اساسینز کرید ریشه‌ها
خلاصه داستان > داستان

در سال ۴۹ پیش از میلاد مسیح، بایک، یک مدجای که وظیفه حفاظت از دره سیوه را بر عهده دارد، همراه پسرش خمو توسط گروهی از مردان که رویشان را پوشانده بودند به یک مکان زیرزمینی در محوطه آمون-رع برده می‌شوند. آن‌ها به بایک یک تکه از عدن را می‌دهند و از او می‌خواهند با استفاده از آن دری در آن محوطه را باز کند. خمو به بایک کمک می‌کند فرار کند. در حالی که درگیر یکی از افراد شده بود، بایک ناخواسته خمو را می‌کشد. یک سال بعد، بایک خود را مجبور می‌کند که آن پنج نفر را پیدا کند و انتقام پسرش را بگیرد. پس از کشتن دو تا از آن‌ها، بایک برای ملاقات همسرش آیا به اسکندریه می‌رود. آیا به او می‌گوید که تنها یک نفرشان زنده مانده است. بایک می‌فهمد کاتب سلطنتی، یودوروس آخرین شخص است. او با آخرین گفته‌های یودوروس که می‌گوید مردان نقاب‌دار بیشتری هستند آزرده می‌شود. آیا بایک را پیش دوست خود آپولودور می‌فرستد تا اطلاعات بیشتری کسب کند. آپولودوروس او را به کلئوپاترا معرفی می‌کند که تأیید می‌کند افراد نقاب‌دار بخشی از دستور باستانی‌ها هستند و آن‌ها او را از تاج‌وتخت برکنار کردند و قصد کنترل بر مصر با استفاده از بطلمیوس به عنوان دست‌نشانده دارند.
کلئوپاترا به بایک چهار هدف دیگر برای قتل می‌دهد. او آن‌ها را پیدا می‌کند و به قتل می‌رساند. در این حال، آیا پومپه را متقاعد می‌کند که با کلئوپاترا متحد شود. بایک یک نامه از آیا دریافت می‌کند که در آن توضیح می‌دهد افراد زیادی از دستور باستانی‌ها باقی ماندند که شامل گارد سلطنتی بطلمیوس نیز می‌شود و به احتمال آن‌ها زیاد مسئول مرگ خمو هستند. بایک به این فکر می‌کند که کلئوپاترا دارد از او برای کشتن رقبایش استفاده می‌کند. پومپه توسط لوسیوس سپتیمیوس کشته می‌شود و آیا و بایک مجبور می‌شوند کلئوپاترا را پنهانی به کاخ برای ملاقات با ژولیوس سزار ببرند. کلئوپاترا ژولیوس سزار را تحت تأثیر قرار می‌دهد و پشتیبانی او را به دست می‌آورد. بایک، پونتیوسِ «عقرب» را می‌کشد اما سزار جلوی او را از کشتن سپتیمیوس می‌گیرد. آیا بطلمیوس را در حال خورده شدن توسط تمساح‌ها در نیل تماشا می‌کند در حالی که او تلاش در فرار دارد.
کلئوپاترا تاج‌وتخت را به عنوان فرعون به‌دست می‌آورد. سپتیمیوس یکی از مشاوران سزار می‌شود و کلئوپاترا روابط خود را با آیا و بایک قطع می‌کند. بایک و پشتیبانانش متوجه می‌شوند که کلئوپاترا و سزار با دستور باستانی‌ها متحد شدند. بایک متحدان خود را جمع‌آوری می‌کند تا با دستور مقابله کنند و آزادی اراده مردم را حفظ کنند. آیا و بایک می‌فهمند که دستور علاقه خاصی به آرامگاه اسکندر مقدونی نشان داده‌اند سپس در آنجا آپولدوروس را به‌طور وخیمانه زخمی می‌بینند. او هشدار می‌دهد که ناوبان سزار، فلاویوس رهبر واقعی دستور است. او و سپتیمیوس گوی را از آرامگاه اسکندر گرفته‌اند و هم‌اکنون در حال رفتن به سیوه هستند تا در محوطه را باز کنند.
بایک رد فلاویوس را تا شحات دنبال می‌کند که فلاویوس در آنجا با به‌کارگیری سیب عدن مردم را به بردگی گرفته است. بایک فلاویوس را می‌کشد، انتقام مرگ خمو را می‌گیرد و پیش آیا برمی‌گردد. آیا همراه با مارکوس یونیوس بروتوس و گایوس کاسیوس لونگینوس به روم سفر می‌کند تا سزار و سپتیمیوس را به قتل برسانند. راه آیا و بایک جدا می‌شود اما با هم پنهان‌شدگان، پایه برادری حشاشین را تشکیل دادند و سوگند یاد کردند که در سایه‌ها از جهان محافظت کنند. در رم، آیا با سپتیمیوس مواجه می‌شود و او را می‌کشد که از چوبه عدن بهره برده بود. او به سنای روم نفوذ می‌کند و ژولیوس سزار را به قتل می‌رساند. جلوتر، او پیش کلئوپاترا برمی‌گردد و به او هشدار می‌دهد که اگر یک فرمانروای منصفانه نباشد، برای کشتن او باز خواهد گشت. جلوتر، آیا (که اکنون خود را آمنت صدا می‌کند) و بایک فرقه پنهان‌شدگان را گسترش می‌دهند و با استخدام داوطلبان، تشکیلات خود را به ترتیب در مصر و روم گسترش می‌دهند.
در سال ۲۰۱۷، لیلا حسن،‏ یک پژوهشگر پیشین صنایع ابسترگو،‏ قصد پیدا کردن یک اثر باستانی در مصر برای برادری حشاشین را دارد. در عوض، او آرامگاهی پیدا می‌کند که در آن مومیایی‌های آیا و بایک قرار دارد. او که امید دارد بتواند در پروژه انیموس شرکت جایگاه خود را مستحکم کند، بدون اینکه به افراد بالاترش بگوید دی‌ان‌ای آیا و بایک را بیرون میاورد و خاطرات آن‌ها را تماشا می‌کند. هنگامی که لیلا در گزارش دادن شکست می‌خورد، ابسترگو یک تیم برای کشتن او می‌فرستد اما نقشه آن‌ها شکست می‌خورد. لیلا به انیموس برمی‌گردد اما توسط ویلیام مایلز،‏ پدر دزموند مایلز متوقف می‌شود. او پیشنهاد کار کردن در فرقه حشاشین را می‌پذیرد اما کمی پس از پیوستن به آن‌ها از این کار دست می‌کشد. هردوی آن‌ها به اسکندریه امروزی سفر می‌کنند. هنگام تماشای خاطرات بایک، لیلا با سازه‌های باستانی خاصی برخورد کرد که توسط نخستین تمدن ساخته شده‌اند. هر کدام از آن‌ها پیامی دارند که در آن اشاره می‌کنند لیلا در رویداد آخرالزمانی بعدی یک نقش کلیدی دارد.