امیر عالم‌خان
جنگ با شوروی و ترک بخارا و خانواده

در مارس ۱۹۱۸، فعالان جنبش جوان‌بخاراییان ( به ازبکی: Yosh Buxoroliklar) به بلشویک‌ها اطلاع دادند که بخارایی‌ها برای انقلاب آماده هستند و مردم در انتظار رهایی از امارت‌اند. بعد از این خبر ارتش سرخ به سوی دروازه‌های بخارا حرکت کرد و از امیر عالم‌خان خواست که شهر را به جوان بخاراییان تسلیم کند. آن‌گونه که منابع روسی گزارش می‌دهند، عالم‌خان مخالفت کرد و در واکنش به این اقدام، هیئت بلشویکی را به همراه چند صد نفر از حامیان روسی بلشویک‌ها در بخارا و مناطق اطراف آن به قتل رساند. بیشتر مردم بخارا نیز از تهاجم بلشویک‌ها حمایت نکردند و ارتش نامجهز شکست‌خورده بلشویکی به پایگاه شوروی در تاشکند گریخت.
در ۲ سپتامبر ۱۹۲۰ میلادی نیروهای ارتش سرخ شوروی به فرماندهی ژنرال میخائیل فرونزه و این‌بار با ارتشی بسیار بزرگ‌تر و مجهز‌تر، دوباره به بخارا حمله کردند. پس از چهار روز نبرد، ارگ امیر ویران شد و پرچم ارتش سرخ برفراز مناره کلان به اهتزاز درآمد. با توجه به اینکه در اواخر اوت ۱۹۲۰ ارتش سرخ به‌سرعت درحال محاصره و هجوم به بخارا بود، عالم‌خان با خانواده و برخی از اطرافیانش به‌طور ناگهانی اقدام به ترک بخارا نمود و به دوشنبه و از آنجا به کابل رفت. به دلایل نامعلومی، سه پسر خردسال وی که حدوداً ۸ تا ۱۰ ساله (به گفتهٔ برخی منابع ۴ تا ۶ ساله) بودند یعنی سلطان مراد، شاه مراد و رحیم‌‌خان در بخارا ماندند. پس از تصرف بخارا، بلشویک‌ها آن‌ها را شناسایی کردند و ابتدا می‌خواستند آن‌ها را به همراه چند نفر باقی‌مانده از خانواده و نزدیکان امیر تیرباران کنند؛ اما از قتل آن‌ها خودداری نمودند تا تبلیغات بیشتری به نفع خود انجام دهند. و هر سه را برای تحصیل در یتیم‌خانه‌ای که برای یتیمان بلشویک‌ها و سربازان ارتش سرخ ایجاد شده بود، به مسکو فرستادند. عالم‌خان از بلشویک‌ها و جامعه جهانی درخواست کرد تا فرزندان و سایر اعضای خانواده‌اش که در بخارا باقی مانده بودند را نزد او به افغانستان بیاورند؛ اما بلشویک‌ها این درخواست را نپذیرفتند و در واقع آن‌ها را برای اهداف سیاسی و ایدئولوژیک گروگان گرفتند.
عالم‌خان در سال‌های پناهندگی در افغانستان افزون‌بر ارتباط با باسماچیان و رهبری صوری آن‌ها، خاطرات خود را به نام تاریخ حزن‌الملل بخارا به زبان فارسی در سال ۱۹۲۱ منتشر کرد. او در این کتاب بر پیشینهٔ آریایی مردمان بخارا و فرارودان و بخش بزرگی از آسیای میانه تأکید کرده‌است.  این کتاب بعدها با کوشش محمد اکبر عشیق کابلی در سال ۱۹۹۰ در پیشاور بازچاپ شد.
او در همان اثنا و در جریان تاجگذاری رضا شاه، بنیان‌گذار ایران پهلوی، نامه‌ای به او نوشت و ضمن تبریک تاجگذاری وی بر پیشینهٔ ایرانی حکومت و دودمان مغنیتیان و مردمان بخارا تأکید کرد. این احتمال وجود دارد که عالم‌خان در همان ایام کابل را ترک کرده و به ایران آمده باشد‌. باید در نظر بگیریم که وی از بابت آن که می‌دانست امان‌الله‌ شاه پادشاه افغانستان بابت حضور او در کابل ملاحظاتی با شوروی‌ها دارد و هر آن این احتمال می‌رود که پادشاه افغانستان او را تحویل آن‌ها دهد، بسیار اندیشناک بوده‌است. از این‌رو می‌توان حدس زد که او با هماهنگی و یا بدون هماهنگی دولت ایران در پایانه‌های عمر به ایران گریخته و به‌صورت ناشناس در مشهد ساکن شده‌است. هرچند این گمانه‌زنی‌ها به بررسی‌های بسیار دقیق‌تر نیاز دارد.
تعداد دقیق فرزندان امیر عالم‌خان مشخص نیست. او سه همسر رسمی در بخارا داشت؛ اما پس از استقرار در افغانستان، مردم آنجا با او محترم بودند و بسیاری دختران خود را به او دادند. از این رو چندین همسر دیگر نیز در افغانستان داشت. بر اساس برخی تخمین‌ها، فرزندان عالم‌خان حدود ۵۰۰ نفر بودند که به جز تعداد کمی، تقریباً همه فرزندان او در سال های آخر عمر با او بودند.
پس از یک‌دهه از جریان سقوط امارت مغنیت، ده‌ها هزار ترک و فارسی‌زبان مسلمان و همچنین گروه بزرگی از یهودیان فارسی‌زبان بخارایی از امارت بخارا و بعدتر، پس از تصرف ایالت‌های همجوار قوقند و خیوه از سوی نیروهای بلشویک، از آنجا فرار کردند. این مهاجران بعدها تاثیرات زیادی در پیشرفت‌های اقتصادی افغانستان گذاشتند.