طیف‌سنجی جرمی
تعیین وزن مولکولی

در عمل، تعیین وزن مولکولی، کاملاً به سادگی آن چیزی که در قبلاً اشاره شد، نیست. اول باید دانست که مقدار جرم هر یون شتاب داده شده در یک طیف‌سنج جرمی، جرم حقیقی آن است و نه وزن مولکولی آن که اوزان اتمی شیمیایی را بکار می‌برد. مقیاس شیمیایی اوزان اتمی بر پایه میانگین اوزان تمامی ایزوتوپ‌های یک عنصر است. طیف‌سنج جرمی، توانایی تشخیص بین جرم ذرات حامل معمولترین ایزوتوپ‌های عناصر و ذرات حاصل ایزوتوپ‌های سنگین‌تر را دارد. در نتیجه، اجرامی که برای یون‌های مولکولی مشاهده می‌شوند، اجرام مولکولهایی هستند که در آن‌ها هر اتم به‌صورت معمولترین (فراوانترین) ایزوتوپ خود وجود دارد.
دوم اینکه ممکن است مولکولهایی که توسط الکترون‌ها بمباران می‌شوند، شکسته شده و به قطعات یونی مبدل گردند. در اثر این جزء به جزء شدن، طیف‌های جرمی پیچیده شده و قلل موجود در نسبت‌های (m/e) گوناگونی ظاهر می‌شوند. باید کاملاً دقیق و مطمئن بود که قله مشکوک واقعاً قله یون مولکولی است و نه مربوط به قطعه یونی. این مسئله، بخصوص هنگامی بحرانی می‌شود که درصد فراوانی یون مولکولی کم باشد، همانگونه که در یون‌های مولکولی نسبتاً ناپایدار که به سادگی جزء به جزء می‌شوند، اتفاق می‌افتد.
مهمترین مسئله که باید بررسی کرد، آن است که اجرام یون‌های آشکار شده در طیف جرمی را باید به‌طور دقیق اندازهگیری نمود. خطایی به میزان فقط یک واحد جرمی تعیین ساختمان جسم را غیرممکن می‌سازد. طیف جرمی به صورت نموداری از درصد فراوانی یون بر حسب (m/e) است. همانگون که اشاره شد، فراوانترین یون تشکیل شده در محفظه یونیزاسیون بلندترین قله را در طیف جرمی دارد این پیک را پیک مادر می‌گویند. پیک دیگری که در طیف جرمی حائز اهمیت است پیک یون مولکول است یون مولکول ی یونیزه شده ترکیب خنثی است که در ی یونیزاسیون به وجود می‌آید و وزنی معادل وزن مولکول اولیه را دارد. برای اینکه یک مقدار ویژه (m/e) مربوط به یون مولکول باشد باید دارای سه معیار باشد:
بدون در نظر گرفتن ایزوتوپها، یون مولکول باید نشان دهندهی بیشترین جرم یونی در طیف باشد. تعیین
تعداد الکترون‌های یون باید فرد باشد.
ترکیب نماینده یون مولکول باید قادر به تولید یون‌های مهم در ناحیه جرم بالای طیف باشد به عبارتی باید توانایی تشکیل قطعات یونی را در طیف جرمی داشته باشد.
گاهی برای تأیید قله یون مولکول از قاعده نیتروژن استفاده می‌شود. طبق این قاعده اگر در ترکیبی تعداد زوجی از اتم‌های نیتروژن داشته باشیم یا اصلاً نداشته باشیم یون مولکول آن در (m/e) زوج ظاهر می‌شود از طرفی مولکول‌های که تعداد نیتروژن فرد داشته باشند ایجاد یون مولکول فرد می‌کنند. این قاعده برای تمام ترکیباتی که دارای کربن، هیدروژن، اکسیژن، نیتروژن، گوگرد، هالوژن و همچنین بعضی از اتم‌های کمتر معمولی مانند فسفر، برم، سیلیکون، آرسنیک و فلزات قلیایی خاکی می‌باشند صادق است.
اغلب مولکول‌ها به صورت مخلوطی از ایزوتوپ‌ها وجود دارند و پیکهایی که به وسیلهی یون‌های حامل این ایزوتوپ‌های سنگین به وجود می‌آیند و در طیف جرمی وجود دارند در تعیین فرمول مولکولی کاربرد دارد. ایزوتوپ‌های سنگینتر پیکهایی ایجاد می‌کنند که شدت آن‌ها نسبت به پیک اصلی کوچکتر است. این پیک‌ها به صورت M+1 و M+2 در طیف جرمی ترکیب‌ها دیده می‌شوند که جرم آن‌ها نسبت به جرم یون مولکول به ترتیب ۱ و۲ واحد بیشتر است. به‌طور مثال برای اتم برم (Br) ارتفاع پیک‌های M+ و M+2 تقریباً برابر است یا برای اتم کلر ارتفاع پیک M+ تقریباً یه برابر پیک M+2 است.
برای آلکان‌های زنجیری خطی یا نرمال، قله یون ملکولی را می‌توان مشاهده کرد، هر قدر اسکلت کربن شاخهایتر شود، شدت قله یون ملکولی نیز کاهش می‌یابد. می‌توان این اثر را هنگام مقایسه طیف جرمی بوتان و ایزوبوتان به خوبی مشاهده کرد. در ایزوبوتان قله یون ملکولی به مراتب ضعیفتر از قله یون مولکولی بوتان است.
یک قطعهی مهم در طیف جرمی آلکان‌ها در ۴۱= m/eایجاد می‌شود. این قطعه، یون کربونیم آلیل است.