قیام و محاصره مشروطه‌خواهان تبریز
دخالت قوای روس و پایان محاصره

روسیه و انگلستان در سال ۱۲۸۶، معاهده‌ای را امضا کرده بودند که به موجب آن، مناطق شمالی ایران به عنوان مناطق تحت نفوذ روسیه و مناطق جنوبی به عنوان مناطق تحت نفوذ انگلستان توسط طرفین به رسمیت شناخته شد. با امضای این معاهده که به قرارداد ۱۹۰۷ شهرت یافت، انگلستان پس از ۷۵ سال، از مخالفت و مقابله با روسیه برای اعمال نفوذ یا تجاوز به مناطق شمالی ایران دست برداشت و روس‌ها اجازه پیدا کردند که برای تضمین منافع خود به هر اقدامی که لازم بود دست بزنند، مشروط بر آن که دامنه این اقدامات به مناطق تحت نفوذشان محدود شود. تبریز و به‌طور کلی منطقه آذربایجان در منطقه تحت نفوذ روسیه قرار داشت.
روسیه از ابتدای شروع درگیری‌ها نسبت به حفظ جان اتباع خود در تبریز اظهار نگرانی می‌کرد. در اواسط فروردین ۱۲۸۸ (اواسط آوریل ۱۹۰۹) روسیه و انگلستان توافق کردند که گروهی از سربازان روس، وارد خاک ایران شوند و محاصره را بشکنند. کنسول‌گری‌های این دو کشور طی نامه‌ای به انجمن ایالتی اطمینان دادند که حضور این نیروها در تبریز موقتی خواهد بود. اگرچه این این تصمیم در ابتدا مورد موافقت انجمن قرار نگرفت، اما در نهایت موافقت انجمن هم جلب شد. هنگامی که نیروهای روس به پل جلفا رسیدند، گروهی از مجاهدان به فرماندهی نورالله یکانی راه را بر قوای روس بستند و تا زمانی که از انجمن دستور نرسید، راه را باز نکردند.
نیروهای مسلح و مجهزِ حدوداً ۴ هزار نفره روسیه به فرماندهی یک ژنرال روس به نام زنارسکی، در ۹ اردیبهشت ۱۲۸۸ به حومه تبریز رسیدند. این نیروها متشکل از چهار گردان قزاق، سه گردان پیاده، دو گردان توپخانه و یک گردان نقب‌زن بودند که با رسیدن به تبریز، در قسمت شمالی رودخانه تلخه‌رود چادر زدند. روابط مشروطه‌خواهان و روس‌ها در ابتدا خوب بود؛ روس‌ها بدون اجازه وارد شهر نشدند و انجمن قانع شده بود که آنها گندم به شهر رسانده‌اند و حضورشان موقتی است. ستارخان و باقرخان به دیدار زنارسکی رفتند و به نیروهای مجاهد دستور دادند حرکتی از خود نشان ندهند. نیروهای دولتی ایران پراکنده شدند؛ عین‌الدوله به تهران برگشت، رحیم چلبیانلو به مرند رفت و نیروهای ایلیاتی هم رهسپار سرزمین‌های خود شدند. با ورود قوای روس، نقش میللر، سفیر روسیه در تبریز، در اداره شهر پررنگ شد. روس‌ها از محمدعلی شاه هم خواستند اجلال‌الملک را، که نزد مشروطه‌خواهان اعتبار داشت، به عنوان حاکم آذربایجان منصوب کند که او نیز به ناچار این انتصاب را پذیرفت. چند روز بعد از ورود روس‌ها، یکی از سربازان روس در هنگام نگهبانی، با گلوله یک فرد ناشناس مضروب شد و سربازان روس هم در واکنش به آن به صورت بی‌هدف آتش گشودند که به کشته شدن یک تبریزی انجامید. ژنرال زنارسکی از انجمن ایالتی مبلغ ۱۰ هزار تومان غرامت خواست که تهیه این مبلغ برای آنها غیرممکن بود. اما در نهایت با پایان ضرب‌الاجل تعیین‌شده، انجمن مبلغ سه هزار تومان را فراهم کرد. این اختلافات به مرور عمیق‌تر می‌شد، چرا که روس‌ها اقداماتی انجام دادند که نشان می‌داد حضور آنها در شهر موقتی نیست؛ مثلاً نقشه‌برداری از شهر را شروع کردند. انجمن به این اقدامات اعتراض کرد، اما راه به جایی نبرد. روسیه همچنین فرمان دستگیری مجاهدان قفقازی را —که آنها را اتباع یاغی خود قلمداد می‌کرد— صادر و تهدید کرد که اگر تبریزیان آنها را تحویل ندهند، ستارخان و باقرخان دستگیر خواهند شد. این افراد شبانه به خوی گریختند و از رود ارس عبور کردند. بعضی از آنها در حین بازگشت، دستگیر و به سیبری تبعید شدند.
در روز ۲۲ اردیبهشت، انجمن اعلام کرد که تا ظهر همان روز، همه مجاهدان باید اسلحه‌های خود را تحویل دهند. قوای روس عملیات خلع سلاح را در دست گرفت. در روز ۲۵ اردیبهشت، دستور برچیدن سنگرهای شهر صادر شد و روس‌ها با دینامیت و توپخانه، استحکامات شهر را تخریب کردند. روس‌ها همچنین بعضی از سرکردگان مجاهدان را تحت تعقیب قرار دادند و از آن جمله نایب قاسم و یوسف همکاواری را دستگیر کردند؛ بنابراین بسیاری از مجاهدان پنهان شدند یا تبریز را ترک کردند. مجاهدان قفقازی به سرزمین‌های خود برگشتند. علی مسیو به کنسول‌گری عثمانی پناهنده شد. اجتماعیون عامیون و فرقه سوسیال دموکرات، فعالیت‌های خود را متوقف کردند. نیروهای روس در مقابل خانه باقرخان توپ کار گذاشتند و درصدد تخریب خانه بودند، اما بعد تصمیم گرفتند اموال او و ستارخان را مصادره کنند. دلیل آنها برای توقیف اموال رهبران مجاهدان، ادعای خسارت ۲۲ هزار روبلی به اموال کمپانی راه شوسه تبریز–جلفا عنوان شد. آنها در صدد بازداشت ستارخان، باقرخان و تقی‌زاده بودند و آنها هم در تاریخ ۸ خرداد به کنسول‌گری عثمانی پناه بردند. به این ترتیب، مجاهدان تبریز به کلی پراکنده شدند و نتوانستند در فتح تهران مشارکت کنند.