طاهره قرةالعین
اقامت در عراق > حضور در کاظمین، کربلا و بغداد

به گفته افسانه نجم‌آبادی او به تدریج رهبر شیخیه اقلیت شد که سرانجام به جنبش سید علی‌محمد باب پیوستند. لاوسون نیز بر رهبری او بر شیخیه در عتبات تأکید کرده است. اکثریت شیخیه، پیرو محمدکریم‌خان کرمانی شدند و از پیروی سید علی‌محمد باب خودداری کردند. در کربلا طاهره به‌عنوان نماینده رسمی بابیان درآمد و خود باب، در بیش از یک نامه، این نقش طاهره را تأیید کرد. به‌گفته دنیس مک‌ایون عملکرد طاهره در این نقش، باعث برانگیختن سوءظن‌ها و دشمنی‌هایی علیه بابیان شد. همچنین در دوران فعالیت طاهره در کربلا انشقاق و جدایی بین پیروان باب در کربلا پیش‌آمد. از مهم‌ترین آن‌ها انشقاقی بود که بین طاهره و طرفدارانش از یک طرف و ملااحمد معلم حصاری و پیروانش از سوی دیگر به‌وجود آمد. ملااحمد دلیل مخالفتش را با طاهره، بدعتهای نادرستی عنوان می‌کرد که به‌گفته او توسط طاهره در تعالیم باب به‌وجود آمده است.
در سال ۱۸۴۶ طاهره برای مدت ۶ ماه به کاظمین رفت و در آن‌جا به تدریس پرداخت. موژان مؤمن گزارش می‌کند که او در این شهر به فتوای خود که بر اثر اجازه علی‌محمد باب بود، گاهی در گرما روبنده از صورت بر می‌گرفته است. در سایر مواقع تدریس او به مردان از پس پرده انجام می‌شد.
کتاب لمحات اجتماعیه می‌نویسد با بازگشت طاهره از کاظمین (که مدت ۶ ماهی در آنجا به سربرد) به کربلا در سال ۱۸۴۷ میلادی، وی دیگر طریق تقیه را کنار نهاد و به تبلیغ آشکار پرداخت. در این میان شکافی بین بابیان ایجاد شد. عده‌ای طرفداران طاهره بودند که به قرتبه شهرت یافتند. در میان قرتبه ملاّ باقر تبریزی یکی از حرف حی دیده می‌شد. گروه دیگر با شیوه طاهره در ابلاغ آشکار آئین باب موافقت نداشتند. این گروه به طرفداری از ملاّ احمد خراسانی (حصاری) که سرپرست خانه جناب سیّد کاظم رشتی بود پرداختند. نظر الوردی مبنی بر دو گروه شدن بابیان مستند به دو مدرک است. اول کتاب عقاید الشیخیه که ملا احمد حصاری مؤلف آن است و در آن از طاهره انتقاد کرده است و او را به جای بنت صالح، بنت طالح خوانده است. مدرک بعدی رساله شیخ سلطان کربلایی است. این رساله در جلد سوم کتاب ظهور الحق آمده است. شیخ سلطان در این رساله از طاهره دفاع کرده است و با ملا احمد مخالفت نموده است. احمد حصاری بعد از شنیدن نامه‌ای که در آن باب صریحاً از طاهره دفاع کرده بود و او را ستوده بود که به درک مفاهیمی از دیانت بابی موفق شده که دیگران بدان پی نبرده‌اند، سکوت اختیار کرد و دیگر معترض طاهره نشد
طاهره در منزل رشتی برای سه گروه، جلسات درس جداگانه تشکیل می‌داد. جلساتی که بر روی هر علاقه‌مندی باز بود؛ کلاس‌هایی که مخصوص مردان بابی بود و همچنین کلاسی که مخصوص زنان بابی بود. علاوه بر این‌ها، طاهره جلساتی داشت که به خواص یاران او تعلق داشت و در آن‌ها تعالیم خاص شیخیه و بابیه را مطرح می‌کرد. او در کربلا محبوبیت زیادی در میان شاگردان خود به‌دست‌آورد. طاهره همچنین به ترجمه کتاب قیوم‌الاسماء باب پرداخت و هر روز آن کتاب را در مدرس خویش تفسیر و تدریس می‌کرد.
با بازگشت طاهره به کربلا، شایعه بابی شدن وی نیز به گوش علمای شیعه رسید. علمای کربلا خواهان اخراج طاهره از شهر بودند. او در ماه محرم خشم علما را با پوشیدن تعمدی لباس‌های شاد و ظاهر شدن بی‌نقاب به بهانه جشن تولد باب برانگیخت. به نوشته محمد حسینی، در منزل سید کاظم، هرساله مراسم روضه خوانی به مناسبت محرم برپا می‌شده است. طاهره در زمان سکونتش در کربلا و پس از مرگ سید کاظم، در ماه محرمی، مراسم عزاداری حسین بن علی، امام سوم شیعیان، را تعطیل کرد، زیرا که با شب تولد باب قرین شده بود. به جای آن مراسم حنا بندان راه انداختند، لباس‌های رنگین پوشیدند. بنابراین گروهی به تحریک روحانیان کربلا به محل سکونت وی حمله کردند. حکومت عثمانی ناچار به مداخله شد و ابتدا وی را در کربلا در حبس خانگی نگه داشت. سپس وی را به بغداد اعزام نمود. طاهره سرانجام در اوایل سال ۱۸۴۷ میلادی در خانه شهاب‌الدین آلوسی، مفتی اهل سنت بغداد، در حبس خانگی قرار گرفت.