خلافت علی بن ابی‌طالب
سال‌های آخر خلافت > یورش‌های شامیان به عراق، حجاز و یمن

مقالهٔ اصلی: غارات
معاویه حملات پراکنده‌ای را از ۳۷ هجری، پس از نبرد نهروان، تدارک دید که به صورت راهزنی و قتل مردم عادی با هدف ایجاد رعب و وحشت در سرزمین‌های عراق و حجاز انجام می‌شد و تاریخ‌نگاران مسلمان آن‌ها را اصطلاحاً «غارات» نامیده‌اند.
در سال ۳۸ هجری، زمانی که به جهت اختلاف ابن‌عباس با علی وضع بصره آشفته بود، معاویه کوشید از شرایط بصره بهره‌داری کند و عبدالله بن عمرو حضرمی را به بصره اعزام کرد تا کنترل آنجا را در دست گیرد. هرچند وی با مقاومت زیاد بن ابیه، عامل علی در بصره، و جمعی از بصریان مواجه شد، اما با حمایت جمعی دیگر توانست به عنوان حاکم عمل کند و از اتباعش برای معاویه خراج بگیرد. با این حال علی به درخواست زیاد، جاریه بن قدامه را با سپاهی به بصره فرستاد و جاریه با حمایت بصریان حامی علی، ابن حضرمی را شکست داد و کشت.
در ۳۹ هجری، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. معاویه، بسر بن ارطات را با سپاهی به حجاز گسیل داشت. بسر به همراه ۲۶۰۰ سپاهی، طبق دستور معاویه، مردم را در طول مسیر تا مدینه غارت کرد و ترساند. کارگزار علی در مدینه، ابوایوب انصاری، پیش از رسیدن بسر به کوفه گریخت. بسر در مدینه مردم را تا سرحد جان ترساند و از آن‌ها به زور برای معاویه بیعت ستاند. سپس به سوی مکه رفت، و در راه مردم را کشت و اموالشان را برد. قثم بن عباس، کارگزار علی در مکه نیز، پیشاپیش ورود وی، گریخت. بسر بر مکه تسلط یافت و از مردم بیعت ستاند. سپس، سوی طائف رفت و مغیره بن شعبه که بزرگ آنجا بود و تا آن زمان راه میانه برگزیده بود، پیشاپیش ورودش را خوشامد گفت و به استقبالش شتافت. آنگاه، به جانب یمن رفت و در راه بر دو پسر عبیدالله بن عباس، والی علی در یمن، دست یافت و آن دو را کشت. عبیدالله بن عباس نیز پیشاپیش ورود بسر گریخت و آن‌ها که در صنعا و دیگر مناطق یمن مقاومت کردند، همگی کشته شدند. در نجران، یمن و حضرموت بر هر یک از حامیان علی که دست یافت، او را کشت و حتی برخی بزرگان قبایل مسلمان و مسیحی را که جانب علی نبودند، برای ترساندن مردم کشت. برخی نیز به دژها پناه بردند یا به کوه‌ها گریختند. در گزارش‌ها عدد مبالغه‌آمیز سی هزار کشته را برای یورش بسر برشمرده‌اند. علی برای مقابله با بسر به زحمت و کندی توانست حمایت مردم کوفه را جلب کند. علی در تلاش برای تجهیز سپاهی برای گسیل به شام بود، اما خبر جنایات بسر وی را مجبور به پرداختن به وضع عربستان کرد. سرانجام، جاریه بن قدامه داوطلب شد، تا وضع حجاز و یمن را آرام سازد. علی به جاریه دستور داد که در مسیر به هیچ‌یک از مسلمان و اهل ذمه آسیبی نرساند و اموال هیچ‌کس، حتی مرکبی، را برای سپاهش نستاند. جاریه با چهار هزار سپاهی به سرعت در پی بسر شتافت. وقتی جاریه به یمن رسید، هواداران عثمان گریختند و در کوه‌ها توسط حامیان علی کشته شدند. اما بسر و سپاه شام، بنا بر نقشه، معاویه بمحض اطلاع از این لشکرکشی به سرعت گریختند، تا با وی مواجه نشوند. پیش از آنکه جاریه از حجاز بازگردد، خبر کشته شدن علی به وی رسید.
به نوشته وگلیری، در سال ۴۰ هجری، علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نداشت. قدرت علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی بود، تا آنجایی که اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. لاپیدوس می‌گوید، افکار عمومی عرب به سمت جانشینی معاویه تمایل داشت. چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و امپراطوری عرب را کنترل کند.
در مقابل مادلونگ می‌نویسد، در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، رویکرد واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آن‌ها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است؛ اکثریت مردم صرفاً به علت دشمنی‌اش با معاویه از او حمایت کردند.