شبکه پروتئین
تعامل پروتئین- پروتئین

علم شبکه، به بررسی شبکه های مختلف و ساز و کار آن ها می پردازد که یکی از آن ها شبکه های زیستی است. از جمله شبکه های زیستی می توان به شبکه ی برهمکنش پروتئین-پروتئین(Protein–protein Interaction Network)،  اشاره کرد که در آن راس ها، پروتئین ها و یال ها تعاملات و برهمکنش های بین پروتئین ها هستند. برهم کنش میان پروتئین ها را می توان ناشی از نوع نیروهای الکتروستاتیک، پیوندهای هیدروژنی و آب گریزی دانست.
تعاملات بین پروتئین‌ها برای اکثر عملکردهای زیست شناختی مهم هستند. به عنوان مثال، سیگنال‌های سطح خارجی یک سلول توسط تعامل پروتئینی بین مولکولهای سیگنالی به داخل سلول هدایت می‌شوند.
این فرایند را انتقال سیگنال می‌نامند که نقش اساسی در بسیاری از فرایندهای بیولوژیکی و در بسیاری از بیماری ها (به عنوان مثال سرطان) بازی می‌کند. یک پروتئین ممکن است در حال حمل یکی دیگر از پروتئین هاباشد. (برای مثال، از سیتوپلاسم به هسته یا بالعکس به وسیله ایمپورتین منافذ هسته‌ای)، یا به‌طور خلاصه یک پروتئین ممکن است با یک پروتئین دیگر برهم کنش داشته باشد فقط برای اینکه آن را تغییر دهد (برای مثال، پروتئین کیناز یک فسفات را به پروتئین هدف اضافه می‌کند).
این تغییر خود به خودی پروتئین می‌تواند تعامل پروتئین ها را تغییر دهد. برای مثال، برخی از پروتئین‌ها با دومین SH۲ فقط زمانی به پروتئین‌های دیگرمتصل می‌شوند که در آن‌ها اسید آمینه تیروزین فسفریله شده باشد یا اینکه اسید آمینه لایزین در برومودومین استیله شده باشد. در نتیجه، تعامل پروتئین-پروتئین برای هر فرایندی در سلول زنده از اهمیت مهمی برخوردار هستند. اطلاعات در مورد این تعاملات درک ما را از بیماری‌ها و تاثیرات دارویی بهبود ببخشند  و می‌توانند پایه و اساس روش‌های جدید درمانی را فراهم کنند.
تعاملات پروتئین ها آنقدر مهم هستند که روش‌های بسیاری برای تشخیص آن‌ها وجود دارد. هر روش با توجه به حساسیت و ویژگی‌هایی خود دارای نقاط ضعف و قوت هستند. یکی از این روش ها ترسیم شبکه ی پروتئین ها و بررسی ویژگی های آن است.
برای بررسی و پیش بینی برهم کنش های پروتئینی از دو روش کامپیوتری و تجربی استفاده می شود که به تفضیل به آن می پردازیم.
روش تجربی
روش بیولوژیکی : منبع اصلی دانش موجود از فعل و انفعالات پروتئین ها از روش‌های بیوفیزیکی، به‌ویژه از روش‌های مبتنی بر اطلاعات ساختاری (مانند کریستالوگرافی اشعه ایکس، طیف‌سنجی NMR، فلورسانس، میکروسکوپ  اتمی) به دست امده است.
High-Throughput methods
نمونه ای از شبکه ی پروتئین ها با استفاده از روش مخمر دو هیبریدی :پروتئین انسان (سمت راست)پروتئین مخمر (سمت چپ)مخمر دو هیبریدی (Y2H) یکی از روش های رایج  است. سیستم Y2H تعامل دو پروتئین داده شده را با ادغام هر یک از آنها به یک دامنه اتصال رونویسی بررسی می کند. اگر کمپلکس رونویسی فعال شود، به این معنی است که پروتئین ها با هم تعامل دارند. در این شرایط یک ژن گزارشگر رونویسی می شود که محصول آن قابل تشخیص است.
روش کامپیوتری
اگرچه روش‌های بیوفیزیک تجربی می‌توانند جزئیات تعامل خاصی را ارائه دهند، اما دارای برخی کمبودها هستند. آنها گران، بسیار پر زحمت هستند . پیش‌بینی PPIها را می‌توان با رویکردهای محاسباتی به‌عنوان یک جایگزین سریع و ارزان برای تلاش‌های آزمایشی انجام داد. علاوه بر این، روش کامپیوتری برای تایید داده های تجربی مفید هستند . مهمتر از آن، چنین این روش‌ فرصت زیادی را برای دنبال کردن پروتئین‌ها در چارچوب شبکه‌های تعاملی آن‌ها در سطوح عملکردی مختلف (به عنوان مثال در سطح پیچیده، مسیر، سلول یا ارگان) فراهم می‌کند. علاوه بر این، چنین رویکردهایی حتی اطلاعاتی در مورد جزئیات تعامل (مثلاً دامنه برهم کنش) ارائه می دهند، که ممکن است با روش تجربی هم خوانی نداشته باشد.