حسینعلی منتظری
دوران رهبری خامنه‌ای > سخنرانی آبان سال ۱۳۷۶ و حصر

«همین الآن از خدمت مقام معظم رهبری (خامنه‌ای) می‌آیم و نظر ایشان این است که لانه فساد [بیت منتظری] در قم در هم کوبیده شود و این فتنه را به گورستان بسپاریم.» (گفتهٔ یکی از نظامیان در پادگان خاتم الانبیا دربارهٔ حسین‌علی منتظری)
در روز ۲۳ آبان سال ۱۳۷۶ - به دلیل احساس خطر در رابطه با مسئلهٔ مرجعیت شیعه و حکومتی شدن مرجعیت و دخالت ارگان‌های دولتی در آن - او در طی سخنرانی راجع به استقلال کامل قوای سه‌گانه، مسئول بودن کلیهٔ افراد در برابر قانون و رد فراقانونی بودن رهبری و تأکید بر محدود بودن قدرت آن طبق قانون اساسی، آزادی عمل در انتخاب مرجعیت شیعه و آزادی تشکل‌های حزبی و گروهی مطالبی را بیان کرد. وی در این سخنرانی دربارهٔ مرجعیت سید علی خامنه‌ای گفت:
اینکه آمدند در شب بعد از فوت اراکی عده ای بچه راه انداختند در خیابان جلو جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند، بعد هم سه چهار نفر از تهران آمدند و اصلاً هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست؛ بنابراین مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچگانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! این‌ها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.
این بار مخالفان با قدرت‌نمایی و اعزام نیروهایی از سپاه، اطلاعات و بسیج شهرستان‌های مختلف ضمن حمله به حسینیه و تخریب و اشغال آن، به منزل مسکونی و دفتر منتظری نیز یورش برده و با شکستن اثاثیه و پاره کردن اوراق و غارت مدارک خسارت زیادی وارد کردند. در حمله به منزل و محل سکونت وی، تعدادی از مسئولان سپاه پاسداران اصرار داشتند منتظری را به بهانهٔ حفظ جان به مکان نامعلومی انتقال دهند که با مخالفت وی روبرو شدند. در نوشته‌ای که پس از درگذشت او توسط فرزندش سعید انتشار یافت از قول موسوی اردبیلی نقل شده است که
در آن روز قصد داشتند که آقای منتظری را بکشند و من با تهران تماس گرفتم و تهدید کردم که اگر بر این امر اصرار داشته باشید بدانید که آقای منتظری تنها نیست؛ و در نهایت از این تصمیم منصرف شدند.
حسینیه پس از چند روز که محل استقرار و مانور دادن اشغالگران بود، در حالی که به شکل مخروبه‌ای درآمده و هنوز هم به همان صورت باقی است به حکم دادگاه ویژهٔ روحانیت پلمب گردید؛ و پس از چند روز در یورشی مجدد و باز بنا به حکم دادگاه ویژه روحانیت - در زمان دادستانی ری شهری- درب‌های ورودی به منزل منتظری مسدود و جوش داده شد و تنها درب ورودی به قسمت داخلی منزل او را باز گذاشتند که این درب نیز به وسیلهٔ قرار دادن کیوسک و گماردن نیروهای سپاه پاسداران در جلوی آن به‌طور شبانه‌روزی کنترل می‌شد و بیش از پنج سال منتظری جز با فرزندان و خواهر و برادران و نوه‌های خویش با شخص دیگری اجازهٔ ملاقات نداشت.
منتظری در تابستان ۱۳۷۹ وبگاه اینترنتی خود را تأسیس کرد و اولین مرجع تقلید شیعه بود که نظرات و فتاوای خود را از طریق اینترنت به اطلاع پیروانش رساند. تأسیس پایگاه اینترنتی منتظری شگفتی زیادی را در جامعه برانگیخت چرا که او چندین سال در حبس خانگی به‌سر می‌برد. تمامی آثار منتظری بر روی این پایگاه اینترنتی قرار گرفته بود. او به گفته نزدیکانش مثل یک آدم امروزی خبرهای سایت‌های مختلف را دنبال می‌کرد و در مورد مطالب سایتش صحبت می‌کرد. پس از مرگ منتظری واحد سایبری سپاه پاسداران این سایت را برای مدتی به‌طور کامل مسدود کرد.
کیوسک حصر در تاریکی شب پنج‌شنبه ۱۰ بهمن ۱۳۸۱ برداشته شد که از حضور خبرنگاران و تصویربرداران جلوگیری شد. گرچه وی پس از چندی از تداوم مزاحمت‌ها و شنود از سوی سپاه شکوه کرد.
حسن روحانی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی در جلسه‌ای در ۱۸ تیر ۱۳۸۰ با هاشمی رفسنجانی بیان می‌دارد که این شورا مصوبه‌ای در مورد شرایط رفع حصر گذرانده که از سوی رهبری پذیرفته نشده است. غلامحسین محسنی اژه‌ای، رئیس وقت دادگاه ویژه روحانیت در جلسه ۲۷ اسفند ۱۳۸۰ خود با هاشمی رفسنجانی بیان نمود که اژه‌ای در مورد رفع حصر حسینعلی منتظری و نیز عفو عبدالله نوری با رهبر جمهوری اسلامی صحبت کرده است و رهبر جمهوری اسلامی با هر دو مخالفت کرده.