رژیم غذایی کتوژنیک
عوارض جانبی

رژیم کتوژنیک، یک رژیم جامع، بی‌خطر و طبیعی برای درمان صرع نیست و همانند هرگونه دارودرمانی دیگر، احتمال بروز عوارض وجود دارد. این عوارض، عموماً کمتر و خفیف‌تر از عوارض داروهای ضد صرع یا جراحی است. عوارض شایعی که به آسانی درمان می‌شوند عبارتند از یبوست، اسیدوز خفیف و هیپوگلیسمی، در صورتی که فرد در آغاز گرسنگی طولانی داشته باشد. حدود ۶۰٪ از کودکان دچار افزایش چربی خون می‌شوند و سطح کلسترول در حدود ۳۰٪ بالا می‌رود. این مشکل را می‌توان با تغییراتی در نوع چربی موجود در رژیم غذایی کنترل کرد و به‌عنوان مثال، چربی‌های اشباع را به چربی‌های غیراشباع چندگانه تغییر داد و اگر مشکل ادامه یافت، نسبت کتوژنیک را کاهش داد. همچنین برای جبران کاهش ریزمغذی‌ها لازم است مکمل‌های لازم به آن غذا افزوده شود.
مصرف طولانی‌مدت این رژیم در کودکان با خطر کاهش نرخ رشد یا حتی توقف آن، شکستگی استخوان‌ها و سنگ‌های کلیوی همراه است. این رژیم سطح فاکتور رشد شبه انسولین ۱ را کاهش می‌دهد که برای رشد در دوران کودکی ضروری است. همچون داروهای ضد صرع، این رژیم غذایی بر روی سلامت استخوان‌ها اثرات سوء دارد. عوامل مختلفی همچون بروز اسیدوز و کاهش هورمون رشد در این موضوع دخیلند. در حدود یک نفر از هر ۲۰ کودکی که رژیم کتوژنیک مصرف می‌کنند دچار سنگ کلیه خواهند شد (در مقام مقایسه، در کودکان سالم سنگ کلیه شیوعی در حدود یک در چندین هزار کودک دارد). یکی از عوارض شناخته‌شدهٔ داروهای خانوادهٔ بازدارنده‌های کربنیک آنهیدراز (همچون توپیرامات و زونیساماید) افزایش احتمال ابتلا به سنگ‌های کلیوی است، اما مصرف همزمان این داروها با رژیم کتوژنیک، این خطر را در مقایسه با مصرف رژیم غذایی به‌تنهایی، افزایش بیشتری نمی‌دهد. سنگ‌های کلیوی را می‌توان درمان کرد و دلیل خوبی برای قطع رژیم کتوژنیک نیست. بیمارستان جانز هاپکینز امروزه به بیماران مکمل‌های پتاسیم سیترات می‌دهد که احتمال سنگ‌های کلیوی را ۷ برابر کم می‌کند. با این‌حال این تجویز تجربی، تاکنون در کارآزمایی‌های آینده‌نگر شاهددار بررسی و تأیید نشده‌است. علت بروز سنگ‌های کلیوی ناشی از رژیم غذایی ۴ چیز است:
به‌دلیل اسیدوز ایجاد شده، استخوان‌های بدن شروع به از دست دادن مواد معدنی خود کرده و بدین ترتیب میزان کلسیم دفع‌شده در ادرار بالا می‌رود. استخوان‌ها از ترکیب فسفات کلسیم ساخته شده‌اند؛ فسفات با اسید واکنش نشان می‌دهد، اما کلسیم اضافی از ادرار دفع می‌شود.
کاهش سیترات ادرار: در مصرف‌کنندگان این رژیم، سطح سیترات ادرار به‌طور غیرعادی پائین است. سیترات در حالت معمول به انحلال کلسیم آزاد کمک می‌کند.
پی‌اچ ادرار در این بیماران، پائین (اسیدی) است. در نتیجه اجازهٔ انحلال به اوریک اسید نمی‌دهد و بدین ترتیب کریستال‌هایی از این ماده تشکیل می‌شود که همچون هسته‌ای برای سنگ‌های کلسیمی عمل می‌کنند.
بسیاری از مراکز به‌طور سنتی میزان مصرف آب بیماران را به ۸۰٪ نیاز روزانه کاهش می‌دهند و این موضوع خود مزید بر علت است و امروزه دیگر توصیه نمی‌شود.
در نوجوانان و بزرگسالان، عوارض شایع گزارش شده عبارتند از: کاهش وزن، یبوست، دیس‌لیپیدمی و در بانوان قاعدگی دردناک.
در سال ۲۰۲۱ یک مرور سیستماتیک  که آن را جامع‌ترین مرور انجام‌شده تاکنون در مورد رژیم غذایی کتوژنیک می‌دانند، خطرات قلبی، خطر بروز سرطان، و عوارض جانبی برای زنان باردار و بیماران کلیوی را با این رژیم نشان داد. نویسنده مقاله، این رژیم  را یک «فاجعه [غذایی] ایجادکننده بیماری» نامید و ادامه داد که «مصرف گوشت قرمز، گوشت‌های فرآوری‌شده و چربی‌های اشباع‌شده و همچنین محدود کردن سبزیجات، میوه‌ها، حبوبات و غلات سبوس‌دارِ سرشار از کربوهیدرات، دستورالعملی برای سلامت بد است.»
پنج یافته کلیدی این مقاله مروری که در ژورنال دانشگاهی «فرانتیرز تغذیه» و تحت داوری همتا منتشر شد به این شرح است:
رژیم کتوژنیک ممکن است مخصوصاً برای زنان باردار یا آنهایی که قصد باردار شدن دارند، ناایمن باشد - رژیم‌های کم کربوهیدرات با خطر بیشتر بروز نقص‌های لوله عصبی در نوزاد مرتبط است، حتی زمانی که زنان مکمل اسید فولیک مصرف می‌کنند.
رژیم‌های کتوژنیک با پروتئین زیاد می‌تواند وقوع نارسایی کلیه را در افراد مبتلا به بیماری کلیوی تسریع کند.
رژیم کتوژنیک باعث افزایش سطح «کلسترول بد (LDL)» در بسیاری از مصرف‌کنندگان می‌شود.
رژیم‌های کتوژنیک همچون نوشدارویی درمان‌گر تجویز می‌شوند، اما به احتمال زیاد در درازمدت بی‌خطر نیستند.
محدود کردن کربوهیدرات در رژیم غذایی، فرد را به‌سوی مصرف غذاهای سرطان‌زا می‌کشاند. در واقع، غذاهای رایج کتوژنیک با افزایش خطر بروز بیماری قلبی، سرطان، دیابت و آلزایمر مرتبط هستند - یعنی همان بیماری‌هایی که این رژیم برای کمک به درمان آنها تبلیغ و تجویز می‌شود.