خاندان خاتم‌المجتهدین
شاخه قم

میرزا حبیب‌الله پسر دوم خاتم‌المجتهدین، نیای شاخه قم است. شیخ حر عاملی از او به عنوان عالم یاد کرده‌است و گفته‌است که او و برادرش سید احمد در حضور شیخ بهایی مقابله حدیث می‌کردند. دقیقاً معلوم نیست در چه تاریخی میرزا حبیب‌الله منصب سیادت را به دست آورده‌است، ولی صدارت وی در دوران شاه صفی تصریح شده‌است. او پیش از رسیدن به صدارت نیز تا سال ۱۰۴۲ قمری در قم به تولیت آستان حرم فاطمه معصومه مشغول بود. میرزا حبیب‌الله پس از فوت شاه عباس در به تخت نشاندن شاه صفی نقش داشته‌است و به نوشته یکی از منابع صفوی: «پس از رسیدن خبر درگذشت شاه عباس به اصفهان به‌کرات خان والی گرجستان در شب همان روز که مورد قضیه هایله محنت اندوز بود، به دستیاری اتفاق دانشوران آفاق میرزا حبیب‌الله خلف ارجمند میر سید حسین مجتهد جبل عاملی و مولانا حسنعلی ولد ملاعبدالله شوشتری و میرزا قاضی (شیخ الاسلام بعدی اصفهان و متوفای ۱۰۷۴) ولد حکیم کاشفای یزدی، شاه صفی را به تخت نشاندند.» شاه صفی پس از تصفیه صاحب منصبان دوره شاه عباس، میرزا رفیع‌الدین محمد را که قبلاً مقام صدر داشت معزول کرد و صدارت را به میرزا حبیب‌الله سپرد. او تا پایان عمر در سال ۱۰۶۰ مقام صدارت داشت. او در بازگشت از سفر قندهار در رکاب شاه عباس دوم درگذشت و ر مشهد به خاک سپرده شد. میرزا حبیب‌الله به پرورش و کمک به هنرمندان، خطاطان و روضه‌خوانان اهتمام داشت. از وی سه پسر به نام‌های میرزا محمد مهدی اعتمدالدوله میرزا علیرضا شیخ‌الاسلام اصفهان و میرابوالفتح می‌شناسیم.
میرزا محمدمهدی از جانب مادر نواده شیخ لطف‌الله میسی بود. او در سال ۱۰۴۲ پس از پدرش به تولیت حرم حضرت معصومه رسید و تا سال درگذشت پدرش تولیت داشت، تا در این سال بجای پدر به صدارت رسید. صدارت او تا ۱۰۷۱ یا ۱۰۷۲ ادامه داشت و در این سال با برکناری محمدخان بجای او وزیر اعظم شد. میرزا مهدی تا سال ۱۰۸۱ وزارت داشت و در این سال برکنار شد و پس از او شیخعلی خان زنگنه به وزارت رسید. او یا در این سال یا یک سال بعد درگذشت. میرزا مهدی مردی شاعر و ادیب بود و دیوان شعری دارد. دو پسر از او شناخته‌است: میرزا محمدمعصوم شیخ‌الاسلام و میرزا محمدامین قاضی اصفهان.
میرزا علیرضا شیخ‌الاسلام نیز از جانب مادر نواده شیخ لطف‌الله بود. او در سالی که پدرش درگذشت به شیخ‌الاسلامی اصفهان رسید و تا پایان عمر یعنی سال ۱۰۹۱ قمری در این مقام باقی بود.
میرزا محمدمعصوم پسر میرزا محمدمهدی، داماد خلیفه‌سلطان بود. در هنگام نقل جسد شاه عباس دوم به قم برای تدفین، او متولی حرم حضرت معصومه بوده‌است و بر اساس وقفنامه میرمحمدهاشم گیلانی بر آستانه و مدرسه آن، لا اقل از سال ۱۰۴۶ قمری متولی آستان بوده‌است. او پس از میرزا علیرضا شیخ‌الاسلام اصفهان شد و در سال ۱۰۹۵ درگذشت. به نوشته محمدشفیع شیخ‌الاسلام، میرزا محمدمعصوم واپسین نواده خاتم‌المجتهدین بود که به شیخ‌الاسلامی اصفهان رسید و پس از ظهور محمدباقر مجلسی این منصب از دست این خانواده بیرون آمد و به خاندان محقق سبزواری سپرده شد.
سید میرزا محمد امین فرزند دیگر سید میرزا محمد مهدی اعتماد الدوله است که در لباس اهل علم بوده‌است. او بعد از آنکه میرزا محمد معصوم، به شیخ الاسلامی اصفهان انتخاب شد، تولیت حرم حضرت معصومه را بر عهده گرفت و تا اواخر سال ۱۱۱۱ قمری در این منصب قرار داشت. در ۱۴ محرم سال ۱۱۱۶ قمری به عنوان قاضی اصفهان منصوب شد و در سال ۱۱۱۷ قمری درگذشت. او دو پسر داشت، یکی میرزا سید محمد که پس از درگذشت پدر قاضی اصفهان شد و و دیگری میرزا سید حسن که مدتی طولانی متولی حرم حضرت معصومه بود.
میرزا سید ابوطالب فرزند میرزا سید محمد معصوم و نواده میرزا محمد مهدی اعتمادالدوله است. به نظر می‌رسد او از سال ۱۱۱۶ قمری یا ۱۱۱۱ قمری تولیت حرم حضرت معصومه را بر عهده داشته‌است و تولیت او تا سال ۱۱۲۵ قمری ادامه داشت. میرزا محمدمهدی، فرزند دیگر میرزا محمدمعصوم است که در فاصله سال ۱۱۲۵ تا رمضان سال ۱۱۲۹ قمری تولیت حرم را بر عهده داشت. شاه سلطان حسین در سال ۱۱۲۹ قمری میرزا سید حسن، فرزند میرزا محمد امین را به مقام تولیت برگزید. دو فرمان از فرامین شاه سلطان حسین در این دوره موجود است. پس از او سید محمدرحیم، فرزند میرزا محمدمهدی پسر میرزا محمدمعصوم به تولیت رسید و برطبق اسناد موجود در رجب سال ۱۱۴۰ قمری متولی بوده‌است. او طی فرمانی از شاه طهماسب دوّم در مورخ جمادی‌الثانی سال ۱۱۴۲ قمری در مقام تولیت تنفیذ شده‌است و تا پس از رجب ۱۱۵۷ قمری در این مقام بوده‌است. پس از او برادرش میرزا سید محمدخلیل به تولیت رسید. تولیت او در سال‌های ۱۱۶۳ و ۱۱۷۲ قمری گزارش شده‌است. او معاصر آقامحمدخان قاجار زندگی می‌کرده‌است و به تدبیر او مردم قم از قتل و غارت آقامحمدخان در امان ماندند.
پس از میرزا محمدخلیل، میرزا محمدمعصوم به تولیت رسید که پسر یا برادر میرزا محمدخلیل بوده‌است و در اسناد به تولیت او در سال ۱۱۸۲ قمری اشاره شده‌است. میرزا محمدمهدی پسر میرزا محمدخلیل در رمضان ۱۱۹۰ تا ذی‌الحجه ۱۲۱۹ قمری و پس از آن متولی بوده‌است و طول مدت تولیت او را ۳۹ سال گزارش کرده‌اند. پس از او، برادرش میرزا سید محمد به تولیت رسید که مدت کوتاهی در دوران فتحعلی شاه متولی بود و پس از درگذشت او به سال ۱۲۲۷ قمری، تولیت به پسرش میرزا سید اسدالله انتقال یافت. در سال ۱۲۴۸ قمری، فتحعلی‌شاه تولیت را به میرزا سیدمحمدرضا پسر میرزا اسدالله تفویض کرد که تا سال ۱۲۷۳ قمری در این مقام بود. پس از او پسرش حاج میرزا سید حسین متولی‌باشی به تولیت رسید و او تا پایان عمر خود در ۲۷ ذی‌الحجه ۱۳۱۷ قمری، تولیت داشت.
آخرین متولی از نسل خاتم المجتهدین سید ابوالفضل تولیت پسر سیدمحمدباقر سالارالتولیه بود که فرزندی نداشت و ثروت سرشار خود را وقف امور خیریه ساخت.