سلجوقیان عراق عجم
روابط با خلفای عباسی

خلفا در این دوره از قدرت مالی سیاسی مستقل برخوردار نبودند. ایشان دربار و وزیر ویژه‌ای داشتند و به صورت یک مرشد معنوی-سیاسی عمل می‌کردند. در این دوره سه نفر خلافت کردند. المستظهر بالله(۵۱۲–۴۸۷ه. ق) المسترشد بالله (۵۲۹–۵۱۲ه. ق) و الراشد بالله (۵۳۲–۵۲۹ه. ق).
منابع مالی خلفا برای اداره دربار، هدایایی بود که ملوک و امیران مختلف، برای خلیفه ارسال می‌کردند. خلیفه نه تنها موقعیتی در دادن خلعت و تأیید امارت سلسله‌های حاکم داشت، بلکه گاه در حل اختلافات امیران نیز مداخله می‌کرد. به علاوه، او پناه افرادی بود که به وسیله سلاطین معزول می‌شدند و تحت تعقیب قرار می‌گرفتند؛ این اشخاص به خلیفه پناهنده می‌شدند تا وی در حل اختلاف وساطت کند و البته مبلغ قابل توجهی نیز به خلیفه برای این کار می‌پرداختند.
در سال ۵۲۰ه. ق میان یرنقش زکوی، رئیس پلیس بغداد و کارگزاران خلیفه نزاعی درگرفت. زکوی به نزد سلطان محمود بن محمد رفت و او را از اقدام مسترشد مطلع کرد. سلطان محمود نیز به سمت بغداد حرکت کرد و به بغداد وارد شد. خلیفه اما با آمدن او مخالفت کرد و به سمت غربی شهر نقل مکان کرد، سلطان که از اقدامات مسترشد نگران بود سعی کرد او را در بند کند اما مردم بغداد به حمایت خلیفه قیام کردندو سپاهی سی هزار نفری از مردم به دفاع از خلیفه پرداختند. با آمدن نیروهای کمکی، سلطان موفق به پیروزی در این جنگ و دستگیر کردن خلیفه شد و در ۵۲۱ه. ق به همدان بازگشت.
در سال ۵۲۹ه. ق خلیفه عباسی که در فکر تقویت پایگاه سیاسی خود بود، به جنگ سلطان مسعود بن محمد رفت. آن زمان مسعود در همدان بود و بسیای از امرای وی همدلی خود را با خلیفه به‌طور پنهانی اعلام کرده بودند. جنگ میان آندو درگرفت و شگفت آنکه بدون کشته شدن حتی یک نفر از سپاه سلجوقی، خلیفه و یارانش شکست خوردند و خلیفه و قاضی القضات و عالمانی که همراهش بودند همگی به اسارت سلطان مسعود درآمدند. اسارت خلیفه برای مسلمانان فاجعه‌ای بسیار سنگین و سخت بود. به گزارش منابع همعصر، سنیان بغداد پس از شنیدن خبر اسارت خلیفه در کوچه و بازار بر سر و صورت خود خاک می‌ریختند ضجه می‌زدند. از سوی دیگر سلطان سنجر که در ظاهر روابطش با خلیفه حسنه بود از سلطان مسعود خواست هرچه زودتر خلیفه را آزاد کرده و با احترام به بغداد بازگرداند.
زمانی که سلطان مسعود و خلیفه مشغول گفتگوی صلح بودند، بیست و چهار نفر از اسماعیلیان به چادر خلیفه حمله کردند و او را کشتند. از آنجا که این رخداد در اردوی سلطان مسعود رخ داد، به نوشته جوینی «جمعی از کوتاه نظران و بدخواهان دولت سنجری، این حال را بدیشان نسبت می‌کردند» که جوینی این را اتهامی واهی شمرده.
پس از مسترشد، با فرزندش الراشد به عناون خلیفه بیعت شد؛ اما در سال ۵۳۰ه. ق با مرگ وی و باالمقتفی لامر الله بیعت شد. راشد که قصد جنگ با ملاحده (اسماعیلیان) را داشت -شاید به قصد انتقام پدرش- از بغداد به سوی اصفهان حرکت کرد. اما اینبار نیز فدائیان اسماعیلی به سراغ او آمدند و در رمضان ۵۳۲ه. ق در بارگاهش او را به قتل رسانده و همان‌جا دفن کردند. هم‌اکنون نیز مقبره‌ای در محله پل شهرستان اصفهان (در نزدیکی زاینده رود) موجود است که به احتمال قوی از آن راشد عباسی است.
در سال ۵۵۱ه. ق سلطان محمد بن محمود برای آنکه نامش در خطبه نماز جمعه بغداد خوانده شود به بغداد لشکرکشی کرد و به نبرد با خلیفه پرداخت اما با دریافت خبر تصرف همدان توسط رقیبانش، بغداد را رها کرده و به همدان بازگشت. او در همان شهر به سل مبتلا شد و در ۵۵۴ه. ق درگذشت.
زمانی که الناصر لدین الله در سال ۵۷۵ه. ق به خلافت رسید به تریج کوشید تا قدرت از دست رفته خلافت را بازگرداند. طغرل بن ارسلان (طغرل سوم)
در سال ۵۸۳ه. ق نماینده‌ای را به بغداد فرستاد تا به اطلاع خلیفه برساند که دارلسلطنه را برای آمدن او آماده کند. خلیفه نه تنها پاسخ مثبتی به نماینده سلطان نداد بلکه بلکه دستور داد تا دارالسلطنه را ویران کنند. سال بعد میان سپاه خلیفه و سلطان در نزدیکی همدان نبردی درگرفت که خلیفه در طی آن شکست خورد. اما با این وجود او یر انجام خواسته‌هایش اصرار داشت. در این دوره درگیری سلجوقیان و خوارزمشاهیان بالا گرفت و طغرل به سال ۵۹۰ه. ق کشته شد.