نسل‌کشی گواتمالا
سازمان ترور

سازمان اطلاعات و امنیت گواتمالا عمدتاً توسط دو گروه اداره می‌شده‌است: یکی بخش اطلاعات ارتش که با عنوان "G-2" یا S-2 شناخته می‌شود و واحد اطلاعاتی دیگر به نام ریاست امنیت ریاست جمهوری که با نام "Archivo" یا AGSAEMP (بایگانی و خدمات پشتیبانی ستاد عمومی ریاست جمهوری) شناخته می‌شود.
سازمان اطلاعاتی Archivo با بودجه و پشتیبانی مشاوران آمریکایی در زمان رئیس‌جمهور انریکو پرالتا آزوردیا تشکیل شد. این سازمان طی این مدت به نام سازمان اطلاعات ریاست جمهوری شناخته می شد. یک بانک اطلاعاتی ارتباط از راه دور موسوم به مرکز ارتباطات منطقه ای یا La Regional در این آژانس به‌وجود آمد که کار یکپارچه سازی آنرا سهولت بخشید و به عنوان بخش مهمی از شبکه اطلاعاتی گواتمالا عمل کرد. این بانک اطلاعاتی یکپارچه و قدرتمند، La Regional، بین آژانس اطلاعاتی ریاست جمهوری و کلیه ارگانهای اصلی امنیتی، از جمله پلیس ملی، گارد خزانه داری، پلیس قضایی، از طریق فرکانس بینابینی VHF-FM ارتباط برقرار می‌کرد. La Regional همچنین به عنوان منبعی برای سوابق و اطلاعات جمع‌آوری شده بکار گرفته می‌شد. این اطلاعات در مورد مظنونین اطلاعاتی بود که برای شناسایی چپ‌ها، اتحادیه‌های صنفی، فعالان دانشجویی، روحانیت و غیره مورد استفاده قرار می‌گرفت. همچنین، از این اطلاعات برای تهیه لیست افرادی که ترور شده بودند استفاده می‌شد.
دستور برای اجرای ترورها و «سر به نیست کردن» از سلسله مراتب به نیروهای امنیتی سطح پایین‌تر مانند پلیس قضایی (که بعداً به عنوان کارآگاهان پلیس ملی و DIT تغییر نام دادند) یا گارد خزانه داری منتقل می‌شد. این فرامین محرمانه، افرادی را از پادگانهای ارتش استان فرا می‌خواند تا برای اهداف نامشخص به پایتخت فرستاده شوند. فرماندهان ارتش استان‌ها یا با تماس مستقیم فرماندهان استانی، نیروهای محرمانه پلیس خزانه داری و پلیس ملی برای انجام ماموریت‌ها در دسترس بودند. این نیروهای محرمانه در پایتخت با استفاده از این سیستم گردآوردی شدند و اغلب در عملیات پنهانی شامل استفاده از «جوخه‌های مرگ» مورد استفاده قرار می‌گرفتند.
دادگاه حقوق بشر بین آمریکایی اظهار داشته‌است که سرویس‌های اطلاعاتی در گواتمالا مسئول نقض متعدد حقوق بشر در این کشور هستند. کمیسیون حقیقت یاب می‌نویسد که فعالیت این سرویس‌های اطلاعاتی شامل استفاده از مراکز بازداشت غیرقانونی یا «زندان‌های مخفی» بود که تقریباً در کلیه مکان‌های نظامی وجود داشت. این زندان‌های مخفی در بسیاری از تأسیسات پلیس و حتی در خانه‌ها و سایر اماکن خصوصی نیز قرار داشتند. در این مکانها، قربانیان نه تنها از آزادی محروم می‌شدند بلکه تقریباً برای روزهای پیاپی تحت بازجویی، شکنجه قرار می‌گرفتند، لازم است ذکر شود در بیشتر موارد، بازداشت شدگان ناپدید شدند یا اعدام شدند.
CEH اظهار داشت که گروه‌های چریکی به هیچ وجه در جریان درگیری مسلحانه داخلی، از توانایی نظامی لازم برای تهدید قریب‌الوقوع برای دولت برخوردار نبوده‌اند. مبارزان شورشی بسیار کمتر از آن بودند که بتوانند در عرصه نظامی با ارتش رقابت کند. نیروهای ارتشی دارای تعداد بیشتری سرباز و تسلیحات برتر و همچنین آموزش و هماهنگی بهتر می‌بودند. دولت و ارتش به خوبی می‌دانستند که ظرفیت نظامی شورشیان تهدیدی واقعی برای نظم سیاسی گواتمالا بحساب نمی‌آید. CEH نتیجه می‌گیرد که دولت عمداً تهدیدات نظامی شورشیان را بزرگنمایی کرده‌است، تا با عنوان دشمن داخلی سرکوب‌ها و قتل‌عام را توجیه نماید. برچسب زدن به تمامی مخالفان اعم از دموکرات و غیر-دموکرات، معترضان صلح طلب یا چریکی، کمونیست یا غیر کمونیست، جهت توجیه جنایات متعدد نظامیان تحت حمایت دولت ایالات متحده بوده‌است. در مواجهه با مخالفت‌های گسترده سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی، دولت رو به سرکوب، سر به نیست کردن و ارعاب مخالفان آورد. دولت این کار را توسط ارتش و نیروهای امنیت ملی انجام داد. بر این اساس، CEH توضیح می‌دهد که چرا اکثریت قربانیان، چریک نبودند و شهروندان معمولی این کشور بحساب می‌آمدند. در این کشتار برنامه‌ریزی شده قرار بر قتل‌عام ۳۵٬۰۰۰ نفر بود.