرگون شدن یک ساختار به ساختاری دیگر پدید آمده‌اند ریشه‌های کهن در میان ایرانیان باستان،  ایرانیان دوران اسلامی، یونانیان باستان، رومیان و چینیان دارد. با آغاز طبقه‌بندی علمی جانداران در انتهای سده ۱۷ میلادی، اندیشهٔ زیستی در غرب تحت تأثیر دو باور متضاد قرار گرفت: یکی ذات‌باوری و اعتقاد به این بود که هر جانور دارای خصیصه‌های ذاتی نامتغیر است که خود برآمده از متافیزیک مکتب ارسطو و همسو با الهیات طبیعی بود؛ و دیگری برآمده از رویکردی متضاد با اندیشه ارسطویی در دانش نوین. با رشد روشنگری، جهان‌بینی فرگشتی و فلسفه مکانیکی از علوم فیزیکی تا تاریخ طبیعی را دربر گرفتند. طبیعت‌گرایان آغاز به تمرکز بر تغییرپذیر بودن گونه‌ها کردند؛ برآمدن دیرینه‌شناسی با مفهوم انقراض فشار را بر دیدگاه ثابت بودن طبیعت هر چه بیشتر کرد. در آغاز سده ۱۹ میلادی، ژان–باتیست لامارک نگره خود دربارهٔ تراجهش گونه‌ها را مطرح کرد، که نخستین نگره از این نوع دربارهٔ فرگشت به‌شمار می‌رفت.
در ۱۸۵۸، چارلز داروین و آلفرد راسل والاس، به صورت مشترک اقدام به چاپ نگره‌ای فرگشتی تازه کردند که به تفصیل در کتاب خاستگاه گونه‌های داروین شرح داده شد. اگرچه تا پیش از ارائه نظریه فرگشتی داروین دیدگاه فرگشت‌گرایانه در جامعه علمی جای پا باز کرده بود، اما نظریه او به آن دلیل انقلابی تلقی می‌شود که توانست سازوکاری از چگونگی پدید آمدن تفاوت‌ها در گونه‌های مختلف را توضیح دهد؛ چیزی که امروزه با مفهوم انتخاب طبیعی می‌شناسیم. نظریه او همراه بود با شواهد بی‌شماری از شاخه‌های گسترده علمی همچون دامداری، جغرافیای زیستی، زمین‌شناسی، ریخت‌شناسی، و رویان‌شناسی.
بحث بر روی کار داروین باعث پذیرش سریع مفهوم کلی فرگشت شد، ولی سازوکار مشخصی که تحت عنوان انتخاب طبیعی او پیشنهاد داد، به صورت گسترده مورد استقبال قرار نگرفت، مگر تا هنگامی که پیشرفت‌های زیست‌شناسی در طی دهه‌های ۱۹۲۰ و ۱۹۴۰ آن را دوباره پیش کشیدند. تا پیش از آن هنگام، بیشتر زیست‌شناسان ادعا می‌کردند عوامل دیگری مسئول فرگشت هستند. جایگزین‌های انتخاب طبیعی که در طی افول داروینیسم (تقریباً ۱۸۸۰ تا ۱۹۲۰) پیشنهاد شدند شامل به ارث بردن ویژگی‌های اکتسابی (نولامارکیسم)، میل ذاتی به تغییر (راست‌زایی)، و جهش‌های آنی و بزرگ (جهش‌گرایی) بودند. سنتز انتخاب طبیعی توسط ژنتیک مندلی در طی دهه‌های ۱۹۲۰ و ۱۹۳۰ باعث بنیان نهادن شاخه جدید ژنتیک جمعیت شد. در طی دهه‌های ۱۹۳۰ و ۱۹۴۰، ژنتیک جمعیت با دیگر شاخه‌های زیستی ترکیب شد، و نگره‌ای به صورت گسترده مورد پسند از فرگشت را نتیجه داد که بیشتر زیست‌شناسی را در بر می‌گرفت: سنتز فرگشتی نوین.
در پی استقرار زیست‌شناسی فرگشتی، مطالعات جهش و تنوع در جمعیت‌های طبیعی، در ترکیب با جغرافیای زیستی و سامانه‌شناسی، منجر به پیدایش ریاضیاتی پیچیده و مدل‌های سببی از فرگشت شدند. دیرینه‌شناسی و کالبدشناسی تطبیقی به ساخت تاریخ فرگشتی حیات با جزئیات بالا کمک کردند. با برآمدن ژنتیک مولکولی در دهه ۱۹۵۰، مبحث فرگشت ملکولی بر پایه رشته‌های پروتئینی و تست‌های ایمنی‌شناختی پیدایش یافت، و بعدها بررسی‌های بر دی‌ان‌ای و آران‌ای را دربر گرفت. دیدگاه ژن-محور فرگشت اهمیت فراوانی در دهه ۱۹۶۰ یافت، و در پی آن بحث‌های زیادی بر روی سازگارپذیری، واحدهای انتخاب، و اهمیت نسبی رانش ژن در مقابل انتخاب طبیعی، انجام گرفتند. در پایان سده ۲۰ میلادی، توالی‌شناسی دی‌ان‌ای منجر به شناخت فیلوژنتیک مولکولی و انتقال افقی ژن شد، و راه را برای بازنویسی دوباره درخت حیات به صورت سامانه‌ای سه–دامنه باز کرد. همچنین، عوامل تازه شناخته شدهٔ درون‌هم‌زیستی و انتقال عمودی ژن پیچیدگی‌های بیشتری را وارد نگره فرگشتی کردند. یافته‌های زیست‌شناسی فرگشتی نه تنها بر شاخه‌های سنتی زیست‌شناسی تأثیری بزرگ داشته‌اند، که دیگر مباحث علمی و دانشگاهی را نیز (همچون انسان‌شناسی و روان‌شناسی) متأثر ساختند.