برگزیدن رهبر جمهوری اسلامی ایران (۱۳۶۸)
مخالفت‌ها

انتخاب سید علی خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را نداشت. بر اساس اصل صدونهم قانون اساسی ۱۳۵۸ شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: «صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری». ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. اما سید روح‌الله خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند
در سال ۸۳ قاسم شعله سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای، وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است. نامبرده چند سال پیش از آن با بکار بردن لقب آیت الله برای سید علی خامنه‌ای، بر تبعیت از رهبری وی تأکید کرده و مدعی شده بود رساله دکترای خود را در دفاع از ولایت نوشته‌است.
مرجعیت سید علی خامنه‌ای در سال ۱۳۷۳ و پس از فوت محمدعلی اراکی اعلام شد. در آن هنگام جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای هفت نفر را به عنوان مراجع جایزالتقلید اعلام کرد که یکی از آن‌ها او بود.
احمد آذری قمی، اولین کسی بوده که در جلسه ۱۴ خرداد، نام آقای خامنه ای را به عنوان جانشین رهبر بر زبان رانده‌است. در ۵ آبان ۱۳۷۶ وی از اعضای مهم جامعه مدرسین که تا آن هنگام از حامیان جدی سید علی خامنه‌ای بود، در نامه‌ای به سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت به انتقادات بی‌سابقه‌ای از حکومت و رهبری پرداخته و در مورد بیانیه جامعه مدرسین در تأیید مرجعیت وی نوشت:
جامعهٔ مدرّسین که معظّمٌ له را به عنوان یکی از مراجع سبعه معرّفی کردند نیز خلاف ضوابط شرعی و قانونی خود عمل کردند، زیرا بارأی تلفنی و در جوّی ناسالم ایشان را معرفی کردند که برخی از تلفن شونده‌ها بعداً تکذیب کردند؛ شرط مرجعیّت دو چیز است که هیچ‌یک برای معظّمٌ له موجود نیست، اولی اَعلمیّت است که در مورد ایشان جز آقای یزدی کسی ایشان را اَعلم ویا حتّی مساوی بقیهٔ مراجع هم نمی‌داند و این اعلام نظر آقای یزدی در نماز جمعه مبنی بر اَعلمیّت مقام رهبری مسلّماً برخلاف سنّت هزار ساله در حوزه‌های علمی شیعه بوده‌است. شرط دوّم، فرصت استنباط مسائل شرعی است.
از این رو آذری قمی تأکید کرد از بابت «اشتباه خود و به اشتباه انداختن دیگر خبرگان» در مورد اجتهاد آقای خامنه ای «از خدا و ملت ایران پوزش می‌طلبد».
۱۸ روز بعد حسینعلی منتظری نیز در یک سخنرانی عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن این انتخاب را مطرح کرد. وی دربارهٔ مرجعیت سید علی خامنه‌ای گفت:
اینکه آمدند در شب بعد از فوت اراکی عده ای بچه راه انداختند در خیابان جلو جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند، بعد هم سه چهار نفر از تهران آمدند و اصلاً هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست؛ بنابراین مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچگانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! این‌ها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.
در سال ۱۳۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است. مهدی کروبی نیز بعد از حادثه سرنگونی هواپیمای اوکراینی گفت: خامنه‌ای چه علت سرنگونی را می‌دانسته و به سران حکومت اجازه فریب داده و چه بی‌خبر بوده، در هر دو صورت شرایط رهبری را ندارد، چرا که او فرمانده کل قوا است و در این رابطه مسئولیت مستقیم دارد. در ۷ تیر ۱۳۹۹ محمد موسوی خوئینی در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای اوضاع اقتصادی و غیرقابل دوام و وخامت مشکلات مردم و عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی مردم را نشات گرفته از مدیریت در بالاترین سطح جمهوری اسلامی دانست. برخی از منابع، بیت و دفتر وی را یک شبکه پیچیده و بلکه دولت پنهان (و اصلی) نظام جمهوری اسلامی ایران معرفی کرده‌اند.