جنگ اول هرات
برخورد مستقیم میان ایران و انگلیس

مک‌نیل که پس از قطع روابط ایران و انگلیس قصد ترک ایران از راه تبریز را داشت، چون محمدشاه اعلام کرده بود که علما «اعلام کنند همه مسلمانان باید در برابر انگلیسی‌های کافر مقاومت کنند»، از زنجان به سیدمحمدباقر شفتی، رهبر روحانیون شیعه، نامه‌ای نوشت و به او گفت که «چون مراتب از لوازم بود مصدع احوال رحمت اشتمال آمد باقی قوام دین مبین و قواعد شرع متین به انوار و نقوی و آثار حکم و فتوی آن شریعت پناه مرتفع و معلی باد.» این نامه یک تهدید پنهان علیه شفتی بود که به خواسته محمدشاه مبنی بر اعلام جهاد علیه قبایل سنی و دولت بریتانیا توسط روحانیون، عمل نکند. روحانی شیعه در پاسخ از تصمیم شاه دفاع کرد و آن را برای حفظ امنیت مناطق شرقی ایران و نجات شیعیان از حملات سنیان ضروری دانست. او روابط نظامی و دیپلماتیک را نیازمند «رجوع به امنای دولت علّیه» خواند؛ اما اعلام کرد که قصد اعلان جهاد علیه بریتانیا و قبایل سنی را ندارد. این موضوع بعدها اعتراض دولت ایران را در پی داشت و سفیر ایران به لرد پالمرستون نوشت: «کاغذ نوشتن دولت انگریز (انگلیس) به جناب فخرالاسلام آقا سیدمحمدباقر مجتهد، به اصفهان، چه مناسبت دارد.» و در نامه‌ای دیگر ذکر شد که «این مک‌نیل نه تنها اخبار نامه جنگ به امنای دولت علیه نوشت، بلکه با علمای ممالک محروسه ایران هم بعضی مضامین مبنی بر اخلال و افساد نگاشت. من جمله خدمت جناب فخرالاسلام آقا سیدمحمدباقر مجتهد اصفهانی، از زنجان فرستاد.»
بخشی از منشور محمدشاه، پس از ناکامی در پس‌گیری هرات:
... مردمان ایران چنان تصور ننمایند که من از سفر و جنگ خسته شده‌ام یا نیتی را که در پس گرفتن اسرا داشتم تغییر دادم. هرگز به خدا قسم. اسیرهای ما خاطر جمع باشند که تا جان دارم از این نیت برگشت نخواهم کرد و به فضل الهی همه اسرا را پس خواهم گرفت.
اکسیر التواریخ، ۵۰۱–۵۰۲
مک‌نیل در تبریز نامه‌ای از پالمرستون دریافت کرد که حاوی هشداری برای شاه ایران بود. او در آن نامه عنوان کرده بود که انگلیس این عمل شاه را نخواهد پذیرفت و آن را حاصل همکاری با روسیه می‌داند. مدتی پس از خروج مک‌نیل، به محمدشاه از سوی حاکمان فارس و کرمان مطلع شد که کشتی‌های انگلیسی وارد دریای عمان شده‌اند و خارک را اشغال کرده‌اند. استودارت، نماینده انگلیسی ساکن هرات، به شاه نامه نوشت که «هنوز فتح هرات تمام نشده، مردم هندوستان طریق سرکشی در پیش گرفته‌اند. دولت انگلیس ناچار است اگر مراجعت نکنید، به منازعت برخیزد. اینک که کشتی‌های ما تا خارک پیش آمده‌اند، من به شما اعلان جنگ می‌کنم. اگر از هرات دست برندارید، باید برای جنگ در فارس آماده شوید.» با دیدن این وضعیت، محمدشاه چاره‌ای جز عقب‌نشینی نیافت و پس از ۱۰ ماه محاصره، با دست خالی، به پایتخت بازگشت.
دولت ایران منشوری صادر کرد که نشانگر خشم عمیق محمدشاه بود. در این منشور آمده بود که تلاش دولت ایران برای آزادسازی اسرای ایرانی در بند قبایل آسیای میانه پایان نیافته‌است. از سربازان تشکر کرد که در «سرما و گرما… با شوق و غیرت تاب آوردند.» به انگلیسیان تاخت که ما «عهدنامه‌هایی با آنان داشتیم که آن را محکم‌تر از صد قلعه می‌پنداشتیم… اما نقض عهد کردند. خارک را گرفتند و تهدید به حمله به فارس و کرمان کردند.» «پس برگشتیم… انگلیس دولت بزرگی است و صلاح حرب نداشتیم.» هما ناطق این منشور را نخستین مرتبه در تاریخ ایران می‌داند که دولت خود را مسئول پاسخگویی به مردم یافت. شورش روحانیون در اصفهان در همان زمان روی داد و دولت باید برای یک سفر جنگی دیگر آماده می‌شد. همچنین غارت خرمشهر توسط عثمانی نیز همزمان با حضور سپاه ایران در شرق روی داد.
در مجموع ماجرای هرات یک پیروزی قاطعانه برای بریتانیا بود. یک سال بعد لرد پالمرستون وزیر خارجه انگلیس از پذیرش نماینده ایران حسین‌خان آجودان‌باشی سر باز زد اما به هر حال انگلیسی‌ها نمی‌توانستند سفارت خود در تهران را برای مدت طولانی خالی بگذارند و در سال ۱۸۴۱ میلادی روابط تهران و لندن از سر گرفته شد. با این وجود مسئله هرات به صورت دائمی حل نشد. ایران در زمان ناصرالدین‌شاه تلاش کرد تا حاکمیت خود بر این شهر را مجدداً برقرار سازد که همین زمینه برخورد مستقیم نظامی میان ایران و انگلیس را فراهم آورد.
یک نقاشی متعلق به دوران قاجار با موضوع محاصره هرات توسط نیروهای ایران