نیمه‌عمر ۲
داستان

گوردون فریمن توسط جی من مرموز از حالت معلق خارج و به قطاری به سوی شهر ۱۷ فرستاده می‌شود. فریمن به محض رسیدن به شهر متوجه می‌شود که شهر در کنترل نیروهای کامباین است. او به کمک بارنی کالهون و آلیکس ونس (دختر همکار پیشین فریمن، دکتر الی ونس) به آزمایشگاه دکتر کلاینر می‌رود. بعد از یک تلاش ناموفق به وسیلهٔ دورنوردی به بلک میسای شرقی فریمن مجبور می‌شود با لباس مخصوص HEV و یک دیلم از شهر ۱۷ به تنهایی به سوی بلک میسای شرقی برود.
پس از رسیدن فریمن به «بلک میسای شرقی» او با الی و دکتر جودیث ماسمن ملاقات می‌کند. همچنین توسط آلیکس با رباتی به نام «داگ» آشنا می‌شود که به فریمن یک اسلحهٔ گرانشی می‌دهد که به او این امکان را می‌دهد اجسام پیرامونش را جذب یا دفع کند. در همین هنگام بلک میسای شرقی مورد هجوم نیروهای کمباین قرار می‌گیرد و دکتر الی و ماسمن اسیر می‌شوند تا به زندان فوق امنیتی «نووا پراسپکت» فرستاده شوند. آلیکس و گوردون فرار می‌کنند اما مجبور می‌شوند از یکدیگر جدا شوند تا جداگانه راهی به نجات آنان پیدا کنند.
فریمن به روستایی به نام «ریون هولم» می‌رود که تمام ساکنین آن به طرز فجیعی توسط موجودات هدکرب کشته شده‌اند. فریمن با آخرین بازماندهٔ روستا به نام «پدر گریگوری» که یک کشیش است آشنا می‌شود و با کمک او موفق به فرار از روستا می‌شود تا به یک معدن زیر زمینی برسد. او معدن را ادامه داده و به یکی از دیدبانی‌های مقاومت می‌رسد. آن‌ها یک خودروی باگی در اختیار فریمن می‌گذارند تا راه را برای رسیدن او به زندان هموار کنند.
فریمن وارد بزرگراه ۱۷ می‌شود. پس از مدتی از طی مسیر، بزرگراه مورد هجوم نیروهای کامباین قرار می‌گیرد تا راه رسیدن او را مسدود کنند. فریمن با کمک کلنل اودسا کابیج از پایگاه مقاومت دفاع می‌کند. اما مجبور می‌شود باقی راه را تا زندان پیاده از ساحل طی کند. ساحلی مملو از حشرات غول پیکری به نام «انت لاین». بعد از گذر از ساحل سرانجام موفق به ورود به زندان می‌شود و پس از چندی آلیکس را پیدا می‌کند. آن دو با هم سعی در پیدا کردن دکتر ونس دارند تا اینکه پی می‌برند دکتر ماسمن، خبرچین نیروهای کامباین است. اما پیش از اینکه جلوی او را بگیرند، ماسمن موفق می‌شود خود و دکتر ونس را به مقر فرماندهی شهر ۱۷ «سیتادل» تله‌پورت کند. پیش از اینکه آلیکس و گوردون توسط مأمورین زندان کشته شوند آن دو نیز با دورنوردی به آزمایشگاه دکتر کلاینر فرار می‌کنند.
وقتی آن‌ها به آزمایشگاه می‌رسند از گفته‌های دکتر کلاینر متوجه می‌شوند که درون دورنوردی کندی بوده‌اند و از ماجرای زندان یک هفته گذشته‌است. هم اینک مردم شهر ۱۷ که یک هفته است ماجرای زندان را شنیده‌اند دست به مبارزه علیه نیروهای کمباین زده و شهر ۱۷ را به میدان نبرد تبدیل کرده‌اند. گوردون و آلیکس از دو سوی متفاوت به نیروها می‌پیوندند، اما آلیکس نیز دستگیر شده و به سیتادل فرستاده می‌شود. به کمک بارنی و داگ پس از یک مبارزهٔ سخت راه رسیدن گوردون به سیتادل هموار می‌شود.
داخل سیتادل، فریمن درون سالن توقیفات گرفتار می‌شود و دستگاهی تمامی سلاح‌های او، به جز اسلحهٔ گرانشی را نابود می‌کند. انرژی دستگاه توقیف سبب بهبود کارکرد اسلحهٔ گرانشی می‌شود به‌طوری‌که قادر است اجسام بزرگتری همچون دشمنان خود را دفع کند. این قابلیت به فریمن امکان فرار و مقابله با گروه‌های کامباین و مأمورین سیتادل را می‌دهد. فریمن توسط ماشین انتقال سیتادل به دام می‌افتد و یک راست به سوی دفتر دکتر برین (رئیس پیشین فریمن که اکنون به نیروهای کامباین پیوسته است)، در طبقهٔ آخر سیتادل فرستاده می‌شود. جایی که دکتر ماسمن، آلیکس و الی دربند نیز حضور دارند. دکتر برین شروع به شرح برنامه‌های آینده‌اش و غلبه به تمامی بشریت با همکاری نیروهای کامباین می‌کند. دکتر ماسمن از گفته‌های او به شدت عصبانی می‌شود و فریمن، آلیکس و الی را آزاد می‌کند.
دکتر برین مجبور به فرار می‌شود. اما پیش از آنکه او موفق به فرار شود، فریمن به کمک آلیکس درگاهی که او قصد فرار از آن را دارد نابود می‌کند. انفجار مهیبی رخ می‌دهد که به سبب آن دکتر برین کشته می‌شود. پیش از آنکه بر اثر انفجار آلیکس و گوردن سرنوشت مشابهی پیدا کنند، زمان می‌ایستد، و جی‌من مرموز ظاهر می‌شود و پیش از آنکه فریمن را به حالت معلق برگرداند، فعالیت‌های او را تحسین می‌کند.