شاهدخت بزرگ دوشز ماریا نیکولایونا از روسیه
رابطه با راسپوتین

ماریا، مانند تمام خانواده‌اش، شیفته وارث مدت‌ها منتظر مانده تزارویچ آلکسی، یا «بیبی» بود، که از عوارض مکرر هموفیلی رنج می‌برد و چندین بار تا مرز مرگ پیش رفت. مادرش به مشاوره گریگوری راسپوتین، یک دهقان روسی و استارتس یا «مرد مقدس» سرگردان، متکی بود و دعاهای او را عامل نجات تزارویچ بیمار در موارد متعدد می‌دانست. به ماریا و خواهر و برادرانش نیز آموخته شده بود که راسپوتین را به عنوان «دوست ما» ببینند و رازهایشان را با او در میان بگذارند. در پاییز ۱۹۰۷، عمه ماریا دوشس بزرگ اولگا الکساندروونا روسیه توسط تزار به اتاق کودکان برده شد تا با راسپوتین ملاقات کند. ماریا، خواهرانش و برادرش آلکسی همگی لباس خواب سفید بلند خود را پوشیده بودند. «به نظر می‌رسید همه بچه‌ها او را دوست داشتند،» اولگا الکساندروونا به یاد آورد. «آنها کاملاً با او راحت بودند.»
دوستی راسپوتین با فرزندان امپراتوری در پیام‌هایی که برای آنها می‌فرستاد آشکار بود. "مروارید عزیز من، م!" راسپوتین در یک تلگرام در سال ۱۹۰۸ به ماریای نه ساله نوشت. "به من بگو چگونه با دریا، با طبیعت صحبت کردی! دلم برای روح ساده تو تنگ شده است. به زودی همدیگر را خواهیم دید! یک بوسه بزرگ." در تلگرام دوم، راسپوتین به کودک گفت: "م عزیز من! دوست کوچک من! خداوند به تو کمک کند تا صلیبت را با خرد و شادی در مسیح حمل کنی. این دنیا مانند روز است، نگاه کن الان شب شده است. پس با نگرانی‌های دنیا نیز چنین است." در فوریه ۱۹۰۹، راسپوتین برای همه فرزندان امپراتوری تلگرامی فرستاد و به آنها توصیه کرد «تمام طبیعت خدا را دوست داشته باشید، تمام مخلوقات او را به ویژه این زمین را. مادر خدا همیشه با گل‌ها و خیاطی مشغول بود.»
یکی از معلم‌های دختران، سوفیا ایوانوونا تیوتچوا، در سال ۱۹۱۰ وحشت‌زده شد زیرا به راسپوتین اجازه داده شد به اتاق کودکان وقتی که چهار دختر در لباس خواب بودند، وارد شود. تیوتچوا می‌خواست راسپوتین از ورود به اتاق کودکان منع شود. در واکنش به شکایت‌های تیوتچوا، نیکولاس از راسپوتین خواست تا به بازدیدهایش از اتاق کودکان پایان دهد. «من خیلی می‌ترسم که س.ای. بتواند… دربارهٔ دوست ما چیز بدی بگوید،» خواهر دوازده‌ساله ماریا، تاتیانا، در ۸ مارس ۱۹۱۰ به مادرش نوشت، پس از اینکه از آلکساندرا خواهش کرد او را برای انجام کاری که دوست نداشت، ببخشد. «امیدوارم پرستار ما اکنون با دوست ما مهربان باشد.» آلکساندرا در نهایت تیوتچوا را اخراج کرد.
تیوتچوا داستان خود را به دیگر اعضای خانواده برد، که از این گزارش‌ها شوکه شدند، هرچند تماس‌های راسپوتین با کودکان طبق همه گزارش‌ها کاملاً بی‌گناهانه بود. خواهر نیکولاس، گراند دوشس زنیا الکساندروونا روسیه از داستان تیوتچوا وحشت‌زده شد. او در ۱۵ مارس ۱۹۱۰ نوشت که نمی‌تواند «... رفتار آلکساندرا و فرزندان نسبت به آن گریگوری شوم را درک کند (که آنها او را تقریباً یک قدیس می‌دانند، در حالی که در واقع او فقط یک خلیست است!) او همیشه آنجاست، به اتاق کودکان می‌رود، از اولگا و تاتیانا در حالی که آنها برای خواب آماده می‌شوند دیدار می‌کند، آنجا می‌نشیند و با آنها صحبت می‌کند و آنها را نوازش می‌کند. آنها مراقب هستند که او را از سوفیا ایوانوونا پنهان کنند، و کودکان جرأت نمی‌کنند با او دربارهٔ راسپوتین صحبت کنند. همه اینها کاملاً باورنکردنی و فراتر از درک است.»
یکی دیگر از معلم‌های اتاق کودکان در بهار ۱۹۱۰ ادعا کرد که توسط راسپوتین مورد تجاوز قرار گرفته است. ماریا ایوانوونا ویشنیاکووا در ابتدا از عاشقان راسپوتین بود، اما بعداً از او سرخورده شد. امپراتریس حاضر نشد ویشنیاکووا را باور کند «و گفت که هر کاری که راسپوتین انجام می‌دهد مقدس است». به گراند دوشس اولگا الکساندروونا گفته شد که ادعای ویشنیاکووا بلافاصله مورد بررسی قرار گرفته است، اما «آنها زن جوان را در بستر با یک قزاق گارد امپراتوری گرفتند.» ویشنیاکووا در سال ۱۹۱۳ از سمت خود برکنار شد.
در جامعه زمزمه می‌شد که راسپوتین نه تنها تزارینا بلکه چهار گراند دوشس را نیز اغوا کرده است. راسپوتین نامه‌های پرشور نوشته شده به او توسط تزارینا و چهار گراند دوشس را منتشر کرده بود. این نامه‌ها در سراسر جامعه پخش شد و به شایعات دامن زد. کاریکاتورهای مستهجن نیز پخش شد که راسپوتین را در حال رابطه جنسی با امپراتریس نشان می‌داد، با چهار دخترش و آنا ویروبووا برهنه در پس‌زمینه. نیکولاس به راسپوتین دستور داد برای مدتی سن پترزبورگ را ترک کند، که این امر باعث ناراحتی آلکساندرا شد، و راسپوتین به زیارت فلسطین رفت. علی‌رغم این رسوایی، ارتباط خانواده سلطنتی با راسپوتین تا زمانی که راسپوتین در ۱۷ دسامبر ۱۹۱۶ به قتل رسید، ادامه داشت. «دوست ما از دخترهای ما بسیار راضی است، می‌گوید آنها برای سن خود از 'دوره‌های' سنگینی گذشته‌اند و روح آنها بسیار تکامل یافته است،» آلکساندرا در ۶ دسامبر ۱۹۱۶ به نیکولاس نوشت. آ.آ. موردوینوف در خاطرات خود گزارش داد که چهار گراند دوشس در شب دریافت خبر مرگ راسپوتین «سرد و به وضوح به شدت ناراحت» به نظر می‌رسیدند و «نزدیک به هم روی یک مبل جمع شده بودند». موردوینوف گزارش داد که زنان جوان در حالت غم‌انگیزی بودند و به نظر می‌رسید آشوب سیاسی که قرار بود آزاد شود را حس می‌کردند. راسپوتین با یک شمایل که در پشت آن توسط ماریا، خواهرانش و مادرش امضا شده بود، دفن شد. ماریا در تشییع جنازه راسپوتین در ۲۱ دسامبر ۱۹۱۶ شرکت کرد و خانواده‌اش قصد داشتند کلیسایی بر روی محل مزار او بسازند.
ماریا، مانند مادرش، احتمالاً حامل ژن هموفیلی بود و ممکن بود بیماری را به نسل دیگری منتقل کند اگر زنده می‌ماند تا بچه‌هایی را که رویایش را داشت، داشته باشد. یکی از برادران آلکساندرا و دو برادرزاده‌اش، و همچنین یکی از عموهای مادری‌اش و دو فرزند یکی از دخترعموهای درجه اولش همگی به هموفیلی مبتلا بودند، همان‌طور که برادر ماریا، آلکسی. خود ماریا گزارش شده است که در دسامبر ۱۹۱۴ طی عملی برای خارج کردن لوزه‌هایش دچار خونریزی شد، طبق گفته عمه پدری‌اش گراند دوشس اولگا الکساندروونا روسیه، که بعدها در زندگی‌اش با او مصاحبه شد. پزشکی که عمل را انجام می‌داد آنقدر مضطرب بود که مادر ماریا، تزارینا آلکساندرا، باید به او دستور می‌داد تا ادامه دهد. اولگا الکساندروونا گفت که معتقد بود هر چهار برادرزاده‌اش بیش از حد نرمال خونریزی می‌کردند و معتقد بود آنها مانند مادرشان حامل ژن هموفیلی هستند. حاملین علامت‌دار این ژن، در حالی که خودشان هموفیلی نیستند، می‌توانند علائم هموفیلی داشته باشند از جمله فاکتور انعقاد خون پایین‌تر از حد نرمال که می‌تواند منجر به خونریزی شدید در طول زایمان یا اعمال جراحی مانند برداشتن لوزه شود. آزمایش DNA روی بقایای خانواده سلطنتی در سال ۲۰۰۹ ثابت کرد که آلکسی از هموفیلی B رنج می‌برد، فرم نادرتری از بیماری. همان آزمایش ثابت کرد که مادرش و یکی از چهار گراند دوشس حامل بودند. روس‌ها گراند دوشسی را که حامل ژن بود آناستازیا می‌دانند، اما دانشمندان آمریکایی این زن جوان را ماریا شناسایی کردند.