توکوگاوا ایه‌میتسو
شوگونی ایه‌میتسو (۱۶۵۱–۱۶۳۲) > فرمان‌های ضد اروپایی‌سازی

مقاله‌های اصلی: ساکوکو و شورش شیمابارا
حضور یکصد ساله تاجران و مبلغان کاتولیک در ژاپن در دهه ۱۶۳۰ پایان یافت، زمانی که ایه‌میتسو دستور اخراج تقریباً همه اروپایی‌ها را از این کشور داد و ارتباط با اروپایی‌ها در طول یک سال به یک کشتی هلندی محدود شد. پس از اعدام دو مرد مردم پرتغال که برای استقرار مجدد سیاست تجارت خارجی قبلی ژاپن آمده بودند، تا پایان دهه ۱۶۳۰، ایه‌میتسو یک سری فرمان‌ها را صادر کرد که به‌طور گسترده‌تری سیستمی را در جهت محدودیت در جریان افراد، کالاها و اطلاعات در داخل و خارج از کشور به مورد اجرا گذاشت.
در طول دهه ۱۶۳۰، ایه‌میتسو یک سری فرمان‌ها را صادر کرد که معامله‌های بازرگانی ژاپن با جهان خارج را محدود می‌کرد. معروف‌ترین آن فرمان‌های موسوم به حکم ساکوکوی سال ۱۶۳۵ بود که حاوی محدودیت‌های اصلی بود که ایه‌میتسو با آن، هر کشتی و شخص ژاپنی را از سفر به کشور دیگر یا بازگشت به سواحل ژاپن منع می‌کرد. نقض آن با مجازات مرگ همراه بود، ژاپنی‌ها که از دهه ۱۵۹۰ در شرق و جنوب شرقی آسیا سفر کرده بودند (و در موارد نادری در مناطق دورتر)، اکنون از خروج از کشور یا بازگشت به‌طور گسترده منع شده بودند.
این فرمان هدایا و جوایز فاخری را برای هر کسی که می‌توانست در مورد کشیش‌ها و پیروان آنها که به‌طور مخفیانه تبلیغ دین مسیحیت را در سراسر کشور انجام می‌دادند ارائه دهد، در نظر گرفته بود. به عنوان مثال، بازرگانانی که از خارج از کشور می‌آمدند، باید فهرستی از کالاهایی را که با خود می‌آوردند، ارائه می‌کردند. مقررات اضافی جزئیات مربوط به زمان یا تدارکات تجارت را مشخص می‌کند. به عنوان مثال، یک بند اعلام می‌کند که تاریخ حرکت کشتی‌های خارجی نباید دیرتر از روز بیستم ماه نهم باشد. علاوه بر این، ایه‌میتسو تغییرات قیمت تعیین شده برای ابریشم خام را ممنوع کرد و در نتیجه اطمینان حاصل کرد که رقابت بین شهرهای تجاری به حداقل می‌رسد.
در سال ۱۶۳۷، شورش مسلحانه ای علیه سیاست‌های ضد مسیحی ایه‌میتسو در شیمابارا، ناگاساکی به وجود آمد، اما دلایل دیگری مانند مالیات بیش از حد بالا و رفتار ظالمانه ارباب محلی با دهقانان وجود داشت معروف به شورش شیمابارا. هزاران نفر در سرکوب شورش توسط شوگان کشته شدند و پس از آن تعداد بی شماری اعدام شدند. این واقعیت که بسیاری از شورشیان مسیحی بودند توسط مقام‌های شوگون‌سالاری به عنوان بهانه ای مناسب برای اخراج پرتغالی‌ها و محدود کردن کمپانی هند شرقی هلند به دجیما در استان ناگاساکی استفاده شد.
پس از این فرمان‌ها، ژاپن همچنان با تجارت بین‌المللی، اطلاعات و مبادلات فرهنگی ارتباط داشت، اگرچه ناگاساکی مرکز تجارت و سایر معاملات با شرکت هند شرقی و با بازرگانان مستقل چینی بود، جزیره تسوشیما روابط دیپلماتیک و تجاری را با پادشاهی چوسان-دودمان سلطنتی کره (کشور) اداره می‌کرد و قلمرو ماتسومائه ارتباط با قوم آینو (ژاپن)، مردم بومی هوکایدو، ساخالین و جزایر کوریل را مدیریت می‌کرد و همچنین ارتباط محدود با مردمان مرتبط در سرزمین اصلی نزدیک به ژاپن در این دوره اغلب به عنوان «بسته» توصیف شده است تحت عنوان  ساکو (灳国، کشور زنجیر شده)، اما از دهه ۱۹۸۰، اگر نه قبل از آن، محققان برای استفاده از اصطلاحاتی مانند «کایکین» (海連، «محدودیت‌های دریایی» استفاده می‌کنند)، با تأکید بر این واقعیت که ژاپن بر روی دنیای خارج «بسته» نبود، و در واقع بسیار فعالانه با دنیای بیرون درگیر بود، هرچند از طریق مجموعه‌ای از راه‌های محدود. محدودیت‌های ایه‌میتسو تا دهه ۱۸۵۰ به قدرت خود باقی بود اما پس از آن بندرهای ژاپن به روی طیف وسیع تری از شرکای تجاری برای اسکان و سفر در داخل ژاپن باز شد و ژاپنی‌ها بار دیگر آزاد بودند تا به خارج از کشور سفر کنند.