ملا علی کنی
رابطه با حکومت

میرزا محمدمهدی لکهنوی در این باب می‌نویسد:
«اینک حکم محکم ایشان مشابهت دارد. از سلطان و شاهزادگان و امرا کسی را جرأت آن نیست که بی‌اذن ایشان اقدام بر تکلم نماید یا بی‌مشورت ایشان اجرای مطلبی بنماید. امرای عصر حتی ناصرالدین‌شاه قاجار از وی خائف می‌بودند و شاه مذکور مکرر به خانه‌اش به جهت ملاقات می‌آمد.»
نوشته‌اند:
«روزی ناصرالدین‌شاه به منظور شکار، به همراه اطرافیانش از دروازهٔ شهر خارج شد. هنوز مسافتی را طی نکرده بود که از دور نگاهی به پایتخت کرد و در فکر فرورفت. پس از آن بی‌درنگ از شکار منصرف شد و به تهران بازگشت. یکی از درباریان سبب انصراف شاه را از شکار جویا شد. شاه در پاسخ گفت: چون از دروازه بیرون رفتم، نگاهم به شهر و دروازه افتاد، این فکر در نظرم آمد که اگر حاجی ملا علی کنی امر نماید درِ این دروازه را بر روی من ببندند و باز نکنند، من چه خواهم کرد! از این رو ترس و وحشت مرا فرا گرفت و گفتم برگشتن بهتر است.»
کنی دربارهٔ ناصرالدین‌شاه گفته:
«او ناصرالدین‌شاه (یاری‌کنندهٔ دین) نیست، بلکه ناصرالکفر (یاری‌کنندهٔ کفر) است.»
روزی شاه از ملاعلی می‌پرسد بر اساس حدیث «علماء امتی افضل من انبیاء بنی اسرائیل» (علمای امت من از پیامبران بنی‌اسرائیل برترند) شما باید لااقل همان کارهایی را بکنید که آن پیامبران می‌کردند؛ مثلاً آیا شما می‌توانید مانند حضرت موسی عصایی را اژدها کنید؟! کنی بدون تأمل و درنگ در پاسخ می‌گوید: آری، اگر شما ادعای خدایی کنید ما هم عصا را اژدها خواهیم کرد.
روزی نایب‌السلطنه، کامران میرزا پسر ناصرالدین‌شاه و وزیر جنگ و حاکم تهران برای انجام کاری در منزل حاج ملا علی کنی حضور یافت. در ضمنِ صحبت، کنی با عذرخواهی گفت: «خیلی ببخشید، من پایم درد می‌کند و ناچارم آن را دراز کنم!» کامران میرزا که مردی خودخواه و خودپسند بود احساس کرد ملاعلی کنی قصد بی‌احترامی به او را دارد و برای این‌که تلافی کرده باشد، گفت: اتفاقاً بنده هم پایم درد می‌کند و اجازه می‌خواهم آن را دراز کنم.. آیت‌الله کنی با فراست متوجه منظور نایب‌السلطنه شد و برای آن‌که او را خوب ادب کرده باشد می‌گوید:
«من اگر ناچارم پایم را دراز کنم، علتش این است که دستم را کوتاه کرده‌ام، ولی فکر نمی‌کنم شما در وضعی باشید که لازم باشد پایتان را دراز کنید.»
ساموئل گرین بنجامین نخستین سفیر آمریکا در ایران ـ در خاطرات خود چنین می‌نویسد:
«بزرگ‌ترین مجتهدهای حالیه که به منزلهٔ رئیس عدالت‌خانهٔ حالیهٔ ممالک فرنگ است حاجی ملا علی کنی است. حاجی ملا علی شخص مسنّی است و ظاهراً مایل به تجمل نیست بلکه میل به سادگی زیاد دارد. اگر چه املاک او زیاد است مع‌هذا نمی‌خواهد جلال و ظاهرسازی به خرج دهد. وقتی در کوچه‌ای راه می‌رود بر قاطر سفیدی سوار می‌شود و فقط یک نفر نوکر دارد، اما جمعیت از هر طرف کوچه به جلوِ او ازدحام می‌کنند مثل این‌که وجودی ملکوتی است. اگر یک کلمه بگوید می‌تواند اعلی‌حضرت را از سلطنت خلع کند. سربازهایی که در سفارت ممالک متحدهٔ آمریکا قراول می‌کشیدند به من گفتند که اگرچه ما برای حفظ وجود شما اینجا فرستاده شده‌ایم، اما اگر حاجی ملا علی امر کند همهٔ شما را می‌کشیم.»
در جریان مخالفت با قرارداد رویتر که مورد اعتراض و مخالفت شدید علما و روحانیون قرار گرفت، حاج ملاعلی کنی در رأس علمای مخالف قرار داشت. حاج ملاعلی کنی نامهٔ بسیار مفصل و مؤثری خطاب به ناصرالدین‌شاه قاجار و در ذم قرارداد نوشت. (تیموری، ۱۳۶۳، ۹۶) مکاتبهٔ ملاعلی کنی با ناصرالدین‌شاه از اهمیت فراوانی برخوردار است.
وی همچنین به سبب موقعیت خاص خود در تهران و نفوذ بالایش و دریافت وجوهات از لحاظ دارایی و ثروت، یکی از متمول‌ترین شخصیت‌های پایتخت بود، زیاد بر تجمل‌گرایی اصرار نداشته و بنا بر اسناد آن دوره در زمان قحطی بزرگ ایران در دورهٔ او انبارهای گندم فراوان داشته و با تنی چند از تجار تهران با علم به قحطی و شرایط سخت مردم حتی از فروش گندم خودداری می‌کرده‌اند.[نیازمند منبع]