سازمان نظامی حزب توده ایران
انقلاب ایران

پس از انقلاب ایران، تشکیلات مخفی نظامی حزب توده ایران در نیروهای مسلح به سازمان نظامی معروف بود که ۱۱۴ نفر (نظامیان و مسئولین غیرنظامی) در آن عضویت داشتند. این تشکیلات نظامی به تدریج از اواسط ۱۳۵۸ سازماندهی شد و مهدی پرتوی از سوی نورالدین کیانوری دبیر اول حزب در رأس آن قرار گرفت. او با چهار نفر از افسران ارشد به نام‌های ناخدا افضلی، سرهنگ کبیری، سرهنگ عطاریان و سرهنگ شمس ارتباط انفرادی داشت و با سایر نظامیان از طریق شاهرخ جهانگیری و امیر معزز (مسئولین دو سر شاخه) مرتبط می‌شد. این دو نفر از مسئولین سر شاخه به تنهایی با ۵۰ و ۵۵ نفر نظامیان به‌طور مستقیم یا از طریق ۸ نفر مسئول شاخه در ارتباط بودند. کلیه اطلاعات و مشخصات افرادِ تشکیلات با نام‌های مستعار و هدایت آن با مهدی پرتوی بوده‌است.
علی‌رغم حمایت حزب توده از انقلاب ایران در مقاطعی حساس از جمله در کودتای نوژه و جنگ ایران و عراق، اواخر سال ۱۳۶۱ و سال ۱۳۶۲، بسیاری از رهبران، اعضا و هواداران حزب به بهانه طرح کودتا دستگیر شدند. در اواخر سال ۱۳۶۲، ۱۰۱ تن از نظامیان در یک دادگاه ویژه نظامی در محلی نامعلوم که قاضی آن محمد ری‌شهری بود حضور یافتند. در میان متهمان چند فرد شاخص وجود داشت: دریادار بهرام افضلی فرمانده نیروی دریایی ایران، سرهنگ هوشنگ عطاریان فرمانده جبهه غرب و دیرتر دستیار ویژه وزارت دفاع، سرهنگ بیژن کبیری فرمانده یگان‌های کماندویی ویژه (کلاه سبزها) و فرمانده عملیات جنوب و شکستن محاصره آبادان در جنگ ایران و عراق، سرهنگ حسن آذرفر استاد دانشکده افسری، سرهنگ رحیم شمس، سرهنگ سیف‌الله غیاثوند و سرهنگ ابوالقاسم افرایی. با وجود تدارکات بسیار، پیشبرد محاکمه به خوبی برنامه‌های پیشین نبود و برخی متهمان اعترافات امضا شده خود را پس گرفته و دیگران نیز آنرا بسیار تعدیل کرده بودند. برخی حتی توانستند خبر بازداشت همسر یا فرزندانشان را در لابلای جریان دادگاه به گوش عموم برسانند. افضلی اتهام جاسوسی را رد کرد، وی که همچون دیگر متهمان وکیل نداشت، از قاضی خواست تا وظیفه دفاع از او را به این دلیل که خود اشرافی بر مقولات حقوقی ندارد، به عهده بگیرد.
دادگاه، احکام نابرابری صادر کرد چنان‌که، ۱۰ نفر به مرگ، ۶ تن به حبس ابد، ۱۲ نفر به حبسهای پانزده تا سی سال، ۱۹ نفر به زندان‌های هشت تا چهارده سال، ۸ تن تا هفت سال، ۳۰ تن تا پنج سال و ۱۳ تن تا کمتر از پنج سال محکوم شدند. گروهی از محکومین از جمله شاخه نظامی حزب مانند دریادار افضلی، سرهنگ عطاریان، سرهنگ کبیری و سرهنگ آذرفر، در اسفند ماە و دقیقا 7 اسفند ماە 1362 در زندان اوین اعدام شدند و چند ساعت قبل از اعدام ما را در حسینیە اوین جمع کردند و آنها را آوردند و بعد از مقداری صحبت کردن، آنها را بردند همان شب اعدام کردند. من (بیژن قبادی) یکی از شاهدان زندە آن جنایت رژیم تهران هستم. و ۱۹ تن، شامل دو نفر که دوران محکومیتشان به سر آمده بود، به همراه دیگر اعدامیان جمعی کشتار سال ۱۳۶۷، اعدام شدند. عباس حجری، منوچهر بهزادی، محمدعلی رصدی، محمد پورهرمزان، مهدی کیهان، انوشیروان ابراهیمی، فرج‌الله میزانی، آصف رزم‌دیده، حسین جودت از این گروه بودند.
در سال ۱۳۶۸ و پس از پایان اعدامهای دسته جمعی سال قبل، حکومت به مسئول کمیسیون ویژه وقت سازمان ملل متحد، گالیندو پُل اجازه داد تا از زندان اوین دیدن کند. در این دیدار، کیانوری از سلولش، در مورد چگونگی شکنجه خود و همسرش مریم فیروز برای اخذ اعترافات نادرست و فرمایشی، با گالیندوپل سخن به میان آورده و بازوی شکسته خود را برای اثبات آن به او نشان داد. پُل در گزارش خود همچنین دربارهٔ مریم فیروز نوشت که به دلیل مورد ضرب و شتم قرار گرفتن در چند سال پیش، در شنیدن، خوردن غذا و نشستن مشکل داشته‌است.
اکبر هاشمی رفسنجانی از چهره‌های سرشناس حکومت در آن هنگام، بعدها در مصاحبه‌ای با روزنامه همشهری عنوان نمود که برخورد با حزب توده و اعدام اعضای حزب توده بهتر بود که انجام نمی‌شد. وی در این مصاحبه می‌گوید: «اگر آن کار را (اعدام اعضای حزب توده) نمی‌کردیم، بهتر بود. ما حزب توده را زیر نظر داشتیم. من برای این حرف که آن‌ها به فکر کودتا بودند، دلیلی پیدا نکردم.