جنگ داخلی الجزایر
فروپاشی GIA و ادامه حیات GSPC

پس از آنکه EU با فشار مضاعف بین‌المللی برای اقدام برداشتن در مورد قتل‌عام‌های رخ داده در الجزایر مواجه شد، دو هیئت جهت بازدید و بررسی قتل‌عام‌ها در نیمه اول ۱۹۹۸ به الجزایر فرستاد، یکی از این دو هیئت اعزامی تحت نظارت و رهبری ماریو سوآرز قرار داشت؛ گزارش‌های هیاتهای اعزامی گروه‌های مسلح اسلامگرا را محکوم می‌کرد. به سرعت امنیت بیشتری در شهرها حاکم شد، هر چند که قتل‌عام‌ها هنوز هم در مناطق روستایی ادامه داشت. سیاست قتل‌عام غیرنظامیان که GIA آن را اتخاذ کرده بود، از قبل باعث به وجود آمدن چند دستگی و اختلاف در میان فرماندهان آن شد و برخی از آن‌ها در مقام نفی این سیاست برآمدند. در ۱۴ سپتامبر۱۹۹۸، این اختلاف نظرها با تشکیل گروه سالافیست ترویج و مبارزه (GSPC) که در کوهستان‌های غرب کبیلیه مستقر و تحت رهبری حسن حصاب قرار داشت، شکل رسمی به خود گرفت.
در ۱۱ سپتامبر، زروآل با اعلام استعفای خود ناظران را شگفت زده کرد. انتخابات جدید سازمان دهی شد، و در ۱۵ آوریل۱۹۹۹، مبارز استقلال طلب سابق عبدالعزیز بوتفلیقه که از حمایت ارتش برخوردار بود، بنا به اعلام مقامات با کسب ۷۴٪ آرای ماخوذه در به سمت ریاست جمهوری انتخاب شد. اندکی قبل از شروع انتخابات دیگر نامزدهای انتخاباتی، ضمن ابراز نگرانی از تقلب در انتخابات، از انتخابات کناره‌گیری کرده بودند. بوتفلیقه مذاکره با AIS را ادامه داد و در ۵ ژوئن AIS کلاً موافقت کرد که منحل شود. بوتفلیقه با بخشودن و عفو شماری از زندانیان اسلامگرا که به ارتکاب جرم و خلاف‌های کوچک متهم بودند، و نیز با به تصویب رساندن قانون نظم اجتماعی در مجلس که مبارزان اسلامگرایی را که مرتکب قتل و زنا نشده بودند در صورت معرفی از تعقیب قانونی عفو می‌کرد، باعث تداوم پیروزی و موفقیت دولت شد. این قانون سرانجام در ۱۶ سپتامبر۱۹۹۹ از طریق همه‌پرسی به تصویب نهایی رسید و شماری از مبارزان، من‌جمله مصطفی کرتالی، از این فرصت قانونی استفاده کردند و با تسلیم خود زندگی طبیعی را از سر گرفتند که البته گاهی موارد این کار کسانی را که به دست چریک‌ها آزار و اذیت شده بودند خشمگین می‌کرد. رهبری FIS از نتایج به دست آمده ابراز نارضایتی می‌کرد و احساس می‌کرد که AIS بدون آنکه مسئله‌ای را حل کند، جنگ را متوقف ساخته‌است، اما مهره اصلی آن‌ها عبدالقادر هچانی که در آن زمان در زندان نبود در ۲۲ نوامبر ترور شد. خشونت خوابید، هر چند کاملاً متوقف نشد و به تدریج الجزایر در وضعیت طبیعی قرار می‌گرفت.
AIS پس از ۱۱ ژانویه ۲۰۰۱ و پس از برخورداری از عفو و بخشودگی ویژه دولت به‌طور کامل منحل شد. GIA که به سبب چند دستگی و رویگردانی اعضای خود از آن از هم پاشیده بود و از همه جهات، حتی توسط نهضت اسلامگرایان محکوم و تقبیح شده بود، در چند سال به تدریج از طریق عملیات ارتش از بین رفت؛ تا زمان مرگ انتار زوباری دراوائل سال ۲۰۰۲، این حزب عملاً فرومانده و از کار افتاده شده بود. بعد از حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ تلاش‌های دولت مضاعف شد؛ احساس هم دردی ایالات متحده آمریکا با دولت الجزایر فزونی یافت و در قالب اقداماتی از قبیل مسدود کردن حساب‌های GIA و GSPC و تأمین عینک ایمنی مادون قرمز ارتش نمایان و آشکار شد.
با تضعیف GIA فعال‌ترین گروه شورشی GSPC محسوب می‌شد که تقریباً ۳۰۰ مبارز در سال ۲۰۰۳ داشت.
GSPC در منطقه‌ای که فعالیت داشت به ترور پرسنل ارتش و پلیس ادامه داد و همچنین موفق شد تا صحرا پیشروی کند که در آنجا شاخه جنوبی آن، به رهبری عماری صیفی (با نام مستعار ‹‹عبدالرزاق الپارا›› ‹‹چتر باز››)، شماری از گردشگران آلمانی را در سال 2003 ربودند. این اتفاق قبل از زمانی رخ داد که عماری صیغی ناچار شد به مناطق کم جمعیت مالی و بعدها نیجر و چاد که در آن دستگیر شد، فرار کند. در اواخر سال ۲۰۰۳، فرد دیگری جای بنیان‌گذار گروه را گرفت که از او افراطی تر بود. فرد جانشین نبیل شاروتی نام داشت که حمایت آشکار خود را از القاعده اعلام کرد و بدین ترتیب رابطه دولت الجزایر با آمریکا قوی تر شد. گزارش‌ها می‌گویند که شاروتی مدت کوتاهی پس از آن کشته شد و در سال ۲۰۰۴ ابو مصعب عبدالعدود جانشین او شد.
آزادی رهبران FIS؛ یعنی مدنی و بلهادی در سال ۲۰۰۳ تأثیر بسیار چشمگیری بر اوضاع داشت، من‌باب مثال می‌توان به اعتماد به نفس تازه یافته دولت اشاره کرد که با انتخابات ریاست جمهوری ۲۰۰۴ تقویت یافت، در انتخابات مزبور بوتفلیقه در حالی که از حمایت دو حزب اصلی و یکی از جناح‌های حزب اصلی سوم برخوردار بود، برای بار دوم و این بار با ۸۵٪ آرا به ریاست جمهوری انتخاب شد. آرای به دست آمده به منزله تأیید حمایت قاطع مردم از سیاستهای بوتفلیقه در قبال چریکها و پایان خشونت تمام عیار در منطقه بود. در سپتامبر سال ۲۰۰۵، پیشنهاد عفو دولت بوتفلیقه همانند قانون ۱۹۹۹ به همه‌پرسی سراسری گذاشته شد تا به اقامه دعوی قانونی بر ضد افرادی که دیگر دست از جنگ کشیده بودند، پایان داده شود و برای خانواده‌های کسانی که به دست نیروهای دولتی کشته شده بودند، غرامت در نظر گرفته شود. پیشنهاد با کسب ۹۷٪ آرا مورد تأیید قرار گرفت (مراجعه شود به منشور صلح و آشتی ملی). پیشنهاد با حکم ریاست جمهوری در فوریه ۲۰۰۶ به اجرا درآمد؛ اما مسئله تأمین مصونیت از تعقیب برای چریکهای سابق (برای همه غیر از کسانی که جرمهای سنگین مرتکب شده بودند) و پرسنل ارتش (برای هر اقدامی که برای تأمین امنیت ملت انجام می‌دادند) فوق‌العاده بحث‌برانگیز شد.
درگیری و جنگ به تدریج در سال ۲۰۰۶ فروکش کرد و عناصر داخلی FLN پیشنهاد تغییر قانون اساسی را داد تا بوتفلیقه بتواند برای بار سوم در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند.
اکثریت FIS  50% FIS  اکثریت غیر FIS  نامعلوم  هیچ اطلاعاتی موجود نیستدر نتایج تخصیص کرسی‌های استانی فوق در انتخابات ۱۹۹۱، FIS در بیشتر مناطق پرجمعیت الجزایر اکثریت را به دست آورد.
قتل‌عام بیش از پنجاه نفر در سالهای ۱۹۹۷ و ۱۹۹۸
عبدالعزیز بوتفلیقه رئیس‌جمهور الجزایر از سال ۱۹۹۹.