برگزیدن رهبر جمهوری اسلامی ایران (۱۳۶۸)
شرح جلسه رأی‌گیری > رأی‌گیری برای رهبری سید علی خامنه‌ای

جزئیات بحث در مورد رای‌گیری رهبری خامنه‌ای برای دهه‌ها مخفی نگه داشته می‌شد. در سال ۱۳۸۷، بخشهایی از فیلمهای دیده نشده جلسه توسط صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش شد که نشان می‌داد اکبر هاشمی رفسنجانی نقشی اساسی در ترغیب اعضای مجلس به رای دادن به خامنه ای داشته‌است.
رفسنجانی گفت:
... ما یه جلسه با رؤسای قوا و نخست‌وزیر با احمد آقا خدمت امام بودیم، همون موقعی که مسئله آقای منتظری داغ شده بود، ما با امام مباحثه داشتیم. ما یکی از احتجاجاتمون با امام این بود که شما اگر آقای منتظری رو کنار بذارید، ما در رهبری دچار مشکل می‌شیم، شورایی رو، امام هم شورایی رو خیلی تمایل نداشتن، فرضاً ما می‌گفتیم ما الان نداریم کسی رو که مطرح بکنیم تو جامعه [برای رهبری]، چون ما فرضمون با مرجعیت بود و اون مسائل بود، امام فرمودن: چرا نداریم؟ آقای خامنه‌ای [را برای رهبری داریم]
پس از این هم رفسنجانی یک روایت از ملاقات خصوصی‌اش با خمینی در این زمینه و صحبتی از قول احمد خمینی نقل کرد با مضمون این که آیت‌الله خمینی، خامنه‌ای را برای رهبری می‌پسندید.
در نتیجه این صحبت‌ها او از سوی بسیاری لقب تاج بخش را گرفت.
در فیلم دیگری که در دی ماه ۱۳۹۶ از آرشیو طبقه‌بندی صدا و سیما بیرون آمده، نکات جدیدی دربارهٔ جلسه انتخاب رهبر جمهوری مشخص شده‌است که در روایات رسمی وجود ندارد و حذف شده‌اند. در جلسه خودِ شخص خامنه‌ای که به عنوان کاندید مطرح شده‌است شروع به سخنرانی می‌کند و می‌گوید که:
واقعا باید خون گریست به جامعه اسلامی که حتی احتمال کسی مثل بنده در آن [برای رهبری] مطرح بشود… به لحاظ فنی اشکال پیدا می‌کند این قضیه. رهبری، رهبری سوری خواهد بود نه رهبری واقعی. خب، من نه از لحاظ قانون اساسی و نه از لحاظ شرعی برای بسیاری از آقایان، حرفم حجت حرف رهبر را ندارد. این چه رهبری خواهد بود؟ … همین آقای آذری که اسم بنده را اول بار آوردند در این جلسه، بنده اگر حکم بکنم، ایشان قبول خواهند کرد؟
آذری‌قمی در پاسخ به این پرسش خامنه‌ای گفت «بله!» خامنه‌ای اما ادامه داد: «قطعاً قبول نمی‌کنند.» صادق خلخالی گفت: «بعد از رهبر شدن بله…» چند تن دیگر از اعضا از جایگاه خود بلند شده و همزمان به احتجاج با خامنه‌ای پرداختند.
در مقابل موافقان انتخاب او می‌گویند که "موقت است آقای خامنه ای. موقت است! اشکالی ندارد!"
در نهایت هاشمی رفسنجانی در آستانه رای‌گیری بر سر علی خامنه ای به عنوان جانشین رهبری اعلام می‌کند: «آقایانی که با رهبری جناب آقای خامنه ای تا رفراندوم - البته این موقت است، دائمی نیست - موافق هستند قیام بفرمایند»؛ و سپس به کسانی که گویی می‌خواهند از موقت بودن انتخاب و عدم اعلام عمومی آن مطمئن شوند می‌گوید: «موقت گفتم … اعلام نمی‌شود.» ۶۰ نفر از ۷۴ نمایندهٔ حاضر قیام کردند و به خامنه‌ای رأی دادند.
آرای مخالف و ممتنع به ۱۴ نفر رسید که یکی از آنان خود سید علی خامنه‌ای بود.
پس از انتخاب موقت خامنه‌ای، همه‌پرسی تغییر قانون اساسی، در ۶ مرداد به انجام رسید و جلسه بعدی مجلس خبرگان برای دائمی کردن دوران رهبری خامنه‌ای، در ۱۵ مرداد ۱۳۶۸، یعنی تنها دو ماه پس از انتخاب موقت وی به این سمت تشکیل شد. طبق قانون اساسی جدید (فعلی)، رهبر جمهوری اسلامی لازم بود علاوه بر شرایط دیگر، دارای «صلاحیت علمی لازم برای افتاء در ابواب مختلف فقه» باشد. از این رو باید فرض کرد که در طول دو ماه وی به حد مورد تصریح قانون اساسی جدید رسیده باشد. برخی رسیدن در طول دو ماه از جایگاه فردی که با توجه به جلسه برگزار شده اعلام می‌شود که «صاحب نظر» بودن او در مسائل فقهی در معرض تردید جدی بوده، به جایگاه کسی که دارای «صلاحیت علمی لازم» برای صدور فتوا در «ابواب مختلف فقه» را دارد، امری به دور از واقعیت می‌دانند.
در نقلی از رفسنجانی آمده‌است که انتخاب در آن روز به دلیل توصیهٔ سید روح‌الله خمینی بوده‌است و پس از بازنگری در قانون اساسی دوباره انتخابات دیگری برای دائمی کردن رهبری برگزار شد که درصد بیشتری از بار نخست به سید علی خامنه‌ای رأی دادند.