فهرست حاکمان خانات جغتای
خانات یارکند

عبدالرشید خان (١۵٢١–١۵٣٣ در آق‌سو) ١۵٣٣–١۵۶٠، فرزند سلطان سعید خان
عبدالکریم خان ١۵۶٠–١۵٩١، فرزند ارشد عبدالرشید خان
محمد سلطان (١۵٨٨–١۵۹١ در تورفان) ١۵٩١–١۶١٠، پنجمین پسر عبدالرشید خان، در سال ١۶٠٣ نماینده پرتغالی تبار گورکانیان، بنتو د گویس، با محمد سلطان در یارکند دیدار کرد و نامه دوستانه امپراتور گورکانی، اکبر کبیر، را به او داد.
شجاع الدین احمد خان ١۶١٠–۱۶١٨، پسر محمد سلطان، در سال ١۶١٨، هنگام شکار، کشته شد.
قریش سلطان ١۶١٨، پسر یونس سلطان، نوه عبدالرشید خان، ٩ روز حکومت کرد و سپس به قتل رسید.
عبداللطیف خان ١۶١٨–١۶٣٠، دومین پسر شجاع الدین احمد خان، در سیزده سالگی به سلطنت رسید و در بیست و پنج سالگی درگذشت.
سلطان احمد خان ١۶٣٠–١۶٣٣، نخستین فرزند تيمور سلطان، نخستین فرزند شجاع الدین احمد خان که پیش از پدر در سال ١۶١۵ درگذشت.
محمود سلطان ١۶٣٣–١۶٣۶، دومین فرزند تيمور سلطان، در سال ١۶٣۶ توسط خواجه یحیی، پسر خواجه اسحاق بنیانگذار قره داغلیک ها (نقشبندیه خواجگان)، مسموم شد.
سلطان احمد خان ١۶٣۶–١۶٣٨، با کمک خواجه یحیی قدرت را بدست گرفت و به پاس خدمت او روستای گوما، در نزدیکی ختن، را به وی واگذار کرد. او در سال ١۶٣٨، با اصرار بزرگان، به نفع برادر خود کناره گیری کرد و در سال ١۶۴٠ درگذشت.
عبدالله خان (١۶٣۴/۵–١۶٣٨/٩ در تورفان) ١۶٣٨–١۶۶٩، کوچکترین فرزند عبدالرحیم خان، نوه عبدالرشید خان، در سال ١۶۶٩ خلع و به هند تبعید شد و در آنجا از او توسط اورنگ زیب امپراتور گورکانی استقبال شد. او با کمک اورنگ زیب برای مراسم حج به مکه سفر کرد. عبدالله خان در سال ١۶٧۵ در سن ۶٧ سالگی درگذشت و در آگره به خاک سپرده شد
نورالدین سلطان (١۶۴٩–١۶۶٧ در آق‌سو) ١۶۶٧–١۶۶٨ در کاشغر و ینگیسار، جوانترین پسر عبدالله خان، پس از مدت کوتاهی حکومت در سال ١۶۶٨ در ٣١ سالگی درگذشت. او یک سال با کمک قره یانچوک ها، گروهی متشکل از مزدوران طوايف قرقیز و جونغار که در سالهای آخر سلطنت عبدالله خان به خدمت خانات یارکند درآمدند، سلطنت‌ کرد.
اسماعیل خان (در قره‌شهر ١۶۶۶–١۶۶٩، در آق‌سو ١۶۶٩–١۶٧٠) ١۶۶٩ (دوره اول سلطنت‌)، پنجمین فرزند عبدالرحیم خان، مرید رهبر خواجگان قره داغلیک، عبیدالله پسر خواجه یحیی، که پس از برکناری عبدالله خان مدت کوتاهی در آق‌سو و قره‌شهر حکومت کرد.
یولبارس خان (در کاشغر ۱۶٣٨–١۶۶٧، از هشت سالگی) ١۶۶٩–١۶٧٠، پسر ارشد عبدالله خان، مرید خواجه یوسف آق داغلیک و پسرش آفاق خواجه. در دوران سلطنت او نفوذ صوفیان آق داغلیک در خانات یارکند افزایش یافت. هنگامی که چهل سال داشت در سال ١۶٧٠ توسط ارکا بیک، که حامی سپاهیان جونغار بود، کشته شد.
عبدالطیف سلطان ١۶٧٠، پسر یولبارس خان. او پس از قتل پدر با کمک آق داغلیک ها به سلطنت رسید. مدتی بعد به همراه تمام برادرانش توسط قره داغلیک ها کشته شد.
اسماعیل خان ١۶٧٠–١۶٧٨ (دوره دوم سلطنت‌)، توسط قره داغلیک ها به سلطنت بازگردانده شد. او آفاق خواجه و پسرش یحیی را تبعید کرد. وی در سال ١۶٧٨ توسط جونغارها خلع شد. در سال ١۶٨٠ هنگام ۵۶ سالگی در دره رود ایلی، درگذشت.
عبدالرشید خان دوم (١۶٨٠-١۶٨٢ در تورفان) ١۶٧٨–١۶۸٠، کوچکترین پسر سلطان سعید بابا خان، توسط جونغارها و آق داغلیک ها خلع شد.
محمد ایمان (آمین) خان  (١۶٨٢-١۶٩٠ در تورفان) ١۶٨٠–١۶٨١ در قره‌شهر، دومین فرزند سلطان سعید بابا خان، توسط جونغارها، با همراهی آق داغلیک ها، خلع شد.
آفاق خواجه ١۶٨٠–١۶٩٠. پس از خلع عبدالرشید دوم با کمک جونغارها به سلطنت رسید. او خواجه دانیال، رهبر قره داغلیک ها، را به کشمیر تبعید کرد.
محمد ایمان (آمین) خان ١۶٩٠–١۶٩۴، توسط امیران جغتایی از تورفان فراخوانده شد و توسط آنان به خان کاشغر و یارکند منصوب شد. او در نهایت از آفاق خواجه در میدان جنگ شکست خورد و کشته شد.
یحیی خواجه (١۶٩٠-١۶٩٢ در کاشغر) ١۶٩٢–١۶٩۵، پسر آفاق خواجه. آفاق خواجه او را به جای خود به عنوان خان برگزید. در سال ١۶٩۵ توسط خانم پاشا کشته شد.
خانم پاشا ١۶٩۵، خواهر محمد ایمان خان و همسر آفاق خواجه. در سال ١۶٩۵ کشته شد.
آق‌باش خان ١۶٩۵–١٧٠۵، جوانترین پسر سلطان سعید بابا خان، نوه عبدالرشید خان، مرید قره داغلیک ها. خواجه دانیال، رهبر قره داغلیک ها، را از تبعید بازگرداند تا وفاداری قره داغلیک ها را در برابر آق داغلیک ها و جونغارها بدست بیاورد. او در سال ١٧٠۵ به هندوستان گریخت.
پس از فرار آق‌باش خان، بقایای خانات یارکند بین دو شاخه رقیب خواجه ها، آق داغایک ها و قره داغلیک ها، تقسیم شد. شاخه آق داغلیک، که مورد حمایت جونغار ها بود، در کاشغر قدرت را به دست گرفت و در آنجا احمد خواجه، پسر یحیی خواجه، خان اعلام شد. از سویی دیگر در یارکند، قره داغلیک ها خواجه دانیال را به عنوان خان یارکند اعلام کردند و قدرت را بدست گرفتند. اندکی بعد بین کاشغر و یارکند جنگ ایجاد میشود.
در سال ١٧١٨ بقایای خانات یارکند، آلتی‌شهر، توسط تسوانگ ربتان تحت الحمایه خانات جونغار شد و تمام شهر های آن مجبور به خراج شدند. بنابراین آق داغلیک ها توسط جونغارها به قدرت می‌رسند تا مسئولیت جمع آوری خراج را بر عهده بگیرند. در سال ١٧۵٢ آلتی‌شهر پس از شورش علیه خانات جونغار به رهبری خواجه یوسف، پسر خواجه دانیال و رهبر قره داغلیک ها، استقلال خود را احیا کرد. در سال ١٧۵۵، پسران احمد خواجه و نوه‌های آفاق خواجه، برهان الدین خواجه و جهان خواجه توسط سربازان چینی در دره رودخانه ایلی از اسارت زونگارها نجات یافتند و به آلتی‌شهر فرستاده شدند تا پس از پیروزی بر قره داغلیک ها، به چینی ها خراج بدهند. برادران آق داغلیک به آلتی‌شهر بازمی‌گردند و در یک جنگ خونین بر قره داغلیک ها پیروز میشوند و در سال ١٧۵۶ کنترل کامل آلتی‌شهر را به دست میگیرند. اما بر خلاف تعهدشان به تحت الحمایگی چین تن نمی‌دهند. در سال ١٧۵٩ آلتی‌شهر توسط چین فتح شد و آلتی‌شهر در سال ١٧۶٠ به استان نانلو (جاده جنوبی) تغییر نام‌ داد و تحت حاکمیت کامل چین درآمد.