سید مجتبی نواب‌صفوی
مخالفت نواب صفوی با آیت‌الله بروجردی

مقالهٔ اصلی: سید حسین طباطبایی بروجردی
آیت‌الله بروجردی خط مشی مخالف فعالیت سیاسی روحانیت به عنوان تشکیل حکومت اسلامی داشت. در برابر این نگاه نواب قائل به تشکیل حکومت اسلامی بودهو با توجه به این تفاوت‌ها بارها در برابر  بروجردی ایستاده و در تقابل با او قرار گرفت. رفتارهای نواب به گونه ای بود که بروجردی حتی حاضر به دیدار با فداییان اسلام نشد.
مخالفت فعالیت‌های سیاسی برای روحانیت به حدی نزد  بروجردی اعتبار داشت که در این مورد چنین می‌گفت:
«من در قضایایی که وارد نباشم و آغاز و پایان آن را ندانم و نتوانم پیش‌بینی کنم، وارد نمی‌شوم… البته روحانیت به هیچ وجه نباید با این حرکت مخالفت کند… لذا به آقای بهبهانی (سید محمد، از نزدیکان به دربار) و علمای تهران نوشتم که مخالفت نکنند».
اولین فعالیت فدائیان اسلام در تقابل با اندیشه های بروجردی مقابله با برگزاری تشییع جنازه رضاشاهبود که از سوی آیت‌الله بروجردی به عنوان اخلال در نظم حوزه تلقی شد.
دومین اختلاف نواب با بروجردی بر سر نوع برخورد نواب و فداییان اسلام با مردم بود. از فدائیان اسلام، پیش آیت‌الله بروجردی، شکایتهای زیادی برده که که این گروه به زور از مردم پول اخذ می‌کنند و در نامه‌های تهدید آمیز می‌نویسند که «شما باید فلان مقدار پول بدهید و به قیام کمک کنید والا سر و کارت با این‌ها (منظور خنجر یا اسلحه‌ای بود که شکلش را کشیده بودند) خواهد بود.» اشخاصی که تهدید شده بودند نزد آیت‌الله بروجردی آمده و به اقدامات که تحت عنوان اسلام صورت می‌گرفت اعتراض کردند.
در دیدار نواب با بروجردی، آیت‌الله بروجردی به نواب چنین گفت: آخر دعوت به اسلام و مبارزه برای اسلام که بدین صورت نیست. با تهدید و غصب اموال مردم که نمی‌شود مبارزه کرد.» و نواب در پاسخ بیام کرد که: " «ما به قصد قرض می‌گیریم. آنچه می‌گیریم، برای تشکیل حکومت علوی است. هدف ما، مقدس و مقدم بر این‌هاست. هنگامی که حکومت علوی را تشکیل دادیم، قرض مردم را می‌پردازیم. پیغمبر (ص) هم، در هنگامی که ضعیف بود چنین می‌کرد. چنانچه در جریان ایل قریش، چنین کرد. پیامبر (ص) این عمل را جایز می‌شمرد.»
حسینعلی منتظری در مورد برخورد فداییان اسلام و نواب با بروجردی چنین می‌گوید:
روشی که این آقایان در حوزه داشتند برای بزرگان حوزه مورد پسند نبود، مثلاً به آقای بروجردی اهانت می‌کردند، به علما اهانت می‌کردند، یک جوری که عقلای قوم را عصبانی کرده بود، می‌شد با این تندی هم برخورد نکرد، مثلاً عده‌ای جمع بشوند بروند بعضی مسائل را از آقای بروجردی بخواهند؛ این‌ها مستقیماً مسائل را با طلبه‌های جوان و با مردم در میان می‌گذاشتند به گونه‌ای که حوزه را قبضه کرده بودند، بچه طلبه‌ها نوعاً چون احساساتی بودند دور این‌ها جمع بودند
سید حسین طباطبایی بروجردی در یکی از کلاس‌هایش، دربارهٔ فدائیان اسلام گفته است که: «اینان با این موقعیت و وضع مرجعیت من مخالفند. کسانی که از این گروه حمایت می‌کنند انسان در عدالت و انسانیت آن‌ها شک می‌کند.» بروجردی در سر درس، آن‌ها را «طلاب علوم دینی مردود» اعلام کرد که «به وظایف روحانی خود آشنا نیستند.» بروجردی از جمله در کلاس درس گفته بود که: «این‌ها که چنین می‌کنند، با حوزه مخالفند، با من مخالفند. می‌خواهند کاری کنند که در حوزه بسته شود تا نتوانیم به کلاس و درسمان بپردازیم.»
مرتضی مطهری: حسینعلی منتظری نقل می‌کند: آقای مطهری بود، صحبت فدائیان اسلام شد، ایشان گفتند آخر این چه برنامه‌ای است که این‌ها دارند، چهار تا بچه حوزه را به هم ریخته‌اند، به همه اهانت می‌کنند، باید شهربانی دخالت کند، کنترل کند، آخه این تندی‌ها یعنی چه!
علی دوانی در این مورد و برخورد نهایی بروجردی و طرفدارانش با نواب چنین می‌گوید:
در آن روزها بنا بود، آیت‌الله کاشانی از سفری یا گویا سفر حج مراجعت کند. تنگ غروب بود که آمدم بیرونی یعنی منزل مرحوم واحدی، دیدم واحدی و آقاسید هاشم حسینی در اتاق نشسته‌اند. آقاسید هاشم گفت: بده آقای دوانی بخواند، ببینیم چه می‌گوید. واحدی گفت: نه، آقای دوانی ممکن است سخنی بگوید که خوشایند ما نباشد. گفتم: موضوع چیست؟ گفتند: اعلامیه‌ای نوشته‌ایم، این است بخوانید! دیدم اعلامیه مختصری است به اندازه کف دست. نوشته بودند: حضرت آیت‌الله بروجردی! گمان نمی‌کنیم غیرت دینی شما از آیت‌الله قمی کمتر باشد. ایشان وقتی دیدند، رضاخان پهلوی می‌خواهد اتحادشکل کند، اعتراض کردند تا تبعید شدند. دنبال مطلب را به یادم ندارم. خلاصه بسیار زننده و تقریباً برای آیت‌الله بروجردی توهین‌آمیز بود. از خواندن آن به وحشت افتادم. گفتند: ها؟ گفتم: می‌خواهید این را پخش کنید؟! گفتند: آری. گفتم: شما را به خدا نکنید. مگر نمی‌دانید آیت‌الله بروجردی چه گفته‌اند؟ می‌ترسم بریزند شما را مضروب کنند. گفتند: چه کسانی؟! گفتم: خیلی‌ها، این روزها گفته‌اند شما وابسته به خارج هستید و در پشت این حرکات، نقشه‌ای دارید. پخش نکنید. گفتند: خیلی خوب. با بی‌اعتنایی برخاستند و گفتند: زودتر برویم، دیر شده. گفتم: کجا؟ گفتند: فیضیه، در بین دو نماز آن را پخش می‌کنیم. بالاخره تکلیف ما با آقای بروجردی و اطرافیان ایشان باید معلوم شود! این را گفتند و از خانه بیرون رفتند.»(۲۰) پس از پخش این اطلاعیه میان دو نماز آیت‌الله خوانساری در مدرسه فیضیه بود که نزاع فیزیکی میان اعضای فدائیان اسلام و طلاب حامی آیت‌الله بروجردی رخ داد. آقای سیدعباس خاتم یزدی در این باره گفته است: «در نهایت بعضی از طلبه‌های خرم‌آباد مثل شیخ علی لر و شیخ ماشاءالله با چوب و چماق به جان اعضای این گروه افتادند و آنها را از قم بیرون کردند. حامیان فدائیان هم مثل مرحوم آقای خوانساری و حضرت امام (ره) وقتی دیدند که خود آقای بروجردی با فدائیان مخالف است، از مرحوم نواب و سران فدائیان اسلام خواستند که به قم رفت و آمد نکنند.
گفته می‌شود که در زمان اعدام نواب و واحدی روح‌الله خمینی پیش بروجردی، که او در تبدیل حکم اعدام به زندان  دخالت کند، ولی  بروجردی گفتند که من در کار آن‌ها دخالت نمی‌کنم.
نواب صفوی در نشریه ارگان فدایی اسلام در مورد بروجردی چنین می‌نویسد:
«تو ای عالم اسلامی، تو ای بی‌وفا، علوم آل‌محمد و معارف الهی تحصیل نمودی، آنگاه که افکارت بدین معارف نورانی پرورش یافت و در گلستان نورانی حق پر و بال یافتی، روش و لباست را تغییر دادی و در صف بدعت‌گزاران و ظالمین قرار گرفته، بی‌رحمانه با جعل قوانین خلاف اسلام و اجرای نقشه‌های دشمنان اسلام، همه روزه بر پیکر اسلام ضربات شدیدی نواختی، تو ای بی‌وفا بشر، ای‌کاش وفاداری را از سگ آموخته بودی؛ تو برای مرجعیت و ریاست خود آنقدر که کوشیدی، به خدا برای حفظ اساس اسلام یک هزارم آن در تمام مدت عمرت کوشش نکردی. به خدا آن گاهی که احساس کوچک‌ترین خطری برای عنوان و مقام دنیای خود کنی، مهیای هر اقدامی و تکفیری و تفسیقی می‌باشی و گرچه به بنیاد مقدس اسلام لطماتی وارد آید، اما اگر در پیش چشمت محصول مصائب انبیا و محمد و آل محمد و محصول خون مقدس حضرت سیدالشهداء حسین‌بن فاطمه (ع) جگرگوشه پیغمبر را آتش زنند، تا جایی که برای شخصیت خود احساس خطر نکنی، باکت نیست و به روی خود نمی‌آوری… تو ای بی‌وفا، اگر در محراب و بر مسند پیغمبر و مرجعیت اسلام هم قرار گرفتی، با دشمنان دنیاپرست اسلام بیشتر تماس می‌گرفتی و مهربان‌تر بودی و با دلسوختگان و فداکاران اسلام و علمای فداکار و دلسوخته و رنج‌کشیده اسلام و اولیاء خدا درشتی و مخالفت نمودی؛ به حدی که برای جنگیدن با آنها و پشتیبانی کردن از دشمنان اسلام به‌خاطر حفظ منافع دنیای خود از عناوین روحانیت و اسلام هم بر علیه آن دلسوختگان اسلام و دین خدا استفاده نمودی. آخ، آخ ای بشر بی‌وفا! به خدا، سگ باوفا، از تو بی‌وفا شریف‌تر است».