سید روح‌الله خمینی در سال‌های تبعید
زندگی در تبعید > عراق

در ۱۷ شهریور ۱۳۴۴، خمینی وارد عراق شد و به مدت ۱۳ سال در آنجا زندگی کرد. در این زمان عراق رابطه سیاسی خوبی با ایران و محمدرضا پهلوی نداشت.
خمینی به همراه پسرش سید مصطفی خمینی وارد عراق شدند. او به کاظمین رفت و قبل از عزیمت به کربلا، دو روز در کنار سید محمد شیرازی ماند. سپس از آنجا به نجف رفت. در ابتدا خمینی به دلیل خارجی بودن و طرفدار اطلاحات اساسی بودن توسط علمای شیعه عراق مورد استقبال قرار نگرفت و منزوی شد. با این حال بعداز مدتی سید محمدباقر صدر و دیگر علمای عراق به او پیوستند زیرا همه آنها هدف مشترکی در ایجاد یک دولت اسلامی داشتند. عبدالسلام عارف نخست‌وزیر وقت عراق در نخستین روزهای ورود خمینی به عراق به او کمک کرد و اجازه داد خمینی پیام‌های رادیویی خود را به ایران صادر کند.
پس از مدتی همسر وی خدیجه ثقفی و پسر دومش سید احمد خمینی در نجف به آنها پیوستند. وی از آبان ۱۳۴۴ در مسجد شیخ انصاری به تدریس فقه پرداخت. شاگردان او عمدتاً از ایران، هند، پاکستان، عراق، افغانستان و حوزه خلیج فارس بودند.
در ۷ اردیبهشت ۱۳۴۶، او یک نامه به علما برای ترغیب آنها در پیوستن به تلاش برای سرنگونی محمدرضا پهلوی نوشت. یک نامه به امیرعباس هویدا به منظور اعتراض به جشن‌های غیر ملی که به نفع شخصی در هر سال چندین مرتبه برگزار می‌شد در موقعیتی که مردم در فقر اقتصادی به سر می‌برند و محکوم کردن محمدرضا پهلوی به دلیل نقض قوانین اسلام و قوانین اساسی کشور، نوشت. در پی بروز جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل در خرداد ۱۳۴۶، خمینی فتوای تحریم هر گونه رابطه سیاسی و تجاری میان دول اسلامی و اسرائیل و تجریم خرید کالاهای اسرائیلی را صادر کرد.
خمینی که از سال ۱۳۴۲، در نجف می‌زیست، به تدریج تعبیر خود از اسلام شیعه را گسترش داد. او چارچوب نظریه سیاسی خود را در سخنرانی‌هایش، در اواخر دهه ۱۳۴۰، تدوین و تنظیم کرد و سپس آن را با عنوان «ولایت فقیه: حکومت اسلامی» بدون ذکر نام مؤلف، منتشر نمود.
او پس از ۴ سال تبعید در عراق، بین ۱ بهمن ۱۳۴۸ تا ۱۹ بهمن همان سال سخنرانی‌هایی دربارهٔ «ولایت فقیه: حکومت اسلامی» که در آن شیعه معتقد است که فقها سرپرسی و حکومت بر مردم را برعهده دارند، مطرح کرد.
این عمل معروف‌ترین و مشهورترین عمل خمینی بود. او ایده‌های خود را دربارهٔ حکومت اینگونه معرفی کرد:
قوانین جامعه باید از قوانین اسلامی که همه امور بشری را در بر می‌گیرد و برای هر موضوع در زندگی بشر دستوالعمل دارد و قاعده‌ها را برای هرچیز در زندگی بشر تولید می‌کند، برداشت شود.
از آنجا که شریعت یا قوانین اسلامی، قوانین صحیحی است، تمام افراد دارای پست‌های دولتی باید به قوانین اسلامی آگاهی داشته باشند و از آنجا که فقها در علم دین تحصیل کرده‌اند و از همه داناتر هستند، حاکم کشور باید فقیهی باشد که از نظر علم بر قوانین اسلامی و عدالت اسلامی بر دیگر فقها برتر است و دارای هوش و قدرت اداره کشور است.
این سیستم روحانی برای جلوگیری از بی عدالتی، فساد و ظلم و ستم توسط افراد قدرتمند بر فقرا و ضعفا، جلوگیری از ابداع و انحراف در قوانین اسلام و همین‌طور از بین بردن نفوذ و توطئه‌های ضداسلامی توسط دولت‌های خارجی غیر مسلمان، لازم است.
برای تشکیل حکومت اسلامی دو چیز لازم بود:
سرنگونی محمدرضا پهلوی
تأسیس حکومت روحانی شیعه
خمینی در سال ۱۳۲۲ برای اولین بار این نظریه را در کتاب کشف‌اسرار خود بیان کرده بود.
خمینی از سال ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۳ مخالفت‌های شدید خود با برگزاری جشن‌های ۲۵۰۰ ساله و تغییر تاریخ شمسی به شاهنشاهی را اعلام کرد.
در پی تشدید اختلاف فی مابین دولت ایران و عراق و افزایش فشار بر ایرانیان، خمینی طی تلگرافی به احمد حسن البکر اعتراض کرد و درخواست خروج از این کشور را داد، اما حکومت عراق اجازه خروج نداد. با انعقاد عهدنامه ۱۹۷۵ الجزایر میان محمدرضا پهلوی و صدام حسین و کاهش اختلاف بین دو دولت، فشارها بر خمینی تشدید شد.
در این دوره، محمدرضا پهلوی می‌خواست خمینی را که اکنون با نام امام شناخته می‌شد به هند تبعید کند زیرا معتقد بود با اینکار ارتباط بین خمینی و پیروانش در ایران غیرممکن خواهد شد اما به دلایل نامعلوم این طرح هرگز عملی نشد.
در آبان سال ۱۳۵۷، با ترور مصطفی، پسر خمینی توسط ساواک، سرنگونی حکومت محمدرضا پهلوی آغاز شد.