الکتروفورز مویینه‌ای
شناسایی:

جداسازی انجام شده توسط الکتروفورز موئینه توسط چندین دستگاه تشخیص قابل شناسایی است. اکثر سیستم های تجاری از جذب UV یا UV-Vis به عنوان روش اصلی تشخیص خود استفاده می کنند. در این سیستم ها، بخشی از خود کپیلاری به عنوان حفره تشخیص استفاده می شود. استفاده از شناسایی روی لوله امکان تشخیص آنالیت های جدا شده را بدون از دست دادن وضوح را می دهد. به طور کلی، برای افزایش انعطاف پذیری لوله های موئینه مورد استفاده در الکتروفورز موئینه ،این لوله ها با یک پلیمر (اغلب پلی آمید یا تفلون) پوشش داده می شوند. با این حال، بخشی از کپیلاری مورد استفاده برای تشخیص UV باید از نظر نوری شفاف باشد. برای لوله های موئینه با پوشش پلی‌آمید، بخشی از پوشش معمولاً سوزانده یا خراشیده می‌شود تا پنجره‌ای به طول چند میلی‌متر ایجاد شود. طول مسیر سلول تشخیص در الکتروفورز موئینه (~ 50 میکرومتر) بسیار کمتر از یک سلول UV متداول (~ 1 سانتی متر) است. برای بهبود حساسیت، طول مسیر را می توان افزایش داد، اگرچه این منجر به از دست دادن رزولوشن می شود. خود کپیلاری را می توان در نقطه تشخیص منبسط کرد و یک "سلول حباب" با طول مسیر طولانی تر ایجاد کرد یا می توان لوله های اضافی را در نقطه تشخیص همانطور که در شکل 2 نشان داده شده است اضافه کرد. اما هر دوی این روش ها رزولوشن را کاهش می دهند. با این حال، هر دوی این روش ها وضوح جداسازی را کاهش می دهند. اگر یک برآمدگی  ملایم ویکنواخت در دیواره موئینه با حرارت و فشار ایجاد شود، این کاهش تقریباً غیر قابل توجه است، زیرا جریان پلاگ (جریان یکنواخت) می تواند حفظ شود. این اختراع توسط گری گوردون، ثبت اختراع ایالات متحده 5061361، معمولاً طول مسیر جذب را سه برابر می کند. هنگامی که با یک آشکارساز جذب UV استفاده می شود، سطح مقطع گسترده تر آنالیت در سلول اجازه می دهد تا یک پرتو روشنایی دو برابر بزرگتر ایجاد شود، که shot noise را تا دو برابر کاهش می دهد. این دو فاکتور با هم، حساسیت آشکارساز سلول CE حبابی شرکت Agilent Technologies را شش برابر بیشتر از لوله های مویئنه مستقیم افزایش می دهند.
ردیابی فلورسانس همچنین می تواند در الکتروفورز موئینه برای نمونه هایی که به طور طبیعی فلورسانس دارند یا از نظر شیمیایی اصلاح شده اند تا حاوی برچسب های فلورسنت باشند استفاده شود. این حالت تشخیص حساسیت بالا و گزینش پذیری بهبود یافته را برای این نمونه ها ارائه می دهد، اما نمی تواند برای نمونه هایی که فلورسانس ندارند استفاده شود. استراتژی های برچسب گذاری متعددی برای ایجاد مشتقات فلورسنت یا ادغام مولکول های غیر فلورسنت، از جمله پروتئین ها و DNA استفاده می شود. تنظیم برای تشخیص فلورسانس در یک سیستم الکتروفورز موئینه می تواند پیچیده باشد. این روش مستلزم آن است که پرتو نور بر روی کپیلاری متمرکز شود، که می تواند برای بسیاری از منابع نور دشوار باشد. فلورسانس ناشی از لیزر در سیستم‌های CE با محدودیت‌های تشخیص کمتر از 10-18 تا 10-21 mol استفاده شده است. حساسیت این تکنیک به شدت بالای نور فرودی و توانایی تمرکز دقیق نور بر روی مویرگ نسبت داده می شود. تشخیص فلورسانس چند رنگ را می توان با گنجاندن چندین آینه دو رنگ و فیلترهای باند برای جداسازی انتشار فلورسانس در بین آشکارسازهای متعدد (به عنوان مثال، لوله های مولتی پلایر نور)، یا با استفاده از یک منشور یا گریتینگ برای نمایش انتشار فلورسانس با تفکیک طیفی بر روی یک آشکارساز حساس به موقعیت به دست آورد. سیستم‌های CE با سیستم‌های تشخیص LIF 4 و 5 رنگ به طور معمول برای توالی‌یابی DNA مویرگی و کاربردهای ژنوتیپ ("اثرانگشت DNA") استفاده می‌شوند.
برای به شناسایی اجزای نمونه، الکتروفورز موئینه را می توان مستقیماً با طیف سنج های جرمی Surface Enhanced Raman Spectroscopy (SERS) جفت کرد. در اکثر سیستم ها، خروجی مویرگی به منبع یونی وارد می شود که از یونیزاسیون الکترواسپری (ESI) استفاده می کند. سپس یون های ایجاد شده توسط طیف سنج جرمی آنالیز می شوند. این روش به محلول های بافری فراری نیاز دارد که بر دامنه حالت‌های جداسازی ک می توان استفاده نمود و درجه رزولوشن قابل دستیابی تأثیر می‌گذارد. اندازه گیری وآنالیزبیشتر توسط متخصص انجام می شود.
برای CE-SERS، شوینده های الکتروفورز موئینه را می توان بر روی یک بستر فعال SERS قرار داد. زمان ماند آنالیت را می توان با حرکت دادن بستر فعال SERS با سرعت ثابت در طول الکتروفورز مویرگی به فاصله فضایی تبدیل کرد. این به تکنیک طیف‌سنجی بعدی اجازه می‌دهد تا برای شناسایی با حساسیت بالا، روی شوینده‌های خاص اعمال شود. بسترهای فعال SERS را می توان انتخاب کرد که با طیف آنالیت ها تداخل نداشته باشد.