امپراتور میجی
سلطنت > ناآرامی و الحاق

مقاله‌های اصلی: دوره میجی، بازسازی می‌جی، دولت میجی، و قانون اساسی میجی
در اوایل دهه ۱۸۶۰، حکومت شوگون تحت چندین تهدید قرار داشت. نمایندگان قدرت‌های خارجی به دنبال افزایش نفوذ خود در ژاپن بودند. بسیاری از دایمیوها به‌طور فزاینده ای از مدیریت باکوفو در امور خارجی ناراضی بودند. تعداد زیادی از جوانان سامورایی، معروف به «شیشی» یا «مردان با هدف بالا» شروع به جمع شدن کردند و علیه شوگون سالاری سخنرانی کردند. شیشی‌ها به امپراتور کومی احترام می‌گذاشتند و از اقدام‌های خشونت‌آمیز مستقیم برای درمان مشکلات اجتماعی حمایت می‌کردند. در حالی که آنها در ابتدا خواهان مرگ یا اخراج همه خارجی‌ها بودند، شیشی‌ها بعداً شروع به حمایت از مدرن سازی کشور کردند. باکوفو اقدامات متعددی را برای جلب رضایت گروه‌های مختلف در تلاش برای ایجاد شکاف بین شیشی‌ها و دایمیوها انجام داد.
کیوتو مرکز اصلی شیشی‌ها بود و شیشی‌ها بر امپراتور کومی نفوذ داشتند. در سال ۱۸۶۳، شیشی‌ها او را متقاعد کرد که فرمان اخراج اجنبی‌ها را صادر کند. این دستور، شوگون‌سالاری را در موقعیت دشواری قرار داد، زیرا آنها هیچ قصدی برای اجرای دستور نداشتند زیرا قدرت اجرای آن را نداشتند. چندین حمله به خارجی‌ها یا کشتی‌های آنها انجام شد و نیروهای خارجی نیز به تلافی آن پرداختند. نیروهای باکوفو توانستند بیشتر شیشی‌ها را از کیوتو بیرون برانند، و تلاش آنها برای بازگشت در سال ۱۸۶۴ به عقب رانده شد. با این وجود، ناآرامی‌ها در سراسر ژاپن ادامه یافت.
آگاهی شاهزاده از آشفتگی سیاسی نامشخص است. در این مدت ابتدا نزد پدر و سپس نزد شاعران دربار به فراگیری واکا (شعر) مشغول بود. در سال ۱۸۶۶، یک شوگون جدید، توکوگاوا یوشینوبو در حالی که شاهزاده به تحصیلات خود ادامه می‌داد، کار خود را آغاز کرد. توکوگاوا یوشینوبو اصلاح‌طلبی بود که می‌خواست ژاپن را به یک کشور غربی تبدیل کند. یوشینوبو آخرین شوگون بود. ناآرامی‌ها و اقدامات نظامی ادامه پیدا کرد که با مقاومت در میان باکوفوها مواجه شد. در اواسط سال ۱۸۶۶، ارتش «باکوفو» برای مجازات شورشیان در جنوب ژاپن به راه افتاد. ارتش شکست خورد.
امپراتور کومی در سن ۳۶ سالگی به شدت بیمار شد و به‌طور ناگهانی در ۳۰ ژانویه ۱۸۶۷ درگذشت. در مراسم کوتاهی در کیوتو، ولیعهد به‌طور رسمی در ۱۳ فوریه ۱۸۶۷ بر تخت نشست. امپراتور جدید به تحصیلات خود ادامه می‌داد که شامل مسائل سیاسی نمی‌شد. در این میان، آخرین شوگون، یوشینوبو، برای حفظ قدرت تلاش می‌کرد. او بارها از امپراتور درخواست تأیید کرد که سرانجام دریافت کرد، اما هیچ نشانه ای از دست داشتن امپراتور جوان در تصمیم‌گیری‌ها وجود ندارد. شیشی‌ها و دیگر شورشیان به پیشرفت دیدگاه خود از ژاپن جدید ادامه دادند، و اگرچه به امپراتور احترام می‌گذاشتند، اما فکر نمی‌کردند که او نقشی فعال در روند سیاسی داشته باشد.
مبارزه سیاسی در اواخر سال ۱۸۶۷ به اوج خود رسید. توافقی حاصل شد که به موجب آن یوشینوبو عنوان و بخشی از قدرت خود را حفظ می‌کرد، اما قدرت قانون‌گذاری بر اساس الگوی بریتانیا به یک قوه مقننه دو مجلسی واگذار می‌شد. این قرارداد از بین رفت و در ۹ نوامبر ۱۸۶۷، یوشینوبو رسماً استعفای خود را به امپراتور ارائه کرد و ده روز بعد رسماً از سمت خود کنار رفت.ماه بعد، شورشیان به کیوتو لشکرکشی کردند و کنترل کاخ امپراتوری را به دست گرفتند. و در ماه بعد این سند به قدرت‌های خارجی ارسال شد:
امپراتور ژاپن به حاکمان همه کشورهای خارجی و رعایای آنها اعلام می‌دارد که به شوگون توکوگاوا یوشینوبو اجازه داده شده است تا قدرت حاکم را مطابق درخواست خود بازگرداند. ما از این پس در تمام امور داخلی و خارجی کشور اقتدار عالی را اعمال خواهیم کرد. در نتیجه، عنوان امپراتور که در آن معاهده‌ها منعقد شده، باید جایگزین عنوان تایکون شود. افسرانی از سوی ما برای انجام امور خارجی منصوب می‌شوند. مطلوب است که نمایندگان قدرت‌های معاهده این اعلامیه را به رسمیت بشناسند.
در ۲۳ اکتبر ۱۸۶۸ نام عصر ژاپنی از دوره کیئو به دوره میجی («حکومت روشنگر») تغییر یافت، که بعداً برای نام پس از مرگ امپراتور استفاده شد. این آغاز رسم نامگذاری پس از مرگ امپراتور به نام دوران حکومت او بود.
در درگیری معروف به جنگ بوشین، پیروان یوشینوبو نبرد توبا-فوشیمی و طرفداران باکوفو سرانجام در اواخر سال ۱۸۶۹ شکست خوردند.