جنگ داخلی بیزانس ۱۳۴۱–۱۳۴۷
شروع جنگ: پاییز ۱۳۴۱

خروج دوم کانتاکوزنوس خطای بزرگی بود. در پایتخت برگشت، دشمنانش در غیاب او حرکت کردند. آپوکائوکوس گروهی از اشراف رده بالا را دور خود جمع کرد، از جمله مردانی مانند دروانگاریوهای بزرگ جان گابالاس یا جورج چومنوس، که آنها را با اتحادهای ازدواج به خود گره زد. پاتریارک با حمایت گروه آپوکائوکوس و اقتدار امپراتور، کانتاکوزنوس را از سمت خود برکنار کرد و او را دشمن عمومی اعلام کرد. خود کالکاس به عنوان نایب السلطنه و آپوکائوس به نام اپارک قسطنطنیه معرفی شد. بستگان و هواداران کانتاکوزنوس به زندان افتادند یا مجبور به فرار از شهر شدند و اموال آنها مصادره شد. اگرچه همسر و فرزندان کانتاکوزنوس در مقر او در دموتیکا (Didymoteicho) در امان بودند، اما نایب السلطنه مادر او، تئودورا را در بازداشت خانگی قرار داد. محرومیت‌هایی که او در دوران زندان متحمل شد باعث مرگ نهایی او شد.
هنگامی که اولین گروه از پارتیزان‌های او که از پایتخت گریختند به دموتیکا رسیدند، کانتاکوزنوس، به گفته خودش، سعی کرد با نایب السلطنه جدید مذاکره کند، اما رویکرد او رد شد. سرانجام در ۲۶ اکتبر ۱۳۴۱، ارتش (به گفته گریگوراس، ۲۰۰۰ سواره نظام و ۴۰۰۰ پیاده) و حامیانش که عمدتاً از اشراف زمین‌دار بودند، مجبور به انجام اقدامات قاطع شدند، کانتاکوزنوس را امپراتور اعلام کردند. اگرچه او هنوز رسماً خود را به‌عنوان همکار کوچکتر جان پنجم معرفی می‌کرد و ادعا می‌کرد که فقط به نام پسر بازی می‌کند، پس از ادعای خود بر تاج و تخت، او عملاً یک جنگ داخلی را آغاز کرده بود.  کانتاکوزنوس هنوز امیدوار بود که مذاکره بتواند وضعیت را حل کند، اما همه فرستادگان او زندانی شدند و او و حامیانش توسط پدرسالار جان چهاردهم تکفیر شدند. در ۱۹ نوامبر ۱۳۴۱، نایب السلطنه به اعلام کانتاکوزنوس به عنوان امپراتور با تاجگذاری رسمی جان پنجم پاسخ داد
واکنش به اعلامیه کانتاکوزنوس باعث شکافی در جامعه بیزانس شد، به طوری که بزرگ‌های ثروتمند و قدرتمند زمین‌دار (که به‌طور سنتی دیناتوی، «قدرت‌مندان» نامیده می‌شوند) که بر روستاها تسلط داشتند، به سرعت برای حمایت از او تجمع کردند، در حالی که مردم عادی. که غالباً در شرایط بد زندگی می‌کرد و تحت مالیات‌های ظالمانه رنج می‌برد، از امپراتور و پدرسالار حمایت می‌کرد. آپوکائوکوس به‌ویژه به سرعت از این تقسیم‌بندی بهره برد و با انتشار گسترده ثروت عظیم مصادره شده از خانه‌ها و املاک کانتاکوزنوس و حامیانش، تنفر عمومی را نسبت به اشراف برانگیخت. به قول دونالد نیکول، «مردم علیه او [کانتاکوزنوس] و هر چیزی که او به عنوان یک میلیونر و اشراف زمین‌دار از آن دفاع می‌کرد، بود. «کانتاکوزنیسم» فریاد جنگی آنها شد، شعار نارضایتی آنها.
بنابراین خطوط نبرد جنگ داخلی بین جناح‌های شهری و روستایی ترسیم شد. شهرها که تحت سلطه بوروکراسی مدنی طبقه متوسط و طبقه بازرگان ("مردم بازار") بودند، طرفدار اقتصاد تجاری تر و روابط نزدیک با جمهوری‌های دریایی ایتالیا بودند، در حالی که روستاها تحت کنترل اشراف زمینی محافظه کار باقی ماندند. که ثروت خود را از املاک خود به دست می‌آورد و به‌طور سنتی از فعالیت‌های تجاری و کارآفرینی دوری می‌کرد و آن را ناشایست به جایگاه خود می‌دانست. اقشار پایین اجتماعی تمایل به حمایت از جناح مسلط مربوطه، طبقات متوسط در شهرها و بزرگان زمین‌دار در روستاها داشتند.
قطبی شدن این ماهیت در امپراتوری بیزانس چیز جدیدی نبود. شواهدی از رقابت بین اشراف زمین‌دار و طبقات متوسط شهرنشین در عرصه‌های سیاسی، اقتصادی و اجتماعی از قرن یازدهم به اثبات رسیده‌است، اما گستردگی درگیری که در سال ۱۳۴۱ شعله‌ور شد بی‌سابقه بود. این تضاد طبقاتی در امپراتوری بیزانس ترابیزون نیز منعکس شد، جایی که یک جناح شهری طرفدار امپراتوری و طرفدار قسطنطنیه بین سال‌های ۱۳۴۰ و ۱۳۴۹ با اشراف زمین‌دار استانی مواجه شدند (ر.ک. جنگ داخلی ذوزنقه ای). گرایش‌های محافظه‌کارانه‌تر و ضدغربی‌تر اشراف، و پیوندهایشان با صومعه‌های سرسخت ارتدوکس و ضد کاتولیک، وابستگی فزاینده‌شان را به جنبش هزیکاسم عرفانی مورد حمایت گریگوری پالاماس، که دیدگاه‌هایش عمدتاً در شهرها مخالف بود، توضیح می‌دهد. اگرچه چندین استثنای مهم این موضوع را در میان محققان مدرن بازمی‌گذارد، اما در ذهن عامه معاصر (و در تاریخ‌نگاری سنتی)، معمولاً طرفداران «پالمیسم» و «کانتاکوزنیسم» برابری می‌کردند. پیروزی نهایی کانتاکوزنوس به معنای پیروزی هسیکاسم نیز بود که در سینود در قسطنطنیه در سال ۱۳۵۱ تأیید شد. هزیکاسم در نهایت به نشانه سنت کلیسای ارتدکس تبدیل شد، اگرچه توسط کاتولیک‌ها به عنوان یک بدعت رد شد.
اولین تجلی این تقسیم اجتماعی در آدریانوپل ظاهر شد، جایی که در ۲۷ اکتبر، مردم اشراف شهر را بیرون کردند و آن را برای نایب السلطنه تضمین کردند. این رویداد طی هفته‌های بعد در شهر به شهر در سراسر تراکیه و مقدونیه تکرار شد، زیرا مردم حمایت خود را از سلطنت و علیه نیروهای منفور «کانتاکوزنیسم» اعلام کردند. در این فضای خصمانه، بسیاری از سربازان کانتاکوزنوس او را رها کردند و به قسطنطنیه بازگشتند. تنها در دموتیکا، قیام مردمی سرکوب شد و شهر در طول جنگ، سنگر اصلی کانتاکوزنوس در تراکیه باقی ماند.