محمود اول سلجوقی
جنگ‌های ترکان خاتون با برکیارق بن ملکشاه

ترکان خاتون می‌کوشید برای در اختیار گرفتن همه قلمرو وسیع سلجوقیان، شهر اصفهان پایتخت سلجوقیان را تصرف کند. ترکان خاتون چون می‌دانست با وجود برکیارق در اصفهان، پسرش محمود نمی‌تواند به آسودگی حکومت کند، دستور داد تا برکیارق را در اصفهان به زندان انداختند. خود ترکان خاتون هم همراه با پسر خود محمود و سپاهیان طرفدار خود به سوی اصفهان رفت. از سوی دیگر، غلامان نظام الملک با حمله به یک انبار اسلحه، سلاح‌ها را به دست آوردند و اداره شهر اصفهان را به دست خود گرفتند. آن‌ها تاج الملک وزیر را مسئول مرگ خواجه نظام الملک می‌دانستند و به طرفداری از برکیارق برخاستند و او را از زندان درآوردند. در اصفهان برکیارق به تخت نشانده شد و خطبه را به نام او خواندند؛ بنابراین، در حالی که در بغداد خلیفه المقتدر به نام محمود خطبه خوانده بود و او را سلطان سلجوقیان معرفی کرده بود، در اصفهان برکیارق به کمک طرفداران نظام الملک به حکومت رسید. با آمدن سپاه ترکان خاتون، برکیارق و هوادران نظام الملک از اصفهان بیرون رفتند و به سوی ساوه عقب‌نشینی کردند. در اینجا گمشتگین، اتابک برکیارق با سپاه خود به آن‌ها پیوست و همگی با هم به ری رفتند. در ری برکیارق را به تخت نشاندند و رئیس شهر، ابومسلم سروشیاری که داماد خواجه نظام الملک بود، تاجی گوهرنشان بر بالای سر او آویخت.
با پیوستن امیر ارتاش و سربازان او به برکیارق، اردوی او کاملاً قدرتمند شد و آن‌ها با حمله به قلعه طبرک در نزدیکی ری آن را تصرف کردند. از سوی دیگر، ترکان خاتون که اصفهان را در دست داشت، سپاه بزرگ خود را همراه با تاج الملک وزیر، مأمور حمله به برکیارق کرد. جنگ دو سپاه در نزدیکی شهر بروجرد امروزی اتفاق افتاد و در این جنگ برخی از بزرگان و امیران سپاه به برکیارق پیوستند. بعد از یک جنگ بزرگ، در روز ۱۶ ذیحجه سال ۴۸۵ ه‍.ق سپاه ترکان خاتون شکست خورد و به سوی اصفهان عقب‌نشینی کردند. برکیارق و سپاهیان او هم از فرصت استفاده کردند و به دنبال آن‌ها تا اصفهان رفتند و شهر را در محاصره خود گرفتند. وزیر تاج الملک هم که در جریان جنگ به سوی بروجرد فرار کرده بود، دستگیر شد و او را به سوی برکیارق که اصفهان را در محاصره داشت، بردند. برکیارق که از لیاقت و کاردانی تاج الملک آگاهی داشت، تصمیم گرفت که از دانش و تجربه او استفاده کند و بنابراین او را بخشید. اگرچه تاج الملک، با بخشیدن پول و اموال زیادی بین بزرگان نظامیه، به دلجویی از آن‌ها پرداخت امّا غلامان نظام الملک که او را مسئول مرگ خواجه می‌دانستند، اندکی بعد او را در محرم سال ۴۸۶ ه‍.ق به قتل رسانیدند.
ترکان خاتون در اصفهان هم‌زمان که مشغول آماده کردن سپاه برای جنگ با برکیارق بود، بزرگانی همچون ابوالغنائم فارسی و مجدالملک قمی را برای مذاکره صلح به سوی برکیارق فرستاد. آن‌ها سرانجام برکیارق را راضی کردند که در برابر دریافت کردن پانصد هزار دینار از محاصره اصفهان دست بردارد؛ حکومت او رسمیّت یابد امّا اصفهان و فارس در دست ترکان خاتون و پسرش محمود باشد. برکیارق که در این زمان در مضیقه مالی بود، پیشنهاد ترکان خاتون را پذیرفت و بعد از این معاهده صلح، به سوی همدان رفت. برکیارق از حقِّ سلطنت خود چشم نپوشیده بود اما در آن هنگام برای او ضرورت داشت که به تجدید قوای سپاهیان خود توجه نشان دهد.
در چنین شرایطی ترکان خاتون که به شدت برای فرمانروایی پسرش محمود تلاش می‌کرد، از اسماعیل بن یاقوتی، دایی برکیارق که در آذربایجان حکومت می‌کرد، برای جنگ با برکیارق و طرفداران او کمک خواست و حتی به او وعده ازدواج هم داد. او پذیرفت و با سپاهی از ترکمانان آذربایجان به جنگ با برکیارق آمد. امّا در جنگی با سپاه برکیارق، شکست خورد و به اصفهان گریخت. اسماعیل در اصفهان مورد استقبال ترکان خاتون قرار گرفت و ترکان خاتون نام او را پس از نام پسر خود محمود بر سکه‌ها نقش کرد و می‌خواست با او ازدواج کند. در حالی که اسماعیل و ترکان خاتون می‌خواستند با همدیگر ازدواج کنند، جمعی از بزرگان و امیران سپاه علیه اسماعیل همدست شدند و از او خواستند تا اصفهان را ترک کند. اسماعیل از اصفهان به سوی خواهرش زبیده خاتون مادر برکیارق رفت و تصمیم گرفت به برکیارق بپیوندد، اما بعد از چند روز بزرگان سپاه برکیارق یعنی امیر گمشتگین جاندار، آق سنقر و بوزان، در شعبان ۴۸۶ ه‍.ق او را کشتند.