تبار سید روح‌الله خمینی
پدر

مقالهٔ اصلی: سید مصطفی موسوی
سید مصطفی، پدر سید روح‌الله خمینی در سال ۱۲۷۸ قمری (۱۲۴۰ شمسی) به دنیا آمد. (از سید احمد پس از مرگ تنها سید مصطفی و دختری بنام صاحبه باقی‌ماند) سید مصطفی مقدمات را در خمین و نزد میرزا احمد خوانساری آموخت. میرزا احمد از نوادگان حیدربن محمد خوانساری مؤلف زبدةالتصانیف است. رابطهٔ نزدیک آن دو سبب شد تا سیدمصطفی دختر میرزا احمد را که پیش از ازدواج حاجیه‌خانم نام داشت و پس از آن – در خانهٔ سید مصطفی – هاجر صدا زده می‌شد به همسری برگزیند. سیدمصطفی موسوی که در خمین او را «آقای موسوی»، «آسید مصطفی» یا «آسید هندی» خطاب می‌کردند، کمی پس از ازدواج برای ادامهٔ تحصیلات راهی اصفهان شد.
سید مصطفی تحصیلات دینی خود را در اصفهان و تحت نظر میر محمدتقی مدرسی ادامه داد. پس از آن به همراه همسر و نخستین فرزندش – مولود آغا – راهی نجف و سامرا شد و تحصیلات خود را به مدت بیش از پنج سال و با هدایت مراجعی چون میرزا حسن شیرازی – مرجع تقلید و فقیه شیعه - ادامه داد. این شیوه، شیوهٔ رایج تحصیلات دینی آن زمان بود، به‌گونه‌ای که تحصیلات پایه‌ای و مقدماتی در ایران صورت می‌گرفت و ادامهٔ تحصیلات در مقاطع بالاتر در شهرهای مذهبی عراق – عتبات – ادامه می‌یافت. در واقع سید روح‌الله خمینی اولین رهبر مذهبی محسوب می‌شد که تمام مراحل تحصیلات دینی‌اش در داخل ایران صورت گرفت.
در سال ۱۳۱۲ هجری قمری (معادل با ۱۲۷۴ هجری شمسی) سید مصطفی بعد از اتمام تحصیلات خود در عراق، به خمین بازگشت. آن‌طور که از اجازه‌ها و اوراق و کتاب‌های او برمی‌آید، سیدمصطفی به درجهٔ اجتهاد رسیده و لقب «فخرالمجتهدین» را گرفته بود.
حاصل ازدواج سید مصطفی با هاجر، دو فرزند دختر بنام مولودآغا خانم و فاطمه و سه فرزند پسر به نام‌های مرتضی، نورالدین و روح‌الله بود. روح‌الله آخرین فرزند بود در حالی که هاجر به فرزند آخر آبستن بود، سید مصطفی به همراه مردم روستا که برای سرجانشاندن اربابان و مالکان اطراف به خارج از شهر می‌رود و پیش از بازگشت به خانه هاجر فرزند خود را به دنیا می‌آورد و او را سید روح‌الله نام می‌نهد.
فرزندان به‌ترتیب تولد: مولودآغا خانم (متولد ۱۳۰۵ قمری)، فاطمه (متولد ۱۳۱۲ قمری)، مرتضی (متولد ۱۳۱۳ قمری) و نورالدین (متولد ۱۳۱۵ قمری) و روح‌الله، پنجمین و آخرین فرزند (متولد ۱۳۲۰ قمری) می‌باشند.
به نوشته سید مرتضی پسندیده، سید مصطفی بسیار با نفوذ بود و خدمه و تفنگچی و املاک متعددی داشت.
این املاک در دهات زَوَرقان و واسوران، طنجران، خمین و کرمو بود و شامل یک کاروانسرا می‌شد و کل درآمد املاک و کاروانسرا در سال حدود یک هزار تومان بود. منزل سید مصطفی شامل بیرونی و اندرونی، بالاخانه‌ها، سر طویله، برج بزرگ، برج کوچک، سنگرها و باغچه بزرگ، خیابان کشی و دارای درختان مختلف میوه بود.
به نوشته سید مرتضی پسندیده، سید مصطفی سفرهای متعددی به تهران داشت که در آنها با اشخاصی همچون اتابک و صدراعظم تماس می‌گرفت. در یکی از این سفرها، او با گوهر ملک تاج خانم که دختر یکی از شاهزادگان بود به تاریخ سوم ربیع الاول ۱۳۱۷ قمری ازدواج کرده بود.
سید مصطفی در اسفند ۱۲۸۱ و در پنج‌ماهگی روح‌الله، در مسیر خمین به اراک مورد حمله قرار گرفت (از منابع محلی در منطقه یاد می‌شود که این حمله توسط طایفه ذلکی، ایل بختیاری صورت گرفت، که در آن زمان به غارت شهر خمین شهرت داشتند و در یکی از سخنرانی‌های خمینی آمده که آنها و اهالی خمین با ذلقی‌ها (یا همان ذلکی‌ها) در جنگ بودند و با اصابت چند گلوله به ناحیه کتف و کمر کشته شد و جنازه وی به نجف منتقل و در آنجا دفن شد. برخی منابع سن او را در هنگام مرگ ۴۲ و برخی دیگر ۴۷ در نظر گرفته‌اند.
هویت مهاجمان به سرعت شناسایی شد. قاتل جعفر قلی‌خان، پسرعموی شخصی به نام بهرام‌خان – از حاکمان ثروتمند آن ناحیه – نام داشت. در مورد علت قتل اظهار نظر دقیق و معتبری وجود ندارد. بر اساس گزارشی که بعد از انقلاب ۱۳۵۷ منتشر شد، سیدمصطفی در آن دوران به دلیل اعتراضاتی که نسبت به ظلم و ستمی که به رعایا روا داشته می‌شد، خشم حاکمان منطقه را برانگیخته بود. البته دلیل دیگری نیز مطرح است و آن این است که با توجه به این‌که سیدمصطفی خود نیز در کنار انجام امور مذهبی مربوط به مردم منطقه، یک کشاورز ساده با زندگی‌ای متوسط محسوب می‌شد، در آن زمان بر اثر یک نزاع بر سر نوبت‌بندی آبیاری مزارع – چنان‌که از این قبیل نزاع‌ها در آن دوران مرسوم بود – به قتل رسیده است. روایت سومی نیز وجود دارد و آن این است که سیدمصطفی، در مقام قضاوت به عنوان قاضی خمین، حکمی علیه یک نفر که در ماه رمضان در ملاءعام اقدام به روزه‌خواری کرده بود، صادر می‌کند و خانوادهٔ فرد محکوم به عنوان انتقام، او را به قتل می‌رسانند.
بعد از مرگ او، تلاش‌های خواهرش صاحبه در خمین، برای اجرای حکم قصاص قاتل به نتیجه نرسید و در نتیجه همسرش هاجر – مادر روح‌الله – برای گرفتن حکم قصاص قاتل راهی تهران – دارالحکومه وقت – شد. در این سفر، دو پسر بزرگ هاجر – مرتضی و نورالدین – هم همراه او بودند و براساس یک روایت، روح‌الله شش‌ماهه نیز بر آغوش وی بود. سرانجام در ربیع‌الاول ۱۳۲۳، جعفر قلی‌خان قاتل سیدمصطفی به دستور عین‌الدوله، صدراعظم آن دوران، در تهران و در ملاءعام به دار آویخته شد.
بعدها سید مرتضی پسندیده، فرزند دیگر سیدمصطفی که در آن زمان به سیدمرتضی شهرت داشت و دوران نوجوانی را می‌گذراند، ماجرای قصاص قاتل پدرش را این‌گونه توضیح می‌دهد: «در چهارم ربیع‌الاول ۱۳۲۳ قمری، قاتل را برای اعدام به میدان بهارستان بردند. به من و برادرم گفتند به منزل برویم. چون بچه بودیم و متأثر می‌شدیم، ولی سایرین به میدان رفتند. مطابق رسم آن روزگار، قاتل، میرغضب و شاه (ولیعهد) که همگی در میدان حاضر بودند، لباس قرمز برتن داشتند. سر جعفرقلی‌خان را بریدند. چند روز بعد از اعدام قاتل، همراهان برای بازگشت به خمین گاری کرایه کردند.»