آشوب کاننو
مرحله سوم، پیروزی تاکائوجی

سیاست شوگونی تحت رهبری تادایوشی از سر گرفته شد، اما با تکرار سیاست حفاظت از اشراف دربار، معابد و زیارتگاه‌ها، مانند صدور قوانینی برای توقف تصرف قلمرو از معابد و زیارتگاه‌ها و مجازات تأخیر در فرستادگان، فرماندهان نظامی طبقه شوگو که با تقاضاهای شدید طبقه کوکوجین برای تصاحب قلمرو مواجه بودند، یکی پس از دیگری تادایوشی را ترک کردند و برخی از فرماندهان نظامی شوگو، که عمدتاً در منطقه کانتو و منطقه هوکوریکو مستقر بودند، هوادار تادایوشی باقی ماندند. تادایوشی در ماه ژوئیه از امور سیاسی استعفا داد، اما در ماه اوت، زمانی که تاکائوجی و پسرش یوشی آکیرا به بهانه دستگیری دشمنان در شرق و غرب پیشروی کردند، تادایوشی از ترس حمله به همراه هاتاکه‌یاما کونیکیو، شیبا تاکاتسونه، مومونوی تاداتسونه به ولایت ایچیزن فرار کرد. نیروهای تادایوشی با نیروهای تاکائوجی تعقیب کننده در ولایت اومی جنگیدند که منجر به جنگ دوم شد، اما این بار گروه تاکائوجی دست برتر را داشت.
تاکائوجی و تادایوشی در معبد کوفوکو-جی در اومی ملاقات کردند، اما صلح حاصل نشد، و هاتاکه‌یاما کونیکیو، تاکاتسونه و دیگران نیز به دست تاکائوجی افتادند و اسیر شدند. تنها حامیان تادایوشی، مومونوی تاداتسونه، اوئه‌تسوگی نوری‌آکی و گروه پسر خوانده اش آشیکاگا تادافویو از چوگوکو و کیوشو بودند. تادایوشی از طریق منطقه هوکوریکو به کانتو گریخت و اوئه‌تسوگی نوری‌آکی را دنبال کرد. تاکائوجی نزد امپراتور گو-موراکامی از دربار جنوبی رفت و دستور دستگیری تادایوشی را دریافت کرد و در ماه نوامبر با سپردن امور سیاسی استان‌های کینای و غرب به پسرش یوشی‌آکیرا، به سمت توکایدو پیشروی کرد و ارتش تادایوشی را در هایاکاواجیری در هاکونه شکست داد. در سال جدید ۱۳۵۲، و تادایوشی پس از رسیدن به کاماکورا، به‌طور ناگهانی در فوریه درگذشت. منابع تاریخی مانند تایهیکی و متون دیگر می‌گویند که او با سم کشته شده است.
اگرچه قیام با پیروزی تاکائوجی به پایان رسید، اما بازسازی قدرت تقسیم شده شوگون‌سالاری که تأثیر آن بر تشدید جنگ داخلی بین دربار شمالی و جنوبی و افزایش عمر دربار جنوب بود، آسان نبود. در فوریه ۱۳۵۲، ارتش جنوبی به یکباره در مناطق کینای و منطقه کانتو قیام کرد و به‌طور موقت کیوتو در منطقه کینای را اشغال کرد و امپراتور، امپراتوران بازنشسته و ولیعهد دربار شمالی را از بین برد و در منطقه کانتو را نیز به دربار جنوبی اضافه کرد. اوئه‌تسوگی نوری‌یوشی و به‌طور موقت تاکائوجی را اداره کردند و کاماکورا را اشغال کردند. علاوه بر این، در کیوشو، شاهزاده امپراتوری که به شوگونی نیز از طرف دربار جنوبی منصوب شده بود، شاهزاده اوکی‌یوشی مورد حمایت خاندان کیکوچی قرار گرفت و نفوذ خود را گسترش داد. آشیکاگا تادافویو تسلیم دربار جنوبی شد و سپس به منطقه چوگوکو نقل مکان کرد و نیروهای دربار جنوبی در کینای، مومونوی تاداتسونه در منطقه هوکوریکو و یامانا توکیئوجی را که از دولت مرکزی شوگون‌سالاری بیگانه شده بودند به جبهه نبرد خود اضافه کرد و تا سال ۱۳۵۵ دو بار جنگید (سال دهم شوهی (دوره)، سال چهارم دوره بوننا) کیوتو را اشغال کرد. تشدید این جنگ داخلی، شوگون‌سالاری را به شدت از نیاز به تقویت کنترل خود بر طبقه کوکوجین و تقویت اقتدار خود برای محافظت از آنها آگاه کرد و از سرکوب قیام‌های کوکوجین‌ها به استفاده از آنها به عنوان یک نیروی نظامی روی آورد.
اقدامات متقابلی ابداع شد، مانند پاسخ دادن فعالانه به خواسته‌های سرزمینی طبقه کوکوجین از طریق انتشار قانون هانزی (半済 اشاره به این واقعیت دارد که باکوفو موروماچی به شوگو حق دریافت نیمی از مالیات سالانه را از عمارت‌ها و مناطق عمومی اعطا می‌کند. قوانین و مقرراتی که نیمی از پرداخت را مجاز می‌دانند، حکم هانزی یا قانون هانزی نامیده می‌شوند)، اجازه دادن به شوگو برای کنترل قلمرو، و اجازه دادن به کوکوگا (国衙 در سیستم ریتسوریو ژاپن، کوکوگا منطقه ای بود که دفتر دولتی که در آن کوکوشی مسئول امور دولت محلی بود، در آن قرار داشت. همچنین مواردی وجود دارد که مقام‌های دولتی و مقام‌هایی که در کوکوشی و قلمرو کوکوگا (کوکوگا ریو) کار می‌کنند، «کوکوگا» نامیده می‌شوند) برای کنترل قلمرو.
تاکائوجی به تدریج اختیارات را به پسرش یوشی‌آکیرا تفویض کرد و می‌توان گفت که انتقال شوگون‌سالاری از یک دولت دو سر به یک دولت تک سر نیز از تأثیرات آشوب کاننو است.