فتنه اول
پیش‌زمینه

مقالهٔ اصلی: عثمان
دورهٔ خلافت عثمان، سومین خلیفه راشدین از لحاظ تاریخی به دو دورهٔ شش سالهٔ خوب ۲۹–۲۳ هجری و دورهٔ هرج و مرج و بی‌قانونی ۳۰–۳۵ هجری تقسیم می‌شود. با شروع سال ۳۱ هـ آشوب‌ها و جنب‌وجوش‌ها شروع به نمایان شدن و شدت گرفتن کرد که تا پایان دوره وی و دورهٔ خلفای راشدین ادامه یافت.
به نوشته ویلفرد مادلونگ، عثمان به بنی‌امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد، به‌طوری‌که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابهٔ محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود و عمار یاسر بدرفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سال‌های ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم، عموزادهٔ عثمان، به عنوان مشاور وی انتخاب شد، بر وی تسلط یافت. این امر باعث اعتراض بسیاری از صحابهٔ محمد به‌خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
این روش حکومت مخالفت‌های زیادی را برانگیخت. مخالفان او، عثمان را به خویشاوندسالاری و فساد متهم می‌کردند. به نوشته جان بوکر، سر دسته مخالفان او عایشه، همسر محمد پیامبر اسلام و دختر ابوبکر خلیفه اول، و علی داماد محمد بودند. بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامهٔ بریتانیکا، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. به نوشته رابرت گلیو، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده است. مهم‌ترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که حدود الهی باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شراب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، که گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز از سرکردگان مخالف عثمان شناخته می‌شد. در قضیه تبعید ابوذر غفاری با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.
اوضاع در کوفه در سال ۳۰–۳۲ هجری /۴–۶۵۲ میلادی بدتر گردید. قاریان کوفه که تفکرات مذهبی و سیاسی مخالف عثمان داشتند، با وجود اینکه اقدامات سیاسی فراوانی در مقابله با آنان انجام شده بود، توانستند زمینهٔ عزل سعید بن عاص، والی کوفه را فراهم کرده و ابوموسی اشعری والی پیشین بصره را که زاهد بود و تفکرات مخالف عثمان داشت، امیر خود کنند. از آن به بعد، کوفه از کنترل حکومت مرکزی خارج شد. در مصر، شورش‌هایی به سرکردگی محمد بن ابی حذیفه (پسر خواندهٔ عثمان) که در سنین جوانی بود صورت گرفت و عبدالله ابن ابی سرح که والی مصر بود، در مقابل این شورش‌ها تسلیم گردید. به نظر می‌رسد که عمروعاص پس از اینکه از امارت مصر عزل شده بود و به فلسطین رفته بود، پنهانی این شورش‌ها در مصر را تحریک می‌کرد. نقش این شورش‌ها در مصر باید پررنگ‌تر از آنچه که تصور می‌شود بوده باشد. ابن لیه نیز در کتاب خود شورش مصریان را مورد بررسی قرار داده و معتقد است که تعداد مصریان در میان افرادی که خانهٔ عثمان را محاصره کرده بودند، بیش از گروه‌های دیگر بوده است.
بدین ترتیب، شورش علیه عثمان در استان‌ها و اقالیم مسلمانان ریشه زد، در نهایت سال ۳۴ هـ با آمدن کاروان حج به مدینه از سرزمین‌های اسلامی جرقه خورد. شورش‌ها بالا گرفت و معترضان از سه ناحیهٔ مختلف به مدینه آمدند. اولین گروهی که رسیده بود، مصریان بودند که سر کردهٔ آنان عبدالرحمن بن عدیس بود، این گروه روز جمعه به مسجدالنبی رفتند تا نماز جمعه را بخوانند. در این هنگام شورشیان با عثمان روبرو گردیدند و اعتراضات شدیداللحنی به وی کردند. عثمان با رویکردی صلح‌آمیز و آشتی‌جویانه، قول داد که تمامی اقدامات قبلی خود را لغو کند و والیان مناطق را عوض کند. معترضان راضی شدند و به سمت مصر بازگشتند. اما در تپه‌های شن اریس، قاصدی از سوی عثمان را یافتند و به وی مشکوک شدند و طی بازجویی از وی، نامه‌ای را یافتند که در آن به عبدالله بن ابی سرح دستور کشتن یا مثله‌کردن سران شورش‌گران مصر داده شده بود. به همین دلیل به مدینه بازگشتند و دست به انقلاب ضد وی زدند.
شورشیان خانهٔ عثمان را محاصره کردند، این گونه گذشت تا روز جمعه رسید، عثمان برای سخنرانی به بالای منبر رفت و در مورد شورشیان صحبت کرد؛ یکی از صحابه حرف وی را تأیید کرد و دیگر به حرفش اعتراض کرد که باعث نبرد در مسجد شد، عثمان در این بین زخمی شد و به خانه‌اش برده شد. عثمان چند روز در خانه‌اش محاصره بود و تعدادی از صحابه مشغول حفاظت از عثمان بوند مهم‌ترین آن‌ها حسن بن علی، عبدالله بن زبیر، مروان بن حکم و سعید بن عاص بود انقلاب گران به خانهٔ او حمله کردند و در خانه را آتش زند یکی از آن‌ها با غلاف شمشیر به سر عثمان ضربه زد، سپس با شمشیر عثمان را در تاریخ ۱۸ ذیحجه سال ۳۵ هـ (۲۰ ژوئن سال ۶۵۶م) در حالی که ۸۲ سال داشت و از خلافتش ۱۲ سال می‌گذشت کشت.
سر انجام عثمان در سال ۳۵ هجری توسط معترضانی از کوفه، مصر و بصره کشته شد. کشته شدن او باعث انشقاق شدید جامعه مسلمانان بعد از او شد. کشته شدن او نقطه عطفی در جامعه مسلمانان بود و عملاً پایان یکپارچگی مسلمانان و شروع جنگ‌های داخلی بین آنان بود. مهم‌ترین نقطه اختلاف این بود که آیا قتل عثمان عادلانه بود؟ آیا او از دستورهای اسلام منحرف شده بود؟ اگر چنین بود آیا شایسته قتل بود؟ پس از عثمان، علی به خلافت رسید که دوران خلافت او مصادف با جنگ‌های داخلی زیادی بین مسلمانان شد.