سید جلال‌الدین آشتیانی
تقابل با مکتب تفکیک

پس از مهاجرت میرزا مهدی اصفهانی به مشهد، حوزه علمیه مشهد به تضاد با فلسفه و عرفان روی آورد. آشتیانی منتقد میرزای اصفهانی و مکتب تفکیک بود. این مخالفت‌ها به بازنشستگی اجباری (با فشار و هماهنگی با دولت وقت) او انجامید. نقد آشتیانی بر تهافت الفلاسفه غزالی، تعریضی بر مکتب مشهد بود. آشتیانی بر این باور بود که میرزا مهدی اصفهانی قابلیت فراگیری فلسفه را نداشت و ریاضت‌های خارج از اندازه او را دچار یأس و ناامیدی کرده بود. سید هادی خسروشاهی به نقل از  سید جلال الدین آشتیانی میگفت: «اصفهانی از عرفان سُرخورد، به جان فلسفه افتاد»
آشتیانی در تبیین سیر تاریخی ماجرای ضد فلسفه مشهد و نقش اصفهانی در آن می‌گوید:
«مخالفت با فلسفه در مشهد، برمی‌گردد به زمان آقا میرزا مهدی اصفهانی که شاگرد میرزا حسین نایینی بوده است. او در ابتدا می‌رود و همان طریقه آخوند ملاحسینقلی همدانی و آقا شیخ محمد بهاری و آقا سید مرتضی کشمیری را انتخاب می‌کند. روزه زیاد می‌گیرد. نماز زیاد می‌خواند. اذکار و اوراد وارد شده از ائمه را انجام می‌دهد. مدتی این کار را می‌کند. آقای خوئی برای من نقل کرد، از آقای میلانی هم شنیدم که مرحوم آقا شیخ ابوالقاسم اصفهانی که استاد آقای بروجردی بود می‌گفت: «مرحوم آقا میرزا حسین نائینی پنجاه دینار به من داد و گفت ایشان را به ایران ببر و معالجه‌اش کن. ما آمدیم شمیران. جایی گرفتیم. پس از مدتی حالش بهتر و سرانجام خوب شد. بعد می‌رود نزد مرحوم آقا میرزا احمد آشتیانی که شاگرد نائینی بود و با وی دوست بود و مهمان وی می‌شود. بعدها میرزا احمد آشتیانی می‌گفت: شواهد الربوبیه را پیش من می‌خواند اما فهم مطالب فلسفی برایش از اصعب امور بود.
همچنین علامه آشتیانیبه نقل از شیخ هاشم قزوینی می‌نویسد: «ما می‌خواستیم مطالب مرحوم نایینی را برای ما تقریر کند، بعد از آن که تقریرات حاج شیخ محمدعلی خراسانی کاظمینی مدائنی چاپ شد، معلوم شد که کثیری از مباحث را ایشان به گونه‌ای دیگر و مغایر با آنچه در تقریرات است، طرح نموده است.
از علامه سید جلال الدین آشتیانی اینگونه نقل می‌شود:
بنده ازباب امتثال امر کسی که اطاعت از او را واجب می‌دانم(امام) در نامه‌ای از آقایان (بزرگان مکتب تفکیک در مشهد، حضرات آیات مروارید و میرزا جواد تهرانی رضوان الله علیهما) خواهش کردم که شما الهیات و اسفار و شرح فصوص قیصری را مطالعه و برای ما درس بدهید و افاضات شما را ضبط خواهیم کرد. اگر شما از عهده تدریس این دو کتاب برآمدید، آنگاه حق دارید اشکال کنید و اگر نتوانستید از عهده تدریس الهیات اسفار و فصوص برآیید عقلاً و شرعاً حق مخالفت و اعتراض ندارید. حامل نامه به آقای ملائی گفته بود: «نامه را به آقایان رساندم سکوت اختیار کردند!»
بعداً آقای ملائی به استاد فرمودند عجب کار حساب شده‌ای انجام دادید!
استاد آشتیانی فرمودند: شخص امام به من گفتند که این کار را انجام دهم.
بارها علامه آشتیانی تفکیکیون (بزرگان مکتب تفکیک در مشهد) را به انحاء گوناگون به مناظره علمی پیرامون دفاع از فلسفه و عرفان و اسفار دعوت نموده است که اغلب بی جواب مانده است.
علامه سید جلال الدین آشتیانی در جای دیگری اینگونه نقل می‌کنند:
پس از سکوت آقایان تفکیکی [و اظهار عجز از تدریس اسفار و فصوص] حامل نامه (آقای سیدان) پیغام داد که من حاضرم در موضوع معاد با نویسنده این نامه بحث کنم!
بنده عرض کردم: حاضرم در معاد بحث کنم ولی نه پا در هوا! بلکه باید از اول سِفْر نفس اسفار که در نحوهٔ ظهور نفس و تحقق آن از عالم غیب به عالم شهادت و ماده است بحث کرده، و به دلایل تجرّد نفس پرداخت، و بعد در نحوه وجود آن بعد از مرگ و عود آن به بدن در قیامت و آخرت گفتگو کرد..
کسی حق اعتراض به ملاصدرا که خود از متصلبان در معاد جسمانی است را دارد که حاضر شود از اول سفر نفس تا آخرت مبحث معاد جسمانی را تقریر نماید. ولی اگر در همان صفحه اول سفر نفس متوقف شد و نتوانست مطلب کتاب را درک نماید شرعاً در این باب محکوم به سکوت است. این گوی و این میدان