مخالفت‌ها با فرگشت
موارد عنوان شده برای رد فرگشت > فقدان مشاهده

ادعای رایج خلقت‌گرایان (آفرینش‌گرایان) این است که فرگشت هرگز مشاهده نشده. درگیرشدن با چنین ایراداتی غالباً به مناظره‌هایی بر سر تعریف فرگشت ختم می‌شود. بنابر تعریفِ زیست‌شناسانهٔ متعارف از فرگشت، مشاهدهٔ وقوع فرگشت موضوع ساده‌ای است. فرایندهای فرگشتی، به شکل تغییرِ نسل به نسل در ترکیب ژنتیک جمعیتی، در زمینه‌های متفاوت علمی مشاهده شده؛ از جمله فرگشت مگس میوه، موش، و باکتری در آزمایشگاه. این گونه مطالعات روی فرگشت آزمایشگاهی، به‌ویژه آن‌هایی که از میکرواُرگانیسم‌ها استفاده می‌کنند، درک با اهمیتی از چگونگی وقوع فرگشت فراهم می‌کنند؛ به‌خصوص در مورد مقاومت آنتی‌بیوتیک.
در پاسخ به این نمونه‌ها، خلقت‌گرایان مشخص می‌کنند که منظور ایرادات آن‌ها تنها ماکرواُرگانیسم است، نه میکرواُرگانیسم. اکثر سازمان‌های خلقت‌گرا وقوع کوتاه‌مدت و نسبتاً کوچک تغییرات فرگشتی را رد نمی‌کنند، که حتی در رشد و پرورش سگ هم مشاهده شده. در عوض، خلقت‌گرایان وقوع تغییرات بزرگِ فرگشتی در طول دوران‌ها را رد می‌کنند، که امکان مشاهدهٔ مستقیم آن وجود ندارد، و تنها از فرایندهای میکروفرگشتی (ریزفرگشتی) و آثار و نشانه‌های فرایندهای ماکروفرگشتی (تغییر فرگشتی عظیم) استنتاج شده‌اند.
طبق تعریفی که زیست‌شناسان از ماکروفرگشت می‌دهند، هم میکروفرگشت و هم ماکروفرگشت مشاهده شده. برای مثال، گونه‌زایی، بر خلاف تصور غلط عمومی، به دفعات بسیاری مشاهده شده. علاوه بر آن، سنتزِ فرگشتیِ امروزه در فرایندهایی که با نظریهٔ فرگشتی توصیف شده، تمایزی بین ماکروفرگشت و میکروفرگشت قائل نمی‌شود.
فسیل‌های انتقالی نیز پیوندهای پذیرفتنی میان چندین گروه متفاوت از جانداران برقرار می‌کند؛ مانند آرکائوپتِریکس که پرنده‌ها را با دایناسورها پیوند می‌دهد؛ یا تیکتالیت که ماهی‌ها را با دوزیست‌های اندام‌دار پیوند می‌دهد. خلقت‌گرایان این مثال‌ها را رد می‌کنند؛ با این اظهار که فسیل‌ها شوخیِ فریب‌آمیزند یا اینکه فسیل‌ها منحصراً به یک گروه یا گروه دیگری تعلق دارند، و نیز با این اظهار که از گونه‌های انتقالی شواهد فراوان‌تری باید وجود داشته باشد. خود داروین نیز تعداد اندکِ گونه‌های انتقالی را یکی از بزرگ‌ترین ضعف‌های نظریه‌اش عنوان کرد.
داروین مجذوب کلکسیون محدود آن زمان، مدت زمان به‌غایت زیاد دخیل، و نرخ و سرعت تغییر متفاوت در برخی گونه‌های زنده شده بود که از فسیل‌های دوران سیلوریَن تفاوت بسیار کمی پیدا کرده بودند. در ویرایش‌های بعدی (در کتابش) او اضافه کرد: «مدت زمانی که طی آن گونه‌ها متحمل تغییر و تبدیل می‌شده‌اند، گرچه به سال بسیار طولانی شمرده می‌شوند، احتمالاً در مقایسه با مدت زمانی که طی آن همین گونه‌ها بدون هیچ تغییر و تبدیلی باقی ماندند، کوتاه است». تعداد فسیل‌های انتقالی واضح (و تمیز) نسبت به روزگار داروین افزایش بسیار زیادی داشته و این مشکل تا حد زیادی با ظهور نظریهٔ تعادل نقطه‌ای برطرف شده.
هر چه مدرک و شاهد مستقیم بیشتری برای فرگشت گونه‌های واسطه (یا گونه‌های میانی) و گونه‌به‌گونه جمع می‌شود، خلقت‌گرایان فهم خود را از به وجود آمدن "نوع‌ها یا گونه‌های خلق‌شده" دوباره تعریف کرده‌اند، و تأکید کرده‌اند که نمایش و اثبات مؤثرتری باید به شکل آزمایشی (آزمایشگاهی) تولید شود. گونه‌ای از این ایراد و اعتراض چنین است که "آیا شما آنجا بودی؟"، که توسط "کِن هَم" "خلقت‌گرای زمین جوان" مطرح شد. ایراد آن بر این است که از آنجا که هیچ‌کس جز خداوند قادر به مشاهدهٔ مستقیم رویدادها در گذشته‌های دور نیست، ادعاهای علمی تنها گمانه‌زنی یا قصه‌گویی‌اند. در رشته‌هایی چون اخترفیزیک یا هواشناسی، که مشاهدهٔ مستقیم یا آزمایش‌های لابراتواری مشکل یا ناممکن است، در عوض، روش علمی بر مشاهده و استنتاج منطقی تکیه می‌کند. در این رشته‌ها تست ابطال‌پذیری به‌این صورت است که یک نظریه برای پیش‌بینی نتایج مشاهدات جدید مورد استفاده قرار می‌گیرد. وقتی چنین مشاهداتی با پیش‌بینی‌های یک نظریه در تناقض باشد، ممکن است دوباره بررسی شده یا اگر توضیحات جدید بهتری برای واقعیت‌های مشاهده‌شده جایگزین گردد، مردود شوند. برای مثال، نظریهٔ گرانش نیوتون با نظریهٔ نسبیت عام اینشتین که مدار عطارد را دقیق‌تر پیش‌بینی کرد، جایگزین شد.