انتخابات مجلس شورای اسلامی (۱۳۷۹–۱۳۷۸)
ادعای تخلف

دور نخست انتخابات روز ۲۹ بهمن ۱۳۷۸ برگزار شد. شورای نگهبان با صدور اطلاعیه‌ای در تاریخ ۱۱ اسفندماه از بروز «تخلف» در برخی از حوزه‌های انتخاباتی خبر داد اما ستاد انتخابات کشور بیانیه دیگری صادر کرد که در آن تاکید شده بود در همه صندوق‌های اخذ رای، علاوه بر نمایندگان هیات‌های اجرایی و بازرسان وزارت کشور و نمایندگان داوطلبان، ناظران شورای نگهبان نیز حضور داشته‌اند و صورت‌جلسات شمارش آرا را به همراه اعضای شعبه امضا کرده‌اند. در همین حال، نیروهای ملی-مذهبی با صدور بیانیه‌ای نگرانی خود را درباره شایعات مربوط به نحوه شمارش آرا در تهران اعلام کردند. در این بیانیه به «دخالت شبه‌نظامیان در شمارش آرا، تلاش جهت بالا آمدن افرادی خاص در فهرست تهران» و «حذف و عقب زدن معدود نامزدهای باقی‌مانده ائتلاف نیروهای ملی-مذهبی» اشاره‌شده بود.
افزون بر این‌ها، درباره آرای علیرضا رجایی، نامزد مورد حمایت ائتلاف ملی-مذهبی این بحث وجود داشت که همه آرایی که با نام رجایی به صندوق ریخته شده بود، به نام «سعید رجایی خراسانی» منظور شد. نیروهای ملی-مذهبی پس از انتشار این خبر به هیئت نظارت اعتراض کردند. پس از اختلاف بین شورای نگهبان و وزارت کشور، قدیمی ذاکر، مدیرکل انتخابات وزارت کشور ۱۰ اسفند ۱۳۷۸ (۱۱ روز پس از انتخابات) اعلام کرد که بر اساس موافقت هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات، آرای یک‌سوم صندوق‌های حوزه انتخابیه تهران بازبینی و نتیجه آن ظرف پنج روز اعلام می‌شود. پس از بازبینی آرا، «آزرمی»، فرماندار تهران و رییس هیئت اجرایی، اظهار داشت: «نتیجه بازشماری بیش از ۳۵۰ صندوق رأی در حوزه‌های گوناگون انتخاباتی تهران نشان می‌دهد دقت زیادی در مرحله شمارش آرا به‌عمل‌آمده است. می‌توانم به شهروندان تهرانی اطمینان دهم که حتی یک رأی آنان جابه‌جا نشده است.» سید مصطفی تاج‌زاده، رییس ستاد انتخابات کشور هم گفت: «بازشماری آرای تهران واجد عبرت‌ها و آموزه‌های زیادی بود که یکی از آنان لزوم احتراز از گزارش‌های خلاف واقع است». به‌این‌ترتیب، بازشماری آرای تهران متوقف شد؛ اما توقف شمارش آرا به اعتراض هاشمی رفسنجانی، رییس وقت مجمع تشخیص مصلحت نظام منجر شد. او در دومین نامه‌اش خطاب به احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، خواستار رسیدگی دقیق تا رفع ابهام شد و تأکید کرد که در شرایط موجود، بار دیگر زمینه برای رواج شایعات و حدس و گمان به وجود آمده است. شورای نگهبان اما همچنان نتایج انتخابات را تأیید نمی‌کرد و این موضوع اعتراض وزارت کشور و اصلاح‌طلبان را به دنبال داشت. اختلاف وزارت کشور و شورای نگهبان بر سر نتایج آرا تا ۸۰ روز پس از انتخابات ادامه یافت.  پس از نامه سیدعلی خامنه‌ای، رهبر ایران، و توصیه ایشان به شورای نگهبان مبنی بر این‌که «صندوق‌هایی که مخدوش بودن آن از نظر شورای نگهبان به اثبات رسیده است و با معیارهای شورای نگهبان قابل تأیید نیست، باید ابطال گردد»، بازشماری آراء برخی از صندوق‌ها پیگیری شد و از مجموع ۳۰۷۷ صندوق موجود بیش از ۱۳۶۲ صندوق بازشماری شد که در نهایت منجر به ابطال ۵۳۴ صندوق از میان ۳۰۷۷ صندوق شد. پس‌ازاین تغییرات، غلامعلی حداد عادل به‌عنوان نفر ۲۸ جانشین علیرضا رجایی شد. جایگاه اکبر هاشمی رفسنجانی نیز از ۳۰ به ۲۰ تغییر یافت اما او از حضور در مجلس انصراف داد. «سید علی‌اکبر محتشمی‌پور»، «الیاس حضرتی» و «رسول منتجب‌نیا» نیز به دور دوم راه یافتند که درنهایت الیاس حضرتی و سید علی‌اکبر محتشمی‌پور انتخاب شدند. در ادامه این رویدادها اکبر هاشمی رفسنجانی در آستانه افتتاحیه مجلس ششم کناره‌گیری کرد و مجلس ششم با اکثریت اصلاح‌طلبان آغاز به کار کرد. بدین‌سان حزب مشارکت توانست اعضای بلندپایه و کادر خود را در سراسر کشور وارد مجلس ششم کند و مسؤولیت‌های قوّه مقننه از هیئت رئیسه گرفته تا رؤسای کمیسیون‌ها را از آن خود کرد.