فلوسیتومتر
تهیهٔ سلول برای فلوسایتومتری

برای انجام هر نوع فلوسایتومتری ابتدا باید سلول‌ها را آماده کرد به‌طوری‌که سلول‌ها به صورت تکی درآمده و در محیط مناسبی معلق شده باشند. روش‌های مختلفی برای تهیهٔ سلول وجود دارد و روش انتخاب شده به نوع سلول مورد ارزیابی بستگی دارد. پس از تهیهٔ سوسپانسیون مناسب، سلول‌ها باید با مواد فلورسانس رنگ شوند یا با آنتی‌بادی‌های کونژوگه با فلوروکروم نشاندار شوند. روش نشاندار کردن تحت تأثیر فاکتورهای زیادی قرار می‌گیرد از جمله میزان اختصاصی بودن آنتی‌بادی و غلظت آنتی‌ژن در سطح یا داخل سلول، مناسب بودن غلظت آنتی‌بادی مورد استفاده و به کار بردن کنترل‌های مثبت و منفی مناسب در آنالیز سلول‌ها.
فلوسایتومترها باید بتوانند نور لیزر پراکنده شده یا فلورسانس نشر شده از یک سلول منفرد را در میان انواع سلول‌ها با حساسیت بالایی ردیابی کنند و بدین منظور سلول‌ها باید در محیط مایع به صورت سوسپانسیون یکنواختی درآیند. محیط اطراف سلول‌ها معمولاً به صورت ایزوتونیک با پی‌اچ برابر ۷٫۳ و غلظت سلولی بین ۱۰۵ تا ۱۰۶ سلول در هر میلی‌لیتر تهیه می‌شود و تحت چنین شرایطی سلول‌ها به صورت یک به یک از مقابل محور تابش نور لیزر عبور خواهند کرد. معمولاً حجم کمی از نمونه (۲/۰ تا ۱ میلی‌لیتر) برای آنالیز لازم است ولی «حداقل حجم مورد نیاز از نمونه» به کثرت سلول‌های مورد نظر در میان انواع سلول‌های موجود در نمونه نیز بستگی دارد و اگر درصد سلول‌های تحت بررسی، نسبت به سایر سلول‌های موجود پایین باشد لازم است ابتدا برای حذف بخشی از سلول‌های ناخواسته اقدام شود. قطر سلول‌های ارزیابی شده باید در محدودهٔ ۱ تا ۳۰ میکرون باشد و فلوسایتومترهای معمولی برای ارزیابی ذرات کوچک‌تر از ۱ میکرون حساسیت لازم را ندارند. از طرفی وجود ذرات درشت‌تر از ۳۰ میکرون موجب انسداد جریان مایع در دستگاه خواهد شد. فلوسایتومترهای معمولی برای استفاده و آنالیز سلول‌های خونی طراحی شده‌اند زیرا پلاکت‌های خون حدود ۱ میکرون قطر دارند و قطر سلول‌های خونی نیز ۶ تا ۱۲ میکرون است. با این حال سلول‌هایی از منشأ بافت‌های دیگر (مثل بافت‌های لنفوئیدی و سلول‌های کشت‌شده) را نیز می‌توان با فلوسایتومترهای معمولی آنالیز کرد. با این شرط که آن‌ها باید از همدیگر و از بسترشان جدا شوند و به صورت سوسپانسیون سلول‌های منفرد در آیند و هر گونه تودهٔ سلولی باید پیش از آنالیز حذف شود. عاملی که فلوسایتومتری را به عنوان یک تکنیک فوق‌العاده در مطالعات کلینیکی درمی‌آورد این است که سرعت جریان نمونه (۵ تا ۵۰ متر بر ثانیه) امکان جمع‌آوری اطلاعات مربوط به ۵۰۰۰ تا ۵۰۰۰۰ سلول را در هر ثانیه فراهم می‌نماید و حجم مورد نیاز از نمونهٔ خون معمولاً حدود ۱۰۰ میکرولیتر یا کمتر است.
قدم اول برای تهیهٔ نمونه، گرفتن یا ساختن سوسپانسیون سلولی مناسب است. نمونهٔ خون در حالت معمول حاوی سلول‌های منفرد است که در پلاسمای خون به صورت معلق هستند. نمونه‌های به‌دست آمده از مغز استخوان را می‌توان با پیپت کردن مکرر به صورت سوسپانسیون سلول‌های منفرد درآورد. در نمونه‌های تهیه شده از بافت‌های جامد و لنفوئیدی، اتصالات سلول به سلول یا سلول به بستر باید شکسته شود و سلول‌ها کاملاً آزاد شوند. قدم دوم این است که تا زمان آنالیز نمونه، خصوصیات و عملکرد سلول‌های تحت بررسی باید در حالت طبیعی و دست نخورده حفظ شوند. برای برخی از انواع سلول‌ها (مثلاً آنتی‌ژن‌های اختصاصی ردهٔ سلولی در لنفوسیت‌های در حال استراحت) این کار نسبتاً ساده است و استفاده از روش‌های مختلف معمولاً در این مورد نتایج یکنواختی به بار می‌آورد. اما برای برخی سلول‌های دیگر مثل آنتی‌ژن‌های CD62P در پلاکت‌ها و CD11b در نوتروفیل‌ها که سریعاً تغییر می‌یابند نگهداری سلول‌ها مشکل‌آفرین خواهد بود و روش‌های مختلف تهیه و نگهداری سلول در این موارد ممکن است به نتایج متفاوتی ختم شود.