آلت مردانه
اندازه

مقالهٔ اصلی: اندازه آلت انسان
در سنجش با دیگر نخستی‌سانان، همچون نمونه‌های بزرگشان مانند گوریل، انسان‌ها دارای بزرگ‌ترین آلت نری، از نظر کلفتی و درازا شده‌اند؛ هم به‌طور مطلق در میان همه نخستی‌سانان و هم براساس نسبت اندازه آلت به باقی بدن خود انسان. همچنین انسان‌های نر (مردان)، جز تنها پستاندارانی هستند که نره‌استخوان خود را از دست داده‌اند و آلتی انعطاف‌پذیر، از بافت اسفنجی و رگ خونی به دست آورده‌اند. این‌ها نتیجه گزینش جنسی، انتخاب‌های زنان و مادرسالاری در طی تاریخ چند ده‌هزار ساله‌ی انسان نسبت به دیگر هومینیدها بوده و منجر به تغییرات و فرگشت‌ها در گونه هوموساپین شده‌است.
اندازه‌گیری‌های آلت جنسی متفاوت است اما مطالعاتی که بر خوداندازه‌گیری تکیه می‌کنند به طور میانگین، به شکل قابل‌توجهی از اندازه‌گیری‌هایی که متخصصان بهداشت گزارش می‌‌کنند، بالاتر می‌باشند.
در پژوهش‌های مختلف با شیوه اندازه‌گیری درست، درازای آلت تناسلی در نوجوانان سالم (۱۸ ساله نرمال) در حالت‌ خوابیده (شل) ۹ تا ۱۰٫۲ سانتی‌متر، کشیده (به‌ آرامی با دست) ۱۳٫۳ سانتی‌متر و راست‌شده ۱۵٫۱ تا ۱۶٫۳ سانتی‌متر می‌باشد؛ در حالی که در افراد دارای میکروپنیس (کوچک‌کیری)، این اندازه‌ها به‌ترتیب حداکثر ۵ تا ۷ و ۱۰٫۹ و ۱۱٫۴ تا ۱۲٫۷ سانتی‌متر است. همچنین این اندازه‌ها در صدک ۹۷٫۵اُم (بالا) و افراد دارای ماکروپنیس (درشت‌کیری) به‌ترتیب حداقل ۱۵٫۵ و ۱۶٫۵ و ۱۹ می‌باشند. به علاوه، اندازه دُور آلت نرمال، در حالت خوابیده ۹٫۳ سانتی‌متر و در حالت راست‌شده ۱۱٫۷ تا ۱۲٫۳ سانتی‌متر است.
دسته‌بندی اندازه‌های آلت راست‌شده:
کم‌تر از ۷ سانتی‌متر: میکروپنیس
۸ تا ۱۲ س‌م: کوچک و کوتاه
۱۲ تا ۱۴ س‌م: معمولی
۱۴ تا ۱۶ س‌م: نرمال
۱۶ تا ۲۲ س‌م: بزرگ و دراز
بیش‌تر از ۲۲ سانتی‌متر: ماکروپنیس
طبق بررسی‌ها، تنها ۲٫۲۸ درصد از مردان (حدود ۱۰۰ میلیون مرد)، دچار بزرگی یا کوچکی غیرطبیعی آلت تناسلی هستند.
هرچند نتایج پژوهش‌های معتبر در زمینه اندازه آلت مرد، تا حدودی با یکدیگر اختلاف دارند، اما بنا بر اجماع عمومی پژوهشگران، میانگین طول آلت تناسلی مردان بالغ، بین ۱۲٫۹ تا ۱۵ سانتی‌متر است و ۹۵ درصد میانی نیز، طولی بین ۱۰٫۷ تا ۱۹٫۱ سانتی‌متر دارند. در مورد محیط یا اندازه دُور آلت تناسلی مردان هم اجماع عمومی بر روی میانگین ۱۲٫۳ سانتی‌متر است که به معنای قطری برابر ۳٫۹ سانتی‌متر در حالت نعوظ کامل می‌باشد.
میانهٔ حسابی اندازه‌های آلت تناسلی مردان، یعنی رقمی که نیمی از افراد از آن پایین‌تر و نیمی، بالاتر از آن قرار می‌گیرند، کمی پایین‌تر از میانگین است. همچنین ارتباطی بین اندازهٔ آلت تناسلی مردان و نژاد مشاهده نشده‌است. آلت تناسلی مردان ختنه‌شده به‌طور میانگین ۸ میلی‌متر کمتر از همتایان ختنه نشده‌است.
یک پروژه پژوهشی که توسط پزشکانی با ملیت‌های مختلف انجام شده، نشان می‌دهد که در مقیاس جهانی، طول آلت در حالت کاملاً تحریک شده، بین ۹٫۶–۱۶ سانتی‌متر می‌باشد. همچنین اشاره شده‌است که طول آلت نه تنها از ژنتیک، بلکه از فرهنگ، رژیم غذایی و میزان تماس با مواد شیمیایی و سمی نیز تأثیر می‌پذیرد. اگر طول آلت در حالت نعوظ از ۲٫۵ برابر انحراف معیار طول آلت جامعه، کمتر باشد، یا در حالت نعوظ، از ۷ سانتی‌متر کوچک‌تر باشد، میکروپنیس نام دارد و احتمال نازایی در آنان زیاد است. در غیر این صورت، کوچک بودن در طیف جمعیتی، مشکلی برای زاد و ولد ایجاد نمی‌کند. مقدار هورمون مردانه تستوسترون در هر شخص، به اندازه آلت و بیضه او و همچنین کلیتوریس زنان بستگی دارد. همچنین اگر فشردن پوست بالای آلت، چندین سانتی‌متر به درازای آن می‌افزاید احتمال وجود آلت دفن‌شده هست که ممکن است در موارد شدیدتر نتواند به واژن دخول کند. درازای متوسط یک بیضه نرمال بین ۴٫۵–۵٫۵ سانتی‌متر است و پهنای آن ۲٫۱ تا ۳٫۵ سانتی‌متر می‌باشد. حداقل اندازهٔ آلت انسان ۱۵ تا ۱۸ سانتی‌متر است در حالی که عمق راست‌روده تا مقعد حدوداً ۱۲ تا ۲۰ سانتی‌متر می‌باشد.
همانند آلت، رقابت اسپرم‌ها با هم، باعث شده‌است که اندازه بیضه‌های انسان نیز با کمک گزینش جنسی، فرگشت کند. این بدان معنی است که بیضه‌های بزرگ نمونه‌ای از سازگاری انتخاب‌شده از نظر جنسی‌اند؛ یعنی انتخاب‌های جنسی زنان در طول تاریخ، باعث سازگار شدن مردان با بیضه‌ها و آلت‌های بزرگ‌تر و به دست آوردن چنین بیضه‌ها و آلتی شده‌است. بیضه‌های انسان در هم‌سنجی با دیگر جانوران مانند گوریل‌ها و شامپانزه‌ها (برخلاف اندازه آلت) اندازهٔ متوسطی دارند و در میانه قرار می‌گیرند. بیضه‌های بزرگ به‌ دلیل توانایی بیشتر در انزال و تولید منی، برای رقابت اسپرم‌ها مفید هستند. پژوهش‌ها نشان داده‌است که بین تعداد اسپرم بیرون‌ریخته‌شده و اندازه بیضه‌ها نسبت مستقیم وجود دارد. همچنین ثابت شده‌است که بیضه‌های بزرگ‌تر، باعث کیفیت بالاتر اسپرم می‌شوند، از جمله تعداد بیشتر اسپرم متحرک و تحرک بالاتر آن‌ها.