علل ناکامی آلمان در عملیات بارباروسا
پارتیزان‌های شوروی

مقالهٔ اصلی: پارتیزان‌های شوروی
اغلب تلفات نیروهای آلمانی در این عملیات بیش از آن که مربوط به نبردهای عمده در درگیره‌های متعارف با نیروهای ارتش سرخ باشد، حاصل مجموعه‌ای از مقاومت‌های متعدد سازمان نیافته نیروهای دشمن در نقاط مختلف بود. در قالب تاکتیک عملیاتی بلیتس‌کریگ پیشروی نیروهای زرهی ورماخت تقریباً تماما از طریق جاده‌ها صورت می‌گرفت و «تمام جنگ» برای آن‌ها کم و بیش در این جاده‌ها اتفاق می‌افتاد. این به این معنا بود که، در شرایطی متناقض، خط مقدم آلمانی‌ها بدون سلطه بر اراضی پشت‌سرگذاشته‌شده، پیش می‌رفت و اهداف تعیین‌شده ظاهراً محقق می‌شد؛ درحالی‌که عناصر قدرتمندی از دشمن همچنان همه جای این اراضی پشت سر پراکنده بودند. هالدر روز ۱۶ ژوئیه می‌نویسد: «در نواحی که هوت و گودریان از آن عبور کرده‌اند گروه‌های بی‌شماری از دشمن با قابلیت رزم لشکرهای موتوریزه ما را وادار به ایجاد خط مقدم در همه جهات می‌کنند.» در حالتی منحصر به فرد در تاریخ نظامی، آلمانی‌ها بخش بزرگی از یگان‌های تدارکاتی خود را جهت تأمین نیروهای طلایه‌دار زرهی، جلوتر از بیشتر نیروهای خود (پیاده‌نظام) قرار می‌دادند. بدین ترتیب با حضور عناصر دشمن در فضای خالی پشت خط مقدم، خطوط تدارکاتی و ارتباطی قوای زرهی مداوما در معرض خطر قرار داشت و به شکل اجتناب‌ناپذیری تلفات سنگینی متحمل می‌شد. در تاکتیک خام اما اثرگذار مورد استفاده نیروهای شوروی گروه‌های کوچکی از سربازان ارتش سرخ مواضع خاصی از نیروهای بی‌اطلاع آلمانی را هدف قرار می‌دادند و آن‌ها را مجبور به نبرد تن‌به‌تن می‌کردند که تا آن زمان تجربه نکرده بودند. این نیروها با استفاده از جنگل‌های متراکم و مزارع با گیاهان بلند بر سر راه‌هایی که آلمانی‌ها به استفاده از آن وابستگی داشتند، کمین می‌گذاشتند و به آن‌ها حمله می‌بردند. این شرایط برابری بیشتری بین دو طرح حتی با وجود برتری هوایی و تسلیحاتی طرف آلمانی ایجاد می‌نمود و در کل بلافاصله گونه‌ای از مقاوت مؤثر پارتیزانی را آغاز کرد. در روش‌های غیر مستقیم پارتیزان‌ها پل‌ها، خطوط آهن و سایر زیرساخت‌های حیاتی را هدف قرار می‌دادند که وقت و منابع زیادی را از آلمانی جهت تعمیر آن‌ها می‌گرفت.
فرمانداران غیرنظامی که جهت اداره اراضی تصرف‌شده برگزیده می‌شدند، نیز با اقدامات خود نظیر بد رفتاری با بومیان، غارت اموال مادی و فرهنگی آن‌ها و سعی در آلمانی‌سازی، به این شرایط دامن می‌زدند و این موضوع باعث به پا شدن و شدت گرفتن فعالیت‌های پارتیزانی در این مناطق می‌شد؛ به وجهی که لشکر دویست و پنجاه و پنجم پیاده‌نظام ورماخت گزارش می‌کند غارت اموال بومیان «مردم را دلخور می‌کند و عملاً آن‌ها را به آغوش پارتیزان‌ها سوق می‌دهد.» گروه‌های پارتیزانی شامل غیرنظامیان، اعضای حزب کمونیست، سربازان به اسارت در نیامده و اسرای متواری شده بودند. با افزایش بزرگی ناحیه عملیاتی لوفت‌وافه وادار می‌شد نیروهای خود را به پایگاه‌های هوایی شرقی‌تر جدید با تهجیزات اندک منتقل کند. این پایگاه‌های هوایی جدید به شکل خاصی در مقابل حملات نیروهای پراکنده دشمن در مناطق پشت خط مقدم آسیب‌پذیر بودند. پیشروی مداوم و فقدان نیروهای امنیتی در اراضی پشت خط مقدم، محافظت از مواد غذایی و نفت غنیمت‌گرفته‌شده را برای آلمانی‌ها «غیرممکن» و غارت آن‌ها توسط دشمن را «غیرقابل جلوگیری» کرده بود. در یک مورد گروه زرهی ۳ زیر حملات پارتیزانی، درخواست اعزام نیروهای ذخیره ارتش نهم برای پاکسازی جنگل‌ها را کرد. درحالی‌که، گستردگی این مناطق و محدودیت در قوای ذخیره این امر را غیرممکن ساخته بود. حملات پارتیزانی به اندازه‌ای بالا گرفت که در برخی نواحی خودروی‌های آلمانی اجازه تردد شبانه نداشتند. در این شرایط سه لشکر امنیت گروه ارتش مرکز برای اداره اراضی اشغالی کافی نبود و فرماندهی این گروه ارتش مجبور می‌شد لشکرهای عادی دیگر خود را موقتاً بدین جهت به این مناطق اعزام کند. ماه ژوئیه جز یگان‌های امنیت و نیروهای متحد، آلمانی‌ها شش لشکر عادی خود را صرف مبارزه با پارتیزان‌ها کردند. به هر صورت این نیروها از آموزش لازم برای چنین وظیفه‌ای برخوردار نبودند. بر اساس یک برآورد، آلمانی‌ها در مجموع وادار شده بودند حدود ۱۰ درصد از نیروی انسانی خود را صرف مبارزه با پارتیزان‌ها کنند. بدین ترتیب در هیچ نقطه زمانی از جنگ، نیروهای امنیتی آلمانی موفق نشدند این مقاومت پارتیزانی را از بین ببرند؛ درحالیکه روز به روز تعداد و تأثیر این عملیات‌ها افزایش میافت.