محمدتقی فلسفی
بهائی‌ستیزی

جدی‌ترین موج آزار بهائیان در دوران پهلوی از رمضان ۱۳۳۴ آغاز شد؛ هنگامی که به درخواست بروجردی حکومت به محمدتقی فلسفی اجازه داد در رادیوی سراسری بر ضد بهائیان، به وعظ و خطابه بپردازد و عوام را علیه بهائیان بشوراند. موجی از بهائی‌ستیزی در کشور به راه افتاد و در بسیاری از نقاط بهائیان با قتل و غارت مواجه شدند. یکی از دلایل این موج از بهائی‌ستیزی این بود که شاه به دستگاه روحانیون دینی که به او کمک کرده بودند با کودتا علیه مصدق قدرت را بازپس گیرد احساس دِین می‌کرد. این کار همچنین برای منحرف کردن افکار عمومی از سیاست‌های نامحبوب شاه انجام شد. در اثر تحریکات روحانیون در تهران، دولت دستور مصادرهٔ دارائی‌ها و املاک بهائی را در شهرهای مختلف کشور صادر نمود. اوضاع با تصمیم دولت در تصرف مقر ملّی جامعهٔ بهائی و اقدام به تخریب گنبد حظیرةالقدس بدتر شد. در نتیجه تشویق دولت توسط علمای مذهبی، برای اقدام علیه بهائیان، مقامات به‌طور مستقیم در تخریب گنبد مرکز بهائیان (حظیرةالقدس) در تهران دخالت کردند. در تهران، در مقابل گزارش‌گران کشورهای خارجی، روحانیون کلنگ در دست در معیت فرماندهان ارتش اقدام به مشارکت در تخریب گنبد حظیرةالقدس نمودند.
رئیس ستاد ارتش، نادر باتمانقلیچ، و فرماندار نظامی تهران، تیمور بختیار، که بعداً رئیس ساواک شد، به نمایندگان روحانیون پیوستند تا شخصاً در تخریب این ساختمان شرکت کنند. همان زمان، دولت اعلام کرد که دستور سرکوب کلیهٔ فعّالیّت‌های «فرقه بهائی» را صادر کرده‌است. بلافاصله موجی از خشونت ضد بهائی کشور را فرا گرفت. در این دوره تعداد زیادی از بهائیان به قتل رسیدند یا اموالشان مصادره و تخریب شد، بعضی مورد تجاوز جنسی قرار گرفتند و بهائیانی که در دولت کار می‌کردند اخراج شدند و اقدامات متعدد دیگری برای آزار بهائیان به صورت فردی یا گروهی انجام شد. خانهٔ باب در شیراز، مهم‌ترین مکان مقدّس بهائیان، غارت و تخریب شد. گورستان‌های بهائیان توقیف و برای تخریب به دست اوباش سپرده شد. اجساد بهائیان در خیابان‌ها کشانده و در ملاء عام سوزانده شد.
به نوشتهٔ شاهرخ اخوی، در ۹ مه همان سال متن تلگرام تبریک سید عبدالله بهبهانی به سید حسین طباطبایی بروجردی و شاه به خاطر تخریب گنبد مرکز بهائیان در تهران و تصرف آن توسط نظامیان در مطبوعات منتشر شد. بهبهانی ارتش شاهنشاهی ایران را ارتش اسلام نامید و به شاه اطمینان داد که این اقدام او باعث برانگیخته شدن شور هواداری مؤمنان می‌شود. او در خواست کرد سالگرد این روز به عنوان یک روز تعطیل دینی در نظر گرفته شود. آیت‌الله بروجردی، که آغازگر این آزار و کشتار بود، نامه‌ای سرگشاده به فلسفی به خاطر خدماتش به اسلام و  سلطنت منتشر کرد. در این نامه، بروجردی آئین بهائی را به عنوان یک توطئه توصیف کرده بود که دولت و همچنین دین ملّی را به خطر می‌اندازد و خواستار پاکسازی عمومی بهائیان از همه مناصب خدمات عمومی شده بود. فشار جامعهٔ جهانی بهائی، مطبوعات خارجی، سازمان ملل متحد و کشورهای خارجی باعث شد که شاه نتواند مقاومت کند. به مجرد پخش اخبار جنایت، تجاوز و غارت علیه اعضای جامعهٔ بهائی ایران، موجی از مخالفت‌های بین‌المللی از طریق رسانه‌ها بر علیه دولت ایران به دلیل اینکه اجازه چنین رفتارهایی را داده بود، به راه افتاد. این آبروریزی، شاه را که نگران چنین انتقادهایی از سوی خارج بود، مجبور کرد که همکاری خود را با روحانیون متوقف کند و جلوی آنچه در حال رخ دادن بود را بگیرد.
مطالعهٔ اخوی در مورد تقابل حاصل شده میان سخنگویان شاه و نمایندگان نهاد روحانیت، نمای گویائی از نیروهایی که در این بحران در جریان بودند به‌دست می‌دهد. روحانیون خواستار قانونی بودند که آئین بهائی را غیرقانونی اعلام کند، خدمت به این آئین را یک جرم کیفری تلقی کند و مجازات‌های مناسبی تعیین کند: حبس به جرم بهائی بودن، توقیف کلیهٔ املاک بهائیان و پرداخت عواید حاصل از آن برای استفاده مؤسّسات تبلیغات اسلامی، ترخیص همهٔ بهائیان از خدمات عمومی و منع هر نوع فعّالیت مذهبی بهائیان. سخنگویان روحانیت در مجلس خود را در برابر کابینه‌ای یافتند که اگرچه آنها را مطمئن می‌ساخت که برای محافظت از اسلام همهٔ راه‌ها «در چارچوب قانون» به کار گرفته خواهد شد، امّا سرسختانه از معرفی قانونی که اهداف علما را محقق سازد خودداری می‌کرد. همچنین دولت نگرش رسمی خود را نسبت به آئین بهائی اعلام نمی‌کرد. اعمال رژیم نسبت به جامعهٔ بهائی تنها به بحث در مجلس خلاصه شده بود. پایان بحران ۱۹۵۵ به این معنا نبود که وضعیت کلی جامعه بهائیان در ایران بهبود یافته بود.
به دنبال ضدیت با بهاییان، حکومت فلسفی را بارها تهدید کرد. همچنین پخش سخنرانی‌های فلسفی از رادیو ممنوع اعلام شد.
وی در سال ۱۳۱۶ شمسی به دنبال اشاره به حادثه مسجد گوهرشاد ممنوع‌المنبر و از پوشیدن لباس روحانیت محروم گردید. پس‌از ۳ سال با آغاز جنگ جهانی دوم و عزل رضاخان از ممنوعیت خارج شد.