لوئی آنتوان دو سن-ژوست
کمیسار نظامی

در ۱۰ اکتبر ۱۷۹۳ سن ژوست پیشنهادی مبنی بر این که نمایندگان کنوانسیون باید به‌طور مستقیم بر تمام فعالیت‌های نظامی نظارت و سرکشی کنند ارائه داد، که مورد تصویب قرار گرفت. در شرایطی که روز به روز در جبهه‌ها بدتر می‌شد (پائیز سال ۹۳)؛ چند نماینده به ناحیهٔ بحرانی آلزاس (Alsace) اعزام شدند تا ارتش از هم پاشیدهٔ راین را بر سر نظم، اشتیاق و انضباط بیاورند. نتایج به قدر کافی نزدیک به امر مطلوب نبودند و بنابراین در پایان ماه خود سن ژوست به همراه هم پیمانی از کنوانسیون، فیلیپ-فرانسوا-ژوزف لوبا، به آن جا اعزام گشت. به این دو مرد «اختیارات و قدرت‌های فوق‌العاده» تفویض شده بود تا انضباط را اعمال نمایند و نیروها را دوباره سازماندهی کنند. در بخشی از پیامی که مشترکاً صادر کردند، چنین گفتند:
«سربازان، ما آمده‌ایم تا انتقام شما را بگیریم و به شما رهبرانی بدهیم که شما را به سوی پیروزی راهنمایی خواهند نمود. ما تصمیم گرفته‌ایم تا شایستگان را پیدا کرده، پاداش داده و ترفیع مقام بدهیم؛ و تمام متهمان را، هر کسانی که می‌خواهند باشند، تحت پیگرد قرار دهیم… بدین وسیله به تمام فرماندهان، افسران، و مأموران دولت دستور داده می‌شود تا در عرض سه روز شکایت‌های عادلانهٔ سربازان را جبران کنند. بعد از این مهلت زمانی خود ما هر گونه شکایتی را خواهیم شنید و آن چنان نمونه‌هایی از عدالت نشان خواهیم داد که ارتش تا به حال ملاحظه نکرده باشد.»
از همان ابتدا، سن ژوست بر مأموریت استیلا داشت. او در مطالبهٔ نتایج از فرماندهان بی رحم بود و به علاوه نسبت به شکایت‌های سربازان معمولی دلسوز بود. در روز اولش در جبهه، پیام مذکور را صادر کرد. در مدت کوتاهی افسران بسیاری مرخص شدند و عدهٔ بسیار بیشتری، که حداقل شامل یک ژنرال هم می‌شود، توسط جوخه‌های آتش اعدام شدند. تمام ارتش به سرعت تحت سخت‌ترین انضباط ممکن قرار گرفت.
سن ژوست دشمنان انقلاب را به یک سان، چه در میان سربازان و چه میان غیرنظامی‌ها سرکوب می‌کرد؛ اما با اعدام‌های دسته جمعی که برخی از سایر نمایندگان اعزامی دستور می‌دادند، موافق نبود. سن ژوست در آلزاس هر سربازی را که بی اجازه اردو را ترک کرده و ساعتی چند خود را به شهر استراسبورگ رسانیده بود اعدام می‌کرد. وی در محکمه‌های نظامی بشخصه حضور پیدا می‌کرد. او بسیاری از کارهای نمایندگان را قدغن کرد و بسیاری از آن‌ها به پایتخت، پاریس، فراخواند. حتی سیاست‌مداران محلی در مقابل او آسیب پذیرتر بودند: یولوژیوس اشنایدر قدرتمند، رهبر انقلابی بزرگ‌ترین شهر آلزاس و ملقب به «ژان-پل مارای استراسبورگ» (وی سابقاً راهب فرقهٔ فرنسیسکن بود) به دستور سن ژوست دستگیر شد و به سرعت به پای گیوتین اعزام شد. در تاریخ ۱۴ دسامبر ۱۷۹۳ سن ژوست و لوبا برای روبسپیر نوشتند:
«ما دادستان کل دادگاه انقلابی استراسبورگ را تحویل کمیته نجات خلقی می‌دهیم. او قبلاً کشیش بوده و تبعهٔ قیصر به دنیا آمده است. قبل از این که از استراسبورگ بیرون کشیده شود روی داربست گیوتین به تخته بند (قاپوق) کشیده شد. این تنبیه که او به خاطر رفتار گستاخانه اش متحمل شد؛ همچنین به فوریت مورد نیاز بود تا بر بخش‌های خارجی فشاری اعمال شود. ما به شارلاتان بین‌المللی اعتقاد نداریم و فقط به خودمان اعتماد می‌کنیم. شما را با تمام وجود در آغوش می‌گیریم.»
سن ژوست به دقت با ژنرال چارلز پیشه گرو، ژاکوپنی معتمد که مورد احترامش بود، کار می‌کرد. (در نهایت پیشه گرو بعد از ترمیدور به سن ژوست و ژاکوپنیسم پشت کرد و یک حامی سلطنت طلب شد. زمانی که در طول کودتای ۱۸ فروکتیدور سال ۱۷۹۷ زندانی بود، از دنیا رفت) تحت نظارت مداوم و بی‌امان سن ژوست، پیشه گرو و ژنرال لازار اوش با توانائی، امنیت سرحدات را تأمین نمودند و تهاجمی به سمت راین لند آلمانی را آغاز کردند.
وقتی ارتش راین از نو احیا شد؛ سن ژوست به مدت کوتاهی به پاریس برگشت. موفقیت وی در آنجا تحسین شد. با این حال، زمان اندکی برای جشن گرفتن وجود داشت. او به سرعت به خط مقدم جبهه، این بار به بلژیک، که ارتش شمال مشکلات مشابهی در زمینهٔ انضباط و سازماندهی را تجربه می‌کرد، باز فرستاده شد. مجدداً نتایج مورد انتظار را به طرزی بی‌رحمانه و مؤثر به دست آورد. اما بعد از یک ماه دوران مأموریت او کوتاه شد. نظر به این که پاریس از خشونت سیاسی متشنج بود، همکاری او برای روبسپیر لازم بود.