ابراهیم یزدی
ماجرای اعدام امیران ارتش شاهنشاهی

پس از پیروزی انقلاب و دستگیری تعدادی از سران و مقامات امنیتی، نظامی و سیاسی پهلوی وی در کنار مهدی بازرگان برای جلوگیری از اعدام دستگیرشدگان تلاش می‌کند. و به گفته خلخالی به آنان «در باغ سبز نشان می‌داد» صادق خلخالی در این باره در خاطرات خود می‌گوید:
از جمله کسانی که در همه کارها دخالت می‌کرد و بازپرس شده بود؛ ابراهیم یزدی بود که در دولت موقت اول معاون نخست‌وزیر و سپس وزیر امور خارجه شد.
.... ابراهیم یزدی در طبقه سوم مدرسه رفاه که من هم آنجا بودم، نصیری و رحیمی را به محاکمه کشید. آن‌ها با وجود اینکه می‌دانستند که من از طرف امام به عنوان قاضی و حاکم شرع معرفی شده‌ام به این امر توجه نمی‌کردند، خودشان می‌بریدند و می‌دوختند و در باغ سبز نشان می‌دادند.
تلویزیون هم جریان را ضبط می‌کرد و ما هم نظاره می‌کردیم. سرانجام کاسه صبرم لبریز شد و مستقیماً به خدمت امام رفتم و عرض کردم: ابراهیم یزدی می‌گوید که جزو شورای انقلاب است و نمی‌گذارد من به کارها رسیدگی کنم. او در همه کارها مداخله می‌کند و مانع کار ما می‌شود.
امام فرمود: او جزو شورای انقلاب نیست و زورش هم به تو نمی‌رسد اگر آمد آنجا یقه او را بگیر! (سپس امام یقه مرا گرفت و گفت اینجوری) پس از بیانات امام من با قدرت تمام به مدرسه رفاه برگشتم. ابراهیم یزدی در کارها مداخله می‌کرد … من می‌خواستم در آن شب ۲۴ نفر را اعدام کنم. چشم همه آن‌ها را بسته بودیم؛ اما این آقایان دائماً این پا و آن پا کردند می‌رفتند و می‌آمدند و من هم خون دل می‌خوردم.
فردای آن شب که نصیری، ناجی، رحیمی و خسروداد اعدام شدند بازرگان مصاحبه مطبوعاتی تشکیل داد و با کمال تعجب اعلام نمود: ما از وضع دادگاه‌های انقلاب کوچک‌ترین اطلاعی نداریم.
مسعود بهنود می‌گوید در شب اول انقلاب خلخالی قصد داشت ۳۰ نفر را اعدام کند که با پایداری یزدی فقط ۴ نفر اعدام شدند و در نهایت ۲۰ نفر از آن‌ها جان به در بردند و اکنون (۱۳۹۰) هنوز سه تن از آن‌ها زنده‌اند.
خلخالی رهبران نهضت آزادی را مانع اعدام زندانیان دانسته و می‌گوید در هنگام اعدام هویدا تلفن‌های زندان اوین را قطع کرده بود تا آنان مانع از اعدام نشوند.
ابراهیم یزدی در گفتگویی تصویری نقش خود در اعدام امرای ارتش را تکذیب می‌کند و ماجرای آن شب را این‌گونه روایت می‌کند:
ساعت ۹–۹:۳۰ شب بود، من منزل پدر بودم (خیابان عین الدوله- ایران فعلی رو به روی مدرسه علوی) سید حسین خمینی آمد عقب من که بابا گفتند شما بیا. رفتم دیدم گوش تا گوش آقایان نشستند. خلخالی، عراقی، اشراقی، سید احمد نراقی بودند. آقای خمینی از من پرسید «داستان چیست؟» گفتم: «من اطلاعی ندارم داستان از چه قرار است» گفت: «می‌گویند ۲۴ نفر را برده‌اند پشت‌بام مدرسه رفاه می‌خواهند اعدام کنند.» من گفتم: «چه کسانی هستند؟» آقای خلخالی که روزنامه اطلاعاتی دستش بود در حاشیه‌اش اسامی این ۲۴ نفر را نوشت و شروع کردند یکی، یکی پرسیدن. گفتم: «آقا هیچ بحثی نیست که این‌ها در آن رژیم مرتکب جنایت شدند؛ ولی قرآن و اسلام به ما می‌گوید که اگر مرغی را می‌خواهی بکشی شرایط دارد، چه طور می‌خواهید، انسان‌هایی را به هر دلیلی بکشید بدون این‌که شرایط رعایت شود.»
اول این‌که نصیری رئیس ساواک بوده باید محاکمه شود شما این را ببرید در استادیوم آزادی یک دادگاه علنی برگزار شود. در روزنامه‌ها آگهی بدهید و فرم‌هایی چاپ کنید که تمام کسانی که در طی این ۲۵ سال توسط ساواک بازداشت شدند، عزیزانشان را کشتند همه بیایند عرض حال بدهند و اعلام جرم بکنند علیه رئیس ساواک که مسئول هست، در حضور خبرنگاران نصیری سوگواری راه بیندازد. اما در برابر توضیح اول من استناد کردند به حرف‌های رحیمی. گفتند: «اینها متنبه نیستند، اینها باور نمی‌کنند انقلاب شده و احتمال هست که این‌ها بیایند مدرسه رفاه و این تشکیلات را بمباران کنند. بهتر است برای این‌که ما از آنها زهرچشم بگیریم، این چهار نفر را ببرند و اعدام بکنند.»
برای آن چهار نفر نه خلخالی حکمی صادر کرد و نه شخص دیگری، شخص آقای خمینی گفت: «من به‌عنوان حاکم شرع می‌گویم این چهار نفر را ببرید و بکشید.»