راینهارت هایدریش
نقش در هولوکاست

تلگراف سال ۱۹۳۸ که در آن فرمان اجرای عملیات  شب بلورین و دستورالعمل‌هایی در این زمینه با امضای هایدریش دیده می‌شود
نامه‌ای با تاریخ ژوئیه ۱۹۴۲ از هرمان گورینگ به هایدریش دربارهٔ راه حل نهایی برای مسئله یهودان
برخی مورخان همچون گیتا سرنی، ریچارد جی. ایوانز و روبرت گروارت هایدریش را مخوف‌ترین عضو نخبهٔ نازی می‌دانند. هیتلر او را «مردی با قلب آهنین» نامید. او یکی از معماران اصلی هولوکاست در سال‌های اولیه جنگ بود و تنها به هیتلر، گورینگ و هیملر در تمامی امور مربوط به تبعید، زندان و نابودی یهودیان پاسخ می‌داد و فقط از آنها دستور می‌گرفت.
هایدریش یکی از سازمان‌دهندگان شب بلورین بود؛ یک پوگروم علیه یهودیان در سراسر آلمان در شب‌های ۹ و ۱۰ نوامبر ۱۹۳۸ میلادی. هایدریش در آن شب تلگرافی را به دفاتر مختلف اس‌دی و گشتاپو ارسال کرد و به هماهنگ‌‌سازی پوگروم میان اس‌اس، اس‌دی، گشتاپو، پلیس یونیفرم‌پوش (اورپو)، اس‌آ، مقامات حزب نازی و حتی ادارات آتش‌نشانی کمک کرد. هایدریش در تلگراف، اجازهٔ به‌آتش کشیدن و تخریب مشاغل و کنیسه‌های یهودیان را صادر کرد و دستور داد تمام «مدارک بایگانی‌شده» مراکز و کنیسه‌های یهودیان مصادره شود. در تلگراف دستور داده شده بود که «به میزان ظرفیت موجود در بازداشتگاه‌ها، باید یهودیان — به ویژه یهودیان ثروتمند — در تمام مناطق دستگیر شوند… بلافاصله پس از دستگیری‌ها، باید با اردوگاه‌های کار اجباری مناسب تماس گرفته شود تا این زندانیان در اسرع وقت در اردوگاه‌ها مستقر شوند.» بیست هزار یهودی در روزهای پس از دستگیری به اردوگاه‌های کار اجباری فرستاده شدند. مورخان شب بلورین را آغاز هولوکاست می‌دانند.
هنگامی که هیتلر در سال ۱۹۳۹ دنبال بهانه‌ای برای حمله به لهستان بود، هیملر، هایدریش و هاینریش مولر یک پروژهٔ پرچم دروغین را طراحی کردند که با نام رمز عملیات هیملر شناخته می‌شد. مطابق این نقشه، می‌بایست یک حمله ساختگی به ایستگاه رادیویی آلمان در گلیویتسه در ۳۱ اوت ۱۹۳۹ از سوی لهستانی‌ها انجام شود. هایدریش نقشه را طراحی کرد و از مکان حمله که حدود ۶ کیلومتر با مرز لهستان فاصله داشت، بازدید کرد. ۱۵۰ سرباز آلمانی با پوشیدن یونیفورم‌های لهستانی چندین حمله در طول مرز انجام دادند. هیتلر از این حیله، به عنوان بهانه جنگ برای آغاز تهاجم خود به لهستان استفاده کرد.
به دستور هیملر، هایدریش آینزاتس‌گروپن (نیروهای ضربت) را تشکیل داد تا با آغاز جنگ جهانی دوم، به دنبال نیروی زمینی آلمان حرکت کنند. در ۲۱ سپتامبر ۱۹۳۹، هایدریش پیامی از طریق تله‌پرینتر دربارهٔ «مسئله یهودیان در سرزمین اشغالی» به روسای تمام نیروهای ضربتِ آینزاتس‌گروپن ارسال کرد و دستورهایی برای جمع‌آوری یهودیان جهت اسکان در گتوهای نازی فرستاد و خواستار تشکیل یودن‌رات (شوراهای یهودی) شد. وی همچنین فرمان سرشماری و ترویج طرح‌های آریایی‌سازی مشاغل و مزارعِ متعلق به یهودیان و انجام اقدامات مقتضی دیگر را نیز صادر کرد. واحدهای آینزاتس‌گروپن ارتش نازی را در لهستان همراهی و تعقیب کردند تا این نقشه‌ها و دستورها را عملی سازند. بعدها، در اتحاد جماهیر شوروی، آنها به جمع‌آوری و قتل یهودیان از طریق جوخه تیرباران و وانت‌های گاز متهم شدند. بنا به تخمین رائول هیلبرگ، تاریخ‌نگار و کارشناس سیاسی، مابین سال‌های ۱۹۴۱ تا ۱۹۴۵ میلادی، آینزاتس‌گروپن و نیروهای کمکی وابسته، بیش از دو میلیون نفر از جمله ۱٫۳ میلیون یهودی را به قتل رساندند. در عین حال، هایدریش ترتیب ویژه‌ای داد تا برخی ورزشکاران خاص مانند «پاول زومر»، شمشیرباز قهرمان یهودی-آلمانی که وی را از دوران پیش از اس‌اس می‌شناخت و همچنین تیم شمشیربازی المپیک لهستان که در بازی‌های المپیک تابستانی ۱۹۳۶ شرکت کرده بودند، در امان باشند.
هایدریش در ۲۹ نوامبر ۱۹۳۹، تلگرامی دربارهٔ «تخلیه استان‌های جدید شرقی» منتشر کرد که جزئیات تبعید مردم از طریق راه‌آهن به اردوگاه‌های کار اجباری را شرح می‌داد و همچنین راهکارهایی دربارهٔ سرشماری دسامبر ۱۹۳۹ ارائه می‌کرد که مبنایی برای این تبعیدها بود. در ماه مه ۱۹۴۱ هایدریش با همکاری ارتشبد ادوارد واگنر که رئیس سررشته‌داری و خرید ارتش بود، مقرراتی را برای تهاجم آتی به اتحاد جماهیر شوروی تنظیم کردند که تضمینی برای ادامهٔ همکاری آینزاتس‌گروپن و نیروی زمینی آلمان جهت کشتار یهودیان شوروی شد.
در ۱۰ اکتبر ۱۹۴۱، هایدریش افسر ارشدِ اداره اصلی امنیت رایش در نشست «راه حل نهایی» در پراگ بود که در آن، در مورد تبعید ۵۰٬۰۰۰ یهودی از مناطق فرمانداری بوهمیا و موراویا به گتوهای مینسک و ریگا بحث می‌شد. هایدریش با توجه به موقعیتی که داشت، در اجرای این طرح‌ها نقش اساسی ایفا می‌نمود؛ زیرا گشتاپوی او آماده سازماندهی تبعید در غرب بود و نیروهای آینزاتس‌گروپن او، پیش‌تر عملیات کشتار گسترده‌ای را در شرق آغاز کرده بودند. افسران حاضر همچنین در مورد انتقال ۵٬۰۰۰ یهودی از پراگ «در چند هفته آینده» و تحویل آنها به فرماندهان آینزاتس‌گروپن آرتور نبه و اُتو راش بحث کردند. ایجاد گتوهای بیشتر در فرمانداری رایش نیز برنامه‌ریزی شد که منجر به ساخت گتوی ترزینشتات گردید که در آن ۳۳٬۰۰۰ نفر در نهایت جان خود را از دست دادند. ده‌ها هزار نفر دیگر، اقامتی موقت در این اردوگاه داشتند و سپس برای «مرگ» به سمت شرق فرستاده شدند. هیملر در سال ۱۹۴۱، هایدریش را «مسئول اجرای» عملیات انتقال اجباری ۶۰٬۰۰۰ یهودی از آلمان و چکسلواکی به محله یهودی‌نشین ووچ (گتوی لیتزمانشتات) در لهستان نمود.
پیش‌تر در ۳۱ ژوئیه ۱۹۴۱، هرمان گورینگ به هایدریش مجوز کتبی داد تا از همکاری رهبران اداری بخش‌های مختلف دولتی جهت اجرای «راه حل نهایی برای مسئله یهودیان» در سرزمین‌های تحت کنترل آلمان اطمینان حاصل کند. در ۲۰ ژانویه ۱۹۴۲، هایدریش ریاست جلسه‌ای را بر عهده داشت که امروزه با نام کنفرانس وانزه شناخته می‌شود تا در مورد اجرای این طرح بحث و گفتگو شود.