تاریخ اردبیل پس از اسلام
دوره ایلخانان

اردبیل اندکی بعد از هجوم گرجیان، به دست مغولان فتح و غارت شد. چنگیز در سال ۶۱۶ هجری قمری، به ایران حمله کرد و چون سلطان محمد خوارزمشاه شکست خورد و فراری شد، ولایات ایران یکی پس از دیگری در مقابل این سیل خروشان تاب مقاومت نیاورده، سقوط نمودند. پس از حمله چنگیز خان به ماوراءالنهر و خراسان، یمه و سبستای، دو تن از سرداران مغول به دنبال سلطان محمد خوارزمشاه و تعقیب کسان او، شهرهای ایران را به باد غارت و ویرانی دادند. لشکریان مغول بین سال‌های ۶۱۷ و ۶۱۸ هجری قمری، به آذربایجان رسیدند. مردم تبریز انقیاد کردند و نجات یافتند. اما مردم اردبیل مقاومت کردند و دو بار سپاه مغول را عقب راندند، ولی سرانجام مدافعین شهر ضعیف تر گردیده و در نتیجه، شهر اردبیل به دست مغول افتاد و با خاک یکسان گردید و از سکنه بی‌شمار آن، جز آن‌هایی که قبلاً فرار کرده بودند، کسی زنده نماند؛ ولی به زودی اردبیل پس از این واقعه، باز رونق از سرگرفت. در اوایل قرن هشتم هجری قمری، که حمدالله مستوفی از اردبیل دیدن کرده، توابع آن را صد پارچه و حقوق دیوانش را پانصد هزار دینار نوشته‌است.
در عهد ایلخانان مغول، تبریز ترقّی بسیار کرد و به جای اردبیل، مرکز آذربایجان شد، اما با ظهور شیخ صفی الدین سردودمان خاندان صفوی، اردبیل دارالارشاد شد و در زمان شاهان صفوی اهمیتی نوین یافت.
شیخ صفی به هنگام حکومت مغول بر ایران به شهر اردبیل آمده و در آن جا بزیست. شیخ صفی ما بین سال‌های ۱۲۴۹ و ۱۲۵۳م. تقریباً بیست و نه سال یا کمی بیشتر پس از این که مغولان شهر اردبیل را ویران ساختند، متولّد گردید و بعدها به نام شیخ صفی یا شیخ اسحق صفی‌الدین مورد احترام همگان قرار گرفت. شیخ صفی مدعی بود که از نسل موسی کاظم امام هفتم است، و به این وسیله سلسله نسب خود را به علی و محمد می‌رساند. مدت ۲۵ سال شیخ صفی نزد شیخ زاهد گیلانی، که دختر او بی بی فاطمه را به ازدواج خود درآورده بود، تعلیم گرفت. چون شیخ زاهد درگذشت، شیخ صفی جانشین او گردید و شیخ سلسله دراویشی گردید که شیخ زاهد مرشد آنان بود. از نامه‌های مرد بزرگ و مورّخ مشهور دربار ایلخانی، یعنی وزیر اعظم رشیدالدین فضل‌الله همدانی به خوبی بر می‌آید که شیخ صفی‌الدین کم‌کم تا چه پایه جلالت، قدر و شهرت یافته‌است. در یکی از این نامه‌ها، او از شیخ صفی‌الدین اردبیلی استدعا دارد تا موافقت کند، او هر سال در روز میلاد محمد مقداری دوشاب، روغن، گوسفند، قند، عسل و محصولات دیگر به خانقاه او وقف کند. در نامه‌ای دیگر رشیدالدین به فرزند خود میر احمد، که در آن روزگار حکمران اردبیل بود، هشدار می‌دهد که همواره در برخورد با شیخ صفی کمال ادب و احترام را در حقّ او مرعی دارد و از رعایت حال او دمی غافل نماند.
بر طبق یک سند دیگر، اولجایتو، خان مغول که فرمانروای ایران بود، پس از پایان تعمیر پایتختش سلطانیه، در حدود سال ۷۲۰ هجری قمری، مجلس جشنی برپای داشت و اعاظم علما و مردان راه حقّ را دعوت کرد. هنگامی که خان متوجّه عدم حضور شیخ صفی‌الدین شد، پیک مخصوص نزد او فرستاد. اما شیخ صفی‌الدین سالخوردگی خود را بهانه آورد و از حضور در جشن عذر خواست.
شیخ صفی‌الدین که از عرفای نامی دوران اولجایتو و ابوسعید ایلخانی است و عرفا و سالکان طریقت مثل مولانا شمس الدین برنیقی از مقام معنوی او سخنانی گفته و سلاطین زمان به زیارتش می‌شتافته‌اند، چنانچه حتی امیر تیمور گورکانی، که در قساوت و بی‌رحمی شهرت تاریخی دارد، به مقام معنوی شیخ ارادت ورزیده، مزار او را زیارت کرده‌است، پس از مراجعت از آخرین سفر حج و تعیین شیخ صدرالدین فرزند خویش را به عنوان جانشین و صاحب خرقه و سجّاده بعد از خود، در سن ۸۵ سالگی در ظهر روز دوشنبه ۱۲ محرّم به داعی حقّ لبیک گفت.
پس از مرگ شیخ صفی، فرزند دوم وی به نام صدرالدین موسی جانشین پدر شد. صدرالدین موسی روز عید فطر سال ۷۰۴ هجری قمری، از بطن فاطمه خاتون دختر شیخ زاهد گیلانی متولّد گردید و نود سال عمر کرد، در موقع وفات پدرش ۳۱ سال داشت. صدرالدین موسی که ۵۹ سال بر مسند ارشاد نشست، مردی عالم و مفسّر بود و طبع شعر داشت.
بعد از صدرالدین موسی فرزندش خواجه علی معروف به سیاهپوش، صاحب سجّاده گردید و ارشاد مریدان به وی محول شد. گفته‌اند که تیمور چنان شیفتة قدرت جسمانی و شجاعت خواجه علی شده بود که برای خشنودی او دسته‌ای از گرفتاران ترک را که در دیاربکر اسیر کرده بود، آزاد ساخت. این آزاد شدگان که به صوفیان ترک شهرت یافته بودند، به حمایت خواجه علی پرداخته و مدتی مدید در شمار فداییان او و اعقابش به‌شمار می‌رفتند.
بعد از خواجه علی، فرزندش ابراهیم معروف به شیخ شاه جانشین وی شد. او که در سفر حج همراه پدر بود، در بیت‌المقدس به تجهییز جنازه پدر مباشرت کرد و چون به اردبیل بازگشت، به ارشاد مریدان پرداخت و ۲۱ سال به این کار توفیق یافت و در سال ۸۵۱ هجری قمری، هنگام ارتحال به سرای باقی، سجّاده ارشاد را به فرزندش شیخ جنید واگذاشت.