ندای وظیفه: جنگاوری پیشرفته
داستان

در سال ۲۰۵۴، جک میچل (تروی بیکر) و سرجوخه ویلیام آیرونز (پاول تلفر) از سپاه تفنگداران دریایی ایالات متحده در یکی از عملیات‌هایی که در برابر تجاوزهای کرهٔ شمالی در سئول انجام می‌شود، به فرماندهی سرگرد کورماک (راسل ریچاردسون) حضور دارند. در این عملیات ویل کشته شده و میچل دستش را از دست می‌دهد، که همین باعث انفصال از خدمت نیروهای نظامی می‌شود. در پایان مراسم خاکسپاری ویل، رئیس مجموعهٔ اطلس، جاناتان آیرونز (کوین اسپیسی) پدر ویل به او پیشنهاد کار می‌دهد. مجموعهٔ اطلس یک ارتش نظامی خصوصی است. همچنین جاناتان آیرونز به او اطمینان می‌دهد که یک دست ساختگی به جای دست از دست‌رفته‌اش به کار برده می‌شود.
در همین حین یک گروه تروریستی به نام کی‌وی‌اِی، که توسط یک فناوری‌هراس به نام جوزف چخیدزه (شریف ابراهیم) رهبری می‌شود، چندین عملیات تروریستی انجام می‌دهند که باعث می‌شود دنیا از اطلس بخواهد تا جلوی آن‌ها را بگیرند. همزمان کی‌وی‌ای حملات دیگری علیه دیگر نیروگاه‌های هسته‌ای در سراسر دنیا انجام می‌دهد که شهرهای متعددی را درگیر پرتوهای رادیواکتیو می‌کند و هزاران نفر را به کام مرگ فرو می‌برد و باعث آشفتگی دولت‌های ملی و ارتش‌ها می‌شود. در این حال اطلس به عنوان نیروی نظامی برتر در جهان ظهور کرده و به شهروندانی که از این حملات آسیب دیده‌اند، یاری می‌رساند و در برابر حملات وحشیانهٔ کی‌وی‌ای می‌ایستد.
چهار سال بعد در سال ۲۰۵۹، میچل و گیدئون برای بازداشت دکتر پی‌یر دانویس (اریک پاسوجا) به دیترویت که به خاطر تابش پرتوهای رادیواکتیو به یک شهر متروکه بدل گشته، اعزام می‌شوند. معاون فرماندهٔ کی‌وی‌ای اعتراف می‌کند که هیدس در سانتورینی، یونان حضور دارد و در آنجا همایشی ترتیب داده‌است. میجل به همراه دیگر سربازان اطلس به سانتورینی می‌روند و هیدس را می‌یابند. سربازان اطلس، با پشتیبانی میچل به وسیلهٔ پهباد، وارد محل اقامت هیدس می‌شوند و او را از بین می‌برند اما بعد از آن اعلام می‌شود که او هیدس نبوده‌است. میچل برای گرفتن هیدس همراه با ایلونا (آنجلا گاتز) به مسیر عبوری کاروان همراهان هیدس رفته و مینی را روی زمین کار می‌گذارد. پس از انفجار مین، هیدس با آن‌ها درگیر می‌شود و میچل گلوی او را می‌بُرد. هیدس در حالی که جان می‌دهد تنها این جملات را می‌گوید: «آیرونز می‌داند…» و یک ریزتراشهی اطلاعاتی را به میچل می‌دهد. ایلونا که قبلاً از اعضای نیروهای ویژهٔ روسیه بوده و در حال حاضر در اطلس کار می‌کند، تراشه را آنالیز می‌کند. این تراشه حاوی تصویری است که نشان می‌دهد آیرونز کارشناس تکنولوژی‌ای که در نیجریه گرفته بودند را پس از اینکه اعتراف می‌کند کی‌وی‌ای در حال تدارک حمله به نیروگاه‌های هسته‌ای است، می‌کشد. این نشان می‌دهد که آیرونز برای آنکه اطلس قدرت و اعتبار بیشتری کسب کند، اجازه داده تا حمله به نیروگاه‌ها رخ دهد. آیرونز، ایلونا و میچل را بازداشت می‌کند و می‌گوید این فیلم ساختگی است. گیدئون حرف آیرونز را پذیرفته و با او می‌رود. ایلونا و میچل نیز کمی بعد از دفتر مرکزی اطلس در بغداد نو تازه ساخته شده، می‌گریزند. در همین حال یک صدایی مرموز آن‌ها را راهنمایی می‌کند که چه کار کنند. کمی بعد آن‌ها صاحب صدای مرموز را می‌بینند که یکی از فرماندهان سابق میچل، کورماک است. کورماک در حال حاضر عضوی از گروه نگهبانان است. نگهبانان یک نیروی نظامی چندملیتی است که در ابتدا برای تحقیق دربارهٔ حملات کی‌وی‌ای به نیروگاه‌های هسته‌ای ساخته شده بود، اما بعداً هدف جدیدی برای گروهشان تعریف کردند و سعی می‌کنند جلوی رشد بی‌رویهٔ قدرت اطلس را بگیرند. در حالی که ایلونا و میچل مترصد سوار شدن بر هواپیمای کورماک هستند، گیدئون آن‌ها را می‌یابد اما آن‌ها را رها می‌کند و خودش در کنار آیرونز می‌ماند تا اطلاعات بیشتری کسب نماید.