تاریخ جمهوری اسلامی ایران
دورهٔ رهبری سید روح‌الله خمینی > دوران گذار > ریاست جمهوری بنی‌صدر

مقالهٔ اصلی: دولت اول جمهوری اسلامی ایران
بنی‌صدر پس از احراز پست رئیس‌جمهوری، مانند نخست‌وزیر پیشین مهدی بازرگان، در رویارویی با روحانیون حزب جمهوری اسلامی چون علی خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی قرار گرفت که می‌کوشیدند از او عاملی تشریفاتی و بی‌نفوذ بسازند. این منازعات، بر فضای سیاسی کشور در دوران ریاست جمهوری او تأثیر بسیار نهاد. بنی‌صدر در انحلال دادگاه‌های انقلاب، سپاه پاسداران و کمیته‌ها و همچنین تحت کنترل درآوردن قوه قضائیه و رادیو و تلویزیون شکست خورد. خمینی شخصاً، مقام ریاست دیوان عالی کشور را به محمد بهشتی و دادستانی کل را به موسوی اردبیلی که از اعضای بلندپایه حزب جمهوری اسلامی بودند، محول نموده بود.
در اواخر فروردین ماه سال ۱۳۵۹ شورای انقلاب - با تأیید سید روح‌الله خمینی و با هدف تصفیه دانشگاه‌ها از استادان و دانشجویان دگراندیش - به گروه‌های سیاسی منتقد مهلتی سه روزه داد تا دفاتر خود را تخلیه کنند. در طی این روزها درگیری و خشونت در دانشگاه‌های ایران به اوج خود رسیده بود و این سرآغاز رویدادی شد که ازآن به عنوان «انقلاب فرهنگی ایران» یاد می‌شود. بنی‌صدر که آن هنگام از حامیان اصلی انقلاب فرهنگی بود و نیروهای چپ، اصلی‌ترین منتقدان وی محسوب می‌شدند، صبح روز دوم اردیبهشت همراه با انبوهی از مردم تهران به دانشگاه تهران رفت و با سخنرانی خود مصوبه شورای انقلاب را ابلاغ نموده و بر ضرورت انقلاب فرهنگی تأکید کرد. بنی‌صدر گمان می‌کرد توانایی کنترل و هدایت کردن انقلاب فرهنگی را دارد، لیکن هدایت آن به دست حامیان سید روح‌الله خمینی افتاد.
مجلس شورای اسلامی که اکثریت آن را اعضای حزب جمهوری اسلامی تشکیل می‌داد، کاندیداهای بنی‌صدر را برای احراز پست نخست‌وزیری نپذیرفت این کشمکش حدود یک ماه ادامه یافت و حتی نخست‌وزیری مصطفی میرسلیم از اعضای حزب جمهوری نیز مورد موافقت مجلس قرار نگرفت. حزب جمهوری، محمدعلی رجایی را معرفی نمود و بر آن پافشاری می‌کرد. بنی‌صدر سرانجام از روی اکراه و تحت فشارها، رجایی را که مورد تأیید او نبود در مرداد ۱۳۵۹ به سمت نخست‌وزیری دولت خویش انتخاب کرد.
در اواخر شهریور ماه همان سال، عراق به خاک ایران یورش برد و آتش جنگی هشت ساله بین این دو کشور را برافروخت. او در ابتدای جنگ به سیاست‌هایی معتقد بود که موجب مخالفت حزب جمهوری اسلامی و مجلس و روحانیونی که پیشتر از او حمایت کرده بودند، شد. حزب، روزنامه جمهوری اسلامی را منتشر می‌کرد و بنی صدر شروع به انتشار روزنامه انقلاب اسلامی نمود.
در نهم آبان ماه، بنی‌صدر طی نامه‌ای رسمی به سید روح‌الله خمینی، وزیران کابینه نخست‌وزیر را که بی‌کفایت خطاب کرده بود، تهدیدی بزرگتر از تجاوز عراق به خاک کشور خواند. وی همچنین در این نامه از نادیده گرفتن هشدارهایش در مورد وخیم‌تر شدن اوضاع اقتصادی و پافشاریهایش مبنی بر نیاز به سازماندهی مجدد نیروهای مسلح، گله کرد. این نامه و همچنین مخالفت‌های او در گروگان‌گیری اعضای سفارت آمریکا در تهران، خشم مجلس وقت - که اکثریت آن از اعضای حزب جمهوری اسلامی تشکیل می‌شد - را برانگیخت.
بنی صدر در ۱۴ اسفند ۱۳۵۹ در دانشگاه تهران سخنرانی کرد و از وجود شکنجه در زندان‌های ایران خبر داد. این سخنرانی باعث جنجال‌های زیادی در فضای سیاسی ایران شد. در اوایل خردادماه، خمینی بدون نام بردن از بنی صدر، او را تقبیح کرد و شخصی خواند که خویش را بالاتر از قانون می‌بیند و به مصوبات مجلس بی اعتنا است. چند روز بعد روزنامه انقلاب اسلامی توقیف شد و خمینی بنی‌صدر را از سمت فرماندهی کل قوا برکنار کرد. هم‌زمان نیروهای حزب‌اللهی به خیابان‌ها آمده و خواستار اعدام بنی صدر شدند. بنی صدر با سازمان مجاهدین خلق که سازمانی منتقد حکومت وقت و دارای تشکیلاتی سازمان یافته و مسلح بود، متحد شد. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با حکومت، از بنی‌صدر حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰، مسعود رجوی رهبر این سازمان به همراه بنی صدر که در خفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواندند و از هوادارانشان خواستند تا علیه حکومت در خیابان‌ها حضور یابند.
یک روز پس از آن در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، تظاهرات بزرگی در شهرهای مختلف کشور به راه افتاد. حکومت نیز با اعلام خمینی و دیگر روحانیون حامی او به سرعت عکس‌العمل نشان داد و به سرکوب معترضان پرداخت.