کلیسای حواری ارمنی
نبرد آوارایر

مقالهٔ اصلی: نبرد آوارایر
وجود خاندان‌های بزرگ ارمنستان تهدیدی جدی برای حکومت ساسانی به‌شمار می‌رفت و یزدگرد دوم سعی داشت به هر طریق ممکن از قدرت آن‌ها بکاهد تا از این طریق سلطهٔ سیاسی ساسانیان را در ارمنستان تحکیم بیشتری بخشد؛ بنابراین، از سال دوم سلطنت سیاست‌های ضد مسیحی خود را در قبال ارمنستان آغاز کرد.
بر اساس نوشته‌های قازار پاربتسی یزدگرد در ابتدای امر موفق شد با ایجاد اختلاف میان خاندان‌های بزرگ ارمنستان بین آن‌ها دشمنی به وجود آورد و حتی با دادن وعده‌هایی عده‌ای از سران این خاندان‌ها را به سوی خود جلب کند. در مرحلهٔ بعد میزان خراجی را که ارمنستان متعهد شده بود به دولت ساسانی پرداخت کند چند برابر افزایش داد. این امر باعث نارضایتی طبقات پایین جامعه به ویژه کشاورزان و پیشه وران شد که پرداخت مالیات بر دوش آن‌ها سنگینی بیشتری می‌کرد.
ساسانیان همچنین برای نخستین بار مالیاتی نیز برای روحانیان مسیحی ارمنستان تعیین کردند. از آنجایی که کلیساها و دیگر اماکن مذهبی ارمنستان نیازهای مالی خود را از طریق مستغلات تحت مالکیت خویش فراهم می‌ساختند و منبع درآمد دیگری جز کمک‌های مردمی نداشتند، که آن هم در این زمان به دلیل فشار فراوان دولت ساسانی تقریباً به هیچ رسیده بود، لذا در شرایطی سخت و دشوار قرارگرفتند.
جملگی این عوامل نارضایتی شدید مردم ارمنستان را نسبت به دولت ساسانی در پی آورد؛ نارضایتی ای که روز به روز بر شدت آن افزوده می‌شد.
عامل دیگری که باعث مخالفت‌های بیشتر مردم ارمنستان با دولت ساسانی شد اقدام این دولت برای تغییر مذهب مسیحیان بود.
بنابر آنچه یقیشه در نوشته‌های خود آورده یزدگرد دوم در دوران حکومت خود شروع به آزار و اذیت مسیحان قلمرو ساسانی کرد. این آزارها به حدی وسیع و گسترده بود که شمار زیادی از مسیحیان ایران مجبور به فرار به سرزمین‌های مسیحی از جمله ارمنستان، یونان و روم شدند. همین امر بهانه‌ای برای حملهٔ یزدگرد دوم به این سرزمین‌ها شد و او پس از مدتی اعلام کرد تمامی کشورهای مسیحی و مردمان تمامی سرزمین‌هایی که پیرو این آیین هستند دشمن او محسوب می‌شوند و به آن‌ها فرصت داد که یا از دین خود برگردند و پیرو دیانت زرتشت شوند یا اینکه با آن‌ها وارد جنگ خواهد شد.
یزگرد دوم سفیرانی به ارمنستان فرستاد و اعلام کرد که تمامی ساکنان این سرزمین باید تغییر مذهب دهند و به آیین زرتشت روی آورند. حاکمان خاندان‌های بزرگ ارمنی و سران روحانیان مسیحی بعد از شنیدن این فرمان شورایی تشکیل دادند و در این شورا اعلام کردند که از هر جهت مطیع دولت ساسانی باقی خواهند ماند اما هیچ‌گاه حاضر به تغییر مذهب خویش نخواهند شد. این پاسخ خشم یزدگرد را برانگیخت و پس از مدتی تعدادی از حاکمان خاندان‌های ارمنستان را به تیسفون فرا خواند و به آن‌ها اعلام داشت که اگر فرمان تغییر مذهب را نپذیرند، به ارمنستان حمله خواهد برد و علاوه بر اینکه آن‌ها را از مسند قدرتشان در ارمنستان برکنار خواهد کرد تمام مستملکاتشان را ازآن خود خواهد ساخت و قبایل وابسته به آنان را خواهد کشت.
تعدادی از سران این خاندان‌ها با نادیده گرفتن تهدیدهای یزدگرد به ارمنستان بازگشتند.
جنگ در راه بود و ارتش ارمنستان فرصتی اندک برای آماده شدن و حضور در صحنهٔ نبرد داشت. به فرمان وارطان تمامی خاندان‌های ارمنستان، به جز خاندان سیونی، سپاهیان خود را در شهر آرتاشات جمع کردند و پس از چندی این سپاه حرکت کرده و به میدان نبرد در دشت آرداز رسیدند.
دربارهٔ تعداد افراد سپاه ارمنستان بین مورخان اختلاف نظر وجود دارد. یقیشه شمار آنان را شصت هزار شامل دو لشکر پیاده و سواره نظام دانسته‌است. تعدادی از روحانیان و حتی زنان نیز در این نبرد حاضر بودند. در این جنگ تمام سربازان حاضر در ارتش ارمنستان امکانات جنگی مرسوم آن زمان را نداشتند و حتی عده‌ای بدون لباس‌های جنگی، کلاه‌خود و نیزه در میدان نبرد حاضر شده بودند. وارطان سپاه خود را به سه بخش تقسیم کرده بود و خود فرماندهی جناه چپ سپاه را بر عهده داشت.
ارتش ایران با شروع جنگ ابتدا جناح چپ سپاه ارمنستان را مورد هدف قرار داد. از آنجایی که مرکز فرماندهی ارتش ارمنستان در این نقطه قرار داشت این امر سبب هرج و مرج در دو بخش دیگر سپاه ارمنستان شد و به این ترتیب، ارتش ارمنستان در آستانهٔ نابودی قرار گرفت. در این هنگام وارطان تدبیری اندیشید و به لشکر فیل‌ها حمله برد. با نابودی بخش اعظمی از این لشکر به دست ارتش ارمنستان سپاه ایران انسجام خود را از دست داد اما در نهایت ارتش ساسانی فاتح این نبرد شد. سپاه ارمنستان در این جنگ تلفاتی سنگین داد و فرماندهٔ آن، وارتان مامیگونیان، هدف تیراندازان سپاه ساسانی قرار گرفت و در حالی که چند تیر در بدن داشت به کشته شد.
اما ارتش ساسانی نتوانست برای این پیروزی جشن بگیرد زیرا در اواخر جنگ فرمان یزدگرد دوم مبنی بر توقف این نبرد به فرماندهان سپاه ساسانی رسید.
در نتیجه، این نبرد، که بر سر مسئلهٔ تغییر مذهب ارمنستان و زرتشتی کردن آنان درگرفته بود، بدون دستاوردی برای یزدگرد دوم به پایان رسید.