مسیحیت و استعمار
ژاپن

مقالهٔ اصلی: تاریخ کلیسای کاتولیک در ژاپن
اولین مبلغان انجمن عیسی در سال ۱۵۴۲ از پرتغال وارد کیوشو شدند و باروت را با خود به ژاپن آوردند. فرانسیسکو خاویر در سال ۱۵۵۰ وارد شد. بعدها، فعالیت‌های تبلیغی کلیسای کاتولیک منحصراً توسطیسوعی‌ها و فرقه‌های متعصب راهبان صدقه‌گیر مانند فرانسیسکن‌ها و فرقه دومینیکن انجام شد. هنگام غسل تعمید، به نوکیشان «نام  مسیحی» پرتغالی داده می‌شد و تشویق می‌شدند تا عادات فرهنگی غربی را اتخاذ کنند. این عمل باعث ایجاد سوءظن شد که این نوکیشان در واقع عوامل خارجی هستند که برای براندازی نظم اجتماعی محلی کار می‌کنند.
اولین موفقیتی که مسیحیت در ژاپن شاهد بود در کیوشو رخ داد. تغییر دین اربابان محلی مانند اومورا سومیتادا، آریما یوشی‌سادا، و اوتومو سورین منجر به تغییر مذهب بسیاری از رعایای آنها شد. تغییر مذهب چندین مقام برجسته در منطقه جنوب ژاپن احتمالاً به دلیل ماهیت غیرمتمرکز دوره جنگ‌های داخلی ژاپن بود که در آن جنگ سالاران برای کنترل اراضی بین خود رقابت می‌کردند. این خلأ قدرت برخی از جنگ سالاران را به این باور رساند که گشودن بیشتر منطقه‌شان در برابر خارجی‌ها منجر به کسب مزیت خواهد شد.
در زمان اودا نوبوناگا، یسوعی‌ها از حمایت او برخوردار بودند. جانشین اودا نوبوناگا، تویوتومی هیده‌یوشی ابتدا از مسیحیت حمایت کرد، اما بعداً با انتشار فرمان اخراج مبلغان مسیحی از ژاپن سیاست خود را تغییر داد و فعالیت‌های تبلیغی را ممنوع کرد. پس از فتح کیوشو، هیده‌یوشی از جنوب ژاپن بازدید کرد و به این باور رسید که یسوعی‌ها ژاپنی‌ها را به عنوان برده به خارج از کشور می‌فروشند، مسیحیان عبادتگاه‌ها و معابد را ویران می‌کنند و مردم مجبور به گرویدن به مسیحیت می‌شوند که در نتیجه فرمان اخراج مبلغان مسیحی صادر شد. الساندرو والیگنانو، در ۱۴ دسامبر ۱۵۸۲ نامه ای به فرماندار کل فیلیپین به نام فرانسیسکو دو ساند نوشت و در آن اظهار داشت که «فتح ژاپن با قدرت نظامی غیرممکن است و تبدیل ژاپن به مسیحیت مهم‌ترین وظیفه کلیسا است.» محققان همچنین این نظریه را مطرح می‌کنند که هیده‌یوشی معتقد بود مأموریت واقعی مبلغان مسیحی تبدیل جمعیت ژاپنی به مسیحیت، سرنگونی دولت و تبدیل آن به یک مستعمره است.
در اواخر دهه ۱۵۸۰، مبلغ و مأمور انجمن عیسی، گاسپار کوئلیو تلاش کرد تا محوری از نوکیشان مسیحی (کیریشیتان) در میان اربابان فئودالی جنوبی یا دایمیوها ایجاد کند که از تصرف مسلحانه مسیحی بر ژاپن حمایت کنند. قرار بود تسلیحات از پایگاه‌های استعماری امپراتوری پرتغال در جنوب آسیا و جنوب شرق آسیا تهیه شود، اما این طرح توسط دولت تویوتومی هیده‌یوشی شناسایی شد و به نتیجه نرسید.
بعداً، در سال ۱۵۹۶، یک گالئون اسپانیایی در ساحل شیکوکو در طی حادثه کشتی سان فیلیپ خراب شد. ناخدای آن، پس از گفتگو، به مقام‌های ژاپنی القا کرد که شیوه عمل اسپانیایی برای براندازی جوامع بومی از درون، از طریق تغییر مسیحیت انبوه قبل از فتح است. تویوتومی هیده‌یوشی، مشاور ارشد (کانپاکو و سشو) امپراتور، اولین سرکوب مرگبار مسیحیت که به نام ۲۶ شهید ژاپن شهرت دارد را در این زمان آغاز کرد.
در سال ۱۶۳۷، ماتسوکورا کاتسوایه ارباب فئودالی قلمروی شیمابارا در جنوب ژاپن مالیات بالایی را بر مردم و مسیحیان تحمیل کرد. بالا بودن مالیات، همراه با قحطی، به شورش شیمابارا منجر شد. ابتدا این یک جنبش دهقانی بود، اما بعداً مسیحیان به شورش پیوستند و در نتیجه شوگون‌سالاری توکوگاوا مسیحیت را ممنوع کرد. این بزرگ‌ترین شورش در دوره ادو و تاریخ ژاپن بود و شوگون‌سالاری توکوگاوا را متقاعد کرد که مسیحیت تهدیدی برای آنها است و باعث شد ژاپن را برای تقریباً ۲۵۰ سال از جهان خارج منزوی کنند.
در سال ۱۸۲۵، محقق نظامی آیزاوا سیشیسای در دوره ادو مجموعه‌ای از مقاله‌ها را منتشر کرد تا به دولت شوگون‌سالاری توکوگاوا ارائه شود، در میان چیزهای دیگر، تهدید حاکمیت ژاپن توسط مسیحیت بود. در این مقاله‌ها، او مطرح کرد که قدرت‌های اروپایی و آمریکایی از مسیحیت به‌عنوان یک سلاح فرهنگی استفاده می‌کنند که بوسیله آن می‌توان جمعیت‌های بومی را علیه دولت‌های خود به منظور تسهیل فتح و استعمار به کار برد. این متن مستقیماً در مورد رویارویی دوران تویوتومی با یسوعی‌ها بحث می‌کرد و هشدار می‌داد که کشورهای آسیا، به‌ویژه ژاپن و چین، به‌عنوان آخرین ملت‌های بازمانده که سیاست‌های غیر مبتنی بر دین‌های ابراهیمی را حفظ می‌کنند، از نظر جغرافیایی و سیاسی منزوی شده‌اند.