عمادالدین باقی
کتاب‌شناسی

۱- در شناخت حزب قاعدین زمان؛ قم. نشر دانش اسلامی وابسته به دفتر اسلامی حوزه علمیه قم. ۱۳۶۲. صفحات: ۳۵۲. قطع رقعی
کتابی است دربارهٔ انجمن حجتیه. باقی در سال‌های بعد این کتاب را مورد انتقاد قرار داده و به صورت اصولی بازنویسی کرده اما موفق به چاپ آن نشده‌است. این کتاب در زمان خودش بارها تجدید چاپ شد و به تیراژ بسیار بالایی (۸۵۰۰۰ جلد) رسید و به گفتهٔ باقی، پرفروش‌ترین کتاب سال شد.
باقی خودش این کتاب را جمع‌آوری کرد. پس از مرگ محمود حلبی رهبر انجمن حجتیه مقاله‌ای در روزنامه جامعه نوشت و از حلبی به نیکی یاد کرد و خدمات وی را نیز برشمرد. چند سال بعد باقی اعلام کرد در حال بازنویسی کتاب است و همان اطلاعات را با ادبیات تازه‌ای منتشر خواهد کرد.
۲- کاوشی درباره روحانیت؛ قم. دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم. ۱۳۶۴ صفحات:۴۰۸ قطع وزیری؛
کتابی پژوهشی و تاریخی دربارهٔ روحانیت از منظر تاریخی و فرهنگی و اقتصادی است. در این کتاب از روحانیت انقلابی و مترقی دفاع شده و از گرایش‌های محافظه کارانه روحانیت انتقاد شده‌است؛ که پس از انتشار ممنوع و جمع‌آوری شده و از آن پس تجدید چاپ نشد و حتی نسخهٔ جدید آن موفق به اخذ مجوز از وزارت ارشاد نگردید.
۳- بررسی انقلاب ایران؛ کتابی است دربارهٔ جنبش‌های سیاسی ایران از تنباکو تا انقلاب ۵۷ که با تلفیق دیدگاه جامعه شناختی و مطالعات دین شناختی، روایتی مذهبی _ اجتماعی از انقلاب دارد. بعدها باقی این کتاب را در زندان اوین بازنویسی کرد.
تاریخ شفاهی انقلاب اسلامی تهران.
انقلاب و تنازع بقا؛ پژوهشی در زمینه‌ها و پیامدهای اشغال سفارت آمریکا.
جدل‌های تاریخی.
جنبش دانشجویی ایران.
تاریخ ایران در دوران معاصر.
فرادستان و فرودستان.
جامعه‌شناسی قیام امام حسین و مردم کوفه.
۱۱ و ۱۲ – تراژدی دموکراسی در ایران؛ کتابی وقایع نگارانه دربارهٔ ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای که در نوع خود اثری منحصر به فرد بوده‌است و به‌خصوص جلد دوم آن اثری تحقیقی به‌شمار می‌رود. جلد اول این کتاب مجموعه مقالات نویسنده در مطبوعات است. این کتاب‌ها نیز توقیف و جمع‌آوری گردید و منجر به محکومیت‌های مکرر و حبس باقی شد.
برای تاریخ؛ مجموعه مقالات پیرامون وزارت اطلاعات و امنیت و ترور حجاریان و گفتگویی با سعید حجاریان دربارهٔ وزارت اطلاعات و قتل‌های زنجیره‌ای و اسناد ضمیمه. این کتاب نیز پس از سه چاپ ممنوع شد.
حقوق مخالفان، نشر سرایی
۱۵- بهار رکن چهارم؛ دفاعیات علمی و فقهی عمادالدین باقی در دادگاه دربارهٔ مقاله اعدام و قصاص و نظرات دینی دربارهٔ این موضوع. جلد دوم این کتاب که شامل دفاعیات باقی دربارهٔ سایر اتهامات به ویژه اتهامات مربوط به مقالاتش دربارهٔ قتل‌های زنجیره‌ای بود که دو بار مجوز نشر از وزارت ارشاد دریافت کرد. اما دادگاه خانواده او را تهدید کرد که اگر کتاب منتشر شود او را ۱۵ سال در زندان نگاه می‌دارند و مانع از انتشار آن شدند.
۱۶- پرستشگاه در عهد سنت و تجدد. تهران. نشر سرایی. ۱۳۸۱. صفحات: ۳۰۱. قطع وزیری. کتابی پژوهشی و دایرةالمعارفی درحوزه جامعه‌شناسی دین با تمرکز بر مطالعه نهاد مسجد است. این کتاب دارای ۲۰ مقاله از مؤلفان و محققان مختلف است که به سرپرستی و نظارت عمادالدین باقی تهیه و منتشر شده و ۴ مقاله آن نیز به قلم باقی است.
۱۷- اعدام و قصاص. تهران. نشر سرایی. چاپ اول ۱۳۸۱، چاپ دوم ۱۳۸۴. صفحات: ۲۷۹. قطع رقعی
دفاعیات علمی و فقهی باقی در دادگاه دربارهٔ مقاله اعدام و قصاص و نظرات دینی دربارهٔ این موضوع است. جلد دوم این کتاب تحت عنوان «تاوان اصلاحات» که شامل دفاعیات باقی دربارهٔ سایر اتهامات به ویژه اتهامات مربوط به مقالاتش دربارهٔ قتل‌های زنجیره‌ای بود که دوبار از وزارت ارشاد مجوز نشر دریافت کرد اما سعید مرتضوی دادستان وقت مانع از انتشار آن شد.
۱۸- گفتمان‌های دینی معاصر.
۱۹- تولد یک انقلاب؛ کتابی است نظری دربارهٔ نظریه‌های انقلاب، مفهوم انقلاب مذهبی، انقلاب اجتماعی و انقلاب سیاسی و انطباق آن‌ها با انقلاب ایران. فصلهایی از این کتاب در روزنامه‌های سلام و همشهری منتشر می‌شد و باقی در زندان روی کتاب کار کرد و آن را تدوین کرد و با پانوشت‌های به روز منتشرش کرد. در این کتاب باقی بر اساس منابع بنیاد شهید انقلاب اسلامی و منابع دیگر اطلاعات تازه و آمارهایی واقعی از تعداد شهدای انقلاب ۵۷ را منتشر کرد برای نمونه از ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ تا ۲۲ بهمن ۱۳۵۷، ۳۱۶۴ نفر کشته شدند و در حادثه ۱۷ شهریور میدان ژاله ۶۴ نفر در میدان ژاله و ۲۴ نفر در مناطق دیگر تهران کشته شدند.
۲۰- روحانیت و قدرت؛ کتابی جامعه شناختی و دینی دربارهٔ نسبت دین و سیاست، روحانیت و حکومت که مجوز تجدید چاپ سوم آن داده نشد.
۲۱- قضاوت آمریکایی (آشنایی با سیستم کیفری آمریکا)؛ دنیس هافمن، ترجمه عمادالدین باقی و محمدحسین باقی، تهران. سرایی. ۱۳۸۲. صفحات: ۳۹۹. قطع رقعی. باقی در دوره نخستین حبس خود، در ترجمه و تدوین کتاب مشارکت کرد.
۲۲- جنبش اصلاحات دموکراتیک در ایران، نشر سرایی، ۱۳۸۳
از میان کتاب‌های فوق ۷ عنوان تا کنون توقیف شده‌اند و ۶ کتاب (ردیف ۲۳ تا ۲۸) نیز در دورهٔ ریاست جمهوری احمدی‌نژاد از وزارت ارشاد مجوز انتشار دریافت نکرده‌اند. او در اعتراض به این قضیه نامه سرگشاده‌ای را به وزیر ارشاد دولت نهم نگاشت اما هیچ پاسخی دریافت نکرد.
تجربه خمینی؛ مجموعه پژوهش‌ها و مقاله‌هایی دربارهٔ امام خمینی
درس‌هایی دربارهٔ حقوق بشر؛ مباحث تاریخی و فلسفی و سیر تطور حقوق بشر و تکامل نظریه‌های آن
۲۵- حق حیات ۱ و ۲؛ پژوهشی در امکان لغو مجازات اعدام در شریعت و قوانین ایران، گزارش و تحلیل مجازات اعدام در ایران و چند گفتار دیگر. مسئله اعدامهای زیر ۱۸ سال و ریشه‌ها و چاره‌های فرهنگی و فقهی اعدام کودکان زیر ۱۸ سال در ایران و گزارش احکام اعدام در دهه ۱۳۷۶–۱۳۸۶
سکولاریسم؛ دربارهٔ رابطه دین و سیاست و عرصه‌های عرفی و قدسی
شهر مدرن؛ کتابی است دربارهٔ زندگی شهری و آثار صنعتی‌شدن و رشد و توسعه زندگی شهری بر فرد و جامعه
دین و حقوق بشر و لیبرالیسم؛ مباحث گسترده‌ای دربارهٔ کانون‌های نزاع اسلام و حقوق بشر و راه‌ها و نظریه‌های سازگاری آن‌ها
۲۹- دنیای بسته؛ جامعه‌شناسی و روان‌شناسی زندان از درون، نشر سرایی، ۱۳۹۴