نقد رهبر جمهوری اسلامی ایران
تاریخچهٔ نقد رهبری در جمهوری اسلامی > نقد رهبری در دوره خامنه‌ای > جایگاه مجلس خبرگان در نقد رهبری خامنه‌ای

مقالهٔ اصلی: مجلس خبرگان رهبری
براساس اصل‌های ۹۹، ۱۰۷، ۱۰۸، ۱۱۱ و ۱۷۷ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مجلس خبرگان رهبری مجلسی متشکل از فقیه‌های «واجد شرایط» است که مسئولیت نصب و عزل ولی فقیه (رهبر جمهوری اسلامی) را دارد و تعداد اعضای خبرگان، شرایط و کیفیت انتخاب آن‌ها و آیین‌نامه‌های داخلی جلسات آنان، همگی در صلاحیت خود اعضای مجلس خبرگان قرار گرفته‌است.
براساس تعریفی که در بالا شد، مجلس خبرگان، یک مجلسِ انتخابی تمام عیار است نه انتصابی؛ و به‌علت حساسیتی که در انتخاب رهبر دارد دارای استقلالی است که هیچ نهاد دیگر ندارد.
اما این آزادی عمل خبرگان رهبری، در عمل فاصلهٔ بسیاری با تعاریف بالا پیدا کرد.
در ۱۹ آذر ۱۳۶۱ انتخابات اولین دوره مجلس خبرگان رهبری برگزار شد و ۸۳ نفر به مجلسی راه یافتند که سرنوشت‌سازترین تصمیمات خبرگان تاکنون را گرفته‌اند. انتخاب سید علی خامنه‌ای به عنوان رهبر جدید بعد از درگذشت بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران در خرداد ۱۳۶۸ تنها تصمیم سرنوشت‌ساز اولین دوره مجلس خبرگان رهبری نبود. اعضای مجلس بر اساس آیین‌نامه‌ای که به امضای خمینی رسانده بودند، تصویب کردند که فقط کسانی می‌توانستند نامزد مجلس خبرگان رهبری شوند که «صلاحیت آن‌ها را دو نفر از مدرسین شناخته شده حوزه علمیه قم یا علمای بزرگ کشور تأیید کرده باشند.» سپس در اقدامی عجیب پس از درگذشت خمینی و تنها سه ماه مانده به پایان دوره اول مجلس خبرگان رهبری، اعضای این مجلس تعیین صلاحیت‌ها برای ورود به مجلس خبرگان را بر عهده شورای نگهبان گذاشتند. تصمیمی که جناح چپ و راست آن زمان یعنی مجمع روحانیون مبارز و جامعه روحانیت مبارز را رودرروی هم قرار داد. اسدالله بیات زنجانی، از مراجع تقلید شیعه در مصاحبه‌ای با روزنامه اعتماد ملی گفته‌است که در این تصمیم «بحث علمی نبود و هدف از این تغییرِ روش، عدم راه‌یابی رقبای سیاسی‌شان به مجلس خبرگان بود.» تصمیم به تعیین صلاحیت نامزدهای مجلس خبرگان توسط شورای نگهبان از این منظر نقد می‌شود که شورای نگهبان در عمل نهادی زیر نظر رهبر است و سید علی خامنه‌ای شش عضو از ۱۲ عضو این شورا را مستقیماً انتخاب می‌کند و ۶ عضو دیگر را رئیس قوه قضاییه (که خود توسط رهبر انتخاب می‌شود) انتخاب می‌کند و برای اخذ رای اعتماد به مجلس شورای اسلامی معرفی می‌کند.
نتیجهٔ این اقدامات اعضای نخستین مجلس خبرگان رهبری، به حاشیه رفتن فزاینده مجلس خبرگان رهبری در سه دهه بعد بود، نهادی که مطابق قانون اساسی باید بر کارنامه و عملکرد رهبری نظام نظارت کند اما در عمل، به یکی از بازوهای سیاسی و مدیریتی او تبدیل شد. برخی از اعضای ارشد مجلس خبرگان، از جمله رئیس پیشین آن محمدرضا مهدوی کنی و رئیس کنونی، احمد جنتی ادعا کرده‌اند که وظیفه اصلی این مجلس نه نظارت که حفاظت از رهبری است.
خامنه‌ای در سال‌های بعد حتی از ایفای نقش نظارتی مجلس خبرگان رهبری نیز جلوگیری کرد.
اکبر هاشمی رفسنجانی در مصاحبه‌ای گفت:
«خیلی از مسائلی که به رهبری منتسب می‌شود به جهت نهادهایی مانند سپاه، بسیج، نیروی انتظامی، صداوسیما، تولیت‌های آستان قدس رضوی، حرم حضرت معصومه در قم و حرم حضرت عبدالعظیم در ری و… مجمع تشخیص مصلحت، شورای‌عالی انقلاب فرهنگی و شورای نگهبان است که تحت‌نظر رهبری هستند… مجلس خبرگان از مسئولان برای پاسخگویی دعوت کرد. در ابتدا، از هرکسی که دعوت می‌کردیم خوشحال می‌شد و تشکر می‌کرد و می‌گفت: من آماده می‌شوم، می‌آیم و گزارش می‌دهم. بعد از چند روز، می‌دیدیم که می‌گوید نمی‌آیم. از مسئولان دیگر دعوت کردیم که هیچ‌کدام نپذیرفتند. متوجه شدیم که این قبول دعوت و سپس ردِ آن، یک مسئله عادی نیست… هیچ‌یک از مسئولان موردنظر، حتی رئیس شورای سیاست‌گذاری ائمه جمعه که آسان‌ترینش بود، نیامد. علت را که از وی جویا شدیم، گفت: دفتر رهبری گفته‌است نروید! تعجب کردم و از خود آقا (سید علی خامنه‌ای) پرسیدم؛ ایشان تأیید کرد. من گفتم: این قانون خبرگان است و ما هم مسئولیت داریم که اجرا کنیم. ایشان گفتند: من مخالف تصویب این قانون بودم، ولی نخواستم آن موقع بگویم، و الان که می‌خواهد عملی شود نظرم را می‌گویم.»