دانشگاه گندی‌شاپور
مکان شهر و دانشگاه گندی‌شاپور

در مورد مکان گندی‌شاپور اختلاف نظر وجود دارد و مکان قطعی آن مشخص نشده‌است. برخی منابع قدیمی‌تر محل جندی‌شاپور را در اهواز می‌دانستند. احمد اقتداری معتقد است منظور از اهواز، ولایت اهواز (خوزستان) بوده‌است، نه شهر اهواز امروزی. وی در دهه ۵۰ خورشیدی در کتاب آثار و بناهای تاریخی خوزستان (دیار شهریاران) در خصوص مکان شهر گندی‌شاپور مرور منابع انجام داده و چنین نتیجه گرفته که این شهر می‌بایست در محدوده میان شهرهای شوشتر، شوش و دزفول قرار داشته باشد. محمد علی امام شوشتری شاه‌آباد دزفول را به عنوان محل احتمالی شهر گندی‌شاپور معرفی کرده و محمدزمان خدایی معتقد است دو جندی‌شاپور (شهر شاپور) وجود داشته که مورخان گاهی یکی را جای دیگری گرفته‌اند. وی شهر شوشتر را همان شهر معروف گندی‌شاپور می‌داند. ابن حوقل جغرافیدان قرن چهارم هجری محل شهر جندی‌شاپور را یک منزلگاه تا شوش و یک منزلگاه تا شوشتر ذکر کرده‌است.
محمدعلی امام شوشتری در سال ۱۳۱۶ احتمال اینکه جندی شاپور در حوالی روستای شاه‌آباد (شاه‌ابوالقاسم یا اسلام‌آباد) دزفول باشد را مطرح کرد.
نظریه وجود شهر جندی‌شاپور در محل روستای شاه‌آباد که مقبره یکی از مریدان شیخ اسماعیل قصری به نام شیخ ابوالقاسم بوده‌است، از آن جا ناشی می‌شود که سیدمحمدعلی مرتضوی از منسوبان محمدعلی امام شوشتری در محل بقعه این عارف کتیبه ای مشاهده کرد که بر آن ابیاتی منسوب به یعقوب لیث حک شده بود و چون یعقوب در جندی شاپور وفات یافته بود، نتیجه گرفت که جندی شاپور احتمالاً در محل روستای شاه آباد مابین دزفول و شوشتر واقع شده باشد. برخی منابع از جمله برخی نویسندگان اروپایی نظیر نیکولا راست که در دهه‌های گذشته در این خصوص مطلب نوشته‌اند، این نظریه را مبنا قرار داده یا نقل کرده‌اند. شعر روی کتیبه به شرح زیر است:
محمد علی امام شوشتری در اواخر حیاتش در سال ۱۳۵۰ گفته نام شهری که وی معتقد است در محل شاه‌آباد قرار داشته «شاپور گَرد» (شهر شاپور) و نام منطقه بزرگتر اطراف آن «ویه‌اندیوشاپور» است. وی در ادامه تحقیقاتش جندی‌شاپور یا گندی‌شاپور را نامی تحریف شده دانسته و اظهار داشته شاپورگرد همان نیلاد و نیلاط اشکانی و نیلاب ساسانی است.
نظریه واقع شدن گندی‌شاپور در روستای شاه‌آباد دزفول از سوی اغلب مورخان متاخر رد شده است. احمد اقتداری، دکتر محمدزمان خدایی پژوهشگر باستانشناسی، دکتر احمد خامه‌یار پژوهشگر مزارهای اسلامی و ژولین (C. Jullien) نظریه محمد علی امام شوشتری را رد کرده‌اند. احمد اقتداری دربارهٔ دلایل امام شوشتری در واقع شدن این شهر در روستای شاه‌آباد می‌گوید: قبول این مطلب نیازمند دلایل و مدارک بیشتری است که وی در پنج مورد برشمرده است. اقتداری می‌گوید همه مورخان هم‌نظرند که یعقوب لیث در جندی‌شاپور دفن شده و در ادامه توضیح می‌دهد نظر امام شوشتری در مورد تعلق آرامگاه شاه‌ابوالقاسم در شاه‌آباد به یعقوب لیث صحیح به نظر نمی‌رسد. وی معتقد است که اگر هم جندی‌شاپور در آن حوالی باشد می‌تواند در منطقه نزدیک به تپه‌های باستانی منطقه باشد نه در شاه‌آباد. محمدزمان خدایی در مورد نظریه امام شوشتری معتقد است که با توجه به این که شیخ ابوالقاسم ۳۰۰ سال بعد از فوت یعقوب وفات یافته و بقعه او ۸۰۰ سال بعد از فوت یعقوب توسط فتحعلی‌خان حاکم شوشتر ساخته شده و همچنین با توجه به جنس سنگ، این کتیبه نمی‌تواند به مدت یازده قرن از زمان فوت یعقوب به جا مانده و نشانه‌ای از مقبره یعقوب لیث و در نتیجه شهر گندی‌شاپور باشد. وی همچنین دلایل جغرافیایی در رد فرضیه امام شوشتری برمی‌شمرد.
احمد خامه‌یار با اشاره به قطعیت وجود قبر یعقوب لیث در جندی‌شاپور می‌گوید به نظر می‌رسد که دلایل ارائه شده برای اثبات اینکه بقعه شاه ابوالقاسم، آرامگاه یعقوب لیث صفاری است، کافی نیست.
C. Jullien در کتابش در سال ۲۰۰۴، خرابه‌های اطراف شاه‌آباد دزفول را ویرانه‌های دژ شوشان نامیده و جندی‌شاپور را در محل دیگری می‌داند. ابن حوقل جغرافیدان قرن چهارم هجری محل شهر جندی‌شاپور را یک منزلگاه تا شوش و یک منزلگاه تا شوشتر ذکر کرده‌ و در نقشه‌ای که ارائه نموده، این شهر را مابین شوشتر، شوش و هرمز(اهواز]] نشان داده است.
محمد زمان خدایی پژوهشگر باستانشناسی شوشتر را همان شهر جندی‌شاپور مشهور معرفی می‌کند. وی با ذکر دلایل تاریخی و زبانشناسی معتقد است که در نامگذاری شهرها و مناطق مشکلاتی بوده و دو جندی‌شاپور (شهر شاپور) وجود داشته‌است که مورخان گاهی یکی را جای دیگری گرفته‌اند. اما وی شوشتر را همان شهر معروف و دانشگاهی جندی‌شاپور می‌داند.