جنگ اول قره‌باغ
ساختار نیروهای نظامی

جنگ‌های پراکندهٔ بین ارمنی‌ها و آذری‌ها بعد از عملیات حلقه با مشارکت هزاران داوطلب در ارتش‌های بسیج شدهٔ ارمنستان و آذربایجان شدت گرفت. در ارمنستان، مبارزان جدایی طلب اغلب با گروه‌های چریکی تاریخی ارمنستان مقایسه می‌شدند و برابر با افرادی مانند آندرانیک اوزانیان و گارگین نژده تلقی می‌شدند که در اواخر سده نوزدهم و اوایل سده بیستم میلادی علیه امپراتوری عثمانی جنگیده بودند. علاوه بر سربازان مرد ۱۸ تا ۴۵ ساله، بسیاری از ارمنی‌ها برای جنگ داوطلب شدند و «جوکاتز» یا یگان‌هایی متشکل از پنجاه نفر را تشکیل دادند، یا با تعدادی نیروی دیگر تحت فرماندهیِ سرهنگ دومی درمی‌آمدند. در آغاز، بسیاری از این افراد به انتخاب خود زمان و مکان عملیات را انتخاب می‌کردند، و در موارد نادر نظارتی نیز بر کارشان وجود داشت. نافرمانی مستقیم در بین بسیاری از افراد رایج بود، و سربازان مرده غارت، و کالاهایی مانند سوخت دیزلی خودروهای زرهی برای فروش در بازار سیاه دزدیده می‌شد.
زنان فراوانی در ارتش قره‌باغ کوهستانی ثبت نام کردند. این افراد یا در جنگ شرکت داشتند یا نقش‌های کمکی مانند ارائهٔ خدمات کمک‌های اولیه و تخلیهٔ زخمی‌ها از منطقهٔ جنگی را بر عهده داشتند.
ارتش آذربایجان نیز تا حد زیادی به همین شکل عمل کرد. با این حال، در طی سال‌های نخست جنگ، سازماندهی بهتری داشت. دولت آذربایجان نیز سربازگیری می‌کرد و بسیاری آذری‌ها، در ماه‌های نخست فروپاشی اتحاد جماهیر، اشتیاق خود را برای حضور در جنگ نشان دادند. ارتش ملی آذربایجان شامل تقریباً ۳۰۰۰۰ نفر، به علاوهٔ تقریباً ۱۰۰۰۰ نفر نیروی شبه نظامی «OMON» و چند صد داوطلب از «جبههٔ مردمی» بود. صورت حسینوف، سرمایه‌دار آذری، نیز با تأسیس تیپ نظامی خود (ارتش ۷۰۹ ام آذربایجان) و خرید سلاح‌ها و خودروهای فراوان از زرادخانهٔ لشکر موتوری ۲۳ ام تفنگداران در جنگ شرکت کرد. «بزکورت» یا تیپِ گرگ‌های خاکستری، اسکندر حمیدف نیز برای اقدام نظامی بسیج شد. دولت آذربایجان نیز با استفاده از درآمدهای حاصل از میدان‌های نفتی واقع در دریای خزر یا نزدیک آن پول بسیار زیادی را صرفِ استخدام مزدورانی از کشورهای دیگر کرد.
دو طرف سعی کردند نیروهای پیشین اتحاد جماهیر را نیز به خدمت گیرند. برای مثال، ژنرال قدیمی اتحاد جماهیر آناتولی زینویچ یکی از مشهورترین افسرانی بود که به خدمت ارمنی‌ها درآمد، و برای پنج سال (بین ۱۹۹۲ تا ۱۹۹۷) در قره‌باغ کوهستانی باقی ماند و در برنامه‌ریزی و اجرای بسیاری از عملیات‌های نیروهای ارمنستانی شرکت کرد. با اتمام جنگ، او رئیس ستادِ ارتش تدافعی جمهوری آرتساخ باقی ماند.
«چون در آن زمان، ارمنستان پیمان فراگیری با روسیه نداشت (این پیمان بعداً در سال ۱۹۹۷ و ۲۰۱۰ امضاء شد)، و چون سازمان پیمان امنیت جمعی برچیده شد، ارمنستان باید خودش از مرزهای خود با ترکیه محافظت می‌کرد. در طی جنگ، اکثر پرسنل و تجهیزات نظامی جمهوری ارمنستان برای دفاع در مقابل تهاجم احتمالی ترکیه، در مرز ارمنستان و ترکیه باقی ماندند.»
از لحاظ نظامی، تعداد مردانِ بین ۱۷ تا ۳۲ سال که در ارمنستان واجد شرایط خدمت نظامی بودند در مجموع ۵۵۰۰۰۰ نفر بود، درحالی‌که این تعداد در آذربایجان به ۱٬۳۰۰٬۰۰۰ نفر می‌رسید. اکثر مردان دو طرف در ارتش اتحاد جماهیر خدمت کرده بودند، و به پیش از این درگیری به شکلی (از جمله جنگ شوروی در افغانستان) تجربهٔ نظامی داشتند. در میان ارمنی‌های قره‌باغ، حدود ۶۰ درصد در ارتش اتحاد جماهیر خدمت کرده بودند. با این حال، علیه اکثر آذری‌ها در زمان خدمت شان در ارتش اتحاد جماهیر تبعیض اعمال می‌شد و در گردان‌های ساخت و ساز به کار مجبور می‌شدند. با وجود تأسیس دو دانشکدهٔ افسری از جمله دانشکدهٔ جدیدی در آذربایجان، فقدان تجربهٔ نظامی یکی از عواملی بود که آذربایجان را برای جنگ ناآماده می‌کرد. گلبدین حکمتیار، فرماندهٔ افغان، به ارتش آذربایجان کمک کرد. بدین منظور، نیروهایی در پیشاور توسط فرمانده فاضل حق مجاهد گردآوری می‌شد و گروه‌هایی برای وظایف گوناگون به آذربایجان اعزام می‌شدند.