نئو
زندگی‌نامه > بارگذاری مجدد ماتریکس

مقالهٔ اصلی: بارگذاری مجدد ماتریکس
تقریباً شش ماه از وقایع فیلم اول می‌گذرد، و نئو اکنون به توانایی‌های خود به عنوان «The One» کاملاً اطمینان دارد که می‌تواند دنیای مصنوعی درون ماتریکس را تا حد زیادی دستکاری کند. او دیگر نیازی به سلاح گرم ندارد و صرفاً به نبرد تن به تن متکی است. توانایی او در تأثیرگذاری بر کدگذاری ماتریکس به او اجازه می‌دهد تا آتش دریافتی از چندین مهاجم را متوقف کند. او که در وقایع ماتریکس کتی سیاه و بلند و پیراهنی سیاه به تن داشت، اکنون یک قبای بلند با یقه ماندارین به تن دارد که به او ظاهر یک کشیش یا اسقف را می‌دهد. او و ترینیتی اکنون معشوقه هستند. نئو به دنبال مشاوره بیشتر از اوراکل است، زیرا از هدف خود مطمئن نیست، در حالی که زایون برای حمله گسترده توسط ماشین‌ها از بیش از ۲۵۰٬۰۰۰ سنتینل آماده می‌شود که تعداد آنها دقیقاً به نسبت جمعیت دویست‌وپنجاه‌هزار نفری شهر زایون است. اوراکل او را به جستجوی یافتن کلیدساز هدایت می‌کند، برنامه ای که به درهای پشتی متعددی در سیستم دسترسی دارد. کلیدساز می‌تواند نئو را با خیال راحت به کد منبع، قلب برنامه‌نویسی دنیای ماشین، هدایت کند که شامل برنامه‌هایی است که ماتریکس را حفظ می‌کنند.
پس از خروج اوراکل، مأمور اسمیت ظاهر می‌شود و مشخص می‌شود که نئو اسمیت را با شکستن او از بقیه کد ماتریکس جدا کرده‌است که به او زندگی مستقل از سیستم‌های ماشین داده‌است و اکنون هر دوی آنها با یکدیگر یک «ارتباط» را به اشتراک می‌گذارند. اسمیت دیگر مأمور ماتریکس نیست، بلکه بیشتر شبیه ویروس شده‌است و می‌تواند کد خود را در سیستم‌های دیگر وارد کند و برنامه‌های دیگر و ذهن انسان را آلوده کند تا از خودش کپی کند. نئو صدها نفر از این اسمیت‌ها را دفع کرده و فرار می‌کند. بعداً، او، مورفیوس و ترینیتی کلیدساز را از نگهبانش، مرووینگیان می‌دزدند. در طول این مدت، نئو برای مبارزه با مردان مرووینگیان پشت سر می‌ماند و از دیگران جدا می‌شود و در عمارت مرووینگیان پانصد مایل دورتر در کوه‌ها به دام می‌افتد. او برای کمک به آنها پرواز می‌کند و فقط به موقع می‌رسد تا مورفئوس و کلیدساز را از دست دو مأمور که دو کامیون را با هم تصادف می‌کنند نجات دهد.
معمار به نئو توضیحی کاملاً متفاوت از منشأ و هدفش ارائه می‌دهد و ادعا می‌کند که نئو در واقع ششمین «One» است. او ادامه می‌دهد که زایون قبلاً پنج بار توسط ماشین‌ها نابود شده‌است؛ در مواجهه با معضل اجازه دادن به نابودی بشریت یا اجازه دادن به وضعیت موجود ترجیحی ماشین‌ها برای بازسازی، پنج فرد قبل از نئو قبل از اینکه به آنها اجازه داده شود زایون را با تعداد انگشت شماری از انسان‌های آزاد شده بازسازی کنند، به بارگذاری مجدد، یا راه‌اندازی مجدد ماتریکس کمک کرده بودند. او توضیح می‌دهد که ماتریکس بر این چرخهٔ مکرر تخریب و بازسازی استوار است تا ذهن انسان را که به آن نیرو می‌دهد در یک ساختار پایدار نگه دارد، زیرا هر انسانی واقعیت شبیه‌سازی شده را نمی‌پذیرد و اگر تعداد کافی از آنها انباشته شود، می‌تواند منجر به فاجعهٔ بزرگی شود؛ سقوط سیستم ماتریکس و انقراض متعاقب بشریت و ماشین‌ها. او بیان می‌کند که اوراکل و خود معمار بخشی از طراحی خود ماندگار ماتریکس هستند و پیش‌گویی‌ها در مورد «The One» به گونه‌ای طراحی شده‌است که اطمینان حاصل شود که هر بار بدون مشکل اجرا شود.
معمار به نئو هشدار می‌دهد که اگر برای بارگذاری مجدد ماتریکس وارد در منبع نشود، تمام زندگی بشریت در داخل و خارج از ماتریکس نابود خواهد شد، اما برخلاف پیشینیان خود، نئو وارد در منبع نمی‌شود. او تصمیم می‌گیرد هشدارهای وحشتناک معمار در مورد عواقب را باور نکند و در عوض ترینیتی را نجات دهد. با بازگشت به ماتریکس، او ترینیتی را در حالی که از پنجره طبقه بالایی یک نیروگاه می‌افتد، می‌گیرد. ترینیتی بر اثر اصابت گلوله به قلبش که در هنگام سقوط متحمل می‌شود می‌میرد، اما نئو با رسیدن به بدن مجازی‌اش، با برداشتن گلوله و راه‌اندازی مجدد قلبش، او را به زندگی بازمی‌گرداند.
آنها با هم از ماتریکس خارج می‌شوند و به دنیای واقعی بازمی‌گردند. نئو به مورفیوس می‌گوید که پیشگویی صرفاً یک سیستم کنترلی دیگر بود و نابودی زایون قریب‌الوقوع است. گروهی از سنتینل‌ها شروع به همگرایی در هاورکرافت خود می‌کنند، بنابراین نئو و دیگران مجبور می‌شوند آن را رها کرده و با نابودی آن فرار کنند. هنگامی که آنها فرار می‌کنند، نئو ناگهان متوجه می‌شود که اکنون می‌تواند نگهبانان را حس کند و آنها را از طریق تله پاتی خاموش می‌کند. با این حال، تلاش باعث می‌شود او بیهوش شود. او و خدمه توسط هاورکرافت مولنیر (همچنین معروف به هَمِر) نجات می‌یابند، که خدمه آن با معمایی در مورد شخصی به نام بِین، یک خدمه از کشتی دیگر که تنها بازمانده یک حمله است، درگیر هستند. بدون اطلاع کسی، ذهن بین توسط اسمیت در نقطه‌ای از وقایع فیلم نابود شد که طی آن اسمیت روی آواتار بین خود را بازنویسی کرد و عملاً بین را کشت و هنگامی که او از برق خارج شد، او بدن واقعی بین را تصاحب کرد.