ویلهلم کاناریس
در جنگ جهانی دوم

در این زمان راینهارد هایدریش که سابقاً دانشجوی نیروی دریایی و زیر درست کاناریس بود رهبر اس دی شده بود. هاینریش می‌خواست سازمان اطلاعات نظامی (آبور) را تحت کنترل داشته باشد تا کاناریس را از نزدیک زیر نظر بگیرد. کاناریس ظاهراً با هاینریش موافقت می‌کرد تا بتواند آبور را به نیرویی قابل ملاحظه تبدیل کند.
در جریان مطلع کردن سران نیروهای امنیتی قبل از حمله هیتلر به لهستان کاناریس مطلع شد که دستور کشتارها و نابودی‌های متعددی داده شده که او باید از آن‌ها یاداشت بردارد. او از این اخبار یاداشت برداشت و نسخه‌ای از آن را برای ام‌آی ۶ فرستاد. با شروع جنگ با لهستان در سپتامبر ۱۹۳۹ کاناریس یه جبهه رفت و در آنجا شاهد اعمالی از اس اس بود که مصداق جنایات جنگی بودند. همچنین از آتش زدن کنیسه یهودیان در بنجین مطلع شد؛ و به اضافه اینها از طریق یکی از مأموران «آبور» از تعداد بسیار بیشتری از کشتارها و گورهای دسته جمعی در سراسر لهستان با خبر شد. کاناریس جزئیات این شرارت‌ها بی پایان و وحشیگری‌های نازی‌ها در دفتر خاطرات روزانه اش ثبت کرد و آن‌ها را به زیر دست مورد اعتمادش ورنر اشرادر که او نیز از اعضای گروه مقاومت المان بود سپرد.
بعد از شنیدن و مشاهده این فجایع در لهستان، کاناریس در ۱۲ سپتامبر ۱۹۳۹ با قطار به مقر فرماندهی هیتلر مسافرت کرد تا اعتراض خودش را به این قساوت‌ها ابراز کند. قبل از ملاقات با هیتلر با ژنرال ویلهلم کایتل روبرو شد. کایتل به او اطلاعاتی داد که نشان دهنده اعدام‌های گسترده‌ای بود که در لهستان برنامه‌ریزی شده بوند. اینها شامل اعدام اشراف و اسقف‌های کلیسای کاتولیک و کشیشان بود که برای اعدام جدا شده بودند. ژنرال کایتل به کاناریس نصیحت کرد که دیگر به اعتراضش ادامه ندهد و توضیح داد که حتی جزئیات این اقدامات وحشیانه نیز مستقیماً از جانب شخص هیتلر برنامه‌ریزی شده و اعتراض کردن حتی می‌تواند خطرناک باشد.
با نمایان شدن این مسائل کاناریس یا جدیت بیشتر و خطر کردن بیشتر شروع به فعالیت برای براندازی رژیم نازی کرد. با این حال مجبور به همکاری با اس‌دی بود تا بتواند دامی مناسب برای نازی‌ها تهیه کند. برای همین برای مدتی به فردی کاملاً قابل اعتماد بدل شد و در ژانویه ۱۹۴۰ ترفیع گرفت. با همکاری زیر دست خود اروین لهاوزن او دایره‌ای از افسران ورماخت را درست کرد که بسیاری از آن‌ها بعد از کودتای ۲۰ ژوئیه ۱۹۴۴ یا اعدام شدند یا وادار به خودکشی شدند. در اجتماع افسران در برلین در دسامبر ۱۹۴۱ کاناریس گفت: «آبور هیچ ارتباطی با آزار و شکنجه یهودیان ندارد… بدون در نظر گرفتن خودمان ما خود را خارج از این جنایت نگه می‌داریم». (ام.ای. ۶ زیربخش وی. اف پرونده آن. آ اچ. دبلیو ۱/۳۲۷). اینطور فرض می‌شود که به رغم جنگ بین دو کشور، اطلاعات بریتانیا ارتباط خود با کاناریس را در این زمان حفظ کرده بوده‌است. همین‌طور به نظر می‌رسد که در جریان حمله به روسیه کاناریس اطلاعات دقیقی را از مکان دشمن دریافت می‌کرده‌است؛ اطلاعاتی که فقط بریتانیایی‌ها از آن اطلاع داشتند. رئیس ام آی ۶ استورات منزیس که او نیز مانند کاناریس اعتقادات ضد کمونیستی شدیدی داشت در پایان جنگ جسارت و شجاعت کاناریس را بسیار ستوده‌است. راینهارد هایدریش و هاینریش هیملر تحقیقاتی را در مورد جزئیات منبع اطلاعاتی کاناریس در مورد عملیات بارباروسا را آغاز کردند و به این جمع‌بندی رسیدند که بدون تردید ارتباطی بین او و بریتانیایی‌ها وجود دارد.
در ژوئن ۱۹۴۲ کاناریس ۸ مأمور آبور را برای انجام اعمال خرابکارانه به ساحل شرقی ایالات متحده آمریکا فرستاد. این عملیات که تحت عنوان عملیات پستوریوس انجام شد برای تخریب اهداف اقتصادی و دلسرد کردن مردم غیرنظامی تدارک دیده شده بود. با این حال بعد از دو هفته همه آن‌ها به وسیله اف بی ای دستگیر شدند زیرا که دو مأمور آبور به کل عملیات در آمریکا خیانت کرده بودند. آن‌ها در لباس غیرنظامی بازداشت شده بودند اما در دادگاه نظامی در واشینگتن دی سی محاکمه شدند و همه گناهکار شناخته شدند و به مرگ محکوم شدند؛ اما دو نفری که با اف بی ای همکاری کرده بودند فقط با یک درجه تخفیف محکوم به حبس ابد شدند و بقیه با صندلی الکتریکی در زندان کلمبیا دیستریتک اعدام شدند. شرم ناشی از شکست عملیات باعث شد دیگر عملیات خرابکارانه‌ای در داخل ایالات متحده انجام نشود.