مسعود پزشکیان
نمایندگی مجلس شورای اسلامی

با آغازِ دولتِ احمدی‌نژاد، پزشکیان دو سال از سیاست دوری کرد. سپس در سال ۱۳۸۶ موفق شد در دوره هشتم مجلس شورای اسلامی به‌عنوان نماینده آذربایجان شرقی با کسب ۱۰۵٬۶۳۹ رأی برای اولین بار راهی مجلس شود. از اقدام‌های جنجالی او در این دوره، دفاع از اعتبارنامه سلمان خدادادی بود که به اتهام تجاوز و آزار جنسی در کمیسیون تحقیق رد شده بود. پزشکیان در نطق خود در جلسه غیرعلنی مجلس در دفاع از خدادادی گفت: «واعظان کین جلوه در محراب و منبر می‌کنند، چون به خلوت می‌روند آن کار دیگر می‌کنند.» این سخن خشم محمّدابراهیم نکونام و روح‌الله حسینیان، دو روحانی اصولگرای موافق رد اعتبارنامه خدادادی را برانگیخت و آنان با پزشکیان مشاجره کردند. در نهایت، اعتبارنامه خدادادی با ۱۴۹ رأی مثبت، ۷۷ رأی منفی و ۱۷ رأی ممتنع از مجموع ۲۴۸ نماینده حاضر در جلسه علنی مجلس تأیید شد.
پزشکیان نطق تندی در اعتراض به برخورد پلیس با اعتراضات پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ داشت که فضای مجلس را متشنج کرد و توسط حداد عادل، رئیس وقت مجلس، به بی‌انصافی متهم شد. او همچنین در سال ۱۳۸۹ به انحلال دانشگاه علوم پزشکی ایران توسط دولت اعتراض کرد.
پزشکیان در دوره نهم مجلس شورای اسلامی، با کسب ۱۵۹٬۵۰۱ رأی و در دوره دهم با کسب ۲۶۱٬۶۰۵ رأی مجدداً از حوزه انتخابیه آذربایجان شرقی وارد مجلس شد و در هر دو دوره عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس بود.
در دوره دهم، اصلاح‌طلبان پذیرفتند به شرط نایب‌رئیسی پزشکیان و علی مطهّری، از علی لاریجانی برای ریاست مجلس حمایت کنند. پزشکیان در انتخابات هیئت رئیسه به‌عنوان نامزد فراکسیون امید شرکت کرد و با کسب ۱۵۸ رأی نایب‌رئیس اول مجلس شد که این سمت را تا سال ۱۳۹۹ عهده‌دار بود. در همین دوره، او طرح عرضه مواد مخدر توسط دولت را برای مقابله با اعتیاد مطرح کرد و خواستار «خارج شدن اعتیاد از جرم‌انگاری و معرفی آن به‌عنوان یک بیماری» شد که این موضع با مخالفت پلیس مواجه شد.
پزشکیان در مجلس دهم، به‌عنوان رئیس فراکسیونِ ترک‌زبانان قرار گرفت. این فراکسیون هدف خود را استفاده از ظرفیت نمایندگان ترک‌زبان در جهت رفع مشکلات و توسعه متوازن مناطق ترک‌نشین اعلام کرد. پزشکیان در پاسخ به انتقاداتی که از تشکیل چنین فراکسیونی وجود داشت، گفت هدف آن‌ها این بوده که نمایندگان ترک‌زبان دور هم جمع شوند تا بتوانند در چارچوب قانون وظایف خود را از حاکمیت پیگیری کنند.
پس از بحران مؤسسات مالی و اعتباری ۱۳۹۶، پزشکیان ریاست کمیته ویژه مجلس را برای ساماندهی سپرده‌گذاران مؤسسات اعتباری برعهده داشت و حاکمیت را مسئول بحران به وجود آمده دانست. وی نسبت به حصر خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی منتقد بوده و آن را برخلاف مصالح کشور خوانده است. پس از تشکیل کمیته رفع حصر در مجلس در سال ۱۳۹۶، پزشکیان عضو آن کمیته شد تا با مصالحه میان بخش‌های مختلف حکومت به حصر خاتمه بدهند؛ اما موفقیتی در پی نداشت.
به نقل از برخی اعضای هیئت‌رئیسه مجلس در سال ۱۳۹۸، پزشکیان در حاشیه جلسات هیئت‌رئیسه، در واکنش به نقدهای اصولگرایان به دولت روحانی، با اشاره به اینکه بیشتر امکانات کشور به‌جای دولت در دست نهادهای انتصابی منتسب به اصولگرایان است و این نهادها پاسخگو و مسئولیت‌پذیر نیستند، پیشنهاد حذف مقام ریاست‌جمهوری و جایگزینی آن با قائم‌مقام اجرایی رهبر را مطرح کرد. اصولگرایان این سخن را «طرح اصلاح‌طلبان برای ایجاد قائم‌مقام رهبری» خواندند ولی اصلاح‌طلبان آن را اظهاراتی «طعنه‌آمیز و کنایی» دانستند. پزشکیان ضمن تکذیب این نقل‌قول اعلام کرد که او پیشنهاد داده با توجه به جنگ اقتصادی ترامپ علیه ایران، ستادی متشکل از بالاترین ارکان نظام تشکیل شود تا بتواند نقش فرماندهی را در برابر این جنگ اقتصادی ایفا کند و همه نهادها از آن تبعیت کنند.
در دوره یازدهم مجلس، پزشکیان عضو کمیسیون‌های بهداشت و درمان و تلفیق برنامه هفتم بود. او با طرح صیانت مخالفت کرده و پیش‌بینی کرده این طرح در رسیدن به اهدافش موفق نخواهد شد.
پزشکیان در انتخابات دوازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی نیز شرکت کرد که در ابتدا توسط هیئت اجرایی انتخابات رد صلاحیت شد. دلیل رد صلاحیت او، عدم التزام به جمهوری اسلامی اعلام شد که بعداً توسط شورای نگهبان رد و صلاحیت او تأیید گردید. او خود تأیید صلاحیتش را به دستور رهبر جمهوری اسلامی دانست و گفت رهبری با این کار او را مدیون خود کرده است. وی در این دوره با کسب ۹۵٬۹۹۳ رأی به مجلس راه یافت.