سید محمد حسینی شیرازی
دیدگاه‌های سیاسی

در مقایسه با حزب الدعوة و علماء نجف، که از ورود سید روح‌الله خمینی به عراق خشنود نبودند، سید محمد شیرازی استقبال گرمی از او در کربلا کرد و حتی به احترام او امامت جماعت حرم حسین بن علی را در مدت اقامتش در کربلا به او سپرد و در قم دیدارهای بسیاری با او داشت؛
اما پس از این که مخالفین جمهوری اسلامی ایران زندانی و اعدام شدند و محمد شیرازی خمینی را به عمل به سیره پیامبر اسلام (که پس از فتح مکه دشمنان خود را بخشید) و عدم اعدام مخالفان توصیه و نصیحت کرد ولی جواب رد شنید، این روابط تیره و سرد شد.
سید محمد شیرازی همراه برادرش سید حسن شیرازی از مخالفان سرسخت حکومت بعث عراق بود، برادرش توسط دولت عراق زندانی وشکنجه شد و حکم اعدام غیابی برای سید محمد شیرازی صادر شد در نتیجه ایشان جبراً در سن ۴۴ سالگی بر اثر فشارهای رژیم بعث از عراق به کویت رفت و در سال ۱۳۹۹ (۱۳۵۷ خورشیدی) در سن ۵۲ سالگی به قم مهاجرت کرد. در سفر به قم، روح‌الله خمینی به دیدار او رفت.
محمد شیرازی برخلاف سید روح‌الله خمینی قائل به شورای مراجع بود (نظریه ای که بعدها سیاستمدارانی همانند هاشمی رفسنجانی برای جلوگیری از استبداد فقیه به آن معتقد شدند) وی در کتابش چنین می‌نویسد:
«از دیدگاه فقه اسلامی در زمان غیبت اهل بیت تنها با تحقق شورای مراجع است که حکومت مشروعیت پیدا خواهد نمود، بنا بر این حتی اگر یک فقیه جامع‌الشرایط ـ به جای شورا ـ در رأس حکومت قرار گیرد، باز آن حکومت غیرشرعی خواهد بود.»
او حتی معتقد بود که در تمام امور حکومتی باید با مردم مشورت بشود و موافقت مردم در انجام کارها شرط است، چنان‌که می‌نویسد:
«هرچیزی که به نحوی به شئون امّت مربوط می‌شود بایستی در آن مشورت صورت گیرد خواه این مشورت در اصل باشد یا در فرع، همانند (ساختن) مدارس، دانشگاه‌ها، بیمارستان‌ها، فرودگاه‌ها، کارخانجات، صنایع سنگین و غیره؛ زیرا این گونه مراکز با اموال و دارایی‌های امّت دایر و راه اندازی می‌شود.»
علی افشاری مدعی است که پس از تیرگی روابط و برای حفظ عنصری قوی همچون شیرازی، روح‌الله خمینی پیشنهاد قائم مقامی رهبر را به او می‌دهد که شیرازی این پیشنهاد را رد می‌کند.
سید محمد شیرازی پس از اعدام‌های بی‌رویه ای که در جمهوری اسلامی اتفاق افتاد، جزء معترضان و مخالفان این سیستم شد و توسط حکومت وقت به شدت تحت فشار قرار گرفت، به اندازه ای که کتبش را مصادره کردند، موسسه هایش را بستند و فرزندانش و بستگانش را بازداشت کردند.
وی در کتابش (مطاردة قرن و نصف) می‌نویسد: حکومتِ… در خانه ام مرا حصر کرد و اتفاقات ناگواری بر من افتاد که اگر می‌خواستم آن‌ها را بنویسم کتابی با بیش از پانصد صفحه می‌شد! به این‌ها بسنده نکردند و تا جایی رسید که فرزندانم سید مرتضی و سید مهدی و عده ای از نزدیکان و دوستان و فامیل را بازداشت کردند و عده ای را نیز آواره کردند! و همان‌طور بسیاری از علما و طلاب را از حضور در جلسه درسم منع کردند و پس از مصادره بسیاری از موسساتمان، کارمندان آن‌ها را اجبار به ترک کردند… و دو پسر دیگرم تحت تعقیب قرار گرفتند که یکی به کویت و دیگری به سوریه مهاجرت کرد.
وی در کتاب دیگرش می‌نویسد: کشوری که من در آن هستم (ایران) کتاب تفسیر {تقریب القرآن الی الاذهان} را مصادره کردند. همان حکومت کتاب دیگری از من را که نامش {این‌گونه بود حکومت رسول الله و امیرالمومنین} بعد از اینکه اجازه چاپ گرفت و به عدد ده هزار نسخه به چاپ رسید و فهمیدند که این کتاب به آنچه ادعا می‌کنند سیاستشان اسلامی است ضرر می‌زند، دستور به مصادره و سوزاندن آن کردند، اما خوشبختانه نسخه اصلی خطی آن نزدم محفوظ ماند، و الا این کتاب به کلی از بین می‌رفت! و همچنین کتب متعددی را از من مصادره کردند!
در جریان جنگ ایران و عراق، پس از صدور فتوا به حرمت جنگ با عراقی‌ها (در خلال جنگ ایران و عراق) به دلیل حرمت کشتن مسلمین و مشروع نبودن ادامه جنگ، در خانه‌اش محبوس شد، این بازداشت خانگی که طولانی‌ترین حبس در طول حکومت جمهوری اسلامی است، بیش از ۲۰ سال طول کشید و با مرگ او پایان یافت.