اکبر هاشمی رفسنجانی
دورهٔ پس از اصلاحات > انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ و پیامدها

مقاله‌های اصلی: احتمال تقلب در انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۸) و نماز جمعه تهران (۲۶ تیر ۱۳۸۸)
«من البته در موارد متعددی با آقای هاشمی اختلاف‌نظر داریم، که طبیعی هم هست … البته بین ایشان و بین آقای رئیس‌جمهور از همان انتخاب سال ۸۴ تا امروز اختلاف‌نظر بود،... و نظر آقای رئیس‌جمهور[احمدی‌نژاد] به نظر بنده نزدیک‌تر است.»
تنش بین هاشمی و احمدی‌نژاد در جریان انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۸۸ به صورت علنی خود را نشان داد، در مناظره تلویزیونی محمود احمدی‌نژاد و میرحسین موسوی در تاریخ ۱۳ خرداد ۱۳۸۸، احمدی‌نژاد اتهاماتی را به خانوادهٔ هاشمی رفسنجانی وارد ساخت. هاشمی نیز تنها سه روز قبل از انتخابات و در یک نامه سرگشاده به خامنه‌ای، ادعاهای احمدی‌نژاد را «دروغ، تهمت و خلاف‌گویی» خواند. خامنه‌ای نیز ده روز بعد در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد گفت:
«من از سال ۱۳۳۶ - یعنی ۵۲ سال قبل - ایشان [هاشمی رفسنجانی] را از نزدیک می‌شناسم. آقای هاشمی از اصلی‌ترین افراد نهضت در دوران مبارزات بود؛ از مبارزین جدی و پیگیرِ قبل از انقلاب بود؛ بعد از پیروزی انقلاب از مؤثرترین شخصیت‌های جمهوری اسلامی در کنار امام بود؛ بعد از رحلت امام هم در کنار رهبری تا امروز. این مرد بارها تا مرز شهادت پیش رفته. قبل از انقلاب اموال خودش را صرف انقلاب می‌کرد و به مبارزین می‌داد … در طول این مدت هیچ موردی را سراغ نداریم که ایشان برای خودش از انقلاب یک اندوخته‌ای درست کرده باشد.»
در روز ۲۶ تیرماه ۱۳۸۸، هاشمی سکوت غیرمعمول خود پس از انتخابات را شکست. او در خطبه‌های نماز جمعه تهران (۲۶ تیر ۱۳۸۸) شورای نگهبان را به ازدست دادن فرصت متهم کرد. نتایج انتخابات را از دید مردم مشکوک و تردیدآمیز خواند و از حاکمیت خواست تا با آزاد کردن زندانیان سیاسی، اعتماد را به مردم بازگرداند. اجتماع دو و نیم میلیون نفر از نمازگزاران و معترضان حاضر (پرازدحام‌ترین نماز جمعه تاریخ ایران)، با دخالت حکومت به درگیری کشیده شد. هاشمی که از ۱۲ تیرماه ۱۳۶۰ امام جمعه موقت تهران بود و با بیش از ۴۰۰ بار اقامه، رکورددار امامت جمعه تهران بود، پس از این روز این سمت را ترک گفت.
هاشمی پس از آن در مناسبت دیگری گفت:
اگر مردم ما را بخواهند حکومت می‌کنیم و اگر نخواهند می‌رویم. حکومت پول دارد. نیرو دارد می‌تواند در خیابان آدم جمع کند ولی گروه مقابل یک عده استاد، دانشجو کارگر، مدیر، صنعت‌گر هستند و درست نبود که بسیج و سپاه در مقابل مردم قرار داده شوند… چطور می‌شود میلیون‌ها نفر در خیابان بیانند و بگویند در انتخابات تقلب شده است و به انتخابات تردید نکرد؟
هاشمی حتی در مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد شرکت نکرد و روز تنفیذ به سفر شمال رفت. مصباحی مقدم می‌گوید حتی دفتر رهبری هم هلیکوپتری برای شرکت هاشمی در مراسم تنفیذ به محل اقامت او فرستادند ولی هاشمی را نیافتند و دست خالی برگشتند.
از آن پس هاشمی همسو با سران فتنه خوانده‌شد. نزدیکانش به ویژه فائزه هاشمی و مهدی هاشمی دستگیر یا تهدید به دستگیری شدند و کنترل او بر دانشگاه آزاد اسلامی به چالش کشیده شد از سوی دیگر با اعلام کاندیداتوری مهدوی کنی برای ریاست خبرگان در سال ۱۳۸۹، هاشمی از کاندیداتوری برای این سمت نیز استعفا داد و ریاست مجلس خبرگان را به مهدوی کنی واگذار کرد. وب سایت وی نیز در دی ماه ۱۳۹۰ مسدود شد و تا مدت شش ماه خارج از دسترس بود.
در شهریور ۱۳۹۳، مصطفی تاجزاده، معاون سیاسی سابق وزارت کشور و از بازداشت‌شدگان حوادث پس از انتخابات دهم، با انتشار نامه‌ای ادعا کرد که در طول مدت بازداشت، بارها از جانب مأموران بازداشتگاه دو الف سپاه پاسداران تحت فشار قرار گرفته تا علیه علی اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خاتمی و میرحسین موسوی، شهادت دهد که این افراد، در پی انجام انقلاب مخملی در ایران بودند. وی همچنین تلاش برای بازداشت فرزندان هاشمی رفسنجانی را اعمال فشار بر شخص اکبر هاشمی رفسنجانی برای تغییر مواضعش دانسته.