واکنش مراجع تقلید و روحانیون به نتیجه و پیامدهای انتخابات ریاست‌جمهوری ایران (۱۳۸۸)
واکنش مجتهدان

محمود امجد در جریان انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۸) دربارهٔ احمدی‌نژاد گفت: «اگر امام بود این شخص را عزل می‌کرد.»
محمود امجد پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۸) در اعتراض به سرکوب مردم معترض، درس اخلاق خود را در تهران تعطیل کرد و از ایران خارج و در مالزی ساکن شد.
او دربارهٔ خروجش از ایران گفت: «من به نشانهٔ اعتراض به وضع موجود از ایران خارج شده‌ام و تا زمانی که ظلم در ایران پابرجاست به ایران بازنخواهم گشت.» وی سپس به ایران بازگشت و در رمضان/مرداد ۱۳۹۲ در تهران مراسم ایام رمضان را برقرار داشت.
عبدالله جوادی آملی، ابراهیم امینی و رضا استادی به مدّت دو هفته از شرکت در نماز جمعهٔ قم خودداری کردند.
امامی کاشانی، امام جمعهٔ تهران و عضو مجلس خبرگان دراظهاراتی کم‌سابقه در مسجد جمکران گفت «نور ولایت فقیه کم شده و وی نمی‌تواند مشکلات کشور را حل کند» و از مهدی خواست سریع‌تر ظهور کند. سخنان امامی کاشانی که از رادیو قرآن به صورت مستقیم پخش می‌شد موجب شگفتی بسیاری شد. او در بخشی از سخنان خود و خطاب به مهدی گفت: «ای امام زمان، اگرچه در عصر غیبت تو ولایت فقیه حاکم است، اما ولایت فقیه نور کمی است که از آن دور سو سو می‌کند.» وی سپس با اشاره به کم سو شدن نور ولایت فقیه در ایران ادامه داده‌است: «او که نمی‌تواند مشکل را حل کند، این است اوضاع کشور، این است اوضاع دنیا، تو باید بیایی، تو باید مشکل را حل کنی.»
سید جلال الدین طاهری اصفهانی، امام جمعهٔ پیشین اصفهان، از وقایع پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران انتقاد کرد و گفت «همصدا با اکثریت مردمِ رای باخته، این انتخابات را مخدوش و آن را باطل و تصدی مجدد رئیس دولت را برای دور بعد نامشروع و غاصبانه» می‌داند. او گفت «من با دیدهٔ گریان و قلبی اندوه بار بعینه می‌بینم که کهنه دشمنان و مخالفان امام راحل که او را برای مبارزه و تأسیس جمهوری اسلامی تخطئه می‌کردند، امروز با تمام قوت و با همان دشمنی، تئوری پردازان قدرتمندان شده و از درون به هدم و نابودی عقاید حکومتی مرحوم امام و به موزه فرستادن عملی آن، فعالانه مشغول هستند.» همچنین او گفت: «آیا این از مصادیق عدالت است که سیّد شریف و مظلومی چون میرحسین موسوی که در سخت‌ترین دوران‌های این کشور مسئولیّت اداره دولت را با وجود جنگ هشت ساله و محاصره اقتصادی و گروه‌های محارب و تثبیت انقلاب با موفقیت تمام طی نمود و تا آخرین لحظات عمر امام، عزیز و محبوب این رادمرد بزرگ بود، اکنون عامل استکبار، اغتشاشگر و مستوجب کیفر باشد و باید حقوقش پایمال گردد؟ حد و حدود تمامیّت خواهی شما کجا پایان می‌گیرد؟ به‌درستی که دشمن شماره یک انسان نفس اوست.»
محمدتقی مصباح یزدی: جریانات اخیر که در کشور رخ داد، ولایت فقیه را هدف قرار داده بود. دشمنان می‌خواستند یا این رکن اساسی را حذف یا تضعیف و کمرنگ کنند که در این جریان برخی آگاهانه و برخی فریب خورده اقدام به این امر نمودند. ولایت فقیه به دلیل آنکه دارای پرتویی از انوار امام زمان (عج) است و مردم نیز به دلیل این که او را جانشین به حق ولیعصر (عج) می‌دانند اطاعت از او را همچون اطاعت از امام عصر بر خود لازم می‌دانند. وقتی رئیس‌جمهوری از جانب رهبری نصب و تأیید می‌شود به عامل او تبدیل شده و از این پرتو نور بر او نیز تابیده می‌شود. او گفت «وقتی ریاست جمهوری حکم ولی فقیه را دریافت کرد اطاعت از او نیز چون اطاعت از خداست.»
سید مصطفی محقق داماد مجتهد، حقوق‌دان و استاد حوزه و دانشکده حقوق دانشگاه شهید بهشتی با ارسال نامه سرگشاده‌ای خطاب به هاشمی شاهرودی که در روزنامه اطلاعات به چاپ رسید، رئیس دستگاه قضایی، از عملکرد وی در دوران ده ساله حضور در این سمت به ویژه عملکرد وی در قبال حوادث پس از انتخابات به شدت انتقاد کرد. نکته مهم مطرح شده در این نامه، واکنش یکی از مراجع تقلید به پخش دادگاه اخیر از صداوسیمای ایران است که ایشان اظهار کرده‌اند، بهتراست لااقل این محاکمات که ننگی است برای قضای اسلامی از تلویزیون پخش نشود. محقق داماد خطاب به او گفت: «ای‌کاش در حوزه علمیه به کار تدریس و پژوهش ادامه داده بودید. شگفتا! کار قوه قضاییه به جایی رسیده که از یک سو توسط ائمه جمعه موقت توصیه به بی‌رحمی شود و حدیث شریف لادین لمن لا رحم له را فراموش کنند» دفتر سید احمد خاتمی، امام جمعه موقت تهران و نماینده مجلس خبرگان رهبری، به ارائه توضیحاتی دربارهٔ این از نامه محقق داماد به شاهرودی، رئیس قوه قضاییه، پرداخت: انصاف در کلام اقتضا می‌کرد که آقای دکتر محقق داماد می‌فرمودند آقای خاتمی راجع به این گروه (سران اغتشاش) توصیه به بی‌رحمی کرده‌اند نه به‌طور مطلق؛ مجدداً متذکر می‌شویم توصیه آیت‌الله خاتمی برای برخورد با محاربین و بغات برگرفته از قرآن بوده و ایشان به این دعوت افتخار می‌نمایند.