خلافت علی بن ابی‌طالب
برگزیدگی به خلافت

به نوشته مادلونگ، پس از کشته شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه که به عنوان مشاورشان فعالیت می‌کرد و کلیدهای خزانه را در اختیار داشت، وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. به نظر می‌رسد که در این میان مالک اشتر، رهبر کوفیان، نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه شدن علی برعهده داشته‌است. به نوشته پوناوالا پیش از قتل عثمان شورشیان بصری طرفدار طلحه و شورشیان کوفی طرفدار زبیر بودند، اما با قتل عثمان هر دو گروه به علی گرویدند. با قتل عثمان، بنی امیه از مدینه گریختند و کنترل شهر در دست مصریان، مهاجرین برجسته و انصار قرار گرفت. آن‌ها از علی برای خلافت دعوت کردند و وی پس از چند روز این منصب را پذیرفت.
مادلونگ می‌گوید روایات در مورد برگزیده شدن علی برای خلافت، بعضاً گیج‌کننده و متناقض‌نما هستند. علقمه بن وقاص لیثی کنانی از مشاوران نزدیک طلحه، روایت می‌کند که تلاش‌های بی‌ثمری برای تشکیل یک شورا از میان اصحاب برجسته قریش در مورد بحث بر سر تعیین خلیفه آتی وجود داشته‌است. علقمه جلسه‌ای در خانه مخرمه بن نوفل تشکیل می‌دهد. ابوجهم بن حذیفه در آن مجلس گفت که کسی که ما با او بیعت می‌کنیم باید قصاص خون عثمان را پیگیری کند. عمار یاسر در آن جلسه حضور داشت و با این موضوع مخالفت کرد. ابوجهم به او می‌گوید که چه طور برای شلاق‌هایی که خوردی قصاص می‌طلبی، اما برای خون عثمان نه؟ و جلسه به هم می‌خورد. از دیگر مشارکت‌کنندگان در جلسه نامی برده نشده‌است، ولی حضور ابوجهم این احتمال را در ذهن می‌آورد که طلحه در آنجا حضور داشته، ولی حضور علی در آن‌جا نامحتمل است. ویلفرد مادلونگ می‌نویسد عمار احتمالاً می‌خواسته که مانع از انتخاب طلحه گردد. وی بر این باور است که طلحه که عامل عمدهٔ تحریک شورشیان بود، حال آشکارا قصاص خون عثمان را پیگیری می‌کند تا خلافت را به دست آورد.
علی و پسرش محمد حنفیه در مسجد بودند که خبر کشته شدن عثمان به گوششان رسید. آن‌ها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. عطیه بن سفیان ثقفی که همراه وی بود، روایت می‌کند که با گروهی مواجه شد که همگی خواهان خلافت طلحه بودند. ابوجهم بن حذیفه سوی علی آمد و به او گفت که مردم بر خلافت طلحه متحد شده‌اند و تو به این موضوع توجه نداشتی. علی در پاسخش گفت که پسرعموی من کشته شده، حال من از خلافتش محروم می‌شوم؟ سپس به سمت خزانه رفت و آن را گشود. وقتی مردم این موضوع را شنیدند از طلحه روی گردانیده و به علی پیوستند. ویلفرد مادلونگ معتقد است که بخش آخر روایت عطیه، غیرقابل اتکا است. وی بر این باور است که نامحتمل است که علی در این زمان، خزانه را گشوده باشد. بلکه وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آن‌ها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. علی وقتی به کنار خانهٔ عمر بن مِحصَن انصاری رسید، اولین بیعت‌ها را دریافت کرد. طبق روایات کوفی، مالک اشتر اولین کسی بود که با علی بیعت کرد. سرانجام علی در ۱۹ ذیحجه ۳۵ برابر ۱۸ ژوئن ۶۵۶ رسماً به خلافت برگزیده شد.
طبق روایت مدائنی از ابوالملیح بن اسامه حظلی، احتمالاً در این زمان، طلحه و زبیر اولین بیعت‌های نابه دلخواه خود را با علی انجام داده‌اند. حسن بصری روایت می‌کند که زبیر را به یاد می‌آورد که در باغی محصور با علی بیعت کرد. بنی ربیعه در بصره نیز نقل می‌کند که طلحه نیز در باغی محصور، در حالی که شمشیری بالای سرش بود، با علی بیعت کرد. علی بر طبق روایت زید بن اسلم، دوباره اصرار می‌کند که هرگونه بیعت باید در مسجد صورت پذیرد.
به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. وقتی سعد بن ابی‌وقاص برای بیعت با علی آورده شد، گفت که قبل از اینکه مردم با علی بیعت کنند، با وی بیعت نخواهدکرد. اما به علی اطمینان داد که قصد آشوب ندارد. علی دستور داد تا بگذارند که سعد برود. سپس عبدالله بن عمر آورده شد. وی نیز گفت که قبل از اجماع مردم بر علی، با وی بیعت نمی‌کند. علی از وی ضامنی خواست تا عبدالله پس از بیعت مردم، فرار نکند و عبدالله درخواست علی را رد کرد. مالک اشتر به علی گفت که عبدالله از شلاق و شمشیر تو در امان است. او را به من واگذار. علی به مالک گفت که رهایش کن که من ضامن او هستم. علی گفت که همیشه عبدالله را چه در بچگی و چه در بزرگسالی، فردی ستیزه‌رو دیده‌است. موضع عبدالله بن عمر، برخلاف سعد بن ابی‌وقاص نسبت به علی خصمانه بود. پس از برگزیدگی علی، عبدالله پیش وی آمد و گفت که علی از خدا بترس و بدون مشورت، زمام امور مسلمین را بر عهده نگیر. سپس عبدالله، به مکه رفته و به مخالفان علی پیوست. الشعبی روایت می‌کند که علی کسی را به دنبال محمد بن مسلمه فرستاد تا با وی بیعت کند. اما محمد خود را معذور داشت به این دلیل که پیامبر اسلام به وی فرمان داده بود که وقتی ببیند که بین مردم مناقشه وجود دارد، شمشیرش را بشکند و در خانه بماند. علی بعد از آن از اسامه بن زید دعوت کرد تا با وی بیعت کند. اسامه در حالی که اذعان می‌داشت که علی عزیزترین شخص در نزد وی است، خود را به این دلیل معذور داشت که به محمد تعهد داده بود که هیچگاه با کسی که اقرار به مسلمانی می‌کند، نجنگد.
در مقابل برخی تاریخ‌پژوهان معتقدند انتخاب علی به عنوان خلیفه جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. لئون کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دلا ویدا معتقد است که انتخاب علی به عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این دلیل بود که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان مدینه را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابیونی که به آرزوهایشان نرسیده بودند و معاویه، تنها والی اموی که توانسته بود کنترل مقر امارتش شام را حفظ کند، قرار گرفت.